Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
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Warning! 165000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 195
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* * * * *
4409 TCCTAAAATAATTGTTTCTGTCCATACAAGATTA-TTCGAAATAAAAGAATA
130 TCATAAAATAATTGTTT-TGTCTATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * * * * * * *
4460 CTAATTTATCAGTA-TTCTGAAAATTAATAACTAAAATATTTAAAAAATAAA-CTATTTACTGAA
1 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * *
4523 TAAGTTCACATAGTTATGACTATTT-AAAAATTA-CATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTT
65 CAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * *
4586 TCTCATAAAATAATTGTTTTGAAC-AAATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA
128 TGTCATAAAATAATTGTTTTG-TCTATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * * * * **** *
4638 TTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAGCCCGTTTACCAAAC
1 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * *
4703 AAGTTCAAATAATTATTACTATTTGTATAATTATCTACTTGAAATCATTATGACCCTTTCTTTTG
66 AAGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
4768 TTATAAAATAGTTGTTTTTGTTTATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATAATA
130 TCATAAAATAATTG-TTTTGTCTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
4819 CTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTTATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAAC
1 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
** * * * * *
4884 AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAGCAATTATGTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTA
66 AAGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * * *
4949 TCA-AAAACAATTGTTTCTATTTATTGAAGCATATTCCA-AGTAAAATAACA
130 TCATAAAATAATTGTTT-TGTCTATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATA
** ** * * *** **
4999 CTAATAAAACAATAATATCAATAAAATAATGCTAAAGTAAACTTTTATAAAAAATTAAATAATAA
1 CTAATTTATTAAT-ATTTCAA-AAATTAA---T-AAGTAAAAGATT-TAAAAAA-TAAAT--TTG
** * ** * * * * * * ** **
5064 TAAACCTAA-AA-CCCAACA-A--AATAATA-CT-AAT-ACTAACAAAAT--AATAC-CAAT-AC
56 TTTACCGAACAAGTTCAA-ATAGTTATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGAC
* ** * ** * * *
5117 TCTTTTGCTTCATCATAAAATAATTATATATTTAAAATTGT-TATGAC-ATTTTATTTTGCTACA
119 -CTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A--AT-T-GTT----TTGTCTAT-ACAAGCTTATTTAG-AATA
5180 AAATAATTA
172 AAATAA-TA
** ** * * * * *
5189 -TTTTTGTACAAACAACCTTATTAGAAA-TAA-AAG-AATACCA-ATTTATTAATATTATAAAAA
1 CTAATT-TATTAA-TA--TT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A--AGATTTA--AA-A-AAT-AAAT
** * * * ** * * * * *
5249 TTAATAAGC-AA-AAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAC-AGTT-ATAA
53 TTGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATA-CT-ATT-T-GAATAA-TT--ATCTATTTCA-AA
** * * ** * * *
5309 TTATT-TGAAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCACTTCTGT-TCATACAAGCCTATTTAAAA
109 TCGTTATG--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTTGTCT-ATACAAGCTTATTTAGAA
5372 TAAAATAATA
170 TAAAATAATA
* * * * ** * * **
5382 TTTATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAACAATAAA-TTATTTACTAAAC
1 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * *
5446 ATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCATA-CTGTTATGAACTTTTTTTTT
66 AAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
5510 G-CATAAAA-ACTTGTTTCT-TTTAATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTT-TGTCT-ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * *
5560 CTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAG
1 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-
* * * * * ** *
5623 C-AGTTCAAATAGTTTTAATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACAATTTATTTT
65 CAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * *
5687 GTCATGAAATAATTGTTGTCATGTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACA
129 GTCATAAAATAATTGTT-TTGTCTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * **
5739 CTAATTTATTAATA-TTCTGACAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
1 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * *
5803 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACTTTTTGTTTT
65 CAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
5868 TTCATAAAACAATAGTTTATAT-TCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
129 GTCATAAAATAATTGTTT-TGTCT-ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * *
5920 CTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTACTGCA
1 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * *
5984 CCAGCTT-AAGTAGTTGTGACTATTTCAAAAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTT
65 CAAG-TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
6047 TATAATAAAACAATTATTCCTT-TTTATACAAGCTTA--TACGAAAAAAAATAATA
128 TGTCATAAAATAATTGTT--TTGTCTATACAAGCTTATTTA-G-AATAAAATAATA
* * * * *
6100 TTACTTTATTGATA--TCATGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAAATAATTTTGTTTACT
1 CTAATTTATTAATATTTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACC
* * ** **
6159 GAATC-AGTT-AAATAGTTATGAC-ATTTGAACACTTATCTATTTCAAATTATTAT-AATTTTTC
62 GAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-
* * * * * * * * *
6220 ATTTTATCAT-AAATAATTATTTCTGTTTATACAAGTTTACTCAAAATAAAATAATT
124 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTCTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * *
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1 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * ** * *
6340 AAAGTTCAAATAATTATAAGTATTTGAATAATTATCTACTGCAAATTATTATGATC-TTT-TCTT
65 CAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
6403 ATCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATG
129 GTCATAAAATAATTGTTT-TGTCT-ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * *
6455 TTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACATC-A
1 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC--CGA
* * * * * * * * *
6519 AC-ATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACACTTATGTATTTTAAATTGTTATGATCATTTG-TT
64 ACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
6582 TGTTATGAAACAATTATTTCTGT-TCATAAAAACTTA-TTCGAAATAAAACAATA
128 TGTCATAAAATAATTGTTT-TGTCT-ATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * * * * * * *
6635 CTAGTTTCTTAATA-TCCTGAAAATTTATATGGAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
1 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* * * * ** *
6698 ACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT-TAATTGTTACAAACTTTT-TTT
64 ACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
6761 TGTTATAAAAAAATTGCTTCT-ACTCAGACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATTATA
128 TGTCATAAAATAATTG-TTTTGTCT-ATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * * * * ** * *
6814 TTAATTTTTTAAGATTACAAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTAATTTGCCAAA
1 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * *
6878 TATGTTCAAATAGTTATATTTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTAT-AAC-TTT-TTT
65 CAAGTTCAAATAGTTATA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTT
*
6939 TATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCGTA-A-AA-CTTATTT-GAAATAAAATAATA
128 TGTCATAAAATAATTG-TTTTG-TC-TATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * *
6991 CTAAATTTTTTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGATTACTGA
1 CT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* ** * * *
7055 ACAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGACCAATTATCTAATTCAAATCATTACGA-CTCTTTGTT
64 ACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTT
7119 TTGTCA
127 TTGTCA
7125 GAATAAAATA
Statistics
Matches: 4236, Mismatches: 975, Indels: 607
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 33 0.01
167 47 0.01
168 49 0.01
169 5 0.00
170 113 0.03
171 11 0.00
173 10 0.00
174 64 0.02
175 47 0.01
176 272 0.06
177 330 0.08
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179 524 0.12
180 717 0.17
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182 200 0.05
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184 18 0.00
185 20 0.00
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190 26 0.01
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194 19 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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AAGTTCAAATAGTTATACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTTGTCTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
Found at i:3717 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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3466 TATATACGAT
* ** * *
3476 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * * *
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* *
3606 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGGTCAAATAGTTATGAC
130 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
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1 TATTTGAAAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* ** * * *
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* * * * * *
3784 AAAGATTTAAAAGATAAATTTATTTGCCGAA-AAGATCAAACAGTTATGAC
130 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** ** * *
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1 TATTTG-AAAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
** ** * *
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* * *
3950 AAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGAC
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * *
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1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * *
4067 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATACTCTAAAAGTTAATAAGCA
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
4132 AAAGATTTAAAAGATAAAATTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAT
130 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
4183 TATTTAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTAC-
1 TATTTGAAAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-CT
* * * * * * * * *
4247 ATTCAAATAAACTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATT-TCGAAAATCAATAAAT
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
4311 AAAATATTAAAAAAATAAATGTATTTATCAAACAAGTTCAAATACTTTTTAT
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
4363 TATTTGTATAATTATATATTTGAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCCTAAAATAATTGTTTCT
1 TATTTG-AAAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* ** * * * * * *
4428 GTCCATACAAGATTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATCAGTATTCTGAAAATTAATAACTA
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * *
4493 AAATATTTAAAAAATAAA-CTATTTACTGAATAAGTTCACATAGTTATGAC
130 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * *
4543 TATTTAAAAATTACATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTCTCATAAAATAATTGTTT-TG
1 TATTTGAAAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-
** * * * * * * *
4607 A-ACAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTA
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* **** * *
4671 AAAGATTTAGAAAATAAGCCCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATTAC
130 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
4722 TATTTGTATAATTATCTACTTGAAATCATTATGACCCTTTCTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTTT
1 TATTTG-AAAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * * *
4787 GTTTATACAAGTTTATTC-AGAGTAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTTATAAAT
65 ATTTATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * *
4851 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATTAC
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
4903 TATTTGAGCAATTATGTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCA-AAAACAATTGTTTCT
1 TATTTGA-AAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
** * * * * ** ** *
4967 ATTTATTGAAGCATATTCCAAGTAAAATAACACTAATAAAACAATAATATC-AATAAAATAATGC
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT-TCTAA-AAATTAA---
*** ** ** * ** * * *
5031 TAAAGTAAACTTTTATAAAAAATTAAATAATAATAAACCTAA-AA-CCCAACAAAATAAT-AC
124 T-AAGTAAAAGATT-TAAAAAA-TAAAT--TTGTTTACCAAACAAGTTCAA-ATAGTTATGAC
* * * * ** *
5091 TAATACT-AACAA--A-ATA----ATACCA--AT-ACTCTTTTGCTTCATCATAAAATAATTATA
1 T-AT-TTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-
* ** * ** * ** ** *
5145 TATTTAAAATTGTTATGAC-ATTTTATTTTGCTACAAAATAATTA-TTTTTGTACAAACAACCTT
61 T-TCT---A-T-TTAT-ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA-TACTAATT-TATTAA-TA--TT
* * * * ** * * *
5208 ATTAGAAA-TAA-AAG-AATACCA-ATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTA
113 -CTAAAAATTAATAAGTAA-A--AGATTTA--AA-A-AAT-AAATTTGTTTACCAAACA-AGTT-
* ** * **
5268 AAAAATAAATCTGTT
167 -CAAATAGTTATGAC
* * * * * * * **
5283 TA-TCGAACAAGTTCAAACAGTT-ATAATTATT-TGAAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCA
1 TATTTGAA-AA-TT-ATATATTTCA-AATCATTATG--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * ** * * * *
5345 CTTCTGTTCATACAAGCCTATTTAAAATAAAATAATATTTATTTATTAATACTCCAAAAATTAAT
60 TTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
** * * * * *
5410 AAGTATGAGATTTAAACAATAAA-TTATTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATAAC
125 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
5465 TATTTGAATAATTATTTATTTCATA-CTGTTATGAACTTTTTTTTTG-CATAAAA-ACTTGTTTC
1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * *
5527 T-TTTAATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAG
64 TATTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
5590 TAAGAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAGC-AGTTCAAATAGTTTTAAT
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
** ** * *
5642 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACAATTTATTTTGTCATGAAATAATTGTTGTC
1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TC
* * * * * *
5707 -ATGTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTGACAATTAATTAGT
64 TATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * *
5771 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
5823 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATAGTTTAT
1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * *
5888 ATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTAGTA
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * *** * * *
5953 AGAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTACTGCACCAGCTT-AAGTAGTTGTGAC
130 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
6004 TATTTCAAAAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTCCT
1 TATTT-GAAAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * * *
6068 TTTTATACAAGCTTATACGAAAAAAAATAATATTACTTTATTGATA-TCATGAAAATTAATAAG-
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGT
* * *
6131 ---AGATTTAAAAAAAATAATTTTGTTTACTGAATC-AGTT-AAATAGTTATGAC
129 AAAAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * *
6181 -ATTTGAACACTTATCTATTTCAAATTATTAT-AATTTTTCATTTTATCAT-AAATAATTATTTC
1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * *
6243 TGTTTATACAAGTTTACTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTGATATT-TCAAAAATTAATATG
64 TATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * *
6307 TAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTATACTGAAA-AAGTTCAAATAATTATAAG
128 TAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
6360 TATTTGAATAATTATCTACTGCAAATTATTATGATC-TTT-TCTTATCATAAAACAATTATTTCT
1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * **
6423 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGTTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGT
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * *
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129 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA--AACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * * * *
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1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * * * * * * * *
6603 GTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAACAATACTAGTTTCTTAATATCCTGAAAATTTATATGGA
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* * *
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* * ** ** * * * *
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1 TATTTGAA-AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * * * *
6782 ACTCAGACAAGCTTATTCGAAATAAAATTATATTAATTTTTTAAGATTAC-AAAAATTAATAAAT
65 ATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGT
** * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * * * *
2159 ATATTTCAAAAATCAA-AAACTAAAATATTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACATGTTGAA
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* * * * * * * * * ** *
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*** * * * * * * * * * **
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* * *** * * * * *
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* * * ** * * ** * *
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* *** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * ** * ** * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *** *
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188 TAATATTTC-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAA
* * * * * * ** ** * ***
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252 CACTTATGACAATTA-GAAAAATTATATATTTCAAATAATT---ATGTTTGC-TTTGT---CCTA
* ** * * * * * **
3360 TTATTGTTTCTGTTCATACAAGCA-TATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
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** * * * * * *
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* * * *
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436 ATTT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTG-TTTTA
* * *
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* * *
3574 TCATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAACA
* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAACA
* * * * * *
4165 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTCTATTTTGTC
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* * * *
4230 ATAAAACAATTGTTTAC-ATTCA-AATAAACTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATA
131 ATAAAACAATTGTTT-CTGTTTATAA-AAA-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
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193 TTTC-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACACTT
* * ** * * * * *
4358 TTTATTATTTGTATAATTATATATTTGAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCCTAAAATAATTG
257 ATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATG----TTTGCTTTGTCCT---ATAATTG
** * * * **
4423 TTTCTGTCCATACAAGATTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATCAGTATTCTGAAAATTAAT
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* * * *
4488 AACTAAAATATTTAAAAAATAAACTATTTACTGAATAAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAAAA
380 AACTAAAAGATTTAAAAAATAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAA
* * ** * *
4553 TTACATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTT-CTCATAAAATAATTGTTTTGA-ACAAATAA
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508 GCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * **** *
4639 TGATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAGCCCGTTTACCAAACA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAACA
* * * * * *
4704 AGTTCAAATAATTATTACTATTTGTATAATTATCTA-CTTGAAATCATTATGACCCTTTCTTTTG
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AAAATTATCTATC-TCAAATCATTATGACCTTTTATTTT-
* * * ** * *
4768 TT-ATAAAATAGTTGTTTTTGTTTATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATAATACTAATTTTTTAAT
128 TTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
4832 ATTTTAAAAATTTATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAACAAGTTCAAATAGT
192 A-TTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACACT
* * * ** * * ** * ** * ** *
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** ** ** * * * * ** *
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315 CATC-AGTCCATACAAG-ATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAAT-AT-TCCAA-AAA
* * * * * ** * *
5024 ATAAT-GCTAAAGTAAACTTTTATAAAAAATTAAA-TAATAATAAACCTAA-AA-CCCAACAAAA
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* * * * * ***
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428 TTATGACT-AT-TTAA-AAATTATATATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGCCATAAAAT
* ** ** *
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* ** * * * *
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** * * * * ** * ** * * * * * *
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* * *** * *** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** ** **
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* * * * **
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** * * * * ***
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* * * ** * *
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** * * ** * * ** * * *
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* * ** *
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* * * **** * ** ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * * ** *
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*
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529 AT
* * * * * ** * *
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1 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAAC
* * * * * * * * * * *
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65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTT
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* * * * * * * * * ** * * * * * ***
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* * ** * * * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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377 AATAACTAAAAGATTTAAAAAATAA--ACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * * *
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440 AAA-AATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TATTTA
* * *
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503 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT
* * *
8432 TAATTTATTAA-ATT-TATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACCAG
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* * * * * * * * *
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63 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
** * * * * * *
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127 TTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTA-TAAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * * * *
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190 ATATTTC-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCA-AACAAGATCAAAC
* * * * * * * ** * *
8682 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAACTTTTTATTTTATCATAAATA
253 ACTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAA---TAAT-TA-TGTTTGCTTTGTCCT--ATA
* ** * * * * * *
8747 ATTGCTTCTTTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATTCT-ATTCTATAAATATTTCAAAA
311 ATTGCATCAGTCCATACAAGATTATTCAAAAT-AAAAGAATACTAATT-TATCAATATTCCAAAA
* * * * * * * *
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374 ATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TA
* * * * * * *
8875 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGT
437 TTT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TAT
* * *
8940 TTAAACAAACTTA-TTCAGAATAAAATAATAT
500 TTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT
* * *** * * * *
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1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAAC-
* * * * * * *
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* * ** *
9098 TCATAAAATAATT-ATTCT-TATTCATATAAGCTTATTC-GAA-AAAA-AATACAAATTTATTAA
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* * * * * * ** * * * * *
9158 CATAATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTTTGCTTATCGAACCAGTTCAAG
190 -AT-A-TTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAA
* * * * * * * ** * ** * * * *
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252 CACTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATT---ATGTTTGC-TTTGTCCTATAA-
* * ** * * * * * *
9287 TAT-TATTTCTGTAGATACAAG-TTAATTCAAAATAAAATAGTACCAATTTTTTAATATTTCAAA
312 T-TGCA--TCAGTCCATACAAGATT-ATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAA
* ** * * * *
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373 AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT-AAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * ** * * *
9411 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTAACTTTTGTTTTGTTATTAAACAATTATTTCTAT
437 TTT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TAT
* * * ** *
9476 TCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATAC
500 TTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * ** *
9507 TAATTTATTAGTATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATACAAAAAAT-AAATCTATTTA-CAGA
1 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTATCA-A
* ** * * ** *
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63 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCT-CAAATCATT-ATGACCTTTTAT
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9631 TTTGCCATTAAACAATTATTTCTATTCACACATGTCTATTCAAAATAAGATAATATTTATTTATT
125 TTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAAAAAT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * * * * *
9696 AGTATTCTAAAAATTAACAAGT----GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAAT
189 AATATT-TCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAAC
* * * * * * * * * **** * *
9757 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATCATTATGACCTTTTTAGCATAAAACAATTA
253 ACTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATG-----TTT-GCTTTGTCCTATAA
* * * ** * * * *
9822 TT-TAT-ACT-CATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAAGTTATTAGTATTCC-AAAATT
312 TTGCATCAGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATT
* * * * *
9883 AATAAGT-AAGGTATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAAACAGTTCAAAATAGTTATGACTAT
377 AATAACTAAAAG-ATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCGAACA-AGTTC-AAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * *
9946 TTGAATAATTATTTATTTCTAATCGTTACGACCTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTATTATTGT
438 TT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT-TTTGCCATAAAATAATTGTT-TTAT
** *
10010 CCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAC
500 TTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT
* * *
10041 TAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAG----AGATTT--TAAA-AAAATCTATTTAGAT-AA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTT--ATCAA
* * * * * *
10098 TC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGTCTTTTTATTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
* * * * * * *
10162 TCTCATAAAATAATTGTTTATGTTCA-AACAAGCTTATTCAGAATGAAATAATACTAATTTGTTA
127 TTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAA-AA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
10226 ATATTTTGAAAATT--T--ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAG-TTAAATA
190 ATA-TTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACA
* * * ** * * * * ** * *
10286 GTTATAACTATTTTAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCT-TTTATTTTGACATAAAATA
