Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 113000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 77 of 117
Found at i:13700806 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 13700210--13704993 Score: 1473
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* * * * *
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* * * ****
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT--AAT
* * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATA-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
*
13700632 CTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-AAATCTTTTTATCAAACCAATT
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* * * * * *
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129 CAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * *
13700743 ACTTTTTATTCTATTATAAACCAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* ** * * * *
13700808 TAATTTATTAATATTTCGACTATGTAA-AA-A-ATTAAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTAGA
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** * * * *
13700870 -TCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTTTTATG
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* * ** * * *** *
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1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACA-ATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * *
13700979 ACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAA
64 ACTAA-TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTTTTTACCAAA
* * * * *** *
13701044 -CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAA-ATTTATC-AATTCGAAATCGCTATA
123 CCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTC-AAATTATTATG
* * * * * * *
13701097 ACCTTTTGTTTTGA-CATAAAA-AGAT--TTTTTTTGTCATTCAAGTTTATTTTGAATAAAATAA
1 ACCTTTTATTCT-ATCATAAAACA-ATAGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
* * * *
13701158 TA-TAAAATTGTTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAA-AAATCTATTTACC
63 TACT--AATTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAAAAATAAATCTTTTTACC
* * * * *
13701219 AAA-CAAGTTTAAATCGTTATGATTA-TT---TGA--A-C-A-AT-AAATTATTATG
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* * * * * * **
13701265 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATA
* * * ***
13701328 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-
65 CTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAATAAATCTTTTTACCAAAC
* * * * * *
13701392 TAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTGTG
124 CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * * * *
13701445 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAATACTA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * * * * **
13701509 CAAACTTATTAATATTTCAAAAGTTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATCTATTTGT-TGAA
65 CTAA-TTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAG-ATTTAAAAATAAATCT-TTT-TACCAA
* * *
13701573 A--AAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTCAACA-TATTATG
122 ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAA-ATTATTATG
* * * * ** * * **
13701626 ACTTTTTGTTTTATCA-AAAAGCAATTGAATCTATTCGTGA-AATCTTATTTCAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAA-CAATAGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * ****
13701689 A-TAAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAATAATGATTT--AAATAAATTTATTTTTTTGA
64 ACT-AA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AA-GA-GATTTAAAAATAAATCT-TTTTACCAA
* * * * *
13701750 A-CACATTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTC-AATTGTTATG
122 ACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * ** * * *
13701803 ACCATTTGTT-TAGTGATAAATCAATTACTTT-TGCTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTATTCTA-TCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * **
13701866 ACTAATATGTTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
64 ACTAAT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAATAAATCTTTTTACCAA
* * * * * * * * * * *
13701930 GCGATTTTAAATAGTTATAACTATTTCAACAAATATTTATTTCAAATCATTAGG
122 ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
** * * * * * * *
13701984 ATATTTTCTT-TGGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAAT-ATG
1 ACCTTTTATTCT-ATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * * *
13702047 TTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
65 CTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA----GAGATTT-AAAAATAAATCTTTTTACCAAA
* * * ** * ** **
13702111 -CAAGTTTAAATACTCATTTCCATTTGAGCT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATG
123 CCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* ** * * ** **
13702164 ACATTTT-TGTCATAAAATAATACCAATTATTTGGAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAG
1 ACCTTTTAT-TC-TATCATAA-AACAA-TA----G--T--TT-CTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * ** * *
13702228 AATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGTATT
53 AATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTTTT
**** *** * * * * * ** *
13702292 TGTTGAACTTGTTCAAATATTTAAGACTA-TTAGAACAATT-TTTTTTTCAAATCGTTCTG
116 TACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * *
13702351 ACTTTTTGTT-TCGTCATAAAATAATTGTTT-TAGCTCATA-AATGCCTATTTGAAATAAAATAA
1 ACCTTTTATTCT-ATCATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTTGGAATAAAATAA
* * * * **
13702413 AACTAATTTATTAACA-TTCAAGAAATTGATAAGCAAGAAATTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA
63 TACTAA-TTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAATAAATCTTTTTACCAA
* * * * *
13702477 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATG
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* * * * ** * *** *
13702531 ACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAACGCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
** * * * *
13702596 TTCTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TAGTTTATCAAAT
66 TAATTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAT-AAATCT-TTTTACCAAAC
* * * ** *
13702660 CAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTAACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
124 CAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * *
13702712 AACTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAAAA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * * * *
13702776 CTAATTTACTAATATGTCAAAAATTCATAAGTAGGAGGTTTAAAAAATAAATATGTTT-----AC
65 CTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GA--TTT-AAAAATAAATCTTTTTACCAAAC
* * * * *
13702836 C-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATTGTTATA
124 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * ***
13702887 ACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * *
13702951 CT-ATTA-TAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAA-ATAATTTTTTTGCCAA
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* * * * * * * *
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122 ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * * ***
13703067 ACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TTTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAAAAT--A
* * * * * * * ***
13703130 ATA-AAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAGAA-AATTATGTTTATTGAA
62 ATACTAATTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATCTTTTTACCAAA
** * * * *
13703193 TTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
123 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * * * * **
13703246 ACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAA-ATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATA-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * * * * * * * *
13703310 TTAATTCATTCATAGTTTGAAACTTAA-AAAGTAATATATTTAAAAAATATATCTATTTACTAAA
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* * * * * * * *
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123 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * ** * *
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1 ACCT-TTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAAT
* * ** * ** **
13703483 ACTAATTGATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAGCCTGTTGGCCTGA
64 ACTAATT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A--GATTT-AAAAATAAATCTTTTTACCAAA
* * * * * * * * *
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123 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * ** * *** *
13703601 ACCTTTTTATTTTATC-TCAAAGCAATTGTTTCTATTTGTAAAAGCTTATTCAAAATAACATAA-
1 ACC-TTTTATTCTATCAT-AAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * * *
13703664 ATCAAATTTATTAATA-TTCTTAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-TA
64 A-CTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATT---AA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTTTTTACCA
* * * * * * * *
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121 -AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * ** ** **
13703782 ACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTGTA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* ** *
13703847 CAAATTTATTAATATTT-AGACTATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
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* * * * * *
13703911 -TAATTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGTTATG
123 CCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC-TATTTCAAATTATTATG
** * * * * * * * * * *
13703964 ATATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATTAGAATAATAT
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* ** * * * * ** *
13704029 TAATTTTTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAGATATGTTTACTGAACA
66 TAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAATAAATCTTTTTACCAAACC
* * * * * *
13704094 AATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCATTATG
125 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * ***
13704145 ACCATTTGT-TTC-GTCATAAAAAAATTGTATCAATTCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAAT
1 ACC-TTT-TATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * * *
13704208 ACAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAAGTATTTTT--CG
64 ACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAAT--T-AATAAGAGATTT-AAAAAT-AAA-TCTTTTTACCA
* * * *
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* * * * * *
