Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 60 of 100
Found at i:13892218 original size:6 final size:6
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13892197 TATTTAAAGA
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1 AAAATC AAAATC AAAATC AAAATC AAAATC AAAA
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AAAATC
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13892192 CGGATTATTT
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1 AAAGAAAAATCAAAATCA
**
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1 AAAGAAAAATCAAAATCA
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1 AAA-GAAAAA
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AAAGAAAAATCAAAATCA
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13892261 TTGTGCAGGA
* *
13892271 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCTAAAAATATTCTTT-GAAATTTTTAATTTCGAGG
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* *
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* * * *
13892391 AAAATTGATACTTTCAACTTTT-CCTCAAAAATCTTTTTTTTGAAA-ATTTATCTTTAAGG
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* * * *
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* * *
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13892548 TTTATTTTTA
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AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCTAAAAATATTTTTTAGAAATTTTTATTTCAAGG
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13892345 ACTTTTCCTC
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1 AAAAATTGATTTTTTT
13892387 AA
1 AA
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AAAAATTGATTTTTTT
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13892261 TTGTGCAGGA
* * * *
13892271 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCTAAAAA-TATTCTTTGAAATTTTTAATTTCGAGGAAAATT
1 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCC-AAAAATTTTTTTTTGAAATATTTAATTTCAAGGAAAATT
* ** *
13892335 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATTGATTTTTTTAAAAATTGATTTTTTTAAGG
65 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATAGATTTTTGGAAAAATTGA--TTTTCAAGG
*
13892391 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATCTTTTTTTTGAAA-ATTT-ATCTTTAAGGAAAA
1 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCC-CAAAAAT-TTTTTTTTGAAATATTTAAT-TTCAAGGAAAA
**
13892454 TTGATACTTTCAACTTTTTCC-CAAAAATAG-TTTTTGGAAACTTTGATTTTCAAGG
63 TTGATACTTTCAAC-TTTTCCTCAAAAATAGATTTTTGGAAAAATTGATTTTCAAGG
* *
13892509 GAAATTGATACTTTTAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTT
1 AAAATTGATACTTTCAACTTTT-CCCAAAAAT-TTTTTTTT
13892550 TATTTTTATT
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AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAATTTTTTTTTGAAATATTTAATTTCAAGGAAAATTG
ATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATAGATTTTTGGAAAAATTGATTTTCAAGG
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13892555 TTATTTAAAG
*
13892565 AAAATAGAATAATAAAGCAAAATAAAAGTGAAAAAT
1 AAAATA-AATAATAAAGCAAAATAAAAG-CAAAAAT
13892601 -AAATAAATAAATAAAG-AAAAGTAAAA-CAAAAAT
1 AAAATAAAT-AATAAAGCAAAA-TAAAAGCAAAAAT
13892634 AAAATAAA
1 AAAATAAA
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AAAATAAATAATAAAGCAAAATAAAAGCAAAAAT
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13893111 TGGCCGAAAT
*
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1 TTTTGCCGAAAAATGCAAC
*
13893140 TTTTGCCGAAAAATTCAAC
1 TTTTGCCGAAAAATGCAAC
13893159 CGAAATCTGG
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19 17 1.00
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Consensus pattern (19 bp):
TTTTGCCGAAAAATGCAAC
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13893578 AGAAGAAAAA
*
13893588 AAT AA- AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA- AGAT ATAT ACAT ATT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A-AT A-AT A-AT AAT AAT
** * *
13893634 AAAT ACAT AAAT CCCT AA- AA- AAT AAT AAT AA- AAG AA- AAG AA- AAT
1 -AAT A-AT -AAT -AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
*
13893678 ATAT ATAT ACAT ATAT AA- AAT AAT AAT AAT AAA AAT AA- AAT AA- AAT
1 A-AT A-AT A-AT A-AT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
13893724 AA
1 AA
13893726 AAAATAAAAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 13, Indels: 28
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Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:13893728 original size:6 final size:6
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13893689 TATATAAAAT
* *
13893699 AATAAT AATAAA AAT-AA AAT-AA AATAAAA AATAAA AACAAA TTAA-AAA
1 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AAT-AAA AATAAA AATAAA --AATAAA
13893747 AATAAA AATAAA A
1 AATAAA AATAAA A
13893760 TGAAGAGAAA
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AATAAA
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13895674 TAAATTGCAT
*
13895684 AAATTTAAATAACATAG
1 AAATTTAAATAACATAA
** *
13895701 AAATTTAAATTGCA-AT
1 AAATTTAAATAACATAA
*
13895717 AAATTTAAATAATATAA
1 AAATTTAAATAACATAA
*
13895734 AAAATTAAA
1 AAATTTAAA
13895743 ATATTTGAAA
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AAATTTAAATAACATAA
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13895647 AAACTTGAAA
* *
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1 TTAAATAACATAGAAAATTAAATTGCATAAAT
*
13895688 TTAAATAACATAGAAATTTAAATTGCAATAAAT
1 TTAAATAACATAGAAAATTAAATTGC-ATAAAT
* *
13895721 TTAAATAATATAAAAAATTAAA
1 TTAAATAACATAGAAAATTAAA
13895743 ATATTTGAAA
Statistics
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TTAAATAACATAGAAAATTAAATTGCATAAAT
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* *
13904376 TTTTAAAAATATTTTAGACT
1 TTTTAAAATTTTTTTAGACT
* *
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1 TTTTAAAATTTTTTTAGACT
*
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1 TTTTAAAATTT
13904427 AAAAAAAAAT
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20 26 1.00
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TTTTAAAATTTTTTTAGACT
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13906046 ATTAACGTCG
* * * * * * * * *
13906056 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGGAAAAGTAAATCTATTTATCGAACAAG-TTAAATAGTTATG
1 AAAAATT-ATAAGTAAGAGAATTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAG
** *
13906120 ACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTCTTT
65 ACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTATTT
*
13906185 CAGTTCATAAATGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAATATTTC-
130 CAGTTCATAAATGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACA-TTCA
* * *
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1 AAAAATTATAAGTAAGAGAATTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGA
* * * *
13906298 CTA-TTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTAT
66 CTATTTA-AATAATTATTT-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-ACATAAAATAATTAT
* *** ** *
13906360 TTCAGTTCATATAA-GTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTCA
128 TTCAGTTCATA-AATGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACATTCA
* *
13906414 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTGAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
1 AAAAATT-ATAAGTAAGAGAATTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTA
13906477 TTGTCGACAG
Statistics
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0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 35 0.18
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178 4 0.02
180 2 0.01
181 13 0.07
182 38 0.19
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AAAAATTATAAGTAAGAGAATTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGA
CTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTATTTC
AGTTCATAAATGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAACATTCA
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13906927 AGTTCACTTT
* * * *
13906937 AATTATTTATTTCAAAGT--TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA
* * * * * *
13906999 CAAGCTTATTCATATTACAATAATATTAATTTATTTATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGT
64 CAAGCTTA-T--T-TGA-AATAA-AATAA--TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGT
* * * * * *
13907064 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAAT
120 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACATGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAC
* * * *
13907125 AATTATCTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC
* *
13907189 AAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT
* * *
13907254 -AAAAATAGAATCTGTTTATCGAACATGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAAC
129 AAAAAATA-AATCTGTTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
13907306 AATTATTTATTTAAAAACATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTCATTCT-GTCCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATAC
* *
13907370 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTA-TAATATTTGAAAAATTAATATGTAA-A-ATT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGAGATT
* * * *
13907431 TAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACATGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAAT
128 TAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** *
13907484 AATTATCTATTTTC-AATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCAT-AAATCCATTGTTTCTA-TTCA
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTT-TAGTTCA
* * * * *
13907545 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTACAAAATTTAATAAGTAAAAGA
62 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGA
* * * * *
13907610 TTTTAAAAATAAATCCGTTT-GCCAAGCGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
126 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-C-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *** *
13907665 AATTATTTATTTCAAATTGCTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA
* * *
13907728 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGAT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGAT
* * * ** *
13907792 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAAACATTC--A-A-TTA-G--TTTTTGAAC
127 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
13907839 TATTATCTATTTTAAATCGTTATGGCATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
** * ** *
13907904 AAATTATTTAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTTGAAAACT-A-A-TAAGA-ATTTA
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTA
** * * * * * *
13907964 AAAGCTAAATCTATTTATCGAA-ATGATTCTAATAATTATAAATATTTAAAC
130 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACATG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
13908015 AATTATCTATCTCAAATCATT-T--TATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTATGTTTAGA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATA
* * * * * * * *
13908076 CAAGCCTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAAGAAA
64 CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-GTAAGAGA
* * * * * * * *
13908139 TTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAATTAAGATTATTAGAAC
126 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
13908194 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGATCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
* * *
13908259 TGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATA
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
13908311 AACAACAAAT
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 169, Indels: 125
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 25 0.03
170 4 0.00
171 2 0.00
172 1 0.00
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187 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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13907025 TAATTTATTT
* *
13907035 ATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAG
1 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAG
* * *
13907100 TTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAG
63 TTCAAATAGTCTTAAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAG
* * *
13907165 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTT
128 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTA
* * * * * *
13907230 CAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAATAGAATCTGTTTATCGAACATGTTGAAATAGTTATG
193 CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAATAGAATCCGTTTAGCCAACATGTTCAAATAGTTATG
* *
13907295 ACTATCTAAACAATTATTTATTTAAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTGACATAAAATAATTCAT
258 ACTATCTAAACAATTATTTATTTAAAAACACTATGATC-TTTTGTTTTGACATAAAACAATTCAT
* *
13907359 TCTGTCCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAA
322 TCTATCCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-A
* *
13907397 ATTTA-TAATATTTGAAAAATTAATATGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTT
1 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTT
**
13907461 CAAATAGT-TATAAATATTTGAATAATTATCTATTTTC-AATTGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTC
65 CAAATAGTCT-TAAATATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGT-
* * * *
13907523 A-TAAATCCATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
126 AGTAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAA
* *
13907586 TTACAAAATTTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATA-AATCCGTTT-GCCAAGCGA-GTTCAAATA
190 TTACAAAAATTAATAAGTAAAAGA-ATTAAAAATAGAATCCGTTTAGCCAA-C-ATGTTCAAATA
* * * * *** *
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252 GTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTAAAAACACTATGATCTTTTGTTTTGACATAAAACAA
** * *
13907713 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
317 TTCATTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
13907756 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-AAC
1 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAA-
* * * * * * *
13907820 ATTCAATTAG---T---T-TTTGAACT-ATTATCTATTTTAAATCGTTATGGCATTTTGTTTTAT
62 GTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * ** * * *
13907877 CA-TAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAAT
126 -AGTAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACT-AATTTATTAAA
*** * * * ** * * *
13907940 ATTTTGAAAACTAATAAG----A-ATTTAAAAGCTA-AATCTATTTATCGAA-ATGATTCTAATA
189 ATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAA-ATAGAATCCGTTTAGCCAACATG-TTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
13907998 ATTATAAATATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTTTATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAA
252 GTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTAAAAACACTATGATCTTTTGTTTTGACATAAAACAA
** * * ** * * * * *
13908061 TTGTTTATGTTTAGACAAGCCTATTC-AGAGTAAAATATTGCTA
317 TTCATTCTATCCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* * * * * **
13908104 AATTAATAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAA
1 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT-A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CAA
* * * * * *
13908169 -TTCAAATA--ATTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
62 GTTCAAATAGTCTTAA-A-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * *
13908231 TCA-TAAAATAATTTTTTTAGATCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
125 T-AGTAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAA-
*
13908295 ATTTA-AAAAATTAATAA
188 AATTACAAAAATTAATAA
13908312 ACAACAAATT
Statistics
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ATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTC
AAATAGTCTTAAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAGTAA
AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTACAA
AAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAATAGAATCCGTTTAGCCAACATGTTCAAATAGTTATGACT
ATCTAAACAATTATTTATTTAAAAACACTATGATCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTCATTCTA
TCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
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13908079 GCCTATTCAG
*
13908089 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAAATAAATG
1 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATG
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66 TGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
* * *
13908219 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGATCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
131 CATGTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGATCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
*
13908284 AATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAACAACAAATTTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
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* ** *
13908349 CAAGTTCAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTA
260 CAAGTTCAATAGTTTATGTTCATACAAAATTATCTA
*
13908385 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATG
1 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATG
** * * * * * *
13908450 TGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA
66 TGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
* *
13908515 CATGTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATA-T
131 CATGTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGATCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* *
13908579 CAATTTATTAACAATTAGAAAATTAATAAACAATAAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
196 -AATTTATTAACAATTAAAAAATTAATAAACAACAAATTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
*
13908643 TAAGTTCAAATAGTT
260 CAAGTTC-AATAGTT
13908658 ATGGTTATTT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 20, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (295 bp):
AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATG
TGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
CATGTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGATCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
AATTTATTAACAATTAAAAAATTAATAAACAACAAATTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
AAGTTCAATAGTTTATGTTCATACAAAATTATCTA
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13909069 ACTATTTGGG
* * * *
13909079 TTCATA-TAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
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* * * * * * * *
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64 AGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCGAAACTAGTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** *
13909207 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTATTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTT
* * *
13909272 TATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAATAAGTGATTTAAAAAG
193 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
13909334 TGAATCTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTATG-GTCATGTC-AACAATTATCTATTTCAAAT
257 TAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACT-AT-ACGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
13909397 CGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAG-TTGTATGAA
320 CGTTATGACATTTTGTTTGGTCATATAAAAGTTTTTTTGAA
* * * * * *
13909437 --CAT-TTCAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTC-AAAA--AAT-ATTA
1 TTCATACTAAGCTTATT-TAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
13909495 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAAACTAG-TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * ** * *
13909559 GTAAACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTACTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAATT
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTT
** * * *
13909624 TATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAA
193 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
13909688 ATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATACGGACAATTATCTATTTCAAATC
256 ATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAACAATTATCTATTTCAAATC
* *
13909753 ATTATGACATTTTGTTTTGTCATATAATAAGTTTTTTTGAA
321 GTTATGACATTTTGTTTGGTCATATAA-AAGTTTTTTTGAA
* *
13909794 TTCATACT-AGCTTATTTAGAATAAAATAAAGCAAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACTAAGCTTATTTA-AATAAAATAAA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
13909858 AGAGATATAAAAAATAATTCTATTTACCTAATC-AGTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAAACTAGTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
13909922 TCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTT
129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTT
* * * ** * *
13909987 GTTCAAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT-TGAA-TATTAAGAAGAGATTTAAAAAATA
194 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * ** *
13910050 AATCTATTT-ATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTAT-TTAAGCAATTATTTATTTCAAATCG
259 AATCTATTTGCT-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAA-CAATTATCTATTTCAAATCG
** * * *
13910113 TTATGATTTTTTGTTTGGTTATA-AAACAATTATTTCTG--
322 TTATGACATTTTGTTTGGTCATATAAA-AGTT-TTTTTGAA
* * *
13910151 TTCATA-TAAGCTTATTCAAATTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
1 TTCATACTAAGCTTATTTAAA-TAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
13910215 AAAAATTTAAACAAT-ATACATGTTTACCG-AACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAAT
64 AGAGATTTAAAAAATAATTC-TGTTTACCGAAACTAG-TTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * **
13910278 TATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATATGAGT
127 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGT
* * * **
13910343 TTATTCAAAAGAAAATAACACAAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATGAAGAGATTTAAAA
192 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAA
** * * * * ** *
13910408 AATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAAT
255 AATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * *** *
13910473 CGTTATAACATTTTGTTTTGT--TATAAAAAAATTTTTGCTA
320 CGTTATGACATTTTGTTTGGTCATATAAAAGTTTTTTTG-AA
* *
13910513 TTCATAC-AAGCTTATTTCAAATAAAATAATGCAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAG
1 TTCATACTAAGCTTATTT-AAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
* * ** ** **
13910575 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAAAAAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAA
62 TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAAACTAGTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
13910639 TTATTTATTTCAACT-TTTATGACTTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG
126 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAG
* * * * *
13910703 TTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAAAAAATATTTTAAA
191 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAATAAGAGA-TTTAAA
* * * ** * * * ** *
13910768 AAATAAATAC-GTTTACTGAATAAGTTCAAGTAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
254 AAATAAAT-CTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * ** * * *
13910832 ATAATAATGA-ATTTTTCCTTTTGT-A-ATAAAACAATTGTTTCAG
318 ATCGTTATGACA-TTTT-GTTTGGTCATATAAAA-GTTTTTTTGAA
* * ** * *
13910875 TTCATA-TAAAAAAAAGAATTTGTTTGTCAAATAAGTTCAAA-TAGTTATGGCTATCGAACATCT
1 TTCATACT------AAG--CTT-ATT-T-AAATAAAAT-AAACTA---AT--TTAT--TA-A--T
** ** *** * * * * * * *
13910938 ATTTCAAAACATT-ATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGGTTCTTTTCATGCAAGCTTAT
44 ATTTCAAAA-ATTAAT-A-AGTAAGAGAT-TTAAAAAATAATT--CTGTTTAC-CG-AAAC-TAG
* * * ** * * **
13911002 TTCGAATAAAATCTGTTTTTGAACACATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTC
100 TT--AA-ATAA-----TTATG-AC-TATTTGAACAATTAT--CTATTT-CA-AA-TCGTTA--T-
* * * * ** * * * * * * ***
13911067 AAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAACCCATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAA
147 -GA-CCTTTTG----TTT-TGTCATAAAA---CAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * * * *
13911132 TAAAATAATACTCATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
202 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * ** *
13911197 TTTATCGAGGA--AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAATCAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
265 TTT-GCTA-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
*
13911259 ATC-TTTTGTTT-GTCATCA-AACAA-TTGTTTCT--A
327 A-CATTTTGTTTGGTCAT-ATAA-AAGTT-TTTTTGAA
* * * * * * *
13911291 TTCATAC-AAGTTTGTTTGAAACAAAATAATTCTAATTTATTAATA-CTCTAAAATATAATAATT
1 TTCATACTAAGCTTATTT-AAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGT
** * * * * * * * * * * * *
13911354 TGGATATATAAAAAATAAATCTATTAACC-ATA-TAAGTTTAAACAGTCAT-ATTTTTTTGAACT
63 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAAACT-AG-TTAAATAATTATGA-CTATTTGAACA
* * * * * * ** * * *
13911416 ATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTATTCTATTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAA
125 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
**
13911481 AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGA-TTAAA
190 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAA
* * * * * * ** *
13911542 AAACCAAATCTATTTACAAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTATCTATCTCA
254 AAA-TAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAACAA-TTATCTATTTCA
* ** * *
13911607 AATCGTTAT-A-ATCTTTATTTTTTCATA-AAATAATTATTTCT--A
317 AATCGTTATGACAT-TTTGTTTGGTCATATAAA-AGTT-TTTTTGAA
* * * * ** * *
13911649 TTCATA-GAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTACTAAACTAATAATATTT-AAAAATTAATCAGTA
1 TTCATACTAAGCTTATTTA-AATAAAATA-AACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *** * * *
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64 AGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCGAAACTAG-TTAAATAA-TTATGACTATTTGAACAA
* * * * * ** * *
13911774 TTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATATG
126 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAG
* * * * *
13911839 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-CTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA-AGTTTAA
191 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTT-A
* * * ** *
13911902 AAAAATAAATCGT-TTTAGC-GAACAAGTTGAAA-AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
252 AAAAATAAATC-TATTT-GCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAACAATTATCTATTT
* * * ** * *
13911964 AAAATCATTATGACCTTTTGTTT--T-ATTATAAAACAATTGTTTCAA
315 CAAATCGTTATGACATTTTGTTTGGTCA-TATAAAA-GTTTTTTTGAA
* * * * * * * * *
13912009 TTCATA-AAAACTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATGTCAAAAATTGAGAAGTT
1 TTCATACTAAGCTTAT-TTAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * * * * *
13912073 GGAGATCTAAAAATTAAATCAATTTATCG-AATTAGTTCAAACAATTATGACCATTTGAATAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAAACTAGTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * **
13912137 ATCTATTTAAAAT-GTTTTATGATATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAG
128 ATCTATTTCAAATCG--TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAG
* * *
13912201 TCTGT-TTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTAATAAGTAGGAGATTTA
191 T-T-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTA
* * * ** * * ** * *
13912264 AAAAATAAATATACTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACACTTATATATTTCA
252 AAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAACAATTATCTATTTCA
* * ** * *
13912329 AATCATTATAACATTTTGTTTTTTCATA-AAATAATTATTTATG--
317 AATCGTTATGACATTTTGTTTGGTCATATAAA-AGTT-TTTTTGAA
* * * * *
13912372 TTCATAC-AATCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-AAAAAATAATAACT
1 TTCATACTAAGCTTATTT-AAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT
* ** * * * * * *
13912435 AAGAGATTTAAAAAATAATT-TTTTTGTC-AAACAATTTAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAAACTAGTTAAATAATTATGA-CTATTTGAACAAT
* * * ** * * * *
13912497 TATCGATTTCAAACCGTTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCTTATAAGT
127 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGT
* * * *
13912562 TTATTCATAATCAAACAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAA
192 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * * * *** *
13912624 GTAAATCTTTTTATTAGACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATC
256 ATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATACGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * ** * * ** * *
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* * * ** ** * * * ** *
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** * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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** *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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Statistics
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* *
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* * * *
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* *
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* *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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** * * * * *
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314 AG---CT-TAT-TCAAAATAAAAT-AACACA--AAT--TTAT--TA-A--TA-TTCAAAA-ATTA
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* ** * ** *
13911016 G--TTTTTGAACACATTCAAATAATTAT-AACTATTTGAATAA--TTATT-TATT-TCAAATCAT
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* * * * * *** *
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* * * * * *
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** * * * * * * * **
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* * * ** * ** * * * * ** * *
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* * * * * * ** * *
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** * *
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315 GCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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501 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAA
* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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63 TA-AGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTCTCGTCATAAAACAATTATTTCTGTT
* ** * * * * *
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* * * * * * * *
13911894 A-AGTTTAAAAAAATAAATCGTT-TTAG-CGAACAAGTTGAAA-AATTATGACTATTTGAATAAT
191 AGA-ATT-AAACAATAAAT--TTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAAT
* * * * * * * ** *
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* ** * * * ** *
