Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19866354
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 100 of 100
Found at i:19778504 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19777673--19780701 Score: 2012
Period size: 181 Copynumber: 17.0 Consensus size: 181
19777663 CATTTAAATA
* * * **
19777673 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAG--CATACAAGCTTATTTGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
19777736 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAATAAATAAATA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* *
19777797 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
129 TATTTACCAAACTAATTCAAATAG---T--T-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
19777856 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * **
19777920 ATAAAATAATA-TAAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTACGAGATTT-AAAAATAAAT
65 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
19777982 CCATTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTT
128 CTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
19778036 AAATCGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTATTTTAGGTCATACAAGTTTATTCAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * * *
19778101 TAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAATAATAATTCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
19778166 TTTACCAAAAC-AATTTAAATTA-TTATAACTATTAGAAGAACTATTCT-TTTC
131 TTTACC-AAACTAATTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTC
* * * **
19778217 AAATCATTTTGA--TTTTTTTTTAGTCAT-AAATATTTG-TTCTA-TATCATACAAGCTTATTGG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTTC-AGT-TCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
19778277 GAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAA
63 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAA
* * *
19778341 ATCTATTTACCAAACAAACTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTT-
126 ATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTC
* * *
19778396 AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA-GCTTATTCAAA
* * * * * * **
19778460 ATAAAATAAAACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGCAAGATATTTTTAAAA-AAAT-T
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
**** * * * * * *
19778523 ATTTTTTGAA-TAAATTCAAATAGTTACGATTATTTAAACAATTGTATATTTA
130 ATTTACCAAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * **
19778575 AAATCATTACGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTGAAACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
19778640 TAAAATAATAATAATGTATTAATATTTAAAAAAATTAATAAG-AAAGTGATTTAAAAAA-AGAAT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATA-AAT
* * * * * * * *
19778703 CTATTTATCGAA-TCAATTAAAATAATTAAGGCCATTTGAATAATTATCTATTTC
128 CTATTTACCAAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** *
19778757 AAATCATTATAAACTTTTGTTTTGT-A-AAAAGAA-T-TTTCA--TCATGCAAGCTTGCTCAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
19778816 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
19778881 TTTACC--A--AA--C---TAG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCGATTTC
131 TTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * ** * *
19778920 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTAATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
19778985 CAAAATAATACTAATTT-TAAAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTTAAAAA-AAATCA
66 TAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * **
19779048 ATTTGTCGAAGC-AGTTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTC
130 ATTT-ACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** *
19779100 TAATTATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * *
19779165 ATAAAATAATACTAATTTTTTAATA-TTCTAAAAA-TAAGTAAGT---A-ATTTAAAAAGTTAAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * *
19779224 TTGTTTACTGAATTAATTCAAATAATTATAGCCT-TGTCAACAATTATCTATTTC
128 CTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * ** * * * * ** ** * *
19779278 AAATTGTAATTACCTTTTGCCTGGTCATATAACAATTATTTTTGAACATTCAAGCTTATTCAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
19779343 TAAAATAAAACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * ** * *
19779406 TTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTCC
131 TTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** **
19779457 AAATCATTATAATCGTTTGTTCTT-CCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * * * ** * * *
19779521 ATAAAATAATATTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAACAACTAAGGGAATTAAAACATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
19779586 GTTTACCAAACCAGTTCAAACTA--TATGA--A--T----AATAATCTCTTTC
130 ATTTACCAAACTAATTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** *
19779629 AAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTTGCTTATT--T
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
19779692 AATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAATTC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
** ** * * *
19779753 TATTTACCTCACTGGTTCAAATAATTATGATTATTT-AGCAATTATCTATTTC
129 TATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** * *
19779805 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT-CTAAGTTTGTTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCAAA
* * *
19779869 ATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTATAAAATAAATCT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *** * *
19779930 ATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGTGTAATTATTTATTTT
130 ATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
19779982 AAATCATTATGA-CTTTTAATTATATTATAAAATAGTTGTTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGA
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * *
19780046 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * *
19780111 GTTTACCAAACTAGGTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
130 ATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
19780163 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* *
19780228 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAA-TAAAAGGATTTAAAAATTGAATAA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-GATTT-AAAA---AATAA
* ** * * * * *
19780292 AT-AAGTTTACTGAAC-AAGTAT-AAATAATTGTGATTGTTTGAACAATTATCTATTTG
126 ATCTA-TTTACCAAACTAA-T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * ***
19780348 AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
19780413 TAAAATAAT-TTAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCT
66 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
19780476 ATTTTCTAAAC-ACATTCAAATAGTTAAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTG
130 ATTTACCAAACTA-ATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * *
19780529 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTAGTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * *
19780593 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-ACTTCTAAAAATTAACAAGTAAAATATTTAAAAAAGAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** ** * *
19780657 TGTTTA-CTGAGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
129 TATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
19780702 TTATGCCAAA
Statistics
Matches: 2210, Mismatches: 517, Indels: 241
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 42 0.02
165 7 0.00
166 3 0.00
167 7 0.00
168 37 0.02
169 68 0.03
171 5 0.00
172 68 0.03
173 3 0.00
174 34 0.02
175 32 0.01
176 171 0.08
177 173 0.08
178 107 0.05
179 299 0.14
180 292 0.13
181 499 0.23
182 111 0.05
183 73 0.03
184 7 0.00
185 126 0.06
186 36 0.02
187 10 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:19780161 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19780126--19780172 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
19780116 CCAAACTAGG
*
19780126 TCAAATAATCATGACTATT
1 TCAAATAATTAT--CTATT
19780145 T-AAATAATTATCTATT
1 TCAAATAATTATCTATT
*
19780161 TCAAATCATTAT
1 TCAAATAATTAT
19780173 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 9 0.36
18 9 0.36
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TCAAATAATTATCTATT
Found at i:19780524 original size:366 final size:362
Alignment explanation
Indices: 19777673--19780650 Score: 1194
Period size: 366 Copynumber: 8.3 Consensus size: 362
19777663 CATTTAAATA
* * * * **
19777673 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAG--CATACAAGCTTATTTGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-GTTTT-AGTTCATATAAGCTTATTCAA
* * * * *
19777736 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGAAT--TAGTAAGAGATTT-AATAAATAAAT-
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATC
* * * * * *
19777796 ATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
129 A-ATTTATCAAACAAGTTCAAATA---AT--T-ATGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATC
** * * * ** * * * * *
19777861 GTTATAACCTTTT-GTTCTATTATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
187 ACTATAA-CTTTTAATTATATAATAAAATAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGAATAAA
* * * ** * **
19777925 ATAATA-TAAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTACGAGA-TTTAAAAATAAATCCATT
251 ATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATT
* * * * * * * * *
19777987 TGCCAAACT-AGTTCAAACAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTT
314 TACCAAACTAAG-TCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * *
19778036 AAATCGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTATTTTAGGTCATACAAGTTTATTCAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
* * * ** * * * * *
19778101 TAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTT-AAATAATAATTCT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAATCA
* * * * * * * * *
19778165 ATTTACCAAAACAA-TTTAAATTATTAT-AACTATTAGAAGAACTATTCT-TTTCAAATCATTTT
130 ATTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTA-TCTATTTGAAATCACTAT
* * * * * * * **
19778227 GA-TTTT-TTTTTAGTCAT-AAAT-ATTTGTTCTATATCATACAAGCTTATTGGGAATAAAATAA
192 AACTTTTAATTATA-TAATAAAATAATTGGTTCTGT-TCATACAAGCTAATTTAGAATAAAATAA
* * * * * * *
19778288 TCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC
255 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAAATAAATATATTTACC
* * * * * * * *
19778352 AAACAAACTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTT-
318 AAACTAAGTCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATC-TATTTC
* * * * * *
19778396 AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAA-GCTTATTCAAA
* * * * * ** *** *
19778460 ATAAAATAAAACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTACTAA-GCAAGATATTTTTAAAA-AAATT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAATAAAAGAT-TTAAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * * *
19778523 ATTTTTTGAATA-AA-TTCAAATAGTTACGATTATTTAAACAATTGTATATTTAAAATCATTACG
129 AATTTATCAA-ACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTA-T
* * * * * * * *
19778586 ACCTTTT-GTT-TCATCATAAAACAATT-GTTTTAGTTGAAACAAGCTTATTT-GAAATAAAATA
192 AACTTTTAATTAT-ATAATAAAATAATTGGTTCT-GTTCATACAAGCTAATTTAG-AATAAAATA
* * * ** * *
19778647 ATAATAATGTATTAATATTTAAAAAAATTAATAAG-AAAGTGA-TTTAAAAAAAGAATCTATTTA
254 ATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAA-AAATTTTAAAAATA-AATATATTTA
* * * * * * * *
19778710 TCGAA-TCAATTAAAATAATTAAGGCCATTTGAATAATTATCTATTTC
316 CCAAACT-AAGTCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * * ** ** *
19778757 AAATCATTATAAACTTTTGTTTTG-TA-AAAAGAA-T-TTTCA--TCATGCAAGCTTGCTCAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
* * * * **
19778816 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAGAAGATTT-AAAAAATAAATTT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAATCA
* * * * * * * * *
19778880 GTTTACCAAACTAGTTC--CT-ATT-TGAATAATT-ACCGATT-TCAAATTG---T---TATAAC
130 ATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAA-
* * * ** * * * * * *
19778933 CTTTT-GTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTAATTCAAAACAAAATAATACT
194 CTTTTAATTATATAATAAAATAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * * * *
19778997 AATTT-TAAAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTTAAAAA-AAATCA-ATTTGTCGAAG
259 AATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-ATATTT-ACCAAA
* * ** * *
19779059 C--AGTTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTC
321 CTAAG-TCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * * * ** *
19779100 TAATTATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
* * * *
19779165 ATAAAATAATACTAATTTTTTAAT-ATTCTAAAAATAAGTAAGT---A-ATTT-AAAAAGTTAAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAA-TAA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
*** * ** ** * * * **
19779224 TTGTTTACTGAATTAA-TTCAAATAATTATAGCCT-TGTCAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTA
128 CAATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAATTAT-GAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACT-
* ** ** * ** * * *
19779286 ATTACCTTTTGCCTGGTCAT-ATAACAATTATT--TT-TGAACATTCAAGCTTATTCAGAATAAA
190 A-TAACTTTT-AATTAT-ATAATAA-AATAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGAATAAA
* * * * * *
19779347 ATAAAACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
251 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA
* * * * * * ** * *
19779410 CCAAACT-AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTCC
316 CCAAACTAAG-TCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * ** * * * **
19779457 AAATCATTATAATCGTTTGTTCTT-CCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
* * * * * * ** * *
19779521 ATAAAATAATATTGATCTAATAAT-ATTCCAAAAATTAACAACTAAGGGAATT-AAAACATAAAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-CAAAAAATAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
*** * * * * * **
19779584 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAACT-A-TATG-A-A--T----AATAATCTCTTTCAAATCGTTAT
128 CAATTTATCAAACAAGTTCAAA-TAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTAT
* * * * * * * ** *
19779639 GATCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATACTTGCTTATTT--AATAAAAT
192 -AACTTTTAATTATATAATAAAATAA-TTGGTTCTG--TTCATACAAGCTAATTTAGAATAAAAT
* * * * * *
19779700 AACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACC
253 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACC
** * * * * **
19779761 TCACT-GGTTCAAATAATTATGATTATTT-AGCAATTATCTATTTC
318 AAACTAAG-TCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * * * *
19779805 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTGTTCATCTAAGTTTGTTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
19779870 TAAAGTAATACTAATATATTAATATTTC-AAAAAT--TAATAAGAGATTT-ATAAAATAAATCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATCAA
* * *** * * * *
19779931 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGTGTAATTATTTATTTTAAATCATTATGACT
131 TTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACT
* * * *
19779996 TTTAATTATATTATAAAATAGTTGTTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGATTAAAATAATACTAA
196 TTTAATTATATAATAAAATAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * *
19780061 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGG
261 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACTAAG
* *
19780126 TCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
326 TCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
** *
19780163 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
19780228 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAATAAAAGGATTTAAAAATTGAATAAA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAATAAAA-GATTTAAAAA---AATAAA
* * * * **
19780293 T-AAGTTTA-CTGAACAAGTAT-AAATAATTGTGATTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGC
127 TCAA-TTTATC-AAACAAGT-TCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCAC
* * * * * *
19780355 TATAACCTTTT-GTTTTGTAATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAAT
189 TATAA-CTTTTAATTATATAATAAAATAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGAATAAAAT
* * * * *
19780419 AAT-TTAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATTAGT-AAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTC
253 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTAC
* * * * * *
19780482 TAAAC-ACATTCAAATAGTTAAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTG
317 CAAACTA-AGTCAAATA-ATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * *
19780529 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTAGTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
* * * *
19780593 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-ACTTCTAAAAATTAACAAGTAAAATATTTAAAAAA
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC-AAAAAATAATAA-TAAAAGATTTAAAAAA
19780651 GAAATCTGTT
Statistics
Matches: 2005, Mismatches: 468, Indels: 284
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
343 48 0.02
344 62 0.03
345 74 0.04
346 33 0.02
347 12 0.01
348 89 0.04
349 69 0.03
350 47 0.02
351 89 0.04
352 18 0.01
353 91 0.05
354 2 0.00
355 56 0.03
356 93 0.05
357 114 0.06
358 201 0.10
359 111 0.06
360 226 0.11
361 136 0.07
362 14 0.01
363 77 0.04
364 6 0.00
365 42 0.02
366 246 0.12
367 43 0.02
368 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAAATAATAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATCAA
TTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACT
TTTAATTATATAATAAAATAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTAATTTAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACTAAG
TCAAATAATAAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
Found at i:19781325 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19780995--19789800 Score: 4746
Period size: 181 Copynumber: 49.1 Consensus size: 179
19780985 ACCAAGCCAG
* *
19780995 TTCAAAT-AGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT
*** * * ** * *
19781057 TGGAGTAAAATATTACTAAACTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAC
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * *
19781122 ATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
128 ATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
19781175 TTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTTCATAAAATAATTATTTTAGTTCGCACATGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * ** * *
19781239 AAAATAAAATAATACT-ATTTCTTTAACATTCAAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAAAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
*
19781303 ATCTGTTTACTAACCAAGTTC----A---A--A--ATTTGAACAGTTATCTAT
128 ATCTGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
19781345 TTCCAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAGGCTTATCC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTATTC
* * * ** * *
19781408 AAAATAAAATAATATTACTTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAAT-TG-GATTTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * *
19781471 ATCAGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAGCAATTATCTAT
128 ATCTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * *** *
19781524 TTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* ** * *
19781588 GAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
19781653 TATGCTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATAT
129 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
19781705 TTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATGTTCCTATAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTC
* ** *
19781769 AAAATAAAATAATACTAATCTAACAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
19781833 ATTTGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTAT
128 ATCTGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * *
19781886 TTCAAATTGTTATG-CCTTTTG-TTTG-C-T-GAACAATTGTTCCTA-TTCATAC-A--TT-TT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTAGTTCATACAAGCTTATTC
* ** ** * * * **
19781940 TATTTGGAATAA-AGC-AA--TACTAAT-TT-AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTA
65 AAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
19781999 TTTGTTGACCTGACTAGTGCAAACAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATT
129 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-T
* * * * * * *
19782052 TTAAAAT-GTTATAACC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCGTACAACCTGATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
** ** * * * * * * *
19782114 GGAATAGCATAATTCTAATTTATTAACATTCCAAACATTAATAAGTAAAAGGTTT---AACTTAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
19782176 TTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATGATGACTATTTAAACAATTACCTAT
129 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
19782228 TTCAAATCGCTAT-AACTTTTCATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-T
* * * * * *
19782291 TC-AATTAAAATAATCCAAATTTATTAATATTCAGACAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
19782355 AATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGACCAATTATTTAT
127 AATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
19782409 TTCAAATCGTTACGA-CTTTTAGTTTTGTTATGAAACAATTGTTTTTGCTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * **
19782473 -AAATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTTTAAAATAA
65 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
19782536 ATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAATAATTATCTAT
128 ATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
19782589 TTCAAATCAGTAT-AGCCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * * *
19782653 GAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTTTTTAGTAAGAGATTTAAAATATTAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
19782718 TCTATTTACTAAACAAGTT-AAATA-TTCATGACTATTT-AACAATTATTTAT
129 TCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
19782768 TTTAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTTCTGTTCACACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTC
* * *
19782832 CAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
19782895 ATCTATTTTA-TGAACATA-TTCAAATAATTATGA-TAATTTGAACAATTATCTAT
128 ATCT-GTTTACT-AACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
** ** * * * * * *** *
19782948 TTCAAAT-AGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-AA--GTTAT-G-ACCTTTTA-T
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTG---TTTTGTC-A--TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* ** * ** * * * * *
19783006 TTTTTCATAAACCAATTCTTTCT-ATTTATCAAGCATACTTGAATAAGATAATACTAATTTATTA
59 TTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTAT-TA--ATA-TTCAA-AA-AT--TAATAA-GTA--A
* ** * ** * * * * * * *
19783070 -ATATTTTTAAAATTAATAAG--TA--AA-AAATTTAAA-A--AATAAATAATTT--AC--TGAG
112 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* *
19783122 CAAG
176 CTAT
* **
19783126 TTCAAAT-AGTTATGA-CTGTTTGAACAAGTTTTTATTTCAAATAGTTAAGATCTTTTGTTTT-G
1 TTCAAATCA-TTATGACCT-TTT------G--TTT-TGTC--ATA---AA-A-CAATTGTTTTAG
* * * *** * * * * * * *
19783188 -TCATA-AA-ATAATT---ATTTCTATCATAC-AAGTTTATTTAGAAT-AAAATAATAATTATTA
48 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAAAA-ATTAATAAGTA
** * * *** * * * *
19783245 TTTATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATGAACAAGTTCAA
111 -AGAGATT-T-AAAA--AATA--AATCTG-TTT----ACT-AA-CAAGTTCA--AA-TAGTT---
* * **
19783309 ATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTAT
156 AT-GAC-TAT--TTGA--ACAATTATCTAT
** * * ** *
19783339 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATGCAAAATTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * ** *
19783403 AGAATAAAATAATATTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*
19783464 TCTGTTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTACTAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * *
19783516 CTCAAATTGTTATGATCTTTAT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTTT-GTTTCACACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTATT
* * ** *
19783578 CATATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * * *
19783643 ATGTGCTTGCCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCCAT
128 ATCTG-TTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * ** *
19783696 TTCAAATCGTTTTGAGTTTTTGCTTAATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-A
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
19783760 AAA-AAAATAATAGTAATTTATTAACATT----AATGAACAAG--AGA-TTTTAGAAAATAAATC
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
19783817 TATTTATCGAACAAGTTAAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
131 TGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
19783867 TT-AAAGTTGTTGTGACATTTTGTTTTGTCATCAAAA-AATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATT
1 TTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
19783930 CGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * *
19783995 A-CATGTTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATAT-TAAT
128 ATC-TGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* * *
19784048 CTT-AAAT-AGTTATGACC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTTTTTTA--TCATACAAGCATATT
1 -TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
** *
19784108 C-GGATAAATATAATACT-ATTTGAATAATATTTCAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAAAT
64 CAAAATAAA-ATAATACTAATTT-ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
19784167 AAATATGTTTGTCGAACCAGTTCATATAATTAAGACTATTAGAATAGTTATGTAT
126 AAATCTGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * * *
19784222 TTCAAATCGTTCTAACATTTTATTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTGTTCG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
19784287 GAACAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * *
19784352 TTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTAT
129 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
19784404 TTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
19784469 AAA-AAAATAATACT-ACTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAATAAGAGATGTTAAAAAA-AAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAA
* *
19784531 T-TAGTTTACTAAATCAA-TTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTAT
129 TCT-GTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
19784583 TTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTGTTCA--ACATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TT-AGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
19784646 CAAAATAAAATAAT-CTTAATTTGTTAATGTTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAAAAATA
64 CAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
19784706 AGTCTATTTACCAA-ATTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATCAAT
127 AATCTGTTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * *
19784760 TTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
19784825 GAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
** * * * * *
19784889 CAT-TTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTAT
130 C-TGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * *
19784939 TTTAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTATTCG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
19785004 AAATATAATAA-ATTTTATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATTAT
66 AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
19785064 TCTATTTATTGATCCAA-TTCAAATAATTAT-ACCATTTGAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTACT-A-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * * * * **
19785115 TTCAAATTGTTATTA-CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGGTAATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
19785179 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATGAATCAA-TAATAGATTTAAAAAGTAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
19785243 TCTGCTTCCCAAGCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTAT
129 TCTGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
19785295 TTTAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAGTTGGTTTT-GTTCATACTATTTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TT
* ** * ** * *
19785359 CAAAA-AAAATTATACTAATTTAAAAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * *
19785423 ATTTAATTGCCGAACCAA-TTCAAATAATTAAGACTATGTGAA-AGATAATCTAT
128 ATCT-GTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT
* * * ** * * * *
19785476 TTCAAATCGTTATGACCTTTTCTGTTGTTGTAAAACAGTTGTTTT-TTTCGTACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * ** *
19785540 AATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
19785604 TTATTTACCAA-ATCA-TTGAAATGGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTAT
130 CTGTTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
19785654 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAT-TTATAAAACAATT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
19785717 AGAATAAATTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAATTTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAAAATA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATA
* * * * * * * *
19785782 AATATGTTTATCGAA-TAGTTGAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTGTCTAT
127 AATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * **
19785835 TTAAAAACGTTATAAGCTTTTGATTTGTCATAAAACAGTTGTTTCAGTTGATATAAGCTTAGACA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
19785900 AAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
19785965 CTGTTCACTAACTCAA-TTAAAATAATTATGACCATTTGAACGATTATCTAT
130 CTGTTTACTAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
19786016 TTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTTA-TT-ATAAAAACTTAT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
** *
19786078 T-TGATTAAAAATAATACTAA-TTA-TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
63 TCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * ** ** * *
19786136 AAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTTTCTAT
126 AAATCTGTTT-ACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
19786191 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTC
* * ** *
19786255 AGAATAAAAT-A-ACTGAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTGAAAAAAT
65 AAAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * *
19786318 AAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTGAACAAGTATCTA-
126 AAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
19786372 TTAAAATTGTTATGACCTTTTG-TTT-T-AT-------TTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
19786427 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----CATTTAAAAAGTGAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
19786488 ATGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTAT
130 CTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
19786539 TTCAAAT-AGTTATTACATTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
*
19786603 -AAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
19786666 ATCTATTTACCTAACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATATAC
128 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
19786719 TT-AAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCATAAAACTATTATTTCT-GTTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT
** * * * *
19786781 CAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAAAACT-A-AGATTTAAAAAATAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * *
19786844 ATTTGTTTGCCGAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAT
128 ATCTGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
19786897 TTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAA-ACTTTTTTTTCAATTCATACTATCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATT
*** *
19786960 GGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
64 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
19787024 ATTCTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATCATCTAT
127 AATCTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** ** * * * * *
19787078 TTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
19787143 GAATAAAGTAATACTCATCTACTAATATTTCAAAAA-T--T-AGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
19787204 CTATTTATCAAACTAGTTCAAATACTTATGACTATTT-AAGGAAGCATTTAT
130 CTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * * * *
19787255 TTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA-TCCATACAAGCTTATT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
19787317 AGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATCAGTAA-AAATTTTAAAAAATA
65 A-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
19787381 AATATCTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATT-GCTTAT
127 AATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAT
* * * * * *
19787435 TTC-AATCCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATT-TATTTCAATTCATATAAGTTTA
1 TTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT-TTT-AGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
19787498 TTCGAAATAAAATATTACTAAGTTATTAACATTCCGAAAATTAAT-ATTAAGAGATTTAAAAAAT
62 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
19787562 GATTCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
126 AAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
19787617 TTGAAATTGA-GATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTA-TTCATACAAGTTTATT
1 TTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT
**** * * * *
19787680 TTGGATAAAAAAATA-TGAATTTATTAATATT-AAGACAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
64 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
19787743 AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTACTTGAGCAGTTATTTAT
126 AAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
19787798 TTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * ** * * * *
19787862 AGATTATAGTAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAGTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * ** *
19787927 ATATATTTACTGGACAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTACTTATCTAT
128 ATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * * *
19787980 TTCAAATCATTCTAACATTTTCTTTTCTAAT-AAATAATTGTTTCAGTTGATATAAACTTATTTA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
** * * * * *
19788044 ATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTACTGAGTAAGAGATTTAAATAATGAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
19788109 TTATTTTCCAAACAACTGCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTAT
130 CT-GTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
19788160 TTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-GTTCATGCAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TT
* * * * *
19788224 C-AAATAAAATAATA-TAAATATATAAATATTTCAAAAATTAA-CATTAAAAGATTTAAAAAATA
64 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
19788286 AATATGTTTACTGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTAT
127 AATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * **
19788340 GTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAGCATAATTGCTTTTA-TTCATACAAAATTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* *
19788404 AAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTGCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * *
19788465 TCTACTAACAAAACCAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTAC-TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
19788517 CTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TGCATACAAGCTTA-TC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
*** * * ** * ** * *
19788579 TAGGGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTGTAAAATTAATAAGTGACAGATTTAAAAAATAAA
65 -AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** ** *
19788644 TTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAAAAATTATCTAT
129 TCTGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
19788696 ATCAAATCGTT-TTATCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTAGGTTCACACATGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATT
* * * ** *
19788759 CAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTAAAAAAATAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATA
64 CAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * *
19788823 AATCTATTTACTGAACAAATTCAAAT-GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
127 AATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
19788876 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * ** *
19788941 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAATTAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
19789006 -TAGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTAT
130 CT-GTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *** * * **
19789057 TTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
19789122 AAATAAAATAATTCTAATTT-CTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
19789185 TTTGTTTA-TAA-AACCTATTGAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATATAT
129 TCTGTTTACTAACAA---GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * *
19789237 TTCATATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATT-ATTTATGTTCATAGAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
19789301 AAAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTACGAGATTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * ** ** *
19789365 ATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATGGTTAAG-GTAATAGGAGTAATTATTTAT
128 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
19789418 TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAGAAATATTTTTGTTCACATAAGTTTGA-TG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTC
* *
19789482 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
19789542 TCTATTTACCAAACTAGTTCAATTTGTTATAACAATTTGAAC-ATTATTTAT
129 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * **
19789593 TTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTGATAGACTCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT
** * * * * * * *
19789657 CGGAATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTGATAGACTTAAAAAATGA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
19789722 ATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTAT
128 ATCTGTTTAC-T-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
19789775 TTCAAATCATTATGACATTTTTTTTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
19789801 ATTCAGAATA
Statistics
Matches: 6606, Mismatches: 1544, Indels: 951
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 67 0.01
166 61 0.01
167 29 0.00
168 34 0.01
169 78 0.01
170 56 0.01
171 156 0.02
172 21 0.00
173 38 0.01
174 85 0.01
175 233 0.04
176 410 0.06
177 483 0.07
178 405 0.06
179 709 0.11
180 1323 0.20
181 1633 0.25
182 484 0.07
183 87 0.01
184 22 0.00
185 7 0.00
186 16 0.00
187 16 0.00
188 5 0.00
189 5 0.00
190 18 0.00
191 8 0.00
193 3 0.00
194 4 0.00
195 4 0.00
196 4 0.00
197 8 0.00
198 7 0.00
199 8 0.00
200 6 0.00
201 7 0.00
202 5 0.00
204 20 0.00
205 9 0.00
206 4 0.00
207 2 0.00
211 2 0.00
213 20 0.00
214 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:19782943 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19782920--19782978 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 18
19782910 ATATTCAAAT
19782920 AATTATGATAATTTGAAC
1 AATTATGATAATTTGAAC
* *
19782938 AATTAT-CT-ATTTCAA-
1 AATTATGATAATTTGAAC
*
19782953 ATAGTTATGACAATTTGAAC
1 A-A-TTATGATAATTTGAAC
19782973 AATTAT
1 AATTAT
19782979 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 10
0.67 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.03
16 7 0.23
17 5 0.16
18 10 0.32
19 7 0.23
20 1 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
AATTATGATAATTTGAAC
Found at i:19782961 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19782913--19782998 Score: 145
Period size: 35 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35
19782903 TATGAACATA
* *
19782913 TTCAAATAATTATGATAATTTGAACAATTATCTAT
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTAT
19782948 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTAT
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTAT
*
19782983 TTCAAAAAGTTATGAC
1 TTCAAATAGTTATGAC
19782999 CTTTTATTTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 48 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (35 bp):
TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:19783132 original size:213 final size:212
Alignment explanation
Indices: 19782737--19783172 Score: 501
Period size: 213 Copynumber: 2.0 Consensus size: 212
19782727 TAAACAAGTT
* * * ** *
19782737 AAATA-TTCATGACTATTTAACAATTATTTATTTTAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATCATAA
1 AAATAGTT-ATGACAATTTAACAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * * *
19782801 AATAATTTTTTCTGTTCACACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAACTTATTAATATTTCAA
65 AACAATTCTTTCTATTCACACAAGCATATT-CAAATAAAATAATATAAACTTATTAATATTTCAA
*
19782866 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTATGAACATATTCAAATAATTATGA-TA
129 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-CTAATTTATGAACATATTCAAATAATTATGACT-
19782930 ATTTGAACAA-TTATCTATTTC
192 ATTTGAACAAGTT-TCTATTTC
*
19782951 AAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTTTCATAA
1 AAATAGTTATGACAATTT-AACAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * * * * * **
19783016 ACCAATTCTTTCTATTTA-TCAAGCATACTT-GAATAAGATAATACT-AATTTATTAATATTTTT
65 AACAATTCTTTCTATTCACACAAGCATA-TTCAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAATATTTCA
* *
19783078 AAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-TAATTTACTGAGCA-AGTTCAAATAGTTATGA
128 AAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAACTAATTTA-TGAACATA-TTCAAATAATTATGA
* *
19783141 CTGTTTGAACAAGTTTTTATTTC
190 CTATTTGAACAAGTTTCTATTTC
19783164 AAATAGTTA
1 AAATAGTTA
19783173 AGATCTTTTG
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 24, Indels: 19
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
212 7 0.04
213 82 0.43
214 43 0.23
215 57 0.30
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (212 bp):
AAATAGTTATGACAATTTAACAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAA
ACAATTCTTTCTATTCACACAAGCATATTCAAATAAAATAATATAAACTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACTAATTTATGAACATATTCAAATAATTATGACTATTT
GAACAAGTTTCTATTTC
Found at i:19783618 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 19782948--19789800 Score: 4061
Period size: 356 Copynumber: 19.2 Consensus size: 354
19782938 AATTATCTAT
* ** * *
19782948 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTTTCA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
19783013 TAAACCAATTCTTTCTATTTAT-CAAGCATACTT-GAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * **
19783076 TTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-AATTTACTGAGCA-AGTTCAAATAGTTAT
130 TAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAAATAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
19783139 GACTGTTTGAACAAGTT-TTTATTTCAAATAGTTAAGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
190 GACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
19783203 TTCT-ATCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATAATTA-TTATTTATA-TTCTGAAAATTAAT
254 TT-TGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * *
19783265 AGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAACAAG
316 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAACAAG
* * *
19783304 TTCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
19783369 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTAATATATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
19783434 TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTA
130 TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
19783499 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTAT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTTTGT
195 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG-
* * * *
19783562 TTCACACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAA
258 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* *** *
19783627 GAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAG
322 GAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTATAAACAAG
* * * * * ** * **
19783661 TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCGTTTTGAGTTTTTGCTTAATCA
1 TTCAAATAG-TTATACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
19783726 TAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTA-AAAAAAATAATAGTAATTTATTAACA--
65 TAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
19783786 TT---AATGAACAAGAGATTTTAGAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AGTTAAAATAGATT-TG
129 TTAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAAATAGTTCAAATAG-TTATG
* * *
19783846 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTGTGACATTTTGTTTTGTCATCAAAA-AATTGT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT
* * * * * *
19783909 TTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
254 TTT-GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
19783974 AGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-CATGTTTTTTAAACCAG
317 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TG-TTTATAAACAAG
* * * *
19784013 TTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATAT-TAATCTT-AAATAGTTATGACC-TTTGTTTTCT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
19784075 CATAAAACAATT-TTT-T-TATCATACAAGCATA-TTCGGATAAATATAATACT-ATTTGAATAA
63 CATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAA-ATAATACTAATTT-ATTAA
* * * * * * ** * *
19784135 TATTTCAAAAATTAATATGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAACCAGTTCATATAATTA
125 TATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAAATAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * * * * *
19784199 AGACTATTAGAATAGTTATGTATTTCAAATCGTTCTAACATTTTATTTAGTCATATAATAATTGT
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
19784264 TTCAGTTTATACAAGCTTGTTCGGAACAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT
254 TT-TGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * **
19784328 AAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
316 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAG
* * * * *
19784369 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * *
19784434 TAAAGCAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AAAAAAATAATACT-ACTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
19784496 TCAAAAATTAAAAAATAAGAGATGTTAAAAAA-AAAT-TAGTTTACT-AAATCAATTCAAATAAT
129 TTAAAAATT----AATAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAAAT-AGTTCAAATAGT
* * * *
19784558 TAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
187 TATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*** ** * *
19784622 TGTTGTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTTAATTTGTTAATGTTTCAAGAA-T
251 TGTT-TTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAC-TAATTTAATAATATTTCAAAAATT
* * * * **
19784685 --TAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAGTCTATTTACCAAATTAG
313 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAG
* * * * * * * *
19784725 TTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
19784790 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTC
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
19784855 TAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TCATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
130 TAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
19784918 ACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
19784983 TAGCTCATACAAGTTTATTCGAAATATAATAA-ATTTTATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A
256 T-GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * **
19785044 -TAAGAGATTTAGAAAATTATTCTATTTATTGATCCAA-
318 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-T-AAACAAG
* * * * *
19785081 TTCAAATAATTATACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
19785145 AAAATAATTGTTTTTGGTAATATAAGTTTGTTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
66 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * ** * * *** * *
19785208 TAGAAAATGAATCAATAATAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTCCCAAGCCATTTCAAATAGTTTT
130 TA-AAAAT---T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
19785273 GACTATTTGAATAATTAACTATTTTAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAGTTGGT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* ** * * * * *
19785338 TTTGTTCATACTATTTTATTTCAAAAAAAATTATACTAATTTAAAAATATTCCAAAACTTAATAA
254 TTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * * * *** *
19785403 CCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTGCCGAACCAA-
318 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TATAAACAAG
* * * * * * *
19785441 TTCAAATAATTAAGACTATGTGAA-AGATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTGTTGTT
1 TTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
19785505 GTAAAACAGTTGTTT-TTTTCGTACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATGATACTAATTTAATAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
19785568 TTTGAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTATTTAC-CAAATCA-TTGAAATGGTTA
128 TTT-AAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAAT-AGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
19785631 AGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAT-TTATAAAACAATT-
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTG
* * * *
19785694 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTACTAACA-TTCAAAAATTTAA
253 TTTT-GTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTAA
* * * * *
19785758 TAAGAAAGTGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAG
315 TAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTAT-AAACAAG
* * * * * * * * *
19785800 TTGAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAAACGTTATAAGCTTTTGATTTGTCA
1 TTCAAATAGTTA-TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *** * *
19785865 TAAAACAGTTGTTTCAGTTGATATAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * * *
19785930 CATAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAATCTGTTCACT-AACTCAATTAAAATAATTAT
130 TAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAAT-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
19785994 GACCATTTGAACGATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** *
19786059 TTTTATTATAAAAACTTATTTGATTAAAAATAATACTAA-TT-ATAATATTTCAAAAA-T--TAA
255 TTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* **
19786119 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-
318 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATAAA-CAAG
* ** * * * * *
19786156 TTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
19786221 TAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAAT-A-ACTGAAATTTATTAACA
65 TAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT--AATTTATTAATA
** * * * * * *
19786283 TTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-AGTTTAAATAG
127 TTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CTAAAATAGTTCAAATAG
* * * *
19786347 TTGTGACTATTTGAACAAGTATCTA-TTAAAATTGTTATGACCTTTTG-TTT-T-AT-------T
186 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * *
19786401 TGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
251 TGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
* * * *
19786466 ATAAGT----CATTTAAAAAGTGAATATGTTTATCAAATCAA-
314 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-AAA-CAAG
* * * * * * *
19786504 TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACATTTTGTTTGGTCA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
19786569 TATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TGAATTTATTAATCTT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * *
19786632 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAT-GTTTAAATAGTTA
129 TTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAAATAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
19786696 TGACTATCTAAACAATTATATACTT-AAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCATAAAACTATTA
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
19786759 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAA
253 TTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * *** **
19786824 AACT-A-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAAGTAG
316 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATAAACAAG
* *
19786862 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * ** * * ** *
19786926 TAAAAACTTTTTTTTCAATTCATACTATCTTATTGGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATAT
65 T-AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *
19786990 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCA-A-TTCAAATAAT
128 TTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAA-AATAGTTCAAATAGT
* * * * ** **
19787053 TAAGACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAA
187 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
19787118 GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTCATCTACTAATATTTCAAAAA-T--
252 G-TTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
19787180 T-AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAG
315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-AAACAAG
* * ** * * * * *
19787220 TTCAAATACTTATGACTATTT-AAGGAAGCATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTCTATT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
19787283 ATAAAACAATAGTTTCTATCCATACAAGCTTA-TTAGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * ** * * *
19787347 TTCGATAATTAATCAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATCTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCA
128 TTTAAAAATTAAT-A--AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
19787412 TGATTATTTGAATAATT-GCTTATTTC-AATCCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAAT
189 TGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAAT-CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAT
* * * * * * * * *
19787475 T-TATTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATATTACTAAGTTATTAACATTCCGAAAAT
251 TGT-TTT--GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
* * * *
19787539 TAAT-ATTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAACAAG
312 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAG
* * * * ** *
19787582 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGAGATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * * *
19787647 TAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGGATAAAAAAATA-TGAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
** * * * *
19787711 AAGACAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA-AGTTCAAATCA-TT
129 -TTA-AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-ATAGTTCAAAT-AGTT
* * * * * ** * * *
19787774 ATGACTACTTGAGCAGTTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTG
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * ** * *
19787839 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTATAGTAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAGTAAT
253 TTT-TGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** *
19787904 AAGTAAAAGACTTAAAAAAATAAATATATTTACTGGACAAA
316 AAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAG
* ** * * * * * * * *
19787945 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTACTTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTCTTTTCTAA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
19788010 T-AAATAATTGTTTCAGTTGATATAAACTTATTTA-ATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
19788073 CTGAAAATTACTGAGTAAGAGATTTAAATAATGAATTTATTTTCCAAACA-ACTGCAAATAGTTA
129 TTAAAAATTA---A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-ATAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
19788137 TAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGG
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G
* * *
19788202 TTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAA-ATATATAAATATTTCAAAAATTAA
253 TTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTA-AT-AATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
19788265 -CATTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCGAG
315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAG
* * * * * * *
19788305 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTATGTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * ** * * *
19788370 TAGCATAATTGCTTT-TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
19788434 GCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTACTAAC-AAAACCAGTTCAAATAGTTATGTC
129 TTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAA-TAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
19788498 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
193 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * ** * * **
19788562 ATGCATACAAGCTTA-TCTAGGGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTGT--AAAATTAATAAG
257 GTTCATACAAGCTTATTC-A-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAG
* * * * *
19788624 TGACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAG
319 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-AAACAAG
* ** * * * *
19788661 TTCAAATAGTTAAAACTATTAAAAAAATTATCTATATCAAATCGTT-TTATCCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * * *
19788725 ATAAAATAATTGTTTAGGTTCACACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACAT
64 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATAT
** * *
19788789 TAAAAAAATAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA-A-TTCAAAT-GT
128 TTTAAAAAT--T-AATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-AA-AATAGTTCAAATAGT
* * * * *
19788851 TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATT
187 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
19788916 GTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGA
252 GTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
* ** *
19788981 GAAGTTGGAGATTTAAAAATTAAAT-TAGTTTATCAAATC-AG
315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTAT-AAA-CAAG
* * * * * * *
19789022 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * *
19789087 TAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTT-GAAATAAAATAATTCTAATTT-CTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
19789150 TCAAAAATTAATGAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAAAACCTA-TTGAAATAGTT
129 TTAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAA--TAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
19789213 ATGACTGTTTGAACAATTATATATTTCATATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTA
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
19789278 TTTATGTTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAA
253 TTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAA
* * * * *
19789342 TAACTACGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG
315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAG
* * ** ** * * *
19789383 TTCAAATGGTTA-AGGTAATAGGAGTAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATA-CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * * *
19789447 GTAAAAGAAATATTTTTGTTCACATAAGTTTGA-TGAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
19789511 TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACTAGTTCAATTTGTTATAAC
128 TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
19789575 AATTTGAAC-ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
193 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * ** * * * * *
19789639 TATTGATAGACTCTTATTCGGAATAAATTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAG
256 TGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * *
19789703 TGATAGACTTAAAAAATGAATCTATTGGCT-TGACCAA-
319 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT---TATAAACAAG
* * * * * * *
19789740 TGCAAATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
19789801 ATTCAGAATA
Statistics
Matches: 5044, Mismatches: 1151, Indels: 603
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 1 0.00
346 96 0.02
347 44 0.01
348 121 0.02
349 18 0.00
350 30 0.01
351 104 0.02
352 135 0.03
353 19 0.00
354 117 0.02
355 343 0.07
356 971 0.19
357 627 0.12
358 328 0.07
359 338 0.07
360 397 0.08
361 683 0.14
362 407 0.08
363 246 0.05
364 11 0.00
365 1 0.00
366 1 0.00
367 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTC
ATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAACAAG
Found at i:19784164 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19784136--19784173 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
19784126 TTTGAATAAT
* *
19784136 ATTTCAAAAATTAATATGAG
1 ATTTAAAAAATAAATATGAG
19784156 ATTTAAAAAATAAATATG
1 ATTTAAAAAATAAATATG
19784174 TTTGTCGAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.08, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGAG
Found at i:19786077 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19786038--19786079 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
19786028 TAACCTTTTG
19786038 TTTTATCATAAAACAATTATT
1 TTTTATCATAAAACAATTATT
* *
19786059 TTTTATTATAAAA-ACTTATT
1 TTTTATCATAAAACAATTATT
19786079 T
1 T
19786080 GATTAAAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.37
21 12 0.63
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATCATAAAACAATTATT
Found at i:19787645 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 19783053--19791508 Score: 3193
Period size: 537 Copynumber: 15.8 Consensus size: 535
19783043 CTTGAATAAG
* ** *
19783053 ATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA-ATTTA
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * * * * * *
19783117 CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAGTT-TTTATTTCAAAT-AGTTA-AGATC-
65 CCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCA-TTATA-A-CA
* * * * * *
19783178 TTTTGTTTTGTCAT-AAAATAA-TTATTTCTA-TCATACAAGTTTATT-TAGAATAAAATAATAA
126 TTTT-TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * ** * * * * * * **
19783239 TTA-TTATTTATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACA
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAACA
* * * *** * *
19783302 AGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
254 A-TTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTG
* * * * * * *
19783366 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTAATATATTAAT
317 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAC-AAGTT-TTTCA-AATAAAATAATATGAATTTATTAAT
** * * * * * * *
19783430 ATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATG
379 ATTTCAAAAATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAGTTCAAATACTTATG
* * * * ** * * *
19783495 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTAT-TT-TTTCATAAAATAATTGT
443 ACTATTT-AAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGA-CATTT-TGTTCTATCATAAAACAATAGT
* *
19783557 TT-TGTTTCACACAAGCTTATTCA-TATTAAA
505 TTCTG-TTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* ** * * * * * ** *
19783587 ATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTG
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * * * * * * * * *
19783652 CCAAACCAGTTCAAATAG-CTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCGTTTTGA-GTTT
65 CCGAACTAGATCAAATAGTC-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTT
** * * * * * *
19783715 TTGCTTAATCAT-AAAACAATTAT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATT--AAAAAAAATAATAGTA
129 TT--TTTGTCATAAAAAAAATT-TGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * * *
19783775 ATTTATTAACATT-----AATGAACAAG--AGA-TTTTAGAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
191 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAACAA-
* *** * *
19783832 TTAAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTGTGACATTTTGTTTTGT
255 TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATAACATTTTGTTTTGT
* * * * * * *
19783895 CATCAAAA-AATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
318 CAT-AAAACAAATGTTTTTGTTCAT-ACAAGTTTTTC-AAATAAAATAATATGAATTTATTAATA
* * * * *** *
19783959 TTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-CATGTTTTTTAAACCAGTTCAAATAGT
380 TTTCAAAAA-T--TAA-CAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCAAA-CAGTTCAAATACT
* * * * * * *
19784023 TATGAATATTTGAACAAATATTAATCTT-AAAT-AGTTATGAC-CTTTGTTTTCTCATAAAACAA
439 TATGACTATTT-AAGAAGTATTTAT-TTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAA
* * *
19784085 T--TTT-TTTATCATACAAGCATATTC-GGA-TAAA
501 TAGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * * * * *
19784116 TATAATACT-ATTTGAATAATATTTCAAAAATTAAT-A-T-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
1 -ATAATATTAATTT-ATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTT
** * * * * * * * * * * *
19784177 GTCGAACCAGTTCATATAATTAAGACTATTAGAATAGTTATGTATTTCAAATCGTTCTAACATTT
64 ACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTT
* * * * * * * * * * *
19784242 TATTTAGTCAT-ATAATAA-TTGTTTCAGTTTATACAAGCTTGTTCGGAACAAAATAATATTAAT
129 T-TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
19784305 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACAAG
193 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-GATTCTGTTTACCAAACAA-
* * * * *
19784369 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTT-AAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTC
255 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATAACATTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
19784433 ATAAAGCAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAAAAATAATACT--ACTTATTAATATT
319 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG-TTTTTCAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATT
* * * *
19784496 TCAAAAATTAAAAAATAAGAGATGTTAAAAAA-AAAT-TAGTTTACTAAATCAATTCAAATAATT
382 TCAAAAATT--AACA-AA-AGAT-TTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAA-CAGTTCAAATACTT
* * * * * * * * * *
19784559 AT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
440 ATGA-CTATTT-AAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATA
*** *
19784623 GTTGT-TCAACATACAAGCTTATTCA-AAATAAA
503 GTT-TCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * * * * * * *
19784655 ATAATCTTAATTTGTTAATGTTTCAAGAATTAATAAG---AGATTCAAAAAATAAGTCTATTTAC
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
* * * * * * * **
19784717 CAAATTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTT
66 CGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTT
* * ** * * *
19784781 GTTCTATCAT-AAAACAATTAT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAA
131 -TT-TGTCATAAAAAAAATT-TGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
19784842 TTTAGTAAAATT-CTAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTC-ATTTGCCAAACTAG
192 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTACCAAAC-AA
* * * * * *** ** * * *
19784904 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTATTA
255 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * **
19784969 TAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTATTCGAAATATAATAA-ATTTTATTTATTAATATT
320 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTT-TTC-AAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATT
* * * * * * ** ** * * *
19785033 TCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATTATTCTATTTATTGATCCAATTCAAATAATTAT-ACC
382 TCAAAAATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAGTTCAAATACTTATGACT
* * * ** * * * * * * *
19785097 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAC-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG
446 ATTT-AAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTG
* * * * * * *
19785161 GTAATATAAGTTTGTT-TGAAATAAA
510 TTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * * * * * **
19785186 ATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATGAATCAA-TAATAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTT
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTT
* * ** ** * * *
19785250 -CCCAAGCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTTAAATCATTATAACCTT
64 ACCGAA-CTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATT
* * * * ** * * *
19785314 TTATTTTGTCAT-CAAACAGTTGGTTT-TGTTCATACT-ATTTTATTTC-AAAAAAAATTATACT
128 TT-TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATA-TAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
** * ** * * * ** * *
19785375 AATTTAAAAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATT-TAATTGCCGAACC
190 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTACC-AAAC
* * * * * * * * *
19785439 AATTCAAATAATTAAGACTATGTGAA-AGATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTGTTG
253 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTG
** ** * * * * *
19785503 TTGTAAAACAGTTGTTTTT-TTCGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATGATACT-AATTTAATAAT
317 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG-TTTTTC-AAATAAAATAATA-TGAATTTATTAAT
* * * * * * * **
19785566 ATTTTGAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTATTTACCAAATCA-TTGAAATGGTT
379 A-TTTCAAAA-ATTAA-CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAGTTCAAATACTT
* * * * * * * *
19785630 AAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTT-TATTTATAAAACAAT-
440 ATGACTATT-TAAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTA-TCATAAAACAATA
* *
19785693 -TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAA
503 GTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * * * * * *
19785725 TTAATACTAATTTACTAACA-TTCAAAAATTTAATAAG-AAAGTGATTTAAAAAAAATAAATATG
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAA-TTAATAAGTAAA--AATTT--AAAAAATAAATATA
* * * * * * * * * * * *
19785788 TTTATCGAA-TAGTTGAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAAACGTTATAAGC
61 TTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-C
* * * * * * ** *
19785852 -TTTTGATTTGTCAT--AAAACAGTTGTTTCAGTTGATATAAGCTTAGACAAAATAAAATAATAC
125 ATTTT-TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * * *
19785914 TTATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAATCTGTTCACTAACTC
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAA-AC
* * * * * *
19785979 AATTAAAATAATTATGACCATTTGAACGATTATCTATTTCAAATA-GTTATAACCTTTTGTTTTA
253 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATAACATTTTGTTTTG
* * * * *
19786043 TCATAAAACAATTAT-TTTTTATT-ATAAAAACTTATTT-GATTAAAAATAATACT-AA-TTA-T
317 TCATAAAACAA--ATGTTTTTGTTCAT-ACAAGTT-TTTCAAAT-AAAATAATA-TGAATTTATT
* * * * * * *
19786102 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTT
376 AATATTTCAAAAATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAGTTCAAATACTT
** * * * * *
19786167 AAAACTA-TTAAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTT-TAGTCATAAAATAT
440 ATGACTATTTAAGA-AGTATT-TATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTCTA-TCATAAAACAA
* * *
19786229 TTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTCAGAA-TAAA
501 TAGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * ** * *
19786263 ATAACTGA--AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTG
1 ATAA-T-ATTAATTTATTAATATTTC-GATAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATATA
* * * ** * * * ** *
19786325 TTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTGAACAAGTATCTA-TTAAAATTGTTATGAC-
61 TTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACA
* * *
19786388 CTTTTGTT-T--T-------ATTTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
126 TTTTTTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
19786443 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----CATTTAAAAAGTGAATATGTTTATCAAATCAA
191 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAA-CAA
* * * * *
19786504 TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATTACATTTTGTTTGGTC
255 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATAACATTTTGTTTTGTC
* * * * *
19786568 ATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATCTTT
319 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG-TTTTTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTT
* * * *
19786633 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACATGTTTAAATAGTTATG
383 CAAAAATTAA-CA--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-GTTCAAATACTTATG
* * * * * * *
19786698 ACTATCTAAACAATTATATACTT-AAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCATAAAACTATTA-T
443 ACTAT-TTAAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTCTATCATAAAAC-AATAGT
**
19786760 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAGCAAA
505 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * * * * * * * * *
19786790 ATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAAAACT-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
* * * * * * * * *
19786854 CGAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT
66 CGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTT
** * * * *
19786919 TTTGTCAT-AAAAACTTTTTTTTCAATTCATACT-A-TCTTATTGGGAATAAAATAA-AATAAAT
131 TTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATA-TAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * *
19786980 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAATT
193 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACC-AAACAATT
* * * *
19787045 CAAATAATTAAGACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCATA
257 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
19787110 AAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACT-CATCTACTAATATTTC
322 AAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTT-TTC-AAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTC
* *
19787174 AAAAATTAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATACTTATGACTAT
384 AAAAATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATACTTATGACTAT
* * * *
19787239 TTAAGGAAGCATTTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATC
448 TTAA-GAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTGTT
19787303 CATACAAGCTTATT-AGAATTAAA
512 CATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* *
19787326 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATCAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATCTTTA
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATATATTTA
* *
19787391 CCGAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATT-GCTTATTTC-AATCCATTATAACATT
65 CCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAAT-CATTATAACATT
* *
19787454 TTGTTTTGTCATAAAAAAAATTTATTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATATTACTAA
128 TT-TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
19787519 GTTATTAACATTCCGAAAATTAAT-ATTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAACAAGT
192 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAACAA-T
* * ** * *
19787583 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGA-GATAACCTTTTGTTTTGTCA
256 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATAACATTTTGTTTTGTCA
** * * *** *
19787647 TAAAA-TGATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGGATAAAAAAATATGAATTTATTAATATT
320 TAAAACAAATGTTTT-TGTTCATACAAG-TT-TTTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATT
* * * * *
19787711 AAGACAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-CATTA
382 ---TCAA-AAATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAC-TTA
* * * * * * * * * * *
19787775 TGACTACTTGAGCAGTTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGT
441 TGACTATTTAAGAAG-TATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGT
*
19787840 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-ATTATA
505 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * *
19787870 GTAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAGTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAATAAATATATTT
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATATATTT
* * * * * *
19787935 ACTGGAC-AAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTACTTATCTATTTCAAATCATTCTAACATT
64 ACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATT
* * * * ** * *
19787999 TTCTTT-TC-TAATAAATAA-TTGTTTCAGTTGATATAAACTTATT-TAATGTAAAATAATACTA
128 TTTTTTGTCATAA-AAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAA-ATAAAATAATACTA
** * * * * *
19788060 ATTTATTAATATTCTGAAAATTACTGAGTAAGAGATTTAAATAATGAATT-TATTTTCCAAACAA
191 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATG-ATTCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * *
19788124 CTGCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTC
255 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
19788189 ATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATATATAAATATT
319 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG-TT-TTTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATT
* * ** * * *
19788254 TCAAAAATTAACATTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCGAGTTTAAATAGTTATG
382 TCAAAAATTAAC---AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATACTTATG
* * * ** * *
19788319 ACTATTTGAACG-ATTATTTATGTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGA-CATAGCATAATTGC
443 ACTATTT-AA-GAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCT-ATCATAAAACAATAG-
* ** *
19788382 TTT-TATTCATACAAAATTATTCA-AAATAAA
504 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * * * * * * * * *
19788412 ATGATACTAATTTATTAATATTGCAAAAATTTATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTACTAAC
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
** * * * * * * * * *
19788474 AAAACCAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTG
66 CGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTT
* * * * * * * ** * * **
19788538 TTTTGTCAT-AAAACAA-TTATTTCTATGCATACAAGCTTA-TCTAGGGTAAAATATTGCTAAAC
130 TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATT
* ** * * * ** *
19788600 TAATAATATT-GTAAAATTAATAAGTGACAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGTCAAACCAGTT
194 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTACCAAA-CAATT
* ** ** * * * * * * * *
19788663 CAAATAGTTAAAACTATTAAAAAAATTATCTATATCAAATCGTTTTATCCTTTTGTTTAGTCATA
257 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * * *
19788728 AAATAATTGTTTAGGTTCACACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT--ATTCTATTAACATTA
322 AAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG-TTTTTC-AAATAAAATAATA-TGAATT-TATTAATATTT
* ** * * *
19788791 AAAAAATAATAAACAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAAT-GTTAA
383 CAAAAAT--T-AACAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATACTTAT
* * * * * * * *
19788854 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTT
442 GACTATTT-AAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTT
* * * *
19788919 TCAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AAATAAA
506 TCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * * * ** * *
19788948 ATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAATTAAAT-TAGTT
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAA-TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATA-TT
* * * * * * * * *
19789011 TATC-AAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAAC-
63 TACCGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACA
* * ** * *
19789074 TTTTATTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTC-A-TCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATTC
126 TTTT-TTTTGTCATAAAAAAAATT-TGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * **
19789136 TAATTT-CTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATAAAA
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTACCAAA
* * * * * * *** * *
19789198 CCTATTGAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATATATTTCATATTGTTTTAACCTTTTGTTTT
252 -CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTT
* * * * * * * * *
19789263 GTCAGAAAACAATTATTTATGTTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACT-AATCTAATAA
316 GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG-TTTTTC-AAATAAAATAATA-TGAATTTATTAA
* * * * *
19789327 TATTAT-GAAAATTAATAACTACGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATG
378 TATT-TCAAAAATTAACAA--A--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
19789391 GTTAAG-GTA-ATAGGAGTAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAG
437 CTTATGACTATTTA--AG-AAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAA-
* * * * * * *
19789454 AAATA-TTTTTGTTCACATAAGTTTGA-TGA-AAATAAA
498 CAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTCAGAATTAAA
** * * *
19789490 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAA-AAATCTATTTAC
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
* * * * * * * * * *
19789551 CAAACTAGTTCAATTTGTTATAACAATTTGAA-CATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTT
66 CGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTT
* * * * * * * * *
19789615 GTTTTGTTAT-AAAACAA-TTGTTTCTATTGATA-GACTCTTATTCGGAATAAATTAATGCTAAT
130 -TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
** * * * * * ** ** * *
19789677 TTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTGATAGACTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAATG
193 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTAC-CAAACAATT
* * * * * * * * *
19789742 CAAATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTATTCAG
257 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTT-GTCAT
*
19789807 AATAACATAA--------TTC-T--AA---TTT---AT----TAATAT---TTCA--AA-ATTT-
321 AA-AACA-AATGTTTTTGTTCATACAAGTTTTTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTC
* * ** * * * * * *
19789844 AATAAGT---AGGATATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
384 AAAAATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATACTTATGACTAT
* * ** *** * * * * * ** **
19789906 TTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCATT
448 TT-AAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTGTT
19789971 CATACAAGCTTATTTC--AATTAAA
512 CATACAAGCTTA-TTCAGAATTAAA
* * * * * * * *
19789994 ATAAAACTAATTTATTAATA-TTCAAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATCTGTTT
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTC-GATAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTT
* * * * * * ** * *
19790058 -CTTGAA-TAAGTTTAAATATTCATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
64 AC-CGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-A
* *** * * *
19790121 TTTTATTTTGTCAT-AAAACAA-TTGTTTTTGGTT-ATACAAGCTTATTC-AACTTAAAATAATA
126 TTTT-TTTTGTCATAAAAAAAATTTG-TTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAA-ATAAAATAATA
* * * * * * * *
19790182 TTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
188 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAAC
* * * * ** * * *
19790247 AAATTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTCG
253 -AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTG
* * ** * * *
19790312 TCATAAAGCAATTGTCTCAT-TTC-TATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
317 TCATAAAACAAATGT-TTTTGTTCATACAAG-TT-TTTCAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAA
* * * ** * * *
19790374 TATTCCAAAAATTAATGAGTATGAGATTTAAAAAATGGATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG
378 TATTTCAAAAATTAA-CA--A-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAC
* * ** * *
19790439 TTATGACTATTTGAATAA-TTTTCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
438 TTATGACTATTT-AAGAAGTATT-TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAA
* *
19790503 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCA-AA-TAAA
501 TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-CAGAATTAAA
* ** * * * * * *
19790537 ATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAGTCTATTTTC
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
** * * * * *
19790602 TAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATAACCTTT
66 CGAACTA-GATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACATTT
** ** * * * * * *
19790665 TGTTTTGTCATAAACCAAA--TGTTTCTGTTCATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATAGTAGT
129 T-TTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
19790728 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTCAA-AGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAGCAAGT
193 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAACAA-T
* * * * * * * * *
19790792 TTAAAT-GTTATGACTGTTTGAAAAATTATTTATTT-AAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTATCA
256 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * **
19790854 TAAAATAATTGTTTCTCTT-ATACAAGTTTTATTTTTTGAAT-AAATAATATTAATTTACAAATA
320 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAG-----TTTTTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATA
* * ** * *
19790917 -TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCATATAA
380 TTTC-AAAAATTAACA---A-AAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAC
* * * * * * * *
19790981 TTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACATTTTGTT-TCTCATAAAACAAT
438 TTATGACTATTT-AAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAAT
* *
19791045 TGTTTCTATTCATGTA-AAG-TTATTC--AA--AAA
502 AGTTTCTGTTCA--TACAAGCTTATTCAGAATTAAA
* * ** * * * * *
19791075 A-AATATTGATCTCCTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATATGTTTAC
1 ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
* * * * * *
19791136 TGAAAC-A-ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TT
66 CG-AACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATT
* * ** * * * * *
19791198 TATTTTGTCAT-AAAACAA-TTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAACATTAA
128 TTTTTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * *
19791260 TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGA-CAAACCAG
192 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTT-ACCAAA-CAA
* * * * * * *** * * *
19791324 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTGCAAATTGTTCTGACATTTTGTTTAGTCA
255 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCA
* * *** * * * * * *
19791389 T-AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTATTAAAATAAATTAATACT-AATTTATTAACATTTG
320 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTTTTCAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTC
* **
19791452 AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA
384 AAAAATTAA-CA--AA-AGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAA
19791509 GCATACCTCG
Statistics
Matches: 6211, Mismatches: 1301, Indels: 823
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
503 6 0.00
504 124 0.02
505 4 0.00
506 1 0.00
507 3 0.00
508 15 0.00
509 38 0.01
510 156 0.03
511 11 0.00
512 3 0.00
513 2 0.00
515 6 0.00
517 2 0.00
518 5 0.00
521 2 0.00
522 27 0.00
523 95 0.02
524 71 0.01
525 26 0.00
526 114 0.02
527 169 0.03
528 189 0.03
529 27 0.00
530 71 0.01
531 143 0.02
532 139 0.02
533 141 0.02
534 192 0.03
535 476 0.08
536 588 0.09
537 589 0.09
538 472 0.08
539 441 0.07
540 419 0.07
541 424 0.07
542 467 0.08
543 382 0.06
544 97 0.02
545 70 0.01
546 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
ATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
CGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTT
TTTGTCATAAAAAAAATTTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTGTTTACCAAACAATTCAAA
TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
AAATGTTTTTGTTCATACAAGTTTTTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAGTTCAAATACTTATGACTATTTAAGAAG
TATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGC
TTATTCAGAATTAAA
Found at i:19787849 original size:720 final size:716
Alignment explanation
Indices: 19782948--19789330 Score: 1798
Period size: 716 Copynumber: 8.9 Consensus size: 716
19782938 AATTATCTAT
* * * ** * * * **
19782948 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTTTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTGATCA
* ** * * * *
19783013 TAAACCAATTCTTTCT-AT-TTATCAAGCATACTT-GAATAAGATAATACT-AATTTATTAATAT
66 TAAAACAATAGTTTCTGATCATA-CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATAT
** * * * * * *
19783074 TTTTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA-ATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTA
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACATGATCAAATAGTCA
* * * * * * * *
19783138 TGACTGTTTGAACAAGTT-TTTATTTCAAAT-AGTTA-AGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAA
193 TGACTATCTAAACAA-TTATATACTT-AAATCA-TTATA-A-CATTTTGTTCTATCATAAAAAAA
* * * * * * * * * **
19783199 TTATTTCTA-TCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATAATTAT-TATTTATATTCTGAAAAT
253 TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-AAGCAAAATAATACTAATCTAATAACATTCCAAAAAT
* ** * * * ** * * * * *
19783261 TAATAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTCATA-TCCATT
317 TAAAAACTA--AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA-AGACTATA
* ** * * **
19783324 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAA-TAATTGTTTCTGT
379 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGAGATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAAACT-ATTTTTTCAAT
* ** ** * * * ** *
19783387 TCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAG
442 TCATACAATCTTATTGGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAATAAA
* * * * * * *
19783448 AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-CTAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
507 AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAACA-A-TTCAAATAATTAAGACTACTTGAACAATCA
* ** * * * * * *
19783511 TCTATCTCAAATTGTTATGAT-CTTTATTTTTTCATAAAA-TAATTGTTT-TGTTTCACACAAGC
570 TCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTG-TTCATACAAGT
* * *
19783573 TTATTC-ATATTAAAATAATACTAATTTAAC-AATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAA
634 TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATCT-ACTAATATTTCAAAAATTA--AA--AAG-CATTTAA
* ** ** * *
19783636 AAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAG
692 AAAATAAATATATTTATCAAATCAA
** * ** ** * * * ** * *
19783661 TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCGTTTTGAGTTTTTGCTTAATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTGATCA
* * *
19783726 TAAAACAATTA-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-AAAAAAAATAATA-GTAATTTATTAACA-
66 TAAAACAA-TAGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATG-AATTTATTAATAT
* * * * * * * * *
19783786 TT----AATGAACAAG--AG-ATTTTAGAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTAAAATAGAT-
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACATGATCAAATAG-TC
* * * * * ** * * * * * *
19783843 TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTGTGACATTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTG
192 ATGACTATCTAAACAATTATATACTTAAA-TCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAAAAATTA
* * * * * * * * * * **
19783908 TTTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAA-TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAA
256 TTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAAGCAAAATAATACTAATCTAATAACATTCCAAAAATTAA
* * * ** *** * * * * *
19783972 TAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAACATGTTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAA
320 -AAACTA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAA
* * ** * * * * *
19784037 CAAATAT-TAATCTT-AAATAGTTATGACCTTTGTTTTCTCAT-AAAACAATTTTTT-TA-TCAT
383 CAATTATCT-AT-TTCAAATCGAGATAACCTTTTTTTTGTCATAAAAACTATTTTTTCAATTCAT
* * * * * * **
19784097 ACAAGCATATTCGG-AT-AAATATAATACTATTTGAATAATATTTCAAAAA-T--T-AATATGAG
446 ACAATCTTATTGGGAATAAAATAAAATA-AATTT-ATTAATATTTCAAAAACTAATAAATAAAAG
* * * ** * * * * * * * *
19784156 ATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAGTTCATATAATTAAGACTA-TTAGAATAGTTATGT
509 ATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAACAATTCAAATAATTAAGACTACTT-GAACAATCATCT
* * * * * * * * * *
19784220 ATTTCAAATCGTTCTAACATTTTATTTAGTCATATAA-TAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTGT
573 ATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
* * * * * * *
19784284 TCGGAACAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAA
638 TCGAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTC-AAAAATTAA-AA--A-G-CATTT-AAAAAA
* * * *
19784348 TAAATTTGTTTACCGAA-CAA
696 TAAATATATTTATCAAATCAA
* * * * *
19784368 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-CTATCTATTTAAAATCA-TTATGACTTTTTATTTTG
1 -TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGC-ATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTT-GTTTG
* * * * * *
19784431 -TCATAAAGCAATTA-TTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAAAAATAATACT--ACTTATTA
62 ATCATAAAACAA-TAGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATA-TGAATTTATTA
* * * * *
19784491 ATATTTCAAAAATTAAAAAATAAGAGATGTTAAAAAA-AAAT-TAGTTTA-CTAA-ATCAATTCA
124 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAT-TTAAAAAATAAATATA-TTTACCGAACAT-GA-TCA
* * * * * * * * * * * *
19784552 AATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTTATCATAA
185 AATAGTCATGA-CTATCTAAACAATTATATACTT-AAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAA
* * ** * ** ** *
19784616 AACAATTGTTGTTCAA--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTTAATTTGTTAATGTTT
248 AAAAATT-AT-TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGCAAAATAATAC-TAATCTAATAACATTC
* * * * * * * ** *
19784678 CAAGAATTAATAA--GAGATTCAAAAAATAAGTCTATTTACCAAATTAGTTCAAATAGTTATA-A
310 CAAAAATTAAAAACTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA-AGA
* * * * * ** * *
19784740 CAATTTGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTATAA-CTTTTTGTTCTATCAT-AAAACAATTATT
374 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGAGATAACCTTTTT-TT-TGTCATAAAAACTATT-TT
** * ** * * * * *
19784803 TT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTAGTAA-AATTCTAAAATTAAT
436 TTCAATTCATACAATCTTATTGGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAT
* * * * *
19784865 AACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTC-ATTTGCC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATG
500 AAATAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAAAC-AATTCAAATAATTAAGACTACT-TG
* * * ** **** * * * * *
19784926 AACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTATTATAAAAC-AATTATTT-TAGCTC
