Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167836.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_108, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 82779
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1185 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 38--1689 Score: 975
Period size: 175 Copynumber: 9.3 Consensus size: 176
28 AGTTGATTCG
* *
38 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTTAAAAAA-
1 GAATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AGA--TTTAAAAAAT
* * * * *
100 AATATTTTGTTGACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAA
60 AA-A-TCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AA
* * * * * *
163 TCATTATAACATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT
121 TCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT
* *
219 CGAAATAAAGTAATACTCATCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG---AGATTT-AAAAATAA
1 -G-AATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * **
279 ATAT-ATTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-GCAAATTATTTATTTCAAATTGTT
62 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATT
* * ** * * * * * ** * *
342 TTGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAGTTATTTCTATTTGTACATGCTTATT
126 ATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT
* * * *** *
394 CAGATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGGTAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAA
1 --GAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAA
* * * ** * * * *
459 ATATATTTACCAAACCAGACCAAATAGTCATGATTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
62 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
524 TGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATATAAGTTTATT
127 TGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT
* * *
575 CGAAATAAAATAATAC-CA--ATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAA-AAA
1 -G-AATAAAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
635 TCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCACTAT
63 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
700 AACATTTTGTTTTGACATAAAATAAATT-TTTTTGTTC--A-AA-CTATTTT
128 GAC-CTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTGTTCATATAAGCT-TATT
*
747 GAATAAAATAATACAAAAATTATTAATA--CTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
1 GAATAAAATAATAC--TAATTATTAATATTCT-A-AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * ***
810 AATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATATGAACAATTATTTATTTCGAATTGCT
61 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
*
874 ATGACTCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGC-TATT
126 ATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAA-GCTTATT
* * * * * *
925 CGGATTAAAA-ATATATTAATTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATA
1 --GAATAAAATA-ATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTTAAAAAATA
* ** * * * * *
989 AATATGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATT
61 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * ** *
1054 ATGACCTTCTGTTTTGTAATAAGACAACTATTTCAATTCAAATAAGCTTATT
126 ATGACCTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT
*
1106 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAATAAA
1 G-AATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
1169 TCTGTTTACCGAACAAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAACATCA
63 TCTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
1233 TGACCTTTTTGTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTT
127 TGACCTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA--TT
* * *
1286 GAATAAAATAATA-TAAACTGATTAATATTAC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * **
1349 TCTGTTTTCTAAACACGTTGAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTA
63 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
1413 TGATCTTTTATTTTTGTTCAT--AA-AA--G---C--TT-AT-TCAG--TA-T
127 TGA-CCTTT-GTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT
* * * *
1451 -AA-AATAATACTA--ATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA
1 GAATAA-AATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTTAAAAAAT-AA
* ** *** * *
1512 ATCTATTTACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTGAA-AAATATTTATTTCAAATCATT
62 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
1576 ATGTCTTTTGTCTTTCTCATTAAAATAATTATTTCTACTT-ATACAAGTTTATTT
126 ATGACCTTTGT-TTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCT-GTTCATATAAGCTTA-TT
* *
1630 GAAATAAAATAATATTAATTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAA
1690 TAATCTATCA
Statistics
Matches: 1140, Mismatches: 231, Indels: 197
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 23 0.02
162 9 0.01
163 20 0.02
164 55 0.05
165 10 0.01
166 2 0.00
168 2 0.00
170 16 0.01
171 5 0.00
172 7 0.01
173 8 0.01
174 53 0.05
175 187 0.16
176 64 0.06
177 56 0.05
178 138 0.12
179 94 0.08
180 143 0.13
181 161 0.14
182 11 0.01
183 52 0.05
184 22 0.02
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
GAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATT
Found at i:2626 original size:184 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2276--3612 Score: 612
Period size: 178 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
2266 AACCTTTTGC
* * * * ** ** * *
2276 TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGTTTATTTGGATTTAAATAATACTAATTCAAT
1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-ATCAAAATAAATAATACTAATTTATT
* *** * * *
2340 AATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTTCAA
65 AATATTTAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAG-TTCAA
* * * *
2403 ATGGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGGCCTTTCA
128 ATAGTTATAGCCTATTTG-AGAATTATCTATTTAAAATCATTTTGGCCTTTCA
* * * *
2455 TTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAATACTAATTTAT
1 TTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTAATCAAAATAAA-TAATACTAATTTAT
* * *
2520 TAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
64 TAATATTTAAAAAATTAA-TA-AAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCA
* * ** *
2585 AATAGTTATTGCCTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGA
127 AATAGTTATAGCCTATTTGAG-AATTATCTATTTAAAATCATTTTGGCC-TTTCA
* *
2640 TTTGTCATAAAATAATTATTTTAGGT-AGTACAAGCTTAGA-CAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCA-TACAAGCTTA-ATCAAAAT-AAATAATACTAATTTA
* **
2703 TTAATATTTATAAAATTAATAAATAAA-A-A-TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATC-AGTAA
63 TTAATATTTAAAAAATTAATAAA-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * **
2764 AAATAATTATGGCC-ATTTGAG-ATGATATCTATTTGAAATCATTATAGG-CTTTTG
126 AAATAGTTATAGCCTATTTGAGAAT--TATCTATTTAAAATCATT-TTGGCCTTTCA
* * *
2818 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATAATAATTTATTA
1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTAATCAAAATAAATAATACTAATTTATTA
* * ** * * *
2883 ATATTTGAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
66 ATATTTAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
** * * * * * ** *** **
2948 G-TAT-GAATATTTGAACAATT-TACAATCTCAAATCGTTAAGATTTTTGT
131 GTTATAGCCTATTTG-AGAATTAT-CTATTTAAAATCATTTTGGCCTTTCA
* * * ** * * ***
2996 TTTGTCGTTAAAACAATTATTTTTTATCATAGAAGCTTATTTGGTTAA-AAATAATACTAATTTA
1 TTTGTC-ATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-AT-CAAAATAAATAATACTAATTTA
* * * ** * * *
3060 AT-ATATTTCAAAAATTACT-AAGTAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGC-GAA-ATCAGTTC
63 TTAATATTTAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTC
* * * * * **** **
3121 AAATAATTA-AACC-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAATATTTTG
126 AAATAGTTATAGCCTATTTG-AGAATTATCTATTTAAAATCATTTTGGCCTTTCA
* * * * * * * * *** * * * *
3174 TTAGTTAAAAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTT-ATTGGAGTAAAATAATCCAAATTTAG
1 TTTG-TCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTAATCAAAAT-AAATAATACTAATTTAT
** ** * * * * *
3238 TAGCA-TTGGAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAA
64 TAATATTTAAAAAATTAATAA-AAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAA
* ** * * * * * **
3301 ATATTTAT-GATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGT
128 ATAGTTATAGCCTATTTG-AGAATTATCTATTTAAAATCATTTTGGC-CTTTCA
* * * * * * *
3354 TTTGACATAAAATAATTGTTTCA-TTGCATAAAAGCAT-ATCAAAATAAAATAATAATAATTTCT
1 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGAT-CATACAAGCTTAATCAAAAT-AAATAATACTAATTTAT
* ** * * *
3417 TAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG--TTAAAAAGTAAAT-TGTTTA-TCGAACAAATTTAA
64 TAATATTTAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAA
* * * * * **
3478 ATAGTTACA-ACTATTT-A-AATAATAT-TATTTAAAATCGTTGTGACCTTTTGT
128 ATAGTTATAGCCTATTTGAGAAT--TATCTATTTAAAATCATTTTGGCC-TTTCA
* * * **
3529 TTTGTCATAAAAACAATTGCTTTT-GTTCATACAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTGTCAT-AAAATAATTG-TTTTAGATCATACAAGCTTAATCAAAAT-AAATAATACTAATTTA
**
3592 TTAATATTCCAAAAA-TAATAA
63 TTAATATTTAAAAAATTAATAA
3613 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 890, Mismatches: 208, Indels: 124
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 39 0.04
176 54 0.06
177 100 0.11
178 207 0.23
179 181 0.20
180 104 0.12
181 44 0.05
182 5 0.01
183 27 0.03
184 114 0.13
185 12 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTAATCAAAATAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
GTTATAGCCTATTTGAGAATTATCTATTTAAAATCATTTTGGCCTTTCA
Found at i:2733 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2714--2743 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
2704 TAATATTTAT
*
2714 AAAATTAATAAATA
1 AAAATTAAAAAATA
2728 AAAATTAAAAAATA
1 AAAATTAAAAAATA
2742 AA
1 AA
2744 TCTGTTTACT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (14 bp):
AAAATTAAAAAATA
Found at i:3129 original size:357 final size:362
Alignment explanation
Indices: 2262--3468 Score: 907
Period size: 357 Copynumber: 3.4 Consensus size: 362
2252 TTTCAAATTG
* * * * *
2262 TTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGATT-TAAAT
1 TTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTATTCATACAAGCTTATTTGG-TTAAAAAT
* * *
2326 AATACTAATTCAATAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC
65 AATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C
* ** * *
2390 -AAATAAGTTTCAAATGGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGGCCTTTC
127 GAAATCAG-TTCAAATAATTAAGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTAGGCCTTTC
* * *
2454 ATTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAATACTAATTTA
191 ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAATAATAATTTA
2519 TTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
256 TTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
** * * *
2584 AAATAGTTATTGCCTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCA
321 AAATAGTTATTGAATATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCA
* * * ******
2626 TTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTTAGGT-AGTACAAGCTTA-GACAAAATAAA
1 TTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTA-TTCA-TACAAGCTTATTTGGTTA-AAA
* * * *
2689 ATAATACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATAAATA-AAAATTAAAAAATAAATCTGTTTAC
63 ATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * *
2753 TG-AATCAGTAAAAATAATTATGGCCATTTGAGATGA-TATCTATTTGAAATCATTATAGG-CTT
127 -GAAATCAGTTCAAATAATTAAGACCATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATT-TAGGCCTT
** * ** *
2815 TTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-TAATAATAATT
189 TCATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAATAATAATT
* ** * ** * * * *
2878 TATTAATATTTGAAAATTTAA-TA-AGTAAGAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACTGAACTAGT
254 TATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
* *
2941 TCAAATAG-TA-TGAATATTTGAACAATT-TACAATCTCAAATCG
319 TCAAATAGTTATTGAATATTTGAACAATTAT-CAATCTAAAATCA
* * * * *
2983 TTA-AGA-TTTTTGTTTTGTCGTTAAAACAATTATTTTTTATCATAGAAGCTTATTTGGTTAAAA
1 TTATA-ACCTTTTGATTTGTC-ATAAAACAATTATTTTAT-TCATACAAGCTTATTTGGTTAAAA
* * * *
3046 ATAATACTAATTTAAT-ATATTTCAAAAATTACTAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGC
63 ATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* ***
3110 GAAATCAGTTCAAATAATTAA-ACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTA-ATATTT-
127 GAAATCAGTTCAAATAATTAAGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTAGGCCTTTC
* * * * * *** * * *
3172 -TGTTAGTTA-AAAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTT-ATTGGAGTAAAATAATCCA-AA
191 AT-TTAGTCATAAAACA-A-TTGTTTCAGATCATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAAT-AATAA
* * ** * * * *
3233 TTTAGTAGCATT-GGAAAATTAA-TA-AGCAAA-AGATTTGAAAAATAAATCTATTTACCGAAAA
252 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACA-AAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * ** *
3294 AGTTCAAATATTTA-TGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCA
316 AGTTCAAATAGTTATTGAATATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCA
* * * * * * * * * *****
3340 TTATGACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTCATTGCATAAAAGCATATCAAAAT-AAAAT
1 TTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTATT-CATACAAGCTTATTTGGTTAAAAAT
* ** * * *
3404 AATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCA-AGAGTTAAAAAGTAAAT-TGTTTATCG
65 AATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CG
3467 AA
128 AA
3469 CAAATTTAAA
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 147, Indels: 82
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 14 0.02
356 149 0.23
357 213 0.32
358 20 0.03
359 42 0.06
360 2 0.00
361 27 0.04
362 40 0.06
363 45 0.07
364 65 0.10
365 41 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (362 bp):
TTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTATTCATACAAGCTTATTTGGTTAAAAATA
ATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAAA
TCAGTTCAAATAATTAAGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTAGGCCTTTCATTTA
GTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAAC
ATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
GTTATTGAATATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCA
Found at i:3159 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 2238--4679 Score: 854
Period size: 179 Copynumber: 13.8 Consensus size: 176
2228 TTAAGATATA
* ** * *
2238 TGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATA-ACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTT
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAT
* * *** * * *
2301 CATACAAGTTTATTTGGATTTAAATAATACTAATTCAATAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGA
64 CATACAAGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGT-AGA
* * * ** *
2366 GATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTTCAAATGGTTAAGACTATT
125 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAG-TTCAAATAATTAA-ACCATT
* * * ** * * ** *
2418 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGGCCTTTCATTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGCTC
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGACTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATTTTTGATC
* * * **
2483 ATACAAGCTTAATCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAG
65 ATACAAGCTTATTCAAAA-AAA-TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAA-T--AAGTAG
* * **
2548 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AA-CAAGTTCAAATAGTTATTGCCTATT
124 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATC-AGTTCAAATAATTA-AACC-ATT
** * * * * *
2602 TGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATA-ACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTTAGGT
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAT
** *
2666 -AGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATAAATA-A
64 CA-TACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAGA
* * ** **
2729 AAATTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AATCAGTAAAAATAATTATGGCCATT
125 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAATTA-AACCATT
* * * * *
2781 TGAGATGA-TATCTATTTGAAATCATTATAGGCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATC
1 TGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATC
* *
2845 ATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATAATAATTTATTAATATTTGAAAATTTAATAAGTAAGAGA
65 ATACAAGCTTATTCAAAA-AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AGAGA
* * * * * *
2910 TTTAAACAATAAATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTATGAA-TATT
127 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAAT-TAAACCATT
* * * * * * *
2959 TGAACAATT-TACAATCTCAAATCGTTA-AGATTTTTGTTTTGTCGTTAAAACAATTATTTTTTA
1 TGAATAATTAT-CTATTTCAAATCATTATAGACTTTTG-TTTGTC-ATAAAACAATTATTTTTGA
* *** * *
3022 TCATAGAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAAT-ATATTTCAAAAATTACTAAGTAGA
63 TCATACAAGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGA
* * *
3086 GATTTAAAAAATAAATGTGCTTGC-GAAATCAGTTCAAATAATTAAACCATT
125 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAATTAAACCATT
* * * * * * *
3137 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTA-ATATTTTGTTAGTTA-AAAAAATATTTATTTCAT-
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGA-CTTTTGTTTGTCATAAAACA-A-TTATTT-TTG
* * ** * * * ** ** * *
3199 ATCTTACAAGCTTATTGGAGTAAAATAATCCAAATTTAGTAGCATTGGAAAATTAATAAGCAAAA
62 ATCATACAAGCTTATT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG-TAGA
* * * * * * **
3264 GATTTGAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-AAGTTCAAATATTTATGATTATT
125 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAATTA-AACCATT
* * * * * *
3316 TGAACAATTATTTATTTAAAATCATTAT-GACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTCATTG
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGAC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTT--TTG
* * * * *
3380 --CATAAAAGCATA-TCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCA-
62 ATCATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAG
* * * * * *
3441 AGAGTTAAAAAGTAAAT-TGTTTA-TCG-AA-CAAATTTAAATAGTTACAACTATT
124 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAATC-AGTTCAAATAATTA-AACCATT
* * * * ** *
3493 TAAATAA-TAT-TATTTAAAATCGTTGT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGCTTTTGT
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGA-CTTTTG-TTTGTCAT-AAAACAATTATTTTTGA
* *
3555 TCATACAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAA-T---
63 TCATACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAGA
* * * * *
3614 GATTT-AAAAGTGAATC--TTTAC-CAAATTAGTTCAAATAATT-ATCGTCATT
125 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAATTAAAC--CATT
* * * * * *
3663 TCAATAATTATCTATTTC-AATCATTGTTA-CCTTTTGTTTAATCGTATAAACAATTGTTTTAT-
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAGACTTTTGTTT-GTCATA-AAACAATTATTTT-TG
* * * *
3725 ATCATACAAGC-TATTTGGAATAAAATAATACTAAATTCA-TAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
62 ATCATACAAGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-
* * * * * * * **
3788 AGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTACTG-AACCA-ATGAAATAGTTATGATTATT
122 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAATTA-AACCATT
* * * * * * * *
3840 TGAA-GATTGTATACTTCAAATGAATATTTTACAAAATA-ACATTTTGTTCTATTATAAAATAAT
1 TGAATAATTATCTATTTCAAAT---CA--TT-----ATAGAC-TTTTGTT-TGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
3903 TATTTATGTTCATACATGTTTATTTTGAAACAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTA
54 TATTTTTGATCATACAAGCTTA--TTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
* ** * * ** * *
3968 ATAACTAAGAGATTT-AAATTTAAATTTGTTGT-C--AAA-CTAGTTCAATTTGTTAAGACTATA
116 ATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAAATC-AGTTCAAATAATTAA-ACCATT
* * ** * *
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1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGA-CTTTTGT-TTGTCATAAAACAATTATTTTTGA-
* * * *
4090 TTCAAACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTA-TAGATATTTCAAAAATTAAT-A--
63 -TCATACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACT-AATTTATTA-ATATTT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
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122 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAATCAGTTCAAATAATTA-AACCATT
** * * *
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1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAT
* * *
4268 --T-C-A---TAAT-AAAATAA-AA-A--AATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAGAT
64 CATACAAGCTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGAGAT
* * * *
4318 TTAAAAAATAAATCT-TTT--TGTCAATCTAGTTCAAATAGTT-GACTATT
128 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AAATC-AGTTCAAATAATTAAACCATT
** * * *
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1 TGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAGAC-TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTA-TTTTTG
* * * * * * *
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62 A-TCATACAAGCTTATTC-AA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AAGT
* * * * * * * * * * *
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122 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAATTA-AACCATT
** ** *
4546 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-GACTTTT-TTTGTCATAAAA-AATTATTTCAGTTCA
1 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAGACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCA
* * * * * * *
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TACAAGCTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTACTGAAATCAGTTCAAATAATTAAACCATT
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AATAATTATCGTCATTTC
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4099 GCTTATTTGA
* * *
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* *
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*
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*
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GTTCTATCATAAAACAATAGTTTTTATTCAT
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6826 TAATCTAACA
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** **
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1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * *
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** * *** * *
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* * *** * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * ** **
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* *** * * * *
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66 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* ** * * * *
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130 A-TTTAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
*
7921 AAATTT-AAAAATATAA-GT-TTTAT-GAATAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAAT
1 AGATTTAAAAAATA-AATGTGTTTATCGAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AAT
* * * * * *
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63 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * * *
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*** * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * *
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** * *
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* * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTA
* * * * * * **
8344 TCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATGCAAAATT
65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * *
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130 ATTTAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
8522 TTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA
66 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
8586 TTCAGATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAG
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* ** ** * * * *
8638 AGATTTAAAAACTAAATGTGTTTGCCGAGCCAA-TTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * * ** * * * *
8702 TTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTATTTC-AGCTCATACAAGTTT
66 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * * * *
8766 ATTCAAAAGATAATAATAGTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATGAGCAAG
130 ATTTAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG
* *
8819 AGA-TT--AAAA-AAAT-TGTTTA-CTG-AACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATT
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-GAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
8876 ATCTATGT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTTCATAAAAA
64 ATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* ** * * * *
8939 TTTATCCAAAATAAAA-AAATACTACTTTACTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAG
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* * * * * * * * *
8995 AG-TTTAAAAACTAAA-GCTGTTTTTCG-AACCACTTCACATAGTAATGACTATTTAAACAAATA
1 AGATTTAAAAAATAAATG-TGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
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* * * * * *
9119 TTTTTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAACATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAA
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* ** * * * **
9170 AGATTTAAAAAATATATGT-TTGT-T-G-AACTCGTTTAAATAGTTAAGACTACTAAAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTT-TATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
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65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
9295 TAATTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAG
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* * * *
9349 AGATTTGAAAAATTAAATCTATTTA-CTG-AA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
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* * *
9411 ATCTATTTAAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAG
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** * * *
9474 CTTATCCAAAATAAAATAATATTACA-TTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAG
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*** * * * * * **
9530 AGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CTAAA-ATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTA
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * * * * * * *
9593 CCTATCTCAAATCCTTATTACTTTTTGTTTAGTCTTAAAATAATTATTTTCCA-ACATACAAGCT
65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
9657 TATTCAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAG
129 TATTTAGAAT-AAAATAAAATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
9708 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
** * * * * * * * *
9772 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGGCTAA
66 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
9837 TTCAGAATAAAATAATACTAAATTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
131 TTTAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
9889 AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGTC-AAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATATGAACAAATA
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* ** * * * * *
9951 TTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATATAAGCT
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** * * *
10015 TATCGCA-AAAAAAATAATATTAGTTTATTAATATT-TAAAAAGTTAATAAG---G
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** * * * *
10066 -GATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CCAAA-ATAGTTCAAATAAG-TATGACCATTTGAACAACT
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACA-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * ** * * *
10127 ACCTATTTCAATTTTTTATTATTTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGC
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* * *
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* * * * * *
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** * * * * ** * * * *
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66 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * * *
10370 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAGTTAATAACTAAA
131 TTTAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * ** *
10422 AAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTG-AACTAGTTCAAACAGCTAAAACTATATGAATAATTA
1 AGA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * ** * * *
10486 TTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACACGC
65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGC
** * * * *
10549 TTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATGAGTAAG
128 TTATTTAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
10604 GGATTTAGAAAATAATTTTATTTATCG-AACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* *
10668 CAATTTCAAATTATTAT
66 CTATTTCAAATCATTAT
10685 TACTAATTTG
Statistics
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Consensus pattern (182 bp):
AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
TTTAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
Found at i:7739 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 6862--10667 Score: 2298
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6852 TCTATTTGTT
** ** * *
6862 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * * *
6927 TATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTATT
* * * * * * *
6992 AATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAAAC-AGTTCAAA
131 AATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAGCAAGTTCAAA
* * * * * * * * * **
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* * * ** *
7120 CAATT-TTATCAATTCCTAGTAA--CTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATT-T
257 CAATTGTT-TCTATTCATA-CAAGTCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT
* * * *
7180 CAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAATAATTTTGTTTGTC
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* * * *
7223 GAACTAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * **
7288 TTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TATTCATATAAGTTTATTTCGAATAAAATAATAT-TAATTTA
66 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-TCTAATTTA
*** *
7351 TTAATATTTTGAAAATTAAG-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCCAGTTCA
129 TTAATATTCCAAAAATT-AGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCAAGTTCA
* * * * * * * *
7415 ATTATTTATAACTATTTTCACCATTATTTACTTCAAATCGTGACGACCATTTGTTTTGTCATAAA
193 AATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTA-TTCAAATAGT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
7480 AGAATTGTTTCTATTCTTA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAA
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*
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* * * *
7585 TG-ACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTG
1 -GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* ** * *
7649 TTTTATCGCAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATCTAAAATAAGAA-AATTCTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAATAA-AATAATTCTAATTTA
* * *
7713 TTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA
129 TTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCAAGTTCAA
* * * * * * * * *
7778 CTAGTTATGACTGTTTGAATAGTTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
194 ATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTAT-TCAAATAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *** * * *
7843 CAATTTTTTTCCATTCATACAAG-CTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAA
257 CAA-TTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * *
7907 AATTTTATAAGTAA-AAATTTAAAAATATAAGTT-TTAT-
321 AAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAATA-AATTTGTTATC
* * *
7944 GAA-TACATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTTAAAT-ATTTATGACCTTTT
1 GAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * * * * *
8007 GTTTTTTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTA
* *** * *
8072 TTAATATTCCAAAAATT-GATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCCATTTACTGAGCAATTTCA
129 TTAATATTCCAAAAATTAG-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCAAGTTCA
* * * * *
8135 AATAGCTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAA
193 AATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTA-TTCAAATAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
8200 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTGGGAATAAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCT
256 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCGGAAT--AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * *
8264 AAAAATTAATAGATAGGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC
319 AAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG-TTATC
* * * * *
8307 GAACAAGTTCAAATAGTTAT-ATTCATTTGAACAGTTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTG
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * ** * * *
8371 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATAT-TGATCTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-TCTAATTTA
*** * * * *
8435 TTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTA-TGGAAAC-ATTTC
129 TTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT--AAGCAAGTTC
* * * * * * *
8494 AAATAGTTGTGACTATTTAAATAATTGTTTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAA
192 AAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTAT-TCAAAT-AGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
8558 AAAAATTGTTTCTTTTCATACAAG-CTTATTCAGATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATATTCCA
255 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CT
* *
8621 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTT-TGCC
319 AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTAT--C
* * * * * * * ** * *
8664 GAGCCAATTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
** * * * * * * * * **
8729 TAAGTCATAAAATAATTATTTC-AGCTCATACAAGTTTATTCAAAAGATAATAATAGTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTAT
* ** * * *
8793 TAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGA-TT--AAAA-AAA-TTGTTTACTGAA-CAAGTTCAA
130 TAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGCAAGTTCAA
* * * *
8852 ATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATGT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
194 ATAG-TTATGACTATTTTAACAATTATTTAT-TCAAA-TAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * * *
8915 AACATTTGTTTC-AGTTCATAAAAAT-TTATCCAAAATAAAAAAATACTACTTTACTAATATT-T
255 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* ** *
8977 CAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTC
319 -AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTG-TTATC
* * * * * * * *
9020 GAACCACTTCACATAGTAATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAAT-AGTTATGATCC--TT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CCTTTT
* * * * * * *
9082 ATTTTCTCATAAAACAATTGATTCTAATCATACAAGCTT-TTTTAGATAAAAATAATAT-TAATT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAAT-TCTAATT
* * * * ** **
9145 TAATAACATTCCAAAAA-TA--AA-TAAAAGATTTAAAAAAT--ATATGTTTGTTGAA-CTCGTT
127 TATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGCAAGTT
* * * ** * * * * *
9203 TAAATAGTTAAGACTACTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATA
191 CAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTA-TTCAAAT-AGTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
9268 TAATAATTATTTC-AGTTTATACAAG-CTTAATT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATT
254 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTCTT-ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* **
9330 CAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATTAAATCTAT-TTA-C
317 CTAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAA-TAAAT-T-TGTTATC
* *
9375 TGAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTC-TTATGACCTTTT
1 -GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * **
9438 GTTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAT-TACA-
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-TCTA-AT
* * * *** *
9500 TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTAA-AATAGT
126 TTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCA-AGT
* * * * ** ** ** * * * *
9564 TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATCTCAAATCCTTATTACTTTTTGTTTAGTCTT
190 TCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTAT-TCAAAT-AGTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * **
9629 AAAATAATTATTTTCCA-ACATACAAG-CTTATTCAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATAT
253 AAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
9692 T-TCAAGAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
316 TCT-AAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATTT-GTTATC
* * * ** *
9734 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * * *
9799 TCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGGCTAATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAGT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTATT
* * * * * * *
9864 AATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGTCAAATC-AGTTTAAA
131 AATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAGCAAGTTCAAA
* * * ** * *
9927 TAGTTATGACTATATGAACAAATATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAAC
195 TAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTA-TTCAAA-TAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
9992 AATTATTTC-AGCTCATATAAG-CTTA-TCGCAAAAAAAATAATATTAGTTTATTAATATT-TAA
258 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGTCTTATTCG-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * ** *
10053 AAAGT--T-AATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACC
321 AAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG-TTATC
* * * * * * ** * **
10091 AAAATAGTTCAAATAAG-TATGACCATTTGAACAACTACCTATTTCAATTTTTTATTATTTTTTG
1 GAACTAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** * * **
10155 TTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTA
* * * * * * * *
10219 TTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAA
129 TTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCAAGTTCAA
* * * * * * * * ** *
10280 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTATTGTAAAAT
194 ATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTATTCAAATAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** * *
10345 AATTATTTCTATTCATAC-AGGCTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAA
258 AATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * * * * *
10409 GTTAATAACTAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTGTT
323 ATTAATAAATAAGAGA-TTT-AAAAATAAATTTG-TTATC
* * ** * * * * **
10449 GAACTAGTTCAAACAGCTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *** * **
10514 TTTATCATAAAACAATTATTTC-AGCTTATACACGCTTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTAT
* * * * * * *
10578 TAATATTTCAAAAATTTA-TGAGTAAGGGATTTAGAAAATAATTTTATTTATCGAA-CAAGTTCA
130 TAATATTCCAAAAA-TTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAGCAAGTTCA
* * *
10641 AATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
193 AATAGTTATGACTATTTTAACAATTAT
10668 CAATTTCAAA
Statistics
Matches: 2706, Mismatches: 587, Indels: 303
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
352 7 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTATT
AATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTTAACAATTATTTATTCAAATAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
AATAAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTATC
Found at i:10204 original size:535 final size:529
Alignment explanation
Indices: 6867--10678 Score: 2520
Period size: 540 Copynumber: 7.1 Consensus size: 529
6857 TTGTTGAACT
* ** * * *
6867 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAATATTTCAAAT-TGTTATAACTTTTTGTTATG
1 AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAATAT-TTATGA-TTTTTGTTTTG
* ** * * * ** * *
6931 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
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* * * * *
6996 TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAAACAGTTCAAATAATT
127 TTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * ** ** * * ** *
7061 AAGACTATATGAATAACTT-TTTATTTTAAATCATTAGGACCTTTTATTTTGTTGTAAAACAATT
187 ATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-GTTTATCATAAAATAATT
* * * * * * *
7125 -TTATCAATTCCTAGTAA-CTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
250 ATT-TCTATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * * * * * *
7187 TAGTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAATCATGACTATTT
312 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * ** *
7251 GAACAATCATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTA-TTC
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* * * * * * * *
7315 ATATAAGTTTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAG
441 ATACAAGCTTA-TCCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG--A-AG
** **
7380 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAGCC
501 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAAAC
* * * ** * * * ** * * **
7409 AGTTCAATTATTTATAACTATTTTCACCATTATTTA-CTTCAAATCGTGACGACCATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATA-GTATGACTATTTGAACAACTATCTATC-TCAAATATTTATGA-TTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * * *
7473 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTCTTA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAAC
63 TCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAG-CTAATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
7537 ATTCTAAAAATTAATAAATAACGGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCCTG-ACTAGTGCAAATAG
126 ATTCCAAAAATTAAT-AA-GA--GATTTAAAAAATAAATTTTTTA-CC-GAACCAGTTCAAATAG
* * * ** * ** *
7601 TTATGACTGTTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGCAAAACAAT
185 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAATAAT
* ** *
7666 TGTTTCTATTTGTACAAGCTTA-TCTAAAATAAGAA-AATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
249 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * * * *
7729 TAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAACTAGTTATGACTGTTT
312 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
7794 GAATAGTTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCCA-TT
377 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTT-CAGTT
** * * * * * * *
7858 CATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAATTTTATAAGTAAAA
440 CATACAAGCTTA-TCCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG--AAG
* * *
7923 ATTT-AAAAAT--ATAAGTTTTATGAATAC
501 ATTTAAAAAATAAATCAG-TTTATCAAAAC
* * * * * *
7950 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTTAAATATTTATGACCTTTTGTTTTTT
1 AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAATATTTATGA-TTTTTGTTTTGT
* *** *
8014 CATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGC-ATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAGCTA-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * * *
8078 TTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCCATTTACTGAGCAATTTCAAATAGCT
127 TTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
8142 ATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTG
187 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTATCATAAAATAATTA
* * * *
8207 TTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAA-AAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
251 TTTCTATTCATACAAGCTTATT--CAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * *
8271 AATAGA-TAGGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-ATTCATT
313 AATA-ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT
* * * *
8334 TGAACAGTTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TT
376 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTT
* * ** ** * * * * *
8398 TATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGAT
440 CATACAAGCTTATCCA-AAAAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAGAT
* * **
8462 TTAAAAACTAAATTTA-TTTATGGAAAC
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* * * * * * * * *
8489 ATTTCAAATAGTTGTGACTATTTAAATAATTGTTTATCTCAAATCA-TTATGATCTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAAT-ATTTATGATTTTTGTTTTGT
* ** * * * * *
8553 CATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATA
64 CATAAAACAATTGTTT-TTAACATACAAGCTAATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
8616 TTCCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTGCCGAGCCAATTCAAATATT
127 TTCC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
* * * * *
8681 TAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATT
186 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAATAATT
* * * * * * **
8746 ATTTC-AGCTCATACAAGTTTATTCAAAAGATAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTA
250 ATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* *
8810 ATGAGC-AAGAGA-TT--AAAA-AAAT-TGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATT
314 AT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATT
* * * * * *
8867 TAAACAATTATCTATGT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTT
376 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTT
* ** * * *
8931 CATAAAAATTTATCCAAAATAAAAAAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
440 CATACAAGCTTATCCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAGA
* * * * * *
8996 GTTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCGAACC
502 -TTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAAAC
* * * * * * ** * *
9025 ACTTCACATAGTAATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGATCCTTATTTTCTC
1 AGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAATATTTATGATTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
9090 ATAAAACAATTGATTCTAATCATACAAGCT-TTTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAACAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTAA-CATACAAGCTAATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
9154 TCCAAAAATAAATAAAAGATTTAAAAAATATATGTTTGTT---GAACTC-GTTTAAATAGTTAAG
128 TCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTT-TTACCGAAC-CAGTTCAAATAGTTATG
* ** * ** * * *
9215 ACTACTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTATTT
* ** * * *
9280 C-AGTTTATACAAGCTTAATT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
254 CTA-TTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * *
9343 AGC-AAGAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTA-CTGAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
317 A-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
9405 ACAATTATCTATTTAAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATA
379 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATA
* * *
9470 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGAT
444 CAAGCTTATCCAAAA-AAAATAATACTA-ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG--A-AGAT
* *
9534 TTAAAAAATAAATCAATTTA-CTAAAAT
503 TTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAAAC
* * * * * ** * *
9561 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATCTCAAATCCTTATTACTTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAATATTTATGA-TTTTTGTTTTGT
* * * * * **
9626 CTTAAAATAATTATTTTCCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTT-TAACATACAAGCTAATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
9691 TTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
127 TTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
*
9756 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTC
191 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATTATTTC
* * * * * *
9821 TATTTATACAGGCTAATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACT
255 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT
* * * *
9886 AAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGTCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATATGAACAAA
320 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
9949 TATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGC
384 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* * *
10014 TTATCGCAAAAAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTAAAAAGTTAATAAG-GGATTTAAAAAAT
449 TTATC-CAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGAAGATTTAAAAAAT
* *
10078 AAATCAGTTTACCAAAAT
512 AAATCAGTTTATCAAAAC
* * * * * *
10096 AGTTCAAATAAGTATGACCATTTGAACAACTACCTATTTCAATTTTTTATTATTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAATATTTATGA-TTTTTGTTTTGT
* *
10161 CTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
10226 TTCAAGAATTAATAAGATATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
128 TCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* **
10291 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTATTGTAAAATAATTATTTCT
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATTATTTCT
* * * * * *
10355 ATTCATACAGGCTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAGTTAATAACTA
256 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTA
* * * ** * * * ** * *
10420 AAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAACTAGTTCAAACAGCTAAAACTATATGAATAATT
321 AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
10485 ATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACACGC
385 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG-TTCATACAAGC
** * * * * * *
10549 TTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATGAGTAAGGGATTTAGAA
449 TTA-TCCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AA--GATTTAAAA
* * *
10614 AATAATTTTA-TTTATC-GAAC
509 AATAA-ATCAGTTTATCAAAAC
* * * * *
10634 AAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
1 -AGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAAT
10679 TATTATTACT
Statistics
Matches: 2642, Mismatches: 499, Indels: 261
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
529 1 0.00
530 125 0.05
531 6 0.00
532 31 0.01
533 220 0.08
534 119 0.05
535 392 0.15
536 185 0.07
537 67 0.03
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540 437 0.17
541 156 0.06
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543 100 0.04
544 52 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
AGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACAACTATCTATCTCAAATATTTATGATTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCCA
AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
TATCAAAAC
Found at i:10776 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 10568--10802 Score: 267
Period size: 118 Copynumber: 2.0 Consensus size: 118
10558 ATAGAATAAA
* * * * * * * *
10568 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATGAGTAAGGGATTTAGAAAATAATTTTATTTATCGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAA
* *
10633 CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTATTATT
66 CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATTCCAAATCATTATT
*
10686 ACTAATTTGTTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTATTTACCA
1 ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATCAATAAGAGATTTAGAAAA-TAAATCTATTTACCA
* * * * * * * *
10749 AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATCTATTCCAAATCATTAT
64 AACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATTCCAAATCATTAT
10803 AACCTTTTGT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 19, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
117 5 0.05
118 91 0.95
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (118 bp):
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAA
CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATTCCAAATCATTATT
Found at i:11352 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10685--13349 Score: 1233
Period size: 181 Copynumber: 14.8 Consensus size: 178
10675 AAATTATTAT
* * * * * * *
10685 TACTAATTTGTTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATAGTTCA-AAAATTAAT-AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * * * * * * *
10748 AAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTGT
64 GAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTG-
* * * * * ** *
10813 TTTATCATCAAACAATTGGTTCTA-TTGATACTAA-TTTATTCAAAATAAAATAA
127 TTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATAC-AAGCCTATTC-GAATAAAATAA
* * * * ** * * * ** * *
10866 TACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCA
1 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCG
* ** ** * * * **
10930 AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAATGATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTG-T
* * *
10995 TTCTCATAAAATAATTGTTTT-GTTCGTACAAG-CTTTTCGAATTAAAATAA
128 TTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATTCGAA-TAAAATAA
* * * * * * *
11045 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAAAAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
** * * * * * ***
11110 ATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTGTTT
* * *
11175 AGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTACTCAGAATCAATTAA
130 -GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATTC-GAATAAAATAA
*
11226 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATC
1 TACTAATTTATTAATAGTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * *
11290 GAACAAGTTCAAATAGCTATTACAATTTGAAAAATTGTCTATTT-AGAAGCTTTAAAACATTTTG
64 GAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCA-AAGCGTTAAAACATTTTG
* * * * * * *
11354 ACTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA
127 -TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTA-TTCGAATAAAATAA
* * * *
11408 TA-TAAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC
1 TACT-AATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * * *
11471 GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTACGACCTTTTTC
64 GAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTA-AAACATTTT-
* * * * ** * * *
11536 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATGAGCTTATTTGGAGTAAAAT-A
126 GTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTA-TTCGAATAAAATAA
* * * * * * * *
11589 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAATA-AAATTGAAAAAA-GAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAG-AA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * ** *
11652 GAATAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TCGAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTG
64 GAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTG
* ** * ** *
11716 TTTTATTTTAAAATAATTAGTTCT-GTTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAAATAA
127 -TTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCCTA-TTCGAAT-AAAATAA
* * * *
11771 TA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TC
1 TACT-AATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* *** ** * * ** *
11832 TTAATTTGTTCAAAATTTTATGAATATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
64 -GAACAAGTTC-AAATAGTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTT
** * * *
11896 GTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTGTAATAAAATAA
126 GTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCCTATTCG-AATAAAATAA
* * * * *
11950 TACTAATTTATTAA-AATTCCAAAACTTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATAGTT-CAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
*** * * * * * *
12013 GAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAAGCATTATAAAC-TTTTG
64 GAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTA-AAACATTTTG
* * ** *
12077 TTTTTCTCATAAAATAGTTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAA
127 --TTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCCTA-TTCGAATAAAATAA
* * *** * * * * * * *
12132 TACTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAGAAATTAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATAGTTCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG
* ** * * ** *
12195 AACAAGTTCAAATAGT-T-ACATCCAGTTGAATTATTATTTATTTCAAATCGTTATGATA-TTTG
65 AACAAGTTCAAATAGTATGAC-T--ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTG
* * *** *
12257 TTTTGTCGTAAAA-AATTTATTTTTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
127 -TTTGTCATAAAATAA-TT-GTTTTAGTTCATACAAGCCTATTC-GAATAAAATAA
* * * * * *
12311 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTGATCAA
1 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
* * * * * * *
12372 ACTAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATT-ATA-ATCTTTGT
66 ACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTAT-TTCAAAGCGTTAAAACAT-TTTG-
* * * *
12434 TTTGTAATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAGGAAAATAT
127 TTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCCTATTCGAA-TAAAATAA
* ** * * * * * * *
12487 TGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGA
1 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
* * * * * *** *** *
12551 ACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACTTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTGTTT
* * ** * *
12616 AGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTTGTA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAA
130 -GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCCTATTCG-AATAAAATAA
* * * * * * * * * *
12667 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAACTAATAAGAAAAAAATTAAAAAAAATAAATATGCTTACC
1 TACTAATTTATTAATAGTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * ** *
12731 GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
64 GAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTG-
* * * * * * *
12796 TTTATAATAAAACAAATGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
127 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATTC-GAATAAAATAA
* * * * * * * *** * *** *
12849 TATTACTTTATTAATATTTTAAAGATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAAATAAATTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
* * * * * ** *
12914 ATCAA-TTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGT
66 A-CAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTA-AAACATTTTG-
* * * *
12977 TTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA--TCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATGA
127 TTTGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCCTATTCG-AATAAAATAA
* * * * * * * *
13029 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAA
1 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
* * * ** * *
13094 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTG-TT
* *
13159 TGTCATAAAA-CATT-TATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
129 TGTCATAAAATAATTGT-TTTA-GTTCATACAAGCCTATTCG-AATAAAATAA
* * ** * * *
13210 TACTAATCTAATAATA-TT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTT-GC
1 TACTAATTTATTAATAGTTCA--AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* ** * * * * * * * * *
13272 CAATCCTGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT
64 GAA-CAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTA-AAACATTTT
*
13337 TTTTGTCATAAAA
126 GTTTGTCATAAAA
13350 CAAATGCTTT
Statistics
Matches: 1975, Mismatches: 405, Indels: 208
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 15 0.01
176 111 0.06
177 5 0.00
178 19 0.01
179 322 0.16
180 372 0.19
181 667 0.34
182 443 0.22
183 20 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
ACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAGCGTTAAAACATTTTGTTTG
TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATTCGAATAAAATAA
Found at i:12131 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 10688--13418 Score: 1930
Period size: 361 Copynumber: 7.6 Consensus size: 359
10678 TTATTATTAC
* * ** *
10688 TAATTTGTTAATATTT-AGAAAATTAATCAA--TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAA
1 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGA
* * * * ** * * * *
10750 ACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
63 ACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TT
* * * * * * *
10815 TATCATCAAACAATTGGTTCTATTGATACTAA-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** * * * *
10879 ATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTA-ATAGCCAAACAAGTTCAAA
191 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCGAATAAGTTCAAA
** ** * * * *
10942 TAGTTA-AGACTACATGAATGATTATTTATTTTAAATCGTTAT-GACATTTTGTTTTCTCATAAA
254 TAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC-TTTTGTTTT-TCATAAA
* *
11005 ATAATTGTTT-TGTTCGTACAAGC-T-TTTCGAATTAAAATAATA
316 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA
* * * * * * * ** *
11047 CTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAAAAAG-TAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAAA
1 -TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAA
* * * * * *
11111 TTAGTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTGTTT
64 CTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
11175 AGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCCTACTC-AGAATCAATTAATACTAATTTATT
128 -GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
11238 AACA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
190 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCA
* * * * * * * *
11301 AATAGCTATTACAATTTGAAAAATTGTCTATTT-AGAAGCTTTA-AAACATTTTGACTTGTT-AT
252 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAAAC-TTTTG--TTTTTCAT
* * *
11363 AAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
313 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * * *
11410 TAAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAAC
1 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAC
* * * * * * * * *
11475 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTACGACCTTTTTCTTTT
65 TAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTT-GTTT
* ** * * *
11540 GTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATGAGCTTATTTGGAGTAAAAT-ATACTAATTTATTAA
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
11603 TATTTCAAAAATTAATGAGTAATAAAATTGAAAAAA-GAATCTATTTACCGAATAAGTTTAAATA
192 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATA
* * * * * **
11667 GTTATGACTA-TCGAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATTTTAAAATA
256 GTTATAACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT-TCATAAAATA
* **
11731 ATTAG-TTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAAATAATA
319 ATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAT-AAAATAATA
*
11773 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTTAA
1 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTC-GAA
* * *
11836 TTTGTTCAAA-ATTTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
64 CTAGTTCAAATA-GTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
11900 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGTAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
11965 ATTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGAGTTTAAATAGT
193 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGT
* * * *
12030 TATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAAGCATTATAAACTTTTGTTTTTCTCATAAAATAGT
258 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTG-TTTT-TCATAAAATAAT
* *
12095 TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATA
321 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * ** * * * ** *
12134 CTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAGAAATTAATCTATTTACCAAA
1 -TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAA
* * * * ** *
12197 CAAGTTCAAATAGTTA--CATCCAGTTGAATTATTATTTATTTCAAATCGTTATGA--TATTTGT
64 CTAGTTCAAATAGTTATGAAT--ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTG-
* * * ** *
12258 TTTGTCGTAAAA-AATTTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
125 TTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
12322 TAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTATTGATCAAACT-AGTTCAA
189 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAA
* * *
12382 ATTGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATAATC-TTTGTTTTGTAATAAA
253 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT-TCATAAA
* * * *
12445 ATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAGGAAAATATTGC
316 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAAT-A
** * * * * *
12490 TAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG-TAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAAC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAC
* * ** * *
12553 TAGTTCAAATAGTTAAGAATA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACTTTTTGTTTA
65 TAGTTCAAATAGTTATGAATATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-
* * ** * * *
12617 GTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTTGTA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTA
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * ** * *
12680 ACA-TTCAAAAAACTAATAAGAAAAAAATTAAAAAAAATAAATATGCTTACCGAACAAATTCAAA
191 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAA
* * * * * *
12744 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAAC
254 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT-TCATAAAAT
* * *
12809 AAATGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
318 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
* * * * * ** * ** * *
12851 TTACTTTATTAATATTTTAAAGATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAAATAAATTTATTGAA-
1 -TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAC
* * * *** * * *
12915 TCAATTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTT
65 T-AGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTT
* * * * *
12980 GTCATAAAACAATT-TTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATGATACTAATTTAATAA
128 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
13043 TATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACT-AGTTCAAATA
192 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATA
* * ** * * *
13107 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAT
256 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT-TCATAAAATAA
* * *
13172 TTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA
320 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA
* * * * * * *
13212 CTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAA-CTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTG-CCA
1 -TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGA
* * ** * * * * *
13274 ATCCT-GTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTT
63 A--CTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTG
* * * * * * * * *
13338 TTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTACATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAACATTAATTTAT
125 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
**
13402 TAATATTTTGAAAATTA
189 TAATATTTCAAAAATTA
13419 TTAACTGTTA
Statistics
Matches: 1868, Mismatches: 400, Indels: 204
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 8 0.00
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359 22 0.01
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364 65 0.03
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACT
AGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTCATAAAATAATTGTTT
CTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
Found at i:13330 original size:542 final size:541
Alignment explanation
Indices: 10688--13418 Score: 2190
Period size: 542 Copynumber: 5.0 Consensus size: 541
10678 TTATTATTAC
* ** ***
10688 TAATTTGTTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTATTGAA
* * * * * * *
10751 CCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATCTATTCCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTT
64 TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTT
* * * * * * *
10815 TATCATCAAACAATTGGTTCTATTGATACTAA-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * ** * * * *
10879 ATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTA-ATAGCCAAACAAGTTCAAA
191 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTCAAACTAGTTCAAA
* ** * * * * * *
10942 TAGTTAAGACTACATGAATGATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAT
255 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * *
11007 AATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTT-TTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTCA-AAA
320 AATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-ATAAA
* * * * * * *
11069 ATAAAAAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAAAT-TAGTTCAAATGGTTAAGACTA
383 ATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * *
11133 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAG
447 TT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAATGTTTTAG
* * * * * * *
11197 TTCATACAAGCCTACTCAGAATCAATTAATAC
510 TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
* * * * *
11229 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
1 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA-AAATCTATTTATTGAA
* * * * * * * * **
11293 -CAAGTTCAAATAGCTATTACAATTTGAAAAATTGTCTATTTAGAAGCTTTA-AAACATTTTGAC
64 TCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AATCGTTATGAAC-TTTTGTT
* * * * *
11356 TTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTAT
126 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTAA
* * * * *
11419 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAACAAGTTCAA
189 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTCAAACTAGTTCAA
* * * * *
11483 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTACGACCTTTTTCTTTTGTAATAAA
254 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * *
11548 ACAATTGTTTCA-GTTCATATGAGCTTATTTGGAGTAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-TCA
318 ATAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT--
* * * * * * *
11610 AAAATTAATGAGTAATAAAATTGAAAAAA-GAATCTATTTACCGAAT-AAGTTTAAATAGTTATG
380 AAAATTAATAAGTAA-GAGATT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * ** * *
11673 ACTATCGAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATTTTAAAATAATTAGTT
443 ACTATTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT-GTT
* ** *
11738 CT-GTTCATGTAAGCTTATTTC-GAATAAAAATAATAT
506 TTAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAAT-AAAATAATAT
* * *
11774 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTTAA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTAT-TGAA
*** * * * *
11836 TTTGTTCAAA-ATTTTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TT
64 TCAATTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGAACTTTTGTTT
* * * * * *
11899 TGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGTAATAAAATAATACTAATTTATTAA
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * ** * *
11964 AATTCCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA--CCGAGTGAGTTTAAAT
192 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTCAAACT-AGTTCAAAT
* * * * * * * *
12027 AGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAAGCATTATAAACTTTTGTTTTTCTCATAAAAT
256 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAT
* * * * * *
12092 AGTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAATAAAAT
320 AATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAT
* ** * * * * * *
12157 TAATGAGTTGGAGACTTAAGAAATTAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTACA-TCCAG
385 TAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-
** * * *
12220 TTGAATTATTATTTATTTCAAATCGTTATGA--TATTTGTTTTGTCGTAAAA-AATTTAT-TTTT
447 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAA---ATGTTTT
* *
12281 A-TTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATAC
508 AGTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
** * * *
12314 TAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTGA-TCAAAC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTATTGAATC
* * * *
12374 TAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTAT-AA-TCTTTGTTTT
66 -AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATGAACT-TTTGTTTT
* * ** ** * * **
12437 GTAATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAGGAAAATATTGCTAAACTAATAAT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * *
12502 A-TTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTT-GTCGAACTAGTTCAAATAG
193 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTCAAACTAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
12565 TTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAAT
258 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
** * * * * *
12630 TGTTTCA-GTTTGTA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAAC
323 TGTTT-ATGTTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAT
* * * * * * *
12693 TAATAAGAAAAAAATTAAAAAAAATAAATATGCTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTAT
385 TAATAAGTAAGAGATT--AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-
* * *
12757 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAATGTTTTAGTT
447 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTAGTT
12822 CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
512 CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
* * * * * ** **
12852 TACTTTATTAATATTTTAAAGATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAAATAAATTTATTGAATC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTATTGAATC
* * * * *
12917 AATTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGT
66 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
* * * *
12982 CATAAAACAATTTTTTTC-A-TCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATGATACTAATTTAATAATA
130 CATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* *
13045 TTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAG-CAAACTAGTTCAAATAGT
194 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTCAAACTAGTTCAAATAGT
* * ** * * *
13109 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTT
259 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * *
13174 ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAA
324 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAATTAA
* * ** * * *
13239 TAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTGCC-AATCCTGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGA
388 TAAGTAAGAGATT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TGA
* * * *
13303 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTT-GTACAT
451 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATG-TTTTAGTTCAT
* * * *
13367 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAACAT
515 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
**
13394 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
13419 TTAACTGTTA
Statistics
Matches: 1723, Mismatches: 373, Indels: 187
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
534 2 0.00
535 60 0.03
536 105 0.06
537 184 0.11
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540 40 0.02
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543 290 0.17
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545 59 0.03
546 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTATTGAATC
AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTCAAACTAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
TTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATTAATAA
GTAAGAGATTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTAGTTCATAAAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATAT
Found at i:16503 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 16479--16529 Score: 93
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
16469 ATGTTCAAGA
16479 ATTCATGCATTGACCAAAT
1 ATTCATGCATTGACCAAAT
16498 ATTCATGCATTGACCAAAT
1 ATTCATGCATTGACCAAAT
*
16517 ATTCATGTATTGA
1 ATTCATGCATTGA
16530 AACTATCAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 31 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
ATTCATGCATTGACCAAAT
Found at i:21425 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 21112--26616 Score: 2521
Period size: 181 Copynumber: 30.4 Consensus size: 180
21102 TAACATTAAG
* * * * * *
21112 AGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * *
21177 TATTTCAAATCGTTATAACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTTTT
66 TATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTT
* * *
21240 ATTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
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* * ** ** * * *
21292 CAAATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * *
21357 GTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* ** * *
21422 TTTGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTAA
130 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
21473 GAGATCTAAAAACTAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATGATTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* * * * ** * *
21537 CCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTTTTTCTATTCATTCAAGCTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * *
21602 ATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-ATACAATTAATAAATAAA
129 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGT-AA
* * * * * * * * *
21655 AGATTTAAAAAATAACTAC-ATTTACCAAATAAATTCAACTAGTTGTGACTATTTAAATAAATAT
1 AGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * ** * *
21719 TTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTGGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCA-ACAAGCTTA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
21783 -TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAA
130 TTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** *
21834 CAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGCCATAACTATTTAAATAATTAT
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
21899 CTTTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGG
65 C--TATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * *
21962 CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA
126 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
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1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* ** * * * * *
22082 CTATCTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTC-GTTCATACAAACATA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * * * *
22146 TTCAAAAT-AAATATTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAA
130 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AA
* * * * * * *
22197 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAATTAT-GCTTGTTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
22261 TTATTTCAAATAGTTATGATC-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTCTCTATTCATGCAAGTTT
65 CTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* *
22325 ATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATATGTAA
129 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * **
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65 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * * *
22506 TTCAAAATAAAATAATACCAAGTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---
130 TTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
22555 AGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCGAAAC-AGCTT-AAATAATAATAATTATTTAAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* * * * * * *
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* * * *
22681 TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---
128 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
22731 AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAT-AATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT-TGAATAATTA
* * * * * *
22794 TCTACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAATCT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
** * * * * *
22858 TATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAA
128 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAA
* * *
22912 AGATTTAAAAAATATAAATCTATTTA-TCAAATATGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAAT
1 AGATTT-AAAAA-ATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATAAT
* * * * *
22975 TATCTATTT-AAAGTCATTATGATC-TTTTGTTTTGTTAGAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAA
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* * * * **
23037 AACTTATTAGAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAACAA
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* * * * * ** * * *
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1 -AGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* * * * ** * ** *
23157 TCAATCTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTCCTCATAAAGCAATCATTTATGA-TCATACAAGCT
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* * * * *
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* * * ** *
23270 AGATTTAAAAAATAAA--TATTT-GTCAATCCAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * *
23332 CTATTTCAAATAGTTCTAACCTTTTTGTTTAGTCTTATAATAATTGTTTC-AATCATA-AACGCT
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* * * * *
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128 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * *
23448 GAGATTTGAAAAGATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTA
1 -AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* * * * *
23513 TCGATTTAAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAGGTTTTTTCATAAAACAATTGTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG---TTT--T-------G-----TCATAAAACAATTGTT
* * ** * * * * *
23578 T-TAGTTCAGAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATT-TCGAAAGTTAAT
112 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
*
23641 AATTAA
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* * * ** * ** *
23647 GAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGACCAACTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* ** * * * * * * * *** *
23711 TTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TCTATCATAAAGCAATTATTTTTCAAAAAATA-AATC
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCTATTCATACAAGC
* * * ** * * * * * * * **
23774 -TGTTT--ACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAA
127 TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT--TTATTAATATTCT-AAAAATTA-ATAAGT-AA
* * * ** * *** *** *
23829 A-TTGTTATAACATTTTAT-T-TTATAATAAAACAATTGTTTTTATCCATACAAGCTTATTTAGA
1 AGAT-TTA-AAAAATAAATCTATT-TACT-AAACAA--GTTCAAATAGTTATAA-C-TATTT-GA
* * * * * ** * * *
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** * * * *
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* * ** ** **
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * ** * * * * *
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** **
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* * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* * * * * ** * *
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* * * **
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* *
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* ** **
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* * ** ** * **
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*
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* ** * *
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* * ** * * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTCAAATAA-T-TATCTAT
*
24166 TT-AAACAATTATCTAT
1 TTCAAATAATTATCTAT
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1 TTCAAATAATTAT
24195 TAGTTTTTTT
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TTCAAATAATTATCTAT
Found at i:24916 original size:169 final size:175
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Indices: 24269--26615 Score: 1688
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24259 AATTTATTAA
* * * * *
24269 TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA---TTATGA
* * * * * * * * ** *
24334 CTTTTTGTTCTATTATAAAGCAATAGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACT
63 CTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACT
* * *
24399 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTTAAAAGATTT-TAAAA-AAATA
126 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAAGATTTAAAAAATAAATC
** ** * * *
24449 TGCTTA-TGAACTAGATCAAATAGTTAT---TATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCTTATGAA
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--TTATG-A
* * ** *
24509 CCTTTTTTTTGTCATAAAAAAATCATTTC-ATTCATA-AAGCTTA-TTCAATAAAATAATACTAA
63 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAA
* * *
24571 GTTATCAATA-TT--AAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAAATC
128 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT-AAATC
** * *
24617 T-TTTAATGAAA-AA-TTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTAT
1 TATTT-ACCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T--TAT
* ** *
24678 AACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTTGAATAAAAT-A-
61 GACTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA--TTTAAATAAAATAAT
* *
24740 A-TAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAGATCTAACAAATAAATC
123 ACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
* *
24792 TATTTACCAAACAAGTTC-AA-A-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCTAA-TATGACCT
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATGA-CT
* *
24853 TTTTTTTTGT-A-AAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAATTAAAA-AATATTAAT
65 TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAAT
** * * * *
24914 TTATTAATATTTGGAAAATTAAAATGAGTTAAGAGAATTAAAAAAATTAATTTT
129 TTATTAATATTTCAAAAATT--AATAAG-TAA-AG-ATTTAAAAAA-TAA-ATC
* * * * *
24968 TATTTA-CAAACATGTTAAAAAATAACTTATG-CTTATCTGAA-TATTATCTATTTCAAACATTA
1 TATTTACCAAACAAGTT--CAAAT-AGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTC-AA-ATTA
*
25030 TTGAC-TTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT--AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
60 -TGACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAA
* *
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122 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATC
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1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATGACTT
* *
25203 TTTTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTATTCATGCAAGCTTATTTGAATAAAATAATA-TAAATT
66 TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACT-AATT
* * *
25266 TATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATA
130 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
25312 TGTTT-TCTAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
1 TATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA---TTATG
* *
25375 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
62 A-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATAC
*
25439 TAATTTATTAA-ATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-
125 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * ** * * * *
25489 TGTTTACTGAGCAAGTTCGAATAGTTATGACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTATGA
* * ** *
25554 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAATTTTATTTGCAATAAAATAATACT
63 -CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACT
* *
25619 AATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC
126 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ***
25669 TACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTATGA
* ** ** * ** *
25734 -TATTTTGTTTGTTGTAAAATGATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTAAGAATAAAAT-ATACT
63 CT-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACT
* *
25797 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAGAATTAAATC
126 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
25844 TGTTTATCAAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
1 TATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTATG
* * * * * * * *
25908 A-TCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATATTGC
62 ACT-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAC
* * * * *
25972 TAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AA-CTTTGAAAAATAAATGC
125 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-C
* * *** * * * * * * * * *
26021 -GTTAATTGAACCAGTTCAAATAATTAAGATTATTAGAACAATTATCAATTTCAATTTGTTCCTA
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-AT--GA
* * * *
26085 CCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAG
63 -CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATAC
* *
26149 TAATTTATTAA-CTTTCAAAAGATTAATGAGCTAAAGATTTAAATAAAATAAATC
125 TAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAG-TAAAGATTT-AA-AAAATAAATC
* *
26203 TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTTTTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCAT
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--T-T-AT
* * * *
26266 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAAT
61 GA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAAT
* * *
26330 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-
123 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TC
* **** * * * *
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1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT---TATGA
* * *
26448 TCTTTGTTTTCT-T-ATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTGAATAAAAATAATA
63 -CTTT-TTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATA
* * * *
26510 TTAATTTAATAACATTTC-AAAA--AAT-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATG
124 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
26559 TATTTGCTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
1 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
26616 CATTTTAACC
Statistics
Matches: 1755, Mismatches: 276, Indels: 276
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Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
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Consensus pattern (175 bp):
TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATGACTT
TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
Found at i:26475 original size:714 final size:706
Alignment explanation
Indices: 24387--31587 Score: 2089
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24377 TTATTCGGAT
* * * *
24387 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTTAAAAGATTTTAAAA-AAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-----AGATTTAAAAATAAATCTA
* ** * *
24451 CTTA-TGAACTAGA-TCAAATAGTTAT---TATTTGAATAATTATCTATTT-AAATC-TTATGAA
61 TTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-A
* * * *
24509 CCTTTT-TTTTGTCATAAAAAAATCAT-TTC-ATTCATA-AAGCTTA-TTCAATAAAATAATACT
124 -CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT--TGTTCTATTCATACAAACTTATTTGAATAAAATAATA-T
* * *
24569 -AAGTT-ATCAATATT---AAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAAAT-C-TTTTAATGA
185 AAATTTAAT-AATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-A-ATTTAAAAAAT-AAATACGTTTT--CGA
* * * * * * * * * * *
24626 A-AAATTTAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTT
243 ACACATTCAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTT
* ** *
24690 TGTCATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTTGAATAAAAT-A-A-TAATTTATT-
308 AGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAGCTTA-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
24750 AATATT-AAGACAATTAATAAGT-AAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC-AA
371 AAT-TTCAA-A-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACTAAACAAGTTCAAA
** * * * * *
24812 -A-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC---TAAT-ATGACCTTTTTTTTTGT-A-AAAGC
432 TAGTTATGACCCTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * **
24869 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTGGAAAA
497 AATTGTTTCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * * * *
24932 TTAAAATGAGTTAAGAGAATTAAAAAAATTAATTTTTATTTAC-AAACATGTTAAAAAATAACTT
561 TT--AATAAG-CAAGAG-ATTTAAAAAA-TAA-ATCTACTTACTAAACAAGTT--CAAAT-AGTT
* * * * * * * * *
24996 ATG-CTTATCTGAA-TATTATCTATTTCAAA-CATTATTGACT-TTTT-TTTGTAATAAAACAAT
617 ATGAC-TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAATA-TGA-TATTTTGTTTCTTATAAAATAAT
* ** *
25056 TGTTT-TAGTTCAT--AAGCTTATTTGAAA
679 TGTTTCT-GATCATACAAAATTATTAG-AA
*
25083 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAT-AATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAATAAATCTA
25146 TTTACCAAA-C-ATTCAAATAGTTATG-CTA-TT-AA-AATTATCTATTTC-AA--ATTATGACT
61 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * *
25202 TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTGAATAAAATAATATAAATTT
126 TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAACTTATTTGAATAAAATAATATAAATTT
* * * * *
25267 ATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAACACATTCAAA
191 AATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAATACGTTTTCGAACACATTCAAA
* * * * * *
25332 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACC
254 TAATTAAGACTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAAC
*
25397 AATTGTTTCTATTCATAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAAAT
319 AATTATTTCTATTCATAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAAAT
* * * *
25462 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAGCAAGTTCGAATAGTTATGACCCTTCGA
384 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCCTTCGA
* * ** *
25527 ATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
449 ACAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* ** *** * **
25592 CAATTTTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTTAGAGATTT
514 AAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* **** * *
25657 AAAAAATAAATCTACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATTGTTATCTATTTC
579 AAAAAATAAATCTACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC
* * * * *
25722 AAATCATTATGATATTTTGTTTGTTGTAAAATGATTGTTTCT-ATTCATATAAAATTATTAAGAA
644 AAATCAATATGATATTTTGTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAAATTATT-AGAA
* *
25786 TAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA-AAATAAATCTATTTA
* * *
25850 TCAAACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTT
65 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTT
* * *
25914 GTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAA-TT
129 GTTTTGTAATAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAACTTATTTGAA-TAAAATAAT-ATAAATTT
* * *
25978 AATAATATTCCAAAAATTAATAAG-AACTTTGAAAAATAAATGCGTTAATT-GAAC-CAGTTCAA
191 AATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATACGTT--TTCGAACACA-TTCAA
* * *
26040 ATAATTAAGATTA-TTAGAACAATTATCAATTTCAATTTGTTCCT-ACCTTTTATTTAGTCATAA
253 ATAATTAAGACTATTTA-AACAATTATCAATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTATTTAGTCATAA
* *
26103 AACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTCAA
316 AACAATTATTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAA
* *
26167 AAGATTAATGAGCT-AAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGATT
379 AA-AATAATAAG-TAAAAGATTT-AA-AAAATAAAT-TATTTACT-AAACAAGTTCAAATAG-TT
** * **
26230 -TGACTTTTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
437 ATGACCCTTCGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
26293 GTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
501 GTTTC-TGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
* ** ** * *
26357 ATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
564 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
*
26420 AACAAATATCAATCTCAAATCAATATGAT-CTTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGATCAT
628 AACAAATATCAATCTCAAATCAATATGATATTTTG-TTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGATCAT
** *
26484 ACAAGCTTATTTGAA
692 ACAAAATTATTAGAA
* * * * * *
26499 TAAAAATAATATTAATTTAATAACATTTCAAAAAATAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
26563 TGCTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTT
63 TACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTT
* ** * * ** * * * * **
26628 TT-ATTAATATTTAGAA-AATTAATC-AGT-AT---GA--GATTT-AA-AAAAGAA-A-ACTGTT
127 TTGTTTTGTA-ATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAACTTATTTGAATAAAATAATATA-AATT
* * * * ** * * * ****
26680 TACCA-AACCATTTCAAATAGTT--T-TGACTATTTGAATAAT-TAT-C-TATTTC-AATTTGTT
190 TA--ATAA-TATTCCAAA-AATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATACGT-TTTCGAACACATT
* ** * * * * * * *
26737 -ATAACCTTTTATTTTGTC-A-TCAAACAA-T-T--AGTTC-TA-T-TCAT-ACTATTTTATTCA
250 CA-AA----TAATTAAGACTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTATTTA
* * * * * * * *
26791 G-AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCCA-ACA-CTTA-ATA-ACTAAGA-AA-ACTAA-A
309 GTCATAAAACAAT--T-AT-T--T-CTATT-CATAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * ** * * * ** * * *
26848 AAATAAATTT-----AATTAT-CG--AACCATTTCAAATAGTAAGACTACATGAACGATTATCTA
366 TATTAAATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAA-A-T-TATTTAC--TAAACAA
* * * * ** * *** * ** ** * **
26905 TTTGAAATCA-TTATGACCTTTTG---TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACATGCTT
425 GTTCAAAT-AGTTATGACCCTTCGAACAATTATC-TATTTCAAATCATCATGA-CCT-TTTG-TT
* * * ** * ** * * * * **
26966 AT-TCAAAATAAAAATAATATCAATTTATTAATA--T-TTCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT
485 TTGTCATAA-AACAATTGTTTCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATA-AAATAA-TACTA-ATTT
* * ** * * * * * * * * * * *
27026 A--AAAAAT-AAACCTGT-TTATCGAAACCA-ACTCAAATAAT-TATGACTATTTGAGTAGTTAT
546 ATTAATATTCAAAAAT-TAATA-AGCAA-GAGATTTAAAAAATAAAT--CTACTT-ACTA---AA
* * *** * * * *
27085 CAA-TCTCAAATCA-TTAAGA-TCTTTG---TTTTGTC-A--T-AAAACAAT-TG-T-TTCTG-A
602 CAAGT-TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAATATGATATTTTGTT
* ** * * * *
27136 TC--AT-AGA-GCTT-ATT-TGGT--TA-AAAA-TACTACTAA
665 TCTTATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAAATTATTA-GAA
** ** * * * * * *
27169 TTTAATAATA-T--TCCA--AA-AATT----AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA
* * * * ** * * * * * *
27224 TCAAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATTATTTTGACCTTTT
65 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
* * * * * * * * **
27289 GTCTAGTTAGAAAATATTTGTT-TCATATCTTACAATCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTT
129 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTCT-AT-TCATACAAACTTATTT-GAATAAAATAATATAAATTT
* * ** * *
27353 ATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAAT-CTATTTATCGAACAAATT
191 AATAATATTCCAAAAATTAATAA-G-AAA-ATTT-AAAAAATAAATAC-GTTT-TCGAACACATT
* * * ** * * ** * * *
27417 CAAATAGTGATGACTATTTAAACAATTATTTTAGTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGAT-A
250 CAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTA-TCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTAG-TCA
* * ** * *
27481 TAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTT
313 TAAAACAATTATTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTT
* * * ** * *
27546 CAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAC
376 CAAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTA-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * *
27610 AACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
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** * * * * *
27675 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATACT-GAAAATTAATAAG
504 TCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * * *
27739 TAAGTGATTTAAAAAGTAAATCGATTTACCAAATC-AGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAA
569 CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * *** ** * * * * * *
27803 TTATCTATTTCAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTATG-TTATACA
633 ATATCAATCTCAAATCAATA-TGATATTTTGTTT-CTTATAAAATAATTG-TTTCTGATCATACA
**
27866 AGTTTATTTAGAA
695 AAATTA-TTAGAA
* * * *
27879 TAAAATAATAGTATTTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTA
* * * * * * * * *
27944 TTTACTAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTGTATACTTCAAAT-AGTTATAAC
61 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-
* * * * ** ** *
28008 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACT-
124 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTTCTATTCATACAAACTTATT-TGAATAAAATAATA-TA
* * * * ** * *
28072 AATATAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAA-AC
186 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--GA-AAATTT-AAAAAATAAATACGTTTTCGAACAC
* * * * ** ** *
28136 TAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATTTATTTCAAA---TCAT----TTTT-TTT-G
247 -A-TTCAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTAG
* * * * * *
28192 TCATAAAACAA-AATTTTCAATTCACACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATT-
310 TCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATA--AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * * * * *
28253 CATACTAAAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTCTGTTTACCT-AACTAGTTCAAA
371 AAT-TTCAAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTA-CTAAACAAGTTCAAA
* ** * * *
28317 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
432 TAGTTATGACCCTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATC-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * ** * *
28381 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAA
496 CAATTGTTTCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* *
28446 ATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-CATCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGAC
560 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTAC-T-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * *** * * * * *
28504 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTCTATTATAAAAAAATAGTTTT
622 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAATATGATATTTTGTTTC--TTATAAAATAATTGTTTC
* * *** *
28569 TGTTTATACATGCTTATTCA-AT
685 TGATCATACAAAATTATT-AGAA
* * * * * * *
28591 TAAAATAATTCCATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAATAAATCTA
* ** * * * *
28656 CTTACCGGACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
61 TTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * * * *
28720 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCAT-TTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAATATAATAC
124 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT--TGTTCTA-TTCATACAAACTTATTTG-AATAAAATAATA-
* * * * *
28783 T-AAGTTACTAATATTCTAAAAATTAATAATCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-C-TATTTAATGA
184 TAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-A-ATTTAAAAAATAAATACGT-TTT--CGA
* * * * * * * * * * *
28845 ATA-AGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATTACCTTTTGTT
243 ACACA-TTCAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATT
* * * * * * *
28909 T-TTCCTAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTAT
307 TAGTCATAAAA-CAATTATTTCTATTCATA-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * *
28972 T-AATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAAAAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCA
369 TAAAT-TTCAA-A-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTAAACAAGTTCA
** ** * * ** * *
29035 AATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
430 AATAGTTATGACCCTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *** * * * * *
29100 ACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATATATTAATATTTTGAC
495 ACAATTGTTTCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAA
* * * ** * *
29164 AAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGAG
558 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * * *
29227 TATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATC-AT-TG-TGACCTT-TTTCTAAAAAAAACAATTGTTT
622 TATTTGAACAAAT-ATCAATCTCAAATCAATATGAT-ATTTTGTTTCT-TATAAAATAATTGTTT
* * * ** *
29287 CAGTTCATATAAGCTTATTTGAAA
684 CTGATCATACAAAATTATTAG-AA
*
29311 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAA-AGTAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAATA--AATC
*** * * * ** *
29374 TATTTATGGAA-CATGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAGTAATTATCTATTTCAAAACATTATG
59 TATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** *
29438 ACCTTTT-TTTTATCATAAAAAAATTGGTTTTGTTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATAT
123 A-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTTCTATTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATAATAT
* * * * * * * *
29502 AATTTTATTAATATTCTAATAGTTATTAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAC
185 AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAATACGTTTTC-GAACAC
* * * * * *
29567 GTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
247 ATTCAAATAATTA-AGACTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTAGT
* * * * *
29631 CATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATATAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAT
311 CATAAAACAATTATTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATT
* * * *
29696 TCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATATATCTATTTACCGAGA-GAGTTCAAATAGTT
375 TCAAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTT
* *
29759 ATGACCCTTTGAACAATTATTTATTTC-AA--ATC---A--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
437 ATGACCCTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** ** * *
29816 TTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATATAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAACATTAAT
502 TTTCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT
* *** * ** * * * *
29881 AGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAAT
566 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** *
29946 TATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTT-TGTCATAAAACGATTGTTTCT-ATTCCTA
631 AAATATCAATCTCAAATCAATATGATATTTTGTTTCT-T-ATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATA
*
30009 CAAAATTATTTTGAA
693 CAAAATTA-TTAGAA
* *
30024 TAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA-AAATAAATCTATTTA
* * * * * * * **
30089 TCGAACCAATTCAAATACTTTTGGCTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TCTTT
65 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTT
* * * * *
30153 ATTTTGTTATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAACTTATTCAT-AATAAAATATTGCTAAA-T
129 GTTTTGTAATAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAACTTATT--TGAATAAAATAAT-ATAAATT
* * * * ** * *
30216 TAATAATATTCTAAAAA-AAAGAA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA-ACTAATTCA
190 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGA-AAATTTAAAAAATAAATACGTTTTCGAACAC--ATTCA
* * * * * * * *
30278 AATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTATCTTTTGTTTATTCATAA
252 AATAATTAAGACTATTTA-AACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTAGTCATAA
* * * * *
30342 AATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCA
316 AACAATTATTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCA
* ** * * * * * *
30405 AAAATTTAATAAACAAAAAATTTTAAAAAATAAA-TAGGTTTATTGAACAATTTCAAATTGTCAT
378 AAAA-ATAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTA--TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** ** * * * *
30469 AACTATTTAAACAATGATCTATTT-AGAATAAAT-ATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-
439 GACCCTTCGAACAATTATCTATTTCA-AAT-CATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * **
30530 TTTCTTAGTTCATAAAAGCTT-GTCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAACC
502 TTTC-T-GTTCATAAAAACTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
** * * *** * * *
30594 AATAAATTAA-AGATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTA-TCAAATTGGTTTAAATAATTATG-GTCA
563 AAT-AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-CTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-A
* * * * * *** * * * * *
30655 CTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA-CAAACTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTATTTTT
624 TTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAATATGATA-TTTTGTTTCT-T-ATAAAATAATTGTTTCT
* ***
30718 CATCATACAAGCCTATTCA-AA
686 GATCATACAAAATTATT-AGAA
* * * *
30739 TAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTT-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA
* * ** *
30803 ----A-C---TGAACTAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
65 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
* * * * *
30857 GTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTT
129 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTCTA-TTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATAATA-TAAATTT
* *** * * * * * *
30921 AATATTATTTTGAAAATTGATAACAAGGAGATTCAAAAAA-AAA-ACCTATTTGCTAAAACAATT
191 AATAATATTCCAAAAATTAATAAGAA--A-ATTTAAAAAATAAATACGT-TTT-CGAACAC-ATT
* * * * *** ** * *
30984 TAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTTACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAGTCA
250 CAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTATCAATTT-C-AAATTGTTATGACCTTTTATTTAGTCA
* * * ** * *
31048 TATAACAATTGTTTTTCA-TCATTCCAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
313 TAAAACAATTATTTCT-ATTCA-TAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT
* * * * * * *
31112 TC-AAAAAT--TAA-CAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAATA--TAT
375 TCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * * * * * * * *
31171 GACTATTTGAACAATTGT-AACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
439 GACCCTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
31235 TTTGTTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
504 TCTGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAA
* * * ** * * * * * * * *
31300 -CTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATATTTAAAGACTATATGAAT
568 GC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAAC
* * * ** **
31364 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAATAAGTT-TTT-TGAATTCA
631 AAATATCAATCTCAAATCAATATGATATTTTGTTTCT-T-ATAAAATAA-TTGTTTCTG-A-TCA
* ** * *
31426 TACTAGCTTTTTTGAAA
691 TACAAAATTATTAG-AA
* *
31443 TAAAA-AA-A-TGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAA-ACAAT-TA
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAATA-AATCTA
** * * *
31503 TGTTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
61 --TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
*
31568 CCTTTTGTTTTGTCATAAAA
124 -CTTTTGTTTTGTAATAAAA
31588 TAAATGTTTT
Statistics
Matches: 4925, Mismatches: 1081, Indels: 977
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
658 2 0.00
659 84 0.02
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661 1 0.00
662 1 0.00
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722 3 0.00
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725 5 0.00
726 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (706 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTAC
CAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGT
TTTGTAATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAACTTATTTGAATAAAATAATATAAATTTAATAA
TATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATACGTTTTCGAACACATTCAAATAATTAA
GACTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATT
TCTATTCATAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAAATAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCCTTCGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAACTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCTACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAA
TATGATATTTTGTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAAATTATTAGAA
Found at i:26521 original size:539 final size:522
Alignment explanation
Indices: 24284--26632 Score: 1727
Period size: 539 Copynumber: 4.4 Consensus size: 522
24274 ATCAAACCAG
* * * * ** * * * *
24284 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTAA
* * * * * * * *
24349 TAAAGCAATAGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAA-ATTT
* * * * * *
24414 CAACAATTAATAAGTTAAAAGATTT-TAAAA-AAATATGCTTA-TGAACTAGATCAAATAGTTAT
128 CAA-AA--AATAA--TAAGA-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * **
24476 ---TATTTGAATAATTATCTATTT-AAATC-TTATGAACCTTTT-TTTTGTCATAAAAAAATCAT
187 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTG-ACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
24535 TTCA-TTCATA-AAGCTTA-TT-CAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATT--AAAATTAATAA
251 TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATGA
* * * *
24594 TTAAGAGATTT-AAAAATGAAATCT-TTTA-ATGAA-AAATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAA
316 GTAA-AGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACA--AACAAGTTCAAA-TAGTTATG-CTTTTTGAA
* * ** *
24654 CAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTCTATTCATAC
375 -AATTATCTATTTCAAATT--TATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA
* **
24718 AAGCTTATTTTTGAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA-AGA
436 AAACTTA--TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-AAGAGA
* * * ***
24777 TCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAA
496 TTTAA-AAATAAATATGTTT-TTTAACAA
* * * * *
24806 GTTC-AA-A-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC---T-AATATGACCTTTTTTTTTGT-
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTA
* * * *
24863 A-AAAGCAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTAAATTAAAA-AATATTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAA-AT
* * * * * * * * *
24924 TTGGAAAATTAAAATGAGTTAAGAGAATTAAAAAAATTAATTTTTATTTAC-AAACATGTTAAAA
126 TT---CAA--AAAAT-A-AT-A-AGAATTTAAAAAA-TAA-ATGTGTTTACTGAACAAGTT--CA
* * * * *
24988 AATAACTTATG-CTTATCT-GAA-TATTATCTATTTCAAA-CATTATTGA-CTTTT-TTTTGTAA
178 AAT-AGTTATGAC-TAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-CTGACCTTTTATTTAGTCA
25047 TAAAACAATTGTTTTAGTTCAT--AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
239 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
*
25110 TAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAAT-AATCTATTTACCAAAC-A-TTCAAATAGTTATG
304 -AAAAATTAATGAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
25171 C-TATT-AAAATTATCTATTTCAAA-TTATGACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTATT
366 CTTTTTGAAAATTATCTATTTCAAATTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * ** *
25232 CATGCAAGCTTATTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A
431 CATAAAAACTTATTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGA
* *
25295 AATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAACACA
494 GATTT-AAAAATAAATATGTTTTTTAACA-A
* * ** * *
25326 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAA
* *
25391 TAAACCAATTGTTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTAATAAATTT
* *
25454 CAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAGCAAGTTCGAATAGTTATG
128 CAAAAAATAATAAG----A-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * * * *
25518 ACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
188 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
25583 CT-GTTCATACAATTTTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAG
253 -TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATGAG
* * * **
25647 TTAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATTGT
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* ** **
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* * **
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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*
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*
26308 AACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
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* *
26373 AAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAG
500 AAAATAAA-TATGTTTTTT-AAC-AA
* * * * *
26398 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAATATGATCTTTGTTTTCTTAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTAAT
* *
26463 AAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAATAAAAATAATATTAATTTAATAACATTTC
66 AAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAA-ATTTC
* * * * *
26528 AAAAAATAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTA
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* *
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Statistics
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AAAAAATAAATCTATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGCTTTTTGAAAATTATCTATTTCAAA
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ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTTTTAAC
AA
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* *
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* * ** *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* ** * * *
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* * *** *
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* * * * ** *
28848 AGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATTACCTTTTGTTTT-T
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * * *
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** * ** *
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* * * * *
29095 ATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAA
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* * * * *
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1 TTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACAA
* * * * * *
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64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
29271 AAAAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
128 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * ***
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* * * ** * *
29387 TGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAGTAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTT-TTTTAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
29451 CATAAAAAAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAA
128 CATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
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1 -TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACA
* * **
29566 CGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
29631 CATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATATAG-AATAAAATAATATTAA
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* * * * *
29685 TTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATATATCTA-TTTACCGAGA-G
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACC-AAACA
** *
29746 AGTTCAAATAGTTATGACCCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATC------A--TTTTGTTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *
29803 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATATAATAATACTAA
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
29857 TTTATTAATA-TTCTAAACATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAG
* * ** **
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * *
30161 ATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAACTTATTC-ATAATAAAATATTGCTAA
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* * * * *
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1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAAC-AAG
* * * * * *
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* * *
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* ** * * ***
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* *
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* * ** * *
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130 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
31635 TCTATTAATATCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAG
* * * *
31695 TTCAAATAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCGTTATGACTTTTT
65 TTCAAATAG-T----TA----TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * **
31759 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTGCTATTCATACAAACTTATTCGAGTTAAAATAATACTAA
121 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
31820 TTTACTAATATTTCGACAATTGATAAGTAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
31850 TTAATTAAAA
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
Found at i:31578 original size:179 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 4.4 Consensus size: 181
30806 GAACTAGTTT
** * *
30816 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTT
* * * ** * *
30881 -AGTTCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTGATAA
65 GAATTCATACT-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACAA
* * * ** * * * * * *
30944 -CAAGGAGATTCAAAAAAAAAACCTATTTGCTAAAACAATTTAAACAATTAAGA
129 GTAAGAAGATT-TAAAAAAAAATTTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAATTAAGA
* * * * * * * *
30997 CTATATGAACAATTATTTGTTTACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTT-C-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TT
** * * * * *
31061 TTTCA-TCATTCCAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAC-
63 TTGAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACA
* * *
31124 ---AAG-AGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAAT-A-TATGA
128 AGTAAGAAGATTTAAAA-AAAAATTTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAATTAAGA
* * * * * * *
31173 CTATTTGAACAATTGT-AACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTT
* * ** * * *
31237 TG--TTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
64 TGAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACAA
* * * * *
31300 CTAAGAA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATATTTAAAGA
129 GTAAGAAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAATT-AAGA
* * *
31354 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTT
* * *
31419 GAATTCATACTAGCTTTTTTGAAATAAAA-AA-A-TGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA-AA
65 GAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAACAA
* * * *
31480 GTAA-AAGATTTAAAAAACAATTATGTTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATGA
129 GTAAGAAGATTTAAAAAAAAATT-TGTTTACTGAACCAGTTTAAATAATTAAGA
*
31533 TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAT-TTTT
31598 TG
64 TG
31600 TTCATATAAG
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTG
AATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACAAGT
AAGAAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAATTAAGA
Found at i:32539 original size:360 final size:355
Alignment explanation
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Period size: 360 Copynumber: 17.1 Consensus size: 355
31858 AAAGTAAATA
* * * * ** * ** * **
31868 TGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACGTT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTT
* * * *
31932 ATTAATATT-ATGAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGT-CGAACAAGT
66 ATTAATATTCA-GAAAATTAATAAG-T-AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAG-
* * * * ** *
31994 TTAAATAATTTTGGCTATTTCG-ACAATTATCTA-TTCAAAATTTTTATAACCTTTTGTTTTGTC
126 TTCAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * *
32057 ATAAAATGATT-TTTCTGTTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
189 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATT
** * * **
32121 --AAGACAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAATTTCAAATCTTT
253 CCAA-A-AATTAATGAG-AAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAA-CATTTCAAATAGTT
* * * * * *
32184 ATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTT
312 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * * * * *
32228 TGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCT-GTCATACATGTTTATTCT-TATTCACAA-AATATTTAT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATAATAAT
* ** *
32290 TTTTTAATATTTTGACAATTAAT-AGTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTT
64 TTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTT
* * * * *
32354 CAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATA
128 CAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* **
32419 AAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCC
192 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCC
* *
32483 AAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATG
255 AAAAATTAATGAGAAA-AGATTTAAAAAA--AATCTAT-TTATCGAACAT-TTCAAATAGTTATG
* * *
32547 ACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
315 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * *
32588 TGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAG-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATT
* * * * * *
32652 TATTAATATTCCAGAAAATTAATGAGAAAGAGAA-TTAAAAAATGAATCT-TGTTACCAAACATG
65 TATTAATATT-CAGAAAATTAATAAG-TAGA-AATTTAAAAAATAAATATGT-TTTCCAAACAAG
* * * * * *
32715 TTCGAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCA
126 TTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
32780 TAAAAC-ATCTGGTTCTACTAATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATT
190 TAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATT
* * * * * *
32844 TCAAAAATTAATGAGTAAATATTTAAAAATAAATATATTTTTTGAACACTTTCAAATAGTTATGA
253 CCAAAAATTAATGAGAAAAGATTTAAAAA-AAATCTATTTATCGAACA-TTTCAAATAGTTATGA
32909 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
316 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* ** * *
32949 TGTTTGGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAACTT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTT
* * * *
33014 ATTAAAATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT--AGAGCAAGT
66 ATTAATATT-CAGAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCA-AACAAGT
* * * * * *
33076 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTATTTTATTAT
127 TC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * ** * *
33141 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTGAAACAAAATAATAGTAAGTTATTAATATTCT
191 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCC
* *** * * ** * *
33206 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCA-CA
255 AAAAATTAATGAG-AAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAAC-ATTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
33270 TCCATTTGAACT-ATGATCTATATCAAATTGTTATGACATTT
316 -CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
*** * * * **
33311 TGTTTTGTGGCAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTT-AGAATAAAATAATTCTAAT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATA-AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAATAAT
* * * * * *
33374 TTATTAGTATTTCA-AAAATTAATAA--A-AGATTTAAAAACGTAATCTAT-ATAT-CAAACCAA
64 TTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAA-ATAA-ATATGTTTTCCAAA-CAA
* * *
33433 -TTCAAATAATTATGATTTTGTTGAACAATTATC----T---AT-ATT-T-A-----T-TTTT-T
125 GTTC-AATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
33480 CATAAAGCAATT-TTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGATAAA-TTAATAATA
188 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-AAAAATTTATTAATA
* * * * ** * *
33543 TTCTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTA
251 TTCCAAAAATTAATGAGAAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAA-CATTTCAAATAGTTA
* * * * * ** *
33605 AGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTATTTTGACCTTT
313 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * ** *
33648 TG-CTTGTCATAAAATCATAT-TTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCTAG-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAAT
** * ** * * **
33710 TTATTAGCATTTAGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTGTCTTT-GGAACAAG
64 TTATTAATATTCAGAAAATTAAT-AAGTAGAAA-TTTAAAAAATAAATATGT-TTTCCAAACAAG
* * * *
33774 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCA
126 TTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
33839 TAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATATTACTTTATTAATACTT
190 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATA-TT
** ** * *
33904 -CAAATTTTGATAT-ATTAGAGATTT-AAAAAAATAC-A--T-T-GAAC-TGGTTCAAATAATTA
253 CCAAAAATT-A-ATGAGAAAAGATTTAAAAAAAAT-CTATTTATCGAACAT--TTCAAATAGTTA
* * * ** *
33960 TG-GTCATTTGAATAATGATCTATTTCAAATCGCTACAAGCTTT
313 TGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * *
34003 TGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-AGTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATT
* * * *
34067 TATTAAAATTTCA-AAAATTAATAAGAAGGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT---AAC----T
65 TATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTT
* * * * * ** * * * * **
34122 GAATCGGT-T-CCTATTT-AGACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAGCTTTTGTTGTATTGTA
128 CAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * ** *
34184 AAATTATTGTTT-TAGTTCATATAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
192 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCC
* * * * * * * * * *
34248 AAAAACTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-TTT-TGCTAAAGCAATTCAAACAATTAA
255 AAAAATTAATGA-GAAAAG-ATTTAAAAA-AAATCTATTTAT-C-GAA-CATTTCAAATAGTTAT
* * * *
34311 GACTATATGAATAATTATCTCTTTGAAATCGTTATGACCATT
314 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * *
34353 TGTTTTATCTTAAAACAA-TGTTTC-AGTTCATAGAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAG-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATT
* ** * * * * * * *
34415 TATTAATACTCTA-AAAATTAATAAGTAAGTTATCTAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGT
65 TATTAATATTC-AGAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGT
* * * * ** *
34478 TCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT
127 TC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * ** *
34543 ATAACAATTGTGTT-TGA-ACATTCAATTTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATCTT
191 AAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATT
* * * * * * **
34605 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGATCTAGTTCAAATAGCAA
253 CCAAAAATTAATGAG-AAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATC-GAAC-ATTTCAAATAGTTA
* * * ** * * *
34669 TAACTATTTGAACAATTCTAAACTTT-AATAT-ATTATAATCTTT
313 TGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAA-ATCGTTATGACCTTT
* * * * * * * * * **
34712 T-ATTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCGTACAAGCTTATTTGAAATACAATAATACTAATCG
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTT
* * * * * *
34776 AATAATATTTCA-AAAATTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAAATTTGTTTGCCGAACTAGT
66 ATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGT-AGA-AATTTAAAAAAT-AAATATGTTTTCCAAACAAG-
* * * * *
34839 TTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
126 TTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
34904 AAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAAA-TTATTA
191 AAAACAA---TTGTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATTT-GAATAAAATAATAA--AAATTTATTA
* * * * * *
34966 ATATTTCAGAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAAT
248 ATATTCCAAAAATTAATGA-G-AAAAGATTTAAAAAA-AA-TCTATTTATCGAAC-ATTTCAAAT
* * * * * *
35030 AATTATGATTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
308 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * * * * * *
35078 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATC
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAG-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATT
* * * *
35142 TATTAATATTTCA-AATATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATAAATTTATTTAT-CAAACTAGTT
65 TATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAG-T
* * * * * * * * * * *
35202 TAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATCGTTACGACTTTTTATTCTGTTATA
127 TCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
35267 AAACAATTG-TTC-A-T-AT--ATGCTTATTCGGATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAG
192 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * * ** * *
35326 CAATTGATAAGTAAA-ATTTAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATAATCATGA-TA
257 AAATTAATGAGAAAAGATTTAAAAA-AAATCTATTTATC-GAAC-ATTTCAAATAGTTATGACTA
*
35388 TTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
319 -TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * ** **
35426 TGTTTTATCATAAAAGAAATGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTT
* * * * * *
35491 ATTAGTAATCCA-AAAATTAATAA-TAAAGAAATCTAAAAATATGAATATGTTTACTGAAA-AAG
66 ATTAAT-ATTCAGAAAATTAATAAGT--AGAAATTTAAAAA-ATAAATATGTTTTC-CAAACAAG
* * * * * *** * * *
35553 TTTAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTTA
126 -TTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
35618 TAAAATAATT-TTATCTATTCGTACAATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAATTTATTAATAT
190 TAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA-AAAATTTATTAATAT
* * ** * * * * * * *
35681 T--AAGCAGTTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATTGT
252 TCCAA-AAATTAATGA-G-AAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAAC-ATTTCAAATAGT
* * *
35744 TATGACTATTT--ATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATG-CCTTTT
311 TATGACTATTTGAAT--AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTT
* * * * * * * * *
35789 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAATAATT
* * *
35853 TATTAATATTTC-GATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT
65 TATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGT-AGAAA-TTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGT
* * * * * * * * *
35917 TCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAGTCATTGTGACCTTTTCTTTTGTAAT
127 TC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * **
35982 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATATTATTAATTTATTAATATTC
191 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATAAAAATTTATTAATATTC
* ** ** * * * * * * *
36046 CAAAAATTAATGACTAAGTGAGCTAAAAAAAATCTGTCTATTGAATAAGTTCAAATAGTTTTGAT
254 CAAAAATTAATGA-GAAAAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAA-CATTTCAAATAGTTATGAC
* * *
36111 TATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACCTTT
317 TATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * ** *
36150 CGTTTTGCCACAAAACAATTGGTTT-T-GTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAA
1 TGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTAG-TCATAAAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATAAT-A
* *
36211 ATTTATTAATATTCTAG-AAACTAAT-A--AG---------AAA-AAA-ATGTTTTCTAAACACA
62 ATTTATTAATATTC-AGAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACA-A
* * * *
36261 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA-TATGA-TTTTTGTCTTGTC
125 GTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** *
36323 AT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAA
189 ATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAT-AAAATAATAAAAATTTATTAATA
* * * * * * * *
36387 TTCTAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTAACG-AGAGTTCAAATAGTTA
251 TTCCAAAAATTAATGAG-AAAAGATTTAAAAA--AAATCTATTTATCGAACATTTCAAATAGTTA
* * * *
36451 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTT
313 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * *
36494 TCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAACAAAATAATATTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTT
* * * * * **
36559 ATTAATATTGTA-AAAATTAATAAGTTGAAGATTTGAAAAATAAATATATTTGCTGAACAAGTTC
66 ATTAATATT-CAGAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTC
** * * * * * * * * **
36623 AAATAGCCATGTCCATTTGAACTATAATCTATTTCAAATTATTGTGACATTTTATTTTGTTGTAA
129 -AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** ** ** *
36688 AACAATTGTTT-TATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
193 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
36752 AAATTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATCT-TTCTACCAAACGATTTTAAATAGTTTTGACT
257 AAATTAATGAGAAAAGATTTAAAAA--AAATCTATT-TATCGAAC-ATTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
36813 ATTTTAATAATTATTTATCTCAAATAG-TATGATC-TT
318 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * ** * * * **
36849 TGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTT-GTTCAAAGTAAAATAATACTAAAC
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATAATAATT
* * * * ** *
36913 TAATAATATT-ATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGT-TTTTGCTGAACCAGT
65 TATTAATATTCA-GAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT-CCAAACAAGT
* * * * * * *
36975 TATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTCTGA-CTTTT-TTTTGTCAT
127 T-CAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
*** * * * * *
37038 AAAATTTTTTTTTC-AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATATAATTTTATTAACATTC
191 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTC
* * * * *
37102 AAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTAATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
254 CAAAAATTAATGAG-AA-AAGA-TTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAAC-ATTTCAAATAGTTA
* * *
37166 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
313 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * **** * *
37209 TGTTTTATAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAATTAAA-CTTAGCCAAAATAAAATAATATTACT
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAG-TC-ATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAAT
* * * * * *
37272 TTATTACTATTTCA-AAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTCTCGAATC-A
64 TTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTT-TCCAAACAA
* * * *
37334 GTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
125 GTTC-AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** *
37398 TATAAAACAATTATTTTTCA-TCATAGAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATA
188 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATAAAAATTTATTAATA
* * ** * * *
37462 TTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATAGTTATCGAACTAGTTT-AAATAGT
251 TTCCAAAAATTAATGAG-AAAAG-ATTTAAAAA-AAATCTATTTATCGAAC-A-TTTCAAATAGT
* * * * *
37526 TATTATTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATAATCTTT
311 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * * *
37571 TGGTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATC
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAG-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATT
* * * * * ** *
37635 TAATAATATT-ATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAA-T
65 TATTAATATTCA-GAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGT
* * * ** ** *
37698 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAGTAATTATCTATTT-TGATCCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
127 TC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * * * ** *
37762 TAAAACAAATATTTGTGCTCATATAAGTTTGTTCTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
190 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
37827 TAAAAATTAAT---AAGAGATTTGAAAAAAAAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAGTAGTTATA
254 CAAAAATTAATGAGAAAAGATTT---AAAAAAAATCTATTTATCGAA-CATTTCAAATAGTTATG
* * * *
37889 ACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATT
315 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
*
37930 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
1 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
37957 TTGATGTAGA
Statistics
Matches: 4443, Mismatches: 951, Indels: 670
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
335 6 0.00
336 56 0.01
337 72 0.02
338 2 0.00
339 3 0.00
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Consensus pattern (355 bp):
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ATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAAAAAT
TAATGAGAAAAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
Found at i:32567 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 31868--37953 Score: 3027
Period size: 181 Copynumber: 34.1 Consensus size: 180
31858 AAAGTAAATA
* * * * ** * ** * **
31868 TGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACGTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
*** * * * ** * *
31932 ATTAATATTATGAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGTCGAACAAGTTT
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAACATGTTC
* * * ** *
31996 AAATAATTTTGGCTATTTCG-ACAATTATCTA-TTCAAAATTTTTATAACCTTT
129 AAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTT
** * *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
32110 TTATTAATATT--AAGACAATTAACAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATCAAATA
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** * * * *** *
32171 AT-TTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTT
123 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * * *
32228 TGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCT-G-TCATACATGTTTATTCT-TATTCACAA-AATATTTA
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATACTAA
* *** * * * * * * *
32289 TTTTTTAATATTTTGACAATTAAT-AG-TAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAG
63 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAACATG
* * * * *
32352 TTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTT
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
32407 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * **
32472 ATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTACCGAACATGTTCA
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACCGAACATGTTCA
* **
32537 AATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
32588 TGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
32653 ATTAATATTCCAGAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATGAATCTTGTTACCAAACATGTTC
66 ATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACCGAACATGTTC
* * * * * *
32718 GAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * **
32770 TGTTTTCTCATAAAAC-ATCTGGTTCTA-CTAATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATAAAAA
1 TGTTTTGTCATAAAACAAT-T-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * * ***
32832 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA-ATATTT-AAAAATAAATATAT-TTTTTGAACACT
63 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTACCGAACA-T
* *
32894 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
125 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
32949 TGTTTGGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAACT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * *
33013 TATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAGCAAGTT
65 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAACATGTT
* * *
33077 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * ** * * *
33130 TATTTTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAATTTATTTGAAACAAAATAATAGTAAGT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* *** * * *
33194 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGCTC
65 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTACCGAACATGTTC
* * * * * * ** *
33259 AAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATGATCTATATCAAATTGTTATGACATTT
129 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
*** ** *
33311 TGTTTTGTGGCAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATTCTAAT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
33374 TTATTAGTATTTCAAAAATTAAT---AAA-AGATTTAAAAACGT-AATCTATATATCAAACCA-A
64 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGT-TACCGAA-CATG
* * * * * ** * **
33433 TTCAAATAATTATGATTTTGTTGAACAATTATCTATATT-TATTTTTTCATAAAGCAATT
126 TTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATT-AT-GA-CCTTT
* * * *
33492 T-TTTTGTTCATGCAAGC--TTATTTGGAG-T-A-A-AA---TA-TTG--AT---A-AAT--TAA
1 TGTTTTG-TCAT-AAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
33538 --TAA---TATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCA-A
63 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAA-CATG
* * * * * *
33593 TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTATTTTGACCTTT
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * **
33648 TG-CTTGTCATAAAATC-ATAT-TTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
** * * * *** *
33710 TTATTAGCATT-TAGAAAATTAATAA-ACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTGTCTTTGGAACAA
64 TTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGA-AAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGT-TACCGAACAT
* * *
33773 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTT
125 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * *
33829 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCT-AGAATAAAATAATATTACTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
** * ** *
33893 TATTAATACTT-CAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAAATACA----TT---GAAC-TGG
65 TATTAATA-TTCCAAAAATTAATA-AGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTACCGAACAT-G
* * * * ** ** *
33948 TTCAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATGATCTATTTCAAATCGCTACAAGCTTT
126 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* *** * * *
34003 TGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
34068 ATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT----AAC-TG----A
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACCGAACATGTTCAA
* * * * ** * *
34124 ATCGGT-T-CCTATTT-AGACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAGCTTT
131 ATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** ** * * *
34172 TGTTGTATTGTAAAATTATTGTTTTAGTTCATATAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * ** *
34237 AATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTTTTGCTAAAGCA-ATTC
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACCGAA-CATGTTC
* * * * * * * * *
34301 AAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTCTTTGAAATCGTTATGACCATT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
34353 TGTTTTATCTTAAAACAA-TGTTTCAGTTCATAGAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * * * * * *
34416 ATTAATACTCTAAAAATTAATAAGTAAGTTATCTAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATCA-GTTC
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAA-CATGTTC
* * * * ** *
34480 AAATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* ** * ** *
34532 TGTTTTGTCATATAACAATTGTGTTT-GAACATTCAATTTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
34595 TATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGATC-TAGTT
65 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTACCGAACAT-GTT
** * * ** * *
34659 CAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTCTAAACTTT-AATAT-ATTATAATCTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA-ATCATTATGACCTTT
* * * * *
34712 T-ATTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCGTACAAGCTTATTTGAAATACAATAATACTAATC
1 TGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * ** * *
34775 GAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAATTTGTTTGCCGAAC-TAGT
65 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTG-TTACCGAACAT-GT
* * * * *
34839 TTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
127 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
34893 TGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AAT
1 TGTTTTGTCATAAAACAA----TTGTTTTAGTTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
34956 GAAATTATTAATATTTCAGAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAAC
61 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T-GTTACCGAAC
* * * *
35020 -TAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
123 AT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * *
35078 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
35143 ATTAATATTTCAAATATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAC-TAGTTT
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTACCGAACAT-GTTC
* * * * * * *
35203 AAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATCGTTACGACTTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
35255 TATTCTGTTATAAAACAA-----TT-GTTCATATATGCTTATTCG-GATTAAATAATACTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * ** *
35313 ATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-ATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAAC-TAGATC
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAACAT-GTTC
* * *
35374 AAATAATCATGA-TATTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
129 AAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * ** *
35426 TGTTTTATCATAAAAGAAATGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * * * *
35491 ATTAGTAATCCAAAAATTAATAATAAAGAAATCTAAAAATATGAATATGTTTACTGAAAAAGTTT
66 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTG-TTACCGAACATGTTC
* * * * *** *
35556 AAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTT
129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
35608 TATTTTGTTATAAAATAATT-TTATCTA-TTCGTACAATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAA
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* * * *
35670 TTTATTAATATT--AAGCAGTTAAAAATGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACA
63 TTTATTAATATTCCAA-AAATTAATAA-G-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-ACCGAACA
* * * * * **
35732 AGTTCAAATTGTTATGACTATTT-ATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATG-CCTTTT
124 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT
* * * * *
35789 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAAT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
35852 TTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
64 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAACATG
* * * * * * *
35916 TTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAGTCATTGTGACCTTT
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
35971 TCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATATTATTAATTT
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* ** * ** * ** * *
36036 ATTAATATTCCAAAAATTAATGACTAAGTGAGCT-AAAAA-AAATCTGTCTATTGAATAAGTTCA
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* * *
36099 AATAGTTTTGATTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACCTTT
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* * * * *
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* * * * *** * * * *
36275 -ACTAT-TT-AAACAATTAT--CTATTT-CA-AATTATATGATTT-TTGTCTTGTCATAAACTAA
120 AAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCAT-T-ATGACCT-T
36332 T
180 T
* * * ** * * * * *
36333 TGTTTTTGTTCATAAAA-ACTT-ATTCAGAATAAAAATAATACTAATTT--ATTAAAAT--T-CT
1 TG-TTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTAG--TTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACT
** * * * * *
36391 AA-AAATTAGTAAGT--AAAAGATT--T-A-AAA-AG---T---AAAT--ATGT-TTAACG-AGA
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* ** *
36438 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTT
124 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
** ** * * * *
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** * * * * * * *
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127 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* ** * ** ** *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAAT
* * ** * * * *
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* * * * * *
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127 TCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-T
* * * * * * * * *
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64 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTT-ACCGAACATGT
*
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127 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * **** * *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC-A-TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *** ** *
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* * * *
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127 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *** * *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
37454 TATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATAGTTATCGAAC-TAGTT
65 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACCGAACAT-GTT
* * * * * * * *
37518 TAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATAATCTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * *
37571 TGGTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATC
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* *** * ** *** *
37635 TAATAATATTATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCA-ATT
65 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACCGAA-CATGTT
* * * ** ** *
37699 CAAATAGTTAAGGCTATATGAGTAATTATCTATTT-TGATCCGTTATGACCTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTT
* * * * * * *
37752 TGTTTTGTCATAAAACAAATATTTGT-GCTCATATAAGTTTGTTCT-AAATAAAATAATATTAAT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAAT
** * *
37815 TTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTGAAAAAAAAAATCTAT-TTACCAAACCA-
64 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-T-TGTTACCGAA-CAT
* * * * * * *
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ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACCGAACATGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
Found at i:38063 original size:20 final size:20
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*
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* *
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Statistics
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TTTTATTTTTTATTCTGTAT
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** ** * *
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* * * * * *
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** * * ** * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-
* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ***
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* * ** * * * *
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1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-
* * * *
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* * * * * *
40117 ATATCAAAT-TGCTATAACTTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTATT
129 ATTTCAAATAT--TATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * *
40169 CATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA-
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
40232 AAATTAAAAAAAAAAGTTT-TTTGAAT-AC-A-TTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAA-TTTGTTT-ACTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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128 TATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATT
* * * * * * * *
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1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAG
* * * * *
40410 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
40474 TATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
128 TATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
40526 CATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGA
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-
* * * * *
40591 GATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCAGTTTGAACAATTAAT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATT-AT
* * *
40655 CTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTCTATT
127 CTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTG-TT-TCTATT
** * ** * * * *
40711 TGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAATTAATAAG--A-G
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGG
* * * * * * *
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* * * * * * * *
40836 TATCTCAAATAATTATCATC-TTTATTTTGTCAAAAAATAGTTTGTTTCTTTT
128 TATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATT
* * ** * *
40888 TATACAAGTTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--AA-
1 CATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
40949 GACTTAAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTAT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-G-A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
41012 TTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTT
127 CTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
*** * * * * *
41065 CATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGCAAATTTATTAACATT-GAAAAATTAATGAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
** ** *
41129 AGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTAT
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* *
41188 CTATTT-AAAGTCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTT
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* * * * * * * * * * * * *
41241 CAAAAAAACTTA-TCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGA
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-
* * * * *
41305 GATTTAAAAACTAAATCTGTTT-TTCGCACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATAT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-G-A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
41368 CAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAAT
127 CTAT-TTCAAATA-TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
41421 CATACAAGGTT-TTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAAG--A-
1 CATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
41480 GATTTAAAAAA-ATATATGTTT-GTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
41543 TATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTT
128 TATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * ** * * *
41595 TATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAA
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAG
* * * *
41660 GATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
41725 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTT
128 TATTTCAAAT-ATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* **** * * *
41778 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAG--A-
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG
*** ** * * * * * *
41839 GATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTACCT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
41904 ATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGTCTTAAAAAAATT-TTTTTAAT
129 ATTTCAAAT-ATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * **
41954 -ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCACTAATTAATAAG--A-
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
42014 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
42079 ATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATT
129 ATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * *
42130 TATACAAACATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTC-ATAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * * *
42194 AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCA-ATTAGTTCAAACAGTTAAGAGTATATAAACAATTAT
65 -GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
42257 TTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTT-TAGCT
127 CTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* **** * * * *
42310 CATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAG---
1 CATACAAGCTTAT-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
** * *
42371 GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCGACATAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACT
64 GGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GACA-AGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
42433 ACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCA-A
125 ATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * *
42488 CATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAATAAG--A-
1 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * * *
42549 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTTACTACTTGAATAATTATCT
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
42614 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATT
129 ATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * *
42665 CCTACAGGCTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAG
1 CATACAAGCTTATTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * * ** *
42729 AGATTTTAAAAATAAATCTAT-TTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTACATGTACAATTAT
65 -GATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
42793 TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTC-AGCTT
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* * * * * * *
42847 -ATACAAGCTTATTCGAAACAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGT-TCAAAATT--T-TGTAAG
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* * * * *
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Statistics
Matches: 2909, Mismatches: 606, Indels: 361
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Matches are distributed among these distances:
172 17 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGG
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
Found at i:40416 original size:539 final size:529
Alignment explanation
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39181 ACTGAATCAG
* * * * *
39191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTT-TGTTATATC
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* * * ** * *
39254 ATAAAACAATTAT-TTT-TGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
64 ATAAAACAATT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
39317 TT-CTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTAT-TTACCAAACCGGTTCAAATAGT
128 TTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTATC-GACCAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
39380 TA-AGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTA-TCGTAAAACAA
186 TATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTGTTTTATTC--AAAATAA
** * ** *
39443 TT-TTT-TAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGCGTAAAA-AA-A-AAATTTATTAATATTTC-AAAA
247 TTATTTCTA-TTCATA-CAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * *
39501 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATGACTA
308 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA
* ** * *
39561 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC-CTTTTGTTTTGTCA-AAAACAA-ATGCTTTT
372 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTG-TTTT
* ** * * * **
39623 -GTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTTGAAAATTAAGAAGT
436 AGTTCATAAAAACTTATCT-AAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATT---AA-T
* * * * *
39686 AAGAGATTTAAAAA-ATA-AATTTGTTTACTAAACCAG
495 AAGAAATTTAAAAACAAATAAGTT-TTTA-GAAA-CAA
* * * * * * * *
39722 TTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCA-TGATGACTATTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAAT-AGTTATGAC-CTTTATTTTGT
* * * * * *
39785 CATAAAAGAA-TTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAAC
63 CATAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
39848 ATTCTAAAAATTAA-AATGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTGACGAGTGCAAATAG
127 ATTCCAAAAATTAATAA---AA--GATTTAAAAAATAAATTTGTTA-TC-GACCAGTTCAAATAG
* *
39912 TTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAAT
185 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTATT-CAAAATAAT
* * * * *
39977 TGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
248 TATTTCTATTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
* * * * * * * *
40042 ATAAGCAAGAGCTTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGA
312 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
40107 ACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTA-TTCA
377 ACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTTTAGTTCA
* * * * * * * *
40171 TACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAAATTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAAT
442 TAAAAACTTA-TCTAAATAAAATAATAC-TAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAATT
*
40236 TAAAAA-AAA-AAGTTTTTTGAATAC-A
503 TAAAAACAAATAAGTTTTTAGAA-ACAA
*
40261 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTATTTTGTCA
* * * * * * *
40325 GAAACCAATTTGTTTCTGTTCATACGAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATT
65 TAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
40390 CCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAACTTCAAATAGTTAT
130 CCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTATCGA-CCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * * *
40455 GATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTAT
189 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTGTTTTATTC--AAAATAATTAT
* * * *
40519 TTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
251 TTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATA
* * * * * *
40584 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCAGTTTGAAC
315 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTTGAAC
* *
40648 AATTAATCTATTTAAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAA-TTGTTTCTCTA-T
379 AATT-ATCTATTTAAAATCGCTATAACTCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTTG-TT-T-TAGT
** * * ** *
40710 TTGTGCAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGAGA
439 TCAT-AAAAACTTATCTA-AATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA
* *
40774 TTTAAAAACTAAATATGTTTGTAGAAACAA
501 TTTAAAAAC-AAATAAGTTTTTAGAAACAA
* * * * * * * * *
40804 TTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATTTATCTCAAATAATTATCATCTTTATTTTGTCAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTATTTTGTCAT
* * * * * * *
40869 AAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 AAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
40933 CCAAAAATTAATAAAAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTA-AGAC
130 CCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTATCG-ACCAGTTCAAATAGTTATA-AC
* * * * * *
40997 TATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGT-TTTATTC--AAAATAATTATTTC
* * * * * *
41061 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGCAAATTTATTAACATT-GAAAAATTAATGA
254 TA-TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
*
41124 GTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTA-TCAAACAAGTTGT-AATAGATT-TGACTATTTAAA
316 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTT-TAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* ** ** * *
41181 CAATTATCTATTTAAAGTCATTACGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTCAGTTCAA
378 CAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTTTAGTTCAT
* * * * ** *
41244 AAAAACTTATCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATT
443 AAAAACTTATCTAAATAAAATAATACTAATT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATT
** * * *
41309 TAAAAACTAAATCTGTTTTTCGCACCAA
503 TAAAAAC-AAATAAGTTTTTAGAAACAA
* * * *
41337 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC-TTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGA-CCTTTATTTTGTC
* * * * *
41401 ATAAAACAA-TTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATA
64 ATAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
41463 TT-CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-ATATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTA-AG
128 TTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTATCGA-CCAGTTCAAATAGTTATA-
* * * ** * * * **
41525 ACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTATTCA-A-AATAATTATTT
* *
41590 C-AGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
253 CTA-TTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
* * *
41654 GCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
316 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
41719 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC-CTTTTTATTTTGTCATAAAACCA-TTGTTTTAGTTCATA
380 ATTATCTATTTAAAATCGCTATAACTC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTTTAGTTCATA
* * * * * *
41782 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAA
444 AAAACTTAT-CTAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTT-AA
* ** * *
41847 AAATAAATCAA-TTTACCA-AAATAG
506 AAACAAAT-AAGTTT-TTAGAAACAA
* * * * * * *
41871 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGAC-CTTTATTTTGTC
* * * * *
41935 TTAAAAAAATTT-TTT-TAAT-ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * *
41997 TTCACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CTGAACTAGTTTAAATAGTTATG
129 TCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTATC-G-ACCAGTTCAAATAGTTATA
* *
42060 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTA-TCATAAAATAATTATT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTGTTTTATTC--AAAATAATTATT
* * * * *
42124 TCTATTTATACAAACATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAA
252 TCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
** ** * * * * * *
42189 GTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGAGTATATAAACAA
316 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * * * *
42253 TTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGCTTTATTATAAAATAA-TTATTTTAGCTCATATA
381 TTATCTATTTAAAATCGCTATAACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * * * **
42316 AGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAA
446 AACTTAT--CTAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTT-AAA
* * * * * * *
42381 AATAAATCAGTTTATCGACATAG
507 AACAAATAAGTTTTTAGAAACAA
* * * * * * * *
42404 TTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTAT
1 TTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTATTTTGT
* * * * *
42467 CTTAAAACAA-TTGTTTTTCA-ACATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
63 CATAAAACAATTTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
42530 ATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTT
127 ATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTATC-GACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
42594 TACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TATTCTA-TCATAAAACAATTA
189 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGT-TT-TATTC--AAAATAATTA
* * * * * * *
42657 TTTCTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAAT
250 TTTCTATTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* * * * * * * * * ** *
42722 AACTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTACATGTAC
314 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
42787 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATT
379 AATTATCTATTTAAAATCGCTATAACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
42837 ATTTCAGCTT
Statistics
Matches: 2520, Mismatches: 439, Indels: 306
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
528 2 0.00
529 58 0.02
530 130 0.05
531 63 0.03
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533 440 0.17
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535 372 0.15
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544 47 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTATTTTGTCAT
AAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTATCGACCAGTTCAAATAGTTATAACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTATTCAAAATAATTATTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
AAAATCGCTATAACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTA
AATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACAAATAAGTTTT
TAGAAACAA
Found at i:40418 original size:358 final size:359
Alignment explanation
Indices: 39094--42967 Score: 1623
Period size: 358 Copynumber: 10.8 Consensus size: 359
39084 NNNNNNNNNN
* * * * * **
39094 CATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAA-GTAGG
1 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAAC
* * *** * *
39158 AGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATCA-G-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTA
66 AAAT-TAAAAAAAAAATTTG-TTA--GAATGACGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * * *
39220 TATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTT
127 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTC--AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
** * * * *
39285 ATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTC-TAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
190 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * ** ** * * * * * * *
39349 TAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCG
255 TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TTAAAATTG
* * * *