13704326 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* * * ***
13704390 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTT-TTGAA-
66 T-AA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAATAAATCT-TTTTACCAAAC
* * *
13704453 CACATTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCCATTTCAAA-TAGTTATG
124 CA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATG
* * * * * * *** *
13704506 ACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TGTATTCAAAATAAAATAGT
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAAC-AATAGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGGAATAAAATAAT
* * * * * * *
13704569 ACTAGTTTATTAATATTACAAAAATTGATAAATAAAAGAGTTAAAAATAAATATGTTTACC-AAG
64 ACTA-ATTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAATAAATCTTTTTACCAAAC
* *
13704633 CAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTAGT-TATTT-AAA-TAGTTATG
124 CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTA-TCTATTTCAAATTA-TTATG
* * * *
13704685 ATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAG-TTTTTTAGGAATAAAATAAT
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GGAATAAAATAAT
* * * * *
13704748 ATTAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA
64 ACTAA-TTATTAATATTTCA-AAAATTA--A--TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTTTTTACCAA
* * * * ** **
13704812 A-CAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CGTTAAA
122 ACCAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * *
13704865 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAT-CTGTTC-ATGCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTATTCTATCATAAAACAATAGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * ** * * * *
13704924 TTGATCTATTAATATTTGGAAAATTAATAAGAGATATAAAAACTAAATCTGTTTA-CAAAACAGT
65 CTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTTTTTACCAAACCAAT
13704988 TCAAAT
128 TCAAAT
13704994 GGTTTTTATA
Statistics
Matches: 3564, Mismatches: 742, Indels: 605
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.00
168 71 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
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Found at i:13702071 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13701254--13706679 Score: 2995
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* * * *
13701254 AAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCAAAT
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* * * * * *
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* * * * * **
13701434 AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAAGTTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAA
* ** * * * * * *
13701498 ATAAAATACTACAAACTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATC
65 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * * *
13701562 TATTTGTTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTC
129 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
13701615 AACAT-ATTATGACTTTTTGTTTTATCA-AAAAGCAATTGAATCTATTCGTGA-AATCTTATTTC
1 AA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TTC
* * * *
13701677 -AAATAAAATAATATAAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAAT-AATGATTTAAATAAAT--
62 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAA
* ** * * *
13701738 TTAT-TTTTTTGAACACA-TTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTC
126 ATATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * ** * *
13701793 -AATTGTTATGACCATTTGTTTAGTGATAAATCAATTACTTT-TGCTCATATAAGCTTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * *
13701856 ATAAAATAATACTAATATGTTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
65 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
13701921 ATTTACTGAGCGATTTTAAATAGTTATAACTATTTCAACAAATATTTATTTC
130 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * * ***
13701973 AAATCATTAGGATATTTTCTTTGGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAA
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* * ***
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66 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * ** * * *
13702102 TTTACCAAACAAGTTTAAATACTCATTTCCATTTGAGCTATTATCTATTTC
131 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** *** * *
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1 AAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAA-AAC-A--A-TT-G--T--TT-CTATTCATACAA
** * ** * * *
13702218 AATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG-----GATTTAA
54 GCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * ** ** * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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** * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * **
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** * ** * * ***
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * ** *
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* * *
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** * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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66 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
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* *
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* * * * * ** * ***
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64 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
** * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** ** ** *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * *
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** * **
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * * * ***
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** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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66 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAAC-AAATTCAAATAGTCATAACTA
* * * ** * * *
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* * * * * * *
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193 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
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257 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA-TTA
* * * * * *
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321 TTATTTC-AAATAGTTATGATCTTTTGTTTT-ATCATAAAAA
* * * * * * * * *
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1 AATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGAAA
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65 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
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130 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATT
* * ** *
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*** * * * *
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259 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-T
* * * * *
13701429 ATTTCAAATCA-TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC
323 ATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* * * * * ** * *
13701467 AATTGTTTC-AGTTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAATACTACAAACTTATTAATATTTCA-AA
1 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTAAGAA
* * * * * * * ** * * *
13701530 AGTTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGATT
64 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAA-TTCAAATAGTCATAACT
* * * * * **
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128 ATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTC
* * * * *
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191 TATTCAT-ACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
* * * **** * *
13701720 ATAA-TGATTTAAATAAAT--TTAT-TTTTTTGAACACA-TTTAAATAGTTATAACTATTTAAAC
253 GTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * * **
13701780 AATTATTTATTTC-AATTGTTATGACCATTTG-TTTAGTGATAAATC
316 AATTA-TTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAAA
* ** * * * * * * *
13701825 AATTACTTT-TGCTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATGTTAAAATTCAA-AA
1 AATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-AAGAA
* * * * * * * *
13701888 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCGATTTTAAATAGTTATAACTA
64 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ** * * * *
13701953 TTTCAACAAATATTTATTTCAAATCATTAGGATATTTTCTTTGGTTATAAAACAATTGTTTCTAT
129 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAT
* * *** * * **
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194 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-GTACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * *
13702081 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATACTCATTTCCATTTGAGCTATTAT
257 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* ** **
13702146 CTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTTGTCATAAAATAATACCAA
322 -TATTTCAAATAGTTATGATC--TTTTGTTTTATCATAA-A--AA
* * ** ** ** *
13702190 TTATTTGGAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTAT
1 --AATT-G--T--TT-CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
** * * * ** *** * *
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58 TAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
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123 TA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG
* * ** ** * * *
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187 TTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATTCAA-AAATTA
* * *
13702441 ATAAGCAAGA-AATTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
249 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
13702504 AACAATTATATATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAAC
313 AACAATTAT-TATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* ** * *** *
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1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAAT-TTATTAATA-TTAAGAA
* * * * * * * *
13702615 AATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-ATTAGTTTA-TCAA-ATCAGTTCAAATAATTAT-
64 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATA-T-GTTTACTGAACA--AATTCAAATAGTCATA
** ** * ** *
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125 ACT-ATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGT
* * *** ** * * *
13702740 TTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATGTCAAAAATTCAT
188 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAAT
* * * *
