genome.fa.s108.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167933.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_196, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52939

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68--92	10	2.5	10	100	0	50	60	0	8	32	1.26
542--582	18	2.2	19	95	4	75	53	2	0	43	1.13
541--651	23	5.2	22	77	15	85	49	0	0	49	1.07
726--1391	181	3.7	178	77	5	547	42	8	8	40	1.66
726--1391	180	3.7	180	77	4	513	42	8	8	40	1.66
1503--1554	21	2.5	20	84	6	59	46	3	0	50	1.20
2258--2665	179	2.3	177	76	9	416	39	9	7	42	1.66
3656--3925	142	1.9	144	85	3	373	38	7	11	42	1.68
3793--4138	182	1.9	177	81	4	415	38	7	11	43	1.68
4610--4677	27	2.4	28	73	11	68	58	4	1	35	1.27
4612--4678	26	2.6	27	72	13	68	58	4	1	35	1.28
5225--5363	20	6.5	23	67	25	81	46	0	1	51	1.15
5271--5346	40	1.9	38	84	5	98	47	0	0	52	1.00
6182--6222	21	1.9	21	85	14	57	56	2	2	39	1.26
6389--6431	13	3.5	13	78	18	56	55	0	0	44	0.99
6386--6431	23	2.0	22	91	4	74	56	0	0	43	0.99
6741--6833	20	4.9	19	69	22	63	50	1	5	43	1.32
6822--6854	12	2.8	12	86	13	50	48	0	0	51	1.00
7086--7138	18	2.8	19	73	15	56	45	1	3	49	1.31
8765--8836	28	2.6	27	81	14	94	45	0	1	52	1.09
8804--8837	10	3.3	10	88	8	50	47	0	0	52	1.00
9679--9766	29	2.9	29	73	19	81	55	0	1	43	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9668--9722	18	2.9	19	73	13	60	56	0	0	43	0.99
9711--9809	14	6.8	14	66	20	51	56	0	2	41	1.11
9669--9796	61	2.0	62	82	13	154	54	0	1	43	1.09
9818--9914	21	4.8	21	68	16	53	41	3	1	54	1.23
9975--10045	26	2.7	27	74	12	76	52	1	0	46	1.09
10002--10078	19	4.2	18	82	9	86	53	0	0	46	1.00
10148--10208	21	2.8	22	76	18	65	44	0	1	54	1.10
10199--10273	22	3.4	22	75	20	75	54	0	0	45	0.99
10222--10345	60	2.0	63	83	13	161	46	0	0	52	1.06
10286--10347	5	12.2	5	75	16	56	41	1	0	56	1.09
10226--10346	24	5.1	24	69	20	67	45	0	0	53	1.06
10305--10369	24	2.7	23	79	13	60	43	3	1	52	1.26
10329--10416	35	2.5	36	76	12	94	51	3	2	43	1.31
10532--10570	20	2.1	18	85	9	51	51	2	0	46	1.14
10738--10786	21	2.4	20	80	12	55	51	4	0	44	1.20
11350--11398	18	2.7	19	68	12	57	42	6	6	44	1.54
11218--11507	151	1.9	149	81	6	352	41	7	7	43	1.62
11630--11705	22	3.5	21	69	20	59	48	5	1	44	1.33
11644--11714	19	3.4	20	75	11	63	49	4	1	45	1.30
11959--12018	28	2.1	28	84	0	75	36	3	1	58	1.25
11945--11985	21	2.0	21	85	9	57	48	0	0	51	1.00
12255--12936	180	3.8	181	73	10	529	42	9	7	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12947--13501	181	3.1	179	81	5	608	41	7	7	42	1.62
14261--14498	120	2.0	120	86	6	331	36	13	7	43	1.71
15602--15648	19	2.5	20	75	10	53	46	0	4	48	1.21
15872--15929	20	2.9	21	77	12	59	43	0	3	53	1.17
16207--16247	18	2.3	18	86	0	55	58	0	0	41	0.98
16218--16255	14	2.7	15	80	16	53	55	0	0	44	0.99
16164--16272	55	2.0	54	80	10	123	50	0	0	48	1.07
16268--16326	27	2.2	26	79	8	64	40	8	1	49	1.43
16394--16434	16	2.6	17	81	14	52	48	0	0	51	1.00
16625--16709	24	3.6	23	76	22	70	49	1	2	47	1.22
16660--16706	23	2.0	24	84	16	62	48	2	0	48	1.13
16767--16817	27	1.9	26	88	4	75	43	5	0	50	1.26
16765--16826	27	2.4	25	75	15	63	41	4	0	53	1.22
16992--17033	19	2.3	18	91	4	66	45	0	2	52	1.13
