Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 69000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 129
Found at i:1939 original size:181 final size:174
Alignment explanation
Indices: 1500--2322 Score: 589
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 174
1490 CAAGGCTAAC
* * * * * * * * * *
1500 AATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTACTGCAA
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
1565 ATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACGTTTTGAGATAG
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * **
1630 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAACGGGTTCGATAAATA
131 ATAATAGTTCAAATGAT-ATAACTATTTGAACTCGTTCGAT-AATA
* * * * ** **
1676 GATTTA-GTTTTAAATCTCTTCTTAATTTTCAA-AATATTGATAAATTTTTATTATTTTATTTTG
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-AAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
**
1739 AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * *
1804 AGATAATAGCTCAAATGGATATGACTATTTGAACTTGTTCGATGAATA
129 AGATAATAGTTCAAAT-GATATAACTATTTGAACTCGTTCGAT-AATA
*
1852 AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * **
1917 TCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGATCACAGTGATTTGA
62 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGA
* * * *
1982 AATAAATAATTA-TTCAAAT-AGTCTAACCTATTTGAACTCGCTTTGGTAACTA
126 AATAGATAA-TAGTTCAAATGA-TATAA-CTATTTGAACTCG-TTCGATAA-TA
* * ** *
2034 GATTTACTTTTTAAATCTTGACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAACATTAGTA-TATTTTA-T
1 AATTTATTTTTTAAATC-T--CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
2097 CCAAATAAGCTTTTATG-ACAGAAACAATTGGTTTATTGACAAAA-AAAGGTCATATACAATTTG
62 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGTCATA-ACGATTTG
* ** * *
2160 AAATAAATTAATTA-TTCAAAT-AGTCATAACTA-TTGAACAT-GTTAAAAAAAA
125 AAATAGA-TAA-TAGTTCAAATGA-T-ATAACTATTTGAAC-TCGTTCGATAATA
* * **
2211 CATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTGATTTT-TCAA-ATTAATTAAATT--TATTATTTTAT
1 -A-ATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTAAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
2272 TTGACAATAAGCTTACATGAGTAGAAACCCATTAATTTTATGACAAAACAA
61 TTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATT-GTTTTATGACAAAACAA
2323 TGTCCATAAT
Statistics
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATAGTTCAAATGATATAACTATTTGAACTCGTTCGATAATA
Found at i:2717 original size:181 final size:177
Alignment explanation
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2454 TATTTTTTTT
** * * * * * *
2464 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAACTAAAATAATTGTGTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAAC-AAAAAAATTATTTTAT
* * * *
2529 TACAAAACAAAATGGCACAATG-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACTTAGAACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAA-GGCACAA-GAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTCAGAA-GATTTGAA
* * * **
2593 CTTGTTCGAAAAACATATTTATTACTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAA
126 CTTATTCGAAAAACAGATTTATTACTTAAATCTTTTACATATTAAGTGTCAA
* * * * *
2645 AATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTTTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATT-TTATTTGAATAAACTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTAT
* * * * *
2710 GACAAAACAGAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAGATTTGAACT
64 GACAAAACA-AAAGGCACAAGAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTCAGAAGATTTGAACT
** * ** * **
2775 TATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAGTGTCTT
128 TATTCGAAAAACAGATTTATTACTTAAATCTTTTACATATTAAGTGTCAA
* ** * *
2825 TATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGCAATAAACTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAACTTGTATGAAC-AAAAAAATTATTTTAT
*
2890 GACAAAGCAAAAGG
64 GACAAAACAAAAGG
2904 TTATAGCAAT
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 44, Indels: 14
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 9 0.04
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGCACAAGAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTCAGAAGATTTGAACTTAT
TCGAAAAACAGATTTATTACTTAAATCTTTTACATATTAAGTGTCAA
Found at i:2847 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2376--9023 Score: 1070
Period size: 181 Copynumber: 37.2 Consensus size: 179
2366 AATGGTTTTG
* * *
2376 AAATAGATAATTATT-AAAT-GTCATAACTATCTT-AACATGTTTC-AATAAACCA-ATTCATTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG-TTCGAA-AAA-CAGATTTATTT
* * * * * * * ** * * *
2436 TTTTATTCTCTTACTCATTATTTTTTTTAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAT
62 TTTAAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT-ATATTAATAAATTAATATTATTTAATTT-GAATAAG
** * * ** * * * ***
2501 CTTATATGAACTAAAATAATTGTGTTATTACAAAACAAAATGG-CACAATGATTTA
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAGCAATTTA
* * * * * **
2556 AAATAGATAATTATTCAAATACTTAGAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACATATTTATTACTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* ***
2621 AATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTTGAATAAGCTTG
66 AATCTTTTACTTATTA-ATGTCTTTATATTAATAAATTAATATTATT-TAATTTGAATAAGCTTG
* * ** *
2686 CATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAAG-AATTTG
129 CATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCAT-AGCAATTTA
* * ** *
2737 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * * *
2801 AATGTTTTACATATTAAGTGTCTTTATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGCAATAAACTTG
66 AATCTTTTACTTATTAA-TGTCTTTATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTG-AATAAGCTTG
* * *
2866 TATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTCA
129 CATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTT-A
** * * * * *
2918 AAA-AGAA-AATTATTGGAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGCTCGACAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
2981 AAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
65 AAATCTTTTACTTATTAATGTCTT-T-ATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCT
** * * * * *
3045 TATATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTC-A-TT-
127 TGCATGAACAAAA-AAAA--TCAT----TTTATGACA-AAACAA-AAGGTC--ATAG-CAATTTA
* ** ** * *** * *
3104 -ACTATTTAATTTAGTTC-AATAAACA-AA--ATTT--A-TT-TT--TAAAA-TTTTTTACTTAT
1 AAATAAATAA-TTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTT
* ** *** * * * *
3157 T-AAT-TATTGAAATATTAAT-AAATTAGTATT-AT--TTTAATCTGA-ATAA---------GCT
64 TAAATCT-TTTACTTATTAATGTCTTTA-TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTGAATAAGCT
* * * ** * * *
3206 TGTATGAACAAAAACAGTTGTTTTATAACAAAACAACAA-GTCATAACTATTTA
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAGCAATTTA
** * * * *
3259 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTCAT-TTC-ACAAATAGACTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTT
* *** * * * ** * *
3322 TAAATC----ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACT
64 TAAATCTTTTACTTATTAA-TGTCTTTATATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TGAATAAGCT
** * * * ** * * * *
3383 TATATGAATAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT-ATAACTATTTG
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * ** * * ** * *
3435 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * **
3500 AATC---T-CTTGTTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCT
66 AATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TGAATAAGCT
* * * * * * * * *
3559 AGTATAAATTCAAAAAGACTTATTTTATG-CTAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
127 TGCATGAA--CAAAAAAAATCATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * ** * * * *
3614 AAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAAC-ATTTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * ** * * *
3678 AATTCTCTTAGTTATTGAT-T-TTTAGATTATTATTAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGA
65 AAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT--A-TATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGC
* * *** * * * * ** *
3741 TTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAATAATTTG
126 TTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* ** * * * **
3795 AAGTTTACAATTGTTCAAATAGT--T-ACGTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT
* * * * ** *
3857 AAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGC
65 AAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TGAATAAGC
* ** * * * ****
3920 TTGAATGATA-AAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTA
126 TTGCATGA-ACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * *** * *
3974 TAAACATATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACCACTTC-AACAAACATATTTGTTTTT
1 -AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTT
* * * * * * ** *
4038 TAAATCTCTTAATTATCAAT-T-TTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTCCAAAAAAG
64 TAAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TGAATAAG
** * * * * * * * *** *
4101 CTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTTATAATGATTTG
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * *
4156 AAATAGATAATTCTTTAAATA---A-AA--A-TTG-----GTTCGATAAATAGATTTATTTATTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
4209 AATCTCTTACTTATTAAT-T-TTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAGGCTT
66 AATCTTTTACTTATTAATGTCTT--TATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCTT
* ** * ** * * * * *** *
4272 GTATGATGAAAAACAATTGTTTTAATTA-AAAATAAAAGTTTATAATGATTTG
128 GCATGAACAAAAAAAATCATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * *
4324 AAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTTGAAGC--GATTCGATAAACTA-ACTTATTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTG-TTCGAAAAAC-AGATTTATTTT
** * * *
4386 TTAAATC-TTTATCTT-TTCAAT-T-TTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCACGT
63 TTAAATCTTTTA-CTTATT-AATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTGA-AT
** ** * * * * *
4447 AAGCTTTTATGAACTGAAACAATCGTTCTATGATAAAACAAAAGGTCATA-C-TTCTTA
122 AAGCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAAT-TTA
* * * * ** * *
4504 CAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGATATATTTTTA
1 -AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT
* ** * * *
4569 AAATTTTTTGTTTATTAAT-TTTTTGA-ACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
65 AAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT-ATA--TTAATAAATTAATATTATTTAATTT-GAATAAGC
* * ** * * * * * * * *
4632 ATGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACGATTTG
126 TTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * ** * *
4686 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGCTCGGCAAATACATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * ** * * **
4751 AATCTCTTACTTATTAAT-TTTTATAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTT
66 AATCTTTTACTTATTAATGTCTT-T-ATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCTT
* * * * ** * * * *
4815 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTG
128 GCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * * * *
4866 AGATAGATAATTGTTGAAGTAATCATAACTATTTGAACTGGTT-TAATAAATAGATTTAATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAA-AAACAGATTT-ATTTTT
* * * *
4930 T-AATC---T-CTTATTAACT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
64 TAAATCTTTTACTTATTAA-TGTCTT--TATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAG
* * * * * * ** * * * * * *
4988 TTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAATGTTATAACCATTTG
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * ** *
5043 AAATAAATAA-TAGCTT-AAATGGACA-AGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTT
1 AAATAAATAATTA--TTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTT
*** * * *
5105 TTAAATCTCCAACTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTAAATAA
63 TTAAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAAT-TTGAATAA
** * * * * * * * * ** *
5168 AATTGCATAAATAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGTTTTG
124 GCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * * *
5224 AAAGAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTTAG-TAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
5288 AAAATATTTTACTTATTAAT-T-TTTGGAATTTTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
65 -AAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAG
** * * * * ** * *** *
5351 CTTTTATAAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATCGTAATGATTTG
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * * * * *
5406 AAATAGATAATTATTTATATAGTAACAAATATTTGAACGTGTTTGAAAAGC--ATATATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT-
* * *
5469 AAAT-TTTTACTTATTAAT-T-TTTGGAATATTAATAAATTTATATTCTTTTATTTGCAATAAGC
65 AAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTG-AATAAGC
* ** ** ** **** *
5531 TTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTG
126 TTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * *
5585 AAATAGATAATTA-TCTAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-AGTAAATAGATTAATTTTT
1 AAATAAATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * * *
5648 TAATTCTCTTACTCATTAAT-T-TTTAGAATATTACTAACTTATTATTATTTTATTTCAAATAAG
64 TAAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATTT-GAATAAG
** * * * * * * *** *
5711 CTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-----TA-TAAAGGTCACAATGATTTG
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
*** * * *
5760 AAACGGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAACATATTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGA-AAAACAGATTTATTTTT
* * *** * * *
5823 TAAA-CTGTTACTTATTATTTGTCAAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCT
64 TAAATCTTTTACTTATTA-ATGTCTTTATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCT
* * * * ** * * *
5887 TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * ** * * *
5940 AAATAAATAATTATTCAATTAGTTATAAAGATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * **
6004 AAATCTTTTGCCTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCAAAATAAGCTT
65 AAATCTTTTACTTATTAA-TGTCTTTATATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TGAATAAGCTT
** * * ** * * * *
6068 ATATGAACAGAAAAGATCATTTGGTGACAAAATAAAAGGTTATAGCATTTTC
128 GCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * * * *
6120 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
6185 AATCTCTTAATTATT-A-GTTTTTAGAATGTTAATAACTTATTATTATTTTATTTTGAATAGGC-
66 AATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCT
* * * ** * *** *
6247 TGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
127 TG-CATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * * * * *
6301 AAATAAATACTTATACAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTT-TAGTAAACATATTTA-TTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAAACAGATTTATTTTTT
* ** * * ** *
6364 AAATTTTTTACTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGTT
65 AAATCTTTTACTTATTAA-TGTCT-TTATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCT
** * ** ** * * * ** * * *
6428 TTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTG
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
** * * * * * *
6481 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATATACATATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
6546 AA----TAAATTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTATTCTATTTTGAACAAACT
66 AATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATT-TAATTTGAATAAGCT
** * * * ** ** *
6605 TATATGGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTG
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* ** * * * ** *
6658 AAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAGAATTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
6723 AATCTCTTACATATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCGAATAAGCT
66 AATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TGAATAAGCT
* * *** * * * *
6786 AGTATGAATTGAAAAAATTACTTTATGACAAAGC-AAA----A-A-CAATTTG
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * * ** * *
6832 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * * * *
6897 AATCTCTTAATTATTAAT-T-TTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTGAAAGAAGCT
66 AATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTG-AATAAGCT
** * * ** * * * *** *
6960 TATATG-AGAAAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTT
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * *** * * * *
7012 TAGTAGGCAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCG-TAAACAAATTTACTTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTA-TTTTTT
* * * * * * * *
7076 AAAATCTCTTACATATTAATAT-TTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAAC
65 -AAATCTTTTACTTATTAATGTCTT--TATATTAATAAATTAATATTATTTAATTT-GAATAAGC
* ** * * * *
7140 ATATAT-AATC-AAAAACA-CTTTATATATGACCAAAC--AA----AT-G--ATTTG
126 TTGCATGAA-CAAAAAAAATCATT-T-TATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
** * * * * ** ** * * **
7185 AAATTGATAATTGTTGAAAT-GACATTAATTAAGTGAAC-TGATTCGGTAAACATATTCACCTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAAACAGATTTATTTTT
** * * * * *
7248 TAAATCACTTGCTTATTAAT-T-TTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAG
64 TAAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAG
* *** * ** * * *
7311 CTTGTATGAATTCAAATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGGTCATA-AAGATTT-
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAGCA-ATTTA
* * * * * * * *
7366 AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTT-TAGTAAACAAATTTA--TTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
7428 AAA-CTCTTGCTTATTAAT-T-TTTGAATTATTAATAAATT--T-GTA-TTATTTTGGATAAGCT
65 AAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT--A-TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTGAATAAGCT
** ** * ** * *
7486 TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTTA
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-GCAATTTA
* * * *
7540 AAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTCC
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTT-T
* * * * *
7604 AAATCATTTT-CTTGTTAAT-TTTTTGAATGTTAATAAATTTAAT-TTTTTTATTTTGAATAAGC
65 AAATC-TTTTACTTATTAATGTCTTT--ATATTAATAAA-TTAATATTATTTAATTTGAATAAGC
* * ** * * * * * * **
7666 TTGTAAGATATGAAACAAAT-ATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAACGATTCG
126 TTGCATGA-ACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * *
7720 AAATTAATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTC-AGTAAACACATATATTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-AAAACAGATTTATTTT
* * * * ** ***
7782 GTAAAT-TTCTTACTTATT-A-GTTTTTGAAATGTTATTAAATTTGTATTATTTTTAA-CCAAAT
63 TTAAATCTT-TTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTA--TTTAATTTGAAT
** ** * * * * *
7843 AAGCTT-CTATGATA-AAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TCTTAACAACTTG
122 AAGCTTGC-ATGA-ACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAGCAATTTA
* * * * **
7900 AGATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-AATAAACATTTTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTTT
* * * *
7964 AAATCTTTTTCTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGC
65 AAATCTTTTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTGA-ATAAGC
* * * ** * * ***
8027 TTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAGAATGATTTA
126 TTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * ** ** *
8081 AAATAGATAATCATTCAAA-CGGCTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT
* * * ** * ** * ** *
8145 AAGT-TTCTTACTTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCATCTAAGCT
65 AAATCTT-TTACTTATTAATGTCTTTA-TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTGA-ATAAGCT
* * ** * ** * * * * * *
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127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * **
8262 AAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGTTAAACAGATTTATTTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTA-TTTTTT
* * * * *
8327 AAATCTCTTT-CTTATTAAT-T-TTTGAATGTTAATAAATTAGTTTTAATTT-ATTCTAAATAGG
65 AAATCT-TTTACTTATTAATGTCTTT--ATATTAATAAATTAATATT-ATTTAATT-TGAATAAG
* ** * ** * * *
8388 CTTG-TTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT--TAGAATGATTTTC
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCA--A-TTTA
* * * * * * * *
8443 AAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTCGACAAAA-AAATTTATTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-AAAACAGATTTATTTTT
* * * * *** * *** ** *
8506 TAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAA-TAAAAAAAGCT
64 TAAATCTTTTACTTATTAA-TGTCTTTATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAGCT
* * * ** * * * *
8570 TGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATAACAATTTG
127 TGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * **
8623 AAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-AACAATTAGATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTTT
* ** ** * * *
8687 -AATTTTCTTGGTTATTAA-GT-TTTAGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
65 AAATCTT-TTACTTATTAATGTCTTT---ATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTGAATAAG
* * * * * ** * * * ***
8749 ATAGTATGAAC-AAGACAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTATAATGA-TTA
125 CTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAGCAATTTA
* * * * * * * * *
8802 GAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTT-TAGTAAATAGATTTACTTTT
1 -AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAAACAGATTTATTTTT
* * * ** * * * *
8866 TAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
64 TAAATCTTTTACTTATTAA-TGTCT-TTATATTAATAAATTAATATTATTTAATTT-GAATAAGC
** * * * * ** * * *
8931 TTATATTAACGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
126 TTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
* * *
8985 AAATAAATAATTGTTCAAGTAGTCTTAACTATTTGAACT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
9024 AGTTTATTTA
Statistics
Matches: 4887, Mismatches: 1227, Indels: 706
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
152 1 0.00
153 4 0.00
154 4 0.00
155 18 0.00
156 11 0.00
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159 2 0.00
160 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTTTTACTTATTAATGTCTTTATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTGAATAAGCTTGCA
TGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTA
Found at i:3039 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 2362--9103 Score: 4334
Period size: 361 Copynumber: 18.9 Consensus size: 358
2352 TATTTAGATA
* * *
2362 TCATAATGGTTTTGAAATAGATAATTATT-AAAT-GTCATAACTATCTT-AACATGTTTCAATAA
1 TCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG-TTCAGTAA
* * * * ** *
2424 ACCA-ATTCATTTTTTTATTCTCTTACTCATTATTTTTTTTAATATTAATAAATTGGTATTATTT
63 A-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA--C-TTATTAATTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * **
2488 TATTTCAAATAATCTTATATGAACTAAAATAATTGTGTTATTACAAAACAAAATGG-CACAATGA
124 TA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAA
* * * * * * * * *
2552 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATACTTAGAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACATATTTATTA
187 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTT
* * ** * * *
2617 CTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTTGAATAA
252 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* *
2681 GCTTGCATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAGAAA-G
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* * * * *
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* * * **
2787 AGATTTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAGTGTCTTTATATTAATAAATTTTTATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * * *
2852 TCGCAATAAACTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTC
127 TC-CAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** * * * *
2917 AAAAAGAAAATTATTGGAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGCTCGACAAACAGATTTATTTTTTA
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* *
2982 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC---
256 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
3044 T-T-----------A------TATGACAAAACAAAAGG
321 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
3064 TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTT-AATTTAGTTCAATAAAC
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAAC
* * *
3128 AAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 -AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
3193 ATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAGTTGTTTTATAACAAAACAACAA-GTCATAACTATT
126 TTC-CAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATT
* * * * * * * *
3257 TAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTCAT-TTC-ACAAATAGACTTATTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT--TGTTCGATAAACAGATTTATTT
** * *** * *
3320 TTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAA
252 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * *
3381 CTTATATGAATAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
317 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** *
3423 T-ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAACTGGTT-AGGTAAA
1 TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAA
* * * *
3485 TAGAATTATTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT--AATATTAATAAATT-AGTATTATTTT
* * * * * *
3545 ATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTCAAAAAGACTTATTTTATG-CTAAAACAAAAGGTCATAACG
125 ATTCC-AATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACA
* ** ** * * * *
3609 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAACATTTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATT
186 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATT
* * * * * **
3674 TTTTAATTCTCTTAGTTATTGATTTTT-AGATTATTATTAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATA
251 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
3738 AGATTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGG
315 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * * * *
3782 TTAAAATAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT--T-ACGTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* *
3844 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * ***
3909 TCCAAATAGGCTTGAATGATA-AAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTT
127 TCC-AATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * *** * * * *
3973 ATAAACATATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACCACTTCAACAAACATATTTGTTTTT
190 -GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *** *
4038 TAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTCCAAAAAAGCT
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * *
4103 TATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAG
319 TGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
4143 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTTAAATA---A-AA--A-TTG-----GTTC-GATAAAT
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC
* * *
4195 AGATTTATTTATTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
** * ** * * * * **
4260 TTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAATTA-AAAATAAAAGTTTATAATGATTTG
127 TCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
4324 AAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTTGAAGC--GATTCGATAAACTA-ACTTATTTT
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTTG-TTCGATAAAC-AGATTTATTTT
** * * *
4386 TTAAATCT-TTATCTT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTA-TTTCACGTA
253 TTAAATCTCTTA-CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATA
* * * * *
4448 AGCTTTTATGAACTGAAACAATCGTTCTATGATAAAACAAAAGG
315 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** ** * * * **
4492 TCATACTTCTTACAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAACA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * ** **
4557 GATATATTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * * *
4622 TCGAATAAGCATGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACGATTTG
127 TCCAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * ** * *
4686 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGCTCGGCAAATACATTTATTTTTTA
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * **
4751 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTT
256 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
4815 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGA
320 GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * * * * *
4853 TCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTGAAGTAATCATAACTATTTGAACTGGTTTAATAAATA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
4918 GATTTAATTTTTT-AATC---T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
66 GATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** ** * * * * * * * *
4978 TTTGAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAATGTTATAACCATTTG
126 TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
5043 AAATAAATAATAGCTT-AAATGGACA-AGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
191 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATA-ATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
** * * **
5106 TAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTAAATAAAAT
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * * *
5171 TGCATAAATAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGA
319 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
5211 TCATAACGTTTTGAAAGAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTT-AGTAAAT
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAC
* * *
5275 AGATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAGTAAATTAGTATTATTTTA
65 AGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * ** * **
5340 TTTTGAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATCGTAATGATT
126 -TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * * *
5404 TGAAATAGATAATTATTTATATAGTAACAAATATTTGAACGTGTTTG--AAA-AGCATATATTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG-ATTTATTTT
* * *
5466 TTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTCTTTTA-TTTGCAATA
253 TT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATA
* * **
5528 AGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA
315 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
5572 TCATAATGTTTTGAAATAGATAATTA-TCTAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAAT
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * * * * *
5636 AGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTACTAACTTATTATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * * **
5701 TTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-----TA-TAAAGGTCACAATGATTTG
126 TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
** * * * *
5760 AAACGGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAACATATTTATTTTT
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTT
* ** * * * * *
5823 TAAA-CTGTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGC
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * *
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** * * * ** *
5927 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
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* * *
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66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
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6056 CAAAATAAGCTTATATGAACAGAAAA-GATCATTTGGTGACAAAATAAAAGGTTATAGCATTTTC
128 C-CAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
6120 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTA
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
6185 AATCTCTTAATTATTAGTTTTT-AGAATGTTAATAACTTATTATTATTTTATTTTGAATAGGC-T
256 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
6248 GATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATG
320 G-TATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
6288 TCATAATGATTTGAAATAAATACTTATACAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * *
6353 TATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAAT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * ** *
6417 CCGAATAAGTTTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGA
128 CC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
6482 AATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTT-TTTGAACTAGTTTGATATACATATTTATTTTTTA
192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
6546 AA----TAAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTATTCTATTTTGAACAAACTTA
256 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * *
6607 TATGGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
321 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * *
6645 TCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGCAAAC
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAAC
* * * *
6709 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT--AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* ** ** *
6773 TTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTACTTTATGACAAAGC--AA----A-AACAATT
126 TTCC-AATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * ** * *
6830 TGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * ** * *
6895 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAGAAGC
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGC
* * * * *
6959 TTATATGAGA-A-AAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGG
318 TTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * ** * *
6999 TTATAATGATTTTTAGTAGGCAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTC-GTAAACA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * *
7063 AATTTACTTTTTTAAAATCTCTTACATATTAATATTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
66 GATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT-TTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * **
7128 TTTCAAATAAACATATAT-AATCAAAAACACTT-TATATATGAC----C-AAA---CA-AATGAT
126 -TTCCAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * ** * * * **
7182 TTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GACATTAATTAAGTGAAC-TGATTCGGTAAACATATTCACC
188 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAATTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATT
* * * * *
7245 TTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAA
251 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
*** * * *
7310 GCTTGTATGAATTCAAATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGG
316 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGG
* * * * * *
7354 TCATAAAGATTT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTAGTAAACA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * *
7418 AATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTTGTATTA--TT-TT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * ** * ** *
7477 -GGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
128 CCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
7541 AAAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTCCAA
193 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-TAA
* * * *
7606 ATCAT-TTTCTTGTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATT--TAATTTTTTTATTTTGAATAAGCT
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* * * * * *
7667 TGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTACACAAAAGG
319 TGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
7707 TCAAAACGATTCGAAATTA-ATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTCAGTAA
1 TCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAA
* * * * * * *
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* * * * *
7833 T-TAACCAAATAAGCTTCTATGATA-AAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TCTTAAC
124 TAT-TCC-AATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAC
* * * * * **
7894 AACTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATTTTTA
185 AATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA
* * *
7958 TTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCATA
249 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-A
* * *
8022 TAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGG
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* * * * * * * ** *
8068 TCAGAATGATTTAAAATAGATAATCATTCAAA-CGGCTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAAC
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * *
8132 AAATTTATTTTTTAAGT-TTCTTACTTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTGGTATTATTTTA
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* * ** * * * *
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126 TTCCA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * *
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190 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTT
* * * * * * *
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254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* *
8390 TGT-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG
319 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * *
8429 TTAGAATGATTTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTC-GACAA
1 TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAA
* * * * * * * *
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63 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT---AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * *
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125 ATTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * **
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189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
* * ** * ** **
8686 TAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAA
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * *
8750 TAGTATGAACA-AGACAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-G
318 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGG
* * * * * * * *
8790 TTATAATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAATA
1 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * *
8855 GATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT-T--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * *
8920 TTCAAATAAACTTATATTAACGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
126 TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
8985 AAATAAATAATTGTTCAAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TATTTAAATAAGATTTTATTT
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGA--TAAA-CAGA-TTTATTT
* * * *
9049 TTTAAATTTCTTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAA-TAGTATT-TTTTATT
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9104 CATACAACTT
Statistics
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TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
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2877 AAAATCATTT
* * * ** *
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* * * * *
2951 AAAGTT-GCTCGACAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAA
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* * *
3014 TAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
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* * * *
3047 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTA
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* * * * *
3112 ATTTAGTTCAATAAACAAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATA
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*
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3219 ACAGTTGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA
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Alignment explanation
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Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
4018 CAACAAACAT
* * * *
4028 ATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATTC
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*
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* * *
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1 ATTTATTTATTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTC
** * * * ** * *
4261 TGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTAATTAA-A-AA-TAAAAGTTTATAATGATTT
66 CAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTT-A-TAACAGAACAAAAAG-TTATAATGATTT
*
4323 GAAATAGATAATTGTTTAAATA
128 GAAATAGATAATTCTTTAAATA
4345 GCCATAATTA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 18, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTATTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTC
CAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAA
ATAGATAATTCTTTAAATAAAAATTGGTTCGATAAATAG
Found at i:4669 original size:181 final size:179
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Indices: 4190--9103 Score: 2817
Period size: 181 Copynumber: 27.4 Consensus size: 179
4180 ATTGGTTCGA
* * *
4190 TAAATAGATTTATTTATTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
4253 TTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTAATTA-AAAATAAAAGTTTAT
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* * * * * *
4315 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTTGAAGC--GATTCGA
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* ** *
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1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATT-AATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
4431 TTATTTTATTTC-ACGTAAGCTTTTATGAACTGAAACAATCGTTCTATGATAAAACAAAAGGTCA
62 TTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
4495 TACTTCTTACAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGG
126 TACTT-TT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * ** **
4551 TAAACAGATATATTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
4616 TTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACG
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAC-
* * * * * * * *
4681 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGCTCGG
129 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
4732 CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAT-AATATTATTAATTTAGCAATA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
4796 TTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA
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* * * * * * **
4859 CAATTTGAGATAGATAATTGTTGAAGTAATCATAACTATTTGAACTGGTTTAA
128 C-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* *
4912 TAAATAGATTTAATTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAA-CTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
4971 ATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT-AAATAGAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAATGTTATA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* * * * * *
5035 ACCATTTGAAATAAATAATAGCTT-AAATGGACA-AGATTATTTGAACTTGTTTGG
127 A-CTTTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGG
* **
5089 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * *
5153 TTTTATCTT-AAATAAAATTGCAT-AAATAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATA
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* * * * * * *
5216 ACGTTTTGAAAGAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTTAG
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* * * * * *
5270 TAAATAGATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAGTAAATTAGTATTA
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* * * * ** *
5335 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAAC-AAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATCGTA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
5398 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTAACAAATATTTGAACGTGTTT-G
128 CT--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
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1 TAAACAG-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * ** **
5512 TCTTTTATTT-GCAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCAT
63 TATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * **
5576 AATGTTTTGAAATAGATAATT-ATCTAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAG
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* * * * * * * *
5631 TAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTACTAACTTATTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
5696 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTAT-----TA-TAAAGGTCACAAT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACT
** * * **
5754 GATTTGAAACGGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGCTCAG
130 --TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *** * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
5869 TTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* * * * * ** *
5932 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTAG
127 AC-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
5986 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCCTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT-GTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** ** * *
6049 TTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAGATCATTTGGTGACAAAATAAAAGGTTATAG
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-
* * * * * * *
6113 CATTTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGA
128 C-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * * *
6166 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAGTTTTTAGAATGTTAATAACTTATTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
6231 TTTATTTTGAATAGGC-TGATATGAACT-AAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAC
* * * * * * * * * *
6294 TGATTTGAAATAAATACTTATACAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTTAG
129 T--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
6347 TAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * * ** *
6410 TTTTAATCCGAATAAGTTTTTATGAACAT-AAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * * * * *
6474 CAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGA
128 C-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
6527 TATACATATTTATTTTTTAAA----TAAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
6587 TTCTATTTTGAACAAACTTATATGGAC--AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
6650 GTGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
128 CT--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
6704 CAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * ** * *
6767 ATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTACTTTATGACAAAGCAAAA--ACA-A-
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAC
* * * *
6828 -TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGG
129 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * ** *
6878 CAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6943 TTTATTT-GAAAGAAGCTTATATG-A--GAAAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
66 TTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTG-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * ** * * * *
7004 ATGATTTTTAGTAGGCAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTCG
128 CT--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
7057 TAAACAAATTTACTTTTTTAAAATCTCTTACATATTAA-TATTTGAAATATTAATAAATTACTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
7121 TATTTTATTTCAAATAAACATATAT-AA-TCAAAAACACTT-TATATATGACCAAAC-AAA--T-
63 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAA-A-TTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
7179 -GA--TTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GACATTAATTAAGTGAAC-TGATTCGG
125 ATACTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* * ** * * * *
7231 TAAACATATTCACCTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
7296 TTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGGTCATAAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT--A
** * * * *
7361 GATTT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTAG
128 CTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
7412 TAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAATTATTAATAAATTTGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
7473 ---T-TTT-GGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACT
* * * * * *
7533 GATTTTAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCGA
130 --TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
7585 TAAACAGATTTATTTTTCCAAATCAT-TTTCTTGTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT--TAAT
1 TAAACAGATTTATTTTT-TAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGT-AT
* * * * * *
7647 TTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAA-TATTTTATGACTACACAAAAGGTCA
63 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-
* * * * * * * **
7710 AAACGATTCGAAATTA-ATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTCAG
125 ATAC-TTTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * * * * * * *
7766 TAAACACATATATTTTGTAAATTTCTTACTTATT-AGTTTTTGAAATGTTATTAAATTTGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
7830 TTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-A-TAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--TCT
65 TTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA--AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCA
** * * ***
7890 TAACAACTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAA
126 T-AC-TTTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
** * *
7946 TAAACATTTTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
8010 TTTTATTTC-ATATAAGCTTGTATGATC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAGA
65 TTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * * ** *
8073 ATGATTTAAAATAGATAATCATTCAAA-CGGCTATAATTATTTTAACTAATTCGG
128 CT--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
8127 TAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-A-TTTTAGTAAGTATTAATAAATTGGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AA-TATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
8190 ATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATA
64 ATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* * * * *
8254 ACGATTTT-AAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGT
127 AC--TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
8308 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTTTTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
8372 ATTTA-TTCTAAATAGGCTTGT-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTAGAA
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGT--CA
* * * * * * * *
8435 TGA-TTTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTCGA
126 T-ACTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* * * * * *** * * *
8489 CAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * *
8554 TTTA-ATAAAAAAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT-A
* * * * * ***
8616 CAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAA
128 C-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* ** * * ** * * **
8669 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTCTTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * *
8734 TTTATTTTGAATAAAATAGTATGAAC--AAGACAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTATAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAC
* * * * * * *
8796 TGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAG
129 T--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * **
8849 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
8914 TTTTATTTCAAATAAACTTATATTAAC-GAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * * * * **
8978 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTATT
128 C-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GG
* * * ** *
9032 TAAATAAGATTTTATTTTTTAAATTTCTTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAA-TAGTAT
1 TAAA-CAGA-TTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
9096 T-TTTTATT
63 TATTTTATT
9104 CATACAACTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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171 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACTT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
Found at i:11000 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9993--11799 Score: 1533
Period size: 180 Copynumber: 10.1 Consensus size: 180
9983 ATAATAATAC
* * *
9993 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA--A-TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** *
10055 GAATAAGCTTATATGAA-AGGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-TAAA-GATCATAATGATTT-A
66 GAATAAGCTTATATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGA
* * * * ** *
10116 AGATAGATACTTGTTCACATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TTTTGTAAACAA
129 A-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAG
* ** * * * *
10169 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTAC---TAATTTTCAAAATTTTAATAGATCAGTATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * * * *
10231 GAATAAGTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATTAAAAAACAACAGGTCATAAAGATTTGAAA
66 GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
10296 TAAATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG
131 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * *
10346 ATTTA-CTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
10409 TC-AAGTAAACTTATATGAATAGAAACAGTTATTTTAGGACAAAACAAAA-GATCATAACT-ATT
64 TCGAA-TAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TGATT
* * * *
10471 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGCATAAGAACTATTTAAACTTGCTCTAGTAAACAG
126 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT---AACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAG
*
10530 ATTTATTGTTTTAAA--TC-T--TATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ***
10590 CAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAA-GCTCATAACT-ATTTG
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-TGATTTG
* * ** * *
10653 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAG
128 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAG
* * * *
10706 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATT-TTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* *
10768 TTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
63 TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
* * ** *
10833 AAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCGGTAAATAG
128 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* *
10886 ATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * ** *
10951 TGAATAAGCCTATATTAATAGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
11016 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTACGGTAAACAT
130 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
11067 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
11131 CAAATAAGCTTCTATGAACA-AAAAAATTTATTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGA
* * * *
11195 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAG
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
** * * * * * * *
11247 GGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATAGTAATAAATTTGTATTGTTTTTAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAT
** * * * *
11311 TTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACCAAATGTTAT-A-GCAGTT
63 TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG-A-TT
* ** *** * ** *
11374 TAAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAA
126 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * *
11429 ATTCAGTTTTTAAATCT-TT--TATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
11490 CGAATAAGCTTATAGGAATAGAAACAA-T-TGTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * ** *
11553 ATAGATAATTGTTCAAACAATGAAAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAT
130 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAG
* * * * *
11604 ATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
11668 CCGAATAAGACTGTAT-T-AATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAATAGTCATAATGATT
64 TCGAATAAG-CT-TATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATT
* * * * * *
11730 TGTAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAATAG
126 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAG
11785 ATTTATTTTTTAAAT
1 ATTTATTTTTTAAAT
11800 AATACTATTT
Statistics
Matches: 1318, Mismatches: 252, Indels: 117
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 77 0.06
176 120 0.09
177 103 0.08
178 28 0.02
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180 496 0.38
181 272 0.21
182 110 0.08
183 21 0.02
184 14 0.01
186 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
Found at i:11048 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 10010--11799 Score: 1626
Period size: 361 Copynumber: 5.0 Consensus size: 357
10000 TTTTAAATCT
* * *
10010 CTTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAA-AG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACA-
* ** * * * *
10074 GAAACAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATACTTGTTCACATA
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATA
** * * * * *
10137 GTCATAACTATTTAAACTAT-TTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T-TACTAATTTTC
127 GTCATAACTATTTAAACT-TGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
10199 AAAATTTTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTT
* * * * * * * * *
10264 ATTAAAAAACAACAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGA
256 ATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* **
10329 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTAAATCTCCTA
321 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTA
* * * *
10366 CCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAGTAAACTTATATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTATATGAACA
* *
10430 GAAACAGTTATTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *
10494 GGCATAAGAACTATTTAAACTTGCTCTAGTAAACAGATTTATTGTTTTAAA--TC-T-TATTAAT
127 GTCAT---AACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAGATTCATT-TTTTAAATCTCTTCTATTAAT
* * * * *
10555 TTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
187 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTG
** * * *
10620 GCTTATGACAAAACAAAA-GCTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
252 TTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* *
10684 TTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
316 TTTGAACT-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTA
* *
10726 CTTACTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATT-TTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACA
1 CTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACA
* *
10790 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAG
64 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * *
10855 TCATAACTATTCAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTT
128 TCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-CT-ATTAATTTTT
* * * * * *
10920 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAATAGATATAATTGTTTT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTT
** * *
10985 ATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
256 ATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * *
11050 ACTTGTACGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTA
321 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTA
* * * * * * * *
11088 CTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAATAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA-A
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGA
* *
11152 AAAAATTTATTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AACAA-TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
11217 CATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAGGGTT-GTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
129 CATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA-GATTCATTTTTTAAATCTCTT-C-TATTAATT-TT
* * * * ** *
11281 TG-AATAGTAATAAATTTGTATTGTTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATT
190 TGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTT
* * * * * * *
11345 TTATGACAAAACCAAATGTTATAGC-AGTTTAAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATT
254 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* *** * * *
11409 TGAACTTATTCAATAAACAAATTCAGTTTTTAAATC--TT-
318 TGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
11447 -TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATAGGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAG
* * * * *
11511 AAACAA-T-TGTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAT
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * ** * *
11574 GAAAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACATATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT
129 CATAACTATTTAAACTTGTTCA-GTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-C-TATTAATTTTT
* * * * * *
11638 -AGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TGTATTAATAGAAAAAATTATT
191 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTT
* * * * * * *
11701 TTATGACAAAAC-AAATAGTCATAATGATTTGTAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAAT
254 TTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
11765 TGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
318 TGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAT
11800 AATACTATTT
Statistics
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Consensus pattern (357 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTA
Found at i:12110 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11796--14251 Score: 1730
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11786 TTTATTTTTT
* * ** * * * *
11796 AAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCACGAAATTAAAAAAATAAATCTATT
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** * * * *
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* * *
11925 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATAGCTTATCTGATATA
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* * * ** *
11977 AAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *
12042 TA-TCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT
66 TACT-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * *
12106 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAA-TTCTATTTGGAATA
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* * * * * * * *
12158 AAATAATAGTAGTTTATTAATATGTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
12222 TACTAAACCAATTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCT
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* * * ** *
12286 TGTGTTCTATCATAAAA-AATTATTT-ATGTTTGTACAAGCTTATTCGAAATA
129 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * * * *
12337 AAATAACACTAATATAATAATATCTTAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAACAATAAATTTA-T
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * ** * * * * *
12401 T--TGAACTAATTCAAATAGTTAAGGGTATATGAACAATTCTTTATTTAAAATCGTTATGACCTT
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** * * * * **
12464 TTGTTTTATTGTAAAAAAAATT-TTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATA
130 TTGTTTTATCAT-AAAACAATTGTTTCAGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * * * *
12515 AAATAAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCCAT
1 AAAT-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
12579 TTGCTGAACCAGCTCAAACACTTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCT
65 TTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * * * * * **
12644 TTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTT--TTTCAAATAAGTTTGTTCAAAATA
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* * * * * * *
12694 AAATAATATTCATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * ** * * * *
12759 TACTAAATTAACTCAATTAGTT-TAACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATG-ACT
66 TACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGAACT
* * *
12821 AGTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTTCTAG-TCATAC-AGTCTTA-TTCAGAATA
129 -TTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTC-AGTTCATACAAG-CTTATTTGA-AATA
* * * * * * *
12875 AAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAACTAATGA-ATTTAAAAAATGAATCT-G
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTAT
** * * * * * * * *
12938 TTAGCCTGCCCAATGCAAATATTTACGATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AAC
65 TTA--CTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-
** * * *
13002 CTTTTGTGCTATCACAAATCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATA
127 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * ** ** * *
13056 ACATAATTCTAGCTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
13121 TTACTGAACAAGTTAAAATTGTTATGACTATTTGAAGAGTTATTTATTTCAAATCGCTAT-ATCC
65 TTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-AC
* * * * * *
13185 TTTTTATTTTGTTATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTCAAATA
128 -TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * * * *
13239 AAATAACACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * *
13303 TTA-TCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATG-AC
65 TTACT-G-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC
* * * ** * * *
13366 TTTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGCTTA-TTCAGATTA
128 -TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATA
* * * * * * * * *
13420 AAATAATATTAATTTATTAATACTTTGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
13485 TACTGAAAAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGACCTT
66 TACTG-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTT
* ** * * *
13550 TTGTTTGATTTTAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCTTTTTTGAAATA
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* * * *
13601 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCT-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
13665 TAACCGAACAAGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCT
65 TTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * * * *
13730 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTGTTCATAGAAGCTTATTTCG-AATA
129 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATA
* * *
13782 AAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTTAAAAATAAATCTAT
1 AAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
13845 TTTCTGAACACATTCAAATAGTGATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCT
65 TTACTGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
** * * *
13910 TTTGTTTCGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTTGAAA-A
129 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * ** * *
13961 AAATACTACTAATTTATTAGTGTTCCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
14026 TA-TGGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCGAATAGTTATG-A-T
66 TACT-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* * * **
14088 ATT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATA
129 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * ** *
14139 AAATAATACTAAATTATTAATATTCTAAAATTTAAT-GGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
** * * * *
14203 TACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTC
66 TACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