13702804 AAGTAGGAGGTTTAAAAAATAAATATGTTTA-C---C--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
251 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * * * *
13702863 AATTATGTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAAC
316 AATTAT-TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* * *** * * *
13702909 AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTATAATAATATTCTA-AA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATT-TATTAATATT-AAGAA
* * * * * ** *
13702972 AATTAATAACTAAGAA-ATTTAAAAAAT-AATTTTTTTGCCAAACTAATTCAAATAGT--TAAGG
64 AATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAA--
* * * * *
13703033 CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
126 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC
* * ** * * *
13703097 TAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAATAAAATAATTAATATTTCAAAAATTAATAA
191 TA-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* *** ** * * *
13703161 GTAAGAGATTTTAGAAAAT---TATGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATA
253 GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * * *
13703223 ATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATA
317 ATTAT-TATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAA-A
* * * * * ** * * *
13703269 AA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTCATTCATAGTT-TGAAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTAAGAAA
* * * * * * * * * * * * * *
13703332 CTTAAAAAGTAATATATTTAAAAAATATATCTATTTACTAAACCAGTTTAATTAGTTATAACTAT
65 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
13703397 TTGAACAATT-TTTATTGC--A--A-TATGA-CTATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
130 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAT
* * * * * *
13703454 TCATAC-AGTCTTATTCAGAATAAACTACTACTAATTGATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
194 TCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* *** ** ** * * *
13703518 TG-GATTTAAAAAATGAGCCTGTTGGCCTGACTAGTGCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATTA
257 -GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * **
13703582 TCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTTATTTTATC-TCAAAGC
321 T-TATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTATCAT-AAAAA
** * *** * * ***
13703624 AATTGTTTCTATTTGTAAAAGCTTATTCAAAATAACATAA-ATCAAATTTATTAATATTCTTAAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTAAGAAA
* * * * * * * * * * *
13703688 ATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-TAGAATAAGTTCCAACAGT-TTGACTA
65 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
13703751 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTTTTTTCTA
129 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTA
* * **
13703816 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTGTACAAATTTATTAATATTTAGACTATTAATAAGT-
193 TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTA
* * * *
13703879 AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATT
256 AG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* *
13703944 ACTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAAA
320 A-TTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* * * * * * ** *
13703986 AATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATTAGAATAATATTAATTTTTTAATATTTTGACAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGAAAA
*
13704051 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAGATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACTATT
66 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * *
13704116 TGAGTAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTCGTCATAAAAAAATTGTATCAATTC
131 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTC
* * * * *
13704181 ATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAG
196 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAG
* *
13704246 ATTTAAAAAATGAAAGTAT-TTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
260 ATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-
* * * *
13704309 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAT
322 TATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* *
13704348 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA-AAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-AAGAAA
** * * **
13704412 ATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGGCTAT
65 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * ** *
13704476 TTAAACAATTATCCATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAACTAATTGTTTCTGT
130 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAT
* * * *
13704540 TCATACAAG-TGTATTCAAAATAAAATAGTACTAGTTTATTAATATTACAAAAATTGATAAATAA
194 TCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
13704604 AAGAGTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTAG
257 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-
*
13704668 TTATTT-AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAC
321 TTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* *
13704707 AATTATTTCTATTCATACAAG-TTTTTTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGAAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGAAA
* * ** * ** * **
13704771 ATTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTTCA
65 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACT-A
* ** * *
13704835 TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CGTTAAAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATCTG-TTC-A
129 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-TGTTTCTA
* * * * *** * **
13704897 TGCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTGGAAAA-T--TAA-TAA
193 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
13704954 GAGATATAAAAACTAAATCTGTTTACAAAAC-AGTTCAAATGGTTTTTATATCTGTTT--ACAA-
257 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG---TTATAACTATTTGAACAAT
* * * * **** * ***
13705015 AAATAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAGCAATGACCTATCTCA
319 TATTATTTCAAATAGTTATGATCT-TTTGTTTTAT--CATA-AAAA
* * * ** * *
13705060 AATCGTTATGGTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAA-ACAAGCTTATTCAGATT
1 AATTG-T-T--TC--TA---T-TCAT---ACAA--GCTTATTTGGAATA-AA----A-TAATATT
* * * * * *
13705124 AAAATAATACTAAT-TTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAAATAAATGT
45 --AAT-TTATTAATATTAA---------GAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAAATAAATAT
* * * * * *
13705188 GTTT-GTCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTAT-TCATTTCAAATCATTAT
97 GTTTACT-GAACAAATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTAT
* * * * ** * * *
13705250 AACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATCATTTC-AGTTCATACAAGCTTGTTTAAAATAAAATAAT
159 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGT
* * * * * * * **
13705314 TCTAATTTATTAACATTTGAAAATTTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
223 ACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * * ** * *
13705379 CAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTTTCTATTT-AAAGTCTTTATGACCTTTTATT
287 CAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTT
* *
13705442 TTGTCAT-AAAC
349 TTATCATAAAAA
* * * * * * * * * *
13705453 AATTATTTC-AGTTCATAAAAACTTGTCTGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCA-AA
1 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTAAGAA
* * * * * *
13705516 AATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAACTAAAGT-TGTTT--TAGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
64 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAA-TATGTTTACT-GAACAAATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
13705577 TTATTTCAACAAATATCAATCTCTAAT-AGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTT
126 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT
* * * **
13705640 CTGA-TCATACAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAA-T--TA
190 CT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
13705700 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACTATTTCAAATAATTA-AGACTATTAGAAT
252 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAC
* * * * * *
13705763 ATTTATCTATTTCAAATCGTTCTGA-CTTTT-TGTTAAGTCATATAAT
316 AATTAT-TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGT-TTTA-TCATAAAAA
* ** * * *
13705809 AATTGTTTC-AGTTCACACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAAATAAAAAA
1 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGAAA
* * * * * ** * * * * *
13705873 ATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC-AACACTTATGACTA
65 ATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
13705937 TTTGAACAATTATCCATTTAAAATTACTATGACTTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTT-TAG
129 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-
* * * * * * ** * * *
13706000 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATGCTACCTTATTAATATTTCAAAAGTTACTAAGTCA
193 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** ** * *
13706065 GAAATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAATTAGTTCAAAT-GATTATGGCTATTTGAATAACT
257 GAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATT
* * * *
13706128 ACCTATTTCAAATCA-TTATTA-CTTGTTATTTTTTCATACAACAA
320 A-TTATTTCAAAT-AGTTATGATCTT-TTGTTTTATCATA-AA-AA
* * ** * * * *
13706172 CTATTTTTTC-A-AGATACAAACTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAG-
1 -AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT-AAGA
* ** * * * * * *
13706234 -AATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAAACTAGTTTAAATATTTATGA
63 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
13706293 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTCTTTT
126 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC
* * * ** * * *
13706358 TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTAGTAACATTCTAAAAATTAATAACT
191 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
13706423 AAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTTA--AACCAA-TTCAAACAATTA-AGACTATATGAAT
255 AAGAGATTTAAAAAATAAAT--ATGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAC
* * * * * *
13706484 AATTACATATTTGC-AATTGTTACGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAAT
316 AATTA-TTATTT-CAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* * * * ** * * * *
13706528 AATTATTT-AAGCTCATATAAGCTTATTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AA
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * ** * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * * *