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* * * * * * * * *
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380 AAAT-AATCTATTTACCTAATCAGTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * ** * * *
13912149 T-GTTTTATGATATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTCTGTTTC-GAA
443 TCG--TTATAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AAATATTTTTGTTTATATAAGT-T-TTTCAAAA
*
13912212 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACA
502 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGA-A
* * * * * * *
13912245 TTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT
1 -TAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATT
* * * * * ** * *
13912310 TGAA-CACTTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTTTCATAAAATAATTATTTATGTT
63 T-AAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTCTCGTCATAAAACAATTATTTCTGTT
* * * *
13912374 CATACAATCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAAA-TAATAACTAAG
127 CATACAAACTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAAATTAATAACTAAG
* * * * * * *
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191 AGAATTAAACAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGA-CTATATGAATAATTAT
* * * ** * * *
13912500 CGATTTCAAACCGTTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTT-GTTCTTA-TAAGTT
255 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTAGTTCATACT-AGCT
* * * * ** *
13912563 TATTCATAATCAAACAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
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* * * * * * * * * *
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382 AT-AATCTATTTACCTA-ATCAGTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * ***
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* * * *
13912751 AAAGTGATGCTAACTTT-TTAATATCCTAAAAA
504 AAA-TAATACTAA-TTTATTAATAT--TTAGAA
* ** * * ** *
13912783 TTAATAAGTAGTAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCCTGACCAATACAAATAGTTATAACTA
1 -TAATAAGAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA--CAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTA
** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** ** * ** * *
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* * * * ** * * *
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* * ** *** * *
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* * *** * * * * *
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** * *
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** ** * * * ** *
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62 TT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTCTCGTCATAAAACAATTATTTCTGT
** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *** * * * * *
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* * * * * ** * * ** * * * *
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** * *
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* * ** * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
13914835 AATCGTTCTAACCTTTTAG-TTAGTCATAAATAATTATTTCAGTTCATGAT-ACTTATTT-AGAA
441 AATCGTTATAACCTTTT-GTTTTGTCA-AAAAAAATATTTTTGTTTAT-ATAAGTT-TTTCAAAA
* *
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502 TAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTT--AGAA
** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * ** * *
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*
13915119 TAAGAGATTTTAAA-AATAAA
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Statistics
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TAATATTTAGAA
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * ** * * * *
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** ** *** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* **
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* * * *
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Statistics
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318 GTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATTGA-ATCA-TTTAAATAGTTATGA-CTATTTAAAC
* * * * ** * *
13911415 TATTATCTATTTCAAATCATTATGGCAT-TTTATTCTATTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATGC
380 AATTATCTATCTCAAATCATTAT-G-ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
** * * *
13911479 AAAATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-T
443 AAGCTAATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
13911538 TAAAAAACCAAATCTATTTA-CAAAATCAATTC
507 TAAAAAA-TAAATATGTTTATCGAACT-AGTTT
* * * * * *
13911570 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTATCTATCTCAAATCGTTATAATC-TTTAT-TTT-TTCA
1 AAATAGTTATGACTATTAGAATAA-TTATTTATTTCAAATCGTTCTAA-CATTT-TGTTTAGTCA
* * * ** *
13911632 TAAAATAATTATTTCTA-TTCATAGA-AGCTTATTCAGAGTAAAATATTACTAAACTAATAATA-
63 T-AAATAATTATTTC-AGTTCAT-GATA-CTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * **** * * *
13911694 TTTAAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAAAAATCAATGTGTTTGTTAAACCAGTTTAAAAAGTT
123 TTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* ** * * * * *
13911758 AAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
188 ATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * *** *
13911822 GTTTC-AGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTCTTTATTAACA-TTCAAAAAATTA
251 GTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * * ** * *
13911885 ATAAGCAAGA-AGTTTAAAAAAATAAA-TCGTTTTAGCGAA-CAAGTTGAAA-AATTATGACTAT
314 ATAAGTAAGAGA-TTT-TAAAAATAAATTTG-TTTATTGAATC-A-TTTAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * ***
13911946 TTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAATT
374 TTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * * * * * * * * * ***
13912011 CATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATGTCAAAAATTGAGAAGTTGG
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* * * * *
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* * * * * * * * *
13912111 AAACAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-GTTTTATGATATTTTGTTTTGTCAC
1 AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTA--ACATTTTGTTTAGTCA-
* * * * * *
13912175 AAAACAATTGTTT---TTCATCATACAAGTCTGTTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
63 TAAATAATTATTTCAGTTCATGATAC---T-TATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * **
13912237 TTCAAACATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATATACTTACCGAACCAA-TTCAAATAGT
123 TTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * ** * * * *
13912300 TATGACTATTTGAACACTTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTTTCATAAAATAATT
187 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * * *
13912365 ATTTAT-GTTCATACAATCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-AAAAAAT
251 GTTTCTAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATT-TCAAAAATT
* * * * * *
13912428 AATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTT-TTT-TGTCAAACAATTTAAATAGTTA-AAGCTATA
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* * * * * * * ** *
13912489 TGAATAATTATCGATTTCAAACCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTT
375 TAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC--TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * * * * * *
13912553 CTTATAAGTTTATTC--ATAATCAAACAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---
438 CATACAAGCTAATTCGAATAA--AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
13912613 -AGATTTAAAAAGTAAATCTTTTTAT-TAGACCAATTC
501 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACTAGTTT
* * * * * *
13912649 AAATAGTTATAACAATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCA-TTTGTTTCGTCAT
1 AAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAA-CATTTTGTTTAGTCAT
* * * * * *
13912712 AAAATAATTGTTTCTA-TTGAT-ACAATCTTATTTGGAATAAAAGTGATGCTAACTTT-TTAATA
64 -AAATAATTATTTC-AGTTCATGA-TA-CTTATTT-AAATAAAA-TAATACTAA-TTTATTAATA
** * * * *
13912774 TCCTAAAAATTAATAAG-TAGTAGATTT-AAAAAATAAATTTG-TTAGCCTGACCAA-TACAAAT
122 TTTTAAAAATTAATAAGCAAG-AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * *
13912835 AGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTTATTTTGTCATAAAAG
184 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA--TTTTATTTTGTCATAAAAC
* * *
13912899 AATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATA-TTCAAA
247 AA-TTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
13912962 TAATTAATAAGTAA-ATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATTACT
309 -AATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCA-TTTAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * *
13913026 ATTTGAAGAATTATTTATTTTAAATCATTATAAATTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
372 ATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT-GATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
** * * * *** * *
13913091 TTCATACAAGCTTCTTCAAATGAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTCGCCAATTGATAAGTG
436 TTCATACAAGCTAATTCGAATAAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
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* * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAACATTTTGTTTAGTCAT-A
* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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380 AATTATCTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* * * * *
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443 AAGCTAATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * *
13913704 TAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCAAGTTT
507 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTT
* * * * *
13913735 AAATAGTTA-G--T-TT-GAACAATTATTTATTTAAAATAGTTAT-GCTATTTTGTTTTA-TCAT
1 AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAAC-ATTTTG-TTTAGTCAT
* * * *
13913793 AAA-ACA--A-TT-AATACAAG-T--TTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
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* * ** * ** * *
13913850 TAAATTAATAGGTGAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTATGT
127 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
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* ** * * *
13913978 TCT-GTTCAGAAAAAATTATTGAAAATAAAATAATATCAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TA
254 TCTAGTTCATAAAAGCTTATT-CAAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
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* * * *
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380 AATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACA
* * * * * * *
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**
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * ** * **
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* * * *
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* * * * *
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* * *** * *
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320 AAGAGATTTTAAAAA-TAA-ATTTGTTTATTGAATC-ATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * ** * * * **
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*
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* *
13914773 AATAAATATGTTTA-CTGAATTAGTTC
512 AATAAATATGTTTATC-GAACTAGTTT
* *
13914799 AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTAG-TTAGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAACATTTT-GTTTAGTCATA
* *
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65 AATAATTATTTCAGTTCATGATACTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAA
* * * * *
13914927 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTACCAAACAGGTTTAAATAGTTATAAC
128 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * ** *
13914992 TATTCGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
193 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * ** *
13915056 GTTCATAAAAGTTTATCCAAATTAAAATAATAAGACTTTATTAATATTTTGAAAATCAATAAGTA
258 GTTCATAAAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATAA-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
*** * * * * *
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321 AGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCATTT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * *
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TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTT
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TTTTAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATC
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TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
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* * * * *
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65 ATA
* * * * *
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66 TA
13915328 AAAT
1 AAAT
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TA
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * **
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127 TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* * * * * * *
13916178 TGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTTATTT
1 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATT
* * * * ** * *
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* * * * ** * * *
13916302 CAATTAGTTATA-ATTATTTGAACAATTAGT-TATTTTAAATCATTATGATCATT
129 CAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* * * * * ** * *
13916355 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCGAAATAAGGTAATGCTAATT
1 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGT-TTATTTGAAATAAAATAATACTAAAT
* * * * * *
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65 TAATAATATCTT-AAAATTTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
13916461 GTATATGTTA
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
TGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATT
AATAATATCTTAAAATTTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCGAAACAATTCA
AATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
Found at i:13915830 original size:607 final size:607
Alignment explanation
Indices: 13914719--13915871 Score: 1311
Period size: 607 Copynumber: 1.9 Consensus size: 607
13914709 AATTCGAATA
*
13914719 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATATGT
** * * *
13914784 TTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCT
65 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* *
13914849 TTTAGTTAGTCATAAATAATTATTTCAGTTCATGATACTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTT
130 TTTAGTTAGTCATAAATAATTATTTCAGTTCATGAAACTTATTTAGAAGAAAATAATACTAAATT
* * * * *
13914914 ATTAACTTTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTACCAAACAGGTTT
195 AATAACTATCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTACCAAACAGATTC
* *
13914979 AAATAGTTATAACTATTCGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAATTTTTTTTTGTCATAAA
260 AAATAGTTATAACTATTCGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATGAATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
13915044 ACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAATTAAAATAATAAGACTTTATTAATATTTTGAA
325 ACAATTATTTTAGCTCATAAAAGTTTATCCAAATTAAAATAATAAGAATTTATTAATATTTTCAA
* * * * **
13915109 AATCAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAACCAGTTTATTGAATCATTTAAAATAATTATGGCCA
390 AATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACCAGTATACTAAATCATTTAAAATAATTATAACCA
* * * * * *
13915174 TTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA
455 TGTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTCATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCA
* * *
13915239 ACATATAAGCTTATTTGAAATAAAATCGTTATTATCTTATGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT
520 ACATACAAACTTATTCGAAATAAAATCGTTATTATCTTATGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT
13915304 GAACATACAAGATTATTTTAAAT
585 GAACATACAAGATTATTTTAAAT
* * *
13915327 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-T-AGTATGAGATTCAAAAAATAAA-ATGTT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATATG--
* *
13915388 TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACC
64 TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * *
13915453 TTTTATTCTA-TCCTAAAATAATTATTT-ATGTTCAT-ACAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATAC
129 TTTTAGT-TAGTCAT-AAATAATTATTTCA-GTTCATGA-AA-CTTATTTAGAAGAAAATAATAC
* * * * *
13915515 TAAATTAATAA-TATCATGAAAATTCATAA-CTTAGAGATTT-AAAAAATAAATTCGTTTGCCGA
189 TAAATTAATAACTATCA-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTACC-A
* * * ** * *
13915577 ATCA-ATTCAAATAGTTA-AGACTATAT-GAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG
251 AACAGATTCAAATAGTTATA-ACTAT-TCGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-ATTTTG
** ** *
13915639 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATTCAAGTTTATTCGTAA-TAAAATAA-AACTAATTT
313 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGTTTA-TCCAAATTAAAATAATAA-GAATTT
* * * *
13915702 TTTAATA-TTTCAAAATTTTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA-TATACTAAA-CTAG
376 ATTAATATTTTCAAAA--TCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ACCAGTATACTAAATC-A-
* * * **
13915763 TTT-AAATAATTATAACTATGTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTC
436 TTTAAAATAATTATAACCATGTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTCATTTTGTC
***
13915827 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAAT
501 ATAAAATAATTATTTTTCAACATACAAACTTATTCGAAATAAAAT
13915872 AATGCTAATC
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 74, Indels: 41
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
603 3 0.01
604 20 0.04
605 71 0.16
606 92 0.20
607 223 0.49
608 42 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (607 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATATGTT
TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTAGTTAGTCATAAATAATTATTTCAGTTCATGAAACTTATTTAGAAGAAAATAATACTAAATTA
ATAACTATCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTACCAAACAGATTCA
AATAGTTATAACTATTCGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATGAATTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTATTTTAGCTCATAAAAGTTTATCCAAATTAAAATAATAAGAATTTATTAATATTTTCAAA
ATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACCAGTATACTAAATCATTTAAAATAATTATAACCAT
GTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTCATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAA
CATACAAACTTATTCGAAATAAAATCGTTATTATCTTATGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTG
AACATACAAGATTATTTTAAAT
Found at i:13916129 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 13915394--13916235 Score: 977
Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 361
13915384 TGTTTTTACC
* * * * * * * *
13915394 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTAT
1 AAACTAATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGT
* * * * *
13915459 TCTATCCTAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAAATTAAT
66 TTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAAT
* * *
13915524 AATATCATGAAAATTCATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCGAATCAATTCAAAT
131 AAGATCATGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCAAATCAATTCAAAT
* * * * * * *
13915589 AGTTAAGACTATATGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
196 AGTTAAGACTATATAAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACA
* * * * ** * *
13915654 ATTATTTTAGCTCATTCAAGTTTATTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATT
261 A-TATTTTAGCTCATACAACTTTATTAGTAATAAAATAAAACAAATTCATTAATACTTCAAAAAT
* *
13915719 TTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATATACT
325 TTAAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCTATATACG
* * * * *
13915756 AAACTAGTTTAAATAATTATAACTATGTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATAACATTTTGT
1 AAACTAATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGT
* ** * *
13915821 TTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATGCT-AATCTAA
66 TTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAT-TAA
* * * *
13915885 TAAGATTC-T-AACAA-TCAATAACTAAGAGATTT-AAAAATATATTTGTTTGCTAAATCACTTC
130 TAAGA-TCATGAA-AATTC-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCAAATCAATTC
* *
13915946 AAATAGTTAAGTCTATATAAAAAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTTATCATAA
192 AAATAGTTAAGACTATATAAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTATCATAA
13916011 AACAA-ATTTTAAGCTCATACTAAC-TTATTTAG-AATAAAATAAAACAAATTCATTAATACTT-
257 AACAATATTTT-AGCTCATAC-AACTTTA-TTAGTAATAAAATAAAACAAATTCATTAATACTTC
* * *
13916072 AAAAATTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTTTGTTTATCG
319 AAAAATTTAA-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCTATATA-CG
* **
13916117 AAAC-AATTTAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCT-AATTGTTATTGCCTTTTG
1 AAACTAATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT-TAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * *
13916180 TTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
65 TTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
13916236 TTTATTTATT
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 67, Indels: 22
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 14 0.03
360 159 0.39
361 103 0.26
362 125 0.31
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AAACTAATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGT
TTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAAT
AAGATCATGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCAAATCAATTCAAAT
AGTTAAGACTATATAAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACA
ATATTTTAGCTCATACAACTTTATTAGTAATAAAATAAAACAAATTCATTAATACTTCAAAAATT
TAAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCTATATACG
Found at i:13916454 original size:537 final size:542
Alignment explanation
Indices: 13915401--13916469 Score: 1284
Period size: 541 Copynumber: 2.0 Consensus size: 542
13915391 ACCAAACTAG
* * * * *
13915401 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTATTCTATCC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTATTCTATCA
* * * * * * * *
13915466 TAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATCA
66 TAAAACAAATATTTAAGCTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACTAAATTAATAATATCA
* * * * * * * *
13915531 TGAAAATTCATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCGAATCAATTCAAATAGTTAAG
131 TAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCGAAACAATTCAAATAATCAAG
* * * *
13915596 ACTATATGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
196 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATATTT
* * *
13915661 TAGCTCATTCAAGTTTATTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAAAAG
261 TAGCTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATATT-AAAG
* * *
13915726 TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATATACTAAACTAGTTTAAATAATTATAACTATGTGAACAAT
325 TAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATATACTAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAACAAT
*
13915791 TATATATTTTAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAAC
390 TATATATTTTAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAAC
*
13915856 TTATTCGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAAGATTCTAACAATCAATAACTAAGAGATTTA-AA
455 TTATTCGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAAGATTCTAACAATCAATAACTAACAGATTTAGAA
*
13915920 AATATATTTGTTTGCTAAATCAC
520 AATATATATGTTTGCTAAATCAC
* * * *
13915943 TTCAAATAGTTAAGTCTATATAAAAAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTATTCTATCA
*
13916008 TAAAACAAAT-TTTAAGCTCATACTAA-CTTATTTAGAATAAAATAAAAC-AAATTCATTAATA-
66 TAAAACAAATATTTAAGCTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACTAAATT-AATAATAT
* * * * * *
13916069 CTTAAAAATTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTTTGTTTATCGAAACAATTTAAATAATC
129 CATAAAAA-TTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCGAAACAATTCAAATAATC
* * *
13916134 ATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCTAATTGTTATTGCCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT
193 A-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT
* * * * * * * *
13916198 GTTTTTGTTCATAT-AAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTAAAA-ATT
257 ATTTTAGCTCAT-TCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATATT
* * * * *
13916261 -AA-TAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-TCAGTTCAATTAGTTATAATTATTTGA
321 AAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATATACTAAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATGTGA
* *
13916323 ACAATTAGT-TATTTTAAATCATTATGATCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA
385 ACAATTA-TATATTTTAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCA
** ** * * * * * *
13916386 TACAGTCTTATTCGAAATAAGGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAACAG
448 TACAAACTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAAGATTCT-AACAATCAATAACTAACAG
*
13916450 ATTTAGAAAATGTATATGTT
512 ATTTAGAAAATATATATGTT
13916470 AGCCTGATTA
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 74, Indels: 24
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
536 1 0.00
537 159 0.36
538 20 0.05
540 13 0.03
541 182 0.41
542 68 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (542 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATATAAAAAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTATTCTATCA
TAAAACAAATATTTAAGCTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACTAAATTAATAATATCA
TAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCGAAACAATTCAAATAATCAAG
ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATATTT
TAGCTCATTCAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATATTAAAGT
AAGAGAATTAAAAAATAAATCTATATACTAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAACAATT
ATATATTTTAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAACT
TATTCGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAAGATTCTAACAATCAATAACTAACAGATTTAGAAA
ATATATATGTTTGCTAAATCAC
Found at i:13917137 original size:174 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13916750--13917518 Score: 460
Period size: 174 Copynumber: 4.4 Consensus size: 177
13916740 GCTTATTTCA
* * * * *
13916750 AATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TAGT
1 AATCTATTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-T
* ** * * * * * * **
13916814 TATGAC-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCT-TTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAA-
65 TATGACAT-TTTATTTCATCATAAAATAATTG-TATCTATCCATATAAGCATATTCTGAGAAAAG
** * * * * * *
13916876 ATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAG-TAAAATATT-AAAAA-
128 ATAAAAACTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAAT-TTAAAAAAT
* * * * * *
13916924 AATATGTTTACTGAACAAGTTTC-AATA-ATAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTA
1 AATCTATTTCCTGAACAAG-TTCAAATAGTTAA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * *
13916987 TTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAA-CATTGTATC-AGTTCATATAGGCATATT-TGA-AATAA
64 TTATGACATTTTATTTCATCATAAAATAATTGTATCTA-TCCATATAAGCATATTCTGAGAA-AA
* * * *
13917048 -A-AAAAACTTATTAATATTCCTAAAATTACTAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
127 GATAAAAACTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAAT
* * * * *
13917098 GAATTTGTTTACCT-AA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTT
1 -AATCTATTT-CCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* ** * *
13917161 TTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATATAAGCTTATTCTGAGTAAAAT
64 TTATGACATTTTATTTCATCATAAAATAATTGTATCTATCCATATAAGCATATTCTGAG-AAAA-
* *
13917226 GATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAT
127 GATAAAAACTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAT
** * * *
13917277 AATCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATTATT
1 AATCTATTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* ** * * * * * * * ** * *
13917342 ATTG-CATTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATCCAAATAAAATAA
66 A-TGACATTTTATTTCATCATAAAATAATTGTATCTATCCATATAAGCATATTCTGAGAAAA-GA
** * * * * *
13917406 TACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 TAAAAACTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTAAAAAAT
* * * * ** * * * *
13917456 AAATCTGTTTACT-AAGCGAGTTCAAATAGCTGTGACTGTTTAAACAATTATTTATTTCAAATT
1 -AATCTATTTCCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
13917519 GTTGTGATCT
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 89, Indels: 52
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 26 0.05
172 9 0.02
173 31 0.06
174 122 0.26
175 38 0.08
176 6 0.01
177 3 0.01
178 49 0.10
179 113 0.24
180 80 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AATCTATTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
ATGACATTTTATTTCATCATAAAATAATTGTATCTATCCATATAAGCATATTCTGAGAAAAGATA
AAAACTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAT
Found at i:13917158 original size:469 final size:463
Alignment explanation
Indices: 13916280--13917191 Score: 1010
Period size: 469 Copynumber: 1.9 Consensus size: 463
13916270 ATTAAAAAAT
* * * * *
13916280 AAATCTATTTACTAAATCAGTTCAATTAGTTATAATTATTTGAACAATTAGTTATTTTAAATCAT
1 AAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAGTTATTTCAAATCAT
*
13916345 TATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAGTCTTATTCGAAATAAGGTA
66 TATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTTGTTCATACAGTCTTATTCGAAATAA-G-A
* * * * * **
13916410 ATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATATGTTAGCCT
129 ATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATGTATATGCAAGCCT
* * * * * *
13916475 GATTAGTGCAAACAGTTAGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTTTATCATAA
194 CAATAATGAAAACAGTTAGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAA
* * *
13916540 AACAATTGTTTATATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATTTTCAAA
259 AACAATTG-TTATATTCATATAGGCATATTTGAAATAAAATAA---TAACTTATTAATTTCCAAA
* * *
13916605 AACTAATAACAAATTAGACAAATGAACCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATATTTATGACTACTTA
320 AACTAACAACAAATTAGAAAAATGAACCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTA
*
13916670 AACAATTATCTATTTCAAATTACTATAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTTATTC
385 AACAATTATCTATTTCAAATTACTATAA-TATTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTTATTC
13916734 ATACGAGCTTATTTC
449 ATACGAGCTTATTTC
* * * *
13916749 AAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AG
