genome.fa.s125.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167950.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_210, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50706

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164--289	46	2.8	43	78	11	112	69	1	11	17	1.25
190--241	19	2.7	19	80	14	54	73	0	5	21	1.04
568--611	17	2.6	17	85	7	63	77	0	11	11	1.00
572--628	29	1.9	29	82	3	69	77	3	12	7	1.10
2148--2202	24	2.3	22	82	14	65	76	3	5	14	1.10
2159--2203	24	2.0	22	91	8	72	75	2	4	17	1.07
2384--2481	45	2.2	44	78	14	103	69	2	9	19	1.26
2518--2570	18	2.9	19	80	8	65	73	0	13	13	1.10
3189--3359	23	7.7	23	63	19	60	49	1	1	47	1.16
3193--3242	20	2.5	21	78	18	61	56	2	0	42	1.11
3625--3657	17	1.9	17	88	11	50	48	0	0	51	1.00
4533--4625	16	6.1	15	69	18	59	45	4	1	49	1.29
5036--5100	14	4.7	13	75	16	51	40	1	1	56	1.18
5331--5389	17	3.2	18	80	9	57	40	5	1	52	1.33
5665--5716	19	2.8	19	82	2	61	42	1	0	55	1.10
6504--6555	19	2.8	17	76	20	59	46	0	0	53	1.00
6514--6564	28	1.9	25	84	15	59	50	0	0	49	1.00
6596--6633	14	2.7	14	84	8	51	39	2	0	57	1.12
7079--7117	17	2.3	17	91	8	62	33	0	0	66	0.92
8232--8287	29	2.0	27	82	6	67	51	5	1	41	1.35
8344--8401	16	3.4	16	78	17	55	51	1	1	44	1.21
8352--8394	14	3.1	14	76	3	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8355--8406	19	2.8	17	85	8	59	55	1	0	42	1.10
8400--8432	15	2.1	16	88	5	50	45	3	3	48	1.33
8410--8475	35	1.9	34	81	9	80	42	1	1	54	1.18
8477--8530	24	2.2	24	78	12	58	55	0	1	42	1.10
8518--8578	25	2.5	24	76	7	59	52	1	3	42	1.27
9176--9209	17	2.1	17	88	5	52	47	5	17	29	1.71
10437--10502	17	4.1	17	69	18	52	45	0	1	53	1.09
10515--10940	180	2.4	181	80	5	445	39	6	11	42	1.67
10979--11011	13	2.8	12	90	9	50	48	0	0	51	1.00
11118--11175	11	5.4	10	77	18	55	55	1	1	41	1.20
11094--11195	22	4.6	22	75	16	86	50	0	0	47	1.14
11603--11696	6	15.2	6	70	19	52	45	2	2	50	1.25
11629--11699	18	3.9	18	77	20	69	47	1	1	49	1.18
11656--11712	17	3.4	17	76	13	55	45	1	0	52	1.11
11658--11705	23	2.2	23	88	7	73	45	2	0	52	1.12
11857--11909	23	2.4	21	78	12	54	52	0	3	43	1.19
12584--12631	25	1.9	25	83	8	62	45	2	2	50	1.25
12665--12703	15	2.5	16	88	12	55	46	0	5	48	1.24
12673--12714	22	2.0	21	86	13	59	47	0	2	50	1.14
12850--12917	25	2.8	24	72	16	59	45	0	0	54	0.99
13103--13136	17	1.9	17	88	5	50	50	5	2	41	1.42
13183--13240	9	6.4	9	72	20	50	51	0	1	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14123--14176	20	2.7	20	80	8	56	53	0	0	46	1.00
14370--14493	13	9.8	13	66	18	57	48	3	3	45	1.34
14454--14510	25	2.3	25	83	16	75	52	0	0	47	1.00
14416--14516	39	2.5	38	80	15	98	48	0	0	49	1.14
14603--14657	22	2.5	22	85	5	67	47	0	3	49	1.19
15629--15673	22	2.0	22	87	8	65	40	2	2	55	1.24
15652--15784	62	2.1	62	78	10	139	46	2	2	48	1.26
15684--15784	31	3.3	31	68	15	75	47	1	0	49	1.19
16503--16561	23	2.4	25	83	5	77	49	3	1	45	1.28
16854--16913	10	6.0	10	74	11	52	50	1	1	46	1.21
16855--16913	21	2.9	20	85	9	75	49	1	1	47	1.21
17119--17175	26	2.2	26	82	14	73	54	3	0	42	1.17
17122--17185	27	2.4	27	79	10	69	54	3	0	42	1.16
17255--17296	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
17310--17363	22	2.5	23	82	8	60	59	0	0	40	0.98