254 CTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAA---TAATTA--TGTTTGCTTTGTCCT---ATA
*** * * * * * * * * * * *
10350 ATTGTGCCCGTTCAAACAAGCTTATT-TAGA-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAACAAT
311 ATTGCATCAGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAAT
* * * * * ** *
10413 TAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
376 TAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * ** **** *
10478 AACACTTATTTATTTTAAATTGTTTTGACCTTTCGTTTTATCATAAAATAATT-ACCCATTCATA
440 AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTATTTATA
* ** *
10542 CAAGTTTATTTTTAATAAAATAATAC
505 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * ** * * * * *
10568 TAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATATGTATGATATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAAT
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAATTGTTTATCAAAC
* * * * *
10633 AAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGGATAATTATCTA-CTCGAAATCATAATGA-CTTTT-TTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAAAATTATCTATCTC-AAATCATTATGACCTTTTATTTT
* * * * ** * *
10695 ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAAT
128 TTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * * ** * *
10760 ATTGT-GAAATATAATAAGTGAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAC-ATTTCTAA-T
192 ATT-TCAAAAT-TAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACC-AAACAAGATCAAACA
* * ** * * * * * *
10822 CGT-TG-CAACCTT----ATATT-CGT-TGTGAAACAA-T-TGTTT-CTAT-TCATAAAAGTT--
254 CTTATGACAA--TTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATGTTTGCTTTGTCCTATAA-TTGC
* * * * * * * ** ** **
10873 -T-ACTCAAAATGAA-ATAATAC-TAATTTATTAATACTCTAA-AAATCAATATT-CAAGAAATT
316 ATCAGTCCATA-CAAGATTATTCAAAATAAAAGAATA--CTAATTTATCAATATTCCAA-AAATT
* * *
10932 --T-A--AAAA-A--T---CAAT---CTATTTGCCGAACATGTAT-AAATAGTTATGACTATTTA
377 AATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAACTATTTACCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * *** * * *
10982 AACAATTATCTATTT-TAACTGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACACTTG-ATTATGTTCA
441 AA-AATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTAT-TT-A
* * * *
11045 TACAAGCTT-GTTCAAA-AAATATTATGT
503 TACAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAATAT
* * * * * *
11072 TAA-TTGTTAATATTAC-AAAGATTAATAAATAAGAGATTTAGAAAAT-AAATCTGTTTGTCAAA
1 TAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTATCAAA
* ** * * * *
11134 CAAGTTTC-AATAGTTAT-AGTTATTCAAAAAATTATCTATTTCAAATCATCACGAAC-TTT-TT
64 CAAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATT-TGAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATT
* * * ** * * *
11195 TTGTCATGTAACAGCTATT-TTTCT-TTTCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATATTAATTT
126 TTTTCA--TAA-AACAATTGTTTCTGTTT-ATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** ** *
11258 TTTAATA-TT-AAAA--AATTAATAAAAGATTT-AAAAATAAATCTAGTTACTGAACAATTTTAA
186 ATTAATATTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAA
* * * * * * * * * ** *
11318 ATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAA
251 ACACTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATG----TTTGCTTTGTCCT---A
* * ** * * * * * * * * ***
11383 GAATT-CTTTCTA-TTTATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAACA-TCAACTTGTTAATATTTTG
309 TAATTGC-ATC-AGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACT-AATTTATCAATATTCCA
** * * * * * *
11445 AAAA-T-A-AA-TAAGGGATTT-AAAAA-AATCTGTTTATC-AAAATAGTTCAAACAATTATGAC
371 AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAACTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** ** *
11503 AATTTAAAAAATTATTTATTTTAAATTATTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTT
435 TATTT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTG-TTTT
* * * *
11568 ATTTATACAAGTTTATTCTG-AATAAAACAAAAC
498 ATTTATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAT
* ** * *
11601 TAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAAGGA-TT-AAAAAT----CGGTTCATTAAATC
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAA-C
* * * * ** * * *
11656 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAGATTGTTATTACCTTTTGTTTTA
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTT
* * * * *** ** * *
11720 TAATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAGGCTTATTTGGAA-ACAAATAATATTAATTTATTTAT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATA-AAAATTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * * ** * * *
11784 A-TTCCAAA--AATTAATAAGGGATTTAAATATTAAAT-CAGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGT
192 ATTTCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTA-TTTACCAAACAAGATCAAACACT
* * * ** * * ** * ** *
11845 TATAACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
256 TATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATG----TTTGCTTTGTCCT---ATAATT
*** * * ** * * * * * *
11910 ATTTCTATTCC-TATAAGCCTA-TCATAATAAAATAATATTTATTTATTAGTCA-TCCAAAAATT
314 GCATC-AGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAAT-ATTCCAAAAATT
* * * ** * * * * * * *
11972 AATAAGTAAAAAATTTTAAAAATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAAAAGTTATAAGTAGTTG
377 AATAACTAAAAGATTTAAAAAAT-AAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTT
* * * * * * * * *
12037 AACAATTATCTATTTTATATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATGAAATAATTATTTCTATTCAT
440 AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TATTTAT
* * **
12101 ACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATGC
504 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * *
12128 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT-AAATATATTCATCAAAA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTATC-AAA
* * * *
12188 CAA-TTCAAATTA-TTATGACTATTAGAACAATTTTTTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
64 CAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
** * ** * ** * *
12251 GATCATAAAATAATTGTTAT-TACTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTA
127 TTTCATAAAACAATTGTT-TCTGTTTATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * ** * *
12315 ATATTCTAAAAATTATTAATTAAAAGATTTAAAACATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAACA
190 ATATT-TCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACA
* * * * * ** ** * * *
12380 GTTATGATAATTTGAATAATTATCTATTTTGAATTGTTATGACCATTT-CTTTTGTCATAAAACT
254 CTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATG----TTTGC-TTTGTCCTATAATT
* * * * * * * * *
12444 --ATCATTTCCATTCATGTGAGTTTATTCAAAATAAAATAATTCTAGTTTGTTAATATTTCAAAA
314 GCATCA-GTCCATACA----AGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAA
* * * * * *
12507 ATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAA-TTTTTCCCAAACTTA-TTCAAATAGTTATGACTAT
374 ATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAACTATTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *** * *
12570 TTGAATAATTATCTATTCCAAATTGTTATGATCTATT-TTTTATAATAAAATAATTATTTCTGTT
438 TT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TATT
* * *
12634 CATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATAC
501 TATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT
** * * *
12664 TAATTT-TTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAAC
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTATCAAAC
* *
12727 AACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATC-TATCTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTT
* * ** * * *
12790 TATCATAAAACAATTATTT-TGTTTATACAAGCTTATT-AGGAATAAAATAAGATTAATTTACTA
127 TTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATA-AAAATTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
12853 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTTTGTTTACTATACAA-ATTCAAAT
190 ATATTTC-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGA-TCAAAC
* * * ** * *
12917 AGTTATGACGATT-TAAAAATTATATATTTCAAATCGTTATGAAGTTTTG-TCTTGTCATAAAAC
253 ACTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTAT---G-TTTGCT-TTGTCCT---AT
** ** * * ** * * * * *
12980 AATTGTTTCTTTTCA-AGCCAA-CTTATTCGGAATAATATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
310 AATTGCATCAGTCCATA--CAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAA
* * * * *
13043 AAATAAT-ACGAATAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CGCAACAAGTTAAAATAGTTATGAC
373 AATTAATAACTAAAAG-ATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * ** *
13106 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCT
435 TATTT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-T
* *
13171 -TTTCATACAAGCTTACTT-AGAATAAAATAATAC
498 ATTT-ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT
* ** * * *
13204 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATATGTACGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTA-CTGAA
1 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATC-AAA
* * * * * * ** *
13267 CCAGATCAAATATTTATGGA-TATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTATTT
64 CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
* * * * ** * * * *
13331 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGCTCAAGCTTATTCA-AACTAAAACAAGATTAATTTTTTA
127 TTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTT-ATAAAAATTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
13395 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAACAAGTTCAAATA
190 ATATTTC-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACA
* * * * * * * ** * * *
13460 GTTATGCCTATTTG-GAAATTATTTTTTTGCAAACCGA-TATGAACTTTTGTTTTATCATAAAAT
254 CTTATGACAATTAGAAAAATTATATATTT-CAAA-TAATTATG----TTTGCTTTGTCCT---AT
*** * * * * ** * * * * *
13523 AATTTTTTTTA-TTCAAACAAGCTTATTCGGAATAAAATAACACCAATTTATTAATATTCTAAAA
310 AA-TTGCATCAGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAA
* * * * * * * *
13587 TTTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAATAAAACTACTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGATTAT
374 ATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT-AAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * ** * * * *
13652 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTCATGTTTTG-TAAAAAAGAAATAGTTTTTAT
438 TT-AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAA-TAATTG-TTTTAT
* * **
13716 TCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT
500 TTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
** ** * * * *
13747 TAATTTATTAATATAGTATTAATTAATAAATAAATA-ATTTAAAAAAT-AAATCTATTTGTCGAA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTATCAAA
* * * * * * * ** *
13810 CAAGTTTAGATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGATTTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
* ** * * * * ** * *
13875 GTCATTTAATAGTTGTTTTTATTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAGATTAATTTATTAAT
128 TTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *** * * *
13940 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAACATAAATTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
192 ATT-TCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACACT
* * * * * * * * *
14005 TATAACTATT-TAAAAATTATTTATTTCAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
256 TATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAAT---AATTA-TGTTTGCTTTGTCCT---ATAATT
** * ** * * * * * * *
14069 GTTTTTA-TTTATAAAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
314 G-CATCAGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTA
* * * ** * *
14133 ATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAATTTATTTATTGAACAAGTTCAAACAATTATGA-TAATTAT
378 ATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT-T
** * ** * * * * * *
14197 ATCAATTATTTATTTTGAATTGTTATAACATTTTCTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCAT
440 AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TATTTAT
** *
14262 ACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATTT
504 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * * *
14289 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTG-TTAACGAATA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTATCAAACA
* * * * * * * *
14353 AGTTCAAATAGTTTTAACTATTTTTACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTTT
** * * ** * * *
14418 CCCAAAACAATTGTTTCTATTTTTACAAGCTTATTCGGAACAAAAAAAATACTAATTTATTAATA
130 CATAAAACAATTGTTTCTGTTTATA-AAAATTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * * * * * * * * *
14483 ATCCAAAAATTTAA-AAGCAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTTAAATAAT
193 TTTC-AAAA-TTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACACT
* * * * * * *
14546 TATGACTATTTG-AAAATTATCTATTTCAACTCATTGTGACCTTTTG-TTTAGT-CTAAAACATT
256 TATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATG----TTTGCTTT-GTCCT-ATA-A-T
** ** ** * * * * * *
14608 TGTTTCTCTTAATATAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAATATTA
313 TGCATCAGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
14672 ATAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTAACTGAACGAGTTC-AATAGTTATTATTATTT
378 ATAACT-AAAAGATTTAAAAAATAAACTAT-TT-ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * * * *
14735 GTACAATTATCTACTTGAAATTATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCA
440 -AAAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TATTTA
* * * *
14800 TACAAACTTGTTTGAAAGAAAATAATAC
503 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * *
14828 TAATTTATTAATATT-TCAAAATTAGTAAGTAAAAGATTT---AAA-AAAATCTGTTTAACGAAT
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTATCAAAC
* * * * * *
14888 AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTCTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTT
* * * *
14952 TCATAAAACAATTATTTCTATTCA-AACAAATTTATTCAGAATTAAATAATACTAATTTATTAAT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAA-AAA-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * * * *
15016 ATTACAAAAATTAATAAGCAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
192 ATTTC-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACACT
* * * * * ** * *
15080 TATGACTATTTG-AAAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATTT
256 TATGACAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATG----TTTGCTTTGTCCT---ATAATT
** ** * * * **
15144 GTTTCTCTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTCCAAAAATTAA
314 GCATCAGTCCATACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTAA
* * * * * *
15208 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCT-TTTAACTGAACATA-TT-AAATAGTTATTATTATTTG
379 TAACTAAAAGATTTAAAAAA-TAAACTATTT-ACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * * ** * * *
15270 TACATTATCTATTTGAAATTATTATTACCTTTTGTTTTATCACAAAATAGTTGTTTCTA-TCATA
441 AAAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TATTTATA
* * * * * *
15334 CAAACTTATTTGGAAGAAAAAAAAAC
505 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * *
15360 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-AAATTCATTTAACAAAT
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATT-GTTTATCAAAC
* * * * * * *
15424 AAGTTCAAGTAGTTATTACTATTTAAAAATTA--TATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTCTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTT
* ** * * * * *
15486 TCATAAAATAATTGTTTAAGGTCAAAAAAATTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAAAAA-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
15551 -TTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
193 TTTC--AAAATTAATAAATAAAA
15573 AAGTTTTAAA
Statistics
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AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTTTC
ATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGATCAAACACTTATGA
CAATTAGAAAAATTATATATTTCAAATAATTATGTTTGCTTTGTCCTATAATTGCATCAGTCCAT
ACAAGATTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAT
TTAAAAAATAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAATTATATATTTC
AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTATTTATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAATAT
Found at i:4995 original size:720 final size:706
Alignment explanation
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3188 CCTTTTAAGC
* *
3198 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAATATTT
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* ** ** * *
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** * *
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* *
3393 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA--T-T-AAAAAA-A--T--AAAA-AAATTTAT
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** * * * *
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259 TTAACGAATAAGTTCAAATAGT-TATGATTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
* * * ** * * *
3512 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTTA-TACAATCTTATTTGAAATGAAATAAGATTC
323 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATTA-AA-CTTATTCAAAATAAAAT-AGACTA
* * * * * *
3576 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAG
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* * *
3641 GTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAACTATATATCTCAAACCATTATGACTTTTTGTTTTTTCAT
450 GTCAAATACTTATGACTATTTGAAAACTATATATCTCAAACAATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
*** * * *
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* * * *
3771 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATTTATTTGCCGAAAAGATCAAACAGTTATGACAA
580 AAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAGATCAAACAGTTATGACAA
*** ** * *
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645 TTAGAAAAATTACATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCCTTTATAATAAGTTCATACAAAT
* *
3898 ----TTATTTAAAATAAAATAAT-TTCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATT
* * * *
3958 TAAAAAATAAACTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT-TTGACTATTTAAACAATTATTTATT
65 TAAAAAATAAACTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATT-ACTATTTGAATAATTATATATT
* * * ** * * *
4022 TCAATTTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCACACAATAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGA
129 TCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTAAAAAAAT-ATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCG-
* * * * * * *
4087 AATAAAAGAATACTAATTTATTAATACTCTAAAAGTTAATAAGCAAAAGATTTAAAAGATAAA-A
192 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAA-AAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * *
4151 TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAATTATTATG
256 -TGTTTAACGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * *
4215 ACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTAC-ATTCAAATAAACTTATTCAAAATAAAATAGTA
320 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATT-TATTAAACTTATTCAAAATAAAATAG-A
* *
4279 CTAATTTATTAATATT-TCGAAAATCAATAAATAAAATATTAAAAAAATAAATGTATTTATCAAA
382 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATCAATAAATAAAAGATTAAAAAAATAAATGTATTTATCAAA
* * * * * * * * *
4343 CAAGTTCAAATACTTTTTATTATTTGTATAATTATATATTTGAAATAATTATGACTTTTTGTTTT
446 CAAGGTCAAATACTTATGACTATTTG-AAAACTATATATCTCAAACAATTATGACTTTTTGTTTT
* * * * *
4408 GTCCTAAAATAATTGTTTCTGTCCATACAAGATTATTCGAAATAAAAGAAT-ACTAATTTATCAG
510 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATA-AAAATTATTAGAAATAAAAGAATGA-TAATTTATCAA
* * * * * *
4472 TATTCTGAAAATTAATAACTAAAATATTTAAAAAATAAA-CTATTTACTGAATAAGTTCACATAG
573 TATT-TCAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-AAGATCAAACAG
* * * *
4536 TTATGACTATT-TAAAAATTACATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTCTCATAAAATAAT
636 TTATGACAATTAGAAAAATTACATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTC-CTT-T-AT--AATAA-
*
4600 TGTT-TTGAACAAAT
695 -GTTCAT--ACAAAT
*
4614 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTT
* * ** * * * * *
4679 AGAAAATAAGCCCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATTACTATTTGTATAATTATCTACTTG
66 AAAAAATAAACTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATATATTTC
* * * * * * *
4744 AAATCATTATGACCCTTTCTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTTTGTTTATACAAGTTTATTCAGAG
131 AAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTAAAAAAATA-TTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTC-GAA
*
4809 TAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTTATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
194 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAA-AAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * ** * * *
4874 TTTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAGCAATTATGTATTTAAAATCGTTATAACC
258 TTTAACGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
*
4939 TTTTATTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTTATT
323 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATT
4974 GAAGCATATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (706 bp):
AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTT
AAAAAATAAACTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATATATTTC
AAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTAAAAAAATATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCGAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAAAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
AACGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATTAAACTTATTCAAAATAAAATAGACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATCAATAAATAAAAGATTAAAAAAATAAATGTATTTATCAAACAAGGTCAAA
TACTTATGACTATTTGAAAACTATATATCTCAAACAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCTGTCCATAAAAATTATTAGAAATAAAAGAATGATAATTTATCAATATTTCAAAATTA
ATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAGATCAAACAGTTATGACAATTAGAA
AAATTACATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCCTTTATAATAAGTTCATACAAAT
Found at i:5103 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
5068 CCTAAAACCC
*
5078 AACAAAATAATACTAATACT
1 AACAAAATAATACCAATACT
5098 AACAAAATAATACCAATACT
1 AACAAAATAATACCAATACT
5118 CTTTTGCTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.17, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (20 bp):
AACAAAATAATACCAATACT
Found at i:6451 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5375--7101 Score: 1481
Period size: 179 Copynumber: 9.7 Consensus size: 179
5365 TTTAAAATAA
* * * * * *
5375 AATAATATTTATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAACAATAAA-TTATTT
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* * * * *
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* * * * * * *
5502 TTTTTTTTGCATAAAA-ACTTGTTTCTTTTAATACAAGCTTATTTGGAATAA
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* *
5553 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * *
5617 C-CAAAGCAGTTCAAATAGTTTTAATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGA-CAAT
66 CTGAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC--T
* * * * *
5680 TTATTTTGTCATGAAATAATTGTTGTC-ATGT-ATACAAGCTTATTCAAAATAA
129 TT-TTTTATCATAAAACAATTATT-TCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * *
5732 AATAACACTAATTTATTAATATTCTGACAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* *
5797 ACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACTT
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* * * *
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* *
5913 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
5978 ACTG-CACCAGCTT-AAGTAGTTGTGACTATTTCAAAAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGATCT
65 ACTGAAACCAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-
* * * * * *
6040 TTTGTTTTATAATAAAACAATTATTCCTTTTTATACAAGCTTATACGAAAAAA
128 TTT-TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * *
6093 AATAATATTACTTTATTGATA-TCATGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAAATAATTTTG
1 AATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATTTG
* * * * *
6153 TTTACTG-AATCAGTT-AAATAGTTATGAC-ATTTGAACACTTATCTATTTCAAATTATTATAAT
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* * * * * * *
6215 TTTTCATTTTATCAT-AAATAATTATTTCTGTTTATACAAGTTTACTCAAAATAA
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* * * * *
6269 AATAATTCTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTAT
1 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
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65 ACTGAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTT
* * *
6398 TTCTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAA
130 TTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
** * *
6448 AATAATGTTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
6513 ACAT-CAA-CATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACACTTATGTATTTTAAATTGTTATGATCA
65 AC-TGAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-
* * * * * * *
6576 TTTGTTTGTTATGAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAA
128 TTTTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * * * * * * *
6628 AACAATACTAGTTTCTTAATATCCTGAAAATTTATATGGAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * ** *
6693 AC-CAAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT-TAATTGTTACAAACTT
65 ACTGAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-T
* * * ** * *
6756 TTTTTTGTTATAAAAAAATTGCTTCTACTCAGACAAGCTTATTCGAAATAA
129 TTTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * * * * **
6807 AATTATATTAATTTTTTAAGATTACAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTAATTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * ** ** *
6872 GC-CAAA-TATGTTCAAATAGTTATATTTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTAT-AAC
65 ACTGAAACCA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGATC
* * * * * * *
6933 TTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCGTA-AAACTTATTTGAAATAA
128 TTTTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * *
6984 AATAATACTAAATTTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGAT
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * *
7049 TACTG-AACAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGACCAATTATCTAATTCAAAT
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7102 CATTACGACT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
CTGAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTT
TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
Found at i:6673 original size:359 final size:357
Alignment explanation
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Period size: 359 Copynumber: 26.2 Consensus size: 357
1422 CCCCAAACCC
* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * *
1561 TCATAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGATTATTC--AA-AAAATAATACTAATTTGTTAATA
127 T-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
1623 T-TTCAAACATTAATATGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAATTAGTTGAAATAG
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * **
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* * * * ** ** * * * * *
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* * * *
1917 ATAAAACAATTGTTAT-TG-TCAAAACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTGTTAAT
128 ATAAAACAATTATT-TCTGTTCATAA-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * *
1979 AT-TTCAAAAATTAATAAATAA-AATATTTTAAAATATAAATTTTTTTA-TCGAACAAGTTTAAA
190 ATCCT-AAAAATTAATATGTAAGAA-A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAAAAGTTCAAA
* ** * * *
2041 -AGGTTATAA-TAATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTCATTATGA-CATTTTCTTTTGTCATCA
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* * * *
2103 AATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTTTTCAAAATAAAATAAT-T
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* * * * * * * *