1 AAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAGTTATTTCAAATCA-
*
13916813 TTATGACTC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTTGTTCATACAAG-CTTATTC-AGATTAA
65 TTATGA-TCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCGA-AATAA
* * * *
13916875 -AATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAATATTAAAAAAATATGTTTACTGAA
127 GAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATT-AAAAAA-ATGTATA-TG--
** * * *
13916939 CAAGTTTCAATAAT-AATAACTA-TTTGAA-TAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGT
187 CAAGCCTCAATAATGAA-AAC-AGTTAGAACT-ATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGT
13917001 TTCATCATAAAAC-ATTG-TATCAGTTCATATAGGCATATTTGAAATAAAA-AA-AACTTATTAA
249 TTCATCATAAAACAATTGTTAT-A-TTCATATAGGCATATTTGAAATAAAATAATAACTTATTAA
* * **
13917062 TATTCCTAAAATTACTAAGCAAGAGATTTA-AAAAATGAATTTGTTTACCT-AA-AAGTTCAAAT
312 T-TTCC-AAAA--ACTAA-CAACA-AATTAGAAAAATGAACCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAT
* * ** * *
13917124 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATA
370 AGTTATGACTACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACA
13917189 ATT
435 ATT
13917192 GTTTCTATCC
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 50, Indels: 44
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
465 10 0.03
466 41 0.11
467 8 0.02
468 12 0.03
469 183 0.49
470 54 0.15
471 62 0.17
472 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (463 bp):
AAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAGTTATTTCAAATCAT
TATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTTGTTCATACAGTCTTATTCGAAATAAGAAT
ACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATGTATATGCAAGCCTCA
ATAATGAAAACAGTTAGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAA
CAATTGTTATATTCATATAGGCATATTTGAAATAAAATAATAACTTATTAATTTCCAAAAACTAA
CAACAAATTAGAAAAATGAACCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTAAACAAT
TATCTATTTCAAATTACTATAATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTTATTCATACGAG
CTTATTTC
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* *
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* * * * *
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* **
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*
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1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAA-CGAGTT
* * * * * *
13917478 CAAATAGCTGTGACTGTTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTGTG-A-TCTTTTGTCATAAAA
63 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAATTATTTTGTCATAAAA
** * * * *
13917541 CGGTTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA
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* * * *
13917604 AAATTAGT-G-AGAAATTTAAAAAATAAAC-ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCA
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**
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254 TTTAAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATTG-CATTTTGTTTTGTCAT-AAACTAACTATTTC
**
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316 TATTCATACAAAATTATCCA-AATAAAATAATACTAAT
*
13917765 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAGACCGA-TTC
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA-A-CGAGTTC
* * * * * *
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64 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-A-TTATTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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191 AAATTAAT-AGCAA-AAATTTAAAAAATAAACTAT-TTT-CCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGAC
* *** * * * * ** * * * * * *
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* *** * * * *
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315 CTA-TTCATACAAAATTA-TCCAAATAAAATAATACTAAT
** * * * * * *
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1 TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG--AAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACGAG
* * * * ** *
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* * * * ** * * * **
13918248 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCCAAAGTTAAATAATATTACTTTGTTAATAT
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* *** * * * **
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186 TCCAAAAATT-A-ATAG-CAAAAATTTAAAAAATAAACTA-TTT-TCCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * ** * ** * *
13918373 TTATGGTCATTTGAGCAATTATCTAATTCAAATCGTTA-TGAACA-TTTGTTTTGTCAT---C-A
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* * * * * *
13918432 GACAATTGCTTTTCAT-CAAACGAGCCTATTCGAGATAAAATAATACTAAT
308 -ACTATTTCTATTCATACAAA--A--TTA-TCCAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * * *
13918482 TTATAAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAG-----GAGACT--ATCTATTTACCGAACTACTTTA
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACGAGTTCA
* * * * ** * *
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* * * * * ** * ***
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* * * * *
13918667 AAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTGT-TGAACTAGTTCAAATAGTTAA-A
190 AAAATTAATAGC-AA-AAATTTAAAAAATAAA-CTATTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGA
** * * ** * ** * *
13918730 GTTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGTAATAACCTTTTTGTATTTTTGT-A-AAAC-AAAT
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* * * * * ** * ** **
13918792 GTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTAAAAATAAAATAATTTTAAT
311 ATTTCTATTCATACAAAATT-ATCCAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * ** * *** * *
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* * ** * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * ** ** * *** *
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** * * * **
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* * * * *
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** * * * * * *
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123 TAAAACAATTATT-TCTATCCATACAAGCTTATTCTGAA-TAAAATAATATAAATTTACTAATAT
* * * * * *
13919382 T-TAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAA-TATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
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*** * * * * **
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* * * * ** *** * *
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306 TAACTATTTCTATTCATACAAAATTA-TCCAAATAAAATAATACTAAT
** * * * * **
13919553 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTCT-AAAAATAAATATATTTATCGAATAAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACGAGT
* * * * *
13919617 TCTAATAGATATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCAT
62 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-A--TTATTTTGTCAT
* * ** * * * * ** *
13919682 AAAACAATTGTATAAATTCGTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
124 AAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTC
* * ** * * * * *
13919746 CAAAAATTAAT-GAATAAGAGATTTAAATAATGATTCTATTTTTCAAACAAGTTTAAATAGTTAT
188 CAAAAATTAATAGCA-AA-A-ATTTAAAAAAT-AAACTATTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTCAA
* * * *
13919810 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT--TGATATG-ATCTTTTGTTTTTGTTATTAAAC-AA
249 GACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-TGCA--TTTTG-TTTTGTCA-TAAACTAA
* * ** ** *
13919871 TTGTTTCTGGTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAAAT
309 CTATTTCTATTCATACAAAATTA-TCCAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * *
13919916 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTTCAAGACGTGTTC
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA-ACGAGTTC
13919981 AAATAGTTATGACT
64 AAATAGTTATGACT
13919995 TTTTGTTTTG
Statistics
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Consensus pattern (352 bp):
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AATTATCTATTTCAAATCATTATTGCATTTTGTTTTGTCATAAACTAACTATTTCTATTCATACA
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * ** * * * * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * * * ** * * * **
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* ** * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AAATATATTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * ** ** * *
13919298 CTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATTATT-TTCTCCATTCATACAAGCTTATTTCAATTTAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* *
13919362 TAATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAT
* * * *
13919415 AAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATATATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
** ** ** * * * ** *
13919480 TATGATTTTTTGTTTCATTGTAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * *
13919545 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTCTAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAT
* * *
13919596 AAATATATTTATCGAATAAGTTCTAATAGATATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
1 AAATATATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *** * * *
13919661 TATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATAAATTCGTATAGGCTTA-TTCAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
* *
13919725 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAA-TAAGAGATTTAAATAAT
130 AATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAA-AAT
* * * * * * * * * *
13919777 GATTCTATTTTTCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGA
1 AAATATATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *
13919842 TATGATCTTTTGTTTTTGTTATTAAACAATTGTTTCTGGTCATACAAGCTTA-TTCTAAATAAAA
66 TATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
*
13919906 TAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAAT
129 TAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAT
*
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AAATATATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAT
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13919822 AATTATCTAT
* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACT-TTTTG-TTTTGTCA-TAAACTAATGGTTTCTAGTCATACAAGCATAT
*
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* **
13919958 AAATCT-ATTTTCAAGACGTG
127 AAATCTGATTATCAAG-CAAG
* * *
13919978 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAATCTAATGGTTTCTATTCATATAAGCATATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACTAATGGTTTCTAGTCATACAAGCATATTTG
* *
13920043 AAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAAT
*
13920108 CTGCTTATCAAGCAAG
131 CTGATTATCAAGCAAG
* *
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TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACTAATGGTTTCTAGTCATACAAGCATATTTG
AAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAAT
CTGATTATCAAGCAAG
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13919871 TTGTTTCTGG
* *
13919881 TCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
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* ** * *
13919946 A-ATTAAAAAAATAAATCT-ATTTTCAAGACGTGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
66 AGATTAAAAAAATAAATCTGATTATCAAG-CAAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGTTTTGTCAT
13920009 AATCTAATGGTTTCTAT
130 AATCTAATGGTTTCTAT
* *
13920026 TCATATAAGCATATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
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* *
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13920146 AACAATTATT
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TCATACAAGCATATTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTAAAAAAATAAATCTGATTATCAAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGTTTTGTCATA
ATCTAATGGTTTCTAT
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13924380 TTACCCTGTT
* * * *
13924390 ATGTTACTTCAGACACATCTCTGATGGGTGC-TGGCCTCTCAGTGCCCGATGTTACCTCAAGCTC
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* * * * * * * *
13924454 TTCCTTAG-TGGGTGCCTAGCGCTCGATCCCTCGAACACCTTTTTTGTCCTTGGCTGGTGTGGCC
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* *
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129 AATCATATCCACCACCATCAGCAGCAGATGCTAGCACATTGTTACCCCAAGA-AGTTACCTTAGA
* *** * *
13924582 CACCATCGGGATGCTGGCTGGTCGATAGCATTTGGCTTTTGGCTGGGGCAGCCAATCGTATCCAA
193 CACCATCGGGATACTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCTTTGGCTGGGGCAGCCAATCGTATCCAA
13924647 CACCATCGATGGTAGATGTTGGCCTGTTTCTGCCCTAGG
258 CACCATCGATGGTAGATGTTGGCCTGTTTCTGCCCTAGG
* * * * *
13924686 ATGTTACCTCAGACACCTCCCTGATGGATGCTTGACCCTTAGTGCCTGATGTTGCCTTAAGCTCC
1 ATGTTACCTCAGACACATCCCTGATGGATGCTTGACCCTCAGTGCCCGATGTTACCTCAAGCTCC
* * * * * * * *
13924751 TCTTTGACGGGTGCCTGGTGTTTGATTCGTCAAACACCTCTTTGGTCTTTAGCTGGTATGACCAA
66 TCTTAGACGGGTGCCTAGCGCTCGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTGGTATGACCAA
** * * ** * * * * *
13924816 TTGTGTCCACCACCATCGGTGGTATATGCTTGCCCGTTGTTACCCCAAGAAGTTACCTTAGACAC
131 TCATATCCACCACCATCAGCAGCAGATGCTAGCACATTGTTACCCCAAGAAGTTACCTTAGACAC
* * * *
13924881 CATTGGGATATTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCTTTGGCTGGTGCAGCCAATCGTGTCCAACAC
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13924946 CATCGA
261 CATCGA
13924952 GTGGGCATTG
Statistics
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TCATATCCACCACCATCAGCAGCAGATGCTAGCACATTGTTACCCCAAGAAGTTACCTTAGACAC
CATCGGGATACTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCTTTGGCTGGGGCAGCCAATCGTATCCAACAC
CATCGATGGTAGATGTTGGCCTGTTTCTGCCCTAGG
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13925143 CGATAACATT
* * * * ** * * * *
13925153 TGGCCTTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCGTTGTTG
1 TGGCCCTTGGCTGGAGCGACCAATCACCTCCAACACCATCAATGCTAGATGCTGACCCATTGTTG
* * ** * ** *
13925218 CCTCAAGATGTTGCCTTGGACACTTTTATGACGAGTGCTT-G-CCTATCGATG-CTCGATGTTGC
66 CCTCAAGATATTACCTCAGACACCTCCATGACGAGTG-TTGGCCCT-TCGATGCCT-AATGTTGC
* * * *
13925280 CTCGAGCTCCTCCTTGCTAGATATC-TAGCACTTGATCCCCTGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCT
128 CTCGAGCTCCTCCTTGCTAGATACCTTAGCACTTGATCCCCTGAACACCTATATGGTCATTGGCT
* *
13925344 GGTATGACTAATTACATCCACCACCATCAATGACAGATGCTGGCCTGTTGTTACCCTAGGATGTT
193 GGTATGACCAATTACATCCACCACCATCAATGACAGATGCTGGCCTCTTGTTACCCTAGGATGTT
13925409 ACCTCGGACACTATCGTGATGCTGGCCTGCCGACAGTGTC
258 ACCTCGGACACTATCGTGATGCTGGCCTGCCGACAGTGTC
*
13925449 TGGCCCTTGGCTGGAGCGACCAATCACCTCCTACACCATCAATGCTAGATGCTGACCCATTGTTG
1 TGGCCCTTGGCTGGAGCGACCAATCACCTCCAACACCATCAATGCTAGATGCTGACCCATTGTTG
** * ** *
13925514 CCTTGAGATATTACCTCAGACACCTCCCTGGTGTGTGTTGGCCCTTCGATGCCTAATGTTGCCTC
66 CCTCAAGATATTACCTCAGACACCTCCATGACGAGTGTTGGCCCTTCGATGCCTAATGTTGCCTC
* * * *
13925579 GAGCTCCTCTTTGGTAGATGCCTTAGCACTTGATCCCCTGAACACCTATATGGTCATTGGTTGGT
131 GAGCTCCTCCTTGCTAGATACCTTAGCACTTGATCCCCTGAACACCTATATGGTCATTGGCTGGT
* *** * **
13925644 GTGACCAATTGTGTCCACCACCATCGATGGTAGATGCTGGCCTCTTGTTACC
196 ATGACCAATTACATCCACCACCATCAATGACAGATGCTGGCCTCTTGTTACC
13925696 TCAAGAAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGGCCCTTGGCTGGAGCGACCAATCACCTCCAACACCATCAATGCTAGATGCTGACCCATTGTTG
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GAGCTCCTCCTTGCTAGATACCTTAGCACTTGATCCCCTGAACACCTATATGGTCATTGGCTGGT
ATGACCAATTACATCCACCACCATCAATGACAGATGCTGGCCTCTTGTTACCCTAGGATGTTACC
TCGGACACTATCGTGATGCTGGCCTGCCGACAGTGTC
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13936138 GCCCTTGGTC
*
13936148 TTGGCATATGCCTCGACCACCA
1 TTGGCACATGCCTCGACCACCA
* *
13936170 TTGGCACATGCCTCCACCTCCA
1 TTGGCACATGCCTCGACCACCA
* * *
13936192 TCGGTACATGCCTTGACCACC
1 TTGGCACATGCCTCGACCACC
13936213 TTCGACACAT
Statistics
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TTGGCACATGCCTCGACCACCA
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13939525 GACCATCATC
* * **
13939535 GGCACAAGCTAGCCTTTGGTATGGGCAATTACCTCAACCAGATT
1 GGCACAAGCTAGCCCTTGGAAAAGGCAATTACCTCAACCAGATT
* * *
13939579 GGCACAAGCTGGCCCTTGGAAAAGGCACTTACCTTAACCA
1 GGCACAAGCTAGCCCTTGGAAAAGGCAATTACCTCAACCA
13939619 CCATCAGCAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 7, Indels: 0
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GGCACAAGCTAGCCCTTGGAAAAGGCAATTACCTCAACCAGATT
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Indices: 13943600--13943935 Score: 399
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
13943590 CATTTGGTGG
* * * *
13943600 GTGTTGGCCCCTCAATGCTCGATATTACCTTGAGCTCTTTCTTGGTAGGTGCTTGATGCTTGATT
1 GTGTAGGCCCCTCAATGCTCGATATTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTAGGTGCTTGATGCTTGATT
* * * * ** **
13943665 CCCCAAACACCTTTTTGGTCTTTGGTTGGTGTGGCTAATTGTGTCCAACACCATTGGTGGCTAAT
66 CCCCAAACACCTCTTTGGTCTTTGCTTGGTATGGCCAATTGCATCCAACACCATCAGTGGCTAAT
13943730 GCTGGCCCATTATTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCTATGGCAA
131 GCTGGCCCATTATTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCTATGGCAA
* * * * *
13943779 GTGTAGGCCCTTCGATGCTCGATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGTAGGTG-TCTGGTGCTTGAT
1 GTGTAGGCCCCTCAATGCTCGATATTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTAGGTGCT-TGATGCTTGAT
* * ***
13943843 TCCCCGAACACCTCTTTGGTAC-TTGCTTGGTATGGCCAGTTGCATCTGCCACCATCAGTGG-TA
65 TCCCCAAACACCTCTTTGGT-CTTTGCTTGGTATGGCCAATTGCATCCAACACCATCAGTGGCTA
* **
13943906 GATGTTGGCCCATTATTGCCCTGAGATGTT
129 -ATGCTGGCCCATTATTGCCCCAAGATGTT
13943936 ACCTCAAACA
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GTGTAGGCCCCTCAATGCTCGATATTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTAGGTGCTTGATGCTTGATT
CCCCAAACACCTCTTTGGTCTTTGCTTGGTATGGCCAATTGCATCCAACACCATCAGTGGCTAAT
GCTGGCCCATTATTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCTATGGCAA
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Indices: 13944042--13944419 Score: 447
Period size: 178 Copynumber: 2.1 Consensus size: 177
13944032 CTAATGTTTT
* * *
13944042 CCCAGGATGTTGCCCCAGACACCTTTCTAGTGGGTGCTGGCCCCTCAGTGCTTGATGTTGCCTCA
1 CCCAGGATGTTGCCTCAGACA-CTTTCTAGTAGGTGCTGGCCCCTCAGTGCTCGATGTTGCCTCA
* * * * * * *
13944107 AGCTTCTACTTGGTGGGTGCCTAACGTTTGATCCCCCGAACACCTTTTTGGTTCTTGGTTAGTGT
65 AGCTTCTACTTGGAGGGTGCCTAACGCTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGT
* * *
13944172 GGCCAATCCTGTCCACCACCATTATGGTAAATGC-TAGCCCATTGTTGC
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* * * * **
13944220 CCCAGGATGTTGCCTCAAACACTTCTTTGGTAGGTGCTGGCCCTTCAGTGCTCGATGTTGCCTGG
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* *** * *
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65 AGCTTC-TACTTGGAGGGTGCCTAACGCTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTG
*
13944348 TGGCCAATCATGTCCACCACCATCGACGGTAAATCTTGGCCCATTGTTGC
129 TGGCCAATCATGTCCACCACCAT-GACGGTAAATCTTAGCCCATTGTTGC
*
13944398 CACAGGATGTTGCCTCAGACAC
1 CCCAGGATGTTGCCTCAGACAC
13944420 CATCAGGATG
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 28, Indels: 8
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CCCAGGATGTTGCCTCAGACACTTTCTAGTAGGTGCTGGCCCCTCAGTGCTCGATGTTGCCTCAA
GCTTCTACTTGGAGGGTGCCTAACGCTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGTG
GCCAATCATGTCCACCACCATGACGGTAAATCTTAGCCCATTGTTGC
Found at i:13950673 original size:179 final size:179
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Indices: 13950416--13950740 Score: 402
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
13950406 GTGCCAATGG
* * * * * ** *
13950416 ATGTTGCCTTGGACACCTCTTTGGTGGGTGCTAGCCTCTTGGTGCTTGATGTTGCCTTGAGCTCC
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* * * * * * **
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*
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1 ATGTTACCTCGGACACCTATCTGGTGGGTACTAGCCTC-TTGGTGCCCGATGTTGCCTCGAGCTC
* * * * *
13950659 TTCCT-TATTGGGTGCCCAACGCTTGATCCGTTGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTTGTACAGCC
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**
13950723 AATCATGTCCACCACCAT
129 AATCACATCCACCACCAT
13950741 CAACGTTAGA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 24, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TCCTCTGTGGGTGCCCAACGCTTGATCCGTTGAACACATCTTTGATCTTTGGCTAGTACAGCCAA
TCACATCCACCACCATTGATGGTAAATGCAAGCCTGTTGTTGCCCTGAA
Found at i:13958090 original size:179 final size:175
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Indices: 13957530--13958094 Score: 499
Period size: 179 Copynumber: 3.2 Consensus size: 175
13957520 CCTTGGCATG
* * ** * * * * *
13957530 TCCAACACAATCGATGATAGATGCT-ACCTATTATTACCTTGGGATGTTACCTTAGACACCTCCC
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* * ** * * ** * * **
13957594 TTGTGAGTGCTAGCCCCTCAATGCCCGATGATGGCTCGAGCTCCTTTTTGGCAGATGCTTGGCAC
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*
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129 TTGATCCCCGAACACCTTTTTGGTCCTTAGCTAGTGCGA-CCAATCGT
* * * * * * * * * *
13957706 GTCCAAAACCATTGGTGCCAAATGCTAGGTC-GTTGTTGCCCTAGGATGTTGCCTTCGACACCTT
1 -TCCAACACCATCGGTGGCAGATGCT-GGCCTATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTTAGACACCTC
* * * *
13957770 TCTGACGGGTGCTGGCCCCTCAGTGCTTGATGTCTGCCTCAAGCTACTCTTTGGTGGGTG-CTCA
64 TCTG-TGGGTGCTGGCCCCTCA-TGCTTGATGT-TGCCTCGAGCTCCTTTTTGGTGGGTGCCT-A
* * * * * * *
13957834 ACACTTGATCTCCTGAACACCTTTTTAGTCCTTGGCTGGTGTGGCCAATTGCT
125 ACACTTGATC-CCCGAACACCTTTTTGGTCCTTAGCTAGTGCGACCAATCG-T
** *
13957887 TCCAACACCATCGGCAGTAGATGCTGGCCTATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTTAGACACCTCTC
1 TCCAACACCATCGGTGGCAGATGCTGGCCTATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTTAGACACCTCTC
* *
13957952 TAGTGGGTGCTGGCCCCTCGATGCTTAATGTTGCCTCGAGCTCCTTTTTGGTGGGTGCCTATCAC
66 T-GTGGGTGCTGGCCCCTC-ATGCTTGATGTTGCCTCGAGCTCCTTTTTGGTGGGTGCCTAACAC
* * *
13958017 TTGATACCCCAAACACCTCTTTGGTCATTAGCTAGTGCGACCAATCGT
129 TTGAT-CCCCGAACACCTTTTTGGTCCTTAGCTAGTGCGACCAATCGT
*
13958065 ATCCACCACCATCGGTGGCAGATGCTGGCC
1 -TCCAACACCATCGGTGGCAGATGCTGGCC
13958095 CACTATTACC
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TCCAACACCATCGGTGGCAGATGCTGGCCTATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTTAGACACCTCTC
TGTGGGTGCTGGCCCCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAGCTCCTTTTTGGTGGGTGCCTAACACTT
GATCCCCGAACACCTTTTTGGTCCTTAGCTAGTGCGACCAATCGT
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13957877 GCCAATTGCT
* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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129 CTTAATACCCCAAACACCTCTTCGATCATTAGCTAGGGCGACCAATCGTATCCACCACCATCGAT
* * * *
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* * ** * *
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259 GATAACATCTAGCCCTTGGATGATGTGGCCAATTGCATCCAACACCATCAACGACAAATGCTGGC
* * *
13958211 TTATTGTTACCTTGGAATGTTACCTTAGACACCTCTCT-AGTAGGTGCTAGC-CCTTCGATGCCT
324 CTATTGTTACCTTGGAATGTTACCTTAGACACCTCCCTGAGGAGGT--TAGCACC-TCGATGCCT
* *
13958274 AATGTTGCCTCGAGCTCCTCTTTGGTGAGTGC-CTA-GCACTTAATCCCTCGAACACCTCTTTGC
386 AATGTTGCCTCGAGCTCCTCTTTGGTGAGTGCACGATG--CTTAATCCCCCGAACACCTCTTTGC
**
13958337 TCATTGGCTGGGGGGGCCAATCATG
449 TCATTGGCTGGGGGGGCCAATCACA
* ** * * *
13958362 TCCAACATAATCAATGGTAGATGTTGACCTGTTGTTGCCTCGGGATGTTGCCTCGGACACCTCTT
1 TCCAACACAATCAACAGTAGATGTTGACCTATTGTTGCCTAGGGATGTTGCCTCAGACACCTCTT
* * *
13958427 TAGTGGATGCTGGCCCCTCAGTGCCTGATGCTGCCTCGAGCTCTTCCTTGGAGGGTGCCCGGT-G
66 TAGTGGATGCTGGCCCCTC-GTGCCTGATGTTGCCTCGAGCTCTTCCTTGGAGGGTG-CCGATCA
* * * *
13958491 CTTAAT-CCCCTAAACATCTCTTCGATCCTTGGCTAGGGCGACCAATCGTGTCCACCACCATCGA
129 CTTAATACCCC-AAACACCTCTTCGATCATTAGCTAGGGCGACCAATCGTATCCACCACCATCGA
* * * * * * * * *
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193 TGGCAGATGCTAGCCCACTATTAC-CTCAGGATATTAACTCAGACACCATCAAGATACTAGCCCA
* * * * * * *
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257 TCGATAACATCTAGCCCTTGGATGATGTGGCCAATTGCATCCAACACCATCAACGACAAATGCTG
* * * * * * * *
13958684 GCCTATTGTTGCCTTGGGATGTTGCTTTTGACACCTCCCTGGCGGAGGTTGGCACCTCGGTGCCT
322 GCCTATTGTTACCTTGGAATGTTACCTTAGACACCTCCCT-GAGGAGGTTAGCACCTCGATGCCT
* * * * * * *
13958749 GATTTTGCCTCGAGCTCTTCTTTGGTGGGTGCACGATGTTTGATCCCCCGAACACCTCTTTGGTC
386 AATGTTGCCTCGAGCTCCTCTTTGGTGAGTGCACGATGCTTAATCCCCCGAACACCTCTTTGCTC
* * * *
13958814 CTTGGCTGGTGTGGCCAATCGCA
451 ATTGGCTGGGGGGGCCAATCACA
* *
13958837 TCCAACACCATCGACAGTAGATGCTT-A-CTCATTGTTGCCTAGGGATGTTGCCTCAGACACCTC
1 TCCAACACAATCAACAGTAGATG-TTGACCT-ATTGTTGCCTAGGGATGTTGCCTCAGACACCTC
* * * *
13958900 TTTGGT-TAGTGCTGGCCCTTTGGTG-CTCGATGTTGCCTCGAGCTCTTC
64 TTTAGTGGA-TGCTGGCCC-CTCGTGCCT-GATGTTGCCTCGAGCTCTTC
13958948 TTTAGGGAGT
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TCCAACACAATCAACAGTAGATGTTGACCTATTGTTGCCTAGGGATGTTGCCTCAGACACCTCTT
TAGTGGATGCTGGCCCCTCGTGCCTGATGTTGCCTCGAGCTCTTCCTTGGAGGGTGCCGATCACT
TAATACCCCAAACACCTCTTCGATCATTAGCTAGGGCGACCAATCGTATCCACCACCATCGATGG
CAGATGCTAGCCCACTATTACCTCAGGATATTAACTCAGACACCATCAAGATACTAGCCCATCGA
TAACATCTAGCCCTTGGATGATGTGGCCAATTGCATCCAACACCATCAACGACAAATGCTGGCCT
ATTGTTACCTTGGAATGTTACCTTAGACACCTCCCTGAGGAGGTTAGCACCTCGATGCCTAATGT
TGCCTCGAGCTCCTCTTTGGTGAGTGCACGATGCTTAATCCCCCGAACACCTCTTTGCTCATTGG
CTGGGGGGGCCAATCACA
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Period size: 38 Copynumber: 2.7 Consensus size: 38
13963591 CAGATGCTGA
*
13963601 CCACTCGTTGCCTCGGACACCTCCTTTGTAGGTACTGG
1 CCACTCGTTGCCTCGGACACCTCTTTTGTAGGTACTGG
13963639 CCACTCGTTGCCTCGGACACCTCTTTTGTAGGTACTGG
1 CCACTCGTTGCCTCGGACACCTCTTTTGTAGGTACTGG
13963677 CCACTCGTTGCCTCGGACACCTCTT
1 CCACTCGTTGCCTCGGACACCTCTT
13963702 AGGTAGATGT
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CCACTCGTTGCCTCGGACACCTCTTTTGTAGGTACTGG
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13964455 CCTTGGTCTT
* *
13964465 GGCACATGCCTCGACCACCATC
1 GGCATATGCCTCGACAACCATC
13964487 GGCATATGCCTCGACAACCATC
1 GGCATATGCCTCGACAACCATC
*
13964509 GACATATGC
1 GGCATATGC
13964518 TAGCCCTTTA
Statistics
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GGCATATGCCTCGACAACCATC
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13969817 AGCGTTTGGC
* *
13969827 CCTTCACTGGTGTGGCCAATCGCATCCAACACCATTGGTGGCATATGCTAGCCCGTTGTTGCCTT
1 CCTTCACTGGTGTGGCCAATCGCATCCAACACCATTGGTGGCAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCCT
* * * **
13969892 GGGATGTTGCCTCGAACACTTTCCTAGCGGGTGCTATCCCTTTGATGCCTGATGTTACCTCAAGC
66 GAGATGTTGCCTCGAACACTTTCCTAGCGGGTACTACCCCTCAGATGCCTGATGTTACCTCAAGC
* * ** *
13969957 TCCTCCTTGGTGGGTGCTCAATGCTTGATCCCTCGAACACCTCTTTGGT
131 TCCTCCTTGATGGGTACTCAACACTTGATCCCTCGAACACCTCTATGGT
* * * * * *** ** * * *
13970006 CCTTGACTGGTGTGGCCAATTGTATCTAGCACCACCAGAAGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCT
1 CCTTCACTGGTGTGGCCAATCGCATCCAACACCATTGGTGGCAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCCT
* * * *
13970071 GAGATGTTGCCTC-AGACACCTTT-TTAGTGGGTATTGGCCCCTCAG-TGCCTGATGTTACCTCA
66 GAGATGTTGCCTCGA-ACA-CTTTCCTAGCGGGTACT-ACCCCTCAGATGCCTGATGTTACCTCA
* *
13970133 AGCTCCTCCTT-ATGGGTACTCAGCACTTGATCCCTTGAACACCTCTATGGT
128 AGCTCCTCCTTGATGGGTACTCAACACTTGATCCCTCGAACACCTCTATGGT
* * * * * ** *
13970184 CTTTCATTGGTGTGGCCAATCACATCCACCACAATTGGTGGCAGATGCTAGCTTGTTTTTGCCCT
1 CCTTCACTGGTGTGGCCAATCGCATCCAACACCATTGGTGGCAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCCT
13970249 G
66 G
13970250 GAATGTTACT
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CCTTCACTGGTGTGGCCAATCGCATCCAACACCATTGGTGGCAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCCT
GAGATGTTGCCTCGAACACTTTCCTAGCGGGTACTACCCCTCAGATGCCTGATGTTACCTCAAGC
TCCTCCTTGATGGGTACTCAACACTTGATCCCTCGAACACCTCTATGGT
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13970704 GCTAGCCCAT
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*
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Statistics
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TGTTGCCTCGAGA
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Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
13972696 ATTGATGGCT
** *
13972706 GATGTTGGCTTGTATTACCCTTGG
1 GATGTTGGCTTG-AACACCATTGG
**
13972730 GATGTTACCTTGAACACCATTGG
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1 GATGTTGGC
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GATGTTGGCTTGAACACCATTGG
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Period size: 47 Copynumber: 2.3 Consensus size: 47
13974113 TAATGATGGT
* * *
13974123 AGATGTTGGCCCGTTATTACCTTGGGATGTTACCTCAGACACCATCA
1 AGATGCTGGCCCGTTATTACCTCGAGATGTTACCTCAGACACCATCA
* *
13974170 AGATGCTGGCCCGTTGTTGCCTCGAGATGTTACCTCAGACACCATCA
1 AGATGCTGGCCCGTTATTACCTCGAGATGTTACCTCAGACACCATCA
* *
13974217 GGATGCTAGCCC
1 AGATGCTGGCCC
13974229 ATCGATAGCA
Statistics
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AGATGCTGGCCCGTTATTACCTCGAGATGTTACCTCAGACACCATCA
Found at i:13975466 original size:285 final size:285
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Period size: 285 Copynumber: 2.7 Consensus size: 285
13974764 GTTGCCTCAG
* * * * * * ** *
13974774 GATGTTACCTCAGACACTATCGAGATGTTGGCCTATCGATAGTGTTTGGCCTTTGGCTAGTGTAA
1 GATGTTACCTCAAACACCATCGAGATGTTGGCCTATCGACACTATCTCACCCTTGGCTAGTGTAA
* * * * * * * *
13974839 GAAATCACATCCAGCACCATCAATGGTAGATGCTGGCCCT-TTGTTTCCCTAG-GATGTTGCCTT
66 CAAATCACCTCCAACACCATCAATGATAGATGCTAG-CCTATTGTTGCCCT-GCGATGTTACCTC
* * * * * * *
13974902 AGACA-TGT-CTTCAGTGGGTGCTGGCCCCT-AGATACTC-GATGTTGCCTTGAGCTCCTCTTTG
129 AGACACT-TCCCT-AGTAGGTGCTAGCCTCTCAG-TGC-CAGATGTTGCCTCGAGATCCTCTTTG
* * ** * * *
13974963 GCAGGTGCCTGGTGTTTGATCCCTTAAACACCTCTTTGGTCCTTGGTTGGTGCAGCCAAT-TGCA
190 GCGGGTGCCAGGCATTTGATCCCCTGAACACCTC-----T--TTGGTT--T-CA-CCAATCT-CG
* * * *
13975027 TCCACCACCATCGGTGGCAAATGTTGCCTTATTGTTTCCCTGA
243 TCCACCACCATCAGTGGCAAATGCTGCCTCATTGTTGCCCTGA
* * * * ** *
13975070 GATGTTACCTTAGACACCATTGAGATGTTGGCCTATCGACACTGTCTGGCCCTTGGCTGGTGTAA
1 GATGTTACCTCAAACACCATCGAGATGTTGGCCTATCGACACTATCTCACCCTTGGCTAGTGTAA
* * * * * * **
13975135 CAAATCACGTCCAACACCATTAATGGTAGATGCTGGTCTGTTGTTG-CCTGACGATGTTACCTTG
66 CAAATCACCTCCAACACCATCAATGATAGATGCTAGCCTATTGTTGCCCTG-CGATGTTACCTCA
* * * *
13975199 GACA-TCTCTCTAGTAGGTGCTGGCC-CATCAGTGCCAGATGTTGCCTCGAGATCTTCTTTGGTG
130 GACACT-TCCCTAGTAGGTGCTAGCCTC-TCAGTGCCAGATGTTGCCTCGAGATCCTCTTTGGCG
13975262 GGTGCCAGGCATTTGATCCCCTGAACACCTCTTTGGTTTCACCAATCTCGTCCACCACCATCAGT
193 GGTGCCAGGCATTTGATCCCCTGAACACCTCTTTGGTTTCACCAATCTCGTCCACCACCATCAGT
* *
13975327 GGCAGATGCTGGCTCATTGTTG-CCTCGA
258 GGCAAATGCTGCCTCATTGTTGCCCT-GA
* * * * *
13975355 GATGTTACCTCAAACACCATCGAGATGTTGGCTTGTTGATAGC-ATCTCACCCTTGGCTAGTGTG
1 GATGTTACCTCAAACACCATCGAGATGTTGGCCTATCGACA-CTATCTCACCCTTGGCTAGTGTA
* * * ** *
13975419 GCCAATCACCTCCAATACCATCGGTGATAGATGCTAGCCTATTGTTGCCCTGGGATGTTACCTCA
65 ACAAATCACCTCCAACACCATCAATGATAGATGCTAGCCTATTGTTGCCCTGCGATGTTACCTCA
* * * *
