Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35885061
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Warning! 165000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 7 of 195
Found at i:1354435 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1354428--1354461 Score: 59
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
1354418 GCATTTTTGC
*
1354428 AT AT AT AT AA AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1354462 TGTTGTTCAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1355339 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1355293--1355347 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
1355283 ATTACAATTA
1355293 TAATTAACTATTGTATTTATAA-AGAT
1 TAATTAACTATTGTATTTATAATA-AT
1355319 TAATTAA-TATAT-TATTTATAATAAT
1 TAATTAACTAT-TGTATTTATAATAAT
1355344 TAAT
1 TAAT
1355348 AATTTTAAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.67
26 9 0.33
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (26 bp):
TAATTAACTATTGTATTTATAATAAT
Found at i:1364380 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1364325--1364391 Score: 70
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
1364315 CCTAAAATAG
1364325 AACTTGAAAATAAATGAGTGCAATGGATTA
1 AACTTGAAAATAAATGAGT-CAAT-GATTA
1364355 AACTTGAAAATAAGAT-AGT-AAT-ATTA
1 AACTTGAAAATAA-ATGAGTCAATGATTA
1364381 AGAC-TGAAAAT
1 A-ACTTGAAAAT
1364392 GGATTAAATT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 8
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.34
27 2 0.06
28 3 0.09
30 16 0.46
31 2 0.06
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
AACTTGAAAATAAATGAGTCAATGATTA
Found at i:1369156 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1369122--1369168 Score: 87
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
1369112 TGAAAATCTT
1369122 AGTTCTTTTTTTTTGTTTCTTTC
1 AGTTCTTTTTTTTTGTTTCTTTC
1369145 AGTTCTTTTTTTTT-TTTCTTTC
1 AGTTCTTTTTTTTTGTTTCTTTC
1369167 AG
1 AG
1369169 AGATTTTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.42
23 14 0.58
ACGTcount: A:0.06, C:0.13, G:0.09, T:0.72
Consensus pattern (23 bp):
AGTTCTTTTTTTTTGTTTCTTTC
Found at i:1369175 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1369127--1369178 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
1369117 ATCTTAGTTC
***
1369127 TTTTTTTTTGTTTCTTTCAGTTC
1 TTTTTTTTTGTTTCTTTCAGAGA
1369150 TTTTTTTTT-TTTCTTTCAGAGA
1 TTTTTTTTTGTTTCTTTCAGAGA
1369172 TTTTTTT
1 TTTTTTT
1369179 CTATAAGGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.65
23 9 0.35
ACGTcount: A:0.08, C:0.10, G:0.08, T:0.75
Consensus pattern (23 bp):
TTTTTTTTTGTTTCTTTCAGAGA
Found at i:1370202 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1370195--1370249 Score: 110
Period size: 2 Copynumber: 27.5 Consensus size: 2
1370185 TAAAGTGGGT
1370195 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1370237 TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA T
1370250 TAGGAGTGTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 53 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1375830 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1375823--1375875 Score: 63
Period size: 2 Copynumber: 26.5 Consensus size: 2
1375813 TGATACTATG
* *
1375823 AT AT AT AT AT AT AA AT AT AT AT AT AT AT AT AT ACT -T AT AT AC
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A-T AT AT AT AT
*
1375865 AC AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT A
1375876 GAGAGAGAGG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 43 0.96
3 1 0.02
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1377003 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1376974--1377024 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
1376964 ATATATTAAA
1376974 ATTAGTTTTAAAATAT-AAATATTTAC
1 ATTAGTTTTAAAATATAAAATATTTAC
* **
1377000 ATTATTTTTAATTTATAAAATATTT
1 ATTAGTTTTAAAATATAAAATATTT
1377025 TTTATGAGAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.62
27 8 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (27 bp):
ATTAGTTTTAAAATATAAAATATTTAC
Found at i:1379134 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1379098--1379153 Score: 94
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
1379088 TAATTTACCT
*
1379098 TATGCTTTTTAATTCTATTAAATC
1 TATGTTTTTTAATTCTATTAAATC
*
1379122 TATTTTTTTTAATTCTATTAAATC
1 TATGTTTTTTAATTCTATTAAATC
1379146 TATGTTTT
1 TATGTTTT
1379154 CAACTAAATC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 29 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.04, T:0.61
Consensus pattern (24 bp):
TATGTTTTTTAATTCTATTAAATC
Found at i:1391310 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1391286--1391333 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
1391276 TCAACTAAAC
*
1391286 ATTTATAAT-TATTAAATTTAA
1 ATTTATAATCT-TCAAATTTAA
*
1391307 ATTTAAAATCTTCAAATTTAA
1 ATTTATAATCTTCAAATTTAA
*
1391328 AATTAT
1 ATTTAT
1391334 TTTGTCACTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 2
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 21 0.95
22 1 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
ATTTATAATCTTCAAATTTAA
Found at i:1392132 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1392112--1392141 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
1392102 TGTTTAAGAT
*
1392112 TTGTTTTTTGTTTTC
1 TTGTTTTTGGTTTTC
1392127 TTGTTTTTGGTTTTC
1 TTGTTTTTGGTTTTC
1392142 GAAGTGTTTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.07, G:0.17, T:0.77
Consensus pattern (15 bp):
TTGTTTTTGGTTTTC
Found at i:1408220 original size:59 final size:62
Alignment explanation
Indices: 1408079--1408223 Score: 176
Period size: 59 Copynumber: 2.4 Consensus size: 62
1408069 ATATTTTCTC
* * *
1408079 TTTTTGGATTTCTAAA-TTCTCTACCATTTGGGCCTATTTAAAAATTCTTTTTATTTATTTAT
1 TTTTTGGATTTCTAAATTTTTC-ACCATTTGGGACTATTTAAAAATTCTTTATATTTATTTAT
* *
1408141 TTGTTGGATTTCTAAATTTTTCATCATTT-GGACTAATTT-AAAATT-TTTAT-TTTA-TTATT
1 TTTTTGGATTTCTAAATTTTTCACCATTTGGGACT-ATTTAAAAATTCTTTATATTTATTTA-T
1408200 TTTTTGGATTTCTAAATTTTTCAC
1 TTTTTGGATTTCTAAATTTTTCAC
1408224 TATGGTACAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 7, Indels: 9
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
58 3 0.04
59 27 0.37
60 4 0.05
61 10 0.14
62 25 0.34
63 4 0.05
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.08, T:0.57
Consensus pattern (62 bp):
TTTTTGGATTTCTAAATTTTTCACCATTTGGGACTATTTAAAAATTCTTTATATTTATTTAT
Found at i:1408499 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1408491--1408530 Score: 80
Period size: 3 Copynumber: 13.3 Consensus size: 3
1408481 TAAAACATCA
1408491 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
1408531 GTATATGATT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 37 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:1408866 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1408839--1408873 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1408829 ACAAATAGAA
1408839 GAAAATAATA-AAAAAAT
1 GAAAATAATATAAAAAAT
1408856 GAAATATAATATAAAAAA
1 GAAA-ATAATATAAAAAA
1408874 GGTAATAAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.25
18 6 0.38
19 6 0.38
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.06, T:0.20
Consensus pattern (18 bp):
GAAAATAATATAAAAAAT
Found at i:1409275 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1409268--1409323 Score: 112
Period size: 2 Copynumber: 28.0 Consensus size: 2
1409258 ATTAAGCTTG
1409268 CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA
1 CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA
1409310 CA CA CA CA CA CA CA
1 CA CA CA CA CA CA CA
1409324 TATATATATG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 54 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.50, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
CA
Found at i:1409714 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1409707--1409736 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
1409697 TTTGTTTAAT
1409707 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1409737 CACACACACA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1410320 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1410315--1410347 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
1410305 ACACACACAC
*
1410315 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AC AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1410348 GGTAAAGCTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.03, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1410676 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1410645--1410711 Score: 116
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
1410635 TTTTGATTTG
1410645 AATTTAAATAATTATCAAAACATATTA
1 AATTTAAATAATTATCAAAACATATTA
* *
1410672 AATTTACATAATTATCCAAACATATTA
1 AATTTAAATAATTATCAAAACATATTA
1410699 AATTTAAATAATT
1 AATTTAAATAATT
1410712 TATTAAATAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 37 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.09, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (27 bp):
AATTTAAATAATTATCAAAACATATTA
Found at i:1420279 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1420249--1420305 Score: 69
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
1420239 CTTTTTAATT
*
1420249 TTTTTAAAAATTTTAATAAATA
1 TTTTT-AAAATTTTAAAAAATA
*
1420271 TTTTTAAAATTATAAAAAATA
1 TTTTTAAAATTTTAAAAAATA
1420292 TATTTTAAATATTT
1 T-TTTTAAA-ATTT
1420306 GATTTTTATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.50
22 12 0.40
23 3 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTAAAATTTTAAAAAATA
Found at i:1422448 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1422429--1422467 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
1422419 TCCTCTAACC
1422429 TTTCTTTCTTTTCT
1 TTTCTTT-TTTTCT
*
1422443 TTTCTTTTTTTTT
1 TTTCTTTTTTTCT
*
1422456 TTTATTTTTTTC
1 TTTCTTTTTTTC
1422468 GTCATTTTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
13 15 0.68
14 7 0.32
ACGTcount: A:0.03, C:0.13, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (13 bp):
TTTCTTTTTTTCT
Found at i:1422644 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1422615--1422662 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
1422605 TAATAATAAT
*
1422615 TATTATAATTATTATTGAAAAAATA
1 TATTATAATTATAATTGAAAAAATA
* *
1422640 TATTATATTTATAATTTAAAAAA
1 TATTATAATTATAATTGAAAAAA
1422663 ATAAAAATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 20 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TATTATAATTATAATTGAAAAAATA
Found at i:1422777 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1422746--1422798 Score: 97
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
1422736 ATTATCACTA
1422746 AATCATTGTCCTTTTCTGGAATATCT
1 AATCATTGTCCTTTTCTGGAATATCT
*
1422772 AATCATTGTTCTTTTCTGGAATATCT
1 AATCATTGTCCTTTTCTGGAATATCT
1422798 A
1 A
1422799 TGTGCTTTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
AATCATTGTCCTTTTCTGGAATATCT
Found at i:1423333 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 1423261--1423455 Score: 144
Period size: 56 Copynumber: 3.4 Consensus size: 56
1423251 TATTTGACAC
** *
1423261 TAAAAATAAAAAATTTCAAAAAAGTGCTTTAA-AGAAAAATTGAGAATATTAA-TTTTCT
1 TAAAAAT--AAAATTTC-AAAAAGCACTTTAAGA-AAAAATTGAGAATATCAATTTTTCT
* * *
1423319 TAAAAATGAAAATTTCAAAGAGCACTTTAAGAAAAAATTGATAGTATCAATTTTTCT
1 TAAAAAT-AAAATTTCAAAAAGCACTTTAAGAAAAAATTGAGAATATCAATTTTTCT
* ** * * * * *
1423376 TAAAGATAAAATTTTTAAACGATATTTTTTAAGAAAAAGTTGA-AAGTGTCAATTTTTCT
1 TAAAAATAAAATTTCAAAAAG-CA--CTTTAAGAAAAAATTGAGAA-TATCAATTTTTCT
*
1423435 TTAAAATCAAAATTTCAAAAA
1 TAAAAAT-AAAATTTCAAAAA
1423456 AAAAATATTT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 22, Indels: 12
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 36 0.33
57 22 0.20
58 8 0.07
59 32 0.30
60 10 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (56 bp):
TAAAAATAAAATTTCAAAAAGCACTTTAAGAAAAAATTGAGAATATCAATTTTTCT
Found at i:1423595 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 1423348--1423735 Score: 250
Period size: 61 Copynumber: 6.4 Consensus size: 60
1423338 GAGCACTTTA
* * * * * ** *
1423348 AGAAAAAATTGATAGTATCAATTTTTCTTAAAGATAAAATTTTTAAACGATA-TTTTTTA
1 AGAAAAAATTAAAAGTATCAAATTTTCTTAAAAATAAAATTTTCAAAAAATATTTTTTTT
* * * * * * ** * *
1423407 AGAAAAAGTTGAAAGTGTCAATTTTTCTTTAAAATCAAAA-TTTCAAAAAAAAAATATTTC
1 AGAAAAAATTAAAAGTATCAAATTTTCTTAAAAAT-AAAATTTTCAAAAAATATTTTTTTT
* * * * * ****
1423467 AAAAAAAAGTTAAAAGTAT-TAATTTTATTTTAAAATAAAAATTTCAAAAGAA-AAACATTTT
1 AGAAAAAA-TTAAAAGTATCAAATTTT-CTTAAAAATAAAATTTTCAAAA-AATATTTTTTTT
* * * *
1423528 ATGAAAAAATTGAAATTATCAAATTTTCTTAAAAATAAAATTTTTAAAACATATTTTCTTTT
1 A-GAAAAAATTAAAAGTATCAAATTTTCTTAAAAATAAAATTTTCAAAAAATATTTT-TTTT
* * * * * *
1423590 AGAAAAAGTTAAAAATATCAATTTTTCTTGAAGATAAAATTTTCAAAAGATA-TTTTTTT
1 AGAAAAAATTAAAAGTATCAAATTTTCTTAAAAATAAAATTTTCAAAAAATATTTTTTTT
* * * * * *
1423649 -GAAGAAAAGTTGAGAGTATC-AATTTTTTTAAAAAATAAAAATTTCAAAAAAAATTTTTTTG
1 AGAA-AAAA-TTAAAAGTATCAAATTTTCTT-AAAAATAAAATTTTCAAAAAATATTTTTTTT
*
1423710 AGAAAAAATTAAAAGTATCAATTTTT
1 AGAAAAAATTAAAAGTATCAAATTTT
1423736 ATTGAATAAA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 57, Indels: 30
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
58 3 0.01
59 52 0.20
60 62 0.24
61 117 0.46
62 22 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (60 bp):
AGAAAAAATTAAAAGTATCAAATTTTCTTAAAAATAAAATTTTCAAAAAATATTTTTTTT
Found at i:1424666 original size:68 final size:71
Alignment explanation
Indices: 1424545--1424698 Score: 251
Period size: 68 Copynumber: 2.2 Consensus size: 71
1424535 TCATCTTGTT
* *
1424545 TAATTAAGTCATTATCCTTTTCTGTATTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTT-GGCA
1 TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTG-AGTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTTGGGCA
1424609 GTTGGAC
65 GTTGGAC
*
1424616 TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTG-GTGT-GCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGATTTGGGCAG
1 TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTGAGTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTTGGGCAG
1424679 TTGGAC
66 TTGGAC
1424685 TAATTAAGTCATTG
1 TAATTAAGTCATTG
1424699 CCAAGACTTG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 3, Indels: 4
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
68 28 0.35
69 28 0.35
71 23 0.29
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (71 bp):
TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTGAGTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTTGGGCAG
TTGGAC
Found at i:1424710 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1424663--1424733 Score: 106
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
1424653 TGAAACTACA
* * * *
1424663 GCCAAGATTTGGGCAGTTGGACTAATTAAGTCATT
1 GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
1424698 GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
1 GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
1424733 G
1 G
1424734 TCTATGTCTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 32 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
Found at i:1424829 original size:100 final size:100
Alignment explanation
Indices: 1424717--1425066 Score: 515
Period size: 100 Copynumber: 3.5 Consensus size: 100
1424707 TGGGCAATTA
1424717 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGCTTTTTTTGGTTAAATT
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGCTTTTTTT-GTTAAATT
* ** *
1424782 CAGAAATAAAGTCTACATCTCACTAATTGGCCGTT-
65 CAGAAATAAAATCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
** *
1424817 GACTAACCAAATCATTGTCTGTGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGTTTCTTTTTTTGTTAAA
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAG---CTTTTTTTGTTAAA
* * *
1424882 TTCAAAAATAAAATTTATGTCTCACTAATTGACAGTTG
63 TTCAGAAATAAAATCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
* * *
1424920 GACTAATTAAATCATTATATATGTCTCATTAATTGTGA-ATTTGAAAAGTTTTTTTTGTTAAATT
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGA-TTGAAAAGCTTTTTTTGTTAAATT
1424984 CAGAAATAAAATCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
65 CAGAAATAAAATCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
*
1425020 GACTAATTAAATCATTGTTTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAA
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAA
1425067 TTCAGAAATG
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 21, Indels: 12
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 136 0.61
101 1 0.00
102 37 0.17
103 49 0.22
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (100 bp):
GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGCTTTTTTTGTTAAATTC
AGAAATAAAATCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
Found at i:1425089 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 1424979--1425430 Score: 322
Period size: 85 Copynumber: 5.0 Consensus size: 85
1424969 TTTTTTTGTT
* *
1424979 AAATTCAGAAATAAAATCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTTTATGT
1 AAATTCAGAAATAAAATCTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
1425044 CTCATTAATTGTGAGATTGA
66 CTCATTAATTGTGAGATTGA
* * * *
1425064 AAATTCAGAAATGAAGTTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
1 AAATTCAGAAATAAAATCTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
1425129 CTCATTAATTGTGAGATTGA
66 CTCATTAATTGTGAGATTGA
* ** * ** * * *
1425149 AATTTTTTTTTTGTTAAGTGCAAAAATAAAGTCTACCTCTCACTAATTAGTAGTTGGACTAATTA
1 AA-----ATTCAG--AAAT---AAAATCTA--CG---TCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTA
* *
1425214 AATCATTGTCTATGTCTCATTAATTATTAGATTG-
51 AATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGA
** *** * * *
1425248 AAA---AG-GGT-TTTTCTACGTTTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGT
1 AAATTCAGAAATAAAATCTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
* *
1425308 CTCCTTAATTGTGAGATTAA
66 CTCATTAATTGTGAGATTGA
*
1425328 AAAGTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATTAAGTCTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATT
1 AAA------TTCAG--AAA-T----AA--AA-TCTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATT
*
1425393 AAATCATTGTCTATGTCTCATTAAATGTGAGATTGA
50 AAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGA
1425429 AA
1 AA
1425431 GGTTTTTTTT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 50, Indels: 58
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
79 53 0.19
80 3 0.01
82 1 0.00
84 2 0.01
85 81 0.29
88 2 0.01
89 1 0.00
90 3 0.01
91 1 0.00
92 3 0.01
93 1 0.00
95 4 0.01
97 1 0.00
99 2 0.01
100 57 0.20
101 65 0.23
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (85 bp):
AAATTCAGAAATAAAATCTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
CTCATTAATTGTGAGATTGA
Found at i:1425138 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1424995--1425139 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 3.4 Consensus size: 42
1424985 AGAAATAAAA
*
1424995 TCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTG
1 TCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTG
* * * * * *
1425037 TTTATGTCTCATTAATTGTG-AGATTGA-AAATTCAGAAATGA-AG
1 TCTATGTCTCACTAATTG-GCAGTTTGACTAATT---AAATCATTG
* *
1425080 TTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTG
1 TCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTG
*
1425122 TCTATGTCTCATTAATTG
1 TCTATGTCTCACTAATTG
1425140 TGAGATTGAA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 16, Indels: 14
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
41 9 0.11
42 38 0.47
43 24 0.30
44 9 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (42 bp):
TCTATGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTG
Found at i:1425192 original size:185 final size:185
Alignment explanation
Indices: 1424879--1425430 Score: 724
Period size: 185 Copynumber: 3.0 Consensus size: 185
1424869 TTTTTTTGTT
* * * * * *
1424879 AAATTCAAAAATAAAATTTATGTCTCACTAATTGACAGTTGGACTAATTAAATCATTATATATGT
1 AAATTCAGAAATGAAATTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
* * *
1424944 CTCATTAATTGTGA-ATTTGAAAAGTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAATCTATGTCTCACT
66 CTCATTAATTGTGAGA-TTGAAAATTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCACT
*
1425008 AATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTTTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGA
130 AATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGA
* *
1425064 AAATTCAGAAATGAAGTTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
1 AAATTCAGAAATGAAATTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
* * * * *
1425129 CTCATTAATTGTGAGATTGAAATTTTTTTTTTGTTAAGTGCAAAAATAAAGTCTACCTCTCACTA
66 CTCATTAATTGTGAGATTGAAAATTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCACTA
* * * *
1425194 ATTAGTAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTATTAGATTG-
131 ATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGA
* *** * * *
1425248 AAA---AG---GGTTTTTCTACGTTTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATG
