Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 69000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 129
Found at i:427866 original size:507 final size:505
Alignment explanation
Indices: 427073--428069 Score: 1243
Period size: 507 Copynumber: 2.0 Consensus size: 505
427063 ATAATTATTT
* * *
427073 ATTCTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTCTAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTACT
* * * * * * *
427138 CGGACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAAGCAAATTATTTTAAAAATAA
66 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAAATAATAAGCAAATGATTTAAAAAATAA
* * * ** *
427203 ATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTA
131 ATATGTTTATCCAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATAATCTATTTCAAACAGCTA
* * *
427268 TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTTATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAAT
196 TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTTATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
427333 TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-GAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGGTTACCAA
261 ACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAG-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACCAA
* * * * * * * **
427397 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAATGATTATCTACTTCAAATTATTTTGATTTTTTGTTT
325 ACAAGTTCAAATAATCATGACCATGTGAATAATTATCTACTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTT
* **
427462 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
390 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
*
427527 TATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAC
455 AATTCTAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAC
* * *
427581 ATTC-AAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AACCAATTGTTTCTGTTGATACAAGCTTACT
1 ATTCTAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTACT
*
427644 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATG
66 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAAA-TAATAAGCAAATGATTTAAAAAAT-
* * * * * *
427708 AAATCA-GTTTA-CCAAGCAAG-CTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATAATTTCTTTCAAAC
129 AAAT-ATGTTTATCCAA-CAAGTC-CAAATAGTCATAACTATTTAAATAATAATCTATTTCAAAC
* * * * * * ***
427770 AGCTATGATCTTTTGTTTTGTGATTAAATAATTGTTTTTATTAATACAAGTTTATTTGGAATAAA
191 AGCTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTTATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
427835 ATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
256 ATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTA
* * * *
427900 CCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCAGTATGACCTTTT
321 CCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATGTGAATAATTATCTACTTCAAATCAGTATGACCTTTT
** * **
427965 GTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATCGATTTA
386 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTA
* *
428030 TTAAAATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAT
451 TTAAAATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
428070 ATGTTTATCA
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 69, Indels: 16
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
504 14 0.03
505 7 0.02
506 80 0.19
507 307 0.74
508 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (505 bp):
ATTCTAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTACT
CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAAATAATAAGCAAATGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTATCCAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATAATCTATTTCAAACAGCTA
TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTTATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACCAAA
CAAGTTCAAATAATCATGACCATGTGAATAATTATCTACTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAAA
ATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAC
Found at i:427909 original size:688 final size:682
Alignment explanation
Indices: 426912--428172 Score: 1551
Period size: 688 Copynumber: 1.8 Consensus size: 682
426902 CGCTATAACC
* * *
426912 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTAAGACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACACAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAAGACAAGCTTACTCCAAATAAAATAACACAAA
* * *
426977 TTTATTAATATTCAAACAATTAAAATGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTACTGAATAAGT
66 TTTATTAATATTCAAACAATTAAAATGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATTCATTTACTCAACAAGT
* * *
427042 GAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATTTATTCTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATA
131 CAAATAGTTATGACAATTTGAATAATAATTTATTCTAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
427107 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
196 AAACAATTGTTTTTATTAATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTG
* * * * * *
427172 ACAAATAATAAGCAAATTATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAAC
261 ACAAATAATAAGCAAATGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTCCAAATAATCATAAC
* * *
427237 TATTTAAATAGTTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATT
326 CATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAG-TATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATT
* *** *
427301 TATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAG
390 TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATC-AATTTATTAAAATTCTAAAAATT-A--A-
* * **
427365 TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAATGAT
450 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAAT
* * * * * *
427430 TATCTA-CTTCAAATTATTTTGATTTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
515 TACCTATC-TCAAATCATTAT-AATCTTTATTTTGTCATAGAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAA
427493 ACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAA
577 ACTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAA
427558 AAATAAATCTATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACT
642 AAATAAATCTATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
427599 TTTTGTTTTGTCAT-AACCAATTGTTTCTGTTGATACAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAAGACAAGCTTACTCCAAATAAAATAACACAAA
*
427663 TTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAA-GTAAATGATTTAAAAAATGAAA-TCAGTTTAC-CAAG
66 TTTATTAATA-TTCAAACAATTAA-AATGTAAAAGATTTAAAAAA-GAAATTCA-TTTACTCAA-
* * *
427724 CAAGCTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATAATTTCTT-TCAAA-CAGCTATGA-TCTTTTGT
126 CAAG-TCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATAATTTATTCT-AAATC-GCTATGACT-TTTTGT
* * * * * *
427786 TTTGTGATTAAATAATTGTTTTTATTAATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
187 TTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTAATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
427851 AACATTTTGA-AAATTAATAGGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
252 AACATTTTGACAAA-TAATAAGCAA-ATGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTCCAA
** * * **
427914 ATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAA
315 ATAATCATAACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA
* * * * *
427979 CAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATCGATTTATTAAAATTTTAAAA
380 CAATTGTATTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATCAATTTATTAAAATTCTAAAA
* * * * * *
428044 ATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGA
445 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGA
*
428109 ACAATTACCTATCTCAAATCATTATAATCTTTATTTTGTCATAGAAAAATTGTTTCTTTTCATA
510 ACAATTACCTATCTCAAATCATTATAATCTTTATTTTGTCATAGAAAAATTGTTTCTGTTCATA
428173 TTAGCTTATT
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 77, Indels: 34
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
683 31 0.06
684 73 0.15
685 2 0.00
686 76 0.16
687 41 0.09
688 255 0.53
689 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (682 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAAGACAAGCTTACTCCAAATAAAATAACACAAA
TTTATTAATATTCAAACAATTAAAATGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATTCATTTACTCAACAAGT
CAAATAGTTATGACAATTTGAATAATAATTTATTCTAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTATCATA
AAACAATTGTTTTTATTAATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTG
ACAAATAATAAGCAAATGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTCCAAATAATCATAAC
CATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATTT
ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATCAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATATGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTACCTA
TCTCAAATCATTATAATCTTTATTTTGTCATAGAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTT
GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATC
TATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACT
Found at i:428015 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 427582--428092 Score: 507
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
427572 TTTGAACACA
* * * ** * * * * *
427582 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAACCAATTGTTTCTGTTGATACAAGCTTACTCGA
1 TTCAAACAGCTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGATTATTCG-
* *
427647 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAATGAAA
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAAT-AGTAAGA-GATTTAAAAAAT-AAA
* * * * * * * *
427711 TC-AGTTTACCAAGCAAGCTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATAATTTCT
127 TCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAATAATAATCTAT
* * * *
427763 TTCAAACAGCTATGATCTTTTGTTTTG-TGATTAAATAATTGTTTTTATTAATACAAGTTTATTT
1 TTCAAACAGCTATGACCTTTTGTTTTGTTG--TAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGATTA-TT
* * *
427827 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
63 CGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
427892 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTAT
127 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAATAATAATCTAT
* * *
427944 TTTAAATCAG-TATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTC
1 TTCAAA-CAGCTATGACCTTTTGTTTTGTTGT-AAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGATTATTC
* *
428008 AGAATAAAATAATA-TCGATTTATTAAAATTTTAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
64 -GAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
428069 TATGTTTATCAAACTAGTTCAAAT
127 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
428093 GGTTATGACT
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 43, Indels: 26
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 39 0.14
179 1 0.00
180 5 0.02
181 145 0.53
182 83 0.30
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAACAGCTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGATTATTCGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAATAATAATCTAT
Found at i:428698 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 428370--428704 Score: 387
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
428360 TTAACATTCA
* *
428370 AAAAATTAATAAACATGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGCTTAAATAGATATG
1 AAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGCTTAAATAGATATG
* * * * *
428435 CCTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
66 CCTATTTAAACAAATATCAATTTAAAATTGCTATGACCTTTCGTTTTATCATAAAAAAATTGTTT
*
428500 CAGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAC
131 CAGATCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAC
* * * *
428539 AAAAATTATTAAGCAAGAGATTT-AAAAATTAAAGCTA-GTTT-TCAAACCAG-TTCAAATAGTT
1 AAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAAA--TATGTTTATCAAACCAGCTT-AAATAGAT
* * * *
428600 ATGACC-ATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGCTATGATC-TTCGTTTTGTCATAAAAAAATT
63 ATG-CCTATTTAAACAAATATCAATTTAAAATTGCTATGACCTTTCGTTTTATCATAAAAAAATT
* * * **
428663 GTTTCTGATCATACAAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAA
127 GTTTCAGATCATAAAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
428705 TTTAATAATA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 21, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.01
167 54 0.39
168 56 0.40
169 26 0.19
170 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGCTTAAATAGATATG
CCTATTTAAACAAATATCAATTTAAAATTGCTATGACCTTTCGTTTTATCATAAAAAAATTGTTT
CAGATCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAC
Found at i:429066 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 428237--431223 Score: 904
Period size: 361 Copynumber: 8.4 Consensus size: 356
428227 TTGTCGAACT
* * * * * *
428237 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-AACTTT-TTGCTTA
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTGTT--TT-
* * * * * * * *
428300 GTCATAAAACAATTATTTTAATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAC
63 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * ** ** * * *
428365 ATTCAAAAAATTAATAAACATGAGATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA-CTAGCTT-AAA
128 ATTTAAAAAATGAACAAGTAAAAGAATT-AAAAAATAAATCA-ATTTACCAAATC-AG-TTCAAA
* ** * * ** * * * *
428427 TAGA-TATG-CCTATTTA-AACAATTATCTATTTAAAATTGTTA-TGACCTTTTGTTTT-ATCAT
189 TA-ATTAAGACC-A-CAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCA-ATTTTATTTTGGTCAT
* *
428487 AAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTC--A-AAATAA-AATAA--TA-CTAA--CAAAA
250 AAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAATAAATAATAATAATTTATCAAATTCAAAA
* * * * *
428543 ATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTAGTTT-TCAAACC
315 ATTAATAAGCAA-AGATTTAAAAA-AAAATCTA-TTTACCAAACA
* * * * * * *
428587 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGCTATGATCTTCGTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTGTTTTGTC
* * * **
428652 ATAAAAAAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
66 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * *** * * * * **
428716 TTAAAAAATGAGCAAGTAAAAGAATTAAAAAATAATTGTGTTTGCCGAATTAGTTCAATTGGTTA
130 TTAAAAAATGAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTA
* * * *
428781 AGACTACAAGAATAATTATCTATTTTCAAATCATT-TT-AATATTTTTTTTGGTCATAAAATAAT
195 AGACCACAAGAACAATTATATA-TTTCAAATCATTATTCAAT-TTTATTTTGGTCATAAAATAAT
*
428844 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAATAATACTAATTTATCAACATTCAAAAACTTAA
258 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAATAATAATAATTTATCAA-ATTCAAAAA-TTAA
*
428909 TAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAAATCTATTTACCGAACA
320 TAAGC-AAAGATTT-AAAAAAAAATCTATTTACCAAACA
** * * **
428948 AGTTCAAATAGTTAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTGTTTTGTC
* * * * *
429013 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * ** * *
429078 TCAAAAATTAATAAGTGAGGGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTAT
131 TAAAAAATGAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTAA
* *** ** *
429143 GGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCCCTTTTATTTTGGTCATAAAATAATTAT
196 GACCACAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCAATTTTATTTTGGTCATAAAATAATTGT
**** * * * * * * *
429208 TTCTCAACACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTTCAAGAATTAGTA
261 TTCAGTTCATAAAAGCTTATTCG-AAT-AAATAATAATAATTTATCAA-A-TTCAAAAATTAATA
*
429273 AG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
322 AGCAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACA
* *
429306 AGTTTAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAGCTTTTGTTCTG
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-C-TTTGTTTTG
* * * *
429370 TCATAAATCAATTATTT-ATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* ** ** * * * * * *
429434 A-TTATGAAAATTCATGACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-CCTGAA-CTAGTTGAAAC
128 ATTTA-AAAAATGAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACC-AAATC-AGTTCAAAT
* ** * * * * * *
429496 AGTTAAGATAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATT--ATTTCA----GCTCAT---AC