13975484 GACACTTCCCTAGTAGGTGCTAGCCTCTCGGTGCCCGATGTTGCCTTGAGCTCCTCTTTGGCGGG
130 GACACTTCCCTAGTAGGTGCTAGCCTCTCAGTGCCAGATGTTGCCTCGAGATCCTCTTTGGCGGG
*
13975549 TGCCTGGCA
195 TGCCAGGCA
13975558 CTTAAGCCCC
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Matches are distributed among these distances:
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GATGTTACCTCAAACACCATCGAGATGTTGGCCTATCGACACTATCTCACCCTTGGCTAGTGTAA
CAAATCACCTCCAACACCATCAATGATAGATGCTAGCCTATTGTTGCCCTGCGATGTTACCTCAG
ACACTTCCCTAGTAGGTGCTAGCCTCTCAGTGCCAGATGTTGCCTCGAGATCCTCTTTGGCGGGT
GCCAGGCATTTGATCCCCTGAACACCTCTTTGGTTTCACCAATCTCGTCCACCACCATCAGTGGC
AAATGCTGCCTCATTGTTGCCCTGA
Found at i:13987813 original size:22 final size:22
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13987777 GCCCTTGGTT
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TTGGCACATGCCTTGACCACCA
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13997220 ACCATCACTA
* *
13997230 GCACAAGCTGA-CCTTTAGTATGGGCAATTGCCTCGACCACCATCG
1 GCACAAG-TGAGCCCTTAGTATGGGCAATTGCCTCAACCACCATCG
* * *
13997275 GCACAAGTTAGCCCTTGGTATGGGCACTTGCCTCAACCACCATCG
1 GCACAAGTGAGCCCTTAGTATGGGCAATTGCCTCAACCACCATCG
13997320 GCA
1 GCA
13997323 TATGCATGCC
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GCACAAGTGAGCCCTTAGTATGGGCAATTGCCTCAACCACCATCG
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13997816 TTGGGCTATC
*
13997826 GAACCCTGTTTTACTA
1 GAACCCTATTTTACTA
13997842 GAACCCTATTTTACTA
1 GAACCCTATTTTACTA
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1 GAACCCTA
13997866 GGGCCAGTCC
Statistics
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13998363 AAATGTTGGC
* * * *
13998373 CCATTATTGCCATGGGATGTTGCCTCAGACACCATCAGGATGCTGGCCTATCAATAACATCTGGC
1 CCATTATTGCCATCGGATGTTGCCTCAGAAACCATCAGGATGCTAGCCCATCAATAACATCTGGC
13998438 CCTTAGCTGATGCAGCCAATCATGTCCAATAGTATCGATAGTAGATGCTAG
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* * * * *
13998489 CCATTGTTGCCCTCGGATGTTGCCTTAGAAACCATCAGGATGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGC
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* * **
13998554 CCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAA
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13998583 CACCATTGGT
Statistics
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ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.23, T:0.27
Consensus pattern (116 bp):
CCATTATTGCCATCGGATGTTGCCTCAGAAACCATCAGGATGCTAGCCCATCAATAACATCTGGC
CCTTAGCTGATGCAGCCAATCATGTCCAATAGTATCGATAGTAGATGCTAG
Found at i:14000106 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 14000057--14000175 Score: 150
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 45
14000047 TGTATGGTGC
* * * *
14000057 AGGCACATGCATTGACCATCATTGGCACAAGTTGGCCTTTTGTAT
1 AGGCACATGCCTTGACCATCATTGGCACAAGCTGGCCCTTGGTAT
* * *
14000102 AGGCA-ATTGCCTTGACCAGCAATGGCATAAGCTGGCCCTTGGTAT
1 AGGCACA-TGCCTTGACCATCATTGGCACAAGCTGGCCCTTGGTAT
*
14000147 AGGCACTTGCCTTGACCATCATTGGCACA
1 AGGCACATGCCTTGACCATCATTGGCACA
14000176 TGCATGCCTC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 4
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
45 60 0.98
ACGTcount: A:0.24, C:0.25, G:0.24, T:0.27
Consensus pattern (45 bp):
AGGCACATGCCTTGACCATCATTGGCACAAGCTGGCCCTTGGTAT
Found at i:14006399 original size:295 final size:296
Alignment explanation
Indices: 14005896--14006526 Score: 684
Period size: 295 Copynumber: 2.1 Consensus size: 296
14005886 GTTACACTGA
* * * *
14005896 GATGTTGCCTCAGGCACTATCAGGATGTTGGCCTATCGATAGCATCTGGCCCATGGCTGGTGTAG
1 GATGTTGCCTCAGACACCATCAGGATGCTGGCCTGTCGATAGCATCTGGCCCATGGCTGGTGTAG
* * ** * * *
14005961 CCAATTATGTTCAACACCATTGGTGATAGATGCTGGCCTGGTTTTACCTTAAGATGTTGCCTTAG
66 CCAATCATGTCCAACACCATCAGTGATAGATGCTAGACTGGTTTTACCTTAAGATGTTGCCTCAG
* * * * * *
14006026 ACACCTCCTTGACGAGTGATGGCCTCTTGATACCCGATGTTGCCTCGAGCTCTTCCTTGTTGGGT
131 ACACCTCCTGGACGAGTGATGGCCCCTTGATACCCGATCTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGCT
* * * * ** * *
14006091 GCTTGGCGCTTGAT-CTCTCGAACA-CCTTTTAGTCTTTGGATGGTGCAGCCAATCTCATCCACC
196 GCCTAGCGCTTGATCCT-TCAAACACCCATTTAGTCTTTGGATGGCCCAACCAATCGCATCCACC
* * * *
14006154 ACCATTGGTGACAGATGCTTGCCCATTGTTGCCC-CAG
260 AACATTAGCGACAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCTC-G
* * * * * *
14006191 GATGTTACCTCAGACACCATCAAGATGCTGGCTTGTCGATAGCATTTGGCCCTTGGTTGGTGT-G
1 GATGTTGCCTCAGACACCATCAGGATGCTGGCCTGTCGATAGCATCTGGCCCATGGCTGGTGTAG
* * * *
14006255 ACCAATCATGTCCAACACCATCAGTGGTAGATGCTAGATTGTTTTTACCTTGAGATGTTGCCTCA
66 -CCAATCATGTCCAACACCATCAGTGATAGATGCTAGACTGGTTTTACCTTAAGATGTTGCCTCA
* * *
14006320 GACACCTCCGTGGTA-G-GT-ATTGGCCCCTT-AGTGCCTGATCTTGCCTTGAGCTCCTCCTTGG
130 GACACCTCC-TGG-ACGAGTGA-TGGCCCCTTGA-TACCCGATCTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGG
* * * *
14006381 TGGCTGCCTAGTGCTTGATCCTTTAAACACCCATTTGGTCTTTGGCTGGCCCAACCAATCGCATC
191 TGGCTGCCTAGCGCTTGATCCTTCAAACACCCATTTAGTCTTTGGATGGCCCAACCAATCGCATC
*
14006446 CACCAACATTAGCGACAGATGCTGGCCTATTGTTGCCCTCG
256 CACCAACATTAGCGACAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCTCG
** * *
14006487 GATCATGCCTTAGAGACCATCAGGATGCTGGCCTGTCGAT
1 GATGTTGCCTCAGACACCATCAGGATGCTGGCCTGTCGAT
14006527 TGTGGCTGGT
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 54, Indels: 15
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
294 3 0.01
295 169 0.62
296 100 0.36
297 2 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.27, G:0.24, T:0.30
Consensus pattern (296 bp):
GATGTTGCCTCAGACACCATCAGGATGCTGGCCTGTCGATAGCATCTGGCCCATGGCTGGTGTAG
CCAATCATGTCCAACACCATCAGTGATAGATGCTAGACTGGTTTTACCTTAAGATGTTGCCTCAG
ACACCTCCTGGACGAGTGATGGCCCCTTGATACCCGATCTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGCT
GCCTAGCGCTTGATCCTTCAAACACCCATTTAGTCTTTGGATGGCCCAACCAATCGCATCCACCA
ACATTAGCGACAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCTCG
Found at i:14016405 original size:573 final size:571
Alignment explanation
Indices: 14015307--14016457 Score: 1658
Period size: 573 Copynumber: 2.0 Consensus size: 571
14015297 ATGTTACCTC
* * *
14015307 GAGCTCCTCCTTGGTGAGTGCTGGCACTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTTTACGATGGGTGA
1 GAGCTCCTCCTTGGTAAGTGCTGGCACTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCTACGATGGGTGA
* * *
14015372 AGTTGATTATGTCAACCACCTTTGGTGGCAGATGCTATCTTGTTGTTGCCACGAGAAGTTACCTC
66 AGTCGATTATGTCAACCACCTTTGGTGGCAGATACTAGCTTGTTGTTGCCACGAGAAGTTACCTC
* * * *** *
14015437 AGAGTCTATCAGGATGGTAGCTCATTGATAGCTTTTGGCCATTGGTTGATGCAGCCAATCGTGTC
131 AGACTCCATCAGGATGCTAGCTCATTGATAGCTTTCAACCATTGGTTGATGCAGCCAATCATGTC
* * * * *
14015502 CAATACCATCAACAGTAGATGTTGGCCCGTTGTTGCCCTAAGATGTTACCTAGGACACTTGCCTA
196 CAATACCATCAACAGTAGATGCTGGCACGTTGTTGCCCTAAGATGTTACCTAGAACACCTACCTA
* * * ** *
14015567 GGAGGTGCTGGCTTCTTGGTGCCTAATGTTACCTCAGCTCTTTTTGGGTGGGTGTTTGGCACTTG
261 GGAGGTGCTGGCTTCTTGGTGCCTAATGTTACCTCAGCTCCTTTTAGGTGGATGCCTAGCACTTG
* * * * * *
14015632 ATCCCTTGATCATCACTTTGGTCATTGGCTTGGGTGGCCAATCACGTCAGCTACTATCGATAATA
326 ATCCCCTGATCACCACTTAGGTCATTGCCTTGGGTGGCCAATCACGTCAACCACTATCGATAATA
* * *
14015697 GATGTTGGCTTGTTGTTGCCCCAGGATATTTCCTCAGACACCATCGAGATGTTGGCTTGTCAACA
391 GATGCTGGCTTGTTGTTGCCCCAGGATATTACCTCAGACAACATCGAGATGTTGGCTTGTCAACA
* * * *
14015762 ATGTCTAGCCTATGGTTGGTGCTGCCAATCATGTCCAACACTATGACAATAGATTTTGGCCCATT
456 ATGTCTAGCCCATGGTTGGTGCTGCCAATCAGGTCCAACACCATGACAATAGATTTTGGCCCACT
14015827 ATTGCTCTAGGATGTTGCCTCAGATACC-TTCTTGGCAGGTGCTAGCCCCTT
521 ATTGCTCTAGGATGTTGCCTCAGATACCTTTC-TGGCAGGTGCTAGCCCCTT
* *
14015878 GAGCTCTTCCTTGGTAAGTGCTGGCACTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCTATGATGGGTGA
1 GAGCTCCTCCTTGGTAAGTGCTGGCACTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCTACGATGGGTGA
* * **
14015943 AGTCGATTGTGTCAACCACCTTTGGTGGCATATACTAGCTTGTTGTTGCCGTTGAGAAGTTACCT
66 AGTCGATTATGTCAACCACCTTTGGTGGCAGATACTAGCTTGTTGTTGCC-ACGAGAAGTTACCT
* * *
14016008 CAGACTCCATCGGGATGCTAGCTCATTGATAGCTTTCAACCTTTGGTTGATG-TGACCAATCATG
130 CAGACTCCATCAGGATGCTAGCTCATTGATAGCTTTCAACCATTGGTTGATGCAG-CCAATCATG
* * * * *
14016072 TCTAATACCATCAACAGTAGATGCTGGCATGTTGTTGCCCTGAGATGTTGCCTCGAACACCTACC
194 TCCAATACCATCAACAGTAGATGCTGGCACGTTGTTGCCCTAAGATGTTACCTAGAACACCTACC
*
14016137 TAGTAGGTGCTGGCTTCTTGGTGCCTAATGTTACCTCGAGCTCCTTTTAGGTGGATGCCTAGCAC
259 TAGGAGGTGCTGGCTTCTTGGTGCCTAATGTTACCTC-AGCTCCTTTTAGGTGGATGCCTAGCAC
* * *
14016202 TTGATCCCCTGATCACCTCTTAGGTCATTGCCTTGTGTGGCCAATCGCGTCAACCACTATCGATA
323 TTGATCCCCTGATCACCACTTAGGTCATTGCCTTGGGTGGCCAATCACGTCAACCACTATCGATA
* *
14016267 ATAGATGCTGGCTTGTTGTTGCCTCGGGATATTACCTCAGACAACATCGAGATGTTGGCTTGTCA
388 ATAGATGCTGGCTTGTTGTTGCCCCAGGATATTACCTCAGACAACATCGAGATGTTGGCTTGTCA
* * * * ***
14016332 ACAATGTTTGGCCCATGGTTGGTGCTGCCAATCGGGTCTAACACCATGATGGTAGATTTTGGCCC
453 ACAATGTCTAGCCCATGGTTGGTGCTGCCAATCAGGTCCAACACCATGACAATAGATTTTGGCCC
*
14016397 ACTATTGCTCTAGGATGTTGCCTCAGCTACCTTTCTGGCAGGTGCTAGCCCCTT
518 ACTATTGCTCTAGGATGTTGCCTCAGATACCTTTCTGGCAGGTGCTAGCCCCTT
14016451 GATGCTC
1 GA-GCTC
14016458 AATGTTGCCT
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 65, Indels: 7
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
571 106 0.21
572 155 0.30
573 242 0.47
574 7 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.24, G:0.24, T:0.32
Consensus pattern (571 bp):
GAGCTCCTCCTTGGTAAGTGCTGGCACTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCTACGATGGGTGA
AGTCGATTATGTCAACCACCTTTGGTGGCAGATACTAGCTTGTTGTTGCCACGAGAAGTTACCTC
AGACTCCATCAGGATGCTAGCTCATTGATAGCTTTCAACCATTGGTTGATGCAGCCAATCATGTC
CAATACCATCAACAGTAGATGCTGGCACGTTGTTGCCCTAAGATGTTACCTAGAACACCTACCTA
GGAGGTGCTGGCTTCTTGGTGCCTAATGTTACCTCAGCTCCTTTTAGGTGGATGCCTAGCACTTG
ATCCCCTGATCACCACTTAGGTCATTGCCTTGGGTGGCCAATCACGTCAACCACTATCGATAATA
GATGCTGGCTTGTTGTTGCCCCAGGATATTACCTCAGACAACATCGAGATGTTGGCTTGTCAACA
ATGTCTAGCCCATGGTTGGTGCTGCCAATCAGGTCCAACACCATGACAATAGATTTTGGCCCACT
ATTGCTCTAGGATGTTGCCTCAGATACCTTTCTGGCAGGTGCTAGCCCCTT
Found at i:14026503 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 14026470--14026506 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 13
14026460 GTTGGTCCAT
* *
14026470 TGTTGCCCCTAGA
1 TGTTGCCTCGAGA
14026483 TGTTGCCTCGAGA
1 TGTTGCCTCGAGA
14026496 TGTTGCCTCGA
1 TGTTGCCTCGA
14026507 ACACCTCTCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 22 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
TGTTGCCTCGAGA
Found at i:14044614 original size:119 final size:119
Alignment explanation
Indices: 14044452--14044704 Score: 463
Period size: 119 Copynumber: 2.1 Consensus size: 119
14044442 AGCATCGGGA
*
14044452 TGCTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCCATGGCTAGTGCAGCCAATCACATCCAACACTATTGGTA
1 TGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCCCATGGCTAGTGCAGCCAATCACATCCAACACTATTGGTA
14044517 GCAGATGTTGGCTTGTTATTACCTTGGGATGTTACCTTGGACACCTTTGGTAAG
66 GCAGATGTTGGCTTGTTATTACCTTGGGATGTTACCTTGGACACCTTTGGTAAG
*
14044571 TGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCCCATGGCTAGTGCAGCCAATCACATCCAACACTATTGGTG
1 TGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCCCATGGCTAGTGCAGCCAATCACATCCAACACTATTGGTA
*
14044636 GTAGATGTTGGCTTGTTATTACCTTGGGATGTTACCTTGGACACCTTTGGTAAG
66 GCAGATGTTGGCTTGTTATTACCTTGGGATGTTACCTTGGACACCTTTGGTAAG
14044690 TGCTA-CTCCATCGAT
1 TGCTAGC-CCATCGAT
14044705 GCCCTGATAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 3, Indels: 2
0.96 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
118 1 0.01
119 129 0.99
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.24, T:0.30
Consensus pattern (119 bp):
TGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCCCATGGCTAGTGCAGCCAATCACATCCAACACTATTGGTA
GCAGATGTTGGCTTGTTATTACCTTGGGATGTTACCTTGGACACCTTTGGTAAG
Found at i:14046377 original size:297 final size:296
Alignment explanation
Indices: 14045924--14046913 Score: 818
Period size: 296 Copynumber: 3.3 Consensus size: 296
14045914 TCGATTGTAA
* * * * * ** ** * **
14045924 ATGCTAGCCCATTGTTGTCCTAAGATGTTGCCTCGGACACCTTTTTTGTGGGTGCTAGCCCCTCA
1 ATGCTGGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTAGTGGGTGCTAGCCCCTTG
* * ** * * * * ** ** * *
14045989 ATGCCATATGTTGGCTCGAGCTCCTCCTTGATGGGTGCCTAGTGCTTGATCCTATGAACACCTCT
66 GTGCCAGATGTTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACTTGATCCCCTAAACACTTCT
* * * * *
14046054 TTCCTCCTTGGCTTGTG-TGGCCAATCGCATCCACCATCATCAAT-GTCAAATGCTAGCTCC-TT
131 TTCATCCTTAGCTTGGGCT-ACCAATCGCATCCACCACCATCAATGGT-AAATGCT-GCTCCGTT
* * * *
14046116 GTTGCCC-TAGGGTGTTACCTCAAACACCATCAGG-ATGATGGCCCATCGATAGCATCTGGCCTT
193 GTTACCCAT-GGATGTTACCTCAAACACCAT-AGGCATGATGGCCCATCGACAGCATCTGGCCCT
* * ** *
14046179 TGGCTGGTGTAGCCAATGGCATCCAACACCATC-GACGATAG
256 TGGCTAGTGCAGCCAATCACATCCAACACCATCAG-CGACAG
* * *** *
14046220 ATGGGTGGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTGCCTTGGACACCT-TTCTAGTGGGTG-TAAG-CCC
1 AT-GCTGGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCT-TAGTGGGTGCT-AGCCCC
* ** **
14046282 TTCGAG-GTCAGATGTTA-CT-GTAAGCTCCTCCTTGGTGGGTGTTTGGTGCTTGATCCCCTAAA
63 TT-G-GTGCCAGATGTTACCTCG--AGCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACTTGATCCCCTAAA
* * * * * *
14046344 CATTTTTTTCATCCTTAGCTTGGGCTACCAATCGCATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGTC
124 CACTTCTTTCATCCTTAGCTTGGGCTACCAATCGCATCCACCACCATCAATGGTAAATGCTGCTC
*** * *
14046409 CGTTGTTACCCATGGATGTTACCTTGGACACCATTGGCATGCTGGCCCATCGACAGCATCTGGCC
189 CGTTGTTACCCATGGATGTTACCTCAAACACCATAGGCATGATGGCCCATCGACAGCATCTGGCC
* * * *
14046474 CTTGGCTAGTGCGGCCAATCACGTCCAACACCATCAGTGGCAG
254 CTTGGCTAGTGCAGCCAATCACATCCAACACCATCAGCGACAG
* ** *
14046517 ATGCTGGCCCATTGTTGCTTTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTGGTGGGTGCTAGCCCCTTG
1 ATGCTGGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTAGTGGGTGCTAGCCCCTTG
* *
14046582 GTGCCCGATGTTACCTCGATCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACTTGATCCCCTAAACACTTCT
66 GTGCCAGATGTTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACTTGATCCCCTAAACACTTCT
* * * * * * *
14046647 TTCATCCTTGGCTTGGGCTACCAATCGCATCCATCACCGTCGATGGTAGATGCTGGC-CCATTAT
131 TTCATCCTTAGCTTGGGCTACCAATCGCATCCACCACCATCAATGGTAAATGCT-GCTCCGTTGT
* ** *** * * * ***
14046711 TGCCCCCGGATGTTACCTTGGACACCATCGGGATGTTGGCCCATCGACAATGTCTGGCCCTTGGC
195 TACCCATGGATGTTACCTCAAACACCATAGGCATGATGGCCCATCGACAGCATCTGGCCCTTGGC
**** * * *
14046776 TAGTGCAGCCAATTGTGTCCAACACCATCTGTGGCAG
260 TAGTGCAGCCAATCACATCCAACACCATCAGCGACAG
* * *
14046813 ATGCTAGCCCATTATTGCCCTGGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTGGTGGGTGCTAGCCCCTTG
1 ATGCTGGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTAGTGGGTGCTAGCCCCTTG
* * * *
14046878 GTACCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTGGTGGGT
66 GTGCCAGATGTTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGGT
14046914 GTTAGGTGCA
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 98, Indels: 40
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
295 2 0.00
296 345 0.60
297 223 0.39
298 6 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.29, G:0.24, T:0.30
Consensus pattern (296 bp):
ATGCTGGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTAGTGGGTGCTAGCCCCTTG
GTGCCAGATGTTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACTTGATCCCCTAAACACTTCT
TTCATCCTTAGCTTGGGCTACCAATCGCATCCACCACCATCAATGGTAAATGCTGCTCCGTTGTT
ACCCATGGATGTTACCTCAAACACCATAGGCATGATGGCCCATCGACAGCATCTGGCCCTTGGCT
AGTGCAGCCAATCACATCCAACACCATCAGCGACAG
Found at i:14046930 original size:296 final size:295
Alignment explanation
Indices: 14046304--14046930 Score: 912
Period size: 296 Copynumber: 2.1 Consensus size: 295
14046294 TGTTACTGTA
* *
14046304 AGCTCCTCCTTGGTGGGTGTTTGGTGCTTGATCCCCTAAACATTTTTTTCATCCTTAGCTTGGGC
1 AGCTCCTCCTTGGTGGGTG-TTGGTGCTTGATCCCCTAAACACTTCTTTCATCCTTAGCTTGGGC
* * * *
14046369 TACCAATCGCATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGTCCGTTGTTACCCATGGATGTTACCTT
65 TACCAATCGCATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGCCCATTATTACCCACGGATGTTACCTT
* * *
14046434 GGACACCATTGGCATGCTGGCCCATCGACAGCATCTGGCCCTTGGCTAGTGCGGCCAATCACGTC
130 GGACACCATCGGCATGCTGGCCCATCGACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATCACGTC
* * **
14046499 CAACACCATCAGTGGCAGATGCTGGCCCATTGTTGCTTTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
195 CAACACCATCAGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
*
14046564 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTGCCCGATGTTACCTCG
260 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCCGATGTTACCTCG
* * ** *
14046600 ATCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACTTGATCCCCTAAACACTTCTTTCATCCTTGGCTTGGGC
1 AGCTCCTCCTTGGTGGGT-GTTGGTGCTTGATCCCCTAAACACTTCTTTCATCCTTAGCTTGGGC
* * *
14046665 TACCAATCGCATCCATCACCGTCGATGGTAGATGCTGGCCCATTATTGCCCCCGGATGTTACCTT
65 TACCAATCGCATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGCCCATTATTACCCACGGATGTTACCTT
* * ** ***
14046730 GGACACCATCGGGATGTTGGCCCATCGACAATGTCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATTGTGTC
130 GGACACCATCGGCATGCTGGCCCATCGACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATCACGTC
* *
14046795 CAACACCATCTGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTGGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
195 CAACACCATCAGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
* * *
14046860 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCTGATGTTGCCTTG
260 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCCGATGTTACCTCG
*
14046896 AGCTCCTCCTTGGTGGGTGTTAGGTGCATGATCCC
1 AGCTCCTCCTTGGTGGGTGTT-GGTGCTTGATCCC
14046931 TCGAATACCT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 39, Indels: 4
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
295 2 0.01
296 288 0.99
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (295 bp):
AGCTCCTCCTTGGTGGGTGTTGGTGCTTGATCCCCTAAACACTTCTTTCATCCTTAGCTTGGGCT
ACCAATCGCATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGCCCATTATTACCCACGGATGTTACCTTG
GACACCATCGGCATGCTGGCCCATCGACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATCACGTCC
AACACCATCAGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTGG
TGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCCGATGTTACCTCG
Found at i:14046983 original size:296 final size:296
Alignment explanation
Indices: 14046304--14047142 Score: 837
Period size: 296 Copynumber: 2.8 Consensus size: 296
14046294 TGTTACTGTA
** ** * * * * * *
14046304 AGCTCCTCCTTGGTGGGTGTTTGGTGCTTGATCCCCTAAACATTTTTTTCATCCTTAGCTTGGGC
1 AGCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACATGATCCCCGAAACACTTCTTGCATCCTTAGCCTGGGC
* * * * *
14046369 TACCAATCGCATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGTCCGTTGTTACCCATGGATGTTACCTT
66 TACCAATCACATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCACGGATGTTACCTT
* * * * *
14046434 GGACACCATTGGCATGCTGGCCCATCGACAGCATCTGGCCCTTGGCTAGTGCGGCCAATCACGTC
131 GGACACCATCGGGATGTTGGCCCATCGACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATCACGTC
* * **
14046499 CAACACCATCAGTGGCAGATGCTGGCCCATTGTTGCTTTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
196 CAACACCATCAGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
*
14046564 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTGCCCGATGTTACCTCG
261 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCCGATGTTACCTCG
* * * * * *
14046600 ATCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACTTGATCCCCTAAACACTTCTTTCATCCTTGGCTTGGGC
1 AGCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACATGATCCCCGAAACACTTCTTGCATCCTTAGCCTGGGC
* * * *
14046665 TACCAATCGCATCCATCACCGTCGATGGTAGATGCTGGCCCATTATTGCCCCCGGATGTTACCTT
66 TACCAATCACATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCACGGATGTTACCTT
** ***
14046730 GGACACCATCGGGATGTTGGCCCATCGACAATGTCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATTGTGTC
131 GGACACCATCGGGATGTTGGCCCATCGACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATCACGTC
* *
14046795 CAACACCATCTGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTGGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
196 CAACACCATCAGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
* * *
14046860 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCTGATGTTGCCTTG
261 GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCCGATGTTACCTCG
* ** **
14046896 AGCTCCTCCTTGGTGGGT-GTTAGGTGCATGATCCCTCGAATAC-C-TCTTGGGTCC-TAGCCTG
1 AGCTCCTCCTTGGTGGGTACTT-GGCACATGATCCC-CGAA-ACACTTCTTGCATCCTTAGCCTG
* * * * **** ** **
14046957 GTG-TGGCCTATCACGTCCACCACCGTCAACAACAGATGCTATCCCATTGTTGCCCTGGGATGTT
63 G-GCT-ACCAATCACATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCACGGATGTT
* * * * * * * * *
14047021 ACCTTGAACACCATCGAGATGTTGGGCCATCAATAGCATTTGGCCCTTCGCTAGGGC-GACCAAT
126 ACCTTGGACACCATCGGGATGTTGGCCCATCGACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAG-CCAAT
* * * * * * * * * *
14047085 CGCATCCAACAACATC-GATGGCAAATGCTGGCCTATTGTTGCCTTAGGTTATTACCTC
190 CACGTCCAACACCATCAG-TGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTC
14047143 GGCCACCTCC
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 84, Indels: 14
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
295 11 0.02
296 435 0.96
297 4 0.01
298 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.29, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (296 bp):
AGCTCCTCCTTGGTGGGTACTTGGCACATGATCCCCGAAACACTTCTTGCATCCTTAGCCTGGGC
TACCAATCACATCCATCACCGTCAATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCACGGATGTTACCTT
GGACACCATCGGGATGTTGGCCCATCGACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAGCCAATCACGTC
CAACACCATCAGTGGCAGATGCTAGCCCATTATTGCCCTAGGATGTTACCTCAAACACCTCCTTG
GTGGGTGCTAGCCCCTTGGTACCCGATGTTACCTCG
Found at i:14053083 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14053048--14053090 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
14053038 CGCTAGTGCA
14053048 TGGGCCTCAACTCCTAGTGTG
1 TGGGCCTCAACTCCTAGTGTG
*
14053069 TGGGCCTCAGA-TCCTGGTGTG
1 TGGGCCTCA-ACTCCTAGTGTG
14053090 T
1 T
14053091 ATGCCCAAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 19 0.95
22 1 0.05
ACGTcount: A:0.12, C:0.26, G:0.33, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
TGGGCCTCAACTCCTAGTGTG
Found at i:14055876 original size:296 final size:295
Alignment explanation
Indices: 14055574--14056163 Score: 670
Period size: 295 Copynumber: 2.0 Consensus size: 295
14055564 GCCTATTGAT
* * *
14055574 AACATCTGGCCTTTAGCTGCTACAGCCAATCACATCCAACACCATTGGA-GGCAAATGCTAGCCC
1 AACATCTGACCTTTAGCTGCTACAGCCAATCACATCCAACACCATT-GATGACAAATGCTAACCC
* * * *** * *
14055638 GTTATTGCCCTGGGATATTGCCTTAGACTTGGCCCTAATGGGTGCTTGCCCCT-TGGTGCCTGAT
65 GTTATTGCCATGGGATATTACCTCAGACACAGCCCTAATGGGTG-TTACCCCTCT-ATGCCTGAT
* * * * * * * *
14055702 GTTGCTTCGAGCTTCTCCTTGGAAGG-TGTCTGGTGCTTGATTCCCT-AAACATCTCTTCGGTTC
128 GTTGCCTCGAACTCCTCCATGG-AGGTTGCCTGGCGCTTGA-TCCCTCAAACACCTCTTCGGTCC
* * ** **
14055765 TTGGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCACCACCATCGATGGTAGAT-TCTGGCCTGTTGTTACCCT-
191 TTGGCTGGTGCAACCAATCACGTCCACCACCATCGATAATAGATGT-TGGCCCATTGTT-CCCTC
* *
14055828 AGGATGTTGCCTCAGACACCATCAGGATGTTGGCCCATCAAC
254 AGGATGTTGCCTCAAACACCATCAGGATGCTGGCCCATCAAC
* ** *
14055870 AACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACACCATTGATGACAAATGCTAACCCG
1 AACATCTGACCTTTAGCTGCTACAGCCAATCACATCCAACACCATTGATGACAAATGCTAACCCG
* * * * ** *
14055935 TTGTTGCCATGGGATGTTACCTCGGACACATCCCTGGTGGGTGTTACCCCTCTATGCTTGATGTT
66 TTATTGCCATGGGATATTACCTCAGACACAGCCCTAATGGGTGTTACCCCTCTATGCCTGATGTT
* * *
14056000 GCCTCGAACTCCTCCATGGTGGTTGCCTGGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGT
131 GCCTCGAACTCCTCCATGGAGGTTGCCTGGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTCGGTCCTTGGC
* * *
14056065 TGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGATAATAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTCGGGATGT
196 TGGTGCAACCAATCACGTCCACCACCATCGATAATAGATGTTGGCCCATTGTTCCCTCAGGATGT
*
14056130 TGCCTCAAACACCATCATGATGCTGGCCCATCAA
261 TGCCTCAAACACCATCAGGATGCTGGCCCATCAA
14056164 TAGTGTCTGT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 45, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
294 10 0.04
295 145 0.60
296 88 0.36
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (295 bp):
AACATCTGACCTTTAGCTGCTACAGCCAATCACATCCAACACCATTGATGACAAATGCTAACCCG
TTATTGCCATGGGATATTACCTCAGACACAGCCCTAATGGGTGTTACCCCTCTATGCCTGATGTT
GCCTCGAACTCCTCCATGGAGGTTGCCTGGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTCGGTCCTTGGC
TGGTGCAACCAATCACGTCCACCACCATCGATAATAGATGTTGGCCCATTGTTCCCTCAGGATGT
TGCCTCAAACACCATCAGGATGCTGGCCCATCAAC
Found at i:14056134 original size:295 final size:294
Alignment explanation
Indices: 14055361--14057638 Score: 916
Period size: 296 Copynumber: 7.7 Consensus size: 294
14055351 TTGAGATGCC
* * ** * * *
14055361 GCCTCGGACACCTCCTTGGTGGGTGTTGGCCCCTC-GATGCTCAATGTTGCCTTGACCTCCTGCT
1 GCCTCGGACA-CTCCCTGGTGGGTGTT-GCCCCTCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAACTCCTCCT
* * * * **** *
14055425 TGGTGGGTGCCTAGCACTTGAT-CCTCTAAACACTTCTTTTGTCCTTGGCTGGTATGGCCAATCG
64 TGGT-GGTGCCTGGCGCTTGATCCCTC-AAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATCA
** * * * *
14055489 TATCCACCACCATTGATGGTAGATGAT-ACCCTATTGTTGCCTCAAGATGTTACCTC-GATCACC
127 CGTCCACCACCATCGATGGTAGATGTTGGCCC-ATTGTTGCCTCAGGATGTTACCTCAGA-CACC
** * * ** * * ** *
14055552 ATTGGGATGCTAGCCTATTGATAACATCTGGCCTTTAGCTGCTACAGCCAATCACATCCAACACC
190 ATCAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACACC
* *
14055617 ATTGGA-GGCAAATGCTAGCCCGTTATTGCCCTGGGATATT
255 ATT-GATGACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
** * ** ** * * * *
14055657 GCCTTAGAC-TTGGCCCTAATGGGTGCTTGCCCCT-TGGTGCCTGATGTTGCTTCGAGCTTCTCC
1 GCCTCGGACACT--CCCTGGTGGGTG-TTGCCCCTCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAACTCCTCC
* * * * * * * *
14055720 TTGGAAGGTGTCTGGTGCTTGATTCCCT-AAACATCTCTTCGGTTCTTGGCTGGTGTAGCCAATC
63 TTGG-TGGTGCCTGGCGCTTGA-TCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATC
** * *
14055784 ACGTCCACCACCATCGATGGTAGAT-TCTGGCCTGTTGTTACC-CTAGGATGTTGCCTCAGACAC
126 ACGTCCACCACCATCGATGGTAGATGT-TGGCCCATTGTTGCCTC-AGGATGTTACCTCAGACAC
* *
14055847 CATCAGGATGTTGGCCCATCAACAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACAC
189 CATCAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACAC
* * *
14055912 CATTGATGACAAATGCTAACCCGTTGTTGCCATGGGATGTT
254 CATTGATGACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
* * *
14055953 ACCTCGGACACATCCCTGGTGGGTGTTACCCCTCT-ATGCTTGATGTTGCCTCGAACTCCTCCAT
1 GCCTCGGACAC-TCCCTGGTGGGTGTTGCCCCTCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAACTCCTCCTT
* *
14056017 GGTGGTTGCCTGGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGTTGGTGCAACCAATCATG
65 GGTGG-TGCCTGGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATCACG
** * * *
14056082 TCCACCACCATCGATAATAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTCGGGATGTTGCCTCAAACACCATCA
129 TCCACCACCATCGATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTCAGGATGTTACCTCAGACACCATCA
* *** * * * * * ** **
14056147 TGATGCTGGCCCATCAATAGTGTCTGTCCCTTGGCTAGTGTAACCAATCGTGTCCAACACCATCA
194 GGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACACCATTG
* * *
14056212 ATGACAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTAGGACATT
259 ATGACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
* * * * * *
14056248 GCCTTGGACAC-CACTTAGGTGGGTGCTG-GCCTTTCAGTGCTTGATGTTTCCTC-AAGCTCCT-
1 GCCTCGGACACTC-CCT-GGTGGGTGTTGCCCCTCTCA-TGCTTGATGTTGCCTCGAA-CTCCTC
* ** * * *
14056309 CTTGGTAAGTGCCTGATGCTTGATCCCTTAAACACCTTTTTGGTCCTTGGATGGTGCAACCAATC
62 CTTGGT-GGTGCCTGGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATC
* * * * * * *
14056374 GCGACCACCACCATTC-ATGGCAGATGTTGTCCTATTGTTG-CTACGGGATGTTACCTCGGACAC
126 ACGTCCACCACCA-TCGATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCT-CAGGATGTTACCTCAGACAC
* * * * * ** * * * * ** *
14056437 TATCAGGATGCTAGCCTATCGACAGTAACTGGCCTTTGGCTAGG-GCAGGTAATCATGTCCAACA
189 CATCAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCT-GGTGTAGCCAATCACGTCCAACA
* ** * * * * *
14056501 CCATCGATGA-TGATGTTGGCCCGTTATTGCCCTAGGATGTT
253 CCATTGATGACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
* * * ** * * ** ** * * * *
14056542 GCCTCGAACACCTCTCTAGCAGATGCTGGCCAAT-TGGTGCTCGATGTTGCCTTGAGCTCCTCTT
1 GCCTCGGACA-CTCCCTGGTGGGTG-TTGCCCCTCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAACTCCTCCT
* ** * ** * *** *
14056606 TGATGGGTG-CTCGATGCTTGATCCCTCGAACACCTCTTTCATCTTTGGCTGGTGTGGCCAACCA
64 TGGT-GGTGCCT-GGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATCA
* * * * * * *
14056670 CGTCCACCACCATCGATGGCATATGCTGGCCCATTGTTGCC-CTACGATGATAACTCAAACACCA
127 CGTCCACCACCATCGATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTC-AGGATGTTACCTCAGACACCA
* * ** * * * * * * * * *
14056734 TCAGGATGCTAGCCTATTGACAGCATTTGGCCCTTGGTTGGTGTGGCCAATCACGTCTAACACCA
191 TCAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACACCA
** ** * * * * ** *
14056799 TCAATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCCTAAGATGTT
256 TTGATGACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
* * * ** ** * * ** *** * *
14056838 GTCTCAGACAACTCTCAAGCAGGTGCTAGCCCCAC-GGTGCCCAATGTTGCCTCGAGCTCCTCTT
1 GCCTCGGAC-ACTCCCTGGTGGGTG-TTGCCCCTCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAACTCCTCCT
* * * * * * * * *
14056902 TAAAG-GGTGCCTAGG-GCTTGGTCCCCCGAACACCTTTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATC
64 T--GGTGGTGCCT-GGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATC
* * * * * * * *** * * * *
14056965 GCATCCACCACCACCGGTAGCAGATGCTATACCTTTGTTGCCAT-GGGATGTTGCCTTAGACACC
126 ACGTCCACCACCATCGATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCC-TCAGGATGTTACCTCAGACACC
* * * * * * * * ** *
14057029 ATCAAGATGCTAGCCTATCGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGT-GACCAATTGCATCCAACAC
190 ATCAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAG-CCAATCACGTCCAACAC
* ** * * * * *
14057093 CATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCGGGGATGTT
254 CATTGATGACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
* * * * * * * * * *
14057134 TCCTCAGACACCTCCCTAGAGGGTGTTGGCCC-CTCAGTGGTCGAAGTTGCCT-TAAGCTCCTCT
1 GCCTCGGACA-CTCCCTGGTGGGTGTTGCCCCTCTCA-TGCTTGATGTTGCCTCGAA-CTCCTCC
** ** * * * * * * *
14057197 TTATTGGGTGTTTGGTGTTTGATCCC-CTAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGTAGCCAATC
63 TTGGT-GGTGCCTGGCGCTTGATCCCTC-AAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATC
* * * * * * * * * * *
14057261 GCATCCACCACCATTGATGGTAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCTCAAGATGTTACTTAAAACAACA
126 ACGTCCACCACCATCGATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTCAGGATGTTACCTCAGACACCA
* * ** *** * * * * ** *