39414 TTAGGAC-TTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TTT-TAGTT
319 CTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
** * ** ** *
39453 TTTAGTAA-CTTATTTAGCGTAAAA-AA-A-AAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--T-A-GTA
1 CATA-CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATGTA
* * * * * * *
39508 AGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAAT--CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
64 ACAAATTAAAAAAAAAATT-TG-TT--AGAATGACGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
39571 TATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAG
125 TATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTC-AAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAG
* * * *** *
39634 TTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAA
187 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * *
39698 AAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTTAAA
252 AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TTAAAA
* * *
39763 -T-CATGATGAC-TATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATT
316 TTGC-T-ATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *
39806 CATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAA-AATGTAA
1 CATACAAG-CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAA
* * ** ** * * *
39869 CGGATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTAT
65 C-AAATTAAAAAAAAAATTTGTTAGAATGACGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
39934 CTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTG-CAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTT
128 CTATTTCAAATAGTTATGACC-TTT-TATT-TTGTCAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
39998 ATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGCTTTAAAAAA
190 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
40063 TGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTG
255 TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTAT-TAAAATTG
* * * *
40128 CTATAACTTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTATT
319 CTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
*** * * *
40169 CATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGA-GTAA
1 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAA
* *
40232 -AAATTAAAAAAAAAAGTTT-TTTGAAT-AC-ATTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATC
65 CAAATTAAAAAAAAAA-TTTGTTAGAATGACGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
40292 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGTTTCTGTTCATACGAGCCTA
129 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA-AAA-CAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
40357 TTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
191 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
40422 AAATTTGTTTA-TCGAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAG
256 AAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TTAAAATTG
* *
40486 TTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
319 CTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * * **
40526 CATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGGTAGG
1 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAAC
* * * * * * * * *
40590 AGATTTAAAAAATAAATCTATT--ACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCAGTTTGAACAATTA
66 A-AATTAAAAAAAAAATTTGTTAGAATG-ACGA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATT-
* * * * * ** *
40653 ATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTCTATTTGTGCAA
126 ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTC---AAAACAATTG-TT-TCTGTTCATACAA
** * ***
40718 AATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
186 GCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
40778 AAAACTAAATATGTTT-GTAGAAACAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATTTATCT
250 AAAAATAAATTTGTTTACT-G-AACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTAT-T
* *** * * * * * * * *
40841 CAAATAATTAT--CATCTTTATTTTGTCAAAAAATAGTTTGTTTCTTTT
312 AAAATTGCTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTCTATT
* * * * *
40888 TATACAAGTTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA---AA
1 CATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAA
* * * * * * * * *
40949 -GACTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAA--CCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTA
65 CAAATTAAAAAAAAAATTTG-TTA--GAATGACGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
41011 TTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT
127 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTC--AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
** * * * * *
41076 ATTCAAAACAAAATAATAGCAAATTTATTAACATT-GAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAA
190 ATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * * *
41138 A-AAA--TGTTTA-TCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAG
254 ATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAG-TTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTAAAAT
* * * *
41198 T-CATTACGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTC-AGTT
317 TGC--TATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
* * * * * * * * * * * * *
41241 CAAAAAAACTTA-TCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAA-GCAAG
1 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAAC
* ** * ** * * *
41304 AGATTTAAAAACTAAATCTGTT--TTTCGCACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATA
66 A-AATTAAAAAAAAAATTTGTTAGAAT-G-A-CGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** *
41367 TCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGG
127 TCTAT-TTCAAATAGTTATGA-CCTTTTATTTTGTC--AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
* * *
41430 TT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAA
188 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * ** * * * *
41488 AAA-ATATATGTTT-GTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAA
252 AAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TTAAA
*** * * * * * * **
41551 ATCATTTTGAC-CTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTT
315 ATTGCTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
* * * * *
41595 TATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GCAA-
1 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAAC
** * * * *
41658 AAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAA--ACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
66 AA-A-TT-AAAAAAAAAATTTG-TTA-GAATGACGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
41721 TATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAA
125 TATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTTATTTTGTC--AAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAA
*** * * *
41785 GCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTC--AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTA
186 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
*** * * * **** * ** *
41845 AAAAATAAATCAATTTAC-CAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTC
250 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TTA
* * * * * * *
41909 AAATCGTTATTG-C-TTTTTATTTTGTCTTAAAAAAATT-TTTTTAAT
313 AAATTGCTA-TGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * * **
41954 -ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCACTAATTAATAA-G--A
1 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATGTAA
* * * * * * * * *
42014 -GATTTAAAAAATAAATCTATT-TACTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
65 CAAATTAAAAAAAAAATTTGTTAGAATG-ACGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * * * *
42077 CTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAACATA
128 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTC--AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
* *
42142 TTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
191 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** ** * * * * * * *
42205 TAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGAGTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTG
255 TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TTAAAATTG
* * * * * * *
42270 TTATGA-TCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTT-TAGCT
319 CTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TT
* * ** * * * *
42310 CATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAA-G--
1 CATACAAGCTTAT-TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATGTA
** * * ** *
42371 -GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGACAT-A-G-TTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACA
64 ACAAATTAAAAAAAAAATTTG-TTA--GA-ATGACGATTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACA
* * * * * * * * *** *
42430 ACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAA
123 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTC--AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* *
42495 GCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
186 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** * * * ** * * *
42555 AAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTTACTACTTGAATAATTATCTATTTCA
250 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TTAA
* * * * * *
42620 AATTGTTATAAC-CTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATT
314 AATTGCTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * * * * * *
42665 CCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAA-CTAAG
1 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAAC
* * * * ** * * * ** *
42729 AGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAA--ACTAGTTCAAACAGTTAAGACTACATGTACAATTA
66 A-AATTAAAAAAAAAAT-T-TGTTAGAATGACGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
42792 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCT
127 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA-AAA-CAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCT
* * * * * * *
42856 TATTCGAAACAGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTC--AAAATT--T-TGTAAGAGATTTAGAA
189 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
42916 AATAATTTTATTTATTGAACTAA-TTCAAAT-GATTATGACTATTTGATCAATT
253 AATAAATTTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAG-TTATGATTGTTTGAACAATT
42968 TTAAATCATT
Statistics
Matches: 2720, Mismatches: 606, Indels: 379
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 9 0.00
351 20 0.01
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353 184 0.07
354 201 0.07
355 278 0.10
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365 7 0.00
366 45 0.02
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGTAAC
AAATTAAAAAAAAAATTTGTTAGAATGACGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTAAAATTGCTATGAC
TTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
Found at i:40501 original size:720 final size:717
Alignment explanation
Indices: 39480--42750 Score: 1966
Period size: 720 Copynumber: 4.6 Consensus size: 717
39470 CGTAAAAAAA
* * * * * * ** *
39480 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA-TGTTTGCCGAATCAAT
1 AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAA-AAGTGTTTATCGAAACAAT
* *
39544 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
39608 AAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTT
129 AAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
39672 GAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAA
193 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAACTTCAAATAGTTATAA
* * *
39737 CTATTTGAACCATTATTTACTTTAAATCATGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
258 CTATTTGAACAATTATTTACTTTAAATCATGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
** * *
39802 TATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAATG
323 TATTCATACAAGT-TTATTCGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAGG
* * * * *
39866 TAACG-GATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTG-ACGAGTGCAAATAGTTAT-AACTGTTTGAAC
387 T-ACGAGATTTAAAAAATAAATCTATTA--CTGAACAAGTGCAAATAGTTATGAACAGTTTGAAC
* * *
39928 AATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTAT-TGCAAAACAATTG-TT-TCTATTCG
449 AATTAATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATAT-AAAAACAATTGTTTCTCTATTCG
** * * *
39989 TACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGC
513 TACAAAATTATCTAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG--AGA--
* * * * *
40054 TTTAAAAAATGAATTTGTTTACT-G-AACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCT
574 TTTAAAAAATAAATATGTTT-CTAGAAACAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATCT
** * * * * *
40117 ATATCAAATTGCTATAACTTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTT-TTT-TTATTCATACAAGCTT
637 ATATCAAA-TAAT-TAACATCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTTGTTTCTT-TTCATACAAGCTT
*
40180 ATTTTAAA-TAAAATAATAC
699 A-TTCAAATTAAAATAATAC
* *
40199 AAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAA-AATTAAAAAA-AAAAGT-TTT-TTGAATA
1 -AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AAAGAATTAAAAAATAAAAGTGTTTATCGAA-A
* * *
40259 C-ATTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTG
61 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * *
40322 TCAGAAACCAATTTGTTTCTGTTCATACGAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAAT
126 TCA-AAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
* * * *
40387 ATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGCAACTTCAAATAG
189 ATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAACTTCAAATAG
* * * * *
40451 TTATGATTGTTTGAACAATTGTTTA-TTTAAAAT-AGTTATGATCT-TTTGTTTTGTCATAAAAC
252 TTATAACTATTTGAACAATTATTTACTTT-AAATCA-TGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAC
* *
40513 AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
314 AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAA
* * ** **
40578 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCAGTT
379 TTAAAAGGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTATTACTGAACAAGTGCAAATAGTTATGAACAGTT
* * *
40643 TGAACAATTAATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTCT
444 TGAACAATTAATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTAT-ATAAAAACAATTGTTTCTCT
* * * * ***
40708 ATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGAG
508 ATTCGTACAAAATTATCTAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAG
* * *
40773 ATTTAAAAACTAAATATGTTTGTAGAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATTTA
573 ATTTAAAAAATAAATATGTTTCTAGAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATCTA
* * * * * *
40838 TCTCAAATAATTATCATCTTTATTTTGTCAAAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTC
638 TATCAAATAATTAACATCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC
40903 AAATTAAAATAATAC
703 AAATTAAAATAATAC
* * * *
40918 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAATT
1 AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAAAAGTGTTTATCGAAACAATT
* * * * * * *
40983 CAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-A
* * * ** * * * *
41048 AAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGCAAATTTATTAACATTGA
130 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-GCTAATTTATTAATATTCA
* * ** *
41113 AAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTA-TCAAACAAGTTGTAATAGATT-TG
194 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAACTTCAAATAG-TTATA
* * * * * *
41171 ACTATTTAAACAATTATCTA-TTTAAAGTCATTACGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACATTTGT
257 ACTATTTGAACAATTATTTACTTTAAA-TCATGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * ** * * * * * * * * * *
41234 TTC-AGTTCAAAAAAACTTA-TCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGT
320 TTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTA-A
* * * * ** * *
41297 AA-GCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGCACCAA-TTCAAATAGTTATG-ACTA-TTT
383 AAGGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTATTACT-G-AACAAGTGCAAATAGTTATGAAC-AGTTT
* * * * * *
41358 GAAGAAAT-ATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCAT-AAAACAATTG-TT-TC
445 GAACAATTAATCTAT-TTAAAATCGTTATGA-CCATTTGTTTTAT-ATAAAAACAATTGTTTCTC
* * ** * * * * *
41417 TAATCATACAAGGTT-T-TTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAAG
507 TATTCGTACAAAATTATCTAAAAT-AAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
* * * ** * * * * *
41479 AGATTTAAAAAA-ATATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-CTAGAATAATTAT
571 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTAGAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTA-AAAAATTAT
* * *** * * * * * * * *
41542 CTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAA-TTGCTTCAGTTT-ATACAAGCT
635 CTATATCAAATAATTAACATCTTT-ATTTTGTCAAAAAACAATTTGTTTC-TTTTCATACAAGCT
*
41605 TAATCAGAA-TAAAATAATAC
698 TATTCA-AATTAAAATAATAC
* * * * * ** *
41625 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTA-CTAAA
1 AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAAAGAATT-AAAAAATAAAAGTGTTTATCGAAA
* * * * *
41689 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTT
61 CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACC-TTTTGTTT
* * *** ** *
41754 TGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTA
124 TGTCA-AAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTA
* *** * *
41818 ATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-ATAGTTCAAAT
187 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-ACTTCAAAT
* ** * * ** * * * * *
41878 AATTATGGCCATTTGAACAACTACCTA-TTTCAAATCGTTATTG-CTTTTTATTTTGTCTTAAAA
250 AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTACTTT-AAATCATGA-TGACTATTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
41941 AAATT-TTTTTAAT-ATACAA-TCTTATTTGAAATAAAATAAA-ACTAATTTATTAATATT-TCA
313 CAATTATTTCTATTCATACAAGT-TTATTCGGAATAAAA-AAATACTAATTTATTAACATTCT-A
** * * **
42001 CTAATT--AA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATG-A
375 AAAATTAAAAGGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACTGAACAAGTGCAAATAGTTATGAA
* * * * *
42061 CTA-TTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TATTGTTCTATCAT-AAAATAATT-
439 C-AGTTTGAACAATTAATCTATTTAAAATCGTTATGACCAT-TTGTTTTAT-ATAAAAACAATTG
* ** * * * *
42121 ATT-TCTATTTATACAAACA-TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATT
501 TTTCTCTATTCGTACAAA-ATTATCTAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCA-AAAA--
* * ** ** * * * * *
42184 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC-CCAATTAGTTCAAACAGTTAAGAGTATAT
562 ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CTAGAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTT
* * * ** ** * * * * ***
42247 AAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTT-TGCTTTATTATAAAATAATTAT-TTT-AGC
625 AAAAAATTATCTATATCAAATAATTAACATCTTTAT--TTTGTCAAAAAACAATT-TGTTTCTTT
* * ** *
42309 TCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATAT
687 TCATACAAGCTTAT-TCAAATTAAAATAATAC
* * * * * ** * *** * * *
42341 TACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGACATAGTT
1 AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAAAAGTGTTTATCGAAACAATT
* * * * * * *
42406 CAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCT
66 CAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTC-
* * *** * **
42469 TAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
128 AAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * *
42534 CAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTT
192 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAACTTCAAATAGTTATA
* * * ** * * * * *
42595 ACTACTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATAACCT-TTTATTCTATCATAAAACAATTAT
257 ACTATTTGAACAATTATTTACTTT-AAATCATGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * * **
42658 TTCTATTCCTACAGGCTTT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAAT
320 TTCTATTCATACAAG-TTTATTCGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAA-
* * *
42722 AA-CTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATT
383 AAGGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
42751 TTCCAAACTA
Statistics
Matches: 2036, Mismatches: 397, Indels: 241
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
706 2 0.00
707 114 0.06
708 58 0.03
709 115 0.06
710 199 0.10
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712 150 0.07
713 107 0.05
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715 195 0.10
716 73 0.04
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719 141 0.07
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722 15 0.01
723 3 0.00
724 54 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (717 bp):
AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAAAAGTGTTTATCGAAACAATT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAAA
AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAACTTCAAATAGTTATAACTA
TTTGAACAATTATTTACTTTAAATCATGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
TCATACAAGTTTATTCGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAAAGGTACG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTACTGAACAAGTGCAAATAGTTATGAACAGTTTGAACAATTAAT
CTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATATAAAAACAATTGTTTCTCTATTCGTACAAAAT
TATCTAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTCTAGAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATCTATATCAAATAATTA
ACATCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAAT
AC
Found at i:42163 original size:535 final size:532
Alignment explanation
Indices: 39191--42961 Score: 2650
Period size: 535 Copynumber: 7.0 Consensus size: 532
39181 ACTGAATCAG
* * * * * *
39191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATATATTTCAAATTGTTATAAGC-TTTTGTTATATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTAT--GCTTTTTATTTTGTC
* ** * * ** * *
39254 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-T
64 ATAAAACAATTGTTTTTAAT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** ** *
39318 TCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTAA
128 TC-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** * *
39383 GACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TT
189 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTATT
** * ** *
39447 T-TAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGCGTAAAA-AA-A-AAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--
253 TCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAA
* * * * * * *
39503 T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGA
315 TAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
39566 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC-TTTTGTTTTGTCA-AAAACAAATGCTTTT-GTTCA
378 ACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCA
* * *** * * *
39628 TATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTGAAAA-TTAAGAAGTAAGAGA
442 TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTT---AA-TAAGAGA
*** * ** *
39692 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAG
503 TTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAA
* * * * * * * * *
39722 TTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCA-TGATGACTATTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTA-TTTCAAAT-AGTTATG-CTTTTTATTTTGT
* * * * * * * *
39785 CATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACA
63 CATAAAACAATTGTTTTTAAT-ATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
39849 -TTCTAAAAATTAA-AATGTAACGGATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTAGCCTG-ACGAGTGCAAA
126 TTTC-AAAAATTAATAA-G--A--GATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA--CTGAACAAGTTCAAA
* * * * ***
39909 TAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAAC
182 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAAC
* * * * * *
39974 AATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAA
246 AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * * * *
40039 TTAATAAGCAAGAGCTTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTT
311 TTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
40104 TGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTA-T
375 TGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTAGT
* ** * * * *
40168 TCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA
439 TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG--A
* * * ****
40232 AAATTAAAAAA-AAA--AGTTT-TTTGAATACA
501 GATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATA-A
* * *
40261 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATG-CTTTTTATTTTGTCA
* * * ** * * * *
40325 GAAACCAATTTGTTTCTGTTCATACGAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATT
65 TAAAACAA-TTGTTTTTAAT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
40390 CCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGCAACTTCAAATAGTTA
128 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
40454 TGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
188 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTAT
* ** * *
40519 TTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
252 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATA
* * * * * * * *
40584 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCAGTTTGAAC
317 AGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAAC
*
40648 AATTAATCTATTTAAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTCTA-TT
380 AATT-ATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTG-TT-T-TAGTT
** * * * *
40711 TGTGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAA-TTAATAAGAG
440 CAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGAG
* *** *
40773 ATTTAAAAACTAAAT--ATGTTTGTAGAAACAA
502 ATTTAAAAAATAAATCAAT-TTACCA-AAATAA
* * * * * * * *
40804 TTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATTTATCTCAAATAATTAT-CATCTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATGC-TTTTTATTTTGTCA
* * * ** * * *
40868 AAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
65 TAAAACA-ATTGTTT-TTAATATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
40932 TCCAAAAATTAATAAAAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
127 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
40995 ACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTATTT
* * * * * * *
41060 C-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGCAAATTTATTAACATT-GAAAAATTAATG
254 CTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATA
* ** *
41123 AGTAAGAGA-TTAAAAA-AAA--TGTTTA-TCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACTATTTAAAC
317 AGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
41182 AATTATCTATTTAAAGTCATTACGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAA
380 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
* * * * * * * * *
41246 AAACTTA-TCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTT
445 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTT
* ** ** ** **
41310 AAAAACTAAATCTGTTTTTCGCACCAA
506 AAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAA
* * * * * **
41337 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCCTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTAT-TTCAAATAGTTATGCTTTTTATTTTGTCA
* * * * *
41402 TAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATA-T
65 TAAAACAATTGTTTTTAAT-ATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
41464 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATATATGT-TTGT-C-GAGCCAGTTCAAATAGTTAAGA
128 TCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * * * **
41526 CTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTTC
191 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTATTTC
* * *
41591 -AGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
255 TA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
* *
41655 CAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
319 CAAGAGATTT-AAAAA-TAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* *
41720 TTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAA
382 TTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAA
* * *
41785 GCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAA
447 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAA
*
41850 TAAATCAATTTACCAAAATAG
512 TAAATCAATTTACCAAAATAA
* * * * * *
41871 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTA-TGCTTTTTATTTTGTCA
* * *
41936 TAAAAAAATT-TTTTTAATATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC
65 TAAAACAATTGTTTTTAATATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * *
42000 ACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTAT
130 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* *
42065 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATT
195 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * * * *
42130 TATACAAACATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGA
259 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA
** ** * * * * * *
42195 GATTTAAAAATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGAGTATATAAACAATTATTTA
324 GATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
42260 TTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATC
389 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT-
* * * * *
42324 CCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATC
453 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
42389 AGTTTATCGACATAG
518 AATTTACCAAAATAA
* * * * * * * *
42404 TTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTAT
1 TTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTA-TGCTTTTTATTTTGT
* * * *
42467 CTTAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTTT-AATATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
42532 TTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTTAC
127 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
42597 TACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCT
192 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAACAATTATTTCT
* * * * * *
42662 ATTCCTACAGGCTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAA-C
256 ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGC
* * * * * * ** *
42725 TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTACATGTACAAT
320 -AAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
42790 TATTTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTTCAGCTT-ATACAA
383 TATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATAAAA
* * * * * ** *
42853 GCTTATTCGAAACAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAA
447 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAA
* ** *** *
42917 ATAATTTTATTTATTGAACTAA
511 ATAAATCAATTTACCAAAATAA
42939 TTCAAAT-GATTATGACTATTTGA
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGA
42962 TCAATTTTAA
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
528 6 0.00
529 48 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATGCTTTTTATTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTAATATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCA
TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGA
TTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAAT
TTACCAAAATAA
Found at i:43727 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 42983--44519 Score: 933
Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 177
42973 TCATTATTAC
* * * *
42983 TAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGA-AAATCTATTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTAAG-AAATTAAT-AAGTAAAAGAATTAAAAA-ATAAATCTATTTATCAAA
* * * * * * ** * * *
43046 CCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAAAAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * **
43111 GTCATCAAACAATTGGTTCT-GTTGATACT-ATTTTATTT-GAAATAAAATAATAA
127 ATCATAAAATAATT-GTT-TAGTTCATA-TAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-A
* ** ** * * *
43164 TAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAGAAAATAAATCTA-ATAGCCAAA
1 TAATTTATTAATATTAAGAAA-TTAATAAGTAA-AAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA
* ** ** *** *
43227 CAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTTTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** *
43292 CTCGTAAAATAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATA
127 ATCATAAAATAATTGTTTAGTTCATATAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA
* * * * * * * *
43343 CTAATTTAATAATAGTTCA-AAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
1 -TAATTTATTAATA-TTAAGAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * * * * * *
43403 TAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTG-TTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
43467 GTCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTA-TTCAGAATAAATTAATA
128 -TCATAAAATAATTGTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
* *
43519 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGAATTAATAAAATAAATCTATTTATCAA
1 -TAATTTATTAATATT-AAGAAATTAATAAGTAAA-AGAATTAA-AAAATAAATCTATTTATCAA
* * * * ** **
43583 ACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGAC
62 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCA-AA-CATTATGACCTTTTGTT
** * *
43647 TTGCCATAAAATAATT-TTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
125 TTATCATAAAATAATTGTTT-AGTTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * * *
43700 TAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTACCAAA
1 T-AATTTATTAATATTAAGA-AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTAT-TTATCAAA
* * ** * *
43763 TAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATGTC-AACTTATTATGACTTTTTGTT
63 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAC--ATTATGACCTTTTGTT
* * *
43826 TTATCATAAAATAATTGTTTATGTTCAT-TCAAACTTA-TTCAGATTAAAATAATTT
125 TTATCATAAAATAATTGTTTA-GTTCATAT-AAGCTTATTTC-GAATAAAATAA-TA
** * * * *
43881 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
1 TAATTTATTAATATTAAGA-AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
* * ** * *
43946 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTAT
* *
44011 AATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATA
129 CATAAAATAATTG-TTTAGTTCATATAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA
* * * ** * *
44061 CTGATTTATTAATATTTTAA-AAATTAATGAGTAAGAA-AATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCGA
1 -TAATTTATTAATA--TTAAGAAATTAATAAGTAA-AAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
* * * *
44124 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTT
62 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTC-AAACATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
44189 TATCTTAAAACAATTGGTTATGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
126 TATCATAAAATAATTGTTTA-GTTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * ** * * *
44242 TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCTTAA
1 T-AATTTATTAATA-TTAAGAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA
** * * * * ** * *
44305 CTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
44370 GTCATAAACTAATTGTTTCTA-TGCATACAAGCTTA-TTCATAATAAAATAATA
127 ATCATAAAATAATTG-TT-TAGTTCATATAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
* * * * * * * *
44422 TTAATTTATTAAAATTTCAA-AAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAGA
1 -TAATTTATTAATA-TT-AAGAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
* *
44486 CAAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATT
44520 TGCTAAACAG
Statistics
Matches: 1064, Mismatches: 223, Indels: 137
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 85 0.08
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177 8 0.01
178 7 0.01
179 81 0.08
180 270 0.25
181 461 0.43
182 103 0.10
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TAATTTATTAATATTAAGAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAATAATTGTTTAGTTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
Found at i:44058 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 42980--44519 Score: 1281
Period size: 361 Copynumber: 4.3 Consensus size: 356
42970 AAATCATTAT
* * *
42980 TACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGA-AAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACCA
** * * * * * * * * * *
43044 AACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAAAAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATT
63 AATAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** * * *
43109 TTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACT-ATTTTATT-TGAAATAAAATAATAATAATTTAA
127 TTATCATAAAACAATT-GTTATGTTCATA-TAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTAT
** * * * ** *
43172 TAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAGAAAATAAATCT-AATAGCCAAACAAGTTCA
189 TAATATTTTGAAA-TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACAAGTTCA
* ** ** * * * *
43235 AATAGTTAAGACTAAATGAATGATTTTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAA
251 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
43300 ATAATTATTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
316 ATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAA
* * *
43341 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAA-TAA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
1 TACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
* * * * * * *
43403 TAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTG-TTTA
66 AAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
43467 GTCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
130 -TCATAAAACAATTGTTA-TGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
*** * * *
43532 ATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGAATTAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA
193 ATT-TTGAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAA-AAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
* * *** * * ** ** *
43596 GTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAAAATA
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* *
43660 ATT-TTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAA
319 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAA
*
43698 TA-TAAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATTAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATATG-TTAC
1 TACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAA-TAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * *
43759 CAAATAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATGTCAACTTATTATGACTTTTTG
61 CAAATAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * *
43824 TTTTATCATAAAATAATTGTTTATGTTCAT-TCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTA
125 TTTTATCATAAAACAATTG-TTATGTTCATAT-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTA
*
43888 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAA
188 TTAATATTTTGA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * *
43953 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAA
252 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
**
44018 TAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
317 TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAA
* * * * ** * * *
44059 TACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * ** *
44124 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTT
64 ATAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT
* * *
44189 TATCTTAAAACAATTGGTTATGTTCATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTA
128 TATCATAAAACAATT-GTTATGTTCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * ** * *
44253 ATATTTTAGAAATTAATAAGTTAAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCTTAACTTGTTTAAAA
191 ATATTTT-GAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT
* * * * *
44316 ATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACTA
254 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
*
44381 ATTGTTTCTA-TGCATACAAGCTTATTCAT-AATAAAATAA
319 ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT--TGAATAAAATAA
* * * * * *
44420 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * *
44485 ACAAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATT
64 ATAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAAC-AATT
44520 TGCTAAACAG
Statistics
Matches: 947, Mismatches: 185, Indels: 93
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 11 0.01
356 139 0.15
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358 7 0.01
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360 96 0.10
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363 15 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
AAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTGTTATGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
TTGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
TAGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAA
Found at i:44062 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 43261--44519 Score: 1345
Period size: 542 Copynumber: 2.3 Consensus size: 538
43251 TGAATGATTT
* * * * * **
43261 TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAATAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTA
1 TTTATGTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
43326 TTC-GAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTT-CAA--AATAAATAAGAGATTTAAAAAATA
66 TTCAG-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
** * * * * * * *
43387 AATTTGTTTACCAAATTAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
130 AATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATT
* * * *
43452 TTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTATTCAGAATAAATTAA
194 ATGACCTTTTCTTTAGTAATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAA
* *
43517 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAATAAAATAAATCTATTTATCA
259 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAA-AAAAGAAATCTATTTATCA
* * * * * *
43582 AACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGA
323 AACAAGTTCAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTACCTATTTCA-AAACATTAAAACCTTTTGA
* * * *
43646 CTTGCCATAAAATAATT-TTTCA-GTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTAT
387 CTTACCATAAAACAATTGGTT-ATGTTAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
*
43709 TAATA-TTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTAC-CAAATAAGTTCA
451 TAATATTTAAGA-AATTAATAAGTCAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTCAAAT-AGTTCA
* *
43771 AATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTA
513 AA-AATTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
43797 TTTATGTCAACTTATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATGTTCATTCAAACTT
1 TTTATGTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTT
*
43862 ATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
65 ATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* *
43927 TAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
128 TAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
* * ** * * *
43992 TTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAA
192 TTATGACCTTTTCTTTAGTAATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTATTCAGAA-TAAAA
* * ** * * * * *
44056 TAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTAT
256 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAAAAAAGAAATCTATTTAT
* * * ***
44121 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTG
321 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTAAAACCTTTTG
** * * * **
44186 TTTTATCTTAAAACAATTGGTTATGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
386 ACTTACCATAAAACAATTGGTTATGTTAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
* * * * * * * * *
44251 TAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTTAACTTGTTTAAAA
451 TAATATTTAAGAAATTAATAAGTCAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTCAAATAGTTCAAAA
*
44316 ATTTATGACTTTTTGAACAATTA
516 ATTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
44339 TTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATGCATACAAGCTT
1 TTTATGTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTT
* * * * *
44404 ATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAA
65 ATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-ACAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * *
44469 TAAATTTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATT
128 TAAATTTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATT
44520 TGCTAAACAG
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 114, Indels: 27
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
536 41 0.07
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538 3 0.01
540 3 0.01
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543 13 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
TTTATGTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTA
TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATTTGTTTACAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTAT
GACCTTTTCTTTAGTAATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAATA
CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAAAAAAGAAATCTATTTATCAAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTAAAACCTTTTGACTTA
CCATAAAACAATTGGTTATGTTAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
TTTAAGAAATTAATAAGTCAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTCAAATAGTTCAAAAATTTA
TGACTATTTGAACAATTA
Found at i:45560 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 44489--46930 Score: 1946
Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 180
44479 TACCAGACAA
* * * * * *
44489 GTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATTTGCTAAACAGATTTATATTTTAAATCTCTTACTC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *** * * *
44554 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATT-TTGATAGGCTTATATG-ATGAAAA
66 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * **
44617 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTGAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * * *** * *
44670 GTTCAAATCGCCACAATTATTTGAACTGATTCAATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-TCAAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
* * * * * *** *
44734 TTCTCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTA-
64 TTAT-TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * *
44798 AAACATTTGTTTTAATTATAAAA-AAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATT
127 AAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
44852 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * * * *
44917 TATTAGTTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATTGA
65 TATTA-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATGAATAGA
* * * * *
44981 AACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT
128 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * ** * * * *
45034 GTTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ** * * ***
45099 ATCAA-TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
66 ATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* *
45162 ACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * *
45213 GTTCAAATAGTCATAACAATTTGAAC-TAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
*** ** *
45273 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAA
65 TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
45338 ATAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATA
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * **
45390 ATTCAAATGGACATGACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTCTTAAGTCTCCAACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACT
* * * *
45454 CATTAA-TTTTATTATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
65 TATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
45518 ACAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACT
129 ACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
45571 GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
** * *** *
45636 TATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATAAATAGAA
65 TATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
** * *
45701 ACAATTGGTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * ** ** *
45752 GTTTAAATAGTCATAA-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-AC
* **
45814 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAATA
64 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
45878 G-AACTAATTTTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATT
126 GAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
*** * * ** ** * *
45933 GTTTGGATAGTCGTAACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTCCTTTTTTAGTTTTCTTACTC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ***
45998 ACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCACATGAACT-GAA
66 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * *
46062 ACAATTATTTTATTAGAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
46115 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTCGGCAAACATATTTA-TTTTTAAATCT-TCTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACT
** * * *
46178 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGA
65 TATTAATT-TTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** ** * * *
46242 AACAATTATTTTATAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATT
128 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATT
* * * * * **
46295 GTTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTTTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * *
46359 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGAATTAATTGATTCTAAATAGGCTTGTATGAACCA-AA
66 ATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * *
46423 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * *
46475 ATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATTTCTTCCTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
46540 ATTTATTTTTGAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAGTT-CGAATAAGCTTGTACGAACA-AA
66 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
46603 ACAATTATTTTACGAGAAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATA
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * **
46655 GTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * * *
46719 TAGTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAATAGA
65 TATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAATAGA
* * * * * *
46783 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATT
128 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** *
46836 ATACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
46900 GATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA
66 -ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTA
46931 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 1788, Mismatches: 405, Indels: 136
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.00
176 71 0.04
177 65 0.04
178 7 0.00
179 113 0.06
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
Found at i:46847 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 44489--46930 Score: 1938
Period size: 361 Copynumber: 6.8 Consensus size: 358
44479 TACCAGACAA
* ** * * * *
44489 GTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATTTGCTAAACAGATTTATATTTTAAA-TCTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTT-CT
* * ** * * *
44553 CATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTT-TGATAGGCTTATATG-ATGAAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * ** * * *
44616 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCGC
129 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *** ** * * * * *
44681 CACAATTATTTGAACTGATTCAATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAAATTT
193 CATAACTATTTGAACTAATT-TGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT
* * * ** * * *
44745 TAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTAAAACATTTGTTT
256 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTT
* * *
44810 TAATTATAAAAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATT
319 T-ATGA-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * ** *
44852 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTCAAA-TTTCTTGC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTCTT-C
* * * * *
44916 TTATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATT
64 TTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAATA
* * * * * * * * *
44979 GAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAT
127 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * ** * * * * *
45044 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATCAATTTTA
192 TCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * **
45109 G-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTTCTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
257 GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTT
* * *
45173 ATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
320 ATGA-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
45213 GTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAA---TC-TCTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTTCTT
** ** *
45274 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAA
66 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
45339 TAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACAT
131 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * * ** *
45404 GACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTT-AT
196 AACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * *
45466 TATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
259 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTAT
* * * *
45531 GACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACT
322 G--AAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * *** * *
45571 GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT-TAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTCTTC
* * * * *
45635 TTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATAAATAG
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
45699 AAACAATTGGTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * *
45763 CATAA-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAACTTATTAATTTT
193 CATAACTA-TTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT
** * *
45825 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAACTAATTTT
256 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAC-AATTAT
* *
45889 TTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATT
317 TTTATGA-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
*** * * * ** *
45933 GTTTGGATAGTCGTAACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTCCTTTTTT-AGTTTTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTT-CT
* * * * ***
45997 CACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCACATGAACT-GA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
46061 AACAATTATTTTATTAGAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT
129 AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
46126 CATGACTATTTGAACTTATTCGGCAAACATATTT-ATTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTGTC
193 CATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTT
* * *
46189 AAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTT
257 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTT
* ** * * *
46253 TAT-AACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATT
319 TATGAA-AA--AAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATT
* * * *
46295 GTTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TT-T
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTCTTCT
* * * * * *
46358 TATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGAATTAATTGA-TTCTAAATAGGCTTGTATGAACCA
65 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * *
46421 -AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
127 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
46485 TCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATTTCTTCCTTATTTATTTTT
192 TCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
46550 GAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAGTTCGAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTATTTTA
257 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTA
* * * * *
46615 CGAGAAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATA
321 TGA-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
46655 GTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGG
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTT-C
* * ** * * *
46718 TTAGTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAATAG
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAG
* * * * * *
46782 AACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGT
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * *
46847 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTC
193 CATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-
46911 T-AAATATTAATAAATTAGTA
256 TGAAATATTAATAAATTAGTA
46931 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 1651, Mismatches: 357, Indels: 144
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 23 0.01
356 180 0.11
357 5 0.00
358 69 0.04
359 17 0.01
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363 298 0.18
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365 45 0.03
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTTCTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGAAA
AAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
Found at i:49174 original size:536 final size:524