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1 -TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATTTATTTACT-A
* * * * * * *
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* * ** * * ** * *
2276 TTGTAATAAAAAAACAGATAT-TATTCATACCAGTTTATTCGAGATAAAATAATACTAA-TTATT
124 TT-TTATAAAACAA-TTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
** ** * * **** * *
2339 AAT-TTTTAAAAAATTAATAACTAA-AAGACTTCAAAAATAAA---ACCCA-TCAAACAATTTCA
187 AATATCCT-AAAAATTAATATGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAA-AAGTTCA
* * * * * * ** * * *
2398 AACTAATTTTGACTATTTGAACATTTATATATTTTAAATCATTATTACCTTTTATTTTATCATAA
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* * * * * *
2463 AATAATTATTTTCTGTAT-ATACAAGCTCATACAAAATAAAATAAGAT
312 AACAATTA-TTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * **
2510 TAATTTACTAATATAACAAAAATTAATAAGTAAAAGATCT-AAAAA-AAA--TGTTTACCGAACG
1 TAATTTATTAATATTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC-
* * * * *
2571 ATTTGAAATAGTTATAACTATTT-AAAAATTATCT-TTTACAAACTGTTATGA-CTTATTGTTTT
64 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATTGTTATGATCAT-TTGTTTT
* * ** * *
2633 CTCATAAAACAA-TAGTTTTTGTATGA-AAAAAATTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTTTTA
127 -T-ATAAAACAATTA-TTTCTGT-TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * *
2696 ATAT-TTCAAAAATTAATAACTAATAGAA-TTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAATAAGCTCAA
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* * * ** * **
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250 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTA-TTTTATCATAAA
* * * * * ** * *
2822 ATAATTGTTACTTTTCGTACAAGCTTATTTAAAACAAAATAATAC
313 ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * * *
2867 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTACGAAAATTT-GAAAATAAATATATTTACTGAAC
1 TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAA
* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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127 -T-ATAA-AACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * * *
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** * * * * * * * *
3116 TAGTTATGTCTATATGAA-AATTATCTTTTTTAAACTGTTATGAACCTTTGA-TTTGTGATAAAA
251 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATC-TATTCAAATTGTTATGATCATTT-ATTTTATCATAAAA
* *
3179 CAATTATTTCCT-TTTA-AGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
314 CAATTATTT-CTATTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * * * *
3223 TAATTTACTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACA
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC-
* * * * * * * * * * *
3288 AGTTCAAATAATTAGGACTATATGAATAATTTTATATTTCAAATCGTTA-AAACCTTT-TCTTTT
64 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGT-TTTT
* * * *
3351 GTAAAAAAATTATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
128 ATAAAACAATTA---TTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * *
3415 TATTTTAAAAATT-A-A---AA-AAA--T--AAAA-AAATTTATTTGCCGAATAATTTAAAATA-
189 TATCCTAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
3468 -TATACGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
254 TTATA--ACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACA
* * * * * * *
3532 ATTGTTTTTATTTATACAATCTTATTTGAAATGAAATAAGAT
316 ATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * *
3574 TCATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAA
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAA
** * * * *** *
3637 CAAGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AACTATATATCTCAAACCATTATGA-CTTTTTGTTT
63 C-ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-ATTTG-TT
* ** * * *
3700 TTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTAAAA-ATTATTAGGAATAAAATAATGA-TAATTTATTA
125 TTT-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
3763 ATAT-TTCAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAGATAAATTTATTTGCCG-AAAAGATCAAAC
188 ATATCCTAAAAATTAATATGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAAT
* * * * * * * * * **
3825 AGTTATGACAATTAGAAAAATTGTTTATTTCAAATCGTTATGTTCTTTTCCTTTATCAT----C-
252 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACA
* ** **
3885 ---A-----GTTCATACAAATTTATTTAAAATAAAATAAT-T
316 ATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * **
3918 TCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTACCGAAC
1 T-AATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC
* * * * * * *
3983 AAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTGTTTTG
64 -ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTT-
* * * * * * * * *
4048 CCACACAATAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATA
127 -TATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
4113 -CTCTAAAAGTTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAGATAAAATTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATA
191 TC-CTAAAAATTAATATGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAAAAGTTCAAATA
* * * * * *
4175 GTTATGATTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CCTTCTATTTTGTCATAAAACA
253 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATT-TATTTTATCATAAAACA
* * * * * * *
4238 ATTGTTTAC-ATTCAAATAAACTTATTCAAAATAAAATAGTAC
316 ATTATTT-CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
** * * * * * *
4280 TAATTTATTAATATTTCGAAAATCAATAAATAAAATATTAAAAAAATAAATGTATTTA-TCAAAC
1 TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAAC
* * * * * * * * * ** *
4344 AAGTTCAAATACTTTTTATTATTTGTATAATTATATATTTGAAATAATTATGA-CTTTTTGTTTT
64 -ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-ATTTGTTTT
* * * * * * * * *
4408 GTCCTAAAATAATTGTTTCTGTCCATACAAGATTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATCAGT
127 -T-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * * *
4473 ATTCTGAAAATTAATAACTAA-AATATTTAAAAAATAAA-CTATTTACTGAATAAGTTCACATAG
190 ATCCTAAAAATTAATATGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
4536 TTATGACTATTT-AAAAATTA-CATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTCTCATAAAATAA
254 TTATAACTATTTGAACAATTATC-TA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAA
* * * * *
4599 TTGTTT-TGA-ACAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
317 TTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * ***** *
4639 TGATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAGCCCGTTTACCAAACA
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC-
* * * * * * * ** * * *
4704 AGTTCAAATAATTATTACTATTTGTATAATTATCTACTTGAAATCATTATGACCCTTTCTTTTGT
64 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTT-GTTT-T
* * * * * * * * *
4769 TATAAAATAGTTGTTTTTGTTTATACAAGTTTATTC-AGAGTAAAATAATACTAATTTTTTAATA
127 TATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * ** *
4833 TTTTAAAAATTTATAAATAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAC--AAACAAGTTCAAATA
191 TCCTAAAAATTAATATGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAAA-AAGTTCAAATA
* * * * * * * *
4895 GTTATTACTATTTGAGCAATTATGTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCA-AAAACAA
253 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAA
* * ** * * * *
4959 TTGTTTCTATTTATTGAAGCATATTCCAAGTAAAATAACACTAA
317 TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-A-A-TAT
*** * * ** * *
5003 TAAAACAATAATATCAATAAAA-TAATGCTAAAGTAA-ACTTTTATAAAAAATTAAATAATAATA
1 TAATTTATTAATATTAA-AAAATTAA---T-AAGTAAGA-GATT-TAAAAAA-TAAAT--TTATT
* ** * * * * * * ** * * *
5066 AACCTAAA-A-CCCAACAAAATAAT-ACTAATACT-AACAA-AAT-AATACCAATACTCTTTTGC
56 TA-CTAAACATTTCAA-ATAGTTATGACT-AT-TTGAACAATTATCTATTTCAA-ATTGTTATG-
* * **** * * * * * ** * * ** * ** *
5125 TTCATCATAAAATAATTATATATTTAAAAT-TGTT-ATGACATTTTATTTTGCTACAAAATAATT
115 ATCAT-TTGTTTTTATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA-T
** ** * * * * * *
5188 A-TTTTTGTACAAACAACCTTATTAGAAA-TAA-AAG-AATACCAATTTATTAATATTATAAAAA
176 ACTAATT-TATTAATATCC-TA--A-AAATTAATATGTAAGA--AATTTA--AA-A-AAT-AAAT
** * * * ** * *
5249 TT-AATA-AGCAAAAGATTTAAA-AAATA-AATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAC-AGTT-ATA
229 TTGTTTACTGAAAAAG-TTCAAATAGTTATAA-CT-ATT-T-GAACAA-TT--ATCTA-TTCA-A
* * * * * * * * **
5308 ATTATT-TGAAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCACTTCTGTTCATACAAGCCTATTTAAAA
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* ** * *
5383 TTATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAACAATAAA-TTATTTACTAAACA
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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62 ACATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTT
* * * * * * * *
6224 TATCATAAATAATTATTTCTGTTTATACAAGTTTACTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTGAT
127 TAT-A-AAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
6289 AT-TTCAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTATACTGAAAAAGTTCAAATAA
190 ATCCT-AAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAG
* * * * *
6353 TTATAAGTATTTGAATAATTATCTACTGCAAATTATTATGATC-TTT-TCTTATCATAAAACAAT
254 TTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAAT
* * *
6416 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGT
318 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
*
6456 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACATCAAC
1 TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-TAAAC
* * * *
6521 ATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACACTTATGTATTTTAAATTGTTATGATCATTTGTTTGTT
64 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTT-TT
* * * * *
6586 ATGAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAACAATACTAGTTTCTTAATATC
128 ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATC
* * * * * *
6651 CTGAAAATTTATATGGAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACTAGTTTAAATAGTTA
193 CTAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTA
* ** ** * * * * * **
6715 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAATTGTTACAAAC-TTTTTTTTGTTATAAAAAAATTGCT
257 TAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAATTATT
* * *
6779 TCTACTCAGACAAGCTTATTCGAAATAAAATTATAT
322 TCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * * * *
6815 TAATTTTTTAAGATTACAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTAATTTGCCAAATA
1 TAATTTATTAATATTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACA
* * * *
6880 TGTTCAAATAGTTAT-ATTTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA--GTCATTATAACTTT-TTTT
65 T-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCA-TTTGTTTT
* * * * * *
6940 ATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCGTAAAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTTTTTAA
127 -T-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * *
7004 TATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGATTACTGAACAAGTTCAAATT
189 TATCCTAAAAATTAATATGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATA
* ** * * * *
7068 GTTATAACTATTTGACCAATTATCTAATTCAAATCATTACGACTC-TTTGTTTTGTCAGAATAA-
253 GTTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTCAAATTGTTATGA-TCATTTATTTTATCATAA-AAC
* * * * * * * *
7131 AATAAGATT-AATTTAT-TAA---TATTC--TATAAATTAATAA
315 AATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* ** * * * * * * * * *
7168 GAGATTTGA--AA-A--AAAATGTTTAT-CGAAATAG-TTCAAATAGT-TATGACTATTTA--AA
1 TA-ATTT-ATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT--TTATTTACTAA
**** * * ** * * ** * * *
7223 TA-ATTTTTTGT-TTTTTGTTTTATTAT-AA-AATAAT-T-TTTTATGTTGATATAAGCTTATTT
62 -ACATTTCAAATAGTTATG-ACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTG-T-TATGATCA-TT
* *** ** * ** * *
7282 TGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATATGTTAGAGATTTAAAA-AATA
121 TG-TTTTTATAAAAC-AA-TTATTTCTGTTCATAAAAGCT--TA--TTCGA-A-ATAAAATAATA
* * * * * * * * * * * * * *
7345 --AATCTCTT--CA-CCGAACTAGTTCCCATA-GTTATGATTATTTGAATAAT-TATCTATTT--
177 CTAATTTATTAATATCCTAA-AAATT--AATATG-TAAGA-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * ** *** * **
7401 T-AAATCA-TT--ATTACCTT-T-TGT-TTTGTCATACAGCAAT-TATTTC-TATT-TATACAAA
237 TGAAA-AAGTTCAAATA-GTTATAACTATTTG--A-ACAATTATCTA-TTCAAATTGT-TA-TGA
* * *** ** * ** ** ** *
7456 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTC-TA-AAAATTAATAAGTAAA-AAATTT
294 -TCATTTATTTTATCATAAAAC-AA-TTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCG-AAATAAA-AT
7518 CAAATAT
353 --AATAT
* * * ** * ** *
7525 AAATCTATT--TATGGAATAAGTTTAA-ACAGTTATA-ATTATTTAAATAATTATCCATTTCAAA
1 TAATTTATTAATAT-TAA-AAAATTAATA-AG-TA-AGA-GATTTAAA-AA--ATAAATTT--AT
* * * * ** * * * * * * *
7586 TTATTATGATATTTTATTTTGTTATAAAACAAGTATTTCTATTCATATAATCT-TATTCAAAATA
55 TTACTA-AACATTTCAAATAGTTAT--GAC---TATTT-GA-ACA-ATTATCTAT-TTCAAATTG
** * * ** ** ** * * * * *
7650 AAATAAT-A-CT-AATTTAT-AAGTAA-TAAGTAT-TT-ATTAGA-CAT-TTCGAAATACAAGTT
110 TTATGATCATTTGTTTTTATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATA-AA-AT
* * * ** * * * *
7706 CAAATATTTATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTCAAAAATAAATTTATTTA
173 --AATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * * * *
7771 C-CAAATAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACATTTATCCATCTCATACT-ATATAACCCTT
236 CTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TCAAATTGTTATGA-TCAT
* * ** * * ** *
7834 TTTTTTTGTCGCAAAACAATTATTTTTGCTT-ATACAAATTTATTC-AAAGTAAAATAATAC
298 TTATTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATAT
* * * * * ** *
7894 TAATTTATTATTATCTCAAAAATTAACAAATAAGAGATTTAAGAAATAAAGCTATTTA-TGAAAT
1 TAATTTATTAATAT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAAC
* * * * * * * *
7958 AGTTT-AAATTGTTGTAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTT-TTATT
64 A-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTT-TT
* * * * * * * *
8020 ATCATAAAACAATCAATTCTTTTTATACAAGTTTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTATTAC
127 -T-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * ** * * *
8084 TATCCTAAAAAGTAATAAGTAAGATATTTAGAAAATAAATCTATTCA-TTAGACCAGTTTAGATT
189 TATCCTAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA-AAAAGTTCAAATA
* * * * * *
8148 GTTTTAATTATTTGAATAATTATCTATTTCATATGGTTTTGA-CATTT-TCTTTATCATAAAA-A
253 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTAT-TTTATCATAAAACA
*
8210 ATTA-TTCTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAAA-AAAATAATAT
316 ATTATTTC-TATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATAT
* * * * *
8252 TAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-AATTATATTTA-TCAAA
1 TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACT-AAA
* * * * * * ** * *
8315 TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTCTATATTTTGAATTGTTATGA-CTTTTTCTTT
63 -CATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-ATTTGTTT
* * * * * * * *
8379 TGTCACAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAGTTTATT-TAGAATAAAATAAAAATAATTTATTA
126 T-T-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
8442 A-AT-TTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAGATAAGTTCAT
188 ATATCCTA--AAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA-AAAAGTTCAA
* * * * * **
8504 ATTGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATGATC--TT-TTTT-TCGCAAAA
250 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAA
* * *
8565 CAATTATTTTTGTT-ATTACAA-CTTATTCGAAATAAAATAAAAT
314 CAATTATTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * *
8608 TAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAGAA
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-A-AA
* * * * *
8672 TAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAAC-TTTTTATT
63 CA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGT-TT
* ** * * * * * * *
8735 TTATCATAAATAATTGCTTCTTTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATTCT-ATTCTATA
126 TTAT-A-AAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATT-TATT
* * * * * * * * * *
8799 AATAT-TTCAAAAATTTACAAGTAAGAGATTTCAAAAATAAATCTATTTACTGAATATGTTCAAA
187 AATATCCT-AAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAA
* * * * * * *
8863 TAGTTAT-GCTTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
251 TAGTTATAAC-TATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAA
* * * * *
8927 CAATTATTTGTGTTTAAACAAACTTATTC-AGAATAAAATAATAT
314 CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAT
** * ** * *
8971 TAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTTAGTTATTT-AAAAATATATTTATTTA-TCGAACT
1 TAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAAC-
* * * * ** * *
9034 AATTCAAATAGTTATCACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTAT
64 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTT-T
* * * *
9099 CATAAAATAATTA-TTCTTATTCATATAAGCTTATTCG-AA-AAAA-AATACAAATTTATTAACA
128 -ATAAAACAATTATTTC-TGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-A
** * * * * * * ** *
9160 TAATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTTTGCTTA-TCGAACCAGTTCAAGT
189 T-ATCCTAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAAAAGTTCAAAT
* * * ** * * * * *
9224 AGTTATCACTATTTGAACACTTATCCATTTCAAA-TCAT-TGCAACCTCTCA-CTTGTCATAAAA
252 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATG-ATCAT-TTATTTTATCATAAAA
* * ** * * *
9286 CTATTATTTCTGTAGATACAAG-TTAATTCAAAATAAAATAGTAC
314 CAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * ****
9330 CAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATGAACCCGTTTA-TCAAAC
1 TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAAC
* * ** * * * *
9390 AAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTAACTTTTGTTTTG
64 -ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTG-TTT-
* * * * * *
9455 TTATTAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTA
126 TTATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * * * ** *
9520 T-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATACAAAAAATAAATCTATTTACAGAAGATTTTTAAATAGT
191 TCCT-AAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGT
* * ** * * * * * ** *
9584 TATGATTGCTTGAATAATTATCTATTCCAAATT-TAATGACCTTTTGTTTTGCCATTAAACAATT
255 TATAACTATTTGAACAATTATCTATT-CAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAATT
* * * *
9648 ATTTCTATTCACACATG-TCTATTCAAAATAAGATAATAT
319 ATTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * *
9687 TTATTTATTAGTATTCTAAAAATTAACAAGT----GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAAC
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAAC
* * ** * **
9747 AAGTTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATCATTATGA-CCTTT-TTAG
64 -A-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTT
* * ** * * * * *
9809 CATAAAACAATTATTTATACTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAAGTTATTAGTAT
127 TATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* ** * *
9874 TCC--AAAATTAATAAGTAAGGTATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAAACAGTTCAAAATAG
191 TCCTAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAA-AGTTC-AAATAG
* * * * * * * * *
9936 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCTAATCGTTACGA-CCTTTTTGTTTGTCATAAAACAA
254 TTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTAT-TTTATCATAAAACAA
* * * *
10000 TTATTAT-TGTCCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATAC
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** * * * *
10041 TAATTTATTAATATTCTTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-TAAAA-AAATCTATTTAGATAATC
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAAC
* * *
10100 AGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATG-TCTTTTTATTT
64 A-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGATC-ATTTGTTT
* * * * *
10162 TCTCATAAAATAATTGTTTATGTTCA-AACAAGCTTATTC-AGAATGAAATAATACTAATTTGTT
126 T-T-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAA-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * *
10225 AATATTTTGAAAATT--TA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACCAGTT-AAA
187 AATATCCTAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAA-AAGTTCAAA
* * * * * * *
10284 TAGTTATAACTATTTTAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGA-CATAAAA
251 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGATCATTTATTTT-ATCATAAAA
* * ** ** * * * *
10348 TAATTGTGCCCGTTCAAACAAGCTTATT-TAGA-AAAATAATAC
314 CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
* * * * * *
10390 TAATTTATTAACATTCTAACAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTTCTAAACC
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA-C
* * * * * *
10455 AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACACTTATTTATTTTAAATTGTTTTGA-CCTTTCGTTTTA
64 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTT-GTTTT-
* * ** * * ***
10518 TCATAAAATAATTA--CCCATTCATACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
127 T-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
10581 TTCTGAAAATTAATATGTATGATATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-GTCGAATAAGTTTAAATAG
191 TCCTAAAAATTAATATGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAAAAGTTCAAATAG
* * * * ** * * *
10645 TTATAATTATTTGGATAATTATCTACTCGAAATCATAATGA-C-TTTTTTTTATCATAAAATAAT
254 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTC-AAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAAT
* * * *
10708 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTAC
318 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
*** * * * * *
10748 TAATTTATTAATATTGTGAAATATAATAAGTGAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAC
1 TAATTTATTAATATTAAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAAC
10813 ATTTC
64 ATTTC
10818 TAATCGTTGC
Statistics
Matches: 6784, Mismatches: 1647, Indels: 1193
0.70 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
342 3 0.00
343 2 0.00
344 17 0.00
345 123 0.02
346 65 0.01
347 65 0.01
348 109 0.02
349 107 0.02
350 63 0.01
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353 195 0.03
354 205 0.03
355 343 0.05
356 590 0.09
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358 694 0.10
359 872 0.13
360 477 0.07
361 555 0.08
362 191 0.03
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364 138 0.02
365 14 0.00
366 9 0.00
367 21 0.00
368 41 0.01
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371 55 0.01
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375 19 0.00
376 24 0.00
377 21 0.00
378 7 0.00
379 7 0.00
380 25 0.00
381 17 0.00
382 21 0.00
383 32 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAT
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTTTATA
AAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTA
AAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATAAC
TATTTGAACAATTATCTATTCAAATTGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
Found at i:6861 original size:716 final size:714
Alignment explanation
Indices: 5369--7093 Score: 1757
Period size: 716 Copynumber: 2.4 Consensus size: 714
5359 AGCCTATTTA
* * * * * * *
5369 AAATAAAATAATATTTATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAACAATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAAGA-TACAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATT
* * * * * *
5434 TATTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCATACTGTTATGA
65 TATTTACTAATCATGTTCAAATAGTTAT-AC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-A
* *
5499 ACTTTTTTTTT-GCATAAA-AACTTGTTTCT-TTTAATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
127 A-TTTTTTTTTATCATAAATAA-TTGTTTCTGTTT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
5561 TAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAAGC
189 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTATACTGAAA-A
* * * * * * * *
5624 AGTTCAAATAGTTTTAATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACAATTTATTTTGT
253 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTACTGCAAATTATTATGAC-ATTTATCTTAT
* * *
5689 CATGAAATAATTGTTGTCATGTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
317 CATAAAACAATTATTGTCATGTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAT
* * * *
5754 TCTGACAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA
382 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA
* *
5819 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATAGT
447 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACTATTTGTTTGTTCATAAAACAATAGT
* * *
5884 TTATATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATT
512 TTATATTCAAACAAACTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAATT
* * * *** * * *
5949 AGTAAGAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTACTGCACCAGCTTAAGTAGTTGTGACTATTTCAAAA
577 AGGAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGCTTAAATAGTTATAACTATTTCAAAA
** * * ** * *
6014 ATTATCTATTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTCCTTTTTATACAAG
642 ATTATCTATTCAAATCGTTACAAACTTTTGTTTTATAATAAAAAAATTATTCCTACTCAGACAAG
6079 CTTATACG
707 CTTATACG
* * ** *
6087 AAAAAAAATAATATTACTTTATT--GATATCATGAA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAAGATA-CAAAAATTAATAAATAAGAGATTT--AAAAAATAA
* *
6148 TTTTGTTTACTGAATCA-GTT-AAATAGTTATGACATTTGAACACTTATCTATTTCAAATTATTA
63 -TTTATTTACT-AATCATGTTCAAATAGTTAT-ACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * ** *
6211 TAATTTTTCATTTTATCATAAATAATTATTTCTGTTTATACAAGTTTACTCAAAATAAAATAATT
125 TAATTTTT--TTTTATCATAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* *
6276 CTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTATACTGAAA
188 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTATACTGAAA
* * *
6341 AAGTTCAAATAATTATAAGTATTTGAATAATTATCTACTGCAAATTATTATGATC-TTT-TCTTA
252 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTACTGCAAATTATTATGA-CATTTATCTTA
*** ***
6404 TCATAAAACAATTATT-TCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGTTAATTTATTAA
316 TCATAAAACAATTATTGTC-ATGT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAA
* *
6467 TATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACATCAA-CATTTCAAAT
379 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-TAAACCAGTTCAAAT
* * * * *
6530 AGTTATGATTATTTGAACACTTATGTATTTTAAAT-TGTTATGA-TCATTTGTTTGTT-ATGAAA
442 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACT-ATTTGTTTGTTCATAAAA
* * * * * *
6592 CAATTA-TTTCTGTTCATAA-AAACTTATTCGAAATAAAACAATACTAGTTTCTTAATATCCTGA
505 CAA-TAGTTTATATTCA-AACAAACTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATCCTAA
* * *
6655 AAATTTA-TATGGAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATAAC
568 AAATTAATTA-GGAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGCTTAAATAGTTATAAC
* * ** * * * *
6719 TATTTGAATAATTATCTATTTTAATTGTTACAAACTTTT-TTTTGTTATAAAAAAATTGCTT-CT
632 TATTTCAAAAATTATCTATTCAAATCGTTACAAACTTTTGTTTTATAATAAAAAAATT-ATTCCT
*
6782 ACTCAGACAAGCTTATTCG
696 ACTCAGACAAGCTTATACG
* * *
6801 AAATAAAATTATATTAATTTTTTAAGATTACAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAAGA-TACAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAT
* * * * *
6866 TAATTTGCCAAAT-ATGTTCAAATAGTTATATTTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA
64 TTATTT-ACTAATCATGTTCAAATAGTTATA--CATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTA
* * ** *
6929 TAA-CTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCGTA-AAACTTATTTGAAATAAAATAATAC
125 TAATTTTTTTTTATCAT-AAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
*
6992 TAAATTTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTG-ATTACTGA
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* * *
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AAATAAAATAATATTAATTTATTAAGATACAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTT
ATTTACTAATCATGTTCAAATAGTTATACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAATTT
TTTTTTATCATAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTATACTGAAAAAGTTCAAA
TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTACTGCAAATTATTATGACATTTATCTTATCATAAAACA
ATTATTGTCATGTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACTATTTGTTTGTTCATAAAACAATAGTTTATATTCA
AACAAACTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAATTAGGAAGAAA
TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGCTTAAATAGTTATAACTATTTCAAAAATTATCTAT
TCAAATCGTTACAAACTTTTGTTTTATAATAAAAAAATTATTCCTACTCAGACAAGCTTATACG
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7274 GCTTATTTTG
* * * * *
7284 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
7465 AATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAATATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATC
* ** * *
7530 TATTTATGGAA-TAAGTTTAAACAGTTATAATTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATTATTATG
66 TATTCACCGAACT-AGTTCAAACAGTTATAATTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCATTATG
* * * *
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATC
TATTCACCGAACTAGTTCAAACAGTTATAATTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGA
CATTTTATTTTGTCATAAAACAAGTATTTCTATTCATACAAACTTATTCAA
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Alignment explanation
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7721 TAGTATTTTG
* * * * *
7731 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTCAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAAA
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* * * * * * * ** * *
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* ** * *
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* * * ** * * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * * * *
7976 TATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATTATCATAAAACAATCAATTCTT
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * * * *
8041 TTTATACAAGTTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATCCTA-
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* * * * * * * * ** * * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
8156 TATTTGAATAATTATCTATTTCATATGGTTTTGACATTTTCTTTATCATAAAA-AATTA-TTCTT
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-T
* * * * *
8219 ATTCATAAAAGCTTATTCAGAAAAAAATAATATTAACTTAATAATATTTCA-
128 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTT-AT
* * *
8270 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAATTATATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * ** * *
8335 TATTTAAACAATTCTATATTTTGAATTGTTATGACTTTTTCTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCT
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* * * *
8400 -TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAAATTTAT
128 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTAT
* * * * * *
8449 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAGATAAGTTCATATTGTCATAA
1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * *
8514 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATGATCTTTTTTTCG-C--AAAACAATTATTTTT
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * *
8576 GTT-ATTACAA-CTTATTC-GAAATAAAATAAAATTAATTTATTACTATTCCA-
128 ATTCA-TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA-AATT-TAT
* * *
8626 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAGAAT-AGTTTAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCA-AATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * **
8690 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAACTTTTTATTTTATCAT-AAATAATTGCTT
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-GAC-TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTT
* * * * * *
8754 CTTTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATTCT-ATTCTATAAATATTTCA-
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* * * * * * * *
8808 AAAATTTACAAGTAAGAGATTTCAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATATGTTCAAATAGTTAT-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * *
8871 CTTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
64 C-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTT
* * * * * * *
8936 GTGTTTAAACAAACTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-C
126 CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTAT
* ** * * *
8988 AAAATTAATAAGTTAGTTATTT-AAAAATATATTTATTTATCGAACTAA-TTCAAATAGTTATCA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-ATTTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * ** * *
9051 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTA-TTC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * *
9115 TTATTCATATAAGCTTATTC-GAA-AAAA-AATACAAATTTATTAACATAATTTT
127 -TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AT--TTAT
* * * * * ** * *
9167 GAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTTTGCTTATCGAACCAGTTCAAGTAGTTATCA
1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * ** *** * ***
9232 CTATTTGAACACTTATCCATTTCAAATCATTGCAACCTCTCACTTGTCATAAAACT-ATTATTTC
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* ** * * * *
9296 TGTAGATACAAG-TTAATTCAAAATAAAATAGTACCAATTTTTTAATATTTCA-
127 TATTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTT-AT
*** * *
9348 AAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATGAACCCGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * *
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* * * *
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** * * * ** * *
9525 AAAATTAATAAGTAAGAGATACAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAAGATTTTTAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCA-AATAAGTTCAAATAGTTATAA
* ** * * * * * *
9589 TTGCTTGAATAATTATCTATTCCAAATT-TAATGACCTTTTGTTTTGCCATTAAACAATTATTTC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
9766 TATTTGAACAATTATCTATTTCATATCATTATGAC-CTTTTTAG-CATAAAACAATTATTTATAC
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* * * * **
9829 TCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAAGTTATT-AGTATTCC
130 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAT-TTAT
*
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* * * * * * *
9940 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCTAATCGTTACGACCTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATT
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* * *
10005 AT-TGTCCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-T
125 -TCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT-TAT
* * * * * * *
10059 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAAAAA-AATCTATTTA-GATAATCAGTTTAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTATCA-AATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
10118 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGTCTTTTTATTTTCTCATAAAATAATTGTTTA
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGAC-TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * * *
10182 TGTTCAAACAAGCTTATTCAGAATGAAATAATACTAATTTGTTAATATTT-T
127 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTAT
**
10233 GAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTT-AAATAGTTATAA
1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * * **
10293 CTATTTTAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTGCC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTC
** * *
10358 CGTTCAAACAAGCTTATTTAG-A-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCTA-
127 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT-TAT
* * * ** *
10408 ACAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * *
10472 CTATTT-AACACTTATTTATTTTAAATTGTTTTGACCTTTCGTTTTATCATAAAATAATTA--CC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTT-TTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * *** *
10534 CATTCATACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-G
127 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT-TAT
* * * * * *
10586 AAAATTAATATGTATGATATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATAAGTTTAAATAGTTATAA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * ** * * *
10651 TTATTTGGATAATTATCTA-CTCGAAATCATAATGACTTTTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * *
10715 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATT-AATATTGT
128 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAT-TTAT
* * * *
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10806 CCGAAACATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATT
CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTAT
Found at i:9072 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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9026 ATCGAACTAA
*
9036 TTCAAATAGTTATCACTAT
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*
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Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
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Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAATTATCTAT
Found at i:9586 original size:357 final size:356
Alignment explanation
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7705 TCAAATATTT
* ** * * * *
7715 ATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTC-AAAAATAAATTTATTTACCA-AATA
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
7967 TGTTGTAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTATTATCATAAAACAA
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* * * * *
8032 TCAATTCTTTTTATACAAGTTTATT-AAGAATAAAATAATACTA
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * ** ** * * *
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* * * * *
8202 CATAAAA-AATTA-TTCTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAAA-AAAATAATATTAACTTAATAAT
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* * * *
8264 ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAATTATATTTATCAAATAAGTTCAAATAG
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* * * ** ** * * *
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* * * * * *
8392 TTGTTTCT-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAAATA
314 TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
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1 ATTTATTAATATTTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGA-A
* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
8620 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAGAA-TAGTTTAAATAG
192 ATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCA-AACAAATTCAAATAG
* * ** * * *
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** * * * *
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* * * * *
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1 ATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGAAC
* * ** *
8854 ATGTTCAAATAGTTATGC-TTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTT
64 ATGTTCAAATAGTTAT-CACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
8918 GTCATAAAACAATTATTTGTGTTTAAACAAACTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
128 GTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAC-AAGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
8983 ATT-TCAAAATTAATAAGTTAGTTATTT-AAAAATATATTTATTTATCGAACTAATTCAAATAGT
192 ATTCTAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATA-ATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGT
* * * * * *
9046 TATCACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT
252 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT
* * *
9111 A-TTCTTATTCATATAAGCTTATTC-GAA-AAAA-AATACAA
316 ATTTC-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
** * * ** * * **
9149 ATTTATTAACATAATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTTTGCTTATC-GAA
1 ATTTATT-A-AT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGAA
* * * * * * ***
9213 CCA-GTTCAAGTAGTTATCACTATTTGAACACTTATCCATTTCAAATCATTGCAACC-TCTCACT
63 -CATGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTT
* ** * * *
9276 TGTCATAAAACTATTATTTCTGTAGATACAAGTTAATTCAAAATAAAATAGTACCAATTTTTTAA
127 TGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * **
9341 TATT-TCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATGAACCCGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTA
191 TATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTA
* * *
9405 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTAACTTTTGTTTTGTTATTAAACAATTAT
254 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTAT
* *
9470 TTCTATTCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTA
318 TTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
9509 ATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATACAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAAGAT
1 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGAACAT
* * * * ** * * * *
9573 TTTTAAATAGTTATGATTGCTTGAATAATTATCTATTCCAAAT--TTAATGACCTTTTGTTTTGC
66 GTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ACGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
9636 CATTAAACAATTATTTCTATTCACACATGTCTATTCAAAATAAGATAATATTTATTTATTAGTAT
130 CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
9701 TCTAAAAATTAACAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATAAC
194 TCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
9766 TATTTGAACAATTATCTATTTCATATCATTA-TGAC-CTTTTTAG-CATAAAACAATTATTTATA
258 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * **
9828 CTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTA
323 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
9862 AGTTATTAGTA-TTCCAAAATTAATAAGTAAG-GTATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAACA
1 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGAACA
* * * * *
9925 -GTTCAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCTAATCGTTACGACCTTTT-TGTTT
65 TGTTC-AAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGT-TTT
* * *
9988 GTCATAAAACAATTATTAT-TGTCCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
128 GTCATAAAACAATTATT-TCTGTTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
10052 TATTCTTAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAA-AATCTATTTAGAT-AATC-AGTTTAAATAGTTA
191 TATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTT--ATCAAACAAATTCAAATAGTTA
* * * * *
10114 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGT--CTTTTTATTTTCTCATAAAATAATT
254 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-TAAC-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
10177 GTTTATGTTCAAACAAGCTTATTCAGAATGAAATAATACTA
316 ATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * *
10218 ATTTGTTAATATTTTGAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA-AACCA
1 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGAA-CA
* * * * * ** * *
10278 -GTT-AAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGA
65 TGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * * * *
10341 CATAAAATAATTGTGCCCGTTCAAACAAGCTTATT-TAGA-AAAATAATACTAATTTATTAACAT
130 CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
10404 TCTAACAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTT
194 TCT-A-AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATC-AAACAAATTCAAATAGTT
* * * * ** * * * *
10468 ATGACTATTT-AACACTTATTTATTTTAAATTGTT-TTGACCTTTCGTTTTATCATAAAATAATT
253 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT-AACTTT-TTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ***
10531 A--CCCATTCATACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTA
316 ATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
10570 ATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATATGTATGATATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGTC-GAAT
1 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGAAC
* * * * * * * * *
10633 AAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGGATAATTATCTA-CTCGAAATCATAATGA-CTTTT-TTTT
64 ATGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTACGACCTTTTGTTTT
* * * * *
10695 ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAAT
128 GTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
10760 ATT
192 ATT
10763 GTGAAATATA
Statistics
Matches: 2131, Mismatches: 430, Indels: 256
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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350 1 0.00
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354 146 0.07
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTATCAGAACAT
GTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
Found at i:10347 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 8582--10762 Score: 1404
Period size: 176 Copynumber: 12.2 Consensus size: 176
8572 TTTTGTTATT
* * * **
8582 ACAA-CTTATTC-GAAATAAAATAAAATTAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--T-A-TAAGAGA
* * * * * * *
8645 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAGAA-TAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
61 TTTAAAAAATAAATTTATTTATCA-AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * ** *
8709 TTTCAAATTGTTATAAACTTTTTATTTTATCAT-AAATAATTGCTTCTTTTCAT
125 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTT-TTTGA-CATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * * * *
8762 ACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAAATTCT-ATTCTATAAATATTTCAAAAATTTACAAGTAAGAG
1 ACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATT-TATTAATATTTTAAAAATTT---A-TAAGAG
* * * * * *
8826 ATTTCAAAAATAAATCTATTTACTGAATA--TGTTCAAATAGTTAT-GCTTATTTGAACAATTAT
60 ATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAA-ACCAGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAATAATTAT
* ** * * * * * *
8888 TTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGTTTAA
122 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGACATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * *
8944 ACAAACTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTTAGTTAT
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAG--AG--AT
* * * * * *
9008 TT-AAAAATATATTTATTTATCGAACTAATTCAAATAGTTATCACTATTTAAATAATTATCTATT
62 TTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* * *
9072 TCAAATCATTATTATCTTTTGTTTT-ATCATAAAATAATTA-TTCTTATTCAT
127 TCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGA-CATAAAATAATTATTTC-TATTCAT
* * * *
9123 ATAAGCTTATTC-GAA-AAAA-AATACAAATTTATTAACATAATTTTGAAAATTAATAAGTAAAA
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT-A-AT-ATTTTAAAAATT--T-A-TAAGA
* * * ** * * * * * *
9185 AATTTTAAAAATAATTTTGCTTATCGAACCAGTTCAAGTAGTTATCACTATTTGAACACTTATCC
59 GATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* *** * *** * * **
9250 ATTTCAAATCATTGCAACCTCTCACTTGTCATAAAACT-ATTATTTCTGTAGAT
124 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGACATAAAA-TAATTATTTCTATTCAT
* * * * * * *
9303 ACAAG-TTAATTCAAAATAAAATAGTACCAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTA
1 ACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGAGATTTA
* **** * * *
9367 AAAAATGAACCCGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
65 AAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * ** * *
9432 AATCATTGTTAACTTTTGTTTTGTTATTAAACAATTATTTCTATTCAT
130 AATCGTTATGACCTTTT-TTTTGACATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * * *
9480 ATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--T-A-TAAGAGAT
** * * * * * * **
9545 ACAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAA-GATTTTTAAATAGTTATGATTGCTTGAATAATTATCTA
62 TTAAAAAATAAATTTATTTATCA-AACCA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
9608 TTCCAAAT--TTAATGACCTTTTGTTTTGCCATTAAACAATTATTTCTATTCAC
125 TTTCAAATCGTT-ATGACCTTTT-TTTTGACATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * * * * * * * *
9660 ACATG-TCTATTCAAAATAAGATAATATTTATTTATTAGTATTCTAAAAATTAACAAGTGATTTA
1 ACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGAGATTTA
* * * * *
9724 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
65 AAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * *
9789 TATCATTATGACC--TTTTTAG-CATAAAACAATTATTTATACTCAT
130 AATCGTTATGACCTTTTTTTTGACATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * * ** *
9833 ACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAAGTTATTAGTA-TTCCAAAATTAATAAGTAAGGTAT
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAG--A-G-AT
* * *
9897 TTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAACAGTTCAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
62 TTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTC-AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
9962 TTCTAATCGTTACGACCTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTAT-TGTCCAT
126 TTCAAATCGTTATGACCTTTTT-TTTGACATAAAATAATTATT-TCTATTCAT
* *
10014 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTT-AAAATTAATAAGAGATTT-
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTTATAAGAGATTTA
* * * * * *
10077 TAAAA-AAATCTATTTA-GATAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
65 AAAAATAAATTTATTTATCA-AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * ** * * * *
10140 AAATCTTTATGTCTTTTTATTTTCTCATAAAATAATTGTTTATGTTCAA
129 AAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGACATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * *
10189 ACAAGCTTATTCAGAATGAAATAATACTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTTATAAGAGATTTAA
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGAGATTTAA
* * *
10254 AAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTT-AAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATCTATTTTAA
66 AAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * ** ** *
10318 ATCGTTATTACCTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTGCCCGTTCAA
131 ATCGTTATGACCTTTT-TTTTGACATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * *
10365 ACAAGCTTATTTAG-A-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAACAATTAATAAATAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--T--ATAAGAGAT
* * * * *
10428 TTAAAAAATAAATTTCTTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACACTTATTTAT
62 TTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
10491 TTTAAATTGTTTTGACCTTTCGTTTT-ATCATAAAATAATTA--CCCATTCAT
126 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TTTTTGA-CATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* *** * * * *
10541 ACAAGTTTATTTTTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATATGTATGATAT
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--TA--TAAGAGAT
* * * ** * * *
10606 TTAAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGGATAATTATCTA-
62 TT-AAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
10670 CTCGAAATCATAATGA-CTTTTTTTT-ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
126 TTC-AAATCGTTATGACCTTTTTTTTGA-CATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* *
10721 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATT
1 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
10763 GTGAAATATA
Statistics
Matches: 1601, Mismatches: 310, Indels: 180
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 12 0.01
173 51 0.03
174 36 0.02
175 130 0.08
176 303 0.19
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178 159 0.10
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181 216 0.13
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183 17 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTTTTTGACATAAAATAATTATTTCTATTCAT
Found at i:10494 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7883--10798 Score: 1249
Period size: 176 Copynumber: 16.3 Consensus size: 179
7873 TTATTCAAAG
* * * * ** *
7883 TAAAATAATACTAATTTATTATTATCTCAAAAATTAACAAATAAGAGATTTAAGAAATAAAGCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTC
* * * * * * * * * *
7948 TTTATGAAA-TAGTTTAAATTGTTGTAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
65 TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACC
* * ** ** * * * *
8012 TTTT-TATT-ATCATAAAACAATCAATT-CTTTTTATACAAGTTTATTAAGAA
130 TTTTATTTTGA-CATAAAATAAT-TGTTCCCGTTCAAACAAGCTTATTTAG-A
* * * * * * * *
8062 TAAAATAATACTAATTTATTACTATCCTAAAAAGTAATAAGTAAGATATTTAGAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTC
* * * * * * * * * * * *
8127 TTCATTAGACCAGTTTAGATTGTTTTAATTATTTGAATAATTATCTATTTCATATGGTT-TTGAC
65 TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATT-AC
* * * *** *
8191 ATTTT-CTTT-ATCATAAAA-AATTATTCTTATTCATAA-AAGCTTATTCAGAA
129 CTTTTATTTTGA-CATAAAATAATTGTTCCCGTTCA-AACAAGCTTATTTAG-A
* * * * * * * *
8241 AAAAATAATATTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-AATTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T
* ** * * * * * * * *
8305 ATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTCTATATTTTGAATTGTTATGAC
64 CTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTAC
* * * * * * * *
8370 TTTTTCTTTTGTCACAAAATAATTGTT-TCTTTCATACAAGTTTATTTAGAA
129 CTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTTCCCGTTCAAACAAGCTTATTTAG-A
* * * * *
8421 TAAAATAAAAATAATTTATTAA-ATTTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCT-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * ** * * * * ** * *
8485 GTTTACCAGATAAGTTCATATTGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATGAT
64 CTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTAC
* * * * * * *
8550 CTTTT-TTTCG-CAAAACAATTATT-TT--TGTT-ATTACAA-CTTATTCGAAA
129 CTTTTATTTTGACATAA-AATAATTGTTCCCGTTCA-AACAAGCTTATT-TAGA
* * * * * * *
8597 TAAAATAAAATTAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTC
* * * * * * *
8662 TTTATCAGAA-TAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAA
65 TTTATCA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTAT-TA
* ** * * * *
8726 CTTTTTATTTT-ATCAT-AAATAATTGCTT-CTTTTCATACAAGTTTATTCAAAA
128 CCTTTTATTTTGA-CATAAAATAATTG-TTCCCGTTCAAACAAGCTTATT-TAGA
* * * * * * * * *
8778 TAAAAAAAATTCT-ATTCTATAAATATTTCAAAAATTTACAAGTAAGAGATTTCAAAAATAAATC
1 T-AAAATAATACTAATT-TATTAATA-TTCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * **
8842 TATTTACTGAATA--TGTTCAAATAGTTATG-CTTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTA
63 TCTTTA-TCAA-ACCAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTA
* * * * * *** * * *
8904 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGTTTAAACAAACTTATTCAGAA
125 TTACCTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTTCCCGTTCAAACAAGCTTATTTAG-A
* * * ** * *
8960 TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTTAGTTATTT-AAAAATATATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTC
* * * * * * * *
9023 TTTATCGAACTAATTCAAATAGTTATCACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTATC
65 TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACC
* * *** * * *
9088 TTTTGTTTT-ATCATAAAATAATTATTCTTATTCATATAAGCTTA-TTCGA
130 TTTTATTTTGA-CATAAAATAATTGTTCCCGTTCAAACAAGCTTATTTAGA
* * * * * * * *
9137 -AAAAAAATACAAATTTATTAACATAATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATT-A-AT-ATTCT-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **
9201 TTGC-TTATCGAACCAGTTCAAGTAGTTATCACTATTTGAACACTTATCCATTTCAAATCATTGC
62 TT-CTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
* * * * * * * * ** * * *
9265 AACCTCTCA-CTTGTCATAAAACT-ATTATTTCTGTAGATACAAG-TTAATTCAAAA
126 TACCTTTTATTTTGACATAAAA-TAATTGTTCCCGTTCAAACAAGCTT-ATT-TAGA
* * * * * **
9319 TAAAATAGTACCAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AA-AGATTTAAAAAATGAA-CCC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTC
* * * * * * * *
9379 GTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTAA
65 -TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTAC
* ** * * * * ** * * ** *
9444 CTTTTGTTTTGTTATTAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTACTCAAAA
129 CTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTTCCCGTTCAAACAAGCTTA-TTTAGA