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** *** * * * * * **
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* * * * ** *
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*** * * * * ** * *
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* * * ** **
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* * * * * * **
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** *** * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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62 CAA-AAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACTATTTCAAATAATTAAG
* * * * * *
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*** * * * * * * ** * *
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** * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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373 --AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA
* * ** * * * **
13704956 GATATAAAAACTAAATCTGTTTACAAAAC-AGTTCAAATGGTTTTTA-TATCTGTTTACAAA-A-
435 GATTTAAAAAATAAATCAATTTAC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-T-TGAACAAATAC
* * *** **
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497 CTA-TCTCAAATAGTTATGATCTTTATTTTCTCATAAA
* * * ** * ** ** ** * *
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* ** * ** * * **
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56 A--TAT-TTCA-A--AAATTAATAAGAGATTT-A-AA-A---AATAAATGTGTTTACTAAACTAT
* * * ** * * * * * * *
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* * * ** * *
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164 -GTTT--AGTCA-TA-AAACAATTATTTCAGTTCAT---ACAAGC--TT-A-TT--TAGAA----
* * ** * *
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211 --TAAAA------TAATGCTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * ***
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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** ** * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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ATTTTCTCATAAA
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* * * * ** ** * * *
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* * ** * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *** * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * **
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* * * * **
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTT
* * * * *
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* * * * *
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** ** * * * *
13707831 TTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-CAATTTTGACCTTTTG-TC
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACATTTTGTTT
*
13707894 TAGTCATAAAACAATTATTT-TAATTCATACTAA-CTTATTT-AGAATAAAATAATAC
127 TA-TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-TAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * * ** * * ** *
13707949 TAATTTATTAACAATCAAAAAATTAGTGAGCAAGAGATTTTTAAAA-AAATTTGTTTACCAAATA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* **
13708013 AGTTTC-AATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTA-GATC-TTTTGTT
65 AG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-CATTTTGTT
* * * * ** * *
13708073 TTGTCATAAAACAATTATTTC-AGATCATAAAAATTTATTCGAAATAAAATAATAT
126 TTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * *
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* *** * *
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* * ** * *
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*
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* * * ** *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * * ***
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* *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *** *
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1 -TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATATTTACCGAAC
* * * * * * * * ** *
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* ** *
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* * * * ** * * ** *
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189 TAA-TATTATGAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATCCACCAAACAAG-TTCA
* * * ** *
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314 AAAACAA
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ATAAAACAATTATATCCATTAGTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
ATGAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATCCACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
GACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTT
TATGTTCACACAAAATAATTCCAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTCCAAAAAATTATAA
GTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTAGTTTACCAAAACATTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAA
TTATCTATCTCAAATATTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAG
CGTATTCGAAATAAAATAATA
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* * * ** *
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* * * *
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* *
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* * *
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Statistics
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TCAGATCATAAAAATTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAAAA
GCAAGTTA
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** *
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TATTAATATTTC
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13708582 ATTATTGTAT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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1 TAATATTTTGAAAATTATTAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-ACGAACTAGTTCAA
** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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128 ACAATTT-TTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * * * * *
13710573 TAATAATTCAAAAATTAAATAATTAAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAATAACGTTGTTTATT
1 TAATATTTTGAAAATT-ATTAAGTAAGAAATT--TAA--AA-A--AT-AAAT--C--TGTTTA-C
* * * * * ** * *
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* * * ** ** * * *
13710703 TTTGTCATACAATAATTTTTTGAATTTGTACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
117 TTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAG
** ** * * * *
13710767 TAATA-TTCCAAAA--ATTAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTCACTGAATCTA-TTCAA
1 TAATATTTTGAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAA-CTAGTTCAA
* * * * * ** ** *
13710827 ATAATTATG-GCTATTTCAAGAATTATCAATTTCAAAT-GTTATTGCCTTTTGTTTGGTCATATA
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* * * * * *
13710890 ACAATTGTTTT-TGA-TCATATATGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTAT
128 ACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * * * * * *
13710943 TAAT-CTTTCAAAA--ATTAA-CAAGACATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-CGATTT
1 TAATATTTTGAAAATTATTAAGTAAGAAATTT--AAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACTAG-TTC
* *
13711003 AAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATT-GCGTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
62 AAATAGTTA-GAACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * * *
13711066 -AAATAATTACTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATATAA
125 AAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAG
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13711121 AAATGTTCCAAAAAATAATATCTAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTGTTTGCCAATGTAGTTCAAA
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* *
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** * ** * * * *
13711243 CAAAATTTTCAATTCATATTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTCAT
129 CAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAG
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * ** * * *
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* * * * * ** * *
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* ** * * * * * *
13711654 TAATA-TTTCAATAACGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGATCTAGATCAA
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* * * * * *
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* *
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*
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** * * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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*
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* ** * * * * * * * * *
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** * ** * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *** * *
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* * ** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * ** ** * * * * * *
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** * * * ** ** * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * **
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* ** * ** * * * * *
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* **** *
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* * * ** * *
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AAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * * ** *
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* * * * * ** **
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* * *
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*** * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * ** * * * * * ** * * *
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* * * * * *** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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CAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAG
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* * * * ** * * *
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* *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** *
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** * * * * *
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** *
13712308 ATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGAAAAAAATTAATGAGTAA
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* * * * * *
