Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167929.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_192, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 736--1809 Score: 1016
Period size: 182 Copynumber: 5.9 Consensus size: 181
726 AAAAGCTAAC
* ** * * *
736 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAACTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
801 ACTCGTTTG-GTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTAATTATTAATTTT-AGAGTATTAATAA
66 ACTTG-TTGAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAA
* * * * * *
864 ATTATTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTTTGAA-TAGAACA-AATTGGTTT
130 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AA-ATAATTGTTTT
* * ** * *
916 ATGA-AAAAGAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * ** *
980 ACGTGTTCA-TAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTGATAA
66 ACTTGTTGAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAA
*
1043 ATTTA-TATTATTTTA-TTCGAATTAAGCTTGCATAT--AC-AAAATCAATTGTTTT
130 A-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT--ATATGAACTAAAAT-AATTGTTTT
* * * *
1095 ATGACAAAACAGAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATT-TGTCAAATAATCATAACTATTTG
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
1159 AACTTGTTGAGTAAATAGATTTGTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTCAAAATATTAATA
65 AACTTGTTGAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTCAGAATATTAATA
* * * *
1223 AATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAATAATTATTTT
129 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTT
* * * * *
1276 ATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
1341 ACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTATCAAAATATTAATA
66 ACTTGTT-GAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATA
* * * * *
1405 AATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTT
129 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTT
* * * * * *
1458 ATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATCTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
1523 ACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTG-ATATTAAGAA
66 ACTTGTTGAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTC-AGAATATTAATAA
* * * * **
1587 ATTTGTATTATTTTA-TTCACAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAGTCATTTT
130 ATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAACTAAAATAA-TTGTTTT
* * * * * *
1640 ATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * **
1705 ACTTGTTTG-GCAAACAG-TTTCATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTATTTTTTGGAATATTAATA
66 ACTTG-TTGAGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATA
** *
1768 GCTTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
129 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
1810 CTATATAATA
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 122, Indels: 62
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 23 0.03
179 122 0.16
180 88 0.12
181 205 0.28
182 295 0.40
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTGAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTT
Found at i:1764 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 763--1805 Score: 1125
Period size: 363 Copynumber: 2.9 Consensus size: 359
753 CATAACAACT
* * * * *
763 TGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTCGTTTGGTAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTAGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
828 TAAATATTTTAATTATTAATTT-TAGAGTATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTCGAATAAAC
64 TAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAGA-TATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * ** * * ** *
891 TTGTTTGAATAGAACAAATTGGTTTATGA-AAAAGAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
127 TTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* *
955 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACGTGTTC-ATAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
192 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-AAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *
1018 TTATCAATTTTTGGAATATTGATAAATTTATATTATTTTATTCGAATTAAGCTTGCATAT--ACA
256 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT--ATATGAACA
* * * * * *
1081 AAATCAATTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGTTT
319 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATC
* * * * *
1122 TGAAATAGATAATTTGTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAATAGATTTGTTTTT
1 TGAAATAAATAATTT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
1187 TAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAAC
64 TAAATCTTTTACT-TATTAA-TTTCTAGATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * * *
1251 TTATATGAACTGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAAT
127 TTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * *
1316 TATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTAC
192 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTT-AAATCTTTTAC
* * *** *
1381 TTACTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAA
256 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAA
*
1446 AACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATC
321 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATC
*
1485 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
1 TGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTT-AGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
1550 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTGATATTAAGAAATTTGTATTATTTTA-TTCACAATAAGC
64 TAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTAGATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCA-AATAAAC
* * * * *
1614 TTGTATGAACAAAAAAAAGTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAA
127 TTGTATGAACAGAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * ** * * *
1679 TTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTAAACTTGTTTGGCAAACAGT-TTCATTTTTTAAATCTCTTA
191 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAAAAATA-TATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * *
1743 GTCATTATTTTTTGGAATATTAATAGCTTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
255 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC
1806 TAAACTATAT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 104, Indels: 34
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
358 1 0.00
359 65 0.12
360 56 0.10
361 82 0.15
362 14 0.02
363 258 0.46
364 84 0.15
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TGAAATAAATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTTTTACTTATTAATTTCTAGATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT
ATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAA
TTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATC
Found at i:2462 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1859--11458 Score: 4257
Period size: 181 Copynumber: 53.4 Consensus size: 180
1849 TCAGTAAGTG
* * * * * ** *
1859 AATTTATTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** ** ** ** * *
1924 CCAAATAAGCTTATATGA-ACAGAAACTATTGTTTTATAACGGAACAAAAAGTCATAATAATTTG
66 TCAAATAAGCTTGTATGATTGA-AAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** **
1988 AAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTG-ATTTTTTTATAAATG
130 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAACA
* *
2038 ACTT-A-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * **
2097 CCAAACAAAC--GTAT-ATAAACAAAAACATTTGTTTTATGAT-AAAACAAATGGTTGTAACAAT
66 TCAAATAAGCTTGTATGATTGA-AAAAA-A-TTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * * *
2158 TTGAAATATATAATTATTCAAATAATCATAATTATCTGAACTAGTTAGGTAAATAA
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAA-CA
* * *
2214 AAAT-ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTGTTTTAT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* * * * * **
2273 TCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATTATTTTAT-TCCAAACAAAAGGTAATAATGATTT
65 TTCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * *
2337 GAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACA
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAACA
* * *
2390 TATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * **
2454 TTCAAATAAACTAGTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGAT-AGAATAAAAGGTCATAATGATT
65 TTCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * ** * * * *
2517 TTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTTGTAAGTATTAGAATTTGTTTGATAAACA
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGATAAACA
* * * * *
2571 AATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTACTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAT
1 AATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * *
2635 TTTGGATAAGCTTTTATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
65 TTCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * ** * ** * *
2699 TAAATAAATAATTATTCAAAAAATTTTAACTATTTTAGGTTGTTCGGTAGACA
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGTTCGATAAACA
* * * * * *
2752 AATTCATTTTTTCAAAGCTTTTGCTTATTAATTTATTGAAATGTAAATAAATT-TTGATTATTTT
1 AATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTT
* * * * *
2816 ATTTCAAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAA-TATTTTATGAT-TAAACAAGAA-GTCAGAACA
63 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAT-TGAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAA-AAGGTCATAACA
* ** * * *
2878 ATTTGAAATAGATAATTAG-TCTAATAGTTTTAGCTATTTGAATTTGTTCGACAAACA
125 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGATAAACA
* * * *
2935 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTT-TA
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
* * * * * * * **
2999 ATCGAATAAGCTTCTATGA-TCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGATTTTAACAATTT
65 TTCAAATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * *
3062 GAGATTA-ATAATTGTACAGACAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACA
129 GA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACA
* * * * *
3115 AATTTATTTTTTAGATTTGTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
3180 TCAAATAAGCTTGCATGA-TAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
66 TCAAATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * *
3244 TAATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAAGTGTTTTAACCAAT-TTAG-TAAACA
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C--TGTTCGATAAACA
* * * ** *
3296 GATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTAT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * *
3361 TAT-GTCTAAGCTTGTATTAACTG-AAACAATTGTTTTATGAT-AAATCAAAAAGTTATAACAAT
65 T-TCAAATAAGCTTGTA-TGATTGAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * *
3423 TTTAACTAGACAAATGTTC-AA-AG----AACTTATTTG----G-T--A-AAA-A
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGTTCGATAAACA
* * * * * * * *
3463 TATTTA-TTTTTAATATCTCTTTCTTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTAATTTAT
1 AATTCATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * *
3527 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTATTTTATGGCTAAGCAAAAGGTCAGAACGATTT
65 TTCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * **
3591 GAAATATG-TAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA
129 GAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACA
* * * * *
3644 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATA-TAATTAAATTAGTATTATTTTAA
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
3708 TCCGAATAAGCTTGTATGA---AAAGAAACAGTTGTTTAATAAT-AAAATAAATA--TCATTACG
65 TTCAAATAAGCTTGTATGATTGAAA-AAA-A-TTGTTTTAT-GTCAAAACAAA-AGGTCATAACA
* * * * * * *
3767 ATTT-AAGATAGTTATTTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTATTTGAAAAATA
125 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACA
* * * * ** * ** *
3824 GATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAAACATATTTGTTTTT-AAAAATTTTTACTCATTA--ATT-TT
1 AATTCATTTTTT-AAATCTCTT--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAGTATTATT
* * * * **** * **
3884 TGGAATATT--AATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTGTATGAACAGAAACAATTG
61 T--TAT-TTCAAATAAGCTT-GTATGA-TTGA-AAAAAAT-TGTTT-TATG-TCA-AAACAAAAG
* * **** * * ** * *
3946 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACTATTTGAAGTAGATAATTGTTCA-AA-TAGTCAT-AAC
116 G-TCATAACAATTTGAAA--T-A-GA-TAATT---GTTCA-AATAG-TCATAACTA-T-TTGAAC
* * ***
4008 TATTTGAATTGTTCA
168 TGTTCG-A-TAAACA
** *** * * *
4023 GAAAACATATTTCTTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA
1 -AATTC--ATTT-TTTAAAT-CTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* ** * * *
4087 TTTTATTTGAAATAAGC--------TTG--ACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
59 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
4142 AATTTAAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACTTGTTCTATAAACA
124 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACA
* * * *
4200 GATTCATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * **
4265 TCGAATGAGCCTATATGAATTG-ATAGAATTGTTTTATGAT-GAAACAAAATGTCATAATGATCT
66 TCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACAAT-T
* * * *
4328 T-AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACTAGTT-TAGTAAACA
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-GTTCGA-TAAACA
* * * * * * * ** * *
4381 TATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTAATAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** ** *
4446 CCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATACCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
66 TCAAATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
4510 AAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTATATTTGAACTTATTTGATAAATA
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-------TG------TTCGATAAACA
* * * * * * *
4574 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTATTTTGT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * ***
4638 ATTGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATG--ATAAAGAAAAGGTTATAGTGAT
65 -TTCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCA-AAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * *
4701 TTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACA
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACA
* * * * *
4756 GATTCAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * * *
4821 CCAAATCAGCTTATACGAAT-AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAA-GAAAGATCATAACAATTTA
66 TCAAATAAGCTTGTATGATTGA-AAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * ***
4884 AAATAGATAATT-TTTAATATAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAGGCCAACA
130 AAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC-GATAAACA
* * * * * * * *
4936 GATTCATTTTTTAAATTTGTTACTTAGTAATTTTT-AGAATATTAACAAATTAGCATTACTTTCT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
5000 TTTGAAT-AGTATTGTATCAAT-AGAAACAACTATTCTATGACAAAACAAATGGTCA-AACAATT
65 TTCAAATAAG-CTTGTATGATTGA-AAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
5062 TGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACA
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACA
* *
5116 AATAT-ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AAT-TCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * ** * * *
5176 TTTGAACAAAC--ATAT-ACAGACAAAAATATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
65 TTCAAATAAGCTTGTATGATTGA-AAAAA-A-TTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * * *
5238 TTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTT-TAGCAAATA
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA-TAAACA
* * * * *
5293 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTTA-TATTATTTTA
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA
** * ** * * * *
5356 TTTTGAATAAACTTGTATGA-ACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-GTTATAACGATT
64 TTTCAAATAAGCTTGTATGATTGA-AAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * *
5419 TGAAATATATAATTGCTCAAATAGTTATAACAATTTAAATTGGTT-TAGTAAGCA
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGA-TAAACA
* * * * * *
5473 TATTTATATTTTAAATCACCTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
5538 TTATTTTGAATAGGCTTTTATGA-TGAAAAAAAATTGTTTTAAGAT-AAAACAAAAGTTTATAAC
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* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * ***
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*
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* * * * * *
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1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** ** ** * * * **
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* * * * * * * *
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65 TTC-AAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATT
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*
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* * * **
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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65 TTCAAATAAGCTTGTATGATTGA-AAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
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* * * * *
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1 AATTCATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
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* * * * ** * *
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* * * * *
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126 TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACA
* ***
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* * ** * * * *
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64 TT-TCAA-ATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAA
* *
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* *
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1 -AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
* ** * * *
8222 TTCCAAATAAG-TTAGTATGAGCTAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
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* * * * *
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125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACA
* * * * * *
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1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * *
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* ** * * * *
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* * *
8524 GATTTATTTTTTAAAT-TGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-TCATTATTTTA
1 AATTCATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA
* * * * * * *
8587 -TTCTAAATAAGGTTGAAT-ATTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAACGAT
64 TTTC-AAATAAGCTTGTATGATTGAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * ** *
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* * * * * *
8705 GATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATCAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * ** * * * * **
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** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * * * *
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1 AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ***
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* * * * **
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* ** * *
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11459 CTATTTTTTA
Statistics
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Alignment explanation
Indices: 2361--3726 Score: 1574
Period size: 725 Copynumber: 1.9 Consensus size: 709
2351 TTGAAATGGC
* * *
2361 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTA
1 CATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTA
* * *
2426 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTAGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
66 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTAGCATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * ***
2491 TGATAGAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTTGTAAGTATTAGAA
131 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATCGTTCAAATAGCCATAAGTATTAGAA
**** * * * * *
2556 TTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTACTAATTTTGGAAATATTAA-GAA
196 CCAATTTGATAAACAAATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAA
* * * *
2619 ATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAA
260 AGTAGTATTATTTTATTATGGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAA
* * * *
2683 AAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAAAAATTTTAACTATTTTAGGTTGTTCGGTA
324 AAAGTCATAACAATTTTAAATAAACAAATATTC---AAA---GAAC----TTA---T-TT-GGTA
* * *
2748 GACAA-ATTCATTTTTTCAA-AGCT-TTTGCTTATTAATTTATTGAAATGTAAATAAATT-TTGA
374 -AAAATATTCA-TTTTT-AATAGCTCTTT-CTTATTAATTT-TTCAAATGTAAATAAATTAAT-A
* *
2809 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAA-GTC
433 TTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGA-ACTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAA-AAGGTC
* * * *
2872 AGAACAATTTGAAATA-GATAATTAGTCTAATAGTTTTAGCTATTTGAATTTGTTCGACAAACAC
496 AGAACAATTTGAAATATG-TAATTAGTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAC
* *
2936 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTTAAT
560 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATAATTAAATTAGCATTA-TTTTAAT
3001 -CGAATAAGCTTCTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATGATTTTAACAATTTGAG
624 CCGAATAAGCTTCTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATGATTTTAACAATTTGAG
3065 ATTAATAATTGTACAGACAGT
689 ATTAATAATTGTACAGACAGT
* * * * *** *
3086 CATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAGATTTGTTGCTTATTAATTTTT-
1 CATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTA
* *
3150 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGATA-AAAAACAATTGTTT
66 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTAGCATGA-ACAAAAACAATTGTTT
* * * *
3214 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGT-AATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAAGTGTTT
129 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-TAAATAGACAATCGTTCAAATAGCCATAAGTATTA
* * *
3278 TAACCAATTT-AGTAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAAT
193 GAACCAATTTGA-TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAAT
** * *
3342 AAAAGTAGTATTATTTTATTATGTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAATC
257 AAAAGTAGTATTATTTTATTATGGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
* * * * *
3407 AAAAAGTTATAACAATTTTAACTAGACAAATGTTCAAAGAACTTATTTGGTAAAAATATTTATTT
322 AAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAACAAATATTCAAAGAACTTATTTGGTAAAAATATTCATTT
* * * **
3472 TTAATATCTCTTTCTTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAATAAG
387 TTAATAGCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTAAATAAATTAATATTAATTTATTTCAAATAAG
* * * * *
3537 CTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGGCTAAGCAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATATGTAA
452 CTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATATGTAA
* * *
3602 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
517 TTAGTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
3667 TTACTAATTTTTGGAATATAATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGA
582 TTACTAATTTTTGAAATATAATTAAATTAGCATTATTTTAATCCGAATAAGCTTCTATGA
3727 AAAGAAACAG
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 86, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
708 10 0.02
709 192 0.36
710 23 0.04
711 11 0.02
712 2 0.00
713 1 0.00
716 3 0.01
720 3 0.01
723 3 0.01
724 11 0.02
725 196 0.36
726 84 0.16
727 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (709 bp):
CATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTAGCATGAACAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATCGTTCAAATAGCCATAAGTATTAGAA
CCAATTTGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAAA
GTAGTATTATTTTATTATGGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
AGTCATAACAATTTTAAATAAACAAATATTCAAAGAACTTATTTGGTAAAAATATTCATTTTTAA
TAGCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTAAATAAATTAATATTAATTTATTTCAAATAAGCTTG
TAAGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATATGTAATTAG
TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAC
TAATTTTTGAAATATAATTAAATTAGCATTATTTTAATCCGAATAAGCTTCTATGATCAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAATGATTTTAACAATTTGAGATTAATAATTGTACAGACAGT
Found at i:4567 original size:10 final size:12
Alignment explanation
Indices: 4539--4563 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
4529 TGGTCATAAC
4539 TATTTGAACTTA
1 TATTTGAACTTA
4551 TATTTGAACTTA
1 TATTTGAACTTA
4563 T
1 T
4564 TTGATAAATA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.08, T:0.52
Consensus pattern (12 bp):
TATTTGAACTTA
Found at i:5043 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4711--5094 Score: 400
Period size: 180 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
4701 TTGAAATAGG
* ** * ** ***
4711 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAGGCCAACAGATTCAATTTTTAAATCTCT
* * * *
4776 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATCAGCTTATACGAAT
66 TACTTAGTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATCAGATTATACGAAT
* * * * * *
4841 AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAAGAAA-GATCATAACAATTTAAAATAGA
131 AGAAACAACTATTCTATGACAAAACAAATGATCA-AACAATTTAAAATAAA
* * * *
4891 TAATT-TTTAATATAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATTTG
1 TAATTGTTCAA-ATAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAGGCCAACAGATTCAATTTTTAAATCTC
* * *** *
4955 TTACTTAGTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGCATTACT-TTCTTTTGAAT-AGTATTGTATC
65 TTACTTAGTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGAATTA-TGTTATTCCAAATCAG-ATTATA-C
* *
5018 -AATAGAAACAACTATTCTATGACAAAACAAATGGTCAAACAATTTGAAATAAA
127 GAATAGAAACAACTATTCTATGACAAAACAAATGATCAAACAATTTAAAATAAA
*
5071 TAATTGTTCAAATTGTTATAACTA
1 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
5095 ATTGAACTAG
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 33, Indels: 12
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.04
180 149 0.90
181 10 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAGGCCAACAGATTCAATTTTTAAATCTCT
TACTTAGTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATCAGATTATACGAAT
AGAAACAACTATTCTATGACAAAACAAATGATCAAACAATTTAAAATAAA
Found at i:6160 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 1860--11459 Score: 5493
Period size: 362 Copynumber: 26.7 Consensus size: 361
1850 CAGTAAGTGA
* * * * *** * * *
1860 ATTTATTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
** * * * ** *
1925 CAAATAAGCTTATATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACGGAACAAAAAGTCATAATAATTTGAA
66 TGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
1990 ATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTG-A-TT-TTT-TTATAAATGACTTA-TTTTTA
131 ATAGATAATTG-TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTA-AAAAGATTTATTTTTTA
* * * * *
2049 AATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACGT
194 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTT
* * * * * * * * ** * * *
2109 ATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAATGGTTGTAACAATTTGAAATATATAATTA
257 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * *
2174 TTCAAATAATCATAATTATCTGAACTAGTTAGGTAAATAA
322 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
** * * *
2214 AAATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTGTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
*** * * * * * * *
2274 CCAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAAATTATTTTAT-TCCAAACAAAAGGTAATAATGATTT
65 TTGAATAAGCTTA-TATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
* * * * * * * * * * *
2337 GAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACATATTCACTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAAAGATTTATTTTT
** * * *
2401 TAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
192 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCT
* * * * * * * * *
2466 AGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAAT
256 TGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** * * * *
2530 TGTTTAAATAGTTGTAAGTATTAGAATTTGTT-TGATAAACAA
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * * *
2572 ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTACTAA-TTTTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * ** *
2635 TTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
64 TTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * * * * * ** * * *
2700 AAATAAATAATTATTCAAAAAATTTTAACTATTTTAGGTTGTTCGGTAGACAA-ATTCATTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTA-AAAAGATTTATTTTTT
* * * *
2764 CAAAGCTTTTGCTTATTAATTTATT-G-AAATGTAAATAAATT-TTGATTATTTTATTTCAAATA
193 -AAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAGAAAAT-T-AATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCGAATA
* * ** * *
2826 AGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAA-GTCAGAACAATTTGAAATAG
252 AGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ** * * * *
2889 ATAATTAG-TCTAATAGTTTTAGCTATTTGAATTTGTTC-GACAAACAC
315 ATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* **
2936 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTT-TA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-
* * * * ** ** ** **
2999 ATCGAATAAGCTTCTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATGA-TTTTAACAATTTG
64 TTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
3063 AGATTA-ATAATTGTACAGACAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAA-ATTTATTTTT
129 A-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTT
* * *
3126 TAGAT-TTGTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
192 TAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAG
* * * * *
3189 CTTGCATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGTAATAGATA
254 CTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * ***
3253 ATCGTTCAAATGGCCATAAGTGTTTTAACCAATT-TAGTAAACAG
318 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * ** * *
3297 ATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTAATAA-TTTAGGAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT-AAATTAATATTATTTTAT
* ** * * * * * ** *
3361 TATGTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAAGTTATAACAATTTT
64 TTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * * *
3426 AACTAG---A-----CAAAT-GT-TCAA--A---GAACTTATTTGGTAAAAATATTTA-TTTTTA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTA
* ** * * *
3475 ATATCTCTTT-CTTTTTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAATAAGC
194 A-ATCT-TTTACTTATTAATTTTT-AGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGC
* * * *
3538 TTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGGCTAAGCAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATATG-TA
255 TTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATA
* * * * * *
3601 ATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGGCAAACAC
318 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * *
3645 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATA-TAATTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAA-TAAATTAATATTATTTTATT
** * ** * * * * * * * *
3709 CCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAGTTGTTTAATAATAAAATAAATA-TCATTACGATTT-A
65 TTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
3772 AGATAGTTATTTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GAAAAATAGATTTATTTTTT
130 A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAA-AGATTTATTTTTT
* ** * * * **
3836 AAAAT-TTTTAAACATATTTGTTTTTA-AAAATTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
193 -AAATCTTTT--ACTTATTAATTTTTAGAAAA---TTA---A-TAA--ATT--AGTATTATTTTA
* * ** ** **
3899 TTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA
244 TTCG-A--A--TAAGCTTG--TATG--AATA-GA-----AACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
3964 GGTCATTACTATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGAAAA
294 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAA
*
4028 CAT
359 CAG
* * * * *
4031 ATTTCTTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * *
4094 TGAAATAAGC---T-TG-AC-----CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAA
66 TG-AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* ** * * * *
4149 AATAGATATTTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACTTGTTCT-ATAAACAGATTCATATTTTA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAAAAGATTTATTTTTTA
* * * * *
4213 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATGAGCCTA
194 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTG
* * * * ** * * * *
4278 TATGAATTGATAGAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAATGATCTT-AAATAAATAATTA
258 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTG
* * *
4342 TTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACTAGTT-TAGTAAACAT
322 TTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * * * *** * *
4382 ATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTAATAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
** * ** **
4447 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-ACCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
66 TGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
