Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167947.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_208, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 51204
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
File 2 of 2
Found at i:44022 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 43853--44120 Score: 427
Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
43843 GTTATGATAT
*
43853 TTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCT-TATTCTG-AATAAAATAATA-TA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAG-TATATT-TGAAATAAAATAATACT-
*
43915 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAT
43979 GTTCAAATAATTATGACCA
128 GTTCAAATAATTATGACCA
* *
43998 TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGTATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* *
44063 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGA
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA
44121 GCTAATTCAA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 6, Indels: 7
0.90 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 3 0.03
145 82 0.73
146 28 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTATATTTGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATATGTT
CAAATAATTATGACCA
Found at i:50516 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 49881--51201 Score: 788
Period size: 182 Copynumber: 7.3 Consensus size: 177
49871 GATGTCATCC
* * **
49881 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTAAACAATTATCTATTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * **
49945 TTCATGCAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--A
65 TTCAT-AAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAAGCA
* * *
50006 GAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAGTTCAAATAGTTA-GACT
* * * * * * * **
50057 ATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT
1 ATTTAAACAATTATCTAT-TTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * * * * * * *
50121 TTCATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAA
65 TTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAAG-CA
* * *
50186 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTT-AGACT
* * * * * * *
50237 A-TTAGGATAATTATCTATTTCAGATAATTTTGACCTTTTGTTTAGTC-TCAAAACAATTATTTC
1 ATTTA-AACAATTATCTATTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTC
* * * * *
50300 AATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGC
63 AGTTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAAGC
* * * *
50365 ACGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAATTAAAATAGATTAGATT
128 A-GAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTCAAATAG-TTAGACT
* *
50419 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAG
1 ATTTAAACAATTATCTATTTAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * *
50484 TTTATAAAAACTTATCT-GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGC
65 TTCATAAAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAAATTAATAAGC
* * ** * *
50547 A-AGATTTTTAAAAACTAAAAT-TGTTT-TCCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCT
128 AGAGA--TTTAAAAAAT-AAATCTATTTAT-C-AAACAGTTCAAATAGTTA-GACT
* * * * * * * * * * * * **
50600 ATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGATC-TTTGCTTTCTCATAAAATAATTATTTTTG
1 ATTTAAACAATTATCTAT-TTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * * *
50664 ATCATAAAAGCTTATTTAG-ATAAAAATATTACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--A
65 TTCATAAAAACTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAAGCA
* * * * *
50725 GAGATTCAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAGTTCAAATAGTT-AGACT
* * * * * *
50776 A-TTAGAATAATTATCAATTTCAAATCA-TTCTGACC-TTTGCTTTAGTCGAGT--AATAATTGC
1 ATTTA-AACAATTATCTATTT-AAAT-AGTTATGACCTTTTG-TTTTGTC-A-TAAAACAATTGT
* ** * * * * * * *
50836 TTCGGTTCATACTAGCTTATCTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATG
60 TTCAGTTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATA
* * * * * *
50901 ATCATGAGATTTAAAAAAAAAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAATTATGGCT
125 AGCA-GAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC-AGTTCAAATAGTTA-GACT
* * * * * * * *
50958 ATTTGAATAATTATTTATTTAAAATAATTATGATCATTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTAAACAATTATCTATTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* ** ** * * * * * * *
51023 TTCCTAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATAATACTTTAGTAATATTTTG-GAAATTAATAAGTA
65 TTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAAATTAATAAGCA
* * * * * *
51087 -ACTAATTTAAAAGAATAAATC-AGTTTACCCAATCAGTTCAAATAATTATAGCC
129 GA--GATTTAAAA-AATAAATCTA-TTTA-TCAAACAGTTCAAATAGTTAGA-CT
* * * * *
51140 ATTTAAACAACTATCTTTTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ATTTAAACAATTATCTATTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