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* *** * * *
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*
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* * * * *
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** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * ** *
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* * ** * * * * ** *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* **** * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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** * * * ** *
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* *
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* ** ** * * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * ** * **
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* ** * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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** * ** * * * * *
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1 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
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* * *
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* * * * *
13714498 CATATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
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* * * *
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130 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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* * *
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* * ** * * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** *
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** *
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* * *
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*
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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** *
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* * * * **
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* * *** ** * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * *
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*** ** * * * * *
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** ** * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *** ** * * * * * *
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* ** ** * *
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* * * * * * * * * *
13713745 GCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAA-AATTTAATAAGTAAGAGATTTA
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* * * * *
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* * * * * * * * * * ***
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* ** * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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60 ACTTATCTATTTGAAAACACTAT-AACTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGGTTTCT-ATTCATA
* *** * *
13714083 CAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACCT-TTCAA-A-AATTAAT--A-AG-AG
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* * * * * *
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* * ** * * * ** * * * *
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* * * * * *
13714266 TAGAATAAAATAATACTAATCTA-ATAATATTCTAA-AAATTAATAACTAAGAGAAC-TAAAAAA
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*** ** * * * * * *
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** * * * * * * * ***
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* ** * *
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* * * * * *
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1 AAGAGATTT--AAAATAAATATG-TTACCTGACAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAC
* ** * * * * * *
13714559 TTATCTATTTCAAATA-GTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTGTTCATATA
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* * * * * * *
13714622 AGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATTTGTTAATATCTCAA-A-AATTAAT--A-AG-AGATT
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* * * * * * * * * *
13714681 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAACGAGTTCAAATAGTTGTGAATATTTGAGCAATTATTTGTTT
187 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
13714746 CAAAT-AGTTATGACTTGTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATT--C
252 CAAATCA-TTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAC
* * * * * * * * *
13714808 -A-GAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-CAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
316 AATAAAATAATACTAATATATAAATATTCCAATAAAT-AATAAATAAAAGACTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
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*
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* ** *
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510 TAATTTATTAATATTGAAAAAAACTAATAAGT
** ** * * * *** * * * * *
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* *** * * * * * *
13715069 TTCCT-TTTGAAATTGCTACAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTTGTTCATACAA
64 AT-CTATTTGAAAACACTATAA-C-TTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGGTTTCTATTCATACAA
* ** * * * *
13715132 GTTTATTTAAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATAAAGACAATTAATA-AGTAAAACATTTA
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** * * *
13715196 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-CTTTTGACT-ATTGGAACAATTATTTATTTC
189 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAATT-GAACAATTATCTATTTC
* * * * *
13715259 AAATTC-TTATGACTTTCTA--TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-A
253 AAA-TCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCACA
* * * * * * * * * * *
13715320 ATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAACAAATA
317 A-TAAAATAATACTAATATATAAATATTCCAATAAATAATAAATAAAAGACTTAAAAAATAAATA
** * * * * **
13715385 TGTTT-TTCGAAC-AGTGCAAATAGTCTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTG
381 CATTTACTC-AACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATCATG
* * * * * **
13715448 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAA-TGTTTCAGTTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
445 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-AAATTATTTCAATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATA
** * *
13715512 CTAATTTATTAATATT-CCAAAAATTAATGAGT
509 CTAATTTATTAATATTGAAAAAAACTAATAAGT
* * * *
13715544 AAGAGAATTAAAAAATGAATCTAT-TTA-CTGA-ACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAAAA
1 AAGAG-ATT-TAAAAT-AA-ATATGTTACCTGACA-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAAA
* * * * * * * *
13715606 -TTATTTATTTTCAAAATA-TATGACATTT-TTTTGTTA-ATAAAT-ATTGG-TTCTTTTCATGG
61 CTTATCTA-TTTGAAAACACTATAACTTTTGTTTTGTCACA-AAATAATTGGTTTCTATTCAT-A
** *
13715665 CAACGCTTATTTCCAAT-AAATAATATAAATTTATAAATATT
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13715706 TGAAAAATTA
Statistics
Matches: 2566, Mismatches: 551, Indels: 467
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Matches are distributed among these distances:
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AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
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TATTGAAAAAAACTAATAAGT
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * * *** *
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* * *
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**
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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** ** ** * * * *
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** * *
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* * * * *** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
13715480 GTTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTA
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* * ** * *
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TATTTCAAATTCTTATGACTTTCTATTGTAATAAAACAAATGTTTCA
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* *
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1 ATAA
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ATAATTTTATTGTAATTTTTTAAT
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*
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TATGCTTTTATATCAAATAAAGCTACTT
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* **
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AAGAAAAAGCTACCAAAAAAAA
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*
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1 ATAATAAAATTA
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1 A-TAATAAAA
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*
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1 CTGTAGAAATGGTAATC
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1 CT
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13747497 TTAATTCTTT
* *
13747507 CTA CTA CTA TTA CTA CTA CTA CTA CTA TTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA
1 CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA
13747555 CTA CTA CTA CTA CTA CTA
1 CTA CTA CTA CTA CTA CTA
13747573 ATAATAATAA
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CTA
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13747571 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
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TAA
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* * * * *
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* *
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*
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* * *
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1 AAACTTTTCAGATCTTAATTTTATAATATTTCATGATTTTT-GTGCAT-TTAAATCACAGCAATA
* * * * *
13749958 CTCTAAAAGTTGAAATTACCAAAATACCCTTATAAAGGTATTTTTGTAATTTAGCTTTCTTCAAT
64 CCCTAAAAATTAAAATTACCAAAATACCCTTATAAAGGTATTTTTGTAATTTAGCTTTCCTCAAC
** * **
13750023 TTGAATTTTCATG
129 TCAAAATTTCACA
*
13750036 AAACTTTTCAGATCTCAATTTTATAATATTTCATGATTTTTGATG-ATTTAAA
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CTAAAAATTAAAATTACCAAAATACCCTTATAAAGGTATTTTTGTAATTTAGCTTTCCTCAACTC
AAAATTTCACA
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*
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * ** * *
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66 TTTTTCG