4511 AATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTATATTTGAACTTATTTGATAAATATA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAG---T--C---TT-AAC---TATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGA
* * * *
4576 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGAATTATTTTGTAT
183 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TAT
* * * * * **
4640 T-GAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATGA-TAAAGAAAAGGTTATAGTGATTT
245 TCG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * *
4703 GAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTT-TGATAAACAG
308 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * *
4757 ATTCAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT
*** * * * * * ** *
4821 CCAAATCAGCTTATACGAA-TAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAAGAAAGA-TCATAACAATTTA
65 TTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * * ** ** * *
4884 AAATAGATAATT-TTTAATATAGT-TATAACTATTTGTACTGGTCAGGCCAACAGATTCATTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTT
* * * * *
4947 TAAAT-TTGTTACTTAGTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGCATTACTTTCT-TTTGAAT-AG
192 TAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TATTCGAATAAG
* * * * * * *
5009 TATTGTATCAATAGAAACAACTATTCTATGACAAAACAAATGGTCA-AACAATTTGAAATAAATA
254 -CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
5073 ATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTT-TGGTAAACAA
318 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* **
5117 ATATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * ** * * * **
5178 TGAACAAACATATA-CAGACAAAAATATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
66 TGAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * *
5242 AATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAATAA-ATTTATTTTTT
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTT
* * * * * * * * *
5305 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAACT
193 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCT
* * * * * * *
5369 TGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAAATATATAATT
256 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
5433 GCTCAAATAGTTATAACAATTT-AAATTGGTT-TAGTAAGCAT
321 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCT-GTAAACAG
* * * *
5474 ATTTATATTTTAAATCACCTACGTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA--A-TA--TTATT
* * * * * *
5538 TTATTTTGAATAGGCTTTTATG-A-TGAAAAAAAATTGTTTTAAGATAAAAC-AAAAGTTTATAA
60 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA
* * * * * * ***
5600 -CATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATT-ATTAGTTGAAC-TGATTCGATAAACTTAT
122 TGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TTAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAAAAGAT
*** * * * * *
5662 TTATTTTTTAAATC-ACGAATTTTTCAATTTTCA-AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
184 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * ** * * * * * * * * *
5725 TGGATAAG-TT-TTTTTATCTGAAATAATTGTTTTA-GAATAAAATAAAAGCTCATAATGCTTTT
246 CGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
*
5787 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAT
309 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * *
5840 ATTTATTTTTTTTACAT-TCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATACAA-TAATATTATTTTA
1 ATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATA-AATTAATATTATTTTA
* * * * * *
5903 TTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAAGAAAAAGTCAGAATGATTT
63 TTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
* * * * * *
5968 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTTGTTCGGCAAAAACATTTATTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTT
* * ** * * *
6033 AAATCTTTTTCTTATTAATTTTTAGAAAATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAACTT
193 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT
* * * * *
6098 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACCAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAGATGGATAATTG
257 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
*
6162 -TCTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAG
322 TTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * * *
6202 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATCA-TTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * ** * * * * ** * * *
6261 CTAAATAATTTTGTTTGAA-TAAAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAATGAATTGA
65 TTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * ** * *
6325 AATAGATAATAGTTTAAAGGGAC-AAGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTT
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTT
*** * * * **
6388 AAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTT
193 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT
* * *
6453 GTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAA-AAAA--TCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
257 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * *
6514 TTTAAATAGTCATAACTATTCAAACTCGCTCGGTAAACAA
322 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * * * * *
6554 ATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * * *
6619 TAAATATGCTTTTATGCA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
66 TGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * *
6683 AATATATCATTGCTT-AAATAGT-TATAATTATTTGAA-TGTGTTTAG-AAAACAAATTTATTTT
130 AATAGATAATTG-TTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAAA-AGATTTATTTT
* * * *
6744 TT-AAT-TTTTGA-ATATTAA----T---AAATT--TAAATTA-TTTTATTTGA----AATAAAC
191 TTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGC
* * * * * * *
6792 TTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAAT
255 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * **
6857 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT-TAGCAAGTAG
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* **
6899 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAA-GCTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATT
*** * ** * * * *
6962 CAAAATAAACTTGCATG-ACTAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCCTAATGTTTTG
65 TTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * * * **
7026 AAATAAATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAA-ATTT-TTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTT
* * * * * * * *
7087 AAAATTTTGTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAATACTATTTTACTTCAAATAAGC
193 -AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGC
* * * * * * * * * * *
7152 TTATATGAACTAAAAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAGATTAAAATGATTTGAAATTGATTA
255 TTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * *
7217 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAT
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAG
* * *** *
7260 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** * * * * * *
7325 CCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGCTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTG
65 TTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
7389 AAATAAATAATT-TCTCGAATAGTCATCA-TGATTTAAACTTGTTTAGTAAACAA-ATTCATTTT
129 AAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCTTAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTT
* ** * *
7451 TTAAAATCTTTTACTTATTAACTATCTT--ACTATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATA
191 TT-AAATCTTTTACTTATTAA-T-TTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATA
* * * * *
7514 AGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTTAAATAGAT
252 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ***
7579 AATTGTTAAAATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTAAATAAACAG
317 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * * * *
7624 ATTCATTTTTTAAATCTCCTTA-TTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTATTATTGTTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * *
7687 TTCAACTAAACTTATATGAGCTCAATCAATTCTTTTATGAC-AAAC-AAAAGATCAT-ATCAATT
65 TTGAA-TAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAAT-GATT
* * * * * ** *
7749 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTACTTGTTCTAGTTTGG-AAAATAGATTTATTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAA-AGATTTATTTT
* * *
7813 TTAAAT-TTTCTACTTATTAATTGTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA
191 TTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAA
* * ** * * ** ** *
7876 GCTTGTAT-AGATAAAAACAATTGTTTTAAAATAGAACAAAAACTCATAATAATTTGAAATAAAT
253 GCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * *
7940 AATTGCTT-GAGTAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAG
317 AATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * ***
7985 ATATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT-ATTTTTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTACCATAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATA-AATTAATATTATTTTAT
* * * ** * * *
8044 TATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC-AAA-AAAATGTCATAACGATTTG
64 TTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * ** * *
8107 AAATAGATAATTGTT-ACAATAGT-TATAATTATTTGAACTGGTTACGTAAACAGAATTATTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTT
** * *
8170 TAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG
192 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CGAATAAG
* * *
8233 -TTAGTATGAGCTAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
254 CTT-GTATGA-AT-AGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
8297 ATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGTAAACAA
315 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * * * * *
8344 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAGATTAGTTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * ** * * * * * * **
8408 CTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
65 TTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* ** * * * *
8473 AGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAA
* * *
8538 AT-TGCTTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTA-TCATTATTTTATTCTAAATAAGGT
195 ATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTC-GAATAAGCT
* * * * * * * *
8600 TGAAT-ATTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAGT
256 TGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** * *
8664 TGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAAC-TGTTTCAGCAAACAG
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCTGTAAACAG
* * * * *
8706 ATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATCAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * *
8771 CGAAGAAGCTTATATGAACT-ACAACAATTAGTTTT-TAACAGAATAAAAAGTTATAATGATTTA
66 TGAATAAGCTTATATGAACTGA-AACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* *** **
8834 AAATAGATAATTGTTC-AA-A----T-A--A---GAACTGGTTCCATAAGCAGATTTATTTTTTA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTA
** * * *
8887 AATCTCCTACTTATTAACTATT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTT
194 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTT
** * * * *
8951 GTATG-AT-GAAAAGCAATTATTTTATGATGAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAAAACATAAT
257 GTATGAATAG-AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
** * * * **
9014 TGCCCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-GGATTCAATAAACTA-
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCTGTAAAC-AG
* ** * * * *
9056 ACTTACCTTTTAAATCTCTAACATATCAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * * * *
9120 TT-AGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAGAAGGTCATATTTATTTT
65 TTGA-ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
* * * * *
9184 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAA-AATTATTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AAGATTTA-TTTTT
** * ** * * * *
9248 TAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAACAGGC
192 TAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGC
*** * * *
9312 ACATATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA
255 TTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * **** *
9376 TTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAACCAACAC
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCTGTAAACAG
* ** * * ** * *
9419 ATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTTGTAATATTTTACTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * ** *
9484 TGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAGA-TCATAAAAATTTGAG
66 TGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * ** * * *
9548 ATAGATAATTGTTTCTAATAGCCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTA
131 ATAGATAATTG-TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
9612 AACCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTATTAATTTTGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTT
194 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT
** * * * * * *
9676 GTATGAGCAGAAACAATTGTTTTAAGATAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTG
257 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * *
9740 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTC-GAGAAACAG
322 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * *
9780 ATTTAGTTTTTAAATGTCTTA-TTA--AA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** * **
9840 TTGAATAATTTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAATA-TCATAATGATTT
65 TTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTT
* * * * *
9903 GAAATAGATCATAGTTCAAATGGT-TATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTT
*** * *
9967 TAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAGGAATAAAC
192 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGC
* * * ** * *
10030 TTGTATAAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
255 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* *** *
10095 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCACTC-GATAAATAG
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAG
* * * *
10137 ATTTATTTTTTAAATATTTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATTTTAATAAATT-ATAATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTAT
** * * ** * * **
10200 TTCAAATAAGCTTTTATAAACAAAAAAAATTTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATGATTT
64 TTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
* * * * *
10265 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTATTTAG-AAAACATATTTATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAA-AGATTTATTTTT
* * * * *
10329 TTAAT-TTTTACTTATGAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATTAGC
192 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGC
*** * * * * *
10392 TCACATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAAT
255 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** * *
10457 TGTAT-AGATAACCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGCAAACAG
320 TGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCTGTAAACAG
* * * * *
10499 ATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
** * * *
10564 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-A
66 TGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * *
10628 ATAAATAATTAG-TCCAATAGTCATT-ACTATTTAAACTTGTTCT-GT-AAATGTATTTATTTTT
131 ATAGATAATT-GTTCAAATAGTC-TTAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAAAAG-ATTTATTTTT
* * * * * * ** *
10689 AAAATTTTTTACTTATTAATTGTCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTTATATGC
192 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGC
* * * * *
10753 ATGTACG-A-AG-AACAATTATTTTATGACTAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAA
255 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
10814 ATGTTTAAATAGTCATAAATATTTGAACTTATTCAGTAAACAT
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * * * ** * *
10857 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTATCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTCA-A
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * ** * * * * *
10920 TCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATCATTTTATTAAAAAACAAAAAGGTTACACTGATT
65 TTG-AATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATT
* * * * * * * * * * *
10984 TCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTT
* * * * * * * **
11049 TAAATCTCTTAATTATTAAATTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATGTTATTTTAAGTAAGCT
192 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAA-TAAGCT
* * * * * *
11114 CAG-ATGAACT-GAAATAATT-TTTTGTGACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
256 -TGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * ** *
11176 TTATTCAAATAGCCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACAT
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
* * * * *** * *
11219 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* ** ** * * * ** *
11284 CGAATGTGCTTGCATGAA-TAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTTGTAACGATTTGA
66 TGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
11348 AATAAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTT-AACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAA
* * *
11412 ATC---T-CTTATTGATTTTT-GAAATATCAATAGATTAGTATTATTTTATTC
195 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
11460 TATTTTTTAA
Statistics
Matches: 7215, Mismatches: 1581, Indels: 898
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 38 0.01
342 22 0.00
343 15 0.00
344 110 0.02
345 79 0.01
346 20 0.00
347 72 0.01
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349 38 0.01
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353 12 0.00
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364 335 0.05
365 252 0.03
366 205 0.03
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368 20 0.00
369 4 0.00
371 6 0.00
372 6 0.00
373 16 0.00
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379 4 0.00
380 2 0.00
381 2 0.00
382 3 0.00
384 2 0.00
385 45 0.01
386 27 0.00
387 64 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA
TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTAT
GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAG
Found at i:6777 original size:164 final size:165
Alignment explanation
Indices: 6579--6918 Score: 409
Period size: 164 Copynumber: 2.1 Consensus size: 165
6569 CTTTTACTTA
* * ** ** * *
6579 TTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATATGCTTTTATGCATAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TGAAATAAACTTGCATGAACAGAAA
* * * * *
6643 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATCATTGCTT-AAATAGTTA
65 CAATTAGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTG-TTCAAATAGTCA
* *
6707 TAATTATTTGAATGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTT
129 TAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTT
* *
6744 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACATAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACAGAAA
* *
6807 CAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTAGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** *
6872 AACTATTTGAACGTGTTTAGCAAGTAGATTTATTTT
130 AACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTT
6908 TTAAATTTTTA
1 TT-AATTTTTA
6919 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 23, Indels: 9
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.02
164 125 0.85
165 19 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (165 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACAGAAAC
AATTAGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAAATTTATTTT
Found at i:11467 original size:58 final size:61
Alignment explanation
Indices: 11402--11516 Score: 164
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 61
11392 TAAATAGATT
* * *
11402 TATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTGATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTTTATTC
1 TATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAAATAGTATTATTTTATTC
*
11460 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTT
1 TATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAAATAGTATTATTT
11517 ATTTTGGATA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 4
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
58 11 0.22
60 2 0.04
61 1 0.02
62 35 0.71
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (61 bp):
TATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAAATAGTATTATTTTATTC
Found at i:11642 original size:238 final size:237
Alignment explanation
Indices: 11218--11656 Score: 533
Period size: 237 Copynumber: 1.8 Consensus size: 237
11208 TCAATAAACA
* * * *
11218 TATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTAAT
1 TATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAAT
** *
11283 TCGAATGTGCTTGCATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTTGTAACGATTTGA
66 TCGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTTGTAACGATTTGA
* * * * *
11348 AATAAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
131 AATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTATTTAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTCAAA
11413 TCTCTTATTGATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTT
196 TCTCTTATTGATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTT
* * ** * *
11455 TATTCTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTAT
1 TATT-TATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAA
* * * * * * *
11519 TTTGGATAAGCTTTCATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATA-AATC-AAAAGTTCTTAACGATT
65 TTCGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAA-CAAAAAGTT-GTAACGATT
* ** * * * *
11582 TTAAATGGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATGAATGGATTTATTTTT
128 TGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTATTT-AACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTT
11647 CAAATCTCTT
192 CAAATCTCTT
11657 GCTTATTAAT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 32, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
236 9 0.05
237 79 0.48
238 78 0.47
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (237 bp):
TATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAAT
TCGAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTTGTAACGATTTGA
AATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTATTTAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTCAAA
TCTCTTATTGATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTT
Found at i:11824 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11460--12338 Score: 789
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
11450 TATTTTATTC
* ***
11460 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTATTTTGGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAA
* * *
11525 TAAGCTT-TCATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAATCAAAA-GTTCTTAACGATTTTAAA
66 TAAGCTTAT-ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTT-ATAACGATTTAAAA
* * * * * * ***
11587 TGGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATGAATGGATT
128 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATT
* * * * * *
11640 TATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTAGTATTTGATTTCGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTTCAA
* * * * *
11705 ATAAGCTTATATGAACTGAGACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATA
65 ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATA
* * * **
11770 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGCAAACAAATT
130 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATT
*
11821 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT-TTATCC
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATT-T-C
* * * * * * *
11884 AAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAAC-ATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTAAA
63 AAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAA
* * * * * * *
11946 ATTGATATTTGTTC-ATATAAT-TGTAACTATTTGAACTTATTCAAAAAACAACTT
127 ATAGATAATTATTCTA-ATAGTCT-TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATT
* * * * * *
12000 TAGTTTTTAAATCTCTTTCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAA
* * * * * ** *
12065 ATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATA
65 ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATA
* * * * * * * *
12130 AATAATTATT-TAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTCGGTAAATAGATT
130 GATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATT
* * ** * * * *
12181 TATTTTTTTAA-GTC-T-CTTATTAATTTTTCTAATGTTAATAAATTAATATTTTTTATTCCAAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAA
* * * * *
12243 TAAG-TTAGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAGACAAAAGGTTAGAACAATTTAAAATA
66 TAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATA
*
12307 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
130 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
12339 TTGGTTCAAC
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 116, Indels: 45
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 84 0.15
178 32 0.06
179 120 0.21
180 97 0.17
181 218 0.39
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAA
TAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAG
ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATT
Found at i:12824 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12544--14093 Score: 1398
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 180
12534 TTTTCAAAAT
12544 ATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA--TTCGGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT--GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
12606 AAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGACATGACTATTTGAACTTGTTTG
63 AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCG
* ** *
12670 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
127 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAA
** * *
12725 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * ** *
12790 AAATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGGGCTTACTCGATAA
66 AGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAA
* * * *
12855 ACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATAA
131 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAA
* * * *
12906 ATTA-TATTATTTTATTTCGAATTAGCTTGTATGAGTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
12970 AGGTCACAAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTA-CCAAAAA
66 AGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAA
* * * ** * **
13034 ATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTCTACTTAACAAAATTTGGAATATTAATAA
131 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTAAAATATTAATAA
* * *
13083 ATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
1 A-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
13146 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
64 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * **
13211 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCCATTAATTTTTAAAATATTAATAA
129 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAA
* * * * **
13264 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAAGT-GATACAATTGTTTTATAATGAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * * *
13328 AATGTTATAACAATTTGAAGTAGATAGTTATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACTTGTTCGGTA
65 AAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATA
* * *
13392 AACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTATCT-AAATATTAATAA
130 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAAAATATTAATAA
* * *
13444 ATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * *
13509 A-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCCATAA
66 AGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAA
* * ** *
13573 ACAGATTTATTTTCTAAAT-TTGTTACTTATTAATTTTTGAATATTAACAA
131 ACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAA
* * * *
13623 ATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-AATTGTTCTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
13687 AAGGTTAT-AGTGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTCAACTTATTC-AG
65 AAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-
* * * *
13750 TGAA-TAGTTTCATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTGTAGAATATTAATAA
128 TAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TAAAATATTAATAA
** * ** * * *
13800 ATTAAAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAGAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
13865 TGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTT--ACATTGGTTAGG
66 AGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC-TT-ATT-CG
** * * * *
13927 CCAAA-AGATTCT-GTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAA
127 ATAAACAAATT-TATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAA
* * ** * * * * * *
13981 ATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-AGTATGAGTAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
14045 ATA-GTCATAACGATTTGAAATAAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTA
65 A-AGGTCATAACTATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
14094 ATTAAACAGA
Statistics
Matches: 1122, Mismatches: 201, Indels: 91
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 14 0.01
177 140 0.12
178 120 0.11
179 141 0.13
180 324 0.29
181 342 0.30
182 37 0.03
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAA
ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAA
Found at i:13581 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 12366--15053 Score: 2155
Period size: 539 Copynumber: 5.0 Consensus size: 537
12356 ATTTATTTTT
* * * * * * *
12366 TATTATTAAATTAATATTATCTTAATTCGAATAAGTTTATATGGAAAAAAAACAATTGTTCTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * ** *
12431 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGATATAGATAATCATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * *
12494 TAATTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTT-ATTAATTTT--CA-A--AAT--A-TT
129 T-ATTCCATAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTGAAATATTAATAAATTT
* * * *
12547 AGTATTATTTTATTCTAAATAA--TTCGGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
192 A-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTT--ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
12610 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
254 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTATTCGATAAA
* * * *
12675 CAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
319 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * ** *
12740 TTTCAAATAAATTTGTATGAA-TGGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAATCATAACTATT
384 TTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATT
* * ** *
12804 TGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGGGCTTACTCGATAAACAAATTTATTTCT
449 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTT-T
* * *
12869 TAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAA
512 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTCT-AAA
* * * *
12897 TATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCGAATTAGCTTGTATGAGTAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
12961 CAAAACAAAAGGTCACAA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
66 CAAAACAAAA-GTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
13025 TA--CCAAAAAATAGATTTATTTTTAAATTTCTACTTAACAAAATTTGGAATATTAATAAATTTA
129 TATTCC-ATAAACAGATTTATTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA
*
13088 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
193 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * *
13153 ATAACGATTTGAAATAAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATA
258 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTATTCGATAAACATA
* * *
13218 TTTATTTTTTAAATCTCTTGCCCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
323 TTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * *
13283 AAATAAGCCTATATGAAGT-GATACAATTGTTTTATAATGAAACAAAATGTTATAACAATTTGAA
388 AAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
* * * * * *
13347 GTAGATAGTTATTCAAATAGTTATGACTATTTGACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT
453 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT-AAAT
13412 ATTTTACTTATTAATTATCTAAA
517 -TTTTACTTATTAATT-TCTAAA
13435 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
13500 CAAAACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA
66 CAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * *
13565 TTCCATAAACAGATTTATTTTCTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAACAAATTTGT
131 TTCCATAAACAGATTTATTTT-TAAATTT-CTACTTAATAAATTTTGAAATATTAATAAATTTAT
** * * * *
13629 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-AATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTT
194 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * *
13693 ATAGTGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTCAACTTATTC-AGT-GA-AT
258 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTATTCGA-TAAACAT
* * * *
13755 AGTTTCATTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTGTAGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTAT
322 A-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
13816 TTCAAATAAGCTTGTA-CAAATAGAAATAATTGTTTTGTGATAAAAC-AAATGGTTATAACAATT
385 TTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAT-GTCATAACAATT
* * * * *
13879 TGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTT-ACATTGGTTAGGCCAAA-AGATTCTGT