1 AAATTCAGAAATGAAATT-TACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATG
* * * *
1425307 TCTCCTTAATTGTGAGATTAAAAAGTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATTAAGTCTACGTCTCAC
65 TCTCATTAATTGTGAGATTGAAAA-TTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCAC
*
1425372 TAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAAATGTGAGATTGA
129 TAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGA
1425429 AA
1 AA
1425431 GGTTTTTTTT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 43, Indels: 12
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 63 0.20
180 85 0.27
181 4 0.01
184 3 0.01
185 161 0.50
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (185 bp):
AAATTCAGAAATGAAATTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
CTCATTAATTGTGAGATTGAAAATTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCACTA
ATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGA
Found at i:1425259 original size:100 final size:100
Alignment explanation
Indices: 1425072--1425259 Score: 268
Period size: 100 Copynumber: 1.9 Consensus size: 100
1425062 GAAAATTCAG
* * * * *
1425072 AAATGAAGTTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAA
1 AAATAAAGTCTACCTCTCACTAATTAGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAA
* ****
1425137 TTGTGAGATTGAAATTTTTTTTTTGTTAAGTGCAA
66 TTATGAGATTGAAAAGGGTTTTTTGTTAAGTGCAA
*
1425172 AAATAAAGTCTACCTCTCACTAATTAGTAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAA
1 AAATAAAGTCTACCTCTCACTAATTAGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAA
*
1425237 TTATTAGATTGAAAAGGGTTTTT
66 TTATGAGATTGAAAAGGGTTTTT
1425260 CTACGTTTCA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 12, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
100 76 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (100 bp):
AAATAAAGTCTACCTCTCACTAATTAGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAA
TTATGAGATTGAAAAGGGTTTTTTGTTAAGTGCAA
Found at i:1425271 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 1425188--1425340 Score: 216
Period size: 79 Copynumber: 1.9 Consensus size: 79
1425178 AGTCTACCTC
* * * * *
1425188 TCACTAATTAGTAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTATTAGATTGAAAAG
1 TCACTAATTAGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCATTAATTATGAGATTAAAAAG
1425253 GGTTTTTCTACGTT
66 GGTTTTTCTACGTT
* * *
1425267 TCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCCTTAATTGTGAGATTAAAAAG
1 TCACTAATTAGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCATTAATTATGAGATTAAAAAG
**
1425332 TTTTTTTCT
66 GGTTTTTCT
1425341 GTTAAATTCA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 10, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
79 64 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (79 bp):
TCACTAATTAGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCATTAATTATGAGATTAAAAAG
GGTTTTTCTACGTT
Found at i:1425380 original size:101 final size:102
Alignment explanation
Indices: 1425259--1425480 Score: 338
Period size: 101 Copynumber: 2.2 Consensus size: 102
1425249 AAAGGGTTTT
* * *
1425259 TCTACGTTTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCCTTAATTGTGAGA
1 TCTACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCATTAAATGTGAGA
*
1425324 TTAAAAAG-TTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATTAAG
66 TTAAAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATAAAG
* *
1425360 TCTACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAAATGTGAGA
1 TCTACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCATTAAATGTGAGA
* * * *
1425425 TTGAAAGGTTTTTTTTTTGTTAAATTTAGAAATAAAG
66 TTAAAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATAAAG
*
1425462 TCTACATCTCACTAATTGG
1 TCTACGTCTCACTAATTGG
1425481 ACGATACCAT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 11, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
101 66 0.61
102 43 0.39
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (102 bp):
TCTACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATCATTGTCCATGTCTCATTAAATGTGAGA
TTAAAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATAAAG
Found at i:1425659 original size:199 final size:193
Alignment explanation
Indices: 1425433--1425818 Score: 502
Period size: 199 Copynumber: 2.0 Consensus size: 193
1425423 GATTGAAAGG
* * * * * *
1425433 TTTTTTTTTTGTTAAATTTAGAAATAAAGTCTACATCTCACTAATTGGACGATACCATAGAAGAA
1 TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACATCTCACTAATTGGAAGATACCAAAGAACAA
* * * * * *
1425498 ACAAATGAGCTTGATCCATGCGATCGATCTTAATAATCTAATTATCGTTCAATAACTATGTTGGG
66 ACAAATCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
* *
1425563 TTAGCTCAAGAACTTTAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTCGT
131 TTAGCT------CTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTCGT
1425628 AAGT
190 AAGT
* * * *
1425632 TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACGTCTCACTAGTTTGAAGATACCAAAGAACAG
1 TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACATCTCACTAATTGGAAGATACCAAAGAACAA
* *
1425697 ACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
66 ACAAATCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
* * * *
1425762 TTAGCTCTTGAGGAATTAGTTACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTCCGATTTCTC
131 TTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTC
1425819 CCGAAGTTTT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 24, Indels: 6
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
193 45 0.28
199 118 0.72
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (193 bp):
TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACATCTCACTAATTGGAAGATACCAAAGAACAA
ACAAATCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
TTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTCGTAAGT
Found at i:1425838 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1425831--1425864 Score: 59
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
1425821 GAAGTTTTTC
*
1425831 TA TA TA TA TA AA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1425865 AAAGATCCTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1427488 original size:770 final size:770
Alignment explanation
Indices: 1425680--1429244 Score: 3597
Period size: 793 Copynumber: 4.5 Consensus size: 770
1425670 CACTAGTTTG
*
1425680 AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACCGT
1 AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGT
*
1425745 TCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTTACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTC
66 TCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTC
* *
1425810 CGATTTCTCCCGAAGTTTTTCTATATATATAAATATATATATATATATATATATAAAAGATCCTT
131 CAATTTCTCCCAAAG--------T-T-T-T---T-TATATATATATATATATAT-AAA-ATCCTT
* * * * * *
1425875 CGTGCAATTAAGAATTAATAATTGATAATAGGAGTGAGAAAAATTTTTTAAAGTCAGAAATTGAC
179 CGTGCAATTAAGAATTAATAATTGATAATAGGAGCGAG-AAATTTTTTTAAAATAAAAAATTGAT
* * * *
1425940 TTAAAATAATAGTATTTAATTTAATTTAAATCAATTTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAA
243 TTAAAATCATAGTATTCAATTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAATCAA
* * * * *
1426005 ATATTAAATATATAAATTAAATTTGAATTGAATTTTGAATTAAGATATAAAAAATAAAAAAATTA
308 ATATGAAATATATAAATTAAGTTTAAATTAAATTTTGAATTAAAATATAAAAAAT-AAAAAATTA
*
1426070 AATTAAATTATATATTTTTTATTAGTTTATATATATTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATT
372 AATCAAA-T-TATA-----TA-TAGTTTAT-TA-A---T---TTTTATAAAATAAAATAATTATT
* * * * *
1426135 TTTTATATTAATCTATGTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTTTTTTTTTTTTTGCATTGCCTT
421 TTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTAC-TTCTTTTTGTATT--A-T--CTT
* * * *
1426200 TGTGCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTATCCTTATTTTTATTGTCCAATTAAATCATTATCTT
480 TGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCC-TATTTTTATTGTCTAATTAAATCAGTATCTT
1426265 TTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCA
544 TTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATC-AGTTATTGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCA
*
1426330 TTGTCCTTTTTTGGATTATCTATGTGCTTAG-AATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGA
608 TTGTCCTTTTTTGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGA
* * *
1426394 CTAATTA----A--G------T-C----AAGTCTATGTCTCATTAATTGTACGTTTCAGAAGTCT
673 CTAATTACGTCATTGTCCTTTTCCTGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCT
* *
1426442 TTTTTTTTTTTTTCAAGTTAAATTCATAAAAAAAGTCTACGTCTCACTAGTTGC
738 TTTTTTTTTTTTT--AGTGAAATTC-------AAG--TA------A--A--TGA
* *
1426496 AAGATACCAAAGAACAGACAAGTTAGATTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGT
1 AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGT
* * * * *
1426561 TCAATAACGATGTTGGGTTAACTCTCGAGGAATTAGTCTCCTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTC
66 TCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTC
* * *
1426626 CAATTTCTCACAAAG-TTTTTCTAT-T-TATACATA-ATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTA
131 CAATTTCTCCCAAAGTTTTTTATATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTA
* * * * *
1426687 GTAATTGGTATTAGGAGTGAG-AATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAATATTCA
196 ATAATTGATAATAGGAGCGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAGTATTCA
* * * *
1426751 GTTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATTTGGTTTGAATCAAAATTAAATATTAAATATATAAATT
261 ATTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAATCAAATATGAAATATATAAATT
** *
1426816 AAGTTTAAATTAAATTTCAAATTAAAATATAAAAAATAAAAAAATTAAACCAAATT-TCATATA-
326 AAGTTTAAATTAAATTTTGAATTAAAATATAAAAAAT-AAAAAATTAAATCAAATTAT-ATATAG
* *
1426879 TTT-TTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATATATTAAAATT
389 TTTATTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAAT
* *
1426943 TTTATTACTTCTTTTTGTATTGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCC-ATTTT
454 TTTATTACTTCTTTTTGTATTATCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTATTTT
*
1427007 T-TTGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATGCATAATTAAGTCATAAATCCAGTTAT
519 TATTGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTG--T--ATAATTAAGTCATTAAT-CAGTTAT
* * * *
1427071 TGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTGGGGTTATCTATGTGCTTCGAAGTA
579 TGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTTGGATTATCTATGTGCTTCGAAATG
* * * * *
1427136 AAACTATATCCAAGACTTAGATAATTGGGCTAATTACGTTATTGTCTTTTTCCTGGTTAAGTCTA
644 AAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTACGTCATTGTCCTTTTCCT-GTTAAGTCTA
* * * **
1427201 TCTCTCATTAATTGAAAGTTTGAAAAATCCCTTTTTTTTTTTT-GTGAAATTC-AG-AAAT-A
708 TGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTAGTGAAATTCAAGTAAATGA
*
1427260 AAG-TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCTTGCAATCGATCTCAAATAATATAATTACCG
1 AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTC-AATAATATAATTACCG
* *
1427324 TTCAATAACGATGTTGGGTTAGCCCTTGGGGAATTAGTCACTTG-TTTTTTTCATTACATTTCTT
65 TTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTT
** *
1427388 TTAATTTCTCCCAAAGTTTTTGTATATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAAAAT
130 CCAATTTCTCCCAAAGTTTTT-TATATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAAT
* * * *
1427453 TAATAATTGATAATAGGAGCGAGATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATTATGGTA-
194 TAATAATTGATAATAGGAGCGAGA-AATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAGTAT
* * * *
1427517 TCAATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTCTTT-ATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACATATA
258 TCAATTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATTTGA-TTTGAATCAAAATCAAATATGAAATATATA
* * * * * *
1427581 AATTAAGTTAAAATTGAATTTTGAATTAAGATATGAGAAATAAAAAATTAAATCGAATTATATAT
322 AATTAAGTTTAAATTAAATTTTGAATTAAAATATAAAAAATAAAAAATTAAATCAAATTATATAT
* * *
1427646 ATTTTATTAATTTTTATAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATATATTAAAA
387 AGTTTATTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAA
* ** * *
1427711 ATTTTATTAGTTCTTTTTGTAAAATC-TTGTCCTTTTCT-ATATTGTATTAAGTTATTGTCCTTT
452 ATTTTATTACTTCTTTTTGTATTATCTTTGTCCTTTTCTGA-ATTGTATTAAGTCATTGTCC-TA
* * *
1427774 TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTAT-TTTT-TTAATAGTATAATTAAGTCATTAAT-A---ACT
515 TTTTTATTGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAGTTA-T
* * * *
1427833 TGTGCTTTCTGAATCGTCTAATTAAGTCATTGTCC-TTTGTGAATTATCTATGTGCTTCGAAATG
579 TGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTTGGATTATCTATGTGCTTCGAAATG
*
1427897 AAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTA
644 AAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTACGTCATTGTCCTTTTCCT-GTTAAGTCTA
*
1427962 TGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCTTTTTATATTTTTTTT-GTGAAATTTAGAAATAAAG
708 TGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCTTTTT-T-TTTTTTTTAGTGAAA--T-----TCAAG
*
1428026 TCTACGTCTCACTAGTTGG
764 --TA------A--A--TGA
* * *
1428045 AAGATACTAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACTGT
1 AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGT
* * * * *
1428110 TCAATAACGATGTTAGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTTATTGCATTTCTTT
66 TCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTC
*
1428175 CAATTTCTCCCAAAGTTTTTT-TATATATATA-A-A-A-AAAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTA
131 CAATTTCTCCCAAAGTTTTTTATATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTA
* * * *
1428235 GTAATTGATATAGTAGGAGCGAGAAATTTTTTTTAAGTAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTATT
196 ATAATTGATA-A-TAGGAGCGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAGTATT
* * * *
1428300 TAATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAGTTAAATATGAAATATATAAA
259 CAATTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAATCAAATATGAAATATATAAA
* * * * **
1428365 TTAAGTTCAAATTAAATTTTGAATTGAAATATGAAAAATAAAAAACTAAATTGAATTATATATA-
324 TTAAGTTTAAATTAAATTTTGAATTAAAATATAAAAAATAAAAAATTAAATCAAATTATATATAG
1428429 TTTAATTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAA
389 TTT-ATTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAA
* * *
1428494 TTTTATTACTTCTTTTTGTGTTATATTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCC---TT
453 TTTTATTACTTCTTTTTGTATTATCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTATTT
* *
1428556 TT-TGGTCTAATTAAATCAGTGTCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCTAGTTATTGT
518 TTATTGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATC-AGTTATTGT
* *
1428620 GC--TTT---TTG---AATT--GTCATTGTCCTTTTTTGCATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAA
582 GCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTTGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAA
* * * *
1428675 CTATATCCAAGACTTAGATAATTGGTCTAATTACGTCATTGTCCTTTTCCTTGTTATGTCTATGT
647 CTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTACGTCATTGTCCTTTTCC-TGTTAAGTCTATGT
* * *
1428740 CTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCATTTTTTTTTTGGTTAAATTTAGAAGCAAAGTCTACGTC
711 CTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTC--TTTTTTTTT--TT---TTTAG-TG-AAATTC-AAG--
* *
1428805 CCTTTAATTGG
764 ----TAAATGA
* ** **
1428816 AAGATACCAAAGAACAGATAAGTCAATTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTGTCGT
1 AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGT
*
1428881 TCAATAACGATGTTGGGTTAGCTTTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACA-----TC
66 TCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTC
*
1428941 CAATTTCTCCTAAAGTTTTTCTATATATATATATATATATATATATTGAGAGAGAGAGAGAGAGA
131 CAATTTCTCCCAAAG---TT-T-T-T-TATATATATATATATATA-T-------------A-A-A
* ** * *** *
1429006 ATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTAAAAAAAAATTTTAAAATTCAAAA
173 ATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAATAATTGATAATAGGAGCGAGAAATTTTTTTAAAA-TAAAAA
* * ** * *
1429071 ATTGATTTAAAATCATATTAATCAGA-TTAATTTGGATCAATTTGTTTTTATTCT-ATTTGAATC
237 ATTGATTTAAAATCATAGTATTCA-ATTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATT-TGATTTGAATC
* * * * * *
1429134 AAAATCATATATTAAATGTATAAATTAAGTTT-AATCAAATTTTGAATTAAGATATGAAAAATAA
300 AAAATCAAATATGAAATATATAAATTAAGTTTAAATTAAATTTTGAATTAAAATAT-AAAAA-AT
* * * * *
1429198 AAAAAATTAAATCGAATTATGTATATTTTATTAGTTTTTATATAATA
363 AAAAAATTAAATCAAATTATATATAGTTTATTAATTTTTATAAAATA
1429245 TTTTAAATTT
Statistics
Matches: 2364, Mismatches: 252, Indels: 288
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
761 111 0.05
762 35 0.01
763 88 0.04
764 62 0.03
765 6 0.00
766 63 0.03
767 14 0.01
768 68 0.03
769 159 0.07
770 199 0.08
771 162 0.07
772 20 0.01
773 1 0.00
774 31 0.01
775 180 0.08
776 8 0.00
777 11 0.00
778 20 0.01
779 10 0.00
780 60 0.03
781 44 0.02
782 215 0.09
783 37 0.02
784 22 0.01
785 64 0.03
786 89 0.04
789 42 0.02
790 1 0.00
791 2 0.00
792 38 0.02
793 230 0.10
794 74 0.03
795 44 0.02
796 3 0.00
797 2 0.00
798 7 0.00
799 1 0.00
800 4 0.00
801 1 0.00
804 1 0.00
805 1 0.00
806 1 0.00
816 133 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (770 bp):
AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGT
TCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTC
CAATTTCTCCCAAAGTTTTTTATATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTA
ATAATTGATAATAGGAGCGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAGTATTCA
ATTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAATCAAATATGAAATATATAAATT
AAGTTTAAATTAAATTTTGAATTAAAATATAAAAAATAAAAAATTAAATCAAATTATATATAGTT
TATTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTT
TATTACTTCTTTTTGTATTATCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTATTTTTA
TTGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAGTTATTGTGCTT
TTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTTGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAACTAT
AGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTACGTCATTGTCCTTTTCCTGTTAAGTCTATGTCTCAT
TAATTGTAAGTTTGAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTAGTGAAATTCAAGTAAATGA
Found at i:1427802 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1427771--1427826 Score: 76
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
1427761 GTTATTGTCC
* * *
1427771 TTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTA
1 TTTTTTTAATAGTATAATTAAATCATTA
*
1427799 TTTTTTTAATAGTATAATTAAGTCATTA
1 TTTTTTTAATAGTATAATTAAATCATTA
1427827 ATAACTTGTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 24 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.05, T:0.57
Consensus pattern (28 bp):
TTTTTTTAATAGTATAATTAAATCATTA
Found at i:1428364 original size:782 final size:773
Alignment explanation
Indices: 1425632--1428979 Score: 3189
Period size: 782 Copynumber: 4.3 Consensus size: 773
1425622 TCTCGTAAGT
* * * * * *
1425632 TTTTTTTTTTGGT-AAATTCAAAAATAAAGTCTACGTCTCACTAGTTTGAAGATACCAAAGAACA
1 TTTTTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCCCACTAATTGGAAGATACCAAAGAACA
* *
1425696 GACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGG
66 GACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACTGTTCAATAACGATGTTGG
* * * * *
1425761 GTTAGCTCTTGAGGAATTAGTTACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTCCGATTTCTCCCGAAGT
131 GTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTTCAATTTCTCCCAAAG-
*
1425826 TTTTCTATATATATAAATATATATATATATATATATATAAAAGATCCTTCGTGCAATTAAGAATT
195 -------T-T-T-T---T-T-TATATATATATATATAT-AAA-ATCCTTCGTGCAATTAAAAATT
* * * * * * * *
1425891 AATAATTGATAATAGGAGTGAGAAAAAT-TTTTTAAAGTCAGAAATTGACTTAAAATAATAGTAT
243 AATAATTGATAATAGGAGCGAG-ATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTA-
* * * * * * *
1425955 TTAATTTAATTTAAATCAATTTATTTTTATTTGA-TTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATA
306 TCAATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATTT-ATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACATATA
* ** * * * **
1426019 AATTAAATTTGAATTGAATTTTGAATT-AAGATATAAAAAATAAAAAAATTAAATTAAATTATAT
370 AATTAAGTTAAAATTAAATTTTGAATTGAA-ATATGAAAAAT-AAAAAACTAAATCGAA-T-TAT
* * *
1426083 ATTTTTTATTAGTTTATATATATTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTTTATATTAATC
431 A-----TA-TA---T-T-TA-A--TTAATTTTTATAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATC
* * * **** *
1426148 TATGTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTTTTTTTTTTTTTGCATTGCCTTTGTGCTTTTCTGA
482 TATTTAAATATATTAAAAATTTTATTAC----TTCTTTTTGTG--TAAAATTTGTCCTTTTCTGA
* * * * * * *
1426213 ATTGTATTAAGTCATTATCCTTATTTTTATTGTCCAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTAT
541 ATTGTATTAAGTCATTGTCC----TTTT-TGGTCTAATTAAATCAGTGTATTTTCTGAATAGTAT
* *
1426278 AATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTTTTGAATTGTCT-AATTAAGTCATTGTCCTTTTTT
601 AATTAAGTCATTAATCTAGTTA-T-T-C----TG-A-TGTCTGAATT--GTCATTGTCCTTTTGT
* * *
1426342 GGATTATCTATGTGCTTAG-AATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATT-A---A
655 GAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCA
* * * *
1426402 --G------T-C-----AAGTCTATGTCTCATTAATTGTACGTTTCAGAAGTCTTTT
720 TTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTC---A
* * * * * * * *
1426445 TTTTTTTTTTCAAGTTAAATTCATAAAAAAAGTCTACGTCTCACTAGTTGCAAGATACCAAAGAA
1 TTTTTTTTTT--GGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCCCACTAATTGGAAGATACCAAAGAA
* * *
1426510 CAGACAAGTTAGATTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTT
64 CAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACTGTTCAATAACGATGTT
* * * * * * * *
1426575 GGGTTAACTCTCGAGGAATTAGTCTCCTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCACAAA
129 GGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTTCAATTTCTCCCAAA
* * * * * *
1426640 GTTTTTCTAT-T-TATACATA-ATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGGTATTAGG
194 GTTTTTTTATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAAAATTAATAATTGATAATAGG
* * * * * *
1426702 AGTGAG--AATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTAAATT
259 AGCGAGATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTA-TCAATTTAATTTAGATT
** * * * * *
1426765 AATTTATTTTTATTTGGTTTGAATCAAAATTAAATATTAAATATATAAATTAAGTTTAAATTAAA
323 AATTTATTTTTATTTATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACATATAAATTAAGTTAAAATTAAA
** * * * * *
1426830 TTTCAAATTAAAATATAAAAAATAAAAAAATTAAACCAAATT-TCATATATTT--TTAATTTTTA
388 TTTTGAATTGAAATATGAAAAAT-AAAAAACTAAATCGAATTAT-ATATATTTAATTAATTTTTA
* * *
1426892 TAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATATATTAAAATTTTTATTACTTCTTT
451 TAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTCTTT
* **** * *
1426957 TTGTATTGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCATTTTTTTGTCTAATTAAAT
516 TTGTGTAAAATTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCC--TTTTTGGTCTAATTAAAT
* * * * *
1427022 CAGTATCTTTTCTGAATTGTATGCATAATTAAGTCATAAATCCAGTTATTGTGCTTTTTGAATTG
579 CAGTGTATTTTCTGAA---TA-GTATAATTAAGTCATTAATCTAGTTA-T-T-C----TG-A-TG
** * * * *
1427087 TCT-AATTAAGTCATTGTCCTTTT-TGGGGTTATCTATGTGCTTCGAAGTAAAACTATATCCAAG
631 TCTGAATT--GTCATTGTCCTTTTGT-GAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAG
* * * * * * *
1427150 ACTTAGATAATTGGGCTAATTACGTTATTGTCTTTTTCCTGGTTAAGTCTATCTCTCATTAATTG
693 ACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTG
* * *
1427215 AAAGTTTGAAAAATCCC
758 TAAGTTTGAAAAGT-CA
* * *
1427232 TTTTTTTTTT--T----TGT-G----AAATTC-A-G----A--AA-T-AAAG-TACCAAAGAACA
1 TTTTTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCCCACTAATTGGAAGATACCAAAGAACA
* *
1427275 GACAAGTCAGCTTGATCCTTGCAATCGATCTCAAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTG
66 GACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTC-AATAATATAATTACTGTTCAATAACGATGTTG
* *
1427340 GGTTAGCCCTTGGGGAATTAGTCACTTG-TTTTTTTCATTACATTTCTTTTAATTTCTCCCAAAG
130 GGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTTCAATTTCTCCCAAAG
1427404 TTTTTGTATATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAAAATTAATAATTGATAATAG
195 TTTTT-T-TATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAAAATTAATAATTGATAATAG
* *
1427469 GAGCGAGATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATTATGGTATCAATTTAATTTAGATT
258 GAGCGAGATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTATCAATTTAATTTAGATT
* *
1427534 AATTTATTTTTCTTTATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACATATAAATTAAGTTAAAATTGAA
323 AATTTATTTTTATTTATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACATATAAATTAAGTTAAAATTAAA
* * *
1427599 TTTTGAATT-AAGATATGAGAAATAAAAAATTAAATCGAATTATATATATTTTATTAATTTTTAT
388 TTTTGAATTGAA-ATATGAAAAATAAAAAACTAAATCGAATTATATATATTTAATTAATTTTTAT
* *
1427663 AAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTAGTTC-TTT
452 AAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTCTTTT
* *
1427727 T-TGTAAAATCTTGTCCTTTTCT-ATATTGTATTAAGTTATTGTCCTTTTTTTTATTGTCTAATT
517 TGTGTAAAAT-TTGTCCTTTTCTGA-ATTGTATTAAGTCATTGTCC----TTTT-TGGTCTAATT
* * *
1427790 AAATCA-T-TATTTTTTTAATAGTATAATTAAGTCATTAATAACTTGTGCT-TTCTGAATCGTCT
575 AAATCAGTGTATTTTCTGAATAGTATAATTAAGTCATTAAT--CTAGT--TATTCTG-AT-GTCT
*
1427852 -AATTAAGTCATTGTCC-TTTGTGAATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTT
634 GAATT--GTCATTGTCCTTTTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTT
1427915 AGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAG
697 AGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAG
*
1427980 TTTGAAAAGTCTTT
762 TTTGAAAAGTC--A
* * * * *
1427994 TTATATTTTTTTTGTGAAATTTAGAAATAAAGTCTACGTCTCACTAGTTGGAAGATACTAAAGAA
1 TT-T-TTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCCCACTAATTGGAAGATACCAAAGAA
*
1428059 CAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACTGTTCAATAACGATGTT
64 CAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACTGTTCAATAACGATGTT
* * *
1428124 AGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTTATTGCATTTCTTTCAATTTCTCCCAAA
129 GGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTTCAATTTCTCCCAAA
* * *
1428189 GTTTTTTTATATATATA-A-A-A-AAAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATATAGTA
194 GTTTTTTTATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAAAATTAATAATTGATA-A-TA
* * * *
1428250 GGAGCGAGA-AATTTTTTTTAAGTAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTATTTAATTTAATTTAGA
257 GGAGCGAGATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTA-TCAATTTAATTTAGA
* * *
1428314 TTAATTTATTTTTATTTGA-TTTGAATCAAAGTTAAATATGAAATATATAAATTAAGTTCAAATT
321 TTAATTTATTTTTATTT-ATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACATATAAATTAAGTTAAAATT
*
1428378 AAATTTTGAATTGAAATATGAAAAATAAAAAACTAAATTGAATTATATATATTTAATTAATTTTT
385 AAATTTTGAATTGAAATATGAAAAATAAAAAACTAAATCGAATTATATATATTTAATTAATTTTT
*
1428443 ATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTCTT
450 ATAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTCTT
* * *
1428508 TTTGTGTTATATTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCTTTTTGGTCTAATTAAATC
515 TTTGTGTAAAATTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTGGTCTAATTAAATC
* * * * * *
1428573 AGTGTCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCTAGTTATTGTGCTTTTTGAATTGTCATT
580 AGTGTATTTTCTGAATAGTATAATTAAGTCATTAATCTAGTTATTCTGATGTCTGAATTGTCATT
* * * * *
1428638 GTCCTTTTTTGCATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATATCCAAGACTTAGATAATTGGTCT
645 GTCCTTTTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACT
* * *
1428703 AATTACGTCATTGTCCTTTTCCTTGTTATGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCA
710 AATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCA
* * **
1428767 TTTTTTTTTTGGTTAAATTTAGAAGCAAAGTCTACGTCCCTTTAATTGGAAGATACCAAAGAACA
1 TTTTTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCCCACTAATTGGAAGATACCAAAGAACA
* ** *
1428832 GATAAGTCAATTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATT-GTCGTTCAATAACGATGTTG
66 GACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACT-GTTCAATAACGATGTTG
* * *
1428896 GGTTAGCTTTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACA--TC---CAATTTCTCCTAAAG
130 GGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTTCAATTTCTCCCAAAG
*
1428956 TTTTTCTATATATATATATATATA
195 TTTTTTTATATATATATATATATA
1428980 TATATATTGA
Statistics
Matches: 2202, Mismatches: 233, Indels: 243
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
760 1 0.00
761 107 0.05
762 27 0.01
763 80 0.04
764 64 0.03
765 4 0.00
766 78 0.04
767 17 0.01
768 80 0.04
769 163 0.07
770 196 0.09
771 197 0.09
772 18 0.01
773 3 0.00
774 15 0.01
775 186 0.08
776 7 0.00
777 6 0.00
778 19 0.01
779 6 0.00
780 62 0.03
781 38 0.02
782 202 0.09
783 41 0.02
784 19 0.01
785 63 0.03
786 81 0.04
787 10 0.00
789 29 0.01
790 2 0.00
791 2 0.00
792 4 0.00
793 135 0.06
794 2 0.00
795 41 0.02
796 3 0.00
797 2 0.00
798 7 0.00
799 1 0.00
800 3 0.00
802 1 0.00
805 1 0.00
806 1 0.00
807 1 0.00
808 1 0.00
813 10 0.00
815 2 0.00
816 164 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (773 bp):
TTTTTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCCCACTAATTGGAAGATACCAAAGAACA
GACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACTGTTCAATAACGATGTTGG
GTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTTCAATTTCTCCCAAAGT
TTTTTTATATATATATATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAAAATTAATAATTGATAATAGGAG
CGAGATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTATCAATTTAATTTAGATTAAT
TTATTTTTATTTATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACATATAAATTAAGTTAAAATTAAATTT
TGAATTGAAATATGAAAAATAAAAAACTAAATCGAATTATATATATTTAATTAATTTTTATAAAA
TAAAAAAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTCTTTTTGTG
TAAAATTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTGGTCTAATTAAATCAGTGTA
TTTTCTGAATAGTATAATTAAGTCATTAATCTAGTTATTCTGATGTCTGAATTGTCATTGTCCTT
TTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAA
GTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCA
Found at i:1428969 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1428962--1428986 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
1428952 AAAGTTTTTC
1428962 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1428987 TGAGAGAGAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1428984 original size:782 final size:780
Alignment explanation
Indices: 1427263--1429244 Score: 2375
Period size: 782 Copynumber: 2.5 Consensus size: 780
1427253 AGAAATAAAG
*
1427263 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCTTGCAATCGATCTCAAATAATATAATTACCGTTCA
1 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTC-AATAATATAATTA-CGTTCA
* *
1427328 ATAACGATGTTGGGTTAGCCCTTGGGGAATTAGTCACTTG-TTTTTTTCATTACATTTCTTTTAA
64 ATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACA--TC---CAA
* *
1427392 TTTCTCCCAAAG---TT-T-T-TGTATATATATATATATATAT----AAAATCCTTCGTGCAATT
124 TTTCTCCTAAAGTTTTTCTATATATATATATATATATATATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATT
* * * *
1427447 AAAAATTAATAATTGATAATAGGAGCGAGATAATGTTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATTA
189 AAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGCGAGA-AATATTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCA
* * *
1427512 TGGTATCAATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTCTTTATTTTGAATCAAAGTCAAATATGAAACA
253 TAGTATCAATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATTTA-TTTGAATCAAAGTCAAATATGAAATA
* *
1427577 TATAAATTAAGTTAAAATTGAATTTTGAATTAAGATATGAGAAATAAAAAATTAAATCGAATTAT
317 TATAAATTAAGTT-AAATTAAATTTTGAATTAAGATATGAAAAATAAAAAATTAAATCGAATTAT
*
1427642 ATATATTTTATTAATTTTTATAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATATATT
381 ATATATTTTATTAATTTTTATAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATT
* *
1427707 AAAAATTTTATTAGTTCTTTTTGTAAAATCTTGTCCTTTTCTATATTGTATTAAGTTATTGTCCT
446 AAAAATTTTATTACTTCTTTTTGTAAAATCTTGTCCTTTTCTATATTGTATTAAGTCATTGTCC-
* * * *
1427772 TTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATTTTTTTAATAGTATAATTAAGTCATTAATAACTTGTG
510 --TTTTTATGGTCTAATTAAATCATTATTTTCTGAATAGTATAATTAAGTCATTAAT-ACTAGT-
*
1427837 CTTTCTGAATCGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTGTGAATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAACT
571 CTTTCTGAATCGTCTAATT-AGTCATTGTCCTTTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACT
1427902 ATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCT
635 ATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCT
* * *
1427967 CATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCTTTTTATATTTTTTTTGTGAAATTTAGAAATAAAGTCTACG
700 CATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTC-TATTATATTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACG
* *
1428032 TCTCACTAGTTGGAAGA
764 TCCCACTAATTGGAAGA
* *
1428049 TACTAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACTGTTCAA
1 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTAC-GTTCAA
* * *
1428114 TAACGATGTTAGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGA-TTTTTT--TTA-TTGC-ATTTCT-
65 TAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATCCAATTTCTC
* * * * * *
1428173 TTCAA-TTTCTCCCA-A-AGT-T-T-T-TTTATATATATAAAAAAAATCTTTCGTGCAATTAAGA
130 CTAAAGTTT-TTCTATATA-TATATATATATATATATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATTAAGA
* * *
1428231 ATTAGTAATTGATATAGTAGGAGCGAGAAATTTTTTTTAAGTAAAAAATTTATTTAAAATCATAG
193 ATTAGTAATTGATA-A-TAGGAGCGAGAAATATTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCATAG
* *
1428296 TATTTAATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAGTTAAATATGAAATATA
256 TA-TCAATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATTT-ATTTGAATCAAAGTCAAATATGAAATATA
* *
1428361 TAAATTAAGTTCAAATTAAATTTTGAATTGAA-ATATGAAAAATAAAAAACTAAATTGAATTATA
319 TAAATTAAGTT-AAATTAAATTTTGAATT-AAGATATGAAAAATAAAAAATTAAATCGAATTATA
* *
1428425 TATATTTAATTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTA
382 TATATTTTATTAATTTTTATAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTA
* * *
1428490 AAAATTTTATTACTTCTTTTTGTGTTATAT-TTGTCCTTTTCTGA-ATTGTTTTAAGTCATTGTC
447 AAAATTTTATTACTTC-TTTT-TGTAAAATCTTGTCCTTTTCT-ATATTGTATTAAGTCATTGTC
* *
1428553 C-TTTT-TGGTCTAATTAAATCAGTGTCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAAT-CTAGT-
509 CTTTTTATGGTCTAATTAAATCA-T-TATTTTCTGAATAGTATAATTAAGTCATTAATACTAGTC
* * * * * *
1428614 TATTGTG-CT-TTTTGAATT-GTCATTGTCCTTTTTTGCATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAAC
572 T-TTCTGAATCGTCT-AATTAGTCATTGTCC-TTTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAAC
* * * * * *
1428676 TATATCCAAGACTTAGATAATTGGTCTAATTACGTCATTGTCCTTTTCCTTGTTATGTCTATGTC
634 TATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTC
* *
1428741 TCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTC-ATT-T-TTTTTTTGGTTAAATTTAGAAGCAAAGTCTACG
699 TCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCTATTATATTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACG
**
1428803 TCCCTTTAATTGGAAGA
764 TCCCACTAATTGGAAGA
* ** *
1428820 TACCAAAGAACAGATAAGTCAATTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTGTCGTTCAA
1 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATT-ACGTTCAA
* *
1428885 TAACGATGTTGGGTTAGCTTTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATCCAATTTCTC
65 TAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATCCAATTTCTC
1428950 CTAAAGTTTTTCTATATATATATATATATATATATATTGAGAGAGAGAGAGAGAGAATCCTTCGT
130 CTAAAGTTTTTCTATATATATATATATATATATATA-T-----A-A-A-A-A-A-AATCCTTCGT
** * * * * *
1429015 GCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTAAAAAAAAATTTTAAAATTCAAAAATTGATTTA
183 GCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGCGAGAAATATTTTTAAAA-TAAAAAATTTATTTA
* * * * * *
1429080 AAATCATATTAATCAGA-TTAATTTGGATCAATTTGTTTTTATTCTATTTGAATCAAAATCATAT
247 AAATCATAGT-ATCA-ATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATT-TATTTGAATCAAAGTCAAAT
* * * *
1429144 ATTAAATGTATAAATTAAGTTTAATCAAATTTTGAATTAAGATATGAAAAATAAAAAAAATTAAA
309 ATGAAATATATAAATTAAGTTAAATTAAATTTTGAATTAAGATATGAAAAAT--AAAAAATTAAA
* * *
1429209 TCGAATTATGTATATTTTATTAGTTTTTATATAATA
372 TCGAATTATATATATTTTATTAATTTTTATAAAATA
1429245 TTTTAAATTT
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 113, Indels: 112
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
771 136 0.13
772 8 0.01
773 2 0.00
774 13 0.01
775 120 0.12
776 28 0.03
777 11 0.01
778 26 0.03
779 8 0.01
780 64 0.06
781 36 0.04
782 209 0.20
783 41 0.04
784 8 0.01
785 62 0.06
786 41 0.04
788 1 0.00
789 1 0.00
790 1 0.00
791 3 0.00
792 43 0.04
793 84 0.08
794 77 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (780 bp):
TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACGTTCAAT
AACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATCCAATTTCTCC
TAAAGTTTTTCTATATATATATATATATATATATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATT
AGTAATTGATAATAGGAGCGAGAAATATTTTTAAAATAAAAAATTTATTTAAAATCATAGTATCA
ATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATTTATTTGAATCAAAGTCAAATATGAAATATATAAATTA
AGTTAAATTAAATTTTGAATTAAGATATGAAAAATAAAAAATTAAATCGAATTATATATATTTTA
TTAATTTTTATAAAATAAAAAAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTA
TTACTTCTTTTTGTAAAATCTTGTCCTTTTCTATATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTATGGTC
TAATTAAATCATTATTTTCTGAATAGTATAATTAAGTCATTAATACTAGTCTTTCTGAATCGTCT
AATTAGTCATTGTCCTTTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGA
CAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTT
GAAAAGTCTATTATATTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCCCACTAATTGGAAGA
Found at i:1429291 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1429268--1429298 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
1429258 TAAAATAAAA
1429268 TAATTATTTATATAT
1 TAATTATTTATATAT
1429283 TAATCTATTTATATAT
1 TAAT-TATTTATATAT
1429299 ATTAATAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.27
16 11 0.73
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (15 bp):
TAATTATTTATATAT
Found at i:1429311 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1429266--1429312 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
1429256 TATAAAATAA
1429266 AATAATTATT-TATATATT
1 AATAATT-TTATATATATT
*
1429284 AAT-CTATTTATATATATT
1 AATAAT-TTTATATATATT
1429302 AATAATTTTAT
1 AATAATTTTAT
1429313 TAAGATAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 6
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.12
18 20 0.83
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTTATATATATT
Found at i:1434236 original size:186 final size:187
Alignment explanation
Indices: 1433916--1434299 Score: 503
Period size: 186 Copynumber: 2.1 Consensus size: 187
1433906 AACTCCCAGT
* * *
1433916 AAAATGATCATTTTACGCTTCCAAATTTTTATCAATTGCTTAACATATGTTCAAAAAGACAACAA
1 AAAATGATCATTTTACCCTTCCAAATTTTTACCAATTGCTTAACATATGTTAAAAAAGACAACAA
* * *
1433981 TATCCCTCTTGTATTAAATGACAAAAAAATCCATCTTTTAAATTATAAACTGCTATAATGCCCTC
66 TATCCCTCCTGTATTAAATGACAAAAAAATCCATCTTTTAAATGATAAACTACTATAATGCCCTC
*
1434046 CTTTCTTAAATT-ACAAAAATA-CTCCTCTTATAAATATCT-AATAACTATAATGCCAAC
131 CTTTCTTAAATTGA-AAAAATATC-CCTCATATAAATAT-TAAATAACTATAATGCCAAC
* * **
1434103 AAAATGATCATTTTACCCTTTCAATTTTTTACCAATTGCTTAACA-AT-TGTAAAAAAGATGACA
1 AAAATGATCATTTTACCCTTCCAAATTTTTACCAATTGCTTAACATATGT-TAAAAAAGACAACA
* * * * *
1434166 AT-GCTCCTCCTGTATTAAATGACAAAAATATCCCT-TTTTAAATGATAAATTATTATAATGCCC
65 ATATC-CCTCCTGTATTAAATGACAAAAAAATCCATCTTTTAAATGATAAACTACTATAATGCCC
* *
1434229 GTCCTTTCTTAAATTGAAAAAATATCCCTCATATAAATGTTAAATGACTATAATGCCAAC
129 -TCCTTTCTTAAATTGAAAAAATATCCCTCATATAAATATTAAATAACTATAATGCCAAC
1434289 AAAATGATCAT
1 AAAATGATCAT
1434300 GATAGAAATA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 18, Indels: 13
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
185 27 0.16
186 103 0.60
187 43 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (187 bp):
AAAATGATCATTTTACCCTTCCAAATTTTTACCAATTGCTTAACATATGTTAAAAAAGACAACAA
TATCCCTCCTGTATTAAATGACAAAAAAATCCATCTTTTAAATGATAAACTACTATAATGCCCTC
CTTTCTTAAATTGAAAAAATATCCCTCATATAAATATTAAATAACTATAATGCCAAC
Found at i:1437515 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1437491--1437529 Score: 78
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
1437481 ATAAAGTTTG
1437491 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1437510 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1437529 T
1 T
1437530 GTATGTATGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 20 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TTTGTAAAAAATGAATGTA
Found at i:1442123 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1442103--1442154 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
1442093 AAATTGACAC
1442103 AAAAAAAACACAAAAAA
1 AAAAAAAACACAAAAAA
***
1442120 AAAATTCACACAAAAAA
1 AAAAAAAACACAAAAAA
* *
1442137 GAAAAAAATACAAAAAA
1 AAAAAAAACACAAAAAA
1442154 A
1 A
1442155 TAATACAGTC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 9, Indels: 0
0.74 0.26 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 26 1.00
ACGTcount: A:0.81, C:0.12, G:0.02, T:0.06
Consensus pattern (17 bp):
AAAAAAAACACAAAAAA
Found at i:1442939 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1442880--1442942 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
1442870 ATAAAATAGG
1442880 ATAATAA-CTAAAAAAA-
1 ATAATAATCTAAAAAAAT
* *
1442896 ACTAAAAATGCTAAAATAAT
1 A-TAATAAT-CTAAAAAAAT
1442916 AATAATAATCTAAAAAAATT
1 -ATAATAATCTAAAAAAA-T
1442936 ATAATAA
1 ATAATAA
1442943 GAATAAAATA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 9
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.03
17 5 0.14
19 23 0.62
20 7 0.19
21 1 0.03
ACGTcount: A:0.67, C:0.06, G:0.02, T:0.25
Consensus pattern (18 bp):
ATAATAATCTAAAAAAAT
Found at i:1443301 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1443271--1443338 Score: 93
Period size: 22 Copynumber: 3.1 Consensus size: 21
1443261 TCGAAACTCT
1443271 AAACCTTAAAATCTAAAATTCC
1 AAACCTTAAAATC-AAAATTCC
*
1443293 AAATCTTAAAATCAAAATTCC
1 AAACCTTAAAATCAAAATTCC
1443314 AAACCTTCAAAATCCAAAA-TCC
1 AAACCTT-AAAAT-CAAAATTCC
1443336 AAA