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TTTTTCG
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*
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* * * *
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* * * ** *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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** * * *
13759050 TTTTTGACTTACAATGTTATCCTGATCATTTTCTTAT
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** *** ** * *
13759087 TTTTTGACTTACAGTGTCATCTTAATCGCTCTTTAC
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* * ** *
13759123 TTTCTGACTTAT-GATGTCATCCTAATCGTTTTTTA-
1 TTTTTGACTTGTAG-TGTCATCCCGATCATTTTTTAT
* * ** * * *
13759158 TTTTTAACTTG-CGATGTTGTCTCGATCGTTCTTTAT
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* *
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* * * * * *
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* ** * **
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* ** ** * *
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1 TTTTTGACTTGTAGTGTCATCCCGATCATTTTTTAT
* ** * * *
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1 TTTTTGACTTGTAGTGTCATCCCGATCATTTTTTAT
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TTTTTGACTTGTAGTGTCATCCCGATCATTTTTTAT
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* ** * * ** **
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* ** ** *
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* * ** *
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*
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65 TTTCTTAT
** * * * *
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1 TTTTTGACTTGTGGTGTCATCCTGATCATTCTTT-ATTTTCTGACTTACAGTGTTGTCC-GATCA
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64 TTTTCTTAT
*** * * ** *
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TTTTTGACTTGTGGTGTCATCCTGATCATTCTTTATTTTCTGACTTACAGTGTTGTCCGATCATT
TTCTTAT
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* ** * **
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* *
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* * *
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* *
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GATCATTATCTTATTTTTTGACTTGCAGTGTCATCCTGATCATTTTTCATTTTCTAACTTACAAT
GTTATCCT
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * ** *
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** * ** * *
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* * * * **
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*
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* * * *
13758994 GTTGTCCTAGTCATATTTATTTTTTGACTTGCAGTGTCATCCTGGTCATTTTTCATTTTTTGACT
66 GTCGTCCTAATCATATTTATTTTTTGACTTGCAGTGTCATCCTGGTCATTCTTCAATTTTTGACT
* ** ** * *
13759059 TACAATGTTATCCTGATCATTTTCTTATTTTTTGACTTACAGTGTCATCTTAATCGCTCTTTACT
131 TACAATGTCATCCCAATCATTTTCTTATTTTTTGACTTACAGTGTCATCCCAATCACTCTTCACT
* * *
13759124 TTCTGACTTATGATGTCATCCTAATCGTTTTTTATTTTTAACTTGCGATGTTGTCTCG
196 TTCTGACTTATGATGTCATCCCAATCGTTCTTTATTTTTAACTTGAGATGTTGTCTCG
* * * * * * *
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*
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ATCATTTTCTTATTTTTTTGACTTGTGGTGTTATCCTGATCATTATTTATTTTCTAACTTATGGT
GTCGTCCTAATCATATTTATTTTTTGACTTGCAGTGTCATCCTGGTCATTCTTCAATTTTTGACT
TACAATGTCATCCCAATCATTTTCTTATTTTTTGACTTACAGTGTCATCCCAATCACTCTTCACT
TTCTGACTTATGATGTCATCCCAATCGTTCTTTATTTTTAACTTGAGATGTTGTCTCG
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13758999 CCTAGTCATA
* ** * * * * *
13759009 TTTATTTTTTGACTTGCAGTGTCATCCTGGTCATTTTTCATTTTTTGACTTACAATGTTATCCTG
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* * **
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*
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ATCATTT
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* * * *
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* * ** * *
13759218 ATC-ATATTTATTTTCTAACTT-ATAGTGTCGTCTCA
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* * *
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* * * * *
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ATCGTTTTTTATTTTTAACTTGCGATGTTGTCTCG
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13758811 TGTCATCCCA
** ** * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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130 CTTGCGATGTTATCCCGATCATTATTTATTTTCTAACTTATAGTGTCGTCCTAATCATATTTATT
* *
13759015 TTTTGACTTGCAGTGTCATCCTGGTCATTTTTCATTTTTTGACTTACAATGTTATCCTG
195 TTTTGACTTGCAGTGTCATCCTGATCATTTTT-ATTTCTTGACTTACAATGTTATCCTG
* * * * *
13759074 ATCATTTTCTTATTTTTTGACTTACAGTGTCATCTT-AATCGCTCTTTACTTTCTGACTTATGAT
1 ATCATTTTCTTATTTTTTGACTTACAGTGTCAT-TTCGATCGTTCTTCATTTTTTGACTTATGAT
* *
13759138 GTCATCCTAATCGTTTTTTATTTTTAACTTG-CGATGTTGTCTCGATCGTTCT-TTA-TTTTTTG
65 GTCATCCTAATCGTTTTTTATTTTTAACTTGAAG-TGTTGTCTCGATCATTCTCTTATTTTTTTG
* *
13759200 ACTTGCGATGTTCTCCCGATCA-TATTTATTTTCTAACTTATAGTGTCGT-CTCAATCATTTTTT
129 ACTTGCGATGTTATCCCGATCATTATTTATTTTCTAACTTATAGTGTCGTCCT-AATCA--TATT
** * **** *
13759263 TATTTTTTGACTTGC-GTTGTTGTCCTGATCGCCTTTTT-TTTCTT-ACTTGTGGTGTTATCTTG
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* * *
13759325 ATCGTTTTCTTATTTTTTGACTTGCAGTGTCATTTCGATTGTTCTTCATTTTTTGACTTAT-AGT
1 ATCATTTTCTTATTTTTTGACTTACAGTGTCATTTCGATCGTTCTTCATTTTTTGACTTATGA-T
**
13759389 GTGGT-CTCAATCGTTTTTTATTTTT
65 GTCATCCT-AATCGTTTTTTATTTTT
13759414 TGACTTACAG
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TCATCCTAATCGTTTTTTATTTTTAACTTGAAGTGTTGTCTCGATCATTCTCTTATTTTTTTGAC
TTGCGATGTTATCCCGATCATTATTTATTTTCTAACTTATAGTGTCGTCCTAATCATATTTATTT
TTTGACTTGCAGTGTCATCCTGATCATTTTTATTTCTTGACTTACAATGTTATCCTG
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* * *
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* *
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*
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1 TTTTCTTATTTTT
13759451 CAACTTGCAA
Statistics
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Period size: 109 Copynumber: 1.9 Consensus size: 109
13759319 ATCTTGATCG
** * * * *
13759329 TTTTCTTATTTTTTGACTTGCAGTGTCATTTCGATTGTTCTTCATTTTTTGACTTATAGTGTGGT
1 TTTTCTTATTTTTCAACTTGCAATGTCATTTCGATCGTTCTTCATTTTTTAACTTATAGTGTGCT
***
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* * *
13759438 TTTTCTTATTTTTCAACTTGCAATGTTATTTCGATCGTTCTTCA-TTTTTAACTTGTAGTGTTCT
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*
13759502 CTGAATCGTTTTCTTATTTTGCAACTTACA
66 CTCAATCGTTTT-TTATTTTGCAACTTACA
13759532 ATGTCGTTCC
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TTTTCTTATTTTTCAACTTGCAATGTCATTTCGATCGTTCTTCATTTTTTAACTTATAGTGTGCT
CTCAATCGTTTTTTATTTTGCAACTTACAGTGCTGTCCTAGTCA
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13759567 TTTTGTCCCA
*
13759577 AAAAC AAAAC AAAAC AAAAC AAAAC TAAAAAC TAAAC AAAA- AATAAC
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1 AAAAC AAAAC AAAA
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AAAAC
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13759566 GTTTTGTCCC
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*
13759603 AAAAACTAAACAAAAAATAACAAAA
1 AAAAACAAAACAAAAAATAACAAAA
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Statistics
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Indices: 13759582--13759635 Score: 65
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13759572 TCCCAAAAAC
*
13759582 AAAACAAAACAAAACAAAACTA
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*
13759604 AAAACTAAACAAAA-AATAACAAA
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1 AAAACAAAA
13759636 AATGAAGGTT
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AAAACAAAACAAAACAAAACAA
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Indices: 13760023--13760445 Score: 489
Period size: 145 Copynumber: 2.9 Consensus size: 144
13760013 TTTATTGTAC
* * * *
13760023 CCCGAAAAAG-GTAAAATTAACAAAATGCCCTTAT-GGGGTATTTTCGTAATTTGATCTTT-TTG
1 CCCGTAAAAGTGTGAAATTAACAAAATACCCTTGTAGGGGTATTTTCGTAATTTGA-CTTTCTTG
* ** *
13760085 AGCTTGGATTTTTGTGAAACTTTTCATATCTTAATTTTATAATATTTCATGATTTTTTGTGTATT
65 AGCTT-GAATTTCATGAAACTTTTCATATCTTAATTTTATAATATTTCATGATTTTTGGTGTATT
* * *
13760150 TAAAATTATAGCAATA
129 TAAAATCACAACAATA
* * *
13760166 CCC-TGAAAAGTTTGAAATTACCAAAATACCCTTGTAGGGGTATTTTCGTAATTTGACTTTCTTA
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** *
13760230 AG-TTCGCAATTTCACAAAACTTTTCATATCTTAATTTTATAATATTTCATGATTTTTGGTGCAT
65 AGCTT-G-AATTTCATGAAACTTTTCATATCTTAATTTTATAATATTTCATGATTTTTGGTGTAT
* *
13760294 CTAAAATCACAACAGTA
128 TTAAAATCACAACAATA
* * * * * *
13760311 CCCGTAAAAGTGTGAAATTATCAAAATACCCTTGTAGTGATATTTTTGTAATTTAACTTTCTCGA
1 CCCGTAAAAGTGTGAAATTAACAAAATACCCTTGTAGGGGTATTTTCGTAATTTGACTTTCTTGA
* * * *
13760376 GCTTGAATTTTCATGAAACTTTTTAGATCTCAATTTCATAATATTTCATGATTTTTGGTGT-TTT
66 GCTTGAA-TTTCATGAAACTTTTCATATCTTAATTTTATAATATTTCATGATTTTTGGTGTATTT
13760440 AAAATC
130 AAAATC
13760446 CCAAAAATGA
Statistics
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CCCGTAAAAGTGTGAAATTAACAAAATACCCTTGTAGGGGTATTTTCGTAATTTGACTTTCTTGA
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AAATCACAACAATA
Found at i:13761728 original size:7 final size:7
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13761678 AATAATAAGC
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* *
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* *
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*
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* *
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* * * *
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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1 CAAGTCAAAAAATAAAGAATGACTAAGACTAAGCTA
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1 CAAGT
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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1 TA
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13784781 GTTTTATTAC
13784791 TATTATTATTTAA
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1 TATTATTATTTA
*
13784816 TCTTATTATTTA
1 TATTATTATTTA
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13786667 AGCATTAAAC
* * * * *** ** * *
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* * ** *
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65 AATTACGAAAATACCTC-TATAAGGGTATTTTGGTA-ATTCACACTTTTC-GGGGTATTGCTATG
13786803 ATTTCAAATGCACCAAAA
127 ATTTCAAATGCACCAAAA