449 TGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAC-TT-GTTCGG-TAAACAAATT-TAT
*
13941 TTTTAAATTCATTACTTATTAACTTT-TAGAA
509 TTTTAAATT-TTTACTTATTAA-TTTCTA-AA
** * * * * * * * * *
13972 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-AGTATGAGTAAAAATAATTATTTTACG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
14036 ACAAAACAAATAGTCATAACGATTTGAAATAAAATAATTATTTAAATAG---T---TA--T-AAC
65 ACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
14092 -TAAT---TAAACAGA--T-TTTTT-AA-TTCT-TTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
128 TTATTCCATAAACAGATTTATTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTGAAATATTAATAAATTTA
* * *
14147 TATTATTTTATCTCAAACA-AA-CTTATTTGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
193 TATTATTTTAT-TCAAA-ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * **
14210 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTCAACTGGTTC-ATCAAAC
256 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTATTCGAT-AAAC
* * * * * ** *
14274 AAAATTATTTATTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTA-AATTTTA
320 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
14337 TTAT-GAATAAG-TTAGCAAGAACTAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAA
384 TT-TCAAATAAGCTTA-TATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAA
* * * * * ** * * *
14400 TTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CATTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAAAAAAATTATT
447 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTG-ACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-T
* *
14464 TTTTAAATCTATTACTTATTAAATTTCAAAA
509 TTTTAAAT-TTTTACTTATT-AATTTCTAAA
* * * * * * **
14495 TATTATTACATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTACA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
14559 ATAGAACAAAAGGTTATAAGAGA-TTG-------CAA-TG--CAAATAGTCATAACTATTTGAA-
65 ACAAAACAAAA-GTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
14612 TTAGTT-CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
128 TTA-TTCCA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTC-TACTTAATAAATTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** * *
14676 TTAATATTATTTTATT-ACGAATAGGC-TAGTATGATGAAAAAAAATTGTTTTATTACAAAACAA
189 TTTATATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A
* * * * * * *
14739 AAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGAT
251 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTATTCGAT
* * ** *
14804 AAAC-TGATTTATGTTTTAAATCT-TTAACTTACCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA
316 AAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
*** * * * *
14867 TTTTATTTGGGATAAGCTTTTATGATCTA-AAACATTTGTTTTATGATAAATTA-AAAAGGTCAT
379 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAA--ACAAAATGTCAT
** * * * * *
14930 AATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATGTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATT
442 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-CTTGTTCGGTAAACAAATT
* * * *
14995 TATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA
506 TA-TTTTTAAATTT-TTACTTATTAA-TTTCTAAA
*
15030 TGTTAATAAATTAGA-ATTATTTTA
1 TATTAATAAATTA-ATATTATTTTA
15054 TTTCAAATCA
Statistics
Matches: 1749, Mismatches: 293, Indels: 225
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
512 6 0.00
514 1 0.00
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541 17 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
TTCCATAAACAGATTTATTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTGAAATATTAATAAATTTATAT
TATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTATTCGATAAACATATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
TAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATTTTT
ACTTATTAATTTCTAAA
Found at i:14569 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14117--15055 Score: 501
Period size: 182 Copynumber: 5.2 Consensus size: 180
14107 TTTAATTCTT
* * * *
14117 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TCTCAAACAAACTTATTTGAACAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
14181 AAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGA
* * * *
14246 TATAATTATTTCAACTGGTTCATCAAACAAAATTATTTATTAAATCTCTTA
130 TATAACTATTTCAACTGGTTCAGCAAAAAAAATTATTTATTAAATCTATTA
* ** * * * * *
14297 TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTA-AATTTTATTATGAAT-AAGTTAGCAAGAACT
1 TT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTT-GTATGAAC-
* * * *
14360 AAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATA
63 AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATA
* * *
14425 GCAT-TAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTA
128 G-ATATAACTATTTCAACTGGTTCAGCAAAAAAAATTATTTATTAAATCTATTA
* * * * * *
14478 CTTATTAAATTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAG
1 -TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAA
** * * *
14543 AAATAATTGTTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAAGAGA--T----T---GCAA-TG--CAAATA
65 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTAAAATAAAG-AATTGTTCAAATA
* * * * * * *
14596 G-TCATAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCA-TA
128 GAT-ATAACTATTTCAACTGGTTCAGCAAAAAAAATTATTTATTAAATCT-ATTA
* ** * **
14649 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAC-GAATAGGCTAGTATGATGA
1 -TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CTGAATAAACTTGTATGAACA
* * * * * ** * * * * *
14713 AAAAAAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATG
64 AAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATA
** * * * ** *
14778 GCCATAATTATTTTAACTGATTC-G-ATAAACTGATTTATGTT-TTAAATCT-TTAA
128 GATATAACTATTTCAACTGGTTCAGCA-AAA-AAAATTAT-TTATTAAATCTATT-A
** * * * * * *
14831 CTTACCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TGGGATAAGCTTTTATGATCT
1 -TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAACA
* * ** * * * * *
14895 AAAACATTTGTTTTATGATAAATTA-AAAAGGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAAT
64 AAAATAATTGTTTTATGATAAA--ACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * * * * *
14959 A-ATCATAACTATGTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTCTTGC
127 AGAT-ATAACTATTTCAACTGGTTCAGCAAAAAAAATTATTTATTAAATCTATT-A
** *
15014 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATT
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT
15056 TCAAATCACT
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 132, Indels: 84
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
171 117 0.20
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAA
AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAGAT
ATAACTATTTCAACTGGTTCAGCAAAAAAAATTATTTATTAAATCTATTA
Found at i:14740 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 14429--14749 Score: 387
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
14419 CATATAGCAT
* *
14429 TAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAATTTCAAA
1 TAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAATTTCAAA
* * * * * *
14494 ATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTACA
66 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTAGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTACA
* *
14559 ATAGAAC-AAAAGGTTATAAGAGATTGCAATGCAAATAGTCA
131 ACAAAACAAAAAGGTTATAAGAGATTGCAATGCAAATAGTCA
* * * * * **
14600 TAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCA-TACTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCT-ATTACTTATTAAATTTCAA
** **
14664 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAC-GAATAGGCTAGTATGATGAAAAAAAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CTGAATAAACTAGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTA
** *
14728 TTACAAAACAAAAAGTTTATAA
129 CAACAAAACAAAAAGGTTATAA
14750 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 24, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 110 0.89
172 13 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
TAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAATTTCAAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTAGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTACA
ACAAAACAAAAAGGTTATAAGAGATTGCAATGCAAATAGTCA
Found at i:15555 original size:275 final size:275
Alignment explanation
Indices: 15196--15732 Score: 652
Period size: 275 Copynumber: 2.0 Consensus size: 275
15186 TTATCAAACC
* * * * *
15196 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGAAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTCTAT
* * *
15261 TATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACT-AATTTATTAATA
66 CATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
* * * * * *
15325 TTTCA-ATAATTGATAAGTGA-AAAAATTAAAAAATAAATATGA-TTACCATACTAGATCAAATA
130 -TTAAGACAATTAAGAAGT-ACAAAAATTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAAACAAGATCAAATA
* *
15387 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
192 GTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
15452 TCATTTTGGTTAATGAACA
257 TCATTTTGGTTAATGAACA
* * * *
15471 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGA-AAAGTTATCTATTTGAAATTGCTATAACATTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGAAA-TTATCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTCTA
* ** * *
15535 TCATAAAATGATCTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAGTAAAATAATATAAATTTATTAATA
65 TCATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATATAAATTTATTAATA
* * * * ** *
15600 TTAAGACAATTAAGAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATCTTT
130 TTAAGACAATTAAGAAGTACAAAAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATAGTC
* * ** * *
15665 ATGACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
195 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCA
15730 TTT
260 TTT
15733 ATATTCATAC
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 38, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
274 8 0.04
275 211 0.96
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (275 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGAAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTCTAT
CATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATATAAATTTATTAATAT
TAAGACAATTAAGAAGTACAAAAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATAGTCA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCAT
TTTGGTTAATGAACA
Found at i:15750 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15465--18410 Score: 1977
Period size: 181 Copynumber: 16.4 Consensus size: 178
15455 TTTTGGTTAA
* * * * * *
15465 TGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-AAGTTATCTATTTGAAATTGCTATAACATTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
** * * *
15529 GTTTTGTCATAAAATGATCT-TTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAGTAAAATAATA-TAAATT
65 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATT
*
15592 TATTAATATTAAGACAATTAAGAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
128 TATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * *
15646 TAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
* * * * * *
15711 TTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAATATTAAAATAATATTAATTTAT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
15776 TAATATTTTGAAAAA-TATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
131 TAATA--TT-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
15826 TCGAACAAGTTCAAATATTTAAGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCGTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTT
* * * * *
15891 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTT-GAAAGAAAACAATACTAATT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATT
* * * * *
15955 TATTATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAGATTAATCTGTTTAC
128 TATTA--ATATTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * * * *
16009 TGAATATA-TTCAAATAATTTTGACTATGTAAATAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCTTAT
1 TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
* * * * * *
16073 GTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAACTTGTTTTGAATAAAATAATA-TAAATTT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTT
* * **
16137 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
129 ATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
16189 TGAACACGTTCTAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCTGAATTGTTATGACCTTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGA-C-ATT
* * * *
16253 TTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAGAATAAAAGAATACTAAT
63 TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * *
16317 TTATTAAAATTCGAAAAACTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
127 TTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
16372 CGAGCGAGTTTAAATAGTTATGA-TGCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTT
* * ** * *
16435 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCACACAATTTTATTTAAAATAAAACAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * *
16500 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAATTGAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-
129 ATTAATA-T-TAAAAATTAAT-AAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * ** * **
16553 TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAACTCACTATGACATTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
* * ** ** * * * *
16618 GTTTTATCGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTACTCATAATAAAATAGTACTAATTTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* ** *
16683 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAGTTAAATCTGTTTA-
130 TTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
16730 TCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT-TAATCTCAAATTGTTATG--ATCT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACAT-T
* * * * * * * *
16792 TTGTTTTGTTATAAGATAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-G-GTAAAATATTGCTAAA
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
16854 TTAATAATATTATGAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAT
127 TTATTAATATTA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
16905 TAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTA-TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
* * * * *
16968 GTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTT-GAAATAAAAGAATACCAATT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATT
* * * *
17031 TATTAACATTCAAAAATTTGATAA-CAAGGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTAC
128 TATTAATATT-AAAAA-TTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * ***
17085 CGAATC-AG-TCTAAATGGTCATGACTATTTAAAAAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACATT
1 TGAA-CAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACATT
* * * *
17147 TTGTTTAT-T-ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAC
63 TTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
*
17209 TTTATT-A-A-T--AAGTT-A-AAG-----ATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTA-
126 TTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAC
* *** * * * *
17249 TCAAATTGATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGA-ACTTT
1 TGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA-TTT
*
17313 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCA-TCATAGAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * * *
17377 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
128 TATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * ** * * * *
17431 CGAACTAGTTCAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATTACCTTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
* * * * * * * * *
17494 TTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATTCAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
17559 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTT-G
131 TAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * ** * * * * *
17609 TCAAACCAA-TTTAAATATTTAAAAACAATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
1 T-GAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATT
* * * * * *
17673 TTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAACTAA-AATG
63 TTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-
* * *
17736 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTCTATTTACC
124 AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C
* * * * * *
17795 T-AACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAACTCATTATGA-AGTTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTT
* * * * * * ** * *
17858 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTATACAGAATAAAGTAATACTAATCTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* *
17923 TTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAATAAATATATTTA-
130 TTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
17971 TCAA-ATGTGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTT
1 TGAACAAGT--TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTT
* * * * * * * **
18035 TATTCTATTATAAAACAAGTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGGTTAAAATAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
18100 ATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTGAAAAATTCAAAAAGTAAATATGTTTAC
129 ATTAATA--TT-AAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
18153 CGAACTAGATCAAATAGTCATGAC-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
* * * * * * *
18217 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
18282 TAATATTATGAAAATTAATAAATAAGAGACTTAAAAAATGAATCTATTTA-
131 TAATATTA--AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
18332 TCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTT
*
18396 TGTTATGTCATAAAA
64 TGTTTTGTCATAAAA
18411 TGATTTTTTG
Statistics
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0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.00
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167 1 0.00
168 2 0.00
170 1 0.00
171 7 0.00
172 2 0.00
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179 174 0.08
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184 89 0.04
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
Found at i:16053 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 15466--18410 Score: 2111
Period size: 363 Copynumber: 8.2 Consensus size: 359
15456 TTTGGTTAAT
* * * *** * *
15466 GAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-AAGTTATCTATTTGAAATTGCTATAACATTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * * *
15530 TTTTGTCATAAAATGATCT-TTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AGTAAAATAATA-TAAATT
65 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * ** *
15592 TATTAATA-TT-AAGACAATTAAGAAGTACA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
127 TATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAA-
** * * *
15654 TTCAAATCTTTATGACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
188 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * *
15719 TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
253 TAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
15784 TGAAAAATATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
317 T-AAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * *
15828 GAACAAGTTCAAATATTTAAGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCGTTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG
* * * *
15893 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAAGAAAACAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * *
15958 TATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAGATTAATCTGTTTACTGAATATATTCAAA
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA-ATTCAAA
* * * * ** * * *
16023 TAATTTTGACTATGTAAATAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCTTATGTTTTGTCATTAAAC
194 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * ** *
16088 AATTGGTTCTATTCATGCAAACTTGTTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAA
259 AATTGTTTATATTCATACAAGCTT-ATTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAA
* * *
16152 ATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTT
322 A-TAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * **
16190 GAACACGTTCTAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCTGAATTGTTATGACCTTTTT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACC--TTT
* * * * *
16254 TGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTA-TTCAGAATAAAAGAATACTAAT
63 TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * ** *
16317 TTATTAA-AATTCGAAAAACTAATAAGTATA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAG
126 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ATAA
* * *
16380 TTTAAATAGTTATGA-TGCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGT
188 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGT
* * * ** *
16443 CATAAAACAATTGTTTCTATCCACACAATTTTATTTAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATAT
251 CATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
16508 TCTAAAAATTAATAAATTGAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATC
315 TTTAAAAA-TAATAAATAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * ** * * *
16555 GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAACTCACTATGACATTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * ** * * *
16620 TTTATCGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-CTCATAATAAAATAGTACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * *
16684 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAGTTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAA
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAATTCAAA
* * * * * * * *
16745 TAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTAATCTCAAATTGTTATG--ATCTTTGTTTTGTTATAAGA
194 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * *** * * * * * *
16808 TAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-TGGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTAT-GAA
258 CAATTG-TTTATATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * *
16870 A-AAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATT
322 ATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * *
16906 AAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTA-TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG
1 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
16969 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAAGAATACCAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
17034 TAACA-TTCAAAAATTTGATAA-CAAG-GAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAGTCT
130 TAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAATTC-
* * * * * *
17096 AAATGGTCATGACTATTTAAAAAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACATTTTGTTTAT-T-AT
191 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCA-AATTATTATGACATTTTGTTT-TGTCAT
* * * *
17158 AAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTACTTTATT-A-A---
254 AAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
17217 T----A-AGT---T-AAAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTATC
317 TAAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTATC
* * * ** * *
17251 -AA-ATTGATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTT
1 GAACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
17314 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCA-TCATAGAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * *
17377 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTC
127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAATTC
* * ** * * * * * *
17442 AAATA--TATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTCTATCATAA
191 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
17505 AACAATTATTTTTGTTCATTCAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
256 AACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * *
17570 AAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTC
320 AAA-TAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * ** * * *
17611 AAACCAA-TTTAAATATTTAAAAACAATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 GAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
17675 GTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAACTAA-AATGAAT
64 GTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
17739 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTCTATTTACCTAACTAGTT
126 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAATT
* * * ** * *
17804 CAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAACTCATTATGA-AGTTTTGTTTTGTCAT
190 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACA-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
17868 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTA-TACAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
254 AAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTA-A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
17932 TAAAAAT--T-AATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATC
317 TAAAAATAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * *
17973 -AA-ATGTGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTT
1 GAACAAGT--TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT
* * * * * * **
18035 TATTCTATTATAAAACAAGTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTT-AGGTTAAAATAATACTAAT
63 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
18098 TTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTGAA-AAATTCAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTAG
126 TTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TA-
* * * *
18161 A-TCAAATAGTCATGAC-A-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
187 ATTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGT
* * * *
18223 CATAAAAAAATTATTTCA-ATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA
251 CATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
18287 TTATGAAAATTAATAAATAAGAGACTTAAAAAATGAATCTATTTATC
314 TT-TTAAAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * ** * *
18334 GAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
*
18398 TTATGTCATAAAA
65 TTTTGTCATAAAA
18411 TGATTTTTTG
Statistics
Matches: 2025, Mismatches: 438, Indels: 241
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
343 1 0.00
344 38 0.02
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346 122 0.06
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348 4 0.00
349 8 0.00
350 82 0.04
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365 162 0.08
366 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAATTCAAATA
GTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTATATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATAA
TAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
Found at i:17240 original size:165 final size:167
Alignment explanation
Indices: 17061--17384 Score: 365
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 167
17051 ATAACAAGGA
* **
17061 ATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAA-TCAGTCTAAATGGTCATGACTATTTAAAAAATTAT
1 ATTTAAAAAAATAAA-CTAGTTTACCAAATTCAGTC-AAATAATCATGACTATTTAAAAAATTAT
* **
17124 CTATTT-AGAATAAATATG-ACATTTTGTTTAT-T-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC
64 CTATTTCA-AATAAATACGAAC-TTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCACATCATAAAAGC
* *
17185 TTATTTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAAGTTAAAG
126 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAGTTAAAG
* * * * * * *
17227 ATTT-AAAAAATAAACTAGTTTATCAAATTGATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAAATAAACTAGTTTACCAAATTCAGTCAAATAATCATGACTATTTAAAAAATTATCT
*** * *
17291 ATTTCAAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCATCATAGAAGCTTATT
66 ATTTCAAATAAATACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCACATCATAAAAGCTTATT
*
17356 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
131 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
17385 TTTCAAAAAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 21, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.03
165 60 0.46
166 67 0.51
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
ATTTAAAAAAATAAACTAGTTTACCAAATTCAGTCAAATAATCATGACTATTTAAAAAATTATCT
ATTTCAAATAAATACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCACATCATAAAAGCTTATT
TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAGTTAAAG
Found at i:17573 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17212--18429 Score: 1041
Period size: 179 Copynumber: 6.7 Consensus size: 180
17202 ATATTACTTT
* * * * *
17212 ATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATC-AAATTGATTCAAATAATTATGGCT
1 ATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAG-TTCAAAT-ATTATGACT
* * * *
17275 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTC
63 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* *
17340 ATCATAGAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
128 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* *
17393 ATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATA-TATGACTATT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATATTATGACTATT
* ** * * * * *
17457 TGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * *
17522 ATTCAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAA
131 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * ** *
17572 ATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAATTTAAATATTTAAAAACAA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATA-TT-ATGACTA
* * ** *
17637 TATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTG
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTG
* * * *
17701 AATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAACTAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAA
128 --TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
17756 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAACTAGTTCAAAT-ATTATGACTA
* * ** ** *
17820 TTTGAACAATTATCCATTTCAACTCATTATGAAGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * ** * * *
17885 TCATATATGTTTATACAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTAAAA
129 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
17937 A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATC-AAAT-GTGCTCAAATAGTTATGAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGT--TCAAATA-TTATGAC
* * * * * * * * * *
17996 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTATTCTATTATAAAACAAGTGTTTAT
62 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
** * *
18061 GTTCATACAAGCTTATTTAGGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
127 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA
* * * * * * *
18116 A-TAATAAGTGAA-AAATTCAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGAC-A
1 ATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATA-TTATGACTA
* * * * * ***
18178 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAAT
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * *
18243 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTAT-GAAA
129 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* * * * * * * *
18295 ATTAATAAATAAGAGACTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAAT-ATTATGACTA-
* * * * * * * **
18360 TTTG-ATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTATGTCATAAAATGATT-TTTTGTG
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TG
18423 TTCATAC
128 TTCATAC
18430 TTGTTAGCCT
Statistics
Matches: 826, Mismatches: 179, Indels: 64
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 14 0.02
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179 169 0.20
180 137 0.17
181 165 0.20
182 71 0.09
183 68 0.08
184 82 0.10
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATATTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
Found at i:21021 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 20134--23662 Score: 2242
Period size: 181 Copynumber: 19.6 Consensus size: 181
20124 AAAGCTAACA
* *
20134 ATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA
1 ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA
* ** * ** * *
20196 AAGATTGAAAAAATAAAATACATCAATTTATCGAACAAGTTCAAATCTTTATGAGTATTTGAAAA
63 AAGATTTAAAAAAT-AAAT---T-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * * *
20261 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTAGTCATAAAGCAATTGTTTCT-ATA
123 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * * * ** *
20319 ATACATGCTTATATC-AATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
1 ATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * *
20383 GATTTAAAAATATAAATATGTTTTTCGAACAAGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAATAATTATC
65 GATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * *
20448 TATTTCAAATCATCGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCA-ATTC
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTC
* * * * *
20501 ATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAT
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
20566 AATTAAAAAATAAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTATCT
66 ATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * *
20631 ATTTCAAAACATTATAAAATTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTTTGTTCTGTTT
130 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTATGTTC
* * * * * *
20683 ATGCATGCTTATTTCG-ATTAAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAA
1 ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * ** *
20746 A-ATTTTAAAAAAT--ATAT-TTTCT-AAACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
64 AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