14057326 TCAAGATGCTGGCCTATTGATAGTGTCTGGCCTTTGGCTAGTGCAGCCAATCGTGTCCAATACCA
191 TCAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACACCA
* * ** * * * * * ** *
14057391 TCGGTGGTAGATGCTGGCTCATTGCTGCCC-AAGATGTT
256 TTGATGACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
* * ** * * * * ** *
14057429 GCCTAGAACACCTCATTGGTGAGTGTTGGCCCTTTGATGCCCGATGTTGCCTC-AAGCTCTTCCT
1 GCCTCGGACA-CTCCCTGGTGGGTGTTGCCCCTCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAA-CTCCTCCT
* * * * * * * *
14057493 TGGCGGTTGCCTAGTC-TTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGCATCCAATTA
64 TGGTGG-TGCCT-GGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATCA
* * * * * * ** *
14057557 TGCCCACTATCATC-AGTGATAGATGTTGGCCTATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTCAGACACCA
127 CGTCCACCACCATCGA-TGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTCAGGATGTTACCTCAGACACCA
*
14057621 TCAAGATGCTGGCCCATC
191 TCAGGATGCTGGCCCATC
14057639 GATAGCGTCT
Statistics
Matches: 1535, Mismatches: 383, Indels: 129
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
293 1 0.00
294 83 0.05
295 709 0.46
296 726 0.47
297 12 0.01
298 4 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (294 bp):
GCCTCGGACACTCCCTGGTGGGTGTTGCCCCTCTCATGCTTGATGTTGCCTCGAACTCCTCCTTG
GTGGTGCCTGGCGCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGCAACCAATCACGTC
CACCACCATCGATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTCAGGATGTTACCTCAGACACCATCAGG
ATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCTTTAGCTGGTGTAGCCAATCACGTCCAACACCATTGAT
GACAAATGCTAGCCCGTTGTTGCCCTGGGATATT
Found at i:14057478 original size:591 final size:591
Alignment explanation
Indices: 14056823--14058072 Score: 1413
Period size: 591 Copynumber: 2.1 Consensus size: 591
14056813 TGGCCCATTG
* * *** * *
14056823 TTGCCCTAAGATGTTGTCTCAGACAACTCTCA--AGC-AGGTGCTAGCCCCACGGTGCCCAATGT
1 TTGCCCTAAGATGTTGCCTCAGAC-AC-CTCATTGGCGA-GTGCTAGCCCTTTGATGCCCGATGT
* * * * *
14056885 TGCCTCGAGCTCCTCTTTAAAGGGTGCCTAGGGC-TTGGTCCCCCGAACACCTTTTTAGTCCTTA
63 TGCCTCAAGCTCCTCCTTAAAGGGTGCCTA-GGCTTTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTA
*
14056949 GCTAGTGCAGCCAATCGCAT-CCACCACCACCGGT-AGCAGATGCTAT-ACCT-TTGTTGCCATG
127 GCTAGTGCAGCCAAT--CATCCCACCACCACCAGTGA-CAGATG-T-TGACCTATTGTTGCCATG
* *
14057010 GGATGTTGCCTTAGACACCATCAAGATGCTAGCCTATCGATAGCGTCTGGC-CTTTGGCTGGTGT
187 GGATGTTGCCTCAGACACCATCAAGATGCTAGCCCATCGATAGCGTCTGGCTC-TTGGCTGGTGT
* * *
14057074 GACCAATTGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCC-CGGGGATGTTTCCT
251 GACCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCTC-GAGATGTTGCCT
* *
14057138 CAGACACCTCCCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAGTGGTCGAAGTTG-CCT-TAAGCTCCTCTTTAT
315 CAGACACCTCCCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGTCCTGT-A-CTCCTCATTAT
* *** * *
14057201 TGGGTGTTTGGTGTTTGATCCCCTAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGT-AGCCAATCGCAT
378 TGGGTGTCTGGCACTTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAACTAGTGTGA-CCAATCGCAT
* ** * * * *
14057265 CCACCACCATTGATGGTAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCTCAAGATGTTACTTAAAACAACA-TCA
442 CCACCACCATTAATGACAGATGCTAACCCGCTGTTGCCCCAAGATGTTACCTAAAACAACATTC-
* ** * * * *
14057329 AGATGCTGGCCTATTGATAGTGTCTGGCCTTTGGCTAGTGCAGCCAATCGTGTCCAATACCA-TC
506 AGATGCTAGCCTATCAACAATGTCTGGCCTTTGGCTAGTGCAGCCAATCGTGTCCAACACCATTA
* *
14057393 GGTGGTAGATGCT-GGCTCAT-
571 GG-GGTAGATGCTAGCCTAATA
* * *
14057413 TGCTGCCC-AAGATGTTGCCT-AGAACACCTCATTGGTGAGTGTTGGCCCTTTGATGCCCGATGT
1 T--TGCCCTAAGATGTTGCCTCAG-ACACCTCATTGGCGAGTGCTAGCCCTTTGATGCCCGATGT
* *** * * *
14057476 TGCCTCAAGCTCTTCCTTGGCGGTTGCCTAGTCTTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAG
63 TGCCTCAAGCTCCTCCTTAAAGGGTGCCTAGGCTTTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAG
* * * * * * * *
14057541 CTAGTGCATCCAATTATGCCCACTATCATCAGTGATAGATGTTGGCCTATTGTTGCCTTGGGATG
128 CTAGTGCAGCCAATCAT-CCCACCACCACCAGTGACAGATGTTGACCTATTGTTGCCATGGGATG
* *
14057606 TTGCCTCAGACACCATCAAGATGCTGGCCCATCGATAGCGTCTGGCTCTTGGCTGGTGTGTCCAA
192 TTGCCTCAGACACCATCAAGATGCTAGCCCATCGATAGCGTCTGGCTCTTGGCTGGTGTGACCAA
**
14057671 TCGCATTTAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCTCGAGATGTTGCCTCAGACAC
257 TCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCTCGAGATGTTGCCTCAGACAC
*
14057736 TTCCCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGTCCTGTACTCCTCATTATTGGGTGTCT
322 CTCCCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGTCCTGTACTCCTCATTATTGGGTGTCT
* * ** * * *
14057801 GGCACTTGATCCCCCAAACACCTTTTTGGTTTTTAATTGGTGTGACCACTCGCATCCACCACCAT
387 GGCACTTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAACTAGTGTGACCAATCGCATCCACCACCAT
* * * ***
14057866 TAATGACAGATGCTAACTCGCTGTTGCCCCGAGGTGTTACCTCGGACAACATTCAGATGCTAGCC
452 TAATGACAGATGCTAACCCGCTGTTGCCCCAAGATGTTACCTAAAACAACATTCAGATGCTAGCC
* * * *
14057931 TGTCAACAATGTTTGGCCTTTGGCTGGTGCAGCCAATCGTGTCCAACATCATTAGGGGTAGATGC
517 TATCAACAATGTCTGGCCTTTGGCTAGTGCAGCCAATCGTGTCCAACACCATTAGGGGTAGATGC
14057996 TAGCCTAATA
582 TAGCCTAATA
* * * *
14058006 TTGCCCTAGGATGTTGCCTCAGACAGCTCTTTGGCGAGTGCTAGCCCTTTGATGCCCGACGTTGC
1 TTGCCCTAAGATGTTGCCTCAGACACCTCATTGGCGAGTGCTAGCCCTTTGATGCCCGATGTTGC
14058071 CT
66 CT
14058073 TGAGTTCTTC
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 89, Indels: 44
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
589 7 0.01
590 11 0.02
591 452 0.82
592 74 0.14
593 4 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (591 bp):
TTGCCCTAAGATGTTGCCTCAGACACCTCATTGGCGAGTGCTAGCCCTTTGATGCCCGATGTTGC
CTCAAGCTCCTCCTTAAAGGGTGCCTAGGCTTTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTA
GTGCAGCCAATCATCCCACCACCACCAGTGACAGATGTTGACCTATTGTTGCCATGGGATGTTGC
CTCAGACACCATCAAGATGCTAGCCCATCGATAGCGTCTGGCTCTTGGCTGGTGTGACCAATCGC
ATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCTCGAGATGTTGCCTCAGACACCTCC
CTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGTCCTGTACTCCTCATTATTGGGTGTCTGGCA
CTTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAACTAGTGTGACCAATCGCATCCACCACCATTAAT
GACAGATGCTAACCCGCTGTTGCCCCAAGATGTTACCTAAAACAACATTCAGATGCTAGCCTATC
AACAATGTCTGGCCTTTGGCTAGTGCAGCCAATCGTGTCCAACACCATTAGGGGTAGATGCTAGC
CTAATA
Found at i:14057651 original size:295 final size:294
Alignment explanation
Indices: 14056033--14057760 Score: 940
Period size: 295 Copynumber: 5.8 Consensus size: 294
14056023 TGCCTGGCGC
* * * * * * * *
14056033 TTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGTTGGTGCAACCAATCATG-TCCACCACCATCGAT
1 TTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATC--GCACCACCACCATAGAT
* * * * * *
14056097 AATAGATGTTGGCCCATTGTTGCCTCGGGATGTTGCCTCAA-ACACCATCATGATGCTGGCCCAT
64 GATAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCT-AAGACACCATCAAGATGCTGGCCTAT
* * * * * * ** * ** *
14056161 CAATAGTGTCTGTCCCTTGGCTAGTGTAACCAATCGTGTCCAACACCATCAATGACAGATGCTAG
128 CGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGACCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGG
* * ** ** * * * ** *
14056226 CCCGTTGTTGCCCTAGGACATTGCCTTGGACA-C-CACTTAGGTGGGTGCTGGCCTTTCAGTGCT
193 CCCATTGTTGCCCGA-GATGTTGCCTCAGACACCTCAC-TA-GAGAGTGTTGGCCCCTCAGTGCC
* * * * ***
14056289 TGATGTTTCCTCAAGCTCCT-CTTGGTAAGTGCCT-GATGC-
255 CGAAGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTAGCGGGTGCCTAG-T-CT
** * * * * * * **
14056328 TTGATCCCTTAAACACCTTTTTGGTCCTTGGATGGTGCAACCAATCGCGACCACCACCATTCATG
1 TTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCGC-ACCACCACCATAGATG
** * * * * ** * * *
14056393 GCAGATG-TTGTCCTATTGTTG-CTACGGGATGTTACCTCGGACACTATCAGGATGCTAGCCTAT
65 ATAGATGCTAG-CCCATTGTTGCCT-TGGGATGTTGCCTAAGACACCATCAAGATGCTGGCCTAT
* *** * ** *** * *
14056456 CGACAGTAACTGGCCTTTGGCTAGG-G-CAGGTAATCATGTCCAACACCATCGATGAT-GATGTT
128 CGATAGCGTCTGGCCTTTGGCT-GGTGTGA-CCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCT
* * * * * ** **
14056518 GGCCCGTTATTGCCCTAGGATGTTGCCTC-GAACACCTCTCTAGCAGA-TGCTGGCCAATTGGTG
191 GGCCCATTGTTGCCCGA-GATGTTGCCTCAG-ACACCTCACTAG-AGAGTGTTGGCCCCTCAGTG
* * ** * * *
14056581 CTCGATGTTGCCTTGAGCTCCT-CTTTGATGGGTG-CTCGATGC-
253 CCCGAAGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTAG-CGGGTGCCTAG-T-CT
* * * * * ** * * * *
14056623 TTGATCCCTCGAACACCTCTTTCA-TCTTTGGCTGGTGTGGCCAACCACGTCCACCACCATCGAT
1 TTGATCCCCCAAACACCTCTTT-AGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCGC-ACCACCACCATAGAT
** * * * ** * ** * *
14056687 GGCATATGCTGGCCCATTGTTGCCCTACGATGATAACTCAA-ACACCATCAGGATGCTAGCCTAT
64 GATAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCT-AAGACACCATCAAGATGCTGGCCTAT
* * * * * * * * * * * *
14056751 TGACAGCATTTGGCCCTTGGTTGGTGTGGCCAATCACGTCTAACACCATCAATGGTAGATGTTGG
128 CGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGACCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGG
* * * * * * * * *
14056816 CCCATTGTTGCCCTAAGATGTTGTCTCAGACAACTCTCAAGCAG-GTGCTAGCCCCACGGTGCCC
193 CCCATTGTTGCCC-GAGATGTTGCCTCAGACACCTCACTAG-AGAGTGTTGGCCCCTCAGTGCCC
* * ** *
14056880 -AATGTTGCCTCGAGCTCCTCTTTAAAGGGTGCCTAGGGC-
256 GAA-GTTGCCTCAAGCTCCTCCTTAGCGGGTGCCTA-GTCT
* * * ** *
14056919 TTGGTCCCCCGAACACCTTTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCGCATCCACCACCACCGGT-
1 TTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCGCA-CCACCACCATAGATG
* ** * * * *
14056983 AGCAGATGCTATACCTTTGTTGCCATGGGATGTTGCCTTAGACACCATCAAGATGCTAGCCTATC
65 A-TAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTAAGACACCATCAAGATGCTGGCCTATC
*
14057048 GATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGACCAATTGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGC
129 GATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGACCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGC
* * * * **
14057113 CCATTGTTGCCCGGGGATGTTTCCTCAGACACCTCCCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAGTGGTCGA
194 CCATTGTTGCCC-GAGATGTTGCCTCAGACACCTCACTAGAGAGTGTTGGCCCCTCAGTGCCCGA
* * ** ** * *
14057178 AGTTGCCTTAAGCTCCTCTTTATTGGGTGTTTGGTGT
258 AGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTAGCGGGTGCCTAGTCT
* * *
14057215 TTGATCCCCTAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGTAGCCAATCGCATCCACCACCATTGATG
1 TTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCGCA-CCACCACCATAGATG
* * *** * * * * *
14057280 GTAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCTCAAGATGTTACTTAAAACAACATCAAGATGCTGGCCTATTG
65 ATAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTAAGACACCATCAAGATGCTGGCCTATCG
* * * ** * *
14057345 ATAGTGTCTGGCCTTTGGCTAGTG-CAGCCAATCGTGTCCAATACCATCGGTGGTAGATGCTGGC
130 ATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGA-CCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGC
* * * * * * **
14057409 TCATTGCTGCCCAAGATGTTGCCT-AGAACACCTCATTGGTGAGTGTTGG-CCCTTTGATGCCCG
194 CCATTGTTGCCCGAGATGTTGCCTCAG-ACACCTCACTAGAGAGTGTTGGCCCCTCAG-TGCCCG
* * * *
14057472 ATGTTGCCTCAAGCTCTTCCTTGGCGGTTGCCTAGTCT
257 AAGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTAGCGGGTGCCTAGTCT
* * * * *
14057510 TTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGCATCCAATTATGC-CCACTATCATCAG-
1 TTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAA-T-CGCACCACCACCAT-AGA
* * * * *
14057573 TGATAGATGTTGGCCTATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTCAGACACCATCAAGATGCTGGCCCAT
63 TGATAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTAAGACACCATCAAGATGCTGGCCTAT
* **
14057638 CGATAGCGTCTGG-CTCTTGGCTGGTGTGTCCAATCGCATTTAACACCATCGATGGTAGATGCTG
128 CGATAGCGTCTGGCCT-TTGGCTGGTGTGACCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTG
* * *
14057702 GCCCATTGTTGCCTCGAGATGTTGCCTCAGACACTTCCCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCA
192 GCCCATTGTTGCC-CGAGATGTTGCCTCAGACACCTCACTAGAGAGTGTTGGCCCCTCA
14057761 ATGGTCGAAG
Statistics
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298 1 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (294 bp):
TTGATCCCCCAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCGCACCACCACCATAGATGA
TAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTTGGGATGTTGCCTAAGACACCATCAAGATGCTGGCCTATCGA
TAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGACCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCC
ATTGTTGCCCGAGATGTTGCCTCAGACACCTCACTAGAGAGTGTTGGCCCCTCAGTGCCCGAAGT
TGCCTCAAGCTCCTCCTTAGCGGGTGCCTAGTCT
Found at i:14057926 original size:296 final size:291
Alignment explanation
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Period size: 296 Copynumber: 4.4 Consensus size: 291
14056713 ACGATGATAA
* * * * * * * * * * *
14056723 CTCAAACACCATCAGGATGCTAGCCTATTGACAGCATTTGGCCCTTGGTTGGTGTGGCCAATCAC
1 CTCAGACAACATCAAGATGCTGGCCTATCGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGT-GCCAATCGC
* * * * * * * *
14056788 GTCTAACACCATCAATGGTAGATGTTGGCCCATTGTTGCCCTAAGATGTTGTCTCAGACAACTCT
65 ATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCC-GAGATGTTGCCTCAGACACCTCC
* * * * ** * * * * ** *
14056853 CAAGCA-GGTGCTAGCCCCACGGT-GCCCAATGTTGCCTCGAGCTCCTCTTTAAAGGGTGCCTAG
129 CTAG-AGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAA-GTTGCCT-TAGCTCCTCATTATTGGGTGTCT--
* * * * * **
14056916 GGC-TTGGTCCCCCGAACACCTTTTTAGTCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCGCATCCACCACCACC
189 GGCTTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGTAGCCAATCGCATCCACCACCATT
** * * * *
14056980 GGT-AGCAGATGCTATACCTTTGTTGCCAT-G-GGATGTTGC
254 AATGA-TAGATGCTA-GCCGTTGTTGCC-TCGAGG-TGTTAC
* * * *
14057019 CTTAGACACCATCAAGATGCTAGCCTATCGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGACCAATTGC
1 CTCAGACAACATCAAGATGCTGGCCTATCGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTG-CCAATCGC
* *
14057084 ATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCGGGGATGTTTCCTCAGACACCTCC
65 ATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCC-GAGATGTTGCCTCAGACACCTCC
* * * *
14057149 CTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAGTGGTCGAAGTTGCCTTAAGCTCCTCTTTATTGGGTGTTTGGTG
129 CTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGCCTT-AGCTCCTCATTATTGGGTGTCTGG-C
* * *
14057214 TTTGATCCCCTAAACACCTCTTTAGTCCTTAGCTAGTGTAGCCAATCGCATCCACCACCATTGAT
192 TTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGTAGCCAATCGCATCCACCACCATTAAT
* * *
14057279 GGTAGATGCTAGCCCGTTGTTGCCTCAAGATGTTAC
257 GATAGATGCTAG-CCGTTGTTGCCTCGAGGTGTTAC
* * * * * * * *
14057315 TTAAAACAACATCAAGATGCTGGCCTATTGATAGTGTCTGGCCTTTGGCTAGTGCAGCCAATCGT
1 CTCAGACAACATCAAGATGCTGGCCTATCGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTG-TGCCAATCGC
* * * * * * *
14057380 GTCCAATACCATCGGTGGTAGATGCTGGCTCATTGCTGCCCAAGATGTTGCCT-AGAACACCTCA
65 ATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCGAGATGTTGCCTCAG-ACACCTCC
* * * * * ** ** * * * * *** * * *
14057444 TTGGTGAGTGTTGGCCCTTTGATGCCCGATGTTGCCTCAAGCTCTTCCTTGGCGGTTGCCTAGTC
129 CTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGCCT-TAGCTCCTCATTATTGGGTGTCT-GGC
* * * * * *
14057509 TTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGCATCCAAT--TATGCCCACTATCATCA
192 TTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGTAGCCAATCGCAT--CCACCACCATTA
* * * * * *
14057572 GTGATAGATGTTGGCCTATTGTTGCCTTG-GGATGTTGC
255 ATGATAGATGCTAGCC-GTTGTTGCCTCGAGG-TGTTAC
* *
14057610 CTCAGACACCATCAAGATGCTGGCCCATCGATAGCGTCTGG-CTCTTGGCTGGTGTGTCCAATCG
1 CTCAGACAACATCAAGATGCTGGCCTATCGATAGCGTCTGGCCT-TTGGCTGGTGTG-CCAATCG
** *
14057674 CATTTAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCTCGAGATGTTGCCTCAGACACTTC
64 CATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCC-CGAGATGTTGCCTCAGACACCTC
14057739 CCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGTCCTGTA-CTCCTCATTATTGGGTGTCTGG
128 CCTAGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTG-CCT-TAGCTCCTCATTATTGGGTGTCTGG
* * ** ** * *
14057803 CACTTGATCCCCCAAACACCTTTTTGGTTTTTAATTGGTGT-GACCACTCGCATCCACCACCATT
191 C-TTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGTAG-CCAATCGCATCCACCACCATT
* * * *
14057867 AATGACAGATGCTAACTCGCTGTTGCCCCGAGGTGTTAC
254 AATGATAGATGCTAGC-CGTTGTTGCCTCGAGGTGTTAC
* * * * * ** * *
14057906 CTCGGACAACATTC-AGATGCTAGCCTGTCAACAATGTTTGGCCTTTGGCTGGTGCAGCCAATCG
1 CTCAGACAACA-TCAAGATGCTGGCCTATCGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTG-TGCCAATCG
** * * * * * * * *
14057970 TGTCCAACATCAT-TAGGGGTAGATGCTAGCCTAATATTGCCCTAGGATGTTGCCTCAGACA
64 CATCCAACACCATCGA-TGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCGA-GATGTTGCCTCAGACA
14058031 GCTCTTTGGC
Statistics
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294 10 0.01
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ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (291 bp):
CTCAGACAACATCAAGATGCTGGCCTATCGATAGCGTCTGGCCTTTGGCTGGTGTGCCAATCGCA
TCCAACACCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCGAGATGTTGCCTCAGACACCTCCCT
AGAGGGTGTTGGCCCCTCAATGGTCGAAGTTGCCTTAGCTCCTCATTATTGGGTGTCTGGCTTTG
ATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTAGTGTAGCCAATCGCATCCACCACCATTAATGATA
GATGCTAGCCGTTGTTGCCTCGAGGTGTTAC
Found at i:14063680 original size:296 final size:296
Alignment explanation
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Period size: 296 Copynumber: 2.1 Consensus size: 296
14063142 CGACAGATGC
* * * ** *
14063152 TGGCCCTTTGTTGCCCTAGGATATTGCCTCAGACACCTCTCTGGCAGATGCTGGCCCTTCGGTGC
1 TGGCCCATTGTTGCCCTAAGATATTGCCTCAGACACCTCTCTAGCAGATGCTAACCCTTCAGTGC
* * *
14063217 TTTATGTTACCTTAAGCTCCTCCTTGATAGGTACTTGGCACTTGGTCCTCCAAACACCTCTTTGG
66 TTGATGTTACCTCAAGCTCCTCCTTGATAGGTACTTGGCACTTGATCCTCCAAACACCTCTTTGG
* * * ** * * *
14063282 TTCTTAGCTAGAGCAGCCAATTGTATCCACCACTATCGGTGGTAAATGCTTGCTCGTTGTTGCCC
131 TCCTTAGCTAGAGCAGCCAATCGTATCCACCACCATCAATGGTAAATGATAGCTCATTGTTGCCC
* * * * *
14063347 CGATATGTTACCTTCGACACCATTGAGATGCTGGCCCATTGATAGCATCTGGCCATTGGTTGG-A
196 CGAGAAGTTACCTTAGACACCATCGAGATGCTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCATTGGTTGGTA
* *
14063411 GCAACCAATCACGTCTAACACCATTGGTGGTAGATGG-
261 GC-ACCAATCACGTCTAACACCAATGATGGTAGA-GGT
* * * *
14063448 TGGCTCATTGTTGCCCTAAGATGTTGCCTCAGACACCTTTCTAGCTAG-TGCTAACCCTTTAGTG
1 TGGCCCATTGTTGCCCTAAGATATTGCCTCAGACACCTCTCTAGC-AGATGCTAACCCTTCAGTG
* * * * * * *
14063512 CTTGATGTTGCCTCGAGCTCCTCTTTGGTAGGTGCTTGGCATTTGATCC-CTTAAACACCTCTTT
65 CTTGATGTTACCTCAAGCTCCTCCTTGATAGGTACTTGGCACTTGATCCTC-CAAACACCTCTTT
* * * *
14063576 GGTCCTTGGCTAGTGCAGCCAATCGTGTCCACCACCATCAATGGTAGATGATAGCTCATTGTTGC
129 GGTCCTTAGCTAGAGCAGCCAATCGTATCCACCACCATCAATGGTAAATGATAGCTCATTGTTGC
* ** * * * *
14063641 CTCGAGAAGTTACCTTAGACATGATCGGGATGTTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCCTTTGTTGG
194 CCCGAGAAGTTACCTTAGACACCATCGAGATGCTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCATTGGTTGG
* * * *
14063706 TATCGCCAATCACGTTTACCACCAATGATGGTAGAGGT
259 TAGCACCAATCACGTCTAACACCAATGATGGTAGAGGT
14063744 TGGCCCATTGTTGCC
1 TGGCCCATTGTTGCC
14063759 TTAGACACCA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 51, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.23, T:0.31
Consensus pattern (296 bp):
TGGCCCATTGTTGCCCTAAGATATTGCCTCAGACACCTCTCTAGCAGATGCTAACCCTTCAGTGC
TTGATGTTACCTCAAGCTCCTCCTTGATAGGTACTTGGCACTTGATCCTCCAAACACCTCTTTGG
TCCTTAGCTAGAGCAGCCAATCGTATCCACCACCATCAATGGTAAATGATAGCTCATTGTTGCCC
CGAGAAGTTACCTTAGACACCATCGAGATGCTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCATTGGTTGGTA
GCACCAATCACGTCTAACACCAATGATGGTAGAGGT
Found at i:14064978 original size:709 final size:696
Alignment explanation
Indices: 14063127--14064995 Score: 1769
Period size: 700 Copynumber: 2.7 Consensus size: 696
14063117 ATCGGGCCTT
** * *
14063127 ATCCAACACCATCGACGACAGATGCTGGCCCTTTGTTGCCCTAGGATATTGCCTCAGACACCTCT
1 ATCCAACACCATCGACGGTAGATGATGGCCCTTTGTTGCCATAGGATATTGCCTCAGACACCTCT
* * * ** * * * * * *
14063192 CTGGCAGATGCTGGCCCTTCGGTGCTTTATGTTACCTTAAGCTCCTCCTTGATAGGTACTTGGCA
66 CTGGCTGGTGCTGGCCCCTCCATGCTTGATG-TACCTCAAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCCTGGCA
* * * * * *
14063257 CTTGGTCCTCC-AAACACCTCTTTGGTTCTTAGCTAGAGCAGCCAATTGTATCCACCACTATCGG
130 CTTGATCC-CCTAAACACCTCTTTGGCT-TTAGCTGGTGTAACCAATTGTATCCACCACTATCGG
* * * * * * *
14063321 TGGTAAATGCTTGCTCGTTGTTGCCCCGATATGTTACCTTCGACACCATTGAGATGCTGGCCCAT
193 TGGTAGATGCTAGCTCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTCGACACCATCGAGATGCTGGCCCAT
* * * * *
14063386 TGATAGCATCTGGCCATTGGTTGGAGCAACCAATCACGTCTAACACCATTGGTGGTAGATGGTGG
258 TGATAGCGTCTGGCCATTAGTTGGAGCAACCAATCACGTCCAACACCATCGGTGGTAGATGCTGG
* * * * *
14063451 CTCATTGTTGCCCTAAGATGTTGCCTCAGACACCTTT-CTAGCT-AGTGCTAACCCTTTAGTGCT
323 CCCATTGTTGCCCTAGGATGTTGCCTCAGACA--TTTCCT-GGTGAGTGCTAGCCCTTTGGTGCT
* * * *
14063514 TGATGTTGCCTCGAGCTCCTCTTTGGTAGGTGCTTGGCATTTGATCCCTTAAACACCTCTTTGGT
385 CGATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAGGTGCTT-GCATTTGATCCCTTGAACACCTCTTTGGT
* * * * *
14063579 CCTTGGCTAGTGCAGCCAATCGTGTCCACCACCATCAATGGTAGATGATAGCTCATTGTTGCCTC
449 CCTTGGCTAGTCCAACCAATCATGTCCACCACCATCAATGATAGATGATAGCACATTGTTGCCTC
* ** ** * * *
14063644 GAGAAGTTACCTTAGACATGATCGGGATGTTGGCCCATCGATAGCATCTGGCCCTTTGTTGGTAT
514 AAGAAGTTACCTTAGACACAATCGGGATACTGGACCATCGAAAGCATCTGGCCCTTTATTGGTAT
*** * * ** *
14063709 CGCCAATCACGTTTACCACCAATGATGGTAGAGGTTGGCCCATTGTTGCCTTAGACACCATCCAT
579 CGCCAATCACACCTACCACCAATGATGATAGAGGTTGGCCCATTGTTACCCCAGACACCAACCAT
* ** * *
14063774 CCAGATGCTAGCCTATTGACAATATCTAGCCCTATCCTGGTGCTGCCAATGGC
644 CCAGATGCTAGCCCATCAACAACATCTAGCCCTATACTGGTGCTGCCAATGGC
* ** * * * * *
14063827 ATCCAACACCATCAATAGTAGATGATGGCCTTTTGTTGCCATGGGATATTACCTCAAACACTTCT
1 ATCCAACACCATCGACGGTAGATGATGGCCCTTTGTTGCCATAGGATATTGCCTCAGACACCTCT
* * *
14063892 CTGG-TAGGTGCTAG-CCCTTCAGTGCTTGATTTTACCTCAAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCCTGG
66 CTGGCT-GGTGCTGGCCCCTCCA-TGCTTGA-TGTACCTCAAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCCTGG
* * * * * * *
14063955 CGCTTGATCCCCTGAACACATCTTTGGTCTTCAACTGGTGTAACCAATTGTGTCTACCACCT-TC
128 CACTTGATCCCCTAAACACCTCTTTGG-CTTTAGCTGGTGTAACCAATTGTATCCACCA-CTATC
* ** * *
14064019 AGTGGTAGACACTAGCTCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCATCGAGATGCTAGCCC
191 GGTGGTAGATGCTAGCTCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTCGACACCATCGAGATGCTGGCCC
* * * * * * **
14064084 GTTGACAACGTCTGGCCTTTAGTTGGTA-CAACCAATTACGTCCATCATTATCGGTGGTAGATGC
256 ATTGATAGCGTCTGGCCATTAGTTGG-AGCAACCAATCACGTCCAACACCATCGGTGGTAGATGC
* * * * *
14064148 TTG-CC--TGTTGTCACCTTGAGATGTTACCTCAGACACTTTCTTGGTGAGTGCTAGCCCTTTGA
320 TGGCCCATTGTTG-C-CCTAG-GATGTTGCCTCAGACA-TTTCCTGGTGAGTGCTAGCCCTTTGG
* ** * *
14064210 TGC-CTGATGTTGCCTCGAGCTCTTCCTTCACATGTGCATGGCATTTGATCCCTTGAACACCTCT
381 TGCTC-GATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAGGTGC-TTGCATTTGATCCCTTGAACACCTCT
** * * *
14064274 TTGGTTTTTGG-TGGGTCCAACCAATCATGTCCACCACCATC-ATCGATAGATGTTGGCACATTG
444 TTGGTCCTTGGCT-AGTCCAACCAATCATGTCCACCACCATCAAT-GATAGATGATAGCACATTG
* * * *
14064337 TTGCC-CTAAGATGTTACCTTGGACACAATCGGGATACTGGACCATCGAAAGCGT-TAGGGCCTT
507 TTGCCTC-AAGAAGTTACCTTAGACACAATCGGGATACTGGACCATCGAAAGCATCT-GGCCCTT
* * * *
14064400 TATTGGTGTGGCCAATCACACCTACCACCATTGATGATAGATGTTGGCCCATTGTTACCCCAGGA
570 TATTGGTATCGCCAATCACACCTACCACCAATGATGATAGAGGTTGGCCCATTGTTACCCCA-GA
* * * * *
14064465 TGTTACCTCAGACACCATCGAGATGCTAGCCCGTCAACAGCATCTGGCCCTATACTGGTG-TGAC
634 ---CA-C-C--A-ACCATCCAGATGCTAGCCCATCAACAACATCTAGCCCTATACTGGTGCTG-C
*
14064529 CAATTGC
690 CAATGGC
** * *
14064536 ATCCAACACCATCGACGGTTCATGTTGGCCCTTTGTTGCCTTAGGATATTGCCTCAGACACCTCT
1 ATCCAACACCATCGACGGTAGATGATGGCCCTTTGTTGCCATAGGATATTGCCTCAGACACCTCT
* * * *
14064601 ATGGCTGGTACTGGCCCCTCCATGCTTGATGTAGCCTCAAGCTCCTCCATGGTGGGTGCCTGGCT
66 CTGGCTGGTGCTGGCCCCTCCATGCTTGATGTA-CCTCAAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCCTGGCA
* * ** * * *
14064666 CTTGATCCCCTAAACACCTCTTAGGACTTTAGCTGGTGTGACCAATTACATCCACCAATATTGGC
130 CTTGATCCCCTAAACACCTCTTTGG-CTTTAGCTGGTGTAACCAATTGTATCCACCACTATCGGT
* * * * *
14064731 GATAGATGCTAGCCCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTTGACACCATC-AGGATGTTGGCCTAT
194 GGTAGATGCTAGCTCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTCGACACCATCGA-GATGCTGGCCCAT
* * * * * *
14064795 TGATAGCGTTTGGCCCTTAGTTGGCGTAACCAATCACGTCCAACACCATCGATGGTAGATACTGG
258 TGATAGCGTCTGGCCATTAGTTGGAGCAACCAATCACGTCCAACACCATCGGTGGTAGATGCTGG
* * *
14064860 CCCATTATTGCCCTAGGATGTTGCCTCTA-ACATATTCCTGGTGAATGCCAGCCCTTTGGTGCTC
323 CCCATTGTTGCCCTAGGATGTTGCCTC-AGACAT-TTCCTGGTGAGTGCTAGCCCTTTGGTGCTC
** * * * *
14064924 GATGTTGCCTTAAGCTCCTCCTTGGCGGGTGCTTGCTACTTAATCCCCTGAACACCTAC-TTGGT
386 GATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAGGTGCTTGC-ATTTGATCCCTTGAACACCT-CTTTGGT
*
14064988 CATTGGCT
449 CCTTGGCT
14064996 GGTGTGAGCA
Statistics
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712 4 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.27, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (696 bp):
ATCCAACACCATCGACGGTAGATGATGGCCCTTTGTTGCCATAGGATATTGCCTCAGACACCTCT
CTGGCTGGTGCTGGCCCCTCCATGCTTGATGTACCTCAAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCCTGGCAC
TTGATCCCCTAAACACCTCTTTGGCTTTAGCTGGTGTAACCAATTGTATCCACCACTATCGGTGG
TAGATGCTAGCTCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTCGACACCATCGAGATGCTGGCCCATTGA
TAGCGTCTGGCCATTAGTTGGAGCAACCAATCACGTCCAACACCATCGGTGGTAGATGCTGGCCC
ATTGTTGCCCTAGGATGTTGCCTCAGACATTTCCTGGTGAGTGCTAGCCCTTTGGTGCTCGATGT
TGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAGGTGCTTGCATTTGATCCCTTGAACACCTCTTTGGTCCTTGGC
TAGTCCAACCAATCATGTCCACCACCATCAATGATAGATGATAGCACATTGTTGCCTCAAGAAGT
TACCTTAGACACAATCGGGATACTGGACCATCGAAAGCATCTGGCCCTTTATTGGTATCGCCAAT
CACACCTACCACCAATGATGATAGAGGTTGGCCCATTGTTACCCCAGACACCAACCATCCAGATG
CTAGCCCATCAACAACATCTAGCCCTATACTGGTGCTGCCAATGGC
Found at i:14068641 original size:296 final size:295
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Period size: 296 Copynumber: 2.6 Consensus size: 295
14068199 GGCTAGTGTG
* * * * * *
14068209 ACCAATCCTGTCCACCACCATCAGAGGTAGATGTTAGCCCATTGTTGCCCCAGGATGTTGCCTCA
1 ACCAATCGTGTCCACCACCTTCGGAGGTAGATGTTAGCCCATTGTTACCCCAGGATTTTACCTCA
* * * * ** * * ** * *
14068274 GACACCATCAAGATGCTGGCCCATCGATAACATTTGGCCCTTAGCAAGTGTAGTGAATCGCATCA
66 AACACCATCGAGATGCTGGCCCATCGAGAGCATTTGGCCCTTAGTTACTATAGCCAATCACATCC
** * * * *
14068339 AACACCATCGATGGTAGATGTTGGCCTATTGTTGCCTCAGGATGTTACCTCGAACACCTCTATGG
131 AACACCATCGATGGTAGATACTGGCCTATTGTTGCC-CAGGATGTTGCCTCAAACACCTCTACGA
* *
14068404 TGGGTGCTAG-CCTCTTGGCGCCTGATGTTACCTCATGCTCTTCCTTGGC-GGATGCCTGGCACT
195 TGGGTGCTAGCCCT-TTAGCGCCTGATGTTACCTCAAGCTCTTCCTTGGCAGG-TGCCTGGCACT
** *
14068467 TAATCCCCCGAATGCCTCTTTGGTCCTTGGTTAGTGCA
258 TAATCCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTGGTTAGTACA
* * ** *
14068505 ACCAATCGTGTCCACCACCTTTGGTGGTAGATCCTAGGCCATTGTTACACCCA-GATTTTACCTC
1 ACCAATCGTGTCCACCACCTTCGGAGGTAGATGTTAGCCCATTGTTAC-CCCAGGATTTTACCTC
** * * *
14068569 AAACACCATCGAGATGCTGGCCTGTCAAGAGCATTTGGCCCTTAGTTATTATAGCCATTCACATC
65 AAACACCATCGAGATGCTGGCCCATCGAGAGCATTTGGCCCTTAGTTACTATAGCCAATCACATC
* * * * * * * * *
14068634 CAACACCATC-AGTGATAGATACTGGCCCATTATTATCACAAGATGTTGCCTTATACACCTGC-C
130 CAACACCATCGA-TGGTAGATACTGGCCTATTGTT-GCCCAGGATGTTGCCTCAAACACCT-CTA
* * * * *
14068697 CGATGGGTGTTGGCCCTTTAGTGCCTGATGTTGCCTCAAGCTCTTCCTTGGCAGGTGCCTGGCGC
192 CGATGGGTGCTAGCCCTTTAGCGCCTGATGTTACCTCAAGCTCTTCCTTGGCAGGTGCCTGGCAC
* * * * *
14068762 TTGATCCCCTGAACACCTTTTTGGTCCTTGGTTGGTATA
257 TTAATCCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTGGTTAGTACA
* * * * * *
14068801 GCCAATCGTATCCACCACCTTC-GACGATTGATGTTAGCCCGTTGTTACCCTAGGATTTTACCTC
1 ACCAATCGTGTCCACCACCTTCGGA-GGTAGATGTTAGCCCATTGTTACCCCAGGATTTTACCTC
* * * * *
14068865 GAACACCATCGGGATGCTAGCCCATCGAGAGCATTTGGTCCTTAGTTACTA-CGACCAATCATC-
65 AAACACCATCGAGATGCTGGCCCATCGAGAGCATTTGGCCCTTAGTTACTATAG-CCAATCA-CA
* * *
14068928 TCCAACAACATCGATAGTAGATACTGGCCTATTGTTGCCCTAGAATGTTGCCTCAAACACCTCT
128 TCCAACACCATCGATGGTAGATACTGGCCTATTGTTGCCC-AGGATGTTGCCTCAAACACCTCT
14068992 CAAGCAAGTG
Statistics
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0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
295 9 0.02
296 363 0.94
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ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (295 bp):
ACCAATCGTGTCCACCACCTTCGGAGGTAGATGTTAGCCCATTGTTACCCCAGGATTTTACCTCA
AACACCATCGAGATGCTGGCCCATCGAGAGCATTTGGCCCTTAGTTACTATAGCCAATCACATCC
AACACCATCGATGGTAGATACTGGCCTATTGTTGCCCAGGATGTTGCCTCAAACACCTCTACGAT
GGGTGCTAGCCCTTTAGCGCCTGATGTTACCTCAAGCTCTTCCTTGGCAGGTGCCTGGCACTTAA
TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTGGTTAGTACA
Found at i:14071976 original size:45 final size:45
Alignment explanation
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Period size: 45 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
14071917 CCATCATCAG
* * * *
14071927 CACAAGCTGGCCTTTGGTGCAGGCAGTTACCTCGACCACCATCGA
1 CACAAGCTAGCCCTTGGTACAGGCACTTACCTCGACCACCATCGA
* * *
14071972 CACAAGCTAGCCCTTGGTACGGGCACTTACCTTGACCACCATCGG
1 CACAAGCTAGCCCTTGGTACAGGCACTTACCTCGACCACCATCGA
14072017 CACA
1 CACA
14072021 TGCATGCCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (45 bp):
CACAAGCTAGCCCTTGGTACAGGCACTTACCTCGACCACCATCGA
Found at i:14077008 original size:295 final size:294
Alignment explanation
Indices: 14076285--14077319 Score: 765
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14076275 ACTCCCTGAT
* * * * * * **
14076285 GGGTGCTTG-CCTCTCGGTGCTCGATGTTGCCTCAAGCTCCTCTTTGGTGGGTGCTTGAAACTTG
1 GGGTGCTAGCCCT-TCGATGCTTGATGTTACCTCTAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCTTGGCACTTG
* * * * *
14076349 ATCCCCCGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTAGTGTTGCCAATCGCATCCACCACCTTTAATGACA
65 ATCCCCCGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTGGTGTCGCCAATCACATCCA-CACCATTAATGATA
* * * * * *
14076414 GATGCTAGCCTATTGTTGCCCCGGGATGTTACTTAGAACACCATCGGGATACTGGCCCATCAACA
129 GATGCTGGCCCATTGTTGCCCAGGGATATTACATAGAACACCATCGAGATACTGGCCCATCAACA
* * * * * *
14076479 ATATCTAGCCCTTAGCTGGTGTTGCCAATCACATGCAACACCATCGGTGGCAAATGCTGGACTGT
194 ACATCTAGCCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCAACACCATCGGTAGCAAATACTGGACCGT
* * **
14076544 TGTTGCCCATGATGTTGCCTCAGACACCTTCTTGGC
259 TGTTGCCCAGGATGTTACCTCAGACACCTTCTTAAC
** * * * * * *
14076580 AAGTGCTAGCCCCTCGATGCCTAATGTTACCT-TGAGCTCCTCCTTTGTGGGTGCCTGGCATTTG
1 GGGTGCTAGCCCTTCGATGCTTGATGTTACCTCT-AGCTCCTCCTTGGTGGGTGCTTGGCACTTG
* * * * * * *
14076644 ATCCCCTGAACACCTCTTTAGTCTTTGGCTGGTATGGCTAATTACATCCACTACCATCAATGATA
65 ATCCCCCGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTGGTGTCGCCAATCACATCCAC-ACCATTAATGATA
* * * *
14076709 GATGCTGGCCCATTGTTGCCCATGGATATTGCAT-GAACACCATCGAGATGCTAGG-TCATCAAC
129 GATGCTGGCCCATTGTTGCCCAGGGATATTACATAGAACACCATCGAGATACT-GGCCCATCAAC
* * * * * * * * *