190 AATTAAGACCACAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCAATTTTATTTTGGTCATAAAAT
* * ** * * ** * * * *
429551 AA--GGTT-A-TTC--GAAA---TAAACTAA-AACTAAT--TTGTTAAT--ATTTCAAAATTTTA
255 AATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAATAAATAATAATAATTTATCAAATTCAAAAATTAA
* * * * * *
429602 TAGGTAAGAGATTTCAAAAATAATTCTATTTACTGAACCA
320 TAAGCAA-AGATTT-AAAAAAAAATCTATTTAC-CAAACA
** * * * **
429642 A-TTCAAATAGTTATA-ATTATTTGAA-AAATATATATTTCAAATTGTTATTAGTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTA-AGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTGTTTTG
* * * * * * ** * * *
429704 TCATAAAATAATTGTTTTTA-TTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATATATTTAT
64 TCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * ** * **
429768 ATTTAGAAAATTAATC-AGTAAAAGAATTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAA-CAATTTCGGATA
128 ATTTAAAAAATGAA-CAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATC-AGTTCAAATA
* *** * *** * * ** * * *
429831 GTTTTCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TAACATTTTGTTTT-GTCATCAAAC
191 ATTAAGACCACAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCA-ATTTTATTTTGGTCAT-AAAA
** ** ** * * **
429894 T-ATTGAATCTA-TTCATACTATTTTATTTGTAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTTGA
254 TAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTCG-AAT-AAATAATAATAATTT-ATCAA-A-TTCAA
* * * * * * * *
429956 TACTTAACAAACGAGAA-AATTAAAAAATAAATCTATTTGCAAAACG
313 AAATTAATAAGC-A-AAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * * *
430002 AGTTCAAATAGTTAAGACTATGTGAACGATTATGTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTGTTTTGTC
* * ** * * * * * **
430067 TTAGAACAATT-TTTTTGTCCATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATAAAAATTTAATAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * ** **** * * **
430131 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAATCAATTCATATGGTTAA
131 TAAAAAATGAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTAA
* * * ** * * * * * *
430196 GACTATTAA-AACAACTATCCATTTAAAATCATTCTT-ACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATT
196 GACCA-CAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCA-ATTTTATTTTGGTCATAAAATAATT
* * * * * * *
430258 GTTTTAGTTTATACAAGTTTATTGGAAATAAATTAGTATATACTAAGTTATTAACATTCAAAAAA
259 GTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCG-AATAAA-TA--ATA-A-TAATTTATCAA-ATTC-AAAAA
* *
430323 TTAATAAG-AAAGATATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
316 TTAATAAGCAAAG--ATTT-AAAAAA-AAATCTATTTACCAAACA
* ** * * * * * *
430367 AGTTCAAAAAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTT-AAAATATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTGTTTTGT
* * * * * *
430431 CATAAAACAATTGTTTCAGAT-AGTATAAGCTTATTCGAAATGAAATAATACAAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * * * * * ** * * **
430495 TTTTGAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT-TTTTTACCGAATCATTTTGAATAATT
129 TTTAAAAAATGAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAGTTCAAATAATT
* * **** * * * * * * * *
430555 ATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATT-ACCTTTT-GTTTGGTCATATAACAAA
194 AAGACCACAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCA-ATTTTATTTTGGTCATAAAATAAT
* * ** * * * * * *
430618 TGTTTTTA-ATCATTTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAATTT
258 TG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAT-AAATAATAATAATTTATCAA--ATTCAAAAATT
* * * *
430682 AATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACC
318 AATAAGCAA-AGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * *
430723 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAT-TCTTCAAATTGTTAT-AACCTTATATTCT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGAA-CTT-TGTTTT
* * * * *** * *
430786 ATCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAA
63 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * * *** * *
430850 TATTTCAATAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CTAGTGCAAATA
127 TATTTAAAAAATGAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATC-AGTTCAAATA
* * * * * ** * * * *
430913 TTTAAGACAATATGAAAAATTATCCATTTTAAAACCTTA-T-AATGTTT-TGTTTTGTCATAAAA
191 ATTAAGACCACAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCAAT-TTTAT-TTTGGTCATAAAA
* * * * ** * *
430975 CAATTTTTTGAATT-ATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAA
254 TAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAT-AAATAATAAT-AATTTATCAA-A-TTCAAA
* * * * * * *
431038 ATTTAATAAGTAAAAGCTTTTGAAAAAATATTTAGGTTTACCTAACCA
314 AATTAATAAG-CAAAG-ATTTAAAAAAAAATCTA--TTTACC-AAACA
* * * ** * ** *
431086 A-TTTAAATAATTATGATTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTGTTTTGT
* ** * * * *** * * *
431150 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
*
431215 TTCAAAAAT
130 TTAAAAAAT
431224 TAATAAAATA
Statistics
Matches: 1979, Mismatches: 512, Indels: 280
0.71 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
331 11 0.01
333 1 0.00
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335 51 0.03
336 11 0.01
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340 6 0.00
343 3 0.00
345 3 0.00
347 10 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
TAAAAAATGAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTAA
GACCACAAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCAATTTTATTTTGGTCATAAAATAATTGT
TTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAATAAATAATAATAATTTATCAAATTCAAAAATTAATAAGCA
AAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACCAAACA
Found at i:429134 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 428538--429533 Score: 816
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
428528 ATAATACTAA
* * * * * * * *
428538 CAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTAGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
1 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAA
* * * *** * * *
428602 GACCATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGCTATGATCTTCGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT
65 GACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** *
428667 CTGATCATACAAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
130 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * ** * * * * * * * * *
428718 AAAAAATGAGCAAGTAAAAGAATTAAAAAATAATTGTGTTTGCCGAATTAGTTCAATTGGTTAAG
1 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
* *** * * * * *
428783 ACTACAAGAATAATTATCTATTTTCAAATCATT-TTAATATTTTTTTTGGTCATAAAATAATTGT
66 ACAATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGAA-CTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGT
* * * *
428847 TTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAGAAT-AAATAATACTAATTTATCAACA-TT
128 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
428898 CAAAAACTTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
1 CAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA
** * *
428962 AGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
64 AGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
429027 TCAGTTCTTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTT
129 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * *
429079 CAAAAATTAATAAGTGAGGGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-TCAGTTCAAATAATTAT
1 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAA
* * * *** * * *
429143 GGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTCCCTTTTATTTTGGTCATAAAATAATTAT
65 GACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGT
**** * ** * *
429208 TTCTCAACACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTT
128 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
429261 CAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTAAG
1 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
** * * *
429322 ACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAGCTTTTGTTCTGTCATAAATCAATTATT
66 ACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
429386 T-ATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATATTAT
129 TCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * * * * * *
429439 -GAAAATTCATGACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-CCTGAACTAGTTGAAACAGTTAA
1 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTAA
* *
429502 GATAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
65 GACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
429534 ATTATTTCAG
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 147, Indels: 45
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 56 0.09
178 84 0.13
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180 175 0.27
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182 99 0.15
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (180 bp):
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
ACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
Found at i:430823 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 429545--431606 Score: 1327
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 181
429535 TTATTTCAGC
* * * * * * * * * *
429545 TCATACAAGGTTATTCGAAATAAACTAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAGGTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
429610 AGATTTCAAAAATAATTCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-AAATATA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
* * ** *
429674 TATTTCAAATTGTTATTAGTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAT
131 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * * * *
429725 TTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATATATTTATATTT-AGAAAATTAATCAGTAA
1 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * ** * * *
429789 AAGAATTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACAATTTCGGATAGTTTTCACTATTTGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** *
429854 CTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATCAAACTATTGAATCTAT
130 ATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
** * * ** * * * ***
429906 TCATACT-ATTTTATTTGTAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGATACTTAACAAACGA
1 TCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * * *
429970 GAAAATTAAAAAATAAATCTATTTGCAAAACGAGTTCAAATAGTTAAGACTATGTGAACGATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
430035 GTATTTTAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCTTAGAACAATT-TTTTTGT
130 ATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * ** *
430085 CCATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* *** * * * * * ** * *
430150 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAATCAATTCATATGGTTAAGACTATTAAAACAACTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
* * * * * *
430215 CATTTAAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTAGT
131 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * *
430266 TTATACAAGTTTA-TTGGAAATAAATTAGTATATACTAAGTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
1 TCATATAAGCTTATTTGG-AATAAA--A-TA-ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * *
430329 AGAAAGATATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAAAAGTTATTACTATTTGAAT
60 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
430394 AATTGTCTATTTAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGA
124 AATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * **
430451 T-AGTATAAGCTTATTCGAAATGAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT--
1 TCA-TATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ** * * * * *
430513 --GATTTAAAAAGTGAAT-TTTTTACCGAATCATTTTGAATAATTATGGCCATTTCAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
430575 CTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTAA
130 ATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * *
430627 TCATTTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
430692 ATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
* * * * * * * *
430757 T-TCTTCAAATTGTTATAACCTTATATTCTATCACAAAACAATTATTTCTAT
131 TAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * *
430808 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * * *
430873 AGAATT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTGCAAATATTTAAGACAATATGAAAAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
* * * * ** *
430937 CATTTTAAAACCTTATAATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTGAAT
131 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TAT
* *
430988 T-ATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTA
1 TCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
431050 AAAGCTTTTGAAAAAAT--ATTTAGGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGATTATTTGAGCA
64 AGAG-ATTT-AAAAAATAAATCTA--TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
431113 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
125 ATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * *
431170 TCATAAAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-
1 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
431231 ATATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCTAGTTTAAATAGTTATGAGTATTTG-ACAAATTA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTA
* * * * * ** *
431294 TTTATTTCAAACCATTA-AGACATTTTGTCCTAAT-ATAAAACAATTGTTTCTAT
129 TATATTTCAAATCGTTATA-ACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * ** * *
431347 T-AGTACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTAA
1 TCA-TATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * ** * * *
431411 AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCTC-AACTAAATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * ** *
431475 TCGATATCGAATC-TCATTAATACCTTTTGTTTTATCATAAAGGAATTG-TTTAAGT
129 TATATTTCAAATCGTTA-T-A-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * * *
431530 TCTTATAAGTTTGTTTGAAAT-AAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
431594 AGATTTTAAAAAA
66 AGA-TTTAAAAAA
431607 ATTGTTTACC
Statistics
Matches: 1445, Mismatches: 377, Indels: 117
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 42 0.03
176 92 0.06
177 134 0.09
178 8 0.01
179 179 0.12
180 232 0.16
181 391 0.27
182 130 0.09
183 93 0.06
184 8 0.01
185 82 0.06
186 54 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
Found at i:431834 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 431619--432667 Score: 875
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 180
431609 TGTTTACCAA
* * *
431619 ACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTATGACAATTAGTAAGTAAAAG
1 ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
431682 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATGGAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAATAGTTATTT
64 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** *
431746 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTCTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCAT
127 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * * *
431800 ACAAGGTTATTTGAATTCAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * * *
431865 TTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTGAAATAGTCATGAATATTTAAATAATTAACTATT
66 TTAAAAAATAAATCTATTTATG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
431930 TCAACTCATT-TGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAA
130 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCT-GTTCAT
* * * * * *
431980 ATAAGCTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATGACTAAGAGA
1 ACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* ** * * * * *
432044 ATT-AAATCTTAATCTGTTTACTGAACATGTTCGAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTAT
65 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *
432108 TTCAAAAT-ATTATGTCCATTTGTTTTGTTATAAAACAACTGGTTCTATTCTT
129 TTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCAT
* *
432160 ACAAGCTTATTATG-AATAAAATAATA-TAACTTGATTAATATTATAAAAATTAATAAG-AAAAA
1 ACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
432222 ATTAAAAAAATAAATC----TAT--AC-A-TTCAAATAGTTATAATTATTTCAACAATTATCCAT
