Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 69000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 129
Found at i:246004 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 245980--246025 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
245970 ATTTTACCAG
*
245980 TAATAATATAAAATAACAA
1 TAATAAT-TAAAAAAACAA
245999 TAATAATTAAAAAAAC-A
1 TAATAATTAAAAAAACAA
*
246016 TAAAAATTAA
1 TAATAATTAA
246026 CATAAAAAAT
Statistics
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TAATAATTAAAAAAACAA
Found at i:246029 original size:12 final size:12
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246002 TAATTAAAAA
*
246012 AACATAAAAATT
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1 AACATAAAAATC
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1 AA
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Statistics
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13 11 0.44
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Consensus pattern (12 bp):
AACATAAAAATC
Found at i:246869 original size:3 final size:3
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246851 TTTTAAAGAT
* *
246861 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAAA GAA TAA -AA TTA T-A
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-AA TAA TAA TAA TAA TAA
246905 TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA
246917 CAAAAAAAAA
Statistics
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Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:247222 original size:38 final size:38
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247130 AGAGGCAATG
* * * *
247140 AACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCATCAGAGGCAACA
1 AACTTTAAATTCAAAA-GCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
* * **
247179 AACTTTAAATCCAAAAGCTCATTTAACCAAAGGCAATG
1 AACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
*
247217 AACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGTAACA
1 AACTTTAAATTC-AAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
* * * * *
247256 AACTTTAAATGTTAAAAGGCTCCTCTCATCAGAGGCAACA
1 AACTTTAAAT-TCAAAA-GCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
*
247296 AACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAATA
1 AACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
* *
247334 AACTTTAAATTCTAAATCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
1 AACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
247372 AACTTTAAATT
1 AACTTTAAATT
247383 AAAGATCTGA
Statistics
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Consensus pattern (38 bp):
AACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
Found at i:247283 original size:117 final size:115
Alignment explanation
Indices: 247140--247382 Score: 405
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247130 AGAGGCAATG
247140 AACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCATCAGAGGCAACAAACTTTAAATCCAAAAGCTCATTTAA
1 AACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCATCAGAGGCAACAAACTTTAAATCCAAAAGCTCATTTAA
* *
247205 CCAAAGGCAATGAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGTAACA
66 CCAAAGGCAATAAACTTTAAATTC-AAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
* * *
247256 AACTTTAAATGTTAAAAGGCTCCTCTCATCAGAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTA
1 AACTTTAAAT-TCAAAAGGCTCCTCTCATCAGAGGCAACAAACTTTAAATCCAAAAGCTCATTTA
* *
247321 ACCAAAGGCAATAAACTTTAAATTCTAAATCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
65 ACCAAAGGCAATAAACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
247372 AACTTTAAATT
1 AACTTTAAATT
247383 AAAGATCTGA
Statistics
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115 1 0.01
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AACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCATCAGAGGCAACAAACTTTAAATCCAAAAGCTCATTTAA
CCAAAGGCAATAAACTTTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACA
Found at i:252513 original size:10 final size:10
Alignment explanation
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252476 AAAATATTAA
*
252486 TTATTATTAT
1 TTATTATTTT
*
252496 TT-TCATTTT
1 TTATTATTTT
252505 TTATTATTTT
1 TTATTATTTT
252515 TTATTATTTT
1 TTATTATTTT
252525 TT
1 TT
252527 GCATTGTTTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
9 7 0.26
10 20 0.74
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Consensus pattern (10 bp):
TTATTATTTT
Found at i:252917 original size:6 final size:6
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252889 TATTACCAGT
* * * *
252899 AAAATA TAAAATA AAAATA ATAAT- AAAA-A AACATA AAAATC AACATAA
1 AAAATA -AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAAT-A
* * * * *
252947 AAAATC AAAATC AAAATC AAAATGA AAAATA AAAAGA AAAAGA AAAA
1 AAAATA AAAATA AAAATA AAAAT-A AAAATA AAAATA AAAATA AAAA
252994 CCTACGAAAT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 11, Indels: 9
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5 6 0.08
6 52 0.71
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Consensus pattern (6 bp):
AAAATA
Found at i:253234 original size:17 final size:17
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Indices: 253212--253244 Score: 57
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253202 TGCACTGATG
*
253212 GCCGAAAACTTCAAAGT
1 GCCGAAAAATTCAAAGT
253229 GCCGAAAAATTCAAAG
1 GCCGAAAAATTCAAAG
253245 ATTCCCAGAT
Statistics
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17 15 1.00
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Consensus pattern (17 bp):
GCCGAAAAATTCAAAGT
Found at i:277994 original size:45 final size:45
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Indices: 277900--278001 Score: 107
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277890 AAGCTATTTT
* * *
277900 TTGGTATGAGCACTTGCATCAACCACCATCGACACAAGTTGGCCT
1 TTGGTATGAGCACTTGCATCAACCACCATCGACACAAGCTAGCCC
* * * * *
277945 TTGGTATGGGCACTTGCCTCGACCACCATTGGCACATA-CTAGCCC
1 TTGGTATGAGCACTTGCATCAACCACCATCGACACA-AGCTAGCCC
*
277990 TTGGTGTGAGCA
1 TTGGTATGAGCA
278002 TATGCCAACC
Statistics
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45 45 0.98
46 1 0.02
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TTGGTATGAGCACTTGCATCAACCACCATCGACACAAGCTAGCCC
Found at i:279573 original size:398 final size:398
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Indices: 278821--279616 Score: 1216
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278811 ATTGGAGGTG
* * *
278821 TATGCCATTATTGCTTATTGGATGGTAGGGGTAGTCTCATGGACATTGCTTGTGTTTTTCCCATG
1 TATGCCATTATTGCCTATTGGATGGTAGGGGCAGTCTCATGGACATTGCTTATGTTTTTCCCATG
* * * * *
278886 CCAAATAGTTATGGCATGGCCTCGTACATTGTTTCATCTGCTCGCTCGTCAAATAATTGATTGGG
66 CCAAACAGTTATGGCATGGCCTCATACATTGTTTCATCTACTCGCTCGTCAAATAATCGATTGGA
*
278951 TGGTTTATAGACCAGTATGCGTGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAAGAGTGGTGCTACG
131 TGGGTTATAGACCAGTATGCGTGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAAGAGTGGTGCTACG
* **
279016 GTTGTGCATGTTGGTAGGCTTTAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
196 GTTGTGCATGTTGGCAGGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
* * * *
279081 TACCCTTATATGGTCATCATACCTTAGGGGTGCAATTAGGATCTAATGCCACATACCGAAATCAA
261 TACCCCTATATGGTCATCATACCTTAAGGGTGCAATTAGGATCTAAGGCCACATACCAAAATCAA
* * * * * *
279146 TGGAAATCGGATGTTTTGCTATCCCTCATCAATATTATGTCCTTAAAGGCTATGAGTTAGACCTC
326 TGGAAATCGGATGTCTTGCCATACCTCATCAATATTATGTCCTTAAAGGCTACGAGTCAGAACTC
279211 AATCATGC
391 AATCATGC
* * *
279219 TATGCCATTGTTTCCTATTGGATGGTAGGGGCAGTCTCGTGGACATTGCTTATGTTTTTCCCATG
1 TATGCCATTATTGCCTATTGGATGGTAGGGGCAGTCTCATGGACATTGCTTATGTTTTTCCCATG
* * * * * *
279284 CCAAGCAGTTGTGGCATGGCCTCATACATTGTTTCATCTACTTGCTCTTCGAATACTCGATTGGA
66 CCAAACAGTTATGGCATGGCCTCATACATTGTTTCATCTACTCGCTCGTCAAATAATCGATTGGA
* * * *
279349 TGGGTTATAGACCAGTGTGTGTGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTATG
131 TGGGTTATAGACCAGTATGCGTGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAAGAGTGGTGCTACG
279414 GTTGTGCATGTTGGCAGGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
196 GTTGTGCATGTTGGCAGGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
* * * *
279479 TACCCCTATGTGGTCATCATACCTTAAGGGTGCAATTAGGATCTGAGGTCGCATACCAAAATCAA
261 TACCCCTATATGGTCATCATACCTTAAGGGTGCAATTAGGATCTAAGGCCACATACCAAAATCAA
*
279544 TGGAAA-CTGGATGTCTTGCCATACCTCATCAATCTTATGTCCTTAAAGGCTACGAGTCAGAACT
326 TGGAAATC-GGATGTCTTGCCATACCTCATCAATATTATGTCCTTAAAGGCTACGAGTCAGAACT
279608 CAATCATGC
390 CAATCATGC
279617 CTCGTGACCC
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 40, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
397 1 0.00
398 356 1.00
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Consensus pattern (398 bp):
TATGCCATTATTGCCTATTGGATGGTAGGGGCAGTCTCATGGACATTGCTTATGTTTTTCCCATG
CCAAACAGTTATGGCATGGCCTCATACATTGTTTCATCTACTCGCTCGTCAAATAATCGATTGGA
TGGGTTATAGACCAGTATGCGTGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAAGAGTGGTGCTACG
GTTGTGCATGTTGGCAGGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
TACCCCTATATGGTCATCATACCTTAAGGGTGCAATTAGGATCTAAGGCCACATACCAAAATCAA
TGGAAATCGGATGTCTTGCCATACCTCATCAATATTATGTCCTTAAAGGCTACGAGTCAGAACTC
AATCATGC
Found at i:292212 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 292178--292236 Score: 82
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292168 TTCAAGTGGG
*
292178 CCCACACCTAGGTATGACCATGCA
1 CCCACACCTAGGCATGACCATGCA
* *
292202 CCCCCACCTAGGCCTGACCATGCA
1 CCCACACCTAGGCATGACCATGCA
*
292226 CTCACACCTAG
1 CCCACACCTAG
292237 ATCATCAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 30 1.00
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CCCACACCTAGGCATGACCATGCA
Found at i:302581 original size:45 final size:45
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Indices: 302514--302692 Score: 117
Period size: 45 Copynumber: 4.0 Consensus size: 45
302504 GCTGGTTTTG
* **
302514 GTATAGGCACTTGCCTTAACCACCATCAGTATAAGCTAGCCCTTA
1 GTATAGGCACTTACCTCGACCACCATCAGTATAAGCTAGCCCTTA
* * * * *
302559 GTATAGGCATTTACCTCGACCACTA-CTAGTATATGCTAGCACTTG
1 GTATAGGCACTTACCTCGACCACCATC-AGTATAAGCTAGCCCTTA
* * * * * * * * *
302604 GTGTGGGCACTTACCTCTATCAGCATTAGTAGAAGTTGGCCCTTA
1 GTATAGGCACTTACCTCGACCACCATCAGTATAAGCTAGCCCTTA
** * * * * * *
302649 GTGCAAGTAGTTACCTCGACCACCATTAGTACATGCTAGCCCTT
1 GTATAGGCACTTACCTCGACCACCATCAGTATAAGCTAGCCCTT
302693 TTTATGAGCA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 34, Indels: 4
0.72 0.25 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.01
45 97 0.99
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Consensus pattern (45 bp):
GTATAGGCACTTACCTCGACCACCATCAGTATAAGCTAGCCCTTA
Found at i:322191 original size:45 final size:45
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Indices: 322141--322317 Score: 194
Period size: 45 Copynumber: 3.9 Consensus size: 45
322131 AAGTTGGCCT
* *
322141 TTGGTATGAGCACTTGGCTTGACCATCATCGGCATAAGCTAGCCC
1 TTGGTATGAGCACTTGCCTTGACCAACATCGGCATAAGCTAGCCC
* * * *
322186 TTGGTATGGGCACTTGGCTTGACCATCATCGGCATAAGCTGGCCC
1 TTGGTATGAGCACTTGCCTTGACCAACATCGGCATAAGCTAGCCC
* ** * *
322231 TTGGTAT-AGGCATTTGCCTCAACCAACATTGGCATAAGCTGGCCC
1 TTGGTATGA-GCACTTGCCTTGACCAACATCGGCATAAGCTAGCCC
* * * * *
322276 TTGGTGTGAGCACATGCCTTGATCAACATTGGCATAATCTAG
1 TTGGTATGAGCACTTGCCTTGACCAACATCGGCATAAGCTAG
322318 ACCTAGTGTG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 17, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
45 112 0.99
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.25, G:0.25, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
TTGGTATGAGCACTTGCCTTGACCAACATCGGCATAAGCTAGCCC
Found at i:322348 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 322254--322387 Score: 150
Period size: 44 Copynumber: 3.0 Consensus size: 45
322244 TTGCCTCAAC
* * * *
322254 CAACATTGGCATAAGCTGGCCCTTGGTGTGAGCACATGCCTTGAT
1 CAACATTGGCATAATCTAGACCTTAGTGTGAGCACATGCCTTGAT
*
322299 CAACATTGGCATAATCTAGACC-TAGTGTGGGCACATG-CTTCGAT
1 CAACATTGGCATAATCTAGACCTTAGTGTGAGCACATGCCTT-GAT
* ** *
322343 TAACATTGGCATAATCTAGA-CTT-GTACGAGCACATGCCTTAAT
1 CAACATTGGCATAATCTAGACCTTAGTGTGAGCACATGCCTTGAT
322386 CA
1 CA
322388 GTATTCGTAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 11, Indels: 8
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
43 17 0.23
44 39 0.52
45 19 0.25
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
CAACATTGGCATAATCTAGACCTTAGTGTGAGCACATGCCTTGAT
Found at i:347005 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 346743--348330 Score: 1243
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 181
346733 ATCGAGACAA
* * * * *
346743 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATATATATAATTATTCAAAGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG-AA-ATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
346808 ATCATGACTATTTGAACTTCTTCGATAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
346873 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGACTAAGCCTGTATGAATAG
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
346926 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAGTAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
346991 TCATAACAATTTGAACTTGTTTGATCAAGAGATTTATTTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTAT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * **
347056 CTCATTATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAG
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * * * * *
347110 AAA-AAGTCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTCCG-AATAGATAATTATTTAAATA
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * ** *
347173 GTAATAATTATTTAAAATTGTTCAACAAACAAATTCATTTTGGAAATCTCTTAATTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
347238 CAAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACT-G
129 CAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * *
347291 AAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * * * * * *
347355 TCATGACTTTTTGATGTAGTTTGGTAAAC--A--T-TTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * *
347414 AAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCGTGTATGAATAG
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
347466 AAACTATTGTTTTAT-AGCAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAGATAG
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
347530 TCATAACTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * * *
347590 TGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACCTATATGAACAA
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * * *
347643 AAACCTTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * * *
347708 TCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAATAAAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAA-TTTC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * *
347772 TTAAATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTG
130 -AAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
347825 AAAAAAATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * ** * *
347890 TTTTAACTAATTGAA-TTAGTTCGGCAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*** * * ** * *
347954 TGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATAAATAG
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * * * * * *
348007 AAATAATTATTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
348072 CATAACTATTTGAATTTGTT-TAGTAGACATATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTT
* * * *
348136 GAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATG-ATCAA
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * * * * * * * *
348188 AAACAATTGTTATATGACCAACCAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
348253 CATAATTATTTGAA-TTGATTCTATAAACAGATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
*
348313 GAAATATTAATAAATTAG
130 AAAATATTAATAAATTAG
348331 CTTGTATGAA
Statistics
Matches: 1106, Mismatches: 258, Indels: 88
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Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
Found at i:348552 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 348346--350475 Score: 1174
Period size: 180 Copynumber: 11.9 Consensus size: 176
348336 ATGAACTGAA
* * * * * * *
348346 ACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTGATTT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTA
* * *
348410 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGATTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG
66 ATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * *
348475 TATTATTTTAATTTGGATAAGCTT-TAATGAACTGACACAATTATTTTATG
129 TATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGT-ATGAA-TAAAACAATTATTTTATG
* * * *
348525 TCAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACT
* ** * * * **
348590 TATTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTCG-AATGCTAATAAAT
65 AATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-CTCTT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-
* * * *
348654 TTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATG
125 TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTATTTTATG
** * * * ** * *
348707 ATTAAACAAAAAGTGAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTAAAT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTT-GAC
* * * * *
348771 TAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAA-TC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAA
64 TAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** ** * * * *
348834 AATTATTTTTAACTGGATAAGTTTCTATGATTAGAAACAAATATTTTATG
129 TATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATG
* * ** * * ** * *
348884 ACAAAA-TAAAGGTTTTAACAATTTGAGATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACT
* * * *
348948 GATTT-GATAAACATATTTATTGTTTAAA-TCAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAT
65 AATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAACTC--TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * *
349011 TAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAGAAATTGTTTTATG
126 TAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTATTTTATG
* * * * * * * *
349063 ACAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGACT
* ** **
349128 AATTTGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAA-T-TTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGT
65 AATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * * *
349191 ATTATTTTATTTCATCTAAGCTTGCATTAACTAAAACAATTGTTTTATG
130 ATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATG
* ** * * * * * * * * *
349240 GCTCAACAAAAGGTCAGAATGATTTTAAATAGACAATTGTTAAAATAATAATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACT
** * * * ** * *
349305 TCTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTCCAATGTTAATAACTTA
65 AATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
349369 GTATTAATTTATTATAAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATG
128 GTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATG
** * * *
349420 ACTCAAC-AAAAGATCAGAACGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCT-TTTGA
1 ACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTG-
* * *
349483 ACTAATTCT-GTAAAC-AATTTCTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTTA
62 ACTAATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
*** * * *
349546 ATTAGTATTATTTTTAAATCCGAATAAGCTTGTA-CAACAAAACAATT-GTTTACT-
124 ATTAGTATTA-TTTT--ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTA-TG
* * ** * *
349600 ATC-AAAGAAAATGTCATAACGACTTTGAAATAGATTAATCGTGTCATATAGTC-TTACTATTTG
1 A-CAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAGA-TAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * ** * ** * * * * *
349663 AACTGGTTAGAGCAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTTTTGGTTACTAAGTTTTGAAAATATTATT
62 -ACTAATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAA-ACTCTT-CTTATTAATTTTTG-AAATATTAAT
* * * ** * * * ** *
349727 AAATCAGTGGTTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATTAATAGAACCAATCGTTTGATGG
122 AAATTAGT-ATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTAT-G
* * * * * * * * *
349786 CCCAAA-TAAAGGTTATAATGATTTGAAAATAGATAA-TATT-AAATAGTTAAAAATTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTG-A
* * * * ** ** *
349848 ATATTTTGGCAGCCAAATTTACCTTTTAAATCTCTTTCTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
63 CTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC-TTCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* ** * * *
349912 TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATTAATAAAAACAATTTTTTTATG
125 TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTATTTTATG
* * * * *
349966 ACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACT
* * * * * * * *
350031 AGTTCAGTAAATAGAA-TTATATTCTAAA-TC-TCTTATAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA
65 AATTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
350093 TTTTATTCTATTCCAAATAAGCTT-TATGAGTTGAAATAATTATTTTGTG
129 TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
350142 ACAAAACAAAAGGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTCTTCATATAGTCTTAATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AC
** * * * * * *
350206 TGGTTCTA-CAAACGAATTCATTTTTTAAA-TCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATT
64 TAATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* *
350269 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTAA-T-TTTTATG
127 AGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC-AATTATTTTATG
* * * * * *
350320 ATAGAAA-AAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACA-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AC
* * * * * * * * *
350384 TAGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAA-T-GTCTTATTTATTCTTAAAATATTAATAAATTGG
64 TAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*
350447 CATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATG
129 TATTATTTTA-TTT-AAATAAGCTTGTATG
350476 TTGAAATAAA
Statistics
Matches: 1502, Mismatches: 357, Indels: 187
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
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185 22 0.01
186 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTA
ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATG
Found at i:348809 original size:503 final size:504
Alignment explanation
Indices: 347842--348832 Score: 1148
Period size: 503 Copynumber: 2.0 Consensus size: 504
347832 TTGTTTTATG
* * * * **
347842 ACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTAATTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAATT
* * ** *
347907 AGTTCGGCAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTA
66 AGTTCAGCAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
* * * * * *
347972 GTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGACAGAATAAAAGGT
131 GTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * *
348037 TATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAGACAT
196 CATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAGACAA
* *
348102 ATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
261 ATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTAGTAAATTTTGAAAAACTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
348167 CAAATAAGCTTGCATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAACCAAAAGGTAATAACAATTTGAA
326 CAAATAAGCTTGCAAGATCAAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
* * * * *
348232 ATAGATAATCATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCTATAAACAGATTCATTTTTTAAA
391 ATAGATAATCATTGAAATAGCCATAACTATTTAAATTGATTCTACAAACACATTCATTTTTTAAA
348297 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTGTATGAACTGAA
456 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTGTATGAACTGAA
*
348346 ACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATCTG-AT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAAT-TGAAT
* * * *
348408 TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTT-GATTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
65 TAGTTCAGCAAACAAATCTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
* * *
348471 TTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGCTT-TAATGAACT-GACACAATTATTTTATGTCAAAACAA
128 TTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTGT-AT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
348534 AAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTA
191 AAAGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTA
* * * * **
348599 -AGCAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTCG-AATGCTAATAAATTTA-TATT
256 GA-CAAATTTATCTTTT-AAATCTCTTACTTAGTAAATTTT-GAAAAACTAATAAA-TTAGTATT
* * * **
348661 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGAT-ATGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAAAAGTGAA-
317 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGCAAGATCA-AAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAAGT-AAT
* ***
348724 AACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTAAATT-AGTT-TAGCAAACAC
380 AACAATTTGAAATAGATAATCATTGA-AATAGCCATAACTATTTAAATTGA-TTCTA-CAAACAC
* * *
348786 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
442 ATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
348833 AAATTATTTT
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 67, Indels: 29
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
501 3 0.01
502 165 0.41
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504 16 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (504 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAATT
AGTTCAGCAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
GTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
CATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAGACAA
ATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTAGTAAATTTTGAAAAACTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTGCAAGATCAAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
ATAGATAATCATTGAAATAGCCATAACTATTTAAATTGATTCTACAAACACATTCATTTTTTAAA
TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTGTATGAACTGAA
Found at i:349510 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 348349--350475 Score: 1074
Period size: 357 Copynumber: 5.9 Consensus size: 353
348339 AACTGAAACA
* * * * * * * * * * **
348349 AAACAAAAG-TCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCT-GATTTGT
1 AAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAAT
* * *
348412 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGATTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA
66 TTAGTAAACACATTTA-TTTTTTAAA-T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
348477 TTATTTTAATTTGGA-TAAGCTTTAATGAACTGACACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAAGTCA
127 TTATTTT-ATTT-CATTAAGCTTTCATTAACTAAAACAATTATTTTATGGCACAACAAAAGGTCA
* * *
348541 TAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAGCAAAT
190 TAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAAAT
* * *
348606 TTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTCGAATGCTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC
254 TTATTTTTT-AAATCTTTT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-
* * * * * *
348670 CAAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGATT
315 TAAATAAGCTTGTATGAT-TAAAACAATTGTTTTATGACT
* * * * * *
348710 AAACAAAA-AGTGAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTTTTAACTATTTAAATTAG
1 AAACAAAAGA-TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAA
* * * **
348774 TTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAAAATTA
65 TTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * **
348839 TTTTTAACTGGA-TAAG-TTTC-TATGATTAGAAACAAATATTTTAT-G-ACAAAATAAAGGTTT
130 -TTTT-ATTTCATTAAGCTTTCAT-TAACTA-AAACAATTATTTTATGGCACAACA-AAAGGTCA
** * * ** * * *
348899 TAACAATTTGAGATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCGATTTGA-TAAACATA
190 TAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TTTTCAGTAAACAAA
* * * * * * *
348963 TTTATTGTTTAAATCAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTCTTTC
253 TTTATTTTTTAAATC-TTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-
* *
349028 AAATAAGCTTGTATGA-TAAAAGAAATTGTTTTATGACA
316 AAATAAGCTTGTATGATTAAAA-CAATTGTTTTATGACT
* ** * * * * * * * *
349066 AAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAAT
1 AAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAAT
* ** **
349131 TTGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 TTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
349196 TTTATTTCATCTAAGCTTGCATTAACTAAAACAATTGTTTTATGGCTCAACAAAAGGTCAGAATG
131 TTTATTTCAT-TAAGCTTTCATTAACTAAAACAATTATTTTATGGCACAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
349261 ATTTTAAATAGACAATTGTTAAAATAATAATAACTATTTGAACTTCTTCAGCAAACAGATTTATT
195 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAAATTTATT
* * *
349326 TTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTCCAATGTTAATAACTTAGTATTAATTTATTATAAATAA
259 TTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAA
349390 GCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACT
322 GCTTGTATG-ATTAAAACAATTGTTTTATGACT
* * *
349423 CAACAAAAGATCAGAACGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCT-TTTGAACTA
1 AAACAAAAGATCAAAACGATTTG-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-CTATTTAAACTA
* * *
349487 ATTCT-GTAAACA-ATTTCTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTTAATTA
64 ATT-TAGTAAACACATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
349550 GTATTATTTTTAAATCCGAATAAGCTTGT-A-CAAC-AAAACAATTGTTTACTAT--CA-AAGAA
124 GTATTA-TTTT-ATTTC-ATTAAGCTT-TCATTAACTAAAACAATTATTT--TATGGCACAACAA
* * * * * * * **
349609 AATGTCATAACGACTTTGAAATAGATTAATCGTGTCATATAGTC-TTACTATTTGAACTGGTTAG
183 AAGGTCATAATGA-TTTTAAATA-AATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTC
* ** * * * * * ** * * * *
349673 AGCAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTTTTGGTTACTAAGTTTTGAAAATATTATTAAATCAGTGG
243 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAA-TTTTTCAAATGTTAATAAATTAGT-A
* ** * * * * * * * *
349737 TTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATTAATAGAACCAATCGTTTGATGGCCC
305 TTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGATTA-AAACAATTGTTTTAT-GACT
* * * * * * * *
349789 AAA-TAAAGGTTATAATGATTTGAAAATAGATAA-TATT-AAATAGT-TAAAAATTATTTGAAA-
1 AAACAAAAGATCAAAACGATTTG-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCT--TAACTATTT-AAAC
* * * ** * ** *
349849 TATTTTGGCAGCCAAATTTACCTTTTAAATCTCTTTCTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAAT
62 TAATTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAA----TTTCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT
* ** * * * *
349913 TAGTATTATTTTATTTCA-AACAAATTTATATTAA-TAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAA
122 TAGTATTATTTTATTTCATTA-AGCTTT-CATTAACT-AAAACAATTATTTTATGGCACAACAAA
* * * * * * * * * *
349976 AAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAA
184 AGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAA
* * * * ** * * * *
350041 ATAGAA-TTATATTCTAAATC---TCTTATAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCT
248 ACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
350102 ATTCCAAATAAGCTT-TATGAGTTGAAATAATTATTTTGTGACA
312 ATT-TAAATAAGCTTGTATGA-TTAAAACAATTGTTTTATGACT
* * * * * * *
350145 AAACAAAAGGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTCTTC-ATATAGTCTTAATTATTTGAACTG
1 AAACAAAAGATCAAAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTAAACTA
* * * * * *
350208 GTTCTA-CAAACGA-ATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAG
64 ATT-TAGTAAAC-ACATTTATTTTTTAAAT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * *
350271 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAACTAA-T-TTTTATGATAGAAAAAAAGG
125 TATTATTTTA-TTTCATTAAGCTT-TCATTAACTAAAAC-AATTATTTTATGGCACAACAAAAGG
* * ** * * * *
350333 TTACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACA
187 TCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAACA
* * * * * * * *
350398 GATTTATTTTTTAAA---TGTCTTATTTATTCTTAAAATATTAATAAATTGGCATTATTTTATTT
251 AATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
350460 TGAAA-AAGCTTGTATG
315 T-AAATAAGCTTGTATG
350476 TTGAAATAAA
Statistics
Matches: 1346, Mismatches: 325, Indels: 196
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
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367 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
AAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAAT
TTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCATTAAGCTTTCATTAACTAAAACAATTATTTTATGGCACAACAAAAGGTCATAATGA
TTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAACAAATTTATTTT
TTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTT
GTATGATTAAAACAATTGTTTTATGACT
Found at i:350676 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 350655--350687 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
350645 TAATGATTTG
350655 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
350671 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
350688 TGAACTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:350830 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 350476--351499 Score: 655
Period size: 182 Copynumber: 5.7 Consensus size: 177
350466 AGCTTGTATG
* * * * * * * * * * * *
350476 TTGAAATAAACAATTGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGTTAGGTAAACA-AATTATTTT
* * * * * *
350541 TTAAATC-ACTTATTAATTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCTAGACAAACTTAT
65 TTAAATCTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAT
* *
350605 ATGAA--CAAAAACAT-TTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAATGAT
129 ATGAATTCAAAAA-ATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* *
350652 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGTTAGGTAAACA-AATTATTTT
*
350717 TTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATC
65 TTAAATC--TACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATT-AGTTTTATTTTATTCCAAATAAAC
350781 TAGTATGAATTCAAAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
126 TA-TATGAATTCAAAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * *
350834 TTGAAATAGATAATTATTCATATGGTTTTAAATATTTGAATT-GTTTTCA-GCAAGA-AAATTTA
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAG--TT-AGGTAA-ACAAA-TTA
* * ** * * *
350896 TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTGTTATTTTATTCCAAAT
61 TTTTTTAA--ATC-TACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAAT
* *
350961 AAACTTGTATGAA-T--AAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAATGAT
122 AAAC-TATATGAATTCAAAAAAT-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * * * * * *
351015 TTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAATTAAGTCA-GTAAACATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATT-AGTTAGGTAAACA-AATTATTT
* * * ** *
351079 TTTAAATCT-CTTATTAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTGT-TT-TGAATAAGC--
64 TTTAAATCTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTT-TATTCCAAATAAACTA
* * * *** * *
351139 T-TGAACTTTCAAATACA-ATTGTTATATGTTGAAGCAAAAGGTAATAATGAT
128 TATGAA--TTCAAA-AAATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
351190 TTGAAATAGATACATTGTTTGACAT-GATCATAATTATTTGAATT-GATTCGATAAATAAATTCA
1 TTGAAATAGATA-ATT-ATTCAAATAG-TCATAATTATTTGAATTAG-TTAGGTAAACAAATT-A
* * ***
351253 CTTTTTAAATC-ACTTATTAAATTTTAGAATTATTAATAAATTAGGTTTTATTTTATTTGGAATA
61 TTTTTTAAATCTACTTATT-AATTTTA-AAATATTAATAAATTA-GTTTTATTTTATTCCAAATA
* * *
351317 AGCTATA--AATT--GAAAATGATTATTCTATGACAAAA-ACAAAGGTCATAATGAT
123 AACTATATGAATTCAAAAAAT-ATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * **
351369 TTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAATCACTTCGACAAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGTTAG-GTAAACAAA-TTATTT
* * * *
351434 TTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTTATTCCAAATA
64 TTTAAA--TC-TACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGT-TT-TATTTTATTCCAAATA
351499 A
123 A
351500 GCCGTTATTG
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 121, Indels: 116
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 1 0.00
173 1 0.00
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185 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTAGTTAGGTAAACAAATTATTTTT
TAAATCTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTATAT
GAATTCAAAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
Found at i:357781 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 357460--359042 Score: 1033
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 179
357450 ATCGAGACAA
* * * *
357460 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATATATATAATTATTCAAAG-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG-AA-ATAGATAATTATTC-AAGT
* * * * * *
357524 AATCATGACTATTTGAACTTCTTCGATAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
63 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* *
357589 C-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGACTAAGCCTGTATGAATAG
127 CTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGAATAG
* * *
357641 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA-ATAATTATTCAAGTAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAG
* * * *
357705 TCATAACAATTTGAACTTGTTTGATCAAGAGATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTATC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TC
* * ** ** *
357770 TCATTATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAG
128 TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCGAATAAGCCTGTATGAATAG
* ** * * * * * * * *
357823 AAA-AAGTCATTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTCCG-AATAGATAATTATTTTAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTA-TTCAAGTA
* * * * ** * * ** * *
357886 GTAATAATTATTTAAAATTGTTCAACAAACAAATTCATTTTGGAAATCTCTTAATTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT
* * * * ** *
357951 CAAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACT-G
127 CTAAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGAA-TAG
* * * *
358004 AAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAGTA
* * ** * * * * *
358068 GTCATGACTTTTTGATGTAGTTTGGTAA-ACA-TT-TTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT
* * *
358129 AAAAATGTTAATAAATTAATATTA-TTTAATCCGAATAAGCGTGTATG-ATAG
129 --AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGAATAG
* * * * *
358180 AAACTATTGTTTTTAT-AGC-AAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAGAT
1 AAACAATTG-TTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAG-T
*
358242 AGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
63 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * * * *
358302 TTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACCTATATGAACAA
126 TCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGAATAG
** * * * *
358357 AAACCTTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACA-TA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AGTA
* ** * * * * * *
358421 GTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAATAAAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTC
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTC
** * * *
358486 TTAAATATTAATAAATGCATTTTATTTTATTCTGAATAAG-CTAGTATGAATTG