562 AACAATCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCT-GTTC
* * * * * *
19784989 ATACAAGTTTATTCGAAATATAATAA-ATTTTATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGAG-AT
626 ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATCTACTAATATTTCAAAAA-TTA-AAAAGCAT
* * * * **
19785052 TTAGAAAATTATTCTATTTAT-TGATCCAA
688 TTAAAAAATAAATATATTTATCAAAT-CAA
* * ** * * *
19785081 TTCAAATAATTAT-ACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAC-TTTTATTTTG-TC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTT-GTTTGATC
* * * * * * * * *
19785143 ATAAAATAATTGTTTTTGGTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATAGTTTCTGATCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATAT
* * * * * ** * *
19785207 TT-AGAAAATGAATCAA-TAATAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTT-CCCAAGCCAT-TTCAAATA
128 TTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAA--CATGATCAAATA
** * * * * * * * * * *
19785268 GTTTTGACTATTTGAATAATTA-ACTATTTTAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACA
189 GTCATGACTATCTAAACAATTATA-TA-CTTAAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAAAA
* * ** * ** * * * * *
19785332 GTTGGTTT-TGTTCATACTATTTTATTTCAAA-AAAAATTATACTAATTTAAAAATATTCCAAAA
252 ATT-ATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAACATTCCAAAA
* * * * ** * *
19785395 CTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTGCCGAACCAA-TTCAAATAATTAAGACTA
315 ATTAAAAACTAAG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA
* * ** * * **
19785459 TGTGAA-AGATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTGTTGTTGT-AAAAC-AGTTGTTTT
377 TATGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGAGATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAAACTA-TT-TTTT
* * * * * * * **
19785521 --TTTCGTACAAGCTTATT-CGAATTAAAATGATACT-AATTTAATAATATTTTGAAAA-TAATA
438 CAATTCATACAATCTTATTGGGAA-TAAAAT-AAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATA
* * * * **
19785581 AGTAAGAGATTTAAAAATTAAATT-TATTTACC-AAATC-ATTGAAATGGTTAAGACTA-TTAGA
501 AATAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAAA-CAATTCAAATAATTAAGACTACTT-GA
* * * * ** * *
19785642 AAAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAT-TTATAAAAC-AATT-TTT-TAGTTC
563 ACAATCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTT-TGTCATAAAACAAATTGTTTCT-GTTC
* * * * *
19785703 ATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTACTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGAAAG
626 ATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAA--T--TAA-AAAG
* * * *
19785766 TGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTATCGAAT-AG
685 -CATTT--AAAAAATAAATATATTTATCAAATCAA
* * * * * *** * *
19785800 TTGAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTGTCTATTT-AAAAACGTTATAAGC-TTTTGATTTG-
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAATA-GTTATGA-CATTTTG-TTTGA
* * * * * * ** *
19785862 TCATAAAACAGTTGTTTCAGTTGATATAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACT-TATTTATTAAT
63 TCATAAAACAATAGTTTCTGATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TGAATTTATTAAT
* * * * * * * *
19785926 ATTTCATAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAATCTGTTCA-CTAAC-TCAATTAAAATA
126 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAT-GA-TCAAATA
* * * * * * * * * * *
19785989 ATTATGACCATTTGAACGATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
189 GTCATGACTATCTAAACAATTATATACTT-AAATCA-TTATAACATTTTGTTCTATCATAAAAAA
** * * ** *** * *
19786053 ATTATTTTTTATT-ATAAAAACTTATTTGATTAAAAATAATACTAAT-T-ATAATATTTCAAAAA
252 ATTA-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAACATTCCAAAAA
* * * * * *
19786115 TTAATAA--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTAT-T
316 TTAAAAACTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTAAGACTATAT
* * * * * * *
19786176 AAAATAATTTTCTATTTCAAATC-ATTATGATCTTTTGTTTAGTCAT-AAAA-TATTTGTTTC-A
380 -GAACAATTATCTATTTCAAATCGA-GATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAAACTATTT-TTTCAA
* * ** * * *
19786237 TATCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAAT-AACTGAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAA
441 T-TCATACAATCTTATTGGGAATAAAATAAAAT-AAATTTATTAATATTTC-AAAAACTAATAAA
* * * * * ** *
19786300 CAAAAGATTTGAAAAAATAAATT-TGTTTACC-GAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTGAAC
503 TAAAAGATTT-AAAAAAT-AATTCTATTTACCTAAACAA-TTCAAATAATTAAGACTACTTGAAC
* ** * ** * **
19786363 AAGT-ATCTA-TTAAAATTGTTATGACCTTTT-GTTT-T-AT--------TTGTTTCAATTCATA
565 AA-TCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATA
* * *
19786415 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTCATTTAAA
629 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAAAAAG-CATTTAAA
* * *
19786480 AAGTGAATATGTTTATCAAATCAA
693 AAATAAATATATTTATCAAATCAA
* ** * *
19786504 TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACATTTTGTTTGGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTGATCA
* * * *
19786569 TATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATCTTTC
66 TAAAACAATAGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
19786634 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACATGTTTAAATAGTTATGA
131 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACATGATCAAATAGTCATGA
* * ** *
19786699 CTATCTAAACAATTATATACTTAAATCATTATATCCTTTTGTTCTATCATAAAACTATTATTTCT
196 CTATCTAAACAATTATATACTTAAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCA
* * *
19786764 GTTCATACAAGCTTATTCAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAAAACTA
261 ATTCATACAAGCTTATTCAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAACATTCCAAAAATTAAAAACTA
* * ** *
19786829 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
326 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC
** * * *
19786894 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAAACTTTTTTTTCAATTCATACTATCTTAT
391 TATTTCAAATCGAGATAACCTTTTTTTTGTCATAAAAACTATTTTTTCAATTCATACAATCTTAT
* * *
19786959 TGGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
456 TGGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* * *
19787024 ATTCTGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATT
521 ATTCTATTTACCTAAACAATTCAAATAATTAAGACTACTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
19787089 ATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-AGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTA
586 ATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
* *
19787153 ATACTCATCTACTAATATTTCAAAAATTAGCAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-
651 ATACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTA--AAAAGCATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAT
*
19787216 CTAG
714 C-AA
* * *
19787220 TTCAAATACTTATGACTATTT-AAGGAAGCATTTATTTCAAATCA-TTATGAC-TTTTGTTCT-A
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAA-CAAGCATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTT-TGA
* *
19787281 TTATAAAACAATAGTTTCT-ATCCATACAAGCTTATT-AGAATTAAAATAATATTAATTTATTAA
63 TCATAAAACAATAGTTTCTGAT-CATACAAGCTTATTCA-AA-TAAAATAATATGAATTTATTAA
* * * *
19787344 TATTTCGATAATTAATCAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATCTTTACCGAAC-TAGATCAAAT
125 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAT-GATCAAAT
* * * * * * * * *
19787407 AGTCATGATTATTTGAATAATTGCT-TATTTCAATCCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAA
188 AGTCATGACTATCTAAACAATT-ATATACTTAAAT-CATTATAACATTTTGTTCTATCAT-AAAA
* * * * * *
19787471 AAATTTATTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAA-TAAAATATTACTAAGT-TATTAACATTCCG
250 AAA-TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAAGCAAAATAATACTAA-TCTAATAACATTCCA
* * * * *
19787534 AAAATT-AATATTAAGAGATTTAAAAAAT-GATTCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA
312 AAAATTAAAAACT-A-AGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGA
* * *
19787597 CTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGAGATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAA-TGATTTTT
374 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGAGATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAAACT-ATTTTT
* * *
19787660 TCTATTCATACAAGT-TTATTTTGG-ATAAAA-AAATATGAATTTATTAATA-TT-AAGACAACT
437 TCAATTCATACAA-TCTTA-TTGGGAATAAAATAAA-ATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AACT
* *
19787720 AATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACC-AAACAAGTTCAAATCATTATGACTACT
497 AATAAATAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAAACAA-TTCAAATAATTAAGACTACT
* * * * * * *
19787783 TGAGCAGTTATTTATTTCAACTTATTATGACT-TTTTATTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTGT
560 TGAACAATCATCTATTTCAAATCATTAT-AATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTGT
* * * * * * * * *
19787846 TCATACAAGCTTATTC-AGATTATAGTAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAGTAATAAGTAA
624 TCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTACTAATA-TTTCA-AA--AATTA--AA
* **
19787910 AAG-ACTTAAAAAAATAAATATATTTA-CTGGA-CAAA
682 AAGCA-TTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAATC-AA
* * * ** *** * * * ** *
19787945 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTACTTATCTATTTCAAATCA-TTCTAACATTTTCTTTTCTA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTGATC
* * * * * * * * *
19788009 AT-AAATAATTGTTTCAGTTGATATAAACTTATTTAATGTAAAATAATACT-AATTTATTAATA-
65 ATAAAACAATAGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAA-ATAAAATAATA-TGAATTTATTAATAT
* * * * * * * * *
19788071 TTCTGAAAATTACTGAGTAAGAGATTTAAATAATGAATTTATTTTCCAAACA--ACTGCAAATAG
128 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACATGA-T-CAAATAG
* * * * * * * * * *
19788134 TTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
190 TCATGACTATCTAAACAATTATATACTT-AAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAAAAAT
** ** * * * * *
19788199 TGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATA-TAA-ATATATAAATATTTCAAAAA
254 TATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAGCAAAATAATACTAATCTA-AT-AACATTCCAAAAA
* ** * * * * *
19788261 TTAACATTAA--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTAT
316 TTAA-A--AACTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTAT
* * * * * * * * * *
19788324 TTGAACGATTATTTATGTCAAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGACATAGCATAA-T-TGCTTTT
378 ATGAACAATTATCTATTTCAAATCGA-GATAACCTTTT-TTTTGTCATA--AAAACTAT-TTTTT
** *** * * * *
19788386 --ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATGATACT-AATTTATTAATATTGCAAAAA-T--T-T
438 CAATTCATACAATCTTATTGGGAATAAAAT-AAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAA
* * * * * * * * * * *
19788444 ATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-CTAACAAAACCAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACA
502 ATAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAA-CAATTCAAATAATTAAGACTACTTGAACA
* * * * * * * * *
19788508 ATTATCTATCTCAAATCGTTATGAT-CTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATGCATACA
566 ATCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATACA
* * ** * * * * *
19788571 AGCTTA-TCTAGGGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTGT--AAAATTAATAAGTGACAGATT
631 AGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTACTAATATT-TCAAAAATTAA-AA-AG-C--ATT
* * * * *
19788633 TAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAG
689 TAAAAAATAAATATATTTATCAAATCAA
* ** ** * ** * * * *
19788661 TTCAAATAGTTAAAACTATTAAAAAAATTATCTATATCAAATCGTT-TTATCCTTTTGTTT-AGT
1 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTGTTTGA-T
* * ** * * * *
19788724 CATAAAATAATTGTTTAGGTTCACACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT--ATTCTATTAAC
64 CATAAAACAATAGTTTCTGATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TGAATT-TATTAAT
* * ** * * *
19788787 A-TTAAAAAAATAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA-AATTCAAAT-
126 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATATATTTACCGAACATGA-TCAAATA
* * * * * * * * * * *
19788849 GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAA
189 GTCATGACTATCTAAACAATTATATACTT-AAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAAAAA
* * * * ** * * * * * * *
19788914 TTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTT
253 TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAACATTCCAAAAATT
* ** * * * * * * * *
19788979 GAGAAGTTGGAGATTTAAAAATTAAATTAGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTT
318 -AAAAACT-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTAAGACTATAT
* * *
19789043 GAACAATTATTTATTTCAAATC-ATTATGAA-CTTTTATTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTC-
380 GAACAATTATCTATTTCAAATCGA-GAT-AACCTTTT-TTTTGTCATAAAAACTA-T-TTTTTCA
* * * * * * * * * * *
19789104 A-TCATATAAGCCTATTTGAAATAAAAT-AATTCTAATTT-CTAATATTTCAAAAATTAATGAGT
440 ATTCATACAATCTTATTGGGAATAAAATAAAAT-AAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAAT
** * * * * * **
19789166 TGAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA--TAAAACCTATTGAAATAGTTATGACTGTTTGAACA
504 AAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCT-AAA-CAATTCAAATAATTAAGACTACTTGAACA
* * * ** * ** * * * * *
19789228 ATTATATATTTCATATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCAGAAAAC-AATTATTTATGTTCATAGA
566 ATCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * *
19789292 AGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATT
631 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATT
19789331 ATGAAAATTA
Statistics
Matches: 4405, Mismatches: 934, Indels: 654
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
701 6 0.00
702 60 0.01
703 119 0.03
704 109 0.02
705 93 0.02
706 321 0.07
707 120 0.03
708 176 0.04
709 112 0.03
710 43 0.01
711 65 0.01
712 222 0.05
713 141 0.03
714 87 0.02
715 291 0.07
716 669 0.15
717 373 0.08
718 158 0.04
719 187 0.04
720 360 0.08
721 270 0.06
722 17 0.00
723 152 0.03
724 34 0.01
725 198 0.04
726 21 0.00
727 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (716 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAGCATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTGATCA
TAAAACAATAGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACATGATCAAATAGTCATGA
CTATCTAAACAATTATATACTTAAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCA
ATTCATACAAGCTTATTCAAAGCAAAATAATACTAATCTAATAACATTCCAAAAATTAAAAACTA
AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC
TATTTCAAATCGAGATAACCTTTTTTTTGTCATAAAAACTATTTTTTCAATTCATACAATCTTAT
TGGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
ATTCTATTTACCTAAACAATTCAAATAATTAAGACTACTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATT
ATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAATCA
A
Found at i:19789862 original size:147 final size:146
Alignment explanation
Indices: 19789652--19789928 Score: 328
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
19789642 TGATAGACTC
* *
19789652 TTATTCGGAATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTGATAGACTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGTGATA-ACTTAAAA
* * * * * **
19789717 AATGAATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAA
65 AATAAATCTATT-GATCGAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAA
19789781 TCATTATGACATTTTTTT
129 TCATTATGACATTTTTTT
* *
19789799 TTATTCAGAATAACA-TAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAATTTAATAAGTAGGAT-ATTTA
1 TTATTCAGAATAA-ATTAATGCTAATTTATTAATATTCTCAAAA-TTAATAAGT--GATAACTTA
* * * * *
19789861 AAAACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCA
62 AAAAATAAATCTATTGATCGAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCA
19789926 AAT
127 AAT
19789929 TGCTATAACC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 16, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
146 11 0.10
147 94 0.86
148 1 0.01
149 3 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
TTATTCAGAATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGTGATAACTTAAAAA
ATAAATCTATTGATCGAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATC
ATTATGACATTTTTTT
Found at i:19790099 original size:328 final size:321
Alignment explanation
Indices: 19789484--19790124 Score: 682
Period size: 328 Copynumber: 2.0 Consensus size: 321
19789474 GTTTGATGAA
*
19789484 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTT
* * * ** * *
19789549 ACCAAACTAGTTCAATTTGTTATAACAATTTGAACATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTT
66 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACATTACCTATTTCAAATCACTATAACCATTT
* * * * ** * **
19789614 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTGATAGACTCTTATTCGGAATAAATTAATGCTAATTT
131 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAAAACTAATTT
* * * * * *
19789679 ATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTGATAGACTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAATGCA
195 ATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTATTGGCTTGAACAATGCA
*
19789744 AATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTATTCAG
260 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTTTTTTATTCAG
* * *
19789807 AATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAGGATATTTAAAAACTAAAT
1 AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-G--ATTTAAAAA-AAAAT
* * * * * **
19789871 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATA
60 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAAC-ATTACCTATTTCAAATCACTATA
* *
19789936 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAAA
124 ACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTA-TTCGAA-TAAAATAAA
* * * *
19789999 ACTAATTTATTAATATTC-AAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATCTGTT-TCTTG
187 ACTAATTTATTAATATTCTAAA-AACTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTATTGGCTTG
* ** * * * **
19790062 AATAAGTTTAAATA-TTCATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTT
251 AACAA-TGCAAATAGTT-ATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTT
19790125 ATTTTGTCAT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 48, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
322 1 0.00
323 38 0.15
324 1 0.00
325 1 0.00
327 28 0.11
328 166 0.64
329 23 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (321 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTT
ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACATTACCTATTTCAAATCACTATAACCATTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAAAACTAATTTA
TTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTATTGGCTTGAACAATGCAA
ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTATTCAG
Found at i:19790436 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19789799--19791508 Score: 1547
Period size: 180 Copynumber: 9.5 Consensus size: 180
19789789 ACATTTTTTT
* * * * * *
19789799 TTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAGGATATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
19789864 ACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAT
66 AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * **
19789929 TGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCATTCATACAAGC
131 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-TACAAGC
* * * *
19789980 TTATTTC-AATTAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTCAAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAA
1 TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
19790043 GAAATAAATCTGTTT-CTTGAATAAGTTTAAATA-TTCATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTC
64 AAAATAAATCTATTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * *
19790106 AAATTGTTATGACTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTTATACAAGC
127 AAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCTACAAGC
** * * * *
19790162 TTATTCAACTTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
19790227 AATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAAT
66 AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
19790292 TATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAGCAATTGTCTCAT-TTCTATAGGC
131 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCTACAAGC
* * * *
19790342 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTATGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** * *
19790407 AATGGATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAAT
66 AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* *
19790472 TGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
131 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-TACAAGC
* * * * *
19790523 TTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAA-AAATTTTAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * ** * * *
19790586 AAATAAGTCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTTAAA
65 AAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
19790651 TAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAATGTTTCTGTTCATACAA-A
130 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-TACAAGC
* * *
19790702 TGTATTCAAAATAAAATAATAGTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTCAA-AGATTTAA
1 T-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA
* * * * * *
19790766 AAATTAAATCTATTTATC-AAGCAAGTTTAAAT-GTTATGACTGTTTGAAAAATTATTTATTT-A
64 AAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * *
19790828 AATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTCTTATACAAGTT
128 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCTACAAG-C
*** * ** * *
19790882 TTATTTTTTGAAT-AAATAATATTAATTTACAAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTA
1 TTA--TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* * * * * * *
19790945 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCATATAATTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTG
62 AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * *
19791010 AAATCGTTATGACATTTTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTA-AAG-
127 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC---TACAAGC
* * ** **
19791064 TTATTCAAAA-AAAAT-AT--TGATCTCCTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
19791121 ACTAAATATGTTTACTGAAACAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAA
66 AATAAATCTATTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
** * * *
19791185 TCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGC
130 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-TACAAGC
* * * * * *
19791236 TTATTCATATTAAAATAACATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
19791301 AATAAATATGTTTGA-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTGCAAA
66 AATAAATCTATTT-ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * ** *
19791365 TTGTTCTGACATTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTATTTCAATTCATACAA-A
130 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-TACAAGC
* * * *
19791415 TTATT-AAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAGA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-A
*
19791479 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAA
19791509 GCATACCTCG
Statistics
Matches: 1238, Mismatches: 241, Indels: 102
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 6 0.00
172 91 0.07
173 19 0.02
174 3 0.00
176 16 0.01
177 14 0.01
178 55 0.04
179 85 0.07
180 471 0.38
181 252 0.20
182 193 0.16
183 26 0.02
184 3 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCTACAAGC
Found at i:19790715 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 19789799--19791504 Score: 1632
Period size: 361 Copynumber: 4.7 Consensus size: 356
19789789 ACATTTTTTT
* * *
19789799 TTATTCAGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGT-AGGATATTTAA
1 TTATTCA-AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAT-TTTAA
* *
19789862 AAACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAA
63 AAA-TAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * *
19789927 ATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCATTCATACAAGCTTATTTC-AATT
126 ATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTA-TTCAAAAT
* * * * *
19789991 AAAATAAAACTAATTTATTAATATT-CAAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATCTG
189 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* *
19790055 TTT-CTTGAATAAGTTTAAATA-TTCATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
252 TTTAC-TGAACAAGTTTAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
* * *
19790118 CTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTTATACAAGC
315 C-ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTATACAAGC
* *
19790162 TTATTCAACTTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAA
1 TTATTCAA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAA
* * * * * * *
19790227 AATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAAT
64 AATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-
* * * *** *
19790292 TA-TTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAGCAATTGTCTC-ATTTCTATA-GGCTTATTTAAAATA
127 TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAATTATTCAAAATA
* ** *
19790354 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTATGAGATTTAAAAAATGGATTTATT
190 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* *
19790419 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TTCTATTTCAAATTGTTATGACAT
254 TACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGACAT
*
19790483 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
318 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-ATACAAGC
* * * *
19790523 TTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAAAAATTTTAAAA
1 TTATT-CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAA
* * * * * *
19790588 ATAAGTCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTTAAATA
65 ATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
* * * *
19790653 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAATGTTTCTGTTCATACAAATGTATTCAAAATAAAA
129 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAT-TATTCAAAATAAAA
* * * *
19790718 TAATAGTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAAATTAAATCTATTTA-
193 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
19790782 TCAAGCAAGTTTAAAT-GTTATGACTGTTTGAAAAATTATTTATTT-AAATAGTTATGACCTTTT
257 TGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTT
* * * * *
19790845 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTCTTATACAAGTT
321 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTATACAAG-C
** ** * *
19790882 TTATTTTTTGAAT-AAATAATATTAATTTACAAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTA
1 TTA---TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-
* * * * * * * *
19790945 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCATATAATTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTG
60 TAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * **
19791010 AAATCGTTATGACATTTTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAAGTTATTCAAAA
124 AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-TTATTCAAAA
* * ** *** * * *
19791074 -AAAAT-AT--TGATCTCCTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAACTAAATATGT
188 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * **
19791132 TTACTGAAACAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATCATTATG--A
253 TTACTG-AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACA
*
19791194 TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGC
317 T-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-ATACAAGC
* * * * *
19791236 TTATTCATATTAAAATAACATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAA
* * * * * * *
19791301 AATAAATATGTTTGACAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTGCAAAT
64 AATAAATCTGTTT-ACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
19791366 TGTTCTGACATTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTATTTCAATTCATACAAATTATT-AAAATAAAT
128 AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTATTCAAAATAAAA
* ** *
19791429 TAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTA
193 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTA
19791494 CTGAACAAGTT
256 CTGAACAAGTT
19791505 CAAAGCATAC
Statistics
Matches: 1101, Mismatches: 189, Indels: 110
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 4 0.00
351 11 0.01
352 90 0.08
353 77 0.07
354 80 0.07
355 19 0.02
356 1 0.00
357 19 0.02
358 22 0.02
359 72 0.07
360 161 0.15
361 207 0.19
362 186 0.17
363 135 0.12
364 13 0.01
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAA
TAAATCTGTTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTATTATACAAGC
Found at i:19793916 original size:177 final size:173
Alignment explanation
Indices: 19793629--19794117 Score: 414
Period size: 177 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
19793619 TTGTTCATAT
* ** * *
19793629 AAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAAATAATAAGAGATTTAAAA
1 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAATAATAAAAAATTTAAAA
* * * * ** * * *
19793694 AATAAATCTTTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTCATTATTTATTTCAAAT
66 AATAAATATGTTTATCAAACCAGGTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
19793759 TATTATGAATTTTTTGTTGTAAAATAATAATTTCTATTCATGC
131 TATTATGAATTTTTTGTTGTAAAATAATAATTTCTATTCATGC
* *
19793802 AAGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAAT-TCATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATT
1 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT-ATTAATATTTCAA-AA--AATAA-TAAAAAATT
* * *
19793866 TTAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGGTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
61 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGGTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * ***
19793931 CAAATTGTTATGACTTTTGTT-TTGTCATGAAA-ATTTTATTT-TAGTTCAAAT
126 CAAATTATTATGAATTTT-TTGTTGT-A--AAATA-ATAATTTCTA-TTCATGC
* * *
19793982 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATCAGT-TATTAATATTTCAAAAAATTAATAATTAAGAGAT
1 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAAA-TAATAA--AA-A-AT
* * * ** * ** *
19794046 TTAAAAAAATGAATATGTTTACCAAACAACTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTA
60 TT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGGTCAAA-TAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTA
*
19794110 TTTGAAAT
123 TTTCAAAT
19794118 CACTATAACC
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 43, Indels: 29
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 37 0.15
174 2 0.01
176 5 0.02
177 85 0.33
178 6 0.02
179 7 0.03
180 48 0.19
181 7 0.03
182 54 0.21
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAATAATAAAAAATTTAAAA
AATAAATATGTTTATCAAACCAGGTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
TATTATGAATTTTTTGTTGTAAAATAATAATTTCTATTCATGC
Found at i:19796685 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19796103--19797942 Score: 1203
Period size: 181 Copynumber: 10.3 Consensus size: 181
19796093 CAAGGTTAAC
* * * * * *
19796103 ATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTT-TTTTGTAATAAAACAGTTGTTTCA-ATTAATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACA
* ** * * *
19796166 AGTTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTT
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT
* * ** * * *
19796231 AAAAAGTGAACCTGTTTACCGAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATA
129 AAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * *
19796283 ATTATCTCTTTCAAAACATTATGACCCTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTATGTTCATACA
* * *
19796346 AGCTTTTTTC-AAATAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-A-ATT
65 AGC-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
* * ** * *
19796407 TTAAAAAATAAATCTATTT-TTTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACA
127 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
** * * *
19796462 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCATGCAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAA
* *
19796527 ACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
19796592 AAAATAAATATGTTTACCTAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATA
131 AAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * * * * *
19796643 ATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAA
* * * **
19796708 G-TTCATTTAGAAT--AA-AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTA
66 GCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
19796769 AAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATCATGTGC-ATTTGAACT
130 AAAAATAAATTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTAAACA
* ** * * * * * *
19796821 ATTATCTATTTCAAATTATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATACATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAA
** * * * * *
19796886 AATTATTCAGAATAAAACAATACCAATTTATCACTA-TCTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** * * **
19796945 AAAATTAAATGCGTTTA-CTGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTA-TTAGAACA
130 AAAAATAAATTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACA
* * * * *
19796997 ATTATCTATTTCAAATTATT-TCGACCTTTTGTTTAGTGATAAAATAATTGTTTCA-GATCATAC
1 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATAC
* ** * * * * ** * *
19797060 ATGCTTATTTGAAATATAACAACACTAATTTATTAACATT-CAGAAAATTAATAAACAAGAAATG
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * ** *
19797124 AAAAAAATAAATTTATTTATCAAATAAGTTTAAATAACTATGACTATTTAAATA
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * * *
19797178 ATTATCTATTTAAAATTATTATGACATTTTGTTTTATTACAAAACAATTGTTTCAATG--CATAC
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--ATGTTCATAC
* * * * *
19797241 AAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATA-TCACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGAT
64 AAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * *
19797304 TTCAAAAGA-AAA-TAGTTT---T----GGTTTAAATAATTACG-GTCGTTTGAACA
127 TT-AAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACA
** * * * *
19797351 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTT-TTTTGTTATAAAACAATGGTTTTTCATT-ATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTCATACA
* * * * * *
19797414 AGCCTATTCGAAAT--AA-AATA--AA-TTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGACTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *
19797473 AAAAA-AAA-TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
130 AAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * * * * *
19797523 ATTATATATTTCAATTTC-TTAT-AGCCTTTTGTTATGTTATTAAACAATTATTTCTGTTCAGAC
1 ATTATCTATTTCAA-ATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATAC
* *** * * *** *
19797586 AAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
19797651 -AAAAA-AATTTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATGTAAACA
129 AAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
** * * * * * * *
19797702 ATCCTTTATTTCAAATC-GT-TGACCTTTTATTTTATCGTAAAACAATTTTTTCA-GTTCCTA-A
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACA
* * * * * *
19797763 TAACTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAAATTATTAATCTTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATT
65 -AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * *
19797827 TAAAAAAT-AATTTAGTTTGCCAAATTAGTTCCAATAATTATGACTATTTTAACA
128 TAAAAAATAAATTT-GTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * ** *
19797881 ACTATCTTTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTATGTTCATA
19797943 TATTCTAAAA
Statistics
Matches: 1304, Mismatches: 278, Indels: 155
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 13 0.01
166 31 0.02
167 1 0.00
169 4 0.00
170 3 0.00
171 1 0.00
172 78 0.06
173 84 0.06
175 8 0.01
176 127 0.10
177 82 0.06
178 187 0.14
179 192 0.15
180 170 0.13
181 303 0.23
182 19 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
Found at i:19797188 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19797152--19797191 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
19797142 ATCAAATAAG
19797152 TTTAAATAACTATGACTA
1 TTTAAATAACTAT-ACTA
*
19797170 TTTAAATAATTAT-CTA
1 TTTAAATAACTATACTA
19797186 TTTAAA
1 TTTAAA
19797192 ATTATTATGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.43
18 12 0.57
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATAACTATACTA
Found at i:19798302 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19798121--19798447 Score: 414
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
19798111 ACTAATTTAT
* * * *
19798121 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGAGT-TCAAAATTATATCTATTTATTGAATCAGTTCAAAT-
1 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGA-TATAAAAAATATATCTATTTACTGAAGCAGTTCAAATA
* * * * *
19798183 GTTATGACTATTTGAACAATAATCTATCTCAAATTGTTATCATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAA
64 GTTAGGACTATTAGAA-AATAATCTATCTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
19798247 GTT-TTTCTA-TTCAAACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAA
128 -TTGTTT-TAGTTCAAACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAA
* * *
19798296 TAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATATAAAAAATATATGTGTTTGCTGAAGCAGTTCAAATAGT
1 TAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATATAAAAAATATATCTATTTACTGAAGCAGTTCAAATAGT
* * *
19798361 TAGGACTATTAGAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
66 TAGGACTATTAGAAAATAATCTATCTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
* *
19798426 TTTTAGTTCATACATGCTTATT
131 TTTTAGTTCAAACAAGCTTATT
19798448 AGAAATAAAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 17, Indels: 11
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.01
175 77 0.60
176 51 0.40
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATATAAAAAATATATCTATTTACTGAAGCAGTTCAAATAGT
TAGGACTATTAGAAAATAATCTATCTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
TTTTAGTTCAAACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAA
Found at i:19798309 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19798280--19798316 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
19798270 TTTGGAGTAA
19798280 AATATTGCTAAAA-TAAT
1 AATATTGCTAAAATTAAT
19798297 AATATT-CTAAAAATTAAT
1 AATATTGCT-AAAATTAAT
19798315 AA
1 AA
19798317 GAGATATAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.11
17 10 0.56
18 6 0.33
ACGTcount: A:0.57, C:0.05, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
AATATTGCTAAAATTAAT
Found at i:19798479 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19798443--19798490 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
19798433 TCATACATGC
19798443 TTATTAGAAATAAAATAATATTAAT
1 TTATTAGAAATAAAA-AA-ATTAAT
19798468 TTATTA-ACAATAAAAAAATTAAT
1 TTATTAGA-AATAAAAAAATTAAT
19798491 AAACAAGAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.27
24 3 0.14
25 13 0.59
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
TTATTAGAAATAAAAAAATTAAT
Found at i:19798787 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 19797973--19801468 Score: 809
Period size: 180 Copynumber: 19.6 Consensus size: 182
19797963 TGGAGATTTA
* * * * * *** *
19797973 AAAAATACATCTGTTTATCAAACAAGTTCAATTAGTCATGTTTATTTGAACTATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
19798038 AATTGTTATGACATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCCA-TTTATACAAA-ATTATTCA-A
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-CAGCTCATA-AAAGCTTATT-AGA
* * * ** * *
19798100 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGA-GTTC
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * * * * * * *
19798150 AAAATTATATCTATTTATTGAATC-AGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATAATCTATCTC
1 AAAAATAAATCTGTTTA-TGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * *
19798213 AAATTGTTATCATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTCTA-TTCA-AACAAGCTTATTTG
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTC-AGCTCATAA-AAGCTTATTAG
* * * ** ** * * * ** * * *
19798274 GAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAAT----AAGAGA-TATA
127 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * * * * * * *
19798325 AAAAATATATGTGTTTGCTGAAGC-AGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAA-AATTATCTATTTC
1 AAAAATAAATCTGTTT-ATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
19798388 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTAGAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTAGAAA
*
19798453 TAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTT
130 TAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * * *
19798506 AAAAATAAATCTGTTTATGGAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
1 AAAAATAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** *
19798571 AATAAAAATGACCTTTT-TTTAT-T-ATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATCT-GAA
66 AATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTAT-TAGAA
* * * * * * * *
19798632 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAA-TGATAAGCTAGAGA-TTTC
129 ATAAAATAATATTAATTTATTAACA-ATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * * * *
19798685 AAAAATAAAT-TAGTTTATTAAATCGA-TTTAAATAATTAT-AGCCATTT-AAGAATTTTCTATT
1 AAAAATAAATCT-GTTTATGAAA-CAAGTTCAAATAATTATGA-CCATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
19798746 TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACAAGCACATTCA-
63 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATT-AG
* ** * ** * **
19798810 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAGTATTCCAAGAATTAAT----AAGTGA-TTT-
127 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * ** **** * * *
19798860 AAAAAGTAAATCTGTTAATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGTTGTGTCAATAATTATCTATTTC
1 AAAAA-TAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * **** ** ** *
19798925 AAATTGA-TATTACCTTTTGTTTGGTCATGTAACAGTTGTTTTTTATCATTCAAGGATATTCA-T
65 AAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATT-AGA
* * ** *
19798988 AATAAAATAATACTAATTTATTAATC-TTTCAAAAATTAAT-AAC-TGAAAATTTT-
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAA-CAATAAAAAAATTAATAAACAAG-AAATTTTC
* * ** * * * * *
19799041 ---ACT---TAT-TTTAT--AACAA-AAC-AATAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAAT-TA-T
1 AAAAATAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATA-ATTATGACCATTTG-AACA-ATTATCTATT
* *
19799093 TCAAATAGGAACAGGTTAAGTAAACAGATTTATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-CT-A
63 TCAAAT-----CA--TT-A-T-GAC---CTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCA
* * * * * ** * * * ** **
19799156 TTATAGTCTTATTTGAAAT-AAGTCATGCTAATTTATAAATATTGCAAAAATTAATAAGTAACG-
113 TAAAAG-CTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAA-GA
**
19799219 -GGTTT-
176 AATTTTC
* * * * * *** *
19799224 AATAAATGAATATGTTGGCT-TG-AGCAA-TGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTAT
1 AA-AAATAAATCTGTT---TATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * ** *
19799286 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTATTTCTGTTTGTACAAGCTTATTTA
62 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTA-TTA
* * * * * *
19799351 G-AATAACATAAT-TCTAATTAATTAATATTTCAAAAAA-TAAT----AAGATA-TTT-
126 GAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAACA-ATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * ** * * * * *
19799401 AAAAACTAAATTTGTTTATCAATTAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-CGCATTT
1 AAAAA-TAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATC-TATTT
* *** * * * * * **
19799465 CAACTTGCTATAACCTTTT-TTTTATCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA
64 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATAAAAGCTTATTAGA
* *** * * * * * * ** *
19799528 ATTAAAATAATGCAAATTTTTTAATATTTAGATAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTA
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTTC
** * * * * * *
19799582 AAAAACTAAATCAATTTATTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTC
1 AAAAA-TAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** * * * * *
19799647 AAACCATTGTGACTTTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAT
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTAGAAA
* * *** * ** **
19799712 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-AACAAGTT-
130 TAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTTC
* * * * * * ** *
19799764 AAAAATAAATAT-TTTATCG-AATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTT
1 AAAAATAAATCTGTTTAT-GAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * ** * * *
19799827 AAATCGTTAT-ATCCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTACTCA-A
65 AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTA-TTAGA
* * * * ** * * * *
19799890 AACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTAGCAAGAGA-TTTA
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * ** * * * * *
19799944 AAAAATGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTAATTGAACAATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * **
19800009 TATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTAATTCCAAAT
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTAGAAAT
* * * * ** * **
19800074 AAAATAATATAAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATTAGTAA-AAA-TTTC
131 AAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * * * * * *
19800124 AAAAATAAATCTATTTTCTGAATAC-A-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATAT
1 AAAAATAAATCT-GTTTATGAA-ACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * *
19800187 CAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTTGG
64 CAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTAGA
* * ** ** *
19800251 AACAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAAT-AAGTA-AAATATTTA
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAACAA-TAAAAAAATTAATAAACAAGAAAT-TTTC
* * * * * * * *
19800305 AAAAATAAATGTGTTTATTAAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
19800370 AATCATTATGATCTTTT-TTTT-TTATAAAAAAATTGTTT-TGATTCATACAAGTTTATTCAG-A
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG-CTCATAAAAGCTTATT-AGAA
* ** * * ** * *
19800431 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-TGTTATAAAATTAATAAATTAGAGA-TTTA
129 ATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* *** * * * *
19800483 AAAAATAAATTTGTTTATTG-AACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTA
1 AAAAATAAATCTGTTTA-TGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
19800547 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTC-T-AAAT--TTTTATTCA---CACAAAA--TTATTTAG
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGT-TTCAGCTCATAAAAGCTTA-TTAG
* * * ** *
19800603 -AATAAAATATTATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGA-TTT-
127 AAATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * * * * ** *
19800652 AAAAACTTAATCTATTTACCG-AACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAA-TAAATCTGTTTA-TGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
19800716 TAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAG-
64 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATT-AGA
* * ** ** * * *** * *
19800779 AGTAAAATATTGCTAAAGTAATAA-TATTCTAAAATTAAT----AAGAGA-TTTA
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
** * * * * * ** * *
19800828 AAAAATAAATGAGTTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATGTATTTT
1 AAAAATAAATCTGTTT-ATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * * * * *
19800892 AAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTATTTTAGCTCATACATGTTTATTTGAAG
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTAGAAA
* * * * * * * * *
19800957 TAAAATAATACTATTTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTA
130 TAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
* * * * * *
19801010 AAAAATAAATCTATTTACTG-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTA
1 AAAAATAAATCTGTTTA-TGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
19801074 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAACTGTTTCAGTTCAT-AAAGCTTATCCA-AA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTAT-TAGAA
* * * * ** * * *** *
19801137 ATAAAATAATAGTATTTTATTAATATTTCAAAAATT-GTGAAGTTGAAGA-TTTA
129 ATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTTC
** * * **
19801190 AAAAATAAATCAATTTGTCAAATCAA-TTCAAATAATTAT-AGCCATTCAAACAATTATCTATTT
1 AAAAATAAATCTGTTTATGAAA-CAAGTTCAAATAATTATGA-CCATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * ** * * * * *
19801253 CAAATTGTTATAAACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATTATCATATAACCCTATTCGG
64 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GCTCATAAAAGCTTATTAGA
* * * ** * **
19801316 AAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGAA--TT-
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGA-AATTTTC
* * * * * * *
19801367 AAAACATAAATCTATTTACT-ACAAC-AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGCACAATTATTTATT
1 AAAA-ATAAATCTGTTTA-TGA-AACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATT
* * *
19801430 TCAAATTATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATT
63 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
19801469 TACTGAACTA
Statistics
Matches: 2535, Mismatches: 604, Indels: 358
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 20 0.01
170 81 0.03
171 12 0.00
172 7 0.00
173 32 0.01
174 25 0.01
175 216 0.09
176 293 0.12
177 195 0.08
178 206 0.08
179 179 0.07
180 534 0.21
181 398 0.16
182 212 0.08
183 41 0.02
184 31 0.01
185 1 0.00
186 2 0.00
187 4 0.00
189 1 0.00
190 3 0.00
191 2 0.00
192 4 0.00
193 6 0.00
194 24 0.01
195 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
AAAAATAAATCTGTTTATGAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTAGAAAT
AAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTC
Found at i:19799629 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19797942--19807185 Score: 3606
Period size: 181 Copynumber: 50.9 Consensus size: 180
19797932 TTTTGTTCAT
*** * * * * *
19797942 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATACATCTGTTTATCAAACAAGTTCAATTA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* ** * * * * * *
19798007 GTCATGTTTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCACAAAACAA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
** * **
19798072 TTGTTTCCATTTATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
19798123 ATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGAGTTCAAAATTATATCTATTTATTGAATCAGTTCAAAT
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
* * * * * * *
19798183 -GTTATGACTATTTGAACAATAATCTATCTCAAATTGTTATCATC-TTTGTTTTGTCATAAAATA
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* * ** * * * ** *
19798246 AGTT-TTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATA
129 A-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** * **
19798298 ATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATATAAAAAATATATGTGTTTGCTGAAGCAGTTCAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * *
19798359 GTTAGGACTATTAGAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACA
* ** *
19798422 ATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
129 ATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** ** * * ** *
19798474 ACAATAAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTTTAAAAATAAATCTGTTTATGGAACAAGTTCAAA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAA
* * **** *
19798538 TATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAAAATGACC-TTT-TTTTATTATAAAAC
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * * *
19798601 AATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTA
128 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
19798654 ATATT-TCAAAAAATGATAAGCT-AGAGATTTCAAAAATAAAT-TAGTTTATTAAAT-CGATTTA
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTAAATAAG-TTCA
* * * * * * *
19798715 AATAATTAT-AGCCATTT-AAGAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
62 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAA-TTACTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * ** *
19798778 AATAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCACA-TTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTA
125 AACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
19798834 GTATTCCAAGAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTAAATCTGTTAATCAAATTAGTTCAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* ** * * * * * * * ** ** *
19798895 ATTATGGTTGTGTCAATAATTATCTATTTCAAATTGATATTACCTTTTGTTTGGTCATGTAACAG
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * **
19798960 TTGTTT-TTTATCATTCAAGGATA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTATTA
130 TTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
19799011 ATCTT-TCAAAAATTAATAACTGAAA-ATTT------T-ACT-TATTT-TATAACA-AA--AC-A
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TAA-ATAAGTTCAA
* * * * * *
19799061 ATAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGGAACAGGTTAAGTAAACAGATTTA
63 ATA-GTTATGACTATTTG-AACA-ATTACTATTTCAAAT-----C--GTT-A-T-GAC---CTT-
* * ** * * * * *
19799125 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACT-ATTA-TAGTCTTATTTGAAAT-AAGTCATGCTAA
111 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA-TACAAG-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
*
19799187 TTTATAA
174 TTTATTA
** * * * * * ** * ** *
19799194 ATATTGC-AAAAATTAATAAGTAACGGGTTTAATAAATGAATATGTTGGCTTGAGCAA-TGCAAA
1 ATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATTAAATAAGTTCAAA
* * * *
19799257 TAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCACAAAA
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* ** * * *
19799321 CAATTATTTCTGTTTGTACAAGCTTATTT-AGAATAACATAATTCTAATTAATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
19799375 ATATT-TCAAAA--AATAA-TAAGATATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCAATTAAGTTTAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * * * * *
19799436 GTTATAACTATTTGAACAATTACGCATTTCAACTTGCTATAACCTTTT-TTTTATCATAAAATAA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTAC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * *
19799500 TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGCAAATTTTTTA
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
19799551 ATATT-TAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACTAAATCAATTTATTAAATAAGTTCAAA
1 ATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAA
* * * * * *
19799615 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAACCATTGTGACTTTTTGTTTTATCATAAAAC
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * *
19799680 ATTTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTA
128 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * **
19799733 ATATTTTGATAATTAATAAGTAAAACAAGTT-AAAAATAAATAT-TTTATCGAATAAGTTCAAAT
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
* * ** * *
19799796 AGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTTAAATCGTTAT-ATCCTTTTGTTTCATCATAAAAC
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* ** * * * *
19799860 AATTGTATCAATTCATATAGGCTTA-CTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTA
128 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * **
19799913 ATATTCTAAAAATTAATTAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * * * *
19799978 GTTATGGCTAATTGAACAATTATCTATTTCATATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * *
19800043 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTAATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTGATTA
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * *
19800094 ATATTCCAAAAATTAATTAGTAAAA-ATTTCAAAAATAAATCTATTT-TCTGAATACA-TTCAAA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TAAATA-AGTTCAAA
* * * * * * *
19800156 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACC
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* ** *
19800221 AATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTATTA
128 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ***
19800274 AAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTAAGCGAGTTCAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * * * *
19800339 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTT-TTATAAAAAAA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
*
19800402 TTGTTT-TGATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
130 TTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
19800453 ATGTTAT-AAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
** * * * * * * *
19800517 GCCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTC-T---A-A
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACA
* * ** * *
19800577 A-T-TTT-TATTCACACAAAATTATTT-AGAATAAAATATTATTAATTTATTA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** *
19800626 ATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTTAATCTATTTACCGAACT-AGTTCAAAT
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTAAATAAGTTCAAAT
* * * * *
19800686 AGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACA
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* * * * ** *
19800750 ATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAAGTAATA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * **
19800802 ATATTCT-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTGTTGAACCAA-TTCAAA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATT-AAATAAGTTCAAA
* ** * * * * *
19800860 TAGTTAAGACTATTAAAACAATTATGTATTTTAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAAT
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * * * *
19800925 AATTATTT-TAGCTCATACATGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTATTTTACTA
128 AATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
19800978 ATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAAT
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
* * *
19801043 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACA
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* * * * *
19801108 ACTGTTTCAGTTCATA-AAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATAGTATTTTATTA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * *
19801159 ATATT-TCAAAAATT-GTGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTGTCAAATCAA-TTCAA
1 ATATTCT-AAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAAT-AAGTTCAA
* * ** * * * *
19801221 ATAATTAT-AGCCATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTG-TTTGTCATAAA
63 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * *
19801284 ACAATTGTTTAT-TATCATATAACCCTA-TTCGGAAT-AAA-AATACTAATTTATTA
126 ACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
19801337 ATATT-TGAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAACATAAATCTATTTACTACAA-CAGTTCAAT
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTA-AATAAGTTCAAA
* * * ** * * * *
19801400 TAGTTATAACTATTTGCACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAAT
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * * * * * * *
19801465 AATT-TACTGAACTAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTA-T
128 AATTGT--T--TCT-GTTC--ATA--CAAGCTTATTT-CA-AATAAAATAATACTAAT--TTATT
19801528 A
180 A
* *** **** * * ** ** ** * * **
19801529 ACATT-T--TGTTTTGCCA-TAAAACAATTATTTATGTTCATCCAAGTTTATTCAGAACAAAAT-
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAAATAAAT-CTA-TTTATT-A-AATAAGTTC
* * * * *** * * ** ***
19801589 AATATTAATCTAAT-AATAGTATGAA-AATTAATAACTAAGAGAT-TTATAAAATAAATTTG-TT
61 AA-A-TAGT-T-ATGACTA-TTTGAACAATTACT-A-TTTCAAATCGT-TATGA-CCTTTTGTTT
** * * * * * * *
19801650 TGCCA-AACTAGATCAAATAGTTAAGGCTATATGAATA-ATTATC-TATTTCAAAT--AGTTATA
117 TATCATAA--A-A-C-AATTGTT---TCTGT-T-CATACA--AGCTTATTTCAAATAAAATAAT-
* * *
19801710 AC-ATTTTGTTTT
169 ACTAATTT-ATTA
* * * * ** * * **** **
19801722 GTCGTTATGACCATTTATCA-TAAAAGAATTGT-TTCTATTGATAC-AGTATTATTCAAAATAAA
1 AT-ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT-TAAAAAATAAAT-CTA-T-TTATT--AAAT-AA
* * * * * * * ** * * *
19801784 GTAATGCTAAT--CTATCAATATTTTAAAAATTAATAAGT--AATGGATTTAAAAAATGAATCTG
57 GT--T-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTATTTCAAATCG--TT-----ATG-ACCTT
*** ** * ** * * *** ** *** *
19801845 TTGGCCTGGC-CAATGCAAATGATTATGATTGTTTGGACAATTATCTATTTCAAA-ATGTTATTA
111 TTGTTTTATCATAAAACAATTG-TT-T--CTGTTCATACAA-GCT-TATTTCAAATAAAATAATA
*
19801908 CCT--TTTGTT-
170 -CTAATTTATTA
* * * * * * *
19801917 TTGTTACAAAACAATTATTTCTATTCA-TACAAACTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATT
1 ATATT-CTAAA-AATTA-----A-TAAGTA-AAA--GATT-TAAA-AA-ATAAATCT-ATTTATT
** * * * * *
19801981 AATATTTTAAAAAT-AAATAAG-TAAGA-GATTTAAAAACAGAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
51 AA-A---T-AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTT--GAAC--AA------T-T---ACTATTTCA
* * * **
19802043 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTT-TG-TCAT
96 AATCGTTATGACCT-TTTG-----TT---T-TATC--A----TAAAAC-AATTGTTTCTGTTCAT
* ** * * * * * * * *
19802105 ATAATATTTTTTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTCAATTA
144 A-CA-AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT--ATTA
* ** * * * * * * * * * **
19802145 AAATAATACAAATTTATTAACATTCAAACAATTAATAAGTGAAAAT-T-TTAAAAAAATGAATTT
1 ATATTCTA-AAAATTAAT-A-AGTAAAAGATTTAAAAAAT--AAATCTATTTATTAAAT--A---
* * *
19802208 ATTTACTGAATAAGTTCA--AATAGTTATG-ACAATTTGAACAATTTTTATTTCAAATCGTTATG
56 AGTT-C-AAAT-AGTT-ATGACTA-TT-TGAACAA-TT--AC------TATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
19802270 A-CTTTTGGCTTTGTAT--TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAGGTTTATTT-AGATTAAAATA
106 ACCTTTT-G-TTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATA
* * *
19802331 ACATTAATTAATTA
167 ATACTAATTTATTA
* * * ** ** * * * *
19802345 ATATTTTGACAATTAATTTGTAAAA-ATTTTTTAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAAT
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
19802409 AGTCATAACTATTTGAATAATTATCCATTTTAAATTGTTATAACATTTTCTTTCATCATAAAACA
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* *** * *
19802474 ATTGTATCAACTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
19802526 ATATT-TCCAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAGAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
** ** * * * * *
19802590 AGTTATGACTATTCAAACAATTTTTTTATTTCAAGTTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT
65 AGTTATGACTATTTGAACAA--TTACTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * *
19802655 AGTTGTTTCTATTCATTCAAGCTTA-TTCTAAATAAAATAACA-TAAATTTATTA
128 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * * * *
19802708 ATATTTTGACAATTAATAAGTAACAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
* * * * * * * ** * *
19802772 AGTCATAACAATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCTTAAAA-A
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* * * * * *
19802836 ATTATTTCAGTTCATATACGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACAAAGTTATTA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * * * * *
19802888 ATATTTTGAAAATTAATAATTAAGACATTT-AAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATTTAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * * * * **
19802952 GTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATTA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* *
19803017 TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * *
19803068 ATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAA
1 ATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAA
* * * * * * *
19803131 TCGTTATGACTATTTGAA-AATTTATTTATTTCAATTTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
64 TAGTTATGACTATTTGAACAA-TTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * ** *
19803195 GAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTT-GGATGAAAATAATATTAATTTATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** * *
19803249 ATATT-TCAACAATAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTACAAAT
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
* * * * ** * * *
19803312 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAGTTCAATTCATTATGACCTTTTACTTTGTAATAAAATA
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* * * *
19803377 ATTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
19803429 ATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTCCTTACCTAACA-AA-TTCAA
1 ATATTCTAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTAA-ATAAGTTCAA
* * * * * * * *
19803491 ATAGTTATGACTGTCTAAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * ** *
19803556 CAATTAGTTT-TATTCGTGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-GTAAATTTATTA
127 CAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * *
19803610 AT-TTTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTCTAGAAAATAAAAGCTATTTTTTGAACACA-TTCA
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAAT-AAATCTATTTATTAAATA-AGTTCA
* * * *
19803671 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AA
62 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * **
19803735 GCTAATTGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
126 AC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** * *
19803791 ATATTC-CAAAATTAATAACTAAAAGATTTAACAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * **
19803855 GTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * ** *
19803920 CTGCTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTA
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * *
19803971 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * * * * ** *
19804036 GTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGAGATTTTGTTTTATCGTAAAACAA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* ** *
19804101 TTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATACAATAATACTAATTTATTA
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** * *
19804152 GTATT-TCAATAATTAATAAG----AGATTTAAAGACTAAATC-ACTTTACCCAACT-AGTTTAA
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-TTAAATAAGTTCAA
* * * * * * *
19804210 TTAGTTATGACTACTTAAACAATTA-TGTATTCAAATCCTTATGA--TATTTGTTTTGTCCTAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTAT-TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAA
* * * * * * * *
19804272 ACATTTGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTGCTAAATGAATA
126 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
* * **** *
19804327 ATATTCTAAAAATTAATAAGT--AAGACTTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCCCATCCAGTTCAAA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAAT-AAGTTCAAA
* * * ** * *
19804389 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAATTCTTACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* * ** * * *
19804453 TAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATTATACTAATTTATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *** * * *
19804507 ACA-T-TAGAAAATTAATAAGCAAAATATTTTTTTAAA-AAATCTATTTACTGAAGT-AGTTTAA
1 ATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTAAATAAGTTCAA
* * * *
19804568 ATAGTTATGATTATTTGGACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * *
19804633 CAATTGTTTCAGTTCATA-AA-ATT-TTGTCCAAAATAAAACAATATTACTTTATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-T-C-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * ** *
19804687 AT-TTTTAAAAATTGATCAA-TTAGAGATTTGAAACATAAAT-TAGTTTATCGAATTAGTTCAAA
1 ATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTAAATAAGTTCAAA
* * * * *
19804749 TAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAA
64 TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* ** * * * **
19804813 CAATTATTT-TCATCATACTATCCTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * **
19804866 ATATT-TCAAAAAATAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTGTTGAACCAA-TTCAAA
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT-AAATAAGTTC-AA
* * * * *
19804929 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAATTTTC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAA--ATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
19804993 AACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATGTAATA
125 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * **
19805049 ATATTCTAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATA
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* ** * * * ** * *
19805114 ATTATGGTTATATGAACAATT-CTTTATCTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCGA-AAAAT
66 GTTATGACTATTTGAACAATTAC--TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC-ATAAAAC
* * *
19805177 AACTT-TTT-TAGTTCTTACTAA-CTTATTT-AGAATAAAATAA-AATAAAATTATTA
128 AA-TTGTTTCT-GTTCATAC-AAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * * *
19805230 ATATT-TCAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATAT-TGTTTGCTGAACTGA-TTTA
1 ATATTCT-AAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTT-ATTAAATAAGTTCA
* * * * *
19805291 AATAATTATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
62 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * * * *
19805356 ACAAATATTTTTGCTT-AAATAAG-TT-TGTTCAGAATTAAATATTATTAATTTATTA
126 ACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTAT-TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
19805411 ATATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT--GTTCAAT
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAA-TAAGTTCAAA
* * * * * * *
19805473 TAGTTATAACTATTTGTACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAAC
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * *
19805538 AATTTGTTTTTATTCATAC-GGTCTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTA
128 AA-TTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * ** * *
19805592 ATATT-TCAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGTA-T-GACCAGTGCGA
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TATTAAATAAGTTCAA
* * * * *
19805654 ATAGTTATGACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * *
19805718 CAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTA-TTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * ** *
19805772 ATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATGAATCTATTCATTGAGCAAGTTCAAAA
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAAT
* *** * * * *
19805836 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACT
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* ** * * * * *
19805901 ATTTTTTCTACTCATACAAACTTATTTCAAATAGAACAATACAAATTTGTTA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
19805953 ATATTC-AAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTCTATTTACCT-AATAAGTTCAAA
1 ATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTAAATAAGTTCAAA
* * * *
19806016 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTGT-AAATCATTAT-AACTTTTCG-TTTGTCATAAA
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAA
* * * *
19806078 ACTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAA-TTATTA
126 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
19806132 ATATT-TAGACAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTA-TAGAACAAGTCCAAA
1 ATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTA-AATAAGTTCAAA
* * * * ** ** *
19806195 TAGTGATAACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTCCTTATAAAA
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAA
* * ** * * ** *
19806260 CAACTG-TACT-TTCATTTAGGTTTA-TTCAAAATAAAATACCACTAACTTATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** **
19806312 ATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCCCTTTACCAAATAAGTTCAAA
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAA
* ** * * *
19806376 TAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTTATTTTGTCACAAAA
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAA
* * *
19806441 CAATTGTTTCTGTCCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTATTA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
19806495 ATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATATATATATTT-TCTGAACACGTTCAAG
1 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TAAATAAGTTCAAA
* * * * * *
19806557 TAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTATTTTGTCAT-AAAC
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * *
19806621 TAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTA
128 -AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * ** * *
19806675 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGCTCAAATG
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * * * *
19806740 GTTATGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTATGTTTTGTCATAAAACAA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * *
19806805 TTGTTTCTATTCGTACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** ** *
19806856 ATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAGCAAGTTCAAATG
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
19806921 GTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTT-GCTGTAAAATA
66 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC-ATAAAACA
**
19806985 ATTGTTTCTGTTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * **
19807037 ATATTTTGAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAACTAAATCAATTT-CCAAACT-AGTTCAAAT
1 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAA-TAAGTTCAAAT
* * * *
19807096 AGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA-TTTTTAG-TTTGTCATAAAA
65 AGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAA
* * * *
19807158 CAATTATTTTTTTTCATATAAGCTTATT
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
19807186 CGGATTAAGA
Statistics
Matches: 6887, Mismatches: 1651, Indels: 1055
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 13 0.00
170 78 0.01
171 8 0.00
172 10 0.00
173 44 0.01
174 25 0.00
175 313 0.05
176 379 0.06
177 284 0.04
178 266 0.04
179 444 0.06
180 1648 0.24
181 2075 0.30
182 499 0.07
183 185 0.03
184 37 0.01
185 8 0.00
186 2 0.00
187 8 0.00
188 16 0.00
189 19 0.00
190 11 0.00
191 16 0.00
192 21 0.00
193 22 0.00
194 31 0.00
195 31 0.00
196 44 0.01
197 81 0.01
198 9 0.00
199 13 0.00
200 20 0.00
201 28 0.00
202 17 0.00
203 8 0.00
204 8 0.00
205 5 0.00
206 10 0.00
207 6 0.00
208 5 0.00
209 2 0.00
210 3 0.00
211 3 0.00
212 3 0.00
213 9 0.00
214 5 0.00
215 1 0.00
216 5 0.00
217 25 0.00
218 3 0.00
219 8 0.00
220 14 0.00
221 9 0.00
222 5 0.00
223 7 0.00
224 9 0.00
225 9 0.00
226 1 0.00
227 7 0.00
228 4 0.00
229 4 0.00
230 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTACTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
Found at i:19800023 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 19797950--19801468 Score: 2136
Period size: 361 Copynumber: 9.8 Consensus size: 359
19797940 ATATATTCTA
** * * * * * ***
19797950 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATACATCTGTTTATCAAACAAGTTCAATTAGTCATGTT
1 AAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAA-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
19798015 TATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCC
64 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
* ** *
19798080 ATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-
129 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
19798143 ---AGAGTTCAAAATTATATCTATTTATTGAATCAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATA
193 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * * * *
19798204 ATCTATCTCAAATTGTTATCA-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTCTATTCAAACAAGC
258 ATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGC
** * * ** ** * *
19798267 TTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTCTA
322 TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TT
* * * * * * * **
19798306 AAAATTAATAAG---AGATATAAAAAATATATGTGTTT-GCTGAAGCAGTTCAAATAGTTAGGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAA-TAATTCAAATAGTCATAAC
*
19798367 TA-TTAGAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT
64 TATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * ** *
19798429 TAGTTCATACATGCTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACAATAAAAAAATTAATAAA
127 CAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
19798494 CAAGAA-ATTTTTAAAAATAAATCTGTTTA-TGGAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAC
192 TAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * * *
19798557 AATTATCTATTTAAAATAAAAATGAC-CTTT-TTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAA
254 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * *
19798620 AGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA
319 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-T
* * * * ** * * * * *
19798662 AAAAATGATAAGCTAGAGATTTCAAAAATAAAT-TAGTTTATTAAATCGATTTAAATAATTATAG
1 AAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCGAAT-AATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
19798726 CCATTT-AAGAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
63 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * * * *
19798790 AGTTTATACAAGCACATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAGTATTCCAAGAATTAATAAGT
128 AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * ** * * * *
19798855 ----GATTTAAAAAGTAAATCT-GTTAATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGTTGTGTCAATAAT
193 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * ** ** * * *
19798915 TATCTATTTCAAATTGA-TATTACCTTTTGTTTGGTCATGTAACAGTTGTTT-TTTATCATTCAA
257 TATTTATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAA
** * * * *
19798978 GGATATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA
320 GCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-T
* ** * ** *
19799019 AAAATTAATAACTGAAA-ATTT------TACTTAT-TTTAT--AACAAAAC-AATAGGTTATAAC
1 AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAATTCAAATA-GTCATAAC
* * * * *
19799073 TATTTGAAATAGATAAT-TA-TTCAAATAGGAACAGGTTAAGTAAACAGATTTATTGTTTTGTCA
64 TATTT-AAACA-ATTATCTATTTCAAAT-----C--GTT-A-T-GAC---CTT-TTGTTTTATCA
* * * * * * * * *
19799136 TAAAATAATTGTTTCTACT-ATTA-TAGTCTTATTTGAAAT-AAGTCATGCTAATTTATAAATAT
113 TAAAACAATTGTTTCAATTCA-TACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * ** * ** *
19799198 TGC-AAAAATTAATAAGTAACGGGTTTAATAAATGAATATGTTGGCTTGAGCAA-TGCAAATAGT
176 T-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-TAAATAAGTTCAAATAGT
* * * * *
19799261 TATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCACAAAACAAT
239 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAT
* ** * * * *
19799325 TATTTCTGTTTGTACAAGCTTATTTAGAATAACATAAT-TCTAATTAATTAATATTTC
303 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTT
* * * * *
19799382 AAAA--AATAA-TAAGATATTTAAAAACTAAATTTGTTTATC-AATTAAGTTTAAATAGTTATAA
1 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAA-TTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
19799443 CTATTTGAACAATTA-CGCATTTCAACTTGCTATAACCTTTT-TTTTATCATAAAATAATTTTTT
63 CTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
19799506 CTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATGCAAATTTTTTAATATT-TAGATAATTAATA
127 CAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATA
* *
19799569 AGTAAAAGATTTAAAAAACTAAATCAATTTATTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
190 AGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
19799634 AATTATTTATCTCAAACCATTGTGACTTTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTTTTGTTCATACA
254 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* *
19799699 AGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
319 AGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
* * *
19799740 GATAATTAATAAGTAAAACAAGTT-AAAAATAAATAT-TTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATA
1 -AAAATTAATAAGT-AAA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAA-TTCAAATAGTCATA
* ** * * *
19799803 ACTATTTGAGTAATTATCTATTTTAAATCGTTAT-ATCCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTA
62 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
19799867 TCAATTCATATAGGCTTACTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTA
126 TCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
19799932 GCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTAATTGAACAA
191 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * *
19799997 TTATCTATTTCATATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
256 TTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * **
19800062 CTAATTCCA-AATAAAATAATATAAATTGATTAATATTCCA
321 CTTATT-CAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TT
* * * * * *
19800102 AAAATTAATTAGTAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTT-TCTGAATACATTCAAATAGTCATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAATA-ATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
19800166 TATTTGAATAATTATCTATATCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT
64 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
** * * * *
19800231 GCTCATACAAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTA
129 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * *** *
19800296 AAATATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTAAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
194 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *
19800361 TTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTT-TTTT-T-ATAAAAAAATTGTTT-TGATTCATACAAGT
259 TTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGC
* * *
19800422 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTAT
322 TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * **
19800460 AAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGCCATGTC
1 AAAATTAAT-AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAA-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
19800525 CATTTAAACTATTATCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTC-T---A-AATT-TTT-
64 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * *
19800583 -ATTCACACAAAATTATT-TAGAATAAAATATTATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
128 AATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
19800646 ----AGATTTAAAAACTTAATCTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAA
192 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
19800706 TTATTTATTTTAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAG
256 TTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * ** ** * *
19800770 CTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAAGTAATAATATTCT
321 CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
* * * *
19800809 AAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGA-GTTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTA-AGA
1 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-TAATTCAAATAGTCATA-A
* * * * * * * *
19800869 CTATTAAAACAATTATGTATTTTAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTATTTT
63 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * * * * *
19800934 AGCTCATACATGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTATTTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAGC
128 AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * *
19800999 AAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
193 AAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
19801064 TATCTACTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAACTGTTTCAGTTCATA-AAGC
257 TATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
* * * * *
19801128 TTATCCAAAATAAAATAATAGTATTTTATTAATATTTCA
322 TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-T
* * * * * * *
19801167 AAAATT-GTGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTGTCAAATCAATTCAAATAATTATA
1 AAAATTAAT-AAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAAT-AATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
19801230 GCCATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT
62 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
19801294 -ATTATCATATAACCCTATTCGGAAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATG
127 CAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * * *
19801355 AGTAAGAGAATTAAAACATAAATCTATTTACTACAA-CAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGCAC
190 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
19801419 AATTATTTATTTCAAATTATTATGA-TCATTTGTTTTGTCATAAAATAATT
254 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTATCATAAAACAATT
19801469 TACTGAACTA
Statistics
Matches: 2449, Mismatches: 558, Indels: 310
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
344 2 0.00
345 79 0.03
346 18 0.01
347 13 0.01
348 76 0.03
349 76 0.03
350 11 0.00
351 97 0.04
352 135 0.06
353 3 0.00
354 8 0.00
355 68 0.03
356 150 0.06
357 252 0.10
358 249 0.10
359 183 0.07
360 192 0.08
361 488 0.20
362 177 0.07
363 16 0.01
364 107 0.04
365 5 0.00
366 1 0.00
367 4 0.00
368 5 0.00
369 5 0.00
370 6 0.00
371 19 0.01
372 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAATTCAAATAGTCATAACTA
TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAT
TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
TCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
Found at i:19800819 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19800779--19800811 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
19800769 GCTTATTCAG
19800779 AGTAA-AATATTGCTAA
1 AGTAATAATATTGCTAA
19800795 AGTAATAATATT-CTAA
1 AGTAATAATATTGCTAA
19800811 A
1 A
19800812 ATTAATAAGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.62
17 6 0.38
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
AGTAATAATATTGCTAA
Found at i:19801491 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 19801394--19801554 Score: 207
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
19801384 ACTACAACAG
* * ** * * *
19801394 TTCAATTAGTTATAACTATTTGCACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCA-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGCC
*
19801458 ATAAAATAATTTACTGAACTAA
65 ATAAAACAATTTACTGAACTAA
* * *
19801480 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGCCA
19801545 TAAAACAATT
66 TAAAACAATT
19801555 ATTTATGTTC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 11, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.05
86 60 0.95
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (86 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGCCA
TAAAACAATTTACTGAACTAA
Found at i:19803118 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 19801466--19814670 Score: 5975
Period size: 542 Copynumber: 24.4 Consensus size: 538
19801456 TCATAAAATA
* * *
19801466 ATTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCGTTATA
1 ATTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * * *
19801529 ACATTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCATCCAAGTTTATTCAGAACAAAATAATAT
64 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATAT
* * * * * * * * * * *
19801594 TAATCTAATAATAGTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTATAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
128 AAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTA-AAAATAAATATATTTACTAAA
* * * * * * *
19801657 CTAGATCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTT
190 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-A-A---TCTTT
* * * * *
19801721 TGTCGTTATGACCATTTATCATAAAAGAATTGTTTCTA-TTGATAC-AGTATTATTCAAAATAAA
249 TGT--TT-TG--------TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAA
* * * * * *
19801784 GTAATGCTAATCTATCAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTG
301 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTT-AAAAATAAATCTGTT-
** ** * * * * * *
19801848 GCCTGGCCAA-TGCAAAT-GATTATGATTGTTTGGACAATTATCTATTTCAAAATGTTATTACCT
363 TACTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * * * *
19801911 TTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAACATAATTCTAAT
427 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATAAT
*
19801976 TTATTAATATTTTAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAACA-GAATCT
491 TTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATGAATCT
* * * * *
19802025 GTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAA
1 ATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * *
19802089 CTTTTTGTTTTGTCATATAATATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAC
65 CATTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAT
* * * * *
19802154 AAATTTATTAACA-TTCAAACAATTAATAAGTGAAAATTTTAAAAAAATGAATTTATTTACTGAA
128 AAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAATTTT--AAAAATAAATATATTTACTAAA
* * * * * *
19802218 TAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGGCTT
190 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTT-GTTT
* * ** * * * * * * *
19802281 TGT-ATTAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAGGTTTATT-TAGATTAAAATAACATTAATTAATT
254 TGTCA-TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * * *
19802344 AATATTTTGACAATTAATTTGTAA-AAATTTTTTAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAA
317 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAA--TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * * * * * *
19802408 TAGTCATAACTATTTGAATAATTATCCATTTTAAATTGTTATAACATTTTCTTTCATCATAAAAC
380 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * *
19802473 AATTGTATCAACTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAA
445 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAA
* *
19802538 TTAATGAGTAAGAGATTTAAGAAATGAATCT
508 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
** * * *
19802569 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTTTTTTATTTCAAGTTGTTATGA
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * *
19802634 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATTCAAGCTTATTCTAAATAAAATAACATA
65 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATATA
** * *
19802699 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAA
* * * * * * *
19802764 GTTCAAATAGTCATAACAATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTC
193 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
19802829 TTAAAA-AATTATTTCAGTTCATATACGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAAGTTATTAATATT
258 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
19802893 TTGAAAATTAATAATTAAGACATTTAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATTTAAATAGTTATG
323 TTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** *
19802958 ATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATTATTTTTT
388 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
19803023 CTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATA
453 CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATA
* * *
19803086 AGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATTT
514 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * *
19803111 GTTTACTGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAA-AATTTATTTATTTCAATTTGTTATAA
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * ** *
19803175 CTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGGATGAAAATAATATT
65 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATATA
* * * *
19803240 AATTTATTAATATTTCAACAATAAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAA
* * * * * * ** *
19803304 GTACAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAGTTCAATTCATTATGACCTTTTACTTTGTA
193 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTC
* * * *
19803369 ATAAAATAATTTTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
258 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * ** *
19803434 CCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTCCTTACCT-AACAAATTCAAATAGTT
323 TTAAAAATTAATA-AGTAAGA-AATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *** * * *
19803497 ATGACTGTCTAAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
385 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-
* * *** * *
19803562 GTTT-TATTCGTGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGTAAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAA
449 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAA
* * *
19803626 TAAGTAA-A-ATTCTAGAAAATAAAAGCT
512 TAAGTAAGAGATT-TAAAAAAT-GAATCT
** *
19803653 ATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
1 ATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * * * **
19803717 CCA-TTTGTTTTGTCATAAGCTAATTGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATATGGAATAAAATAATAC
65 -CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATA-
* * * * *
19803781 T-AATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAACTAAAAGA-TTTAACAAATAAATCTGTTTACCAAA
127 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAA-AAATAAATATATTTACTAAA
* * * * *
19803843 CAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTT
190 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTT
* * ** * * * *
19803908 ATCATAAAACAACTGCTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAA
255 GTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
19803972 TATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATA
319 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * ** ** *
19804036 GTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGAGATTTTGTTTTATCGTAAAACAA
382 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
** * * * * *
19804101 TTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATACAATAATACTAATTTATTAGTATTT--CAA-TA
447 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAATTA
* * *
19804163 ATTAA-TAAGAGATTTAAAGACTAAATC-
511 A-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
** * * * * * * **
19804190 ACTTTACCCAACTAGTTTAATTAGTTATGACTACTTAAACAATTATGTA-TTCAAATCCTTATGA
1 A-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * *
19804254 TA-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCT
65 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAAT-AT
* * * * * * * * ** * *
19804318 AAA-TGAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGACTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCCATCC
128 AAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACA
* * * * * * * *
19804381 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAATTCTTACCTTTTGTTTAGT
192 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