64 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
432279 TTTAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTATTTTTGTTCAT
129 TTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * ** * * *
432331 AAAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTTTTAAAATTCCAAAAACTAATAAATAGAAGA-
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *** * * *
432395 TTAAAATAATAAATTTGTTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
66 TTAAAA-AATAAATCTATTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
432460 TTCAAATCATTATGA-TCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATCCAT
129 TTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCAT
* * * ***
432512 ACAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
432577 TTAAAAAATAAATCAATTCATGAACACGTTCAAATAGTGATGTCCATTTGAACTATTATCTATTT
66 TTAAAAAATAAATCTATTTATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
432642 CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
131 CAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
432668 TGTTAAACAA
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCAT
Found at i:433109 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 432785--433221 Score: 457
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 181
432775 TTAGCATTCA
* * * * * * * * * * * *
432785 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACAATTTTAAATAGTTATT
1 AAAATTTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATG
* * * * * * * ** *
432850 ACTTTTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAATATTTTGATTTGTCATAAAATAATTATTT
65 ACTATTTGAATTATTTTTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * *
432915 TAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTT
130 TAGATAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTTT
* * * * *
432968 GAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTCAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAATCAGTT-AATGTAATTAT
1 AAAATTTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAGTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAA-ATAATTAT
* * * *
433030 GGCTATTTGAATTATTTTTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
64 GACTATTTGAATTATTTTTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATT
* **
433095 TTAGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTT
129 TTAGATAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTT
* *
433148 AAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGA
433213 CTATTTGAA
66 CTATTTGAA
433222 CAATTATCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
180 14 0.07
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AAAATTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGA
CTATTTGAATTATTTTTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTT
AGATAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTT
Found at i:433404 original size:175 final size:178
Alignment explanation
Indices: 433070--433404 Score: 385
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
433060 ATTATGACCT
* *
433070 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTG-AATAAAAAAATAATAAT
* * * * *
433135 TTATTAATATTTTAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAACCAGTT
65 TTAATAATATTTGAAAATCT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGCTTACCGAACCAGTT
* ** * *
433200 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTGAAATTGTTAAGATC
129 CAAAAAGTTAAAACCATTAGAACAATTATCAATCTGAAATTGTTAAGATC
* * * * **
433250 TTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCT-GATCATAGAAGCTTATTCTG-TTAAAAAAATTCTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAAAATAATAA
***
433313 TTTAATAATATTTGAAAA-CT-TAA-TAAGAGATTTAAACAA-TAAATATGCTTGTGGAACCAGT
64 TTTAATAATATTTGAAAATCTATAAGTAAGAGATTTAAA-AAGTAAATATGCTTACCGAACCAGT
*
433374 TCAAAAAGTTAAAACCATTAGAATAATTATC
128 TCAAAAAGTTAAAACCATTAGAACAATTATC
433405 TATTTTGGAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 22, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAAATAATAATT
TAATAATATTTGAAAATCTATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGCTTACCGAACCAGTTCA
AAAAGTTAAAACCATTAGAACAATTATCAATCTGAAATTGTTAAGATC
Found at i:433972 original size:177 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 8.6 Consensus size: 176
433562 CAGTTTGTAA
* *
433572 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA-ATAGTTG
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGAT--TT-
* * * * ** * * *
433636 AAAAAAATAAATTTTTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTT
62 -AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
433701 AAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATCCA----ATTCATAC
126 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTTTCTTCATAC
* *
433749 AAGCTCATT-AAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * ** * * *
433812 AGTGAATCTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATCTT-AACTATTATCTATTTCAAA
66 AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
433876 TTGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTATCATAC
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* *
433924 AAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
433989 AATAAATCTGTTTACTAAATCGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAAT
66 AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--A-
* ** * * * *
434054 AATTCTTTAAAAAATAAAATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATAC
128 AATT-ATT-----ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TCTTCATAC
** * * * * * *
434110 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAAGATTTTAAAAACTAATAACTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
* * * * * *
434175 AAAAATTAAATTTGCTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATATGAACAATTATCTATTTC
62 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
434240 AAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAA-AATTTTCAATTCACAC
127 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC--TTCATAC
* * * * * *
434291 TAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAAATTTTAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
434356 AAATAATTCTATTTACCTAACCGGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * **
434421 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGT-TTTTGTTCATGT
130 TTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTTCTTCATAC
* * *** *
434469 AAGTTTGTTTTGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
434534 AATAAATCTTTTTATCAAACCAGTTC-AATATTTATGACTATTTGAGCAATTATTTAGTACAAAT
66 AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
434598 CATTATTACTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATAC
131 TATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTT-TCTTCATAC
** * * ** *
434645 AAGCTTATTTGAATTAAAA-AATACTATTTTATTAATATTTTGACAATGTAA-AA-A-A-TTAAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
434705 AAAGTAAATATCTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
65 AAA-TAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
434770 ATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATC
129 ATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-CTTCATA-C
* *
434818 -AGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-T
* * * * * *
434882 TTGAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
60 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *** * *
434947 TAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAGTGTT-TCTTCTATTCATAT
125 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TT-TCTTCATAC
* *** * *
435000 AAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAC
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG---AGA-
* * *
435062 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATTGTTATGA
59 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
435107 TTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 226, Indels: 116
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 80 0.07
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190 61 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
TATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCTTCATAC
Found at i:434416 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 434384--434416 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
434374 AACCGGTTCT
434384 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
434402 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
434417 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:434853 original size:173 final size:173
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Indices: 434073--434980 Score: 609
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434063 AAAAATAAAA
* * * * *
434073 TTTTGTTCTATCATAAAATAAT-TATTTATGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTA-GTTCATATC-AGCTTATTTCAAATAAAATAATACT
* * * * * *
434136 AATCTAATAAGATTTTAAAAACTAATAACTAAAAGATTTAAAAATTAAATTTGC-TTGCCAAACC
63 AAT-TATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-CTTTACCAAACC
* * * * * *
434200 AGTTCAAATAGTTACGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
122 AGATC-AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * * *
434254 TTTTCTTTTGTTATAAAACAAAATTTTCAATTCACA-CTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAAAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTT-AGTTCATATC-AGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT
* * * * * * * * * *
434317 AAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAAATTTTAAAAATAATTCTATTTACCTAACCGGTT
63 -AA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAACCAGAT
* *
434382 CTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
126 C-AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * * **
434432 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGTTTTGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTAGTTCATATCAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
434497 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACCAGTTCAA
65 T-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAACCAGATCAA
* * ** * * * *
434562 TATTTATGACTATTTGAGCAATTATTTAGTACAAATCATTATTAC
129 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
434607 TTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGAATTAAAA-AATAC
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATA-TTT-TAGTTCATATC-AGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * *
434669 TATTTTATTAATATTTTGACAATGTAA-AA-A-A-TTAAAAAAGTAAATATCTTTACCAAACTAG
62 TA-ATTATTAATATTTTAAAAAT-TAATAAGAGATTTAAAAAA-TAAATATCTTTACCAAACCAG
* **
434730 ATCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
124 ATC-AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
*
434781 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATCAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTAGTTCATATCAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
434845 GTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTTGAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAA
65 -TTATTAATATTTT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAACCA
* * * * * * * * *
434910 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTACTATAACC
123 G-ATCAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
*
434963 TTTTGTTTTATCATAAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA
434981 GTGTTTCTTC
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 121, Indels: 67
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 34 0.06
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTAGTTCATATCAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAT
TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACCAAACCAGATCAATA
GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:435079 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 434103--435098 Score: 705
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 179
434093 ATTATTTATG
* * * * * * * *
434103 TTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAAGATTTTAAAAACTAATAACTA
1 TTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
434167 AAAGATTTAAAAATTAAATTTGCTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATATGAACAATTA
65 AAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *** **
434232 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAAATTTTCAA
129 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AGTGTTTTTTA
* *** * * *
434284 TTCACACT-AGCTTATTCAAAATAAAATAAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG-
1 TTCATA-TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** *
434347 --AAATTTTAAAAATAATTCTATTTACCTAACCGGTTCT-AATAATTATGACTATTTGAATAATT
64 AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT-TAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * *
434409 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTG-TTTTTG
128 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAA-AAGTGTTTTTTA
* * * *
434462 TTCATGTAAGTTTGTTTTGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
1 TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
434524 AGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACCAG-TTCAATATTTATGACTATTTGAGCAATTATT
66 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
434588 TA-GTACAAATCATTATTACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAG-TTTCTA
131 TATTTA-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AGT-GTTTTTTA
* * ** *
434638 TTCATACAAGCTTA-TTTGAATTAAAA-AATACTATTTTATTAATATTT---TGA-CAAT--GTA
1 TTCATATAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * *
434695 AAAAATTAAAAAAGTAAATATCTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTA
65 AAAATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * *
434760 TCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAT-TATTTTA
129 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAGTGTTTTTTA
* *** * *
434809 GTTCATATCAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAATT
1 -TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
434874 AAGAGATTTTGAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
64 AA-A-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * *
434939 TATCTATTTAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTATCAT-AAAAGTGTTTCTTCTA
127 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAGTGTTT-TT-TA
* *
434993 TTCATATAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATA-TT-AAGACAATTAATAAG
1 TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
435055 TAAAAACTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAAT
63 TAAAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAAT
435099 TGTTATGATT
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 147, Indels: 78
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
171 7 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAGTGTTTTTTA
Found at i:435856 original size:358 final size:352
Alignment explanation
Indices: 435101--439329 Score: 867
Period size: 358 Copynumber: 11.8 Consensus size: 352
435091 GTTTAAATTG
* * * *
435101 TTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA-ACAAGCTTATTTGAATTAAATA
1 TTATGA-TTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTAAATAAAATA
* * * *
435165 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTTATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATTTTTATTG
63 ATA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-AAAATAATTTAAAAATAAATATTTTTATTG
* ** * *
435230 AACAAGTTCAAATAGTCATGGCTATTTAAGTAATTATCTATTTCAAATTATTATGGCCTTTTGTT
125 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGACTTTTATT
* *
435295 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGTTTATATGAAAAAAATAATACTAATTTATTAA
190 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATATG--AAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
435360 TATTTCAAAAATCAATGAGCAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAATAA
253 AATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAA
* *
435425 TTATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAACACA
318 TTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACACA
* * **
435460 TTATGA-TTTTTTTAATCATAAAGCAATTGGATCTATTCATGAAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
1 TTATGATTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTT-AAATAAAATAA
* *
435524 CATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-ATAATAATTTAAACAATAAATTTATTTTT-TT
64 TAT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAATAATTTAAA-AATAAA--TATTTTTATT
* * * * * * *
435587 GAACATGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAGATTGTTAT-GACTATTTA
124 GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGACT-TTTA
* * * * * *
435651 TTTTGTGATAAATCAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTAT-TCG-ACAATAGTACTAATTTATT
188 TTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCAGTTAATACAAGCTTATAT-GAAAAATAATACTAATTTATT
* * * * **
435713 AAAATTCCAAAAATTAAT-ATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGATTAAGTTCAAA
251 AAAATTCCAAAAATCAATGA-GCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAAA
* * * *
435777 TAGTTATGACTATTTCAACAAATATTTATTTCAA-ATCA
315 TAATTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * *
435815 TTATGATCTTTTCTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTAGAAAAAAAT
1 TTATGAT-TTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTA-AATAAAAT
*** *
435880 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGA-GATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA
62 AATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAAATAATTT-AAAAATAAATATT-TTTA
* * * **** * * **
435943 CTGAA-AAGTTCAAATAGTTATGTATCTATTTCAAA-ACGTTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAA
122 TTGAACAAGTTCAAATAGTCATG-A-CTATTT-AAACA-ATTAT--CTATTTCAAATTATTATGG
* ** *** * * * * * ** * **
436005 AATAATACCAAT-TATTTAGAATAATTG-AT-A-TTCATACAAAATTTTTCAAAATAAAATAATA
181 ACTTTTA-TTTTGTA-ATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAC-AAGCTTAT-ATGA-AAAATAATA
* ** * * * * * * *
436066 CCAATTTATTACTATTTCAAAAAT---T-A--ATAAGGATTCAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAA
241 CTAATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGAATT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* * * * * *
436124 ACCTA-TTCAAATAGTTA-AGACTAT-TAGAACAATTAT-TTTTTTAA-ATCA
305 A--AAGTTCAAATAATTATA-ACTATAT-CAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * * ** * *
436172 TTCTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATATGTGCCTATTCAAAATAAAA
1 TTATGA-TTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTATT-TAAATAAAA
* * * * * *
436236 TAATACTAATTTATTAACATTCATGAAATTAATAAGCAAGA-AATTAAAAAAATAAAT-TAGTTT
61 TAATA-TAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAG-AAAATAATT-TAAAAATAAATAT-TTTT
* ** * * * * *
436299 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCATTATAGCCTTT
121 ATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGACTTT
* * * * * * *
436364 TATTTTATCATAAAACAATTATTTCAG-TACATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TTACT
186 TATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTA-ATACAAGCTTATATG--A-AAAATAATACTAATT
* * ** * ** * * *
436427 TATTAATATTTCAAAAATTGATTAG--TTAGAATTCAAAAAATAAA-ATAGTTTAAC-AAATCAG
247 TATTAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGAATT-AAAAAATAAATCTA-TTTACCGAAA-AAG
* ** ** * * * **
436488 TTCGAATAATTATGGCCGTTTAAACAATTATCTATTTCAA-ATTG
309 TTCAAATAATTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * *
436532 TTATTAACTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGCTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAA
1 TTA-TGA-TTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTT-AAATAA
* * * ** * *
436594 AATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAGGA-GATTTAAAAAATAAATATGTT
59 AATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAATAATTT-AAAAATAAATATTTT
* * * * * * *
436658 TATTGAACCAA-TTCAAATCGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAACTATTAT-AACC
120 TATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGA-C
* * * * * * **
436721 TTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-
183 TTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTA-T-ATGA-AAAATAATACTA
* * * * * * *
436784 ATTGTAATAATATTCTAAAAATTAAT-AAC-TAAGATATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AAA
244 ATT-TATTAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGA-A-TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA
** * * * * * * * *
436846 TCTGTTCAAATACTTA-AGGCTGTATGAACAATTCTTTATATCAA-ATCA
306 -AAGTTCAAATAATTATA-ACTATATCAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * ** * *
436894 TTATGACCTTTTGTTTTA-CCATAAAACAATTTTTTGAATTCTTAGCAA-CTTATTTGGAATAAA
1 TTATGA--TTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA--AAGCTTATTT-AAATAAA
* * * * *
436957 ATTAA-ATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAGAT--TTT-AAAA-AATTCTATTTG
60 A-TAATAT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAATAATTTAAAAATAAATATTTTTA
** * * * * * * * **
437016 TCAAACCAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTAT-GACCTTT
122 TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGA-CTTT
* * * * ** * * * * * *
437080 TCTTTTGTCATAAAACAAATGTTT--TTTCTTCATAAGTTTTTTAAGTATAAAATAATATTTATT
186 TATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAAT-ACAAG-CTTATATG-A-AAAATAATACTAATT
* * ** * * * * **
437143 TATTTATATT-TGAAAATTAA-GAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCTGT
247 TATTAAAATTCCAAAAATCAATG-AGCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-AAGT
* * * * * * *
437205 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAA-ATCA
310 TCAAATAATTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * ** * * *
437248 TTATGACCATTTGTTTT-GTCATAAAACCATTGTTTCTGCTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAG
1 TTATG---ATTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAG-CTTATTTA-AATAAAA
* * * *
437312 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACA-GATTTAAAAAATGAACCTA-TTG
61 TAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-AAAATAATTT-AAAAAT-AA-ATATTTT
*** * * * * * * * * *
437375 GCCT-AACCAGTGCAAATAATTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACTT
120 TATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGAC-T
* * *** * * ** * *
437438 TTTGTTTTATCGCAAAGCAATTATTTCTA-TTCGTAAAAGCTTAT-T-CAAAATAACATAAATCT
184 TTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTATATGAAAAAT-A-AT--A-CT
* ** * * * * * * * *
437500 AATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAA
243 AATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAA
* * * * * *
437565 GTTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCA
308 GTTCAAATAATTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * * *
437610 CTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAA-T-TTT-TATTCATATAAACTTATTTCAAATTAAA
1 TTATGA--TTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTT-AAATAAAA
* * * ** * * **
437671 TTATACAAATTTATTAATATTTGGACTATTAATAAGAAAA-AGATATAAAAAATAAATCTGCTTA
61 TAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAATA-AT-TTAAAAATAAATATTTTTA
*** * * *
437735 CCAAATAAGTTCAAATAGTTCCA--ACTATTTGAACAATTA-CTTATTACAAA-TAGTTAT-GAC
122 TTGAACAAGTTCAAATAG-T-CATGACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATTA-TTATGGAC
* * *** ** *
437795 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATA-ATAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-T
183 -TTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA-AGCTTATAT-GA--AAAATAATACT
* * * * * * * * * * *
437858 CAAGCTT-TTAATATTTCAAGAATTAATAAGTAAACGATTTAAAAAA-AAATATGTTTACC-AAA
243 -AA-TTTATTAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA
* * * ** * * *
437920 CAAGTTCAAATAGTCATAACTATATGAGTAATTATCTATTT-AAAATCG
306 -AAGTTCAAATAATTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * * *
437968 TTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAAAAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGA--TTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTT-AAATAAAA
* * * *
438032 TAATCCTAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAG--AGT--TTTAAAAAATGAAACTA-TTTT
61 TAAT-ATAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGAAAATAATTT-AAAAAT-AAA-TATTTTT
* * * * * *
438092 -TTGAACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT-GACCTT
121 ATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGA-C-T
* * * * * * *
438155 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAA
184 TTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTATAT-G-A-AAAATAATACT--
* * * * * *** * *
438218 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAC
243 AATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAA
* * * * * * *
438282 GTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAA-ATA
308 GTTCAAATAATTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACACA
* * *
438325 GTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAACCAATTATTTCTGTTCATACAAG-TGTATTCGT-AATA
1 -TTATGA--TTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCT-TATT--TAAATA
* * * * * ** * * * *
438387 AAATAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATGGATTATTAAAA-GAGTTAGAAAATAAATCTAT
58 AAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAAT-TAATAAGAAAATAATTTA-AAAATAAATATTT
** * * ** * * *
438451 TTA-CCAAGCATGTTCAAATAGTTATGACTGCTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TAGTTAT-GA
119 TTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGGA
* * * * * * * * *
438513 TATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTTAAATAAAATAATAC
182 -CTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTA-TAT-GA-AAAATAATAC
* *** * * ** * * * *
438577 TAATTTATTAATATTATGAAAATTAAT-AGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAC
242 TAATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATGA-GCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-
* * * ** * * * * * **
438640 CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAA-ATTG
305 AAAGTTCAAATAATTATAACTATATCAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * * * *
438688 TTAAGACTTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATT-TGTTC-ATGCA-AAA--TTATTTAGAATGAAAT
1 TTATGA-TTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATAAAGCTTATTTA-AATAAAAT
* * * * * * *
438748 AACACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT--G-AGAT-A--TAAAAACTAAATCTGTTTA-C
62 AATA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAAATAATTTAAAAA-TAAATATTTTTATT
* * * * * * ** * **
438806 AAAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAAGCTCTTTTA
124 GAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGACTTTTA
* * * * *** * * * *
438871 CTTTGTCATGAAACAATTATTTTTTTTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAA
188 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATATG-A--AAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * *** *
438936 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACTAA-TT
250 TAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGA-ATT--AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-AAAGTT
* * *
439000 CAAATAGTTA-AGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAA-ATCA
311 CAAATAATTATA-ACTATAT-CAACAAATATCTATTTCAACA-CA
* * *
439042 TT-TCGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAA
1 TTAT-GA--TTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTT-AAATAAA
** * * * * *
439105 ATAATACTAATTTATTAGCATTTGAAAAATTAATGAGTAAGA-GATTTAAAAAAATAAATCTATT
60 ATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAATAATTT--AAAAATAAATATTTT
* * * * * ** * *
439169 TACTGAATAAGTTTAAATAGAT-TTGACTATTTGAGTAATTTTCTATTT-AAAGTCATTAT-GAC
120 TATTGAACAAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATGGA-
* * * * *
439231 CTTTTATTTT-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAGAAACTTATCA-GAAATAAAATAATACT
182 CTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAT-ATG--A-AAAATAATACT
* * * * * *
439294 ACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
243 AATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATGAGCAAAAGA
439330 TATAATAAAA
Statistics
Matches: 2981, Mismatches: 628, Indels: 516
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
350 9 0.00
351 131 0.04
352 5 0.00
353 17 0.01
354 229 0.08
355 189 0.06
356 156 0.05
357 268 0.09
358 518 0.17
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360 336 0.11
361 238 0.08
362 347 0.12
363 46 0.02
364 5 0.00
365 77 0.03
366 57 0.02
367 9 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
TTATGATTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGCTTATTTAAATAAAATAATA
TAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAATAATTTAAAAATAAATATTTTTATTGAACAAG
TTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGGACTTTTATTTTGTAA
TAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATATGAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAA
AAATCAATGAGCAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATAACT
ATATCAACAAATATCTATTTCAACACA
Found at i:435910 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 435109--439344 Score: 2919
Period size: 181 Copynumber: 23.6 Consensus size: 180
435099 TGTTATGATT
* * * *
435109 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA-ACAAGCTTATTT-GAATTAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
435172 TTTATTAATATTTTGACAATTTATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATTTTTATTGAACAAGT
66 TTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * *
435237 TCAAATAGTCATGGCTATTT-AAGTAATTATCTATTTCAAATTATTATGGCC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
435288 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATATAAGTTTATAT-GAAAAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
435351 ATTTATTAATATTTCAAAAATCAATGAGCAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTA-TCGAAAAA
65 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAA
* * *
435415 GTTCAAATAATTATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAACA-CATTATGA--
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACC
** * ** * *
435466 TTTT-TTTAATCATAAAGCAATTGGATCTATTCATGAAAGCTTATTTCA-AATAAAATAACA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-
* * * * * **
435528 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAATTTATTTTTTTGAACA
64 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACA
* * * * * * **
435592 TGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAGATTGTTATGA-C
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
435645 TATTTATTTTGTGATAAATCAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCG---ACAATAGTACT
1 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * **
435705 AATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGATTAA
64 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * *
435770 GTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGATC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
435823 TTTTCTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTAGAAAAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
*** *
435888 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-AAGT
66 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * *
435952 TCAAATAG---T---TA--TG------TATCTATTTCAAAACGTTATGACA
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* *
435989 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGATATTCATACAAA-ATT-TTTC
1 TTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-TT-G--T--TT-CTATTCATA-AAAGCTTATTT-
* * * *
436052 AAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTCAAAAAATAAA
48 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
436112 TTTGTTTGCTAAACCTA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT-TTTTTTAAATCATTC
112 TCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
*
436175 TGACT
176 TGACC
* * * *** * * *
436180 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATATGTGCCTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
436244 ATTTATTAACATTCATGAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAACA
65 ATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACA
** * * *
436307 AGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCATTAT-AGCC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CC
* * * * *
436361 TTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTACATAGAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA-T
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACT
* * * * * * * * *
436423 TACTTATTAATATTTCAAAAATTGATTAGTTAGA-ATTCAAAAAATAAAAT-AGTTTAAC-AAAT
64 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTT-ACTGAA-
* * * ** * ** * *
436485 C-AGTTCGAATAATTATGGCCGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAAC
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
436540 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAAAACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * ** * *
436603 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCA
64 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CA
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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** * ** * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAA-TAATACT
* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT
* * * * * * **
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-CTA
* * * *
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* * *
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* ** * * * ** *
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*** * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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** * * * **
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* * *
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* * **
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* *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* ** * * **
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* * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTA
* * * * **
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* *
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* * ** *
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** * * * *
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* ** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *** * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** **
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** ** ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * ***
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* * * *
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* *
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* * ** *
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*
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126 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATT-TTTTGA-TTCATA
* ** *
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* ** * * * *
439149 TT-TAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAGTAATTTTC
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304 TATTTCAAA-T-AGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTCTTCATA-AAGCT
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439272 TTATCAGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATATAATA
366 TTTTTA-AGATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-A
*
439337 AAACAAAT
428 AAATAAAT
439345 TTAGTTTTTG
Statistics
Matches: 2059, Mismatches: 402, Indels: 269
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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AATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATATAATAAGAGATTTAAAAAATGAAATATTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
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* ** ** * *
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* * * ** * * ** *
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* *** * ** * * **
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* * * * * * * * *
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190 GACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTGTATCA-TTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* ** * * *
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* * *
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314 CAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTATTTGTT
** * * *
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378 TTGTCATAAAACAATT--ATTCCTACTCAT-ATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATAAATTT
** * * * ** *** * **
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* * * * * * * * * *
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502 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTATCACAA
* * * * * * *
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566 ACCAATT-ATTTCTATTCATAAAAG-TGTATTC-AAAATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * **
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* * * * * * ** *
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691 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
* * * *
435850 CTATTCATAAAAGTTTATTTAGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
755 CTATTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAG
** * ** * *
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817 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATACTTCAACTATATGAACAATT
435970 A--T-TT-C
882 ACTTATTAC
** * **
435975 AAA-ACGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGATATTCA
1 AAATA-GTTATGACATTTTGTTTTACCAT---A-AA-A-CAATTGTTT----TAA-T-CCA-T-A
* ** * * *
436039 TACAAAATT-TTTCAAAATAAAATAATA-CCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----G
51 -AC-AACTTATTT-GGAATAAAATAATATCAAACTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAACG
* * * * * * * * *
436098 ATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCTA-TTCAAATAGTTA-AGACTAT-TAGAACAATTAT
112 ATTTAAAAAA-AAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATCATA-ACTATAT-GAATAATTAT
* * * * * * * * * * *
436160 -TTTTTTAAATCATTCTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAT-GTGCCT
173 CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTGTATCA-TTCATATAG-GCTT
** * * ** *
436223 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CATGAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAA
236 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAAAGAATAA--AAG--ATTTAAAAA
* * * * * * * *
436287 AT-AAATTAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTATATATTTAAAAT
296 ATGAAACTA-TTTACTAAACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
436351 CATTAT-AGCCT-TTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTACATAGAAGCTTATT-TGAAA
360 CATTATGA-CCTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCCTACT-CATATAAGCTTATTCAG-AA
* * * * * * * * *
436412 TAAAATAATAT-TACTTATTAATATTTCAAAAATTGATTAGTTAGAATTCAAAAAATAAA-ATAG
422 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACCTA-
** * * * ** * * *
436475 TTTAAC-AAATCA-GTTCGAATAATTATGGCCGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA
486 -TTGCCTGAA-CACGTGC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * ** *** *
436538 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAAAA
548 CCTTTTGTTTTATCACAAACCAATT-ATTTCT-ATTCATAAAAGTGTATTCAAAATAAAATAAAT
* * * * *
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611 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAA
* * *
436665 CCAATTCAAATCGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAACTATTATAACCTTTTGTTAT
674 -CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TATTATAACCTTTTGTTTT
* *
436730 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTGTAATAAT
737 ATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTATT-TATTAAT
* * * * **
436795 ATTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAATCTGTTCAAATACT
800 ATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATACT
*
436860 T-AAGGCTGTATGAACAATT-CTT-TATATC
864 TCAA--CTATATGAACAATTACTTAT-TA-C
* * * *
436888 AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATT-TTTTGAATTCTTAGCAACTTATTTGG
1 AAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTT-AATCCATAACAACTTATTTGG
* * * *
436951 AATAAAATTAA-AT-AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AAA-GATTT-TAAAAAATTC
64 AATAAAA-TAATATCAAACTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAACGATTTAAAAAAAAATA
** * * * **
437010 TATTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATG
127 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCAT-AACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
* * *
437074 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTC-TTCATA-A-G-TT-TTTTAAGTATAAAATA
191 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAA-AAA--TTGTATCATTCATATAGGCTTATTTGAA--ATAAAATA
* * * **
437134 ATATTTATTTATTTATATTTGAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTA
251 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAA--AAGAA-TAAAAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACTA
** * * * *
437198 AACCTGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACC-ATTTGT
312 AACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTTGT
* * * * * *
437262 TTTGTCATAAAACCATTGTTTCTGCTCATA-CAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACT-AATTTA
377 TTTGTCATAAAACAATTATTCCTACTCATATAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATA-TAAATTTA
** * *
437325 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAACCTATTGGCCT-AAC-CAGTGC
440 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAACCTATT-GCCTGAACAC-GTGC
* * * * *
437388 AAATAATTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTATCGCA
502 -AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCACA
* * *
437452 AAGCAATTATTTCTATTCGTAAAAGCT-TATTCAAAATAACATAAATCTAATTTATTAATATTCT
565 AACCAATTATTTCTATTCATAAAAG-TGTATTCAAAATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTCT
* * *
437516 TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAACTAGTTATGA
629 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* *
437581 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TTT-
692 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC
* ** * * * ** *
437643 TATTCATATAAACTTATTTCAAATTAAATTATACAAATTTATTAATATTTGGACTATTAATAAGA
756 TATTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGT
* * * * * *
437708 AAAAGATATAAAAAATAAATCTGCTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTCCAACTATTTGAACAATT
818 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATACTT-CAACTATATGAACAATT
437773 ACTTATTAC
882 ACTTATTAC
** ** * * *
437782 AAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATAATAGCTTATTTGGAT
1 AAATAGTTATGACATTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTAATCCATAACAACTTATTTGGAA
* * *
437847 TAAAATAATATCAAGCTTTTAATATTTCAAGAATTAATAAGTAAACGATTTAAAAAAAAATATGT
66 TAAAATAATATCAAACTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAACGATTTAAAAAAAAATATAT
* *
437912 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATATGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
130 TTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
* *
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195 TTTCTTTTGTCATAAAAAAATTGTATC-ATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** *
438042 TTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGAGTTTTAAAAAATGAAACTATTTTTTGAACAAGATCAAA
259 TTATTAATATTCCAAAAAAGAATAAAAGATTTAAAAAATGAAACTATTTACTAAACAAGATCAAA
* *
438107 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA
324 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTTGTTTTGTCATAAAA
* **
438172 CAATTATTCCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAAATTTATTAATATTCCAAA
389 CAATTATTCCTACTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCCAAA
* *** * *
438237 AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACGTTCAATAGTTATGACTATT
453 AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACCTATTGCCTGAACACGTGCAATAATTATGACTATT
* * * *
438302 TGAACAATTATCTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTGTTC
518 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAACCAATTATTTCTATTC
* ** * * * ** * * *
438367 ATACAAGTGTATTCGTAATAAAAT-AGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATGGATTATTAAAA
583 ATAAAAGTGTATTCAAAATAAAATAAAT-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * ** * *
438431 GAGTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAGCATGTTCAAATAGTTATGACTGCTTGAATAATTATTT
647 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAA-CA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT
* **
438496 ATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT
710 ATTTCAAATA-TTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-T
* * *
438561 TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAA
773 TCAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * **
438626 ATATGTTTACTAACCAAGTTCAAATA-GTCATGTCCATTTGAACAATTA-TCTATTTG
836 ATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATACTTCA--ACTATATGAACAATTACT-TATTAC
* * * ** * * * * *
438682 AAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATT-TGTTCATGC--AA-AA-TTATTTAGAA
1 AAATAGTTATGACATTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTAATCCATAACAACTTATTTGGAA
* * * * * * * * * *
438742 TGAAATAACA-CTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT--G--A-GATATAAAAACTAAATCTG
66 TAAAATAATATC-AAACTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAACGATTTAAAAA-AAAATATA
* * * * * * * * * *
438801 TTTA-CAAAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAAG-C
129 TTTACCAAACA-AGTTCAAATAATCATAACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC
* * * * ** * ** *
438864 TCTTTTAC-TTTGTCATGAAACAATTATTTTTTTTCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATAC
193 -CTTTT-CTTTTGTCATAAAAAAATT-GTATCATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * ** *
438928 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAAAT-AAATGTGTTTGTTG
255 TAATTTATTAATATTCC-AAAA--AAGAA-TAAAAGA-TTT--AAAAAATGAAA-CTATTTACTA
* *
438992 AACTAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TCGACCT-TT
312 AAC-AAGATCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTATT
* * * ** * *
439053 TGTTTAGTCATAAAACAATTATT-TTAGTTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AAT
374 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTCCTA-CTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAAAT
** ** * * * ** * *
439116 TTATTAGCATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGT
437 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAACCTATTGCCTGAACACG-
** ** * *
439181 TTAAATAGATT-TGACTATTTGAGTAATTTTCTATTT-AAAGTCA-TTATGACCTTTTATTTT-T
499 TGCAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * *
439242 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAGAAACT-TA-TCAGAAATAAAAT-AATACTACTTTACTA
561 CACAAACCAATTATTTCTA-TTCATA-AAAGTGTATTCA-AAATAAAATAAAT-CTAATTTATTA
439303 ATATT-TCAAAAATTAATAAG
622 ATATTCT-AAAAATTAATAAG
439323 CAAAAGATAT
Statistics
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0.75 0.14 0.11
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TTCTTTTGTCATAAAAAAATTGTATCATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCCAAAAAAGAATAAAAGATTTAAAAAATGAAACTATTTACTAAACAAGATCAAATA
GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTATTCCTACTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAT
TAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACCTATTGCCTGAACACGTGCAATAATTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAACCAATTATTTCTATTCATA
AAAGTGTATTCAAAATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTATGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
AATATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAATAA
AATAATACTATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
CAAATAAGTTCAAATACTTCAACTATATGAACAATTACTTATTAC
