Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167949.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_21, whole genome shotgun sequence
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Warning! 113000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 138
Found at i:491 original size:178 final size:178
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Indices: 1--2928 Score: 1247
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* * *
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1 TTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * **
65 AACTTATATTAACCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATAATAACAATTTG-AAATAGAT
64 AGCTTGTA-TAAGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAAATAGAT
* * * * * * *
129 AATTGTGCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTGGTTTTGTA-AA-TAGAATTATT
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
246 GCTTGTATGAGCTGAAATAATT-ATTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACAATTTG-AAATAAAT
65 GCTTGTATAAGC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAAATAGAT
* * *
309 AATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGAATGGACAA-TGAATTTATT
128 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTGGACAACTG-ATTTATT
* * *
360 TTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTA-TATTTTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * *
424 GCTTGTATAAGCAGAAA-AATTGTTTTATGATAGAACAAAGGTTATAA-AATTTTGAAAACAGAT
65 GCTTGTATAAGCA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAACAA-TTTGAAAATAGAT
* * * ** * *
487 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAACAAATTGATTTGTT
128 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTGGAC-AACTGATTTATT
* * *
539 TTTTAAA--TTT-CTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTAGAA-AA
1 TTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * **
599 GCTTGTACATTG-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTT-AAAATAGAT
65 GCTTGTATA-AGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAAATAGAT
* * * * * * * * *
662 AGTTATT-TAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATT
128 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTGGA-CAACTGATTTATT
* * * * *
713 TTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATA
1 TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * ** *
777 AGCTTTTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTT-TAAATAG
64 AGCTTGTAT-AAGC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-GGTAATAACAATTTGAAAATAG
* * *
840 ATAATTGTTGAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGGTA-AACAT-ATTTATT
126 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTGG-ACAAC-TGATTTATT
* * * *
894 TTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAA
1 TT-TTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * *** * **
957 TAAACTTGT-T-TG-AATTGAAATGATTATTAT-ATAACTAA-AAAGGTTAA-AATGATTTG-AA
62 TAAGCTTGTATAAGCAAAACAATTG-TT-TTATGATAA--AACAAAGG-TAATAACAATTTGAAA
* * ** * * **
1015 ATAGATAACTATTTTAATAGTCGTAACTATTTGAATTGATTTGG-CAAACACATTTATT
122 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTGGAC-AACTGATTTATT
* *
1073 TTTTAAATC--T-CTTATTAA-TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAAGAA
1 TTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * ** * *
1133 GCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTA-A
65 GCTTGTATAAGC-AAAACAATTGTTTTAT--GATAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAAATAGA
* * * ** * * * *
1197 TATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTAAAAAAAC-AACTTCAGT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-GGACAACTGA-TTTATT
* * * * *
1250 TTTTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TAGATA
1 TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATA
* * ** * *
1313 AGTTTTTATGAA-CTTTAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT--AAATA
64 AGCTTGTAT-AAGC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAAC-AATTTGAAAATA
* * * * *
1375 GATAATTGTTCAAATAATCA-AATCTATTTTAATTTGTTTTGG-CAAACAGATTTATTTTT
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-CTG-ATTGGAC-AACTGATTTA---TT
* * * * * * * *
1434 TTTTAAATGTATTGCTCCATTACTTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATA
1 TTTTAAATCT-TTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
1499 AGCTTGTATGAA-CTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAA-AACGATTT-CAAACA
64 AGCTTGTAT-AAGC-AAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAAGGTAATAACAATTTGAAAATA
* * * * * * * * * *
1561 GATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACT-AGTTTGCCAAATACATTTACT
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTGGACAACT-GATTTATT
* * * * * * * * *
1616 TTTTAAATTTTTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA
1 TTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * *
1681 GCTTGTATGAAAG-GAAACAATTGTTTTTTGACAAAATAAAGATCATAA-AGATTTG-AGATAGA
65 GCTTGTAT--AAGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAACA-ATTTGAAAATAGA
* * * *
1743 TAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTA-AA-TAGATTT-TGT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-ATTGG-ACAACT-GATTTAT-T
* * * * * * * * *
1796 TTTTAAATC--T-CTTTTTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
1 TTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * * * **
1858 TTTGTATGAA-CAGAAACAATTATTTTACGACAAAAC-AATGTCATTATGATTTG-AAATAGATA
66 CTTGTAT-AAGCA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAAATAGATA
* * * * * *
1920 ATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTA-AACAGATTTATT
129 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTGG-ACAACTGATTTATT
** * *
1971 TTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAG-A-A-TACT-AA-TA--A--A-TTTATTTCAAATAA
1 TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
** * * * * ** *
2026 AATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTT-AAAATAAA
65 GCTTGTAT-AAGCA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAAATAGA
* * * * *
2089 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACCTGCTTGG-CAAATAAATTTATT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTGGACAACT-GATTTATT
* * * *
2142 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TT--T--ATT-GTATTATTTTATATCAAAAAA
1 TTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * ** * * *
2201 GGTTTTACAAATAGAAACAATTGGTTTATGACCAAAA-AAAGGGTCATAACAATTTG-AAATAGA
65 GCTTGTATAAGCA-AAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAA-GGTAATAACAATTTGAAAATAGA
* * *
2264 TAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-ATTTAGAAAACAT-ATTT-TT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA-TTGGACAAC-TGATTTATT
**** * * ** *
2316 AAAAAAAT-TTTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAAATATTTTATTT-GAAATA
1 TTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATA
* * * * * * ***
2379 AGCATGCATGAA-CAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAATGTTATAATGTTTTG-AAAT
64 AGCTTGTAT-AAGCA-AAACAATTGTTTTATGA-TAAAAC--AAAGGTAATAACAATTTGAAAAT
* * * *
2442 AGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTA-AACAT-ATATT-TT
124 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-GG-ACAAC-TGAT-TTATT
* * * * * * *
2498 ATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATA
1 TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * **
2563 AGCTTATATGAA-CTGAAACAAGTGTTTTATTGCA-AAAGA-AAAGGTCATAATGATTTG-AAAT
64 AGCTTGTAT-AAGC-AAAACAATTGTTTTA-TG-ATAAA-ACAAAGGTAATAACAATTTGAAAAT
* * * * * *
2624 AGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAGTA-AA-TATATTTA-T
124 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT--GGACAACT-GATTTATT
* * * * * *
2679 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAACATT--TCAAATTAATATTATTTTAATTCGAATA
1 TTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * ** * *
2742 AACTTGTATGAA-CATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAAATCATAACAAATTG-AAATA
64 AGCTTGTAT-AAGCA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAC--AAAGGTAATAACAATTTGAAAATA
* ** * * * **
2805 AATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTA-AACAAATTTA-T
125 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TT-GGACAACTGATTTATT
*
2859 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAA
1 TTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-A
2920 ATAAGCTTG
61 ATAAGCTTG
2929 GATGAACAGA
Statistics
Matches: 2119, Mismatches: 451, Indels: 355
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 43 0.02
170 4 0.00
171 82 0.04
172 31 0.01
173 32 0.02
174 69 0.03
175 232 0.11
176 111 0.05
177 89 0.04
178 157 0.07
179 262 0.12
180 366 0.17
181 267 0.13
182 154 0.07
183 10 0.00
184 85 0.04
185 25 0.01
186 86 0.04
187 13 0.01
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
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CTTGTATAAGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTGGACAACTGATTTATT
Found at i:1322 original size:536 final size:531
Alignment explanation
Indices: 25--4919 Score: 1692
Period size: 543 Copynumber: 9.2 Consensus size: 531
15 CTGATTAATT
* * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
89 TTTTATGACAAAACAAAA-ATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTTT
63 TTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
* * * * * *
153 TTGAACTGGTTTTG-TAAATAGAATTA-TTTTCTAAATCTC-TACTTATAAATTTTTGAAAATAT
128 TTGAACT-GATTAGATAAACA-ATTTAGTTTT-TAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTG-AAATAT
* * * * ** * * * * * *
215 TAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATT-ATTTATGATAA
188 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAA
* * * ** * * * * **
279 AACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGAA
252 AACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
343 TGG-ACAA-TGAATTTATTTTTTAAATCTTATAG-TTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTA
317 TGGTA-AACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTA
* * * * * *
404 TTA-TATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT-AAGCAGAAA-AATTGTTTTATGA-TAGA-ACAAA
378 GTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAA-CTGAAATAATTATTATATAACTA-ACA-AAA
* * * * * * * *
463 GGTTATAAA--ATTTTGAAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAAC
439 AGTTA-AAACGA-TTT-CAAACAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGAC
** *
526 AAATTGATTTGTTTTTTAAATTTCTTATTAA
501 AAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAA
* * * *
557 TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTAGAAAAGCTTGTA-CATTGAAAACAATTA
1 TT-TTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAAAAGCTTGTATGA-TAAAAACAATTT
* * * * * * * * * * * * *
621 TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATT-TAATGGCCATGATTAT
63 TTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
* * * *
685 TTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
128 TTGAACTGATTAGATAAAC-AATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAA
*
750 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
191 TAAAGTAGTATTATTTTATTTT-GATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
* *
815 AAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGG
255 AAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
880 TAAACATATTTATTTTCTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTA
320 TAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
945 TTTTATTCTGAATAAACTTGTTTGAATTGAAATGATTATTATATAACT-A-AAAAGGTTAAAATG
384 TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATAACTAACAAAAAGTTAAAACG
* * * * * *
1008 ATTTGAAATAGATAACTATTTTAATAGTCGTAACTATTTGAATTGATTTGGCAAACACATTTATT
449 ATTTCAAACAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGACAAATACATTTATT
*
1073 TTTTAAATCTCTTATTAA
514 TTTTAAATTTCTTATTAA
* *
1091 TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAAGAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTT
1 TTTT-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAA-AAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTT
* *
1156 TTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATAACT
63 TTTTATGAGAAAAAA-AAAGATCATAATGATTTGAGA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
* * * * * *
1220 ATTTGAAGTGGTTAAAAAAACAACTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTA
126 ATTTGAACTGATTAGATAAACAA-TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTGAAATATTA
**
1285 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTTTAACAATTGTTTTATGATAAAA
190 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-GATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA
* * * * * *
1350 CAAAAGGTCATAACGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-AATCTATTTTAATTTGTTT
254 CAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTG-TT
* * * * *
1414 TGGCAAACAGATTTATTTTTTTTTAAATGT-ATTGCTCCATTACTTTTTCGAATGTTAATAAATT
317 TGGTAAACAGATTTA---TTTTTTAAATCTCA-TGCT-TATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATT
* * * * * *
1478 AGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAG
377 AGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATAACT-AACAAAAAG
* * * * * *
1543 TTAAAACGATTTCAAACAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACT-AGTTTGCCAAAT
441 TTAAAACGATTTCAAACAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTGACAAAT
* *
1607 ACATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTACTAA
505 ACATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA
* *
1638 CTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCA-AATAAGCTTGTATGA-AAGGAAACAA
1 -TTTT-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TAGAA-AAGCTTGTATGATAA--AAACAA
* * * *
1701 TTGTTTTT-TGA-CAAAATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAA
60 TT-TTTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * ** *
1764 ATATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGATTTTGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTATCAAAATC
124 ATATTTGAACTGATTAGATAAACA-ATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT-TTGAAATA
* * *
1825 TTAATATA-TAAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTACG
187 TTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTTG-ATAAGTTTT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
1887 ACAAAAC-AAT-GTCATTATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
248 ATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** **
1950 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAAT-AA--
313 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATT
* * * * * **
2011 A-T-TTA---T-TTC-AAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAA
377 AGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTATTATAT-AACTAACAAAAA
* * * * * * * * * * * * * *
2067 GATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACCTG-CTTGGCAA
440 G-TTAAAACGATTTCAAACAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGACAA
*
2131 ATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
503 ATACATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA
* * * * * ** * *
2164 TTTTTGGA-ATT-TT--ATT-GTATTATTTTATATCAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTG
1 -TTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATTAGAAAAGCTTGTA-TGATAAAAACAATTT
* ** * * ** * * *
2224 GTTTATGACCAAAAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTAT
63 TTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
** * * * *
2289 TTGAACAT-ATTTAGA-AAAC-A--TA-TTTTTAAAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGATTAT
128 TTGAAC-TGA-TTAGATAAACAATTTAGTTTTT--AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATAT
* ** * ** ** *
2348 TAATAAATTTAAAAATATTTTA-TTTGAAATAAGCATGCATGAAC-AGAACCAATTGTTTTATGA
188 TAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG--ATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
2411 CAAAAACAAAAAT-GTTATAATG-TTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGA
249 -TAAAAC--AAATGGTCATAATGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * ** *
2474 ACTTATTCGGTAAACATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAA
310 ACTTGTTTGGTAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAAT-A
* * * * * * * * ** *
2538 AATTAGTATTATCTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTGC-AAAAG
373 AATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATAACTAACA-
* * * * * * * * * *
2601 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTA-TTCA
436 AAAA-GTTAAAACGATTTCAAACAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGA
* *
2665 GTAAATATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
500 -CAAATACATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA
** * * * * * *
2701 TTGTCAAAACATT-TCAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGA-ACATAAATAAT
1 TT-T-TGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAA-AAGCTTGTATGATA-A-AAACAAT
* * * * * ** * * * ** *
2764 TGTTCTATAACAAAACAAAAAAATCATAACAAATTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAAC
61 TTTTTTATGAGAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAA
* * * * *
2829 GATTTGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAAT
125 TATTTGAACTGA-TTAGATAAAC-AATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT-T-TGAAAT
* * * ** *
2891 ATTAACAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGGATGAAC-AGAAA-AATT-TTTTTT
186 ATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG--ATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * ** * * ** * *
2951 TACAAAACAAAAGGTTATGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTC-AACCGATTATAATTATTT-AA
247 GATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
3013 GTATGTTTAAGTAAACATATTCA-TTTTTAAATCCTC-T-TTATATTAAATTTTT-AGATTAATT
311 CT-TGTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCATGCT-TATT-AATTTTTCA-AAT-GTT
* * * * *
3074 AATAAATTAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAATAATT-TCTTTATGACA
369 AATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTAT-TATATAAC-
* * * * * * * * * *
3137 AAACAAAAAGTCATAGACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAATTATTTG-GTCT
431 TAACAAAAAGTTA-AAACGATTTCAAACAGATAACTATTCTAATAGTCAT-AACTATTTGAAT-T
** * * *
3201 -AGTTCAATAAAATAATATTTA-TTTTAAAATTT-TGACTATTAA
493 GA-TTTGA-CAAAT-ACATTTATTTTTTAAATTTCT---TATTAA
** * * * *
3243 TTGTCCAAT-TATAATAAA-TAGTATTAATTTAATCCA-AATAAGCCTTGTTAATGAATAGAAAC
1 TT-TTGAATAT-TATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TAGAA-AAG-CTTG-T-ATG-ATAAAAAC
* * * * *
3305 AATTATTTTAT-AGATAAACAAAAAG-TCATAA-CATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA
58 AATTTTTTTATGAGA-AAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
3366 TAACTATCTTAAACT-AGTTTGAATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCACTT-ATTA--AATTTTG
121 TAAATAT-TTGAACTGA-TTAG-ATAAACA-ATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTG
* * * * **** * * * ** *
3426 AAATATTAATAAACTATTGTTACTTTACACCG--AA-----CA--AACCAAGATGATTAG--GTA
182 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATT-GTTTTA
* * * * * * * *
3480 -AACAAAACAAA-AGTCATCAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAAGAGTCATAATTATTTGA
246 TGATAAAACAAATGGTCAT-AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * ** * * * *
3543 ACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAA
310 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAA
* ** ** * * * *
3608 TTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAGGCTAT-TATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGATAA--A
375 TT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAACT-TGTATGAACTGAAA-TAA--T-TATTAT-ATAACTA
* * * * * * * ** * **
3669 AC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATAGTTTTAAATATTTGAATTG-GC
433 ACAAAAAGTTAAAACGATTTCAAACAGATAACTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAATTGATT
* * *
3731 TCAGCAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAA
497 TGA-CAAATACATTTATTTTTTAAATT-TC----TTATTAA
* * * * * * *
3771 CTTTTGGAAAATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCA-AATAAACTTGTATGAACAAAAATAAT
1 -TTTT-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AGAA-AAGCTTGTATG-ATAAAAACAAT
* * ** * * ** * *
3835 TGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGA-AGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAAC
61 TTTTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAA
* * * * * *
3899 TATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
125 TATTTGAACTGA-TTAGATAAACA-ATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATA
* * * * * * * * *
3963 ATAATAAATTAATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-GTTGTTTTATGAT
187 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGTTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGAT
** ** * * * *
4027 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATATATAATCGTTC---T-G----AAC------CAC---
250 AAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * ** ** * *
4075 TTCAGCAAAC-GAATTTATTTCTTAAATCTTTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTA
315 TTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTA
** * * * * *
4138 GTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAA-TAGAGCTAAAGG
378 GTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATAACTA-A-CAAAAAG
* * * * * * *
4201 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A--CAGGAACTA---G--TTCG----G-TAAA
441 TTAAAACGATTTCAAACAGATAACTATTCTAATAGTCA-TAACTATTTGAATT-GATTTGACAAA
* * * *
4252 CAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATAAA
504 TACATTTATTTTTTAAAT-T--T-CTTATTAA
* * * *
4284 TGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAGGTGTGTATGATAAAAACAATT
1 T-TTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-AGAAAAGCT-TGTATGATAAAAACAATT
* * *** ** * * * * *
4348 GTTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATT
62 TTTTTATGAGAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
* * * * * ** *
4413 ATTTGAA-TCAATTTGATAAACTGACTTA-TTTTGTAAATGTCTAACTTATCAATTTTTGAAATA
126 ATTTGAACT-GATTAGATAAAC-AATTTAGTTTT-TAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATA
* ** * * ** * *
4476 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATA
187 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATA
* * * * *
4541 AAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACATGT
251 AAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
4606 TCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAT-T--T-CTTA-TATATTATTCTCTAAATGTTAATAAATT
316 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTA-ATT-TT-TC-AAATGTTAATAAATT
* * * * * * * *
4666 AGCATTATTTTATT-TCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAA-ATAAAA
377 AGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATAACTAACA-AAAA
* * * * * * * ** * *
4729 GGTTAGAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCTGATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAAA
440 -GTTAAAACGATTTCAAACAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGACAAA
* * *
4794 CACATTTATATTTTAAATCTCTTATTAA
504 TACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAA
* * ** * * * *
4822 TTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
1 -TTTT-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAA-AAGCTTGTATG-ATAAAAACAATT
** * * *
4887 GCTTTATGA-CAAAACAAATATCATAAT-ATTTGA
62 TTTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGA
4920 ATTGGTTCAA
Statistics
Matches: 3386, Mismatches: 676, Indels: 598
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
512 32 0.01
513 223 0.07
514 5 0.00
515 1 0.00
516 7 0.00
517 4 0.00
518 5 0.00
519 6 0.00
520 31 0.01
521 72 0.02
522 32 0.01
523 43 0.01
524 12 0.00
525 55 0.02
526 159 0.05
527 221 0.07
528 90 0.03
529 111 0.03
530 164 0.05
531 24 0.01
532 143 0.04
533 154 0.05
534 127 0.04
535 77 0.02
536 210 0.06
537 129 0.04
538 147 0.04
539 106 0.03
540 154 0.05
541 186 0.05
542 121 0.04
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545 42 0.01
546 77 0.02
547 19 0.01
548 56 0.02
549 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
TTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAAAAGCTTGTATGATAAAAACAATTTTTT
TATGAGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTG
AACTGATTAGATAAACAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAAG
TAGTATTATTTTATTTTGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGG
TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
GATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATAACTAACAAAAAGTTAAAACGATTTCAA
ACAGATAACTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA
TTTCTTATTAA
Found at i:2161 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1859--2173 Score: 405
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
1849 TTGAATAATT
* * * * *
1859 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAATAG
1 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATAG
* * * * * * *
1924 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTA
66 TTCAAATAGACATAACTATTTAAACCTGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTA
1989 TTAATTTTTAGAATACTAATAAATTTATTTCAAATAAAA
131 TTAATTTTTAGAATACTAATAAATTTATTTCAAATAAAA
* * *
2028 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAAT
1 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGAAAAAAC-AAAG-TCATAATGATTTAAAATAAATAAT
* * * * ***
2093 TGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACCTGCTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
64 AGTTCAAATAGACATAACTATTTAAACCTGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACT
*
2158 TATTAATTTTTGGAAT
129 TATTAATTTTTAGAAT
2174 TTTATTGTAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 23, Indels: 2
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 31 0.26
170 3 0.02
171 87 0.72
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATAG
TTCAAATAGACATAACTATTTAAACCTGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTA
TTAATTTTTAGAATACTAATAAATTTATTTCAAATAAAA
Found at i:2472 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 2234--2674 Score: 476
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 182
2224 GTTTATGACC
* ** *
2234 AAAAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAT
1 AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAT
* * * *
2299 TTAGAAAACATAT-TTTTAAAAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAA
66 TCAGAAAACATATATTTTAAAAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTAAA
* * * * * *
2361 AATATTTTATTTGAAATAAGCATGCATGAACAGAACCAATTGTTTTA-TGACAA
131 AATATCTTACTTCAAATAAGCATACATGAACAGAAACAAGTGTTTTATTG-C-A
* * * * * *
2414 AAACAAAAATGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTA
1 AAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA
* * *** * * *
2479 TTCGGTAAACATATATTTTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATTAG
65 TTCAGAAAACATATATTTTAAAAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTAA
* * * * *
2544 TATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTGCA
130 AAATATCTTACTTCAAATAAGCATACATGAACAGAAACAAGTGTTTTATTGCA
* * **
2597 AAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTAT
1 AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAT
* *
2662 TCAGTAAATATAT
66 TCAGAAAACATAT
2675 TTATTTTTAA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 43, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.01
181 62 0.29
182 73 0.34
183 5 0.02
184 68 0.32
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATAT
TCAGAAAACATATATTTTAAAAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTAAA
AATATCTTACTTCAAATAAGCATACATGAACAGAAACAAGTGTTTTATTGCA
Found at i:3260 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 2225--4044 Score: 674
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 178
2215 AAACAATTGG
** * * *
2225 TTTATGACCAAAA-AAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * ** ** * *
2289 TTGAACATATTTAGA-AAA-CATA-TT-TTTAAAAAAATTTTACTTATTAATT-TTTGGATTATT
65 TTGATC-TATTCA-ATAAATAATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-AATTATT
** * * * ** * **
2349 AATAAATTTAAAAATATTTTATTTGAAATAAGCATGCATGAACAGAACCAATTGT
127 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT-T
* * * * * *
2404 TTTATGACAAAAACAAAAATGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTA
1 TTTATGAC-AAAACAAAAA-GTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * * * *
2469 TTTGAACTTATTCGGTAAACATATATTT-TATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTGAA-TAT
64 TTTGATC-TATTCAATAAATA-ATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-AATTAT
* * * *
2532 TAATAAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGT
126 TAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAA-TTT
* * * * *
2588 TTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
1 TTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * **
2652 TTGAATTTATTCAGTAAAT-ATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAACATT--
65 TTG-ATCTATTCAATAAATAATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAATTATTAA
* * *
2714 TCAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGT
129 T-AAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTATATGAAC-TGAAATAATT-T
* * * * * * *
2767 TCTATAACAAAACAAAAAAATCATAAC-AAATTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGA
1 TTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAACGATA-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
2831 TTTGAACTTATTTAGTAAACAA-ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAA-TATT
64 TTTGATC-TATTCAATAAATAATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC-TAATTATT
* * ** *
2894 AACAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATGAACAGAAA-AATTT
127 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTT
* * * * * * * * ** * *
2946 TTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATAGATAATTATTC-AACCGATTATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTAT
* * * * * * *
3009 TTAAGTATGTTTAAGTAAA-CATATTCATTTTTAAATCCTCTTTA--TATTAAATT-TTTAGATT
65 TTGA-TCTATTCAA-TAAATAATATTTATTTTTAAAT-CT-TTTACTTATT-AATTGTCTA-ATT
*
3070 AATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAATAATTT
124 -ATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTT
*
3127 CTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAATT
1 -TTTATGACAAAACAAAAAGTCATA-ACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACT
* * * *
3192 ATTTGGTCTAGTTCAATAAAATAATATTTATTTTAAAAT-TTTGAC-TATTAATTGTCCAATTA-
63 ATTTGATCTA-TTCAAT-AAATAATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAATTAT
* * * * *
3254 TAATAAA-TAGTATTAATTTAATCCAAATAAGCCTTGTTAATGAA-TAGAAACAATTAT
126 TAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCGAATAAG-CTT-AT-ATGAACT-GAAATAATT-T
* * * **
3311 TTTATAGA-TAAACAAAAAGTCATAAC-AT-TTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTAT-GACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
3373 CTTAAACTAGTTTGAATAAAT-AGATTTATTTTTAAATC----ACTTATTAAATT-T-TGAAATA
65 -TTGATCTA--TTCAATAAATAATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCT-AATTA