19804446 CATAAAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATTATACTAATTTATTAACA-
257 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * ** *
19804510 -TTAGAAAATTAATAAGCAA-AATATTTTTTTAAA-AAATCTATTTACTGAAGTAGTTTAAATAG
322 TTTA-AAAATTAATAAGTAAGAA-A--TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
19804572 TTATGATTATTTGGACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
383 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* ** * * * * * *
19804637 TGTTTC-AGTTCATAAAATTTTGTCCAAAATAAAACAATATTACTTTATTAATTTTTAAAAATTG
448 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAATTA
* * * *
19804701 ATCAA-TTAGAGATTTGAAACATAAAT-T
511 AT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
** * * * *
19804728 AGTTTA-TCGAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
1 A-TTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * *
19804791 GAGC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TCA-TCATACTATCCTATTGGAAATAAAATAA
63 GA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAA
* * * * * * **
19804853 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTGTTG
125 TA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAATAAATATATTTACT-
* * * * *
19804917 AACCAA-TTCAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAATTTTC-TTATAACCTTT
187 AAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA--ATCATTATAATCTTT
* * *
19804980 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATG
249 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
19805044 TAATAATATTCTAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTC
313 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* ** * * * * ** *
19805109 AAATAATTATGGTTATATGAACAATTCTTTATCTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCGA-A
377 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATC-ATA
* * * * * *
19805173 AAATAACTT-TTT-TAGTTCTTACTAA-CTTATTTAGAATAAAATAAAATAAAATTATTAATATT
441 AAACAA-TTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT
*
19805235 TCAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATATT
502 T-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-CT
* * * * * * * **
19805273 GTTTGCTGAAC-TGATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTAAAATCATTATGA
1 ATTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * * * * * * *
19805337 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGCTT-AAATAAGTTTGTTCAGAATTAAATATTAT
65 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATAT
* ** * * * * *
19805401 TAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC-
128 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACA
* * * * * * *
19805465 TGTTCAATTAGTTATAACTATTTGTACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGT
192 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGT
* * * * *
19805530 CATAAAACAATTTGTTTTTA-TTCATAC-GGTCTTATTC-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTA
257 CATAAAACAA-TT-ATTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
19805592 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGTA-TG-ACCAGTGCGA
318 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTT-AAAAATAAATCTGTT--TACTGAACAAGTTCAA
* * * * *
19805654 ATAGTTATGACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAA
379 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * *
19805718 CAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAA
444 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTT-AAAA
*
19805783 ATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATGAATCT
507 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * ** *
19805815 ATTCATTGAGCAAGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAAC
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * *
19805880 CTTTTTTTTTGTCATAAAACT-ATTTTTTCTACTCATACAAACTTATTTCAAATAGAACAATACA
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATATA
* * * *
19805944 AATTTGTTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTCTATTTACCT-AAT
129 AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT-AAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA-CTAAAC
*
19806007 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTGT-AAATCATTATAA-CTTTTCG-TT
191 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATAATCTTTT-GTTT
* * ** * *
19806069 TGTCATAAAACTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATATTAA-TTATTA
254 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
19806132 ATA-TTTAGACAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTA-TAGAACAAGTCCAAA
318 ATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAA
* * * * * ** *
19806195 TAGTGATAACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTCCTTATAAAA
380 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAA
* * ** * * ** *
19806260 CAACTG-TACT-TTCATTTAGGTTTATTCAAAATAAAATACCACTAACTTATTAATATTTCAAAA
444 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAA
* *
19806323 ATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCC
507 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCT
* ** * * **
19806356 CTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAC
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-
* * * * * * * *
19806421 CTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATT
65 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATATA
* * * * * *
19806486 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATATATATATTTTCTGAACACG
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAG
* * * *
19806551 TTCAAGTAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAA-CTTTTATTTTGT
194 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AATCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
19806614 CAT-AAACTAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATA
257 CATAAAAC-AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
19806678 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGCTCAAATGGT
321 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
19806742 TATGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTATGTTTTGTCATAAAACAATT
384 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * *
19806807 GTTTCTATTCGTACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
449 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAA
* * *
19806872 TAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
512 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * * **
19806899 ATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATGGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
1 ATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** *
19806963 CATTTTGTTTTG-CTGTAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAC
65 CATTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATA-
** *
19807027 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AAA-TTTAAAAACTAAATCA-ATTT-CCAAA
127 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAA-TAAAT-ATATTTACTAAA
* * *
19807085 CTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGAT-TTTTAG-T
190 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAATCTTTT-GTT
*** * * * * *
19807147 TTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTCATATAAGCTTATTCGGATTAAGATAATAC-AA-AT-TTA
253 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
19807209 ATA----AAAAA-TAACT-A-T--G-----T-----T---T-TG--T-C-GAATCAA-TTTAAAT
318 ATATTTTAAAAATTAA-TAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * *
19807246 AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATT-AAATTATTTTGACCTTTTG-TTTAGTCCTAAAA
381 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* * *** * * *
19807309 CAATTATTTCAATTCATACAAG-TTATTTGTAATAAAATAATACTTATTTATTAACATTAGAAAA
444 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAA
* * * *
19807373 ATTAATAAGCACGAGATTTAAAAAAATAAATTT
507 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCT
* * * * * * *
19807406 GTTTACCGAACAAGCTCAAACA--AATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * **
19807469 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATA-T
* * * * *
19807533 --A--TATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAATAGA-TTTAAAAACTAAAGT-TATTT-TTCGA
128 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-TAAA-TATATTTACT-AA
* ** * * ** * * *
19807591 ACCAGTTCAAATAGTTACAAATATTTGAACAAATATAAATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTT
189 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTT
* ** ** * *
19807655 TGTCATAAAATAATTATTTTTGAGCATACAAGCTTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATA
254 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
19807719 ATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-GATTTAAAAATAAATGC-ATTTGCCAAATCAA-TTTAAAT
318 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAAT-CTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAA-
* * * * *
19807779 TA-TTGA-GTCTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGATT-T-ACCTTTTG-TTTAGTCATAA
380 TAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAA
* * * * * * *
19807839 AATAATTGTTTC-AGTTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAA
442 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TA
* * * *
19807903 AAAATTAATAAGCAAGACATTTGAAAAAATATAAATTT
504 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAA-ATGAATCT
* * * *
19807941 TTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA-
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * **
19808005 ACTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
66 A-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATA-
* * * * * **
19808069 T-ACTTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTTTTGAA
127 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATA-TTTACT-AA
* * * * * * * **
19808132 TC-AGTTTAAATAATTATAGCCAATTT-AACAATTAACTATTTCAAATCATTATTATCTTTCATT
189 ACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTT
* *
19808195 TTGTCATAAAACAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTACTT-GAAATAAAATCGTTAGTACTTT
253 TTGTCATAAAACAATTA--TTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA----TAATAC---
** * *
19808257 TTGTTTTGTCATAAATAATTATTTTCCAACCTACAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
308 -T-AATT-T-AT---TAA-TATTTT---A---A-AA----A-TT--AAT-AAGTAAGA--AATTT
** ** * ** * ** * * *
19808322 ATTAATATTTCAAGAATTAGTAGGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACCGAACTAGTTCAA-A
348 AAAAATAAATC-TG--TT--TA-CTGA---ACAAGTTCAAATA-G-TTA-TG-ACTATTTGAACA
* * * *
19808385 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAAA
400 -A-TTAT--CTATTT---CAA--AT-T-GTT---A-TG-----ACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * *** * *
19808450 AATTATTTCTATTCATATAAG-TGTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAA
445 AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAAA
* * * *
19808514 ATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCC
507 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * * * * *
19808546 GTTGT-C-AAACCAA-TTCAAACAATTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCATATCGTTATG
1 ATT-TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
19808608 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAA
64 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATA
* * * * * * * *
19808672 CT-AATTTTTTAATATTTCAAAATTTTATAAG---ACATTTAAAAAATAATTCTATTTA-TCGAA
127 -TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACT-AAA
* * * ** * *
19808732 CCAGTTCAAATAAG-TATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATCATTTTTTGTTT
190 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTT
* * * * * * *
19808796 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCACATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
254 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * *
19808861 TA-TTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATCTATTTACCAAACTATTTCAAATA
319 TATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * ** * * * *
19808924 GTTTTGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCAATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAA
382 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * ** * * *
19808989 TTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTT
447 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATT
* ** * * * *
19809054 AACAAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCC
510 AA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * * * * ** * *
19809084 AATTACCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTATGAATGATTATCAATTTCAAATTGTTATGAA
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * ** * *
19809149 ATTTT-ATTT-T-AT--TATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAA
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATATAA
* * * * *
19809209 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC-TG
130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAG
* * * *** * * * * *
19809273 ATTCATATGGTTAAGACTATCAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTC
194 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
19809338 ATAAAATAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATATTAATGTATTAAAATT
258 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * *
19809403 CAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTAT
323 TTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
19809468 AACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCGTAAAACAATTGTT
387 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* ** *
19809533 T-TAGTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAA--TA-T--T-TCT-AAAATTAATA
452 TCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAATTAATA
* *
19809589 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAAAT-T
514 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-GAATCT
* * * ** ** * * * * * * * *
19809614 GTCTGCCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTATTTTAAATCGTTATGAT
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * *
19809679 GTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATA-TA
* * * * * *
19809742 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACC
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-TAAATATATTTACTAAACA
* * * * *
19809807 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCAATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTG
192 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTG
* * * * * * * ** * **
19809870 TTATAAAATAGTTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAGTAGC
256 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
19809934 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTAACCAAACTAGTTCAAATAGT
320 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
** * * * * * * * * * *
19809999 TAAAACTATTAGAATAATTGTCTATTGCAAATCGTTTTGAAC---T-TTTAAGTCATAAAATATT
384 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAT
*** * * * *
19810060 TGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAACTCTAATATATTAACATTTAAAAAATT
448 TGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * *
19810124 AATAAGTAAGAAATTTGAAAAATTAAATTT
510 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCT
* * * * *
19810154 GTTTA-TCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CGTATTTAAAATTATTATG
1 ATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATG
* * * * * **
19810217 ACA-TTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
64 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATA
* * * * * * * * * *
19810280 CT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCATGAGATATAAAAAAGTAAATATGTTTTCTGA
127 -TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAA-TAAATATATTTACTAA
* * * * * * *
19810344 ACAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
189 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTT
* * * * *
19810409 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAAACAAGCTTATCTC-AAATAAAATAAAAATAATTTATTA
254 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
19810473 ATATTATGAACATTAATAAGTAA-ATGATGTAAAAAGTGAAT-TGGTTAACTGAATCAA-TTCAA
318 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAA-TAAATCT-GTTTACTGAA-CAAGTTCAA
* * * * * * ** * * *
19810535 ATACTTATGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAGAA
379 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * *
19810600 TAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCCTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
444 CAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAA
* * * *
19810664 AAATAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATCT
506 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * ** * * *
19810697 ATTTAC----C-A----AACTAG-T-T-CCTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATCGTTATAAC
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * ** **
19810750 CTTTTGTTCTATTATAACATAATTGTTT-TAGTTTGTACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACT
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATA-T
* * * * * * * * * * *
19810814 -AATTTAGTAATTTTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTT-GTGAAGC
128 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATATTTACT-AAAC
* * * * ** * *
19810877 -AGCTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
191 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTG
* * *
19810941 TCATAAAACAATCATTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCAAATTTATTAAT
256 TCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
19811006 A-TTTAGGAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAGTGAATCTATTTAATAAATC-ATTTCAAATA
320 ATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * ** * * ** **
19811065 ATTATGACCATTTCAACAATTATCAATTTTAAATCATTATTACCGTTTGTTTGGTCATGTAACAA
382 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-A
* * ** * * * *
19811130 ATAT-TTTTTA-TCATTCAAGCTTATTCGGAATAAAATGATACTTATTTATTAATCTTCAAAAAC
446 AT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAAAAA-
* *
19811193 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATAT
508 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* ** * * ** * *
19811223 GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAAC
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * *
19811288 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TCATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACT
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATA-T
* * * * * * * *
19811352 -AATCTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAA--TTAAAAATAAATTTGTTCACTGAAC
128 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAAC
* * * * * * *
19811414 TAGTTCAAATATTTAAGACTATAAT-AACAATTATCTATTTTAAAAT-GTTATGA-CATTTTGTT
191 AAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAATC-TTTTGTT
* * * * * * *
19811476 TTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTTATACTAGCTTGTTC-AAATTAAAGTAA-AATGAATTTAT
253 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * * * *
19811539 TAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTGTGTTTACCT-AACCAA-CTG
316 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT--AAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTC
* * * * ** * *** * * *** *
19811602 AAACAATTATGAATAAAGTAAAACGAATTTAT-TAATATTTAAAAAATTA-GTCAGTAAGAGATT
377 AAATAGTTATGACT--ATTTGAAC-AA-TTATCT-AT-TTCAAATTGTTATGAC-CT-TTTGTTT
* * * ** * * **
19811665 TA--AAAAAATAATTTTATTTACCTAACCA-ACTCAAACAATTATTACTATTTGAAAAATTATCT
434 TATCATAAAACAA--TTGTTT--CTATTCATA--CAAGC--TTATT-CAAAAT--AAAA-TA---
* * * * ***** * ** * * ** *
19811727 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTTTTATAAAAAATATATTTTTATTTATAT-AAGT-T
484 ATAT--AAT--TTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTA-AAAAATGAA-TCT
* * * * * * ***
19811788 -TGTTA-GGAATAAAG-T-AATACTAATCTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGAGATTT-AAA-
1 AT-TTACTGAA-CAAGTTCAA-A-TAGT-TATGACTA-TTTG-AA-C-AATTATCTATTTCAAAT
*** * * **** * * * ** * ***
19811847 AAATA-AATC-TATTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATT--TGACAA-ATTATTTGTT
57 TGTTATGA-CAT-TTTGTTTTGTC-A-TAAAATAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTAAA
* ** ** * ** * * ** *
19811907 TCAAATTGT-TAAGACCTTT-TGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGGCTTATTC
117 TAAAATAATATAA-A--TTTAT-TAATATT-TCAAA-AATT-AAT-AAGT-A-A-A-AATT-TTA
* * * *** * * * * * *** *
19811970 GAATTAAA-ATA-GTACTAATTTA-TT--AATA-TTTTGAC-A-ATCAATAAGTAAAAAATTTTA
169 AAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCA
*** * * * ** *
19812027 AA--A--ATAA---AAGGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTCTA-TTCTTACAAAATTATTCAAAA
233 AATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * *
19812083 TAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AGTAAG-AATTTAAAAATTAAATTTG
297 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATCTG
* * * ** *
19812143 TTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATTA
361 TTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * **
19812206 TC-TTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAGTACAACATTGT-
424 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AA-ATAATA
* * * * *
19812269 TAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGT
487 TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * * * *
19812322 GTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTTTGAC
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * *
19812387 CTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-TTTATTTGAAATAAAATAATACT
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTT-AAATAAAATAATA-T
* * * * **
19812451 -AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA-AAAATAATATTATAAAATAAATATGTTTACCGAA
128 AAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AATTTTA-AAAATAAATATATTTACTAAA
* * * * * * *
19812513 CAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATGTGACCTTTT-TTGT
190 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTT-T
* * * * * *
19812577 T-T--T-----AATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTA-TCTGAAAGAAAATAATATTACTTTATTA
254 TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * ** * *
19812633 TTATTTCAAAAATTAATAAGTTATAGATTTAAAAA-AAGTCAATTTA-TCAA-ATTGGTTCAAAT
318 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTCAAAT
* * * ** * * *
19812695 AATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAACTTTTATTTTGTCATAAAAC
381 AGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * *** *
19812759 AATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATACTATAAATTTATTAAT-TTTCAAAA
445 AATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTT-AAAA
* *
19812822 ATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT-ATATTT
507 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGA-ATCT
* * * * *
19812854 GTTTACCGAAC-----C----AG--AT-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AA
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * ***
19812906 ACTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTT-TAGTTTATTTTAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
66 A-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATA-
* * * * * * * **
19812970 T-AATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTT-TAAA-AAATCTATTTTTTAAA-
127 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAAC
* * * * *
19813031 ATAGTTCAAATAGTTAAT-ACT-TTATGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
191 A-AGTTCAAATAGTT-ATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTT
* * * * *
19813094 TTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTA
253 TTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** ** * * *
19813159 ATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAGTGATTTGAAAAATGAATTTATTTACTGAATC-AGTTCAAAT
318 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * * * * * ** ** **
19813222 AATTAT-AGTCATGTCAACAAATATCCATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTGGTCATATGAC
381 AGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * *
19813286 AATTGTTTTTGA-TCATTCAAGCATATTCGAAATAAAATAATATAATTTGTTAATCTTTCAAAAA
445 AATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTT-AAAAA
* * *
19813350 TTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAAATAAATAT
508 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCT
* ** ** * * ** * ** * *
19813379 GTTTACCAAACTTGTTTAAATAGATACAACTATTT-AAGCAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAA
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * *
19813443 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
65 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATATA
* * * * * * *
19813507 AATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAA--TTAAAAAAAAATTTGTTTGCTAAAC
129 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAAC
* * ** *
19813569 CAGTTCAAATATTTGA-GACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG--TT
191 AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTT
* * * * * * *
19813631 GTCATAAAATAAATT-TTTCTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAAGAA-AATAATTTT
255 GTCATAAAA-CAATTATTTC----AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTT
* * * *
19813694 ATTATTATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAGTTCA
314 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCA
* * * * ** *
19813754 AATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTGCAAATCATTGCAACCCTTAAAACAAATGTTTT
378 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTG------TTATGAC----CTTTT
* * * * * * * * *
19813819 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGCTTTTTCGAAATAAAGTGATATTAATCTA
430 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTA
* *
19813883 TTAATATTTCAAAAATT-A-AA--AAGATGTTTTAAAAAATAAATCT
494 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATGAATCT
* ** * * **
19813926 ATTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTTTTTTATTTCAAATCATTATG
1 ATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * ** *
19813990 ACATTTT-TTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTGTATTAATAC
64 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATA-
* ** * * * * * *
19814054 T-AATTTATTACTATTTTGACAATTAATAAGTAAACAATTTAAAAAATAAATATGTTCATTGAAC
127 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAAC
* * * * * ** ** *
19814118 TAGATCAAATAATCATGATTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTT
191 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-TTTTGTTTT
* * * * *
19814182 ATCATAAAA-AATTTATTTCAGTTTC-TATAAGCTTATT-GAAATAAAATAAGACTAAGTTAGTA
255 GTCATAAAACAA-TTATTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * ** * *
19814244 ATGTTATAAAAATTAATAATTAA-AAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAATT
318 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * *** * * **
19814308 AATTATGACTATTTCAACAATTACCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATG
381 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* ** * * **
19814373 ATT-TAGTCTATTTGTACAAGCCTATTTC-AAAT-AAATAATACAAATTTATTAATA-AAAAGAC
446 ATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAA-A-
* ** *
19814434 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACAAATAT
506 AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCT
* * ** * * * *
19814468 GTTTGCCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTATGA-
1 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * *
19814532 TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAGTCATACAAGCTTATACTGATTAAAAT-A-AT--
66 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATATAA
* * * * * ** *
19814593 A-TTATTAATATTTCGATAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAACAAATAAATATGTTTTTTGAACAA
130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAA-AAATAAATATATTTACTAAACAA
*
19814657 ATTCAAATAGTTAT
193 GTTCAAATAGTTAT
19814671 TTGAAATGGA
Statistics
Matches: 9743, Mismatches: 2184, Indels: 1460
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
502 22 0.00
504 1 0.00
505 88 0.01
506 77 0.01
507 193 0.02
508 10 0.00
509 2 0.00
510 5 0.00
511 2 0.00
512 1 0.00
514 6 0.00
515 5 0.00
516 1 0.00
517 3 0.00
518 57 0.01
519 12 0.00
520 102 0.01
521 13 0.00
522 9 0.00
523 5 0.00
524 9 0.00
525 47 0.00
526 85 0.01
527 261 0.03
528 32 0.00
529 85 0.01
530 166 0.02
531 183 0.02
532 236 0.02
533 166 0.02
534 320 0.03
535 315 0.03
536 320 0.03
537 478 0.05
538 555 0.06
539 364 0.04
540 559 0.06
541 696 0.07
542 1367 0.14
543 649 0.07
544 594 0.06
545 146 0.01
546 42 0.00
547 123 0.01
548 134 0.01
549 76 0.01
550 29 0.00
551 69 0.01
552 18 0.00
553 19 0.00
554 9 0.00
555 13 0.00
556 22 0.00
557 31 0.00
558 11 0.00
559 86 0.01
560 77 0.01
561 44 0.00
562 14 0.00
563 54 0.01
564 32 0.00
565 14 0.00
566 11 0.00
567 19 0.00
568 30 0.00
569 19 0.00
570 40 0.00
571 14 0.00
572 6 0.00
573 9 0.00
574 2 0.00
575 6 0.00
576 16 0.00
577 1 0.00
578 10 0.00
579 3 0.00
581 2 0.00
582 1 0.00
583 2 0.00
584 8 0.00
585 5 0.00
586 5 0.00
587 2 0.00
588 7 0.00
589 6 0.00
590 1 0.00
591 7 0.00
592 1 0.00
594 3 0.00
596 7 0.00
597 2 0.00
598 4 0.00
599 10 0.00
600 91 0.01
601 3 0.00
602 1 0.00
603 1 0.00
604 118 0.01
605 14 0.00
606 6 0.00
607 1 0.00
608 79 0.01
609 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATATAAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATGAATCT
Found at i:19803400 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 19801739--19807208 Score: 4088
Period size: 361 Copynumber: 15.2 Consensus size: 359
19801729 TGACCATTTA
* * * ** * * * *
19801739 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTGATAC-AGTATTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATCTATCAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * ** ** *
19801803 ATTTTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCTGGCCAA-TGCAAAT-G
64 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATT-TACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
19801866 ATTATGATTGTTTGGACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATTACCTTTTGTTTTGTTACAAAACA
128 -TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * *
19801930 ATTATTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAA
191 ATTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * *
19801994 TAAATAAGTAAGAGATTTAAAAACA-GAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
253 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ***
19802057 TTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTG
316 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * * *
19802101 TCATATAATATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAAC
1 TCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
19802166 A-TTCAAACAATTAATAAGTGAAAA-TTTTAAAAAAATGAATTTATTTACTGAATAAGTTCAAAT
64 ATTTCAAA-AATTAATAAGT-AAAAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
19802229 AGTTATGACAATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGGCTTTGT-ATTAAAA
126 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCA-TAAAA
** * * * * * * ** *
19802291 TAATTGTTTTTGTTCATACAGGTTTATTT-AGATTAAAATAACATTAATTAATTAATATTTTGAC
189 TAATT-TTTTCATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
** ** * * * *
19802355 AATTAATTTGTAAAA-ATTTTTTAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATAACT
251 AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * **
19802419 ATTTGAATAATTATCCATTTTAAATTGTTATAACATTTTCTTTCA
315 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * **
19802464 TCATAAAACAATTGTATCAACTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
19802529 TTTCCAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAGAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
65 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
** * * * ** * *
19802594 ATGACTATTCAAACAATTTTTTTATTTCAAGTTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT
130 ATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * ** *
19802659 GTTTCTATTCATTCAAGCTTA-TTCTAAATAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTTTGACAATT
194 TTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * * *
19802722 AATAAGTAACAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACAATTT
255 AATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
19802786 CAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAA-TATTTTGTTTTG
319 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTG
* * * * * * *
19802827 TCTTAAAA-AATTATTTC-AGTTCATATACGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAAGTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * * * *
19802890 ATTTTGAAAATTAATAATTAAGACATTT-AAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATTTAAATAGT
64 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * *** * * *
19802954 TATGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATTATT
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
19803019 TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AAGACAATT
194 TTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-A-AATT
* * * * *
19803082 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTG
255 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * **
19803147 AA-AATTTATTTATTTCAATTTGTTATAACTTTTTGTTTTG
320 AACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * *
19803187 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGGATGAAAATAATATTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
19803252 TTTCAACAATAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTT
65 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * ** *
19803316 ATGACTATTTGAATAATTATCTAGTTCAATTCATTATGACCTTTTACTTTGTAATAAAATAATTT
130 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT
* *
19803381 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-
195 TTTCA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAAT
* * * ** * * * *
19803445 AGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTCCTTACCT-AACAAATTCAAATAGTTATGACTGTCTAA
258 A-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * *
19803509 ACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGA-TCATTTGTTTTG
321 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTG
* * *
19803548 TCATAAAACAATTAGTTT-TATTCGTGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-GTAAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * **
19803611 TTTTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTCTAGAAAATAAA-AGCTATTTTTTGAACACA-TTCAA
63 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATA--TATTTACTGAACA-AGTTCAA
* ** * **
19803672 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAGC
124 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * ** *
19803737 TAATTGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
189 TAATT-TTTTCATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* * ** * *
19803802 TTAATAACTAAAAGATTTAACAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATT
253 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
19803867 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTA
318 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTG
* * * *
19803909 TCATAAAACAACTGCTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * *
19803974 -TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
65 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** * * *
19804038 CATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGAGATTTTGTTTTATCGTAAAACAATT
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* ** * * *
19804103 GTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATACAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAATAATTA
194 TTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * ** ** * * * * *
19804167 ATAAG----AGATTTAAAGACTAAATCACTTTACCCAACTAGTTTAATTAGTTATGACTACTTAA
256 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
19804228 ACAATTATGTA-TTCAAATCCTTATGA-TATTTGTTTTG
321 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * ** * * * * *
19804265 TCCTAAAACATTTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAATGAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * *
19804330 -TTCTAAAAATTAATAAGT--AAGACTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCCATCCAGTTCAAATAG
65 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
19804392 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAATTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * *
19804457 TATTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATTATACTAATTTATTAACATT-AGAAAATTA
193 TTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTA
* * *** * ** * *
19804521 ATAAGCAAAATATTTTTTTAAA-AAATCTATTTACTGAAGTAGTTTAAATAGTTATGATTATTTG
256 ATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
19804585 GACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTA
320 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* ** * *** * * *
19804625 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAATTTTGTCCAAAATAAAACAATATTACTTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * **
19804689 -TTTTAAAAATTGATCAA-TTAGAGATTTGAAACATAAAT-TAGTTTA-TCGAATTAGTTCAAAT
64 ATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACT-GAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
19804750 AATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
126 AGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * **
19804814 AATTATTTTCA-TCATACTATCCTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
190 AATT-TTTTCATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* ** * * **
19804878 ATAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTGTTGAACCAA-TTCAAAATAGTTATGACTA
253 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTC-AAATAGTTATGACTA
* * * *
19804942 TTTGAACAATTATATATTTTAATTTTC-TTATAACCTTTTGTTTTG
316 TTTGAACAATTATCTATTTCAA--ATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * *
19804987 TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * *
19805052 -TTCTAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAAT
65 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
** * * * * ** **
19805116 TATGGTTATATGAACAATTCTTTATCTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCGA-AAAATAAC
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAA-
* * *
19805180 TTTTTT-AGTTCTTACTAA-CTTATTT-AGAATAAAATAA-AATAAAATTATTAATATTTCAAAA
192 TTTTTTCA-TTCATAC-AAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAA
* * * * *
19805241 ATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATAT-TGTTTGCTGAAC-TGATTTAAATAATTATGAC
252 ATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGAC
* * * *
19805303 TATTTGAACAAGTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
314 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * * * *
19805349 TCATAAAACAAATATTTTTGCTT-AAATAAGTTTGTTCAGAATTAAATATTATTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * * *
19805413 ATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC-TGTTCAATTAG
64 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
19805476 TTATAACTATTTGTACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-
* * * *
19805541 TTGTTTTTATTCATAC-GGTCTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAA
192 TT-TTTTCATTCATACAAG-CTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
** * * * * *
19805604 TTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGTA-TG-ACCAGTGCGAATAGTTATGACTG
253 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT--TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
19805667 TTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTA
316 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * *
19805710 TCACAAAACAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
19805775 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATGAATCTATTCATTGAGCAAGTTCAAAAAGTT
65 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
19805840 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACT-ATT
130 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATT
* * * * * *
19805904 TTTTCTACTCATACAAACTTATTTCAAATAGAACAATACAAATTTGTTAATATTCAAACAATTAA
194 TTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAA
* * * * *
19805969 TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTCTATTTACCT-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
257 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* *
19806033 ACAATTATTTATTGT-AAATCATTATAACTTTTCG-TTTG
321 ACAATTATCTATT-TCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * *
19806071 TCATAAAACTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAA-TTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
19806135 TTT-AGACAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTA-TAGAACAAGTCCAAATAG
65 TTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAG
* * * * * ** * *
19806198 TGATAACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTCCTTATAAAACAA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * ** * * ** *
19806263 -CTGTACTTTCATTTAGGTTTA-TTCAAAATAAAATACCACTAACTTATTAATATTTCAAAAATT
192 TTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * ** ** * *
19806326 AATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCCCTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTACTT
255 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
19806391 GAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTTATTTTG
319 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTTGTTTTG
* * * *
19806433 TCACAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
19806498 TTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATATATATATTTTCTGAACACGTTCAAGTAGTT
65 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
19806562 ATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAACTAATT
130 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * *
19806626 GTTTC-TGATCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
194 TTTTCAT--TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATT
* * * * *
19806689 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGCTCAAATGGTTATGACTATATG
255 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
19806754 AACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTATGTTTTG
320 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACT-TTTTGTTTTG
* * *
19806794 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
19806859 -TTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATG
65 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACTGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * *
19806921 GTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTG-CTGTAAAATA
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATA
* * ** **
19806985 ATTGTTTCTGTTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA
191 ATTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* ** ** * *
19807049 TTAATAAG---AA-ATTTAAAAACTAAATCAATTT-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATT
253 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
*
19807109 TGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA-TTTTTAG-TTTG
318 TGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACTTTTT-GTTTTG
* * * * * * * *
19807150 TCATAAAACAATTATTTTTTTTCATATAAGCTTATTCGGATTAAGATAATACAAATTTA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTA
19807209 ATAAAAAATA
Statistics
Matches: 4078, Mismatches: 844, Indels: 378
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 17 0.00
355 123 0.03
356 130 0.03
357 63 0.02
358 123 0.03
359 135 0.03
360 547 0.13
361 1176 0.29
362 990 0.24
363 630 0.15
364 137 0.03
365 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTT
TTCATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
Found at i:19806598 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19806551--19806598 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
19806541 TCTGAACACG
*
19806551 TTCAAGTAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTAT
*
19806570 TT-AAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
19806586 TTCAAATAGTTAT
1 TTCAAATAGTTAT
19806599 GAACTTTTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
0.78 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 9 0.36
18 8 0.32
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAGTTATACTAT
Found at i:19807659 original size:507 final size:505
Alignment explanation
Indices: 19806735--19808231 Score: 1233
Period size: 507 Copynumber: 2.9 Consensus size: 505
19806725 GAGCAAGCTC
* * * * *
19806735 AAATGGTTATGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTATGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTATGTTTAGTCATAA
* * * * **
19806800 AACAATTGTTTCTATTCGTACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
66 AACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAGAA
* * * *** *
19806865 AAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAGCAAGTTCAAATGGTCATGTCC
131 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAGCAAGCTCAAA-GCAAATGACC
* * * *
19806930 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCTGTAAAATAATTGTTTCTG
195 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCTATAAAACAATTATTTCAG
* * **
19806995 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAA
260 TTCACACAAAATTATCCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA
* ** * * **
19807060 TTTAAAAACTAAATCAATTTCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATC
324 TTTAAAAACTAAATCAATTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTACAAATATTTGAACAAATATAAATC
* * *** *
19807125 TTAAATCATTATGATTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTCATATAAGCTTATTCGGA
389 TCAAATCATTATGATCTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAGCATACAAGCTTATTCGGA
* *
19807190 TTAAGATAATACAAATTTAATAAAAAATAACTATGTTTTGTCGAATCAATTT
454 TAAAAATAATACAAATTTAATAAAAAATAACTATGTTTTGTCGAATCAATTT
* * * *
19807242 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATT-AAATTA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCCT
1 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAT-TTCAAA-TAGTTATGACCTTATGTTTAGTCAT
* * *
19807305 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAG-TTATTTGTAATAAAATAATACTTATTTATTAACATTAG
64 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAG
* ***
19807369 AAAAATTAATAAGCACGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGCTCAAA-CAAATG
129 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAATTTACC-AAGCAAGCTCAAAGCAAATG
* * *
19807432 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTATT
192 ACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCT-ATAAAACAATTATT
*
19807496 TCAGTTCACA-AAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT-A-TATTAATATTTCAAAAATTATTAA
256 TCAGTTCACACAAAA-TTATCCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
19807558 GCAATAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTTTCGAACCAGTTCAAATAGTTACAAATATTTGAACAA
320 G--A-A-ATTTAAAAACTAAA-TCAATTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTACAAATATTTGAACAA
* *
19807623 ATATAAATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGAGCATACAAGC
380 ATATAAATCTCAAATCATTATGATCTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAGCATACAAGC
*
19807688 TTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGGATTTAAAAATA
445 TTATTCGGATAAAAATAATAC---------AA-ATTT----AA-TAA-AA-A--A--T--AACT-
* * *
19807753 AATGCATTTGCCAAATCAATTT
486 -ATG-TTTTGTCGAATCAATTT
* * * * * *
19807775 AAATTA-TTGAGTCTAT-TAGAATAATTATATATTTCAAATCGATT-T-ACCTTTTGTTTAGTCA
1 AAA-TAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATAG-TTATGACCTTATGTTTAGTCA
* * * * ** *
19807836 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
63 TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
* *** ** *
19807900 CA-AAAAATTAATAAGCAAGACATTTGAAAAAATATAAATTTTTTTATTGAA-CAAGTTCAAATA
127 -AGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAA-ATAAATCAATTTA-CCAAGCAAGCTC-AA-A
** * * *
19807963 G-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA-ACTTTTGATTTG-TCATAAAA
185 GCAAATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGCT-ATAAAA
* * * * *
19808025 CAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAA
248 CAATTATTTCAGTTCACACAAA-ATTATCCAAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTCAAA
* * * * *** * * * * *
19808089 AATTTATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTAGTTTTTTGAATCAGTTTAAATAATTATAGCCA
311 AA--T-TAA-TAAGAAATTTAAAAACTAAATCA-ATTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTACA--AA
* * *
19808154 -ATTT-AAC-AAT-TAACTATTTCAAATCATTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTT
369 TATTTGAACAAATATAA--ATCTCAAATCATTATGATCTTT-AGTTTGTCATAAAACAATTATTT
* *
19808215 TTCAACATACAAGCTTA
431 TTGAGCATACAAGCTTA
19808232 CTTGAAATAA
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 109, Indels: 98
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
502 22 0.03
504 7 0.01
505 88 0.11
506 66 0.08
507 205 0.25
508 6 0.01
516 2 0.00
517 4 0.00
521 2 0.00
522 3 0.00
523 2 0.00
524 1 0.00
526 1 0.00
528 1 0.00
530 3 0.00
532 44 0.05
533 94 0.12
534 11 0.01
535 20 0.02
536 2 0.00
537 98 0.12
538 3 0.00
539 6 0.01
540 74 0.09
541 41 0.05
542 3 0.00
543 2 0.00
544 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (505 bp):
AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTATGTTTAGTCATAA
AACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAGAA
AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAGCAAGCTCAAAGCAAATGACCA
TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCTATAAAACAATTATTTCAGT
TCACACAAAATTATCCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATT
TAAAAACTAAATCAATTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTACAAATATTTGAACAAATATAAATCTC
AAATCATTATGATCTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAGCATACAAGCTTATTCGGATA
AAAATAATACAAATTTAATAAAAAATAACTATGTTTTGTCGAATCAATTT
Found at i:19807838 original size:683 final size:684
Alignment explanation
Indices: 19806557--19807891 Score: 1426
Period size: 683 Copynumber: 1.9 Consensus size: 684
19806547 CACGTTCAAG
* * *
19806557 TAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAACT
1 TAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTATTTAGTCATAAACT
* * * *
19806622 AATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTCCAAAAA
66 AATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAACATTACAAAAA
* * * ***
19806687 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGCTCAAATGGTTATGACTATA
131 TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGCTCAAA-GCAAATGACTATA
* * * *
19806752 TGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
195 TGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
** * ** * * * *
19806817 GTACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAG
260 ACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAG
** * **
19806882 ATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAGCAAGTTCAAATGGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTA
324 ATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAGCAAGTTCAAATGGTCAAAT-CATTTGAACAAATATAAA
* * * * **
19806947 TTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCTGTAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTC
388 TCTAAAATCATTATGACA-TTTATTTTGCTATAAAATAATTATTTCTGAGCATACAAAATTATTC
* **
19807012 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCAA
452 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCAA
* * * *
19807077 TTTCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCATTATGATTT
517 TTTCCAAACTAATTCAAATAGTTATGATTATTAGAACAATTATATATCTTAAATCATTATGACTT
*** * * * *
19807142 TTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTCATATAAGCTTATTCGGATTAAGATAATACAAATT
582 TTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAGAATAAAATAATACAAATT
19807207 TAATAAAAAATAACTATGTTTTGTCGAATCAATTTAAA
647 TAATAAAAAATAACTATGTTTTGTCGAATCAATTTAAA
* * * * *
19807245 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATATT-AAATTA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCCTAAA
1 TAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTAT-TTCAAA-TAGTTATGAACTTTTATTTAGTCAT-AA
*** * *
19807308 AC-AATTATTTC-AATTCATACAAG-TTATTTGTAATAAAATAATACTT-ATTTATTAACATTAG
63 ACTAATTATTTCTAA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACA-TTAATTTATTAACATTAC
** *
19807369 AAAAATTAATAAGCACGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAAA-CAAATGA
126 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGCTCAAAGCAAATGA
* * *
19807433 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
190 CTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
*
19807498 -AGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT-A-TATTAATATT-TCAAAAATTATTAAG
255 TA-TTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
19807559 CAATAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTTTCGAA-CCAGTTCAAATAGTTACAAAT-ATTTGAACA
318 CAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTACCAAGCAAGTTCAAAT-GGT-CAAATCATTTGAACA
* *
19807622 AATATAAATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTG-TCATAAAATAATTATTTTTGAGCATACA
380 AATATAAATCTAAAATCATTATGA-CATTTATTTTGCT-ATAAAATAATTATTTCTGAGCATACA
** ** *
19807685 AGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGGATTTAAA
443 AAATTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AATTTAAA
* *
19807749 AA-TAAATGC-ATTTGCCAAA-TCAATT-TAA-A-TTATTGAGTCTATTAGAATAATTATATAT-
506 AACTAAAT-CAATTT-CCAAACT-AATTCAAATAGTTA-TGA-T-TATTAGAACAATTATATATC
* *
19807807 TTCAAATCGATT-T-ACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATT
565 TT-AAATC-ATTATGA-CTTTTAGTTT-GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAACTTATT
* *
19807869 TAGAATAAAATAATACTAATTTA
626 CAGAATAAAATAATACAAATTTA
19807892 TTAACATTCA
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 89, Indels: 55
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 3 0.01
681 7 0.01
682 95 0.18
683 169 0.32
684 14 0.03
685 5 0.01
686 88 0.17
687 49 0.09
688 95 0.18
689 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (684 bp):
TAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTATTTAGTCATAAACT
AATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAACATTACAAAAA
TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGCTCAAAGCAAATGACTATAT
GAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
CAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCAATTTACCAAGCAAGTTCAAATGGTCAAATCATTTGAACAAATATAAATCT
AAAATCATTATGACATTTATTTTGCTATAAAATAATTATTTCTGAGCATACAAAATTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCAATTTC
CAAACTAATTCAAATAGTTATGATTATTAGAACAATTATATATCTTAAATCATTATGACTTTTAG
TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAAT
AAAAAATAACTATGTTTTGTCGAATCAATTTAAA
Found at i:19808242 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19807210--19808244 Score: 675
Period size: 176 Copynumber: 5.8 Consensus size: 178
19807200 ACAAATTTAA
* * * * * *
19807210 TAAAAAATAACTATGTTTTGTCGAATCAATTTAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAAT-TATTTT-TCGAA-CAGTTCAAATAATTATAGACTATTTGAACAATTAACTAT
* * * * *
19807274 ATT-AAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCCTAAAACAATTA--TTTCAATTCATACAAG-TTAT
63 -TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAA--CATACAAGCTTA-
* * *
19807335 TTGTAATAAAATAATACTTATTTATTAACA-TTAGAAAAATTAATAAGCACGAGATT
124 TTGAAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
19807391 TAAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACAAGCTCAAACAA--AT-GACTATTTGAACAATTATCTA
1 T-AAAAAATAAATTAT-TTT-TCGAAC-AGTTCAAATAATTATAGACTATTTGAACAATTAACTA
* * * *
19807452 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTC-ACA-A-AAACTTA
62 TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT---TTCAACATACAAGCTTA
** * * *
19807514 TCCAAAATAAAATAATACTA--TATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAATAGATT
124 T-TGAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
19807568 TAAAAACTAAAGTTATTTTTCGAACCAGTTCAAATAGTTACA-AATATTTGAACAAATATAA--A
1 TAAAAAATAAA-TTATTTTTCGAA-CAGTTCAAATAATTATAGACTATTTGAAC-AAT-TAACTA
* * * * *
19807630 TCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGAGCATACAAGCTTATTC
62 TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATT-
* * *
19807694 G-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-GATT
126 GAAAT-AAAATAATACT-ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* ** * * * * * * * *
19807745 T-AAAAATAAATGCATTTGCCAAATCAATTTAAATTATT-GAGTCTATTAGAATAATTATA-TAT
1 TAAAAAATAAAT-TATTTTTCGAA-CAGTTCAAATAATTATAGACTATTTGAACAATTA-ACTAT
* * * * *
19807807 TTCAAATCGATT-T-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC-ATATA-AA-CTTA
63 TTCAAATC-ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT---TTCAACATACAAGCTTA
* * * *
19807867 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGACATT
124 TTGA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
19807924 TGAAAAAATATAAATTTTTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCT
1 T--AAAAA-ATAAATTATTTT-TCGAAC-AGTTCAAATAATTATAGACTATTTGAACAATTAACT
* * * * * *
19807988 ATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGA-TTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
61 ATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTT
** * * *
19808050 ATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAGATATT
123 AT-TGAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
19808108 TAAAAAATAAATTAGTTTTTTGAATCAGTTTAAATAATTATAGCCAATTT-AACAATTAACTATT
1 TAAAAAATAAATTA-TTTTTCGAA-CAGTTCAAATAATTATAGACTATTTGAACAATTAACTATT
* * *
19808172 TCAAATCATTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTACTTGA
64 TCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTA-TTGA
19808237 AATAAAAT
128 AATAAAAT
19808245 CGTTAGTACT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 122, Indels: 136
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
175 10 0.02
176 131 0.20
177 87 0.13
178 38 0.06
179 73 0.11
180 45 0.07
181 106 0.16
182 43 0.06
183 53 0.08
184 73 0.11
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TAAAAAATAAATTATTTTTCGAACAGTTCAAATAATTATAGACTATTTGAACAATTAACTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTGAAAT
AAAATAATACTATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
Found at i:19808808 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19808252--19811576 Score: 1298
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 178
19808242 AATCGTTAGT
* * * *
19808252 ACTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTATTTTCCAACCT--ACAAGGTTATTTGAAATAAAATAAT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTT-CAACTTACACAAGTTTATTAG-AATAAAATAAT
* * * * * *
19808314 ACTAATTTATTAATATTTCAAGA--ATTAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACT
63 ACTAATTTATTAATATTTCAAAATTATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
*
19808377 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
128 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * *
19808428 ACTTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCATATAAGTGTATTTGGAATAAAATAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTA-TTAGAATAAAATAATA
* * * * * **
19808492 TTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTGT--CAAA
64 CTAATTTATTAATA-TTTCAAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACCAAA
* * * * * * * *
19808555 CCAATTCAAACAATTA-AGACTATATGAGCAATTATCTATTTCATATCGTTATG
126 CCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* *
19808608 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAC
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTATT-AGAATAAAATAATAC
* * * * *
19808673 TAATTTTTTAATATTTCAAAATT-TTA-TAAGACATTTAAAAAATAATTCTATTTATCGAACCAG
65 TAATTTATTAATATTTCAAAATTATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG
* *
19808736 TTCAAATAAG-TATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATC
130 TTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * ** * * *
19808785 ATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCACATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTATTAG-AATAAAATAATA
* * *
19808849 CTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATCTATTTACCAAAC
64 CTAATTTATTAATATTT-CAAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * ** * **
19808913 TATTTCAAATAGTTTTGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCAATA
127 CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * ** *** * * * *
19808965 ACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTATT-AGAATAAAATAATAC
* * ** ** * * * * *
19809030 TAATTTAATAATATTCCAAAACTTAACAAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAAC
65 TAATTTATTAATATTTCAAAA-TT-A-TTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * ** *
19809095 TAGTTTAAATAGTTA-AGATTGTATGAATGATTATCAATTTCAAATTGTTATGA
127 CAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-A
* * * * * ** * * * *
19809148 A-ATTTT-ATTT-T-AT--TATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTATT-AGAATAAAATAATA
* * * * * *
19809206 CAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA-
64 CTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * *** * ** * *
19809270 CTGATTCATATGGTTA-AGACTATCAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTG
127 CAG-TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * *
19809323 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-AAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTATT-AGAATAAAATAATA
* * * * * *
19809387 TTAATGTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
64 CTAATTTATTAATATTTC--AAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * * *
19809451 CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATG
126 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * * *
19809504 ACCTTTTGTTTTCTCGTAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTAT-TAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
19809568 CTAA--TA-T--T-TCT-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAAT-TGTCTGCCAAAT
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAAC
* * * ** * * * * *
19809625 TAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTATTTTAAATCGTTATG
127 CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * ** * * * *
19809677 A-TGTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTATTAG-AATAAAATAATA
* * * * *
19809740 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATTTGTTTACTAAA
64 CTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCAAA
* * * * * *
19809805 CCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCAATCTT-AAATCGTTATG
126 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATA
* * * * * * * * * * * **
19809858 A-TCTTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATTCGGTTAAAAATAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AACTTACACAAGTTTATTAGAAT-AAAATAATA
* * * * * *
19809921 CTAATTTAGTAGCAT-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTAACCAAA
64 CTAATTTATTA--ATATTTCAAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * * * * *
19809985 CTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTGTCTATTGCAAATCGTTTTGA
126 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-A
** * * * * * * * *
19810039 AC---TT-TTAAGTCATAAAATATTTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAACT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-ACTTACACAAGTTTA-TTAGAATAAAATAA-T
* * * * * * * * *
19810099 -CTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAATTAAATTTGTTTATCAA
63 ACTAATTTATTAATATTT-CAAAATT-ATTAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * *
19810163 ACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CGTATTTAAAATTATTATG
125 ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * ** * *
19810217 AC-ATTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAA-TTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTAT-TAGAATAAAATAATA
* * * * * * * **
19810280 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCATGAGATATAAAAAAGTAAATATGTTTTCTGAA
64 CTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTATT-AGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCAAA
* * * * * * * ** *
19810345 CAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATG
126 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * *
19810398 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAAACAAGCTTATCTCA-AATAAAATAAA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-ACACAAGTTTAT-T-AGAATAAAATAAT
* * * * * * * * * **
19810461 AATAATTTATTAATATTATGAACATTAATAAGTAA-ATGATGTAAAAAGTGAAT-TGGTTAACTG
63 ACTAATTTATTAATATT-TCAAAATT-ATTAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCA
* * * ** * * * * **
19810524 AATCAATTCAAATACTTATGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCATTATGA
124 AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-A
* * * * ** * *
19810580 AC-TTTTGTTTTGTCATAGAATAATTGTTTTTCAAC--ATACAAGCCTGTTCGAAATAAAATAAT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAACTTACACAAGTTTATTAG-AATAAAATAAT
* * * * *
19810642 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTACC-AA
63 ACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* ** * *
19810706 --A---C---TAG-T-T-CCTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATCGTTATA
126 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * * ** ** * * *
19810748 ACCTTTTGTTCTATTATAACATAATTGTTTTAGTTTGTACAAGCTTATACAAAATAAAATAATAC
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTAT-TAGAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *** *
19810813 TAATTTAGTAATTTTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTT-GTGAAGC
65 TAATTTATTAA-TATTTCAAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
* * * ** ** *
19810877 AGCTCAAACAATTA-AGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
128 AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * *
19810928 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCAACTT-ACACAAGTTTATTAG-AATAAAATAAT
* * * * * **
19810992 GCAAATTTATTAATATTT-AGGAAATTA--A-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTAATAAA
63 ACTAATTTATTAATATTTCA--AAATTATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * * * * * ** *
19811053 TCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCAATTTTAAATCATTATT
126 CCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
** * ** * * * * *
19811106 ACCGTTTGTTTGGTCATGTAACAAATATTT---TTTATCATTCAAGCTTATTCGGAATAAAATGA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTA-CA--CAAGTTTATT-AGAATAAAATAA
* * * * *
19811168 TACTTATTTATTAAT-CTTCAAAAACTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCA
62 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * ** *
19811231 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATA
124 AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * *
19811286 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATA
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCAACTTACACAAGTTTA-TTAGAATAAAATAATA
* * * * * * * * * **
19811350 CTAATCTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTCACTGAAC
64 CTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * *
19811414 TAGTTCAAATATTTA-AGACTATAAT-AACAATTATCTATTTTAAAATGTTATG
127 CAGTTCAAATAGTTATA-ACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * *
19811466 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTTATACTAGCTTGTTCA-AATTAAAGTAA-A
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTATT-AGAA-TAAAATAATA
* *
19811529 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAA
64 CT-AATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATTAGTAAGAGATTTAAAAAA
19811577 ATAATTGTGT
Statistics
Matches: 2441, Mismatches: 557, Indels: 297
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 9 0.00
169 100 0.04
170 5 0.00
171 4 0.00
172 30 0.01
173 100 0.04
174 11 0.00
175 10 0.00
176 118 0.05
177 263 0.11
178 167 0.07
179 99 0.04
180 671 0.27
181 677 0.28
182 156 0.06
183 15 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTATTAGAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAATTATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGT
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
Found at i:19808947 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 19808303--19814647 Score: 2665
Period size: 357 Copynumber: 17.7 Consensus size: 358
19808293 GGTTATTTGA
*
19808303 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-T-AGTAGGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
* *
19808365 GTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
64 GTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * * * *
19808430 TTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAG-TGTATTTGGAATAAAATAATATT
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
19808494 AATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTGT--CAAACC
193 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCAAACT
* * * * ** *
19808557 AATTCAAACAATTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
256 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
19808622 CATAAAACAATTATTTCAACTTACACAAGTTTATTCAG
321 CATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
19808660 AATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATT-TTA-TAAGACATTTAAAAAATAATTCTA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TG
* * * * *
19808723 TTTATCGAACCAGTTCAAATAAG-TATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATCAT
65 TTTACCGAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * *
19808787 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCACATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
19808852 ATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATCTATTTACCAAACTAT
194 ATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
** * * ** * *
19808916 TTCAAATAGTTTTGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCAATAACCTTTTATTTTGTCA
258 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * ** *
19808981 TCAAACAATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTCAA
323 TAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
* * * ** * *
19809017 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAACAAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TT-A-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*** * * * * * * ** *
19809082 CCAATTACCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTATGAATGATTATCAATTTCAAATTGTTATG
63 -TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * * * * * * *
19809147 AAATTTT-ATTT-T-AT--TATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAC
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
19809207 AAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACT
192 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
* * *** * * *
19809272 -GATTCATATGGTTAAGACTATCAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
256 AG-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
19809336 TCATAAAATAATTATTT-AAGTTCATACAAGCTTATTCAA
320 TCATAAAACAATTGTTTCAA-TTTATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
19809375 AATAAATTAATATTAATGTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
19809439 CTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATG
63 -TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
19809504 ACCTTTTGTTTTCTCGTAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAAT
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAAT
* * * *
19809567 ACTAA--TA-T--T-TCT-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAAT-TGTCTGCCAAA
190 ACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAA
* * * * * * * * * **
19809624 TTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTATTTTAAATCGTTATGATGTTTTGTTTT
254 CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * *
19809689 GTTATAAAATAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATT-TG
319 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
*
19809727 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAA
** * * * *
19809792 TTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCAATCTT-AAATCGTTA
62 -TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTA
* * * * * * **
19809856 TGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAA
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAA
* * * *
19809919 TACTAATTTAGTAGCAT-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTAACCA
189 TACTAATTTATTA--ATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * *
19809983 AACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTGTCTATTGCAAATCGTTTTGAAC--TT-TT
252 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
** * * * **
19810045 AAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTTGG
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TTATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
19810087 AGTAAAATAACT-CTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAATTAAA
1 AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTT-CAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
19810151 TTTGTTTATCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CGTATTTAAAATTATTA
62 -TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * *
19810215 TGA-CATTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAA
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * **
19810278 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCATGAGATATAAAAAAGTAAATATGTTTTCTG
189 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
19810343 AACAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
252 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
19810408 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAAACAAGCTTATCTCA-
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTAT-TCAG
* * * * * * *
19810450 AATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTATGAACATTAATAAGTAA-ATGATGTAAAAAGTGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATT-ATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * **
19810514 TGGTTAACTGAATCAATTCAAATACTTATGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCATTATG
63 T-GTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *** * * *
19810579 AACTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTGTTTTTCAACATACAAGCCTGTTCGAAATAAAATAATAT
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
19810644 TAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
192 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
* * * * *
19810709 AGTTC------------CTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTAT
256 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
19810762 TATAACATAATTGTTTTAGTTTGTACAAGCTTATACAA
321 CATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
19810800 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATTTTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
** * * * * * ** **
19810865 TGTTT-GTGAAGCAGCTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
63 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* *
19810929 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCAT-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATG
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * **
19810993 CAAATTTATTAATATTTAGGAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTAATAAA-
191 CTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * * * * * * *
19811053 TCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCAATTTTAAATCATTATTACCGTTTGTTTG
255 T-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * *
19811118 GTCATGTAACAAATATTT---TTTATCATTCAAGCTTATTCGG
319 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTTAT-A--CAAGCTTATTCAG
* * *
19811158 AATAAAATGATACTTATTTATTAAT-CTTCAAAAACTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * *
19811221 ATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATA
63 -TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
19811286 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTCAT-TT-ATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAT
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * * **
19811349 ACTAATCTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTCACTGAA
190 ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * *
19811413 CTAGTTCAAATATTTAAGACTATAAT-AACAATTATCTATTTTAAAAT-GTTATGACATTTTGTT
254 CTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * *
19811476 TTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTTATACTAGCTTGTTCA-
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
* * *
19811517 AATTAAAGTAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAATAA
1 AA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * ** * * * * * ** *
19811581 TTGTGTTTACCTAACCAACTGAAACAATTATGAATAAAGTAAAACGAATTTAT-TAATATTTAAA
61 AT-TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT--ATTTGAAC-AA-TTATCT-AT-TTCAAA
*** * ** ** ** ** * ** *
19811645 AAATTA-GTCAGTAAGAGATT-T-A-AAAA-AATAATTT-TATT--TACCTAA-CCAACTC-AAA
119 TTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-C-AAGCTTATTCGAAA
* * * * * ** ** ***
19811700 -CAATTATTACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACTTTTTGTTTTTTTATAA
181 TAAAATAATACTAATTT-----ATTA-ATATTT-AAA-AATTAAT-A-AGTAAG--AGATT-TAA
* ** * * * ** * *
19811762 AAAATATAT-T-TTTATTTATA-TAAGTT----T-GTTAGGAATA-AAGTAATACTAATCTA-TT
233 AAAATAAATCTGTTTA-CCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG-AATAATTATCTATTT
* ** *** *** * * *
19811817 -AATAT--TT-TGAAAGCTAATAAGAGAT-T--TAAAA-AA-TAAATCTATTTAT-CAA-ATCAA
295 CAA-ATCGTTATG--ACCT--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCT-TA
19811871 TTCA-
354 TTCAG
* * * * * ** ***
19811875 AAT--AGTTATGACT-ATTTGACAAATTATTTGTTTC-AAATTGTTAAGACCTTTTGTTCTATTA
1 AATAAAATAAT-ACTAATTT-----ATTA-ATATTTCAAAATT-ATAAG----TAAGAGAT-TTA
* * * * * *
19811936 TAAAA-CAATTGTTTCTATTC-ATACAGGCTTATTCGAATTAAAATAGTACTAATTTATTAATAT
53 AAAAATAAATTG-TT-TA-CCGA-AC---C--A---G--TTCAAATAG-------TTATGACTA-
* * *** * ** *** *
19811999 TTTG-ACAATCAAT-AAGTAAAAAATT-TTA-AAAATAAAAGGTTTTGTCATAAAATAATTG-TT
96 TTTGAACAAT-TATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCT--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * *
19812059 CTATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AG
157 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
19812120 TAAGA-ATTTAAAAATTAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
221 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * ** * * *
19812184 TATCTATCTCAAATCATTATTATC-TTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGC
286 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGC
*
19812248 TTATTCAT
351 TTATTCAG
* * * * ** * * * *
19812256 AGTACAACATTGTTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * *
19812321 TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTTTGA
63 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * ** * *
19812386 CCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-TTTATTTGAAATAAAATAATAC
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * ** * * * *
19812450 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAATA-ATATTATAAAATAAATATGTTTACCGAAC
192 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * *** *
19812514 AAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATGTGACCTTTT-TTGTT
255 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TT
* * * * *
19812578 -T--T-----AATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTA-TCTG
319 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * *
19812609 AAAGAAAATAATATTACTTTATTATTATTTCAAAAATTAATAAGTTATAGATTTAAAAAAAGTCA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-TAA
* * *** * * *
19812674 A---TTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
61 ATTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
** * * * ** * * * *
19812735 CAAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATACT
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * *
19812800 A-TAAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTACCGA
190 ACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
** * * * *
19812863 AC-----C----AG---ATCCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTATTT
253 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *** *
19812916 TGTTATAAAATAATTATTTTAGTTTATTTTAGCTTATTTAG
318 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
* * * * **
19812957 AATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTTAAAAAATCTA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-ATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAA
* ** * *
19813022 TTTTTTA---AAATAGTTCAAATAGTTAAT-ACT-TTATGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
62 TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * ** *
19813082 TGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* ** * * * * * **
19813147 AATAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGTGATTTGAAAAATGAATTTATTTACTGAA-
190 ACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * * * **
19813211 TCAGTTCAAATAATTATAGTC-ATGTCAACAAATATCCATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTT
255 T-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* ** ** * * *
19813275 GGTCATATGACAATTGTTTTTGA-TCATTCAAGCATATTC-G
318 TGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
* * *
19813315 AAATAAAATAATA-TAATTTGTTAATCTTTCAAAAAT-TAA-TAAGAGATTTTAAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAAT
* ** * * ** * ** *
19813377 ATGTTTACCAAACTTGTTTAAATAGATACAACTATTT-AAGCAATTGTAAACTTCAAATTGTTAT
63 -TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * *
19813441 AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
19813505 TTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AAATTTGTTTGCTAAAC
191 CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * ** * * *
19813569 CAGTTCAAATATTTGAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG--TTG
255 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
19813632 TCATAAAATAAATT-TTTCTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGG
320 TCATAAAA-CAATTGTTTC----AATTTATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * *
19813675 AATAAAAGAA-AATAATTTTATTATTATTTTAAAAAT-TAA-TAAGAAATTT-AAAAATAATTTT
1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATT
* * * * *
19813736 GTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTGCAAATCATTGCAAC
64 GTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTG----
** * * * *
19813801 CCTTAAAACAAATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGCTTTTTCGAAA
122 --TTATGAC----CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
19813865 TAAAGTGATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATT-A-AA--AAGATGTTTTAAAAAATAAATCT
181 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
19813926 ATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTTTTTTATTTCAAATCATTATGA
244 GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * *
19813991 CATTTT-TTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-G
308 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
** * * * * *
19814040 AATTGTATTAATACTAATTTATTACTATTTTGACAATTAATAAGTAA-ACAATTTAAAAAATAAA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATT-ATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * **
19814104 TATGTTCATTGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
62 T-TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
19814169 GACTTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTTATTTCAGTTTC-TATAAGCTTATT-GAAATAAAATAA
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
19814231 GACTAAGTTAGTAATGTTATAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAA
189 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * * * ** *
19814296 ACAAGTTTAATTAATTATGACTATTTCAACAATTACCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTT
253 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
** * * * *
19814361 TGTCATAAAATGATT-TAGTCTATTTGTACAAGCCTATTTCA-
318 TGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTTATACAAGCTTA-TTCAG
* *** * *
19814402 AAT-AAATAATACAAATTTATTAATA-AAAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AATT-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * *
19814465 TATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTAT
62 T-TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
19814530 GA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAG-TCATACAAGCTTATACTG-ATTAAAAT-A
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAA
* * * * *
19814591 -A-T-A-TTATTAATATTTCGATAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAACAAATAAATATGTTT
189 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTT
19814648 TTTGAACAAA
Statistics
Matches: 4497, Mismatches: 1124, Indels: 734
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
339 36 0.01
340 3 0.00
342 3 0.00
345 1 0.00
346 30 0.01
347 205 0.05
348 14 0.00
349 72 0.02
350 176 0.04
351 49 0.01
352 109 0.02
353 120 0.03
354 228 0.05
355 77 0.02
356 121 0.03
357 702 0.16
358 479 0.11
359 352 0.08
360 337 0.07
361 346 0.08
362 253 0.06
363 184 0.04
364 46 0.01
365 12 0.00
366 49 0.01
367 30 0.01
368 45 0.01
369 54 0.01
370 116 0.03
371 56 0.01
373 4 0.00
374 17 0.00
375 27 0.01
376 11 0.00
377 18 0.00
378 19 0.00
379 29 0.01
380 22 0.00
381 19 0.00
382 5 0.00
383 10 0.00
384 7 0.00
385 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGT
TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC
AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG
Found at i:19809430 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19808288--19814670 Score: 2765
Period size: 180 Copynumber: 35.6 Consensus size: 181
19808278 TTTTCCAACC
* * * *
19808288 TACAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGAA-T--T-AGTAGGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* **
19808348 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
19808413 TTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* * * * * *** * *
19808465 TATAAG-TGTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAG
1 TACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * * * * * *
19808529 ATTTAAAAAATAAATCCGTTGT-C-AAACCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAGCAATTATCT
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * *
19808592 ATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTT-A
129 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* * * * *
19808645 CACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTC--AAAATT--TTA-TAAGA
1 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
19808704 CATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA-TCGAACCAGTTCAAATAAG-TATAACTATTTGAACAACTA
64 GATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACT-AAACTAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** *
19808766 TCTATTTCAAATTGTTATCATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
126 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * * *
19808822 CATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * *
19808887 TTTAAAAAGT-AATCTATTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGCCTATTTGAATAATTATCTAT
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *
19808951 TTCAAATTGCAATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTTA
131 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* ** * * * * * ** *
19809002 TACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAACAAACCAAGAA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA-TAAGTAAGAG
* **** ** * * * * * ** *
19809067 AATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTATGAATGATTATCAA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * * *
19809132 TTTCAAATTGTTATGAAATTTT-ATTT-T-ATTATA-ATTTTTTTTA-TTCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * *
19809179 TACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAT
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *** *
19809243 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACT-GATTCATATGGTTAAGACTATCAAAATAATTATCT
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
19809307 ATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCA
129 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * *
19809360 TACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATATTAATGTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * * * * *
19809425 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTGTCTAT
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
19809490 TTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTAA
131 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* *
19809541 TACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACT-A---A-T-AT-TTC-TAAAATTAATAAGTAAGAG
1 TACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * * * * *
19809597 AATTAAAAAATAAAATTGTCTGCCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * *
19809662 TTTTAAATCGTTATGATGTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT--TTATCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCA
* *
19809713 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
19809777 ATTTAAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCA
65 ATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
19809842 ATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTCTGATCA
129 AT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* ** * ** ***
19809894 TAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAGTAGCATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * * *
19809958 ATTTAAAAAATAAATGTGTTAACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTGTCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** * *
19810023 TTGCAAATCGTTTTGAAC--TT-TTAAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCA
* * * * * * *
19810072 TACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAACT-CTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
19810136 ATTTGAAAAATTAAATTTGTTTA-TCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-C
65 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * *
19810199 GTATTTAAAATTATTATGA-CATTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCA
128 -TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * ** * * *
19810253 TAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCATGAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * *
19810318 TATAAAAAAGTAAATATGTTTTCTGAACAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATATA
66 TTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
19810383 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * *
19810435 AACAAGCTTATCTC-AAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATT-ATGAACATTAATAAGTAA-A
1 TACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * * * *
19810497 TGATGTAAAAAGTGAATTGGTTAACTGAA-TCAATTCAAATACTTATGGCCATTTCAACAATTAT
64 -GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
19810561 ATAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTGTTTTTCA--ACA
127 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCA
* * * *
19810616 TACAAGCCTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAA-TAATAAGTAGGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * ** *
19810680 ATTTGAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTC------------CTATTTGAGTAATTACCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * **
19810733 TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAACATAATTGTTTTAGTTTG
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * ** *
19810785 TACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATTTTTTAAAAATTAATAACTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * **
19810850 TTTAAAAAAAAAATTTGTTT-GTGAAGC-AGCTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTA
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
*
19810913 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCAT-TTTCAGTTCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCAGTTCA
* * * **
19810966 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCAAATTTATTAATATTTAGGAAATTAATAAGT----GA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * * *
19811027 TTTAAAAAGTGAATCTATTTAATAAA-TCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCAA
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** * *
19811091 TTTTAAATCATTATTACCGTTTGTTTGGTCATGTAACAAATATTTTTTA--TCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTCAGTTCA
* * * * * *
19811143 TTCAAGCTTATTCGGAATAAAATGATACTTATTTATTAATCTTCAAAAACTTAATAAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * ** *
19811208 TTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAAC
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
19811272 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTCA-TTTA
131 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCA
* * * * * * *
19811323 TACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
19811388 ATT-AAAAATAAATTTGTTCACTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATAAT-AACAATTATCTA
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTA
* * * * *
19811451 TTTTAAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTTA
130 -TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * *
19811503 TACTAGCTTGTTC-AAATTAAAGTAA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATCAGTAAG
1 TACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * * * **
19811565 AGATTTAAAAAA-ATAATTGTGTTTACCT-AACCAACTGAAACAATTATGAATAAAGTAAAACGA
63 AGATTTAAAAAATA-AATT-TGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT--ATTTGAAC-A
* *** * ** ** ** ** *
19811628 ATTTAT-TAATATTTAAAAAATTA-GTCAGTAAGAGATT-T-A-AAAA-AATAATTTTA-TT--
122 A-TTATCT-AT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
** * * * * * **
19811683 TACCTAA-CCAACTC-AAA-CAATTATTACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATT-ATG
1 TA-C-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-----ATTA-ATA-TTCAAAAAATTAAT-
** ** *** * * * * *
19811743 ACTTTTTGTTTTTTTATAAAAAATATATTTTTATTTA-TATAAGTTTGTT-AGGAATAAAGTAAT
56 A-AGTAAG--AGATT-TAAAAAATA-A-ATTTGTTTACTA-AA-CTAGTTCA--AAT--AGTTAT
* * * * * * ** ** ** * *
19811806 -ACTAATCTATTAATATTTTGAAAGCTA-ATAAGAGAT--TTAAAAAATAAATCTATTTATCA-A
109 GACT-AT-T-TGAACA-ATT---ATCTATTTCA-A-ATCGTTATGACCT-TTTGT-TTTGTCATA
* * * *
19811866 ATCAATTCAAATAGTTATGACTAT-T