14252 TTTGTCGTAA
Statistics
Matches: 1798, Mismatches: 398, Indels: 162
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTT
TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
Found at i:14394 original size:157 final size:158
Alignment explanation
Indices: 14099--14404 Score: 355
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
14089 TTTTTTATCA
* ** * *
14099 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTC
* * * *
14164 TAAAATTTAATGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGT
66 TAAAAATTAA--GTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGA
* *
14229 CTATTTGAATAATTATCTATTTCTTTGTCG
129 CTACTTGAACAATTATCTATTTCTTTGTCG
* * * * * * * *
14259 TAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTACTAACATTT
1 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTC
* * * * *
14324 TAAAAATTAA-TTAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGAC
66 TAAAAATTAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAATTCAAATAGTCATGAC
14387 TACTTGAACAATTATCTA
130 TACTTGAACAATTATCTA
14405 GCTCAAATCA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 24, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
157 57 0.47
158 3 0.02
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (158 bp):
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAACATTC
TAAAAATTAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGACT
ACTTGAACAATTATCTATTTCTTTGTCG
Found at i:15275 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14892--24814 Score: 3825
Period size: 181 Copynumber: 55.5 Consensus size: 178
14882 GTCAAATTAC
* * * * *
14892 TATGATCTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTCT--TATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAAT
1 TATGAACTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT-TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * **
14955 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTGTC
63 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * *
15020 GAATC-ATTTCGAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
127 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
15072 T-TTAACCTTTTGCTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAAATAAGTTTATTCAGAATAAAAT
1 TATGAA-CTTTT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
15136 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTAC
63 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * ** *
15201 CGAACAAGCTCAAATAGTTATTATTATTTAAAAAATTATCTATTGAAAATTGT
126 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
15254 TATGAACTGTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
1 TATGAACT-TTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
15319 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGA
65 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * *
15380 ATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATATATTTCAAGTCGT
129 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * **** * * *
15430 TATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTTTCAACAAACAAG-TTGATT-TGAAATAAAA
1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTT-ATTCAG-AATAAAA
* * * *
15493 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGATATTT-AAAAA-AAATCTATTTAT
62 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
15552 CGAA-ATAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGT
126 CGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
15605 TAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAA
1 TATGAA-CTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * *
15668 TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTG
62 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA
* * * * * *
15732 CTGAACCAA-TTCCAACAGTTAAGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGT
125 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
15786 TAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTAACTT-ATACAAGTTTATTC-GAAATAAA
1 TATGAA-CTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * * * * *
15848 ATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
61 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
15913 CCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
125 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
15967 TAT-TACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATA
1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * ** * *
16031 ATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGACGTAAAAAATAAATCGGTTTACCA
64 ATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * *
16096 AACCATTTCATATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** **
16147 TAT-AACTTTTTGTTTGGTCATCAAAA-AATTGGTTCT-GTTTATACT-ATTTTATTTGGAATAA
1 TATGAAC-TTTT-TTT-GTCAT-AAAACAATT-GTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTCAGAATAA
* * ** * * * **
16208 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATT
60 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * * ** *
16273 GCTAAACGAGTTCAAATGGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCAT
124 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** *
16328 TATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATA
1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * *
16392 ATACCAATTTAATAAGATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTATCC
64 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC
* * *
16455 -AACTAGTT--TATACGATTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
127 GAACAAGTTCAAATA-G-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * ** *
16506 TTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAATTA
1 TATGAACTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * * *
16571 ATACTAATTTATAAACATTCGAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAGTCTATTTATC
64 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACC
* * * * **
16636 GAACAAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCAC
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** * *
16688 TAT-ACCTTTTGTTATTTCATAAAACAATTG-TTTCGATAAATATGAGTTTA-T-ATGATATAAA
1 TATGAACTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATATAAGCTTATTCA-GA-ATAAA
* * * *
16749 ATAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
61 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * * *
16813 TCAAATCAA-TT-AAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTCCAAATAGC
125 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * *
16866 AAT-AGCCATTTGTTTTGTTATCAAACAATTATTTT-TTATCATACAAGCTTATT-TGAAATAAA
1 TATGA-AC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * *
16928 AAAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
61 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* ** ** *
16993 TCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
125 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
17047 TCT-AACCTATTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
1 TATGAA-CT-TTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * *
17110 TATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAAATCTGTTTACT
63 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
17175 GAATAAGCTCAAACAGTTATGA-TAATTTAAACAATTAAT-TATTTAAAATCAT
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGT
** * * * * *
17227 TATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAAT
1 TATGAAC--TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * **
17291 AATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGCACTTT-
63 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-CTGTTTA
** * * * * * *
17355 TTGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCAT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * *
17409 TATGATATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCATTTCAT-TAAAGCTTATT-TGAAACAAAA
1 TATGA-ACTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT-AAGCTTATTCAG-AATAAAA
* * * * *
17472 TAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTAC
62 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
17533 CAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGT
126 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *** * * **
17586 TATGAACATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAA
1 TATGAAC-TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* *
17651 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC--
65 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * *
17714 A-AAG------TAG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCAT
129 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
17754 TAT-AACCTTTTCTTCTATTATAGATA-AA-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TATGAA-CTTTT-TT-TGTCATA-AAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * * *
17816 TAATAATAATTTAATAATATT-GAAAATTAATAACTAAGGGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCT
62 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * *
17879 GAAGC-AGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
127 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
17931 TATGAAATTTTATTTTATCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATT-TGAAATAAAAT
1 TATG-AACTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
** * *
17995 AATAAAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACT
63 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * *
18056 AAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCAT
127 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * * * *
18108 TATTACCTTTTGTATGTCATATAACAAATGTTTTTGATCAT-TCAAACTTATTCAAAATACAATA
1 TATGAACTTTT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT-AAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * *
18172 ATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGT---A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
64 ATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * * *
18233 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTATACTTGAAATTGT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * **
18284 TAT-AACCTTTTGTTCTATGACAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
1 TATGAA-CTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
18347 TAATACTAATATAATAATATT-ATGAAATTTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTG
62 TAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-
* * * *
18410 A-TGAATC-AGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GT
124 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGT
* ** * * * **
18464 TATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-AATTTCAATTCATACT-AGCTGATTTGGAATAAAAT
1 TATGAACTTTT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * **
18527 AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTAAAAAATTATTTCTGTTT
63 AATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA-TAAATCTGTTT
** * * * ** *
18591 ACATAACCAA-TTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTGAATCAT
124 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
18646 TAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-GAAATAAAG
1 TATGAA-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAA
* * *
18709 TAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTAT
62 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
18769 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-GCAAATTATTTATTTCAAGTTC-T
126 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAA-ATCGT
* * * * ** * *
18822 TTTG-ACTTTTTGTCCTATTATAAAACATTTGTTTATA-TTTGTACATGCTTATTCA-AATTAAA
1 TATGAACTTTTT-T--TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAA
** * * * *
18884 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATATTT
61 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * ** * * *
18948 ACCAAACTAGACCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
124 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
19003 TATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTC-GAAATAAAAT
1 TATGA-ACTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
* * *
19067 AATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTAC
63 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTAC
* * * * * **
19131 TGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCAC
126 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * **
19184 TAT-AACATTTTGTTTTTACATAAAATAAATT-TTTTTGTTC--A-AA-C-TATTTTGAATAAAA
1 TATGAAC-TTTT-TTTGT-CATAAAA-CAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
19242 TAATACAAAATTATTAATACTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAAA-AAATATGTTTA
62 TAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTA
* * * ** *
19306 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATTTATTTTGAATTGT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** *
19360 TATGACTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATACAAGGC-TATTTGGATTAAAA
1 TATGA-ACTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAA-GCTTATTCAGAATAAAA
* * ** * * * *
19423 GAATATTAA-TTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATATGTTTA
62 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
19487 CCGAACAAGTTAAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCAT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * * * *
19541 TATGACCTTCTATTTTGTAATAAGATAACTATTTCAATTCAAATAAGCTTATT-TGAAATAAAAT
1 TATGAACTT-T-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
*
19605 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAA-TAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
63 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * *
19669 TAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAT
126 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
19722 CATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTATA-TTCATGTAAGCTTATTTC-GAATAAA
1 TATGAAC--TTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAA
* * *
19785 ATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
61 ATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * *
19848 TCTAAACACA-TTCAAATAGTTAT-ATCTATCTGAACAATTATCCATTTCAAATTGT
124 ACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * ** * * *
19903 TATGATCTTTTGTTTTTGTTCATGAAAGCCTATTTAGTATAAAATAATACTAA-TTTATT-AAAA
1 TATGAAC--TT-TTTTTG-TCAT-AAA-AC-AATT-GTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTCAGAA
* *** ** * * * * * *
19966 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-A-AAATAAAATCTATTTACTGAGTGAGTTTAAATA
57 -T---AAAA-TAAT-ACTAATTTA-TTAATATTCA-AAAAT-TAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAA
* * * ** * * * *
20029 GT-TATGACTATTTGA-AAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCT-TTTGTCTTCTCATAAAA
112 ATAAAT--CTGTTT-ACCGAA-CA---AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTG-------A-ACAA
* *
20091 TAAT-TATTTC-TA-C-T
161 TTATCTATTTCAAATCGT
** * *** * * ** *
20105 TAT-ACAAGTTTATTCAAATAAAATAATAT-TAATTTA-TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTA
1 TATGA-ACTTTTTTTGTCATAAAACAAT-TGT--TTTAGTTCATA---T-AAGCTT-AT---TCA
* * * * *
20167 GAGATTTAAAA-AATA--AATCTATTCACTA---AACAAGTTCAA-ATAGTCA-AG-TCT----A
54 GA-A--TAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCAA-AAATT-AATA-AGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
20219 TTCAAA-CT-ATT----AACTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGT---TTTGTCGTA----AA
112 AT-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATC-TATTTCAA
**
20270 AT-AA
174 ATCGT
* * * ** ** * * * * * * ***
20274 T-TG---TTTTTAT-TCATACAA-AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
1 TATGAACTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAA-GCTTATTCA-GAATAAAAT-
* * * * ** *** * * ** *
20333 AA-AATAA-ATA--AGATATTTAAAAACTAA-ATCT-ATCTATTGAATTAGTTCAAAT-AG-TTA
63 AATACTAATTTATTA-ATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAT-AAATCTGTTTA
* * ** * ** * *** *
20390 -TG-ACTA-TTTGAATAATTAT--CTATCTAAAATCACTATGATCT-TTTCTTCTCAT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAA-CA--ATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * ** * *
20442 AAAGTAA-TTGTTTTTGTTCAT---ACAA--G-TTTA-TTTAGAGTAA-AATATT--G-CTAAAT
1 TATG-AACTT-TTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * * *
20495 TAATAAT-A-TT-CTAA-A------AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATGTATTTGCT
62 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
20550 GAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTAGTAGAACAATTATTTTTGTCATCAAACAATTGGTT
127 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-T--TC--A-AA-TCG-T
* * * * ** ** * * *
20610 CTATTCATCCTATTTTAT-TCAGAATAA-AATAATACTAATTTA-ATAA---TATTTCAAAACT-
1 -TA-TGA-ACT-TTTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCAGAA-TA
* * * * * * **
20668 TAATAAT-C-AA--GA--AA-ATTAAAAAATAAATCTAATTGTCAACCTAG-TTCAAATAGTTAA
59 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAA--TAA--GT-AA--GAGATTTAAA-AAATAA
* * * * * * * * ** *
20725 GA-CTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-ATTT--TCCTTTGTCGTA----AAA
116 -ATCTGT-TTACCGA--A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAA
20782 -C--
175 TCGT
* * * * * *
20783 TAT----TGTTTTAT-TCAT---ACAAGTT-TATTTGGATTTAAATAATACTAATTC--AAT--A
1 TATGAACT-TTTTTTGTCATAAAACAA-TTGT-TTTAG-TTCATATAA-GCTTATTCAGAATAAA
** ** * * * *
20835 AT-ATTTTAA-AAATTAATATGT-AAGAGATTTAAAAAATAA-ATTTG-TTTATCGAATAAGTTC
61 ATAATACTAATTTATTAATAT-TCAA-A-AATTAATAAGTAAGA---GATTTA---AA-AA-AT-
* * * * *
20895 AAATC-G-TTA-AG-ACTA-TT-AGAATAATTAT--CTATTT--C-AA--ATC-GTTT----T-G
114 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
20941 -
178 T
* * * * * *
20941 ---G-CCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTA
1 TATGAACTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* ** *
21002 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
64 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAA-TA-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
21067 CCGAACAAATTCAAATAGTTATTG-CTATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATCGT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * ** *
21121 TAT-AACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTT-AGTACAAGCTTAGACAAAATAAAA
1 TATGAA-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * *
21184 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
62 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * ** * * * ** *
21249 TGAATTAA-TAAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCGT
126 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
21302 TATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAAT--AA-A
* * *
21367 ATAATAATAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
61 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
21432 CCGAACTAGTTCAAATAAGTT-TGAATATTTGAACAATTTTCAATCTCAAATTGT
125 CCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* ** * * * *
21486 TAAGATTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATTATTTT-TTATCATAGAAGCTTATTCA-ATTAAAAA
1 TATGAACTTT-TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTCAGAAT-AAAA
* * * * * *
21548 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTT-G
62 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
21612 CGAAACCAGTTCAAATAATT-TAAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCGT
126 CG-AACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * **
21666 TATGATA-TTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTATTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAA
1 TATGA-ACTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * ** * *
21729 TAATCCAAATATAGTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA
62 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
21794 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCAT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * ** ** *
21848 TATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGGATAACCAAAATAAAATA
1 TATGA-ACTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * *
21913 ATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTACT
64 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACC
* ** * * *
21977 GAACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGT
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *
22029 TAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT-GTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAA
1 TATGAA-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAA
* *
22091 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA
61 ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* ** * * * * * *
22152 CCAAATTAGTTCAAATAATTATCACCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCAT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * **
22206 TGTTG--CTTTTTGTTTGATCATATAACAATTGTTTTA-TATCATACAAGCATATTTGGAATAAA
1 T-ATGAAC-TTTT-TTTG-TCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTCAGAATAAA
*
22268 ATAATACTAATTTCA-TAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTT
61 ATAATACTAATTT-ATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * * * *
22330 ACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTAGTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATT
124 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-----GT
* * * * * * * * *
22390 TACAAAATAAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATT-ATTTATGTTCATACATGTTTATT-TGAA
1 T-----ATGAAC-TTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATATAAGCTTATTCAG-A
* * * ** *
22453 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATTTAAATTT
56 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * * * * * *
22518 GTTTGTCAAACTAGTTCAACTTGTTAAGATTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGT
120 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
22577 TACGACCTTTTGTCTTGTCAAAAAACAATT-TTTTCAATTCAAACT-AGCTTATT-TGAAATAAA
1 TATGAACTTTT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATA-TAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * * * *
22639 ATAA-AATGAATTTA-TAGATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATT
61 ATAATACT-AATTTATTA-ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
22702 TACCTAACTAGTTCTAAT-GATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
123 TACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *
22758 TAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG---T--TT--T-T--G----TTCATAATAAAAT
1 TATGAA-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* *
22808 AA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTCAT
63 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-AC
* * * * *
22867 C-AATCTAGTTCAAATA-AT-TGACTATTTGAGCAGTTAAT-TATTTCAAATCAT
126 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * *
22918 TTTG-ACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
1 TATGAAC-TTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * *
22981 TAATATTAATTTATTATTATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTA
62 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
23045 CTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
125 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
23099 TATG-ACTTTTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
1 TATGAACTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
23163 ACCAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATGAAAT-TATTTACAGA
66 ACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGA
* * * * *
23227 ACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAAT-GC
129 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGT
** * * * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAAT
* * * ** * *
23693 AATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATGATTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTAC
63 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
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* * * * * * ** ** *
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1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * *
23875 ACTA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTAC
63 AATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * *
23938 TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCAT
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* * *
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1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 TATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
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* ** * * *
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* * * **
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1 TATGA-ACTTT-TTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--ATT--G--T--TT--TAGTTCATATAAGC
* * * *
24417 TTATTCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAA-AGATTT-AAA
47 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * **
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111 AATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*
24541 CAT
176 CGT
* * * * * * *
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1 TATGAACTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 TATGAACTTTT-TTTGTCA---TAAAACAATTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTCAGAATAAA
* *
24788 ATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAA
61 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
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Statistics
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14889 TACTATGATC
* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* *** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
15501 ATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGATATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCGAAATAA
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* * * ** *
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* *
15625 TAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* ** * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * ** * * *
16361 TAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTAATAAGATTTTAAAAATTAATAAG
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* * * * ** *
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* * *
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507 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACT
* * * ** * *
16514 TTTATTTAGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
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* * * *
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** ** * *
16707 TAAAACAATTGTTTC-GATAAATATGAGTTTATAT-GATATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
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* ** *
16770 TTCT-AAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAATCAA-TT-AAATAAT
253 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCATTT-TTGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** * * *
16831 TATGGCAATTTGAATAATTATCTATTCCAAATAGCAATAGCCA-TTTGTTTTGTTATCAAACAAT
314 TAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * *
16895 TATTT-TTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
378 TGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * ** **
16959 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATAAG
442 AATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * *
17024 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCT
503 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CT
* * * * * * *
17055 ATT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATTATCCTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
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* * * * * *
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127 CAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCA
** * * ** * *
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190 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
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* * * * * * * *
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* * * *
17442 TCATTTCATTA-AAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATA
382 TCAATTCA-TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
17506 AGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTA
446 AGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
*
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511 TCTATTTCAAATCATTAT-AACT
* * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
17839 AAATTAATAACTAAGGGATTT-AAAAATAAATC-TGTTTGCTGAAGC-AGTTTAAATAGTTAAGA
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* * * * * * *
17901 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTATTTTATCATAAAACAATCGTTTT
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* * * *
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* * * * * * *
18031 GATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACTAAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCT
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*
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* * * * * *
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* * * * **
18432 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-AAT
317 GACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
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* * * ** * **
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378 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-
* * ** *
19097 ATAATTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTACTGAAT-AAGTTTAAATAATTATGACTATTT
441 -TAA-TAAGTGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTT
* *
19160 GAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACAT
502 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
* * * ** *
19192 TTTGTTTT-TACATAAAATAAATT-TTTTTGT--T-CAAAC-TATTTTGAATAAAATAATACAAA
1 TTTGTTTTGT-CATAAAA-CAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
19251 ATTATTAATACTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAAA-AAATATGTTTATCGAACAAG
64 TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTAT-GAA-AAG
* * ** ** * *
19315 TTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATTTATTTTGAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTC
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTATC
* * ** * * * *
19379 ATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGGCTATTTGGATTAAAAGAATATTAA-TTATTAATATT
189 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
19443 TTGATAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAACAAGTTAAAATAGTC
254 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCAT-TTT--TGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * * * *
19507 ATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTCTATTTTGTAATAAGATAACTA
315 AAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
19572 TTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAA
380 TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--
* * * * *
19636 TGAATAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGA
441 T-AATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * *
19700 ATAATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTT
504 ACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC-T
* * * **
19731 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTATATTCATGTAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-A
* * * *
19794 ATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCTAAACAC
63 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAAA-A-
* * * ** * *
19857 ATTCAAATAGTTAT-ATCTATCTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG---T-T
124 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
* ** * *
19917 --T-------TTG-TTCA--T--GA-AAGCCTATTTAGTATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
188 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * *** *
19967 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTT
253 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATC-ATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
20032 ATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTCTTCTCATAAAATAATT
315 AAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
20096 ATTTCTACTT-ATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
379 GTTTC-AATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * * * * *
20158 AATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTAAA-CAAGTTCAAATAGTCAAGTCTATTC
442 AATAAG-T---GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * *
20222 AAACTATTAACTATTTCAAATCGTTATGACAT
502 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
* * ** *
20254 TTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
** * * * * *
20319 TTATTAATATTTTGAAAA-T-A-AA-TAAGATATTTAAAAACTAAATCTATCTATTGAATTAGTT
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAA-AAGTT
* * * * * * * *
20380 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCACTATGATC-TTT-TCTTCTCATA
127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
** ** * * * * * *
20443 AAGTAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTA
192 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * *
20508 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATGTATTTGCTGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGA
257 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CATTT-TTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * *
20572 CTA---G--T-A-GA---A---C-AA----T-T---A---T-TTTTGTCATCAAACAATTGGTTC
319 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * * *
20611 TATTCATCCTATTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAA-
384 AATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** ** * * * * * *
20674 TCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTC-AACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACG
448 T---G--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
**
20738 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACAT
507 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
** * * * ** * *
20765 TTTCCTTTGTCGTAAAACTATTG-TTTTATTCATACAAGTTTATTTGGATTTAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
20829 TCAATAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTT
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAA-AAGTT
* * * * * * ** *
20894 CAAATCGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGGCCTTTTG-TTTAGTTAT
127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA-TCAT
* * * * * * * **
20958 AAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCA
191 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
** ** *
21023 AAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTA
256 AAAAATTAA-TA-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC-ATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * *
21088 TTG-CTATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCA-TTTGATTTGTCATAAAATAATT
316 -AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * **** * *
21151 ATTTTAGTT-AGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTA
379 GTTTCAATTCA-TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* ** * ** * *
21215 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAATAAAAATAATTATGGCCATTTGA
443 ATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGA
** * * *
21280 ATGATTATCTATTTGAAATCGTTATGAGCT
504 ACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACT
* * *
21310 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCAGAAT--AA-AATAATACT
* * * *
21375 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTA
62 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAA-AA
* * * * ** * *
21440 GTTCAAATAAGTT-TGAATATTTGAACAATTTTCAATCTCAAATTGTTA-AGA-TTTTTGTTTTG
124 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTA
* ** * * * * *
21502 TCATTAAAA-AATTATTT-TTTATCATAGAAGCTTATTCA-ATTAAAAATAATACTAATTTAATA
187 TCA-TAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGTTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
21564 ATATTTCAAAAATTACTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-GTGCTTGCGAAACCAGTTCAAAT
249 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT--TTTTG-AACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
21628 AATTTAA-ACCATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCGTTATGATATTTTGTTTAGTCAAAAAAT
311 -AGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * **
21692 ATTTATTTC-ATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCA-AATATAGTAACATTTGGAA
375 AATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-AATAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
21755 AATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAT
438 AATTAAT----AAGTGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGAC
* * * *
21819 TATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACAT
497 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
* * * ** ** * *
21856 TTTGTTTTGACATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGGATAACCAAAATAAAATAATAATAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
21920 TTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAACAAA
64 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTA-TGAA-AAG
** * * * * *
21984 TTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCA
* *
22049 TAAAACAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
190 TAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
22112 TCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATC-TGTTT-ACCAAATTAGTTCAAATAAT
253 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTTGA--ACA--AGTTCAAATAGT
** * * * * * *
22171 TATCACCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTTG-CTTTTTG-TTTGATCATATAACAA
314 TAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAACAA
* * * * *
22234 TTGTTT-TATATCATACAAGCATATTTGGAATAAAATAATACTAATTTCA-TAATCTTTCAAAAA
377 TTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTT-ATTAATATTTCAAAAA
** * * *
22297 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTAGT
440 TTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATT
* * * *
22360 TGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACAT
501 TGAACAATTATCTATTTCAAATC----A-TT-----AT-AAC-T
* * * * * * * *
22404 TTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGT-TCATACATGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TATCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * * ** * * *
22467 ATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTGTCAAACTAG
63 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATGAAA--AG
* * * * * * ** ** * *
22532 TTCAACTTGTTAAGATTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTCTTGTCA
125 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * *
22597 AAAAACAATTTTTTCAATTCAAACTAGCTTATTT-GAAATAAAATAA-AATGAATTTA-TAGATA
190 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTA-ATA
* * * * * * *
22659 TTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTACCT-AACTAGTTCTAAT-GA
252 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTT--TTGAACAAGTTCAAATAG-
* * * * *
22722 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
313 TTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
22787 TG-TT---TT--T----G-TTCA--T--AATAAAATAA-ACA-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
378 TGTTTCAATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
22835 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTCATC-AATCTAGTTCAAATAA-T-TGACTATTTGA
441 TAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAATC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * *
22896 GCAGTTAAT-TATTTCAAATCATTTTGACTT
504 ACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
* * * * * * * *
22926 TTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
22991 TTATTATTATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGA
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAA-AAGT
* * ** * *
23055 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTT-TTTTGTCAT
126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * * * **
23117 AAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAAGTTGTTAATATTCC
191 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * ** * * *
23182 AAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATGAAATTATTTACAGAACAAGTTTAAATAATTATGA
256 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * *
23247 CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAAT-GCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGA--GTT
319 CTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTT
** * * * *
23308 CATCTGTTCAAACAAGCCTATTTTG-GATAAAATAATACA-AATTTATTGATA-TT-AAGACAAT
382 --TCAATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTTCAA-A-AAT
* * * * * **
23369 TAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCACA-CAAGTTTAAATCGTTATGACTATT
441 TAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATT
* *
23433 T-AAGC----A---A---CAAATTATTATGACTT
501 TGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
* * * * * *
23456 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTAAGATTAAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
** * * * * *
23521 TTATTAATATTTTGACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAATTT
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAA-AAGTT
* * * * * * * * *
23586 CAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTGTGATCTTTTATTTTGTAATA
127 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * *
23651 AAACAACTGTTTTAGTTAACATAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
192 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * ** * * * * **
23715 T-AAAATTAATGATTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTACTGAAAAAGTTCAAAGAGTTTT
255 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATC-ATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * * * * * * *
23779 GACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTCTGACCTTTTCTTTTCTCAGAAAACAAATGG
317 GACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
23843 TTCTATTCATCCAAGCTTATTTTG-AATAACATACT-ATAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAA
381 TTCAATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
** * * ** *
23906 TAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
444 TAAG---TGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * *
23970 CAATTATCTATTTCCAATCATTATGACCA
505 CAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACT
*
23999 TTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * **
24063 TTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAGCGAGT
64 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GA-AAAGT
* * * ** * * *
24128 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * *
24193 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
191 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
24257 TAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TAA
255 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTT--TGAACAAGTTCAAATAGTTAA
** * * *
24320 TTTCTATTTGAACT-ATAATCTATTTCTAA-CTGTCATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATA
317 -GACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACATTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A
** ** ** *
24383 CCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA-AACCAATTTATT
374 -C-A--ATT--G--T--TT-CAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAA-TAATTTATT
* * * * ** * *
24447 ACTATTTCAAAAATTAATAA-AGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGCTGAA-CTAGTTCAAATAGT
427 AATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AATTCAAATAAT
* * ** * *
24509 TAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCT
491 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACT
* * * * *
24552 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
24616 TTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGT
64 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAA-AAGT
* * ** * * * **
24681 TCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGATCTTTTATTTTTATTG
126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTTATCA
* * ** * * *
24746 TAAAACAATTGTTTCAGTAT-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT
190 TAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
24809 TCAAAA
254 TTAAAA
24815 TTTGATAGTG
Statistics
Matches: 7407, Mismatches: 1473, Indels: 980
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
509 5 0.00
510 80 0.01
511 119 0.02
512 5 0.00
513 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATGAAAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
AATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATAACT
Found at i:20074 original size:163 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19760--20078 Score: 392
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
19750 ATTGGTTATA
* * * *
19760 TTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATGAAAGCCTATTTAGAATAAAATAATATAAATTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
19825 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACATTCAAATAGTTATATCTATCTGAACAATTATC
66 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACACATTCAAATAGTTATATCTATCTGAAAAATTATC
*
19890 CATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTTG
131 CATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTTG
* * *
19921 TTCATGAAAGCCTATTTAGTATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATGAAAGCCTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTA
*** * * *
19985 AAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACTGAGTGA-GTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAAAAA
65 AAA-ATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACT-AAACACATTCAAATAGTTAT-ATCTATCTGAAAAA
**
20048 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGT
126 TTATCCATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGT
20079 CTTCTCATAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 58 0.44
162 12 0.09
163 60 0.45
164 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (161 bp):
TTCATGAAAGCCTATTTAGAATAAAATAATATAAATTGATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAA
AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACACATTCAAATAGTTATATCTATCTGAAAAATTATC
CATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTTG
Found at i:22479 original size:911 final size:899
Alignment explanation
Indices: 20624--24814 Score: 2468
Period size: 911 Copynumber: 4.6 Consensus size: 899
20614 TCATCCTATT
* * *
20624 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAATCAAGAAAATTAAAA
1 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAA
* * *
20689 AATAAATCTAATTGTC-AACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACGATTATCTATTTCAA
64 AATAAATCTGATTGTCAAACC-AGTTCAAATATTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
20752 ATTGTTATAACATTTTCCTTTGTCGTAAAACTATTGTTTT-AT-TCATACAAGTTTATTTGGATT
127 ATTGTTATGACATTTT-GTTTGTC-AAAAAATATT-TTTTCATATCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * * * *
20815 TAAATAATACTAATTCAATAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
189 AAAATAATACAAATT--ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * *
20880 TTATCGAATAAGTTCAAATCGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGGCCT
252 TTACCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * ** * *
20945 TTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAAT
316 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATAATAAT
21010 TTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
381 TTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
*** * * *
21075 ATTCAAATAGTTATTGCTATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCATTTGATTTGTC
446 ATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCATTTGATTTGTC
*
21140 ATAAAATAATTATTTTAGTTAGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
511 ATAAAACAATTATTTTAGTTAGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * **
21205 TCTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAATAAAAATAATTAT
576 CCAAAAATTAATAAGT---AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAATAAAAATAATTAT
** * * * *
21270 GGCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
638 CACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
21335 TTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTTGAAAAATTAA
703 TTTGATCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATAATAAT-ATTCATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
21400 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAAGTTTGAATATTTGAA
767 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAAGTTTGAATAGTTGAA
* * * * * * *
21465 CAATTTTCAATCTCAAATTGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATTAAAAAATTATTTTTTATCATAGA
832 CAATTTTCAATATCAAATTGTCAAAATTTTTGTTCTATCATTAAAAAATTATTTTGTATCATACA
21530 AGC
897 AGC
* * *
21533 TTATTCAATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * *
21598 AATAAATGTGCTTG-CGAAACCAGTTCAAATAATTTAA-ACCATTAGAATAATTATCTATTTCAG
64 AATAAATCTGATTGTC-AAACCAGTTCAAAT-ATTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
21661 ATCGTTATGATATTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATA
127 ATTGTTATGACATTTTGTTT-GTCAAAAAATATTT-TTTCATATCATACAAGCTTATTTGGAATA
* * ** *
21726 AAATAATCCAAATATAGTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTAT
190 AAATAATACAAAT-TA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT
* * * * *
21791 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACAT
252 TTACCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
21856 TTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGGATAACCAAAATAAAATAATAATAAT
316 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATAATAAT
* * ** ** * * * *
21921 TTCTTAATATTTTAAAAATTAA-TA-AGTAAGAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTACTGAACAA
381 TTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
* * *
21983 ATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
446 ATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCATTTGATTTGTC
* ****
22048 ATAAAACAATTGCTTTT-GTTCA-TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
511 ATAAAACAATT-ATTTTAGTT-AGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * **
22111 TTCCAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATC
574 TTCCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAATAAAAATAATTATC
* * * *
22175 ACCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTGT-TGCTTTT-TGTTTGATCATATAACAATTGT
639 ACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGT-TTTG-TCATAAAACAATTGT
*** * *
22238 TTTAT-ATCATACAAGCATATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TTCA-TAATCTTTCAAAAATTA
702 TTT-TGATCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATAATAATATTCATTAATATTTCAAAAATTA
* *
22300 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-TTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAA-TTATGACTAGTTG
766 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAAGTT-TGAATAGTTG
* *
22362 AAGAATTGTATACTTCAA-ATCAATTATT-TACAAAATAAACATTTTGTTCTATTA-TAAAATAA
830 AACAA---T-T--TTCAATATCAA--ATTGT-CAAAAT-----TTTTGTTCTATCATTAAAA-AA
* *
22424 TTATTTATGT-TCATACATGT
880 TTATTT-TGTATCATACAAGC
* *
22444 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
1 TTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAA
** * * * * *
22509 TTTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAACT-TGTTAAGATTATATA-AACAATTATCTATTTCAA
64 AATAAATCTGATTGTCAAACCAGTTCAAATAT-TTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
22572 ATTGTTACGACCTTTTGTCTTGTCAAAAAACAATTTTTTCA-ATTCAAACTAGCTTATTTGAAAT
127 ATTGTTATGACATTTTGT-TTGTCAAAAAA-TATTTTTTCATA-TCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * * * *
22636 AAAATAAAATGAATTTATAGATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTAT
189 AAAATAATA-CAAATTATA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
22701 TTACCTAACTAGTTCTAATGATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
252 TTACCGAACAAGTTCAAATG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
22766 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT---A--AT----AAAAT---A-AA-CA-AAT
316 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATAATAAT
* *
22816 TTATTAATATTTC-AAAAATTAA-T-----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-TTTCATC-AAT
381 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTT-ACCGAA-
* * * * * * * * * * * **
22871 CTAGTTCAAATAATT--GACTATTTGAGCAGTTAAT-TATTTCAAATCATTTTGACTTTTTG-TT
443 CAAATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATT-ATCTATTTAAAATCGTTATAACCATTTGATT
* * ** ** * *
22932 CTATTATAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTA
507 -TGTCATAAAACAATTA-TTT-TAGTT-AGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** * *
22994 TTATTATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGAT-CA
568 TTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T--AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTA-ATAAA
* * * * **
23058 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTT-TTTTGTCATAAA
629 AATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * ** * * *
23120 AAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAA-GTT-GTTAATATTCCA
694 ACAATTGTTTTTGATCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATAATAATATTCATTAATATTTCA
* * * * * *
23183 AAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATGAAA-TTATTTACAGAACAAGTTTAAATAA-TTATG
759 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAAGTT-TG
* * * * * * * * ** * *
23246 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAATG-CTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAAAGAGTTC
822 AATAGTTGAACAATTTTCAATATCAAATTGTC-A-AAATTTTTGTTCTATCATTAAAAA-A-TT-
* *
23309 A-TCTGT-TCAAACAAGC
882 ATTTTGTATCATACAAGC
* *** * * * *
23325 CTATTTTGGATAAAATAATACAAATTTATTGATA-TT-AAGACAATTAATAATTAAAAGATTTAA
1 TTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA-A-AATTAATAA-TAAGAGATTTAA
* ** * * * ** * *
23388 AAAATAAATATG-TTCACCACACAAGTTTAAATCGTTATGACTATTTA-AGC----A---A---C
62 AAAATAAATCTGATT-GTCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTC
* * ** * **
23441 AAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTTGT-TCATATAAGCTTATTAAG
125 AAATTGTTATGACATTTTG-TTTGTCA-AAAA-ATATT-TTTTCATATCATACAAGCTTATTTGG
* * * ** * * * *
23504 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
186 AATAAAATAATA-CAAATTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * *
23569 TGTTTATTGAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTGTGA
249 TATTTACCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * * **** * *
23634 TCTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTTAGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACT
313 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATAAT
* ** * ** ** * * *
23699 AATTTATTAATATTCCTAAAATTAA-T-GATTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTACTGAA
378 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* *** * * * * * * **
23762 -AAAGTTCAAAGAGTTTTGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTCTGACCTTTTCTT
443 CAAA-TTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATCTA-TTTAAAATCGTTATAACCATTTGAT
* * ** * * ***** * * *
23825 TTCTCAGAAAACAAATGGTTCTA-TTCA-TCCAAGCTTATTTTGAATAACATACTA-TAAATTAA
506 TTGTCATAAAAC-AATTATTTTAGTT-AGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * ** * **
23887 TTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CACATTCAA
568 TTAATATTCCAAAAATTAATAAG--TAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTA-ATAAAA
* * * * * * *
23951 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAA
630 ATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
24015 CTAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT-TT-ATTAAAATTCC
695 C-AATTGTTTTTGA-TCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATAATAATATTCATTAATATTTC
* * * * * * *
24077 AAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTATCGAGCGAGTTTAAAT-AGTTAT
758 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAAGTT-T
* * * * * * ** * *
24140 GACTATTTGAATAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATT-
821 GAATAGTTGAACAATT-TTCAATATCAAATTGTCAAAAT-TTTTGTTCTATCATTAAAA-AATTA
* * * *
24202 GTTTCTATTCATAAAAGT
883 TTTTGTA-TCATACAAGC
* * * *
24220 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAA
1 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAA
* * * * ** * * *
24284 AAATAAATTTG-TT-TACTGAACAAGTTCAAATA-GTAATTTCTATTTGAACTATAATCTATTTC
63 AAATAAATCTGATTGT-C-AAACCAGTTCAAATATTTAA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* * * **
24346 TAACTGTCATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCAT
125 AAATTGTTATGACATTTTG-TTTGTC--AAAA-AAT----A-T-TT-----T--TTCATA-TCAT
** *** * * *
24411 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAA-AGAT
172 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-CAAATTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * ** *
24471 TT-AAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATT
235 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * * **
24535 TCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAA
299 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATAACCAA
* * * * *
24600 AATAAAATGATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAA-TA-AGAAAGA-AATTAAAAAAATAA
364 AATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAA
* * ** * * *
24662 ATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
429 ATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA
* * * * * * * **
24727 TGATC-TTTTATTT-TTATTGTAAAACAATTGTTTCAGTATA-TAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
494 TAACCATTTGATTTGTCA---TAAAACAATTATTTTAGT-TAGTACAAGCTTAGACAAAATAAAA
* * *
24789 TAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAA
555 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
24815 TTTGATAGTG
Statistics
Matches: 2589, Mismatches: 514, Indels: 353
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
871 168 0.06
872 12 0.00
873 1 0.00
874 2 0.00
876 1 0.00
877 1 0.00
879 2 0.00
880 9 0.00
881 103 0.04
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883 2 0.00
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918 3 0.00
919 4 0.00
920 1 0.00
921 40 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (899 bp):
TTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTGATTGTCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTG
TTATGACATTTTGTTTGTCAAAAAATATTTTTTCATATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
TACAAATTATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
AAGTTCAAATGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACAT
TCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAG
TTACAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAAT
TATTTTAGTTAGTACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
ATAAGTAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAATAAAAATAATTATCACCATTTGAATA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAA
GCATATTCAAAATAAAATAATAATAATATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAAGTTTGAATAGTTGAACAATTTTCAATATC
AAATTGTCAAAATTTTTGTTCTATCATTAAAAAATTATTTTGTATCATACAAGC
Found at i:22767 original size:729 final size:712
Alignment explanation
Indices: 20632--24814 Score: 2152
Period size: 729 Copynumber: 5.8 Consensus size: 712
20622 TTTTATTCAG
* * *
20632 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAA-TCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---G--ATTTAAAAAATAAAT
** ** * * * * * ** * *
20696 CTAATTGTCAACCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATA
61 CTGTTTACCAA-TTAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTT
* ** * * * * * *
20761 ACATTTTCCTTTG-TCGTAAAACTATTGTTTTAT-TCATACAAGTTTATTTGGATTTAAATAATA
124 GC-TTTTTGTTTGATCATATAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * * *
20824 CTAATTCAATAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAA
188 CTAATT-TATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTTACT-GAA
** ** * * * * * ****
20888 TAAGTTCAAATCGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGGCCTTTTGTTTA
250 CCAGTTCAAATAATTATGACTATT-GAATAATTATATACTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTA
* * * * * ** ** * * * *
20953 GTTATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
314 GTCAAAAAATAATTATTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATATAATAAC
* * * *
21018 A-TTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAA
379 ATTTC-AAAAATTAA-TA-ACAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * * * * ** * *
21082 TAGTTATTG-CTATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCA-TTTGAT-TTGTCATAA
441 TAGTTA-AGATTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTACGA-CATTTTG-TCTTGACAAAA
* * * * * * *
21144 AATAATTATTTTAGTT-AGTACAAGCTTAGA-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
503 AACAATTGTTTCAATTCA-TAAAAGCATA-ACCAAAATAAAATAATAATAATTTA-TAATATTTC
* * * * * ** *
21207 TAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATTAATAAAAATAATTATGG
565 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAATTCAAAT-ATTATGA
* * * * * *
21272 CCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
629 CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
*
21337 TGATCATACAAGCTTATTCAA
694 TG-TCATACAAGCTTATT-TA
* *
21358 AATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
1 AAT--AA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAA
* * * * * *
21423 ATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAAGTTTGAATATTTGAACAATTTTCAATCTC-AA--ATTG
59 ATCTGTTTACC-AATTAGTTCAAATAA-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTG
* * * * * *
21485 TTAAGATTTTTGTTTTG-TCAT-TAAAAAATTATTTTTTATCATAGAAGCTTA-TT-CAATTAAA
122 TT--GCTTTTTG-TTTGATCATAT-AACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGGAA-T-AA
* * * *
21546 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTT
181 AATAATACTAATTT-ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATGTTT
* * * * * * * *
21611 GC-GAAACCAGTTCAAATAATT-TAAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCGTTATGATAT
244 ACTG-AACCAGTTCAAATAATTAT-GACTATT-GAATAATTATATACTTCAAATCATTATAATAT
* * * *
21674 TTTGTTTAGTCAAAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAAT
306 TTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAAT
* ** * *
21739 ATAGTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGT
371 ATAATAACATTTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* * * * * * * *
21804 TCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACAT
436 TCAAATAGTTAAGATTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTACGACATTTTGTCTTGACAA
* * * *
21869 AAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGGATAACCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTT
501 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATAATAATTT-ATAATATTTC
* *
21934 AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAGTAAATT-TGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAC
565 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-T-AATTCTGTTTACTGAACTAATTCAAATA-TTAT
* * * * *
21997 AACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCT
627 GACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
22062 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGA
692 TTTG-TCATACAAGCTTATTT-A
* * *
22085 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * *
22150 TACCAAATTAGTTCAAATAATTATCACCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTTGCTTT
66 TACC-AATTAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTGCTTT
*
22215 TTGTTTGATCATATAACAATTGTTTTATATCATACAAGCATATTTGGAATAAAATAATACTAATT
129 TTGTTTGATCATATAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
*
22280 TCATAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAT-TGTTTACTGAACCAGTTCA
194 T-ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTTTACTGAACCAGTTCA
* *
22344 AATAATTATGACTAGTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACATTTTGT
258 AATAATTATGACTA-TTGAATAATTATATACTTCAAATC-ATTA--T----AAT----ATTTTGT
* * * * * * *
22409 TCTA-TTATAAAATAATTATTT-ATGTTCATACATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTA
311 T-TAGTCAAAAAATAATTATTTCAT-ATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATATA
* * ** * * ** *
22472 ATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAATTTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCA
374 ATAACATTTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* * * ** * *
22536 ACTTGTTAAGATTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTCTTGTCAAAAA
439 AATAGTTAAGATTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTACGACATTTTGTCTTGACAAAAA
* * * ****
22601 ACAATTTTTTCAATTCA-AACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATAGATATTTCA
504 ACAATTGTTTCAATTCATAA-AAGCATAACCAAAATAAAATAATAAT-AATTTATA-ATATTTCA
* * * * *
22664 AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTACCT-AACTAGTTCTAATGATTATGA
566 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTA-CTGAACTAATTCAAAT-ATTATGA
* * *
22728 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
629 CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
22793 TGT--T-----C--A--T-
694 TGTCATACAAGCTTATTTA
* *
22800 AATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * *
22863 TCATCAATCTAGTTCAAATAA-TTGACTATTTGAGCAGTTAAT-TATTTCAAATCATT-TTGACT
66 T-ACCAAT-TAGTTCAAATAATTTGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTGTTG-CT
* * * * * *
22925 TTTTGTTCT-ATTATAAAACAATAGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATT
127 TTTTGTT-TGATCATATAACAATTGTTT-TATATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
* * * *
22988 AATTTATTATTATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACT
190 AATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAAAAAATATGTTTACTGAACC
* * * * * ** * *
23052 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTT-GT
252 AGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGT
* ** * **
23114 CATAAAAA-AATTATTTCAGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAAGT-TGTTAA
316 CA-AAAAATAATTATTTCA-TATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CAAATATAATAA
* * ** * *
23176 TATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTCAAAAAATGAAAT-TATTTA-CAGAACAAGTTTAAA
378 CATTTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTGAAAAAAT-AAATCTATTTACCA-AACAAGTTCAAA
* * * * * * *
23238 TAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAATGC-TATA--ACCTTTTGTTTTGTCATAA
441 TAGTTAAGATTATATAAACAATTATCTATTT-AAAAT-CAT-TACGACATTTTGTCTTGACA-AA
* * ** ** * ****** *
23300 AAAGAGTT-CATCTGTTCA-AACAAGCCTATTTTGGATAAAATAATACA-AATTTATTGATA-TT
502 AAACAATTGTTTCAATTCATAA-AAGCATAACCAAAATAAAATAATA-ATAATTTA-TAATATTT
* * * * * * * *
23361 -AAGACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTCAC-CACAC-AAGTTTAAATCGT
564 CAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACTGA-ACTAA-TTCAAAT-AT
** ** * *
23423 TATGACTATTT-AAGCA--A-C------AAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
624 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* *
23478 ATTTTTGTTCATATAAGCTTA-TTA
689 GTTTTTG-TCATACAAGCTTATTTA
* ** * *
23502 AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 A-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAA
* ** ** * * * * *
23567 TATGTTTATTGAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTG-
60 TCTGTTTA-CCAATTAGTTCAAATAAT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGT
* * * *
23631 TGATCTTTTAT-TTTG-TAATAAAACAACTGTTTTAGTTAACAT--AAGCTTATTT-GAAGTAAA
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* * * * ** * * *
