Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
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Warning! 165000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 195 of 195
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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697 AGTTATAAAATAAT-TATA
* * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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316 TATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTGATT-ATTTTTAAAATAT
* * * * *
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* * * * * *
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442 TAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAACAAAGAATTGTTC-ATATAGCCTTAACTATTTGAACT
* * * *
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506 GTTCGACAGACAAATCT-ATATTGAAATCCTTATTAACTTTTAGAATACTATTAATTTACTAGTA
* * * * *
35862509 TTTTACTTTGAACAAGCTTCTATGAATATAAATAAATGTTTTAGGATAAAACAAAGATCATACCA
570 TTTTACTTTGAACAAGCTTCTACGAATAGAAATAAATATTTTAGGATAAAACAAAGATCACAACA
* ** * ** * *
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35862639 TATAAAATAATTAGTA
700 TATAAAATAATTA-TA
* *
35862655 TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTTTTATGAATAATTTTGTATGAATAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTACTATTATTTTTTTATGAATAAGTTTGTATGAATAAA
* * * * *
35862720 AATAATTGTTTTACGACAAAATAAAAATATCATAGCAATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGA
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* * *
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* * * * * *
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195 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATA-AAACAATTGTTTT
* * *
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AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATAAAACAATTGTTTTAT
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CTTCTACGAATAGAAATAAATATTTTAGGATAAAACAAAGATCACAACAATTTCAAATAAATAAT
TCCTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAAGAAAATTAGTTATAAAATAATTATA
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** * **
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* * * **
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1 -GATCGATCCCTT
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Statistics
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* * * * * *
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* * * *
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** * ** *
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*
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* *
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*
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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129 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * * *
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAAC
* * * *
35876402 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
35876467 AGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTT
129 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** * ***
35876520 A--TA--AATTTTAGAAATAGTAATAAATTAATTTTATTCCATTTCAAATTAGCTTGTATGAGTT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * *
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66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** *
35876646 TCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAAC-GTATTCATTTTTTAAA--TCTT
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* * * *
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1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * ** *
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64 CAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * *
35876820 TAGTCATAACTATTT-AAATTAATTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAA--T-GT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
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* ** * *
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* * * * *** ** * *
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* *
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* * * * * *
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* ** ** * **
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* *
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1 ACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * ** * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * ** *** * **
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* * * *
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* ** * *
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* * *
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* * * **
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGT-ATGAAC
* * * * * * * * *
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64 TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * *** * *
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* * * * * * * * *
35875323 AGAAACAACTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGT-TTCAATGATTTGAGATTGACAATTGTTCAAAT
65 -GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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255 GTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* ** * *
35875580 TTTTAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTT
319 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * ** * *
35875622 ACTTATTAATTTAGGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
35875687 GAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTCTT-AAAAAA
65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
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130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
** * * * **
35875815 CCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTG-T
194 GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
** * * * * ** * * *
35875878 TT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCAATT
258 TTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * *
35875942 GAACTAATTCGATAAACA-AGTTTA-TTTTTAAATCTCGT
322 GAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * **
35875980 ACTTAATAATTTTTAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAAC-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
35876044 AAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAG
65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * ** *
35876109 TCTTAACTATTTGAACTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
35876173 CGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTAT-AA-ATAGAACTAATTGT
194 GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAC-AATTGT
** * ** *
35876236 TTGCTGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATT
257 TTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * *
35876301 TGAAATAGTTTAGCAAGCAGATTTA---CTTAAATCTCTT
321 TGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * * *
35876338 ACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTACAATTTTATTTCAAA-CAGATTTATATTAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAG-CTTGTATGAAC
** *
35876402 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 TGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
35876467 AGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATC---T-CTTATAAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * ** * **** * *
35876528 TAGAAATAGTAATAAATTAATTTTATTCCATTTCAAATTAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTATT
193 TGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * *
35876593 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAGCTATTT
258 TTATGACAAAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** *
35876658 GAACTGGTTTGACAAAC-GTATTCATTTTTTAAA--TCTT
322 GAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
35876695 AGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTTTATGAA-
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
35876758 TAGAAACAAAT-TTTTATAATATAA-AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTACAAAT
64 T-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * *
35876821 AGTCATAACTATTT-AAATTAATTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAA---TGT-CTTATTAATT