Alignment explanation
Indices: 47057--50748 Score: 2055
Period size: 539 Copynumber: 6.9 Consensus size: 524
47047 CTAAAATAAT
* * * * *
47057 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAA-
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAAT
* * ** * ** * * * *
47120 CTGTTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAACTTTTAGATA
64 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-A-TT-TTTTTT-AAAGCTCTT-GCTATTAATTTTTAAATG
* * * ** * * * * * *
47185 CTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTATATGAATAGAAATAATTGTTTTACGA-T
124 TTAATAAATTAATATTA-TTT-TTTCCAATAAACTTGTATGAAT-GAAATAATTATTTTATGACT
* * * * *
47249 AGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAACT-A
186 A-AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * * *
47313 GTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAA-T-ATCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATT-ATT
250 -TTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATA
* * ** * * * *
47375 TTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTAAGACAAAATAAAAAGTA
314 TTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGA-TC
* * * * * * *
47438 ATAA-AATTTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTGTTTCAGTAAACT
376 ATAATGA-TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGTTTCAATAAA-T
* * * *
47501 -GATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAAC-TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTGG
438 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AA-TAGTATTATTTTATTTTG
* * * *
47563 GATAAGCTTATATGAGCTGAAATAAT
501 GATAAGTTTTTATGAAC-GAAA-AAA
* * * * * * *
47589 TGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAA-AAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTCATAA-
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AAT
* * ** * * * * *
47652 CTGTTTCAA-TTGATTTGGCAAACGAATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATA
64 CTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAC-AATTT-TTTTTAAAGCTCTT-GCTATTAATTTTT-AAATG
* * * * * * *
47716 TTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATTAGCTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGA-T
124 TTAATAAATTAATATTATTTT-TTC-CAATAAACTTGTATGAAT-GAAATAATTATTTTATGACT
* * * *
47780 AGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
186 A-AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * * *
47845 TTTGGTAAACAAACTTATTTTTTAAAATC-TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
250 TTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATAT
* * ** * * * * *
47909 TATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAA
315 TATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGA-TCA
* ** * * * * *** *
47973 TAATGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTGAT
377 TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAATAAATAGAT
*
48038 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTTTGG
442 TTAGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAA--TAGTATTATTTTATTTTGG
* *
48103 ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA
502 ATAAGTTTTTATGAACGAAAA-AA
* *
48127 TGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCCTAA
1 TG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CAAA
* * * * * *
48191 T-TATGTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA
63 TCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTT--TTTTT-AAAGCTCTTGC-TATTAA-TTTTTAAA
* * * *
48255 TGTTAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAATTAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTATTATATGA
122 TGTTAATAAATTAATATTATTTT-TTCCAA-TAAACTTGTATGAA-TGAAATAATTATTTTATGA
* ** * * ** ** * *
48320 CTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGCAGTCTTAACTATTTAAACT-
184 CTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* *
48384 AGTTC-G-ACAA-AC-TTATATATTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTA
249 A-TTCGGTA-AACACATT-TATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * ** * *
48443 ATATTATTTTTATCTAAAAAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTTTTTTATGAGAAAATAAGGATC
311 ATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATC
* * * * * *
48508 ATAACT-ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAG
376 ATAA-TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAATAAATAG
* * * *
48572 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTTA
440 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--A-CTTTTGAAATATTAAT-AA-TAGTA---TTATTTTA
48637 TTTTGGATAAGTTTTTATGAATCGAAACAAA
496 TTTTGGATAAGTTTTTATGAA-CGAAA-AAA
* * * * *
48668 TGTTTTATGACAAAATAAAAGAGGGCATAACGACTTTACATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAT
1 TGTTTTATGACAAAA-CAAA-AGGTCATAACGAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAT
*
48733 CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAA-TTTTTTTAAA-CTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTA
64 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTTTTTTAAAGCTCTTGCT-ATTAATTTTT-AAATGTTA
* ** *
48796 ATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAA
127 ATAAATTAATATTATT-T-TTTCCAATAAACTTGTATGAA-TGAAATAATTATTTTATGACTAAA
* * * * *
48861 CAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCA
189 CAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG
* *
48926 GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATT
254 GTAAACACATTTATTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT
* *
48991 ATTTTAATCTGAATAAGCCTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAAT
316 ATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAAT
* * * * * * * *
49056 GATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAAATGTTTCCATAAATAAATTTAG
381 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAATAAATAGATTTAG
* * * **
49121 CTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTAAATAA-T
446 TTTTTAAATCTCTTATTAACTTTT-GAAATATTAATA-AT-AGTATTATTTTATTTTGGATAAGT
* ** *
49184 TTTGCACAAACAGAAATAAT
508 TTT-TATGAAC-GAAA-AAA
* * *
49204 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAA-
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AAT
*
49267 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAGCTCATAT-CTATTAATTTTTAGAAT
64 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AA-TT-TTTTTTAAAGCTC-T-TGCTATTAATTTTTA-AAT
* * *
49331 ATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
123 GTTAATAAATTAATATTATTTT-TT-CCAATAAACTTGTATGAAT-GAAATAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
49396 AAAACAAATGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG
185 TAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTG
* ** * * * *
49461 -CTCGGTAAACGGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAG
249 ATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
* * * * ** * *
49524 TATTATTTT-ATTTCAAATATGCTTGCAT-AAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGG
312 TATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGA
* * *
49587 TCATAAAT-ATTTAAAATAGATAATTGAT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC-ATAAA
374 TCAT-AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAATAAA
* * * * * *
49648 -A-CTTATA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTA
437 TAGATT-TAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAACTTTTGAAATATTAA-TAA-TAGTATTATTTTA
*** * * **
49710 TTTAAAATAAAGCTTGTATGATTGAAAAAAAA
496 TTTTGGAT-AAGTTTTTATGAACG--AAAAAA
* * * * * * *
49742 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGC-AATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAA
1 -TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AA
* * * * *
49806 -CTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTGGAATA
63 TCTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AATT--TTTTTTAAAGCTCTTGCTATTAATTTTT-AAATG
* * ** * * *
49867 TTAATAAATTAGA-ATTATCTTATTT-TAGATAAGCTTGTACAAATATAAACAATT-GTTT-TGC
124 TTAATAAATTA-ATATTAT-TT-TTTCCA-ATAAACTTGTATGAAT-GAAATAATTATTTTATG-
* * * ** * * *
49928 AATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCA
183 ACT-AAA-CAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** *
49993 CT-AATCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAGA-TCCATTACTTATTAATTTTTATAATGTTAATA
246 CTGATTC-GG-TAAACACATTTATTTTTTAAACT-C-TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
** * * * * * * * *
50055 AATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAG-TCTGTATGGATAGAAACAATTCTCTTATGACAAAACA
306 AATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCT-TGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATA
* * * * * * * * * *
50119 AATGGTCATCACGATTTGA-AGTAAATAATGGTTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTGGCTT-A
370 AA-GATCATAATGATTTGAGA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCA
* * * * * * *
50182 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTCTTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
432 ATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTT-GAAATATTAAT-AA-TAGTATT
**** * * * * *
50246 ATTTTATTCCAAATAAGCTTATAAGAA-TAAAAGCATT
490 ATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACGAAAA--A-A
* * *
50283 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGAT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AAT
* * * * * * *
50347 -TATTTGAACTAGTTC-GACAAACAAAATTATTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATA
64 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC--AATTTTTTTTAAAGCTCTTGC-TATTAATTTTT-AAATG
* * * * * * * *
50410 TTAATAGATTTATTTTATTTTATTCTAA-ATAAGTTACTAAGAACTGATAA-AATTATTTTTACG
124 TTAATAAATTAATATTATTTT-TTCCAATA-AACTT-GTATGAA-TGA-AATAATTA-TTTTATG
* ** ** * * * * *
50473 ACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATAAA-AATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-T
183 ACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *** * *
50536 GGGTTTGATAAATACATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATT
248 -GATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * * * * *
50601 AGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACATT-TATGAACAA-AAATAATTGTTTTATGACATAACAAA
310 AATATTATTTTAATCT-AAATAAGC-TTGTATGAA-AAGAAACAATTTTTTTATGACA-AA-ATA
* ** * * **
50663 AAG-TTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATA
370 AAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAATA
* *
50727 AATAGATTTATTTTTTACATCT
435 AATAGATTTAGTTTTTAAATCT
50749 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 2559, Mismatches: 429, Indels: 337
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
529 1 0.00
530 27 0.01
531 139 0.05
532 104 0.04
533 20 0.01
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535 87 0.03
536 301 0.12
537 297 0.12
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539 353 0.14
540 150 0.06
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543 218 0.09
544 12 0.00
545 4 0.00
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (524 bp):
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAATCT
ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTTTTTTAAAGCTCTTGCTATTAATTTTTAAATGTTAATAA
ATTAATATTATTTTTTCCAATAAACTTGTATGAATGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGG
TCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACA
CATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT
AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC
TCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACGAA
AAAA
Found at i:49612 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 46985--50748 Score: 2618
Period size: 361 Copynumber: 10.5 Consensus size: 362
46975 TTCTAAATCC
* * * * * * * *
46985 CTTATAAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAG-TGTGTATAAGCT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATAAACA
* * * * *
47049 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * * *
47114 TCTTAACTGTTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTA-GTTATTAACTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTATCTTATTAATTT
* * * * * *
47178 TTAG-ATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTATATGAATAGAAATAATTGTT
193 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * *
47242 TTACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
258 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
47307 TAACTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAA--T-AT-
323 GAAATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ****
47343 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACAA
* * * * * * * *
47407 AAACAATTGTTTTAAGACAAAATAAAAAGTAATAAAATTTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** *
47472 CAT-ACTTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATC-C----CTTATTAACTT
130 CATAAC-TATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATTT
* * * * * * * *
47530 TGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTGGGATAAGCTTATATGAGCT-GAAATAATTGT
193 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGT
* * ** * * * *
47592 TTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTCATAACTGTT
257 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
47657 T-CAATTGATTTGGCAAACGAATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
322 TGAAATTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
47697 GTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTA-TTCTAAATTAGCTTGTATAAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAAACA
* * * * * * * *
47761 GAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
47826 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAACTTATTTTTTAAA-ATC---TCTTATTAATTCT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATTTT
** * *
47887 T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTG
194 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * ** * * * *
47950 TTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAA-TGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAATGGCCATAATTA
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
***
48014 TTTGAACTATT-TT-GGTAAATTGATTTATTTTTTAAA-CTCTTA
320 TTTGAA--ATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *** * * *
48056 CTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACA
* *
48120 AAAACAA-TGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
48184 GTCCTAATTATGTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTT-GCTTATTAATT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATT
* * ** ** * * * *
48248 TTTTGAATGTTAATAAATTAAAATTATTTTA-TTCCAATTAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTA
192 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * ** ** *
48312 TTATATGACTAAACAAAAAGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGCAGTCTTAACTA
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* *
48376 TTT-AAACTAGTTC-G---ACAAACTTATATATTTTAAA--TCTT-
320 TTTGAAA-TTGTTCGGTAAACAAA-TT-TATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * **
48414 -TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAAAAAGCTTGTATGATTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAAACA
* * * * * * * *
48477 GAAACAATTTTTTTATGA-GAAA-ATAAGGATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * ** * *
48540 GTCATTACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAGTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATTT
* * * * * * * *
48604 TT-GAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAATCGAAACAAA
193 TTAG-AATATTAATAAATTAGTA---TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
48668 TGTTTTATGACAAAATAAAAGAGGGCATAACGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-A
254 TGTTTTATGACAAAA-CAAA-AGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** *
48731 ATCTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-AA--T-TTTTTTAAA-CTCTTG
316 A-CTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * ** * * **
48774 CTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACAA
* * ** * * * *
48839 AAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
48904 CTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTT
130 CATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAA-TTT
* * * * * * * *
48967 TTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTGTATGAAAAGAAACAATTTTT
193 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
49032 TTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTGTT
258 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** * **
49095 TGAAA-TGTTTCCATAAATAAATTTAGCTTTTAAA--TC-T-
322 TGAAATTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * ** * *
49132 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCACAAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAAACA
* * * * *
49196 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
49261 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAGCTCATATC-TATTAATTTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATTTT
* *** * * *
49325 TAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTT
194 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * *
49390 TATGACAAAACAAATGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
259 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** *
49455 AAATTGCTCGGTAAACGGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
324 AAATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
49493 CTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGCATAAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACAA
* * *
49558 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGAT-AAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
49622 CATAACTATTTGAA-TGTGTTCA-T--A-AAACTTATATTTTTAAAT-TTTTA-CTTATTAATTT
130 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATTT
* * * ** * * *
49680 TTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAAGCTTGTATGATTGAAAAAAAATTG
193 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * * * *
49745 TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTAG
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
49810 TTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA--TCTT-
321 TTGAAATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
49849 -TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTACAAATAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACAA
*** * * * *
49913 AAACAATTGTTTTGCAATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
49978 TCATAACTATTTGCAC-TAATCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAGATC-CATTA-CTTATTAAT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATCTTATTAAT
* * * *
50039 TTTTATAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAG-TCTGTATGGATAGAAACAATT
191 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * * ** * *
50103 CTCTTATGACAAAACAAATGGTCATCACGATTTGAAGTAAATAATGGTTCAAATTGTTATAACTA
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
50168 ATT-AAACTGGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
320 TTTGAAA-TTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * *
50211 CTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA-AGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATA-AACA
* * * *
50275 AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
50340 TCATGATTATTTGAACTAGTTC-GACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTA-CTTACTAATTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATTT
* * * * * *
50402 TT-GAAATATTAATAGATTTA-TTTTATTTTATTCTAAATAAG-TTACTAAGAACT-GATAA-AA
193 TTAG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGA-AACAA
* * * * * * *
50462 TTATTTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAA-TGATTTAAAATA-AAAATTATTCATATAGTCTTA
253 TT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
50525 ATTATTTG-AATGGGTTTGATAAATACATTTATTTTTTAAATATCTTA
316 ACTATTTGAAAT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * *
50572 GTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATT-TATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATAAACA
* * * * *
50636 AAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * *
50701 TCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAATAGATTTATTTTTTACATCT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
50749 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 2669, Mismatches: 601, Indels: 268
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 11 0.00
351 98 0.04
352 34 0.01
353 1 0.00
354 29 0.01
355 222 0.08
356 171 0.06
357 346 0.13
358 379 0.14
359 332 0.12
360 165 0.06
361 487 0.18
362 264 0.10
363 126 0.05
364 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCTTATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
ATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:50221 original size:898 final size:893
Alignment explanation
Indices: 46985--50717 Score: 2726
Period size: 898 Copynumber: 4.2 Consensus size: 893
46975 TTCTAAATCC
* * * * * * * *
46985 CTTATAAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAAT-AAGTGTGTAT-A-AG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT-TGTATGATTG
* * * * * * * *
47047 CTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATAT
65 -AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAAT
* * * *** * * * *
47112 AGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAACT
129 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-CTCTTA-TTATTAATT
* * * * * * * *
47177 TTTAG-ATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTATATG-AATAGAAATAATTG
191 TTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTG
* * * * * ** *
47240 TTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
254 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTA-
* * * * * * * *
47305 TTTAACTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAAT--ATCTTATTAATTCTTGA-AATATTAAT
318 TTTGACTAATTAGCTAAA-A-ATTTATTTTTTAAATCCTTCTTATTAATT-TTTATAATGTTAAT
** ** ** * * * *
47367 AAATTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTAT-GTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAA
380 AAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGTC-TGTATAAAT-AGAAATAATT-ATTTATGACAAAA
* * * * * * * ** *
47429 TAAAAAGTAATAA-AATTTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACT-GTT
442 CAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTAAACTAG-T
** * * * *
47491 TCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAA-TC-CCTTATTAACTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATT
504 T-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
*** * * * * * *
47553 ATTTTT-TT-GGGATAAGCTTATATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCAT
568 -TTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * *
47615 AAAAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTCATAACTGTTT-CAATTGATTTGGCAAACGAAT
631 AACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTCGACAAACAAAT
* * * * *
47679 TTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTAA
695 TTATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * * * * * * *
47744 ATTAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAA
760 ATAAGCTTGCATAAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTAAAA
* * * *
47807 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAACAAACTTAT-TTTTTAA
824 TAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTT--CATACAAACTTATATTTTTAA
*
47870 AATC-T-
887 ATTCTTA
* *
47875 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATTG
* * * ** * * * *
47939 AAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAATG
65 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATA
* * * *** *
48004 GCCATAATTATTTGAACTAT-TTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTT
130 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTA-TTATTAATTTT
* * * *
48068 TGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA-TGAT
193 TGGAATATTAATAAAT-TAGAATTATTTTATTTT-GATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTG-T
* * * * *
48131 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCCTAATTAT
255 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
48195 GTGAACTTATTTAG-TAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-TGAATGT
319 TTG-AC-TAATTAGCTAAA-A-ATTT-ATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTTAT-AATGT
* ** * * *
48258 TAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAATTAAG-CTTGTATAAATTGAAATAATTATTATATGACT
376 TAATAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGTC-TGTATAAATAGAAATAATTATT-TATGACA
* * * * ** **
48322 AAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGCAGTCT-TAACTATTTAAACTAG
439 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTAAACTAG
* * * *
48386 TTCG---ACAAACTTATATATTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATA
503 TTAGTAAACAAA-TT-TATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
* * * * *
48446 TTATTTTTA-TCTAAA-AAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTTTTTTATGA-GAAA-ATAAGGAT
566 TT-TTTTTATTCCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-T
* ** * * * * * * * * *
48507 CATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATTACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAG
628 CATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGACAAACAA
* * * * * *
48572 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTTA
693 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA---TTATTTTA
* ** * ** * * * * * * **
48637 TTTTGGATAAGTTTTTATGAATC-GAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGAGGGCATAACGA
754 TTCTAAATAAGCTTGCATAAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-AGGTCATAAATA
* * * * * *
48701 CTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACT-TG-TTCA-ATAAAC-AATT
817 -TTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGTGTTTCATACAAACTTATA
* *
48760 TTTTTAAACTCTTG
880 TTTTTAAATTCTTA
* * * * * * ** *
48774 CTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ATTG
* ** * * * * *
48839 --AAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATA
65 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATA
* * * *
48902 GTCTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
130 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTA-TTATTAA-TT
* * * *
48966 TTTGGAATATTATTAAATTA-ATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTGTATGAAA-AGAAACAATT
191 TTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATT
* * * * * *
49029 TTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTG
253 GTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTA
** ** * * *
49093 TTTGA--AATGTTTCCATAAATAAATTTAGCTTTTAAAT-C-TCTTATTAATTTTCAAAATATTA
318 TTTGACTAA--TTAGC-T-AA-AAATTTATTTTTTAAATCCTTCTTATTAATTTTTATAATGTTA
* * * * * * * * * *
49154 ATAGATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCACAAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
378 ATAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGTCTGTATAAATAGAAATAATT-ATTTATGACAAAA
* * * * ** * * *
49219 CAAAAGGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCG
442 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTT-A
*
49284 GTAAACAAATTTATTTTTTAAAGCTCATATC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
506 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC-T-TCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * *
49348 TTTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
568 TTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** **
49413 CTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTCGGTAAACGGATTTA
633 CTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGACAAACAAATTTA
* * *
49478 TTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
698 TTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* *
49542 ATGCTTGCAT-AAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAG
762 AAGCTTGCATAAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAG
*
49606 ATAATTGAT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTG-TTCATA-AAACTTATATTTTTAAATTTT
827 ATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTTCATACAAACTTATATTTTTAAATTCT
49667 TA
892 TA
* * * *
49669 CTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAAGCTTGTATGATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-CTTGTATGATTG
* * * * *
49734 AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACA
65 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATA
* *
49799 GTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTTG
130 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTATTATTAATTTTTG
* *
49862 GAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTA-CAAATATAAACAATTGTTTT
195 GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTT-GATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTGTTTT
*** * *
49926 GCAATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
258 ATGACAAAAT-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
49991 CACTAATCAGGCTAACAAATTTATTTTTTAGATCCATTACTTATTAATTTTTATAATGTTAATAA
322 -ACTAATTA-GCTAA-AAATTTATTTTTTAAATCC-TT-CTTATTAATTTTTATAATGTTAATAA
* * ** * *
50056 ATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGTCTGTATGGATAGAAACAATTCTCTTATGACAAAACAAA
382 ATTAGAATTATTTTATTTTAAATAAGTCTGTATAAATAGAAATAATTAT-TTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
50121 TGGTCATCACGATTTGAAGTAAATAATGGTTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTGGCTTAGTAA
446 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAG-TTAGTAA
* * * *
50186 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
510 ACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTTTTTT
* * * * *
50251 ATTCCAAATAAGCTTATAAGAATA-AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-TGA
573 ATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-A
* * * * * *
50314 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTATTT
636 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGACAAACAAATTTATTT
* *
50379 TTAAATCTCTTACTTA-CTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTA-TTTTATTTTATTCTAAATAA
701 TTAAATCTCTTACTTATC-AATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * * *
50442 G-TTAC-TAAGAACTGATAA-AATTATTTTTACGACAAAACAAAAGGTCCT-AATGATTTAAAAT
764 GCTTGCATAA-AAC-AAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAAT
* * * * * *
50503 A-AAAATT-ATTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-TGGGTTTGATA-AATACATT-TATTTTTTA
825 AGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTTCATACAA-AC-TTATA-TTTTTA
50563 AATATCTTA
886 AAT-TCTTA
* ** * * * **
50572 GTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATT-TATGA-AC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC-TTGTATGATTG
* * *
50635 AAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
65 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATA
50700 GTCATAACTATTTGAACT
130 GTCATAACTATTTGAACT
50718 AATTCAATAA
Statistics
Matches: 2228, Mismatches: 483, Indels: 253
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (893 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATTGA
AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTATTATTAATTTTTGG
AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTA
ATTAGCTAAAAATTTATTTTTTAAATCCTTCTTATTAATTTTTATAATGTTAATAAATTAGAATT
ATTTTATTTTAAATAAGTCTGTATAAATAGAAATAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTAGTAAACAAATTTATT
TTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAATAAAC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTT
ATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATAAAACAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGTGTTTCATACAAACTTATATTTTTAAATTCTTA
Found at i:50730 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 46985--50717 Score: 2605
Period size: 181 Copynumber: 20.8 Consensus size: 181
46975 TTCTAAATCC
* * * * *
46985 CTTATAAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAG-TGTGTAT-AAGC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAA-C
* * * * *
47048 TAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATA
64 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *** * * *
47113 GTCTTAACTGTTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
* * * * * * * * * * *
47167 GTTATTAACTTTT-AGATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTATATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
47231 AAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
47296 CATAACTATTTTAACTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAA--T-AT-
131 CATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ***
47343 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
47407 AAACAATTGTTTTAAGACAAAATAAAAAGTAATAA-AATTTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGG
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * **
47471 CCAT-ACTTATTTGAACTGTTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATC-C---
130 TCATAAC-TATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * **
47519 CTTATTAA-CTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTGGGATAAGCTTATATGAGCTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
47582 AAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGT
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
47647 CATAACTGTTTCAATTGATTTGGCAAACGAATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
131 CATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
47697 GTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTA-TTCTAAATTAGCTTGTATAAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
47761 GAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
47826 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAACTTATTTTTTAAA-ATC-T-
130 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ***
47875 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * ** *
47940 AAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAATGG
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * ***
48005 CCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAA-CTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
48056 CTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
48120 AAAACAA-TGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
65 AAAATAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** ** * * * *
48184 GTCCTAATTATGTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * *
48238 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAAAATTATTTTA-TTCCAATTAAGCTTGTATAAAT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAAC
** * * * * * ** * ** **
48301 TGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGCA
64 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
48366 GTCTTAACTATTTAAACTAGTTC-G---ACAAACTTATATATTTTAAA--TCTT-
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAA-TT-TATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * **
48414 -TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAAAAAGCTTGTATGATTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * *
48477 GAAACAATTTTTTTATGA-GAAA-ATAAGGATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATA
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * ** *
48540 GTCATTACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
48593 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA---TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
48658 TCGAAACA-AA-TGTTTTATGACAAAATAAAAGAGGGCATAACGACTTT-ACATAGATAATTGTT
63 -C-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-AGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *
48720 TAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-AA--T-TTTTTTAAA-CTCTTG
123 CAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * **
48774 CTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * * * *
48839 AAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
48904 CTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
131 CATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
48955 CTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCCTGTATGAA-
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * ** * * * *
49018 AAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGACAATTATTTAAAT
64 AA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * **
49082 AGTCACAACTGTTTGAAATGTTTCCATAAATAAATTTAGCTTTTAAA--TC-T-
128 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * * ** * **
49132 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCACAAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
49196 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
49261 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAGCTCATA
130 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
49313 -TCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAAT
1 CT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
49376 AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATA
64 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** *
49441 GTCATAACTATTTGAAATTGCTCGGTAAACGGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
49493 CTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGCATAAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
49558 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTAAAATAGATAATTGAT-AAATAG
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
49621 TCATAACTATTTGAA-TGTGTTC---ATA-AAACTTATATTTTTAAAT-TTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA
* * * ** **
49669 CTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAAGCTTGTATGATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGA-AC
* * * * * * * *
49734 AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACA
64 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
49799 GTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA--TCTT-
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** *
49849 -TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTT-TAGATAAGCTTGTACAAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACA
* * *** * * ** *
49912 TAAACAATTGTTTTGCAATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** *
49977 GTCATAACTATTTGCACT-AATCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAGATC-CATTA
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA
* * * * *
50030 CTTATTAATTTTT-ATAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAG-TCTGTATGGAT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAAC
* * * * * * * * * * *
50093 AGAAACAATTCTCTTATGACAAAACAAATGGTCATCACGATTTGAAGTAAATAATGGTTCAAATT
64 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
50158 GTTATAACTAATTAAACTGGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTGG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * * *
50211 CTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAAGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
** * * **
50276 AAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** *
50341 CATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTA
131 CATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
50391 CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAG-TTACTAAGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT-GTATGAA
* * * ** * * *
50453 CTGATAAAATTA-T-TTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATA-AAAATTATTCA
63 C--A-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
50515 TATAGTCTTAATTATTTGAA-TGGGTTTGATAAATACATTTATTTTTTAAATATCTTA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * *
50572 GTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATT-TATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAACA
* * * *
50636 AAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
50701 TCATAACTATTTGAACT
130 TCATAACTATTTGAACT
50718 AATTCAATAA
Statistics
Matches: 2757, Mismatches: 666, Indels: 256
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 60 0.02
175 175 0.06
176 306 0.11
177 140 0.05
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180 490 0.18
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187 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:53024 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 52271--62590 Score: 3396
Period size: 181 Copynumber: 56.8 Consensus size: 181
52261 CACTATCAAA
* * * ** *
52271 TTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT--ATACTGAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA--GAAACAAT
** * * ** * * *
52333 TGTTTTACAATAAAA-ATAAAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAA
64 TGTTTTATGACAAAACA-AAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
52397 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTTTAAT-TTCTTTCTTATTAAT
127 CTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAT
* * * * * *
52453 TTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * * * * ** * *
52517 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
52582 TTTGAACTAGTTC-AGCAAACACATTTA-TTTTTAAATC---T--TTATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * ** *
52628 TTTTGAAATAGTAATAAATTGGTTTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTC
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAA--A--C
* *
52693 TGAATAATTGGTATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATGACA-G-TTAGAAATAGATTA-TAG
61 -----AATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-A-ATGATTTGAAATAGATAATTA-
** * * *
52755 TTCAAATAGAAATTACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAACT
112 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
52818 TATTAAT
175 TATTAAT
* * *
52825 TTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATT
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* ** *
52889 GTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
52954 TTT-AACTCGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAAC
130 TTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
53005 TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATT
*
53070 AG-TTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
65 -GTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * *
53133 TATTTGAA-TGTGTTC-AGTAAACAA-ATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAAC
128 TATTTGAACT-TGTTCGA-TAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * ** * * *
53186 TTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTAAATGAATCGAACCATT
1 TTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
53249 TTTTTTCTAACAAAAGAAAA-GTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCAAAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * ** * *
53313 CTTTGAACTTGTTCAACAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTTTTAATCATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *
53367 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATGTTAACTA-AAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * *
53430 TGTTTTATTACAAAATAAAA-GATCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
53494 TATTTGAAATTGTTC-AGTAAACATATTTA-TTTCTAAATATTTTATTTATTAAT
128 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* ** * * * * * * *
53547 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** *
53612 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-AATT----T-G----TTGCTCAAATAGTC--AACGAT
66 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
53665 TTAAACTTGTGT-GGTGAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTTA-TTATTAAT
131 TTGAACTTGT-TCGAT-AAAAAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAAT
* * * * * *
53716 TGTCTT--AATATTAATAAATTTGTACTATTTTATCCGAAATAGGCTTGTATGAACAGATGAAC-
1 T-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGA--AACA
* * * * *
53778 -TCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-A-GCATTTCTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
62 AT-TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG-ATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
53839 TAATTATTTAAACCTGTTCTG-TAAATAG-TTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
124 TAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAAAAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
53897 TTTTGGAATATTAACAACTTGGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* ** *
53960 TTTTTTATGACAAAA-AAAA-GTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
54023 ATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAAT
* * * * ** *
54076 TGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
54141 TTTTATAATAGAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCTT-AAATAGTCATAACT
66 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATT-ATTCAAATAGTCATAACT
* * *
54204 ATTTGAACTAGTTTGACAAAAAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
54253 TTTTGAAATATTAATAGATTTGT-TTA-TTTATTATGAACAAACTTATATGAACA-AAAGCATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATT
* * * ** *
54315 GTTTTCTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ** *
54380 TTAGAACTAGTTAGGTAAGTAGAATTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
54430 TTTTGAAATATCT-ATAAATTCA-TTTTATTTTATT-TCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAAA
1 TTTTGAAATAT-TAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * ** * * *
54492 TTATTTTATGACAAGAA-AAAATGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAA
63 TTGTTTTATGACAA-AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *** * *
54556 CAAATTGAACTACTTTGACAAACAA-ATTTAAAATTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
127 CTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
54611 TTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACATGTATGAACATAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * *** * * * *
54675 ATTTTATAATTGAACAAAATGTTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTATTCAAA
65 -GTTT-T-A-TG-ACAAAA-----CAAAATGT-CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
54740 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTC-AGTAAACAA-A-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
118 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
54800 AT
180 AT
* * *
54802 TTTTGAAAGATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATATGCTTGTATGATATA-AAACAAT
1 TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAAT
* * * * * *
54865 TGTTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GGCAATAA
64 TGTTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAA
* ** * * * * *
54928 TTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAAT
127 CTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *
54979 TTTTGGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAGCAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAAT
* * * * * * **
55042 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATA-TTGTAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
55106 ATTTGAATTTGTTCGGTACACAA-ATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGATA-AAAAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * ** * *
55159 TTTTAAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTTGATATGCTTTTATGAACT-GAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * * * *
55223 GTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
55288 TTTGAGCTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
55341 TTTCT-AAATGTTACTAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAATAAA
1 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAT
* * * * * * * * * * ** *
55404 TATTTTTTGACTAAACAAAATATTAGAACGATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTGTAATT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
** * ** *
55469 ATTTGAAC-TGATTTCG-TAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAAT
129 ATTTGAACTTG--TTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * ** * * * *
55522 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATAAAAAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAAT
* * * * * * * * *
55586 TGTTTAATGACAAAACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATCG-TAAATTGTTCAAATATTCATACC
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
55649 TATTTGAACTAGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
128 TATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
55703 TTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACA
1 TTTTGAAATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * * *
55767 ATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GCTCATAATGATTTCAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATA
62 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * *
55831 ATTATTTTTA-TTGATTC-AGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAAT
126 ACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAAT
* * * *** *
55887 TTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGTCTAAGCTTGTACT-AACT-GAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * ** *
55950 TATTTTATGACAAATC-AAATGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATA-ACAATAA
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAA
* * * * *
56013 CTATTTTAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-TTGTAATTAATT
127 CTATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACT-T-ATTAA-T
* * * * * *
56072 TTTTG-ATTGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATT
* * * * * * * *
56135 GTTTTATAACCAAACAAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACCA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * *
56200 TTTGAACTTATTCGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAT
130 TTTGAACTTGTTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
56252 TTTTAAAATATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAACTTGTACGAACA-AAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * ** * *
56316 TTTTACGACAAAGCAAAAGGTTATAATAGTTTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTA
66 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * *** * *
56381 TTTGAACTAGTTCGACAATTTGATTTATTTTTT-AAT-TTTATTCGTTATTAAG
130 TTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TAC-TTATTAAT
** * * ** *
56433 TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAG-AACGAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATT
* ** * * * ** * ** * **
56497 GTTTGATGACAAAAGTAATTGTTC-TACT-AGTCTT-AACTATTTGATCCGGTTCAACAAACACA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGA-T-TTGAAATAGATAAT--TATTCAA-ATAGTCA
* * * * * * ** * *
56559 TTTA-TGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT
124 -TAACTATTTGAACT-TGTT-C-GA-TAA---AAAG-AT-TTATT-TTTTA--AATCTTTTACTT
*
56623 -TGAAT
176 ATTAAT
** * * ** * *** * * * * *
56628 AAACTTG---TATGAACAGAA--ACAATTACTTTATGAGAAA-AAGATCGTAACGATTTTACATA
1 --TTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-ATGA--ATAGA-A
* ** * * * ** * * * *
56687 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAATTCGA--T-AAATTGATTTAGTT-TTTA
59 -ACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAATGTCA-TAA-T-GATTTGAAATAGA--TAATTATTCA
* * ** * ** * * * * *
56747 AAT-CTCTTATTTATTTTCAAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
116 AATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGATAAA-AAG-ATT-TATT-TTTT--A-AATCTT-T-
* * **
56810 TGAATAAAAACAATT
171 T-ACT--TATTAA-T
* ** * * ** *
56825 ATTTTACGACAAAACAAAATAACA-TA--ATGATTTGAAATAGTTAAT-AG-TT-TAGTGAATAG
1 -TTTT--GA-AATA-TTAATAA-ATTAGTATTATTT--TATTCTAAATAAGCTTGTA-TGAATAG
*** *** * * * * * *
56884 -ATTTATT-TTTTA--A-ATCTCTAACT-T-ATTAAT--TTT-TAA-A-AT-ATTAATAAAATAA
57 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * * * * ** *** *
56936 T-ATTATTTTTTTCGAATAAACTTGTAT-AAGTAGAAATAATTATTTTATGAGAAGATAAAAGAT
121 TCA-TAACTATTT-G----AACTTGT-TCGA-TAAAAAGATTTATTTT-TTA-AATCTTTTA-CT
* *
56999 CA-TAACG
175 TATTAA-T
* ** * ** * * * *
57006 ATTTGAAATA--AATATTTTTTAAATAGTTATAACTATT-TCAACTCA-CTCAGTA--AATAGAT
1 TTTTGAAATATTAATA--AATT-AGTA-TTAT-TTTATTCT-AAATAAGCT-TGTATGAATAGAA
*** * ** * *
57065 TTTATT-TTTT-T---AAATCTTTTACT-T-ATTAAT-TTTTGAAATTTTA-ATAATTATT-ATT
59 ACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAATGTCA-TAATGATTTGAAA---TAGATAATTATTCA--
* * * ***** * * *** *
57120 ATTTTATATTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATGCATAAT
116 A----ATAGT-CATAA-CTATT-TGAACTTGTTC----GAT-A-AAAAGATTT--ATTTTTTAAA
* ** * *
57184 TGTTCAAATAGATATAACT
166 TCTTTTACT-TAT-TAA-T
* * * ** * * * * *
57203 ATTTGAACGTGTTTAGA-AAACAAAT-TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAG-TT-TTTGTAAT
1 TTTTGAA-AT-ATTA-ATAAATTAGTATTA-TTTT---A-TTCTA--AATAAGCTTGTATG-AAT
* * * *** ** * * * * ** **
57264 ATTAATCAGTT-TATATTAT-TTTATTCGAAATAAG-CTTACATGAATGGAACCA-ATTGTT-TT
55 A-GAAACAATTGT-T-TTATGACAAAAC-AAA-ATGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * *** * ** * * * * *
57324 -ATGATAAAACAAAAAGGTCATGATGTT-TT-G--AAATAGA-TAATTATTTAGATAGTC-ATAA
114 CA-AAT-AGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTA-A-A-TCTTTTA
57382 C-TATTTGAACT
173 CTTA-TT-AA-T
* * * * * * * * * * * * * *
57393 TGTT--CA-GTGAATAAATTTATTTTTAAGTCTCTTACTCATTAA-TTTTTA-GAATATTAATA-
1 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT-ATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAA-AC
* *** *** * * * * * **
57452 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTATTTGAATTGAAATAGTTGTCTTATTACAAAACA
61 AATT-GTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATA-ATGATTTGAAATAGAT-AATTATT-C--AA-A
* * * * * *** *
57516 GAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGTT-AATTATTCAAATA-ATCATGACCATTTCAA-CTTGTT
118 -TA-GTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGA-TA---AAA-AGAT--TTATTTTTTAAATC-T-TT
* *
57577 CGGTAAACATATTTAT
171 ---T--ACTTATTAAT
* * * * * * ** * * * *
57593 TTTTTATAATATT--TTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAATTAATATTCTTTTAATCCGA
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTT----TATT-CTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * * * * **** **
57655 ATAGC-CTTG---TATGAACATAAA-TAATTGT-TTTATGACAAAACAATGAGTCATAACAATTC
58 A-A-CAATTGTTTTATG-ACA-AAACAAAATGTCATAATGATTTGA-AAT-AG--ATAATTATTC
* * * * * * * **
57714 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAT-AACATTTGAACTT-GTTCGATAAAAAAAT-TTATTTT
115 -AAAT-AGTCA-----TAACTA-T-TTGAAC--TTG---TTCGAT--AAAAAGATTTATT-TTTT
** ** * **
57776 TTAAATCTTTTGCTTATTAAT
163 AAATCTTTTAC--TTATTAAT
* * * * * * *
57797 TTTCT-TAGTATTAATAATTTTGTATTATTTTATTCAAAAT-AG--T-T-TGAACA-AAAAAATT
1 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-T
* * * * * *
57855 TATTTTATGTC-AAACAAAATGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
57919 ATTTAAACTTATTC-AGTAAATAGATTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGA-TAAAAAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
57972 TTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTTTTTTATT-TCGAATAAACTTATATGAACCA-AAACAAA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * ** * * * * *
58035 TCTTTTATGATAAAAGAAAGGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATGACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
58100 ATTTGGACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAAACTTTTACTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* ** * * * * ** *
58153 TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAATCTGAATAAGCATGTACAAATAGAAACAAATG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * * * *
58218 TTTTATAATAGGACAAAAAGTCA-AAAGAATTTGAAATAAATAATT-TGCCAAATAATCATAACT
66 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACT
* * * * *
58281 ATTTGAACTAGTTTGAT-AATAGATTAATTTTTCAAATC---T-CTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
58329 TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * *
58393 GTTTTATGATAAAACGAAAGGTTATAATGACTCGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * ** *
58458 TTTGAA-TCGGTTAGGTAAACAA-AAATATTTTTTTAAA---TAT-CTTATTAAT
130 TTTGAACT-TGTTCGATAAA-AAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * ** * * *
58507 TTTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAATCTGCTAGTATGAATTGAAA-TATT
1 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * *
58570 GTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAAT
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
** * * * *
58634 ATTTGAACTAATTTG-TCAAACAA-ATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGAT-AAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
58686 TTTTAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ** * * * * * *
58751 TTTTGTGACAGAAC-AAATGGT-ATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAATTA
66 TTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
58814 TTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA----TTGCTTTTTAAT
130 TTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * ** * *
58862 TTTTAAAAGATTAATCAATTAGTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTAAATG-ATCAAAAACATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT
* * * * * * * * * *
58926 GTTATATGAC-ATACAAAAGGTAATAAT-ATTTGAAATAGATAAATGTTGAAATGGCCATAATTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
58989 TTTGAA-ATGATTC-AGCAAACAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAAT
130 TTTGAACTTG-TTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
59037 TTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TCAAAAAAGCTTTTATGAACTA-AAACGAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * ** * *
59100 TGTTTTATGATAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * ** *
59165 ATTTAAAC-TGCTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAA-
129 ATTTGAACTTG-TTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
59217 TTTTCATAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGAACT-GAAAC-AT
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * * *
59280 T-TATTTATAATAGAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG---GAAC