Found at i:439741 original size:181 final size:179
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Period size: 178 Copynumber: 5.7 Consensus size: 179
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* * ** * * *
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* * * ** * * *
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*** ** * *** *
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* * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTT-TATGAACAAAAACAATTGTT-TAT
* ** * ** *
439618 GACAAAACAAAAGATCATTTTGATTTGAAATAAATAATTATTTGAATAGTCATAACTATTTAAAC
64 GATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
439683 TCGCTCAATAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGG
129 TCGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* *
439734 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CCTTTATGAACAAAAACAATT-GTTTAT
* * * *
439799 GAT-AAA-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAA
64 GATAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
439861 -T-GTTTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGG
128 CTCG--CTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * *
439912 AATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTACTTTA
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTT-TATGAACAAAAACAATT-GTTTA
*
439976 TGATAAAACCAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
63 TGATAAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *** * * * * *
440040 ACTCGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTTATTTTAGG
127 ACTCGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * * *** * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CCTTTATGAACAAAAACAATTGTTTATG
* ** * *
440158 ATGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACT
65 ATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
440223 TGCTCAATAGAC--ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA
130 CGCTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CCTTTATGAACAAAAACAATTGTTTATG
* * * *
440335 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
440400 TATTTGGTAA
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AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTTATGAACAAAAACAATTGTTTATGA
TAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTC
GCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
Found at i:440025 original size:16 final size:17
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439994 TAATGATTTG
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1 AAATAG-CATAACTATT
440037 TGAACTCGTT
Statistics
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AAATAGCATAACTATTC
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439507 TTATAAACAT
*** * * *
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* * * * * **
439581 TCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACTATTGTTGTATGACAAAACAAAAGATCATTTTGATTTGA
64 TAGAATAAGCTTGTATG-A-AAAAACAATTATT-TATGATAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGA
** * *
439646 AATAAATAATTATTTGAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTCAATAAACAAATTTATCTTTTAA
125 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAAATTCATCTTTTAA
* * * * * * * * *
439711 ATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTTT
190 ATCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTCAAATAAGCATAT
* * *
439776 ATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAT-AAA-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT
255 ATGAACAAAAACAATT-GTTTATGATGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * *
439839 CAAACAATCATAACTATTTGAATGTTTTTAGAAAATAG
319 CAAACAATCATAACTATTTGAA-CTTGCT-CAAAAGAC
*
439877 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
439941 AGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTACTTTATGATAAAACCAAAAGTCATAATGATTTGAA
65 AGAATAAGCTTGTATGAA-A-AAACAATTA-TTTATGATAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * *** *
440006 ATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
126 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAAATTCATCTTTTAAA
* *
440071 TCTCTTACTCATTTATTTTAGGAATATTAATAAGTTACTATTAGTTTATTTCAAATAAGCATATA
191 TCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTCAAATAAGCATATA
*** * *
440136 TGAATTGATACAATTTTTTATGATGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
256 TGAACAAAAACAATTGTTTATGATGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
440201 AATAGTTATTACTATTTGAACTTGCTCAATAGAC
321 AACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAAAAGAC
* * *
440235 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-A
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
* *
440299 TACGAATAAGCCTT-TATGAAAAAAAAATTATTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAT
64 TA-GAATAAG-CTTGTATGAAAAAACAATTATTTATGATAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAA
*
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440400 TATTTGGTAA
Statistics
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ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTA
GAATAAGCTTGTATGAAAAAACAATTATTTATGATAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAAATTCATCTTTTAAATCTCT
TACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTACTATTAGTTTATTTCAAATAAGCATATATGAAC
AAAAACAATTGTTTATGATGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAA
TCATAACTATTTGAACTTGCTCAAAAGAC
Found at i:441027 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 440753--441885 Score: 880
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 180
440743 TGAATAAGAC
* * * *
440753 TATATAAACAAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
1 TATATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
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65 TGTTCAAATAT-TCATAACTATTTGAACTGGTTTCGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * *
440882 CCATTAATTTTCAAGTTATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATT
129 TTATTAATTTTCAA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATT
* * * * *
440935 TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATT
1 TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
441000 GTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGCTAACAAAATTATTTTTTAAATATCATACTT
66 GTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTGGTTTCGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
441065 ATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTTGAT-TTATTTTAATACAAATAAGTT
131 ATTAATTTT-CAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTCGAATAAATT
** * * ** * * * *
441116 GGTAAGAGCTAAAAA-AATTG-TTTACAATAAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
1 TATATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* ** * * * * * *
441179 TGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAG
65 TGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTGGTTTCGC-AAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * *
441244 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTCGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT
129 TTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATT
* * * * *
441297 TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATATATAATT
1 TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * **** *
441362 GTTCAAATAGTT-ATAATTATATGAATTGGTTAAATAAA-AATAATTATTTTTCAAATCTCTTAC
66 GTTCAAATA-TTCATAACTATTTGAACTGGTTTCGCAAACAA-AATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** *
441425 TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTAAGAATAAACT
129 TTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATT
** * ** * * **
441477 TGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
1 TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* *
441542 ATTCATAA-AGTT--TAACTGTTTGAACTGG-TTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
66 GTTCA-AATA-TTCATAACTATTTGAACTGGTTTCG-CAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
441603 GTTATGAGTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTATATTATTTCGAATGAATT
128 CTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATT
* * * **
441657 TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATTGCAATTTGAAATAGATAATT
1 TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
441722 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTCGTAC
66 GTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTGGT-TTC-GCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
441785 ----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAACT
129 TTATTAATT-TTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATT
* ** * * * *
441834 TGTATGTTCAAAAATAATTGCTTTATGAGAAAACGAAAGAT-ACTAACAATTT
1 TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTT
441886 TATTTCAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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177 76 0.10
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTGGTTTCGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATT
Found at i:441443 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 440763--441748 Score: 1097
Period size: 362 Copynumber: 2.7 Consensus size: 357
440753 TATATAAACA
** * * * *
440763 AAAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
1 AAAAA-AATTGTTTTACAACAAAACAAAAT-GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
* * * * * * ***
440827 TGTTATAACTAATTGAACTGGTTTCGCAAATAGATTTATTCTTTGAATCTCTTACCCATTAATTT
64 AGTT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
** * * * * *
440892 TCAAGTTATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTT
127 TCAAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAATTTATATGAACAAAAATAATTGTT
* * *
440957 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTCATAATTATT
190 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAATTATT
*** * * *
441021 TGAACTGGTTTGGCTAACAAAATTATTTTTTAAATATCATACTTATTAATTTTGGAAATATTAAT
254 TGAACTGGTTTAAATAAAAAAATTATTTTTCAAATATCATACTTATAAATTTTGGAAATATTAAT
*
441086 AAATT-TGATTTATTTTAATACA-AAT-AAGTTGGTAAGAGCT
319 AAATTAT--TTTATTTTAATA-AGAATAAACTTGG-AAGAGCT
* *
441126 AAAAAAATTG-TTTACAATAAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
1 AAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
* *
441190 CCTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
66 -TTTAACTATTTGAACTGGTTTGGC-AAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
* * *
441255 CAAAATATTATTAGATTCGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAATAATTGTTT
128 CAAAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTATATGAACAAAAATAATTGTTT
* * *
441320 TATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATATG
191 TATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTG
* * * *
441385 AATTGG-TTAAATAAAAATAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
256 AACTGGTTTAAATAAAAA-AATTATTTTTCAAATATCATACTTATAAATTTTGGAAATATTAATA
* *
441449 AATTATTTTATTTTATTAAGAATAAACTTGGATGAGCT
320 AATTATTTTATTTTAATAAGAATAAACTTGGAAGAGCT
* * * * *
441487 GAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAA
1 AAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
* * * * * * *
441551 GTTTAACTGTTTGAACTGGTTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAGTTTTT
65 GTTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTC
* * *
441616 AGAATATTATTAATTTAGTATTATATTATTTCGAATGAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTT
129 AAAATATTATTAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTT
* * ** * * *
441681 ATGATAGAACAAAAGGTTATTGCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
192 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGA
441746 ACT
257 ACT
441749 TATTCAGTAA
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 79, Indels: 35
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
359 1 0.00
360 146 0.28
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362 248 0.47
363 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
TTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAA
AATATTATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTG
GTTTAAATAAAAAAATTATTTTTCAAATATCATACTTATAAATTTTGGAAATATTAATAAATTAT
TTTATTTTAATAAGAATAAACTTGGAAGAGCT
Found at i:442189 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 441910--442640 Score: 556
Period size: 177 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
441900 TTGTACGTTG
* * * *
441910 AAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
1 AAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
441975 GCCATAATTATTTGAAGTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAA
65 GTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
* * *
442040 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAAG-TTTTATGAATT
130 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACT
* * *
442088 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
442153 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAA-TT
* * * * * * * *
442217 TTTGAAA-GTTAATAAATTAATATAATTTTCTTTCGAATAGGCTTGTATGAACT
124 TTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * * *
442270 GAAACAATTATTTTTTGAC----TAAAGGTT-AGAATAATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
442330 TCTTAACTATTTGAACTGATTCG-CAAATACATTTGTTTTTCAAATCTC---TT-A-----AAAA
66 TCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
442385 TA-TGATCAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATCAGCTTGTATGATA-A
131 TATTAAT-AAAGTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * * * *
442432 AAAACAATTGTTTTGTGACAAAAC-TAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
442496 TCATAACTATTAGAATTGCTTTGGA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTT
66 TCATAACTATTTGAATTG-ATTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTT
* * * * * *
442559 TTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATTAACT
125 TTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
442612 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
442641 ATAAAAACAA
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 91, Indels: 73
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 7 0.02
162 44 0.10
163 1 0.00
165 3 0.01
166 40 0.09
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168 2 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
173 2 0.00
174 1 0.00
175 4 0.01
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179 1 0.00
180 56 0.13
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAA
TATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
Found at i:443176 original size:175 final size:177
Alignment explanation
Indices: 442702--443616 Score: 623
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 177
442692 AAATCTTTGG
* * * * *
442702 CTTATTAATTTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTGTCATTTTATTCCGAATAA-GCTTGTATGAA
1 CTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATTC-TATATGAA
* * * * * * *
442764 CTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAA
63 C-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
442828 TGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTCGATAAACACATTTAATTTTTAAA--TC-TA
* * * ** *
442883 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTCA-TATAATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATA--AA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAA--TTCTATATGAA
* * ** * * * * *
442945 AAGAAAAAATTGTTGCATGACAAAATAAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAT
63 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
443010 AGTCATAGCTATTTGAATTGGTTCGATAAACA-AATT-GTTTTTAAATCT-
128 AGTCATAACTATTTGAA-TGGTTCGATAAACACATTTAATTTTTAAATCTA
* **
443058 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTCTATATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAATTCTATATGAACAG
* * * * * *
443123 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTGGAAATTGATAATTGTTCAAATGGA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
443188 CATGACTGTTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTA
131 CATAACTATTTGAA-TGGTTCGATAAACACATTTAATTTTTAAA--T-CTA
