Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 84 of 100
Found at i:17013847 original size:26 final size:26
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Indices: 17013811--17013862 Score: 86
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17013801 GCTCAAATTG
*
17013811 TTAGACTTGGAATGAACTCCATATGC
1 TTAGACTTGGAATCAACTCCATATGC
*
17013837 TTAGACTTGGAATCAACTCCGTATGC
1 TTAGACTTGGAATCAACTCCATATGC
17013863 CTAAGCCAAC
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Consensus pattern (26 bp):
TTAGACTTGGAATCAACTCCATATGC
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17014339 TTGGTCCTAT
17014349 CTTAGACTGGGAAAAAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAAAAAACTCCGTATG
**
17014375 CTTAGACAT-GGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGAC-TGGGAAAAAACTCCGTATG
17014401 C
1 C
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CTTAGACTGGGAAAAAACTCCGTATG
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17014824 CGGTTTGGTT
* *
17014834 TGTATGCTTAGACAGGGGATGAACTC
1 TGTATGCTTACACAGAGGATGAACTC
*
17014860 TGTATGCTTACACTGAGGATGAACTC
1 TGTATGCTTACACAGAGGATGAACTC
17014886 TGTATGC
1 TGTATGC
17014893 CTAAGTCAAC
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TGTATGCTTACACAGAGGATGAACTC
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17015548 GGCTCAAACT
17015558 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
*
17015584 CTTAGACAT-GGATTGAACTCCGTATG
1 CTTAGAC-TGGGAATGAACTCCGTATG
17015610 C
1 C
17015611 CAAAGTCAAC
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26 24 0.96
27 1 0.04
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Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
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17015574 ACTCCGTATG
* * * * * *
17015584 CTTAGACAT-GGATTGAACTCCGTATGCCAAAGTCAACCCATAAAATGATA-GTGCGGGCGCTCA
1 CTTAGA-ATGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGCCAACCAACAAAATGA-ACATGCGGGCGCTCA
* ** * * * * * * * *
17015647 GCCGGTCGGATAGGCAGAATGCGCAAGCCGGGGATC-GACCCGGTCCCCCCTATGTGCTATCGAT
64 ACCGACCGAAGAGGCAGAATGCCCAAGCCGAGGATCAG-CCCGATCCCCCTTACGTGCTGTCGAT
** **
17015711 CCTGCTATCGTAACCCTCGGTCTGGTCCGAT
128 CCTGCTGCCACAACCCTCGGTCTGGTCCGAT
* * ** * *
17015742 CTTAGAATGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAA-CAACGAAATGAACATTTGGGTGCTGAA-
1 CTTAGAATGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGCCAACCAACAAAATGAACATGCGGGCGCTCAAC
* * ** *
17015805 TGACCGAAGAGGCATAATGCGTAAGCCGAGTATCAGCCCGATCCCCCTCTACGTGCTGTCGAT-C
66 CGACCGAAGAGGCAGAATGCCCAAGCCGAGGATCAGCCCGATCCCCCT-TACGTGCTGTCGATCC
* ** **
17015869 TAGCTGCCACAACCCTCGGTCTGATTGGGG
130 T-GCTGCCACAACCCTCGGTCTGGTCCGAT
* * ** *
17015899 CTTAGACAT-GGAATGAA-TCCTTATGCCTAAGCCAACCCACAAAATGGGCGTGCGGGCGCTCAA
1 CTTAGA-ATGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGCCAACCAACAAAATGAACATGCGGGCGCTCAA
* * *
17015962 CCGACCGAAGAGGCAGAATGCCCAAGCCGGGGATCGGCCCGATCCCCCTTGCGTGCTGTCGATCC
65 CCGACCGAAGAGGCAGAATGCCCAAGCCGAGGATCAGCCCGATCCCCCTTACGTGCTGTCGATCC
* ** * *
17016027 TGTTGCTGCAACCCTCGGTCCGGTCTGAT
130 TGCTGCCACAACCCTCGGTCTGGTCCGAT
*
17016056 CTTAGAATGGGAATGAACTTCGTATGC
1 CTTAGAATGGGAATGAACTCCGTATGC
17016083 TTAGATTGGA
Statistics
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0.76 0.18 0.06
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ACGTcount: A:0.24, C:0.28, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (158 bp):
CTTAGAATGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGCCAACCAACAAAATGAACATGCGGGCGCTCAAC
CGACCGAAGAGGCAGAATGCCCAAGCCGAGGATCAGCCCGATCCCCCTTACGTGCTGTCGATCCT
GCTGCCACAACCCTCGGTCTGGTCCGAT
Found at i:17016810 original size:26 final size:26
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17016758 GGCTCAAACT
*
17016768 CTTAGACTGGCAGTGAACTCCATATG
1 CTTAGACTGGCAATGAACTCCATATG
*
17016794 CTTAGACATGG-AATGAACTCCGTATG
1 CTTAGAC-TGGCAATGAACTCCATATG
17016820 C
1 C
17016821 CTAAGCCAAC
Statistics
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0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 21 0.88
27 3 0.12
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CTTAGACTGGCAATGAACTCCATATG
Found at i:17017161 original size:26 final size:26
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17017100 CCGGTTCAAT
* *
17017110 CTTAGATTGGGAATGAACTTCATATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
* *
17017136 CTTAGACTGGGGATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
17017162 C
1 C
17017163 CTAAGTCAAC
Statistics
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0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 23 1.00
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CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
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17017337 TCCATATGCC
* * * *
17017347 TAGACATGGAATGAACTCCTTATGCCTAAGCCAACCAATGAAACGAGCATGCGGGCGCTTAGCCG
1 TAGACATGGAATGAACTCCTTATGCCTAAG-CAACCCACGAAACGAGCATGCGGGCACTGAGCCG
* * * *
17017412 GCCGGAGAGAGAGAATGAGTAAGTCGAGGACCGGCCCGATGCTCCTGTACGTGCTGTCGATCCTG
65 GCCGGAGAGAGAGAATGAGCAAGTCGAGGACCGGCCCGATCCTCCTG-ACGTGCTGCCGATCCCG
** * *
17017477 CTGCTGCAACCCTTGGTCCGGCCCGATCT
129 CTGCCACAACCCTCGGTCCGGCCCGAGCT
* *
17017506 TAGAC-TAGGAATGAACTCCTTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACGAGCGTTCGGGCACTGAGCC
1 TAGACAT-GGAATGAACTCCTTATGCCTAAG-CAACCCACGAAACGAGCATGCGGGCACTGAGCC
* * * * * *
17017570 GGCCGGAGAG-GCATAATGAGCAAGTCGGGGATCGGCCTGGTCCCTCTCTG-CGTGCTGCCGGTC
64 GGCCGGAGAGAG-AGAATGAGCAAGTCGAGGACCGGCCCGAT-CCTC-CTGACGTGCTGCCGATC
** *
17017633 CCGCTGCCACAACCCTCGGTCCGGCTGGGGCT
126 CCGCTGCCACAACCCTCGGTCCGGCCCGAGCT
*
17017665 TAGACATGGAATGAACTCCCTATGCCTAAGCAAACCCAC
1 TAGACATGGAATGAACTCCTTATGCCTAAGC-AACCCAC
17017704 AAAATGCTCA
Statistics
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0.82 0.12 0.06
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158 3 0.02
159 157 0.94
160 4 0.02
161 3 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (157 bp):
TAGACATGGAATGAACTCCTTATGCCTAAGCAACCCACGAAACGAGCATGCGGGCACTGAGCCGG
CCGGAGAGAGAGAATGAGCAAGTCGAGGACCGGCCCGATCCTCCTGACGTGCTGCCGATCCCGCT
GCCACAACCCTCGGTCCGGCCCGAGCT
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17018460 TCCCCAGCTG
** *
17018470 CAGTCCACCAGCCGACCAGCCACTGGGGTCTAGCAGCGTGCCTGCCTGCTAGCCCATGCATCCTT
1 CAGTCCACCAGCCGACCAGCCACTGGGGTCTAGCAGCGTGCCTGCCTGCTAGCCCACACATCCCT
*
17018535 CGGGCTCGAGGACATCTA
66 CAGGCTCGAGGACATCTA
* * * * *
17018553 CAGTCCATCAGTCGACCGGCCA-TAGGGGTCTAGCAGTGTGCCTGCCTGCTAGCCCGCACATCCC
1 CAGTCCACCAGCCGACCAGCCACT-GGGGTCTAGCAGCGTGCCTGCCTGCTAGCCCACACATCCC
17018617 TCAGGCTCGA
65 TCAGGCTCGA
17018627 TGGCATCCCT
Statistics
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0.85 0.12 0.03
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82 1 0.02
83 63 0.98
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CAGTCCACCAGCCGACCAGCCACTGGGGTCTAGCAGCGTGCCTGCCTGCTAGCCCACACATCCCT
CAGGCTCGAGGACATCTA
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17021510 CTCAAAACCT
17021520 CTTAGACTGGGAAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGG-AATGAACTCCGTATG
*
17021547 CTTAGACAT-GGAATGAACTCTGTAT
1 CTTAGAC-TGGGAATGAACTCCGTAT
17021572 CCCTAAGCCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.57
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28 1 0.04
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Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
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17021854 CCGGTCCGAT
17021864 CTTAGACTCGGAATGAACTCAGTATG
1 CTTAGACTCGGAATGAACTCAGTATG
*
17021890 CTTAGACT-GGAGATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTCGGA-ATGAACTCAGTATG
17021916 C
1 C
17021917 CTAAGTCAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
25 3 0.12
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CTTAGACTCGGAATGAACTCAGTATG
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Indices: 17022587--17022637 Score: 86
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17022577 CTCTCAAACT
17022587 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
17022613 CTTAGACAT-GGAATGAACTCCGTAT
1 CTTAGAC-TGGGAATGAACTCCGTAT
17022638 CCCCGTGCCA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 23 0.96
27 1 0.04
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Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
Found at i:17024484 original size:135 final size:135
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Indices: 17024242--17024502 Score: 328
Period size: 135 Copynumber: 1.9 Consensus size: 135
17024232 TGAGCTCTGT
* *
17024242 CTGCTTAGACATGAAATGAACTCCATATGCCTAAGCCAACCCACGAAACGAGTGTGCGAGCACTC
1 CTGCTTAGACATGAAATGAACTCCATATGCCTAAGCCAACCCACGAAACGAGCGTACGAGCACTC
* * * *
17024307 AGTCGGTCGAAGAGGCAGAATGCGTAAGCCGAGGACCAGCTCGAT-CCCCTCTTGCGTGCTATCG
66 AGTCGGCCAAAAAGGCAGAATGCGCAAGCCGAGGACCAGCTCGATCCCCCTC-TGCGTGCTATCG
17024371 ATCCTA
130 ATCCTA
* * * * * * * *
17024377 CTGCTTAGAC-TGAGAATGAACTTCGTATGCCTAGGTCAACCCATGAAATGAGCGTACGGGCATT
1 CTGCTTAGACATGA-AATGAACTCCATATGCCTAAGCCAACCCACGAAACGAGCGTACGAGCACT
* ** *
17024441 CAGTCGGCCAAAAAGGCAGAATGCGCAAGCCGGGGGTCAGCTCGGTCCCCCTCTGCGTGCTA
65 CAGTCGGCCAAAAAGGCAGAATGCGCAAGCCGAGGACCAGCTCGATCCCCCTCTGCGTGCTA
17024503 CGTTCTTCAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 18, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
134 3 0.03
135 97 0.92
136 6 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (135 bp):
CTGCTTAGACATGAAATGAACTCCATATGCCTAAGCCAACCCACGAAACGAGCGTACGAGCACTC
AGTCGGCCAAAAAGGCAGAATGCGCAAGCCGAGGACCAGCTCGATCCCCCTCTGCGTGCTATCGA
TCCTA
Found at i:17027973 original size:45 final size:45
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Indices: 17027917--17028025 Score: 164
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17027907 GTGCGCTGGT
* *
17027917 GCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCACACCAAGGGCCAGCGCGT
1 GCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCACACCAAGGGCCAACGCGA
* * **
17027962 GTCGATAGTGGTCGAGGCATGTGCCTGCACCAAGGGCCAACGCGA
1 GCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCACACCAAGGGCCAACGCGA
17028007 GCCGATGGTGGTCGAGGCA
1 GCCGATGGTGGTCGAGGCA
17028026 ACCGCCCGTA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 56 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.28, G:0.39, T:0.15
Consensus pattern (45 bp):
GCCGATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCACACCAAGGGCCAACGCGA
Found at i:17028159 original size:45 final size:44
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Indices: 17028109--17029013 Score: 311
Period size: 45 Copynumber: 20.3 Consensus size: 44
17028099 CATCTTCTAT
* ** * *
17028109 CGATGGTGGTCGAGGTAAGAGCCTGCACTAAGGGCCAGCGTGTAC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCAC-AAGGGCCAGCGTGTGC
* * *
17028154 CGATGGTGCTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
* * *
17028199 CGATGGTGCTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCCCAACGTGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCA-CAAGGGCCAGCGTGTGC
* ** * *
17028244 CGATGGTGGTTGAGGCAACCGCTTGCACCAGGGCCTAGCATGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGGCC-AGCGTGTGC
* ** * * *
17028289 CGATTGTGGTCGAGGCAAGAGCCCGCAACAAGGGCCGGCTTGAGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGC-ACAAGGGCCAGCGTGTGC
* ** *** *
17028334 CGATGGTGGTCGAGGCAACACACTGGGGTCGA-AACAACCA-C-T-CGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAAC-CGC--CCG-C-ACAAGGGCCAGCGTGTGC
* * * **** ** * **
17028379 ACCA--G-GGCCCA-GCGTGTG-CCG-A-TGGTGGTCGAG-GT-AAC
1 -CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAG-GG-CCAGCGTGTGC
* * * * * *
17028417 ACGTTGG-GGTTGAGGCAACCGCCCGCACCATGGCCCAGTGTATGC
1 -CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCA-CAAGGGCCAGCGTGTGC
* * * *
17028462 CGATGGTGGTCGAGGTAACCGCTCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGT
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
* * *
17028507 CGATGGTGCTCGAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
* * * * * * * *
17028552 CGATGGTGCTGGGGGTAACTGCCTGCACCAGGGCCCAACGTGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
* * ** * * * * *
17028597 CAATGGTGATCGCTGCAAGCGCCCACACTAGGGCCCAGCATGTGT
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
* * ** * * * *
17028642 CGATGGTGGTAGAGGTAAGTGCCCGTACCAGGGCCCAACGTGTGT
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
* * * *
17028687 CGATGGTGATCGAGGCTA--GCCCTGCACCAGGGCCCAGCGTGTGT
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCC-GCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
* * * * * * *
17028731 CGATAGTGATCTAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCTAACGAGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGGCC-AGCGTGTGC
* * * *
17028776 CGATGGTGATCGAGGCAACCGCCCACACCAGGGCCCAACGTGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGG-CCAGCGTGTGC
** * * * *
17028821 CGATGGTTATC-AGGGTAACCGCTCGCACCAA-GGCCTAGTGTTTGC
1 CGATGGTGGTCGA-GGCAACCGCCCGCA-CAAGGGCC-AGCGTGTGC
* * ** *
17028866 CGATAGTGGTCGAGGCAACCGCCTGTGGCAA-GGCTCAGCATGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG-CACAAGGGC-CAGCGTGTGC
* * ** * * * *
17028911 TGATGGTGATCGAGGCAACAACCCTCACCAAGGCCCAGCTTGTGT
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCA-CAAGGGCCAGCGTGTGC
* ** * *
17028956 CGATGGCGGTCGAGGCAAATGCCCGTACCGAAGGG-CAGCCTGTGC
1 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCA-C-AAGGGCCAGCGTGTGC
*
17029001 CGATGATGGTCGA
1 CGATGGTGGTCGA
17029014 TGCATGTGCC
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 182, Indels: 76
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
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37 2 0.00
38 5 0.01
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41 3 0.00
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48 5 0.01
49 2 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.34, T:0.16
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CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACAAGGGCCAGCGTGTGC
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17028322 GCCGGCTTGA
* * *
17028332 GCCGATGGTGGTCGAGGCAACACACTGGGGTCGAAACAACCACTCGCACCAGGGCCCAGCGTGT
1 GCCGATGGTGGTCGAGGTAACACACTGGGGTCGAAACAACCACCCGCACCAGGGCCCAGCGTAT
** * ** * * *
17028396 GCCGATGGTGGTCGAGGTAACACGTTGGGGTTGAGGCAACCGCCCGCACCATGGCCCAGTGTAT
1 GCCGATGGTGGTCGAGGTAACACACTGGGGTCGAAACAACCACCCGCACCAGGGCCCAGCGTAT
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17028481 CGCTCGCACC
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GCCGATGGTGGTCGAGGTAACACACTGGGGTCGAAACAACCACCCGCACCAGGGCCCAGCGTAT
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17028418 CGTTGGGGTT
* * * * * *
17028428 GAGGCAACCGCCCGCACCATGGCCCAGTGTATGCCGATGGTGGTCGAGGTAACCGCTCGCACCAG
1 GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAACTGCCCGCACCAG
* * *
17028493 GGCCCAGCGTGTGTCGATGGTGCTC
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* * * *
17028518 GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGCTGGGGGTAACTGCCTGCACCAG
1 GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAACTGCCCGCACCAG
*
17028583 GGCCCAACGTGTGCCAATGGTGATC
66 GGCCCAACGTGTGCCGATGGTGATC
** * * * * * * *
17028608 GCTGCAAGCGCCCACACTAGGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGGTAGAGGTAAGTGCCCGTACCAG
1 GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAACTGCCCGCACCAG
*
17028673 GGCCCAACGTGTGTCGATGGTGATC
66 GGCCCAACGTGTGCCGATGGTGATC
* * * * * * *
17028698 GAGGCTAGC-CCTGCACCAGGGCCCAGCGTGTGTCGATAGTGATCTAGGCAAGC-GCCCGCACCA
1 GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAA-CTGCCCGCACCA
* *
17028761 GGGCCTAACGAGTGCCGATGGTGATC
65 GGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGATC
* * * ** * *
17028787 GAGGCAACCGCCCACACCAGGGCCCAACGTGTGCCGATGGTTATC-AGGGTAACCGCTCGCACCA
1 GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGA-GGTAACTGCCCGCACCA
* * ** * * *
17028851 AGGCCTAGTGTTTGCCGATAGTGGTC
65 GGGCCCAACGTGTGCCGATGGTGATC
* * *** * * * * * * ** * *
17028877 GAGGCAACCGCCTGTGGCAAGGCTCAGCATGTGCTGATGGTGATCGAGGCAACAACCCTCACCAA
1 GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAACTGCCCGCACCAG
* * * * *
17028942 GGCCCAGCTTGTGTCGATGGCGGTC
66 GGCCCAACGTGTGCCGATGGTGATC
** * * *
17028967 GAGGCAAATGCCCGTACCGAAGGG--CAGCCTGTGCCGATGATGGTCGA
1 GAGGCAAGCGCCCGCACC--AGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGA
17029014 TGCATGTGCC
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GAGGCAAGCGCCCGCACCAGGGCCCAGCGTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAACTGCCCGCACCAG
GGCCCAACGTGTGCCGATGGTGATC
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17033516 CCTGCGTGCT
*
17033526 GCTGCCGATCCC
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1 GCTGCC
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Statistics
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17033715 CCAGTCCGAT
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1 CTTAGACCAGGAATGAACTCCGTATG
*
17033751 CTTAGACCGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACCAGGAATGAACTCCGTATG
17033777 C
1 C
17033778 CTAAGTCAAC
Statistics
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26 26 1.00
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CTTAGACCAGGAATGAACTCCGTATG
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17034683 CGGTCAGGTT
* *
17034693 CTCCGGCGGTA
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17034704 CTCCGGCGATG
1 CTCCGGCGATG
17034715 CTCCGGCGATG
1 CTCCGGCGATG
17034726 CT
1 CT
17034728 GACCCGAGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (11 bp):
CTCCGGCGATG
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17034848 GGCACATGCA
* * * **
17034858 TCGACCATCATCGGCACAGGCT--GCCCTTCGGTACGGGCACTTGCC
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* * * * *** *
17034903 TCAACCACCATTGGCAC-CAGCTGGGCCCTGGTGTGAGTTTTTACC
1 TCGACCACCATCGGCACAC-GCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* ** * * * *
17034948 GT-GATCACCATCGGCACAAACTGAGCCTTGGTGAGGGCAGTTGCC
1 -TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* *
17034993 TCGACCACCATCGGCACACCCTGGGCCCTGGTGCGAGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * ** * *
17035038 CCAATAACCATCAGCACACGCTGAGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * *** *
17035083 TCAAGCACCATCCGCACACGCTGGGCCCT-ATTATGGCGCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * **
17035127 TCGACCACCATCGACACACACTCGACCCTGGTGCGGGCACTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * **
17035172 TCGACCACTATTGGCACACGCTCGGCCCTGGTGCGGGCACTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * *
17035217 TCGATCACTATCGGCACACGCTAGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * * *
17035262 TTGACCACCATTGACACACACTGGGCCCTAGTACGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * **
17035307 TCGACCACCATCGGCATAGGCTGGGCCCTGGTGCGGGCACTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * *
17035352 TCGACCACCATCGACACACACTGGG-CCTGGTGCCGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * * *
17035396 ACGATCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGTTACGGACGGTTGCC
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* * * * * **
17035441 TCGAGCACCATCGGCACATGCTCGACCCTGGTACGGGCCCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * * *
17035486 TCGACCACCATCGGCACACGCTCGACCATGGTGTGGGCGCTTACC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * *
17035531 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGTGGACGGTT-AC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * *
17035575 TGCGATCACCATCGACACATGCTGGGCCCTAGTACGGGCGGTTGCC
1 T-CGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * *
17035621 CCTAGCACCATTGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTACC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * * *
17035666 TCGATCACCATCGACACACGTTGGGCCCTGGTGAGGCCAGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* *
17035711 TCGACCACCATCGGCACACGCTAGGCCCTGGTGCGGGCGGTTACC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* *
17035756 TCGACAACCATCTGGCACACGCTGGGCCCTAGTGCGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATC-GGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * ** * *
17035802 TCGACCACTATCGACACACGCTGGACCCTGGTATGAGTGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * * *
17035847 CCGAACACCATCGGCAAACGCTGGCCCCTGGTACGGGTGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * * * **
17035892 TCGATCACCATCGACACAAG-TCGACCCTTGGTACGGGCTCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCC
* ***
17035937 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCAGATAGTTGCC
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* * * *
17035982 TCGACCACCATCGACACACGTTGGGCCCTGGTGTGGGGGGTTGCC
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* * * * *
17036027 TCGACCACCATCGACAAACGCTCGACCCTGGTGCGGGCGCTTGCC
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* * * **
17036072 TCGATCACCATCGCCACACGCTGGACCCTGGTGCGGGCACTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
*
17036117 TCAACCACCATCGGCACACGCTGGG-CCTGGTGCGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * *
17036161 GT-GATCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTCCGGACGGTTGCC
1 -TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * * * * *
17036206 CCCAGCACCATTGACACACGTTGGGCCCTAGTGCGGGCGGTTGCC
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* *
17036251 TC-ACCACCATCGGCACACGCTAGGCCCTGGTACGGGCGGTTGCC
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** * *
17036295 TTAAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGTTGCGGGCGGTTGCC
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* * * * * * *** *
17036340 TCGAGCACCGTTGGCACACGCTCGACCCTGGTGCGAGCTCCTACC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
17036385 TCGACCACCATCGGCCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGG-CACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * *
17036431 TCGAACACCATCGGCACACGC-CGGCCCTTGGTGCGGCCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * *
17036476 TCGACCACCATCGGCACACGCTCGGCCTTGGTGAGGGCGCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
*
17036521 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * *
17036566 TCGACCACCATCGGCACACGCTCGGCCTTGGGTGCGGGCGCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCT-GGTGCGGGCGGTTGCC
17036612 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
* * * *
17036657 TCGACCACCATCGGCACACGCTCGGCCTTGGTGAGGGCGCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
*
17036702 TCGACCACCATCGGCACACGCT-GGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
17036746 TCGACCACCATCGGCACACGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCC
17036791 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
1 TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
17036836 TCG
1 TCG
17036839 CTGGGCCCTG
Statistics
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0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 203 0.13
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47 4 0.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.37, G:0.30, T:0.18
Consensus pattern (45 bp):
TCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCC
Found at i:17036849 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 17036809--17036866 Score: 116
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17036799 CATCGGCACA
17036809 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
1 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
17036837 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
1 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
17036865 CG
1 CG
17036867 AACACCATCG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 30 1.00
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CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
Found at i:17036896 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 17036764--17036911 Score: 237
Period size: 73 Copynumber: 2.0 Consensus size: 73
17036754 CATCGGCACA
* * *
17036764 CGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGC
1 CGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCTCGGCCCTGGTGCGGGC
17036829 GGTTGCCT
66 GGTTGCCT
17036837 CGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGC-CGGCCCTTGGTGCGG
1 CGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCTCGGCCC-TGGTGCGG
17036900 GCGGTTGCCT
64 GCGGTTGCCT
17036910 CG
1 CG
17036912 AGCACCATCG
Statistics
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0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (73 bp):
CGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCTCGGCCCTGGTGCGGGC
GGTTGCCT
Found at i:17036905 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 17036837--17037055 Score: 325
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17036827 GCGGTTGCCT
*
17036837 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACA
1 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACA
* * *
17036882 AGC-CGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACA
1 CGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACA
17036927 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACA
1 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACA
* * *