1 AAA
1443339 AATCTAAAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.33
22 23 0.55
23 5 0.12
ACGTcount: A:0.53, C:0.24, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
AAACCTTAAAATCAAAATTCC
Found at i:1443310 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1443278--1443347 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 4.8 Consensus size: 14
1443268 TCTAAACCTT
1443278 AAAATCTAAAATTC
1 AAAATCTAAAATTC
*
1443292 CAAATCTTAAAA-TC
1 AAAATC-TAAAATTC
* *
1443306 AAAATTCCAAACCTTC
1 AAAA-TCTAAA-ATTC
* *
1443322 AAAATCCAAAATCC
1 AAAATCTAAAATTC
1443336 AAAAATCTAAAA
1 -AAAATCTAAAA
1443348 ATCCCTCAAG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 9
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 15 0.34
15 23 0.52
16 6 0.14
ACGTcount: A:0.56, C:0.21, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (14 bp):
AAAATCTAAAATTC
Found at i:1443412 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1443377--1443415 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
1443367 TAAACTAAAA
*
1443377 AAAATTCCTTAAAATCC
1 AAAATTCCTAAAAATCC
*
1443394 AAAATT-CTAAAAATTC
1 AAAATTCCTAAAAATCC
1443410 AAAATT
1 AAAATT
1443416 TGATACGTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.70
17 6 0.30
ACGTcount: A:0.54, C:0.15, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (17 bp):
AAAATTCCTAAAAATCC
Found at i:1445413 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 1445398--1445440 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 4.1 Consensus size: 10
1445388 AAGAGATGGA
1445398 AAAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAG
*
1445408 AAAAAAAAGCAA
1 AAAAAAAA--AG
1445420 AAAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAG
*
1445430 AGAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAG
1445440 A
1 A
1445441 GATTTAGGAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 4
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 19 0.68
12 9 0.32
ACGTcount: A:0.86, C:0.02, G:0.12, T:0.00
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAAAAAG
Found at i:1445422 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1445397--1445439 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
1445387 AAAGAGATGG
1445397 AAAAAAAAAAGA-AAAAAAAGCA
1 AAAAAAAAAAGAGAAAAAAAGCA
1445419 AAAAAAAAAAGAGAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAAGAGAAAAAAAG
1445440 AGATTTAGGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.60
23 8 0.40
ACGTcount: A:0.86, C:0.02, G:0.12, T:0.00
Consensus pattern (23 bp):
AAAAAAAAAAGAGAAAAAAAGCA
Found at i:1446819 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1446805--1446865 Score: 70
Period size: 4 Copynumber: 15.2 Consensus size: 4
1446795 GCATTCTTTT
* * * *
1446805 ATTC GTTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTT ATTC ATTC ATTC ATCC ATTT
1 ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC
1446853 ATGT- ATTC ATTC A
1 AT-TC ATTC ATTC A
1446866 ATTTAATGCA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 4
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
3 1 0.02
4 46 0.96
5 1 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (4 bp):
ATTC
Found at i:1446851 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1446813--1446865 Score: 81
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
1446803 TTATTCGTTC
*
1446813 ATTCATTCATTCATTCATTT
1 ATTCATTCATTCATCCATTT
1446833 ATTCATTCATTCATCCATTT
1 ATTCATTCATTCATCCATTT
1446853 ATGT-ATTCATTCA
1 AT-TCATTCATTCA
1446866 ATTTAATGCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 30 0.97
21 1 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
ATTCATTCATTCATCCATTT
Found at i:1448711 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1448690--1448734 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
1448680 ATTATATCAA
*
1448690 AAGGCAATATTCTTTTCT
1 AAGGCAATATTATTTTCT
*
1448708 AAGGCAATATTATTTTTT
1 AAGGCAATATTATTTTCT
1448726 AAGGCAATA
1 AAGGCAATA
1448735 AACCATGAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 25 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
AAGGCAATATTATTTTCT
Found at i:1449347 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1449310--1449349 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
1449300 AAAATGGATG
1449310 AAAAAAAACCAAAAT
1 AAAAAAAACCAAAAT
*
1449325 AGAAAAAACCAATAACT
1 AAAAAAAACCAA-AA-T
1449342 AAAAAAAA
1 AAAAAAAA
1449350 AAACAAAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.52
16 2 0.10
17 8 0.38
ACGTcount: A:0.78, C:0.12, G:0.03, T:0.07
Consensus pattern (15 bp):
AAAAAAAACCAAAAT
Found at i:1449708 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1449680--1449728 Score: 73
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
1449670 AAAGAATGCA
*
1449680 AAAGAA-AAAAAAAGAAAGGAATG
1 AAAGAATAAAAAAA-AAAGGAAAG
1449703 AAAGAATAAAAAAAAAAGGAAAG
1 AAAGAATAAAAAAAAAAGGAAAG
1449726 AAA
1 AAA
1449729 AAGAAATGAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 17 0.71
24 7 0.29
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.18, T:0.04
Consensus pattern (23 bp):
AAAGAATAAAAAAAAAAGGAAAG
Found at i:1450690 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 1450598--1451157 Score: 315
Period size: 32 Copynumber: 17.3 Consensus size: 32
1450588 CAAGCTTGGA
* * *
1450598 TTATCTGG-CACCAATGAAATTTAAACCCAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
* *
1450629 TTATCTGGTCATCAAT-AAAGTTTTAAGCTCATT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAA--TTTAAGCTCAGT
* *
1450662 TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCTCAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
* * *
1450694 TTATCTAGCCATCATTGAAGTTTTAAG-TCCAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAA-ATTTAAGCT-CAGT
* * *
1450727 TTAACTGGCTC-TTAATGAAATTTAAGCCCAGT
1 TTATCTGGC-CATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
* ** *
1450759 TTATCTGGCCTTTGATGAAATTTAAGCTTAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
* * *
1450791 TTATATTGCCATCAATGAAATTTAAGCCCAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
*
1450823 TTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCT-AGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAA-ATTTAAGCTCAGT
* * * *
1450855 TTAGT-TAGCCCTTAATGAAATTTAAGTTCAGT
1 TTA-TCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
* *
1450887 TTATCTGGCTATCAATGAAGCTTTAAGC-CTAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAA-ATTTAAGCTC-AGT
* * * * *
1450920 TTAGCTAGCCCTTAATGAAATTTAAG-TCAAAT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTC-AGT
* * *
1450952 TTATCTAGCTATCAATGAAGTTTTAAGC-CTAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAA-ATTTAAGCTC-AGT
* * * *
1450985 TTAGT-TGGCC-CCTAA-AAAAGTCTTAAGCCCAAT
1 TTA-TCTGGCCATC-AATGAAA-T-TTAAGCTCAGT
* * *
1451018 TTA-CTTGGCCATTAACGAAGTTTTAAGC-CGAGT
1 TTATC-TGGCCATCAATGAA-ATTTAAGCTC-AGT
* * * * **
1451051 TTATTTGACCTTAAATGAGGTTCTAAGC-CTAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATT-TAAGCTC-AGT
* * * * *
1451084 TTAGCTGACTATTAATGAAATTTAAGCCCAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
* *
1451116 TTAACTGGCCATTAATGAAATTTAAGC-CAAGT
1 TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTC-AGT
1451148 TTATCTGGCC
1 TTATCTGGCC
1451158 CTAAAAGAGT
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 90, Indels: 65
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
31 21 0.05
32 220 0.54
33 156 0.38
34 9 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (32 bp):
TTATCTGGCCATCAATGAAATTTAAGCTCAGT
Found at i:1450694 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 1450598--1451157 Score: 473
Period size: 65 Copynumber: 8.6 Consensus size: 65
1450588 CAAGCTTGGA
* * * *
1450598 TTATCTGGCACC--AATGAAATTTAAACCCAGTTTATCTGGTCATCAATAAAGTTTTAAGCTCAT
1 TTATCTGGC-CCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCTCAG
1450661 T
65 T
* * *
1450662 TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCTCAGTTTATCTAGCCATCATTGAAGTTTTAAG-TCCAG
1 TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCT-CAG
1450726 T
65 T
* * * ** * *
1450727 TTAACTGGCTCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCTTTGATGAA-ATTTAAGCTTAGT
1 TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCTCAGT
* * * *
1450791 TTATATTGCCATCAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCT-AGT
1 TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCTCAGT
* ** * *
1450855 TTAGT-TAGCCCTTAATGAAATTTAAGTTCAGTTTATCTGGCTATCAATGAAGCTTTAAGC-CTA
1 TTA-TCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCTC-A
1450918 GT
64 GT
* * * * * * *
1450920 TTAGCTAGCCCTTAATGAAATTTAAGTCAAATTTATCTAGCTATCAATGAAGTTTTAAGC-CTAG
1 TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCTC-AG
1450984 T
65 T
* * * * *
1450985 TTAGT-TGGCCCCTAA-AAAAGTCTTAAGCCCAATTTA-CTTGGCCATTAACGAAGTTTTAAGC-
1 TTA-TCTGGCCCTTAATGAAA-T-TTAAGCCCAGTTTATC-TGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCT
1451046 CGAGT
62 C-AGT
* * ** * * * * * * *
1451051 TTAT-TTGACCTTAAATGAGGTTCTAAGCCTAGTTTAGCTGACTATTAATGAA-ATTTAAGCCCA
1 TTATCTGGCCCTT-AATGAAATT-TAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCTCA
1451114 GT
64 GT
* * *
1451116 TTAACTGGCCATTAATGAAATTTAAGCCAAGTTTATCTGGCC
1 TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCC
1451158 CTAAAAGAGT
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 73, Indels: 38
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
63 2 0.00
64 134 0.33
65 197 0.49
66 69 0.17
67 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (65 bp):
TTATCTGGCCCTTAATGAAATTTAAGCCCAGTTTATCTGGCCATCAATGAAGTTTTAAGCTCAGT
Found at i:1451544 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1451515--1451576 Score: 115
Period size: 26 Copynumber: 2.4 Consensus size: 26
1451505 CAACATTGTC
*
1451515 ATTTGCATTATGAAAAAGTCAAATAT
1 ATTTGCATCATGAAAAAGTCAAATAT
1451541 ATTTGCATCATGAAAAAGTCAAATAT
1 ATTTGCATCATGAAAAAGTCAAATAT
1451567 ATTTGCATCA
1 ATTTGCATCA
1451577 AGCATTCATA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 35 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (26 bp):
ATTTGCATCATGAAAAAGTCAAATAT
Found at i:1452126 original size:132 final size:131
Alignment explanation
Indices: 1451901--1452184 Score: 327
Period size: 132 Copynumber: 2.2 Consensus size: 131
1451891 TAAAACTTTC
* * * * * * * *
1451901 GAGCATGTTTTCTAAGATCTTCGGACATAATCTTTAAGGCCTCTGGGTATAATTTCGATTCACGA
1 GAGCATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATATTTAAAGCCTCTAGGCATAATTTCGATTCACGA
* * *** * * * *
1451966 TGTTATCCCGATTGATTTTTAATTTTTTAACTTGTGATGTTATCCTGGTTGATTATGTAAGACCT
66 TATTATCCCGATCGATTTTTAATTTTTTAACTTACAATG-TATCCCGATAGATTATCTAAGACCT
1452031 CTA
130 C-A
* * *
1452034 G-GCATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATATTTAAAGCCTCTAGGCATAATTTCTATTCGCGG
1 GAGCATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATATTTAAAGCCTCTAGGCATAATTTCGATTCACGA
* * *
1452098 TATTATCTCGATCGATTTTTAATTTTTTAATTTACAATGTATCCCGATAGATTCTCTAAGACCTC
66 TATTATCCCGATCGATTTTTAATTTTTTAACTTACAATGTATCCCGATAGATTATCTAAGACCTC
*
1452163 C
131 A
1452164 GAGCATGATTTCTAAGACCTC
1 GAGCATGATTTCTAAGACCTC
1452185 TAGGTATAAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 24, Indels: 4
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
130 1 0.01
131 40 0.32
132 84 0.67
133 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (131 bp):
GAGCATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATATTTAAAGCCTCTAGGCATAATTTCGATTCACGA
TATTATCCCGATCGATTTTTAATTTTTTAACTTACAATGTATCCCGATAGATTATCTAAGACCTC
A
Found at i:1452234 original size:109 final size:110
Alignment explanation
Indices: 1452039--1452294 Score: 270
Period size: 109 Copynumber: 2.3 Consensus size: 110
1452029 CTCTAGGCAT
* * * *
1452039 GATT-TCTAAGACCTCCGAACATAATATT-TAA-AGCCTCTAGGCATAATTTCTATTCGCGGTAT
1 GATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGAT-TTCTAAGA-CCTCTAGGCATAATTTCGATTCGAGGTAT
* *
1452101 TATCTCGATCGATTTTTAATTTTTTAATTTACAATG-TATCCCGATA
64 TATCTCGATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACAATGTTATCCCGATA
* * *
1452147 GATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTCTAGGTATAATTTCGATTTGAGGTGTTA
1 GATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTCTAGGCATAATTTCGATTCGAGGTATTA
* ** * * *
1452212 TC-CATATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACGGTGTTATTCTGATC
66 TCTC-GATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACAATGTTATCCCGATA
* * * * *
1452257 GATTCTGTAAGATCTTCGGGTATGATTTCTAAGACCTC
1 GATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTC
1452295 CGGGGATAAT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
108 7 0.06
109 75 0.61
110 41 0.33
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (110 bp):
GATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTCTAGGCATAATTTCGATTCGAGGTATTA
TCTCGATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACAATGTTATCCCGATA
Found at i:1452529 original size:110 final size:109
Alignment explanation
Indices: 1452319--1452647 Score: 306
Period size: 110 Copynumber: 3.0 Consensus size: 109
1452309 AAGACTTTCG
** * * ** * *
1452319 GGCATAATTTTGATTCGTAGTGTTGTCCTAATTGATTCTTT-ATTTTTCAACTTTGGTGTTAT-C
1 GGCATAATTTTGATTCGCGGTGTTATCCCAATTGATT-TTTAATTTTTTGACTTCGATGTTATCC
* *
1452382 TCGATCGATTTTATAAGACTTTCGAGCATGATTTCTAAAACCTCC
65 TCGATCGATTCTATAAGACCTTCGAGCATGATTTCTAAAACCTCC
*
1452427 AGGCATAATTTTGATTCACGGTGTTATCCCAATTGATTTTTAATTTTTTGACTTACGATGTTATC
1 -GGCATAATTTTGATTCGCGGTGTTATCCCAATTGATTTTTAATTTTTTGACTT-CGATGTTATC
* * * * * * *
1452492 CT-GGTCGATTCTGTAAGACCTTCGGGTATGATTTCTAAGACTTTC
64 CTCGATCGATTCTATAAGACCTTCGAGCATGATTTCTAAAACCTCC
* * * * * *
1452537 GATCATAATTTCGATTCGCGGTGTTATCTCGATCGATTTTTAATTTTTTGACTTGCGATATTATC
1 G-GCATAATTTTGATTCGCGGTGTTATCCCAATTGATTTTTAATTTTTTGACTT-CGATGTTATC
** * * * * *
1452602 C-CGATAAACTCTGTAAGAACTTCGAACATGATTTCTAAGACCTCC
64 CTCGATCGATTCTATAAGACCTTCGAGCATGATTTCTAAAACCTCC
1452647 G
1 G
1452648 AACATAATCT
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 36, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
108 3 0.02
109 43 0.24
110 131 0.73
111 2 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (109 bp):
GGCATAATTTTGATTCGCGGTGTTATCCCAATTGATTTTTAATTTTTTGACTTCGATGTTATCCT
CGATCGATTCTATAAGACCTTCGAGCATGATTTCTAAAACCTCC
Found at i:1452579 original size:351 final size:350
Alignment explanation
Indices: 1452067--1452751 Score: 847
Period size: 351 Copynumber: 2.0 Consensus size: 350
1452057 ACATAATATT
* * * * * *
1452067 TAAAGCCTCTAGGCATAATTTCTATTCGCGGTATTATCTCGATCGATTTTTAATTTTTTAATTTA
1 TAAAACCTCCAGGCATAATTTCTATTCACGGTATTATCCCAATCGATTTTTAATTTTTTAACTTA
*
1452132 CAATGTATCCCGATAGATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTCTAGGTATAATTT
66 CAATGTATCCCGATAGATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTCTAGATATAATTT
* * * * * * ** *
1452197 CGATTTGAGGTGTTATCCATATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACGGTGTTATTCTGATCGATTC
131 CGATTCGAGGTGTTATCCAGATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACGATATTATCCCGATAAACTC
* *** *** * *
1452262 TGTAAGATCTTCGGGTATGATTTCTAAGACCTCCGGGGATAATCTTTAAGACTTTCGGGCATAAT
196 TGTAAGAACTTCGAACATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATCTTTAAGACTTCCGAGCATAAT
** * *
1452327 TTTGATTCGTAGTGTTGTCCTAATTGATTCTTTATTTTTCAACTT-TGGTGTTATCTCGATCGAT
261 TTTGATTCACAATGTTGTCCTAATTGATTCTTTATTTTTCAACTTACGGTGTTATC-CGATCGAT
1452391 TTTATAAGACTTTCGAGCATGATTTC
325 TTTATAAGACTTTCGAGCATGATTTC
* * *
1452417 TAAAACCTCCAGGCATAATTT-TGATTCACGGTGTTATCCCAATTGATTTTTAATTTTTTGACTT
1 TAAAACCTCCAGGCATAATTTCT-ATTCACGGTATTATCCCAATCGATTTTTAATTTTTTAACTT
* * * * * * * * * *
1452481 ACGATGTTATCCTGGTCGATTCTGTAAGACCTTCGGGTATGATTTCTAAGA-CTTTCGATCATAA
65 ACAATG-TATCCCGATAGATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTCTAGAT-ATAA
* * * *
1452545 TTTCGATTCGCGGTGTTATCTC-GATCGATTTTTAATTTTTTGACTTGCGATATTATCCCGATAA
128 TTTCGATTCGAGGTGTTATC-CAGATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACGATATTATCCCGATAA
*
1452609 ACTCTGTAAGAACTTCGAACATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATCTTTAAGACTTCCGAGTA
192 ACTCTGTAAGAACTTCGAACATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATCTTTAAGACTTCCGAGCA
* *
1452674 TAATTTTGATTCACAATGTTGTCTTAATTGATTCTTTATTTTTCAACTTACGGTGTTATCCTATC
257 TAATTTTGATTCACAATGTTGTCCTAATTGATTCTTTATTTTTCAACTTACGGTGTTATCCGATC
*
1452739 GATTTTGTAAGAC
322 GATTTTATAAGAC
1452752 CTCCAGGCAT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 50, Indels: 9
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
349 1 0.00
350 63 0.22
351 206 0.74
352 10 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
TAAAACCTCCAGGCATAATTTCTATTCACGGTATTATCCCAATCGATTTTTAATTTTTTAACTTA
CAATGTATCCCGATAGATTCTCTAAGACCTCCGAGCATGATTTCTAAGACCTCTAGATATAATTT
CGATTCGAGGTGTTATCCAGATCGATTTTTAACTTTTTAACTTACGATATTATCCCGATAAACTC
TGTAAGAACTTCGAACATGATTTCTAAGACCTCCGAACATAATCTTTAAGACTTCCGAGCATAAT
TTTGATTCACAATGTTGTCCTAATTGATTCTTTATTTTTCAACTTACGGTGTTATCCGATCGATT
TTATAAGACTTTCGAGCATGATTTC
Found at i:1452649 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1452615--1452670 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
1452605 ATAAACTCTG
* * *
1452615 TAAGAACTTCGAACATGAT-TT
1 TAAGACCTCCGAACATAATCTT
1452636 CTAAGACCTCCGAACATAATCTT
1 -TAAGACCTCCGAACATAATCTT
*
1452659 TAAGACTTCCGA
1 TAAGACCTCCGA
1452671 GTATAATTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 27 0.93
23 2 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
TAAGACCTCCGAACATAATCTT
Found at i:1453161 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1453143--1453174 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
1453133 GTTTAATTAA
1453143 AATTAAAAATTAATT
1 AATTAAAAATTAATT
*
1453158 AATTAAAAATTATTT
1 AATTAAAAATTAATT
1453173 AA
1 AA
1453175 AAAATTAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
AATTAAAAATTAATT
Found at i:1453307 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1453282--1453312 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
1453272 ACTGACCATC
1453282 CACCCCATTGGCCACA
1 CACCCCATTGGCCACA
*
1453298 CACCCTATTGGCCAC
1 CACCCCATTGGCCAC
1453313 CCACTTCATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.48, G:0.13, T:0.16
Consensus pattern (16 bp):
CACCCCATTGGCCACA
Found at i:1453767 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1453749--1453783 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
1453739 CCAAACTGAT
1453749 ACAAAAAAA-ACAC
1 ACAAAAAAATACAC
*
1453762 ACAAAAAAATCCAC
1 ACAAAAAAATACAC
1453776 ACAAAAAA
1 ACAAAAAA
1453784 TCAACGCAGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.45
14 11 0.55
ACGTcount: A:0.74, C:0.23, G:0.00, T:0.03
Consensus pattern (14 bp):
ACAAAAAAATACAC
Found at i:1454425 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 1454412--1454448 Score: 65
Period size: 8 Copynumber: 4.5 Consensus size: 8
1454402 TTGAGTATTT
1454412 TTTTTTAA
1 TTTTTTAA
1454420 TTTTTTAA
1 TTTTTTAA
1454428 TTTTTTTAA
1 -TTTTTTAA
1454437 TTTTTTAA
1 TTTTTTAA
1454445 TTTT
1 TTTT
1454449 GAGTTTTATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 20 0.71
9 8 0.29
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTTAA
Found at i:1454433 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1454411--1454448 Score: 76
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
1454401 TTTGAGTATT
1454411 TTTTTTTAATTTTTTAA
1 TTTTTTTAATTTTTTAA
1454428 TTTTTTTAATTTTTTAA
1 TTTTTTTAATTTTTTAA
1454445 TTTT
1 TTTT
1454449 GAGTTTTATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 21 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTTTAATTTTTTAA
Found at i:1454916 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1454870--1454918 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
1454860 AATTGAAACC
* *
1454870 TTAAAACCTTTAAACCTCAAAA
1 TTAAAACCTCTAAACCTAAAAA
1454892 TTAAAACC-CTAAACC-AAAAA
1 TTAAAACCTCTAAACCTAAAAA
1454912 GTTAAAA
1 -TTAAAA
1454919 TCCAAAATTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.17
21 12 0.50
22 8 0.33
ACGTcount: A:0.55, C:0.20, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
TTAAAACCTCTAAACCTAAAAA
Found at i:1455034 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1455015--1455052 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
1455005 AAACCAAAAA
*
1455015 AAAATTCTTAAAATCC
1 AAAATTCTAAAAATCC
1455031 AAAATTCTAAAAATCC
1 AAAATTCTAAAAATCC
*
1455047 CAAATT
1 AAAATT
1455053 TGATATACAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 20 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.18, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTCTAAAAATCC
Found at i:1458564 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1458494--1458626 Score: 187
Period size: 44 Copynumber: 3.1 Consensus size: 43
1458484 GTTCCTAAAA
* * *
1458494 ACTCCTCTAAACAGAGGCTTCACGACTTTGAGAAAATAAATAG
1 ACTCCTCTAATCAGAGGCTTAACAACTTTGAGAAAATAAATAG
*
1458537 -CTCTTCTAATCAGAGGCTTAACAACTTTGAGAAAATAAATAAG
1 ACTCCTCTAATCAGAGGCTTAACAACTTTGAGAAAATAAAT-AG
* * *