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*
35876881 CTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
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35876931 TTGAAATAAA
Statistics
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0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (360 bp):
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CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
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* ** * *
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* * * * *** ** * * *
35872873 AATCATAATTATTTAAACATGTTCAAAAAATTGATTTATTTTTAAAATTTTTAATTATTAATTTT
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* * * *
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* * * * * * *
35873002 TTACGACAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
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* * *** * ** *
35873066 TGAACTTATTTAG-TAAATGGATTCATTTTTTTAGTTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATT
320 TGAAC-TAGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAAT-TCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * *
35873129 AATAAATTAGTAGTATTTT-ATTTAAAATAAG-TTAATATGAACT-GAAACAATTATTTTAT-TA
381 AATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAGA
* * * * * * *
35873190 CAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTT
443 CAAAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATT
* * * * *
35873255 -CTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTGGAAATATTAATAAATTC
506 GATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTT-TTGAAATATTAATAAATT-
*** * * * *
35873319 A-TATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT
566 AGTATTATTTT-ATTTGAATAAACTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGT
* * *
35873383 ATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGTAAAT
630 -TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAAT
*
35873448 AGATTTATTTTTTAAATCTTTT
693 AGATTTATTTTTT-AATCTCTT
* * ** *
35873470 ACTTATTAATTGTTTCAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAA-
** * * * ** ** * *
35873534 AGAAAAAGTCATTTTATAAT-A-AAACAAAAAGTTATAGTGATTCCAAATAGATAATTGTTTAGA
64 TTAAAAA-TAATTTT-TTATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
35873597 TAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTGAAATTTCTTAATTATTAATT
127 TAGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATT
*** * * * *
35873662 TTCATAATATTAATAACA-TAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTGAAATAATTT
190 TTTGGAATATTAATAA-ATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTA
* * * *
35873726 TTTTTTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACAAT
254 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTAT
** * * *
35873791 TTGATGTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAGATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAA
319 TTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAA-ATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* *
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383 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGACAAAA
* * * * * * *
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448 CAAAAGGTCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTTGA
* *
35873984 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA
513 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** *
35874049 TTCTGAACAAACTTAT-TGAACATAAACCTTTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTTATAACAATTT
578 TT-TGAATAAACTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTT
* * * * *
35874113 GAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAATAGAATTAGTTTTT
642 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTT
35874178 AATCTCTT
706 AATCTCTT
*
35874186 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAAT
* * *
35874250 TAAAAATTATTGTTTTATGACAAGA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
65 TAAAAATAATT-TTTTATGACAA-ACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
35874314 TAGTGTTAACTATTT-AA-TGGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAAT
127 TAGT-TTAATTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAA-TTATTAAT
* * *** *
35874377 TTTTGGAATATTATTAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATGAA-TATAAATAAT
189 TTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAAT
* * * * * * *
35874440 TGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACT
252 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACT
* * * * *
35874505 ATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAAATTTTGAAAGATTA
317 ATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * *
35874567 ATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTATAT-GACCA
382 ATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATAGACAA
* ** * * * * * * * *
35874631 AACAAAAGGTAATAACAATTTGGAATGGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATT
446 AACAAAAGGT-CTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATT
* * ** * * *
35874696 TTATAAATAGATTTGCTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTA-T
510 TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * **
35874760 TTATTTCAAGTAAGCTTATATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-GAATAACA
575 TTATTTGAA-TAAACTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACA
* * * * *
35874823 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTACACAAATTTATT
638 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAATAGATTTA-T
*
35874888 TTTTTAA--AC-T
701 TTTTTAATCTCTT
* * ** *
35874898 -CTTATTAATTTTTTAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTAATT-TGGATAAGCT-TTAATGAA
1 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTTAATAAGCTAGT-ATGAA
* ** * * * * * *
35874960 CT-GGAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTCCAAA
64 TTAAAAATAATT-TTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** *
35875024 TAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAGCAGATTT-TTTTTTCAAATCTTTTGCTTACTAAT
127 TAGTT-TAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-TCTAATTATTAAT
* * * * * * * * *
35875088 TTTTTGAATGTCAATAAATTTAAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATA-TAAAACAAAT
189 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATT
* * ** * * *
35875152 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGT-TTTAACT
253 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATT-ACT
* * ** * *
35875216 ATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
317 ATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * ** * * *
35875281 ATTAAATTAGTTTTATTTTTAA-CCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTGTTTTAT-GACA
381 AATAAATTAGTATTA-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGACA
* * * * * *
35875344 AAA-TAAAGGTTTCAATGATTTGAGATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGAT
445 AAACAAAAGGTCT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGAT
* * * * *
35875408 TCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTA
509 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
35875473 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGT
570 TTATTTTA-TTTGAATAAACTTATATG--AACATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGT-T
* ** * * * * *
35875537 CATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACT-
631 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAA-TA
*
35875601 GATTTATTTTTTAAATTTCTT
694 GATTTATTTTTT-AATCTCTT
*** * * * *
35875622 ACTTATTAATTTAGGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TATCTAAGCTTGTATTAAT
1 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTA-ATAAGCTAGTATGAAT
* * * *
35875686 TGAAACAAT--TTTTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTCTT-AAA
65 T-AAA-AATAATTTTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * **
35875748 AAATAATAATTATTTTAACTTGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATT
127 TAGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATT
*** * * * *
35875813 TTCCAAATGTTAATAAA-TTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATT
190 TTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT
* ** * * * ** *
35875876 -GTTT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTC-TTAACC
