Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167939.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_200, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 52130
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:945 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 174--2285 Score: 1583
Period size: 357 Copynumber: 5.9 Consensus size: 353
164 CCATAAATAA
** * * *
174 AAGCTTATAAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTGAGAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT---AA-TAAGAGATT
* * * * * ** * ** ** *
238 TCAAAAATAAATCTATTTATCGAGCGAGTTTGAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTT
61 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * ** *
303 CAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAATTTTATTTGAA
126 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAA
*
368 ATAAAATAATACTAATTT-ATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAA
190 ATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTCTAAAAATTAATAAG--AG-GA-TTT-AAAAAATAAA
* * * * * * **
432 TCTGTCTACCGAA-CAAGTTTAAATAGTCATGCCTATTTGAATTATTATCAATTTCAAATCATTA
249 TGTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
496 TAACATTTTGTTTTACCGTAAAACGATTGTTTCTATTAATAC
313 TAACCTTTT-ATTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
** * **** *
538 AAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAATAAGAGATTTAAGA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * *
603 ATTAAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAT
66 AATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* *
668 CATTATGA-TTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAA
131 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAA
* * * *
732 ATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGTGATTTAAAAAATAAATGAGTTTA
195 ATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG--AG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
* * * * * *
797 CCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTTACCTTTT
257 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTT
*
862 ATTTAGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATAC
322 ATTTA-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAC
* *
895 AAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAAATTAAT----AAGAGATT
* *
959 TAAATAAAATAAATCTATTTATCATA-CAAGTTCAAATATATT-TGACTATTTGAACAATTATCT
61 T-AA-AAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
1022 ATTT-AAAGTCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAT-TTCATAAAATCTT
122 ATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT--TGTTCATACAAGCTT
* * *
1084 ATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAA
184 ATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAG--AG-GATTTAAAAA
* * ** * * * *
1147 CTAAA-GTTGTTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT
244 ATAAATG-TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
* * * * * *
1211 CATTATGATCTTTGT-TTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATAC
308 CATTATAACCTTT-TATTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
*** * * * * *
1257 AAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTGAA-AGATTTTA
1 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-AAGAGATTTAA
* ** * * ** * * *
1320 AAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAA
64 AAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * **
1385 ATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT
129 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAT
* * * * *
1449 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGA-GATTTGAAAATATAAATTTGTTT
192 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGGATTT-AAAAAATAAATGTGTTT
* * * * * * * *
1513 ACTAAA-CAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACGATTATCGATTTAAAATCGTTATGACCTT
256 ACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * *
1577 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCACAA
320 TT-ATTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
1612 AAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTAGTTTATTATTATTTCGAAAGTTAA-TAAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAA--AAATTAA-TAAGAGATT
* * * *
1676 TAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAATA--AGTTCAAATAATTATGGCCATTT-AA-ACATCTATC
61 TAAAAAATAAATCTA-TTTA-TCAA-ACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATA-AT-TATC
* ** * * * ***
1736 TATTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTAT
121 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTAT
*
1801 TCAAATAAAATAATACTAATTTACA-AATATT-TCAAAATTTAATAAGAGG-TTTAAAAAATAAA
186 TCAAATAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGGATTTAAAAAATAAA
* * * **
1863 TTTGTTTACCAAACCAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
249 TGTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
* * *
1928 AACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTCTATTTATAC
314 AACCTTTTATT-TATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
* *
1969 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT
* * * * * **
2034 AAAAAATAAAT-TCATTTGTCAAACCAATTCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATTTAACT
62 AAAAAATAAATCT-ATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
** * * * * * *
2098 CAAATTTTTATGACCGTTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTTAGCTGATACAAGCTTATTCAAA
126 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AA
* * * * * * * * * * *
2163 ATAGAGTAGA-AATAATTTATTAATATT-TCAAAATTTTATAA-AAGATTTAGAAAATAATTTTA
190 ATAAAATA-ATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGAGGATTTAAAAAATAAATGTG
* * * * * * *
2225 TTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
253 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
2286 GACACCAGAG
Statistics
Matches: 1389, Mismatches: 288, Indels: 148
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 5 0.00
353 2 0.00
354 66 0.05
355 51 0.04
356 147 0.11
357 359 0.26
358 181 0.13
359 169 0.12
360 75 0.05
361 15 0.01
362 69 0.05
363 129 0.09
364 117 0.08
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (353 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAA
TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAA
ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
ATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
Found at i:1760 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 172--2279 Score: 1190
Period size: 181 Copynumber: 11.8 Consensus size: 178
162 GTCCATAAAT
** * * * * * *
172 AAAAGCTTATAAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTAAAAGAT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGAT
* * * * * * ** ** ** * *
237 TTCAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGCGAGTTTGAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTAT
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * *
301 TTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCAT
128 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-ATTTTATTCAC
* ** ** * **
353 ACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACT-AATATT-TCAAAATTAATAA-TAAGAGA
* * ** * * * ** *
417 TTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGCCTATTTGAATTATTATCA
63 -TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * **** * * *
482 ATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTACCGTAAAACGATTGTTTCTATTAATAC
126 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TATT--CAC
* * **
538 AAAA--TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAA-T--TAATAAGAGATT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTTCAAAATTAATAATAAGAGATT
* * * * *
598 TAAGAATTAAATCTGTTTA-TCAAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
65 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * *
661 CTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCAT
128 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-ATTTTATTCAC
* * * * * * * * *
712 ACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGTGAT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAAATTAATAA-TAAGAGAT
** * * *
777 TTAAAAAATAAATGAGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * * *
841 TTTAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCAT
128 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCAC
* * * * * **
893 ACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGA
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC--AAAATTAAT-AATAAGAGA
* * * *
957 TTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCATACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTAT
63 TTT-AA-AAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
1020 CTATTT-AAAGTCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCAT
124 CTATTTCAAA-TTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCAC
* * * * *
1076 AAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGAT
* * * * * * * *
1141 TT-AAAACTAAAGTTGTTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATC
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * * *
1205 TCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCAT
129 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TATTCAC
* *** * * * *
1255 ACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGT--GAA-AGAT
1 AAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAA-AATTAATAATAAGAGAT
* * * * * * * * * * * *
1316 TTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATT
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * ** * * * * *
1381 TCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCAT
129 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCAC
* *** * * * *
1432 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAA--ATTAATAAGAGATTT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * *
1495 GAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACGATTATCGATTT
66 -AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
1560 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCAC
130 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCAC
* * * * * * *
1610 AAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTAGTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGAT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGAT
** * * * * * *
1675 TTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAAC-ATCTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTAT
* * *
1739 TTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTTT-TTCAAC
128 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTATTC-AC
* *
1789 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTCAAAATT--TAATAAGAGGT
1 A-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGAT
* *
1851 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
1915 TTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTCTATTTAT
128 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TATTCAC
* * *
1967 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAAATTAATAA-TAAGAGAT
** * * * * *
2032 TTAAAAAATAAATTCATTT-GTCAAACCAA-TTCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATTTA
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * * ** * * *
2095 ACTCAAATTTTTATGACCGTTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTTAGCTGAT
127 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCAC
* * * * * * *
2148 ACAAGCTTATTCAAAATAGAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATT--TTATAAAAGATT
1 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATT
* * * ** * * * *
2210 TAGAAAATAATTTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGGACAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
2275 CAAAT
130 CAAAT
2280 CATTATGACA
Statistics
Matches: 1518, Mismatches: 338, Indels: 146
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 8 0.01
176 220 0.14
177 229 0.15
178 147 0.10
179 87 0.06
180 177 0.12
181 352 0.23
182 29 0.02
183 252 0.17
184 7 0.00
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTT
AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTATTCAC
Found at i:2000 original size:535 final size:528
Alignment explanation
Indices: 291--2288 Score: 1729
Period size: 535 Copynumber: 3.7 Consensus size: 528
281 CCCTTCAAAT
* * * * * * **
291 AATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAC
** ** * *
355 AATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAA----GAGA-TT
* ** * * ** **
420 TGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGCCTATTTGAATTATTATCAATT
125 TGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCAATT
* * * ** * * *
485 TCAAATCATTATAACATTTTGTTTTACCGTAAAACGATTGTTTCTATTAATACAAAA-TTATTCA
190 TAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATT--CACAAAACTTATTCA
* * * *
549 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAAT
252 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCG-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
610 CTGTTTA-TCAA-ACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATCTCAAATCATT
316 CTGTTTACTGAATA--AGTTCAAATAATTATGACTATTT-AA-ACATTATCTATCTCAAATCATT
* * *
672 ATGATTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAT
377 ATGACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTT-TAACATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA
* * * *
736 TACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGTGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCAA
439 TACTAATTTAATAATATT-TCAAAATTAATAAG--AG-G-TTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAA
801 ACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
499 ACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * *
831 AATTATCTATTTTAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
* * * * *
896 AGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTTG
* * *
961 AATAAAATAAATCTATTTA-TCATACAAGTTCAAATA--TATTTGACTATTTGAACAATTATCTA
127 AA-AAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA-TT-ACTATTTGAACAATTATCAA
* * * *
1023 TTTAAAGTCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTATTC
188 TTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACAAAA-CTTATTC
* * * * *
1088 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAA
251 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-GAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
1152 GT-TGTTTTCTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATT
315 -TCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC-ATTATCTATCTCAAATCATT
* * * * ***
1215 ATGA-TCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAA
377 ATGACT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTAA-CATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAA
* * * * * *
1279 TACTAATTTAATAATATTCCAACAATTAGTGAA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACC
439 TACTAATTTAATAATATTTCAA-AATTAAT-AAGAGGTTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACC
* * * *
1343 AGTTTAAATAGCTAAGACTATTAGAAT
502 AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
* * * * * *
1370 AATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
*** *
1435 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAA
* * * * *
1500 TATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACGATTATCGATTTAAAAT
131 AATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAAT
* * *
1565 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAA
196 CGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACAAAA-CTTATTCAAAATAAA
* * * * *
1630 ATAGTGCTAGTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA
259 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * ** *
1695 CTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACATCTATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTT
323 CTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAT-TATCTATCTCAAATCATTATGA-CTTTT
1760 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAC
386 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTA-
* *
1825 A-AATATTTCAAAATTTAATAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATCAAATAG
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* *
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** * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* *** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
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* * * *
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** * ** * * *
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** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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**** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** *
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7165 TTATTCTAAATAA--TT-T-TG-A-ATGACCAGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACA
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
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* * *
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*** * * ** *
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* * * * * * *
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* *
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** * * * * *
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*** * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * * * **
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** * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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Statistics
Matches: 4459, Mismatches: 907, Indels: 349
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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173 2 0.00
174 2 0.00
175 116 0.03
176 168 0.04
177 422 0.09
178 161 0.04
179 383 0.09
180 889 0.20
181 1521 0.34
182 480 0.11
183 215 0.05
184 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
Found at i:9455 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 9353--9471 Score: 157
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
9343 TTGTACGCAC
* * *** *
9353 ATAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTATA
1 ATAACAATTGTTATACGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTATA
* * *
9414 ATAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTT
1 ATAACAATTGTTATACGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
9472 CAAATGGCCA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 9, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 49 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (61 bp):
ATAACAATTGTTATACGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTATA
Found at i:9605 original size:241 final size:241
Alignment explanation
Indices: 9175--9651 Score: 571
Period size: 241 Copynumber: 2.0 Consensus size: 241
9165 TATGAACTAA
* * ** * *
9175 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* * * *
9240 TTAACCATTTGAACTGATTCAATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 ATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
* * ** ** * *
9305 AATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGCACATAATAATTGTTTTACG
131 AATATTAATAAAGTAGCATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACAAACAAAACAATTGTTTTACG
** *
9370 ACAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTATAAT
196 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTATAAT
* * *
9416 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAAT-AATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGC
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* *** ** *
9480 CATAATCATTTGAACTGATTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAACTTTTG
65 CATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* * * * *
9545 AAA-ATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTA
130 AAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * *
9609 TGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAAATAATTGTT
194 CGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
9652 CAAATATTCA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 39, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
240 36 0.18
241 159 0.82
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (241 bp):
AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
ATAACCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
AATATTAATAAAGTAGCATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACAAACAAAACAATTGTTTTACG
ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTATAAT
Found at i:10474 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 9972--11906 Score: 1641
Period size: 181 Copynumber: 10.8 Consensus size: 181
9962 AATGTATCCA
* * ** * *
9972 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
10035 TTAGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
10100 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTTTC-ATT-ATACAAGCCTATTCG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
10152 ATATAAAATTTTATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAA
1 AAAT-AAA----ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * **
10217 AAAATATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTA
61 TAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
10282 TTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTGG
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
10338 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
10403 GTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATT
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * **
10468 ACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTG
* * * * *
10519 AAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
10583 TTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * * * *
10648 TACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
10700 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
10765 TTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTGAT
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTAT
* * * *
10829 TACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTA-TTC
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTG
* * * * *
10880 AGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAA
* * * *
10944 ATTTGTTGGA-C--A--AGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 ATTTGTT-TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
11004 ATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
11058 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * *
11123 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTGTCTATACCAAATTGCTATA
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *
11188 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
11239 AAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAA-CAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * *
11302 TTT-CTAAGC--A-CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
65 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* *
11362 GACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
11414 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * * * *
11479 CTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACGCTTGTTTTTTTAAAATAGTTATG
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
11544 ATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTG
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
11595 GAAT-AAA-AATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
11658 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATA
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * ** ** *
11723 ACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTTTGTGA-AAAATT-TTTT
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTG
* * * *
11773 AGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAGAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * * * *
11834 TTTGTTTATGGAAA-TGGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAAATTGTT
65 TTTGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTT
*
11898 ATGATCTTT
128 ATGACCTTT
11907 ATCTACGCTT
Statistics
Matches: 1408, Mismatches: 302, Indels: 92
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 134 0.10
176 12 0.01
177 198 0.14
178 24 0.02
179 141 0.10
180 32 0.02
181 701 0.50
182 17 0.01
184 5 0.00
185 12 0.01
186 127 0.09
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:11197 original size:720 final size:715
Alignment explanation
Indices: 10166--11754 Score: 1712
Period size: 720 Copynumber: 2.2 Consensus size: 715
10156 AAAATTTTAT
* * * * * * * * *
10166 AATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAAAAAATATGTTTACT
1 AATACTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTA-T
* * * * *
10231 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGT
65 GAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * * * *
10296 TATGTTATAGAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATGTAAT
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTGAAAATAAAATAATACTAATGTAAT
** * * * * *
10361 AATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAAT
195 AATATTCCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * *** * * * *
10426 AGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATA
260 AGCTAAGACTATATGAACAAGTCTCTATACCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
10491 ATTTTTT-TAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAA
325 ATTTTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCCAAAA
* ** * * *
10554 ATTAGTAAGTAAGGGA-TTTAAAAAATAACTTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTA
388 ATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAACAA-TTT-CTAACC--A-CA-TTCAAATAATTATGACTA
* * *
10618 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAA-TGTTTTT
446 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTCACCAT-AAACAAATTGTTTCT
* * * ** * * ***
10681 GTTTATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAAATA
509 ATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAAAAAATA
* * * *
10746 AGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGAAC-CAT
574 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGC-T
* * * *
10809 TATTTACTTT-AAATTGTGATTACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AG
637 TATTT-CTTTAAAATAGTGATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAG
10872 TCTTATTCAGAATAAA
701 T-TTATTCAGAATAAA
* *
10888 GTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAAT-T-TGT
1 --AATACTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGT-ACGAGATTTAAAAAATAAATCTGTGT
* *
10950 -TGGACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
63 ATGAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * *
11014 GTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCT-AAAATAAGATAATTCTAATTT
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TGAAAATAAAATAATACTAATGT
* * * * * *
11078 ATTAATATTCCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
192 AATAATATTCCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCA
* * * * * *
11143 AATAGTTATGACTATTTGAACAAGTGTCTATACCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAA
257 AATAGCTAAGACTATATGAACAAGTCTCTATACCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * *
11208 ACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAA
322 ACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCCAAA
* * *
11273 AATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAACAATTTCTAAGCACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAT
387 AATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAACAATTTCTAACCACATTCAAATAATTATGACTATTTGAA
**
11338 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAACAAATTGTTTCTATTCATAC
452 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCACCATAAACAAATTGTTTCTATTCATAC
* ** * *
11403 AAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTT
517 AAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAAAAAATAAAAGATTT
** * * * * * *
11468 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACGCTTGTTTTTTTA
582 AAAAAATAAATCTGTTTACAAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGCTTATTTCTTTA
* * * * **
11533 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGGAA
647 AAATAGTGATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTCAGAA
11598 TAAA
712 TAAA
* * * * * *
11602 AATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
1 AATACTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTA-T
* * * * * * * *
11667 GAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACATTTTCT
65 GAACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
*
11732 TTTGTCATTAAACAATTGTTTCT
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
11755 GTTTGTGAAA
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 136, Indels: 40
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
711 2 0.00
712 46 0.06
713 16 0.02
714 221 0.31
715 6 0.01
716 77 0.11
718 3 0.00
719 6 0.01
720 284 0.40
721 3 0.00
722 2 0.00
723 1 0.00
724 44 0.06
725 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
AATACTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTATG
AACAAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTGAAAATAAAATAATACTAATGTAATA
ATATTCCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
GCTAAGACTATATGAACAAGTCTCTATACCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
AATAAGTAAAAATTTTAAAAAACAATTTCTAACCACATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCACCATAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGC
ATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAAAAAATAAAAGATTTAAAA
AATAAATCTGTTTACAAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGCTTATTTCTTTAAAAT
AGTGATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTCAGAATAAA
Found at i:12631 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 12597--12631 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
12587 AAAGCATAAG
**
12597 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
12615 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
12632 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:13059 original size:203 final size:197
Alignment explanation
Indices: 12505--13191 Score: 673
Period size: 200 Copynumber: 3.4 Consensus size: 197
12495 TTACTAATAT
* ** * * * * *
12505 AATTTTATCATTTATTTAGTGATGATTAAATCATTTAATGACTTTTTTTTTATATATAGCTAATG
1 AATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGAC-TTTTTTTTATAAATAGCTAATG
* * *
12570 -AATCTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCT
65 AAAACTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCT
* * * * * * *
12634 TACAATAATTTGTGACAATAATTGTGTCACCAATATTGTGACGATTTATCTTTTGTCACTAATAT
130 TACAATCA-TTGTGACGATAATTATGTCACAAATACTGTGATGATTTACCTTTTGTCACTAATAT
12699 ATTA
194 ATTA
* *** * *
12703 GATTTTATCATTTATTTTGTGATGGTTATAGCCTTCAATGA-TGTTTTTCTTCATAACTAACTAA
1 AATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGACT-TTTTT-TT-ATAAATAGCTAA
** * * * * * *
12767 CAAAAACTAACGTCATAAAAAAAGCATAAGGTGATGTGTAATTTTATTGTCACATTTGACAATAT
63 TGAAAACTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTAT
* * * * ** * *
12832 CTTATAATCATTGGTGATGATAATTATGTCACAAATACTATAATGATTTACCTTTCATCACAAAC
128 CTTACAATCATT-GTGACGATAATTATGTCACAAATACTGTGATGATTTACCTTTTGTCACTAAT
*
12897 ATATCA
192 ATATTA
* * *
12903 AATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTTAATGACGTTTTTGTTTATAAATAGTTGAT
1 AATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGAC-TTTTT-TTTATAAATAGCTAAT
* * *
12968 GAAAACTAATGTCACAAAAATTAACACATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACAATAGACATT
64 GAAAACTAATGTCACAAAAA--AA-GCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATT
* * *
13033 ATCTTACAATCATTGAT-AGCGATAATTTTGTCACTAATACTGTGATGATTTACCTTTTGTCAGT