23691 ATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATGATTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTT
182 ATAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAA-AAATATGTTT
** * * * * * * * * * **
23756 ACTGAAAAAGTTCAAAGAGTTTTGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTCTGACCTT
244 ACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTAT-TGAATAATTATATA-CTTCAAATCATTATAATATT
* ** * * * ** * * * *
23820 TTCTTTTCTCAGAAAACAAATGGTTC-TATTCATCCAAGCTTATTTTG-AATAACATACTATAAA
307 TTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTTCATA-TCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACAAA
* * * * * * **
23883 T-TAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCAAA-A-ATTT-TAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA
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* * * * ** * *
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* * ** * * *** * *
24007 GTC-ATAAACTAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
496 GACAAAAAAC-AATTGTTTCAATTCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATAATAATTTA-TAA
* * * * * * * * * * *
24071 AATTCCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA-TCGAGCGAGTTTAAATA
559 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACT-GAACTAATTCAAATA
* * * * *
24135 GTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
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* *
24200 TTGTTTCTAT-TCATAAAAGTTTATTTA
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*
24227 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T---GATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
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60 TCTGTTTAC-CAATTAGTTC-AA-A-TAATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
*
24351 GTCATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTAT-TCATACA
121 GT--TG-CTTTTTG-TTTGATCAT---AT-A-A-C-A--ATT--G--T--TT--TATATCATACA
** *** * * *
24414 AAATTATTCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAA-AGATTTA
165 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * * * *
24474 AAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAA
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* * ** * * * * **
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* * * * * * * * *
24603 AAAATGATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGA-AATTAAAAAAATAAATCTT
357 AAAATAATACAAATATAATAACATTTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTA
* * * * ** *
24667 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTT-TTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAT
422 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGA-TTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTACGA-
* * * *** * * *
24731 C-TTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTCAGTAT-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT-
485 CATTTTGTCTTGA-CAAAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCATAACCAAAATAAAATAATA
* *
24793 ATTACTTATTAATATTTCAAAA
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AATTATGACTATTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGTCAAAAAATAA
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TTAAAAAATAATTCTGTTTACTGAACTAATTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
AAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTCATACAAGCTTATTTA
Found at i:22943 original size:160 final size:165
Alignment explanation
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* *
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* * * **
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* *
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* * * *
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* * *
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TTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
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Alignment explanation
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*
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Found at i:27693 original size:358 final size:359
Alignment explanation
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26333 CAATCCAACA
* * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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** * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** * * *
26899 AATTTGTTTA-CTAAGCCAGTTT-AATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTCAAATCG
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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** * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
27254 AATGAATTTGTTTACCGAACAAATTCAACTAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATATCAAAT
188 AATAAATTTGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
27319 TGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATTCATACAAGCTTTATTTTAAATA
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* *
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* *
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* * * * *
27487 TATTTTAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATGCAAGCATA
64 TATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * *
27551 TTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAATA
128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAATA
* * * * *
27616 AATTTGTTTACCGAGCAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTT
192 AATTTGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * * *** *
27681 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAA
257 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAAT
* *
27745 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGATAGG
321 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAG
* * * * * *
27784 AGCTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAA-GTATTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * **
27849 TATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTGCAAAATTAT
64 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * ** *
27914 TT-AGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAGCTA
129 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAA-ATA
* ** * * * * *
27975 AATTTATTTATGGAA-ACATTTCAAACAGTTGTGACTATTTAAATAATTGTCTATCTCAAATCA-
192 AATTTGTTTACCGAACA-ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AG
* * * * * * *
28038 TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTT--TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAA
* *
28100 ATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAG
319 ATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
28142 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAA-GTATTT-ATGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * * ** *
28206 TTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTA
63 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
** * * * * * **
28271 TTCAAAAGACAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGA-TT-AAAA-A
128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAATA
** * * * * *
28333 AA-TTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATGT-AAAGTCG
192 AATTTGTTTACCGAACAATTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TAG
* * * * * **
28395 TTATGCCCTCTTTTATTTTGTCATAAAAC-A-TTTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATA
255 TTATG-AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-
* * * * *
28458 AAAAAAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAG
316 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
28502 AGATTT-AAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCACATAGTAATGACTATTTGAACAAATATC
1 AGATTTAAAAAATAAAG-TA-TTTATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * **
28566 AATCTCAAATAGTTATGATCC--TTATTTTCTCATAAAAAAATTGTTTATAATCATACAAGCTT-
64 TATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
28628 TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-AA-AGATTT-AAAATA
128 TTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATA
* ** ** * * ** **
28689 TATAAGTTTGTCGAACTAGTTT-AAATAGTTAAGACTGCTAAAATAATTATCTATTTCAAATCA-
192 AATTTGTTTACCGAAC-AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AG
* * * * * * * **
28752 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAA--TTATTTCAATTTATACAAGCTTAATTGGAATAAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAA
* * * *
28815 ATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAG
319 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
28856 AGATTTGAAAAATTAAATCTATTTACTAAATAAGTTCACATAATTAGGACTATTTGAACAATTGT
1 AGATTT-AAAAAATAAA-GTATTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
28921 CTATTTAAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATC-ATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT
63 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
*** *
28985 ATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAA
127 ATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAA
*** * * * * ** * *
29048 ATAAATCAATTTACC-AA-AATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATCTCAAA
189 ATAAATTTGTTTACCGAACAAT--TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
29111 TCA-TTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAAT
252 T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAAT
* *
29174 AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAG
316 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** *
29215 AGATTTAAAAAAT-AAGTTTGCTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAAGTAT--TTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * * *
29279 TTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTAA
63 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
29344 TTT-AGAATAAAATAATACTAAATTAGTAATAATCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAT
128 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAT
* * * * * * * **
29408 AAATCTGTTTGCCAAATCAA-TTGAAACAGTTATGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTT
191 AAATTTGTTTACCGAA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * ***
29472 TTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAA--TTATTTCAGCTCATATAAGCTTA-TCCCAA-AAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAA
* * * *
29533 ATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAGTTAATAAG---G
319 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
29570 -GATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACTGAA-ACAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACT
1 AGATTTAAAAAATAAAGT-A-TTTA-TGAACA-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * ****
29631 ACCTATTTCAAATTTTTATTA-CTTTCTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGC
61 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
* * * *
29695 TTATTCGAAATAAAATAA-ACTAA-TTATTAATATTTCAAGAA-T--TAATAAGATATTTAAAAG
125 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
29755 TAAATATGTTTACCAAACTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
190 TAAATTTGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
29820 TTATAACCTTTTGTTCTATCGTAAAACAATTATTTCT-ATTCATATAGGCTTCTTCAAAATAAAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * *
29884 TAATACTAATTTAGTAGTA-TCTAAAAGTTAATAACTAAG
320 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
29923 AAATTTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTAT
1 AGA-TTTAAAAAATAAA-GTATTT-ATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
29988 TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATA-AACACT
63 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAA-GCT
* * * * *
30051 TATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAT-A-AAG-GATTTAGAAAA
126 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA-AAAA
* * * *** * * * * *
30113 T-AATTCTATTTATCAAACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAAT
190 TAAATT-TGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
30176 TATTATTACT
Statistics
Matches: 2730, Mismatches: 584, Indels: 318
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
347 2 0.00
348 103 0.04
349 9 0.00
350 33 0.01
351 1 0.00
352 14 0.01
353 12 0.00
354 157 0.06
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356 121 0.04
357 284 0.10
358 650 0.24
359 250 0.09
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364 14 0.01
365 2 0.00
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Consensus pattern (359 bp):
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GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATT
TGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
Found at i:27829 original size:540 final size:533
Alignment explanation
Indices: 26342--30175 Score: 2804
Period size: 540 Copynumber: 7.1 Consensus size: 533
26332 ACAATCCAAC
* *
26342 AAGATGTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAA--TATTTA-TGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
26406 TATATTTCAAAT-TGTTATAACTTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-AACGT
63 TCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-GC
* * * *** *
26469 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAA
126 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAA-TAAGAGATTT-AAA
* * * * * * * *
26534 AATAAATGTATTTATCAAACACA-TTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATT-TTTATTTTAAA
188 AATAAATTTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA
* * * *
26597 TCA-TTAGGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAATAATT-TTATC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTTAG
252 T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTATT-TCTA-TTCATA-CAAGCTTA-TTAG
* * * *
26658 AATAAAATAA-AATAAATCTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAT
311 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * **
26720 TTTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
372 TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* ** * ***
26785 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
437 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * *
26850 TTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGCA
501 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
26883 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGC-CAGTTTAATTAGTTATAACTATTTGAACCAT
1 A-AGATTTAAAAAATAAA--TATTTA-TGAA-CACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * * * * * *
26946 TATTTACTTCAAATCGTAATGACCATTTGTTTTGTCATAAGAGAATTGTTTCTATCCATAC-AGT
61 TATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-
** * * * * ** *
27010 CTTATTCAAAATAAAGTAGTGCTAATTTATTAACATTATAAAAATTAATAAGTAACG-GATCTAA
125 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAA-TAA-GAGAT-TTA
* * *
27074 AAAATAAATTTG-TTAGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
186 AAAATAAATTTGTTTA-CC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
* * * * **
27137 AAATCA-TTATGACCTTTTTATTTTATTGCA-AAAA-AATTGTTTATATTTGTACAAGCTTATCT
249 AAAT-AGTTATGACC-TTTTGTTTT-GT-CATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT-T
* * * * * *
27199 AAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-A-AGATTTAAAAAATGAATT
309 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
27262 TGTTTACCGAACAAATTCAACTAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATATCAAATTGCTATAA
374 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * **
27327 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATTCATACAAGCTTTATTTTAAATAAAATAATA
439 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTT-ATTCATAAAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATA
* * *
27392 CAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
501 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
27425 AAAATTTAAAAATATAAGT-TTTATGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-ATCAATTATC
1 AAGATTTAAAAA-ATAAATATTTATGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
27487 TATTTTAAATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATGCAAGCATAT
65 TATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
* *
27552 TTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAATAA
130 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAA-TAAGAGATTTAAAAATAA
* * * * *
27617 ATTTGTTTACCGAGCAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTA
193 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTA
* * * *
27682 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAAA
258 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAAT-AAAATAA
*
27747 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGATAGGAGCTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
321 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-ATA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * *
27812 ACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
384 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * ** * * * *
27877 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATT
449 TGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
**
27940 AATATTTTGAAAATTAATAAG--
511 AATATTTCAAAAATTAATAAGTA
** * * * * * *
27961 -AGATTTAAAAGCTAAATTTATTTATGGAA-ACATTTCAAACAGTTGTGACTATTTAAATAATTG
1 AAGATTTAAAAAATAAA--TATTTAT-GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
28024 TCTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTT-TTCATACAAGC
63 TCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGC
* * * *
28086 TTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
126 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAAATT-ATAA-TAAGAGATTT-A
* * * * * *
28150 AAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCA
186 AAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
* * * ** * *
28214 AATTGTTTTAACCTTTTGTTAAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
250 AATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * *
28278 GACAATAATAGTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATGAGCA-AGAGA-TT--AAAA-AAAT-
313 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-A--ATAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * *
28336 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATGT-AAAGTCGTTAT
374 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTAT
* * * * * *
28399 GCCCTCTTTTATTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAAA
437 G-AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTT-TATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAAT
* * *
28463 AATACTACTTTACTAATATTTCAAAAACTAATAAGTA
497 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
28500 AGAGATTT-AAAACTAAAGCTATTTTTTGAAC-CAGTTCACATAGTAATGACTATTTGAACAAAT
1 A-AGATTTAAAAAATAAA--TA-TTTATGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
28563 ATCAATCTCAAATAGTTATGATCC--TTATTTTCTCATAAAAAAATTGTTTATAATCATACAAGC
62 ATCTATTTCAAATATTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGC
* * * * *
28626 TT-TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T-TAATAAAAGATTT-AAAA
126 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAA
* ** ** * * * ** ** *
28687 TATATAAGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTGCTAAAATAATTATCTATTTCAAATCA
190 TAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-A
* * * * * *
28752 -TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTAATTGGAATAAAA
254 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAA
* * * * * *
28816 TAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATTAAATCTATTTA
318 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--TAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * * * *
28881 CTAAATAAGTTCACATAATTAGGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTCTTATGACCTTTT
380 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* *
28946 GTTTTGTCATAAAATC-ATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACA-T
445 GTTTTGTCATAAAA-CAATTTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATT
*
29009 TATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGT-
507 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
** * * * * * **
29035 AAGAATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTA
1 AAG-ATTTAAAAAATAAAT--ATTTATGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
29100 CCTATCTCAAATCA-TTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTTTCA-ACATACAAGC
63 TCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGC
* *
29163 TTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAATAAGAGATTTAAAAA
126 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAATAAGAGATTT-AAAA
* * * * * *
29226 ATAAGTTTGCTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT
189 ATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATA
* * * * * *
29291 GTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTAATTTAGAATAAAA
254 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAA
* * * * * *
29356 TAATACTAAATTAGTAATAATCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGC
318 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
29420 CAAATCAA-TTGAAACAGTTATGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACCTTTT
381 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * ** * *
29484 GCTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTA-TCCCAA-AAAATAATATTACTTTA
445 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
*
29547 TTAATATTTC-AAAGTTAATAAG--
509 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
29569 -GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAA-ACAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACT
1 AAGATTTAAAAAATAAAT-A-TTTA-TGAACACAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
29631 ACCTATTTCAAATTTTTATTA-CTTTCTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCA-ACATACAAG
62 ATCTATTTCAAATATTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAG
* * * * *
29694 CTTATTCGAAATAAAATAA-ACTAA-TTATTAATATTTCAAGAA-T-TAATAAGATATTTAAAAG
125 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
29755 TAAATATGTTTACCAAACTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
190 TAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAG
* * * * * * * * *
29820 TTATAACCTTTTGTTCTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATATAGGCTTCTTCAAAATAAAAT
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAAT
* * * * * **
29885 AATACTAATTTAGTAGTA-TCTAAAAGTTAATAACTAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTGT
319 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-T-AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
29949 TGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
381 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * ** * *
30014 TTTTATCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATAAACA-CTTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTT
446 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA--TTCATAAA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
30077 ATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TA
508 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
30099 AAGGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCAA-ACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
1 AA-GATTTAAAAAATAA--ATATTTATGAACA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *
30163 ATCAATGTCAAAT
62 ATCTATTTCAAAT
30176 TATTATTACT
Statistics
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AAGATTTAAAAAATAAATATTTATGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAATAAATT
TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTA
Found at i:29697 original size:174 final size:175
Alignment explanation
Indices: 26343--30184 Score: 1542
Period size: 181 Copynumber: 21.5 Consensus size: 175
26333 CAATCCAACA
* ***
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1 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * ***** *
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* * *
26471 ATTCGAAATAAAATAATACT-AATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAG
128 ATTCAAAATAAAATAATACTAAAT-TATTAATA-TTTCAAAA-T--TAA-TAAG
* * * * * * * *
26524 ATATTTAAAAAATAAATGTA-TTTATCAAACACATTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATT-T
1 AGATTTAAAAAATAAAT-CAGTTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** ** * * * * ** * *
26587 TTATTTTAAATCATTAGGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAATAATT-TTAT-CAGTTCTTAGTAA-
64 CTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCAT-AAAACAATTATT-TCCA-CACATA-CAAG
* * *
26649 CTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAG
125 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAAAT-TATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAG
* ** ** * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * ** * ** *
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*** * * * *
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** * * * * * * *
26885 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCCAGTTTAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * * *
26950 TACTTCAAATCGTAATGACCATTTGTTTTGTCATAAGAGAATTGTTTCTATC-CATAC-AGTCTT
65 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCA-CACATACAAG-CTT
* * * * * *
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* ** * * * *
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1 --A--GATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
** * * ** ****
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* * * * *
27189 AAGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAA
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* ** * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * **
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65 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAA-TTATTTCCACACATACAAGC-TT
** * *
27374 ATTTTAAATAAAATAATAC-AAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAG
128 ATTCAAAATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG
* * ** *
27423 TAAAAATTT-AAAAAT--ATAAGTTTTATGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-ATCAAT
1 ---AGATTTAAAAAATAAATCAG-TTTACCAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * ****** *
27483 TATCTATTTTAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATGCAAG
61 TATCTATTTCAAAT-TGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAG
* ** ** * *
27547 CATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAA
125 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAG
** * * * * *
27603 AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAGCAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTT
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * ** *
27667 TATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
65 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGCTTAT
*** * * *
27732 TGGGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGATAGG
130 TCAAAAT-AAAATAATACTAAATTATTAATATT-TCAAAATTAAT--A-A-G
* * * * *
27784 AGCTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * ****** * **
27849 TATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTGCAAAATTAT
65 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGCTTAT
* * * *
27914 TTAGAATAAAATAATACT-GATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
130 TCAAAATAAAATAATACTAAAT-TATTAATA-TTTCAAAATTAATAAG
** * ** * * * * * *
27961 AGATTTAAAAGCTAAATTTA-TTTATGGAAACATTTCAAACAGTTGTGACTATTTAAATAATTGT
1 AGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * * ****
28025 CTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA
64 CTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGCTTA
* * * * * *
28089 TTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAG
129 TTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC--AAAA-T--TAA-TAAG
** * * * * * * *
28142 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** *
28207 TATTTCAAATTGTT-TTAACCTTTT-GTTAAGTCATAAAATAATTATTT-CAGTTCATACAAGTT
65 TATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTATTTCCA-CACATACAAGCT
* * * * * *
28269 TATTCAAAAGACAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAG
127 TATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTT-CAAAATTAAT----AAG
* *** *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * * ** * *
28382 CTATGT-AAAGTCGTTATGCCCTCTTTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAAC
64 CTATTTCAAA-TTGTTAT-TAC-CTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGC
* * ** *
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126 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAG
* * * *** * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * **
28566 AATCTCAAATAGTTATGATCC--TTATTTTCTCATAAAAAAATTGTTTATA-ATCATACAAGCTT
65 TATTTCAAATTGTTATTA-CCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACA-CATACAAGCTT
** * * * * * *
28628 -TTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAA
128 ATTCAAAAT-AAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG
* * ** * * * ** ** *
28677 AGATTT--AAAATATATAAGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTGCTAAAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * ***
28740 TATTTCAAATCATT-TTGACCTTTT-GTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTT
65 TATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGCTT
** * * *
28803 AATT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAG
128 -ATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC--AAAATTAAT----AAG
* * * * * * *
28856 AGATTTGAAAAATTAAATCTA-TTTACTAAATAAGTTCACATAATTAGGACTATTTGAACAATTG
1 AGATTT-AAAAAATAAATC-AGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * ** *
28920 TCTATTTAAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATC-ATTGTTT-TAGTTCATAAAAGC
63 TCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAA-CAATTATTTCCA-CACATACAAGC
* *
28983 TTATCCAAAATAAAATAATACTACATTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG
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* * * * * **
29034 TAAGAATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCT
1 --AG-ATTTAAAAAATAAATCAGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * * * * *
29099 ACCTATCTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTTTCA-ACATACAAGC
62 ATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT-ATTTCCACACATACAAGC
** *
29163 TTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG
126 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAA-AATTAATAAG
* ** * *
29215 AGATTTAAAAAATAAGTTTGCTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *** *
29280 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTAAT
65 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGCTTAT
* * * * *
29345 TTAGAATAAAATAATACTAAATTAGTAATAATCCAAAAACTAATAACTAAG
130 TCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAG
* * * * * * * *
29396 AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCCAAATCAATTGAAACAGTTATGACTATATGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * *
29460 TATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTATTT-CAGCTCATATAAGCTTA
65 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCA-CACATACAAGCTTA
** * ** *
29524 -TCCCAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAGTTAATAAG
129 TTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAATTAATAAG
* * * * * *
29569 GGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAACAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTAC
1 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC-CAAACAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
29633 CTATTTCAAATTTTTATTA-CTTTCTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTCCA-ACATACAAGCT
64 CTATTTCAAATTGTTATTACCTTT-TATTTTATCATAAAACAATT-ATTTCCACACATACAAGCT
*
29696 TATTCGAAATAAAATAA-ACT-AATTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG
127 TATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAA-AATTAATAAG
* * * *
29744 ATATTT-AAAAGTAAAT-ATGTTTACCAAACTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** * * *
29807 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATATAGGCTTC
64 CTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGCTTA
* * * *
29872 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATCT-AAAAGTTAATAACTAAG
129 TTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAA--T--TAA-TAAG
* **** * * * *
29923 AAATTTTAAAAAATAAATCTA-TTTGTTGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTA
1 AGA-TTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** *
29987 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-TAGCTTATA-AACAC
63 TCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCA-CACATACAA-GC
** * * * *
30050 TTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAA-
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG
* * * * * *
30100 AGGATTTAGAAAATAATTCTA-TTTATCAAACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
1 A-GATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
30164 TCAATGTCAAATTATTATTAC
63 TCTATTTCAAATTGTTATTAC
30185 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 2832, Mismatches: 639, Indels: 384
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 35 0.01
174 243 0.09
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCACACATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAATTAATAAG
Found at i:30273 original size:118 final size:114
Alignment explanation
Indices: 30069--30283 Score: 272
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 114
30059 ATAGAATAAA
* * * *
30069 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAAGGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCAAACCGG
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30183 ACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTATTTACCA
1 ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT--A-AAG-GATTTAGAAAA-TAAATCTATTTACCA
* * * * * *
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60 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
30284 TATTCCAAAT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 10, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (114 bp):
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG
TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATTATTATT
Found at i:30488 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 30182--32926 Score: 2205
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 180
30172 AAATTATTAT
* *
30182 TACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTACC
* * * * * * * *
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63 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
30310 TTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTGATACTAA-TTTATTTGAAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * ** * *
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1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTA-CCAA
* * * * * * * *
30428 ACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACTATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
30493 TCTCGTAAAATAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTCGAACTAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
30543 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGGAAGAAATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
** * * * *
30608 ATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTT
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* * * * *
30673 AGTCATAAAACAATTGTTT-TGGTTCATACAAGCCTATTT-AGAATCAATTAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
* * ** ** * * *
30724 TTCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCAA
* * * * * ** **
30789 ACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGTCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGAC
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
30853 TTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAA
* * * * *
30905 TA-TAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCC
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTACC
* * * * * *
30968 GAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTC
63 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG
* * * *** * *
31033 TTTTCTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATGTGAGCTTATTTGGAGTAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * ** **
31087 TACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAGTGAGTAAGAAAACTAAAAAAGGAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCAA
* * * *** *
31152 ATAAGTTTAAATAGTTACGACTATCCAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * **
31217 TATCTTAAAACAATTAG-TTCTATTCATGTAAGCTTATTTCG-AATAAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAAT-AAAATAA
* * * **
31269 TA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTT
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCA
*** * * * *
31332 AATTTGTTCAAA-ATTTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-A
64 AACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* *
31395 TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCATAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
* ** *
31448 TACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTA-TTACC
* *** * * * * * *
31512 GAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGT
63 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-
* * *
31577 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAC
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
** * ** * *
31631 TACTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAGAAAAT-AATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAA-AAAATAAATCTA-TTACCA
* * * * ** *
31694 AACAAGCTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
64 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** **
31759 TTGTCGTAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* *
31811 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT-ACCAA
* * * *
31872 ACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
31936 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAGAAAAATAT
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAA
* ** * * * * * * * ** *
31987 TGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
* * * * * * *
32051 ACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
32116 AGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * ** * * * * *
32167 TATTATTTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGCTTACCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCT-ATTACCA
* * *
32232 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTT
64 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * **
32297 TTATAATAAAACAAATGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTAAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * *
32349 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TT-A-C
* * * * * * ** *
32413 GAATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTATGAACTTTT
62 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTT
* * * * ** *
32477 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATATAAGCCTA-TCAAAATAAAATGA
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * *
32531 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
** * * *
32596 ATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
32661 TGTCATAAAACATTTATTTATGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * * * *
32712 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
** * * * * * * * * *
32777 ACCTGTTCAAATAGTGAAGGCTATATAAATAATTATCTATATCAAATCGTTATGACCTTATGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
32842 TGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTTATATAAGTTTGTTT-AGAACAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
* * * *
32893 CATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAGT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
32927 GTTAGCTTTT
Statistics
Matches: 2044, Mismatches: 450, Indels: 140
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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177 63 0.03
179 111 0.05
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTACCAAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
Found at i:31213 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 30185--32835 Score: 2143
Period size: 363 Copynumber: 7.3 Consensus size: 359
30175 TTATTATTAC
* *
30185 TAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * * *
30248 CCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
63 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTT
* * * * * * * * *
30313 GTCATCAAACAATTGGTTCTATTGATACTAA-TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
128 CTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATAC-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * ** * * *
30377 TATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA-ATAGCCAAACAAGTTCAAATA
191 TAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAATAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
30441 GTTAAGACTATATAAACTATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTCTCGTAAAATAA
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* *
30506 TTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTA-TTCGAACTAAAATAATA
320 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA
* * * * * * * * *
30545 CTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGGAAGAAATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAAAT
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * **
30610 TAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTC
* * ** * * * * * *
30675 TCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATACAAGCCTATTTAGAATCAATTAATTCTAATTTATTAA-C
129 TAATAAAATAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
30739 ATTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
193 ATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** ** * *
30804 TATTACAATTTGAACAATTGTCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGTTATAAAATAAT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
30868 TGTTTCAATTAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
321 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * * * * *
30907 TAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAAT
1 T-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * *
30972 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTCTTTT
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTT
*** ** *
31037 CTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATGTGAGCTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 CTAATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** ** *
31102 AATTCAAAAATTAGTGAGTAAGAAAACTAAAAAAGGAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGT
192 AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGT
* *** * * *
31167 TACGACTATCCAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
**
31232 AG-TTCTATTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAAATAATA
322 -GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAT-AAAATAATA
* * * ** *
31271 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAAT
1 T-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
** * * * *
31335 TTGTTCAAA-ATTTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTG
64 CAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTT
** * *
31399 TC--ATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAA
127 TCTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
31462 -AATTCCAAAAGTTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGAGTTTAAA
191 TAATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAA
* * * * *
31525 TAGTTATAACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAA
253 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA
* * *
31590 CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATACTA
317 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
** * ** * *
31633 CTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAGAAAAT-AATCTATTTACCAAA
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * ** *
31696 CAAGCTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
63 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTT
* * ** *
31761 GTCGTAAAAAAATTATT-TTT-ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
127 -TC-TAATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
31824 ATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAAACT-AGTTCAAAT
190 ATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAAT
* * * *
31884 TGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATA
254 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
31948 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAGAAAAATATTGC
319 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAAT-A
** * * * * ** *
31990 TAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTCGAACC
1 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * * * * **
32054 AGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTTTGTTTAG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTTC
* * * *
32118 TTATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAA-
129 TAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAA-GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * *
32181 CATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGCTTACCGAACAAATTCAAATA
192 AATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATA
* * * *
32246 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAA
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ***
32311 ATGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTAAAAATAAAATAATA
320 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * * * ** ***
32351 TTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATTGAA
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAA
* * * * * ** *
32416 TCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTATGAACTTTTGTTT
63 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTT-TTT
* * * * *
32481 TGTCATAA-AACAATTATT-TTTCA-TCATATAAGCCTA-TCAAAATAAAATGATACTAATTTAT
126 T-TC-TAATAA-AATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
32542 TAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAAATTAGTTCAAA
188 TAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAA
* * *
32607 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
253 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
32672 ATTTATTTATGTTCATAAAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA
318 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA
* * * * * * *
32714 CTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * * * *
32779 CTGTTCAAATAGTGAAGGCTATATAAATAATTATCTATATCAAATCGTTATGACCTT
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
32836 ATGTTTTGTC
Statistics
Matches: 1816, Mismatches: 403, Indels: 142
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
353 10 0.01
354 4 0.00
355 21 0.01
356 173 0.10
357 4 0.00
358 67 0.04
359 5 0.00
360 17 0.01
361 404 0.22
362 379 0.21
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366 18 0.01
367 7 0.00
368 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTCTA
ATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT
CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
Found at i:35727 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 34432--38254 Score: 2466
Period size: 181 Copynumber: 21.5 Consensus size: 179
34422 TAATATTTTG
* * * ** * * * **
34432 AAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCTAATAATTAAAACT
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
34495 ATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTG---T----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA
66 AT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
34552 ATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAA
130 ATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAA
* * * *
34604 AATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-T-TTGT--T-----AGTTCAAATAATTATGAC
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * * *
34659 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAATATTTTT
65 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * ** *
34724 GTTTATATAAGTTTGGTCAAAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATTTCAA
130 ATTCATACAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * *
34775 AAATTAATAAG----AGATTTAGAAAATAAATCTATTTACT-AAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC
** * * * * *
34835 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA--TTTT-TTTCTGTTATAAAATAATAGTTTC
65 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
34897 TATTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
129 TATTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAA
* * * * * * * * * *
34950 CAATTAATAAGTAAACA-TTTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAAGAGTCATGAT
1 AAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
35014 TATTTGAATAAATATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAGAATTATTT-T
65 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
35078 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAA
130 A-TTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * *
35131 AAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACT
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
35196 ATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGAAAT-TTTCT
66 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCT
** * * *
35260 ATTCATACAAGCTTAATTTTAATAAAATAATGCAAATTTATTAATACTAT-GA
130 ATTCATACAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TCAA
* ** ** * ** *
35312 TAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGTTCGCCGAACAAGTTCAAATCTTTATAACT
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
35377 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
66 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
35440 TT-ATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
131 TTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * * *
35490 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTCATGACT
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
35555 ATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCA
66 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCT
* * *
35619 ACTCATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
130 ATTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* * * * * * * *
35670 AAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTCTACCGAACATGTTTAAATAGTTATGACT
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *** * * * *
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* * * * * **
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** * *
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* ** * * *
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**
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *** * * * * *
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* * * * *** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * *
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** * * * * ***
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** * * *
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130 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCAGTT
** * * *
40938 CATATTAGCTTATTAAGAAT--AA-AATA--AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGA
* * * * *
40998 GATTAAAAAAATAATTCTATTTACCT-AATC-AGTTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTAT
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* ** * * **
41061 ATATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAGGTTT-ATGTT
129 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTT
** * * * * * *
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1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGA
* * *
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66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
41237 TTATTTCAAAGCATTATGGA-TTTTTGTTTTG-CTATAAAACAATAT-TTTCTA-TT
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* * * * * *
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1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAG
* * * ** * * * *
41354 A-ATCTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTACATCAACTTGTAATGACTATTTGAATAATTAT
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* * *
41418 CTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAAAATTTATTTCAGTT
129 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTT
* * * * **
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* * * * *
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** * * * * *** *
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*
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1 CATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG-A
* * *
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* * ** **
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* * * * *
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1 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AAA
* * * * * *
41899 -AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAAGAAGTTCAAATAGTCATGATTAATTGAATAATTA
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* * * * * * *
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* * *
42016 CATATAAACTTATTTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAA
1 CATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AG-AA
* * * * * *
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63 AGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
42143 ATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGGTTT-TGTT
127 ATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTT
* * *
42198 CATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA
1 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAA
** ** * * *
42261 A-A-ATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTGAACATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * **
42324 TCTATTTCAAATCGTTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAATGAATTATTTCTTTT
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* * *
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ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
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* * * *
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*
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* * *
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* *
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* *
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ACCCAAAA
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TTTTTAAACAAA
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CCCCTCTTA
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AAATTAATAGGATTCTAA
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
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* * * * * *
53231 GTACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATT
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* * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
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* * * * *
53407 TAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-T
130 TA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
53523 AATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATATTTT-TTTT
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* * * * *
53587 CAAATAA-CTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
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* * * * ** * * *
53641 AATAAGTATGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAATTAGTT-TAACTATTT
1 AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * * *
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* *
53770 TAC-AGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
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* * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** **
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* * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
** *
54067 --ATCAATTATCTATTTCAAATCACTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTGCTATT
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* *
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* * * * *
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1 -AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
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* * * *
54306 ATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCT-CAAA-T
129 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--TAAAAATT
* * * * * * ** * ** *
54359 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCCATAACTATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** * ***
54424 ACTAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTATTTTAAAATAATTGCATC-AGTTCA
66 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCA
* * * *
54487 TATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCT-AAAATT
130 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATT
* * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
54602 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
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* * * *
54667 ATACACGGTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
129 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * *
54720 AATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
54783 GAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCA
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* * * ** *
54848 TACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAGAATT
130 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * ** **
54900 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTATTG-AGCAAACTCAAATAGTTATGACCGTTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
54964 GAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
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** *** *
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* ** * * * *
55081 AATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGTCCT-TTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTT
* * * *
55145 TAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCTTC
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** * * *
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* * * *
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* * * * * *
55322 TGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTC
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* ** * * *
55386 ATATAAGCTTATTCTGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
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55428 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 2578, Mismatches: 516, Indels: 247
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 63 0.02
175 291 0.11
176 147 0.06
177 124 0.05
178 76 0.03
179 112 0.04
180 681 0.26
181 887 0.34
182 98 0.04
183 67 0.03
184 31 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
Found at i:53103 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 52072--55427 Score: 2561
Period size: 361 Copynumber: 9.4 Consensus size: 361
52062 TTACCGAGTG
* * * * * *
52072 AGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CTGTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-ATTTTGTTTTG
* * * * *
52136 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATATAATAATACTAATTTATTAATG
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* *
52201 TTCTAAAAATTAGTAAGTT-GAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAG
130 TTCTAAAAATTAATAAGTTAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAC-AGTTCAAATAG
* * * * ** * *
52264 TCATGTCTATTTGAACT-ATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTCGTAAAACAA
192 TTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
52328 TTATTTT-T-ATTCATACAAAATTATTCATAA-AAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAG
256 TT-TTTTCTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * **
52390 TTAATAAG--AG-ATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAATT
320 TTAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
* * * * * * * * *
52429 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAAAAATTATTTATCTGAAATTGATATG--ATCTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTG
* * * * * * * * * * *
52492 TCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTGTTCAAAGTAAAATACTACTAAATTAATAGTA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * *
52557 TTCTAAAAATTAAT-A---AG-GATTTAAAAAATAGATGTGTCT-GCTGAACAGTTCAAATAGTT
130 TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
52616 AAGACTATTAGAACAGTTATCTGTTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAA-TT
194 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
* * ** *
52680 ATT-TCAGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATCTTATTAACA-TTCAAAAAAT
259 TTTCTCA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAAT
52742 TAATAAGTAAGAAATTAAAAAATTAAATCTATTTATCAAACA
321 TAATAAGTAAGAAATTAAAAAA-TAAATCTATTTATCAAACA
* * * * *
52784 AGTTCAAATAGTTATGATTATATGAACAATTATCTATTT-AAAACTGTTATGACATTTTATTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACATTTTGTTTTG
* * * *
52848 TCATAAAACAATTGTTT-TAGCTT-ATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * *
52911 TATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAA
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTCAAATAG
* * * * *
52976 TTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
192 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
53040 TTTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATAGC-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
257 TTTTTCTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
53103 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTATTTACCAAATCA
321 TAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CA
* * * * * * * *
53145 A-TTCAAAAAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATATATTTTAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
* * ** * * * *
53208 TCATAAAACAATTATTTCTGTTTGTACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * *
53273 TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT---CAATAAATTTATTTA---AACCAGTTCAAATAGTT
130 TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
53332 AAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAATAA-TT
194 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
* ** * * *
53396 TTT-TCAGTTCTTAGTAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TA
259 TTTCTCA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * **
53459 ATCAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAATT
323 ATAAGTAAGA-AATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
* * * * * * *
53499 AGTTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * * * * *
53564 CATAAAACAAATATATTTTTTTTCAAATAA-CTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
66 CATAAAAC-AAT-TGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * * ** *
53628 TATTTTGAAAATTAATAAG-TATGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAATT
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTTA-GAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTCAAAT
* * * ** * *
53692 AGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACA
190 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** *
53756 ATTGTTTCT-AGTCATACAGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAA
255 ATTTTTTCTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * * *** *
53819 ATTAATAACTAATGAATTTCAAAAATGAAT-T-TGTTAGCTTGCCC
319 ATTAATAAGTAA-GAAATTAAAAAATAAATCTAT-TTATC-AAACA
* * * * * * * * *
53863 AGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-TTTTGTGTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTG
* * * * * ** * **
53927 TCACAAATCAATTATTTCTACTCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAGCTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAAT
* * * * * *
53991 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGT
129 ATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AGTTCAAATAGT
** *
54056 TATGACTATTT--ATCAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
193 TATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
54119 TTTTGCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTT-AAACAA
257 TTTTTCTCATTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AA
* * * *
54181 TTAAAAAAATAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATA
320 TT-AATAAGTAAGAA-A-TTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
* * * * * *
54225 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTACGAC--TTT-TTTT-T
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * * *
54286 -ATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-
* * * * * * * * * * *
54349 TTCCT-CAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGC
130 TT-CTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAGTTCAAATAGT
* * * * * ** *
54412 CATAACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTATTTTAAAATAA--
193 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * *
54474 -TTGCATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAAT
258 TTTTC-TCA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
54538 TAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTACCAAACA
321 TAATAAGTAAGA-AATTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACA
* * * * * *
54580 AGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * * * *
54645 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACACGGTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* *
54710 T-TCAAAAATTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGT
131 TCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA-GTTCAAATAGT
* * * *
54772 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT
193 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
54837 GTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAGAATTA
258 TTTTCTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** *
54901 ATAAGTAA-AAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTATTGAGCA
323 ATAAGTAAGAA-A-TTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
** ** * * * *
54941 AACTCAAATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
* ** *** *
55006 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * *
55071 TCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTA
131 TCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * ** *
55136 TGTCCT-TTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
195 TG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
* * * * *
55200 TTTCTC-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAA
259 TTTCTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
55264 TTAG--AG-ATTTAAAAACTAAATTTTGTTTACTGAATC-
324 TAAGTAAGAAATTAAAAAATAAA-TCTATTTA-TCAAACA
* * *
55300 AGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATG--ATCTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTG
* * ** * * * *
55363 TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCTGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
55428 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 2370, Mismatches: 512, Indels: 233
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
348 4 0.00
349 2 0.00
350 78 0.03
351 53 0.02
353 10 0.00
354 70 0.03
355 275 0.12
356 288 0.12
357 166 0.07
358 83 0.04
359 62 0.03
360 225 0.09
361 507 0.21
362 330 0.14
363 112 0.05
364 101 0.04
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
TCTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
AGTAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
Found at i:55664 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 55426--56499 Score: 1059
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 180
55416 AATTTAATAA
* * * * *
55426 TAAAAAATAAATATGTTTTGCCGATCTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATATG-TTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATA-ACCATTTGAACAATTATCTAT
55490 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
63 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
55555 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
128 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * *
55608 TAAAAAATTAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGATATAACCATTTGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** **
55673 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCGAA
65 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
* * *
55738 ATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * *
55789 TAAAAACTAAAGCTAT-TTT-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATCAAT
1 TAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *
55852 CTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAACTATTTC-TTATCATATAAGCTTA-TT
63 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTT
* * * * *
55914 CAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
127 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * * *
55969 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCATTTCAAGTGGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATA-ACCATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
56033 TCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-A
64 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA
*
56097 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
129 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * ** *
56150 TGAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTACTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * ***
56215 AAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA
65 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * *
56280 ATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * ** **
56331 TAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATAAATT
1 TAAAAAATAAATAT-GTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATT
** * * *
56395 AT-AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTT--TTTAACTTAC-AGCTTA-
64 -TCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTT--CATACAAGCTTAT
* *
56454 TTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTACTAAG
125 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
56500 AGATCTAAAA
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 135, Indels: 52
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 37 0.05
179 11 0.02
180 143 0.20
181 502 0.68
182 37 0.05
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
Found at i:56185 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 55428--60977 Score: 2330
Period size: 361 Copynumber: 15.6 Consensus size: 360
55418 TTTAATAATA
* * * * * *
55428 AAAAATAAATATGTTTTGCCGATCTAGTTCAAATAGTTAAGA-CTATTAGAACAATTATCTATTT
1 AAAAATAAATATG-TTT-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATCT
* * * *
55492 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGA
63 CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG-
* *
55556 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATTAAT
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
55620 ATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGATATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
191 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATAACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * * *
55685 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCGAAATAAAATAATAC
256 ACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAATAATAC
* * *
55750 TACTTCATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTT
321 TAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * *
55790 AAAAACTAAAGCTAT-TTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATCAATCT
1 AAAAA-TAAA--TATGTTTCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATCT
** * * * * *
55854 CAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAACTATTTC-TTATCATATAAGCTTATTCAG
63 CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATAAAAGCTTATTCAG
* * * *
55917 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATG
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
55982 TGTTTGCCAAATC-ATTTCAAGTGGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT
192 TGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGATATA-ACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * *
56045 AACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
255 AACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCAGAAATAAAATAAT
*
56109 ACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
319 ACTAATTCATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * *
56151 GAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTA-CTT
1 -AAAAATAAATATGTTT-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATC-T
* * * * *
56215 AAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA
63 CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAGA
* * *
56280 ATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT-T
128 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * ** * * * **
56344 AGTTTATCGAATC-AGTTCAAATA-ATTATGGCCATTTGAACAATTAT-AAATTATAAATTGTTA
193 -GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGA-TATAACCATTAGAACAATTATCTATTTA-AAATCATTA
* * * * * * * * *
56406 TTACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTT--TTTAACTTACAGCTTAT-TGAAAT-AAATA
254 TAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TAAAAACTTATCAGAAATAAAATA
* * * * *
56466 ATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTACT----AAGAGATCT
317 ATACTAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * ** * * *
56506 AAAAATAAATA-G-TT--ATGACTA-TTGAAAACTA-TGTATTTTCAAATTGTTATAACCATTGT
1 AAAAATAAATATGTTTCCA-AACAAGTT-CAAA-TAGT-TATGATC--A-T-TT-GAACAATT-A
* * * * * *
56565 TTTGTCATAAAAACA--ATTAA-TTTT-TTGT-TCAT---AC----A----AGTT--T---A---
56 TCTATC-TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCT
* * *
56606 T-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCTAAAAATTCATAACT-AGAGATTT-AAA
120 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
*** *** * * * *
56667 AATAAATCCATTTGTGAAACTAA-TTCAAACAGTTA-AGACTATATA-AACAATTATCTATTTCA
184 AATAAATATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGATATA-ACCAT-TAGAACAATTATCTATTTAA
* * * * * * * * ** *
56729 AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTAG-AA
246 AATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCAGAAA
* * * * *
56793 T-AAATAAAACTAATT-GTTAATATTTCAAAATTTTAATAAGTAAGAGATTT
310 TAAAATAATACTAATTCATTAACATTTCAAAA-ATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * *
56843 AAAAAATAATACTAT-TTACCGAATCGGTTAAAATAATTATAAAATAATTAT-AACTATTTGAAC
1 -AAAAATAA-A-TATGTT------TC----CAAACAAGT-TCAAATAGTTATGATC-ATTTGAAC
* * * * ** *
56906 AATTATTTATTTCAAATCATTAT-TACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAT
51 AATTATCTATCTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAA
* * * * *
56970 AAGTTTGTT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAAAGAT
115 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * *
57033 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTA-TATGAATAATTATCTAT
178 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATAACCATTA-GAACAATTATCTAT
* * * * * * * ** ** **
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242 TTAAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCAG
* * * * ** * * * *
57162 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATT
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* * * * * ** *
57216 AAAAGATAAATCTAATTGT-CAAACGAGTTCAAATAGTTAAGA-CTATATGAATGATTATCTATT
1 AAAA-ATAAATAT-GTT-TCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATC
* * ** * * *
57279 TCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCGTACAAGCTTATT-T
62 TCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCA
* * *
57341 GAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGA--TCAAAAA-AAA
126 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * **
57402 T-TGTTTATCGAACCAA-TTTATAT-GAT-TAATACTATTAGAACAATTATCTATTTCAATTTGT
190 TATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGATAT-A-ACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
* * * * * * * * * *
57463 TTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGCAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTACTC-GAAATAAAT
252 TATAACCTTTTATTTAGTCATAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCAGAAATAAAA
* * * *
57527 TAATACTAATTTATTAAC-TTTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGAATTA
315 TAATACTAATTCATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAG-ATTT
* * * * * *
57574 AGAAAATAAATCTATTTACCGAAA-AAGTTTAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTGTCTATT
1 A-AAAATAAATATGTTT-CC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATC
* *** * * * * * *
57637 TAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAG-TT-TACAC
62 TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCA-
57700 GAAATAAAATAATAC---------AA-ATTT-----ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
126 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** ** * * * ***
57750 TTTGTTTATCGAATTAGTT-AAATA-ATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATTGCT
190 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGA-TATAACCATTAGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATT
* * * * ** * *
57813 ATAGCCATTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAAT
253 ATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAAAAACTTA-TCAGAAATAAAAT
* * *
57876 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
316 AATACTAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * ** * *
57921 AAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AAACTATAAGAATAATTATCTATT
1 --AAAAATAAATATGTTT-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATC
* ** * * * * * *
57985 TTAAATTGTTCT-AGCCTATT-TTTAG--AT-----ATTTGTTTCA-TATCA-AACAAGCTTATT
62 TCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATAA-AAGCTTATT
* * * * * * *
58039 TAGAACAAAATAATCCTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATA
124 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * * * * * * *
58104 AATTTGTTTATCGAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTATTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATCAT
188 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATAACCATTAGAACA-ATTATCTATTTAAAATCAT
* ** * * * * * ** *
58167 TATGATATTTTGTTTTGTCTTAAAGCAATTGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCA-AAGTAAAAT
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* ** *
58231 AATACCAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
316 AATACTAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* ** * * * * * *
58276 AAAAAATAAATGTGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTGTGA-CTATTTGAACAATTGTATATTT
1 -AAAAATAAATATG-TTTCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATCT
* * * * * *
58340 AAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATTAAAGCTTATTC-G
63 CAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG
* * * * *
58403 AAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
127 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * ** *
58467 CTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATA-ATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
191 ATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGA-TATAACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * * * * ** * *
58530 TGAA-C-ATT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTGTTTGGAGTAAAAT
254 T-AACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAAT
* * * * *
58589 AATACTGATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT
316 AATACTAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * *
58633 AAAAATAAATCTATTT---ATCGAAG--C----AGTTCT--TTATTTGAATAATTACCTATTTCA
1 AAAAATAAATATGTTTCCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATCTCA
* * * * * *
58687 AATCATTAT-AACTTTT-TATTCTATTC-T-AAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TG
65 AATCATTATGAACTTTTGT-TT-T-GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG
* * *
58747 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAG-GATTTAAAAAATAAA
127 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* *** * * * * * * *
58810 ATTTGTTTGTTGAAGC-AGTTTAAATAG-T-TAAGACAATACGAATAATTATCTATTTCAAATCG
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* * * * * * **
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251 TTAT-AACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAA
* * * *
58936 TAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAAT---C-AGTGATTT
315 TAATACTAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
** * * * * * * ** * *
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* * * * * * * ** * ** *
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* * * * *
59106 AATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAATATAAATC
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * * * *
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192 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGA-TATAACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AAAAATAAATATGTTT-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATCTC
* * * ** * *
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* * * * **
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127 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * *
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* * * * ** * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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1 -AAAAATAAATATGTTT-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAAC-AATTATCTATC
** * * * * *
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* * * *
59820 AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAA
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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1 AAAAATAAATATGTTT-CCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATCT
* ** * * * *
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* * *
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125 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * **
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* * ** ** * *
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253 ATAAC-CTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAA
* ** * * *
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315 TAATACTAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * * *
60415 AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTC
1 -AAAAATAAATATGTTT-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATCTC
* * * *** * *
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64 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAA-AAGCTTATTCAG-
* ** * * *
60543 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATT
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
60608 TGTTTACCGAATAAGCTCAAATAGCTATGACTATCTA-AATAGTTATCTATTTTAAAA-CATTAT
192 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATAACCAT-TAGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTAT
* * * * ** * ***
60671 GAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
255 -AACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAATAAT
* * * * *
60735 A-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
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* * * * * * * *
60776 AAAAAATAAATTTGTTTTC-TACATATGTTCGAATAATTAT-ATCTATTTGAAGAATTATCCATT
1 -AAAAATAAATATGTTTCCAAACA-A-GTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATC
** ** * * * ** *
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62 TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG
* * *
60903 CTATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA
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189 ATATGTTTAC
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AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TACCAAACAAGTTCAAATAGATATAACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTT
TTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAATAATACTAATT
CATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
Found at i:56887 original size:11 final size:11
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1 TAA
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Statistics
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* * ** *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
56820 AAATTTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATACTATTTACCGAATCGGTTAAAATAATTATA
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
57013 AAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACTATTTC
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* * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * * ** * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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1 AAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
57484 AAAAGCAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTACTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACT-T
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** * * * * * *
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* * * *** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ***
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* * **
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* * * *** * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
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* * *
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** ** * * ** * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * * * *
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* * *
58611 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAAGC-AGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTC
* * * *
58662 -------T-T---TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTAT-TC-T
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-T-TGTCAT
* * *
58714 -AAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTA
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* * * * * * *
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128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTT-ATCAAACAAGTTC
* * ** * * *
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* * **
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* *** * * * *
58959 AAAAATTAATCAGT----GATTTAAAAAGGGAATCTATTTACTGAATC-ATTTC
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** ** *
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* *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * ****
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** * * ** ** * * * *
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* * *
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121 AAT-ATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-A-TAAATCTGTTT-ATCAAACAAGTT
61369 C
181 C
* * * ** * * *
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** * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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Found at i:57789 original size:165 final size:167
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* * *
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*
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* * * * * ** **
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* *
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** *
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Found at i:58801 original size:167 final size:166
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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** * *
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*
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Statistics
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Consensus pattern (166 bp):
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ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGTTCTT
Found at i:59244 original size:358 final size:356
Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 14.2 Consensus size: 356
56502 ATCTAAAAAT
* * * ** * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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253 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA----
* * * *
56827 AATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATACTATTTACCGAATCGGTTAAAATAATTATA
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
57076 ACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTT
193 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * ** * * ** *
57141 CT-GTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA
256 TTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--
* * ** * * * *
57205 CCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATT-GTCAAACGAGTTC
319 --AAGAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTGAATC-AATTC
* * * ** *
57246 AAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTGTCATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * *
57310 AAACAATT-TTTTTG-TTCGTACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
57560 AAGAAAGAGAATTAAGAAAATAAATCTATTTACCGAA-AAAGTTT
316 AA-TAAGAG-ATTTA-AAAATAAATCTGTTTACTGAATCAA-TTC
* * * * *** *
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1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
** * * ***
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* * * * *
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130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* *** * * * *
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* *
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* * * * *
57911 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAGTTC
318 TAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACT-GAATCAATTC
* ** ** * * ** * *
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1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCT-TTTGTTTGTCATA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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190 ATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTAT-A-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * ** * *
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* * *
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316 AAT----AAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTC
* * * * * ** *
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1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* ** * * *
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* * * * * *
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129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATG
* * * *
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193 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * * * * *
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257 TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
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* * * * * *
58662 -------T-T---TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATTC-T-
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-T-GTCATA
* * *
58714 AAATAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT
64 AAACAATTGTTTTTGATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * * * * *
58778 -GAAAATTAATAACTAAG-GATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTTGAAGC-AGTTTAAATAGTTA
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTT-ATCAAACTAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * *
58840 AGACAATACGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
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* * * *
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255 TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* ** * *
58970 AGTGATTTAAAAAGGGAATCTATTTACTGAATCATTTC
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* * * * *
59008 AAATAATTATGGCCA-TTGCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATA
1 AAATAATTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATA
* * * * *
59072 TAACAAGTGTTTTTGA-TCATTCAAGCTTATTT-AGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTT
64 AAACAATTGTTTTTGATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
59135 CAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAATATAAATCTGTTCATCAAACTAGTTCAAATAATTATG
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** ** * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * ** *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * ****
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** * * ** ** * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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*
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*
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* * *
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*
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Statistics
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GCCTTTATAGGCCTTTAGA
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85758 ATGGTTGAGG
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CAAGTGCCAGCAC
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85953 GCAAGTGTCC
*
85963 ACACCAAAGGTGTGCCT
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1 ACACCAAGGGTGTGCCT
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1 ACACCAAGGGTG
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ACACCAAGGGTGTGCCT
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94205 TTTAGCTTCG
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TTCAACT
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98861 CGAGTTATGG
98871 GTGCACAATTGACCTAAATGT
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1 GTGCACAATTGACCTAAATGT
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GTGCACAATTGACCTAAATGT
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106725 CAGGGGCTAG
* *
106735 CATGTGTCGATGGTAGTCAAAG
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** *
106757 CACATGTCGATAGTGGTCAAAC
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1 CATGTGTCGA
106789 GACCAACGGC
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CATGTGTCGATAGTAGTCAAAC
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123110 GAATATTTGC
123120 TATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGAT-AAACGAATT-TTTTATGTCCATACAA
1 TATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAAC-AATTGTTTTAT-T-CATA-AA
* ** * *
123183 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA-TTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTA
62 GATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTA
* * ** * **
123247 TAAAATGA-ATTTGTTTA-CTGAGTAAGCTCAAATTGTTATGACTGTTT-AAGCAAT
126 AAAAAT-ATATCTGTTTATC-GAACAAGCTCAAATAGTTATGACCATTTGAA-CAAT
* * * * * * *
123301 TTTTTATTTCAAATAGTTAGGATCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGT
1 TATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTT-TATTCATA-AAGA
* * * * **
123366 TTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAGTTAATAGGTAGGAGATTTAAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* *
123431 AATATATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAAT
129 AATATATCTGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAT
** * * * *
123482 TAGCTATTTTAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAGA
1 TATTTATTTTAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTG-TTTTATTCATAAAG-
*
123546 ATTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAA
63 ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * * * *
123607 AACTAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
128 AAATATATCTGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAT
* * * * * * * * * * * * *
123659 TATCTATCTTGAATCGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAATAATTGTTTCTTTTCACATAAGC
1 TATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTT-TATTCATA-AAGA
* * * * * * *
123723 TTATTC-GATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAA
64 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
123787 AATAAATATGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
129 AATATATCTGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
123838 TATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAA-A
1 TATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTTA-TTCATA-AAGA
** * * * * *
123902 CTTATTCGGAATAAAACAATACTAATGTATTAATA-TTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
64 -TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-A
* * * ** * * * **
123966 AAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAATTTTAATTAGATATGATTATTTGAACAAT
126 AAAAATATATCTGTTTATC-GAACAAGCTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAT
* * * * * * * * * * * *
124020 TATCTATTTAAAATTGTTTTAACTTTTTGTCTCGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAACA-
1 TATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAGAT
* * * * * * * *
124084 TATCCAAAAT-AAATAATAATACTTTACTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAA
65 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * *
124148 CTAAAGCTATTT-TCTAAAGCAA-TTCTAATAGTTACGACTATTTGGAA-AAA
130 ATATATCTGTTTATC-GAA-CAAGCTCAAATAGTTATGACCATTT-GAACAAT
** * * * *
124198 TATCAATCTTAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAA
1 TATTTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATA-AA
* *
124260 G-TTAATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAA
62 GATT-ATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
124312 ATAATTTAAA
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 170, Indels: 75
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 33 0.04
176 33 0.04
177 101 0.13
178 62 0.08
179 121 0.15
180 81 0.10
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182 115 0.14
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAGATT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
TATATCTGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAT
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Indices: 123420--124062 Score: 450
Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
123410 TAATAGGTAG
* * * * * * * * * *
123420 GAGATTTAAAAAATATATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTAG
1 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTCAAACAAGTTTAAATAGATAAGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * ** * *
123485 CTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAA-TAATTGTTTTTGTTCATACAGAA-T
66 CTATTTAAAATCGTTCTAACCTTTTGTCTAGTCATAAAACT-ATTATTTTAGTTCATACA-AACT
* * * * * * *
123548 TATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AATA--AA
129 TATTC-GAATAAAACAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAAAAAGCAA
* * * * ** * * *
123598 -AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTA
1 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTCAAACAAGTTTAAATAGATA-AGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * * * *
123661 TCTATCTT-GAATCGTAATGATCTTTAT-T-TTGTCATACAA-TAATTGTTTCT-TTTCACATAA
65 TCTAT-TTAAAATCGTTCTAACCTTT-TGTCTAGTCATAAAACT-ATTATTT-TAGTTCATACAA
* * ** * *
123721 GCTTATTCGATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAAAAAGTAA
126 ACTTATTCGAATAAAACAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAAAAAGCAA
* * * *
123776 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTCAAACAAGTTTAAATAGATAAGACTATTTGAACAATTAT
* *
123841 CTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAAACTTA
66 CTATTTAAAATCGTTCTAACCTTTTGTCTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAAACTTA
* *
123906 TTCGGAATAAAACAATACTAATGTATTAATATTC-GAAAAATTAATAAGCAA
131 TTC-GAATAAAACAATACTAATGTAATAATATTCTG-AAAATTAAAAAGCAA
* * * *
123957 GAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAATTTTAATTAGATATGATTATTTGAACAATT
1 GAGATTT-AAAAAATAAATATGTTT-CTCAAACAAGTTTAAATAGATAAGACTATTTGAACAATT
* * * *
124021 ATCTATTTAAAATTGTTTTAACTTTTTGTCTCGTCATAAAAC
64 ATCTATTTAAAATCGTTCTAACCTTTTGTCTAGTCATAAAAC
124063 AATTGTTTCA
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 67, Indels: 34
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 33 0.09
176 32 0.08
177 72 0.19
178 9 0.02
179 74 0.20
180 30 0.08
181 46 0.12
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTCAAACAAGTTTAAATAGATAAGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTAAAATCGTTCTAACCTTTTGTCTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAAACTTA
TTCGAATAAAACAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAAAAAGCAA
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Indices: 124395--124761 Score: 417
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 178
124385 AATCATTAAT
124395 AATTGTTTTAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAAGAAAAAAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAA
1 AATTGTTTTAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAAGAAAAAAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAA
* *
124460 TTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATT
66 TTAAT-A--AAGAGATTTGAAAAATAAATCCATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATT
* * **
124525 TAAATAATTATCTATTTAAAATCGATATGCATTTTTGTTTTATCATAAAAC
128 TAAATAATTATCTATTTAAAATCGATATACACTTTCATTTTATCATAAAAC
* * * ** **
124576 AATTGTTTTAGTTCACAA-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTTGTTTATTAA-TATTTTAAA
1 AATTGTTTTAGTTCA-AACAAGCTTATTCAAAAGAAAAAAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAA
* *
124639 AATTAAT-AAGAGATTT-AAAAATTAAA-CCAGTTTACTGAATC-AGTTTAAATAATTATAGA-T
64 AATTAATAAAGAGATTTGAAAAA-TAAATCCA-TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAACTATA-ACT
* * *
124699 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAC-CTTTCATTTTGTCATAAAAC
125 ATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCGATA-TACACTTTCATTTTATCATAAAAC
*
124753 AATTATTTT
1 AATTGTTTT
124762 TTAACATACA
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 19, Indels: 18
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.04
177 88 0.55
178 4 0.03
180 1 0.01
181 58 0.36
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTGTTTTAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAAGAAAAAAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAA
TTAATAAAGAGATTTGAAAAATAAATCCATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATAACTATTTAA
ATAATTATCTATTTAAAATCGATATACACTTTCATTTTATCATAAAAC
Found at i:124817 original size:67 final size:67
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Indices: 124720--124857 Score: 213
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
124710 TATCTATTTC
* * * *
124720 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTAACATACAAGCTTGTTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGCTTATTTGAAA
124785 TA
66 TA
* * *
124787 AAATTGTTAGTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGCTTATTTGAAA
124852 TA
66 TA
124854 AAAT
1 AAAT
124858 AATACTAATT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 64 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (67 bp):
AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGCTTATTTGAAA
TA
Found at i:125033 original size:244 final size:243
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Indices: 124594--125034 Score: 526
Period size: 244 Copynumber: 1.8 Consensus size: 243
124584 TAGTTCACAA
** * *
124594 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTTGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
1 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAA
* * * * * * *
124659 ATTAAACCAGTTTACTGAATCAGTTTAAATAATTATAGATATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
66 AGTAAACCAATTTACTCAATAAGTTCAAACAATTATAGATATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * *
124724 CGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTAACATACAAGCTTGTTTGAAATAAA
131 CATCACAACATTTCATTCTGTCATAAAACAATTATTTTTT-ACATACAAACTTATTTGAAATAAA
124789 ATTGTTAGTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATAC
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** * * *
124838 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTATGAGATTCAAAA
1 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAA
* * *
124903 AGTAAATCAATTTACTCAATAAGTTCAAACAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
66 AGTAAACCAATTTACTCAATAAGTTCAAACAATTATAGA-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * *
124967 TTATCACAACATTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTGTT-CATATAAATTTATTTGGAATA
130 TCATCACAACATTTCATTCTGTCATAAAACAATTATTT-T-TTACATACAAACTTATTTGAAATA
125031 AAAT
193 AAAT
125035 AATACTAAAT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 34, Indels: 6
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
243 2 0.01
244 155 0.97
245 1 0.01
246 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (243 bp):
AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAA
AGTAAACCAATTTACTCAATAAGTTCAAACAATTATAGATATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
CATCACAACATTTCATTCTGTCATAAAACAATTATTTTTTACATACAAACTTATTTGAAATAAAA
TTGTTAGTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGAACATAC
Found at i:125791 original size:178 final size:179
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Indices: 125585--125913 Score: 421
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
125575 TTGTTTAATA
* * * * *
125585 ACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTG-TTATAACTACTTGAAT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCT-TAACTACTTGAAT
* ** *
125649 CAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTA-ATTTTCAAAATATTAAAAAATAA
65 CAGTTCGACAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATATTTTCAAAATATTAAAAAATAA
*
125712 ATGTTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTACG
129 ATATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTACG
* * * *
125763 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCTTAACTACTTGAATC
* ** *
125828 AGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATTTTCATAATATTATTAGATAA
66 AGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-T-ATTTTCAAAATATTAAAAAATAA
* *
125893 GTATTATTTTATTCCAAATAA
129 ATATTATTTTATTCAAAATAA
125914 GCTTGTGTGA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 20, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 16 0.13
178 72 0.57
179 1 0.01
181 37 0.29
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCTTAACTACTTGAATC
AGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATATTTTCAAAATATTAAAAAATAAAT
ATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTACG
Found at i:125961 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 125781--126079 Score: 370
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
125771 AAAGGTCATA
* ** * *
125781 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTAGT-TCGACAAATAAATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCAATAACTATTTAAATTGGTCT-GACAAATAAATT
* * * *
125845 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-GATTTTCATAATATTATTAGA-TAAGTATTATTTTATTCC
65 TATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAGATTTTCA-AATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTCC
*
125908 AAATAAGCTTGTGTGAACATGAATAATTATTTT
128 AAATAAACTTGTGTGAACATGAATAATTATTTT
* * * ** * *
125941 ATGATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTAAATTGGTCTGGTAAGTATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCAATAACTATTTAAATTGGTCTGACAAATAAATTT
* * *
126006 ATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
66 ATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAGATTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
126071 TAAACTTGT
131 TAAACTTGT
126080 ATGATGAAAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
160 106 0.91
161 10 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (160 bp):
ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCAATAACTATTTAAATTGGTCTGACAAATAAATTT
ATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAGATTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
TAAACTTGTGTGAACATGAATAATTATTTT
Found at i:126916 original size:355 final size:359
Alignment explanation
Indices: 126475--128481 Score: 966
Period size: 355 Copynumber: 5.6 Consensus size: 359
126465 AGGTCAGAAT
* * * * * * * *
126475 GATTTGAAATAGACAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AATTGGTTCGGCAAGCACATTT
1 GATTTCAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAATTTGTTCAGCAAACATATTT
* * **
126538 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTACAATATTATTAGTTTAGCATTATTTTA-TTCAGA
64 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTACAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-GA
* * * *
126602 ACAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTTGTTTTATGAC-AAAACAAAGATCATACT-ATTTGAGAT
128 ACAAACTTGCATGAACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
** * * *
126665 AGGTAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAA-T
192 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAATT
*
126729 GT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAACAAATTACTATTACTT-GATTCTGAATAA-TTTGTATG
257 GTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAACAAATTACTATCACTTCGATTCTGAATAAGTTTGTATG
126790 A-ATAAAACAATT-GTCTTACAACAAAACAAAATG-CCATAAC
321 ACA-AAAACAATTAGT-TTACAACAAAACAAAA-GACCAT-AC
* *
126830 GATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTTA
1 GATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTTA
* *
126894 TTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
65 TTTTTTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTACAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
126958 TAAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAATGATTTGAAATAA
129 CAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * **
127023 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGTTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAA--TT
* * * * * * *
127088 TTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTCTATTCTGAATAAGTTTTTATGA
257 GTACTTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTACTATCACTTCGATTCTGAATAAGTTTGTATGA
** ** * *
127153 GCAAAAACAATTAGTTTATGATGAAACAAAAGATCATAT
322 -CAAAAACAATTAGTTTACAACAAAACAAAAGACCATAC
* * * *
127192 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAG--AA-A-A--CA-
1 GATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTTAT
* ** * *
127250 TTTCT---T-T-T--CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTC-AAA
66 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTACAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTATTTCGAAC
* * * * * * * *
127305 ATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATA
130 A-AA-CTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * ** * ***
127370 GATAATTGTTCATATAGTCAGAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATGGATTT--TTTTTTGTTC
193 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGCTCGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAAT-
* * * * * * ** * ** *
127432 TCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTACTTC-AAATAAACTTATA
256 T-GTACTTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTACTATCACTTCGA-TTCTGAATAAGTTTGTA
** ** * * *
127495 TGAACTGAAACAATT-GTTATATTACAAAAGAAAA-ATCATAAT
319 TG-ACAAAAACAATTAGTT-TACAACAAAACAAAAGACCAT-AC
* * * * **
127537 GATTTGAAATAGATAAATA-TTTAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTTGGCAAACATATTTA
1 GATTTCAAATAGAT-AATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTTA
* * **
127601 TTTTTTAAA-CATCTTTACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-
65 TTTTTTAAATC-TC-TAACTTATTAATT-TTTACAATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTTC
* * * * * * * ** *
127663 AAATAAACTTGTAT-AAGCAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG-CCATAACAAGTTGA
126 GAACAAACTTGCATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGA
*** * * * * * * *
127726 AATAAATAATTACACAAATAAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTA
189 AATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTAAACTAGCTCGGTAAACAGATTTAGCTTTT-
* * * *
127790 AAATCTTTTACATTTTTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGAATTAT-A-TT--ATT-TGAA
252 AAA--TTGTAC-TTATTAATT-T-TTAGAATATTAACAAA-TT--ACTATCACTTCGATTCTGAA
* ** *** ** ***
127848 TAAGATTGTATGA-ATAGATAA-AATTCTTTTGTGACAAAACACTAGGTTATAGC
309 TAAGTTTGTATGACA-A-A-AACAATTAGTTTACAACAAAACAAAAGACCATA-C
* * * * * * * *
127901 AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTT-TTCAGTAAACAGATTCA
1 GATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTGTTCAGCAAACATATTTA
* * * * * * *
127965 TCTTTTTAAAT-TCTTTA-TTATGAAATTTTGA-ATTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
65 T-TTTTTAAATCTC-TAACTTAT-TAATTTTTACAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCG
* * ** ** * * * *
128027 AATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTCTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAA
127 AACAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * * * ** * **
128091 TAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCCAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
191 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAAT
* * * * * * ** * ** **
128156 TTTACTTATCAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAGTCCAAATAAGCATGTAT
256 TGTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAACAAATTACTATCACTTCGATTCTGAATAAGTTTGTAT
* * * * * *
128219 GAGCAGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAA-AGTCATAA
320 GA-CAAAAACAATTAGTTTACAACAAAACAAAAGA-CCATAC
* * * * * * * * * * *
128260 GATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTA
1 GATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAG-CAAACATATTTA
* * * * *
128324 TTTTTTAAATCT-T---TTATTAATATTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTAGTCCGAA
65 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAT-TTTTACAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* ** * * * * * *
128384 CAAATTTATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAG
129 CAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * *
128449 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACT
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
128482 GGATAGGTAA
Statistics
Matches: 1300, Mismatches: 257, Indels: 190
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
344 9 0.01
345 79 0.06
346 50 0.04
347 7 0.01
348 124 0.10
349 5 0.00
351 3 0.00
352 5 0.00
354 23 0.02
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358 15 0.01
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365 15 0.01
366 5 0.00
367 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
GATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTTAT
TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTACAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAACA
AACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAATTGTAC
TTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTACTATCACTTCGATTCTGAATAAGTTTGTATGACAAA
AACAATTAGTTTACAACAAAACAAAAGACCATAC
Found at i:127076 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 126455--128527 Score: 1622
Period size: 181 Copynumber: 11.6 Consensus size: 178
126445 TATGAACTGA
* * * * *
126455 ACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAT-AA-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAAC
* * * * * * **
126518 TTGGTTCGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTACAATATTATTAGTT
65 TT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAT
* * * * *
126583 TAGCATTATTTTATTCAGAACAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTTGTTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATG
* * * * * *
126637 ACAAAAC-AAAGATCATACT-ATTTGAGATAGGTAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
126700 AGTTTGGTAAACAGATTTAGCTTTTAAA--TGT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAC
66 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * * * * **
126762 TATTACTTGATTCTGAAT-AATTTGTATGAATA-AAACAATTGTCTTACA
130 TATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
126810 ACAAAACAAAATGCCATAACGATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAAT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
** * * *
126874 TTGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
65 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT
* * *
126939 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATG
128 AGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* ** *
126991 ACAAAAAAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
127056 TGCTCGTTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTA
66 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA
* ** * * *
127121 GTATCATTTCTATTCTGAATAAGTTTTTATGAGCAAAAACAATTAG-TTTATG
129 GTATTATTT-TATTC-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATG
** *
127173 ATGAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * *
127236 GTGTTCAG--AA-A-A--CA----TT---TCTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTT
66 -TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TT
* * * * * *
127288 A-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTATTTTGTG
128 AGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATG
* * * * *
127339 GCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCAGAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** ** *
127404 TATTTGGTAAATGGATTT-TTTTTT-GTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
66 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA
* * * * *
127467 GTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTGTTATATT
129 GTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
127518 ACAAAAGAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAGATAAATATTTAAATAGTCATGACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
127582 TATTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAACATCTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT
66 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AA-ATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT
* ** *
127647 AATATTATTTTAATTTAAATAAACTTGTAT-AAGCAGAAATAATTGTTTTATG
128 AGTATTATTTT-ATTCGAATAAACTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * *** *
127699 ATAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACACAAATAAGTCATAACAATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC
* * *
127764 TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACATTTTTAATTGTCTT-AATATTAATAAA
65 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAC-TTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA
* * * * * * *
127828 TTTGAATTATATTATTTGAATAAGA-TTGTATGAATAGATAA-AATTCTTTTGTG
126 TTAGTATTATTTTATTCGAATAA-ACTTGTATGAACAGA-AACAATTGTTTTATG
** * *** * * * *
127881 ACAAAACACTAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
127946 T-TTTCAGTAAACAGATTCATCTTTTTAAATTCTTTA-TTATGAAATTTTGAATTACTAATAAAT
66 TGTTT-GGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAAT
* * * * * *
128009 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACATTTCTTTTATG
127 TAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
128062 ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
128127 AGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAG
66 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
128191 TATTATTTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAGCAGAAACAATTATTTTATA
130 TATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
128241 ACAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
128305 AGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAG
66 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * * * *
128367 TATTATTTTAGTCCGAACAAATTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTATG
130 TATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATG
* * *
128417 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
128482 GGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTT
66 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTT
128528 ATAATTGTTC
Statistics
Matches: 1508, Mismatches: 308, Indels: 151
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 42 0.03
167 79 0.05
168 6 0.00
169 2 0.00
171 3 0.00
173 14 0.01
174 13 0.01
175 68 0.05
176 119 0.08
177 66 0.04
178 132 0.09
179 203 0.13
180 123 0.08
181 399 0.26
182 160 0.11
183 74 0.05
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
Found at i:127283 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 127084--127401 Score: 408
Period size: 167 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
127074 ATTTTTTAAA
* * ** * *
127084 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAA-TTAGTATCATTTCTATTCTGAATAAGTTTT
1 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATCATTT-TATTCAAAATAAGCTTG
* * ** *
127148 TATGAGCAAAAACAATTAGTTTATGATGAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGT
64 CATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
*
127212 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAACATT
129 TCAAATAGTCAGAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAACATT
* *
127252 TCTTTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
1 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATCATTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
* * * * * *
127316 TGAACAAAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTC
66 TGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC
*
127381 ATATAGTCAGAACTATTTGAA
131 AAATAGTCAGAACTATTTGAA
127402 CTTATTTGGT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 46 0.36
167 72 0.57
168 9 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATCATTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
TGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCAGAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAACATT
Found at i:128230 original size:723 final size:705
Alignment explanation
Indices: 126587--128527 Score: 1580
Period size: 723 Copynumber: 2.7 Consensus size: 705
126577 TTAGTTTAGC
* * * * * *
126587 ATTATTTTATTCAGAACAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATC
1 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAACAAAACCAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * * *
126651 AT-ACTATTTGAGATAGGTAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTTGGTAAACAG
65 ATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAATCAGAACTATTTGAACTCA-TTTAGTAAACAG
* * * * * * * * *
126714 ATTTAGCTTTTAAATGTCTTA-T--T-AATTTTTGAAATATTAACAAATTACTATTACTTGATTC
129 ATTT--TTTTTTAATCTCTTACTCATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTC
** ** * * * * * * *
126775 TGAAT-AATTTGTATGAATA-AAACAATTGTCT-TACAACAAAACAAAATGCCATAACGATTTCA
192 CAAATAAACATATATGAACAGAAACAATTAT-TATATAACAAAACAAAAAGTCATAA-GATTTAA
* * **
126837 AATAGAT-AATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTTATTTTTT
255 AATAGATAAATA-TTCAAATAG-TCATGACTATTTGAATTTATTTGGCAAACATATTTATTTTTT
* * *
126900 AAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACT
318 AAATCTT-TACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTCAAATAAACT
* * * ** *
126964 TGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
381 TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATACCATAACAAGTTGAAATAAATAATT
*** * * * *
127029 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGTTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
446 ACACAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTT
* * * * * *
127094 ATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTCTATTCTGAATAAGTTTTTATGAGCAAAA
511 ATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGAATCATATCTATTCTGAATAAGATTGTATGAACAAAA
** * *
127159 ACAATTAGTTTATGATGAAACAAAAGATCATATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
575 ACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAT
* * *
127224 AACTATTTGAATGTGTTCAGAAAACATTTCTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
640 AACTATTTAAATGTGTTCAGAAAACATTTCTTTTCTTATTAAATTTTGGAATACTAATAAATTTA
127289 A
705 A
* * *
127290 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTGTGGCAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAACAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * **
127355 TAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCAGAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATGGAT
66 TAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAAAATCAGAACTATTTGAACTCATTTAGTAAACAGAT
** * * * *
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131 TTTTTTTTAATCTCTTACTCATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAA
* * * * * *
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*
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*
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* *
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* * *
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* * * *
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** * ** * *
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* * *
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*
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688 GAA-TACTAATAAATTTA-A
*** * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * ** ** * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *** ** * * * **
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* * ** * * * * *
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*
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TCATAACAATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
AAATATTAATAAATTAGAATCATATCTATTCTGAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTAGTTT
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TGTGTTCAGAAAACATTTCTTTTCTTATTAAATTTTGGAATACTAATAAATTTAA
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* * *
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*
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TACTTATTAATTT
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AAATAATGCTTTATGACAA
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AAATTAATTTTTAAAATATTCAACT
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129507 ATTTTACTCT
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* * ** ** * * *
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* ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *** *
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* * ** * *
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* * * * *
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1 -AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGA
* ** ** ** * *
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* *
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* * * * *** *
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1 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
* * ** * * * *
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* * * *
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* * *
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129 -TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC
* * * * * * * * * * *
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1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
* * ** * * *
131383 TAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGATCTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
66 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
*
131448 TTTTACTTATTAATTGTCTTG--ATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTC
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* * * * * * * *
131497 GAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAAGGTTATAGCAATTTC
1 -AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAACAATTTG
* * * * * *
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* * **
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** ** ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
131915 TAAATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-
66 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
** * *
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* ** * ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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129 T-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
132206 AAATAAG-TTAATGTGAATTGAAAAAACTGTTTTATGAC--AA-AAAA--T-AT---GATTTGAA
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* * * ** * *
132261 ATAGATAA-AGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAGTTTATTTTTTAA
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* * * * * * * *
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128 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * * *
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* * * * *
132507 --TCT-CTTATTAA-TTTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTT
129 TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * *** * * * ** *
132554 GAATAAAATTTGTAT-AATAAAAAACAATGGCTATAT-ATCCAAACAAAATGTTATAATGATTTA
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* * * * * * * *
132617 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACCAATTTATTTTTT
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** * * *
132681 AAATCGCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTT
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* * * * * ** *
132736 GAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
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* * * * *
132801 TAGACAATTGTTCAAATAAG-CATAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTTAA
66 TAGATAATAGTTCAAAT-AGTCATAACTATTT-AACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAA
* * * * * * *
132865 ACTATTGCTTATTAATTTTTGAAATCTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTT
128 ATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * * * * ** *
132917 GGATAAGCTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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133098 GAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTAAA
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* * * * * ** * *
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* *
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* * * * *
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1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * ** * **** *
133519 TAAATAATCA-TTCATATAGT-TTTAGTATTTGAAATGGTTTAGCAATTTGATTTATTTTTTAAT
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** * * ** * *
133582 TTTCTTGGTTATTAAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTT
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* ** * * * * * * * *
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*** * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * ** * *
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* * *** *
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* *
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* * * * ** * *
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* ** * * * * *
129419 GTTCTAATTTTCTTATCTATTTGAA-TTAGTTTTGGCAAACACATTTTATTTTTTAAA---T-CT
188 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTTAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATTTTACT
* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
130071 TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAATCGATAACTATTTAAAT
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** * * *
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* ** * * * *
130200 TGAAATATTATTAAATTTTTTTTATTTTA-TTCGAAATATGCTTGTATGAATAGAACCAAATGTT
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* * * * *
130264 TTATAAGAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAG
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* * * *
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* * * *
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* * * ** **
130428 ATGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAA-GTTCACAATGATTTGAAATAGATAATAA
126 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
130491 TTCAGATAGCCATAACTATTTGAACATG-TTAGGT-AACAAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTTC
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* * * *
130553 TCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-
249 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * *
130617 AAATAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAG
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* * * * * *** * *
130665 ACAATTATTCAAATAATTATGACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATATT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** * * * * *
130730 CTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTA-ATCAAAATAAACATGTATG
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-AAATAAGCTTTTATG
* * * * * *
130793 ACAT--AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCA
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** * * *
130856 AATAGTCATAAAGATTTGATA-TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
193 AATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTA
* * *
130920 ATTGCCTT--AATATTAAT-AATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
255 ATT--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
** * ** *
130981 AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGTGATTTCAAATAG
317 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * ** * * * *
131025 ATAATTA-TCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACATACAGATTCATTTTTTTAATCT
1 ATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
131089 CTTAATTATTAA-TTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
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* * * * *
131153 AATTGAAATAATT-TTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGGTCAA
129 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
131217 ATAGTCATTACTATTTGATCTAGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
194 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TTTTACTTATTAA
* * * * * * * *
131282 TTGTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTCATTT-GAATAAGCTTATATGAAAAAAAACTAT
256 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
131346 TGTCTTATAACAAAA-GAAAGGTAATAACAATTTGAAATAA
320 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
*** * * *
131386 ATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGATCTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
*
131450 TTACTTATTAATTGTCTTG--ATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAG-TTTGTA
66 TTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTT-TA
* ** * * * * *
131511 TGAATAGAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGT
127 TGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