253 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATT-ACT
* * * *
35875938 AATTGAACTAATTCGATAAACA-AGTTTA-TTTTTAAATCTCGTACTTAATAATTTTTAAAATAT
317 ATTTGAACTAGTTCGATAAACATA-TTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
** * ** * *
35876001 TTTTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTA-CGACA
380 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGACA
* * * * * * *
35876064 AAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
445 AAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGAT
* ** ** * * * * *
35876129 TGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTA
509 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* **
35876194 TTATTTTATTTCGAATAAA-ATAGTAT-AA-ATAGAACTAATTGTTTGCTGACAAAATAAAAGGT
570 TTATTTTATTT-GAATAAACTTA-TATGAACATA-AAC-AATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GT
** * * * ** * **
35876256 T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGCAAGCA
630 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAATA
* *
35876320 GATTTA--CTTAAATCTCTT
694 GATTTATTTTTTAATCTCTT
* ** * * *
35876338 ACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTACAATTTTATT-TCAA-ACAGATTTA-TATTA
1 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATA-AG--CTAGTATGA
* * *
35876400 A-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
63 ATTAAAAATAATT-TTTTATGAC-AAAC-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
35876464 AATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTC---TTATAAAT
125 AATAGTT-TAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAATTATTAAT
* * * * * ** * **
35876526 TTTAGAAATAGTAATAAATTAATTTTATTCCATTTCAAATTAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTA
189 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTA
* * * * *
35876591 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTC-TTAGCTA
254 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTA-CTA
* * * * * * * *
35876655 TTTGAACTGGTTTGACAAACGTATTCATTTTTTAAA-TCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAT
318 TTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * *
35876719 TAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAAAT-TTTTATA-ATATAA
383 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGACA-AA
* * ** * *
35876782 A-AAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAATTAATTT-
447 ACAAAAGGTCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTTG
* * * *
35876845 AGCAAACATATTTATTTTTTAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
512 A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
35876910 TATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAA-ATAAATAATTG----CT--C-AAAT---AGGT-ATAAC
576 TATTTGAATAAA-C-T-TAT-ATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAAC
* * * * * * ** * * *
35876963 TATTTGAACTAG-T--TTGAT-AAATAGAT-TTAA-TTTTTAAATCACTT--ATTAAT--TTTTG
637 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAATAGATTT-
** * * *
35877018 AAATATTAATATGTT
699 ATTTTTTAATCTCTT
* * * ** ** * * **
35877033 A-GTATTACTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAG
1 ACTTATTAATTT-TT-T-AA-ATA-TTA-AT-AA-ATTAGTA-TTATTTTAT-TCTTAAT--AAG
* * * * * ** ** * ** * *
35877097 TTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTA-GTCATA-ATTATTTGA-ATTGGTTACGTA
54 CTAGT-ATGAATT-AAA-A-ATAATT-TT---TTATGACAAACAAAAAGTCATAACGATT-TG-A
* * * ** * * * * *
35877159 AATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TT-AA-TT-TTTGAAATATTAATAAATTTATTTT
109 AATAG-ATAATTGTTCAAATAGTTTAATTATTTGAACTTGTTCG--GTA--AACAGATTTATTTT
** * * * **
35877220 ATTTTAT-TCCAA--A-TAATCTAGTAT-G-A-ATTAA-AAA---AAATTATTTTATGACAAAAC
169 -TTAAATCTCTAATTATTAAT-T--TTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC--AA-
* * ** ** * * * ** * ** * * *
35877274 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-A-TAGTCTTAAATATT-TGAACTAGTTC
227 ATAAGCTTGT-ATGAACTGAAATA-ATTATT-TTATGACAAAAC-AAAAGGTTAT-AACGATTTG
* ** ** * * * * *
35877336 AACAAAGA-AATTTATTTTTTAATTCTC-TTAGT-TATT-AA-T-TTTCAGA-ATA-TTATTAGA
287 AA-ATAGATAA-TTA--TTCAAATAGTCATTACTAT-TTGAACTAGTTC-GATAAACATATT-TA
* * ** * * ** * * * * ** * *** *
35877393 TCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAAT-AATTA-TTTTATGACAAAAC--
345 T--TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTAATCTG
* * ** * ** *
35877454 AA-AATG-TTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAA---CTAA
406 AATAA-GCTTGT-ATGA-AT--AG-AAACAATTGTT-TTATAGACAAAAC-A---AAAGGTCTAA
** * * * * * *
35877514 -G-TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTC-TTACT-TATT-AATT--TTTG---AA-AGA-
460 TGATTTG-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTAAATTGATTTGATAAACAGAT
* ** * * * * * ** * **
35877566 TTA----GTAAAT-TAGTATT-A-TTTT--ATTCTAAATAAGATT-GGACT-TTCAAATAAAAT-
522 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTGAATA
*** * * * * * *
35877619 TGTTATATGATGAAGCA-AAAGGTAATAATG-ATT-TGA-AATAGATAA-TT-ATTAAC-A-TGG
586 AACT-TAT-ATGAA-CATAAA--CAAT--TGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCA-TAACAATTTG
** * * * * *
35877676 CCATA-ATTA-T-TT-GAATAG--------A-TT---C-G-AC---AAACT-GATTCACTTTTTA
643 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTT
*
35877719 AATCACTT
706 AATCTCTT
* * * * * * * *
35877727 ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTACGAAC
1 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-TAATAAGCTAGTATGAAT
* ** * * * * *
35877791 T-GAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAAATAATTGTTCATAT
65 TAAAAATAATT-TTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * * *
35877855 AGTCTTAACTGTTAGAACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTT
128 AGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTAATTATTAATTT
* * * * ** * * *
35877920 TTAGAATATTATTAAA-TTAGTATTAATTTGTTTTGAATATGCTTATATAAACT-AAA-ACATTA
191 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATA-ATTA
* * * * * *
35877982 TTTTATAACATAACAATAGGTTATAGC-AATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A--A--A-
254 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTAT
** * * *
35878039 CCG-A-T--TTAG-TAAACGA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTA
319 TTGAACTAGTTCGATAAAC-ATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * *
35878098 A-AAATTAGTATTATTTT-ATCCCGAATAGGCCTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAT-GACA
382 ATAAATTAGTATTATTTTAAT-CTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAGACA
* * * * * * * *
35878159 AAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAATCGA
445 AAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAATTGA
** * * * * * * *
35878223 TTTGATAAATTGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAAT
508 TTTGATAAACAGA-TTTATTTTTTAA-ATCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
35878288 ATTATTTTATCTCGAATAAGCTT-TTTCAA-ATTGAAACAATTTTTTTGTGATAAAACAAAAGGT
569 ATTATTTTAT-TTGAATAAACTTATATGAACA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GT
*** * * * * * *
35878351 T-ATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTTAAATCGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC
630 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAAT
* *
35878415 AAATTTATTTTTTAAAACTTCTT
693 AGATTTATTTTTT-AATC-TCTT
* * * * * * * *
35878438 A-TGTATTGATGTTCTACATGTTAATAAATTAATATCATTTTATT-TCAAATAAGC-ATGTATGA
1 ACT-TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-TAATAAGCTA-GTATGA
** * * * * * * *
35878500 GCTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCCA
63 ATTAAAAATAATT-TTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** * *
35878565 ATAGTCTTAACTATTT-AACTGGTTCTATAAGA-ATATTTATTTTTTAAA--TAT-ATTATTAAT
126 ATAGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAATTATTAAT
* * * * * * * * * * *
35878625 TTTTAGAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGT-AAATAGAAACAAT
189 TTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAAT
* ** * * * * * * * *
35878688 TTTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAATGATTTGAGATAGAT-A--GTTCAAATACTTATAACT
252 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACT
* * * * * *
35878749 ATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTT-TGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATT
317 ATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTAT-TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * *
35878810 AATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGAT-GATA
381 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGACA
* * * * * *
35878873 AAAC-AATGTATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-G-GATACGACCATTTGAAC
445 AAACAAAAG-GTC-TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA--ACTATTT-AAA
* * *
35878934 TTGTTTTG-TGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA
504 TTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * *** * *
35878997 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAATGGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAA
564 TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
* * * ** *
35879062 -TATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAA
628 GT-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAA
* *
35879126 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
692 TAGATTTATTTTTT-AATCTCTT
* * * * ** * **
35879149 ACTTATTAATTTTGGT--CTTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTTTATGAA-
1 ACTTATTAATTTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAAT
* * * * * * * * *
35879211 TAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAGAAGGACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAAT
65 TAAAAATAATT-TTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *** * * * * *
35879276 AGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
128 AGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTT
* * * * * *** *
35879341 TGAAATATTGATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACGGAGCCAATTGTTT
192 TGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTT
** * * * * *
35879406 TATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTA
257 TATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTG
* * * * * **
35879471 AAC-ATGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATA
322 AACTA-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * *
35879534 AATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATAT-AAGTTGAAAACAATTGTTTTACT--ACAA
385 AATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAACAATTGTTTTA-TAGACAA
* * * * * * * * *
35879595 AACAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATCTGAATT-TTT
446 AACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATT
* * *
35879659 TCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAT
510 T--GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
35879723 ATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AGAAAG-TC
569 ATTATTTT-ATTTGAATAAACTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAATA-AAAGTTC
* * * ** *** * *
35879786 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTCGACGAACATA
632 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATAGA
35879851 TTTATTTTTTAAATCT-TT
696 TTTATTTTTT-AATCTCTT
* * * *** *
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1 ACTTATTAATT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAAT
* * * * * * * * *
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65 TA-AAAATAAT-TTTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * * * *
35879996 TAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATC
127 TAGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATT
* * ** * * * *
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190 TTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTA
* * * * * * *
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254 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTAT
* * ** * *
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319 TTGAA-CTAGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * *
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381 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAGACA-
* * * * * * * *
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445 AAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGAT
* * * * *
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509 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTA
* * * *
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573 TTTTATT-TGAATAAACTTATATGAACATAAACA-ATT-GTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATA
** * * * * * *
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635 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAATAGATTT
*
35880572 ATTTTTAAAATCTCTT
699 ATTTTT-TAATCTCTT
* * * * *
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1 ACTTATTAATTTTTTAAATA-TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTTAATAAGCTAGTATGAA
* *
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* * **** * *
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128 AGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATTT
** * * * * *
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191 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTAT
* * * *
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255 TTTATGACA-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG-ATA-ATTATTCAAATAGTCATTACT
* ** *** * *
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317 ATTTGAACTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAA--ATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* ** ** * *
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380 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAGAC
* * * * * * * * *
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444 AAAACAAAAGGT-CTAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG
* * * * * * *
35881066 ATATGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATC
507 ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
35881131 ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAA
572 ATTTTATTTGAATAAACTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAA
* * * * * * *
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*
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700 -TTTTTTAATCTCTT
* * * **
35881274 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATT-TTAGATAAGCTTTTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTA-ATAAGCTAGTATGAA-
* ** * * * * * * *
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64 TTAAA-AATAATTTTTTATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
35881402 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTAGCTTATTAATT
128 AGT-TTAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTA-ATTATTAATT
* * ** * * * * *
35881467 TTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TGCTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAAT
190 TTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATT
* * * * * * *
35881530 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-ACTTTAAC
253 ATTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATT-AC
* * * * * * * * *
35881594 TATTTGAACTGGTT-TAGCAAATACATTTATATTATAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATA
316 TATTTGAACTAGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * *
35881658 TTATTAAATTAGCATTATATTTAAT-TGAATAACCTTCTATG-ATCA-AAATCAATTATTTTAT-
379 TTAATAAATTAGTATTAT-TTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAATTGTTTTATA
* * * * *
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441 GACAAAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATT
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AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAATCTCTT
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* * * *
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** *
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* * * *
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* **
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Consensus pattern (133 bp):
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TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGT
ATG
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35876921 AGCTTGTATG
* * * * * * * *
35876931 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATT
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * ** *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTC-GTAAACAGAATTATTT
* * **
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64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * * * * * ** * *