* * * * ** * * * *
3431 TTAATAAACTATTGTTACTTTACACCGAACAAAC-CA-A-G-A-TG-----ATTA
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTT
** * * * * * * *
3476 GGTA-AACAAAAC-AAAAGTCATCAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAAGAGTCATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
3539 TTGAACTAGTT-AGGTAAATAGA-A-TTATTTTTTAAATATCTTATTTATT-ATTTTTTGAAATA
65 TTGATCTA-TTCA-ATAAATA-ATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-AATTA
* * * * * * * *
3600 TTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAGGC-TATTATGAATTCAAACAAACCTCT
125 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAA-TAA--TTT
* * * * * ** *
3658 TTTATGATAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** ** * * * * * ** *
3722 TGAAT-TGGCTCAGCAAACAA-ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAA-AATT
66 TG-ATCT-ATTCAATAAATAATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCTAATTATT
* * * * * * **
3784 ATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGT
127 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT-T
* * * * * * ** * *
3838 TTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
*** * * * * *
3903 TGAAT-TAGTTTGGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATAAT
66 TG-ATCTA-TTCAATAAATAATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-AATTATT
* * * **
3965 AATAAATTAATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCGTTGT
127 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT-T
*
4019 TTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
4045 AATTTAAAAT
Statistics
Matches: 1252, Mismatches: 274, Indels: 228
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 11 0.01
164 16 0.01
165 21 0.02
166 32 0.03
167 3 0.00
168 1 0.00
169 35 0.03
170 1 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
173 2 0.00
174 2 0.00
176 5 0.00
177 43 0.03
178 50 0.04
179 125 0.10
180 187 0.15
181 303 0.24
182 190 0.15
183 73 0.06
184 102 0.08
185 31 0.02
186 14 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGATCTATTCAATAAATAATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAATTATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTT
Found at i:3347 original size:541 final size:541
Alignment explanation
Indices: 2243--3434 Score: 1204
Period size: 541 Copynumber: 2.2 Consensus size: 541
2233 CAAAAAAAGG
* *
2243 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAAC
1 GTCATAACAATTT-AAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAAC
* ** ** * *
2308 ATA-TT-TTTAAAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAAATATTTTAT
63 AAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAACAAATTTAAAAATATTTTAT
* * *
2371 TTGAAATAAGCATGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAATGTTATAATGTTT
127 TTGAAATAAGCATGCATGAACAGAACAAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTTATAATGATT
* * **
2436 TGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATATTTTATT
192 TCAAATAGATAATTATTCAGACAATCATAACTATTTGAACTTATTAAGTAAACATATATTTTATT
* * *
2501 TAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGC
257 AAATCCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGC
* * * *
2566 TTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTGCAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
322 TTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTGCAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAAT
* * * *
2631 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAGTAAATATATTTATTTTTAAATCTTTTACTT
387 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATCTATTCAATAAATATATTTATTTTAAAATCTTTGACTT
* * * * * *
2696 ATTAATTGTCAAAACATTTCAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACATAAAT
452 ATTAATTGTCAAAACATATCAAATTAATATTAATTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAAC
*
2761 AATTGTTCTATAACAAAACAAAAAA
517 AATTATTCTATAACAAAACAAAAAA
* * *
2786 ATCATAACAAATTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAAC
1 GTCATAAC-AATTTAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGTAAAC
* *
2851 AAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAACAAATTT-ATATTATTTTA
63 AAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAACAAATTTAAAAATATTTTA
* * * * **
2914 TTTGAAATAAGCTTGGATGAACAGAA-AAATT-TTTTTTTAC-AAAAC-AAAAGGTTATGCT-AT
126 TTTGAAATAAGCATGCATGAACAGAACAAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTTATAATGAT
* * * * *
2974 TTCAAATAGATAATTATTCA-ACCGATTATAATTATTT-AAGTATGTTTAAGTAAACATAT-TCA
191 TTCAAATAGATAATTATTCAGA-CAATCATAACTATTTGAACT-T-ATTAAGTAAACATATAT--
* * *
3036 TTT-TTAAATCCTCTTTA-T-ATTAAATTTTTAGATTAATTAAT-AAATTAAGTATTATTTTATT
251 TTTATTAAATCCTC-TTACTCATT-AATTTTTAGAAT-ATTAATAAAATT-AGTATTATCTTACT
** * *
3097 TTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAATAA-TTTCTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAGACGATA
312 TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGT-TTTATTG-CAAAACAAAAAGTCATA-ACGATA
* *
3159 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAATTATTTG-GTCTAGTTCAATAAAATAATATTTAT
374 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG-ACTATTTGAATCTA-TTCAAT-AAAT-ATATTTAT
* ** *
3223 TTTAAAAT-TTTGAC-TATTAATTGTCCAATTATAAT-AAA-TAGTATTAATTTAATCCAAATAA
435 TTTAAAATCTTTGACTTATTAATTGTCAAAACAT-ATCAAATTAATATTAATTTAATCCAAATAA
* * * *
3284 GCCTTGTTAATGAATAGAAACAATTATTTTATAGA-TAAAC-AAAAA
499 -ACTTG-T-ATGAACAGAAACAATTATTCTATA-ACAAAACAAAAAA
* *
3329 GTCATAAC-ATTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATCTTAAACTAGTTTGAATAAA
1 GTCATAACAATTTAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTA-TTT-AGTAAA
* * *
3393 TAGATTTATTTTTAAATC----ACTTATTAAATTTTGAAATATTAA
62 CAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAA
3435 TAAACTATTG
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 77, Indels: 68
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
537 2 0.00
538 5 0.01
539 58 0.11
540 72 0.13
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546 1 0.00
547 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (541 bp):
GTCATAACAATTTAAATAAATAATTCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACAAA
TTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAACAAATTTAAAAATATTTTATTTGA
AATAAGCATGCATGAACAGAACAAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAA
ATAGATAATTATTCAGACAATCATAACTATTTGAACTTATTAAGTAAACATATATTTTATTAAAT
CCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTAT
ATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTGCAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATT
CAAATAGTCATGACTATTTGAATCTATTCAATAAATATATTTATTTTAAAATCTTTGACTTATTA
ATTGTCAAAACATATCAAATTAATATTAATTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT
ATTCTATAACAAAACAAAAAA
Found at i:3724 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3483--4920 Score: 700
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
3473 TTAGGTAAAC
** * * * *
3483 AAAACAAAAGTCATCAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAAGAGTCATAATTATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGTCAT-AACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAG
* * * *
3548 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCAT
65 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AT
* * ** *
3613 TTTATTTTATTCCAAATAGGCTAT-TATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGAT
129 TTTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-TCAAACAAAATTGTTTTATGAT
* * ** *
3666 AAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAATTGGC
1 AAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAG-
* * * * * * * *
3731 TCA-GCAAACA-AATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAAA-ATTATTAGATTA
65 TTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
3793 GTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAA-AATAATTGTTTTATGAC
128 -TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATCAAACAA-AATTGTTTTATGAT
* * ** * * * *
3846 AAACCAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG
1 AAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAG
* * *
3911 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAAT
65 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AT
* * *
3976 TTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC---GTTGTTTTATGAT
129 TTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TCAAA-CAAAATTGTTTTATGAT
* * ** *
4027 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATATATAATCGTTC---T-G------A-A---CCACT--
1 AAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAG
* * * * * * * *
4076 TCA-GCAAA-CGAATTTATTTCTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAG
65 TTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-
* * * * * * *
4139 TATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-CTGAA-ATAATTATTTTATAAT
128 TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATC-AAACAAAATTGTTTTATGAT
* * * * * * * *
4190 AGAGCTAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TC--AAACA--GGAACTAG
1 AAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAG
* * * * * * *
4243 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGT
65 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-T
* * *
4308 ATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-AT-AAA-AACAATTGTTTTATGAC
129 TTTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAATCAAACAA-AATTGTTTTATGAT
* * * * * *
4358 AAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATCA
1 AAAACAAAA--GTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTA
* * * * * * * * *
4423 ATTTGATAAACT-GACTTATTTTGTAAATGTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
64 GTTAGGTAAA-TAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TT
* * *** * *
4487 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGA-ATAATGGTTTTATGAT
127 ATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATCAAACAAAATTGTTTTATGAT
*** * * * * *
4540 AAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-CAT
1 AAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTA-
* * * * * * * *
4604 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTA-TATATT-ATTCTCT-AAATGTTAATAAATT
64 GTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATT
** * * * *
4666 AGCATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAA-CTGAA-AAAATTATTTTATGACT
127 A-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATC-AAACAAAATTGTTTTATGA-T
* * * * * ** ** * *
4721 AAATA-AAAGGTTAGAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCTGATAGTTTTAACTATTTGAATTGG
1 AAA-ACAAAAGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAG
* * * * * * * *
4785 TT-TGTCAAACACATTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTAC
65 TTAGGT-AAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-
*** * * * * *
4845 CAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA-ACAATTGCTTTATGAC
128 TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATCA-AACAAAATTGTTTTATGAT
*
4897 AAAACAAATA-TCATAA-TATTTGAA
1 AAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAA
4921 TTGGTTCAAT
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 223, Indels: 154
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.00
162 2 0.00
163 63 0.07
164 51 0.05
165 4 0.00
167 9 0.01
168 69 0.07
169 39 0.04
170 1 0.00
172 2 0.00
175 9 0.01
176 16 0.02
177 60 0.06
178 3 0.00
179 8 0.01
180 152 0.16
181 303 0.32
182 136 0.14
183 29 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTAGT
TAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTT
TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATCAAACAAAATTGTTTTATGAT
Found at i:4307 original size:168 final size:164
Alignment explanation
Indices: 3908--4325 Score: 453
Period size: 163 Copynumber: 2.5 Consensus size: 164
3898 CTATTTGAAT
* * *
3908 TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATT
1 TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * ** * *
3973 AATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCGTTGTTTTATGATAAAACAAAAAG
66 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAG
* * *
4038 TCATAACAATTTAAAATATATAATCGTTCTGAAC
131 TCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCGGAAC
* * * * * * * * *
4072 CACTTCAGCAAAC-GAATTTATTTCTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
1 TAGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
4136 TAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAGAGCTAAAG
65 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAA
* * *
4200 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGGAAC
130 GTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATT----C-GGAAC
* * * *
4240 TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATT
1 TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
4305 AGTATTATTTTATTTCAAATA
66 AGTATTATTTTATTTCAAATA
4326 GGTGTGTATG
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 44, Indels: 11
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
163 70 0.35
164 56 0.28
167 1 0.00
168 62 0.31
169 13 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (164 bp):
TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAG
TCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCGGAAC
Found at i:6184 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 5297--7832 Score: 1682
Period size: 181 Copynumber: 14.1 Consensus size: 178
5287 TTTTCTAAAT
* * * * ** *
5297 CTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** *
5362 ATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT--TGAACC
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAG--ATTTAAAAAATAAATCTAGTT-TACCAAACA
* * * ***
5425 ATTTCAAATAG-TAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTCAAATCATTATGAC
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
5477 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-C
* * *
5541 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATGTAAAAAAGAAATCTA-TTTACCAAACCAG
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAACAAG
* * * * * ** *
5604 TTCAAATAATTATGACTATATGAGCAATTATCAATCTCAAATTGTTAAGA-
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ****
5654 -TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATA-GAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATAC
1 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATAC
* * * * *
5716 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAAC
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAAC
* ** ** * * * * *
5780 CAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATTTATTTTAAATCATTCTAAC
125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *** *
5834 C-TTTGTTTAGT--TAAAAGATATTTGTTTCATATC-TCACAATCTTATTTGGAATAAAAT-ATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACA-A-TTGTTTCAT-TCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
5894 CTAAATTTATTTACATTTAAAAATATTAATAAGGAAAATATTTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC
62 CT-AATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAA-G--AAGA-TTTAAAAAATAAATCTAGTTTA-C
* * * * * *
5958 C-AACAAGTTAAAATAGTGATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATGAC
120 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
6016 CTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAAT
1 CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *
6080 AATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGA-TTT-AAAAAATAAATCTAGTTTACCAAACA
* * * *
6144 AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGAC
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
6197 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
6262 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-TG-TGATTTAAAAATTGAATCT--TTTACCAAATC-AGT
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAA-CAAGT
* * * * *
6322 TCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAA
129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
6372 CTTTTGTTTGGTTATATGACAACTATT-TTTTATT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAG
1 CTTTTGTTTTGTCATA--A-AACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
6435 TAATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAA
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGA-TTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAA
** * * * * * * *
6499 CCTGTTTAAATAGTTATGACTATTTTGAATAATTGTATACTTCATAT-AGTTATAAC
124 CAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * ** ** *
6555 CTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATACTACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * *
6620 ATATAAAAATATTCCACAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTGCCAAACTA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAAC-A
* * **
6684 A-TTCAAATAGTTA-AACTATATGAACTGTTATCTATTTCAAATC---AT---
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
6729 -TTTTGTTTTCTCATAAAATAATTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATACA-A-T
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACT
* * * * *
6791 GAATTTATTGATA-TTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTTAAAAATAATTCTA-TTTACCTAAA
64 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACC-AAA
* * * * ***
6854 CAA-TTCAAATAATTATAATTATTT-AAGCAATTATCTTTTTCAAATTGCTATGAC
124 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * * * *
6908 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAGAATATTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** *
6973 ATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTATAAAATAAATCT-GTTTATTAAACCAGTT
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAACAAGTT
* **
7036 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
130 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
7085 TTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
7149 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTTTAA-ATTTTAAAAAATAAATAT-GCTTATCAAAC
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGA-TTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAAC
* * * * ** * *
7212 TAGATCAAATACTCATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
7266 C-TTTGTTTTCTTATAAAAAAATTATTTCGGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATATTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
7330 AGTTATTAATA-ATCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTCA-TAAACC
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--GA-AGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAACA
* * * * ** *
7392 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAAC
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
7445 CTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCGTACATGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * * **
7509 CAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAATAAATCT-GTTTACTG
62 CTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT--A-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCA
** * * ** *
7571 AACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTACGAC
122 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *** * * *
7628 CTTTTTTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAAAATATTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
7693 ATTCATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAACAATTTAAAAAATAAATATA-TTTATCAAATA
65 ATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG--AA-GATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAACA
* * * * * * * * *
7756 GGTTGAAATAGTCATAAGTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTGTGAC
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
7809 TTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
7833 TAGATAATTG
Statistics
Matches: 1855, Mismatches: 379, Indels: 243
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 46 0.02
173 82 0.04
174 2 0.00
175 147 0.08
176 44 0.02
177 208 0.11
178 45 0.02
179 140 0.08
180 282 0.15
181 418 0.23
182 215 0.12
183 205 0.11
184 11 0.01
185 7 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:6428 original size:539 final size:529
Alignment explanation
Indices: 5338--7832 Score: 1751
Period size: 539 Copynumber: 4.6 Consensus size: 529
5328 TTCATACTAT
* * * * * ** **
5338 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAA-CCAAGAAAATTAA
1 TTTATTCAAAATAAAATATTA-TAATTTATTTA-ATTTCAAAAATTAATAAGGAAAG-ATTTTAA
** * ** * * * * *** *
5402 AAAATAAATCTAATTGTTGAACCATTTCAAATAG-TAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTCAA
63 AAAATAAATCTGTTTATCCAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
* * * *
5466 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATA
128 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * *
5531 AAATAATATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATGTAAAAAAGAAATCTA-TT
193 AAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTT
* * * * * * * *
5593 TACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATATGAGCAATTATCAATCTCAAATTGTTAAGATATT
256 TACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT-TT
* * ****
5658 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATA-GAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATT
320 TGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTAAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * *
5721 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTC
383 TATTAATATTCCAAAAATTAAT-A-T-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC
* * * * * * *
5786 AAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATTTATTTTAAATCA-T-TCTAACCTTTGTTTAGTTA-A
445 AAATAATTATAACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT-TAACTTTTGTTTAGTTATA
*
5848 A-AGATATTTGTTTCATATCTCACAA-
508 ACA-ATATTT-TTT-AT-TAT-ACAAG
*** * * *
5873 TCTTATTTGGAATAAAATATTCTAAATTTATTTACATTTAAAAATATTAATAAGGAAAATATTTT
1 T-TTATTCAAAATAAAATATTAT-AATTTATTTA-ATTTCAAAA-ATTAATAAGG-AAAGATTTT
* * * * * *
5938 AAAAAATAAATCTATTTATCCAACAAGTTAAAATAGTGATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTA
61 AAAAAATAAATCTGTTTATCCAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * *
6003 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA
126 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* *
6067 ATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATTTTAAAAAAATAAATTA
190 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA-TTT-AAAAAATAAATTA
* * * * * *
6132 GTTTACCGAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGAC
253 GTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-
*
6197 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
317 -TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTA
* * * *
6262 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-T-GTGATTTAAAAATTGAATCT-TTTACCAAATCAGTTC
380 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC
** * *
6324 AAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTGGTTATAT
445 AAATAATTATAACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCACTATTAACTTTTGTTTAGTTATA-
6389 GACAACTATTTTTTATTATACAAG
508 -ACAA-TATTTTTTATTATACAAG
* *
6413 TTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTA-TTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTA
1 TTTATTCAAAATAAAATATTA-TAATTTATTTAAT-T-TCAAAAATTAATAAGGAA-AGATTTTA
* * * * * * *
6477 AAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACCTGTTTAAATAGTTATGACTATTTTGAATAATTGTATACTT
62 AAAAATAAATCTGTTTATCC-AACCAGTTAAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATTTATTT
* * * * ** **
6541 CATAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGA
125 CAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * ** * *
6605 AATAAAATACTACTAATATAAAAATATTCCACAAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
189 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC---AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * **
6669 TTGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTA-AACTATATGAACTGTTATCTATTTCAAATC---AT-
251 TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
6729 -TTTTGTTTTCTCATAAAATAATTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATACA-A-T
316 ATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATA-ATACT
* * * *
6791 GAATTTATTGATATT-AAAAAATTAATATGTAAGAGATTTTAAAAATAATTCTATTTACCTAAA-
379 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA--T-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAAC
* * * ** * * *
6854 CAATTCAAATAATTATAATTATTTAAGCAATTATCTTTTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTG
439 CAGTTCAAATAATTATAACTATTTAA-CAATTATCTATTTCAAATCACTATTAACTTTTGTTTAG
* * *
6919 TCATAAAACAA-ATGTTTTTGTTTATATAAG
503 T--TATAACAATAT-TTTTT-ATTATACAAG
* * * * * *
6949 TTTGTTCAAAATAAAAGAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G--AGA-TTTATA
1 TTTATTCAAAATAAAATATTA-TAATTTATTTA-ATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGATTTTAAA
** *
7010 AAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
64 AAATAAATCTGTTTATCCAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
** * * * * * *
7075 TTGTTATGACTTTTTGTTATGTTATAAAACAATAG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGATTA
129 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* *
7139 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTTTAA-ATTTTAAAAAATAAA-TATG
193 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--CAAGA-TTTAAAAAATAAATTA-G
* * * * * * **
7202 CTTATCAAACTAGA-TCAAATACTCATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
254 TTTACCAAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
* * * ** * *
7266 CTTTGTTTTCTTATAAAAAAATTATTTCGGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATATTAA
318 -TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
7331 GTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCA-TAAACCAGT
381 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A-T-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGT
* * * * * * *
7395 TTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTA-TAACCTTTTGTTTTGTCA
443 TCAAATAATTATAACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCACTATTAA-CTTTTGTTTAGTTA
* *
7459 TAA-AATGATTTTTTTTCTATTCGTACATG
506 TAACAAT-A---TTTTT-TATT-ATACAAG
* * * * ** *
7488 CTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTA-TTAATATT-AAGACAATTAATAAATAAAAGA-TC
1 TTTA-TTCAAAATAAAATATTA-TAATTTATTTAAT-TTCAA-A-AATTAAT-AAGGAAAGATTT
* * * ** *
7549 TAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTT
60 TAAAAAATAAATCTGTTTATC-CAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
** * * * * **
7613 TCAAATTGTTACGACCTTTTTTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
124 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * * * *
7677 GATTAAAAAAATATTAATTCATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAACAATTTAAAAAATAAA
188 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG-CAA-GATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * * * * * *
7741 TATA-TTTATCAAATAGGTTGAAATAGTCATAAGTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTG
250 T-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* *
7805 TGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
314 TGA--TTTTGTTTTCTCATAAAACAATT
7833 TAGATAATTG
Statistics
Matches: 1565, Mismatches: 291, Indels: 199
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
529 5 0.00
530 137 0.09
531 130 0.08
532 6 0.00
533 1 0.00
534 6 0.00
535 29 0.02
536 150 0.10
537 131 0.08
538 242 0.15
539 309 0.20
540 18 0.01
541 11 0.01
542 71 0.05
543 240 0.15
544 73 0.05
545 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
TTTATTCAAAATAAAATATTATAATTTATTTAATTTCAAAAATTAATAAGGAAAGATTTTAAAAA
ATAAATCTGTTTATCCAACCAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCA
AACAAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTGTTTT
CTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCCAAAAATTAATATAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA
ACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCACTATTAACTTTTGTTTAGTTATAACAATATTTTTTA
TTATACAAG
Found at i:6456 original size:356 final size:356
Alignment explanation
Indices: 5297--7831 Score: 1740
Period size: 356 Copynumber: 7.1 Consensus size: 356
5287 TTTTCTAAAT
* * * * * **
5297 CTTTTATTTTGTCATCAAACAAT-TGGTTCTATTCATACTATTTTATTC-GAAATAAAATAATAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
* * ** ** * **
5360 TAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT--TGAA
64 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAG-ATTTTAAAAAATAAATCTAGTT-TACCAAA
* * * * ** *
5423 CCATTTCAAATAG-TAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
126 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *
5487 GTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTTAATTTATTA
191 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTA
* * *
5551 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATGTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTA
254 ATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTA
* * * * **
5616 TGACTATATGAGCAATTATCAATCTCAAATTGTTA-AGA
319 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-A
* * * * **
5654 -TATTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTAATCATA-GAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATA
1 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATA
* * * *
5715 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAA
63 CTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAA
* * ** ** * * * *
5778 ACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATTTATTTTAAATCATTCTAACC-TTTGTTT
125 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *** *
5842 AGT--TAAAAGATATTTGTTTC-ATATC-TCACAATCTTATTTGGAATAAAAT-ATTCTAAATTT
190 TGTCATAAAACA-A-TTGTTTCTAT-TCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * ** * *
5902 ATTTACATTTAAAAATATTAATAAGGAAAATATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCC-AACAAGT
250 ATTAATATTCCAAAA-ATTAATAA-G---AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACCAGT
* * * * * * * *
5966 TAAAATAGTGATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATGAC
308 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AA
* * * * * *
6016 CTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAA
1 CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATATTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * *
6079 TAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAAC
64 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTT-AAAAAATAAATCTAGTTTACCAAAC
* * * *
6143 AAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
127 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
*
6208 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
192 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
6273 TTCCAAAAATTAAT-TGTGATTTAAAAATTGAATCT-TTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGG
257 TTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGA
*
6336 CTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAA
322 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAA
* * ** * * *