20806 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAACCACTTGTTTATGTTC
128 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * * * *
20860 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAAAAT
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
20925 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * *
20990 TTTCAAATCATTATAATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATCATTTCTATTC
131 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * * * *
21041 ATACAAGTTTATTCGTAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTACAAATT--TAATTTAGA
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GTAAA
* * * * *
21103 CGATTTTAAAAAATAAAATTTGTTCACCCAAA-ATGAGGCTT-AAATAGTCCTTATCAAT-TTTG
64 AGA-TTTAAAAAAT-AAATTTGTTTA-TCAAACA--A-G-TTCAAATAG---TTATGACTATTTG
* * * ** *
21165 AACTATTATCTAATTTTAAATCCCTTAATGATATTTTGTTTTTGTCGA-AAAA-AATTGTTTTCT
119 AACAATTATCT-ATTTCAAAT-CATT-ATGACCTTTTG-TTTTGTC-ATAAAACAATTG-TTTAT
*
21228 ATTC
178 GTTC
** * *
21232 ATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTA-TAGTATTTCAAAAATTAATAAG----A
1 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * * * *
21291 GATTTAAAAACTAAAATCTATATGTCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTTTTTAAACAATTATC
65 GATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * * *
21356 TATCTCAAATCGTTACGATCC-TTTGTTTAATCAT-AAACAATTATTTTTATTC
129 TATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * * * * * * *
21408 ATATAAGC-TATTTGAAATAAAATATTA-TGAAAATAAATAATA-TTCTAAAA--AATAA-TAAG
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * * *
21467 AGATTCACAAAAATAAAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGTATAATT
64 AGATTTA-AAAAAT--AAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
21532 ATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTGTAGTTT
126 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTC
* * * **
21588 ATACATGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGAGAAAAATTAATGAA-TAAA
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AAGTAAA
* * *
21652 AAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
64 AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
21717 C----T---AT--TTA-GACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTCCA-GTTC
128 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TATGTTC
* * * * * * * * *
21761 ATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAAATTTGATATGTTAGA
1 ATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* ** *** * *
21825 GATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATGGCTATTT-AAGCAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATC
* * * * * **
21889 TATTTCAAATTATTACGAACTTTTGTTTTTTCGTAAAAC-ATGTGTCTT-TCATC
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGT-TTATGTTC
* * * * * **
21942 ACACAAACCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAAG
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
22007 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-----C----AG-T-T-CCTATTTAAACAATTATCTA
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
22060 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA-GTTC
131 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTC
* * * * * * * * *
22111 ATATACGCTTATT-TAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAATTTAATAACTAAGA
1 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* ** * ** *
22175 TATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAAAC-AGTTCAAACAGTTAAAAACTATATGAACAATTAT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTAT
* ** *
22239 ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTC
128 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTC
* *
22293 ATAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----G
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * * * *
22354 ATTTAAAAAGTGAAGTTGTTTATCAAATAACTTCAAATTA-TTATGGCCATGTCAACAACTATAT
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * **
22418 ATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATGTGAAC
130 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * *
22470 ATTA-AAGCTTAGTT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 A-TACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
22533 AGATCTAAAATATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTA
64 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
22598 AACTTCAAATCGTTATAACCTTTCGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTTGTTC
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * * * * * * *
22651 ATACAAGCTTATTCAAAATGAAATAAAACTAATCTAATAATA-TTCTAAATATTAATAACTAAGA
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * *
22715 GAATTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAACCAA-TTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
22779 TATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--GTTTATTTGAATTT
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA--TG--TTC
* * * * ***
22834 ATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGCGA
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * * *
22898 GATTCAAAAAAT-AATTCTATTTAACTAGCCAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
22962 TATTTCAAATCATTATGACCGTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTC
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* ** * * * * * * *
23015 ATATAAATTTGTT-TAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAGTATTTC--AAA-T-ATCAGTAAGA
1 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * ** *
23075 GATTTAAAAAATCAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGGGCAATTATTT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * ** * *
23140 ACTTT-AAATCGTTATGGCTTTTTGTTCTATTATAAAACGGTTGTTTCTATTC
130 A-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * * ** * * *
23192 ATACATGCTTATTCGGATTAAAATAATGTTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAA
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * ** *
23257 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGTGCAATTATTTA
66 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * * *
23322 TTTTAGATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTGTTTTTGTTC
131 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
* * * * ** * *
23372 ATACATGTTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAA
1 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * ** * * *
23436 GATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTGATTCCAATTTGAATAATTGTC
65 GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
23501 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATT-TTTTTAGTTC
129 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTC
* * * * * * * **
23554 ATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATGTATTAATA-TTCTAAAAGTTAATGAGTATGA
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * *
23618 GAATTAAAAAA-AGAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTTAAATAGTTAT
65 GATTTAAAAAATA-AATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTAT
23663 CTATTTTAAA
Statistics
Matches: 2609, Mismatches: 584, Indels: 306
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 120 0.05
170 11 0.00
171 51 0.02
172 14 0.01
173 62 0.02
174 11 0.00
175 16 0.01
176 35 0.01
177 390 0.15
178 64 0.02
179 94 0.04
180 142 0.05
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185 89 0.03
186 25 0.01
187 15 0.01
188 14 0.01
189 3 0.00
190 21 0.01
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192 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTC
Found at i:22154 original size:169 final size:175
Alignment explanation
Indices: 21725--24871 Score: 722
Period size: 181 Copynumber: 17.7 Consensus size: 175
21715 ATCTATTTAG
* * * * *
21725 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTCCAGTTCATAAAAGCTTATCT-GAAATAAAATAATA
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
21789 TTACTTTATTAATACTT-CAAAATTTGATATGT-TAGAGATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTATC-
65 TTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCG
** * * * * * *
21850 AAATTGGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAGCAATTATCTATTTCAAATTATTACGA
127 AAA-CAGTTCACAT-A--A---CTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTA-TA
* * * * * * *
21907 A-CTTTTGTTTTTTCGTAAAAC-ATGTGTCTTTCA--TCACACAAACCTATTCA-AAATAAAATA
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAT-TG--TTTCAGTTCATAGAAGCTTATT-AGAAATAAAATA
*
21967 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
62 ATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-GAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
*
22031 -AAACCAGTTC-C-T-A-T-T-TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
126 GAAA-CAGTTCACATAACTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * * *
22075 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATACGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATA
* * * * * *
22139 TTAATTTAATAATATTCCAAAATTTAATAACT-AAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAA
65 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* ** *
22203 ACAGTTCAAACAGTTAAAAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATG
129 ACAGTTC--ACA--T---AACTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* *
22257 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAT
* * * *
22322 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---G-ATTTAAAAAGTGAAGT-TGTTTATC-AAA
66 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAAA
* * * * * * * ** *
22381 TAACTTCAAATTATTATGGCCATGTCAACAACTATATATTTCAAATTGTTATT
130 -CAGTTCACA-TA--A---CTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * ** ** * *
22434 ACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATGTGAACATTA-AAGCTTAGTT-GGATTAAAATAAT
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TAGAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
22497 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATCTAAAATATAAATTTGTTTATCG-
64 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
* * * * * * *
22560 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATA
128 AAC-AGTTC--ACA--TA--ACTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * ** * * *
22615 ACCTTTCGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATGAAATAAAA
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA
* * * * * * * * *
22679 CTAATCTAATAATATTCTAAATATTAATAACT-AAGAGAATTAAAAAATAAAAT-TGTTTATC-A
65 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGA
* * * * * *
22741 AACCAATTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATG
128 AA-CAGTTC--ACA--T-A-ACTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * * * * ** * * *
22796 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTATTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAA
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTAGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
22861 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTG-CGAGATTCAAAAAATAATTCTATTTAACTA
64 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
** * * * * *
22925 GCCAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
128 AACAGTTCACATAACTAT-A-TA----AACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * ** * *
22979 ACCGTTTC-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTCATATAAATTTGTTTAG-AATAAAGTAA
1 ACC-TTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAGAAGCTT-ATTAGAAATAAAATAA
* * * * * * *
23041 TACTAATCTATTAGTATTTC--AAA-T-ATCAGT-AAGAGATTTAAAAAATCAATCTATTTATC-
63 TATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * ** * * *
23100 AAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGGGCAATTATTTACTTT-AAATCGTTATG
127 AAAC-AGTTCACATAACTAT-A-TA----AACAATTATATA-TTTCAAATCATTATA
* * * * * * ** * * * * * *
23156 GCTTTTTGTTCTATTATAAAACGGTTGTTTCTA-TTCATACATGCTTATTCGGATTAAAATAATG
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAGAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
23220 TTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG-AA
65 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA
* * *** * * * ** *
23284 CAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGTGCAATTATTTATTTTAGATTGTTATG
130 C-AGTTC--A----CATAACTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * * ** * * * * *
23337 ACTTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTGTTTTTGTTCATACATGTTTATTCA-TATTAAAATAATA
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA
*** * * * * * *
23400 TTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG-CAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC-T
65 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGA
* * * * * * * *
23463 AACAAGTTCAAATAGTGATTCCAATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTATG
128 AAC-AGTTCACATA---A---CTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * * * * *
23518 ACCTTTTC-TTTTGTAATAAAACAATTTTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATA
1 ACC-TTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
23582 CTAATGTATTAATATTCTAAAAGTTAATGAGT-ATGAGAA-TTAAAAAA-AGAATCTGTTTACTG
65 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGA--AGAATTTAAAAAATA-AATCTATTTACCG
* * * * *
23644 AATA-AGTT----T-A--A-AT----AGTTATCTATTTTAAAACATTATG
127 AA-ACAGTTCACATAACTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * * * **
23681 ACCTTTTGTTTTATCATAAACCAGTAGTTTCTA-TTCATA-AAGGAC-TATGCGAAATAAAAATA
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAGAA-G-CTTATTAGAAAT-AAAATA
* * * * * * * * *
23743 ATACTAATTTACTAAAATACTAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTAAC
62 ATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * *
23806 -AAGTA-AGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATA
126 GAA--ACAGTTCACATAACTAT-A-TA----AACAATTATATATTTCAAATCATTATA
** * * * * * *
23862 TTCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTACTA-TTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAAT
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAGAAGCTTATT-AGAAATAAAATAAT
* * * * *
23925 ACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAAGATGGAG-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCG-
64 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TGAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
* * * * * * **
23988 AACAAGTTAAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCGATTTCAAATCATTATA
128 AAC-AGTTCACATA---A---CTATATAAACAATTATATATTTCAAATCATTATA
** * * * * * **
24043 ATATTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAAATTAGTTA-AAATAAAATAAT
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATAGAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAAT
* * *
24106 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---G-ATTT-AAAAATAAAATCTGTTTACC-A
64 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAGAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGA
* * * ** * * * * *
24165 AACCAATTTAAATAGTTATGACTAGTTCAATAATTATCTATCTCAAATCAGTATG
128 AA-CAGTTCACATAACTAT-A-TA----AACAATTATATATTTCAAATCATTATA
* * * * * * * * *
24220 A-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTCAG-AGTAAAATATTG
1 ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA
* ** * * * * * * *
24283 CTAAACTAATAAAATTCTAAAAATTAATAA--G-AG-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC-AAG
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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*
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** *
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* * * * * *
28995 TTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAAT-AGCTAAGAAAATTA
66 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAA-AAGATTT
* ** ** * * * *** **
29058 AAAAATAAATTTAATTGCCGGACTAA-TTCCAATAGTTAAGACTACAAGAATGA
128 AAAAATAAATATGTTTAAC-AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * ** * * * *
29111 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTGGTTGTAAAGCAATTATTT-TGTTCGTACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
** * *
29175 CTTAATT-GGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAATTC-AAAAATTA
66 CTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTA
29222 TGGCCATTTG
Statistics
Matches: 4046, Mismatches: 942, Indels: 789
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166 4 0.00
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TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AATAAATATGTTTAACAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
Found at i:25179 original size:42 final size:43
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Period size: 42 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
25094 TAATTATGTA
* * * **
25104 TTTCAAATAGTTATGACCTTTATGTTATGTCATAAAACAAATG
1 TTTCAAATAGATATAACATTTATGTTAAATCATAAAACAAATG
25147 TTTCAAATAGATATAACATTT-TGTTAAATCATAAAACAAATG
1 TTTCAAATAGATATAACATTTATGTTAAATCATAAAACAAATG
25189 TTT
1 TTT
25192 TTGTTCATAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTTCAAATAGATATAACATTTATGTTAAATCATAAAACAAATG
Found at i:26332 original size:14 final size:15
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26303 ATTAATATTC
*
26313 TAAAAA-TTAATAAA
1 TAAAAATTTAAAAAA
26327 TAAAAATTTAAAAAA
1 TAAAAATTTAAAAAA
26342 TAAA
1 TAAA
26346 TATGTTTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAAATTTAAAAAA
Found at i:26729 original size:540 final size:533
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25204 GTCGATTCTG
* * * * * * *
25214 AATAAAATAATATCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATGTAAAAAATAAATCTGTT
1 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAAAAAT-TTAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
25279 TACCAAACCA-ATCAAATGGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCAT
65 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACC-T
* * * ** * *
25343 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAAT
128 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * *** * * ** *
25408 TTAATGATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATGAATCTG-TTAGCTTTACCAGT
193 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTA-AAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGT
** * * ** * * *
25472 ACAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAGCGTTATGACCTTTTGTATTGTTAC
256 TTAAATAGTTAT-ATTA-TTGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
25537 AAAATAATTGTTTCTGTTCGTACAAGTTGA-CACGAAATAACATAAT-T-CTAATTTATTAAT-T
319 AAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGTTTATTA-GAAATAA-A-AATATACTAATTTATTAATAT
* * ** ** * *
25598 TCCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGCTGAATCTATTTATCAAACAAGTTGAAATAGTTA
381 TCCAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
25663 TGACTATTTTTAACGATTATTTAATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATAT
446 TGACTA-TTTAAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAATA-AT
*
25728 T-TTTGTATTCATACAAGCTTATTTCA
507 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
* * * *
25754 ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATAAAACTATTAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTC-TAAAA--ACTAA-TAAAAAATTTAAAAATAAATCT
** * *
25819 ATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-----ATT-TC-A----AATTATTATGACT
62 ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACC
* * * * * * *
25873 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAA
127 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
25938 TTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAACATGTTT-GTCGAACAA
192 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAA
* * **
26001 GTTTAAATAGTCATATCTACTTGAATAATTATATATTTTAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTCAT
254 GTTTAAATAGTTATAT-TA-TTGAATAATTATATATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
26065 CATAAAACAA-TTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATTATACTAATTTATTAATA
316 CATAAAACAATTTTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTAGAAATAAAAATATACTAATTTATTAATA
* ** * ** *
26129 TTCCAAAAATTAAT-GACTAGGAGATTTAAATTATGAATCTGTTTACTGAACAATTTCAAATAGT
380 TTCCAAAAATTAATAG-GTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* *
26193 TATGACTATTTAAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATT
444 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAATAATT
*
26258 ATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA
508 ATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
* *
26284 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAAT--A-AAAAATTT-AAAAATAAATCT
* ** * *
26349 GTTTTA-TGAACACA-TTCAAATAGTTA-GACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTGTG
62 -ATTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATG
* * * *
26411 ACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAACATATTCCA-AATAAAATAGTA
124 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATT-TAGAATAAAATAATA
* * * *
26475 CTAATTTATTAATATTCTGAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGTAAATTTGTTTACTGAACA
188 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
* * * *
26540 AGTTTAAATAGTTATGATTGTTCGAATTATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
253 AGTTTAAATAGTTAT-ATTATT-GAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
26605 CATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAAATATACTAATTTATTAATA
316 CATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGTTTA-TTAGAAATAAAAATATACTAATTTATTAATA
*** * * *
26669 TTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
380 TTCCAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
26734 ATGTCCATTTGAAA-AACTATCTATTTTATATCGTTATGA-TTTTTGGCTTTGTCATAAAACAAT
445 ATGACTATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-G-TTTGTCATAAAATAAT
* **
26797 TATTTCTATTCATGCAAAATTATTT-A
507 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
* ** * * *
26823 GAATAAAATAATACT-GATCAATTAATATTTTGAAAACTAATAAAAGATTTAAAAATGAAATCTA
1 -AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAAAAATTTAAAAAT-AAATCTA
* ** * * * *
26887 TTTACTGAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCTAATTGTTATCAT
63 TTTAC-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATATTATGA-
* * * * * * *
26952 CC-ATT-TTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTTTATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACT
125 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * * * * **
27015 AATTTAATAATATT-TCAAAAATTAGTATGTAAAAGATTTTTAAAA-AAATGTGTTTGCCAAACC
190 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAA-C
* * * * * * * * * * *
27078 AA-CTCAAATCGTTAGACTATTAGAACACTTATCTATTTCAAGTCA-TTTTGACCTTTTGTTTAG
252 AAGTTTAAATAGTTATATTATT-GAATAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * **
27141 TCGTAAAA-AAATTATTTTAGTTCATATAAACTTATTCA-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
315 TCATAAAACAATTTTTTTTA-TTCATACAAGTTTATT-AGAAATAAAAAT-ATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
27203 ATATTCAAAAAATTAAT-GAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTCTTTATCGAACAACTACAAA
377 ATATTCCAAAAATTAATAG-GTAGGAGATTTAAAAAA-TGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * * ** *
27267 TAGATT-TAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAGTCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
440 TAG-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAA
* * **
27331 CAATTGTTT-TAGTTCATA-AATATTTATCTT-A
503 TAATTATTTCTA-TTCATACAA-GCTTAT-TTCA
* *
27362 AATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAACTAAA
1 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAAAACTAATAA--AA-A-ATTTAAAAA-TAAA
* * ** * * * * * * * *
27425 ACTATTTTCTGAACGAATTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAAATAT-TAATCTCAAATTGTTA
59 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAA-TATTA
* * * * *** *
27489 TGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTAAACATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAATAA
122 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTAGAAT-AAAATAA
* * ** ** * **
27552 TACTAATTTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAG----AGTTTTAAAAAATAGGTGTGTTTGTTGA
186 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGA
* * * * * * * *
27613 ACCAGTTCAAGTAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTT
250 ACAAGTTTAAATAGTT-ATATTATT-GAATAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * **
27677 TTGTCATATAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAATTTATCT-TAAAT-AAAATAATACTGCTTTAT
312 TTGTCATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGTTTAT-TAGAAATAAAAAT-ATACTAATTTAT
* * ** * ****
27740 TAATATTTCAAAAATTAATAAGG-AAGAGATTTAAAAGCT-AAACTATTTTTTGAACTAA-TTCA
375 TAATATTCCAAAAATTAAT-AGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCA
* * * * * * * ** * *
27802 AATAGTTAT-AGTTATTTGAATAAATATCAATCTCGAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAA
438 AATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * *
27865 AACAATTATTTCTAATCACACAAGCTTA--TC-
501 AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
* * * ** * * *
27895 --T--AAT--T-T--A---A-TAATATTGTAAAAATTAATAAGAGTTTTAAAAAATAAGTTTTTT
1 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAAAAATTT-AAAAATAAATCTATT
* * * * * * * * *
27947 TATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCTATTTCATATCATTCTGACCTT
65 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTT
* * * * * * * *
28012 TTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTCTGTTCATAAAAATTTACCTTA-AAAAAAATAATACTACT
129 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTA-TTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * * *
28076 TTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAGCTAAACTAT-TTT-CTGAACTAA
193 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAA-ATAAA-TATGTTTACTGAAC-AA
* * * * * *
28138 -TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAAATATCA-ATCTCAAATCGTTATGATCTTTT-TTTTCT
254 GTTTAAATAGTTAT-ATTA-TTGAATAATTAT-ATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
28200 CATAAAATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTTAGATA-AAAAATAATACTAATTTAATAAT
316 CATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGTTTA-TTAGAAATAAAAAT-ATACTAATTTATTAAT
*
28264 ATTCTAAAA
379 ATTCCAAAA
28273 TTACTAAGAG
Statistics
Matches: 1982, Mismatches: 414, Indels: 266
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
515 1 0.00
516 53 0.03
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519 32 0.02
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Consensus pattern (533 bp):
AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTT
ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTT
ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAA
TAGTTATATTATTGAATAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTTTTTTTATTCATACAAGTTTATTAGAAATAAAAATATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
AATAGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTCA
Found at i:28174 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 27554--28233 Score: 1180
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
27544 AAAAATAATA
* * * *
27554 CTAATTTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAGAGTTTTAAAAAATAGGTGTGTTTGTTGAACCAGT
1 CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGTTTTAAAAAATAAGTGTGTTTATCGAACCAGT
*
27619 TCAAGTAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
27684 ATAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAATTTATCTTAAATAAAATAATACTGCTTTATTAATATTTC
131 ATAATAATTGTTTCTGTTCATAAAAATTTACCTTAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC
* *
27749 AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAGCTAAACTATTTTTTGAACTAATTCAAATAGTTATAGT
196 AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAGCTAAACTATTTTCTGAACTAATTCAAATAGTTATAAT
*
27814 TATTTGAATAAATATCAATCTCGAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTA
261 TATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTA
27879 ATCACACAAGCTTAT
326 ATCACACAAGCTTAT
* * *
27894 CTAATTTAATAATATTGTAAAAATTAATAAGAGTTTTAAAAAATAAGTTTTTTTATCGAACCAGT
1 CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGTTTTAAAAAATAAGTGTGTTTATCGAACCAGT
*
27959 TCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCTATTTCATATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAT
28024 ATAATAATTGTTTCTGTTCATAAAAATTTACCTTAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC
131 ATAATAATTGTTTCTGTTCATAAAAATTTACCTTAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC
28089 AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAGCTAAACTATTTTCTGAACTAATTCAAATAGTTATAAT
196 AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAGCTAAACTATTTTCTGAACTAATTCAAATAGTTATAAT
* * *
28154 TATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTTTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTA
261 TATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTA
*
28219 ATCATACAAGCTTAT
326 ATCACACAAGCTTAT
28234 TTAGATAAAA
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 20, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
340 320 1.00
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Consensus pattern (340 bp):
CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGTTTTAAAAAATAAGTGTGTTTATCGAACCAGT
TCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCAT
ATAATAATTGTTTCTGTTCATAAAAATTTACCTTAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAGCTAAACTATTTTCTGAACTAATTCAAATAGTTATAAT
TATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTA
ATCACACAAGCTTAT
Found at i:28373 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 28317--28387 Score: 103
Period size: 17 Copynumber: 4.2 Consensus size: 17
28307 GAACTAGTTT
28317 AAATAGTTATCTATTTC
1 AAATAGTTATCTATTTC
28334 AAATCA-TTATCTATTTC
1 AAAT-AGTTATCTATTTC
28351 AAATAGTTATCTA-TT-
1 AAATAGTTATCTATTTC
28366 AGAATAGTTATCTATTTC
1 A-AATAGTTATCTATTTC
28384 AAAT
1 AAAT
28388 CATTCTAACC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 0, Indels: 10
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.02
16 15 0.31
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTTATCTATTTC
Found at i:28382 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 28317--28387 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
28307 GAACTAGTTT
28317 AAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATCTATTTC
1 AAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATCTATTTC
28351 AAATAGTTATCTA-TT-AGAAT-AGTTATCTATTTC
1 AAATAGTTATCTATTTCA-AATCA-TTATCTATTTC
28384 AAAT
1 AAAT
28388 CATTCTAACC
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (34 bp):
AAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATCTATTTC
Found at i:28681 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 28351--28699 Score: 484
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
28341 TATCTATTTC
* * *
28351 AAATAGTTATCTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGCCATATAA
1 AAATAGTTATCTATTAGAATAGTTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTTTGCCATATAA
* * *
28416 TAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
66 CAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* *
28481 ATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAGCGAACAAGTTT
131 ATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTAGCGAACAAGTTT
* * * *
28531 AAATAGTTATGACTATTTGAATATTTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATCA
1 AAATAGTTAT--CTATTAGAATAGTTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTTTGCCAT-A
* * ***
28596 -AACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTG
63 TAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
**
28660 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA
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28700 CTAAATCAGT
Statistics
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AAATAGTTATCTATTAGAATAGTTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTTTGCCATATAA
CAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAGCGAACAAGTTT
Found at i:28710 original size:13 final size:13
Alignment explanation
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28678 ATTTAAAAAA
* *
28688 TAAATTAGTTTAC
1 TAAATCAGTTCAC
28701 TAAATCAGTTCAC
1 TAAATCAGTTCAC
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1 TAAATCAGTTCA
28726 TATAATTATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAATCAGTTCAC
Found at i:30436 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29206--30670 Score: 997
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 180
29196 CTAATTTAAT
* * * * * * * * *
29206 AATAA-TTCAAA-AATTATGGCCATTTGAACAATTATCGATTTTATATTATTATGACTTTTTATT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * *
29269 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTAATT
66 TTATCATAAAACAATTATTTAGT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA-T
* * * *
29333 AATATTTCAAAAATTAATAAGTTACAGATTTAAAAAATAAATCTA-CTA-C-
129 AATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * ** ** *
29382 --TAA-TTCAAATAGTTATCACTAATTGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTAAAATC-TTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * ****
29443 TTGTCATAAAACAATTGTTT--TTCATATAACCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATA
66 TTATCATAAAACAATTATTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATA
* * * **
29505 ATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCA
130 ATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * ** * * * *
29556 AACCAA-TTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-CGAACCTTTTG