64 TGT-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
** *
59341 ----T--AC-T-TT-GATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAAT
128 TATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *
59386 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTAAG-ATGAAAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT
* * * * * *
59450 GTTTTATGACAAAACAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * **
59514 TTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTCACCTTTTAAATC----ACTTATTAAT
130 TTTGAACTTG-TTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
59562 TTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTT-TGATGAA-ATGAAACAA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGT-ATGAATA-GAAACAA
* * * * * **
59624 TTGTTTTATGATAAAACAAAA--T-ATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTGTAAC
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *
59686 TATTTGAATTTGTTC-A-AAAAATGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
128 TATTTGAACTTGTTCGATAAAAA-G-ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * ** * * *
59741 TTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTAGTTTATTTTGGATAACCGTT-TATGAATTGAAGCAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * *
59805 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATGATGATTTTAAAAAAATTAATTGTTTAAATAGTCATAACT
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
59870 ATTTGAGCTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTATTCCTTATTAATT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T
* * * * * *
59924 TTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATATGGAACAAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATT
* * * * * * ** **
59987 ATTTTATGACTAAA-AATAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
60051 TTTGAA-TTGGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
130 TTTGAACTT-GTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * *
60103 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTTTG-ATA-AAAAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA--A
* * * ** * * *
60165 TTGTTTGATAACAAAA-AAAATGGTTATCGCT-ATTTGGAATAGATAATTATTCAAATTGCCATA
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * *
60228 ATTATTT-AACTAATTTGATAAATAA-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
126 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
60283 TTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATATC-ATATAAACTCGTATTAACT-GAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * *
60346 TGTTTTATGAAAAAACAAAAGGT-ATAGTGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
60410 ATTTGAGCTTGTTCAATAAATAGACTTATTTTCTTAAATCTCTTT-CTTCTTAATT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTT-TTAAATCT-TTTACTTATTAA-T
* * * * *
60465 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * *
60529 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TC
66 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT-
* * * *** * *
60592 ATATAAACTAGTTCGATAAAATTTTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
** * * * * * *
60645 TTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATAGGAACTA-AAA-AATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * ** **
60708 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATGTAGTTTTAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * ** *
60773 TTTGAACTCGTTCAATAATTAGACTTATCTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAG
130 TTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAT
* * * ** * * * *
60825 TTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATAAATATAACCAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * *
60890 TTTGAGGACCAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTAAAACTAT
66 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** *
60955 ATGAAATTGTTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAAT
131 TTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAAT
* * * * * * *
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1 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * ** * *
61070 GTTTTTACGACTAAACTAAA-GTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATT
65 G-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * *
61134 ATTTTATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAATATAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATAAAA
129 ATTTGA-ACTTGTTCG-A-T-A------AAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *
61197 TTTTGAAATATTAACAAATTAGT-TTATTTCATT-TCAAATAAACTTGTAT-AAGCT-GAAATAA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAA
* * * * * * *
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63 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** ** * * * * *
61323 TGTCAGAA-TTGGTTC-AGCAAACGAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAAT
128 TATTTGAACTT-GTTCGATAAAAAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *
61377 TTTT-AGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATT
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * *** *
61441 GTTTTATGATAGAA-AAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
61505 TTT-AAATTATTTTGATAAATAA-ATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTACTAAT
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* * * *
61552 TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAAGAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * * * *
61615 TGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAAT-GGCTATAAT
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** *
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128 TATTTGAACTTG-TTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * ** * *
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** ** * * *
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* * * * * * * *
61857 ATTGGAGCTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTTTTAAT
129 ATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT
** * *
61911 TTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * * * * * * *
61975 ATTTTATGACTAAAC-AAATGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATT
65 GTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
62039 GTTTGAA-ATGATTCGACAAACACATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
129 ATTTGAACTTG-TTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
62092 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTAAATCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAATAATA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT-
* * ** * * * * * *
62156 TTTTTTATAACAAAAC--AATGATCATTGTAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATGGTC-GAA
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* * * * * * *
62217 CTATTTGAACTAGTTCAGA-AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAAT
127 CTATTTGAACTTGTTC-GATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* ** * *
62272 TTTTGAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATT-TAGGATAAATTTTTATGAACT-GAAATAA
1 TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * * *
62334 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATACTTGTTCAAATAGTCATATC
63 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
62399 TATTTGAACTTATTAGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
128 TATTTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T
*
62455 TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * *
62517 TGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACT
64 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
62582 ATTTGAACT
129 ATTTGAACT
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Statistics
Matches: 7570, Mismatches: 1864, Indels: 1408
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 1 0.00
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169 110 0.01
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173 2 0.00
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TTGAACTTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
Found at i:53487 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 52741--56510 Score: 1315
Period size: 365 Copynumber: 10.4 Consensus size: 358
52731 ATGACAGTTA
* ** *
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1 GAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT
* ** *
52805 TAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAAC
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* *
52869 TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
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* * * * ** *
52934 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAACTCGCTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTT
190 TATTCAAATAGTCAAAACTATTTAACTCGCTCAACAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTTTTAATC
* *
52999 ATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAA
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* * *
53064 ACAATTAGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTT
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*
53103 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTA
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTA
* * *
53168 AAATTTTTGCTTATTAACTTTTGGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTA
65 AAATTTTT-CTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTA
* * * * * * * * *** *
53233 AATGAATCGAACCATTTTTTTTCTAACAAAAGAAAA-GTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTAT
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * **
53297 TCAGATAGTCAAAACTCTTTGAACTTGTTCAACAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTTTTAATCA
193 TCAAATAGTCAAAACTATTT-AACTCGCTCAACAAAAAGATTCATTTTT-TAAATCTTTTAATCA
* * * *
53362 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTT-CAAATAAGCTTATGTTAAC-TAAA
256 TTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATAAACAGAAA
* *
53425 ACAATT-GTTTTATTACAAAATAAAAGATCACAATGATTT
320 ACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTT
* * *
53464 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTCAGTAAACATATTTATTTCTA
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTA
* * *
53529 AATATTTTAT-TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATG-AATAAGCT
65 AA-ATTTT-TCTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCT
* * * *
53592 TATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATAATTTG----------T
126 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAAATAAT
** * * * **** * * *
53646 TGCTCAAATAGTC--AACGATTTAAACTTGTGTGGTGAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTTA
190 TATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AACTCG-CTCAACAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTTTTAA
* * * * * * *
53708 TTATTAA-TTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTACTATTTTA-TCCGAAATAGGCTTGTATGAAC
253 TCATTAACTT-T-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AAATAAGCTTATATAAAC
* ** * * *
53770 AGATGAACTCTT--TTTATGACAAAACAAAAGGTTA-TA-GCATTT
315 AGA-AAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATG-ATTT
* * * * * * * * *
53812 CTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACCTGTTCTGTAAA-TAGTTTCATTTT
1 -GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAAATTT-ATTTT
* ** * * * **
53876 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAACTTGGTATTATTTTATTTCG-AATAAG
63 TAAAAT-T-TTTCTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAAATAAG
* * * * * *
53940 CTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAA-AAAA-GTCATAAAAATTTGAAATAGATA
124 CTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATA
** * * * ** * * * *
54002 ATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
188 ATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AACTCGCTCAACAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * *
54066 ACTTATTAA-TTGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAT
252 A-TCATTAACTT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAAC
* * * * *
54130 AG-AAACTATT-GTTTTATAATAGAACAAAA-AGTCAAAATGATTT
315 AGAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGA-TCACAATGATTT
* * * *
54173 GAAATA-ATTAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TG-ACAAAAAGATTTATT
1 GAAATAGA-TAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGTA-AACAA-ATTTATT
* * * * **
54234 TTTTAAA--TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTGT-TTA-TTTATTATGAACA-AA
61 TTTAAAATTTTTCTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAA-ATAA
* * * * ** * *
54294 -CTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTCTGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
123 GCTTATATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * * * ** **
54357 AATTATTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTAG-TTAGGTAAGTAGAATT-ATTTTTTAAATC--
187 AATTATTCAAATAGTCAAAACTATT-TAACTCGCTCA-ACAAAAAG-ATTCATTTTTTAAATCTT
* * * * * * *
54418 TTACTTATTAATTTTTGAAATATCT-ATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTTT
249 TTAATCATTAACTTTTGGAATAT-TAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TAT
* ** * ** **
54480 GAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAGAA-AAAATG-TCGTAACAATTT
311 AAACAGAAAACAATTAGTTTATGACAA-AACAAAA-GATCACAATGATTT
* * * * * * * **
54527 GAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACAAATTGAACTACT-TTGA-CAAACAAATTTAAAAT
1 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T--TGTTCAGTAAACAAATTT-ATTT
** * * * *
54590 TT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA
62 TTAAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAAATAA
* * * * * * * *** * **
54653 ACATGTATGAACATAAATAATTATTTTATAATTGAACAAAATGTTTTATTTTGTAAATAATTGAT
123 GCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-----TA-----T-CATAA-CAAT
* * * * * * * **
54718 TTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAA-ATT--TTT
176 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AACTCGCTCAACAAA-AAGATTCATTT
* * * * * *
54780 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAT
239 TTTAAATCTTTTAATCATTAACTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * *
54844 GCTTGTAT-GATATAAAACAATT-GTTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTT
303 GCTTATATAAACAGAAAACAATTAGTT-TATGA-CAAAACAAAAGATCACAATGATTT
* * * ** ** * *
54899 GAAATAGATAATTATTGAAAT-GGCAATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCACTTTT
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** * * * * *
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* * * * ** * *
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* *** * * * * * * * *
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* * * ** * * **** * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * *** **
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* * * * * * * * * * * * *
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* * *** * * ** ** * * **
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * **
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* *
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* * ** ** * *
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* * * * * * * * ** * * * *
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* * * * ***** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *** * * *
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** * *** * * * *
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* ** * * * * * * **
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* * * * * *
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** * * * ***
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* * * * * *
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** * *
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*
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** * * * * * * **
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* *
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* * *
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* * * * * *
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** * * *
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* *
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** *
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* * * * * *
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** *
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* ** *** * * *
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* * * * * *
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* *** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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** * *
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* *** * * * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * * *
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** ** *** *
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* * * * *
56215 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAAAATATTATTGAATTAGTATTAT
253 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
56280 TTAAATCCAAATAAACTTGTACG-AACAAAACAATTGTTTTACGAC
318 TT-TATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
56325 AAAGCAAAAGGTTATAATAGTTTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTA
1 AAAACAAAA-GTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* ** **** * * * * ** *
56390 GTTCGACAATTTGATTTATTTTTTAATTTTATT-CGTTATTAAGTTTCAAAATATT-ATTAA-AT
64 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAT
* ** * * * * *
56452 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAG-AACGAATTGTTTGATGACAAAAGTAAT
128 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAA-CAAA
* * * ** * ** * ** * * *
56516 TGTTC-T-ACTAGTCTT-AACTATTTGATCCGGTTCAACAAACACATTTA-TGTTTTAA----AT
191 AG-TCATAACGA-T-TTGAAATAGATAAT--TATTCAA-ATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGAT
* ** * * * ** *
56573 CTC--T-TACTTA-TTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTT--ACT-TTGAATAAA
249 -TCAGTAAACAAATTTATTTTTTA-AATCTT-TT-ACTTATTAAT-TTTTGAAATATT-AATAAA
* **** ** * * * *
56631 CTT-GTATGAACAGAAAC-AATTA-CTT-TATGAGAAAAAGATCGTAA-CGATTTTACATAGAT
308 -TTAGTATTATTTTATCCGAATAAGCTTGTATGA-AAAAA-A--ATAATTG-TTTT--AT-GAC
** * * *
56690 AATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAATTCGATAAATTGATTTAGTTTTTAA-ATCTC
1 AA---AACAAA-AGTCATAA-TGATTTG-A--AA-TAGAT-AATTG-TTCA------AATA-GTC
* ** * * ** * * * * * *
56753 TTATTTATTTTCAA--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA
48 ATAACTA-TTTGAACTAGT-TTGGTAAA-CA--A--A-TTTATTTT--TTAAATCTCT-T-ACT-
* ** * ** * *** *
56816 AAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAATAACATAAT-G-ATT-TGAAATAGTT-AAT-AG-TT-
100 -TATTAA-T-TTTT--GA-AATA-TTAATAA-ATATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTG
* *** *** * * * * ** *
56874 TAGTGAATAG-ATTTATT-TTTTA--A-ATCTC-TAACTTATTA--ATTTTTAA-A-AT-ATTAA
156 TA-TGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** * * *
56928 TAAAATAAT-ATTATTTTTTTCGAATAAACTTG-TATAAGTAGAA-ATAA-TTATTTTATGAGAA
220 TCAAATAGTCA-TAACTATTT-G----AACTTGAT-TCAGTA-AACA-AATTTATTTT-TTA-AA
** *** * * ** ** * *
56989 GATAAAAGATCA-TAACGATTTGAAATAAATATTTTTTAAA-TAGTTATAACTATT-T-C-AACT
274 TCTTTTA-CTTATTAA-TTTTTG----AAATA-TTAATAAATTAG-TATTA-TTTTATCCGAA-T
* * * * ** *
57049 CA-CTCAGTA--AATAGATTTTATT-TTTT-T---
329 AAGCT-TGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* *** * * * * * *
57076 AAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTGAAATTTTA-ATAATTATT-ATTATTTTATATTGAATAAGC
1 AAAAC-AAAAGTCA-TAATGATTTGAAA---TAGATAATTGTTCA--A----ATAGT-CATAA-C
* * **** * ** ** * * *
57138 TTTTATGAACAAAAACAAAAGATCATAAC-AATTTGA-AATGCATAAT-TGTTCAAATAGATATA
53 TATT-TGAAC---TA-GTTTGGT-A-AACAAATTT-ATTTTTTA-AATCTCTT--ACT-TAT-TA
* * * * * * * * *
57200 ACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACAAATT--TATT-TTTAAAATTTTTACTTATTAGTTTTTGTA
105 A-TTTTTGAA-AT-ATTA-ATAA-ATATTAGTATTATTT--TATTTTGA---ATAAG--CTTG--
* ** * * * * * * * ***
57262 ATATTAATCAGTTTA-TATTATTTTATTCGA-AATAAGCTTACA-TGAATGGAACCAATTGTTTT
156 -TATGAA-CAG-AAACAATTGTTTTA-T-GACAA-AA-C-AAAAGT-CAT--AACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * * * * *
57324 ATGATAA--A-ACAAAAAGGTCATGA-TGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGA-TAGTCATAACT
210 A-GATAATTATTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAACTTGAT--TCA-GTAAACAAAT--TTATT
* * * * * * * * *** * *
57384 ATTTGAA-CTTGTTCAGTGAATAA-ATTT--ATTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTT-T-AGA
267 TTTTAAATCTT-TT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGT-ATT-ATTTTATCCGA
* ** * * **
57443 AT-A--TT-AAT--AAATTAGT-ATTATTTTATTTC
327 ATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** * *
57472 --AA-ATAAG-CTTATTTGAATTGAAATAGTTGTCTTATTACAAAACAGAAGGTCATAA-TGATT
1 AAAACAAAAGTCATA-ATGATTTGAAATAGAT-AATTGTT-C--AA-A-TA-GTCATAACT-ATT
* ** * * *
57532 TGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACCATTTCAACTTGTTCGGTAAA-CATATTTATTTT
57 TGAACTAG-T--TTGGT---A-AA-CA--A--ATTT--A-TT-TT--TTAAATC-T-CTTA-CTT
* ** *
57596 TTATAATATTTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTAATATTCT-TTTAATCCGAAT-A
101 AT-TAAT-TTTTGAAATATTAA----T-AAATATTAGT-ATT-AT-TT-TATTT--T--GAATAA
* * * * * *
57658 GCCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAATGAGTCATAACAATTCGAAATAAAT
151 G-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
57723 AATTGTTTAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTG-TTC-GATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTT
214 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * * *
57785 TTGCTTATTAATTTTCT-TAGTATTAATAATTTTGTATTATTTTATTC-AA-AA--TAGTTTGAA
278 TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
57845 CAAAAAA-ATTTATTTTATGTC
342 -AAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
57866 -AAACAAAATGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA
1 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA
** * * * *
57930 -TTCAGTAAATAGATTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AA-AT
64 GTTTGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAT
* * * * * * * * *
57991 TGGTATTTTTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACCA-AAACAAATCTTTTATGATAAAAGAAAG
128 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-
* * ** * * * * * **
58055 GGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATGACTATTTGGACTAG-TTTGGTAA
191 AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAA
* * * * * **
58119 ATATATTTATTTTTAAAAACTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTC
256 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-
* * * * * * * * *
58184 AATCTGAATAAGCATGTA-CAAATAGAAACAAATGTTTTATAAT
320 TATCCGAATAAGCTTGTATGAAA-AAAAATAATTGTTTTATGAC
** * * * *
58227 AGGACAAAAAGTCA-AAAGAATTTGAAATAAATAATT-TGCCAAATAATCATAACTATTTGAACT
1 AAAAC-AAAAGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
58290 AGTTTGAT-AATAGATTAATTTTTCAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT--AGAT
63 AGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAT
* ** * * * * * * *
58348 TAGTATTACTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACGAAAG
128 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA
* * * * * * *
58413 GTTATAATGACTCGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TCGGTT-AGGTAA
192 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCA-GTAA
** * * *
58476 ACAAAAATATTTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTATT
256 ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* ** * ***
58536 TTATTCTGAATCTGCTAGTATGAATTGAAAT-ATTGTTTTATGAC
319 TTA-TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * *
58580 AAAGCAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTA
1 AAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * *
58644 ATTT-GTCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATT-AT-TATAT
64 GTTTGGT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAT
*** * * * * *
58705 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTGTGACAGAACAAATG
128 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-A
* * * * * * * * * *
58770 GT-ATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGA-TAAA
192 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAA
* * * * * * *
58833 CAGATTTATTTTTTAAA----TTGCTTTTTAATTTTTAAAAGATTAATCAATTAGTATTATTGTA
257 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** ** * * *
58894 TTCTGAATAAGCTTAAATGATCAAAAACATTTGTTATATGAC
322 -TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
58936 -ATACAAAAGGTAATAAT-ATTTGAAATAGATAAATGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT-G
1 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
** * * * * *
58998 ATTCAGCAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT-TT
65 -TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATT
** * * * *
59058 -GTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAACTA-AAACGATTGTTTTATGATAAAACAAAAT
129 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
* * * * * * **
59121 TTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTAAAC-TGCTTCAACAAA
192 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAA
* ** * * * *
59185 CAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAAATTATTATTATTTT
257 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * *** * * *
59249 ATTTTGAATAAGCTTGTGTGAACTGAAA-CATT-TATTTATAAT
321 A-TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGT-TTTATGAC
* * * * * *
59291 AGAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAA---TT---AT--TCA-AA-TA--GGAACTAC
1 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * *
59344 TTTGATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-ATTA
65 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATTA
*** * * ** *
59407 GTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTAAGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGTT
130 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-T
* * * * ** *
59471 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATA
194 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACA
* * ** * *
59535 GATTCACCTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT
259 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * ** * *
59596 TCAAATAAGCTT-TGATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAT
323 CCGAATAAGCTTGT-ATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * ** * *
59636 AAAACAAAA-T-ATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGT
1 AAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
**** *** *
59699 TCAAAAAATGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-AAA-ATTA
66 TTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATTA
* * * ** *
59762 GTATTAGTTTATTTTGGATAACCGTT-TATGAATTGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
130 GTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * * * * * *
59826 TCATGATGATTTTAAAAAAATTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT-ATTCGGTAAA
193 TCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAA
* * * * * * * *
59890 TAGATTTATTTTTCAAATCTATTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTTT
257 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *** * * *
59954 ATTCTGAATAAGCTTGTATGATATGGAACAAATATTTTATGAC
321 A-TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** ** * *
59997 TAAAA-ATAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAATTGG
1 -AAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* *
60061 TTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-ATTA
65 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATTA
* * * ** * *
60124 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTGATA-AAAAATTATTGTTTGATAACAAAA-AAAATG
130 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--
* ** * * * * * * *
60187 GTTATCGCTATTTGGAATAGATAATTATTCAAATTGCCATAATTATTT-AAC-TAATT-TGATAA
192 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAG-TAA
* * * * *
60249 ATAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT
256 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *** * *
60314 ATATC-ATATAAACTCGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAA
321 AT-CCGA-ATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
60357 AAAACAAAAGGT-ATAGTGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCTTG
1 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
*** * * * * * *
60421 TTCAATAAATAGACTTATTTTCTTAAATCTCTTTCTTCTTAATTTTTTG-AATGTTAAT-AA-AT
65 TTTGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATAT
* * * ** *
60483 TAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
128 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
* * * * * * *
60548 GTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATATAAACTAG-TTC-GAT
192 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTTGATTCAG-T
** * * ** * *
60609 AAA-ATTTTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTAT
254 AAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * **
60673 TTTAATCCAAATAAGCTTATAGGAACTAAAA-AATTGTTTTATGAC
318 TTT-ATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
** ** ** *
60718 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATGTAGTTTTAACTATTTGAACTCG
1 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
*** ** * * * * * ** * *
60783 TTCAATAATTAGACTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAAT-TT-
65 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATTA
*** ** * * * * * * * *
60846 GTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATAAATATAACCAATTGTTTGAGGACCAAACAAAAAGT
130 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGT
* * * * * * * ** *
60911 TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTAAAACTATATGAAATTG-TTTGGTAAACT
194 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACA
* *
60975 GATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
259 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
61038 TTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTTACGAC
322 -TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTG-TTTTATGAC
* * * * * * * *
61081 TAAACTAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTTATAATTA
1 AAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA--TT-TGA--A
* * * *
61146 TTTGAATTGATTTGGTAAATATAA-TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATAAAATTTTGAAATATT
61 -CT--A--G-TTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * * * *
61209 AA-CAA-ATTAGT-TTATTTCATTTCAAATAAACTTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGAT
119 AATAAATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * **
61270 AGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCTTAACTGTCAGAA-TTG
183 AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * * *
61334 GTTCAGCAAACGAATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATGTTATTAAATTA
247 ATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
** * * * *
61398 GTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAT
311 GTATTATTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * *** * * * * *
61451 AGAAA-AAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAT
1 A-AAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * *
61515 TTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAAT-AA-ATTA
65 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATTA
** *** * * * *
61573 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAGAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGT
130 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GT
* * * *
61638 AATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGATTC-GATAAA
194 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGATTCAG-TAAA
*** * *
61700 TTGATTTATTTGTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
257 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * *** *
61761 TTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAC
322 -TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
** ** * * * * * *
61803 AAAA-AAACAGTTCATAACAATTTTCAATAGATAATTTTTCAAATAATAATAACTATTGGAGCTT
1 AAAACAAA-AG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * **
61867 GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTTTAATATTAAT-AA-AT
64 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAT
* * * *
61930 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAT
128 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-
* * * * * * * * * * *
61994 GGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTGTTTGAA-ATGATTC-GACA
191 AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAG-TA
* * * *
62057 AACACATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
255 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
62122 AAATCTGAATAAGCTTGTATGATAAGAAATAATATTTTTTATAAC
320 -TATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAAT-TGTTTTATGAC
* ** * * * * *
62167 AAAAC-AATGATCATTGTAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATGGTC-GAACTATTTGAACTA
1 AAAACAAAAG-TCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
** * ** * * * *
62229 GTTCAGAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAA-A-T
64 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATATT
* * ** * * * *
62292 AGTATTATTTTATTTAGGATAAATTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
129 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * *
62357 TCATAATGATTTTAAATAGATACTTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTT-ATT-AGGTAAA
193 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCA-GTAAA
* * * *
62420 CATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
257 CAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ***
62484 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGAC
320 TA-TCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * *
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1 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * * * * *
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316 AATTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATA
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * * *
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* * * ** ** * **
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* * * * * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * **
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* * * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * ** ** * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * **
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*** * * * *
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* * * * * * ** ***
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* ** * ** * * *
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* * * *** *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * * **
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* ** * * * *
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**
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* * *
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* ** *
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* * *
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*
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** *
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* *
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* * ** ***
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** * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * ** ** ** * * * * *
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* * * *
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65 CTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTAT
* * * * *
61602 G--TTGAAAAAGAATTGTTTTATGA-TAAAAGAAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAATTAT
128 GAATTG--AAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTAA-AATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * *** *
61664 TCAAATGGCTA-TAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAATTGATTTATTTGTTAAA--TC-T-CTT
189 TCTAATAG-TATTAACTATATAAACTAG-TTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** * * **** * * *
61723 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAA
252 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATAGGAA--CAAA
* * * * ** ** ** ***
61788 CAATTGTTTTATGACAAAA-AAACAGTTCATAACAATTTTCAATAGATAATTTTTCAAATAATAA
315 AAATTGTTTGATAACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCA
* * ** ** * * * * * * **
61852 TAACTATTGGAGCTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTTTTAA-TTTTTT
379 TAACTATTTGAACTAATTCAATAAATAAATTTA-TTTTT-AAATTTTTTACTTATTAAGTTTTAG
* * * * * * * *
61916 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTA
442 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAATAAACTCGTATTAAATGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
61981 TGACTAAACAAATGGTTAAAATGATTTAAAATAG
506 TGACAAAACAAAAGG-TATAGTGATTTTAAATAG
* * * * ** ** * * *
62015 ATAATTATTCTAATAGTCT-TAATTGTTTGA-AATGATTCGACAAACACATTTAGTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAGCTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
62078 TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTAAATCTGAATAAGCTTGTAT
64 TCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * * * * *
62142 G-ATAAGAAATAATATTTTTTATAACAAAAC-AATGAT-CATTGTAATTTGAGATTAATATTTGT
128 GAAT-TGAAACAAT-TGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAAAATG--ATTTGAAATAAATAATTGT
* * ** * * * *
62204 TCAAATGGT-CGAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAACAGC-TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTT
189 TCTAATAGTATTAACTATATAAACTAGTTC-GATAAACA-CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** ** * ** * *
62266 AATAATTTTTGAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTT-ATTTAGGATAAATTTTTATGAACTGA
252 ATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATCCA-AATAAGCTTATAGGAAC--A
* * * * * * ** *
62329 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATACTTGTTCAAATAGTC
313 AAAAATTGTTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCC
* * * * * * * * * *
62394 ATATCTATTTGAACTTATT-AGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
378 ATAACTATTTGAACTAATTCA-ATAAATAAATT--TATTTTTAAATTTTTTACTTATTAAGTTTT
* * * * * * *
62458 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTT
440 AGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAATAAACTCGTATTAAATGAAACAATTGTTT
* * * *
62522 TATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAG
504 TATGACAAAACAAAAGGT-ATAGTGATTTTAAATAG
* *
62558 ATAATTGTTCTAATAATCT-TAACTATTTGA
1 ATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGA
62588 ACTGGATTGG
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (538 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
TTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATA
GTATTAACTATATAAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATAGGAACAAAAAATTGTTTGA
TAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
CTAATTCAATAAATAAATTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAAGTTTTAGAAATATTAATAAAT
TTGTATTATTTTATTCAAATAAACTCGTATTAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TATAGTGATTTTAAATAG
Found at i:61943 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 59347--62588 Score: 1910
Period size: 180 Copynumber: 18.0 Consensus size: 180
59337 GAACTACTTT
* * * * *
59347 GATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * *
59412 ATTTTATTCCAAACAAGCTTGTAAG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTTCATA
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATA
* * * * * * *
59475 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTG-AATTGATTT
129 ACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTC
* * * * ** * * *
59527 GGTAAATAGATTCACCTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * *
59588 ATTTTATTTCAAATAAGCTT-TGATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA--T-ATA
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATA
** * * * ** *
59649 ATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTC
129 ACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* * * *
59701 -A-AAAAATGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGT
1 GATAAACAT--ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * **
59764 ATTAGTTTATTTTGGATAACCGTT-TATGAATTGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-T
63 ATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGTT
* ** * * * * ** *
59827 CATGATGATTTTAAAAAAATTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTC
125 CATAACAATTTTAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* * * * * * * * *
59884 GGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTATTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGAT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
59948 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATATGGAACA-AA-TATTTTATGACTAAAAATAGGTT-A
65 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAA-ATAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGTTCA
* ** * ** ** *
60010 GAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTG-AATTGGTTT
127 TAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTC
* *
60064 GATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * *
60129 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTG-ATAAAAAATTATTGTTTGATAACAAAAAAAATGGTT-AT
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAA--GTTCAT
** * ** * * * * ** *
60192 CGCTATTTGGAATAGATAATTATTCAAATTGCCATAATTATTT-AACTAATTT
128 AACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* * * * * * * *
60244 GATAAATAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
60309 ATTTTA-TATCATATAAACTCGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGT-ATA
66 ATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATA
*** * * * **
60372 GTGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCTTGTTC
129 ACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* * * * * * *
60424 AATAAATAGACTTATTTTCTTAAATCTCTTTCTTCTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA
1 GATAAACATATTTATTTT-TTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
60488 TTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
64 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGTTCAT
* * * * * * *
60553 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATAT-AAACTAGTTC
128 AACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAAA-TTGTTC
* * * ** * *
60606 GATAAA-ATTTTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTAT
1 GATAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *** * * * * *
60670 TATTTTAATCCAAATAAGCTTATAGGAACT-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATA
** * * ** ** * *
60734 ATGATTTGAAATAGATAATCATTCATGTAGTTTTAACTATTTGAACTCGTTC
129 ACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* ** * * * * * * * * *
60786 AATAATTAGACTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** ** * * ** * *
60851 ATTTTATTCCAAATAAAATAGTATAAATAT-AACCAATTGTTTGAGGACCAAACAAAAAGTT-AT
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAGTTCAT
** * * * * * *
60914 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTAAAACTATATGAAATTGTTT
128 AACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* *
60967 GGTAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGT
1 GATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *** * * ** *
61029 ATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTTACGACTAAACTAAAG-TA
63 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTG-TTTTATGAC-AAAAAAAAGTTC
** * * ** * * *
61093 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTATTTTATAATTATTTGAATT-
126 ATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTT-GAA--A-TTG--TTC
* * * * * *
61154 GATTTGGTAAATATAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTA
1 GA-----TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * * * *
61218 GT-TTATTTCATTTCAAATAAACTTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGG
61 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAG
* * * * * **
61281 TT-ATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCTTAACTGTCAG-AATTGGTTC
123 TTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTC
* * * * *
61338 -AGCAAACGA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTT-AGAATGTTATTAAATTAG
1 GA-TAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * * *
61399 TATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAAAAAAGGTT-
62 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGTTC
* * * * *
61463 ATAGCAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTT
126 ATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTC
* * * *
61518 GATAAATAAATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
61578 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAAGAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTAAT
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCAT
* * * * *
61641 AACGATTTGAAATATATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTG-AATTGATTC
128 AACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAATTG-TTC
* * *
61694 GATAAA-TTGATTTATTTGTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT
1 GATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
61754 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAACAGTTCATA
65 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAA-AGTTCATA
* * * * * **
61819 ACAATTTTCAATAGATAATTTTTCAAATAATAATAACTATTGGAGCTTGTTC
129 ACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* * **
61871 GGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTAT
1 GATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * ** *
61936 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTT-AA
65 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGTTCAT
** * * * * *
62000 AATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTGTTTGAAA-TGATTC
128 AACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTC
* * * * *
62053 GACAAACACATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
62118 ATTTAAATCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAATAATATTTTTTATAACAAAACAATGATCATT
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATAAT-TGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATA
** * * * * * * * *
62182 GTAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATGGTC-GAACTATTTGAACTAGTTC
129 ACAATTTTA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
** * *
62233 AGA-AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAA-TAGTA
1 -GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTA
* * ** * * * *
62296 TTATTTTATTTAGGATAAATTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCAT
** * * * * * *
62361 AATGATTTTAAATAGATACTTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTATTA
128 AACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
* *
62414 GGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
1 GATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * *
62478 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAG
64 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGTTCAT
** * * * * *
62543 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAA
128 AACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
62589 CTGGATTGGC
Statistics
Matches: 2402, Mismatches: 527, Indels: 264
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAAC
AATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC
Found at i:63216 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 62615--65437 Score: 2125
Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 181
62605 CATTTATTTT
* * * * *
62615 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAGCAACTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTAT
* * * ** *
62678 GACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGCTAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
62742 -TGATTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTGATTAATTTTCAAAA
129 TTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * *
62791 TATTAGTAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
62855 ACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAATT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** * *
62920 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CATTAATTTTTAGAA
130 TGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * *** *
62971 TATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * * *
63036 TAAAACAAAATATCATAACTATTCGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * **
63101 CCTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGGAA
131 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* *
63152 TACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
63217 AAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TG
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * *
63281 TGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA
130 TGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
63332 TATTAATAAATTTA-TATTATTCTA-TTCGAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
63395 GACAAAATAGAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
63460 TTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAA-TTTTAGGAA
129 TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AAA
* * * * **
63513 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCCTGTATGAACTAATACAATTGTTTTAAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
63578 TC-AAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACT
66 -CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** * * *
63642 T-TTTCAATAAACATATTTATTTTAAAAATATTTTACTTATT-ATTTGTCAAAG
130 TGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAAA
* * * * * *
63694 TAGTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
63758 AAAAAATAAAAAGTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
63822 TT-TTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTTTTAATTGTTT-GAA
129 TTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAA
* * * * * * *
63874 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAGTAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
63938 ACAAAATAAAATGAT-ATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACCATTTTAAC
65 ACAAAACAAAA-GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * **
64002 TTG-TTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTTTAA
129 TTGTTTGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
** * * * * * * * *
64052 TATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATCGATTTGTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
64117 TAACACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGCA-TT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * * *
64181 GGGTAGGCT-AATAGATTCATTTTTTAAAT-TCATTAGTTATTAAATTTTAGAA
131 --GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
64233 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATG-ACTAGAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
64297 ACAAAACAACTA-GTCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAG
65 ACAAAACAA-AAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
64359 C-TGATTT-AGTAAACAAATTTATTGTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
128 CTTG-TTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
64413 TAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACA-AA-TTTATTTGAA-AAAAA-ATTTATTTTAC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-
* * * *
64474 T-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTG-A
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
64537 GTTGGTTCAGCAAATGGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTAATT--TTTTTGAAA
128 CTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * * *
64590 TATTAATATATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAACTAAAAA-AATTGTTTTAC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * * ** *
64653 AATAAAACAAAAGATTGTAA-TGATTTGCAATAAAGAATTGTTCATATACCCTTAACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
64717 -TTGGTT--CAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAA
128 CTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
64768 TATTATTATATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAACATAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
64833 TAAAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC-T
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** * *
64897 GGTTCAGTAAACAGATTTA--TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGACA
131 GTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * **
64947 TATTAATAAATTACTATTAATTTATTCCAAATAGGATTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
65012 CAAAACAGAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-
66 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** **
65075 TGATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAACAATTTTTAAAA
130 TG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * ** *
65128 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
65192 ATAAAATAAAAAGGTCAT-AGTGGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
65 ACAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * **
65256 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTGTGCTTATTAATTTTTTCAA
128 CTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * * * * *
65310 TGTTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAATTATTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * *
65375 CTAAACAAAAGGTCAGAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
65438 GTTTGGCAGA
Statistics
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0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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175 4 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
Found at i:63295 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 62644--65436 Score: 2161
Period size: 361 Copynumber: 7.8 Consensus size: 361
62634 TCTTAATTTG
* * * * * * * * * **
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1 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* * * * *
62708 AGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* *** * * * **
62772 C---T-CTGATTAATTTTCAAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTA
130 CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * *
62832 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
194 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * ** * *
62897 AAATAGACATGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CATTA
259 AAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTA
* * *
62961 ATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
323 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
** ** *
63000 AATAAACTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAACTATTCGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* * * * * **
63065 AAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTTCCTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* *
63130 TTTTACTTAATAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
131 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * *
63195 AACAAAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGCAATAAATAATTGTTCAA
196 AACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
63260 ATAGTTATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTCTACTTATTAAT
261 ATAGTTATAACTATTTGAAT-TGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAT
* * * *
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325 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * *
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1 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* * * * * * *
63426 AGATAATTGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
63491 TTTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCCTGTATG
131 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * *
63556 AACTAATACAATTGTTTTA--AAATCAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGATAATTATTC
196 AACAAAAACAATTGTTTTATGAAA--AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ** * ***
63619 AAATAGTTATGACTATTTGGACTTTTTCA-ATAAACATATTTATTTTAAAAATATTTTACTTATT
259 AAATAGTTATAACTATTT-GAATTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
* * * * **
63683 -ATTTGTCAAAGTAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG
322 AATTT-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * * * * *
63723 AATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAA-TGATTTAAAA
1 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA
* * * * *
63787 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTT-TTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
63850 TTTTTTATTTTTTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAGTAAGCTTGT
129 TCTTTTACTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * *
63914 ATGAATAGCAAA-AATTGTTTTAT-AACAAAATAAAATGAT-ATAGCGATTTGAAATAGATAATT
193 ATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
63976 GTTCAAATAGTGATAACCATTTTAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCT----CT
255 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCAACT
** ** * *
64037 TATTAATTTTTTTAATATTAATAAGCTAGA-ATTATGTTATTTCA
318 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCA
* * * * * *
64081 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATCGA-TTTGTGATAACACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