126 ATCTTACAATCATTG-TGA-CGATAATTATGTCACAAATACTGTGATGATTTACCTTTTGTCACT
13097 AATATATTA
189 AATATATTA
** * * * *
13106 GGTTTTCTCATTT-TTCTGTGACAAATATAGCCTTCAATGA-TTTTTTTTCCATAAATAGCTGAT
1 AATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGACTTTTTTTT--ATAAATAGCTAAT
**
13169 GAAAACTAACATCACCAAAAAAA
64 GAAAACTAATGTCA-CAAAAAAA
13192 AAAAGGGTGA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 78, Indels: 30
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
196 1 0.00
197 5 0.01
198 36 0.09
199 14 0.04
200 173 0.44
201 30 0.08
202 36 0.09
203 100 0.25
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (197 bp):
AATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTCAATGACTTTTTTTTATAAATAGCTAATGA
AAACTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTT
ACAATCATTGTGACGATAATTATGTCACAAATACTGTGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATAT
TA
Found at i:14205 original size:184 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13750--16404 Score: 1072
Period size: 179 Copynumber: 14.9 Consensus size: 178
13740 TTGGTTCGAT
* * * * *
13750 AAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTGACCT-ATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
13814 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAA--AAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGGTCATAAT
65 TTTATTCT-AATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGGTCATAAC
** * * * *
13877 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATATTTTAACTAATTTGGT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACAATAATATTTTAACTAACTTAGC
* * *
13929 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTAA----GGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
13990 TTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGC
66 TTATTCTA-ATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAA-TAAAAGGTCATAACGA
* * * *
14055 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTACTTAGC
129 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACAATAAT-A-T-TTT-AACTAACTTAGC
* * * *
14109 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT-TCTAATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
14173 TTTATTCTAAGTAAGATTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACG
65 TTTATTCTAA-TAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * **
14238 ATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTC-TTAACTATTTGAAATGA-TTCAAT
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ACAATAA-TATTTTAACTAACTT-AGC
* *
14290 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATT-A--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * ** * **
14350 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTA-CAAACAAAATAATTGTTTTACAACAAA-AGAAGAGGTCATAA
64 TTTT-ATTCTAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AA-AGGTCATAA
* * * * * * *** * *
14413 CGATTTGAAATAGATAATCACTCATATAGTC-TTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
126 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ACAATAA-TATTTTAACTAACTT-AGC
** * * * * * *
14467 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTT-ATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTG-A-T-T
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
14528 TTGA--ATGA-AA--TAGTAT-AAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATG
65 TTTATTCTAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
14587 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAAAAACTATTTGAAATTATTTGGC
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACAATAA-TATTTTAACTAACTTAGC
** * *
14639 AAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * ** *
14703 TTATTCAAAAAAACTTATATTAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAACGA
66 TTATTCTAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACGA
* * * *** * *** * *
14767 TTTGAAATACATAATTGTACAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTGT
129 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACAATAA-TATTTTAACTAACTTAGC
* * * * * *
14818 AAATAGAATTATTTTATAAATCCCTTA-T-A--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * * *
14879 CTATTCTAATAAGCTTGTATGAGCTGAATA-GATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTAT-ACAA
66 TTATTCTAATAAGCTTGTATGAAATGAA-ACAATTGTTTTATGA-CAAATAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * * * * *
14942 TTTGAAAATAAATAATTGTTTCATATAGTC-TTAACTGTTTGAATTGGA--TCG-
129 TTTG-AAATAGATAATT-ATTCAAATA-ACAATAA-TATTTTAACT-AACTTAGC
* *
14993 ATAA-ATGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTT-ATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATT
1 A-AACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TA-TTAATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT
* * *
15054 ATT-GTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAGCAA--AAA-AATTGTTTTATGATAGAAT-AAAGGT
60 ATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTATGACA-AATAAAAGGT
* ** * * * * *** *
15114 TATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAATTGGTTTAAC
121 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ACAATAA-TATTTTAACTAACTTAGC
** * * *
15173 AAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TTCTT-ATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
15234 TTATT-TAGAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAAT
66 TTATTCT--AATAAGCTTGTATGAAATG-AAACAATTGTTTTATGA-CAAATAAAAGGTCATAAC
* * * ** * * * * * *
15296 GATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAACTGA-TTCGAT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACAAT-AATATTTTAACTAACTTAG-C
* * * *
15349 AAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
15413 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAA-ACAAATGGTCATAAC
65 TTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAA-GGTCATAAC
* * * * * *** * *
15477 GATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ACAATAA-TATTTTAACTAACTTAGC
* *** *
15530 AAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCT-ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
1 AAACAGATTTATTTT-TTAAATCTC-TTATTAATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * *
15593 ATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATTATATAAC-TA-AAAAGGTCAAAAT
63 ATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * *
15656 GATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAGTC-ATAACTATTTGAACTGATTTGGC
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ACAATAA-TATTTTAACTAACTTAGC
* * * *
15709 AAACACATTTATTTTTTAAAACTC---TT-ATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T
* * * *
15769 TTTATT-TGAATAAGCTTGTATGATCAT-AAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAA
65 TTTATTCT-AATAAGCTTGTATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGA-CAAATA-AAAGGTCATAA
* * * * * * * * ** **
15832 TGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTCACA-ACTATTTGAAGT-GGTTCAAA
126 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ACA-ATAATATTTTAACTAACTT-AGC
* * * * * *
15886 AAACAAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTT-ATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 AAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
15949 TTTTATT-TCAGATAAG-TTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTCT-A-ATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *** *
16012 TGACTTT-AAACAAATAATTGTTCAAATAGTCAA-ATCTATTTCAACTTGTTTGGC
126 CGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ACAATA-ATATTTTAACTAACTTAGC
* * ** * * ** * *
16066 AAACAGATTTATTTTTTTTAAATGTATTGCTCATTACTTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTA
1 AAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
16131 TTTTATTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTTAAA
64 TTTTA-TTCT-AATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-TAAAAGGTCATA
* * **** * * * *
16196 ATGATTTGAAATAGATCATTATT-ATAATAGTTTTAACTACTTGAACT-AGTTTGAC
125 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAACAATAA-TATTTTAACTAACTTAG-C
* * * * * * *
16251 AAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-ACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
16315 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAAAAATTGTTTTTTGACAAA-ATAAGGATTATAAAG
65 TTT-ATTCTAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGG-TCATAACG
* *
16379 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
16405 GTCATAAATA
Statistics
Matches: 1913, Mismatches: 424, Indels: 277
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 23 0.01
172 90 0.05
173 64 0.03
174 54 0.03
175 116 0.06
176 191 0.10
177 185 0.10
178 97 0.05
179 241 0.13
180 227 0.12
181 217 0.11
182 164 0.09
183 59 0.03
184 135 0.07
185 50 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGGTCATAACGATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAACAATAATATTTTAACTAACTTAGC
Found at i:15080 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14645--15516 Score: 510
Period size: 176 Copynumber: 4.9 Consensus size: 178
14635 TGGCAAGTAG
* * * * * * *
14645 ATTTACTTTTTAAATCTCT-TACTAATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATT
* * * * * * * * ** * **
14708 CAAAAAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAACGATTTGAA
65 CTAATAAGCTTGTATGAGCAAAAA-AATTATTTTATGATAAAA-AAAAGGTTATAAAAATTTGAA
* * * * * * * *
14773 ATACATAATTGTACAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTG-TAAATAGA
128 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGG-ATCGATAAAT-GA
* **
14825 A-TTATTTTATAAATC----CCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTC
* * * * *
14885 TAATAAGCTTGTATGAGCTGAATAGATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTAT-ACAATTTGAAA
66 TAATAAGCTTGTATGAGC-AAAAAAATTATTTTATGATAAAA-AAAAGGTTATAAAAATTTG-AA
* * * *
14949 ATAAATAATTGTTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGATCGATAAATGA
128 ATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGATCGATAAATGA
* * *
15001 ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATT-ATTATTGTT-TAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATAAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATT-TTATTCTAT
* * * *
15063 TCTGAATAAGTTTGTATGAGCAAAAAAATTGTTTTATGATAGAATAAAGGTTATAAAAATTTGAA
64 TCT-AATAAGCTTGTATGAGCAAAAAAATTATTTTATGATAAAAAAAAGGTTATAAAAATTTGAA
* * ** *
15128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAACAAATTG-
128 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGATCGATAAA-TGA
* * * * * * *
15179 ATTTGTTTTTTAAA--TT-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTC
* * * * * ** *
15239 TAGAAAAAGCTTGTATGTTG-AAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAA
66 T--AATAAGCTTGTATG-AGCAAAAAAATTATTTTATGATAAAA-AAAAGGTTATAAAAATTTGA
* * * * * * * * * *
15303 AATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAACT-GATTCGATAAACTG-
127 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGA-TCGATAAA-TGA
* * * * * * *
15355 ATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTATAG-TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATT
* * * * * * * * ** *
15419 TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTTA
65 CT-AATAAGCTTGTATGAGC-AAAAAAATTATTTTATGATAAAA-AAAAGGTTATAAAAATTTGA
* *
15484 AATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTT
127 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
15517 GAACTTGTTT
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 111, Indels: 57
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 29 0.05
175 59 0.11
176 145 0.26
177 44 0.08
178 43 0.08
179 34 0.06
180 88 0.16
181 110 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTC
TAATAAGCTTGTATGAGCAAAAAAATTATTTTATGATAAAAAAAAGGTTATAAAAATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGATCGATAAATGA
Found at i:15670 original size:536 final size:541
Alignment explanation
Indices: 14573--16338 Score: 1456
Period size: 536 Copynumber: 3.3 Consensus size: 541
14563 ATGACAAAAT
* * * * * * ** *
14573 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAAAAACTATTTGAAATTATTTGG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * *
14638 CAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
66 CAAATACATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
** * * * * * * *
14703 TTATTCAAAAAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA-AAA-ATAATAACG
127 TTATTTGAAAAAGCTTGTATGATCATAAACAATTGTTTTATGAGAAAA-AAGAAAGATAATAATG
* * * * * ** * * * **** *
14766 ATTTGAAATACATAATTGTACAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTGTAAA-TAGAATT-A
191 ATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTGAACTGATTCAAAAAACAAG-ATTCA
* * * * * *
14829 -TTTTATAAATC-C---CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTA-TTCTA-
255 GTTTT-TAAATCTCTTGCTTAT-TACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-AG
* * * * * * * * *
14887 ATAAGCTTGTATGAGCTGAATA-GATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTAT-AC-AATTTGAAA
317 ATAAG-TTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT--AA
* * * * * ** *
14949 ATAAATAATTGTTTCATATAGTCTTAA-CTGTTTGAA-TTGGATCG-ATAA-ATGAATTTATTTT
378 ACAAATAATTG-TTCAAATAGTC-AAATCTATTTCAACTTGTTTGGCA-AACA-G-ATTTATTTT
* * * * * * * *
15010 T-T-AAATCTTATAG-TTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATT-GTTTA-TTCTGAAT
438 TCTCAAATC-TATTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCTAAAT
** * * * * *
15070 AAGTTTGTATGAGC-AAAAAAATTGTTTTATGA-TAGA-A
502 AAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTATTATGACTAAACA
* * * * * * *
15107 TAAAGGTTATAAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTA
1 AAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
** * *
15171 ACAAATTGATTTGTTTTTTAAATTTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
65 ACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT-TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
15236 ATTTAGAAAAAGCTTGTATGTTGA-AAACAATTTTTTTATGATAAAACA-AAAGGTAATAATGAT
129 ATTT-GAAAAAGCTTGTATGATCATAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATAATAATGAT
* * ** * * * * * *
15299 TTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTCGATAAAC-TGATTTATTT
193 TTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTGAACTGATTCAAAAAACAAGATTCAGTT
* * **
15363 TTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
258 TTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAG
* * * * *
15428 CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAA
322 -TTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTTAAACAAATAA
* * *
15493 TTGTTGAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTCTCAAATCTCA
386 TTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTCAAATCT-A
*
15556 -TGC-CTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATG
449 TTGCTC-ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATG
* *
15618 AATTGAAATGA-T-TATTAT-A-T-AACTA
513 AACTGAAATAATTGTATTATGACTAAAC-A
* * * * *
15643 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* **
15708 CAAACACATTTATTTTTTAAAACTCTTATTAATTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTT
66 CAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTA-TTTT
* *
15772 ATTTGAATAAGCTTGTATGATCATAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATT
129 ATTTGAAAAAGCTTGTATGATCATAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATAATAATGATT
* * * * * * * *
15837 TGAGATTGATATTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAAGCTTCAGTTT
194 TAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTGAACTGATTCAAAAAACAAGATTCAGTTT
*
15902 TTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTT
259 TTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTT
* *
15967 TTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAACAAATAATTG
324 TTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTTAAACAAATAATTG
* * *
16032 TTCAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTTAAATGTATTGCT
389 TTCAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTCAAATCTATTGCT
* * * * *
16097 CATTACTTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
454 CATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACTGA
*
16162 AATAATTGTTTTATGACTAAACA
519 AATAATTGTATTATGACTAAACA
* * * ** * *
16185 AAAAGTTTAAAATGATTTGAAATAGATCATTATT-ATAATAGTTTTAACTACTTGAACTAGTTTG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* *
16249 ACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTA
65 ACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTA--T--TAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
* **
16314 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
125 TTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGA
16339 AAGGAAAAAA
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 182, Indels: 95
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 16 0.02
531 108 0.11
532 18 0.02
534 72 0.07
535 112 0.11
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537 168 0.17
538 58 0.06
539 1 0.00
540 5 0.01
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544 1 0.00
546 11 0.01
547 36 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (541 bp):
AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
CAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
TTGAAAAAGCTTGTATGATCATAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATAATAATGATTTA
AAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTGAACTGATTCAAAAAACAAGATTCAGTTTTT
AAATCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTT
ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTTAAACAAATAATTGTT
CAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTCAAATCTATTGCTCA
TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACTGAAA
TAATTGTATTATGACTAAACA
Found at i:15947 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13597--16561 Score: 1826
Period size: 180 Copynumber: 16.6 Consensus size: 179
13587 TTTTTAATCT
* * *** * **
13597 CTTATTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAAG-TTCTATGATTA
1 CTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAT-AAGCTTGTATGAACA
* * * ** ** * * * *
13661 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTATTTAACTAG
63 TAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
13725 TCATAACTATCTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTGTTTAAATCT-GTG
128 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * *
13776 ACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCA
1 -CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
13841 AAAACAATTGTTTTATGA-CAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
63 TAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
13905 CCATAA-TATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-
128 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
** * ** * * *
13952 CTTATTAATTAAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAA-TT
1 CTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAT
* * ** * * * * * *
14016 GAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
64 -AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AA
* * * * * * * *
14081 TAATAATAACTATTTAAACTTACTTAG-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTT
125 TAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * *
14136 CTAATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAGTAAGATTGTATGAA-A
1 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA-TAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
14199 TGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCTAAT
63 T-AAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
14263 AGTCTTAACTATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
126 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* *** **
14317 CTTATT-A-GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACA-
1 CTTATTAATTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* ** * * * * * * *
14378 AAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCACTCATATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** * *
14443 CTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTG
129 CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * * *
14494 GTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTG-A-T-TTTGA-ATG-A-AA--TAGTAT-AA-ATA
1 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * *
14549 GAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
65 -AA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * ** ** * *
14614 TAAAAACTATTTGAAATTATTTGGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA
128 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * ** * * * * *
14666 CTAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAAAAACTTATATTAACAAAA
1 CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAA
* * ** * * * * * *
14731 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAACGATTTGAAATACATAATTGTACAAATAGTTA
66 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
14796 TAATTATTTGAACTGGTTTTG-TAAATAGAATTATTTTATAAATC-C---
131 TAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * *
14841 CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCT-AATAAGCTTGTATGAGC-T
1 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * *
14904 GAATAGATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTATACA--ATTTGAAAATAAATAATTGTTTCATA
64 AAACA-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTG-AAATAGATAATT-ATTCAAA
* * * *
14967 TAGTCTTAACTGTTTGAATTGGA-TCGATAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAG
125 TAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCT-T-G
* * * * * *
15023 -TTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATT-GTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAGCA-
1 CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * ** *
15085 AAAAAATTGTTTTATGATAGAA-TAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * ** *
15149 CATAACTATTTAAATTGGTTTAACAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-
129 CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* ***
15196 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTTGTATGTTGA-
1 CTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * *
15260 AAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGC
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
15325 CATGATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTG
129 CATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * *
15376 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC-T
1 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
15440 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAG
64 -AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
15505 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATG
128 TCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTG
* * * *
15558 CCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG-A-A
1 CTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACA
** * * * * *
15620 TTGA-AA-TGATTATTAT-ATAACTA-AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAC
63 TAAACAATTG-TT-TTATGATAA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * *
15681 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--AC-T-
125 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* *
15732 CTTATTAATTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATCAT
1 CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
15796 AAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
15861 TCACAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTG
128 TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * *
15914 CTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTTTATGAACTTA
1 CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACATA
* * * *
15978 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAACAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * *
16042 CA-AATCTATTTCAACTTG-TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTTAAATGTATTG
129 CATAA-CTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTG
* * ** * *
16095 CTCATTACTTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-
1 CTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--TTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
16159 TGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTTTAAAATGATTTGAAATAGATCATTATT-ATA
63 T-AAACAATTGTTTTATGA-TAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-A
** * * * * * * *
16222 ATAGTTTTAACTACTTGAACT-AGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTA
124 ATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * ***
16278 CTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AG
1 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * * * * * * *
16342 GAAAAAATTGTTTTTTGA-CAAA-ATAAGGATTATAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
63 TAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
16405 GTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TC-T-
127 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTG
* * * * * ** * * *
16454 CTT-TTAATTATCAAA-CTTAATATATAAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGA
1 CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * *
16517 AACAATTATTTTACGACAAAACAATATGTCATTATGATTTGAAAT
65 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
16562 TAGAGATTAA
Statistics
Matches: 2168, Mismatches: 482, Indels: 276
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 3 0.00
171 25 0.01
172 100 0.05
173 81 0.04
174 74 0.03
175 133 0.06
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178 102 0.05
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185 53 0.02
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAA
ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:17188 original size:138 final size:136
Alignment explanation
Indices: 16996--17243 Score: 297
Period size: 138 Copynumber: 1.8 Consensus size: 136
16986 TTATAGTTTA
* ** *
16996 AATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACTAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATG
1 AATCTCTTATTAATTTTGAAAATATTAAAAAATTACTAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATG
* *
17061 AATAGAA-ACATTGCTTTATGACAAAACAAGA-TCATAATAATTTGAATTGGTTCAATAAACAGA
66 AATA-AACA-ATTG--TTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAATAAACAGA
17124 TTAGTTTTTG
127 TTAGTTTTTG
* ** **
17134 AATCTCTTATTAATTTTGAAAATATTAAAAAAATTAGC-ATTATTTTA-TTTGAATAATTTTGTA
1 AATCTCTTATTAATTTTGAAAATATT-AAAAAATTA-CTAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTA
*
17197 TGAATCAACAATTGTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
64 TGAATAAACAATTGTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAA
17244 ACAAATGATA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 12, Indels: 11
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
135 15 0.16
137 20 0.22
138 43 0.46
139 14 0.15
140 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (136 bp):
AATCTCTTATTAATTTTGAAAATATTAAAAAATTACTAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATG
AATAAACAATTGTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTAG
TTTTTG
Found at i:17808 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17139--18510 Score: 1019
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 179
17129 TTTTGAATCT
* * * ** **
17139 CTTATTAA-TTTTGAAAATATTAAAAAAATTAGCATTATTTTATTTGAATAATTTTGTATG-A-A
1 CTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
17201 TCAACAA-T-TGTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGA-TAGTTCAAATG
64 TAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT-
* * * * * * * ***
17263 AAT-ATGACTA-TTGAACTTATTC-GATTAACAGATTTATTTTTCAATCTCCAA
127 AGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTAAATCTTTTA
* ** *
17314 C-TATTAATTTTT-AGAATAATCAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAG
1 CTTATTAATTTTTGA-AAT-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
17376 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
62 CATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
17441 AGTCATAACTATTTAAACTCT-CTCAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAA
127 AGTCATAACTATTTGAAC-CTGTTC-AGAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTT-A
* * * * ** * * * *
17497 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTGGTATAATTTTCTTCCGAATAAAGCTTTTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-CAAAT-AAGCTTGTATGAACA
* * *
17562 AAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTC-AATA
64 TAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
*
17625 GTCATAATTATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
128 GTCATAACTATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTA
*
17677 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
17742 AACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAACGTTTTGCAATAGATAATTGTTCAGATAG
65 AAACAATTATTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
17806 TCATAACTATTTGAACAC-ATTC-GATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAAC-CTGTTCAGA-AAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
17858 CTCATTAATTTTTGGAATATTTACAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAC-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
17921 TGAAAACAATTGTTTTATTA-TAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAAT
64 T--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
17985 AGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTAGAATCTTTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTA-AATCTTTTA
* * * *
18039 CTTATTAA-TGTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * *
18103 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * ** * *
18167 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 TCATAACTATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * *
18219 CTTATTAATTGTCTT--AATATGAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAA
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * *
18281 CAGAAAAAATCATTTTACAACAAAACAAATA-GTTAT-A-GTAGTTTCAAATAGATAAATTATTG
62 CATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACG-A-TTTGAAATAGAT-AATTATTC
* * * * * *
18343 AAATAGTTATAATTATTT-AGACTTGTTCAGTAAACA-ATTCATTTTTAAATCTCTTA
123 AAATAGTCATAACTATTTGA-ACCTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTA
* * ** * ** *
18399 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATATCTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC-T
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * *
18463 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
65 -AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
18511 AATATGTATT
Statistics
Matches: 956, Mismatches: 180, Indels: 117
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 22 0.02
175 26 0.03
177 6 0.01
178 6 0.01
179 133 0.14
180 310 0.32
181 247 0.26
182 86 0.09
183 44 0.05
184 75 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACATA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTA
Found at i:18055 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 17335--18514 Score: 1090
Period size: 361 Copynumber: 3.3 Consensus size: 363
17325 TAGAATAATC
* ** * ** * *
17335 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * *
17400 ACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTC
66 ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACACTCTC
* * * * * *
17465 AAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTGGTA
131 AAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAACTCAATAATTTTTGGAATTTTAACAAATTAGTA
* * *
17530 TAATTTTCTTCCGAATAAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCA
196 TAATTTTATTCCAAATAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