163 A--AA--C-AATTGTT-TCAGT-TCA
* * *** * * * * * *
19811891 TGACAA-ATTATTTGTTTCAAAT-TGTTAAGACCT--TTTGTT-CTATT-ATAAAA-CAAT-TGT
1 T-ACAAGCTTATTCG----AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGT
**** * *** * * * * * * *
19811948 -TTCTATTCATACAGGCT-TATTCGAATTA--AAA-TAGTACTAAT--TTATTAATATTTTG-AC
60 AAGAGATT--TAAAAAATAAATTTG-TTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAAC
* * *** * * ** *** *
19812005 AATCAAT-AAGTAAAAAAT-TTTA-AAAATAAAAGGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTCTA-TTC
121 AAT-TATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCT--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
*
19812065 T
181 A
** * * * **
19812066 TACAAAATTATTCAAAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AGTAAGA-A
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
19812126 TTTAAAAATTAAATTTGTTTA-TCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** *
19812190 TCTCAAATCATTATTATC-TTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* * * * ** * * **
19812241 TACAAGCTTATTC-ATAGTACAACATTGTTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
1 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
19812305 GTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCAA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
19812370 TTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * ** *
19812422 TACATA-TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAATA-
1 TACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * *
19812485 ATATTATAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
65 AT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* *** *
19812550 ATTTAAAATAAATGTGACCTTTT-TTGTT-T--T-----AATTGTTTCAGTTCA
129 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * * *
19812595 TAAAAGTTTA-TCTGAAAGAAAATAATATTACTTTATTATTATTTC-AAAAATTAATAAGTTATA
1 TACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
19812658 GATTTAAAAAAAGTCAA-TT-TAT-C-AAATTGGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTA
64 GATTT-AAAAAA-TAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTA
** * *
19812718 TCTATTTCAAATCGTTACAAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCA
126 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCA
* * * * * *
19812774 TACAAGCCTATTTGGAATAAAATACTA-TAAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAGGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** *
19812837 ATTTAAAAAATATATTTGTTTAC----C--G---AACCAG--AT-CCTATTTGAACAATTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
19812890 TTTCAAATCGTTATAAACTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTTAGTTTA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
*** * * * * *
19812942 TTTTAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
1 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
**
19813006 ATTTTTAAAAAATCTATTT-TTTA--AAA-TAGTTCAAATAGTTAAT-ACT-TTATGAACAATTA
65 A--TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATT-TGAACAATTA
* * * *
19813065 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
126 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * *
19813121 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAGTGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * * *
19813185 TTTGAAAAATGAATTTATTTACTGAA-TCAGTTCAAATAATTAT-AGTCATGTCAACAAATATCC
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCT
* ** * ** ** *
19813248 ATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTGGTCATATGACAATTGTTTTTGATCA
129 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * *
19813301 TTCAAGCATATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTGTTAATCTTTC-AAAAATTAATAAG--AGA-
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * ** * *
19813361 TTTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTTGTTTAAATAGATACAACTATTT-AAGCAATTGTA
65 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATC
* * * * * * * **
19813425 AACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT-TTTTCA
128 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * *
19813478 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * **
19813543 ATTAAAAAA-AAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATATTTGA-GACTACATGAACAATTATCTA
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
19813606 TTTCAAATCATTATAACCTTTTG--TTGTCATAAAATAAATT-TTTCTTTGAATTCA
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTC----AGTTCA
* * * * * * **
19813660 TACTAGCTTATTTGGAATAAAAGAA-AATAATTTTATTATTATTTTAAAAATTAATAAG--A-A-
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
19813720 ATTT-AAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCT
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * *
19813783 ATTGCAAATCATTGCAACCCTTAAAACAAATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTC
129 ATTTCAAATC---G------TTATGAC----CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
19813847 A
181 A
* * * * * *
19813848 TATAAGCTTTTTCGAAATAAAGTGATATTAATCTATTAATATTTC-AAAAATT-A-AA--AAGAT
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-
* * * * ** *
19813908 GTTTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTTTT
64 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTAT
* * * * *
19813972 TTATTTCAAATCATTATGACATTTT-TTTTGTTATAAAACAATTATTTCTA-TTCA
127 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* ** * * *** * *
19814026 TACAAGCTTATTCGAATTGTATTAATACTAATTTATTACTATTTTGACAATTAATAAGTAA-ACA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-G
* * * * * * * * **
19814090 ATTTAAAAAATAAATATGTTCATTGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAGTAATTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
19814155 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTTATTTCAGTTTC-
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAG-TTCA
* * * * * * *
19814207 TATAAGCTTATT-GAAATAAAATAAGACTAAGTTAGTAATGTT-ATAAAAATTAATAATTAAAAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
19814270 ATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAATTAATTATGACTATTTCAACAATTACCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * ** * **
19814335 TTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TAGTCTA-TTTG
130 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTC-AGTTCA
* * * *
19814387 TACAAGCCTATTTC-AAAT-AAATAATACAAATTTATTAATA--AAAAGACAATTAATAAGTAAA
1 TACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-A-AATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
19814448 AGATTTAAAAAAACAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTAT
63 AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
19814513 TTATTTCAAATTGCTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAG-TCA
127 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCA
* * * * * *
19814567 TACAAGCTTATACTG-ATTAAAAT-A-A-T-A-TTATTAATATTTC-GATAATTAGTAAGTAAAA
1 TACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * *
19814625 GATTTAAACAAATAAATATGTTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTAT
64 GATTTAAA-AAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAT
19814671 TTGAAATGGA
Statistics
Matches: 4693, Mismatches: 1151, Indels: 725
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 4 0.00
168 99 0.02
169 133 0.03
170 5 0.00
171 80 0.02
172 41 0.01
173 181 0.04
174 48 0.01
175 84 0.02
176 192 0.04
177 358 0.08
178 408 0.09
179 334 0.07
180 1090 0.23
181 1036 0.22
182 252 0.05
183 22 0.00
184 17 0.00
185 12 0.00
186 22 0.00
187 18 0.00
188 43 0.01
189 16 0.00
190 54 0.01
191 24 0.01
192 10 0.00
193 20 0.00
194 13 0.00
195 5 0.00
196 9 0.00
197 5 0.00
198 8 0.00
199 1 0.00
200 4 0.00
203 5 0.00
204 8 0.00
205 5 0.00
206 1 0.00
207 7 0.00
208 2 0.00
209 1 0.00
212 10 0.00
213 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
Found at i:19809867 original size:534 final size:534
Alignment explanation
Indices: 19809162--19811576 Score: 1398
Period size: 534 Copynumber: 4.5 Consensus size: 534
19809152 TTATTTTATT
* * * * *
19809162 ATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAA
1 ATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
19809227 AATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA-CTGATTCATATGGTTAAGACT
66 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAG-TTCAAATAGTTATGACT
*** * * * * *
19809291 ATCAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAG
130 ATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAAG
* *
19809356 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATATTAATGTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAA
195 TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAA-TAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAA
* * * *
19809421 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTA-AACAATTG
258 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTAACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAACAATTG
* * * ** * *
19809485 TCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCGTAAAACAATTGTTTTAGT-TAATACAAGCT
322 TCTATTGAAAATCGTTATGAAC--TT-TTAACTCATAAAACAATTGTTTCA-TATAATACAAGCT
19809549 TATATGGAATAAAATAA-TACTAATAT-TT-C-T-AAAATTAATAAGTAAGAGAA-TT-AAAAAA
383 TATATGGAATAAAATAACT-CTAATATATTACTTAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTGAAAAAA
* ** * * * *
19809607 TAAAATTGTCTGCCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATC-TATTTTAAATC
446 TAAAATTGTCTACCAAACAAGCTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTA-CGTATTTAAAATC
* ** * * *
19809671 GTTATGATGTTTTGTTTTGTTATAAA
510 ATTATGA-CATTTCTTTTATCATAAA
*
19809697 ATAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
1 ATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
19809761 AATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATT
66 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * **
19809826 ATTTGAATAATTATCAATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTCT
130 ATTTGAATAATTATCAAT-TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAA
* * * * * ** *** *
19809889 GATCATAGAAGCTTATTCGGTTAA-AAATAATACTAATTTAGTAGCATTTTGAAAATTAATAAGT
194 GTTCATACAAGCTTATTC---AAATAAATAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGA
* * * *
19809953 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTAACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATT
256 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATT
* * * * * *
19810018 GTCTATTGCAAATCGTTTTGAACTTTTAAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTAT
321 GTCTATTGAAAATCGTTATGAACTTTTAACTCATAAAACAATTGTTTCATATAATACAAGCTTAT
* * *
19810083 TTGGAGTAAAATAACTCTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAATT
386 ATGGAATAAAATAACTCTAATATATT-AC--TT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAAAT
* * * * * * *
19810148 AAATTTGTTTATCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACGTATTTAAAATTAT
447 AAAATTGTCTACCAAACAAGCTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTACGTATTTAAAATCAT
19810213 TATGACATTTCTTTTATCATAAA
512 TATGACATTTCTTTTATCATAAA
* * * * * * *
19810236 ACAATTGTTTTAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
1 ATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * * * *
19810301 AATTATTAAGCATGAGATATAAAAAAGTAAATATGTTTTCTGAACAAATTCAAATTGTTATGACT
66 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
19810366 ATTTGAATAATTAT-ATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
130 ATTTGAATAATTATCA-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAA
* * * * *
19810430 GTTCAAACAAGCTTATCTCAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATT-ATGAACATTAATAAGT
194 GTTCATACAAGCTTAT-TCAAAT-AAATAATAATAATTTATTAAAATTCA-AAAAATTAATAAG-
* * * * * * * * *** * **
19810494 AAA-TGATGTAAAAAGTGAAT-TGGTTAACTGAATCAA-TTCAAATACTTATGGCCATTTCAACA
255 AAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTAAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACA
* * * * *** * * *
19810556 ATTATATAATT-CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTGTTTTTCA-A-CATA
318 ATTGTCT-ATTGAAAATCGTTATGAAC--TT-TTAACTCATAAAACAATTG--TTTCATATAATA
* * * * * * * * *
19810618 CAAGCCTGT-TCGAAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAGGAGA
377 CAAGCTTATAT-GGAATAAAATAACT-CTAA--TA-TATTACTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAA
* * * ** *
19810681 TTTG-AAAAAT-AAATCTATTTACC--A-AA-C-----T-AGT-T--CCTATTTGAGTAATTACC
436 TTTGAAAAAATAAAAT-TGTCTACCAAACAAGCTAAAATAATTATGACC-ATTTGAACAATTACG
* * * * * *
19810731 TATTTCAAATCGTTATAACCTTT-TGTTCTATTATAAC
499 TATTTAAAATCATTATGACATTTCT-TT-TATCATAAA
** * * * * *
19810768 ATAATTG-TTTTAGTTTGTACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATTTTTTAA
1 ATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * * *
19810832 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTT-GTGAAGCAGCTCAAACAATTAAGACT
65 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * *
19810896 ACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCAT-TTTC
130 ATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT--TGTTTA
* * * **
19810960 AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCA-AATTTATTAATATTTAGGAAATTAAT---
193 AGTTCATACAAGCTTATTC-AAAT-AAATAAT-AATAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAG
* * * * * * ** * **
19811021 -AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTAA-TAAATC-ATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACA
255 AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTAACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACA
* * ** * * * *** ** * * ** * *
19811083 ATTATCAATTTTAAATCATTATTACCGTTTGTTTGGTCATGTAACAAATATTTTTTATCATTCAA
318 ATTGTCTATTGAAAATCGTTATGAAC--TT-TTAACTCATAAAACAATTGTTTCATATAATACAA
* *
19811148 GCTTAT-TCGGAATAAAATGATACT-T-ATTTATTAATCTTCAAAAACTTAATAAGTAAGAGATT
380 GCTTATAT-GGAATAAAAT-A-ACTCTAATATATT-A-CTT-AAAAA-TTAATAAGTAAGAAATT
* * * * * *
19811210 T--AAAAAT-AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT--GTAA
438 TGAAAAAATAAAAT-TGTCTACCAAACAAGCTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTACGT--
* * ** * *
19811270 ACTTCAAATTGTTATAACCTTT-TGTTTAGTCATAAA
500 ATTTAAAATCATTATGACATTTCT-TTTA-TCATAAA
* * * * * * * * * *
19811306 ACAATTATTTTCATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTCCAAA
1 ATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
19811371 AATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTCACTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTA
66 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
19811435 TAAT-AACAATTATCTATTTTAAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA
131 T-TTGAATAATTATC-AATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-A
* * * * *
19811498 A-TTTATACTAGCTTGTTCAAATTAAAGTAA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATCA
193 AGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAA-TAATAAT-AATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAA
*
19811560 GTAAGAGATTTAAAAAA
254 GAAAGAGATTTAAAAAA
19811577 ATAATTGTGT
Statistics
Matches: 1489, Mismatches: 294, Indels: 188
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
524 3 0.00
525 5 0.00
526 34 0.02
527 113 0.08
528 8 0.01
529 2 0.00
530 74 0.05
531 146 0.10
532 88 0.06
533 4 0.00
534 209 0.14
535 71 0.05
536 15 0.01
537 57 0.04
538 170 0.11
539 64 0.04
540 187 0.13
541 136 0.09
542 14 0.01
543 15 0.01
544 62 0.04
545 1 0.00
546 8 0.01
547 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (534 bp):
ATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGT
TCATACAAGCTTATTCAAATAAATAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTAACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTGTCTA
TTGAAAATCGTTATGAACTTTTAACTCATAAAACAATTGTTTCATATAATACAAGCTTATATGGA
ATAAAATAACTCTAATATATTACTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAAATAAAATTGTC
TACCAAACAAGCTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTACGTATTTAAAATCATTATGACATT
TCTTTTATCATAAA
Found at i:19810969 original size:894 final size:886
Alignment explanation
Indices: 19809174--19811347 Score: 1939
Period size: 894 Copynumber: 2.4 Consensus size: 886
19809164 AATTTTTTTT
* * *
19809174 ATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
19809239 AGATATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACTGATTCATATGGTTAAGACTATCAAAATAATTA
66 AGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAGACTCAAATAGTTAAGACTATCAAAACAATTA
* * * * * *
19809304 TCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCATACAAGCTT
131 TCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTAAGTTCATAAAAACTT
* * * *
19809369 ATTCAAAATAAATTAATATTAATGTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAA
196 ATCCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATATAAAAAA
* * * * * **
19809434 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTGTCTATTTAAAATTG
261 TAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCA
* **
19809499 TTATGACCTTTTGTTTTCTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAAT
326 TTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATATCAAATAAAAT
* * * * *
19809564 AATACTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATTGTCTGCCAAATTAGT
391 AAAAATAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATTGTCTACCAAATCAAT
* * * * * * ** *
19809629 TAAAATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTATTTTAAATCGTTATGATGTTTTGTTTTGTTAT
456 TAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * *
19809694 AAAATAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
521 AAAATAATTGTTTTTAACATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
19809759 AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
586 AAAAATAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATCTATTTACCAAACCAGTTC-AATAGTTATG-
* * * * * *
19809824 TTATTTGAATAATTATCAATCTTAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTCT
649 -TA--TG-ATAATTACCAATCTTAAATCGTTATAACCTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCT
* * *** * * *
19809889 GATCATAGAAGCTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAGTAGCATTTTGAAAATTAATAAGTA
710 GATCATACAAGCTTATACAAATAAAAATAATACTAATTTAGTAACATTTTAAAAATTAATAACTA
* * * * * * *
19809954 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTAACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTG
775 AGAGATTTAAAAAAAAAATGTGTTAACCAAACTAGCTCAAACAATTAAAACTAATAGAACAATTA
* * * *
19810019 TCTATTGCAAATCGTTTTGAACTTTTAAGTCATAAAATATTTGTTTC
840 TCTATTGCAAATCATTATGAACTTTTAAGTCATAAAAAATATGTTTC
* * * * *
19810066 ATATCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAACT-CTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAG
1 AT-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAA-TACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * ***
19810130 TAAGAAATTTGAAAAATTAAATTTGTTTA-TCAAACA-AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
64 TAAGAAATTT-AAAAAATAAATTTATTTACT-AAACAGA-CTCAAATAGTTAAGACTATCAAAAC
* *
19810193 AATTA-CGTATTTAAAATTATTATGACATTTCT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAA-TTCAT
126 AATTATC-TATTTAAAATCATTATGACATTT-TGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTAAGTTCAT
* * ** * * *
19810254 AAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCATGAGAT
188 AAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* * * * * * *
19810319 ATAAAAAAGTAAATATGTTTTCTGAACAAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATATAT
253 ATAAAAAA-TAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATAT
* *
19810384 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAA-ACAAGCTTATCT
317 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTT-AATACAAGCTTATAT
* *
19810448 CAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTATGAACATTAATAAGTAA-ATG-ATGTAAAAAGT-
381 CAAATAAAATAAAAATAA--TATT--T-CTA--AA-ATTAATAAGTAAGA-GAAT-TAAAAAATA
* ** * *
19810510 GAATTGGT-TAACTGAATCAATTCAAATACTTATGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCA
436 AAATT-GTCT-ACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCA
* *
19810574 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTGTTTTTCAACATACAAGCCTGTTCGAAATAAAAT
499 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-AACATACAAGCCTATTCGAAATAAAAT
* * * *
19810639 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAGGAGATTTGAAAAA-TAAATCTATTTAC
563 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATCTATTTAC
* * *
19810703 CAAACTAGTTC-CTA-TT-TG-A-G-TAATTACCTAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTA
628 CAAACCAGTTCAATAGTTATGTATGATAATTACCAATCTT-AAATCGTTATAACC-TTTGTTCTA
* * **
19810761 TTATAACATAATTGTTT-TAGTTTGTACAAGCTTATACAAA-ATAAAATAATACTAATTTAGTAA
691 TTATAAAATAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATACAAATA-AAAATAATACTAATTTAGTAA
** * **** *
19810824 TTTTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTGTGAAGC-AGCTCAAACAA
754 CATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAATGTGTTAACCAAACTAGCTCAAACAA
* * * **
19810888 TTAAGACTACAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
819 TTAAAACTA-ATAGAACAATTATCTATTGCAAATCATTATGAAC--TT-TTAAGTCATAAAA-AA
19810952 TCAT-TTTC
879 T-ATGTTTC
* * **
19810960 AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCAAATTTATTAATATTTAGGAAATTAATAAGT
1 A-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * ***
19811025 --G--ATTTAAAAAGTGAATCTATTTAATAAATCA-TTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAAT
65 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA-CAGACTCAAATAGTTAAGACTATCAAAACAAT
* * * ** * ** * ** ** *
19811085 TATCAATTTTAAATCATTATTACCGTTTGTTTGGTCATGTAACAAATATTT-TTTATCATTCAAG
129 TATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTAAGT-TCATAAAAA
* ** * * * ** * * *
19811149 CTTATTCGGAATAAAATGATACTTATTTATTAATCTTCAAAAACTTAATAAGTAAGAGAT-TTAA
193 CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATATAAA
* * * * * * * * * *
19811213 AAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAA
258 AAATAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTAAAA
** * ** * * * * **
19811278 TTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTCA-TTTATACAAGTTTATTTGGAATA
323 TCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTAATACAAGCTTATATCAAATA
19811342 AAATAA
387 AAATAA
19811348 TACTAATCTA
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 202, Indels: 92
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
887 1 0.00
888 108 0.10
889 76 0.07
890 136 0.13
891 98 0.09
892 6 0.01
893 153 0.15
894 244 0.24
895 6 0.01
896 4 0.00
898 3 0.00
899 4 0.00
900 2 0.00
901 10 0.01
902 116 0.11
903 69 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (886 bp):
ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
AGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAGACTCAAATAGTTAAGACTATCAAAACAATTA
TCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTAAGTTCATAAAAACTT
ATCCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATATAAAAAA
TAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCA
TTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATATCAAATAAAAT
AAAAATAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATTGTCTACCAAATCAAT
TAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
AAAATAATTGTTTTTAACATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAAATAATAAATAAGAGATTTAAAAAATTAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAATAGTTATGTA
TGATAATTACCAATCTTAAATCGTTATAACCTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCTGATCAT
ACAAGCTTATACAAATAAAAATAATACTAATTTAGTAACATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGAT
TTAAAAAAAAAATGTGTTAACCAAACTAGCTCAAACAATTAAAACTAATAGAACAATTATCTATT
GCAAATCATTATGAACTTTTAAGTCATAAAAAATATGTTTC
Found at i:19811631 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 19811520--19811706 Score: 320
Period size: 95 Copynumber: 2.0 Consensus size: 95
19811510 TTGTTCAAAT
* *
19811520 TAAAGTAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTGT
1 TAAAGTAAAACGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTGT
* *
19811585 GTTTACCTAACCAACTGAAACAATTATGAA
66 ATTTACCTAACCAACTCAAACAATTATGAA
* *
19811615 TAAAGTAAAACGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTCAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTTT
1 TAAAGTAAAACGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTGT
19811680 ATTTACCTAACCAACTCAAACAATTAT
66 ATTTACCTAACCAACTCAAACAATTAT
19811707 TACTATTTGA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 6, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
95 86 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.09, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (95 bp):
TAAAGTAAAACGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTGT
ATTTACCTAACCAACTCAAACAATTATGAA
Found at i:19811988 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19811656--19812003 Score: 396
Period size: 177 Copynumber: 2.0 Consensus size: 178
19811646 AATTAGTCAG
* * * *
19811656 TAAGAGATTTAAAAAAATAATTTTATTTACCTAACCAACTCAAACAATTATTACTATTTGAAAAA
1 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAACTCAAACAATTATGACTATTTGAAAAA
* * * * * * *
19811721 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTTTTATAAAAAATATATTTTTATTTATATAAG
66 TTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTCTATTATAAAAAATATATTTCTATTCATACAAG
* * * *
19811786 TTTGTTAGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAGCTAA
131 CTTATTACGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAGCTAA
* * * * * *
19811834 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGACAAA
1 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAACTCAAACAATTATGACTATTTGAAAAA
* * ** * *
19811898 TTATTTGTTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAG
66 TTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTCTATTATAAAA-AATATATTTCTATTCATACAA
* *
19811962 GCTTATT-CGAATTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTGA
130 GCTTATTACGAA-TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGA
19812004 CAATCAATAA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 29, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.02
177 123 0.88
178 13 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAACTCAAACAATTATGACTATTTGAAAAA
TTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTCTATTATAAAAAATATATTTCTATTCATACAAG
CTTATTACGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAGCTAA
Found at i:19814657 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19814626--19814675 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
19814616 TAAGTAAAAG
*
19814626 ATTTAAACAAA-T-AAATATGTT
1 ATTTGAACAAATTCAAATA-GTT
*
19814647 TTTTGAACAAATTCAAATAGTT
1 ATTTGAACAAATTCAAATAGTT
19814669 ATTTGAA
1 ATTTGAA
19814676 ATGGATAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 3
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.38
22 10 0.42
23 5 0.21
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
ATTTGAACAAATTCAAATAGTT
Found at i:19815017 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19814669--19821636 Score: 2976
Period size: 181 Copynumber: 38.7 Consensus size: 181
19814659 TCAAATAGTT
* * * * * * *
19814669 ATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * * *
19814734 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAGTCAATCTA-TATTATTTTA-TTCAAAAT
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* * * * * *
19814796 ATGCTTGCATCAAAAGAACCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAAT-
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * *
19814848 ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCGTAACTATTT-AGGCTTATTCAGCAAACAGATTCA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTATTCAGTAAACAGATTTA
* *
19814912 TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * *
19814976 TAAGCTTATTTGAATTGAAACATTTGTTTAATTACAAAACAAAATGTTATAATG
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * ** * *
19815030 ATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTTTAACTTATTTGGTAAACATATTTACT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * * *
19815095 TTTTAAATCT-TATACTTATTAATTATTAAAATATTAA-AAATTAATATTATGTTAATCCAAATA
66 TTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * **
19815158 ACCTTGTATGTATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACA
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * *
19815210 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTAC-ATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
19815274 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAAT
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * ***
19815337 AAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTTATTTTATGCCAAAACAAAAAGTTATAGCA
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
19815390 ATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTCATTC-GATAAATAGATTCT-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATT-TA
* * * *
19815453 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
19815518 AAACTTATATGAACT-GAAACAAATCTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * *
19815570 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTG-A-TATAGTTCGGTAAAC-GTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TA-TTCAGTAAACAG-ATTT
* * * * * * *
19815632 ATTTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATCAACTAGTATTGTTTTA-ATCTA
63 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * ** * *
19815696 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAATATTTTATAACAGGATAAAAAGGT-AGAATG
126 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATG
* * * *
19815752 ATTTGAAATAAATAATTCG-TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTC-GATGAATAGATTT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGATTT
* * * * *
19815814 ATTTTATAAA--TC-T-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTGAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA
* * * * * * *
19815875 CA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAACAAGTCATAACG
127 -ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * **
19815929 ATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGTAAA-A-AAATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCA-GTAAACAGATTTA
* *
19815990 TTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTGA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * *
19816049 ATAAACTTAGTATGAAT-GAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAA-C
127 ATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* ** * * *** *
19816103 ATTTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTCTTAAATATTTGAACTGGCTC-GTCAAACAAATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGT-AAACAGATTTA
* * * * * *
19816167 -TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTTAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
19816231 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTG-TTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAAT-
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
19816282 AATTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TAGTTC-GATAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGATTTA
* * * **
19816345 TTTTTAAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
19816410 AAGCTAGAATG-ATAAAAAAAATTTGTTATATGACCAAAC-AAAAGTTAATAATG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
** * * * * * * * * *
19816463 ATTTGAAATATCTAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATT-TGTTAAACAGATTCAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATTTAT
*
19816527 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* **
19816588 AGCTTGTATAAACT-GAAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATTAATG
130 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCA-TAATG
** * * * *
19816641 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTTA-TCTTAACTATTTGAACTGCT-TTGA-CAAATAGATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT--TATTCAGTAAACAGATTT
* * ** * * **
19816703 -TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTGAAATATTGTTAAGTTAATATTATTTTATTTTGAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * **
19816767 TAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTTTAATG
128 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * ** *
19816821 ATTTGAAACAGGTAATTGTTTAAATAG----AA--A-TT--AC---TTCAGTAAGGATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
19816874 TTATAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAG
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * *
19816939 GCTTGTAAG-AT-GAAAACCAATTATTTTATGATAAAA-AAAATGTTTATAATG
131 GCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
* * * ** * *
19816990 ATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAGTTATTTGAA-TTGATTCAATAAACAGATTTAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAGATTTAT
* * * *
19817054 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTATTGTTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
19817119 AGCTTTTATGAATGGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAATG
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * ** ** * * * *
19817171 ATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCGCAAC-AGTTTGATTTTGTTCTGAAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA-
* ***
19817235 TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGGAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** * *
19817299 AACCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAAGG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * *
19817352 ATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTAGTTGAACTTAATT-GGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAGATTTAT
** **
19817416 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAA
*
19817479 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATG
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
* * * * ** *
19817532 ATTTGAAATAAATAGTTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * *
19817597 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG---GATT--T---TT--CA-TATTGTA-TTCTAAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA
* * * * * * *
19817650 AGCTTTTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACG
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * *
19817702 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACCT-TTTGAA-TGTATTCAGAAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAGATTTA
* * * * * *
19817765 TTTTTTAAAT-TTTTACTTCTTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * *
19817828 TAAGCTTGTATGAATA-AAACCAATTGTTTTATGGAAAAAAGAAAATTGTCA-AATG
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAA-AGTCATAATG
* * * * * * *
19817883 TTTTGAAAGAGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * ** * * *
19817948 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * **
19818013 ACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACA
131 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * **
19818064 ATTTGGAATAAACAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTT-AACTTATTCAATAAACA-ACTGAA
1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGA-TTTA
* ** * * * * * ** *
19818126 ATAATTATAT-TATGAC--A-AAAGGTCAT-AACGAT-TTAA-AAA--AGATAATTGTTCTTATA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA--ATATTAATAAATTAG-T-ATTATT-TTAT-
* * ** ** * * *** * **** *
19818182 GTCTTAACT-A-CTTAAACTGCTTCAACAAATAATT-TTATT-TTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
122 -T-TCAAATAAGCTTGTA-TGAAT--AGAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAAGTCA-TAA
19818243 T-
180 TG
* * * * ** * *
19818244 TTTTG---GAG-T-CTTATT-AAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTATATGAATTGA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TA-ACTATT-----TGAA-CTTAT-T-CAGT-A
* * ** *** * * * *
19818301 AACA-A-ATATTTTATAACAGAATAAAAGGTTA-TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATA
54 AACAGATTTATTTTTTAA-A-TCTCTTA-CTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAA----TAAATTA
* * * * * *** * * * *
19818363 GGAACTAGTTTGA--T-ACAT-AGATT-TATTTTTTA-AATCTTTTATTAATTTT-TGAAATATT
110 -GTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAAC---AATT-GTTTTATGACA-A--
* * * *
19818421 AATAAATTAGT-ATTATTTT
165 AACAAA-AAGTCA-TA-ATG
* * ** * * * *
19818440 ATTTTG-AATA-AT-TTTGTAT-GAATAGAAACAACTATTT-TAC-GA--CA--AAACAAATATT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGAT-TT
* * ** * * * * * * *
19818495 ATAACGATTTGAAATGGCTAATAGTTTGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTCAGTGAA-CAG
63 AT----TTTTTAAAT--CTCTTA-CTT-ATTA-A--T---T-TTTGAA-ATATT-AATAAATTAG
* ** * * * *** *
19818559 -ATTATTTTTAAAATTTTCAACTTATTATTTTTTA-GAATATAAATCAATTAGTATTATTTTATT
111 TATTA-TTTT---A-TTTCAA---ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATT-GTTTTATGACA-A
*** *
19818622 TTGAATAAACTTGCATGAATAG
165 AACAA-AAA-GT-CAT-AAT-G
* *** * * * * * * *
19818644 AAACAATTGTTTTATGAGAA--G-ACAAA-AGATCATAACGATTTGAAATTAATAATTGTTCTAA
1 ----ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCA--G-T-AAA
* ** * * * * * * * * * * * *
19818705 TAG-TCAAACTATTTGAACTCGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATCT-TTTATTTATTA
56 CAGAT-TTA-TTTTTTAAAT--CTC--TTACT-TATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGT-
* * * * * * *** *
19818767 ATT-TTTGGAATTT-TAATAA-ATTAGTATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTTTATG----AACAA
112 ATTATTT--TATTTCAAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAAC-AAT-TG-TTTTATGACAAAACAA
19818825 AAA--C--AATCG
170 AAAGTCATAAT-G
* * * * * * *
19818834 GTTT---ATGGCA-AA----ACAAA-AGATCATAACGATTTGAAATTGATAAT-TGTTTAAATAG
1 ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT-AT--TCAG--TAAACAG
* * * ** * * * * * ***
19818889 -TTATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATTGATTTATTTTT-AATTTTTTACCTATTA--ATT-
59 ATT-T-A-TTTTTTAAA-T-CTC--TTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
19818949 TTTGTAATATT--AATCAA--TTGCATGAATAGAACCATTTGTTTTATGACCAAAC-AAAAGATA
116 TTT-T-AT-TTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TC
19819009 ATAATG
176 ATAATG
* * * * * * * * * * * *
19819015 TTTTGAAATAGGTAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATAATT-TGTTAAACATATTCAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATTTAT
* *
19819079 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
19819140 AGCTTGTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-GAAAGTTTATAATG
130 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
* ** * * ** * * * *
19819192 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAATTATTTGAACTGCTTCGGCAAATACATTTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * **
19819256 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * **
19819321 GCTTGTATGAACT-GAAA-AATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTTTAATG
131 GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * *
19819371 ATTTGAAATTGGTAATTATTCAAATAG---GAAC----TG--C-T-TT-GGTAAACAAATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* *
19819424 TTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAAT-A
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
19819488 GACTTGTAAG-ATAAAAAACAAATGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTCATAATG
131 G-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
* * * * * * * ** * * *
19819540 ATTTAAAATAGATAATGGTTGAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTCACT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * **
19819605 TTTTGAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-T--TATTATTTTGTTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* *
19819667 GCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
131 GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * ** *
19819718 ATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGT-AGCAACTATTTGAATTTGTTTAAAAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA-
** * * ***
19819782 TTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGGAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** * * * * **
19819847 AACCTTTTATCAACT-GAAGTAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACA
129 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
19819900 ATTTTAAATA-ATTAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTATTTAGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTAT
* * * ** * * *
19819964 TTTTCCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATGTAGTAGGATTATTTTATTCCAAA
65 TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * *
19820028 TAAGCTTGTATG-ATATGCAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAATG
128 TAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* ** * * * *
19820081 ATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAAT-ATTAACTATTTGAAC-TAGTT-TGACAAACACATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGATTT
* *
19820143 ACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
19820207 TAAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTTTTTTATAAC-AAAGAAAAAGTCATAACG
128 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * ** * *
19820260 A-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATTG-CAATAATTATTT-AACCAATTCGGTAAACAAATTTA
1 ATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA
* * **
19820322 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATGT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * ***
19820387 AAACTTGTATTAACT-GAAGCAATTGTTTTATGA-AAAAGCTAAAGGTCATAGCA
129 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAAGTCATAATG
* * * * * * *
19820440 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * *
19820505 TTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * **
19820569 AGCTTGTATGAA-ATGAAACAATT-TCTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAACA
130 AGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
19820621 ATTTGAAATAGATAACTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATATAAACTGGT-TTGA-TAAACAAATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACT--TATTCAGTAAACAGATT
* * * * *
19820682 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTATTAAA-TATGAATTATTTTAATCC
62 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTC
* * * ** **
19820745 GAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACA
125 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
19820800 ATTTGAAATAGACAATCGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAACTTATTC-G-ACAATTAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTA-AA-CAGATTTA
* * * ** * * * *
19820863 TCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAAAATATTATTAAATTAGTACTATTTTA-TTCGAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
** * * * * * **
19820927 TAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAC-AAAATTTATAACA
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
19820980 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATGGT-TTGA-TAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TATTCAGTAAACAGATTTA
* * * *
19821043 GTTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * **
19821107 TAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAACCAAAAAGTAATAACA
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * *
19821161 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TAGTTCTA-TAAATAGACTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTC-AGTAAACAGATTTA
* * * * * * * *
19821224 TTTTTTATATCTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAA-CAATTAGTTTTATTTTATTCCGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * * *
19821288 AAATTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * **
19821340 ATTTGAAATAAAAAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTT-TGACAAATGGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAG-TAAACAGATTTA
* * * * *
19821403 TTTTTTAAATATCTTAGC-TATGAA-TTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTACAA
64 TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * * * **
19821466 ATAAACTTCTATTAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
127 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
*
19821521 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TATTTC-GATAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAGATTTA
* * * *
19821584 -TTTTTAGA--TC-T-CTTATTAATTCTTCAAATATTAATAAATTA-TATTATTGTATT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
19821637 AATAATAAAT
Statistics
Matches: 5168, Mismatches: 1180, Indels: 886
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 17 0.00
168 93 0.02
169 200 0.04
170 79 0.02
171 8 0.00
172 9 0.00
173 14 0.00
174 37 0.01
175 145 0.03
176 80 0.02
177 313 0.06
178 293 0.06
179 664 0.13
180 1011 0.20
181 1414 0.27
182 457 0.09
183 24 0.00
184 20 0.00
185 12 0.00
186 5 0.00
187 8 0.00
188 20 0.00
189 5 0.00
190 20 0.00
191 19 0.00
192 5 0.00
193 11 0.00
194 7 0.00
195 9 0.00
196 9 0.00
197 10 0.00
198 7 0.00
199 19 0.00
200 12 0.00
201 5 0.00
202 14 0.00
203 15 0.00
204 10 0.00
205 6 0.00
206 5 0.00
207 6 0.00
208 21 0.00
209 3 0.00
210 2 0.00
212 2 0.00
214 12 0.00
215 3 0.00
216 1 0.00
217 2 0.00
218 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
Found at i:19817651 original size:531 final size:531
Alignment explanation
Indices: 19817114--19818107 Score: 1212
Period size: 531 Copynumber: 1.9 Consensus size: 531
19817104 ATTTTATTTC
* * * * * * *
19817114 AAATAAGCTTTTATGAATGGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAA
1 AAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAA
* * * * * *
19817179 TATACAATTGTTCAAATAGTCGCAACAGTTTGATTTTGTTCTGAAAACACATTTATTTTTTTAAA
66 TAGACAATTGTTCAAATAGTCACAACAGTTTGAATGTATTCAGAAAACACATTTA-TTTTTTAAA
* * * * *
19817244 TCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTTTTG-GATAACCTTTT
130 T-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAACCTTGT
** *
19817307 ATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-GATGAAACAAAA-TGTCATAAGGATTTCAAATAGATAATAG
193 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGAAAAAACAAAATTGTCA-AAGGATTTCAAAGAGATAATAG
* *
19817370 TTCAAATAGACATGACTAGTTGAACTTAATT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
257 TTCAAATAGACATAACTAGTTGAACTT-ATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
** * * *** *
19817434 ATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
321 ATTAATTGTCCA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAA
* ** * * *
19817498 ACAATT-GTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAGTTATTTAAATAGTC
385 ACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAAAACAATTTGAAATAAACAATTACTTAAATAGTC
*
19817561 ATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGG
449 ATAACAATTT-AACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGG
19817626 ATTTTTCATATTGTATTCT
513 ATTTTTCATATTGTATTCT
*
19817645 AAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAA
* * * * ** * *
19817710 TAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACCTTTTGAATGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT
66 TAGACAATTGTTCAAATAGTCACAACAGTTTGAATGTATTCAGAAAACACATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
19817775 TTTTACTTCTTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTAAATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
131 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTTGAAATAACCTTGTATG
* * * * * * * *
19817840 AATAAAACCAATTGTTTTATGGAAAAAAGAAAATTGTCAAATGTTTTGAAAGAGATAATTGTTTA
196 AACAAAAACAATTGTTTTATGGAAAAAACAAAATTGTCAAAGGATTTCAAAGAGATAATAGTTCA
* ** * * ***
19817905 GATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
261 AATAGACATAACTAGTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA
*
19817970 TTGTCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATT
326 TTGTCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT
* * *
19818035 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGGAATAAACAATTGCTTAAATAGTCATAACAA
391 AGTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAACAATTACTTAAATAGTCATAACAA
19818100 TTTAACTT
456 TTTAACTT
19818108 ATTCAATAAA
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 72, Indels: 16
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
529 39 0.10
530 44 0.11
531 237 0.62
532 58 0.15
533 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
AAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAA
TAGACAATTGTTCAAATAGTCACAACAGTTTGAATGTATTCAGAAAACACATTTATTTTTTAAAT
TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTTGAAATAACCTTGTATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGGAAAAAACAAAATTGTCAAAGGATTTCAAAGAGATAATAGTTCA
AATAGACATAACTAGTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA
TTGTCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT
AGTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAACAATTACTTAAATAGTCATAACAA
TTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGATTTTTCA
TATTGTATTCT
Found at i:19820796 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 19819090--19849395 Score: 12981
Period size: 362 Copynumber: 84.6 Consensus size: 354
19819080 TTTTAAATCA
* *
19819090 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAACT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAA-T
* * * * **
19819154 GAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACGAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** * * *
19819218 GTCTTAATTATTTGAACTGCTTCGGCAAATACATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * *** *
19819282 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATTATTTT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAATTGTTTT
* * * ** ** * * * * *
19819347 ATAATAGAACAAAAGGTTTTAATGATTTGAAATTGGTAATTATTCAAATAG---GAAC----TG-
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
** * * * *
19819404 -C-T-TT-GGTAAACAAATTCATTTTTTAAGTCTCTTA
317 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *
19819438 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAAT-AGACTTGTAAGATAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGA-AA
* * * * * * *
19819502 -AAAACAAATGTTTTATGACAAA-ACAAATGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATGGTTGAAAT
63 TGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * * * * *
19819565 AGCCATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTGAATCACTTACTTATTAATTT
126 AG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
** * *** *
19819630 TTGGAATATTAATAAA-T-TATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTT
189 TTAAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTTT
* ** * * **
19819693 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTAGCAACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * * *
19819758 AATTTGTTTAAAAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTGT
316 AACTTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-T
* * * * * * * *
19819799 -TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATCAACTG
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
** * * * * * * *
19819863 AAGTAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATA-ATTAATTATTCAAACAG
65 AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
19819927 TCATAACTATTTGAGCTTATTT-AGTAAATAGATTTATTTTTCCAAATCTCTTGCTTATTAATTT
128 T-ATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATT-ATTT
** * * * * * *
19819991 TTTGAATGTTAATGTAGTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATATGCAACAAA-TAT
189 TTAAAATATTAAT-AAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-A--CAA-AAATTGT
* * * ** * * ** * *
19820055 TTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAATATTAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* ** * * * *
19820119 TGAACTAGTTTGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTA
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *
19820160 CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAA-A
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-AATG
* * * * *
19820224 AAATAATTTTTTTATAACAAAGAAAAAGTCATAACGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATTGC
65 AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * *** * * *
19820288 AATAATTATTT-AACCAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG
128 TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTA-
** * * *
19820352 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATGTAAACTTGTATTAACTGAAGCAATTGTTTTA
192 AAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AA-AAATTGTTTTA
* * * *
19820417 TGA-AAAAGCTAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAA
253 TGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
*
19820481 ACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
317 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * *
19820519 CTTATTATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
1 CTTATTA-ATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * *
19820584 AAACAATT-TCTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCTAATAG
65 AAACAATTGT-TTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
19820648 TATTAA-TCATATAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
128 TA-TAACT-ATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
* * * *
19820712 CAAAATATTATTAAATATGAATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATTTGTTTTA
191 -AAAATATTAATAAAT-TGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-TTGTTTTA
* * * * * * **
19820777 TGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATCGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAA
253 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
* * * ** * * * *
19820842 CTTATTCGACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTG
318 CTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* ** * * ** *
19820879 GTTATTAAGTTTTAAAATATTATTAAATTAGTACTATTTTA-TTCGAAATAAAATAGTATG-AAT
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * * *
19820942 AGAACCAATTGTTTGATGACAAA-ACAAAATTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
64 -GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
19821006 GTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGATAAACAAATTTAGTTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTT
127 GT-ATAACTATTT-AAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
* * * *
19821070 TCT-AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGT
189 T-TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGT
* * * * * *
19821134 TTTATGACAAACCAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* * * * *
19821199 TGAACTAGTTCTATAAATAGACTTATTTTTTATATCT-TTT
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * ** **
19821239 ACTTATAAAATTTTGAAATATTAA-CAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAATTTGTATGAGTT
1 -CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * *
19821303 GAAATAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCATATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *** * *
19821367 TCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAAATGGATTTATTTTTTAAATATCTTAGC-TATGAATTTT
128 T-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTAT-TATTTT
* * * * * * *
19821431 CATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTCTATTAACAAAAATAATTGTTT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTTT
* * * * * *
19821496 TATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* *
19821561 AACTAT-TTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTCTTATTAATT
316 AACT-TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----T--TT
* *
19821605 CTTCAAATATTAATAAATTATATTATTGTATTAATAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATA
1 C-T----TA-T--T--A--AT-TT-TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATA
* * * * *
19821669 AGCTTGTATGATCAA--AAACAATTTTTTTATGACAAAGCAAAGA-TCATAATGATTTGAGATTG
50 AGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
19821731 ATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTGATCTGGTTCGGA-AAACAAGTTTAGTTCTTAAATCT
112 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTAAACTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *** * *
19821795 CTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGAGTAAG-TTTTGATG
175 CTTACTT-ATTATTTTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATG
* * *
19821859 AATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAT-ACTAATTTTAAATAAATAATTATTC
237 AA--CAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC-AATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
19821923 AAATAGTCATATCTATTCGTACTTGTT-AGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTG
297 AAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT
* ** *
19821982 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTAAAATAAGCTTGTATGAACTG
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * * * ** *
19822046 AAATAATTGTTTTATCACTAAAC-AAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCTGAGAG
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
19822110 CCT-TAACTATTTGAATTGGATCGGCA-AAACACATTTATTTTTT--A----TTA-TTA--A--A
128 --TATAACTATTTAAACTGG-TTTG-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTT
* * * * *
19822162 TT--AGTA-T--T--A-TCTA--A----ATT-CAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTC
189 TTAAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG--AACAAA-AATTGTTT
* * * * * * * *
19822212 TATGACAAAA-TAAAGATTACAACGA-TTTAAGGTAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTT
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* ** * * * * * * *
19822275 AAACTAATTTAGTAAATAAATCTAGTTTCTAAA--TC--T
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
*** * * * ** *
19822311 CTTATTAATGTTAAAAATATTAGTAAATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATG-AAT
1 CTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * *
19822374 GAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAATTCATAATGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAAT
64 G-AAACAATTGTTTTATG-ACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * ** *
19822439 AGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTT
126 AG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
* *** * * *
19822504 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAAGAATAGAAATAATTGTT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTT
* * * * * * * *
19822569 TTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATT-TTAAAAAAAGTCATAACTATT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTAATAACTATT
* ** * ** * ** *
19822633 CGAGTTTACTTGGA-AAACATATTTGCTTTTTAAATCTCTTA
314 TGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * *
19822674 CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-A
* * *
19822739 -GAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
63 TGAAACAATT-GTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
19822802 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCCT-A-AAAGATATTTATTTTTTAGATTTC-TACTCATTAAT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTT--TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AT
** * ** * *
19822864 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT-AA-ACAGA-TGTTT
187 TTTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATTGTTT
* * * *
19822926 TATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTA
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * *
19822991 AACTTGTTCAGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATCT-TTT
316 AACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* ** * * *
19823029 GCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAACT
1 -CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * ** * * * *
19823094 GATACAATTATTTTAACATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * ** *
19823159 TTTTGACTATTTGGACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTATTTGT
128 -TATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTT-T
* * * * * * * *
19823223 CAAAATATCAACAAATTATTATAATTTTAATT-CGAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTATT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTT
* * * * * * *
19823287 TTAT-AAAAAACAAAA-ATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * *
19823350 GAGCTTATTCAGTATACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TTT
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
19823388 ATTTTTTAATTTTTTGAATATTACTAAATTTGTGTTATTTAATTT-GAAATAAGCTTGTA-GGAA
1 -CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAA
* * * * * *
19823451 TAGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAGTAAAAGGTTATAGCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
63 T-G-AAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
19823515 T-GTCATAACTATTCGAACCT-G-TTCAGTAAA-AAGATTAATTTTTTAATTCTCTTGCTTATTA
125 TAGT-ATAACTATT-TAAACTGGTTTGA-TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* *** * * * * * * *
19823576 ATTTTGGGATAATTAATAAGTTAGAATTATGTTATTCCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
186 TTTTTAAAAT-ATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AAT
* * * * * ** * * * * * *
19823641 TGATTTGTGATAACACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAAAT
246 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * * * * *
19823706 ATTTGCACTAG-GCAGGCT-AACCGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTA
311 ATTTGAACTTGTTCA--ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTT
* * * * * *
19823750 CTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGCATTACTTGA-TTCTGAATAAGAC-TATAT-AAA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAAA
* * * * *
19823812 TAAAAACAATTGTTTTTATGATAAA-AAAATTGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
63 T-GAAACAATTG-TTTTATGACAAACAAAA--AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
19823876 ATAGT-TAACTAATTGAATTGG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAAT
124 ATAGTATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AT
* * * * * ** *
19823939 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACATATTTGAAAAAAAAAAAAAC
187 TTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGC----TTG--TATGAACAAAA-
* ** * * *
19824004 ATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATA
244 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATA
* * * * * * *
19824069 ATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATT-TTTTTTAAATCTCTTA
308 ACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * * * ** * *
19824115 CTGATTATTTTTTAAAATATTAACAAATTTGTTTTATTTTA-TTCTAAATAAGATACTAAGAACT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * * * *
19824179 AAAAAAATTATTTTACGACAAA-AAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAA--GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19824243 GTCTTAACTATTTAAACCGG-TTGACAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * * *
19824307 CAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAAATTGTTTT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG--AACAAAAATTGTTTT
** * * * * * *
19824372 ATGGTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGA
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* *
19824437 A-TTGGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTA
317 ACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * *
19824474 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGATTGTATG--AT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * *
19824536 GAAAAACAATTGTTTTATAACAAA-ACAAAAGCTCATAATGCTTTGAAATA-ATAATTGTTTAAA
64 G--AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *** * * * *
19824599 TAGCCATAAATATTTGAACTGATTTGATAAATTGATTTATTTTTTTAATCTCTAACTTATCAACT
125 TAG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TATT
* * * ** * * *
19824664 TTCAAAATACTGATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTTATGAGCTGAAAACAATT
188 TTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATGAAC---AAA-AATT
* * * * *
19824729 GTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACATTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
247 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
*** * * * * *
19824794 TTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAATTTCTTG
312 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19824837 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTT-TAGATAAGCATGTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * *
19824901 GAAACAATTATTTTATGACTAAA-AAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19824965 GTCTTAACTATTTGAACT-GTTTCG-CAGACACATTTATTTTTTAAATC-CTT-GTTA--ATTTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTT
* * * * * * * * * *
19825024 TATAAA-ATTACTAATTTAGTAATATTTTACTCCGAATAAGTTTCTATGAATATAAATAAATCTT
190 TA-AAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTT
* * * * * * * *
19825088 TTAGGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAATT-TT-GAAT--TGAT-TCGA--T
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* *
19825145 -AA-AT-TT---T----AGATTTAGTTTTTAAA--TC--T
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * ** *
19825171 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTAT-GAACAATTTTGTACG-AAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * *
19825233 AGAAATAATTATTTTATGACAAA-ATAAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
64 -GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * * * * *
19825297 AAACATGACTATTTGAACAT-GTTCGGTAAACGAA-TCAGTTTTTTAAATCT-TCAACTTAATAA
126 -AGTATAACTATTTAAAC-TGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCT-TACTT-ATTA
* * * *
19825359 TTTTTAGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGACTTCTATGAATAGAAACAAT
186 TTTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATG-A-ACAAA-AAT
* * ** * * * * *
19825423 TGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACA
246 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* ** * *
19825488 ATTTGAACTCGCTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA--T-TTA
311 ATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *
19825528 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAG
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAATG
** * * ** ** *
19825592 AAACAGGTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
19825657 CATAACTATTTGAGC-GTGTTCAGA-AAATAGATTTCTTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTT
129 -ATAACTATTTAAACTG-GTT-TGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-ATTT
* * * *
19825718 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTT
189 TTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAA--AATTGTT
* * * **
19825782 TTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGGCATAACTATT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* * * * * *
19825846 TAAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTTTAATTCTCTTA
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATT--TATTTTTTAAATCTCTTT
* * * *
19825889 CTCT-TTAATTTTTGGAATATTAA-AAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAAT
1 CT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAA
* * * * * *
19825952 TGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
63 TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * **
19826017 ATCATGACTATTTTAACTTCTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGC
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * ** *
19826082 TGAAATATTAGTAAATTGATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
190 TAAAATATTAATAAATTG-TATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTT
* * * * * * *
19826146 TTATGACAAAACTAAAAAGTCATAAC-ATTTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAATCAT-ACGAT
250 TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
*** * *
19826209 TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCT-TTT
313 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * *
19826250 ACTTATT-ATTTGTCTCAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTCTTTG-A
1 -CTTATTAATTT-T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA
** * ** * * ** *
19826312 ATAGAAA-AA-TCATTTATAACAAAACAAATTGTTAGAGTGATTCT-AAATACATAATTGTTCAA
62 AT-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
19826374 ATAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
124 ATAGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AT
* * *** * *
19826439 TTTTGAAATATTAATAACATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTAAAATAATT-
187 TTTTAAAATATTAATAA-ATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTG
* * * *
19826503 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAA-GACTA
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAATAACTA
* * ** * ** *
19826567 TTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTAAAAAAT-T-TTA
312 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTT
* * * * * *
19826609 CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AAAT
* ** * *
19826674 -AAACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA-ACT-A-T-TTGAATT
64 GAAACAATTGTTTTATGA-C-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* * * **** * * * * * * *
19826733 GGT-T---TGA--TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCT-CTTATT-AAT-T-TTTC-AAATATTA
126 AGTATAACT-ATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTT
* * * * * * * * ** * * ** **
19826786 ATAGACTAGT-ATTATTTT----ATTCTA-AACATACTTA--TATG-AACAA-AAACCTTTGTTT
189 TTAAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCT-TGTATGAACAAA-AATTGTTT
* * * * * * *
19826841 TATGACAAAACAAAAGTTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * * * *
19826906 AA-TTGGTT-AGGTAAATAGAGTTATTTTTT-AATATCTTA
316 AACTT-GTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19826944 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATCAAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAA
* * ** *
19827007 TGAAAAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCACAT
63 TGAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
19827072 AGTCAAAACTATTTGAACTGGTTCG-GAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGC-TATTAATT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATT-ATT
** * * * *** *
19827135 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTAT
188 TTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGT
* * * * ** * * * * * *
19827200 TTTATGATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
**
19827265 TGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTT
314 TGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19827305 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATTAATTAGTACTATTTCATTTCGAATAGGCTTGTATGATTA
1 -CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA--A
* *** * * * *
19827370 A--AAAAAATTGCGATATGATCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAAT
62 ATGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
19827433 GGCCATAATTATTTGAATTGATTTTG-TAAACAGATTCACTTTTTGAATCAT-TTACTTATTAAT
126 AG-TATAACTATTTAAACTG-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATT-AT
* ** * * * **
19827496 TTTTGAAATACCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCGTATGAACTGAAACGTTTG
187 TTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTG
** * * * **
19827561 TTTTATGGTAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
* * * ** * *
19827626 CTGAATTTGATCGGTAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTCTTG
313 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTT
* * * * **
19827668 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTAGTTTAATTT-GGATAAGCTT-TGATGAGT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAA
* * * *
19827731 TGAAACAATTGTTTTATGTGA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
63 TGAAACAATTGTTTTA--TGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * *
19827795 AGTCATAACTATTTGAAC---TTACACTAAGCATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAAT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATT-AT
** * * * * *
19827857 TTTTTGAATGTTAATAAAATTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAA-T
187 TTTTAAAATATTAAT-AAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-A--CAA-AAATT
* * * * * * * * * ** *
19827921 ATTTTATGACAAAACAAAAGGACAAAATAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAATTTTAGCTA
247 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* ** * * *
19827986 TTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
312 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *** * *
19828029 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTCTATGATTAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA--AA
* ** * * * *
19828094 --AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGATCAAATA
63 TGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * *
19828156 GTCATAACTATTTAAA-TCGATTCAATAAATAAATCTATTGTTTAAAACTGTTACTTATTAATTT
127 GT-ATAACTATTTAAACT-GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
* * * * * * *
19828220 TTGAAATCTTAATCAATTATTATTATTTTATTTTC-AATAAGTTTGTATGATAAAAAACAATTGT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATG--AACAAA-AATTG-
* * * ** * * * * ** *
19828284 TTTTAGGACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
* ** *** * *
19828349 TTTAACTAATTTGGTAAACA-AGTTTATTTTTTAAATTTCTTA
313 TTGAACTTGTTCAATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * * *
19828391 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTGTCATTTTA-TTCCATCTAAGCTTATATTAATT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * *
19828455 GAAACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAAGAT-ATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTAAAAAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * * * *
19828519 ATAATAACTATTTGAATTTGTTTGGCAAATAGATATATTTTTTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
* * * * *
19828584 TTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAA-AATTGTT
** * * * * * * **
19828649 TTATGACTTAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TCATT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT-ATT
** ** * *
19828713 TGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
19828754 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTA-GTCTAAATAAACTTGTA-CAAAC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * * *
19828817 AAAACAATTATTTTACGATAAA-AGAAAAGGTCATAATGATCATAATGATTTGAGATTGATATTT
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAA-GTCAT-A--A-C-----GATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
19828881 GTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAATTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCT
118 GTTCAAATAGT-ATAACTATTTAAACTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
19828945 TAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTGATGAACTGA
181 T-ATTATTTTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATGAAC--A
* *
19829009 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCAT-ACTGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
241 AA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC-AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
19829073 TCATATCTATTTGTACTTATT-AGGTAAAAATATTAATTTTTTTAAATCTCTTG
303 TAATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT
* ** ** *
19829126 CTTATTAATTTTTTTAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * * * * *
19829191 AAATAATTGTTTTATCACTAAAC-AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCTAAGAG
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** ** * *
19829255 CCT-TAACTATTTGAATTAGAATGGCAAA-ACA--CA--TTTT--AT-T-TT--TTATTA---TT
128 --TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
** * * * *
19829305 --AA-A-T--T--A--GTATTATCTAAATT-CGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCT
191 AAAATATTAATAAATTGTATTAT-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATG--AACAAA-AATTGTTTT
* * * * * * ** * * *
19829359 ATGACAAAA-TAAAGATTACAACGATTTGAGGTAGATAATTGTT-AAGTAGTCATAAATATTTGA
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* ** * * * *
19829422 CCTAATTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC--T
317 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *** * * * **
19829456 CTTATTAATACTAAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATG-AAT
1 CTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* ** * *
19829519 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAAT
64 -GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * ** *
19829584 AGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTCTCCAACCTATTAATTT
126 AG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
* * * ** * *
19829649 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTAAGAATAGAAATAATTGTT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTT
* * * * * * * *
19829714 TTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATAGTCATAACTATTT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
** * * * *
19829779 GAGTTTGCTCGATAAACATATTTGTTTTTTAAATCT-TTT
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * *
19829818 ACTTATAAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTTTTTTAATTT-GAATAAGTTTGTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * *
19829882 A-GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
62 ATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
19829946 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAAACATATTTCTTTTTTAAATTTC-TACTCATTAATT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
** * * ** *
19830009 TTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTCATTTGAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGT
188 TTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGT
* * * *
19830074 TTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAATTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* * * * * * *
19830139 TAAACTTGTTTAGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTGTTA
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * ** *
19830180 CTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAAATGAACTG
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * ** * * * * *
19830245 ATACAATTATTTTAACATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* ** * * * ** * *
19830310 TATGACTATTTGGACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTATTTGTC
128 TATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTT-TT
* * * * *
19830374 AAAATATCAATAAATTATTATTAATTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTT
191 AAAATATTAATAAATT-GTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTTT
* ** * * * *
19830438 TAT-AAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * * * *
19830501 AGCTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTT
316 AACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
19830539 AATTTTTAATTTTTTGAATATTACTAAATTTGTGTTATTTAATTT-GAAATAAGCTTGTA-GGAA
1 -CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAA
* * * **
19830602 TAGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAGTAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
63 T-G-AAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
19830666 TA-TCATAACTATTTGAACAT-G-TTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAA
125 TAGT-ATAACTATTTAAAC-TGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A
** * * * * * * * * *
19830728 TTTTT-GGATCATCAATAAGTTAGAATTATGTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
186 TTTTTAAAAT-ATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AAT
* * * * * ** * * * * * *
19830792 TGATTTGTGATAACACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAACAATTATAAAT
246 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * ** * *
19830857 ATTTGCAC-TG-GCAGGCT-AACCTATTCATTTTTTAAAT-TCGTTA
311 ATTTGAACTTGTTCA--ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTT
* * * *
19830900 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTGA-TTCTGAATAAGAC-TATATG-AA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAAA
* * *
19830962 TAGAAACAATTGTTTTATGATAAA-AAAAATTGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAA
63 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAA---GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
19831026 ATAGTTTAAACTAATTGAACTAG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTTTTACTTATTAA
124 ATAGTAT-AACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A
* * * * * * *
19831090 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATT
186 TTTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG--AACAAAA-ATT
* * ** * * * * *
19831155 TTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTA
247 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* ** * ** *
19831220 TTTGAACTAGTTCTGTAAAGAGAAGT-TTTTTTAAATCTCTTA
312 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * * *
19831262 CTGATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTGTTTTATTTTA-TTCTAAATAAG-TTACTAAGAAC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT-GTATGAAA
* * * * * *
19831325 T-AAAAAATTGTTTTATAACAAA-ACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
63 TGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
19831388 GTCTTAACTGTTTAAACTGG-TTGGCAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAGTTTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-TTTT
* * * * *
19831452 CAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACGAAAATAATTGTTT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTTT
* * * ** * * * * * *
19831517 TATGGCACAACAAAAGGTTATAACAATTCGAAATATATAATGGTTTAAACAGTCATAACCATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * **
19831582 AA-TTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTCTGA
316 AACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19831620 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTC-CATAGGATTGTATG--AT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * *
19831681 GAAAAACAATTGTTTTATAATAAA-ACAAAAGCTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 G--AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** ** * * * ** * * * * *
19831745 CGGCTATAGTTATTTGAATTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTTATTCTCTAACTTATCAACT
125 TAG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TATT
** *** * * * *
19831810 TTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAAGAGCTGAAAAAATTAT
188 TTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC---AAAAATTGT
* * * * * * *
19831875 TTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAGTTTTAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
*** * * * * * *
19831940 TGAACTTGTTTGGTAAATAAAATTATTTTTTTAATTTCTTG
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
19831981 CTTTTTAATTTTTTTAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAAAT
* * * * * * *
19832045 GAAACAATTATTTTATGACTAAAAAAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
19832110 GTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTGGCAGACACATTTATTTTTTAAATC-CTCA-TTA--ATTTTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
* * * * * * * * * * * *
19832170 ATAATACTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCGAATAAGTTTCTATGAATAGAAATAAATCTTTT
191 AAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTTTT
* * * * * **
19832235 AGGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAATT-TTGAACT-G-AAT--C--GGT-A
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* *
19832291 A-AT-TT---T----AGATTTAGTTTTTAAA--TC--T
317 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * **
19832316 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTACTATTTT-TTAT-GAATAATTTTGTATG-AAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * * *
19832378 AGAAATAACTATTTTATGATAAA-ATAAAATGCCATAAGGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
64 -GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * * * * *
19832442 GAACATGACTATTTGAACAT-GTTCGGTAAACGAATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTAATAAT
126 -AGTATAACTATTTAAAC-TGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTT-ATTAT
* * * * *
19832505 TTTTAGAACATTAATAAA-T-TAGTATTTTATTCCAAAT-AGACTTCTATGAATAGAAACAATTG
187 TTTTAAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATG-A-ACAAA-AATTG
* * * * * * * * * *
19832567 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTCATAACAAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
* ** * *
19832632 TTGAACTCGCTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA--T-TTA
313 TTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * *
19832670 CTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAG
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * ** ** *
19832734 AATCATTTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* ** * * * *
19832799 TATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAATAGATTTCTTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
128 TATAACTATTTAAACTG-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-ATTTT
** * ** * *
19832861 TGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAAGAAAACCAATTGTTT
190 TAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAA--AATTGTTT
* * * *
19832926 TATGACAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTT
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * *
19832990 GAACTTGTT-AGATAAACAGATTCATTCTTTTAATTCTCTTA
315 GAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTT
* * * ** *
19833031 CTCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAAATGAACT
1 CT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * * * *
19833095 AAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAA
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * * *
19833160 TCATGACTATTTGAACTTCTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTT
128 T-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* ** *
19833225 GAAATATTAATAAATTGATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
191 AAAATATTAATAAATTG-TATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTTT
* * * * * *
19833289 TATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTT
251 TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * *
19833354 GAACTTGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCT-TTT
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * *
19833393 ACTTATTAATTGTCTCAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATG-AA
1 -CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAA
* ** * ** * ** * *
19833456 TAGAAA-AAATCATTTATAACAAAACAAATTGTTATAGTGATTCT-AAATACATAATTATTCAAA
63 T-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
19833519 TAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
125 TAGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
* * * *** * * * * *
19833584 TCTGAAATATTAATAACATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATACGAACTGAACTAA-TAT
188 TTTAAAATATTAATAA-ATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AA-AAATTGT
* * *
19833648 TTTATGACAAATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-GACTA
249 TTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AATAACTA
* ** * * * *
19833710 TTTGATA-TAGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATTTTTTT
312 TTTGA-ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* ** * * * *
19833752 ACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA
1 -CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-A
* * * ** * *
19833817 T-AAACTATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATTATAATTTGAAATAAATAATTATGT-AAA
63 TGAAACAATTGTTTTATGA-C-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAA
* *
19833879 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTT
125 TAGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTT
* **** ** * **
19833941 TTGAAATATTAATAGACCAATATTATTTTATTCTGAACAAAATTGTATGAACAAAAACCTTTGTT
189 TTAAAATATTAATA-AATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA---TTGTT
* ** * * * * *
19834006 TTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * * *
19834071 GAA-TTGGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTT-AATATCTTA
315 GAACTT-GTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19834110 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATCAAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAA
* * * * * ** *
19834173 TAAAAAAATTGTTTTATGATAAGACGAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
63 TGAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19834238 GTCAAAATTATTTAAACTGGTTCGACAAA-ACAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
** * * * *** * *
19834302 TTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTATT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTT
* * * ** * * * * * *
19834367 TTATGATAGAACATAAAGCT-ATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATTATAACTATT
250 TTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
** *
19834431 TGAA-TTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
314 TGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * *
19834472 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATTAATTAGTACTATTTCATTCCGAATAGGCTTGTATGATTAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA--AA
* * * * * * * *
19834537 --AAACAATTGCTATATGATCAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATG
63 TGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
19834600 GCCATAATTATTTGAATTGATTTTG-TAAACAGATTCACTTTTTGAATCAT-TTACTTATTAATT
127 G-TATAACTATTTAAACTG-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATT-ATT
** * * * * * *
19834663 TTTGGAATACTAATAAAATAGTATTATTCTATTTCAAATAAACTCGTATGAACTGAAACAATTGT
188 TTTAAAATATTAAT-AAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGT
* * * * * ** * *
19834728 TTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTGTAAATATC
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* * * *
19834793 TGAATTTGATCAATAAACAAATTTATTTTGTTTAAA-CTCTTG
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTT
* * * * * * **
19834835 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTGGTATTAGTTTAATTT-GGATAATCTT-TGATGAGT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAA
* * * * *
19834898 TGAAACAATTGTTTAATGTGA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
63 TGAAACAATTGTTT--TATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** ** * * * * *
19834962 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAGCATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAATT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
** * * * * * *
19835027 TTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAA-TA
188 TTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-A--CAA-AAATTG
* * * * * * * * ** *
19835091 TTTTATGACAAAACAAAAGGACAAAACAATTTGAAATAGATACTTATCCTAATAATTTTAGCTAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
* ** * * *
19835156 TTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
313 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *** * *
19835198 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCGAATAAGCTTCTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT-
* ** * * *
19835262 GAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19835326 TCATAACTATTTACATTGATTCGATAAACAAATCTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT
128 T-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* * * *** * *
19835391 TAAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTATAAAAAATAATTGTTTT
191 AAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-T-GAACAAA-AATTGTTTT
* * * * ** * * * * ** * *
19835456 AGGACAAAACGAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTTTA
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* **
19835521 ACTAAGTT-GGTAAACA-AGTTTATTTTTTAAA----TTT
317 ACT-TGTTCAATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * ** * * *
19835555 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTA-TTCTGTCTAAGCTTATATTAAGT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * * *
19835619 GAAACTATTGTTTTTTAACAAATCAAAAAGAT-ATATTACAATTTTAAATAGACAATTGTTAAAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAG-TCATA--ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** * * * * *
19835683 AAATAATAGCTATTTGAACTTGTTCAACAAATAGATATATATTTTTAAATCTCTTTCTTATTAAT
125 TAGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATT-AT
* * * * * *
19835748 TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCCTGTATGAATTGAAACAATTG
187 TTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAA-AATTG
** * * * * * * ** *
19835813 TTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
** ** * *
19835878 TTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
313 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
19835920 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTA-CAAAC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* ** * * * * *
19835983 AAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAATGATCGTAATGATTTGAGATTGATATTTG
64 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTCAT-A--A-C-----GATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
19836048 TTCAAATGGTCGTAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
119 TTCAAATAGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-
* * * * * *
19836113 ATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTGATGAACTGAAA
182 ATTATTTTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATGAAC--AAA
* * * * * *
19836177 CAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAAGGTCAT-GCTGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTC
243 -AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC-AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
* * * * * * *
19836241 ATATCTATTCGTACTTGTT-AGGTAAACATATTATTTTTTTTAAATCTCTTG
305 ATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTT
** * ** * *
19836292 CTTATTAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTAAAATAAACTTGTATGAACTG
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * * * * * *
19836357 AAATAATTGTTTTATCACTAAACAAAATA-TTAGAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCAGAGAG
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
19836421 CCT-TAACTATTTGAATTGGATCGGCA-AAACACATTTATTTTTT-AA--T-TT--TTA--A--A
128 --TATAACTATTTAAACTGG-TTTG-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTT
* * * * *
19836474 TT--AGTA-T--T--A-TCTA--A----ATT-CAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAGAATTGTTC
189 TTAAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG--AACAAA-AATTGTTT