1458580 ACTCCTCTAATAAGAGGCTCAACAACTTTGAGAAAATAAATAA
1 ACTCCTCTAATCAGAGGCTTAACAACTTTGAGAAAATAAATAG
1458623 ACTC
1 ACTC
1458627 ATCGATAATC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 8, Indels: 4
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 36 0.45
43 7 0.09
44 37 0.46
ACGTcount: A:0.42, C:0.20, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
ACTCCTCTAATCAGAGGCTTAACAACTTTGAGAAAATAAATAG
Found at i:1459274 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1459186--1459466 Score: 324
Period size: 22 Copynumber: 12.9 Consensus size: 22
1459176 GGTTTCACAT
*
1459186 CTTAAAGATTCTCATTT-CAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
*
1459207 -TTCAAAGATTTTCATTT-AAAA
1 CTT-AAAGATTCTCATTTGAAAA
*
1459228 TTTAAAGATTCTCATTTG-AAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
1459249 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
*
1459271 CTTAAAGATTTTCATTTGAAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
* *
1459293 CTCAAAGATTCTTATTTGAAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
* * *
1459315 CTTTTTAAAGATTTTCAGTT-AAGA
1 C---TTAAAGATTCTCATTTGAAAA
1459339 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
*
1459361 CTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
* *
1459383 ATCAAAGATTCTCATTT-AAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
*
1459404 TCTCAAAGATTCTCATTT-AAAA
1 -CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
* *
1459426 CTCAAAGATTCTCATTTGAAAC
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
*
1459448 CTCAAAGATTCTCATTTGA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGA
1459467 GGATTCAAAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 20, Indels: 19
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.01
21 84 0.37
22 128 0.56
24 4 0.02
25 12 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
CTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
Found at i:1459286 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1459186--1459466 Score: 334
Period size: 43 Copynumber: 6.4 Consensus size: 43
1459176 GGTTTCACAT
* * *
1459186 CTTAAAGATTCTCATTTCAAATTCAAAGATTTTCATTT-AAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
* *
1459228 TTTAAAGATTCTCATTTGAAACTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
* *
1459271 CTTAAAGATTTTCATTTGAAAACTCAAAGATTCTTATTTGAAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTG-AAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
* * *
1459315 CTTTTTAAAGATTTTCAGTT-AAGACTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
1 C---TTAAAGATTCTCATTTGAA-ACTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
* *
1459361 CTCAAAGATTCTCATTTGAAAAATCAAAGATTCTCATTT-AAAA
1 CTTAAAGATTCTCATTTG-AAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
* * *
1459404 TCTCAAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAC
1 -CTTAAAGATTCTCATTTGAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
*
1459448 CTCAAAGATTCTCATTTGA
1 CTTAAAGATTCTCATTTGA
1459467 GGATTCAAAA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 21, Indels: 19
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 33 0.16
43 74 0.36
44 60 0.29
45 4 0.02
46 22 0.11
47 15 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
CTTAAAGATTCTCATTTGAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAA
Found at i:1459409 original size:112 final size:110
Alignment explanation
Indices: 1459189--1459466 Score: 336
Period size: 112 Copynumber: 2.6 Consensus size: 110
1459179 TTCACATCTT
* * * *
1459189 AAAGATTCTCATTTCAAA---TTCAAAGATTTTCATTTAAAATTTAAAGATTCTCATTTGAAACT
1 AAAGATTCTCATTTAAAACTTTTTAAAGATTTTCAGTTAAAACTTAAAGATTCTCATTTGAAACT
* * * *
1459251 TAAAGATTCTCATTTGAAAACTTAAAGATTTTCATTTGAAAACTC
66 CAAAGATTCTCATTTGAAAAATCAAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* *
1459296 AAAGATTCTTATTTGAAAACTTTTTAAAGATTTTCAGTTAAGACTTAAAGATTCTCATTTGAAAA
1 AAAGATTCTCATTT-AAAACTTTTTAAAGATTTTCAGTTAAAACTTAAAGATTCTCATTTG-AAA
1459361 CTCAAAGATTCTCATTTGAAAAATCAAAGATTCTCATTT-AAAATCTC
64 CTCAAAGATTCTCATTTGAAAAATCAAAGATTCTCATTTGAAAA-CTC
* * * * *
1459408 AAAGATTCTCATTTAAAAC---TCAAAGATTCTCATTTGAAACCTCAAAGATTCTCATTTGA
1 AAAGATTCTCATTTAAAACTTTTTAAAGATTTTCAGTT-AAAACTTAAAGATTCTCATTTGA
1459467 GGATTCAAAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 17, Indels: 13
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
107 13 0.09
108 17 0.12
109 19 0.13
111 44 0.30
112 54 0.37
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (110 bp):
AAAGATTCTCATTTAAAACTTTTTAAAGATTTTCAGTTAAAACTTAAAGATTCTCATTTGAAACT
CAAAGATTCTCATTTGAAAAATCAAAGATTCTCATTTGAAAACTC
Found at i:1459475 original size:65 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1459189--1459489 Score: 324
Period size: 65 Copynumber: 4.6 Consensus size: 64
1459179 TTCACATCTT
* * * * *
1459189 AAAGATTCTCATTTCAAATTCAAAGATTTTCATTTAAAATTTAAAGATTCTCATTTGAAA-CTT
1 AAAGATTCTCATTTAAAATTCAAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAACCTC
* *
1459252 AAAGATTCTCATTTGAAAACTT-AAAGATTTTCATTTGAAAACTCAAAGATTCTTATTTGAAAAC
1 AAAGATTCTCATTT-AAAA-TTCAAAGATTCTCATTT-AAAACTCAAAGATTCTCATTTG-AAAC
* *
1459316 TTTTT
62 --CTC
* * * **
1459321 AAAGATTTTCAGTTAAGACTT-AAAGATTCTCATTTGAAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAAAT
1 AAAGATTCTCATTTAA-AATTCAAAGATTCTCATTT-AAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAACCT
1459385 C
64 C
1459386 AAAGATTCTCATTTAAAATCTCAAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAACCTC
1 AAAGATTCTCATTTAAAAT-TCAAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAACCTC
**
1459451 AAAGATTCTCATTTGAGGATTCAAA-ATT-TCATCTTAAAA
1 AAAGATTCTCATTT-AAAATTCAAAGATTCTCAT-TTAAAA
1459490 TATTCATAAT
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 20, Indels: 23
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
63 18 0.09
64 28 0.14
65 83 0.40
66 20 0.10
67 3 0.01
68 39 0.19
69 15 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (64 bp):
AAAGATTCTCATTTAAAATTCAAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAACCTC
Found at i:1464942 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1464913--1464963 Score: 68
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
1464903 TCTAATCTAG
*
1464913 GAAATTTATAGAAATTT-ACCATTT
1 GAAATTTATAAAAATTTCACCATTT
* *
1464937 GAAATTTTTAAAAATTTCATCATTT
1 GAAATTTATAAAAATTTCACCATTT
1464962 GA
1 GA
1464964 TAGTTAATAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.65
25 8 0.35
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (25 bp):
GAAATTTATAAAAATTTCACCATTT
Found at i:1465067 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1465053--1465087 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 3.9 Consensus size: 9
1465043 AATACTTTAA
1465053 AAAATAAAT
1 AAAATAAAT
1465062 AAAATAAAT
1 AAAATAAAT
1465071 -AAATAAAAT
1 AAAAT-AAAT
1465080 AAAATAAA
1 AAAATAAA
1465088 ACAAAATAGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.17
9 16 0.67
10 4 0.17
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (9 bp):
AAAATAAAT
Found at i:1465068 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 1465053--1465095 Score: 56
Period size: 5 Copynumber: 9.2 Consensus size: 5
1465043 AATACTTTAA
*
1465053 AAAAT -AAAT AAAAT -AAAT -AAAT AAAAT AAAAT AAAAC AAAAT A
1 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT A
1465096 GGGAAATGGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
4 12 0.35
5 22 0.65
ACGTcount: A:0.79, C:0.02, G:0.00, T:0.19
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:1466044 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 1465894--1466146 Score: 454
Period size: 123 Copynumber: 2.1 Consensus size: 123
1465884 CCACCTTAAA
*
1465894 ATTTCCTAAGTTTTTATTTATTTTTATTTTTTAATTATAAAAAACAAGTAAAACCCTAGACAGAT
1 ATTTCCTAAGTTTTCATTTATTTTTATTTTTTAATTATAAAAAACAAGTAAAACCCTAGACAGAT
*
1465959 TCGAGTGTCTATATGTGTTTATATGTTGACCTTTGTCATTTTCTTTCTTTATTATTTC
66 TCGAGTGTCTACATGTGTTTATATGTTGACCTTTGTCATTTTCTTTCTTTATTATTTC
*
1466017 ATTTCCTAAGTTTTCATTT-TTTATTATTTTTTAATTATAAAAAACAAGTAAAATCCTAGACAGA
1 ATTTCCTAAGTTTTCATTTATTT-TTATTTTTTAATTATAAAAAACAAGTAAAACCCTAGACAGA
*
1466081 TTCGGGTGTCTACATGTGTTTATATGTTGACCTTTGTCATTTTCTTTCTTTATTATTTC
65 TTCGAGTGTCTACATGTGTTTATATGTTGACCTTTGTCATTTTCTTTCTTTATTATTTC
1466140 ATTTCCT
1 ATTTCCT
1466147 TAAATTCTGT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 4, Indels: 2
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
122 3 0.02
123 122 0.98
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (123 bp):
ATTTCCTAAGTTTTCATTTATTTTTATTTTTTAATTATAAAAAACAAGTAAAACCCTAGACAGAT
TCGAGTGTCTACATGTGTTTATATGTTGACCTTTGTCATTTTCTTTCTTTATTATTTC
Found at i:1468038 original size:68 final size:71
Alignment explanation
Indices: 1467917--1468070 Score: 251
Period size: 68 Copynumber: 2.2 Consensus size: 71
1467907 TCATATTGTT
* *
1467917 TAATTAAGTCATTATCCTTTTCTGTATTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTT-GGCA
1 TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTG-AGTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTTGGGCA
1467981 GTTGGAC
65 GTTGGAC
*
1467988 TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTG-GTGT-GCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGATTTGGGCAG
1 TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTGAGTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTTGGGCAG
1468051 TTGGAC
66 TTGGAC
1468057 TAATTAAGTCATTG
1 TAATTAAGTCATTG
1468071 CCAAGACTTG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 3, Indels: 4
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
68 28 0.35
69 28 0.35
71 23 0.29
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (71 bp):
TAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTGAGTGTCGCTTCGAAATGAAACTACAGCCAAGACTTGGGCAG
TTGGAC
Found at i:1468082 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1468035--1468105 Score: 106
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
1468025 TGAAACTACA
* * * *
1468035 GCCAAGATTTGGGCAGTTGGACTAATTAAGTCATT
1 GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
1468070 GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
1 GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
1468105 G
1 G
1468106 TCTATGTCTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 32 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
GCCAAGACTTGGGCAATTAGACTAATTAAATCATT
Found at i:1468347 original size:102 final size:101
Alignment explanation
Indices: 1468089--1468438 Score: 483
Period size: 100 Copynumber: 3.5 Consensus size: 101
1468079 TGGGCAATTA
* *
1468089 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAG-CTTTTTTTGGTTAAAT
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGTTTTTTTTTTGTTAAAT
* ** *
1468153 TCAGAAATAAAGTCTACATCTCACTAATTGGCCGTT-
66 TCAGAAATAAAAT-TATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
* * ** *
1468189 AAGTAACCAAATCATTGTCTGTGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGTTTCTTTTTTTGTTAAA
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGTTT-TTTTTTTGTTAAA
* *
1468254 TTCAAAAATAAAATTTATGTCTCACTAATTGACAGTTG
65 TTCAGAAATAAAA-TTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
* *
1468292 GACTAATTAAATCATTATATATGTCTCATTAATTGTGA-ATTTGAAAAGTTTTTTTTTTGTTAAA
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGA-TTGAAAAGTTTTTTTTTTGTTAAA
*
1468356 TTCAGAAATAAAA-TCTGTCTCACTAATTGGCAGTTG
65 TTCAGAAATAAAATTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
*
1468392 GACTAATTAAATCATTGTTTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAA
1 GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAA
1468439 TTCAGAAATA
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 25, Indels: 12
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 107 0.49
101 2 0.01
102 67 0.31
103 43 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (101 bp):
GACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTGTGAGATTGAAAAGTTTTTTTTTTGTTAAAT
TCAGAAATAAAATTATGTCTCACTAATTGGCAGTTG
Found at i:1468471 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 1468353--1468526 Score: 287
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 84
1468343 TTTTTTTGTT
*
1468353 AAATTCAGAAATAAAATCTGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTTTATGTCT
1 AAATTCAGAAATAAAATCTGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCT
1468418 CATT-AATTGTGAGATTGA
66 CATTAAATTGTGAGATTGA
* * *
1468436 AAATTCAGAAATAAAGTTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
1 AAATTCAGAAATAAAATCT--GTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGT
1468501 CTCATTAAATTGTGAGATTGA
64 CTCATTAAATTGTGAGATTGA
1468522 AAATT
1 AAATT
1468527 TTTTTTTTGT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 4, Indels: 3
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 17 0.20
85 48 0.57
86 19 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (84 bp):
AAATTCAGAAATAAAATCTGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCT
CATTAAATTGTGAGATTGA
Found at i:1468771 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 1468452--1468783 Score: 488
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
1468442 AGAAATAAAG
* * *
1468452 TTTACGTCTCACTAATTGGCAGTTTGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAAATTGTGAG
1 TTTACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCATTAAATTGTGAG
* * * * *
1468517 ATTGAAAATTTTTTTTTTGTTAAGTGCAAAAATAAAGTCTACCTCTCACTAATTAGTAGTTAGAC
66 ATTAAAAATTTTTTTTCTGTTAAATGCAAAAATAAAGTCCACCTCTCACTAATTAGCAGTTAGAC
1468582 TAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTATTAGATTGATTT
131 TAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTATTAGATTGATTT
* * *
1468626 TTTACGTTTCACTAATTGTCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCCTT-AATTGTGAG
1 TTTACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCATTAAATTGTGAG
* * * * * *
1468690 ATTAAAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTC-AGAATTAAGTCCACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGA
66 ATTAAAAA-TTTTTTTTCTGTTAAATGCAAAAATAAAGTCCACCTCTCACTAATTAGCAGTTAGA
1468754 CTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAA
130 CTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAA
1468784 ATGTGAGATT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 17, Indels: 3
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
173 75 0.54
174 65 0.46
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
TTTACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCATTAAATTGTGAG
ATTAAAAATTTTTTTTCTGTTAAATGCAAAAATAAAGTCCACCTCTCACTAATTAGCAGTTAGAC
TAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAATTATTAGATTGATTT
Found at i:1468813 original size:101 final size:102
Alignment explanation
Indices: 1468629--1468847 Score: 323
Period size: 101 Copynumber: 2.2 Consensus size: 102
1468619 TTGATTTTTT
* * * *
1468629 ACGTTTCACTAATTGTCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCCTTAATTGTGAGATTA
1 ACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCATTAAATGTGAGATTA
*
1468694 AAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTCAG-AATTAAGTCC
66 AAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCC
* * *
1468730 ACGTCTCACTAATTGGCAGTTGGACTAATTAAATCATTGTCTATGTCTCATTAAATGTGAGATTG
1 ACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCATTAAATGTGAGATTA
* * *
1468795 AAAAGTTTTTTTTTTGTTAAATTTAGAAATAAAGTCT
66 AAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCC
*
1468832 ACATCTCACTAATTGG
1 ACGTCTCACTAATTGG
1468848 ACGATACCAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 12, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
101 82 0.78
102 23 0.22
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (102 bp):
ACGTCTCACTAATTGGCAATTGGACTAATTAAATAATTGTCTATGTCTCATTAAATGTGAGATTA
AAAAGTTTTTTTTCTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCC
Found at i:1469026 original size:199 final size:193
Alignment explanation
Indices: 1468800--1469185 Score: 493
Period size: 199 Copynumber: 2.0 Consensus size: 193
1468790 GATTGAAAAG
* * * * * * *
1468800 TTTTTTTTTTGTTAAATTTAGAAATAAAGTCTACATCTCACTAATTGGACGATACCATAGAAGAA
1 TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACATCTCAATAATTGGAAGATACCAAAGAACAA
* * * * * *
1468865 ACAAATGAGCTTGATCCATGCGATCGATCTTAATAATCTAATTATCGTTCAATAACTATGTTGGG
66 ACAAATCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
* *
1468930 TTAGCTCAAGAACTTTAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTCGT
131 TTAGCT------CTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTCGT
1468995 AAGT
190 AAGT
* * * *
1468999 TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACGTCTCAATAGTTTGAAGATACCAAAGAACAG
1 TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACATCTCAATAATTGGAAGATACCAAAGAACAA
* *
1469064 ACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
66 ACAAATCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
* * * *
1469129 TTAGCTCTTGAGGAATTAGTTACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTCCGATTTCTC
131 TTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTC
1469186 CCAAAGTTTA
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 25, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
193 45 0.28
199 117 0.72
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (193 bp):
TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACATCTCAATAATTGGAAGATACCAAAGAACAA
ACAAATCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATGTTGGG
TTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGATTTTTTTCATTAAATTTCATCCAATTTCTCGTAAGT
Found at i:1469201 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1469194--1469223 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
1469184 TCCCAAAGTT
1469194 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1469224 AGATCCTTCG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1470279 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1470240--1470282 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
1470230 TTAAACCAAA
*
1470240 TTATATATATTATTAATTT
1 TTATATATATTATTAAATT
1470259 TTATATATATT-TTAAAATT
1 TTATATATATTATT-AAATT
1470278 TTATA
1 TTATA
1470283 AAATAAAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.09
19 20 0.91
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (19 bp):
TTATATATATTATTAAATT
Found at i:1471051 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1471010--1471054 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
1471000 AAATTAAAAA
1471010 AAATTATTTATATTTTGTT
1 AAATT-TTTATATTTTGTT
*
1471029 -AGTTTTTATATTTT-TT
1 AAATTTTTATATTTTGTT
1471045 AAATTTTTAT
1 AAATTTTTAT
1471055 TAAATAAAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.09
17 18 0.78
18 3 0.13
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.04, T:0.67
Consensus pattern (18 bp):
AAATTTTTATATTTTGTT
Found at i:1471398 original size:773 final size:771
Alignment explanation
Indices: 1469046--1472005 Score: 3143
Period size: 773 Copynumber: 3.7 Consensus size: 771
1469036 TCAATAGTTT
*
1469046 GAAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACCG
1 GAAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCG
* * *
1469111 TTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTTACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTT
66 TTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTT
* *
1469176 CCGATTTCTCCCAAAGTTTATATATATATATATATATATATATATATAAGATCCTTCGTGCAATT
131 CCAATTTCTCCCAAAG--------------T-T-TATATATATATA-AA-ATCTTTCGTGCAATT
* * * * * * *
1469241 AAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTGAGAAAATTTTTTAAAGTCAGAAATTGACTTAAAATAAT
178 AAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCAT
* * * *
1469306 AGTATTTAGTTTAATTTAGATCAATTTATTTTTA-TTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAAT
243 AATATTCAGTTTAATTTATATTAATTTATTTTTATTTTG-TTTGAATTAAAATCAAATATTAAAT
* * * **
1469370 ATATAAATTAAATTTAAATTAAATTTTGAATTAAGATATAAAAA-ATAAAAAAATTAAATTAAAT
307 ATATAAATTAAGTTCAAATTAAATTTCGAATTAAGA-ATAAAAATA-AAAAAAATTAAAACAAAT
* * *
1469434 TATATATTTTTTATTAGTTTATATATATTTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTT-TAT
370 TATTTATATTTTGTTA-TTT-T-TATATTTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATAT
* * * * *
1469498 ATTAATCTATGTAAATATATTAAAAATTTTATTACTTTTTTTTTTTGCATTGCCTTTGTGCTTTT
432 ATTAATCTATTTAAATATATTAAAAA-TTT-TTA-TTATTTTTTTTGTA-TGTCTTTGTCCTTTT
* * *
1469563 CTGAATTGTATTAAGTCATTATCC-TTATTTTTATTGTCCAATTAAATCATTATCTTTTCTGAAT
493 CTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCATT-TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAAT
* * * * *
1469627 TGTATAATTAAGTCATTAAT-CAAGTTATTGTGATTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTT
557 TGTATAATTAAGTCATAAATCCAA-TTATTGTGCTTTTTGAATCGTCTAATTAAGTCATTATCCT
* * * * * * * *
1469691 TTTTTGGATTATCTATGTGCTTAG-AATGAAACTATAGCCAAGACTAAGACAATTGGCCTAATTA
621 TTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAATAAAACCATAGCCAAGACTTAGATAATTAGACTAATTA
* * * * * * ** * *
1469755 AGTCACTGTCCTTTTCCTTGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTCAGAAGTCTTTTTTT
686 AGTCATTGTCC-TTTGCTGGTTAAATC--TGTCTCATTAATGGAAAGTTAGAAAAGTC---CTTT
* *
1469820 TTTTTTTTCAAGTTAAATTCATAAAAAAAGTCTACGTCTCA
745 TTTTTTTT---GTGAAATTC----AGAAA---TA--T-T-A
* *
1469861 CTTGTTGCAAGATACCAAAGAACAGACAAGTTAGATTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATA
1 ------G-AAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATA
* ** *
1469926 ATTACCGTTCAATAACGATGTTGGGTTAACTCTCCAGGAATTAGTCTCTTGGTTTTTTTCATTAC
59 ATTACCGTTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTAC
* * * * *
1469991 ATTTCTTCCAA-TTCTCACAAAGTTTTTCTATTTATACATAAAAAATCCTTCGTGTAATTAAGAA
124 ATTTCTTCCAATTTCTCCCAAAG---TT-TA--TATATATATAAAATCTTTCGTGCAATTAAGAA
* * *
1470055 TTAGTAATTGGTATTAGGAGTGAG-AATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAATAT
183 TTAGTAATTGATAATAGGAGTGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATAT
* * * *
1470119 TCAGTTTAATTTAAATTAATTTATTTTTATTTGGTTTGAATCAAAATTAAATATTAAATATATAA
248 TCAGTTTAATTTATATTAATTTATTTTTATTTTGTTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAA
* * * * *
1470184 ATTAAGTTTAAATTAAATTTCAAATTAA-AATATAAAATATAAAAAATTAAACCAAATTATATAT
313 ATTAAGTTCAAATTAAATTTCGAATTAAGAATA-AAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTAT
* * *
1470248 ATTAT-TAATTTTTATATATATTTTAAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATT
377 ATTTTGTTATTTTTATAT-T-TTTT-AAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATC
* *
1470312 TATTTAAATATATT-AAAATTTTTATTACTTCTTTTTGTATTGTCTTTGTCCTTTTCTGGATTGT
439 TATTTAAATATATTAAAAATTTTTATTA-TTTTTTTTGTA-TGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGT
*
1470376 TTTAAGTCATTGTCCA--TTTTT-TTGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATGCATA
502 TTTAAGTCATTGTCCATTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTG--T--ATA
* *
1470438 ATTAAGTCATAAATCCAATTATTGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTGGG
563 ATTAAGTCATAAATCCAATTATTGTGCTTTTTGAATCGTCTAATTAAGTCATTATCCTTTTTGGG
* * * * * *
1470503 ATTATCTATGTGCTTCGAAGTAAAACCATATCCAAGACTTAGATAATTGGGCTAATTACGTTATT
628 ATTATCTATGTGCTTCGAAATAAAACCATAGCCAAGACTTAGATAATTAGACTAATTAAGTCATT
* * *
1470568 GTCCTTTGCTGGTTAAATCTTTCTCATTAATGGAAAGTTGGAAAATTCCCTTTTTTTTTTTTGTG
693 GTCCTTTGCTGGTTAAATCTGTCTCATTAATGGAAAGTTAGAAAAGT-CC-TTTTTTTTTTTGTG
*
1470633 AAATTTAG-AA-A-TA
756 AAATTCAGAAATATTA
1470646 -AAG-TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCG
1 GAAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCG
* * *
1470709 TTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTATTTTCCATTACATTTCTT
66 TTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTT
*
1470774 TCAATTTCTCCCAAAG-TT-TATATATATAAAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATA
131 CCAATTTCTCCCAAAGTTTATATATATATAAAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATA
* *
1470837 ATAGGAGTGAGAAACTTTTTTTAAAATCAAAAATTAATTTTAAATCATAATATTCAGTTTAATTT
196 ATAGGAGTGAGAAA-TTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTT
* * *
1470902 ATTTTAATATATTTTTATTTTATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCAAA
260 ATATTAATTTATTTTTATTTTGTTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCAAA
*
1470967 TTAAATTTCGAATTAAGACATGAAAAATAAAAAAAATTAAAAAAAATTATTTATATTTTGTTAGT
325 TTAAATTTCGAATTAAGA-AT-AAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTGTTA-T
*
1471032 TTTTATATTTTTTAAATTTTTATTAAATAAAATAAATT-TTTTATATATTAATCTATTTAAATAT
387 TTTTATATTTTTTAAA-TTTTATAAAATAAAAT-AATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATAT
*
1471096 ATTAAAAAGTTTGTTACTTATTTTTTTTGTA-GTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCAT
450 ATTAAAAA-TTT-TTA-TTATTTTTTTTGTATGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCAT
* * * * *
1471160 TGTCCATTTTTTTATTATCTAATTAAATCATTATCATTCCTGGATTGTATAATTAAGTCATTAAT
512 TGTCCATTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATAAAT
* *
1471225 -CAAGTTGTTGTGCTTTTTGAATCGTCTAATTAAGTCATTATCTTTTTTGGGATTATCTATGTGC
577 CCAA-TTATTGTGCTTTTTGAATCGTCTAATTAAGTCATTATCCTTTTTGGGATTATCTATGTGC
* * *
1471289 TTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGATAATTAGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCATGG
641 TTCGAAATAAAACCATAGCCAAGACTTAGATAATTAGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTGC-TGG
** * *
1471354 TTATGTCTACGTCTCATTAAT-TATAAGTTAGAAAAGT-C-TTTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAA
705 TTAAATCT--GTCTCATTAATGGA-AAGTTAGAAAAGTCCTTTTTTTTTTTGTGAAATTCAG---
1471416 TAAAGTCTATGTCTCGTTA
764 -AAA---TA-------TTA
* * * *
1471435 GTTGGAAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCGACGCAATCGATCTGAATAATATAATC
1 ----GAAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATT
*
1471500 ACCGTTCAATAACGATGTTGGCTTAGCTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATT
62 ACCGTTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATT
*
1471565 TCTTCCGATTTCTCCCAAAGCTTTTCTATATATATATATATATATAATCTTTCGTGCAATTAAGA
127 TCTTCCAATTTCTCCCAAAG------T-T-TATATATATATA-A-AATCTTTCGTGCAATTAAGA
* * *
1471630 ATTAGCAATTGATAATAGGAGTGAGAAAATTTTTTCAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAAC
182 ATTAGTAATTGATAATAGGAGTGAG-AAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAAT
* * * *
1471695 ATTTAATTTAATTTATATCAATTTATTTTTA-TTTGTTTGAA-TAAAAACAAATATTAAATATAT
246 ATTCAGTTTAATTTATATTAATTTATTTTTATTTTGTTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATAT
* * * * * *** *
1471758 AAATTAAATTCGAATTAAATTTTGAATTGAGTTATAAAAA-AAATCGAATT---ACATA-TATTT
311 AAATTAAGTTCAAATTAAATTTCGAATTAAG-AATAAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTT
* * * *
1471818 -TA-TTAGTTA-TTATATATATTTTAAAATTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCT
375 ATATTTTGTTATTTTTATATTTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCT
* *
1471880 ATTTAAACATATTAAAAA-TTTTATTATTTCTTTTCTTGTATTGTCCTTGTCCTTTTCTGAATTG
440 ATTTAAATATATTAAAAATTTTTATTA-TT-TTTT-TTGTA-TGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTG
* *
1471944 TTTTAAGTCATTGTCCTTTTTTTTTATTGTCTAACTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTAT
501 TTTTAAGTCATTGTCC-ATTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTAT
1472006 TAAGCCATTG
Statistics
Matches: 1859, Mismatches: 194, Indels: 197
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
769 50 0.03
770 2 0.00
771 119 0.06
772 27 0.01
773 205 0.11
774 59 0.03
775 14 0.01
776 159 0.09
777 46 0.02
781 1 0.00
785 1 0.00
786 1 0.00
789 2 0.00
790 4 0.00
791 5 0.00
792 6 0.00
793 9 0.00
794 52 0.03
795 182 0.10
796 39 0.02
797 6 0.00
798 2 0.00
799 12 0.01
800 3 0.00
801 31 0.02
802 16 0.01
803 37 0.02
804 56 0.03
805 158 0.08
806 91 0.05
807 154 0.08
808 117 0.06
809 47 0.03
810 4 0.00
811 8 0.00
821 11 0.01
822 123 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (771 bp):
GAAGATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCG
TTCAATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTT
CCAATTTCTCCCAAAGTTTATATATATATAAAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATA
ATAGGAGTGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTA
TATTAATTTATTTTTATTTTGTTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCAAAT
TAAATTTCGAATTAAGAATAAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTGTTATTTTT
ATATTTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAA
AATTTTTATTATTTTTTTTGTATGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCATTT
TTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATAAATCCAATTATT
GTGCTTTTTGAATCGTCTAATTAAGTCATTATCCTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAATAA
AACCATAGCCAAGACTTAGATAATTAGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTGCTGGTTAAATCTGTC
TCATTAATGGAAAGTTAGAAAAGTCCTTTTTTTTTTTGTGAAATTCAGAAATATTA
Found at i:1471506 original size:795 final size:794
Alignment explanation
Indices: 1468995--1475206 Score: 3961
Period size: 822 Copynumber: 7.7 Consensus size: 794
1468985 AATTTCTCGT
* * ** *
1468995 AAGT-TTTTTTTTTTGGTAAATTCAAAAATAAAGTCTACGTCTCAATAGTTTGAAGATACCAAAG
1 AAGTCTTTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAAAG
*
1469059 AACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATG
66 AACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATG
* * *
1469124 TTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTTACTTGATTTTTTTCATTACATTTCTTCCGATTTCTCCCA
131 TTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCCCA
1469189 AAGTTTATATATATATATATATATATATATATATAAGATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAAT
196 AAG--------------T-TATATATATATATATAA-ATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAAT
* * * * * * * * *
1469254 TGATAATAGGAGTGAGAAAATTTTTTAAAGTCAGAAATTGACTTAAAATAATAGTATTTAGTTTA
245 TGATAATAGGAGTGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTA
*
1469319 ATTTAGATCAATTTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATT
310 ATTTATATCAATTTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATT
* * ** * *
1469384 TAAATTAAATTTTGAATTAAGATATAAAAA-ATAAAAAAATTAAATTAAATTATATATTTTTTAT
375 CAAATTAAATTTCGAATTAAGATATAAAAATA-AAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTAT
*
1469448 TAGTTTATATATATTTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTT-TATATTAATCTATGTAA
439 TAGTTT-T-TATATTTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAA
* * * *
1469512 ATATATTAAAAATTTTATTACTTTTTTTTTTTGCATTGCCTTTGTGCTTTTCTGAATTGTATTAA
502 ATATATTAAAAATTTTATTA-TTATTTTTTTTGTA-TGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAA
* *
1469577 GTCATTATCC-TTATTTTTATTGTCCAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTC
565 GTCATTGTCCATT-TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTC
* *
1469641 ATTAATCAAGTTATTGTGATTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTTGGATTATCTA
629 ATTAATCAAGTTATTGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTGGGATTATCTA
* * * * *
1469706 TGTGCTTAG-AATGAAACTATAGCCAAGACTAAGACAATTGGCCTAATTAAGTCACTGTCCTTTT
694 TGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGATAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTT
* * ** *
1469770 CCTTGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTCAG
759 -CTGGTTAAGTCTA-GTCTCATTAATTATAAGTTAGAA
* * * *
1469808 AAGTCTTTTTTTTTTTTTTTCAAGTTAAATTCATAAAAAAAGTCTACGTCTCACTT-GTTGCAAG
1 AAGTC-----TTTTTTTTTT---GTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTC-GTTAGTTGGAAG
* *
1469872 ATACCAAAGAACAGACAAGTTAGATTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCA
57 ATACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCA
* ** *
1469937 ATAACGATGTTGGGTTAACTCTCCAGGAATTAGTCTCTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAA
122 ATAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAA
* * * * * * *
1470002 -TTCTCACAAAGTTTTTCTATTTATACATAAAAAATCCTTCGTGTAATTAAGAATTAGTAATTGG
187 TTTCTCCCAAAG---TTATATATATATAT-ATAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGA
* *
1470066 TATTAGGAGTGAG-AATTTTTTTAAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATT
248 TAATAGGAGTGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATT
* * * * * * *
1470130 TAAATTAATTTATTTTTATTTGGTTTGAATCAAAATTAAATATTAAATATATAAATTAAGTTTAA
313 TATATCAATTTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAA
* * * * * *
1470195 ATTAAATTTCAAATTAAAATAT-AAAATATAAAAAATTAAACCAAATTA--TATATATTATTAAT
378 ATTAAATTTCGAATTAAGATATAAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTATTAGT
*
1470257 TTTTATATATATTTTAAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATA
443 TTTTATAT-T-TTTT-AAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATA
* * *
1470322 TATT-AAAA-TTT-TTATTACTTCTTTTTGTATTGTCTTTGTCCTTTTCTGGATTGTTTTAAGTC
505 TATTAAAAATTTTATTATTA-TTTTTTTTGTA-TGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTC
*
1470384 ATTGTCCA--TTTTT-TTGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATGCATAATTAAGTC
568 ATTGTCCATTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTG--T--ATAATTAAGTC
* *
1470446 ATAAATCCAA-TTATTGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTGGGATTATCT
629 ATTAAT-CAAGTTATTGTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTGGGATTATCT
* * * * * * *
1470510 ATGTGCTTCGAAGTAAAACCATATCCAAGACTTAGATAATTGGGCTAATTACGTTATTGTCCTTT
693 ATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGATAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTT
* * * * *
1470575 GCTGGTTAAATCT-TTCTCATTAATGGA-AAGTTGGAA
758 TCTGGTTAAGTCTAGTCTCATTAAT-TATAAGTTAGAA
* ** ** ** *
1470611 AATTCCCTTTTTTTT-TT---TTGTGAAAT----T-TA------G--AAAT-AAAG-TACCAAAG
1 AAGTCTTTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAAAG
1470657 AACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATG
66 AACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATG
* * *
1470722 TTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTATTTTCCATTACATTTCTTTCAATTTCTCCCA
131 TTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCCCA
*
1470787 AAG-T-T-TATATATATA-AAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTGAG
196 AAGTTATATATATATATATAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTGAG
* * * * *
1470848 AAACTTTTTTTAAAATCAAAAATTAATTTTAAATCATAATATTCAGTTTAATTTATTTTAATATA
261 AAA-TTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTATATCAATTTA
* *
1470913 TTTTTATTTTATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCAAATTAAATTTCGA
325 TTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAATTAAATTTCGA
* * *
1470978 ATTAAGACATGAAAAATAAAAAAAATTAAAAAAAATTATTTATATTTTGTTAGTTTTTATATTTT
390 ATTAAGATAT-AAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTATTAGTTTTTATATTTT
* *
1471043 TTAAATTTTTATTAAATAAAATAAATT-TTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAAGTT
454 TTAAA-TTTTATAAAATAAAAT-AATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTT
*
1471107 TGTTACTTATTTTTTTTGTA-GTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCATTTTT
517 TATTA-TTATTTTTTTTGTATGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCATTTTT
* * * * *
1471171 TTATTATCTAATTAAATCATTATCATTCCTGGATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTGTTGT
581 TTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGT
* *
1471236 GCTTTTTGAATCGTCTAATTAAGTCATTATCTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAA
646 GCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAA
* *
1471301 CTATAGCCAAGACTTAGATAATTAGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCATGGTTATGTCTACGT
711 CTATAGCCAAGACTTAGATAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTC-TGGTTAAGTCTA-GT
1471366 CTCATTAATTATAAGTTAGAA
774 CTCATTAATTATAAGTTAGAA
*
1471387 AAGTCTTTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTATGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAAAG
1 AAGTCTTTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAAAG
* * * *
1471452 AACAGACAAGTCAGCTTGATCGACGCAATCGATCTGAATAATATAATCACCGTTCAATAACGATG
66 AACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATG
* * *
1471517 TTGGCTTAGCTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCGATTTCTCCCA
131 TTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCCCA
* *
1471582 AAGCTTTTCTATATATATATATATATATAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGCAATTGATAATA
196 AAG------T-TATATATATATATATA-AATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATA
* * * *
1471647 GGAGTGAGAAAATTTTTTCAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAACATTTAATTTAATTTATA
253 GGAGTGAG-AAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTATA
* *
1471712 TCAATTTATTTTTATTTG-TTTGAA-TAAAAACAAATATTAAATATATAAATTAAATTCGAATTA
317 TCAATTTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAATTA
* * * **
1471775 AATTTTGAATTGAG-T-T----ATAAAAAAAA-T----CGAATTACATATATTTTATTAGTTATT
382 AATTTCGAATTAAGATATAAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTATTAGTT-TT
* * *
1471829 ATATATATTTTAAAATTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAACATATTA
446 -TATATTTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTA
* * *
1471894 AAAATTTTATTATT-TCTTTTCTTGTATTGTCCTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGT
510 AAAATTTTATTATTAT-TTTTTTTGTA-TGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGT
* * ** *
1471958 CCTTTTTTTTTATTGTCTAACTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATTAAGCCATTGTCCTTTT
573 CC-ATTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTA-TAA-TTA-AGT-C----
* * * *
1472023 TTTATTGTCTAA-TTAAATCATAT-CTTTTCTGAATAG--T-ATTAAGTCATTGTCTTTTTTTTT
629 ATTA--ATC-AAGTT--AT--TGTGCTTTT-TGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTC------TTT
** * * * *
1472083 TATTGTCTAATTAAATCATTATCT-TTTCTGAATTGTATAATTA-AGTCATTAATCAAGTTA-TT
680 T-TTG--GGATT--ATC--TATGTGCTTC-GAAATG-A-AACTATAG-C------CAAG--ACTT
* * ** * * * *
1472145 GTGCTTTTTGAATTATCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTTGGATT-A-TCTATGTGCTTA-GAAT
726 -AGATAATTG---GA-CTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTGG-TTAAGTCTA-GT-CTCATTAAT
* * **
1472207 GA-AACTATAGCC
783 TATAAGT-TAGAA
* * * * * ** *
1472219 AAGAC-------TTAG--ACAATT-GGACTAATTAAGTC-ACTGTC-CTTTTCCTTGTTAAGTCT
1 AAGTCTTTTTTTTTTGTTA-AATTCAGA--AATAAAGTCTAC-GTCTC-GTTAGTTG-GAAG---
* *** ** *** * ** *
1472272 ATGTCTCATTAATTGTAAGTTTCAG--AAGTCTTTTTTTTTTTTTTCAAGTTAAAT-TC-ATAAA
57 AT-AC-CA--AA--G-AA----CAGACAAGTC-AGCTTGATCCATGCAA--TCGATCTCAATAAT
* * * * * * * * * * * * **
1472333 AAAAGTCTA-CG-TC--TCAC-TTGTTGCAAGATA-C-C--AAAGAA-CAGACGAGTTAGATTGA
108 ATAA-T-TACCGTTCAATAACGATGTTG--GGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTC-ACTTGGTTTTT
* * * * ** *** ** * * * *
1472388 TCCA-TGCA-ATCGATCTCAATAACATAATTACCGTTCA-ATA-ACGATCTTGGGTTAA--CTCT
168 TTCATTACATTTC-TTC-CAATTTC-T-CCCAAAGTT-ATATATA-TAT-AT--ATAAATCCT-T
* * ** * ** **** * *
1472447 CGAGGAATT-AGTCTCTTGGTTTTTGTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCACAAAGTTTTTCTAT
223 CGTGCAATTAAG--AATTAGTAATTG--A-TA-A-----T---AGGAGTGAGAAA---TTT-T-T
* ** ** * * * *
1472511 TTATACATAATAAAA-TCCTTCGTGCAAT--TAAGAATT-AG--TAGGTATTAGCAGTGAGAATT
269 TTA-AAATAA-AAAATTAATT--TAAAATCATAA-TATTCAGTTTA-AT-TTA-TA-T--CAATT
* *** * * ** * * **
1472570 T-TTTTAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTAAATT-AATTTATTTTT
323 TATTTT-TAT-TTGATTTGAATTAAAATCA-AATATT-A-AAT-ATATAAATTAAATTCA-AATT
** * * * * * * * ** * * * *
1472633 ATTTGGTTTGAATCAAAAT-TAAATATTAAATATA-TAAATTAAGTTTAAATTAAATTTCAAATT
381 AAAT--TTCGAATTAAGATATAAAAATAAAAAAAATTAAAACAA-ATT-ATTTATATTT--TATT
*** * * *** * ** * **
1472696 AAAATATAAAAAATATAAAAATTAAACCAAATTACATATATTTTTAATTTTTATATATTTTTAAT
440 AGTTTTTATATTTTTTAAATTTTATA--AAA-TA-A-A-ATAATT-A-TTTTATATA---TTAA-
* *
1472761 TTTTATAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATATATTAAAATTTTTATTACTT
493 -TCTAT---TTAAAT-A-TA---T-TA-A--AA---A-TT---T-TATT---A---TTA-T--TT
* * *
1472826 CTTTTTGTAT-TCTCATTGTCCTTTTCTGGATTGTTTTAAGTCGTTGTCCA--TTTTT-TTGTCT
528 -TTTTTGTATGTCT--TTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCATTTTTTTATTGTCT
* * *
1472887 AATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATGCATAATTAAGTCATAAATCCAGTTATTGTGCTTT
590 AATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTG--T--ATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTT
* * *
1472952 TTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAGTAAAACTATA
651 TTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAACTATA
* * * ** * *
1473017 TCCAAGACTTAGATAATTGGGCTAATTACGTTGTTGTCTTTTTCCTGGTTAAGTCTATCTCTCAT
716 GCCAAGACTTAGATAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTT-CTGGTTAAGTCTA-GTCTCAT
*
1473082 TAATTGA-AAGTTTGAAA
779 TAATT-ATAAGTTAG-AA
* ** ** *
1473099 AAATGCTTCTTTTTTTT-TT---TTGTGAAAT----T-TA------G--AAAT-AAAG-TACCAA
1 AAGT-CTT-TTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAA
1473145 AGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGA
64 AGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGA
* **
1473210 TGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTT-GTTTTTTTCATTACATTTCTTCTGATTTCTCC
129 TGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCC
*
1473274 CAAAG-T-T-TATATATATA-AAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTG
194 CAAAGTTATATATATATATATAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTG
* * * *
1473335 AGAAACCTTTTTTTAAAATCAAAAATTAATTTTAAATCATAATATTCAGTTTAATTTATTTTAAT
259 AGAAA--TTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTATATCAAT
* * * *
1473400 ATATTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCAAATTAAATTT
322 TTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAATTAAATTT
* * *
1473465 CGAATTAAAACATAAAAATTAAAAAAAATTAAACCAAATTATTTATA--TT-TTA----TTA-A-
387 CGAATTAAGATATAAAAA-TAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTATTAGTTTTTATAT
*
1473521 ----T---TTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTCAAATATATTAAAAATT
451 TTTTTAAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATT
** ** * *
1473579 TTA-T-TGCTTTTTTTTGTATTGTC-TTGTCCTTTTCTCCATTGTATTAAGTTATTGTCCTTTTT