128 -TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCT-GTATGAATAG
* * * *
358539 AAAAAATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATA-TAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AGTAG
** * * * * *
358603 TTTTAACTAATTGAA-TTAGTTCGGCA-AACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTT-TG-ATAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * ** * * *
358666 TTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATAAATAG
127 CT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGAATAG
* * * * * * * * * * * * *
358720 AAATAATTATTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGT
* * * *
358785 CATAACTATTTGAATTTGTTT-AGTAGACATATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTT-
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTC
* * * * * *
358848 TGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATG-ATCAA
128 T-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGAAT-AG
* * * * * * * * * * *
358901 AAACAATTGTTATATGACCAACCAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGT
* * * *
358966 CATAATTATTTGAA-TTGATTCT-ATAAACAGATTCATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TT-TGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTC
359025 TGAAATATTAATAAATTA
128 T-AAATATTAATAAATTA
359043 GCTTGTATGA
Statistics
Matches: 1096, Mismatches: 247, Indels: 122
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 42 0.04
176 83 0.08
177 90 0.08
178 90 0.08
179 40 0.04
180 70 0.06
181 423 0.39
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183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGAATAG
Found at i:358061 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 358035--358068 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
358025 ACAAAAGATC
*
358035 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTCAAATAG
*
358052 ATAATTATTTCAAATAG
1 ATAATGATTTCAAATAG
358069 TCATGACTTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTCAAATAG
Found at i:359265 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 359059--361182 Score: 1313
Period size: 180 Copynumber: 11.9 Consensus size: 179
359049 ATGAACTGAA
* * * * * *
359059 ACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTG-ATT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
359122 TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGATTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
66 TATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * * *
359187 GTATTATTTTAATTTGGATAAGCTT-TAATGAACTGACACAATTATTTTATG
129 GTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTAATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
359238 TCAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * **
359303 TATTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTCG-AATGCTAATAAAT
66 TATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-CTCTT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-
* * * *
359367 TTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAA-GATA-TGAAACAAATATTTTATG
126 TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATG
** * * * **
359420 ATTAAACAAAAAGTGAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTGAA-
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
359483 TTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAA-TC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
65 TT-ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** ** ** * * * * *
359546 AAATTATTTTTAACTGGATAAGTTTCT-ATG-ATTAGAAACAAATATTTTATG
129 GTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTAATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG
* * ** * * ** * *
359597 ACAAAA-TAAAGGTTTTAACAATTTGAGATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
359661 GATTT-GATAAACATATTTATTGTTTAAA-TCAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAT
66 TATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAACTC--TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* *
359724 TAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGT-ATG-A-TAAAAGAAATTGTTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTAATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
359776 ACAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** **
359841 AATTTGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAA-T-TTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGT
66 TATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * *
359904 ATTATTTTATTTCATCTAAGCTTG-CATTAACTAAAACAATTGTTTTATG
131 ATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTAATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * * * * * *
359953 GCTCAACAAAAGGTCAGAATGATTTTAAATAGACAATTGTTAAAATAATAATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** * *
360018 TCTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTCCAATGTTAATAACTTA
66 TATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
360082 GTATTAATTTATTATAAATAAGCTTGT-ATGAATTAAAACAATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
** * * *
360133 ACTCAAC-AAAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCT-TTTGAA
1 ACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA
* *
360196 CTAATTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
64 CTTATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*** *
360260 TTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACA--AAC-AAAACAATTGTTTTA-C
126 TTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTA-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * *
360312 ATCAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC
1 A-CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * ** * ** * * * * * *
360377 -TGGTTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTGGTTACTAAGTTTTGAAATATTATTAAATC
65 TTATTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * ** * * * * *
360441 AGTGTTATTTTATTCTGAATAAAATAGT-ATTAA-TAGAACCAATCGTTTGATG
128 AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAATGAACTA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
360493 GCAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAAATATTTGAA-A
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** * *
360557 TATTTTGGCAAGCAAATTTACCTTTTAAATCTCTTTCTAATTAA-TTTCGCTAAATATTAATAAA
66 TA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTC-TTCTTATTAATTTTTG--AAATATTAATAAA
* * ** * * * *
360621 -TAGTATTATTTTATTCAAACAAATTTATATTTAA-TAAAAACAATTTTTTTATG
126 TTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTAATGAACT-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
360674 ACAAAACAAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGAT-ATTTTTTAAATAGTTATAGATTATTTGAA
1 ACAAAAC-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAA
* * * * *
360738 C-TAGTTCAGTAAATAGGAA-TTATATTCTAAA-TC-TCTTA-TAATTTTAGAAATA-TAATAAA
64 CTTA-TTTAGTAAACA--AATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * ** * * * *
360797 TTAATTTTATTCTATTCCAAATTAAGCTT-TTATGAGTTGAAATAATTATTTTGTG
126 TTAGTATTATTTTATT-TAAA-TAAGCTTGTAATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
360852 ACAAAACAAAAGGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTCTTCATATAGTCTTAATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
360916 TGGTTCTA-CAAACGAATTCA-TTTTTAAA-TCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATT
65 TTATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* *
360978 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAACTAA-T-TTTTATG
128 AGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAATGAACTAAAAC-AATTGTTTTATG
* * * * * *
361029 ATAGAAA-AAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACA-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
361093 -TAGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAA-T-GTCTTATTTATTCTTAAAATATTAATAAATTG
65 TTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*
361155 GCATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTA
129 GTATTATTTTA-TTT-AAATAAGCTTGTA
361183 TGTTGAAATA
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 338, Indels: 188
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 12 0.01
176 183 0.12
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181 145 0.10
182 186 0.12
183 18 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTAATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
Found at i:359514 original size:503 final size:504
Alignment explanation
Indices: 358555--359545 Score: 1164
Period size: 503 Copynumber: 2.0 Consensus size: 504
358545 TTGTTTTATG
* * * * **
358555 ACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTAATTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAATT
* * ** *
358620 AGTTCGGCAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTA
66 AGTTCAGCAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
* * * * * *
358685 GTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGACAGAATAAAAGGT
131 GTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * *
358750 TATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAGACAT
196 CATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAGACAA
* *
358815 ATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
261 ATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTAGTAAATTTTGAAAAACTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
358880 CAAATAAGCTTGCATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAACCAAAAGGTAATAACAATTTGAA
326 CAAATAAGCTTGCAAGATCAAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
* * * *
358945 ATAGATAATCATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCTATAAACAGATTCATTTTTTAAA
391 ATAGATAATCATTGAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCTACAAACACATTCATTTTTTAAA
359010 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTGTATGAACTGAA
456 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTGTATGAACTGAA
*
359059 ACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATCTG-AT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAAT-TGAAT
* * * *
359121 TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTT-GATTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
65 TAGTTCAGCAAACAAATCTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
* * *
359184 TTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGCTT-TAATGAACT-GACACAATTATTTTATGTCAAAACAA
128 TTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTGT-AT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
359247 AAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTA
191 AAAGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTA
* * * * **
359312 -AGCAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTCG-AATGCTAATAAATTTA-TATT
256 GA-CAAATTTATCTTTT-AAATCTCTTACTTAGTAAATTTT-GAAAAACTAATAAA-TTAGTATT
* * * **
359374 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGAT-ATGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAAAAGTGAA-
317 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGCAAGATCA-AAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAAGT-AAT
* *** *
359437 AACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTT-TAGCAAACACA
380 AACAATTTGAAATAGATAATCATTGA-AATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCTA-CAAACACA
* * *
359500 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
443 TTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
359546 AAATTATTTT
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 67, Indels: 27
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
501 3 0.01
502 164 0.40
503 224 0.55
504 16 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (504 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAATT
AGTTCAGCAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
GTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
CATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAGACAA
ATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTAGTAAATTTTGAAAAACTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTGCAAGATCAAAAACAAATATTATATGACCAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
ATAGATAATCATTGAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCTACAAACACATTCATTTTTTAAA
TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTGTATGAACTGAA
Found at i:360286 original size:537 final size:534
Alignment explanation
Indices: 359067--360377 Score: 1240
Period size: 537 Copynumber: 2.4 Consensus size: 534
359057 AAACAAAACA
* * * * * ****
359067 AAAG-TCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTG-ATTTGTTTAGT
1 AAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTT-GT
*
359130 AAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGA-TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTA
65 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
359193 TTTTAATTTGGATAAGCTT-TAATGAACTGACACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAA
128 TTTTAATTCGAATAAGCTTGT-ATG-A-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * *
359257 TGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAGCAAATTTA
190 TGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTA
* *
359322 TTTTTTCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTCGAATGCTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAA
255 TTTTTTCAAA--TTTTGCTTAGTAATTTTACGAATACTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAA
* * * *
359387 TAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAAAAGTGAAAACAATTTGAAATAG
318 TAAGCTTGCAAGATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAG
* * * ** * *
359452 ATAATTATTATAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
383 ACAATTATTAAAATAATAATAACTATTTGAATTGCTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** *
359517 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAAAATTATTTTTAACTGGATAAGTTTCTATGATTAGA
448 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTTAACTAAATAAGCTTCTATGATTAGA
359582 AACAAATATTTTATGACAAAAT
513 AACAAATATTTTATGACAAAAT
* *** * ** * *
359604 AAAGGTTTTAACAATTTGAGATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCGATTTGAT
1 AAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTTG-T
* * ** *
359669 AAACATATTTATTGTTTAAATCAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATT
65 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * *
359734 TTCTTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAGAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGAT
130 TTAATTCGAATAAGCTTGTATGATAAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
* * * * **
359799 TTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGGTTTATTTT
194 TTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * **
359864 TT-AAA-TTT-CTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCATCTAAG
259 TTCAAATTTTGCTTAGTAATTTTACG-AATACTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAG
** * * * * * * ** *
359924 CTTGCATTA-ACTAAAACAATTGTTTTATGGCTCAACAAAAGGTCAGAATGATTTTAAATAGACA
322 CTTGCAAGATA-TAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGACA
* *
359988 ATTGTTAAAATAATAATAACTATTTGAACTT-CTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
386 ATTATTAAAATAATAATAACTATTTGAA-TTGCTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--
* * * ** *
360052 TCTTATTAA-TTTTCCAATGTTAATAACTTAGTATTAATTTATT-A-TAAATAAGCTTGTATGAA
446 TCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAAAATT-ATTT-TTAACTAAATAAGCTTCTATG-A
* * *
360114 TTA-AAACAATTGTTTTATGACTCAACA-
508 TTAGAAACAAATATTTTATGA--CAAAAT
* * * *
360141 AAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCT-TTTGAACTAATTCTG
1 AAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACCAATT-TG
*
360205 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
64 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
360270 TTTAATCCGAATAAGCTTGTA-CAAACAAAACAATTGTTTTA-CATCAAAAGAAAATGTCATAAC
129 TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAA-AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * *
360333 GATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT
191 GATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
360378 GGTTAGGCAA
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 125, Indels: 50
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
532 8 0.01
533 128 0.21
534 5 0.01
535 2 0.00
536 50 0.08
537 215 0.34
538 147 0.24
539 68 0.11
540 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
AAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTTGTA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TAATTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
CAAATTTTGCTTAGTAATTTTACGAATACTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
CAAGATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGACAATTAT
TAAAATAATAATAACTATTTGAATTGCTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
TTTTCAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTTAACTAAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAAATA
TTTTATGACAAAAT
Found at i:361299 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 361052--361300 Score: 338
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
361042 TTACAACAAT
* * *
361052 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATTTATTTT
1 TTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATTTAATTT
** * * *
361117 TTAAATGTCTTATTTATTCTTAAAATATTAATAAATTGGCATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGT
66 TTAAATCACTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAAAAAGCTTGT
361182 ATG
131 ATG
* * * * *
361185 TTGAAATAAACAATTGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAACAGATTTAATT
* * *
361249 TTTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATT
65 TTTAAATCACTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT
361301 CTAGACAAAC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 16, Indels: 2
0.85 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
132 1 0.01
133 98 0.99
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (133 bp):
TTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATTTAATTT
TTAAATCACTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAAAAAGCTTGT
ATG
Found at i:361386 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 361365--361397 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
361355 TAATGATTTG
361365 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
361381 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
361398 TGAACTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:361802 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 361257--366010 Score: 2756
Period size: 181 Copynumber: 26.7 Consensus size: 180
361247 TTTTTAAATC
* * * * *
361257 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCTAGACA-AA-CTTATATGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CGA-ATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
361320 CAAAAACATTTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
64 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
361385 AGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTTTT
129 AGTCATAATTATTTGAATTAGTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * * *
361438 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-
* *
361502 TCAAAAA-ATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT
64 T-AAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * * *
361566 ATGGTTTTAAATATTTGAATT-GTTTCAGCAAGA-AAATTTATTTTTTAATTCTCTT
127 ATAGTCATAATTATTTGAATTAG--TCAGTAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
361621 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * ** *
361686 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAG
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
361751 TCAAAACTATATGAATTAAGTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAA--TC-T
131 TCATAATTATTTGAATT-AGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * *
361799 -CTTATTAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGAACT--TT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-TGAAT
* * *** * * * * *
361860 CAAATACAATTGTTATATGTTGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACAT
65 -AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
361925 -GATCATAATTATTTGAATTGATTC-GATAAATAAATTCACTTTTTAAA--TC--
129 AG-TCATAATTATTTGAATT-AGTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ** *
361974 ACTTATTAAATTTTGAATTATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTGGAATAAGC-T-TA--AATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * *
362035 GAAATGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
362100 TCTTAATTGTTTAAATCACTTC-GACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAT
131 TCATAATTATTTGAATTA-GTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
362151 AGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * * * *
362215 T-AAAATAATT-ATTTATAACAGAACAATAGGTTATAA-CAATTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** *
362277 AG----GA--ACTCG---T--TCAGTAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCCT
129 AGTCATAATTATTTGAATTAGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** *
362318 AGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT-AATG
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * *
362382 AAAAACAATTGTTTTATGACAGAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** ** * * *
362446 GTCTATAATTATTTGAA-CCGATTTGATAAACTAACTTATTTTTTAAATCTCTA
130 GTC-ATAATTATTTGAATTAG-TCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
362499 ACTTATCAATTTTTGAAATATTTATAAAGTAATATTATTTTA-TCTCGAATAAGCTTTTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
362563 T-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAT
64 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
362627 CA-TTAT-ATCTATTTGAA-CATGTACAGTGAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT
129 -AGTCATAAT-TATTTGAATTA-GT-CAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* * * * * *
362681 A-TGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAA
1 ACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * **
362744 CAAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGATATAGATAATTATTTTAA
64 -TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** *
362809 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCTA-TAAACGCATTTATGTTTTAAATCTCTT
128 TAGTCATAATTATTTGAATTAG-TC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
362863 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTGATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGGATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * *
362928 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCAT-A--A-CT---AT---T-ATTGTTCAAATA
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * *
362980 CTCATAATTATTTGAATTGGTTCAACAAATAGATTT-TATTTTTAAA--T-TT
130 GTCATAATTATTTGAATTAG-TCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTT
* * *
363029 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTATAAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTGTATGAAT
* * * ** * * * *
363092 AGACATAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATAATTCAAAT
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * * * * * **
363156 GGACATGACCATTTGAACTT-GTTAGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCA
129 AGTCATAATTATTTGAA-TTAGTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
363209 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT
** * * * *
363273 GGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTGATATAAATAATTATTCAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * *
363338 GTCATAACTATTTGAACTCCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
130 GTCATAATTATTTGAATTAGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * * * *
363389 ACTTTATTAATTTTTG-GTTTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTTATGAAC
1 AC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
363453 AAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGCTAATTATTCAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
363518 GTCATAACTATTTCAATGT-GTTCA-AAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTT
130 GTCATAATTATTTGAAT-TAG-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
363568 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTGGCATGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAA
* * * *
363631 -ATGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT-AA
64 TA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * * * * * *
363693 GATAGTTATAATTATTTGAACAAGTTCGGCAAACAGATTCATTTTTTAATTTTCTT
127 -ATAGTCATAATTATTTGAATTAG-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
363749 ACTGATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTATATTAGT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAAT
** * * ** * *
363812 TGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACGATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
363877 GTCATAACTATTTGAACTTATTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
130 GTCATAATTATTTGAA-TTAGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
363929 ATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
363994 AAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAA
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * *
364059 TCATAAAGATTTGAACTTATTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT
131 TCATAATTATTTGAA-TTAGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
364109 ACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAGTT-GTATTATTTTATT-AGAAATAATCTTGTATG
1 ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATG
* ** * * * * *
364170 AATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAGTCATTTCAAATAGATAATTGTTA
62 AAT--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
364233 AAATAGTCATAATTATTTAAACTT-GTTC-GATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT
125 AAATAGTCATAATTATTTGAA-TTAG-TCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ** * * *
364290 AATTATTAA-ATTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCCTATATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * ** *
364354 T-AAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAAT
64 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * ** * * *
364418 AGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTTAATAAACATATTTGCTTTTGAAATTTTTT
129 AGTCATAATTATTTGAAT-TAG-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
364471 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATATGCTTATATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT
** * * * * * * * **
364535 AGGAACTATTATTTTATGATAGAAAAAAAAGAT-ATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
65 AAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * **
364599 AGTCATTATTATTTGAAATAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T
129 AGTCATAATTATTTGAATTAG-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * * *
364649 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAGATTAGTATTTTTTTTATTTCGAACAAGCTTATATTAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
364713 AAAAACATTTGTTTTATGATAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGGTAATTATTCAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
364778 GTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTT
130 GTCATAATTATTTGAATTAGTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * **
364830 ACATATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAATATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-
* * *
364894 TGAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAA----ACAAT--TTT-AAATAGATAATTGTT-AAT
64 T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-
* * * * * *
364950 ATAGTCTTAATTATTAT-AACTAGTTC-GACAAATAAATTTATTTTTCAAATATCTT
127 ATAGTCATAATTATT-TGAATTAG-TCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
365005 AGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGCATTATTCTT-TTTCGAATAAGCTTGTAAGAA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
365068 CAGAAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAAT
64 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * *
365133 AGTCATAATTATTTAAACTGGTTC-GATAAACATCTCTTATTAATTTTTGAAAGAT-TAATA
129 AGTCATAATTATTTGAATTAG-TCAG-TAAACAAAT-TTA-T--TTTTT--AA-ATCT-CTT
* * * * * * * ** *** * * *
365193 AATTA-GAATTATTT-TATTCTGAATAAACTT-GTATGA-TAAAAAAC-AAT-TG-TTATATGAC
1 ACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * **** * ** *
365251 CAAACAA-AA--G-GTAATAACGATTTGAAATA-G--ATAATTA-TTGAAAT-GACCATAATT--
64 TAAA-AACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * *** * * *
365305 -AT--T--TAA--A-CTG-ATT--T-GGTAAATGGATTCACTTTTTAAATCACTT
126 AATAGTCATAATTATTTGAATTAGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
365348 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATGAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-T
* *** ** * *
365413 -AAAACAATTATTTTGCAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * ** * *
365477 GTCATAGGTATTTGAATTTGTTTGGCAAA-AGAATTTATTTTTTTTAA-CTCTT
130 GTCATAATTATTTGAATTAG-TCAGTAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * ** * *
365529 ACTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * *
365594 -GAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTT-TAATAAACAATTGTTCAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
365657 GTCATAACTATTTAAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTT
130 GTCATAATTATTTGAA-TTAG-TCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* * * * ** *
365710 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAG-AT
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * ** *
365773 ATGAAACAAATATTTTATGACTAAACCAAAGGTCAAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
65 A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * * *** * * * *
365838 TAGTTTTAACTATTTAAACCGGTTCAGCAAACACAA-TTATATTATAAATTTCTT
128 TAGTCATAATTATTTGAATTAG-TCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** *
365892 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATATTTAATT--GAATACCCTTCTATG-A
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** *
365954 TCAGAATCAATTATTTTATAACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAAATTGATAATT
64 T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
366011 TTCTTGGTTA
Statistics
Matches: 3552, Mismatches: 780, Indels: 483
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
155 12 0.00
156 19 0.01
157 3 0.00
158 8 0.00
159 3 0.00
160 12 0.00
161 3 0.00
162 10 0.00
163 6 0.00
164 9 0.00
165 80 0.02
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171 1 0.00
172 2 0.00
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179 185 0.05
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185 7 0.00
186 2 0.00
187 18 0.01
188 12 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAATTATTTGAATTAGTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:361917 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 361185--362101 Score: 456
Period size: 176 Copynumber: 5.2 Consensus size: 173
361175 AGCTTGTATG
* * * * * * * * * * *
361185 TTGAAATAAACAATTGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAATTAAG-TCGATAAATAAATTCACTT
* * * * * *
361249 TTTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCTAGACA-AA-CT
65 TTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGGA-ATAAGCT
* * * * * * * *
361312 TATATGAACAAAAACATTTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAATGAT
128 TAAAT--TCAAATA-A-TTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
* * * * * * * * * *
361362 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GGTTAGGTAAACAGAATT-ATT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAATTAAG-TCGATAAATA-AATTCACT
* * * ***
361425 TTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAAT
64 TTTTAAATC----ACTTATTAAATTTT-GAAAGATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGGAAT
* * * * *
361488 AATCTAGTATGAATTCAAAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
123 AAGCT--TA--AATTC-AAATA-ATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
* * * ** * *** * * *
361545 TTGAAATAGATAATTATTCATATGGTTTTAAA-TATTTGAATTGTTTCAGCA-AGA-AAATTTAT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAAAACTATATGAATTAAGTC-G-ATAAATAAATTCAC
* * * * * * * ***
361607 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTGTTATTTTATTCCAAATA
63 TTTTTAAATCACTTA-TTA--AA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATA
* ** * * *
361672 AACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
124 AGC-T-TA--AATTCAAATAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
* * ** * * *
361726 TTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAATTAAGTC-AGTAAATATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAATTAAGTCGA-TAAATAAATTCACTT
* * *
361790 TTTAAATCTCTTATT-AATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTG
65 TTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTT-
* *** *
361854 AACTTTCAAATACAATTGTTATATGTTGAAGCAAAAGGTAATAATGAT
129 AA-ATTCAAAT--AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
* * * * * * *
361902 TTGAAATAGATAATTGTTGACAT-GATCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATAAATTCACTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAAAACTATATGAATTAAGTCGATAAATAAATTCACTT
** *
361966 TTTAAATCACTTATTAAATTTTGAATTATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTGGAATAAGCTTA
65 TTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTA
* * * *
362031 AATTGAAATGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
130 AATTCAAATAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
* *
362075 TTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
362102 TTAATTGTTT
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 115, Indels: 80
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 51 0.09
174 7 0.01
175 9 0.02
176 124 0.21
177 102 0.17
178 4 0.01
179 5 0.01
180 18 0.03
181 117 0.20
182 10 0.02
183 121 0.21
184 17 0.03
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAATTAAGTCGATAAATAAATTCACTTT
TTAAATCACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTAA
ATTCAAATAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
Found at i:362135 original size:530 final size:523
Alignment explanation
Indices: 361241--362621 Score: 1309
Period size: 530 Copynumber: 2.6 Consensus size: 523
361231 TGATAAATAG
* * * * * * *
361241 ATTTAATTTTTAAATC-AC-TTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TT
* * * * * * * * *
361304 GACA-AA-CTTATATGAA-CAAAAACATTTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
65 GA-ATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTATATGACAGAAGAAAAGGTAATAACGATTTGA
* * * * *
361366 AATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAC-AGAATTATTTTTT
128 AATAGATAATTATTCAAAT-GTCTATAATTATTTGAACCGATTCGATAAACTA-AATTACTTTTT
** * * * * * * *
361429 AAATCTTTTACTTAT-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTAT-TCCAAATAATC
191 AAA-C-TCAACTTATCAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATCT-CGAATAAGC
* * * * *
361492 TAGTATGAATTCAAAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
252 T-TTA-GAACT-AAAACA-ATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * *** * *
361557 ATTATTCATATGGTTTTAAATATTTGAATTGTTTCAGCAAGAAAATTTATTTTTTAATTCTCTTA
313 ATTATTCATATAGTCTTAAATATTTAAATCACTTCAGCAAGAAAATTTATTTTTTAAATCTCATA
** * * *
361622 GTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TA
378 GTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACT-
* * * * **
361686 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAG
442 AAAATAATTA-TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA-CAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
361751 TCAAAACTATATGAATTAAGTCAGTAAAT-A
505 ---AAAC--T-CG---T---TCAGTAAATGA
*
361781 TATTTATTTTTTAAATCT-C-TTATTAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTT
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCCATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** *
361843 GAATAAGCTTGA-ACT-TTCAAATACAATTGTTATATG-TTGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTG
65 GAATAAGCTT-ATA-TAATCAAAAACAATTGTTATATGACAGAAG-AAAAGGTAATAACGATTTG
* * * **
361905 AAATAGATAATTGTTGACATGATC-ATAATTATTTGAATTGATTCGATAAA-TAAATTCACTTTT
127 AAATAGATAATTATTCAAATG-TCTATAATTATTTGAACCGATTCGATAAACTAAATT-ACTTTT
* * * * * * *
361968 TAAA-TC-ACTTATTAAATTTTGAATTATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTGGAATAAGC-TT
190 TAAACTCAACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTT
* * **
362030 A-AATTGAAATGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
255 AGAACTAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
362094 ATATAGTCTTAATTGTTTAAATCACTTC-GACAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTAT
320 ATATAGTCTTAAATATTTAAATCACTTCAG-CAAGA-AAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTAT
* *
362157 TAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATA
383 TAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTAAAATA
* * * *
362222 ATTATTTATAACAGAACAATAGGTTATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAACTCGT
448 ATTATTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAACTCGT
362287 TCAGTAAATGA
513 TCAGTAAATGA
*
362298 ATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCC-A-TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
362363 TGAATAAGCTTATATAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAGAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAA
64 TGAATAAGCTTATATAATCAAAAACAATTGTTATATGACAGAAGAAAAGGTAATAACGATTTGAA
* * *
362428 ATAGATAATTATTCAAATGTCTATAATTATTTGAACCGATTTGATAAACTAACTTATTTTTTAAA
129 ATAGATAATTATTCAAATGTCTATAATTATTTGAACCGATTCGATAAACTAAATTACTTTTTAAA
* *
362493 TCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTTATAAAGTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTTTA
194 -CTC-AACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATCTCGAATAAGC-TTTA
* * * * *
362558 TGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGTTATTTTAAATAGATAATTATT
256 -GAACTAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
362622 TAAATCATTA
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 106, Indels: 80
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
516 26 0.04
517 2 0.00
519 1 0.00
520 11 0.02
521 128 0.18
522 10 0.01
523 3 0.00
525 48 0.07
527 3 0.00
528 22 0.03
529 77 0.11
530 160 0.23
531 4 0.01
532 4 0.01
534 2 0.00
536 37 0.05
537 8 0.01
538 1 0.00
539 12 0.02
540 116 0.17
541 25 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (523 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
AATAAGCTTATATAATCAAAAACAATTGTTATATGACAGAAGAAAAGGTAATAACGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATGTCTATAATTATTTGAACCGATTCGATAAACTAAATTACTTTTTAAACT
CAACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTTAGAACT
AAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
TCTTAAATATTTAAATCACTTCAGCAAGAAAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTC
AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTAAAATAATTATTTA
TAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAACTCGTTCAGTAAA
TGA
Found at i:363510 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 362279--370093 Score: 2469
Period size: 181 Copynumber: 43.0 Consensus size: 180
362269 GTTCAAATAG
* * ** ** *
362279 GAACTCGTTCAGTAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
* * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 GAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACT-TATTAAT-TTTTGA-ATATT
* * * * * * *
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* ** ** * * * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
* * * * * * *
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65 AATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
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129 AA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *** * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * **
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* * * ** *
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* * *
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129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** ** * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTGAATATTAATA
* * * * *
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65 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * *
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130 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * *
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1 GAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
*** * *
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* * * *
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126 ACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTT
** * * * * * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATA
* * * * ** * *
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65 AATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * *
363838 AAAGGTCACGATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * *
363890 GAACTTATTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATA
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
* * * * * *
363955 AATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATAGTTTTATGACAAAACAA
65 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * **
364020 AAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAATCATAAAGATTT
130 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
364071 GAACTTATTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAAT
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAAT
* * * * **
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* * * * * *
364197 AACAAAAGGT--TAGTCATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTT
125 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * **
364251 AAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCAGAATATTAATA
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* * * * * *
364316 AATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCCTATATGAACT-AAAATAATTTTTTTATGACAAAACC
65 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * *
364380 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTT
129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *** * ** * * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
* * ** * * * *
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* * * ** * *
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129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
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* * * * * * * *
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65 AATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
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** * * * * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
* * * *
364856 AATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAATATGAATTGAAAAA-AATTATTTTATGACAAAA
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* * * *
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127 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATT-T
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * * * * * * *
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65 AATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
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129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** ** * * * * *
365147 AAACTGGTTCGATAAACATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA-GAATTATTTTATT
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAAT-TTA-T--TTTTT-AAATCTT--TTACTTATTAATT-TTTGAAT
* * * ** *** * ** * * *
365211 CTGAATAAACTT-GTATGA-TAAAAAAC-AAT-TG-TTATATGACCAAACAA-AA--G-GTAATA
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121 AC-AAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * * ** *
365314 G-A--T-TT-GGTAAATGGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATG
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * ***
365374 AATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTGCAACAAAACA
65 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * **
365438 AAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAGGTATTT
129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
365490 GAATTTGTTTGGCAAA-AGAATTTATTTTTTTTAA-CTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAA
1 GAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAA
* * * * * *
365553 GAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAA
63 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
365617 CAAAAGTTCATAATGATTT-TAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
127 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
365670 AAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAAT
* * * * * * * * *
365735 AAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
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365799 CAAAGGTCAAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT
128 AAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * *
365853 AAACCGGTTCAGCAAACACAA-TTATATTATAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
1 GAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAA
* ** * * * * *
365916 TAAATTAGTATTATATTTAATT-GAATACCCTTCTATG-ATCAGAATCAATTATTTTATAACAAA
63 TAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * * * *
365979 AC-AAAGATTTTAATGATTTGAAATTGATAATT-TTC--TTGGTTATTAA--GTTT
126 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTT
* ** * ** ** * * * * * * **
366029 CAAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAAAATAAATAGAACCAATTGTT
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAAT-TTATTTT-TT--AAAT---CT---TTTACT--TATTAATT-TT
* ** ** ** * * *
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53 TGA--ATATTAAT-AAA--TTAGT-ATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAATA---AAAA
* * * * * ** * * * *
366154 CTATT-TAAAATGGTGTGGC-AAA-AAAA-TTCACTTTTTAAATCTCT-TACTA-ATTAATTTTT
108 CAATTGT----T-TTATGACAAAACAAAAGGTCA--TAAT-GAT-T-TGAAATAGA-TAATTATT
* * * *
366213 TAAATATTAATAA--ATTA
162 CAAATAGTCATAACTATTT
* * * *** * * * * **** * *
366230 GTATTTTTTATTTTGACCAAACTTA--TATT-AA-CAAAAAC-AATT-ATTTTATGACA-A-CAA
1 GAACTTGTT-CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGA-ATATTAA
* * * * ** * * * ** *
366287 -AAAGTAATAATGATTTAAAATAG-ATAATTG-TTCAAATAGTTATAATTACTTGAACTAGTTTG
63 TAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAA--GCTT-ATAT-G-AATAAAAAC---AA-TTGTTT-
** * ** * * * *
366349 GTAAATAGA-ATTATCTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATA-TTAA-TA---AATTA
117 -T--AT-GACA--A--AACAAAAGGTC--A-TAAT-GA--TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** *
366408 GTTTTATTCTATTCT
168 GTCATA-ACTATT-T
* * * ** ** ** * * * * * *
366423 GAA--TGCTCTTGTAGGAGCTGAAATAAAAGTCATAACA-CTTTGAAATAAAATAATTGTTCATA
1 GAACTTGTTC-GGTA--AAC--AAATTTATTTTTTAA-ATCTTT-TACT-TATTAATTTTTGA-A
* ** ** ** ** ** * * * *
366485 TAGTCTTAACT-ATTTAAACAAAAGGTTATAAC-AATTTAA-AATAAATAAATGTTAATA-AATT
57 TA---TTAA-TAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAA--TAAGCTTATATGAA--TAAAAACAATT
* *** **** * * ** * * * *
366546 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTAT-ATGAACTAAAACA-ATTATTATATGACTAAACAAAA
113 -GTTTTATGACA-AAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-T--C---A-AATA
* *
366609 GGTTA-AAATGATTT
168 -GTCATAACT-ATTT
* * * * ** * * * ** *
366623 GAAATAGATAC-TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAT-TGGTTTGGCAAACACATTTATTTT
1 GAACTTG-TTCGGTAAAC-AA-A-T-TT-ATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTA-TTAATTT
* * ** * ** * * * * * ** ** *
366686 TTAAATCTCTTGTTAATTTTTGA-AATATTA-TT-AAATTAGTATTAT-TTTATCCAAATAA--G
52 TTGAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTATATGAATAAAAACAATTG
* * * ** * * **** * * * * * *
366745 CTTTGATTATCATAAACAATTATTTTATGA-GAAAACAAAGATTATAATGATTTGAGAT--TGAT
114 -TTTTATGA-CA-AAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTA-TTCAAATAGTCAT
*
366807 -A-TTTGTT
173 AACTAT-TT
* * * ** * * * *
366814 CAAATAGTCATAACAATTTAACTTGGTTCGAAAATCAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 GAACTTGT--T--C--GGTAA------AC-AAATTTA-TTTT-----TTAAATCTTTTACTTATT
** * * * * * * * *
366879 AATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATATGTTTCTATGAACTGAAAA-A
47 AATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACA
* * * * *
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110 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA-TTTGAA-A--TAGAT-AATTATTCAAATAG
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169 TCATAA-CTATTT
* * * * * * *
367019 AAACTTATTCGGTAAACAGATTTATCTTTCTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATATTAAT
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAAT
* * * ** * *
367084 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * **
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* * * * ** *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * * * * * *
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65 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* *
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** ** * * **
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATA
* * * * * ** ** * * * * * *
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** * * *
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* ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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130 AAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * *
367739 GAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATA
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * * * *
367920 GAA-TGTGTTTTATGACAA-AATAGTCTTAACTATTT-GAGCTAGTTTAGCAAATACATTTATTT
1 GAACT-TGTTCGGT-A-AACAA-A-T-TT-ATTTTTTAAATCT--TTTA-C---T-TA-TTAATT
* * * * * * * * * * ** * *
367982 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAG
51 TTTGAA-----TA-TTAATAA-ATTAGTATTATT-TT-ATTTCGAATAAGCTT-ATAT-GA----
* * *
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101 -----AT---AA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATA
*
368110 ATTATTCAAATAGTTATAACTATTT
156 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * **
368135 GAAC-TGTTTCAGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAA
1 GAACTTG-TTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAA
* ** ** * *
368194 TATATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAATCAATTG-TTTATGACAAAA
63 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * * * * * *
368257 TAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTACTCAAATGGACAT-GCTTATTA
127 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTT
* * ** * *
368311 GAACTTGTTCGATAAGC-AA---A--TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATA
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATA
* * * * * ** *
368370 AATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGTAACAATTGCTTTATGACAAAACAA
65 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
368435 AAGATCATAACT-ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
130 AAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
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1 GAACTTGTTCGGTA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATA
* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
368660 GAGCATGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
* * * * * *
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* *
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* * * * * * * **
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATA
* * * * * *** * **
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* ** * *
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* ** * * * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATA
* * * * ** *
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65 AATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
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129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
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1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAT-ATTAAT
* * ** * * * ** *
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64 AAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
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127 CAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
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1 GAACTTGTTCG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATA
* * * * * * * * * * *
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* ** *
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130 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * *
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1 GAAC-TTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTA
* * * * * * * *
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62 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * *
369688 AACAAATGGTCATAACGATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATT
125 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * **
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1 GAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT
* * * * * * * **
369805 AAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTCTACAACAAAACA
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
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129 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** * * * * *
369922 GAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATC--TCAGTTATTAATTTTCAT-AATATTATT
1 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAAT
* ** * * * *
369984 AGA-TAAAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
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129 AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
370094 TTGTCATAAC
Statistics
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * ** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
361641 TTATTACATTAGTGTTATTTTA-TTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGAC
446 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * ** * * *
361705 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAA-TTA
511 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * * * *
361769 AGTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTGA-AAGATTAATAAATTAGTAT
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* * * * * *** * *
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*
361895 TAATGATTTGAAATAGAT
702 TAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * * * * *
361913 AATTGTTGACAT-GATCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATAAATTCACTTTTTAAATC---
1 AATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * *
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64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAC
** ** * * *
362034 TGAAATGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
129 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
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194 GTCATAATTATTTAAACT-AGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * *
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258 TTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTG
* * * * * *
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321 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * * * *
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385 TTGAACTGGTTCAGCAAACAG-ATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* *
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449 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * **
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513 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTAT
* * * *
362468 TT-GATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTTATAAAGTA
577 TTAG-TAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-TC--ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA
* * * *
362530 ATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
636 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
362595 CATAGTTATTTTAAATAGAT
700 CATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * * *
362615 AATTATTTAAATCA-TTATATCTATTTGAAC-ATGTACAGTGAATAGATTTATTTTTTAAAAT-T
1 AATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAT-T-CGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * * *
362677 TCTTA-TGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTA
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* * * *
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124 TGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
** * * * * ** *
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188 CAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * *
362870 AATTTTTGAAATATT-ATTGATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATG-GATAGAAAC
253 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAAC
* * * *
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316 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
362987 TTATTTGAATTGGTTCAACAAATAGATT-TTATTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAAT
381 TTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGATTCAT-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * **
363047 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAAT-AGTTTTGTATAAATAGACATAATTGTTTTACA
445 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAG-CTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
363110 ATAAAACAAAATGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACATGACCATTTGAAC
509 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
363174 TT-GTTAGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
573 TTATTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TT-C-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *
363238 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAG
634 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
363303 ATCATAATGATTTGATATAAAT
698 GTCATAATGATTTAAAATAGAT
**
363325 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * * *
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** * * *
363454 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGCTAATTATTCAAATAG
130 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
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195 TCATAATTATTTAAACT-AGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
363581 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTGGCATGAAATGAACCAATTGTT
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* *
363645 TTATGACAAAACAAAAGGCTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTTATAATTATT
323 TTATGACAAAACAAAAGG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAATTATT
** * * * *
363709 TGAACAAGTTCGGCAAACAGATTCATTTTTTAATTTTCTTACTGATTAA-TTTTGGAATATTAAT
386 TGAACTGGTTCAGCAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
363773 AAATTTGAATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTATATTAGTTGAAACAATTGTTTTATTATAAAAC
451 AAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * *
363837 AAAAGGTCACGATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG
516 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG
* * * * * *
363902 AAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTA
581 TAAATAGATTTATTTTTTAAA---TTCACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
363966 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
642 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
*
364031 GATTTAAAATAAAT
706 GATTTAAAATAGAT
* * * ** * * *
364045 AATTGTTCATATAATCATAAAGATTTGAACTTATTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
364109 ACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAGTT-GTATTATTTTA-TTAGAAATAATCTTGTATG
65 ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATG
* * * * * * * *
364170 AATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAGTCATTTCAAATAGATAATTGTTA
126 -A-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
364233 AAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
189 AAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
364298 A-ATTTCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCCTATATGAACTAAAATA
254 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACA
* * ** * * *
364361 ATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGA
317 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * ** * *** * * *
364426 CTATTTGATCTAGTTTAATAAACATATTTGCTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
381 TTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
364491 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATATGCTTATATGAATAGGAACTATTATTTTATGAT
446 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * *
364555 AGAAAAAAAAGAT-ATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATTATTATTTGAA-AT
511 A-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
364618 AGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAGATTAGTA
575 A-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
364682 TTTTTTTTATTTCGAACAAGCTTATATTAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAAAAAAAGGTCA
639 -TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*
364747 TAATGATTTAAAATAGGT
702 TAATGATTTAAAATAGAT
* * * *
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1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * **
364830 ACATATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAATATGAAT
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-
* * *
364894 TGAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAA----ACAAT--TTT-AAATAGATAATTGTT-AAT
128 -CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-
* * * * * *
364950 ATAGTCTTAATTA-TTATAACTAGTTCGACAAATAAATTTATTTTTCAAATATCTTAGTTATTAA
191 ATAGTCATAATTATTTA-AACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
365014 TTTTT-AGAATATTATTATA-TTAGCATTATTCTT-TTTCGAATAAGCTTGTAAGAACA-GAAAT
255 TTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATT-TTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAAC
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365140 ATTATTTAAACTGGTTC-G-ATA-A-A--C---------A--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAG
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365186 ATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATG
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365249 ACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCATAATTATTTAAAC
509 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
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573 TTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT---TCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * ***
365378 AGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTGCAACAAAACAAAAGG
635 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** *
365443 TCATAATGATTTTCAATAGAC
699 TCATAATGATTTAAAATAGAT
* ** * * * * * *
365464 AATTGTTCAAATAGTCATAGGTATTTGAATTTGTTTGGCAAA-AGAATTTATTTTTTTTAA-CTC
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCGGTAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATCTT
* * * *
365527 TTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA
63 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA
** * * * * * * *
365592 CTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTT-TAATAAACAATTGTTCAAAT
128 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
365656 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTTGCTTATTAAT
193 AGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-
* * * * *
365720 TTTTTG-AATGTTAATAAATTT-GGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAA
255 TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAAT
* * * * ** * * ** *
365783 TATTTTATGACTAAACCAAAGGTCAAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAC
319 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGT--ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * *
365848 TATTTAAACCGGTTCAGCAAACACAATT-ATATTATAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
382 TATTTGAACTGGTTCAGCAAACA-GATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * * *
365912 TTATTAAATTAGTATTATATTTA-AT-TGAATACCCTTCTATG-ATCAGAATCAATTATTTTATA
446 TTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * * * *
365974 ACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAAATTGATAATT-TTC--TTGGTTATTAA--GTTTCAAA
509 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * * *
366033 ATA-TTATTAAATTAG---TATTATTTT--ATTC-C--A--AA----TAAAATA-AAATAAA-TA
573 TTATTTAGTAAA-TAGATTTATT-TTTTAAATTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * ** * * ****
366081 G----A----A---CCAAT-TGTTTG-ATGACA-AAAATAAAAG-GTTATAACGATTTTGAAATA
636 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGAC-A-AAACAAA-A
* *
366131 -G--ATAATTATTT-AAATAGTCAA
697 GGTCATAATGATTTAAAATAG--AT
* * * ** * * * * **
366152 AACTATTTAAAATGGTGTGGCA-AAAAAATT-CACT-TT--TTAAATC---TCTTACTAATT-AA
1 AATTA-TTCAAAT--AGT--CATAACTATTTGAACTATTCGGTAAA-CAAAT-TTATTTTTTAAA
* * ** * *
366208 --TTTT--TTA--AATA---------TTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTTGACCAAACTTATA
59 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTA
* * * * *
366257 TTAACAAAAACAATTATTTTATGAC--AACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC
124 TGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * *
366320 AAATAGTTATAATTACTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAA-TTATCTTCTAAATCTCTTACTTATA
189 AAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * **
366384 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTTTTATTCTATTCTGAAT--GC-TCT-TG---T---AGG
253 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACA
* * * * * *
366438 A--G----CTG---AAATAAAA-GTCATAA-CACTTTGAAATAAAATAATTGTTCATATAGTCTT
317 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAATGA-TTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ***
366492 AACTATTT-AA-------A-CAAA-AGGTT-A-----TAACA-AT-TTA---A--AATAAAT-AA
379 AATTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGATTCATTTTTTAA-ATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
366533 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGTTTATATGAACTA-AAACAATTATTATA
443 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
366596 TGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATACTTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
507 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
366661 -TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-TCTCTTGTTAATTTTT-GAAATATTATTAAATT
572 CTT-ATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
* * * * *
366723 AGTATTATTTTA-TCCAAATAAGCTT-TGAT-TATCATAAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AAA
635 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAT-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
366784 GATTATAATGATTTGAGATTGAT
697 GGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * ** * *
366807 ATTTGTTCAAATAGTCATAACAATTT-AACTTGGTTC-GAAAATCAGTTTTAGTTTTTAAATCTC
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-ATTCGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTT
** * * * * *
366870 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATATG-TTTCTATGA
63 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGA
* * * * * *
366934 ACTGAAAA-AATTGTTTTATGATAGAAGAAAAGGTCATAACT-ACTTTAAATAGTTAGATCAATT
127 AC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA-TTTGAA-A--TAGAT-AATT
* * * * *
366997 GTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATCTTTCTAAATCTCTTG
185 ATTCAAATAGTCATAAT-TATTTAAAC-TAGTTCGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA
* * *
367060 CTCATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT
247 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAA
* * * * *
367123 TGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
310 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * ** *
367188 GTGTTAACTATTTTAACTGGTTTGGCAAACACG-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT
374 GTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGCAAACA-GATTCATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
367251 TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCT-AATGAGGTTGTATGAAAAGAAACAATTG
437 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
367315 TTTTATAATAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTA
502 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
367378 TTTGAAC-TAATTCGAAAAAAAAATTTAGTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
566 TTTGAACTTATTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * * * ** * * * * * *
367441 AGATAAATGTTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATAAACATAAATAATTATTTTATAACAAAAC
630 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** *
367505 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
693 AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * ** * **
367532 AATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTATTCAATAAACAATTTTATTTTTTAAATCTCC
1 AATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * *
367596 TACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
64 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA
* * * * * * * * * * *
367660 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCGTAACT-ATTTAAAATAAATACTTGTTCAAC
128 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
367724 CAGTCATAACTATTTGAACTTA-CTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA
192 TAGTCATAATTATTTAAAC-TAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
367787 TTTTTGGAATATGAATAAA-CTAGTATTATTTTATTTCAAATATA-CATGTATGAACA-GAAACA
255 TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTT-GAATA-AGCTTGTATGAA-ATGAAACA
*
367849 ATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAAATAATTGCTTAACTAATAATAA
317 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AT--A-A--TG------AT--TTG--------A-AAT-A
* * * * * * * * *
367914 CTATTTGAATGTGTTTTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTAGCAAATACATTTA
358 -GA--T-AAT-TG---T-T--C-AAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGATTCA
* * * * *
367979 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAA
411 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAA
* * * * *
368043 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATA
476 TAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATA
* * * *
368106 GATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGT-TTCAGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAA-T
540 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATT
* * * * ** *
368169 CTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATGAA
604 CACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
368233 CAAAATCAATTG-TTTATGACAAAATAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAA
668 TAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * * * * **
368285 AATTACTCAAATGGACAT-GCTTATTAGAACTTGTTCGATAAGC-AA---A--TTTTAAATCTCC
1 AATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAAC-TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * * *
368343 TACCTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAA
64 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA
* ** ** * * * *
368407 TAGTAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
128 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
368471 TAGTTATAACTATTTGAACTTA-TACTAT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC---TT-A-
192 TAGTCATAATTATTTAAAC-TAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
368529 -TTTGGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTCTATGAACA-AAAACAAT
256 TTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAAT
* * * * *
368591 TGGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCATAAC
319 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * *
368655 TATTTGAGCAT-GTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TAACTTATTAATTTTTGAAATA
382 TATTTGAAC-TGGTTCAGCAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
368718 TTAATAAATTTA-TATTAATTTA-TTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACCATTATTTTATG
446 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCTGA-ATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
368780 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC
509 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ** * * * *
368844 TTGTTTGGTAAATAAATTCATTTTCTAAATCTTTTTCTCAGTAATTTTCA-AAGTATTAATAAGT
573 TTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA---TTCACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAAT
* * * * * *** * ** *
368908 TAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCCTATGTGAAATGGTACAGTTG-TTTATGATGAAACAAATG
634 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** *
368972 GTCATAACAATTTGAAATAGAT
698 GTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * ** *
368994 AATTATTCAAAAAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATGTTTATTTTTAAAATCTTTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * * * **
369059 ACTTATTAACTGTCGAACTATTAATAAACTAATATTATTTTTATAT-GAACAAGCTTGCATGAAC
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAC
* * * *
369123 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATA
129 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
369188 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTC-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
194 GTCATAATTATTTAAAC-TAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
369251 GTCT-AAATGA-TAATAAATTT-GTATTTTTTTAATTTAAAATATGCTTGTA-GGAATAGAAAAA
257 -TTTGAAAT-ATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACA
** * * * *
369312 ATTAATTTATGATAAAATAAAAGGT-TATTGCAATTTGAAATATG-TAATTGTTTAAATAGTCAT
317 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAATG--ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
369375 AACTATTTGAACTTGTTCGAG-AAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTAG-A
379 AATTATTTGAACTGGTTC-AGCAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * * *
369438 ATATTAATAAATTAGAATTATATTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAACTATTTTGT
443 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** *
369502 GACAAAATAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--AC
508 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * ** * *
369565 ATTGGTCAGGCCAACAGATTTATTTTTTAAATTCGTTACGTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
573 -TTATTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTC---ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * *
369630 ATAGCATTACTTTA-TTCTAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
633 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
369693 ATGGTCATAACGATATGAAATAAAT
695 AAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * * * *
369718 AATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTTGGTAACCAAAATTATTTTTTAAATC--T
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA--TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* ** * * * * *
369781 T--TGATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAAC
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAC
* * * ** * * *
369844 AAAAACATTTGTTCTACAACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCATATA
129 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * * *
369909 GCCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCTC--AGTTATTAA-TTT
194 GTCATAATTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
369971 TCATAATATTATTAGA--TAAAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAT-AAATAATTG
259 TGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTG
* *
370033 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
321 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
370096 GTCATAACAT
Statistics
Matches: 6385, Mismatches: 1286, Indels: 1024
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
623 4 0.00
624 53 0.01
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626 4 0.00
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629 6 0.00
630 8 0.00
631 8 0.00
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676 13 0.00
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678 1 0.00
679 2 0.00
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730 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (719 bp):
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACAA
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAATTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
TGGTTCAGCAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAAT
AGATTTATTTTTTAAATTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAT
AGAT
Found at i:364870 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 361185--366010 Score: 2601
Period size: 361 Copynumber: 13.5 Consensus size: 355
361175 AGCTTGTATG
* * * * * * * * * * *
361185 TTGAAATAAACAATTGTTCGAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * *
361250 TTAAATC----ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCTAGACAAAC
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCGA-ATAAGC
* * * * * *
361311 TTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
128 TTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
* * * * **
361376 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTTTTAC
193 TATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTTTGAAAAACA-AATTTATTTTTTAAATC---TAC
* * * * * *
361440 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTC
253 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--C
* *
361504 AAAAA-ATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
315 AAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * * ** *
361545 TTGAAATAGATAATTATTCATATGGTTTTAAATATTTGAATTGTTTCA-GCAAGA-AAATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATT-AGGTAA-ACAAATTTATT
* * * * * * *
361608 TTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-CGAATAA
* * * * * * * * **
361673 ACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTTTATA
126 GCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *
361738 ATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAATTAAGTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCT-CT
191 ATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTAAAT-AGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACT
* * * * * **
361801 TATTAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGAACT-TTCAAA
254 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-TGAACAAA
* * *** ** *
361864 TACAATTGTTATATGTTGAAGCAAAAGGTAATAATGAT
318 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * * * *
361902 TTGAAATAGATAATTGTTGACAT-GATCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATAAATTCACTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAATTTATTT
* * *
361966 TTTAAATC----ACTTATTAAATTTTGAATTATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTGGAATAAG
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAG
* ** * * *
362027 C-T-TA--AATTGAAATGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
127 CTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
362088 TTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAATCACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATAG
192 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-AGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TAC
* * * * * * *
362153 TTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAA
253 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * * * * * *
362218 AATAATT-ATTTATAACAGAACAATAGGTTATAA-CAA
318 AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * * * **
362254 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---GAAC---TCG---T--TCA-GTAAATGAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAATTTATTTT
** * *
362307 TTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGC
* * * * * **
362372 TTATAT-AATGAAAAACAATTGTTTTATGACAGAAGAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAA
128 TTATATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
* * ** * * *
362436 TTATTCAAAT-GTCTATAATTATTTGAACCGATTTGATAAACTAACTTATTTTTTAAATCTCTAA
192 TTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAATAG-TTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-A
* * * * * * * *
362500 CTTATCAATTTTTGAAATATTTATAAAGTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTTTATGAACTA
252 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
362565 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGTTAT
317 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * *
362604 TTTAAATAGATAATTATTTAAATCA-TTATATCTATTTGAAC--ATGTACAGTGAATAGATTTAT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAAT-TA-GGTAAACAAATTTAT
* * *
362666 TTTTTAAAAT-TTCTTA-TGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
63 TTTTT-AAATCTT-TTACT-TATTAAT-TTTTGA-ATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCG
* * * * * * * * *
362728 AATAAGCATGTATGAACAAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGATA
121 AATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
** * * * ** *
362793 TAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCT-ATAAACGCATTTATGTTTTAAA
185 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTT-TGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
362857 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTGATTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAGCTTGT
248 --TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGT
* * * *
362921 ATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCAT-A--A-
309 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ** ** * *
362963 CT---AT---T-ATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAATTGGTTCA-ACAAATAGATTT-TAT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATT-AGGTAAACAAATTTAT-T
363019 TTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-A
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTC-GAATAA
* * * * * * ** * * *
363079 GTTTTGTATAAATAGACATAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTTATAACT-ATTTGAAATAGA
126 G-CTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *** * *
363143 TAATAATTCAAATGGACATGACCATTTGAACTTGTTAGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATTTCC
189 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-C
* * * * *
363208 AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT
250 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
** * *
363273 GGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAATGAT
315 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * ** *
363314 TTGATATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CCTCGGTAAACAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAATTTATTTT
** * * *
363378 TTAAATCTTTTACTTTATTAATTTTTGGTTTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC
66 TTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-CGAATAAGC
* * * ** ** * *
363443 TTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGCTAAT
128 TTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
363508 TATTCAAATAGTCATAACTATTTCAAT-GTGTTCAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTT
193 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGT-TTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTACTT
* * * *
363572 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTGGCATGAA-ATG
255 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACA-A
* * *
363634 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAATGTT
317 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTC-ATAATGAT
* * * * * * *
363673 TTGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTTATAATTATTTGAAC-AAGTTCGGCAAACAGATTCATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAA-TTAGGTAAACAAATTTATT
* * *
363736 TTTT-AATTTTCTTACTGATTAATTTTGGAATATTAATAAATT-TGAATTATTTTATTTC-AGAT
64 TTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAT--ATTATTTTA-TTCGA-AT
* * * * * * **
363798 AAGCTTATATTAGTTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACGATAATTTGAAATAGA
124 AAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * * *
363863 TAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTT-AGAAAATATATTTATTTTTTAAATCT
189 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ATAGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTTAAATC-
* * * * * * *
363926 TTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAA
250 --TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* *
363991 ATAAAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGAT
313 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ** * * *
364034 TTAAAATAAATAATTGTTCATATAATCATAAAGATTTGAACTTATTCA-GCAAACAGATTTA-TT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATT-AGGTAAACAAATTTATTT
* *
364097 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAAGTTGTATTATTTTATTAGAAATAA
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCG-AATAA
* * * * * * *
364161 TCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAGTCATTTCAAATAGA
126 GCTTATATGAATAG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
364224 TAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCT
189 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TAGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-
* * * * * * * *
364289 TAATTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCCTATATGAAC
250 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * ** **
364354 TAAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAAT
315 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * **
364395 TTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTA-ATAAACATATTTGCTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-ATTAGGTAAACAAATTTATTT
* * * *
364459 TTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATATG
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTT-ATTCGAATAAG
* * * * * *
364524 CTTATATGAATAGGAACTATTATTTTATGATAGAAAAAAAAGAT-ATAATAATTTGAAATAAATA
127 CTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
** * * **
364588 ATTGCTCAAATAGTCATTATTATTTGAAATAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTT
191 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTT
* * * * * *
364652 ATTAATTTTTAAAATATTAGTAGATTAGTATTTTTTTTATTTCGAACAAGCTTATATTAACAAAA
255 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* *
364717 ACATTTGTTTTATGATAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
319 ACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
364754 TTAAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAAATTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAATTTATTTT
* * * *
364819 TTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGC
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATT-CGAATAAGC
* * * *
364884 TAATATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA----ACAAT--TTT-AAATAGATAA
128 TTATATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
364942 TTGTT-AATATAGTCTTAATTATTATAACTAGTTCGACAAATAAATTTATTTTTCAAATATCTTA
192 TTATTCAA-ATAGTCATAACTATT-TAAATAGTTTGAAAAACAAATTTATTTTT-TAA-ATC-TA
* * * * * *
365006 GTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGCATTATTCTT-TTTCGAATAAGCTTGTAAGAACA
252 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
365070 GAAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGAT
316 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * *
365110 TTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT--A--AACT-GGT--TC-GA--TA----
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAATTTATTTT
* * *
365161 --AACATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAA
66 TTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTC-GAATAAG
* * * * * * **
365220 CTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATA
127 CTTATATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
* * * ** *** * *
365284 ATTATTGAAAT-GACCATAATTATTTAAACT-GATTTGGTAAATGGATTCACTTTTTAAATCACT
191 ATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAA-TAG-TTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAAT--C-
** * * * *
365347 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATGAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
250 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * *** *
365412 TAAAACAATTATTTTGCAACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
315 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
** * * ** * ** * *
365453 TTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAGGTATTTGAATTTGTTTGGCAAA-AGAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACA-AATTTA-TT
* * * * * *
365517 TTTTTAA-CTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAATAA
* * * * * * * *
365581 GCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTT-TAATAAAC
126 GCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGAT
* * * * * *
365644 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTT
190 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TAGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTT-AAA---T
* * ** * * * * *
365708 TTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGAT
249 CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-
** * * * ** * **
365773 A-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACCAAAGGTCAAAAACAAT
313 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTC-ATAATGAT
* ** * *** * *
365816 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACCGGTTCA-GCAAACACAA-TTATA
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATT-AGGTAAACA-AATTTATT
* *
365879 TTATAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATATTTAATT-GAAT
64 TTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTAT-TTT-ATTCGAAT
** * * * * ** * *
365942 ACCCTTCTATG-ATCAGAATCAATTATTTTATAACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAAATTG
124 AAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
366005 ATAATT
188 ATAATT
366011 TTCTTGGTTA
Statistics
Matches: 3470, Mismatches: 767, Indels: 455
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
336 27 0.01
337 48 0.01
338 1 0.00
340 25 0.01
341 6 0.00
342 12 0.00
343 160 0.05
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345 7 0.00
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355 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAAATTTATTTT
TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCGAATAAGCTTA
TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAAT
TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
TTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGAT
Found at i:365275 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 365007--365314 Score: 365
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
364997 AATATCTTAG
* * * * * * *
365007 TTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGCATTATTCTTTTTCGAATAAGCTTGTAAGAACAGA
1 TTATTAATTTTTAGAAGATTAATAAATTAGAATTATTCTTATTCGAATAAACTTGTAAGAACAAA
* * * * * * * *
365072 AATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAAT-AGT
66 AACAATTGTTATATAACAGAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATGA-C
365136 CATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAACATCTC
130 CATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAACATCTC
*
365169 TTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGAATTATT-TTATTCTGAATAAACTTGTATGATA-
1 TTATTAATTTTTAG-AAGATTAATAAATTAGAATTATTCTTATTC-GAATAAACTTGTAAGA-AC
* * *
365231 AAAAACAATTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT
63 AAAAACAATTGTTATAT-AACAGAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAAT
365295 GACCATAATTATTTAAACTG
127 GACCATAATTATTTAAACTG
365315 ATTTGGTAAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 19, Indels: 10
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 6 0.05
162 111 0.91
163 5 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (162 bp):
TTATTAATTTTTAGAAGATTAATAAATTAGAATTATTCTTATTCGAATAAACTTGTAAGAACAAA
AACAATTGTTATATAACAGAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATGACC
ATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAACATCTC
Found at i:366864 original size:175 final size:179
Alignment explanation
Indices: 366582--366914 Score: 399
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
366572 ATATGAACTA
* * *
366582 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATACTTATTCTAATAGT
1 AAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGATTAAAATGATTTGAAATAGATACTTATTCAAATAGT
* * * * * * **
366647 CTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTGTTAATTTTTGA
66 CATAACAATTTGAATTGGTTTCGAAAACACATTTAGTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAA
* *
366709 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATCCAAATAAGCTTTGATTATCAT
131 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATCCAAATAAGCTTTGATTATCAT
* * * * * * *
366758 AAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATTATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGATTAAAATGATTTGAAATAGATACTTATTCAAATAGT
**
366822 CATAACAATTT-AACTTGG-TTCGAAAATCAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
66 CATAACAATTTGAA-TTGGTTTCGAAAA-CACATTTAGTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTT
366885 CAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTAT
128 CAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTAT
366915 TTTGGATATG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 22, Indels: 9
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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** *
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* * * * *
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* ** * **
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* * *
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* * *
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** *
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*
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* *
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*
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*
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* * * *** *
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** * * **
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* * ** *
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* *
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* *
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* *
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* * * * * * *
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* ** * **
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* * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTC-AGAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* *
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64 ATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * ** *
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ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATACTATAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
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*
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*
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*
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AAAATAAT
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AATAAAATATAAAAAT
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*
372118 AAAATA AAAATA AAATAGTA AAAATAA TAAAATA ATAA-A AAAATCA AAAATAA
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* *
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AAAATA
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*
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*
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AATAATAAAATAAAAAATAAAAATAAAATAAT
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372100 TCGGACCCAA
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* *
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* *
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*
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1 AAAATAA-TAATAACTAAAAT
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372098 TTTCGGACCC
* *
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*
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1 AAAAAATCAAAAATAAAAATAA-AATAATAAAAATAATAAAAT
372196 TAAAACTAAA
Statistics
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372330 GTAAACAAAT
* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** ** * **
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* * * * * *
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* *
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*
372649 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTA
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTA
* * * *
372702 AAT-TCCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-T
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* * ** * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *** ** * * ***
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
373063 AA--T-CT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTG
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
** * * *
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* * * ** ** * **
373188 TTCAAATGGCCTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTA
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * * * *
373240 AATCTCCAACTTCTCGATTTTTAAAACATTAATAAAGTAATATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTT
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
* * *
373305 TATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAA-ATGATAATTGT
66 TATG-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGT
*
373369 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-A
* * * * * *
373421 AAT-TCCTTGCTTATTAATGTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTACTATTTTATTTCGAATAAG-T
1 AATCTCC-TACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * ** * * * * *
373483 ATGTATGAACTAAAATAATAATTTTATAACTAGACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAAT
64 -TTTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * ** * * ** * * *
373548 TGTTCTAATATTTTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAATATATTTATTCTTTA
126 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *** ** * * ***
373602 AATCTCTTCCTTCTAAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAG-TT
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * *
373665 TGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAACTG
65 T-TATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * *
373730 TTCAAATACTCATAACTATTTGAACCAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTA
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * * * * * *
373782 AA--T-CT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTAAATATG-TTT
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
* * * *
373842 GTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATT
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* * * ** ** * **
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127 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * *
373959 AATCTCCAACTTCTTGATTTTTGAAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAACTTT
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
* * * *
374024 TATGAAATGAAACAATTGTTTTACGAAAAAGAAAAAGGTCATAACAATTT-AAAAATGATAATTG
66 TATG-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTG
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* * * * *
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1 AATCTCC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* ** * * * * *
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* * * * * ** ** * *
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126 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * *** ** * * ***
374322 AATCT-CTTCTT-TCTAAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAG-
1 AATCTCCTACTTAT-T-AATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * *
374383 TTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAAT
63 TTT-TATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
374448 TGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTA
126 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
374502 AA--T-CT-CTTATTAA-TTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-TTT
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
374561 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
65 T-TATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** * *
374626 ACG-T-AAATATTCATAACTATTTGAACTCACTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTA
127 --GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * ***
374679 AATCT-TTAACTTA-TAAGTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
1 AATCTCCT-ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * *
374742 TTTATGAATAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AGTAAT
64 TTTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAAT
* ** * * * ***
374806 TGTTCAAATA--C-T-A-T-TTT-AACATGTTTAGAAAATATATTTATTTCCAA
126 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * * * * * * * *
374853 AAT-TTTTACTTAGTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTCATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTG
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
* * *
374917 TATGAATAGAAACATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
66 TATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
374982 TCAAATACTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTA
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
375033 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAGTAAT-AAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCT
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAG-TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *** * * * *
375097 ATATAAATTGATGTAATTATTTTATGACGAAGAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
65 TTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
375162 TTCTAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTA
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* ** * * * * ** **
375214 GATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAAT-TTAACAAACTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTAG
1 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
* * * * *
375278 TATGAATAAAAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
66 TATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
375343 TCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATTATTCAGTAAACAGATTT
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT
375386 GAGATAAGCT
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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183 23 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
TATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
Found at i:374430 original size:720 final size:719
Alignment explanation
Indices: 372349--375385 Score: 4094
Period size: 719 Copynumber: 4.2 Consensus size: 719
372339 TAATCTCCTA
** *
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1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAA
*
372414 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATGGC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATGGC
*
372479 CTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTG
131 CTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTAAATCTCCAACTTCTCGATTTTTG
372544 AAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
196 AAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
* **
372609 TGGAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
261 TGAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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*
372739 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACTAAAACAATAATTTTATAACTAGACAAAAG
391 TAGTACTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACTAAAACAATAATTTTATAACTAGACAAAAG
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456 GTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATACTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAAT
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521 ATATTTATTCTTTAAATCTCTTCCTTCTAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTAC
*
372934 TCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATACCAATTTGA
586 TCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTGA
*
372999 GATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAA
651 GATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAA
373064 ATCT
716 ATCT
*
373068 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGATGAA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAA
*
373133 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATGGC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATGGC
*
373198 CTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTAAATCTCCAACTTCTCGATTTTTA
131 CTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTAAATCTCCAACTTCTCGATTTTTG
**
373263 AAACATTAATAAAGTAATATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
196 AAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
373328 TGAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
261 TGAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
373393 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTCCTTGCTTATTAATGTTTTGAATGTTAATAAAA
326 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAA
* *
373458 TAGTACTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAACTAAAATAATAATTTTATAACTAGACAAAAG
391 TAGTACTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACTAAAACAATAATTTTATAACTAGACAAAAG
* *
373523 GTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTTTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAAT
456 GTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATACTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAAT
373588 ATATTTATTCTTTAAATCTCTTCCTTCTAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTAC
521 ATATTTATTCTTTAAATCTCTTCCTTCTAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTAC
*
373653 TCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATACCAATTTGA
586 TCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTGA
* *
373718 GATAGATAACTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACCAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAA
651 GATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAA
373783 ATCT
716 ATCT
* * *
373787 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTAAATATGTTTGTATGATGAA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAA
373852 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATGGC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATGGC
* *
373917 CTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAATTTTAAATCTCCAACTTCTTGATTTTTG
131 CTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTAAATCTCCAACTTCTCGATTTTTG
*
373982 AAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAACTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
196 AAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
* * *
374047 CGAAAAAGAAAAAGGTCATAACAATTTAAAAATGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAA
261 TGAAAAA-AAAAAGGTCATAACAATTTTAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
374112 CTTGTTTGGTAAATAGATTTTTTTTTTTAAATCCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
325 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
*
374177 ATAGTACTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACTGAAACAATAATTTTATAACTAGACAAAA
390 ATAGTACTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACTAAAACAATAATTTTATAACTAGACAAAA
*
374242 GGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATACTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAT
455 GGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATACTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAA
*
374307 TATATTTATTCTTTAAATCTCTTCTTTCTAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA
520 TATATTTATTCTTTAAATCTCTTCCTTCTAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA
374372 CTCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTG
585 CTCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTG
*
374437 AGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTA
650 AGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTA
374502 AATCT
715 AATCT
* * ***
374507 CTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAAT-A
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGA
* * * * * ** * *
374571 GAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACG-T-AAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATT--GTTCAAAT
*** * * * ** ** ** * *
374634 ATTCATAACTATTTGAACTCACTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTAT-AAGT
128 GGCCTTAACTATTTGAACT-AATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTAAATCTCCAACTTCTCGA-T
* ** * * * **** * *
374697 TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATG-AATAAAAATAATT
191 TTTTGAAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAGCTTTTATGAAAT-GAAACAATT
* * ** * *
374761 GGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATA--C-T-A-T
255 GTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAAATGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *** * * * * * *
374820 -TTT-AACATGTTTAGAAAATATATTTA-TTTCCAAAATT-TTTACTTAGTAATCTTTGGAATAT
318 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGT
* * * * * ** **
374881 TAGTAAATTCA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACATTTGTTTTATGG
383 TAATAAAAT-AGTACTATTTTATTTTGAATAAG-TATGTATGAACTA-AAACAATAATTTTATAA
* * * * *
374943 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACT-TATAACTATTTGAACT
445 CTAGACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATACTCT-TAATTATTTGAACT
* * * * * * * * * * * *
375007 TGTTC-AGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAGTAATAAG-T
509 GGTTCGA-CAAATATATTTATTCTTTAAATCTCTTCCTTCTAAATTTTTAGAATA-TTATTAGTT
* * * * * ** * ** * *** *
375070 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATAAATTGATGTAATTATTTTATGACGAAGAA-AAA
572 TAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AA-AACAAA
* * * * * * * * * *
375134 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
635 GATCATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA
* * *
375199 CATATTTATTTTTTAGATCTTTT
700 CAGATTTAGTTTTTAAATC---T
* * * * * *
375222 ACTTATTAATTGTT-GAAAT-TTAACAAACTAATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTAGTATGAA
1 -CTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAGGCTTGTATG-A
* * * * * *
375284 T-AAAAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
62 TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * * *
375348 TAGTCAAAACTATTTGAAATTATTCAGTAAACAGATTT
127 TGGCCTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTT
375386 GAGATAAGCT
Statistics
Matches: 2094, Mismatches: 198, Indels: 56
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
710 3 0.00
711 202 0.10
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714 6 0.00
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719 960 0.46
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721 10 0.00
722 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (719 bp):
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATGGC
CTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTAAGTTTTAAATCTCCAACTTCTCGATTTTTG
AAACATTAATAAAGTAATATTATTTGATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
TGAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAAATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAA
TAGTACTATTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACTAAAACAATAATTTTATAACTAGACAAAAG
GTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATACTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAAT
ATATTTATTCTTTAAATCTCTTCCTTCTAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTAC
TCCAAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTGA
GATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAA
ATCT
Found at i:375710 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 375389--376031 Score: 520
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
375379 CAGATTTGAG
* * *
375389 ATAAGCTTGTATAAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTA-TA-GCAAATTGAAA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATTATG--ATTTGAAA
* ** * * * *
375451 TAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAAAT
63 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTGGCAAACATA-TCATTTTCTAAAT
* *
375516 CTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTA-GAATAATGTTATTTCGA
127 CTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTACCAATAAT-TTATTCCGA
*
375569 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAACCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATTATGATTTGAAATA
* * * * *
375634 GATAATTATTCAAACAGTCATAATTGTTTGCACTAGTCTGGCCAACGATA-CATTTTCTAAATC-
65 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTGGCAAAC-ATATCATTTTCTAAATCT
* *
375697 CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACCATTACTTTATTCCGA
129 C-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACCAATAATTTATTCCGA
* * * * * *
375749 ATAAGATTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAA-ATAAATGGTCATAATGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAA-GGTCATTATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
375813 AAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTCAA-TTGCTTTGGCAAGA-AGATTTATTTT-TCAA
64 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCTGGCAA-ACATA-TCATTTTCT-AA
* * * ** * * **
375875 GTATCTTA-TGTATTAATTTTT-GAAATATTGATAAATTAATATTATTTTATTATGA
125 ATCTCTTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTACCAATAATTTATTCCGA
* * * * * * * * * *
375930 ACAAACTTATATGAACAAAAACATTTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATA
* * * *
375995 GATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAAATAGT
65 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
376032 TCTAGAAACA
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 65, Indels: 41
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 9 0.02
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182 14 0.04
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTGGCAAACATATCATTTTCTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACCAATAATTTATTCCGA
Found at i:376384 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 376048--380965 Score: 3688
Period size: 181 Copynumber: 27.4 Consensus size: 181
376038 AACAGAATTG
* * * ** ** *
376048 TTATGA-CTTTTGGTTTTGTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATATGAGCTTA-TTCAAATTAAA
1 TTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAA
* * * * * *
376111 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
376176 TTGAACAAGTTTAAATGAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 CTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
376230 TTGTGACCTTCTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
*** * * * *
376294 AATTA-TAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGGGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA
66 AA-TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
376358 CTGAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
129 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
376411 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAA
* * * * *
376474 ATAATA-TAAATTTATTAA-AATTAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT
64 ATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
376536 TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCA
128 ACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * *
376590 TTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
376654 TAATACTAATTTATTAATAATTCTT--TAACTAATAAATAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTT
65 TAATACTAATTTATTAAT-ATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
376717 A-TTAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATATACTTCAAATCG
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* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * ** *
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* ** * * ** *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * * * *
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64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
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* * * *
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130 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* * * * * *
377550 AATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTT
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** ** * * **
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* * * * * ** * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
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66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
** * * * * * * *
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131 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * **
377850 TTATGACCTTTT-TTCAGTCATACAACAATTTTTTCAGTTCTTAGAAATTTATTT-AGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
** * ** * * * * *
377913 TAA-AAAAATTTATTAATATTTCAAATCTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
*
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* * * ** * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAA
* * * * * * * * *
378098 TATTATTAATTTATGAATATTTTGAAAATTAAGAAATAAGAAATTTAAAAGATAAATTTATTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * *
378163 TAAATC-AGTTCAGTTAGTTATAACTATTTAAAGAATTATTTATTTCAAATCA
130 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATCTATT-
** * * * **
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127 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * * *
378395 TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAATCAATTGATTCTA-TTTGTGCAATCTTATTTG-AATAACA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
378458 TAACT-CTATTTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTGAATCTATTTA
65 TAA-TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * **
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129 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
378571 CTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAAAT-TTTCTA-TTCATACAACCTTATTTTAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *** * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAA
* * * * *
378815 TCATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTT--AAAATAAATATGTTTA
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* * * * *
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* * * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* *
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66 AAT-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* **
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129 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAA
** * * * * * *
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* * *
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1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
** * *
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65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
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* ** * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *** * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * ** * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * **
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* * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAA
* * *
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* * * * *
380485 CTGAA-TAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * ** * *
380602 AACACTAGTTTACTAACT-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAACATAAATCTATTT
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** * * *
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** * * * * * *** *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
380785 AATAGTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAC
* * * * *
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130 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * *
380901 TTATTACCTTTCATTATGTCATAAAACAATTATTT--TTTAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT--CATACAAGCTTATTTGAAATAAA
380964 AT
64 AT
380966 TGTTACTACT
Statistics
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173 2 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
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376037 AAACAGAATT
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** * * * ** *
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* * * * * *
376240 CTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATTA-TAA
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * * ***
376618 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCTTTAA
570 ATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
376682 CTAATAAATAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTATTAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
634 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
376747 TGAACAGTTATATACTTCAAATC
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* * *
376770 GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTGTTTGGAATAAAA
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* * * * * *
376835 TAATATTAATTTATTATTATTATAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
66 TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * ** *
376900 CGAGCAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATCT-TTATGACATTTT
131 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTT
** ** * *
376964 GTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAA-TACCAATTT
195 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTT-TATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTACTAATTT
* * * *
377028 ATTACTATTTCAAATGTTAA-TAAG-GATTTAAGAATAAATGTGTTTTTC-AAACTAGTTTAAAT
259 ATTAATATTTCAAATATTAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTTTCTAAACTAGTTCAAAT
* * * * * * *
377090 AGTTAAGACTATAAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTAAAAAAATA
324 AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
* * * * *
377155 ATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTTTATAAAT
389 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT
* *
377220 TAATAAGTAAGAA-ATTTTTAAAAA-AAATTATTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
454 TAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATTATTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
377282 TCGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAATACAACTGTTTTAGTA
517 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * * * * * *
377347 CATAAAAGTTTATCTGGAATAAAATAATATTACTTTGTCAATGTTTCAAAAATTGATAAGTTAGA
582 CATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
** * * * * *
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647 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
377476 TATTTCAAATC
710 TATTTCAAATC
* * * * * ***
377487 ATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCATAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAA
* * ** * * *
377551 ATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * *
377616 CCAAATTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
130 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
377681 GTTATCTCATAAAATAATTATTTTTGTTCACAGAAGTTTATTC-GAAACAAAATAA-TACTAATT
195 GTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATTACTAATT
* * * * * * * *
377744 TAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTGCTGAATTAGTT
258 TATTAATATT-T-CAAA-TATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTTTCTAAACTAGTT
* * * * * *
377808 CAAAAAGTTAAGGCTA-TATGAACATTTTTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTCAGTCAT
319 CAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * * ** * **
377871 ACAACAATT-TTTTCAGTTCTTAGAAATTTATTTAGAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTT
383 AAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * *
377934 CAAATCTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATGTT-TGCTTTGCCTAACCAA-TTCAAA
447 AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTAT-C--TG---AA-CAAGTTCAAA
* * *
377996 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
504 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * **
378061 AAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTCGT-TCAAAATAAAATATTATTAATTTATGAATATTTTGAA
569 AATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-ATCT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * ** *
378124 AATTAAGAAATAAGAAATTTAAAAGATAAATTTATTTACTAAATC-AGTTCAGTTAGTTATAACT
632 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
378188 ATTTAAAGAATTATTTATTTCAAATC
695 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
378214 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCTTAC-AGTCTTATTTGGAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAA
* * * * * *
378278 GTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAACG-GATCTAAAGAATGAAAT-TGTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATCTATT
** * * *
378341 GGCCTG-ACTAGTGCAAATAG-TATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
128 TACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * ** * * * *
378404 TTTGTTTTATCA-CAAATCAATTGATTCTATTTGTGCAATCTTATT-TGAATAACATAACT-CTA
192 TTTGTTTTGTCATAAAAT-AATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTACTA
* * * * * * * *
378466 TTTTATTAATATTTTGAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAATTGAATCTATTTATCGAAA-AAGT
255 ATTTATTAATA-TTTCAAATATTAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATGTGTTTTTCTAAACTAGT
* * * * * *** * *
378528 ACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTA-TCA
318 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCA
* * *
378592 TAAAACAAAATT-TTCTA-TTCATACAACCTTATTTTAAATAAAAT--TACATAATTTATTAATA
382 TAAAAC--AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATA
* * * * * * * *
378653 TTTAGACACA-TGATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAC
444 TTTA-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTATCTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
378716 TTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATGACACAAT
507 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * * * * *
378781 TATTTTTCTTCATACAACCCTAT-TCAGATCAAAATCATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
572 TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
378845 AATAAGTAAAAGAATTT--AAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTT
636 AATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
378908 GAATAATTATCTATTTCAAATC
699 GAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ***
378930 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAA
*
378994 AT-ATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATT
65 ATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATT
* * *
379058 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTT
128 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * *
379123 TTGTTTTGTCATAAAATAA-CTGTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTA--AATT
193 TTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTACTAATT
* * *
379185 TATTAATATTCCAAA-ATTTAACAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT-T-TATTTTCTGAAC-AC
258 TATTAATATTTCAAATA-TT---AAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATGTGT-TTTTCTAAACTA-
* * * * * * *
379245 GTTCAAATAGTTCA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGT
316 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTAGT
* ** * * **
379308 GATAAGCCAATTGTTTCT-GTCCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
380 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
379372 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C-CAAGTAAGCTCAAATAG
444 TTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * *
379435 TTATTACT-TTCTGAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTAATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
507 TTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ***
379497 AATTGTTTCTA-TTCATACAAA-TTTAT-TCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGC
569 AATTGTTT-TAGTTCATA-AAAGCTTATCT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
379559 AAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCC
631 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
379624 ATTTGAACAATTATCTATTTCAATTT
695 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * **
379650 GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-TAGAATTA-TTCAATATAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGA-ATAA
*
379713 AATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAATCTATTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * * * ** * *
379774 GTCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATCATAATGATC-TT
129 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * * * * * * *
379838 TATTTTGTCATACAACAATTGTTTTTTTTCACATAAGCTTATTC-GATTAAAATGA-TACAAATT
194 TGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTACTAATT
* * * * * *
379901 TAATAATGTTTTGAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTATC-AAACTAGTTCA
258 TATTAAT-ATTTCAAATATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTTTCTAAACTAGTTCA
* * * * *
379963 AATAGTTAAGTCTATTACAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
321 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * ** * * *
380028 AGAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATAC-CA--TATTAACATTCAAAA
386 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
* * * * * *
380090 AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAACCTGTTTA-CTGAACAATTTCAATTAGATATGAC
451 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA-TTATTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * *
380154 TATTTGAACAATTATCTATCTAAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
514 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
380219 GTTAATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAA-TAATTAAGC
579 GTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGT
* ** * * *
380283 AAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTCTGAAGTAGTTCTAATAGTTATGAATATTTGAATAAAT
643 AAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * *
380347 ATCAATCTCAAATT
707 ATCTATTTCAAATC
* * * *
380361 GTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATGCAAGCTTATTTGG-ATAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AA
* * *
380423 AATAATACTAATTTAATAATATTTT--AAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGA-T
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT
* * * * * * * ** *
380483 TGCTGAA-TAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTT
128 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * ** * * * *
380547 TTCTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGGTTATTC-GAAAGAAAATAA-CACTAG
193 TTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATTACTAA
* * * * * * * *
380610 TTTACTAA-CTTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAACATAAATCT-ATTTACCAAAC
256 TTTATTAATATTTC-AAATATT-A--AGTAAGAGATTT--AAAA-ATAAATGTGTTTTTCTAAAC
* * * * ** *
380673 AAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAA-AATTTATCTATTTAAAATCGTTACAAACTTTTGTTT
314 TAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * ** * * *
380736 TGTCATAGAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAGTAATAGTATTTTATTAA
377 AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
380801 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CTTAATC-AGTTCAAAT
442 TATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTATCTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * * * ** *
380864 AATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTATGTCATAAAACA
505 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * ** * * * *
380929 ATTATTTT--TTAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTACTACTTT-TT-GTTTTGTCAT
570 ATTGTTTTAGTT--CATAAAAGCTTATCTGAAATAAAA-TAATATTAATTTATTAATATT-TC--
* * *
380990 AAAAAGATAATTTTTGAACATACA-AGTTCATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
629 AAAAA-TTAA----T-AA-GTA-AGAG---A-TT----TAAAA-AATA--AATTTGTT--TA--T
* * * * *
381054 CAAGAATTAGTACGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTCAAATAGTTATGACAATTCCAACAATTA
671 ---G----A--ACAAG-TTCAAATAGT-TAT-GA---C---TA-TT-TG--AA-T-----AATTA
* *
381119 TCTATTTTAAATT
708 TCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * ** ***
381132 GTTATAACATTTTCTTCTGTCGTAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * * *
381197 TAATATTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-C
66 TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * * *
381261 TCGAACCAGTTCAAACAATTAAGACTCTATGAATAATTATATATTTCAAATGGTTATGACATTTT
131 -CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
381326 GTTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGCTCATCCAAGTTTATT-TGCAACAAAATAA-AACTAATT
195 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATTACTAATT
* * * * * * * * * *
381389 TATTAATATTTCAAAAATTTA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATC-GAACCATTTTAA
258 TATTAATATTTCAAATATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTTTCTAAACTAGTTCAA
* * * * ** * *
381452 AAAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
322 ATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * **
381516 ACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGA
386 ACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * * * * ** * * * * *
381580 TAATTATTAACTAAGATATTTAAAAAATAAATT-TGTT-TGCCAAACCACTTTAAATAGTTAAGG
450 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTAT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
381643 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATT-TTT
513 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * *
381706 TCAACTCTTACTAA-CTTAT-TCGGAATAAAATAA-ATCAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
577 T-AGTTCATA-AAAGCTTATCT-GAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
381768 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG-TTA-GCCAAACCAGTTCAAATAATTATGAATATTCG
638 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATG---AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
381831 AACAATTATCTATTTTAAATT
700 AATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * ** * ***
381852 GTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCCTACAAATTTGTTCAAAATAAAA
1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * *
381917 TAATATTAATTTATTAATATCTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTGC
66 TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * * * **
381976 CAAACCGGTTTAATTAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTG
131 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * *
382041 TTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAATCTTATT-TGGAATAAAGTAATT-CTAATTT
196 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATTACTAATTT
* ** * *** * * *
382104 A--AA-A-TT---A-A-TAAGTAACAGATTTAGAAAATGCATCTGTTGGCCT-GATTAGTGCAAA
259 ATTAATATTTCAAATATTAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATGTGTTTTTCTAAACTAGTTCAAA
* * * * * * * * * * *
382159 TAATTATGATTGTTTGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCACAAAAC
323 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC
* ** * * **
382224 AATTGTTTCTA-TTTATACACA-CTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAA
388 AATTGTTT-TAGTTCATACA-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
* * * ** **
382287 AATTAACAAG----AGACTTAAAAAATGAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGTT
451 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * *
382347 ATTTGAACAATTATCTATTTCAGATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
515 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
* * * *
382412 -TTCACACAAGCTTATTTCAAATAA
579 GTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAA
382436 GTTCAACTAG
Statistics
Matches: 4434, Mismatches: 958, Indels: 569
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
701 2 0.00
702 98 0.02
703 8 0.00
704 2 0.00
705 3 0.00
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709 52 0.01
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711 112 0.03
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732 2 0.00
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739 10 0.00
741 2 0.00
742 1 0.00
743 1 0.00
746 1 0.00
748 2 0.00
750 2 0.00
751 4 0.00
752 3 0.00
753 11 0.00
754 7 0.00
755 1 0.00
758 2 0.00
759 1 0.00
761 3 0.00
762 6 0.00
763 4 0.00
764 1 0.00
765 2 0.00
766 1 0.00
768 3 0.00
769 7 0.00
770 14 0.00
771 247 0.06
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774 4 0.00
775 2 0.00
776 33 0.01
777 104 0.02
778 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (720 bp):
GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTACTAATTTAT
TAATATTTCAAATATTAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTTTCTAAACTAGTTCAAATAG
TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA
ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
AAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
AAATC
Found at i:381666 original size:358 final size:359
Alignment explanation
Indices: 381089--382058 Score: 1115
Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 359
381079 ATAAATCTAT
* * * * * *
381089 TTCAAATAGTTATGACA-ATTCCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACATTTTCTTCTGTC
1 TTCAAAAAATTATGA-ATATTCGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* *
381153 GTAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAAATTAATAATATT
65 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATATT-AATTAATAATATT
** * * * * *
381218 CTAAAAATTCA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTCGAACCAGTTCAAACAATT
129 -TTGAAATT-ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC-CAAACCAGTTTAAATAGTT
* * * * *
381281 AAGACTCTATGAATAATTATATATTTCAAATGGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTA
191 AAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTA
* * * *
381346 TTTCAGCTCAT-CCAAGTTTATTTGCAACAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-T
256 TTTCAACTCATACCAA-CTTATTCGCAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAT
* * * *
381409 -A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTA-TCGAACCAT
320 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTT-GTTAGCCAAACCAG
* * * *
381447 TTTAAAAAATTAT-AACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAAAAATTATGAA-TATTCGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
381511 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
65 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAAT-TAATAATATT
* *
381576 TTGATAATTATTAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTTAAATAGTTAA
129 TTGA-AATTATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAA
* * * * *
381641 GGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTTTT
193 GACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATT
* * * * *
381706 TCAACTCTTACTAACTTATTCGGAATAAAATAAATCAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
258 TCAACTCATACCAACTTATTCGCAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA
381771 GTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAG
322 GTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAG
* *
381809 TTCAAATAATTATGAATATTCGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAAAAATTATGAATATTCGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
381874 TAAAATAAATGTTTTTGTTCCTACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCT
66 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAA-TTAATAATATTT
* *
381939 TGAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTGCCAAACCGGTTTAATTAGTTATA-
130 TGAAATTATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTA-AG
* * * * *
381998 ATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAATAATT
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382059 GTTTTTGTTC
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
TTCAAAAAATTATGAATATTCGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTAATAATATTTT
GAAATTATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGAC
TATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCA
ACTCATACCAACTTATTCGCAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAG
Found at i:381696 original size:181 final size:180
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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65 TACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATAATTAACTAAGAGA
* * ** * * * *
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129 TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTA-AGACTATTTG
* * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
** * * *
381715 ACTAA-CTTATTCGGAATAAAATAA-ATCAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAGA
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
** * * * * * *
381896 ACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTT-GAA-AATTAA-TAAGAGATT
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATAATTAACTAAGAGATT
* * * * *
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* * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * *
382071 ACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATTCTAATTTA--AA-A--TT--AATAAGTAAC----AGATT
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATAATTAACTAAGAGATT
* ** * * ** ** * * * *
382125 TAGAAAATGCATCTGTTGGCCTGATTAGTGCAAATAATTATGATTGTTTG
131 TAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTG
* * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * ** *
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66 ACA-AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATAATTAACTAAGAGAT
* * * * * * * **
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130 TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTG
* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
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66 ACAAGCTTATTT
382429 CAAATAAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATAATTAACTAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTG
Found at i:382215 original size:344 final size:350
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381101 TGACAATTCC
* * * * * * * *
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* * * * * * *
381176 ATAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGAT
66 ACAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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188 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAC-AACTTATTTG
* *
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* * *
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* * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
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* * * *
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130 AAAATAAATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTATAGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * *
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* * * *
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258 TAAATAAATTTACTAATATTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTAGCC
** ** * *
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* * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * ** * *
382240 ACACACTTATTTGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAGAGACTTA
66 ACAAACTTATTTAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGAGATTTA
* * * * * *
382304 AAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCA
129 AAAAAT-AA-ATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTATAGTTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
382369 GATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCACACAAGCTTATTT
192 AATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAA-CTTATTT
382429 CAAATAAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (350 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAATAAATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTATAGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAACTTATTTGGAATAATAA
ATAAATTTACTAATATTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAATTCTGTTAGCCAAAC
CAGTGCAAATAATTATGAATATTTG
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382312 ATCTATTTAC
** * *
382322 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAGATTGTTATAACCTTTTG
1 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTC
*
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66 TTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCACAAAAGCTTATTT
* * * *
382429 CAAATAAGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTC
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* *
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66 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCACAAAAGCTTATTT
382536 GGATTAAAAC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 11, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCACAAAAGCTTATTT
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Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
382421 GCTTATTTCA
* * * *
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1 AATAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
*** *** * ** * *
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* * * **
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* * * *
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1 AATAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
** * * *
382678 TCATCATAAAA-AATTGCATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTACTA
65 TTGTCATAAAACAATTGCATCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAAAAAAACAATACTAATTTACTA
* * *
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* * * * *
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1 AATAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
382858 TTGTCATAAAACAATTG
65 TTGTCATAAAACAATTG
382875 TTTATGTCCA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 43, Indels: 11
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 81 0.38
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TGTCATAAAACAATTGCATCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAAAAAAACAATACTAATTTACTAA
TATTCCAACAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATATATCTAACG
Found at i:382958 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 382831--382959 Score: 170
Period size: 62 Copynumber: 2.1 Consensus size: 62
382821 AACAATTATC
* * *
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* * * * *
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382955 TATTT
1 TATTT
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATCCATACAAGCT
Found at i:383132 original size:243 final size:242
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382689 AATTGCATCA
* * * * *
382699 ATTCATATAGGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCGAAAATTAATGAGTA
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* * *
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* * * ** *
382829 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTCCATACAAGTTT
131 TCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAAAGTTTATATCCATACAAGTTT
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* *
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* * ** * * * *
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65 AAAAGATTTAAAAAATGA-ATCTATCTAACCAA-CAAATTAAAATAGCTATGACTATTTAAACAA
* * * *
383069 TTATTTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAAAAGTTTCTATTCATACAAG
128 TTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAAAGTTTATATCCATACAAG
383134 TTTATTCAAA
193 TTTATTCAAA
383144 ATAAGATAAT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 28, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
242 13 0.08
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Consensus pattern (242 bp):
ATTCATAAAGGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCCAAAAATTAATAACTA
AAAGATTTAAAAAATGAATCTATCTAACCAACAAATTAAAATAGCTATGACTATTTAAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAAAGTTTATATCCATACAAGTTT
ATTCAAACCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT
Found at i:383195 original size:424 final size:424
Alignment explanation
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Period size: 424 Copynumber: 2.0 Consensus size: 424
382457 TGAACAATTA
** * *
382467 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTT
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* * * * * * * *
382532 ATTTGGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAA
66 ATTTAGAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA
** *
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* * ** * * *
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* * * *
382727 AATACTAATTTACTAATATTCCGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATCTAAC
261 AATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATCTAAC
* * * *
382792 GAACAAATTAAAATAG-CTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
326 AAACAAATTAAAATAGTC-ATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTATG
*
382856 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTCCATACAAG
390 TTTTGACATAAAACAATTGTTTATGTCCATACAAG
* * * *
382891 TTTATTTCAAACCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAGGCTT
1 TTTATTTCAAACCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTT
*
382956 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAA
66 ATTTAGAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * *
383020 ATATATCTGTTTA-CCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAT
131 ATAAATATGTTTATCCAA-TAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
* ** * *
383084 CATTATAATATTTTGTTT-AGTCATAAAACAAAAGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATA
195 CATTATAATATTTTATTTCA-TCATAAAA-AAAAGCATCAATTCATACAAGCTTATTTCAAAA-A
* * * * * ** * *
383147 AGATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
257 AAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATC
* * * * ** *
383212 TACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTATTATGACATT
322 TAACAAACAAATTAAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
383277 ATGTTTTGACATAAAACAATTGTTT
387 ATGTTTTGACATAAAACAATTGTTT
383302 CTATTCATAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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425 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (424 bp):
TTTATTTCAAACCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTT
ATTTAGAATAAAACAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA
ATAAATATGTTTATCCAATAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATC
ATTATAATATTTTATTTCATCATAAAAAAAAGCATCAATTCATACAAGCTTATTTCAAAAAAAAT
AATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATCTAAC
AAACAAATTAAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTATGT
TTTGACATAAAACAATTGTTTATGTCCATACAAG
Found at i:383196 original size:181 final size:181
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382883 CATACAAGTT
* * * *
382893 TATTTCAAACCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAGGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTA
* * * * **
382957 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
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* * *** * *
383022 ATATCTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATT
130 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
* ** * ** *
383074 TATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAAAAGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
383139 TCAAAATAAGATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * **
383204 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATC
131 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * * **
383255 TATTTCAAATTATTATGACATTATGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
383320 TCAAAATAAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--A-GAGATTCAAAAACT
66 TCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAAT
* ** * * **
383381 AAATCTATTTATCGGACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATGATTATC
130 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
*** * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * * * * * *
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65 TTCAAAATAAAATA--ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAA
* * * * * *
383559 ATAAATGTATTTGCTAAACCAA--TCAAATAGTTAAGACT-GTTAGAACAATTATT
128 ATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATC
* * * ** *
383612 TATTTTAAATCTTTTTGACCTTTTGTTTACTCATAAAATAAATT-TTTC-AGTTCATACATA-CT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCT
** * * * *
383674 TATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACA--CATAGAAAATTAATAAGCAAGGA-ATTTAC
63 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TA-AAAATTAATAA-CTAGGAGATTTA-
* * * * *
383736 AAAAATAAATCTATTTACCAAATAATTTCATATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
124 AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * * * *
383794 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-ATTTCATAAAAGTTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
383858 TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
383922 TAAATCAATTTATCTAATAAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATC
129 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
* ** * * * **
383975 TGTTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCAAACAAGCCAA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
*** * *
384039 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGACA-TT-----A
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
384097 T---T-TGTTTATCAAACCAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATA
129 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * * *
384146 TATTTTAAGA-CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
384210 TTCGAAACAAAATAATGCTAATCTAATAATA-TCTTGAAAATTAATAACCTA-GAGATTTAAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAA-CTAGGAGATTTAAAAA
* * ** * * * * * * *
384273 ATAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAATG-CTATATAAATAATTTTT
128 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTAAACAATTATC
*
384327 TATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTC
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
384359 GTAATCTATT
Statistics
Matches: 1014, Mismatches: 221, Indels: 100
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Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAATA
AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
Found at i:384031 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 383997--384033 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
383987 TTATGAACTT
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*
384016 TTGTTTT-TCATCAAACAA
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Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAA
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Indices: 384096--384666 Score: 657
Period size: 308 Copynumber: 1.9 Consensus size: 308
384086 GTAGGACATT
* *
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1 ATTTGTTTATCAAACCAACTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGACATTA
* * *
384161 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAAT
66 TAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAAT
* * * * * * ** * *
384226 GCTAATCTAATAATATCTTGAAAATTAATAACCTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAA
131 ACTAATCTAATAAAATCTTCAAAATTAATAACATAAAAATTTAAAAAATAAAAATGTTTATCAAA
* * * * * * *
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* * * * * **
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1 ATTTGTTTATCAAACCAACTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGA-CATT
* * * * **
384468 ATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTATGTTAATACAAGCTTATTCGGATTAAAATA
65 ATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTA-TTTATGTTAATACAAGCTTATTCGAAACAAAATA
* * *
384532 ATACTAATTTATTAAAAT-TTCAACAATTAATAA-ATAAAAAATTTTAAAAATAAAAATGTTTAT
129 ATACTAATCTAATAAAATCTTCAA-AATTAATAACAT-AAAAATTTAAAAAATAAAAATGTTTAT
* * * * * * *
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192 CAAACCAGATCAAATAGTTAATG-CTATATAAATAAATATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTT
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256 GTTTTGTC
384667 ATAAAAAAAT
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 45, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (308 bp):
ATTTGTTTATCAAACCAACTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGACATTA
TAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAAT
ACTAATCTAATAAAATCTTCAAAATTAATAACATAAAAATTTAAAAAATAAAAATGTTTATCAAA
CCAGATCAAATAGTTAATGCTATATAAATAAATATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTT
GTCGTAATCTATTAATATTTGAAAATTAATATGAGATTTAAAAATTAA
Found at i:384719 original size:181 final size:180
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Indices: 384389--386871 Score: 1336
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 180
384379 AATTAATATG
* * * * *
384389 AGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
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65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTT-TATTCATACAAGCTT
* * * * *
384517 ATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAACAATTAATAAATAAA
128 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
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1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * **
384634 CTATTTCAAATCGCTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTAATATAAAATTA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-TTCATACAAGCTTA
* * ** * **
384699 TTCAAAATAAAATGATACTAAGCTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAATTAGG
129 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA
** * * * * *
384751 AGATTTAAAAAATGCATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATA-ATATGACTATTTGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * ** * *
384815 TATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAATGATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTCATACAAGCTTA-T
* *
384880 TCG-AATAAAATAATA-TAAATATATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGAAAA
130 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAA
* * * ** * * *
384930 AGATGTAAAAAATAAATATGTTTATCAAGTAAGTTGAAATTTTTATGACTATTTGAATAAATATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
384995 TATTTTAAATTGTTATGACTTTTTCTCTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTAC
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
385060 TCGGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAA
130 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
385111 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTCATGCCTAGTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
385175 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTTCATTCTTATAAGCTTA
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* *
385240 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGTGAGAA
129 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-A-AA
* * * * *
385294 A-A-TTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAT-A-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * *
385355 TGTATTTCAAAACATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAAAAAATGGTTCTATTCATGCAAGCTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTTATTCATACAAGCTT
* *
385419 ATTTCG-AATAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
128 A-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * ** * * *
385472 A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATA
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
385536 TATTTCAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATA-ACAGCTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACA-AGCTTA
* * *
385600 TTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
129 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA
* * * * *** * * * *
385652 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGACTCCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * **
385716 TACTTTCAAATTGTTATGATCTTTTG-TTTGTTCATAAAATAATTGTTTCTATTAATACAATTTT
66 TA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAGCTT
* * * **
385780 ATTTGAAATAAAACAATACTAACTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTTGTA
128 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAA
* *** ** * * * * *
385834 A-ATCTATTTACCAAACAAG--T-TGAAAT-AG-TCATATTCA-TT-TGAACTA-TT-AACTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCA-AAT-AGTTATG-ACTATTTGAACAATT
** ** * * * * **
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63 ATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAGC
* * * * *
385946 TTATT-TAGATTAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----
126 TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * *
385997 AGGTTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCAAA-ACAATTCAAATAGTTATGATTATTGGAA-AACTTA
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTA
* * * *
386060 TCTATCTT-AAAACGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTT-TTCATACAAGC
64 TCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT--TTATTCATACAAGC
* * * * * * * * *
386122 TTCTTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAGATTATTGAGTAAG
126 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* ** *** * *
386177 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCTGGCT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
386241 TTATGTCAAATCATTTTGACCTTTT-TTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCT
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-G-TCATAAAACAATTATTTTA-TTCATACAAGCT
* * * * * * *
386304 TATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTGAAACATTAATGAGCAAG
127 TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
386357 AGATTTAAAATAATAAGTCTGTTTATCAAAAAAGTTAAAAAAAGATT-TGACTTTTTTAACAATC
1 AGATTTAAAA-AATAAATATGTTTATCAAATAAGTT-CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
386421 ATTCTAAATATTTAAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTCAGTTAATAA
63 A-TCT--AT-TTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-TTCATAC
* * * * * *
386486 AAACTTATCTC-AAATAAAATAATATTACTTTATTAAAATATTTCAAAAATTAAGAAGCAAG
122 AAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATT--AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
386547 AGATTTAAAAACTAAAACCAT-TTTCTGAACT-AGTTC-AA-A--TA-G-----TT--A-AA-TA
1 AGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * * * *
386596 TCGGTCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACTATTATTTTTTATCATCCAAGCTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAT-TCATACAAGCTT
* * * * * *
386660 AGTC-AGATAAAAATAATACTATTTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-AG---G
128 ATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * ** * * * * *
386709 AGATTAAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAA-CCGATTCAAATAGTTAAGAGTCTTAGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * * *
386772 TCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATATAATTATTATTTTTGTTCATACGAGCCT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTATTCATACAAGCTT
386837 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
128 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
386872 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 1759, Mismatches: 412, Indels: 266
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 9 0.01
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179 159 0.09
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AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTCATACAAGCTTATT
CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
Found at i:385484 original size:541 final size:534
Alignment explanation
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Period size: 541 Copynumber: 3.6 Consensus size: 534
384412 ATTAAACCAA
* * *
384422 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT-TATCA
* * * *
384487 TAAAACAA-TAGTT-TATGTTAATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
65 TAAAACAATTATTTCTAT-TCAA-ACAAGCTTACTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
384550 TTCAAC-AATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAAAATGTTTA-TCAAACTAGATCAAATAGT
128 TTCAACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAA-TAGTTCAAATAGT
* * ** * * * *
384613 CATGACTTTTTGAATAAATATCTATTTCAAATCGCTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
191 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATT
* ** ** * **
384678 ATTTT-AGTTAATATAAAATTATTCAAAATAAAATGATACTAAGCTATTAATATTCAAAAAATTA
256 GTTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
* * * *
384742 ATAATTAGGAGATTTAAAAAATGCATCTATTTACCAA-ATAAGTTTAAATA-ATATGACTATTTG
321 AT-AGTA-GA-A-TTAAAAAATGAATCTATTTACCAACAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** * * *
384805 AACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTCTTGTCAT-AAAATGATTTTTTTGTTCAT
381 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGTTTCTATTCAT
*
384869 ACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGATAATTAATAAGAAAAAGAT
446 GCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATATATTAATATTAA-A-AATTAATAAG-AAAA-AT
* * *
384934 GTAAAAAATAAATATGTTTATCAAGTAAG
507 TTTAAAAATAAATATGTTTTTCAA-TAAG
* ** * * * * *
384963 TTGAAATTTTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTCTCTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGT-TTATCA
* *
385028 TAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTACTCGGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTT
65 TAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTACTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
385093 CTACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCAT
130 CAACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTCAT
* *
385157 GCCTAGTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTT
194 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTT
**
385222 TTCA-TTCTTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAAT
259 TTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAAT
*
385285 GAGTGAGAAAATTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAA
323 -AGT-AG--AATTAAAAAATGAATCTATTTACC-AACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
385349 CAATTATGTATTTCAAAACATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAAAAAATGGTTCTATTCATGC
383 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGTTTCTATTCATGC
* *
385413 AAGCTTATTTCGAATAAAAAAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
448 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATATATTAATATT--AAAAATTAATAAG-AAAAATTTT
*
385478 AAAAATAAATATGTTTTTTGAATAAG
510 AAAAATAAATATG-TTTTTCAATAAG
* * * * * *
385504 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATATATTTCAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTATCA
* * * * * * * *
385569 TAAACCAATTGTTTCTATTCATAAC-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-AAT
65 TAAAACAATTATTTCTATTCA-AACAAGCTTACTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *** * * *
385632 TCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGACTCCAAATAGTTA
129 TCAACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAATAGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
385697 TAACTATTTGAATAATTAT-TACTTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTGT-TCATAAAATAATT
193 TGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TATAATAAAACAATT
* ** * *
385760 G-TTTCTA-TTAATACAATTTTATTTGAAATAAAACAATACTAACTTATTAATATTCAAAAAATT
256 GTTTTC-AGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * *
385823 AATA--AG--TT-----GTAAATCTATTTACCAAACA-AGTTGAAATAGTCAT-ATTCATTTGAA
320 AATAGTAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACC-AACATAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAA
* * * * *
385877 CTATTAACTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGC
383 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGTTTCTATTCATGC
** * * * * **
385942 AAAATTATTTAGATTAAAATAATACT-GATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGGTTT
448 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATATATTAATA--TTAAAAATTAATAAGAAAAATTTT
* * *
386003 AAAAACTAAATCTGTTTTTCAAAACAA
510 AAAAA-TAAATATGTTTTTCAATA-AG
* * * * * *
386030 TTCAAATAGTTATGATTATTGGAA-AACTTATCTATCTT-AAAACGTTATGATCTTTAT-TTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATTTAT-TTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTAT
* * * * *
386092 CATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTT-CTTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
63 CATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTAC-TCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * ***
386156 TTCCAA-AGATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCTGGCTAGTTCAAATAGT
127 TTTCAACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAATAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
386220 TAAGACTATTAGAACAATTATTTATGTCAAATCATTTTGACCTTTT-TTTTAGATATAAAACAAT
191 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATA-ATAAAACAAT
* * *
386284 T-ATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
255 TGTTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
386335 CATTGAAACA
Statistics
Matches: 1125, Mismatches: 200, Indels: 110
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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544 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTATCAT
AAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTACTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTCATGA
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTT
CAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAGT
AGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGTTTCTATTCATGCAAGCTTAT
TTCGAATAAAATAATATAAATATATTAATATTAAAAATTAATAAGAAAAATTTTAAAAATAAATA
TGTTTTTCAATAAG
Found at i:385580 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 384389--386381 Score: 1075
Period size: 360 Copynumber: 5.6 Consensus size: 361
384379 AATTAATATG
* * * * * * * * *
384389 AGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACAATTAT
* ** * * * * * * *
384453 TTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTATGTTAAT-ACAAGCTT
65 ATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAC-AGCTT
* * * * * * *
384517 ATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AACAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAA
129 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
** * * * * * * * * * *
384581 ATAAAAATGTTTATCAAACTAGAT-CAAATAGTCATGACTTTTTGAATAAATATCTA-TTTCAAA
193 ATAAATCTATTTACCGAACGA-ATCCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTAT-TACTTTCAAA
* ** * * ** * * * ** *
384644 TCGCTGTGACCTTTTGTTT-TGTCAT-AAAAAAATTATTTTAGTTAATATAAAATTA-TTCAAAA
256 ACATTATGATCTTTTGTTTGT-TCATAAAAAAAATGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAA
** ** * **
384706 TAAAATGATACTAAGCTATTAATATTCAAAAAATTAATAATTAGG
318 TAAAAAAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
** * * * * * * * * *
384751 AGATTTAAAAAATGCATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAAT-ATGACTATTTGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACAATTATA
* *** * * * * ** * *
384815 TATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTCTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCAT-ACAAGCTTA
66 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAC-AGCTTA
* * * * *
384878 TTTCG-AATAAAATAATA-TAAATATATTAATATT-AAGATAATTAATAAGAAAAAGATGTAAAA
130 TTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTCAA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * ** ** * * * * *
384940 AATAAATATGTTTATC-AA-GTAAGTTGAAATTTTTATGACTATTTGAATAAATATTTA-TTTTA
192 AATAAATCTATTTACCGAACG-AA-TCCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTA-TTACTTTCA
*** * * ** * *
385002 AATTGTTATGA-CTTTT-TCTCT-TATCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTA-CTCG
254 AAACATTATGATCTTTTGT-T-TGT-TCATAAAAAAAATGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-
* * * * *
385063 GATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAA
315 GAATAAAAAAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAA
** * * *
385111 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGCCTAGTTGAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACAATTATA
*
385176 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTT-TCATTCTTATA-AGCTT
66 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-ACAGCTT
* *
385239 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATGAGTGAGAAA-A-TTAAA
129 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA-AAAAATTAATAAGT-A-AAAGATTTAAA
* * *
385301 AAATGAATCTATTTACCGAAC-ATATTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATGTA-TTTCA
191 AAATAAATCTATTTACCGAACGA-ATCCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTAT-TACTTTCA
* *
385364 AAACATTATGATCTTTTTTTTG-TCATAAAAAAAATGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAAT
254 AAACATTATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAAAAAATGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAT
*
385428 AAAAAAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
319 AAAAAAATAT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
* ** * * *
385472 A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATA
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACAATTATA
* * * * *
385536 TATTTCAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAACAGCTTAT
66 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAGCTTAT
*
385601 TTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
131 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * ***
385666 AATCTATTTACCGAGCGACTCCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTACTTTCAAATTGTT
196 AATCTATTTACCGAACGAATCCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATTACTTTCAAAACATT
* * * * ** *
385731 ATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAATAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTT-GAAATAAAACA
261 ATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAAAAAATGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAAAA
*
385795 ATACTAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGT---
325 ATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * * *
385830 ---TGT---AAAT--CTA--TTTACCAAACAAGTTGAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATTA-
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACT-AGTTAAACAATTAT
* * * * * *
385883 ACTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAA-A-A
65 A-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AACAGC
* * * * ** *
385946 TTATTT-AGATTAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGGTTTAAA
127 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * ** * * *
386006 AACTAAATCTGTTTTTCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGATTAT-TGGAA-AACTTATCTA-TCT
191 AAATAAATCT-ATTTACCGAACGAATCCAAATAGTTATAACTATCT-GAACAA-TTAT-TACT-T
* * * * *
386067 T-AAAACGTTATGATCTTTAT-TTTG-TCAT-AAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTT-CTT
251 TCAAAACATTATGATCTTT-TGTTTGTTCATAAAAAAAATGGTT-CTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * * *
386127 CGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAGATTATTGAGTAAG
314 C-GAATAAAAAAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
* * *** *
386177 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCTGGCT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGAACAATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAATAAGTTCAAATAGTCATA-ACTAGTTA-AACAATT
* * * * * *
386239 ATTTATGTCAAATCATTTTGACCTTTT-TTTTAGATATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAG
63 ATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATA-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAACAG
* * * * * *
386302 CTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-GAAACATTAATGAGCAAGAGATTTAA
126 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* *
386365 AATAATAAGTCTGTTTA
190 AA-AATAAATCTATTTA
386382 TCAAAAAAGT
Statistics
Matches: 1290, Mismatches: 257, Indels: 170
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 9 0.01
344 55 0.04
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346 11 0.01
348 4 0.00
349 123 0.10
350 3 0.00
351 4 0.00
353 8 0.01
355 3 0.00
356 21 0.02
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360 439 0.34
361 267 0.21
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363 13 0.01
364 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACAATTATA
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAACAGCTTAT
TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
AATCTATTTACCGAACGAATCCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATTACTTTCAAAACATT
ATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAAAAAATGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAAAA
TATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
Found at i:386919 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 386764--386972 Score: 238
Period size: 101 Copynumber: 2.1 Consensus size: 101
386754 AGAGTCTTAG
* * * ** ** *
386764 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATATAATTATTATTTTTGTTCAT
1 AATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCAT
* * *
386829 ACGAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 ACAAGCATATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATT
* ** * *
386865 AATATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCAT
1 AATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCAT
* * **
386930 ACAAGCATATTGGGAATAGGATAAAACTAATTTATT
66 ACAAGCATATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATT
386966 AATATTT
1 AATATTT
386973 CAAAAATTTA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 20, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
101 88 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (101 bp):
AATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCAT
ACAAGCATATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATT
Found at i:387302 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 386950--387600 Score: 411
Period size: 178 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
386940 TGGGAATAGG
* * * *
386950 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
387015 TCGAACCAATTCAAATAATTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATTACCTTTTG
66 CCAAACCAATTCAAATAATTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* *
387080 TTTTCCAATAAAACAATTGTTTTGGTTAAGATAAGTTTATTTGAAATAAC
131 TTTTCCAATAAAACAATTGTTCTGGTTAAGATAAGTTTATTTGAAATAAA
* *
387130 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTGTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-TAAATCTATT
* * * ** * *
387193 TACCAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTT
64 TACCAAACCAATTCAAATA-ATTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * * * *
387258 TTATTTTGTC-ATGAAACTATTGGTTCT-GTTCATACT-ATTTTATTTGAAATAAA
128 TTATTTT-CCAATAAAACAATT-GTTCTGGTTAAGA-TAAGTTTATTTGAAATAAA
* * * * * ** * * * * *
387311 ATAATAATAA---CTTAATATTTGAAAACTTAACAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTG
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
* * * * * ** * * * ** *
387373 TCAAACTAGTTCAAA-AAGTTAAGACTATATAAATGATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACCTTT
66 CCAAACCAATTCAAATAA-TTAA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * * * * *
387437 TCTTTTGTC-GTAAAACAAATGTT-TTGTT-CGTATAAGCTTATTCT-AATTAAA
129 TATTTT-CCAATAAAACAATTGTTCTGGTTAAG-ATAAGTTTATT-TGAAATAAA
* * * * *
387488 ATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT-A--AA-ATATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTT
* ** * ** * *
387548 ACCGAATTAATTTAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATC
65 ACCAAACCAATTCAAATAATTAA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
387601 GTTTTGACCT
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 91, Indels: 42
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 55 0.15
177 33 0.09
178 94 0.26
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ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
CCAAACCAATTCAAATAATTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
TTTTCCAATAAAACAATTGTTCTGGTTAAGATAAGTTTATTTGAAATAAA
Found at i:388384 original size:176 final size:175
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Period size: 176 Copynumber: 2.7 Consensus size: 175
387903 GTGGTCATAT
* * * *
387913 GAACGATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTATTTTTA-AT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATC-TTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAT-ATT-TTTTCATAT
* *
387976 CATACAAGCGTATTT-GAA-AGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
62 CATACAAGCTTATTTGGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA--ATTAA-TAAG
* * ** *
388039 AGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
122 AGATTTAAAAAAGAAATATATTTATCGAACCAATTCAAATAGCTAAAACTATTA
* * ** * * * *
388093 GAACAATTAT-TAGTCTCAAAT-TGCTAAGATCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTC-TGAT
1 GAACAATTATCTA-TTTCAAATCTTCTAACCT-TTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTTTTCAT-AT
* * * * * **
388155 CATAGAAGCTTATTTGG-TTAAAAAGAATACTAGTTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGA-
62 CATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGAT
* * *
388218 TTAAAAAAGAAATTTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGCTAAAACTATTA
126 TTAAAAAAGAAATATATTTATCGAACCAATTCAAATAGCTAAAACTATTA
* *
388268 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATC-TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTT-TTTCATATCA
* * * *
388333 TACATGCTTATTTGGAATAAAATAATCCCAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGA
64 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGA
388392 AAAAGATTTT
Statistics
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178 11 0.05
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GAACAATTATCTATTTCAAATCTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTTTTCATATCATA
CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAAGAAATATATTTATCGAACCAATTCAAATAGCTAAAACTATTA
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* * * * * ****
388348 AATAAAATAATCCCAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGAAAA-AGATTTTTTTTAA-AAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAA-AAAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* ** * * *
388411 TTCATTTACTGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATTTAAAAACATT
64 TTTATTTACCAAATC-AATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT-ATCTATTGAAAAACATT
*
388474 ATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTG-T-T-T-T-AGCTTATCCAA
127 ATGACCTTTTGTTTTGACACAAAACAATTGCTATCTATAAGCTTATCCAA
* * * *
388519 AATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAATATTAATAAAAAAGAG-TTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * **
388583 T-TCTTACCGAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATTATTATG
66 TAT-TTACCAAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAACATTATG
* * *
388647 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGCTTCAGTCCATATAAGTTTATTCAA
130 ACCTTTTGTTTTGACACAAAACAATTGC-T-A-T-C-TATAAGCTTATCCAA
** * *
388699 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * *
388764 TATTTACCAAATCATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATT
66 TATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
388815 CTAGATCTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 7 0.03
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Consensus pattern (176 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAACATTATGA
CCTTTTGTTTTGACACAAAACAATTGCTATCTATAAGCTTATCCAA
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Indices: 388511--388914 Score: 445
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
388501 TTGTTTTAGC
* * * * *
388511 TTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAATATTAATAAAAAAGAGTTTAAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAAAAAGAGTTTAAAAA
* * * * *
388576 ATAAATTTTCTTACCGAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATT
66 ATAAATTTTCTTACCAAATCAATTCAAATAATTATAACCATTTCAACAATTATCTATTCAAAATT
* *
388641 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGCTTCAG-TCCATATAAGT
131 ATTATGACCTTTTGTTTGGTCACAAAACAATTGCTTCAGAT-CATACAAGT
** *
388691 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAAAAAGAG-TTTAAAA
* * * ** * *
388756 AGTAAATTTAT-TTACCAAATCATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTCTAGA
65 AATAAATTT-TCTTACCAAATCAATTCAAATAATTATAACCATTTCAACAATTATCTATTCAAAA
* ** * * * ** *
388820 TCT-TTATTACCTTTTGTTTGGTCTTATAGCAATTGTTTTTGATCGTACAAGT
129 T-TATTATGACCTTTTGTTTGGTCACAAAACAATTGCTTCAGATCATACAAGT
** *
388872 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
388915 TTAACAGGTA
Statistics
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0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 49 0.26
181 134 0.72
182 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAAAAAGAGTTTAAAAA
ATAAATTTTCTTACCAAATCAATTCAAATAATTATAACCATTTCAACAATTATCTATTCAAAATT
ATTATGACCTTTTGTTTGGTCACAAAACAATTGCTTCAGATCATACAAGT
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Period size: 58 Copynumber: 3.5 Consensus size: 57
389480 CACTTTTGTA
* ** *
389490 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCC-CAAAATATTTTTTAGAAATTTTAATTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATA-TTTTTAGAAAGCTTATTTT
* * *
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1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC-CAAAAAAT--ATTTTTAGAAAG-CTTATTTT
* *
389606 TAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATA-TTTTTAGAAAGCTTATTTT
*
389664 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTT
389690 GATACTTTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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57 32 0.26
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Consensus pattern (57 bp):
CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATATTTTTAGAAAGCTTATTTT
Found at i:389662 original size:58 final size:58
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Indices: 389490--389689 Score: 255
Period size: 59 Copynumber: 3.4 Consensus size: 58
389480 CACTTTTGTA
** *
389490 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCC-AAAATATTTTTTAGAAATTTTAATTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTT
* * **
389547 CAAGGAAAATTGATACTTTCACCTTTTCCTTAAAAA-ATCCATTTTT-G-AAGACTTATTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATAT---TTTTTAGAAAG-CTTATTTT
*
389606 TAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTT
*
389664 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTT
389690 GATACTTTCA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 15
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
57 34 0.28
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Consensus pattern (58 bp):
CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTT
Found at i:389693 original size:15 final size:15
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Indices: 389673--389704 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
389663 TCAAGGAAAA
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1 TTGATACTTTCAACT
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1 TTGATACTTTCAACT
389703 TT
1 TT
389705 TCCTCAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
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Consensus pattern (15 bp):
TTGATACTTTCAACT
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Indices: 389615--389761 Score: 253
Period size: 72 Copynumber: 2.0 Consensus size: 73
389605 TTAAGAAAAA
389615 TTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
1 TTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
389680 TTTCAACT
66 TTTCAACT
* *
389688 TTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAA-ATTTTTTAGCAAA-TTTATTTTCAAGGAAAATTGATA
1 TTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAG-AAAGCTTATTTTCAAGGAAAATTGATA
389751 CTTTCAACT
65 CTTTCAACT
389760 TT
1 TT
389762 TCCTCATTCT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 2, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (73 bp):
TTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
TTTCAACT
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Indices: 391407--391462 Score: 67
Period size: 7 Copynumber: 7.3 Consensus size: 7
391397 CAAAGGCAAC
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1 TTA-TTTT
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1 TTA-TTTT
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391439 TTATTTT
1 TTATTTT
391446 TTATTTT
1 TTATTTT
391453 TTATTATT
1 TTATT-TT
391461 TT
1 TT
391463 TAATTTTGAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
7 19 0.41
8 19 0.41
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Consensus pattern (7 bp):
TTATTTT
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Indices: 391410--391469 Score: 79
Period size: 8 Copynumber: 7.4 Consensus size: 8
391400 AGGCAACTTA
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1 TTTTTTAT
391418 TTTTTTAT
1 TTTTTTAT
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1 TTTTTT-AT
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1 TTTTTTAT
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1 TTTTTTAT
391449 TTTTTTAT
1 TTTTTTAT
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1 T-TTTTT-AT
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1 TTT
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Statistics
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Consensus pattern (8 bp):
TTTTTTAT
Found at i:391448 original size:32 final size:32
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Indices: 391407--391469 Score: 110
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
391397 CAAAGGCAAC
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1 TTATTTTTTATTTTTTATTATTTTTAATTTT
391470 GATCAAAGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTTTTATTTTTTATTATTTTTAATTTTT
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Indices: 391477--391703 Score: 240
Period size: 42 Copynumber: 5.4 Consensus size: 41
391467 TTTGATCAAA
* * *
391477 GCTCCTCTAAGCAGAGGCTCAACGATTTTGGAAAAATAGATG
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATGATTTT-GAAAAATAAATG
*
391519 GCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATAATTTTGGAAAAATAAATG
1 GCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATGATTTT-GAAAAATAAATG
* * *
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1 GCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATGATTTT-GAAAAATAAATG
* * * * *
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* ** * * *
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1 GCTCCTCTAA-ACAGAGGCTCAATGATTTTGAAAAATAAATG
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1 GCTCCTCTAAACAGAGGC
391704 AACGAAACTT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 22, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:391582 original size:84 final size:84
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Indices: 391477--391731 Score: 309
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391467 TTTGATCAAA
* * * *
391477 GCTCCTCTAAGCAGAGGCTCAACGATTTTGGAAAAATAGATGGCTCCTCTAAACAGAGGC-TCAA
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*
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* * * *
391561 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATGGTTTTAGAAAAATAAATTACTCCTCTAAACAGAGGCAACCA
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGATTTT-GAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAA
* *
391626 TGACTTT-GAAAAGTAAATG
65 TAACTTTGGAAAAATAAATG
* * * * * *
391645 GCTCCTCTAATAAGAGGCTCCACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACGA-
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGATTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAAT
*
391709 AACTTTGGAAAAATAAATT
66 AACTTTGGAAAAATAAATG
391728 GCTC
1 GCTC
391732 ATTGACAATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
82 5 0.03
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AACTTTGGAAAAATAAATG
Found at i:392801 original size:63 final size:62
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Indices: 392701--392839 Score: 170
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* *** * *
392701 AAGCTTATCAACACTAACCATTTCAAAATAAATTTCATGTTCTGTCACTTGGTCATCGTTCAT
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* * *
392764 AAGCTTCTCAATACTAGCCATTTTAAAACAAATTTCATCACCTATCACTTGGTCATCATTCAT
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*
392827 AAACTTTCAACAC
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Statistics
Matches: 64, Mismatches: 12, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AAGCTTTCAACACTAACCATTTCAAAACAAATTTCATCACCTATCACTTGGTCATCATTCAT
Found at i:393541 original size:18 final size:19
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Indices: 393520--393555 Score: 56
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393510 TTTTCTCATT
*
393520 TTTTTTCTTCT-TTTTTTC
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393538 TTTTTTCCTCTATTTTTT
1 TTTTTTCCTCTATTTTTT
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Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 397545--397744 Score: 296
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397535 TTCTTTTGTA
* * ** *
397545 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCC-AAAATATATTTTAGAAATTTTAATTT
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* *
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* * *
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1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTC
397745 TTTATTCTTC
Statistics
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0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
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* * * *
400537 TATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACTAGCTC
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* * * * * *
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*
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* *
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* ** *
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* * * *
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** * * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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** * * ** * *
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** *
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* * * * * *
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1 ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA AT-AA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA -ATAA
* * * * * *
403807 ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA AGAT ATAC ATAT ATTA ATAC ATAGTA AT-A
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* *
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1 ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA A
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ATAA