1 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAAT-TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
* * * * * * * *
64145 TATATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGCA-TTGGGTAGGCT-AATAGATTCATTTTTTAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GGT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
64208 AT-TCATTAGTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTG
128 ATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * ** *
64272 TATG-ACTAGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAACTA-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATT
192 TATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * * * * * **
64335 GTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAGCTGATTTAGTAAACAAATTTATTGTTTAACTCTCTTACTT
255 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTG-TTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
* * **
64399 ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
319 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * *
64442 AACAAATTTATTTGAA-A-AAA-AATTTATTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
1 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAA-TTATTTTA-TGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
64503 ATCGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTG-AGTTGGTTCAGCAAATGGAATTATTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * ** *
64567 ATCTTTTACTAATT--TTTTTGAAATATTAATATATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAC
128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-G
* * * ** * * * *
64629 TAAGAACTAAAAA-AATTGTTTTA-CAATAAAACAAAAGATTGTAATGATTTGCAATAAAGAATT
192 TATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * ** *
64692 GTTCATATACCCT-TAACTATTTGAATTGGTTC---AAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAGT
255 GTTCAAATA-GTTATAACTATTTGAATT-GTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
* * * * * *
64753 TATTAATTTTTAAAATATTATTATATTAGTGTTATTTTATTTCG
318 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * * * *
64797 AATAAGCTTGTACGAACATAAATAATTGTTTTATGATAAAACACAAGGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* * * * *
64862 ATATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC-TGGTTCAGTAAACAGATTTA--TTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT
** * * * * *
64924 CTCCTACTTATTAATTTTT-GACATATTAATAAATTACTATTAATTTATTCCAAATAGGATTGTA
130 CTTTTACTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
** * * * * *
64988 TGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAGAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
194 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * * **
65053 AAATGGCCATAATTATTTGAACTGATT-TGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAAC
259 AAATAGTTATAACTATTTGAATTG-TTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
* *
65117 AATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCA
322 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
* * * * * *
65157 AATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGGTCAT-AGTGGTTTTA
1 AATAAACT-TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGA
* * * *
65220 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTA
63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGATAAATAGATTTATTTTTTAA
* ** * * * ** *
65285 AT-TTTGTGCTTATTAATTTTTTCAATGTTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCATG
128 ATCTTT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * *
65349 TATGAACTAAAATAATTATTTTAT-AACTAAACAAAAGGTCAGAAGGATTTGAAATAGATAATTG
192 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
*
65413 TTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAA
256 TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA
65437 CGTTTGGCAG
Statistics
Matches: 1915, Mismatches: 435, Indels: 167
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 89 0.05
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363 119 0.06
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTTATAACTATTTGAATTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT
TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
Found at i:63798 original size:542 final size:537
Alignment explanation
Indices: 62615--65437 Score: 2336
Period size: 542 Copynumber: 5.2 Consensus size: 537
62605 CATTTATTTT
* * * *
62615 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAGCAACTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * *
62679 ACAAAATAAAGA-TCATAACGATTTGAGCTAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACT
65 AAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * **
62743 G-ATTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTGATTAATTTTCAAAATATTAGTAAATCA
130 GTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
* **
62804 ATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
194 ATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
* *
62869 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-ACATGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATA
259 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA
* * * *
62933 GATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
323 GATTCATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * *
62997 CCAAATAAA-CTTGTATGAA-TGGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAACTATTC
387 TCAAA-AAAGCTTGTATGAACT--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * ** *
63060 GAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTTCCTTGATAAATAGATTTATTTTTT
449 GAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA-CTTGGTTAATAAATAGATTTATTTTTT
* **
63125 AAATCTTTTACTTAATAATTTTTGGAA
513 AAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTCAAA
* * *
63152 TACTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * *
63216 AAAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-
65 AAAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
63279 TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
129 TGTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
63344 TATATTATTCTATTCGAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAGG
193 TATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG
* * * * *
63409 TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACA
258 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA
** *
63474 GATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
323 GATTCATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * *
63539 TCAAAAAAGCCTGTATGAACTAATACAATTGTTTTAAAATCAAACAAAAGGTCATAACGACTTGA
387 TCAAAAAAGCTTGTATGAACTAA-ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * **
63604 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTT-TTTCAATAAACATATTTATTTTAAA
451 AATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-GACTTGGTT-AATAAATAGATTTATTTTTTA
63668 AATATTTTACTTATT-ATTTGTCAAA
514 AAT-TTTTACTTATTAATTT-TCAAA
* * * * *
63693 GTAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATG
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * *
63758 AAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
65 AAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
63823 -TTTTC-GATAAACAAATTTATTTTTAAATTTTTTATTTTTTAATTGTTTG-AATATTAATAAAT
130 GTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTAAA-TTTCTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
63885 TTGTGTTATTTTATTTGAAGTAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTATAACAAAATAAAA
192 TTATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
* * * * * * **
63949 TGAT-ATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACCATTTTAACTTGTTCAGTAA
256 -GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
* ** ** * *
64013 ACAGATTCATTTTTTTAAATCT-CT--T-ATTAATTTTTTTAATATTAATAAGCTAGAATTATGT
320 ATAGATTCA-TTTTTTAAATCTCCTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
64074 TATTTCAAATAAA-CTTGTATGAA-TAGAAACAATCGATTTGTGATAACACAAAAGGTTATAACG
383 TATTTCAAA-AAAGCTTGTATGAACT--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
64137 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTG-CATTGGGTAGGCT-AATAGATTCA
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* *
64200 TTTTTTAAATTCATTAGTTATTAAATTTT-AGAA
507 TTTTTTAAATT-TTTACTTATT-AATTTTCA-AA
* * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * ** *
64360 TGAT-TT-AGTAAACAAATTTATTGTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAA
129 TG-TGTTCAGTAAACAGATTTATT-TTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * * * * *
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** * * * * ** * ** *
64610 TTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGATTGTAAT
381 TTTATTTCAAAAAAGCTT-GTATGAACT-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** * * * *
64674 GATTTGCAATAAAGAATTGTTCATATACCCTTAACTATTTGAATTGGTT--CAAATAAATTTATT
444 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGACTTGGTTAATAAATAGATTTATT
* * * *
64737 GTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAA
509 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTCAAA
* * * * * *
64768 TATTATTATATTAGTGTTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTACGAACATAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * * *
64832 ATAAAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
65 AAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
64897 G-GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGACATATTAATAAA-TT
130 GTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
* * * * * *
64959 ACTATTAATTTATTCCAAATAGGA-TTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAGAA
194 A-TATTATTTTATTCGAAATA-AACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
* * * ** * *
65022 GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAA
256 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAA
* * * * ** * *
65086 ATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAACAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
320 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** *
65151 ATTTCAAATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAGTGG
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* * * * * **
65215 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
446 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-GACTTGGTTAATAAATAGATTTATTT
* *
65280 TTTTAATTTTGTGCTTATTAATTTTTTC-AA
510 TTTAAATTTT-TACTTATTAA--TTTTCAAA
* * * * * * * *
65310 TGTTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAATTATTTTAT-A
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
65374 ACTAAACAAAAGGTCAGAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
66 A-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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Statistics
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ATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCA
TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT
TCATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
AAAAGCTTGTATGAACTAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGACTTGGTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTT
ACTTATTAATTTTCAAA
Found at i:67253 original size:539 final size:537
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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257 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAA
* *
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322 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CA
*** ** *
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** * * * * * *
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445 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
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* *
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** * * * * *
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* * ** * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * ** *
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* * * ** *
66986 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAATCATAAAATAATTGTTTTAGTT
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*
67051 CATACAAGCTTATTTGAACTAAAA
514 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
67075 TAATACTATTTTATTAACATTTAGAAAATCAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTA
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* * * *
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** ** * * * * *
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130 GTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * *
67270 TTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATCAGTTCAA
195 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAA
* * * * * * * *
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259 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGT-CATAAA
* * * * *
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323 ACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAA
* * * *
67462 AAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
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* * ** * * * *
67527 ATTTGAACTATTATATATTTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-ATTTA
447 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * *
67591 TGTTCATACAGGTTTATTCGAAATAAAA
511 -GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
67619 TAATACTAATCTA--AAAATATTATGAAAATTAGT-ATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
1 TAATACTAATTTATTAACAT-TTA-GAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
67681 TGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
63 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTT
* * * * * * * * *
67746 TTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATT
128 TTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
67811 TATTAATATTTTAAAAATTAAT--G-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTA
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* * * * * * *
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* * * * *
67938 ATAATT-TTTCTATTAATAC-AGTTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAA-TTAATTAATATTCTAA
323 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTC-AA
* * ** * * ** *
68000 AAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATATGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTTTGAT
386 AAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * * *
68064 TGTTTGAACAATTATTTATTTCAAACCAGTATGACCCTTTGTTTTGTC--ACAATAATTGTTTCT
446 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * *
68127 A-TTCCTATAAGCTTATTTGGAATAACA
510 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
68154 TAATTCTAATTTATTAATATTGTA-AAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTGAATTTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
*** * * * * * * *** *
68214 TTGAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAGTGATTA-CTTATTTTAAATTGCTATAACCTTT
65 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTAAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * ** * * *
68278 GGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAA-CTTATTTTAATTAAAAACAATACAAAT
129 TGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAAT
* * * * * ** *
68342 TTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTATATTTA-CTGAATAAA
192 TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAG
* * *
68405 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTC
254 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-ATTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
68469 AAAAAACAAATT-TTTTTACTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAATAACA-TTATTTATTAATAT
318 ATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-
* * * ** *
68532 TTCAACAATTAATGAGCAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTACC-ATACAAGTTCAAATAGTC
381 TTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTT
* * ** **
68596 ATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTCATCATAAAACAATT
441 A-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * **
68660 ATATCTA-TTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
505 GT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
68693 TAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * *
68757 CCAAACAAGTTTGATTAGTTATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTT
65 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
68822 GTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTT
130 GTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * *
68886 ATTAATATTCCAAAAAATTAATATGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACACA-T
194 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAC-CAGT
* * * *
68948 TCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCAT
255 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCAT
** ** * *
69013 AAGCCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTT
320 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT
* * * *
69077 CAAAAATTAAT-A-AGATTTAAAACAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATG
383 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA--A-G
* * * * *
69140 CCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTT
444 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * **
69204 TCTA-TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAA
508 T-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
69234 TAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAGTAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
69297 CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATGTCCTTTT
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* *
69362 GTTTTTTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAA--TTATTCAGAATAAAATAATACT-ATT
130 GTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * * **
69424 CTACTAAAATTTTGAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CAGAAATAGTT
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* * * * * * * **
69485 TAAATAGTTATGAATATGTG-ACAATTATCTATCTT-AAGTCATTAAGATC-TTTATTTCATCAT
256 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCAT
* * *
69547 AAAACAATTGTTTCCT-TTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
320 AAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-
* * * ** *
69611 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCGGTTCAAATAGTTAGGACTA
383 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* ** * ** * * * * *
69676 TTAGATTAATTATCTACTTCAAATTGTTTTGA-CTTGTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTTAA
448 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
*
69740 TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAA
512 TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * *
69766 TAATACTAGTTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATCTAT
1 TAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
69830 CGAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATCA-GACCTTTT
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* * * *
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130 GTTTTATA-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
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Statistics
Matches: 3177, Mismatches: 642, Indels: 306
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATT
AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA
GCTTATTTGAAATAAAA
Found at i:68824 original size:181 final size:180
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* * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
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65 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * **
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* *
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* * * * * **
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* * * * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * ** * *
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* * * * * *
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** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * ** *
66783 CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTAAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTG
65 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * ** * *
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* * ** * * * * *
66898 TATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * *
66959 CGAACCCGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTA
65 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * ** *
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* * * * *
67075 TAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATCAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
67139 ACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT
63 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * ** * * * *
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128 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
67257 TAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA-AGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * ** * *
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63 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * ***
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127 TTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
67437 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * ** *
67502 CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATATATTTTCAAATTGTTATAACCTTTT
65 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
67567 ATTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAGGTTTATTCGAAATAAAA
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
67683 CCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
64 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
67748 GCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
67800 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * * * * *
67862 AAACTAGTTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTGCAAATCATTATGACCATTTGT
66 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** *
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* * * * * * * **
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * *
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64 CC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *** *
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* * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *** * *** * *
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65 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** *
68279 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTTAATTAAAAA
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* * * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
68396 CTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTT
64 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *** *
68461 GTTTTGTCAAAAAACAAATT-TTTTTACTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAA
129 GTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * ** * *
68513 TAACA-TTATTTATTAATATTTCAACAATTAATGAGCAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * **
68577 C-ATACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTT
65 CGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
** * * * * *
68641 GTTTCATCATAAAACAATTATATCTATTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
68693 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * * *
68758 CAAACAAGTTTGATTAGTTATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
65 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
68823 TTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAA
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
68874 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATATGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** * *
68937 TCTAAACACA-TTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAGCT
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**
69000 TTTGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TATATTCAAAATAAAA
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*
69055 TAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-T-A-AGATTTAAAACAATAAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTAC
* * * * *
69115 CGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCT
65 CGAACAAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT
* * * *
69179 TTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
69234 TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAGTAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
69297 CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATGTCCTTTT
64 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * ** *
69362 GTTTTTTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAA
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* * ** * * *
69414 TAATACT-ATTCTACTAAAATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTAC
1 TAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
69475 AGAA-ATAGTTTAAATAGTTATGAATATGTG-ACAATTATCTATCTT-AAGTCATTAAGATC-TT
65 CGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTT
* ** * * *
69536 TATTTCATCATAAAACAATTGTTTCCT-TTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAA
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
69589 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
** * * ** * ** *
69651 GAACCGGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGATTAATTATCTACTTCAAATTGTTTTGA-CTTGTTG
66 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTG
* * * *
69715 TTTAGTTATAAAACAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
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* * * *
69766 TAATACTAGTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATCTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
69829 TCGAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATCA-GACCTT
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** * * *
69891 TTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAA
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*
69945 TAATACTACTTTATTAAT-TTTCAAAAATTAA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
69976 AAAGTAAGTT
Statistics
Matches: 3445, Mismatches: 737, Indels: 293
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Found at i:70922 original size:180 final size:180
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*** * * *
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* * * **
70626 -TCAAGAATTAATAA--CAG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAG
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
70803 GAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACTAG
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* ** * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
70918 TAAAACAATTGTCTTTGTTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * *
70983 TAGAAAATTATTCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAACCAT
130 TA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
* * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTC
* * ** * ** **
71099 ATCAAA-AATTGGTCCTGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATT
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* ** * * *
71163 CTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-C-GAACCAG
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TACTGAACTAG
* ** * * *
71215 TTCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATGACCTTTTCCTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTC
* * * * ** * * * * *
71280 GTAAAATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTTTTTTATTAAAATAATGCAAATTTAATAATATTT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * ** *
71344 TGAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAAT-AATTTTTTTGTTGAA-TCAA
130 TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AG
* * * * * * * * * *
71394 TTGAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTGAAAATCGTTCTAACATTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *** * * * *
71459 ATAAAAAAATT-TTTCAATTCA-ACAAGCCTATTTCGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
71522 C-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAAC-AAACAAG
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACTAG
* * * * * * * *
71574 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * **
71639 TAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * *
71704 ACT-AAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATTAG
129 -CTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
* * * * ** * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
71819 ATAAAACAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATATGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
71882 T-TCAAAAATTAATAAG-AAAAAGATTTAAAAAA-AAA--TGTTTATTGAACCAG
128 TCT-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
* * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGT
* * * **** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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64 CATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TC
** * * *
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65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
* * * * * * *
72423 TC-AAAAATTAATAAGCAA-AAGTTT--AAAATAAATTTATTTACTAAACAAA
128 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTC
* *** * *
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65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** ** * * *
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* * * *
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1 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
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65 ATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
72772 T-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAG
128 TCT-AAAAATTAATAAGTAAGA-AATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
* * * * ** * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * **
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* * * * * * * *
72956 CCAAAAATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTT-GTCAAACTAG
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * ** *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
73358 TTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTCTTTTGT--
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * * *
73421 TACAAACAATAATTTATGTTCATAAAAACTTATTCTGATTAAAATAATACTATTTTATTAATATT
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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128 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAG
* * * * * * *
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** ** * * **
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129 CT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
* * * * * *
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1 TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
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* * * * *
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129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAG
* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
75228 TAAAATAATT-TTTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
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** ** * * ** *
75292 AAAAAAATTAATAAACAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
* * ** *
75345 TTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-ATAAGAAG-TATGACCTTTTGTTTTAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * * * ** *
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64 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * *
75590 TTAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
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129 CT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
75698 AATAATTATC
Statistics
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TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
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Found at i:72249 original size:720 final size:719
Alignment explanation
Indices: 69982--78265 Score: 4930
Period size: 720 Copynumber: 11.6 Consensus size: 719
69972 TTAAAAAGTA
* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * **
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* * * *
70360 ATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGTTTTAGT-TCATA-A
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** *** *
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* * * * *
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* ** * ** * * * **
70535 AAATTGTTATTACTTTTTGTTTTCTCCTAAAACAATTGCTTTTCAAT-ATAGAAGCCTA-TTCAA
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* * * *
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** *
70659 TGTTTACCAAACTAGTTCAAAT
698 TGTTTACTGAACTAATTCAAAT
* * * * * * *
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1 AGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAAA
* * * * * **
70744 AATTGTTTTTGTTCATATAAGCTCATTC-AAATAAAATAATACT-AATTTAGTAATATTCTGAAA
65 AATTGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTCAAAAA
** * * * * * *
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129 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * * * ** * * * *
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193 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCAG
* * * ** ** * *
70935 TTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGAAAATTATTCAGTA
257 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA-AAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
71000 AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAACCATTTCATATAGTTTTGACTATTTGAATAACTA
321 A-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** * * **
71065 TCTATTTCTAATCATTAT-AACTTCTTATTTTGTCATCAAA-AATTGGTCCTGT-TCATACTATT
385 TCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTTATCATACAAGC
* ** * * *
71127 TTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAAGAAA-ATTA
448 TTATAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GAA-AAAGATTT
* ** ** * ** *
71189 AAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATCTGTTTCA
509 AAAAA-AAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * ** * **
71254 AATTGTTATGACCTTTTCCTTTTGTCGTAAAATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTT-TTT-TTA
573 AATCGTTAAGA--TTTT-GTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * ** * * *
71316 TTAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAAT-AATTT
634 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* ** *
71380 TTTTGTTGAA-TCAATTGAAAT
699 GTTTACTGAACT-AATTCAAAT
* * * * * * * *
71401 GGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTGAAAATCGTTCTAACATTTTGTTTTGTCATAAAAA
1 AGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAA
* * * *
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* * *
71526 AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATTACT
128 AATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
71591 ATTTGAACAAATGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG
192 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * ** *
71656 TTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TAATAAGT
257 TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTACAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * * **
71719 AAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGTCGTTTGAATGAT
320 AA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAAT
* * * *
71783 TATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGC
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71848 TTATATGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAA
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** * * *
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* **
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577 GTTAAGAT-TTTGTTTTGTCAAAAAACAATTG-TTTTTATCATACAAGCTTATTTGGAAATAAAA
* * * * * *
72039 TAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAATTTACAAAATATATGTGTTTAC
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*
72104 TGAGCTAATTCAAAT
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* * * *
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* * * *
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64 AAATTGTTTC-TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTCAAAA
* * *
72246 AATTAATAAGGAAA-TGATTTGGAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATGAC
128 AATTAATAA-GAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
72310 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTC
191 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTC
* * *
72374 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAATT-CAAAAATTAATAAG
255 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTACAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
72438 CAAAAGTTT--AAAATAAATTTATTTACTAAACAAATTCAAATTGTTATGACTATTTAAACAATT
319 TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * **
72501 GTCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTCTATTTTGTGATAAAACAATT-ATTTGAATTCATACAAG
384 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAG
* * * **
72564 CTTAGTCA--AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTA
447 CTTA-T-ATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTA
** * * * * *
72627 AAAGGTGAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTAATGTC-ATTTCAACAATTATCAATTTC
510 AAA--AAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
72691 AAATC-----G--TTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTTGATTATATATGTTTATTT-GAAAT
572 AAATCGTTAAGATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGGAAAT
* * * *
72748 AAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATTT
636 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTT-AAAAAATAAATCT
* * * *
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699 GTTTACTGAACTAATTCAAAT
* * * ** *
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1 AGTTATGACTATTAGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAA
* * * ** *
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64 -AAAT-TGTTTCTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTCAAA
* ** * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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192 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * * * *
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257 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
73147 AGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATG-CTATTTGAGCAATTA
321 A-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** *
73211 TCTATTTCAAATCACTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTTGTCTATTTAAGTT
385 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATC-ATACAAGCT
* * * * * * *
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449 TATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTT-AAAA
* * * * * *
73336 ATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATT
513 A-AAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * * * * * * *
73401 GTTATTATTTTTTCTTTTGTTACAAACAATAATT-TATGT-TCATAAAAACTTATTCT-G-ATTA
577 GTTA--AGATTTTGTTTTG-T-CAAAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATT-TGGAAATA
* * * * *
73462 AAATAATACTATTTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT
637 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTT
* *
73527 TACTAAATTAGA-TCAAAT
702 TACTGAACTA-ATTCAAAT
* * * * * * * * *
73545 AATCACGATTATTTGTATAAGTATTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
1 AGTTATGACTATTAGAATAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA
* * * * *
73609 AAATTATTT-TAGTTCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATAATAATAAAGTTATTAATATT-ATA
64 AAATTGTTTCTA--TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTCA-A
* * ** * * * * *
73672 AAAACTCATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTTTGAC
126 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *** ** *
73737 TATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAATGATCT-TTTC
191 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTC
* * *** *
73801 TGTTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTA-AGACAATTAAT-AG
255 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA-AAAATTAATAAG
* * * ** * *
73863 TTAAAAGATATAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATAACTAATTGAACAA
319 -TAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * *
73928 TTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTAGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACA
382 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACA
* * * * * * * * * *
73991 AGCTTAT-TCAGATGAAAATAATATTAATATATAAATATTTTGACAAA-CAATAAGTAAAA-TTT
445 AGCTTATATGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATT
* * * *
74053 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATCTGTT
508 T-AAAAA-AAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * *
74117 TCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTAT-AATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTT
570 TCAAATCGTTAAGA--TTTTGTTTTGTCAA-AAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTT
* *
74180 -GAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAAT
630 GGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAAT
* * *
74242 TAATCTATTTACTGAAC-ATGTTCAAAT
693 AAATCTGTTTACTGAACTA-ATTCAAAT
* * ** * *
74269 AGTTATGACTATCTAG-ATAATTATCTATTTCAAAACATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAC
1 AGTTATGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAA
* * * * *
74333 AATTGATTCTGTTCATGCAAGCTTGTTACG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAA
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* * * * * *
74396 AATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACACGTTCAAATATTTGTCACT
128 AATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** ** * **
74459 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTACGATTTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTG
192 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG
* * *
74524 TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
257 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA
** * * * *
74589 AAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACGAGTTCAAGTAGTTATGACTCTTTGAATAATT
322 AA-A-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
74654 ATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTATT-T-ATGCAAT
384 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TTATCATACAAG
* * * * * ****
74717 TTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTTGGAGATTTAAA
447 CTTATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAA
* * * * * * *
74782 AAATAA-ATCTATTCACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCA
512 AAA-AATATGT-TT-ACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * ** * * * ** **
74845 AATGGTTATAACATTTTGTTTTATCTTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTA-TTCAAAA
573 AATCG-T-TAAGATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGGAAA
* * * *
74909 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT--G--AGAGATTTAAAAATTAAATCTA
635 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
74970 TTTATTAAACCAGTTCAAAT
700 TTTACTGAACTAATTCAAAT
** * * * * *
74990 AGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC
1 AGTTATGACTATTAGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAA
* * * * * *
75053 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATATTCTAAAA
65 AATTGTTTCTA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * * * *
75117 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
129 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
75182 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGTT
194 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
* * * * **
75247 CATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAACAAAA
259 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAAT-AAGTAAA
* *
75312 AATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
323 AA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *
75377 TATTT-ATAAGAAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAGAACGATTGTTTCAGTTTAT-A-A-AAGC
387 TATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTTATCATACAAGC
* * ** * *
75438 TTATGTGAAATAAAATAATATTGCTTTCTTAATATTTCAAAAATTGAA-AAGATAAAGATTTAAA
448 TTATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGAAAAAGATTTAAA
* * * * * *
75502 AAATAAGT-TAGTTTATCAAATCGCA--TCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTC
512 AAA-AA-TAT-GTTTACCGAA-C-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
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572 AAATCG-T-TAAGATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGGAA
* *
75628 ATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT----AAT-AA---
634 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
75685 ----A-T--A--AA-TC----
699 GTTTACTGAACTAATTCAAAT
* * * *
75692 -----T-A-T-TTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-GTTATAAAAT
1 AGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAAA
** * *** *
75747 AATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTTTTTGGAATAA-AATAAT-AT--T-AATTTAATAATATTC
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* ** ** * * *** * *
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* * * ** ** * * * *
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* * * *** * * *
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253 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAA
* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *** * * ** *
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508 TAAAAA-AAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
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* * *
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* * *
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694 AATCTGTTTA-CTGAACTAATTCAAAT
** * * * * *
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1 AGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-A
* * * * * * * * ***
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *** * * *
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* *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* ** *
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*
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* ** * *
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1 AGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAA
* * * * * ***
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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190 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
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* * * * *
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* **** *
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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*** * * * * * *
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* * * * * * * *
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** ** * *** *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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78266 TTGCAGTAAA
Statistics
Matches: 5942, Mismatches: 1227, Indels: 816
0.74 0.15 0.10
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TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATATGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAAATATG
TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGATT
TTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTTGGAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAATTC
AAAT
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* ** * * *
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* ** * * *
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510 -AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
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1 AGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTAGTCATAAAAT
* * * * * ** * ** *
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64 AATTGTTTCT-ATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTC-AAAAA
** * * ** * * * **
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* * * * * *
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190 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTC
* *** * * * * * ** * * *
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254 ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * * * *
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319 ATTTAAAAATA-AATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATC
* * * * * *
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* * *
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445 -TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* *
71552 ATAAATCTGTTTAACAAACAAGTTCAAAT
508 AT-AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
71581 AGTTATTACTATTTGAACAAATGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTAGTCATAAAATA
1 AGTTA-TGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
* * *
71646 ATTGTTTC-AGT-TAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTA
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* * * ** * * *
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* ** * * * * * **
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187 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * *
71836 TATCATACAAGCTTATAT-GAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
251 T-TCATAAAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGT
* *
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314 AAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * ** *
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* ** * * * * * *
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441 CTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
72087 AAAATATATGTGTTTACTGAGCTAA-TTCAAAT
505 AAAATA-ATCTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAAT
* * * * * *
72119 AGTTAAAGCTATTAGAATAATTAT-TAATTTCGAATCGTTTTGACCTTTTGTGTAGTCATAAAAT
1 AGTT-ATGCTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT
* *
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* * *
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* * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * **
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446 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-
*
72634 AATATGTTTACCGAATC-AGTTCAAAT
510 AATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT
* * * *
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1 AGTT-ATGCT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT
* * * * * * *
72715 AATTGTTTTTGAT-TATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAA
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* * * *
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125 ATTAATAAGTAA-AGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * ** * * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * * *
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* ** * * * * * ** * * *
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319 ATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA-TCT
* * * * * * *
73572 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCCTATT
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* * ** * * *
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* * *
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510 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * ** *
73728 AATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAATG
1 AGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
* * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** **
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * * * * *
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253 CATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC-AAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
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317 AGATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTA
* * * * * * * *
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379 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTT
* ** ** * *
75258 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAACAAAAAATTTTAAAAA
444 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAA
* * *
75323 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAC
508 AT-AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* ** *
75352 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-ATAAGAAG-TATGACCTTTTGTTTTA-TCATAGA
1 AGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AA-TCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAA
** * * * ** *
75414 ACGATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTATGT-GAAATAAAATAATATTGCTTTCTTAATATTTCA
62 ATAATTGTTTCTA-TCT-TACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-TTCA
* * * *
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* * * * * * *
75538 TGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAGCTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGT
182 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-
* * * * *
75603 TTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
246 -TTTCATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAAT
*
75667 AAGTAAGAGATTTAATAAATAAAT
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Statistics
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Consensus pattern (535 bp):
AGTTATGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
TTGTTTCTATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATAAAAG
CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTTAC
CGAACAAGTTCAAAT
Found at i:73330 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 73305--73342 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
73295 TAATCTATTA
* *
73305 ATATTTCAAAAATTAATAAT
1 ATATTTAAAAAATAAATAAT
73325 ATATTTAAAAAATAAATA
1 ATATTTAAAAAATAAATA
73343 TGTTTATCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.61, C:0.03, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATATTTAAAAAATAAATAAT
Found at i:75710 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 75689--75723 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
75679 TAATAAATAA
75689 ATCTATTT-AAATAATT
1 ATCTATTTCAAATAATT
*
75705 ATCTATTTCAAATCATT
1 ATCTATTTCAAATAATT
75722 AT
1 AT
75724 AACCTTTTGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.47
17 9 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
ATCTATTTCAAATAATT
Found at i:75802 original size:150 final size:150
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Indices: 75543--75842 Score: 395
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
75533 AATTATGGCC
* * * *
75543 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAGCTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTGTCTTAAAACAATTGTTTTAC
* *
75608 ATCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
66 ATCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
*
75673 GAGATTTAATAAATAAATCT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
75693 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGT-TATAAAATAATTGTTTTA
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTGTCT-TAAAACAATTGTTTTA
** ** * * * * ** *
75757 GTTCATATGAGCTTTTTTGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGTTAATTA
65 CATCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
75822 AGAGATTTAAAAAATAAATCT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCT
75843 GTTTGTTGAA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 21, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.01
150 127 0.99
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (150 bp):
ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTGTCTTAAAACAATTGTTTTAC
ATCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCT
Found at i:76193 original size:179 final size:178
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Indices: 75701--76819 Score: 768
Period size: 180 Copynumber: 6.2 Consensus size: 178
75691 CTATTTAAAT
* * * * * **
75701 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATG
1 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* * * * ** *
75766 AGCTTTTTTGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGTTAATTAAGAGATTTA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
**** * *
75831 AAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGTGGTTCAAATA-ATTAAGACTATATGAAC
130 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATACA-T-A-ACTATATGAAC
* * ** ** * * *
75882 AATTATATGTTTATAAAAAATTATGGCCTTTTGTT-TGGTCATATAACAATT-TTTTT-ATCATT
1 AATTATATATTT-CAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-GTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA
* * * *
75944 CAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATT
64 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATT
* *
76009 TAAAAAATAACTCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATACATAACTATTTGAAC
128 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATACATAACTATATGAAC
* * * * *
76060 AATTGTAAACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