131576 TCAAATAG---TAAC---TTG---TT-TCT--TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
190 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTAT
** ** ** *
131629 TAATTTTT-AGAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAACCGAAAT
253 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* *
131693 GATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAATAG
317 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
131736 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTTAAATTT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * *
131801 TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
65 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGA
* * * * * * * * *
131866 ACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
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* * **
131931 TAATCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCCCTTATTAATTT
195 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTT
* * * ** * ** * * *
131993 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTGTTTCGAGCAAACTTACATGAACAAAAACATTTGTT
259 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
132058 TTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCCATTTGAAA-AG
324 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
132094 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTACTTTTTAAATCT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * ** **
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * *
132697 AAATTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAA
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *** *
132867 TATTGCTTATTAATTTTTGAAATCTTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATA
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* ** * *
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* * *
132995 AAATAGTAATCACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTCAAACTTTTCCTTATT
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* * * * * * *
133059 AATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACA
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
133290 ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GATCTTAACGATTTTG-GATTGATAATTGCTC
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* ** *
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* * *
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*
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* * * * * * * ** * **** *
133522 ATAATCATTCATATAGT-TTTAGTATTTGAAATGGTTTAGCAATTTGATTTATTTTTT-AATTTT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
** * * ** * ** ** **
133585 CTTGGTTATTAAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGA
66 -TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGA
* * * * * * *
133650 ATAGAACCAATTGTTTGT-TGACAAAATAAAAGGTTATAATGAA-TTGGAATAGATAATTATTCA
130 ATAGAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAATGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
*** * * * *
133713 AATAGTCA-AACTATTTGAAAGGGTTTGGTAAACAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA
193 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA
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256 TTT
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TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAA
TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
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131559 TTCAAATAGATAA-TTG
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1 TT
131593 TCTTAAATAG
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TTCAAATAGTAACTTG
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* * *
133674 AATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAAAGGGTTT
1 AATAAAAGGTTAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAAAGAGTTT
* ** * *
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* ** * **
133790 AATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCATAACTATTTGAACTAGTT
1 AATAAAAGGTTAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAAGAGTT
* *
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65 TGGCAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTT-ACTAATT
133892 TTTGGAATAT
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AATAAAAGGTTAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAAAGAGTTT
GGCAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTATTTCCAAAGTATT
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133131 CTAACTAAAC
* ** *
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1 AAAAGGTTAGAACGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG
* * * *
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66 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT-A-TCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
* * * *
133271 TTTTAACTAAATATTTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTT
129 TTTTAACCAAATATTTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAAGATTTT
* * * *
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194 GGAATGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGAAAACAGATTTATGTTTTA
* * *
133401 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCGAATAAGCTTG
259 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
*
133466 TATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCATT
324 TATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATT
* *** * * * * * *
133531 CATATAGTTTTAGTATTTGAAATGGTTTAGCAATTTGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTA
389 CAAATAGTCAAAGTATTTGAAATGGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTA
* ** * *
133596 AGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAAT
454 AGTGTCAAAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
133661 TGTTTGTTGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTA
519 TGTTTGTTGACAAAACAAAAGGTAAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAACTA
*** ** *
133726 TTTGAAAGGGTTTGGTAAACAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTCCTAAGTATTA
584 TTTGAAAGGGTTCAATAAACACATTTACTTTTTAAAGCTCTTA-TGATTAATTTCCTAAGTATTA
133791 AT
648 AT
* * * * *
133793 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG
1 AAAAGGTTAGAACGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG
* *
133858 CAAATACATTTATTTTTTAAATCT-T-TCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTT
66 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTATCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTT
* * * * *
133921 TTATCCGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAGAAAAATCATAAAGA-T
131 TTAACCAAAT-A--TT-TATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAAGATT
* ** * *
133985 TTGAGAATGATATTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATA-ACTTTA-GT
192 TTG-GAATGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGAAAACAGA-TTTATGT
*
134048 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
255 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * * *
134113 TTTTTGTGA-AGTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGAT
320 CTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAAAT
** * * * *
134176 AATTGTTCAAATAGTCAAATTTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCT
382 AATCATTCAAATAGTCAAA-GTATTTGAAATGGTTTAG-CAAATAGATTTA-TTT-TTTAAATCT
* * *** ** *
134240 CTTGCTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
443 CTTGCTCATTAAGTGTCAAAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGA
* * *
134305 ACT-GAAATAATTGTTT-TATGA-ATAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
508 A-TAGAAACAATTGTTTGT-TGACA-AAACAAAAGGTAAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTC
* * ** * *
134367 TAATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAATTAACACATTTA-TTTTTCACAGCTCTTAT
570 AAATAGCC-AAACTATTTGAAAGGGTTCAATAAACACATTTACTTTTT-AAAGCTCTTAT
134426 TAATTTTTGG
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 93, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTATCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTT
TTAACCAAATATTTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAAGATTTTGG
AATGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGAAAACAGATTTATGTTTTAAA
TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
TGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCA
AATAGTCAAAGTATTTGAAATGGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAG
TGTCAAAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATTG
TTTGTTGACAAAACAAAAGGTAAGAATGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAACTATT
TGAAAGGGTTCAATAAACACATTTACTTTTTAAAGCTCTTATGATTAATTTCCTAAGTATTAAT
Found at i:134949 original size:180 final size:180
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133783 AAGTATTAAT
* * ** * * **
133793 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * * *
133858 CAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTCAC-TA--ATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
133920 TT-TATCCGAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAG
131 TTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
133970 AAAA-ATCATAAAGATTTGAGAAT-GATATTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * * *
134033 GAAAATA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
65 GTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
134096 ATTTTATTTCAAATAAGTTTTTGTGAAGT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
128 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
134149 AAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTGTT-
1 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * **
134211 TGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTACA
64 AG-TAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGT
** *
134276 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGA-ATAAAC
125 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC
* * * * * *
134332 AAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * * * * * * *
134396 ATTAACACATTTATTTTTCACAGC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
134457 TTTTACT-CATAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC
129 TTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
134509 AAATA--TCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TTAGTTC
1 AAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* * * * * *
134571 GGTAAACAGATTTAATTCTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATT
64 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** ** **
134632 ATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAAC
128 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
134685 AAAATGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATAATTTAAATAGACATGAC-ATTTGAACTTGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * ***
134749 TAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** ** *
134814 TTATTTTAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
131 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** * * *
134864 TAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGAACTCGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * *
134929 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGCATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * ** *
134994 TTTGTTATGAATAAGCTTTTATGAAT-GAAACAATTGGCTTATGACAAAGC
130 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
135044 TAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * *
135109 AAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
135172 TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAC
129 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
135224 AAAAGGTCATAATG-TTTAAAATAGATAATTGTTCGGATAGTCATAACTATTTGAACATTATT-G
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCA
* * * * *
135287 GTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
135352 TTTTATTTCGAATAAGCTTACATAAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
129 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
135404 AAAAGGTCACAATGATTTGAAACA-ATTAATTATTCAAATACTAATGAAC-ATTTGAACTTGTTC
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
135467 -GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTGTCGAAATATTAATAAATTAATAT
64 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
135531 T-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
127 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *** * * **
135584 AAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGGTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * *
135649 GT----AGA--TA--TATTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATT
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * **
135705 ATTTTATTCAAAATAAGCTTG-ATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC
128 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
135759 AAAAAGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-G
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * *
135823 TTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAATATTA
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*** * ** ** *
135888 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTATGACAAAAC
129 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
135940 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * *
136005 TAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTT-GAAATATTATTAAATTGGTATT
66 TAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * **
136068 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACACAATG
128 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC
** * * ** * *
136122 AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATATTCATAACTATATGAACT
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
136179 GGTTTGATAA
Statistics
Matches: 1774, Mismatches: 355, Indels: 156
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
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Indices: 133793--136178 Score: 2251
Period size: 536 Copynumber: 4.4 Consensus size: 538
133783 AAGTATTAAT
* * * * **
133793 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG
* * * **
133858 CAAATACATTTATTTTTTAAATC-TTT-C--ACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTAT
66 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTAT
* * * * *
133919 TTTTATCCGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAGAAAA-ATCATAA-A
131 TTTAAT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * *
133982 GATTTGAGAAT-GATATTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAAATA-ACTT
195 -ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACATA-TT
* * * *
134044 TAGTT-TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-A
257 TAATTCTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAA
* * * ** *
134107 AATAAGTTTTTGTGAAGT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA-ACTTTAA
319 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGA-TTTAA
* * *
134170 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTT
381 ATAGATAATTGTTCAAATAGACATAA--CATTTGAACTTG-TTGATAAACAGATTTA-TTT-TTT
** * ** *
134234 AAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
441 AAATCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* *
134299 GTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA-ATAAAC
506 ATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC
* * * * *
134332 AAAAGGT-AAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTC
1 AAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * * *
134395 AATTAACACATTTATTTTTCACAGC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAAT
64 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATT
* * * * * *
134456 ATTTTACTCATAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC-AAATATCATAA
129 ATTTTAATCA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * *
134520 TAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTT
193 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACATATTT
* **
134584 AATTCTTAAA-TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTGAATA
258 AATTCTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATA
** *
134647 ATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAGATTTGAAATAGAT
323 AGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTT-AAATAGAT
** * * * * * *
134712 AATAATTTAAATAGACATGACATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAA
387 AATTGTTCAAATAGACATAACATTTGAACTTGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAA
* * **
134777 CTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATTATATGAA-TA
451 CTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-
134840 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
515 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
134864 TAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATAACTATTCGAACTCGTTCAG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG
* * * *
134929 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGCATTAT
66 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTA-
* * * * ** * * *
134994 TTTGTTAT-GAATAAGCTTTTATGAA-TGAAACAATTGGCTTATGACAAAGCTAAAGGTCATAAC
130 TTT-TAATCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
*
135057 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACATATTT-
194 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACATATTTA
* * *
135120 ATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAT
259 ATTCTT-AAA-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAAT
* * ** *
135185 AAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTAAAATAGA
322 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTT-AAATAGA
** * * * * * *
135249 TAATTGTTCGGATAGTCATAACTATTTGAACATTATTGGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCT
386 TAATTGTTCAAATAGACATAAC-ATTTGAAC-TTGTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
135314 TACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATAAAC
449 AACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
*
135379 TGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
514 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
135404 AAAAGGTCACAATGATTTGAAACA-ATTAATTATTCAAATACTAATGAAC-ATTTGAACTTGTTC
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTTAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * * **
135467 -GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTGTCGAAATATTAATAAATTAATAT
64 AG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCAT
* *
135531 T-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
128 TATTTTAAT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * ** * * *
135595 GCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGGTTGGGTAGATATA-T
192 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACATATT
**
135659 TAGA-TC-----TTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAA
257 TA-ATTCTTAAATTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAA
* * * *
135716 AATAAGCTTG-ATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAA
319 AATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTT-AA
* * * * * * *
135780 ATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGTTAAACAAATTCATTTTTTAAA
381 ATAGATAATTGTTCAAATAGACATAA-CATTTGAACTTGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
135845 TCTCTTAA-TTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
444 TCTC-TAACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
* ** *
135909 ATGAACCGAAATGATTTTTTTATGACAAAAC
508 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
135940 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
1 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG
* * * * * * * *
136005 TAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTTGAAATATTATTAAATTGGTATTA
66 TAA-ACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTA
* * * **
136069 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACACAATGAAAAG-TCATAA
130 TTTTAAT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAA
* * * * *
136133 CAATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATATTCATAACTATATGAACT
193 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
136179 GGTTTGATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (538 bp):
AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG
TAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTAT
TTTAATCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAGAAAACATATTTAAT
TCTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTAAATAGATAATT
GTTCAAATAGACATAACATTTGAACTTGTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTCAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:135213 original size:715 final size:709
Alignment explanation
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Period size: 715 Copynumber: 3.3 Consensus size: 709
133797 GGTTAGAATG
** * * * * * *
133807 ATTTGAAATAGATAATTATTTTAATGGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
* * * *
133872 TTTTAAATCTT-TCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCGAATAAGC
66 TTTTAAAT-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCCGAATAAGC
* * *
133935 TTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAGAAAAATCATAAAGATTTGAGAAT-GAT-A
129 TTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAAGATTTGA-AATAGATAA
* * * * * *
133997 TTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-AAAATAACTTTA-GTTTTAAATCTCTT
192 TTATTT-AAATAGACATGAC-ATTTGAACTTGTTCAGTAACAT-A-TTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
134060 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTGTGAAGT
253 ACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAA-T
* * * *
134125 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT
317 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * * *
134188 AGTCA-AATTTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAA
381 AGTCATAA-ATATTTGAACTCGTTAG-TAAA-AGATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
134252 TTTTTTGAATATTAATAAATTA-CAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAAT
441 -TTTTTGAATATTAATAAATTAGC-ATTATTTTATTATGAATAAGCTTTTATGAA-TGAAAAAAT
* * * * *
134316 TGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAAC
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* * * * * *
134380 TATTTGAA-TTGGTTCA-ATTAACACATTTATTTTTCACA-GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATA
567 TATTTGAACTT-GTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * * * *
134440 TTATTAATTTAGCAATATTTTACTCATAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACA
630 TTATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
134505 AAACAAATA-TCATAAT
694 AAACAAA-AGTCATAAT
* * * * *
134521 AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTAA
1 -ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATAGATTTAA
* * * **
134586 TTCTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTGAATAATTT
65 TTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCT
** *
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**
134716 ATTTAAATAGACATGACATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTA
194 ATTTAAATAGACATGACATTTGAACTTGTTCAGTAA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
134781 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATTATATGAATAGAAAC
258 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAATAGAAAC
* * ** ** *
134845 AATTGTTTTATGACAAAACTAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAATGGTCATA
323 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
134910 ACTATTCGAACTCGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
388 AATATTTGAACTCGTT-AGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAT
* * * **
134975 TTTAATAAATTAGCATTATTTTGTTATGAATAAGCTTTTATGAATGAAACAATTGGCTTATGACA
450 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTATGAATAAGCTTTTATGAATGAAAAAATTGTTTTATGACA
* * * * *
135040 AAGCTAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGT
515 AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
135105 TCAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATAT
580 TCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATAAATTTATAT
* * *
135170 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
644 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
135235 AT
708 AT
* * * **
135237 GTTTAAAATAGATAATTGTTCGGATAGTCATAACTATTTGAACATTA-TT-GGTAAATAGA-TTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-A-ATTAGTTCGGTAAATAGATTTA
* * *
135299 ATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
64 ATTTTTAAATT-TC-T--T-ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGA
** * * * * *
135363 ATAAGCTTACATAAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAAC
123 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAAT
* *
135427 A-ATTAATTATTCAAATACTA-ATGAACATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAA
186 AGA-TAATTATTTAAATA-GACATG-ACATTTGAACTTGTTCAG-T-AACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * * * *
135489 ATCTTTTACTTATTACTTGTCGAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGT
246 ATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTAT
* * * *
135553 ATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATT
311 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
* * * *
135618 CAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGGTTGGGT---AGA--TA--TATTAGATCTTTTACTTATT
376 CAAATAGTCATAAATATTTGAAC-TCGTT-AGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
135676 AATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCA-AAATAAGC-TTGATGAATAGAAAA
439 AATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-ATGAATAAGCTTTTATGAAT-G--AA
** * * * *
135738 AAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA
498 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
135803 TAATTATTTAAACTTGTTC-GTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAG
563 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-AAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAG
* * *** * * ** *
135867 AATATTGATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTAT
626 AATATT-ATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
*
135932 GACAAAACAAAAGGTCATAACG
690 GACAAAACAAAA-GTCATAA-T
* *
135954 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTCGGTAAGA-ATATTT-
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTCGGTAA-ATAGATTTA
* * * ** * *
136016 ATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTTGAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCCAAA
64 AT-TTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAA
* * **
136081 TAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACACAATGAAAAGTCATAACA-ATTTGAAATA
124 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATA
*
136145 AATAA
187 GATAA
136150 ATGCTCAAAT
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 230, Indels: 126
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (709 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
TTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTAT
TTAAATAGACATGACATTTGAACTTGTTCAGTAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTATATGAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
ATTTGAACTCGTTAGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT
AAATTAGCATTATTTTATTATGAATAAGCTTTTATGAATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAA
AACAAATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATAAATTTATATTATTTTA
TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAT
Found at i:136680 original size:501 final size:504
Alignment explanation
Indices: 135745--136690 Score: 1162
Period size: 501 Copynumber: 1.9 Consensus size: 504
135735 AAAAAAATCA
* * *
135745 TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTAT
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* *
135810 TTAAACTTGTTCGTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGA
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* * * * * * * * *
135875 TAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTATGACAAAAC
130 TAAATTAATATTACTCTATTTCGAATAAACTTATATCAACCAAAATAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
135940 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGG
195 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAG
* * * * * *
136005 TAAGAATATTTATGTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTGTTGAAATATTATTAAATTGGTATTAT
260 CAAGAATATTTATGTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTGTTCAAATATTACTAAAATAGTATTAT
* *
136070 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACACAATGAAAAGTCATAACA
325 TTTAATCCAAATAAGCGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACACAATGAAAAGTCATAACA
*
136135 ATTTGAAATAAATAAATGCTCAAATATTCATAACTATATGAACTGGTTTGATAAATATTAATAAA
390 ATATGAAATAAATAAATGCTCAAATATTCATAACTATATGAACTGGTTTGATAAATATTAATAAA
136200 TTAGTATTATTTTGTTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAAAAATATTG
455 TTAGTATTATTTTGTTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAAAAATATTG
* * * * * * *
136250 TTTTATTACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATACTTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACACTCATAATTAT
* * *
136315 TTAAACTGGTT-TTGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTT-A-TA-AATTTT-TGAAATATT
66 TTAAACTGGTTCGT-TAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATAATTTTCAG-AATATT
* * * * *
136374 AATAAATTAGTTTTACTCTATTTCGAATAAATTTTTA-CAAGCTAAAATAATTATTTTATGACAA
128 AATAAATTAATATTACTCTATTTCGAATAAACTTATATCAA-CCAAAATAATTATTTTATGACAA
* * * * *
136438 AACAAAAGGTCATAACAATTT-AAGTTAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAT-TGG
192 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATCTAG
*
136501 TTCAGCAA-ACATATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATT-TTCATAATATTACTAAAATA
255 TTCAGCAAGA-ATATTTATGTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTGTTCA-AATATTACTAAAATA
* * * * * *
136564 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTATAGAAT-AAAATG
318 GTATTATTTTAATCCAAATAAGCGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACACAATGAAAA-G
* * * * * *
136628 TTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA
382 TCATAACAATATGAAATAAATAAATGCTCAAATA-TTCATAACTATATGAACTGGTTTGATAAA
136691 AAGATCTATT
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 60, Indels: 24
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
500 13 0.04
501 260 0.70
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504 2 0.01
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506 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (504 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACACTCATAATTAT
TTAAACTGGTTCGTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATAATTTTCAGAATATTAAT
AAATTAATATTACTCTATTTCGAATAAACTTATATCAACCAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAGC
AAGAATATTTATGTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTGTTCAAATATTACTAAAATAGTATTATT
TTAATCCAAATAAGCGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACACAATGAAAAGTCATAACAA
TATGAAATAAATAAATGCTCAAATATTCATAACTATATGAACTGGTTTGATAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTGTTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAAAAATATTG
Found at i:137869 original size:516 final size:513
Alignment explanation
Indices: 136835--138267 Score: 1308
Period size: 516 Copynumber: 2.7 Consensus size: 513
136825 TTAACTTTCG
* * * * * *
136835 AAATAATAATAAAGTAGTATTGTTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTAT
1 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAAATGAAACAATTGTTTAT
* * *
136900 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTCTTTGAA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAA
* * ** **
136964 CTTATTCGATAAACACATTTATCTTTTCGAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAA
129 CTTATTCGATAAACAAATTTATATTTTTTAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAA
* *
137029 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTGA-GTATAAACTGAAACAATTATTATAGGACTAAATAAA
194 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGT-ATGTAT-AACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAA
* * * * * *
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257 AGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAA
* * * * * *
137158 ATATATATATTTTTTAAATCTCTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-GTC
322 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
* ** * ** *
137222 CATATAAGCTTGTATGATCAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATATTCA
387 CATAGAAGCTTGTATGA-CAAAAAAGATCA-AATGATTTGAGATCAAAATAAAATCAAATATT-A
** * * * *
137287 TAACTATTTAAACTAGTTCAAAAAAACAACTTTAGTTTTAAATCTTTTGTTTATTAA--TT-TTT
449 TAACTAGATAAACTAGTTCAAAAAAACAAC-TTAG-TTTAAATATTTTGGTAAATAATTTTATTT
137349 T-
512 TA
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1 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTAT
* *
137415 GACAAAACAAAATGTCATAACGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTGAAC
* * * * *
137480 TTGTTTGATAAATAAATTTATATTTTTTAAATCTCTTGCTCATCAATTTTTCAAATGTTAATAAA
130 TTATTCGATAAACAAATTTATATTTTTT-AATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAA
** * * * * *
137545 TTACAATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAA
194 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTATGTAT-AACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAA
* * * *
137610 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTCTA-CAA
258 GGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-AGCAA
* * *
137674 ACACATTTATTTTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAATGAGTATTATTTTAAT
322 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATT-AAATTAGTATTATTTTAAT
* ** *
137739 -C-TGAGGAAGCTTGTATGA-AAAGAA-A-C-AATTCTTTTATGA-CAAAATAAACATCATAATG
386 CCAT-A-GAAGCTTGTATGACAAAAAAGATCAAATGATTTGA-GATCAAAATAAA-ATCA-AAT-
* * *
137797 ATT-TGAGA-TAGATAATC-A-TTCAAATAGTAATAAC-TA-TTTAAACTATTTTGGTAAATAGA
445 ATTAT-A-ACTAGATAAACTAGTTCAAA-A-AAACAACTTAGTTTAAA-TATTTTGG----T--A
137856 TTTAGTATTTAAATCTCTTATTAATTTTTA
499 ---A--A--T-AA----TT-TT-A-TTTTA
* * * *
137886 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-TTTTGCACG-AATAGAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTT--ATGAAAT-GAAACAATT-GTT
* * ** *
137949 TTTGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTCATGTAG--ATATGACTAT
62 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAT--CTAT
* * **
138011 TTGAACTTATTCGATAAACAGA-TT-TATTTTCT-AGGTCTTGCTTATTAA-TTTTCTAAATGTT
124 TTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATATTTTTTAATCTCTTGCTTATTAATTTTTC-AAATGTT
* * *
138072 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGATGTATACATTAAAACAATTATTTTATGACTAA
188 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATA-ACTGAAACAATTATTTTATGACTAA
* * *
138137 ATAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAATTATTTGAACTAGTTC
252 ATAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * *
138202 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGTATTATTT
317 AGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
138266 TA
382 TA
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AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTATG
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AGTATTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGT
CAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAC
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCATA
GAAGCTTGTATGACAAAAAAGATCAAATGATTTGAGATCAAAATAAAATCAAATATTATAACTAG
ATAAACTAGTTCAAAAAAACAACTTAGTTTAAATATTTTGGTAAATAATTTTATTTTA
Found at i:138193 original size:179 final size:177
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137327 AATCTTTTGT
* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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1 -T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAA
* * * * * * *
137580 CTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTATAAT
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** *
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** * * * * * *
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* * ** * *
137873 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTGCACG-AATAG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAAATA-
* * *
137937 AAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTC-ATGTA
65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATA
* * * **
138000 GAT-ATGACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTCTAGGTCTTGC
128 G-TCTTAACTATTTGAACTTATTCGATAAACACATTTATTTTCTAAATC-T-C
* * *
138052 TTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGATGTAT-ACATT
1 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGA-AAT
* * * *
138115 AAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAG
64 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
* * *
138180 GCTTAATTATTTGAAC-TAGTTC-AGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-C
129 TCTTAACTATTTGAACTTA-TTCGA-TAAACACATTTATTTTCTAAATCTC
* * * * **
138228 TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAA
138289 TACCAATTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAAATAA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
TTAACTATTTGAACTTATTCGATAAACACATTTATTTTCTAAATCTC
Found at i:138705 original size:19 final size:19
Alignment explanation
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* *
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1 ATGAAAAGAAATAATTAGT
138720 AT
1 AT
138722 TATTTTAATC
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
ATGAAAAGAAATAATTAGT
Found at i:139085 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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138703 GAAAAGAAAT
* * * * * *
138713 AATTAGTATTATTTTAATCTGAGTAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAA
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* * *
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* * * *
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* ** * *
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* ** * *
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*
139019 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATA
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* * * *
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* * * * * * ** **
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* * **
139199 AAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
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* * * *
139250 AACTAGCATTA-CTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * *
139313 AAAGGTCATAATTATTT-ACAATAGATAATTATTCAAATA-ATCATAACTGTTGGAACGTA-TTC
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* * * * *
139375 ATAAAACATATTTTATTTTTTAAAAT-TTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
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* * * *
139430 AATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAAC
1 AA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
** * * * ** * * *
139493 AAAATATCATAATGATTTGAAATAGAGAATTATTTATATAGCCATAACAATTGGAACTTGTTTGG
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* * * *
139558 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATA
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* * * * * ** *
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1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAAC
* * * *** * ***
139674 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATCAAAACTTGTTCAA
64 AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTATTTGG
* * * * *
139739 TAAACATATTTATTTTTAAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
128 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * * * *
139792 AATTAATATTATTTTAATTCGTATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-A
* * * * * * * **
139856 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCACAACAATTCGAATTTATTCAG
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* * ** *
139920 TAATATAG--TTATTTTTTAAATCT-T--TTATTTATTAACT-GAATATTAATA
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* * ** * * *
139968 AATTTGTATTATTTTAATTAAAATAAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * * ***
140033 AAGATTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATA-ATCGTAATTGTTTTAACTTGTTCAAT
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* *
140097 AAACAGATTTA-GTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
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* ** * * * *
140148 AATTAGAATTATGCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAG
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * ** *
140213 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGCA-TTGGTTAAGC
66 AAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATAACTATTTGAACTT-ATTTGGT
* * * *
140277 CAACAGATTCATTTTCTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
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*** ** * * *
140329 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
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* * * * * * *
140394 ATGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTTGTAACTAATTGAAC-TAGTTTGGT
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* * * *
140458 AAACAAATTTATATTTTAAA--TCT-CTTAATAATTTTCAAAATATTAATA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * *** * * * * * * *
140506 AGTTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGGATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * * * ** *
140571 AATGTCATAACGATTTGAAATAGGCAAGTATTCATACAGCCT-TTACTATTTAAACTGGTTTGGC
66 AAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-ATATAACTATTTGAACTTATTTGGT
* *
140635 AAACA-ATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTAATAATATTATTA
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* * * * * * * * *
140685 GATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTATATAACAAAAGAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * *
140750 AAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTTGCT
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* * * *
140814 TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAAATTTTGAAATATTAATA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * ** * * * * * *
140866 TATTAGTATTATTTGATTCCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * ** * * * * *
140930 AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTCGAT
65 AAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTATTTGGT
** * * *
140995 AAATTGATTTATTTTTTCAATCTCTGACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATA
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
141111 AAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTC-AATAG-TCATAACTATTTGAA-TT-TTTCG
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* ** * *
141172 TAAACATATTT-TTTTTTAAAAT-T-TTTTTGCTTAATTTTT--AATGTTAATA
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* * * *
141221 AA-TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAA-A
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* * ** ** *
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* * * * *
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** * * *
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* ** * *
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* ** * * *
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* * *
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* *
141730 AATTAGTA-T-TTTTATTTCGAATAA-ATTGTATGAAT--AAACAATTATTTTATGACAAAAACA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACA
* * * * * * *
141790 AAAGTTTATAATGATTTCAAATAAATAA-TATTC-AATAG-TCTAACTATTTAAACTTGTTT-GT
65 AAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTATTTGGT
* * * *
141851 AAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTTATTTTTGAACTATT--TA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* *** ** * * * *
141897 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACA-AAATAATTATTTTATGAGAAACCAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * ** * *
141961 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCATTTAG-TCTTAACTATTTGAACTTGTTTGG
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142024 CTATTAGATT
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ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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** * * *
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** * * * * * *
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258 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * *
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* *** * * * * ** *
139623 TTTATTTTGAATTAGCCTATATGAACTA-ATATAATAGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAAC
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* * *** ** *
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*
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383 AGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * *
139882 AATTGTTCAAATAGTCACAACAATTCGAATTTATTCAGTAATATAGTTATTTTTTAAATCTTTTA
448 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA-ATAGTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
139947 TTTATTAA-CT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATAAGGTTGTATGAATAGAA
512 CTTATTAATCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAA-CTTGTATGAATAGAA
* * ** * *
140010 AAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATCG
576 ACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * * *
140075 TAATTGTTTTAACTTGTTCAATAAACAGATTTA-GTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAA
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140139 ATATTAATA
704 ATATTAATA
* ** * *
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1 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA-
* * * * ** **
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65 AAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAATT-ATTTGGTA
* * * *
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*** * * *
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193 TTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
140407 TTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTTGTAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATAT
258 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT-T
* * * *
140472 TTT-AAATC--T-CTTAATAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAATATTATTTT-ATTCCAAACAA
322 TTTAAAATCTTTACTTATTAA-TTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAA
* * * * * * * * ***
140532 ACTTATATGGATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGC
384 GCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * * * * * ** * * * * * *
140596 AAGTATTCATACAGCCTTTACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAATTTTTTTTTAAATCTCTTAG
448 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
140661 TTATTAATTTTAATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
513 TTATTAA-TCT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAA-CTTGTATGAATAGA
* * * * * * * * *
140726 AATAATTGTTATATAACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTT
575 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * * *
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640 ATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAAT-T-CTACTTATTAATTTTTGA
140856 AATATTAATA
703 AATATTAATA
* * * * * * *
140866 TATTAGTATTATTTGATTCCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATA
1 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-
* ** * ** * * * * *
140930 AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTCGAT
64 AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAA-TTATTTGGT
** * * * * *
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* ** * * * * * * * *
141059 TTTA-TTTGGATAAGCTTTTATGAATTGACACAAATGTTTTATTATAAAGCCAAAAGGTCATAAT
192 TTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
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256 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * ** * * *
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321 TTTTAAAATCTTTACTT-ATTAATTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG
* * * * * * *
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385 CTTGTATGAAC-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATA
** * * * * * * * *
141310 ATTGTTTTAATA-TCTTAACTATTTGAACTTCTACA--ACACATTTA-TTTTTAAATCTATTGCT
449 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * ** * *
141371 TACTAATTTCAAAATATT-ATAGTTTA--AATATTTTACTTTGAATAAGTTGTATG-ATAGAAAC
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* * * *
141432 AATTATTTTATAACAAAAC---ATATCATAATGA-TTGAGATA-ATAA-TGTT-AAATAGTTAT-
578 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
* * * * *
141489 ACTAATTTAAACTAGTTTGGTTAACAGATTTA-GATTTTAAA-TCT-CTTGTTAATTTTTGAAAT
643 ACT-ATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATG-TTTTAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAAT
141551 ATTAATA
706 ATTAATA
** * * *
141558 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATATTGTATGAATAAAAATAATTG-TTT-T-ACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * *
141620 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGATGTGACTATTTGAACTTATTTGGTAA
66 AGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAA-TTATTTGGTAA
* * *
141685 ACAGA-TTATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTT---A-ATTAATAAATTAGTA-T-TTTT
130 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
141743 ATTTCGAAT-AAATTGTATGAAT--AAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGAT
195 ATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
141805 TTCAAATAAATAA-TATTC-AATAG-TCTAACTATTTAAACTTGTT-TGTAAACAAATTTATTTT
259 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * * *
141866 TTAAATCTCTTATTTATT--TTTGAACTATT--TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
324 TAAAATCT-TTACTTATTAATTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
** * * * * **
141927 GTACAAACAAAATAATTATTTTATGA-GAAACCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCA
388 GTATGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
** *
141991 TTCATTTAGTCTTAACTATTTGAACTTGTT
453 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
142021 TGGCTATTAG
Statistics
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0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (712 bp):
AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
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CAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
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AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
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Found at i:140652 original size:537 final size:539
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Indices: 138713--142023 Score: 2430
Period size: 537 Copynumber: 6.2 Consensus size: 539
138703 GAAAAGAAAT
* * * * * *
138713 AATTAGTATTATTTTAATCTGAGTAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAA
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* * * ** *
138778 ACA--TCATAATGATTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGTAATAACT-ATTTAAACTATTTTGG
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* * * *
138840 TAAATAGATTTAGTA-TTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTT
130 TAAACAAATTTA-TATTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
** ** ** * * *
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* * * * * *
138968 TTGAAATAGATAATTATTCATGTAG-ATATGACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAGATTTATTT
258 TTGAAATAGGTAATTATTCATATAGCCT-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
* *
139032 TTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
322 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * *
139097 CTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAA
387 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * **
139162 TTGTTCAAACA-AGCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
452 TTGTTCAAATAGA-TATAACTATTTGAACTTGTTAAGCAAACAGATTTATTTTTAAATCCGTTAC
*
139226 TTATTAATTTTTGGAATATTAATA
516 TTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * **
139250 AACTAGCATTA-CTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAAC
1 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC
* * * *
139312 AAAAGGTCATAATTATTT-ACAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACT-GTTGGAAC--GTAT
64 AAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTCGAACTAGT-T
** * * * * ** *
139373 TCATAAAACATATTTTATTTTTTAAAATTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATA
127 TGGT-AAACA-AATTTATATTTT-AAA-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA
* * * * * *
139438 TTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCAT
187 TTATTTTATTTAAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
* * * * * * *
139503 AATGATTTGAAATAGAG-AATTATTTATATAGCCATAACAATTGGAACTTGTTTGGTAAATAAAT
252 AACGATTTGAAATAG-GTAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
* *
139567 TTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
316 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * ** *
139632 AATTAGCCTATATGAACTA-ATATAATAGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
381 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *** * *
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445 TAGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTGTT-AAGCAAACAGATTTATTTTT-AAA
* * * *
139760 TCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
508 TCCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * *
139792 AATTAATATTATTTTAATT-CGTATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACA
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* * * * * *
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* * * * * * * ** ** **
139918 AGT-AATATAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAACTGAATATTAATAAATTTGTATTATTT
128 GGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * *
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* * ** * * * * *** *
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* * **
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* *
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* * *
140238 AATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGCA-TTGGTTAAGCCAACAGATTCATTTTCTAAATCCGT
450 AATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTT-GTTAAGCAAACAGATTTATTTT-TAAATCCGT
140302 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
513 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* ** * *
140329 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * **
140394 ATGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTTGTAACTAATT-GAACTAGTTTGGT
66 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTCGAACTAGTTTGGT
* *
140458 AAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTAATAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTAT
131 AAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * * *
140523 TCCAAACAAACTTATATGGATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG
196 TTAAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
140588 AAATAGGCAAGTATTCATACAGCCTTTACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACA-ATTT-TTTTTTA
261 AAATAGGTAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
140651 AATCTCTTAGTTATTAA-TTTTAATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTT
326 AATCTCCTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * * *
140715 GTATGAACATAAATAATTGTTATATAACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTG
390 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
140780 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTT-TGCTTAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CTACT
455 TTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTGTTAAGC-AAACAGATTTA-TTTTTAAATC-CGTTACT
* *
140843 CATTAAATTTT-GAAATATTAATA
517 TATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * * * * * *
140866 TATTAGTATTATTTGATTCCGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATA
1 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* ** * * * * * * *
140930 AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAA-TTATTTGAACT-GATTCG
65 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTCGAACTAG-TTTG
* *** * * * * *
140993 ATAAATTGATTTATTTTTTCAATCTCTGACTTCTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA
129 GTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
** * ** * * * * * * *
141058 TTTTATTT-GGATAAGCTTTTATGAATTGACACAAATGTTTTATTATAAAGCCAAAAGGTCATAA
190 TTTTATTTAAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAA-ACAAAATGTCATAA
* * * * * * * * *
141122 TGATTTTAAATTGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAA-TT-TTTCGTAAACATATTT-
254 CGATTTGAAATAGGTAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA
** * * *
141183 TTTTTTAAAAT-T--TTTTTGCTTAATTTTT--AATGTTAATAAA-TAATATTATTTTATTTTGA
319 TTTTTT-AAATCTCCTACTT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * *
141242 ATAAGCATATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAAT
382 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
** ** * * *
141305 AGATAATTGTTTTAATATCT-TAACTATTTGAACTT-CT-A-C-AACACATTTATTTTTAAATCT
446 AGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTGTTAAGCAAACAGATTTATTTTTAAATCC
* * * * *
141365 ATTGCTTACTAA-TTTCAAAATATT-ATA
511 GTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
** * * * *
141392 GTTTA--AATATTTTACTT-TGAATAAG-TTGTATG-ATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAC-
1 AATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * **
141451 ATA--TCATAATGA-TTGAGATA-ATAA-TGTT-AAATAGTTAT-ACTAATTTAAACTAGTTTGG
65 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTCGAACTAGTTTGG
* * * * ** *
141509 TTAACAGATTTAGATTTTAAATCTCTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
130 TAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* ** * * * * *
141574 TTCT-GAATAATATTGTATGAATAAAAATAATT-GTTT-T-ACAAAAC-AAAGGTCATAATGATT
195 TT-TAAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATT
* * ** * *
141634 TGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT-GGATGTGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGA-TTATTT
259 TGAAATAGGTAATTA-TTCATATAGCCT-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
* * * *
141696 TTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTT---A-ATTAATAAATTAGTA-T-TTTTATTTCGAATAA-
322 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * *
141754 ATTGTATGAAT--AAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTCAAATAAATA
387 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
141817 A-TATTC-AATAG-TCTAACTATTTAAACTTGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-C--T-
451 ATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTGTTAAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCCGTTA
*
141874 CTTATTTATTTTT-GAACTATT--TA
515 CTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATA
* * ** * * * * *
141897 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACA-AAATAATTATTTTATGAGAAACCAA
1 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** * * *
141961 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCATTTAGTCTTAACT-ATTTGAACTTGTTTGG
66 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTCGAACTAGTTTGG
142024 CTATTAGATT
Statistics
Matches: 2185, Mismatches: 486, Indels: 228
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 49 0.02
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508 61 0.03
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531 1 0.00
532 1 0.00
533 14 0.01
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544 6 0.00
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTCGAACTAGTTTGGT
AAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
TTAAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG
AAATAGGTAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGATATAACTATTTGAACTTGTTAAGCAAACAGATTTATTTTTAAATCCGTTACTTATT
AATTTTTAGAATATTAATA
Found at i:142035 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 141401--142023 Score: 744
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 337
141391 AGTTTAAATA
* * *
141401 TTTTACTTTGAATAAGTTGTATGATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACATATCATAATGATTG
1 TTTTACTTTGAATAAATTGTATGATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAATCATAATGATTC
* * * *
141466 AGATAATAATGTTAAATAGTTATACTAATTTAAACTAGTTTGGTTAACAGATTTAGATTTTAAAT
66 AAATAATAATATTAAATAGTTATACTAATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGATTTTAAAT
* * ** * *
141531 CTCTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATATTGTATGAAT
131 CTCTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGATTGTATCAAT
* * *
141596 AAAAATAATTGTTTTACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGATG
195 AAAAATAATTATTTTACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGATG
*
141661 TGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTTAATT
260 TAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTTAATT
141726 AATAAATTAGTAT
325 AATAAATTAGTAT
* * *
141739 TTTTA-TTTCGAATAAATTGTATGA-ATAAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAAT
1 TTTTACTTT-GAATAAATTGTATGATAGAAACAATTATTTTATAAC-AAAAC-AAA--TCATAAT
* * **
141802 GATTTCAAATAAATAATATTCAATAGTCTA-ACT-ATTTAAACTTGTTT-GTAAACAAATTTATT
61 GA-TTCAAAT-AATAATATTAAATAGT-TATACTAATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGA
* * *
141864 TTTTAAATCTCTTATTTATTTTTGAACTATT-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
123 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGATTG
*
141928 TA-CAA-ACAAAATAATTATTTTATGAGAAACCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCA
188 TATCAATA-AAAATAATTATTTTA-CA-AAA-C-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT-A
** * *
141991 -TTCATTTAG-TCTTAACTATTTGAACTTGTTTGG
247 GTTCAAATAGAT-GTAACTATTTGAACTTATTTGG
142024 CTATTAGATT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 32, Indels: 26
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 22 0.09
338 40 0.17
339 33 0.14
340 3 0.01
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343 18 0.08
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (337 bp):
TTTTACTTTGAATAAATTGTATGATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAATCATAATGATTC
AAATAATAATATTAAATAGTTATACTAATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGATTTTAAAT
CTCTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGATTGTATCAATA
AAAATAATTATTTTACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGATGT
AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTTAATTA
ATAAATTAGTAT
Found at i:143506 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 143152--144853 Score: 1304
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 180
143142 NNNNNTTTTA
* * * * * *
143152 TTCAAATTAGTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATAC-AGTCTTA-TT
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCA-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTT
* * * * * *
143215 CAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATGA-ATTT-CAAAATGA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAA
** * * * * *
143278 AT-T-TGTTAGTTTGCTC-AGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAATTATCTAT
128 ATCTAT-TTA--TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
* * * *
143331 TTCAAATCATTATAATCTTTTGTGTTATCACAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCA-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** ** *
143396 AAATAACATAATTCTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAGCAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
143461 CTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTT-ATCAATTATCTAT
130 CTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
** * * * * *
143511 TTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCA-AAATCAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
143575 CAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT-TAAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
143639 AATCTATTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATTTAT
127 AATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTAT
* * * *
143693 TT-AAATCATTACGA-CTTTT-TTTTAT-AAAA--AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-A
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCAAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * ** * *
143751 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTCAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA
66 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *** * * ** *
143815 TATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAAT-AATTATCTAT
129 TCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTAT
** * * * * * *
143867 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGATTTTAAAAT-AATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT--TATCAAAATCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
** * * * * *
143930 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCTAAAATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGA
63 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
143995 AT-TAGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATCTA-TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
** * * * * * * * **
144048 TTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATACGGTTATTCC
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCA-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* *
144113 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAA
65 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
144176 TCTATCTT-CTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
129 TCTAT-TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
* * *
144228 TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTATCA-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* ** *
144292 GAAACAAAATAATACTAATTTATTTGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-AAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
144355 TCTGTTTATT-AAGCAAACTT-AAATAGTTATGA-TCGTTTGAAT-AATTATTTAT
129 TCTATTTATTGAA-C-AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG-ATCAATTATCTAT
* * **
144407 TTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCATACAATTTTATT
1 TTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTATC--AAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * **
144470 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAA
63 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * **
144535 ATTTATTTATCAAACATGTTCAAATAGTTATGTCCCTTTGAAT-AATTATCTAT
128 ATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTAT
** * **
144588 TTCAAATCATTATGAGATTTT-TTTGTCAT-AAAA-CAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATTT
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT-T-ATCAAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* ** *
144650 -ATAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTTAAAAACTAA
64 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
144710 ATCTGTTTGTTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAT
128 ATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
* ** * * *
144763 CTCAAATTGTTATGATCTTTATGTTGTCAT-AAAAT-AATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGATCTTT-TGTT-TTATCAAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-
* * * *
144826 CG-ATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