516 TTATTATTATTTTTTTTGTA-TGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCC-ATTT
* * * * * *
1473641 TTTTAATGTCTAATTAAATCATTAT-TTTTTTTAATAGTATAATTAAGTCTTTAAT-AA---CTT
579 TTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATT
* * * * *
1473701 GTGCTTTCTGAATCGTCTAATTACGTCATTGTC-CTTTTGTGAATTATCTATGTGCTTCGAAATG
644 GTGCTTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTG-GGATTATCTATGTGCTTCGAAATG
* *
1473765 AAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTA
708 AAACTATAGCCAAGACTTAGATAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTT-CTGGTTAAGTCTA
* *
1473830 TGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAA
772 -GTCTCATTAATTATAAGTTAGAA
* * **
1473854 AAGTCATTTTATATTTTTTTTGTGAAATTTAGAAATAAAGTCTACGTCTCACTAGTTGGAAGATA
1 AAGTC----T-T-TTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCGTTAGTTGGAAGATA
* * *
1473919 CCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCGATAATATAATTACTGTTCAATA
60 CCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATA
* * * *
1473984 ACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTTTATTGCATTTCTTTCAATT
125 ACGATGTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGG-TTTTTTTCATTACATTTCTTCCAATT
* * * * *
1474049 TCTCCCAAAGTTTTTCTATGTATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTGATTGATA
189 TCTCCCAAAG---TTATATATATAT-ATATAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATA
* * * * * * * * *
1474114 GTAGGAGCGAGAAATTTTTTT-AAGTCAAAAATTTATTTAAAATCATAGTATTTAATTTAAATTA
250 ATAGGAGTGAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTA
* * * * * * *
1474178 GATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAGTTAAATATGAAATATATAAATTAAGTTCAAAT
315 TATCAATTTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAAT
* * ***
1474243 TAAATTTTGAATTGAA-ATATGATAAAT--AAAAAATTAAATTGAATTATATATATATTTTATTA
380 TAAATTTCGAATT-AAGATAT-AAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTAT-T-TATATTTTATTA
* * *
1474305 ATTTATATA-TTTTTAATTTTTTATAAAATAAAATAATTA-TTTATATATTAATCTATTTAAATA
441 GTTTTTATATTTTTTAA-ATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATA
* * * * * *
1474368 TATT-AAAATTTTATTACT-TCTTTTTGGT-TATATTTGTCCTTTCTCTGAATTGTTTTAAGTCA
505 TATTAAAAATTTTATTATTATTTTTTTTGTATGTCTTTGTCCTTT-TCTGAATTGTATTAAGTCA
* * * *
1474430 TTGTTCC-TTTTTTT-TGGTCTACTTAAATCAGTGTCTTTTTCTTGAATATGTAT-ATTAAGTCA
569 TTG-TCCATTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATC-TTTTC-TGAAT-TGTATAATTAAGTCA
* * * *
1474492 TTTAATC--TTTATTGTGCTTTTTTGAATTGTCT-ATTAAGTCATTGTCCTTTTT--GCTTATCA
630 -TTAATCAAGTTATTGTGC-TTTTTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTGGGATTATCT
* * *
1474552 ATGTG-TTCGAAATGAAACTATATCCAAGACTTTAGATAATTGGTCTAATTACGTCATTGTCCTT
693 ATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGAC-TTAGATAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTT
* * * *
1474616 TTCCTTGTTATGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTG--
757 TT-CTGGTTAAGTCTA-GTCTCATTAATTATAAGTTAGAA
* * * * * *
1474654 -AGTCATTTTTTTTTGGTTAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCTCTTTAATTGGGAGATACCAAA
1 AAGTC-TTTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAAA
* * ** *
1474718 GAGCAGATAAGTCAATTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTATCGTTCAATAACGAT
65 GAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGAT
* * *
1474783 GTTGGGTTAGCTTTTGAGGAATCAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATCCAATT-TCTCCTAAAG
130 GTTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACAT----TTCT-TCC--AA-
* ** *
1474847 TTTTTCTATATATATATATATATATATATATATTGAGAGAGAGAGAGAGAATCCTTCGTGCAATT
187 TTTCTC-CCA-A-A-GT-TATATATATATATA-T-------------A-AATCCTTCGTGCAATT
* * ** * * * *
1474912 AAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTAAAAAAAAATTTTGAAATTCAAAAATTGATTTAAAATCA
232 AAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGT-GAGAAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCA
* * * ** * * * * *
1474977 TATTAATCAGATTAATTTGGATCAGTTTGTTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCATATATTAAAT
296 TAATATTCAGTTTAATTTATATCAATTTATTTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAAT
* * * ** * *
1475042 GTATAAGTTAAGTTTGAATCAAATTTCGAATTACA-ATATAAAAAATAAAAAAAATTAAATCAAA
361 ATATAAATTAAATTCAAATTAAATTTCGAATTA-AGATAT-AAAAATAAAAAAAATTAAAACAAA
* *
1475106 TTATGTATATTTTATTAGTTTTTATATAATATTTTAAATTTTTAGAAAATAAAATAATTA-TTTA
424 TTATTTATATTTTATTAGTTTTTATAT--T-TTTTAAA-TTTTATAAAATAAAATAATTATTTTA
* *
1475170 TATATTAATCTATTTATATATATTAATAATTTTATTA
485 TATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATTA
1475207 AAATAATATA
Statistics
Matches: 4227, Mismatches: 719, Indels: 896
0.72 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
754 1 0.00
755 10 0.00
756 129 0.03
758 1 0.00
759 10 0.00
760 16 0.00
761 29 0.01
762 9 0.00
763 10 0.00
764 16 0.00
765 19 0.00
766 1 0.00
767 1 0.00
768 2 0.00
769 42 0.01
770 3 0.00
771 129 0.03
772 7 0.00
773 196 0.05
774 57 0.01
775 25 0.01
776 170 0.04
777 49 0.01
778 103 0.02
779 2 0.00
780 38 0.01
782 2 0.00
783 17 0.00
784 4 0.00
785 119 0.03
786 22 0.01
787 5 0.00
788 48 0.01
789 2 0.00
790 1 0.00
791 11 0.00
792 3 0.00
793 50 0.01
794 200 0.05
795 180 0.04
796 44 0.01
797 9 0.00
798 36 0.01
799 42 0.01
800 65 0.02
801 99 0.02
802 101 0.02
803 32 0.01
804 74 0.02
805 183 0.04
806 90 0.02
807 167 0.04
808 127 0.03
809 56 0.01
810 14 0.00
813 8 0.00
814 3 0.00
815 2 0.00
816 44 0.01
817 9 0.00
818 130 0.03
819 13 0.00
820 30 0.01
821 14 0.00
822 210 0.05
823 16 0.00
824 16 0.00
825 29 0.01
826 23 0.01
827 11 0.00
828 6 0.00
829 19 0.00
830 30 0.01
831 19 0.00
832 24 0.01
833 23 0.01
834 51 0.01
835 18 0.00
836 15 0.00
837 7 0.00
838 10 0.00
839 21 0.00
840 8 0.00
841 4 0.00
842 4 0.00
843 3 0.00
845 3 0.00
846 3 0.00
847 5 0.00
848 17 0.00
849 9 0.00
850 5 0.00
851 13 0.00
852 15 0.00
853 3 0.00
854 10 0.00
855 19 0.00
856 23 0.01
857 10 0.00
858 11 0.00
859 21 0.00
860 10 0.00
861 19 0.00
862 9 0.00
864 2 0.00
865 1 0.00
866 9 0.00
870 4 0.00
871 2 0.00
872 22 0.01
873 1 0.00
874 7 0.00
875 2 0.00
876 1 0.00
877 21 0.00
878 11 0.00
879 12 0.00
880 15 0.00
881 9 0.00
882 2 0.00
883 8 0.00
885 7 0.00
886 2 0.00
887 2 0.00
888 4 0.00
889 8 0.00
890 4 0.00
891 8 0.00
892 3 0.00
893 4 0.00
894 2 0.00
895 4 0.00
897 5 0.00
898 3 0.00
900 1 0.00
901 10 0.00
902 5 0.00
903 3 0.00
904 16 0.00
905 8 0.00
907 2 0.00
908 1 0.00
911 34 0.01
912 7 0.00
913 5 0.00
914 7 0.00
915 40 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (794 bp):
AAGTCTTTTTTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTACGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAAAG
AACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAATAACGATG
TTGGGTTAGCTCTTGAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCCCA
AAGTTATATATATATATATAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTGAG
AAATTTTTTTAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTATATCAATTTAT
TTTTATTTGATTTGAATTAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAATTAAATTTCGAA
TTAAGATATAAAAATAAAAAAAATTAAAACAAATTATTTATATTTTATTAGTTTTTATATTTTTT
AAATTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAAATTTTATT
ATTATTTTTTTTGTATGTCTTTGTCCTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCATTTTTTTATT
GTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTT
TTGAATTGTCTAATTAAGTCATTGTCTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAACTATA
GCCAAGACTTAGATAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCTGGTTAAGTCTAGTCTCATTA
ATTATAAGTTAGAA
Found at i:1471848 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1471805--1471848 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
1471795 AAAAAATCGA
**
1471805 ATTACATATATTTTATTAGTT
1 ATTACATATATTTTAAAAGTT
* *
1471826 ATTATATATATTTTAAAATTT
1 ATTACATATATTTTAAAAGTT
1471847 AT
1 AT
1471849 AAAATAAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
ATTACATATATTTTAAAAGTT
Found at i:1471999 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1471931--1472120 Score: 314
Period size: 59 Copynumber: 3.3 Consensus size: 59
1471921 TGTCCTTGTC
* *
1471931 CTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCTTTTTTTTTATTGTCTAACTAAATCATTAT
1 CTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTAT
*
1471990 CTTTTCTGAATTGTATTAAGCCATTGTCC--TTTTTTTATTGTCTAATTAAATCA-TAT
1 CTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTAT
* *
1472046 CTTTTCTGAATAGTATTAAGTCATTGTCTTTTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTAT
1 CTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTAT
1472105 CTTTTCTGAATTGTAT
1 CTTTTCTGAATTGTAT
1472121 AATTAAGTCA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 7, Indels: 6
0.90 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
56 29 0.24
57 23 0.19
58 24 0.20
59 45 0.37
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.09, T:0.55
Consensus pattern (59 bp):
CTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTAT
Found at i:1472003 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 1471969--1472133 Score: 121
Period size: 30 Copynumber: 5.7 Consensus size: 30
1471959 CTTTTTTTTT
*
1471969 ATTGTCTAACTAAATCATTATCTTTTCTGA
1 ATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGA
** * **
1471999 ATTG--T-ATTAAGCCATTGTCCTTTT-TTT
1 ATTGTCTAATTAAATCATTAT-CTTTTCTGA
1472026 ATTGTCTAATTAAATCA-TATCTTTTCTGA
1 ATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGA
* * * * **
1472055 ATAG--T-ATTAAGTCATTGTCTTTTTTTTTT
1 ATTGTCTAATTAAATCATTATC--TTTTCTGA
1472084 ATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGA
1 ATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGA
* *
1472114 ATTGTATAATTAAGTCATTA
1 ATTGTCTAATTAAATCATTA
1472134 ATCAAGTTAT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 25, Indels: 22
0.68 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.08
27 18 0.18
28 11 0.11
29 15 0.15
30 34 0.34
31 1 0.01
32 12 0.12
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.08, T:0.52
Consensus pattern (30 bp):
ATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGA
Found at i:1472014 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1471983--1472120 Score: 82
Period size: 27 Copynumber: 4.9 Consensus size: 27
1471973 TCTAACTAAA
1471983 TCATTATCTTTTCTGAATTGTATTAAG
1 TCATTATCTTTTCTGAATTGTATTAAG
* * ** *
1472010 CCATTGTCCTTTT-TTTATTGTCTAATTAAA
1 TCATTAT-CTTTTCTGAATTG--T-ATTAAG
*
1472040 TCA-TATCTTTTCTGAATAGTATTAAG
1 TCATTATCTTTTCTGAATTGTATTAAG
* * ** *
1472066 TCATTGTCTTTTTTTTTTATTGTCTAATTAAA
1 TCATTATC--TTTTCTGAATTG--T-ATTAAG
1472098 TCATTATCTTTTCTGAATTGTAT
1 TCATTATCTTTTCTGAATTGTAT
1472121 AATTAAGTCA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 21, Indels: 22
0.65 0.17 0.18
Matches are distributed among these distances:
26 8 0.10
27 16 0.20
28 11 0.14
29 15 0.19
30 16 0.20
31 1 0.01
32 12 0.15
ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.09, T:0.54
Consensus pattern (27 bp):
TCATTATCTTTTCTGAATTGTATTAAG
Found at i:1472146 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 1471964--1472133 Score: 179
Period size: 57 Copynumber: 3.0 Consensus size: 57
1471954 TTGTCCTTTT
* * *
1471964 TTTTTATTGTCTAACTAAATCATTATCTTTTCTGAATTG--T-ATTAAGCCATTGTCC
1 TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTAT-C
* * * * *
1472019 TTTTTTTATTGTCTAATTAAATCA-TATCTTTTCTGAATAGTATTAAGTCATTGTC-TTTTT
1 --TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTA-TAA-TTA-AGTCATTATC
1472079 TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTA
1 TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTA
1472134 ATCAAGTTAT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 11, Indels: 16
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
56 18 0.19
57 25 0.27
58 25 0.27
59 18 0.19
60 1 0.01
61 5 0.05
62 2 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.08, T:0.53
Consensus pattern (57 bp):
TTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATAATTAAGTCATTATC
Found at i:1472182 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1472132--1472194 Score: 83
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
1472122 ATTAAGTCAT
* *
1472132 TAATCAAGTTATTGTGC-TTTTTGAATTATC
1 TAATCAAGTCATTGTCCTTTTTTGAATTATC
* *
1472162 TAATTAAGTCATTGTCCTTTTTTGGATTATC
1 TAATCAAGTCATTGTCCTTTTTTGAATTATC
1472193 TA
1 TA
1472195 TGTGCTTAGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 14 0.50
31 14 0.50
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.13, T:0.51
Consensus pattern (31 bp):
TAATCAAGTCATTGTCCTTTTTTGAATTATC
Found at i:1472686 original size:910 final size:903
Alignment explanation
Indices: 1471136--1472916 Score: 2413
Period size: 917 Copynumber: 2.0 Consensus size: 903
1471126 AGTCTTTGTC
*
1471136 CTTTTCTGAATTGTATTAAGTCATTGTCCATTTTTTTATTATCTAATTAAATCATTATCATTCCT
1 CTTTTCTGAATAGTATTAAGTCATTGTCCATTTTTTTATTATCTAATTAAATCATTATCATTCCT
* * *
1471201 GGATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTGTTGTGCTTTTTGAATCGTCTAATTAAGTCATTAT
66 GAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTTTTGAATCATCTAATTAAGTCATTAT
* *
1471266 CTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGATAATTAGACTAA
131 CTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTAGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTAGACTAA
* * *
1471331 TTAAGTCATTGTCCTTTTCATGGTTATGTCTACGTCTCATTAATTATAAGTTAGAAAAGTCTTTT
196 TTAAGTCACTGTCCTTTTCATGGTTAAGTCTACGTCTCATTAATTATAAGTTACAAAAGTCTTTT
* * * *
1471396 TTTTTTGTTAAATTCAGAAATAAAGTCTATGTCTCGTTAGTTGGAAGATACCAAAGAACAGACAA
261 TTTTTTGTTAAATTCAGAAAAAAAGTCTACGTCTCCTTAGTTGCAAGATACCAAAGAACAGACAA
* * * * * *
1471461 GTCAGCTTGATCGACGCAATCGATCTGAATAATATAATCACCGTTCAATAACGATGTTGGCTTAG
326 GTCAGATTGATCCACGCAATCGATCTCAATAACATAATCACCGTTCAATAACGATCTTGGCTTAA
* * * *
1471526 CTCTTAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTCATTACATTTCTTCCGATTTCTCCCAAAGCTTTTC
391 CTCTCAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTGTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCACAAAGCTTTTC
* * * * *
1471591 TATATATATATATATATATAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGCAATTGATAATAGGAGTGAGA
456 TATATATATACATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAG--ATAGATAATAGCAGTGAG-
* *
1471656 AAATTTTTTCAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAACATTTAATTTAATTTATATCAATTTAT
518 AAATTTTTTCAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAACATTCAATTTAATTTAAATCAATTTAT
* *
1471721 TTTTATTTGTTTGAATAAAAACAAATATTAAATATATAAATTAAATTCGAATTAAA-TT-TT-GA
583 TTTTATTTGTTTGAATAAAAACAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAATTAAATTTATTAAA
* ** * * *
1471783 AT-T-GAGTTATAAAAA-AAATCGAATTACATATATTTTATTAGTTATTATATATATTTTAAAAT
648 ATATAAAAATATAAAAATAAACCAAATTACATATA-TTT-TTAATTATTATATAT-TTTTAAAAT
*
1471845 TTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAACATATTAAAAATTTTATTATTTC
710 TTAT-AAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAACATATTAAAAATTTTATTACTTC
* * *
1471910 TTTTCTTGTATTGTCCTTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCTTTTTTTTTATTGTC
774 -TTT-TTGTATTCTCATTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCC---ATTTTT-TTGTC
*
1471975 TAACTAAATCATTATCTTTTCTGAATTGTATTAAGCCATTGTCCTTTTTTTATTGTCTAATTAAA
833 TAACTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTATTAAGCCATTGTCCTTTTTTTATTGTCTAATTAAA
1472040 TCATAT
898 TCATAT
** * * *
1472046 CTTTTCTGAATAGTATTAAGTCATTGTCTTTTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATTATCTTTTC
1 CTTTTCTGAATAGTATTAAGTCATTGTC-CATTTTTTTATTATCTAATTAAATCATTATCATTCC
* *
1472111 TGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTTTTGAATTATCTAATTAAGTCATTG
65 TGAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTTTTGAATCATCTAATTAAGTCATTA
*
1472176 TCCTTTTTT-GGATTATCTATGTGCTTAG-AATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACT
130 T-CTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTAGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTAGACT
* * * * * *
1472239 AATTAAGTCACTGTCCTTTTCCTTGTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTCAGAAGTCTT
194 AATTAAGTCACTGTCCTTTTCATGGTTAAGTCTACGTCTCATTAATTATAAGTTACAAAAGTC--
*
1472304 TTTTTTTTTTTTCAAGTTAAATTCATAAAAAAAGTCTACGTCTCACTT-GTTGCAAGATACCAAA
257 --TTTTTTTTTT---GTTAAATTCAGAAAAAAAGTCTACGTCTC-CTTAGTTGCAAGATACCAAA
* * * *
1472368 GAACAGACGAGTTAGATTGATCCATGCAATCGATCTCAATAACATAATTACCGTTCAATAACGAT
316 GAACAGACAAGTCAGATTGATCCACGCAATCGATCTCAATAACATAATCACCGTTCAATAACGAT
* * *
1472433 CTTGGGTTAACTCTCGAGGAATTAGTCTCTTGGTTTTTGTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCAC
381 CTTGGCTTAACTCTCAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTGTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCAC
* * *
1472498 AAAGTTTTTCTAT-T-TATACATA-ATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAG-TAGGTATTAG
446 AAAGCTTTTCTATATATATACATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGATAGATAATAG
* * * * *
1472559 CAGTGAG-AATTTTTT-TAAATAAAAAATTGATTTAAAATCATAATATTCAGTTTAATTTAAATT
511 CAGTGAGAAATTTTTTCAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAACATTCAATTTAATTTAAATC
** * *
1472622 AATTTATTTTTATTTGGTTTGAATCAAAATTAAATATTAAATATATAAATTAAGTTTAAATTAAA
576 AATTTATTTTTATTT-GTTTGAAT-AAAAACAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAATTAAA
*
1472687 TTTCAAATTAAAATATAAAAAATATAAAAATTAAACCAAATTACATATATTTTTAATTTTTATAT
639 TTT---ATTAAAATAT-AAAAATATAAAAA-TAAACCAAATTACATATATTTTTAATTATTATAT
** * * *
1472752 ATTTTTAATTTTTATAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATTTATTTAAATATATTAAAATTT
699 ATTTTTAAAATTTATAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAACATATTAAAAATT
* *
1472817 TTATTACTTCTTTTTGTATTCTCATTGTCCTTTTCTGGATTGTTTTAAGTCGTTGTCCATTTTTT
764 TTATTACTTCTTTTTGTATTCTCATTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCATTTTTT
*
1472882 TGTCTAATTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTAT
829 TGTCTAACTAAATCAGTATCTTTTCTGAATTGTAT
1472917 GCATAATTAA
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 86, Indels: 45
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
908 56 0.07
909 16 0.02
910 149 0.20
911 159 0.21
912 12 0.02
914 37 0.05
915 50 0.07
916 7 0.01
917 223 0.29
918 13 0.02
919 22 0.03
920 3 0.00
921 15 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (903 bp):
CTTTTCTGAATAGTATTAAGTCATTGTCCATTTTTTTATTATCTAATTAAATCATTATCATTCCT
GAATTGTATAATTAAGTCATTAATCAAGTTATTGTGCTTTTTGAATCATCTAATTAAGTCATTAT
CTTTTTTGGGATTATCTATGTGCTTAGAAATGAAACTATAGCCAAGACTTAGACAATTAGACTAA
TTAAGTCACTGTCCTTTTCATGGTTAAGTCTACGTCTCATTAATTATAAGTTACAAAAGTCTTTT
TTTTTTGTTAAATTCAGAAAAAAAGTCTACGTCTCCTTAGTTGCAAGATACCAAAGAACAGACAA
GTCAGATTGATCCACGCAATCGATCTCAATAACATAATCACCGTTCAATAACGATCTTGGCTTAA
CTCTCAAGGAATTAGTCACTTGGTTTTTGTCATTACATTTCTTCCAATTTCTCACAAAGCTTTTC
TATATATATACATATATAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGATAGATAATAGCAGTGAGAAA
TTTTTTCAAAATAAAAAATTAATTTAAAATCATAACATTCAATTTAATTTAAATCAATTTATTTT
TATTTGTTTGAATAAAAACAAATATTAAATATATAAATTAAATTCAAATTAAATTTATTAAAATA
TAAAAATATAAAAATAAACCAAATTACATATATTTTTAATTATTATATATTTTTAAAATTTATAA
ATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTTAAACATATTAAAAATTTTATTACTTCTTTTTGT
ATTCTCATTGTCCTTTTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTCCATTTTTTTGTCTAACTAAATCAGT
ATCTTTTCTGAATTGTATTAAGCCATTGTCCTTTTTTTATTGTCTAATTAAATCATAT
Found at i:1472767 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1472731--1472767 Score: 74
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
1472721 ACCAAATTAC
1472731 ATATATTTTTAATTTTT
1 ATATATTTTTAATTTTT
1472748 ATATATTTTTAATTTTT
1 ATATATTTTTAATTTTT
1472765 ATA
1 ATA
1472768 AATAAAATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 20 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (17 bp):
ATATATTTTTAATTTTT
Found at i:1472788 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1472740--1472805 Score: 82
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
1472730 CATATATTTT
*
1472740 TAATTTTTATATATTTTTAATTT-TTATAAATAAAA
1 TAATTTTTATATA-TATTAATTTATT-TAAATAAAA
1472775 TAATTATTT-TATATATTAATTTATTTAAATA
1 TAATT-TTTATATATATTAATTTATTTAAATA
1472806 TATTAAAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 5
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
34 14 0.50
35 11 0.39
36 3 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (34 bp):
TAATTTTTATATATATTAATTTATTTAAATAAAA
Found at i:1472808 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1472756--1472811 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
1472746 TTATATATTT
*
1472756 TTAATTT-TTATAAATAAA
1 TTAATTTATT-TAAATATA
* *
1472774 ATAA-TTATTT-TATATA
1 TTAATTTATTTAAATATA
1472790 TTAATTTATTTAAATATA
1 TTAATTTATTTAAATATA
1472808 TTAA
1 TTAA
1472812 AATTTTTATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 6
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.23
17 9 0.30
18 14 0.47
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
TTAATTTATTTAAATATA
Found at i:1474792 original size:794 final size:788