17669--17705	14	2.8	14	84	8	51	56	0	0	43	0.99
19477--19562	18	4.8	18	76	20	65	51	0	1	47	1.08
19521--19569	25	2.1	25	85	11	68	57	2	0	40	1.10
20127--20198	28	2.9	23	75	25	67	48	4	0	47	1.21
21026--21102	27	2.8	27	74	9	66	57	1	2	38	1.21
21219--21261	16	2.9	15	80	13	54	48	0	2	48	1.14
21480--21549	20	3.4	19	71	13	59	42	2	5	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21557--21598	17	2.4	18	84	8	59	35	0	2	61	1.09
22471--22541	19	3.5	19	69	14	52	52	0	4	43	1.20
22684--22733	15	3.3	15	74	23	50	44	2	0	54	1.11
24393--24494	42	2.5	40	80	15	111	43	1	2	51	1.27
25294--25499	7	30.1	7	65	21	64	46	2	0	50	1.18
25293--25498	10	21.2	10	70	16	114	46	2	0	50	1.18
25355--25430	21	3.7	21	76	11	86	44	5	0	50	1.24
25335--25494	23	6.8	23	68	16	89	46	3	0	50	1.17
25886--25960	21	3.7	21	75	12	84	45	5	0	49	1.25
25912--26029	10	11.4	10	75	15	89	49	2	0	48	1.15
25895--26007	41	2.8	41	82	12	142	49	3	0	46	1.18
25953--26030	7	11.1	7	72	15	63	50	1	0	48	1.09
25872--25973	41	2.7	38	84	15	142	44	3	0	51	1.19
26112--26966	180	4.8	177	75	9	682	38	8	9	42	1.69
26149--26798	358	1.8	360	80	6	798	39	8	8	43	1.67
27429--27472	20	2.1	21	84	12	56	45	2	0	52	1.13
27947--27990	16	2.9	15	83	6	54	75	0	2	22	0.92
29087--29255	43	3.9	43	77	12	182	33	17	14	34	1.90
29277--29410	22	6.0	22	78	10	130	35	13	11	39	1.81
29283--29416	46	3.0	46	82	5	159	34	12	11	41	1.80
30456--30498	15	2.9	16	83	10	56	46	4	0	48	1.22
30412--30491	38	2.1	38	81	4	90	42	6	1	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30745--30777	9	3.5	10	92	8	52	42	0	0	57	0.98
30953--30991	19	2.1	18	90	4	60	35	5	5	53	1.45
31079--31121	15	2.9	15	80	16	54	44	0	0	55	0.99
31166--31251	10	7.5	12	69	24	53	48	1	1	48	1.16
31294--31331	20	1.9	20	94	0	67	44	0	7	47	1.32
31446--31500	23	2.4	23	77	14	60	52	1	1	43	1.22
31653--31686	18	1.9	17	88	5	50	41	2	8	47	1.50
32350--32388	19	2.1	18	90	4	60	56	0	0	43	0.99
32669--32719	27	2.0	25	88	7	75	50	1	1	45	1.24
32802--32840	19	2.0	20	85	14	55	66	5	2	25	1.25
34903--35242	182	1.9	182	80	4	409	37	9	11	41	1.74
35387--35853	180	2.6	177	79	6	476	41	8	9	39	1.70
36196--36239	19	2.2	20	88	11	65	36	2	2	59	1.23
36521--36555	18	1.9	18	88	0	52	51	2	2	42	1.31
36617--36692	33	2.5	30	76	19	77	48	1	1	48	1.18
36641--36706	31	2.1	30	83	13	80	50	1	1	46	1.20
36773--36838	22	3.0	22	82	6	80	54	0	0	45	0.99
36872--36930	21	2.7	21	84	5	73	45	5	3	45	1.42
36913--36958	17	2.8	16	78	15	58	52	0	4	43	1.21
37036--37061	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
37186--37219	13	2.6	13	90	0	50	52	2	0	44	1.16
37161--37234	26	2.7	27	76	12	71	44	4	1	50	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37264--37313	23	2.2	22	82	3	55	46	4	0	50	1.20
37442--37490	23	2.1	24	84	3	64	38	6	2	53	1.38
37449--37494	23	2.0	23	87	8	67	39	4	2	54	1.32
37631--37730	46	2.2	43	79	13	96	54	2	1	43	1.18
37603--37701	46	2.2	45	81	15	107	52	2	0	45	1.12
38688--38794	17	6.2	17	64	28	57	48	0	0	51	1.00
38675--38779	34	3.0	33	73	13	95	48	0	0	51	1.00
38699--38801	13	8.3	13	68	20	51	50	0	0	49	1.00
38677--38801	42	2.9	42	71	13	110	48	0	0	51	1.00
38743--38803	25	2.4	25	84	10	72	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2