17595 TAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAATAGTCATAATTATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATT
261 CAATGATTTGAAATACATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAAAAAACATATT
*
17660 TATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
326 TATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
* * *
17698 AATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGA-A
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTAT-GACA
* * * *
17761 AAACAAAAGGTAATAACGTTTTGCAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACACAT
64 AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAC-T
* * * *
17826 -TCGA-TAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTT-ACTCATTAATTTTTGGAATATTT-ACAAATT
128 CTCAAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAACTCAATAATTTTTGGAAT-TTTAACAAATT
* * * * * *
17887 AGTATTATTTTATTTCAAATAAA-CTTATATGAACTGAAAACAATTGTTTTATTA-TAAACAAAA
192 AGTATAATTTTATTCCAAATAAAGCTTATATGAAC-AAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA
* * *
17950 GGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAA
256 GGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAAAAAA
* *
18015 TATATTTATTTTTAGAATCTTTTACTTATTAA-TGTTGAAATATT
320 CATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
* *
18059 AGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * ** * *
18124 AC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC-TTGT
66 ACAAAAG-GTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACACTCT
*** * * ** * * * * *
18187 TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTGTCTT--AATATGAATAAATTA
130 CAAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAACTCAATAATT-T-TTGGAATTTTAACAAATTA
* * ** * * **
18249 GAATTATTTTATTTGAAAT-AAGCTTCTATGAACAGAAAA-AA-TCATTTTACAACAAAACAAAT
193 GTATAATTTTATTCCAAATAAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAA-
* * * * * * * * * *
18311 A-GTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTATTGAAATAGTTATAATTATTT-AGACTTGTTCAG
255 AGGTCACAATGA-TTTGAAATACAT-AATTATT-CAATAGTCATAACTATTTGA-ACCTGTTCAA
* * * * * *
18373 TAAACA-ATTCATTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
316 AAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
** ** ** ** * *
18420 AATATCTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* *
18485 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
66 ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATA
18515 TGTATTACTG
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 113, Indels: 56
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 80 0.12
361 402 0.59
362 85 0.13
363 105 0.16
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (363 bp):
AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACACTCTC
AAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAACTCAATAATTTTTGGAATTTTAACAAATTAGTA
TAATTTTATTCCAAATAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCA
CAATGATTTGAAATACATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAAAAAACATATT
TATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
Found at i:18348 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18326--18359 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
18316 TAGTAGTTTC
18326 AAATAGATA-AATTATTG
1 AAATAGATATAATTATTG
*
18343 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAGATATAATTATT
18360 TAGACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.53
18 7 0.47
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGATATAATTATTG
Found at i:19474 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19432--19474 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
19422 ACAGATTTAT
* *
19432 TTTTTAAATCATTACTTATTAA
1 TTTTTAAATCATTAATAATTAA
19454 TTTTTAGAAT-ATTAATAATTA
1 TTTTTA-AATCATTAATAATTA
19475 GTAATTATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 2
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.83
23 3 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTAAATCATTAATAATTAA
Found at i:19665 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 18525--20321 Score: 901
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 181
18515 TGTATTACTG
* * * * * * *
18525 TTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * **
18589 AAACAAGCTTGTTTGAA-TAAAAACTATTATTTTAT-ATATAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAA
66 GAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * ** * * * * * * * *
18650 AGAAATAATTGCTCAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAACAGC
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCGATAAATAGA
* * * *
18702 TTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTTG-AATTTTAGTAGATT--T-GTATTTT-TTC
1 TTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * *
18758 AAAACAAACTTATATGAA-TAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
18822 ATAGATAATTGTTCAAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTT-AAGTAAACAAA
130 ATAGATAATTATTC-AAATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCGA-TAAATAGA
* * * * * *
18875 ATTATTTTTAAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * ** * * *
18938 CT-AGATAAGCTAGTATGAATTGGAA-ATTTGTTTTATGA-AAAA-ATAA----A-AGTGATTTG
64 CTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** * ** * *
18994 AAAATAGATAATTGTTCATATAGTCCTTAACTATGGAAATTAGTTCGGCAAACAAA
128 -AAATAGATAATTATTCAAATAGT-CTTAATTATTTAAACTAGTTCGATAAATAGA
* * *
19050 TTTATTTTTT-AATCTCTTTAGTTATTAATTTTTGAGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTAT
1 TTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT--GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
19114 T-TGAATATAACTTGTATGAA-TAAAACTAATTGTTTTATGATCAGAACAGCAAAGGTTTAGAAT
63 TCTGAATA-AGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTGTTTTATGA-CAAAACA--AAAGG-TCATAAT
* * *
19177 GATTT-AAAGTATACAATTATTCAAATAGT-TATAAATTATTTAAACT-GATTTGATAAATATGA
122 GATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCT-T-AATTATTTAAACTAG-TTCGATAAATA-GA
* * * *
19239 TTTATTTGTCAGATCT-TATACTTATTAAATTTTT--AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * ** * * *
19301 CT-AATAAACTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTCCATAACCAATCACAAAAGCGTAATAACAT-
64 CTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAA-AACAAAAG-GTCAT-A-ATG
* * * * * * * * * * * *
19364 TTTTGAAATAAATATAATTGTTGAAATGGCCATTAATTATTTGAATTGGATTTGGTAAACAGA
123 ATTTGAAAT--AGATAATTATTCAAATAGTC-TTAATTATTTAAACTAG-TTCGATAAATAGA
* *
19427 TTTATTTTTTAAATC-ATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTAATTATTTAATT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATT
* * * *
19489 TTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
64 CTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *
19554 AATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACT-GCTTCGACAAATAAA
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTAG-TTCGATAAATAGA
*
19607 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * ** *
19671 TGAATATGCTTATATGAACTAAAA-AATTATTTTATAATAGAATAAGAGGTTTTAACGATTTGAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
19735 ATAGATAA-TGTTCAAATAG---GAACTA---ATA-TAG-T--A-AACAT--A
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCGATAA-ATAGA
* * ** * *
19774 TTTACTTTTTAAATCTTTTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * **
19838 GAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAATGATTTGA
66 GAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * * * * *
19900 AATAGATAATTATTTGAA-AGGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGA
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTC-TTAATTATTTAAACTAG-TTCGATAAATAGA
* * ** * * *
19953 CTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-T
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
20017 CAAATAAACTTCTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTA
66 -GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * *
20080 AATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACAATTTAAACTTACTCCG-TAAATAGA
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAAC-TAGTTCGATAAATAGA
* * * * * *
20133 TTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTACTTTTTTG-ACTGTTAATAAATCAGTATTATTTTAT
1 TTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
20196 T-TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTT
63 TCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** * * * * * * * *
20260 AAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTAGTTCGACAAACATA
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCGATAAATAGA
20315 TTTATTT
1 TTTATTT
20322 ACTCCAAATG
Statistics
Matches: 1244, Mismatches: 269, Indels: 209
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 5 0.00
166 72 0.06
167 45 0.04
168 2 0.00
169 16 0.01
170 24 0.02
171 11 0.01
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180 176 0.14
181 197 0.16
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183 4 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTCGATAAATAGA
Found at i:19899 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 19606--19909 Score: 404
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
19596 CGACAAATAA
* * *
19606 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTAGCAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
19671 TGAATATGCTTATATGAACTAAAAAATTATTTTATAATAGAATAAGAGGTTTTAACGATTTGAAA
66 TGAATAGGCTTATATGAACTAAAAAATTATTTTATAACAGAACAAGAAGTTTTAACGATTTGAAA
19736 TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAACAT
131 TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAACAT
* * *
19773 ATTTACTTTTTAAATCTTTTA-CAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATT
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTAGC-AATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
19836 CTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAA-AAGTTTGTAATGATT
65 CTGAATAGGCTTATATGAACT-AAAA--AATTATTTTATAACAGAACAAGAAGTTT-TAACGATT
19897 TGAAATAGATAAT
126 TGAAATAGATAAT
19910 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 13, Indels: 11
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.01
165 10 0.08
166 67 0.56
167 41 0.34
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (167 bp):
ATTTACTTTTTAAATCTCTTAGCAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TGAATAGGCTTATATGAACTAAAAAATTATTTTATAACAGAACAAGAAGTTTTAACGATTTGAAA
TAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAACAT
Found at i:20035 original size:346 final size:347
Alignment explanation
Indices: 19418--20052 Score: 745
Period size: 346 Copynumber: 1.8 Consensus size: 347
19408 ATTGGATTTG
* **
19418 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTAATTAT
1 GTAAACAGATTTACTTTTTAAATCATTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTAATTAT
* *
19483 TTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
66 TTAATTCTGAACAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
19548 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGCTTCGACAAATAAATTTATT
131 ATTTGAAATAGATAATTATT-ATAAAGGCATAATTATTTAAACTGATTCGACAAATAAACTTATT
* * * * * * *
19613 TTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAT
195 TTTTAAATCTCTCAACTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
*
19678 GCTTATATGAACTA-AAA-AATTATTTTATAATAGAATAAGAGGTTTTAACGATTTGAAATAGAT
260 ACTTATATGAAC-AGAAACAATTATTTTATAATAGAATAAGAGGTTTTAACGATTTGAAATAGAT
19741 AATGTTCAAATAGGAACTAATATA
324 AATGTTCAAATAGGAACTAATATA
* * * *
19765 GTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTTTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGT-GTT
1 GTAAACAGATTTACTTTTTAAATC-ATTACAAATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTAATT
* * * **
19828 ATTTTATTCTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGTTTG
64 ATTTAATTCTGAACAAGCTTATATGAACTG-AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCA
* * * * **
19889 TAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TGAAAGGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTG
126 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTAT-AAAGGC-ATAATTATTTAAACT-GATTCGACAAATAA
* *
19952 ACTTATTTTTTAAATTTC-CAACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
188 ACTTATTTTTTAAATCTCTCAAC-TATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
*
20016 -TCAAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
252 CT-AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTAT
20053 GATAAAACAA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 37, Indels: 24
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
344 1 0.00
345 16 0.07
346 123 0.51
347 79 0.33
348 20 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (347 bp):
GTAAACAGATTTACTTTTTAAATCATTACAAATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTAATTAT
TTAATTCTGAACAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTATAAAGGCATAATTATTTAAACTGATTCGACAAATAAACTTATTT
TTTAAATCTCTCAACTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAAA
CTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAATAGAATAAGAGGTTTTAACGATTTGAAATAGATAA
TGTTCAAATAGGAACTAATATA
Found at i:20995 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 20425--23739 Score: 2362
Period size: 179 Copynumber: 18.7 Consensus size: 181
20415 TTAAATCTCC
* * **
20425 TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAA
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* * * * * * **
20490 ACAATTGTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGGTGATAGTTCAAATAAAC
66 ACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ***
20555 ATGACTATTTGAACTTG-TTCGATCAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * **
20607 TATTAATTTTT-AGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTT-TCGAATAAAATTGTATGAATAG
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** *
20670 -AACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
20734 CATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-T
* * * * *
20787 TAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGCTTTTACGAATAGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
** * *
20852 AACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
20917 TATAACTATTCGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
20969 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGCATGAACA-
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
21031 AACCAATTGTTGTATCACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
21095 TCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
21149 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-T-TAT--AT----
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * **
21206 A-AA------T-TGA-AACA-AAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * *
21261 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTTA-TTTTTAAATC-TTTACT
131 TAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
21310 GATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-ATATAAGCTTATAT-AATCA
1 TATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * *
21372 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAT-AGTTTTAAATAAAAAATTGTTCAAATA
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * *
21435 GTCATAAAGATTTGAATTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
21490 TATTAA---TTG------TAAT---TTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATAAATATA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * ** * *
21542 AAAAATCGTTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGT
65 AACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
21607 TATAATTATTT-AGACTTG-TTCGATAAATATATTCA-TTTTTAAATCTCTTAAT
129 CATAACTATTTGA-ACTTGTTTGGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * * ** * *
21659 TATTAATTTTCAAAATATTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATTGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
21723 AATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAA-CAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
65 AACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * **
21787 TCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACT
* ** * **
21841 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * ** * ** *
21906 ACTATTATTTTATGATAGATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTT
66 ACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
21969 ACAACTATTTAAAC-TGGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * * * * *
22017 TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTTTTTTATTTTGAACAAACTTTATATAAACAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-TTGTATGAATAGA
* * * ** * *
22082 AATATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
22147 ATAATTATTT-AATCTAGTTAGGTAAACAAAATTACTTTTTAAATCTCTTACA
130 ATAACTATTTGAA-CTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
22199 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAATAG
* * *
22262 AAA-AATTGTTTTATGGCAAAAC---A----A-AA--ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
22316 CTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * *
22368 TATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TCAAAACAGCTTG-ATGAACAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
22431 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * *
22496 ATAACTATTTTAACTAATTTGGTAAACA-ATTTATTTTGTAAATCTCTTACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
22547 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATA-CAATCA-A
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * * * * * * *
22610 AACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * ** *
22675 ATAATTATTTGAAC-TGACTTGG-TAA-ATATTGACTTTTTAAATCACTTAAT
130 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
22725 TATTAGTTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
22789 AACAATTGTTTTGTGAC-AAA-AAAAGGTCAGAACGATTTTG--ATAGACAATTGTTTAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
22850 CATAACTATTCGAATTTATTTGGTAAAA-A-ATTTATTTTTTTAAACTCTTGT--T
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGG-AAAACATATTTA-TTTTTTAAA-TCTTTTACT
* * *
22902 TATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTAT-TATGAACT-G
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAA-TAG
* * *
22965 AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
23029 TCATAACTATTTGAATTTG-TCCGATAA-ATGGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAT--ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT
* * ** * *
23084 TATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAG-ATATG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * * * * * * *
23147 AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * ** * * * *
23212 TTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTTCTTTTTTAAATC---T-CT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
23261 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAAC-GAATAAGCTTCTATG-ATCAG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * ** *
23323 AAATAATTGTTTTATG--AAAA-AAAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAG
*
23384 TCATAACTATTTGAA-TTGGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
128 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
23438 TACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-GTCA-A
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * * ** *
23501 AAAAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GAC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T
* * * * * *
23564 CATAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTT-TT
129 CATAACTA-TTTGAACTTG-TTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
23615 TATT-ATTTTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAACTAAGCTTGTATTAACT-
1 TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * ** * *
23677 TAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
23740 GGTAAACAGA
Statistics
Matches: 2478, Mismatches: 497, Indels: 319
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.00
161 43 0.02
162 10 0.00
163 67 0.03
164 6 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 46 0.02
169 118 0.05
170 102 0.04
171 7 0.00
172 8 0.00
173 63 0.03
174 6 0.00
176 116 0.05
177 261 0.11
178 268 0.11
179 415 0.17
180 308 0.12
181 193 0.08
182 344 0.14
183 87 0.04
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
Found at i:21366 original size:161 final size:163
Alignment explanation
Indices: 21073--21368 Score: 413
Period size: 161 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
21063 TAATATTTTG
* *
21073 AAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTA
* * * * *
21138 ATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA
66 AATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTA
21203 TATAAATTGAAACAAAAAGGTCACAATGATTTA
131 TATAAATTGAAACAAAAAGGTCACAATGATTTA
* * * *
21236 AAATAGATAATTATTT-GAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTTA-TTTTT
1 AAATAGATAATTATTTAG-ATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTT
* *
21299 AAATCT-TTACTGATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-ATATAAGC
65 AAATCTCTTACTCATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGA-ATAAAC
21361 TTATATAA
128 TTATATAA
21369 TCAAAAACAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 13, Indels: 8
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.04
161 51 0.44
162 11 0.09
163 50 0.43
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (163 bp):
AAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTA
AATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTA
TATAAATTGAAACAAAAAGGTCACAATGATTTA
Found at i:22365 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21578--23526 Score: 847
Period size: 182 Copynumber: 11.0 Consensus size: 169
21568 AGGTTATAGC
* * * * * * * * *
21578 GATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAGACTTGTTCGATAAATATATTCA-
1 GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-ACTAGTTTGGTAAACA-ATTTAT
* ** * * *
21642 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTTGAAT
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
** * *** * *
21706 AATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAA
128 AAGCTT-GATGAACAAAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
21750 GATCATAACAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAA
1 G--------A-TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTTGGTAAA
* ** * * **
21815 TATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
56 CA-ATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
21879 AATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATT-TTATGATAGATAAAAAGTCATAACA
119 ATTCTAAATAAGCTTG-ATGAACA-AAA--ATAATTGTT-TTAT-GA-CAAAA--CA-AA-A
* * ** * * * * * *
21940 -ATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTACAACTATTTAAACTGGTTAGATAAATAAATTTAT
1 GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTTGGTAAA-CAATTTAT
* * * * * *
22004 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTTTTTTATTTTGAACA
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * **
22065 AACTTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAA
129 AGC-TT-GATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC---A----A-AA
* * * * *
22116 GGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTAATCTAGTTAGGTAAACAAAATTA
1 -GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA-CTAGTTTGGTAAAC-AATTTA
* * *
22181 CTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAA
63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAA
* *** *
22245 TAAGCTATTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGGCAAAACAAAA
127 TAAGCT-TGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
22288 -ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGACAATTTATT
1 GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTTGGTAAACAATTTATT
* * * *
22352 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TCAAA-A
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA
* *
22415 CAGCTTGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
129 -AGCTTGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * *
22457 GGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAATTTGGTAAA
1 GATT-TAA--A-AT--AG-AT--AATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTAACTAGTTTGGTAAA
* *
22522 CAATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
56 CAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
22587 TCTGAATAAACTT-ATACAATC-AAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA
121 TCTAAATAAGCTTGAT-GAA-CAAAAATAATTGTTTTATG-----ACAAAA--CAA-AA
* * * * * * * * *
22644 TGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GACTTGGTAAA-TATTGA
1 -GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAG-TTTGGTAAACAATTTA
* * * * * * *
22707 CTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* ** * * *
22772 AAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAAAAAGGTCAGAAC
128 AAGCTTG-ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC---AAAA---CA-AAA
** * * * * *
22822 GATTT-TGATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTCGAATTTA-TTTGGTAAAAAATTTAT
1 GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TAA-CTAGTTTGGTAAACAATTTA-
** * * **
22885 TTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* ** * *
22949 AAGCTATTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
128 AAGCT-TGATGAACAAAAATAATTGTTTTATG-----ACAAAA---CA-AAA
* * * * ** * **
23001 GATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTCCGATAAATGGATTTA
1 GATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTTGGTAAA-CAATTTA
* * * * * *
23065 TTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAA
63 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * *
23129 ATAAGCATG-T-AAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
126 ATAAGCTTGATGAACA-A--AAATAATTGTTTTATGAC--AA-AACA----A-AA
* * ** * ** * *
23182 TGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTTC
1 -GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTTGGTAAA-CAATTTA
* * * *
23247 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAAC-GAA
63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAA
* * *
23306 TAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTATG--AAAA-AAAA
127 TAAGCTT-GATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * *
23347 GATCTTAACAATTTGAGACTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAA
1 GAT-TTAA-AA--T-AG----ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTTGGTAAA
*
23412 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
56 CA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** *
23477 TTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAA-AATTATTTTATGACAAAA-AAAA
120 TTCTAAATAAGCTTG-ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
23526 G
1 G
23527 GTCATAACGA
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 277, Indels: 271
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 6 0.00
166 3 0.00
168 13 0.01
169 84 0.06
170 49 0.04
171 7 0.01
172 10 0.01
173 53 0.04
174 9 0.01
175 4 0.00
176 107 0.08
177 189 0.14
178 165 0.12
179 199 0.15
180 120 0.09
181 75 0.06
182 220 0.16
183 12 0.01
184 11 0.01
185 5 0.00
186 6 0.00
187 4 0.00
188 4 0.00
189 2 0.00
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTAGTTTGGTAAACAATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG
CTTGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
Found at i:23333 original size:535 final size:532
Alignment explanation
Indices: 20620--25577 Score: 1620
Period size: 535 Copynumber: 9.4 Consensus size: 532
20610 TAATTTTTAG
* * * ** * * *
20620 AATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAAATTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAACGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
20684 GACCAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
66 GA--AAA-AAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
** * * * * * *
20749 TTGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATT
128 TTATTTGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * ** *
20814 AGTATTATTTTTATTCTGAATAAGCTTTTACGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAA
191 AGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGC-TTTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAA
* * * ** **
20879 GGTCATAATGACTTGAAATAGAT--AATTCTTCAAATAGTTATAACTATTCGAACGTGTTTAGA-
252 GGTCATAATGATTTGAAATA-ATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAATCCGAT
* * * *
20941 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
315 AAACA-ATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * *
21004 TTTATTTCAAATAAGCTTGCAT-GAA-CAAACCAATTGTTGTATCACAAAACAAAAGTTCATAAT
378 TTTATTCCAAATAAACTT--ATACAATCAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAGGTAAGAAT
* * * * * *
21067 -ATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATG--TTCGGTAAACATATT
441 GA-TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGACTT-AGT-AA-ATATT
* * * * * * * * *
21129 CATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGG
501 GACTTTTTAAATCACTTAATTA-TAGTTTTCGA
* *** *
21162 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-T-TAT------ATA-AATTG----A-
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAACGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * ** * * *
21213 -AACAAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAACTTG
66 GAAAAAAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA
** * * * * *
21277 TTCAGTAAGCATATTTA-TTTTTAAATCT-TTACTGATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAA
131 TTTGGTAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
21339 TATTATTTTAATCT-ATATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G
193 TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTT-TATGAA-CAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGG
* * * ** * ** *
21401 TCATAAT-AGTTTTAAATAA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAA
254 TCATAATGA-TTTGAAATAATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCGATAAA
* * * *
21464 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TT----G--TAAT---TTTGTATTATTTTA
318 CA-ATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * **
21517 TTTGAAATAAGCTTGTATA-AAT-ATAAA-AAATCGTTTTTATGA-CAGAACAAAAGGTTATAGC
382 TTCCAAATAAAC-T-TATACAATCA-AAACAAAT--ATTATATGACCA-AACAAAAGGTAAGAAT
* * * ** * *
21578 GATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTT-AGACTTG--TTCGATAAATATAT-
441 GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGA-AC-TGACTTAG-TAAATAT-TG
* * * *
21639 TCATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAA
502 AC-TTTTTAAATCACTTAATTA-TAGTTTTCGA
* * *** ** * ** * *
21672 AATATTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTT
1 AATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATAACGAATAAACTTCTATGAACAGAAACA-ATTGTTTT
* * * * * *
21736 ATGACAAAAGAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-
64 ATG--AAAA-AAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * ** * * * **
21800 ATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
126 ATTTA-TTTGGTAAA-AAATTTATTTT-TTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *** * ** * *
21864 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATGAT-AGATA-
187 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAACA-AAAAAATTGTTTTATG-TCA-AAAC
** * * * * * ** **
21927 AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTCCTCAAATAGTTACAACTATTTAAACTGGTTAG
248 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCG
* * * * * * *
21990 ATAAATAAATTTATTTT-TTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTT
313 ATAAA-CAATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * * * *
22051 TTTTATTTTGAACAAACTTTATATAAACAAAA-ATAT-TTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCAT
377 TTTTATTCCAAATAAAC-TTATACAATCAAAACAAATATTATATGAC--C-AAACAAAAGGTAAG
* * * * * * *
22114 AAGGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTT-AATCT-AGTTAGGTAAACAAA
438 AATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-CTGACTTA-GT--A-AAT
* * *
22177 ATT-ACTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTGA
498 ATTGACTTTTTAAATCACTTA-ATTA-TAGTTTTCGA
* * * * * **
22212 AATATTAATAAATTCATTTTATTTTAT-TCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAA-AATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAAC-GAATAAACT-TCTATGAACAGAAACAATTGTTTT
** * * * * *
22274 ATG---GCAAA-A-CA-AA-AATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-C
64 ATGAAAAAAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * * * * *
22331 TAGTTTGGCAGACAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTA
129 TA-TTTGGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
22396 GTATTATTTTA-TTTCAAAACAGCTTGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAT-AGAACAAAAGG
192 GTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGG
* * * * ** *
22459 TTATAATGATTTGAAGT-ATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAATTTGGTAAAC
254 TCATAATGATTTGAAATAATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCGATAAAC
* *
22523 AATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
319 AATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * *
22588 CTGAATAAACTTATACAATCAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
384 CCAAATAAACTTATACAATCAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAGGTAAGAATGATTTAAA
* * * *
22653 ATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGACTTGGTAAATATTGACTTTTTAAATC
449 ATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGACTTAGTAAATATTGACTTTTTAAATC
22718 ACTTAATTATTAGTTTTCGA
514 ACTTAATTA-TAGTTTTCGA
* *** * * *
22738 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAACGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
22803 GACAAAAAAAGGTCAGAACGATTT-TGATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTCGAATTT
66 GA-AAAAAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
*
22867 ATTTGGTAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
130 ATTTGGTAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
22931 TATTATTTTATTTTGGATAAGCTATTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTC
193 TATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTC
* * * ** **
22996 ATAATGATTTTAAATAAT-TAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTCCGATAAATGG
256 ATAATGATTTGAAATAATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCGATAAA-CA
* * * **
23060 ATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTAT
320 ATTTATTTTGT-AAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* * * * * *
23124 TCCAAATAAGCATGTA-AGATAT-GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATT
383 TCCAAATAAAC-T-TATACA-ATCAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAGGTAAGAATGATT
* *** * *
23187 TAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAATAAATT-TCTTT
445 TAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGACTT-AGTAAAT--ATTGAC-TT
* *
23250 TTTAAATCTCTT-ATTA-A-TTTTTGA
506 TTTAAATCACTTAATTATAGTTTTCGA
* * * *
23274 AATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAACGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
** *
23338 GAAAAAAAAGATCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
66 GAAAAAAAAGATCAGAACAATTTGAGA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
* * * * *
23402 GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
130 ATTTGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * *
23467 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAAAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCA
193 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAACAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
23531 TAACGATTTGAAATAGAT--AA-TCATTCAAAT-GACCATAATTACTTT-AATTGATTCGGTAAA
257 TAATGATTTGAAATA-ATACAATTC-TTCAAATAG-TCATAACTA-TTTGAACTAATCCGATAAA
* ** ** * * *
23591 CAAATTTATTTT-TAAA-ATTTTTTTTATT-ATTTTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTT
318 C-AATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTT-TCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * * * * **
23653 ATTTCAACTAAGCTTGTATTAA-CTTAAACAATTATTTTATGA-CAAATCAAAAAGTTATAACAA
381 ATTCCAAATAAACTTATA-CAATC-AAAACAAATATTATATGACCAAA-CAAAAGGTAAGAATGA
* * * ** * * **
23716 TTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT-GGTA-AAC-A---G-ACTTATTTTTTTAAATA-T--C--T
443 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA-CTTAGTAAATATTGACTTT
*
23769 TT--CTCA-TT-A--AT--TTTT-G-
507 TTAAATCACTTAATTATAGTTTTCGA
** * * * * * * *
23785 AATGCTAATAAATTATTATTAATTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACTGGAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAAC-GAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
23849 TGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA
65 TGA--AAA-AAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*** ** * * * * *
23914 CCAATTCAGTAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATT
127 TTTATTTGGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** ** * * * * *
23979 AGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATACAAACAAAACAATTATTTTACGACAAAAGAAAAGGT
191 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAACAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGT
** * * * * * * * *
24044 CATAACAATTTAAAATAGAT--AA-TCATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGT-TGACAAT
255 CATAATGATTTGAAATA-ATACAATTC-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCGATAAA
* * * * ** * * *
24105 TAGATTT-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AAATATT-ATCAAATTAGCATTATTTT
318 CA-ATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAAT-AAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * * * * *
24167 ATTTCAAATAAA-ATAGTATGAA-CAGAACCAAT-TGTTTGATTA-CAAATAAAAAGTTATAACG
381 ATTCCAAATAAACTTA-TA-CAATCAAAACAAATAT-TAT-ATGACCAAACAAAAGGTAAGAATG
* * * * * * * *
24228 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTAGTAAACAGATTTATT
442 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGACTTAGT-AA-ATATTGACT
* *
24293 TTTTAAATCTCTTACGAATTA-A-TTTTCTA
505 TTTTAAATCACTT---AATTATAGTTTTCGA
* *** * * *
24322 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCA-AAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAACGAATAAACTTCTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * *
24386 TGCCAAAACAAAAG-TCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA
65 TG--AAAA-AAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** ** * * * *
24450 -CAAAATGGTCATAACA---A--TTTGAAA--------TA--AA----T-AAATGTTAATAAATT
127 TTTATTTGGT-AAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
24494 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATG-AATAAACAATAG
191 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGTCA-AAACAAAAG
* * * * * ** * *
24558 GTCA-GA-GATTTGAAATAGAT--AATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-AGCA
253 GTCATAATGATTTGAAATA-ATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCGA-TA
* * ** * *
24618 AACACATTT-TTTT-TTAA-ATC-T-CCTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
316 AACA-ATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTA-TT
* * ** ** * * ** * * *
24678 TTATCTGC--ATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATG
379 TTAT-TCCAAATAAACTTATACAATC-AAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAGGTAAGAATG
* * * * * * * * * * *
24740 A-TT-AGATTGATATTTGTTCAAATAGTC-TAACTATTTGAA-TG-GTTCGAAAAAAGTTTTAGT
442 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGACTTAGTAAATA--TTGACT
* * * * *
24800 TTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAA
505 TTTTAAATCACTTAATT-ATAGTTTTCGA
* ** ** * *
24829 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAACGA-ATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
24893 TGACAAAATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATCTTT
65 TGA-AAAA-AAAGATCAGAA-CAATTTGAG--A-TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTAT
* *** * * * * * *
24957 TTTAACTTT-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTCAAATGTT
122 TTGAA-TTTATTTGGTAAA-AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATT
** * * *
25021 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATATCTAA
183 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAA-CAAAAAAATTGTTTTATGTCAAA
* * * * * * * * *
25086 ACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAA-ATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAACT-AGC
246 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATC
* * * ** * * *
25149 TCG-CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTGGTA
311 -CGATAAACA-ATTTATTTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * * ** * * *
25213 TTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAA--AAGGAACAATTGTTTTATGA-TGAA-TAAAGATC
374 TTATTTTATTCCAAATAAACTTATA-CAATCAA--AACAAATATTATATGACCAAACAAAAGGTA
* * * * ** ** * *
25274 ATAA-CATTTTGAGATAGATAATTATTCAAAT-GTTATAACTATTTGAACTGTTTTA-AAAAGAT
436 AGAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGACTTAGTAAATAT
* * ** *
25336 TTAGTTTTTAAATGTCTT-ATTA-A-TTTTCAA
500 TGACTTTTTAAATCACTTAATTATAGTTTTCGA
* * * ** * *
25366 AATATTAATAGATCAATATTATTTTA-ATATGAATAATTTTGC-ATCAACAGAAACAATTATTTT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATA-ACGAATAAACTT-CTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* ** * * * * *
25429 ATGACAAAAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
64 ATGA-AAAAAAAGA-TCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *** * *
25493 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-CAACTTATTAATTTTT-TAATATTAATAAGTT
127 TTTATTTGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
25556 AGTATTATTTTATTTTGAATAA
191 AGTATTATTTTATTTTGAATAA
25578 AATTGTATTA
Statistics
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0.73 0.15 0.13
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATAACGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
GAAAAAAAAGATCAGAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA
TTTGGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTTGAATAAGCTTTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATAATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCGATAAACAATTTAT
TTTGTAAATATCTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
AACTTATACAATCAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAGGTAAGAATGATTTAAAATAGATA
ATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGACTTAGTAAATATTGACTTTTTAAATCACTTAAT
TATAGTTTTCGA
Found at i:24381 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 23741--24450 Score: 607
Period size: 180 Copynumber: 4.0 Consensus size: 178
23731 TGTTCAAATG
* * * ** *
23741 GTAAACAGACTTATTTTTTTAAATATCTTTC-TCATTAATTTTTGAATGCTAATAAATTATTATT
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATATCTTACGT-ATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *** * *
23805 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAA
64 ATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * * * *
23870 CGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACCAATTCA
128 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTATTTA
* * *
23922 GT-AACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
23986 TTTTAATCAGAATAAGCTTATA-CAAACAAAACAATTATTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* * * * *
24050 AATTTAAAATAGATAATCATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-
129 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTA
* * * * * *
24099 G-ACAATTAGATTT-TTTTTTAATTTTCTT-GGTTATTAAGTTTTAAATATT-ATCAAATTAGCA
1 GTA-AA-CAGATTTATTTTTTAAATATCTTACG-TATTAATTTTTAAATATTAAT-AAATTAGTA
* * * * *
24160 TTATTTTATT-TCAAATAAA-ATAGTATGAA-CAGAACCAATTGTTTGATTACAAATA-AAAAGT
62 TTATTTTATTCT-GAATAAACTTA-TATGAACCA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGT
* * ** *
24221 TATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTA
123 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-ATTTA
* *
24278 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
24343 TTTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCAAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGTCTTAACA
65 TTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACA
* * * * *
24408 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAAC
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
24451 AAAATGGTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 78 0.19
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180 144 0.35
181 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTA
Found at i:25216 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 24479--25622 Score: 746
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
24469 TGAAATAAAT
* * * * *
24479 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
24544 TGAATAAACAATAGGTCAG-A-GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAA
66 TGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAA
24607 CTGGTTCAGCAAACACATTT-TTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTG
130 CTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * ** *
24653 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGCATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
** * * ** * *
24717 ATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGA-TT-AGATTGATATTTGTTCAAATAGTCTAACTATTTGAA
65 ATGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTAACTATTTGAA
* * ** * * **
24779 -TGGTTC-GAAAAAAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCA
130 CTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
24828 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
24892 ATGAC-AAA-ATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTT-TAAAAAGTCAAATC
65 ATGACTAAACA-AAAGATCAGAATGA-TTT--G-AAATA-AATAATTGTTCT-AATAGTCTAA-C
* * ** ** * * * *
24954 TTTTTTAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
122 TATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
25014 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* *
25079 T-ATCTAAACAAAATG-TTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTG
66 TGA-CTAAACAAAA-GATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTG
* *
25142 AACTAGCTC-GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
128 AACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * ** *
25194 GAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
25259 TGA-TGAA-TAAAGATCATAA-CATTTTGAGATAGATAATTATTCAAAT-GTTATAACTATTTGA
66 TGACTAAACAAAAGATCAGAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAG-TCTAACTATTTGA
* * * * * **
25320 ACTGTTTTA--AAA-AGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTCA
129 ACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** * * * *
25365 AAATATTAATAGATCAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
25430 TGAC-AAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
66 TGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAA
* ** * * * *
25493 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-C-AACTTATTAATTTTT-
130 CTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** *
25541 TAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
25605 ATGAAC-AAAC-AAAGATCA
65 ATG-ACTAAACAAAAGATCA
25623 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 169, Indels: 99
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 113 0.15
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173 26 0.03
174 72 0.10
175 102 0.14
176 60 0.08
177 40 0.05
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179 3 0.00
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185 10 0.01
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187 16 0.02
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
TGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTAACTATTTGAAC
TGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:28170 original size:532 final size:531
Alignment explanation
Indices: 27356--28640 Score: 1335
Period size: 534 Copynumber: 2.4 Consensus size: 531
27346 TTTGAAAATT
* *
27356 ATAAGAGATTT--AAAATAAATAT-TTTACCAAACCAATTC-AATAGTTAAGACTATTAGAAACA
1 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAAATCAAATAGTTAAGACTATTAG-AACA
* *
27417 ATTATCTATTTTAAATCATTCT--TCTTTTATTT-GTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAA
65 ATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAA
* * * *
27479 G-AT-TTTCAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAA
130 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT----AAGAGATTTAA
* * * *
27542 AAAATAAATCTATTTATCATACAAGTTCAAATATATTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAG
191 AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAAGATATTGACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAA
* * * * *
27607 TCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAA
256 TCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAA
* * *
27672 AATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAGT-TGTTT
321 AATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT
* * * * *
27735 TCTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCA-ATCATTATGATC-T
386 ACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAATATCAATCTCATATCATTATGACCTT
* * *
27797 TTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCT-AATCATACAAGCTTATTTGGATAA-AAATAATACTAA
450 TTGTTTTCTAAT-AAACAATTGTTTCTCAA-CATACAAGCTTA-TT-CA-AATAAATAATACTAA
27860 TTTA-ATAATATTCCAACAA-TTA
510 TTTACA-AATATTCCAA-AATTTA
* * * ** * * *
27882 GTGAA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCC-AACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATTAGAATA
1 AT-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAAATCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
* * * * * *
27945 ATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAAGTTCATACA
65 ATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATACA
** * *
28010 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACAGTCCAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAA
129 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAA
* * * *
28075 TATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATT-ACTATTTGAACGATTATCGATTTAAA
193 AATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAAGA--TATTGACTATTTGAACAATTATCGATTTAAA
* * *
28138 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGA
255 ATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGA
* * * ** * * *
28203 AAATAGTGCTAGTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
320 AAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
* ** * * ** *
28268 TACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACATCTATCTATTTCATATTGTTATTACCTT
385 TACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAATATCAATCTCATATCATTATGACCTT
* *
28333 TTGTTTTGTAATAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAATAAATAATACTAATTTAC
450 TTGTTTTCTAATAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTCAAATAAATAATACTAATTTAC
*
28398 AAATATTTCAAAATTTA
515 AAATATTCCAAAATTTA
* * * * *
28415 ATAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
1 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAAATCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
** * * * * *
28480 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTA-TAATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACA
66 TTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATT-TAGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATACA
* * * *
28543 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
129 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT-
*
28608 AAAAAATAAAT-TCATTTGTCAAACCAA-TTCAAA
189 AAAAAATAAATCT-ATTTATCAAA-CAAGTTCAAA
28641 CAATTATGAT
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 106, Indels: 57
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 7 0.01
527 2 0.00
528 40 0.06
529 22 0.04
530 18 0.03
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532 139 0.22
533 106 0.17
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535 34 0.05
536 18 0.03
537 32 0.05
538 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (531 bp):
ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAAATCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAG
CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAAGATATTGACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCGTT
ATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAA
TACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGA
ATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAATATCAATCTCATATCATTATGACCTTTTGTTT
TCTAATAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTCAAATAAATAATACTAATTTACAAATAT
TCCAAAATTTA
Found at i:28335 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 26758--28853 Score: 904
Period size: 177 Copynumber: 12.0 Consensus size: 178
26748 AATCATAATG
* ** * * * *
26758 ACCTTTTGTTTTATAATTTAACAATTATTGTCCATACATAAAAGCTTA-TAAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATT-T-TATTCACAAAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATA
* * * * * * * *
26822 TTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAA
63 CTAATTTACTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAA
* * * * * *
26885 TC-AGTTCAAATAATTATGGCCATCTTGAATAATTATCTATTTCAAA-T-TTATG
125 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * ** * *
26937 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTCTATTCATACAA-TTTATTTGAATAAAGTAATACT
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA-TTTTATTCACAAAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACT
* * * * * *
27001 AATTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATGAGT-GGAGATTT-AAAAAATAAATCTG-TTA--GAA-A
65 AATTTACTAATATTTC-AAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* ** **
27059 AGTT-AAATAATTATGACTATTTGAATTATTA--TATTTCAAATCATTATA
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
** * * * * *
27107 TAATTTTTG-TTTAT-ATAAAA-AATT-TTTTATTCATACAA--TTATTTGAAATAAAATAATAC
1 -ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTATTCACAAAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATAC
* * * * * * * *
27166 TAA--TATTAATTTTTGAAAA-T--TAATAAGAGATTT-AAGAATTAAATATGTTTTGCCAAACC
64 TAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTG-TTTACTAAA-C
* * ** *
27225 AA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTATG
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
** * * ** * * * * *
27275 ATTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGCTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAATAAAAT-AT-TTA
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTATTCACAAAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTA
* * * *
27338 A---ATTAATATTTGAAAA-T--T-ATAAGAGATTT---AAAATAAATAT-TTTACCAAACCAA-
66 ATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAG
* * * ** *
27391 TTC-AATAGTTAAGACTATTAGAAACAATTATCTATTTTAAATCATTCT-
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * * * *
27439 -TCTTTT-ATTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAAGATT-TTCAAATAAAATAATAGT
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCACAAAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACT
* * ** * * *
27501 AATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-TCATA
65 AATTTACTAATATTTC--AAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAA
* *
27563 CAAGTTCAAATA--TATTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATG
126 CAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATA
* * * * * * *
27615 ACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCACAAAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATAC
* * * * * * * *
27680 TACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAACT-AAGTTGTTTTCTGAAC
64 TAATTTACTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC
* * * * ** *
27742 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC-AATCATTATG
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * * ** *
27793 ATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TATTCACAAAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATAC
* * * * * * * * * *
27857 TAATTTAATAATATTCCAACAATTAGT--GAA-AGATTT-TAAAAATAAATGTATTTGC-CAACC
64 TAATTTACTAATATTTCAA-AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * * * * ** *
27917 AGTTTAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTA
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* ** * * * * * * ** *
27968 ACCTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TA-TTCACAAAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATA
* * * * * * *
28033 CTAATTTATTAACAGTCCAAAA--ATTAATAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACA
63 CTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * * * * *
28096 AGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACGATTATCGATTTAAAATCGTTATG
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * *
28147 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGC
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCACAAAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATAC
* * * * ** * *
28212 TAGTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTACTGAAT
64 TAATTTACTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC
* * * * * *
28276 AAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAAC-ATCTATCTATTTCATATTGTTATT
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATTGTTATA
* *
28328 ACCTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATT-GTTT-TTCAACATACAAGCTTATTC-AAATAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTATTC-ACA-A-AAGCTTATTCAAAAAAAATAATA
* * *
28389 CTAATTTACAAATATTTCAAAATT--TAATAAGAGGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
63 CTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-C
*
28451 AA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * *
28502 ACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TATTCACAAAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATAC
* * ** *
28567 TAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTCATTT-GTCAAA
64 TAATTTACTAATATT-TCAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAA
* * * * * ** * *
28631 CCAA-TTCAAACAATTATGATTATATGAACAATTATTTAACTCAAATTTTTATG
126 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * ** * * * * * *
28684 ACCGTTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTTAGCTGATACAAGCTTATTCAAAATAGAGTAGA-A
1 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTA-TTCACAAAAGCTTATTCAAAA-AAAATA-ATA
* * * * * * * ** *
28748 ATAATTTATTAATATTTCAAAATT--TTATAAAAGATTT-AGAAAATAATTTTATTTACCGAACT
63 CTAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * *
28810 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAAT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
28854 CATTATGACA
Statistics
Matches: 1516, Mismatches: 301, Indels: 202
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 19 0.01
162 31 0.02
163 36 0.02
164 39 0.03
165 18 0.01
166 44 0.03
167 39 0.03
168 45 0.03
169 31 0.02
170 24 0.02
171 35 0.02
172 16 0.01
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174 126 0.08
175 80 0.05
176 85 0.06
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178 162 0.11
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180 66 0.04
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTATTCACAAAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTA
ATTTACTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
Found at i:28726 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 28363--28845 Score: 452
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 177
28353 GTTTTTCAAC
* *
28363 ATACAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTACAAATATTTCAAAATTTAATAAGAGGTTT
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTAAAAATTTAATAAGAGATTT
** * * * **
28426 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAAATCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATCTAACTC
* * * *
28491 AAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTCTATTT
131 AAATTGTTATAACAGTTTATTCTATAATAAAACAATTACTTCTACTG
**
28538 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATT-TAAAAATT--TAA-TAAGAG
** * * *
28603 ATTTAAAAAAATAAATTCATTTGTCAAACCAATTCAAACAATTATGATTATATGAACAATTATTT
62 ATTT-AAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAAATCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATCT
* * * * * * * *
28668 AACTCAAATTTTTATGACCGTTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTT-TAGCTG
126 AACTCAAATTGTTATAACAGTTTATTCTATAATAAAACAATTACTTCTA-CTG
* * * ** * * *
28720 ATACAAGCTTATTCAAAATAGAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAAAGATT
1 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTACAAATATTTAAAAATTTAATAAGAGATT
* * * * * ** * * * *
28784 TAGAAAATAATTTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGGACAATTATCTA
65 TAAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAAATCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATCTA
28846 TTTCAAATCA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 49, Indels: 16
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.06
176 4 0.02
177 69 0.28
178 16 0.06
179 2 0.01
180 3 0.01
181 18 0.07
182 123 0.49
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (177 bp):
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTAAAAATTTAATAAGAGATTT
AAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAAATCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATCTAACTC
AAATTGTTATAACAGTTTATTCTATAATAAAACAATTACTTCTACTG
Found at i:30681 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 30266--35998 Score: 4280
Period size: 181 Copynumber: 31.8 Consensus size: 181
30256 AACTATAAGC
* * * *
30266 AAACACATTT-TTTTTT-AATCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * ** * * *
30329 TTAATCTAAATAAGTTTGTAT-AA-AGGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATG
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
30391 ATTTGAGATAGATAATTCTTCACATAGTCAAAACCATTT-AAATTGTTTTTGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGT
* * ** *
30443 AAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
30504 TTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATTAAAAAATAAAAGGTCATAACGA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * *
30569 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTTTTTGAACTTGTTTGGT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * ** *
30620 AAATAGATTT-TATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 AAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** *
30684 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAAATATCATAACT
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** *
30749 ATTTGCAAA-A-ATAATTGTTCAAATAGGTATAATAACTA-TTAAACTTACTTAGT
130 ATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATA-G--TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* *
30802 AAATAGATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAT
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
30861 TTTATTTTGAATACGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTTCATGACAAAACAAAAGGTCAAAACT
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
30926 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACATGTTTAGA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * *
30978 AAATAGATTTATTTTTAAAAT-T-TT-TTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
31040 TTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAAC
65 TTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * ***
31103 GATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACAATTCGAACTTGTTCAAT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * ** * *
31156 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *** * **
31221 TTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * *
31286 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTAGGT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * * *
31337 AAACATATTTGTTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *** *
31402 GTAATCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAAC---TGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACG
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACG
* * * * *
31463 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * *
31515 AAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
31579 TTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAGAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAGC
65 TTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * ***
31643 AATTTGAAATAGGTAATTGCTT-AAATAGTCATAAGTATATGAATTTATTCAAT
129 GATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * ** **
31696 AAACAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAG
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * * * * *
31761 TTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTGCTTTGTCACAAAACAAAAGGTCATAATGA
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * *** *
31826 TTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGTA-TTAGTCAAGC
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGT
* * * * **
31877 CAATAGATTAATTTTTTAAGTC-CATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAACATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
31940 CTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATA
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
* * * *
32003 ACG-TTAGAAATA-AGTAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAAC-TGATTTGGT
127 ACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGT
* ** *
32057 AAATTA-ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
32117 TTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAA
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
32181 CCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTTACTAATTGAA-TTGGTTTGGC
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGT
* * * * ** *
32235 AAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTGTTAGATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * **
32299 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAA
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** ***
32364 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTCAAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * *
32416 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * *
32481 TTATTCCT-AATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAACA
66 TTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
32545 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAA-TGATTTAAAC-TGCTTCGAT
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** * ** * * *
32597 AAATTGATTTATTTTTTCAATCTCGAACTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * * * * *
32662 TCATTTT-ATATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACG
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* * * * * *
32726 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTTATTCGAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * *
32778 AAACAAATTTATTTTTTAAAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTT-TAATATTAATAAAATAATATTA
1 AAACAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * ** * * * *
32841 TTTTATTTCAAATAAACATGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAAC
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * *
32906 GATTTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TTCCTATTTGAA-TTAGTTCGGC
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGT
* * * * ** * *
32958 AAACATATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *** * * * * * * *
33022 TTACTCCAAATATGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAAGATCAAAATC-
66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CG
* * * *
33085 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTCTAGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGT
* * * * * *
33137 AAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCCTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTA-TATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
33200 TTATTTTGGATAAGTTTTTTATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACA
66 TTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * **
33265 ACTTT-AAATAGATAATTGTCCAAATACTCA-ATCTATTTG---TTCTTACAGT
130 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGT
* * * * * * * *
33314 AAATAAATTTTTTTTTTAAATCTTTTGCCTCCCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACT--TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
**** * * * *
33379 ACTTTT-TAAAAAAATAACGCTTGTATGAAATAAAAATAATTATCTTTATGCCTAAAACAAAAGG
63 A-TTTTAT-TTTGAATAA-GCTTGTATG-AACAAAAACAATTGT-TTTATGAC-AAAACAAAAGG
* * * * * * *
33443 CCAGAAATGATTTTGAAATTGATAA-TGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTGGC
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* * * * *
33504 AACACA-TTTTATTATTTTAAATCCCTTGC-TATTAAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTAATT
1 AA-ACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * * *
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63 ATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAA--AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
* * * * **
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* * * * *
33689 GAACATATTTAGTTTTTAAATCTC--A--TATTAA-TTTTCAAACTATTAATATATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
33749 TTTATTCTAAATAA--TT-T-T---CAATGATCAGTTTGTTTTATGACAACACAAAAGGTCATGA
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* * * * **
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128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
33925 TTTATTCCGAACAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAA
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** * * * * *
33989 TAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * *
34043 AAAC-GAAATTATTTCTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
1 AAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
*** * * ** *
34106 TTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAGAA-AATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATA
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* * * * *
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127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGT
* * * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * **
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * * * *
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* * *
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130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * *
34767 AAACAAATTTATTGTTTAAAACTCTTCCTTATTGATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * **
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66 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
34896 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGCTTGAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * ** * *
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1 AAACAGATTTA--TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * *
35011 ATTTTATTCT-AGATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAA
63 ATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** * **
35074 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAAC-TGATTCGAC
126 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGT
* * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * *
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* * * *
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*
35307 AAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
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* * * * * ** ***
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* * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * ** * * * *
35553 TTTTA-TTCCATCTAAGCTAGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAA
64 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
35617 CGATTCT-AAATAAACAATTGTTCACATAGTAATAACCAATTGAATTTGTTCGAT
128 CGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * *
35671 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTA-TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
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65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ***
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* * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
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35980 TTTGAAATAGATAATTGTT
131 TTTGAAATAGATAATTGTT
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Statistics
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* * * * *
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506 ACTAATTGAA-TTA-TTCGGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTATA
* * * * * * *
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30970 TGTTTAGA-AAATAGATTTA-
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** * **
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* ** ** * *
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192 ATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
31243 AATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
256 AATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
31308 ATAGTTATGACTATTTGAACTTATTAGGTAAACATATTTGTTTTTGAAATCTTTTACTTATTAAT
321 ATAGTTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAAT
* * * * ** * *
31373 TGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTGTAATCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAAC---TG
383 T-TTAAAATATTAATAAAATAATATTA-TTTTATTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * * * * *
31435 TTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
446 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTTACTAA
* * * * *
31500 TTGAATTTATTCGGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-TGAATATTA
511 TTGAA-TTATTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAT-AATATTA
* * *
31564 ATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAGAATTATTTTATGACAAA
573 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAAGAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
31628 ACAAAAGATTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGCTT-AAATAGTCATAAGTATATGAATTTATT
637 ACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
*
31692 CAATAAACAGATTCAG
701 CAATAAACAGATTTAG
** * * **
31708 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAGTTATTCCAAATA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
* * * * *
31773 AGCTTGTAGGAATAGAAACAATTGCTTTGTCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
66 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** *
31838 ATTTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGTATTAG-TCAAGCCAATAGATTAATTTTTTAAGTC-CA
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAA-TAAATAGATTTATTTTTTAA-TCTCA
* * * * * *
31901 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAA
193 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* *
31966 TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACG-TTAGAAATA-AGTAATTGTTCAA
258 TAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAA
* *
32028 ATTGTTATAACTAATTGAACTGATTTGGTAAATTA-ATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTT
321 ATAGTTATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTT
* * * * *
32091 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTT
385 T-AAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * *
32156 TTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTTACTAA
448 TTA-TGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTTACTAA
* * * * * **
32220 TTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTGT
511 TTGAATT-ATTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-ATAATATTAA
* * * * *
32285 TAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
574 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAGAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
32350 AAAAGGTTATAAA-AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTCA
639 AAAAGATTA-AAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA
*
32414 ATAAACAGATTTAT
703 ATAAACAGATTTAG
* * * *
32428 TTTTTAAATCTCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
* * * * *
32493 AGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAACAATTTGAAATAGA
66 AGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
32557 TAATTGTTCAAATTGCCATAA-TGATTTAAACTGCTTCGATAAATTGATTTATTTTTTCAATCTC
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AATCTC
* * *
32621 GA--ACTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTTT-ATATAAGCTTTTAT
192 -ATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
32683 GAACT-GAAACAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC
255 GAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
32747 AAATAGTCT-TAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAAATTTTTTCTTAT
319 AAATAGT-TATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTT--AAA--TCTACTTAT
** * **
32811 TAATTTTTTAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATGAACTGAAACAA
379 TAATTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAACAAAAACAA
* * * * * *
32876 TTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TTCC
443 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTTAC
* * * *
32940 TATTTGAATTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTAGAATATT
508 TAATTGAATTA-TTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATT
* ** * * * *** * * *
33005 ATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATATGCTTGTATGAAT-AGAAGCAATTGTTTTATGGCAA
572 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAG-AATTGTTTTATGACAA
* * * **
33069 AAC-AAAGATCAAAATC-ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGG
636 AACAAAAGATTAAAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
* *
33131 TCTAGTAAATAGATTTAG
700 TC-AATAAACAGATTTAG
* * * * ****
33149 TTTTTAAATCTCCTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTA-TATTTTATTTTGGATA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * *
33212 AGTTTTTTATGAGCTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAACTTT-AAATA
66 AG-CTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATA
* * * * * * *
33275 GATAATTGTCCAAATACTCA-ATCTATTTG--TTCTTACAGTAAATAAATTTTTTTTTTAAATCT
128 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTT-CAATAAATAGATTTATTTTTT-AATCT
* * * * * * ****
33337 -TTTGCCTCCCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTT-TAAAAAAATAACGCT
191 CATT-ACT--TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTAT-TTTGAATAA-GCT
* * * * * *
33400 TGTATGAAATA-AAAATAATTATCTTTATGCCTAAAACAAAAGGCCAGAAATGATTTTGAAATTG
250 TGTATG-AATAGAAAA-AATTGT-TTTATG-ATAAAACAAAAGGTCA-TAACGA-TTTGAAATAG
* * * * *
33464 ATAA-TGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAA-TTAGTTTGGCAACACA-TTTTATTATTTTAAA
309 ATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAA-ATAGATTTATT-TTTTAAA
* * * * * * * *
33525 TC-CCTTGCTATTAAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTAATTGTTTTAATCTAAATAAGCCTTG
370 TCTAC-T--TATT-AATTTTAAAATATTAATAAAATAAT-ATTATTTT-ATTTAAATAA-ACTTG
* * * * * *
33589 TATGAAAAAGGAAACAATTGTTTAATGATCAAAATAAAGA-TCATAACGATTTGAGAGAGATAAT
428 TATGAACAA--AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
33653 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGTTTTCTTG--AACATATTTAGTTTTTAAATCTC--A
490 TGTTCAAATAGTCTTTACTAATTG-AAT-TATTC-GGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
33714 --TATTAATTTTCA-AACTATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA--TT-T-TCAATG
552 CTTATTAATTTT-ATAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA
** * * * * ** ** * * *
33772 ATCAG-TTTGTTTTATGACAACACAAAAGGTCATGATGATTTCAAATAGATAATTTTTCAAACA-
615 AAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
33835 TGCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT
680 T-CATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTAG
* *
33873 TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAC
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC-AA-
* * * * * ** *
33937 A-AAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAATAATTTTAAAT
63 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
34000 AGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAA-CGAAATTATTTCTTAAA
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCA-ATAAATAG-ATTTATTT-TTTAA
* * * * *** *
34063 TCTC-TTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGT
188 TCTCATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * *
34127 ATAAATTGAGAAAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGG
253 ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
34191 TCATATAGTCT-TAATTATTTGAATTGGTTTGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTA
317 TCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTA
* ** * * * * * * * *
34255 TTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAAT
378 TTA-ATTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * * ***
34320 AATTGTTTTATGACAAAACACAAAGTTATAACGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAAA
441 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTT
* * * * * *
34385 ACTATTTAAATTGGTAT-GGTAACCA-ATTTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
506 ACTAATTGAATT-AT-TCGGCAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAT
* * * * * *
34448 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAACTTGTGTG-ATAAAATACAATTGTTATA
566 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-AGAATTGTTTTA
* * * * * ** * * * * *
34512 TGACCAAACAAAAGCTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTGAAATGGCCATAATTATTTGAG
630 TGACAAAACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * *
34577 CTGATTCGGTAAACATATTCAC
695 CTTATTCAATAAACAGATTTAG
* ** * ***
34599 TTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATC-TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * *
34663 AAGCTTGTACGAATTGATACAAATGTTTTATGACCAAAGAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* *** * * * *
34728 TAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTC-
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAATAGATTTATT-TTTTAATCTCA
* * * * * * * *
34791 TTCCTTATTGATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAA
193 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * *
34856 CT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAA
258 -TAGAAAAAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
34919 ATAGTCATAACTATTT-AACTTG-CTTGATAAACATATTTATTTTTTTTCAAATTTTTTGCTTAT
321 ATAGTTATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTA--TTTTTT-AAA---TCTACTTAT
* ** * *** * * * **
34982 TAATTTTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTAAGATA-TGAAAC
379 TAA-TTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGA-ACAAAAAC
* * * * * * * * *
35045 AAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGT-TTT
441 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTT
* * * * * *
35109 AACTATTTGAACTGATTCGACAAACACAATTATGTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTT-TGAA
506 -ACTAATTGAA-TTATTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT--A
* * ** * * ** * *
35169 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAATAAGCTTCTAAGACCAAAAACAATTGTTTTTT
567 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAGAATTG-TTTTA
* *
35233 TGACAAAAC-AAAGATCT-TAACAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
630 TGACAAAACAAAAGAT-TAAAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * *
35295 AACTGGT-TTGGA-AAATAGATTTTAT
693 AACT--TATTCAATAAACAGA-TTTAG
* * * *
35320 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * *
35385 AACTTGTATG-ATAAAAAATAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGA
66 AGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
35449 TAATCGTTCAAATGGCCATAATTATATT-AACTAATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAA-TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT--AATCT
** ** * ** * *
35512 TTTTACTTATTAATTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTAGTAT
191 CATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
35576 TAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACGATTCT-AAATAAACAATTGTT
255 GAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
35639 CACATAGTAATAACCAATTGAATTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTTCTTA
318 CAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTAC-TT-AT-
** * * * * * * *
35702 TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCATGTATGAACTAAAACA
379 TAA-TTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAACAAAAACA
* * * * * * *
35767 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
442 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTTA
* * * *** * * * *
35832 CCATTTGAACTGATTCAATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
507 CTAATTGAA-TTATTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATAATA
* * * * * * * *
35897 TTATTAAATTATTATTAGTTTAATCTGAATAAGCTTGTACG--TACATAATAATTGTTTTATGAC
570 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAGAATTGTTTTATGAC
* * * * *
35960 AAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
634 AAAACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
35999 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 3962, Mismatches: 805, Indels: 475
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
711 7 0.00
712 61 0.02
713 111 0.03
714 50 0.01
715 39 0.01
716 120 0.03
717 227 0.06
718 145 0.04
719 106 0.03
720 855 0.22
721 641 0.16
722 127 0.03
723 237 0.06
724 353 0.09
725 348 0.09
726 319 0.08
727 58 0.01
728 42 0.01
729 20 0.01
730 51 0.01
731 37 0.01
732 6 0.00
733 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (716 bp):
TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAATCTCATTA
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
TATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTAAAAT
ATTAATAAAATAATATTATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTTACTAATTGAATTATT
CGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTAAAA
CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTA
G
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Alignment explanation
Indices: 30295--35998 Score: 4224
Period size: 901 Copynumber: 6.3 Consensus size: 895
30285 CTCTTACTTT
* * * * ** * *
30295 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGTTTGTAT-AA-AGGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACA-AAAA
** * * * * * * *
30358 CAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTCTTCACATAGTCAA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
30422 AACCATTTAAATTGTTTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTCAAAA
130 AACTAATTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-GAAA
* * * * * *
30483 TATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATTA
194 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGA
* * * * *
30548 AAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTTTTTGAACT
259 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
* * ** * ** *
30612 TGTTTGGTAAATAGATTT-TATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAAT
323 TATTCGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATT
* * * * *
30676 AGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAAAT
386 AGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
30740 ATCATAACTATTTGCAAA-A-ATAATTGTTCAAATAGGTATAATAACTA-TTAAACTTACTT-AG
450 ATTATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATA-G--TCATAACTATTTAAATTTA-TTGA-
* *
30801 TAAATAGATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTA
509 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
30860 TTTTATTTTGAATACGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTTCATGACAAAACAAAAGGTCAAAAC
573 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * *
30925 TATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACATGTT-TAGAAAATAGATTTA
637 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAGTAAACATATTTA
* ** **
30989 TTTTTAAAAT-TTTTTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAAAT
702 TTTTTTAAATCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG-AAT
* * * * * *
31052 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGA
765 AAGATTGTATCAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACGATTTTAAATAGA
* * **
31116 AAATTGTTCAAATAATCATAAC-AATTCGAACTTGTTCAATAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCT
829 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATT-GAAC-TGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCT
31179 -CTTGCCCA
891 CCTT----A
* * * * * *** *
31187 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAAC
** ** * * *
31252 AATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
31317 ACTATTTGAACTT-ATTAGGTAAACATATTT-GTTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAA
131 ACTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATT-TTGAA
* * * * ** *
31380 ATATTAATAAATTAATATTACTGTAATCCAAATAAGCTTT-TATGAAC--AAA-AACTGTTTTAT
193 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
* *
31441 GACAAAAC-AAAGAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
257 GACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
31505 TTTATTCGGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAAT
321 CTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAAT
* * *
31570 TTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAGAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
385 TAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
31635 ATTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGCTT-AAATAGTCATAAGTATATGAATTTATTCAATAAA
450 ATTATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTATT-GATAAA
* * * * ** **
31699 CAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAGTTA
513 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * *
31764 TTCCAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTGCTTTGTCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
578 TTTTAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** * * *
31829 GAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGTA-TTAGTCAAGCCAATAGATTAATTTTT
642 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAGTAAACATATTTATTTTT
* * * *
31893 TAAGTCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGAT
707 TAAAT-C-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGAT
**
31958 TGTATCAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACG-TTAGAAATA-AGTAAT
770 TGTATCAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACGATTTTAAATAGA-TAAT
* * * *
32021 TGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGATTTGGTAAATTA-ATTTATTTTTTAAATCT-CTTA
833 TGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTG-TTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTA
* * * * *
32084 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAAC
* ** * * * *
32149 ATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
66 AATTGTTTTA-TGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
32213 TTACTAATTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATA
129 TAACTAATTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGA-A
** * *
32278 ATATTGTTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATG
193 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATG
* ** * *
32343 ACAAAACAAAAGGTTATAAAAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
258 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * ** * *
32408 AATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
323 TATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA
** * * *
32473 GTATTATTTT-ATTCCTAATAAGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATG
387 GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * **
32536 -TTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAA-TGATTTAAACTGCTTCGATAA
450 ATT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAATTTATT-GATAA
** * ** * * * *
32599 ATTGATTTATTTTTTCAATCTCGAACTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTC
512 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
32664 ATTTTATATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACGAT
577 ATTTTAAATAAGCTTGTAGGAA-TAGAAACAATTGT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
32728 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTTATTCGA-TAAACAAATTTATTT
640 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAGTAAACATATTTATTT
* * * * *
32792 TTTAAAAATTTTTTCTTATTAATTTTT-TAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TCAAATA
705 TTT--AAA-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATA
* * * * * * *
32855 A-ACATGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAACGATTTTAAATAGA
766 AGA-TTGTATCAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACGATTTTAAATAGA
* ** * * * * *
32919 TAATTGTTCTAATAGTC-TTCCTATTTGAATTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAAACTCT
829 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACT-GTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTT-AAA-TC-
*
32983 TACTTA
890 TCCTTA
* ** * * * ** ** * * * *
32989 TTAA-TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATATGCTTGTATGAATAGAAGC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAAC
* * * * *
33053 AATTGTTTTATGGCAAAAC-AAAGATCAAAATCATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
33117 AC-AATTTGAATTGGTCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCCT-GCTTATTAATTTTGAAA
131 ACTAA-TTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTGAAA
* * * * * * *
33180 TATTAGTAAAGTAGTA-TATTTTATTTTGGATAAGTTTTTTATGAGC-TAAAACAATTGTTTTAT
194 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTAT
* * * * * * **
33243 GACAAAACAAAATGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTCCAAATACTCA-ATCTATTTGTT
257 GACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
33306 CTTA--CAGTAAATAAATTTTTTTTTTAAATCTTTTGCCTCCCATTAATTTTTCAAATGTTAATA
321 CTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACT--TATTAATTTTT-GAATATTAATA
** * *
33369 AATTAGTATTACTTTTTAA-AAAAATAACGCTTGTATGAAATAAAAATAATTATCTTTATGCCTA
382 AATTAGTATTA--TTTTAATTGAAATAA-GCTTGTATG-AATAAAAATAATTGT-TTTATGAC-A
*** * * * * *
33433 AAACAAAAGGCCAGAA-ATGATTTTGAAATTGATAA-TGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-T
441 AAACAAAAGATTATAACA--A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
** * * * * *
33495 TAGTTTGGCAACACA-TTTTATTATTTTAAATCCCTTGC-TATTAAATTTTGAAATATTATTAAA
503 TA--TTGATAA-ACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
33558 TTAGTAATTGTTTTAATCTAAATAAGCCTTGTATGAAAAAGGAAACAATTGTTTAATGATCAAAA
564 TTAGT-ATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTGTA-GGAATA-GAAACAATTGTTT-ATGA-CAAAA
* * * * * * *