1 AA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTG
* * * * ** * *** * *
29619 -TTTAGTTATAAAATATTTGTTTCA-TATTTTACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATCCAAATTT
64 TTTTA-TCATAAAACAATTATTT-AGT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * *
29681 ATTACCA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAACAAATTTGTTTACCA
126 AATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * *
29734 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-ACAATCGTTATGACATTTT-T
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT
* ** * * * **
29797 TTTGA-CAT-AAACAAGT-TCCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCTT
65 TTT-ATCATAAAACAATTATTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * * * * *
29859 GATATTTCAAAAATTAGTAAGTAGGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCG
129 AATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * *
29910 AATAAATTTAGATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCA-TATGACCTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
29974 TTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-AAACATAATACTAATTTAAT
66 TTATCATAAAACAATTATTT-AGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTAATTTAAT
* * * * *
30038 TATATTCCAAAAATTAATAAGT-AGATGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCA
129 AATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * *
30090 AATAAGTACAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTACT-ACCCTTTG-
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGT
* ** ** * *
30153 TTTAGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATATTAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTA
65 TTTA-TCATAAAACAATTA-TTTAGT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
30218 TTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTA
127 ATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * *
30272 AATTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
30337 CTATCATAAAACAATTATTTATGTTTATAAAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATA
66 TTATCATAAAACAATTATTTA-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * *
30402 ATATTTCAAAAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA
130 ATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * **
30453 AACT-AGTTCGAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGT
1 AA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** ** * * *
30517 TTTGTCATAAAATAATTTTCTTAAATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAA-AATGAATTTAT
65 TTTATCATAAAACAATTAT-TTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAA
* * *
30581 TAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCT
128 TAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* *
30634 AATCAGTT-AACATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AATAAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
30671 TTCTGTTCAT
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 227, Indels: 99
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 64 0.06
172 6 0.01
173 1 0.00
174 51 0.05
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176 70 0.07
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTATTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
TATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
Found at i:30666 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 29715--30668 Score: 975
Period size: 363 Copynumber: 2.6 Consensus size: 359
29705 TAAAAGATTT
* * *
29715 AAAACAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AC
1 AAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-
* * * * ** ** * *
29779 AATCGTTATGACATTTT-TTTTGACAT-AAACAA-GTTC-CAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAT
65 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTCTTAAATCATATTAGCTTATTCAAAAT
* * * *
29840 AAAATAATACA-AATTTCTTGATATTTCAAAAATTAGTAAGTAGGAG-TTTAAAAAATAAATT-T
130 AAAATAA-A-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCT
* * * * * * *
29902 ATTTACCGAATAAATTTAGATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATATGACC
192 ATTTACCTAAT-AAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTAAAATCATATAACC
* * * *
29967 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAACATAATACTAA
256 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAAAACATAATACTAA
* * * *
30032 TTTAATTATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATGATTTAA
321 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAGATCATTTAA
* * * * * * * * * *
30071 AAAATGAATCTATTTATCAAA-TAAGTACAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCA
1 AAAATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * ** *
30135 AATCATTACT-ACCCTTTGTTTAGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATATTAGCTTATTCAGA
65 AATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTCTTAAATCATATTAGCTTATTCAAA
* * * *
30199 ATAAAA-AAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAATC
128 ATAAAATAAA-A-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTC
* * * * *
30263 TGTTTA-TTAAATTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATA
191 TATTTACCT-AATAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTAAAATCA-TATA
* *
30327 ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT-ATGTTTATAAAAGTTTATTCAAAACAAA-ATAAT
253 ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAA-AAACATAAT
*
30390 ACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGGA-CATTTAA
316 ACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA-GATCATTTAA
* * * * *
30434 AAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCCATTTCAA
1 AAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * *
30499 ATCGGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTCTTAAATCATATTAGCTTATTTAAAATA
66 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTCTTAAATCATATTAGCTTATTCAAAATA
* *
30564 AAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAATTCTATT
131 AAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATT
* *
30629 TACCTAATCAGTTAACATAATTATGACTATTTGAACAATT
195 TACCTAATAAGTTAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATT
30669 ATTTCTGTTC
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 99, Indels: 42
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 60 0.13
357 9 0.02
358 5 0.01
359 2 0.00
360 4 0.01
361 57 0.12
362 163 0.34
363 169 0.36
364 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
AAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTCTTAAATCATATTAGCTTATTCAAAATA
AAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT
ACCTAATAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTAAAATCATATAACCTTTTG
TTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAAAACATAATACTAATCTAA
TAATATTCCAAAAATTAATAACTAGATCATTTAA
Found at i:30919 original size:316 final size:316
Alignment explanation
Indices: 30346--30994 Score: 1228
Period size: 316 Copynumber: 2.1 Consensus size: 316
30336 TCTATCATAA
*
30346 AACAATTATTTATGTTTATAAAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
1 AACAATTATTTATGTTCATAAAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
30411 AAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACT
66 AAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACT
* *
30476 ATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTCTTAA
131 ATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTCTTAA
30541 ATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
196 ATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
30606 GAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAATCAGTTAACATAATTATGACTATTTG
261 GAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAATCAGTTAACATAATTATGACTATTTG
* *
30662 AACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
1 AACAATTATTTATGTTCATAAAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
30727 AAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACT
66 AAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACT
30792 ATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTCTTAA
131 ATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTCTTAA
30857 ATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
196 ATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
30922 GAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAATCAGTTAACATAATTATGACTATTTG
261 GAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAATCAGTTAACATAATTATGACTATTTG
* *
30978 AATAATTATCTAT-TTCA
1 AACAATTATTTATGTTCA
30995 AATCATTATT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 8, Indels: 1
0.97 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
315 4 0.01
316 321 0.99
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (316 bp):
AACAATTATTTATGTTCATAAAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
AAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACT
ATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTCTTAA
ATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
GAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAATCAGTTAACATAATTATGACTATTTG
Found at i:31062 original size:497 final size:493
Alignment explanation
Indices: 30190--31165 Score: 1067
Period size: 497 Copynumber: 2.0 Consensus size: 493
30180 TCATATTAGC
* * * * * *
30190 TTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAA
1 TTATTCAAAACAAAAAAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGACATTTAAAA
** * * * *
30255 AATAAATCTGTTTATTAAATTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAAT
66 AATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATACACTTCAAAT
* ** * *
30320 CATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTTATAAAAGTTTATTCAAAACAAA
131 CAGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATAATCATAAAAGCTTATTCAAAACAAA
* * * * *
30385 ATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
196 ATAATAATAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGACATTAAAAAAATAAATTTATTTA
* * *
30450 CCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTT
261 CCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCAGTATGACCTTTT
* * * * **
30515 GTTTTGTCATAAAATAATTTTCTTAAATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAA-AATGAATTT
326 GTTTTATCATAAAATAATTTTCTTAAATCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATAAT-AACCT
* *
30579 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAA-ATAATTCTATTTACCTAATCAGTT-
390 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-ATTAAAAAATAT-A-TCTATTTACCAAATCAATTC
* *
30642 AACATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTCTGTTCATACAAGT
450 AA-ATAATTATGACTACTTCAACAATTATTTCTGTTCATACAAGT
* * *
30687 TTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGGACATTTAAAA
1 TTATTCAAAACAAAAAAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGACATTTAAAA
* * * * * *
30752 AATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAA-GACTATATGAATAATTATCCATTTCAAA
66 AATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAG-TAATGACTATATGAACAATTATACACTTCAAA
* * * * ** * *
30816 TCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTCTTA-AATCATATTAGCTTATTTAAAATA
130 TCAGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAT-TTATAATCATAAAAGCTTATTCAAAACA
* * *
30880 AAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTAAAAAAAT-AATTCT
194 AAATAATAAT-AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGACATTAAAAAAATAAATT-T
* * * * * *
30942 ATTTACCTAA-TCAGTT-AACATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATT
256 ATTTACCAAACT-AGTTCAA-ATAATTAAGACTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCAGTATG
** * * *
31005 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTT-TT-TTTCATATAAGTTTGCTCGAAATAAAATAAT
319 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAT-AAT-TTTCTTAAATCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAAT
* ** * * *
31068 ACTAACCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGAATTGAAAAATATATCTATTTATCAAATTAA
382 AATAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATATATCTATTTACCAAATCAA
*
31133 TTCAAATAGTTATGACTACTTCAACAATTATTT
447 TTCAAATAATTATGACTACTTCAACAATTATTT
31166 ATTTTAAATC
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 73, Indels: 28
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
493 40 0.10
494 11 0.03
495 5 0.01
496 8 0.02
497 313 0.79
498 14 0.04
499 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (493 bp):
TTATTCAAAACAAAAAAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGACATTTAAAA
AATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATACACTTCAAAT
CAGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATAATCATAAAAGCTTATTCAAAACAAA
ATAATAATAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGACATTAAAAAAATAAATTTATTTA
CCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCAGTATGACCTTTT
GTTTTATCATAAAATAATTTTCTTAAATCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATAATAACCTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATATATCTATTTACCAAATCAATTCAAATAA
TTATGACTACTTCAACAATTATTTCTGTTCATACAAGT
Found at i:31407 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 30662--32494 Score: 592
Period size: 181 Copynumber: 10.4 Consensus size: 175
30652 TGACTATTTG
* * * * * * * **
30662 AACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
1 AACAA-TATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
* * * * * ** * * * *
30727 AAATTAATAACTAGGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCGAATAGTTAAGACT
65 AAATTAATAA--A--AAAATTGAAAAATAAATATATTTATCAAACTAATTCAAATAGTCATGACT
* * *** *
30792 ATATGAATAATTATCCATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
126 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
** * ** * *
30843 AACAAT-TTTCTTAAATCATATTAGCTTATTTAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC
1 AACAATATTT-TT-GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTT
* * * * * * * * * *
30906 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAA-TCAGTT-AACATAATTAT
63 GAAAATTAATAA--AA-AAATT-GAAAAATAAATATATTTATCAAACT-AATTCAA-ATAGTCAT
* * *
30969 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAA
122 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * ** **
31024 AATAAATGTTTTTTTTCATATAAGTTTGCTCGAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGA
1 AA-CAATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
* * * * * * *
31089 AAATTAATAAGAGAATTGAAAAATATATCTATTTATCAAATTAATTCAAATAGTTATGACTACTT
65 AAATTAATAAAAAAATTGAAAAATAAATATATTTATCAAACTAATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * * *
31154 CAACAATTATTTATTTTAAA-TCTTATGACTTTTTGTTATGTTATAA
130 GAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAA
* * * *
31200 AACAATAGTTTTTGTTCACACAAGCTTATTCGAATTAAAATATTACTAATTTATTAATATTTTGA
1 AACAATA-TTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
* * **
31265 CAATTAACAAGTAAAAAAATT-AGAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGA-TCAAATAGTCATGA
65 AAATT---AA-TAAAAAAATTGA-AAAATAAATATATTTATCAAACTA-ATTCAAATAGTCATGA
* *
31328 CTATTTGAATAATTATCTATTTCCAATTGTTATGACCTTTTGTATTGTCATAA
124 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT-TTGTCATAA
** **
31381 AA-AATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA-TTCC
1 AACAA-TATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTG
* * * *
31443 AAAAGTTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAAT-T-TGT-T-----T-A-T--AAT--T-ATGAC
64 AAAA-TTAATAA--AA-AAATTGAAAAATAAATATATTTATCAAACTAATTCAAATAGTCATGAC
* * * * *
31493 TATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAA
125 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
** * * ** * * **
31545 AATGAT-TTATCCTATTTGTACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAA
1 AACAATATT-T-TTGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * * *
31608 GACAATTAATAAGTAAAATATTTAGACAATAAATATGTTTATCGAAC-AAGTTGAACTCG-CTAT
63 GAAAATTAATAA--AAAA-ATTGA-AAAATAAATATATTTATCAAACTAA-TTCAAATAGTC-AT
* * * ** * ** **
31671 GACTAATTGAACAATTA-ATAAGT--AA-TATTA--A---TTTATTAAT-ATTTC
122 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGTCA-TAA
* ** * *** **
31716 AACAAT-TAATAAG-T-A-A-AAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTTATTAATA
1 AACAATAT-TTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAA-AT-AATACT----AATTTATTAATA
* * * * * * *
31775 TTCTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAAC-AAGTCCAAAC
59 TTTTGAAAATTAATA-A--AA-A-AATT-GAAAAATAAATATATTTATC-AAACTAA-TTCAAAT
* * * * *
31837 AGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATTACCTTTTGCTTTGTCATAA
116 AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * ** **
31898 AGCAAT-TGGTTCTGTTCATATAAGCTTAATTCG-AATAAAATATTAAAAATTTATTAATATTCC
1 AACAATAT--TTTTGTTCATATAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * *
31961 AAAAATTAATAAGTAAAATTAAAAAAAAAAT-TCATTTAT-AGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGA
63 GAAAATTAATAA-AAAAATTGAAAAATAAATAT-ATTTATCA-AACTA-ATTCAAATAGTCATGA
* * *
32023 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
124 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * * * **
32076 ACCAAT-TGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTCC
1 AACAATAT-TTT-TGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * *
32139 G-AAATTAATAAGTAAAAGATT--AAAAGAAATCTATTTACCAAGCGAATTTAAATAGTTA-GAC
63 GAAAATTAATAA--AAAA-ATTGAAAAATAAATATATTTATCAAACTAATTCAAATAGTCATGAC
* * ** * * *
32200 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCTTTTGTTTTCTCATAA
125 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * * *
32252 AACAAT-TGTTTCTATT-ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
1 AACAATAT-TTT-TGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
* * * * * * * *
32315 AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGTCAAAC-AAGTTCAACTAGTCATGT
64 AAAATTAATAA----AAAAATTGAAAAATAAATATATTTATCAAACTAA-TTCAAATAGTCATGA
* * * * * **
32379 CCATTTGAACT-ATTATATATTTCAAATTGTTATTACATTTTGTTTTGTTGTAA
124 CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * ** * *
32432 AACAAT-TGTTTCTATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTT
1 AACAATAT-TTT-TGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
32495 TTAGATTATT
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 270, Indels: 224
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 54 0.04
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167 8 0.01
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170 2 0.00
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185 1 0.00
186 4 0.00
187 7 0.01
188 6 0.00
189 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
AACAATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
AATTAATAAAAAAATTGAAAAATAAATATATTTATCAAACTAATTCAAATAGTCATGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGTCATAA
Found at i:31513 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 31482--31516 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
31472 GAATTTGTTT
31482 ATAATTATGACTATTTGA
1 ATAATTAT-ACTATTTGA
31500 ATAATTAT-CTATTTGA
1 ATAATTATACTATTTGA
31516 A
1 A
31517 ATCACTATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.53
18 8 0.47
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATACTATTTGA
Found at i:32072 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 31763--33007 Score: 789
Period size: 178 Copynumber: 6.9 Consensus size: 177
31753 TTTACTGAAC
* *
31763 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAA-TCTATTTACTAAA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGT-A-A-AATTAAAAAAA-AAATTC-ATTTA-TAAA
* * * * * *
31826 CAAGTCCAAACAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATTACCTTTTGCTT
59 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCATTTGTTT
* * * * **
31890 TGTCATAAAGCAATTGGTTCTGTTCATATAAGCTTAATTCGAATAAAATATTAAA
123 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATACT
*
31945 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTAAAAAAAAAATTCATTTATAGAACATGTT
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTAAAAAAAAAATTCATTTATA-AACAAGTT
32010 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
* * * *
32075 AACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATGCT
130 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATTC-GAATAAAATAATACT
* * * * *
32123 AATTTATTAACATTCC-GAAATTAATAAGTAAAAGATT--AAAAGAAA-TCTATTTACCAAGCGA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTAAAAAAAAAATTC-ATTTA-TAAAC-A
* * * * * * *
32184 A-TTTAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCTTTTGTTTTCT
61 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
* * *
32247 CATAAAACAATTGTTTCTATT-ATACAAG-TTTATTTGAAATAAAATAATACT
126 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATTCG-AATAAAATAATACT
* * ** *
32298 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAA-TCTATTTGTCAAACA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T-AA-AATTAAAAAAAAAATTC-ATTTAT-AAACA
* * * * * * ** *
32362 AGTTCAACTAGTCATGTCCATTTGAACTATTATATATTTCAAATTGTTATTA-CATTTTGTTTTG
61 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTG
** * ** * *
32426 TTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACT
125 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATACT
* **** * * * * * * *** ** *
32479 AATTTATTACTATTTTTTAGATTATTAAAT-GATTTAATAGCTAAATCTC-TTTACCGAACCAGT
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTAAAAAAAAAAT-TCATTTA-TAAACAAGT
* * * * * *
32542 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACACTTA--TATCTCAAATCATTATGATC-TTTTTTTTGTCCT
64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
32604 AAGACCATTGTGTTTCTGTTCATGCAA-CCTAATTTGGAAGTGAAATATTTGCT
129 AA-AACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTAA-TTCGAA-TAAAATA-ATACT
* * * * * * *
32657 AAATTAAATAATATT-CTAAAATGTAATAAGTAAGGATTTAAAAAACAAATGT-GTTTA-CAACT
1 -AATTTATTAATATTCCAAAAAT-TAATAAGTAA--AATTAAAAAAAAAAT-TCATTTATAAAC-
* * * *
32719 AAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCTATTTCAAATCATCCTA-AAGCCATTTGT
60 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCAT--TATGA-CCATTTGT
* * * *
32783 ATTATGTCCATAAAGATAATTGTTTCAGTTCATAC-ATCTTTAATTTGAAATTAAAATAATACT
121 -TT-TGT-CATAAA-ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TTAATTCG-AA-TAAAATAATACT
* ** * * **
32846 AATTTATTAACATT--ATAAAATTAATTGGAAAAATTAGAAAAAATAAATTTATTTACCAACAAG
1 AATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAATTA-AAAAAA-AAATTCATTTATAAACAAG
* * * * * *
32909 TTCAAATAGTTATCACTATTATGGACAAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTAT
63 TTCAAATAGTTATGACTATT-TGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
* * *
32974 CATAAAACACTTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTAA
126 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAA
33008 ACAATTATCT
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 166, Indels: 124
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 15 0.02
175 56 0.07
176 98 0.12
177 99 0.12
178 132 0.16
179 61 0.07
180 62 0.07
181 70 0.08
182 69 0.08
183 9 0.01
184 14 0.02
185 7 0.01
186 18 0.02
187 40 0.05
188 38 0.05
189 30 0.04
190 17 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTAAAAAAAAAATTCATTTATAAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATACT
Found at i:33316 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 33007--33427 Score: 499
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
32997 TAAAAGCTTA
* * * *
33007 AACAATTATCTATTTCTAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTCATAAT
* * * *
33072 ACAAGCTGATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTACGTAAGAGAT
66 AAAAGCTGATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAGAACGTAAGAGAT
*
33137 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAGCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
131 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
**
33188 AACAATTATATATTTCAAACTT-TTAT-AACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGGTA
1 AACAATTATATATTTCAAA-TTGTTATGAA-CTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTCATA
* * *
33251 ATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTAAAAATTAAGAAC-TAAGA
64 ATAAAAGCTGATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATT-AGAACGTAAGA
* ** * * * ** *
33315 GATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGGTTATATG
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * **
33369 AACAATTCTTTATTTCACATCGTTATGATCTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTTTT
1 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTT
33428 AGTTCTTACT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 31, Indels: 12
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.01
181 173 0.85
182 27 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTCATAAT
AAAAGCTGATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAGAACGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
Found at i:33980 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 33447--34649 Score: 925
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
33437 TAACTTATTC
* * ** * * * *
33447 AAAATTAATCAGAAAGAGATTTAAAAAATAGTTTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
33511 CTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAGTAAATGTTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTTT
* * * * * *
33576 GTTCAAATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATCAGTATTTTG
130 GTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTG
* * * * *
33627 AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAATTAATT-TAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * *
33691 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTTT
* * *
33756 ATTCATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTTG
130 GTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAA-TAATTCTAATTTATTAATATTTTG
* * * ** ** * * *
33807 AAAGTTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATAAATTTGTTGGCTTGACCAGTACAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
33871 CTATTTGAACAATTATATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTATCACTAAACAATTGTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAATAATTGTTTT
* * * *
33936 TGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAACTTATTAATA-TTTC
129 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA-ATAATTCTAATTTATTAATATTTTG
* * *
33987 AAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
1 AAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
34052 CTACTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTGATGAAATGATT-TTTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTT
* * * * **
34116 TATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAT-AAATTTACTAATA-TTCA
129 TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT-AAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTG
* * * * * * * * * *
34167 AACAATTGATAAGTAAAAGATTTAACAAATAATTATGTTTA-TCGAATAAGTTTAAATAGTTATG
1 AA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAATTATG
* * * ** * *
34231 ACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT-GTTATGGCTTTTTGTTTTGTC----GTAATTGTTTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTT
* * *
34291 TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTG
129 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTG
* * * * * * ** * * * *
34343 ACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATGT-GTT-CCAAAGGAGTCCAAATAGTCATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * ** * * * * *
34406 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATGTTTTGTTTCGTTATAAAACAATTGTATC
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTT
* * * * * * *
34470 AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
129 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATTCTAATTTATTAATATTTTG
* * * *
34522 AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * *
34587 TATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTGTTTTGACCATTTATTTTGTCATAAACAATTGTTTT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTT
34650 ATAAATTTAT
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 185, Indels: 66
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 40 0.05
174 23 0.03
175 67 0.08
176 3 0.00
179 151 0.19
180 266 0.33
181 251 0.31
182 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTTTG
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTG
Found at i:34142 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 33498--34554 Score: 845
Period size: 361 Copynumber: 3.0 Consensus size: 360
33488 CAAACCAATT
* * * * * *
33498 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
1 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATACACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
** * * * * * * *
33563 AGTAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAGTATTTTGA
66 AACAAATGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAACTTATCAATATTTTCA
* *
33628 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAATTAATTTAACTA
131 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAATTTAACTA
* * * * * *
33693 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
196 CTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* *
33758 TCATACAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTTGAAAGTTAATAAGTAAT
261 TCATAAAGTCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTTGAAAGTTAATAAGTAAT
33823 GGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGCTTGACCAGTA
326 GGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGCTTGACCAGTA
* *
33858 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTATCACT
1 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATACACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTATCA-T
* * * * *
33923 AAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAACATAAT-TCTAACTTATTAATA-TTT
65 AAACAAATGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAACTTATCAATATTTT
* * * *
33986 CAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
129 CAAAA-TTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAATT-TA
** * * *
34051 ACTACTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTGATGAAATGATT-TTT
192 ACTACTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * ** * *
34115 CTATTCATATAAG-CTTATTTC-AAATAAAATAAT-ATAAATTTACTAATA-TTCAAACAATTGA
257 CTATTCATA-AAGTCTTA-TTCGAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAACATTTTGAA-AGTTAA
** * ** * ** *
34176 TAAGTAAAAGATTTAACAAAT-AATTATGTT-TATCGAATAAGTT
318 TAAGTAATGGATTTAAAAAATAAATT-TGTTGGCTTG-ACCAGTA
* * * ** * * * ** * * *
34219 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT-GTTATGGCTTTTTGTTTTGTCGT-
1 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATACACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * *** * * * *
34282 ---AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
66 AACAAATGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAACTTATCAATATTTTCA
* * * * * * * ** ** * *
34344 CAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATGT-GTT-CCAAAGGAGTCCAAATAGTCATAACT
131 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAAT-TTAACT
* * * ** * *** * * * *
34407 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATGTTTTGTTTCGTTATAAAACAATTGTATC-A
195 ACTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * * * *
34471 GTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTA
260 -TTCATAAAGTCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTTGAAAGTTAATAAGTA
34536 A-GAGATTTAAAAAATAAAT
324 ATG-GATTTAAAAAATAAAT
34555 CTATTTACTG
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 112, Indels: 47
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 69 0.12
354 60 0.11
355 82 0.15
356 7 0.01
359 1 0.00
360 90 0.16
361 199 0.35
362 56 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATACACTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
AACAAATGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAACTTATCAATATTTTCA
AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAATTTAACTA
CTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
TCATAAAGTCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTTGAAAGTTAATAAGTAAT
GGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGCTTGACCAGTA
Found at i:34775 original size:147 final size:149
Alignment explanation
Indices: 34505--34796 Score: 391
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
34495 AAATAATACT
* * *
34505 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAA
1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATATATTTACTGAATAA
* * * *
34570 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTGTTTTGACCATTTATTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATATTTCAAATAGTTCTGACCATTTATTTTGTC
34635 ATAAA-CAATTGTTTTATA
131 ATAAACCAATTGTTTTATA
*
34653 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTACA-A-ATTAAAAAAATAAATATATTTTCTG-AT
1 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTAAAAAAATAAATATATTTACTGAAT
* * *
34714 CACA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTCTGA-CATTTTATT
64 -A-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATATTTCAAATAGTTCTGACCA-TTTATT
34777 TTGTCATAAACCAATTGTTT
126 TTGTCATAAACCAATTGTTT
34797 CTATTCATAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 11, Indels: 12
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
146 4 0.03
147 83 0.65
148 39 0.31
149 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (149 bp):
AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATATATTTACTGAATAA
GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATATTTCAAATAGTTCTGACCATTTATTTTGTC
ATAAACCAATTGTTTTATA