17036972 CGCTGGGCCCTGGTGCGGACGGTTGCCTCGAGCACCATGGGCACA
1 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACA
**
17037017 CGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCTCTTGCCTCGACCACCATC
1 CGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATC
17037056 AGCAGAAGAT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 14, Indels: 6
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 10 0.06
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Found at i:17036932 original size:118 final size:117
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Indices: 17036720--17036956 Score: 420
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17036710 CATCGGCACA
* * *
17036720 CGCTGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGCCCTTGGTGCGGGCG
1 CGCTGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGCG
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66 GTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
*
17036837 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGC
1 CGCT-GGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGC
*
17036902 GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
65 GGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
17036955 CG
1 CG
17036957 ACCACCATCG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 5, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
117 4 0.04
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Consensus pattern (117 bp):
CGCTGGCCCTGGTGCGGGCGCTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGCG
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Found at i:17036966 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 17036675--17037001 Score: 539
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
17036665 CATCGGCACA
* * * *
17036675 CGCTCGGCCTTGGTGAGGGCGCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGCCCTGGTGCGGGCG
1 CGCTCGGCCCTGGTGAGGGCGCTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTGGTGCGGGCG
17036740 CTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGG
66 CTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGG
*
17036805 CACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCT
131 CACACGCTGGGCCCTGGTGCGGACGGTTGCCT
* * *
17036837 CGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGC
1 CGCTCGGCCCTGGTGAGGGCGCTTGCCTCGAACACCATCGGCACAAGCCGGCCC-TGGTGCGGGC
* *
17036902 GGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCC-TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATC
65 GCTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATC
17036966 GGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGACGGTTGCCT
129 GGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGACGGTTGCCT
17037000 CG
1 CG
17037002 AGCACCATGG
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 10, Indels: 3
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
162 47 0.31
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CACACGCTGGGCCCTGGTGCGGACGGTTGCCT
Found at i:17044551 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 17044507--17044586 Score: 124
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*
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** * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* *
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ACGTcount: A:0.17, C:0.35, G:0.30, T:0.18
Consensus pattern (45 bp):
TTGCCTCGATCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCAGGCGG
Found at i:17050586 original size:90 final size:90
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Indices: 17050185--17050696 Score: 467
Period size: 90 Copynumber: 5.7 Consensus size: 90
17050175 GTATGGGCAC
* * * * * * * * *
17050185 TTGCCTTGATCACCATCGACACAAGCTGAGCCTTGGTGC-GAGCGGATGA-CTCGACCAACATCA
1 TTGCCTCGACCACCATCGACACACGCTGGGCCCTGGTGCAG-GC-GCTTACCTCGACCACCATCG
*
17050248 GCACACCCTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
64 GCACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * ** * * * * * * * **
17050275 TTCCCCCGATAACCATC-AGCACACACTGGGCTCTGGTGCAGACGGTTGCCCCGATCATTATCGG
1 TTGCCTCGACCACCATCGA-CACACGCTGGGCCCTGGTGCAGGCGCTTACCTCGACCACCATCGG
**
17050339 CACACACTGGGCCCTGGTGCAAGCGG
65 CACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * * * **
17050365 TTGCCTCGACCACCATCGACAGACGCTGGGCCCTGGTGCAGGCGATTGCCCCCAGTACCATCGGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGACACACGCTGGGCCCTGGTGCAGGCGCTTACCTCGACCACCATCGGC
*
17050430 ACACACTCGGCCCTGGTGCGGGCGG
66 ACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * ** * *
17050455 TTGCCTCGAGCACCATCGGCATGCGCTGGGCCCTGTTGCAGGCGCTTACCTCGACTACCATCGGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGACACACGCTGGGCCCTGGTGCAGGCGCTTACCTCGACCACCATCGGC
* *
17050520 ACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCAG
66 ACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * * *
17050545 TGGCCTCAACCACCATCGACACACGCTGGGCCCTGGAGCAGGCGGTTACCTCGACCACTATCGGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGACACACGCTGGGCCCTGGTGCAGGCGCTTACCTCGACCACCATCGGC
** *
17050610 ACATGCTGGGCCCTGATGCGGGCGG
66 ACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
* * * * *
17050635 TTACCTCGAGCACCATCG-CACACGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCTCTTACCTAGACCACCATCG
1 TTGCCTCGACCACCATCGACACACGCTGGGCCC-TGGTGCAGGCGCTTACCTCGACCACCATCG
17050697 ACAGAAGATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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89 35 0.10
90 300 0.88
91 2 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.36, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (90 bp):
TTGCCTCGACCACCATCGACACACGCTGGGCCCTGGTGCAGGCGCTTACCTCGACCACCATCGGC
ACACACTGGGCCCTGGTGCGGGCGG
Found at i:17058104 original size:39 final size:39
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17058051 GAACCGACCG
*
17058061 TGGGGACGGGATGCACGAGCCGACCGAGGATCCCGCTGC
1 TGGGGACGGGATGCACGAGCCGACCAAGGATCCCGCTGC
* * *
17058100 TGGGGGCGGGATGCGCGAGCCGGCCAAGGATCCCGCT
1 TGGGGACGGGATGCACGAGCCGACCAAGGATCCCGCT
17058137 ATTGGTCCCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
39 33 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.43, T:0.11
Consensus pattern (39 bp):
TGGGGACGGGATGCACGAGCCGACCAAGGATCCCGCTGC
Found at i:17058551 original size:26 final size:26
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17058505 CCGATCCGAT
*
17058515 CTTAGACCGAGAATGAACTTCGTATG
1 CTTAGACCGAGAATGAACTCCGTATG
17058541 CTTAGACCGAGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACCGAGAATGAACTCCGTATG
17058567 C
1 C
17058568 CTAAGTCAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
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Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACCGAGAATGAACTCCGTATG
Found at i:17058726 original size:21 final size:21
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17058668 AATCCATTGC
* *
17058678 CGGTCTAGCTACCGTAACCCT
1 CGGTCTGGCTACCGCAACCCT
17058699 CGGTCTGGCTACCGCAACCCT
1 CGGTCTGGCTACCGCAACCCT
17058720 CGGTCTGGCT
1 CGGTCTGGCT
17058730 GGACCTTAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
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CGGTCTGGCTACCGCAACCCT
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Period size: 134 Copynumber: 2.2 Consensus size: 136
17059678 CCTTCGGTAT
* * * * *
17059688 GGGCACTTGCCTCGACCGCCATCGGCACA-AGCTGGGCCCTGGTGTGGGTTGTTGCCTCGATCAC
1 GGGCACTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACAGCTGGGCCCTAGTGCGGGTTGTTGCCTCGAGCAC
* * *
17059752 CATCGGCACAGGCTGAGCCTTGGTGAGGGCAGTTGCCTCGACCACCATCAGCACACGCTAGGCCC
66 CATCGGCACACGCTGAGCCCTGGTGAGGGCAGTTGCCTCGACCACCATCAGCACACACTAGGCCC
*
17059817 TGGTGTC
131 TAGTG-C
* * *
17059824 -GGCTCTTGCCTTGAGCACTATCGGCACACA-CTGGGCCCTAGTGCGGG-TGTTGCCTCGAGCAC
1 GGGCACTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACAGCTGGGCCCTAGTGCGGGTTGTTGCCTCGAGCAC
* * * * * *
17059886 CATCGGCACACGCTGGGCCCTGGT-ACGGGCGGTTGCCTTGATCACCATCGGCACACACTGGGCC
66 CATCGGCACACGCTGAGCCCTGGTGA-GGGCAGTTGCCTCGACCACCATCAGCACACACTAGGCC
17059950 CTAGTGC
130 CTAGTGC
*
17059957 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACAC
1 GGGCACTTGCCTCGAGCACCATCGGCACAC
17059987 TCCTCGAGCA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 22, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
133 2 0.01
134 97 0.70
135 38 0.28
136 1 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (136 bp):
GGGCACTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACAGCTGGGCCCTAGTGCGGGTTGTTGCCTCGAGCAC
CATCGGCACACGCTGAGCCCTGGTGAGGGCAGTTGCCTCGACCACCATCAGCACACACTAGGCCC
TAGTGC
Found at i:17059983 original size:22 final size:22
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Indices: 17059966--17060008 Score: 86
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
17059956 CGGGCAGTTG
17059966 CCTCGAGCACCATCGGCACACT
1 CCTCGAGCACCATCGGCACACT
17059988 CCTCGAGCACCATCGGCACAC
1 CCTCGAGCACCATCGGCACAC
17060009 GCTGGGCCCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
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Consensus pattern (22 bp):
CCTCGAGCACCATCGGCACACT
Found at i:17059986 original size:45 final size:45
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Indices: 17059688--17059986 Score: 307
Period size: 45 Copynumber: 6.7 Consensus size: 45
17059678 CCTTCGGTAT
* * * *
17059688 GGGCACTTGCCTCGACCGCCATCGGCACA-AGCTGGGCCCTGGTGT
1 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACA-CTGGGCCCTGGTGC
** * ** * * *
17059733 GGGTTGTTGCCTCGATCACCATCGGCACAGGCTGAGCCTTGGTGA
1 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGC
* * * *
17059778 GGGCAGTTGCCTCGACCACCATCAGCACACGCTAGGCCCTGGTGTC
1 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTG-C
** * * *
17059824 -GGCTCTTGCCTTGAGCACTATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGC
1 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGC
* * *
17059868 GGG-TGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTAC
1 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGC
* * * *
17059912 GGGCGGTTGCCTTGATCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGC
1 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGC
17059957 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACAC
1 GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACAC
17059987 TCCTCGAGCA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 42, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 39 0.19
45 169 0.81
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (45 bp):
GGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTGGTGC
Found at i:17060053 original size:45 final size:45
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Indices: 17059988--17060316 Score: 397
Period size: 45 Copynumber: 7.3 Consensus size: 45
17059978 TCGGCACACT
* * *
17059988 CCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGAGCGGTTG
1 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
* * * * *
17060033 CCTCGATCACCATTGACACACGCTGGCCCCTGGTGTGGGCGGTTG
1 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
* * *
17060078 CCTCGACCACCATCGGCACACGTTGGGCCCTGGTGTGGGCGATTG
1 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
* * * ** * **
17060123 CCTCAATCACTATCGATACACGCTAGGCCCTGGTGAAGGCGGTTG
1 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
*
17060168 CCTCGACCACCATCGGCACATGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
1 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
* * * * * * *
17060213 CCTCAAGCACCATCGACACACGTTCGGCCCTGGTACGGGCAGTTG
1 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
* *
17060258 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGTGCCCTGGTGCGGGCAGTTG
1 CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
17060303 CCTCGACCACCATC
1 CCTCGACCACCATC
17060317 CCTAGGCCCT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 47, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 237 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.35, G:0.30, T:0.19
Consensus pattern (45 bp):
CCTCGACCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTGCGGGCGGTTG
Found at i:17060053 original size:67 final size:67
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Indices: 17059928--17060053 Score: 180
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
17059918 TTGCCTTGAT
* * *
17059928 CACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGCGGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACTCCTCG
1 CACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTACGAGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGACACACTCCTCG
17059993 AG
66 AG
* * * * *
17059995 CACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGAGCGGTTGCCTCGATCACCATTGACACAC
1 CACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTACGAGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGACACAC
17060054 GCTGGCCCCT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 51 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.38, G:0.26, T:0.16
Consensus pattern (67 bp):
CACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTACGAGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGACACACTCCTCG
AG
Found at i:17060078 original size:112 final size:112
Alignment explanation
Indices: 17059876--17060098 Score: 356
Period size: 112 Copynumber: 2.0 Consensus size: 112
17059866 GCGGGTGTTG
* * *
17059876 CCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGGGCGGTTGCCTTGATCACCATCGGCACA
1 CCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGAGCGGTTGCCTCGATCACCATCGACACA
* *
17059941 CACTGGGCCCTAGTGCGGGCAGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACT
66 CACTGGCCCCTAGTGCGGGCAGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACT
*
17059988 CCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGAGCGGTTGCCTCGATCACCATTGACACA
1 CCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGAGCGGTTGCCTCGATCACCATCGACACA
* * * *
17060053 CGCTGGCCCCTGGTGTGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAC
66 CACTGGCCCCTAGTGCGGGCAGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAC
17060099 GTTGGGCCCT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 10, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
112 101 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.37, G:0.29, T:0.17
Consensus pattern (112 bp):
CCTCGAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGAGCGGTTGCCTCGATCACCATCGACACA
CACTGGCCCCTAGTGCGGGCAGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACT
Found at i:17060107 original size:157 final size:156
Alignment explanation
Indices: 17059836--17060126 Score: 397
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
17059826 CTCTTGCCTT
* * *
17059836 GAGCACTATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGCGGGTGTTGCCTCGAGCACCATCGGCACACGCTG
1 GAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTACGGGTGTTGCCTCGAGCACCATCGACACACGCTG
* * *
17059901 GGCCCTGGTACGGGCGGTTGCCTTGATCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGCGGGC-AGTT
66 GCCCCTGGTACGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGCGGGCGA-TT
17059965 GCCTCGAGCACCATCGGCACACTCCTC
130 GCCTCGAGCACCATCGGCACACTCCTC
* * * *
17059992 GAGCACCATCGGCACACGCTGGGCCCTGGTACGAGCG-GTTGCCTCGATCACCATTGACACACGC
1 GAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTACG-G-GTGTTGCCTCGAGCACCATCGACACACGC
** ** * *
17060056 TGGCCCCTGGTGTGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACGTTGGGCCCTGGTGTGGGCGAT
64 TGGCCCCTGGTACGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGCGGGCGAT
17060121 TGCCTC
129 TGCCTC
17060127 AATCACTATC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 16, Indels: 5
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
156 29 0.25
157 85 0.73
158 2 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.35, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (156 bp):
GAGCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTACGGGTGTTGCCTCGAGCACCATCGACACACGCTG
GCCCCTGGTACGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACACACTGGGCCCTAGTGCGGGCGATTG
CCTCGAGCACCATCGGCACACTCCTC
Found at i:17065162 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17065130--17065177 Score: 96
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
17065120 TTAAGAGAGT
17065130 AGGCAAGGTTACCTACAAGCTGGA
1 AGGCAAGGTTACCTACAAGCTGGA
17065154 AGGCAAGGTTACCTACAAGCTGGA
1 AGGCAAGGTTACCTACAAGCTGGA
17065178 TATGCCACCA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.29, T:0.17
Consensus pattern (24 bp):
AGGCAAGGTTACCTACAAGCTGGA
Found at i:17065874 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 17065829--17065876 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
17065819 TGTGAATTAA
*
17065829 CATGCAATCCCTTACTTTTAGGAAT
1 CATGCAATCCCTTACTCTTAGGAAT
*
17065854 CATGTAATCCCTTGA-TCTTAGGA
1 CATGCAATCCCTT-ACTCTTAGGA
17065877 GCAGCCATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 19 0.95
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CATGCAATCCCTTACTCTTAGGAAT
Found at i:17082706 original size:18 final size:19
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Indices: 17082662--17082713 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
17082652 TAAAACAAAA
**
17082662 AGTCATAACAATTTGAAAT
1 AGTCATAATTATTTGAAAT
17082681 AG--ATAATTATTT-AAAT
1 AGTCATAATTATTTGAAAT
17082697 AGTCATAATTATTTGAA
1 AGTCATAATTATTTGAA
17082714 CTGTTTAGGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 6
0.78 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 8 0.29
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19 4 0.14
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
AGTCATAATTATTTGAAAT
Found at i:17082869 original size:181 final size:174
Alignment explanation
Indices: 17082229--17083677 Score: 851
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 174
17082219 GGGTTCATAG
* * * * * * *
17082229 TATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAACAAATCTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TGTATGAA-T-AAA-AATTATTTTATGA
* * * * * * *
17082294 CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTATTGAAATAGTCATGACTATTTGATTCA
62 CAAAACAAAA-GTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT
* * * * * * *
17082358 G-TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
124 GTTTCGGTAAATA-AATTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *** *
17082410 TCTTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-TTTATAAGCTTGTATGAATGGAAATAATTATTTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGC-TGTATGAAT--AAA-AATTATTTTATG
* * * * * * * *
17082474 ATAAGACAAGAACTCATAATAATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAATTATAACTATTTGAAT
61 ACAAAACAA-AAGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
17082538 TGGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTTAAA
123 T-GTTTCGGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *** ** * * * *
17082587 TATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTGGAGCAAACTTGCATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TGTATGAA-TAAAA-A-TTATTTTATGA
* * * *
17082652 TAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTG
62 CAAAAC-AAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* *
17082717 TTTAGGTAAATAGAAATACTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
125 TTTCGGTAAATA-AATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
17082769 TATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAATCTATCTTATCA
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-GTATGAATA-AAAAT-TATTTTATGA
* * * *
17082833 CAAAATAAAAGCTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTA
62 CAAAACAAAAG-TCATAACA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
** * **
17082898 G-TTCGACAAATAAATT-TATTTTT-AATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAA
124 GTTTCGGTAAATAAATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * * *
17082947 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTGTATAAACAAAAATAATTGTTTGGTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTGTATGAATAAAAATTA-T-TTT-ATGA
* * * * * * *
17083012 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTAAAGT
62 CAAAACAAAA-GTCATAAC-ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
17083076 AGTTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCGT-TTACATATTAATATTTGAAA
124 -GTTTCGGTAAATAAA-TTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *
17083128 GATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACATT-TGTTATAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TGTATGAAT--AAAA-ATTAT-TT-TAT
* * * * * * * *
17083191 GACCAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAA
60 GACAAAACAAAAG-TCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * *
17083256 TGAATCGATAAACATATTCACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTTGAAA
123 TGTTTCGGTAAATAAATT-ATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
17083309 TATTAATAAATTTGTGTTATTTCATTTCGAATAAGCT-TGT-AA-AAAGATTGTTTTATGACAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTGTATGAATAAAAATTATTTTATGACAAA
* * * * *
17083371 ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGCTTC
66 ACAAAAG-TCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTC
* *
17083436 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAA
129 GGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *** * * *
17083483 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGCATAAATTGAAAAAATTATTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TGTATGAA-T--AAAAATTATTTTATGA
* * * * * *
17083548 TAAAACACAAGGTTATAACGATTTGAAATGGGTAATTATTCAAATAG--A-AAC----TG----G
62 CAAAACA-AAAGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * *
17083602 TTT-GGTAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAAA
125 TTTCGGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *
17083652 TATTAACAAACTAGTATTATTTTATT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
17083678 ATGAATAGGC
Statistics
Matches: 1000, Mismatches: 204, Indels: 140
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 65 0.06
170 3 0.00
174 129 0.13
175 10 0.01
176 20 0.02
177 123 0.12
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179 66 0.07
180 31 0.03
181 358 0.36
182 110 0.11
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTGTATGAATAAAAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGTCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGG
TAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
Found at i:17083474 original size:355 final size:355
Alignment explanation
Indices: 17082286--17083508 Score: 868
Period size: 359 Copynumber: 3.4 Consensus size: 355
17082276 GAAACAAATC
* * ** * * * *
17082286 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTATTGAAATAGTCATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTAT
* * * * * * * * *
17082350 TTGATTCAGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATCTT
66 TTGA-ACTGTT-AGGTAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
*** * * * * * *
17082414 AATAAATTAGTATTATTTTTATT-TTTATAAGCTTGTATGAATGGAAATAAT-TATTTTATAATA
128 AATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTAGAATGAAT--AAAAAATCTATCTTATCACA
* * * * * * *** * * *
17082477 AGACAAGAA-CTCATAATAATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAATTATAACTATTTGAATTG
190 AAACAA-AAGATAATAACATTTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGCCATAAATATTTGAAATA
* * * * * * * *
17082540 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTT-ATTAATT--TTTT--AAATATTAATAGATTA
253 GATCGACAAACAAATTCA-TTTTT-AATCTCTTAATT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
** * * *
17082600 GTATTACTTT-ATT-TGGAGCAAACTTGCATGAACAAAA-ACATTTG
315 GTATTA-TTTCATTCT-GAATAAGCCTGTAT-AA-AAAATA-A-TTG
* * * * *
17082644 TTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTA
**
17082708 TTTGAACTGTTTAGGTAAATAGAAATACTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAACTG-TTAGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
17082773 AATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAATCTATCTTATCACAAA
128 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGAATGAATAAAAAATCTATCTTATCACAAA
* * * * * * * *
17082837 ATAAAAGCTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTC
192 ACAAAAGATAATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAATATTTGAAATAGATC
* * * *
17082902 GACAAATAAATTTATTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
257 GACAAACAAATTCATTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*
17082967 TTTATTCTGAATAAGCCTGTATAAACAAAAATAATTG
322 TTCATTCTGAATAAGCCTGTAT--A-AAAAATAATTG
** * * *
17083004 TTTGGTGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTT-AAAGTATACAATTGTTCAAATAAT-TATAAC
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAAC
* * ** * * * * *
17083066 TATTTAAAGTAGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCGT-TTACATATTAATATTTGAAAGA
63 TATTTGAACT-GTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
17083130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACATTTGT-TATATGA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGAATGAAT-AAAAA-ATCTATCT-TATCA
* * * * *
17083193 CCAAACAAAAGATAATAACGA-TTTGAAATAGGTAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT
188 CAAAACAAAAGATAATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAATATTTGAAAT
* * * **
17083257 -GAATCGATAAACATATTCACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
252 AG-ATCGACAAACAAATTCA-TTTTT-AATCT-CTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
* * * *
17083320 TTGTGTTATTTCATT-TCGAATAAG-CT-TGT-AAAAA-GATTG
313 TAGTATTATTTCATTCT-GAATAAGCCTGTATAAAAAATAATTG
* * * *
17083359 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACTGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTAT
* * *
17083424 TTGAACTGCTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAT
66 TTGAACTG-TTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
17083489 TAAATTAGTATTATTTTATT
130 TAAATTAGTATTATTTTATT
17083509 ATGAATAAGC
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 126, Indels: 85
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 5 0.01
355 120 0.17
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358 117 0.17
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360 176 0.25
361 19 0.03
362 51 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTAT
TTGAACTGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGAATGAATAAAAAATCTATCTTATCACAAAACAA
AAGATAATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAATATTTGAAATAGATCGACA
AACAAATTCATTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCA
TTCTGAATAAGCCTGTATAAAAAATAATTG
Found at i:17084169 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17083764--17084737 Score: 798
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
17083754 TTTTAAATCA
* * * ** * * *
17083764 CTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAACTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATAAACTG
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
17083829 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCATATAGT
66 AAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *
17083894 CGTAACTATTTGAATTTGTTT-AGAAA-AAA-TTATTTTTTTAAATCTCTTT
130 AATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT
* ** * * * * **** *
17083943 ATTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTTTTTTTTTATTTTGGGTAAGCTTTTATGAA
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-A--ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
17084008 CTGAAATAATTTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATA-AGTAATTGTTTAAAT
63 CTGAAACAATTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* * * * *
17084072 AGTAATAATTATTT-AAGCTTAATCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCACTTG
127 AGTAATAACTATTTGAA-CTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTT
* * *
17084127 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATATATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATA-T
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * **
17084191 GAAACAAATATTTTATGACTAAAA-AAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTAT
65 GAAAC-AATTTTTTATGA-TAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * *
17084255 AGTTTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGACAAACATATTTATTTTATAAATCTCTTA
127 AGTAATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT
** * *
17084309 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AATTA-ATATTATTTTATTTTTAATAAACTTGTATGATC
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * * *
17084371 AAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
64 TGAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
17084436 GTCATAATTATTT-AACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT--ATATC--T
128 GTAATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT
* * * * * * *
17084484 CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAACTTGTATTAATT
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
17084548 GAAACAATTTTTTTACGA-CAAACAAAAGGTCATAGTGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAA-TTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
17084612 TAATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTT
129 TAATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT
* * * * *
17084665 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTAATTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
17084730 AAACAATT
66 AAACAATT
17084738 GCTTAATAGT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 131, Indels: 65
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 74 0.12
176 55 0.09
177 12 0.02
179 50 0.08
180 53 0.08
181 194 0.31
182 86 0.14
183 69 0.11
184 38 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
AAACAATTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT
Found at i:17084429 original size:363 final size:354
Alignment explanation
Indices: 17083754--17084737 Score: 968
Period size: 363 Copynumber: 2.7 Consensus size: 354
17083744 ATAGATTCAC
* * * * * * *
17083754 TTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAACTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
1 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * *
17083819 TTATAAACTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTTAAATATACAAT
66 GTAT-AACTGAAACAATTATTTTATGACTAAAA-AAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGACAAT
** *
17083882 TGTTCATATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTTAGAAAAAA-TTATTTTTTTAAATCTCTTTA-T
129 TGTTCATATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTT-GAAAAAATTTATTTTTTTAAATCTC-TTACT
* * * * * *** *
17083945 TATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTTTTTTTTTATTTTGGGTAAGCTTTTATGAACT
192 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T--TAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
17084010 GAAATAATTTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAAGTAATTGTTTAAATAGT
254 AAAACAATTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGT
*
17084075 AATAATTATTTAAGCTTAATCGATAAACAAATTTATT
319 AATAATTATTTAA-CTGAATCGATAAACAAATTTATT
* * * *
17084112 TTTTCAAATCACTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATATATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
1 TTTT-AAAT--C-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * *
17084177 AGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAG
61 AGCTTGTAT-A-ACTGAAACAATTATTTTATGACTAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAG
* * * ** * *
17084241 ATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACATATTTA-TTTTATAAATCT
124 ACAATTGTTCATATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGA-AAA-A-ATTTATTTTTTTAAATCT
* *
17084305 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTTTAATAAACTTGTATGA
186 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGA
* * * *
17084369 TCAAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAA
251 ACTAAAACAATT-TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAA
* * * * *
17084433 ATGGTCATAATTATTTAACTGATTTGGTAAACAAATTTATT
314 ATAGTAATAATTATTTAACTGAATCGATAAACAAATTTATT
* * *
17084474 TTTTATATCTCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAACT
1 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* * * * * *
17084538 TGTATTAATTGAAACAATTTTTTTACGAC--AAACAAAAGGTCATAGTGATTTTAAATAGACAAT
65 TGTA-TAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGACAAT
* * * * *
17084601 TGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTTC
129 TGTTCATATAGTAATAACTATTTGAACTTGTT-TG-AAA-AAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
* ** *
17084666 TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGCATTAATTTA-TTTCAGATAAGCTTGTATGAACT
191 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCA-ATAAGCTTGTATGAACT
17084729 AAAACAATT
254 AAAACAATT
17084738 GCTTAATAGT
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 88, Indels: 51
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 59 0.12
356 42 0.08
357 108 0.21
358 6 0.01
359 5 0.01
361 4 0.01
362 58 0.11
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364 54 0.11
365 6 0.01
366 34 0.07
367 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (354 bp):
TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
GTATAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGACAATTG
TTCATATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGAAAAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
TTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTAATAATT
ATTTAACTGAATCGATAAACAAATTTATT
Found at i:17084845 original size:129 final size:131
Alignment explanation
Indices: 17084626--17084865 Score: 301
Period size: 129 Copynumber: 1.8 Consensus size: 131
17084616 AACTATTTGA
* *
17084626 ACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAA
1 ACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-TTC-TTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA
* * * *
17084691 ATTAGCATTAATTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGCTTAATAGTATTAATCA
64 ATTAGCATGAATTTAATCCAGATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTGCTTAATAGTATTAATCA
17084756 TATG
128 TATG
** *
17084760 ACTTGTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAA-TC-TCTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAA
1 ACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATTCTTCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA
* *
17084821 TTTGCATGATTTTAATCC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATT
65 TTAGCATGAATTTAATCCAG-ATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATT
17084866 ATTTTATGAC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 11, Indels: 10
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
128 15 0.16
129 48 0.52
131 2 0.02
133 9 0.10
134 19 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (131 bp):
ACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATTCTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
TAGCATGAATTTAATCCAGATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGCTTAATAGTATTAATCATAT
G
Found at i:17085244 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 17085232--17085288 Score: 59
Period size: 7 Copynumber: 8.7 Consensus size: 7
17085222 TTTGGGGACT
17085232 GGTTTAG
1 GGTTTAG
17085239 GGTTTA-
1 GGTTTAG
17085245 GG-TTAG
1 GGTTTAG
*
17085251 GG-TTAA
1 GGTTTAG
17085257 GGTTTAG
1 GGTTTAG
17085264 GGTTTAG
1 GGTTTAG
17085271 GG-TTAG
1 GGTTTAG
* *
17085277 GTTTTAA
1 GGTTTAG
17085284 GGTTT
1 GGTTT
17085289 GTTTAGGGTG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 6
0.79 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 3 0.07
6 14 0.33
7 25 0.60
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.39, T:0.44
Consensus pattern (7 bp):
GGTTTAG
Found at i:17085263 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17085232--17085288 Score: 62
Period size: 13 Copynumber: 4.4 Consensus size: 13
17085222 TTTGGGGACT
*
17085232 GGTTTAGGGTTTA
1 GGTTTAGGGTTAA
17085245 GG-TTAGGGTTAA
1 GGTTTAGGGTTAA
*
17085257 GGTTTAGGGTTTA
1 GGTTTAGGGTTAA
* *
17085270 GGGTTAGGTTTTAA
1 GGTTTAGG-GTTAA
17085284 GGTTT
1 GGTTT
17085289 GTTTAGGGTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 3
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.31
13 18 0.50
14 7 0.19
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Consensus pattern (13 bp):
GGTTTAGGGTTAA
Found at i:17086957 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17086115--17089851 Score: 1653
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17086105 GTTGAATAAG
* * * *
17086115 TAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * * *
17086180 TTA-TTA--ATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AA
65 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
17086240 TATGAAAAAAATATTTTATGACTAAA-AAAACGTCAA-AATGATTTGAAATAGA
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* * ** * * * * *
17086292 TAATTATTCTAATAGTTTTAACTATGTGAACTAGTAT-GACT-AACACATTTA-TTTTTAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCG-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
17086354 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-TGAATAAGTTTCTATT
64 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
17086418 ATTAGAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGA
128 AATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * * *
17086471 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTCAAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
17086535 TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGAT
65 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG--
* * **
17086600 AAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTAA-AGCAATTTGAAATAGA
128 AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAATAATTTGAAATAGA
* * * * *
17086653 TAATTGTTCAAATGGCCATAATTATATTTAAC-TGATTC--T--GTAAATTTATTTTTTAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
17086713 CTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATAATCTTGTATTA
64 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * *
17086778 GCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGA
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* * * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * **
17086896 TTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
65 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
17086960 ACTTAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATCGA
129 A-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAATAATTTGAAATAGA
*** * * * * * *
17087013 TAACCATT-ATAATAGTCTTAACCATATGAA-TTGGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
1 TAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
17087076 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGA
64 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
17087141 ATAAAAAAATTGTTTTATG--ATAACGAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATTGA
129 ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATA-ATTTGAAATAGA
** * ** * * * * * * * *
17087191 TAATCATT-ATATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAATTAGATTGATTTTTT-ATTTTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
*** * * * * * * * *
17087254 TGGATATTAAGTTTAGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAA-ATAGTATGAAT
66 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * *
17087318 AGAACAATTGTTTGT-TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATAGA
131 AAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
17087367 TAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTAAAATTGTTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
17087432 TACTAACTAATTTTCT-AAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTACTTC-GAACAAACTTATATG
66 TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
17087495 AACAAAAGCAATTGTTCTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGA
128 AATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
*
17087549 TAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTT-GTTCGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * * *
17087611 TATTACTTATAAAACTTTGAAATATTAACAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATG
63 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
17087676 AGCTAAAATAATTGTCTCATGACAAAA-TAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATAGA
128 A-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-TAATTTGAAATAGA
* * * ** * **
17087729 TAATTGTTCATATAGT-ATTAATTGTTTGAA-TTGGTTTTGCAAACGAATTTATTTTTTAAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** * * * * *
17087792 TTTAGTTATGAATTTTCCAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-CTCTTAGTTATTAAACTGGT
64 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-T-G--AATAAGCTTGT
* ** * * * ***** *
17087856 -TCAGCAAAACACATTTATTTTTATTATTAAATTAGCATTTCTTAATTCAAATAAGTTTATATAA
125 ATGAATAAAACA-A-TT-GTTTTATGA-CAAA--A-CAAAAGGTAA-T--AATAA-TTT-GA-AA
* *
17087920 AAAA
177 TAGA
* * ** * * * * * * *
17087924 TCAATTGTTC-TAT-GACAAAATAAAGATTAGAA--TGATT-TG-AGATAGA-TAATTGTTCAAA
1 T-AATTGTTCAAATAGTC---ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
17087982 TAGTCATAAC-TATTTAAATTGGTTTG--GTA--AATAGATT--TAGTT-TTTAACTCTCTTATT
61 T-CTC-TTACTTA-TT-AATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-T-TCTGAAT
** * * ** * * *** * *
17088039 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAATTCTGTATG-AATAGAAAC
117 AAGCTT----GTATGAATAAA--ACAATTGTTTTA---TGACA-AA-ACAAAAGGTAATA-ATA-
* ***
17088102 AATTGTTTTATGA
169 ATTTGAAATA-GA
* ** ** * * * * * * * *
17088115 CAA---AACAAA-AGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAACA-TGACTATTTG
1 TAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-T--TCGGT-AAAT-AA-ATTTATTTTTTA
* ** * * * * *
17088175 AA-CTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATA
59 AATC-T-CTT-----ACTTATTAATTTTTGAAATAT--TA---A-TAA-ATT---AGTATT-AT-
* * * * * * * ** *
17088239 AATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
105 -TTTATTCTGA-ATAAGCTT-GTATGAA----T------A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** *
17088303 AAAGATCATAATTGTTTGAAATAAA
156 AAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
17088328 TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAGCTTG-CCTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATGTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
17088392 TTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
17088457 CATAAACAATTGGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-ATATTTGAAATAGA
130 TA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATA-ATTTGAAATAGA
* * * * *
17088510 TAATTGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAATAGAATTT-TTTTTT-AATTTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * **
17088572 -TACTTGTTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTTA-TATGATTTTATCCCAAATAAGCTTGTATG
65 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * ** *
17088634 AATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGGTCACAACGATTTGAAATATA
128 AATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * ** * *
17088690 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * ** * * *
17088755 TGCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGA
66 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA
** * * * ** * * *
17088819 ATTAGTACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGGCATAACATTTTGAAGTAGA
129 A-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
17088872 TAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
17088937 TACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATA-T-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA
66 TACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * *
17088999 TAGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAA-AAATATAATGATTTAAAATAAA
130 TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * *
17089051 TAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTGT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
17089116 TACTTATTAATTTATTG-AATATTAACAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTTTATGA
66 TACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGA
* ***
17089179 ATAGAATA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGA
129 ATA-AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
17089232 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTATTCGGTGAACATATTCATTTTTTAAATC-C-
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * * *
17089295 T--TTATTAATTTTAAAAAAATTAATAAATTAGAATTATATTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA
66 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
17089357 CAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGA
130 -TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
17089409 TAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT-ACACTAGTTAGGCCAACAAATTCATTTTTTAAAT-TC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
17089472 ATGACTTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TATAT
65 -TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTAT
* * * * *
17089535 GAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATA-GTCATAA-AGATTTGAAATAAA
127 GAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTAATAATA-ATTTGAAATAGA
** * * * * ** * * *
17089590 TAATCATTCAAATAGTTATAATTAATTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAATTCTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* *
17089655 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATT-TG---AA-C--------A-
66 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
17089705 AAAGCATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
131 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
* * * *** * **
17089756 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTCAACAAACAAAAATATTTTTTAAATCTCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
*
17089821 TA-TTGATTAATTTATGAAATATTAATAAATT
66 TACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
17089852 TGCTTTATTT
Statistics
Matches: 2715, Mismatches: 621, Indels: 459
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 22 0.01
166 99 0.04
167 2 0.00
174 1 0.00
175 32 0.01
176 75 0.03
177 282 0.10
178 148 0.05
179 403 0.15
180 279 0.10
181 502 0.18
182 440 0.16
183 53 0.02
184 49 0.02
185 5 0.00
186 12 0.00
187 2 0.00
188 4 0.00
189 4 0.00
190 5 0.00
191 16 0.01
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199 7 0.00
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202 1 0.00
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219 9 0.00
220 1 0.00
221 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGA
Found at i:17087295 original size:176 final size:180
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Indices: 17086253--17087526 Score: 563
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17086243 GAAAAAAATA
* * ** * * *
17086253 TTTTATGACTAAA-AAAACGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAT
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* * * * * * * * * * *
17086317 GTGAACTAG-T-ATGACTAACACATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
66 ATAAACTGGTTCA-GA-AAATAAATTGATTTTTCAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGGAATATT
* ** * * * *
17086379 ATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-TGAATAAGTTTCTATTATTAGAAACAATTA
129 ATTAAATTAGTATTA-TTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * * *** * *
17086432 TTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATCGATAACCATT-ATAATAGTCTTAACCA
* * * * ** * * *
17086495 T-TCAAATTGGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
65 TAT-AAACTGGTTCAGA-AAATAAATTGATTTTTCAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGGAATAT
* * *** * *
17086558 TCA-TAAATTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTG
128 T-ATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATG--AATAAAACAATTG
* * * *** * *** * * * **
17086613 TTTTATAACAAAACAAAAGGTTAAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATGGCCATAATTA
1 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATCGATAACCATT-ATAATAGTCTTAACCA
* * * * * * * *
17086677 TATTTAACTGATTCTG----TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATT
65 TA-TAAACTGGTTCAGAAAATAAATTGATTTTTCAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGGAATATT
* * ** * * * * *
17086738 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATAATCTTGTATTAGCTAAAATAATTG
129 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGA-ATAAAACAATTG
* * * * * *** *** *
17086791 TTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCA-AATAGTAAAAACT
1 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATCGATAACCATT-ATAATAGTCTTAACC
* * * * * * * * * * * ** *
17086854 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGT
64 ATATAAACTGGTTCAGAAAATAAATTGA-TTTTTCAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGGAATAT
* * * * * *
17086919 TAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTG
128 TATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAA-TAAAACAATTG
17086973 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATCGATAACCATTATAATAGTCTTAACCAT
1 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATCGATAACCATTATAATAGTCTTAACCAT
* * * * * * *
17087038 ATGAATTGGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
66 ATAAACTGGTTCAGAAAATAAATTGATTTTTCAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGGAATATTAT
* *
17087103 TAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAAATTG
131 TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTG
* * * * *
17087153 TTTTATGA-T-AACGAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATTGATAATCATTAT-ATAGTTTTAACTA
1 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATCGATAACCATTATAATAGTCTTAACCA
* * * * * * * * **
17087214 TTTAAACTGGTTCGGCAATTAGATTGATTTTT-TATTTTCTTGGATATTAAGTTTAGGAATATTA
65 TATAAACTGGTTCAGAAAATAAATTGATTTTTCAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGGAATATTA
* *
17087278 TTAAATTAGTATTATTTT-ATCCCGAATAAA-TAGTATGAATAGAACAATTG
130 TTAAATTAGTATTATTTTAAT-CCGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTG
* * * * ** * ** *
17087328 TTTGT-TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATAGATAATTATTCA-AATAGCCAAAACT
1 TTT-TATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATCGATAACCATT-ATAATAGTCTTAACC
* * * ** * * * * ***
17087390 ATTTAAAATTGTTTGGTAAATAAATTTACTTTTT-AAATCTCTTAC-TAACTAATTTTCTAAATA