* * * ** * *
9496 TAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATACAAAAAATAAATCTA
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* * * * ** ** *
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
9676 TAAGATAATATTTATTTATTAGTATTCT-AAA--AATTAACAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCT
* * * * * * * * *
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* * * ***** * * **
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* * * * *
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* * **
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* * * *** * *
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* * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTC
* * * * *
10089 TTTA-GATAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGT-
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* ** *** *
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* * * *
10205 TGAAATAATACTAATTTGTTAATATTTTGAAAATT--T--ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTC
* *
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*
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*
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* * * *
10444 TTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACACTTATTTATTTTAAATTGTT-TTGA
65 TTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATT-A
** * * * *
10506 CCTTTCGTTTT-ATCATAAAATAA-T-TACCCATTCATACAAGTTTATTTTTA-A
128 CCTTTTATTTTGA-CATAAAATAATTGTTCCCGTTCAAACAAGCTTA--TTTAGA
** * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * ** * * * * * ** * * *
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* ** * * *
10686 CTTTT-TTTT-ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
129 CTTTTATTTTGA-CATAAAATAATTGTTCCCGTTCAAACAAGCTTATT-TAGA
* * * * * *
10737 TAAAATAGTACTAATTTATTAATATTGTGAAATATAATAAGTGAGTGATTTAAAAAATAAAT
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Statistics
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* *** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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* ** * *
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** * *** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * ** * * * *
13587 TTTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAATAAAACTACTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGATTAT
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13652 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTCATGTTTTGT-AAAAAAGA
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* * * * * * **
13704 AATAGTTTTTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATAGT-ATTA
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* * ** * * * *
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* * ** **
13832 TTTGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATTTAAT
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* * * * * *
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* * ** *
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* * ** * * * * *
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15674 AGTTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATATAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAT
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
15739 TTAATAGGAAAAAGATTTAAAATATAAATTCATTTTA-CGAACAAATTTAAATAGTTATTACTAT
66 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * **
15803 TTAAACAATTATTTAATTGAAATTGTTATAACATTTTGTTTTACCATAAAAT
130 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * *
15855 AGTTGTTTCTGTTTATA-ACAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAA
1 AATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAA
15901 CAACCTTTTG
Statistics
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170 1 0.00
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AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAT
Found at i:13778 original size:19 final size:19
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13724 GCTTATTCAA
13734 AATAAA-ATAATATTAATT
1 AATAAATATAATATTAATT
* * *
13752 TATTAATATAGTATTAATT
1 AATAAATATAATATTAATT
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1 AATAAATATAATA
13783 ATTTAAAAAA
Statistics
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AATAAATATAATATTAATT
Found at i:15418 original size:17 final size:17
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15386 TAAGTAAAAT
15396 ATTTAAAAAATAAATTC
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* *
15413 ATTTAACAAATAAGTTC
1 ATTTAAAAAATAAATTC
15430 A
1 A
15431 AGTAGTTATT
Statistics
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17 16 1.00
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ATTTAAAAAATAAATTC
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18729 GTCATAAAAT
* * * * * * * *
18739 AATTATATATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTGCCACAAAATAATCATTTCTGTAT-ATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT-TCAT-T
** * * *
18803 -AAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
64 CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
18867 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AGTTTAAATAGTCATGATTATTTAAAT
129 TAAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTCA
* * * * *
18985 AGCTT-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAATATTAATAAGTAAAATATTTA
66 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * *
19049 AAAAGTAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGATCATTTGAAC
131 AAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
19100 AATTATCTATTTTAAATCCTTATAACCTTTT-TTCTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTCA
* * * * *
19164 AGTTGATTCAAAATAAAAAAAAAATACTAATTTATTAAAATTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGAT
66 AGTTTATTCAAAAT---AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-
* * * ** *
19229 TTTCCATTAAAA-AAATCTATTTACCGAATAAGTTC-AATAGTTTTGACAATTTAAAC
127 TTT--A-AAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
19285 AATTGTCTA-TTCAAATCGTGATTACCTTTTGTTTTGTTATAGAACAATTATTTCTGTTTATACG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTCA
* * * * * * ** *
19349 AGGTTATTCAGAATAAAATAAAACTTACTTATTAACATTCAAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTT
66 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT
* * *
19414 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-ATTTATTTAAAC
130 AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGA-TTATTTGAAC
* * ** * * * *
19466 AATTATTTATTTCACATCATTATGATATTTTCTTTT-TATATAAAACAATTGTTTCTAGTT-ATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAATAATTATTTCTA-TTCAT-
* ** *
19529 T-AAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGCTGAAAATTAATAAGTAAAAGAT
63 TCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* *
19593 TTAAAAAATAAATCT-TTTCATCAAATAAGTTCAAATAGCTT-GGATTATTTGAAC
128 TTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAATAAGTTCAAATAG-TTATGATTATTTGAAC
* * * * * * *
19647 AATTATCTAGTTT-GAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCACAAAATGATTATTTTTATTCATGC
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTC
* * *
19711 AAGCTTATTCAAAATAAAA-AGATACTAATTTATTGATA-TTTAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
65 AAGTTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* ** * * * * *
19774 T-AAAAATATATCCGTTTATCGAAGACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-
129 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
** * **
19825 AATTATCTATTTCAAA-CTATTATGATTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAA
1 AATTATCTATTTCAAATC-ATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATT
** * * * * * *
19889 CAAGTTTATTTGAAATAAAACATTACTAATTTACTAAAAATCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
64 CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
19954 TCAAAAATAAATAC-GTTAACCAAATAAGTTCAAATAATTGTTACTATTTGAAC
129 TAAAAAATAAAT-CTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
* * *
20007 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATAT-
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT-TC
* * * *
20071 AAGTTTATTCAGAATAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAATATTT
65 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
20135 TAAAAA-AAA--TATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTAAAGATTCTTTGCA-
130 AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
* * * * *
20183 AATTGTCTATTTCAAAAC-TTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTCA
* * * * *
20247 AGTTTATTCAAAATAAAATTATACTAATCTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTCAAAGATTTA
66 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * *
20312 AAAAATAAATAC-ATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC
131 AAAAATAAAT-CTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
* * * * * * *
20363 AATTATCTATTTGAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAGTAGTTGTTTCTATTTATTCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTCA
**
20428 AGTTTATTTGAAATAAAATAATA
66 AGTTTATTCAAAATAAAATAATA
20451 TAAATAAAAT
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 249, Indels: 100
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 57 0.05
176 57 0.05
177 34 0.03
178 19 0.02
179 158 0.13
180 264 0.21
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182 158 0.13
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184 20 0.02
185 61 0.05
186 19 0.02
187 3 0.00
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AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTCA
AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
Found at i:19896 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 18739--21652 Score: 1913
Period size: 360 Copynumber: 8.2 Consensus size: 356
18729 GTCATAAAAT
* * * * * * ** * * *
18739 AATTATATATTTAAAATTATTATGA-CCTTTTATTTTGCCACAAAATAATCATTTCTGTATATAT
1 AATTATCTATTTCAAA-TATTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TAAAC
** * *
18803 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
64 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * *
18868 AAAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AGTTTAAATAGTCATGATTATTTAAATAATTATCTATTT
128 AAAAAATAAATCTGTTTACC-AAATAAGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * ** *
18932 CAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCACAAAATAGTTATTTCGATTCATTGAAGCTT-TTCAAA
191 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAA
* * * * *
18996 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAATATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAGTAAATAT
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATTT
* * *
19061 GTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGA-TCATTTGAA
319 ATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAA
* * ** * * * *
19099 CAATTATCTATTTTAAATCCTTAT-AACCTTTT-TTCTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTAATA
1 -AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAA-A
* * * * *
19162 CAAGTTGATTCAAAATAAAAAAAAAATACTAATTTATTAAAATTTTGAAAATTAATAAGCAAAAG
63 CAAGTTTATTCAAAAT---AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
19227 ATTTTCCATTAAAA-AAATCTATTTACCGAATAAGTTC-AATAGTTTTGACAATTTAAACAATTG
124 A-TTT--A-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAG-TTTAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
19290 TCTA-TTCAAATCGTGATTACCTTTTGTTTTGTTATAGAACAATTATTTCTGTTTATACGAGGTT
184 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTT
* * * * * * *
19354 ATTCAGAATAAAATAAAACTTACTTATTAACATTCAAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
249 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAA
* * * ** *
19419 ATAAATTTGTTTA-CCAAATAAGTTCAAATAGTTATATTTATTTAAA
311 ATAAATTTATTTATCGAAA-CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * *
19465 CAATTATTTATTTCACATCATTATGATAT-TTTCT-TTTTAT-ATAAAACAATTGTTTCTAGTTA
1 -AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAT-TCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTA
* * * * *
19527 TATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGCTGAAAATTAATAAGTAAAAGA
61 AACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* ** *
19592 TTTAAAAAATAAATCT-TTTCATCAAATAAGTTCAAATAGCTTGGATTATTTGAACAATTATCTA
125 TTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAATAAGTTCAAATAG-TTTAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
19656 GTTT-GAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCACAAAATGATTATTTTTATTCATGCAAGCTTATT
188 -TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT
* * *
19720 CAAAATAAAA-AGATACTAATTTATTGATATTTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATATA
252 CAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA
***
19784 TCCGTTTATCGAAGACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
316 TTTATTTATCGAA-ACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
*
19825 AATTATCTATTTCAAACTATTATGATTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAAC
1 AATTATCTATTTCAAA-TATTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-AAAC
** * * * * *
19890 AAGTTTATTTGAAATAAAACATTACTAATTTACTAAAAATCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
64 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * *
19955 CAAAAATAAATAC-GTTAACCAAATAAGTTCAAATAATTGTTACTATTTGAACAATTATCTATTT
128 AAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
20019 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGA
191 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAA
* * *
20084 ATAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAATATTTTAAAAA-AAA--T
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTT
* * * * *
20145 ATTTACCGAATA-AGTTCAAATAG-TAAAGATTCTTTGCA
319 ATTTATCGAA-ACAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAA
* * * * * *
20183 AATTGTCTATTTCAAA-ACTTAAGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATA-TTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT-AAAC
* * * *
20246 AAGTTTATTCAAAATAAAATTATACTAATCTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTCAAAGATTT
64 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
20311 AAAAAATAAATAC-ATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTT
128 AAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * **
20375 GAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAGTAGTTGTTTCTATTTATTCAAGTTTATTTGAA
191 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAA
* * * * ** * * ** *
20440 ATAAAATAATA-TAA-ATA-AAATA-AT-AACACCAATAA--AATA-ATATTAATAAT-CTTTTG
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAATAAATTTA
* * * *
20496 GTT-T-G--ACA--TAAAATAATTAT-A-TATTT-CA
320 TTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* ** * **** * * * * *
20524 AATTGT-TA--T--AA-GCT-T--TTCTTTTGTATCAAAACAATTAT-TTCTG-TGCATA-AA--
1 AATTATCTATTTCAAATATTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAA-AATAAT-TGTTTC-TATTAAA
* *
20575 -AA-TTTATTCAAAATAAAAAATCATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
63 CAAGTTTATTCAAAAT--AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * * *
20638 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTAT
125 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** **
20703 TTCAAATCATTATG-TCTTCTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACATTGAAGCCTATTC
189 TTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC
** * * * * *
20767 GGAATAGAATTATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTATAAAATAAA
253 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAA
* * *
20832 TTTATTT-GCTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTGAT
316 TTTATTTATC-GAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTA-TTTGAA
* * ** * *
20874 AAGTATCTATTTCAAATCGTTATG-TTCTTTCATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTAAAC
* * * * *
20938 AAGTTTATTCACATTAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAATAAAATATTT
64 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
21003 AAAAAGTAAATCTGTTTACTAAATATA-TTCAAATAGTTATAATTATTCGAATAATTATCTATTT
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
21067 CGAATCATTATGATCTTTTATTTTGCCATAAAATAAATATTT-TTTTCATACAAGTTTATTTACA
191 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAA
* * **
21131 ATAACATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTACAATATTTTTAAAAAT-AATT
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA-AA-AGATTTAAAAATAAATT
* * *
21195 TATTTATCG-AACAAATTAAAATAGTTATATCTATTTGAA
318 TATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * ** * * *
21234 AATTATATATATCAAACCATTATGA-T-TTTTGTTTTACCATAAAATACTTACTTT-TGTTTATA
1 AATTATCTATTTCAAA-TATTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCT-ATTA-A
* ** ** * *
21296 A-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATGTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAAAT
62 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * ** * * * * *
21360 TTAAAATATAAATATGCTTACTGAACAAATTTAAACAGTTATAA-TAATTT-ACACAATTGTCTA
126 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT-TAACT-ATTTGA-ACAATTATCTA
** * * * * * * *
21423 TTTTTAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTATT
188 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT
* *
21487 CAAAATAAAATAAAACTAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAATAAATAA
252 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAA
* * *
21552 ATCTATTTATC-AAACAATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAA
315 ATTTATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * *
21594 CAATTATCTATTTTAAATCATTAT-A-ACATTTTGTTTTGTCA-CAAACAATTGCTTCTATT
1 -AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATTC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
21653 TGAAATATAA
Statistics
Matches: 2005, Mismatches: 417, Indels: 263
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
328 12 0.01
329 6 0.00
330 152 0.08
331 3 0.00
332 3 0.00
333 17 0.01
334 5 0.00
335 1 0.00
336 10 0.00
338 7 0.00
339 6 0.00
340 7 0.00
341 8 0.00
342 5 0.00
343 3 0.00
344 7 0.00
345 3 0.00
346 11 0.01
347 2 0.00
348 10 0.00
349 6 0.00
350 7 0.00
351 10 0.00
352 1 0.00
353 1 0.00
354 4 0.00
355 9 0.00
356 205 0.10
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359 223 0.11
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364 104 0.05
365 67 0.03
366 76 0.04
367 45 0.02
368 8 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AATTATCTATTTCAAATATTATGATTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAAACAA
GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTATC
GAAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
Found at i:20455 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 20438--20488 Score: 57
Period size: 14 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
20428 AGTTTATTTG
20438 AAATAAAATAATAT
1 AAATAAAATAATAT
*
20452 AAATAAAATAATAAC
1 AAATAAAATAAT-AT
20467 ACCAATAAAATAATAT
1 A--AATAAAATAATAT
*
20483 TAATAA
1 AAATAA
20489 TCTTTTGGTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 17 0.55
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16 1 0.03
17 11 0.35
ACGTcount: A:0.69, C:0.06, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (14 bp):
AAATAAAATAATAT
Found at i:21351 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 20591--21617 Score: 795
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 176
20581 TTCAAAATAA
* * * * * *
20591 AAAATCATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTTAAAAATAAATTTAT
* * * * *
20656 TTACTGAATAAGTTCGAATAGTCATAA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-TC
65 TTAC-GAACAAATTCAAATAGTTATAATCTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-
* * ** ** ** ***
20719 TTCTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACATTGAAGCCTATTCGGAAT
127 TT-TTATTTTGCCATAAAATAATTATTT-T-TTTATACAAGTTTATTTACAAT
* * * * * **
20772 AGAATTATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTATAAAATAAATTTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTA-AAAATAAATTTAT
* * * * * *
20837 TTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTTGATAAGTATCTATTTCAAATCGTTATG-TT
65 TTAC-GAACAAATTCAAATAGTTATAATCTA-TTTGAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATT
* * *
20900 CTTTCATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTCACATT
128 -TTT-ATTTTGCCATAAAATAATTATTT-T-TTTATACAAGTTTATTTACAAT
* * * * *
20953 AAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAAGTAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAA-TAAATTTAT
* * *
21018 TTACTAA-ATATATTCAAATAGTTATAAT-TATTCGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGAT
65 TTACGAACA-A-ATTCAAATAGTTATAATCTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
*
21081 CTTTTATTTTGCCATAAAATAAATATTTTTTTCATACAAGTTTATTTACAAT
127 -TTTTATTTTGCCATAAAATAATTATTTTTTT-ATACAAGTTTATTTACAAT
* *
21133 AACATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTACAATATTTTTAAAAAT-AATTTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AA-ATTTTTAAAAATAAATTTA
* * * *
21197 TTTATCGAACAAATTAAAATAGTTAT-ATCTATTTGAAAATTATATATATCAAACCATTATGATT
64 TTTA-CGAACAAATTCAAATAGTTATAATCTATTTGAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATT
* * * * *
21261 TTTGTTTTACCATAAAATACTTACTTTTGTTTATAAAAGCTTATTTGA-AAT
128 TTTATTTTGCCATAAAATAATTA-TTTT-TTTATACAAGTTTATTT-ACAAT
** * * ** * **
21312 AAAATAATGTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAATATAAATATGC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAA-ATAAATTTAT
* * * * ** *
21377 TTACTGAACAAATTTAAACAGTTATAAT-AATTT-ACACAATTGTCTATTTTTAATCGTTATGAC
65 TTAC-GAACAAATTCAAATAGTTATAATCTATTTGA-A-AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * * * * * * *
21440 ATTTTCTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTATTCAAAAT
126 TTTTTATTTTGCCATAAAAT-AATTATTT-T-TTTATACAAGTTTATTTACAAT
* * ** *
21493 AAAATAAAACTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAATAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAA-AAATAAATTTA
* * * *
21557 TTTATCAAACAATTTCAAATAGTTTTAA-CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
64 TTTA-CGAACAAATTCAAATAGTTATAATCTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTAT
21618 AACATTTTGT
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 122, Indels: 70
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 8 0.01
178 26 0.04
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180 135 0.20
181 383 0.56
182 23 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAATAAATTTATT
TACGAACAAATTCAAATAGTTATAATCTATTTGAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTT
ATTTTGCCATAAAATAATTATTTTTTTATACAAGTTTATTTACAAT
Found at i:21874 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21851--21898 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
21841 TATGATAAAA
21851 TAAAATATCATAATTATT
1 TAAAATATCATAATTATT
*
21869 TAAAATA-GATAATTATT
1 TAAAATATCATAATTATT
21886 T-AAATAGTCATAA
1 TAAAATA-TCATAA
21899 CTAAATGAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 10 0.38
18 11 0.42
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAAAATATCATAATTATT
Found at i:21988 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21664--22668 Score: 979
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181
21654 GAAATATAAA
* * * * * * * * * * *
21664 ACAAAACAAAATATTATAATGATTTGAAATTGATAATTCTTAAAATATTCATAATTACTTGAAAT
1 ACAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG-AAC
* * * * *
21729 TTTTTTA-TAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTAATTATT-ATTTTTTGAAATATTAATAAAT
65 TTGTTCAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAAT
* * *
21792 TAATAATATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
129 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* **
21845 ATAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTAAATGAACT
1 ACAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
21910 TGTTCAGAAAATATATTTGTCTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTG
66 TGTTCAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
* * * * *
21975 ATATTACTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AGACAGAACCAATTATTTTTTG
131 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ATAGAAACAATTATTTTATG
** * * * * * *
22026 ACAAAATAAAATGCCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTTTAAATAATCATAACTATTTGAATT
1 ACAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * *
22091 TATTCTGTAAAGAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTCATTTTTAGAATATTGATAAATTA
66 TGTTCAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
* * * *
22156 ATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATTAATAGAAATAATTGTTATATG
131 ATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * *
22207 ATAAAATAAAATATCATAATTATTTGAAATAGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
22272 TGTTTAAAAAACAGAATTATCTTTTAAATCATTTACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAACTA
66 TGTTCAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
* * *
22337 ATATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
131 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
22388 ACAAAATAAAA-AGTCATAACTATTTTAAATATATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAA-
1 ACAAAATAAAATA-TCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * *
22451 TT-TTTGGATAAACATATTTATCTTTTAAATATTTCACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAGTAAA
65 TTGTTCAGA-AAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA
* * * * * * *
22514 TTAATATTATTTTATTTCAAATAATCTT-TCTTGGACATAAACAATTGA-TCTATG
128 TTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT-ATGAATAGAAACAATT-ATTTTATG
* ** * * * *
22568 ACAAAACAAAAGGTTATAATTATTTAAAATATATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTAAACT
1 ACAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
22633 CGTTC-GCTAAACAGATTTATATTTTAAATCCTTTAC
66 TGTTCAG-AAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAC
22669 CGACTAATTT
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 128, Indels: 30
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 10 0.01
180 150 0.22
181 507 0.74
182 14 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ACAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATG
Found at i:22604 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22582--22630 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
22572 AACAAAAGGT
22582 TATAATTATTTAAAATA-
1 TATAATTATTTAAAATAG
22599 TATAATTATTT-AAATAG
1 TATAATTATTTAAAATAG
*
22616 TTATAACTATTTAAA
1 -TATAATTATTTAAA
22631 CTCGTTCGCT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 4
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.18
17 11 0.39
18 10 0.36
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
TATAATTATTTAAAATAG
Found at i:22626 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22575--22630 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
22565 ATGACAAAAC
22575 AAAAGGTTATAATTATTT
1 AAAA-GTTATAATTATTT
22593 AAAA-TATATAATTATTT
1 AAAAGT-TATAATTATTT
*
22610 AAATAGTTATAACTATTT
1 AAA-AGTTATAATTATTT
22628 AAA
1 AAA
22631 CTCGTTCGCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 6
0.83 0.02 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.03
17 14 0.41
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19 1 0.03
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
AAAAGTTATAATTATTT
Found at i:22662 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 21685--22679 Score: 1115
Period size: 362 Copynumber: 2.8 Consensus size: 360
21675 TATTATAATG
** * * * * * *
21685 ATTTGAAATTGATAATTCTTAAAATATTCATAATTACTTGAAATTTTTTTATAAACAAATTTATC
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG-AATTTTTTGATAAACAAATTTATC