33623 -TAAAGATCATAACGATTTGAGAGAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGTTTTC
623 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTC
* * * * * * * *
33687 --TTGAACATATTTAGTTTTTAAATC-T-CATATTAATTTTCAAACTATTAATATATTAGTATTA
687 AAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* ** ** * * *
33748 TTTTATTCTAAAT-A-ATT-T-TCAATGATCAGTTTGTTTTATGACAACACAAA-AGGTCATGAT
752 TTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAAC
* * * * * *
33808 GATTTCAAATAGATAATTTTTCAAACA-TGCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA
816 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTAATTGAAC-TGTTCGGTAAAAAGATTTA
33872 TTTTTTAAATCTCCTACCTA
879 TTTTTTAAATCTCCT---TA
* *
33892 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAACAAAACTTATATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAACTTATATGAACAAAAA
* * *
33957 CATTTGTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
34021 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACGAAA-TTA-TTTCTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
129 TAACTAATTGAATTGGTTTGGTAAAC-AAATTTAGTTT-TTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTG
* ** * *
34084 AAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTAT-AA-ATTGAGAA-AATTGT
191 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACA-T-A-AATAATTGT
* * * *
34145 TTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAATTAT
252 TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
34209 TTGAA-TTGGTTTGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTA
316 TTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTA
* * * * *
34273 TTAGATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
379 ATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
34337 ACACAAAG-TTATAACGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGGTA
443 ACA-AAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT--TA
* * * *
34401 -TGGTAACCA-ATTTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAG
505 TTGATAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
34464 TATTATTTTATTTTGATTAAACTTGT-GTG-ATAAAATACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGC
568 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTAG-GAATAGAA-ACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * * *
34527 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTGAAATGGCCATAATTATTTGAGCTGATTC-GGTAAAC
630 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAGTAAAC
* * * *
34591 ATATTCACTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
695 ATATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * *
34656 TTTGAATAAGCTTGTA-CGAATTGATACAAA-TGTTTTATGACCAAAGA-AAAT-GTCATAACAA
758 TCTGAATAAGATTGTATC-AA-TGA-AAAAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAATAGTCATAACGA
* * * *
34717 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAA-ATTTATT
818 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-CTGTTCGGTAAA-AAGATTTATT
*
34780 GTTTAAAACTCTTCCTTA
881 -TTTTAAA-TC-TCCTTA
* * * * * **
34798 TTGATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGA-TTTTATGAACTGAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTATATGAACAAAA
* * *
34861 ACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
64 ACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
34925 ATAACT-ATTTAACTT-GCTTGATAAACATATTTATTTTTTTTCAAAT-TTTTTGCTTATTAATT
128 ATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTA--GTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAA-T
* ** * * * * * * *
34987 TTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCT-AGATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAAT
187 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGTTTGTATGAACAT-AAATAATT
* * * * * * * **
35049 ATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTA
250 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
35114 TTTGAACTGATTCGACAAACACAATTATGTTTTAAATC---T-CTAATTAATTTTTGAAATATTA
315 TTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTA
* * * * ** * *
35175 TTAAATTAGTATTATTTTTAA-TCAAATAAGCTTCTAAGACCAAAAACAATTGTTTTTTTGACAA
379 ATAAATTAGTATTA-TTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTG-TTTTATGACAA
* *
35239 AAC-AAAGATCT-TAACAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
442 AACAAAAGAT-TATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT--
* *
35301 TT-TGGA-AAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
502 TTATTGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * * * *
35364 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-ATAAAAAATAATAGTTTTATGACAAAACAAAAG
566 AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTAGGAAT-AGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
35428 GTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATATT-AACTAATTCAA-TAA
629 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTATTCAAGTAA
* ** *
35491 ACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
693 ACATATTTATTTTTT-AAA--TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * * * *
35556 TATTC-CATCTAAGCTAGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACGA
755 TATTCTGA-ATAAGATTGTATCAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACGA
* * * * * * * * *
35620 TTCTAAATAAACAATTGTTCACATAGTAATAACCAATTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTT
818 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-CTGTTCGGTAAAAAGATTTATTT
35685 TTTAAATCTCTTTCTTA
882 TTTAAATCTC---CTTA
* * * * * * * *
35702 -TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCATGTATGAACTAAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAAC
* * * * * *
35766 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *** * * * * *
35831 ACCATTTGAACTGATTCAATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
131 ACTAATTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGAAAT
* * * * * * *
35896 ATTATTAAATTATTATTAGTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGTACAT-AATAATTGTTTTATGAC
195 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC
*
35960 AAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
260 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
35999 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 3826, Mismatches: 756, Indels: 451
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
892 47 0.01
893 47 0.01
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912 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (895 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTAATTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTATTGATAAACAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
AAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTA
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAATGA
AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTAATTGAACTGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTA
Found at i:37209 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 36570--37230 Score: 555
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
36560 AAATAATATT
* * * * * * * *
36570 ACTTATTCATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATCAAATTAG
1 ACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG
* * * * *
36635 TTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTC
66 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTC
* * *
36699 ATAAAATAACTATTTTTCA-TT-ATACAAGCCTATTCGATATAAAATTTTATAATACTA
130 ATAAAATAA-T-TTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA-ATAAAA---TA-AA-ACAA
* * * * * * * *
36756 ATTTACTAATATTTTAAAAACTAATAAGCAAGAGATGTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAG
1 ACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG
* * * * *
36821 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTTA
66 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * **
36886 TAGAACAATTATTTCT-GTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATA-GT
131 TAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAAAACAA
* * * * * * *
36936 ACTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACC
1 ACT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT
* ** * * ** * * *
37000 AGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATCCTTTAGTTT-AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTG
64 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * *
37064 TCGTAAAATAATTTTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAACAA
128 TCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTC-GAATAAAATAAAACAA
* * * *
37118 ACTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACCAAATTAG
1 ACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG
* *
37183 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCATTAT
66 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
37231 TAAAACAAAT
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 91, Indels: 33
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 11 0.03
181 207 0.56
182 13 0.04
183 2 0.01
184 1 0.00
185 8 0.02
186 127 0.34
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAG
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAAAACAA
Found at i:38023 original size:355 final size:357
Alignment explanation
Indices: 37404--38281 Score: 891
Period size: 355 Copynumber: 2.5 Consensus size: 357
37394 TGACCATTTA
* * * * * *
37404 TTTTGTCTAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTACTTTATT
1 TTTTGTCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATT
* * ** *
37469 AACATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATTTGTTAGACAAGTGCAAATAGTT
66 AACATTCCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAACAAATTTGTGAGACAAGTGCAAATAGTT
* * *
37534 ATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTGGTTTTATCACAAAACAATTG
131 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTAGCACAAAACAATTG
* * *
37599 TTTCTACTCATACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
196 TTTCTACTCATACAAGCATATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * *
37664 AAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
261 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
37728 CAAGTATCTATACCAAATTACTATAACTTTTTG
325 CAAGTATCTATACCAAATTACTATAACTTTTTG
* * *
37761 TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATACAAATTTG
1 TTTTGTC-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACAAATTTA
* *
37824 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAACAAATTT-TGAG-CACA-TTCAAAT
64 TTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAATAAA-TTTAAAAAACAAATTTGTGAGACA-AGTGCAAAT
* *
37885 AGTTATGACTATTTG-GTCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT-GC-CATAA
127 AGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTGGTTTTAGCACA-AA
* * * *
37946 ACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAA
189 AC-AATTGTTTCTACTCATACAAGCATATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* *
38011 AAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATT
253 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *** * *** * * *
38076 GTTTGAACGCTTAT-TTTTTTAAAATAGTTATGA-TATTTTG
318 ATTTGAACAAGTATCTATACCAAATTA-CTATAACT-TTTTG
* * * * ** * * *
38116 TTTTGTCCTAAAACAATTGCTTCTATTTAAACAAGTTTATTTGGAATAAAAAAATACTATTTTAT
1 TTTTGT-CTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAT
* ** * ** * * * * *
38181 TAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAA
65 TAACATTCCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAACAAATTTG-TGA--G-ACAAGTGCAAA
* * * * *
38246 TAGTTATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTGAAAT
126 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
38282 TGTTATAACA
Statistics
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361 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TTTTGTCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTATT
AACATTCCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAACAAATTTGTGAGACAAGTGCAAATAGTT
ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTAGCACAAAACAATTG
TTTCTACTCATACAAGCATATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AAGTATCTATACCAAATTACTATAACTTTTTG
Found at i:38166 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 37231--38448 Score: 931
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 178
37221 AAATCATTAT
* * * * * * * * * *
37231 TAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * * * * *
37296 TGAAAATAAAGAAATAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTTAT
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTAC-CAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
37360 AAATATTTGAACCATTATTTACTTTAAATTGTGATGACCA-TTTATTTTGT-C
128 GACTATTTGAACAATTATTT-TTTTAAATAGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCC
* * * * * * * *
37411 TAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
37476 TAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATT-TGTTA--GACAAGTGCAAATAGTTATGA
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGT-TTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
37538 CTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGACCTTTGGTTTTATCAC
130 CTATTTGAACAATTAT-TTTTTTAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTC-C
* * * *
37589 -AAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
*
37653 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *** * * * *
37718 ACTATTTGAACAAGTATCTATACCAAATTA-CTATAACTTTTTGTTTTGTCA
129 ACTATTTGAACAATTAT-TTTTTTAAA-TAGTTATGACATTTTGTTTTGTCC
* * * *
37769 TAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
37833 CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAACAAATT-TTGAGC-AC-A-TTCAAATAGTTATGA
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * *
37893 CTATTTGGTCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG-CC
130 CTATTTGAACAATTAT-TTTTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCC
* * *
37942 -ATAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATAT
1 TA-AAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
38006 TCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTA
64 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * ** *
38071 TGATTGTTTGAACGCTTATTTTTTTAAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCC
127 TGACTATTTGAACAATTATTTTTTT-AAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCC
* * * * ** * * *
38124 TAAAACAATTGCTTCTATTTAAACAAGTTTATTTGGAATAAAAAAATACTATTTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
38189 TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
38254 TCCATTTGAACAATTATTTATTTGAAATTGTTATAACATTTTCTGTTT-T-C
129 ACTATTTGAACAATTATTT-TTTTAAATAGTTATGACATTTTGT-TTTGTCC
* * * ** ** * * *
38304 AATAAACAATTTTTTCTGTTTGTGA-AAAATT-TTTCAGAATAAAATGATACTGATTTATTAATA
1 TA-AAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** ** *
38367 TTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATGGAA-ATGGTTCAAATAGT
63 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTA-CCAACA-AGTTCAAATAGT
*
38427 TATGACTATTTAAACAATTATT
125 TATGACTATTTGAACAATTATT
38449 CATCTCAAAT
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 7 0.01
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATTTTTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCC
Found at i:39161 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 39127--39161 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
39117 AAAGCATAAG
**
39127 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
39145 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
39162 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:39586 original size:202 final size:195
Alignment explanation
Indices: 39069--39745 Score: 642
Period size: 199 Copynumber: 3.4 Consensus size: 195
39059 GATTAAATCA
* * *
39069 TTTAATGACTTTTTTTTATATATAGCTAATG-AATCTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACA
1 TTTAATGACTTTTTTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACG
* * *
39133 TTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACAATAATT-TGTGACAATAATTGTGTCACCAA
66 TTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTGTGTG---ATAATTATGTCA-CAA
* * * ***
39197 TATTGTGACGATTTATCTTTTGCCACT-AATATATTAGATTTTATCA-TTATTTTGTGATGGTTA
127 TACTGTGACGATTTACCTTTTGTCA-TAAATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTA
39260 TAGCC
191 TAGCC
* * * ** * *
39265 TTCAATGA-TGTTTTTCTTCATAACTAACTAACAAAAACTAACGTCATAAAAAAAGCATAAGGTG
1 TTTAATGACT-TTTTT-TT-ATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTG
* * * * *
39329 ATGTGTAATTTTATTGTCACATTTGACAATATCTTATAATCATTGGTGATGATAATTATGTCACA
63 ACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATT-GTG-TGATAATTATGTCACA
* * * ** * * *
39394 ATACTATAATGATTTACCTTTCATCATAAACATATCAAATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTA
126 ATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCATAAATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTA
39459 TAGCC
191 TAGCC
* * *
39464 TTTAATGACGTTTTTGTTTATAAATAGTTGATGAAAACTAATATCACAAAAATTAAGGCATAAGG
1 TTTAATGAC-TTTTT-TTTATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCACAAAAA--AA-GCATAAGG
* * *
39529 TGACGTTTGATTTTATTGTCACAATAGACATTATCTTACAATCATTGATAGTGATAATTTTGTCA
61 TGACGTTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTG-T-GTGATAATTATGTCA
* * * *
39594 CTAATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCA-ATAATATATTAGGTTTTCTCATTT-TTCTATGACA
124 C-AATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCATA-AATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACA
*
39657 AATATAGCC
187 ATTATAGCC
* *
39666 TTTAATGACTTTTTTTTTCATAAATAGCTGATGAAAACTAA---CATAAAAAAA--A-AAGGGTG
1 TTTAATGAC-TTTTTTTT-ATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCACAAAAAAAGCATAA-GGTG
* *
39725 ACATTTTATTTTATTGTCACA
63 ACGTTTGATTTTATTGTCACA
39746 GTAGATTCAC
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 68, Indels: 44
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
193 2 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (195 bp):
TTTAATGACTTTTTTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGACG
TTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTGTGTGATAATTATGTCACAATACT
GTGACGATTTACCTTTTGTCATAAATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCC
Found at i:41156 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 41124--41156 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
41114 ATAAAAGGTT
41124 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
41141 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
41157 TAAAAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:41225 original size:536 final size:534
Alignment explanation
Indices: 39932--42961 Score: 1970
Period size: 536 Copynumber: 5.7 Consensus size: 534
39922 GCTTATTCAA
* * * * * * * * *
39932 TAAACAGATTAATTTTTTTAAATCTT-TTGTTTATTAA-TTTTCCAAATGTTTATAAATTTGGAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCATGGTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
39995 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-AGACAT-GAAACAAATATTTTGTGACTAAACAAAAGGTT-
64 TATTTTATT-CGAATAAGATTGTATA-A-ATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTA
* * *** * ** *
40057 TGAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTTTTAACTATTTG-AACTGGTT--C-AACAAA
125 T-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTATTTAGCAAACAGA
** * ** * ***
40117 TACATTTTTTTAA--TC-TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCG
189 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTG
* * * * ** *
40179 AATAAAG-TTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAATTTG-AG-
253 AAT-AAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAAAACGATTTGAAGT
* * * * * *
40241 ATTGATAATTATT-TAACTAGTCATAACTATCTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTGTTTAA
316 A-T-ATAATTATTCTAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * **
40305 ATCTGTGACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
378 ATCTCTTACTTATT-A-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
* * *
40370 ATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
441 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * **
40435 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGG
504 CAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGG
** *
40466 T-AACAGATTTATTTTTT-AAATTTC----TTATTAA-TTAAGGAAATATTAATAAATTAATATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCATGGTTATTAAGTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
40524 ATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAA
65 ATTTTATTCGA-ATAAGATTGTATAAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA
* * * * * * ** * *
40589 CGCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATACCTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAAAT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAA-AA-A-CTATTTGAAATTATTTAGCAAACAGAT
* *
40654 TTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTG
190 TTATTTTTTAAATCTC-TTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
*
40719 AATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAGT
253 AATAAGCTTGTATGAAA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AAAACGATTTGAAGT
* * *
40784 ATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
316 ATATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
40849 TCTTACTTATTA-GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAA
381 TCTTACTTATTATTTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
40912 AC-AAAATAATTGTTTTACGACAAAAGAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCACTCATA
445 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* *
40976 TAGTCTTAA-TATTTGAATTGGTTTGG
508 TAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGG
** * * * * *
41002 TAATTAGATTTA-TTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATT-ATTAATTTGCATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCATGGTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
41064 TTTTATTTCGAATGAA-ATAGTATAAATAGACCCAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAA
66 TTTTA-TTCGAAT-AAGATTGTATAAATAGA-ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA
* * **
41128 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTATTTGGCAAGTAGATTTA
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTATTTAGCAAACAGATTTA
* *
41193 TTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
193 TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * * * * *
41258 AAACTTATATTAACA-AAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAA
256 AAGCTTGTATGAA-AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAA-AACGATTTGAAGTAT
* * * * * *** * *
41322 ATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTTTGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATC
318 ATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAACA-AATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
41385 CCTTA-TAAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATG-G
381 TCTTACTTATTATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
41447 CTGAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
446 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
41512 GTCTTAACTGTTTAAATTGGATCGA
510 GTCATAACTATTTAAATTGGTTTGG
* * * * *
41537 TAAA-TGAATTTATTTTTT-AAATCTT-ATAGTTATTAA-TTTTTAGAATATTACTAAATTATTA
1 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAAAT-TTCATGGTTATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * *
41598 TTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAAGCAGAAAAATTGTTTTATGA-TAGATCAAAGGTTATA
63 TTATTTTATT-CGAATAAGATTGTATAAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATA
** * * * * * **
41662 AAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAACAAATTGATT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATT-ATTTAGCAAACAGATT
* * * * *
41726 TGTTTTTTAAA--T-TTCTTATTAATTCTTGAAATAGTAATAAATTATTATTATTTTATTTAGAA
191 TATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA
* ** * * * * * *
41788 AAAGCTTGTATG-TTGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAG
255 TAAGCTTGTATGAAAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAA-AACGATTTGAAGTAT
* * * * * ** * *
41851 ATAGTTATT-TAAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTCAATAAATTAATTT-TTTTATAAAATT
318 ATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTT-TTAAATC
* * ** * *
41914 TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
381 TCTTACTTATT-A-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATG
* * * *
41979 AACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAA
444 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
42044 ATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGG
507 ATAGTCATAACTATTTAAA-TTGGTTTGG
* * * * * *
42072 TAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCATGGTTATTAA-GTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
42136 ATTTTATTCTAAATAA-ACTTGTATGAATTG-A-AA-TGATTATTAT-A-TAACTAAAAAGGTCA
65 ATTTTATTC-GAATAAGA-TTGTATAAATAGAACAATTG-TT-TTATGACAAAAT-AAAAGGTTA
* * * * * * * * * *
42195 AAATGTTTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACAT
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTATTTAGCAAACAGAT
*
42260 TTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAA--TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTG
190 TTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTG
* * * * *
42320 AATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-AAGAAAGATCATAATGATTTG-A
253 AATAAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAAG-T-AAAACGATTTGAA
* * * * * * *
42383 G-ATTGATATTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAACTTTAGTTTTTT
314 GTA-T-ATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTA-TTTTTT
* * * *
42447 -AATCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGTTT
376 AAATCTCTTACTTATTA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTT
* * * * * *
42510 TTATGAACTTAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAACAAATAATT
439 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATT
* *
42574 GTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTT-GTTTGG
501 ATTCAAATAGTCATAA-CTATTT-AAATTGGTTTGG
* * * * * ** ** * *
42608 CAAACAGATTTATTTTTTTTAAATGT-ATTGCTCATTACTTTTTTTAATGTTAATAAATTAATAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAAATTTCA-TGGTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
42672 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAA
64 TATTTTA-TTCGAATAAGATTGTAT-AAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTAT
* *** * * * *
42736 AATGATTTGAAATAGATCATTATT-ATAATAGTTTTAACTACTTG-AACTAGTTT-GACAAATAC
126 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTAAAAACTATTTGAAATTA-TTTAG-CAAACAG
* * ** * * *
42798 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATC
188 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
** * * * ** *
42863 CAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAAAAATTGTTTTTTGACAAAATAAGGATTATAAA-GATTTG-A
251 TGAATAAGCTTGTATGAAA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTA-AAACGATTTGAA
* * * *
42926 GATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
314 G-TATATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAA
42962 TTGTTTTGGT
Statistics
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0.76 0.15 0.10
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546 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (534 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCATGGTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCGAATAAGATTGTATAAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTATTTAGCAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCT
TGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAAAACGATTTGAAGTATATAATTAT
TCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTAAATTGGTTTGG
Found at i:41293 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 39932--43105 Score: 1971
Period size: 181 Copynumber: 17.8 Consensus size: 180
39922 GCTTATTCAA
* * ** ** * * * *
39932 TAAACAGATTAATTTTTTTAAATCTTTTGTTTATTAATTTTCCAAATGTTTATAAATTTGGATTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
39997 TTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAG-ACATGAAACAAATATTTTGTGACTAAACAAAAGGT-TTGA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * ** *
40060 ACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTTTTAACTATTTG--A--A-CTGG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGG
* * ** * * *
40108 TTCAACAAATACATTTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * ** * **
40169 TTTT-TAACCGAATAAAG-TTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTA
65 TTTTAT-TTTGAAT-AAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
40231 ACAATTTGAGATTGATAATTATTTAACTAGTCATAACTATCTG-AATTGGTTCGA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTGG
* * * * *
40285 TAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTGACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
40350 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
40415 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGG
*** *
40466 T-AACAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTAAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** * ** * * *
40526 TTTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAAC
66 TTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * ** **
40590 GCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATACCTATTTGAACTTGCTCAG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-A-A-CTATTTGAAATTATTTGG
* * * * * *
40645 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
40710 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAAC
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
40774 GATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCT-A
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATT-TGG
* *
40826 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* *** ** * * * * *
40887 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAATAATTGTTTTACGACAAAAGAAGAGGTCATAACG
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
40952 ATTTGAAATAGATAATCACTCATATAGTCTTAA-TATTTG-AATTGGTTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTGG
** * * ** * * * *
41002 TAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATT-ATTAATTTGCATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * * *
41065 TTTATTTCGAATGAA-ATAGTATAAATAGACCCAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAAT
66 TTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * *
41129 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTATTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGG
* ** * *
41181 CAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * *
41246 TTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACG
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
41311 ATTTGAAATAAATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTG-AACTAGTTTTG
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTGG
* * * * * *
41362 TAAATAGAATTATTTTCTAAATC-C---CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * **
41423 TCTATTCCGAATAAGCTTGTATG-GCTGAAATAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGTTTATAACA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
41486 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTT-AAATTGGA-TCGA
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT--ATTTGG
* * * *
41537 TAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTAT
1 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
41599 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AAGCAGAAA-AATTGTTTTATGATAGATC-AAAGGTTAT