Alignment explanation
Indices: 1473139--1475206 Score: 2283
Period size: 794 Copynumber: 2.6 Consensus size: 788
1473129 AGAAATAAAG
1473139 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACCGTTCAA
1 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTA-CGTTCAA
* *
1473204 TAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTT-G-TTTTTTTCATTACATTTC-TTCTG
65 TAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTTTATTACATTTCTTTC-A
* *
1473266 ATTTCTCCCAAAG---TTTA-TATAT--ATAAAATCTTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGAT
129 ATTTCTCCCAAAGTTTTTTATTATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGAT
* * *
1473325 AATAGGAGTGAGAAACCTTTTTTTAAAATCAAAAATTAATTTTAAATCATAATATTCAGTTTAAT
194 AATAGGAGAGAGAAA--TTTTTTT-AAATCAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAATTTAAT
** *
1473390 TTATTTTAATATATTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCA
256 TTAGATTAATTTATTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCA
* * **
1473455 AATTAAATTTCGAATTAAAACATAAAAATTAAAAA--AAATTAAACCA-A-AT-TA-TTTA-T-A
321 AATTAAATTTCGAATT-AAATATAAAAATAAAAAATTAAATTAAAATATATATATATTTTATTAA
*
1473512 -TT-T-TA---TTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTTATATATTAATCTATTCAAATATAT
385 TTTATATATTTTTAATTTTTATAAAATAAAATAATTA-TTTATATATTAATCTATTTAAATATAT
* * * * *
1473571 TAAAAATTTTATTGCTTTTTTTTGTATTGTCTTGTCCTTTTCTCCATTGTATTAAGTTATTGTCC
449 T-AAAATTTTATTACTTTTTTTGGTATTATCTTGTCCTTTTCTCAATTGTATTAAGTCATTGTCC
* *
1473636 TTTTTTTTTAATGTCTAATTAAATCATTATTTTTTTTAATAGTATAATTAAGTCTTTAATAACTT
513 TTTTTTTTT-AGGTCTAATTAAATCATTATTTTTTTGAATAGTATAATTAAGTCTTTAATAACTT
* *
1473701 GTGCTTTCTGAATCGTCTAATTACGTCATTGTCCTTTTGTGAATTATCTATGTGCTTCGAAATGA
577 GTGCTTTCTGAATCGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGA
1473766 AACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTAT
642 AACTATAGCCAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTAT
* *
1473831 GTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAAAGTCATTTTATATTTTTTTTGTGAAATTTAGAAATAAAGTC
707 GTCTCATTAATTGTAAGTTTG--AAGTCA--TTATATTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTC
*
1473896 TACGTCTCACTAGTTGGAAGA
768 TACGTCTCACTAATTGGAAGA
* *
1473917 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATTGATCTCGATAATATAATTACTGTTCAA
1 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTAC-GTTCAA
*
1473982 TAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTTTATTGCATTTCTTTCAA
65 TAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTTTATTACATTTCTTTCAA
*
1474047 TTTCTCCCAAAGTTTTTCTATGTATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTGATTGA
130 TTTCTCCCAAAGTTTTT-TAT-TATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGA
* * * * * * *
1474112 TAGTAGGAGCGAGAAATTTTTTTAAGTCAAAAATTTATTTAAAATCATAGTATTTAATTTAAATT
193 TAATAGGAGAGAGAAATTTTTTTAAATCAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAATTTAATTT
* * * *
1474177 AGATTAATTTATTTTTATTTGATTTGAATCAAAGTTAAATATGAAATATATAAATTAAGTTCAAA
258 AGATTAATTTATTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCAAA
* * * *
1474242 TTAAATTTTGAATTGAAATATGATAAATAAAAAATTAAATTGAATTATATATATATTTTATTAAT
323 TTAAATTTCGAATT-AAATAT-AAAAATAAAAAATTAAATTAAAATATATATATATTTTATTAAT
1474307 TTATATATTTTTAATTTTTTATAAAATAAAATAATTATTTATATATTAATCTATTTAAATATATT
386 TTATATATTTTTAA-TTTTTATAAAATAAAATAATTATTTATATATTAATCTATTTAAATATATT
* *
1474372 AAAATTTTATTACTTCTTTTTGGT-TATAT-TTGTCCTTTCTCTGAATTGTTTTAAGTCATTGTT
450 AAAATTTTATTACTT-TTTTTGGTAT-TATCTTGTCCTTT-TCTCAATTGTATTAAGTCATTG-T
* *
1474435 CC-TTTTTTTT-GGTCTACTTAAATCAGTGTCTTTTTCTTGAATATGTAT-ATTAAGTCATTTAA
511 CCTTTTTTTTTAGGTCTAATTAAATCA-T-TATTTTT-TTGAATA-GTATAATTAAGTC-TTTAA
* * * *
1474497 TCTTTA-TTGTGCTTTTTTGAATTGTCT-ATTAAGTCATTGTCCTTTT-TG-CTTATCAATGTG-
571 ---TAACTTGTGC-TTTCTGAATCGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTGTGAATTATCAATGTGC
* * * * *
1474557 TTCGAAATGAAACTATATCCAAGACTTTAGATAATTGGTCTAATTACGTCATTGTCCTTTTCCTT
632 TTCGAAATGAAACTATAGCCAAGAC-TTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTA
* *
1474622 GTTATGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTG-AGTCA-T-T-TTTTTTTGGTTAAATTTAGAAA
696 GTTAAGTCTATGTCTCATTAATTGTAAGTTTGAAGTCATTATATTTTTTTGGTGAAATTTAGAAA
** *
1474683 CAAAGTCTACGTCTCTTTAATTGGGAGA
761 CAAAGTCTACGTCTCACTAATTGGAAGA
* * **
1474711 TACCAAAGAGCAGATAAGTCAATTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTATCGTTCAA
1 TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTA-CGTTCAA
* * * * * *
1474776 TAACGATGTTGGGTTAGCTTTTGAGGAATCAGTCACTTGATTTTTTTCATTACATCCAATTTCTC
65 TAACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTT--TTA-TTAC-ATTTCT-
* * * * *
1474841 CTAAAGTTT-TTCTATATATATATATATATATATATATATTGAGAGAGAGAGAGAGAATCCTTCG
125 TTCAA-TTTCTCCCA-A-A-GT-T-T-T-T-TAT-TATA-T---A-A-A-A-A-A-AATCCTTCG
* * ** * *
1474905 TGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAGTAAAAAAAAATTTTGAAATTCAAAAATTGATTT
170 TGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAATAGGAG-AGAGAAATTTTTTTAAA-TCAAAAATTAATTT
* * * * * * *
1474970 AAAATCATATTAATCAGA-TTAATTTGGATCAGTTTGTTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCATA
233 AAAATCATAATATTCA-ATTTAATTTAGATTAATTTATTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCAAA
* * ** *
1475034 TATTAAATGTATAAGTTAAGTTTGAATCAAATTTCGAATTACAATATAAAAAATAAAAAAAATTA
297 TATTAAATATATAAATTAAGTTCAAATTAAATTTCGAATTA-AATAT-AAAAAT--AAAAAATTA
* * * *
1475099 AA-TCAAAT-TATGTATATTTTATTAGTTTTTATATAATATTTTAAATTTTTAGAAAATAAAATA
358 AATTAAAATATATATATATTTTATTA--ATTTATAT-AT-TTTT-AATTTTTATAAAATAAAATA
*
1475162 ATTATTTATATATTAATCTATTTATATATATTAATAATTTTATTA
418 ATTATTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAA-AATTTTATTA
1475207 AAATAATATA
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 119, Indels: 111
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
777 1 0.00
778 99 0.09
779 1 0.00
780 29 0.03
781 3 0.00
783 2 0.00
784 2 0.00
785 111 0.10
786 22 0.02
788 55 0.05
789 1 0.00
790 2 0.00
791 2 0.00
792 4 0.00
793 1 0.00
794 144 0.13
795 4 0.00
796 5 0.00
797 4 0.00
798 19 0.02
799 36 0.03
800 76 0.07
801 64 0.06
802 86 0.08
803 3 0.00
804 25 0.02
805 15 0.01
806 8 0.01
807 1 0.00
810 1 0.00
811 1 0.00
812 1 0.00
813 1 0.00
814 1 0.00
815 1 0.00
816 39 0.04
817 11 0.01
818 121 0.11
819 5 0.00
820 18 0.02
821 2 0.00
822 54 0.05
823 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (788 bp):
TACCAAAGAACAGACAAGTCAGCTTGATCCATGCAATCGATCTCAATAATATAATTACGTTCAAT
AACGATGTTGGGTTAGCTCTTGGGGAATTAGTCACTTGGTTTTTTTTTATTACATTTCTTTCAAT
TTCTCCCAAAGTTTTTTATTATATAAAAAAAATCCTTCGTGCAATTAAGAATTAGTAATTGATAA
TAGGAGAGAGAAATTTTTTTAAATCAAAAATTAATTTAAAATCATAATATTCAATTTAATTTAGA
TTAATTTATTTTTATTTTATTTGAATCAAAATCAAATATTAAATATATAAATTAAGTTCAAATTA
AATTTCGAATTAAATATAAAAATAAAAAATTAAATTAAAATATATATATATTTTATTAATTTATA
TATTTTTAATTTTTATAAAATAAAATAATTATTTATATATTAATCTATTTAAATATATTAAAATT
TTATTACTTTTTTTGGTATTATCTTGTCCTTTTCTCAATTGTATTAAGTCATTGTCCTTTTTTTT
TAGGTCTAATTAAATCATTATTTTTTTGAATAGTATAATTAAGTCTTTAATAACTTGTGCTTTCT
GAATCGTCTAATTAAGTCATTGTCCTTTTGTGAATTATCAATGTGCTTCGAAATGAAACTATAGC
CAAGACTTAGACAATTGGACTAATTAAGTCATTGTCCTTTTCCTAGTTAAGTCTATGTCTCATTA
ATTGTAAGTTTGAAGTCATTATATTTTTTTGGTGAAATTTAGAAACAAAGTCTACGTCTCACTAA
TTGGAAGA
Found at i:1474860 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1474853--1474879 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
1474843 AAAGTTTTTC
1474853 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1474880 TGAGAGAGAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1475185 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1475160--1475190 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
1475150 GAAAATAAAA
1475160 TAATTATTTATATAT
1 TAATTATTTATATAT
1475175 TAATCTATTTATATAT
1 TAAT-TATTTATATAT
1475191 ATTAATAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.27
16 11 0.73
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (15 bp):
TAATTATTTATATAT
Found at i:1475203 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1475158--1475204 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
1475148 TAGAAAATAA
1475158 AATAATTATT-TATATATT
1 AATAATT-TTATATATATT
*
1475176 AAT-CTATTTATATATATT
1 AATAAT-TTTATATATATT
1475194 AATAATTTTAT
1 AATAATTTTAT
1475205 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 6
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.12
18 20 0.83
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTTATATATATT
Found at i:1480062 original size:186 final size:188
Alignment explanation
Indices: 1479816--1480201 Score: 507
Period size: 186 Copynumber: 2.1 Consensus size: 188
1479806 TAACTCCAGT
* *
1479816 AAAATGATCATTTTTACCGCTTCCAAATTTTTATCAATTGCTTAACATATGTTCAAAAAGACAAC
1 AAAATGATCA-TTTTACCGCTTCCAAATTTTTACCAATTGCTTAACATATGTTAAAAAAGACAAC
* * *
1479881 AATG-TCCCTCTTGTATTAAATGACAAAAAAATCCATCTTTTAAATTATAAACTGCTATAATGCC
65 AATGCT-CCTCCTGTATTAAATGACAAAAAAATCCAT-TTTTAAATGATAAACTACTATAATGCC
* *
1479945 C-TCCTTTCTTAAATTACAAAAATA-CTCCTCTTATAAATATCT-AATAACTATAACGCCAAC
128 CGTCCTTTCTTAAATTAAAAAAATATC-CCTCATATAAATAT-TAAATAACTATAACGCCAAC
* * **
1480005 AAAATGATCATTTTACC-CTTTCAATTTTTTACCAATTGCTTAACA-AT-TGTAAAAAAGATGAC
1 AAAATGATCATTTTACCGCTTCCAAATTTTTACCAATTGCTTAACATATGT-TAAAAAAGACAAC
* * * *
1480067 AATGCTCCTCCTGTATTAAATGACAAAAATATCCCTTTTTAAATGATAAATTATTATAATGCCCG
65 AATGCTCCTCCTGTATTAAATGACAAAAAAATCCATTTTTAAATGATAAACTACTATAATGCCCG
* * *
1480132 TCCTTTCTTAAATTAAAAAAATATCCCTCATATAAATGTTAAATGACTATAATGCCAAC
130 TCCTTTCTTAAATTAAAAAAATATCCCTCATATAAATATTAAATAACTATAACGCCAAC
1480191 AAAATGATCAT
1 AAAATGATCAT
1480202 GATAGAAATA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 18, Indels: 13
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
185 26 0.15
186 104 0.60
187 27 0.16
188 7 0.04
189 10 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (188 bp):
AAAATGATCATTTTACCGCTTCCAAATTTTTACCAATTGCTTAACATATGTTAAAAAAGACAACA
ATGCTCCTCCTGTATTAAATGACAAAAAAATCCATTTTTAAATGATAAACTACTATAATGCCCGT
CCTTTCTTAAATTAAAAAAATATCCCTCATATAAATATTAAATAACTATAACGCCAAC
Found at i:1480455 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1480398--1480458 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
1480388 CTTATAATTA
* * **
1480398 ACTAAAATTATGAAAATATCCTTTTT
1 ACTATAATTATGAAAATATCCCTACT
*
1480424 ATTATAATTATGAAAATATCCCTACT
1 ACTATAATTATGAAAATATCCCTACT
*
1480450 CCTATAATT
1 ACTATAATT
1480459 GACCAAATTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 7, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 28 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
ACTATAATTATGAAAATATCCCTACT
Found at i:1483416 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1483392--1483430 Score: 78
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
1483382 ATAAAGTTTG
1483392 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1483411 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1 TTTGTAAAAAATGAATGTA
1483430 T
1 T
1483431 GTATGTATGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 20 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TTTGTAAAAAATGAATGTA
Found at i:1486525 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1486493--1486527 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
1486483 CGAAAAAAGA
1486493 TTTTAATTATTTTTATT
1 TTTTAATTATTTTTATT
*
1486510 TTTTAGTTAGTTTTTATT
1 TTTTAATTA-TTTTTATT
1486528 GAAAATATAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.50
18 8 0.50
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.06, T:0.74
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAATTATTTTTATT
Found at i:1486966 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1486937--1486986 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
1486927 TCTAACCTAG
*
1486937 GAAATTTATAGAAATTT-ACCATTT
1 GAAATTT-TAAAAATTTCACCATTT
*
1486961 GAAATTTTAAAAATTTCATCATTT
1 GAAATTTTAAAAATTTCACCATTT
1486985 GA
1 GA
1486987 TAGTTAATAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.35
24 15 0.65
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (24 bp):
GAAATTTTAAAAATTTCACCATTT
Found at i:1490860 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 1490670--1490967 Score: 209
Period size: 44 Copynumber: 6.8 Consensus size: 44
1490660 CAAAACTCTC
* * * * *
1490670 CTAAGCAGAAGCTC-ACAACTTTTGAAAAAAATAAATACAA-CTCCT
1 CTAATCAGAGGCTCAACAAC-TTT-AGAAAAATAAATA-AAGTTTCT
* *
1490715 CTAAAT-AGAGGCTCAACGACTTTAGAAAAATAAAT-ACGATTTCT
1 CT-AATCAGAGGCTCAACAACTTTAGAAAAATAAATAAAG-TTTCT
* * *
1490759 CTAATCAAAGGCTCAACAACTTT-GAAAAAATAAACAAAGTTCCT
1 CTAATCAGAGGCTCAACAACTTTAG-AAAAATAAATAAAGTTTCT
* * *
1490803 CTAATTAGAGGCTCAACGAGTTT-GAAAAATAAATAAAGTTTCT
1 CTAATCAGAGGCTCAACAACTTTAGAAAAATAAATAAAGTTTCT
* * * * * * *
1490846 TTAATCAGATGCTCAAAAACTTTGGAAAAACAAATAAAGCTCCT
1 CTAATCAGAGGCTCAACAACTTTAGAAAAATAAATAAAGTTTCT
* * * *
1490890 CTAATTAGAGGCTTAACAACTTTA-AAAAATTAATAAAG-CTCTT
1 CTAATCAGAGGCTCAACAACTTTAGAAAAATAAATAAAGTTTC-T
* * * * *
1490933 CTAAACAAAGGTTTAACAACTTT-TAAAAATAAATA
1 CTAATCAGAGGCTCAACAACTTTAGAAAAATAAATA
1490968 CTCTTCTAAA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 42, Indels: 22
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.01
43 80 0.40
44 99 0.49
45 14 0.07
46 6 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.16, G:0.11, T:0.27
Consensus pattern (44 bp):
CTAATCAGAGGCTCAACAACTTTAGAAAAATAAATAAAGTTTCT
Found at i:1490860 original size:87 final size:88
Alignment explanation
Indices: 1490670--1490927 Score: 301
Period size: 87 Copynumber: 2.9 Consensus size: 88
1490660 CAAAACTCTC
* *
1490670 CTAAGCAGAAGCTC-ACAACTTTTGAAAAAAATAAATACAA-CTCCTCTAAATAGAGGCTCAACG
1 CTAATCAGAAGCTCAACAAC-TTTG-AAAAAATAAATA-AAGCTCCTCTAATTAGAGGCTCAACG
*
1490733 ACTTTAGAAAAATAAAT-ACGATTTCT
63 ACTTT-GAAAAATAAATAAAGATTTCT
* * *
1490759 CTAATCA-AAGGCTCAACAACTTTGAAAAAATAAACAAAGTTCCTCTAATTAGAGGCTCAACGAG
1 CTAATCAGAA-GCTCAACAACTTTGAAAAAATAAATAAAGCTCCTCTAATTAGAGGCTCAACGAC
1490823 TTTGAAAAATAAATAAAG-TTTCT
65 TTTGAAAAATAAATAAAGATTTCT
* * * * * * *
1490846 TTAATCAGATGCTCAAAAACTTTGGAAAAACAAATAAAGCTCCTCTAATTAGAGGCTTAACAACT
1 CTAATCAGAAGCTCAACAACTTTGAAAAAATAAATAAAGCTCCTCTAATTAGAGGCTCAACGACT
* *
1490911 TTAAAAAATTAATAAAG
66 TTGAAAAATAAATAAAG
1490928 CTCTTCTAAA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 18, Indels: 12
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
87 86 0.59
88 41 0.28
89 14 0.10
90 5 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.17, G:0.12, T:0.26
Consensus pattern (88 bp):
CTAATCAGAAGCTCAACAACTTTGAAAAAATAAATAAAGCTCCTCTAATTAGAGGCTCAACGACT
TTGAAAAATAAATAAAGATTTCT
Found at i:1490954 original size:87 final size:86
Alignment explanation
Indices: 1490680--1490995 Score: 284
Period size: 87 Copynumber: 3.7 Consensus size: 86
1490670 CTAAGCAGAA
*
1490680 GCTC-ACAACTTTTGAAAAAAATAAATACAACTCCTCTAAATAGAGGCTCAACGACTTTAGAAAA
1 GCTCAACAAC-TTTG-AAAAAATAAATA-AACTCCTCTAAATAGAGGCTCAACAACTTTA-AAAA
* *
1490744 ATAAAT-ACGATTTCTCTAATCAAAG
62 ATAAATAAAGATCT-TCTAATCAAAG
* * * * * *
1490769 GCTCAACAACTTTGAAAAAATAAACAAAGTTCCTCTAATTAGAGGCTCAACGAGTTTGAAAAATA
1 GCTCAACAACTTTGAAAAAATAAATAAA-CTCCTCTAAATAGAGGCTCAACAACTTTAAAAAATA
* * *
1490834 AATAAAGTTTCTT-TAATCAGAT
65 AATAAAG-ATCTTCTAATCAAAG
* * * * * *
1490856 GCTCAAAAACTTTGGAAAAACAAATAAAGCTCCTCTAATTAGAGGCTTAACAACTTTAAAAAATT
1 GCTCAACAACTTTGAAAAAATAAATAAA-CTCCTCTAAATAGAGGCTCAACAACTTTAAAAAATA
* *
1490921 AATAAAGCTCTTCTAAACAAAG
65 AATAAAGATCTTCTAATCAAAG
* * * * * *
1490943 GTTTAACAACTTT-TAAAAATAAAT--ACTCTTCTAAACAGAGGCTTAACAACTTT
1 GCTCAACAACTTTGAAAAAATAAATAAACTCCTCTAAATAGAGGCTCAACAACTTT
1490996 TGTTGAGAGG
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 32, Indels: 16
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
83 25 0.13
84 1 0.01
86 13 0.07
87 97 0.51
88 39 0.21
89 10 0.05
90 5 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.17, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (86 bp):
GCTCAACAACTTTGAAAAAATAAATAAACTCCTCTAAATAGAGGCTCAACAACTTTAAAAAATAA
ATAAAGATCTTCTAATCAAAG
Found at i:1490975 original size:40 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1490878--1490996 Score: 145
Period size: 43 Copynumber: 2.8 Consensus size: 43
1490868 TGGAAAAACA
* ** * *
1490878 AATAAAGCTCCTCTAATTAGAGGCTTAACAACTTTAAAAAATT
1 AATAAAGCTCTTCTAAACAAAGGCTTAACAACTTTTAAAAATT
*
1490921 AATAAAGCTCTTCTAAACAAAGGTTTAACAACTTTTAAAAA-T
1 AATAAAGCTCTTCTAAACAAAGGCTTAACAACTTTTAAAAATT
* *
1490963 AA-ATA-CTCTTCTAAACAGAGGCTTAACAACTTTT
1 AATAAAGCTCTTCTAAACAAAGGCTTAACAACTTTT
1490997 GTTGAGAGGA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 9, Indels: 3
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 27 0.40
41 2 0.03
42 3 0.04
43 35 0.52
ACGTcount: A:0.44, C:0.17, G:0.08, T:0.31
Consensus pattern (43 bp):
AATAAAGCTCTTCTAAACAAAGGCTTAACAACTTTTAAAAATT
Found at i:1493107 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1493085--1493118 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
1493075 GCTCAGCCAA
1493085 ATATATCACTGATCCAG
1 ATATATCACTGATCCAG
1493102 ATATATCACTGATCCAG
1 ATATATCACTGATCCAG
1493119 TGAAATTGTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
ATATATCACTGATCCAG
Found at i:1496904 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1496858--1496904 Score: 60
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
1496848 CTTAAGGTGA
*
1496858 AGAGAAAAAAAGAGGAGATTGAGCT
1 AGAGAAAAAAAGA-GAGAATGAGCT
1496883 AGAGACAAAAAAGA-AGAATGAG
1 AGAGA-AAAAAAGAGAGAATGAG
1496905 GAGGCTTTGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.35
25 5 0.25
26 8 0.40
ACGTcount: A:0.57, C:0.04, G:0.30, T:0.09
Consensus pattern (24 bp):
AGAGAAAAAAAGAGAGAATGAGCT
Found at i:1502592 original size:367 final size:366
Alignment explanation
Indices: 1501919--1502656 Score: 1422
Period size: 367 Copynumber: 2.0 Consensus size: 366
1501909 CACAGTCAAA
1501919 AGCATGCATGCTTCAAACTCTATTTAGCACATTCACTCAAGTTCCATCACTAAAATTAACCCCAG
1 AGCATGCATGCTTCAAACTCTATTTAGCACATTCACTCAAGTTCCATCACTAAAATTAACCCCAG
1501984 TGACTATCTCAAGGAGTAAACCTCCTACACTTCATGATTTCTTAAGTTTTACTAGCATGGAAATA
66 TGACTATCTCAAGGAGTAAACCTCCTACACTTCATGATTTCTTAAGTTTTACTAGCATGGAAATA
1502049 AAAGGGCTCTTGCATTCAACAAGGTATGAGCAGCATAAAATGGCAGAGGGAATGTCAAAATACCA
131 AAAGGGCTCTTGCATTCAACAAGGTATGAGCAGCATAAAATGGCAGAGGGAATGTCAAAATACCA
1502114 AAAGTTGTCATGAGCAAAAAATTTAGGACCATTCGATTTTCTATTTCTTTTAGCTTTGAAGTGCA
196 AAAGTTGTCATGAGCAAAAAATTTAGGACCATTCGATTTTCTATTTCTTTTAGCTTTGAAGTGCA
*
1502179 TTATGTATGAGTCATTTATTTTGCAAACCATGCATTTTAGAATTATAAGCTTCGATAGACCGTGT
261 TTATGTATGAGTCATTTATTTTGCAAACCATGCATTTGAGAATTATAAGCTTCGATAGACCG-GT
1502244 AGTCAATTCATAATTTGTGAAAGTTTCAAAAATGATGAAAAC
325 AGTCAATTCATAATTTGTGAAAGTTTCAAAAATGATGAAAAC
1502286 AGCATGCATGCTTCAAACTCTATTTAGCACATTCACTCAAGTTCCATCACTAAAATTAACCCCAG
1 AGCATGCATGCTTCAAACTCTATTTAGCACATTCACTCAAGTTCCATCACTAAAATTAACCCCAG
1502351 TGACTATCTCAAGGAGTAAACCTCCTACACTTCATGATTTCTTAAGTTTTACTAGCATGGAAATA
66 TGACTATCTCAAGGAGTAAACCTCCTACACTTCATGATTTCTTAAGTTTTACTAGCATGGAAATA
1502416 AAAGGGCTCTTGCATTCAACAAGGTATGAGCAGCATAAAATGGCAGAGGGAATGTCAAAATACCA
131 AAAGGGCTCTTGCATTCAACAAGGTATGAGCAGCATAAAATGGCAGAGGGAATGTCAAAATACCA
* *
1502481 AAAGTTGTCATGAGCAAAAAATTTAGGACCATTCGATTTTTTCTTTCTTTTAGCTTTGAAGTGCA
196 AAAGTTGTCATGAGCAAAAAATTTAGGACCATTCGATTTTCTATTTCTTTTAGCTTTGAAGTGCA
*
1502546 TTATGTATGAGTCATTTATTTTGCAAACCATGCATTTGAGAATTATAAGCTTCGTTAGACCGGTA
261 TTATGTATGAGTCATTTATTTTGCAAACCATGCATTTGAGAATTATAAGCTTCGATAGACCGGTA
*
1502611 GTCAATTCATAATTTGTGAACGTTTCAAAAATGATGAAAAC
326 GTCAATTCATAATTTGTGAAAGTTTCAAAAATGATGAAAAC
1502652 AGCAT
1 AGCAT
1502657 TCTGGTTTTC
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 5, Indels: 1
0.98 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
366 48 0.13
367 318 0.87
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (366 bp):
AGCATGCATGCTTCAAACTCTATTTAGCACATTCACTCAAGTTCCATCACTAAAATTAACCCCAG
TGACTATCTCAAGGAGTAAACCTCCTACACTTCATGATTTCTTAAGTTTTACTAGCATGGAAATA
AAAGGGCTCTTGCATTCAACAAGGTATGAGCAGCATAAAATGGCAGAGGGAATGTCAAAATACCA
AAAGTTGTCATGAGCAAAAAATTTAGGACCATTCGATTTTCTATTTCTTTTAGCTTTGAAGTGCA
TTATGTATGAGTCATTTATTTTGCAAACCATGCATTTGAGAATTATAAGCTTCGATAGACCGGTA
GTCAATTCATAATTTGTGAAAGTTTCAAAAATGATGAAAAC
Found at i:1506152 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1506134--1506162 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
1506124 AAGTTGGAAA
1506134 AAAAATTTTAA-TG
1 AAAAATTTTAAGTG
1506147 AAAAATTTTAAGTG
1 AAAAATTTTAAGTG
1506161 AA
1 AA
1506163 TTTTGTAAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.73
14 4 0.27
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATTTTAAGTG
Found at i:1506203 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1506179--1506221 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1506169 AAATTTTTTT
1506179 ATTAAAAATGATAAAATAAAA
1 ATTAAAAATGATAAAATAAAA
* * *
1506200 ATTAAAAGTGATACATTAAAA
1 ATTAAAAATGATAAAATAAAA
1506221 A
1 A
1506222 ATTTTTATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.07, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
ATTAAAAATGATAAAATAAAA
Done.