14076772 TACATCTGGCCTTTGGCTGGTGTGGCCAATTACATCCAACACCATCGGTAGTAGATATTGGGCCG
193 AACATCTAGCCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCAACACCATCGGTAGCAAATACTGGACCG
*
14076837 TTGTTGCCTCGGGATGTTACCTCAGACACC-TCTCTAAC
258 TTGTTGCC-CAGGATGTTACCTCAGACACCTTCT-TAAC
* *
14076875 GGGTGCTAGCCCTTCGATGCTTGATGTTTCCTCTAGCTACTCCTTGGTGGGTGCTTGGCACTTGA
1 GGGTGCTAGCCCTTCGATGCTTGATGTTACCTCTAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCTTGGCACTTGA
* * * * * *
14076940 TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCATTGGTTGGTGCCACCAATCACATCCATCACCATTAGTGGTAG
66 TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTGGTGTCGCCAATCACATCCA-CACCATTAATGATAG
*** * * * * * * * * *
14077005 ATGCTGGCTGGTTGTTGCCCCA-GGATGTTACCTTGAACACGATTG-GAATGCAGGCCCATCGAT
130 ATGCTGGCCCATTGTTG-CCCAGGGATATTACATAGAACACCATCGAG-ATACTGGCCCATCAAC
* * * * * * ** * * * *
14077068 ATCATTTGGCCCCTGGCTGGTATGGCCAATCATGTCCAACACCATAGGTGGCAGATGCTGG-CCT
193 AACATCTAGCCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCAACACCATCGGTAGCAAATACTGGACC-
* * * * * * * * *
14077132 GTTGGTGCCCCGAGAAGTTGCCTCAAACACTTTTTTGAT
257 GTTGTTGCCCAG-GATGTTACCTCAGACACCTTCTTAAC
* * * * * * * ***** * * *
14077171 AGGTGTTGGCCCCTCGATGCTCGATGTTACCTCAAGCACCTCCTTGGCAAAAGCCTAGCGCTTGA
1 GGGTGCTAGCCCTTCGATGCTTGATGTTACCTCTAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCTTGGCACTTGA
* * * * * * *** *
14077236 TCTCCC-AACACCTCTTTGGTCATTGGCTGGTGTGGCCAATCTCGTCCACCATCATCGGTGGTAG
66 TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTGGTGTCGCCAATCACATCCA-CACCATTAATGATAG
*
14077300 ATGCTGGCCTATTGTTGCCC
130 ATGCTGGCCCATTGTTGCCC
14077320 CTGGATGTTA
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 146, Indels: 31
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
294 88 0.15
295 339 0.59
296 150 0.26
297 2 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.28, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (294 bp):
GGGTGCTAGCCCTTCGATGCTTGATGTTACCTCTAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCTTGGCACTTGA
TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTGGTGTCGCCAATCACATCCACACCATTAATGATAGA
TGCTGGCCCATTGTTGCCCAGGGATATTACATAGAACACCATCGAGATACTGGCCCATCAACAAC
ATCTAGCCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCAACACCATCGGTAGCAAATACTGGACCGTTG
TTGCCCAGGATGTTACCTCAGACACCTTCTTAAC
Found at i:14078715 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 14078683--14078732 Score: 66
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
14078673 ACGATGACTC
*
14078683 ATTTTCTAC-ATTTCATGATTTTTTAA
1 ATTTTCTACTATTT-AGGATTTTTTAA
*
14078709 ATTTTCTGCTATTTAGGATTTTTT
1 ATTTTCTACTATTTAGGATTTTTT
14078733 TTAATTTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 17 0.81
27 4 0.19
ACGTcount: A:0.22, C:0.10, G:0.08, T:0.60
Consensus pattern (26 bp):
ATTTTCTACTATTTAGGATTTTTTAA
Found at i:14080725 original size:296 final size:295
Alignment explanation
Indices: 14080243--14081552 Score: 932
Period size: 296 Copynumber: 4.4 Consensus size: 295
14080233 TGCTAGCTTG
* * * * * * * * *
14080243 TCAACAGCATCTAGCCATTTGCTAGTGTAGCCAATTGCATCCAATACCATTGCTGGTAGATGCTG
1 TCAACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGTAGCCAATAGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTA
* * ** * * *
14080308 GCCCATTGTTG--CTAAGGGAAGTTGCCTCAGACACCTCTCTGGTGAGTGCTAGCCCTTT-GATG
66 GCCCATTGTTGCCCCAA--GATGTTGCCTTGGACACCTCTCTGATGGGTGCTGGCCCTTTAG-TG
* * * * * * ***
14080370 CCTAATGTTGCCTTGAGCTCCTCATTGGCAAGTGCCTAGCGATTGATCCCATGAACACCTCTTTG
128 CCTAATGTTACCTCGAGCTTCTCTTTGGCAGGTGCCTAGCGCTTGATCCCCCAAACACCTCTTTG
* * * * * * **
14080435 GTCATTGGC-GAGTGCAGCCAATCATGTCCACCACCATTGGTGGTAGATGTTGGCTGGTTGTTAC
193 GTCATTGGCTG-GTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGATGGAAAATGCTGGCCCGTTGTTAC
* *
14080499 CTCAAGATGTTA-CTTCGGACACCATCGTGATGCTGGCCCA
257 C-CAAGATGTTACCTT-GGACACCATCATGATGCTAGCCCA
* * * * *
14080539 TCAACAACATTTGGCCTTTGGCTAGTGTAGCCAATAGTATCCAACACAATCGATGGCAGATGCTA
1 TCAACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGTAGCCAATAGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTA
* * * *
14080604 GCCCATTGTTGCCCCAAGATGTTGACTTAGACACCTCTTTGATGGGTGTTGGCCCTTTAGTGGCC
66 GCCCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCTCTGATGGGTGCTGGCCCTTTAGT-GCC
* * *
14080669 -AATGTTACCTCGAG-TTCCTCTTTGGTAGGTGCCTATCGCTTGATCCCCCAAACACCTTTTTGG
130 TAATGTTACCTCGAGCTT-CTCTTTGGCAGGTGCCTAGCGCTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGG
* * * ** * ** **
14080732 TCATTGGCTGGTGTAGCCAATCGTACCCACCACCATCGATAGAAAATGCTAACTTGTTGTTACCC
194 TCATTGGCTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGATGGAAAATGCTGGCCCGTTGTTACCC
* * * * * * *
14080797 TAAAAAGTTACCTCGGACACCATTAAGATGCCAGCTCA
259 -AAGATGTTACCTTGGACACCATCATGATGCTAGCCCA
* * * * * * * * *
14080835 TCAATAGCGTCTGGCCCTTAGCTAGTGTAACCAATCA-CGTCTAACACCATCGGTGGTAAATGCT
1 TCAACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGTAGCCAAT-AGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCT
* * *** * * * * * * *
14080899 AGCCCATTCTTACCTTGAGATGCTGCCTTGGATACCT-TATTGGTAGGTGCTAGCCCCTTAGTGC
65 AGCCCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCT-CTGATGGGTGCTGGCCCTTTAGTGC
* * * * * * *
14080963 CTGATGTTGCCTTGAGCTTTTCTTTGGCAGGTGTCTAGCACTTGATCCCTCAAACACCT-TATTG
129 CTAATGTTACCTCGAGCTTCTCTTTGGCAGGTGCCTAGCGCTTGATCCCCCAAACACCTCT-TTG
* * * *
14081027 GTCATTGGCTGGTGTAACCAATCATGTCCATCACCATCGATGGCAAATGCTGGCCCGTTGTTGCC
193 GTCATTGGCTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGATGGAAAATGCTGGCCCGTTGTTACC
* * *** *
14081092 CATGGATGTTACCTTAGACACCATTGGGATGCTAGCCTA
258 CA-AGATGTTACCTTGGACACCATCATGATGCTAGCCCA
* * * * * * ** * *
14081131 TCAACAACATCTGGCACTTGGCTGGTGTGGCTAATCGCATCCAACGCCATCGACAGTAGTTGCTG
1 TCAACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGTAGCCAATAGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTA
* *** ** * *
14081196 GCCCATTATTGAATCAAGATGTTAACTCGGACACCTCTCT-AGTGGGTGCTGGCCCTTCGAGT--
66 GCCCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCTCTGA-TGGGTGCTGGCCCTT-TAGTGC
* * * * ** * **
14081258 CTGATGTTACCTCAAGCTTTTCCTCAGCAGGTGCCTAGCGCTTAATCCCCTGAACACCTCTTTGG
129 CTAATGTTACCTCGAGCTTCTCTTTGGCAGGTGCCTAGCGCTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGG
* * * *
14081323 TCCTTGGCTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATTG--GCGAATGATGCTGGCCCCTTGTTAC
194 TCATTGGCTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGATG-GAA-AATGCTGGCCCGTTGTTAC
* * * *
14081386 CTCAAGATGTTAGCTTGGACACTATCATGATGCTGGCCCG
257 C-CAAGATGTTACCTTGGACACCATCATGATGCTAGCCCA
** * * * * *
14081426 TTGACAA-AGTCAGGCCCTTGGCTGGTGTGGCCAAT--CATGTCCAACACCATC-ATGGCATATG
1 TCAACAACA-TCTGGCCCTTGGCTAGTGTAGCCAATAGCA--TCCAACACCATCGATGGTAGATG
* ** * * * *
14081487 TTAGCCCATTGTTGCCCCGGGATGTTTCCTTGGACACCTC-CCGATGGGTGTTGGCCCCTTAGTG
63 CTAGCCCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCTCTGATGGGTGCTGGCCCTTTAGTG
14081551 CC
128 CC
14081553 CTGGACATCT
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 207, Indels: 58
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
292 3 0.00
293 17 0.02
294 39 0.05
295 175 0.22
296 528 0.68
297 14 0.02
298 3 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.27, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (295 bp):
TCAACAACATCTGGCCCTTGGCTAGTGTAGCCAATAGCATCCAACACCATCGATGGTAGATGCTA
GCCCATTGTTGCCCCAAGATGTTGCCTTGGACACCTCTCTGATGGGTGCTGGCCCTTTAGTGCCT
AATGTTACCTCGAGCTTCTCTTTGGCAGGTGCCTAGCGCTTGATCCCCCAAACACCTCTTTGGTC
ATTGGCTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGATGGAAAATGCTGGCCCGTTGTTACCCAA
GATGTTACCTTGGACACCATCATGATGCTAGCCCA
Found at i:14086801 original size:296 final size:295
Alignment explanation
Indices: 14086205--14086823 Score: 647
Period size: 296 Copynumber: 2.1 Consensus size: 295
14086195 CAATGGAATT
* * * * *
14086205 CAACACCATTGATAGCAAATGCTAGCCTGTTGTTGCCCTAAGATGTTGACTCAGACACTCTCTTA
1 CAACACCATTGATGGTAGATGCTAGCCTGTTGTTGCCCTAAGATGTTGACTCAGACACTCCCTGA
* * * * * * * * *
14086270 GTGGGTGCTAGCCACTCGCTACCCGATGTTGCCTTAAGCTCCTCTTTGGTAGGTGCCAGGTGCTT
66 GTAGGTGCTAGCCACTCACTACCCAATGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTGGCAAGAGCCAGGCGCTT
* * *
14086335 AATCCCTTAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATTGCATCCACCACCATCGATGGT
131 AATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATCGCATCCACCACCATCGATGGC
* * * *
14086400 AGATGTAAGCTCATTGTTGCCCTGAGATCTTACCATGAACACCATTGAGATGCTAGCCCATCGAT
196 AGATATAAGCTCATTGTAGCCCTGAGATCTTACCATGAACACCATCGAGATGCTAGCCCATCGAC
* * *
14086465 AGCATCTAGCCCTTCACTGATGTGCCCAATTGCTTC
261 AACATCTAGCCCTTCACTGA-GTGCCCAATCGCATC
* * * *
14086501 CAACACCATTGGTGGTAGATGCTAGCTTGTTGTTG-CCTCAAGATGTTGCCTCGGACACCTCCCT
1 CAACACCATTGATGGTAGATGCTAGCCTGTTGTTGCCCT-AAGATGTTGACTCAGACA-CTCCCT
* * * *
14086565 GA-TAGGTGCTGGCCCCTCACTGCCCAATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAAGAGCCTA-GCG
64 GAGTAGGTGCTAGCCACTCACTACCCAATGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTGGCAAGAGCC-AGGCG
* ** * ** *
14086628 CTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGTGACTAATCGTGTCCACCATCATC-AG
128 CTTAATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATCGCATCCACCACCATCGA-
** * * * * * *
14086692 TGGCAGATATTGGCTCGTTGTAGCCTTGAGATGTTACC-TCGGACACCATCGGGATGCTGGCCCA
192 TGGCAGATATAAGCTCATTGTAGCCCTGAGATCTTACCAT-GAACACCATCGAGATGCTAGCCCA
* ***
14086756 TCGACAACATCTAGCTCTTGGTTG-GTGCAGCCAATCGCATC
256 TCGACAACATCTAGCCCTTCACTGAGTGC--CCAATCGCATC
* *
14086797 CAACACCATCGATGGTAGAAGCTAGCC
1 CAACACCATTGATGGTAGATGCTAGCC
14086824 CATTATTGTC
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 55, Indels: 14
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
294 4 0.02
295 5 0.02
296 245 0.94
297 7 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (295 bp):
CAACACCATTGATGGTAGATGCTAGCCTGTTGTTGCCCTAAGATGTTGACTCAGACACTCCCTGA
GTAGGTGCTAGCCACTCACTACCCAATGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTGGCAAGAGCCAGGCGCTT
AATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATCGCATCCACCACCATCGATGGC
AGATATAAGCTCATTGTAGCCCTGAGATCTTACCATGAACACCATCGAGATGCTAGCCCATCGAC
AACATCTAGCCCTTCACTGAGTGCCCAATCGCATC
Found at i:14086843 original size:296 final size:294
Alignment explanation
Indices: 14086331--14086995 Score: 642
Period size: 296 Copynumber: 2.2 Consensus size: 294
14086321 GGTGCCAGGT
* *
14086331 GCTTAATCCCTTAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATTGCATCCACCACCATCGA
1 GCTTAATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATCGCATCCACCACCATCGA
* * * *
14086396 TGGTAGATGTAAGCTCATTGTTGCCCTGAGATCTTACCATGAACACCATTGAGATGCTAGCCCAT
66 TGGCAGATATAAGCTCATTGTAGCCCTGAGATCTTACCATGAACACCATCGAGATGCTAGCCCAT
* * * * * * *
14086461 CGATAGCATCTAGCCCTTCACTGATGTGCCCAATTGCTTCCAACACCATTGGTGGTAGATGCTAG
131 CGACAACATCTAGCCCTTCACTGA-GTGCCCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGAAGCTAG
*** * * *
14086526 CTTGTTGTTGCCTCAAGATGTTGCCTCGGACACCTCCCTGA-TAGGTGCTGGCCCCTC-ACTGCC
195 CCCATTATTG-CTCAAGATGTTGCCTCAGACACCT-CCTGAGTAGGTACTGGCCCCTCGA-TGCC
*
14086589 CAATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAAGAGCCTAGC
257 CAATATTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAAGAGCCTAGC
* ** * ** *
14086627 GCTTGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGTGACTAATCGTGTCCACCATCATC-A
1 GCTTAATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATCGCATCCACCACCATCGA
** * * * * * *
14086691 GTGGCAGATATTGGCTCGTTGTAGCCTTGAGATGTTACC-TCGGACACCATCGGGATGCTGGCCC
66 -TGGCAGATATAAGCTCATTGTAGCCCTGAGATCTTACCAT-GAACACCATCGAGATGCTAGCCC
* ***
14086755 ATCGACAACATCTAGCTCTTGGTTG-GTGCAGCCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGAAGC
129 ATCGACAACATCTAGCCCTTCACTGAGTGC--CCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGAAGC
* * *
14086819 TAGCCCATTATTG-TCATGAGATGTTGCCTCAGATAGCTCCTTAGTAGGTACTGGCCCCTCGATG
192 TAGCCCATTATTGCTCA--AGATGTTGCCTCAGACACCTCCTGAGTAGGTACTGGCCCCTCGATG
* * * * ** * * *
14086883 CTCGATATTGCCTTGAGCTCTTCCTTGG-TGGTTGCCTGGT
255 CCCAATATTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAAG-AGCCTAGC
* * * ** * * *
14086923 GCTTAATCCATCGAACACTTCCATGGTTCTTGGCTGGTATGACCAATCGCATCCACCACCATTGA
1 GCTTAATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATCGCATCCACCACCATCGA
*
14086988 TGGTAGAT
66 TGGCAGAT
14086996 GCTTTCCCAT
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 65, Indels: 20
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
294 7 0.02
295 7 0.02
296 278 0.95
297 2 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (294 bp):
GCTTAATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTACGACCAATCGCATCCACCACCATCGA
TGGCAGATATAAGCTCATTGTAGCCCTGAGATCTTACCATGAACACCATCGAGATGCTAGCCCAT
CGACAACATCTAGCCCTTCACTGAGTGCCCAATCGCATCCAACACCATCGATGGTAGAAGCTAGC
CCATTATTGCTCAAGATGTTGCCTCAGACACCTCCTGAGTAGGTACTGGCCCCTCGATGCCCAAT
ATTGCCTCGAGCTCCTCCTTGGCAAGAGCCTAGC
Found at i:14091710 original size:295 final size:290
Alignment explanation
Indices: 14090804--14091889 Score: 810
Period size: 295 Copynumber: 3.7 Consensus size: 290
14090794 CTCCCTAGTG
* ** * * * *
14090804 GGTGCAGGCCCCTCAGTGCCCAATGTTG-CTTTGAGCTCTTTCTTGGTAGGTGCCTGGAGCTTGA
1 GGTGCTGGCCCCTTGGTGCCCGATGTTGTC-TTGAGCTCCTCCTT-CTAGGTGCCTGGA-CTTGA
* * * * *
14090868 TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTAGTTGGTGTGGCCATTCGCATCCACCACCAT-TAGCAGTA
63 TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCACCACCATCGA-CGGTA
* * * ** * *
14090932 GATGCTGGCCCATTGTTGGCCTGGGATGTTACCTTGGACACCATCAGGATACCGACCCATCAATA
127 GATGTTGGCCCATTGTTGCCCTAGGATGTTACCTTAAACACCATCAGAATACTGACCCATCAATA
* * ** ** * * * * * *
14090997 GCACCTGGCCC-TCGACCGGTGTGGCCAATCGTATCCAACGCAATCAGTGGTGGATGCTTGCCCA
192 GCATCTGGCCCTTAG-CTAGTGCAGCCAATC-TATGCAACACCATCGGTGGTAGATGCTGGCCCA
*
14091061 TTGTTGCCCT--A-G--CCTCAAACACCTC-CATGGTA
255 TTATTG-CCTGGATGTTCCTCAAACACCTCTC-TGGTA
* * * *
14091093 GGTGTTGGCCCCTTGGTGCCCAATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTGGT-GAGTGCCTGGCACTTGA
1 GGTGCTGGCCCCTTGGTGCCCGATGTTGTCTTGAGCTCCTCCTT-CTAG-GTGCCTGG-ACTTGA
*** * * * * * **
14091157 TCCTTTGAACACCTCTCTCGTCCTTGGCTAGTGTGGCCAATCACATCCACCACCATCGATGACAG
63 TCCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCACCACCATCGACGGTAG
* ** * *
14091222 ATGTTGGCCCATTGTTG-CCTAGGGATGTT-TCTTCAAACACCATC-GAGACGCT-AGCTCATCG
128 ATGTTGGCCCATTGTTGCCCTA-GGATGTTACCTT-AAACACCATCAGA-ATACTGA-CCCATCA
* * * * * *
14091283 ATAG-AGTTTGGCCCTTGGCTAATGCAGCCAAT-TATGTCTAACACCATTGATGGTAGATGTTGG
189 ATAGCA-TCTGGCCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCTATG-C-AACACCATCGGTGGTAGATGCTGG
* * * * *
14091346 CCCGTTATTGCCCCGAGATGTTGCCTCAAACACTTTTTTGGTA
251 CCCATTATTG-CCTG-GATGTT-CCTCAAACACCTCTCTGGTA
* * ** *
14091389 AGTGCTAGCCCCTTGGTGCCCGATGTTGTCTCAAGCTCCTCCTTCATAGGTGTCTGGCACTTGAT
1 GGTGCTGGCCCCTTGGTGCCCGATGTTGTCTTGAGCTCCTCCTTC-TAGGTGCCTGG-ACTTGAT
* ** *
14091454 CCCCCGAACACCTCTTTGGTCTTTAGCTGGTGT-GCCAATCATGTCCAACACCATC-AGCGGTAG
64 CCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCACCACCATCGA-CGGTAG
* *
14091517 ATGCTT-GCCTATTGTTACCCTAGGATGTTACCTTAAACACCATCAGAATACTGACCCATCAATA
128 ATG-TTGGCCCATTGTTGCCCTAGGATGTTACCTTAAACACCATCAGAATACTGACCCATCAATA
*
14091581 GCATCTGGCCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCACATGCAACACCATCGGTGGTAGATGCTGGCCCAT
192 GCATCTGGCCCTTAGCTAGTGCAGCCAATC-TATGCAACACCATCGGTGGTAGATGCTGGCCCAT
* *
14091646 TATTGCCTAAGGATGTTACCTCAAACACCTCTCTAGTG
256 TATTGCCT--GGATGTT-CCTCAAACACCTCTCTGGTA
* * * * * * **
14091684 GGTGCTGGCCCCTCGATGCTCGATGTTGTCTTGAGCTCTTCCTTGC-CGGTTGACATGTG-CTCA
1 GGTGCTGGCCCCTTGGTGCCCGATGTTGTCTTGAGCTCCTCCTT-CTAGG-TG-CCTG-GACTTG
* * * *** *
14091747 ATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTCAGCTGGTGTGGCCAATCTTGTCCACCACCATCGATGGTA
62 ATCCCCCGAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCACCACCATCGACGGTA
* * * * * * * * *
14091812 GACGTTGGCCCATTATTGCCTTGGGATGTTACCTCAAACACCATCAGGATGCTGGCCCATCAACA
127 GATGTTGGCCCATTGTTGCCCTAGGATGTTACCTTAAACACCATCAGAATACTGACCCATCAATA
**
14091877 ATATCTGGCCCTT
192 GCATCTGGCCCTT
14091890 GATTGGTGTA
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 133, Indels: 73
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
287 3 0.00
288 11 0.02
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290 5 0.01
292 1 0.00
293 1 0.00
294 5 0.01
295 210 0.34
296 198 0.32
297 6 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (290 bp):
GGTGCTGGCCCCTTGGTGCCCGATGTTGTCTTGAGCTCCTCCTTCTAGGTGCCTGGACTTGATCC
CCCGAACACCTCTTTGGTCCTTAGCTGGTGTGGCCAATCACATCCACCACCATCGACGGTAGATG
TTGGCCCATTGTTGCCCTAGGATGTTACCTTAAACACCATCAGAATACTGACCCATCAATAGCAT
CTGGCCCTTAGCTAGTGCAGCCAATCTATGCAACACCATCGGTGGTAGATGCTGGCCCATTATTG
CCTGGATGTTCCTCAAACACCTCTCTGGTA
Found at i:14092478 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 14092258--14092506 Score: 394
Period size: 129 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
14092248 ATGTTGCGTC
* **
14092258 AGGCACTATCAGGATGCTGGCCCATCGATAGCATCTGGCTTTCGACTAGTGCAGTCAATTGTGTG
1 AGGCACTATCAGGATGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCTTTCGACTAGTGCAGTCAATCATGTG
* *
14092323 CAACACTATCAACAGTAGATGCCAGCGTGTTGTTTCCTCAGGATGTTGCCCCGGATGTTACCTT
66 CAACACTATCAACAGTAGATGCCAGCGTGTTGTTACCTCAGAATGTTGCCCCGGATGTTACCTT
14092387 AGGCACTATCAGGATGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCTTTC-AGCTAGTGCAGTCAATCATGT
1 AGGCACTATCAGGATGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCTTTCGA-CTAGTGCAGTCAATCATGT
* * *
14092451 GCAACACTA-CTGACAGTAGATGTCAGCGTGTTGTTACCTCAGAATGTTGCCTCGGA
65 GCAACACTATC-AACAGTAGATGCCAGCGTGTTGTTACCTCAGAATGTTGCCCCGGA
14092507 CACCTTCCTA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 8, Indels: 4
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
128 2 0.02
129 108 0.98
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (129 bp):
AGGCACTATCAGGATGCTAGCCCATCGATAGCATCTGGCTTTCGACTAGTGCAGTCAATCATGTG
CAACACTATCAACAGTAGATGCCAGCGTGTTGTTACCTCAGAATGTTGCCCCGGATGTTACCTT
Found at i:14096662 original size:296 final size:297
Alignment explanation
Indices: 14096360--14096935 Score: 640
Period size: 296 Copynumber: 1.9 Consensus size: 297
14096350 ATCAACTATG
* * * * * **
14096360 TCTGGCCATTGGTTGGTGTAGCCAATCGCATCAAACACCATTGGTGGTAGATGCTAGTGCATTGT
1 TCTGGCCATTCGTTGGTGTAGCCAATCGCATCAAACACCATCGATAGCAGATGCTAGCCCATTGT
** * * * *
14096425 TG-CTTTGAGATGTTACCTCAGAGAC-CTCTC-TGGTAGGTGCTGGCCCCTTAGTG-CTGGATGT
66 TGCCTCGGA-AGGTTACCT-AG-GACACTCTCTTGGTAGGTGCTGGCCCCTCAGTGCCT-AATAT
** * **
14096486 TGTCTTAAGCTCCTCTTTGGTGGGTGCCTAGTGCTTAATCCCCCAAACACCTCTTTGGTCCTTAG
127 TACCTTAAGCTCCTCTTTGGTGGGTGCCTAGTGCTTAATCCCACAAACACCTCTTTGAACCTTAG
* * * * * *
14096551 CTGGTGTGACCAATCATGTCCACCACCATCGATGGTAGATGCTGGCACGTTGT-TGTCGCGAGAT
192 CTGGTGCGACCAATCATGTACACCACCATCGATGATAGATGCTGGAACATTGTGTGCCGCGAGAT
**
14096615 GTTACCTTGGACACCATCAGGTTGTTGGCTCGTCGATAGCA
257 GTTACCTCAGACACCATCAGGTTGTTGGCTCGTCGATAGCA
* * ** * *
14096656 TCTGGCCCTTCGTTGGTGTGGCCAATCGGGTCCAATACCATCGATAGCAGATGCTAGCCCATTGT
1 TCTGGCCATTCGTTGGTGTAGCCAATCGCATCAAACACCATCGATAGCAGATGCTAGCCCATTGT
* * * *
14096721 TGCCTCGGAAGGTTGCCTAGGACACTTTCTTGGTGGGTGTTGGCCCCTCAGTGCCTAATATTACC
66 TGCCTCGGAAGGTTACCTAGGACACTCTCTTGGTAGGTGCTGGCCCCTCAGTGCCTAATATTACC
* * * *
14096786 TTGAGCTCCTCTTTGGTGGGTGCCTAGTGCTTGATCCCATAAACACCTCTTTGAACCTTAGTTGG
131 TTAAGCTCCTCTTTGGTGGGTGCCTAGTGCTTAATCCCACAAACACCTCTTTGAACCTTAGCTGG
* * ** ** * * *
14096851 TGCGGCTAATTGTGTACATGACCATCGATGATAGATGTTGGAACATTGTGTGCCTCGGGATGTTA
196 TGCGACCAATCATGTACACCACCATCGATGATAGATGCTGGAACATTGTGTGCCGCGAGATGTTA
14096916 CCTCAGACACCATCAGGTTG
261 CCTCAGACACCATCAGGTTG
14096936 CTAGCCTATC
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 49, Indels: 9
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
294 3 0.01
295 6 0.03
296 181 0.80
297 36 0.16
ACGTcount: A:0.19, C:0.24, G:0.26, T:0.31
Consensus pattern (297 bp):
TCTGGCCATTCGTTGGTGTAGCCAATCGCATCAAACACCATCGATAGCAGATGCTAGCCCATTGT
TGCCTCGGAAGGTTACCTAGGACACTCTCTTGGTAGGTGCTGGCCCCTCAGTGCCTAATATTACC
TTAAGCTCCTCTTTGGTGGGTGCCTAGTGCTTAATCCCACAAACACCTCTTTGAACCTTAGCTGG
TGCGACCAATCATGTACACCACCATCGATGATAGATGCTGGAACATTGTGTGCCGCGAGATGTTA
CCTCAGACACCATCAGGTTGTTGGCTCGTCGATAGCA
Found at i:14103180 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 14103151--14103201 Score: 75
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
14103141 TTTTCTATTT
* *
14103151 TTCACAATTTTTGAAATTTTTTGTAG
1 TTCAAAATTTTTGAAAATTTTTGTAG
*
14103177 TTCAAAATTTTTTAAAATTTTTGTA
1 TTCAAAATTTTTGAAAATTTTTGTA
14103202 AAAAGATTTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 22 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.08, T:0.55
Consensus pattern (26 bp):
TTCAAAATTTTTGAAAATTTTTGTAG
Found at i:14107392 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14107362--14107416 Score: 101
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
14107352 GCTTTTGGTC
14107362 TCGGTACATGCCTCGACCACCA
1 TCGGTACATGCCTCGACCACCA
*
14107384 TCGGCACATGCCTCGACCACCA
1 TCGGTACATGCCTCGACCACCA
14107406 TCGGTACATGC
1 TCGGTACATGC
14107417 TGGCCCTTTG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 31 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.40, G:0.20, T:0.18
Consensus pattern (22 bp):
TCGGTACATGCCTCGACCACCA
Found at i:14118395 original size:295 final size:294
Alignment explanation
Indices: 14117874--14118412 Score: 616
Period size: 295 Copynumber: 1.8 Consensus size: 294
14117864 CCTTGACTAA
**
14117874 TACAACAATCGTGTCCACCAACATCAATGGCAGATGCTGGCCCATTGTTACCCTAGGATGTTACC
1 TACAACAATCGCATCCACCAACATCAATGGCAGATGCTGGCCCATTGTTACCCTAGGATGTTACC
* * * * * * *
14117939 TCAAACACCCTTAGGATGGTAGCCCAGCGACAGCATCTAGCCTTTGGCTGGTGTAGCCAATTACG
66 TCAAACACCATCAAGATGCTAGCCCAGCAACAGCATCTAGCCCTTGGCTGGAGTAGCCAATTACG
* * * * * * * * * *** *
14118004 TCTAACACCATTGGTGGTAGATGTTGGCCTGTCATTGCCTTAGGATGTTGTGTCAAACACTTCCC
131 TCCAACACCATTGATGATAGATGCTAGCCTATCATTGCCTCAAGATATTGCCCCAAACACCTCCC
* * * * * *
14118069 CAGTGGGTGCTTGCCCCTCAGTGCTTGATGTTCCCTTGAGCTACTCCTTAGTGGGTGTCTTGTGC
196 CAGCGAGTGCTTGCCACTCAGCGCCTGATGTTCCCTCGAGCTACTCCTTAGTGGGTGTCTTGTGC
14118134 TTGATCCCTCAACACCTCTTTGCTTTTTGGTTGG
261 TTGATCCCTCAACACCTCTTTGCTTTTTGGTTGG
* * * *
14118168 TACAACCAATCGCATCCACCATCATCGATGGTAGATGCTGGCCCATTGTTA-CCTCGGGATGTTA
1 TACAA-CAATCGCATCCACCAACATCAATGGCAGATGCTGGCCCATTGTTACCCT-AGGATGTTA
* * * * * * * *
14118232 CCTCGAACACTATCAAGATGCTGGCCTATCAATAGCATTTAGCCCTTGGCTGGAGTGGCCAATTA
64 CCTCAAACACCATCAAGATGCTAGCCCAGCAACAGCATCTAGCCCTTGGCTGGAGTAGCCAATTA
**
14118297 CGTCCAACACCATTGATGATAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAAGATATTGCCCCAAACACCTC
129 CGTCCAACACCATTGATGATAGATGCTAGCCTATCATTGCCTCAAGATATTGCCCCAAACACCTC
* * *
14118362 CCTAGCGAGTG-TTGGCCACTC-GACGCCTGATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTT
194 CCCAGCGAGTGCTT-GCCACTCAG-CGCCTGATGTTCCCTCGAGCTACTCCTT
14118413 GACAGGTGCC
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 45, Indels: 7
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
294 11 0.06
295 185 0.94
ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (294 bp):
TACAACAATCGCATCCACCAACATCAATGGCAGATGCTGGCCCATTGTTACCCTAGGATGTTACC
TCAAACACCATCAAGATGCTAGCCCAGCAACAGCATCTAGCCCTTGGCTGGAGTAGCCAATTACG
TCCAACACCATTGATGATAGATGCTAGCCTATCATTGCCTCAAGATATTGCCCCAAACACCTCCC
CAGCGAGTGCTTGCCACTCAGCGCCTGATGTTCCCTCGAGCTACTCCTTAGTGGGTGTCTTGTGC
TTGATCCCTCAACACCTCTTTGCTTTTTGGTTGG
Found at i:14122514 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 14122479--14122514 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 13
14122469 TGCTGGCCTA
14122479 ATGTTGCCTTAGG
1 ATGTTGCCTTAGG
*
14122492 ACGTTGCCTTAGG
1 ATGTTGCCTTAGG
*
14122505 ATGTTTCCTT
1 ATGTTGCCTT
14122515 GTACACCATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 20 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.19, G:0.25, T:0.42
Consensus pattern (13 bp):
ATGTTGCCTTAGG
Found at i:14124202 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14124177--14124249 Score: 101
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
14124167 TTAGTCTCAA
* *
14124177 CACATACCTCGACCACCATTGG
1 CACATGCCTCGACCACCATCGG
*
14124199 CACATGCCTTGACCACCATCGG
1 CACATGCCTCGACCACCATCGG
* *
14124221 TACATGCCTCGACCACCATCGA
1 CACATGCCTCGACCACCATCGG
14124243 CACATGC
1 CACATGC
14124250 TGGCCTTTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 44 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.41, G:0.15, T:0.18
Consensus pattern (22 bp):
CACATGCCTCGACCACCATCGG
Found at i:14130767 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14130730--14130781 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
14130720 CCTTAGTCTT
* *
14130730 GACACTTGCCTCGACCACCATC
1 GACACATGTCTCGACCACCATC
* *
14130752 GGCACATGTCTCGACCACCATT
1 GACACATGTCTCGACCACCATC
14130774 GACACATG
1 GACACATG
14130782 CTAACCCTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 25 1.00
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Consensus pattern (22 bp):
GACACATGTCTCGACCACCATC
Found at i:14146489 original size:406 final size:406
Alignment explanation
Indices: 14145737--14146876 Score: 2217
Period size: 406 Copynumber: 2.8 Consensus size: 406
14145727 GTTCTCAACG
14145737 CATACAAGTTTGCCAAGGCTTGGCAGGAGTAAACTGACTTGGCTAGAGTCTGTCTACATAAGGCG
1 CATACAAGTTTGCCAAGGCTTGGCAGGAGTAAACTGACTTGGCTAGAGTCTGTCTACATAAGGCG
14145802 GCAAAGAGGTTGAAGAAGTGGGCTGACCAAAATAGGCGGGACCTATAGTTCTAGGTTGGAGACTT
66 GCAAAGAGGTTGAAGAAGTGGGCTGACCAAAATAGGCGGGACCTATAGTTCTAGGTTGGAGACTT
14145867 GGCATTGGTGAAGCTGCATCCCCTTGTGTGCCACAAGAGGCTACATAAAAGTCTAGTTTAAAGGT
131 GGCATTGGTGAAGCTGCATCCCCTTGTGTGCCACAAGAGGCTACATAAAAGTCTAGTTTAAAGGT
14145932 ATAAGGGACCTCTTTGAGTAGTCAAGAGAGTAGGTAAGGTTGCCTACAAGCTGGATATGCCACCC
196 ATAAGGGACCTCTTTGAGTAGTCAAGAGAGTAGGTAAGGTTGCCTACAAGCTGGATATGCCACCC
14145997 AAGTTGAAGGTACACCCGATGTTCTATGTAAGCATGCTCAAGCCATTCCATGAAGGTGAGGGAGA
261 AAGTTGAAGGTACACCCGATGTTCTATGTAAGCATGCTCAAGCCATTCCATGAAGGTGAGGGAGA
*
14146062 TCCCATTTAAGGTTATGACAAGTCAACAACCACTAACATCCGGTTCGATTGCTGCAGGATATACA
326 TCCCATTTAAGGTTATGACAAGTCAACAACCACTAACACCCGGTTCGATTGCTGCAGGATATACA
14146127 GGGCAGAATCCAACAA
391 GGGCAGAATCCAACAA
14146143 CATACAAGTTTGCCAAGGCTTGGCAGGAGTAAACTGACTTGGCTAGAGTCTGTCTACATAAGGCG
1 CATACAAGTTTGCCAAGGCTTGGCAGGAGTAAACTGACTTGGCTAGAGTCTGTCTACATAAGGCG
14146208 GCAAAGAGGTTGAAGAAGTGGGCTGACCAAAATAGGCGGGACCTATAGTTCTAGGTTGGAGACTT
66 GCAAAGAGGTTGAAGAAGTGGGCTGACCAAAATAGGCGGGACCTATAGTTCTAGGTTGGAGACTT
14146273 GGCATTGGTGAAGCTGCATCCCCTTGTGTGCCACAAGAGGCTACATAAAAGTCTAGTTTAAAGGT
131 GGCATTGGTGAAGCTGCATCCCCTTGTGTGCCACAAGAGGCTACATAAAAGTCTAGTTTAAAGGT
*
14146338 ATAAGGGACCTCTTTGAGTAGTCAAGAGAGTAGGTAAGGTTGCCTACAAGCTGGATGTGCCACCC
196 ATAAGGGACCTCTTTGAGTAGTCAAGAGAGTAGGTAAGGTTGCCTACAAGCTGGATATGCCACCC
14146403 AAGTTGAAGGTACACCCGATGTTCTATGTAAGCATGCTCAAGCCATTCCATGAAGGTGAGGGAGA
261 AAGTTGAAGGTACACCCGATGTTCTATGTAAGCATGCTCAAGCCATTCCATGAAGGTGAGGGAGA
*
14146468 TCCCATTTAAGGTTATGACAAGTCAACAACCACTAACACCCGGTTTGATTGCTGCAGGATATACA
326 TCCCATTTAAGGTTATGACAAGTCAACAACCACTAACACCCGGTTCGATTGCTGCAGGATATACA
*
14146533 GGGTAGAATCCAACAA
391 GGGCAGAATCCAACAA
*
14146549 CATACAAGTTTGCCAAGGCTTGGCAGGAGTAAACTGACTTGGCTAGAGGCTGTCTACATAAGGCG
1 CATACAAGTTTGCCAAGGCTTGGCAGGAGTAAACTGACTTGGCTAGAGTCTGTCTACATAAGGCG
*
14146614 GCAAAAAGGTTGAAGAAGTGGGCTGACCAAAATAGGCGGGACCTATAGTTCTAGGTTGGAGACTT
66 GCAAAGAGGTTGAAGAAGTGGGCTGACCAAAATAGGCGGGACCTATAGTTCTAGGTTGGAGACTT
14146679 GGCATTGGTGAAGCTGCATCCCCTTGTGTGCCACAAGAGGCTACATAAAAGTCTAGTTTAAAGGT
131 GGCATTGGTGAAGCTGCATCCCCTTGTGTGCCACAAGAGGCTACATAAAAGTCTAGTTTAAAGGT
*
14146744 ATAAGGGACCTCTTTGAGTAGTCAAGAGTGTAGGTAAGGTTGCCTACAAGCTGGATATGCCACCC
196 ATAAGGGACCTCTTTGAGTAGTCAAGAGAGTAGGTAAGGTTGCCTACAAGCTGGATATGCCACCC
14146809 AAGTTGAAGGTACACCCGATGTTCTATGTAAGCATGCTCAAGCCATTCCATGAAGGTGAGGGAGA
261 AAGTTGAAGGTACACCCGATGTTCTATGTAAGCATGCTCAAGCCATTCCATGAAGGTGAGGGAGA
14146874 TCC
326 TCC
14146877 AAGATGGGTA
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ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (406 bp):
CATACAAGTTTGCCAAGGCTTGGCAGGAGTAAACTGACTTGGCTAGAGTCTGTCTACATAAGGCG
GCAAAGAGGTTGAAGAAGTGGGCTGACCAAAATAGGCGGGACCTATAGTTCTAGGTTGGAGACTT
GGCATTGGTGAAGCTGCATCCCCTTGTGTGCCACAAGAGGCTACATAAAAGTCTAGTTTAAAGGT
ATAAGGGACCTCTTTGAGTAGTCAAGAGAGTAGGTAAGGTTGCCTACAAGCTGGATATGCCACCC
AAGTTGAAGGTACACCCGATGTTCTATGTAAGCATGCTCAAGCCATTCCATGAAGGTGAGGGAGA
TCCCATTTAAGGTTATGACAAGTCAACAACCACTAACACCCGGTTCGATTGCTGCAGGATATACA
GGGCAGAATCCAACAA
Found at i:14157886 original size:294 final size:298
Alignment explanation
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Period size: 294 Copynumber: 2.2 Consensus size: 298
14157304 TGTTGCTCCA
* * *
14157314 AACACCATC-GAGATGTTGGCCCACCAATAGCATCTGGCCCTTGGCTAG-ACAAGCCAATCATGT
1 AACACCATCAG-GATGTTGGCCTATCAATAGCATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAAGCCAATCATGT
* * *
14157377 CCAACACCTTCGACAGTAGATATTGGCCCATTATTGCACCAGGATGTTGCCTTGAACACCTCTCT
65 CCAACACCTTCGACAGTAGATACTGGCCCATTATTGCACCAGGATGTTGCCTCGAACACCTCTCG
* * ** *
14157442 AGCGAGTGCTAATCCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTGGGTGCCTAGTGCT
130 AGCGAGTGCTAACCCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTAGGTGCCTAACGAT
* * * *
14157507 TAATCCCTCAAAGATCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCAATGG
195 TAATCCCCCAAACATCTCTTTGGTCCTAGGCTAGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCAATGG
** * ** *
14157572 TTAATGCCGGCCCGTTGTTGCCCTGAGATGTTACC-TCG
260 ACAATGCCGGCCCATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTTCG
* * ** *
14157610 AACACCATCAGGATGTTGGCCTGTCAATAGCATCTGGCCCTTAGCTAGTGTGA-CTAATCATGTC
1 AACACCATCAGGATGTTGGCCTATCAATAGCATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAAGCCAATCATGTC
* * * * *
14157674 CAACA-CTATTGACGGTAGATGCTGGCCCATTGTT-CCCCTAGGATGTTGCCTCG-ACACCT-TC
66 CAACACCT-TCGACAGTAGATACTGGCCCATTATTGCACC-AGGATGTTGCCTCGAACACCTCT-
* ** * * * *
14157735 CGA-CGGGTGCTGGCCCCTCGGTGCCTGATGTTTCTTTGAGCTCCTCCTTGGTATGTGCCTAACG
128 CGAGCGAGTGCTAACCCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTAGGTGCCTAACG
* * ** * *
14157799 ATTAATCCCCCGAACA-CGTCTTTGGT-CTAAGGCTAGTGTGGCCAATTGCATCCACCACCGTTA
193 ATTAATCCCCCAAACATC-TCTTTGGTCCT-AGGCTAGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCA
* *
14157862 AT-GACAGATGCTGGCCCATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTTTG
256 ATGGACA-ATGCCGGCCCATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTTCG
* * * *
14157905 -ATACCATTAAGATGCTGGCCTATCAATAGCAT-TCGGCCCTTGGCTAGTGC
1 AACACCATCAGGATGTTGGCCTATCAATAGCATCT-GGCCCTTGGCTAGTGC
14157955 GGCTAGTAAC
Statistics
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ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (298 bp):
AACACCATCAGGATGTTGGCCTATCAATAGCATCTGGCCCTTGGCTAGTGCAAGCCAATCATGTC