6372 CTTTTGTTTGGTTATATGACAACTATTTTTTATT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* *
6436 AATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAAC
65 AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAAC
*** * * * * * *
6500 CTGTTTAAATAGTTATGACTATTTTGAATAATTGTATACTTCATAT-AGTTATAACCTTTTGTTT
127 AAATTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTT
* * * * ** * * **
6564 TGTCTTAAAACAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATACTACTAATATAAAAA
190 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
6629 TATTCCACAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAATTCAAATAG
255 TATTCCA-AAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAA
* * **
6694 TTA-AACTATATGAACTGTTATCTATTTCAAATC---AT--
316 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * *
6729 -TTTTGTTTTCTCATAAAATAAT-TTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATACA-A-
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA-ATAC
* * * *
6790 TGAATTTATTGATATTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTT-AAAAATAATTCTA-TTTACCTAA
64 T-AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTTAAAAAATAAATCTAGTTTACC-AA
* * * * * ***
6853 AC-AATTCAAATAATTATAATTATTT-AAGCAATTATCTTTTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTT
125 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * * *
6916 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAGAATATTAATCTATTA
189 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** *
6981 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTATAAAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTA
254 ATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTA
* ** *
7046 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
319 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * *
7084 CTTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACT
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * *
7149 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTTTAA-ATTTTAAAAAATAAATAT-GCTTATCAAAC
65 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG--AAAGATTTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAAC
* * * * * *
7212 TAGA-TCAAATACTCATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTT
127 -AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** * * * *
7275 CTTATAAAAAAATTATTTCGGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAAT
191 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
7340 AATCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCA-TAAACCAGTTTAAATAAT
256 ATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAAT
* * **
7404 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAA
317 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * *
7444 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCGTACATGCTTATTTC-GAATAAAATAAT
1 -CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATATTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
* * * *
7508 ACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAATAAAAGA-TCTAAAAAATAAATCT-GTTTACT
62 ACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAAT-AA-GAAAGATTTTAAAAAATAAATCTAGTTTACC
* * ** * * * ** * *
7570 GAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTACGACCTTTTTT
123 AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *** * * * *
7635 TTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAAAATATTAATTCATT
188 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
7700 AATATTTTGACAAATAA-TAAGTAA-ACAATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAA-TAGGTTGA
253 AATA--TT-CCAAA-AATTAA-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-GTTCA
* * * * * * * * *
7762 AATAGTCATAAGTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTGTGA
311 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
*
7808 CTTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
7832 TTAGATAATT
Statistics
Matches: 1716, Mismatches: 358, Indels: 202
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
349 41 0.02
350 28 0.02
352 5 0.00
353 86 0.05
354 44 0.03
355 64 0.04
356 277 0.16
357 257 0.15
358 182 0.11
359 9 0.01
360 74 0.04
361 105 0.06
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363 247 0.14
364 135 0.08
365 9 0.01
366 9 0.01
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAAGATTTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCAAACAAAT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
Found at i:7430 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7398--7433 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
7388 AACCAGTTTA
7398 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
7416 AATAATTAT-CTATTTG
1 AATAATTATACTATTTG
7432 AA
1 AA
7434 ATCGCTATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:8520 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7900--12867 Score: 3659
Period size: 181 Copynumber: 27.7 Consensus size: 181
7890 TTTAAATCTT
* * * * ** * *
7900 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAACAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
7964 AAACAATTGTTTTATTA-AAAACCAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
8027 GACATTACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTA-CTTTGAAATCTCCTAC
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** **
8080 CTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATT-TAGTGAATAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGAATAG
* * * * *
8143 AAATAATTATTTTATGACAATACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* *
8208 TATAATAACTATTTAAACTTGCTT-AGTAAACT-GATTTATTTTTTCAAA-----T-C
129 --TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* * * * * *
8258 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAACAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
8323 AATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** *
8388 ATAACTATTTGAATTTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
131 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
8438 TTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATA
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
8502 GAAACAATTATCTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAACTA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
8566 GTCATAACTATTCGAACTTATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGC
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
8620 TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATTAACA-A
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
** * * *
8684 ATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
66 A-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
8749 TATGACTATTTGAACTTGTTCACTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAT
130 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
8801 TTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA-A
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * *
8865 AAAAATTTATTTTTTGACAAAAC-AAA-GTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
8927 TCATATCTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAACCTGTTAC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
8980 TTATTAATTGTTT-CAATATTAATAAATTTGCAATATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATTAATA
1 TTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATA
* * * ** * * ***
9043 GAAAAAATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTTATCGCAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
9107 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTCAGTTTTTAAA--TC-T-C
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
9157 TTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTA-TAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * *
9220 GAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
9284 GTCA-ATACTACTTAAAC-TGGTCAAGCT-AACAGATTCATTTTTTAAATATGTTAC
128 GTCATA-ACTATTTGAACTTGTTC-AG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
9338 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTATTTTAGTCCAAATAAGATTGTATCAATAG
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
9402 AAA-AACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TA
* * **
9465 -TTATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-C
128 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * * * ** * *
9516 --ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTAT-GAACAATCTTATACAAACAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
9578 AAACATTTGTTTTATGACAAAGA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * * *
9642 CCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
9695 TTATTAATTTTT-ATAATATTATTATATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
9759 AAATAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAA
65 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
9824 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
9877 TCATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTAATATTATTTTATTTCTAATAGGCTTATATG-ATGAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * * * *
9941 AAACAATTGTTTTATAACAAAATAAATGTTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
10005 CCATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAATTGATTTATTTTTGAAATCT-TGAAC
129 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
* * * * * * * * **
10058 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAAATAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAT-A
* * * * * * * *
10123 AAAAAAATTGTTTTATTATAAAACAAAATGTTATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
10187 ATCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAAATTATTTTTAAAAAAATTTGTTGC
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT---TAAATCTCTTAC
* * * *
10244 TTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAATT
1 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATA
* ** * * * *
10307 GAAACAATTATTTTATGATTAAACAAATGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
10372 TCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATATATTTATTTTTCAAATCTTTTAC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * * * * * *
10425 TTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGATAGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
10489 AATAGTTGTTTTATG-----AC--AA----A-AACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * **
10542 ATAATTATTTGAAC-TGGTCAGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGG
131 ATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
10593 TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACT-G
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * *
10657 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC-ATCTTTAAATAGA-AATTGTTTAAGTAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
10720 TCA-AATCTATTTGAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC
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* * * ** *
10775 TCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATT-TATTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTG
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* * * * *
10839 AAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCA-AAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCTAATA
65 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
10902 GTCTTAACTATTTGAACTAATT-TG-ACAA-ACACTTATTTTTTTTAATCTCTTAC
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* *
10955 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGGTTGTATGAGA-A
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * * *
11018 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
11081 TCATAACTATTT-AAATTGTTTTCA-TGAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-C
129 TCATAACTATTTGAACTTG--TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * *
11130 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAA--TT-T-TGAAT-G
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* *
11189 -AACAAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT-
65 AAAC-AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
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128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-C
* * * * * * * * * *
11298 -TATTAA-TTTTCAAA-ATAAATATATTAGTATTATTATATTTTGAACAAACTTATATGAACAAA
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* * * * * *
11360 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAAATATTCAAATAGTC
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* * * * * * * * *
11425 ATAATTATTTAAACTAGTTGAGAAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAA
131 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * ** *
11476 TAATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAATATGAATTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
11540 AAA-AAGTTGTTTTATGTCGAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
65 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
11603 ATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTCAG
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* * * * * * * *
11657 TTATTAATTTTGGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAA
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* * * * * * * * *
11722 AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTCAAGTATATAGTTGTTTAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
11787 CATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
130 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
11839 TTATTGAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGTAA-
1 TTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-G-AAT
* * * * * * * *
11902 A-AAAAAATTGTTATATGACTAAGCAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-
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* * * * * *
11965 GACCATAATTATTTGAGC-TGATTCAATAAATAGATTCACTTTTTAAATCAT-TTAC
128 G-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTAC
** * * * *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
12085 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAGTAGAGAATTGTTGAAATAG
66 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
12149 T--TGAACTATTTGAA-TGTATTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTCC
129 TCAT-AACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
12201 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * *
12265 AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAAATAATTATTCAATTAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
12329 TCATGACTATTT-AACTTGCTCAATAAACATATTTATTTTTTTCAAATCTTTTGA-
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTT-AC
* * * * * * * *
12383 TTATTAATTTTTCAAA-GTTACTAAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAAACCTGTAAG-ATAT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * * * * * *
12445 GAAACAAATATTTTATGACTAAATAAACA-GTCAGAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCTAAT
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * * * *
12508 AGTTTTAACTATTTAAACTGGTT-TGATAAACACATTTATGTTTTCAATCTCTTAC
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** *
12563 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTTTATG-ATCA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * *
12626 GAATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATGTC--AGCGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** *
12689 GTCATAACTATTTGAA-TTATTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * ** *
12743 TTATTAATTTTTGAAATACAAATAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATG-ATAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* ** *
12806 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAAT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
12868 GGCCAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
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TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:13160 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 13010--13247 Score: 300
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
13000 ATTTTAATTC
13010 AAATAAGCTAGTATAAAGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT-TAAA
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* *
13074 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATCGATTTGAAATTATTCAGTAAACAGATTTG
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* * * * * * *
13130 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAA-AATTTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCATTATGAA
1 AAATAAGCTAGTATAAAGAAAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTATAAA
* * * * * * *
13194 ATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGTATTTATTCTGTAAATAGATT
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACGATTTGAAATTATTCAGTAAACAGATT
13248 CATTTTTAAA
Statistics
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0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 5 0.05
120 95 0.95
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (120 bp):
AAATAAGCTAGTATAAAGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTATAAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACGATTTGAAATTATTCAGTAAACAGATTTG
Found at i:13535 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13131--13770 Score: 660
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13121 ACAGATTTGA
* * * * *
13131 AATAAGCTTGTATGAATAAAAAAATTTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGC-ATTATGAAA
1 AATAAGATTGTATGAACAAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAA
* * * * * ** * *
13195 TAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGTATTTATTCTG-TAAATAGATTCATTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGACAAATAGATTCATTTTTAAAT
* * **
13259 ATCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTTCG
128 CTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAAAATTAT-TTATTTCG
* * * * * *
13311 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
1 AATAAGATTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
13376 AGATAATTGTTCAAACAATCATAATTGTTTGTACTGGTTA-AGCCAATAGATACATTTTCTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGA-CAAATAGATTCATTTT-TAAAT
* * *
13440 CTGTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTTTG
128 CTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAAAATTA-TTTATTTCG
* * *
13492 AATAAGATTGTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGATTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
13557 AAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGACAAATAGATTCA-TTTTTAAATC
* * *
13622 TCTTACGTATTAATGTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
129 TCTTACTTATTAAT-TTTAAGAATATTAATAAATTAAAATTA-TTTATTTCG
* * * *
13673 AATAA-ACTTATATGAACAAAGAAATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
1 AATAAGA-TTGTATGAACAAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
*
13737 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
13771 ATAGTTTTGC
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 67, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 95 0.25
181 274 0.72
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAAGATTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGACAAATAGATTCATTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAAAATTATTTATTTCG
Found at i:13755 original size:16 final size:17
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13724 TAACGATTTG
13734 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
13750 AAATAGTCATAATTATT
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13767 TGAAATAGTT
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0.88 0.00 0.12
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:13774 original size:19 final size:18
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Indices: 13729--13775 Score: 62
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13719 GGTAATAACG
13729 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
*
13746 A-TTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
13764 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
13776 TTTGCAAACA
Statistics
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0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 1 0.04
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19 9 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
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ATTTGAAATAGTATAATT
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13782 AACAGAATTG
* * *
13792 TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * *
13856 TAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * *
13921 CGAACAAATTCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACA
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
13973 TTGTGACCTTCTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** * * * * *
14038 AATTCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * *
14103 CGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAAT-G
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * *
14155 TTATGACC-ATTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAA
* * * * * * *
14218 TAATAATAAATGTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAGTCAAA-ATTAAAAAAATAAATATGTTT-
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * **
14281 TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
129 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * *
14335 TTATGACAATTTGTTTTG-CTATAAACCAATTGCTTCTATTTATAGAAGCTTATTCGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
14399 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAATAATAAATCTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * *
14464 CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
14516 TTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATGCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
14581 AATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAATTTAATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-
66 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * *
14643 CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCG
130 C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * *
14696 TTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAAC-TA-TTCAGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTGA-AATAAA
* * *
14759 ATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTT-AAAAATAAATGTGTTT-
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * **
14817 TCCAAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATTG
129 T-CAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
14871 TTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTT-TAGTTCTTACATGCTTATTCGAAATATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
14935 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTATGAA-A--T-AAAAA-AAATCTATTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * **
14994 ACCGAATAAGTTC-AA-A--T-T---TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTG
128 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * ***
15040 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAACTATTT-TAGTGCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
15104 TAATATTACTTTATAAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA
** * * * *
15168 TCAAATTAGTTCGAATAATTAT-AGCAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
15221 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCA-CCATACAAGCCTATTT-AGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * *
15284 ATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * * * * *
15349 TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTA
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
15402 TTATAACCCTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
15467 AATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-G
66 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * *
15530 CTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCA
130 C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * ** * *
15583 TTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTC-AGTTTTTAGTAA-CTTATTAGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * *
15646 ATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATTATGTTTG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * *
15710 CCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*** * * * *
15763 TTATGAAAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-TGTATTGTTTGAAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAA
15827 TAATACTAA
65 TAATACTAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:16195 original size:180 final size:179
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15850 CTGACCAGTA
* * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * * *
15924 AAACAATTGTTTTTATTCGTATAAACTTAATT--GAATTAGCATAATTCTATTTTATTAATATTC
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
15987 TAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTA
129 TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACAAGTT
* *
16040 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
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* * * *
16105 AAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAACTTATACAAATTTATTAAT-TTT
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* ** *
16167 TAGACAATTAATAAGTAAAAGATT-AAAAA-AATTTGTTTGTCGAATAAGTT
129 TA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTT
* * * * * * * *
16217 CAAACAGTTATGACTCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATG
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
16282 ACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* ** * * * **
16347 AAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAAATATATTGATTGAACAAGTT
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* * * ** * * * * * *
16397 TAACTAGTCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTGCTTTGTTATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
16462 AAATAATT-ATTCAACTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * *
16526 AAAATT--T-A-CAAAATATCT-AAAAATAATTTTTTTATCAAACTAGTT
131 AAAATTAATAAGTAAAAGAT-TAAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTT
* * * * * * *
16571 CAAAAAATTATAACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
16635 AAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TCAAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * * *
16699 TGAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAGATACAATTGTTTGCCAAATC-ACTT
129 TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATA-ATTTGTTTACCGAA-CAAGTT
* * * * * * **
16752 CAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTTTTTTATTGT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
16816 ACAACAATT-TTTC-AGCTCTTACTAA-TTTATTCAAAATAAAATAA-ATTGAATTTATTAGTAT
65 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *
16877 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAATTT-TATTAGTCGAACCAGTT
127 TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAATTTGT-TTA-CCGAACAAGTT
* * * * * *
16931 TAAATAATTATGAATATTTGAACGATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * * * * *
16996 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTTA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * **
17061 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTGCAAAATC-AGTT
131 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAA-CAAGTT
* * * ** * * *
17112 CAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
17177 AAATAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTAGAATAAAGTAAT-C-------GT-A-A-TTT
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * ** * *
17230 -AAAATTAATAAGTAACGAA-TTTAGAAAATGTATTTGTTGGCCTG-ACCAGTA
130 AAAAATTAATAAGTAA--AAGATTAAAAAAT-AATTTGTTTACC-GAACAAGTT
* *
17281 CAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT--CA
* * * * * * *
17346 -AAAAAAATTGTTTCTGTTCGTAAAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTC
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
17410 CAAAAATTAAT
129 TAAAAATTAAT
17421 GAATTTATTT
Statistics
Matches: 1061, Mismatches: 260, Indels: 118
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 84 0.08
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171 7 0.01
172 1 0.00
173 1 0.00
174 75 0.07
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182 22 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTT
Found at i:16343 original size:25 final size:23
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Indices: 16309--16355 Score: 58
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16299 CATACAAGCC
*
16309 TATTTATATTAAAATAATATTAATT
1 TATTAATATTAAAA-AA-ATTAATT
*
16334 TATTAATATTTAAAAAATTAAT
1 TATTAATATTAAAAAAATTAAT
16356 AAATAAAAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.30
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TATTAATATTAAAAAAATTAATT
Found at i:17085 original size:360 final size:355
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15850 CTGACCAGTA
* * * *
15860 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCACA
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* * * * * ** *
15924 AAACAATTGTTTTTATTCGTATAAACTTAATTGAATTAGCATAAT-TCTATTTTATTAATATTCT
66 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTAATTAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-T
* * * * * * * **
15988 AAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTACAAATAATTATGA
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATAT-AAATTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTACAA
* * *
16053 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTTT
193 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAC-AATTTTT
* * * * ** * *
16117 CTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAACTTATACAAATTTATTAAT-TTTTAGACAATTAATA
256 C-ACTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAA-ATAAATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA
* *
16180 AGTAAAAGA-TTAAAAA-AATTTGTTT-GTCGAATAAGTT
317 AGTAAAAAATTTAAAAATAATTT-TTTAGTCGAACAAGTT
* * * * * * * * *
16217 CAAACAGTTATGACTCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATG
1 CAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
16282 ACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA
66 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTAATTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-A
* * * * * * *
16347 AAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAATAAATATATTGATTG---AACAAGTTTAACTAGTCACA
130 AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAT--ATAAATTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTACA
* * * * * * *
16409 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATTATTC
192 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTC
* * * *
16474 AACTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-C
257 -ACTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT-AAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
16535 AAAATATCTAAAAATAATTTTTTTA-TCAAACTAGTT
320 AAAAAATTTAAAAATAA-TTTTTTAGTCGAACAAGTT
* * * * * *