51202 TTT
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 195, Indels: 122
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 12 0.01
176 154 0.17
177 65 0.07
178 7 0.01
179 12 0.01
180 137 0.15
181 145 0.16
182 334 0.38
183 19 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATTTAAACAATTATCTATTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
TCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAAATTAATAAGCAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAGTTCAAATAGTTAGACT
Found at i:50979 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 49881--51084 Score: 1451
Period size: 539 Copynumber: 2.2 Consensus size: 536
49871 GATGTCATCC
*
49881 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATTTATTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * *
49945 TTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAG
65 TTCAT-AAAAATTATCTAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAG
* * * **
50009 ATTTAAAAACTAAATTTATTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
128 ATTTAAAAACTAAAATTATTTACCGAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCAA
* * * *
50074 TATCAAATTGTTATGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCA
193 TATCAAATTGTTATGATCTTTACTTTATCATAAAACAATTATTTCTTATCATAAAAGCTTATTCA
* * *
50139 TATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
258 GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA-TAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAAT
* * * * *
50204 GTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGGATAATTATCTATTTCAGATAATTTTG
322 GTGTTTCTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATAATTCTG
* * * *
50269 ACCTTTTGTTTAGTCTCAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAC
387 ACCTTTTGTTTAGTCTCAAAACAATTACTTCAATTCATATAAGCTTATCTAGAAGAAAATAATAC
* * *
50334 TAATTTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCACGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT
452 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCACGAGATTTAAAAAAAAAAATCTATTTATCAAAC
*
50399 AAATTAAAATAGATTAGATT
517 AAATTAAAATAGATTAGACT
* * * * *
50419 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAG
1 ATTTGAACAATTATTTATTTAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* *
50484 TTTATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAA
65 TTCATAAAAA-TTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A
* * ** * *
50549 GATTTTTAAAAACTAAAATTGTTTTCCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAATAAATAT
127 GA--TTTAAAAACTAAAATTATTTACCGAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATAT
* * * * *
50614 CAATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGCTTTCTCATAAAATAATTATTT-TTGATCATAAAAGCTTA
190 CAATATCAAATTGTTATGATCTTTACTTTATCATAAAACAATTATTTCTT-ATCATAAAAGCTTA
* *
50678 TTTAGATAAAAATATTACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTCAAAAAATA
254 TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGAGATTCAAAAAATA
* *
50740 AATGTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCAT
319 AATGTGTTT-CTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATAAT
* * * * ** *
50804 TCTGACC-TTTGCTTTAGTC-GAGTAATAATTGCTTCGGTTCATACT-AGCTTATCTGGAAGAAA
383 TCTGACCTTTTG-TTTAGTCTCA-AAACAATTACTTCAATTCATA-TAAGCTTATCTAGAAGAAA
* * * *
50866 ATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGATCATGAGATTTAAAAAAAAAAATCTGTTT
445 ATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCACGAGATTTAAAAAAAAAAATCTATTT
* * * *
50931 A-CTGAACAAGTTCAAATA-ATTATGGCT
510 ATC-AAACAAATTAAAATAGATTA-GACT
* * * * *
50958 ATTTGAATAATTATTTATTTAAAATAATTATGATCATTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATTTATTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * * *
51023 TTCCTAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATAATACTTTAGTAATATTTTGGAAATTAATAAG
65 TTCATAAAA-ATTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
51085 TAACTAATTT
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 85, Indels: 33
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 3 0.01
538 47 0.08
539 362 0.64
540 8 0.01
541 3 0.01
542 3 0.01
543 138 0.24
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
ATTTGAACAATTATTTATTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
TCATAAAAATTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATT
TAAAAACTAAAATTATTTACCGAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCAATAT
CAAATTGTTATGATCTTTACTTTATCATAAAACAATTATTTCTTATCATAAAAGCTTATTCAGAT
AAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATGTGT
TTCTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATAATTCTGACCT
TTTGTTTAGTCTCAAAACAATTACTTCAATTCATATAAGCTTATCTAGAAGAAAATAATACTAAT
TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCACGAGATTTAAAAAAAAAAATCTATTTATCAAACAAAT
TAAAATAGATTAGACT
Done.