63 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * **
41661 AAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAA
126 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTGG
* ** * * * *
41716 CAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATAGTAATAAATTATTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *** * *
41777 TTTATTTAGAAAAAGCTTGTATGTTGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * * * ***
41841 TTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTCAA
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGG
* * * * * *
41891 TAAATTA-ATTT-TTTTATAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATT
1 TAAA-CAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
41954 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
42019 TGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTTGG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTATTTGG
* * * *
42072 TAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** ** * * ** *
42136 ATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ACTA-AAAAGGTCAAAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
42198 TGTTTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGG
* * * *
42251 CAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
42311 TTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAA
66 TTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA
* * * * * ** ***
42375 TGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAA
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGG
* * * * *
42428 AAAACA-ACTTTAGTTTTTT-AATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
1 TAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
42490 ATTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTATGAACTTAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
42554 ATGACTTT-AAACAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGG
127 ATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAATTATTTGG
* * * * * * ** * *
42608 CAAACAGATTTATTTTTTTTAAATGTATTGCTCATTACTTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATT
1 TAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
42673 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * * *
42738 TGATTTGAAATAGATCATTATT-ATAATAGTTTTAACTACTTG-AACTAGTTTGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTGG
* * * * * * * *
42791 CAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * *
42856 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAAAAATTGTTTTTTGAC-AAA-ATAAGGATTATAA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA
* * * * *
42918 AGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTG-AATTGTTTTGG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTGG
* * ** ** * *
42971 TAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTATCAAAACCTTAATATATAAGTATTA
1 TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * * *
43031 TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATATGTCATTAT
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
43096 GATTTGAAAT
129 GATTTGAAAT
43106 TAGAGATTAA
Statistics
Matches: 2328, Mismatches: 548, Indels: 242
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 27 0.01
172 79 0.03
173 62 0.03
174 31 0.01
175 207 0.09
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178 128 0.05
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGG
Found at i:41830 original size:354 final size:352
Alignment explanation
Indices: 41188--42812 Score: 937
Period size: 354 Copynumber: 4.5 Consensus size: 352
41178 TGGCAAGTAG
* * *
41188 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTAGTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * ** *
41252 TTGAACAAACTTATATTAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGA
64 TTGAATAAGCTTATA-TAACAAAA-CAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAAAGATTTGA
* * * * * ***
41317 AATAAATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTAA
126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAACAAATAGAATTATTTTCTAA
* * * *
41382 ATCCCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGG
191 ATCCCTTATAAATTCTTGAAATAGTAATAAATTAATTTTATTCTATTCAGAAAAAGCTTGTATGG
* * * * * * *
41447 CTGAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
256 CTGAAACAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
41512 GTCTTAACTGTTTAAATTGGA-TCGATAAATGA
321 GCCATAACTATTTAAACT-GATTCAATAAATGA
* * *
41544 ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * *
41609 CGAATAAGCTTGTATAAGCAGAAA-AATTGTTTTATGATAGATCAAAGGTTATAAAAATTTGAAA
65 TGAATAAGCTTATATAA-CA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAAAGATTTGAAA
* * * * * *
41673 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAACAAATTGATTTGTTTTTTAAAT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAACAAATAGAATTATTTTCTAAAT
** * * * *
41738 TTCTTATTAATTCTTGAAATAGTAATAAATT-ATTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTTGTAT-GT
193 CCCTTATAAATTCTTGAAATAGTAATAAATTAATT-TTATTCTATTCAGAAAAAGCTTGTATGGC
** * * *
41801 TGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAAT
257 TG-AAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * *
41865 GGCCATGATTATTTGAACTGATTCAATAAATTA
320 AGCCATAACTATTTAAACTGATTCAATAAATGA
* * *
41898 ATTT-TTTTATAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAATATTATTTTA
1 ATTTATTTT-TTAAATCTT-TAG-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * *
41960 TTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTT
62 TTTTGAATAAGCTTATAT-AAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-GGTAATAAAGATTT
* * * * *** * *
42025 TAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCT
124 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAACAAATAGAATTATTTTCT
* * * * *
42090 CAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAA
189 -AAATC-C---CTTA-TAAATTCTTGAAATAG-TAATAAATTAATTTTATTCTATTC-AGAA-AA
** ** * ** *** * *
42152 A-CTTGTATGAATTGAAATGATTATTATAT-AACTA-AAAAGGTCAA-AATGTTTTGAAATAGAT
245 AGCTTGTATG-GCTGAAACAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGT-AATAACAATTTAAAATAAAT
* * * * **** *
42213 AACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAA-CA
308 AATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAATAAATGA
* * *
42257 CATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAA-TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT
1 -ATTTATTTTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-T
* * * * * *
42317 TTGAATAAGCTTGTATGATAA-AAAATAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTT
64 TTGAATAAGC-T-TAT-ATAACAAAACAATTGTTTTAT--GATAAAACAAAGGTAATAAAGATTT
* * * * * * * * * *
42381 GAGATTGATATTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAA-AAA-ACAACTTTAGTTT
124 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAACAAATAGAA--TTA-TTT
* * * * * * * *
42444 T-TTAATCTCTTGCTTATTACTT-TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAG-ATAA
186 TCTAAATC-C---CTTATAAATTCTTGAAATAGTAATAAATTAATTTTATTCTA-TTCAGAAAAA
* * * * * * * *
42506 GTTTTTATGAACTTAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAACAAAT
246 GCTTGTATG-GCTGAAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAAGGTAATAA-CAATTTAAAATAAAT
* * * * *
42570 AATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAA-ACA-G-
308 AATTATTCAAATAGCCATAA-CTATTTAAAC-TGATT--CAATAAATGA
* * * ** *
42615 ATTTATTTTTTTTAAATGTATT-GCTCATTACTTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA
1 ATTTA--TTTTTTAAATCT-TTAG-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
42679 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAA-AATGATT
62 TTTTGAATAAGCTTATAT-AAC-AAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAAGGTAATAAAGATT
* * ** * * * * *
42743 TGAAATAGATCATTATT-ATAATAGTTTTAACTACTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTT
123 TGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAACAAATAGAATTATTTT
*
42807 TTAAAT
187 CTAAAT
42813 TTCTTACTTA
Statistics
Matches: 990, Mismatches: 206, Indels: 139
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
353 30 0.03
354 289 0.29
355 119 0.12
356 193 0.19
357 67 0.07
358 10 0.01
359 13 0.01
360 62 0.06
361 45 0.05
362 31 0.03
363 65 0.07
364 62 0.06
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (352 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
GAATAAGCTTATATAACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAACAAATAGAATTATTTTCTAAATCCC
TTATAAATTCTTGAAATAGTAATAAATTAATTTTATTCTATTCAGAAAAAGCTTGTATGGCTGAA
ACAATTATTTTATGAAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAT
AACTATTTAAACTGATTCAATAAATGA
Found at i:42281 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 39931--43105 Score: 1956
Period size: 356 Copynumber: 8.9 Consensus size: 354
39921 TGCTTATTCA
* * * ** * * * *
39931 ATAAACAGATTAATTTTTTTAAATCTTTTGTTTATTAATTTTCCAAATGTTTATAAATTTGGATT
1 ATAAACAGATT--TATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * ***
39996 ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAAGACA-TGAAACAAATATTTTGTGACTAAACAAAAGGTTTGA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACAATTATTTTATAAC--AACAAAAGGTCAAA
* ** * * **
40060 ACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTTTTAACTATTTGAACTG-GTT--C-AACAAATAC
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTT
* * * * ***
40120 ATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAA
191 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTGAAT-A
* * * ** * * *
40184 AG-TTCTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAATTTGAGATTGAT
254 AGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * *
40247 AATTATTTAACTAGTCATAACTATCTGAA-TTGGTTCG
318 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* * *
40284 ATAAACAGATTTATTGTTTAAATCT-GTGACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATT
1 ATAAACAGATTTATT-TTTAAATCTCTTG-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * *
40348 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTAT-A-ACAACAAAAGGTCAAA
* * * * * * *
40412 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGG-TAACAGATTT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTT
* *** ** *
40476 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTAAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCATTTAA
191 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAA
* * * * * * * *
40540 GCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTA-AAATGTTATAACGCTTTTAAATAGAT
255 GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *
40604 AATTGTTCAAATAATAATAATACCTATTTGAACTTG-CTC
318 AATTATTCAAATAGTCAT-A-A-CTATTTGAACTTGTTTG
* * * * *
40643 AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATT
1 A-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
40708 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAAC--AACAAAAGGTCAAAA
* * * * * ** *
40773 CGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCT-ATAAACAAATTT
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-TGGCAAACAGATTT
* * * ***
40837 ATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAGTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
191 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT-TTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
** * * *
40900 AAGCTTGTACAAAC-AAAATAATTGTTTTACGACAAAAGAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
253 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
40964 TAATCACTCATATAGTCTTAA-TATTTGAA-TTGGTTTG
317 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* ** * * * * * * *
41001 GTAATTAGATTTATTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATT-ATTAATTTGCATTAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * * * * * *
41065 TTTATT-TCGAATGAA-ATAGTATAAATAGACCCAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAA
66 TTTATTCT-AAAT-AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTAT-A-ACAACAAAAGGTCAAAA
* * * * **
41128 TGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTATTTGGCAAGTAGATTT
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTT
* *
41192 ATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
191 ATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
* * * * ** *
41257 CAAACTTATATTAAC-AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATA
252 TAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
41321 AATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTTG
315 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG
* * * * *
41362 -TAAATAGAATTATTTTCTAAATC-C---CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
1 ATAAACAGATTTATTTT-TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** ** * * * * * **
41422 TTCTATTCCGAATAAGCTTGTATG-GCTGAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAGTTTATAACA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAAC-AACAAAAGGTCAAAATG
* * * * * * * ** *
41486 ATTTGAAATAAATAATTGTTC-ATATAGTCTTAACTGTTTAAATTGGA-TCGATAAA-TGAATTT
129 ATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTGGCAAACAG-ATTT
* * * **
41548 ATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTCCGA
191 ATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
* * * * **
41612 ATAAGCTTGTAT-AAGC-AGAAA-AATTGTTTTATGATAGATCAAAGGTTATAAAAATTTGAAAT
251 ATAAGCTTGTATGAA-CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
41674 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTA
314 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* ** * * * *
41715 ACAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATAGTAATAAATTATTATTA
1 ATAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
41776 TTTTATT-TAGAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGT-AAT
65 TTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTATTTTAT-A-ACAACAAAAGGTCAA-
* * * * * * **** *
41836 AATGATTTAAAATAGATAGTTATT-TAAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTCAATAAATTA-A
125 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAA-CAGA
* *
41899 TTT-TTTTATAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTT
188 TTTATTTT-TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * *
41963 TGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAA
248 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAA
* *
42028 ATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTG
312 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * *
42071 GTAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 ATAAACAGATTTATTTT-T-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * *
42135 TATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATTATATAACTA-AAAAGGTCAAAAT
63 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAACAAAAGGTCAAAAT
* * *
42199 GTTTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTAT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTAT
* * *
42264 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGC
193 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTGAATAAGC
* * * * * * * *
42327 TTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATA
257 TTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTAT--GACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * **
42391 TTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCA
319 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * *
42427 AAAAACA-ACTTTAGTTTTTTAATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
1 ATAAACAGA-TTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
42490 ATTTTATT-TCAGATAAGTTTTTATGAACTT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTAT-A-ACAACAAAAGGTCAA
* * * * *
42553 AATGACTTT-AAACAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTG-TTTGGCAAACAG
125 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACAG
* * * ** *
42615 ATTTATTTTTTTTAAATGTATTGCTCATTACTTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAT
187 ATTTA--TTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * *
42680 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAATGATTTG
246 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTG
* ** * *
42745 AAATAGATCATTATT-ATAATAGTTTTAACTACTTGAACTAGTTTG
310 AAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * * * * *
42790 ACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTA
1 ATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * *
42855 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAAAAATTGTTTTTTGACAA-AATAAGGATTATAAA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAACAA-AAGG-TCA-AAA
* * * * * * * *
42919 -GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGATTT-
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTA
* * ** ** *
42982 TGTTTTTAAATCTCTTTTTAATTATCAAAACCTTAATATA-TAAGTATTATTTTATTTTGAATAA
192 T-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTTGAATAA
** * * * * * *
43046 TTTTGCATGAA-TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATATGTCATTATGATTTGAAAT
255 GCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAACGATTTGAAAT
43106 TAGAGATTAA
Statistics
Matches: 2183, Mismatches: 489, Indels: 296
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 5 0.00
352 101 0.05
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354 280 0.13
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364 116 0.05
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (354 bp):
ATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAACAAAAGGTCAAAATGAT
TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTT
TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
Found at i:43126 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 43106--43178 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 4.9 Consensus size: 15
43096 GATTTGAAAT
43106 TAGAGATTAATAAAG
1 TAGAGATTAATAAAG
*
43121 TAGAGATTAATAATTATT
1 TAGAGATTAATAA--A-G
*
43139 TACA-A--AAT-AAG
1 TAGAGATTAATAAAG
43150 TTAGAGATTAATAAAG
1 -TAGAGATTAATAAAG
43166 TAGAGATTAATAA
1 TAGAGATTAATAA
43179 TTATTTGAAC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 16
0.70 0.06 0.24
Matches are distributed among these distances:
12 4 0.09
13 1 0.02
14 1 0.02
15 32 0.70
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ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (15 bp):
TAGAGATTAATAAAG
Found at i:43722 original size:138 final size:136
Alignment explanation
Indices: 43541--43788 Score: 304
Period size: 138 Copynumber: 1.8 Consensus size: 136
43531 TTATAGTTTA
* ** *
43541 AATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACTAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATG
1 AATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACTAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATG
* *
43606 AATAGAA-ACATTGCTTTATGACAAAACAAGA-TCATAATAATTTGAATTGGTTCAATAAACAGA
66 AATA-AACA-ATTG--TTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAATAAACAGA
43669 TTAGTTTTTG
127 TTAGTTTTTG
* * * * **
43679 AATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGC-ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT
1 AATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTA-CTAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTAT
*
43743 GAATCAACAATTGTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
65 GAATAAACAATTGTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAA
43789 ACAAATGATA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 13, Indels: 9
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
135 15 0.16
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138 57 0.61
139 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (136 bp):
AATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACTAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATG
AATAAACAATTGTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTAG
TTTTTG
Found at i:44131 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 43684--45060 Score: 1190
Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 181
43674 TTTTGAATCT
* * * ** ** ** *
43684 CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-CA
* * * *
43748 --AACAATTG--TTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGA-TAGTTCAAATG
65 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAAT-
* * * * * * ***
43808 AAT-ATGACTATTTGAACTTATTC-GATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * ** *
43860 CTTATTAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTAG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * *
43925 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* *
43990 CATAACTATTTAAACTCT-CTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
131 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * * * * *
44041 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTGGTATAATTTTCTTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * *
44106 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
44171 CATAATTATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * **
44221 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * * * *
44285 TAACCAATT-ATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAACGTTTTGCAATAGATAATTGTTCAGAT
65 AAAACAATTGA-TTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
*** * * * *
44348 AGTCATAACTATTTGAACACATTC-GATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * **
44402 CTCATTAATTTTTGGAATATTTACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * * *
44467 AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* ** * *
44532 CATGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAGAATCTTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA-AATCTTTTA
* * * *
44583 CTTATTAATTGTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* *
44648 AAACAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
66 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
** ** * *
44711 GTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
44764 CTTATTAATTGTCTT--AATATGAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAA
1 CTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* ** * * *
44826 CAGAAAA-AA-TCATTTTACAACAAAACAAATA-GTTAT-A-GTAGTTTCAAATAGATAAATTAT
63 CA-AAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACG-A-TTTGAAATAAAT-AATTAT
* * * * *
44886 TGAAATAGTTATAATTATTT-AGACTTGTTCAGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTCTTA
122 TCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** ** **
44945 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATATCTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* ** *
45010 AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
66 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATA
45061 TGTATTACTG
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 187, Indels: 82
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 51 0.05
178 8 0.01
179 8 0.01
180 229 0.24
181 618 0.64
182 53 0.05
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:44726 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 43816--45060 Score: 1357
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 360
43806 TGAATATGAC
* * * * ***
43816 TATTTGAACTTATTC-GATTAACAGATTTATTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATA
1 TATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATA
* * ** ** *
43879 TCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGACA
64 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * *
43944 AAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTC
129 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCT-
* * *
44009 TC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAAT-TTTAATAAATTGG
193 TCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTT-ATAAATTAG
* * * * * * * * *
44072 TATAATTTTCTTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTC
256 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTT
*
44137 ATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAT
321 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT
*
44177 TATTTGAACCTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
44241 TAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGA-
65 TAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT-GAC
* * * * * *
44304 AAAACAAAAGGTAATAACGTTTTGCAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACACA
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTC-
* * * * * *
44369 TTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTTACAAATTAGT
192 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGT
* * * *
44434 ATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTA
257 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTA
* * * *
44499 CAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGAC
322 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT
* * *
44538 TATTTGAACTTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTAGAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* *
44603 TAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
65 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
* ** *
44668 AAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGT
130 AACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCT
* * * * **
44732 TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTT--AATATGAATAAATTAG
193 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTTATAAATTAG
* * * * ** *
44795 AATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAACAGAAAAAATCATTTTACAACAAAACAAATA-GT
256 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGGT
* * * *
44859 TATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTATTGAAATAGTTATAAT
320 TATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAAT
* * * * *
44901 TATTT-AGACTTGTTCAGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
1 TATTTGA-ACTTGTTCAGAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
** ** * * * *
44964 TTAATATCTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACA
64 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
*
45029 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
129 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATA
45061 TGTATTACTG
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 124, Indels: 43
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 4 0.01
361 324 0.44
362 358 0.49
363 50 0.07
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCTTCG
ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT
Found at i:44893 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 44871--44904 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
44861 TAGTAGTTTC
44871 AAATAGATA-AATTATTG
1 AAATAGATATAATTATTG
*
44888 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAGATATAATTATT
44905 TAGACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.53
18 7 0.47
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGATATAATTATTG
Found at i:45823 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 45071--46795 Score: 883
Period size: 180 Copynumber: 9.8 Consensus size: 181
45061 TGTATTACTG
* * * * * * *
45071 TTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTATTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * * **
45135 AAACAAGCTTGTTTGAA-TAAAAACT-ATTATTTTAT---ATATAAAAAGTCATAACAATTTGAA
66 GAATAAACTTGTATGAACT-AAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
* ** * * * * * * * * *
45195 AGAAATAATTGCTCAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAACAGC
130 ATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
* * * *
45247 TTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTT-GAATTTTAGTAGATT--T-GTATTTT-TTC
1 TTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * *
45303 AAAACAAACTTATATGAA-TAAAAC-ATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
65 TGAATAAACTTGTATGAACTAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATAATGATTTGA
* * * * * * *
45366 AATAGATAATTGTTCAAATA-TTCATAATTATTTGAACT-AGTTAAGTAAACAAA
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTT-ATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAATAGA
* * * * *
45419 ATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * *
45482 CT-AGATAAGCTAGTATGAATTGAAA-T--TTGTTTTATG----A-AAAAA-TAA-AAGTGATTT
64 CTGA-ATAAACTTGTATGAACTAAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAA-TGATTT
* * * * * * * ** * *
45536 GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTGAAA-TTAGTTCGGCAAACAAA
127 GAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGA
* * *
45591 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-T
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * *
45655 GAATAAACTTGTATGAA-TAAAACTAATTGTTTTATGATAGAACACAAGGTTAGAATGATTT-AA
66 GAATAAACTTGTATGAACTAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
* *
45718 AGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
130 A-TAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
* * *
45771 TTTATTTGTCAAATCT-TATACTTATTAAATTTTTA-AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * **
45834 CTAAATAAACTTGTATGATA-AAAAAATAATTGTTACATAACAAACAAAACGTAATAACCATTTT
64 CTGAATAAACTTGTATGA-ACTAAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGA--TT
* * * ** * * * *
45898 TGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGA
126 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
* * *
45954 TTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * *
46018 GAACAAGCTTGTATGAACTGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
66 GAATAAACTTGTATGAACTAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
* * * * * * *
46082 ATAGATAATTATTCATATAGTCT-TAATTGTTTAAACTGCTTCGACAAATAAA
130 ATAAATAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
*
46134 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * ** *
46197 CTGAATATGCTTATATGAACT-AAA--AATTATTTTAATAATAGAATAAGAGGTTTTAAACGATT
64 CTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACTAATTGTTTT-ATGACA-AACAAAAAGTAAT-AATGATT
* * **
46259 TGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGGAACTAA-TA--T--A--G---T-A-AAAT--A
126 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA-TAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
* * ** * *
46301 TTTACTTTTTAAATCTTTTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
** * **
46365 GAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACAAAC-AAAAGTTTGTAATGATTTGA
66 GAATAAACTTGTATGAACT-AAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAAG-TAATAATGATTTGA
* * * ** * * *
46427 AATAGATAATTATTTGAAA-GGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGA
129 AATAAATAATTA-TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACT-GATTTGATAAATAGA
* * ** * *
46480 CTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * *
46544 AG-ATAAACTTCTATGAAC-AGAAAC-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTT
65 TGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACTAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTAATAATGATTTG
* * * * ** * **
46605 AAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACAATTTAAACTTACTCCG-TAAATAGA
128 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGA
* * * * * *
46659 TTTATTTTTTAAAAT-TCTT-GTGTATTACTTTTTTGACTGTTAATAAATCAGTATTATTTTTAT
1 TTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
* * * * * * *
46722 TC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAA--AATTATTTTATGACTAACAAAAGGTCATAATGATTTA
63 TCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTG
*
46784 AAATAGATAATT
128 AAATAAATAATT
46796 GCTCTAATAA
Statistics
Matches: 1202, Mismatches: 246, Indels: 199
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 24 0.02
166 57 0.05
167 38 0.03
168 22 0.02
169 21 0.02
170 12 0.01
171 29 0.02
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173 39 0.03