16571 CAAAAAATTAT-AACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTCA
1 CAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
16634 TAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATCAAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
64 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTAATTAA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-T
* * * * *
16698 TTGAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAGATACAATTGTTTGCCAAATC-ACTTCAAATAGTTA
127 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATA-AATTGTTTGCCAAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
16762 -AGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTTTTTTATTGTACAACAATTT
190 CA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTT
* *
16826 TTCAGCTCTTACTAA-TTTATTCAAAATAAAATAAATTGAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAAT
254 TTCA-CTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAAATT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*
16890 AAGTAAAAAATTTAAAAATAATTTTATTAGTCGAACCAGTT
316 AAGTAAAAAATTTAAAAATAATTTT-TTAGTCGAACAAGTT
* * * *
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1 CAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * **
16996 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTTA
66 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTAATTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTA
* * * *
17061 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTGCAAAATC-AGTTCAATTAGTTATAA
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAAT-TGTTTGCCAAA-CAAGTTCAAATAGTTACAA
* * * * * * *
17125 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
193 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTC
* * * * **
17190 TATTCATA-TAGTCTTATT-----TAGAATAAAGTAA--TCGT-A-ATTT--AAAATTAATAAGT
257 -ACTCATACAAGT-TTATTCAAAATAAAATAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
** * * * * * *
17243 AACGAATTTAGAAAATGTATTTGTTGGCCTG-ACCAGTA
320 AAAAAATTTA-AAAAT-AATTTTTTAGTC-GAACAAGTT
* * * * *
17281 CAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAACA
1 CAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--CA
* * * * *
17346 -AAAAAAATTGTTTCTGTTCGTA-AAAGCTT-ATTCAGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATA
64 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAA-CTTAATT-AAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATA
*
17407 TTCCAAAAATTAAT
126 TT-TAAAAATTAAT
17421 GAATTTATTT
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 192, Indels: 110
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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350 75 0.08
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352 14 0.01
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361 22 0.02
362 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
CAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTAATTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTACAACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTCACTC
ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA
TTTAAAAATAATTTTTTAGTCGAACAAGTT
Found at i:17862 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 17776--17869 Score: 118
Period size: 45 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
17766 AATTGTATCA
* * * * *
17776 ATTCATATATGCTTATTTGAAATAAAATACTAGTAACTTATTAAT
1 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATAATAACTTATTAAT
*
17821 ATTCATACAAGCTTATTTTGAAA-AAAAAAATAATAATTTATTAAT
1 ATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAAAAATAATAACTTATTAAT
17866 ATTC
1 ATTC
17870 CAAAGATTAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 35 0.83
46 7 0.17
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.05, T:0.40
Consensus pattern (45 bp):
ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATAATAACTTATTAAT
Found at i:18138 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 17820--18367 Score: 498
Period size: 179 Copynumber: 3.0 Consensus size: 177
17810 AACTTATTAA
* * * * * * * * *
17820 TATTCATACAAGCTTATTTTGAAA-AAAAAAATAATAATTTATTAATATTCCAAAGATTAATAAG
1 TATTCATACAAG-TTAATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCTAAAAATTAATAAC
* * * * *** * *
17884 T-AAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAATGCGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAAT
65 TAAAAGATCTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTAAATAA-
* * * *
17948 TATCTATTTCAAATCATTATGGCTTTTTTTTTAATCAT-TAACGAATTTTTTC
127 TATTTATTTCAAATCATTATGGCTTTTTTTTT-GTCATAAAAC-AATTGTTTC
* * * *
18000 TATTCATA-AAGGCTTAATT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAA
1 TATTCATACAA-G-TTAATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCTAAAAATTAATAA
* * * *
18063 CTAAAAGATCTAAAAGATAAATCTAG-TTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAATA
64 CTAAAAGATCTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTAAATA
* *
18127 ATATTTATTTCAAATCATTAT-GATCTTTTTTTTGTCATAAAACAATAGTTTC
126 ATATTTATTTCAAATCATTATGGCT-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * *
18179 TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAGGATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
1 TATTCATACAAGTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCTAAAAATTAATAACT
** * * *
18244 TGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAAATATT
66 AAAAGATCTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAT--ATTT-AAATAAT
* * *
18309 ATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
128 ATTTATTTCAAATCATTATGGC-TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
18360 TATTCATA
1 TATTCATA
18368 TAAAATTATT
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 51, Indels: 27
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 7 0.02
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181 80 0.26
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TATTCATACAAGTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCTAAAAATTAATAACT
AAAAGATCTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATATATTTAAATAATATT
TATTTCAAATCATTATGGCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
Found at i:18395 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17849--18887 Score: 709
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
17839 TGAAAAAAAA
* * * * * *
17849 AATAATAATTTATTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTA
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
*** * * * *
17914 AATGCGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCTTTTTTTT
66 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTT
* * * ** * * **
17979 TAATCAT-TAACGAATTTTTTCTATTCATA-AAGGCTTAATTGGAATAAAAT
131 T-GTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATATAA-ATTTATTTAGAATGGAAT
* * * * * * *
18029 AATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATCTAAAAGATAAATCTAG-TTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAC
* * * * *
18093 CAAGCGAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAATAA-TATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-
64 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTG
* * * *
18156 TTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAGG-AT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTTAG-AAT-GGAAT
* *
18208 AATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * *
18273 AAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAA-ATATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
65 AAACAAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTT
* *
18336 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTTAGAATGGAAC
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTTAGAATGGAAT
* * * * * * * *
18389 AATACTATTTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTCAAAAACTAAATCTGATTATCC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CC
* * * * * * *
18451 AACCAA-TTAAAATATTTGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAGTACGA-TCTTTGT
65 AAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGT
* * * **
18514 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTTGGAGTAAAAT
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTTAGAATGGAAT
* * ** * * * * * *
18565 ATTGCTAAACTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAG---AGATTT-AAAAATAAATGTATTTATCG
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * * * * *
18626 AACCAGTT-AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAATCTTTTGTT
66 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTT
* * * * * * * * *
18690 TAGTCATAAAATAATTGCTT-AAGTTCATACATACTTATTT-GAAAT-AAAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAATTTATTTAG-AATGGAAT
* * * * * * * *
18739 AATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGTAAGGAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAG-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTAC
** * * * * * * **
18804 TGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATCATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTT
64 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTT
* * *
18869 GTTTTATCACAAAATAATT
127 GTTTTGTCATAAAACAATT
18888 TAAATAGTTA
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 143, Indels: 64
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 71 0.10
175 56 0.08
176 80 0.12
177 57 0.08
178 19 0.03
179 105 0.15
180 110 0.16
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182 24 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTTAGAATGGAAT
Found at i:18730 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 18412--18730 Score: 414
Period size: 175 Copynumber: 1.8 Consensus size: 176
18402 TAATATTTTG
* **
18412 AAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAAATCTGATTATCCAACCAATTAAAATATTTGTGACTATT
1 AAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAAATCTGATTATCCAACCAATTAAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * *
18477 TGAATAATTATCTATTTCAAATCAGTACGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
66 AGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTACAATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAATTCA
* *
18542 TATAAATTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAATTCTA
131 TACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAATTCTA
* * * *
18588 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATGT-ATTTATCGAACCAGTT-AAATAGTTAAGACTAT
1 AAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAAATCTGA-TTATCCAACCAATTAAAATAGTTAAGACTAT
*
18650 TAGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTCTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTT-AAG
65 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTAC-AATC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAA-
*
18713 TTCATACATACTTATTTG
127 TTCATACAAACTTATTTG
18731 AAATAAAAAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 17, Indels: 9
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.02
174 40 0.33
175 57 0.47
176 22 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAAATCTGATTATCCAACCAATTAAAATAGTTAAGACTATT
AGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTACAATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAATTCA
TACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAATTCTA
Found at i:18767 original size:174 final size:175
Alignment explanation
Indices: 18412--18853 Score: 417
Period size: 174 Copynumber: 2.5 Consensus size: 175
18402 TAATATTTTG
* * * * *
18412 AAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAAATCTGA-TTATCCAACCAATTAAAATATTTGTGACTAT
1 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCT-ATTTATCGAACCAGTTAAAATAATTATGACTAT
* * * * *
18476 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCAGTACGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
64 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTACAATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAATTC
* * * * * ** *
18541 ATATAAATTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAATTCTA
129 ATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATAATAAACTAATAAAATTCAA
* * * *
18588 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAGTT-AAATAGTTAAGACTATTA
1 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTT
*
18652 GAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTCTAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTT-AAGTT
66 GAACAATTATCTATTTCAAATCAGTAC-AATC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAA-TT
* *** * *
18715 CATACATACTTATTTGAAATAAAA-AATAATATTTTATTAACATTCAA
128 CATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATAATAAACTAATAAAATTCAA
* * * ** *
18762 AAAATTAGTAAGTAAGGAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAG--A-G-ATTT--AAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTAAAATAATTATGA
* *
18827 CTATTTGAACAATCATCTATTTAAAAT
60 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
18854 TGTTATGACC
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 39, Indels: 17
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.01
174 65 0.30
175 63 0.29
176 23 0.11
177 1 0.00
178 4 0.02
180 23 0.11
181 34 0.16
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (175 bp):
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCAGTACAATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAATTCAT
ACAAACTTATTTGAAATAAAATAATAATAAACTAATAAAATTCAA
Found at i:18941 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 18806--18946 Score: 203
Period size: 74 Copynumber: 1.9 Consensus size: 74
18796 CTGTTTATTG
* *
18806 AATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATCATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTGT
1 AATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATCATCTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTTGT
18871 TTTATCACAA
65 TTTATCACAA
* * * * *
18881 AATAA-TTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATCATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTT
18945 TT
66 TT
18947 GTTTTTCATC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 7, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
73 9 0.15
74 45 0.76
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (74 bp):
AATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATCATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTT
TTATCACAA
Found at i:19720 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19439--21793 Score: 1683
Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 180
19429 TTATTCGGAT
* * *
19439 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * **
19502 GTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGAC
65 GTTTACTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
19567 CTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTAAT-CTAAAATTATTCAAAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC-AAAATTATT-AAAAA
** * * * *
19619 TAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *** *
19684 TTTACTTAACGAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACT
66 TTTACTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-
** * ** **
19749 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
* *
19799 TAAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-AC-AAGATAATTAATAAGTAA-ACGATTTAGAAAATAA
1 T-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAA
* * * ** * * **
19860 ATATGCTTATTGAA-GAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTT
61 ATATGTTTACTAAACG-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *** *
19924 ATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-ATTTATGTTCATACAAACTTGTTTGGAT
125 ATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAAATTATTAAAAA
* * *
19981 TTAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAA-AAATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
20043 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTGTGA
64 TGTTTACTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** **
20108 CCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCA-TTCATATAAGTTTATTTGAAA
129 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
* * * * *
20161 TAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * *
20226 TTTACTGAA-TATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA
66 TTTACTAAACGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGA
* * * * **
20289 CCATTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTCT-GTTCATGC--AA-GCTTAAAAA
129 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
* * *
20339 T--AAT-ATA--AA-TTATTTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* ** * * *
20397 GTTTTCTAAAC-ACACTCATATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
65 GTTTACTAAACGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
20461 CTTATTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTCAAAA
129 CTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAA-ATTATTAAAAA
* * * * *
20514 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * *
20579 TTTA-TCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
66 TTTACT-AAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* ** **
20643 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
** * *
20695 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *
20760 TTTA-TCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
66 TTTACT-AAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
20824 TATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATGA-AAAATTATTCAAAT
130 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT-ACAAAATTATTAAAAA
* ** * *
20876 TAAAATAATACTGACCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAACTAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TA
* * * * *
20937 T-TTTTCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATCTATCTCAAAAT-GTTAT
64 TGTTTACTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC-AAATCATTAT
* ** * *
20998 GA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTT--TTCATACAAGCTTATTAAGAT
127 GACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT--TTAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
* * * *
21052 TAAAATAATACTAATTTAATAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
21116 GTATGT-C-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATTTCAAATCATTCTA
65 GT-T-TACTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * *
21179 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATA-AAAGCCTATTTAGAA
128 AC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAA-ATTATTAAAAA
* * * * * * *
21233 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAACTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
21297 TTTACTGAAA-AAGTTTAAAAAGATT-TAACTTTTTGACCAATCATTCTAGCTATT-AAAGTCAT
66 TTTACT-AAACGAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCTA--T-TTCAAA-TCAT
* * * **
21359 TATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATA-AAAACTTATTTGAAA
124 TATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAAA-TTATTAAAAA
* ** * * * * * * *
21417 TAAAATAATGCTGCTTTATTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAAAGATTCAAAAACTAAA-ACT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-T
* * * * * *
21481 GTTT-TTCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAACCATTATG
65 GTTTACT-AAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATG
* * * * * * * ** ***
21544 A-TCTTATTTTCTCATAAAATAATTATTTCT-GATCATCCAAGCTTATT-CGGA
128 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
* * * *
21595 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * * *
21656 GTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTA-AAATATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCTTTCTGAC
65 GTTTACTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * * *** * **
21720 CTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTAATCGAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
*
21772 TAAAATACTACTAATTTATTAA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAA
21794 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 338, Indels: 208
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 9 0.01
172 91 0.05
173 28 0.02
174 25 0.01
175 52 0.03
176 130 0.07
177 57 0.03
178 28 0.02
179 88 0.05
180 283 0.16
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182 67 0.04
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184 106 0.06
185 29 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAAATTATTAAAAA
Found at i:22410 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22036--22435 Score: 463
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
22026 GCTTAGATGG
* * *
22036 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAATAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAGATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCCTAAAATAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATA
** * * ** * *
22101 TCTTTATTGAATTAATTAAAATAATTATGGCAATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
66 TCTTTATCAAACTAATTAAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTAAGA
* * * *
22166 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGGTCATACAAGCTTATTCGA
131 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGATCATAAAAGCTTATTCGA
*
22217 AATAAAATAATACTAATTT-TTAAAATTT-C-AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCCTAAAA--TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * *
22279 TATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATC-AGTCTCAAATTGTTA
64 TATCTTTATCAAACTAATTAAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATCTA-TCTCAAATTGTTA
* * *
22343 AGATC-TTTGTTTTATCATTAAACAATTATTTTTTATCATAAAAGCTTATTCG-
128 AGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGATCATAAAAGCTTATTCGA
* * * *
22395 ATTAAAAATAATACTAATTTAATAACA-TTCCAAAAATAATA
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCCTAAAATAATA
22436 CTATTTAAAT
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 27, Indels: 16
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 6 0.03
179 66 0.36
180 90 0.49
181 23 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCCTAAAATAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATA
TCTTTATCAAACTAATTAAAATAATTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTAAGA
CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGATCATAAAAGCTTATTCGA
Found at i:22747 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22439--23613 Score: 595
Period size: 180 Copynumber: 6.5 Consensus size: 179
22429 AATAATACTA
* * * *
22439 TTTAAATCCCTTACTTATTACTTTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATGA
1 TTTAAATCGCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
* ** * *
22504 GCTTAAATGATAAAAAAT-ATTGGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGA
65 GCTTATATGATATGAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAGA
* * * * *
22567 TAATTGTTGAAATGGCCTTACTTATTTGAAATGATTCGGTAAATAGATTCACTT
128 TAATTGTTCAAATAGACTTAC-TATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATT-ATTT
* * *
22621 TTTAAATCGCTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TCGAATAA
1 TTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA
* * * *
22685 GCTTATATTATTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTCT-AAATAGAC
65 GCTTATATGATATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATT-TGAAATAGAT
* * * *
22749 AATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTT
129 AATTGTTCAAAT-AGACTTACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAATAGA-TTA-TTT
** * * * *
22803 TTTAAATATCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TCAAATA
1 TTTAAATCGCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * * * * * * * * *
22866 AACTTGTACGAAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTAATAATGACTTCAAATGGA
64 AGCTTATATGATA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
** * * * ** * * *
22931 TAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATATGAATTGATTTTGAAAACA-ATTTTTT
128 TAATTGTTCAAATAGACTT-ACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTATTT
* * *
22983 TTTAAAT-GTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATT-ATCAAATTTGTATTATTTTAATCTGAATA
1 TTTAAATCG-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * * * *
23046 AGCTTGTATGA-AT-AAAAAATTTATTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAA
64 AGCTTATATGATATGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
** * * * * * * *
23109 TAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCATTCAGCAATTAGATTTATTTT
128 TAATTGTTCAAATAGACTT-ACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGA-TTA-TTT
* ** ** ** * * * *
23164 TTTAATTTTCTTGGTTAAAAAAATAGTTTGCAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT-TCA
1 TTTAAATCGCTTACTT--ATTAAT-TTTTG-A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
** ** * * * * *
23228 AATAA-AATAGTATGA-ACAAAACCAATAGTTTGATGACAAAA-AAATGGTTATAATGATTTGAA
60 AATAAGCTTA-TATGATATGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
* ** ** * **
23290 ATAGATAATTATTCAAATAGTGA-AAACTATCTAAAATTG-TTTGGTAAACGGATT-TGCTT
123 ATAGATAATTGTTCAAATA--GACTTACTAT-TTGAATTGATTCGGTAAATAGATTAT--TT
* * * * * * * **
23349 TTTAATTCTCTCAC-TACTTGATTTTCT-AAATATAAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAGCA
1 TTTAAATCGCTTACTTA-TTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * ** * * * **
23412 AACTTATAT-AAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAACTAATAATGATTTGAAA-A-A
64 AGCTTATATGATA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
23474 TATATTTTTCAAATAGTTA-TAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAATAGAATTATTC
128 TA-ATTGTTCAAATAG--ACTTACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAG-ATTATTT
* * * * * * *
23529 TTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGAAAAATTAA-CAATCTAGTTTTATTTTATTCTGAATAA
1 TTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAA
* *
23593 ACTTGTATGAGT-TGAAATAAT
65 GCTTATATGA-TATGAAATAAT
23614 ACGATTTGAA
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 185, Indels: 112
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.01
178 66 0.09
179 25 0.03
180 189 0.25
181 165 0.22
182 98 0.13
183 81 0.11
184 5 0.01
185 17 0.02
186 79 0.10
187 20 0.03
188 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
CTTATATGATATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGACTTACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTATTT
Found at i:24275 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23614--24902 Score: 987
Period size: 182 Copynumber: 7.3 Consensus size: 180
23604 TTGAAATAAT
* * * * * * * * *
23614 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCAAG-AAACAAATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-TAGTAAACAGATT
* * ** * * * *
23678 TATATTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGGATTGTTTTA-TTTCG
65 TATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTG
* *
23742 AATAA-CTTGTATGAACAT-AAATAATTGA-TTTATGACAGAACAAAAGCTT-ATA
129 -ATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATA
* * * * *
23794 ACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* * * *
23859 ATTTTTTAAATCTC---TTACTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAAT
66 ATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTGAT
* * * * *
23921 AAGCTTGTATG--TTGATAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTAACA
131 AAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * * * * *
23969 ACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACTA-AT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTAGTAAAC-AGAT
* * *
24032 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTT
64 TTATTTTTTAAATCTCTTG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTT
*
24097 GATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
128 GATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * *
24150 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTCTTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
** * * *
24215 ATTTTTTCAAATCTCTTGTGTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTA-TTCTG
66 ATTTTTT-AAATCTCTTGT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTG
* *
24279 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TCTTAGA
129 -ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATA
* * ** * * * ** ** * *
24332 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGGAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGGCAAACACATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* * * * * *
24397 ATTTTTTTTAAA--TATT-TTACTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCG
66 A--TTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTG
* ** * *
24458 ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTTATGACAAAAC-GAAGATT-ATA
129 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATA
* * * * * ** * * * * *
24510 GCAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAAGTATTTGAACTGGTTTA-AAAACCAGCTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAA-CAGATT
* * * *
24574 TAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTTA
65 TATTTTTTAAATCTCTTG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTG
* * *
24639 ATAAGATTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCA-A
129 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATA
* * * *
24690 A--A--TG----AG-----T-TT-AAATAGTCATATCTATTTGATA-TTGTTTGGTAAACATATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTTAGTAAACAGATT
*
24739 TATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
65 TATT-TTTTAAATCTCTTG-TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
24802 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAA
127 TG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * * *
24857 ACAATTTGAAATATG-TAATTGTTC-AATAGTCTTAACTTTTTGAACT
1 ACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
24903 GATTCGAAAA
Statistics
Matches: 875, Mismatches: 172, Indels: 123
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 35 0.04
166 90 0.10
167 9 0.01
169 1 0.00
171 2 0.00
172 1 0.00
174 3 0.00
175 72 0.08
176 50 0.06
177 28 0.03
178 71 0.08
179 120 0.14
180 127 0.15
181 114 0.13
182 143 0.16
183 3 0.00
184 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTGAT
AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
Found at i:24451 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 23652--24683 Score: 977
Period size: 356 Copynumber: 2.9 Consensus size: 354
23642 TGTCTTAATT
* * * * * *
23652 ATTTGAACTAGTTCAAG-AAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTAGTTA-TGAATTTTCAAAATA
1 ATTTGAACTAATTC-AGCAAACTAATTTATTTTTTAAA-CTATT-CTTACT-AATTTTTAAAATA
* * *
23715 TTATTAAATTAGGATTGTTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAACATAAATAATTGA-TTTATGAC
62 TTATTAAATTAGTATT-TATT-TTTCG-ATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAATT-ATTTTATGAC
* *
23778 AGAACAAAAGCTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
122 AAAACAAAAGATTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
* * * *