64 ATATAAACTGGTTCAGAAAATAAATTGA-TTTTTCAAATCTCTTACAT-ATTAAGTTTAGGAATA
* * * * * *
17087453 TTAATAAAATTAGTATTATTTTACTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAGCAATTG
127 TT-ATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAAAA-CAATTG
* * *
17087509 TTCTATCACAAAACAAAA
1 TTTTATGACTAAACAAAA
17087527 AGTAATAACA
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 178, Indels: 78
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 25 0.03
176 65 0.07
177 93 0.11
178 118 0.13
179 181 0.21
180 84 0.10
181 118 0.13
182 182 0.21
183 9 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATCGATAACCATTATAATAGTCTTAACCAT
ATAAACTGGTTCAGAAAATAAATTGATTTTTCAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGGAATATTAT
TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTG
Found at i:17087581 original size:536 final size:531
Alignment explanation
Indices: 17086338--17093045 Score: 1499
Period size: 539 Copynumber: 12.4 Consensus size: 531
17086328 TGACTAACAC
*
17086338 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATT
** * * ** * * * *
17086403 -GAATAAGTTTCTATTATTAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAG
63 CGAA-AAACTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
* * ** *
17086466 ATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
126 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGA-AAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
17086531 TCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTA
190 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTA
* * * * **
17086596 TGATAAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT--TAAAGCAATTTGAAATAGATAATTG
254 TGAGATAAAAA-AATTGTTTTAT--GAAAACAAAAGGTCATAAA--TATTTGAAATAGATAATCA
* * * * * *
17086659 TTCAAATGGCCATAATTATATTTAACTGATTCTGTAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
314 TTCAAATAGCCATAACTATATTAAACTGATTCGGTAAATTGATTTTTTAAATCTCTTACATATTA
* *** * * * * * *
17086724 ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATAATCTTGTATTAGCTAAAATAAT
379 AGTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATATAGTATGAGATAAAACAAT
* *
17086789 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAAAAACT
444 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGCAAAAACT
* * *
17086854 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG
509 ATTTAAAATTGTTCGGTAAATAA
* * * *
17086877 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
17086942 CCAAATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTG
63 CGAAA-AA-CTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGT-AATAATGATTTG
* *** * *
17087006 AAATCGATAACCATT-ATAATAGTCT-TAACCATATGAATTGGTTCAGAAAATAAATTTATTTTT
124 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAATAAATTTATTTTT
* ** * *
17087069 CAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAACT
186 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACT
* * *
17087134 TGTATGA-ATAAAAAAATTGTTTTATGATAACGAAAGGTCATAAATATTTGAAATTGATAATCAT
250 TGTATGAGATAAAAAAATTGTTTTATGAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATCAT
* *** * * * * **
17087198 T-ATATAGTTTTAACTAT-TTAAACTGGTTCGGCAATTAGATTGATTTTTT-ATTTTCTTGGATA
315 TCAAATAGCCATAACTATATTAAACTGATTCGG----TAAATTGATTTTTTAAATCTCTTACATA
* * *
17087260 TTAAGTTTAGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAA-ATAGTATGA-ATAGAAC
376 TTAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATATAGTATGAGATAAAAC
* * * * *
17087323 AATTGTTTGT-TGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAATAGATAATTATTCAAATAGCCAA
441 AATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGCAAA
*
17087386 AACTATTTAAAATTGTTTGGTAAATAA
505 AACTATTTAAAATTGTTCGGTAAATAA
* *
17087413 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAACTAATTTTCTAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTACT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-T
* * **
17087478 TCGAACAAACTTATATGAACAAAAGCAATTGTTCTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
62 TCGAA-AAACTTATATGAACAAAA-CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGA
*
17087543 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTTT
125 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAATTGGTTC-GAAAATA-AATTTATTTTTT
* * ** * *
17087606 AAATCTATTACTTATAAAACTTTGAAATATTAACAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAACTT
187 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTT
* * * * * * **
17087671 GTATGAGCTAAAATAATTGTCTCATGACAAA-ATAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTG
251 GTATGAGATAAAAAAATTGTTTTATGA-AAACA-AAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATCA
* * * * * * * * ** * * **
17087735 TTCATATAG-TATTAATTGT-TTGAATTGGTTTTGCAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGT
314 TTCAAATAGCCA-TAACTATATTAAACT-GATTCG-GTA--AATTGATTTTTTAAATCTCTTACA
* * ** * * ** * * *
17087798 TATGAATTTTCCAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTCTCTTAGTTATTAA-ACTGGT-TCAGC
374 TATTAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC-CCG--AATAATA-TAGTATGAG-
* * * * ***** * *
17087861 A-AAACACATTTATTTTTATTATTAAATTAGCATTTCTTAATTCAAATAAGTTTATATAAAAAAT
434 ATAAA-ACAATT-GTTTTATGA-CAAA--A-CAAAAGGTAA-T--AATAA-TTT-TA-AATAGA-
* * * * * * * *
17087925 CAATTGTTC-TAT-GACAAAATA-AAGATTAGAA-TGATT-TG-AGATAG
486 CAATTATTCAAATAG-CAAAA-ACTA-TTTAAAATTG-TTCGGTAAATAA
* * * * * *
17087969 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAACTC
1 ATTTATT-TTTAAAT-CTC-TTACTTA-TT-AA-T--TTT--TAAAT--A-TTA----ATAAAT-
** * ** ** * * **
17088032 TCTTATTA-ATT-TTC-AAAATA-TTA-AT-AA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTGT
48 TAGTATTATTTTATTCGAAAA-ACTTATATGAACAAAACAATTGTTTTA---T-AACAAAAC---
* * * * * ** *
17088090 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTT
105 A--AAAAGTAATAA-TG-ATT-TG-----A-AATA-G--AT--A-A-TTG---TTCA-AATAGTT
* * * * * *
17088155 CAAATGAACATGACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATT
148 ---AT----A--ACTATTTGAA-TTGGTTCGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * *
17088220 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGA-A-AAGAAA
203 AATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAGATAA-AAA
* * * * ** *
17088282 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATTGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
265 -AATTGTTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCAT
* * * ** * * * * * * *
17088347 AAATAT-TTGAGCTTGCCT-GGTAAACAAATTTATTTCTTAAATGTTTTACATATTAATTTTTGG
327 AACTATATTAAAC-TGATTCGGT----AAATTGATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGA
* *** *
17088410 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTA-TATGA-ACATAAACAATTGGTT
387 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATA--TAGTATGAGATA-AAACAATT-GTT
* * * * * ** **
17088472 TTATGACAAAACAAAATGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATTACTATT
448 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATA-ATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGCAAAAACTATT
* * * *
17088536 T-GAACTGTTCAGAAAATAGA
512 TAAAATTGTTCGGTAAATA-A
* * * * * *
17088556 ATTT-TTTTTTAATTTC-TACTTGTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATGATTTTATCC
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
17088618 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGGTCACAACGATTTG
64 GAAA-AA-CTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAA-GTAATAATGATTTG
* * * * * *
17088683 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-TTTCAATAAACAAATTTATTTTTT
124 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCGA-AAATAAATTTATTTTTT
* * * ** * * *
17088747 AAATCTTTTGCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-TCAAATAAGC
187 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTA-TTTTATTCT-GAATAAAC
* * ** * * * * * *
17088811 CTATATGA-ATTAGTACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGGCATAACAT-TTTGAAGTAGATA
249 TTGTATGAGA-TAAAAAAATTGTTTTAT--GAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATA
* ** * ** * * * *
17088874 ATTATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGGACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTT
310 ATCATTCAAATAGCCATAACTATATTAAAC-TGATTCGGT--A-A-ATTGATTTTTTAAATCTCT
* ** * * * ** *
17088937 TACTTATTAA-TTGTCTAAATATTAATAAATTAATATT-TTTAAT-CTGAATAAGCTTGTATGA-
370 TACATATTAAGTT-TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATATAGTATGAG
* * ** * * * * **
17088998 ATAGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAA-AAATATAATGATTTAAAATAAATAATCGTTCAA
434 ATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAA
* * * * * *
17089062 ATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAT
497 ATAG-CAAAAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAATAA
* * * * * *
17089097 ATTTATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTATTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * **
17089162 GAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGA
64 GAAA-AA-CTTATATGAACA-AA-ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGA
* * ** ** * * *
17089226 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTATTCGGTGAACATATTCATTTTTTAA
125 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAATAAATTTATTTTTTAA
** * * * *
17089291 ATC-C-T--TTATTAATTTTAAAAAAATTAATAAATTAGA-ATTATATTATT-TCAAATAAGCTT
189 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTA-ATATTATTTTATTCT-GAATAAACTT
* * * *
17089350 GTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAATGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAAT
251 GTATGAGATAAAAA-AATTGTTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAAT
** * ** * * * * *
17089413 TGTTCAAACAATCATAACTAT-TTACACT-AGTTAGGCCAACAAATTCATTTTTTAAAT-TCATG
312 CATTCAAATAGCCATAACTATATTAAACTGA-TTCGG----TAAATTGATTTTTTAAATCTC-TT
* * * * * * *
17089475 ACTTATTAATTTCTAG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGACTA-TATGA-
371 ACATATTAAGTT-TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATA-TAGTATGAG
* * * * * * * *
17089537 ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATA-GTCATAA-AGATTTGAAATAAATAATCATTCA
434 A-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTAATAATA-ATTTTAAATAGACAATTATTCA
** * * * * * * ** * *
17089600 AATAGTTATAATTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAT
496 AATAGCAAAAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAATAA
*
17089636 ATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA--A-TA--TTA-T-
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * **
17089694 -------TTATTTGAACAAAAGCATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
64 GAAAAACTTATATGAACAAAA-CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAA-GTAATAATGATTTGAAA
* * * * * * * **
17089752 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTCAACAAACAAAAATATTTTTTAAAT
127 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGA-AAATAAATTTATTTTTTAAAT
* ** *** * *
17089817 CTCTTA-TTGATTAATTTATGAAATATTAATAAATTTGCT-TTATTTTAAAATGTCATAACAATT
191 CTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATT-ATAAA-TTAATATTATTTTATTCTG-AATAA-ACTT
* * * * * * *
17089880 -TA--AAAT-AAAAAATTATTCGTAT---------A-GCCTTAACTATTTGAACTAG-------T
251 GTATGAGATAAAAAAATTGTT-TTATGAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATCAT
* **
17089924 T---A-AG-CA-AAC------AAA-T-----------TTG-TTTTTTAAATCTATTAGTTATTAA
315 TCAAATAGCCATAACTATATTAAACTGATTCGGTAAATTGATTTTTTAAATCTCTTACATATTAA
* * * *** * * *
17089964 TTTTTAG-AATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTGGAATAA-ATTCGTATGA-ACAGAAATA
380 -GTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATA-TAGTATGAGATA-AAACA
* * * * *
17090026 ATTGTTTTATGACAGAACAAAATGT--T-ATAA---GAAATTGA-AA-TA--CAAATAGTC-ATA
442 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAG-CAAAA
* * **
17090080 ATTATTT-GAATTGGTTCAATAAATAA
506 ACTATTTAAAATT-GTTCGGTAAATAA
* * * *
17090106 ATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTA
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
** * *
17090171 CGAATAGGC-TAGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTTCATAATAATTT
63 CGAA-AAACTTA-TATGA--ACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG-TAATAATGATTT
* * * * * * ** * * *
17090233 GAAATAGATAAATGTTCAAATGGCTATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACT-GATTTATGTTT
123 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGA-AAA-TAAATTTATTTTT
* * * * * *
17090297 TAAATCT-TTAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATAATATTTTATT-TTAGATAAG
186 TAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAAA
* ** * * * * * * *
17090360 CTTTTATGATTTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCAT-AATGATTTTAGATAGATA
248 CTTGTATGAGATAAAAAAATTGTTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
17090424 ATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTTTTTTTTTAATTTCT
310 ATCATTCAAATAGCCATAACTATATTAAAC-TGATTCGGTAAATTGA----TTTTTTAAATCTCT
* * * ** * ** * * *
17090487 TGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCAT-GTTTGA-
370 TACATATTAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAA-TATAGTATGAG
* * * * * * * * * *
17090550 ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAA-AAATGATCAGAATGATTTTAAATA-ATAATTGTTCTAA
434 A-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAA
** * * * * *
17090613 TAGTC-TTAACTA-TTAGAACTAGATT-GGCAAACAC
498 TAG-CAAAAACTATTTA-AAATTG-TTCGGTAAATAA
* * * * *
17090647 ATTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *** * * *
17090711 CAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAAATGTTTTAGGGCAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAG
64 GAAA-AA-CTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
* * * *** *
17090775 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAGTTGGTTTG-GTGTAGAGATTTAGTTTTTA
126 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCGAAAATA-A-ATTTATTTTTTA
* * * * * * **
17090838 AATCTCTTAC----TACTTTTTGAAATGGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTG
188 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
* * * *
17090899 TATTA-ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAAT-
252 TATGAGATA-AAAAAATTGTTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAATC
* * * * * * *
17090961 AGTTCAAATGGACATGACTAT-TTGAACTTG-TTCGATAAACTGATTAATTTTTTAAATCT-TCA
313 A-TTCAAATAGCCATAACTATATTAAAC-TGATTCGGT-AA---ATTGATTTTTTAAATCTCT-T
* * * * * ** * *
17091023 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTTATCAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAGGCT-TA-TATGA
371 ACATATTAA-GTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATA--ATATAGTATGA
* * * * * * **
17091085 -ACTAAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAA-GTCACAAT-ATTTGAAATAAATTATTATTCAA
433 GA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAA
* * ** * * * *
17091147 ACAATC-ATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAT
497 A-TAGCAAAAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAATAA
* * ** *
17091182 ATTT-TTTTTAATTCTTTTACTTA-TAGATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* ** * * * *
17091245 CGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAATA-TCAA-AATGATTTG
63 CGAA-AAACTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-AGT-AATAATGATTTG
* ** * ** * **
17091308 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCGTGACTATTTG-ATCTAATTTAGTAAACATATTTATTATTT
124 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT-T-GGTTCG-AAA-ATAAAT-TTATTT
* * * * ** **
17091372 TTT-CATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTC-GAATAA
184 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAA
** * ** * * *
17091435 GTTTGAATGA-ATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCAT-AATGATTTGAAATAAA
247 ACTTGTATGAGATA-AAAAAATTGTTTTATGA-A-AACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGA
* * * * * * *
17091498 TAATTGC-TT-AAATAGTC-TTA--AT-TTGAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-
308 TAA-T-CATTCAAATAGCCATAACTATATTAAACTGATTCGGT--A-A-ATTGATTTTTTAAATC
* * * * ** * *
17091556 T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAA-ACTTA-TA
367 TCTTACATATTAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATA--TAGTA
* * * * * *
17091617 TGATCA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
430 TGA-GATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATT
** * * * * *
17091681 CAAATAGTC-ATTATTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAA
494 CAAATAG-CAAAAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAATAA
* * * *
17091719 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAA-TATGTTTTAATTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATT
* * * * * *
17091783 CTAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
63 CGAAA-AA-CTTA-TATGAA--CAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTT
* * * ** * * * *
17091846 GAATTAGATAATTATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAGCTGGTTTGGCAAACAACTTTATTTTT
123 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGG-TTCGAAAATAAATTTATTTTT
* * * * * *
17091910 TAAATCTCTTAGC-TACTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTCTTATTTTATTTTGAATAAGC
186 TAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAAC
* * * * * * * * *
17091974 TTGTATG-GATAGAAATAATTTCTTTATATCAGAACAAAAGGTTAT-ACTAATTTGAAGTAAACA
249 TTGTATGAGATA-AAA-AAATTGTTT-TATGAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATA
* * * *
17092037 ATTGC-TT-AAATAGTCATAACTAT-TTGAACT-AGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
310 A-T-CATTCAAATAGCCATAACTATATTAAACTGA-TTCGGT----AAATTGATTTTTTAAATCT
* * * * * * ** * *
17092098 CTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAA
368 CTTACATATTAAGTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATATAGTATGA
* * ** * * * ** *
17092163 TAAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATGATTATTGAA
433 GATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAA
* * * * * ** ** * *
17092228 ATGGCCATAATTATTTAAACTAATTTAGTAAACAT
497 ATAGCAAAAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAATAA
* * * *
17092263 ATTCACTTTTCAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * * * * *
17092324 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
64 GAAA-AA-CTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
* * ** * *
17092389 ATAGATAATTGTTCACATAGTTGTAACTATTTGAATTTTTTCGGTAAACAAA-TTATTTTTTTAA
126 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAATAAATTTA-TTTTTTAA
* * * * * *
17092453 A-CTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTA-AGGAATTAGTATTATCTTATTTTGGATAAACTTT
189 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATA--AATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
* * * * * * * *
17092516 TAT-AAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAACGTTAT-AATGATTTTAAATAGACAATT
252 TATGAGA-TAAAAAAATTGTTTTATGA-AAA-CAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATC
* *** * * *
17092579 GTTCAAATAATAATAACTAT-TTAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTT
313 ATTCAAATAGCCATAACTATATTAAAC-TGATTCGGT----AAATTGATTTTTT-AAATCTCTTA
* * * * * * *** **
17092642 CTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAA-ACTTTTATGA-A
372 CATATTAA-GTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAATA-TAGTATGAGA
* * * * * * * ** * * *
17092704 CTAAAACAATTATTTTTTGTCTAAACAAAAGATCAGAACGATTTAAAATAGATAATTATTCTAAT
435 -TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAT
* ** * * * *
17092769 AATCTTAATC-ATTT-GAATTGATTTGATAAATAA
499 -AGCAAAAACTATTTAAAATTG-TTCGGTAAATAA
* * *
17092802 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* ** * * * *
17092867 C-AAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAATGTCATAACT-ATTTGA
63 CGAAA-AA-CTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAA-TGATTTGA
** * * * * * * *
17092930 AATAGATAATCATTCATAGAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGATTCACTTTTT-
125 AATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTCGA-AAATAAATTTATTTTTTA
* * * *
17092993 AATTTGCTTAGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
188 AATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAATATTATTTTATT
17093046 TCAAATAAAA
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AAAAAATTGTTTTATGAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCA
TAACTATATTAAACTGATTCGGTAAATTGATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAGTTTAGAAATA
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AAACAAAAGGTAATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGCAAAAACTATTTAAAATTGT
TCGGTAAATAA
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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*
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* * * *
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** *
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* * *
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1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * ***
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* * * *
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130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * *
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* ** * * * *
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* * **** * *
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* * * *
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1 CAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * *
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** * * * *
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128 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * * * * *
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1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
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* * * *
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130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * ** * * * *
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1 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * **
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65 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TCAA
* * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
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1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * *
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66 AACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTC-A
* * * * * * *
17089490 GAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TATATGAACAAAAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAA
* * * ** *
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1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
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*
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130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* *
17089709 CATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
1 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * **** **
17089773 ATAATTATTTCAACTAGTTCAACAAACAAAAATATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTAT-
64 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTT-TC
*
17089836 GAAATATTAATAAATT
127 AAAATATTAATAAATT
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* * * * * * *
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* * * * **
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*
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** * * * * *
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*
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*
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* * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
17088574 CTTGTTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTTATATGATTTTAT
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** * * * * * *
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* * **
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* * * * ** *
17088746 TAAATCTTTTGCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGC
129 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGA
* * * * * * *
17088811 CTATATGAATTAG-TACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGGCATAACA-TTTTGAAGTAGATA
192 CTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATA
* * * * * **
17088874 ATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTA
255 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * *
17088939 CTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATT-TTTAAT
320 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
17088980 CT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAAAT-ATAATGATTT
1 TTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAATGATTT
* * *
17089043 AAAATAAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTT
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* *
17089108 AAATTTGTTACTTATTAATTTATT-GAATATTAACAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAG-
130 AAATTT-TTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGA
* * **
17089170 CTTTTATGAATAGAATA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATA
192 C-TATATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
17089234 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTATTCGGTGAACATATTCATTTTTTAAA--TCCT-
255 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTA
* * *
17089296 -TTATTAATTTTAAAAAAATTAATAAATTAGA-ATTATATTAT
320 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAT
* * * * *
17089337 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTGTGATAAAAC-AAATGGTTATAATGATT
1 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAATGATT
* * * * * ** *
17089400 TGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT-ACACTAGTTAGGCCAACAAATTCATTTT
65 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT-TTTCGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
17089464 TTAAATTCATGACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGA
128 TTAAATT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGA
* * * * *
17089529 CTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATA-GTCATAAAGATTTGAAATAAATAA
192 CTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAA
** * * * ** * *
17089593 TCATTCAAATAGTTATAATTAATTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAATTCTCTTAC
256 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
*
17089658 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAT
321 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
17089698 TT
1 TT
17089700 GAACAAAAGC
Statistics
Matches: 1178, Mismatches: 211, Indels: 104
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 14 0.01
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358 304 0.26
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360 182 0.15
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362 282 0.24
363 153 0.13
364 17 0.01
365 27 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAATGATTT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
AATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACTAT
ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
Found at i:17089768 original size:166 final size:165
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17089537 ACAAAAATAA
* * *
17089547 TTGTTTTATGACAAAATAAATAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTTATAAT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCATAAT
* * * ** * ** * *
17089612 TAATTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAATTCTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAATA
66 TAATTCAACTAGTTCAACAAACAAAAATATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTATAAAATA
17089676 TTAATAAATTAATATTATTTATTTGAACAAAAGCAT
130 TTAATAAATTAATATTATTTATTTGAACAAAAGCAT
* * **
17089712 TTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAA-AGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCATA
* *
17089776 ATTATTTCAACTAGTTCAACAAACAAAAATATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTATGAAAT
64 ATTAATTCAACTAGTTCAACAAACAAAAATATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTATAAAAT
17089841 ATTAATAAATT
129 ATTAATAAATT
17089852 TGCTTTATTT
Statistics
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TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCATAAT
TAATTCAACTAGTTCAACAAACAAAAATATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTATAAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTATTTGAACAAAAGCAT
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17089720 TGGCAAAACA
* * * * * *
17089730 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTCAA
1 AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTCAACTAGTTCAA
* *
17089795 CAAACAAAAATATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTATGAAATATTAATAAATTTGCTTTAT
66 CAAACAAAAATATTTTTTAAATCTATTATTGATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGCTTTAT
17089860 TTT
131 TTT
* ** * *
17089863 AAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCGTATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTT-AA
1 AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTCAACTAGTTCAA
** * * * *
17089927 GCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTATTAGTT-ATTAATTT-TTAGAATATTATTACATTAG-TA
66 -CAAACAAAAATATTTTTTAAATCTATTA-TTGATTAATTTATGA-AATATTAATAAATTAGCT-
17089989 TTATTTT
127 TTATTTT
17089996 A
1 A
17089997 TTTGGAATAA
Statistics
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AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTCAACTAGTTCAA
CAAACAAAAATATTTTTTAAATCTATTATTGATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGCTTTAT
TTT
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17090096 CAATAAATAA
* * * * *
17090106 ATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
17090171 CGAATAGGCTAGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
* * * * ***
17090236 ATAGATAAATGTTCAAATGGCT-ATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACT
130 ATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACT
* * * * * *
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1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * *
17090350 TTTAGATAAGCTTTTATGATTTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAG-TCATAATGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTTCATAATGATTT
* * * * *
17090414 TAGATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-T
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* * * * *
17090466 AGATTTTTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 --ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
17090530 TTTCAAATAAGCATGTTTGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAA-AAATGATCAGAATGATT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATT
* * * * * * * *
17090593 TTAAATA-ATAATTGTTCTAATAG-TCTTAACTATTAGAACTAGATTGGCAAACAC
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
* * * * *
17090647 ATTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
17090710 CCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAAATGTTTTAGGGCAAAAC-AAA-TATCATAATGATTTG
65 TCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTG
* * * * * * *
17090773 AGATAGATAATTGTTTAAATAG-TCATAACTATTT-AAGTTGGTTTGGTGTAGA-G
128 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAA-CTAGTTT-G-GTAAACT
* * **
17090826 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTAC----TACTTTTTGAAATGGTAATAAATTAGTATTATTTTATTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
** * * * * **
17090887 T-AAATAATTTTGTATTAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-TGTCATAACAATTTG
65 TCAAATAAGCTTGTA-TGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTG
* * * * * *
17090950 AAATAGATAATAGTTCAAATGG-ACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACT
* * * * *
17091002 GATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTTATCAATTAGAATTATTTTA
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
17091065 TTTCAAATAGGCTTATATGA-ACTAAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAG-TCACAAT-ATT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATT
* * * *** * * *
17091127 TGAAATAAATTATTATTCAAA-CAATCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC-
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACT
* * * ** *
17091180 ATATT-TTTTTTAATTCTTTTACTTA-TAGATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * * *
17091243 TTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAA-TATCAAAATGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTT
* * * * * * *
17091307 GAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCGTGACTATTTGATCTAATTTAGTAAACAT
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
** * * * ** * *
17091361 ATTTATTATTTTTTCATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAA
1 ATTTA-T-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
17091426 TTCGAATAAGTTTGAATGAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAG-TCATAATGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTT
* * * * *
17091490 GAAATAAATAATTGCTT-AAATAG-TC-TTA--ATTTGAACTGGTTTGATAAACAT
127 GAAATAGATAATTG-TTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
*
17091541 ATTTATTTTTTAAAT-T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
17091603 CAAAGAAACTTATATGATCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
17091668 ATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATTATTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
* * * * *
17091719 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAA-TATGTTTTAATTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATT
* * * *
17091782 TCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
65 TC-AAATAAGCTTGTATG-A-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTT
* * * * * * * * *
17091846 GAATTAGATAATTATTCATATAG-TCTTAACTATTTGAGCTGGTTTGGCAAACA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACT
* * * *
17091899 ACTTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TACTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTCTTATTTTAT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * *
17091963 TTTGAATAAGCTTGTATGGATAGAAATAATT-TCTTTAT-ATCAGAACAAAAGGTT-ATACTAAT
64 TTCAAATAAGCTTGTAT-GATAAAAACAATTGT-TTTATGA-CAAAACAAAA-GTTCATAATGAT
* * * * *
17092025 TTGAAGTAAACAATTGCTT-AAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAA
125 TTGAAATAGATAATTG-TTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
* *
17092081 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * **
17092146 CAAATAAGCTTGTATAATAAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAAGGTAATAACAATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
17092211 AATAGATGATTATTGAAATGGC-CATAATTATTTAAACTAATTTAGTAAACAT
129 AATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
* * * *
17092263 ATTCACTTTTCAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * *
17092324 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
66 CAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
* * ** ** *
17092389 ATAGATAATTGTTCACATAG-TTGTAACTATTTGAA-TTTTTTCGGTAAACA
130 ATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GGTAAACT
* * ** *
17092439 AATTATTTTTTTAAA-CTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAGGAATTAGTATTATCTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * *
17092503 TTGGATAAACTTTTAT-AAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAACGTT-ATAATGATTT
65 TCAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTT
* * ** * * * *
17092566 TAAATAGACAATTGTTCAAAT-AATAATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
* * * *
17092620 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
17092684 TTTGAATAAACTTTTATGA-ACTAAAACAATTATTTTTTGTCTAAACAAAAGATCAGAACGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTT
* * * ** * * *
17092748 AAAATAGATAATTATTCTAAT-AATCTTAA-TCATTTGAA-TTGATTTGATAAA-T
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACT-ATTTGAACTAG-TTTGGTAAACT
* * * *
17092800 AAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAA
1 --ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
17092865 TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-TGTCATAACT-ATT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAA-TGATT
** * * * * *
17092927 TGAAATAGATAATCATTCATA-GAG-TCTTAACTATTTGAACT-GGTTCG-ACAATT
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATG-GCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTA-AACT
* * * * * *
17092980 AGATTCACTTTTT-AATTTGCTTAGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
1 --ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * * *
17093044 TTTCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAACTATTTGATGACAAAATAAAAGGTT-AAAATGGTT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATT
* * * * * * * * * * *
17093108 TGAAATAAATAATTATTGAAATAG-TAAAAAATATTTAAAATAGTTTGGTAAGCAG
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-T
* * * *
17093163 ATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TGGATTTATTTTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *
17093226 TTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAATGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTA-TGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTT
*
17093290 AAAAATAGATAATTGTTCAAAT
127 -GAAATAGATAATTGTTCAAAT
17093312 AGTTATAATT
Statistics
Matches: 2382, Mismatches: 504, Indels: 277
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Matches are distributed among these distances:
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175 102 0.04
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CAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATGGCTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACT
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Indices: 17089907--17093325 Score: 2371
Period size: 362 Copynumber: 9.5 Consensus size: 359
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* * * * * * *
17089907 TAACTATTTGAACTAGTTAAGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTTAGA
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *** * * * * *
17090089 ATTGGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATATCCTACTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAA
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* *** * * * *
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* * * *
17090218 AGTTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAAT-GGCTA
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* * * * ** * * * *
17090259 TAATTATTTTAACTAATTCA-ATAAACTGATTTATGTTTTAAATCT-TTAACTTATCAATTTTTT
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* * * * * * * *
17090322 AAATATTAATAAAGTAATAATATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGATTTG-AAACAATTATTTT
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* * * * *
17090386 ATGATAAAATAAAAAGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
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* * * * * * *
17090451 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTTTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAA
193 ACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAA
* * * *
17090515 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTTTGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAA-AA
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* * * * * *
17090578 ATGATCAGAATGATTTTAAATA-ATAATTGTTCTAATAGTCT
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* * * * * *
17090619 TAACTATTAGAACTAGATT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTAG
1 TAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * * * * *
17090682 AATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAG-AAACAAATGTTTTA
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* * * * * *
17090746 GGGCAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAG
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* ** * * * **
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* ** * * *
17090871 TAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGTATTAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAT
259 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT-TTTTAT-AC-AAACAAAAG
** * * *
17090936 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACA
321 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** *
17090975 TGACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-TGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTA
1 TAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * *
17091038 GAATATTTATCAATTAGAATTATTTTATT-TCAAATAGGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
17091101 TATTACAAAACAAAAGTCACAAT-ATTTGAAATAAATTATTATTCAAACAATCATGACTATTTAA
128 TATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * * **
17091165 ACTTGTTTGGTAAACATA-TT-TTTTTTAATTCTTTTACTTA-TAGATTATCAAAATATTAATAA
193 ACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * *
17091227 ATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAA
257 ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA-TTTTTTAT-AC-AAACAAA
** * * *
17091292 ATATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCG
319 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** **
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* * ** * * * * *
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** * * * * * *
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194 CTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * *
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* * **
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* ** * * *
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** * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** ** * * * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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CAAAATAAAATAATACTAATTAATAACAAATTTAAAAAAATAACAAGTA
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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** * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * *** * * ** **
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** ** ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *** * * ** * *
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** * * **
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
17095848 TAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCTAATCATTTTAA
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*
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* * * * *
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* * * ** * * ** *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* *** * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * **
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* * * *
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* ** * ** * * **
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*** ** * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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1 TTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
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* * * * *
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* * * *
17098689 TTAAAATCA-TCATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * *
17098752 CCA-AAGTAAAATAATACTATTTTATTAACATTTCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATA
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*** * * ** * * * **
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* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT-T
* * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * **
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* * ***
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* * *
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* * ** * * **
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* *** * ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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65 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAATA-
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ***
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* ** * *
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* *
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* * *
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*** * * ** * * * *
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* **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* ** * * * * * * * * **
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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65 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
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Statistics
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* * * * *
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* * *
17097521 TAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATAATAA
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* * ** * *
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* * * * *
17097623 TTA-CTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTC-TTTTGTCATCAAACAATTATTTATATTCATACA
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* * **
17097686 AGTTTATTCAGAATAAAA-AAGTATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGTAGATTT
126 AGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATA-G-AAAAGATTT
* * * * *
17097750 TAAAAATAAATCTTTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTC
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* * *
17097814 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA-AAAAATTGTTTCT-GTTCATGCAAAATTATTCAGA
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* **
17097877 ATAAAATAATATTGATATATTAATATTTTGAAAATTAA
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*
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* * * *
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** ** * *
17098044 TTATTTGGGTTAAAATAATGTTAATTTAATAA-ATTCTAAAAATTAGT--AAAAGATTTAAAAAA
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* ** * * **
17098106 TAAATATGTTTGCTGAACCGGTTCAAATACTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAAGCC
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* * *
17098170 ATTATGATCTTATGTTTTGTCATATAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAACTTATTCGAAATAAA
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** **
17098234 ATAATACTACCCTATTAATATTTCAAAAATTTT
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* * * * *** * * * * *
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* * * *
17098332 T-GTCAATCTTAAATCGTTATAATCTTT-GTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAA
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17098394 ACTTATTCAGAAAAAAATAATCCTAATTTAATAATATT-TCAAAAATCAAT--AAGAGATTTAAA
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* * * * *
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* * ** *
17098520 ATTATTCTGACCTTTTG-TTTACTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTACTCGGAAT
253 ATTATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATATAACAATTGTTTTAGTTCATACAAAATTATTC-GAAT
* * *
17098584 AAAATAATACTAATTTTTTAACA-TTCATAAAATTAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * **** **
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* * *
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*
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* * * * * ** * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *** * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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** * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * **
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
17104807 TTTAGTAATA-TTCTAAAAACTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCCT-TTTACCGAACCA
318 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GAA-AGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTATCAAAACA
* * * * ** * *
17104870 -ATCAAATAGTTAAGACTA--TAAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTAT
379 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
17104932 CATAAAACAATTATTTC-A----ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
443 CATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
17104992 TTTCTAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAA
508 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAA
* * * * * * * * * *
17105024 AA-AATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTTTATTCCAAAT
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
17105088 CTTTATTA-CTTTCTGTTTTGTCGTAAAA-AATTTTATTTA-TTAATATAAGTTTATTTGAAATA
66 CATTATAACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
** * * *
17105150 AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGGTCTAAAAAGTAAATCTA
129 AAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTG
* * * * * * * ** * ** * *
17105213 TTT-ACAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTTAGTAATTATCTATTCCAAATTGTTATAACT
190 TTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * * * * * *
17105277 TTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTA-CTTTATTCAAAAAAAAAATAATAAT
255 TTTTGTTTTATCAT-AAAAAAAAGTTTTTATTCATACAAGC-TTATTC-GAAATAAAATAATACT
* * * * * *
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317 -ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA
* * * * * * * * * * ** * *
17105404 GCAATTTAAATTGCTAAGACTGTATGAA-AGATTATCTATTTGAATTTGTTATGACTTTTTCTTT
376 ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
** * * * *** * * * *
17105468 TGTTGTAAGAA-AATTATTT-T-GTTCATACTAGCATATTTTGATTAAAATAATGCTAATTGAAT
440 TGTCATAA-AACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
17105530 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTCAAA
504 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * *
17105565 AATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTCAAATGGTTAA-GACTACTAGAACAATTATCTATTTCAA
1 AATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAG-TAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * ** * * * *
17105628 ATTATTCTGACTTTTTGTTCAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATT-TAGAAT
64 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
* * * **
17105692 AAATTAATACTAATTTATTAAGA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAAATAAATCT
128 AAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAAT-AATCT
* ** * ** * * * * * * * * * *
17105756 ATTTATCGAAAAAATTTAAATACTTATTACTATCTGAACAATTATCTCTTTAAAATCGTTA-AAG
189 GTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
** ** * * * *
17105820 CCTTTTGATTTT-TCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACATGCTTACAT-GGAATAAAATAATA
253 CCTTTTG-TTTTATCATAAAA-AAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA
*** * * * * *
17105883 CTAATTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
315 CT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAA
* * * ** ** * *
17105948 CAGTTAAAATAGTTATGCCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTT
377 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
17106013 TCATAAAACAATTGTTT-TTGGTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
442 TCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
17106077 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-ATA
507 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
17106108 AATAAATTTGTTTACTAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAA
1 AATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * * **
17106172 TC-GTA-AAGATTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGCTTT-TGATCATAGAAGCTTATTC-AGTT
65 TCATTATAA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
17106233 AAAAATAATACTAATTT-TATAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
128 -AAAATAA-ACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCT
* * * * * * *
17106297 GTTTG-CTAAACCAGATCGAATAGGTTA-AACTA-TTAGAATAATTATCTATTTTC-AATCATTC
189 GTTTGCCT-AACTAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTA-AACAATTATCTA-TTTCAAATCATTA
* * * * *
17106358 T-AGCC-TTTG-TTTAGTCAT--AAAATA-TTTGTTCCATAACTTACAAGTTTATTCGGAATAAA
250 TGA-CCTTTTGTTTTA-TCATAAAAAAAAGTTT-TT--AT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * * * *
17106417 ATAATCCAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAACAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTT
309 ATAATAC-TATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTT
** * * * * * *
17106482 A-CCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAGTTATTTATTTAAAATCATTGTGACCTT
370 ATCAAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * *
17106546 TTATTTTGAT-ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
434 TTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * *
17106609 TTTCTTAATATTTTGAAAATTAAAAAGCAAGA-ATTAAAAA
498 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* ** * * * * * * * *
17106649 AATAAATTTGTTTACTGAACAAATTC-AATAGTTACGATTATTTTACCAATTGTCTATTTAAAAT
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
17106713 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTACAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAA
66 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
** * ** * * *
17106778 ATGAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGTGATCTAAAAAATGAATATGTTTA
131 AT-AAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGTTTG
* * * * * * * * *
17106843 CCAAATTAGTTCAAATAATTACGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTT
194 CCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
** * * * * ** * ** * *
17106908 GTTTGGTC--AAATAACAGTTGTTTTTTATCATATAAATTTATTTGGAAGCTTATCAAACCAGTT
259 GTTTTATCATAAAAAAAAG-T-TTTTAT-TCATACAAGCTTA-TTCGAA----AT-AAAATAATA
** *** * ***** * * *
17106971 CTTATTTGAACAATTATCTCTTTTAAATCACTATAACCTTTCATTCCCTAATAAACTAATTGTTT
315 C-TATTT-ATTAA-TAT-T-TCAAAAATTA--ATAA-GAAAGATT---TAA-AAAATAA---ATC
* * * *
17107036 TAGTTTAT-ATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTT----AA-TA-ATATTTCAAA-
365 TA-TTTATCA-AAAC--AGTTC-AAAT--AGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** ** * * * * * *
17107091 AATTAAT-AAC-TAAGAGATT-T-AAAAAATAAATTTATTTGCTGAAG--CAGTTCAAAC-AATT
422 CATT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAA-TTGTTT-CT--AGTTCA-TACAAGCTTATT
* * * ** * ** *** * *
17107149 -AAGACT-ATATAA-AC-AA-CTATCT-ATA--TCAAATTTTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
479 CAA-AATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAG-ATT-T-AAA
17107205 A
538 A
* * * * *
17107206 AAT-AAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTA-AAAT-ACTA-CT--A-ATTTAT-TA
1 AATAAATATGTTT-A--CCAAACAAG----TTCAAA-TAGTAATGACTATTTGAACAATTATCT-
* *** ** ** * * *
17107262 ATATTCTAAA-AATTA-AAAAGTAAGTGAT-T--T-AAA-AA--G--TGAATT--T----GTTTA
57 AT-TTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
* * * *** * * * * ** * * ** *
17107310 CT-G-AATCAATTCAAA-TAA-TTATGGCTCTGTCAATAATTATCTATTTCA-AATTGTTATTAC
120 TTCGAAATAAAAT-AAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAGAAAT-TTAAAAA
* * * * * * ** * * * * * *
17107370 CT--TTTGTTTG-GTCA-TA-TAACAATTGTTTTTGAGC-A-TTCAAC-CTTATTCGGA-ATAAA
182 ATAATCTGTTTGCCTAACTAGT-TCAAATAATTATGA-CTATTTAAACAATTA-TC-TATTTCAA
* * * * **** * * * *
17107426 ATAATGAT-AACTTATTAATCTTTA--A-AAAATTAATAAGTAAGCAATTTAAAAAATC-TATTT
243 ATCATTATGACCTT-TT-GT-TTTATCATAAAA--AA-AAGT-TTTTATTCATACAAGCTTA-TT
* ** * * * * * * *
17107486 ACCAAA-ATAGTTCAA-AC-AGTTATGACTATTTGAACAATT-GTAA-ACTTCAA-ATTGTTATA
300 -CGAAATA-AAAT-AATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA----AAGA-T-TTAAA
* ** * * * ** * * * *
17107545 ACAT-TTTGT-TTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
356 AAATAAATCTATTTATC--AAAACAGTTCA-AATAGTT-AT--GA-C-TATTTG--A-ACAAT-T
* * * * * *** ** ** ***
17107607 AACTA-ATCTAAT-AATAT-TCCAAAAATGAATAACTAAGAGAATTAAAA-AATAAATT-T-GTT
409 ATCTATTTCAAATCATTATGACC--TTTTG--T---TTTG-TCA-TAAAACAATTGTTTCTAGTT
* * * * **
17107666 --TGCCGAA-C-CATTCAAATATTTAAGACTATATGAAC-AA-TTA-T-CTATTTCAAGTCATT-
465 CAT-AC-AAGCTTATTCAAA-A--TAA-AATA-AT--ACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTA
* **** * *
17107722 ATGA-TCTTTTGTTTGTCATAA
520 ATAAGT-AAAAGATT-T-AAAA
* * * ** * * ** * * ** * ** ** *
17107743 AATAAGTTTTTTTGAATTGATACTAACTT-ATTTGGAAAAAAATAAAATGAAGTTATTA-ATATT
1 AATAAATATGTTT--A-CCAAAC-AAGTTCAAATAGTAATGACT-ATTTGAA-CAATTATCTATT
* * * ** ** * *
17107806 TC-AATTATAAATAA--GTAGGAGATT-T-AAAAAATAA-T-TTT--GTT--TACCTAA-C-TAG
60 TCAAATCAT-TATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-C-AAGCTTA-
* * * * * * **** *
17107858 TTC-AAAT-AATTATGACT-ATTGTAACAATTATCTATTTCAAATTATT-ATGATTTTTTATTTT
120 TTCGAAATAAAATA-AACTAATT-T----ATTA-ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAAATTT
* * * * * * * * * *
17107919 ATCATAAAACAAATATTTTTATTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAGGTAAT-ACTTCTATTAATA
177 A--A-AAAA-TAAT-CTGTT-TGC--CTAA-CTAGTTCA-AATAA--TTATGAC-TAT-TTAA-A
* * ** * * * * *
17107983 AAATAAGTAAAAGTTTTGAAAAATAAATCTACTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGA-CTATT
227 CAATTA-T-CTA--TTT--CAAAT-CAT-TA-TGACC---T---TT----T-GTT-TTATC-ATA
* * * * * * * * * * * *
17108047 TAAATAA-TTATTTATTTCAAATCGTTATGATTGTTTC-TATTCATACAAGT-TTATTCAAAATA
270 AAAAAAAGTT-TTTA-TTCATA-C---AAGCTT-ATTCGAAATAAAATAA-TACTA-T-----T-
* *
17108109 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTAAGATTTAAAAAATAAATTTATT
320 ---T-AT--T-A---A-T-AT-TTC-AAAAATTAATAAG--AAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * ** *
17108174 TA-CCAAACAAGTTCATATAGTCTA-GTCCATTCAAACTATTATCTATTTCAAATCGA-TATG-C
369 TATCAAAAC-AGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGAC
* * ** * ** ** * * * *
17108235 CATTTTCTTTTATTGTAAAACAATTGTTTTTA-TTTGTACAAAATTGTTTAGAATAAAATAATAT
431 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
17108299 TAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTACAA
495 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
17108339 ACTAAATCTATTTACCAAA-ACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGGACAATTATCTATCTT-AA
1 AATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAA
* *
17108402 ATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT--AATA
64 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAA-A
* ** ** * * *
17108463 GTTAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
127 -TAAAATA-AACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATC
* * * * * *
17108527 TGTTTGCCGAACTAGTTCAAAT-AGT-TGTCTA-TTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTTTG
188 TGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** ** * *
17108589 ACC-TTT-TTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCACACATGCTTATTCGAAATAAAATAATA
252 ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA-AAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* ** * * * **
17108652 CTATTTTATTAACATTGAAAAAATTAAT-AGACAAGAAATTT-TAAAATATATATATTTA-CCGA
315 CTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
* *
17108714 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTT
376 AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * * *
17108779 TATCCTAAAAAAATTGTTTC-AAATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTA
440 TGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ****
17108843 ATATTTTAAAAATTGA-GATTTGGTGATTTAAAA
505 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
17108876 AATAAATCA-ATTTATCGAATCAA-TTCAAATA-AATATGACCATTTGAACAATTATCTA-TTAA
1 AATAAAT-ATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTA-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
17108937 AAAAATTACAAACTTTTGTTTTGTC-TAAAAACAATTGTTTTTCA--TCAAATAAGCCTATTTGG
63 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* *
17108999 AATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTC-AAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAATAAATA
125 AATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATC
* * * * * * * ** *
17109059 TGCTT-ACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATA
188 TGTTTGCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
17109123 ACTTTTTGTTTTGTCAT-AAGACAA-TTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
252 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAAGTT-TTTA--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
17109186 ACAAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCC
314 AC-TATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-GAA-AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-TC
* * * * * * * *
17109248 AAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGT
373 AAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
17109313 TTTGTCATAAATA-AATAT-TTT-T-GTTCGTATAAGTTTGTTTACAATAAAATAATATTAATTT
438 TTTGTCATAAA-ACAAT-TGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
**
17109374 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAA
501 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
17109408 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAATTAGTTATAACAATTTAAATAGA-TAT-TTTTTCATA
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAA
** * * ** * * ** *
17109471 TTGTTGTGACCAATTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCA-TTAATACAATATTATTTGAAATA
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* * * * *
17109535 AAGTAATGCTAATTTTTTAA-A-TTCTAAAAATTACTAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTG
129 AAATAA-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAAT-AATCTG
* * * * * * * * * *
17109597 TTGGCCTAACTAGTACAAATAGTTATAATTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGATC
190 TTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * * * * * * *
17109662 -TTTGTTTTGTCACCAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAAGCTGATTCGAAATAACATAATTCTAA
255 TTTTGTTTTATCA-TAAAAAAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-A
* * * * * **
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318 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGA--TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAAC-A
* * * * *
17109789 GTTTAAATAGTTATGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTC
379 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * * *
17109854 ATAAAGTAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATTCAAATTTTTTAATA
444 ATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
17109917 -TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
508 TTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
17109948 AATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
17110013 CGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TTCAAACAAGTTTATTTGGATTAA
66 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * *
17110077 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAACAATTAATAAGTAA-AATATTTTAAATATAATTATGTT
130 AATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAA-TCTGTT
* * * * * * * * *
17110140 TACCAAACTAGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCT
192 TGCCTAACTAGTTCAAATAAT-TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * * * *
17110204 TTCGTTTCATCAT-AAAACAA-TTCTATCAGTTCATATAGGTTTATTCAAAATACAAT-ATACTA
256 TTTGTTTTATCATAAAAAAAAGTT-T-TTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-
* * * * * **
17110266 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAA-AGTTTAAAATATGAATCTTTTTA-CCGAACAA
317 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAAC-A
* * * *
17110329 GTTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTC
379 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
17110394 ATAAAA-TATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATCTATTAAT
444 ATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
*
17110455 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAA
507 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * **
17110486 AATAAATATGTTTTCTAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATA-AACCAAT-T
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGAC----T-ATTTG--A-ACAA-TTATCT
* * * *** * * *
17110548 GTTTCTATTCA-TATAAGCCTATTTG-AAAGTCCTAAATC-ATATGTTTCTA-TTTATACAA-CT
57 ATTTCAAATCATTATAA-CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC-AGTTCATACAAGC-
* * *
17110608 TTATTCGAAATAAAATAATACTCATTTATTAATATTCTC-AAAATTAATAAGT-TGAATTTTTAA
117 TTATTCGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAA
** * ** * * * * ** *
17110671 AAAATAAATCTGTTT-ATTGAACAAGTTTGAATAGTCA-CATCCA-TTAGAAGTATTAACTATTT
179 AAAAT-AATCTGTTTGCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTA-AACAATTATCTATTT
* ** * ** ** * ** *
17110733 CAAACCATTATGATATTTTGTTTTGTTGTAATATAATTA-TTTTTATTCATATAAAATTATTCAA
240 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA-A-AAAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
17110797 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAACTAAATTTG
303 AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** ** ** * *
17110860 TTTGTTGAGCCTA-TTCAAATAGTTACAATTTTTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA
367 TTTATCAAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA
* * * * ** **
17110923 CC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAGTGAAATTTTGT
430 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** * *
17110986 TAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
495 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * *
17111030 AGTAAATATGTTTGCCAAACGAA-TTCAAATAGTTAA-GATTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
1 AATAAATATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAG-TAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
17111093 ATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATAATTGTTTCAGTTCATACATA-CTTATTTTGAAA
64 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTA-TTCGAAA
* * * *
17111156 TAAAATAACCCT-ATTTATTAACA-ATCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATC
127 TAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAAT-AATC
* * * * * * * *
17111219 TATTT-ACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACAATTTAAACAA-TATCTATTTTAAAATCGTTAT
188 TGTTTGCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
17111282 AACCTTTTGTTTTATCATTAAAATAATTTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAAT
251 GACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAAGTTTTT-A-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * **
17111346 ATTACTTTATTAATATTTTC-AAAA-TGAGAAGTTGGAGATTT-AAAAATAAATC-AGTTTATCA
314 ACTA-TTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG--AAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCA
** * * * ** * **
17111407 AATTAGTTCAAATAATTATGACGATTTGAACAGTTATCTATTTTCAAATTGTTTTGAATTTTTG-
374 AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * **
17111471 TTTGTCAT-AAA-AATT-ATT-T--TTCATACAAAGCCTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
438 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ***
17111530 TTAATATTTCTAATATTAATAAGTAGGTGATTTAAAA
502 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
17111567 AATAAATTTGCTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAAT
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
17111632 -AGTTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTCTAAATA
66 CA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* * * * * *
17111695 AAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGT
129 AAATAA-ACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGT
* * * * * * * * *
17111758 TTGTCGAA-TCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
191 TTGCCTAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
17111822 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTGTGCATATAAGTTTATT-GAAAATAAAAATAATATT
255 TTTTGTTTTATCATAAAA-AAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCG-AAAT-AAAATAATACT
* * * * *
17111886 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAAT
317 -ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAGT
* * * * *
17111949 TCAATTAGTTAT-AATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCATTTT-TTTTGTC
381 TCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * * * *
17112012 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTGATAC-AGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA-A
444 ATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
17112074 ATTCTAAAAATTAATAACTAATAGATTCAAAA
508 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * ** * * * * *
17112106 AATGAATCTGTTTGCCTGACCAGTACAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** * * *
17112171 CGTTATGATCATTTGTTTTGTCA-AAAATCAATTGTTTCTA-TTTGTACAAGCTAATTGGGAATA
66 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
* ** * * *
17112234 ACATATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTTAAAAAGAATCTGTT
129 AAATAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAATCTGTT
** * * ** * * *** *
17112298 TATCAAACAAGTTCAAATACCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTT
192 TGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * ** * * * *
17112363 TTGTTTTGTCATAAAATAACTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-AATTCAAATAATACAAAT
257 TTGTTTTATCATAAAAAAAAGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC-TAT
* * *
17112427 TTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGATAAAATCTGTTTATTGAATA-
319 TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG--AAAGATTTAAAAA-AT-AAATCTATTTA-TCAAAAC
* * * * ** * *
17112490 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAACTTGTTGTGA-CTTTTTTTTTGT
378 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *** * * * * *
17112554 CATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATATAGGCTTATTTGGATTAAAATGACATTGATTTTATTAAT
443 CATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
17112618 ATTTTAATAATTAATAAATCAAAGATTTTAAA
507 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
** * * *
17112650 AATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTAATTATCCATTTCAAA
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAA
* * ** *** * * *
17112714 TCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTACATAAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAA
65 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * *
17112779 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTT
130 AATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGTTT
* * * * * *
17112844 G-CTGAACAAATTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTT
193 GCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* ** * * *
17112908 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAACATA-AA
257 TTGTTTTATCATAAAA-AAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAAT-A-ATACTA
* * * **
17112971 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT-TGGTTT-TCTGAACATG
318 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAAACA-G
* * ** * * * *
17113034 TTCAAATAGTTATGATTTTTTG---TTTTGTC-A--T-AAACCAGT-TG----TTT-TTAT-TCA
380 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** ** * * * * ** * **
17113085 T---ACAAGCGTATTC--G-AAATA-AA-ATGATAC-TAATTTATTAATA-T--TCCA--AA-A-
445 TAAAACAATTGT-TTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
**
17113134 ---A----TTAATAAGTAAAAGATTTTTTAA
509 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAA
* * ** * * ** ** * *
17113158 AATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTGGTCAAACAATTATTTGTTTCAAA
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
17113222 T-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCAAAAT
65 TCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * *
17113285 ATAATTAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGT-TGATAGGAGATTTAAAAAATAAATC
128 A-AAATAA-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAAATTTAAAAAAT-AATC
* * * * * * *
17113348 TGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGCCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
188 TGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** ** * ** *
17113413 CC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTGCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
253 CCTTTTGTTTTATCATAAAA-AAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** * * * * *
17113476 AATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AA-ATTTAAAAACTAAATATGTTTACCAAAATAGT
317 -ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAGT
* * * * * *
17113539 TCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATATCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCAT
381 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * *
17113603 AAAATAATTATCTCT-TTTCATACAAGCTTATTCAAGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
446 AAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
17113667 CAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAA
511 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
17113695 AGTAAATGTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAA-GACTATTAT-AATAATTATATATTTTAA
1 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TAATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
17113758 ATCATTCTGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
64 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
17113823 AAATAA
129 AAATAA
17113829 TATAAATAGA
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CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
ATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATCTGTTTGCC
TAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTATCATAAAAAAAAGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAA
Found at i:17102967 original size:231 final size:232
Alignment explanation
Indices: 17102574--17102997 Score: 494
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17102564 ACTGAACAAA
* * * **
17102574 TTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAA
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* * * * **
17102639 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATGAATCTAACAATATTT
* * ** * ***
17102704 CAAAATTTTATAAGTTGGATATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATA
130 CAAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATA
17102769 GTCATTTGAATAATAATCAATTCAAATTGTCAAACCAG
195 GTCATTTGAATAATAATCAATTCAAATTGTCAAACCAG
* * ** * *
17102807 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TATTTCAAATCATTATAATTTTTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAAT
* * * *
17102871 AAGACAATTA-TTTATGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATATGAATCTAACAATATTA
66 AAAACAATTATTTTA-GTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATGAATCTAACAATATT-
* * ** *
17102935 TGAAAA-TTAATAACTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTA
129 TCAAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTA
17102998 AGGCTATATG
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 34, Indels: 6
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
230 4 0.03
231 120 0.77
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (232 bp):
TTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAAT
AAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATGAATCTAACAATATTTC
AAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATAG
TCATTTGAATAATAATCAATTCAAATTGTCAAACCAG
Found at i:17104289 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 17103268--17106814 Score: 2456
Period size: 540 Copynumber: 6.6 Consensus size: 534
17103258 AATCATGTCC
* ** * * * *
17103268 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTT-TA
* * * * *