1 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* *** * * *
76125 ATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
* * ** * *
76190 AAAAATAAATTTCTTTATTAAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAAC
130 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATA--CATAACTATATGAAC
* * * * * * * *
76241 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTTTTTTTTAATTTAT
1 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-GTCATAAAACAA-TTATTTTT-GTTCAT
* * *
76305 ACTAGCTTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAC-AAGAG
63 ACAAGC-TTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACTAAGAG
* * * * * * *
76365 ATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAACTATGACTATTTGAAC
125 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAAT-AC-ATAACTATATGAAC
* * * * *
76421 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATAT
1 AATTATATATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
* * * *
76484 AAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
65 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * ** * * * * *
76545 AAAAAATAAATTTATTTATGAAA-TGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGC
129 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATA--CATAACTATATGAAC
* * * * * * *
76597 AATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTTATAAAACAACTGTTTCTGTTCATA
1 AATTATATATTTCAAATCA-TTATAACCTT-TTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA
** * * * * * *
76660 CAAGCTTATTCAGATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAAAT
64 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACT-AAGAGAT
* *** * * * * *
76725 TT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAATT-AAATAGTAATGACTATTTGAAT
127 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATA--CATAACTATATGAAC
* * * *
76778 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATA
76820 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 151, Indels: 74
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 110 0.15
177 106 0.14
178 32 0.04
179 108 0.14
180 156 0.21
181 143 0.19
182 49 0.07
183 12 0.02
184 33 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATACATAACTATATGAAC
Found at i:76370 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 75711--78330 Score: 1027
Period size: 357 Copynumber: 7.4 Consensus size: 355
75701 AATTATCTAT
* * * * * * * *
75711 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTTTTTG
1 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATCTTATTTG
* * *
75776 GAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGTTAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAA-T-TTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
75841 CTGTTTGTTGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATGTTTATAAAAAATTAT
128 TTATTTATT-AAATAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTT-CAAATAGTTAT
* * * * * *
75906 GGCCTTTTG-TTTGGTCATATAACAATTTTTTTATCATTCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATAC
191 GACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTTTTTTATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATAA
* * * *
75970 TAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTCTGTTTACCAAACT
256 TAATTTATTAATATTTCAAAA--TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTTACCAAACC
* *
76035 AGTTCAAAT-AC-ATAACTATTTGAACAATTGTAAAC
319 AATTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATAAAC
* * **
76070 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCA
1 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATCTTATTTG
* *
76135 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
76200 TTCTTTATTAAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
128 TTATTTATTAAA-TAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATG
* * * *
76265 ACCTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTTTTTTTTAATTTATACTAGCTTTATTTAGAATAAAATA
192 ACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAA--TTTTTTT-A-TCATACAAGC-CTATTTAGAATAAAATA
* * *
76329 A-AATGAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAA-CAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTA
252 ATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAATAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTTACCAA
* ** *
76391 ACCAATTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
316 ACCAATTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATAAAC
* * * *
76431 TTCAAA-TAGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGT-TTGTT
1 TTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAA-TCTTATT
* * *
76493 TGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 TGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
76557 TATTTATGAAATGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA
129 TATTTATTAAAT-AGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
76622 -CTTGTTGTTTT-GTTATAAAACAACTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAACAAT
193 CCTT-TTGTTTTAGTCATAAAACAA-T-TTT-TTTATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * * ***
76684 ACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATTGA
254 AATAATTTATTAATATTTCAA-AA-TAATAAG-CAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTTACCAA
* * * * ** *
76748 ACTAAATT-AAAT-AGTAATGACTATTTGAATAATTATTTAT
316 AC-CAATTCAAATAACT-ATAACTATTTGAACAATTATAAAC
** * *
76788 TTCAAATCGTTATGACC---T-TT-TG---------------TTTTG-TCATATAAGCTTA-TTG
1 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATCTTATTTG
* * *
76831 AAAATAAAATAATACTAAAT-TATTAATATTAC-AAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATA
66 -GAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATT-CTAAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * * * * * *
76894 AATCTGTTTCTCGAGAA-ACTTTAAATAATTATGACTAT-TCTAATAATTTTCTTTTTGAAATTG
125 AATTTATTTAT-TA-AATAGTTCAAATAATTAAGACTATAT-GAACAATTATATATTTCAAATAG
* * * * * ** *
76957 CTATAACCTTTTG-TTT-GTTCATAAAATGATTTTTTTTCGTTCATACAAGTTTATTGCA-AATA
187 TTATGACCTTTTGTTTTAG-TCATAAAA-CAATTTTTTT--ATCATACAAGCCTATT-TAGAATA
* * * * * * * *
77019 AAATAATAAAAATTTATTAATA--TAAAGACACTTAATATGTAAAACATTTAAAAAATAAATCTG
247 AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAA-A-A--TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAACTCTA
* * * * * ** *
77082 TTTACCGAA-TAAGTTCAAAT--CTTATGACTATTTCAATAATTATTTAT
308 TTTACCAAACCAA-TTCAAATAAC-TATAACTATTTGAACAATTATAAAC
* * * * * * ** *
77129 TTCAAATTCTTATGA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCTTA-TT
1 TTCAAATTATTATAACCTTT-TGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATCTTATTT
** * * * * * * * * * **
77192 CAAATTACAATAATATTAATTTATTACTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGTAATAA
65 GGAA-TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * * * * *
77257 ATATGCTTT-TCGAACA-AGTTCAAATAGTTCTA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA
126 AT-TTATTTAT-TAA-ATAGTTCAAATAATT-AAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAAT-A
* * * * * *
77319 -TTGTGACATTTTGTTTT-GTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAA
186 GTTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTTTTTTA--TCATACAAGCCTATTTAG-AATAA
** * * * ** * * *
77381 AATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGAATAAAAAAAAGAAAT-TGTT
248 AATAATAATAATTTATTAATATTTC--AAAATAATAAGCAAGAG-ATTTAAAAAATAACTCTATT
*** * * ** * * * * ** *
77445 TATTGAA-CATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTAT
310 TACCAAACCA-ATTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATAAAC
** * * * ** * * ** * *
77491 TTCAAAACATTATGACATTTT-TT-TGTCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC
1 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATCTTATTTG
* * * * *
77554 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TGAAAAA-TCAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
66 GAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCT-AAAAATTTAATAAG---AGATTTAAAAAAT-A
* * * * * *
77616 AATTT-TTT-TTAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
125 AATTTATTTATTAA-ATAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTT
* * * *
77678 ATGACCTTTTGTTTT-GTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT
189 ATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAAC-AATT-TTTTTA-TCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAT
* * * * *
77741 AATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACC
251 AATAATAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTTACC
* * * ** * * ** *
77805 AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
314 AAACCAATTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATAAAC
*** * * * * * * * *
77847 TTCAAATCGCTATGATCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGT-TTATTC
1 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAA-TCTTATTT
* * *
77911 GAAATAAAATAATACTAA-CTTATTAATATTCTTAAAA-TTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATA
65 GGAATAAAATAATACTAATC-TAATAATATTCTAAAAATTTAATAA----GAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * * * *
77974 AATTTATTCACCGAACA-AGTTCAAATAGTCATA-TCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCG
125 AATTTATTTA-TTAA-ATAGTTCAAATAATTA-AGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAG
* * * *** * *
78037 TTATGACATTTTGTTTT-GTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAA
187 TTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATT-TTTTTA-TCATACAAGCCTATTTAGAATAAAA
* * * * * *
78101 TAATAAAAATTTATCAATATTTTGAAAAT--TAAG-AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATC
250 TAATAATAATTTATTAATA-TTTCAAAATAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTTACC
* ** * ** * * **
78163 GAACCCGTTCTAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-
314 AAACCAATTCAAATAACTATAACTATTTGAACAATTATAAAC
*** * * * * * * * *
78204 TCTCAAAACGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTT
1 T-TCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATCTTATTT
* * * * * * * * *
78268 GCAGTAAATTATTGCTAAAT-TAATAGTATTCTACAAA-TTAATAACATATTTAAAAAATAAATT
65 GGAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCTAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
78331 GTTAGCCTTG
Statistics
Matches: 1802, Mismatches: 324, Indels: 276
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
336 3 0.00
337 38 0.02
338 9 0.00
339 2 0.00
340 18 0.01
341 120 0.07
342 73 0.04
343 4 0.00
344 1 0.00
345 2 0.00
346 2 0.00
353 52 0.03
354 14 0.01
355 24 0.01
356 173 0.10
357 242 0.13
358 192 0.11
359 226 0.13
360 150 0.08
361 225 0.12
362 179 0.10
363 50 0.03
364 1 0.00
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATCTTATTTG
GAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
TTTATTAAATAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCT
TTTGTTTTAGTCATAAAACAATTTTTTTATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATAATAATT
TATTAATATTTCAAAATAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTTACCAAACCAATTCAA
ATAACTATAACTATTTGAACAATTATAAAC
Found at i:76733 original size:537 final size:530
Alignment explanation
Indices: 75686--78266 Score: 1909
Period size: 537 Copynumber: 4.8 Consensus size: 530
75676 ATTTAATAAA
* * * * * *
75686 TAAATCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATT
1 TAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * *
75751 GTTTTAGTTCATATGAGCTTT-TTTGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTG
66 TTTTTAATTCATATAAGCTTTATTTAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTCCAAAAA---
** *** * *
75815 TTAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GTTGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACTATATG
127 TTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * * *
75879 AACAATTATATGTTTATAAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT-TTTTTA-TCA
189 AACAATTATCTATTT-CAAATAGTTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
* * * * * *
75942 TTCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-CTTTCAAAATTTAATAAGTAAGAG
252 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAA--T--TAA-TAAGAG
* * ** * * * **
76006 ATTTAAAAAATAACTCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATA--CATAACTATTTGAACAATTGTAAA
312 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
76069 CTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATT
376 TTTCAAA-TAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
76133 CAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATA
439 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAATA
* *
76197 AATTTCTTTATTAAACTAGTTCAAATATT
502 AATTTCTTTATCAAACTAGTTCAAATAGT
* *
76226 TAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAG
1 TAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAA-
* *
76290 TTTTTTTTAATTTATACT-AGCTTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAA
64 -TTTTTTTAATTCATA-TAAGCTTTATTTAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTCCAAAA
* * * *
76354 ATTAACAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAACTATGACTATTTGA
126 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * *
76419 ACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATA
190 ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA
* * * * * *
76483 TAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAA
254 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * *
76548 AAATAAATTTATTTATGAAATGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAA
319 AAATAAATCTATTTATGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
76613 TAGTTATGACTTGTTGTTTTGTTATAAAACAACTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAA
383 TAGTTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * *
76678 AACAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTT
447 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAATAAATTTCTTT
** *
76743 ATTGAACTAAATT-AAATAG-
511 ATCAAACT-AGTTCAAATAGT
* *
76762 TAATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---ATAA-
1 TAA-AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
** * * * *
76823 --GCTT-ATTGA-A-AA----TA---A-AAT--AAT--ACTAAATTATTAATATTACAAAAATTA
65 TTTTTTAATTCATATAAGCTTTATTTAGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* *
76871 ATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTCGAGA-AACTTTAAATAATTATGACTATTC
130 AT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CTA-ACAA-TTCAAATAATTATGACTATT-
* * * * * * * ** * *
76934 T-AATAATTTTCTTTTTGAAATTGCTATAACCTTTTG-TTTGTTCATAAAATGATTTTTTTTCGT
187 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTT-AT
* * *** * *
76997 TCATACAAGTTTA-TTGCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATAAAGACACTTAATATGTAA
249 TCATACAAGCTTATTTG-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATT-A-A--TAA
* * * * * * *
77061 AACATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AATAAGTTCAAAT-CTTATGACTATTTCAATAATTA
309 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * *
77124 TTTATTTCAAATTCTTATGACTTTCTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCTT
372 TCTATTTCAAATAGTTATGACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
* * * * ** * * *
77189 ATTCAAATTACAATAATATTAATTTATTACTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGTAA
436 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAA-AAA
* * *
77254 TAAATATGCTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGT
500 TAAAT-TTCTTTATCAAACTAGTTCAAATAGT
** * * * * * *
77285 TCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
1 TAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * **
77350 ATTTTAGTTCATATAAGC-TTATTT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAAAT
66 TTTTTAATTCATATAAGCTTTATTTAG-AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTCC-AAAAAT
* ** * * * * * *
77413 AATGAGTAAGAGAATAAAAAAAAGAAAT-TGTTTA-TTGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATC
128 --T-AATAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AACA-ATTCAAATAATTATGACTATT
* * * * * * *
77476 TAAATAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACATTT-TTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTATTC
187 TGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * *
77539 ATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATA-TTTGAAAAATCAATAAGTAAA
251 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAG---A
* * * *
77602 AATTTAAAAAATAAAAT-T-TTTTTTAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
311 GATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
77664 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
374 TATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
*** *
77728 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
437 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAT
* ** * * *
77792 AAATCTAGTTACCAAGCGAGTTCAAATAGT
501 AAATTTCTTTATCAAACTAGTTCAAATAGT
** * * * * *
77822 TATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATGATCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATT
1 TAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * **
77887 GTTTCT-ATTCATATAAG-TTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTTAAAAT
66 -TTTTTAATTCATATAAGCTTTATTTAG-AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * * * *
77949 TAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATT
128 TAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAA-TTCAAATAATTATGA-CTATT
* * * * *
78013 TGAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTC
187 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
** ** * * *
78078 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATCAATATTTTGAAAATTAAGAAGAGATTT
251 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
* *** * * *
78143 AAAAACTAAATCTATTTATCGAACCCGTTCTAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTC
316 AAAAAATAAATCTATTTAT-GAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
78208 AAA-ACGTTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATT
380 AAATA-GTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
78267 TGCAGTAAAT
Statistics
Matches: 1631, Mismatches: 296, Indels: 231
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
513 23 0.01
514 3 0.00
516 6 0.00
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520 1 0.00
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524 1 0.00
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547 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
TAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
TTTTTAATTCATATAAGCTTTATTTAGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT
ATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
TCTATTTATGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTCTTTATCAAACTAG
TTCAAATAGT
Found at i:76813 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 75691--78266 Score: 1674
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 181
75681 ATAAATAAAT
* * * * * *
75691 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTT-
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * ** * * * ** *
75755 TAGTTCATATGAGCTTTTTTGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGTTAAT
66 T-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *** * *
75820 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGTGGTTCAAATAATTAAGA
130 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *** * * *
75872 CTATATGAACAATTATATGTTTATAAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT-TTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * *
75936 -T-TATCATTCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAA
65 CTGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
75999 GTAAGAGATTTAAAAAATAACTCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATA--CATAA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * ** * * * * *
76050 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
76115 TGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAC
66 TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * ** * * **
76179 TAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTATTAAACTAGTTCAAATATTTAAAA
130 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
76231 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAA-TTGTT
* * * * * *
76295 TTTAATTTATACTAGCTTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
64 TCT-GTTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * **
76359 CAAG----AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAACTATGA
126 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
76411 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * **
76475 TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-
66 TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
76539 ---AGATTTAAAAAATAAATTTATTTAT-GAA-ATGAGTTGAAATAGTTATGA
131 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA--AGTTCAAATAGTTATGA
** * * * *
76587 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTTATAAAACAACTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
76651 CTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAG
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
76716 TAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAATT-AAATAGTAATGA
130 T-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
76768 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATATAAGCTTATTGAA
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAC-AATTG--
** **** * * * * * * * * *
76833 AATAAAATAATACTAA-ATTATTAATATTACAAA-AAT--TAA-TAAGTGAGAGATTTAAAAAAT
62 TTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTTA-TTA-ATATTTCAAAAAT
* ** **** * *** ** * * * *
76893 AAATCTGTTTCTCGA--GAAACTTTAAA--TAATTAT-G-ACTA-TTCTAATAATT-T-T
123 TAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** *
76944 CTTTTTG-A-AATT-GC----T---A----TA--ACCTTTTG-TTTGTTCATAAAATGATTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTT
* * **
76992 TTCGTTCATACAAGTTTATTGCA-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATA--T-AAAGACACTTA
65 CT-GTTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-A-A-TTA
* * * * *
77053 ATATGTAAAACATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAAT-CTTATGA
125 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
77109 CTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** *
77172 TCTGTTCATGCAAGCTTATTCA-AATTACAATAATATTAATTTATTACTATTTTGACAATTAATA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * *
77236 AGTAAAAGATTTAAGTAATAAATATGCTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTCTAA
128 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
77290 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
77354 TAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGA
66 T-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * * *
77418 GTAAGAGAATAAAAAAAAGAAAT-TGTTTATTGAACATGTTTAAATAGTTATGA
129 GTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
77471 CTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAATAATTGGTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
77534 TATTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATCAATAA
66 TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** *
77597 GTAAAA-ATTTAAAAAATAAAAT-T-TTT-TTTAACATGTTCAAATAGTTATGA
129 GTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
*
77647 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT
* * **
77711 CTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAG
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
77775 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAG-TTA-CCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
77827 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATGATCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
77892 TATTCATATAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAA
66 TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
*** * * * * *
77955 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-A
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
78007 TCCATTTGAGCT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTT
1 -CTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * ** * **
78071 TCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATCAATATTTTGAAAA-T--TAA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** *
78133 G-AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCCGTTCTAATAGTTATGA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
78185 TTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
*
78249 TATTCATACAAGCTTATT
66 TGTTCATACAAGCTTATT
78267 TGCAGTAAAT
Statistics
Matches: 1880, Mismatches: 394, Indels: 247
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.00
156 8 0.00
157 19 0.01
158 12 0.01
159 17 0.01
160 15 0.01
161 4 0.00
162 3 0.00
163 4 0.00
164 7 0.00
165 5 0.00
166 2 0.00
167 4 0.00
169 1 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
174 4 0.00
175 5 0.00
176 209 0.11
177 229 0.12
178 113 0.06
179 191 0.10
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186 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:76930 original size:160 final size:161
Alignment explanation
Indices: 76646--76979 Score: 360
Period size: 160 Copynumber: 2.1 Consensus size: 161
76636 ATAAAACAAC
* * * * *
76646 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTA
1 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAATTATTAATATTACAAAAATTA
* *
76711 ATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAAATTAAATAGTAATGACTATT-TG
66 ATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AAATTAAATAATAATGACTATTCT-
* *
76775 AATAATTATT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTT
129 AATAATT-TTCTATTTCAAATCGCTATAACCTTT
* * *
76808 TGTTT-TG-TCATATAAGCTTATTGAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTACAAAAATTA
1 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAATTATTAATATTACAAAAATTA
* * * * * * *
76871 ATAAGT-GAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCTCGAGA-AACTTTAAATAATTATGACTATTC
66 ATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGA-ACAA-ATTAAATAATAATGACTATTC
* * *
76934 TAATAATTTTCTTTTTGAAATTGCTATAACCTTT
128 TAATAATTTTCTATTTCAAATCGCTATAACCTTT
76968 TG-TT-TGTTCATA
1 TGTTTCTGTTCATA
76980 AAATGATTTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 22, Indels: 14
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 14 0.10
160 121 0.84
161 4 0.03
162 5 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (161 bp):
TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAATTATTAATATTACAAAAATTA
ATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTAAATAATAATGACTATTCTAA
TAATTTTCTATTTCAAATCGCTATAACCTTT
Found at i:80249 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 79925--82292 Score: 1789
Period size: 181 Copynumber: 13.2 Consensus size: 181
79915 AATGTGTTTG
* * * * * * *
79925 CCGAACCAATTCAAATGATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
79990 CTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTT
66 GTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
80055 ATTAACA-TTC-AAAATTAATAAACAATAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA
130 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * ***
80106 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT-ATTATAAATATGACCTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTT
* * * *
80170 TGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* *** *
80234 TATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTA
129 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
** * * * * * ** *
80287 TTGAATTGGTTCAAATAATT-TTAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * *
80351 TGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATATTAA
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
*
80413 TTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
127 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
80468 CC-AA--A---C---CAA--CT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * *
80521 GTTCTATCATAAAATAATTGTTGT-AGTTCATACAAACTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATT
66 GTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * *
80584 TAATAATATTCCAAAAATTAA-CAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTA
129 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
80637 TCGAAGC-AATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTT
1 CCGAA-CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* *
80701 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * *
80766 ATTAATGTTTTGAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTA
130 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *** * *
80814 CTGAATTAGTTCAAATAATTAT-AGCCATGCCAACAATTATCTATTTCAAATCGGTATTACCTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * *** * * * *
80878 T-TTTGGTCATATAACAGTTATATT-TGAAAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTACTT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* *
80941 TATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTA
129 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * ** * * *
80994 CCGAACTA-TCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTT
1 CCGAACTAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * ** *
81058 TGTATTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
** * * * * *
81123 AACAATATTCCAAAAATTAAT-AACTAAGAGAATT-AAAAA-AAATTTGTTTG
130 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
81173 CCGAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * ** * * *
81238 ATTTTGTCATAAAATATGTTTTTTTTGAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAA
66 GTTTTGTCATAAAATA---ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AA
* ** * * *
81302 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-TGATTTAAAAAATAATTTTATTTA
127 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
81356 CCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* ** * ** * * * * *
81421 ATTTTGTCATAAAGCAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATAC-AATTCT
66 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT-T
*
81485 ATTAATATTTCAAATATTAAT---CAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
130 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * *
81533 TCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * ** * *
81598 GTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTC-AAATTAAAACAATACTAATTT
66 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTT
* ** * * * *
81662 ATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTT-
130 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * * * * *
81712 GCGAACTAAATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
81777 GTTTTGTCATAAAAGAATTGTTCCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTA
66 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
81842 TTAATAGTCCAAAAATTAATAATA-AAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
131 TTAATATTTCAAAAATTAATAA-ACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * *
81893 TTGAAC-ATGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACATTT
1 CCGAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * ** ** **
81957 TGTTTTGTTATAAAAGAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAAATAATAATAATAAAAA
65 TGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAA-AATAATACTAA
* *
82021 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAT-----A-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
127 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * ** * * * * *
82070 CTGAA-TAAGTTCAAATCATTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGTTATGACGTTT
1 CCGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * *
82134 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACGAATT
65 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * *
82198 TATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATATGTTTA
129 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * *
82252 TAGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTTGAATAATTATC
1 CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
82293 ACCATTTGAA
Statistics
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0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 1 0.00
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171 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
CCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
Found at i:81044 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 80480--82243 Score: 928
Period size: 177 Copynumber: 9.8 Consensus size: 178
80470 AAACCAACTC
* * * * * *
80480 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTGT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATT-TGTCATAAAACAGTTATT-T
* * * ** * * * *
80545 AGTT-CATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAACAAC
64 --TTGAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* * * * * *
80609 TAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTATCGAAGC-AATTCAAACAATTA-AGA
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAA-CTAGTTCAAATAATTATA-A
* * * * * * *
80661 CTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTA-AGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA-ACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAGTTATTT
* * *** * **
80725 CAGTT-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATGTTTTGAAAA-T--TAA
64 ---TTGAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
80786 -TAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATAG
126 CTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAA
* *** * * * *
80838 CCATGCCAACAATTATCTATTTCAAATCGGTATTACCTTTT-TTTGGTCATATAACAGTTATATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTT-GTCATAAAACAGTTATTTT
* * *
80902 TGAAAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACT
65 TG--AATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
*
80967 AAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTA-TCTCAAATAGTTATAA
128 AAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTAGT-TCAAATAATTATAA
* ** * * * * *
81018 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTTATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAT-TTGTCATAAAACAGTTATTTT
* * * * * * ** *
81083 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTCCAAAAATTAATAACT
65 TG--AATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
* ** * * * *
81148 AAGAGAATT-AAAAA-AAATTTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATATTTA-AGA
128 AAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATA-A
* * * * *
81197 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTA-TTTGTCATAAAACA-GTTATTT
*
81262 TTGAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
64 TTGAATTC--A--AGCTTATTTGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *** * *
81326 AAGTAA-TGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGA
124 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAA
* * * * ** *
81380 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTA-TTTGTCATAAAACAGTTATTTT
* * * * * * *
81445 TGTTCATAT-AAGTTTGTTCGGAATAAAGTAAT-ACAATTCTATTAATATTTCAAATATTAAT--
65 TG--AAT-TCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
81506 C-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTA-AGA
126 CTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATA-A
* * * * * * * * * *
81557 CTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAGTTATTTT
* * ** * * * *
81622 TGTTTATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
65 TG--AATTCAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* * ** ** * *
81686 TAA-AAATTTTAAAAATAAA--TATGTTTGCGAACTAAATCAAATAATCATGA
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAACCTAT-TTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAA
* * * * * * * * * *
81736 TTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTCC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAGTTATT--
* * * * * *
81801 AGTT-CATAT-AAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTCCAAAAATTAATAA
63 -TTTGAAT-TCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * *
81864 -TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAAC-ATGTTTAAATAATTATGA
126 CT-AAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTA-GTTCAAATAATTATAA
* * * * * * * *
81917 CTACTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACATTTTGTTTTGTTATAAAAGAAATT-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTGTCATAAAA-CAGTTATTT
* * ** *
81981 TTGTTCATACAAGCTTATTTAAAAATAATAATAATAAAAATTTATTAATA-TT-AAGACAA-T--
64 TTG--AATTCAAGCTTATTT-GGAATAA-AATAATAATAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
** * * * *
82041 TAA-T-A-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATCATTATGA
123 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAATTATAA
* ** * * * * * * * * *
82094 CTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGTTATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAGTTATTT-
** * * * * ** * *
82159 TATTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACGAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT
64 T-TGAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
* *
82224 AAAATATTTTAAAAAATAAA
128 AAGAGA-TTTAAAAAATAAA
82244 TATGTTTATA
Statistics
Matches: 1245, Mismatches: 261, Indels: 153
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
175 24 0.02
176 69 0.06
177 302 0.24
178 23 0.02
179 198 0.16
180 169 0.14
181 264 0.21
182 92 0.07
183 99 0.08
184 2 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTGTCATAAAACAGTTATTTTT
GAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
AGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAA
Found at i:81058 original size:357 final size:352
Alignment explanation
Indices: 79933--82765 Score: 1381
Period size: 357 Copynumber: 7.8 Consensus size: 352
79923 TGCCGAACCA
* * * ** * * *
79933 ATTCAAATGATTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGT
1 ATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
79997 CATAAAATAATTTTTTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-C
65 CATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATT
* * * * * ** ** *
80061 ATTCAAAATTAATAAACAATAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
129 TTTAAAAATTAAT----AAGAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATT
* * * * *** * * *
80126 ATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT-ATTATAAATATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAA-A-TA
188 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAGTT
* * ** * * *
80187 ATTGTTTCAGTTCATAAATGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
252 ATT-TTTGAATTC---AA-GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * ** *
80252 TGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATTGAATT
312 TAATAA-CTAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACT
* * * * ** * *
80294 GGTTCAAATAATTTTAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTGT
1 -ATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * *
80359 TATAAAATAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
65 CATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAA
* * *
80421 TATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA--A---C---CAA
127 T-TTTTAAAAATT---AA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAA
* * * * * * * * * *
80477 CT---CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAAT
186 TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAGT
* * * * ** * *
80539 TGTTGTAGTT-CATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
251 TATT-T--TTGAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
80603 AACAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTATCGAAGCA
313 AATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CT
* * *
80645 ATTCAAACAATTA-AGACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTA-AGACCTTTTGTTTTG
1 ATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTG
* *
80708 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATG
64 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT-
* * *
80773 TTTTGAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATAG
128 TTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTA-AG
* *** * * * * *
80838 -CCATGCCAACAATTATCTATTTCAAATCGGTATTACCTTTT-TTTGGTCATATAACAGTTATAT
191 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTATTT
* *
80901 TTGAAAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAC
256 TTG--AATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
*
80966 TAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACT
319 TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
* * ** * * *
81001 ATCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGT
1 AT-TCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * **
81066 TATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAACAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT-T
** * * * * * *
81131 TCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAA-AAATTTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATATTTAA
129 TTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTAA
* * *
81195 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATGTTTT
190 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA-GTTAT
* *
81260 TTTTGAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTA
254 TTTTGAATTC--A--AGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
81324 ATAAGTAATGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCTAACT
314 ATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
* * * *
81363 AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
1 A-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * * * * *
81428 CATAAAGCAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAAT-ACAATTCTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATT-TATTAAT-
* * * * * *
81492 TTTCAAATATTAATCAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTAA
128 TTTTAAAAATTAAT-AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-GAATTAGTTCAAATAATTAA
* * * * * * * * * *
81555 GACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTT
190 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTATT
* * ** * *
81620 TTTGTTTATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATA
255 TTTG--AATTCAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
81684 AGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTT-GCGAACT
317 ACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
* * * * * * ** * *
81719 AAATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
1 -ATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
81784 CATAAAAGAATTGTTCCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAG
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT-T
** * * * *
81849 TCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAA-CATGTTTAAATAATT
129 TTTAAAAA-T--TAAT-AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAATTA-GTTCAAATAATT
* * * * * * * * *
81913 ATGACTACT-TGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACATTTTGTTTTGTTATAAAAGAAAT
188 AAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-CAGT
* * ** **
81977 T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAAATAATAATAATAAAAATTTATTAATA-TT-AAGACA
251 TATTTTTG--AATTCAAGCTTATTT-GGAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-A
* * *
82039 A-T--TAA-T-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-T
310 ATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
* * * ** * * * ** * *
82076 AAGTTCAAATCATTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGTTATGACGTTTTGTTTTG
1 -A-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * **
82141 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACGAATTTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
* * * * * **
82205 ATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATA
128 -TTTTAAAAATTAATAAG----AGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTACT-GAATTAGTTC-AA-A
* * * * *
82269 GTCAAGACCATTTGAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTT
183 -T----A--A-TT-AA-GACTAT----A--TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC---
* * * * * *
82334 TTTTCTTTTTGTAATAAAACA---ATTGTTTCAGTTCATG-TAAGTTTGCTTGAACTAAAATAAT
229 TTTT-ATTTTGTCATAAAACAGTTATT-TTTGAATTCAAGCTTA-TTTG---GAA-TAAAATAAT
* * * * * * **
82395 ACTAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATGAGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAATCTATTTACTTA
287 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT-AAAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACCGA
**
82459 AAA
350 ACT
* * * * * * * * *
82462 AGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTAT
1 A-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *
82527 CATAAAACAATTGGTTTTA-TTCATGCAAGCTTATTCCG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAA
65 CATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAA
** * * * * *
82589 TATTCCAAAAATTAGTAACTAA-AAATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATA-TTCAAATA
127 T-TTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TTAGTTCAAATA
* * * * * * * *
82652 GTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCGTTTTGTCATAAACCC
185 ATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-ATTTTGTCATAAA-AC
* * ** **
82716 ACTGATTTTGTTCATAAAAGCCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
248 AGTTATTTT-TGAATTCAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
82766 CTAAAACTTC
Statistics
Matches: 1941, Mismatches: 383, Indels: 294
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
345 5 0.00
346 21 0.01
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348 5 0.00
349 5 0.00
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352 2 0.00
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354 7 0.00
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371 8 0.00
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389 3 0.00
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Consensus pattern (352 bp):
ATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATTTT
TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTAAGACTAT
ATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTATTTTTGAA
TTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
Found at i:81395 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 81360--81415 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
81350 TATTTACCTA
*
81360 ACTAGTTCAAAT-AATTATG
1 ACTATTTCAAATCAATTATG
81379 ACTATTT-AAA-CAATTAT-
1 ACTATTTCAAATCAATTATG
81396 -CTATTTCAAATC-ATTATG
1 ACTATTTCAAATCAATTATG
81414 AC
1 AC
81416 CTTTTATTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 10
0.74 0.02 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
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ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.05, T:0.39
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ACTATTTCAAATCAATTATG
Found at i:81583 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 79934--82779 Score: 1841
Period size: 539 Copynumber: 5.3 Consensus size: 530
79924 GCCGAACCAA
* * * * * *
79934 TTCAAAT-GATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-CTTTAGT
1 TTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTA-T
* * * * *
79997 CATAAAATAATT-TTTTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAC
64 CATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * *
80061 ATT-C-AAAATTAATAAAC-AATA-AATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAA
126 ATTCCAAAAATTAAT-AACTAAGAGAA--TT-AAAAA-AAATATGTTT-GCGAACTAA-TTCAAA
* * * * * *** *
80121 TAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT-ATTATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
184 TAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
80185 TA-ATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAA
248 TAGATTGTTTCAGTTCATATAA-GCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAA
* * * * *
80248 AAATTGATAAGTTAGA-GATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATTGAATTGGTTCAAATAATT-TTA
312 AAATTAATAAG-TA-ATGATTTAAAAAATAA-TCTA-TTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * ** * *
80310 GCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT
373 -CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAGCAAATATTT
** * * * *
80375 TTCATCATACAAGCCTATTCA-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAA
436 TTGTTCATATAAG--TTTTTAGGAATAAAATAATA-CAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA
*
80439 GT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA--A-
495 -TCAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAACTAG
* * * * * *
80473 --C-CA-A-CT---CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
* * * *
80530 TAAAATAATTGTTGTAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
* * * * *
80595 CAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTATCGAAGC-AATTCAAACAATTAA
130 CAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA--AATATGTTT-GCGAA-CTAATTCAAATAATTAA
* ** *
80659 GACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTGT
191 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGATTGT
* ** * **
80723 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAATA
256 TTCAGTTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
* * * * ***
80788 AG---TGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTAT-AGCCATGCCAACA
321 AGTAATGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTAAACA
* * * ** * ***
80849 ATTATCTATTTCAAATCGGTATTACCTTTTTTTGGTCATATAA-CAGTTATATTTGAAAAT-TCA
384 ATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTTTTTGTCATA-AAGCAAATATTTTTGTTCATAT-A
* *
80912 AGCTTATTT-GGAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
447 AG-TT-TTTAGGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--C-AA-AGATTT
*
80976 AAAAAATAAACCTATTTACCGAACTA-
505 AAAAAATAAATCTATTTA-CGAACTAG
* ** * * * *
81002 TCTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGT
1 T-TCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * *
81066 TATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAACAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * *
81131 TCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAATTTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATATTTAAG
128 TCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAATATGTTTG-CGAACTAATTCAAATAATTAAG
* * *
81196 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATGTTTTT
192 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-G-ATTG
* * * *
81261 TTTGAATTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA
255 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAA
*
81325 TAAGTAATGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAA
319 TAAGTAATGATTTAAAAAATAA-TCTATTTA-CTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAA
** * *
81389 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAAATGTTTTTGTTCATAT
382 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAGCAAATATTTTTGTTCATAT
* * *
81454 AAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACAATTCTATTAATATTTCAAATATTAATCAAAGATTTAAAA
446 AAGTTT-TTAGGAATAAAATAATACAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATCAAAGATTTAAAA
*
81519 AATAAATCTATTTATCAAACTAG
509 AATAAATCTATTTA-CGAACTAG
* * * * * *
81542 TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATTA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
* * * *
81607 TAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAAATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
* * * * *
81672 CAACAATTAATAAGTAA-A-AATTTTAAAAATAAATATGTTTGCGAACTAAATCAAATAATCATG
130 CAAAAATTAATAACTAAGAGAA--TTAAAAA-AAATATGTTTGCGAACTAATTCAAATAATTAAG
* * * * * *
81735 ATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGA-ATTGTT
192 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGATTGTT
* * * * **
81799 CCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTCCAAAAATTAATAA
257 TCAGTTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * * *
81864 -TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAAC-ATGTTTAAATAATTATGACTACTTGAAC
322 GT-AA-TGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
* * * * *
81927 AATTATCTATTTGAAATCGCTATAACATTTTGTTTTGTTATAAAAG-AAATTTTTTTGTTCATAC
383 AATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTT-TTTTGTCAT-AAAGCAAATATTTTTGTTCATAT
** *
81991 AAGCTTATTTAAAAATAATAATAATAAAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAT--AAGATTT
446 AAG-TT-TTTAGGAATAA-AATAAT-ACAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATCAAAGATTT
* *
82052 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TAAG
505 AAAAAATAAATCTATTTAC-GAACT-AG
* * ** * * * * * *
82079 TTCAAATCA-TTATGACTATATGTGCGATTATTTATTTCAACTTGTTATGACGTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * * * * *
82143 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACGAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * * **
82208 TCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATATGTTTATAGAAC-AAGTTCAAATAGTC
129 CCAAAAATTAATAACTAAGAGA-ATT-AAAAA-AAATATGTTT-GCGAACTAA-TTC-AA-A-T-
* * * ** *
82272 AAGACCATTTGAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTTT
185 ---A--A-TT-AA-GACTAT----A--TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC---TTT
* * * * * * *
82337 TCTTTTTGTAATAAAACA-ATTGTTTCAGTTCATGTAAG-TT-TGCTTGAACTAAAATAATACTA
233 T-GTTTTGTCATAAAATAGATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTC-GGAA-TAAAATAATAATA
* ** * * * * * * **
82399 ATTTACTAATATTCCAAAAATCAATGAGTAAAAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACTTAAAAAG
295 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-AATG-ATTTAAAAAATAATCTATTTACTGAACTAG
* * * * ** * * *
82464 TTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTATCA
358 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTT-TTTTGTCA
* * ** * ** * **
82529 TAAAACAATTGGTTTTATTCATGCAAGCTTATTCCGAATAAAATAATTTA-AATTTATTAATATT
422 TAAAGCAAATATTTTTGTTCATATAAG-TTTTTAGGAATAAAATAA--TACAATTTATTAATATT
* * * * * * *
82593 CCAAAAATTAGTAACTAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATA-
484 TCAAAAATTA--ATC-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAAC-TAG
* * * * * * *
82644 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-GTTTTATC
* * * * * ** * *
82708 ATAAACCCACTGATTTTGTTCATAAAAGCCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTACTAAAAC
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-
82773 TTCCAAA
127 TTCCAAA
Statistics
Matches: 1862, Mismatches: 315, Indels: 232
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 1 0.00
523 2 0.00
525 2 0.00
526 83 0.04
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530 46 0.02
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532 24 0.01
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534 2 0.00
535 2 0.00
536 142 0.08
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544 1 0.00
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549 1 0.00
550 1 0.00
551 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAATATGTTTGCGAACTAATTCAAATAATTAAGACTA
TATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGATTGTTTCAG
TTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
TGATTTAAAAAATAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCT
ATTTCAAATCGCTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAGCAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTTTAG
GAATAAAATAATACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACGAACTAG
Found at i:82296 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 82275--82310 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
82265 AATAGTCAAG
82275 ACCATTTGAATAATTATC
1 ACCATTTGAATAATTATC
82293 ACCATTTGAATAATTATC
1 ACCATTTGAATAATTATC
82311 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
ACCATTTGAATAATTATC
Found at i:82712 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 82296--82712 Score: 445
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
82286 AATTATCACC
* * * *
82296 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTTTTCTTTTTGTAATAAAACAATTGTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C---TTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
82361 TCAGTTCATGTAAGTTTGCTTGAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATGA
62 TCAGTTCATGCAAGTTTGCTCGAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAA
* *
82426 GTAAAAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACTTAAAAAGTTCAAATAGTTTTGACT
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* * * * * *
82481 ATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCA
* * * * *
82546 -TTCATGCAAGCTTATTC-CGAA-TAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAA
65 GTTCATGCAAG-TT-TGCTCGAACTAAAATAATACT-AATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAA
* * * * *
82607 CTAAAA-ATTTTAAAAATA-AATTTATTTTC-TAAACATA-TTCAAATAGTTATGATT
127 CTAAAAGA-ATTAAAAAAAGAATCTATTTACTTAAA-A-AGTTCAAATAGTTATGACT
*
82661 ATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCGTTTTGTCATAAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCGTTTTGTCATAAA
82713 CCCACTGATT
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 31, Indels: 19
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.02
180 73 0.38
181 76 0.39
182 10 0.05
183 2 0.01
184 1 0.01
185 28 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
TTCATGCAAGTTTGCTCGAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAACTAA
AAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACTTAAAAAGTTCAAATAGTTATGACT
Done.