63 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
144854 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 1245, Mismatches: 216, Indels: 127
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 68 0.05
175 120 0.10
176 67 0.05
177 9 0.01
178 8 0.01
179 266 0.21
180 336 0.27
181 349 0.28
182 19 0.02
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCAAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
Found at i:144890 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 144728--145006 Score: 361
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
144718 GTTGAATCAA
* ** *
144728 TTCAAATAGTTATGACTACTT-GAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTATG-TT-GT
1 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGT
* * * * *
144790 CATAAAATAATTGTTTC-TTTTCATATAAGCTTATTCCG-ATTAAGATAATACTAATTTAATAAT
64 CATAAAA-AATTATTTCAATTT-ATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
144853 AAAAAATAAATGTGTTTTGCCGATCTAG
126 AAAAAATAAATGTGTTTTGCCGATCTAG
* *
144881 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* *
144946 TAAAAAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 TAAAAAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
145007 TTCAAAAAAT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 13, Indels: 10
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
152 5 0.05
153 91 0.84
154 12 0.11
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (153 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAAAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAAAAA
ATAAATGTGTTTTGCCGATCTAG
Found at i:145265 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 144879--151777 Score: 2945
Period size: 181 Copynumber: 38.3 Consensus size: 180
144869 TTGCCGATCT
* * *
144879 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
*
144944 CATAAAAAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 CATAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ***
145008 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTATGTAACA
129 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * *
145060 AGTTTAAATAGATATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* ** * * *
145125 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AAATTTATCCGA-AATAAAATAATACTACTTCATTAAT
65 CATAAAA-AATTATTTCAATTCA-TACAAGCTTAT-TGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
145188 ATTTC-AAAAATTATTAAGCAAGAGATTT-AAAAACTAAAGCTAT-TTT-CCAAACC
127 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACA
* * * ** ** *
145241 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGGTC-TTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * * * * *
145305 CATAAAAAAACTATTTC-TTATCATATAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATA
65 CAT-AAAAAATTATTTCAAT-TCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
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128 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACA
* * * * * * * * * **
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1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * *
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65 CATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
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* * * * * ** ** **
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1 AG-TTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-
* * * ** * * * * **
145665 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATGTTATAACCTT-TTGTTTTGTCATAAAAT-ATGTT
63 GTC-A--T-AA-AA-AAT-TATTTC-AATTCATACAAGCTTATTG---AG-AATAAAATAATACT
** * * * * * *
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116 AAT-TT-AT-TAA---TATTCA-AA-AAATTAATAAGCAA--GA--GAT-TTA-AAAAA---ATA
* * *
145792 AGAGAT-TTTA-AAAATAA
164 A-ATATGTTTACCAAA-CA
* * *
145809 ATCTTTTTATCAAACTAGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCGTT
1 A-----GT-TCAAA-TAGTT---AT-G-----AC-ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
145873 TTGACTTTTTGTTCCACT-ATAAAAAAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATA
48 ATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAAAATTA-TTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATA
* *** * ** **
145937 ATACTAATTTATTATTATTTGCACAATTAATAATTAA-A-ATTTTATAAAGCAT-AATATGTTTA
111 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTA-AAAAAATAAATATGTTTA
*
145999 CCGCAAACT
174 -C-CAAACA
* * * * *
146008 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTT-GT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
** * * ** *
146070 CATAAGAAAATTATTTCAGCTCATA-TAGGTTATT--GAATAAAATAATACTAGGGTTGTT-ATA
65 CATAA-AAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA
* ** * **
146131 TTC-CAAAATTAATAATTAAGAGATTT--AAAAATAAA-ACTATTTACTGAACA
128 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAACA
* * * ** *** *
146181 AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATTGCTAT-AACTTTTGTTTCA-
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-AG
* * * * * * *
146244 TCATAAAAAGATT-TCATCTATTTATACAAGCCTATTTCAG-ATAAAATAATTCAAATTTA-TAA
64 TCATAAAAA-ATTAT-TTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
146306 CTA-ACAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTCAGCACACA
126 -TATTCAA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * *
146361 AGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGC----A---A---CAAATTATTATAACTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAAT-AGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * * *
146415 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
64 TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * *
146479 ATTTTTACAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAACATAAATATATTTACCGAACA
127 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * *
146532 ATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * * * * *
146597 AACAAAATAATCATTTCAGTTAACATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** * * * **
146661 TTCCAAAAATGAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTGTTTACTGAACA
128 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * *
146714 AGTTCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * ** * ** *
146778 TCAGAAAATAATTGGTTT-TGTTCATCCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTAATTAA
64 TCATAAAA-AATT-ATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * ** * * * * **
146841 TATTCCAAAAGTTAATAAGCAA-A-ATTTTGAAAAATGATTTTTTTTACTGAACA
126 TATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * *
146894 CG-TCAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCATATCATTATGA-CTATTTGTTTT
1 AGTTC-AAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTA
* * * *
146957 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTG-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
63 GTCATAAA-AAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
147021 AATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTTTTTACCAAGCG
126 TATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * *
147075 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTA-
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAG
* * * * *
147139 TCATAAAACAAATCTTTCTATTCATAAAAG-TATATTTG-GAATAAAATAATATTAATTTATTAA
64 TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCT-TA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * *
147202 TATTC-TAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAGAATATATTTGTTTACCGAACA
126 TATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * *
147255 AGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATCATCTATTTCTAA-CTGTTATGACATTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTG-TTTA
* ** *
147319 -TCATAAAATAATACCAACTATTCAAAAATAATTGGTCTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAAT
63 GTCATAAAA-AAT---TA-T-TTC------AA------TTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAAT
* * * *
147383 AATACCAATTCATTACTATTC-AAAAATTAAT----AAG-GATTT-AAAAAATAAATGTGTTTAC
110 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAC
** *
147441 TGAACT
175 CAAACA
* * * *** * * ** *
147447 AGTTCAAATAATTAAGCCTACGAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTTTT-TTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * * * *
147511 CATAAAATAATTGTTTCAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAACA
65 CATAAAA-AATTATTTCAAT-TCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
147575 TTTAGAAAA-TAGTAAGCAAGA-AATTAAAAAAATAAATCTATTTACGAAA-A
128 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * *
147625 AGTTCAAATAGTTATGATACTTGAACAATTATCTATTT-AAAT--TGTATGACCTTTTTATTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACC--TTT-TGTTT
** * * * ** * * *
147687 A-TTGTAAAACAATTATTTCAGTACATAAAAGCTTAATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTA
62 AGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTT-ATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * ** *
147750 ATATTTTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATCA
125 ATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAA-CA
* * * * * ** *
147806 A-TTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTAT-GACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * *
147870 CATAAAATAATTATTTTTC-A-CCATACAAGCCTATTTG-GTATAAAATAATACTAATTTACTAA
65 CATAAAA-AATTA--TTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * ** * ** *
147932 TATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGT-AAAAAATTGATCTGTTTACTGAACT
126 TATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * **
147986 AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-ATGCC-TTTGTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--CCTTTTGTT-T
*** * * * * * *
148049 A-TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAA
62 AGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
148113 TATTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACC
126 TATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * *
148167 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTA-
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAG
* * * ** * * * * * *
148231 TCGTAAAACAATTTTTTCAGTTTTTAGTAA-CTTATTCAGAGTAAAAAAAAACAAATTTATTAAT
64 TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATA-CAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
148295 ATTTC-AAAAA-T--T-AGTAAGACATTT-AAAAAATAATTATGTTTGCCAAATCA
127 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CA
* * * * *
148345 A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATGATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
** ** * * *
148409 CATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTG-GAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 CAT-AAA-AAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * * *
148472 ATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGATATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT
127 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * * *
148525 AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTCAAAT-GTGATGA-CTATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTAG
* * * * * *
148588 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAAC
64 TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAG-CTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
148652 ATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTT--AAAAATGAATTTG-TTAGCCTGAC-
127 ATTCAAAAAATTAATAAGCAA-GAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAACA
* * * * * * ** * *
148703 AGTGCAAATAATAATGACTATTTAAACAGTTATCTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAG
* * * * * * *
148768 TGCA-AAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCT-AAAATAAGATAATTCTAATTTATTAAT
64 T-CATAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT-TGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * **
148831 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACA
127 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * ** * *** * *
148884 TGATCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * ** * * *
148949 TATAAAAATTTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATACAAATTTTTTAATAT
65 CATAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** **
149013 TC-CAAAATTAATGAGTAA-A-AATTAAAAAAA-AGGT-T-TTT--TGAACA
129 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* *
149057 CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTATTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC-TTTTGTTT
* * * ** * *
149120 TGTCAGAAACTAATTATTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGA-AATAAAATAATACTAGTTTATTA
62 AGTCATAAA-AAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
149184 ATATTCCAAAAATTGATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAGCA
125 ATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * * * *
149239 ACTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTATAATCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTAG
* * * *
149303 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * ** *
149367 TTCTTAAAATTAATAGGTAGGAGAATT-AAAAAATAAATCTGGTTGTCGAACA
128 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * *
149419 AGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATG-ACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * ** ** ** * *
149484 CAAAAAAAAATTGTTTCTATTTGTGTAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
65 C-ATAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * ** *
149549 TTTGAAAATTAAT----AAGAGACTT-AAAAACTAAATTTGTTTATGGAAA-T
129 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAACA
* * * * * * * *
149596 AGATCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTAT-TTT-G
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAG
* ** * * * *
149659 TCATAAAATAATTGTTTCTTTTTATACAAGCTTATTCG-GATTAAAATAATATTAATTTAATAAT
64 TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT-GAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
149723 ATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCA
127 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTT-ACCAAACA
* * * * ** *
149773 A-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * * *
149837 CATAAAATAATTATTTCAGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGC-AATTTATTTAAC
65 CATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATA-CTAATTTA-TTAAT
** * * * *
149901 ATTTGAAAAAGTAATGAGTAAGAGA-TT---AAAA-AAA-ATGTTTATCAAACA
127 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * *
149949 AGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAATAATTATTTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAG-TTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTA
* * * * * * * * * * * * *
150012 GTAATAAAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCGA-AATCAAATAATTCTACTTCACTAA
63 GTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT-TGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*** * * * * ** *
150076 TATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTT-AAAAACTAAAGCTGTTTTTTGC-ACCA
126 TATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACA
* * *
150131 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAAT-AGTTATGATCCTTAT-TTT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTT
* * * * * * *
150192 -CTCATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAGATT-TTTAG-ATAAAAAGAATATTAATTTAAT
62 AGTCATAAAA-AATTATTTC-AATTCATACAAGCTTATTGAGAAT-AAAATAATACTAATTTATT
* ** * *
150253 AATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTT--AAAAA-AAATATGTTTGTCGAACC
124 AATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * *
150303 AGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* ** * * * *
150368 CATATAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCCTAATCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATA-AAAAATTATTTCAATTCATACAAG-CTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
150432 TTCAAAAAA--AATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACA
128 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * ** * *
150483 AGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACATTTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * * * ** * * *
150548 CATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATAT
65 CATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** *
150613 TTC-AAAAGCTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCA-ATTTACCAAA-A
128 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACA
* * * ** * * *
150659 TAGATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTG-CCTTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTAT-GACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTA
* * * *
150723 GTCTTAAAACAATTGTTTTTAA--CATACAATCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
63 GTCATAAAA-AATT-ATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * **
150785 ATATTTC-ATTAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAATT
125 ATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * ** *
150836 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTATTGTTCTA
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTT-TA
*** * * * *
150900 -TCATAAAATAATTATTTTTGTTTATAC-AGAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAA
63 GTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAG-CTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * **
150963 TATTCATAAAATTAATAA-TAAGAGATTT--AAAAATAAATATGTTTTCCCAATT
126 TATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
** * * * * ** *
151015 AGTTCAAATAGTTAAAACTATATAAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTTT-G
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAG
* * * ** * *
151079 TTATAAAATAATTATTTCAA-CCATATAAGCTTATCCCA-AA-AAAATAAATATTACTTTATTAA
64 TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT-TGAGAATAAAAT-AATACTAATTTATTAA
* *
151141 TATTTC-AAAAGTTAATAAG---G-GATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTACCGAAA-T
126 TA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTACC-AAACA
* * * * * *
151191 AGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTCGAATCATTATTACTTTTTTTTTTT
1 AGTTCAAAT-AGTTAT-GACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC--CTTTTGTTT
* * *
151255 A-TCTTAAAACAATTTTTTTTCAA--CATTCAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
62 AGTCATAAAA-AA--TTATTTCAATTCATACAAGCTTATT-GAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
151316 TAATATTTC--AAAATT-TTTA-TAAGAGATTT-AAAAAGTAAATCTATTTACCAAACA
123 TAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * ** *
151370 AGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAG
* ** * * * * *
151434 TCATGAAATAATTATTTCTGTTCCTACAGGCTTTTTCG-GAATAAAATAATACTAATTTAGTAGT
64 TCAT-AAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT-GAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * *
151498 ATTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTTGAAAAATAAATCTATTTGCCAAACT
127 ATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * * **
151552 AGTTGAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGGCTTT-
1 AGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-G-TTTA
* ** *
151616 GTCATAAAGTAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATT-CGAATAGAAA-AA-ACTAATTTATTAA
63 GTCATAAA-AAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * *
151678 T-TGTTTAAAAATT-AT----AAGAGATTT-AGAAAATAATTTTATTTACTGAAACCA
126 TAT-TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAA-CA
*
151729 A-TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
1 AGTTCAAATAG-TTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
151778 TACTAATTTA
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Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
ATAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
Found at i:145688 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 145615--145688 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 4.7 Consensus size: 15
145605 TTAAATAGTT
*
145615 ATTAT-TATTTGAACA
1 ATTATCTATTT-AATA
*
145630 ATTATCTACTTAA-A
1 ATTATCTATTTAATA
145644 ATTAT-TAGTTCTAATA
1 ATTATCTA-TT-TAATA
145660 ATTATGACTATTTGAATA
1 ATTAT--CTATTT-AATA
145678 ATTATCTATTT
1 ATTATCTATTT
145689 CAAAATGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTATCTATTTAATA
Found at i:150210 original size:534 final size:527
Alignment explanation
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147681 ATTTTTATTG
* * * * * * * *
147691 TAAAACAATTATTTCAGTACATAAAAGCTTAATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT
1 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * * *
147755 TTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAATTT
64 TTAAAA-ATAAT-AGTAAGAGA-TTAAAAAATAAACT-GTTTATCAAA-CAAGTTTAAATAGTTA
* * * ** * * *
147819 TGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
124 TGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-CATTGT
* * * ***** * *
147884 TT---TTCACCATACAAGCCTATTTGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTA
187 TTCAGTTCA--A-AAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTA
* * * ** * ** * *
147946 ATAAGTAGGAGATGTAAAAAATTGATCTGTTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGGCTATTTG
249 ACAAG-A-GA-CT-TAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
148010 AACAATTATATAT-TTCAAATTGTTAT-ATGCCTT-TGTTATATCATAAAACAATTATTTTTGTT
309 AACAATTATCTATCTT-AAATAGTTATGAT-CCTTAT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *** * * * *
148072 CATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGA
370 CATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-A
* ** * * *
148137 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTCTT
431 GATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTGTT
* * * *
148201 TATTTTAAATCA-TTAGGACTTTTTGTTTTA-TCG
495 TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCA
* * ** * * * * *
148234 TAAAACAATTTTTTCAGTTTTTAGTAA-CTTATTC-AGAGTAAAAAAAAACAAATTTATTAATAT
1 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
148297 TTCAAAAAT--TAGTAAGACATTTAAAAAATAATTA-TGTTTGCCAAATCAA-TTCAAATAATTA
64 TT-AAAAATAATAGTAAGAGA-TTAAAAAATAA--ACTGTTTATCAAA-CAAGTTTAAATAGTTA
* * * * *
148358 TGACTATTTGAATAATGATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGC
124 TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC-ATTG-
* * * ** **** * * * *
148423 TTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAG
186 TTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAAC
* * ** ** * *
148487 AAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA-ACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGA
251 AAG--AG--ACTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * *
148550 ACCATTATTTA-CTTCAAAT-GTGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCAT
310 ACAATTATCTATCTT-AAATAGTTATGA-TCCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * ** * * *
148613 AC-AGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGA
373 ACAAG-CTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA--AA--GA
* * * * * * * * * *
148677 TTT-AAAAATGAATTTGTTAGCCTG-A-CAGTGCAAATA-ATAATGACTATTTA-AACAGTTATC
433 TTTAAAAAATAAATATGTTTGTC-GAACCAATTCAAATAGTTAA-GACTA-TTAGAACAATTGTT
* * * *
148737 TATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGC-
495 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTAGT-CA
* * * * *
148771 -AAAACAATTGTTTCTA-TTCGTACAAGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATAT
1 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * * * *
148833 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTGAACATGATCAAATAGTT
64 T-TAAAAA-TAAT-AGTAAGAGA-TTAAAAAAT-AAACTGTTTATC-AAACAAGTTTAAATAGTT
* * * *** * *
148897 ATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-ATTTT
123 ATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA--TT
* * * * * *** * * ** **
148961 TTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATA-TTCCAAAATTAA
185 GTTTCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAA
** * * *
149024 TGAGTAAAAATTAAAAA--AAAG--GTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCA
250 CAAG--AGACTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
149085 ATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGA-CCTTTTTATTTTGTCA-GAAACTAATTATTTCTGTTCAT
313 ATTATCTATCTT-AAATAGTTATGATCC---TTATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * *
149147 ACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGCAAAAGAT
373 ACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAAAGAT
* ** * * * * *
149212 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AGCAACTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTAT
434 TTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTTTAT
* * * *
149276 TTAAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTGTCA
498 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * *
149306 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATT
1 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * *
149369 CTTAAAATTAATAGGTAGGAGAATTAAAAAATAAATCTGGTTGTCGAACAAGTTTAAATAGTTAT
64 -TTAAAAATAATA-GTAAGAG-ATTAAAAAATAAA-CTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTAT
* * * * *
149434 GTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTGTT
125 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AATAAAACATTGTT
* **** ** * * *
149499 TCTATTTGTGTAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATA
188 TC-AGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAACA
** * * * * * * *
149563 AGAGACTTAAAAACTAAATTTGTTTATGGAA-ATAGATCAAACAGTTATGATTATTTAAACAATT
252 AGAGACTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
149627 ATTTATCTCAAATAATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTTATACAAGCTT
316 ATCTATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
*
149692 ATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
381 ATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
149757 TGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCT
446 TATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTTTATTTCAAATAGTTAT
149822 GACCTTTTGTTTAGTCA
511 GACCTTTTGTTTAGTCA
* * * *
149839 TAAAATAATTATTTCAGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGC-AATTTATTTAACAT
1 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTA-TTAATAT
*
149903 TTGAAAAAGTAATGAGTAAGAGATT-AAAAA-AAA-TGTTTATCAAACAAGTTGAAATAGATT-T
64 TT-AAAAA-TAAT-AGTAAGAGATTAAAAAATAAACTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAG-TTAT
* * *
149964 GACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACATTTGTT
125 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA-TTGTT
* * * *
150029 TCAGTTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATTCTACT-TCACTAATATTTTGAAAATTAGTA
188 TCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCT-ACTAATATTTTGAAAA-T--TA
* *
150093 AGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGCAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
249 A-CAAGAGACTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACAC-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
150157 AAATATCAATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAA
312 AATTATCTATCTTAAATAGTTATGATCCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * *
150222 GATT-TTTAGATAAAAAGAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAA
377 GCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAA
* * * *
150285 -AAATATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCA
442 TAAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTTTATTTCAAAT-A
* *
150349 -TTTTGACCTTTGGTTTAGTCA
506 GTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * * *
150370 TATAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCCTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
1 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
150435 AAAAAAAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
66 AAAAATAAT-AGTAAGAGA-TT-AAAAAATAAA-CTGTTTATC-AAACAAGTTTAAATAGTTATG
* * ** * *
150499 ATTATTTGAACATTTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT
126 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-CATTGTTT
* * * * * * * * * *
150564 TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATA-TTTCAAAAGCTAATAA
189 CAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAA-TTAACAA
* * * ** *** * * * * * * **
150628 GAGATTTAAAAAATAAATC-AATTTACCAAAATAGATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTA
253 GAGACTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
150692 CCTAT-TTCAAATCGTTAT--TGCCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAT
317 TCTATCTT-AAATAGTTATGAT-CC--TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * ** *
150753 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATTAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
378 CTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** ** * * * * * * * * *
150818 AAATCTATTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGT
443 AAATATGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTTTATTTCAAATAGT
*
150883 TAT-AACTTATTGTTCTA-TCA
508 TATGACCTT-TTGTT-TAGTCA
* ** * * * *
150903 TAAAATAATTATTTTTGTTTATAC-AGAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAT
1 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * *
150966 TCATAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTT-TCCCAATTAGTTCAAATAGTTAA
64 T--TAAAAATAATAGTAAGAGATTAAAAAATAAA-CTGTTTAT-CAAACAAGTTTAAATAGTTAT
* * * * * ** * * * * *
151030 AACTATATAAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATTATT
125 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-CATTGTT
** * * * * * * * * * *
151095 TCA-ACCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAAATATTACTTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAAT
188 TCAGTTCAAAAAAACTTATCCAAAATAAAAT-AATACTAATCTACTAATATTTTGAAAA-TTAAC
* * * * * *** * * *
151157 AAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAA-ATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAA
251 AAGAGACTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACACA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA
* * * ** * * * * * * *
151220 TTACCTAT-TTCGAATCA-TTATTACTTTTTTTTTTTATCTTAAAACAATTTTTTTTCA-ACATT
314 TTATCTATCTT-AAAT-AGTTATGA--TCCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA
* * * * * * * * *
151282 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTTATAAGAGATTTAA
374 CAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAA-ATTAATAAAAGATTTAA
* * * * * * ** * * * *
151347 AAAGTAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
438 AAAATAAATATGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTTTATTTCA
* *
151411 AATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCA
502 AATAGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCA
* * * * * * * * *
151437 TGAAATAATTATTTCTGTTCCTACAGGCTTTTTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTC
1 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * ** * * * *
151502 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTGAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTGAAACAGTTAA
65 TAAAAA-TAAT-AGTAAGAGA--TTAAAAAATAAA-CTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTAT
* * * **
151567 GACTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
125 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTG
151611 GCTTTGTCAT
Statistics
Matches: 2686, Mismatches: 531, Indels: 326
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
528 11 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (527 bp):
TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAATAATAGTAAGAGATTAAAAAATAAACTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACATTGTTTCAGTTCA
AAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAACAAGAGACTTA
AAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTA
AATAGTTATGATCCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTA
AAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC
GAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
TTAGTCA
Found at i:151176 original size:355 final size:354
Alignment explanation
Indices: 150193--151451 Score: 817
Period size: 355 Copynumber: 3.6 Consensus size: 354
150183 CCTTATTTTC
* * * * * * *
150193 TCATAAAACAATTGTTTCT-AATCATACAAGATTTTTAGATA-AAAAGAATATTAATTTAATAAT
1 TCATAAAACAATTATTTTTCAA-CATACAAGATTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAT
* * * ** * *
150256 ATTCCAAAAAT-TAATAAGAGATTTAAAAA--AAATATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAA
65 ATTTCAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAA
* * * * ** * * * * *
150318 GACTACTA-GAATAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTT-TAGTCATATAATAATTG
130 AACTA-TATAAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTA
* *** * * * **
150381 CTTCAGTTTATACAAGCCTAAT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA-AAAAAAA
193 TTTCA-ACCATATAAG-CTTATCCCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAATTAA
* * * * * **
150443 TAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTTAAAT-AGTTATGATTATTT
255 TAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTACCGAAA-TAGTTCAAATAAG-TATGACCATTT
** * * ** * * * * *
150506 GAACATTTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTT-TTATTTTG
313 GAACAACTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTATTGTTCTA
* * **** * * * * * *
150547 TCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAACACTATTTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGATTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAT
** * * *
150611 ATTTCAAAA-GCTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAA-ATAGATCAAATAATT
65 ATTTCAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAAGTAAAT-ATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTT
*** * * * * ** * * ** * * * *
150673 ATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTG
128 AAAACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATT-
* * * * *** *
150738 TTTTTAA-CATACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATTAATTAAT
192 ATTTCAACCATATAAGCTTATCCCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAATTAAT
* * * *
150802 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAATTAGTTTAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAA
256 AAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCGAAATAGTTCAAATAAG-TATGACCATTTGAACAA
* **
150865 CTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-TTATTGTTCTA
319 CTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTATTGTTCTA
* ****
150900 TCATAAAATAATTATTTTTGTTTATAC-AGAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAGTAA
1 TCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAG-ATTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAA
* * * **
150963 TA-TTCATAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTTCCCAATTAGTTCAAATAG
64 TATTTC--AAAATT-ATAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * *
151026 TTAAAACTATATAAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTT-TGTTATAAAATAA
126 TTAAAACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTCTATCATAAAATAA
* *
151090 TTATTTCAACCATATAAGCTTATCCCAAAAAAATAAATATTACTTTATTAATATTTCA-AAAGTT
190 TTATTTCAACCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCATAAA-TT
* *
151154 AATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAAATAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACA
253 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAAATAGTTCAAATAAGTATGACCATTTGAACA
* * * * * *
151219 ATTACCTATTTCGAATCATTATTACTTTTTTTTTTTA
318 ACTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTATTGTTCTA
* * * * * *
151256 TCTTAAAACAATTTTTTTTCAACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGATTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
* * * ***
151321 TTTCAAAATTTTTATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTG
66 TTTCAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAA
* * * *
151386 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATGAAATAATTATTT
131 ACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTT
151451 C
196 C
151452 TGTTCCTACA
Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (354 bp):
TCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGATTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
TTTCAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAA
ACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTT
CAACCATATAAGCTTATCCCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAAATAGTTCAAATAAGTATGACCATTTGAACAACTACCTA
TTTCAAATCATTATAACTTTATTGTTCTA
Found at i:152280 original size:477 final size:473
Alignment explanation
Indices: 151334--152258 Score: 1047
Period size: 477 Copynumber: 1.9 Consensus size: 473
151324 CAAAATTTTT
*
151334 ATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAA
1 ATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAA
* ** * * * * *
151399 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATGAAATAATTATTTCTGTTCCTACAGG
66 TTATCTATTCCAAATAATTATAACCTTTTATTCTATCATCAAACAATTAGTTCTGTTCATACA-G
* * * * * *
151464 CTTTTTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTGA
130 CTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAGATATTAA
* * * * * *
151529 AAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTGAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTATTTCAA
195 AAAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTAAATGAACAATTATTTATTTCAA
** * *
151594 ATTGTTATGACCTTTTGGCTTTGTCATAAAGTAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAATA
260 ATCATTATGACCTTTTGGCTTTCTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAATA
* * * * * * * *
151659 GAAAAAACTAATTTATTAATTGTTTAAAAATTATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGA
325 AAAAAAACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTCA
* * * *
151724 AACCAATTCAAATGATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTACTAATTTAT
390 AACCAACTCAAATGATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACT-ATTTAT
151789 TAATATTTATAAAATTAATCA
454 T-ATATTTATAAAATTAATCA
* * *
151810 ATAAGAGATTTAAAAAGGTAAATCTATTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATA
1 ATAAGAGATTTAAAAA-GTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATA
* * * * *
151875 ATTAT-TATTCCAAATCAATTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACT
65 ATTATCTATTCCAAAT-AATTATAACCTTTTATTCTATCATCAAACAATTAGTTCTGTTCATAC-
* * * * *
151939 A-TTTTATTTGAAAATGAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAACTTAATAACCAAGA-A-
128 AGCTTT-TTCG-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACCAAGAGAT
* **
152001 ATTAAAAAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTAT
190 ATTAAAAAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTAAATGAACAATTATTTAT
* * * **
152066 TTCAAATCATTATGACCTTTTTGG-TTTCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATT
255 TTCAAATCATTATGACC-TTTTGGCTTTCTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATT
* *
152129 TGAATTAAAAATAATACTAATTTAATACTAGTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
319 CGAA-TAAAAA-AA-ACTAATTTAATAATAGTTCAAAAAT-AATAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * ** *
152194 TTGTTTAC-CAAATCAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAA-TATTATTTATTTGAAATCATTAT
379 TTATTTACTCAAACCAACTCAAATGATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
152257 AA
444 AA
152259 ACTTTTGTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
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ATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAA
TTATCTATTCCAAATAATTATAACCTTTTATTCTATCATCAAACAATTAGTTCTGTTCATACAGC
TTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAGATATTAAA
AAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTAAATGAACAATTATTTATTTCAAA
TCATTATGACCTTTTGGCTTTCTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAATAA
AAAAAACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTCAA
ACCAACTCAAATGATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACTATTTATTA
TATTTATAAAATTAATCA
Found at i:152448 original size:180 final size:182
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Indices: 151778--158502 Score: 3466
Period size: 181 Copynumber: 37.1 Consensus size: 182
151768 AAATCATTAT
* *
151778 TACTAATTTATTAATA-TTTATAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGGTAAATCTATTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTAC
** * * * * * *
151841 CAAACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTAT-TATTCCAAATCAATTAT-A-ACTTT
63 CAAATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACAC-TT
* * * * * * ** * *
151903 TTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAAATGAAATAA
126 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAA
* * ** * **
151961 TACTAATTTAATAATATTTTGAAAACTTAATAACCAAGA-AATTAAAAAATAAATCT-AATAGCC
1 TACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC
* * ** ** *
152024 AAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTT
64 AAATAAGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTT
* * * * * * ** * *
152087 TGGTTTCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGAATTAAAAATAA
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAA
* * * * *
152143 TACTAATTTAATACTAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * * *
152204 AATCAGCTCAAATGGTTA-AGACTATTAGAA-TATTATTTATTTGAAATCATTAT-AAACTTTTG
65 AATAAGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* * *
152266 TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAA
129 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
** * ** * * *
152321 TACTAATTTATTAATATGAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
152385 ATAAGTTCAAATAGTCACATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACAC-TTTGTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTT
* * * * **
152448 TGGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATATTATTC-AAATAAAATAA
131 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
152499 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * *
152560 ACT-AGTTTAAATTA-TTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG--A-TCTT
66 A-TAAGTTCAAA-TAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTT
* * *
152619 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAATAT
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAA
** ** * * * * * * **
152674 TGGTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTT-GTAG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-
** ** * *
152737 AACCAGTTCAAATAGTTA-A-GAATATTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA-ACTTTTG
65 AATAAGTTCAAATAGTTATATCTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* * * *
152799 TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTCGAAATAAAATAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
152853 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* *
152916 ACA-AA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGAC-CTTTT
65 A-ATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTT
* * * * * *
152977 GTTTTAAT-ATAAAACATTTGTGTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
128 GTTTT-GTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** ** * *
153033 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * ** * ** *
153098 ATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTTATT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTT
* * * *
153162 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCG-AATGAAATAA
131 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * **
153213 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCA
* * * * * *
153278 ACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATGATAAC-CTTTTCT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* * * * * *
153341 TTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
153394 TACTAATCTAATAATAGTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
153457 ACT-AGTTCAAATAG-TAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGAC-CTTTTG
66 A-TAAGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* * * * * * * **
153519 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGTAATATTTTGAA-AA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AA-A--TAAAATAA
* *
153576 TA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AT---TATGAGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * *
153636 ACT-AGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGAC-CATTTGT
66 A-TAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* * ** * *
153699 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * ** *
153752 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-C
* ** * * * *
153816 GACCAA-TGCAAATAGTTATATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTCT-
64 AAATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* * * * **
153878 ATTTGTCACAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
153932 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
153997 ACAAGTTCAAACAGTTATGAT-TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAAC-CTTTTCT
66 ATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* * * * *
154060 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATTCAACCTTATTTC-AATTAAAATAA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* ** * * ** * *
154113 TACAAATTTATTAATA-TTTAGGTAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATACCTATGTTTACCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * **
154177 AATAAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCATTATGACTTTTTTG
65 AATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* * * * * * *
154241 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * * ***
154295 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAACAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * ** *
154360 ACAAGTCTC-GATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTAT
66 ATAAGT-TCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
** * * * * * *
154423 TTCATCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTAATTCGAAATAAAATAA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
154476 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* ** ** *** * * *
154541 ACAAGTTCCCATAGTTATGGCTATACAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTT-TT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTT
* * * ** *
154604 TTATCATAAAATAATTATTTCTGCTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
131 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* ** * * *
154656 TA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCT
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
154718 GAATACGTTCAAATAGTTATGAT-TATCTGAATAATTAAT-TATTTTAAAT-ATTATAAC-CTTT
64 AAATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACACTTT
* * * *
154779 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAGTAA
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * ** * *
154834 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
** * * * * *
154898 GCAAGTTCAAAAAGTTAT-GCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATA-TTTTG
66 ATAAGTTCAAATAGTTATATC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACACTTTTG
* * * * *
154960 TTTTATCATAAGACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
155014 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * *
155079 ATAAGTTCAAATAGTCATATCTATATT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC-CTTTTGT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATATCTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* ** * * *
155142 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGA-AAAATTACTCAAAACAAAATAA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
155195 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-A
* * * ** * * *
155256 AA-CAGTTTACATAGTTAT-TACTATTTGAATGATTGTCTATCTCAAATCGTTATG--A-TGTTT
65 AATAAGTTCAAATAGTTATAT-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACT-TTT
* * * *
155316 ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAA
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * * * ****
155371 TACTAATTTAATAATATTTGAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
** * * *
155432 ACCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTG
66 ATAAGTTCAAATAGTTATA-TCTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* * * *
155494 TTTAT-TTATAAAACACTTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTC-AGAATAAAATAA
129 TTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
** * * * * * * *
155548 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTACC
* *
155613 AAACAAGTTCAAATAGATT-TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGAC-CTT
64 AAATAAGTTCAAATAG-TTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACACTT
*
155674 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAACTTATTCGAAATAAAATAA
126 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * ** * * **
155730 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTG--TTTAC
* * * * * *
155793 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TC-TT
63 CAAATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTT
** * * * *
155854 TGTTTACTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTG-GACAAAATAA
127 TGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * **
155909 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
** * * * * * * * *
155970 ACCAGTTTAAATAATTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC-CTTTTAT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* * * * * *
156033 TTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATACAGGCTTACTT-GAAATAAAATAA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* ** * * * * *
156086 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCA
* * *
156151 AATAAGTTCAAAGAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGAC-CTTTTG
65 AATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* * * * *
156214 TTTTATCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
156267 TACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTGACTA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCA
* ** * * * * *
156331 AATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTAT-TATTTCAAATTATTATTAC-CTTTTG-
65 AATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* * * *** * * *
156393 TCTGTCATAAAATAATTGTTTTTAAAAAATA-AATCTTTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-C-GAA--A--T-AAA-A-TAA
* ** * ** ****
156455 TAACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCATATTGTTATA-TCATTTTATTTTATAATAAA-ACAAT
1 T-ACTAATTT-ATTAA-TAT-T-TTAAAAATTAATA-AGT-AAGAGA-TTTA-AA-AAATA-AAT
* ** *
156517 -TGTTT--C---T-A-TTCATACA-AGCTTAT-TCGAAAT-AA-AATAATACTAATTT-AGTAAT
55 CTGTTTACCAAATAAGTTCA-A-ATAG-TTATATCTATTTGAACAATTAT-CT-ATTTCA--AAT
* * * * ** ** *** * * * ** **
156569 -ATTATGAAAATTAATAGCTAAGAAATTTAAAA-AA-TAAATATGTTCGTTGAA-CCAATTC-AA
113 CATTATGACACTT--TTGTTTTGTCA--TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
* **
156629 A-CAGTTAA
174 ATAAAATAA
* * ** ** ** ** *
156637 GACT-ATATGAACAACTA-TTTAACTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATT
1 TACTAAT-TTATTAA-TATTTTAA---AAATTA--AT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAA--
* * * * * * ** * *
156699 ATTTCAGCTTGTA-GAAATTTA-TTCAGAATAGAGTAAAACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAAT
53 A--TCTG-TT-TACCAAA-TAAGTTCA-AATAG-TTATATCT-ATTTGAACAAT-TATC---TAT
** * * * * * * * * *
156761 TT-ATAAGAGATT-TAGAAAATAATTCTATTTACAGAACCAGTTCAAATAATT-TTAACTATTTA
106 TTCA-AA-TCATTAT-GACACT--TT-TGTTT--TG--TCA--TAAAACAATTGTT-TCTATTCA
* ** ** * *
156823 AACAATTATCTATTTC--AATTCATTAT
158 TACAA-GCT-TA-TTCGAAATAAAATAA
* ***** ** * * *
156849 TACT-TTTTATTTTGTAATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT
1 TACTAATTTA---T-TAAT------ATTTTAAAAATT-A-ATAAGTAAG---AGATTTAAA-AA-
* * * ** * * * *
156913 ACTAATTTATTAATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTAGTTGAGCATTTATTTATT
49 A-TAA---A-T-CTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * *
156977 TCAAATTGTTATGAC-TTTTTGTTGTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
107 TCAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* *
157041 GATTAAAATAA
172 AAATAAAATAA
* * * * * * * *
157052 TACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCA
* * *
157116 AACT-AGATCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTT
65 AA-TAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTT
* * ** ** * *
157178 CTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * * * *
157233 TATTAATTTATCAATATTCTGAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * *
157298 ACAAGTTTAAATAATTATGA-CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAAC-CTTTTGT
66 ATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* * * *
157361 TTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAA
130 TTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* * * * * * ** *
157415 TACAAATTTGTTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATCTAATAAATCTACCTG---ACC
1 TACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
** * * * ** *
157475 ----AAGTTCAAATCTTTATGA-CTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTT
64 AAATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTT
* *
157534 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA-AA
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
157588 TATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAACAAATATGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
** * * * * *
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65 AATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTT
* * * * *
157714 GTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
157769 TACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACC-A
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
** * * * *
157833 ATCTTGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTTTG--ACTTTTGT
66 AT-AAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
* * * *
157896 TTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTG-AATAAAATAA
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * ****
157948 TA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTG
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * ** *
158011 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTAG
65 AATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTG
* ** * *
158074 TATTGTCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTAG-AATAAAATAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * **
158126 TACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
*** * * ** * * * * * *
158191 GCGAGTTCGAATAGTTATGA-CCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATAATTTTGA-TCTTTAGT
66 ATAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGT
** **
158254 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAA
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* ** * * **
158307 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * ** *
158371 ACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACA-TTTTGTT
66 ATAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTTGTT
* ** *
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* *
158487 TATTAGTTTATTAATA
1 TACTAATTTATTAATA
158503 AGAGATTTAA
Statistics
Matches: 5044, Mismatches: 1157, Indels: 685
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 40 0.01
174 82 0.02
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Alignment explanation
Indices: 151778--167262 Score: 4948
Period size: 719 Copynumber: 21.4 Consensus size: 715
151768 AAATCATTAT
* *
151778 TACTAATTTATTAATATTT-ATAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGGTAAATCTATTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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** ** * * * *
152033 CAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGGTTTCTCGT
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* * ** * * *
152098 AAAATAATT-ATTTTGTTTGTACAAGCTTATTTG-AATTAAAAATAATACTAATTTAATACTAGT
316 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
152288 TCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATA-TGATAAAATTAATGA
506 TCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAA
* * * * * * * *
152352 GTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTATTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTCACATCCATTTGAACT
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* * * *
152416 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACACTTTGT-TTGGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACA
633 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
**
152479 ATATTATTCAAATAAAATAA
696 AGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * **
152499 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * * *
152560 ACTAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TCTTGTT
66 ACTAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * ** ** *
152622 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGGTAAACTAATA
130 TTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
152687 ATATTCT-AAAATTAATAAGC-AATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTT-GTAGAACCAGTTCAAA
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* * * * * *
152749 TAGTTAAGAATA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGAACTTTTGTTTAGTCATAAAAT
256 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * *
152813 AATTGTTTTAGTTCATATATGCTTATTCGAAA-TAAAATAATATTATTTTATTAACA-TTCAAAA
321 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * * *
152876 ATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAATTCAAATAGTTATGACTAT
386 ATTATTAAG---AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * *
152940 TTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAAT-ATAAAACATTTGTGTTCAA
447 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGT-TTCTA
* * * * * * * *
153004 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTG
510 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-TA
* * * * * * ** *
153069 GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTAT
573 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAACAATTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTAT
** * * * *
153134 CTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCT
638 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT
* *
153198 ATTCGAATGAAATAA
701 ATTCAAATAAAATAA
* * * * *
153213 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * *
153278 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATGATAACCTTTTCTTT
66 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * *
153343 TGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
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* * * *
153408 TAGTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAG
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* * * * * *
153471 TAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
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* * * **
153536 TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGTAATATTTTGAA-AATA-TAATTTATTAATATTTTAAAA
324 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG-AA-A-TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * * * * *
153599 ATTATTATGAGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGA
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* * * * *
153664 ATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATA
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** * * *
153729 CAATTTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-ACGGAT
516 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAGA--GAT
* * ** * * * *
153793 TTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTG-ACCAATGCAAATAGTTATATCTGTTTGAACAATTATCTAT
578 TTAAAAAATAAATCTATTTAC-CGAAACAATTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
153857 TTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTGTCACAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGG
642 TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-A
**
153922 AATAGCATAA
706 AATAAAATAA
* *
153932 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCG
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* * * ** * *
153996 AACAAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTCTT
65 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * *
154061 TTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATTCAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATT
130 TTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * ** * * * * *
154125 AATATTTAGGTAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATACCTATGTTTACCGAATAAATTCAAAT
193 AATATTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * *
154190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
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* * *
154255 AATTTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTG-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
321 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-A-A
* * * * * * ** * * *
154319 ATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAACAAATATGTTTATTGAACAAGTCTC-GATAGTCATAACTA
384 A--AATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGT-TCAAATAGTTATAACTA
** * ** * * *
154383 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATCAAT
446 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
154448 TCATATAGGCTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAG
511 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AG
* ** ** *** * *
154513 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAACAAGTTCCCATAGTTATGGCTATACAAATAATTTT
574 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAACAA-TTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTAT
** * * * * ** *
154577 CTATTTCAAATCATTATGATATTTTTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGCTCATATAAGCTTAT
638 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-
154642 TTCAAATAAAATAA
702 TTCAAATAAAATAA
* * * *
154656 TA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCT
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * *
154718 GAA-TACGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTA-ATTATTTTAAAT-ATTATAACCTTTT
64 GAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * *
154780 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTA
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** * * *
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* * * * ** *
154908 AAAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTATCATAA
255 ATAGTTAAGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
154971 GACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
318 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * *
155035 AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATAT
383 AAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATAA
* *
155099 CTATATT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
443 CTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * *
155163 CTATTCATGA-AAAATTACTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A
507 CTATTCAT-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * * **
155226 --AGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCGAAACAGTTTACATAGTTAT-TACTATTTGAATGA
570 GTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAACAATTCAAATAGTTATAT-CTATTTGAACAA
* * * * *
155288 TTGTCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAA
634 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
*
155351 GCTTATTCAGATTAAAATAA
697 GCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * **
155371 TACTAATTTAATAATATTTGAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * * * *
155432 ACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
66 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * **
155496 TAT-TTATAAAACACTTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATT
130 T-TGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
155560 AACATTTGAAAAATTAATGAGC-AAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCA
193 AATATTTG-AAAATTAAT-AACTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* *
155624 AATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
254 AATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
155687 AAACAATTGTTTCAT-TTCATA-AAACTTATTCGAAA-TAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
317 AAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ***
155749 AAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTA
381 TAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATG-TTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * **
155812 TGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTACTCATAAAACAATCT-
440 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TG
* * * * * *
155875 TTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTG-GACAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAG
504 TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA
* * * * * * * * *
155938 T--G-AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAGTTTAAATAATTA-AGACTATTAGAA
567 TAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAACAATTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAA
* * * * * * *
155999 TAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATA
631 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* *
156063 CAGGCTTACTTGAAATAAAATAA
694 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * *
156086 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTA-TC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT-
* * *
156150 GAA-TAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA-ATTTAAAATCATTATGACCTTTT
64 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * *
156213 GTTTTATCATAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTA
127 GTTTTGTCATAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
156277 TTATTATTTCAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTGACTAAATAAGTTCA
191 TTAATATTTGAAAA-TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCA
* * * * * * * * *
156341 AATAATTATGGCCATTTAAACAACTAT-TATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TCTGTCATAAA
254 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* **** * * * *
156404 ATAATTGTTTTTAAAAAATA-AATCTTTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAA
319 ACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATT--TGAA--A-TT-AAA-A-TAAT-ACTAATTT-AT
** * * * *
156467 TAATTATCTATTTCATATTGTTATATCATTTTATTTTATAATAAA-ACAAT-TGTTTCTATTCAT
373 TAA-TAT-T-TTAAAAATTATTA-A-GA---GA-TTTA-AA-AAATA-AATATG-TT-TA--C--
** **
156530 AC-AAGCTTA-TTCGAAATA-AAATAATACTAATTTAGTAAT-ATTATGAAAATTAATAGCTAAG
420 -CGAA-C-TAGTTC-AAATAGTTAT-A-ACT-ATTT-G-AATAATTAT--CTATT--T--C-AA-
* ** ** * * * * **** *
156591 A-AATTTAAAAAATAAATATGTTCGTTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGA-ACAA-C-
468 ATCA-TTATGACCT---TTTGTT--TTG--TC-A-TAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCT
* * * * * * * * *
156652 TATT-TAACTCAAATTATTATGACCT--TTTGTT-TTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTTGTAG
522 TATTCGAAAT-AAA--ATAAT-A-CTAATTTATTAATAT--TTAAA-AATTA-AT-A---AGTAG
* ** * ** * * * * ***
156713 AAATTTATTCAGA-ATAGAGTAAAACTAATTTA--TTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTA
574 AGATTTA-AAAAATA-A-A-T----CT-ATTTACCGAAACAATTCAAATAGTTAT-ATCTATTT-
* * * **
156775 GAA-AATAATTCTATTTACAGAACCAGTTCAAAT-A-ATTTTAACTATT-T-A-AACAATTATCT
628 GAACAATTA-TCTATTT-CA-AATCA-TT---ATGACCTTTT-A-T-TTGTCATAA-AACAAT-T