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* *
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1 -ATA-ATAAATAAAATAATAATA
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1 ATAATAAATA
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1 ATAAATAAATATATAA-TA-AT-A
*
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1 AT-AAATAAATATATAATAATA
* *
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1 ATAAATAAATATATAAT-AAT-A
*
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1 ATAAATAAATATATA-ATAATA
* * *
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1 ATAAATAAATA
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*
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1 ATAAATAA
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*
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*
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1 ATAAATA-A
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*
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* *
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* *
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1 ATAAATAA
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*
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* *
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* *
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1 ATAAATAA
* *
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* *
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* *
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* * * *
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* *
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* ** *
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*
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* *
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*
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404204 TTTTGGAAAC
* *
404214 AGAGGCACCACGACTTTGGAAATTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCACCATGACTTTGAAAAGT
1 AGAGGCACCACGACTTTGGAAAGTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCACCACGACTTTGAAAAGT
404279 AAATTGCTCCTCTAAAG
66 AAATTGCTCCTCTAAAG
*
404296 AGAGGCACCAC-ACTTTGGAAAGTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCACCACGACTTTGGAAAGT
1 AGAGGCACCACGACTTTGGAAAGTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCACCACGACTTTGAAAAGT
404360 AAATTGCTCCT
66 AAATTGCTCCT
404371 TGACAATCAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 3, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
81 61 0.85
82 11 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.23, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (82 bp):
AGAGGCACCACGACTTTGGAAAGTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCACCACGACTTTGAAAAGT
AAATTGCTCCTCTAAAG
Found at i:411089 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 410744--412026 Score: 924
Period size: 180 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180
410734 GTACCAGCTA
* * * * * ** * * *
410744 TTTTGGCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * ** * ** * * * *
410809 TAATATTTTGAAACTTAGTAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTAATT-GCTGAACCAATTCA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAATCAGTTCA
* * *
410872 AATAGTTAAGACTATATA-AATGATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTC
128 AATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * *
410925 TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTT-A
* * * * * *
410989 -TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-CAAAGTCATTTCA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-TCAGTTCA
* * * *
411052 AATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATAC-ACTTCAAATTGTTTTGACCATTTG
128 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT-CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* ** * *
411105 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAATTAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * *
411170 TAACATTTGGAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTTA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTCA
** * * * * ** * * *
411233 AATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTTTAACCTTTTA
128 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * *
411286 ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * * *
411351 AATATTTCCTAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAAT
* * * * ** * *
411416 AATTATGGCCAATT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTA
131 AGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * *
411466 TTTTTTCATAAAACAATTATTT-T-TTATCTTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTG
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT-T-ATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
411529 ATTAATATTTCAAAAATTTATAGGTAACATATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAA-CTAGTTC
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTC
* * * * * ** *
411593 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATTGTTAAAATC-TTTG
127 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
** * * * ** ** *
411646 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGATGCTTATTTG-GTTAAAATAATTTTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
411710 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACCAGTTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAATCAGTTCAA
* * *
411770 ATATTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCA-AACCTTTTG
129 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTG
* * * * * * *
411822 TTTAGTCATATAATATTTGTTTCATGTCT-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTTATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
411886 TGAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAA-CAAGTT
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAATC-AGTT
* * * ** * **
411949 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAAT-TACATAAAATCATTATGACCTTTTG
126 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
*
412004 TTTTGACATAAAACAATTGTTTC
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
412027 AATTCATAAA
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 193, Indels: 77
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 71 0.08
176 36 0.04
177 27 0.03
178 4 0.00
179 35 0.04
180 315 0.36
181 293 0.34
182 86 0.10
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAAT
AGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
Found at i:411209 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 410868--412043 Score: 944
Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
410858 GCTGAACCAA
* * *
410868 TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AATGATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTCTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** ** * * *
410932 ATAAAATAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATAT
* * * * * *
410995 TTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-CAAAGTCAT
129 TTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-TCAG
* * * * *
411048 TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATAC-ACTTCAAATTGTTTTGACCATTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT-CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
411112 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT
65 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** *
411177 TGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAG
130 TCAAAAATTAATAAGAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AG
* ** * * * * ** * * **
411229 TTTAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTTTAACCTTTTAATTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
411294 TAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGTG-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * *
411358 CCTAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAG
131 CAAAAATTAAT-AAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAG
* * * * * ** * * *
411409 TTAAAATAATTATGGCCAATT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTTTC
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * *
411473 ATAAAACAATTATTT-TTTATCTTATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTGATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
411536 TTTCAAAAATTTATAGGTAACATATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAA-CTAG
128 TTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AG
* * * * * ** *
411590 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
411654 TAAAACAATTGTTTCTAA-TCATAGATGCTTATTTG-G-TTAAAATAATTTTAATTTAATAATAT
66 TAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
411716 TTCAAAAATTAAT---AAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACCAG
129 TTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAATCAG
* * * *
411765 TTCAAATATTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
411829 ATATAATATTTGTTTC-ATGTCTTACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATCCAAATTTATGAACA
65 ATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATT-GAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
411892 TTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAA-CAAG
128 TTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAATC-AG
* * * ** * ** *
411947 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAAT-TACATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
412011 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAT
65 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
412044 CCAAAAAAAT
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 160, Indels: 76
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 70 0.09
176 36 0.05
177 31 0.04
179 36 0.05
180 248 0.31
181 273 0.34
182 97 0.12
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAG
Found at i:411436 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 410871--412043 Score: 1020
Period size: 361 Copynumber: 3.3 Consensus size: 354
410861 GAACCAATTC
* * * * * * ** * * *
410871 AAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTCTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** ** * ** * *
410936 AATAATTGTTTTGTTTGTACAAGCTTAT-TCATATTAAAATAATACTAATTTCATAATATTTAAA
66 AACAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATGT-GGA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
* * * * * * ** *
411000 AAACT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-CAAAGTCATTTCAAATGGTTAAGA
129 AAA-TAAATAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CCAGTTAAAATAATTAAAA
* * * *
411063 CTATTAGAATAATTATAC-ACTTCAAATTGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
188 CAATTAGAATAATTAT-CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
411127 CA-ATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAA
252 CATA-TCTTACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAA
411191 GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTT
315 GAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTT
* * * * **
411232 AAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTTTAACCTTTTAATTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
411297 AACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA-GTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT
66 AACAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTATGTGG-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-C-
* ***
411361 AAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCC
127 AAA--AATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTA-AAAC
** * * ** * **
411426 AATT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTTTT
189 AATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * *
411490 TATCTTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTTATAGGTA
254 TATCTTACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-A
* * * * * *
411555 ACATATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTC
317 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTT
* * * * * **
411593 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAAT--TGTTAAAATCTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTTTAACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
411656 AAACAATTGTTTCTAATCATAGATGCTTATTTGGTTAAAATAATTTTAATTTAATAATATTTCAA
65 AAACAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATGTGGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
* * * * * * * * *
411721 AAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATTA
129 AAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACAATTA
* * * * *
411786 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATATAATATTTGTTTCATGTC
194 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATATC
* * *
411850 TTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAG
258 TTACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAAG
* *
411915 ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTT
321 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTT
* * * *
411950 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAAT-TACATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATATAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATA
412014 AAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAT
65 AAACAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTAT
412044 CCAAAAAAAT
Statistics
Matches: 645, Mismatches: 142, Indels: 53
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 6 0.01
356 149 0.23
357 54 0.08
358 44 0.07
359 11 0.02
360 60 0.09
361 277 0.43
362 31 0.05
363 5 0.01
364 1 0.00
365 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATGTGGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
ATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTAAAACAATTAGA
ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATATCTTA
CAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTT
Found at i:412170 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 411896--412194 Score: 381
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
411886 TGAACATTTG
* * * **
411896 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
1 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACA
* * *
411961 ACTATTTGAATAATTAATTACATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT
66 ACTATTTGAACAATTAATTACATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCACATAAAACAAATGTTT
412026 CAATTCATAAAAGCTTATCCAA
131 CAATTCATAAAAGCTTATCCAA
* *
412048 AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCT-GATAGTTAC
1 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATT-TAAATAGTTAC
* ** **
412111 AACTATTTGAACAATT-GTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTCATCATAAAACAAATG
65 AACTATTTGAACAATTAAT-TACATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCA-CATAAAACAAATG
* * *
412174 TTTCAGTTTATACAAGCTTAT
128 TTTCAATTCATAAAAGCTTAT
412195 TTGAAATAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 18, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 5 0.04
151 102 0.81
152 19 0.15
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (152 bp):
AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACA
ACTATTTGAACAATTAATTACATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCACATAAAACAAATGTTT
CAATTCATAAAAGCTTATCCAA
Found at i:412370 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 412111--413490 Score: 684
Period size: 180 Copynumber: 7.8 Consensus size: 180
412101 TGATAGTTAC
* * * * * * *
412111 AACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA--ATG
1 AACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTAT-
* * *
412174 TTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
64 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * *
412236 AATAAGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCCGAATTAGTTCAAATAATTGT
126 AATAAGTAAG-AGATTTAAAAAG-AAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
* * * ** *
412292 AA-TCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTGGTTGTATAACAATTAT
1 AACT-ATTTCAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTAT
* * * *
412356 TTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAA-TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAG
64 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
412419 TAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATGAATCTATTTACTGAACTAATTCAAATAGTTAT
128 TAAGTAAGAGATTTAAAAAGA--AATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
* * * * *
412473 GACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAATTA-T
1 AACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATT
* * * * * * * *
412537 TTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAACAATACAAATCTAATAATATTCCAAAATTTAAT-
65 TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
412601 AGCTAAGGGATTTAAAAAGAAATTTGTTTGCCGAACTAGCTCAAATAGTT-A
130 AG-TAAGAGATTTAAAAAGAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
* * * * ** *
412652 AGACT-TTATAAACAATTATATAATTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTCATCATAAAAGAATT-
1 A-ACTATT-TCAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT-TTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * *
412715 TTCTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAGTAAAACGAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAA
63 TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
412780 TAAGTAAGAGA-TTAAAAA-AAATTCTATTTACCTAAATAGTTCAAATAATTGT
128 TAAGTAAGAGATTTAAAAAGAAA-TCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
* * * * ** * *
412832 AACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTCTAT-TTTCACATAAAACAAATGT
1 AACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTT-T-TGTTTGTCATAAAACAATTAT
** * * * * * * * * **
412896 TTT-TGCTCATATAAGTTTGTCCAAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTTTGAAAA-T--T
64 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
412957 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTTAAATAATTAT
129 AAGTAAGAGATTT-AAAAAGAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
* * * * * *
413009 GAA-TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAA---TTGT----TGTTCTAT-T-ATAAAACAA-TAG
1 -AACTATTTCAA-CAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTAT
** *
413062 TTTCTATTCAT---A--TTA----AAAT--AAT---ACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
64 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * **
413113 AAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCAT
129 AAGTAAGAGA-TTTAAAAAGAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
* * * * * * * * ** *
413166 GACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATAGTGTTTCATCATAAAA-AATTA-T
1 AACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATT
* * * * *
413229 TTCAATTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
65 TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
413293 AATTAAGAGA-TTAAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAT
129 AAGTAAGAGATTTAAAAAGA--AATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
** * * ** ** ***
413346 GGCTATTTAAATAATTATCGATTTGGAATAC--TATAACCTTTTGGTTTGTCATAAATTGATT-T
1 AACTATTTCAACAATTATATATTTCAAAT-CGTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * *
413408 TATT-TTTTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAAT
64 T-TTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AAT
* *
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125 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
413491 ATAAATTTGT
Statistics
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AACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTT
TCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAAGAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTGT
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412132 TTTAAAATTG
* * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTATC--CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
412206 TAATTA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAA-TCTATT
64 CAA-AACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGA-TTAAAAA--AAATTCTATT
* * * * * * * * **
412268 TGCCGAATTAGTTCAAATAATT--GTAATCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTG
124 TACCGAAATAGCTCAAATAGTTAAG-ACT-ATTTAAACAATTATATAATTCAAATCA
* *** * ** *
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1 TTATGACCTTTTGTTAT--CCATAAAACAATTATTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * * * * *
412386 ATAATAA-TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA-TCTATT
63 ACAA-AACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAA--AATTCTATT
* * ** * * * * *
412449 TACTGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCG
124 TACCGAAATAGCTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATATAATTCAAATCA
* * *
412504 TTATAACCTTTTGTTATGCCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAAC
1 TTATGACCTTTTGTTAT-CCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAC
* * * * *
412569 AATACAAATCTAATAATATTCCAAAATTTAAT-AGCTAAGGGATTTAAAAAGAAATT-TGTTTGC
65 AAAACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTAAAAA-AAATTCTATTTAC
*
412632 CGAACTAGCTCAAATAGTTAAGACT-TTATAAACAATTATATAATTCAAATCA
127 CGAAATAGCTCAAATAGTTAAGACTATT-TAAACAATTATATAATTCAAATCA
* * *
412684 TTATGACCTTTTGTCTCAT-CATAAAAGAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGT-T-ATCCATAAAACAATTATT-TCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
** * * ** *
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63 ACAAAACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAATTCTATTTACC
* * * * * * *
412812 TAAATAGTTCAAATAATTGTA-ACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA
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1 TTATGAC
412870 ATTCTATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.08, T:0.38
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TTATGACCTTTTGTTATCCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACA
AAACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAATTCTATTTACCGAA
ATAGCTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATATAATTCAAATCA
Found at i:414801 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 13.8 Consensus size: 180
414366 TAACCAATTT
* * * * *
414376 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* ** ** * * *
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* * * * * **
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128 AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTATTGAAAC-AGTTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
414801 AAAAATTATTTTTCA--ACATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 AACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
** * * * ** *
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* * * * ** *
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129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTATTGAAACAGTTC
* * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * ** * * * * *
415162 AAATAATTTTTTTGGCTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAAAGCAAATTTATTAATATT
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATA-CTAATTTATTAATATT
* * * *
415226 TCAAAATTAATCAA-TAAGATATTTAAAAAAT-AATTCAGTTTA-TCAAACCAGTTC
127 TAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-AATTTATTGAAA-CAGTTC
* * * * **
415280 AAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCGA-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC-ATA
* * * * * * * * * *
415344 AAATAAATGTTT-TGTTTATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTTG
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTA
* *
415408 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATATTTA-TCAAACCAATTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-ATTTATTGAAA-CAGTTC
* * * * * *
415456 AACTAGTTATGAATATTT-AGCCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTTTTCTATTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TATCAT
* * * * * *
415519 AAAATAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AGATTAATATAATACTAATATATTAATATTT
64 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * * * *
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127 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-ATTTATTGAAACAGTTC
* * * * * * * *
415637 AAATTGTCATGACTCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * *
415702 AA-AATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCCA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-TA
* * **
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129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTATTGAAAC-AGTTC
* * * ** * * * *
415816 TAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCGATTTGGATTCGCTATAACCTTTTGGTTTATCATA
1 -AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
** * * * *
415881 AAATGATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAACATAAGA-TAATTTTATTACTA-T
65 AAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATT
* * * * *
415942 TAAGACAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-TCAAGCAGGTTC
127 TAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTATTGAAACA-GTTC
* * * * * *
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1 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGAC-CTTTTGTTTTATCA
** * * * * * *
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63 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
416125 TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAGAAT--A-T-GTTTATTG-AACAAGTTC
127 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAA-AATAAATTAATTTATTGAAAC-AGTTC
* * * * * *
416178 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAT-GATTATGACCTTTTCTTTTGTAATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* ** **
416242 AAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCC
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--
* * *
416306 AAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACAAGTTC
128 AAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTAATTTATTGAAAC-AGTTC
* * * * * *
416360 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-T
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* ** * *
416424 AACAATTGGTTAT-A-TTCATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAGTGATC
66 AACAATT-GTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATT
* * * * *
416486 CAAAAAGTAATAGGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATCAATTTTTTG-AACATGTTC
127 TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTAATTTATTGAAACA-GTTC
* * *
416539 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * *
416604 ACCAATTGTTT-ATGTTCAAAAAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
66 AACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * * ** * *
416668 AAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATCCATTTACTG-AGCGAGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTATTGAAAC-AGTTC
* * * *
416719 AAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCC-TTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATCATA
* * *
416782 AAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
65 AAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
416846 AAAGATTAATAA
129 AAA-ATTAATAA
416858 TTTGAAGATT
Statistics
Matches: 1828, Mismatches: 367, Indels: 215
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Matches are distributed among these distances:
175 11 0.01
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178 15 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
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AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTATTGAAACAGTTC
Found at i:414933 original size:19 final size:19
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1 ACTATTTCAAATAGTTATG
* *
414928 ACTATTT-AAACAATTAT-
1 ACTATTTCAAATAGTTATG
*
414945 A-TATTTCAAATTGTTATG
1 ACTATTTCAAATAGTTATG
414963 AC
1 AC
414965 CTTTTGTTCT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 6
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.17
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ACTATTTCAAATAGTTATG
Found at i:415323 original size:17 final size:18
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Indices: 415277--415324 Score: 64
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1 TTCAAATAATTATACTAT
*
415312 TTCAAATTATTAT
1 TTCAAATAATTAT
415325 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.22
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19 2 0.07
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TTCAAATAATTATACTAT
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Indices: 414376--416827 Score: 1219
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414366 TAACCAATTT
* * * * * * *
414376 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* ** * * * *
414440 AAATAATTCCTTCAACTCATACATA-CTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * *
414503 AAAAAAGTATTTAGTGAAAA-A-TTAGAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTT
127 -AAAAATTA-TAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCAGGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
414565 GACTATTTGAATAGTTATCTATTTAAAAT-CGTTATGA-TCTTATATTTTATCATAAAACAATTG
189 GACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATAC-TTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
414628 TTTCAGT-T-CATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTATTATTAT--AAAAA
252 TTT-A-TATCCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTCATTA-GA-CATCCAAAAA
* * * *
414688 TTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAAGATAAATTAATTTATTGAATC-AGTTC
312 GTAATAAG-TA-AAATTTTAAAAAAT-AA-TAATTTATTGAA-CAAGTTC
* * * * * * * * ** * *
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1 AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
414801 AAAAATTATTTTTCA-ACATACAAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
66 AACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-
** * * *
414864 AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTA-TTTCAAATAGTTATG
127 AAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGC-AGGTTCAAATAGTTATG
* ** * * **
414928 ACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAAT
190 ACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *** * * * * * *
414992 TATGTTCATACAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACAAATGCAATA-ATATTCTAAAAATTAATA
254 TATATCCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTCATTAGACA-TCCAAAAAGTAATA
* * * * ** *
415056 ACTAAAAGATTTAAAAGATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTC
318 AGTAAAA-TTTTAAAAAAT-AA-TAATTTATTGAACAAGTTC
* * * * * * *
415098 AAATAGTTA-AAGCTATATGAACAATTCTTTA-TATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGT
1 AAATAGTCATGA-CTATTTGAACAATTATCTACT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * ** * * * *
415161 AAAATAATT-TTTTTGGCTCTTACTAA-CTTATTT-GAAATAAAATAAAAAGCAAATTTATTAAT
64 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-AAAGCTTATTTCG-AATAAAAT-AATA-CTAATTTATTAAT
* * * * *
415223 ATTTCAAAATTAATCAA-TAAGATATTTAAAAAATAATTC-AGTTTATCAAACCA-GTTCAAATA
124 A-TTAAAAATT-AT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-AAGCAGGTTCAAATA
* * * * *
415285 ATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGAC-CTTTTGTTTTATCGA-AAAA
184 GTTATGACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAA-TACTTATGACTCTTTTGTTTTGTC-ATAAAA
* * * ** * * * *
415347 TAAATGTTT-TGTTTATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAAAACT-AA-TCTATTA-ATATTT
246 CAATTGTTTATATCCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATA-TAAATTC-ATTAGACA-TC
** * * **
415406 TGAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAA-TTC
306 CAAAAAGTAATAAGTAAAATTTTAAAAAAT-AATA-ATTTATTGAA-CAAGTTC
* * * * * * * * *
415456 AACTAGTTATGAATATTT-AGCCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTTTTCTATTAT
1 AAATAGTCATGACTATTTGA-ACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TATCAT
* * * * * * *
415519 AAAATAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAATATAATACTAATATATTAATATTT
64 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--T
* * * * * * ** * * *
415583 TGACAAGTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-CATGTTTACTGAAATA-GATCAAATTGTCA
126 T-AAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTA-TCAAGCAGGTTCAAATAGTTA
* * * * *
415646 TGACTCTTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-CATTATGAC-CTTTTATTTTGTCATAAAA-AATT
188 TGACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATAC-TTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** *
415708 ATTTCAGT-T-CATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACTATGTT-ATTA-ATATTCC-AAAA
251 GTTT-A-TATCCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTCATTAGACA-TCCAAAAA
* * ***
415768 GTTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG-TC
312 G-TAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAAT-AAT-AATTTATTGAACAAGTTC
* * * * * ** * ** * *
415816 TAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCGATTTGGATTCGCTATAACCTTTTGGTTTATCATA
1 -AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
** * * * * *
415881 AAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAACATAAGA-TAATTTTATTACTATTAA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTAA
*
415945 GACAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAGCAGGTTCAAATCA-TTATG
129 -A-AATTA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCAGGTTCAAAT-AGTTATG
* * * * * *
416009 ACTATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTT
190 ACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
416074 TTTGTCCATACGAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAGTTCATTA-ACATTTCAACAATTAAT
254 TATATCCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATATAAATTCATTAGACA-TCCAAAAAGTAAT
*
416137 AAGTAAAAAATTTTAAAAGAAT-AT-GTTTATTGAACAAGTTC
317 AAGT--AAAATTTTAAAA-AATAATAATTTATTGAACAAGTTC
* * * * *
416178 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATGATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* ** ** *
416243 AACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AA
* * * * * *
416308 AAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
129 AAATTATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCAGGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
416373 TATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCAT-TAACAATTGGTT
192 TAT-TTAACAATTATTTATTTCAAATAC-TTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** *
416435 ATATTCATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAGTGATCCAAAAAGTAATAGG
255 ATATCCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTCATTAGACATCCAAAAAGTAATAAG
* *
416500 TAAAATTTTAAAAAATAAATCAATTTTTTGAACATGTTC
320 TAAAATTTTAAAAAAT-AAT-AATTTATTGAACAAGTTC
* * * *
416539 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
416604 ACCAATTGTTTATGTTCAAAAAACCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
66 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAA
* * * *
416668 AAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATCCATTTA-CTGAGC-GAGTTCAAATAGTTATGA
129 AAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCAG-GTTCAAATAGTTATGA
* * * *
416731 CTATTTAACAATTATTTATTTCAAATAGTTAT-AATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
191 CTATTTAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * *
416795 TATTCATATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATA
256 TATCCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
416828 CTAATTTATT
Statistics
Matches: 1635, Mismatches: 338, Indels: 239
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
356 27 0.02
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358 143 0.09
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAA
ATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCAGGTTCAAATAGTTATGACTATT
TAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGACTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATCC
ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTCATTAGACATCCAAAAAGTAATAAGTAAAAT
TTTAAAAAATAATAATTTATTGAACAAGTTC
Found at i:416882 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 416840--416914 Score: 141
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
416830 AATTTATTAA
*
416840 TATTCAAAAGATTAATAATTTGAAGATTTAAAAAGTTT
1 TATTCAAAAGATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAGTTT
416878 TATTCAAAAGATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAGTT
1 TATTCAAAAGATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAGTT
416915 AATCTATTTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (38 bp):
TATTCAAAAGATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAGTTT
Found at i:417927 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 416901--418487 Score: 708
Period size: 181 Copynumber: 8.9 Consensus size: 178
416891 AATAAGTTGA
* * * * * * *
416901 AGATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTGTTTGAACTATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTT-AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTAT
** * * * *** * * **
416965 CTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTA
64 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
417030 TTTAGAATGAAATAATACTAATTTATTACTATTTC-AAAAGTTAGT--AAG
129 TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAATAAAAG
* * * * * * *
417078 AGATTTAAAAACTAAATCTCA-TTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTAC
1 AGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * * *
417142 CTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTCTGTCCTAAAACATTTATTTCTGTTCATACAAGCTT
64 CTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * *
417205 ATTCGAAGTAAAATATTACTAAATTAATAA-TATTCTAAACAA-TAATAAGTAAG
128 ATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC-AAAAAATTAATAA--AAG
* * ** *
417258 -GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGC--ACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAAC----A
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-T-CAAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * ** * ****
417316 ---ATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGCTTC-AGCTCATATGTTCT
63 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * **
417377 TATTTGAAATATAATAATACTAATTTATTGA-CATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
127 TA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAATAA--AAG
* * * * * * * *
417431 A-AATT-AAAAA-AAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTGTC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** ** * * * * * * *
417492 TATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTATTTT-ATTATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATAAAATCTT
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * *
417555 GCTTCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTAC-AAAAATTGATAAGTTAG
128 -ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAATAA--AAG
* * * * ** ** * * *
417608 AGTTTTAAAACATAAATCAATTTATCGAATTAGTTCAAATAAATATGGCCATTTGACCAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
417673 TATTTCAAATCATTATTAA-CATTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCA-CCATACAAGCCT