* * ** *
13786821 ATCATAAAATATTGTGAAATTAAGATTTGAAAAGTTTCATGAAAATTCAAGCTCAAGAAGGCCAA
1 ATCATGAAATATTATGAAATTAAGATTTGAAAAGTTTCACCAAAATACAAGCTCAAGAAGGCCAA
* * * * * * *
13786886 ATTATGGAAATACCTCTATAAGAGTATTTTGGTAATTCATACTTCTT-GGGGTACTGTTGTGATT
66 ATTACGAAAATACCTCTATAAGGGTATTTTGGTAATTCACACTT-TTCGGGGTATTGCTATGATT
*
13786950 TTAAATGCACCAAAA
130 TCAAATGCACCAAAA
* * * *
13786965 ATCATGAAATATTATGAAATTATGATATT-AACAGTTTCACCAAAATCCAAGCTCGAGAAGGCCA
1 ATCATGAAATATTATGAAATTAAGAT-TTGAAAAGTTTCACCAAAATACAAGCTCAAGAAGGCCA
* * *
13787029 TATTACGAAAATACCTCTATAAGGGTATTTTGATAACTTCACACTTTTCGGGGCATTGCTATGAT
65 AATTACGAAAATACCTCTATAAGGGTATTTTGGTAA-TTCACACTTTTCGGGGTATTGCTATGAT
* *
13787094 TTCAATTACACCAAAA
129 TTCAAATGCACCAAAA
*
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Statistics
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TTTTTTGTTTTGTTTTG
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * **
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* *
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* * ** *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * **
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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** * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * *
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64 AAT
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* * * *
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1 TAAACTAGGCTTAAAAT
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* * *
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* *
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* ** *
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** *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* *
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131 ACAG-CAGTACCCTAG
* * * * *
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* * * *
13794509 GATTTTCACT-AAACTTTTTAAATCTTAATTTTATAATATTTCATGATGTTTGGT
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13796212 AAAACATAAT
* * *
13796222 AAC AAC AAC AAC AAC AAT AAC AAT AAC AAC AAC AAC AAC ATC AAC AAC
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13796270 AA
1 AA
13796272 TAATAATAAT
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13796345 GGAATTATTA
*
13796355 AAT AAT AA- GAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
*
13796402 AAT AAT AAT AAT AA- AAT AGT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
13796427 AACTTTTAAT
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Matches: 63, Mismatches: 4, Indels: 4
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AAT
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*
13805828 TA-TAATTTATTTAAAAG
1 TATTTA-TTA-TTAAAAG
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1 TATTTATTATT
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* *
13807315 ATTTTTTTGAATTTTTAAAATTTTCACTATTTGAGTCAATTTAGAA
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* * *
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*
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*
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* * * *
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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* *
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* * *
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* *
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AATTTTCCACCATTTAGGCCAATTTAGAATATATTTTCTTTTTTTTTTAATTTCTA
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13815748 TAATCATGCA
13815758 AAAATAC-TAAA-
1 AAAATACATAAAT
13815769 AAAATACATAAAT
1 AAAATACATAAAT
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1 AAAATACATAAAT
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1 AAAA
13815798 AATACCAAAA
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AAAATACATAAAT
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*
13816078 TCCC-CTTTTTTTCTC
1 TCCCTCTTTCTTTCTC
*
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1 TCCCTCTTTCTTT
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TCCCTCTTTCTTTCTC
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13816051 CAAACTTCTC
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*
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*
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1 CT-TCCCTCTTTCTTT
13816106 AACCGGATGA
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CTTCCCTCTTTCTTT
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13821270 GAATCAAAGA
*
13821280 AAAATGTAAAATATCTTTACTTAATATTATTAAATAT
1 AAAATTTAAAATATCTTTACTTAATATTATTAAATAT
*
13821317 AAAATTTAAAATA-CATTTACTTAATATTATTACATAT
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AAAATTTAAAATATCTTTACTTAATATTATTAAATAT
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13836831 TGATTATCAA
13836841 ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT A
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ACAT
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AAAAACTAGCGAAA
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13839447 AAAGAAGAGG
*
13839457 AAAAACTAGCGAAA
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13839471 AAAAACTAGGCAAAA
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13839486 AAAAA
1 AAAAA
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AAAAACTAGCAAAA
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13839472 AAAACTAGGC
*
13839482 AAAAAAAAATTTGATAG-
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*
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*
13839517 AACAAAAAAATTGATAGT
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1 AAAAAAAAAA
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AAAAAAAAAATTGATAGT
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13839527 TTGATAGTAA
*
13839537 AAAAAAAAAAGAAATAAACAGTAGGAAT-G
1 AAAAAAAAAAGAAATAAA-AGTAGGAATAC
** * *
13839566 AAAAAACCAAGAAA-AAAAGTAGTAGTAC
1 AAAAAAAAAAGAAATAAAAGTAGGAATAC
13839594 AAATAAAAAAAGAAATA
1 AAA-AAAAAAAGAAATA
13839611 GAAAATGAAA
Statistics
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AAAAAAAAAAGAAATAAAAGTAGGAATAC
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13840614 TAATAGACAT
*
13840624 TTAGTAATAGTCAAAATCGTTGCTATATATCAA
1 TTAGTAATAGTCAAAATCGTTGCTATATATAAA
*
13840657 TTAGTAATAGTCAAAATCGTTGTTATATATAAA
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13840690 TT
1 TT
13840692 TATCATTGTC
Statistics
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33 33 1.00
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TTAGTAATAGTCAAAATCGTTGCTATATATAAA
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Period size: 102 Copynumber: 3.3 Consensus size: 101
13841078 TTAAACAATA
* * * * * * ** *
13841088 ATATTATTTTGGTTACATAAAAGGTTCCGTAATAATTAAATGTTGTTGTTTAAACTTTTTTAGCA
1 ATATTATTATGGTTACATAAAAGATTTCATAACAATTAAATATCATTGTTTAAGCTTTTTTAGCA
* * *
13841153 ACCATAAAGTATTGGTTGTAAAAACTTTTTAGTAACC
66 ACCATAAA-TATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACC
* * * *
13841190 ATAGTATTTTGGTTACATAAAAGACTTT-ATAACGATTACATATCATTGTTTAAGCTTTTTTAGC
1 ATATTATTATGGTTACATAAAAGA-TTTCATAACAATTAAATATCATTGTTTAAGCTTTTTTAGC
* ** *
13841254 AACCATAAATTATTAGTCACAAAAACTCTTAACTAACC
65 AACCATAAA-TATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACC
* * * * * * * * *
13841292 ATATTGTTGTGGTTACATAACATATTTCGTTACAATTAAATGTCATT-TGTTAAGCTATTTTCAA
1 ATATTATTATGGTTACATAAAAGATTTCATAACAATTAAATATCATTGT-TTAAGCT-TTTTTAG
13841356 CAACCATTAAATATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACC
64 CAACCA-TAAATATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACC
* *
13841395 ATATTATTATGGTTACATAACATATTTCAT
1 ATATTATTATGGTTACATAAAAGATTTCAT
13841425 TATGATTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
101 4 0.02
102 120 0.62
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ATATTATTATGGTTACATAAAAGATTTCATAACAATTAAATATCATTGTTTAAGCTTTTTTAGCA
ACCATAAATATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACC
Found at i:13841395 original size:103 final size:103
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Period size: 103 Copynumber: 3.1 Consensus size: 103
13841134 TGTTTAAACT
* * * * * *
13841144 TTTTTAGCAACCATAAAGTATTGGTTGTAAAAACTTTTTAGTAACCATAGTATTTTGGTTACATA
1 TTTTCAGCAACCATAAAGTATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACCATATTATTATGGTTACATA
* * * * *
13841209 AAAGACTTT-ATAACGATTACATATCA-TTGTTTAAGCT-
66 ACATA-TTTCATTACGATTAAATGTCATTTG-TTAAGCTA
* * * ** * * *
13841246 TTTTTAGCAACCATAAATTATTAGTCACAAAAACTCTTAACTAACCATATTGTTGTGGTTACATA
1 TTTTCAGCAACCATAAAGTATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACCATATTATTATGGTTACATA
* *
13841311 ACATATTTCGTTACAATTAAATGTCATTTGTTAAGCTA
66 ACATATTTCATTACGATTAAATGTCATTTGTTAAGCTA
*
13841349 TTTTCAACAACCATTAAA-TATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACCATATTATTATGGTTACAT
1 TTTTCAGCAACCA-TAAAGTATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACCATATTATTATGGTTACAT
* * *
13841413 AACATATTTCATTATGATTAAATGCCATTTGTTAAACTA
65 AACATATTTCATTACGATTAAATGTCATTTGTTAAGCTA
*
13841452 TTTCCAGCAACC
1 TTTTCAGCAACC
13841464 GTATTGTCGT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 33, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
101 3 0.02
102 76 0.42
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104 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (103 bp):
TTTTCAGCAACCATAAAGTATTGGTTGCAAAAACTCTTAAGTAACCATATTATTATGGTTACATA
ACATATTTCATTACGATTAAATGTCATTTGTTAAGCTA
Found at i:13845277 original size:144 final size:145
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Indices: 13845017--13845391 Score: 488
Period size: 144 Copynumber: 2.6 Consensus size: 145
13845007 GATTTTAAAA
* * * *
13845017 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAGATTTGAAAAGTTTCATGAAAATCCAAGCTCGAA
1 CACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAGATATGAAAAGTTTCATGAAAATCCAAGCTCGAG
* *
13845082 AAAGTCTAATTACGAAAATACCTTTATAGGAGTATTTTGGTAATTTCACACTTT-TAAGGTACTG
66 AAAGTCAAATTACAAAAATACCTTTATAGGAGTATTTTGGTAATTTCACACTTTGTAAGGTACTG
* * *
13845146 CTATGATTT-TCAGT
131 CTACGATTTCTAACT
* * **
13845160 GCACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAGATCTGAAAAGTTTCATAAAAATCTGAGCTCGA
1 -CACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAGATATGAAAAGTTTCATGAAAATCCAAGCTCGA
* * * * **