* * ** ** *
156834 ATTTCAATTCATTATTA-CTTTTTATTTTGTAATAAAACAA
681 GTTTCTATTCA-TACAAGC---TTA--TTCAAATAAAATAA
** ** * * ** **
156874 TTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTC-AAAATAAAATAA-TACTA-ATTT-ATTAAT--AT-T-T
1 -TACTAAT-TT-AT-TAA-TAT-TTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * ** * *
156931 AT-C-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
59 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * *** * *
156994 TTTGTTGTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAAT
124 TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
157059 TTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCAAACTAGA
188 TTATTAATATTTGAA-AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACCAAACAAGT
* * * *
157123 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCAT
251 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** ** * * * * *
157188 AAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTC
316 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * *
157252 TGAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATG
380 TTAAA---AATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * * *
157317 ACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTT
442 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTT
* * *
157382 TCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTGTTAATA-TTAAGACAATTAAT
506 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAAT
* * **
157445 AAGTA-A-A---AAATCTAATAAATC----TACCTG-ACCAAGTTCAAATCTTTATGA-CTATTT
568 AAGTAGAGATTTAAA--AAATAAATCTATTTACC-GAAACAA-TTCAAATAGTTAT-ATCTATTT
* * * ** * * *
157499 AAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
628 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
*
157564 TACAAGCTTATTCGGAATAAAA-AA
692 TACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* ** * * * *
157588 TATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAACAAATATGTTTA-TC
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-
* * * * * * * *
157651 GACCAAGTTCAAATGGTTATGAGTATTCGAATAATTA-ATTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTG
64 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * **
157715 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
128 TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * **
157780 TAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCTTGTTCAAA
192 TAATATT-TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * *
157845 TAGTTATA-ACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTTTGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
256 TAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
157908 CAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTG-AA-TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAA
320 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA
* * *** * * *
157970 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTG
384 AAATTATTAAG---AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTA
* ** * * **
158035 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTATTGTCATAAGCCAATTGTTTC-AT
446 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
158099 TCATAAAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAA
511 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT-AG
* * * * * * * ** *
158163 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG-AGCGAGTTCGAATAGTTATGA-CCATTCAAATAATTA
574 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAC-AATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTA
* * * * **
158226 TTTATTTCAAATAATTTTGATC-TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTT
637 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA--TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
*
158290 TATTTAAAATAAAATAA
700 TA-TTCAAATAAAATAA
* ** * *
158307 TACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * ** * * * *
158371 ACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTT
66 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * **
158436 TGTCATAAAAAGAATGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAAT---A-AA-A-TAA--TATT-A
131 TGTCATAAACA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * *
158492 -GTTT----A-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATTGAACCAA-TTCAAATAC
195 TATTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * **
158547 TTATGGCTGTTTGAACAAGTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTGGAATAAAACAA
259 TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * * **
158610 ATGCTTCTGTTCATACAAACTTATTATG--AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAA
323 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * * * * ** * * *
158673 TTAATAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGA
387 TTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGA
* * * * *
158737 ACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATAATTATTTC-AGTTCA
451 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
** * * *
158800 TACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATTGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAG
514 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAGAG
* * *
158864 ATTTAATTAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAACAGATT-TGA-CTATTTAAACAATT
576 ATTTAA--AAAATAAATCTATTTACCGAAACAA-TTCAAATAG-TTAT-ATCTATTTGAACAATT
** * * * * *
158926 ATCTATTT-AAAGTTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAA
636 ATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
158989 CTTATTCGAAATAAAATAA
698 CTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * **
159008 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TATTTTTTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTG
* * * *
159071 AACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA--ATATCATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTG
65 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT-ATT-TCAAATCATTATAACCTTTTG
* * ** *
159133 TTTTCTCATAAAACAATTGTGTCT-TATCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAATAATATTAATTT
128 TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
159196 AATAATATTTCAAAAATTAGT---GAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACGAGTTCA
190 ATTAATATTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* ** * * * * **
159257 AATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAATAT-TTGT
254 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT--T-TGTCAT
* **** * * * ** *** * *
159321 AAAATTAATTAGTAAGAGATT-TTA-AAG-TAAATTG-TTTTACCAAACCCCTTTCAAATAGTT-
316 AAAA-CAATT-GTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTGAAATTA--AAA--TAATACTAAT--TTA
* * * * *** *** ** * * * * *
159381 TGACTATTTGAATAATTATCATTCCAATTCATTTAAACTTTTTATTTG-TCATCAAACAATTGTT
372 TTAATATTTTAA-AA--ATTATT--AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC--TAGTT
* * * * * * *
159445 C-ATTCATTTAAAACCTTTATTTTTTCAAATAAAATATCTAAATTTAAAAAT-ATTTTGCACACT
430 CAAAT-AGTTATAA-C--TA---TTT-GAAT-AATTATCT--ATTT-CAAATCATTATG-AC-CT
* ****** ** * * *** * * *
159508 ATAACCAAGAAAAAATTAAAAATAAATTCAAATTGC-TA-AACCAT-TTC-AAATTAGTAAGACT
481 TTTGTTTTGTCATAA--AACAATTGTTTC-TATT-CATACAAGCTTATTCGAAA-TA--AA-A-T
* * * * ** * * * * * *
159569 CATATGAC-ACAGATTATT--TATGTTCACAATCTTATGACCTTGTTGTTTTGTCATAAAACAAT
537 -A-AT-ACTA-A-TTTATTAATAT-TTAAAAAT-TAAT-AAGTAG-AG-ATT-T-AAAAAATAAA
* * * ** * *
159631 TGT-TTTATC-ATACAGCTTATTCGAAAATAAATA-ATACTAATT----AATTA-ATATTTCCAA
590 TCTATTTACCGA-A-A-C-AATTC--AAATAGTTATAT-CTATTTGAACAATTATCTATTT-CAA
** ** ** ** *** *
159688 A--AAAAT-A---AGTAAGTGAGATTAAAA-AA-TAAATCTATT--TACGAA-ATTAGCTTCAAA
647 ATCATTATGACCTTTTATTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA--TTCAAA
* *
159742 -ATAATTA
708 TAAAATAA
* * * * * * **** * * *
159749 TGACTATTTTCTGACA-ATATCAATCCAAATCATTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-T
1 T-ACTAATTTATTA-ATATTTCAA---AAATTAATAAG-TAAGAG-ATT-T-AAAAAATAAATCT
* ** ** * * *
159811 GTTT-CTGATCATAAAGCTT-ATTTAGTTAAAAATA-AT--ACTAATTTAATAATATTTTAGAA-
57 GTTTACTGAAC-T--AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AA-TT-AT-ATATTTCA-AAT
* ** ** * * * * ** * *
159870 -ATTAATAA--GTAAGAGATT-TAAAAAATAAATGTGTT-TGCCCA-ACCAATTCAAATAGTT-A
113 CATT-ATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAACAATTGT-TTCTGTTCATA-CAA-GC--TTA-TTCA
* * * *
159928 AAACTATTAGAATAATTA-TATATTT-TGT-TTAGTTAGAAAATATTTGTTTCATATCTTACA-A
170 AAA-TA--A-AATAA-TACTA-ATTTAT-TAATA-TTTG-AAA-A-----TTAATAAC-TA-AGA
* * ** * * * * **
159989 TCTTATTTGAAATAAA-ATAATCCAAATTTA-TTAAC-ATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGTTT
218 ---GATTT-AAA-AAATA-AAT-C-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT--TAA-GACTA-TTT
* * * *
160051 GAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATTACTATTTGAACAGTTATT-T-AT
271 G-AACAAT-TATCTA-TT-TC--A-AA--TC-ATTA-TGA--CCT-TTT-----GTT-TTGTCA-
* * * * * * * ** * * * *
160114 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAA-AA-GCTTATC
315 -TAAAA-CAAT-TG---TTTT-TGTTCATA-CAAGC--TTATTTGAAATTAAAATAATACTAATT
* * **** * *
160177 CA-AAATAAAAGAATACTAATT-TCTTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGCA-ATAGTTTA---AA
370 TATTAATATTTTAA-A--AATTAT-TAAGAGATTT--AAAA--AATAA--ATAT-GTTTACCGAA
* ** * * ** * * *
160235 -AAAAT-AAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGCTTATTTGAAACATTGTCTATTAA
424 CTAGTTCAAA-TAG-TTA--TAAC-TATTTGAATAATTAT-C-TATTT-CAA-A---TC-ATTAT
* * * ** ** **** * * *
160298 AATCATTATGAGCTT-TTGTTTGTCATAAAACATTGTTTCAATTCATAAAAAGCTTATTCAAAAT
476 GA-CCTTTTG-TTTTGTCATAAAACA-A-----TTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
160362 AAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAAAT-TG
532 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAAT-AAATCT-
* * * ** * * * * *
160426 GTTTACC-AAATCAGTTCAAATAATT-TGGCCATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAA
593 ATTTACCGAAA-CAATTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
160489 CCTTTTGTTGGT-ATATAACAATT-TTTTTATT-ATTACAAAGTTTA-TCAGAATAAAATAA
657 CCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TAC-AAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * * ** *
160547 TAGTAATGTATTAATCTCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTACTTA-TCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-G
* * * * *
160606 AACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGT
65 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGT
* * * * * **
160670 TTTGCCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAA
129 TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * * * *
160735 AATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAAT
193 AATATT-TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* ** *
160800 AGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTTAAATC---AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACA
257 AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** * * * * * * *
160858 ATT-TTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGGAA-CAAAATAA-AATGAATTTATTCATA-CTAAA
322 ATTGTTTT-TGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA
* * * * * * * *
160918 AAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCTAA-TCAGTTTAAATAATTATGAC
384 AAA-T--TAT-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATAAC
** * * * * * *
160982 TATTCAAACAATTATCT-TTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTTTTTCTATCATATAACAAATGTTT
444 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * ** * *
161045 TTGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
507 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* * * *
161110 --G-GATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTT-AAGCA
571 TAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAC-AATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAA-CA
* ** * * * * * * *
161169 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAA
633 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** *
161234 GCTTATTTGGATTAAAATAA
697 GCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * *
161254 TACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * * * * **
161319 ACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGGCCTTTTGTTT
66 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* ** * * * ** * **
161384 TGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAGAATACTAAGCTATTAA
131 TGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** * * * *
161449 TATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATCTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAATAATTTTAAATAA
195 TATT-TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * *** * * *
161514 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAT
259 TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAA
* * ** * *
161579 TTGTTTCTATTTGTACAAACTTATTTCG-AA-TAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTAAGAC
323 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-
* * * * * * ** *
161640 AATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACC-AACCAAGTTCAAATCTTTATGACT
385 AATT----ATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATAACT
*** * * ** * * * * * *
161704 ATTTGTGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAGA-AATAGTTTTTG
445 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
161768 TTCATATAAGCTTATTCGGACTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
510 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT--
* * * * ** * *
161833 AAAAATTT-AACAATAAATATGCTTACCG-AACTAGA-TCAAATAGTCATGA-CCATTTG-ACTA
572 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAC-A-ATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAAC-A
** * * * * * *
161893 ATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAA
633 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
*
161958 GCTTATTTGAAATAAAATAA
697 GCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * *
161978 -ACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAATGAATCTGTTT-GTC
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-
* * * * * *
162040 GAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAATTATCTA--T----T--TGA-AA---TTTG
64 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* *** *
162092 TTTTGTCATAAA-ATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATCT
128 TTTTGTCATAAACA--ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * *
162155 ATT--TA-TTGAACAATATCAA-ATCTTTATGACTATTT---GAA-AAAT-TATTT--------A
190 ATTAATATTTGAA-AAT-T-AATAAC--TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * **
162203 TTTCAAATTGGTATGACT-TTTG---TTTTATC-A--T-AAA--A-TA--A----TTGTTTCTGT
249 GTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGT
* ** * **
162251 CAT---AC-A-TGTTTAT-TTCGATTAACAA-AATA-TT-AATTTATTAATATTTTGAC-AATTA
313 CATAAAACAATTGTTTTTGTTC-A-T-ACAAGCTTATTTGAA---ATTAAAATAAT-ACTAATT-
* * * * * * ** ** * ** *
162306 ACAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATG-TTTTTCGAACAAGTTCAACTA-G--T-CATAATTA
370 --TA-T-TAATATTTTAAAAATTATTAAGAGATTT--AA-AAAAT-AAATATGTTTACCGAACTA
** * * * * **** * * ** * *
162366 -TTTGAATAATTAT--CTATTTCAAATCATTGTGACCT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTAT-T
427 GTTCAAATAGTTATAACTATTT-GAAT-AAT-T-ATCTATTTCAAAT-CATTATGAC-CTTTTGT
* * * *
162426 TTAGTTCAT---ATAA--G-CT-TATT--TGA-AA---TA----AAAT-----AATACTAATTTT
486 TTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** * *
162469 TTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAGAAAGGAATCT-TGTTACC-TAACATGTTC
549 TTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACCGAAACA-ATTC
* * * * *
162532 AAATAGTTATGACTATCTAAATTATTATCTATTTCAAATAAT-TGTTTCAAATAATTGTGACCTT
610 AAATAG-T-T-A-TATCT--ATT-TGA---A---C-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * *
162596 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGATT-TAGTTCATATACGCTTATTTGAAATAAAAT-G
661 TT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * *
162652 TACTAATTTATTAATA-TTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATAAAGCT-TGTTAC-
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACT
* * * * * * *
162714 CAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTT
64 GAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * *** * **
162778 GTTTTGTCATAAAACATTTGGTTCTATTCGTGCAAGCATATTTTGAATAAAATAAGAAAAATTTA
127 GTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * **
162843 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATATTTTCTAAACATTTTCAA
191 TTAATATTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
** * * ** * *
162906 ATAGTTCTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAC
255 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * **
162971 CAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCAAAA
320 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * *
163035 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACT
385 AATT-AT---TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * *
163098 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT
445 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
163163 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTG
510 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAG
* * * * * * *
163228 AGAATTTTAAAAATAAAT-TCGTTCACC-AAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACTAT
574 AG-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAAACAA--TTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAAT
* ** * ** * * * **
163290 TATCTATGTCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCCTACAAAA
635 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
*
163355 TTATTCAAAATAAAATGA
699 TTATTC-AAATAAAATAA
* *
163373 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCT-TTGTATTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTG
* * * * * * * * **
163433 AACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTT-TT
65 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * *** * * * *
163497 TTGTCATAAAGCAATGGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAAT
130 TTGTCATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATT
* * * *
163561 AATATTCT--AAA--AATAGA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAA-TTCAA
193 AATATT-TGAAAATTAATA-ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCAA
* ** * * * *
163620 ATAGATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAA
255 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *** * * ** **
163684 TAGTAT-TTTCAATTCATACATGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAAA
320 CAAT-TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * * * * *
163747 AAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
384 AAATT-AT---TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
163812 TATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT-TTTCA
444 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * * *
163876 ATTTATAAAAGATTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACACTTCAAAAATTGATATAT
509 ATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA-AG
* *
163940 TAGAGATTTAAAAAAT--A-C-A--T--CG-AACTAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAA
571 TAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAC-AATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAA
* * ** * * * * *
163995 TTATATATTTCAAGTCATTACAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAA
634 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA
* ** *
164059 GCCTATTTGGAACAAAATAA
697 GCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * * *
164079 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAACTTAAT-AGGAAGAAGATTTAAAAAACATATCTATTTATTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * ** *
164143 AATTAGTTC--CTA-TT-T-A--A---G--CAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTT
65 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * ** ** *** *
164196 CTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATA
130 TTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * ** ** * *
164261 ATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGCTCAAACA
194 ATATT-TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * *
164325 GTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAA
258 GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * * * **
164390 TTGTTTCAGGTCATAGAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
323 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * * * * * *
164454 TAATAAGTAAGTTATTAAAAAAGTGAATCTATTTATCGAA-TCAATTCAAATAATTATGATTATG
388 TATTAAG--AGAT-TTAAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTAT-
* * ** *
164518 TT-ATTAATTATCTATTTCAAGTTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAAA-AATTGTATT-TG
447 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGT-TTCT-
* * ** * * *
164580 A-GCATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTA
509 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGT-
* * * **
164643 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACTAGTTCAAACAGCAATGA-CTATTTGAACAAT
572 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAC-AATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAAT
* ** * ** * * * * * *
164706 TGTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATC
635 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
164771 TTATTCGAAATAAAATAA
699 TTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * * **
164789 TACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGTT
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * ** * * *
164852 GAA-TAAGTTCCAATATTTAAGACTACATGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
64 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * *
164916 TTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTAAATTCATA-ATAGCTTACTTC-GAATAAAATAA-AATGA
128 TTTTGTCAT-AAACAA-TTGTTTCT--GTTCATACA-AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * ** * * * * *
164977 ATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTTTAAAATAATTCTATTTTCCTATCCAG
186 ATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * *
165042 TTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
250 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
165107 AAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTGCAGAA-TAAAATAATACTAATCTATTAATA
315 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG-A-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
165169 TTTCAAATATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTTTGA
378 TTTTAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * * *
165234 CTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTT
443 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * ** *
165298 TGTTCATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGCAATTGATAAGT
508 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
165363 A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG-AACTAGA-TCAAATAATCATGAT-TTTTTGAATAA
572 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAC-A-ATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAA
** * * * * *
165424 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAATGTTT-TAGTTCATATAA
634 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
*
165488 GCTTATTTGAAATAAAATAA
697 GCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * *
165508 TACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTATTTACT
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT
** * * * * * ** *
165572 GAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTAT
64 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * * *
165637 TTTGTCACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAA-ATCAAATTT
129 TTTGTCA-TAAACAATTGTT-TCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA-CTAATTT
* * * * * * * *
165699 ATTAATATTAAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTT
190 ATTAATATT-TGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * *** * * ** * * *
165764 AAATCGTTATGACTATTTGTGGAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAA
253 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
165829 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCG
318 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-T
* * * * * * *
165893 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCC-AAATAAGTTCAAATAGTCATG
382 A-AA--AATTATTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATA
* * * * *
165957 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
442 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * **
166022 C-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATAA
507 CTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
** * * * *
166086 GTAGGAGA-ACAAAAAAAAGAATCCATTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAA
570 GTA-GAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACCGAAACAA-TTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAA
* * * * * * * * *
166148 CAATTATCTATTTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATATTTGGCTT-TGTTCAT
631 CAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCAT
* **
166212 GCAAGCTTATTTTGAATAAAATAA
693 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * *
166236 T-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AG------AAAA-AAA--GGTTTTCTA
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * *
166285 AAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGATCTTTTGT
65 AACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
** * * * * * *
166348 TTCATCATAAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTATT-AGGAATAGAAATAATACTAATATA
129 TTTGTCATAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATA-AAATAATACTAATTTA
* * * * * * * ***
166412 TTAAAATTCTAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAACGAGTGAGTTCAA
191 TTAATATT-TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * ** *
166477 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAA
255 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
166542 CAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
320 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * * * * * *
166606 AATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAAATTGAAATAGTCATATCCA
385 AATTATTAA----GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * ** *
166671 TTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCCTTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TG
446 TTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
** * * *
166734 TTCATACAAAATTATTC-AGAATCAAGTAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A
510 TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* ** * * * *
166795 GACATTTAAAAGCTAAATTTGTTTACC-AAACCAATTTAAATAGTTATGA-CTATTTCAACAATT
573 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-CAATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATT
* * * * * * *
166858 ACCTATCTCAAAT-AGTATGATCTTTGT-TTTGTCATAAAACAAATTATTTCTGTTCATGCAAGC
636 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TATTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGC
* *
166921 TTGTTCTGAATAAAATAA
699 TTATTC-AAATAAAATAA
* ** * ** * * *
166939 TGCTAAACTAATAAT-GCTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCTG
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * * * * *
167003 AACTAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGT
65 AACTAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* *** * * * ** *
167067 TTTGTCAGAAATTTTTTCTTTTCAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAAGAATA-TAATTTTA
129 TTTGTCATAAA-CAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTA
* * * * * ** * *
167131 TTGACATTTATAAAATTAATAAGC-AAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTT
191 TTAATATTT-GAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * ** * * *
167195 AAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTAACTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAA
253 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
167260 AAC
318 AAC
167263 TATTACTTTA
Statistics
Matches: 10993, Mismatches: 2670, Indels: 2203
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
661 6 0.00
662 52 0.00
663 1 0.00
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AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAT
TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTATTTACCGAAACAATTCAAATAGTTATATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
Found at i:154196 original size:181 final size:179
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * ** * *
151906 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAAATGAAATAA
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* * ** * * **
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1 TACTAATTTATTAATA-TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CC
* * ** ** *
152024 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTG
63 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG
* * * * * * ** * *
152089 GTTTCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGAATTAAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT-AAAATAA
* * * * *
152143 TACTAATTTAATACTAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * * * * *
152204 AATC-AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAA-TATTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGT
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* * *
152267 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAGAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * ** * * * * *
152321 TACTAATTTATTAATA-TGATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * *
152385 ATAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACAC-TTTGT
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* * * * **
152447 TTGGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATATTATTCAAATAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * * *
152499 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * *
152560 ACTAGTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TCTTGTT
65 ACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
152622 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAA
** ** * * * * * ***
152674 TGGTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTAGA
1 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * *
152738 ACCAGTTCAAATAGTTAAGAATA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGAACTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
152802 AGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTCGAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * *
152853 TATTATTTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGA
1 TACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * *
152916 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
152981 TAAT-ATAAAACATTTGTGTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
130 T-GTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * ** * *
153033 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCG
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCG
* * * * ** * *
153097 AATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTAT
64 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
153161 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCGAATGAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * * * **
153213 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTGA
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * *
153278 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATGATAACCTTTTCTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
153343 TGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * * *
153394 TACTAATCTAATAATAGTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * * *
153457 ACTAGTTCAAATAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * **
153522 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGTAATATTTTGAA-AA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATT-CAA-A--TAAAATAA
* * * *
153576 TA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AT---TATGAGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * ** * * * * *
153636 ACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** **
153701 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * ** *
153752 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTT
1 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-C
* * * * *
153816 GACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCT-
63 GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * **
153878 ATTTGTCACAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
153932 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * *
153997 ACAAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTCTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
154062 TGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATTCAACCTTATTTCAATTAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* ** * * **
154113 TACAAATTTATTAATATTTAGGTAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATACCTATGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * *
154178 ATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTT
* * * * * * *
154243 TTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * * **
154295 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAACAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * ** *
154360 ACAAGTCTC-GATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATT
65 ACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * *
154424 TCATCATAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTAATTCGAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
154476 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
** * *** * * **
154541 ACAAGTTCCCATAGTTATGGCTATACAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTT-TTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
154605 TATCATAAAATAATTATTTCTGCTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * *
154656 TA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCT
1 TACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * *
154718 GAATACGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTAAT-TATTTTAAAT-ATTATAACCTTTTG
63 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
154781 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAA-ATAAGTAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAA
* * * * * *
154834 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACC-A
1 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * **
154897 AGCAAGTTCAAAAAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTG
65 A-CAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG
* * * *
154960 TTTTATCATAAGACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
127 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * *
155014 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * *
155079 ATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** * *
155142 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGA-AAAATTACTCAAAACAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * *
155195 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * ** * * * *
155256 A-ACAGTTTACATAGTTATTACTATTTGAATGATTGTCTATCTCAAATCGTTATGA--TGTTTAT
65 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGT
* * *
155318 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
* * * * ***
155371 TACTAATTTAATAATATTTGAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * *
155432 ACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
155496 TAT-TTATAAAACACTTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
129 T-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
** * * * * * *
155548 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATATGTTTACC
* *
155613 AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTT
63 GAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
*
155676 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAACTTATTCGAAATAAAATAA
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* ** * * ***
155730 TACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTT
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATG-TTTACC
* * * * *
155793 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGT
63 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
** * *** *
155857 TTACTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGACAAAATAA
128 TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
* * * * *
155909 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGA
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * * * * *
155970 ACCAGTTTAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
156035 AGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATACAGGCTTACTTGAAATAAAATAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * *
156086 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACCG
* * * *
156151 AATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
64 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
156216 TTATCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * * **
156267 TACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTGACTA
1 TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCG
* * * * * * * *
156331 AATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTAT-TATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-T
64 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* *
156394 CTGTCATAAAATAATTGTTT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTT
156414 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 3552, Mismatches: 736, Indels: 334
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 45 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
TACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAA
Found at i:155401 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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155368 TAATACTAAT
*
155378 TTAATAATA-TTTGAAAAA
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155416 T
1 T
155417 AAATGTGTTT
Statistics
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TTAATAAGACTTTGAAAAA
Found at i:156006 original size:538 final size:533
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Indices: 151778--159308 Score: 4228
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151768 AAATCATTAT
* *
151778 TACTAATTTATTAATATTT-ATAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGGTAAATCTATTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTGA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * *
151841 CAAACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTAT-TATTCCAAATCAATTATAACTTTTT
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* * * * * * ** * *
151905 ATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAAATGAAATAATACTAATTT
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* * * ** * * ** ** *
151970 AATAATATTTTGAAAACTTAATAACCAAGAA-ATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCAAACAAGTT
190 ATTAATA-TTTAAAAAATTAATAAATAA-AAGATTTAAAACTAAAT-TGTTTA-CTGAACTAGTT
* ** ** * * * * *
152033 CAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGGTTTCTCGT
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* * ** * *
152098 AAAATAATTATTTTGT-TTGTACAAGCTTATTTGAATTAAAAATAATACTAATTTAATACTAGTT
314 AAAACAATTGTTTT-TATCATACAAGCTTATTTGAATT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * ** * * *
152162 CAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGCTCAAATGGTTAAGACT
377 CAAAAATTAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * *
152227 ATTAGAAT-ATTATTTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
441 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTC-
* *
152291 A-TTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAAGAA
503 AGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* ** * * *
152321 TACTAATTTATTAATA--TGATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTGA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * *
152384 AATAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACAC-TTTG
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG
* * * *
152446 TTTGGTCGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAATA-TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AA-ACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** *
152509 TTAATATTTCAAAAA-T--T-AACAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACCAAACTAGTTTAA
191 TTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAACTAAAT-TGTTTACTGAACTAGTTCAA
* *
152570 ATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTGTTTTGTTATAAAA
254 A-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * ** ** *
152633 CAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGGTAAACTAATAATA-TTCTAAA
318 CAATTGTTTTTAT-CATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
* * * * *
152697 ATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTT-GTAGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATA
382 ATTAGTAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * *
152761 TTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGT
442 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAGT
* *
152825 TCATATATGCTTATTC-GAAATAAAATAA
506 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * * * * * *
152853 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CG
1 TACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * *
152915 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
152980 TTAAT-ATAAAACATTTGTGTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
130 TT-GTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATAAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *** * **
153044 TAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAA-TCAGTTCA
192 TAATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAACTAAAT-TGTTTACT-GAACT-AGTTCA
* * * * ** * *
153107 AATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
153172 ACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGAA-TGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
317 ACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
* * * * *
153236 AATTAATGAGCAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTGAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACT
381 AATTAGT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACT
* * * * * * * * *
153300 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATGATAACCTTTTCTTTTGTTATATAACAATTATTT-AT
441 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCA-
*
153364 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
504 GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
153394 TACTAATCTAATAATAGTATG-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCA
1 TACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
153456 AACTAGTTCAAATAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** * * **
153521 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGTAATATTTTGAA-AATA-TAATTT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAACTTATTCG-AA-A--TAAAATAATACTAATTT
* ** * **
153584 ATTAATATTTTAAAAATT-AT---TATGAGATTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
190 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA-CTAAAT-TGTTTACTGAACTAGTTCA
* ** * * * * *
153645 ATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * *
153710 ACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAA-TAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTA
317 ACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-A
* * * ** * *
153773 AAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTG-ACCAATGCAAATAGTTATA-
379 AAAATTAGTAAG--A--GATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-TGAACCAGTTCAAATAGTTA-AG
* * * * * * * * * *
153836 TCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTGTCACAAAACAAATGTTTC
438 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTC
* **
153901 TA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAGCATAA
503 -AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
153932 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
153997 ACAAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTCTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
154062 TGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATTCAACCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TAAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*** * ** * *
154126 ATATTTAGGTAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATACCTATGTTTACCGAA-TAAATTCAAAT
194 ATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAACTAAAT-TGTTTACTGAACT-AGTTCAAAT
* * * *
154190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
256 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TCTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
154255 AATTTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
319 AATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTT--CAA
* * * * * * * * * *
154320 TTAATAAGTAACAAATTTTAAAAACAAATATGTTTATTGAACAAGTCTC-GATAGTCATA-ACTA
380 -AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGT-TCAAATAGTTA-AGACTA
* ** * * * * *
154383 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATCAAT
442 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAGT
* * *
154448 TCATATAGGCTAATTC-GAAATAAAATAA
506 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * *
154476 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
** * *** * * **
154541 ACAAGTTCCCATAGTTATGGCTATACAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTT-TTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * *
154605 TATCATAAAATAATTATTTCTGCTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTAGT
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
** * * * *
154668 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-TACGTTCAAA
193 AATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAACTAAAT-TGTTTACTGAACTA-GTTCAAA
* * * * * * *
154731 TAGTTATGATTATCTGAATAATTAAT-TATTTTAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAC
255 TAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * * * * *
154794 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAA
318 CAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
* * * * * * *
154858 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTAC-CAAGCAAGTTCAAAAAGTTATG-CTT
382 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CCAGTTCAAATAGTTAAGAC-T
* * * * ** *
154920 GTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAGACAATTGTTTCT
441 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTC-
* * *
154984 A-TTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
503 AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * *
155014 TACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
1 TACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
155078 AATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATT-AATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTG
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
155141 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGAAAAATTACTCAAAACAAAATAATACTAATTTAT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * *
155206 TAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCGAAAC-AGTTTAC
192 TAATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAA-ACTAAAT-TGTTTACTG-AACTAGTTCAA
* ** * * * * * *
155266 ATAGTTATTACTATTTGAATGATTGTCTATCTCAAATCGTTATGATGTTTATTTTGTCATAAAAT
254 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
155331 AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAA
319 AATTGTTT-TTATCATACAAGCTTATTTGA-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
* * * * ** * *
155395 ATTAATAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTATA
382 ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
* * * * *
155460 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTATTTATAAAACACTTATTTCAGTTCATA
447 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
*
155525 CAAACTTATTCAGAATAAAATAA
511 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * * * * *
155548 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTACC
*
155613 AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTT
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*
155676 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* **
155740 TTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAACTAAAGTTGTTTTTTTGAACTAGTTCAA
191 TTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAACTAAA-TTG-TTTACTGAACTAGTTCAA
* * * **
155805 ATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTACTCATAAAAC
254 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAC
* *
155870 AATCT-TTTTTGATCATACAAGCTTATTTGGA-CAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
319 AAT-TGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
* * * * *
155933 ATTAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAGTTTAAATAATTAAGACTATTAGA
382 ATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
* * * * * * * *
155998 ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTTATA
447 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* *
156063 CAGGCTTACTTGA-AATAAAATAA
511 CAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* ** * * * * *
156086 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAGATAAATGTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCA
* * * *
156151 AATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
156216 TTATCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
156279 ATTATTTCAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTGACT-AAATAAGTTCAAA
193 AATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAACTAAATT-GTTTACTGAACT-AGTTCAAA
* * * * * * * * * *
156343 TAATTATGGCCATTTAAACAACTAT-TATTTCAAATTATTATTACCTTT-TGTCTGTCATAAAAT
255 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTTGTCATAAAAC
** * * *
156406 AATTGTTTTTAAAAAATA-AATCTTTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATA
319 AATTGTTTTT--ATCATACAAGCTTATT--TG-A--A-TT-AAA-A-TAAT-ACTAATTT-AAT-
*** *** * *
156469 ATTATCTATTTCATATTGTTA-TATCATTTTATTTTATAATAAA-ACAAT-TGTTTCTATTCATA
370 A--A--TATTTCA-AAAATTAGTA--A-GAGA-TTTA-AA-AAATA-AATATG-TT-TACTGA-A
* ** * * *
156531 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAG--TAA-TAT-TA--TGAAA--ATTAAT-AGC
420 CCAG----TTC-AAAT-AGTTAAGACT-A-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACC
** ** * * * * *
156587 -TAAGAAATTT-AAAAAATAAATATG-TTC-GTTGAACCAATTCAAAC--AGTTAAGACTATATG
476 TTTTG-TTTTTCATAAAA-CAAT-TGTTTCAGTT----C-ATACAAGCTTA-TTCAG---A-AT-
*
156646 AACAACTATT
527 AA-AA-TA-A
* * * *
156656 TAACTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTATTTCAGCTTGTAGAAATTTA
1 T-ACT-AATTTATTA--A-----T-ATTTG--A-AAAATTAA-TA----AG--T-AAGAGATTTA
* * * * ** * * * * *
156720 TTCAGAATAGAGTAAAACTAATTTA-TTAA-TATTTCAAAAATTTATAAGA-GATTTAGAA-AAT
45 --AAAAATAAA-T----CTG-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT--GACTATTT-GAACAAT
* * * * * ** * *
156781 AATTCTATTTACAGAACCAGTTCAAAT-A-ATTTTAACTATT-T-A-AACAATTATCTATTTCAA
99 TA-TCTATTT-CA-AATCA-TT---ATGACCTTTT--GTTTTGTCATAA-AACAAT-TGTTTCTA
** * * * * ** * **** *
156841 TTCATTATTACTTTTTATTTTGTAATAAAACAAT-TTTTTTTGTTAATA--TAAGTTTGTTCA-A
153 TTCA-TAAAAC---TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAATA
* * * * * * * *
156902 AATAAAATAATACTAATTTA-TTAA-TATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGA
212 AATAAAA-GAT-TTAA--AACTAAATTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * * * * *
156964 GCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTATTATAAAACAATAGTTTCTGT-TCAT
272 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TATCAT
* * * * * * *
157028 ACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAAAT
334 ACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-A-AA--AATTAGTAAGAGAT
* ** * * * * *
157093 TTAAAACATAAATAT-TCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
395 TTAAAAAATAAATATGT-TTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
* * ** * *
157157 TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCA
459 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
*
157222 AAATAAAATAA
523 GAATAAAATAA
* * * * * * * *
157233 TATTAATTTATCAATATTCTG-AAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACG
1 TACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * *
157297 AACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
157362 TTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTGT
130 TTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATA-AAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
157426 TAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATCT--AA-TAAA---TCTACCTGACCAAGTTCAAA
192 TAATATTTAA-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAACTAAATTGTTTA-CTGAACTAGTTCAAA
** * * * **
157484 TCTTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
255 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
157549 AATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGAC
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* * * * *
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378 AA-AAATTAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACC-AGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * *
157673 GTATTCGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
439 CTATTAGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTT
* * *
157737 CAGTTTATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAA
502 CAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * *
157769 TACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* ** * * * *
157833 ATCTTGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTTTGA-CTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
157897 TTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * ** *
157960 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAA
193 AATATT-TAAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAACTAAAT-TGTTTACTGAACTAGTTCAAA
* ** * * **
158023 TAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTATTGTCATAAGCC
255 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
158088 AATTG-TTTCATTCATAAAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAA
319 AATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAA
* * * * * * *
158150 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACCAT
382 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * *
158215 TCA-AATAATTATTTATTTCAAATAATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
443 T-AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTC-AG
** * *
158278 TTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAA
505 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * **
158307 TACTAATTTATTAATATTCT--AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTG
1 TACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * ** * *
158370 AACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
158435 TTGTCATAAAA-AGAATGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAGTTTATT
130 TTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATA-AAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
158499 -A-A--TAAGAGA-T--T---T--AAGAATTAAATCT--A---TTTATTGAACCAATTCAAATAC
193 AATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAACTAAATTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
158547 TTATGGCTGTTTGAACAAGTATCTATCTCAAATTATTATGATATTTGTTTTGGAATAAAACAAAT
258 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
158612 GCTTCTGT-TCATACAAACTTATTATG-AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATT
323 G-TT-TTTATCATACAAGCTTATT-TGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * *
158675 AATAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
385 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATA
* * * *
158740 ATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTATTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAA
450 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
158805 GCTTATTCAGAATAAAATAA
514 GCTTATTCAGAATAAAATAA
** ** * * * *
158825 TTGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAATTAAAATAAATCTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA--AAAATAAATCTGTTTACC
* * ** * *
158890 AAACAAGTTCAAACAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACATTTT
64 AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
*
158953 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTT
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * **
159017 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAGTTATTTTTTGAACTAGTTCAA
190 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAACTAAA-TTGTTTACTGAACTAGTTCAA
* * * * *
159082 ATAGTTATAACTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGATTTTTGTTTTCTCATAAAA
254 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
159146 CAATTGTGTCTTATCATACAAGCTTATTTGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAA
318 CAATTGT-TTTTATCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
* * * * * * *
159211 ATTAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACGAGTTCAAATAGTTAAGACCATTAA
382 ATTAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* *
159275 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
446 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
159309 ATTAATATTT
Statistics
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0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
TACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAACTAAATTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTTATCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
CAGAATAAAATAA
Found at i:156977 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 156786--157070 Score: 304
Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
156776 AAAATAATTC
* * *
156786 TATTTACAGAACCAGTTCAAATAATTTTAACTATTTAAACAATTATCTATTTC-AATTCATTATT
1 TATTTACAGAACCAGTTCAAATAATTATAACTAGTTAAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATG
* * ** * * * *
156850 ACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAC
65 ACTTTTTATTGTATAATAAAACAATAGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
156915 TAATTTATTAA
130 CAATTTATTAA
* * * * * * *
156926 TATTTATCA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 TATTTA-CAGAACCAGTTCAAATAATTATAACTAGTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * *** *
156990 ACTTTTTGTTGTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
65 ACTTTTTATTGTATAATAAAACAATAGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
157055 CAATTTATTAA
130 CAATTTATTAA
157066 TATTT
1 TATTT
157071 CAACAATTAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 26, Indels: 4
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
140 111 0.95
141 6 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (140 bp):
TATTTACAGAACCAGTTCAAATAATTATAACTAGTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
CTTTTTATTGTATAATAAAACAATAGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACC
AATTTATTAA
Found at i:158094 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 156939--159298 Score: 1893
Period size: 359 Copynumber: 6.6 Consensus size: 355
156929 TTATCAAACC
* * * * * * *
156939 AGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
157004 TATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
157069 T-TCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCAAACTAGATCAAATAGT
129 TAT-AAAAATTAATAAGTAAAGAA-TTAAAAAATAAATCTAT-TTACC-AAC-AGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
157132 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATC
189 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * *
157197 ATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTCTGAAATTTAA
254 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * **
157262 TAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACA
318 TAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
* * * * * *
157301 AGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
157366 CATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTGTTAATA
66 CATAAAA-CAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * **
157431 TTA-AGACAATTAATAAGTAAAAAATCT----AATAAATCTACCTGACC-A-AGTTCAAATCTTT
128 TTATA-AAAATTAATAAGTAAAGAAT-TAAAAAATAAATCTA-TTTACCAACAGTTCAAATAGTT
* * ***
157489 ATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
190 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
157554 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAAT
255 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * *
157618 AAGTTAAAGATTTAAAAAACAAATATGTTTATCGACCA
319 AAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
* * * * ** *
157656 AGTTCAAATGGTTATGAGTATTCGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
157720 TAATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
157785 TTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCTTGTTCAAATAGTT
128 TTATAAAAATTAATAAGTAA-AGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-C-AGTTCAAATAGTT
* * * *
157850 ATAACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTTTGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
190 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
157914 GTTCTGTTCATGCAAGCTTATT-TGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
255 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* *
157978 AAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACA
319 AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
* * *
158015 AGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTATTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * *
158080 CATAAGCCAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
66 CATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
* * * * * *
158145 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCGAGTTCGAATAGTTATG
131 TAAAAATTAATAAGT-AAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAC-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
158210 ACCATTCAAATAATTATTTATTTCAAATA-ATTTTGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
193 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** *
158274 TCTATTCATACAATTTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
257 TCTGTTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
** * *
158337 AGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACA
320 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
* * ** *
158374 AGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACATTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
158438 TCATAAAA-AGAATGTTTCTATTCATACAAAATTA-TT---CAAAATAA-AATAA--TATT-A-G
65 TCATAAAACA-ATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * *
158493 TT-T----ATTAATAAG---AGATTTAAGAATTAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATACTTA
128 TTATAAAAATTAATAAGTAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * * * ** * ** * *
158550 TGGCTGTTTGAACAAGTATCTATCTCAAATTATTATGAT-ATTTGTTTTGGAATAAAACAAATGC
191 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
158614 TTCTGTTCATACAAACTTATTATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATA
256 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *
158679 AG---AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCA
320 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CA
* * ** * *
158713 A-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TG
* * * **
158776 TCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
158841 TTCA-AAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAATTAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAACA
128 TT-ATAAAAATTAATAAGTAA-AGAATTAA--AAAATAAATCTATTTA-CCAAC-AGTTCAAATA
*** *
158905 GATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAA
187 G-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
158967 CAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTC-GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCA
249 CAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-A
* * *
159029 AAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTAT-TTT-TTGAACT
310 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTATTGAACA
* * *
159075 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATCT-TTATGA-TTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
159137 CTCATAAAACAATTGTGTCTTATCATACAAGCTTATTTGAATAAAAATAATATTAATTTAATAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTTGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
159202 ATT-TCAAAAATTAGT--G-AAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACGAGTTCAAATAGT
127 ATTAT-AAAAATTAATAAGTAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAC-AGTTCAAATAGT
* * * * *
159263 TAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
189 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATT
159299 CTAACCTTTT
Statistics
Matches: 1611, Mismatches: 294, Indels: 192
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 98 0.06
339 6 0.00
341 60 0.04
342 73 0.05
343 8 0.00
344 3 0.00
346 13 0.01
347 1 0.00
348 2 0.00
350 1 0.00
351 2 0.00
352 1 0.00
353 17 0.01
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364 10 0.01
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
TAAAAATTAATAAGTAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAACAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA
GATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
Found at i:159204 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 158502--159294 Score: 644
Period size: 183 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
158492 GTTTATTAAT
* * * ** * *
158502 AAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATACTTATGGCTGTTTGAACAAGT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * ** * *
158567 ATCTATCTCAAATTATTATGA-TATTTGTTTTGGAATAAAACAAATGCTTC-TGTTCATACAAAC
66 ATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAAC
* * * * *
158630 TTATTATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAAT---
130 TTATTATGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGC
* * * * * *
158678 AAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
158742 TATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAG
65 TATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAA
** *
158806 CTTATTCA-GAATAAAATAATTGTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGC
129 CTTATT-ATGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT-AGC
* * * * *
158859 AAGAGATTTAATTAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAACAGATT-TGACTATTTAAAC
1 AAGAGATTTAA--AAAATAAATCTATTTATTGAACCAA-TTCAAATAG-TTATAACTATTTGAAC
* * * *
158922 AATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAA
62 AATTATCTATTTCAAA-TTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAC
* * *
158986 AAACTTATT-CGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
126 AAACTTATTATG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AGC
* * * * *
159042 AAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TATTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* *
159105 TATC-ATTCTCAAATCT-TTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTGTC-TTATCATACA
65 TATCTATT-TCAAAT-TATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATT-TCATACA
* * *
159166 AGCTTATT-TGAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT-G-
127 AACTTATTATGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGC
* *** * * * ** *