CAACACCTTCGACAGTAGATACTGGCCCATTATTGCACCAGGATGTTGCCTCGAACACCTCTCGA
GCGAGTGCTAACCCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTAGGTGCCTAACGATT
AATCCCCCAAACATCTCTTTGGTCCTAGGCTAGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCAATGGA
CAATGCCGGCCCATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTTCG
Found at i:14157989 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 14157455--14158358 Score: 623
Period size: 282 Copynumber: 3.1 Consensus size: 294
14157445 GAGTGCTAAT
* ** * * *
14157455 CCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTGGGTGCCTAGTGCTTAATCCCTCAAAG
1 CCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTAGGTGCCTAACGATTAATCCCCCAAAC
* * **
14157520 ATCTCTTTGGTCCTTGGCTGGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCAATGGTTAATGCCGGCCC
66 ATCTCTTTGGTCCTAGGCTAGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCAATGGACAATGCCGGCCC
* ** * * * *
14157585 GTTGTTGCCCTGAGATGTTACCTCGAACACCATCAGGATGTTGGCCTGTCAATAGCATCTGGCCC
131 ATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTCGAACACCATCAAGATGCTGGCCTATCAATAGCATCTGGCCC
* * ** * * **
14157650 TTAGCTAGTGTGACTAATCATGTCCAACACTATTGACGGTAGATGCTGGCCCATTGTTCCCCTAG
196 TTAGCTAGTGCGACTAATAACATCCAACACCAATGACAATAGATGCTGGCCCATTGTTCCCCTAG
14157715 GATGTTGCCTCGACACCTTCCGACGGGTGCTGGC
261 GATGTTGCCTCGACACCTTCCGACGGGTGCTGGC
* * * * *
14157749 CCCTCGGTGCCTGATGTTTCTTTGAGCTCCTCCTTGGTATGTGCCTAACGATTAATCCCCCGAAC
1 CCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTAGGTGCCTAACGATTAATCCCCCAAAC
* ** * * *
14157814 A-CGTCTTTGGT-CTAAGGCTAGTGTGGCCAATTGCATCCACCACCGTTAAT-GACAGATGCTGG
66 ATC-TCTTTGGTCCT-AGGCTAGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCAATGGACA-ATGCCGG
* * *
14157876 CCCATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTTTG-ATACCATTAAGATGCTGGCCTATCAATAGCAT-TC
128 CCCATTGTTGCCCCAAAATGTTACC-TCGAACACCATCAAGATGCTGGCCTATCAATAGCATCT-
* * * *
14157939 GGCCCTTGGCTAGTGCGGCTAGTAACATCCAACACCAATGGCAATAGA---T-G-CCA--G---C
191 GGCCCTTAGCTAGTGCGACTAATAACATCCAACACCAATGACAATAGATGCTGGCCCATTGTTCC
* * * ***
14157994 TC-A--TTGTTGCCTCAGACACC-CCCTGGTAGGTGCTGGC
256 CCTAGGATGTTGCCTC-GACACCTTCC-GACGGGTGCTGGC
** * * * * * * * * *
14158031 CCCTCAATGCCCGATGTTGCCTTAAGCTCCTCCATGGCAGGTGCCTGATGCTTTATCCCCCAAAC
1 CCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTAGGTGCCTAACGATTAATCCCCCAAAC
* * ** * * * * * ***
14158096 ACCTCTTTGGTCTTTTGCTAGTG-CATCCAATCGCATCTACCACTATCAATGGTA-GATGCTAAC
66 ATCTCTTTGGTCCTAGGCTAGTGTGA-CCAATCACATCCACCACCATCAATGG-ACAATGCCGGC
** ** * * *** * * **
14158159 CTGTTGTTGCCCTGAGATGTTACTTC-AAGCACCATTGGGATGCTGGCTTGTCAATAGTGT-TCG
129 CCATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTCGAA-CACCATCAAGATGCTGGCCTATCAATAGCATCT-G
* * * * * * *
14158222 GCCCTTGGCAAGTGCGACCAATAACATCCAACACC-ATCGACAGTAGATGCTGGCCTACTGTTGC
192 GCCCTTAGCTAGTGCGACTAATAACATCCAACACCAAT-GACAATAGATGCTGGCCCATTGTTCC
* * * *
14158286 TCTGGGATGTTGCCTTAGACACCTTCCTGGCGGGTGCTGGC
256 CCTAGGATGTTGCC-TCGACACCTTCC-GACGGGTGCTGGC
* **
14158327 CCTTCGGTGCCCAATGTTGCCTTGAGCTCCTC
1 CCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTC
14158359 TTTGGAGGGT
Statistics
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0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
281 15 0.03
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285 1 0.00
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ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (294 bp):
CCCTCGGTGCCTGATGTTGCCTTGAGCTCCTCCTTAGTAGGTGCCTAACGATTAATCCCCCAAAC
ATCTCTTTGGTCCTAGGCTAGTGTGACCAATCACATCCACCACCATCAATGGACAATGCCGGCCC
ATTGTTGCCCCAAAATGTTACCTCGAACACCATCAAGATGCTGGCCTATCAATAGCATCTGGCCC
TTAGCTAGTGCGACTAATAACATCCAACACCAATGACAATAGATGCTGGCCCATTGTTCCCCTAG
GATGTTGCCTCGACACCTTCCGACGGGTGCTGGC
Found at i:14158692 original size:255 final size:255
Alignment explanation
Indices: 14158212--14158693 Score: 533
Period size: 255 Copynumber: 1.9 Consensus size: 255
14158202 TGGCTTGTCA
* *
14158212 ATAGTGTTCGGCCCTTGGCAAGTGCGACCAATAACATCCAACACCATCGACAGTAGATGCTGGCC
1 ATAGCGTTCGGCCCTTGGCAAGTGCAACCAATAACATCCAACACCATCGACAGTAGATGCTGGCC
* * * * *
14158277 TACTGTTGCTCTGGGATGTTGCCTTAGACACCTTCCTGGCGGGTGCTGGCCCTTCGGTGCCCAAT
66 CACTGTTGCCCTGGGATGTTGCCTCAGACACCTTCCTGGCAGGTGCTGGCCCTTCAGTGCCCAAT
* * * * *
14158342 GTTGCCTTGAGCTCCTCTTTGGAGGGTGCTTGGCACTTGATACCCTGAACACCTCATTGGTCCTT
131 GTTACCTCGAGCTCCTCCTTGGAGGGTACATGGCACTTGATACCCTGAACACCTCATTGGTCCTT
* * * ***
14158407 GGCTGGTGCAACCAATCGCATTTGCCACCATCGACCATTAATGGCACATACTACCTATCG
196 GCCTCGTGCAACCAATCACATCCACCACCATCGACCATTAATGGCACATACTACCTATCG
* ** ** **
14158467 ATAGCGTTTGGCCCTTGGCTGGTGCAACCAATAATGTCCAACACCATCTG-TGGTAGATGCTGGC
1 ATAGCGTTCGGCCCTTGGCAAGTGCAACCAATAACATCCAACACCATC-GACAGTAGATGCTGGC
* * * * * *
14158531 CCATTGTTGCCCTTGGTTGTTGTCTCAGACACC-TCTCTGGTAGGTGCTGGCCCTTCAAG-GCCT
65 CCACTGTTGCCCTGGGATGTTGCCTCAGACACCTTC-CTGGCAGGTGCTGGCCCTTC-AGTGCCC
* * * *
14158594 GATGTTATCTCGAGCTCCTCCTTGGTA-GGTACATGGCGCTTGAT-CCCTGAAGCACCTCTTTGG
128 AATGTTACCTCGAGCTCCTCCTTGG-AGGGTACATGGCACTTGATACCCTGAA-CACCTCATTGG
* * * *
14158657 TCCTTTCCTCGTGCGACCAATTACGTCCACCACCATC
191 TCCTTGCCTCGTGCAACCAATCACATCCACCACCATC
14158694 AATGACAAAT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 39, Indels: 10
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
254 9 0.05
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ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (255 bp):
ATAGCGTTCGGCCCTTGGCAAGTGCAACCAATAACATCCAACACCATCGACAGTAGATGCTGGCC
CACTGTTGCCCTGGGATGTTGCCTCAGACACCTTCCTGGCAGGTGCTGGCCCTTCAGTGCCCAAT
GTTACCTCGAGCTCCTCCTTGGAGGGTACATGGCACTTGATACCCTGAACACCTCATTGGTCCTT
GCCTCGTGCAACCAATCACATCCACCACCATCGACCATTAATGGCACATACTACCTATCG
Found at i:14170925 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 14170845--14170932 Score: 113
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
14170835 ATATGCATCA
* * *
14170845 ACCATCATCGACACAAGCTGGCCTTTAGTACGGGCAATTGCCTTG
1 ACCACCATCGACACAAGCTAGCCTTTAGGACGGGCAATTGCCTTG
* * * *
14170890 ACCACCATCGGCACAAGCTAGCCTTTGGGATGGGCACTTGCCT
1 ACCACCATCGACACAAGCTAGCCTTTAGGACGGGCAATTGCCT
14170933 CGATAACCAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 7, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 36 1.00
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Consensus pattern (45 bp):
ACCACCATCGACACAAGCTAGCCTTTAGGACGGGCAATTGCCTTG
Found at i:14170942 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 14170850--14170949 Score: 110
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
14170840 CATCAACCAT
* * * * *
14170850 CATCGACACAAGCTGGCCTTTAGTACGGGCAATTGCCTTGACCAC
1 CATCGGCACAAGCTAGCCTTTAGGACGGGCAATTGCCTCGACAAC
* * * *
14170895 CATCGGCACAAGCTAGCCTTTGGGATGGGCACTTGCCTCGATAAC
1 CATCGGCACAAGCTAGCCTTTAGGACGGGCAATTGCCTCGACAAC
*
14170940 CATTGGCACA
1 CATCGGCACA
14170950 TGCATGCCTC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 10, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 45 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (45 bp):
CATCGGCACAAGCTAGCCTTTAGGACGGGCAATTGCCTCGACAAC
Found at i:14176490 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14176464--14176514 Score: 75
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
14176454 TTGGTTTCAG
*
14176464 CACATGCCTCGACCATCATCGA
1 CACATGCCTCGACCAACATCGA
* *
14176486 CACATGCCTCGACCAACATTGG
1 CACATGCCTCGACCAACATCGA
14176508 CACATGC
1 CACATGC
14176515 TGGCCCTTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 26 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.39, G:0.16, T:0.18
Consensus pattern (22 bp):
CACATGCCTCGACCAACATCGA
Found at i:14180879 original size:224 final size:224
Alignment explanation
Indices: 14180473--14180908 Score: 493
Period size: 224 Copynumber: 1.9 Consensus size: 224
14180463 ATGCCTGATG
* * * * * *
14180473 TTGCCTCGAGCTCCTCCCTGGTGGGTGCTTGGCGCTTGATCCCTTGAACACCTCTTTTGTCCTTA
1 TTGCCTCGAGCACCTCCCTGGTGGGTGCCTAGAGCTTGATCCCTAGAACACCTCTTTGGTCCTTA
* ** * * * * * *
14180538 GCTGGTGCAACCAATCGCATCCACCACAATCGGTGATAGGTGCTAGCTTGTTGTTGCCTCAGGAT
66 GCTGATGCAAAAAATCACATCCACCACAATCGATGACAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAGGAT
* * * *
14180603 GTTACCTAGGACACCATCAAAATGCTAGCCTATCGATAGTGTTTGGCCCTTGGCTGGCACGGCCA
131 GTTACCTAGGACACCATCAAAATGCTAGCCCATCGATAATGTTTGACCCTTGGCTGGCACGACCA
* *
14180668 ATCGCATCTAACACCATCAATGCTCGATA
196 ATCACATCCAACACCATCAATGCTCGATA
*
14180697 TTGCCTCGAGCACCTCCTTGGTGGGTGCCTAGAGCTTGATCCCTAGAACACCTCTTTGGTCCTTA
1 TTGCCTCGAGCACCTCCCTGGTGGGTGCCTAGAGCTTGATCCCTAGAACACCTCTTTGGTCCTTA
* * * ** *
14180762 -TTGATGTCACAAAAATCACGTCCACTACTGTCGATGGCAGATGCTAGCCTATTGTTGCC-CAAG
66 GCTGATG-CA-AAAAATCACATCCACCACAATCGATGACAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTC-AG
** * * * * *
14180825 GATGTTTTCTCA-GACACTATCAAGATGCTGGCCCATTGATAATGTTT-ACCCTTGGCTGGTACG
128 GATGTTACCT-AGGACACCATCAAAATGCTAGCCCATCGATAATGTTTGACCCTTGGCTGGCACG
14180888 ACCAATCACATCCAACACCAT
192 ACCAATCACATCCAACACCAT
14180909 TGAAGGCAGT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 35, Indels: 8
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
223 4 0.02
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ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (224 bp):
TTGCCTCGAGCACCTCCCTGGTGGGTGCCTAGAGCTTGATCCCTAGAACACCTCTTTGGTCCTTA
GCTGATGCAAAAAATCACATCCACCACAATCGATGACAGATGCTAGCCTATTGTTGCCTCAGGAT
GTTACCTAGGACACCATCAAAATGCTAGCCCATCGATAATGTTTGACCCTTGGCTGGCACGACCA
ATCACATCCAACACCATCAATGCTCGATA
Found at i:14184083 original size:295 final size:293
Alignment explanation
Indices: 14183694--14184473 Score: 737
Period size: 295 Copynumber: 2.6 Consensus size: 293
14183684 CTAGTGCTTT
* * * * *
14183694 ATCCCCTGAACACCTTTTTGGTCTTTGGCTAGTGC-GTCCAATCGCATTCACCACCATCAGAGGC
1 ATCCCCTGAATACCTCTTTGGTCTTT-GCTAGTGCAGT-CAATCGCATCCACCACCATCGGTGGC
* * * * *
14183758 AGATGTTGGCCCGTTGTTGGCCTTGGATGTTACGTCGGACACCATCGAGATGTTGGCCTATTGAC
64 AGATGCTAGCCCATTGTT-GCCTCGGATGTTACCTCGGACACCATCGAGATGTTGGCCTATTGAC
* ** * * * *
14183823 AGTGTCTAGCCCTTGGCTGGTGCAGCCAATTGCATCCAACACCATTGATGATAGATGTTGGCCCG
128 AGCGTCTAGCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATT-CATCCAACACCATCGATGATAGATGCTGGCACA
* * * * * *
14183888 TTGTTGCCCTAGGATGTTACCTCGAACA-CATCCATGGTGGGTGCTGGCCCTTCAGTGCTTGATG
192 TTGTTGCCCTAGAATGTTACCTCAAACACCATCC-TAGTGGGTGCTGGCCCTTCAATGCCTAATG
14183952 TTACCTCGAGCTCCT-CTTGG-GTGGTGCCTAGCACTTG
256 TTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTG-GGTGCCTAGCACTTG
* *
14183989 ATCCCCTGAGTACCTCTTTGGTCTTTAGCTAGTGCAGTCAATCACATCCACCACCATCGGTGGCA
1 ATCCCCTGAATACCTCTTTGGTCTTT-GCTAGTGCAGTCAATCGCATCCACCACCATCGGTGGCA
* * * * * * * *
14184054 GATACTAGCCCATTGTTGCCTCAGGATGTTACCTCTGACACCATCGATATGCTAGACC-GTCGAT
65 GATGCTAGCCCATTGTTGCCTC-GGATGTTACCTCGGACACCATCGAGATG-TTGGCCTATTGAC
* * * ** * * * *
14184118 AACATCTGGCTTTTAGCTGGTGTGGCTAA-TCATGTCCAACATCATCGATGGTAGATGCTGGCAC
128 AGCGTCTAGCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATTCA--TCCAACACCATCGATGATAGATGCTGGCAC
* * * *
14184182 ATTGTTGCCCTAGAATGTTGCCTCAAACACCTTTCTAGTGGGTGCTGGCCTTTCAATGCCTAATG
191 ATTGTTGCCCTAGAATGTTACCTCAAACACCATCCTAGTGGGTGCTGGCCCTTCAATGCCTAATG
** * * **
14184247 TTGTCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGGTGTCTGGTGCTTG
256 TTACCTCGAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCCTAGCACTTG
* * * *** * *
14184285 ATCCCTTGAATACCTCTTTGGCCCTTGCT-GATGTCACAAAAATTGCATCCACCACCATCGATGG
1 ATCCCCTGAATACCTCTTTGGTCTTTGCTAG-TG-CA-GTCAATCGCATCCACCACCATCGGTGG
* * * * * * *
14184349 TAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTCGAGATGTTTCTTTGGACACCATTGGGATGCTGGCCTATTGA
63 CAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTCG-GATGTTACCTCGGACACCATCGAGATGTTGGCCTATTGA
* * *
14184414 CAGCGTCTAGCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCACATCCAACACCATCGATGGTAAATGCT
127 CAGCGTCTAGCCCTTGGCTGGTGTGGCCAAT-TCATCCAACACCATCGATGATAGATGCT
14184474 AGCCCTTTGT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 88, Indels: 28
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
293 2 0.01
294 6 0.02
295 207 0.54
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299 2 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.27, G:0.24, T:0.30
Consensus pattern (293 bp):
ATCCCCTGAATACCTCTTTGGTCTTTGCTAGTGCAGTCAATCGCATCCACCACCATCGGTGGCAG
ATGCTAGCCCATTGTTGCCTCGGATGTTACCTCGGACACCATCGAGATGTTGGCCTATTGACAGC
GTCTAGCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATTCATCCAACACCATCGATGATAGATGCTGGCACATTGT
TGCCCTAGAATGTTACCTCAAACACCATCCTAGTGGGTGCTGGCCCTTCAATGCCTAATGTTACC
TCGAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCCTAGCACTTG
Found at i:14189824 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14189799--14189847 Score: 71
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
14189789 ATCAGGGTGG
*
14189799 GCACATACCTCGATCACCATCA
1 GCACATACCTCGACCACCATCA
* *
14189821 GCACATGCCTCGACCACCATTA
1 GCACATACCTCGACCACCATCA
14189843 GCACA
1 GCACA
14189848 AGTTGGCCCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 24 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.41, G:0.12, T:0.16
Consensus pattern (22 bp):
GCACATACCTCGACCACCATCA
Found at i:14210489 original size:293 final size:294
Alignment explanation
Indices: 14209949--14210547 Score: 643
Period size: 293 Copynumber: 2.0 Consensus size: 294
14209939 TGTTCTTCTA
** * * * * * *
14209949 AACACCTCTTTGGTCTTTGGCTAGTGTAACCATTCATGTCCACCATCAGCGATGGTAGATACTGG
1 AACACCTCTTTGGTCCATGACTGGTGTAACCAATCATGTCCACCACCAGCAATGGTAGATACTAG
* ** * *
14210014 CCGATTCTTGCCCTGGGATGTTACCTTAAACACCATTAGAATGCTAGCCTATCGACAGCATCTGG
66 CCGATTCTTACCCCAGGATGTTACCTCAAACACCATTAGAATGCTAGCCTATCGACAACATCTGG
* * * * * *
14210079 CCCTTGGTTGGTGCAGCCAATCTCGTCCAACACCATCAGTCAAATGTTGGCCTATCGTTACCCTT
131 CCCTTAGCTGGTGCAGCCAATCACATCCAACACCATCAGTCAAATGCTGGCCTATCGTTACCCTA
* * *
14210144 AGATGCTGCCTCAAACACCTCCTTGGCAGGTGTTGGCCCCTTAATGCTCGATGTTGCCTCGAGCT
196 AGATGCTGCCTCAAACACCTCCTTGACAGGTGTTAGCCCCTTAATCCTCGATGTTGCCTCGAGCT
* ** *
14210209 CCTCTTTGGTAGGTGCCTAGTGCTTGA-CCCCTG
261 CCTCCTTAATAGATGCCTAGTGCTTGATCCCCTG
* * * *
14210242 AGCACCTTTTTGGTCCATGACTGGTGTAACCAATCATGTCCACCACCATCAATGGTAGATGCTAG
1 AACACCTCTTTGGTCCATGACTGGTGTAACCAATCATGTCCACCACCAGCAATGGTAGATACTAG
* * * * * *
14210307 CCTATT-TTACCCCAGGATGTTACCTCAAACACCATTAGGATGCTAGCCTGTTGATAACATTTGG
66 CCGATTCTTACCCCAGGATGTTACCTCAAACACCATTAGAATGCTAGCCTATCGACAACATCTGG
* * *
14210371 CCCTTAGCTGGT--ATGACCAATCACATCCAACACCATCGATGGT-AGATGCTGGCCTGTTGTT-
131 CCCTTAGCTGGTGCA-G-CCAATCACATCCAACACCATC-A--GTCAAATGCTGGCCTATCGTTA
* * * * ** * * * *
14210432 GCCTAAGATGTTGCCTCAGACACTTTTTTTATAGGTGTTAGCCCCTTATTCCTCGATGTTGCCTT
191 CCCTAAGATGCTGCCTCAAACACCTCCTTGACAGGTGTTAGCCCCTTAATCCTCGATGTTGCCTC
* * *
14210497 GTGCTCCTCCTTAATAGATGCCTGGTGCTTGATCCCTTG
256 GAGCTCCTCCTTAATAGATGCCTAGTGCTTGATCCCCTG
14210536 AACACCTCTTTG
1 AACACCTCTTTG
14210548 ATCTTTGGCT
Statistics
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0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
290 1 0.00
291 1 0.00
292 77 0.31
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295 2 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (294 bp):
AACACCTCTTTGGTCCATGACTGGTGTAACCAATCATGTCCACCACCAGCAATGGTAGATACTAG
CCGATTCTTACCCCAGGATGTTACCTCAAACACCATTAGAATGCTAGCCTATCGACAACATCTGG
CCCTTAGCTGGTGCAGCCAATCACATCCAACACCATCAGTCAAATGCTGGCCTATCGTTACCCTA
AGATGCTGCCTCAAACACCTCCTTGACAGGTGTTAGCCCCTTAATCCTCGATGTTGCCTCGAGCT
CCTCCTTAATAGATGCCTAGTGCTTGATCCCCTG
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14212429 AGCCATTAAC
14212439 GGCACATGTTTCATATGGTGTA
1 GGCACATGTTTCATATGGTGTA
14212461 GGCACATGTTTCATATGGTGTA
1 GGCACATGTTTCATATGGTGTA
14212483 GGCACATGT
1 GGCACATGT
14212492 ATTGACCATC
Statistics
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GGCACATGTTTCATATGGTGTA
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Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
14227358 GGCACATGCA
* * * * *
14227368 TCAACCATCATCGCCACAAGCTAGCCTTTGGTATGGGCAATTGCC
1 TCAACCACCATTGGCACAAGCTAGCCCTTGGTACGGGC-ATTGCC
14227413 TCAACCACCATTGGCACAAGCTAGCCCTTGGTACGAGTGC-TTGCC
1 TCAACCACCATTGGCACAAGCTAGCCCTTGGTACG-G-GCATTGCC
*
14227458 TCAACCACCATTAGCACA
1 TCAACCACCATTGGCACA
14227476 TGCATGCCTC
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TCAACCACCATTGGCACAAGCTAGCCCTTGGTACGGGCATTGCC
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14228918 CATTACGGTG
*
14228928 TTGAAAATTTTAAAAAAATCTTGAACC
1 TTGAAAATTTTAAAAAAATCATGAACC
*
14228955 TTGAAAATTTT-CAAAAATCATGAA
1 TTGAAAATTTTAAAAAAATCATGAA
14228979 AAATAAAAAA
Statistics
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Consensus pattern (27 bp):
TTGAAAATTTTAAAAAAATCATGAACC
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14241004 TATTGCCTTG
* * * * * * * *
14241014 GGATGTTATCTCGAATACCATCAGGATGTTGGCCCGTCGATAGTGTTTGGCCCTTGTCTGGGGTG
1 GGATGCTACCTCGAACACCATCAAGATGTTGGCCCATCGATAATGTCTGGCCCTTGTCTAGGGTG
* * * *
14241079 GCCAATCACGTTAAACACCAT-CGATGGTAGATG-CTAGCCCATTGTTG-CCCTGGGATGTTG-C
66 ACCAATCACGTCAAACACCATAC-A-GGTAGAGGCCTA-CCCATTATTGCCCCT-GGATGTTGCC
* * * *
14241140 TTCGGATAAC-TTCTTAGT-GAGTGCTGGCCCCTCAGTGCCCGATGTTGCCTCGAGCTCCTCCTT
127 TT-GGACAACTTTC-TAGTAG-GTGCTAGCCCCTCAGTGCCCAATGTTGCCTCAAGCTCCTCCTT
*
14241203 GGTAGGTGC-TGACGTTCGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGTTCGTGCGACCAAATGTG
189 GGTAGGTGCTTGACATTCGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGTTCGTGCGACCAAATGTG
14241267 TCCACCACCATCGATGGCAGATGATGGCCTATTGTTGCCTCA
254 TCCACCACCATCGATGGCAGATGATGGCCTATTGTTGCCTCA
* * *
14241309 GGATGCTACCTCGAACACCATCAAGTTGTTGGCCCATTGATAATGTCTGGCCCTTAG-CTAGTGT
1 GGATGCTACCTCGAACACCATCAAGATGTTGGCCCATCGATAATGTCTGGCCCTT-GTCTAGGGT
* *
14241373 GACCAATCATGTCCAACACCATAACAGGTAGAGGCCTACCCATTATTGCCCCTGGATGTTGCCTT
65 GACCAATCACGTCAAACACCAT-ACAGGTAGAGGCCTACCCATTATTGCCCCTGGATGTTGCCTT
* * * * ** *
14241438 GGACACCTTTCTAGTAGGTGTTAGCCCTTCGGTGCCCAATGTTGCCTCAAGCTCCTTTTTGGTGG
129 GGACAACTTTCTAGTAGGTGCTAGCCCCTCAGTGCCCAATGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTGGTAG
* * * * * *
14241503 GTGCTTGGCATTTGATCCCTCGAATACCTCTTTGGTCCTTGGTTGGTGC
194 GTGCTTGACATTCGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGTTCGTGC
14241552 AGCCAATCAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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296 53 0.27
297 1 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.27, G:0.25, T:0.30
Consensus pattern (295 bp):
GGATGCTACCTCGAACACCATCAAGATGTTGGCCCATCGATAATGTCTGGCCCTTGTCTAGGGTG
ACCAATCACGTCAAACACCATACAGGTAGAGGCCTACCCATTATTGCCCCTGGATGTTGCCTTGG
ACAACTTTCTAGTAGGTGCTAGCCCCTCAGTGCCCAATGTTGCCTCAAGCTCCTCCTTGGTAGGT
GCTTGACATTCGATCCCTCAAACACCTCTTTGGTCCTTAGTTCGTGCGACCAAATGTGTCCACCA
CCATCGATGGCAGATGATGGCCTATTGTTGCCTCA
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Indices: 14251192--14251454 Score: 427
Period size: 138 Copynumber: 1.9 Consensus size: 137
14251182 CGATTGATCC
* * **
14251192 CCCGAACACCTTTTTGGTCCTTGGCTGGTGTTGCTAATCGTATCCACCACCATAGGTGACAGATG
1 CCCGAACACCTTTTTGGTCCTTGGCTGGTGCTACTAATCACATCCACCACCATAGGTGACAGATG
* * * *
14251257 GTGGCCTATTGTTCCACCAGGATGTTGCCTCAAAAAACCTCTCTGGTAGGAGCTGGCCCTTGATG
66 GTGGCCCATTGTTCCACCAAGATGTTACCTC-AAAAACCTCTCTAGTAGGAGCTGGCCCTTGATG
14251322 TTCAATGT
130 TTCAATGT
*
14251330 CCCGAACACCTTTTTGGTCTTTGGCTGGTGCTACTAATCACATCCACCACCATAGGTGACAGATG
1 CCCGAACACCTTTTTGGTCCTTGGCTGGTGCTACTAATCACATCCACCACCATAGGTGACAGATG
*
14251395 GTGGCCCGTTGTTCCACCAAGATGTTACCTCAAAAACCTCTCTAGTAGGAGCTGGCCCTT
66 GTGGCCCATTGTTCCACCAAGATGTTACCTCAAAAACCTCTCTAGTAGGAGCTGGCCCTT
14251455 CAATGCTCGA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 10, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 28 0.24
138 87 0.76
ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (137 bp):
CCCGAACACCTTTTTGGTCCTTGGCTGGTGCTACTAATCACATCCACCACCATAGGTGACAGATG
GTGGCCCATTGTTCCACCAAGATGTTACCTCAAAAACCTCTCTAGTAGGAGCTGGCCCTTGATGT
TCAATGT
Found at i:14254574 original size:13 final size:13
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Indices: 14254556--14254587 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
14254546 GGCTAATTGT
14254556 TGCCTCGGTATAC
1 TGCCTCGGTATAC
*
14254569 TGCCTCGGTATAT
1 TGCCTCGGTATAC
14254582 TGCCTC
1 TGCCTC
14254588 AGACATCTCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 18 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.31, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (13 bp):
TGCCTCGGTATAC
Found at i:14255319 original size:295 final size:293
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Indices: 14254681--14255381 Score: 694
Period size: 295 Copynumber: 2.4 Consensus size: 293
14254671 ACCCGAACTT
*
14254681 CACTTTGGTGCTTGGCTTGGGTGACCAATCTTGTCCACCTTCATCGATGGTAGATGCTGGCCCAT
1 CACTTTGGTGCTTGGCTT-GGTGACCAAT-TTGTCCACCTTCATCGATGGCAGATGCTGGCCCAT
* * * * * *
14254746 TGTTACCCCAGGATGTTACCTCAGACATCATTAGGATGTTGGCCCATCGATAATATCTGGCCTTT
64 TGTTACCCCAAGATGTTACCTCAGACATCATTAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCCTT
* * * **
14254811 AGCTAGTGTTACCAATCATGTTCAACACCATCGGTGGTAGATGTTGGCCCATTGTAGCCCCAGGA
129 AGCTAGTGCTACCAATCA-GTCCAACACCATCGCTGACAGATGTTGGCCCATTGTAGCCCCAGGA
* * * * ** * * *
14254876 TGTTGCCTCAGTCACCTTTCTGGTGGGTGCTAGCCCTTTAATGCTCGATGTTGCCTCAAGCTCCT
193 TATTACCTCAGACACCTTTCTAGCAGGTGCTAGCCCCTCAATGCCCGATGTTGCCTCAAGCTCCT
*
14254941 CCTTAGTGGGTGCCTGGCACTTAATCCCCCAAACAA
258 CCTTAGTGGATGCCTGGCACTTAATCCCCCAAACAA
* * * * * * ** * **
14254977 CTCTTTCGTCCTTGGCTAGTGTGGCCAATCATGTCCACCACCATCGATGGCAAATGCTTACCCAT
1 CACTTTGGTGCTTGGCTTG-GTGACCAAT-TTGTCCACCTTCATCGATGGCAGATGCTGGCCCAT
* * * *
14255042 TGTTGCCCTAAGATGTTGCCTC-GAACA-CTATTAGGATGCTGGCCCATCAATAGCATCT-ACCC
64 TGTTACCCCAAGATGTTACCTCAG-ACATC-ATTAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCC
* * * *
14255104 TTGGCTGGTGCTACCAATTGCA-TCCAACACCATCGACT-ACAGATGTTGGCTCATTGTTGCCCC
127 TTAGCTAGTGCTACCAA-T-CAGTCCAACACCATCG-CTGACAGATGTTGGCCCATTGTAGCCCC
* * * * *
14255167 AGTATATTACCTTAGACACCTTTTTAGCAGGTG-TTGCCCCTCAGTGCCCGATGTTGCCTCAAGC
189 AGGATATTACCTCAGACACCTTTCTAGCAGGTGCTAGCCCCTCAATGCCCGATGTTGCCTCAAGC
* * * * * *
14255231 TTCTCCTTGGTGGATGGCCTGGCACTTGATCCCTCAAGCAC
254 TCCTCCTTAGTGGAT-GCCTGGCACTTAATCCCCCAAACAA
* *
14255272 CACTTTGGTGCTTGGTTTGGCTGACCAATTGTATCCACCTTCATCGATGGCAGATGCTGGCCCAT
1 CACTTTGGTGCTTGGCTTGG-TGACCAATT-TGTCCACCTTCATCGATGGCAGATGCTGGCCCAT
* * * * ***
14255337 TGTTACCCCAGGATTTTACCTTATATGCCATTAGGATGCTGGCCC
64 TGTTACCCCAAGATGTTACCTCAGACATCATTAGGATGCTGGCCC
14255382 TTGGCTGGTA
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 74, Indels: 23
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
294 39 0.12
295 179 0.56
296 100 0.31
297 2 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (293 bp):
CACTTTGGTGCTTGGCTTGGTGACCAATTTGTCCACCTTCATCGATGGCAGATGCTGGCCCATTG
TTACCCCAAGATGTTACCTCAGACATCATTAGGATGCTGGCCCATCAATAACATCTGACCCTTAG
CTAGTGCTACCAATCAGTCCAACACCATCGCTGACAGATGTTGGCCCATTGTAGCCCCAGGATAT
TACCTCAGACACCTTTCTAGCAGGTGCTAGCCCCTCAATGCCCGATGTTGCCTCAAGCTCCTCCT
TAGTGGATGCCTGGCACTTAATCCCCCAAACAA
Found at i:14257087 original size:47 final size:47
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Indices: 14257018--14257121 Score: 172
Period size: 47 Copynumber: 2.2 Consensus size: 47
14257008 CATCAGTGAC
* *
14257018 AGATGCTGGCCTATTGTTGTCCCAAGATGTTACCTTAGACACCATCA
1 AGATGCTGGCCCATTGTTGTCCCAAGATGTTACCTCAGACACCATCA
* *
14257065 AGATGCTGGCCCATTGTTGTCCCGAGATGTTACCTCAGACACCATTA
1 AGATGCTGGCCCATTGTTGTCCCAAGATGTTACCTCAGACACCATCA
14257112 AGATGCTGGC
1 AGATGCTGGC
14257122 TTATCGATAG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 53 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AGATGCTGGCCCATTGTTGTCCCAAGATGTTACCTCAGACACCATCA
Found at i:14267912 original size:296 final size:296
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Indices: 14267374--14268014 Score: 661
Period size: 296 Copynumber: 2.2 Consensus size: 296
14267364 ATGGCCCCTG
* * * *
14267374 GCCCTTGGATGGTGTGGCCAATTATGTCTAACACCATCGGTGGTAGATGACGACCTATTGTTACC
1 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGTGCTAGATGACGACCTATTGTTACC
* * * * * * *
14267439 TTGAGATGTTGCCTCAGACTCTTTCCTAGTGAGTGCTGGCCCCTCGATGCTTGATGTTGCCTCAA
66 TTGAGATGTTGCCTCAGACCCTCTCCAAGTGAGTGCTAGCCCATCGATGCTCGATATTGCCTCAA
* * * * *
14267504 ACTCTTCCTTGGTGAGTGCCTGGTGCTTGATCCACCGAACACCTCTTTAGTCTGTGGTTGGTGCA
131 ACTCCTCCTTGGTGAGTGCCTAGTGCATGATCCACCGAACACCTCTTTAGTCTGTGGCTAGTGCA
* * * *
14267569 GCCAATCGCATCCACCACCATCGGTGGAAGATGCTGGCTCATTGTTGCCATGA-GATGTTAG-CT
196 GCCAATCGCATCCACCACCATCAGAGGAAGATGCTGCCTCATTGTTGCC-TCATGATGTT-GCCT
* *
14267632 TAG-ACACCATGGGGATGCTGGCCCGTCGATAATGTCTA
259 T-GTACACCATCGGGATGCTAGCCCGTCGATAATGTCTA
* * *
14267670 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAAACATGTCCAACACCATTGGTAGCT-GATG-CTAGCCTATTGTTA
1 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGT-GCTAGATGACGA-CCTATTGTTA
* * *
14267733 CCTTGGGATTTTGCCTCAGACACCTCT-CAAGTGGGTGCTAGCCTCAT-GATGCTCGATATTGCC
64 CCTTGAGATGTTGCCTCAGAC-CCTCTCCAAGTGAGTGCTAGCC-CATCGATGCTCGATATTGCC
** * * * * * * *
14267796 TTGAGCTCCTCTTTGGCTG-GTTCCTAGTGCATGATCCTCTGAACACCTCTTTGGTCTTTGGCTA
127 TCAAACTCCTCCTTGG-TGAGTGCCTAGTGCATGATCCACCGAACACCTCTTTAGTCTGTGGCTA
* ** ** *
14267860 GTGCAGCCAATTGTGTCCACCACCATCAGAGGTTGATGCTAGCCT-GTTGTTGCCTCATGATGTT
191 GTGCAGCCAATCGCATCCACCACCATCAGAGGAAGATGCT-GCCTCATTGTTGCCTCATGATGTT
* *
14267924 GCCTTGTACACCATCGGTATGCTAGCCCGTCGATAGTGTCTA
255 GCCTTGTACACCATCGGGATGCTAGCCCGTCGATAATGTCTA
* ** * * * * *
14267966 CCCCTTCACTAGTGTAGACAATCATGTCCAACACCATCGATGATAGATG
1 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGTGCTAGATG
14268015 CTGGCCCTTT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 55, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
295 8 0.03
296 260 0.93
297 12 0.04
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.24, T:0.30
Consensus pattern (296 bp):
GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGTGCTAGATGACGACCTATTGTTACC
TTGAGATGTTGCCTCAGACCCTCTCCAAGTGAGTGCTAGCCCATCGATGCTCGATATTGCCTCAA
ACTCCTCCTTGGTGAGTGCCTAGTGCATGATCCACCGAACACCTCTTTAGTCTGTGGCTAGTGCA
GCCAATCGCATCCACCACCATCAGAGGAAGATGCTGCCTCATTGTTGCCTCATGATGTTGCCTTG
TACACCATCGGGATGCTAGCCCGTCGATAATGTCTA
Found at i:14270971 original size:45 final size:44
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Indices: 14270922--14271046 Score: 124
Period size: 45 Copynumber: 2.8 Consensus size: 44
14270912 TGGTGCAGGA
* * **
14270922 ACATGCATCGACCATCATCGGCACAAGCTGGCCTTTGGTACGGGC
1 ACATGCATCAACCA-CATTGGCACAAGCCAGCCTTTGGTACGGGC
* * *
14270967 ACATGCCTCAACCACTATTGGCATAAGCCAGCCTTTGGTATGGGC
1 ACATGCATCAACCAC-ATTGGCACAAGCCAGCCTTTGGTACGGGC
* * *
14271012 ACTTACATCAACCACCATTGGCACATGCCATGCCT
1 ACATGCATCAACCA-CATTGGCACAAGCCA-GCCT
14271047 CGATCAGCAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 12, Indels: 5
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
45 59 0.91
46 5 0.08
ACGTcount: A:0.25, C:0.32, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (44 bp):
ACATGCATCAACCACATTGGCACAAGCCAGCCTTTGGTACGGGC
Found at i:14273719 original size:297 final size:296
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Indices: 14273416--14273967 Score: 650
Period size: 296 Copynumber: 1.9 Consensus size: 296
14273406 AGCAATTGCA
* * * * *
14273416 TCCAACACCATCAACGGTAGATGTTGGC-CTATTGTTACCTC-GAGATGTTGCCTCAGACACCT-
1 TCCAACACCATCAACGATAAATGATGGCTC-ATTATTACCCCAG-GATGTTGCCTCAGACACCTC
* * * * * **
14273478 TCATGGCGAGTGTTTGCCCCTCGATGCCTAATATTGCCTCAAACCCTTCTTTGGTGGGTGGCCTA
64 TC-TGGCGAGTGTTGGCCCCTCGATGCCCAATATTGCCTCAAACCCATCCTTCGCAGGT-GCCTA
*
14273543 GCACTTGATCCCCTAAACACCACTTTGGT-CCT-TGGCTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCA
127 GCACTTGATCCACTAAACACCACTTTGGTCCCTAT-G-TGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCA
* *
14273606 TCGGTAGCAGATGCTAACCCATTGTTGCCTCCGA-ATGTTGCCTC-GGACACCATCGAGATGCTA
190 TCGGTAGCAGATGCTAACCCATTGTTGCC-CCGAGATGTTACCTCAGG-CAACATCGAGATGCTA
14273669 GCCTATTGACAGCATTTGGCCTTTGGCTGGTGAGGCCAATCACG
253 GCCTATTGACAGCATTTGGCCTTTGGCTGGTGAGGCCAATCACG
* * ** **
14273713 TCCAACACCATCAATGATAAATGATGGCTCATTATTGCCCCAGGATGTTTTCTTGGACACCTCTC
1 TCCAACACCATCAACGATAAATGATGGCTCATTATTACCCCAGGATGTTGCCTCAGACACCTCTC
* * * * * * * * *
14273778 TGGCGAGTGTTGGCCCCTTGGTGCCCGATGTTGCCTCGAGCTCATCCTTCGCAGGTGCGTGGCAC
66 TGGCGAGTGTTGGCCCCTCGATGCCCAATATTGCCTCAAACCCATCCTTCGCAGGTGCCTAGCAC
* * *
14273843 TTGATCTACTAAACACCTCTTTGGTCCCTATGTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGGTG
131 TTGATCCACTAAACACCACTTTGGTCCCTATGTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGGTA
* ** *
14273908 GTAGATGCTGGCCCATTGTTTCCCCGAGATGTTACCTCAGGCAACATCGAGATGCTAGCC
196 GCAGATGCTAACCCATTGTTGCCCCGAGATGTTACCTCAGGCAACATCGAGATGCTAGCC
14273968 CATCGAAAGT
Statistics
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Consensus pattern (296 bp):
TCCAACACCATCAACGATAAATGATGGCTCATTATTACCCCAGGATGTTGCCTCAGACACCTCTC
TGGCGAGTGTTGGCCCCTCGATGCCCAATATTGCCTCAAACCCATCCTTCGCAGGTGCCTAGCAC
TTGATCCACTAAACACCACTTTGGTCCCTATGTGGTGCAACCAATCATGTCCACCACCATCGGTA
GCAGATGCTAACCCATTGTTGCCCCGAGATGTTACCTCAGGCAACATCGAGATGCTAGCCTATTG
ACAGCATTTGGCCTTTGGCTGGTGAGGCCAATCACG
Found at i:14279371 original size:296 final size:296
Alignment explanation
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14278823 ATGGCCCCTG
* ** *
14278833 GCCCTTGGATGGTGTGGCCAATTGTGTCCAACACCATCGGTGGTAGATGACGACCTATTGTTACC
1 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGTGCTAGATGACGACCTATTGTTACC
* * * * *** *
14278898 TTGAGATGTTGCCTCAGACTCTTTCCTAGTGAGTGCTGGCCCCTCGATGCTTGATGTTGCCTCAA
66 TTGAGATGTTGCCTCAGACACTCTCCTAGTGAGTGCTAGCCCATCGATGCCCAATATTGCCTCAA
* * *
14278963 ACTCTTCCTTGGTGAGTGCCTGGTGCTTGATCCACCGAACACCTCTTTAGTCCGTGGTTGGTGCA
131 ACTCCTCCTTGGTGAGTGCCTGGTGCTTGATCCACCGAACACCTCTTTAGTCCGTGGCTAGTGCA
* * * *
14279028 GCCAATCGCATCCACCACCATCGGTGGAAGATGCTGGCTCATTGTTGCCATGA-GATGTTAG-CT
196 GCCAATCGCATCCACCACCATCAGAGGAAGATGCTGCCTCATTGTTGCC-TCATGATGTT-GCCT
* **
14279091 TAG-ACACCATGGGGATGCTGGCCCGTCGATAATGTCTA
259 T-GTACACCATCGGGATGCTAACCCGTCGATAATGTCTA
* *
14279129 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAAACATGTCCAACACCATCGGTAGCT-GATG-CTAGCCTATTGTTA
1 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGT-GCTAGATGACGA-CCTATTGTTA
* * * *
14279192 CCTTGGGATTTTGCCTCAGACAC-CTCTTAAGTGGGTGCTAGCCTCAT-GATGCCCAATATTGCC
64 CCTTGAGATGTTGCCTCAGACACTCTCCT-AGTGAGTGCTAGCC-CATCGATGCCCAATATTGCC
** * * * * **
14279255 TTGAGCTCCTCTTTGGCTG-GTTCCTGGTG-TATGATCC-CCTGAACACCTCTTTGGTCTTTGGC
127 TCAAACTCCTCCTTGG-TGAGTGCCTGGTGCT-TGATCCACC-GAACACCTCTTTAGTCCGTGGC
* ** ** *
14279317 TAGTGCAGCCAATTGTGTCCACCACCATCAGAGGTTGATGCTAGCCT-GTTGTTGCCTCATGATG
189 TAGTGCAGCCAATCGCATCCACCACCATCAGAGGAAGATGCT-GCCTCATTGTTGCCTCATGATG
* *