174 5 0.00
175 12 0.01
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183 72 0.06
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
GAATAAACTTGTATGAACTAAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAA
TAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
Found at i:46668 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 46472--46795 Score: 401
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
46462 ATCGATTTGA
* *
46472 TAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCCAACT-TATCA-ATTTTTGAACTATTAATAAAGT-AGTAT
1 TAAATAGACTTATTTTTTAAAATT-CAACTGTATCACATTTTTG-ACTATTAATAAA-TCAGTAT
*
46534 TA-TTTTATTCAGATAAACTTCTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGT-A
63 TATTTTTATTCAAATAAACTTCTATGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACT--AACAAAAGGTCA
* * *
46595 TATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACAATTTAAACTTACTCCG
124 TAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACAATTTAAACTTACTCCG
* *** * * *
46651 TAAATAGATTTATTTTTTAAAATTCTTGTGTATTACTTTTTTGACTGTTAATAAATCAGTATTAT
1 TAAATAGACTTATTTTTTAAAATTCAACTGTATCACATTTTTGACTATTAATAAATCAGTATTAT
* *
46716 TTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAATTATTTTATGACTAACAAAAGGTCATAATGAT
66 TTTTATTCAAATAAACTTCTATGAACTAAAAAATTATTTTATGACTAACAAAAGGTCATAATGAT
46781 TTAAAATAGATAATT
131 TTAAAATAGATAATT
46796 GCTCTAATAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 15, Indels: 14
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 13 0.11
179 76 0.62
180 33 0.27
181 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAAATAGACTTATTTTTTAAAATTCAACTGTATCACATTTTTGACTATTAATAAATCAGTATTAT
TTTTATTCAAATAAACTTCTATGAACTAAAAAATTATTTTATGACTAACAAAAGGTCATAATGAT
TTAAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACAATTTAAACTTACTCCG
Found at i:46694 original size:526 final size:528
Alignment explanation
Indices: 45800--46756 Score: 1157
Period size: 526 Copynumber: 1.8 Consensus size: 528
45790 ACTTATTAAA
*
45800 TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGATAAAAAAATAATT
1 TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGATAAAAAAATAATT
*
45865 GTTACATAACAAACAAAACGTAATAACCATTTTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCCATAATT
66 GTTACATAACAAACAAAACGTAATAACCA-TTTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCAATAATT
* * * ** *
45930 ATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
130 ATTTGAATCGATTTGATAAACAGACTTATTTTTTAAATCACCAACTTATCAATTTTTAGAATATT
* ** * * *
45995 AATAATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
195 AATAAGTAGTATTATTTAATTCAGAACAAGCTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * *** * *
46060 CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGCTTCG
260 CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACAATTTAAACTACTCCG
* *
46125 ACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
325 ACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATCAGTATTA
* *
46190 -TTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACT-AAAAATTATTTTAATAATAGAATAAGAGGTTTTAA
389 TTTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAACTAAAAAATTATTTTAATAATAGAATAAGAGGTTTTAA
46253 ACGATTTGAAATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAATATTTACTTTTTAAATCTT
453 ACGATTTGAAATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAATATTTACTTTTTAAATCTT
46318 TTACAAATTAC
518 TTACAAATTAC
* * * * ** * *
46329 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATGAT-GAAAACTAATT
1 TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGATAAAAAAATAATT
** * ** ** * * *
46393 GTTTTATGACAAACAAAA-GTTTGTAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTTGAAA-GGCAATAGT
66 GTTACATAACAAACAAAACG-TAATAACCATTTTGAAATAAATAATT-GTTGAAATGGCAATAAT
** **
46455 TATTTGAATCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATCAATTTTT-GAACTA
129 TATTTGAATCGATTTGATAAACAGACTTATTTTTTAAATCACCAACTTATCAATTTTTAGAA-TA
* *
46519 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCAGATA-AA-CTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAT
193 TTAAT-AAGTAGTATTATTTAATTCAGA-ACAAGCTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
46582 AAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACAATTTAAACTTA
256 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACAATTTAAAC-TA
* * * * * *
46646 CTCCG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TCTT-GTGTATTACTTTTTTGACTGTTAATAAATC
320 CTCCGACAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-CTATTA-ATTTTTGAATATTAATAAATC
*
46708 AGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAATTATTTTA
382 AGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAATTATTTTA
46757 TGACTAACAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 62, Indels: 25
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
524 1 0.00
525 100 0.28
526 151 0.43
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (528 bp):
TTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGATAAAAAAATAATT
GTTACATAACAAACAAAACGTAATAACCATTTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCAATAATTA
TTTGAATCGATTTGATAAACAGACTTATTTTTTAAATCACCAACTTATCAATTTTTAGAATATTA
ATAAGTAGTATTATTTAATTCAGAACAAGCTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACAATTTAAACTACTCCGA
CAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTGAATATTAATAAATCAGTATTATT
TTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAATTATTTTAATAATAGAATAAGAGGTTTTAAACG
ATTTGAAATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAATATTTACTTTTTAAATCTTTTA
CAAATTAC
Found at i:47146 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 46901--47703 Score: 612
Period size: 179 Copynumber: 4.5 Consensus size: 179
46891 ACAAAAATCT
* * * * *
46901 TAACGATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CCTATTAATTTTT-GAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAG-A
*
46962 ATATTAAAATTAGTATTATTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACA
64 ATATTAAAATTAGTATTATTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* **
47027 AAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGGTGATAGT-TTCAAATAAACA
129 AAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTCTTCAAATAGTCA
* * **
47077 TGACTATTTGAACTTGTTCGATCAACAAATTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAA
**
47142 TATTAATATATTAGTATTATTT-TGT-TTCGAATAA-AATGTATGAATAG-AACAATTGTTTTAT
65 TATTAA-A-ATTAGTATTATTTAT-TCTT--AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
47203 GACCAAACAAAAGA-T-ATAACAATTTGAAATAAAT-ATATTGTTCAAATAGTCA
125 GACAAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTCTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
47255 TAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTTAATAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTTTAC-TTATTAATTTTTAGA
* * * **
47320 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGCTTTT-TACGAATAGAAACAATTAATTT
64 ATATT-A-AAATTAGTATTA--TTTATTCTTAATAA--TTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
47384 ATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGAT-AT--TCTTCAAATAGTTA
123 ATGACAAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTCTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
47438 TAACTATTCGAACGTGTT-TAGAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTGA-AA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAA
** ** * * * *
47501 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AACCAATTGTTGTAT
65 TATT-A-AAA-TTAGTATTA-TTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
47564 CACAAAAC--AAAAGTTCATAA-TATTTTGAAAATAGATAATTGT-TT-AGATAGTCA
125 GACAAAACAAAAAAG-TCATAACGA-TTTG-AAATAGATGATAGTCTTCAAATAGTCA
* * * * * *
47617 TAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT-ATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGA
47682 ATATTAATAATTAGTATTATTT
64 ATATTAA-AATTAGTATTATTT
47704 TATTTTGAAT
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 90, Indels: 78
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.03
176 28 0.06
177 13 0.03
178 78 0.16
179 100 0.20
180 86 0.17
181 66 0.13
182 42 0.08
183 51 0.10
184 1 0.00
185 17 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
ATTAAAATTAGTATTATTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTCTTCAAATAGTCA
Found at i:47655 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 46951--47715 Score: 845
Period size: 362 Copynumber: 2.1 Consensus size: 358
46941 AATCTCCTAT
* * *
46951 TAATTTTTGAAATATT-A-AAATTAGTATTA-TTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTACGAATAGAAACA
** *
47013 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGGTGATAGTTTCAAATAAACAT
66 ATTAATTTATAACAAAACAAAAAAGTCATAACGACTTGAAATA-G-GATAGTTTCAAATAAACAT
* * * * *
47078 GACTATTTGAACTTGTTCGATCAACAAATTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAAT
129 AACTATTCGAACGTGTTAGA-CAACAAATTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTGAGAAT
* * * * * * * *
47143 ATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAAATGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACCA
193 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATGCATGAACAGAACAATTGTTGTATCACAA
*
47208 AACAAAAGATATAACAATTTGAAATAAATATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCT
258 AACAAAAGATATAACAATTTGAAATAAATATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGCT
* * * *
47273 CGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTTAA
323 CGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TCAA
*
47309 TAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGCTTTT-TACGAATAGAA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAA--TTTTGTACGAATAGAA
* * * * ***
47373 ACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATA-GATATTCTTCAAATAGTT
63 ACAATTAATTTATAACAAAACAAAAAAGTCATAACGACTTGAAATAGGATAGT-TTCAAATAAAC
* ***
47437 ATAACTATTCGAACGTGTTTAGA-AACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGA-
127 ATAACTATTCGAACGTG-TTAGACAACA-AATTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTGAG
**
47499 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AACCAATTGTTGT
190 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-AATGCATGAACAGAA-CAATTGTTGT
* * * * * *
47562 ATCACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAAATAGATA-ATTGTTTAGATAGTCATAACTATTT
251 ATCACAAAACAAAAGAT-ATAACAATTTG-AAATAAATATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
47626 GAACATGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCAT
314 AAACATGCTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAA
*
47671 TAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
47716 ACTTATATAA
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 51, Indels: 30
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
358 14 0.04
359 25 0.07
360 60 0.18
361 78 0.23
362 98 0.29
363 61 0.18
364 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTACGAATAGAAACA
ATTAATTTATAACAAAACAAAAAAGTCATAACGACTTGAAATAGGATAGTTTCAAATAAACATAA
CTATTCGAACGTGTTAGACAACAAATTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTGAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATGCATGAACAGAACAATTGTTGTATCACAAAAC
AAAAGATATAACAATTTGAAATAAATATATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGCTCGG
TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAA
Found at i:49249 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 48946--49274 Score: 439
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 177
48936 TTTATTACAG
* * * * *
48946 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTAATTT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAACTAACTT
* * *
49011 GGTAAACGAATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATT
66 GGTAAACGAATTGATTTTGTAAATCACTTAATTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATT
49076 ATTTTAATTCTGAATAAACTTATACATCAAAACAATTATTATACGACAA
131 -TTTT-ATTCTGAATAAACTTATACATCAAAACAATTATTATACGACAA
* * * *
49125 AACAAAAGG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAACTATTT-AACTAACT
** *
49189 TGGTAAAC-ATATTGACTTTT-TAAATCACTTAATTATTAGTTTTTTGAAATATTAATAAATTAG
65 TGGTAAACGA-ATTGA-TTTTGTAAATCACTTAATTATTA-ACTTTTGAAAGATTAATAAATTAG
*
49252 TATTTTTTATTTTGAATAAACTT
127 TATTTTTTATTCTGAATAAACTT
49275 GTATGAACTG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 16, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 53 0.41
179 48 0.37
180 29 0.22
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAACTAACTT
GGTAAACGAATTGATTTTGTAAATCACTTAATTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATT
TTTTATTCTGAATAAACTTATACATCAAAACAATTATTATACGACAA
Found at i:49501 original size:538 final size:537
Alignment explanation
Indices: 48593--50047 Score: 1162
Period size: 538 Copynumber: 2.7 Consensus size: 537
48583 TATTTTTACA
* * * * * * *
48593 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAT
1 ACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAAT-AGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-
* *
48657 CTAGTT-AGGTAAACAAAATTAC-TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAAT-A
64 CTACTTCA-GTAAAC-AAATTACTTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * ** * ** * *
48719 ATTCATTTTA-TTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAA-AC
123 ATTAATATTATTTTTA-ACCGAATAAACT-TCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-
* * * * *
48781 AAA-AT------AATTT-A-A-TAGATAATTGTTCATATAGTC-TAAACTATTTGAACTAGTTTG
185 AAAGATCAGAACAATTTGAGACTA-ACAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTGGTTTG
* * * * * * **
48835 GTAGATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGGAATATT-A-TTATTAGTATTA
248 ATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-TA
** * * * * *
48896 TTTTATTTCAAAACAACAGCTTGGATGAAC--AAATAATTGTTTTAT-TACAGAACAAAAGGTTA
312 TTTTATTT-TGAA-TA-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGT-CAAAACAAAAGGTCA
* * ****
48958 TAATGATTTGAAGT-ATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAATTTGGTAAACGAA
373 TAATGATTTGAAATAAT-CAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCAATAAACGAA
* *
49021 TTTATTTTGT-AAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATT-AGTATTATTTTAAT
437 TTTATTTTGTCAAATATCTTACTTATTAACTTTTCAAAGATTAATAAATTGAG-ATTATTTT-AT
** *
49084 TCTGAATAAAC-T-TATACATCA-AAACAATTATTATACG
500 TCCAAATAAACATGTA-ACAT-AGAAACAAATATTATACG
* * * * *
49121 ACAAAACAAAAGG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
* *
49185 AACTT-GGTAAACATATTGAC-TTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTTGAAATATTAATAAA
66 -ACTTCAGTAAACAAATT-ACTTTTTTAAATCACTT-ATTA--A--TTTTTGAAATATTAATAAA
* *** * * *
49248 TTAGTA-T-TTTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTG-CAAACAAAA
124 TTAATATTATTTTTA-ACCGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAA
* * ** * * *
49310 GGTCAGAACGATTTTTTGA-TAGACAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTGTTTGGT
188 GATCAGAAC-AATTTGAGACTA-ACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTTGAT
** *
49374 AAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTG-AATATTAAGAAATTAGTATTAT
250 AAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-TAT
* **
49437 TTTATTTTGGAT-AGCTAT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
313 TTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * ** * *
49500 GATTTTAAATAATTAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTAT
377 GATTTGAAATAATCAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCAATAAACGAATTTAT
* * * * **
49565 TTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAGATTATTTTATTCCAAAT
442 TTTGTCAAATATCTTACTTATTAACTTTTCAAAGATTAATAAATTGAGATTATTTTATTCCAAAT
* * * *
49630 AAGCATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATG
507 AAACATGTAACATA-GAAACAAATATTATACG
* * ***
49662 ACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
** * * * *
49727 GGTTCAGTAAATAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATAT
66 ACTTCAGTAAACAAATTACTTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * * **
49792 TATTTTTAACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAGATCTTAA
131 TATTTTTAACCGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCAGAA
* * * *
49857 CAATTTGAGACTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACATATTTA
196 CAATTTGAGACTAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAAAATTTA
*
49922 TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTTGAATA
261 TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATATTTTATTTTGAATA
** * * * *
49987 AGCTTGTATGGTCAAAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
326 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
50048 GATAATCATT
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 126, Indels: 95
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 3 0.00
523 4 0.01
524 2 0.00
525 5 0.01
526 52 0.07
527 75 0.10
528 18 0.02
534 4 0.01
536 46 0.06
537 117 0.16
538 190 0.25
539 71 0.09
540 62 0.08
541 36 0.05
542 64 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
ACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
ACTTCAGTAAACAAATTACTTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
TATTTTTAACCGAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCAGAA
CAATTTGAGACTAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAAAATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATATTTTATTTTGAATA
AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATC
AATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCCAATAAACGAATTTATTTTGTCAAATATCT
TACTTATTAACTTTTCAAAGATTAATAAATTGAGATTATTTTATTCCAAATAAACATGTAACATA
GAAACAAATATTATACG
Found at i:50020 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 48024--50241 Score: 1366
Period size: 179 Copynumber: 12.5 Consensus size: 180
48014 TAATTTTGTA
* * ** *
48024 TATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATAAAT-ATAAAAAAATCGTTTTATGACAGAAC-AAAGGTT
1 TATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTAT-GATCA-AAAACAATTATTTTATGACA-AACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
48086 ATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAAT-GTTATAATTATTTAGACTT-GTTCGATAAATAT
62 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATTAGTTTGGTAAATAA
* * *
48149 ATTCATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAA-TAGTAT
126 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * **
48203 TACTTTATTTTGAATAA--TTTTAT-ATGAATTGA-AA-TATATTTATGAGCAAA-AGAAA-GTC
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAA-AAACAATTAT-TTTATGA-CAAACA-AAAGGTC
* *
48261 ATAAC-AGTTTGAAATAGAT--TTATTC-AATAGTCATGACTATTTG-ATCAAGTTTGGTAAATA
62 ATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTTGGTAAATA
* ** * **
48321 TATTTATTTTAAAAAT-T-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
125 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *** * * *
48375 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA--ATAGAACTA-T-TTTTATGA-ATAGATAAAA-GTCA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAATTATTTTATGACA-A-ACAAAAGGTCA
* * ** * * * * *
48434 TAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGT--TCAACTATTTAAACTGGTTAGATAAAT-AA
63 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAA
* *
48496 TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAGATTAGCAT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * **
48545 T-TTTTATTTTGAAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
1 TATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTA-TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCA
* * * * *
48609 TAAGGATTTGAAATAAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTT-AATCTAGTTAGGTAAACAA
63 TAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTTGGTAAATAA
* * * *
48673 AATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTCA-TTT
126 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* * ** * *
48727 TATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAA-ACAAA----A
1 TATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAACA-AAAGGTCA
* * * *
48785 T-A--ATTT--AATAGATAATTGTTCATATAGTC-TAAACTATTTGAACTAGTTTGGTAGATAAA
63 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAA
* * *
48844 TTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGGAATATT-AT-TATTAGTAT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * *
48894 TATTTTATTTCAAAACAACAGCTTGGATGA--ACAAATAATTGTTTTATTACAGAACAAAAGGTT
1 TATTTTATTT-TGAA-TA-AGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACA-AACAAAAGGTC
* * * * * * * **
48957 ATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAATTTGGTAAACGAA
62 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAA
* * *
49021 TTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
49075 TATTTTAATTCTGAATAAACTTATA-CATC-AAAACAATTATTATACGACAAAACAAAAGGT-AT
1 TATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ** * *
49137 AATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACTTGGTAAACATATT
64 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATT
* * * * *
49202 GACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * *
49255 T-TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTG-CAAACAAAAGGTCAGAA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAA
*** * * * *
49318 CGATTTTTTGATAGACAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTGTTTGGTAAAAAAATT
66 CGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTTGGTAAATAAATT
** *
49383 TATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTTG-AATATTAAGAAATTAGTAT
129 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * *
49434 TATTTTATTTTGGAT-AGCTAT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * * **** **
49497 AATGATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGAT
64 AACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAAT
* * * * *
49561 TTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-AT
128 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
*** * * * * * *
49615 TATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGAT-ATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * ** * * **
49679 AATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATT
64 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATT
* * *
49744 TCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATAT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * * * * *
49792 TATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAGATCTTA
1 TATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
49856 ACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACATATT
65 ACGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATT
*
49920 TATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
49971 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
50036 CGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTACTTT-AATT-GATTCGGTAAACAAAT
66 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA-TTTGAATTAG-TTTGGTAAATAAAT
* ** * * *
50098 TTATTTTTAAAAT-T-TTTTTTATT-ATTTTAGGAGATATTAATAAATTAATAT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * *
50149 TATTTTA-TTTCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTAT
1 TATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTCAT
* * * *
50213 AACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
64 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
50242 GGTAAACAGA
Statistics
Matches: 1599, Mismatches: 322, Indels: 236
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 19 0.01
168 27 0.02
169 36 0.02
170 82 0.05
171 44 0.03
172 64 0.04
173 53 0.03
174 42 0.03
175 57 0.04
176 105 0.07
177 138 0.09
178 182 0.11
179 306 0.19
180 186 0.12
181 95 0.06
182 144 0.09
183 18 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAA
CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
Found at i:50553 original size:336 final size:334
Alignment explanation
Indices: 49922--50564 Score: 724
Period size: 336 Copynumber: 1.9 Consensus size: 334
49912 AACATATTTA
* * * * *
49922 TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTTAAATATCTTACTCACTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATAATTTATTCTGAATA
** * * *
49987 AGCTTGTATGGTCAAAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
66 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATA
** *** * * **
50052 ATCATTCAAATGACCATAATTACTTTAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTT
131 ATCATTCAAATGACCATAACCACTTTAACCAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTACT
* * * * ** *
50117 TATTATTTTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATTAACTTAA
196 TATTATTTTA-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATACAAACTAAA
* * *
50182 ACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAA
260 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAA
50247 ACAGACTTAT
325 ACAGACTTAT
* * * *
50257 TTTTTTAAATATCTTTCTCATTAATTTTTG-AATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAAT
1 TTTTTTAAATATCTTACTCACTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTA-TAATTTATTCTGAAT
*** * *
50321 AAGCTTGTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGA
** * * *
50386 TAATTGTTCTAAT-AGTCTTAACCA-TTTGAACCAATTCAGT-AACAAATTTATTTTTTAAATAT
129 TAATCATTCAAATGA-CCATAACCACTTT-AACCAATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA-AT
* *
50448 CTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTATAC
190 CTTACTTATT-A-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCA-AATAAGCTTATAC
* *
50511 AAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGA
252 AAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGA
50565 TAACCATTTA
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 47, Indels: 17
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
334 15 0.06
335 80 0.32
336 103 0.41
337 48 0.19
338 1 0.00
339 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (334 bp):
TTTTTTAAATATCTTACTCACTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATAATTTATTCTGAATA
AGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATA
ATCATTCAAATGACCATAACCACTTTAACCAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTACT
TATTATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATACAAACTAAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAAA
CAGACTTAT
Found at i:50886 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 50243--50955 Score: 592
Period size: 180 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
50233 TGTTCAAATG
* * * ** *
50243 GTAAACAGACTTATTTTTTTAAATATCTTTC-TCATTAATTTTTGAATGCTAATAAATTATTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATCTTACGT-ATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *** * *
50307 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAA
65 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * * * *
50372 CGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACCAATTCA
129 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTA
* * *
50424 GT-AACAAATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
50487 ATTTTAATTAGAATAAGCTTATA-CAAACAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* ** * * **
50551 CAATTTAAAATAGATAACCATTTATATAGTCTTAACTATTTGAACT-GGTT-
129 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTA
* * * *
50601 G-ACA-AGTTTTAGATTTTTTTTAAAT-T-TTATTGGTTATTAAGTTTTAAATATT-ATCAAATT
1 GTAAACAGATTT--A-TTTTTTTAAATATCTTA--CG-TATTAATTTTTAAATATTAAT-AAATT
* ** * * * *
50661 AGCATTATTTTATTTCAAATAAA-ATAGTATGAA-CAGAACCAATTGTTTGATTACAAATA-AAA
59 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAACCA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAA
* * ** *
50723 AGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAATTTA
121 AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTA
* *
50783 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACGAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
50847 ATTTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCAAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGTCTTAAC
65 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAC
* * * * *
50912 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAAC
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
50956 AAAATGGTCA
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 91, Indels: 53
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 2 0.00
178 5 0.01
179 107 0.26
180 240 0.58
181 44 0.11
182 6 0.01
183 2 0.00
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACA
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTA
Found at i:51722 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 50984--52128 Score: 746
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
50974 TGAAATAAAT
* * * * *
50984 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
51049 TGAATAAACAATAGGTCAG-A-GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAA
66 TGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAA
51112 CTGGTTCAGCAAACACATTT-TTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTG
130 CTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * ** *
51158 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGCATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
** * * ** * *
51222 ATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGA-TT-AGATTGATATTTGTTCAAATAGTCTAACTATTTGAA
65 ATGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTAACTATTTGAA
* * ** * * **
51284 -TGGTTC-GAAAAAAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCA
130 CTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
51333 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
51397 ATGAC-AAA-ATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTT-TAAAAAGTCAAATC
65 ATGACTAAACA-AAAGATCAGAATGA-TTT--G-AAATA-AATAATTGTTCT-AATAGTCTAA-C
* * ** ** * * * *
51459 TTTTTTAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
122 TATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
51519 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* *
51584 T-ATCTAAACAAAATG-TTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTG
66 TGA-CTAAACAAAA-GATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTG
* * *
51647 AACTAGCTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
128 AACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * ** *
51700 GAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
51765 TGA-TGAA-TAAAGATCATAA-CATTTTGAGATAGATAATTATTCAAAT-GTTATAACTATTTGA
66 TGACTAAACAAAAGATCAGAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAG-TCTAACTATTTGA
* * * * * **
51826 ACTGTTTTA--AAA-AGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTCA
129 ACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** * * * *
51871 AAATATTAATAGATCAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
51936 TGAC-AAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
66 TGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAA
* ** * * * *
51999 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-C-AACTTATTAATTTTT-
130 CTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** *
52047 TAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
52111 ATGAAC-AAAC-AAAGATCA
65 ATG-ACTAAACAAAAGATCA
52129 TA
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 171, Indels: 97
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 113 0.15
172 35 0.05
173 26 0.03
174 72 0.10
175 102 0.14
176 60 0.08
177 22 0.03
178 18 0.02
179 27 0.04
180 3 0.00
181 84 0.11
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188 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
TGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTAACTATTTGAAC
TGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Done.