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129 CTAGTA-TGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * *
35877651 TTGAAATAGATAATTATT-AACATGGCCATAATTATTTGAATAGATTCGACAAACTG-ATTCACT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCG-TAAACAGAATT-ATT
* * * * * *
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63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA
* * * * *
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128 GCTAGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * ** *
35877832 TTGAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACTACTTCAGCAAACA-AATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC-GTAAACAGAA-TTATTT
* * * * * * ** *
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64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA
* * * * * * *
35877960 GCTTA-TATAAACTA-AAAC-ATTATTTTATAACATAACAATAGGTTAT-A-GCAA
128 GC-TAGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-AT
* *
35878011 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC----CG-A-T--TTAGTAAAC-GAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGTAAACAGAA-TTATTTT
* * *
35878064 TTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGC
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-
* * *
35878128 CTA-TATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGAT
129 CTAGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * ** * *
35878179 TTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAATCGATTTGATAAATTGACTTAATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGGTTCG-TAAACAGAATTATTT
* * * * * * *
35878243 TTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCGAATAA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CGAATAA
* * * * * * * * * *
35878307 GCT-TTTTCAAATTGAAACAATTTTTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATATTTAT
128 GCTAGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
35878360 TTTAAATAGATAATTGTTTTAAATCGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACA-AATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGTAAACAGAA-TTATT
* * * * * * * * *
35878424 TTTTAAAACTTCTTA-TGTATTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAATATCATTTTATTTCAAA
63 TTTTAAATC-TCTTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
* * * * * * * *
35878487 TAAGC-ATGTATGAGCTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGT
125 TAAGCTA-GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
35878544 TTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCTTAACTATTT-AACTGGTTC-TATA-AGAATATTTATT
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* * * * * *
35878606 TTTTAAA--T-ATA-TTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
* * * ** *
35878666 AGCTAGTGTAAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAATGAT
127 AGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * *
35878719 TTGAGATAGAT-A--GTTCAAATACTTATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAG-ATTTTGTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCG-TAAACAGAATTAT-TT
* **
35878780 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAT-AG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * * * * *
35878840 TTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGATAAAAC-AATGTATCATAACT-AT
129 -CTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-TGAT
* * * * * *
35878893 TTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-G-GATACGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACA-AATTTAT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA--ACTATTTGAA-TTGGTTCGTAAACAGAA-TTAT
** * *
35878955 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
62 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
** * * * ** **
35879019 AAATTTGTATGAATGGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAAT
126 AAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * ** ** *
35879074 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACAGATTTATTTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGTAAACAGAATTATTTTT
* *** * * *
35879139 TAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTT
66 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
** * * * * **
35879203 TTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAGAAGGACATAACAAT
131 AGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * *
35879253 TTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTGTTCAAAAAACATACTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTC-GTAAACAGAATTATTT
* * *
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64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCG-AATA
* * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
* * *
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129 C-TAGTATGAA-TAG-AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * ** * *
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* * *
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* * * ** * * * ***
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * **
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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128 GC-TAGTATGAATAGAAACA-ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** *
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* * * *
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* * *
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128 GCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGTAA-ACAGAA-TTATTT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * **
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* * * * * ** * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * * * ** **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-CTAGGTAAACATATTTATTT
* * * ** * * * *
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** * * * ** * ***
35878489 AGCATGTATGAGCTAAAAAAAATT-ATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATA
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * **
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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188 TAATTGTTCAAATAGATCACAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * **
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253 TAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * **
35879031 ATGGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAAT
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* * *
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** * *
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* * *
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* * **** * * *
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* * **
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** * * ***
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* * * * *
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* * * * *
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64 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGTT
* * * * * * * * *
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128 TGTATGAA-TAG-AAACAATTGATTTA-TGATAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATA
* ** * * *
35879626 ATTATTCAAATAG-TCATGACTATCTGAA-TT-TTTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
190 ATTGTTCAAATAGATCACAACTATTTGAACTTGTTTT--GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
35879688 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATAA
253 TAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
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317 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAAT
* * ** *
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* * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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126 TTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAA
* ** * * * *** * *
35880696 TTGTT-ATATAG-TCTTAATTATTAGAACTAGTTTAACAAACA-ATTTATATTTTAAATCTCTTA
191 TTGTTCAAATAGATCACAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAA
* * * * * * *
35880758 GTTATTAATTTTTCAAATATTATTATACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
256 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * **
35880823 AAATAATTGTTTTATGATAGAAAC-AAAGGTTATAATGAT
321 AAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * *
35880862 TT-AAA-AGTATACATTGTTTAAATACATCATAATTATTT-AAAT-T-GGT--TCAGTA---A--
1 TTGAAATAG-ATA-ATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTCTAGGTAAACA-TATTTATT
** * * * *
35880915 ----GCAT-TTTTA-TTA-T--TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAA
62 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAG
* * ** ** *
35880971 TTTGTATG-ATCAAAAACAATTG-TTATATAACCAAACAAAAGGTA-ATAATGA-TTGAAAATAC
126 TTTGTATGAAT-AGAAACAATTGATT-TATGATAAAACAAAAGG-ACATAACAATTTG-AAATAG
* * ** * * * * * * * * *
35881032 ATAATTATTGAAAT-GGCCATAATTATTTAAAC-TGATATGGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--
187 ATAATTGTTCAAATAGATCACAACTATTTGAACTTG-TTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* *
35881093 TCT--CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG
251 TCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * *
35881155 AACT-GAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
316 AA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * * *
35881199 TT-CAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT-CTAGGTAAACATATTTA-TTT
* * * * **
35881263 TTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTAGATAAG
63 TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAG
* * ** * *
35881327 CTTT-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAA
126 -TTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATTTATGA-TAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGA
* * * ** * * *
35881389 TAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCT
188 TAATTGTTCAAATAGATCACAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * * * *
35881453 TTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TGCTGAATAAGCTTGTAA
252 CTAACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT
* * * *
35881516 G-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-AAAAAATGAT
315 GAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA--AT
* * * * * * * *
35881562 TTGAAATAGATAATTATTCTAATA-ACTTTAACTATTTGAACTGGTTTA-GCAAATACATTTATA
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC---TCTAGGTAAACATATTTATT
* * * * * *
35881625 TTATAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATT-GAATA
62 TTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTT-ATTCGAATA
35881689 A
124 A
35881690 CCTTCTATGA
Statistics
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TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCTAGGTAAACATATTTATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGTTTGT
ATGAATAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGATCACAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
Found at i:35879455 original size:16 final size:17
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35879415 ACAAAAGGCC
*
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1 ATAATGTTTTCAAATAG
35879442 ATAAT-TTTTCAAATAG
1 ATAATGTTTTCAAATAG
35879458 TCATAACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATGTTTTCAAATAG
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Period size: 182 Copynumber: 4.5 Consensus size: 177
35880917 ATTTTTATTA
* ** ** * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
35881235 GAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAA-
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* * * *
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1 TTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * *
35881348 GTTTTATATTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
64 ATTTTATACT-AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * *
35881413 TTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAC-CTTTAGCTTATTAAT
127 TTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAACTC-TTA-CTTATTAAT
* * * * * *
35881466 TTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATGCTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAAT
1 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATT
* * * * *
35881530 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-ACTTTAAC
64 ATTTTAT-ACTAAACAAAAGGT-CATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAAC
* * * * * *
35881594 TATTTGAACTGGTTTAGCAAATACATTTATATTATAAATCTCTTACTTAATAA-
125 TATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
35881647 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATTGAATAACCTTCTATGATC-AAAATCAAT
1 TTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAAT
*
35881711 TATTTTATTACAAAACAAA
63 TATTTTA-TACTAAACAAA
35881730 GATCTTAACG
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 92, Indels: 48
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
TTTATACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAAT
Found at i:35881728 original size:364 final size:354
Alignment explanation
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Period size: 356 Copynumber: 2.2 Consensus size: 354
35880916 CATTTTTATT
* * *
35880926 ATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAATTTGTATGATCAAAAACAA
1 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT--AAATAAACTTCTATGATC-AAAACAA
* * * * * * *
35880990 TTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTGAAAATACATAATTATTGAAATGGCCATAAT
63 TTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAATGATTGAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAAC
*
35881055 TATTTAAACTGATATGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
128 TATTTAAACTGATATAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* * * * *
35881120 AAATTAGTATCATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTGTAACAAAACAA
193 AAATTAGGATCATTTTATCTGAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATAACAAAACAA
* * * * * * * * *
35881185 AAGGTCATAACGATTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAA
258 AAGGTAAAAACGATTTAAATAGACAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAA
* * *
35881250 AAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTA
323 AAAAATTTATTATTATAAACTCTTACTTAATA
* * * * * * * *
35881282 ATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAAT
1 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTAAATAAACTTCTATGATC-AAAACAAT
* * ** *
35881347 TGTTTTA-TATTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
64 TGTTTTATTA-CAAAACAAAAGGTAATAATGATTGAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAAC
* * * *
35881411 TATTTAAACTTG-T-TCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTAGCTTATTAATTTTTTGAA
128 TATTTAAAC-TGATAT-AGTAAATAGATTCACTTTTT-AAA--TCT--CTTATTAATTTTTGGAA
* * * *
35881474 TGTTAATAAATTTGGATTATTTTATGCTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATG
186 TATTAATAAATTAGGATCATTTTAT-CTGAATAAGCTTGTAAGA-ACTGAAACAAATATTTTATA
* * * * *
35881538 ACTAAACAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAACT-TTAACTATTTGAA
249 ACAAAACAAAAGGT-AAAAACGATTT-AAATAGACAATTATTCAAAT-ACTCATAACTATTTGAA
* *
35881602 CTGGTTTAGCAAATACATTTA-TATTATAAATCTCTTACTTAATA
311 CTGGTTTAGCAAAAAAATTTATTATTATAAA-CTCTTACTTAATA
* * * *
35881646 ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATTGAATAACCTTCTATGATCAAAATCAAT
1 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTAATTAAATAAACTTCTATGATCAAAA-CAAT
*
35881711 TATTTTATTACAAAACAAA
64 TGTTTTATTACAAAACAAA
35881730 GATCTTAACG
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 69, Indels: 30
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (354 bp):
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTAAATAAACTTCTATGATCAAAACAATTG
TTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAATGATTGAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
TTAAACTGATATAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
TTAGGATCATTTTATCTGAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAG
GTAAAAACGATTTAAATAGACAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAAAA
AATTTATTATTATAAACTCTTACTTAATA
Found at i:35882091 original size:177 final size:180
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Indices: 35881766--35882163 Score: 463
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35881756 TTTCTTGGTT
* * * * *
35881766 ATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAAC
1 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAAATAGTATGAACATAAA
35881831 CAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCAA
66 CAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCAA
* *
35881896 AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAG-ATTCACTTTT-TAAATCTCTTAGTA
131 AACTATCTGAAATGGTTTGGT-AACAGAATT-A-TTTTCTAAATCTCTTACTA
* * * *
35881947 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTA-TATTAACA-AA
1 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAA-ATAGTATGAACATAA
* * * * *
35882010 ACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA-G-TATTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
65 ACAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTA-TAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTC
* * * * *
35882071 ATAATTATCTGAACTGGTTTGGTAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTT
129 AAAACTATCTGAAATGGTTTGGTAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTA
* * *
35882123 ATAAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTC
1 ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
35882164 TGAATGCACT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 25, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAAATAGTATGAACATAAA
CAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCAA
AACTATCTGAAATGGTTTGGTAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTA
Found at i:35883004 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 35882276--35885059 Score: 1709
Period size: 180 Copynumber: 15.3 Consensus size: 180
35882266 TAAATAAATG
* * * * **
35882276 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGATT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
35882341 AAACAAATGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTCGAAC-TGG
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG
* * *
35882405 TTCGACAGACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAGAATA
130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * *** * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
35882513 AAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGA
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG
* * * * *
35882575 TTCGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * * * * * *
35882627 TTAGTCAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTCTATGAGCTGAAACAATTATTTTATGATC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-C
* * * * * *
35882692 -GAAGAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTA
64 AAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA-A--TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
* * * * *
35882755 AACTT-GTTCGATAAATAGATTTATCTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
123 AACTTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATA
* * ** * * **
35882813 TTAATAAATTAGTATTATTTTGCTTTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * **
35882878 AAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGG
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG
* * *
35882942 TTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATA
130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * *
35882994 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A-A
1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
35883057 AAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
65 AAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * **
35883121 TTTCAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATA
129 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATA
* * * * ** * * * *
35883169 TTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
35883234 AAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-G
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG
* * ** *
35883298 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* ** * * *
35883350 TTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * **
35883415 AAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCT-GTCATAACTATTTGAACTT-
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
35883478 GCTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATA
129 GTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * *
35883533 TGAATAAACTAGCATTATTTTTATTTCGAATACA-CATGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT-GAATA-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
35883597 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAA-TATTTGAA--T
63 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * * * ** * *
35883659 GTGTTTTATGACAAAATAGTCTTAACTATTT-GAGCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTAAAT
128 G-GTTCGAT-A-AACAGA-T-TT-ATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTATTAATTTTTGAA-
*
35883723 CTC
179 -TA
* ** * * * * * * * * * * **
35883726 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA-TTAAATTAGTATTATTTTAATC-TAAATAA--GCTGGT
1 TTA---ATAAATTAGT-ATTATTTTATTTGAATAAG-CTTGTATGAA-CAGAAACAATTG-TTTT
* * ** * * * * ** * * * *
35883786 ACGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAAGCATAA-CGATTTAAGATAG--ATAATT
59 ATG-ACA-AAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTG-TTCAA-ATAGTCATAACT
* ** * * ** * *
35883847 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTT
118 ATT----T-G----AAC--TTGGTTC-G-ATAAACAGA----TTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
**
35883908 ATTAATTTTCAAAATA
166 ATTAATTTT-TGAATA
* * ** *
35883924 TTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
35883989 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTT-G
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG
* * * ** *
35884053 TTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * *
35884105 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
35884170 AAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTAC
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G
*
35884235 G--CGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
129 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * * *
35884285 TTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
35884350 AAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-G
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG
* *
35884414 TTCAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
130 TTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATA
** * *
35884465 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
35884529 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
35884593 GTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTA
129 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * *
35884646 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
35884709 GAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTT-
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * ***
35884773 GTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTAACTGTCAAAATA
129 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATA
* * ** *
35884826 TTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-CA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
35884890 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-A
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG
* * * * *
35884954 TTTGGTCAACAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTGAATGA
130 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAT-A
* * * * * * *
35885007 -TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGAAAAAATT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
35885060 AT
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGT
TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATA
Found at i:35884524 original size:755 final size:751
Alignment explanation
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Period size: 755 Copynumber: 2.0 Consensus size: 751
35882936 AATTGGTTCA
* * ** * ** **
35882946 ACAAACATATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATT
1 ACAAACACATTTATTTTTAAAAATC--TTAC-TATTAATTTTTCAAATATTATAAAAAAACAATT
* * * * ** * *
35883010 ATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAAC
63 ATTTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAAGCATAAC
* *
35883075 GATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAAAAAATAGATTTAG
128 GATTTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTAG
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193 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTT
* * * *
35883205 GCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTG
258 GCATAAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTA
*
35883270 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
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* * *
35883335 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAT
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* **
35883400 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCTGTCATA
453 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATAATGTCATA
* * * * *
35883465 ACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGA
518 ACTATTTGAACTTACGCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGA
* * *
35883530 ATATGAATAAACTAGCATTATTTTTATTTCGAATACACATGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTAT
582 ATATGAATAAAATAGCATTATTTTTATTTCAAATACACATGTTTGAACAAAAACAATTGGTTTAT
* * *
35883595 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAATATTTGAATG
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* **
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712 TGTTTCATGA-AAAATAGTCTTAACTATTTGAGAAAGTTTG
* ** * * ** **
35883701 GCAAACACATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 ACAAACACATTTATTTTTAAAAATCTTAC-TATTAATTTTTCAAATATTATAAAAAAACAATTAT
* *
35883766 TTTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGCATAACGA
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**
35883831 TTTAAGATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGT
130 TTTAAGATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTAG-
* * * * *
35883895 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT
193 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTT
* * ** *
35883960 GCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAACAGATAATTA
258 GCATAAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTA
* * *
35884025 TTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
323 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
*** *
35884090 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAAC
388 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAC
*
35884155 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGA-TTGTTCA-AATAGTTA
453 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAT-ACTTGTTCATAAT-GTCA
35884218 TAACTATTTGAACTTACGC-GATAAACAGATTTA-TTTTT-AAATATTTTACTTATTAATTTTTG
516 TAACTATTTGAACTTACGCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
35884280 GAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTTATTTCAAATACGC-TTTTATGAACAAAAACAATTGGTT
580 GAATATGAATAAAATAGCATTATTTTTATTTCAAATACACATGTT-TGAACAAAAACAATTGGTT
* * * * *
35884343 TATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
644 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAA-TATTTG
35884408 AACGTG-TTCA-GAAAA
708 AACGTGTTTCATGAAAA
35884423 TAGATTTATT
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 70, Indels: 22
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
749 3 0.00
750 5 0.01
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753 5 0.01
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755 336 0.52
756 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (751 bp):
ACAAACACATTTATTTTTAAAAATCTTACTATTAATTTTTCAAATATTATAAAAAAACAATTATT
TTAATCTAAATAAGCTGGTACGAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAAGCATAACGAT
TTAAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTAGTTT
TAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCA
TAAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAACTTGAAACAGATAATTATTC
AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
TGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATAATGTCATAACT
ATTTGAACTTACGCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
GAATAAAATAGCATTATTTTTATTTCAAATACACATGTTTGAACAAAAACAATTGGTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAATATTTGAACGTGTT
TCATGAAAAATAGTCTTAACTATTTGAGAAAGTTTG
Found at i:35884668 original size:541 final size:533
Alignment explanation
Indices: 35883703--35885041 Score: 1577
Period size: 541 Copynumber: 2.5 Consensus size: 533
35883693 CTAGTTTGGC
* * * *
35883703 AAACACATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AAACACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTT
* * * * * *
35883768 TAATCTAAATAAGCTGGTACGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAACGA
66 TATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACTA
35883831 TTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGT
128 TTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAGTAAATAGATTTA-T
* ** * * ** *
35883895 TTTTAAA--TCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
190 TTTTAAATTTTTCTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAG
* * *
35883957 TTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAACAGATAA
252 CTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAACAGATAA
* * * * *
35884022 TTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
317 TTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCTAC
* * *
35884087 CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTG-AATAG
382 CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACCTATATGAAAT-G
* * *
35884151 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGT
446 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAAT
*
35884216 TATAACTATTTGAACTTACGC-GAT
510 TATAACTATTTAAACTTACGCAG-T
* *
35884240 AAACAGATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTT
1 AAACACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTT
* * * *
35884305 TATTTCAAATACGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTAT
66 TA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACTAT
* *
35884370 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTT
129 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTT
35884435 TAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAATATAAGCT
193 T-AAATTTTT-CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAA-ATAAGCT
* * *
35884500 TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
254 TGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAACAGATAATT
* * * * **
35884565 TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCT-CTTTCT
319 ATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCTACCT
* * *
35884629 CATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAAATGAT
384 -ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACCTATATGAAATGAA
** * * * *
35884694 ACAATTGTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTAT
448 ACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAATTAT
***
35884759 AACTATTTAAACTTGTTCAGT
513 AACTATTTAAACTTACGCAGT
* * * ** * *
35884780 AAACATATTTATTTTTAAA-ATCTTATACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTAT
1 AAACACATTTATTTTTAAATAT-TT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTAT
* * *
35884844 TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAATG
64 TTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACT-
* * * ** * *
35884908 ATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTCAACAGATTTATT
127 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAATAGATTTATT
* * *
35884973 TTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTGAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATA
191 TTT-AAAT-TTTT-CTTATTAATT-TTTGAAT-ATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCAAATA
35885037 AGCTT
250 AGCTT
35885042 ATAAGAATAG
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 93, Indels: 42
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 104 0.15
538 67 0.10
539 8 0.01
540 170 0.25
541 321 0.47
542 16 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
AAACACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTT
TATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACTATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAA
ATTTTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAATAAGCTTGCATGA
ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAA
TAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACCTATATGAAATGAAACAATTGT
TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAATTATAACTATTT
AAACTTACGCAGT
Done.