* * *
21750 TTTTAAATCTTTTAATTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCGAATAA
65 TTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
* * *
21815 ACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGATAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGAT
130 ACTTATTTGAATAGAAACAATTGA-TATATGATAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGAT
** * * * **
21879 AATTATTTAAATAGTCATAACTAAATGAACTTGTTCAGAAAATATATTTGTCTTTTAAATTTTTT
194 AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAACAGATTTATCTTTTAAATCATTT
* * * * * * *
21944 ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTGATATTACTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAGACA
258 ACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAATATTACTTTACTTCAAATAAGCTTATATAGACA
* * *
22009 GAACCAATTATTTTTTGACAAAATAAAATGCCATAACT
323 GAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGCCATAACT
* * * *
22047 ATTTGAAATAAATAATTTTTTAAATAATCATAACTATTTGAATTTATTCTG-TAAAGAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTT-TT-TGATAAACAAATTTAT
* *
22111 CTTTTAAATCTTTTAGTTATTCATTTTT-AGAATATT-GATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGA
64 CTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAG-TAAATTAATATTATTTTATTTC-GA
* * * *
22173 ATAAGCTTATATT-AATAGAAATAATTGTTATATGATAAAATAAAATATCATAATTATTTGAAAT
126 ATAAACTTAT-TTGAATAGAAACAATTGATATATGATAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAAT
* * ** *
22237 AGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAAAAAACAGAATTATCTTTTAAATC
190 AGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAACAGATTTATCTTTTAAATC
*
22302 ATTTACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAATATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATAT-
254 ATTTACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAATATTACTTTACTTCAAATAAGCTTATATA
* * *
22366 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACT
319 G-ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGCCATAACT
* * * * *
22409 ATTTTAAATATATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAATTTTTGGATAAACATATTTATCT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTTTTGATAAACAAATTTATCT
* * * * *
22474 TTTAAATATTTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAT
66 TTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA
* * * * * * ** * *
22539 CTT-TCTTGGACATAAACAATTGATCTATGACAAAACAAAAGGTTATAATTATTTAAAATATATA
131 CTTAT-TTGAATAGAAACAATTGATATATGATAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATA
* * * * * *
22603 ATTATTTAAATAGTTATAACTATTTAAACTCGTTCGCTAAACAGATTTATATTTTAAATCCTTTA
195 ATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-AAAACAGATTTATCTTTTAAATCATTTA
**
22668 CCGACTAATTTT
259 CTTACTAATTTT
22680 CATAATTACT
Statistics
Matches: 529, Mismatches: 89, Indels: 31
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 6 0.01
361 183 0.35
362 336 0.64
363 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (360 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTTTTGATAAACAAATTTATCT
TTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA
CTTATTTGAATAGAAACAATTGATATATGATAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAGATAA
TTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAACAGATTTATCTTTTAAATCATTTACT
TACTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAATATTACTTTACTTCAAATAAGCTTATATAGACAGAA
ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGCCATAACT
Found at i:23291 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 23259--23291 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
23249 ACAAAATGTT
*
23259 ATAATTATTTGAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
23276 ATAATTA-TTCAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
23292 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTCAAATAG
Found at i:23850 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22820--27650 Score: 2995
Period size: 180 Copynumber: 26.9 Consensus size: 179
22810 TTAGTGTATG
* * ** * * * * *
22820 AATAAAATAATATTATTTTATTTGAAGCAAGCTTTTACGAATAGAAATAGTTGTTTTATGACACA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* ** * * * * *
22885 ATAAAATATCATAA-TAGTTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTTGTT
65 ACAAAAGGTCATAATTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAAC----T
* * * * * * * *
22949 TGTTGGAAAAACAAATGTATCTTTTAAATAC-TTTACTTTTTAA-TTTTCATACTACT
125 TGTT-CATAAACAGATTTATCTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * * ** * * * * *
23005 AATATATAAACATTATTTT-TTTCAAATAAAATTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTGATGATAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * **
23069 ACAATAGGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTTAAATTATT-ACAACTATTTTAACTTAAT
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TATTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * ** **
23133 CAAACAACA-ATTTATTTTTTAAAACTTTTGTTTATTAATTTTCAAAATATT
129 CATA-AACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * * *
23184 AATAAATTAATATGATTTTATTCCAAATAAGCATGCATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * *** *
23249 ACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATACAAACTTATTC
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* ** * * **
23314 AGTAAAAAGATTTATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAGTTTTTGGAATGCT
130 A-TAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * * *
23365 AAT-AATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
** * * * * * * *
23429 ACAAAATATTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAGTAGTGATAACTATTT-ACAATAGTT
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGA-ACTTGTT
* * * * **
23493 CAATAAACAGATTAACCTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATATTTGTCATATT
129 C-ATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * ** * * *
23545 AATAAATTGATGTCATTTTATTCTGAAATAAACTTATATGAAAAAAAATAATTATTTTATCACAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATT-TG-AATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAA
* * * * * * *
23610 AACAAAACGTCATAATTTTTTTAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATACCTATTTAAACTTGTT
64 AACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTT
* *
23675 CTATAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTATACTTATTAATTTTTGAAATATT
129 C-ATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
23727 AATAAAATAATATTATTTTAGTTTGAATAAGCTTCCATGAACAAAAATAATTATTCTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * *
23792 ATAAAAGGTTATAATTATTTGTAATAAACAATTGTTCAAATATTCATAAATATTTAAACTTGTTT
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTG-TT
** * * *
23857 GGTAAACAGGTTAAT-TTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATT
129 CATAAACAGATTTATCTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
23908 AATAAATTAATATTATTTT-TTTGAATTATCTTACATGAACAGAATTAATTATTGTATGACAAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAA
* ** * * * * *
23972 TAAAAATATCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTTATTC
66 -CAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* *
24037 GATAAACAGATTTATAC-TTTAAATCTTATATCATTCATT--TTATTCTG-TATATT
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* * * * *
24090 AATAAGTTAATAATATTTGATTTCGAATAAGCTTGCATGAATAGAAGA-AATTATTTTATAACAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAA-ATAATTATTTTATGACAA
* * ** * * * * *
24154 AATAAAAATGTTGTAATTATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTGATAACAATTTGAACTTAT
64 AA-CAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * ** * **
24219 TCGGTAAATAGAGTTATGATTTAAATATTTTACTT-TTAAATTTTTGTCATATT
128 TC-ATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAAATATT
* * * ** * * *
24272 AATAAATTATTATCATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAAAAG-AATCAAATT-TTCTACGACA
1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAAT--AATTATTTTATGACA
* * * *
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63 AAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTCATAACTATTTGAACTTG
** * * *
24398 CTTGGTAAAAAGAATTAT-TTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTT-AGAATATT
127 -TTCATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * *
24451 AATAAA-TAAT-TT-TTTT-TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGACATAATTATTTTATGACAAAG
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA-
* * * *
24512 CCAAAA-GTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT-AAAAATATTTAAACTTGTT
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* * * * * *
24575 CGTTAAAAAGATTAATCCTTTAAATCTTTTAAC-CATTAATTTTTTAAATATT
129 C-ATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
24627 AATAAATTAATATTGTTTTATTTCAAATAAGCATGCATGAATAGAAATAATTATTATATGATAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * *
24692 ATAAAAGGTGAGACTTATTTGAAATATG-TAATTGTTCAAATA-ACATAATTATTTCAACTTGTT
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTG-T
* * * * *
24755 TGAAAAACAGATTTATCTTTTAAATCATTCACTTATTAA-TTTTAAGAATATT
128 TCATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* ** * * ** *
24807 AATAAATTAATATTATTTTATTCT-ACATAAGATTATATGAATAGAAATAATTATTCTACAATAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATT-TGA-ATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAA
** * * * *
24871 AA-AAAGAGAACATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT-ATAACTA-TTAAACTTG
64 AACAAA-AGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *** *
24933 TTCAGTAAATAGAGTTATCCTTTAAATCCCATACTCATTAATTTTTGAAATATT
127 TTCA-TAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * * *
24987 AATAAATAAATATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGCATGCAA-TGAAACAATTGTTTCATAACAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGCATG-AACAGAAATAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
25051 AACAAAATGTCAAAACTATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA-GCTATAACTATTTGAACTTGT
64 AACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTC-ATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
25115 TCGTTAAATATATTTATCTTTT-AATCATTTACATATTAATTTTAG-AATATT
128 TC-ATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *** ** * * * * *
25166 ACTACATTAATATTATTTTACTCCAAATAATATTGTATAAACAGAAAAAATTATTCTATGATAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* ** * * *
25231 ACAAAAGGTCAAAATTATTTGAAATATTTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGTACTTGCTC
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* *** *
25296 GATAAACAAATTTAAT-TTTTAAATCCGCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
130 -ATAAACAGATTT-ATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
25347 GATAAATTAA-ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * *
25411 ACAAAGGGTCCTAATTATTTGAAATTGA-AA--ATT----T-TTCA-AATCTATTTGAACTTGTT
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAA-CTATTTGAACTTGTT
* * * * *
25467 CAGTAAATAGATTTAT-TTTCTTAATTTTTTTCTTATTAATTTTT-ATAACATT
129 CA-TAAACAGATTTATCTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * ** * * * *
25519 AATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTAAATGAACATATACAATTATTTTATGAGAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * *
25584 ATAAAAGGTCTTAATTA-TTGAAATAAATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATATGAACTTGTT
65 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-ATTCATAACTATTTGAACTTGTT
* *
25647 CATCAAACAAATTTATCTTTTAAATCATTTT-CTTATTAATTTTTGTAATATT
129 CAT-AAACAGATTTATCTTTTAAATC-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
25699 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTACATGAATATAAATAATTATTTTTTAACAAA
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* * * * * * * * *
25764 ACAAAAAGTCATAATTATTTTAAAAAGATAACTATCCGAATAGTCGTAACCATTTGAA-TGTGTT
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* * * **
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129 C-ATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
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* * * *
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*
26000 ------A-AGATTTATTTTTTAAATTCTTTT-CTTATTAATTTTT-AGAATATT
128 TCATAAACAGATTTATCTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * ** * * * * * * * * * *
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1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * *
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* * ***
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* ** * ** * * * *
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1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
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* * * *
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* ** ** * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
26531 TCAGTAAATAGATTTATCTTTTAAATCCTTTACCTATTAAATTTTAAAATATT
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* ** * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * ** * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
27075 ATATTCGGTAAGTAGATTTATCATTTAAATCTTATACTTATTAATTTTTAAAATATT
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** * * * * *
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1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATG---AAC-AGAAATAATTATTTTATGA
* * * * *
27197 CAAAGC---A-TTCATAAATATTTGAAATTGATAATTATTCAAATATTCATAAATATTTGAACTT
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* * * * *
27258 ATTCGGTAAACAAATGTAT-TTGTTAAATCTCTTACTTTATTAATTTTTGAAATATT
126 GTTC-ATAAACAGATTTATCTT-TTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTGAAATATT
** * * * * *
27314 AATAAATTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTTAATAGAAACAAATGTTTTATGTA-A
1 AATAAATTA-ATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATG-ACA
* * * * * * * * * * ** * * *
27377 AAACAAATGGTCATAATGATATGAAATGGATGATTGTTAAAACAATCTTATTTATTTTAAATTAT
63 AAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTT-G
* * * *
27442 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT-TTAATTATT-AGAATATT
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* ** * * * *
27494 AATAAATTATTATTATTTTATCCCGAATAAGCTGGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * ** *
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** * *
27623 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
128 TCATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTT
27651 CTATTAATTT
Statistics
Matches: 3650, Mismatches: 802, Indels: 393
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 59 0.02
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Consensus pattern (179 bp):
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Found at i:24658 original size:900 final size:890
Alignment explanation
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23156 ACTTTTGTTT
** * * *
23166 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT-ATGATTTTATTCCAAATAAGCATGCATGAATAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAAT-ATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATAGAA
* *
23230 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
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*** * * * * ** *
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** * * * * *
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* * * *
23423 GACAAAACAAAATATTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAGTAGTGATAACTATTTACAA
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* * * * * * * *
23488 TAG-TTCAATAAACAG-ATTAACCTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATATTT-GTCATATTAATAA
319 TTGCTT-GATAAAAAGAATTAA-TTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAA
* * * * *
23550 ATTGATGTCATTTTATTCTGAAATAAACTTATATGAAAAAAAATAATTATTTTATCACAAAACAA
381 ATTAAT-T-ATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
23615 AACGTCATAATTTTTTTAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATACCTATTTAAACTTGTTC-TAT
443 AA-GTCATAATTATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAAT--TAACTATTTAAACTTGTTCGT-T
* * *
23679 AAACAA-ATTTATCTTTTAAATCTTATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTAT
504 AAA-AAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTAT
* *
23743 TTTAGTTTGAATAAGCTTCCATGAACAAAAATAATTATTCTATGACAAAATAAAAGGTTATAATT
568 TTTA-TTTGAATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTATTATATGACAAAATAAAAGGTTATAATT
* * * * *
23808 ATTTGTAATAAACAATTGTTCAAATATTCATAAATATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGGTTAAT-
632 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-TCATAAATATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATC
* *
23872 TTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTGAATTA
696 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAA
* * * * * *
23936 TCTTACATGAACAGAATTAATTATTGTATGACAAAATAAAAATATCATAATTATTTGAAATAGAT
760 ACTTACATGAATAGAAATAATTATTCTATAACAAAA-AAAAA-ATCATAATTATTTAAAATAGAT
* * * * **
24001 AATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTTATTC-GATAAACAGATTTATACTTTAAATCTTA
823 AATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTAAACTTATTCAG-TAAACAGAGTTATACTTTAAATCCCA
24065 TA-TC
886 TACTC
* * * * *
24069 ATTCATTTTATTCTG-TATATTAATAAGTTAATAATATTTGATTTCGAATAAGCTTGCATGAATA
1 ATT-A-ATT-TT-TGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATA
* * *
24133 GAAGA-AATTATTTTATAACAAAATAAAAATGTTGTAATTATTTGAAATAGATGATTATTCAAAT
62 GAA-ACAATTATTTTATAACAAAA-CAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* *
24197 AGTGATAACAATTTGAACTTATTCGGTAAATAGAGTTATGATTTAAATATTTTACTTTTAAATTT
125 AGT-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTAT-ATTTAAATATTTTACTTTT-AATTT
* * * *** *
24262 TTGTCATATTAATAAATTATTATCATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAAAAGAATCAAATT-T
187 TTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAA-CAAATTAT
* * * * *
24326 TCTACGACAAAACAAAATGTCATAATTTTTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAACTATT
250 TCTAAGACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* *
24391 TAATTTGCTTGGTAAAAAGAATT-ATTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
315 TAAATTGCTTGATAAAAAGAATTAATTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * *
24455 AA-TAATT-TTTT-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGACATAATTATTTTATGACAAAGCCAAA
380 AATTAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAA-ACAAA
* *
24517 AGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTAAAAATATTTAAACTTGTTCGTTAAA
444 AGTCATAATTATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAATT--AACTATTTAAACTTGTTCGTTAAA
* * * *
24582 AAGATTAATCCTTTAAATCTTTTAAC-CATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTGTTTT
507 AAGATTTATCTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * * * *
24646 ATTTCAAATAAGCATGCATGAATAGAAATAATTATTATATGATAAAATAAAAGGTGAGACTTATT
571 ATTT-GAATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTATTATATGACAAAATAAAAGGTTATAATTATT
** * * * *
24711 TGAAATATGTAATTGTTCAAATAACATAATTATTTCAACTTGTTTGAAAAACAGATTTATCTTTT
635 TGAAATAAATAATTGTTCAAATATCATAAATATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATCTTTT
* * *
24776 AAATCATTCACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-ACATAAGA
700 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGA-ATAA-A
* * *
24839 -TTATATGAATAGAAATAATTATTCTACAATAAAAAAAGAGAA-CATAATTATTTAAAATAGATA
761 CTTACATGAATAGAAATAATTATTCTATAACAAAAAAA-A-AATCATAATTATTTAAAATAGATA
* * * * * *
24902 ATTGTTTAAATAGTTATAACTATTAAACTTGTTCAGTAAATAGAGTTATCCTTTAAATCCCATAC
824 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTAAACTTATTCAGTAAACAGAGTTATACTTTAAATCCCATAC
24967 TC
889 TC
* * * *
24969 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAATATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGCATGCAAT-GAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATG-AATAGAA
* * * * * * *
25033 ACAATTGTTTCATAACAAAACAAAATGTCAAAACTATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCTA
65 ACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA
* * * * * * *
25098 TAACTATTTGAACTTGTTCGTTAAATATATTTATCTTTTAATCA-TTTACATATTAATTTTAGAA
129 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATATTTAAAT-ATTTTAC-TTTTAATTTTTGAA
* * * * *
25162 TATTACTACATTAATATTATTTTACTCCAAATAATA-TTGTAT-AAACAGAAAAAATTATTCTAT
192 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAAA-AGAACAAATTATTCTAA
* * * ** * * *
25225 GATAAAACAAAAGGTCAAAATTATTTGAAATATTTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGTAC
255 GACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAA
* * *** * *
25290 TTGCTCGATAAACAA-ATTTAATTTTTAAATCCGCTACTTATTAATTTTTAAAATATTGATAAAT
319 TTGCTTGATAAA-AAGAATTAATTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
25354 TAAATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGG
383 T-AATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA-AG
* * * * *
25419 TCCTAATTATTTGAAATTGAAAATTTTTC--A-AA-T--CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAG
446 TCATAATTATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAATTAACTATTTAAACTTGTTC-GTTAAAAAG
* * * * *
25477 ATTTAT-TTTCTTAATTTTTTTCTTATTAA-TTTTTATAACATTAATAAATTACTATTATTTTAT
510 ATTTATCTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * * * * *
25540 TTTGAATAAACTTAAATGAACATATACAATTATTTTATGAGAAAATAAAAGGTCT-TAATTA-TT
572 TTTGAATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTATTATATGACAAAATAAAAGGT-TATAATTATTT
* * * * * *
25603 GAAATAAATAATTGTTTAAATCATCATAACTATATGAACTTG-TTCATCAAACAAATTTATCTTT
636 GAAATAAATAATTGTTCAAAT-ATCATAAATATTTAAACTTGTTTGAT-AAACAGATTTATCTTT
*
25667 TAAATCATTTT-CTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAAC
699 TAAATC-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAAC
* * * *
25731 TTACATGAATATAAATAATTATTTTTTAACAAAACAAAAAGTCATAATTATTTTAAAA-AGATAA
762 TTACATGAATAGAAATAATTATTCTATAACAAAA-AAAAAATCATAATTA-TTTAAAATAGATAA
* * * * * * * * * * * * * ****
25795 CTATCCGAATAGTCGTAACCATTTGAA-TGTGTTCAATATACAAATTTAT-CTTTTAAATATTTT
825 TTGTTCAAATAATCATAACTA-TTAAACT-TATTCAGTAAACAGAGTTATAC-TTTAAATCCCAT
*
25858 ACTT
887 ACTC
** * ** * *
25862 ATTAATTTTTTCAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT-AG-TTGCCATAAACAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTG-CATGAATAGAA
* * * * * *** *
25925 ATAACTATTCTATGACAAAACAAAAGGCCGTAATTATTTGAAATAGATAACTATTTC-AATAGTC
65 ACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT-
* *
25989 ATAACTATTTGAA--GA-T---T---T--A-TT-T-TTTAAAT-TCTTTTCTTATTAATTTTTAG
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATATTTAAATAT-TTTACTT-TTAATTTTT-G
* * ** ** * * * *
26039 AATATTATTAAATTAATACTATCATATTTTAAAAAAACTTGCT-TGAATAGAA-ACATTTGTTCT
190 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTG-TATGAAAAGAACA-AATTATTCT
* * * * * * *
26102 ATGAAAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATATTCATAA-TCATTTA
253 AAGACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTA
* ** * * ** * *
26166 AACTTG-TTCAGTAAGCAG-ATTTATCTTTT-AA--ATTTA-TTTTTAATTTCCAAAATATTAAG
317 AA-TTGCTTGA-TAAAAAGAATTAAT-TTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* ** * * * *
26225 AAATTAATATTATTTTATTTTGACCAAGTTTGTGT-AAATAGAAAT-ATTGTTTTATGAAAAAAC
379 AAATT-A-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAATAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * *
26288 AAAATGTCTTAATTATTTGAAATATG-TAATTATTCAAATAATAATAACTACTT-GATTTTTTAC
441 AAAA-GTCATAATTATTTGAAAT-TGATAATTATTCAAATAAT--TAACTATTTAAACTTGTT-C
* * * * * * * *
26351 GATAAACAGATTTAAT-TTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTTTTGAGATGTTAAAAAATTAATAT
501 GTTAAAAAGATTT-ATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATAT
** ** ** * * * * * *
26415 TATTTTTATTCAAAATAAAATTACAAAAACAAAAATAATTGTTCTGTGACAAAACAAAAGATCAT
565 TA-TTTTATT-TGAATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTATTATATGACAAAATAAAAGGTTAT
* * * * * * * * *
26480 GATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTTTTTCAGTAAATAGAT
628 AATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-TCATAAATATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAGAT
* * * * * ** * * *
26544 TTATCTTTTAAATCCTTTACCTATTAAATTTTAAAATATTAGTGTACTAAAATTATTTAATTTTG
691 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTG
** * * * * * * ** * * *
26609 AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTCTGTGACAAAACAAATGTCAAAATAATTTGAAATA
755 AATAAACTTACATGAATAGAAATAATTATTCTATAACAAAAAAAAAATCATAATTATTTAAAATA
* * * * * * * * * ** * *
26674 GTTAATTATTCAAATAATTATAATTATTTGAATTTATTCTGTAAACAAATTTATTTTTTTAATAC
820 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTAAACTTATTCAGTAAACAGAGTTATACTTTAAATCC
** * *
26739 GTTAATT
884 CATACTC
* * * * * * *
26746 ATTAATTTTTTTAAATATTAGTAAATCAA-AATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGA
1 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATAA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATAGA
* * * * * * *
26810 AATAATTATTTTATAACAAAATAAAA-GATTATAATCAATTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
64 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAATG-TTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * ** * * * * *
26874 AATAATTATTTGACCTTCTTAGATGCACAAATTTATCTTCTAAATCTTTTACTTATTCATTTTTG
128 -ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATATT-TAAATATTTTACTT-TTAATTTTTG
* * * * *
26939 AATTATTAATAACTAAATATT-TTTCTATTCAAAATAAACTTTTAT-AAATAGAA-ACAATTGTT
190 AA-TATTAATAAATTAATATTATTT-TATTCCAAATAAACTTGTATGAAA-AGAACA-AATTATT
* * * * * * *
27001 TTATGACAAAATAAAATGTGATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTGTTCAAATACTCATAAC
251 CTAAGACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAAATAA----T-TATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
27066 TATTTGATCATATT-C--GGTAAGTAG-ATTTATCATTTAAATC-TTATACTTATTAATTTTTAA
311 TATTT-A--A-ATTGCTTGATAAAAAGAATTAAT-TTTTAAATCATT-TACTTATTAATTTTTAG
* ** *
27126 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGTTTTACAAA-AAAAAATTAT
370 AATATTAATAAATT-A-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG----A-AAAGAAATAATTAT
* * * * * *
27190 TCTATGACAAAGC---ATTCATAAATATTTGAAATTGATAATTATTCAAATATTCATAAATATTT
428 TTTATGACAAAACAAAAGTCATAATTATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAAT--TAACTATTT
* * * * * *
27252 GAACTTATTCGGTAAACAA-ATGTAT-TTGTTAAATCTCTTACTTTATTAATTTTTGAAATATTA
491 AAACTTGTTCGTTAAA-AAGATTTATCTT-TTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTTAAATATTA
*** * * * * * * *
27315 ATAAATTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTTAATAGAAACAAATGTTTTATGTA-AA
553 ATAAATTA-ATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTATTATATG-ACAA
* * * * * ** * * * * ** *
27378 AACAAATGGTCATAATGATATGAAATGGATGATTGTTAAAACAATCTTATTTATTTTAAA-TTAT
615 AATAAAAGGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TATCATAAATA-TTTAAACTTGT
* * * *
27442 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT-TTAATTATT-AGAATATTAATAAATTATT
678 TTGATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAAT
** * *** * * * * * * *
27505 ATTATTTTATCCCGAATAAGCTGGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAACAAGTCA
742 ATTATTTTAT-TTGAATAAACTTACATGAATAGAAATAATTATTCTATAACAAAA-AAAAAATCA
* * * ** * * * * ** * *
27570 TAATGATTTGAAATTGATAATTGTAAAAATATTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAAT
805 TAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTAAACTTATTCAGTAAACAGAG
** *
27635 TTATTTTTTAAAT--C-TTCT-
869 TTATACTTTAAATCCCATACTC
* * *
27653 ATTAA-TTTT----CA-TAAT--A-T--T-A-A----ACTT---ATAA----G-A--ACT-GAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAA
* * * * ** * **
27690 CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCAT
66 CAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AT
* * * * *
27755 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTT-TTTTTAAATATTTTACTTATTAAGTTTTGGAAT
130 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATATTTAAATATTTTACTT-TTAA-TTTTTGAAT
* * * * * * * *
27819 ATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTC-AATAACCTTGTATGAATAGGAAC-AATTATTTTATG
193 ATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTGTATGAA-AAGAACAAATTATTCTAAG
* * * * * * *
27882 ACAAAACAAAACGTCAGAATGATTTGAGATAGATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAACT
256 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T
* * * * *
27947 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACCTCA--TACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA
320 TGCTTGATAAAAAGAATTAATTTTTAAA--TCATTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * * * *
28009 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAAAAAAA
382 TTA--ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* ** * ** * * * * * * * *
28074 GGCCATAACGATTTGTAATAAATGATTATTTAAACAGTCATAACTCTTCAAACTTATTTGGTTAA
445 -GTCATAATTATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAAT--TAACTATTTAAACTT-GTTCGTTAA
* * ** * ** * *
28139 CAA-ATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTATTGATTTTCAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT
506 AAAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
** * *** * * * * * * * *
28203 ATTCCAAATAAACTGGTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATT
571 ATT-TGAATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTATTATATGACAAAATAAAAGGTTATAATTATT
* * * * * * ** *
28268 AGAATTATATAATTGTTCAAATAGTAATGACTACGTGAA-TGTGTTT-AGTAAACAGATTTAT-T
635 TGAAATAAATAATTGTTCAAATA-TCATAAATATTTAAACT-TGTTTGA-TAAACAGATTTATCT
* * *
28330 TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTGAATAAG
697 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAA
* ** * * * * ** * **
28394 TTTGTATGAACAAAAACAATTACTT-TATACCAAAACAAAATGTCATAATCATTCGAAATAGATA
761 CTTACATGAATAGAAATAATTA-TTCTATAACAAAA-AAAAAATCATAATTATTTAAAATAGATA
* * * * * * ** * * * ** ***
28458 ATTATTCAAATAGTCATTATTATCTGAACTTGTTTGGCAAATA-A-TTTTTTTTTAAATCTTTTA
824 ATTGTTCAAATAATCATAACTAT-TAAACTTATTCAGTAAACAGAGTTATACTTTAAATCCCATA
28521 CAT-
888 C-TC
* * * * * * * * *
28524 ATTAATTTTT-AGAATATTAGTAAATTAGTATTATCTTATTTCTAATTAGCTTGTATTAA-CGAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATAG-A
* ** * * * * * * * *
28587 AATAATGGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGACATATATAATTTTTCAAAT-GTC
64 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-
* * * * *
28651 ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATATTTAAATATTTTACTT-TTAATTTTT-GA
* * * *
28716 ATATTAATAAA-T--TATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAAAAAC-AATTGTTTTAT
191 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-AAGAACAAATTATTCTA-
** ** * * *
28777 A-ACAAAACAAAGGGAAATAA-CACTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTTA
254 AGACAAAACAAAATGTCATAATTA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTA
* * * * * * * * *
28840 ACTTG-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAA
317 AATTGCTTGA-TAAAAAGAATTAATTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-A
* * * * ** * * * *
28904 ATTATTATTATTATTTTATTCCGAATAAACTTCTATGAACATTAACAAATATTTTATGGCAAAGC
380 A--ATTA--ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * * *
28969 AAAATATTTTAATGATTTGAAATAT-ATAGTTGTTCAAAT-ATTCATAATCATTTAAACTTGTTC
441 AAAA-GTCATAATTATTTGAAAT-TGATAATTATTCAAATAATT-A-ACT-ATTTAAACTTGTTC
** * * * *
29032 -AAAAAATAGATATATTTTTTAAATCTCTTT-TTTATT-ATTTTTTGAAGTATTAATAAATTAAT
501 GTTAAAA-AGATTTATCTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTT-AAATATTAATAAATTAAT
29094 ATTATTTTAT
563 ATTATTTTAT
29104 GTTAGCTTAA
Statistics
Matches: 3950, Mismatches: 821, Indels: 532
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
866 2 0.00
867 32 0.01
868 5 0.00
869 119 0.03
870 155 0.04
871 152 0.04
872 16 0.00
873 2 0.00
875 71 0.02
876 117 0.03
877 25 0.01
878 115 0.03
879 111 0.03
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881 3 0.00
882 8 0.00
883 57 0.01
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885 161 0.04
886 76 0.02
887 3 0.00
888 3 0.00
889 5 0.00
891 44 0.01
892 304 0.08
893 103 0.03
894 95 0.02
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898 70 0.02
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904 2 0.00
905 10 0.00
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910 120 0.03
911 216 0.05
912 52 0.01
913 1 0.00
914 3 0.00
915 16 0.00
916 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
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ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAA
CAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATA
ACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATATTTAAATATTTTACTTTTAATTTTTGAATATT
AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAACAAATTATTCTAAGACAAA
ACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGCTTG
ATAAAAAGAATTAATTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATTATT
TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATTAT
TTGAAATTGATAATTATTCAAATAATTAACTATTTAAACTTGTTCGTTAAAAAGATTTATCTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTA
CATGAACAAAAATAATTATTATATGACAAAATAAAAGGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTGT
TCAAATATCATAAATATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAACTTACATGAATAGAAATAAT
TATTCTATAACAAAAAAAAAATCATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
TTAAACTTATTCAGTAAACAGAGTTATACTTTAAATCCCATACTC
Found at i:25968 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 22820--27647 Score: 2981
Period size: 362 Copynumber: 13.4 Consensus size: 361
22810 TTAGTGTATG
* * * ** * * * *
22820 AATAAAATAATATTATTTTATTT-GAAGCAAGCTTTTACGAATAGAAATAGTTGTTTTATGACAC
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAA-TAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAA
* * * * * * *
22884 AATAAAATATCATAA-TAGTTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTTGT
65 AACAAAATGTCATAATTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC----
* * * * * * * * *
22948 TTGTTGGAA-AAACAAATGTATCTTTTAAATACTTTACTTTTTAATTTTCATACTACTAATATAT
125 TTGTT-CAATAAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * ** * * * * *
23012 AAACATTATTTTTTTC-AAATAAAATTGTATGAACAGAAATAGTTGTT-TGATGATAAAACAATA
189 TAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCT-ATGACAAAACAAAA
* * * * * ** *
23075 GGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTTAAATTA-TTACAACTATTTTAACTTAATCAAACA
253 GGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATA-A
* * ** **
23139 AC-AATTTATTTTTTAAAACTTTTGTTTATTAATTTTCAAAATATT
316 ACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
23184 AATAAATTAATATGATTTTATTCCA-AATAAGCATGCATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATT-TAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAA
* *** *
23248 AACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATACAAACTTATT
65 AACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * ** * * ** *
23313 CAGTAAA-AAGATTTATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAGTTTTTGGAATGCTAAT-AATTAACA
130 CAATAAACAA-ATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
** * * * * ** *
23376 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAATATTAT
194 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
23441 AATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAGTAGTGATAACTATTT-ACAATAGTTCAATAAACAGAT
259 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTC-ATAAACAAAT
* * * * **
23505 TAACCTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATATTTGTCATATT
322 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * ** * * *
23545 AATAAATTGATGTCATTTTATTCT-GAAATAAACTTATATGAAAAAAAATAATTATTTTATCACA
1 AATAAATTAATATTATTTTATT-TAG-AATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACA
* * * * * *
23609 AAACAAAACGTCATAATTTTTTTAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATACCTATTTAAACTTGT
64 AAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
23674 TCTATAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTATACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAAT
129 TCAATAAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAAT
* * * *
23738 ATTATTTTAGTT-TGAATAAGCTTCCATGAACAAAAATAATTATTCTATGACAAAATAAAAGGTT
193 ATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ** **
23802 ATAATTATTTGTAATAAACAATTGTTCAAATATTCATAAATATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGG
257 ATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAACAAA
* *
23867 TTAAT-TTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATT
321 TTTATCTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
23908 AATAAATTAATATTATTTT-TTT-GAATTATCTTACATGAACAGAATTAATTATTGTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
23971 ATAAAAATATCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTTATT
66 A-CAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * * * *
24036 CGATAAACAGATTTATAC-TTTAAATCTTATA-TCATTCATTTTATTCTGTATATTAATAAGTTA
130 CAATAAACAAATTTAT-CTTTTAAATATTTTACTTATT-AATTT-TT-AGAATATTAATAAATTA
* * * * * *
24099 ATAATATTTGATT-TCGAATAAGCTTGCATGAATAGAAGA-AATTATTTTATAACAAAATAAAAA
191 ATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAA-ATAATTATTCTATGACAAAA-CAAAA
* ** * * * * *
24162 TGTTGTAATTATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTGATAACAATTTGAACTTATTCGGTAAA
253 GGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAA
* * * ** * **
24227 TAGAGTTATGATTTAAATATTTTACTT-TTAAATTTTTGTCATATT
317 CAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAAATATT
* * * ** * * *
24272 AATAAATTATTATCATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAAAAG-AATCAAATT-TTCTACGACA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAAT--AATTATTTTATGACA
* * * *
24335 AAACAAAATGTCATAATTTTTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAACTATTT-AATTTGC
64 AAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
** *
24399 TT-GGTAAA-AAGAATTAT-TTTTAAATCA-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-T-
128 TTCAATAAACAA-ATTTATCTTTTAAAT-ATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * *
24458 A-ATT-TTTT-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGACATAATTATTTTATGACAAAGCCAAAA-G
191 ATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAA-ACAAAAGG
* * * * * *
24519 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTAAAAATATTTAAACTTGTTCGTTAAA-A
255 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACA
* * * *
24583 AGATTAATCCTTTAAATCTTTTAAC-CATTAATTTTTTAAATATT
319 A-ATTTATCTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
24627 AATAAATTAATATTGTTTTATTTCA-AATAAGCATGCATGAATAGAAATAATTATTATATGATAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * *
24691 AATAAAAGGTGAGACTTATTTGAAATATG-TAATTGTTCAAATA-ACATAATTATTTCAACTTGT
65 AACAAAATGTCATAATTATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
* * * *
24754 TTGAA-AAACAGATTTATCTTTTAAATCA-TTCACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAA
128 TTCAATAAACAAATTTATCTTTTAAAT-ATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
* ** * ** * *
24817 TATTATTTTATTCT-ACATAAGATTATATGAATAGAAATAATTATTCTACAATAAAA-AAAGAGA
192 TATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAA-AGG
* * * * * * *
24880 ACATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTA-TTAAACTTGTTCAGTAAATA
255 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAACA
* * * *** *
24944 GAGTTATCCTTTAAATCCCATACTCATTAATTTTTGAAATATT
319 AATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
24987 AATAAATAAATATTGTTTTATTTCA-AATAAACTTGCATGCAAT-GAAACAATTGTTTCATAACA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAACTTGCATG-AATAGAAATAATTATTTTATGACA
* * * *
25050 AAACAAAATGTCAAAACTATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAG-CTATAACTATTTGAACTTG
64 AAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG
** * * * * *
25114 TTCGTTAAATATATTTATCTTTT-AATCA-TTTACATATTAA-TTTTAGAATATTACTACATTAA
128 TTCAATAAACAAATTTATCTTTTAAAT-ATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
* ** ** * * * *
25176 TATTATTTTACTCCAAATAATATTGTATAAACAGAAAAAATTATTCTATGATAAAACAAAAGGTC
192 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * *
25241 AAAATTATTTGAAATATTTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGTACTTGCTCGATAAACAAA
257 ATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAA
*** *
25306 TTTAAT-TTTTAAATCCGCTACTTATTAATTTTTAAAATATT
321 TTT-ATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * * * * *
25347 GATAAATTAA-ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAA
** * * * *
25411 ACAAAGGGTCCTAATTATTTGAAATTGAAAATTTTTC--A-A---AT--CTATTTGAACTTGTTC
66 ACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * * * *
25468 AGTAAATAGATTTAT-TTTCTTAATTTTTTTCTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTACTAT
131 AATAAACAAATTTATCTTT-TAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATAT
* * ** * * * * * * *
25532 TATTTTATTTTGAATAAACTTAAATGAACATATACAATTATTTTATGAGAAAATAAAAGGTCTTA
195 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
25597 ATTA-TTGAAATAAATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATATGAACTTGTTCATCAAACAAATT
260 ATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAT-AAACAAATT
*
25660 TATCTTTTAAATCATTTT-CTTATTAATTTTTGTAATATT
323 TATCTTTTAAATC-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
25699 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTACATGAATATAAATAATTATTTTTTAACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * *
25764 ACAAAAAGTCATAATTATTTTAAAAAGATAACTATCCGAATAGTCGTAACCATTTGAA-TGTGTT
66 ACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT
* **
25828 CAATATACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTCAATATTAATAAATTAATAT
130 CAATAAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATAT
* * * * *
25893 TATTTTATTTTGAAT-AG-TTGCCATAAACAGAAATAACTATTCTATGACAAAACAAAAGGCCGT
195 TATTTTATTCTGAATAAGCTTG-CATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*
25956 AATTATTTGAAATAGATAACTATTTC-AATAGTCATAACTATTTGAA---G-----------ATT
259 AATTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAACAAATT
*
26006 TATTTTTTAAATTCTTTT-CTTATTAATTTTT-AGAATATT
323 TATCTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * ** * * * * * * *
26045 ATTAAATTAATACTATCATATTTTA-AAAAAACTTGCTTGAATAGAAACATTTGTTCTATGAAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTA-TTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAA
* * * * *
26109 AACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATATTCATAA-TCATTTAAACTTGT
65 AACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGT
* * * * ** * *
26173 TCAGTAAGCAGATTTATCTTTT-AA-A-TTTA-TTTTTAATTTCCAAAATATTAAGAAATTAATA
129 TCAATAAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
* ** * ** * * * * * * *
26234 TTATTTTATTTTGACCAAGTTTGTGTAAATAGAAAT-ATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCTT
194 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
26298 AATTATTTGAAATATG-TAATTATTCAAATAATAATAACTACTTG-ATTTTTTACGATAAACAGA
259 AATTATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-C-ATAAACAAA
* * * *
26361 TTTAAT-TTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTTTTGAGATGTT
321 TTT-ATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * ** * * * * *
26402 AAAAAATTAATATTATTTTTATTCAAAATAAAATTACAAAAACAAAAATAATTGTTCTGTGACAA
1 AATAAATTAATATTA-TTTTATTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
26467 AACAAAA-GATCATGATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAATTTTT
65 AACAAAATG-TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * ** * * * * ** * *
26531 TCAGTAAATAGATTTATCTTTTAAATCCTTTACCTATTAAATTTTAAAATATTAGTGTACTAAAA
129 TCAATAAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
* * * * * * * * *
26596 TTATTTAATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTCTGTGACAAAAC-AAATGTCAA
194 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
26660 AATAATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATTATAATTATTTGAATTTATTCTGTAAACAAATT
259 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAATT
* * * * *
26725 TATTTTTTTAATAC-GTTAATTATTAATTTTTTTAAATATT
323 TATCTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATT
* * * * ** * * *
26765 AGTAAATCAAAATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATAACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * * * * *
26830 ATAAAA-GATTATAATCAATTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTAATAATTATTTGACCTTCTT
66 ACAAAATG-TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
** * * * * *
26894 -AGATGCACAAATTTATCTTCTAAATCTTTTACTTATTCATTTTT-GAATTATTAATAACTAAAT
130 CA-ATAAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAAT
** * ** * * * * * * * *
26957 ATT-TTTCTATTCAAAATAAACTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTG
193 ATTATTT-TATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
27021 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTGTTCAAATACTCATAACTATTTGATCATATTCGGTAA
257 ATAATTATTTGAAATAGATAA----T-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAA
** * * * *
27086 GTAGATTTATCATTTAAATCTTATACTTATTAATTTTTAAAATATT
316 ACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
27132 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGTTTTACA-AAAAAAAATTATTCTATG
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGCATG----A-ATAGAAATAATTATTTTATG
* * * * *
27196 ACAAAGC---AT-TCATAAATATTTGAAATTGATAATTATTCAAATATTCATAAATATTTGAACT
61 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
27257 TATTCGGTAAACAAATGTAT-TTGTTAAATCTCTTACTTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA
126 TGTTCAATAAACAAATTTATCTT-TTAAATATTTTAC-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* ** * * * * * *
27320 TTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTTAATAGAAACAAATGTTTTATGTA-AAAACAA
188 TTA-ATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATG-ACAAAACAA
* * * * * * * * * * ** * * * *
27383 ATGGTCATAATGATATGAAATGGATGATTGTTAAAACAATCTTATTTATTTTAAATTATTTGATA
251 AAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCATA
* * * *
27448 AACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTT-TTAATTATT-AGAATATT
315 AACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* *** * * * * * *
27494 AATAAATTATTATTATTTTATCCCGAATAAGCTGGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAA
* * * ** * *
27559 ACAACAA-GTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTAAAAATATTCATAACAATTTGAACTTGTT
66 ACAA-AATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
*** *
27623 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
130 CAATAAACAAATTTATCTTTTAAAT
27648 CTTCTATTAA
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ACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
AATAAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
ATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAACAAATTTAT
CTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
Found at i:27222 original size:35 final size:33
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27173 TTACAAAAAA
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* *
27218 AAATTGATAAT-TATTCAAATATTCATAAATATTTG
1 AAATT-AT--TCTATACAAACATTCATAAATATTTG
*
27253 AACTTATTC
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27262 GGTAAACAAA
Statistics
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*
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*
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1 TG
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TGTTTTATATAAAAACAAA
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27676 TATAAGAACT
* ** **
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * **
27930 TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACCTCATACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
*
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131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * * * * * * *
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1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * ** * *
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* * ** * *
28176 AAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTGGTATAAATA
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * * *
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1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
28292 TAATGACTACGTGAA-TGTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT
66 TCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
28354 TAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTTGAATAAGTTTGTATGAACA
130 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * *
28406 AAAACAATTACTTTAT-ACCAAAACAAAATGTCATAATCATTCGAAATAGATAATTATTCAAATA
1 GAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
28470 GTCATTATTATCTGAACTTGTTTGGCAAATA-ATTT-TTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTT
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* * * * * *
28533 T-AGAATATTAGTAAATTAGTATTATCTTATTTCT-AATTAGCTTGTATTAA-C
130 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAAATAAACTTGTATGAATA
* ** * * * *
28584 GAAAATAATGGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGACATATATAATTTTTCAAAT-
1 G-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
28648 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* **
28712 TGGAATATTAATAAA-T--TATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATA
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * ** * *
28761 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGGAAATAA-CACTTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
28825 GTTATAACTATTTTAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
28890 TGGAATATTAATAAATTATTATTATTATT-TTATTCCGAATAAACTTCTATGAACA
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATT-TT--AAATAAACTTGTATGAATA
** * * * ** ** * * *
28945 TTAACAAATATTTTATGGCAAAGCAAAATATTTTAATGATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAT
1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* **** * * *
29010 TCATAA-TCATTTAAACTTGTTCAAAAAATAGATATATTTTTTAAATCTCTTT-TTTATTATTTT
66 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT
* *
29073 TTGAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTAT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
29104 GTTAGCTTAA
Statistics
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GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA
Found at i:28321 original size:690 final size:700
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26978 TTTTATAAAT
* * * *
26988 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTGATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTGTTC
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* * * * * * * * *
27053 AAATACTCATAACTATTTGATCATATTCGGTAAGTAGATTTATCATTTAAATCTTATACTTATTA
62 -AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTT-T-TTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * *
27118 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGTTTTACAAAAAA
124 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAACTTGTATG----A-AAGAAA
* * ** * * *
27183 AAATTATTCTATGACAAAGC-ATTCAT-AAAT-ATTTGAAATTGATAATTATTCAAATATTCATA
184 AAATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
27245 AATATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATGTATTTGTTAAATCTCTTACTTTATTAATTTTTGAAA
249 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
27310 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTTAATAGAAACAAATGTTTTATGT
313 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGT
* * * * ** * * ** * *
27375 AAAAACAAATGGTCATAATGATATGAAATGGATGATTGTTAAAACAATCTTATTTATTTTAAATT
378 AAAAAAAAAAGGCCATAACGATATGAAATAAATGATTATTAAAACAATCATAACTACTTCAAATT
* * * *
27440 ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTTTAATTATTAGAATATTAATAAATTATT
443 ATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTTTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGT
* * *
27505 ATTATTTTATCCCGAATAAGCTGGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAACAAGTCA
508 ATTATTTTATCCCAAATAAACTGGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAACAAGTCA
* * * ** *
27570 TAATGATTTGAAATTGATAATTGTAAAAATATTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAAT
573 TAATGATTAGAAATTGATAATTGTAAAAATAGTAATAACAACGTGAACTTGTTTAGTAAACAAAT
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* *
27685 TGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATA
1 AGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATA
* * *
27750 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTTTTTTAAATATTTTACTTATTAAGTTTTG
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
27815 GAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTCAATAACCTTGTATGAATAGGAACAATTATTTTA
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAACTTGTATGAA-AGAAAAAATTATTTTA
* * * *
27880 TGACAAAACAAAACGTCAGAATGATTTGAGATAGATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAA
195 TGACAAAACAAAACGTCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
27945 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
259 CTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* *
28010 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTACG-ACAAAAAAAAA
324 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGTA-AAAAAAAAA
* * * * * *
28074 GGCCATAACGATTTGTAATAAATGATTATTTAAACAGTCATAACT-CTTCAAACTTATTTGGTTA
388 GGCCATAACGATATGAAATAAATGATTATTAAAACAATCATAACTACTTCAAA-TTATTTGATAA
* *
28138 ACAAATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTATTGATT-TTCAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTT
452 ACAAATTTATTTTTTAAATAGTTTACTT-TTAATTATT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
28202 TATTCCAAATAAACTGGTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA-AAGATCATAATGA
515 TATCCCAAATAAACTGGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAACAAG-TCATAATGA
* ** * * *
28266 TTAG-AATTATATAATTGTTCAAATAGTAATGACTACGTGAA-TGTGTTTAGTAAACAGATTTAT
579 TTAGAAATT-GATAATTGTAAAAATAGTAATAACAACGTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTAT
* *
28329 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTGAATAAG
642 TTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTT----ACATTAAT-AATTAATA-TA----TCTT-AATAA-
28394 TTTGTATGAAC
694 ----TATGAAC
* * * * * **
28405 AAAAACAATTACTTTAT-ACCAAAACAAAATGTCATAATC-ATTCGAAATAGATAATTATTCAAA
1 AGAAACAATTATTTTATGA-CAAAATAAAATGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAA
* * * * * *
28468 TAGTCATTATTATCTGAACTTGTTTGGCAAATAATTTTTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * **
28533 TAGAATATTAGTAAATTAGTATTATCTTA-TTTCTAATTAGCTTGTATTAACGAAAATAATGGTT
129 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAACTTGTATGAAAGAAAA-AATTATT
* * * * *
28597 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGACATATATAATTTTTCAAAT-GTCATAACTATTT
192 TTATGACAAAACAAAACGTCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
28661 GAACTTATTCGATAAATAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
256 GAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** * *
28725 AA-T--TATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
321 AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
28776 TAACAAAACA
Statistics
Matches: 891, Mismatches: 153, Indels: 76
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Matches are distributed among these distances:
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721 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
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AGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAACTTGTATGAAAGAAAAAATTATTTTAT
GACAAAACAAAACGTCAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGTAAAAAAAAAAGGC
CATAACGATATGAAATAAATGATTATTAAAACAATCATAACTACTTCAAATTATTTGATAAACAA
ATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTTTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCC
AAATAAACTGGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAACAAGTCATAATGATTAGAAA
TTGATAATTGTAAAAATAGTAATAACAACGTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAATC
TTTACTTATTAATTTTACATTAATAATTAATATATCTTAATAATATGAAC
Found at i:28478 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 28438--28470 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
28428 ACAAAATGTC
*
28438 ATAATCATTCGAAATAG
1 ATAATTATTCGAAATAG
28455 ATAATTATTC-AAATAG
1 ATAATTATTCGAAATAG
28471 TCATTATTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTCGAAATAG
Found at i:30754 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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29576 CTTTTTTACG
* * * * *
29586 ACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGA-TTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA
* ** * * *
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65 TAGTTT-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * * *
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* * ** * * * *
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1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-A
* * * * *
29831 TA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTCTG-----TTAATAAAT
65 TAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAAT
* * * * * ** *
29890 TAGAATTATTTTTTTTG--AATATGTTTATTTTAGTAGAAATAATTGTTTTATA
129 TAGTATTA-TTTTATTGCAAATAAG-TTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * * * *
29942 GCAAAATAAAA-AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-AAA
1 ACAAAACAAAAGA-TTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA
* * * *
30005 TTAGTTTTAGTAAATAAAATTATTTTTTAAATATCTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAA
65 -TAG-TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
* * * ** * ** * * *
30070 ATAGTATTATGTTATAGTGAATAAGCTTGTACAAATAGAAATAATTGTTTTATG
128 TTAGTATTATTTTATTGCAAATAAG-TTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * * * * *
30124 ACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTATATATATA-ATATTTATTCAAATAGTTATAACTAATT-
1 ACAAAACAAAA-GATTATAATGATTTA-A-A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* *
30186 AAACT-GATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTG-AA-A-TATT
62 AAA-TAG-TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATT
* * * * * * *
30247 AAATTACTATTATTTTATTACGAAA-AACTTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATG
125 AAATTAGTATTATTTTATTGC-AAATAA-GTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * *
30304 ACAAAACAAAA-AGTATAATGATTTAAAATAGATAATTACTT-AAATAGTCATAATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA
* * * * * * *
30367 T-GATTCAGTAAATAAAATTAATTTTCAAATCTCTTAGTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAAT
65 TAG-TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * * * ** * *
30431 TAGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACTGAAAAAAAAAATTTACA
129 TAGTATTATTTTATTGCAAATAAGTTA-TATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * **
30484 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAATTATTTGAACA
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-A
* * * * * *
30549 -AG-TTCGACAAATAAATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTATAT
65 TAGTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * * *
30612 CAGTATTATTTTATTGCAAATAAGTTGGTATGAACATAAATAATTATGTTAAA
129 TAGTATTATTTTATTGCAAATAAGTT-ATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * * *
30665 ACAAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAAT
* * * * * * * *
30730 AGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAT-TAATAAATTAGTAGTATTT----TATT-TTGAA
66 AGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT--T-ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
* * * *** * * * * *
30789 TAAGCATGTA--TGATAAAAAATAA-TTAATTTAT-AATA-AAACAA-AATGTCATA
128 TTAGTAT-TATTTTATTGCAAATAAGTT-A--TATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* **** * * * * * * * * * *
30840 ACGATTTGAAATA-AATAATTATTT-GAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGATAAATAAAT
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAG--ATAATT-GTTCAAAT-AGTC-AT-AAT-TAT
** ** * ** * * * **
30903 TT---ATTTTTTA--AAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
59 TTGAAATAGTTTAGTAAA--T-AAATTTATT--TTTTAAATCTCTTACT-TATTAAT-TT-TTGA
* * * * * * * ** * * * * *
30963 AATCTGAATAAGCTT-GTATCAATTGA-AAC-AATTACTT-TATG-ATA-AAACAA--ATTGTCA
116 AATATTATTAA-ATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAGTTATATGAACAGAAATAATTATT-TTA
31020 TA
179 TA
** **** * * * * * * * * * *
31022 ATGATTTTAAATA-GACAATCATTCAAATAGT-CATAACTAT-TTGAACTAGTAATAACTATTT-
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAA-A-TAGATAA-T-TGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * *
31083 AAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTTT-AATCTC-TAGCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAA
62 AAA-TAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAT
* * * * * * * *
31144 GAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATG
124 TAAATTAGTATTATTTTATTGCAAAT-AAGTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * * * * * * * ** *
31202 ACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATAT-TTCTAATAATCTTAACCATTTGAAT
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA
** * *
31266 TAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATT
65 TAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
* * * * * * * *
31331 AGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTA-CATACA-AAACATTTATTTTATA
130 AGTATTATTTTATTGCAAAT-AAGTTATATGA-ACAGAAATAATTATTTTATA
* * * * * * * *
31382 ACAAAA-AAAAGGTTATAAAGATTTGAAGTAGATAATTTTTCATATAGTCTTAACTATTT-AAAC
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA-
* * * * * * * * * * **
31445 TGGTTCAG-CAATCATATTTGTTTTTT-AATTTTTTGAGTTATTAAGTTTCGGTATATTATTAAA
65 TAGTTTAGTAAAT-AAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
** * * * * *
31508 TTAGTATTATTTTATTTG-AAATAAAATAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
128 TTAGTATTATTTTA-TTGCAAATAAGTTA-TATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * * ** * * * *
31562 ATAAAACAAATG-TTGTAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAAT
* * * * * *
31626 AATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT--TTTTTTAAATATTAATAAATTA
66 AGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
* * * * * * *
31689 ATATTATTTTATTTCGAGAA-AACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATG
131 GTATTATTTTATTGC-A-AATAAGTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * ** * * * *
31740 ACAAAATAAAA-AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCTTAATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGA-TTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA
* * * * *
31804 TAG-TTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTTTTAAA
65 TAGTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAA
* * * * *
31867 TT-GATATTATTTTAATTTG--AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
128 TTAG-TATTATTTT-A-TTGCAAAT-AAGTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * ** ** * * * *
31921 ATAGAACCAAAAG-TTATAAAAATTTGGAATAAATAATTATTTAAATAGTCA-AGACTATTT-AA
1 ACA-AAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATTATTTGAA
* * * * *
31983 ATTGGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAA
64 A-TAGTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
* * * * *** * * * *
32047 ATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATG
127 ATTAGTATTATTTTATTGCAAAT-AAGTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
** * * * * *
32102 ACAAAACAAAAG-TTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTACTT-AAA
1 ACAAAACAAAAGATT-ATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA
* * ** * * ** * *
32165 TTGATTCAGTAAATTGATTTATTTTTAAAATATCTTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAA
65 TAG-TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* **** * * ** * *
32230 TAGTATAATTTTATTTTTTATAAGCTATTGTGAAGTGAAACAATTATTTTATG
129 TAGTATTATTTTATTGCAAATAAGTTA-TATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* ** * * ** * * *
32283 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATATATAATAATTTAAATAATCATAACTATTT-AAAC
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA-
* * * ** * * * *
32347 T--TATTCGATAAACAGATTTATTTTGCCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAA
65 TAGT-TTAG-TAAATAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
* * *
32410 ATTAGTATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATG
127 ATTAGTATTATTTTATTGC-AAATAAG-TTATATGAAC-AGAAATAATTATTTTATA
* * * * * * * * ** * * * *
32465 ACTAAATAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTTTAATAATCTTAACTATCT-AAAC
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA-
* ** * * * * *
32529 TAGTTCAACAAACACATCTATTTTTTAAATATCTTA-TTGTTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
65 TAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
* * * * * * *
32593 AGTATTATTTTTATT-AAAATAAGCTTGTATGATCATAAACAATTGTTTTATG
130 AGTATTA-TTTTATTGCAAATAAG-TTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * * * * * * * ** * *
32645 GCAAAACAAAA-ATCATAACGATTTCATATTGATAATTATTTAAATAACCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAAT
* * * * * * *
32709 GGTTCAGAAAATATATTT-TGTTTTTAAATTTCGTACTTGA-TAATTTTTG-AA-A-TATT--AG
66 AGTTTAGTAAATAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* ** * * ** * *
32767 TAGTATTATTTTATTTCGGATAAATTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATG
129 TAGTATTATTTTATTGCAAAT-AAGTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
* * * * * *
32820 AC--AA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAA-TGTTTCAAATAATCAT-ACTATTT-AAA
1 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA
* * * * *
32879 CT--TATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTCACTTATTAATTTTTTG-AATATTAA
65 -TAGT-TTAG-TAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAT
* * * **
32940 TAAATTAGTATTATTTT-TTTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTT
124 TAAATTAGTATTATTTTATTGC-AAATAAG-TTATATGAACAGAAATAATTATTTT
32995 TTGACTAAGC
Statistics
Matches: 2483, Mismatches: 569, Indels: 356
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
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171 4 0.00
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178 148 0.06
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Consensus pattern (180 bp):
ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAAT
AGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
GTATTATTTTATTGCAAATAAGTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATA
Found at i:31076 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 31049--31087 Score: 60
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31039 ATCATTCAAA
* *
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1 TAGTAATAACTATTTAAAC
31087 T
1 T
31088 TGTTTGGTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
TAGTAATAACTATTTAAAC
Found at i:31264 original size:198 final size:200
Alignment explanation
Indices: 30894--31269 Score: 429
Period size: 198 Copynumber: 1.9 Consensus size: 200
30884 ACTGATTCGA
*
30894 TAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAAGAAATTAATATTA
** * * * ** * *
30959 TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATCAATTGAAACAATTACTTTATGATAAAACAAATTGTCATAAT
65 TTTTAATCCAAATAAACTTGTATCAACTGAAAAAATTACTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAAC
* * *
31024 GATTTTAAATAGACAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTAATAACTATTTAAACTT
130 GATTTGAAATAGACAATCATTCAAATAATCATAACCATTTGAACTAGTAATAACTATTTAAACTT
31089 GTTTGG
195 GTTTGG
* *** * *
31095 TAAATAGATTT-TTTTTT-AATCTC-TAGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAAGAAATTAGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTAAAAATATTAAGAAATTAATATTA
* * ** *
31157 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAAAA
65 TTTTAATCCAAATAAACTTGTATCAACTGAAAAAATTACTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAAAA
* * * *
31221 CGATTTGAAATAGATAAT-ATTTCTAATAATCTTAACCATTTGAATTAGT
129 CGATTTGAAATAGACAATCA-TTCAAATAATCATAACCATTTGAACTAGT
31270 TCGGTAAACA
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 28, Indels: 9
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
197 3 0.02
198 124 0.86
199 1 0.01
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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*** *** * * * ** * * *
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** * **
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **** ** *
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** * * * * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** * * * * * *
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** * ** *
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* * * **
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* * ** * * ***
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* * * *
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* * ** * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * **
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* * *
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* *** *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* ** * * *** * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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AATAATATATTAATA
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* * * *
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* * * *
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*
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*
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*
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* * * *
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*
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* ** * * *
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* **
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*
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* *
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*
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1 TT
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AT
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*
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** * ** *
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* * * *
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*
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* *
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*
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*
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* *
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* *
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1 TC
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*
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1 AT
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* *
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*
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* * *
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*
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* *
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* * *
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*
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*
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* *
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*
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* *
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* *
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* *
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91230 CGCGATGTTC
* * * *
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1 AAAAATAAAATGATCTGGACTGACCA-AGATCGAAACGAGTGACTCAAAAATTGAATC-ACAAGT
* * * *
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64 --AAAAAA-AAAATGATCTGGACT-GAGCTAAGATCGAAACTAAGTGACT-GAGATTTGAACCGT
*
91364 GAGTTTAA
124 GA-ATTAA
*
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1 AAAAATAAAATGATCTGGACT-GACCAAGATCGAAACGAGTGACTCAAAAATTGAATCACAAGTA
* * *
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65 AAAAAAAAATGATCTGGACTGAGCTAAGATCGAAACTAAGTGACTGAGATTTGAACCGTGAATTA
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130 A
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AAAAATAAAATGATCTGGACTGACCAAGATCGAAACGAGTGACTCAAAAATTGAATCACAAGTAA
AAAAAAAATGATCTGGACTGAGCTAAGATCGAAACTAAGTGACTGAGATTTGAACCGTGAATTAA
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91230 CGCGATGTTC
* * *
91240 AAAATTAAAATGATCTGGACTGAGCAGAGATCGAAACGAGTGACTGAGAATTGAACAACAAGTCA
1 AAAAATAAAATGATCTGGACTGACCA-AGATCGAAACGAGTGA-TCAGAATTGAACAACAAGT-A
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63 A
* * * * ****
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1 AAAAATAAAATGATCTGGA-C-TGACCAAGATCGAAACGAGTGATCAGAATTGAACAACAAG--T
91370 AA
62 AA
*
91372 AAAAATAAAATGATCTGGACTAGACCAAGATCGAAACGAGTGATTCAAAAATTGAATC-ACAAGT
1 AAAAATAAAATGATCTGGACT-GACCAAGATCGAAACGAGTGA-TC-AGAATTGAA-CAACAAGT
91436 -A
62 AA
* ** * * * *** *
91437 AAAAA-AAAATGATTTGGACTGAGCTGAGATCGAAACTAAGTGACTGAGATTTGAACCGTGAATT
1 AAAAATAAAATGATCTGGACTGA-CCAAGATCGAAAC-GAGTGA-TCAGAATTGAA-CAACAAGT
*
91501 CA
62 AA
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*
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AAATAATAAAAACTTGCAAAATA
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*
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*
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AAAATAATAAAAAACTC
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92524 TTACTCAATA
*
92534 AAAATGAATAAATAATAAAAACTTGT
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AAAATAAAAATAATAAAAACTTGC
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*
93935 AAAGG AAAGA AAAGA AAAGA AAAGA AAAGA AAA
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AAAGA
Found at i:94026 original size:16 final size:15
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*
93990 AATATATTATTTACA
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*
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1 AATATAATATTTACA
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1 -AATATAAT
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AATATAATATTTACA
Found at i:94033 original size:19 final size:19
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93975 AATATAACAT
*
93985 AATATAA-TATATTATTTAC
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*
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1 AATATAATTATATTTATA
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AATATAATTATATTTATAC
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** * * *
96344 AAGTTGATAAAATGTTGCTAGGTTTCACTCATAGCAAATTGGGTTGACATGATGCAATTGCAAAT
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* * **
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66 AGAGAAGTGGG
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AGAGAAGTGGG
Found at i:100414 original size:22 final size:22
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100379 TAATGAGTAA
100389 AATAATAATTAAAGATGAAAAT
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* *
100411 AATAATAATAATAAGTAAATGTAAAAA
1 AATAATAAT--TAA--AGATG-AAAAT
*
100438 AAGCTAA-AAATAAA-ATGAAAAT
1 AA--TAATAATTAAAGATGAAAAT
**
100460 AA-AATAAAAAAAG-T-AAAAT
1 AATAATAATTAAAGATGAAAAT
100479 AAATTAATAATTAAAGATGAAAAT
1 -AA-TAATAATTAAAGATGAAAAT
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1 AATAA
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AATAATAATTAAAGATGAAAAT
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100434 AAAAAAGCTA
* *
100444 AAAAT AAAAT GAAAAT AAAAT AAAA- AAAGT AAAAT AAATT AATAATT
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100491 AAAGAT GAAAAT AA
1 AAA-AT -AAAAT AA
100505 TAAGAATAAG
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Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:100553 original size:89 final size:90
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100376 AAGTAATGAG
*
100386 TAAAATAATAATTAAAGATGAAAATAATAATAATAATAAGTAAATGTAAAAAAAGCTAAAAATAA
1 TAAAATAATAATTAAAGATGAAAATAATAAGAATAATAAG-AAA-GTAAAAAAAGCTAAAAATAA
*
100451 AATGAAAATAAAATAAAAAAAGTAAAA
64 AATGAAAAGAAAATAAAAAAAGTAAAA
* *
100478 TAAATTAATAATTAAAGATGAAAATAATAAGAATAAGTAA-AAA-T-AAAAAATCTAAAAATAAA
1 TAAAATAATAATTAAAGATGAAAATAATAAGAATAA-TAAGAAAGTAAAAAAAGCTAAAAATAAA
* *
100540 ATGAGAAGGAAAATAGAAAAAGTAAAA
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100567 TAAAAT
1 TAAAAT
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Statistics
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TAAAATAATAATTAAAGATGAAAATAATAAGAATAATAAGAAAGTAAAAAAAGCTAAAAATAAAA
TGAAAAGAAAATAAAAAAAGTAAAA
Found at i:101712 original size:67 final size:66
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* * *
101641 GAGATCAAATCTGAGCAACT-GAGATTGAATTGTAGGTCTAAAAAA-ATAAAATGATTTAGACTA
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63 AGCT
** * *
101708 GAGATCAAAATGAGTGACTGGGGATTGATTTGTAGGTTAAAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGC
1 GAGATCAAAATGAGCAACTGGAGATTGAATTGTAGGTTAAAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGC
101773 T
66 T
101774 GAGATCAAAATG
1 GAGATCAAAATG
101786 TGTGACTAGG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 7, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
66 44 0.64
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GAGATCAAAATGAGCAACTGGAGATTGAATTGTAGGTTAAAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGC
T
Found at i:101810 original size:65 final size:64
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Indices: 101663--102020 Score: 292
Period size: 65 Copynumber: 5.5 Consensus size: 64
101653 GAGCAACTGA
* * *
101663 GATTGAATTGTAGGTCTAAAAAAATAAAATGATTTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTG
1 GATTGAACTGCAGGT-TAAAAAAA-AAAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACT-
*
101728 GG
63 AG
** * * *
101730 GATTGATTTGTAGGTTAAAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGTGTGACTAG
1 GATTGAACTGCAGGTTAAAAAA-AAAAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAG
* ** * * ** **
101795 GATTGAATTGCAGGTTTTGAAAAAAAAATGATCTGGATTAAGCCAAGATCAAAACT-AAAGA-TA
1 GATTGAACTGCAGG-TTAAAAAAAAAAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAA-TGAGTGACTA
101858 G
64 G
* ** * * * **
101859 AGATTGAACTACAACTTTGAAAAATAAAATGATCT-GAACTGAGCAAAGATCAAAATGAGTGACT
1 -GATTGAACTGC-AGGTTAAAAAAAAAAATGATCTAG-ACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACT
101923 AG
63 AG
* * * *
101925 GATTGAACTGCAGGTCAAAAAAATAAATGATCTAGATTGAGCTGAGATCAAAATGAGTGACT-G
1 GATTGAACTGCAGGTTAAAAAAAAAAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAG
* * *
101988 TGATTGAACCGCAAGTTTAAAAAATAAAATGAT
1 -GATTGAACTGC-AGGTTAAAAAAAAAAATGAT
102021 ATGGGCTAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:101977 original size:64 final size:65
Alignment explanation
Indices: 101615--102020 Score: 290
Period size: 65 Copynumber: 6.2 Consensus size: 65
101605 ATCATGAGTT
* * * * ** * *
101615 AAAAAATGAATGATCTGGACTGAG-TCGAGATCAAATCTGAGCAACT-GAGATTGAATTGTAGGT
1 AAAAAATAAATGATCTAGACTAAGCT-GAGATCAAA-ATGAGTGACTAGAGATTGAACTGCAGGT
101678 CTA
64 -TA
* * * ** *
101681 AAAAAATAAAATGATTTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTGGGGATTGATTTGTAGGTT
1 AAAAAAT-AAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAGAGATTGAACTGCAGGTT
101746 A
65 A
* * * *
101747 AAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGTGTGACTAG-GATTGAATTGCAGGTT
1 AAAAA-ATAAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAGAGATTGAACTGCAGG--
*
101811 TTG
63 TTA
* * ** ** * **
101814 AAAAAA-AAATGATCTGGATTAAGCCAAGATCAAAACT-AAAGA-TAGAGATTGAACTACAACTT
1 AAAAAATAAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAA-TGAGTGACTAGAGATTGAACTGCAGGTT
*
101876 T
65 A
* * **
101877 GAAAAATAAAATGATCT-GAACTGAGCAAAGATCAAAATGAGTGACTAG-GATTGAACTGCAGGT
1 AAAAAAT-AAATGATCTAG-ACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAGAGATTGAACTGCAGGT
*
101940 CA
64 TA
* * * * * *
101942 AAAAAATAAATGATCTAGATTGAGCTGAGATCAAAATGAGTGACT-GTGATTGAACCGCAAGTTT
1 AAAAAATAAATGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAGAGATTGAACTGCAGGTTA
102006 AAAAAATAAAATGAT
1 AAAAAAT-AAATGAT
102021 ATGGGCTAAG
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 49, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 101682--102034 Score: 455
Period size: 194 Copynumber: 1.8 Consensus size: 196
101672 GTAGGTCTAA
* ** * ** * *
101682 AAAAATAAAATGATTTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTGGGGATTGATTTGTAGGTTA
1 AAAAATAAAATGATTGAGACTAAGCAAAGATCAAAATGAGTGACTGAGGATTGAACTGCAGGTCA
* ** *
101747 AAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGTGTGACTAGGATTGAATTGCAGGTTT
66 AAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAGGATTGAACCGCAAGTTT
* * *
101812 TGAAAAAAAAATGATCTGGATTAAGCCAAGATCAAAACTAAAGATAGAGATTGAACTACAACTTT
131 TAAAAAAAAAATGATATGGACTAAGCCAAGATCAAAACTAAAGATAGAGATTGAACTACAACTTT
101877 G
196 G
*
101878 AAAAATAAAATGATCTGA-ACTGAGCAAAGATCAAAATGAGTGACT-AGGATTGAACTGCAGGTC
1 AAAAATAAAATGAT-TGAGACTAAGCAAAGATCAAAATGAGTGACTGAGGATTGAACTGCAGGTC
* * * *
101941 AAAAAA-ATAAATGATCTAGATTGAGCTGAGATCAAAATGAGTGACT-GTGATTGAACCGCAAG-
65 AAAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAG-GATTGAACCGCAAGT
*
102003 TTTAAAAAATAAAATGATATGGGCTAAGCCAA
129 TTTAAAAAA-AAAATGATATGGACTAAGCCAA
102035 TATCGAGATG
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 21, Indels: 8
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Consensus pattern (196 bp):
AAAAATAAAATGATTGAGACTAAGCAAAGATCAAAATGAGTGACTGAGGATTGAACTGCAGGTCA
AAAAATAAAAAGGATCTAGACTAAGCTGAGATCAAAATGAGTGACTAGGATTGAACCGCAAGTTT
TAAAAAAAAAATGATATGGACTAAGCCAAGATCAAAACTAAAGATAGAGATTGAACTACAACTTT
G
Found at i:103003 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 102980--103024 Score: 56
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*
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*
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1 TAAAAAATATAAAAAAAC
*
103015 CAAAAAATAT
1 TAAAAAATAT
103025 GTGATAAAGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 2
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.64
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Consensus pattern (18 bp):
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Found at i:104124 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 104104--104137 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
104094 CCAAATGGTG
*
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*
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* **
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* *
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* *
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* * *
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Done.