* * * * ** * ** * * * *
19836524 TATGACAAAA-TAAAGATTACAATGATTTGAGGTAGATAACTATTCAAGTAGTCATAACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * * *
19836588 AAC-TGATTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC--T
316 AACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
*** * * * *
19836623 CTTATTAATGTTAAAAAAATTAATAAATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTATGTATG-AA
1 CTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT-TGTATGAAA
* * * * *
19836685 TGGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAATTCATAATGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAA
63 T-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * ** *
19836750 TAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATT
125 TAG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
* * * * * * *
19836815 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAAGAATAGAAATAATTGC
188 TTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGT
* * * * * * * * *
19836880 TTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATACTCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
** * ** * *
19836945 TGAGTTTGCTCGGTAAACATATTTGTTTTTTTAAATCT-TTT
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTT
* * *
19836986 ACTTATTAATTTTTGAAAATTTAATAAATTAATA-TATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
19837050 A-CAAACAATTGGTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
62 ATGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
19837114 AGTCATAACTATTTGAACT--TATTCATAAA-ATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTCATTAA
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGT-TTGATAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A
** * * ** * **
19837175 TTTTTGGAATATTAATAAGTTTATATTATTTTATTTGAAATAAGGTTGTACAAACAAAAACAATT
186 TTTTTAAAATATTAATAA-ATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATT
* * * * *
19837240 GTTTTATGACCAAACAAACGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTA
247 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* * * * * * *
19837305 TTTAAACTTGTTTAGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTGTTA
312 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * *
19837348 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCCTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * ** * * * * * *
19837412 ATACAATTATTTTAACATGAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* ** * * ** * *
19837477 TATGACTATTTGGACTTGTTT-AGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTATTTGTC
128 TATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTT-TT
* * * *
19837541 AAAATATCAATAAATTATTATTAATTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
191 AAAATATTAATAAATT-GTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTTT
* * * * * *
19837605 TAT-AAAAAACAAAA-GTCACAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * * *
19837668 AGCTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTT
316 AACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * *
19837706 -TTTTTAATTTTTTGAATATTACTAAATTTGTGTTATTTAATTT-GAAATAAGCTTGTA-GGAAT
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAAT
* * * *
19837768 AGCAAA-AATTATTTTATGACAAAGTAAAAGGTTATAGA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 -G-AAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
19837831 T-GTCATAACTATTTGAACAT-GTTT-AGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTACTAA
125 TAGT-ATAACTATTTAAAC-TGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTA
** * * * *** * *
19837893 TTTTT-GGATAATTAATAAGTTAGAATTATGTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
186 TTTTTAAAAT-ATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AAT
* * * * * * * * * * * * * *
19837957 TGATTTGTAATAACACAAAATGTTATAACGATTTAAAATAGATATTTGTTCAAACAATTATAAAT
246 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
** * * *
19838022 ATTTGCAA--TGGGCAGGCT-AACCGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTAT
311 ATTTG-AACTTGTTCA--ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TT-T
* * * **
19838067 -TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTGA-TTCTGAATAAGAC-AATATG-AA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAAA
* * *
19838128 TAGAAACAATTGTTTTATGATAAA-AAAAATTGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCA
63 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAA---GTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCA
* * *
19838192 AATAGT-TAAACTAATTGAACTGG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTA
123 AATAGTAT-AACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-
* * * * * * * *
19838255 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAAACA
185 ATTTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG---AACAAAA-A
* * ** * * *
19838320 TTTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
245 -TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAA
* * * * * *
19838385 TTATTTGAACTAGTTCAGTAAAAAGAATT-TTTTTTAAATCTCTTG
309 CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * *
19838430 CTGATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTAA-ATA-CATTACTAAGA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGC-TT-GTATGA
* * * ** ** * * *
19838491 ACTAAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATA
61 AATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * *
19838556 TAGTCTTAACTATTTAAACTGG-TTGGCAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
125 TAGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
* * * *
19838620 TTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAACAATAATTGT
188 TTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-A-AA-AATTGT
* * * * * * *
19838685 TTTATGACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* *
19838750 TGAA-TTAGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTA
314 TGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * *
19838790 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAAT-AGAATTGTATG--A
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAAA
* * *
19838851 TGAAAAACAATTGTTTTATAACAAA-ACAAAAGCTCATAACGCTTCGAAATAGATAATTGTTCAA
63 TG--AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * ** * * * *
19838915 ATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTTAATCTCTAACTTATCAAC
124 ATAG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAT
* * ** * * *
19838980 TTTCAAAATACTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTTATGAGCTCAAAACAAT
187 TTTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATGA--AC-AAA-AAT
* * ** * *
19839045 TGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACTTTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
246 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* *** * * * * *
19839110 ATTTGAATTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAATTTCTTG
311 ATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * *
19839154 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTG
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * *
19839219 AAACAATTATTTTATGACTAAA-AAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
19839283 TCTTAACTATTTGAACT-GTTTCACAGACACATTTATTTTATAAATC-CTT-GTTA--ATTTTTA
128 T-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTA
* * * * * ** * * * *
19839343 TAAA-ATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCGAATAAATTTCTATGAATAGAAATAAATCTTTT
192 -AAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTTTT
* * * * ***
19839407 AGGACAAAAC-AAAGATCATAA-AATTTCAAATAGATAATT-TTCAACT-G--AT---TCGGT-A
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* *
19839462 A-AT-TT---T----AGATTTAGTTTTTAAA--TC--T
317 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *
19839487 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTA-TTT-TTT---ATGAA-----TA-GAAAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAAAT
* * * * ** *
19839541 -----AATTGTTTTATGACAAATAAAATGTCACAACGATTTGAAATCGATAACAGTTCAAATGAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* * * * * * * *
19839601 CATGACTATTTGAACAT-GTTTGGTAAACGAATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTAATAATTTT
128 TATAACTATTTAAAC-TGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTT-ATTATTTT
* * * * *
19839664 TAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATTAGACTTCTATGAATAGAAACAATTGTT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTT
* * * * * * * *
19839728 TTATGACAAAATAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
** ** * *
19839793 GAACTCACTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA--T-TTA
315 GAACT-TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *
19839829 CTCT-TTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAT
1 CT-TATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * **
19839892 GAAATAGTTGGTTTATAACAAAACAAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
19839957 GTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAGA-AAATAGATTTCTTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAAT
127 GT-ATAACTATTTAAACTG-GTT-TGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AT
** * ** **
19840018 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAACAAAACCAATTG
187 TTTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAA--AATTG
* * * * * *
19840083 TGTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATGATAACTA
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* * * *
19840147 TTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTA
312 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19840191 CTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACT
1 CT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * * * *
19840255 GAAAAAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * ** * *
19840320 TCATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAACGTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
128 T-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* * ** * *
19840385 GAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATT-TGAGTAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
191 AAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTGTTT
* * * * * *
19840449 TATGGCAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATT
251 TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT-ATT
* *** ** * *
19840513 TGGACTTGTTTGGTTTATAGATTTATTTTTAAAATCT-TTT
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * *
19840553 ACTTATTAATTGTCTCAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATG-AA
1 -CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAA
* ** ** * ** *
19840616 TAGAAAAAATCATTTATAAT-A-AAACAAATTGTTATAGTGATTCT-AAACAGATAATTGTTCAA
63 T-GAAACAATTGTTT-T-ATGACAAACAAAAAGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
19840678 ATAAGCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
124 AT-AGTATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AT
* * *** * * *
19840743 TTTTGAAATATTAATAACATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATACGAACTGAAATAATT-
187 TTTTAAAATATTAATAA-ATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTG
* * * *
19840807 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAA-GACTA
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAATAACTA
* * * * * *
19840871 TTT-AATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTT
312 TTTGAA-CTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* ** * * * * * *
19840913 GCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATGAGTA
1 -CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-AA
* * ** * * *
19840978 T-AAACTATTGTTTTGT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTTAAAT
63 TGAAACAATTGTTTTATGA-C-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
19841041 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TTA--A
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACA-A---ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * ** * * *
19841103 TTTTTGAAATATTAATAGACTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACCTTT
186 TTTTTAAAATATTAATA-AATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA---TT
* * *
19841168 GTTTTAAGACAAAACAAAAGTTTATAACAA-TTT-AA-A-AT-A--G-------A-TAAT---TA
247 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* * * * * *
19841215 TTTGAA-TTGGTT-AGGTAAATAGAATTATTATTT-AATATCTTA
312 TTTGAACTT-GTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19841257 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATCAAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAA
* * * ** **
19841320 TGAAA-ATTTTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCGTAT
63 TGAAACA-ATTGTTTTATGACAA-ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * **
19841384 AGTCAAAACTATTTGAACTGGTTCGGA-AAACAAATTTATTTTTTAGATCTTTTAGGTATTAATT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
** * * * *** * *
19841448 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAAAAATAATTAT
188 TTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGT
* * * * ** * * * * * *
19841513 TTTATGATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
** *
19841578 TGAA-TTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
314 TGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19841619 CTTATTAATCTTTGAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTCA-TTCTGAATAGGCTTGTATGATTA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA--A
* * * * * * * *
19841683 A--AAACAATTGCTATATGATCAAA-TAAACGATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAA
62 ATGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * * *
19841745 TGGCCATAATTATTTAAATTGATTCTG-TAAAGAGATTCATTTTTTGAATGAT-TTACTTATTAA
125 TAG-TATAACTATTTAAACTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATT-A
* * * * *
19841808 TTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTCT-TATGAACTGAAACAAT
186 TTTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAAC--AAA-AAT
* * **
19841872 TGTTTTATGATAAAA-ATAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAAC
246 TGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAAC
* * * * ** * *
19841936 TATCTAAATTTGATCGGTAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTCTTG
310 TATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTT
* * * * * * **
19841981 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTAGTTTATTTTGGATAAGCTT-TAATGAGTT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAAT
* * * *
19842045 GAAACAATTGTTTTATGTGA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTA--TGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** ** * * * * *
19842109 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAGCATATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
** * * * * *
19842174 TTTGAATGTTAATAAATT-TAGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAA-TA
189 TTAAAATATTAATAAATTGT--ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-A--CAA-AAATTG
* * * * * * * * * *
19842237 TTTTATAACAAAACAAAAAGACAAAACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAAGT-TTAGCTA
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTAATAACTA
* ** * * * *
19842301 TTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTA
312 TTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* *** * * *
19842344 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTCTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT-
* * ** * * * *
19842408 GAAACAATTGTTTTATGTCAAA-ACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
19842472 TCATAACTATTTAAA-TCGATTCGATAAACAAATCTGTTGTTTAAATTTGC-TACTTATTAATTT
128 T-ATAACTATTTAAACT-GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATT-ATTT
* * * *** * *
19842535 TTTAAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGATAAAAAACAATTGT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG--AACAAA-AATTGT
* * * ** * * * * ** *
19842600 TTTAGGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* ** *** * * *
19842665 TTAACTAATTTGGTAAACA-AGTTTATTTTTAAAATTTCTTA
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * ** * * *
19842706 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTCCGTCTAAGCTTATATTAATTG
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * ** * * * * * * *
19842771 AAACAATTATTCTTTTAACAAGTCAAAAAGAAATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTAAAAAAA
65 AAACAATTGTT-TTATGACAA-ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19842836 TAATAACTACTTGAACT--TATTCAGCAAACAGATATATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATT
128 T-ATAACTATTTAAACTGGT-TTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
* * * * *
19842899 TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGT
188 TTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAA-AATTGT
** * * * * ** * ** *
19842964 TTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTACTCTAATAGTCTTAACCATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
** * * *
19843029 TGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * * *
19843070 CTTATTAATGTCTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTA-CAAAC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * *
19843133 AAAACAATTGTTTTATGATAAA-AGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *** * * * * **
19843197 GTCTTAACTATTCAAACT-GATTGGGCAACTAGATTTATTTTTCAATTTTCTTGGTTATTATTTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTT
* * * ** ** * * *
19843261 TCATAATATT-TTAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAAATAT-TATTAGTAGAACCAATTGT
190 T-AAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTA-T-GAACAA-AAATTGT
* ** * ** * * *
19843324 TTGATGACAAAGTAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCAA-AACTAT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAATAACTAT
* * *** * * *
19843387 TTGAAATAGTTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA
313 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
19843429 CTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAGCTTATATTAACA-
1 CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-AT
* * * * * *
19843493 AAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAACTAG
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
19843558 TTATAATTATTTGAACTGG-CTCAGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATTTTTTACTTATAAATTT
128 -TATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TATTT
* * ** *** * *
19843621 TTAAAATATTAATAAATTAATTTTATTCCATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTTAAATAACTGTT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTT
* * * ** *
19843686 TTATG-----ATAAAA---CA-AA-AA---T--A-A-ATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * * * *
19843734 AAACTTGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAA--TCATA
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* ** * * * * *
19843772 GTTATTAATTTTCAAAATACTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTACA-
1 CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AAAT
* * * * *
19843836 GAAGCAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19843900 GTTATAACTATTTGAACTGG-TTCAGTAAACAATTTTA-TTTTTATATGTCTTA-TTA--ATTCT
127 G-TATAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTT
* * *** *
19843960 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTTGGAA-AAGCTTGTATGTTTTAA-AACAATTGT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATG----AACAAAAATTGT
* * ** ** * * * *
19844023 TTTATAAAAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* ** *
19844088 TGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--A
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
19844125 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTA-TTCTAAACAAACATATATG-AAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * *
19844188 AAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
64 -GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
19844253 GTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * * * *
19844318 TGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCATAAAAAACTTA
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--C---AAAAA-TTG
* * * * ** *
19844383 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
*** * * * * * *
19844448 TTGAA-TTGGTTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTAATTCTCGTA
313 TTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * *
19844490 GTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-AT
* * * * * * * ** * * *
19844554 AAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAACTTTACAATTATTTAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19844619 TCGA-AACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
128 T--ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
* * * * * ** *
19844683 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTA
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AA-A-AATTGTTT
** * * ** * * * * **
19844748 TATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAACTATTTG
251 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
** * * * *
19844813 AACTAATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAAT-TACTTA
316 AACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTT
* * * * *
19844852 CTTATTAAATTTATAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATTG
1 CTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * * * *
19844917 AAATAATTG-TTCACTGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAG
65 AAACAATTGTTTTA-TGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * ** * *
19844981 TCTTAACT-GTTAGAACTACTTCGGCAAACAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTT
128 T-ATAACTATTTA-AACTGGTTTGATAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
* * * * *
19845045 TTAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAAACTTATATTAACTCAAACAATTAT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAA--CAAA-AATTGT
* * * * * * * *
19845110 TTTATAATAGAACAATAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA----TC--AT--T--CAA--ATG
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* * * *
19845163 GGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
*
19845204 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TCTTATTTTA-TTCTGAAT-AGACTTGTATG--
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAA
*
19845264 ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
62 ATG--AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * ** * *
19845328 AATGGCCACAATTATTTAAACCGATTCGATAAACTAACTTATTTTTTGGATCTCTAACTTATCAG
123 AATAG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-
* ** * * *
19845393 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTAT-AATCTGAAATAAT
186 TTTTTAAAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-C--AAA-AAT
* * *** * *
19845457 TCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
246 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* *** * * *
19845522 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGT
311 ATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-T
* * * * ** * * *
19845568 -GTATTAATGTTCT-ACATGTTAATTAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAACCATGTATGAACT
1 CTTATTAAT-TTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * *
19845631 GTAAA-AACTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
64 G-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
19845695 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
* * * * * * *
19845760 TTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-CGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTAT
189 TTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGT
* ** * * * *
19845824 TTTATGACAAAAC-AAAGCTCAT-ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* * *
19845887 TGAATTTGTTCGATAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TC-TT
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19845925 -TTATGAATTTTTCAAATACTAATAAATTAGTATTATTTT-GTTCTGAAT-AGTTTTGTATG-AA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAAA
* * *
19845986 TAGAAACAATTGTTTTATGATAAA-ATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAA
63 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * * *
19846050 TGGACATGACTATTTGAACTTGTTTTATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTAC-AACATATTAAT
125 TAG-TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATT-AT
* * * * *
19846114 TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
187 TTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAA-AATTG
* * * * *
19846179 TTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
* ** ** * *
19846244 TTAAAC-TCCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTAA
313 TTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-T
* * * * *
19846285 CTTATTAATTTTTGGTATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTAT-AATT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAT
* * * * * *
19846348 AGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTCAAATA
64 -GAAACAATTGTTTTATG-ACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19846413 GTCATAACTATTTGAAC--GTGTTCAAAAAGCATATTTA-TTTTT-AATTTTTTACTTATTAATT
127 GT-ATAACTATTTAAACTGGT-TTGATAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
* * * * ** * *
19846474 TCTGATATATTAATAAATT-TATAACATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTG
188 TTTAAAATATTAATAAATTGTAT--TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AA--AATTG
* ** * *
19846538 TTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAA-TGTTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCTA
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAA-CTA
* *** * * * *
19846602 TTTGCAA-ATGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
312 TTTG-AACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* ** * * * **
19846645 CTCATTAATTTAGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTG
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* ** * ** *
19846710 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * ** ** * ** * * *
19846775 TATGATTATTTGAACTTATTCAAAAAACTTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGATCT
128 TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AT-TTTT
* * * * * *
19846840 -AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTT
191 AAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GA-ACAAA-AATTGTTTT
* * * **
19846904 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAATA-TCCATAAAGATTT
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT-AATAACTATTT
* ** *
19846967 GAACTTGTTCGAGGAACAGATTAATTTTTTAAATCT-TTT
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
19847006 ACTTACTAAATGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTAGAAATAAGCATGTATGAA
1 -CTTA-TTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG-A
** * ** * * * * * * * *
19847069 CAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCATACAGATAATTGTTAAA
61 -AATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * ** *
19847134 ATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTCATTTTTT--AT-TAATAATTATTAAT
124 ATAGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AT
* * *** * ** * *
19847196 TTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTACAAGAACTAAAATATTTT
187 TTTTAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA-ATTGT
* * * * ** * *
19847261 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTACTCAAATAGTCATGACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* ** * * * * * *
19847326 TGATCTAATTCGATAAGCATATTTACTTTTGAAAT-TTTTT
314 TGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * *
19847366 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACA
1 -CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-A
* * * * * *
19847430 -GAAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGATCAAAT
63 TG-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
19847494 AGTCATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAGTTT
126 AGT-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTT
* * * *
19847555 TAGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTCCAAACAAACTTAG-ATGAACAAAAATATTTG
190 TA-AAATATTAATAAATT-GTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAAC-AAAA-A-TTG
* ** * * * *
19847619 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
248 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
* * *
19847684 TTGAA-TTG-GCTAGATAAACAAAATTGT-TTTTTTAAATCTCTTA
313 TTGAACTTGTTC-A-ATAAAC-AGATT-TATTTTTTAAATCTCTTT
** * *
19847727 CAGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-A
* * ***** * * *
19847791 --AAA-ATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-C-T--TG-TATG-AATAGAAATAATTGTTT
63 TGAAACA-ATT-GT-TT-TATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG--ATAATTG-TT
* * * * * * * *
19847847 TATGATAGAACAA-AATATTATAA-TGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
121 CA-AATAGTATAACTAT-TTA-AACTGGTTT---G-ATA-AA-----CAAAT--T--T-ATTTTT
* * ** ** ** * * **
19847910 TAAA-CTAATT-CGGTAAACATTTCTT-ACTTATTAAT-TTTTGAAAGATTAATAAATT--AATA
168 TAAATCT-CTTAC--TTATTATTT-TTAAAATATTAATAAATTG---TATTATTTTATTCCAA-A
* ** * * * * * ** * **
19847969 TTATTTTGT-TCCAA-ATAAACTTGTATGAT-AAAAAAC-AATTGTTATATGACTAA--ACAAA-
225 TAAGCTTGTAT-GAACA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--AC-AATTTTAAAT
* * *** * * * * * **
19848027 AGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTTGTTA
285 AGATAAT--TG--TTCAAATAG-TAATAACT--ATTTG--A-ACTT-GTTCAA-TAA-----ACA
* ** * *
19848092 GCAGATTCATTTTTTAAATCACTTA
333 G-A-TTTATTTTT-TAAATCTCTTT
* * * *
19848117 CTTATTACTTTTTAGAATATAAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAACT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAA-T
* * * * ** * * *
19848181 AAAACAATTG-TTT-TG------TAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTTAAAGAGT
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * * * *
19848238 TGTAACTATTTGAATTTGTTAGCTAAAAAAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
128 TATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* * * **** * * *
19848302 GAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTGAAACAATTATTTT
191 AAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTTTT
* * ** * * * *
19848367 ATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAACTAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAATTTG
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT-ATTTG
*** * *
19848431 AACTTGTTTGGTAAACATATTCT-TTTTTTCAAATAT-TTT
316 AACTTGTTCAATAAACAGATT-TATTTTTT-AAATCTCTTT
* * * * * *
19848470 GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAGATAT
1 -CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * ** ** * * * * *
19848535 GAAACAAATATTTTACAACTAAACAAAGGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * *
19848600 TTTTAACTATTTGAAA-TGGTTTGGCAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTCCTTTT
128 -TATAACTATTT-AAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTT
** * * * * ** * *
19848664 TGGAATATTATTAAATTAGTATTATATTTA--ACTAATAACCTTCAATGATCATAAACAATTATT
190 TAAAATATTAATAAATT-GTATTAT-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAA-AATTGTT
* * * ** * * * * * *
19848727 TTATAACAAAA-AAAAGATCTTAATGATCTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTT
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * * * *
19848791 AAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
315 GAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * *
19848831 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG--ATC
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * **
19848894 ACAACAATTGTTTTATAACAAGATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGA
65 A-AACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
** * ** ** * * ** *
19848959 CCATAATTATTTTAAA-TAATTTGGCAAATAGATTTACCTTTTAAATTTCTTACTTATTA-TTTT
127 GTATAACTA-TTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
* ** * *
19849022 AGGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAACTGAAAGAATTGTT
191 A--AAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--AAA-AATTGTT
* * ** * **
19849087 TTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATAC
250 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * ***
19849152 AAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTT
315 GAACTTGTTCAATAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT
* * * *
19849193 GTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAA-T
* * * * * * * **
19849257 AAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTTTTTTAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATG-ACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** ** * *
19849322 -ACTTAACTATTCGAACT-AATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTT
128 TA--TAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTT
*
19849385 TCAAAATATTA
189 TTAAAATATTA
19849396 TTTTAATCAA
Statistics
Matches: 23012, Mismatches: 5272, Indels: 3333
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
317 42 0.00
318 41 0.00
320 2 0.00
321 1 0.00
322 6 0.00
323 63 0.00
324 13 0.00
325 16 0.00
326 6 0.00
327 1 0.00
328 3 0.00
329 46 0.00
330 148 0.01
331 171 0.01
332 51 0.00
333 175 0.01
334 184 0.01
335 225 0.01
336 186 0.01
337 62 0.00
338 143 0.01
339 144 0.01
340 36 0.00
341 37 0.00
342 69 0.00
343 330 0.01
344 57 0.00
345 78 0.00
346 59 0.00
347 68 0.00
348 149 0.01
349 54 0.00
350 86 0.00
351 106 0.00
352 149 0.01
353 199 0.01
354 235 0.01
355 348 0.02
356 647 0.03
357 880 0.04
358 1166 0.05
359 1752 0.08
360 2638 0.11
361 2712 0.12
362 3777 0.16
363 2182 0.09
364 1508 0.07
365 667 0.03
366 121 0.01
367 19 0.00
368 29 0.00
369 28 0.00
370 166 0.01
371 230 0.01
372 136 0.01
373 94 0.00
374 6 0.00
375 17 0.00
376 16 0.00
377 17 0.00
378 13 0.00
379 19 0.00
380 179 0.01
381 66 0.00
382 13 0.00
383 26 0.00
384 10 0.00
385 2 0.00
386 6 0.00
387 2 0.00
388 5 0.00
389 8 0.00
390 58 0.00
391 7 0.00
392 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGA
AACAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAT
AACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTAAAAT
ATTAATAAATTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCA
ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
Found at i:19824291 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19822152--19824983 Score: 1553
Period size: 180 Copynumber: 15.7 Consensus size: 177
19822142 ATTTATTTTT
* ** * * * *
19822152 TATTATTAAATTAGTATTATCTAAATTC-AAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCTAAATAAG-ATATAAGAAAA-AAAAAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
19822216 ACAAAATAAAGATTACAACGATTT-AAGGTAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTAAACT
63 ACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * *
19822280 AATTTAGTAAATAAATCTAGTTTCTAAA--TC-T-CTTATTAATGTTAAAAA
127 GGTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
19822328 TATTAGTAAATCAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGCATGAATGAAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATAT--AAGAA-AAAAAAAATTGTTTTATG
* ** ** * * *
19822392 AAAAAACAAAAATTCATAATGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAAC
63 ACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * ** * *
19822457 TTATTTG-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAA
126 -TGGTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
19822510 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTAAGAATAGAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGA--TATAAGAA-AAAAAAAATTGTTTTATG
* * * * * *
19822574 ACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATT-TTAAAAAAAGTCATAACTATTCGAGT
63 ACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGA-A
* ** * * * *
19822638 TTACTTG-GAAAACATATTTGCTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
125 CTGGTTGAGTAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * * *
19822691 TTTTAATAAATTAATATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTAT
1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTAAATAAG-ATATAAGAA-AAAAAAAATT-GTTTTAT
* * *
19822755 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
62 GACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * **
19822820 TTGTT-CCTAAA-AGATATTTATTTTTTAGATTTC-TACTCATTAATTTTTGGAA
126 TGGTTGAGTAAACA-A-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
19822872 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCT-T--GTATAAACAGA-TGTTTTATGA
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGATATAAGAAAAAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
19822931 CAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTT
64 CAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * * **
19822996 GTTCAGTAAA-AAGATTCATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTGGAA
128 GTTGAGTAAACAA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * * *
19823047 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTATTTTA--A
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-ATATAAGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGA
** * * ** * *
19823110 CATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTGGAC
64 CA--AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
19823175 TTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAA
126 TGGTTGAGTAAACAAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAAA
* * * * * * * * * *
19823228 TATCAACAAATTATTATAATTTTAATTC-GAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAT-
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAA-GATATAAGAA-AAAAAAAATTGTTTTATG
** * * * *
19823291 A-AAAAACAAAAATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAGCT
63 ACAAAAA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * * **
19823355 TATTCAGTATACAGATTTATTTTTAAATCTTTTATTTTTTAATTTTTTGAA
127 GGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * **
19823406 TATTACTAAATTTGTGTTATTTAATT-TGAAATAAGCTTGTAGGAATAGCAAAAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAG-ATATAAGAA-AAAAAAAATTGTTTTATG
* * * * * *
19823470 ACAAAGTAAAAGGTTATAGCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTCGAACC
63 ACAAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C
* * * * ***
19823534 T-GTTCAGTAAA-AAGATTAATTTTTTAATTCTCTTGCTTATTAA-TTTTGGGA
126 TGGTTGAGTAAACAA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * * * * *
19823585 TAATTAATAAGTTAGAATTATGTTATTCCGAATAA-ACTTATATGAATAGAAACAATTGATTTGT
1 T-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGA--TATAAGAA-AAAAAAAATTGTTTTAT
* * * ** * * * * * * * *
19823649 GATAACACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAAATATTTGCAC
62 GACAA-AAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** *
19823714 TAGGCAG-GCT-AACCGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAAAA
126 T-GGTTGAG-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
19823767 AATTAATAAATTAGCATTACTTGATTCTGAATAAGACTATATA-AATAAAAACAATTGTTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGA-TATA-AGAA-AAAAAAAATTG-TTTTAT
* * * *
19823831 GATAAAAAAATTGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT--TAACTAATTGAAT
62 GACAAAAAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
19823894 TGGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
126 TGGTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
19823947 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACATATTTGAAAAAAAAAAAAACATTTGTTT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA-TAAGATA--T--AAGAAAAAAAAA-A-TTGTTT
* ** ** *
19824012 TATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
59 TATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
19824077 AACTAGTTCAGTAAATAAAATTT-TTTTTAAATCTCTTACTGATTATTTTTTAAAA
123 AACTGGTTGAGTAAA-CAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
19824132 TATTAACAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATAAGATACTAAGAACTAAAAAAATTATTTTACGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATA-TAAGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * *
19824197 CAAAAAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACCG
64 CAAAAAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * *
19824262 GTTGA-CAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAA
128 GTTGAGTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * **
19824312 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAAATTGTTTTATGGT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-ATATAAGAAAAAAAAAATTGTTTTATGAC
* * * * *
19824377 AGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTGG
65 A-AAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * * * *
19824442 TTCAATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAA
129 TTGAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
19824491 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGA-TATAAGA-AAAAAAAAATTGTTTTATGA
* *** * * *
19824556 CAAAACAAAAGCTCATAATGCTTTGAAAT-AATAATTGTTTAAATAGCCATAAATATTTGAACTG
64 CAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* *** * * * * *
19824620 ATTTGA-TAAATTGATTTATTTTTTTAATCTCTAACTTATCAACTTTCAAAA
128 -GTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *** *
19824671 TACTGATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTTATGAGCTGAAAACAATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAG----ATATAAGAAAAAAAAAATTGTTTTA
* * * * *
19824735 TGATAAAATAAAAGGTCATAACATTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
61 TGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * **
19824800 CTTGTTTG-GTAAATAAATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA
125 C-TGGTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * ** * *
19824854 TGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-ATATAAGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * *
19824919 CTAAAAAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTG
64 C-AAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
19824984 TTTCGCAGAC
Statistics
Matches: 2076, Mismatches: 468, Indels: 220
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 91 0.04
175 60 0.03
176 53 0.03
177 19 0.01
178 115 0.06
179 300 0.14
180 474 0.23
181 411 0.20
182 297 0.14
183 110 0.05
184 59 0.03
185 60 0.03
186 20 0.01
187 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATATAAGAAAAAAAAAATTGTTTTATGACA
AAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
GAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
Found at i:19825477 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19825171--19826720 Score: 1253
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 178
19825161 TTTTAAATCT
* * * * ** * *
19825171 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTATGAACAATTTTGTACGAATAG
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTCTATGAATAG
* * * * *
19825235 AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAA
* * * **
19825299 ACATGACTATTTGAACATGTTCGGTAAACGAATCAGTTTTTTAAATCTTCAA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACGAATCA-TTTTTTAAATCTTTTA
* * *
19825351 CTTAATAATTTTTAGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGACTTCTATGAATA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTCTATGAATA
* * * * *
19825415 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
* * * *
19825480 TCATAACAATTTGAACTCGCTT-GGTAAACAAAT-TTATTTTTAAA---TTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACGAATCAT-TTTTTAAATCTTTTA
* * * *
19825528 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAGA
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTCTATGAATAGA
** * * * *
19825593 AACAGGTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
* * * * * * *
19825658 ATAACTATTTGAGCGTGTTCAGAAAATAGATTTC-TTTTTTAAA-ATTTTA
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CGA-ATCATTTTTTAAATCTTTTA
*
19825707 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGC-ATGAAC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-CTATGAAT
* * *
19825769 A-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGAT
63 AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * * * * *
19825833 AGGCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTTTAATTCTCTTA
126 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-GAATCA--TTTTTTAAATCTTTTA
* *
19825889 CTCT-TTAATTTTTGGAATATTAA-AAGATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTATATGAA
1 CT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTCTATGAA
* * * * *
19825951 TTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
62 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
19826016 AATCATGACTATTTTAACTTCTTCGATAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
126 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACGA-A-TCATTTTTTAAATCTTTTA
** * * *
19826070 CTTATTAATTGCTGAAATATTAGTAAATT-GATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTCTATGAAT
* * * *
19826133 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAAAAAATTATTCAAAT
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
19826198 AATCAT-ACGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTC-TTTTTTAAATCTTTTA
126 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CGA-ATCATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
19826251 CTTATT-ATTTGTCTCAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTCTTTGAAT
1 CTTATTAATTT-T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTCTATGAAT
** * * * * * * * *
19826314 AGAAA-AA-TCATTTATAACAAAACAAATTGTTAGAGTGATTCT-AAATACATAATTGTTCAAAT
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATAATT-TGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
19826376 AATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA
126 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-GAATCATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
19826430 ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTCTATGAA-T
* * *
19826494 A-AAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
19826557 GTTA-AGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAAC--AT-ATTTATTTTAAAAAATTTTA
127 ATCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACGAATCA-TT-TTTT-AAATCTTTTA
* * * * * * * *
19826609 CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAT
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTCTATGAATAG
*
19826674 AAACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA
65 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATA
19826721 ACTATTTGAA
Statistics
Matches: 1106, Mismatches: 193, Indels: 142
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 115 0.10
177 31 0.03
178 46 0.04
179 270 0.24
180 181 0.16
181 273 0.25
182 84 0.08
183 101 0.09
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTCTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCA
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACGAATCATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:19825793 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19825171--19826720 Score: 1349
Period size: 179 Copynumber: 8.6 Consensus size: 178
19825161 TTTTAAATCT
* * * ** *
19825171 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTATGAACAATTTTGTACGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * * * *
19825235 AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAA
* * * * *
19825299 ACATGACTATTTGAACATGTTCGGTAAAC-GA-ATCAGTTTTTT-AAATCTTCAA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTC--TTTTTTAAAAT-TT-TA
* * * *
19825351 CTTAATAATTTTT-AGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGACTTCTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAG-CTTGTATGAAT
* * * * *
19825414 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
63 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
19825479 GTCATAACAATTTGAACTCGCTT-GGTAAACAAATTT-ATTTTT-AAA-TTTA
127 ATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAAATTTTA
* * *
19825528 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATA-
** * * * *
19825592 AAACAGGTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * *
19825657 CATAACTATTTGAGCGTGTTCAGAAAATAGATTTCTTTTTTAAAATTTTA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAAATTTTA
* *
19825707 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAAATAAGCTTGCATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAA
* * * * **
19825771 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGG
65 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * *
19825836 CATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGA-TTCATTTTTTTTAATTCTCTTA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTC--TTTTTTAAAAT-T-TTA
* * *
19825889 CTCT-TTAATTTTTGGAATATTAA-AAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAAT
1 CT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
19825952 TGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
62 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
19826017 ATCATGACTATTTTAACTTCTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
127 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAA-ATTTTA
** * *
19826070 CTTATTAATTGCTGAAATATTAGTAAATT-GATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
19826134 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAAAAAATTATTCAAATA
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
19826199 ATCAT-ACGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTTTTA
127 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAA-ATTTTA
* * * *
19826251 CTTATT-ATTTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTTTGAAT
1 CTTATTAATTT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAT
** * ** * * * * * *
19826314 AGAAA-AA-TCATTTATAACAAAACAAATTGTTAGAGTGATTCT-AAATACATAATTGTTCAAAT
63 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT-TGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
19826376 AATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTAC-TTTTT-AAATCTCTTA
126 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-CTTTTTTAAAAT-T-TTA
* * * *
19826430 ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * *
19826494 AAAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
* * * * * **
19826558 TTA-AGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTAAAAAATTTTA
128 TCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAAATTTTA
* * * ** *
19826609 CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATA-
* *
19826674 AAACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA
64 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATA
19826721 ACTATTTGAA
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 199, Indels: 116
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 119 0.11
177 21 0.02
178 49 0.04
179 264 0.24
180 206 0.19
181 254 0.23
182 97 0.09
183 96 0.09
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCA
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTCTTTTTTAAAATTTTA
Found at i:19825997 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 19825171--19849395 Score: 14112
Period size: 362 Copynumber: 67.6 Consensus size: 358
19825161 TTTTAAATCT
* * * ** * *
19825171 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTAT-GAACAATTTTGTACGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * ** * *
19825234 GAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
19825299 ACATGACTATTTGAACATGTTCGGTAAAC-GAATCAGTTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTT
* ** * *
19825363 T-AGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-ATAGACTTCTATGAATAGAAACAATTGT
192 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA-AG-CTTGTATGAACA-AAACAATTGT
* * * * * *
19825426 TTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
**
19825491 TGAACTCGCTT-GGTAAACA-A--ATTTATTTTTAAA--T-TTA
317 TGAACT-TATTCGGTAAACAGATTATTT-TTTTTAAATCTCTTA
* * **
19825528 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
** * * * * *
19825591 GAAACAGGTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
19825656 TCATAACTATTTGAGCGTGTTCAGAAAATAGATTTCTTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTTG
* *
19825721 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTA
194 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTA
* * * *
19825785 TGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGGCATAACTATTTAAA
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
19825850 CTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTTTAATTCTCTTA
321 CTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * *
19825889 CTCT-TTAATTTTTGGAATATTAA-AAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAAT
1 CT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
19825952 TGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19826017 ATCATGACTATTTTAACTTCTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTT
* * *
19826081 CTGAAATATTAGTAAATT-GATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
191 TTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGT
* * * * * * *
19826145 TTTATGACAAAACTAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAATCAT-ACGAT
253 TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
19826209 TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT-TCTTTTTTAAATCTTTTA
316 TTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
19826251 CTTATT-ATTTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTTTGAAT
1 CTTATTAATTT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* ** * ** * * * *
19826314 AGAAA-AA-TCATTTATAACAAAACAAATTGTTAGAGTGATTCT-AAATACATAATTGTTCAAAT
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * *
19826376 AATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTT
* * *
19826441 TTGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTAAAATAATT-T
191 TTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGT
* * * *
19826504 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-AGACTAT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTAT
* * ** *
19826568 TTGATC-TAGTTCGGTAAAC--A-TATTTATTTTAAAAAATTTTA
316 TTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTT-TTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
19826609 CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AATT
* *
19826674 -AAACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTC------A--T--AATA-AT--TTG-----A-A
65 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
19826718 ---ATAACTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * **
19826776 TCAAATATTAATAGACTAGTATTATTTTATTCTAAACATA-CTTATATGAACAAAAACCTTTGTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATA-AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * ** * * * *
19826840 TTATGACAAAACAAAAGTTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
19826905 GAA-TTGGTTAGGTAAATAGAGTTA--TTTTTT-AATATCTTA
318 GAACTT-ATTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * *
19826944 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATCAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
19827007 TGAAAAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCACAT
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
19827072 AGTCAAAACTATTTGAACTGGTTC-GGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGC-TATTAATT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTA-CTTATTAATT
* * * * * *
19827135 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTAT
190 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGT
* * * * * * * *
19827200 TTTATGATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
19827265 TGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTA
317 TGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
19827306 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATTAATTAGTACTATTTCATTTCGAATAGGCTTGTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT-
* * *** * * * * *
19827370 AAAAAAATTGCGATATGATC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATG
65 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * *
19827434 GCCATAATTATTTGAA-TTGATTTTGTAAACAGATTCACTTTTTGAATCATTTACTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTT
** * * * * **
19827498 TTGAAATACCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCGTATGAACTGAAACGTTTGTT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
** * * * * ** *
19827563 TTATGGTAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATCT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
19827628 GAATTTGA-TCGGTAAACAAATT-TATTTGTTTAAA-CTCTTG
318 GAACTT-ATTCGGTAAACAGATTAT-TTTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** *
19827668 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTAGTTTAATTT-GGATAAGCTT-TGATGAGT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAAT
** ** * *
19827731 TGAAACAATTGTTTTATGTGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
19827796 GTCATAACTATTTGAAC-T-TACACTAAGCATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTT-TTTAAA--TTTTACTTATTAA-TT
* * * * *** * *
19827859 TTTG-AATGTTAATAAAATT-GGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAATA
190 TTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTG
* * * * * * ** *
19827922 TTTTATGACAAAACAAAAGGACAAAATAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAATTTTAGCTAT
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * ** * *
19827987 TTGAACTGGTTTGACAAACACATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
316 TTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* *** *
19828029 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTCTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT-
* ** * * *
19828093 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGATCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19828157 TCATAACTATTT-AAATCGATTCA-ATAAATAAATCTATTGTTTAAAACTGTTACTTATTAATTT
130 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAGATTTATT-TTTTAAA-TTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
19828220 TTGAAATCTTAATCAATTATTATTATTTTATTTTCAATAAGTTTGTATGATAAAAAACAATTGTT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTG-T
* * * * * * * *
19828285 TTTAGGACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
19828350 TTAACTAATTTGGTAAACA-AGTT-TATTTTTTAAATTTCTTA
317 TGAACTTATTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * *
19828391 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTGTCATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * ** * * * * *
19828456 AAACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAAGAT-ATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTAAAAAAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * *
19828520 TAATAACTATTTGAATTTGTTTGGCAAATAGATATATTTTTTTAAATCTCTTTCTTTTTAATTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * * **
19828585 TCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
19828650 TATGACTTAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TCATTT
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTT
* * * * *
19828714 GAACTAATTTGATAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
318 GAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * **
19828754 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTA-GTCTAAATAAACTTGTA-CAAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * * *
19828817 AAAACAATTATTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT--T--TGA----A-ATAGATAATTG
* * * *
19828882 TTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTT
121 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGA-TTTATTTTTTAAAT--TTTACTT
* * * *
19828946 AATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTGATGAACTGAA
183 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGT-ATGAAC-AAA
* * *
19829010 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATACTGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
245 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
19829075 ATATCTATTTGTACTTATTAGGTAAAAATATTAATTTTTTTAAATCTCTTG
308 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
** ** *
19829126 CTTATTAATTTTTTTAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * * * * *
19829191 AAATAATTGTTTTATCACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCTAAGAGC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
19829256 CTTAACTATTTGAA----TT-AG--AA-TG--GCA------AAA---CACATT-TT-ATTTTT--
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTAC-TTATTAATTTTTGA
* ** * * * *
19829298 --TATTATTAAATTAGTATTATCTAAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTAT
195 AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** * * *
19829361 GACAAAA-TAAAGATTACAACGATTTGAGGTAGATAATTGTT-AAGTAGTCATAAATATTTGACC
258 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
19829424 TAATTCAGTAAATAAATT-TAGTTTTTAAA--TC-T-
322 TTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
** ** * * ** *
19829456 CTTATTAATACTAAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* ** * * *
19829520 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * ** *
19829585 GACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTCTCCAACCTATTAATTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
** * * *
19829650 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTAAGAATAGAAATAATTGTT
192 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTT
* * * * *
19829714 TTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATAGTCATAACTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** ** * * * *
19829779 GAGTTTGCTCGATAAACATATT-TGTTTTTTAAATCTTTTA
318 GAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * **
19829819 CTTATAAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTTTTTTAATTT-GAATAAGTTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* *
19829883 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
19829947 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAAACATATTTCTTTTTTAAATTTCTACTCATTAATTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TACTTATTAATTTTT
* * *
19830012 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTCATTTGAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTT
193 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * * * * * *
19830076 TATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAATTATTTA
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * *
19830141 AACTTGTTTAGTAAAAAGATTCA--TTTTTTAAATCTGTTA
319 AACTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * ** *
19830180 CTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAAATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * ** * * *
19830245 ATACAATTATTTTAACATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * ** *
19830310 TATGACTATTTGGACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTC
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTT-TT
* * * * * * *
19830374 AAAATATCAATAAATTATTATTAATTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTT
193 GAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTT
* * * *
19830439 AT-AAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGA
256 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * *
19830502 GCTTATTTAGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTA
320 ACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
19830540 ATTTTTAATTTTTTG-AATATTACTAAATTTGTGTTATTTAATTTGAAATAAGCTTGTAGGAATA
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
** * *
19830604 GCAAA-AATTGTTTTATGACAAAGTAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
19830668 -TCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
19830732 TG-GATCATCAATAAGTTAGAATTATGTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGAT
192 TGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
19830796 TTGTGATAACACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAACAATTATAAATATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** **
19830861 GCAC-T-GGCAGGCT-AACCTATTCA--TTTTTTAAAT-TCGTTA
318 GAACTTATTC-GG-TAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTC-TTA
* * * * *
19830900 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTGA-TTCTGAATAAGAC-TATATGAA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAA
* * ** *
19830962 TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAATTGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAA
63 TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
19831026 ATAGT-TTAAACTAATTGAACTAGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTTTTACTTATTAA
126 ATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAA--ATTTTACTTATTAA
** * ** * * * * * *
19831090 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATT
188 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-ATT
* * * * *
19831155 TTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTA
251 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
19831220 TTTGAAC-TAGTTCTGTAAAGAGA--AGTTTTTTTAAATCTCTTA
315 TTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
19831262 CTGATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTGTTTTATTTTA-TTCTAAATAAG-TTACTAAGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-GTATGAAT
* * * * * *
19831325 T-AAAAAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
19831388 GTCTTAACTGTTTAAACTGGTT-GGCAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAGTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
** * * * * *
19831452 CAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACGAAAATAATTGTTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * *
19831517 TATGGCACAACAAAAGGTTATAACAATTCGAAATATATAATGGTTTAAACAGTCATAACCATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
19831582 AA-TTGGTTCGATAAACAGA-T-TTATTTTTAAATTTCTGA
319 AACTT-ATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
19831620 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTC-CATAGGATTGTATG-A-T
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * *
19831681 GAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGCTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-
65 G--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * *
19831745 CGGCTATAGTTATTTGAA-TTGATT-TGATAAACTGATTTATTTTTT-TATTCTCTAACTTATCA
128 AGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATT-T-T-ACTTATTA
* * * * * * *
19831807 ACTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAAGAGCTGAAAA-AA
187 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC--AAAACAA
* * * * * * * *
19831871 TTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAGTTTTAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAAC
249 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
19831936 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAAATTA-TTTTTTT-AATTTCTTG
313 TATTTGAACTTATTCGGTAAA-CAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * *** *
19831981 CTTTTTAATTTTTTTAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAATT
* * * * ** * *
19832045 GAAACAATTATTTTATGACTAAAAAAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * *
19832110 GTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTGGCAGACACATTTATTTTTTAAA---TCCTCATTAATTTTT-
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * ** * * * * * *
19832170 ATAATACTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCGAATAAGTTTCTATGAATAGAAATAAATCTTTT
194 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * *
19832235 AGGACAAAAC-AAA-G-------A--T--CATA-ACAA-T-TTCAAATAG--ATAA-T-TTTGAA
256 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * **
19832280 CTGAATCGGTAAATTTTAGATT-TAGTTTTTAAA--TC-T-
321 CTTATTCGGTAAA---CAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** *
19832316 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTACTATTTT-TTAT-GAATAATTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * * * * *
19832379 GAAATAACTATTTTATGATAAAATAAAATGCCATAAGGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-G
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
19832443 AACATGACTATTTGAACATGTTCGGTAAAC-GAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTT
130 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAG-ATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTT
* ** * *
19832507 TT-AGAACATTAATAAATTAG---TATTTTATTCCAA-ATAGACTTCTATGAATAGAAACAATTG
191 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA-AG-CTTGTATGAACA-AAACAATTG
* * * * * * * *
19832567 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTCATAACAAT
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
**
19832632 TTGAACTCGCTT-GGTAAACA-A--ATTTATTTTTAAA--T-TTA
316 TTGAACT-TATTCGGTAAACAGATTATTT-TTTTTAAATCTCTTA
* * * * **
19832670 CTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * * *
19832733 GAATCATTTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19832798 TTATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAGATTTCTTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
19832863 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAAGAAAACCAATTGTTTT
194 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTT
* *
19832927 ATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGA
256 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
19832992 ACTTGTTAGATAAACAGATTCA-TTCTTTTAATTCTCTTA
320 ACTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * ** *
19833031 CTCT-TTAATTTTT-AGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAAATGAAC
1 CT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
19833094 TAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
19833159 ATCATGACTATTTGAACTTCTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTT-AA-ATTTTACTTATTAATTTT
*
19833224 TGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
192 TGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTT
* * * * *
19833288 TTATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACGATT
254 TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * *
19833353 TGAACTTGTTTAGTAAATAGATT-TCTTTTTTAAATCTTTTA
317 TGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
19833394 CTTATTAATTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* ** * ** * * * *
19833458 GAAA-AAATCATTTATAACAAAACAAATTGTTATAGTGATTCT-AAATACATAATTATTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * *
19833521 ATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTC
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * ** *
19833586 TGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATACGAACTGAACTAA-TATT
192 TGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAC-AATTGTT
* *
19833649 TTATGACAAATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTAT
254 TTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTAT
* * *
19833711 TTG-A-TATAGTTCGGTAAAC--A-TATTTATTTTAAAATTTTTTTA
316 TTGAACT-TA-TTCGGTAAACAGATTATTT-TTTTTAAA-TCTCTTA
* ** * * *
19833753 CCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-T
* * * * * * *
19833818 -AAACTATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATTATAATTTGAAATAAATAATTATGT-AAAT
65 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAAT
* * *
19833880 AGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTT
* ** * * ** **
19833942 TGAAATATTAATAGACCAATATTATTTTATTCTGAACAAAATTGTATGAACAAAAACCTTTGTTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTT
* ** * * * *
19834007 TATGACAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
19834072 AA-TTGGTTAGGTAAATAGA--ATTATTTTTT-AATATCTTA
319 AACTT-ATTCGGTAAACAGATTATT-TTTTTTAAATCTCTTA
* * *
19834110 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATCAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
19834173 TAAAAAAATTGTTTTATGATAAGACGAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
19834238 GTCAAAATTATTTAAACTGGTTCGACAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
19834302 TTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTATT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * * * *
19834367 TTATGATAGAACATAAAGCT-ATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATTATAACTATT
254 TTATGACAAAACA-AAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
19834431 TGAA-TTGGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
317 TGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
19834472 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATTAATTAGTACTATTTCATTCCGAATAGGCTTGTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT-
* * * * * * * * *
19834536 AAAACAATTGCTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATG
65 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * *
19834600 GCCATAATTATTTGAA-TTGATTTTGTAAACAGATTCACTTTTTGAATCATTTACTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
19834664 TTGGAATACTAATAAAATAGTATTATTCTATTTCAAATAAACTCGTATGAACTGAAACAATTGTT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * * ** * *
19834729 TTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTGTAAATATCT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * *
19834794 GAATTTGA-TCAATAAACAAATTTATTTTGTTTAAA-CTCTTG
318 GAACTT-ATTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * *
19834835 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTGGTATTAGTTTAATTT-GGATAATCTT-TGATGAGT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAAT
* ** ** * *
19834898 TGAAACAATTGTTTAATGTGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
19834963 GTCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAGCATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAATT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTT-TTTAAA--TTTTACTTATTAA-T
* * * * * *** * *
19835027 TTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAATA
189 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTG
* * * * * * * * ** *
19835091 TTTTATGACAAAACAAAAGGACAAAACAATTTGAAATAGATACTTATCCTAATAATTTTAGCTAT
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * ** * *
19835156 TTGAACTGGTTTGACAAACACATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
316 TTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* *** * *
19835198 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCGAATAAGCTTCTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT-
** * *
19835262 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
19835326 TCATAACTATTT--ACATTGATTC-GATAAACAAATCTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATT
130 TCATAACTATTTGAAC-TTG-TTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATT
* * * * * *
19835388 TTTTAAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTATAAAAAATAATTGT
190 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGT
* * * * * * * * *
19835453 TTTAGGACAAAACGAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
19835518 TTAACTAAGTT-GGTAAACA-AGTT-TATTTTTTAAA--T-TT-
317 TGAACTTA-TTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * *** * * *
19835555 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTA-TTCTGTCTAAGCTTATATTAAGT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * ** * * *
19835619 GAAACTATTGTTTTTTAACAAATCAAAAAGAT-ATATTACAATTTTAAATAGACAATTGTTAAAA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA--ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
19835683 AAATAATAGCTATTTGAACTTGTTCA-ACAAATAGATATATATTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTAT-TTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA
* * * * * **
19835747 TTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCCTGTATGAATTGAAACAATT
188 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATT
** * * * * * * *
19835812 GTTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCA
251 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
19835877 TTTGAACTAATTTGATAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
315 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * **
19835920 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTA-CAAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* ** * * *
19835983 AAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAATGATCGTAATGATTTGAGATTGATATTTG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT--T--TGA----A-ATAGATAATTG
* * * * *
19836048 TTCAAATGGTCGTAACTATTTGAACTGGTTC-GAAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCT
121 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-AAAACAGA-TTTATTTTTTAAAT-T-TTACT
* * * *
19836111 TAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTGATGAACTGA
182 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGT-ATGAAC-AA
* * ** * *
19836175 AACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAAGGTCATGCTGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
244 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
19836240 CATATCTATTCGTACTTGTTAGGTAAACATATTATTTTTTTTAAATCTCTTG
307 CATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
** * * * *
19836292 CTTATTAATTTTTTG-AACGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTAAAATAAACTTGTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * ** * * * * * *
19836356 GAAATAATTGTTTTATCACTAAACAAAATATTAGAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCAGAGAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19836421 CCTTAACTATTTGAA-TTGGATCGGCAAAACACATTTATTTTTT-AA-TTT--TTA--AA---TT
130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
19836476 --AGTATT-AT---CTA--A--A-TTCA----AATAAGCTTATATGAAAAGAAAGAATTGTTCTA
193 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * *
19836526 TGACAAAA-TAAAGATTACAATGATTTGAGGTAGATAACTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAA
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * **
19836590 CTGATTCAGTAAATAAATT-TAGTTTTTAAA--TC-T-
321 CTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * *
19836623 CTTATTAATGTTAAAAAAATTAATAAATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTATGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAAT
* * ** * *
19836686 GGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAATTCATAATGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAAT
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * ** *
19836751 AGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTT
* * * * *
19836816 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAAGAATAGAAATAATTGC
191 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGT
* * * * * *
19836880 TTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATACTCATAACTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** ** * *
19836945 TGAGTTTGCTCGGTAAACATATT-TGTTTTTTTAAATCTTTTA
317 TGAACTTATTCGGTAAACAGATTAT-TTTTTTTAAATCTCTTA
* ** *
19836987 CTTATTAATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAATA-TATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
** * * *
19837050 ACAAACAATTGGTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACT-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
19837114 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCATAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTCATTAATTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TACTTATTAATTTT
* * * **
19837179 TGGAATATTAATAAGTTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGGTTGTACAAACAAAAACAATTGTT
192 TGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * * *
19837243 TTATGACCAAACAAACGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *
19837308 AAACTTGTTTAGTAAAAAGATTCA--TTTTTTAAATCTGTTA
318 GAACTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
19837348 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCCTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * *
19837412 ATACAATTATTTTA--ACATGAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATA
66 AAACAATTGTTTTATGACA--AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
19837475 GTTATGACTATTTGGACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTT-
** * * * ** *
19837539 TCAAAATATCAATAAATTATTATTAATTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * *
19837604 TTAT-AAAAAACAAAA-GTCACAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
19837667 GAGCTTATTCAGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCT-TT-
318 GAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
19837705 TTTTTTAATTTTTTG-AATATTACTAAATTTGTGTTATTTAATTTGAAATAAGCTTGTAGGAATA
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* ** *
19837769 GCAAA-AATTATTTTATGACAAAGTAAAAGGTTATAGA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
19837832 -GTCATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTACTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTT
* * * * * * *
19837896 TTG-GATAATTAATAAGTTAGAATTATGTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGA
191 TTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGT
* * * * * * * * * * * * *
19837960 TTTGTAATAACACAAAATGTTATAACGATTTAAAATAGATATTTGTTCAAACAATTATAAATATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*** *
19838025 TGCAA--TGGGCAGGCT-AACCGATTCA--TTTTTTAAAT-TCGTTA
317 TG-AACTTATTC-GG-TAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTC-TTA
* * * * * **
19838066 TTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTGA-TTCTGAATAAGAC-AATATGAA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAA
* * ** *
19838128 TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAATTGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCA
63 TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--GGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCA
* * * * * * *
19838192 AATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA
** * * * * * * * *
19838256 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAAACAT
188 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG---AACAAAACAA
* * * *
19838321 TTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
249 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
19838386 TATTTGAAC-TAGTTCAGTAAAAAGA--ATTTTTTTTAAATCTCTTG
313 TATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
19838430 CTGATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTAAAT-A-CATTACTAAGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TT-GTATGA
* * * ** * * * * *
19838491 ACTAAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATA
62 ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * *
19838556 TAGTCTTAACTATTTAAACTGGTT-GGCAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATT
** * * * ** *
19838620 TTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAACAATAATTGT
190 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAA-AACAATTGT
* * * * * *
19838685 TTTATGACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * *
19838750 TGAA-TTAGTTCAATAAACAGA-T-TTATTTTTAAATCTCCTA
317 TGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
19838790 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAAT-AGAATTGTATG-A-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAAT
* * * * *
19838851 TGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGCTCATAACGCTTCGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 TG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
19838916 TGGCCATAATTATTTGAAC-TGATT-TGATAAACTGATTTATTTTTTTAATCTCTAACTTATCAA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA
* ** * * * * * *
19838979 CTTTCAAAATACTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTTATGAGCTCAAAACAA
188 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC-TTGTATGA--ACAAAACAA
* * * * *
19839044 TTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACTTTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
249 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
19839109 TATTTGAATTTGTTTGGTAAATAAATT-TATTTTTTT-AATTTCTTG
313 TATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTAT-TTTTTTTAAATCTCTTA
* * *** * *
19839154 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * *
19839218 GAAACAATTATTTTATGACTAAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
19839282 GTCTTAACTATTTGAAC-TGTTTCA-CAGACACATTTATTTTATAAA---TCCTTGTTAATTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTT
* * * * ** ** * * * * *
19839342 -ATAAAATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCGAATAAATTTCTATGAATAGAAATAAATCTTT
193 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * * * * ***
19839406 TAGGACAAAAC-AAAGATCATAAAATTTCAAATAGATAATT-TTCAACT-G--AT---TCGGT-A
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* **
19839462 A---ATT---T---TAGATT-TAGTTTTTAAA--TC-T-
320 ACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * *
19839487 CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAG--T-A--TTA-TT----T----TT-TATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * **
19839537 AAATAATTGTTTTATGAC-AAATAAAATGTCACAACGATTTGAAATCGATAACAGTTCAAAT-GA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * ** * * * *
19839600 ACATGACTATTTGAACATGTTTGGTAAAC-GAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAG-ATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTT
* ** * * *
19839664 T-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATTAGACTTCTATGAATAGAAACAATTGTT
192 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG-CTTGTATGAACA-AAACAATTGTT
* * * * *
19839728 TTATGACAAAATAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*
19839793 GAACTCACTT-GGTAAACA-A--ATTTATTTTTAAA--T-TTA
318 GAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTT-TTTTTAAATCTCTTA
* * * *
19839829 CTCT-TTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTTTGAAA
1 CT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
19839891 TGAAATAGTTGGTTTATAACAAAACAAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
19839956 AGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTCTTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTT
* ** *
19840021 TGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAACAAAACCAATTGTG
192 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTT
* * * *
19840085 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATGATAACTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
19840150 GAACTTGTTCGATAAACAGATTCA-TTTTTTTAATTCTCTTA
318 GAACTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
19840191 CTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACT
1 CT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * *
19840255 GAAAAAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
19840320 TCATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAAC-GTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAG-ATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTT
* *
19840384 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTTGAGTAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
192 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTT
* * * * *
19840448 TTATGGCAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGAT
254 TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-AT
* * * ** * * * *
19840512 TTGGACTTGTTTGGTTTATAGATT-TATTTTTAAAATCTTTTA
316 TTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
19840554 CTTATTAATTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* ** * * ** * * *
19840618 GAAA-AAATCATTTATAATAAAACAAATTGTTATAGTGATTCT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
* * ** * *
19840681 AG-CATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTT
* * * * *
19840745 TTGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATACGAACTGAAATAATT-T
191 TTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGT
* * * * *
19840808 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-AGACTAT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTAT
** * * * * * *
19840872 TT-AA-TCTAGTTTAGTAAACATATT-TATTTTTAAAATTTTTTG
316 TTGAACT-TA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * *
19840914 CCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATGAGTAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-T
* * * * * * *
19840979 -AAACTATTGTTTTGT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
19841042 GTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAACAGATTTATTTAATTTTTAAA-TCT-CTTATTAAT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTA--T--TTTTTAAATTTTACTTATTAAT
* * * * * **
19841104 TTTTGAAATATTAATAGACTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACCTTTG
189 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTG
* * * *
19841169 TTTTAAGACAAAACAAAA-G--------TTT---ATA-ACAA-T-TTAAAATAG--ATAATTATT
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
19841217 TGAA-TTGGTTAGGTAAATAGA--ATTATTATTT-AATATCTTA
317 TGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTATT-TTTTTTAAATCTCTTA
* * *
19841257 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATCAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * **
19841320 TGAAA-ATTTTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCGTAT
64 TGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * **
19841384 AGTCAAAACTATTTGAACTGGTTCGGAAAACAAATTTATTTTTTAGATCTTTTAGGTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTA-A-ATTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
19841449 TTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAAAAATAATTATT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * * * *
19841514 TTATGATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
19841579 GAA-TTGGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
318 GAACTT-ATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
19841619 CTTATTAATCTTTGAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTCA-TTCTGAATAGGCTTGTATG-ATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * * * * *
19841682 AAAAACAATTGCTATATGATC-AAATAAACGATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT
65 -GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
19841746 GGCCATAATTATTT-AAATTGATTCTGTAAAGAGATTCATTTTTTGAATGATTTACTTATTAATT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTATTAATT
* * * * *
19841810 TTTGAAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTCT-TATGAACTGAAACAATTG
190 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCT-TGTATGAAC-AAAACAATTG
* * * * **
19841874 TTTTATGATAAAA-ATAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTA
252 TTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
19841938 TCTAAATTTGA-TCGGTAAACAAATT-TATTTGTTTAAA-CTCTTG
315 TTTGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTAT-TTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *** *
19841981 CTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTAGTTTATTTTGGATAAGCTT-TAATGAGTT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAATT
** ** * *
19842045 GAAACAATTGTTTTATGTGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19842110 TCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAGCATATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTT-TTTAAA--TTTTACTTATTAA-TT
* * * *** * *
19842174 TTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAATA
190 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTG
* * * * * * * * * *
19842237 TTTTATAACAAAACAAAAAGACAAAACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAAGT-TTAGCTA
252 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTA
** * ** * * *
19842301 TTTGAACTGGTTTGACAAACACATT-TATTTTTTAAATTTCTTA
315 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* *** *
19842344 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTCTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT-
* ** * * *
19842408 GAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
19842472 TCATAACTATTT-AAATCGATTC-GATAAACAAATCTGTTGTTTAAATTTGCTACTTATTAATTT
130 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTT--TACTTATTAATTT
* * * * *
19842535 TTTAAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGATAAAAAACAATTGT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGT
* * * * * * * *
19842600 TTTAGGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
19842665 TTAACTAATTTGGTAAACA-AGTT-TATTTTTAAAATTTCTTA
317 TGAACTTATTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * *** * *
19842706 CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTCCGTCTAAGCTTATATTAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * ** * ** ** * * * * * *
19842771 AAACAATTATTCTTTTAACAAGTCAAAAAGAAATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTAAAAAAA
66 AAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
19842836 TAATAACTACTTGAACTTATTCAGCAAACAGATATATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * * **
19842901 TCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTT
** * * * ** * * *
19842966 TATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTACTCTAATAGTCTTAACCATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
19843031 AACTAATTCGATAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
319 AACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * **
19843070 CTTATTAATGTCTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTA-CAAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* * * *
19843133 AAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * ** * *
19843198 TCTTAACTATTCAAAC-TGATT-GGGCAACTAGATTTA-TTTTTCAATTTT-CTTGGTTATTATT
130 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAAC-AGATTTATTTTTTAAATTTTACTT-ATTA--ATT
* * * ** * ** *
19843259 TTTCATAATATT-TTAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAAATAT-TATTAGTAGAACCAATT
190 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCT-TGTATGAACA-AAACAATT
* ** * * * * *
19843322 GTTTGATGACAAAGTAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCAAAACTA
251 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * **
19843386 TTTGAA-ATAGTTTGGTAAGCAGATT-TACTTTTTAAATCTCTTA
315 TTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * * * **
19843429 CTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAGCTTATATTAACA
1 CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * * *
19843493 AAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAACTAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
19843558 TTATAATTATTTGAACTGGCTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATTTTTTACTTATAAATTTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * * *
19843623 AAAATATTAATAAATTAATTTTATTCCATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTTAAATAACTGTTTT
193 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTT
* * * * * *
19843688 ATGATAAAAC---A----A-AA-A--T---A-A-ATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTTAAA
256 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *** * *