17103333 -TTCATGTAAAA--TTAT-TCAAAACAAAA-AATATTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT--
64 GTTCA--TAAAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
17103391 --AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAAA-CAATTAACAAT-GTTATGACTATTTGAAC
126 GCAAGAGATTTATAAA-TAAATTTATTTAC-CAAATCAGTTCA-AATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * *
17103452 AATTATCTTTCTCAAATCGTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTT
188 AATTATCTATCTCAAA-C-T---A---TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TG
* * * *
17103516 TTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAA-TTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGTTA
244 ATCATACAAGCTTATTTGAA--AAAAAAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG--A
* * * *
17103580 GAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATC
305 G-ATTTAAAAAATAAATATATTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
* * * * * *
17103644 TATTTCAAATCATTTTGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAT
369 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAA-CTTAT
* * * *
17103709 TCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGTGAGAGATTTTAAAAAAT
433 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAT
17103774 AAAATTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACT
498 AAAATTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACT
* *
17103811 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTAG
* * * *
17103876 CTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
65 TTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * * *
17103941 GAGATTTATAAACTAGAGTTATTTTCCAAACCAATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAACAAATAT
130 GAGATTTATAAA-TAAATTTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* *
17104006 CAATCTCAAACTATTATGATCTTTCT-TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGATCATACAAGCTT
194 CTATCTCAAACTATTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGATCATACAAGCTT
* ** *
17104070 ATTTGGATAAAAAAAATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATA
257 ATTT-GA-AAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
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* * * * *
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385 AACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-CAACTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * *
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449 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTTAAAAAATAAAATTGTTTACCAA
* *
17104329 ACAAGTTTAAATAGTTATGACA
513 ACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
17104351 ATTTGAACAATTATATTTTTAAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTAG
* * * * *
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65 TTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
* * ** * * * * * *
17104479 AGAAGATTTAAAAAATAAA-TAAGTTTACTGAATTAGTTTAAATAATTATAGCCATTTGAACAAC
129 AG-AGATTT-ATAAATAAATTTA-TTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
17104543 TAT-TATTTCAAA-TCATTTTTACCTTTTGTTTTGTCATGAAAGAATTGTTTTTCAACATACAAG
191 TATCTATCTCAAACT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTGATCATACAAG
* ** * * * *
17104606 CTTAATTGAAATAAAATAATACTAATTTGCTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGACTTAAAAATT
254 CTTATTTGAAA-AAAA-AATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
17104671 AAATCTATTT-ACCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATTG
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* * * **
17104734 TTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGAATAAAA
381 TTATAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-CAACTTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
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444 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAAAT--TGTT
* *
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507 TACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
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1 ATTTGAA-CAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
17105075 GTTTAT-TCCAAATCT-TTATTA-CTTTCTGTTTTGTCGTAAAA-AATT-TTATTTATTAATATA
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* * * * *
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* * * * ** ** ** *
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311 AAAAATAAATATATTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
17105264 AATTGTTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTACTTTATTCAAAAA
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* * * * * ** * * *
17105329 AAAAATAATAATAATTTAATAATACTTC-AAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAT-AAAT
439 TAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAAAT
** * * * * * *
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* * * * * * **
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** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * *
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254 CTTATTT-GAA-AAAAAAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG--A--GATTT-AA
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* **** *
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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194 CTATCTCAAA-C-TATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTGATCATACAAGCT
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
17106350 AATCATTCTAGCC-TTTGTTTAGTCATAAAATATTTG-TTCCATAACTTACAAGTTTATTCGGAA
376 AATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAA-CTTATTCAGAA
* * * * * * * *
17106413 TAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAACAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTT
439 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAAATT
* *
17106478 GTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACT
504 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTATTTT-ATCATAAAACAATTATTTTA
* * ** *
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* * * ** * ** * * *
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129 AGAGATT-TATAAATAAATTTATTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * ** * *
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192 ATCTATCTCAAACT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TTGATCATACAAGC
* * * * *
17106764 TTA-TTCAAAATAAAATGAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
255 TTATTTGAAAAAAAAAT--A-CTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG
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Statistics
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* ** *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA--ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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* * * * * *
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**
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* * * * ** ** * * * *
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* * * * * * * * ** **
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63 TTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAA-TA--T-T-TCAAAAATT
* ** ** ** * * * * *
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122 AAT-A-AGTAAGAGATT-T-A-AAAATAAAT-TCT-A-TT--TACCAAAC-CAGTTCAAA-TAGT
*
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175 TATA--ACT
** ** ** **
17107253 AATTT-ATTAA-TATTCTAAAAATTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAAT
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* * * *** * ** * *** * *
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** * * * * ** * ** * * * * *
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105 TTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAATAAATTC-TATTTACCAAACCAGTT
* * *
17107431 GATA-ACTTATTAA-T
167 CAAATAGTTA-TAACT
* * * * ** * * *** * * ** **
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAA--ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-A---C-AATT
* * * * * * ** * * *
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59 GTTTTTATTCATAT-AAGCTTATTTG-AAA--T-AAAATAATACTAA-TTTATTAATATT-TC--
* ** * * * *
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115 -AAA-AATTA-ATAAG-T-A-A-GAG---ATTT---A-AAAATAAATTCT-ATTTACCA-AACCA
* *
17107623 -TTCCAAA-AATGAATAACT
164 GTT-CAAATAGT-TATAACT
* * ** ** * * * * *
17107641 A--AG-AGAATTA-AAAAAT-AAATTTGTT-TGCCGAACCATTCAAATATTTAAGACTATATGAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTAT---G-ACC-TT---TTGTTT-TGTC-ATA-AAA
* * * * * ** **
17107700 CAATTATCTATTTCAAGTCATTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTGATA
54 CAATTGT-T-TTT--ATTCA-TATAAGC--TTATTTGAAATAAAATAA----TACT-AATT--TA
* * * ** * * ** *
17107765 CTAACTTATTTGGAAAAA--AATAA--AATGA-AGTTATTAAT-ATTTCAATTATAAATAAGTAG
105 TTAA--TATTT-CAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAATAAATTCTATT-T-ACCAA--AC
* * *
17107824 GAGATTTAAA-A--AATAA-T
162 CAG-TTCAAATAGTTATAACT
*** ** * * ** * * * *** *
17107841 -TTTGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGA-CTATTGTAACAATTATC-TATTTCAAATTAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT----TTTGTCATAAAAC-AATTGT
* * * * * * ****
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61 TTTTATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA-ATTTATT-A-AT-A-TTTCAAAAA
* * * ** * ** *** * *
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120 TTAATAA-GTAAGAGATT-TAAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA-CT
* * * * * * * * * *
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* * * **
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* * *
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*
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177 TAACT
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
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* * * *
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129 AAGAGATTTA-AAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * *
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1 ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
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65 ATTCATATAAGCTTATTTGAA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * *
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127 GTAAGAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * ** * * * * **
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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130 AGAGATTTAAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * * * * **
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * *** * * * * * * **
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66 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
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131 GAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* *** ** *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTT
* * * *
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* ** * * *
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129 AAGAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
17109091 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTATTTATG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * * *
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* * *
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130 AGAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACT
* * * ** * *
17109272 ATATGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAATA-AA-TATTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTTT
* * * * * **
17109335 GTTCGTATAAGTTTGTTT-ACAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-T
65 ATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
17109395 AAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCAAACCAGTTTAATTAGTTATAACA
129 AAGAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * ** * **
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1 ATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * ** * * * *
17109511 ATTAATACAATATTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTTTTAA-A-TTCTAAAAATTACTAAGT
65 ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * ** * * * *
17109574 AATG-GATTTAAAAAATGAA-TCTGTTGGCCTAACTAGTACAAATAGTTATAATT
129 AA-GAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * ** * *
17109627 GTATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTCACCAAACAATTGTTTCTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * *
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66 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
** * *** * *
17109755 AGATTTTTAAAAACTAAATT-TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGAA-T
130 AGAGATTTAAAAA-TAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT-AACT
* *** * **
17109807 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATT-TTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T
* * * * * *
17109871 ATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATTCAAATTTTTTAATA-TTCAAACAATTAATAAGT
65 ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT
* * * * * ** *
17109935 AAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
129 AAGAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * *
17109988 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * *
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66 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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131 GAGATTTAAAAATA-AATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGT-TATAACT
* * * * * ** * * *
17110168 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTCGTTTCATCATAAAACAATT-CTATCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * ** * * * *
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66 -TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
17110296 AAAG-TTTAAAATATGAA-TCTTTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTCTGACT
130 AGAGATTTAAAA-ATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * * * * *
17110347 ATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTGGTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* *
17110411 TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 TTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
17110474 AA-AAATTAAAAAAATAAATATGT-TTT-CTAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTTTTT
129 AAGAGATT-TAAAAATAAAT-TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAAC----T
* ** * * ** * *** * *
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1 -ATTTG--A-ACAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT-
* * * * *
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58 TGTTTTTATTCATATAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAAT
* * *** * ** * * * *
17110652 TAATAAGT-TGA-ATTTTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATTGAACAAGTTTGAATAGTCACATCC
121 TAATAAGTAAGAGA--TTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * *** ** ** * * *
17110713 ATTAGAAGTATTAACTATTTCAAACCATTATGATATTTTGTTTTGTTGTAATATAATTATTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
** ** *
17110778 TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
66 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* **** * * *
17110839 GAGATTTAAAAACTAAATT-TGTTTGTTGAGCCTA-TTCAAATAGTTACAATT
131 GAGATTTAAAAA-TAAATTCTATTTACCAAACC-AGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * *
17110890 TTTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * ** ** ** *
17110953 ATTCATACAAGCTTA-TTCAGAGTGAAATTTTGTTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
65 ATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * *
17111016 TAAGAGATTTAAAAAGTAAA-TATGTTTGCCAAACGAATTCAAATAGTTA-AGATT
128 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACT
* * * * *
17111070 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATAATTG-TTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* ** * *
17111133 GTTCATACATA-CTTATTTTGAAATAAAATAACCCT-ATTTATTAACA-ATCAAAAAATTAATAA
66 -TTCATATA-AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * ** * * * *
17111195 GCAAGAAATTTTAAAAAATAAA-TCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACA
127 GTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * *
17111251 ATTTAAACAA-TATCTATTTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATTAAAATAATT-TTTT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTT
* * *** * * * *
17111314 CAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTATTAATATTTTC-AAAA-TGAGAA
64 TA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAA
** * ** * * *
17111376 GTTGGAGATTTAAAAATAAA-TC-AGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGACG
127 GTAAGAGATTTAAAAATAAATTCTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * ** *
17111430 ATTTGAACAGTTATCTATTTTCAAATTGTTTTGAATTTTTG-TTTGTCAT-AAA-AA-T-TATTT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * *
17111490 -TTCATACAAAGCCTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAATATTAATAAGT
65 ATTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * *
17111554 AGGTGATTTAAAAAATAAATT-TGCTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAATT
129 AAGAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
17111607 GTTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * *
17111672 TTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACT
66 TTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT
* ** * * * *
17111735 AAGAGATTTAAAAATAAATT-TGTTTGTCGAATCAATTCAAATAGTTA-AGGCT
129 AAGAGATTTAAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACT
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17111787 ATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
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17111852 TGCATATAAGTTTA-TTGAAAATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-T
66 TTCATATAAGCTTATTTG-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
17111912 AAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCAAACCAATTCAATTAGTTATAA-T
129 AAGAGATTT-AAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * *
17111964 AATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * *
17112028 TATTGATA-CAGTCTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATA
64 TATTCATATAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * ** *
17112090 ACTAATAGATTCAAAAAATGAA-TCTGTTTGCCTGACCAGTACAAATAGTTATAACT
126 AGTAAGAGATT-TAAAAATAAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * *
17112146 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCA-AAAATCAATTGTTTCT
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** *
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** * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * **
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* * * ** * ** * * * * * *
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* *
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* * ** * ** * ** ** ** **
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* * * * * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * * * ** *
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505 ACCAAATCAGTTAAAATAGTTATGACCAT-TTAAATG
* * ** * * * ** * * * **
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* **** * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* *** ** * * * * * *
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* * * * *
17105692 -AAATTAATACTAA-TTTATTAAGA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAAATAAAT
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* * * * * * * * * * * *
17105754 CTATTTATCGAAA--AAATTTAAATA-CTTATTACTATCT-GAACAATTATCTCTTTAAAATCGT
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** * * * * * * *
17105815 TAAAGCCTTTTGATTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAATTAA--TACATGCTTACAT-GGAATAA
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* * *** * *
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* *
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505 ACCAAATCAGTTAAAATAGTTATGACCATTTAAATG
* ** * * * *
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* * * * * *
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66 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAGATTAAA
* * *
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* * * ** * **
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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* *
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*
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* * * * *
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* **
17106581 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAAAAAGCAAGA-ATTA
64 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAGATT-
* * * * * * *
17106645 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAATTC-AATAGTTACGATTATTTTACCAATTGTCTATTT
128 AAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC-AATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCAATCT
* * * *
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192 AAAATCATAAAGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT-CAGATCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
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** * ** *
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ATAATACTAATTTTATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATAAATATGTTTA
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TAACATTTAAAAAATTAACAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAAA
TAGTTATGACCATTTAAATG
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* ** ** * * * **
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* * * * **
17107174 TCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
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** * * * * * * * * *
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190 AGTAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATGAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
* * * * * * ** *
17107304 TGTTTACTGAATCAATTCAAATAATTATGGCTCTGTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA
255 TGTTTACCGAATCAATTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* *
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320 CCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGAGCATACAAC
* * * *
17107411 CTTATTCGGAATAAAATAATGATAACTTATTAATCTTTAAAAAATTAATAAGTAAGCA-ATTT-A
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* *
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* * *
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*
17107600 AAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATGAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
193 AAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATGAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
17107665 TTGCCGAA-CCATTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAGTCATTATGATCT
258 TTACCGAATCAATTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
*
17107729 TTTGTTT-GTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTG-ATACTAA-
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* * * ** *
17107769 CTTATTTGGAAAAAAATAA-AATGAAGTTATTAATATTTCAATTATAAATAAGTAGGAGATTTAA
1 CTTATTCGGAAAAAAATAATAAT-AACTTATTAATATTTAAAAAATAAATAAGTAGCAGATTT-A
* * * * * ** *
17107833 AAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTGTAACAATTATCTATTTCAA
64 AAAATAATTCTATTTACCAAAATAGTTCAAACAATTATGACTATTGTAACAATTATAAACTTCAA
** * * * *
17107898 ATTATTATGATTTTTTATTTTATCATAAAACAAATATTTTTATTCATA
129 ATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA
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ATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATGAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTA
CCGAATCAATTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
GTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGAGCATACAAC
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TTTTATTTGTAAAAAATTGT
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* * * *
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* * * * ***
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* * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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1 AATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATAC
* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* *** * * *
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1 AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAG--AGA--TTTAAAAAATAAATA
** *** * * * ***
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** * ** * * * * *
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124 TAACCAATTATTTTGTCATAAAACAATTATTTAC-ATTAATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * ** * * * * * *
17109901 TTCAAATTTTTTAATATTCA-AACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
188 TACAAATCTAATAATATT-ATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCC
* * * * * * * *
17109965 AATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG
251 AA-ACCAATACAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTG
* * * * ** * * * *
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315 TTTTGTCA-CAAACAAATATTTCT-GTTCGTATAAGTCT-GTTGAC
* * * * * *
17110072 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAATATAATT
1 AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTCAA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * *
17110135 ATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTAT
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* * ** * * * * * ** *
17110199 AACC-TTTCGTTTCATCATAAAACAATTCTAT-CAGTTCATATAGGTTTATTCAAAATACAAT-A
125 AACCAATT-ATTTTGTCATAAAACAATTATTTACA-TTAATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * * ** * * * * *
17110261 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGC-AAAAG-TTTAAAATATGAATCTTTTTA-CC
188 TACAAATCTAATAATATTATAAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTAGCC
* * ** * * *
17110323 GAA-CAAGTTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAACAT-TTT
251 AAACCAA-TACAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TCTTT
* * * * * **
17110386 GTTTTGTCATAAA-ATAT-TGGTTCTATTCATACAAG-CT-TATTTC
314 GTTTTGTCACAAACAAATAT--TTCTGTTCGTATAAGTCTGT-TGAC
* * * *
17110429 GAATAAAATAATAT-AAATCTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAA
** * * * ** * *
17110492 TATGTTTTCTAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCA--AT-TGTTTC
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* ** * *** * * * * * *
17110553 -TATTCATATAAGCCTATT-TGAAAGTCCTAAATC-A-TATGTTTCTATTTATACAACTTTATTC
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** * * * * * *
17110614 GAAATAAAATAATACTCATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGT-TGA-ATTTTTAAAAAATA
176 GAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGA--TTTAAAAAATA
*** *** * * * ** * *
17110677 AATCTGTTTA-TTGAA-CAAGTTTGAATAGTCACA-TCCAT-TAGAAGTATTAACTATTTCAAAC
239 AATCTG-TTAGCCAAACCAA-TACAAATAGTTA-AGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAAT
* *** * * * * * * * * *
17110738 CATTATGA-TATTTTGTTTTGTTGTAATATAATTATTTTTATTCATATAAAAT-TATTCAA
300 CATTATGACT-CTTTGTTTTGTCACAA-ACAAATATTTCTGTTCGTAT-AAGTCTGTTGAC
* * *
17110797 AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTG
1 AATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* **** * * * *** * * ** *
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* * * * * * * * * ** *
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128 CAATTATTTTGTCATAAAACAATTATTTAC-ATTAATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAAT-A
* * * * * *
17110986 TAAA-CTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTGCCAAAC
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* * * ** *
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* * * * * * * ** * *
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318 TGTCACAAACAAATATTTCTGTTCGT--ATAAGTCTGTTGAC
** * * ***
17111154 AATAAAATAACCCT-ATTTATTAACAATCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAG--AG--A-TTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * *
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** * * * * * * * ***
17111281 TAACCTTTTGTTTTATCATTAAAATAATT-TTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATA
124 TAACCAATTATTTTGTCA-TAAAACAATTATTTACA-TTAATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA
** * * * * * * * * ** * *
17111344 ATATTACTTTATTAATATTTTCAAAA-TGAGAAGTTGGAGATTT-AAAAATAAATCAGTTTA-TC
187 ATACAAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCC
** * * * * * * * ** * * *
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* * * * *
17111471 -TTTGTCATAAA-AATTA-TT-T-TTCATACAAAGCCTGTTTGA-
315 TTTTGTCACAAACAAATATTTCTGTTCGTA-TAAGTCTG-TTGAC
* *
17111510 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCTAATATTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAG-A---GATTTAAAAAATAAAT
* * * * *** * *
17111574 TTGCTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATA
61 ATACTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATA
** * * * *
17111639 ACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA
126 ACCAATTATTTTGTCATAAAACAATTATTTACATTAATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
17111703 CTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGTCGAAT
190 CAAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAGCCAAAC
* * *
17111767 CAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTT
255 CAATACAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTGTTTT
* * * * * * *
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319 GTCA-CAAACAAATA-TTTCTGTTCGTATAAGTCTGTTGAC
* * *
17111871 AATAAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 AAT-AAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * * *
17111935 TTTATCAAACCAATTCAATTAGTTATAATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACC
64 CTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
* * * * * *
17112000 ATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTGATAC-AGTCTTATTT-AGAATAAAGTAATGC
129 AATTATTTTGTCATAAAACAATTATTTAC-ATTAATACAAGT-TTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * * * * * * **
17112062 TAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAATAGATTCAAAAAATGAATCTGTTTGCCTGACC
191 AAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAGCCAAACC
* * * *
17112127 AGTACAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TCATTTGTTTT
256 AATACAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTGTTTT
* * * * * * * **
17112190 GTCAAAAATCAATTGTTTCTATTTGTACAAG-CTAATTGGG
319 GTCACAAA-CAAATATTTCTGTTCGTATAAGTCT-GTTGAC
* * * * *
17112230 AATAACAT-ATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTTAAAAA-GAAT
1 AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAG--AG--A-TTTAAAAAATAAAT
* ** * ** * * * * * *
17112293 CTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATACCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTAT
61 ATACTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT
** * * * ** * * *
17112357 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTT-TTT-CTATTCATACAAACTTATTTCAATTCAAATAA
125 AACCAATTATTTTGTCATAAAACAA-TTATTTAC-ATTAATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * *
17112420 TACAAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGATAAAATCTGTTTAT
188 TACAAATCTAATAATATTATA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-AT-AAATCTG-TTAG
** * * * * * * ** *
17112484 TGAATA--AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAACTTGTTGTGACT-T
249 CCAA-ACCAATACAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCT
* * * * * * * *
17112545 TTTTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTTTGTTCATAT-AGGCTTATTTG-G
312 TTGTTTTGTCACAAACA-AA-TATTTCTGTTCGTATAAGTC-T-GTTGAC
* * * * *
17112592 ATTAAAATGACATT-GATTTTATTAATATTTT-AATAATTAATAAATCAAAGATTTTAAAAATAA
1 AATAAAAT-A-ATTCTAATTTATTAATATTTTCAA-AATTAAT--A--AGAGATTTAAAAAATAA
** ** * * * ** *
17112655 ATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GACTAATTATCCATTTCAAATCGT
59 ATATACTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACAATTTAAAC-AATTATATATTTCAAATTGT
* ** * ** ** * * * * *
17112718 TATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTACATA-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAAT
122 TATAACCAATTATTTTGTCATAAAACAATTATTTACA-TTAATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
* * * ** * * * * * *
17112782 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTGCT
186 AATACAAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAGCC
* * ** * * *
17112847 GAACAAATTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC-CTTTTG
251 AAACCAATACAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTG
17112911 TTTTGTCA
315 TTTTGTCA
17112919 TAAAATAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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369 2 0.00
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AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATACT
TACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCAA
TTATTTTGTCATAAAACAATTATTTACATTAATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACAAATC
TAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAGCCAAACCAATAC
AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCACAA
ACAAATATTTCTGTTCGTATAAGTCTGTTGAC
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17112879 AATTATCTAT
* *
17112889 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCT
1 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCGTATTC-
*
17112954 G-AATAAAAT-A-ACATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTTAAAAAT
65 GAAATAAAATGATAC-T-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAT
17113014 AAATTGGTTTTCTGAACATG
128 AAATTGGTTTTCTGAACATG
** * * * *
17113034 TTCAAA-TAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAACCAGTTGTTTTTATTCATACAAGCGTATTC
1 TTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCGTATTC
*
17113098 GAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTAAAATAA
65 GAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATAA
* * * *
17113163 ATCT-ATTTACTGAATAAG
130 AT-TGGTTTTCTGAACATG
*
17113181 TTCAAATCATTATGAC
1 TTCAAATTATTATGAC
17113197 TGGTCAAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (147 bp):
TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCGTATTCG
AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATAAA
TTGGTTTTCTGAACATG
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17113353 ACCAAACTAG
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1 TTTAAATAGTTATG-CTA
*
17113381 TTTAAATAATTAT-CTA
1 TTTAAATAGTTATGCTA
*
17113397 TTTCAAATCGTTATG
1 TTT-AAATAGTTATG
17113412 ACCTTTTTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 4
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TTTAAATAGTTATGCTA
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17113024 TCTGAACATG
* ** * * * * *
17113034 TTCAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAACCAGTTGTTTTTATTCATACAAGCGTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * **
17113099 AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTAAAATAAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGT-A-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * ** ** * * * *
17113164 TCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATCA-TTATGACTGGTCAAACAATTATTTGT
127 TATGTTTACCAAACT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * *
17113216 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *
17113281 AAATATAATTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTTGATAGGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAG-T-ATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
17113346 TCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGCCTATTTAAATAATTATCTAT
127 TATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * **
17113398 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTGCTATTCATGCAAAATTATTCAA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
17113462 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTA--ATAAGAAATTTAAAAACTAAATATG
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * *
17113525 TTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTAT
131 TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * *
17113573 ATCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATAATTATCTCTTTTCATACAAGCTTATTCAA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
** * * * * *
17113638 GTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATG
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * *
17113703 TGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTATAATAATTATATAT
129 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTAT
* * * * * * *
17113753 TTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
17113818 AAATAAAATAATA
65 AAATAAAATAATA
17113831 TAAATAGATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
Found at i:17113524 original size:690 final size:683
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17112351 TGCTATAACC
* * * *
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* * *
17112426 TTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGATAAAATCTGTTTATTGAATAA
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* ** * * * * * *
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131 GTTCAAATAGTTATAACTAGTCAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTATCA
* * * * *** * *
17112556 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAGGCTTATTTGGATTAAAATGACATTGATTTTATTAATATT
196 TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATGACATTGAATTTATTAATATT
* * * **
17112621 TTAATAATTAATAAATCAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
261 CTAAAAATTAATAAATCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
* *
17112686 AACTATTTGACTAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTACA
326 AACTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTACA
* *** * *
17112751 TAAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
391 TAAGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
17112816 GTAAGAGATTTAAAA-TATGAATTTGTTTGCTGAACAA-A-TTGAAATAGTTATGACTATTTGAA
456 G-AA-A-A---AAAACTA-AAATATGTTTAC-CAA-AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
* * * * *
17112878 CAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAAC
512 CAATTATCTATATCAAATCATTATGACC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTATCTCTATTCAAAC
* *
17112943 AAGCTTATTCTGAA-TAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-AT
576 AAGCTTATTC--AAGTAAAATAACACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-
17113005 TTTAAAAA-TAAAT-TGGTTT-TCTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGATT
637 TTTAAAAAGTAAATGT-GTTTATC-GAACTA-GTTCAAATAGTTATGATT
* * * * * *
17113051 TTTTGTTTTGTCAT-AAACCAGTTGTTTTTATTCATACAAGCGTA-TTCGAAATAAAATGATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAACTT-TTTCTATTCATACAAACGTATTTC-AAATAAAATAATACA
**
17113114 AATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTAAA-AT-AAATCTATTTACTGA
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* * *
17113176 ATAAGTTCAAATCA-TTATGACTGGTCAAACAATTATTTGTTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTT
127 ATAAGTTCAAAT-AGTTATAACTAGTCAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTT
* * * *
17113240 TTATCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATATAATTA-ATACT-AATTTA
190 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATGACAT--TGAATTTA
* ** * * * *
17113303 TTAATATTCTAAAAATTAGTTGAT-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTA
253 TTAATATTCTAAAAATTAATAAATCA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA
* ** * *
17113367 AATAGTTATGCCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAA
317 AATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAA
* * **
17113430 ACAATTGTTGC-T-A-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTT
382 ACAA---TTACATAAGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCC
* *
17113492 GAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACT-AAATATGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGCTA
444 AAAAATTAATAAGAAA---AAAAACTAAAATATGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
17113556 TTTAAACAATTATCTATATCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATAATTATCTCTTTT
506 TTTAAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAATAATTATCTCTATT
* * *
17113621 CATACAAGCTTATTCAAGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAA
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Statistics
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TTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGATAAAATCTATTTACTGAATAA
GTTCAAATAGTTATAACTAGTCAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATGACATTGAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAATCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTACA
TAAGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
GAAAAAAAACTAAAATATGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
ATATCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAATAATTATCTCTATTCAAACAAGCTTATTC
AAGTAAAATAACACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAAT
GTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATT
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17113192 ATGACTGGTC
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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131 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAATAATTATATA
* * *
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196 TTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTGCAATTCATACAAAATTATTCAA
* * * *
17113462 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTT
261 AATAAAATAATACTAATATAATAATATGTTCAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTT
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326 TACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGCTATTT
* * * *
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**
17113623 TACAAGCTTATTCAAGTTA-AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTA-AGTAAAA
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* * * *
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* * * * * * **
17113750 TATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTAT
194 TATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTGCAATTCATACAAAATTAT
17113815 TCAAAATAAAATAATA-TAA-ATAGATAAT-TGTTCAAA
257 TCAAAATAAAATAATACTAATATA-ATAATATGTTCAAA
17113851 TAGTTATAAT
Statistics
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AAACAATTATCTATATCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATCTCTATTCA
TACAAGCTTATTCAAAATATAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAGATAAAAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAATAATTATATA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTGCAATTCATACAAAATTATTCAA
AATAAAATAATACTAATATAATAATATGTTCAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTT
TACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGGCTATTT
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17119120 TCTTTTTTGA
* ** * * *
17119130 ATTATTCAAGGTATTTTTGGCTAGAAACGCCTTGAATAAT-CTTTACAAAAAATTAAATTGGG
1 ATTATTCAAGGCATTTTTGGCTAGAAATACCTTGAATAATCCCTCACAAAAAATTAAATGGGG
* * * * *
17119192 -TTATTCAAGGCGTTTCTGGCCAAAAATACCTTGAATAATCCCCTCA-AAAAAATTGAA-GGGG
1 ATTATTCAAGGCATTTTTGGCTAGAAATACCTTGAATAAT-CCCTCACAAAAAATTAAATGGGG
*
17119253 ATTATTCAAGACATTTTTGGCTAGAAATACCTTGAATAATC
1 ATTATTCAAGGCATTTTTGGCTAGAAATACCTTGAATAATC
17119294 TTGTTCAACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTATTCAAGGCATTTTTGGCTAGAAATACCTTGAATAATCCCTCACAAAAAATTAAATGGGG
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17120223 TTTTGTGCAG
17120233 TA TA TA TA TA TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
17120269 GGATGTGGAT
Statistics
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Consensus pattern (2 bp):
TA
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17120223 TTTTGTGCAG
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1 TATATATATATATATA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATATATATATATATAA
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*
17120848 TATTATATAAATATTA
1 TATTA-ATAAATAATA
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*
17120878 TATTAATAAAT-A-C
1 TATTAATAAATAATA
* *
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1 TATTAATAAATAATA
* *
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1 TATTAATAAATAATA
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1 TATTAATAAATAATA
*
17120936 TATTCATAAATAATATTA
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*
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Statistics
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TATTAATAAATAATA
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*
17120899 CATACTAT
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Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AATACTATTAATA
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* *
17120947 AATATTATATTTATAAAT
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1 AATA
17120969 TATTAATAAA
Statistics
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AATAATATATTCATAAAT
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17120847 TTATTATATA
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* * *
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*
17120947 AATATTATATTTATAAATAATATATTAATAAAT
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*
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Statistics
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AATATTATATTAATAAATAATATATTTAAAT
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* *
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* * *
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* *
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AATAAATATTATTATAAATAATATTATATTTATAAATAATATATT
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*
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1 TAATATTATTATAT
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TAATATTATTATAT
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*
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* *
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** * * * * *
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* * * *
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* *
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* ** * ** * * * * **
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* * *
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* * ** * *
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* *
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* ** * * *
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*
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*
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* *
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*
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AT
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*
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*
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*
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*
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* *
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1 TTTTCATTTTTAGAAA
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*
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* * *
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* *
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* *
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1 ATAAAATATT
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*
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* * *
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*
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1 AATT
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*
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*
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*
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Found at i:17162034 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17162019--17162057 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
17162009 TTAATTATTC
17162019 ATTTAATTTTAT
1 ATTTAATTTTAT
*
17162031 ATTTATATATT-T
1 ATTTA-ATTTTAT
17162043 ATTTAATTTTAT
1 ATTTAATTTTAT
17162055 ATT
1 ATT
17162058 GGTATTAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.17
12 15 0.65
13 4 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (12 bp):
ATTTAATTTTAT
Found at i:17165194 original size:23 final size:27
Alignment explanation
Indices: 17165168--17165218 Score: 74
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
17165158 AAAATAGCCT
17165168 AGAGAGAG-AAG-C-AA-AAAGAGAAG
1 AGAGAGAGAAAGACAAAGAAAGAGAAG
17165191 AGAGAGAGAAAGACAAAGAAAGAGAAG
1 AGAGAGAGAAAGACAAAGAAAGAGAAG
17165218 A
1 A
17165219 ACTAGTCTAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.33
24 3 0.12
25 1 0.04
26 2 0.08
27 10 0.42
ACGTcount: A:0.63, C:0.04, G:0.33, T:0.00
Consensus pattern (27 bp):
AGAGAGAGAAAGACAAAGAAAGAGAAG
Found at i:17169302 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 17169144--17169330 Score: 232
Period size: 43 Copynumber: 4.3 Consensus size: 43
17169134 ATACAGAGGA
* * * * *
17169144 AAACAATTTTAAATTAAGAAATAGGCTCCTCTATACAGAGGTT
1 AAACAATTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAAAGGCT
* *
17169187 AAACAATTTTAAAATACGAAATGGGCTCCTTTATACTAAA-GCT
1 AAACAATTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATA-TAAAGGCT
* * *
17169230 AAACAACTTTAAAACAAGAAATGAGCTCCTCTATATAAAGGCT
1 AAACAATTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAAAGGCT
* * *
17169273 AAACAACTTTGAAATTAAGAAATGGGCTCCTCTATATAGAGGCT
1 AAACAA-TTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAAAGGCT
17169317 AAACAATTTTAAAA
1 AAACAATTTTAAAA
17169331 ACTTTAAATA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 4 0.03
43 78 0.64
44 39 0.32
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (43 bp):
AAACAATTTTAAAATAAGAAATGGGCTCCTCTATATAAAGGCT
Done.