Found at i:34827 original size:147 final size:145
Alignment explanation
Indices: 34544--34835 Score: 304
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
34534 TAAGAGATTT
* * *
34544 AAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTC
1 AAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATATTTC
* * ** ** *
34609 AAATTGTTTTGACCATTTATTTTGTCATAAACAATTGTTTTATAAATTTATTAATATTTCAAAAA
66 AAATAGTTCTGACCATTTATTTTGTCATAAACAATTGTTTTATAAATACAAGAATAGTT-AAAAA
*
34674 TTAATAAGTACAAATTA
130 TAAATAA-TACAAATTA
* * * *
34691 AAAAAATAAATATATTTTCTG-ATCACA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATTATATATT
1 AAAAAATAAATATATTTACTGAAT-A-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATATT
** **
34754 TCAAATAGTTCTGA-CATTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTT-
64 TCAAATAGTTCTGACCA-TTTATTTTGTCATAAA-CAATTGTTT-TATAAATACAAGAATAGTTA
* *
34817 GAAATAAATAATACTAATT
126 AAAATAAATAATACAAATT
34836 TATTAATATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 21, Indels: 11
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
146 11 0.09
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149 10 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (145 bp):
AAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATATTTC
AAATAGTTCTGACCATTTATTTTGTCATAAACAATTGTTTTATAAATACAAGAATAGTTAAAAAT
AAATAATACAAATTA
Found at i:34935 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 34653--35294 Score: 660
Period size: 179 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
34643 TTGTTTTATA
* * * * *
34653 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACAA-ATTAAAAAAATAAATATATTTTCT-GATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAGATT-TAAAAATAAATCTATTTACTAAAT-A
* * * *
34716 CA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTCTGACATTTTATTTTG
63 -AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTG
* * *
34780 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTTGAAAT-AAATAATACT
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTA-TTAAAATAAAATAATACT
*
34832 AATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAATCAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT-AAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAG
* * * * * * *
34897 TGCTAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTATC
65 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTGTTTTGTC
* * *
34961 ATAAAACAATTGTTT-TATTCATACATATTTATTTAGAATAAAATAATATT
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AATTA-TTAAAATAAAATAATACT
* * * * *
35011 AATTTATGAATATTGT-AAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACA
1 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA-ATAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATA
** * *
35075 AGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACATTTTGTTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTG
35139 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAATTATT-AAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
35192 TATTTATTGATATTTTAAAAA-T--TAATAAGAGATTTACAACTAAATCTGTTTACCAAACT-AG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAA-TAAG
* * *
35253 TTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATGTCAAAT
65 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
35295 CCTTATAATA
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 56, Indels: 37
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 55 0.14
177 10 0.03
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179 156 0.40
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181 44 0.11
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGT
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTATTAAAATAAAATAATACT
Found at i:36251 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 35962--36882 Score: 757
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 180
35952 CTATTAGACT
* * * * *
35962 AATTTTCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG-TTTATTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAA
* * * * * * *
36026 ATGCTAACTCAAAATAAATTAATACTAATTTATCAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
64 AAGCTTACTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
*
36091 GAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAAC
129 -AAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * *
36143 AATTATTTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAA
* * *
36208 AACTTA-TCCAAAATAAAATAATACTACTTT-TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATA
65 AGCTTACTCC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * *
36270 TAGAAAAATAAA-TCAGTTTATAGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
128 TA-AAAAATAAATTTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * ** *
36324 TATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAACTCTTTCTA-TTTGTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAA
* * * ** * *
36388 AAGCTGATTCCAAATAAAGTAATTTTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
64 AAGCTTACTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * ** *
36453 AAAAATTCAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAAC
129 AAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * *
36505 AATTACCTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAA
* * * * * * *
36569 AAGCTTACTTCAATTAAAATAATA-TAAGTTTATTAATATTTAGACAACTAATAAGTAAAAGATT
64 AAGCTTACTCCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
36633 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
128 TAAAAAATAAATTTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * ** *
36686 AATTGTTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAA
* * * * * *** * * * *
36751 AGCTCA-TTCAGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAATAGATTTT
65 AGCTTACTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
36815 CAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAT
130 AAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
36866 AATTATCTATTTCAAAT
1 AATTATCTATTTCAAAT
36883 TGCATAACTA
Statistics
Matches: 598, Mismatches: 122, Indels: 41
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 142 0.24
181 408 0.68
182 44 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAA
GCTTACTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
Found at i:36436 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 35961--36890 Score: 864
Period size: 362 Copynumber: 2.6 Consensus size: 362
35951 ACTATTAGAC
* * * * * * **
35961 TAATTTTCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCAT
1 TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-TGTCACAAAACAACTCTTTCTA-TTTGT
* * * * * ** * * * *
36024 ACATGCTAACTCAAAATAAATTAATACTAATTTATCAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
64 ACAAGCTGATTCCAAATAAAGTAATTTTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * **
36089 TTGAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTAT
129 TT-AAAAAATCAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTACCTAT
* *
36153 TTAAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-T
193 TTAAAATCGCTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTACT
* *
36215 CCAAAATAAAATAATACT-ACTTT-TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATATAGAAAA
256 CC-AAATAAAATAATA-TAACTTTATTAATATTT-AGAAAACTAATAAGTAAAAGATATA-AAAA
* * *
36277 ATAAATCAGTTTATAGAAT-TAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAA
317 ATAAATCAGTTTACAGAATAAAG-TCAAATAATTATGACCATTTGAA
** *
36323 CT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAACTCTTTCTATTTGTA
1 -TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAACTCTTTCTATTTGTA
*
36387 CAAGCTGATTCCAAATAAAGTAATTTTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
65 CAAGCTGATTCCAAATAAAGTAATTTTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
36452 TAAAAATTCAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACAATTACCTATTT
130 TAAAAAATCAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTACCTATTT
* * * * *
36517 TAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTACTTCAA
195 AAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTACTCCAA
* * * * *
36582 TTAAAATAATATAAGTTTATTAATATTTAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
260 ATAAAATAATATAACTTTATTAATATTTAGAAAACTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATCA
* * *
36647 GTTTACCGAATAAAGTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
325 GTTTACAGAATAAAGTCAAATAATTATGACCATTTGAA
* * * * * * * * * * **
36685 TAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC
1 TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAACTCTTTCTATTTGTAC
* * * * * * * * *
36750 AAGCTCATT-CAGATTAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAATAGATT
66 AAGCTGATTCCA-AATAAAGTAATTTTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
** * * * * * * * * *
36813 TTCAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAAT-AGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATT
130 TAAAAAATCAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAACT-ATAACTATTTGAACAATTACCTATT
* *
36877 TCAAATTGC-ATAAC
194 TAAAATCGCTATAAC
36891 TATTTAAATA
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 91, Indels: 29
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 6 0.01
361 107 0.23
362 314 0.68
363 36 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAACTCTTTCTATTTGTAC
AAGCTGATTCCAAATAAAGTAATTTTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
AAAAAATCAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTA
AAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTACTCCAAA
TAAAATAATATAACTTTATTAATATTTAGAAAACTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATCAG
TTTACAGAATAAAGTCAAATAATTATGACCATTTGAA
Found at i:36894 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 36851--36916 Score: 123
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
36841 TTTAAATAGT
*
36851 CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 CATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTG
36885 CATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
1 CATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
36917 CATTATGACC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 31 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (34 bp):
CATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTG
Found at i:36916 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36863--36922 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 3.5 Consensus size: 17
36853 TAACTATTTG
36863 AATAATTATCTATTTCA
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* *
36880 AATTGCA-TAACTATTT-A
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36897 AATAATTATCTATTTCA
1 AATAATTATCTATTTCA
*
36914 AATCATTAT
1 AATAATTAT
36923 GACCTTTTAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 8
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATCTATTTCA
Found at i:37057 original size:215 final size:214
Alignment explanation
Indices: 36675--37097 Score: 483
Period size: 215 Copynumber: 2.0 Consensus size: 214
36665 AATAGTTATG
* * * * * ** * *
36675 ACTATTTGAATAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT
** * * * *** *
36740 TTGTTCATACAAGCTCATTCAGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGA
66 TACTTCATACAAGCTCATTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
* * * *
36805 AATAGATTTTCAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATT
131 AAGAGATTTTCAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATT
*
36870 ATCTATTTCAAATTGCATA
196 ACCTATTTCAAATTGCATA
*
36889 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT
1 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT
* * * * *
36954 TACTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
66 TACTTCATACAAGCTCA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
37019 TAAGAGA-TTT-AAAATATGAATCTATTTACTC-AACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAAC
130 AAAGAGATTTTCAAAATA--AATATATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
37081 AATTACCTATTTCAAAT
192 AATTACCTATTTCAAAT
37098 CGTTATGACT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 34, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
213 6 0.04
214 70 0.41
215 94 0.55
216 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (214 bp):
ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT
TACTTCATACAAGCTCATTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
AAGAGATTTTCAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATT
ACCTATTTCAAATTGCATA
Found at i:37193 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 36889--37666 Score: 709
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 180
36879 AAATTGCATA
* * ** *
36889 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTA
1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-
* * * * *
36953 TTA-CTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG
64 TTATATTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * *
37017 AGTAAGAGA-TTTAAAATATGAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATGGTTATG
129 AGTAA-AAATTTTAAAA-ATAAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
37070 ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATCAAATATTTGTTT
1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * *
37135 ATGTTCACACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTGTTAACATTCCAAAAATTAATAA
66 ATATTCACACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
37199 GTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATA
130 GTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTCAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * *
37250 ACTATTTAAACAATTATCGATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAACTAATTGTTT
1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * *
37315 CTATTCACACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 ATATTCACACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * *
37379 GTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGGC-ATAAGTTTATATCGTTATG
130 GTAAAAATTTT-AAAAATAAATCTATTTACT--CAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** *
37431 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCC-TTCATTTTGTCATAACAA-AATTAT
1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAA-AATAATTGT
* * * * * * * ** * *
37494 TTCTCTTTATACAAGTTTA-GTCAGAATAAAATAATACT-GTTTTAGTAATATTCTAAAAATTAA
64 TTATATTCACACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * ** **
37557 TAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTAC-CGGGCAAGTTCAAATAGTTATG
127 TAAGTA-AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTC-AACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
37612 TCCATTTAAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAA
1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
37667 GCAAATGCTT
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 88, Indels: 43
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.01
180 156 0.32
181 311 0.64
182 15 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
ATATTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
TAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATAGTTATG
Found at i:37420 original size:576 final size:576
Alignment explanation
Indices: 36399--37458 Score: 1283
Period size: 576 Copynumber: 1.8 Consensus size: 576
36389 AGCTGATTCC
* * * *
36399 AAATAAAGTAATTTTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTCAAT
1 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTCAAT
* * * * *
36464 TTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTTAAATCGCTATA
66 CTATTTACTCAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATA
* *
36529 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTACTTCAATTAAAATAATAT
131 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTATATTCACAAAAGCTTACTTCAATTAAAATAATAT
* * * * * * *
36594 AAGTTTATTAATATTTAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA
196 AAATTTATTAACATTCAGAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * ** * *
36659 AAGTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTTT
261 AAGTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
36724 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTCATTCAGATTAAATAATATTAATTTATTAATATT
326 CAGAAAATAATTGTTTCTATTCACACAAGCTCATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
*** * * *
36789 TTGACAATTAATAAGAAATAGATTTTCAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCAT
391 CCAAAAATTAATAAGAAATAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCAT
*
36854 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
456 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
36919 TTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATTACTTCATATAGGCTTATTTG
521 TTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATTACTTCATATAGGCTTATTTG
* * *
36975 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAATATGAA
1 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT-TCAA
* * * *
37039 TCTATTTACTCAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTAT
65 TCTATTTACTCAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTAT
* * * * * * * *
37104 GACTTTTTGTTTTGTCATCAAAT-ATTTGTTTATGTTCACACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAA
130 AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTT-TTTATATTCACAAAAGCTTA-CTTCAATTAAAATAA
* * * * *
37167 TATAAATTTGTTAACATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTA
193 TATAAATTTATTAACATT-CAGAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
* * *
37230 AACACATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCGATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGT
257 AACAAAGTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCGATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGT
* * * *
37294 TTTGTCAGAAACTAATTGTTTCTATTCACACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTAT
321 TTTGTCAGAAAATAATTGTTTCTATTCACACAAGCT-CA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTAT
* **** *
37358 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTATGGCATAAGTTTA
384 TAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAATAGATTTT-AAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTTA
* * * * *
37421 TATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
447 AATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
37459 AGTTATGATC
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 77, Indels: 18
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
574 2 0.01
575 114 0.29
576 274 0.69
577 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (576 bp):
AAATAAAATAATATAAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTCAAT
CTATTTACTCAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATA
ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTATATTCACAAAAGCTTACTTCAATTAAAATAATAT
AAATTTATTAACATTCAGAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
AAGTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CAGAAAATAATTGTTTCTATTCACACAAGCTCATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
CCAAAAATTAATAAGAAATAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCAT
AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATTACTTCATATAGGCTTATTTG
Found at i:37554 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 36886--37666 Score: 843
Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 362
36876 TTCAAATTGC
* * * *
36886 ATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATT
1 ATAACTATTTAAACAATTATCCATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * *
36950 GTATTACTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
65 GTATTACTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * *
37015 TGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAA
130 TAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAA
* * ** * *
37080 CAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATCAAATATTTGTTTATGTTCACAC
195 CAATTACCTATTTCAAATAGTTATGACTCTTCATTTTGTCATCAAATATTTATTTATCTTCACAC
* **
37145 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTGTTAACATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTT
260 AAGCTTAGTCAGAATAAAATAATATAAATTTGTTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTT
* * * *
37209 TAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTT
325 AAAAAATAAATATGCTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTT
* * *
37247 ATAACTATTTAAACAATTATCGATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-GAAACTAATT
1 ATAACTATTTAAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATT
* * *
37311 GTTTCTA-TTCACACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTCCAAAAATT
65 GTAT-TACTTCACACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * *
37374 AATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGGC-ATAAGTTTATATCGTTATGACTAT
128 AATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT--CAACAAGTTCAAATCGTTATGACTAT
** *
37436 TTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TCCTTCATTTTGTCATAACAAA-A-TTATTTCT
190 TTGAACAATTACCTATTTCAAATAGTTATGACT-CTTCATTTTGTCAT--CAAATATTTATTTAT
* * * ** * * *
37498 CTTTATACAAGTTTAGTCAGAATAAAATAATACT-GTTTTAG-TAATATTCTAAAAATTAATAGG
252 CTTCACACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAATA-TAAATTT-GTTAACATTCCAAAAATTAATAAG
* * ***
37561 TAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGGGCAAGTTCAAATAGTT
315 TAGAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
** * * * *
37609 ATGTCCATTTAAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAA
1 ATAACTATTTAAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
37667 GCAAATGCTT
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 58, Indels: 28
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 10 0.03
361 245 0.71
362 86 0.25
363 6 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
ATAACTATTTAAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
TATTACTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAAC
AATTACCTATTTCAAATAGTTATGACTCTTCATTTTGTCATCAAATATTTATTTATCTTCACACA
AGCTTAGTCAGAATAAAATAATATAAATTTGTTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTA
AAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
Found at i:39127 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 38907--39386 Score: 513
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 177
38897 ATAGTTATTT
* *
38907 AAAATAAAATAATACTAATTTATAATATTTTCAAGAATTAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATTTT-AAAAATTAATAAGAAATTT-AAAAAATAAATCT
* * * *
38972 ATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTTATTTATTTAAAATCATCATGA
64 ATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTAAAATCATCATGA
* * *
39037 CCTTTTTTTTTTAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAACTTA-TCG
128 CC-TTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCG
*
39086 AAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGTTTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AAA--TTTAAAAAATAAA
* * * * * *
39151 TTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
61 TCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATCAT
* * * * *
39216 GACCTTTTCTTCTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
126 GACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCG
** ** * *
39268 -AAATAAAAT-A-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTA
1 AAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
39330 TTTACTAAATCAATTCAAATAATTATTG-CCATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCA
65 TTTACTAAACCAATTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
39387 ATGTTCATGT
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 40, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 58 0.23
176 2 0.01
177 1 0.00
179 60 0.24
180 19 0.08
181 61 0.24
182 49 0.19
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATCATGACCT
TTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCG
Found at i:39276 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 38893--39355 Score: 501
Period size: 179 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
38883 CTGTTTTCAA
* * *
38893 ATACATAG-TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATAATATTTTCAAGAATTAATAAGAAATT
1 ATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATTTT-AAAAATTAATAAGAAATT
* * * *
38957 TAAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTTATTTAT
64 TAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATATTATCTAT
* * *
39022 TTAAAATCATCATGACCTTTTTTTTTTATATAAAACAATTGTTTCAGTTT
129 TTAAAATCATCATGACCTTTTTCTTCTATATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * * *
39072 ATAAAAACTTA-TCGAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAAA
1 ATACAAGCTTATTTG-AAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AAA
* * * * *
39136 GTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACA-ATTATC
62 -TTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATATTATC
* * * *
39200 TATTTAAAATCGTTATGACC-TTTTCTTCTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTC
126 TATTTAAAATCATCATGACCTTTTTCTTCTAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTC
** **
39253 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-A-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTT
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTT
* * * *
39316 -AAAAAGTGAATCTATTTACTAAATC-AATTCAAATAATTAT
65 AAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAATTCAAATAGTTAT
39356 TGCCATTTCA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 37, Indels: 22
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 33 0.14
176 4 0.02
177 1 0.00
178 2 0.01
179 66 0.28
180 19 0.08
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTA
AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATATTATCTATTT
AAAATCATCATGACCTTTTTCTTCTATATAAAACAATTGTTTCAGTTC
Found at i:39552 original size:166 final size:161
Alignment explanation
Indices: 39251--39554 Score: 394
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
39241 TTGTTTTAGT
*
39251 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTT
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTT
* * * * * * *
39316 AAAAAGTGAATCTATTTACTAAATCAATTCAAATAATTATTGCCATTTCAATAATTATTTATTTC
66 AAAAAATAAATATATTTAATAAATCAATTCAAATAATTATTGCCATTTCAAGAATTATATACTTC
39381 AAATCAATGTTCATGTAACAAGTGTTTTTTA
131 AAATCAATGTTCATGTAACAAGTGTTTTTTA
* *
39412 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-A-ACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--G
* * * * * * *
39477 AGTTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAATCAATTCAATTAGTTA-TGACTATTTGAAGAATTGTA
62 A-TTTAAAAAATAAATATATTTAATAAATCAATTCAAATAATTATTG-CCATTTCAAGAATTATA
39541 TACTTCAAATCAAT
125 TACTTCAAATCAAT
39555 TATTTACAAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 17, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 26 0.22
162 1 0.01
163 30 0.25
165 4 0.03
166 59 0.49
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTT
AAAAAATAAATATATTTAATAAATCAATTCAAATAATTATTGCCATTTCAAGAATTATATACTTC
AAATCAATGTTCATGTAACAAGTGTTTTTTA
Found at i:39918 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 39886--39918 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
39876 AACCAATTCT
39886 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
39904 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
39919 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:39939 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 39565--39951 Score: 431
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
39555 TATTTACAAA
* * *
39565 ATAAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATA
1 ATAAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *
39630 ATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCCA
65 ATAATAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAATTAAATTTATTTACCA
* * ** * **
39695 AACTATTTCAAATTGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTTAAATTGTT
130 AACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATT
* * * * *
39747 ATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCA-ATTCATACTTGCTTATTCGAAATAAAATA
1 ATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-ATATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * **
39811 A-AATGAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA-TATAATTCTATTTA
65 ATAAT-AATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAATTA-AATT-TATTTA
* * * * * *
39873 CCTAACCAATTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
127 CCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATT
39928 ATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
39952 CAAATGATTT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 32, Indels: 9
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 10 0.06
181 153 0.91
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAA
TAATAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAATTAAATTTATTTACCAA
ACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATT
Found at i:40305 original size:298 final size:298
Alignment explanation
Indices: 39758--40308 Score: 655
Period size: 298 Copynumber: 1.8 Consensus size: 298
39748 TTACCTTTTG
* * *
39758 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTTGCTTATTCGAAATAAAATAAAATGAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAGTTAT
* * * * *
39823 TGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAATTCTATTTACCTAACCAATTCTAA
66 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATACTATTTACCGAACCAATTCTAA
* * * * *
39888 TAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
131 TAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAAACTTTTATTTGGTCATAAAAC
* * * * * *
39953 AAATGATTTTGTTCATATAAGTTTCCTTAGAATACAATAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAA
196 AAATCATTCTGTTCATACAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAA
40018 TTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAACTATTTTAAATTT
261 TTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAACTATTTTAAATTT
* * * ** *
40056 TTTTGTCATCAAA-AATTTATTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATATTATTAAGTT
1 TTTTGTCATAAAATAATTT-TTTCAATTCATACT-AGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAGTT
* * *
40119 ATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA-ACTGTTTACCGAA-CAAGTT
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATACTATTTACCGAACCAA-TT
* ** *
40182 -TAAATAATTATGATTACTTGAACAATTATCTATTTGGAATCACTATAACCTTTTATTTGGTCAT
127 CT-AATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAAACTTTTATTTGGTCAT
* ** * * * *
40246 AAAAGGATTTCA-TCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
191 AAAA-CAAATCATTCTGTTCATACAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATT
40309 AAGACAACTA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 39, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
297 10 0.05
298 193 0.93
299 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (298 bp):
TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAGTTAT
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATACTATTTACCGAACCAATTCTAA
TAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAAACTTTTATTTGGTCATAAAAC
AAATCATTCTGTTCATACAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAACTATTTTAAATTT
Found at i:40472 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 40081--41265 Score: 686
Period size: 182 Copynumber: 6.6 Consensus size: 173
40071 TTTATTTTAG
* * * * *
40081 TTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATATTATTAAGTTATTAATATTCCAAA-AATTAGTAATT
1 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT--AAACAATTAATAAGT
* * * * * *
40144 AAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTGTTTACCGAAC-AAGTTTAAATAATTATGATTACTTGAACAA
63 AAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A
* * * * * * ** * *
40207 TTATCTATTTGGAATCACTAT-AACCTTTTATTTGGTCATAAAAGGATT-TCATCTG
125 --ATCGA--T-AAATCATTATGAA-CTTTTCTTTTGTGATAAAACAATTGT-TTC-A
** * * *
40262 TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAACTAATTAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAA-ACAATTAATAAGTAA
*
40327 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAA-C-
65 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATCG
* * *
40389 A-AAAT-GTTATG-ACTTTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA
129 ATAAATCATTATGAAC-TTTTCTTTTGTGATAAAACAATTGTTTC-A
*
40433 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTAAACAATTAATAAGTA
* * * * *
40497 AAAGATTTAAAAAATAAA-ATGTTTACTAAACTATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
64 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CA--A
* *
40561 TCGATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCA
126 TCGA--T-AAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * * *
40612 GTCAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAA-AATTAGTGAGT
1 TTC-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT--AAACAATTAATAAGT
* ** *
40676 AAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
63 AAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A-
* * * * * *
40741 TATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTA
125 -ATCGA--T--AAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTGATAAAACAATTGTTTC-A
* * * * *
40795 TTCATCCAAGCTTATTTCAGATAAAATAATATAAATTTATCAATATTCCAAA-AATTAATAAGCA
1 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT--AAACAATTAATAAGTA
* * * **** *
40859 AAA-AATTGAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACGT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
64 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A--