19843737 CTTGTTCAACAAATAGATTCA--TTTTTTAAA--TCATA
321 CTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * **
19843772 GTTATTAATTTTCAAAATACTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * **
19843837 AAGCAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
19843901 TTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA-ATTT-TATTTTTATA-TGT-CTTATTAATTCTTG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTAT-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTG
* ***
19843962 AAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTTGGAA-AAGCTTGTATGTTTTAAAACAATTGTTTT
194 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT-GAATAAGCTTGTATG-AACAAAACAATTGTTTT
* * ** * *
19844026 ATAAAAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
256 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
19844091 AC-TAGTTTGATAAACAGATT-TATTTTTTAAA--TC--A
320 ACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
19844125 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTA-TTCTAAACAAACATATATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* * * *
19844189 AAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
19844254 TCATAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTT
130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCA-GAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTT
* ** * *
19844317 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCATAAAAAACT
191 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA--CA-AAACAA-T
* * * * *
19844381 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAT
250 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * *
19844446 ATTTGAA-TTGGTTTGGTAAA-A-AAAATTATTTTTTAATTCTCGTA
314 ATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTATT-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * ***
19844490 GTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * * ** * * *
19844555 AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAACTTTACAATTATTTAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
19844620 CGA-AACTATTTGAACTAGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
131 C-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * * ** *
19844683 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTA
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAA-ACAATTGTTT
** * * * * * *
19844748 TATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAACTATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
19844813 AACTAATTCGATAAACAGATTCA--CTTTTTAAAT-TACTTA
319 AACTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCT-CTTA
* * * *
19844852 CTTATTAAATTTAT-AAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATT
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * ** * *
19844916 GAAATAATTG-TTCACTGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATA
65 GAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * *
19844980 GTCTTAACTGTTAGAACTACTTCGGCAAACAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAC-AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTT
* * * ** * * * * *
19845045 TTAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAAACTTATATTAACTCAAACAATTAT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT-AAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGT
* * * * * * *
19845110 TTTATAATAGAACAATAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA----TC--AT--TC--AA--ATG
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
19845163 GGAAC-TAGTTCAATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCCTA
317 TGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* *
19845204 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TCTTATTTTA-TTCTGAAT-AGACTTGTATG-A
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAA
* *
19845265 -TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
63 TTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * ** * *
19845329 ATGGCCACAATTATTTAAAC-CGATTC-GATAAACTA-ACTTATTTTTTGGATCTCTAACTTATC
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAAC-AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATT
* * * * * *
19845391 AGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTAT-AATCTGAAATA
186 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-C-AAAACA
* * * * *
19845455 ATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
248 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
19845520 CTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATT-TATTTTTTAAAATTTCTT-
312 CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTAT-TTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
19845566 GTGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATTAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAACCATGTATGAAC
1 CT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
19845630 TGTAAA-AACTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
64 TG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
19845694 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAAT
* * * * *
19845758 TTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATT
189 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
* * * *
19845822 ATTTTATGACAAAAC-AAAGCTCAT-ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTA
251 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
19845885 TTTGAATTTGTTCGATAAATAGATT-TTGTTTTTAAA--TCTT-
315 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
19845925 -TTATGAATTTTTCAAATACTAATAAATTAGTATTATTTT-GTTCTGAAT-AGTTTTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAAT
* * * * *
19845987 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** *
19846051 GGACATGACTATTTGAACTTGTTTTATG--AACAGATTTATTTTTTAAATCTACAACATATTAAT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-GAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAAT
* * * *
19846114 TTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT
189 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
* * * *
19846178 GTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
251 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * *
19846243 TTTAAAC-TCCTCGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCT-TTAA
315 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTT-A
** * * * *
19846285 CTTATTAATTTTTGGTATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTAT-AATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATT
* * * *
19846348 AGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTCAAATA
65 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
19846413 GTCATAACTATTTGAACGTGTTCA-AAAAGCATATTTA-TTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTC
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAA-CAGATTTATTTTTTAA-ATTTTACTTATTAATTTT
* ** * * *
19846476 TGATATATTAATAAATTTA-TAACATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTT
192 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTT
* * * *
19846540 TTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCTATTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTT
* * *
19846605 GCAAATGT-TT-GGTAAACAAATTCA--TTTTTTAATTCTCTTA
318 G-AACT-TATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
19846645 CTCATTAA-TTTAGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * *
19846709 GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * *
19846774 TTATGATTATTTGAACTTATTCAAAAAACTTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGATC
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAAT-TTT
* *** * * * *
19846839 T-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * **
19846903 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAATA-TCCATAAAGATT
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATT
* * * *
19846966 TGAACTTGTTCGAG-GAACAGATTA-ATTTTTTAAATCTTTTA
317 TGAACTTATTCG-GTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** *
19847007 CTTACTAAATGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCATGTATGAAC
1 CTTA-TTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-
*** * ** * *** * * * *
19847070 AAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCATACAGATAATTGTTAAAA
62 ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
19847135 TAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-GATAAATATATTCATTTTTT--ATTAATAATTATTAATT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATT-TTACTTATTAATT
** * * ** * * *
19847197 TTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTACAAGAACTAAAA-TATTTT
190 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGT
* * * ** *
19847261 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTACTCAAATAGTCATGACTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ** * * *
19847326 TGATCTAATTCGATAAGCATATT-TACTTTTGAAATTTTTTA
317 TGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * **
19847367 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * ** * * *
19847431 AAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGATCAAATAG
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * *
19847496 TCATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAGTTTTAGA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * *
19847559 AATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTCCAAACAAACTTAG-ATGAACAAAA-ATATTTGTTT
195 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATT-TGAATAAGCTT-GTATGAACAAAACA-A-TTGTTT
* * * *
19847622 TATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * *
19847687 AA-TTGGCTAGATAAACAAAATT-GTTTTTTTAAATCTCTTA
319 AACTT-ATTCGGTAAAC-AGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
** * * *
19847727 CAGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAA--
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * *** **** * ** * * *
19847789 CAAAAATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAT
65 GAAACA-ATT-GTTTTATGACA-AAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAAT-A--G----ATAAT
* ** * * *
19847853 AGAACAAAATA-TTATAA-TGATTTGAAGTATACAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTAAAC
119 TGTTC-AAATAGTCATAACT-ATTT---G-A-AC--TTGTTCAGAA-A---A-CA-GATTT--A-
* * * * *
19847915 TAATTCGGTAAACATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTGTTC
166 T--TT--TTTAA-A-TT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
** * * * * * *
19847980 CAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAA
223 TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAA
* * * * * * ** * *
19848045 ATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTTGTTAGCAGATTCA--TTTTTTA
286 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTTTA
*
19848108 AATCACTTA
350 AATCTCTTA
* * * ** * *
19848117 CTTATTACTTTTT-AGAATATAAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * ** * * *
19848181 AAAACAATTG-TTT-TG-------TAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTTAAAGAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
19848237 TTGTAACTATTTGAATTTGTT-AGCTAAAA-AAAATTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG--AAAACAGATTTA-TTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
19848300 TTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTGAAACAATTATT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * *
19848365 TTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAACTAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAATT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT
* * * * * * * *
19848429 TGAACTTGTTTGGTAAACATATTCTTTTTTTCAAATATTTTG
317 TGAACTTATTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
19848471 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAG-ATA
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * ** * * * * ** * *
19848534 TGAAACAAATATTTTACAACTAAACAAAGGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
64 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * ** * * * * **
19848599 GTTTTAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTCCTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* * ** * ** * *
19848664 TGGAATATTATTAAATTAGTATTATATTTAACT-AATAACCTTCAATGATCATAAACAATTATTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * * * * * * *
19848728 TATAACAAAA-AAAAGATCTTAATGATCTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTA
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
19848792 AAC-TAGTTCGATAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
319 AACTTA-TTCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * *
19848831 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG-A-TC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * ** **
19848894 ACAACAATTGTTTTATAACAAGATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G
66 A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** ** * * **
19848958 ACCATAATTATTTTAAATAATTTGGCAAATAGATTTACCTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTT
130 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA-TT-TTACTTATTAATTTT
* * ** * * * * *
19849022 AGGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAACTGAAAGAATTGTT
192 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * **
19849087 TTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATAC
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
19849152 AAATTTGTTTGGTAAACTA-ATT-TATTTTTTTAAATCTCTTT
318 GAACTTATTCGGTAAAC-AGATTAT-TTTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * *
19849193 GTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
* * * * **
19849257 AAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTTTTTTAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
19849321 GACTTAACTATTCGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
**
19849386 CAAAATATTA
192 TGAAATATTA
19849396 TTTTAATCAA
Statistics
Matches: 18506, Mismatches: 4150, Indels: 2418
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
316 4 0.00
317 46 0.00
318 40 0.00
319 1 0.00
322 6 0.00
323 64 0.00
324 11 0.00
325 15 0.00
326 6 0.00
327 3 0.00
328 3 0.00
329 4 0.00
330 94 0.01
331 126 0.01
332 43 0.00
333 77 0.00
334 123 0.01
335 225 0.01
336 152 0.01
337 23 0.00
338 195 0.01
339 53 0.00
340 10 0.00
341 36 0.00
342 49 0.00
343 343 0.02
344 42 0.00
345 44 0.00
346 25 0.00
347 10 0.00
348 13 0.00
349 11 0.00
350 64 0.00
351 77 0.00
352 161 0.01
353 334 0.02
354 230 0.01
355 182 0.01
356 435 0.02
357 897 0.05
358 942 0.05
359 1084 0.06
360 1880 0.10
361 2348 0.13
362 3386 0.18
363 1910 0.10
364 1313 0.07
365 482 0.03
366 22 0.00
367 3 0.00
368 18 0.00
369 19 0.00
370 168 0.01
371 194 0.01
372 125 0.01
373 87 0.00
374 2 0.00
375 5 0.00
377 1 0.00
378 1 0.00
379 7 0.00
380 13 0.00
382 1 0.00
383 1 0.00
385 2 0.00
387 3 0.00
388 2 0.00
389 4 0.00
390 71 0.00
391 95 0.01
392 39 0.00
393 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
TCGGTAAACAGATTATTTTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:19826499 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19826476--19826518 Score: 50
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
19826466 TTTTATTTTG
19826476 AATAAGTTTATATGAACTAA
1 AATAAGTTTATATG-AC-AA
* *
19826496 AATAATTTTTTATGACAA
1 AATAAGTTTATATGACAA
19826514 AATAA
1 AATAA
19826519 AAGGTCATAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.33
19 2 0.10
20 12 0.57
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATAAGTTTATATGACAA
Found at i:19827177 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19826718--19829269 Score: 1743
Period size: 181 Copynumber: 14.1 Consensus size: 180
19826708 ATAATTTGAA
* * * * *
19826718 ATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTCA
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCG-GAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
19826779 AATATTAATAGACTAGTATTATTTTATTCTAAACATA-CTTATATGAA--CAAAAACCTTTGTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA-AGCTTGTATGAATTGAAAAA--ATTGTTT
* * * ** * * *
19826841 TATGACAAA-ACAAAAGTTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTA
127 TATGATAAACA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
19826895 ATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAGTTATTTTTTAATATC--TTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGG-AAACAAATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
19826958 AAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTGAAAAAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTT
* *
19827022 ATGATAAGACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTC
128 ATGATAA-ACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
19827076 AAAACTATTTGAACTGGTTCGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGC-TATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGA
* * * * ** *
19827140 AATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAATAATTATTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTA
* * * * *
19827204 TGATAGAACAAAAA-GTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATC
129 TGATA-AACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
19827256 ATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * * ***
19827321 AAGATTAATTAATTAGTACTATTTCATTTCGAATAGGCTTGTATG-ATTAAAAAAAATTGCGATA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATT-GAAAAAATTGTTTTA
* * * * * *
19827385 TGATCAAAC-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATGGCC
129 TGAT-AAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
19827437 ATAATTATTTGAATTGATTTTGTAAACAGATTCACTTTTTGAATCATTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTG-GTTCGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
** * * * * ***
19827502 AATACCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCGTATGAACTGAAACGTTTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTAT
* * * * *
19827567 GGTAAA-ATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTT
130 GATAAACA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
19827618 GTAACTATCTGAATTTGATCGGTAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAGTTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGG-AAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * *
19827682 AAATATTAAGAAATTAGTATTAGTTTAATTTGGATAAGCTT-TGATGAGTTGAAACAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAAAAATTGTTTT
** * *
19827746 ATG-TGAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
128 ATGAT-AAACA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
19827799 ATAACTATTTGAACT--TACACTAAGCATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTGGTTC-GGAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * * *
19827862 G-AATGTTAATAAAATT-GGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAA-TATT
63 GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAAAAATTGTT
* * * * * * * * *
19827924 TTATGACAAA-ACAAAAGGACAAAATAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAATT
126 TTATGATAAACA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
19827979 TTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCG-GAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* **** * *
19828044 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTCTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTA
* * ** * * *
19828108 TGACAAA-ACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGATCAAATAGTC
129 TGATAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * * *
19828159 ATAACTATTT-AAATCGATTCAATAAATAAATCTATTGTTTAAAACTGTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACT-GGTTC-GGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * **
19828223 AAATCTTAATCAATTATTATTATTTTATTTTCAATAAGTTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA-AATTG-TTT
* * * * * * * *
19828287 TAGGACAAA-ACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCC
127 TATGATAAACA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * *
19828341 ATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAAGTTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTATG
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG
* * ** ** * * *
19828405 AAATATTAATAAATTAGTGTCATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTA
* * * ** * * * * * *
19828470 TAACAAATCAAAAAGAT-ATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTAAAAAAATA
129 TGATAAA-CAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
19828522 ATAACTATTTGAATTTGTTTGGCAAATAGATATATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTTTTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGG-AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
19828586 CAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTT
* * * * * *
19828651 ATGACTTAAC-AAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
128 ATGA-TAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * *
19828704 TTAA-TCATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACT-ATTTGAACTGGTTCG-GAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * ** *
19828768 AAATATTATTATATTAGTATTATTTTAGTCTAAATAAACTTGTA-CAA-ACAAAACAATTATTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTT
* * * *
19828831 ACGATAAA-AGAAAAGGTCATAATGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTC
128 ATGATAAACA-AAAAGGTCATAATGAT--T--TGA----A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * *
19828893 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAATTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTGGTTC-GGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * *
19828958 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTGATGAACTGAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAAAAATTGTTTTA
* *
19829022 TGATAAAACAAAAAGGTCATACTGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
129 TGAT-AAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * *
19829075 ATATCTATTTGTACTTATTAGGTAAA-AATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGG-AAACAA-ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** ** * *
19829139 TTAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTT
* * * * * * * *
19829204 ATCACTAAAC-AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCTAAGAGCC
128 ATGA-TAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
*
19829257 TTAACTATTTGAA
1 ATAACTATTTGAA
19829270 TTAGAATGGC
Statistics
Matches: 1850, Mismatches: 439, Indels: 167
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 36 0.02
178 3 0.00
179 38 0.02
180 411 0.22
181 743 0.40
182 369 0.20
183 99 0.05
184 8 0.00
187 2 0.00
188 4 0.00
189 99 0.05
190 16 0.01
191 21 0.01
192 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAACTATTTGAACTGGTTCGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATG
ATAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:19828323 original size:723 final size:715
Alignment explanation
Indices: 19826718--19849385 Score: 8787
Period size: 723 Copynumber: 31.6 Consensus size: 715
19826708 ATAATTTGAA
* * ** * * *
19826718 ATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTCAA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * ** **
19826780 ATATTAATAGACTAGTATTATTTTA-TTCTAAACATA-CTTATATGAACAAAAACCTTTGTTTTA
65 ATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA-AGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
19826843 TGACAAAACAAAAGTTTA-TAGCGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTGA
128 GGATAAAACAAAAGGTCATTA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
19826907 A-TTGGTTAGGTAAATAGAGTTATTTTTT-AATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
192 ATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
19826970 ATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTGAAAAAATTGTTTTATGATAAGACAA
257 ATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAA
* * * * **
19827034 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTCGGA
319 AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTCCTA
* * * * * * *
19827099 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGC-TATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACT
381 AGCATATTTATTTTTTAAATCTTTT-GCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTAAT
* * ** * * * * *
19827163 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAATG
445 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAATG
* * * * * * * * * *
19827227 ATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATT
508 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATT
* * * * * * *
19827292 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATT-AATTAGTACTATTTCATTTCGAATA
572 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
* * *** ** * * *
19827356 GGCTTGTATGATTAAAAAAAATTGCGATATGATC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGA
636 AGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGA
* * *
19827420 TAATTCTTGAAATGGCC
699 TAATTGTTCAAATGGTC
* * *** * *
19827437 ATAATTATTTGAATTGATTTTGTAAACAGATTCACTTTTTGAATCATTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAATT-ACTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * **
19827502 AATAC-CAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCGTATGAACTGAAACGTTTGTTTTA
64 AAT-CTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * ** *
19827566 TGG-TAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATCTGA
128 -GGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
19827630 ATTTGA-TCGGTAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGA
192 ATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** *
19827693 AATTAGTATTAGTTTAATTTGGATAAGCTT-TGATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGTGAAAAC-
256 AATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGT-AAAACA
*
19827756 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACACTA
318 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-C-CTA
* * * *
19827821 AGCATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATT-GGATTAT
381 AGCATATTTATTT-TTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAAT-AAATTAGTATTAA
* ** *
19827885 TTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGACAAAATA
444 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAATG
* * * * *
19827950 ATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAATTTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATT
508 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTA-CTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATT
*
19828015 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAA
572 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA
*
19828080 GCTTCTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAA
637 GCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAA
* *
19828145 TTGATCAAATAGTC
702 TTGTTCAAATGGTC
* * *
19828159 ATAACTATTTAAATCGATTCAATAAATAAATCTA-TTGTTTAAAACTGTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAAT-TACTT-TTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG
* * **
19828223 AAATCTTAATCAATTATTATTATTTTATTTTC-AATAAGTTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTT
63 AAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGTTTGTATGA-ACTGAAACAATTG-TT
* * * * * * *
19828286 TTAGGACAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTT
125 TTAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
19828351 TAA-CTAATTTGGTAAACAAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTAAT
190 GAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * ** * * *
19828415 AAATTAGTGTCATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTAT-AACAAATC
255 AAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTA-AAA-C
* * * * * * * ** **
19828479 AAAAAGAT-ATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTAAAAAAATAATAACTATTTGAATTTGTTTG
317 AAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCCTAA
* * *
19828543 GCAAATAGATATATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTTTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTAT
382 GC--AT--ATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTAT
* * ** *
19828607 TAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTTAACAAAAGGTTAGA
441 TAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAA
* * * *
19828672 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATCATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTACT-ATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTT
* * *
19828737 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTAGTCTAAA
569 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * * * * *
19828802 TAAACTTGTA-CA-AACAAAACAATTATTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATCATAATGA
634 TAAGCTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGG---T--T--T--TAATGA
*
19828865 TTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTC
688 TTTGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * *
19828893 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAATTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTTAATAATTTTT
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCA-ATAAACAA-ATTACTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTT
* * *
19828956 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTT-TGATGAACTGAAACAATTGTTT
62 GAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT-ATGAACTGAAACAATTGTTT
* * *
19829020 TATGATAAAACAAAAAGGTCA-TACTGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATT
126 TAGGATAAAAC-AAAAGGTCATTA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * ** **
19829084 TGTACTT-ATTAGGTAAA-AATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAACGTT
189 TGAATTTGATTAGGTAAACAA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
19829147 AATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTAT-CACTA
252 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTA--A
* * ** * * * * * * *
19829211 AAC-AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCTAAGAGCCTTAACTATTTGAA--T--
314 AACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCC
** * * *
19829271 T-AG-A-ATGGCA------AAA-C----ACATT-TT-ATTTTT----TATTATTAAATTAGTATT
379 TAAGCATAT-TTATTTTTTAAATCTTTTGC-TTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * * *
19829316 -ATCTAAATTC-GAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATTAC
442 AAT-T-TATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA
* ** * * * * * * * *
19829378 AACGATTTGAGGTAGATAATT-GT-TAAGTAGTCATAAATATTTGACCTA-ATTCAGTAAATAAA
504 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAA
* ** ** * * * * *
19829440 TTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATACTAAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCT
566 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
** * * * *
19829501 AAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATTTCATAACGATTTGAA
631 AAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTT--TAATGATTTGAG
** * * *
19829565 ATAAAATAATTATTCAAATAGAC
694 AT-TGATAATTGTTCAAATGGTC
* * *** * * * * ** *
19829588 ATGACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTCTCCAACCTATTAATTTTT-
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
19829651 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTAAGAA-TAGAAATAATTGTTT
63 A-AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
19829715 TATGACAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATAGTCATAACTATTT
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
19829779 GAGTTTG-CTCGATAAACATATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATTTTAAT
190 GAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * ** * *
19829843 AAAATAATATTTTTTTAATTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-
255 AAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACA
* * *
19829907 AAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAT
318 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTCCT
* * * * * * *
19829972 AAAACATATTTCTTTTTTAAAT-TTCTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATT-
380 -AAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * *
19830034 ATTTCATT-TGAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAA
443 ATTT-ATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAA
** * * * * *** * * *
19830098 ACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAATTATTTAAACTTGTTT-AGTAAA-AAGAT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT-CTTACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAA-AT
* * * * * * * ***
19830161 TCATTTTTTAAATCTGTTACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
567 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
* ** * * * * ** * ** *
19830226 AATAAGCCTAAATGAACT-GATACAATTATTTTAACATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
632 AATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGA
** * * *
19830290 TAAATAATTATTCAAATAGTT
695 TTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * *
19830311 ATGACTATTTGGACTTG-TTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGT
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTT-TAAATC-TTTACTTATTAATTT-T
** * * * * * * * ** * *
19830373 CAAAATATCAATAAATTATTATTAATTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTT
61 TGAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
19830438 TA-TAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTG
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * *
19830501 AGCTT-ATTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTTTTAATTTTTTG-AATATTAC
191 AATTTGA-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
* * * * *
19830563 TAAATTTGTGTTATTTAATTTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGCAAA-AATTGTTTTATG-ACAAA
254 TAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGTA-AAA
** * *** *
19830626 GTAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACATGTTC
316 CAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTC
* * * * * * * * * * * *
19830690 AGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-GGATCATCAATAAGTTAGAAT
378 -CTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAAT-GTTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
19830754 T-ATGTTATT-TCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGA-TTTGTGATAACACAAAAGGTT
441 TAAT-TTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAAT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * * * *** * **
19830816 ATAATGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAACAAT-TATAAATATTTGCACTGGCAGGCT-AACCT
502 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCT-T-ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAA
* * * * * *
19830879 ATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTGAT
565 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
** * * * * * ** **
19830942 TCTGAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAATTGGTCATAACAATT
628 TCCAAATAAG-CTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA--GGTTTTAATGATT
* *
19831006 TGAAATAT-ATAATTGTTCAAATAGT-
690 TGAGAT-TGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * *
19831031 TTAAACTAATTGAACT-AGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTTTTACTTATTAATTTTC
1 AT-AACTATTTAAATTGA-TTCAATAAACAAA-TTACTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** * * ** * *
19831095 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTTGAA-AAAAAAACATTTTTT
62 GAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACA-ATTGTTT
** * * * * * * *
19831159 TATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTG
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * *
19831224 AACTAG-TTCTGTAAAGAGAA-GT-TTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAAC
191 AATTTGATTAGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
19831286 AAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATAAG-TTACTAAGAACT-AAAAAATTGTTTTA--TAACAA-
255 AAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTT-GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTAA-AAC
* * * * * * * *
19831346 AACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAACTGGTTG
317 AA-AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TT-
* ** * * * ** * * * * *
19831411 GC-AAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATT-AGTTTTCAAAATATTATTACATTAGTAT
377 CCTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTC-GAATGTTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
19831474 TATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAA-CGAAAATAATTGTTTTATGGCACAACAAAAGGTTAT
441 TAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA
** * * ** * * * * * *
19831538 AACAATTCGAAATATATAATGGTT-TAA-ACAGTCATAACCATTTGAATTGGTTCGATAAACAGA
504 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-A-TC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAA
* * * * * **
19831601 TTTA-TTTTTAAATTTCTGACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTTTC
566 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT-TAATC
* * * * * * ** * *
19831665 C--ATAGGATTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGCTCATAATGCTTTGAA
630 CAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAG
* *
19831728 ATAGATAATTGTTCAAACGG-C
694 ATTGATAATTGTTCAAATGGTC
** * ** * * * * * * * * *
19831749 TATAGTTATTTGAATTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTTATTCTCTAACTTATCAACTTTTA
1 -ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAAC-AAATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * * *
19831814 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TAAGAGCTGAAAAAATTATTTT
63 AAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * ** * * *
19831878 ATGATAAAATAAAAGGTTA-TAACAGTTTTAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTG
127 AGGATAAAACAAAAGGTCATTATGA-TTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * ** *
19831942 AACTTG-TTTGGTAAATAAAATTATTTTTTTAATTTCTTGCTTTTTAATTTTTTTAATGTTAATA
191 AATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * *
19832006 AAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAAA-
256 AATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGC-TTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG--TAAAAC
* * * * * * **
19832069 AAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTG
317 AAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-CCT-
* * * ** ** * * *
19832133 GCAGACACATTTATTTTTTAAATC-----CTCATTAATTTTTATAATACTATTAATTTAGTAATA
380 -AAG-CATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * * * * * * *
19832193 TTTTACTCCGAATAAGTTTCTATGAATAGAAATAAATCTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAAC
443 ATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAAT
* * * * ** * *
19832257 AATTTCAAATAGATAA-T-TT-T--GAA-CTGA--ATCGGTAA--A-TTT--T----AGATTTAG
507 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTACTATTTG-AACTAGTTTGATAAACAAATTTAT
* * * * *
19832305 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTACTATTTTTTAT--GAAT
571 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAATCCAAAT
** * * * * * * * * *** * * *
19832364 AATTTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGATAAAATAAAATGCCATAAGGATTTGAAATAGA
635 AAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGA
* **
19832429 TAATAGTTCAAATGAAC
699 TAATTGTTCAAATGGTC
* ** * * * *
19832446 ATGACTATTTGAACA-TG-TTCGGTAAACGAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTTTT
1 ATAACTATTT-AA-ATTGATTCAATAAACAAATT-ACTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTT
* * *
19832509 -AGAA-CATTAATAAATTAG---TATTTTATTCCAAAT-AGACTTCTATGAA-TAGAAACAATTG
62 GA-AATC-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTGTATGAACT-GAAACAATTG
* * * * * * * * * * *
19832567 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTCATAACAAT
123 TTTTAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
19832632 TTGAACTCGCTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA--T-TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTA
188 TTGAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * ** * * * **
19832691 ATAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAGAATCATTTGGTTTATAACAAAA
253 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-GTAAAA
* * * * * *
19832756 C-AAATGGTCATAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTC
316 CAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-TCC
* ** * * * * *
19832820 AAAAAATAGATTTCTTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT
379 TAAGCAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAA-TTAGTAT
* * *** * * * * *
19832883 TATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAAGAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
441 TAATTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAA-CAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA
* * * * * *
19832947 AAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTC-AGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATAAACAGA
504 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAA
* * * * *
19833010 TTCATTCTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTT-AGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAT
566 TTTATT-TTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
* * ** * * ***
19833073 TTCAAATAAGTTTAAATGAACT-AAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTT
628 TCCAAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTT
* * * * **
19833137 AAAATAGATAATTATTCAAATAATC
691 GAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * ** * * * *
19833162 ATGACTATTTGAACTT-CTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTG
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
19833226 AAATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
63 AAATCTTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTTCAAATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * * * ** * * * * *
19833288 TTATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACGATT
125 TTAGGATAAAAC-AAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
19833353 TGAACTTGTTTA-GTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-CAATATTA
189 TGAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTA
* * * ** **
19833416 ATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATCATTTATAACAAAA
253 ATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-GTAAAA
** * *** * * * * * *
19833480 C-AAATTGTTATAGTGATTCTAAATACATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTT
316 CAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC----TT
** * * * * ** * *
19833544 GGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTCT-GAAATATTAATAACA-TAGTA
377 CCTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAA-ATTAGTA
* * * * * * * * * *
19833607 TTATTTTATTTTGAATAAGTTTATACGAACTGAACTAATATTTTATGACAAATA-AAAA-GTCAT
440 TTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACAAATATTTTATGACAAA-ACAAAAGGTTAA
** * * ** * * *
19833670 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAGACTATTTGATA-TAGTTCGGTAAACATAT
504 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTGA-ACTAGTTTGATAAACAAAT
* * * * ** * *
19833734 TTA-TTTTAAAATTTTTTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
567 TTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * * * *
19833798 AAATAAGCTTGTATGAATATAAACTATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATT-ATAATTTGA
631 AAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAGGT-TTTAATGATTTGA
* ** * *
19833861 AATAAATAATTATGT-AAATAGTC
693 GATTGATAATTGT-TCAAATGGTC
* * * ** * *
19833884 ATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * ** **
19833946 ATATTAATAGACCAATATTATTTTATTCTGAACA-AA-ATTGTATGAACAAAAACCTTTGTTTTA
65 ATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * *
19834009 TGACAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
128 GGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
19834074 -TTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
193 TTTGATTAGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * *
19834136 ATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTAAAAAAATTGTTTTATGATAAGAC-G
257 ATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAA
* * * * * *
19834199 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCAAAATTATTTAAACTGGTTCGAC
319 AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTC--C
* * * * * *
19834264 AAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTA
379 TAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTT-GCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * * * *
19834327 CTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGAA-CAAAAATAATTATTTTATGATAGAACATAAA-GCTATA
443 ATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACA-AA-TATTTTATGACAAAACA-AAAGGTTAAA
* * * * * * * * * *
19834390 ATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAAT-TATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCT-T-ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
* * * * *
19834454 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATT-AATTAGTACTATTTCATTCCG
568 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
* * * *** * *
19834518 AATAGGCTTGTATGATTAAAAACAATTGCTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAA
632 AATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGA
* * * *
19834582 TAGATAATTCTTGAAATGGCC
695 TTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * *** * * *
19834603 ATAATTATTTGAATTGATTTTGTAAACAGATTCACTTTTTGAATCATTTACTTATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAATT-ACTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** *
19834668 AATAC-TAATAAAATAGTATTATTCTATTTCAAATAAACTCGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
64 AAT-CTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * ** * *
19834732 TGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTGTAAATATCTGAA
128 GGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
19834797 TTTGATCA-ATAAACAAATTTATTTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGA
193 TTTGATTAGGTAAACAAATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * ** * * *
19834860 AATTGGTATTAGTTTAATTTGGATAATCTT-TGATGAGTTGAAACAATTGTTTAATGTGAAAAC-
256 AATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGT-AAAACA
* *
19834923 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAA
318 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTC-C
* * * *
19834988 TAAGCATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTA
379 TAAGCATATTTATTT-TTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * ** *
19835053 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGACAAAAC
443 ATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAAT
* * * * * * *
19835118 AATTTGAAATAGATACTTATCCTAATAATTTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTAT
507 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTA-CTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTAT
* *
19835183 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCGAATA
571 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
* *
19835248 AGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATA
636 AGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATA
*
19835313 ATTGTTCAAATAGTC
701 ATTGTTCAAATGGTC
* * *
19835328 ATAACTATTTACATTGATTCGATAAACAAATCTA-TTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAAT-TACTT-TTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG
* ** * * ** *
19835392 AAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTATA-AAAAATAATTGTTTT
63 AAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * * *
19835456 AGGACAAAACGAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTTTA
127 AGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
19835521 A-CTAAGTT-GGTAAACAAGTTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTATGAAATATTAATA
192 ATTTGA-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *** * * * *
19835580 AATTAGTATCATTTTATTCTGTCTAAGCTTATATTAAGTGAAACTATTGTTTT-T-TAACAAATC
256 AATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGT-A-AAA-C
* * * * * * * **
19835643 AAAAAGAT-ATATTACAATTTTAAATAGACAATTGTTAAAAAAATAATAGCTATTTGAACTTGTT
317 AAAAAGGTCATA--ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCCT
* *
19835707 CAA-CAAATAGATATATATTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAG
380 -AAGC--AT--ATTTAT-TTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAG
* * * **
19835770 TATTAATTTATTCTAAATAAGCCTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTT
438 TATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * *
19835835 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGATAAACAAA
502 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTT-ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAA
* * *
19835900 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAATATTATTTTAATCT
566 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * ** *
19835965 AAATAAGCTTGTA-CA-AACAAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAATGATCGTAA
631 AAATAAGCTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGG---T--T--T--TAA
*
19836028 TGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTC
685 TGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * *
19836059 GTAACTATTTGAACTGGTTCGAA-AAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTG
1 ATAACTATTTAAATTGATTC-AATAAACAA-ATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG
* * *
19836123 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTT-TGATGAACTGAAACAATTGTTTT
63 AAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT-ATGAACTGAAACAATTGTTTT
** * * * *
19836187 -GTGATAAAACAAAAAGGTCATGCTGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTC
127 AG-GATAAAAC-AAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * **
19836251 GTACTTG-TTAGGTAAACATATTATTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AACGTTA
190 GAATTTGATTAGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTA
* * * * *
19836314 ATAAATTAGTATTGTTTTATTTAAAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTAT-CACTAA
253 ATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTA--AA
* * ** * * * * * * * *
19836378 ACAAAATA--TTAGAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCAGAGAGCCTTAACTATTTGAA-TTGG
315 ACAAAA-AGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-C
* ** * * *
19836440 ATCGGCA-A---A------ACA-C--AT--TTA-T--TTTTT--AAT-TT-TTAAATTAGTATT-
378 CTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
19836482 ATCTAAATTC-AAATAAGCTTATATGAAAAGAA-AGAAT-TGTTCTATGACAAAA-TAAAGATTA
443 AT-T-TATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACA-AATAT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTTA
* ** * * * * * *
19836543 CAATGATTTGAGGTAGATAACTATTC-AAGTAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAATAA
503 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAA
* * ** * * * *
19836606 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATGTTAAAAAAATTAATAAATCAGTATTATTTTATTC
565 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * ** * ** *
19836667 TAAATAA-TTATGTATGAATGGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAATTCATAATGATTTGA
630 CAAATAAGCT-TGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTT-TTAATGATTTGA
* ** * * *
19836731 AATAAAATAATTATTCAAATAGAC
693 GAT-TGATAATTGTTCAAATGGTC
* * *** * * * ** *
19836755 ATGACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTT-
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * *
19836818 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAAGAA-TAGAAATAATTGCTT
63 A-AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
19836882 TATGAGAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATACTCATAACTATTT
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
19836946 GAGTTTG-CTCGGTAAACATATTTGTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTTA
190 GAATTTGATTAGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTA
* * *** *
19837009 ATAAATTAATA-TATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAACAATTGGTTTATG-ACAA
253 ATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTA-AA
* *
19837072 ATC-AAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
315 A-CAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---T
* * * * * * * *
19837136 TCATAA-AATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTTA-
376 TCCTAAGCAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAA-ATTAG
* * ** *** * * * *
19837198 TATTATTTTATT-TGAAATAAGGTTGTACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAACGGT
438 TATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * * * * * * *
19837262 CAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTTT-AGTAAA-A
501 TAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAAT-CTTACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACA
* * * * *
19837325 AGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
564 A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * * * * ***
19837389 TTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTATTTTA--ACATGAAACAAAAGGCCATAATGAT
628 TCCAAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACA--AAAC-AAAGGTTTTAATGAT
* * * * * *
19837451 TTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTT
689 TTGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * *
19837478 ATGACTATTTGGACTTG-TTTAGTAAACATATTTA-TTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGT
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTT-TAAATC-TTTACTTATTAATTT-T
** * * * * * * ** *
19837540 CAAAATATCAATAAATTATTATTAATTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
61 TGAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
19837605 TA-TAAAAAACAAAA-GTCACAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * *
19837668 AGCTT-ATTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT-TTTTTTAATTTTTTG-AATATTAC
191 AATTTGATT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
19837728 TAAATTTGTGTTATTTAATTTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGCAAA-AATTATTTTATG-ACAAA
254 TAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGTA-AAA
** * * *
19837791 GTAAAAGGTTATAGA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACATGTT
316 CAAAAAGGTCATA-ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC----T
** * * * * * * * * * * *
19837854 TAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTACTAATTTTT-GGATAATTAATAAGTTAGAA
376 TCCTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAAT-GTTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
19837918 TT-ATGTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTGTA--ATAACACAAAATGT
440 TTAAT-TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAAT-ATTT-TATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * *** *
19837980 TATAACGATTTAAAATAGATATTTGTTCAAACAAT-TATAAATATTTGCAA-TGGGCAGGCT-AA
501 TAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCT-T-ACTATTTG-AACT-AGTTTGATAAA
** * * * * *
19838042 CCGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTT
562 CAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTT
* * ** ** * * * * ** **
19838105 GATTCTGAATAAGAC-AATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAATTGGTCATAACA
625 TAATCCAAATAAG-CTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA--GGTTTTAATG
* ** * *
19838169 ATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTT
687 ATTTGAGAT-TGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * **
19838199 A-AACTAATTGAACTGGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAA-TTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * ** * * *** *
19838263 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAAACATTTGTTTT
64 AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATG--AACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
19838328 -GTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
127 AG-GATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
19838392 AACTAG-TTCA-GTAAA-AAGAATT-TTTTTTAAATCTCTTGCTGATTAATTTTTGAAATATTAA
191 AATTTGATT-AGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * ***
19838453 CAAATTTA-TTTTATTTTATTCTAAAT-A-CATTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACAACAA
254 TAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGC-TT-GTATGAATTGAAACAATTGTTTTA-TGTAA
* * * * * * * *
19838515 AAC-AAAGGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGT
314 AACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---T
* ** * * * ** * * * *
19838579 TGGC-AAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAAAATATTATTACATTAGT
376 T-CCTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTC-GAATGTTAATAAATTAGT
* * * * *
19838642 ATT-ATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAACAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAG
439 ATTAATT-TATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAC-A-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * * * * * * **
19838704 TTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTAGTTCAATAAACA
500 TTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA
* * * * * *
19838769 GATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
564 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
** * * * * ** * * *
19838833 CTGAAT-AGAATTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGCTCATAACGCTTCG
629 CCAAATAAG-CTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTG
* * *
19838897 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCC
692 AGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * ** * * * * * * * **
19838921 ATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTTAATCTCTAACTTATCAACTTTCAA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAAC-AAATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
19838986 AATAC-TAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTTATGAGCTCAAAACAATTGTTT
64 AAT-CTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * * *
19839050 TATGATAAAATAAAAGGTCATAACT-TTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
19839114 GAATTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAA
190 GAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
* ** * * *
19839177 TAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATG-ACTAAA
254 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTA--AAA
* * ** * * * *
19839241 -AAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGT-TT
316 CAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TCCT
* * * ** ** * * *
19839304 CACAGACACATTTATTTTATAAATC-----CTTGTTAATTTTTATAAAATTATTAATTTAGTAAT
380 -A-AG-CATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATT
* * ** ** * * * * * * *
19839364 ATTTTACTCCGAATAAATTTCTATGAATAGAAATAAATCTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAA
442 AATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-AA
* * ** *
19839428 A--ATTTCAAATAGATAATT-TTC----AA-CTGA-T-TCGGTAA--A-TTT--T----AGATTT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTACTATTTG-AACTAGTTTGATAAACAAATTT
* * * *
19839474 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTT--T-----
569 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * *** * * *
19839528 T-A---TG-A--A-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAATA-AAATGTCACAACGATTTGAAATCG
634 TAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTG
** **
19839584 ATAACAGTTCAAATGAAC
698 ATAATTGTTCAAATGGTC
* *** * * * *
19839602 ATGACTATTTGAACA-TG-TTTGGTAAACGAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTTTT
1 ATAACTATTT-AA-ATTGATTCAATAAACAAATT-ACTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTT
* * * * *
19839665 -AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATTAGACTTCTATGAA-TAGAAACAATTGT
62 GA-AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * * * * * * *
19839727 TTTATGACAAAATAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATT
124 TTTAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
19839792 TGAA-CTCACTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA--T-TTACTCT-TTAA-TTTTGGAATATT
189 TGAATTTGA-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * **
19839849 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAAATGAAATAGTTGGTTTATAACAAA
252 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-GTAAA
* * * *
19839914 ACAAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT
315 ACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-TC
** * * * * *
19839979 C-AGAAAATAGATTTCTTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-T
378 CTA-AGCAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAA-TTAGT
* ** *** * *
19840041 ATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTACATGAACAAAACCAAT-TGTGTTATGACAAAACAAAATGT
439 ATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAACAAATAT-T-TTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
19840104 CATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTC-AGATAATGATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
501 TAAAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAAT-CTTACTATTTGAACTAGTTTGATAAAC
* * * * * *
19840167 AGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTT
563 AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * ***
19840231 ATTTCAAATAAGTTTATATGAACTGAAAA-AATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGAT
626 AATCCAAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGAT
* * * **
19840295 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
689 TTGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * *** * * * *
19840322 ATGACTATTTGAACTT-CTTTGGTAAACGTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTG
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAAC-AAATTACTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
19840386 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTT-GAGTAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
63 AAATCTTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * * ** * * * *
19840448 TTATGG-CAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGA
125 TTA-GGATAAAAC-AAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-A
* * * ** * * * * * *
19840511 TTTGGACTTG-TTTGGTTTATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-CAATAT
187 TTTGAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATAT
* * * ** *
19840574 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATCATTTATAATAA
251 TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-GTAA
** * *** * * * *
19840638 AAC-AAATTGTTATAGTGATTCTAAACAGATAATTGTTCAAATAAG-CATAATTATTTAAACTTG
314 AACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC---
** * * * ** *
19840701 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAACA-TA
375 -TTCCTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAA-ATTA
* * * * * * * * *
19840764 GTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATACGAACTGAA-ATAATTTTTTATGACAAAATAAAAGGT
437 GTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACA-AATATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * ** * * * *
19840828 CATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TAAGACTATTT-AATCTAGTTT-AGTAAA
501 TAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCT--TACTATTTGAA-CTAGTTTGA-TAAA
* * * * * * ** * *
19840890 CATATTTATTTTTAAAATTTTTTGCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
562 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ** *
19840955 ATCCAAATAAGTTTGTATGAGTATAAACTATTGTTTTGT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATT
627 ATCCAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAGGTTTTAATGATT
* ** * * *
19841019 TGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
690 TGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * ** *
19841045 ATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTAATTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTT
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACA-A---A-TTACTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * ** **
19841107 TGAAATATTAATAGACTAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACCTTTGT
61 TGAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
19841170 TTTAAGACAAAACAAAA-G---TT-T-A---T-AACA-AT--TTA---AAATAG--ATAATTATT
124 TTTAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
19841217 TGAA-TTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTATTT-AATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
189 TGAATTTGATTAGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
19841279 ATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGATAA
253 ATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA-ATTGTTTTATG-TAA
* * * ** *
19841342 GAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCGTATAGTCAAAACTATTTGAACTGGT
314 AACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---T
** * * * * * * * *
19841406 TCGGAAAACAAATTTATTTTTTAGATCTTTTAG-GTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGT
376 TC-CTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTT-GCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGT
* * * * ** * * * *
19841470 ATTACTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAA-CAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTT
439 ATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * * * * * *
19841534 ATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGA
502 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAA
* * * * * * *
19841599 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATCTTTGAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTCATTCT
566 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * * * ** * *
19841664 GAATAGGCTTGTATGATTAAAAACAATTGCTATATGATCAAATA-AACGATAATAATGATTTAAA
631 AAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAGGTTTTAATGATTTGAG
* * *
19841728 ATAGATAATTGTTGAAATGGCC
694 ATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* ** * * * * *
19841750 ATAATTATTTAAATTGATTCTGTAAAGAGATTCATTTTTTGAATGATTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAATT-ACTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
19841815 AATAC-TAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTCT-TATGAACTGAAACAATTGTTTT
64 AAT-CTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * ** * * ** * *
19841878 ATGATAAAA-ATAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATCTA
127 AGGATAAAACA-AAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
19841942 AATTTGA-TCGGTAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAAG
191 AATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * ** *
19842005 AAATTAGCATTAGTTTATTTTGGATAAGCTT-TAATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGTGAAAAC
255 AAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGT-AAAAC
*
19842069 -AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA
317 AAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTC-
* * *
19842133 ATAAGCATATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-AT
378 CTAAGCATATTTATTT-TTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAA-TTAGTAT
* * * * **
19842197 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTGAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAAGACAAA
441 TAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAA
** * * * *
19842262 ACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAAGT-TTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATT
505 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAA-TCTTA-CTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
* *
19842326 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAA
568 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * *
19842391 ATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTG
633 ATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTG
**
19842456 ATAATTGTTCAAATAATC
698 ATAATTGTTCAAATGGTC
* * *
19842474 ATAACTATTTAAATCGATTCGATAAACAAATCT-GTTGTTTAAAT-TTGCTACTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAAT-TACTT-TTTAAATCTT--TACTTATTAATTTTT
* * ** * * **
19842537 TAAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGATA-AAAAACAATTGTT
62 GAAATCTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
19842601 TTAGGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTT
125 TTAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
19842666 TAA-CTAATTTGGTAAACAAGTTTATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTAAT
190 GAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* **** * * *
19842730 AAATTAGTATCATTTTATTCCGTCTAAGCTTATATTAATTGAAACAATTATTCTT-T-TAACAAG
255 AAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTT-TTATGTAA-AA-
** * * * * * * *
19842793 TCAAAAA-GAAATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTAAAAAAATAATAACTACTTGAACTTATT
316 -CAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TT
* * * *
19842857 CAGC-AAACAGATATATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAG
377 C--CTAAGCATATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAG
* * **
19842920 TATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTT
438 TATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * *
19842985 AGAACGATTTGAAATAGATAATTACTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAA
502 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTT-ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAA
* * * *
19843050 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTCTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTAATCT
566 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * ** *
19843115 AAATAAGCTTGTA-CA-AACAAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAA
631 AAATAAGCTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTTTTAATGATTTGAG
* * *
19843178 ATAGATAATTGTTCATATAGTC
694 ATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * **** * * *
19843200 TTAACTATTCAAACTGATT-GGGCAACTAGATTTA-TTTTTCAAT-TTT-CTTGGTTATTATTTT
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAAC-A-AATTACTTTTTAAATCTTTACTT-ATTA--ATTTT
* * * * * * * * * *
19843261 TCATAATATT-TTAAATTAGTATTATTCTA-TTCTGAATAAAATAT-TAT-TAGTAGAACCAATT
61 TGA-AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAGTTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * ** * * * * *
19843322 GTTTGATGACAAAGTAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCAAAACTA
122 GTTTTAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
19843386 TTTGAAATAG-TTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATAT
187 TTTGAATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATAT
* * * * * *** * *
19843449 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAGCTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
251 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TAA
* * * * * * *
19843514 AAC-CAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAACTAGTTATAATTATTTGAACTGGC
314 AACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT---
* ** * * * * * * ** * *
19843578 TCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATTTTTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT-
376 TC-CTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * * *
19843642 TTTATTCCATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTTAAATAACTGTTTTATGATAAAAC--------A
440 TTAATT-TATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * ** * * *
19843699 AAA--A--T---A-A-ATAATTGTTC-ATATAATCTTAACTGTTTAAACTTGTTCAACAAATAGA
503 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAATCTT-ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAA
* * * ** * *
19843754 TTCATTTTTTAAA--TCATAGTTATTAATTTTCAAAATACTATTAAATTAGTATTATTTTATTCC
566 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * **
19843817 AAATAAGCTTGTATG--TACAGAAGCAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTG
631 AAATAAGCTTGTATGATTA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GGTTTTAATGATTTG
* * * *
19843879 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
692 AGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * *
19843903 ATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAATTTTA-TTTTT--ATATGT-CTTATTAATTCTTGAA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAA-ATTACTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * *** * *
19843964 ATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTTGGAA-AAGCTTGTATGTTTTAAAACAATTGTTTTAT
65 ATCTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAG
* * ** * * * ** *
19844028 AAAAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
129 GATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * *
19844093 TAG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAT
194 TTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * ** * * *
19844153 TAGTATTACTTTATTCTAAACAAACATATATGAATAAAAACATTTATTTTATGACAAAAC-AAAA
259 TAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAAAAA
** * * * * ** *
19844217 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAA
322 GGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA---CTT-CCTAAG
* * * ** * * *
19844282 CAAAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTT
383 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATT-AGTATTAATT
* * * * * *
19844345 TATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCATAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
446 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAATT--GAACAAA--TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAAT
* * * * * * * *
19844410 AATTTGAAATAGATAATTATTC-ATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTTGGTAAAAAAAATTA
507 GATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAATCTT-ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTA
* * * * * *
19844474 TTTTTTAATTCTCGTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAAT
570 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
* ** * * * * * * *
19844539 AAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTCA-ACTTT
635 AAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGA-TTG
* * * *
19844603 ACAATTATTTAAATAGTC
698 ATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * *
19844621 GA-AACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
1 -ATAACTATTTAAATTGA-TTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT
** * * * ** * *
19844684 GAAAGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTC-AAATACAATTGTTA
62 GAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAA-ACAATTGTTT
* * * * * * * * * * *
19844748 TATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAACTATTTG
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
19844813 AA-CTAATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAAATTTAT-AAATATTAA
191 AATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
19844875 TAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATTGAAATAATTG-TTCACTGATAAAA
254 TAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA-TG-TAAAA
* * * * * *
19844939 C-AAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACTACTTC
316 CAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A--ACTTC
* * * * ** ** * * *
19845003 GGC-AAACAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTGGTA
378 --CTAAGC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTA
* * * * * ** * * * * *
19845067 TTATTTTATTCCAAATAAAACTTATATTAACTCAAACAATTATTTTATAATAGAACAATAGGTTA
440 TTAATTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGAA-TTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* ** * ** ** *
19845132 TAACAATTTGAAATAGAT-A--A-TC--AT--TC--A-AATGGGAACTAGTTCAATAAACAGATT
503 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
* * * * **
19845186 TATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TCTTATTTTATTCTG
568 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAATCCA
* * * * *
19845250 AAT-AGACTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
632 AATAAG-CTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTT-TTAATGATTTGAGA
* *
19845314 TAGATAATTGTTCAAATGGCC
695 TTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * ** * * * ** * * *
19845335 ACAATTATTTAAACCGATTCGATAAACTAACTTATTTTTTGGATCTCTAACTTATCAGTTTTTGA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAAC-AAATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
19845400 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TAT-AATCTGAAATAATTCTTTT
64 AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTGTATGAA-CTGAAACAATTGTTTT
* * * * *
19845463 ATGATAAAACAAAAGGTCA-TATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTA
127 AGGATAAAACAAAAGGTCATTA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * *
19845527 AACTTG-TTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTAATGTTCT-ACATGTTA
191 AATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTA
* * * * * *
19845589 ATTAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAACCATGTATGAACTGTAAA-AACTATTTTATG-ACTA
253 ATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGTA--A
* ** * * * *
19845652 AACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
314 AACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---T
* * * * * * * * * *
19845717 TCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCA
376 TC-CTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
19845782 ATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA-GCTC
440 TTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * * * * * * *
19845844 ATATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGAT
503 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
* * * * ** *
19845909 TT-TGTTTTTAAA--TCTT--TTATGAATTTTTCAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCT
567 TTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * * * * **
19845969 GAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACT-ATTTGA
631 AAATAAG-CTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTTTTAA-TGATTTGA
* * * *
19846032 AATAGATAATAGTTCAAATGGAC
693 GATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * ** * * * ** *
19846055 ATGACTATTTGAACTTG-TTTTATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTACAACATATTAATTTTT-
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG
* * **
19846118 AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
63 A-AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * ** * * *
19846182 TATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * ** *
19846246 AAACT-CCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTTGGTATTTTAAT
191 AATTTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
19846309 AAATTAGTATTGTTTTATTCTGAATAAGCTTTTAT-AATTAGAAACAATTGGTTTATG-AAAAAA
255 AAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGTAAAACA
** * * *
19846372 CAAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCA
318 -AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTC-
** * * * * *
19846437 AAAAGCATATTTA-TTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTCT-GATATATTAATAAATT--TATA
378 CTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGA-ATGTTAATAAATTAGTATT
* * * * **
19846497 ACATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCA
442 A-A-TTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAA-CAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * * * *
19846561 TAATG-TTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCTATTTGCAAAT-GTTTGGTAAACAA
503 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTA-CTATTTG-AACTAGTTTGATAAACAA
* * * * * * * *
19846624 ATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTAGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTTATT
565 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAAT
* * * * *** *
19846688 TCAAATAAGCTTATATGAGTT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAATAATTTG
629 CCAAATAAGCTTGTATGA-TTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTTTTAATGATTTG
* * * * *
19846752 AAATAGATAATTATTCAAATAGTT
692 AGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * * * * * * * *
19846776 ATGATTATTTGAACTT-ATTCAAAAAACTTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGATCT
1 ATAACTATTT-AAATTGATTCAATAAAC-AAATTACTTTTTAAATC-TTTACTTATTAAT-TTTT
* * * * * * * *
19846840 -AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATAT-AAATAGAAACAATTATTT
62 GAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT
* * * * ** * * **
19846903 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAATA-TCCATAAAGATT
126 TAGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAA-TAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATT
* * * * * *
19846966 TGAACTTG-TTCGAGG--AACAGATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAAATGTCTT--AATA
189 TGAATTTGATT--AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAAT-TTTTGAAATA
* * * *** * **
19847026 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCATGTATGAACAAAAAAAAAATCATTTTATGA
250 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATG-A-ATTGAAACAATTGTTTTATG-
* * * * * * * * *
19847091 CAAAAC-AAAAGGTTATAGCAATTTCATACAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACT
311 TAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
* ** * ** ** * * *
19847155 TGTTCGATAAATATATTCATTTTTT--AT-TAATAATTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAACTT
375 --TTC-CTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTC-GAATGTTAATAAATT
* * * * ** * * * *
19847216 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTACAAGAACT-AA-AATATTTTTTTATGATAAAACAAAAG
436 AGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAACAA-A-TATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * * *
19847279 GTCATAACGATTTGAAATAGATATTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAATTCGATAAGC
499 GTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATAAAC
* * * * * * *
19847344 ATATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAA
563 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
* ** * * * * ** **
19847408 TCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTT
628 TCCAAATAAGCTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTT
* *** * *
19847473 GAAAGAAATAATTGATCAAATAGTC
691 GAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* ** * * *** * * * *
19847498 ATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAGTTTTAGAA
1 ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * ** * *
19847560 ATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTCCAAACAAACTTAG-ATGAACAAAAATATTTGTTTTA
65 ATCTTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAA-TAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * *
19847624 TAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
128 GGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * **
19847689 -TTGGCTAGATAAACAAAATTGT-TTTTTTAAATCTCTTACAGATTAATTTTTGAAATATTAATA
193 TTTGATTAGGTAAAC-AAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *** * * *
19847752 AATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATATTAGTATTATTTTATTTTG
256 AATT-AGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TTGAA-A-CA--ATTGTTTTA-TGT-
* ** *** * * * * * *
19847816 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATATT-ATAATGATTTGAA
312 AA-AA-C----A--AAAAGGTCATAACAATTTTA-AATAG-A-TAATTGTTCA-AAT-A-GT-CA
* * * * ** *
19847879 GTATACAATTGTTCAAATAGTCATAA-C-TATTTAAACTAATTCGGTAAA-CATTTCTTACTTAT
362 -TA-ACTA-T-TTGAACT--TCCTAAGCATATTT--A-T--TT-TTTAAATC--TT-TTGCTTAT
* * * * * * ***
19847941 TAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCCAAATAAACTTGTATGATAAAAAAC
412 TAATTTTTCGAATG-TTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAC
* * * * * * ** ***
19848005 AATTGTTATATGACTAAACAAAAGG-TAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAT
475 AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-T
* * * * * * * * * *
19848069 AATTATTTTAACTAATTTTG-TTAGCAGATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTACTTTTT-AG
538 TACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * *** * *
19848132 AATATAAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACT-AAAACAATTG-TTT-
601 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-GATTAAAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * *
19848194 TG------TAAAGGTCATAATGATTTTCA-ATAGACAATTGTTTAAA-GAGTT
665 TGACAAAACAAAGGTTTTAATGA-TTTGAGATTGATAATTGTTCAAATG-GTC
* * * *
19848239 GTAACTATTTGAATTTG-TTAGCTAA-AAA-AAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTT
1 ATAACTATTT-AAATTGATT--C-AATAAACAAATTA-CTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
* * * *** * *
19848300 TTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTT-TGTGAACTGAAACAATTAT
60 TTGAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * *
19848364 TTTATG-TCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAACTAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAA
124 TTTAGGAT-AAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-A
* * * * * *
19848427 TTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATTCT-TTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTG-AAT
187 TTTGAATTTGATTAGGTAAACAAATT-TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAT
* * * ** * * * **
19848489 GTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTA-CA
249 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGT
* * * * * * ** *
19848552 ACTAAAC-AAAGGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAA
312 A--AAACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * ** * * *
19848616 TGGT-TTGGCAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTCCTTTTTGGAATATTATTAAAT
375 T--TCCT---AAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAAT
* * ** * * *
19848680 TAGTATTATATTTA-ACT-AATAACCTTCAATG-ATCATAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAA
435 TAGTATTA-ATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT--TGAACAAATATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * * * *
19848741 AGATCT-TAATGATCTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTAAACTAGTTCGATA
497 AGGT-TAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTGAACTAGTTTGATA
* * * * * *
19848805 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTGCATTATTT
560 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
* *** * * * * ** **
19848870 TATTTTGAATAAGTTTGTATGA-TCACAACAATTGTTTTATAACAAGATA-AAAGGTCATAACAA
625 TAATCCAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAA-A-ACAAAGGTTTTAATGA
* * ** **
19848933 TTTGAAATAGATAATCATTCAAATGACC
688 TTTGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
* * **** * * * * *
19848961 ATAATTATTTTAAA-TAATTTGGCAAATAGATTTACCTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTAG
1 ATAACTA-TTTAAATTGATTCAATAAACA-AATTACTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT-T
* * * ** * * * *
19849024 GAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAACTGAAAGAATTGTTTT
62 GAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * ***
19849089 ATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATACAA
127 AGGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** *
19849154 ATTTG-TTTGGTAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTG-AATGTTAAT
192 ATTTGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
19849217 AAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAAC-
255 AAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTA-AAACA
* ** * * ** * * * *
19849281 AAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTTTTTTAATAGACTTAACTATTCGAACTAATTCAG
318 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC---TTC-C
* * * **
19849346 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTT
379 TAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
19849386 CAAAATATTA
Statistics
Matches: 17001, Mismatches: 3721, Indels: 2451
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
673 7 0.00
674 56 0.00
675 62 0.00
676 18 0.00
678 10 0.00
679 89 0.01
680 80 0.00
681 104 0.01
682 38 0.00
683 6 0.00
685 1 0.00
686 3 0.00
687 58 0.00
688 65 0.00
689 13 0.00
690 7 0.00
691 4 0.00
692 74 0.00
693 246 0.01
694 95 0.01
695 328 0.02
696 461 0.03
697 58 0.00
698 21 0.00
699 99 0.01
700 82 0.00
701 27 0.00
702 136 0.01
703 218 0.01
704 273 0.02
705 273 0.02
706 61 0.00
707 112 0.01
708 94 0.01
709 24 0.00
710 13 0.00
711 13 0.00
712 34 0.00
713 47 0.00
714 471 0.03
715 276 0.02
716 411 0.02
717 440 0.03
718 818 0.05
719 731 0.04
720 1184 0.07
721 1102 0.06
722 1457 0.09
723 1857 0.11
724 1259 0.07
725 1445 0.08
726 700 0.04
727 162 0.01
728 78 0.00
729 16 0.00
730 16 0.00
731 139 0.01
732 63 0.00
733 41 0.00
734 184 0.01
735 169 0.01
736 10 0.00
737 67 0.00
738 16 0.00
739 11 0.00
740 7 0.00
741 44 0.00
742 22 0.00
743 22 0.00
744 139 0.01
745 38 0.00
746 1 0.00
748 4 0.00
749 45 0.00
750 118 0.01
751 25 0.00
752 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (715 bp):
ATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAATTACTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAA
TCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAGGA
TAAAACAAAAGGTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
GATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTAAAACAAAAAGGTC
ATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCCTAAGCATATTTA
TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAAT
AAGCTTGTATGAATTGAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGAT
AATTATTCTAATAATCTTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGATTAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATGGTC
Found at i:19829900 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19829298--19832156 Score: 1920
Period size: 181 Copynumber: 15.9 Consensus size: 181
19829288 TTTTATTTTT
* * * * * * * *
19829298 TATTATTAAATTAGTATTATCTAAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * ** * * * * *
19829363 CAAAA-TAAAGATTACAACGATTTGAGGTAGATAATTGTT-AAGTAGTCATAAATATTTGACCTA
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * ** **
19829426 ATTC-AGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATACTAAAAA
131 GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * *
19829473 TATTAATAAATCAATATTATTTT-ATTCTAAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * *
19829537 ACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *** *
19829602 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTCTCCAACCTATTAATTTTT-AGAA
129 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* ** * * *
19829655 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAATTTGTAAGAATAGAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * **
19829719 ACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATAGTCATAACTATTTGAGTT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
19829784 TGCTCGATAAACATATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAA
130 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
19829836 TTTTAATAAAATAATATTTTTTTAATTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
19829901 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
19829966 GTTC-ATAAAACATATTTCTTTTTTAAAT-TTCTACTCATTAATTTTTGGAA
131 GTTCGAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
19830016 TATTAATAAATTTATATTA-TTTCATTTGAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
19830080 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAATTATTTAAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
19830145 TGTT-TAGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTCATTAATTTTTGGAA
130 TGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * ** * * * **
19830197 TAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAAATGAACTGATACAATTATTTTAACA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
19830262 TAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** **
19830326 TGTTC-AGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAA
130 TGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAA
* * * * * * *
19830378 TATCAATAAATTATTATTAATTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAT-A
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
19830442 AAAAACAAAA-GTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAGCT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
19830505 TATT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTTTTAATTTTTTG-AA
130 TGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAA
* ** * * *
19830557 TATTACTAAATTTGTGTTA-TTTAATTTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGCAAA-AATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTAT
** * * *
19830620 GACAAAGTAAAAGGTTAT-AGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
19830683 CATGTTC-AGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG-GA
128 CTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
19830736 TCATCAATAAGTTAGA-ATTATGTT-ATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGATTTG
1 T-ATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * * *
19830799 TGATAACACAAAAGGTTATAA-TGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAACAATTATAAATATTTGC
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *** * ** * *
19830863 ACTGGCAGGCT-AACCTATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTT-AGAA
127 ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AA
** * * * *
19830917 TATTAATAAATTAGCATTA-CTTGATTCTGAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
19830980 GATAAAA-AAAATTGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT-TTAAACTAATTG
64 GACAAAACAAAA--GGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTG
* * * **
19831043 AACTAGTT-GAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
126 AACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * * * * * *
19831099 TATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAACAAACTTATTTGAA-AAAAAAACATTTTTTTAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTAT
* ** * *
19831162 AACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * *
19831226 CTAGTTCTG-TAAAGAGAAGT-TTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAA
128 CTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * * *
19831279 TATTAACAAATTTGTTTTATTTT-ATTCTAAATAAG-TTACTAAGAACTA-AAA-AATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTT-GTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
19831340 TAACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * * * * **
19831404 CTGGTT-GGCAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAGTTTTCAAAA
128 CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
