genome.fa.s128.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167953.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_213, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50268

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
529--562	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
1175--2985	293	6.0	295	69	19	1153	43	8	7	40	1.65
2979--3019	17	2.4	18	80	12	50	60	2	0	36	1.10
3914--3955	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
4022--4066	18	2.5	18	85	7	65	66	0	0	33	0.92
4010--4083	27	2.7	28	78	16	75	58	1	1	39	1.15
4022--4072	18	2.8	18	75	16	52	62	0	0	37	0.95
5149--5181	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
5606--5647	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
6966--7007	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
7271--7320	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
8597--8638	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
9519--9559	16	2.4	18	84	12	59	60	2	0	36	1.10
9631--9669	19	2.1	19	85	0	51	61	2	2	33	1.23
9822--9868	14	3.1	15	77	22	53	48	2	0	48	1.13
10754--10786	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
10827--11131	156	1.9	155	84	5	389	42	8	8	39	1.67
11187--11228	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
12206--12238	18	1.9	17	88	11	50	51	3	9	36	1.49
12279--12573	156	1.9	158	87	2	443	42	8	9	40	1.66
12639--12680	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
12958--13392	173	2.5	176	76	7	407	39	11	8	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13981--14022	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
14032--14056	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14263--14305	10	4.1	10	78	21	52	46	2	0	51	1.13
15188--15220	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
15166--15583	180	2.3	180	80	4	463	41	10	9	39	1.70
15644--15685	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
16330--16454	66	1.9	65	83	4	162	32	14	6	46	1.70
17002--17043	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
17115--17154	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
17303--17352	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
18240--18272	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
18233--18635	180	2.3	180	82	4	467	41	9	8	40	1.69
18696--18737	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
20051--20092	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
20801--21232	174	2.5	174	79	6	444	41	10	9	38	1.72
22647--22688	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
23583--23624	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
23696--23735	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
23884--23933	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
24819--24851	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
24698--25215	177	2.9	178	82	5	562	40	9	9	40	1.70
24777--25215	180	2.5	177	84	3	531	42	9	9	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25276--25317	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
25595--26029	173	2.5	176	77	7	427	39	12	8	40	1.72
26633--26674	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
27567--27608	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
27870--27916	14	3.1	15	77	22	53	48	2	0	48	1.13
29254--29295	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
29573--30007	173	2.5	176	77	7	427	39	12	8	40	1.72
30725--30764	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
30912--30961	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
31848--31880	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
31752--32239	175	2.8	174	82	5	536	41	9	10	39	1.70
31806--32239	176	2.5	175	83	4	516	42	9	9	38	1.70
32300--32341	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
33651--33691	16	2.4	18	84	12	59	60	2	0	36	1.10
33758--33802	18	2.5	18	82	7	56	64	2	0	33	1.06
33949--33998	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
34884--34916	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
34862--35280	176	2.3	176	82	4	491	41	9	9	39	1.69
36701--36737	17	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
36751--36775	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
37635--37676	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
37748--37787	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37936--37985	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
38312--38360	18	2.7	19	81	9	66	51	2	4	42	1.32
38873--38905	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
39330--39371	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
40674--40715	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
41609--41650	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
41722--41761	19	2.1	19	85	4	53	65	2	2	30	1.19
41910--41959	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
42307--42370	27	2.3	28	89	7	96	43	3	10	42	1.55
43324--43363	19	2.1	19	85	4	53	65	2	2	30	1.19
43512--43561	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
44546--44586	17	2.4	18	80	12	50	60	2	0	36	1.10
44106--45791	913	1.9	903	92	3	2852	43	8	7	40	1.62
45459--45500	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
45572--45611	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
46694--46726	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
46787--47363	180	3.2	180	79	5	548	40	10	8	40	1.70
47994--48034	16	2.4	18	84	12	59	60	2	0	36	1.10
48455--48492	19	2.0	19	94	0	67	39	10	13	36	1.79
49047--49086	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
49238--49282	18	2.5	18	82	10	56	46	2	0	51	1.13

Tables:   1

The End!