14279381 TTGCCTTGTACACCATCGGTATGCTAACCCGTCGATAGTGTCTA
253 TTGCCTTGTACACCATCGGGATGCTAACCCGTCGATAATGTCTA
* ** * * * * *
14279425 CCCCTTCACTAGTGTAGACAATCATGTCCAACACCATCGATGATAGATG
1 GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGTGCTAGATG
14279474 CTGGCCCTTT
Statistics
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GCCCTTGGCTGGTGTGGCCAATCATGTCCAACACCATCGGTGCTAGATGACGACCTATTGTTACC
TTGAGATGTTGCCTCAGACACTCTCCTAGTGAGTGCTAGCCCATCGATGCCCAATATTGCCTCAA
ACTCCTCCTTGGTGAGTGCCTGGTGCTTGATCCACCGAACACCTCTTTAGTCCGTGGCTAGTGCA
GCCAATCGCATCCACCACCATCAGAGGAAGATGCTGCCTCATTGTTGCCTCATGATGTTGCCTTG
TACACCATCGGGATGCTAACCCGTCGATAATGTCTA
Found at i:14285255 original size:297 final size:293
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Period size: 297 Copynumber: 2.2 Consensus size: 293
14284787 TGCTAGCTCG
* * * * *
14284797 TTGTTGCCTCGGGATGTTACCTC-GATCACCATCGGGATACTGGCCCATCGACAATGTTTGGCCC
1 TTGTTGCCTCCGGATGTTACCTCGGA-CACCATCGAGATGCTAGCCCATCGACAATATTTGGCCC
** * * * * *
14284861 TTGGCTGGTGCAAGCAATTGCATCCAACACCATCAACGGTAGATGTTGGCCTATTGTTACCTCGA
65 TTGGCTGGTGCAAGCAATCACATCCAACACCATCAACGATAAATGATGGCCTATTATTACCCCGA
* * *
14284926 GATGTTGCCTCAGACACCTTCATGGTGAGTGTTTGCCCATCGATGCCTAATATTGCCTTAAACCC
130 GATGTTGCCTCAGACACCTTCATGGCGAGTGTTGGCCCATCGATGCC-AATATTGCCTCAAACCC
* * * ** *
14284991 CTCTTTGGTGGGTGGCCTAGCACTTGATCCCCTAAACACCACTTTGGT-CCT-TGGCTGGTGCAA
194 ATCCTTCGCAGGT-GCCT-GCACTTGATCCACTAAACACCACTTTGGTCCCTAT-G-TGGTGCAA
14285054 CCAATCATGTCCACCACCATCGGTAGCAGATGCTAACCCA
255 CCAATCATGTCCACCA-CATCGGTAGCAGATGCTAACCCA
* * * *
14285094 TTGTTGCCTCCGGATGTTACCTCGGACACCATCGAGATGCTAGCCTATTGACAGTATTTGGCCTT
1 TTGTTGCCTCCGGATGTTACCTCGGACACCATCGAGATGCTAGCCCATCGACAATATTTGGCCCT
* * * *
14285159 TGGCTGGTG-AGGCCAATCACGTCCAACACCATCAATGATAAATGATGG-CTCATTATTGCCCC-
66 TGGCTGGTGCAAG-CAATCACATCCAACACCATCAACGATAAATGATGGCCT-ATTATTACCCCG
** ** * * * * * * *
14285221 AGGATGTTTTCTTGGACACCTCTC-TGGCGAGTGTTGGCCCCTTGGTGCCGATGTTGCCTCGAGC
129 A-GATGTTGCCTCAGACACCT-TCATGGCGAGTGTTGGCCCATCGATGCCAATATTGCCTCAAAC
* * * *
14285285 TCATCCTTCGCAGGTGCGTGCACTTGATCTACTAAACACCTCTTTGGTCCCTATGTGGTGCAACC
192 CCATCCTTCGCAGGTGCCTGCACTTGATCCACTAAACACCACTTTGGTCCCTATGTGGTGCAACC
* * **
14285350 AATCATGTCCACCACATCGGTGGTAGATGCTGGCCCA
257 AATCATGTCCACCACATCGGTAGCAGATGCTAACCCA
* * * *
14285387 TTGTT-CC-CTGAGATGTTTACCTCAGG-CAACATCGAGATGCTAGCCCATCGA-AAGTGTCTGG
1 TTGTTGCCTCCG-GATG-TTACCTC-GGACACCATCGAGATGCTAGCCCATCGACAA-TATTTGG
14285448 CCCTTGGCT
62 CCCTTGGCT
14285457 AGTGTAGCCA
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 56, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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295 7 0.02
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297 133 0.45
298 4 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (293 bp):
TTGTTGCCTCCGGATGTTACCTCGGACACCATCGAGATGCTAGCCCATCGACAATATTTGGCCCT
TGGCTGGTGCAAGCAATCACATCCAACACCATCAACGATAAATGATGGCCTATTATTACCCCGAG
ATGTTGCCTCAGACACCTTCATGGCGAGTGTTGGCCCATCGATGCCAATATTGCCTCAAACCCAT
CCTTCGCAGGTGCCTGCACTTGATCCACTAAACACCACTTTGGTCCCTATGTGGTGCAACCAATC
ATGTCCACCACATCGGTAGCAGATGCTAACCCA
Found at i:14288252 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 14288188--14288277 Score: 135
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
14288178 GACTATCATT
* * *
14288188 AGCACAAGCTGACCTTTGGTATAGGCAATTGCCTTGACCACCATC
1 AGCACAAGCTGACCCTTGGTACAAGCAATTGCCTTGACCACCATC
* *
14288233 AGCACAAGCTGGCCCTTGGTACAAGCACTTGCCTTGACCACCATC
1 AGCACAAGCTGACCCTTGGTACAAGCAATTGCCTTGACCACCATC
14288278 GACACATGCA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 40 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.32, G:0.20, T:0.22
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AGCACAAGCTGACCCTTGGTACAAGCAATTGCCTTGACCACCATC
Found at i:14289717 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14289378--14289722 Score: 406
Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
14289368 TCGATAGCAT
* * * *
14289378 CTAGCCCATTGTTACCCTAGGATGTTGCTTCAGACACCTCCCTGGTGGGTGCTGACCCCTCAGTG
1 CTAGCCCATTGTTACCCTAGGACGTTGCCTCAGACACCTCCCTAGTGAGTGCTGACCCCTCAGTG
* * * *
14289443 CCAGATGTTGCCTCGAGCTCCTATTTGGCAACTGCTTGGCACATAATTCCCCGAACACCTCTTTG
66 CCAGATGTTACCACGAGCTCCTACTTGGCAACTGCTTGGCACATAATCCCCCGAACACCTCTTTG
** * *
14289508 GTCCCTGCTTGGTGTGGCCAATCATGTCCATCCCCATCAATGTAGATG
131 GTCCCTGCTTGGTACGACCAATCACGTCCATCCCCATCAATGTAGATG
* * * * * *
14289556 CTAGCCCATTGTTGCCCTAGGACGTTGCCTCGGACACCTCTCTAGTTAGTG-TTAGCCCCTCGGT
1 CTAGCCCATTGTTACCCTAGGACGTTGCCTCAGACACCTCCCTAGTGAGTGCTGA-CCCCTCAGT
* **** *
14289620 GCCCA-ATGTTACCACGAGCTCCTCCTTGGTGGGTGCTTGGCACTTAATCCCCCGAACACCTCTT
65 G-CCAGATGTTACCACGAGCTCCTACTTGGCAACTGCTTGGCACATAATCCCCCGAACACCTCTT
** * *
14289684 TGGTCTTTGGTTGGTACGACCAATCGCGTCCATCCCCAT
129 TGGTCCCTGCTTGGTACGACCAATCACGTCCATCCCCAT
14289723 TGGCGGTAGA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 28, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
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CTAGCCCATTGTTACCCTAGGACGTTGCCTCAGACACCTCCCTAGTGAGTGCTGACCCCTCAGTG
CCAGATGTTACCACGAGCTCCTACTTGGCAACTGCTTGGCACATAATCCCCCGAACACCTCTTTG
GTCCCTGCTTGGTACGACCAATCACGTCCATCCCCATCAATGTAGATG
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Indices: 14295693--14295803 Score: 116
Period size: 45 Copynumber: 2.5 Consensus size: 45
14295683 CCACCTGGTT
* * * **
14295693 CCAGATTGTGCCAATGGTGGTTGAGGCAAGTG-CTCATACCAAGGG
1 CCAGCTTGTGCCGATGGTGGTTAAGGCAAGTGCCT-ATACCAAAAG
* * *
14295738 CCAGCTTGTGCCGATGGTGGTTAAGGTAATTGCCTATATCAAAAG
1 CCAGCTTGTGCCGATGGTGGTTAAGGCAAGTGCCTATACCAAAAG
* *
14295783 CTAGCTTGTGCCGATGATGGT
1 CCAGCTTGTGCCGATGGTGGT
14295804 CGATGCATGG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 10, Indels: 2
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 53 0.96
46 2 0.04
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CCAGCTTGTGCCGATGGTGGTTAAGGCAAGTGCCTATACCAAAAG
Found at i:14298925 original size:296 final size:295
Alignment explanation
Indices: 14297901--14299267 Score: 885
Period size: 296 Copynumber: 4.6 Consensus size: 295
14297891 ATCTACCACT
* * *
14297901 GATGGTGTTGGA-TACGATTGGCCACACCAGCCAAAAGCTAGATGCTATCGA-CTGGCCAGCATC
1 GATGGTGTTGGACTA--ATTGGCCACACCAGCCAAAAGCCAGACGCTATCGATCAGGCCAGCATC
* * * * * *
14297964 -CTGATGGTGTCTGAGGTAACATCTCAAGTTAATAATAGGCCAGCATCTATCC-CTAATGGTGGT
64 TC-GATGGTGTCTGAGGTAACATC-CTAGGTAACAATGGGCCAGCATCT-GCCACCAATGGTGGT
** * * ** * * *
14298027 GGATGCGATTGGTTGCACAAACTAAGGACCAAAGAGGTATTTGGGGGATTAAGTGCCAGGCACTC
126 GGACACGATTGGTTGCACCAACTAAGGACCAAAGAGGTGTTCAGGGGATCAAGTGCCAAGCACCC
* * * * * * * *
14298092 ACCAAGGAAGAGCTCTT--GGAAACATCGAGCA-CGGAGGGGTCAGCACCTGAAAGAAAGGTGTC
191 ACCAAGGAGGA-C-CTTAAGGCAACATCAAGCATCGAAGAGGCCAGCACCT-ACAGAGAGGTGTC
** * * *** * *
14298154 TGAGTTAACATCTTAGGGTAACAACAAGCCAACATTTGCCATC
253 CAAGGTAACATCTCAGGGTAACAATGGGCCAACATCTGACATC
* * ** ** * ** *
14298197 GATGGTGTTAGACGTGATTGGAGACACCAGCCAAGGGCCAAACATTATCGAT-AGGCCAACATCT
1 GATGGTGTTGGAC-TAATTGGCCACACCAGCCAAAAGCCAGACGCTATCGATCAGGCCAGCATCT
* * * * * *
14298261 CGATGGTGTCCT-AGGTAACATCTTAAGGTAACAACGGGCCAACACCTGTCATCAATGGTGGTGG
65 CGATGGTGT-CTGAGGTAACATCCT-AGGTAACAATGGGCCAGCATCTGCCACCAATGGTGGTGG
* * * * *
14298325 ACACGATTGGTTGCACCAGCTAAGGACCAAAGAGGTCTTCAGGGGATCAAGTGCTAGGCACCCTC
128 ACACGATTGGTTGCACCAACTAAGGACCAAAGAGGTGTTCAGGGGATCAAGTGCCAAGCACCCAC
* ** * * * * * * *
14298390 CATGGAGGAGTTTGAGGCAACATCGAGCACCGAAG-GGCCAACACCTACCACAGAGGTGTTCAGG
193 CAAGGAGGACCTTAAGGCAACATCAAGCATCGAAGAGGCCAGCACCTA-CAGAGAGGTGTCCAAG
* * * ** * * **
14298454 GCAACATCCCAAGACAACAATGGGTCAGCATCT-ACCGC
257 GTAACATCTCAGGGTAACAATGGGCCAACATCTGACATC
*** * * *
14298492 TGATGGTGTTGGAGC-AATTGGGTGCACTCA-CCAAAGGCCAGACGCTATC-AACAGGCCAGCAC
1 -GATGGTGTTGGA-CTAATTGGCCACAC-CAGCCAAAAGCCAGACGCTATCGATCAGGCCAGCAT
* * ** * *
14298554 CTCAACGGTGTCCAAGATAACATCCTAGGATAACAATGGGCCAGCATCTGCCACCAATGGTAGTG
63 CTCGATGGTGTCTGAGGTAACATCCTAGG-TAACAATGGGCCAGCATCTGCCACCAATGGTGGTG
** * * * *
14298619 GACGTGATTGGTTGCACCAATTAAGGACCAAAGAGTTGTTTAGGGGATTAAGTGCCAAGCACCCA
127 GACACGATTGGTTGCACCAACTAAGGACCAAAGAGGTGTTCAGGGGATCAAGTGCCAAGCACCCA
14298684 CCAAGGAGGACCTTAAGGCAACATCAAGCATC-AAGAGGCCAGCACCTATCAGAGAGGTGTCCAA
192 CCAAGGAGGACCTTAAGGCAACATCAAGCATCGAAGAGGCCAGCACCTA-CAGAGAGGTGTCCAA
* * **
14298748 GGTAACATCTCAGGGTAGCAATGGGCCAATATCTGTTATC
256 GGTAACATCTCAGGGTAACAATGGGCCAACATCTGACATC
* * *
14298788 AATGGTCTTGGACATAATTGGCCACACCAGCCAAAAGCCAGATGCTATC-ATCAGGCCAGCATCT
1 GATGGTGTTGGAC-TAATTGGCCACACCAGCCAAAAGCCAGACGCTATCGATCAGGCCAGCATCT
* * *
14298852 TGATGGTGTCTGAGGTAATATCCTAGTGTAACAATGGGCCCA-CATCTGCCACCAATGGTGTTGG
65 CGATGGTGTCTGAGGTAACATCCTAG-GTAACAATGGG-CCAGCATCTGCCACCAATGGTGGTGG
* ** * * * * * *
14298916 ACATGATTGGTCACCCCAGCCAAAGACCAAAAAGGTGTTCAGGGGATCAAGTGCCTAGCACCCAC
128 ACACGATTGGTTGCACCAACTAAGGACCAAAGAGGTGTTCAGGGGATCAAGTGCCAAGCACCCAC
* * * * * * *** * * * *
14298981 CAAAGAGGAGCTCAAGGCAACATTAGGCATCAAAG-GGCCAGTGTCGACCAAAAAGGTGTCTAAG
193 CAAGGAGGACCTTAAGGCAACATCAAGCATCGAAGAGGCCAGCACCTA-CAGAGAGGTGTCCAAG
* * ** * *
14299045 ATAACATC-CTAGGGCAACAATGGGCCCGCATATGCCATC
257 GTAACATCTC-AGGGTAACAATGGGCCAACATCTGACATC
* * * * ** * * ** *
14299084 GATGGTGTTAGATGTGATTGGCCACATCAGCCAAGGGCCA-A-GC-ATTGTTAAT-AAGCTGGTA
1 GATGGTGTTGGA-CTAATTGGCCACACCAGCCAAAAGCCAGACGCTATCG---ATCAGGCCAGCA
* * * * * * *
14299145 TC-CTAATGGTGT-TCGAGGTAACATCTCGAGGCAACAACGGGCTAACATCTGCCACTAATGGTG
62 TCTC-GATGGTGTCT-GAGGTAACATC-CTAGGTAACAATGGGCCAGCATCTGCCACCAATGGTG
* * ** * ** *
14299208 GTGGACGCGATTGGTTACACCAGTTAAAGACCAAAGAGGTGTTCAAAGGATCAAGCGCCA
124 GTGGACACGATTGGTTGCACCAACTAAGGACCAAAGAGGTGTTCAGGGGATCAAGTGCCA
14299268 GGCATCATCC
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 211, Indels: 70
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
293 2 0.00
294 13 0.02
295 228 0.28
296 561 0.68
297 20 0.02
298 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (295 bp):
GATGGTGTTGGACTAATTGGCCACACCAGCCAAAAGCCAGACGCTATCGATCAGGCCAGCATCTC
GATGGTGTCTGAGGTAACATCCTAGGTAACAATGGGCCAGCATCTGCCACCAATGGTGGTGGACA
CGATTGGTTGCACCAACTAAGGACCAAAGAGGTGTTCAGGGGATCAAGTGCCAAGCACCCACCAA
GGAGGACCTTAAGGCAACATCAAGCATCGAAGAGGCCAGCACCTACAGAGAGGTGTCCAAGGTAA
CATCTCAGGGTAACAATGGGCCAACATCTGACATC
Found at i:14300581 original size:63 final size:61
Alignment explanation
Indices: 14300514--14300739 Score: 156
Period size: 62 Copynumber: 3.7 Consensus size: 61
14300504 TTTATGAGCA
* *
14300514 GATTATTCAAGGTGTTTTTT-T-GCCTAAAACACCTTCAGTAATCCCTT-ACAAAAAATTGAAAG
1 GATTATTGAAGGTGTTTTTTATAG---AAAACACCTTCAATAATCCCTTCA-AAAAAATT-AAAG
14300576 G
61 G
** ** *
14300577 GATTATTGAAGGCATTTTTTATAGAAAATGCCTTCAATAATCCCTTCTAAAAAAATTAAGGG
1 GATTATTGAAGGTGTTTTTTATAGAAAACACCTTCAATAATCCCTTC-AAAAAAATTAAAGG
** * ** * * ** **
14300639 GATTATTGAAGGTGTTTTTGGCTAAAAAATGCCATCAATAATCGCTTTTAAAAAATT-GTGG
1 GATTATTGAAGGTGTTTTT-TATAGAAAACACCTTCAATAATCCCTTCAAAAAAATTAAAGG
* **
14300700 GATTATTGAAGGCGTTTTTTATCA-AAAATGCCTTCAATAA
1 GATTATTGAAGGTGTTTTTTAT-AGAAAACACCTTCAATAA
14300740 ATATCCTTGT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 22, Indels: 15
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
60 16 0.12
61 21 0.16
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63 47 0.35
64 2 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (61 bp):
GATTATTGAAGGTGTTTTTTATAGAAAACACCTTCAATAATCCCTTCAAAAAAATTAAAGG
Found at i:14300619 original size:62 final size:60
Alignment explanation
Indices: 14300545--14300739 Score: 209
Period size: 62 Copynumber: 3.2 Consensus size: 60
14300535 GCCTAAAACA
* *
14300545 CCTTCAGTAATCCCTTACAAAAAATTGAAAGGGATTATTGAAGGCATTTTTTATAGAAAATG
1 CCTTCAATAATCCCTT-CAAAAAATTGAAAGGGATTATTGAAGGCGTTTTTTATA-AAAATG
* *
14300607 CCTTCAATAATCCCTTCTAAAAAAATT-AAGGGGATTATTGAAGGTGTTTTTGGCTA-AAAAATG
1 CCTTCAATAATCCCTTC--AAAAAATTGAAAGGGATTATTGAAGGCGTTTTT---TATAAAAATG
* * * *
14300670 CCATCAATAATCGCTTTTAAAAAATTG--TGGGATTATTGAAGGCGTTTTTTATCAAAAATG
1 CCTTCAATAATC-CCTTCAAAAAATTGAAAGGGATTATTGAAGGCGTTTTTTAT-AAAAATG
14300730 CCTTCAATAA
1 CCTTCAATAA
14300740 ATATCCTTGT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 10, Indels: 20
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
58 2 0.02
60 16 0.14
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65 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (60 bp):
CCTTCAATAATCCCTTCAAAAAATTGAAAGGGATTATTGAAGGCGTTTTTTATAAAAATG
Found at i:14301222 original size:63 final size:61
Alignment explanation
Indices: 14301145--14301348 Score: 177
Period size: 63 Copynumber: 3.3 Consensus size: 61
14301135 GCCTGAAACA
14301145 CCTTCAATAATCCCTTATAAAAAATTGGAAGGGATTATTAAAGGCATTTTTTTAGAAAAAATG
1 CCTTCAATAATCCCTTATAAAAAATT-GAAGGGATTATTAAA-GCATTTTTTTAGAAAAAATG
* * * *
14301208 CCTTCAGTAATCCCTTCCA-AAAAAATT-ACAGGGGATT-TGAAAGCA-TTTTTGACCAAAAAAT
1 CCTTCAATAATCCCTT--ATAAAAAATTGA-A-GGGATTATTAAAGCATTTTTTTA-GAAAAAAT
14301269 G
61 G
* * * *
14301270 CCTTCAATAATCTTCTCATATAAAA-TGAAGGGGATTATTGAAAGCATTTTTTT-GCAAAAAATA
1 CCTTCAATAATC-CCTTATAAAAAATTGAA-GGGATTATT-AAAGCATTTTTTTAG-AAAAAATG
* *
14301333 TCTTTAATAATCCCTT
1 CCTTCAATAATCCCTT
14301349 TCAATTTTTT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 16, Indels: 25
0.73 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
61 16 0.14
62 32 0.28
63 45 0.40
64 19 0.17
65 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (61 bp):
CCTTCAATAATCCCTTATAAAAAATTGAAGGGATTATTAAAGCATTTTTTTAGAAAAAATG
Found at i:14301268 original size:62 final size:63
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Period size: 62 Copynumber: 2.8 Consensus size: 63
14301135 GCCTGAAACA
* * * *
14301145 CCTTCAATAATC-CCTTATAAAAAATTGGAA-GGGATTATT-AAAGGCATTTTTTTA-GAAAAAA
1 CCTTCAATAATCTTCTCATAAAAAA-T-GAAGGGGATTATTGAAA-GCA-TTTTTGACCAAAAAA
14301206 TG
62 TG
* *
14301208 CCTTCAGTAATCCCTTC-CA-AAAAAATTACAGGGGA-T-TTGAAAGCATTTTTGACCAAAAAAT
1 CCTTCAATAAT--CTTCTCATAAAAAATGA-AGGGGATTATTGAAAGCATTTTTGACCAAAAAAT
14301269 G
63 G
*
14301270 CCTTCAATAATCTTCTCATATAAAATGAAGGGGATTATTGAAAGCATTTTT
1 CCTTCAATAATCTTCTCATAAAAAATGAAGGGGATTATTGAAAGCATTTTT
14301321 TTGCAAAAAA
Statistics
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63 30 0.32
64 10 0.11
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66 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (63 bp):
CCTTCAATAATCTTCTCATAAAAAATGAAGGGGATTATTGAAAGCATTTTTGACCAAAAAATG
Found at i:14301446 original size:601 final size:598
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Period size: 601 Copynumber: 1.8 Consensus size: 598
14300251 GGCCATAAAC
* * *
14300261 GCCTTCAACAATCCCTCGAAAAACCTAAAAAATGCTGAAACAACAGATCATACCTACAACCTTGT
1 GCCTTCAACAATCCCTCGAAAAACCTAAAAAATGCTGAAACAACAGATCAAACATACAACCTTAT
* *
14300326 GATTAACAATCATATGCTCTAACCAACAGCACTACTCTATTTTTGATAAATTTATTGACAAGAAA
66 GATTAACAATCATACGCTCTAACCAACAACACTACTCTATTTTTGATAAATTTATTGACAAGAAA
** *
14300391 ATTTATTGAAGGCATTTTTGACCAAAAATACCTTTAATAATCCTCTGTAATTTTTTAGCGAAATT
131 ATTTATTGAAGGCATTTTTGACCAAAAATACCTTTAATAATCCTCTACAATTTTTTAACGAAATT
* * * *
14300456 ATTGAAGACATTTCTAGTAGAAAATGCCTTCAATAATCACCTCTATTTTTTATGAGCAGATTATT
196 ATTAAAGACATTTCTAGTAAAAAATGCCTTCAATAATCACCTCTATTTTTTATCAACAGATTATT
* * * *
14300521 CAAGGTGTTTTTTTGCCTAAAACACCTTCAGTAATCCCTTACAAAAAATTGAAAGGGATTATTGA
261 CAAGGTGATGTTTTGCCTAAAACACCTTCAATAATCCCTTACAAAAAATTGAAAGGGATTATTAA
* *
14300586 AGGCATTTTTTATAGAAAATGCCTTCAATAATCCCTTCTAAAAAAATTAAGGGGATTATTGAAGG
326 AGGCATTTTTTATAGAAAATGCCTTCAATAATCCCTTCCAAAAAAATTAAGGGGATTATTGAAAG
** * * ** * * *
14300651 TGTTTTTGGCTAAAAAATGCCATCAATAATCGCTTTTAAAAAATTGTGGGATTATTGAAGGCGTT
391 CATTTTTGACCAAAAAATGCCATCAATAATCGCTCATAAAAAATTGGGGGATTATTGAAAGCATT
* *
14300716 TTTTATCAAAAATGCCTTCAATAAATATCCTTGTCAATAAATCTATGAAAAATGGAGTAGCATTG
456 TTTTATCAAAAATACCTTCAATAAATACCCTTGTCAAT--ATCTATGAAAAATGGAGTAGCATTG
* ** * * ** * * * * ** * *
14300781 ACGGTTAGAGTATACGGTTGCTAATCATAAGGTTATAAGTTCGATCTTTTTCTTTAGCATTTTTT
519 AAGGTTAGAAAAAACGCTT-CTAATCATAACCTAAAAAATTCGAGCTGATTATTAAGCATTTTTT
14300846 GAATCTGGCTAGAAAT
583 GAATCTGGCTAGAAAT
* * * ** **
14300862 GCCTTCAATAATCCCTCTAAAAACCTAAAAGATGCTGAAAGGAGGGATCAAACATACAACCTTAT
1 GCCTTCAACAATCCCTCGAAAAACCTAAAAAATGCTGAAACAACAGATCAAACATACAACCTTAT
* * * ** *
14300927 GATTAACAATCGTACGCTTTAACCGACAATGCTACTCTATTTTTGATAAATTTATTGATAAGAAA
66 GATTAACAATCATACGCTCTAACCAACAACACTACTCTATTTTTGATAAATTTATTGACAAGAAA
* * *
14300992 ATTTATTGAAGGCGTTTTTGACTAAAAATACCTTTAATAATCCTTTACAATTTTTTAACGAAATT
131 ATTTATTGAAGGCATTTTTGACCAAAAATACCTTTAATAATCCTCTACAATTTTTTAACGAAATT
** *** *
14301057 ATTAAAGGTATTTCT-GTCAAAAAATGCCTTCAATAATCGTTTTTATTTTTTATCAACAGATTAT
196 ATTAAAGACATTTCTAGT-AAAAAATGCCTTCAATAATCACCTCTATTTTTTATCAACAGATTAT
* * *
14301121 TCAAGGT-ATGTTTTGCCTGAAACACCTTCAATAATCCCTTATAAAAAATTGGAAGGGATTATTA
260 TCAAGGTGATGTTTTGCCTAAAACACCTTCAATAATCCCTTACAAAAAATTGAAAGGGATTATTA
*
14301185 AAGGCATTTTTT-TAGAAAAAATGCCTTCAGTAATCCCTTCCAAAAAAATTACAGGGGA-T-TTG
325 AAGGCATTTTTTATAG--AAAATGCCTTCAATAATCCCTTCCAAAAAAATTA-AGGGGATTATTG
* * *
14301247 AAAGCATTTTTGACCAAAAAATGCCTTCAATAATCTTCTCATATAAAA-TGAAGGGGATTATTGA
387 AAAGCATTTTTGACCAAAAAATGCCATCAATAATC-GCTCATAAAAAATTG--GGGGATTATTGA
* *
14301311 AAGCATTTTTT-TGCAAAAAATATCTTTAAT-AAT-CCCTT-TCAAT
449 AAGCATTTTTTAT-C-AAAAATACCTTCAATAAATACCCTTGTCAAT
14301354 TTTTTATAAG
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 60, Indels: 19
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
599 3 0.01
600 103 0.24
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603 12 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (598 bp):
GCCTTCAACAATCCCTCGAAAAACCTAAAAAATGCTGAAACAACAGATCAAACATACAACCTTAT
GATTAACAATCATACGCTCTAACCAACAACACTACTCTATTTTTGATAAATTTATTGACAAGAAA
ATTTATTGAAGGCATTTTTGACCAAAAATACCTTTAATAATCCTCTACAATTTTTTAACGAAATT
ATTAAAGACATTTCTAGTAAAAAATGCCTTCAATAATCACCTCTATTTTTTATCAACAGATTATT
CAAGGTGATGTTTTGCCTAAAACACCTTCAATAATCCCTTACAAAAAATTGAAAGGGATTATTAA
AGGCATTTTTTATAGAAAATGCCTTCAATAATCCCTTCCAAAAAAATTAAGGGGATTATTGAAAG
CATTTTTGACCAAAAAATGCCATCAATAATCGCTCATAAAAAATTGGGGGATTATTGAAAGCATT
TTTTATCAAAAATACCTTCAATAAATACCCTTGTCAATATCTATGAAAAATGGAGTAGCATTGAA
GGTTAGAAAAAACGCTTCTAATCATAACCTAAAAAATTCGAGCTGATTATTAAGCATTTTTTGAA
TCTGGCTAGAAAT
Found at i:14303780 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 14303723--14303801 Score: 104
Period size: 41 Copynumber: 1.9 Consensus size: 41
14303713 AACATTGCTA
* ** * *
14303723 AATTTAACGGCTTTTTTTTATGCAAATGCCATTAAATTCAT
1 AATTTAACGGCGTTTTTAAATACAAATGCCACTAAATTCAT
*
14303764 AATTTAGCGGCGTTTTTAAATACAAATGCCACTAAATT
1 AATTTAACGGCGTTTTTAAATACAAATGCCACTAAATT
14303802 TAGTGGCATT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 32 1.00
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AATTTAACGGCGTTTTTAAATACAAATGCCACTAAATTCAT
Found at i:14309099 original size:45 final size:45
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Indices: 14309007--14309099 Score: 114
Period size: 45 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
14308997 AACGCATCCA
** * *
14309007 TGTACCGATGGTGGTCAAGACAAGTGCCCATACCAAGGGCTAGCT
1 TGTACCGATGGTGGTCAAGACAAGTGCCCATACCAAAAGCCAACT
** * *
14309052 TGTACCGATGGTGGTCAAGGTAATTGCCCGTACCAAAAGCCAACT
1 TGTACCGATGGTGGTCAAGACAAGTGCCCATACCAAAAGCCAACT
14309097 TGT
1 TGT
14309100 GCAGATGATG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 40 1.00
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TGTACCGATGGTGGTCAAGACAAGTGCCCATACCAAAAGCCAACT
Found at i:14311988 original size:296 final size:293
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Indices: 14311175--14312007 Score: 804
Period size: 296 Copynumber: 2.8 Consensus size: 293
14311165 AAGGTGTTGG
* * * * *
14311175 AGGCAACAT-TTGAGGGCAACAATAGGCTAGCATCGATCGTTGATGGTGGTGGACATGATTGGCT
1 AGGCAACATCTT-AGGGCAACAATGGGCTAGCATCTATC-CTGATGGTGGTTGACGTGATTGGCT
* * ** * *
14311239 GCACCAACCAAGGACCAAAGAGTTGTTTAGGGGATCAAGCACAAGACACCTACTAAATAGGAGCT
64 GCACCAACCAAGGACCAAAGAGTTG-TTGGGGGATCAAGCACTAGGTACCCACTAAAAAGGAGCT
* *
14311304 TGAGGTAACATCAGGCACCGAGGGGCTAGCACCTA-TCAG-GAAGATGTCTAAGTCAACAT-CCT
128 TGAGGTAACATCAGGCATCGAGGGGCTAGCACCTACT-AGAGAAGA-GTCTAGGT-AACATCCCT
* * * * *
14311366 AAAGCAACAATGGACCAGCATCTACCACCGATGGTGTTGGATGTGATTGGCTGCACCAGCCAAGG
190 -AAGCAACAATGGGCTAGCATCTACCACTGATGGTGTTGGATGTGATTGGCGGCACCAGCCAAAG
* * * * * * *
14311431 GCTAGATGCTATCGATGGGCTAGCATCCCAATGGTGTCTG
254 GCAACATGCTATCAATGGGCTAGCATCCAAATAGAGTCTA
* * * *
14311471 AGGCAACATC-CAGAGGCAACAATGGGCTAGCATCTATCGTCGATGGTGG-TGTATGCGATTGGC
1 AGGCAACATCTTAG-GGCAACAATGGGCTAGCATCTATCCT-GATGGTGGTTG-ACGTGATTGGC
* * * * * * * * ***
14311534 TGCACTAGCTAAAGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCACTAAGTACCCACCAGGGAGGAGC
63 TGCACCAACCAAGGACCAAAGAGTTGTT-GGGGGATCAAGCACTAGGTACCCACTAAAAAGGAGC
* * * * *
14311599 TCGAGGTAACATCAGGCATCGAGGGGCTAGCACCTGCTAGAGAGGTGTCTAAGGCAACAT--CTA
127 TTGAGGTAACATCAGGCATCGAGGGGCTAGCACCTACTAGAGAAGAGTCT-AGGTAACATCCCTA
* * ** * **
14311662 GAGGCAATAATGGG-TCAACATCTACCACTGATGGTGTTGGACATGATTGGCGGCACCTGTTAAA
191 -A-GCAACAATGGGCT-AGCATCTACCACTGATGGTGTTGGATGTGATTGGCGGCACCAGCCAAA
* *
14311726 TGCAACATGCTATTAATGGGCTAGCATCCAAATAGAGTCTA
253 GGCAACATGCTATCAATGGGCTAGCATCCAAATAGAGTCTA
* *
14311767 AGGTAACATCTTAGGGCAACAATGGGCTAGCATCTATCACTGATGGTGGTTGACGTGATTGGTTG
1 AGGCAACATCTTAGGGCAACAATGGGCTAGCATCTATC-CTGATGGTGGTTGACGTGATTGGCTG
* *
14311832 CACCAACCAAGGACCAAAGAGTTGTTGGGGGAATCAAGCTCTAGGTAGCCCACTAAAAAGGATCT
65 CACCAACCAAGGACCAAAGAGTTGTTGGGGG-ATCAAGCACTAGGTA-CCCACTAAAAAGGAGCT
* * * * * * * **
14311897 TGAGGCAACAT-GGGCATCGAGAGGCCAACACCCACTAGAGAAGAGCCTGAGGTAACATCCCTTT
128 TGAGGTAACATCAGGCATCGAGGGGCTAGCACCTACTAGAGAAGAGTCT-AGGTAACATCCCTAA
* *
14311961 GTAACAATGGGCTAGCATCTGCCACTGATGGTGTTGGATGTGATTGG
192 GCAACAATGGGCTAGCATCTACCACTGATGGTGTTGGATGTGATTGG
14312008 TTACACTAGC
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 92, Indels: 38
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
294 1 0.00
295 13 0.03
296 377 0.88
297 33 0.08
298 2 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (293 bp):
AGGCAACATCTTAGGGCAACAATGGGCTAGCATCTATCCTGATGGTGGTTGACGTGATTGGCTGC
ACCAACCAAGGACCAAAGAGTTGTTGGGGGATCAAGCACTAGGTACCCACTAAAAAGGAGCTTGA
GGTAACATCAGGCATCGAGGGGCTAGCACCTACTAGAGAAGAGTCTAGGTAACATCCCTAAGCAA
CAATGGGCTAGCATCTACCACTGATGGTGTTGGATGTGATTGGCGGCACCAGCCAAAGGCAACAT
GCTATCAATGGGCTAGCATCCAAATAGAGTCTA
Found at i:14316098 original size:296 final size:292
Alignment explanation
Indices: 14315564--14318288 Score: 1426
Period size: 296 Copynumber: 9.2 Consensus size: 292
14315554 ATTGGCTACT
* * * * *
14315564 GATGGTGGTGGACAG-GATTGGTCGCACTAGCCAAAGACCAAAGGGGTGTTCGGGGGATCAAGCA
1 GATGGTGGTGGA-TGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCA
* * ** * ** * * *
14315628 CCAAGCACCC-CCTAAAGAGGAGCTCAAGGCAACATTGGGCACCGTGGGGCTAGCACCTACCAGA
65 CTAGGCACCCTCC-AAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCACCGAAGGGCCAGCACCCACAAGA
* * * *** * * * *
14315692 GAGGTGTCTAAGGGAACATCCT-AAAGCAATAACAAGCCAGCATTTGTCCTCGATGGTGTTGGGC
129 -AGGTGTCTAA-GCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATTTATGC-CAATGGTGTT-GGA
* * * * * * *
14315756 A-CAATTGGCTACACCAGCCAAAGGCTAGATGTTATCGATGGGCCAGCATCCTGATGGTGTCTGA
190 AGCGATTGGCTGCACCAGCC-AAGGCCAGATGCTGTCGATAGGCCAGCATCCTGATGGTGTCTAA
* *
14315820 GGTAACATCTCGGGGAAACAATGGCCCAACATCTGCCACC
254 GGTAACATCTCGGGGCAACAATGG-CCAACATCTACCACC
* * * * * * * *
14315860 GATGATGGTGGATGCGATAGGCCACACAAACCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCGC
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
* * * *
14315925 TAGGCACCCTCCAAAGAGGAGCTCGAGGCAACATCGAGCACCGAGGGGCCAGCACCTATCAAGAA
66 TAGGCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCACCGAAGGGCCAGCACCCA-CAAGAA
* *
14315990 GGTATCTGAAGCAACATCCT-AGTGCAACAATGGGCCAGCATTTACTGCCAATGGTGTTGGAAGC
130 GGTGTCT-AAGCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATTTA-TGCCAATGGTGTTGGAAGC
* * * * * * * *
14316054 GATTGGCTGCACCAGCCATAAGCCAAACGCTGT-TAGTAGGCCAGCATCCCGATAGTGTTTGAGG
193 GATTGGCTGCACCAGCCA-AGGCCAGATGCTGTCGA-TAGGCCAGCATCCTGATGGTGTCTAAGG
* * *
14316118 TAACATCTCGAGGCAACAATGGGCTAGA-ATCTACCATC
256 TAACATCTCGGGGCAACAAT-GGCCA-ACATCTACCACC
* * *
14316156 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTTGCACCAGCCAAGGACCAAAAAGGTGTTCAAGGGATCAAGCA-
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
* * ** * * *** *
14316220 TCGAGCACCCACCATGGAGGAGCTTGAGGCAACTTTGGGCATTAAAAGGGCCAACACCCACCAAG
66 TAG-GCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCA-CCGAAGGGCCAGCACCCA-CAAG
* * * *
14316285 GAGGTGTTTGAGGCAACAT-CTCAG-GCCAACAATGGGCTAGCA--TATGCCATCGATGGTGTTG
128 AAGGTGTCT-AAGCAACATCCTCAGAG-CAACAATGGGCCAGCATTTATGCCA---ATGGTGTTG
* * * * * * * *
14316346 GACA-CAATTGGCTACACTAACCAAGGGCTAGATGCTATCGATAAGCCAGCATCCCGATGGTGTC
188 GA-AGCGATTGGCTGCACCAGCCAA-GGCCAGATGCTGTCGATAGGCCAGCATCCTGATGGTGTC
* * * * **
14316410 TAAGGTAACATCCCAGGGCAATAATGGGCCAGCATCTACCATT
251 TAAGGTAACATCTCGGGGCAACAAT-GGCCAACATCTACCACC
** * *** * ** * * * * **
14316453 GATGGTTATGGATATGATTAACCAG-ACTAGTGAAAGACAAAAGAGGTGTTTGGGGGATCAAGTG
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTC-GCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCA
* * * * * * * *
14316517 CTAGGCACCCACCAAGGAGGAGCTTAAGGCAGCATCGGGCACCAAAAGGCCAACACCCACTAGAG
65 CTAGGCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCACCGAAGGGCCAGCACCCACAAGA-
* * * ** * * * * **
14316582 AGGTGTTTGAAGCTACAT-CTCAGGGCAACAACAGGCTAGCATCTAT-CATCGATTGTGTTACAA
129 AGGTGTCT-AAGCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATTTATGC--CAATGGTGTTGGAA
** ** * ** *
14316645 GCGATTGGCCACACCAGCCAAGGGCCAGACACTGTCGACAGGCCAGCATCCCAATGGTGTCCAAG
191 GCGATTGGCTGCACCAGCCAA-GGCCAGATGCTGTCGATAGGCCAGCATCCTGATGGTGTCTAAG
* * * * *
14316710 GTAACATC-CTAGGGTAACAACAGGCCAACATCTACTACT
255 GTAACATCTC-GGGGCAACAA-TGGCCAACATCTACCACC
* * * * * * * * *
14316749 AATGGTGGTGGATGTGATTGGTTGCACCAGCCAAAGACCCAAGCGGTGTTCAAGGAATGAAGCGC
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
* * * * * * * *
14316814 TAGGCA-CTTGCCAAGGAGAAGCTTAAGGAAACATCAAGG-ACTGAAGGGCCAACACCCATCAAG
66 TAGGCACCCT-CCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATC-GGGCACCGAAGGGCCAGCACCCA-CAAG
* * * * ** * *
14316877 GAGGAGTCCTAGGCAACATCC-CAGGGTGACAATGGACCAGC-TTCT-T-CTATGATGGTGTTGG
128 AAGGTGT-CTAAGCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATT-TATGCCA--ATGGTGTTGG
* * * *
14316938 ATGCGATTGG-TCGCACCAGCCAAGGGCCAGATGTTGTCGATGGGCTAGCATCCTGATGGTGTCT
189 AAGCGATTGGCT-GCACCAGCCAA-GGCCAGATGCTGTCGATAGGCCAGCATCCTGATGGTGTCT
* * * * * *
14317002 AAGGCAATA-AT--GGGCGAACATTGG------T-T---GCT
252 AAGGTAACATCTCGGGGC-AACAATGGCCAACATCTACCACC
** * * * * * * *
14317031 GATGGTGGTGGACATGATTGGTCGCACTAGCTAAGGACCAAAGGGGTTTTTGAAGGATCAAGAAC
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
* * * * * * * * * *
14317096 TAGGCA-CTTGTCAAGGAGGAGCTCGAGACAACATCGGGCTCCG-TGAGGCTAGCACCTACCAGA
66 TAGGCACCCT-CCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCACCGAAG-GGCCAGCACCCACAAGA
* * * *** * * *
14317159 GAGGTGTCTAAGGGAACAT-TTCAGAGCAATAACAAGCCAACATTTATCGTCGATGGTGTTGGAC
129 -AGGTGTCTAA-GCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATTTAT-GCCAATGGTGTTGGA-
* * * * ** * *
14317223 A-CAATTGGTTGTACCAGCCAAAAGTTAGATGTTGTCGAT-GGACTAGCATCCTGATGGTGTCTA
190 AGCGATTGGCTGCACCAGCC-AAGGCCAGATGCTGTCGATAGG-CCAGCATCCTGATGGTGTCTA
* * * *
14317286 GGGTAACATCTCAGGGAAACAATGGCCCAACATCTGCCACC
253 AGGTAACATCTCGGGGCAACAATGG-CCAACATCTACCACC
* * * * *
14317327 GATGGTGGTGGATGCGATTGGCCACACCAACCAAGAACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
* * * * *
14317392 TAGGCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAGCATCGAGCACCAAAGGGCTAGCACCCATCAAGGA
66 TAGGCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCACCGAAGGGCCAGCACCCA-CAAGAA
* * * *
14317457 GGTGTTTAAGGCAACATCCTCA-TGCAACAATGGGCTAGCATTTACTGCCAATGGTGTTGGAAGT
130 GGTGTCTAA-GCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATTTA-TGCCAATGGTGTTGGAAGC
* * * * **
14317521 GATTGGCTGCAGCAGCCATGGTGCAGATGCTATC-AGTAGGCCAGCATCCTGATGGTGT-TCGGG
193 GATTGGCTGCACCAGCCAAGG-CCAGATGCTGTCGA-TAGGCCAGCATCCTGATGGTGTCT-AAG
* * *
14317584 GTAACATCTCGAGGCAACAATAGGCCAGCATCTACCATC
255 GTAACATCTCGGGGCAACAAT-GGCCAACATCTACCACC
* * * * * *
14317623 GATGGTGGTGGATGCGATTGGTTGCACCAACCAAGGACCAAAGAGGTGTTCAAAGGATGAAGCA-
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
* * * ** * *
14317687 TCGAGCACCCGCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAAC-TGCGGGTATTGAAAGGGCCAACACCCATTAA
66 TAG-GCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACAT-CGGGCACCG-AAGGGCCAGCACCCA-CAA
* * * * * *** * *
14317751 GGACGTGTTTGAAGCAACATCCT-A-AGCTAAAAATGGGCTAGCATAGGTCGTCGATGGTGTTGG
127 GAAGGTGTCT-AAGCAACATCCTCAGAGC-AACAATGGGCCAGCATTTAT-GCCAATGGTGTTGG
* * * * * * *
14317814 AAGCAATTGG-TCGCACCAACCAAGGGTCGGATGTTATCGATAGGCCAGCATCCTGATGGTATCT
189 AAGCGATTGGCT-GCACCAGCCAA-GGCCAGATGCTGTCGATAGGCCAGCATCCTGATGGTGTCT
*** * * * *
14317878 AAGGTAACATC-CTAAAGCAACAATGGGCCAGCATC-AGTCGCA
252 AAGGTAACATCTC-GGGGCAACAAT-GGCCAACATCTA-CCACC
* * * * * * *
14317920 GATGGTGTTAGATGTGCTTAG-CTGCACCAACCAGGGACCAAAGAGGTGTT-TAGGGGATCAAGC
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTC-GCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGA-GGGATCAAGC
* * * * * * *
14317983 ACTAGGCACCCACTAAGGAGGAGCTTGAGGTAACATCGGGCACTGAGGGGCCAGCACCCACCAGG
64 ACTAGGCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCACCGAAGGGCCAGCACCCA-CAAG
* * * ** * * ** *
14318048 AAGGTGTCTTAGGCAACATCC-CAGGGTAACAACAGGCCAGCGTCTACCACCATTGGTGTTGGAA
128 AAGGTGTC-TAAGCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATTTA-TGCCAATGGTGTTGGAA
* * * * * *** * * * * *
14318112 ACAATTGGTTGCACTAGCCAAGGGCTAGACATTATCGACAAGCCAGCAT-CTCGATGGTGTTTGA
191 GCGATTGGCTGCACCAGCCAA-GGCCAGATGCTGTCGATAGGCCAGCATCCT-GATGGTGTCTAA
* * * *
14318176 GGTAACATC-CTGGGGCAACAATGGCTTAGCATCTGCCATC
254 GGTAACATCTC-GGGGCAACAATGGC-CAACATCTACCACC
* * * * * * *
14318216 GATAGTGGTGGATGGGATTAGCCACACTAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTC-AGAGGATCAAGCG
1 GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAG-GGATCAAGCA
14318280 CTAGGCACC
65 CTAGGCACC
14318289 TTCGATGGAA
Statistics
Matches: 1861, Mismatches: 459, Indels: 218
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
281 9 0.00
282 115 0.06
283 68 0.04
284 4 0.00
285 8 0.00
286 4 0.00
292 6 0.00
293 5 0.00
294 5 0.00
295 99 0.05
296 1048 0.56
297 472 0.25
298 17 0.01
299 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (292 bp):
GATGGTGGTGGATGTGATTGGTCGCACCAGCCAAGGACCAAAGAGGTGTTCGAGGGATCAAGCAC
TAGGCACCCTCCAAAGAGGAGCTTGAGGCAACATCGGGCACCGAAGGGCCAGCACCCACAAGAAG
GTGTCTAAGCAACATCCTCAGAGCAACAATGGGCCAGCATTTATGCCAATGGTGTTGGAAGCGAT
TGGCTGCACCAGCCAAGGCCAGATGCTGTCGATAGGCCAGCATCCTGATGGTGTCTAAGGTAACA
TCTCGGGGCAACAATGGCCAACATCTACCACC
Done.