19831457 TATTATTACATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGTTTGTATGAAC-GAAAATAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * *
19831520 GGCACAACAAAAGGTTATAACAATTCGAAATATATAATGGTTTAAACAGTCATAACCATTTGAA-
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
19831584 TTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TTCTGACTTATTAATTTTTCAAA
129 TT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * ** * *
19831637 TATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTCCATAGGATTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * **
19831701 TAAAACAAAAGCTCATAA-TGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-CGGCTATAGTTATTTGAA-
66 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
19831763 TTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTTATTCTCTAACTTATCAACTTTTAAAA
129 TTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
19831817 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAAGAGCTGAAAAAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
19831882 TAAAATAAAAGGTTATAAC-AGTTTTAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACTA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * **
19831946 TGTTTGGTAAATAAAATTATTTTTTTAAT-TTCTTGCTTTTTAATTTTTTTAA
130 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
19831998 TGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAACTGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
19832062 ACTAAAAAAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-
65 AC-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * *
19832126 TTGTTTGGCAGACACATTTATTTTTTAAATC
129 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
19832157 CTCATTAATT
Statistics
Matches: 2124, Mismatches: 467, Indels: 179
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 53 0.02
176 17 0.01
177 15 0.01
178 166 0.08
179 276 0.13
180 578 0.27
181 763 0.36
182 243 0.11
183 10 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
Found at i:19832170 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19832147--19832185 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
19832137 ACACATTTAT
*
19832147 TTTTTA-AATCCTCATTAA
1 TTTTTATAATACT-ATTAA
19832165 TTTTTATAATACTATTAA
1 TTTTTATAATACTATTAA
19832183 TTT
1 TTT
19832186 AGTAATATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.74
19 5 0.26
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTATAATACTATTAA
Found at i:19833299 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19832297--19836465 Score: 3098
Period size: 181 Copynumber: 23.1 Consensus size: 180
19832287 GGTAAATTTT
* * *
19832297 AGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTACTATTTT-T
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * *
19832357 TATGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGATAAAATAAAATGCCATAAGGATTTG
66 T-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
19832422 AAATAGATAA-TAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACATGTTCGGTAAAC
130 AAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* ** * *
19832473 -GAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTTTT-AGAACATTAATAAATTAG---TATTTT
1 AG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * *
19832533 ATTCCAA-ATAGACTTCTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGAT
64 ATTTGAATA-AG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * *
19832597 TTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTCATAACAATTTGAACTCGCTT-GGTAAAC
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * *
19832651 AAATTTA-TTTTTAAA---TTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
19832711 TCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAGAATCATTTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTG
66 T-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *** *
19832776 AAATAGAAAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAAT
130 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
19832827 AGATTTCTTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * *
19832890 TTTGAAATAAGCTTGCATGAAGA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-ATT
65 TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-T
* * * *
19832953 TTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGATAAAC
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
19833007 AGATTCATTCTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTT-AGAATATTAATAGATTAGTATTATTT
1 AGATTTATT-TTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * *
19833070 TATTTCAAATAAGTTTAAATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGA
63 TATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * *
19833134 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTCTTCGGTAAAC
126 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
19833189 ATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-
* **
19833253 ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATT
64 ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** *
19833318 TGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTTAGTAAAT
128 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
19833371 AGATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * ** * *
19833435 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATCATTTATAACAAAACAAATTGTTATAGTGATTC
65 TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-
* * * * *
19833499 T-AAATACATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC
128 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
19833551 AGATTTATGTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTCTGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA
* * * * **
19833615 TTTTGAATAAGTTTATACGAACT-G-AACTAA-TATTTTATGACAAATA-AAAA-GTCATAACAA
65 -TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGA
*
19833675 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGATA-TAGTTCGGTAAAC
126 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAAC
* * * * ** *
19833730 ATATTTA-TTTTAAAATTTTTTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
*** * * * * * *
19833794 ATCCAAATAAGCTTGTATGAATATAAACTATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATTATAATT
64 ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * *
19833858 TGAAATAAATAATTATGT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC
128 TGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* ** *
19833911 AGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACCAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * ** * ** * *
19833972 TCTGAACAAAATTGTATGAACAAAAACCTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACGATTTA
66 T-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
19834037 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAAT
130 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC
* *
19834088 AGAATTATTTTTTAATATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT
* * * * * * * *
19834150 ATTCTAAATAAGCTAGTATCAATTA-AAAAAATTGTTTTATGATAAGACGAAAGGTCATAATAAT
64 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * **
19834214 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCAAAATTATTTAAACTGGTTCGACAAAAC
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAAC
* * * * *
19834269 A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * * *
19834333 TTTGAATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACATAAAGCT-ATAATGATTT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
19834397 GAAGTATACAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAAC
129 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC
* * * * *
19834449 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATTAATTAGTACTATTTCAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
19834514 TCCGAATAGGCTTGTATGATTAAAAACAATTGCTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAACGATTT
66 T-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * **
19834578 GAAATAGATAATTCTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTTGTAAAC
129 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * * * * * * *
19834630 AGATTCACTTTTTGAATCATTTACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAAATAGTATTATTCTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
19834695 TTCAAATAAACTCGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTT
66 TT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * ** * * * * **
19834759 TAAATAGATAATTATTTAAATAGTTGTAAATATCTGAATTTGATCAATAAAC
129 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * *
19834811 AAATTTATTTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTGGTATTAGTTT
1 AGATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT
* * * * * * ** **
19834875 AATTTGGATAATCTT-TGATGAGTTGAAACAATTGTTTAATGTGAAAACAAAAGGTCATAACAAT
63 TATTTGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * ** *
19834939 TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAGC
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * *
19834993 ATATTTATTTCTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTT
1 AGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * **
19835057 ATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTG-AACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGACAAAACAAT
64 ATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * ** * * * **
19835121 TTGAAATAGATACTTATCCTAATAATTTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAAC
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
19835175 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
*** * * **
19835240 ACCGAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTG
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
19835304 AGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--ACATTGATTCGATAAAC
130 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTG-TTCGGTAAAC
* * * * * * *
19835355 AAATCTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTTAAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * *
19835420 TTTGAATAAGCTTGTAT-TATAAAAAATAATTGTTTTAGGACAAAACGAAATGCCATAATGATTT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
19835484 GAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAAGTT-GGTAAAC
129 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAAC
* *
19835536 A-AGTTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTA
1 AGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * **
19835596 TTCTGTCTAAGCTTATATTAAGT-GAAACTATTGTTTTTTAACAAATCAAAAAGAT-ATATTACA
65 TT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA--ATG
* * * * * * * * *** *
19835659 ATTTTAAATAGACAATTGTTAAAAAAATAATAGCTATTTGAACTTGTTCAACAAAT
125 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
19835715 AGATATATATTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTT
1 AGATTTAT-TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** * * *
19835779 ATTCTAAATAAGCCTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATT
64 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * ** * *
19835844 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGATAAAC
128 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
19835897 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAATATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * ** * ** *
19835962 TCTAAATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAATGATCGT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT--T
* * * * * * **
19836026 AATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAAC
128 --TGA----A-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
19836086 A-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
1 AGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * **
19836150 TTTCGAATAAG-TTTTGATGAACT-GAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAAGGTCATGCTGA
65 TTT-GAATAAGCTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGA
* * * * * * *
19836213 TTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTCGTACTTGTTAGGTAAAC
126 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * ** *
19836268 ATATTATTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AACGTTAATAAATTAGTATTGTTTT
1 AGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** * *
19836332 ATTTAAAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATCACTAAACAAAATATTAGAATGAT
64 ATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
19836396 TTGAAATAGATAAGTATTCAGAGAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGATCGGCAAAAC
127 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGG-TAAAC
*
19836451 ACATTTATTTTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAA
19836466 TTTTTAAATT
Statistics
Matches: 3135, Mismatches: 702, Indels: 306
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 18 0.01
174 9 0.00
175 3 0.00
176 113 0.04
177 229 0.07
178 113 0.04
179 186 0.06
180 642 0.20
181 778 0.25
182 684 0.22
183 128 0.04
184 86 0.03
187 2 0.00
188 8 0.00
189 102 0.03
190 20 0.01
191 14 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
Found at i:19834058 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19834037--19834069 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19834027 TAACGATTTA
19834037 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
19834053 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
19834070 TGAATTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:19836847 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19836470--19839303 Score: 2076
Period size: 180 Copynumber: 15.7 Consensus size: 180
19836460 TTTTAATTTT
** * * *
19836470 TAAATTAGTATTATCTAAATTC-AAATAAGCTTATATGAA-AAGAAAGAATTGTTCTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTAT-TTTATTCTAAATAA-CTTGTATGAATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * ** * * *
19836533 A-TAAAGATTACAATGATTTGAGGTAGATAACTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAAC-TGATT
63 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * * * * *
19836596 CAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATGTTAAAAAAATTAA
127 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * ** *
19836646 TAAATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTATGTATGAATGGAAACAATTGTTTCATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAACT-TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * *
19836711 AAAAATTCATAATGATTTGAAATAAAATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTG
65 AAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
** *
19836776 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAA
129 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * *
19836828 TAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTAAGAATAGAAATAATTGCTTTATGAGAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT-AACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * ** * *
19836892 CAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTTTAAAATACTCATAACTATTTGAGTTTGCTC
64 CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * * *
19836956 GGTAAACATATTTGTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAAATTTAA
128 AGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAA
* * * * * * *
19837010 TAAATTAATA-TATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAACAATTGGTTTATGACAAAT
1 TAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAA-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
19837074 CAAAAGGTCATAACT-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
64 CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * *
19837138 A-TAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTCATTAATTTTTGGAATATTAA
128 AGT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * ** * *
19837190 TAAGTTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGGTTGTACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACCAA
1 TAA-ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * *
19837253 ACAAACGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTTT
63 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
19837318 AGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAA
128 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * *
19837371 TAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTATTTTA--ACATGA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-CTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACA--A
* * * * * *
19837432 AACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTT
62 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * ** * * * *
19837497 TAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATCAA
127 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAA
* * * * *
19837551 TAAATTATTATTAATTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT-AAAAAA
1 TAAATTAGTATT-ATTTTATTCTAAATAA-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
19837614 CAAAA-GTCACAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCA
64 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
* * * *
19837678 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT-TTTTTTAATTTTTTGAATATTAC
129 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * *
19837728 TAAATTTGTGTTATTTAATT-TGAAATAAGCTTGTAGGAATAGCAAA-AATTATTTTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA-CTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * *
19837791 GTAAAAGGTTATAGA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACATGTT
63 ACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * *
19837854 TAGTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTACTAATTTTT-GGATAATTAA
127 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT-ATTAA
* * * * * * * * * * *
19837908 TAAGTTAGAATTATGTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTGTAATAACAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * ***
19837973 AAAATGTTATAACGATTTAAAATAGATATTTGTTCAAACAATTATAAATATTTGCAA--TGGGCA
65 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTTA
** * *
19838036 GGCT-AACCGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAA
129 -G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * ** * *
19838089 TAAATTAGCATTACTTGATTCTGAATAAGAC-AATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-A-ACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * * * *
19838153 -AAAATTGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGT
64 CAAAA--GGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
19838216 TGAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
126 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * * * *
19838271 TAAATTAATATTATTTTATTCCGAACA-AACTTATTTGAAAAAAAAAACATTTGTTTTGTAACAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATT-CTAA-ATAACTTGTATG--AATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
19838335 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
62 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * *
19838400 CAGTAAAAAGAATT-TTTTTTAAATCTCTTGCTGATTAATTTTT-GAAATATTAA
127 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA
* * * * **
19838453 CAAATTTA-TTTTATTTTATTCTAAAT-ACATTACTAAGAACTAAAAA-AATTGTTTTACAACAA
1 TAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAC-TT-GTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
19838515 AACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAAC-TGGT
62 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * * *
19838579 TGGCAAATAAATTTATTGTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAT
127 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * * *
19838633 TACATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAACAATAATTGTTTTATGACAGAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * *
19838698 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAA-TTAGTTCA
65 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTA
* * *
19838762 ATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAA
129 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAA
* * * *
19838813 TAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAGAATTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA-ACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
19838877 CAAAAGCTCATAACGCTTCGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTT
64 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT
* * * * * * *
19838941 -GATAAACT-GATTTATTTTTTTAATCTCTAACTTATCAACTTTCAAAATACTAA
128 AG-TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * *
19838994 TAAAGTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTTATGAGCTCAAAACAATTGTTTTATGATAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA-C-TTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
19839058 AATAAAAGGTCATAACT-TTTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGT
62 AACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
19839122 TTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
126 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * ** * * *
19839177 TAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-CTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA
* * * *
19839241 A-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGTTT
63 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
19839304 CACAGACACA
Statistics
Matches: 2105, Mismatches: 447, Indels: 208
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.00
176 53 0.03
177 64 0.03
178 112 0.05
179 130 0.06
180 706 0.34
181 394 0.19
182 405 0.19
183 204 0.10
184 27 0.01
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
Found at i:19840151 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19839541--19847793 Score: 4919
Period size: 181 Copynumber: 46.0 Consensus size: 176
19839531 GAATAGAAAT
* * * * * ** *
19839541 AATTGTTTTATGAC-AAATAAAATGTCACAACGATTTGAAATCGATAACAGTTCAAAT-GAACAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT
* * * * * *
19839604 GACTATTTGAACATGTTTGGTAAAC-GAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTTTT-AG
64 AACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAG-ATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTTTGA-
* ** * * *
19839667 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATTAGACTTCTATGAATAGAAAC
124 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAACA-AAAC
* * * *
19839721 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
19839786 ACAATTTGAACTCACTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA-TTTACTCT-TTAA-TTTTGGAAT
65 ACTATTTGAACT--GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACT-TATTAATTTTTGAAAT
* *
19839846 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTTTGAA-ATGAAAT
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACA--AAAC
* * *
19839897 AGTTGGTTTATAACAAAACAAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
19839962 AACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTCTTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
64 AACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
**
19840027 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAACAAAACC
127 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-C
* * * * *
19840078 AATTGTGTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATGATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
19840143 ACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGG
65 ACTATTTGAAC-TGTTCGGA-AAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTACT-TATTAATTTTTGA
* * * *
19840206 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTGAAAA-
124 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAC
* * * * * *
19840260 AATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
19840325 ACTATTTGAACTTCTTTGGTAAAC-GTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
65 ACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAG-ATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *
19840389 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTTG-AGTAAGCTTGTATGAATAGAAAC
126 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * * *
19840441 AATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *** * * * *
19840506 AA-TGATTTGGACTTGTTTGGTTTATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-C
64 AACT-ATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-TTTGA
* *
19840569 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-
124 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* ** * * ** * * *
19840622 AAATCATTTATAATAAAACAAATTGTTATAGTGATTCT-AAACAGATAATTGTTCAAATAAG-CA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCA
* * * * *
19840685 TAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAA
63 TAACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
19840750 ATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGTTTATACGAACTGAAAT
125 ATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * *
19840803 AATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-A
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * * * **
19840866 GACTATTT-AATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTGCCTATTAATTTTCAAA
65 -ACTATTTGAA-CT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * **
19840930 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATGAGTATAAAC
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * * * *
19840983 TATTGTTTTGT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
19841047 AACTATTTGAACTGGTT-TGATAAACAGATTTATTTAATTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTG
64 AACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTA--T--TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
19841109 AAATATTAATAGACTAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAAC
123 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA-ATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
** * * *
19841164 CTTTGTTTTAAGACAAAACAAAA-G--------TTT---ATA-ACAA-T-TTAAAATAG--ATAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
19841212 TTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTATTTAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
66 CTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
19841277 TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCT-AAATAAGCTAGTATCAATTGAAAA-
129 TAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAC
** * * ** *
19841326 TTTTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCGTATAGTCAAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** *
19841391 ACTATTTGAACTGGTTCGGAAAACAAATTTATTTTTTAGATCTTTTAGGTATTAATTTTTGGAAT
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTA-A-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
19841456 ATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTG-AATAATCTTGTATGAACAAAAAT
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * * * * * *
19841507 AATTATTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
19841572 ACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATCTTTGAAAG
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
19841637 ATTAATAAATTAGTACTATTTCATTCTG-AATAGGCTTGTATGATTA-AAAAC
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAAC
* * * * * * * * * *
19841688 AATTGCTATATGATC-AAATAAACGATAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAT
1 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
19841752 AATTATTTAAATTGATTCTGTAAAGAGATTCATTTTTTGAATGATTTACTTATTAATTTTTGAAA
64 AACTATTTGAACTG-TTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
19841817 TACTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTCT-TATGAACTGAAAC
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCT-TGTATGAAC-AAAAC
* * * * **
19841869 AATTGTTTTATGATAAAA-ATAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGT
1 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
19841933 AACTATCTAAATTTGATCGGTAAACAAATTTATTTGTTTAAACTCTTGCTTATTAGTTTTTGAAA
64 AACTATTTGAA-CTGTTCGGAAAACAGATTTATTT-TTTAAA-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * ***
19841998 TATTAAGAAATTAGCATTAGTTTATTTTG-GATAAGCTT-TAATGAGTTGAAAC
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGT-ATGA-ACAAAAC
** * * *
19842050 AATTGTTTTATGTGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
19842115 ACTATTTGAACTTATTC--AATAAGCATATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG
65 ACTATTTGAAC-TGTTCGGAA-AA-CAGATTTATTT-TTTAAA--TTTTACTTATTAA-TTTTTG
* * ***
19842178 -AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTAAGATATTGAAC
123 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAC
* * * * * * * * * * *
19842232 AAATATTTTATAACAAAACAAAAAGACAAAACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAAGT-TT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCAT
* * *
19842296 AGCTATTTGAACTGGTT-TGACAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
64 AACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAA-TT-TTACTTATTAATTTTTGAA
* **** * **
19842360 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAAC
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* ** * * *
19842413 AATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
19842477 ACTATTT-AAATCGATTC-GATAAACAAATCTGTTGTTTAAATTTGCTACTTATTAATTTTTTAA
65 ACTATTTGAACT-G-TTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTT--TACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
19842540 ATCTTAATCAATTAGTATTATTTTTATTTTG-AATAAGCTTGCATGATAAAAAAC
125 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAC
* * * * * * *
19842594 AATTGTTTTAGGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
19842659 ATTATTTTAACTAATTTGGTAAACA-AGTTTATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTATGAAA
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGA-TTTATTTTTTAAA-TT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * **
19842723 TATTAATAAATTAGTATCATTTTATTCCG-TCTAAGCTTATATTAATTGAAAC
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAC
* * * ** * ** * * * * * * * *
19842775 AATTATTCTTTTAACAAGTCAAAAAGAAATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTAAAAAAATAAT
1 AATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
19842840 AACTACTTGAACTTATTCAGCAAACAGATATATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAA
64 AACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAA
* * **
19842905 ATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAC
** * * * ** * *
19842958 AATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTACTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
19843023 ACCATTTGAACTAATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTCTGAAA
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * **
19843087 TATTATTATATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTACAAACAAAAC
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAC
* * * *
19843138 AATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** ** * * *
19843203 ACTATTCAAACTGATT-GGGCAACTAGATTTA-TTTTTCAATTTT-CTTGGTTATTATTTTTCAT
65 ACTATTTGAACTG-TTCGGAAAAC-AGATTTATTTTTTAAATTTTACTT-ATTA--ATTTTTGA-
* * ** * ** *
19843265 AATATT-TTAAATTAGTATTATTCTATTCTG-AATAAAATAT-TATTAGTAGAACC
124 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCT-TGTATGAACA-AAAC
* ** * * * * *
19843318 AATTGTTTGATGACAAAGTAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCAAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
19843382 ACTATTTGAAATAGTTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAA
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT-TGAAA
* * * *
19843446 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AACAAGCTTATATTAACAAAAAC
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * * *
19843498 AATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAACTAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
19843563 ATTATTTGAACTGGCTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATTTTTTACTTATAAATTTTTAAAAT
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * ** * * *
19843628 ATTAATAAATTAATTTTATTCCATTTTG-AATAAGCTTGTATGAGCTTAAAT
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * *
19843679 AACTGTTTTATGATAAAAC---A----A-AA-A--T---A-A-ATAATTGTTCATATAATCTTAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * ** * ** *
19843728 CTGTTTAAACTTGTTC-AACAAATAGATTCATTTTTTAAATCATAGTTATTAATTTTCAAAATAC
66 CTATTTGAAC-TGTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * *
19843792 TATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTACAGAAGC
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * * *
19843841 AATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
19843905 AACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA-ATTT-TATTTTTATA-TGT-CTTATTAATTCTTGAAAT
64 AACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTAT-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * ***
19843966 ATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTTGGAA-AAGCTTGTATGTTTTAAAAC
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATG-AACAAAAC
* * ** * *
19844017 AATTGTTTTATAAAAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
19844082 ACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCACTTATTAATTTTTGAAATA
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
19844144 TTAATAGATTAGTATTACTTTATTCT-AAACAAACATATATGAATAAAAAC
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAC
* * *
19844194 ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
19844259 ATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAAT
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * *
19844324 ATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCATAAAA
127 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA--CA-AAAC
* * * *
19844377 AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTT
1 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
19844442 AAATATTTGAATTGGTTTGGTAAAA-AAAATTATTTTTT-AATTCTCGTAGTTATTAATTTTTGG
64 AACTATTTGAACT-GTTCGG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATT-T--TACTTATTAATTTTTGA
* * ** * *
19844505 AATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAAT
124 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * * * ** * * *
19844559 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAACTTTACAATTATTTAAATAGTCGA-
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AT
19844623 AACTATTTGAACTAGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
64 AACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * **
19844687 AGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAATAC
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAA-AC
* ** * * * * * *
19844740 AATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
19844805 ACTATTTGAACTAATTC-GATAAACAGATTCACTTTTTAAATTACTTACTTATTAAATTTAT-AA
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATT--TTACTTATT-AATTTTTGAA
* * ** *
19844868 ATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTACGAATTGAAAT
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAC
* * * * * *
19844921 AATTG-TTCACTGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTT
1 AATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
19844985 AACTGTTAGAACTACTTCGGCAAACAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAA
64 AACTATTTGAACT-GTTCGGAAAAC-AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * *
19845050 ATATTATTAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAAACTTATATTAACTCAAAC
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT-AAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * * * * ** **
19845104 AATTATTTTATAATAGAACAATAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G--GGA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
19845166 ACTAGTTCAA----T----AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATA
65 ACTATTTGAACTGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
*
19845223 TTAATAAATTTA-TCTTATTTTATTCTG-AAT-AGACTTGTATGATGA-AAAAC
128 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAG-CTTGTATGA--ACAAAAC
* * * * *
19845273 AATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** * * *
19845338 ATTATTTAAACCGATTC-GATAAACTA-ACTTATTTTTTGGATCTCTAACTTATCAGTTTTTGAA
65 ACTATTTGAACTG-TTCGGA-AAAC-AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
19845401 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTAT-AATCTGAAAT
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-C-AAAAC
* * * * *
19845454 AATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * ** * *
19845519 ACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTGTATTAATGTTCT-AC
65 ACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATTT-TACT-TATTAAT-TTTTGAA
* * * * * *
19845583 ATGTTAATTAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAACCATGTATGAACTGTAAA-
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAC
* * * * * * *
19845636 AACTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
1 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
*
19845701 AACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AG
64 AACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * *
19845764 AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCG-AATAAGCTTGTATGAACATAAAC
124 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * *
19845818 AATTATTTTATGACAAAAC-AAAGCTCAT-ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
19845881 ACTATTTGAATTTGTTC-GATAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCTT--TTATGAATTTTTCAAAT
65 ACTATTTGAA-CTGTTCGGA-AAACAGATTTAT-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
19845942 ACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTG-AAT-AGTTTTGTATGAATAGAAAC
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAG-CTTGTATGAACA-AAAC
* * * * * * *
19845993 AATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * ** *
19846058 ACTATTTGAACTTGTT-TTATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTACAACATATTAATTTTT-AGA
65 ACTATTTGAAC-TGTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * *
19846121 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
125 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * *
19846174 AATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * ** *
19846239 ACTATTTAAACTCCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGGTATT
65 ACTATTTGAACTGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTT-ACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
19846304 TTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCTG-AATAAGCTTTTAT-AATTAGAAAC
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-CA-AAAC
* * * *
19846354 AATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
19846419 ACTATTTGAACGTGTTC-AAAAAGCATATTTA-TTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTCTGATAT
65 ACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAA-CAGATTTATTTTTTAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
** * * *
19846482 ATTAATAAATTTA-TAACATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACC
127 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * *
19846533 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
19846598 CCTATTTGCAAATGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTAGGAAT
66 -CTATTTG-AACTGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * ***
19846662 ACTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAAC
127 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAC
* * * * * *
19846714 AATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** ** * *
19846779 ATTATTTGAACTTATTCAAAAAACTTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGATCT-AAA
65 ACTATTTGAAC-TGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAAT-TTTTGAAA
* * ** * * *
19846843 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATAAATAGAAAC
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * *
19846895 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAATA-TCCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT-CA
** * * * *
19846958 TAAAGATTTGAACTTGTTC-GAGGAACAGATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAAATGTCTT
63 TAACTATTTGAAC-TGTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTA-TTAAT-TTTT
* * * *
19847022 --AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCATGTATGAACAAAAAAAA
122 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC---AAAAC
** * * * * *
19847078 AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA-ATTTCATACAGATAATTGTTAAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * **
19847142 AATTATTTAAACTTGTTC-GATAAATATATTCATTTTTT--ATTAATAATTATTAATTTTCAAAA
64 AACTATTTGAAC-TGTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** *
19847204 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGTTTACAAGAACTAAAA-
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAC
* * * * * ** *
19847255 TATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTACTCAAATAGTCATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
19847320 ACTATTTGATCTAATTC-GATAAGCATATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* **
19847384 TATTAATAAATTAGTATTATTTAATCCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAAAC
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAC
* * * * * * * *
19847436 TATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGATCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
19847501 ATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAGTTTTAGAAATAT
65 ACTATTTGAACT-GTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** * *
19847564 TAATAGATTAGTATTTTTTTTATTCCAAACAAACTTAG-ATGAACAAAA-
129 TAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAACAAAAC
* * *
19847612 ATATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCA
1 A-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * **
19847677 TAATTATTTGAATTG-GCTAGATAAACAAAATTGT-TTTTTTAAATCTCTTACAGATTAATTTTT
63 TAACTATTTGAACTGTTC-GGA-AAAC-AGATT-TATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTT
* *
19847740 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCG-AATAAGCTAGTATGAACAAAA
122 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
19847794 ATATTAGTAT
Statistics
Matches: 6325, Mismatches: 1325, Indels: 844
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 6 0.00
160 2 0.00
161 21 0.00
162 121 0.02
163 32 0.01
164 46 0.01
165 10 0.00
166 2 0.00
167 3 0.00
168 4 0.00
169 59 0.01
170 61 0.01
171 11 0.00
172 12 0.00
173 2 0.00
174 6 0.00
175 72 0.01
176 187 0.03
177 423 0.07
178 155 0.02
179 361 0.06
180 1034 0.16
181 2233 0.35
182 922 0.15
183 371 0.06
184 158 0.02
185 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAC
Found at i:19844253 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19844232--19844264 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19844222 TAATGATTTG
19844232 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
19844248 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
19844265 TGAATTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:19844678 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19843700--19849588 Score: 3183
Period size: 181 Copynumber: 32.7 Consensus size: 181
19843690 GATAAAACAA
* * * * * * * * * * *
19843700 AAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTTAAACTTGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * *
19843765 AA--TCATAGTTATTAATTTTCAAAATACTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * * * **
19843828 TATGTACAGAAGCAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTG
131 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTG
* *
19843879 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTC-AGTAAACA-ATTT-TATTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTAT-TTTT
* * * * ***
19843941 T--ATAT-GT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTTGGAA-AAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGC
**** * * **
19844001 TTGTATGTTTTAAAACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAAAATCATAATGATTTG
128 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
19844055 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * *
19844120 AA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTAAACAAACATA
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * *
19844181 TATGAATAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
131 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
19844232 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
19844297 AATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTA
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* *
19844361 GTATGAATTCATAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
130 GTATGAA--CA-AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * * * *
19844416 AAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * *
19844481 ATTCTCGTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * * *
19844546 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTC
131 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * *
19844597 AACTTTACAATTATTTAAATAGTCGA-AACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * *
19844661 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* ** * * ** * *
19844726 GAATGTTCAAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTG
130 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19844778 AAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAGATTCACTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
19844843 AAT-TACTTACTTATTAAATTTAT-AAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCT
66 AATCT-CTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* *** * * * **
19844906 TGTACGAATTGAAATAATTG-TTCACTGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * ** * *
19844959 AAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACTACTTCGGCAAACAAAATTTATTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTT
* * * * *
19845024 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAAACT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCT
* * ** * * * * * * **
19845089 TATATTAACTCAAACAATTATTTTATAATAGAACAATAGGTTATAACAATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** *
19845142 AAATAGATAA----TC--AT--TC--AA--ATGGGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * **
19845195 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TCTTATTTTATTCTGAAT-AGACT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CT
** * *
19845258 TGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19845311 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTAAAC-CGATTCGATAAACTA-ACTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAAC-AGATTTATTTTT
** * * * * * * *
19845374 TGGATCTCTAACTTATCAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* ** * * * * * *
19845439 TTTAT-AATCTGAAATAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTT
129 TGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19845492 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-
* * * * * * ** *
19845557 AAATTTCTT-GTGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATTAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAACC
65 AAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* ** * * * *
19845620 ATGTATGAACTGTAAA-AACTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAATGATTTG
128 TTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
19845675 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
19845740 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-CGAATAAGCT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCT
* * *
19845803 TGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGCTCAT-ATGATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
19845854 AGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTT-TGTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTT
* * * * ** *
19845918 AAA--TCTT--TTATGAATTTTTCAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTGAAT-AGTTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CT
* * * * *
19845978 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACT-ATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
* * * * * ** *
19846031 AAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTTATGAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
19846096 AATCTAC-AACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACT
66 AATCT-CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* * * * **
19846159 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * *
19846212 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-CCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
** * * **
19846276 AATCT-TTAACTTATTAATTTTTGGTATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCTGAATAAGCTT
66 AATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * * *
19846340 TTAT-AATTAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
130 GTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
19846392 ATATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTC-AAAAAGCATATTTA-TTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAA-CAGATTTATTTTT
* * * * ** **
19846454 T-AATTTTTTACTTATTAATTTCTGATATATTAATAAATTTA-TAACATTTTATTTGAAATAAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * * * *
19846517 TTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATG-TTTT
128 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
19846570 AAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCTATTTGCAAAT-GTTTGGTAAACAAATTCATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG-AACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
19846634 TAATTCTCTTACTCATTAA-TTTAGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGC
* **** * * * *
19846698 TTATATGAGTTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAATAATTTG
128 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * **
19846752 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTA-TTCAAAAAACTTATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
19846816 AAATCTTTTACTTATTAATGATCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCT
65 AAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* * * * * * **
19846880 TATATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * ** *
19846933 AAATTA-ATAATTGTTCAAATA-TCCATAAAGATTTGAACTTGTTCGAGGAACAGATTAATTTTT
1 AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * **
19846996 TAAATCTTTTACTTACTAAATGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAG
64 TAAATCTCTTACTTA-TTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * ** * *** *
19847059 CATGTATGAACAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTC
127 CTTGTATGAAC--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
19847116 ATACAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTCATTTTTT-
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
** * ** * *** * *
19847180 -AT-TAATAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTA
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
19847243 CAAGAACTAAAA-TATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
131 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * * * * *
19847293 AAATAGATATTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAATTCGATAAGCATATTTACTTTTGA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
19847358 AATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAAGCTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * **
19847422 TATGAACAGAAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTG
131 TATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
19847474 AAAGAAATAATTGATCAAATAGTCATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
19847539 AA--TC-T-CTTATTAGTTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTCCAAACAAACTT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * *
19847600 AG-ATGAACAAAAATATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA
130 -GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19847652 AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGCTAGATAAACAAAATTGT-TTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAC-AGATT-TATTTTT
** * * *
19847716 TAAATCTCTTACAGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * *** **** * ** * *
19847780 TAGTATGAACAAAAA-TATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAATAG
128 TTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACA-AAACAA-AAGGTCATAATGATTTG
* * ** * * * * *
19847835 AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATA-TTATAA-TGATTTGAAGTA-TACAATTGTTCAAAT
1 AAAT-A--G----ATAATTGTTC-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGT----TCGAT-AAAC
* * * * * * ** **
19847897 AG-TCATAACTATTTAAA-CTAATT-CGGTA-AACATTTCTT-ACTTATTAAT-TTTTGAAAG-A
52 AGAT--TTATTTTTTAAATCT-CTTAC-TTATTA-ATTT-TTGAAATATTAATAAATT---AGTA
* ** * ** * * * * * ** *
19847955 TTAATAAATT--AATATTATTTTGT-T--CCAAATAA-ACTTGTATGAT-AAAAAAC-AATTGTT
108 TTATTTTATTCCAA-ATAAGCTTGTATGAACAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* **
19848012 AT-ATGACTAA
171 ATAATGATTTG
* * * * * *
19848022 ACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAG--ATAA-T-TGTTGAAAT-G-GCCAT----A-A-TTAT
1 A-AATAGATAAT--TG--TTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * ** * * * * * ** * **
19848075 TTTAACTAATTTTGTTAGCAGATTCATTTTTTAAATCACTTACT-TATTACT-TT-TTAGAATAT
60 TTT--TTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAAT-A-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * ** ***** * * *
19848137 AAATAA-ATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTGTAAAG
120 AAATAAGCTT-GTATGA--ACAAAAACAAT-TG-TTTTAT-GAC-AAAAC-A---------AAAG
*
19848201 GTCATAATGATTTT
168 GTCATAATGATTTG
* * * * ** * * * * * * *
19848215 CAATAGACAATTGTTTAAAGAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTAGCTAAAAAAAATTATTTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTT
* * * ****
19848280 AAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * ** * * * *
19848344 TTGTGAACTGAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTT
130 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
19848396 AACTAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTCT-TTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATT-TATTTTT
* * * * * * *
19848459 TCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCGAATAAG
64 T-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* ** * * ** * * * * **
19848523 CTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTACAACTAAACAAAGGGTTAAAACAATTTG
127 CTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * * * ** * * *
19848578 AAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACACATTTATATTCTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
** * * * * *
19848643 AATCTCTTACTTATTCCTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATATTTA--ACTAATAACCTT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCCAAATAAGCTT
** * * * * * * *
19848706 CAATGATCATAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGATCTTAATGATCTG
130 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
19848757 AGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTAAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *** *
19848822 AATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAGTTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * * **
19848887 TATGATC-ACAACAATTGTTTTATAACAAGATAAAAGGTCATAACAATTTG
131 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * * * * ** * **
19848937 AAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAAATAATTTGGCAAATAGATTTACCTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * **
19849001 AAATTTCTTACTTATT-ATTTTAGGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* * ** * * * *
19849065 TATATTAACTGAAAGAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTT
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *** * * * *
19849118 AAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATACAAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAC-AGATTTA-TTTTT
** * * ***
19849182 TAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGC
64 TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * *
19849246 TTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTC
128 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * * *
19849300 AAATAGATAATTTTTTTAATAGACTTAACTATTCGAACTAATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT
* *
19849364 AAATCTCTTA--T-TT-A---TT--AAT-TT--TCAAA--A-TATTATTTTAATCAAAATAAGCT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* ** * **
19849414 TGAATGAAC-AAAATGATTCTTTTACAACAAAAGC-AAAGGTCATAATGATTTG
129 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTG
** * ** * * * **
19849466 AAATAGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTCGGTAATTAGATTTA-TTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * ** * * * *
19849530 AATTTTCTTGGTCATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
19849589 TATTAGCCTT
Statistics
Matches: 4358, Mismatches: 1087, Indels: 529
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 74 0.02
167 39 0.01
168 2 0.00
169 56 0.01
170 69 0.02
171 33 0.01
172 15 0.00
173 9 0.00
174 11 0.00
175 72 0.02
176 126 0.03
177 351 0.08
178 139 0.03
179 404 0.09
180 480 0.11
181 1249 0.29
182 559 0.13
183 273 0.06
184 179 0.04
185 1 0.00
186 1 0.00
187 12 0.00
188 10 0.00
189 1 0.00
190 25 0.01
191 26 0.01
192 21 0.00
193 23 0.01
194 35 0.01
195 19 0.00
196 16 0.00
197 15 0.00
198 6 0.00
199 3 0.00
200 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
Found at i:19845309 original size:533 final size:536
Alignment explanation
Indices: 19843751--19847794 Score: 2520
Period size: 541 Copynumber: 7.5 Consensus size: 536
19843741 TTCAACAAAT
* * ** * *
19843751 AGATTCATTTTTTAAA--TCATAGTTATTAATTTTCAAAATACTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** ** * * *
19843814 TCCAAATAAGCTTGTATGTACAGAAGCAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTT
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAGTTTATGATAAAACAAAA-GGTCATAACAATTT
* * * ** * *
19843878 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAATTTTATTTTT-
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTA
* * * * * * *** *
19843942 ATATGTC----TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTTGGAA-AAGCT
193 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAACT
** * * * * ** **
19844002 TGTATG-TTTTAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAA
257 TGTATGAACTAAAAACAATTATTTTATGAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT-A
* * *
19844065 TTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--AC
321 -T-ATC--ATA-TC-TAAC-ATGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
19844126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTAAACAAACATATATGAAT-AA
379 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATCAA
* * * *
19844190 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
443 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* * * * *
19844255 CATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACA
508 CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACA
* * *
19844284 AAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT
1 AGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
19844348 TCCAAATAAGCTAGTATGAATTCATAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
64 TTCGAATAAGCTTGTATGAATT--GAAATAA-TTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * *
19844413 TTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-TTGGTTTGGTAAAAAAAATTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTT-GTTTGGTAAAAAAATTTATTT
* * * * ** *
19844477 TTTAATTCTCGTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAA
190 TTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAA
* * * * * *
19844542 CTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATG-ATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAACTTTAC
255 CTTGTATGAACTAAAAACAATTATTTTATGAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA--ATA-
* * * *
19844605 AATTATTTAAATAGTCGAAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
317 AA-TATAT-CATA-TC-TAAC-ATGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
19844670 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATT-TCAAATAAGCTTGAATGTTC
377 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATC
* * ** * * * * *
19844734 AAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATG
441 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*
19844799 GCCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAAC-
506 GCCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACA
* * *
19844829 AGATTCACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAAATTTAT-AAATATTAATAAATTAGTTTTATTTT
1 AGATT-ATTTTTTAAATCT-CTTACTTA-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *
19844892 ATTTCGAATAAGCTTGTACGAATTGAAATAATT-GTTCACTGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT
62 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAGTTTA-TGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * ** * *
19844956 TTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACTACTTCGGCAAACAAAATTTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAA-AAAATTTATTT
*
19845021 TTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAA
190 TTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AA
* * * * * *
19845086 ACTTATATTAACT-CAAACAATTATTTTAT-AATAGAACAATAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
254 ACTTGTATGAACTAAAAACAATTATTTTATGAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* * *
19845149 TA-ATCAT-TC-AA-ATGGGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
319 TATATCATATCTAACATGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
19845210 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TCTTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTATGATGAAAAAC
384 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGATCAAAAAC
* * * *
19845273 AATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACA
447 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATA
* * *
19845338 ATTATTTAAACCGATTCGATAAACTA
512 ACTATTTGAACTGATTCGATAAAC-A
* ** * * * *
19845364 A-CTTATTTTTTGGATCTCTAACTTATCAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
1 AGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** *** *
19845428 TCGAATAAGCTTTTAT-AATCTGAAATAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTT
65 TCGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
19845492 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTA-AACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAGAACTTGTTTGGTAAAAAAATTTA-TTTTT
* * * * * **
19845556 AAAATTTCTT-GTGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATT-AATTAGTATTATTTTATTTAAAATAA
192 AAAATCTCTTAAT-TATTAAT-TTTTAAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * ** * * * ** *
19845618 CCATGTATGAACTGTAAA-AACTATTTTATGACTA-AACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAG
254 ACTTGTATGAACTAAAAACAATTATTTTATGAATAGAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
* * *
19845681 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
318 AT-A-TA-TC--ATA-TC-TAAC-ATGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
19845746 TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATG
375 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
19845809 AACATAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGCTCAT-ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAA
438 ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *
19845872 ATA-CTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGATAAA-T
503 ATAGC-CATAACTATTTGAA-CTGATTCGATAAACA
* * * *
19845905 AGATTTTGTTTTTAAA--TCTT--TTATGAATTTTTCAAATACTAATAAATTAGTATTATTTT-G
1 AGATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTAT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
19845965 TTCTGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACTAT
64 TTC-GAATAAG-CTTGTATGAATTGAAATAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * ** * * *
19846028 TTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTTATGAACAGATTTATTTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTT
* * * * * *
19846093 TTAAATCTAC--AACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
191 TAAAATCT-CTTAA-TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * *
19846156 ACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAA
254 ACTTGTATGAACTAAAAACAATTATTTTATGAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* * * ** * *
19846219 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-CCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-T
319 T-A-T-ATC--ATA-TC-TAAC-ATGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * * *
19846282 TAACTTATTAATTTTTGGTATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAAT
376 T-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAT
* * * * * *
19846347 TAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTCAAAT
440 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
19846412 AGTCATAACTATTTGAACGTG-TTC-AAAAAGC-
505 AGCCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAA-CA
* * * * * **
19846443 ATATT-TATTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTCTGATATATTAATAAATTTA-TAACATTTTA
1 AGATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * ** * * **
19846505 TTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAA-TGT
63 TTTCG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * *
19846567 TTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCTATTTGCAA-ATGTTTGGTAAACAAATTCATT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTAG-AACTTGTTTGGTAAAAAAATTTATT
* * * * * * * *
19846631 TTTTAATTCTCTTACTCATTAA--TTTAGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAAT
189 TTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTA-AAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAAT
* * * ** * * * * *
19846694 AAGCTTATATG-AGTTGAAACAATTGTTTTATTACA-A-AACAAATGGTCACAATAATTTGAAAT
252 AAACTTGTATGAACTAAAAACAATTATTTTATGA-ATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * **
19846756 AGATAATTATTCAAATAGT-TATGATTATTTGAACTTA-TTCAAAAAACTTATTTATTTTTTAAA
316 AAAT-A-TA-TC--ATA-TCTA--A-CATGTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** *
19846819 TCTTTTACTTATTAATGATCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTAT
371 TCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * * * **
19846883 ATAAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTA-ATAATTG
435 AT-GATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTG
* ** **
19846946 TTCAAATATCCATAAAGATTTGAACTTG-TTCGAGGAAC-
498 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACA
* * *
19846984 AGATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAAATGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
1 AGATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTA-T-AAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *** * * * * * *
19847047 A-TTAGAAATAAGCATGTATGAACAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
62 ATTTCG-AATAAGCTTGTATG-A-ATTGAAATAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * * *
19847111 ATTTCATACAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTA-AACTTGTTCGATAAATATATTCAT
124 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAGAACTTGTTTGGTAAAAAAATTTAT
* ** * * * ***
19847175 TTTT--TAT-TAATAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATA
188 TTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
** ** * * * * *
19847237 AGTTTACAAGAACT-AAAA-TATTTTTTTATG-ATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
253 AACTTGTATGAACTAAAAACAATTATTTTATGAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-
* * * * * * * * * * *
19847299 ATATTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAATTCGATAAGCATATTTACTTTTGAAATTTT
317 A-ATATA-TC--ATA-TC-TAAC-ATGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
19847364 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA
375 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAT
* * * * ** * * *
19847428 CAGAAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGATCAAA
440 CA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
19847493 TAGTCATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAAC-
504 TAGCCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACA
* * * *
19847525 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TAGTTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTAT
1 AGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTAT
* * * * *** * * * **
19847587 TCCAAACAAACTTAG-ATGAACAAAAAT-ATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
64 TTCGAATAAGCTT-GTATGAATTGAAATAATTAG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * *
19847650 TAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGCTAGATAAACAAAATTGT-TT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTT-GTTTGGTAAA-AAAATT-TATT
* * * * * * *
19847713 TTTTAAATCTCTTACA-GATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAAT
189 TTTAAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAAT
* *
19847776 AAGCTAGTATGAAC-AAAAA
252 AAACTTGTATGAACTAAAAA
19847795 TATTAGTATT
Statistics
Matches: 2798, Mismatches: 543, Indels: 333
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
532 52 0.02
533 372 0.13
534 75 0.03
535 17 0.01
536 173 0.06
537 172 0.06
538 170 0.06
539 183 0.07
540 281 0.10
541 373 0.13
542 189 0.07
543 197 0.07
544 97 0.03
545 217 0.08
546 224 0.08
547 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
AGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTAAAA
TCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
TGAACTAAAAACAATTATTTTATGAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATATATCA
TATCTAACATGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGA
ACTGATTCGATAAACA
Found at i:19847294 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 19839528--19849395 Score: 4830
Period size: 543 Copynumber: 18.3 Consensus size: 538
19839518 TATTATTTTT
* * * * * * * **
19839528 TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC-AAATAAAATGTCACAACGATTTGAAATCGATAACAGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TACAATTTTAAATAGATAATTGT
* * * * * *
19839592 TCAAAT-GAACATGACTATTTGAACATGTTTGGTAAACGA-ATTAATTTTTTAAATCT--TCAAC
65 TCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAAC-ATATTCATTTTTT-AATCTAAT-AA-
* * * * * * *
19839653 TTAATAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATTAGACTTCTATGAA-TA
125 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTATATGAACT-
* * * * *
19839716 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
188 -AAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
19839781 TCATAACAATTTGAACTCACTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA---TTTACTCT-TTAA-TT
251 TCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTT
* * * * * * * **
19839839 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTTTGAAA-TGAAATAGTTGG
314 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAT-AAACAGAAACAATTAT
* * *
19839903 TTTATAACAAAACAAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
378 TTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
19839968 TTGAACGTGTTC-AGAAAATAGATTTCTTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
442 TTGAACTTGTTCGAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCT-AAATATTA
* *
19840031 ATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTA
505 ATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
* * * *
19840065 CATGAACA-AAACCAATTGTGTTATGACAAAACAAAATGTCATA-ATATTTTGAAATAGATAATT
1 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACA-ATTTT-AAATAGATAATT
* * * * * * ** *
19840128 GTTCAGATAATGATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCA-TTTTTTAA-TCTAATAAT
*** * *
19840193 CT-TTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTGA
126 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT--
* * * * ** *
19840257 AAAAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
188 AAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
19840322 ATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAACGTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA
253 ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
** * * * *
19840387 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTTGAGTAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
318 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTA
* * *
19840451 TGGCAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTG
382 TGACAAAAC-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTG
* * ** * * * *
19840515 GACTTGTTTG-GTTTATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTCAATATTAATA
445 AACTTGTTCGAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATT-TCTAAATATTAATA
19840579 AATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
508 AATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
* ** * * ** * ** * *
19840610 TATGAATAGAAA-AAATCATTTATAATAAAACAAATTGTTATAGTGATTCTAAACAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-CAATTTTAAATAGATAATTGT
* * * * **
19840674 TCAAATAAG-CATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
65 TCAAAT-AGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTT-AATCTAATAATTA
** ** * *
19840738 TTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATACGAACTGAAA
128 TTAATTTTCAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAA
* * * *
19840802 TAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-
191 -AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
19840865 AGACTATTT-AA-TCTAGTT-TAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTGCCTATTAATTTTC
255 A-ACTATTTGAACT-TA-TTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** * * *
19840927 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATGAGTATAAACTATTGTTTT
316 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTT
* * * * *
19840992 GT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
381 ATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
19841056 AACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
445 AACTTGTTCGAGAAACAGATTTA--T--TTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCT-AAATATTA
* * * *
19841117 ATAGACTAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTA
505 ATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAA-ATAAGCTTG
* * ** * *
19841151 TATGAACAAAAACCTTTGTTTTAAGACAAAACAAAA-G---------TTT--ATA-ACAA-T-TT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACAATTTTAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * ** *
19841201 AAAATAG--ATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAATAGAATT-ATTATTTAATATCTTACTTAT
66 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGATAAACA-TATTCATTTTTTAATCTAATAATTAT
** * * *
19841262 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGC-TAGTATCAATTGAA
129 TAATTTTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA-TATGAACT-AA
* * * * **
19841324 AATTTTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCGTATAGTCA
190 AA-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * ** *
19841389 AAACTATTTGAACTGGTTCGGA-AAACAAATTTATTTTTTAGATCTTTTAGGTATTAATTTTTGG
254 TAACTATTTGAACTTATTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * * * *
19841453 AATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAT
318 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTAT
* * * ** * * * *
19841518 GATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-
383 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
19841582 TTGGTTCG-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATCTT-TGAAAGATTAATAA
448 TT-GTTCGAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAAT-TTCT-AAATATTAATAA
* * * *
19841645 ATTAGTACTATTTCATTCTG-AATAGGCTTG
509 ATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
19841675 TATGATTAAAAACAATTGCTATATGATC-AAATAAACGATAATA-ATGATTTAAAATAGATAATT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATACA--ATTTTAAATAGATAATT
* * * * * * * *
19841738 GTTGAAATGGCCATAATTATTTAAA-TTGATTCTG-TAAAGAGATTCATTTTTTGAAT-GATTTA
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TT-TGATAAACATATTCATTTTTT-AATCTA-ATA
* ** * * *
19841800 CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTCT-TATGAACT
124 ATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TATATGAACT
* * *
19841864 GAAACAATTGTTTTATGATAAAA-ATAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
188 -AAA-AATTGTTTTATGATAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * * * * * *
19841928 GTTGTAACTATCTAAATTTGA-TCGGTAAACAAATTTATTTGTTTAAA-CTCTTGCTTATTAGTT
250 GTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAACATATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * ** * * *** *
19841991 TTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTAGTTTATTTTGGATAAGCTT-TAATGAGTTGAAACAATTG
313 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGT-ATAAACAGAAACAATTA
** * * *
19842055 TTTTATGTGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
377 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * * * *
19842120 TTGAACTTATTCAATAAGCATATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTA
442 TTGAACTTGTTCGAGAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTA-TAAATTTCTAAATATTA
19842185 ATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG
505 ATAAATTT-GTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
19842219 TAAGATATTG-AACAAATATTTTATAACAAAACAAAAAGACAAAACAATTTGAAATAGATAATTA
1 TATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATACAATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * * ** *
19842283 TCCTAATAAGT-TTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT
64 TTCAAAT-AGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTT-AATCTAATAATT
** * *** * *
19842347 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTCTATGATTA-GAA
127 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA--ACTAA
** ** * * * *
19842411 ACAATTGTTTTATG-TCAAAAC-AAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATC
190 A-AATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
19842474 ATAACTATTT-AAATCGATTCGATAAACAAATCTGTTGTTTAAAT-TTGCTACTTATTAATTTTT
253 ATAACTATTTGAACT-TATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * *
19842537 TAAATCTTAATCAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGATAA-A-AAACAATTGT
316 GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCGAATAAGCTTGTAT-A-AACAGAAACAATTAT
* * * ** * * * * *
19842600 TTTAGGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATT
378 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * *
19842665 TTAACTAATTTG-GTAAACA-AGTTTATTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTATGAAATATT
443 TGAACTTGTTCGAG-AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATAAATTTCT-AAATATT
* * * ** *
19842727 AATAAATTAGTATCATTTTATTCCG-TCTAAGCTTA
504 AATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTG
* * * * * ** * ** * *
19842762 TATTAATTGAAACAATTATTCTTTTAACAAGTCAAAAAGAAATAACAATTTTAAATAAACAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACAATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * * ** **
19842827 TTAAAAAAATAATAACTACTTGAACTT-ATTCAGCAAACAGATAT-ATTTTTTTAAATCTCTTTC
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACATAT-TCA-TTTTTT-AATCTAATAA
* * * *
19842890 TTATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATT
125 TTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACT
* * * * * *
19842953 GAAACAATTGTTTTATGACT-CAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTACTCTAATA
188 -AAA-AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
19843017 GTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTC
250 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * ** * *
19843082 TGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTT
315 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTT
* * * ** * * **
19843146 TATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTCA
380 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * ** * *
19843211 AAC-TGATT-GGGCAACTAGATTTA-TTTTTCAATTTTCTTGGTTAT-TATTTTTCATAATATT-
445 AACTTG-TTCGAGAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATAAATTTCT-A-AATATTA
* * * **
19843271 TTAAATTAGTATTATTCTATTCTG-AATAAAATAT-
505 ATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCT-TG
* * * * ** * * *
19843305 TATTAGTAGAACCAATTGTTTGATGACAAAGTAAAAGGTTATA-ATGATTTAAAATAGATAA-TA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACA--ATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * * * * ** * *
19843368 TTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAA-TAGTTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTG
64 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTTGATAAACATATTCA-TTTTTTAATCTAATAATT
* * ** * * *
19843432 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAGCTTATATTAACAAAAA
127 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-TAAA
* * * * * * * *
19843497 CAATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAACTAGTTAT
191 -AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *** * * * * * * *
19843562 AATTATTTGAACTGGCTC-AGTAAATAGAATTATTTTCTAAATTTTTTACTTATAAATTTTTAAA
255 AACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * ** * * ** * * *
19843626 ATATTAATAAATTAATTTTATTCCATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTTAAATAACTGTTTTATG
319 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
19843691 -----A-TAAAA--CA-AA-AA--T---A-A-ATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTTAAACT
384 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * * * *
19843739 TGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATC--ATAGTTATTAATTTTCAAAATACTATTAAATTA
449 TGTTCGAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAAATTTCTAAATATTAATAAATTT
**
19843802 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
513 GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
* * * * * * *
19843828 TATGTACAGAAGCAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCAT-ACAATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
19843892 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAACA-ATT--TTATTTTTATAT-GT-CTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACATATTCATT-TTTTAATCTAATAATT
* * ** * ***
19843951 ATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTTGGAA-AAGCTTGTATGTTTTAA
127 ATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTATATGAACT-A
* * ** ** * **
19844014 AACAATTGTTTTATAAAAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
189 AA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* *
19844079 ATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTG
253 ATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * * * * * * *
19844139 AAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTAAACAAACATATATGAATAAAAACATTTATTTTA
317 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTA
* ** * *
19844204 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
382 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
19844269 -TTGGTTAG-GTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
447 CTT-GTTCGAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCT-AAATATTAATAA
** * ** *
19844332 ATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAG
509 ATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
* * * * *
19844362 TATGAATTCATAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
1 TATGAA-T-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACAATTTTAAATAGATAAT
* * * * * * * * **
19844427 TATTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-TTGGTTTGGTAAAAAAAATT-ATTTTTTAATTCTCGTA
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGAT-AAACATATTCATTTTTTAA-TCTAATA
* *** * * * * * *
19844490 GTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAA
124 ATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-T
* * * * * ** * *
19844555 AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAACTTTACAATTATTTAAATAGT
188 AAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
19844620 CGA-AACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
252 C-ATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *** *
19844683 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCA-AATACAATTGTT
315 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAA-ACAATTATT
* ** * * * ** * * * *
19844747 ATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAACTATTT
379 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * *
19844812 GAACTAATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAAATTTATAAATATTAAT
444 GAACTTGTTCGAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTA-TAAATTTCTAAATATTAAT
* *
19844876 AAATTAGTTTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTG
507 AAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTG
* * * * * * *
19844908 TACGAATTGAAATAATTG-TTCACTGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT-ACAATTTTAAATAGATAATTG
* * * ** * ** * * * **
19844972 TTCATATAGTCTTAACT-GTTAGAACTACTTCGGCAAACAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTAAT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTTGTTTGATAAAC-ATATTCATTTTT-TAATCTAATAAT
* * * * * *
19845036 TATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAAACTTATATTAACTCA
126 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTATATGAACT-A
* * * * * *
19845101 AACAATTATTTTATAATAGAACAATAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G--
189 AA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
** * * **
19845163 GGAACTA---G------TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA
253 ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * *
19845219 AATATTAATAAATTTA-TCTTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTT
318 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCCGAATAAG-CTTGTATAAACAGAAACAATTATTTT
* ** * * * * *
19845282 ATGACAAAA-GAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTA
381 ATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** * * * * *
19845346 AAC-CGATTCGATAAACTA-ACTTATTTTTTGGATCTCTAACTTATCAGTTTTTGAAATATTAAT
445 AACTTG-TTCGAGAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCT-AAATATTAAT
* ** *
19845409 AAAGTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTT
507 AAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTG
* * * * **
19845441 TAT-AATCTGAAATAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTG
1 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-CAATTTTAAATAGATAATTG
* * * * ** **
19845505 TTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTG
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTT--AATCTAATAAT-
* * * * * * * * *
19845569 TATTAATGTTCTACATGTTAATTAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAACCATGTATGAACTGTA
126 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC--TA
* * * ** *
19845634 AAAACTATTTTATGACT-AAACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
189 AAAATTGTTTTATGA-TAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** * *
19845698 CTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
252 CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * *
19845762 AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTT
317 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTT
** * *
19845827 ATGACAAAAC--AAAGCTCAT-ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTG
381 ATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * ** *
19845889 AATTTGTTCGATAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCTTTTA-TGA-ATTTTTC-AAATACTAATAA
445 AACTTGTTCGAGAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCTAAATATTAATAA
* * *
19845950 ATTAGTATTATTTTGTTCTG-AAT-AGTTTTG
509 ATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAG-CTTG
* * * * * *
19845980 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACAATTTTAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
19846045 TCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTTATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTACA-ACA-T
65 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTT-AATCTA-ATA-ATT
* * * * *
19846108 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAA
127 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT--AA
* * * *
19846172 ACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
190 A-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * * **
19846237 TAACTATTTAAAC-TCCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGGT
254 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * ** **
19846301 ATTTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAATTAGAAACAATTGGTTTATG
319 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATG
* * ** * * *
19846366 AAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
384 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
19846431 TGTTC-AAAAAGCATATTTA-TTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTCTGATATATTAATAAATT
449 TGTTCGAGAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCT-AAATATTAATAAATT
* **
19846493 TATAACATTTTATTTGAAATAAGCTTG
512 TGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
* * * * *
19846520 CATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATA-ATGTTTTAAATAGATAATTTT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACA-ATTTTAAATAGATAATTGT
* * ** *
19846584 TCAAATAGTCATAACCTATTTGCAAA--TGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACT
65 TCAAATAGTCATAA-CTATTT--AAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTTAA-TCTAATAAT
* * * **
19846647 CATTAA-TTT-AGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTG
126 TATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-
* * * * *
19846710 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
188 AAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
19846775 TATGATTATTTGAACTTATTCAAAAAACTTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGATCT
252 CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTT
* * * *
19846840 -AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTT
316 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTT
**
19846904 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAATA-TCCATAAAGATTT
381 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTT
* * * *
19846967 GAACTTGTTCGAGGAACAGATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAAATGTCTTAATATTAATA
444 GAACTTGTTCGAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAAATTTCTAAATATTAATA
* *
19847032 AATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCATG
508 AATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
* * * ** * * * *
19847063 TATGAACAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCATACAGATAATT
1 TATG-A-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-CAATTTTAAATAGATAATT
* * * *
19847128 GTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTCATTTTTT-AT-TAATAATTA
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTTAATCTAATAATTA
* ** * * *
19847191 TTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTACAAGAACTAAAAT
128 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA-
* * * * *
19847256 ATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTACTCAAATAGTCATGA
192 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
19847321 CTATTTGATCTAATTCGATAAGCATATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
257 CTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
19847386 TTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAACTATTGTTTTATAAC
322 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAG-AAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
19847450 AGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGATCAAATAGTCATAATTATTCGAACTGG
386 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** * *
19847515 TTTG-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGT---TTTAGAAATATTAATAGATTAG
451 TTCGAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAAATTTCTAAATATTAATAAATTTG
* ** * *
19847575 TATTTTTTTTATTCCAAACAAACTTAG
514 TA-TTATTTTATTTGAAATAAGCTT-G
* * * * * * *
19847602 -ATGAACAAAAATATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTAAAATAGACAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACA--ATTTTAAATAGATAATTG
* * * * * ** **
19847665 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGCTAGATAAACAAAATTGTTTTTTTAAATCTCTTACA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGATAAAC-ATATTCATTTTTT-AATCTAATA-A
* ** * * *
19847729 -GATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAACA
125 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACT
* ** **** * ** ** * **
19847791 AAAATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATA-ATTGTTTTATGATA
188 AAAA-ATT-GTTTTATGATA-AAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-T-AATTAT--T-
* * *
19847854 GAACAAAATA-TTATAA-TGATTTGAAGTATACAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
244 ---C-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACT-T---ATTCGAT--AA-A--C---A-TATTT--A-T
** * * **
19847916 AATTCGGTAAA-CATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTGTTC
288 --TT-TTTAAATC--TT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * * * * * ** *
19847980 CAAATAAACTTGTATGATAA-A-AAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTA
347 CGAATAAGCTTGTAT-A-AACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
* * * * * * ** * *
19848043 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTTAACTAAT-TTTG-TTAGCAGATTCATTTTT
410 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGAGAAACAGATTTATTTTT
** * * * * * *
19848106 TAAATCACTTACTTATTACTTTTTAGAATATAAATAAATTAGTATCATTTTATTTTG-AATAAGC
473 TAAATCTTTTACTTATAAATTTCTA-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGC
19848170 TTG
536 TTG
* * * *
19848173 TATAAACTA-AAACAATTG-TTT-TG-------TAAAGGTCATA-ATGATTTTCAATAGACAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACA--ATTTTAAATAGATAATT
* * ** * * * * * * * ** **
19848227 GTTTAAAGAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTAGCTAAAAAAAATT-ATTTTTTTAAACTCTTGCT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGAT-AAACATATTCA-TTTTTTAATCTAATAAT
** * * *** * *
19848291 TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACTGAA
126 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AA
* * ** * * *
19848356 ACAATTATTTTATG-TCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAACTAAATAATTATTCAAATAGTC
190 A-AATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
19848420 ATAA-TAATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTCT-TTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTT
253 ATAACT-ATTTGAACTTATTCGATAAACATATT-TATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTT
* * * * * * *
19848483 TTG-AATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAATAT
314 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACA-GAAACAATTAT
** * ** * * * * **
19848546 TTTACAACTAAACAAAGGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATT
378 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *** * * *
19848611 TGAAATGGTTTG-GCAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTCCTTTTTGGAATATTAT
443 TGAACTTGTTCGAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCT-AAATATTAA
* ** * *
19848675 TAAATTAGTATTATATTTAACT--AATAACCTTC
506 TAAATTTGTATTAT-TTTATTTGAAATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
19848707 AATG-ATCATAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGATCTTA-ATGATCTGAGATTGATAATT
1 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACA--ATTTTAAATAGATAATT
* * * * * * ** *
19848769 GTTCAAATAGTCATAACTCTTTAAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTT-AATCTAATAATT
* * ** * *
19848834 ATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATCAC-A
127 ATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA--ACTA
* * * * * * *
19848897 ACAATTGTTTTATAACAAGATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACC
189 AAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TC
* * * * * ** * * ** *
19848961 ATAATTATTTTAAATAATTTGGCAAATAGATTTACCTTTTAAAT-TTCTTACTTATT-ATTTTAG
253 ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-T
* * * * * * * *
19849024 GAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCC-ATCTAAGCTTATATTAACTGAAAGAATTGTTT
316 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGA-ATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTT
* * * ** * * * ***
19849088 TATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATACA
380 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
19849153 AATTTGTTTG-GTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-GTTATTAATTTTTTGAATGTTA
445 AACTTGTTCGAG-AAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTA-TAAATTTCTAAATATTA
* *
19849215 ATAAATTAGTATTAATTTATTTTG-AATAAGCTTG
505 ATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTG
*
19849249 TATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCA-A-AATGATTTCAAATAGATAA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATACAAT--TTT-AAATAGATAA
* ** * * ** ** * * * **
19849310 TTTTTTTAATAGACTTAACTATTCGAAC-TAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
61 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACATATTCATTTTTT-AATCTAATA
*
19849374 TTTATTAATTTTCAAAATATTA
124 ATTATTAATTTTCAAAATATTA
19849396 TTTTAATCAA
Statistics
Matches: 7235, Mismatches: 1626, Indels: 934
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
515 60 0.01
519 130 0.02
520 23 0.00
521 9 0.00
522 32 0.00
523 136 0.02
524 367 0.05
525 27 0.00
526 9 0.00
527 2 0.00
528 3 0.00
529 3 0.00
530 1 0.00
531 6 0.00
532 103 0.01
533 364 0.05
534 83 0.01
535 168 0.02
536 207 0.03
537 177 0.02
538 238 0.03
539 335 0.05
540 645 0.09
541 692 0.10
542 625 0.09
543 867 0.12
544 740 0.10
545 414 0.06
546 322 0.04
547 14 0.00
548 2 0.00
549 14 0.00
550 7 0.00
551 2 0.00
552 2 0.00
553 9 0.00
554 17 0.00
557 1 0.00
558 1 0.00
560 12 0.00
561 15 0.00
562 63 0.01
563 72 0.01
564 6 0.00
566 2 0.00
567 3 0.00
568 2 0.00
569 123 0.02
570 26 0.00
571 5 0.00
572 30 0.00
573 19 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACAATTTTAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTTTAATCTAATAATTATTA
ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAATTG
TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
GAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTCTAAATATTAATAAATTTGTATTATT
TTATTTGAAATAAGCTTG
Found at i:19849306 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 19847931--19849385 Score: 906
Period size: 182 Copynumber: 8.1 Consensus size: 182
19847921 GGTAAACATT
* * * *** *
19847931 TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCCAAATAAACTTGTAT
1 TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
19847995 GATAA--AAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
65 -A-AACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * * * * * * *
19848058 GAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTTGTTAGC-AGATTCATTTTTTAAATC
128 CAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
19848112 ACTTACTTATTACTTTTTAGAATATAAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
1 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
** * * *
19848177 AACTAAAACAATTG-TTT-TG--T-----AAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTTAA
66 AACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * * * * * * * *
19848233 AGAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTAGCTAAA-AAAAATTATTTTTTTAAA-C
131 ATAGTAATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * * *
19848284 TCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTGT
1 TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
19848348 GAACTGAAACAATTATTTTATGTCA-AAATAAAAGGTCATAATGATTTTAACTAAATAATTATTC
65 AAACTAAAACAATTGTTTTATG-AATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
19848412 AAATAGTCATAA-TAATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-ATATTCT-TTTTTTCAAATA
129 AAATAGTAATAACT-ATTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATT-TATTTTTT-AAATC
* * * * * **
19848466 TTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-A
1 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
* * * * * * * **
19848530 GATA-TGAAACAAATATTTTA-CAACTAAACAAAGGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT
66 -A-ACTAAAACAATTGTTTTATGAA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * * * *
19848593 CTAATAGTTTTAACTATTTGAAA-TGGTTTGGCAAAC-ACATTTATATTCTAAATC
128 CAAATAGTAATAACTATTT-AAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATC
** * * ** * **
19848647 TCTTACTTATTCCTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATATTTA-ACT-AATAACCTTCAAT
1 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * * * *
19848710 GATC-ATAAACAATTATTTTAT-AACAAAAAAAAGATCTTAATGATCTGAGATTGATAATTGTTC
65 AAACTA-AAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
19848773 AAATAGTCATAACTCTTTAAACTAGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATC
129 AAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATC
** * * * *
19848826 TCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG
1 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
* * * * ** *
19848891 ATC-ACAACAATTGTTTTAT-AACAAGATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCA
66 AACTAAAACAATTGTTTTATGAATAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** *
19848954 AAT-G-ACCATAATTATTTTAAA-TAATTTGGCAAA-TAGATTTACCTTTTAAATT
130 AATAGTA--ATAACTA-TTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATC
** * ** * *
19849006 TCTTACTTATT-ATTTTAGGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTATA
1 TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
19849069 TTAACTGAAAGAATTGTTTTATGACA-AATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTT
64 TAAACTAAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
** * *
19849133 CAAATAGTAATAACTATACAAATTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAATC
128 CAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTA-TTTTTTAAATC
** * *
19849188 TCTTTGTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
1 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
* * * **
19849253 AACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTTTTTTA
66 AACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * ** *
19849318 ATAG-ACTTAACTATTCGAACTAATTCAGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATC
131 ATAGTA-ATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATC
*
19849369 TCTTATTTATTAATTTT
1 TCTTACTTATTAATTTT
19849386 CAAAATATTA
Statistics
Matches: 975, Mismatches: 242, Indels: 114
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.01
172 112 0.11
173 12 0.01
174 2 0.00
177 1 0.00
178 7 0.01
179 131 0.13
180 159 0.16
181 255 0.26
182 270 0.28
183 21 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA
AACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTAATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATC
Found at i:19852279 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 19851362--19852603 Score: 641
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 175
19851352 TAACAATTTG
* ** * * * * * *
19851362 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAACAATTATTATATGACTAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * ** * *
19851427 ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACAAATTT
66 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTC-AATAGTCATAATTATTTGAAC-TATTC
** * * * * *
19851492 GGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTGATTTTTAAAATATT
129 GATAAACAAATTTAGTTTTTAAATATTTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * ** * * * *
19851539 -ATCAAATTAGTATTATTTT-ATCCGAATAATA-TTGGATGACCAAAAACAATTATTTTGTGAGA
1 AAT-AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * * * *
19851601 AAGC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGT
64 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTC-AATAGTCATAATTATTTGAACTA-T
* * * ** * * * *
19851664 TTGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATGTCTTACTTGTTAAATTTTGAAATATT
127 TCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TATT--TTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * ** * * * * * *
19851717 AGTTAAGTAATATTATTTTATTTCGGATACATTTCTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATAATAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
19851781 AATAAAAGGTCACAATAACTTT-AAATAGTTAGATCAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGA
65 AACAAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAG---G-T-AATTATTC-AATAGTCATAAT-TATTTGA
** * * * * * *
19851844 ACT-TGTTAAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAATTTTCAAATGTT
122 ACTAT-TCGA-TAAACAAATTTA-GTTTTTAAA--TATT--TTATT-AATTTTTAAAATATT
* * * * * *
19851905 AATAAATTAGTATTATTTT-GTT-ATGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACT
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCA--AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
19851968 AAATAAAAGGTCAGT-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGG
64 AAACAAAAGATCA-TAACAATTTGAAATAGGTAATTATTC-AATAGTCATAATTATTTGAACT-A
* * * * * **
19852032 TT-TAGCAAACACATTTATTTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATT
126 TTCGA-TAAACAAATTTAGTTTTT-AAA---TAT-TTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * *
19852087 ATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAACCTTGTTTGAAAAGAAGCAATTGTTTTATAACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* *
19852152 A-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGGTAATTATTCGAATAGTCATAATTATTTGAACTACTTA
66 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTC-AATAGTCATAATTATTTGAACTA-TT-
*
19852216 GGA-AAACAAATTTAGTTTTTAAATATTTTATTAATTTTTAAAATATT
128 CGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATATTTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * ** ** * *
19852263 AATAGATAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
19852328 ACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGACATGACTT-TTTGAACTTATT
66 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTC-AATAGTCAT-AATTATTTGAAC-TATT
* * * * * * *
19852392 CGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTGTTAATTTTCATAATATT
128 CGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATATT-T---TATTAATTTTTAAAATATT
19852444 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ** * *
19852508 AACAAAAGATCATATCTATTTGAAATAAATAATTATTCAATCAGTTATAACTATTTGAACT-TTC
65 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAT-AGTCATAATTATTTGAACTATT-
* *
19852572 GCGATAAACAGATTTA-TCTTTTAAATCTTTTA
128 -CGATAAACAAATTTAGT-TTTTAAATATTTTA
19852604 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 189, Indels: 110
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 32 0.04
175 35 0.04
176 108 0.13
177 86 0.10
178 36 0.04
179 31 0.04
180 29 0.04
181 200 0.24
182 67 0.08
183 46 0.06
184 9 0.01
185 21 0.03
186 20 0.02
187 25 0.03
188 75 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
AATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAATAGTCATAATTATTTGAACTATTCGA
TAAACAAATTTAGTTTTTAAATATTTTATTAATTTTTAAAATATT
Found at i:19852362 original size:358 final size:361
Alignment explanation
Indices: 19851362--19852568 Score: 815
Period size: 358 Copynumber: 3.3 Consensus size: 361
19851352 TAACAATTTG
*** * * ** * * * *
19851362 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAACAATTATTATATGACTAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAA
* * ** * ** * * *
19851427 ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACAAATTT
66 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTTGAACTACTTA
* * * * * * * * *
19851492 GGCAAACACATTTAT-TTTTTAAA-T-CTCTTATT-GATTTTTAAAATATT-ATCAAATTAGTAT
130 AGAAAACAAATTTATGTTTTTAAACTATTATTATTAAAATTTTAAAATATTAAT-AAATAAATAT
** ** * * ** * * * * *
19851552 TATTTTA-TCCGAATAATATTGGATGACCAAAAACAATTATTTTGTGAGAAAGC-AAAGATCA-T
194 TATTTTATTATGAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGT
* * * * * * * * **
19851614 A-ATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAAC-TAGTTTGAAAAATAGT
259 ACA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTA-TTAGACAAACACA
* * * * *
19851676 TTTAGTTTTTAAAT-GTCTTACTTGTTAAATTTTGA-AATATT
321 TTTATTTTTTAAATCTTC-TACCTATT-AATTTTCAGAATATT
* * * * * ** * * * ** * *
19851717 AGTTAAGTAATATTATTTTATTTCGGATACATTTCTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATAATAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAA
* * * *
19851782 ATAAAAGGTCACAATAACTTT-AAATAGTTAGATCAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAA
66 ACAAAAGATCATAACAA-TTTGAAATA---A-AT-AATTATTC-AATAGTCATAAT-TATTTGAA
** * * * * * *
19851845 CTTGTTAAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAATTTTCAAATGTTAATAA
123 CTACTTAAGAAAACAAATTTATGTTTTTAAA-CTATTA-TTATTAAAATTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * * * *
19851910 ATTAGTATTATTTTGTTATGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAATAAA
186 ATAAATATTATTTTATTATGAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
19851975 AGGTCAGTACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAG-C
251 AGGTCAGTACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTT--ATTAGAC
* ** **
19852038 AAACACATTTATTTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATT
314 AAACACATTTATTTTTT-AAATCTTCTACCTATTAATTTTCAGAATATT
* * * *
19852087 ATTAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAACCTTGTTTGAAAAGAAGCAATTGTTTTATAACAA
1 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAA
* * **
19852151 AA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGGTAATTATTCGAATAGTCATAATTATTTGAACTACTT
65 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTTGAACTACTT
* * *
19852215 AGGAAAACAAATTTA-GTTTTTAAA-TATT-TTATT-AATTTTTAAAATATTAATAGATAAATAT
129 AAGAAAACAAATTTATGTTTTTAAACTATTATTATTAAAATTTTAAAATATTAATAAATAAATAT
* ** * *
19852276 TATTTTATTTTGAATAATTTTGCACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA-T
194 TATTTTATTATGAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGT
* * * * * * * *
19852340 AACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAACTTATTCGATAAATAGATT
259 -ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTAGACAAACACATT
* *
19852405 TATTTTTTAAATCTTCTACCTGTTAATTTTCATAATATT
323 TATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTCAGAATATT
* *
19852444 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAA
* * * *
19852509 ACAAAAGATCATATCTATTTGAAATAAATAATTATTCAATCAGTTATAACTATTTGAACT
66 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAT-AGTCATAATTATTTGAACT
19852569 TTCGCGATAA
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 159, Indels: 65
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 66 0.10
356 6 0.01
357 87 0.13
358 171 0.26
359 12 0.02
360 37 0.06
361 11 0.02
363 9 0.01
364 41 0.06
365 9 0.01
366 27 0.04
367 33 0.05
368 32 0.05
369 49 0.07
370 65 0.10
371 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAA
ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTCATAATTATTTGAACTACTTAA
GAAAACAAATTTATGTTTTTAAACTATTATTATTAAAATTTTAAAATATTAATAAATAAATATTA
TTTTATTATGAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGTAC
AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTAGACAAACACATTTAT
TTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTCAGAATATT
Found at i:19853428 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19852719--19856039 Score: 1846
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 180
19852709 TTTATTTAAT
* * ** * * * *
19852719 CTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCTATTTATACAAGTTTATTGGGAATAAAATCATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
19852784 ATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAA
66 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATCAAACTA
* * * **
19852848 ATTCAAATAGTAATGTCTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATGAC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** *
19852900 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACT
* ** * *
19852964 AATTTATTACTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAAT-GTGTTTTCCAAACT
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTAT-CAAACT
* * * * *
19853022 AGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTAT-AAATCATTCTGAT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
19853075 CTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGTTTATTCGAAATATAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * **
19853140 ATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-A-ATAAAAAAAAAATCTTTTTATTGAA-TA
66 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATCAAACT-
* *
19853201 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
19853254 CTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATACATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
19853319 CTTCATTATTATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATTAG
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-TTTATCAAACTAG
* * * * *
19853384 CTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * **
19853435 CTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
19853499 AATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCAAACCA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATCAAACTA
* * * *
19853564 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAAC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** *
19853616 ATTTTGTTATT-TCATAAAATAATTATTTCTGTTCACCCAAGTTTATTTGGAAA-AAAATAAAAC
1 CTTTTGTT-TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
19853679 TAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCA-CTGAAT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCATTTATC-AAAC
* * * * * * *
19853743 TAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGAC
127 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * * **
19853797 CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAAAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-CAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
19853861 AAATTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-ACAAT-TTTGTTTGCCTAA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCATT-TAT--CAAA
* * * * ** *
19853924 CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATAAC
126 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * *
19853979 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAGTAACATAATATTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
** *
19854044 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAA-T
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATC-AAACT
* * * *
19854106 CAGTTTAATTAGTTATAGA-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCAAC
128 -AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG----AC
* * * * * ** ** * * * * *
19854164 CAATCAATTATTTCTATTCATACAGT-CCT-TTTC-A-GAATA-AA-ATAATACT-AATTTATTA
1 C--T--TTTGTTT-T-GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT-TTGAA-ATA-AA
* ** ** * ****** ** * *
19854222 AT-ATTCTAA-AAATTAATAAGT-AATAGATTTAA-AA--AATGA-ATTTGTTTGCTTGACCA-A
57 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCATT
* * *
19854279 TA-CAAA-TAGTT-ATGATTA-TT-TGAATAGTT--------ATCTATTTCAAATCATTATGAC
119 TATCAAACTAGTTCA--AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * * * **
19854330 TTTTTGTTTTATCACAAAATAATTATTTCTGTTCGTACAGGCTTATTGGAAATAATATTATTTTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
19854395 TTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAACAA
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATC-AAACTA
* * * ** *
19854459 GTACAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AA
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
19854509 CTATTTATTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATGC
1 CT-TTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
19854573 AAATTTATCAATA-TTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTATCAAA-
64 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATCAAAC
* *
19854636 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
127 T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * * * *
19854691 TTTTTATTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTGAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACT
** * * *
19854755 AATTTATTAATATTTTTAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT--A--A--TAT---A-T-G
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTATCAAACTAG
* * * * * *
19854809 TT--TATCG--A--ACAAGTTTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAT
130 TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * **
19854855 CTATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTATC-AGTTCACATAGGCTTATTCAAAATAAAA-ATATCA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA-AT-A
* * * * * * *
19854918 CTAATTTATTAATA-TTCTAAAAAGTAATGAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATTCGTTTA-CTGA
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCATTTATC-AA
* * **
19854981 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA--AC
125 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
19855035 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT--T
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAATACT
* * * ** * *
19855097 AAATTTATTAATATTCCAAAATTTAAATAAGTAA-AAAGTTTTTAAAATAAAT-TTGTTTTCTAA
65 -AATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCAT-TTATC-AA
*
19855160 AC-ACGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAC
125 ACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * ** * * * **
19855216 CTTTTGTTTTATGATAAACCAACTGTTTCTA-TCTAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC-ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * *
19855280 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAGTA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATCAAACT-
* * * * *
19855344 AGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATGT-TTTATTTCAAAT-AGTTATGAT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT-TATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * ** *
19855397 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAACAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
19855462 CTTTATTAATATTT-AGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
66 ATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATCAAACTA
* * * * * **
19855526 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTATGAC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** **
19855578 CTTTTGTTTAT-T-GTAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
19855641 GATTT-TGTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAACTAAAT-ATGTTTATCAAAC
65 AATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA--TTTATCAAAC
* * * * * * *
19855700 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATAAT
127 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
19855754 C-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTTATTTGGATTACAATGATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* *
19855818 ATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTT-TGCTGAAGC
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTAT-C--AAAC
* * * * * * * *
19855877 -AATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAAC
127 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * * * *
19855930 TTTTTGTTTAATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGGAATTAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* *
19855994 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAA
65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA
19856040 ATCTATATAC
Statistics
Matches: 2414, Mismatches: 551, Indels: 349
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 6 0.00
161 2 0.00
162 9 0.00
163 4 0.00
164 74 0.03
165 54 0.02
166 18 0.01
167 7 0.00
168 9 0.00
169 4 0.00
170 22 0.01
171 8 0.00
172 14 0.01
173 2 0.00
174 11 0.00
175 131 0.05
176 206 0.09
177 76 0.03
178 41 0.02
179 220 0.09
180 265 0.11
181 931 0.39
182 224 0.09
183 17 0.01
184 5 0.00
185 16 0.01
186 16 0.01
187 6 0.00
189 8 0.00
190 2 0.00
191 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTATCAAACTAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:19853753 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 19852719--19856039 Score: 2361
Period size: 362 Copynumber: 9.3 Consensus size: 362
19852709 TTTATTTAAT
* ** * * * * * *
19852719 CTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCT-ATTTATACAAGTTTATTGGGAATAAAATCATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
19852783 AATTTATTATTATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACA
65 AATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * *** * *
19852847 AATTCAAATAGTAATGTCTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
129 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * ** ** * *
19852912 CATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTAT
194 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
19852977 TTTGAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATGTGTTTTCCAAACTAGTTCAAATATTTA
259 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
19853036 AGACTATTAGAATAATTATCTATTAT-AAATCATTCTGAT
324 TGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGAA
* * * ** * * *
19853075 CTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGTTTATTCGAAATATAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *** *
19853140 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-A-ATAAAAAAAAAATCTTTTTATTGAA-TAA
66 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA
* * * *
19853202 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATC
131 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** * *
19853267 ATAAAATAATTGTTTCAATACATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTTCTTCATTATTATT
195 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * *
19853332 TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTA-TCAAATTAGCTCAAATAATT
260 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACT-AAATTAGTTCAAATAGTT
* * *
19853395 ATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
323 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * *
19853435 CTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
19853500 ATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCAAACCAA
66 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA
* * * *
19853565 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTATT-TC
131 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TTGTC
* * * ** * * * * *
19853629 ATAAAATAATTATTTCTGTTCACCCAAGTTTATTTGGAAAAAAATAAAACTAATATAATAATATT
195 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** * * * *
19853694 CCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCACTGAATTAGTTCAAATAGTTAA
260 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
19853759 GGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGAC
325 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * ** * * * * * **
19853797 CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAAAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
19853861 AAATTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-ACAATTTTGTTTGCCTAAC
65 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AA-TCTGTTTACCAAAC
* * * * * **
19853925 TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
128 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
19853990 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAGTAACATAATATTAATTTATTAATA
193 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * *
19854055 TTTTGAAAATTAA-AAGGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATCAGTTTAATTAGT
258 TTTTAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGT
*
19854119 TATAGA-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-A
322 TAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * *
19854159 C-----------CA-ACCAATCAATTATTTCT-ATTCATAC-AGTCCTT-TTC-AGAATAAAATA
1 CTTTTGTTTTGTCATA--AAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAG--CTTATTCGA-AATAAAATA
* * * * *
19854208 ATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGCT
60 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
** * * * * * *
19854272 TGACCAATACAAATAGTTATGATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGT
124 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * * * * * * * * *
19854337 TTTATCACAAAATAATTATTTCTGTTCGTACAGGCTTA-TTGGAAATAATATTATTTTATTTTAT
189 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGG-AATAAAATAATATTAATTTAT
* * * ** *
19854401 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTACAAA
253 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAA
* **
19854466 TAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AA
318 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* ** *
19854509 CTATTTATTTTGTCATAAAACAA--AATTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTAT
1 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * * * * * * *
19854571 GCAAATTTATCAATATTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTATCAAA
62 ACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * *
19854636 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTT
127 CCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * ** * *
19854700 TGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAGATTGAAATAATATTAATTTATTAA
191 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * ** * *
19854765 TATTTTTAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AA--TA--TA-T-GTTTA--TCGAACA-
256 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAATAG
* * * *
19854820 --A-G----TTTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAT
321 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * * * *
19854855 CTATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTATCAGTTCA-CAT--AGGCTTATTCAAAATAAAA-ATAT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T--TTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA-AT
* * * * * *
19854916 CACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAGTAATGAGTAAAAGATTTAAAAACTGAAT-TCGTTTACT
62 -ACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACC
*
19854979 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT--TGT-TAACCTTTT
124 AAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATAACCTTTT
* * * * *
19855040 GTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TAAATTTA
187 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTA
** * * ** * * *
19855104 TTAATATTCCAAAATTTAAATAAGTAA-AAAGTTTTTAAAATAAATTTGTTTTCTAAA-CACGTT
252 TTAATATTTTAAAAATT-AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTA-GTT
* * *
19855167 CAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAC
314 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAA
* * * * * * *
19855216 CTTTTGTTTTATGATAAACCAACTGTTTCT-ATCTAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * **
19855280 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAGTA
65 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA
* * * * *
19855344 AGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATGT-TTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTT
130 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTT
* * *** * * *
19855407 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAACAATACTACTTTATTAAT
192 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * ** **
19855472 A-TTTAGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG
257 ATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAATAG
* * * * ** *
19855536 TCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTATGAC
321 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * ** *
19855578 CTTTTGTTTAT-T-GTAAAATAATTGTTTTT-ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAC
1 CTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
19855640 TGATTT-TGTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAAC
64 TAATTTAT-TAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * *
19855700 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATAATC-TTTATTTTG
128 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
19855764 TCATACAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTTATTTGGATTACAATGATACTAATTTAATAATA
193 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * ** * *
19855829 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAGCAATTCAAATGGTT
258 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTT
* * * *
19855890 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTAA
323 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
** * * * *
19855929 CTTTTTGTTTAATCATAAAATAA-T-TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATTAAATAATA
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * *
19855992 TTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAA
63 CTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA
19856040 ATCTATATAC
Statistics
Matches: 2334, Mismatches: 504, Indels: 252
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
343 21 0.01
344 74 0.03
345 62 0.03
346 93 0.04
347 4 0.00
348 1 0.00
349 5 0.00
350 42 0.02
351 171 0.07
352 154 0.07
353 63 0.03
354 133 0.06
355 4 0.00
356 148 0.06
357 81 0.03
358 20 0.01
359 13 0.01
360 245 0.10
361 328 0.14
362 446 0.19
363 225 0.10
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
Found at i:19855070 original size:525 final size:513
Alignment explanation
Indices: 19854301--19855868 Score: 1486
Period size: 525 Copynumber: 3.0 Consensus size: 513
19854291 TGATTATTTG
* * * * *
19854301 AATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTATCACAAAATAATTATTTCTGTTCG
1 AATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCA
* ** * * ** * *
19854365 TACAGGCTTATTGGAAATAATATTATTTTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATA
65 TATAGGCTTATTCAAAATAAAAATATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAAT-AGTAAGAGA
* * *
19854430 TTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTACAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 TTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
19854494 TTCAAATTGTTATAACTATTTATTTTGTCATAAAACAA-AATTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
193 TTCAAATTGTTATACCT-TTTGTTTTGT-ATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
19854558 CAAATAAAATTATGCAAATTTATCAATATTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAA
255 CAAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATATTCA-A-AA-TAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAA
* * * *
19854623 TCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
315 TATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
19854688 GACTTTTTATTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAGATTGAAATAATA
380 GACTTTTTATTTTGTCAT-ACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAGATT-AAATAATA
* * *
19854753 TTAATTTATTAATATTTTTAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAATATATGTTTATCGAA
443 CTAATTTATTAATATTTTAAAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATATGTTTATCGAA
* *
19854818 CAAGTTTA
506 CAAGCTCA
* * * * *
19854826 AATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTATCAGTTCAC
1 AATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAT
* *
19854891 ATAGGCTTATTCAAAATAAAAATATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATGAGTAAAAGA
66 ATAGGCTTATTCAAAATAAAAATAT-ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AGTAAGAGA
* *
19854956 TTTAAAAACTGAAT-TCGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
128 TTTAAAAAATGAATCT-ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
*
19855020 TTTCAAATTGTTA-ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
192 TTTCAAATTGTTATACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * *
19855084 GAATAAAATAATTAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAAATAAGTAAAAAGTTTTTAAAATAAAT
256 AAATAAAATAATCAAATTTATTAATATT-CAAAA--T-AATAAGT-AAAAGATTTAAAAATAAAT
* * * *
19855149 TTGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
316 ATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
* * * * * * * * *
19855212 TGACCTTTTGTTTTATGATAAACCAACTG--TTTCTATCTAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
379 TGACTTTTTATTTTGTCATACA-CAATTGTTTTTCT-TC-ATACAAGCTTATTC-AGATTAAATA
* * *
19855275 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
440 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
**
19855340 AGTAAGCTCA
504 AACAAGCTCA
*
19855350 AATAGTTATGACTGTTTGAACAATGTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTAT--CTATTT---CAA------A--TC----A-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
19855415 ACAATTTTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAACA-ATACTACTTTATTAATATTTAG
48 ACAATTATTTC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAA-ATATACTAATTTATTAATATTTA-
* * * * * *
19855478 CAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTC
110 AAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
19855543 CATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAT-TGTAAAATAATTGTTTTT
174 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTT-TGTATAAAACAATTATTTCT
** ** * *
19855607 ATTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTGATTT-TGTAATATTTTAAAA-ATTAA-TA
237 ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-CAAATTTAT-TAATA-TTCAAAATAATAAGTA
* * *
19855668 AGATATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
298 AAAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
19855733 TCTATCTCAAATCGTAAT-AATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTT-TTCATATAAGTT
362 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAC-ACAATTGTTT-TTCTTCATACAAGCT
** * * * *
19855796 TATTTGGATTACAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
425 TATTCAGATTA-AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
19855858 TAAATATGTTT
489 TAAATATGTTT
19855869 GCTGAAGCAA
Statistics
Matches: 856, Mismatches: 132, Indels: 102
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
523 7 0.01
524 49 0.06
525 279 0.33
526 85 0.10
527 35 0.04
529 3 0.00
533 24 0.03
534 3 0.00
535 1 0.00
536 4 0.00
537 67 0.08
538 61 0.07
539 8 0.01
540 5 0.01
541 99 0.12
542 96 0.11
543 27 0.03
544 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (513 bp):
AATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAT
ATAGGCTTATTCAAAATAAAAATATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTT
AAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTGTTATACCTTTTGTTTTGTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
AAATAATCAAATTTATTAATATTCAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCA
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATT
TTGTCATACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGCTCA
Found at i:19855328 original size:706 final size:697
Alignment explanation
Indices: 19852619--19856022 Score: 2355
Period size: 714 Copynumber: 4.8 Consensus size: 697
19852609 TAATTTTTGA
* * * * * *
19852619 AATATTAGTTTATTAATATTTCT-AAAGTTAATATGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTAC
1 AATATTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT
** *
19852683 CGAGTA-AGTTCAAATAGTTATTACTATTT---AT--TTA--ATCT-TTAGTTTTGTCATAAAAC
65 CGAACATAGTTTAAATAGTTA-T-CTATTTCAAATCATTATGATCTATT-GTTTTGT-ATAAAAC
* * * * * * *** * *
19852739 AATTAATTCTATTTATACAAGTTTATTGGGAATAAAATCATACTAATTTATTATTATTCTAAAAA
126 AATT-GTTC-ATTCACATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * *
19852804 TTAATAAGTTAGATATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCT-AACAAATTCAAATAGTAATGTCTA
189 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTCTATTTA-CTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTA
** * *
19852867 TTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
252 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-GACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT
** ** * *** *
19852932 TCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG--GA
316 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
19852995 -TTT-AAAAATAAATGTGTTTTCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
380 GTTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC-AGTTCAAATATTT-AGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
19853058 TTAT-AAATCA-TTCTGATCTTTTG-TTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGTTTA
443 TT-TCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA
* * * * *
19853120 TTCGAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAA--TAAAAAAA
505 TTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT
* ** * *
19853183 AAATCTTTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
569 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * ** * * *
19853248 TATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATACATAAAAGTTTATT-TGAAATAAAAT
634 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCAG-AATAAAAT
** * * ** * * *
19853312 AATATTTCTTCATTATTATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC
1 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-A---TAT-
* * * * * *
19853377 AAATTAGCTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT
61 ---TTA--TCGAA-CA-TA--G---TTTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGT
* * * * ** *
19853442 TTTGTCATAAAGCAATTGTT-TTTCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAC
114 TTTGT-ATAAAACAATTGTTCATTCA-CAT--AGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * **
19853506 TAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAA-TCTATTTACCAAACCAATTCA
175 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTCTATTTACTGAA-CAATTCA
* * *
19853569 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTATT-TCATAA
238 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-GACATTTTGTT-TTGTCATAA
* ** * * * * *
19853633 AATAATTATTTCTGTTCACCCAAGTTTATTTGGAAAAAAATAAAACTAATATAATAATATTCCAA
301 AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTCCAA
* * ** * *
19853698 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCACTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGGCT
365 AAATTAATAAGTAA-AG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAACAGTTCAAATA-TTTAGACT
* * * * * * * * *
19853763 ATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTG
426 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** * * * * * *
19853828 TTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAAAAAAATTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTA
491 TTC-AAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** * *
19853892 AAAGATTTAAAAAA-ACAATTTTGTTTGCCTAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
554 AAAAATTTAAAAAATA-AA-TCTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * *
19853955 TTATTTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG
616 TTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAG
* * *
19854020 TTTATTCGGAGTAACAT
681 TTTATTCAGAATAAAAT
*
19854037 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-GTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * * * * * ** * *
19854100 -CTAA-ATCAGTTTAATTAGTTATAGATATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATCATTATG-ACC
64 TCGAACAT-AGTTTAAATAGTTAT--CTATTT-CA-AATCA-TTATGATC-TATTGTTTTGTA-T
* * * * *
19854161 AACCAATCAATTATTTCTATTCATACAGTCCTT-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
121 AA--AA-CAATT-GTTC-ATTCACATAG-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
19854225 TTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATT-TGTTTGCTTGACCAATACAAATAGT
180 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTCTATTTAC-TGAACAATTCAAATAGT
* * * * *
19854289 TATGATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCACAAAATAATT
244 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-GACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * ** * **
19854354 ATTTCTGTTCGTACAGGCTTA-TTGGAAATAATATTATTTTATTTTATTAATATTTTAAAAATTA
308 ATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG-AATAA-AATAATACAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * *
19854418 ATAAGTAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTACAAATAATTT-GACTATTTGA
371 ATAAGTAA-A-GTTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC-AGTTCAAAT-ATTTAGACTATTTGA
* * * * *
19854482 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTATTTATTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCA
432 ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCA
* * * * * * *
19854545 TACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATGCAAATTTATCAATATTCAGACAACTAATAAGTAAAAG
495 AACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAA
* * *
19854609 ATCTAACAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
558 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* * * * * *
19854674 TTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTC
623 TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTC
* *
19854739 AGATTGAAAT
688 AGAATAAAAT
* * * *
19854749 AATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAATATATGTTTAT
1 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATATATTTAT
19854814 CGAACA-AGTTTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTTGTTATAAAACAAT
65 CGAACATAGTTTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTTG-TATAAAACAAT
*
19854878 TGTATCAGTTCACATAGGCTTATTCAAAATAAAA-ATATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAAG
129 TGT-TCA-TTCACATAGGCTTATTCAAAATAAAATA-AT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * *
19854942 TAATGAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATTC-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
190 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTCTATTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * *
19855006 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCA
254 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCA
* *
19855070 TACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTA-AATTTATTAATATTCCAAAATTTAAATAAGTAAAAA
319 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA-TACAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AATAAGT--AAA
** * * * *
19855134 GTTTTTAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTA
380 GTTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACA-GTTCAAATA-TTTAGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
19855199 TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATGATAAACCAACTGTTTCTA-TCTAAACAAGCTTATT
443 TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC-AAACAAGCTTATT
* *
19855263 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA
507 CGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA
* * * *
19855328 ATCTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATGT-TTTATTTCAAAT-AGT
571 ATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATTTATTTCAAATCA-T
* * * *
19855391 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAC
634 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * ** * *
19855455 AATACTACTTTATTAATATTTAGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
1 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC
* * * *
19855520 GAACA-AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTATGACCTTTTG
66 GAACATAGTTTAAATAGT--TATCTATTT---CAA--ATC-ATT----A-TG--AT---CTATTG
* * * * * *** *
19855584 TTTAT-TGTAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTT-T
113 TTT-TGTATAAAACAATTG--TTCATTCACATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
19855647 GTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAACT-AAATATGTTTA-TCAAACCAGTTC
175 -TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTCTATTTACT-GAA-CAATTC
* * * * * * *
19855706 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATA-ATCTTTATTTTGTCATAC
237 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAGACAT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * *
19855770 AACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTTATTTGGATTACAATGATACTAATTTAATAATATTTCAA
301 AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * * *
19855835 AAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAGCAATTCAAATGGTTAAGACTAT
365 AAATTAATAAGTAAAGTTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAACAGTTCAAAT-ATTTAGACTAT
* * * * * * * *
19855898 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTTTGTTTAATCATAAAATAATTATTTC-AGT
428 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * ** *
19855962 TCATACAAGCTTATTCGGAATTAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
492 TCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
19856023 CAAGAGATTT
Statistics
Matches: 2131, Mismatches: 427, Indels: 285
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
693 44 0.02
697 3 0.00
701 3 0.00
703 2 0.00
704 25 0.01
705 126 0.06
706 295 0.14
707 125 0.06
708 11 0.01
709 19 0.01
710 9 0.00
711 27 0.01
712 169 0.08
713 145 0.07
714 363 0.17
715 24 0.01
716 214 0.10
717 84 0.04
718 60 0.03
719 21 0.01
720 4 0.00
721 27 0.01
722 153 0.07
723 23 0.01
724 13 0.01
725 138 0.06
726 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (697 bp):
AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC
GAACATAGTTTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTTGTATAAAACAATTG
TTCATTCACATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAAATGAATTCTATTTACTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
TTATCTATTTCAAATCATTAGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGC
TTATTTGGAATAAAATAATACAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGTTTAAAAAAT
AAATTTATTTACTAAACAGTTCAAATATTTAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA
TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
ACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG
TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAAT
Found at i:19858016 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19857974--19858030 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
19857964 ATTAATTACT
* *
19857974 TAATTGCATGGTATCTTA
1 TAATTGCATGATATATTA
19857992 TAATTGCATGATTATATTA
1 TAATTGCATGA-TATATTA
* *
19858011 TTATTGCATTATATATTA
1 TAATTGCATGATATATTA
19858029 TA
1 TA
19858031 TTATTATTGC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 18 0.55
19 15 0.45
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.11, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
TAATTGCATGATATATTA
Found at i:19858047 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19858002--19858073 Score: 90
Period size: 23 Copynumber: 3.0 Consensus size: 23
19857992 TAATTGCATG
**
19858002 ATTATATTATTATTGCATTATAT
1 ATTATATTATTATTGCAAGATAT
19858025 ATTATATTATTATTGCAAGATATT
1 ATTATATTATTATTGCAAGATA-T
*
19858049 ATTTTGTATTATTATTGCAAGATAT
1 A--TTATATTATTATTGCAAGATAT
19858074 TATTTTGTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 4
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 20 0.47
24 2 0.05
25 1 0.02
26 20 0.47
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.08, T:0.53
Consensus pattern (23 bp):
ATTATATTATTATTGCAAGATAT
Found at i:19858058 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 19858029--19858083 Score: 110
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
19858019 TTATATATTA
19858029 TATTATTATTGCAAGATATTATTTTG
1 TATTATTATTGCAAGATATTATTTTG
19858055 TATTATTATTGCAAGATATTATTTTG
1 TATTATTATTGCAAGATATTATTTTG
19858081 TAT
1 TAT
19858084 GATAATTTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 29 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.11, T:0.55
Consensus pattern (26 bp):
TATTATTATTGCAAGATATTATTTTG
Found at i:19859785 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19859560--19862200 Score: 1993
Period size: 181 Copynumber: 14.7 Consensus size: 180
19859550 AAATTGATTT
* * * *
19859560 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*
19859625 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
65 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * *
19859689 ATGACTTGAAATAAATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAGC-AATTC
129 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTC
* * * *
19859741 GATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAATATTAT
1 GATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** * * * *
19859805 TATTTTATTTTGGATATGCTTGTATGAA-ATGAAACAATCATTTTATAATAAAAGAAAAGGTTAT
64 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * *
19859869 -ACTTTTTTATAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTGAACTTGTTC
128 AAC-AATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * **
19859923 GGTAAACAAATTTTTTTTTTTAATTTTTTGTTTATTAATTTTCTG-AATGA-TAATAAATTAGTA
1 GATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT-TGAAAT-ATTAATAAATTAGTA
** * * * *
19859986 TTATTTTATTAAGAATAAGCATCTATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
63 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
19860050 AAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGT-TTAACTATTTGTACTGGTTT
127 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * *
19860103 GATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTCA-TA
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT-AGTA
* * * * * *
19860166 ATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCAT
63 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * *
19860230 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTGAACTAGTCATAACAATTTGAGCTGGTTT
128 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * *
19860283 AATAAATAGATTTAGTTTTTAGATC--T-CGTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTA
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * ** * * **
19860345 CTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACAAAAAAATAAAATATCATAAC
66 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
19860410 TATTTGAAATAGATAATAGCTCAAAT-GAACATGACTATTTGAAGTTGTTT
131 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * ** * *
19860460 GGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAAGATTAATAAATTGGTAT
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * ** ** * *
19860524 TATTTTCTTTCGAATAAAATTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
64 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
19860589 ACAATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTAAACTCACTT-
129 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTC
* * * ** * * *
19860641 GATAAATAGA-TT-TTTTTAAAATATTTTTTTATTAAATTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
19860704 TTTTATTCTAAATAAGCTTTTTATAAACAGAAACAAATGGTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA
66 TTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** *
19860769 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTC
130 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTC
* * * *
19860820 AGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTTA-CAT
1 -GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
*** * * * * * *
19860883 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGTATAGAACTAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAA
64 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
19860948 ATATTTTGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTCATAACTATTTGGAAAT-GTTT
129 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTT-GAACTAGTTC
* * * * * *
19861000 GATAAA-AAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTT-ACAATATTCATGAATTAGTAT
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * *
19861062 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTAC
64 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
19861126 AA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTAGACTATTTGAACTTGTAC
128 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAGTTC
* ** * * *
19861178 AATAAACTTATTTATTTTTTATATCTTTAACTTATT-ATTTGTTGAAATATTTATAAATTAATAT
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
19861242 TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
64 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** *
19861307 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAGGATTTGAACTTGTTC
129 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* **
19861359 -AGTAAACA-ATTTTTATTTTTTAAATATTTTACCCATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-
1 GA-TAAACAGA--TTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * *
19861419 GTATCATTTTA-TTTGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAA-AATAATTTGGA-GACAGAACAAAA
60 GTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATA-AAAATAATTGTTT-TATGACAAAACAAAA
* * * * **
19861481 GGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAAAACTTA-TTC
122 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTC
* * * * *
19861540 -AGTGAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTA
1 GA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * *
19861603 TTATTTTATTTTGAATAAG-TTGATATGAACT-AAAATAATTTTTTTATAATAAAACAAAAGGTC
63 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
19861666 ATAACATTTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTT
126 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * *
19861721 GGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAAT-TTTGCTTTTTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * * * * **
19861784 ATTTTAATCTAAATAAGATTTTATGAATAGAAATTATTGTTTTGTAATAGAATAAAAAATCATAA
65 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
19861849 CAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATTATAACTTTTTGAACTAGTTT
130 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
*
19861900 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTA
1 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
19861962 TTTTATTATGAACAAACTTTTATAAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAGC
66 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
19862027 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATAATTATTTGAACTAGTTA
131 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * ** ** *
19862077 GGTAAACAAAAATATTTTTTTAAATCTCTTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TT
1 GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTA
*** *
19862141 TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAGTGAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
63 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
19862201 AGATTTGAAA
Statistics
Matches: 1944, Mismatches: 421, Indels: 188
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 71 0.04
177 200 0.10
178 101 0.05
179 386 0.20
180 375 0.19
181 537 0.28
182 213 0.11
183 51 0.03
184 9 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
Found at i:19859890 original size:351 final size:350
Alignment explanation
Indices: 19859218--19859869 Score: 747
Period size: 351 Copynumber: 1.9 Consensus size: 350
19859208 CAATAAACAT
* * * *
19859218 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTTATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * *** *
19859283 CGAATAGGCTTGAATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAATTTTTTATA
66 CGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTAGA
* * * * * * * * * *
19859348 AACAGATAGTTTTTATATAGTCTTAATTGTTTGAGTTGCTTTGACAAACAGATTTATTTTTTTAC
131 AACAAATAATTTTTAAATAGCCATAATTATTTGAG-AGCTTCGACAAACAGACTTATTTTTTTAA
* * * *
19859413 ATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAT
195 ATCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAT
* * ** *
19859478 ATGAACCAAAACAATTATTTTATAACGGAACAAAAGGTTTTAATGATTTGAAATAGATAATTATT
260 ATGAAACAAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
19859543 CAAATAGAAATTGATTTGATAAATAA
325 CAAATAGAAATTGATTTGATAAATAA
*
19859569 ATTTATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * *
19859634 TGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGACTT-GA
66 CGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTAGA
* * *
19859698 AATAAATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGA-AGCAATTCGATAAACTA-ACTTA-TTTTT
131 AACAAATAATT-TTTAAATAGCCATAATTATTTGAGAGC--TTCGACAAAC-AGACTTATTTTTT
* * * **** *
19859760 TAAATCT-TTAACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTTGGATATGC
192 TAAATCTCTT-ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* ** * *
19859824 TTGTATGAAATGAAACAATCATTTTATAATAAAAGAAAAGGTTATA
256 TTATATGAAACAAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATA
19859870 CTTTTTTATA
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 52, Indels: 11
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
349 4 0.02
350 98 0.40
351 141 0.58
352 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (350 bp):
ATTTATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTAGA
AACAAATAATTTTTAAATAGCCATAATTATTTGAGAGCTTCGACAAACAGACTTATTTTTTTAAA
TCTCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATA
TGAAACAAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGAAATTGATTTGATAAATAA
Found at i:19859949 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 19859931--19859964 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.4 Consensus size: 15
19859921 TCGGTAAACA
19859931 AATTTTTT-TTT-TT
1 AATTTTTTGTTTATT
19859944 AATTTTTTGTTTATT
1 AATTTTTTGTTTATT
19859959 AATTTT
1 AATTTT
19859965 CTGAATGATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.42
14 3 0.16
15 8 0.42
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.03, T:0.76
Consensus pattern (15 bp):
AATTTTTTGTTTATT
Found at i:19861267 original size:718 final size:710
Alignment explanation
Indices: 19859173--19863906 Score: 2463
Period size: 718 Copynumber: 6.6 Consensus size: 710
19859163 TTTAAAGTTT
* * * *
19859173 ATAATAGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAA-TTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-GATAAACA-ATTT-TTTTTTAAATAT
* * * * * **
19859235 TTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGAATGA
62 TTTATTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTCTATGA
** *** * * *
19859300 TA-A-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAATTTTTTATAAACAGATAGTT-TTT
124 -ACAGAAAA-AATAATT-TATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTA-AAATAGATAATTATTC
* * * * ** * * * *
19859362 ATATAGTCTTAATTGTTTGAGTTGCTT-TGACAAACAGATTTATTTTTTTACATCTCTTAGTTAT
184 AAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAGA-AAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * ** * * *
19859426 CAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACCAAAAC-
246 TAATTTTTAGAATATTAATAATTTAC-ATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACT
* ** ** *
19859490 AATTATTTTATAACGGAACAAAAGGTTTTAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG----
308 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
19859550 AA--A-TTG----A-TTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAA
372 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * * *
19859607 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATG
436 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATA
* * * ** * * * *
19859671 ACAAAACAAAAGTTCATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAGC
500 ACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG-TATAACTATTTGAA-C
** * * * *
19859736 -AATTCGATAAACTAACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAAT
562 TTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * ** * * * *
19859800 ATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTGTATGAA-ATGAAACAATCATTTTATAATAAAAGAAAAG
627 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * *
19859864 GTTAT-ACTTTTTTATAAATAG
691 ATCATAAC-AATTT-GAAATAA
* * * * *
19859885 ATAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTTTTTTTTTAATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAAC-AA-TTTTTTTTTAAATATT
* * * *
19859950 TTGTTTATTAATTTTCTGAATGA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTAAGAATAAGCATCTATGA
63 TTATTTATTAA-TTT-TAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAGCTTCTATGA
* * *
19860014 ACTA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTA
124 AC-AGAAAAAA-TAATTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
19860078 ATAGT-TTAACTATTTGTACTGGTT-TGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
186 ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
19860141 TTTTTAGAATATTATTAATTT-CATAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AA
249 TTTTTAGAATATTAATAATTTACAT--TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AACTAA
* * * * *
19860204 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGA-TTTGAGATAGATAATTGTTGAACTAGTCATAA
310 TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
19860267 CAATTTGAGCTGGTTTAATAAATAGATTTAGTTTTTAGATCTCGTA-TTA--ATTTTTGAAATAT
374 CTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATAT
* * ** * * *
19860329 TAAAAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACAAAAA
439 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAA
* * * ** * *
19860394 AATAAAATATCATAACTATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGAACATGACTATTTGAAGTTGT
504 AACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-CTCAAAT-AGTATAACTATTTGAACTTGT
* * * ** * *
19860458 TTGGTGAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAAGATTAATAAATTGG
566 TCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
19860521 TATTATTTTCTTTCGAATAAAATTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
629 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATC
19860586 ATAACAATTTGAAATAA
694 ATAACAATTTGAAATAA
* * * ** * *
19860603 AAAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTAAACTCACTTGATAAATAGA-TTTTTTTAAAATATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTGATAAACA-ATTTTTTTTTAAATATTT
* * *
19860667 T-TTTATTAAATTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTTATAAA
64 TATTTATT-AATTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGC-TTCTATGAA
** ** *
19860731 CAGAAACAAATGGTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
125 CAGAAA-AAATAATTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
*
19860796 AGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
188 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * *
19860860 TT-GAATTATTAATAAATTTACATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGTATAGAACTAATTGT
252 TTAGAA-TATTAAT-AATTTACATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAACTAATTGT
*
19860924 TTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAATATTTTGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTCATAACTAT
314 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTAT
* * * * *
19860988 TTGGAAAT-GTTTGATAAA-AAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTT-ACAATATTC
378 TT-GAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTA
* * * *
19861050 ATGAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAA
441 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATAACAA
* * * * * * *
19861113 AACAAAAGGTTACAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTAGACTATTTGAACTTGTA
504 AACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTATA-ACTATTTGAACTTGTT
* * * * *
19861177 CAATAAACTTATTTATTTTTTATATCTTTAACTTATT-ATTTGTTGAAATATTTATAAATTAATA
567 CGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
19861241 TTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCA
631 TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCA
19861305 TAACAATTTGAAATAA
695 TAACAATTTGAAATAA
* ** *
19861321 ATAATTGTTCAATTAGTCATAAGGATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTTTATTTTTTAAATAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGA-TAAACAA--TTT-TTTTTTAAATAT
*** * * * *
19861386 TTTACCCATTAATTGTCTTAATATTAATAAATT-GTATCATTTTATTTGAAATAGGCTTGTATGA
62 TTTATTTATTAATT-T-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTCTATGA
* * * * *
19861450 ATAGAAAAAATAATTTGGA-GACAGAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
124 ACAGAAAAAATAATTT--ATGACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* ** * ** * *
19861514 ATAGTCATAATTATTAAAACTTATTCAGTGAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
186 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
19861579 TTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGATATGAACTA-AAATAAT
250 TTTTAGAATATTAATAATTTA-CATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAACTAAT
* * * * * * *
19861642 TTTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACT
311 TGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
19861707 ATTTGATCTAGTTTGGTAAA-CAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTTTTAATTGTTGAAATAT
376 ATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATAT
* * * * * *
19861769 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGATTTTATGAATAGAAATTATTGTTTTGTAATAG
439 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACA-
* * * * *
19861834 AATA-AAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATTATAACTTTTTGAACTAGT
503 AA-ACAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAAT-AGTATAACTATTTGAACTTGT
* * *
19861898 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-A-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA
566 TCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
19861959 TTATTTTATTATGAACAAACTTTTATAAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCAT
631 TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* *
19862024 AGCAATTTGAAATAG
696 AACAATTTGAAATAA
* * * * * * *
19862039 ATAATTATTCAAATTGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAAATATTTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAAC---AATTTTTTTTTAAATAT
* *** * * **
19862104 CTTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG
62 TTTATTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTCTATG
** ** * * * * *
19862168 AAGTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAA-ACAA----A-AA-GATTTGAAATAGATAATTTTTCAT
123 AACAG-AAAAAA-TAATTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** * * ** *
19862226 ATAGTCTTAACTATCTGAACTAATTTGGCAAACAAATTTATTTAGTATTAT-T-TTA-TT-TTAA
186 ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAA
* * * * * ** **
19862287 --CTAAG-CT-TGT-ATGAATTCAAACAATTGTTTTATGAGAA-AA-C----A--AA-AGGTCAT
249 TTTTTAGAATAT-TAAT-AATT--TAC-ATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAC-T
* * ** * **
19862338 AA-TGATTTTA-AA-TATACAATTGTTCA-AATA----GTCATA-ACT-ATT-TT----T-G---
308 AATTG-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
19862384 --A--ATTTG---T--TTAG-TAAACAAATCTA--TTTTAAA-CTCTTGCATATTAATTTTTGAA
371 TAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAA
* * * ** * * * * *
19862436 TTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATG
435 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATA
** ** * * ** ** *
19862501 TTAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATTTTGATCACTATTTGAACT
500 ACAAAACAAA-AATCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACT
** * *
19862566 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCATTT-CCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAA
563 TGTTCGATAAACTGATTTATTTTTT-AAATC-TTTAACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
** * * *
19862629 TTTAG-ATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAGA-
625 -TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AC
* *
19862691 AAAAG-TCAAAACAATTTGAAATAG
686 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAA
** * ** * * *
19862715 ATAATAATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTGATAAACA-ATTT-TTTTTTAAATAT
* * * * **** * **
19862779 CTTATTAATT--TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGTTTCTATGATT
62 TTTATTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTCTATGAAC
* ** * * * * * * *
19862842 AGAAACAATTGTTTTATGATAAA-ACATAGATCTTAACAATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAAT
126 AGAAA-AAATAATTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACAATTT-AAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
19862905 AGTCATAACTATTTGTACTGGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
188 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
19862970 TT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAAC-AAT
252 TTAG-AATATTAAT-AATTTACATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG---AATAGAACTAAT
* * ** *
19863033 TGTTTTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTAT
311 TGTTTTAT-A-ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AT
* * * * ** * * * *
19863096 AATTATTTTAACTAATTCGAT-AATTGATTTATTTTTTAAGTTTCATACTTAGT-ATTTTAGTAA
372 AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G-AA
* * ** * * * *
19863159 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTATCTA-AAACAAATGTTTTAT
435 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAATAATTGTTTTAT
* * * * ** * * ** * *
19863223 AACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATTGACAGTTGTTTAAATAGTAATAACTATTCGAAC
499 AACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAC
* ** *
19863288 TTGTTC-ATTAAA-TAGATCTATTTTTTTAAATCTATT-TTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAAT
562 TTGTTCGA-TAAACT-GATTTA-TTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
19863349 AAATTAGGATTAGTTTATTCTAAATAAGCTTG--T--AT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACA
622 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * ** *
19863409 AAAGGTTATAATGA-TTGCAAATAG
687 AAAGATCATAACAATTTG-AAATAA
** * * * * * *
19863433 ATAATTGTTTTAATAATCTTAACCATTTGAAC-TGATTCGGTAAATAAATTTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-GATAAA-CAA-TTT-TTTTTTAAATA
* * * * * *
19863497 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATG
61 TTTTATTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAGCTTCTATG
* * ** * * ** ** *
19863562 AATA-AAACAATTGCTTTACGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGGAATAGATAATCGTTCAT
123 AACAGAAA-AAATAATTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
* * ** * * * **
19863626 ATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCA-ATAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTA
186 ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGA-AAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * ** * * * *
19863690 AGTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATGCTGAATAAAATAGTATGAATAGGACCAC
248 ATTTTTAG-AATATTAATAATTTA-CATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAACTAA
* * * * * * * * * *
19863754 TTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAAAAC
310 TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * *
19863819 TATTCGAAATGGTTT-AGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTCACTGATTAATTTTTTAAAAT
375 TATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAAT
* *
19863883 ATT-ATAACTTAATATTATTTTATT
437 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
19863907 TTGAACAAAC
Statistics
Matches: 3113, Mismatches: 656, Indels: 497
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
669 1 0.00
670 29 0.01
671 171 0.05
672 19 0.01
673 9 0.00
674 3 0.00
675 26 0.01
676 109 0.04
677 65 0.02
678 12 0.00
679 2 0.00
680 5 0.00
681 9 0.00
682 7 0.00
683 4 0.00
684 8 0.00
685 1 0.00
686 1 0.00
688 1 0.00
690 2 0.00
691 3 0.00
692 12 0.00
693 4 0.00
694 3 0.00
695 1 0.00
696 11 0.00
697 13 0.00
698 4 0.00
699 10 0.00
701 6 0.00
702 3 0.00
703 2 0.00
705 3 0.00
706 7 0.00
707 9 0.00
708 9 0.00
709 4 0.00
710 4 0.00
711 36 0.01
712 153 0.05
713 44 0.01
714 113 0.04
715 76 0.02
716 163 0.05
717 118 0.04
718 460 0.15
719 353 0.11
720 192 0.06
721 287 0.09
722 155 0.05
723 298 0.10
724 73 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (710 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAATTTTTTTTTAAATATTTTA
TTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTCTATGAACAGAAA
AAATAATTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAATTTACATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAACTAATTGTTTTATAACAAAA
CAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCATAACGA
TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTGATTTATTTT
TTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAA
Found at i:19863690 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19862267--19863904 Score: 1103
Period size: 182 Copynumber: 9.1 Consensus size: 180
19862257 ACAAATTTAT
* * * * *
19862267 TTAGTATTATTTTATTTTA-ACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTA-ATTAGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA
** * * * * * * *
19862331 AGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTTGAATTTGTT-TAG
64 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTA--TTTGAACTGGTTCGA-
* * * * * * *
19862395 TAAACAAATCTA--TTTTAAA-CTCTTGCATATTAATTTTTGAATTATTAAGAAA
126 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * ** * *
19862447 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGTTAAAACAAAT
1 TTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA
** * * ** ** * *
19862512 GGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATTTTGATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAA
65 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAA
* * * *
19862577 CAAATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAA
130 TAGATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* * * * * *
19862629 TTTAG-ATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAGAA
1 -TTAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAA
* ** * * * * *
19862692 AAA-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATAATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGCTCGAC
62 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAT
* * *
19862756 AAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
127 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * * * *
19862806 TTAGTATTATTTTTAA-CCGAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAT
1 TTAGTATTA-TTTTAATTAGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA
* * * * * *
19862869 AGATCTTAACAATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTGGTTCGGTA
64 AGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATA
** *
19862933 AGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
128 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
19862986 TTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAA
1 TTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATG---AATAAAACAATTGTTTTATGAC--AAAAA
** ** * * * **
19863051 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCG
61 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCG
* * * * * *
19863115 AT-AATTGATTTATTTTTTAAGTTTCATACTTAGT-ATTTTAGTAAATATTAATAAA
125 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAA
* ** * * * * **
19863170 TTAGTATTATTTTAATCCA-TCTAAGCTTGTATTATCTAAAACAAATGTTTTATAACAAATCAAA
1 TTAGTATTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA
* * * * * * * ** * *
19863234 AGGTTATAACGATTTTAAATTGACAGTTGTTTAAATAGTAATAACTATTCGAACTTGTTC-ATTA
64 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGA-TA
* * ** *
19863298 AATAGATCTATTTTTTTAAATCTATTTTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
128 AATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
19863352 TTAGGATTAGTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATG----AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTAAT-TAGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA
* ** ** * * * *
19863412 GGTTATAATGA-TTGCAAATAGATAATTGTTTTAATAATCTTAACCATTTGAACTGATTCGGTAA
65 GGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAA
* *
19863476 ATAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
129 ATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *
19863529 TTAGCATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGCTTTACGACAAAAAAAAAG
1 TTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG
* * * * * *
19863594 GTCATAACAATTTGGAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAATAATT
66 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAT
* * ** * *
19863659 AGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAA
131 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * * *
19863710 TTAGTATTATTTT-ATGCT-GAATAAAATAGTATGAATAGGACCACTTGTTTGATGACAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTAAT--TAGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AA
* * * * ** * * *
19863773 AAA-GTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAAAACTATTCGAAATGGTT-TAG
62 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGA-
* * * * * *
19863836 TAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTCACTGATTAATTTTTTAAAATATT-ATAAC
126 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
*
19863891 TTAATATTATTTTA
1 TTAGTATTATTTTA
19863905 TTTTGAACAA
Statistics
Matches: 1142, Mismatches: 256, Indels: 118
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.00
176 78 0.07
177 189 0.17
178 33 0.03
179 12 0.01
180 197 0.17
181 189 0.17
182 293 0.26
183 28 0.02
184 72 0.06
185 46 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG
GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAT
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
Found at i:19863885 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19862554--19863906 Score: 518
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
19862544 AATTTTGATC
* * * *
19862554 ACTATTTG-AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTCTG
1 ACTA-TTGAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAATTTT-TG
* * * ** * * * * **
19862617 -AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTT
62 AAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATT-AGAATAAAATAGTATGA-ATAAAACAATTGCTTT
* * * * * * * ***
19862680 ATGACTAAAGAAAAA-GTCAAAACAATTTGAAATAGATAATAATTCTAATAGTTTTA
124 ACGAC-AAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAGTCAAA
* * * * *
19862736 ACTATTTG-AATTGGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
1 ACTA-TTGAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** ** * * *
19862796 TATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATG
65 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTA--GAATAAAATAGTATGAATA-AAACAATTGCTTTACG
* * * * * * * ** * *
19862860 A-TAAAACATAGATCTTAACAATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATA
127 ACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTT-AAAATAGATAATCATTCAAACAGTCAAA
* ** * *
19862912 ACTATTTG-TACTGGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
1 ACTA-TTGAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** * * * *
19862976 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTTTAT
65 TATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTAGAATAAAATAGTATG---AATAAAACAATTGCTTTAC
** * * * *
19863041 GACAAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAA-TGGCTATA
126 GAC--AAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAGTC-AAA
* ** ** * ** * * * * *
19863097 ATTATTTTAACTAATTCGAT-AATTGATTTATTTTTTAAGTTTCATACTTAGT-ATTTTAGTAAA
1 ACTATTGAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAA
* * ** * ** * * * * * **
19863160 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTATCTAAAACAAATGTTTTATAA
65 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTAGA-ATAAAATAGTATGA-ATAAAACAATTGCTTTACGA
** * * * * * * ** * *
19863225 CAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATTGACAGTTGTTTAAATAGT-AATA
128 CAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAGTCAA-A
* * * * * **
19863277 ACTATTCG-AACTTGTTCATTAAATAGATCTATTTTTTTAAATCTATTTTTTATTAATTTTTTG-
1 ACTATT-GAAACTGGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGA
* * * * * * * * *
19863340 AATGTTAATAAATTAGGATTAGTTTATT---CT-AAATAAGCT-TGTATGAAACAATTGTTTTAT
63 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTAGAATAAAAT-AG-TATGAATAAAACAATTGCTTTAC
* * * ** ** ** ** * * **
19863400 GACTAAACAAAAGGTTATAATGATTGCAAATAGATAATTGTTTTAATAATCTTA
126 GACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAGTCAAA
* * ** * *
19863454 ACCATTTG-AACTGATTCGGTAAATAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
1 ACTA-TTGAAACTGGTTCAATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** *
19863518 ATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGCTTTACGA
64 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTAGAATAAAATAGTATGAATAAAACAATTGCTTTACGA
** * * * **
19863583 CAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGGAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTA
128 CAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAGTCAAA
* ** * * ** *
19863635 ACTATTTAAACTGGTTCAATAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAA
1 ACTATTGAAACTGGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
19863700 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATGCT-GAATAAAATAGTATGAATAGGACCACTTG-TTTGAT
65 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAT--TAGAATAAAATAGTATGAATA-AAACAATTGCTTT-AC
* *
19863763 GACAAAACAAAAA-GTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAAA
126 GACAAAA-AAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAGTCAAA
* * * * * *
19863817 ACTATTCGAAA-TGGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTCACTGATTAATTTTTTAAA
1 ACTATT-GAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* *
19863881 ATATTA-TAACTTAATATTATTTTATT
64 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
19863907 TTGAACAAAC
Statistics
Matches: 897, Mismatches: 220, Indels: 111
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 73 0.08
177 178 0.20
178 16 0.02
179 4 0.00
180 106 0.12
181 193 0.22
182 189 0.21
183 19 0.02
184 73 0.08
185 41 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ACTATTGAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTAGAATAAAATAGTATGAATAAAACAATTGCTTTACGACAA
AAAAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAACAGTCAAA
Found at i:19863994 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19863955--19864021 Score: 59
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
19863945 TAATCTATTT
*
19863955 GATTTAAT-TATATAAATAAAT-TA
1 GATTTAATATTTA-AAATAAATATA
*
19863978 GATTTAATATTTAAAATTAATATA
1 GATTTAATATTTAAAATAAATATA
*
19864002 TATTATAATA-TTAAATATAA
1 GATT-TAATATTTAAA-ATAA
19864022 CTAGTAATTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 6
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.42
24 13 0.36
25 8 0.22
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (24 bp):
GATTTAATATTTAAAATAAATATA
Found at i:19864222 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 19864215--19864315 Score: 50
Period size: 4 Copynumber: 25.0 Consensus size: 4
19864205 AACTAACATA
* * *
19864215 AATT AATTT AAAT ATATT AATT -ATT AATT -ATT AATT ATTT AATT TATT
1 AATT AA-TT AATT A-ATT AATT AATT AATT AATT AATT AATT AATT AATT
* * * *
19864263 AA-T GATT ATATT AATT TATT AA-T -ATT AATA AATAT ATATT TATT GAATT
1 AATT AATT A-ATT AATT AATT AATT AATT AATT AAT-T A-ATT AATT -AATT
19864312 AATT
1 AATT
19864316 GATATAAATA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 14, Indels: 22
0.67 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.01
3 10 0.14
4 43 0.60
5 16 0.22
6 2 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (4 bp):
AATT
Found at i:19864253 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 19864216--19864291 Score: 70
Period size: 14 Copynumber: 5.4 Consensus size: 14
19864206 ACTAACATAA
*
19864216 ATTAATT-TAAATAT
1 ATTAATTATTAAT-T
19864230 ATTAATTATTAATT
1 ATTAATTATTAATT
19864244 ATTAATTATTTAATTT
1 ATTAATTA-TTAA-TT
*
19864260 ATTAATGATT-A-T
1 ATTAATTATTAATT
19864272 ATTAATTTATTAA-T
1 ATTAA-TTATTAATT
19864286 ATTAAT
1 ATTAAT
19864292 AAATATATAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 3, Indels: 11
0.79 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
12 6 0.11
13 5 0.09
14 24 0.44
15 10 0.19
16 9 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (14 bp):
ATTAATTATTAATT
Found at i:19864284 original size:28 final size:30
Alignment explanation
Indices: 19864216--19864287 Score: 82
Period size: 28 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
19864206 ACTAACATAA
*
19864216 ATTAATTTA--AATATATTAATTATTAATT
1 ATTAATTTATTAATATATTAATGATTAATT
*
19864244 ATTAA-TTATTTAATTTATTAATGATT-A-T
1 ATTAATTTA-TTAATATATTAATGATTAATT
19864272 ATTAATTTATTAATAT
1 ATTAATTTATTAATAT
19864288 TAATAAATAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 8
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.08
28 17 0.46
29 4 0.11
30 13 0.35
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (30 bp):
ATTAATTTATTAATATATTAATGATTAATT
Found at i:19864813 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 19864576--19865065 Score: 467
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 182
19864566 TTTTATTCGA
* ** * * *
19864576 AATAAAATAAAACTAATTTAATAAAATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
19864641 TAATTGT-C-GAACCAGTTGAAATAGTTAAGATTA-TATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTA
66 TAATT-TACAAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
19864703 TTACT-TTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTT-GTTCGTACAAGCTTATTTAG
129 TGA-TATTTTATTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAG
* *
19864756 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * *
19864820 TTGTTTACAAAATCAGTTCAAATGGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTG
66 TAATTTACAAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
19864885 ATATTTTATTTGGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATTTAG
131 ATATTTTATTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAG
* * * * * * *
19864937 AATAAATTAATATTAATTTAGTAACA-TTCAAGAAATTAATAA-AAATGAGATTAAAAAAAAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTCAA-AAATTAATAACTAA-GAGATT-TAAAAAATAA
* * * ** * * * * *
19865000 ATCT-ATTTACCAAACAAGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTT
63 ATCTAATTTACAAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
19865064 AT
128 AT
19865066 AACCAATTAT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 49, Indels: 16
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 5 0.02
180 131 0.52
181 56 0.22
182 58 0.23
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TAATTTACAAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ATATTTTATTTGGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAG
Found at i:19866055 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19865753--19866157 Score: 458
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
19865743 AAAGTACATT
* * * * * *
19865753 ATTTGCAATATATAATTGTTCAAATAGT-ATAATTTTTTGAACTGGTTAGGTAATCAAAATTATT
1 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TAGTTAGGCAAACAAAATTATT
* * * * ** * *
19865817 TTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATTATTTTATTTTATTTTATTTCGAATAA
65 TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTATGAAATAGTAATTAGATGATATTATTTTATTTCGAATAA
* * *
19865882 GCTAGTATGAATTGAGAA-AATTGTTTTATGACA-AGACAGAAGGTCATAACG
130 GATAGTATGAATAGA-AATAATTGTTTTATGACATA-ACAAAAGGTCATAACG
* * * *
19865933 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATAGTTTGGCAAACAAAATTTATT
1 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTAGGCAAACAAAA-TTATT
* * * *
19865998 TTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTATGGAATAGT-ATTAGATGAGTATTGTTTTATTTGGAATA
65 TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTATGAAATAGTAATTAGATGA-TATTATTTTATTTCGAATA
* * *
19866062 AGATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATG
129 AGATAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCATAACG
* * *
19866114 ATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAATA
1 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
19866158 TAAATAGTAT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 34, Indels: 9
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 46 0.25
181 139 0.75
182 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTAGGCAAACAAAATTATTT
TTTAAATCCCTTACTTATTAATTTATGAAATAGTAATTAGATGATATTATTTTATTTCGAATAAG
ATAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:19866326 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19866283--19866329 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
19866273 ATAATTTACA
19866283 TTATAATAAATAAAATT
1 TTATAATAAATAAAATT
* *
19866300 TTAATTATAAA-ACAATT
1 TT-ATAATAAATAAAATT
19866317 TATATAATAAATA
1 T-TATAATAAATA
19866330 GTATATAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 5
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.62
18 9 0.38
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
TTATAATAAATAAAATT
Done.