23843 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC---TTACTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTA
187 TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
23905 TTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATG--TTGATAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTA
252 TTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTA
* * **
23966 ACAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATT
314 ACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGGGCCATAACC
* * * * * *
24007 ATTTGAACTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATGAAATATT
1 ATTTGAACTAATTCAGCAAACTAATTTATTTTTTAAA-CTATT-CTTACTAATTTTTAAAATATT
* * *
24072 AATAAAGTAGTACTATTTTATTTTT-GATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAA
64 ATTAAA-T--TAGTA-TTTATTTTTCGATAAGCTTGTATGAACT-AAACAATTATTTTATGACAA
* * * * *
24136 AACAAAAG-TTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTCTTTAAACTTGT
124 AACAAAAGATT-ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT
* * ** *
24200 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGTGTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGT
188 TTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGT-TAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
24265 ATTGTTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATCTTA
251 ATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTAA
* * * *
24330 GAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-TAGGAGTCTTAACC
315 CAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGG-GCCATAACC
*
24370 ATTTGAACTAATTCGGCAAAC-ACATTTATTTTTTTTAAA-TATT-TTACTAATTTTTAAAATAT
1 ATTTGAACTAATTCAGCAAACTA-ATTTA--TTTTTTAAACTATTCTTACTAATTTTTAAAATAT
* * * *
24432 TATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTTATGACAA
63 TATTAAATTAGTATT-TATTT-TTCGATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAA-TTATTTTATGACAA
* * * * * * ** * * *
24497 AAC-GAAGATTATAGCAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAAGTATTTGAACTGGTT
124 AACAAAAGATTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
* * * *
24561 TA-AAAACCAGCTTTAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
189 TAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG-TTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
24625 TTATTTTATTTTTAATAAGATTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA
252 TTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
24684 AGTCAAAATG
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 85, Indels: 62
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 64 0.11
356 104 0.19
357 12 0.02
358 14 0.03
359 93 0.17
360 88 0.16
361 104 0.19
362 6 0.01
363 63 0.11
365 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
ATTTGAACTAATTCAGCAAACTAATTTATTTTTTAAACTATTCTTACTAATTTTTAAAATATTAT
TAAATTAGTATTTATTTTTCGATAAGCTTGTATGAACTAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
GATTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAA
CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTAACAACGATTTGA
AATAGATAATTATTCAAAGGGCCATAACC
Found at i:24718 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 24547--24857 Score: 423
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
24537 TAGTTGTAAG
*
24547 TATTTGA-ACTGGTTT-AAAAACCAGCTTTAAT-TTTTAAATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTGAA
1 TATTTGATA-TGGTTTGAAAAA-CAGATTTAATATTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTG-A
* * *
24608 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGATTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATG
63 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATG
24673 ACAAAACAAAAAGTCAAAATGAGTTTAAATAGTCATATC
128 ACAAAACAAAAAGTCAAAATGAGTTTAAATAGTCATATC
* ** * * * *
24712 TATTTGATATTGTTTGGTAAACATATTTATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
1 TATTTGATATGGTTTGAAAAACAGATTTAATATTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTGAATA
* * * *
24777 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACT
66 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACA
*
24842 AAACAAAAGGTCAAAA
131 AAACAAAAAGTCAAAA
24858 CAATTTGAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 7
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 19 0.15
166 101 0.80
167 6 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (166 bp):
TATTTGATATGGTTTGAAAAACAGATTTAATATTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTGAATA
TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACA
AAACAAAAAGTCAAAATGAGTTTAAATAGTCATATC
Found at i:25300 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 24966--26473 Score: 1107
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 180
24956 AATAAGCTAA
* * * * * * * *
24966 TATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAATAATTTGAGATAGATCATTG
1 TATGAACAA-AAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * ** * * *
25029 TTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAGT-AA-ATATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTA
* * * *
25088 TTAATTTTCAAAATTTTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTATG
130 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAACT-TG
* * *
25140 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAAGCTAAAGGTCATAATGA-TTGAAATTAGATAATTA
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTA
* * * * * * **
25204 TTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTA
* * * *
25269 TTCATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
130 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT-AACTTG
* * * * * * *
25321 TATGAACAAAAACAAGTCTTTGATC-ATAAAATAAAAGATCAAAACT-ATTTGAAATCA-ATAAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTA-CGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT-AGATAAT
* * * * * * * * *
25383 TATTCAAACAGCCAAAACTATTAGACCTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTCTTAAATCATTTACT
63 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACC
** *
25448 TATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
128 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA-CTTG
* * *
25502 TATGAACATAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA
* **** * * * *
25566 TTCAAATGGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCT
** * *
25629 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATGAGA-TTG
129 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT-A-ACTTG
* * ** * * *
25682 TATGAATAGAAATGACTGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
25746 TTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA-CTCA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCT-A
* * * * * * *
25810 TTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
130 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA-CTTG
* * ** * *
25862 TATGAACTAAAACAATGGTTTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTA
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *** * * *
25927 TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTA
* *
25992 TT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATT--T-TTA----A-TCCGAATAAGTTTG
130 TTAATTT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA-CTTG
* * * * *
26036 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
26101 TCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTAT
* ** ** *
26166 TAATTATCTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTG
131 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA-CTTG
* * * ** * * * * * *** * *
26217 TCTAAATAGAAAA-TTTTATTTTATGATC-AAACAAACGATTATAGCAATTTGAAAAAGATAAAT
1 TATGAACA-AAAACAATTGTTTTACGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * *
26280 GTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTTATTTAGAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTT
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCT
*** ** * * *
26345 ATTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAGA-ATTATATTGTTTCGAATAAGATTG
129 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATAA-CTTG
* * * ** * * * ** *
26398 TATGAATAGAAACAATTGATTTGTGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTA-ATAATTG
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTA
*
26462 TTCAAACAGTCA
65 TTCAAATAGTCA
26474 GAACCAATAG
Statistics
Matches: 1056, Mismatches: 233, Indels: 83
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 97 0.09
174 70 0.07
175 51 0.05
176 5 0.00
177 16 0.02
178 2 0.00
179 79 0.07
180 146 0.14
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182 116 0.11
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTAT
TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAACTTG
Found at i:25761 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 25718--25768 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
25708 CTAACAAAAG
*
25718 GTCATAATGATTTGAAATA
1 GTCATAATTATTTGAAATA
25737 G--ATAATTATTT-AAATA
1 GTCATAATTATTTGAAATA
25753 GTCATAATTATTTGAA
1 GTCATAATTATTTGAA
25769 CTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 9 0.32
18 10 0.36
19 3 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
GTCATAATTATTTGAAATA
Found at i:26251 original size:715 final size:713
Alignment explanation
Indices: 24998--26409 Score: 1537
Period size: 715 Copynumber: 2.0 Consensus size: 713
24988 ATGACAAAAT
* * * *
24998 AAAGATCATAATAATTTGAGATAGATCATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAGT
1 AAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * * *
25063 AAATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATTTTAATAAATCAATATTATTTTATTT
66 AAAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTT
** ** * * * * *
25128 TGAATAATTATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAAGCTAAAGGTCATAATGATTGAAA
131 CAAATAAGCATATATGAACAAAAACAATGGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGAAA
* * * *** * *
25193 TTAGATAATTATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
196 TTAGATAACTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTCTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAA
*
25258 TCTCCTACCTATTCATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
261 TCTCCTACCTATTCATTTTCAAAATATTAATAAATT-ATATTA---TATTCCAAATAAACTTGTA
* * * *
25323 TGAACAAAAACAAGTCTTTGATCATAAAATAAAAGATCAAAACTATTTGAAATCAATAATTATTC
322 TGAACAAAAACAAGTCTTTGATCACAAAACAAAAGATCAAAACTATTTAAAATAAATAATTATTC
* * *
25388 AAACAGCCAAAACTATTAGACCTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTCTTAAATCATTTACTTATTA
387 AAACAGCCAAAACTATTAGAACTTACTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCATTTACTTATTA
* *
25453 ATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAAT
452 ATTTCTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAAT
* * * * * *
25518 TGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACT
517 TAGTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAAAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
25583 ATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATAT
582 ATTTAAACT-TATTCAAAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
25646 TAATAAAT-TTA-TATTATTTTATTTGGAATGAGATTGTATGAATAGAAATGACTGTTTTATGAC
646 TAAT--ATGTTAGAATTATATTATTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAATGACTGTTTTATGAC
25709 TAACA
709 TAACA
* * * * * **
25714 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGT
1 AAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * * * *
25779 AAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
66 -AA-AGATTCACTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATT
* * **
25844 TTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTAAAACAATGGTTTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAACG
125 TTATTTCAAATAAGCATATATGAACAAAAACAATGGTTTTACAACAAAAC-AAAAGGTCATAACG
** * * *
25909 ATTTGAAA-TAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCAATAAACATATTTAT
189 A-TTGAAATTAGATAACTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTCTTCAATAAACAGATTTAT
** * * **
25973 TTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATT-T-TTA-A-TCCGAATAAGT
253 TTTTAAAATCTCCTACCTATTCATTT-TCAAAATATTAATAAATTATATTATATTCCAAATAAAC
* * * * *
26033 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TGATTTAAAATAAATA
317 TTGTATGAACAAAAACAAGTCTTTGATCACAAAACAAAA-GATCAAAACT-ATTTAAAATAAATA
* ** * * * * * *
26096 ATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
380 ATTATTCAAACAGCCAAAACTATTAGAACTTACTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCATTTA
** * *
26161 CCTT-TTAATTATCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTCT-AA-
445 -CTTATTAATT-TCTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
26222 ATAGAA-AATTTTATTTTATGATC-AAACAAACGATTATAGCAATTTGAAAAAGATAAATGTTCA
508 ATA-AACAA--TTAGTTTACGA-CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAAAGATAAATGTTCA
* * *
26285 AATAGTCATAAGTATTTAAACTTATTTAGAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
569 AATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAAAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
26350 TTTTTGGAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAA
634 TTTTTGAAATATTAATATGTTAGAATTATATTATTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAA
26410 CAATTGATTT
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 105, Indels: 42
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
713 5 0.01
714 7 0.01
715 243 0.43
716 121 0.21
717 2 0.00
718 17 0.03
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720 3 0.01
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722 72 0.13
723 91 0.16
724 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (713 bp):
AAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
AAAGATTCACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTT
CAAATAAGCATATATGAACAAAAACAATGGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGAAA
TTAGATAACTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTCTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAA
TCTCCTACCTATTCATTTTCAAAATATTAATAAATTATATTATATTCCAAATAAACTTGTATGAA
CAAAAACAAGTCTTTGATCACAAAACAAAAGATCAAAACTATTTAAAATAAATAATTATTCAAAC
AGCCAAAACTATTAGAACTTACTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCATTTACTTATTAATTT
CTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTAGT
TTACGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAAAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTT
AAACTTATTCAAAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
TGTTAGAATTATATTATTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAATGACTGTTTTATGACTAACA
Found at i:29680 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 28280--34746 Score: 3972
Period size: 181 Copynumber: 36.0 Consensus size: 179
28270 TTTAAATAGA
* ** * *
28280 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
28345 AGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-AATTCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
66 TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATT-T--TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* ** * *
28409 AGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTG-TTTATTC
128 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TG
* * * * * *
28461 ACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTTATAATTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * *
28526 AATTCGATAAACT-GATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGT
66 TGTTCAATAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * * *
28590 AATATTATTTTA-TTTCAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATG
128 AGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
28642 ATAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAGATAATTGGTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * ** ** * ** *
28706 TTGTTCGGTAAACA-AAAT-TTTTTTATTTTCTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
65 TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
28769 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTTTGAGCTGAAGCAATTATTTTATG
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
28820 ACCAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
28885 TGTACGACAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAA-TCTTAAAATATTATTAATTTAG
66 TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * ** * * * * *
28949 CAATATTTTACTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGG
130 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * *
28999 ACAAAAC-AAAGACCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** * ** * *
29063 GGTTTGGTAAAAAAGATTTAGATTTTAAA-TCT-CTTATTAA-TTTTAGAAATAGTAATAAATTA
66 TGTTCAAT-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTA
* * * ** *
29125 GTATTGTTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
*** * * * *
29176 ACAAAACAAAATCCCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
29240 TTGTTTAGA-AAATAGATTAATGTTTTAAATCTTGAACTTATTAATTGTTAGAATATTAATAAAT
65 TTGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * *
29304 TACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * *
29357 ACAAAGGATCATAATGAATAGAAACA-AAGGATCAT-AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
1 ACAAA--A-C---A--AA-AG-GTCATAATGAT-TTGAA--A-TAGATA------ATTGTTCAAA
** * **
29420 TAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GATAAATAGATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAA-
46 TAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAAT
* * * *
29483 TTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAATT
108 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAACAGAAACAATT
*
29547 GGTTTATG
172 GTTTTATG
* * * * * *
29555 AAAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAACG
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** *
29620 TGTTCAAAAAATAAAGTTATTTTTTAAAGTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA
66 TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTA
* * * * * *
29685 -TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATAAATAGAACCGATTGTTTTATA
129 GTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
29735 ACAAAATAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTTAGAGAGTCAAAACTATTTGAAC
1 ACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * *
29800 TTGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAA--TT-C-TCTT-ACTCTT----TATT--T---TTAG
65 TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
** ** ** * * *
29851 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTTTTTTGTT
130 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
29901 ATAAAACAAAAAGGCCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 ACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * *
29966 TTTTTGGAT-AA-ACATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
65 TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTA-A-ATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * * ** * *
30029 AATATTATATTAATTCGAATAAGCTCATATGGATAGAAACAATTGTTTTATG
128 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
30081 ATAAAATAAAAAAGTTATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAA
1 ACAAAA-CAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
***
30145 CTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAA
64 CTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAA
* * * **
30208 ATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATG
125 ATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** ** * ** * * *
30263 ACAAACCAAAAGGTTATAGCGATTCCAAGTCCATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TT-CATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * *
30326 TTTTAAAAGCTTGTTCATA-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
66 TGTT-CAA-----TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * * *
30390 AAATTTGTATTATATTAATCTGAACAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATA
123 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * *
30447 ACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAGCTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * *
30511 TGGTTTGATAAATAGA-TT-TTTCTTAAATCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAA
65 TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
*** * * * * * *
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130 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
30622 ACAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC
1 AC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * *
30687 -TGATTCAGCAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAA
65 TTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTT-ATTAA-TTTTTAAAATATTAATAA
* * * *
30750 ATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTATTAAGAATTCA-AAA-AATTGTTTTACG
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* * * * *
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1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
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** * ** * *
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* * * *
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1 ACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * *
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* * ** * * ** ** *
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* * * * * * * *
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** * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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*** * * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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*** * * *
32123 TCACTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
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** * * * * * *
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* ** * * *
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* * ** **
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * **
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** * * **
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* * * * * ** *
36059 ATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAATAATCTAGTATGAATTGAGAA-AATT-CTTTATG
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
36121 ATGAGAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAATTAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAAC
64 A-CAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* ** * * *
36185 TAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAAT
128 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * *
36239 ATTATTAGATTAGTATTGTTTTA-TTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
36303 C-ATCACAAAAGGTTATAACGATTT-AAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
** * *
36366 TAATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAG
128 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * ** * * *
36420 ATTAATATATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTATCTGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-
* ** * * * * * * *
36485 CAAAC-AAAAGGTGATAATAATTAGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCATCATTATTTGAACT
65 CAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACT
** * * * * * * *
36548 AATTC-GACAAATAGATTCACTTTTT-AA----TTACTTTTTAATTTTTGGAAT
129 TGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* ** ** * *
36596 ATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGTGAAATAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * *
36661 AAA-ACAAAATGTCATAATAATTTTAAATAGACAATTGGTT-AAATAGTCGTAGCTA-TCAGAAT
66 AAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AAC
* ** * ***
36723 TTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTA-TTAATT--TTTTTTTTT
128 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAT
* ** * * * * * * * ** *
36774 ATT-TTGGATAAGCT-TTCA--TGAATTGAAACAATTG-TTTTATG-TCA-AAACAAAAGGTCAT
1 ATTAATAAATTAG-TATT-ATTTTATTTTAAATAA--GCTTGTATGAACAGAAAC-AATTGT-TT
* *** * * * * * * * *
36832 AATGATTTTA-TATAA--T--TAA--TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTATAA
60 TATGA-CAAACAAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAG--ATAATTGTTCAAA-TAG-TC-AT-A
* * * * ** ** * ** * *
36890 ACAAATTT--ATTTTTTCAAATATTTGCTTATTAATTTTCCAAATGT-TTA-TAAATTGAGATTA
117 AC-TATTTAAACTTGTTC-AGTA--AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATT-A-ATT-
* *
36951 TTTTATT
174 TTTAAAT
*** * ** ** * *** * * ** *
36958 CCGAATAAACTCA-TAAGACATGA-AACAAAT-A--TTTTATG-AC-TAAACAAAAG-GTTATG-
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * *
37014 --AA---------C---A--ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTG
65 CAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* ** *
37063 GTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAAT-T-TT--TTATTAATTTTTGAAAT
130 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * *** * ** *
37111 ATTATTAAATTAATATT-TTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * * * * *
37174 AAA-ACAAAGATTTTAACGATTTGAGATTGATAAGTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGG
66 AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
** * * * * *
37238 TTTGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTATTACCTATTAATTTTTGAAAT
131 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * *
37289 ATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGATA-AAAAATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
37353 CAAA-ATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
** * * * **
37416 TGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTAGGAAAT
129 TG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAAT
** ** *
37470 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * *
37534 CAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTT
65 CAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* * * ** *
37599 GTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTATTAATTTTTTGAAT
130 GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAT
* * * * * *
37651 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTCAATAAGCTTGTATCAACTA-AAACAATTGTTTTAAGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
37715 CTAAAC-AAATGGTCAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAA-
65 C-AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAC
** * * *
37778 -TGATTGGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTAACT
128 TTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTAAAT
* * * * *
37832 ATT-ATGTAATTAGTATTATTTTAATATT-AATAAGCTTGTA-CAA-ACAAACAATT-ATTTATG
1 ATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
37892 ACAAA-AGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATCATTTATATAGTCTTAACTATTTGAA-
64 ACAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * ** * * * * ** **
37955 TTGGTCAGCAATTAGATTTACTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAAT
128 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAT
* * * * ** * * * *
38009 ATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATA-AAATCAATTGTTTGATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * *
38073 CAAA-ATAAAAGGTTATAATGA-TTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAC
** * * * * * * *
38135 -TGTTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATATTTTACTGATTAATTTTCTAAAT
128 TTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAT
* * * * *
38189 ATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAACA-AA-CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
38252 CAAA-ATGAAAA-TTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGT-AAATAGTTA-AATTATTTGAA
65 CAAACA--AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* ** * * *
38313 CTAGTTTTGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTT--GTA--AATTTTTGAAAT
127 CTTGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * *** * * ** * *
38364 ATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCTTAAATAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
38429 AAA-ACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAAATT-TTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-
66 AAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
** * ** * * * *
38491 TGATTTGGCAAACGGATTTATATTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAAAT
129 TG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAT
* * * *
38545 ATTACTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
38610 TGAAC-AAAA-GTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-TA
66 -AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* ** *** *
38672 ATATCAACAAACTGGTTTCTTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTCTTGT-AAT
130 GT-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT-TAAAT
* * * *** * *
38719 ATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTTAGAAAAAGATTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTCATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
38783 CAAAGC-AAAAGTTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATAGCCATGATTATTTGAA-T
65 CAAA-CAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* ** *
38846 TAATTCAGTAAACTGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGAAAT
129 T-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAAT
* * ** *
38899 ATTAATCAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
38963 CAAA-ACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAACTATTTGAACT
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
** * * * *
39027 TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCGCATGCTTATTAATTTTTTGAAT
129 TGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAT
* * * ** * * ** * * *
39082 GTCAATAAATTACTATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTACGAATTGAAATAATTATTATATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
39147 TAAAGAAAAA-GTCA-AACTAATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT
66 -AAACAAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * *
39210 TATT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTATTAGAAT
129 TGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAT
* ** * *
39259 ATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
39322 AGAAA-ACAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATCTGAAC-
64 ACAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * **
39385 TGTTTCAATAAACGAATTT-TGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATCAAAAT
129 TG-TTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAT
* ** * * * *
39435 ATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTTTTCTTTTTG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGT-TTTATG
* * * * * * * *
39500 ACAAA-ACAAAATGTCATTACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAAC
64 ACAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * ** *
39564 TTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTGGAAT
128 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * ** **
39618 ACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATGGAAACAATTG-TTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
39682 AAA-ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTT
66 AAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* * * *
39746 GCTC-GATAAACAGATTTATTTTATAATAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAAT
130 GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * * * *
39797 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AGGCTTTTATAAACAAAAACAATTGATTTATTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * **
39861 TTAAAC-AAAAGGTCATAATGA-TT----T-GA-AA--G---AAATAGTCATAACTATTCGAA-T
65 -CAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* *
39912 GTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAAT
129 -TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * ** *
39965 ATTAAGAAATTTA-AATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAG-AACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * **
40028 CAAA-ACAAAAGATCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGCACT
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * *
40092 TATTC-GATAAACATATTCT-TTTTTTAAAGTTTCTTACTCATTAATTTTTGAAAC
129 TGTTCAG-TAAACAAATT-TATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * ** ** * *
40146 ATTAATAAATTGGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTCATATGAACTTAAACAAGTGTTTTATTAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
40211 AAA-AGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTT
66 AAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* * * * **
40275 GTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
130 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAT
* * * ** * * *
40327 ATTTATAAATTAATGTTATTTTAATCCT-AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** ** *
40391 CAAA-ACAAAATGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGATAAAATAACCATAACGGTTTGAACT
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
** * *
40455 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT-AAT
129 TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAAT
* * ** * *
40508 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTAG-ATGAATGGAAAAAACATTCTTTTAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-GTATGAACAG-AAACA-ATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
40572 GACAAAC-AAAAGGTTATAGCTATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCTAATTATTTAAAT
63 GACAAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * ** *
40636 TTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTCAATCTTTTTAC-TATTAATTTCTGGATT
128 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTT-TTAAAT
* * * * * ** *
40690 AATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGCAACAATTCCTTTAAGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
40755 AAA-ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATGATTATTTGATCTA
66 AAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
** * * * * **
40819 GTTTGGTAAACATATTTA-TTCTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
130 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAT
* * * * * *
40870 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
40935 AGAACAAAAA-TTCATGACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTA
66 A-AACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* * * *
40999 GTT-TGATAAATATATTTATTTTTTAAA--TC--ATTTATTAATTTTTGAAAT
130 GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * ** * * *
41047 ATTAATAGATTAGT-TCTACTTCATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAAC-ATCTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT-TGTTTTATG
* * * * *
41110 ACAAAACAAAAA-GTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
64 AC-AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * *
41174 TGGTT-ATGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC-TAAT-A-TTTGAAAT
128 TTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAT
* ** * *** *
41224 ATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAACAAATCTATTTTAT
1 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AAT-TGTTTTAT
* * **
41288 GACAAA-ACAAAAGGTCATAACGATTCT-AAATAGATAATTGTTCATACAGTTTTAAAC-ATTTA
63 GACAAACA-AAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTA
* * * **
41350 AA-TTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTTTTTATTAATTTTTGAAAT
125 AACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * * * * * * *
41407 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTCGTATGAACAAAAATAATTATTCTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** *
41472 AGAA-TAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA-TT
66 A-AACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* * *
41534 AGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAG
130 -GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* ** * * ** * * *
41586 ATTAAT-AATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGAATGTTCA-AATAAAATTCTTATATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGA
** * * * * * * * *
41649 CAAA-ACAAATTGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAAC-
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * * * **
41712 TGAGTCGGTAAATATATTCACTTTTTAAATCACTTA-TTA--AATTTTGGAAT
129 TG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAT
* * * * * ** *
41762 ATTAATAAAATAGTTTTATTTTA-TTTGATTAAGCTTGTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * *
41826 ATAGTAAAAGGTGATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACTTGTTTGAACTA
66 AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTAAACT-
* * * * * *
41890 TTTTGA-CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTGAAAAT
129 TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--AAAT
* * ** * * * * * * * *
41942 ATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTATACGAGCTGAAACAATTATTTTATAAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
42007 AGAA-TAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAG----GA--A-TT--A---
66 A-AACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* * * * * *
42059 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAATGTTTGAAAT
130 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAT
* * * *
42111 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCGTGTATGATA-A-AAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * * * *
42174 CAAA-ACAAAATTTCATAACAATTTAAAATAGATAACTATTCAAAT-TTCCATTATTATTTGAAC
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTAAAC
* ** * * * *
42237 -CGATTC-GATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTCTAATTTATCAATTTTTGAAAT
128 TTG-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * ** *
42291 ACTAATAAAATAATGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * *** * *
42355 TAAA-ACAAAAGATCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 CAAACA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * ** * *
42419 TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTGTGTATTAATATTCTGAAT
129 TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTTAAAT
* * * * * * * * * * *
42473 GTTAATAAATCAATAATA-TTT-TTTTGAATAAGCATGTACGAACTGAAAAAATTATTGTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * ** *
42536 TAAAC-AAAAGGTTAGAACGATTTGAAATGGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAA-TT
66 -AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
** * * * * *
42599 GGTTTGGCAAACACATTTATATTTTAAATTTCATACTTATTAATTTTTAGAAT
130 -GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAT
* * * * * * * * *
42652 ATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATCGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
42717 AAA-ATAAAGATCATAATGAATTGAA
66 AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAA
42742 CTAGTTTGAT
Statistics
Matches: 5946, Mismatches: 1422, Indels: 781
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
152 13 0.00
153 13 0.00
154 1 0.00
155 9 0.00
156 1 0.00
157 9 0.00
158 18 0.00
159 4 0.00
160 6 0.00
161 7 0.00
162 1 0.00
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164 10 0.00
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185 6 0.00
186 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAACAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAT
Found at i:36898 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 36614--36904 Score: 358
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
36604 ATTAGAATTA
* *
36614 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
36679 AATTTTAAATAGACAATTGGTTAAATAGTCGTAGCTATCAGAATTTATTTGGTAAACAAATTTAT
66 AATTTTAAATAGACAATTGGTTAAATAGTCATAACTATCAGAACTTATTTGATAAACAAATTTAT
36744 TTTTTAAAACTCTTATTAATTTTTTT
131 TTTTTAAAACTCTTATTAATTTTTTT
* * * * *
36770 TTTTATTTTGGATAAGCTT-TCATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAGTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
36834 TGATTTTATATA-ATTAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTTGTTCT-ATAAACAAA
65 TAATTTTAAATAGA-CAATTGGTT-AAATAGTCATAACTA-TCAGAACTTATT-TGATAAACAAA
36895 TTTATTTTTT
126 TTTATTTTTT
36905 CAAATATTTG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 16, Indels: 10
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 5 0.04
156 106 0.93
157 3 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (156 bp):
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
AATTTTAAATAGACAATTGGTTAAATAGTCATAACTATCAGAACTTATTTGATAAACAAATTTAT
TTTTTAAAACTCTTATTAATTTTTTT
Found at i:38112 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 38087--38118 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
38077 ATAAAAGGTT
38087 ATAATGATTCAAATAG
1 ATAATGATTCAAATAG
*
38103 ATAATTATTCAAATAG
1 ATAATGATTCAAATAG
38119 TCAAAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
ATAATGATTCAAATAG
Found at i:38872 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 38542--39024 Score: 416
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 174
38532 TAATTTTCAA
* * * * * * *
38542 AATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAG
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTCAG
* * * *
38607 GACTGAACAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATA
66 GACTAAACAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTGAATA
* *
38672 ATATCAACAAACTGGTTTCTTTTTTAAATCTTATTAATTCTTGT
131 ATATCAACAAACTGATTTCATTTTTAAATCTTATTAATTCTTGT
* *** *
38716 AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTAGAAAAAGATTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTCAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTCAG
** * * * *
38781 GAC-AAAGCAAAAGTTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATAGCCATGATTATTTGAA
66 GACTAAA-CAAAAGTT-ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTGAA
** *
38845 TTAAT-TCAGTAAACTGATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TATGA
129 -TAATATCAACAAACTGATTTCATTTTTAAA-----T-CTTATTAATTCT-TGT
* * * * * * * * * *
38896 AATATTAATCAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTCAG
* * * ** * * * **
38961 GACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAACTATTTGAA
66 GACTAAACAAA-AGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTGAA
39025 CTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 50, Indels: 18
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.01
174 72 0.29
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176 4 0.02
179 2 0.01
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181 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTCAG
GACTAAACAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACTATTTGAATA
ATATCAACAAACTGATTTCATTTTTAAATCTTATTAATTCTTGT
Found at i:42893 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 42634--42893 Score: 321
Period size: 141 Copynumber: 1.8 Consensus size: 141
42624 AAATTTCATA
** * *
42634 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTTGTGTGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
42699 AAACAATCGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGAATTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTAG
66 AAACAATCGTTTTACGACAAAAAAAAGATCATAATCAATTGAAATAGTATGATAAACAGATTTAG
42764 TTTTTAAATCT
131 TTTTTAAATCT
* * **
42775 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* *
42838 AGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAA-CAATTTGAAATAG-ATGATA
64 AGAAACAATCGTTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAATCAA-TTGAAATAGTATGATA
42894 GCTCAAATGG
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 15, Indels: 8
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
140 4 0.04
141 78 0.78
142 18 0.18
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (141 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
AAACAATCGTTTTACGACAAAAAAAAGATCATAATCAATTGAAATAGTATGATAAACAGATTTAG
TTTTTAAATCT
Found at i:43042 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 42750--43360 Score: 608
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 180
42740 AACTAGTTTG
* * *
42750 ATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAAAAAATTAGCATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** *
42810 ATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATA
65 ATTTTATTTC-GAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATA
** * * *
42874 ACAATTTGAAATAGATGATAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCA
129 ATGATTTGAAATAGATAAT-GCTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* ***
42927 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* **
42992 TTTTATTTCGAATAAAATTGAATGTGTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAAT
66 TTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAAT
* * * * *
43057 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTCT-CTCA
131 GATTTGAAATAGATAA-TGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA
* * *
43108 GTAAACAGATTTTATTTTTTAAAAATATTTTACATATTAA-TTTTAGAAT-TCTAATAAATTAGT
1 ATAAACAGA-TTTATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGT
* ** * *
43171 GTTATTTTATTTC-AA-ACAAGGTGTTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA-AG
62 ATTATTTTATTTCGAATA-AAATTG-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-
* * * *
43233 TCATAATGATTTGAAATGGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT-T
124 TCATAATGATTTGAAATAGATAATGC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * *
43290 AGAAA-ATATATTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATT-GATAT
1 ATAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TAT
43352 TATTTTATT
64 TATTTTATT
43361 CAAAATAAGC
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 52, Indels: 42
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 22 0.06
178 12 0.03
179 33 0.09
180 3 0.01
181 140 0.39
182 29 0.08
183 108 0.30
184 13 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAAT
GATTTGAAATAGATAATGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
Found at i:44022 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 43389--44338 Score: 1289
Period size: 333 Copynumber: 2.9 Consensus size: 332
43379 ATATAACCTA
* * * *
43389 TTGGATTATGGGGTCCAGCGATCTCCCTTAGGGACTCGATATGTCAATTCATTTGGGTGAGGTAT
1 TTGGATTATGGGGT-CAGCGGTCTCCCTTAAGGACTCGGTATGTCGATTCATTTGGGTGAGGTAT
* * *
43454 CTCATGGTAGATCGAATTTTGGTGTATGGTAACCCAACCTGTCGAGGCCCAATGGGTGA-GGTAT
65 CCCATGGTAGATCAAATTTTGGTGTATGGCAACCCAACCTGTCGAGGCCCAATGGGT-ACGGTAT
** * * ** ** *
43518 CCCCTAAAGGCTTTGCGAAGCCCCTTATGTCCACCTGTCGCTTAGTACAAAACTCTATGCTACCA
129 CCTATAAAGGCTTTACGAAGCCCCTTATGTCCACATGTCGCTTAGTATGAGGCTCTGTGCTACCA
** *
43583 AAAGAGAATAAGGAAATAGAGTTGCGCCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAGC
194 AAAGAGAATAAAAAAATAGAGTTGCACCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAGC
* * * * *
43648 GCTTGATCCTGAAAACTGGTAT-TGAAGCGAGATTGCAGGTTCGAGTCCCCCAGGTCCCGCTGGA
259 GCTTGATCCTGAAAATTGGTATCAGAAGCGAGATTACAGGTTCGAGTCCCCCAGGTCCCACAGG-
43712 GGGGAAATTG
323 GGGGAAATTG
*
43722 TTGGATTATGGGGTCTAGTGGTCTCCCTTAAGGACTCGGTATGTCGATTCATTTGGGTGAGGTAT
1 TTGGATTATGGGGTC-AGCGGTCTCCCTTAAGGACTCGGTATGTCGATTCATTTGGGTGAGGTAT
* *
43787 CCCATGGTAGATCAAATTTCGGTGTATGACAACCCAACCTGTCGAGGCCCAATGGGTACGGTATC
65 CCCATGGTAGATCAAATTTTGGTGTATGGCAACCCAACCTGTCGAGGCCCAATGGGTACGGTATC
*
43852 CTATAAAGGCTTTACGAAGCCCCTTATGTTCACATGTCGCTTAGTATGAGGCTCTGTGCTACCAA
130 CTATAAAGGCTTTACGAAGCCCCTTATGTCCACATGTCGCTTAGTATGAGGCTCTGTGCTACCAA
* * * *
43917 AAGAGAATAACAAAATAAAGTTACACCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAGCA
195 AAGAGAATAAAAAAATAGAGTTGCACCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAGCG
* * *
43982 CTTGATTCTAAAAATTGGTATCAGAA-CGA-AGTTACAGGTTCGAGTCCCCCAGGTGCCACAGGG
260 CTTGATCCTGAAAATTGGTATCAGAAGCGAGA-TTACAGGTTCGAGTCCCCCAGGTCCCACAGGG
44045 GGGAAATTG
324 GGGAAATTG
* * * ** *
44054 TTGGATTATGGGGTGCAACGGTCTCCCTTGAGGTCTCGGTATGTCGATTCATTAAGGTGAGATAT
1 TTGGATTATGGGGT-CAGCGGTCTCCCTTAAGGACTCGGTATGTCGATTCATTTGGGTGAGGTAT
* * * * * * *
44119 CCCATGATGGATCAAATTTTGGTGTATGGCAACCCAACCTATCGAGGCCCAATAGATGCGATAT-
65 CCCATGGTAGATCAAATTTTGGTGTATGGCAACCCAACCTGTCGAGGCCCAATGGGTACGGTATC
* * ** * * * *
44183 CTCATGAAGGCTTTATGAAATCCCTTATATCCATATGTCGCTTAGTATGAGGCTCTGCGTTACCA
130 CT-ATAAAGGCTTTACGAAGCCCCTTATGTCCACATGTCGCTTAGTATGAGGCTCTGTGCTACCA
*
44248 AAAGAGAATAAAAAAATAGAGTTGCACCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAGT
194 AAAGAGAATAAAAAAATAGAGTTGCACCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAGC
44313 GCTTGATCCTGAAAATTGGTATCAGA
259 GCTTGATCCTGAAAATTGGTATCAGA
44339 GCTTTGGTCT
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 66, Indels: 13
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.00
332 261 0.48
333 279 0.51
334 3 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (332 bp):
TTGGATTATGGGGTCAGCGGTCTCCCTTAAGGACTCGGTATGTCGATTCATTTGGGTGAGGTATC
CCATGGTAGATCAAATTTTGGTGTATGGCAACCCAACCTGTCGAGGCCCAATGGGTACGGTATCC
TATAAAGGCTTTACGAAGCCCCTTATGTCCACATGTCGCTTAGTATGAGGCTCTGTGCTACCAAA
AGAGAATAAAAAAATAGAGTTGCACCTTCACTATCAGCTATAGCTTTTGGTGTAGTGGTAAGCGC
TTGATCCTGAAAATTGGTATCAGAAGCGAGATTACAGGTTCGAGTCCCCCAGGTCCCACAGGGGG
GAAATTG
Found at i:50854 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 50537--53253 Score: 1983
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 181
50527 CTAACATAAC
* * * *
50537 CAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
50601 AACTATTTGAACATGTTCAGCAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAAAA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** *
50666 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATAAACTGAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * *
50717 CAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *** * * * * *
50781 GACTATTTGAACTTATTCAAAAAACATATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATCAATTGTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** **
50846 TATTAATAAATTAATAATATTTTATATT-AAATAAGCTTGTACCAACAAAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* ** * * * * *
50897 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCGTTCCAATAGTTAC
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * * ***
50962 AAAGATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAATTATCCTAA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
51027 TGTTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGGTTGTA-CAAATGAAAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTG--AAA
* ** * * * * *** * *
51079 AAATCATTTTACGAGAAAACAAAAGGTTACAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
51144 AATTATTTAAACTTATTCGATTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAGTTTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
51209 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-TATGCTAATTGAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--AACTGAAA
* * * * * * * *
51261 TAATTCTTTTATGATAGAACAAAAGGTCTTAA-GAATTTTAAATAGATATTTATTCAAATAGTCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
51325 -AGACTAATTGATCTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAGC-TATTAATTTTT
65 TA-ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAATTTTT
* * * *
51387 GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
127 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA
* * * * ** * * *
51442 CTATTGTTTTAT-AGCAGAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTACTT-AAATAGTC
1 CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTC
* * * *
51505 AT-ACATATTTAAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
64 ATAAC-TATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
51564 GCAATATTATTAGAA-TAGTA-T-TTTT-TTT-AACA-AA-CTTATATGAAC-AAAA
127 GAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * *
51613 GCATTTATTTTATGATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
1 -CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
51678 TAATTATTTGAACTGGTA-T-GATAAACAAAATTATTTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTC
65 TAACTATTTGAACT--TATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT
* ** *
51740 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGAATTGAAA
126 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAACTGAAA
* * * * * *
51796 -AAAT-TTTTATGATAAAACAAAA----A-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATACTCTT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
51852 AACTATTGGAA-TTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAA
66 AACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * **
51916 ATATTATTATATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * * * *
51968 TAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
52033 AATTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * **
52098 GT-TTAATAAATCAGTA-TATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAA
131 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * * * *
52148 TAATTGTTCTATGAC-AAACAAAAGCATAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
52212 TAATTATCTGAA--TA----G--AACGGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAA
65 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** *
52269 ATATTAAT-AATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * **
52320 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTAATAGATAATTGTTCATATGGTTTT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
52385 AACTGTTTAAAC-TACTTCAGCAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT-AG
66 AACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * *
52448 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATATGAACTGAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * * * *
52501 TAATTATTTTATAACAGAATAAAAAGTTATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA---AG
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
52563 AACTA---G----T-TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
52619 TATTAATAAATTACTATTCTTTTATTTCTAATAGGCTTGTATG--GTGAAAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAA
* ** ** * *
52670 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
52735 AATTATTCGAACTGATTCGATAAACTAG-TTTATTTTTTAAATGTCTAACTTATCAATTTTTGAA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * *
52799 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTGAAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
** * * * * * *
52851 TGATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * **
52916 TAACTATTTGAACTTATTCAATTAAA-AAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTGTGTATTAATTTTT
65 TAACTATTTGAACTTATTC-GGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAA-TTTT
* * * * *
52979 TG-AATGTTAATAAATTAATATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAA
126 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * *
53034 AAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * *
53099 AACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTT-AGA
66 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * * * *
53162 ATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA
* *
53214 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
53254 CTAGTTCGAT
Statistics
Matches: 1986, Mismatches: 440, Indels: 223
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
169 124 0.06
170 8 0.00
171 14 0.01
172 266 0.13
173 76 0.04
174 21 0.01
175 8 0.00
176 6 0.00
177 49 0.02
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180 382 0.19
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182 401 0.20
183 90 0.05
184 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
Found at i:51038 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 50785--51242 Score: 447
Period size: 182 Copynumber: 2.5 Consensus size: 182
50775 AATCATGACT
* * * * * * * **
50785 ATTTGAACTTATTCAAAAAACATATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATCAATTGTTGAAATATT
1 ATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAAATATT
* * * ** *
50850 AATAAATTAATAATATTTTATAT-TAAATAAGCTTGTACCAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACA
66 AATAAATTAATAATATTTTAT-TCGAAATAAGCTTGTACAAATCAAAAAAAATCATTTTACGACA
* * * *
50913 AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCGTTCCAATAGTTACAAAG
130 AAACAAAAGGTCACAACAATTTCAAATAAATAATCGTTCAAATAGTTACAAAG
* * * * * *
50966 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAATTATCCTAATGTT
1 ATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAAATATT
** * * * *
51031 AATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGGTTGTACAAATGAAAAAAAATCATTTTACGAGAA
66 AATAAATTAATAATATTTTATTCGAAATAAGCTTGTACAAATCAAAAAAAATCATTTTACGACAA
* * * * * **
51096 AACAAAAGGTTACAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
131 AACAAAAGGTCACAACAATTTCAAATAAATAATCGTTCAAATAGTTACAAAG
* * * **
51148 ATTTAAACTTATTCGATTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAGTT-TTGAAATAT
1 ATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCCAAATAT
* * *
51212 TAATAACTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
65 TAATAAATTAATAATATTTTA-TTCGAAATAA
51243 ACTTTATGCT
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 50, Indels: 7
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.00
181 84 0.38
182 133 0.60
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAAATATT
AATAAATTAATAATATTTTATTCGAAATAAGCTTGTACAAATCAAAAAAAATCATTTTACGACAA
AACAAAAGGTCACAACAATTTCAAATAAATAATCGTTCAAATAGTTACAAAG
Found at i:52472 original size:533 final size:533
Alignment explanation
Indices: 50562--53236 Score: 1754
Period size: 533 Copynumber: 5.0 Consensus size: 533
50552 AAAACAAAGG
** * * * * * *
50562 TAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGCAAAC-
1 TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTCGAAC-TGAT--G-AAACG
* * * *
50626 AGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
62 AG-TTCACTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** ** * * * *
50691 TTCAAATAAGCTTACATAAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC--AAAGCTTATAATGATTT
125 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAAT-ATTT
* * * * * * * ** * *
50754 GAAATAGATAATTATTTAAATAATCATGACTATTTGAACTTATTCAAAAAACATATTTATTTTTT
187 GTAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TATTCAGCAAATAAATTTATTTTTT
* * * * * * *
50819 GAATCTTTTACTTATCAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATATT-AAATAAGC
251 AAATCTTTTATTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGC
** * * * * * * * *
50882 TTGTACCAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
314 TTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
50947 CGTTCCAATAGTTACA-AAGATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAATCTTTTAC
379 TGTT-CAATA-AT-CATAATATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * *** * ** ** *
51011 TTATTAATTATCCTAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGGTTGTACAAATGA
441 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCACTATTATGTTATTTC-AAATAAACTTGTA-TGATCA
* ** * * * **
51075 AAAAAAATCATTTTACGAGAAAACAAAAGG
504 AAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAACA
* * ** * * * ** ** *
51105 TTACAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTCGATTAAC-
1 TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTCGAACTGA-T-GA--AACG
* * * * *
51169 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAGTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
62 AG-TTCACTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * *
51234 TTCAAATAAACTT-TATGCTAATTGAAATAATTCTTTTATGATAGAACAAAAGGTCTTAAGAATT
125 TTTGAATAAGCTTGTATG--AACTGAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA-TATT
* * * * * * * * * *
51298 T-TAAATAGATATTTATTCAAATAGTC-AAGACTAATTGATCTAATTCGGTAAACATATTTATTT
186 TGT-AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA-ACTATTTGAACT-ATTCAGCAAATAAATTTATTT
** * * * * *
51361 TTTAAAAT-TTTTAGCTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATA
248 TTT-AAATCTTTTATTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * * *
51424 AGCTTGTATGAATAGAAACT-ATTGTTTTAT-AGCAGAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAA
311 AGCTTGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
51487 ATAATTACTTAAATAGTCATACATATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC
374 ATAATT-GTTCAATAATCATA-ATATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
51550 -T-CTTATTAATTTTTGCAATATTATTAGAAT-AGTATT-T-TT-TTT--AACAAACTTATATGA
437 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATCACTATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* ** * * * * * **
51607 ACAAAAGCATTTATTTTATGATAAAAAAAAAGG
501 TCAAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAACA
* ** * * * * *
51640 TCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTATGATAAACA
1 TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTCGAACT-G-ATG--AAAC-
* * * * * *
51705 AAATT-ATTTTTTTAAATCCTTTACATATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT
61 GAGTTCA-CTTTTTAAATCC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT
* *
51768 ATTTTGAATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAAAT-TTTTATGATAAAACAAAAA--C---A-ATTT
123 ATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACTGAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATATTT
* * * * *
51825 GAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAACTATTGGAATTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTT
187 GTAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTA-TTCAGCAAATAAATTTATTTTTT
* * * *
51890 AAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTT
251 AAATCTTTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
51955 GTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTG
316 GTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
52020 TTCAAATAATCATAATTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCATACTTA
381 TTC-AATAATCATAA-TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
52085 TTAATTTTTGAAAGT-TTAATAAATCAGTA-TATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAA
444 TTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATCACTATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAA
52148 TAATTGTTCTATGAC-AAACAAAAGCA
508 TAATTGTTCTATGACAAAACAAAA-CA
*
52174 TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTA-TCTGAA-T-A-G-AACG-GA
1 TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTC-GAACTGATGAAACGAG-