16990--17037	16	2.9	16	77	19	53	45	0	2	52	1.12
17652--17689	20	1.9	20	88	0	58	47	0	0	52	1.00
17664--17765	15	7.3	15	72	20	71	50	0	1	47	1.19
17721--17782	28	2.2	28	82	8	72	54	3	1	40	1.26
17775--17852	19	4.3	18	72	15	63	48	1	2	47	1.23
17824--17866	19	2.3	19	79	0	50	58	4	0	37	1.19
18507--18557	15	3.3	15	77	20	52	50	5	1	41	1.37
18519--18661	78	1.8	77	80	15	170	47	5	1	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18622--18707	22	4.0	22	82	10	115	45	0	0	54	0.99
18598--18711	41	2.8	41	93	4	187	46	1	0	51	1.11
18615--18710	8	11.8	8	73	20	74	46	0	0	53	1.00
20593--20639	13	3.5	13	76	21	51	34	2	6	57	1.36
20955--21009	24	2.2	25	81	12	69	52	3	1	41	1.29
20987--21025	17	2.4	17	86	4	53	51	0	0	48	1.00
21298--21362	30	2.2	29	88	2	94	50	3	0	46	1.17
21541--21604	20	3.3	19	76	20	60	50	4	1	43	1.32
21698--21815	20	6.1	20	71	15	70	48	2	0	48	1.21
21727--21812	17	4.8	17	68	17	57	46	2	1	50	1.21
21714--21785	37	1.9	37	86	5	101	45	2	0	51	1.15
21934--21993	30	1.9	30	83	16	77	50	0	0	50	1.00
21953--22132	12	14.5	12	67	20	70	46	2	0	50	1.15
22001--22058	17	3.4	17	69	21	50	39	5	0	55	1.22
22003--22132	25	5.3	25	66	21	69	44	3	0	51	1.19
21971--22043	10	7.1	11	68	18	50	43	1	0	54	1.08
22269--22337	36	1.9	36	82	11	88	55	1	2	40	1.24
23429--23528	14	7.8	14	70	22	53	52	0	0	48	1.00
23455--23534	25	3.1	27	76	18	82	53	0	0	46	1.00
23490--23534	17	2.6	17	80	13	56	53	0	0	46	1.00
23500--23534	14	2.6	14	86	4	54	54	0	0	45	0.99
23915--23953	17	2.3	17	86	8	53	46	2	0	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24118--24170	15	3.4	15	78	21	56	45	0	3	50	1.19
25205--25254	26	1.9	27	88	8	77	58	4	2	36	1.29
25273--25334	23	2.6	24	79	5	72	53	4	1	40	1.32
25345--25380	18	1.9	19	88	5	56	44	0	2	52	1.15
25355--25392	18	2.1	18	85	9	51	50	0	2	47	1.15
26054--26137	15	5.7	15	67	19	52	53	0	2	44	1.13
27679--27766	31	2.9	32	77	15	89	48	0	1	50	1.08
27703--27811	41	2.6	44	82	5	118	50	1	0	46	1.18
27746--27910	33	5.0	32	73	15	106	49	3	1	46	1.28
27725--27820	28	3.5	28	77	17	94	50	2	0	47	1.12
28351--28379	9	3.3	9	95	4	51	41	0	0	58	0.98
28680--28746	18	3.8	17	80	11	64	49	1	1	47	1.19
28728--28802	27	2.9	27	75	15	77	49	4	0	46	1.20
28982--29023	14	3.0	14	76	13	50	45	0	2	52	1.13
28962--29023	28	2.4	25	81	10	72	46	0	1	51	1.10
29054--29121	20	3.2	20	64	28	50	36	4	2	55	1.35
29060--29131	24	3.2	24	64	28	66	37	6	2	52	1.43
29044--29133	44	2.0	44	100	0	180	36	6	2	54	1.39
29969--30018	24	2.2	24	86	10	70	40	0	0	60	0.97
30406--30492	30	2.9	30	75	16	90	52	2	1	43	1.21
30591--31288	176	3.9	177	78	8	636	39	6	11	42	1.67
30609--31311	177	4.0	174	78	7	605	39	6	11	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30615--31344	181	4.1	174	78	8	570	39	6	11	41	1.68
31483--31525	23	2.0	23	86	9	63	44	0	0	55	0.99
31474--31525	23	2.3	23	83	6	61	48	0	0	51	1.00
31496--31602	47	2.2	49	83	11	139	42	1	0	54	1.17
32830--32861	15	2.0	17	88	11	50	53	3	0	43	1.16
33174--33231	19	3.1	19	85	5	64	50	1	0	48	1.11
33360--33408	25	1.9	26	87	4	73	38	2	0	59	1.09
34173--34213	21	2.0	21	85	0	55	43	0	2	53	1.13
34604--34677	26	2.7	27	76	12	71	50	1	5	43	1.33
34764--34818	21	2.8	19	77	20	60	45	1	5	47	1.36

Tables:   1   2