* * * * ** * * * *
40922 ATCTATTTCAAATTAGTATGACCAAATTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTG
125 ATCGA--T-AAATCATTATGAAC-TTTTCTTTTGTGATAAAACAATTGTTTC-A
* ** * * * *
40976 TTCATTCAAGCTTATTTGGAATGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT---AAACAATTAATAAGT
* * * *
41041 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATA-ATT
63 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACA--
** * * * * * * *
41105 ATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATGATAAAGCAATTCTTTTTA
125 ATCGA--T-AAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTGATAAAACAATT-GTTTCA
* * ** * * *
41158 TTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATATGTT
1 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA--TTAAACAATTAATAAGTA
* **
41222 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAG
64 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAG
41266 CATATCCATT
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 142, Indels: 89
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 38 0.05
171 93 0.11
172 7 0.01
173 1 0.00
174 1 0.00
175 1 0.00
176 1 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
179 16 0.02
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182 196 0.24
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184 46 0.06
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAACAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCGAT
AAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCA
Found at i:40752 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 40395--41728 Score: 958
Period size: 180 Copynumber: 7.2 Consensus size: 180
40385 CAACAAAATG
* * * * *
40395 TTATGACTTTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAA
* * *
40459 TAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATGTTTAC
64 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * *
40523 TAAACTATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCA
129 TAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
40575 TTGTGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCAGTCAATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * ** *
40640 AATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTAC
*
40705 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-A
129 TAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * * *
40757 TTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAGATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * **
40822 AATA-TAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-AATTGAAAAATAAATTTGTTTTT
65 AATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* *
40885 TGAACGT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
129 TAAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * *
40937 GTATGACCAAATTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATTCAAGCTTATTTGGAATGAAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
*
41002 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTCC--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * *
41067 ACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTATTTCAAATCG
127 ACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
41120 TTATGATCTTTTGTTTTATGATAAAGCAATTCTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
** * * * *
41185 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
65 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * *
41250 GAA-TAAGTTCAAATAG-CAT-ATCCATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCG
130 AAACT-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** *** * * * * * * * *
41300 TTATGACATTATG-AATAAAATAATACCAATTATTCTAAAATAATACCA-TTTA-TTCAGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTT-T-CATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* * * *
41362 TTAGTATTCATAC-AATTTTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAA
62 --A--A-TAATACTAA-TTTA-TT--AAT---AT--T-CCAA---A--A--A-TTAATAA-GTAA
* * * * * * * **
41426 TAAGGATTTACAAAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGCCTATGAGAACAAT
103 -AA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
41490 TATCTATTTCAAATCA
165 TATCTATTTCAAATCA
* * * * **
41506 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
41571 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATAAATCTGT
65 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT--A--TGT
* * * * **
41635 TTATCGAACAC-A-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATTG
125 TTA-CTAA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
41691 TTATGACCTTTTATTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
1 TTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
41729 AAATAATATT
Statistics
Matches: 895, Mismatches: 193, Indels: 126
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 25 0.03
180 241 0.27
181 102 0.11
182 193 0.22
183 54 0.06
184 51 0.06
185 62 0.07
186 26 0.03
187 3 0.00
188 3 0.00
189 1 0.00
191 2 0.00
192 3 0.00
193 2 0.00
194 2 0.00
195 2 0.00
197 1 0.00
198 2 0.00
199 1 0.00
200 2 0.00
201 10 0.01
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203 2 0.00
204 4 0.00
205 38 0.04
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207 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTA
AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:41184 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 40056--41298 Score: 1062
Period size: 363 Copynumber: 3.5 Consensus size: 357
40046 TTTTAAATTT
* * * * * *
40056 TTTTGTCATCAAA-AATT-TATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTATTAAGTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATA-TAATTT
* * ** * * * ** * *
40119 ATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAACTGTTTACCGAACAAGTTTA
62 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAAT-AAAATGTTTACTAAACTAGTTCA
* * * * * ** * * *
40184 AATAATTATGATTACTTGAACAATTATCTATTTGGAATCACTAT-AAC-CTTTTATTTGGTCATA
126 AATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCAGTATGAACAATTGT-TTT-GTCATA
** * * *
40247 AAAGGATT-TCATCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-
189 AAACAATTGT-TTCTGTTCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* * * * *
40309 -AAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATCA-TT
252 CAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTT
* *
40372 ATGACTATTTG-AA-CA--A---CAAAATGTTATGACTTTTTC
316 ATGACTATTTGAAATTATTATTTCAAAATGTTATGAC-TTTTA
* * *
40408 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATA-TAATTTAT
* * * *
40473 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATGTTTACTAAACTATTTCAAAT
64 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAATAAAATGTTTACTAAACTAGTTCAAAT
* * * ** *
40538 AGTCATGACTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACA
129 AGTCATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCAGTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
40603 ATTGTTTCAG-TCAATAT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCC--AA
194 ATTGTTTCTGTTC-AT-TCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * ** *
40664 AAATTAGTGAGTAAGAGAACTAAAATAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
257 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
*
40729 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTA
321 TATTTG-A-AATTAT-TATTTCAAAATGTTATGA-CTTTTA
* * * *
40770 TTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAGATAAAATAATATAAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAT-AATTTAT
* * * * ** *
40835 CAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-AATTGAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACGT-GTTCAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAATAAA-ATGTTTACTAAAC-TAGTTCAA
* * * *
40898 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAGTATGACCAAATTGTTTTGTCATAAA
127 ATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCAGTATGAAC-AATTGTTTTGTCATAAA
* * *
40963 CCAATTGTTTCTGTTCATTCAAGCTTATTTGGAATGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
191 ACAATTGTTTCTGTTCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * *
41028 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGAC
256 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
*
41093 TATTTGATAATTATTTATTTC-AAATCGTTATGATCTTTTG
321 TATTTGA-AATTA-TTATTTCAAAAT-GTTATGA-CTTTTA
* * * * * * * *
41133 TTTTATGATAAAGCAATTCTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATA-TAATTTAT
* * ** * * * *
41198 TAATATTTTAAAAATTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAA
64 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAATAAA-ATGTTTACTAAACT-AGTTCAA
* * * *
41262 ATAG-CAT-ATCCATTTGAACTATCATCTATTTCAAATC
127 ATAGTCATGA-CTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATC
41299 GTTATGACAT
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 128, Indels: 69
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 125 0.17
352 126 0.17
353 11 0.02
354 1 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
359 1 0.00
361 13 0.02
362 153 0.21
363 188 0.26
364 78 0.11
365 22 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATATAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAAATAAAATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAG
TCATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCAGTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTGTTCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAAT
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAAATTATTATTTCAAAATGTTATGACTTTTA
Found at i:41331 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 41307--41352 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
41297 TCGTTATGAC
41307 ATTATGAATAAAATAATACCA
1 ATTAT-AATAAAATAATACCA
**
41328 ATTATTCTAAAATAATACCA
1 ATTATAATAAAATAATACCA
*
41348 TTTAT
1 ATTAT
41353 TCAGAATAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 17 0.77
21 5 0.23
ACGTcount: A:0.50, C:0.11, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATTATAATAAAATAATACCA
Found at i:41362 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 41315--41354 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
41305 ACATTATGAA
41315 TAAAATAATACCAATTATTC
1 TAAAATAATACCAATTATTC
*
41335 TAAAATAATACCATTTATTC
1 TAAAATAATACCAATTATTC
41355 AGAATAATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
TAAAATAATACCAATTATTC
Found at i:42504 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 41728--42515 Score: 549
Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 179
41718 CAATTGTTTC
* * * * * * * *
41728 AAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAA-AAAATCAGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATTTA-T
* * * * * * ** * *
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* * * ** * *** *
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* * * * * **
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** * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATTTATT
** * * * * ** * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * *
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Statistics
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127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
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48134 GGTTAAGACT
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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** *
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** * * * * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * ** * * **
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* * *
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* ** ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATCTGTT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * **
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1 AAT-AAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGT----AAGAGATTTAAAAA-TAAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * ** *
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** * * * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * *
44720 AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAGTAAG---AGA-TTT-AAAAATAAAT
** * * * * * *
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* *
44849 GA--TTT-TTTT-TCATAAAACAATTATGTCTATTCATACAAGT-TTATTTAGAATAAAATAATA
124 GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-TCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * ** * *
44909 CTAATTTATTAATATTCTAAACATTAACAGGTAGGAGG-TTTAAAAAATAAATCCATTTATCAAA
188 CTAATTTATTAATATTCTAAA-ATTAATAAGTA-AAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAA
* * * ** * * * ** *
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251 CAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
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* *** ** * *
45077 AAGTAAAATAATACTAAACCATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGT
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* * * * *
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* * * * ** *
45204 TCTTTAT-TTTT-TTATAAAAGAATTATTTCTTTTAATACAAGATTTTTCA-AATTAAAATAATA
126 -CTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAA-TAAAATAATA
* * * * *
45266 CTAATTTAATAATATTCCAAGAATTAGTAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAA
188 CTAATTTATTAATATTCTAA-AATTAATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAA
* * * * * * *
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251 -CAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
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* *
45435 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGATATTTAATAAATAAATCTATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATCTGTT
* * * * * *
45500 TACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGACTAT
65 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-T
* * * * * * *
45565 TTGTTTTGTCATCAAACATTTGTTTCTATTAATACAATCTTATTCAGGATAAAGTAATGCTAATT
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
45630 CATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAA-AGAATTTGTTGGCCTGACCAGTA
194 TATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTGTC-GAACAATT
* * * *
45694 AAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
256 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
* * * * * * *
45759 AACCAATTGTTTTTGTTCACACCAGCA-TATTCAA
321 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-ATTATTTAG
* * * *
45793 AATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAAATTAAG-AAGTAAAAATTTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-AGTAAG---AGA-TTT-AAAAATAAA
* *** * ** * * * * *
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* * * * * *
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123 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-TCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
45985 TACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG
186 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCG
** ** * * * * *
46049 AACAAGTTCAAATAGACATGTCCATTTGAATAATTATCCATTTGAAATCGTTATGA-CTTTTTTT
249 AACAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
46113 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATGCAA-ATTTATTCAA
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* * * * ** * * *
46155 AATAAAATAATACTGATCTATCAATATTTTGAAAATTAATAAGCGATCTTAAAACTAAATCTGTT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGAT-TTAAAAATAAATCTGTT
* * * * ** *
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* * * * * * * ** *
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128 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * * *
46347 TTCAATGTTATTC-CAAA--AATTAGT-AAGCAATTTAAAAAATACATGTGTTT-TCTGAAGCAA
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* * * * * * *
46407 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTC
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* * * * * *
46471 ATAAAACAATTATTGCAATTCATACAAGCTTATTCAA
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* * * * * *
46508 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATGAGTGAGATTTAAGAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGT-A-AGAGATTT-A-AAAATAAATCT
* *
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* * ** * * * *
46636 ACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAATTCATGA-AAACTTA-TCTGAATAAAATAGTA
125 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT-ACAATCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * *
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188 CTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTGT-CG
* * * * * * * *
46761 AACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-AATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTT
249 AAC-AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
46824 TTCTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATATAA-ACTT-TTTTG
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* * * * * * *
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1 AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGT
* * * * ** * * *
46930 TTGCTGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTTAAATCGCTT-TGAC
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* * * * *
46993 CTTTTGTTTAGTCATACAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
126 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAC-AATCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * ** *
47057 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-CATGAGATTTAAAAACATAAATCTATTTACCTAA
189 TAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTAAAG-GATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTGTCGAA
* * * **
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251 CAA-TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * ** **
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* * * * *
47225 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAAT-
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*** ** * * * * **
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* * * * * *
47351 TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-ACATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATA
123 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAATCTTATTCAG-AATAAAATA
*
47414 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAATAAG---A-GATTTAAAAAATAAATCTTTTTGTC
185 ATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTC
* * * * ** *
47474 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCTTTTGT
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* * * * * *
47539 TCTATCATCAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTA-
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* * ** * *
47581 AGATAAAATAATACTAATTTAGTAATATCATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 A-ATAAAATAATATTAATTTATTAATAT--TTCAAA--AATTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* ** * * * * *
47646 TTGTTTGTCAAACCAA-TTAAAACAGTTAAGACTATAT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTA
60 CTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* ** *
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123 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATA-
* * * * * **
47773 A-ACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTTATAAG---A-GATTTAAAAAATAATTTTATTTACCG
185 ATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCG
* * *
47832 AACCATTCAAATAAG-TATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACT-A-C-TTTGT
249 AACAATTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGT
* * * * * * * * * * *
47893 TTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAA
312 TTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAG
* *
47936 AAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAA-TAAAT
* * * * *
48000 CTGTTTATCAAACCA-TTCCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTCTTAT
60 CTGTTTACCAAACAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * *
48064 AATGTTTTATTTTGTCATTAAACAATTGGA-TT-TGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAA
124 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--ATTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAA
48127 TACTAAT
186 TACTAAT
48134 GGTTAAGACT
Statistics
Matches: 4089, Mismatches: 873, Indels: 501
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
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Consensus pattern (354 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTT
ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACAATTCAAAT
AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACA
ATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAG
Found at i:45045 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 42564--48133 Score: 3934
Period size: 538 Copynumber: 10.4 Consensus size: 536
42554 GCTTATTCAA
** * * *
42564 AATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGGGTAAGAGATTTAAAATATGAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
* ** ** * * *
42628 ATGTTTACTGATTAAGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
64 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT
* * * * * * *
42692 GACCTTTTGTTTTATCAGAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTTTGAATAAAATAATA
128 GA-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * * **
42757 -TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAACAAGTAA-AAATTTATAAAATAAATCTATTTTCTGAA
190 CT-AATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * *
42820 CATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTCTTTCAAAT-AGATATGACCTTTTCTT
253 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTATT
* * * * * *
42883 TTGTCTTAAACCAATTGTTTCTATTCATACAATCATATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTA
316 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** * *
42948 ATA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCCATTTA-CCAAGCAAGTTCAT
380 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAA
* * * * *
43010 ATTGTTATGACTATTTGAATAATTAATTTATTTCAAATAGTTATGA--TTTT-TTTTTTCATAAA
441 ATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
43072 ACAATTATGTCTATTCATACAAGTTTATTTAG
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* * * **
43104 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGGTTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * *
43169 CATTTATCAAATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
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* * * ** *
43234 ATTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCA-AAGTAAAATAATAC
129 A-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATAC
** * * * *
43298 TAA-CCATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTATACTGAAA-
191 TAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAAC
* * ** *
43357 TAGATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTATTT
254 AAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAACTTTTATTT
* * * * * * * *
43420 TGTTATAAAACAATTATTTCTTTTAATACAAGCTTTTTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAA
317 TGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * ** *
43485 TATTCCAAGAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAATGATTTCAAATAG
381 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
43550 TTAAGATTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAA
445 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
43615 TGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTTAG
510 TGTTTTTGTTCATACAAGATTATTTTG
* * * * *
43642 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAG---ATATTTAATAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
43704 GTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGAC
66 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
43769 TATTTGTTTTGTCATCAAACATTTGTTTCTATTAATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTA
131 --TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * ** * *
43834 ATTCATTAATATTCT-AAAATTTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAA-AGAATTTGTTGGCCTGAC
193 ATTTATTAATATT-TGAAAA-TTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACC-AAA
** * *
43896 CAA-TAAAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTT
253 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTATTT
* * * * * * *** * *
43959 TGACACAAAACAACTCTTTCTATTCATACAAGCTGATT-TTGATGAACATAATTCTAATTTATTA
317 TGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
** ** *
44023 ATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAACTGTATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
380 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
44088 GTTATGACGATTTGAGCAACTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTC-TTAAACTA
444 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A
*** * * * *
44152 ATAT-TTTCAATCCATATAAGCTTA-TTTC
508 AT-TGTTTTTGTTCATACAAGATTATTTTG
* * * *
44180 AATTAAAATAATAC-AATTTATTAATATT-CAGACAACTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATATA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAA
* * * *
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* * * * *
44308 GACTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATAT
128 GAC-TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATAC
* * * * ** * **
44372 TAATTTATTAATATTTTAGCAATTAATAAGTAATAAATTTTCAAAATAAATATGTTTACTGAACA
191 TAATTTATTAATATTTGA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
* * * * * * **
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255 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGT
* * ** * * *
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* * * * * * * **
44566 TCCAAAAATTCATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTATTGGACAAGTTCAAACGGTTA
384 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
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* *
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*
44720 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAAT
** * * * *
44784 CCATTTACCAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTATTTGAATAATTAATTTATTTCAAATAGTTAT
64 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATAGTTAT
* * *
44849 GA-TTTTTTT-TCATAAAACAATTATGTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTA
128 GACTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * ** * *
44912 ATTTATTAATATTCT-AAACATTAACAGGTAGGAGGTTTAAAAAATAAATCCATTTATCAAATAA
193 ATTTATTAATATT-TGAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * *
44976 GTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTTTTTC
256 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTC
* * * ***
45041 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAGTAAAATAATACTAAACCATTAATATT
321 ATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * *
45106 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTATA-CTGAA-ATAGATT-AAATACT
385 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATC-GAACA-AG-TTCAAATAGT
* * * * *
45164 TATGATTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAAGAA
446 TATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA
* * **
45226 TTATTTCTT-TTAATACAAGATT-TTTCA
509 TTGTTT-TTGTTCATACAAGATTATTTTG
* * * * *
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1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
* ** * ** * * * * * * *
45318 GTGTTTGTCGAATGATTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTTTG
64 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
** * * * * * * *
45383 ACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATAT
129 A-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
45448 TAATTTATTAATATTT-CAAA--AATTAGTAAGATATTTAATAAATAAATCTATTTACCAAACCA
191 TAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * ** *
45510 GTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATG-ACTATTTGTTTTGT
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* * * * ** * * *
45574 CATCAAACATTTGTTTCTATTAATACAATCTTATTCAGGATAAAGTAATGCTAATTCATTAATA-
320 CATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *** * **
45638 TTCTAAAATTTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAAAGAATTTGTTGGCCTG-ACCAGTAAAAATAG
384 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAATA-AATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAG
* * * *
45701 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAAT
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* * ***
45766 TGTTTTTGTTCACACCAGCA-TATTCAA
510 TGTTTTTGTTCATACAAG-ATTATTTTG
* *
45793 AATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAAATTAAGAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAAT
* *** * ** * * * * *
45858 TTGTTTATTGAATAAGTTCGTATCA-TTATGATTGTTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTAT
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* * * * * * *
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* * * * *
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190 CTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * *
46304 TGTTTCTT-TTCATACCAGCTTATTTGG
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* * * ** * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
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* * * * *
46456 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTGCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
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* * * * *
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* ** *
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* ** ** * * *
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* * *
46710 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTT-TCCAAACTAGTTTAAA
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* * * * * *
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* *
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* * * *
46865 GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATG
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *** *
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* * *
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* ** * ** *
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* * *
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* * * * **
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* * * * * ** * *
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* * * *** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * ***
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
* * * **
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* * * * * * ** * *
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48243 TTAATAGTAT
Statistics
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0.82 0.15 0.03
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109 34 0.42
110 45 0.56
111 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (109 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATAATGTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTATTCA
CACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGGTTAAGACTAA
Found at i:48821 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 48148--50266 Score: 1120
Period size: 181 Copynumber: 11.8 Consensus size: 178
48138 AAGACTAATG
* ** * ** ** *
48148 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTTTTATTCAC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGA-TCAT
* * * *
48212 ACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
64 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * *
48277 TT-AAAAA-AAATTTGTTTATTGAATCAA-TTCAAATGGTTA-AGAT-TATTA
128 TTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTAT-TTA
* * ** * * * * ** * *
48325 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTAAGTTATAAAACAATTGTTTCCGTTCA
1 -AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CGATCA
* * **
48390 TACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAACAAAACG
63 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAA-GTAA-G
* * * *
48454 AGA-TTGAAAAA-AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATACTTATTA-CTATTTA
124 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TAGCTATTTA
* ** * * * * *
48507 ATC-ATCTGCCTATTTAAAATCATTATAGCCTTTTGA-TTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTT
1 AACAAT-TATCTATTTAAAATCATTAT-G-ATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGA-TC
** * * *
48569 AGTACAAGCTTAGACAGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGA
62 A-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** ** * * * *
48634 AATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAATTAGCTAAAATAATTATAGCCATTTA
125 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTA
* * *
48688 AACGATTAGCTATTTGAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATCATA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATCATA
*
48753 CAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAAATAAGTAAGAGATT
65 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATT-AATAAGTAAGAGATT
* * *
48818 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTGT-GACTATTTG
129 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTA
* * ** * * * * *
48868 AACAATTTTCAATCTT-AAATTGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCGT
1 AACAATTATCTAT-TTAAAATCATTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-GATCAT
* *** * *
48932 AGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAA-ACTAATTTAATAATATTTC-AAA--AATTAGTAAGAGAT
64 ACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* ** * * * *
48992 TT-AAAAATAAATGTGCTTACGAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTA
128 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTA
* * ** * ** * * * * * *
49041 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATGCTTTGCTTGGTCATAAAATATTTATTTCATATCT
1 -AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-GATCA
* * * * * * * *
49106 TACAAGCTTA-TCTAAAATAAAGTAATCCAAATTTATTAACA-CTCGAAAAAGTAATAAGCAAAA
63 TACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGA
* * *
49169 GATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTG
125 GA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTA
* * * * * * *
49224 AATAATTATTTATTTAAAATCTTTATGACTTTTTATTCTGAT-ATAAAAGAATTGTTTTAGTTTC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TTTTTATTTTG-TCATAAAACAATTG-TTTCG-ATC
* * * * * *
49288 -TGA-AAACTTATCCAAAATAAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAG
62 AT-ACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * ** *
49351 AG-TTTAAAAAATAAATTTCTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATAATTATTTG
124 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTA
* * * * *
49405 AACAATTATCTATGTAAAATCATTATGACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-GATCAT
* ** *
49470 ACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT----GAT
64 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
49531 TTAAAAAATGAATCTATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTA
128 TTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTA
* * ** * * * * * * **
49582 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATCAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCGATCAT
* * * *
49647 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAGGTAATAAGCAAGAGAT
64 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * *
49712 TTAGAAAAATAAATTTGTTTAGTGAATC-AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTG
128 TTA-AAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTA
* * * * * * * * * * * *
49764 AAGAATTGTAAT-TATTTACAA--ATTA-AACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGTT
1 AACAA-T-T-ATCTATTTAAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CGAT
* * * * * * * *
49825 CATACAAGCGTATTCGAAATAAACTAATACAAATCTAATAATATGTTGAAAATTAATAACTAAGA
61 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * * * * *
49890 GATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATTGTTA-AGACTATATG
125 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTA
* ** * * *
49944 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-GAATTC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTA-TGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCG-A-TC
* ** * *
50006 ATACTAGCTTATTTGAAATAAATTAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
62 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
50070 GATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTCTAATAATTAT-GACTATTTG
125 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTA
* * ** * * * * **
50124 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGA-TCAT
* * ** * *
50189 ATAAGTTTGCTCAAAATAAAATAAT-C-AAATTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATT
64 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATT
50249 TAAAAAATTAAA-CTATTT
129 TAAAAAA-TAAATCTATTT
50267 TTAATTTTGT
Statistics
Matches: 1519, Mismatches: 331, Indels: 185
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 60 0.04
175 78 0.05
176 27 0.02
177 125 0.08
178 75 0.05
179 134 0.09
180 401 0.26
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184 8 0.01
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGATCATAC
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTA
Found at i:49665 original size:540 final size:533
Alignment explanation
Indices: 48207--50243 Score: 1501
Period size: 540 Copynumber: 3.8 Consensus size: 533
48197 AATTTTTTTA
* * * * ** *
48207 TTCACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAA
* * * * * *
48272 GAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTATTGAATCAA-TTCAAATGGTTA-AGATTATTAGAATAATT
66 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATT
* * * * ** * *
48333 ATCTAT-TTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTAAGTTATAAAACAATTGTTTCCGTTCATACAAGC
129 ATCTATCTT-AAATTGTTATGACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACATGC
** * * * *
48397 TTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAACAAAACGAGATTGA
191 TTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-----AA-GTGATTTA
* * * * * * ** *
48461 AAAAA-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATACTTATTACTATTT-AATCATCTGCCTATTTAA
248 AAAAATAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAAT-TATCTATTTCA
** * * *
48524 AATCATTAT-AGCCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTA--GTACAAGCTTAGACA
311 AATTGTTATGA-CCTTTTG-TTTGGTCATAAAATAATTGTTTT--TTATCATATAAGCTTA-TCA
* * * * * * * * *
48585 GATTAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTA-AAAAATA
371 AAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TCTCAAAAAGTAATAAGCAA-AAGATTTAGAAAAATA
* ** ** * * * * * * **
48647 AATATGCTTACCAAATTAGCTAAAATAATTAT-AGCCATTTAAACG-A-T-TAGCTATTTGA-AA
434 AATCTATTTAGTAAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-GAATTGTAATTATTT-ACAA
* * * * * * * *
48707 TCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CG
496 --ATTA-AACATTTTATTCTATTATAAAAGAATTATTTATG
* * * *
48747 ATCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAAATAAGTA
1 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AATAAGCA
* ** * * * *
48811 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTT
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * *
48876 TCAATCTTAAATTGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCGTAGA-A-GCT
130 TCTATCTTAAATTGTTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AAT-TTATACATGCT
* ** * * *
48939 TATTCG-GTTAAAAATAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTT-AAAAATAA
192 TATTTGAAAT-AAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAAT-A
* * * **
49002 ATGTGCTTACGAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
255 ATCTGTTTACG-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * ** * * *
49066 ATGATGC-TTTGCTTGGTCATAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTTATCTAAAATAAAGTA
318 ATGA-CCTTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATC-AAAATAAAATA
49130 ATCCAAATTTATTAACA-CTCGAAAAAGTAATAAGCAAAAGATTTTA-AAAAATAAATCTATTTA
381 ATCCAAATTTATTAACATCTC-AAAAAGTAATAAGCAAAAGA-TTTAGAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
49193 -TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-T-TATTTATTTA-AAATCTTTATGACT
444 GT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTAATTATTTACAAA---TTA-AACA
*
49254 TTTTATTCTGA-TATAAAAGAATTGTTT-TAG
504 TTTTATTCT-ATTATAAAAGAATTATTTAT-G
* * *
49284 TTTC-TGA-AAACTTATCCAAAATAAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAG
1 -TTCAT-ACAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
* * *
49347 CAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTCTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAAT
63 CAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * ** *
49411 TATCTATGTAAAATCATTATGACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACATGC
128 TATCTATCTTAAATTGTTATGACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACATGC
*
49476 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATG
191 TTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAAT-
* * *
49541 AATCTATTTATCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGT
254 AATCTGTTTA-CGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *
49605 TTTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
317 TATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTA-TCAAAATAAAATA
* * * * * * *
49670 A-CACTAATTTATTAATATTTCAAAAGGTAATAAGCAAGAGATTTAGAAAAATAAATTTGTTTAG
381 ATC-CAAATTTATTAACATCTCAAAAAGTAATAAGCAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTAG
* * *
49734 TGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTAATTATTTACAAATTAAACATTTTGT
445 TAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTAATTATTTACAAATTAAACATTTTAT
*
49799 TCTATTATAAAATAATTATTTATG
510 TCTATTATAAAAGAATTATTTATG
* * * * * * * *
49823 TTCATACAAGCGTATTCGAAATAAACTAATACAAATCTAATAATATGTTGAAAATTAATAA-CTA
1 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGC-A
* * * * * *
49887 AGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATTGTTA-AGACTATATGAACAAT
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAAT
* * * *
49950 TATCTATTTTAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTGAATTCATAC-TA
128 TATCTATCTTAAATTGTTA-TGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAT-
* *
50012 GCTTATTTGAAATAAATTAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
189 GCTTATTTGAAATAAAATAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAA
* * * *
50077 AAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
249 AAAATAA-TCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAA
* * * *
50142 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATG-TTTTTATTCATATAAGTTTGCTCAAAAT
312 ATTGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTTTA-TCATATAAGCTT-ATCAAAAT
* * *
50206 AAAATAAT-CAAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
375 AAAATAATCCAAATTTATTAACATCTCAAAAAGTAATAAG
50244 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 1206, Mismatches: 213, Indels: 156
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
533 10 0.01
534 14 0.01
535 114 0.09
536 89 0.07
537 93 0.08
538 172 0.14
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540 288 0.24
541 66 0.05
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543 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAA
GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
CTATCTTAAATTGTTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACATGCTTATT
TGAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAATCTGT
TTACGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
TTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATCAAAATAAAATAATCCAAATTT
ATTAACATCTCAAAAAGTAATAAGCAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTAGTAAATAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTAATTATTTACAAATTAAACATTTTATTCTATTATAAA
AGAATTATTTATG
Found at i:50138 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 50106--50138 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
50096 AACTAGTTCT
50106 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
50124 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
50139 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:50508 original size:297 final size:299
Alignment explanation
Indices: 49974--50527 Score: 705
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 299
49964 TGTTACTACC
* ** * *
49974 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAATTAAAATGAAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAG
* **
50039 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTACCTAACTAGTT
* * *
50104 CTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
131 CTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * *
50169 AAATAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGCTCAAAATAAAATAAT-CAAA-TTATTAATATTTCA
196 AAATAAATGTTTCTATTAATACAAGTTTGCTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA
50232 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAACTATTTTTAA
261 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAACTATTTTTAA
* * *
50271 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACT-AGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGA
** * *
50334 AGTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTACCTAA-TAA
64 AGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTACCTAACT-A
* ** *
50398 G-TCTAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTGGAATTGCTGTAACCTTTTGTTTTAT
128 GTTCT-AATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * *
50462 CATAAAA-AGAT-TTCATCTATTAATACAAGCTTAT-TTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTA
192 CATAAAATAAATGTT--TCTATTAATACAAG-TT-TGCTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTA
50523 ATATT
253 ATATT
50528 AAGATAATTA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 29, Indels: 18
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
295 2 0.01
296 11 0.05
297 186 0.85
298 7 0.03
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Consensus pattern (299 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAG
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTACCTAACTAGTT
CTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATA
AAATAAATGTTTCTATTAATACAAGTTTGCTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAAACTATTTTTAA
Found at i:51146 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 50271--52456 Score: 1400
Period size: 361 Copynumber: 6.1 Consensus size: 357
50261 CTATTTTTAA
* * *
50271 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCAT-ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCA-AAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TA
* *** * ** *
50334 AGTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATTGTTTACCT-AATA
63 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTAAAAAATAAATA-TGTTTA-CTGAACA
* * ** * * * * *
50397 AG-TCTAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTGGAATTGCTGTAACCTTTTGTTTTA
125 AGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTG
** * * *
50461 TCATAAAA-AGATTTCATCTA-TTAATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATT
189 TCATAAAACA-ATTTTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * *
50522 AATA-T-TAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATATCTATTCACCAAACAAGTTCAA
250 AATATTCTAA-A-AATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * ** *
50585 ATCA-TTATGACTATTTGAAC----A---A---CAAATTGTTATGACT
312 AT-AGTTATGGCTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * * ** *
50622 TTTTCTTTGGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGCTTATTTGGACTAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCA-AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TA
* * * *
50686 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGATTACTGAATAA
63 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGC-AAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
* ** ** * *
50750 TTTCAAATAGTCGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTA
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
* * * *
50815 ATAAGATAATTTTTTCAGTTAATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
191 ATAAAACAATTTTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * **
50880 CTAAAAATTAGTGAGTACGAGAACTAAAACAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
256 CTAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
*
50945 TGTCTATCTAAACAATTATCTATTTC-AATCATTATGACC
319 TGGCTAT-TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
50984 TTTTGTTTTATCAAAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTAATTTCAAATAAAATAATATAAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AA
* * * *
51049 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACACGTT
64 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * *
51114 CAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGATATGAC-TAGTTATTTTGTTAT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCAT
** * * * * * * *
51178 AATCCAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATGAAATAATATTAATTTATTAA-ATTT
193 AAAACAATT-TTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
51241 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGTA--GAGCAAGTTCAAATAGTTT
257 T-AAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * **
51304 TGACTATTTGATAATTA-CTTGTTTCAAATCACTATGATA
319 TGGCTATTAAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * **
51343 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCAT-AAAGGTTTTTTTGGAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCAAA-G-CTTATTCAAATAAAATAATA-TA
* * * * * * *
51407 ATTTATTAATATTCTAAAATTTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
63 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-CAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * * * *
51472 TTCAAAGAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTGTTTCAAATTGTAATGACATTTTGTTTTGTC
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
** *
51536 ATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATAAAAAATTATTT-AGAATAAAATAAT
191 AT---A-AA-A-CAATT-TT-----T--TCAG--TTCATAAAAACTTATTTGA-AATAAAATAAT
* * * * * * *
51600 ACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAAT-A--AGA-ATTT-AAAAATAAATGTGTTTGCCAAAC
239 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * ** * *
51660 AAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTCTAACC
304 AAGTTCAAATAGTTATGGCTATTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
51715 TTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCAT-ACATGCTTATTCGAAATAAAATAGTAC
1 TTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATCA-AAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-
* * * * *
51777 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAA-TT--AAAA-AAATCTATTTA-TCAAAC
61 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAAC
* * *
51837 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAT-TTTT
124 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT-TGTTTT
* ** * * * *
51901 ATTGTAAAACAATTGTTTCCA-TGCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATA-TTACTTATTAA
188 GTCATAAAACAATT-TTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * **
51964 CATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATTAGTTCAAATA
252 TATTCT-AAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * *
52028 ATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGAAC
315 GTTATGGCTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
52072 TTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTTTCA-TCATACAAA-CCTATTCATTATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAT-CAAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-T
* * * * * * *
52135 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCA
62 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
* * * * * * ** * *
52200 GTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATATCTTTCAAATTGTTATAACCCTTTGTTATATC
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
* * ** * * * *
52265 ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATATT
191 ATAAAACAATTTTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
52330 CTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAA
256 CTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
52395 GGCCATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCTTTATGACC
320 GGCTAT-TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
*
52434 TTTTGTTTTATCGTAAAACAATT
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATT
52457 CCTTCAATTC
Statistics
Matches: 1424, Mismatches: 312, Indels: 187
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 37 0.03
352 230 0.16
353 48 0.03
354 3 0.00
355 3 0.00
356 5 0.00
357 128 0.09
358 20 0.01
359 106 0.07
360 106 0.07
361 253 0.18
362 207 0.15
363 5 0.00
364 3 0.00
365 1 0.00
366 7 0.00
368 66 0.05
369 6 0.00
370 14 0.01
371 37 0.03
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373 2 0.00
374 1 0.00
375 1 0.00
376 43 0.03
377 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCAAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATT
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTTTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
AATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTAT
TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
Found at i:51405 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 50270--52456 Score: 1231
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 178
50260 ACTATTTTTA
* * ** * ***
50270 ATTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
* ** * * * *
50334 AGTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATTGTTTACCTAATAA
66 ATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTA-CGAACAA
* * ** *** * *
50398 G-TCTAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTGGAATTGCTGTAAC
128 GTTC-AAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
50450 CTTTTGTTTTATCATAAAA-AGATT-TCATCTATTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAT
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACA-ATTGT-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAT
* * * * * * *
50513 AAATTTATTAATATT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATATCTATTCACCAAAC
64 TAATTTATTAATTTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAC
* * **
50577 AAGTTCAAATCA-TTATGACTA-TT--TGA--A-C-A--ACAAATTGTTATGAC
126 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
50621 TTTTTCTTTGGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGACTAAAATAATATTA
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
* * * * *
50686 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGATTACTGAATAAT
66 ATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAACAAG
** *
50751 TTCAAATAGTCGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGAC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
50802 ATTTTGTTTTGTAATAAGATAATT-TTTTCAGTTAATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
* * * ** ** *
50866 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTGAGTACGAGAACTAAAACAATAAATCTGTTTACCGAACA
65 AATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTA-CGAACA
* * *
50931 AGTTCAAATAGTTATGTCTATCTAAACAATTATCTATTTC-AATCATTATGAC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * ** *
50983 CTTTTGTTTTATCAA-AAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTAATTTCAAATAAAATAATATA
1 ATTTTGTTTTGT-AATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
* * * * * *
51047 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACAC
65 AATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAACAA
51111 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGA-TATGAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGAC
* * * ** * *
51163 -TAGTTATTTTGTTATAATCCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATGAAATAATATT
1 AT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
* *
51227 AATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGTA-GAGCAA
65 AATTTATT-AATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TACGAACAA
* * * * *
51291 GTTCAAATAGTTTTGACTATTTGATAATTA-CTTGTTTCAAATCACTATGAT
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGAC
* *
51342 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-AAGGTTTTTTTGGAATAAAATAATATT
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-GCTTATTTGGAATAAAATAATATT
* * * * *
51406 AATTTATTAATATTCTAAAATTTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
65 AATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAA
* * * * * ** *
51471 GTTCAAAGAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTGTTTCAAATTGTAATGAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-AA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** *
51523 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATAAAAAATTATTTA
1 ATTTTGTTTTG---T--AATAA-AACAATT-GT-----T--TT--TATTCATACAAGCTTATTTG
** *
51588 GAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTT-GAAAATTAATAAG----A-ATTT-AAAAATAAA
50 GAATAAAATAATATTAATTTATTA--ATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** * * ** *
51646 TGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTCT
113 TATGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
*
51711 AAC
176 GAC
* * * * * * * * * *
51714 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAGTACT
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
** * * * *
51778 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-A-TT--AAAA-AAATCTATTTATCAAACA
65 AATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACA
* * **
51838 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** ** * * * *
51891 CTTTAT-TTTTATTGTAAAACAATTGTTTCCATGCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATT
1 ATTT-TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
* * * * * * * **
51955 -ACTTATTAACATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAATT
65 AATTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CGAACA
* * * *
52018 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGA-
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * **** *
52070 ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCATTATAAAATAATAC
1 A-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAT
* ** * *
52134 TAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACC
64 TAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAACA
* * * * * ** *
52199 AGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATATCTTTCAAATTGTTATAAC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * * * * * * * *
52252 CCTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTA
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
* * * * * * * * * * * *
52317 ATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAG
66 ATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACGAACAAG
* * * * * * * *
52382 TTCAAATAGTTAAGGCCATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCTTTATGAC
129 TTCAAATAGTTATGACTAT-TTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * **
52433 CTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT
1 ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
52457 CCTTCAATTC
Statistics
Matches: 1557, Mismatches: 347, Indels: 205
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 118 0.08
172 6 0.00
173 6 0.00
174 2 0.00
175 49 0.03
176 23 0.01
177 108 0.07
178 25 0.02
179 176 0.11
180 277 0.18
181 551 0.35
182 63 0.04
183 2 0.00
184 1 0.00
185 5 0.00
186 9 0.01
187 6 0.00
188 2 0.00
190 1 0.00
191 66 0.04
192 4 0.00
193 2 0.00
195 2 0.00
197 45 0.03
198 2 0.00
199 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
ATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:52128 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 51763--52231 Score: 458
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
51753 TGCTTATTCG
* * * * * *
51763 AAATAAAATAGTACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAAT-T--AAAA-AAA
1 AAATAAAATAATACTAACTTACTAACATTTC-AAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAA
* * * * **
51823 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
65 TCAATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTAT
* ** * * *
51888 GACCTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTCCATGCATAAAAACTTATTTG
130 GAACTTTATTTTTATCATAAAACAAGTGTTTCCATGCATAAAAACCTATTTC
* * * * *
51940 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAACATTTCAAAATTTGATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAACTTACTAACATTTCAAAAATTAATAAG-TAGGAGATGTAAAAAATAAA
** * *
52003 TCAATTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTAT
65 TCAATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTAT
* * * *
52068 GAACTTT-TGTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTTTCAT-CATACAAACCTA-TTC
130 GAACTTTAT-TTTTATCATAAAACAAGTG-TTTCCATGCATAAAAACCTATTTC
* * *
52119 ATTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAACTTACTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAA
* * *
52184 T-ATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTAT
65 TCA-ATTTATC-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
52232 ATCTTTCAAA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 40, Indels: 22
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 26 0.11
177 17 0.07
179 8 0.03
180 103 0.43
181 85 0.36
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAAATAATACTAACTTACTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAAT
CAATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATG
AACTTTATTTTTATCATAAAACAAGTGTTTCCATGCATAAAAACCTATTTC
Found at i:52613 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 52385--52739 Score: 624
Period size: 128 Copynumber: 2.8 Consensus size: 128
52375 AAACTAGTTC
* *
52385 AAATAGTTAAGGCCATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAA
1 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAA
*
52450 AACAATTCCTTCAATTCTTTGTAACTTAGAATAAAAAATTAATTCATAGTAACTTATAACAAA
66 AACAATTCCTTCAATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAATTAATTCATAGTAACTTATAACAAA
*
52513 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCTTAA
1 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAA
* *
52578 AACAATTCCTTCAATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAATTAATTCTTAGTAACTTATAATAAA
66 AACAATTCCTTCAATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAATTAATTCATAGTAACTTATAACAAA
* *
52641 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCGTAA
1 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAA
52706 AACAATTCCTTCAATTCTTAGT-A-TTAGAATAAAA
66 AACAATTCCTTCAATTCTTAGTAACTTAGAATAAAA
52740 TAAAAAATTA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 9, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
126 11 0.05
127 1 0.00
128 206 0.94
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (128 bp):
AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAA
AACAATTCCTTCAATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAATTAATTCATAGTAACTTATAACAAA
Found at i:52622 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 52590--52644 Score: 101
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
52580 CAATTCCTTC
52590 AATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAATT
1 AATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAATT
*
52618 AATTCTTAGTAACTTATAATAAAAAAT
1 AATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAAT
52645 AGTTAAGGCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 26 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (28 bp):
AATTCTTAGTAACTTAGAATAAAAAATT
Found at i:53675 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 52766--53779 Score: 620
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 178
52756 TTCAAAAACT
* * * ** * *
52766 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAT-AATTTTATTTGTCGAAC-AGTTTACATAGTTATGACTATTTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAATGAA-TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ** *
52829 AAC-ATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTGT-TGTTTATCACAAAAACAATT-ACTTTGTT
65 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TAT-TTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTATT
* * ** * *
52890 CATA-TAGCGTTTAATGGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGGA-AATT
127 CATACAAGC--TTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT-GACAATA
* * * * * * ** * * * *
52944 AAGACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTAAACCAGTTTAATTAGTTATAACTATTTG
1 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * **** * * * * *
53009 AATAATTATTTATTTCAAATCAAGATGGCC--ATATGTT-TCATAAAAGC-ATTGTTTCTATTCC
65 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTATTCA
* * ** * * *
53070 TA-TAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
129 TACAAG-CTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGACAATA
* * * * ** * *
53122 AACAAGTAAAGGATTAAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTG-ACTCGTGCAAATAGTTATGACTGTT
1 AATAAGTAAAAGATT-TAAAAATGAATCTGTTTA-CC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
53185 TGAACAATTATATATTTCGAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTT
63 TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* *
53250 GTACAAGCTTATTCAAAATAATATAAT-TCTAATTTATTAATATTT--CAA-A
128 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTGACAATA
** *
53299 AATTAA-TAAGGGATTTAAAAAATGCATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
1 AA-TAAGTAAAAGATTT-AAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * **** * *
53363 GAACAATTATGTATTTGAAATCACCATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTC
64 GAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTC
* ** * * *
53427 ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTCAGATAATG
128 ATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGACAATA
* * * *
53480 AATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAATTTTGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
1 AATAAGTAAAAGATTTAAAAATGAA-TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
53545 AACAAATATTTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCC
65 AACAATTA-TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * *
53609 ATACAATCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAGTTTGACAATT
128 ATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTGACAATA
* ** *
53662 AATAAGTAAAAGATGTTAAAAA-AAAGATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCTA--ACTATTT
1 AATAAGTAAAAGAT-TTAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTT
** * * * * **
53724 GAGTAATTATCTATTTAAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGT
64 GAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
53780 ATTAGTTCAT
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 143, Indels: 85
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 142 0.22
178 129 0.20
179 52 0.08
180 64 0.10
181 155 0.24
182 91 0.14
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATAAGTAAAAGATTTAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA
CAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGACAATA
Done.