*
52233 TTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTCTTTT
64 TTCACTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* *
52297 GAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTAA
128 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGTAA
* * * * *
52362 TAGATAATTGTTCATATGGTTTTAACTGTTTAAACTACTTCAGCAAATAAATTTATATTTTAAAT
191 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTA-TTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
52427 CTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATA
255 CTTTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA
** * * * * *
52491 TGAACTGAAATAATTATTTTATAACAGAATAAAAAGTTATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTC
319 TGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
52556 ---AA--AT-A-A---GAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAAT
384 AATAATCATAATATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * *
52611 TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTCTTTTATTTCTAATAGGCTTGTATGGTGAAAAATAATTG
449 TTTTGAAATATTAATAAATCACTATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAATAATTG
* **
52676 TTTTATGACAAAACAAAATT
514 TTCTATGACAAAACAAAACA
** * * *
52696 TTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTCGAACTGATTCGATAAACT
1 TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTCGAACTGA-T-G--AAACG
* * * * * *
52761 AGTTTATTTTTTAAATGTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
62 AGTTCACTTTTTAAAT-CCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
52826 TTGAATAAACTTTTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGGGTCATATTTATTT
126 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAA--GTCATA-ATATTT
* * * **
52890 -TAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAATTAAA-AAATTTATTTT
187 GT-AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TATTC-AGCAAATAAATTTATTTT
* * * * * * * *
52953 TTAAAATTTTTTGTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATAATTTTATTTCAAATAAG
249 TT-AAATCTTTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* *
53018 CTTGTATGAATTAAAAA-AATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
313 CTTGTATGAA-CAAAAATAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *
53081 AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
376 AATTGTTC-AATAATCATAA-TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
53146 ACTTA-TAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGC-AATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAA
439 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATCA-CTATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATG-A
* * *
53208 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
501 TCAAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAA
53237 GATCATAACG
Statistics
Matches: 1710, Mismatches: 314, Indels: 215
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
520 1 0.00
521 60 0.04
522 83 0.05
523 12 0.01
524 36 0.02
525 54 0.03
526 210 0.12
527 5 0.00
528 4 0.00
529 8 0.00
530 73 0.04
531 61 0.04
532 61 0.04
533 305 0.18
534 77 0.05
535 86 0.05
536 66 0.04
537 9 0.01
539 5 0.00
540 2 0.00
541 25 0.01
542 9 0.01
543 119 0.07
544 96 0.06
545 232 0.14
546 11 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTCGAACTGATGAAACGAGTT
CACTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTGTATGAACTGAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATATTTGTAATAGAT
AATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTATTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
TTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
AAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAATC
ATAATATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATCACTATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAATAATTGTTCTATG
ACAAAACAAAACA
Found at i:52709 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 52406--52728 Score: 400
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
52396 CTACTTCAGC
** * *
52406 AAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATT
* *
52471 TTATTCTAAATAAACTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAACAGAATAAAAAGTTATAAGGA
66 TTATTCTAAATAAACTTATATG-ACTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAAGGA
52536 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAGAACTAGTTTGGT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAGAACTAGTTTGGT
* * * *
52575 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTACTATTCT
1 AAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTACTATTAT
** * * * * ** *
52639 TTTATTTCT-AATAGGCTTGTATG-GTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTGTAA
65 TTTA-TTCTAAATAAACTTATATGACTG--AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAA
*
52702 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
127 GGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
52729 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 20, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.02
168 1 0.01
169 123 0.95
170 4 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (168 bp):
AAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATT
TTATTCTAAATAAACTTATATGACTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAAGGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAGAACTAGTTTGGT
Found at i:53675 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 53239--54867 Score: 1306
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 180
53229 AAAACAAAGA
* * * *
53239 TCATAACGATTTGAACTAGTTC-GATTAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * ** *
53299 TGAAATATTAA-AAA--ATTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTT
65 TGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* ** * * *
53360 TTATAACAATGCAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAATA-
128 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG
* ***
53412 -CATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * ** *
53476 AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTT
66 -GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
53541 ATGATAGAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG
130 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
53592 TCATAACTATTTAAACTCGCTCGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** * * *
53657 GAAAATGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGATTT
66 GAAAAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * *
53722 ATGACAAAA-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAAATCA-TCAAATAG
130 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAT-AATTATTCAAATAG
* * * *
53771 TCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATCTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTT
* * * * *
53834 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTTTT
65 TGAAAATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
53897 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
128 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
53950 TCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * *
54015 GAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTT
66 GAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
54078 TATTACAAAACAAAATG-TCACAATGATTTAAAATAGATAACTATTCACATAG
129 TATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * *
54130 TCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTTTGACTTATT-ATTTGT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-T
* * * * *
54194 TAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACAATTGTT
65 TGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
* * *
54258 TTATGACAAAATAAAA-AGTCATGACAATTTAAAATAAA-AACTTATTCAAATAG
128 TTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAA-TTATTCAAATAG
** * * * * *
54311 TCATAAAGATTTGAACTTATTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTGTTAATTGTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-
* * * * * * **
54376 TT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAGTAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAAATCAT
64 TTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGT
* * * * * * * *
54440 TTTATGAGAAAATAGAAGATTATAGCGATTTCAAATAAATAATTATTGAAATAG
127 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
54494 TTATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * * * *
54559 GGAATATTAATAACTTAGTATTATTCTAATTCAAATAATTTTATGTGAACTA-AAATAATTTTTT
66 -GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
54623 TATCACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AGTTATTAAATCAAATAG
129 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAG
** * * ** * * *
54675 TCATGGCTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAACTTATTAATTAT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTT
** * * * * * *
54739 CAAAATATTAACAAACTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTT
65 TGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
54804 TATAATAGAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTCCTT-AAATAC
129 TATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAG
*
54856 TTATAACTATTT
1 TCATAACTATTT
54868 AAATTGGTTT
Statistics
Matches: 1160, Mismatches: 247, Indels: 90
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 39 0.03
173 1 0.00
176 19 0.02
177 69 0.06
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
Found at i:53976 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 53239--54836 Score: 1369
Period size: 364 Copynumber: 4.4 Consensus size: 358
53229 AAAACAAAGA
* * * * * *
53239 TCATAACGATTTGAACTAGTTCGATTAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTG
1 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
* ** *
53301 AAATATTAA-AAA--ATTATTATTTTATTCTT-AATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTT
66 AAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGATTT
* * * *
53362 ATAACAATGCAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATA--CATGACTATTTG
129 ATAACAA---AAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATA-TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** *
53424 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTTATAA
190 AACTTGTTCAGAAAATATATCTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
** * * *
53489 A-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAGCAATTGTTTTATGATAGAACA
255 ATTTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
53552 AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG
319 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
53592 TCATAACTATTTAAACTCGCTCGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
* * *
53657 GAAAATGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGATTT
65 GAAAAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGATTT
* *
53722 ATGACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-ATCATCAAATAGTCATAACTATTTGAA
129 ATAACAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAT--TCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
53786 CGTGTTCAGAAAATATATCTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAAT
192 CTTGTTCAGAAAATATATCTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * *
53849 TTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAA
257 TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
53912 AGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
321 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
53950 TCATAACTATTTAAAC-ATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTAAACTA-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTT
** *
54013 TTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATT-A
63 TTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAA-TAGAAACAATTGA
* * * * * *
54075 TTTTATTACAAAACAAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAACTATTCACATAGTCATGACTAT
126 -TTTATAACAAAA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
54140 TTGAACTTGTTCAGTAAACA-AACTTATTTTTTAAATCT-TTGACTTATT-ATTTGTTAAAATAT
187 TTGAACTTGTTCAGAAAATATATC-TATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTT-TTAGAATAT
* * * *
54202 TATTAAA-TTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACAATTGTTTTATGAC
249 TAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
54265 AAAATAAAAAGTCATGACAATTTAAAATA-AAAACTTATTCAAATAG
313 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAG
** * *** *
54311 TCATAAAGATTTGAACTTA-TTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTGTTAATTGT
1 TCATAACTATTTAAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T
* * * * *
54375 CTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAGTAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAAATC
63 -TTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATAAATAG-AAACAATTG
* * * * * * * * * *
54438 ATTTTATGAGAAAATAGAAGATTATAGCGATTTCAAATAAATAATTATTGAAATAGTTATAATTA
125 A-TTTATAACAAAA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
54503 TTTAAACTTGTTCGGTAAACATAT-TC-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATAT
186 TTTGAACTTGTTCAG-AAA-ATATATCTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * ** * * * * *
54566 TAAT-AACTTAGTATTATTCTAATTCAAATAATTTTATGTGAACTA-AAATAATTTTTTTATCAC
249 TAATAAATTTAGTATTATT-TTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
54629 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG-TTATTAAATCAAATAG
313 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAG
** * * * * * * *
54675 TCATGGCTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTAACTTATTAATTATC
1 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTT-ACTTATTAATTTTT
* * * * ** * * *
54740 AAAATATTAACAAACTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTT
65 GAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGATTT
* *
54805 ATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
129 ATAACA-AA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAA
54837 CAAATAATTC
Statistics
Matches: 1009, Mismatches: 173, Indels: 117
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
353 37 0.04
356 7 0.01
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358 208 0.21
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365 17 0.02
366 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGATTTAT
AACAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCAGAAAATATATCTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAG
TATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
Found at i:55429 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 54917--56597 Score: 1181
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 181
54907 AACAAACTTA
** * ** ** *
54917 TATGAACAAAAACATTTATTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * *
54982 TCAAATAGTTATCATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
55047 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAG
131 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * *
55098 TATGAATTGAAA-ATTTTATTTTATCG-TAAAAC--AA----A-AATGATTTAAAATAGATAATT
1 TATGAACTGAAACA-ATTATTTTAT-GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
55154 ATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTT
64 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
55219 ATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTG
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
55272 TATGAACGGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGT
1 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * *
55337 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTTGGTGAATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTCAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
55402 TAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTA
131 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
** ** ** * * ** * ** *
55453 TCCGGTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG-CAATGACAATTTGAAATAGATAACTA
1 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * ** * *
55517 TTGAAAT-GACCATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAGATTCACCTTTTAAATCACTTAAT
65 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
55580 TATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTG
128 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * ** * *
55634 TATGAATTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAACGGTCATAA-GATTTTCAATAGACAATCAT
1 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * **
55698 TCAAATAATCATAAGTATTTGAATTTGATTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
55762 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG--TTA---T-TTT-GGATAAGCTTT
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * *
55807 TATGAAATGAAACAATTGTTTTAT-TTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTG-TATA-ATTAA-
1 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGA-TAAT
* * * ** * * * *
55868 CAGCTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAATTTCTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTT
63 TA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTT
* * **
55932 ACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTA-TGCAGAATAAGAATG
125 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * ** * *
55989 TAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACCAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTA
1 TATGA-ACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * * *
56053 TTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC-AGATTTGGCAAATAACTTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ** * *
56113 ATTAATTATTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTC
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTG
** * * * * **
56166 TATGATA-AAAAAGAATTATTTTAACGATAAAAC-AAAGATCTTAATGACGT-AAGATTA-ATAA
1 TATGA-ACTGAAACAATTATTTT-ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-A-TAGATAA
* ** * *
56227 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCCCTTAC
62 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
56292 TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
127 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * **
56347 TATG-ACTAAAAACAATTATTTTATGATAAAATAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCG
1 TATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * *
56411 TTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * * * *
56475 GTT-ATGTTAGGAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTA
129 ATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTG
* * * * * * * * * *
56528 TATTAACTTAAACAATT-GTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGT
1 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
56592 TCAAAT
66 TCAAAT
56598 GGTAAATAAA
Statistics
Matches: 1160, Mismatches: 272, Indels: 137
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
173 77 0.07
174 155 0.13
175 29 0.03
176 23 0.02
177 113 0.10
178 15 0.01
179 5 0.00
180 144 0.12
181 496 0.43
182 68 0.06
183 29 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
Found at i:55916 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 55616--55932 Score: 372
Period size: 173 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
55606 TAGTATTATT
* * *
55616 TTATTTTGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAACGGTCATAAGAT
1 TTATTTTGAATAAACTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAT
* * *
55681 TTTCAATAGACAATCATTCAAATAATCATAAGTATTTGAATTTGATTGGTAAAAAAATTTATTTT
66 TTTCAATAGACAATCACTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGATTGATAAAAAAATTTATTTT
*
55746 TTTAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
131 TTCAAA-TCTT-TTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
* * * * **
55789 TTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATTTCAAAACAAAAGGTCATAATGA
1 TTATTTTGAATAAACTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GA
** * * * * *
55854 TTTTGTATA-ATTAA-CAGCTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAATTT-CTTCGATAAACAGATTTA
65 TTTTCAATAGA-CAATCA-CTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGATT-GATAAAAAAATTTA
55915 TTTTTTCAAATCTTTTTA
127 TTTTTTCAAATCTTTTTA
55933 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 20, Indels: 10
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.03
172 6 0.05
173 88 0.73
174 22 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TTATTTTGAATAAACTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAT
TTTCAATAGACAATCACTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGATTGATAAAAAAATTTATTTT
TTCAAATCTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
Found at i:56922 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 56600--57494 Score: 547
Period size: 181 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
56590 GTTCAAATGG
* * ** *** ** * * *
56600 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTCGTTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTATTATTAA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * ** * *
56665 TTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAGCTATTGTTTTATAACTAAACAAAATATTAGAAC
66 TTTATTTC-GAATAAACTTGTACGAAC-AAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * *
56729 AATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGC
* * *
56781 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTTAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA-TTAAATTAGTATTA
* * * *
56846 TTTTA-ATCAGAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTGCGACAAAAGAAAAGGTTATAAT
65 TTTTATTTC-GAATAAACTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * *
56910 GATTTAAAATAGATAATCGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAGC-AAGTT-C
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGC
* * * ** * * * *
56960 AACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAATTTTCAGAATATTGTTAGATTATTATT
1 TA-AA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATT
* * * * * * * *
57025 ATTTTATTTCGATTAAAATAGTATGAATAGAACCAATT-ATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATA
64 ATTTTATTTCGAATAAACTTGTACGAACA-AAACAATTGTTTTG-TGACAAAACAAAAGGTTATA
** * * ** ** *
57089 ACAATTTGAAATAGGA-AAGTATTCAAATAGTCAAAACTATTTG-ACATGGTTTGT
127 ATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAATTTGC
* * * * * *
57143 TAAATAGATTTACTTTTTAAATGTCTTACTAATTGATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * * * *
57208 TTTATTTCGAATAAACTTAT-CTTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT
66 TTTATTTCGAATAAACTTGTAC-GAAC-AAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * ** **
57272 GGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAAATATTT-AAGCT-GGTTAA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAA-CTAATTTGC
* * * * ** * * *
57323 TAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTCATAAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTTTTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
** * ** * * * * * * * **
57388 CCTATTTCTAATACGCTTTTA-TAAGCTGAAATAATTTTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAGC
66 TTTATTTCGAATAAACTTGTACGAA-C-AAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * *
57451 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
57495 AAAAAGTCAT
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 143, Indels: 44
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 51 0.09
180 134 0.24
181 317 0.58
182 47 0.09
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAACTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGC
Found at i:57079 original size:699 final size:698
Alignment explanation
Indices: 55910--57297 Score: 1464
Period size: 699 Copynumber: 2.0 Consensus size: 698
55900 CGATAAACAG
* * * *
55910 ATTTATTTTTTCAAATCTTTTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAGATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTTACTCATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTTAGATTATTTAAT
* * ** *
55975 GCAGAATAAGAATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACCAAACAAAAGGTTAGAATGATTTG
66 GCAGAATAAGAATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATAACCAAACAAAAGATTAGAACAATTTC
* * * * *
56040 AAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACAGATTTGGCAAATAACTTTCTTTTTTA
131 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACAGATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTA
* *
56105 AATCTCTTATTAATTATTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTATG
196 AATCTCTTATTAATTATTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTACG
* * * * * *
56170 ATAAAAAAGAATTATTTTAACGATAAAACAAAGATCTTAATGACGTAAGATTAATAATTATTCAA
261 ATAAAAAACAATTATTTTAACGACAAAAAAAAGATCTTAATGACGTAAGAATAATAATCACTCAA
** * * *
56235 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAAT
326 ATAGTCATAACTATTTGAACAAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAAT
* * ** * *
56300 TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACTAAAAACAATTA
391 TTTAGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAATAAAAACAATTA
* * * ** * * * *
56365 TTTTATGATAAAATAAATGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAA-TCGTTCAAATGGCCATAATT
456 TTTGATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGA-AAGT-ATTCAAATAGCCAAAACT
* * * ** *
56428 ATTTTA-ATTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTGTT-ATGTTAGGAAATA
519 ATTTGACA-TGATTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATGTCTTACTAATTGAT-TTACGAAATA
* * **
56491 TTAATAAATTAGTAGTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTATATTAACTTAAACAATTG-TTTATGAC
582 TTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCCA-ATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
56554 AAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAAATAA
646 AAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAAATAA
* *
56607 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTT-CTCGTTAATTTTTTGAATGCTAATAAA-TTATTATTAATTTA
1 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTTACTCATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTTA-GATT-ATTTA
* ** * * * * * * *
56669 AT-CTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAGCTATTGTTTTATAACTAAACAAAATATTAGAACAAT
64 ATGCAGAATAAGAATGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATAACCAAACAAAAGATTAGAACAAT
* *
56732 TTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTA-ATTTGGTAAACAAATTTATTT
128 TTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAC-AGATTTGGCAAACAAATTTATTT
*
56796 TTTAAATCCCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTATTTAAATTAGTATTA-TTTTAATCAGAAT
192 TTTAAAT--C-T-CTTATTAATTATT-AAAATATTA-TTAAATTAGTATTATTTTTAACCA-AAT
* * * * * **
56859 AAGCTTGTACGA-ACAAAACAATTGTTTT-GCGACAAAAGAAAAGGT-TATAATGATTTAA-AAT
250 AAGCTTCTACGATAAAAAACAATTATTTTAACGACAAAA-AAAAGATCT-TAATGACGTAAGAAT
* * * * ** * *
56920 AGATAATCGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAGCAAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTT
313 A-ATAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* ** *** * * *
56985 TCTTGGTTATTAATTTTCAG-AATATTGTTAGATTATTATTATTTTATTTCGATTAAAATAGTAT
377 CCTTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTAT
* * *
57049 GAATAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGAAAGTATTCA
441 GAATAAAAACAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGAAAGTATTCA
* * * * *
57114 AATAGTCAAAACTATTTGACATGGTTTGTTAAATAGATTTACTTTTTAAATGTCTTACTAATTGA
506 AATAGCCAAAACTATTTGACATGATTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATGTCTTACTAATTGA
* * * * *
57179 TTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATCTTAACAAAAACAATT
571 TTTACGAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCCAATAAACTTATATTAACAAAAACAATT
* * *
57244 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
636 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAAT
57298 AGTTATAAAT
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 111, Indels: 39
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
694 4 0.01
695 133 0.24
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697 12 0.02
698 14 0.03
699 297 0.53
700 83 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (698 bp):
ATTTATTTTTTCAAATCTCTTTACTCATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTTAGATTATTTAAT
GCAGAATAAGAATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATAACCAAACAAAAGATTAGAACAATTTC
AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACAGATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTA
AATCTCTTATTAATTATTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTACG
ATAAAAAACAATTATTTTAACGACAAAAAAAAGATCTTAATGACGTAAGAATAATAATCACTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACAAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAAT
TTTAGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAATAAAAACAATTA
TTTGATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGAAAGTATTCAAATAGCCAAAACTAT
TTGACATGATTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATGTCTTACTAATTGATTTACGAAATATTAA
TAAATTAGTAGTATTTTATTTCCAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAAATAA
Found at i:57551 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 57365--57648 Score: 366
Period size: 157 Copynumber: 1.8 Consensus size: 157
57355 TAAATTTTTG
* * *
57365 AAATGTTAATAAATTAGTTTTATCCTATTTCT-AATACGCTTTTAT-AAGCTGAAATA-ATTT-T
1 AAATGTTAATAAATTAGTATTATCCTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CT-AAA-ACATTTAT
* * *
57426 TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAGCA-ATTTGAAATAAATAATTGTTC-ATATAGTCTTAACTA
62 TATATGACTAAACAAAAGGT--TAGAAGATTTGAAATAAATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTA
57488 TTTGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
124 TTTGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
**
57522 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACATTTATTATA
1 AAATGTTAATAAATTAGTATTATCCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACATTTATTATA
*
57587 TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
66 TGACTAAACAAAAGGTTAGAA-GATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
57649 AAACTGGTTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 9, Indels: 15
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.01
156 12 0.11
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158 48 0.44
159 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
AAATGTTAATAAATTAGTATTATCCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACATTTATTATA
TGACTAAACAAAAGGTTAGAAGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
Found at i:58243 original size:880 final size:879
Alignment explanation
Indices: 56643--58267 Score: 1838
Period size: 880 Copynumber: 1.8 Consensus size: 879
56633 TAATTTTTTG
* * *
56643 AATGCTAATAAATTATTATTAATTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAGCTATTGTTTTAT
1 AATGCTAATAAATTAGTATTAATTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACTATTGTTTTAT
* * *
56708 AACTAAACAAAATATTAGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAC
66 AACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAAC
* *
56773 TAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTTAAAT
131 TAATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTTAAAT
* * *
56838 TAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTGTTTTGCGACAAAAGAAAAGG
195 TAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTACGAACAAAACAACTGTTTTACGACAAAAGAAAAGA
* * * * **
56903 TTATAATGATTTAAAATAGATAATCGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAGCAAGTTCAACAATTA
260 TAATAATGATTTAAAATAGATAATCGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCAAGTTCAACAAACA
* * * * * ** * * **
56968 GATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAATTTTCAGAATATTGTTAGATTATTATTATTTTATT
325 GATTTATTTTTGAATTCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAAGTAGCATTATTTTATT
* * * * * * *
57033 TCGATTAAAATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGA
390 TCAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATCATTTGATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGA
* * * *
57098 AATAGGAAAGTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGACATGGTTTGTTAAATAGATTTACTTTTTAA
455 AATAGGAAAGTATTAAAAAAGTCAAAACTATTTGACATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAA
* *
57163 ATGTCTTACTAATTGATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTAT
520 ATGTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTAT
* * * * *
57228 CTTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGGTTTGAAATAGATAATTGTT
585 ATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
57293 CAAATAGTTATAAATATTTAAGCTGGTTAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTCATAA
650 CAAATAGTTATAAATATTTAAGCTAGTTAACAAACACAATTATTTTCTAAATCTCTTACTCATAA
* *
57358 ATTTTT-GAAATGTTAATAAATTAGTTTTATCCTATTTCTAATACGCTTTTATAAGCTGAAATAA
715 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATCCTATTTCTAATACGCTTTTATAAGCTGAAATAA
57422 TTTTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
779 TTTTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
57487 ATTTGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATA
844 ATTTGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATA
* * * *
57523 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-ATT-TATTAT
1 AATGCTAATAAATTAGTATTAATTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACTATTGT-TT-T
* * ** * *
57586 ATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAA
64 ATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAA
** * *
57651 ACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTA-TTAAA
129 ACTAATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTTAAA
* * * * * * *
57712 TTAGTATTATTTGT-ATCCGAATAAGCTT-TGATGATCAGAAATAACTGTTTTATGAGAAAA-TA
194 TTAGTATTATTT-TAATCAGAATAAGCTTGT-ACGAACA-AAACAACTGTTTTACGACAAAAGAA
* * * * * ***
57774 AAGATAATAATGATTTAATATTGATATTTGCTCAAATATTCATAACTATTTAATTGA-TTCAA-A
256 AAGATAATAATGATTTAAAATAGATAATCGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCAAGTTCAACA
*
57837 AACA-ATTTTAGTTTTTGAA-TCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAAGTAGCATTAT
321 AACAGA-TTTA-TTTTTGAATTCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAAGTAGCATTAT
* ** * * *
57900 TTTATTTCAAATAAATTTTTATGAACTA-AAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAAT
384 TTTATTTCAAATAAAATAGTATGAA-TAGAAACAATCATTTGATGACAAAACAAAAGCTCATAAC
* * * *
57964 AACTTT-AAATAGTTAGAATGATTGT-TTAAAAAAGTC-AAATTTTTTGA-ACGTTTTTGGTAAA
448 AA-TTTGAAATAG---GAA--A--GTATTAAAAAAGTCAAAACTATTTGACATG-GTTTGGTAAA
* * * * * *
58025 CAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTCATTAATTTT-TCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
504 CAGATTTA-CTTTTTAAATGTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
58089 TA-TTCTAAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGCTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGA
567 TATTTC-AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTAAGAATGA
* * * *
58153 TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTGTCT-TAACTATTTGAA-CTAGTTCAACAAACACATTTAT
631 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAAATATTT-AAGCTAGTT-AACAAACACAATTAT
* * * * *
58216 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
693 TTTCTAAATCTCTTACTCATAAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
58268 TTTAATTCAA
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 114, Indels: 48
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
872 1 0.00
873 96 0.16
874 18 0.03
875 80 0.13
876 42 0.07
877 3 0.00
878 31 0.05
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880 190 0.31
881 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (879 bp):
AATGCTAATAAATTAGTATTAATTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACTATTGTTTTAT
AACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAAC
TAATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTTAAATT
AGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTACGAACAAAACAACTGTTTTACGACAAAAGAAAAGAT
AATAATGATTTAAAATAGATAATCGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCAAGTTCAACAAACAG
ATTTATTTTTGAATTCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTT
CAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATCATTTGATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAA
ATAGGAAAGTATTAAAAAAGTCAAAACTATTTGACATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAA
TGTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATA
TGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTTATAAATATTTAAGCTAGTTAACAAACACAATTATTTTCTAAATCTCTTACTCATAAA
TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCCTATTTCTAATACGCTTTTATAAGCTGAAATAATT
TTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
TTGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATA
Found at i:58654 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 57527--59803 Score: 1721
Period size: 181 Copynumber: 12.7 Consensus size: 180
57517 TAAATAAATG
** * * *
57527 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACATTTATTATATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
57591 TAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGG
65 AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
57656 TTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA
129 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
57704 TTATTAAATTAGTATTATTTGTA-TCCGAATAAGCTT-TGATG-ATCAGAAATAACTGTTTTATG
1 TTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
57766 AGAAAA-TAAAGATAATAATGATTT-AATATTGATATTTGCTCAAATATTCATAACTATTT-AA-
63 ACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
57827 TTGATTCA-AAAACA-ATTTTAGTTTTTGAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAAGA
126 TTG-TTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * ** * *
57882 TTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTATGAACTA-AAACAATCGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * * *
57946 AAAACAAAAGCTCATAATAACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTTAAAAAAGTCA-AATTTTTTG
65 AAAACAAAAG-TCATAACGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * *
58010 AACGTT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGCTCATTAATTTTTCGAATG
123 AAC-TTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
58069 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGCTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
58132 CTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTGTCTTAACTATTTGAACTA
64 CAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** *
58197 GTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
58250 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
58315 AAA-TAAAGATCATAACG-TTTTAAGATAGATAA---TT---AT--TCAAAACTATTTAAACTAT
66 AAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T
* * * * * * *
58370 TTTGA-AAAAAAGATTTAGTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * * * * * * *
58418 TTAATATGTTAGCATTATTTTA-ATCTAAATAA-TTTTTCATGAATAGAAAAAATTATTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
58481 CAAAA-AAATAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT
64 CAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *** *
58545 GTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATAATTTTTAGAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * * * *
58598 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATGTGAATAGAAACAATTATTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
58663 AAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTCGT
66 AAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
58728 TCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATT
130 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * **
58779 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGCTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
58844 AAATAAAAAGTTATAACAATCTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AGTGTG
66 AAA-CAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
* * * *
58908 TTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-C-TTTACTTATTAA-TTTTGGAATA
129 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
58957 TTAATTAATTTA-TATTATTTTACTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGA
1 TTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
59020 CAAAAGAAATGGTCATAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTTACATAATCATAACTATTTGAACAT
64 CAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
59085 ATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
59138 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAGATAAAC-TGATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGCTTG-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
59201 TAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATATTCATGACTATTTGAACTT
64 CAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
59266 GTTTAGTAAAC--ATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATT--TTTTGTAGAAATA
128 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAG-AATA
* * * * * * * *
59318 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTATATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * **
59383 AAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGT
66 AAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
59448 TCAGTGAGCATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATA
130 TCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATA
* * * * **
59500 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAAATCATTTTATG
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
59564 ACAAAATAAAATGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACT
63 ACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * *
59629 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
127 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * ** ** * * *
59683 TTAATAGCTTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTAG-ATTAATTGAAATAATT-TTTTAATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGA
* * * * *
59746 CAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTTAAATAGTTATGACTATT
64 CAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
59804 GGATTTGTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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173 4 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:58717 original size:529 final size:528
Alignment explanation
Indices: 57527--59803 Score: 1685
Period size: 529 Copynumber: 4.2 Consensus size: 528
57517 TAAATAAATG
** * * * *
57527 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACATTTATTATATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACT
* * * * *
57592 AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGT
66 AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * *
57657 TTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTA
131 TCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * ** * * *
57718 TTATTTGTATCCGAATAAGCTT-TGATGATCAGAAATAACTGTTTTATGAGAAAATAAAGATAAT
196 TTATTT-TATTCAAATAAGCTTGT-ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATAAT
* * * * *
57782 AATGATTTAATATTGATATTTGCTCAAATATTCATAACTATTTAATTGATTCAAAAACAATTTTA
259 AACGTTTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTT-ATTGA-T-AAAAA-AA-TTTA
* * * * *
57847 GTTTTTGAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAAG-TAGCATTATTTTATTTCAAA
318 G-TTTT-AAACTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATGTTAGCATTATTTTAATTCAAA
* * *
57911 TAAATTTTT-ATGAACTAAAACAATCGTTTTATGACAAAACAAA-AGCTCATAATAACTTTAAAT
380 T-AATTTTTCATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAATGA-TTTGAA-
* * * * * **
57974 AGTTAGAATGATTGTTTAAAAAAGTCA-AATTTTTTGAACGTTTTTGGTAAACAGATTTATTTTT
440 A--TA-AATAATTG-TT-AAAATGACATAACTATTTGAAC-TTTTCAGTAAACAGATTTA-TTTT
* * * *
58038 TTAAATTTCTTGCTCATTAATTTTTCGAATG
498 TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * **
58069 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGCTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
58133 TAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTGTCTTAACTATTTGAACTAG
65 TAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* *
58198 TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGT
130 TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* *
58263 ATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCAT
195 ATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATAAT
* *
58328 AACGTTTTAAGATAGATAATTATTCAAAACTATTTA-AACTA-TT-TTGA-AAAAAAGATTTAGT
259 AACGTTTTAA-ATAGATAATTGTTC-AAA-TATTCATAACTATTTATTGATAAAAAA-ATTTAGT
*
58389 TTTAAAATCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-ATGTTAGCATTATTTTAA-TCTAAATAAT
320 TTTAAACTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATGTTAGCATTATTTTAATTC-AAATAAT
* * * *
58451 TTTTCATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAA-AAATAGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
384 TTTTCATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * * **
58515 TAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
448 TTGTTAAAAT-GACATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
58580 TTAATAATTTTTAGAATA
511 TCATTAATTTTTAGAATA
* *
58598 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATGTGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * *
58661 TAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTC
65 T-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
*** * * *
58726 GTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAG
129 GTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * ** * *
58791 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAATAAAAAGTT
194 TATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TA
* * * * *
58856 ATAACAATCTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTGTGTTTAGAAAACATA
257 ATAAC-GTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTT-A-T-TG-ATA-AAAA-A-A
* * ** * * *
58921 TTTATTTTTTAAACTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATTAAT-TTA-TATTATTTTACTTG
314 TTTA-GTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAATGTTAGCATTATTTTAATTC
** * * * * * *
58983 AAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAATGGTCATAATGTTTTGAGA
377 AAATAATTTTTCATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
59048 TAGATAATTGTTTACATAATCATAACTATTTGAACATATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAATT
441 TAAATAATTGTTAAAATGA-CATAACTATTTGAAC-TTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
59113 CTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
504 CTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * *
59138 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAGATAAACTGATATGAA-TGGAAACAATTGTTTTATTA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAACTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTATGA
* * * *
59201 -TAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATATTCATGACTATTTGAACT
64 CT-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
59265 TGTT-TAGTAA-ACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATT--TTTTGTAGAAATATTAATAAA
128 AGTTCAACAAACACATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TA-AAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
59326 TTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTATATGATAAAACAAAA
190 TTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG
* * * * * ** * *
59391 AGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAGTGAG
254 A-TAATAAC-GTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTT--A-TTG---A-TAAA
* * * * *
59456 CATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAAT-TTA-TATTA
310 AAAATTTA-GTTTT-AAA-C-TCTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAAT-AATGTTAGCATTA
* * * * * * ** * *
59517 TTTTATTTGAAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAATAAA-ATGTTA
368 TTTTAATTCAAATAA-TTTTTCATG---AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCA
*** * * * * * * * **
59580 TAGCAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGAT
428 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAAT-GACATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAGAT
* * *
59645 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
491 TTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
** * ** ** * * * * *
59683 TTAATAGCTTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTAGATTAATTGAAATAATT-TTTTAATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTT-ATGAC
* * * * * * * *
59747 AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTTAAATAGTTATGACTATT
65 TAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
59804 GGATTTGTAG
Statistics
Matches: 1419, Mismatches: 245, Indels: 139
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
528 13 0.01
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531 6 0.00
533 2 0.00
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547 9 0.01
548 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (528 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACT
AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
TCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATAATAA
CGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTATTGATAAAAAAATTTAGTTTTAAA
CTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATGTTAGCATTATTTTAATTCAAATAATTTTTCAT
GAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAA
ATGACATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTT
TTAGAATA
Found at i:59074 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 57527--59791 Score: 1757
Period size: 359 Copynumber: 6.3 Consensus size: 360
57517 TAAATAAATG
** * *
57527 TTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACATTTATTATATGAC
1 TTAATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * *
57591 TAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTAAACTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAATCATAACTATTTGAACT-
* * *
57655 GTT-TAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTA
128 GTTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
** * * * * *
57715 GTATTATTTGTA-TCCGAATAAGCTTTGATG-ATCAGAAATAACTGTTTTATGAGAAAATAAAGA
192 GTATTATTT-TATTCTAAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAA
* * * * * *
57778 -TAATAATGATTT-AATATTGATATTTGCTCAAATATTCATAACTATTT-AA-TTGATTCAAAAA
255 GTTATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAA
* * * * *
57839 CA-ATTTTAGTTTTTGAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAAGA
318 CAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * ** * **
57882 TTAA-TAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTATGAACTAAAACAATCGTTTTATGAC
1 TTAATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGAC
* ** * * * * *
57946 AAAACAAAAGCTCATAATAACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTTAAAAAAGTCA-AATTTTTTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTGTTTAAATAA-TCATAACTATTTG
* * * ** *
58010 AAC-GTTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTAA
124 AACTG-TTCT-GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * *
58073 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGCTTTATGACTAAA
185 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
58137 CAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATTGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCA
249 TAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* *
58202 ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
314 A-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* *
58250 TT-ATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGGAACAATTGTTTTATGA
1 TTAATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA--AACAATTATTTTATGA
* * * * *
58313 CAAAA-TAAAGATCATAACG-TTTTAAGATAGATAA----TT--AT--TCAAAACTATTTAAACT
64 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACT
* * * * * * **
58368 ATTTTGAAAAAAAGATTTAGTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATGTTA
128 GTTCTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
58429 GCATTATTTTAATCTAAATAA-TTTTTCATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAA-AAATAG
192 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTT-ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG
* * * * * * * *
58492 TCATAACGATTTGAAATAAATAATAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATA
256 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-AAACA
** *
58557 GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATAATTTTTAGAATA
320 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * * * *
58598 TTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATGTGAATAGAAACAATTATTTTATGAT
1 TTAATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTATTTTATGAC
* * * *
58662 AAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTC
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-ATCATAACTATTTGAACT-
* *
58726 GTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAG
128 GTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
** * **
58791 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAATAAAAAGTT
193 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTT
* * * * *
58856 ATAACAATCTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AGTGTGTTTAGAAAACAT
258 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-AAAACAG
*
58920 ATTTATTTTTTAAA-CT-TTACTTATTAA-TTTTGGAATA
321 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
58957 TTAATTAATTTA-TATTATTTTACTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGAC
1 TTAATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
59021 AAAAGAAATGGTCATAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTTACATAATCATAACTATTTGAACATA
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC-TG
* * * * * * *
59086 TTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
129 TTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * * * * *
59151 ATTATTTTATT-TAAGATAAACTGATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTC
194 ATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTT
* * * * * * * *
59215 ACAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATATTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC--A
258 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAACAGA
*
59278 TATATTTTTGTAAATCT-TGTACTTATT--TTTTGTAGAAATA
322 TTTATTTTT-TAAATCTCT-TACTTATTAATTTT-TAG-AATA
* * * * *
59318 TTAA-TAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTATATGAT
1 TTAATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * **
59382 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC-TG
* * * *
59447 TTCAGTGAGCATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATT
129 TTCTGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-T
* * * **
59510 TA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAATAA
190 TAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATG-A-ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * * ***
59573 AATGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTA
252 AAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAA
* *
59638 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
316 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * ** ** * ** *
59683 TTAA-TAGCTTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTAG-ATTAATTGAAATAATT-TTTTAATG
1 TTAATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-CAAAACAATTATTTT-ATG
* * *
59745 ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTTAAATA
63 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
59792 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1521, Mismatches: 303, Indels: 162
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
348 152 0.10
349 87 0.06
350 7 0.00
353 13 0.01
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357 43 0.03
358 16 0.01
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362 129 0.08
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366 52 0.03
367 25 0.02
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* *
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*
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AT
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* **
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1 AG AG AG AG AG AG
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TA
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*
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108559 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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* * **
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* * *
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* *
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* *
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* *
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1 ATAAATAATATTATA
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1 ATAAA
112457 ATATTAATAA
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1 AAAATATTAATA
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* *
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AAAATATTAATA
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*
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* *
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* * *
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ATATTAATAAATAATATTATAAT
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* * *
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* * * **
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* ** *
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ATATTAATAAAATTATTAATAAATAATATAATATTAATAAATAA
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* * *
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* *
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* *
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* **
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* * *
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* * *
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*
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AATATTAATAAATAAATTATATTAATA
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* *
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* * * *
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*
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AATAAATAATATTATATTAATATTAATAAATAAAGATTATATTAATA
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* *
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* * *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* *
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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1 AT
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ATAAATAATATTATA
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* *
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* * **
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* *
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*
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*
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ATATATTAATAAATAATATTATA
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112411 CATATAAATA
112421 ATATTATATAAATAAATA--AT-AT
1 ATATTA-ATAAATAAATATTATAAT
*
112443 ACTATT-A-AAATAAAATATTAATAAAA
1 A-TATTAATAAAT-AAATATT-AT-AAT
112469 ATATTAATAAAT-AATATTATAAT
1 ATATTAATAAATAAATATTATAAT
* * *
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*
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*
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* *
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* *
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ATATTAATAAATAAATATTATAAT
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* *
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* * * *
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ATATTTTAATAAATATTAAATAATAAATAATATAATAATATATGAATAAATAAT
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* * * * ** *
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* *
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1 TAATAAATA
112820 GTTTTATTTA
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114793 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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AT
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* *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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*
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* *
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*
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* *
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* * * *
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* * * * * **
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*
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* * *
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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*
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*
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** * **
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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* * *
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** * *
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64 TTCAG
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1 ATT
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CAG
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* * * * *
139165 AGATTTGCAAGACATTCAGATTTGCAAAAA-CTTTCAAATTTGTAAGAATTGG
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* * * *
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1 AGATTC
139275 ACAAAGTTTT
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* * * * * *
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* * *
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* *
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Done.