13845225 GAAAGCCAAATTAAAAAAATGCCCTTT-TAGGGGTATTTTGGTAATTTCACACTTTGTGGGGTAC
65 GAAAGTCAAATTACAAAAAT-ACCTTTATAGGAGTATTTTGGTAATTTCACACTTTGTAAGGTAC
* *
13845289 TGTTGCGATTTCTAACT
129 TGCTACGATTTCTAACT
* *
13845306 TACCAAAAATCAT-AAATATTATGAAATTGAGATATGAAAAGTTTCATGAAAATCCAAGCTCAAG
1 CACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAGATATGAAAAGTTTCATGAAAATCCAAGCTCGAG
*
13845370 AAAGTTAAATTACAAAAATACC
66 AAAGTCAAATTACAAAAATACC
13845392 CCATAAAAGG
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 30, Indels: 7
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
143 2 0.01
144 162 0.82
145 31 0.16
146 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (145 bp):
CACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAGATATGAAAAGTTTCATGAAAATCCAAGCTCGAG
AAAGTCAAATTACAAAAATACCTTTATAGGAGTATTTTGGTAATTTCACACTTTGTAAGGTACTG
CTACGATTTCTAACT
Found at i:13847742 original size:145 final size:144
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Indices: 13847493--13847769 Score: 405
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
13847483 CAATTTCCAG
* * *
13847493 GGTACTGCTATGATTTCAAATGTATCAAAAATCTTGAAATATTATGAAATTGAAATCTAAAAGGT
1 GGTACTGCTATGATTTCAAATGTACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAAATCTAAAAAGT
* * * *
13847558 TTCATGAAAATCCAAGCTCAAGAAAATCAAATTACGAAAATACC-CTTATAAGGGTATTTTCATA
66 TTCATAAAAATCCAAGCTCAAGAAAACCAAATTACGAAAATACCTCATA-AAGGGCATTTT-ATA
13847622 ATTTCATACTTTTTAA
129 ATTTCATACTTTTTAA
*
13847638 GGTACTGCTATGATTTCAAATGTACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAGATCTAAAAAGT
1 GGTACTGCTATGATTTCAAATGTACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAAATCTAAAAAGT
* * * *
13847703 TTCATAAAAATCCGAGCTTAA-AAAGGCCAAATTATGAAAATACCTCATAAAGGGCATTTTATAA
66 TTCATAAAAATCCAAGCTCAAGAAA-ACCAAATTACGAAAATACCTCATAAAGGGCATTTTATAA
13847767 TTT
130 TTT
13847770 TGTACTTCCC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 12, Indels: 5
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
144 10 0.08
145 105 0.89
146 3 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (144 bp):
GGTACTGCTATGATTTCAAATGTACCAAAAATCATGAAATATTATGAAATTGAAATCTAAAAAGT
TTCATAAAAATCCAAGCTCAAGAAAACCAAATTACGAAAATACCTCATAAAGGGCATTTTATAAT
TTCATACTTTTTAA
Found at i:13856244 original size:3 final size:3
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Indices: 13856238--13856271 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 11.3 Consensus size: 3
13856228 CATCATCATC
* *
13856238 ATT ATT ATT ATT ACT ATT ATT ATT GTT ATT ATT A
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A
13856272 GGCATAAATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 27 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.03, T:0.62
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:13858507 original size:143 final size:142
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Indices: 13858301--13858564 Score: 343
Period size: 143 Copynumber: 1.9 Consensus size: 142
13858291 GTTTCAGACT
* *** *
13858301 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAGAAAGTTTCAAAAAATTTTGAGCTCAAA
1 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAAAAAGTTTCAAAAAATTCCAAACTC-AA
* * * * *
13858366 AAAGCCAGATTACGAAAATATCCCTCA-AAGGTTACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCATGGTACT
65 AAAGCCAAATTACAAAAATACCCCT-ATAAAGATACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCATGGTACT
13858430 CTATGATTTTAATG
129 CTATGATTTTAATG
* *
13858444 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTGAGATCTAAAAAGTTTCACAAAAA-TCCAAACTCAA
1 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAAAAAGTTTCA-AAAAATTCCAAACTCAA
* * * *
13858508 GAAGTCAAATTACAAAAATACCCCTATAAAGATATTTTGGTAATTTTGCCCTTCCCA
65 AAAGCCAAATTACAAAAATACCCCTATAAAGATACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCA
13858565 AGGCATAATG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 1 0.01
142 48 0.47
143 49 0.48
144 5 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.18, G:0.10, T:0.30
Consensus pattern (142 bp):
CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAAAAAGTTTCAAAAAATTCCAAACTCAAA
AAGCCAAATTACAAAAATACCCCTATAAAGATACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCATGGTACTCT
ATGATTTTAATG
Found at i:13858583 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 13858301--13858569 Score: 328
Period size: 142 Copynumber: 1.9 Consensus size: 143
13858291 GTTTCAGACT
* *** *
13858301 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAGAAAGTTTCAAAAAATTTTGAGCTCAAA
1 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAAAAAGTTTCAAAAAATTCCAAACTCAAA
* * * * * * *
13858366 AAAGCCAGATTACGAAAATATCCCTCAAAGGTTACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCATGGTACTC
66 AAAGCCAAATTACAAAAATACCCCTCAAAAGATACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCAAGGCACTC
*
13858431 TATGATTTTAATG
131 AATGATTTTAATG
* *
13858444 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTGAGATCTAAAAAGTTTCACAAAAA-TCCAAACTC-A
1 CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAAAAAGTTTCA-AAAAATTCCAAACTCAA
* * * *
13858507 AGAAGTCAAATTACAAAAATACCCCT-ATAAAGATATTTTGGTAATTTTGCCCTTCCCAAGGCA
65 AAAAGCCAAATTACAAAAATACCCCTCA-AAAGATACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCAAGGCA
13858570 TAATGAAAAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 18, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 1 0.01
142 51 0.48
143 49 0.46
144 5 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.18, G:0.10, T:0.29
Consensus pattern (143 bp):
CACCAAAAATCATGAAATATTATAAAATTAAAATCTAAAAAGTTTCAAAAAATTCCAAACTCAAA
AAAGCCAAATTACAAAAATACCCCTCAAAAGATACTTTGGTAATTTTACCCTTCCCAAGGCACTC
AATGATTTTAATG
Found at i:13858877 original size:8 final size:8
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Indices: 13858864--13858914 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 6.8 Consensus size: 8
13858854 TATTTCCATT
13858864 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
13858872 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
*
13858880 -TTGTTT-
1 TTTTTTTA
*
13858886 TTGTTTT-
1 TTTTTTTA
*
13858893 GTTTTTTA
1 TTTTTTTA
13858901 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
13858909 TTTTTT
1 TTTTTT
13858915 ATTGATATTG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 4
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
7 14 0.40
8 21 0.60
ACGTcount: A:0.08, C:0.00, G:0.06, T:0.86
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTTTA
Found at i:13858941 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 13858864--13858941 Score: 97
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
13858854 TATTTCCATT
* * *
13858864 TTTTTTTATTTTTTTATTGTTTTTGTTTTGTTTTTTA
1 TTTTTTTATTTTTTTATTGATATTGTTTTGTTTGTTA
*
13858901 TTTTTTTA-TTTTTTATTGATATTGTTATTG-TTGTTG
1 TTTTTTTATTTTTTTATTGATATTGTT-TTGTTTGTTA
13858937 TTTTT
1 TTTTT
13858942 ATTTTAACTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 3
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
36 25 0.69
37 11 0.31
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.10, T:0.79
Consensus pattern (37 bp):
TTTTTTTATTTTTTTATTGATATTGTTTTGTTTGTTA
Found at i:13859299 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 13859156--13859476 Score: 299
Period size: 80 Copynumber: 3.9 Consensus size: 79
13859146 AATTATGGGT
** *
13859156 GGAGGTCTTAAATATTTCAAAAATCTTTGAACCTTT-AAAATCTTAAAAAG-TTTGCCCAAAGGT
1 GGAGGTCTTAAGGATTT-AAAAATCTTTGAATCTTTAAAAAT-TTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGT
13859219 CTTAAAGATTGTGCCC
64 CTTAAAGATTGTGCCC
* *
13859235 GGAGGTCTT-CGAGATCTT-AAAATCTTTGAATCTTTAAAAATTTAAAAAGTTTTGCCCCAAGGT
1 GGAGGTCTTAAG-GAT-TTAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAATTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGT
*
13859298 CTTAAAGATTGTGCCA
64 CTTAAAGATTGTGCCC
* * * *** *
13859314 TGACGTCTTAAGGATTTCAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAACTTAAAAAGTTTTGCCTTGAGATC
1 GGAGGTCTTAAGGATTT-AAAAATCTTTGAATCTTTAAAAATTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGTC
*
13859379 TTAAAGATTGTGCTC
65 TTAAAGATTGTGCCC
* * * *
13859394 GAAGGTCTTAAAGGTTTTAGGGATTGCAAAAATCTTTGAAACTTTAAAAATTTAAAAGGTTTTGC
1 GGAGGTCTT--A------A-GGATT-TAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAATTTAAAAAGTTTTGC
* *
13859459 TCGAAGGTCTTAAAGATT
56 CCAAAGGTCTTAAAGATT
13859477 TCAAAAATTG
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 28, Indels: 24
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
78 26 0.13
79 53 0.27
80 63 0.32
82 1 0.01
88 1 0.01
89 53 0.27
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (79 bp):
GGAGGTCTTAAGGATTTAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAATTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGTCT
TAAAGATTGTGCCC
Found at i:13859360 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 13859160--13859476 Score: 300
Period size: 89 Copynumber: 3.9 Consensus size: 80
13859150 ATGGGTGGAG
** * *
13859160 GTCTTAAATATTTCAAAAATCTTTGAACCTTTAAAATCTTAAAAAG-TTTGCCCAAAGGTCTTAA
1 GTCTTAAGGATTTCAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAACTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGTCTTAA
* *
13859224 AGATTGTGCCCGGAG
66 AGATTGTGCCAGGAC
* * *
13859239 GTCTT-CGAGATCTT--AAAATCTTTGAATCTTTAAAAATTTAAAAAGTTTTGCCCCAAGGTCTT
1 GTCTTAAG-GAT-TTCAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAACTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGTCTT
*
13859301 AAAGATTGTGCCATGAC
64 AAAGATTGTGCCAGGAC
*** *
13859318 GTCTTAAGGATTTCAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAACTTAAAAAGTTTTGCCTTGAGATCTTAA
1 GTCTTAAGGATTTCAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAACTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGTCTTAA
*
13859383 AGATTGTGCTCGAAGGTCTTAAAG
66 AGATTGTGC-C--AGG------AC
* * * * * * * *
13859407 GTTTTAGGGATTGCAAAAATCTTTGAAACTTTAAAAATTTAAAAGGTTTTGCTCGAAGGTCTTAA
1 GTCTTAAGGATTTCAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAACTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGTCTTAA
13859472 AGATT
66 AGATT
13859477 TCAAAAATTG
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 29, Indels: 20
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
78 30 0.15
79 44 0.23
80 57 0.29
81 1 0.01
83 2 0.01
89 60 0.31
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (80 bp):
GTCTTAAGGATTTCAAAAATCTTTGAATCTTTAAAAACTTAAAAAGTTTTGCCCAAAGGTCTTAA
AGATTGTGCCAGGAC
Done.