159218 AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACGAGTTCAAATAGTTA-AGACCATTAAAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAAT
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65 TATCTATTTCAAAT
159295 CATTCTAACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAACT
TATTATGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGC
Found at i:160266 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 159998--162088 Score: 960
Period size: 181 Copynumber: 11.7 Consensus size: 177
159988 ATCTTATTTG
* * * * * *
159998 AAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGTTTGAAAAAATAAAT
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* * * * *
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* *
160127 GACCTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCA
129 AACCTTTTG-TTTG-TATAAAACAATTGTTTTA-TTTATAAAAGCTTATTCA
* * *
160179 AAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGTTTAAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTT-AAAAAATAAAT
* * *
160244 TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTA-TGCTTATTTGAA-ACATTGTCTA-TTAAAATCATTA
65 TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTAC-TATTTGAACA-ATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * *
160306 TGAGCTTTTGTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTCAATTCATAAAAAGCTTATTCA
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* * * *
160358 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAT-AAA
* * ** * * * *
160423 TTGGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATT-TGGCCATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCGTTA
64 TTAGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * *
160486 TAACCTTTTGTTGGTATATAACAATTTTTTTA-TTATTACAAAGTTTA-TCA
128 TAACCTTTTGTTTGTATAAAACAATTGTTTTATTTA-TA-AAAGCTTATTCA
* * * * *
160536 GAATAAAATAATAGTAATGTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAA-AAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAA-T
* * * * * * * * * *
160597 TA-CTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAAT-AGTTAT
65 TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTAT
* * *
160660 AACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCA
129 AACCTTTTG-TTTG-TATAAAACAATTGTTT-TATTTATAAAAGCTTATTCA
* ** * *
160712 AAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAA-CTGAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAG-TTTAAAAAATAAA
* * * * ** * ** *
160776 TTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTTAAATCATT-T
64 TTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * * **
160840 ----TTGT-TTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTG
129 AACCTTTTGTTTGT-ATAAAACAATTGTTTT--ATTTATA-AAAGCTTATTCA
* * * * * * * * * *
160886 GAACAAAATAA-AATGAATTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATAAA
* * * * ** * *
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64 T-TAGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-T
* * * * ** * ** *
161010 TATGACCTTTTTTTTCTATCATATAACAAATGTTTT-TGTTCATGTAAGTTTGCTCG
126 TATAACCTTTTGTTTGTAT-A-A-AACAATTGTTTTAT-TT-ATAAAAGCTTATTCA
* * *
161066 AAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--GGA-TTTAAAAAATAAA-T
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATT
* * * * * * **
161127 ATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
66 A-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAA-CAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * * * **
161191 GACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTG
129 AACCTTTTGTT-T-GTATAAAACAATTGTTTTAT-TT-ATAAAAGCTTATTCA
* * * * * * * *
161243 GATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA-
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGTTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * *
161307 TATGCTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTAT
65 TA-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
** * ** ** * * * **
161372 GGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTTTTTG
129 AACCTTTTG-TTTGT-ATAAAACAATTGTTT-TATTTATAAAAGCTTATTCA
* ** ** * *
161424 AAATAAAAGAATACTAAGCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATCTAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATAAA
** * * * * * * ***
161488 TCTA-TTTAAGAAATAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTA
64 T-TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * *
161552 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTGTTTCTATTTGTACAAA-CTTATTTC-
128 TAACCTTTTG-TTTGT-ATAAAA-CAATTGTTT-TATTTATA-AAAGCTTA-TTCA
* * * * * * *
161606 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-CAAGAGTTTAAAAAATAA
* * ** * ** * * **
161669 ATTTGTTTACCAACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTTAAATTGTTA
63 ATTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * * * * *
161734 TGACCTTTTTTTTTGTTATAAGA-AATAGTTTT-TGTTCATATAAGCTTATTCG
128 TAACC-TTTTGTTTG-TATAAAACAATTGTTTTAT-TT-ATAAAAGCTTATTCA
* * * * * * * *
161786 GACTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AACAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--CAAGAGTTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * **
161850 -TATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACCATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTT
64 TTA-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC-AATTATCTATTTAAAATCATT
* * * * * * * * **
161913 ATGACATTTTCTTTTGTAATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
127 ATAACCTTTT-GTTTGT-ATAAAACAATTGTTT-TATTTATAAAAGCTTATTCA
* * ** * *
161967 AAATAAAATAA-ACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTAAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATAAA
** * * * *
162030 TCT-GTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATT-TTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAAT
64 T-TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATT-ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
162089 TTGTTTTGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
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175 23 0.02
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Consensus pattern (177 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATT
AGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
CCTTTTGTTTGTATAAAACAATTGTTTTATTTATAAAAGCTTATTCA
Found at i:161656 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 160052--161829 Score: 877
Period size: 354 Copynumber: 5.0 Consensus size: 357
160042 GAAAAGTTTG
* * * * * * * * *
160052 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATTACTATTTGAA-CAGTTATTTATTT
1 AAAAAATAAATATATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AAGCAATTATCTATTT
* *** * * * * *
160116 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATA-AAAGCTTA-TC
65 CAAATTGCTATAACCTTTTGTTCT-ATCATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTT
* * * * * * * * *
160177 CAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATTTCAAA-AATTAATAAG-CAATAGTTTAAAAAAAT
127 C-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAAGAAGTAAAAAATTT-TAAAAAT
* * * * * *
160240 AAAT-TAGTTTACCAAACAA-ATTCAAATAGTTATG-CTTATTTGAA-ACATTGTCTA-TTAAAA
189 AAATAT-GCTTACCAACCAAGA-TCAAATAGTCATGAC-TATTTGAACA-ATTATTTATTTTAAA
* * * * ** * * **
160300 TCATTATGAGCTTTTG-TTTGTCATAAAACATTGTTTCAATTCATAAAAAGCTTATTCAAAATAA
250 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATAGTTTCGGTTCAT-ATAAGCTTTTTTGAAATAA
* ** * *
160364 AATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTT
314 AAGAATACTAAGCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A--GATCT
* * * * * *
160412 AAAAAGTAAA-ATTGGTTTACCAAA-TCAGTTCAAATAATT-TGGCCATTTAAACAATTATCTAT
1 AAAAAATAAATA-T-ATTTAACAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAGCAATTATCTAT
* * * * * * * *
160474 TTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTGGTAT-AT--AACAAT-TTTTTTATT-ATTACAAAGTT-TA
63 TTCAAATTGCTATAACCTTTTGTT-CTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCA-TACAAACTTATT
** * * * * * *
160533 TCAGAATAAAATAATAGTAATGTATTAATCTCTCAAA-AATT---AA-TAAGAGA-TTTAAAAAA
126 TC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT-TTAAACAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
160592 AAATTTACTTATCAAACC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAG
189 AAATATGCTTA-CCAACCAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCG
* * ** * * * **
160656 TTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTA-TTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
253 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AA-TAGTTTCGGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAA
* ** ** * *
160720 TAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTT
316 GAATACTAAGCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A---AGAGATCT
* * * * * * **
160766 AAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-CCTTTATCTATT
1 AAAAAATAAATATATTTAAC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTAAGCAATTATCTATT
* * * ** * * * *
160829 TTAAA-T-C-AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCACACTAACTTATTTGG
64 TCAAATTGCTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTTCG
* * ** * * * * * * * *
160887 AACAAAATAAAATGAATTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGTAAGAGA-TTTAAAAAGTAATT
129 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAAT
* ** * * * * * ** * * * *
160950 CTATTTACCTAATC-AGTTTAAATAATTATGACTATTCAAACAATTATCT-TTTCAAATAGCTAT
193 ATGCTTACC-AACCAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTAT
* * ** * * *
161013 GACCTTTTTTTTCTATCATATAACAAAT-GTTTTTGTTCATGTAAG-TTTGCTCGAAATAAAAGA
257 GACCTTTTGTTT-TGTCATA-AA-AAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTT-TTTGAAATAAAAGA
* * *
161076 ATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTT
318 ATACTAAGCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATCT
* * * * *
161116 AAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAGCAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATATATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAGCAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
161181 AAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAT
66 AAATTGCTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAA
* * *
161246 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
131 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
* * * *
161311 CTTACTGAA-CTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGGC
196 CTTAC-CAACCAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGAC
161375 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCA-TTTCGGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAGAATACT
260 CTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAAT-AGTTTCGGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAGAATACT
161439 AAGCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATCT
323 AAGCTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATCT
* * * * *
161478 AAAAAATGAATCTATTTAAGAAA-TAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATATATTTAACAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTT-AAGCAATTATCTATT
* * * * * * **
161541 TGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTGTTTCTATTTGTACAAACTTATTTC
64 TCAAATTGCTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAA-CAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTTC
161606 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
128 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAA-ACAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
* * * ** * ** *
161670 TTTGTTTACCAACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
192 TATGCTTACCAACCAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTAT
* * * ** * * * * *
161735 GACCTTTTTTTTTGTTATAAGAAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGGACTAAAATAATAC
257 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAGAATAC
* ** *
161800 CAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
322 TAAGCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
161830 TAAAAAAATT
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 237, Indels: 156
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.00
347 9 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAAAAATAAATATATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAGCAATTATCTATTTC
AAATTGCTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAA
TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
CTTACCAACCAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAAAATAGTTTCGGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAAGAATACTAAG
CTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATCT
Found at i:162581 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 162563--162589 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
162553 TTATTATCTA
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162576 TTTCAAATAATTG
1 TTTCAAATAATTG
162589 T
1 T
162590 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (13 bp):
TTTCAAATAATTG
Found at i:162739 original size:193 final size:194
Alignment explanation
Indices: 162382--162758 Score: 596
Period size: 193 Copynumber: 1.9 Consensus size: 194
162372 TAATTATCTA
*
162382 TTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTT
1 TTTCAAATAATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTT
* * *
162447 GAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAGAAAGGAA
66 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGAAA
* * **
162512 TCTTGTTACCTAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATTATTATCTATTTCAAATAATTG
131 GCTTGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTG
*
162576 TTTCAAATAATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGA-TTTAGTTCATATACGCTTATT
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* * * *
162640 TGAAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATAA
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* *
162704 AGCTTGTTACCAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
130 AGCTTGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTT
162759 TAAAATATTA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 15, Indels: 3
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
193 95 0.57
194 71 0.43
195 1 0.01
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Consensus pattern (194 bp):
TTTCAAATAATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGAAA
GCTTGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTG
Found at i:163386 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 162178--167262 Score: 3149
Period size: 361 Copynumber: 14.2 Consensus size: 358
162168 TATCAAATCT
* * * * *
162178 TTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATGAC-TTTTGTTTTATCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * ** *
162242 TGTTTCT-GTCATACATGTTTATTTC-GATTAACAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAT
66 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAT
* * * * * * * * * *
162304 TAACAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTT
128 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTATTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
162369 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCA
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTTCA
* * * * * * *
162434 TATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGA
255 TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * * *
162499 ATTAAGAAAGGAA-TCTTGTTACCTAACATGTTCAAATAG
320 TTTAAAAAATAAATTCGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * ** *
162538 TTATGACTATCTAAATTATTATCTATTTCAAATAATTGTTTCAAATAATTGTGACCTTTTGTTTT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--A-AATTG--T----T-A---TGACATTTTGTTTT
* * * * ** *
162603 GTAATAAAACAATTGATT-TAGTTCATATACGCTTATTTGAAATAAAAT-GTACTAATTTATTAA
53 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
162666 TATTCTAGAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATAAAGCTT-GTTACCAA-ATATGTTCAAA
117 AATTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AG-ATTTAAAAATAAA-TTTATTTATCAACA-A-GTTCAAA
* * *
162728 TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
176 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * ** * **
162792 CATTTGGTTCTATTCGTGCAAGCATATTTTGAATAAAATAAGAAAAATTTATTAATATTTCAAAA
240 CAATT-GTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * **
162857 ATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATAT-ATTTTCTAAACATTTTCAAATAG
304 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * *
162910 TTCTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
162975 TGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCAAAAAATTA
66 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTA
*
163040 ATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
130 ATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTATCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
163105 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATAC
194 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATAC
* ** * * *
163170 AAGTTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-TGAGAATT
258 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT
* *
163234 TTAAAAATAAATTCGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAG
322 TAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAG
* * * * * * * *
163271 TCATGTCCATTTGAACTATTATCTATGTCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * *
163336 TGTTTCTATTCCTACAAAATTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-
66 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTA
* * * * *
163399 -TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTT-TGTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTTT
130 ATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAAT-TTATTTA-TCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * *
163460 GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTT-TTTTGTCATAAAGCAATGGTTTTTGTTCA
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTCA
* * * * *
163524 TACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-TAGAT-A--AA-
255 TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA-ATAAGTAAG
*
163582 AGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAG
317 AGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAG
* * ** * * * * * * *
163624 ATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * **
163688 AT-TTTCAATTCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATT
66 -TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAATT
* *
163752 AATAAATAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
129 AATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAATAAATTTATTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * **
163817 GAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATT-TTCAATTT-
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT-TTTTTC
* * * * * * * * *
163880 ATAAAAGATTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACACTTCAAAAATTGATATA-TTAG
254 ATACAAGCTTATTC-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAG
* * *
163943 AGATTTAAAAAATACA-TCG-------AACTAGTTCAAATAA
317 AGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * ** * * * *
163977 TTATGA-TCATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCATTA-CAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATA
1 TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *** * * *
164040 ATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAACAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAC
64 ATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA-TTCAAAAA
* * * ** * * *
164104 TTAAT-AGGAAGAAGATTTAAAAA-ACA--TATCTAT---TTA-TTGAATTAG-T-T-CCTATTT
127 TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAATTTATTTATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * * * * **
164158 -AAGCAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTC
191 GAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTC
** * * * * *
164222 ATATGAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAG
254 ATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** ** * *
164287 ATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGCTCAAACAG
319 ATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * ** *
164326 TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
164390 TTGTTTC-AGGTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
65 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-CAAAAAT
*** * * * * *
164454 TAATAAGTAAGTTATTAAAAAAGTGAATCTATTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGATTATG
128 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATTTATTTATC-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-
** * ** * **
164518 TT-ATTAATTATCTATTTCAAGTTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAAA-AATTGTATTTGA
189 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGT-TTTTT
* * ** * * * *
164581 GCATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAA
252 TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
164645 AGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCAAACTAGTTCAAACAG
317 AGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
** * ** * * *
164687 CAATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
164752 TATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT-ATGAAAATT
66 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA--AAAATT
* * * * * * * * **
164816 AA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAATAAGTTCCAATATTTAAGACTACAT
129 AATAAG-TAAAAG-ATTTAAAAATAAATTTATTT-ATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* *
164880 GAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTAAAT
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT---T
* *
164944 TCATA-ATAGCTTACTTC-GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGT
252 TCATACA-AGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
** * * * * * *
165006 AAGAGATTTTTAAAAT-AATTCTATTTTCCTATCCAGTTCAAATAA
314 AAGAGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
165051 TTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAA-TGATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * * *
165115 ATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTGCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATAT
65 TTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAT
* *
165179 TAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA-ATTAGTTCAAATAGTTTTGACTATT
128 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTATTTATCAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
165239 TGAACAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTC
190 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTC
* * * * ** *
165303 ATACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGCAATTGATAAGTAA-A-
254 ATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * *
165366 ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTGAACTAGATCAAATAA
319 ATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
165406 TCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** *
165471 TGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATT
66 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA-AAATTCAAAAATT
* * * * * * *
165535 AATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGAATCTATTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATT
129 AATAAGTAAA-AGATTT-AAAA-ATAAATTTATTTA-TCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** * * * * *
165599 TGAACAATTGTCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCTATT
190 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T-TTTT
* * * * *
165663 CATACAATCTTATTTC-AAATAATATAA-ATCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATG
253 CATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-G
* * * *
165724 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATCG
313 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
*** * * * * * *
165770 TTATGACTATTTGTGGAATTATTTATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
165835 TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTA
66 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTA
* * ** * * *
165900 ATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTA
130 ATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAATAAATTTATTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * **
165965 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
192 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCAT
* * * * * *
166030 ATAAGTTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAGGAGA
256 ACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * * *
166094 -ACAAAAAAAAGAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATAG
320 TTTAAAAAATA-AATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * *** * * * * *
166133 TTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *** * *
166198 TTGGCTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA
65 TT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATT-CAAAAA
** *
166261 -T--TAA-T--AAGA---AAAAA-AGGTTT-TCTA--AACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTT
127 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTATCAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** *
166312 GAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGATCTTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGCTC
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTT-TTC
* * * * * * *
166375 ATAAAAACTTATTAGGAATAGAAATAATACTAATATATTAA-AATTCTAAAAATTAATAATTAAA
254 ATACAAGCTTATTCGGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * ***
166439 AGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTAACGAGTGAGTTCAAATAG
317 AGATTTAAAAAATAAATTC-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* ** * *
166481 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** *
166546 TGTTTATATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
66 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTA
*** * * * * * * * *
166611 ATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAAATTGAAATAGTCAT-ATCCATTTG
130 ATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTATTT-ATCAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTG
* * * * ** *
166675 AACTATTATCTATTTCAAATCCTTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTGTTCATA
192 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTCATA
** * * * * *
166740 CAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATT
257 CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
** * *
166801 TAAAAGCTAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAG
322 TAAAAAATAAATTCGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAG
* * * *
166838 TTATGACTATTTCAACAATTACCTATCTCAAATAG-TATG--ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAAC-A
* * * * ** * ** * ***
166900 ATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTGTTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATGCTCTAAAAAT
64 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAAT
* ** ** * * *
166965 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCTGAACTAGTT-ATAATAGTTAAGACTATT
128 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT-TTATTTATCAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATT
* * * * * * **** * *
167029 AGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGTTTTGTCAGAAATTTTTTCTTTTCAGTT
190 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--TTT
* * * * * * *
167094 CATACAAGCTAATTTGAAATAAAAGAATA-TAATTTTATTGACATTT-ATAAAATTAATAAGCAA
253 CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA
* ** * *
167157 GAAATTTAAAAAAATAAA-TCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAG
316 GAGATTT-AAAAAATAAATTC-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
167201 TTATGACTTTTTGAACAATTAACTATTTAAAATTGTTAT-AAACTTTTGTTTTATCATAAAAC
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
167263 TATTACTTTA
Statistics
Matches: 3671, Mismatches: 808, Indels: 487
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.00
341 57 0.02
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344 7 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTTATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTCATACAAG
CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
Found at i:163619 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 162576--167262 Score: 2193
Period size: 181 Copynumber: 26.2 Consensus size: 177
162566 CAAATAATTG
* * ** * * * *
162576 TTTCAAATAATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTT-AGTTCATATACGCTTATT
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATT
** * * *
162640 TGAAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATAA
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT---AAA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
162704 AGCTTG-TTACCAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTA
126 A-TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
162756 TTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGGTTCTATTCGTGCAAGCATATT
1 -TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
*** ** ** *
162820 TTGAATAAAATAAGAAAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAA
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * * * *
162883 ATATATTTTCTAAACATTTTCAAATAGTTCTGACTATTTAAATAATTATCTA
126 ATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
** * * *
162935 TTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
163000 AAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
66 AAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
163064 TTTGTTTATCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
127 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
163115 TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTC
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * *
163180 AAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAGAATTTTAAAAATAAA
66 AAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA---AAG-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
163245 TTCGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATG-TCCATTTGAACTATTATCTA
127 TTTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAATTATGAT-TATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * **
163296 TGTCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCCTACAAAATTATTC
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
*
163361 AAAATAAAATGA-TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATC
66 AAAATAAAAT-ATTACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAA--
* * *
163424 TTTGTATT--GAACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTA
127 TTTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
163473 TCTCAAATCATTATGATATTTT-TTTTGTCATAAAGCAATGGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
** * * * *
163537 GGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAA-TAGATAAAAGATTTAAAAAATAAATG
66 AAAATAAAATATT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA-ATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** *
163600 TGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGA-TAAGAAAATTAGAACAATTATCTA
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* * ** * * * ** *
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1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * ** * *
163712 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAAATA
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--T-AATAAAAGA-TTTAAAAAATA
* * * * *
163777 AATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
125 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** * * ** * * *
163830 TTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT-TTTCAATTTATAAAAGATTA-TC
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
163893 TGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACACTTC-AAAAATTGATATATTAGAGATTTAAAAAATA
66 -AAAATAAAATATTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT-A-ATA--AAAGATTTAAAAAATA
* * * * *
163957 CA------T--CGAACTAGTTCAAATAATTATGATCATTTGAACAATTATATA
125 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * ** *
164002 TTTCAAGTCATTA-CAAACTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATT
1 TTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
*** * * * * * *
164066 TGGAACAAAATAATATTAATTTATTAAAATT-TCAAAACTTAATAGGAAGAAGATTTAAAAAACA
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT---AA-AAGATTTAAAAAATA
* * * *** ** *
164130 TATCTATTTATTGAATTAGTTC--CT-ATT-T-A--A---G--CAATTATCTA
125 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * ** * * * * ** ** *
164171 TTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTTATTT
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
** * * **
164236 GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAA
66 AAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAA
* ** ** * * * * * *
164300 TTTGTTTGCTGAAGTAGCTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTA
127 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
164351 TTTGAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGGTCATAGAAGCTTATT
1 TTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
164415 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTAAAAAAGTGA
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--AAGAT-TTAAAAAA-TAA
* * * * **
164480 ATCTATTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGATTATGTT-ATTAATTATCTA
126 ATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTAT-TTGAACAATTATCTA
* ** * ** ** * **
164532 TTTCAAGTTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAAA-AATTGTATT-TGAGCATTCAATTTTAT
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTAT
** * * * *
164595 TCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
64 TCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * *** * * **
164659 AATCTATTTACCAAACTAGTTCAAACAGCAATGACTATTTGAACAATTGTAAA
125 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* ** * ** * * *
164712 CTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTC
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
164777 GAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAAAAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAA
66 AAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT--AA--TAAAAGATTTAAAAAATAAA
* **** * * * * * ** *
164842 TTTATTTGTTGAATAAGTTCCAATATTTAAGACTACATGAACAGTTATCTA
127 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
** * * *
164893 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTAAATTCATA-ATAGCTT
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--GTTCATACA-AGCTT
* * * * **
164956 ACTTC-GAATAAAATA-AAATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTTTA
62 A-TTCAAAATAAAATATTACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAAT---TAA-TAAAAGATTTAAA
* * * * * *
165018 AAAT-AATTCTATTTTCCTATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTA
120 AAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * * * * *
165076 TTTTAAATGATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTG
1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
165140 CAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TCAAATATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * * * *
165204 TATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATTTA
129 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
165253 TTTTAAATC-TTATGACT-TTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATT
1 TTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
*** * * * ** * *
165316 TGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGCAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAATAAAT
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--AAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
165381 ATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTA
128 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
** ** * * * *
165431 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAATGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT
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** * *
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* * * * * * *
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* * *
165677 TC-AAATAATATA-AATCAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAA
64 TCAAAATAAAATATTA-CTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATT---AA--TAAAAGATTTAAAA
* ** * *** *
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1 TTTCAAATCATTAT-GATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
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*** * * * *
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*** *
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* * * * *
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* * * *** * * *
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* * * * * *
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166636 TATGTTTGCTGAACAAATTGAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTA
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* ** ** **
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* * * * * * * **
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* * * * *
166815 GTTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTACCTA
130 GTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
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1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
** * * ** * **
166926 CTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATGCTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * * * * * *
166991 ATGTGCTTGCTGAACTAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTA
126 ATTTGTTTACCAAACAAGTTCA-AATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
* * * **** * * *
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1 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
** * * * *
167108 TGAAATAAAAGAATA-TAATTTTATTGACATT-TATAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAA
65 CAAAATAAAATATTACTAA-TTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAA--AAG--ATTT-AAAAAA
* ** * * * *
167171 TAAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTT-TTTGAACAATTAACTA
123 TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGA-TTATTTGAACAATTATCTA
* ** * *
167226 TTTAAAATTGTTAT-AAACTTTTGTTTTATCATAAAAC
1 TTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
167263 TATTACTTTA
Statistics
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0.73 0.17 0.10
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164 6 0.00
165 41 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
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AAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
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Alignment explanation
Indices: 164227--166267 Score: 609
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164217 AATTCATATG
** * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * **
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* * * * * * **
164468 TTAAAAAAGTGAATCTATTTA-TCGAATCAA-TTCAAATAATTATGATTATGTT-ATTAATTATC
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* * * * * * * * *
164530 TATTTCAAGTTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAAA-AATTGTATTTGAG--CATTCA
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** * * * * ** * *
164588 ATTTTA-TTCGGAATACAATAATAC-TATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATT
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* * * * * * * ** *
164650 TAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACTAGTTCAAA-CAGCAATGACTATTTGAACAATTGTAAAC
64 TAAAAAATAAATATATTTACTGAAA-AAGATCAAATAATC-ATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
164713 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
127 TTCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAAATGTTTTAGTTCATACA
* * * * *
164768 ATCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAAT-ATT-ATGAAAATTAA-AAGCT-AAGAG
1 AGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAGTAATTCA--AAAATTAATAA--TAAAGA-
* ** * * * * * * ** *
164828 AA-TTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAATAAGTTCCAATATTTAAGACTACATGAACAGTTATCT
60 AATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAAAAAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * * * *
164892 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTAAATTCATA-A
125 ATTTCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAA-ATGTTTT-AGTTCATACA
* * * ** * * * *
164950 TAGCTTACTTCGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGT-AAGAGATT
1 -AGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATT
** * * * *** * * * *
165014 TTTAAAATAATTCTATTTTCCT-ATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATT
64 TAAAAAATAAATATA-TTTACTGAAAAAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
165078 TTAAAT-GATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAAATGCTTTT-GTTCATATA
128 TCAAATCG-CTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAAATG-TTTTAGTTCATACA
* * * * * * *
165132 AG-TT-TGTGCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC--AAA-TATTAAT-AAGAGATT
1 AGCTTAT-TTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAATAAAGAAATT
* * * * * ** *
165191 TAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATTTATT
64 TAAAAAATAAATATATTTACTGAAA-AAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ** * * * *
165255 TTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACA
128 TCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAAATGTTTTAGTTCATACA
* ** * * * * * ** *
165308 TGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGCAATTGATAAGT--A-AAATTT
1 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTT
* ** * * *
165370 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTC
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* * * * * *
165435 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAATGTTTTAGTTCATATA
130 AAATCGCTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAAATGTTTTAGTTCATACA
* *
165487 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAATAAAGAAATTTA
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* * * * * * *
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* *
165617 AAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCACAAAAG-AATTTTATCTA-TTCATACA
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* * * * *
165669 ATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAATTTATTAAT-ATT-AAGACAATTAAAAATGTAAA-AG
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* * * * * ** * *** *
165730 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTTAAATCGTTATGACTATTTGTGGAATTATTT
61 ATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAAA-AAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** * * ** * * *
165794 ATTTCAACTTGTTATGGCTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACA
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* ** * * * * *
165851 AGTTTATTT-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAA-AGATT
1 AGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACAAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA-TAAAGA-AAT
* * * * * * *
165914 TTAAAAAATAAATATGTTTGC-CAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTAT
63 TTAAAAAATAAATATATTTACTGAAA-AAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * ** * * * * *
165978 TTCAAATCATTATAACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATA
127 TTCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAAATGTTTTAGTTCATACA
* * * * * * *
166033 AGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCCAAAATTAATAAGTAGGAGAACA
1 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAGTAATT-CAAAAATTAATAA-TA-AAGAA-A
** * * * * *
166097 ---AAAAAA-AGAATCCATTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
62 TTTAAAAAATA-AATATATTTACTGAAA-AAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * ** * *
166157 ATTTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCACAAAATATTTGGCTTT-GTTCATGCA
125 A-TTTCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAAAT-GTTTTAGTTCATACA
** ** *
166215 AGCTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAA
1 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAGTAATT-CAAAAATTAATAA
166268 GAAAAAAAGG
Statistics
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184 17 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAATAAAGAAATTTA
AAAAATAAATATATTTACTGAAAAAGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCGCTATAACCTTTTATTTTGCCACAAAAGAAATGTTTTAGTTCATACA
Found at i:165979 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 165958--165990 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
165948 ATAGTCATGA
165958 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
165974 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
165991 AACTTTTTCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:167936 original size:178 final size:181
Alignment explanation
Indices: 167563--167936 Score: 409
Period size: 178 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
167553 TTCACAAAAG
*
167563 CTTATTTAGAATAAAATAATACTTATCTAATAATATTATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAA
1 CTTATTTAGAATAAAATAACACTTATCTAATAATATTATGAAAA-CAATAACTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
167628 AAATAAATTTATTTGTCGAACTAATTCAAATAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
167693 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGT
130 TCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGT
* * * * ** * *
167745 -TTGTTTTGAATAAAATAACATTTATTTTTTAATATT-TTAAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAA
1 CTTATTTAGAATAAAATAACACTTATCTAATAATATTATGAAAACAATAACTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
167806 TAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAGTAGTTATA-ACAATTTGAACGATTATTTATTTCAA
66 -AATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTA-AGACAATATGAACAATTATCTATTTCAA
* * * *
167870 ATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTGATAT-AGT
129 ATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGT
167922 CTTATTTAGAATAAA
1 CTTATTTAGAATAAA
167937 GTATGCTAAT
Statistics
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0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTTAGAATAAAATAACACTTATCTAATAATATTATGAAAACAATAACTAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
CATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGT
Found at i:168482 original size:184 final size:178
Alignment explanation
Indices: 168020--168681 Score: 663
Period size: 179 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
168010 TACAAATAGT
* * * *
168020 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
168085 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAACA
63 TTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATA
* * * * *
168150 AATTAAAAATATATAATTGTTCAAATAGGT-ATAATTATTTTGAAGTGGTTCCA
128 ATTTAAAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTA-TTTGAA-TTGTTTCA
* * *
168203 TAAATAACA-TTATTTTTTAAATCTCTTATA-AAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTT
1 TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * **** * *
168266 TATTATGAATAAACTTGGATGAGTTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATAAT
65 TATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAAT
* * *
168331 TTAAAATAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
130 TT-AAA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCA
* * * *
168383 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TAT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
168448 TTTATTCTAAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTGTAATA
63 TTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATA
* *
168513 ATTT-GAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATT-TATTCA
128 ATTTAAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT-TTCA
* * * * *
168563 GTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTC--ATACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * *
168626 TTATTTTAAATAAACTTGTATGTTCAAAATTTATTGTTTTATGACAAAACGAAAAG
64 TTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAG
168682 TACTAACAAT
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 68, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 70 0.18
178 6 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATT
TAAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCA
Found at i:169262 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 168758--169678 Score: 573
Period size: 182 Copynumber: 5.1 Consensus size: 178
168748 ATAATAACGT
* * * *
168758 TTTGAAATAAATAATTATTTAAATATTCGTAATTATTTAAATTGATTCAGTAAACTGATTTATTT
1 TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCTTAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
168823 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTT
66 TTTAAATCTTTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCTGAATTAACTT
* * * *
168887 TTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA-TAAAACAAAAGTTCATATCAA
130 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCAAATCAA
* * * *
168935 TTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGT-TATAGTTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTAT
1 TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCT-TAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAGATTTAT
* * * *
168998 TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AAA-GTTAATAACTTAGTATTATTTTCTTTC-GA
64 TTTTTAAA--TCTT--TTATTAA--TTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCTGA
* * *
169060 A-TAAGCTTGTTTGAACTAAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAAGGTCAAAAT-GA
122 ATTAA-CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAAC-AAAAGGTC-AAATCAA
* * * *
169117 TTTGAAATACATAATTATTCT-AATAATCTTAACTATTTGAATTGATTCAATAAACACATTTATT
1 TTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAATCTTAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTATT
*
169181 TTTTAAAT-TATTTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATTAACT
65 TTTTAAATCT-TTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATTAACT
* * * * *
169245 TGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAA-TAAAGATCGTAAT-GA
129 TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTC-AAATCAA
* ** * * ** * * * * * * ** * * *
169293 TTTGAGATTGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTATTAGAATTGCTTTAAAAAATAGCTTTAGTT
1 TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCTTAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
169358 TTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTATTTCGGA-T-
66 TTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCT-GAATTA
* * * * * * * *
169420 ACGTT-TTTTAATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAGACAAAATGTTAAAACAA
126 AC-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCAAATCAA
* * * * * * ** *
169472 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTAATTAAAATTG-TTCAGTAAATAGATTTAT
1 TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCTTAAT-T-ATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTA-
*** * *
169535 TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATACATTAGTATTA-TTTTATTCCGAA
63 TTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCTGAA
* * * * *
169599 -TAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAA-CGA
123 TTAA-CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCA-AATCAA
* * *
169654 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 TTTGAAATAAATAATTATTTAAATA
169679 GTTTTAACTA
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 108, Indels: 83
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 69 0.12
177 67 0.11
178 89 0.15
179 64 0.11
180 100 0.17
181 62 0.10
182 129 0.22
183 12 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (178 bp):
TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCTTAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTTTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATTAACTTG
TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAACAAAAGGTCAAATCAA
Found at i:169720 original size:119 final size:119
Alignment explanation
Indices: 169568--169809 Score: 457
Period size: 119 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
169558 ATTTTTTGAA
169568 TATTAATACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGA
1 TATTAATACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGA
*
169633 CTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAAC
66 CTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAC
* *
169687 TATTAATACATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGA
1 TATTAATACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGA
169752 CTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAC
66 CTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAC
169806 TATT
1 TATT
169810 TAAACTGGTT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
119 120 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (119 bp):
TATTAATACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGA
CTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAC
Found at i:170315 original size:656 final size:655
Alignment explanation
Indices: 169032--170332 Score: 1537
Period size: 656 Copynumber: 2.0 Consensus size: 655
169022 TTTTTGAAAG
* *
169032 TTAATAACTTAGTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTTTGAACTAAAACAATTATTTTATGACT
1 TTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACT
* * * *
169097 AAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATACATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGA
66 AAACAAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTGA
* * * *
169162 TTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATTATTTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTA
131 TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCA
* * ** * * *
169227 TTTTTATCTGAATTAACTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCGTAATG
196 TTTTAATCTGAATTAACTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATAACG
* * * * *
169292 ATTTGAGATTGATATTTGTCCAAATAGTCGTAACTATTAGAATTGCTTTAAAAAATAGCTTTAGT
261 ATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTAGAACTGCTTTAAAAAATAGATTTAGT
* *
169357 TTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAC
326 TTTTAAA-CTCTT-CTTAATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAC
* * ** ** * * *
169422 GTTTTTTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAATGTTAAAACAATTTTAAATAGATAAT
389 ATTTTTGAACAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCAAAACAATTTAAAATAGATAAT
* * * * * *
169487 TGTTCAAATAGTCATATCTAATTAAAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC
454 TGTTCAAATAGACATAACTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATATATTTTTTTAAATCTCTTAC
* * **** * * **
169552 TTATTAATTTTTTGAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACTAA
519 CTATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACTAA
* * * * * * *
169617 AATAATAGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
584 AACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAGAACGATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGTT
169682 TTAACTA
649 TTAACTA
* * *
169689 TTAAT-ACATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAA-TAGTTTTATGA
1 TTAATAAC-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA-TTTTATGA
* * * * *
169752 CTAAAC-AAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACT
64 CTAAACAAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACT
* * * *
169816 GGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTA
129 GATTCAACAAACACATTTATTTTTTAAA----TTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTA
*
169881 GTATCATTTTAATC-GAA-TAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGAT
190 GTATCATTTTAATCTGAATTAA-CTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGAT
* * * * **
169944 CATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTA-AACTGGTTTAGTAAATA
254 CATAACGATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTA-TTAGAACTGCTTTAAAAAATA
* * * *
170008 GATTTAGTTTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTT
318 GATTTAGTTTTTAAACTCTTCTTAATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
170071 TAATA-ATTCTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCATAATAATTTAAA
383 GAATACATT-T-T-TGAACAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCAAAACAATTTAAA
* * * * *
170135 ATAGCTAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATATA-TTTTTTAA
445 ATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATATATTTTTTTAA
*
170199 ATCTAC-TACCTATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
510 ATCT-CTTACCTATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTG
* * ** *
170263 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCCTAACTATTTGAAATAAAAAATTG
574 TATGAACTA-AAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAGAACGATTTGAAATAAAAAATTG
170327 CTCAAA
638 CTCAAA
170333 CAGTCATAAC
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 94, Indels: 27
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
654 2 0.00
655 45 0.08
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660 45 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (655 bp):
TTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACT
AAACAAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTGA
TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCA
TTTTAATCTGAATTAACTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATAACG
ATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTAGAACTGCTTTAAAAAATAGATTTAGT
TTTTAAACTCTTCTTAATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATACAT
TTTTGAACAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAATGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTG
TTCAAATAGACATAACTAATTAAAATTGTTCAATAAACAGATATATTTTTTTAAATCTCTTACCT
ATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACTAAAA
CAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAGAACGATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGTTTT
AACTA
Found at i:170340 original size:838 final size:837
Alignment explanation
Indices: 168849--170499 Score: 1782
Period size: 838 Copynumber: 2.0 Consensus size: 837
168839 ATTTTTAAAA
* * *
168849 TATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
1 TATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATGAACTAAAACAATAGTTTTATGA
* * * * ** * *
168914 TAAAACAAAAGTTCATATCAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAGTTATTTGAACTT
66 TAAAACAAAAGTTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTG
* * ** *
168979 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAACTTAG
131 GTTCAGCAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAAAGTTAATAAATTAG
* ** * * * * *
169044 TATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTTTGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGT
196 TATCATTTTCAATCGAATAAGCTTATGTGAACAAAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAAGAT
* * * *
169109 CAAAATGATTTGAAATACATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAC
261 CAAAACGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTGATTCAATAAACAC
* * *
169174 ATTTATTTTTTAAATTATTTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAA
326 ATTTAGTTTTTAAATTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAA
** ** * * * * * *
169239 TTAACTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCGTAATGATTTGAGATTGA
391 TTAACTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTACCACAAAAAAAAGATCATAATAATTTAAAATAGA
* * * * * * *
169304 TATTTGTCCAAATAGTCGTAACTATTAGAATTGCTTTAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCT
456 TAATTGTCCAAATAGACATAACTATTAGAATTGCTTCAAAAAACAGATATAGTTTTTAAATCTCT
* * * ** * * * *
169369 TGCTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATACGTTTTTTAATTG
521 TACCTAATAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATACGTTTATGAATAG
* * * * * * * *
169434 AAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAATGTTAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
586 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCAAAACAATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAGT
* ** * * * * *
169499 CATATCTAA-TTAAAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
651 CATAAC-AATTTAAAATTACTCAGTAAACAGATTCA-TTTTATAAATCTCTTACTTATTAA-GTT
* * * * *
169563 TTG-AATATTAATACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAAC-TAAAATAATAGT
713 TTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAAT-GT
* * *
169626 -TTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAAC
776 GTTTATCACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAAC
* * * * *
169687 TATTAATACATTAGTTTTATTTTATTTCGAAT-AAGTTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATG
1 TATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTT-TATGAACTAAAACAATAGTTTTATG
* *
169751 ACT-AAACAAAAGGTT-AGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTAA
65 A-TAAAACAAAA-GTTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTAA
* * *
169813 ACTGGTTC-GACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATA-TTATTA
127 ACTGGTTCAG-CAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAA-AGTTAATA
*
169876 AATTAGTATCATTTT-AATCGAATAAGCTTATGTGAA-AAGAAACAATTGTTGTATGAC-AAA-A
190 AATTAGTATCATTTTCAATCGAATAAGCTTATGTGAACAA-AAACAATTATTGTATGACTAAACA
* ** * * * * * *
169937 TAAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTAAACTGGTTTA
254 AAAAGATCAAAACGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAATCT-TAACTATTTAAACTGATTCA
* * * *
170001 GTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-TTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTA-TT
318 ATAAACACATTTAGTTTTTAAAT-TATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
170064 TTATTTTTAA-TAATTCTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAATG-TCATAAT
382 TTA-TCTGAATTAACT-TGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTACCACAAAA-AAAA-GATCATAAT
* * * * *
170127 AATTTAAAATAGCTAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATATA
443 AATTTAAAATAGATAATTGTCCAAATAGACATAACTATTAGAA-TTGCTTCAAAAAACAGATATA
* *
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507 GTTTTTAAATCT-CTTACCTAATAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-GA
** *
170254 ATAAAC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCCTAACTATTTGAAAT
570 AT--ACGTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCAAAACAATTTGAAAT
* **
170318 AAAAAATTGCTCAAACAGTCATAACAATTTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTCATTTTATAAATC
632 AAAAAATTGCTCAAACAGTCATAACAATTTAAAATTACTCAGTAAACAGATTCATTTTATAAATC
* *
170383 TTTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
697 TCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
* * * *
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TAAAACAAAAGTTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTG
GTTCAGCAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAAAGTTAATAAATTAG
TATCATTTTCAATCGAATAAGCTTATGTGAACAAAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAAGAT
CAAAACGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTGATTCAATAAACAC
ATTTAGTTTTTAAATTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAA
TTAACTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTACCACAAAAAAAAGATCATAATAATTTAAAATAGA
TAATTGTCCAAATAGACATAACTATTAGAATTGCTTCAAAAAACAGATATAGTTTTTAAATCTCT
TACCTAATAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATACGTTTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCAAAACAATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAGT
CATAACAATTTAAAATTACTCAGTAAACAGATTCATTTTATAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTG
AAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATGTGTTTA
TCACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAAC
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169677 TAGTTTTAAC
* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
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* * *
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* ** * * **
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
*** * * *
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* * * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA
170500 AATAGCAAAT
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TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTAAAA
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176852 AAAAGCTCTT
* *
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* * * *
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* *
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* * * *
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66 TAAAGACTAGCACCCATTATACATCATGTGCACACACCCCCTGGCCCCATTCCCCAACTATTGGA
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131 ACCCTCAATGCCATTGACTAGGTTCTCCA
177179 A
1 A
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ATGCTTTTTTAAGGGGTTGTGAGTTGTTGAGGTTCCTTGAGGGGACAAGGGGCCAATATAAAGGC
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ACCCTCAATGCCATTGACTAGGTTCTCCA
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*
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* *
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** * *
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1 AGACCGATAGTCCAAGGATGG
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Statistics
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AGACCGATAGTCCAAGGATGGGAGACAA
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* *
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GCCAAGCCCATTCACATGTCTA
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** *
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*
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1 TTTATTTATTTATTTT
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Statistics
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1 ATAAAAATTAAC
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1 ATAAAAAT
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Statistics
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ATAAAAATTAAC
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* * *
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*
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* * * **
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * ** * *
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* *
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*
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236239 AAACTTTAAATT
1 AAACTTTAAATT
236251 AAAGATCTGA
Statistics
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Indices: 235891--236250 Score: 454
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* * * * *
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* * * ** *
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*
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* **
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* * * ** * *
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* * * *
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236251 AAAGATCTGA
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 30, Indels: 5
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Done.