65 TATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTT
** *
417736 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC-AAAATTTAATAAATAG
128 A-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAATAAA-AG
* * ** * * *
417788 AAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATTGAACCAGTT-AATAGCTATGACTATTTGAGCAATTATA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * *
417852 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTAT
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
** * * * *
417917 TCATAATAAAATAATACTAATGCAATAA-TATTCTAAAAATTAATGACTAAG
130 TCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAAT-A-AAAG
* * ** * * * * * * *
417968 AGATTCAAAAAATAAA-CTTATTTGTTGAACCAATTCAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTT
1 AGATTTAAAAAATAAATC-TATTTATCAAACCAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * * * * *
418032 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAGACAATTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTA
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AAGCTTA
* ** *
418096 TTTGAAAT-AAATGAA-AGAAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAGAAAG
129 -TTCAAATAAAAT-AATA-CTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAAT-A-AAAG
* * * ** * *
418149 AGGTTTAAAAAATAATTCCATTTGCCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
418214 TATTACAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTTTGTTCATATAAGTTTAT
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-
* * *
418278 TTGAAAT-AAATAATACTAATATATTAATATTTC-AAAAATTAAT--AAG
129 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAATAAAAG
* ** * *
418324 AGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGTAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTAT
* ** * *
418388 TTATTTCAAATCATTAT-GGCTTTCTGTTCT-ACTATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGCT
64 CTATTTCAAATCATTATAACCTTT-TGTTTTGAC-ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT
* *
418451 TGTTCAAATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTT
127 TATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTT
418488 GACAATTAAT
Statistics
Matches: 1068, Mismatches: 275, Indels: 133
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAATTAATAAAAG
Found at i:418400 original size:175 final size:173
Alignment explanation
Indices: 416960--418500 Score: 578
Period size: 179 Copynumber: 8.7 Consensus size: 173
416950 TGTTTGAACT
** * * *** * *
416960 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTGGTAAAACAAT-TGTTTCTATTCATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATAT-TTT-TATTCATACA
** * * *
417024 AAATTATTT-AGAATGAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAGTTAGTAAGAGATTTAAAA
64 AGCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
417088 ACTAAATCT-CATTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACA
127 AATAAATTTGC-TTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTAT-TTAACA
* ** * * * * ** * *
417137 ATTACCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTCTGTCCTAAAACATTTATTTCTGTTCATACA
1 ATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AAATATTTTTATTCATACA
* * * * *
417200 AGCTTATTCGAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATA-TTCTAAACAA-TAATAAGTAAGGATTT
64 AGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA-AATTAATAAG--A-GATTT
* * ** *
417263 AAAAAATAAATGTGTTTACTGC--ACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TT-A-G
123 AAAAAATAAATTTGCTTA-T-CAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTAACA
* * * * * * * * * * * **
417312 A--A-CAATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTATTTAGTCATAAAATAAT-TGCTTCAGCTCATATG
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATAT-TTTTA-TTCATACA
** * * *
417373 TTCTTATTTGAAATATAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATT-
64 AGCTTATTTGAAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--AG-ATTTA
* * * * * *
417436 AAAAA-AAA-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATA
124 AAAAATAAATTTGCTTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTT-AACA
* * ** * * * * * * *
417486 ATTGTCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTATTTT-ATTATAAAATAAT-TGTTTCAGTTTATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAAAAATAT-TTTTA-TTCATAC
* ** * * * * *
417549 AATCTTGCTTCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTACAAAAATTGATAAGTTAGAGTTTT
63 AAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA--TTT
* **** * ** ** * * *
417614 AAAACATAAATCAATTTATCGAATTAGTTCAAATAAATATGGCCATTTGACCA
123 AAAAAATAAATTTGCTTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTT-AACA
* * * * * * *
417667 ATTATCTATTTCAAATCATTATTAACATTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCA-CCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AAATATTTTT-ATTCATACA
* * * *
417731 AGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAATTTAATAAATAGAAGATTTA
64 AGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AG-AGATTTA
* * * ** * *
417796 AAAAGTAAATCTGTTTATTGAACCAGTT-AATAGCTATGACTATTTGAGCA
124 AAAAATAAATTTGCTTATCAAACCAGTTCAATAGTTATGACTATTT-AACA
* ** * * * * *
417846 ATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AAATATTTTTATTCATACAA
* ** * *
417911 GCTTA-TTCATAATAAAATAATACTAATGCAATAATA-TTCTAAAAATTAATGACTAAGAGATTC
65 GCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A--A-TAAGAGATTT
* ** * ** * * * *
417974 AAAAAATAAACTTATTTGTTGAACCAATTCAATAGTTAAGGCTATATGAACA
123 AAAAAATAAATTTGCTTATCAAACCAGTTCAATAGTTATGACTAT-TTAACA
* * ** * * * * * *
418026 ATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAGACAAT-TTTTTCAATTCTTACT
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATATTTTT--ATTCATAC-
** *
418090 AA-CTTATTTGAAATAAATGAA-AGAAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAGAAAGAGGT
63 AAGCTTATTTGAAATAAAT-AATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGAT
* * * *
418153 TTAAAAAAT-AA-TTCCATT-TGCCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
121 TTAAAAAATAAATTTGC-TTAT--CAAACCAG-TTCAATAGTTATGACTATTT-AACA
* * * * *
418208 ATTATCTATTACAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAG
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATATTTTTATTCATACAAG
* *
418273 TTTATTTGAAATAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
66 CTTATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* *
418338 AATTTGCTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAGTA
131 AATTTGCTTATCAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTAA-CA
* * * * *
418383 ATTATTTATTTCAAATCATTATG-GCTTTCTGTTCT-ACTATAAAACAATAATTTCTATTCATAC
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGAC-ATAAAAAAAT-ATTTTTATTCATAC
* * ** *
418446 AAGCTT-GTTCAAATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
63 AAGCTTATTTGAAA-TAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
418501 TAAAAACTTT
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 258, Indels: 162
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
170 25 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATATTTTTATTCATACAAG
CTTATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
AATTTGCTTATCAAACCAGTTCAATAGTTATGACTATTTAACA
Found at i:418530 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 418510--418553 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
418500 GTAAAAACTT
418510 TTTAAAATAAATATG
1 TTTAAAATAAATATG
418525 TTT--AA-AAAT-T-
1 TTTAAAATAAATATG
418535 TTTAAAATAAATATG
1 TTTAAAATAAATATG
418550 TTTA
1 TTTA
418554 CTAAACTAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
10 3 0.12
11 1 0.04
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13 6 0.25
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Consensus pattern (15 bp):
TTTAAAATAAATATG
Found at i:418531 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 418501--418553 Score: 97
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
418491 AATTAATAAG
418501 TAAAAACTTTTTAAAATAAATATGTT
1 TAAAAA-TTTTTAAAATAAATATGTT
418527 TAAAAATTTTTAAAATAAATATGTT
1 TAAAAATTTTTAAAATAAATATGTT
418552 TA
1 TA
418554 CTAAACTAGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
25 21 0.78
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TAAAAATTTTTAAAATAAATATGTT
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* *
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** * * * *** * * * ** * *
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*
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* *
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* ** * * * *
424552 TGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAA
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
424604 ATAATA-TAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGT-AAAGTATTTAAAAAAATAAAT-TTA
1 ATAATACT-AATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTAAAAG-ATTT-AAAAAATAAATCTT-
* * * *
424666 TTTACCGAACAAGTTCAAAATA-TTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA
60 TTTATCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA
* * * * *** * * *
424729 CCTTTTTGTTTTATCATTAAATAATTGTTTCTATCCATTTGAGCTTATTTGGATTAAT
123 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * **
424787 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT--ATATGGTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
* * * * * *
424850 CCAAACAAGTTCACATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTT
64 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
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129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * **
424966 ATAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAAATCCA
1 ATAATA-CTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATT-TAAAAAATAAATCTT
* * * *
425028 TTTA-CTTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC
60 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** *
425092 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAA
124 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
425148 ACAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAATAAAT-TTATT
1 ATAATACT-AATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TT
* * * * ** *
425210 TTTTGAACACA-TTCAAAGAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCA
62 TATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * *
425274 TTTGTTTTTTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAAACATTA-TT--AA-AAA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAA
* *
425325 A-AA-ACTCATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTCT-AAAAATAAAT-TTGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTT-TTT
* * *
425386 ATC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC-
63 ATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCT
* * **
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* * ** * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTT
* * * *
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63 ATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * ** ** *
425625 TTTATTTTATCATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * **
425678 ATAATATTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAACCTAAATCTTTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
* * * * * * * * * * *
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64 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
425803 GTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAGTAAA
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTT-TT
* * * * * * * * *
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* * * **
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* * ** * * * * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTT
* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
* * * ** *
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64 TCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * * **
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128 TGTTTTGT-C-A--T-AA-AA-CAATTGTTTC-TA-T-TCAT-ACAAGCTT-ATTTGAAATAAA
** * * * * * *
426585 ATAATTGTTTATGTTCATATAGTCTTATTCGGAATAAACTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
1 ATAA-TACTAAT-TT-AT-TA---ATATT---AA-AAATTAA---TAA-GTA-AAAGATT-T-AA
** ** * * *** * * * * *
426650 AATTAATAAAT-AATGGAT-GTAAAAAATGAATCTGTTGGTTTTGATTGTTTGAATAATTATCTA
48 AA--AATAAATCTTTTTATCG--AACAA-G-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
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** * *
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171 TGAAATAAA
* ** * * * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTT
* * * * ** *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA--TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTT
* * * * * * **
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* * * **
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* * * * **
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
* * * ** * * * **
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64 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
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129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAA
*
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1 ATAATACT-AATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-TTT
* *
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GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
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* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * **
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* * * * *
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* * ** * *
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*
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Found at i:422184 original size:69 final size:69
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*
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66 AAAT
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AACAATTGGCTCTATTCATGCAAGCTGATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCCAA
AAAT
Found at i:422785 original size:610 final size:611
Alignment explanation
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421586 AATCTTACTC
*
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** * * *
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** * ** * * *
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* *
421791 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAAATATGTTTACTAAACAAG
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* * * *
421856 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAA
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** * * * *
421921 TAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
326 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTC
* * **** *
421986 CAAAAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAATTTAAATTTGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
391 CAAAAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * *
422051 GACTATCTAAACAACTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTTATTCTGTCACAAAACAATTGG
456 GACCATCTAAACAACTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTGTATTCTGTCACAAAACAATTGG
* ** *
422116 CTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCCAAAAATAACAA
521 CTCTATTCATACAAAATTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATAACAA
422181 TTGGCTCTATTCATGCAAGCTGATTT
586 TTGGCTCTATTCATGCAAGCTGATTT
* * * * *
422207 CAAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAA
1 CAAATAAAACAACATAAATTTATTAATATT-CAGAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
**** * * **
422270 ATCAATTTGTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
65 ATCAATTCACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTTA
* * * *
422335 TGACCATTTGTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCA-AAAAGTCTTATTCGAAATAAAATAAT
130 TGACCATTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATAAAAG-CTTATTCGAAATAAAATAAT
* * **
422399 ACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAGG
194 ACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAA-AAATATGTTTACCAAA
** * * ** **
422463 TGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATTGTTATAA-TCATTTGTTT
257 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAACT-ATTTGTTT
* * * *
422527 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAACAATACTAATTTAATAA
321 TGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTAATAA
* * * *
422592 TATT-CAAGAAATTAATA-AGT-TGAAGATTTAAAAAATT-AATATGTTTACCAAATAAGTTCGA
386 TATTCCAA-AAATTAA-AGAGTAAG-AGAATTAAAAAATTAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * * ** * ***
422653 ATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAAATTGTTATGACAATTTGT-TT-TGTTGTA
448 ATAGTCATGACCATCTAAACAACTATCTATTTCAAAA-CATTATAAC-ATTTGTATTCTGTCACA
** * * * *
422716 AAACAATTGTTTGTATTCATACAAAATTA-TTCAAAATTAAATAATACT-AATTTATTACTATTT
511 AAACAATTGGCTCTATTCATACAAAATTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
422779 CAAAAAT
574 CAAAAAT
422786 TAATAAGAGA
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 95, Indels: 25
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
609 22 0.05
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (611 bp):
CAAATAAAACAACATAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
TCAATTCACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTTAT
GACCATTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAATATGTTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAACTATTTGTTTTGTAA
TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTC
CAAAAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
GACCATCTAAACAACTATCTATTTCAAAACATTATAACATTTGTATTCTGTCACAAAACAATTGG
CTCTATTCATACAAAATTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATAACAA
TTGGCTCTATTCATGCAAGCTGATTT
Found at i:424430 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 424338--424509 Score: 233
Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
424328 TCAAAATAAA
* * *
424338 ATAATACTATGTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTATTTAGGA-GA-TTTAAAAATAAATCTATT
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATTA-AATGATTTTAAAAATAAATCTATT
*
424400 TACCGAATAAGTTTAAATAATTAT
64 TACCGAACAAGTTTAAAT-ATTAT
*
424424 ATAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAATGATTTTAAAAATGAATCTATTTA
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAATGATTTTAAAAATAAATCTATTTA
* *
424489 CCTAACAAGTTTTAATATTAT
66 CCGAACAAGTTTAAATATTAT
424510 GACCATTTGA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 7, Indels: 6
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
85 1 0.01
86 42 0.55
87 33 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (86 bp):
ATAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAATGATTTTAAAAATAAATCTATTTA
CCGAACAAGTTTAAATATTAT
Found at i:425289 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 424435--427603 Score: 1947
Period size: 181 Copynumber: 17.5 Consensus size: 181
424425 TAATACTATG
* * * * * *
424435 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAATGATTTTAAAAATGAATCTATTTACCT-AACAAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTT-TCTGAACAAGT
** * * * *** * * * *
424499 TTTAATA-TTATGACCATTTGAACAATTATCAATCTGGCATCACTATAACTTTTTGGTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * *
424563 AAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAAT
* * *
424615 TTATTAATATT--AAGATAATTAATAAGT-AAAGTATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA
1 TTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAG-ATTT-TAAAAATAAATTTATTTTCTGAACA
* * *
424677 AGTTCAAAATA-TTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTTGTTT
62 AGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTTGTTT
* * * * *** ** * *
424740 TATCATTAAATAATTGTTTCTATCCATTTGAGCTTATTTGGATTAATATAATATTAAT
124 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAAT
*** * * * ** * **
424798 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAA-ATATATGGTTACCAAACAAGTT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAAGTT
* * * * *
424861 CACATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
424926 AAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATCTAAT
131 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-TAAT
* ** * ** * *
424977 TTATTAATATTCCAAAAA-TAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAAATCCATTTACTTAACAA
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATT-TTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAA
* * *
425040 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
425105 ATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAACAATATAAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAAT
* * *
425159 TTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTTTGAACACA-T
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACA-AGT
* * ** * *
425222 TCAAAGAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTTTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
425287 AAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAAACATTA-TT--AA-AAAA-AA-ACTCAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTCAAATAAAATAATATTAAT
* * *
425334 TTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTCTAAAAATAAATTTGTTTATC--AAGCGAG
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTT-TCTGAA-CAAG
* *
425396 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC------TTTGTC
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTC
* * * *
425455 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGGTTTA-TTCAAAATAAAATATTACTAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAAT
* * ** * *
425509 TTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGA-TTTAAAACATTAATTTGTTTTCTGAACAAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATTTATTTTCTGAACAAGT
* * * * * *
425573 TCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-ATATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** **
425637 TAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATATTAAT
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATTAAT
* * * * ** *
425689 TTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAACCTAAATCTT-TTTACCAAACCAG
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAAT-TTATTTTCTGAACAAG
* * * * * * * * *
425748 TTTAAATAGTTATAACAATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCC
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
425812 TAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAGTAAAATATTACTAAA
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATTAAT
* * * * * * * * * **
425865 TTAATAATATTCTAAACATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCGGTT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAAGTT
* * * * * *
425929 CAAATAGTTAAGACTA-TTAAATCAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTATTGTTTAGTCAT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
425993 AAAATAATTGCTTCAACTCATACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAAT
* * ** * * **
426045 TTATTAACAGTAAAAAAATTAATAAGTAAGAA-A--TTAAAAA-AAATTTGTTTACCAAACAAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAAGT
* * * * * * * *
426106 TCAAATAATTTTAACTATTTGAACAATTCTCCATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
426171 AAAATAATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTTA-TCCGAAATAAAATAATATTATT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAAT
** ** * * * **
426223 TTATTAATATTATAAAAATTGGTATGTTAGAGA-TTTAAAACATAAA-TTAGTTTAT-TGAATTA
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATTTA-TTT-TCTGAACAA
* * * * *
426285 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
426350 AAAAAAAAATTGTTTTTCA-TGATACAGGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACTAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATTAAT
* * ** * * * *
426404 TTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGTAGTAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTT-TCTGAACAAGT
* * ** * *
426468 TCAAATAAG-TATGAGTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTAC
65 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-C
* * * * * * ** * * *
426532 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTC--ATAAAATAATTGTTT
128 -A--T-AA-AA-CAATTGTTTC-TA-T-TCAT-ACAAGCT-TATT-TCAAATAAAATAA-TATTA
426595 AT
180 AT
* * * * * * * * *
426597 GTTCATATAGTCTTATTCGGAATAAACTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATA
1 -TT-AT-TA---ATATTC-CAA-AAATTAA---TAA-GTA-AAAGATTTTAAAAA-T-A-AATTT
** * * * * *** * * * * * *
426662 ATGGATGTAAAAAATGAATCTGTTGGTTTTGATTGTTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTAT
50 AT-TTTCTGAACAA-G-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
426727 -AGCCTTTTGTTTTATCACAAATCAATTGTTTCTATTCGTACAACCATA-TTCAAA-ACAATATA
112 GA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA-AA-ATA
*
426789 AT-TCTAAC
174 ATAT-TAAT
* * * * * * *
426797 ATATTAATATTCCATAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAATATGAATTTGTTTACTGAATAAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATTTATTTTCTGAACAAGT
* * * ** *
426861 TCAAATACTTATGACTATCTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * **
426926 AAAATAATTTTTTCTATTAAGACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACACAAAT
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAAT
* * * *
426978 TTATTAATATT-CAAACAATTAA-AATGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTACTGAATAAG
1 TTATTAATATTCCAAA-AATTAATAA-GTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAAG
* * * * * * *
427041 -TGAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATTTA-TTCTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATC
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
427104 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGGACTAAAATAATATTAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAAT
** * * ** * *
427158 TTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGCAAATTATTTTAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAG
1 TTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTT-TCTGAACAAG
* * * * * * ** *
427221 TCCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTAA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
427286 TAAAACAATTGTATT-TATTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT-TCTAAT
129 TAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAT-TAAT
* * * * * * ** * **
427339 TTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGGTTACCAAACAAGTT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAAGTT
* ** * * * **
427404 CAAATAGTTATGACTATGTGAATGATTATCTACTTCAAATTATTTTGATTTTTTGTTTTGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** *
427469 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAAT
131 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAAT
* * * * *
427520 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-T
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACA-AGT
*
427583 TCAAATAGTTATGACTTTTTG
65 TCAAATAGTTATGACTATTTG
427604 TTTTGTCATA
Statistics
Matches: 2310, Mismatches: 537, Indels: 284
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 28 0.01
172 2 0.00
173 4 0.00
174 16 0.01
175 125 0.05
176 201 0.09
177 11 0.00
178 151 0.07
179 155 0.07
180 501 0.22
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182 204 0.09
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184 9 0.00
185 1 0.00
186 9 0.00
187 5 0.00
188 9 0.00
189 3 0.00
191 3 0.00
192 17 0.01
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194 8 0.00
195 4 0.00
196 2 0.00
197 2 0.00
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199 8 0.00
200 9 0.00
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209 5 0.00
210 4 0.00
211 4 0.00
212 44 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAAT
Found at i:425595 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 424424--426508 Score: 1065
Period size: 180 Copynumber: 11.7 Consensus size: 175
424414 AAATAATTAT
* * *
424424 ATAATACT-ATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TTAAATGATTTTAAAA-ATGAATCTAT
1 ATAATACTAAT-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-AA-GA-TTTAAAACATAAATTTGT
* * ** * * * ***
424486 TTACCTAACAAGTTTTAATA-TTATGACCATTTGAACAATTATCAATCTGGCATCACTATAACTT
62 TTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T-T-A--T
** ** * * * *
424550 TTTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
122 GATCCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * *
424604 ATAATA-TAAATTTATTAATA-T-TAAGATAATTAATAAGTAAAGTATTTAAAAAAATAAATTTA
1 ATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTTAAG-ATTT-AAAACATAAATTTG
* * * *
424666 TTTACCGAACAAGTTCAAAATA-TTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA
61 TTTTCCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA
* * *** *** * *
424729 -CCTTTTTGTTTTATCATTAAATAATTGTTTCTATCCATTTGAGCTTATTTGGATTAAT
124 TCC--TTTG-----TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * * * *
424787 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-A-ATATATGGTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TAAGATTTAAAACATAAATTTGTTTT
* * * * *
424850 CCAAACAAGTTCACATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGA-CCTTT
65 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC---
* * * * **
424914 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAA
127 ---TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * ***
424966 ATAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAAATCCA
1 ATAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-AGTTA-AG-ATT-TAAAACATAAATTTG
* ** * * *
425028 TTTACTTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-C
61 TTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * **
425092 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAAA
126 C------TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * * ** * *
425148 ACAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAA-ATAAATTTATTT
1 ATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAGA-TTTAAAACATAAATTTGTTT
** * * **
425211 TTTGAACACA-TTCAAAGAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCA
64 TCCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC-
** * * *
425274 TTTGTTTTTTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAAACATTATT---AA-AAA
127 TTTG-----TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAA
* * *
425325 A-AA-ACTCATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTCTAAAA-ATAAATTTGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TAAGATT-TAAAACATAAATTTGTTT
* * *
425386 AT-C-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC
64 -TCCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC
* * *
425449 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGGTTTATTCAAAATAAA
127 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
425498 ATATTACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAACATTAATTTGTTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-AAGATTTAAAACATAAATTTGTTTT
* * * *
425563 CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-ATATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
65 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATG--A---
** * * ** *
425627 TATTTTATCATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAA
124 TCCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
425678 ATAATATTAATTTATTACTATT-TCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAACCTAAATCTT-TTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAGATTTAAAACATAAAT-TTGTTT
* * * * * * * * * *
425738 ACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACAATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTT
64 TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC---
* * * * * * *
425803 GTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAA
126 -CTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
425854 ATATTACTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAG-TAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-GATTTAAAACATAAATTTGTTTT
** * * * *
425918 CCGAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAAATCAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-CCTA
65 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC--
* * * * *
425981 TTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAACTCATACATGCTTATTCGAAATAAA
127 ---TTT-GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * *
426034 ATAATACTAATTTATTAACAGTAAAAAAATTAATAAG-TAAGAAATTAAAA-A-AAATTTGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAG-ATTTAAAACATAAATTTGTTTT
* * * * * * * *
426096 CCAAACAAGTTCAAATAATTTTAACTATTTGAACAATTCTCCATTTAAAATCGTTATGA-CCTTT
65 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC---
* * *
426160 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTTATCCGAAATAAA
127 ---TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * ** * *
426212 ATAATATTATTTTATTAATATTATAAAAATTGGTATGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTA-AGATTTAAAACATAAATTTGTTT-
* ** * * * *
426277 T-TGAATTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATTAACTTT
64 TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGA----
** * * * * * * *
426341 TGTTTTGTCAAAAAAAAATTGTTTTTCA-TGATACAGGCCTATTCAGAATAAA
124 TCCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
426393 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAATAAG-TAGTAGAATTAAAAAATAAATCTATT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTA--AGATTTAAAACATAAATTTGTT
* * *
426456 TAT-CGAACTAGTTCAAATAAG-TATGAGTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
63 T-TCCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
426509 TGTTATAACC
Statistics
Matches: 1501, Mismatches: 292, Indels: 223
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAGATTTAAAACATAAATTTGTTTTC
CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTG
TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
Found at i:427257 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 427236--427268 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
427226 ATAGTCATAA
427236 CTATTT-AAATAGTTAT
1 CTATTTCAAATAGTTAT
*
427252 CTATTTCAAATTGTTAT
1 CTATTTCAAATAGTTAT
427269 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAGTTAT
Found at i:427375 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 426697--427603 Score: 853
Period size: 361 Copynumber: 2.5 Consensus size: 360
426687 GTTTTGATTG
* * *
426697 TTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTAT-AGCCTTTTGTTTTATCACAAATCAATTGTTTCTA
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * ** *
426761 TTCGTACAACCATATTCAAAACAATATAAT-TCTAACATATTAATATTCCATAAATTAATAAGTA
65 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
426825 AGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATACTTATGACTATCTGAACAATTA
129 A-AGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
426890 TCTTTTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTAAGACAAGCTT
192 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTT
* ** * *
426955 ATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTC-AAACAATTAA-AATGTAAAAGATTTAAAA
257 ATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAA
* * * *
427018 AAGAAATTTATTTACTGAATAAG-TGAAATAGTTATGACAA
320 AATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
427058 TTTGAATAATTATTTA-TTCTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTG
1 TTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
** * ** * *
427122 TTCATACAAGCTTATTCGGACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGCA
65 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
427186 AATTATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTA
129 AA-GA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
427251 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATT-TATTCATATAGGCT
192 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATATAAGCT
*
427315 TATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAA
256 TATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** **
427380 ATGAATCTGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
321 ATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * ** * *
427420 TGTGAATGATTATCTACTTCAAATTATTTTGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* *** * *
427485 TCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGA
66 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-A
* * *** *
427550 A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTG
130 AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
427604 TTTTGTCATA
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 89, Indels: 30
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 7 0.02
361 294 0.67
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363 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
GATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:427849 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 427256--427898 Score: 816
Period size: 326 Copynumber: 2.0 Consensus size: 327
427246 AGTTATCTAT
* * * *
427256 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTTATTCATATAGGCTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTTATTCATACAAGCTTACTCA
* *
427321 AAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
* * * * * * *
427386 CTGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAATGATTATCTACTTCAAATTATTTTG
131 CAGGTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATGTGAATAATAATCTACTTCAAATCACTATG
* * * *
427451 ATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATAT
196 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATAT
*
427516 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACA
261 AAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACA
427580 CA
326 CA
* * * * *
427582 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AACCAATTGT-TTCTGTTGATACAAGCTTACTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATT-TATTCATACAAGCTTACTC
*
427645 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAATG
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATG
* * * * *
427708 AAATCAGTTTACCAAGCAAGCTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATAAT-TTCTTTCAAA-CA
128 -AATCAGGTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATGTGAATAATAATCTAC-TTCAAATCA
* * * * **
427771 GCTATGATCTTTTGTTTTGTGATTAAATAATTGTTTTTATTAATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
191 -CTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAACTTATTTGGAATAAAA
* * * *
427836 TAATACT-AATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
255 TAATA-TAAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
427899 ACCAAACAAG
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 39, Indels: 15
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
324 4 0.01
325 82 0.30
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (327 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTTATTCATACAAGCTTACTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
CAGGTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATGTGAATAATAATCTACTTCAAATCACTATG
ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATAT
AAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACA
CA
Done.