* * * ** *
443239 CCTATTAATTTGT-AGAATATTAATAAAGT-GATATTATTTTATTCCAAATAAAAC--T-TGTA-
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAATAATTCTATATGAAC
* * * * * *
443298 TG----AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAACA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
443358 GTCATAACTATTT-AA-GCTTACTGGATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAATGGTT-C--GATAAACACATTTAATTTTTAAATC---TA
* * * * *
443411 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-ATGTTTGTATGGATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAT-TCTATATGAACA
* * *
443475 GAAACAATTAG-TTTAT-A-AAAA-AAAAAGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
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* *
443536 GTCCA-AACTATTTGAATGTGTTCTGA-AAACACATTT-ATTTTTAAAATTTTTG
129 GT-CATAACTATTTGAATG-GTTC-GATAAACACATTTAATTTTT-AAA--TCTA
*
443588 CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
443617 TAATTATTTA
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAATGGTTCGATAAACACATTTAATTTTTAAATCTA
Found at i:443180 original size:510 final size:494
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Period size: 510 Copynumber: 2.0 Consensus size: 494
442174 CGATAAACAG
* * *
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1 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGATAATAAATTAATATAATTTTATT
* * * *
442249 TCGAATAGGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTTTGACTAAAGGTTAGAATAATTTAAAATAG
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* *
442314 ATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGATTCGCAAATACATTTGTTTTTCAAATCTCT
131 ATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGATTCGCAAAAACATTTATTTTTCAAATCTCT
* * * * *
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*** * *
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* * * *
442509 AATTGCTTTGGAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATAATAATAA
326 AATTGCGTTCGAAAACAACATTAGTTTTTAAATCTCTTAC-T-ATAATTTTTAAAATAATAATAA
** * *
442574 AGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
389 AGTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
*
442639 AGATAAAAACAAATTTAAATAAATAATTGTTCAGTAAATAA
454 AGATAAAAACAAATTGAAATAAATAATTGTTCAGTAAATAA
* * * *
442680 ATTTATTTTTTAAAATCT-TTGGCTTATTAATTTTTTGAATGATAATAAATTAGTGTCATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTTGAAAGATAATAAATTAATATAATTTTAT
* *
442744 TCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTA
65 TCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACT-----AAAGGTTAGAATAATTTA
** * * *
442809 AAATAGATAATTATTCTAATGGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAAAATATTTATTTTTT
125 AAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGA-TTCG-CAAAAACATTTATTTTTC
* * *
442873 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTCA-TATAATTTTAATCTGAATAAGCT
188 AAA--TC-T-C---TTAA------AAATATGATCAAATT-AGTATAATTTTAATCTAAATAAGCT
*
442937 TGTAT-AAAAAGAAAAAATTGTTGCATGACAAAA-TAAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAA
239 TGTATGAAAAA-AAAAAATTGTTGCATGACAAAACT--AAGATCATAATGATTTGAGATAGATAA
* *
443000 TTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAATTG-GTTCGATAAACAA-ATT-GTTTTTAAATCTCTTA
301 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAATTGCGTTCGA-AAACAACATTAGTTTTTAAATCTCTTA
* *
443062 -T-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA-TTCTATATGAAC-AG
365 CTATAATTTTTAAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTT-TATATGAACTA-
* * * * * **
443123 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTGGAAATTGATAATTGTTCA
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443182 AATGGACATG
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (494 bp):
ATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGATAATAAATTAATATAATTTTATT
CCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAAGGTTAGAATAATTTAAAATAG
ATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTGATTCGCAAAAACATTTATTTTTCAAATCTCT
TAAAAATATGATCAAATTAGTATAATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAAAATTGTT
GCATGACAAAACTAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAG
AATTGCGTTCGAAAACAACATTAGTTTTTAAATCTCTTACTATAATTTTTAAAATAATAATAAAG
TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
ATAAAAACAAATTGAAATAAATAATTGTTCAGTAAATAA
Found at i:443818 original size:117 final size:115
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443631 TTTTATGGTG
* * * **
443641 AAAAAAAAGGTCATAACCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTG
1 AAAAAAAAGGTCATAACCGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACAATTTGAACTAA
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66 TTCAGCAAACA-ATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTATGAC
* * **
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1 AAAA-AAAAGGTCATAACCGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACAATTTGAACTA
* * *
443822 ATTCAGCAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
65 ATTCAGCAAACAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
443867 CAAAATATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (115 bp):
AAAAAAAAGGTCATAACCGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGCCATAACAATTTGAACTAA
TTCAGCAAACAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTATGAC
Found at i:444327 original size:181 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 181
443739 ACTCATTAAT
* * * * * *
443749 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCT-TAATTA
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTA
** * * * * **
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* ** * * * * *
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* * * * ** *
443929 TTTTATGAGATAACAAAAGGTTA-AACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTA
* * * *
443992 TTTGAACTAGTTCGATAAA-TAGATTAACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAACTTGTTTGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * *
444052 AGTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGATAAAAAAAAATTTTG
129 AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-TAATGAAACA-TTAG
* * * *
444107 TTTTATGGCAAAATAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAACTAT
** ** * * *
444172 TCAAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAT
66 TTGAACTTGTTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * * * *
444237 TAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAACTTTTATGTACTGAAACATTAG
131 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAATGAAACATTAG
* *
444288 TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGAC-ATAACTA
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTA
* * ** *
444352 TTTGAACTT-ATTCAGTTGA-TAGA-TT-TTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATA
65 TTTGAACTTGTTTGA-TAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATA
* * * *** * * *
444411 TTCAT-AATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATG-AACTAAAATAATTA-
127 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAA-TGAAA-CATTAG
* * * * * ** * * * * *
444465 TTTTTTGACTAAACAAAATAG-CAGAACAATTTGGAATATATAATTATTCTAATGGTCT-TAACT
1 TTTTATGACAAAATAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAACT
* * ** *
444528 ATTTAAAC-TGATTTGAAAAACACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAG
64 ATTTGAACTTG-TTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** ** ** * *
444586 TAAT-AATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTATATG-AATAGATACAATTA-
128 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAAT-GAAAC-ATTAG
* * * *
444639 TTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAAAGAC-ATGACTA
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTA
* * * *
444703 TTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATAA
65 TTTGAACTTGTTTGA-TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* *
444766 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAGTT-G
128 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAAT-GAAACA-TTAG
* * * *
444820 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAACTAT
* * ** * * *
444885 TTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTAGC-TATTAATTTTAGAAATATTA
66 TTGAACTTGTTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
*
444949 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATT-G
130 ATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAAT-GAAAC-ATTAG
* ** * *** *
445001 GTTTATGGTAAAACAAATTCTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTA
** * * * * *
445065 TTTGAA-TGTGTTCAAAAAACAT-ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATAAATTTTTGAAATTT
65 TTTGAACT-TGTTTGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
445127 TAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG-AACAGAACAAATTA-
128 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAA-TGAA-ACATTAG
* * * * * * *
445181 TTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTGTAACTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAACTAT
* * * * **
445246 TTGAACTTGTTTGATAAA-TAGATTCATTTTTTTAATTCCCTTACTCATTAATTTTTGGTATATT
66 TTGAACTTGTTTGATAAACT-GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
445310 AATAAATTAGA-ATTAGTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-TAACTGAAACAATT-G
129 AATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAA-TGAAAC-ATTAG
* * * * * *
445363 TTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAG-TCATGATTA
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTA
* * ** *
445427 TTTGAACTTGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATC
65 TTTGAACTTGTTTGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* **
445491 AATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTA-
129 AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAAT-GAAAC-ATTAG
* *
445544 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
445570 CAATTTTGTT
Statistics
Matches: 1299, Mismatches: 264, Indels: 155
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
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TTGAACTTGTTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTAATGAAACATTAG
Found at i:444780 original size:532 final size:532
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Indices: 443749--445575 Score: 1651
Period size: 543 Copynumber: 3.4 Consensus size: 532
443739 ACTCATTAAT
* * * * * * * *
443749 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAATTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
443814 TTGAAC-TAATTCAGCAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA-AAATATT
66 TTGAACTTGATT-AGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTAGCTATTAATTTT-AGAAATATT
* ** * * * * * * * ** *
443876 ATTACGTTAGTATTATTTTTTTCCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTATTTTATGAGATA
129 AATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGCTAAA
* *
443941 ACAAAA-GGTTA-AACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGT
194 ACAAAATAG-CAGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-T
* * * * * *
444003 TCGATAAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTAT
257 TTGAAAAACACATTTA-TTTTTAAATC-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
444068 TTTATTCCAAATAAGCTTATATGATAAAAAAAAATTTTGTTTTATGGCAAAATAAAA-GTTCATA
320 TTTATTCAAAATAAGCTTATATGA-ATAGAACAA--TTATTTTATGACAAAATAAAATG-TCATA
* * * * ** ** * *
444132 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATGGCTATAATTATTCAAACTAATTTGATAAACTGATT
381 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAAAGAC-ATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAACAGATT
* * * * *
444196 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAATATTATTTTATTTTAG
444 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
*
444261 ATAAACTTTTATGTACTGAAACATTAG
508 ATAAACTTATAT-TACTGAAACATT-G
* * *
444288 TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * *
444353 TTGAACTT-ATTCAGTTGATAGATTT-TT-TTT-AAT-TTCTTA-CTTATTAATTTTTTG-AATA
66 TTGAACTTGATT-AGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTT-TTAGC-TATTAA-TTTTAGAAATA
* *** * * *
444411 TTCAT-AATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAATAATTATTTTTTGAC
127 TTAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCATGTATGAA-TAGAAACAATTAGTTTATG-C
* * * * * *
444474 T-AAACAAAATAGCAGAACAATTTGGAATATATAATTATTCTAATGGTCTTAACTATTTAAACTG
190 TAAAACAAAATAGCAGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* **
444538 ATTTGAAAAACACATTTATTTTTAAATCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAAT-AATTGGTATTAT
255 ATTTGAAAAACACATTTATTTTTAAATCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
** **
444602 TTTATTCTGAATAATTTTATATGAATAGATACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATG
320 TTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGA-ACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATG
*
444667 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAAAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
384 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACAGATTTATT
* *
444732 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA
448 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
* * *
444797 ACTTGTATAAATAGAAACAGTTG
512 ACTTATATTACT-GAAACA-TTG
* * * *
444820 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
444885 TTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTAGCTATTAATTTTAGAAATATTAA
66 TTGAACTTGATTAGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTAGCTATTAATTTTAGAAATATTAA
* * * *
444950 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGGTAAAAC
131 TAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGCTAAAAC
* ** * ** **
445015 AAATTCTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TG-TGTTC
196 AAAATAGCAGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TT-
* * * * * *
445078 AAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATAAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTATATTA
259 GAAAAACACATTTATTTTT-AAA----TCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
** *
445143 TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACAAATTATTTTATGACAAAAT-AAATGGTCATAA
319 TTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAC-AATTATTTTATGACAAAATAAAAT-GTCATAA
* * * * *** * * *
445207 TGTTTTGAAATAGATAATTA-TTTAGATAGTTGTAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTC
382 TGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAACAGATTT
* * * * * *
445271 ATTTTTTTAATTCCCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAATTAGA-ATTAGTTTATTTCA
445 A-TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCA
*
445335 AATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTG
507 AATAAACTTATATT-ACTGAAAC-ATTG
* * * * * *
445363 TTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTCATGATTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
445428 TTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTATCA-AAATAT
66 TTGAACTTGATTAG-TAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTAGC-TATTAATT-TTAGAAATAT
* * * * ** * *
445490 CAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-A
128 TAATAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATG-CTA
*
445554 AAACAAAA-AGTCATAACAATTT
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445576 TGTTTGCAGA
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 186, Indels: 94
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 2 0.00
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TTGAACTTGATTAGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTAGCTATTAATTTTAGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTATATTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGCTAAAAC
AAAATAGCAGAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGA
AAAACACATTTATTTTTAAATCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
CAAAATAAGCTTATATGAATAGAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATAGTTCAAAAAGACATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CTCTAACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATT
ACTGAAACATTG
Found at i:445037 original size:362 final size:357
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Period size: 362 Copynumber: 5.1 Consensus size: 357
443739 ACTCATTAAT
* * * * * *
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** * * * **
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* ** * * * * * * *
443877 TTACGTTAGTATTATTTTTTTCCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTATTTTATGAGATAA
127 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * *
443942 CAAAAGGTTA-AACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-
192 TAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * *
444005 GATAAATAGATTAACTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTA
257 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTA
* * *
444067 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGATAA-A-AAAAAATTTTG
320 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-A-AATAGAAACAA--TTA
* * * * * * *
444107 TTTTATGGCAAAATAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTTAACTAT
** ** ** * * *
444172 TCAAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAT
65 TTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAA
* * ** * * * *
444237 TAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAACTTTTATGTACT-GAAAC-ATTAGTTTTATGATAAA
128 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG-AATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAA
* * *
444300 ATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTC
191 ATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
** * * * *
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256 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTA
* *** * * *
444427 TTATATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAATAATTA
320 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTA
* * * * * * * * * * *
444465 TTTTTTGACTAAACAAAATAGCAGAACAATTTGGAATATATAATTATTCTAATGGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTAT
* * * *
444530 TTAAAC-TGATTTGAAAAACACATTTA-TTTTTAAATCC-T--TATTAATTTTTGAAATAGTAAT
65 TTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** ** * *
444590 -AATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTATATGAATAGATACAATTATTTTATGACAAAATA
129 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * *
444654 AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAAAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGT
194 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* *
444719 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATT
259 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATT
* * *
444784 TTATTCCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAGTTG
322 TTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTA
* *
444820 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-TAACTAT
* * * * *
444885 TTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTAGCTATTAATTTTAGAAATATTAA
65 TTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTA-CTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * ** *
444950 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGGTAAAAC
128 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
*** *
445015 AAATTCTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA
193 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA
** * * * * * *
445079 AAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATAAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTATATTAT
257 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * *
445144 TTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAG-AACAAATTA
321 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAC-AATTA
* * * * * * * *
445181 TTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTGTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-TAACTAT
* * * * **
445246 TTGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTTAATTCCCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTA
65 TTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-CCTTACT-ATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * *
445311 ATAAATTAGAATTAGTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAA
127 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
445375 ATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTT-
191 ATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *** *
445439 TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATCAATAAATTAATAT
256 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATAT
* ** *
445504 TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
318 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTA
*
445544 TTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTT
445576 TGTTTGCAGA
Statistics
Matches: 1182, Mismatches: 243, Indels: 83
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTAACTATT
TGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
ACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
TCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTA
Found at i:445627 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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445595 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
445613 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
445628 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:445910 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 445591--446218 Score: 527
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
445581 GCAGAACCAT
* * * *
445591 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTATTT-TTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-ATTTGTTTTGTC
* * * * * *** *
445655 ATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
445720 TCAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAG
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-TTTACC-AACTAG
* * *
445772 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCA
* * *
445837 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAGTT
66 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * **
445902 TGAAAATTAATAAGTAACATATTTAGAAAATGTATCTGTTGGC--CT-G
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTTTTACCAACTAG
* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCA
* * * ** *
446000 CAAAACAATTGTTTTTTTTCGTACAAGCTTATTCGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * *
446065 CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAG
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-TTTAC-CAACTAG
* ** * * * * * *
446116 TTCAAATATTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCA
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66 TAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAA
446219 TCTGTTTATC
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 75, Indels: 49
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTTTTACCAACTAG
Found at i:446054 original size:163 final size:163
Alignment explanation
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Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
445787 CTATTTGAAT
* * *
445797 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
1 AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* ** *
445862 ATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAGTT-TGAAAATTAATAAGTAACATATTT
66 AGCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAACAGATTT
* *
445926 AGAAAATGTATCTGTTGGCCTGACCAATGCAAAC
130 AAAAAATGAATCTGTTGGCCTGACCAATGCAAAC
* * * *
445960 AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTTTCGTACA
1 AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
** * * *
446025 AGCTTATTCGGAATAACA-TAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTT
66 AGCTTATTCAAAATAA-AGTAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAACAGATTT
446089 AAAAAATGAATCTGTT
130 AAAAAATGAATCTGTT
446105 TACTGAACAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.02
163 122 0.98
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (163 bp):
AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTA
AAAAATGAATCTGTTGGCCTGACCAATGCAAAC
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Indices: 445960--446517 Score: 724
Period size: 300 Copynumber: 1.9 Consensus size: 300
445950 CAATGCAAAC
* * *
445960 AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTTTCGTACA
1 AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* * * *
446025 AGCTTATTCGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTA
66 AGCTTATTCGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTCA
* * * * * ***
446090 AAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATATTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
131 AAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * *
446155 AATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
196 AATCACTATAACCTTTTATATTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT
446220 CTGTTTATCAAATAATTTCAAATAGATATGACTATTTGTAT
260 CTGTTTATCAAATAATTTCAAATAGATATGACTATTTGTAT
* ** * *
446261 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTTGTTCATACT
1 AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
* * * * * *
446325 AGCTTATTTGGATTAAAATAATAT-TCATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAATATTC
66 AGCTTATTCGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTC
*
446389 AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
130 AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
446454 AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACGATTGTATCAATTGATATAGGCTTATTCAAA
195 AAATCACTATAACCTTTTATATTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
446518 ACAAAATAAT
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 40, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
299 6 0.03
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Consensus pattern (300 bp):
AATTATTTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACA
AGCTTATTCGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTCA
AAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCACTATAACCTTTTATATTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAATC
TGTTTATCAAATAATTTCAAATAGATATGACTATTTGTAT
Found at i:446606 original size:181 final size:181
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Indices: 446250--446673 Score: 458
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446240 AATAGATATG
* * * *
446250 ACTATTTGTATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATAT
*** *** ** * * * *
446314 TTGTTCATACTAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTCATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAG
66 CAATTCATACTAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* **
446379 TAAAATATTCAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAACA
131 TAAAAGATTCAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * *
446430 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACGATTGTAT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATAT
* * *
446495 CAATTGATA-TAGGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTACTA-TTCTAAAAATTAATG
66 CAATTCATACTA-GCTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * **
446558 AGTAAAAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATG
129 AGTAAAAGATTCAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAACA
* * * * * *
446611 ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGCCATGAAACAATTAT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
446674 TTTTGTTTAT
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 43, Indels: 5
0.80 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 56 0.28
181 142 0.72
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATAT
CAATTCATACTAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAAAGATTCAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAACA
Found at i:447443 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 446929--449383 Score: 553
Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 180
446919 GCTAAACTAA
* * * *
446929 TAATATTCT-AAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAACATT--TTTGTTGAACCAATT
1 TAATATT-TAAAAAATTGAAAAGTAAGAGA-TTAAAAACCT-AA-ATTAGTTTATTGAATCAATT
* * ** * * * *
446989 TAAATAGTTAAAAATATTAGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTAA
62 CAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATC-ACTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCA
* * * * * * * **
447052 TAAAATAATTGTTTCAGTTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTAT
125 GAAAAAAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
* * * ** ** *
447109 TAACATTCAAAAAATT-AATAAGCAAG-GAATTTAAAAAAAATAAATCTA-TTTA-CCAAACAAG
1 TAATATTTAAAAAATTGAA-AAGTAAGAG-A-TT-AAAAACCTAAAT-TAGTTTATTGAATCAA-
* * *
447170 TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
60 TTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCACTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
447235 TAAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTTAT
125 GAAAAAAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAAC-TTAT
**
447292 TAATATTTAAAAAATTGAAAAGTTGGAGATTAAAAACCTAAATTAGTTTATTGAATCAATTCAAA
1 TAATATTTAAAAAATTGAAAAGTAAGAGATTAAAAACCTAAATTAGTTTATTGAATCAATTCAAA
** ** * * *
447357 TAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTACTTT-AAATTGTTTTGAACCTTTTTTTTTGTCAGAAA
66 TAGTTATAACCATTTGAACAATTATC-ACTTTAAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTATCAGAAA
* *
447421 ACAATTGTTTTTCA-TCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
129 AAAATTG--TTTCATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
* * * * *
447474 TAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATT----A--T---TT-GTTTACTGAACCAGTTCAAA
1 TAATATTTAAAAAATTGAAAAGTAAGAGATTAAAAACCTAAATTAGTTTATTGAATCAATTCAAA
* * * * * * * *
447529 TAATTATGACTATTTGAACAATTAT-A-TATTTAAGTCATTATAACATTTTGCTTTATCAGAAAA
66 TAGTTATAACCATTTGAACAATTATCACT-TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAGAAAA
* ** * * * * *
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130 AAATTGTTT-CATTCATAAAAGC--CTATCCAAAATAAAATAATACTAACT-TAT
* * * * * * * * *
447644 TAATA-TTATGAAAATT-AATAATTAAGAGATTTGAAAA-GTATATTTGTTTGTTGAACCAGTTC
1 TAATATTTA-AAAAATTGAA-AAGTAAGAGA-TTAAAAACCTAAATTAGTTTATTGAATCAATTC
* * * * * *
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63 AAATAGTTATA-ACCATTTGAACAATTATC-ACTTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTATCA
* * ** * * ** * * * * *
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125 GAAAA-AAATTGTTTCATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
** * * *** * * *
447825 TAATATTTTGAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAA
1 TAATATTTAAAAAATTGAAAAGTAAGAGA-TTAAAAACCTAAATTAGTTTATTGAATCAATTCAA
* * * * * * * ** *** * *
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* * * * * ** * * * ** *
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128 AAAAATTGTTTC-ATTCATAAAAG-CCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
* * * *
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1 TAATATT-TAAAAAATTGAAAAGTAA-GAGA-TTAAAAACCTAAATTAGTT--TATTGAATCAAT
* * *** * ** * * *
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* * **** * *
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125 G-AAAAAAATTGTTTCAT--TCATA-AAAGCCTATCCAAAATAAAATAA-TACTAACTTAT
** * * * *
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1 TAATATTTAAAAAATTGAA-AAGTAAGAGA-TTAAAAACCTAAATTAGTTTATTGAATCAA-TTC
* * * *** * *
448245 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CGTA-TTTTAAATCGCCATAACCTTTTGTTTTGTCA-
63 AAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATC--ACTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAG
* * * * * * * * *
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126 AAAAA-AA-TTGTTTCATTCATAAAAGCCTA-TCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
* * * * * *
448364 T-ATCATTCAGACAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTA-TTTATTGCAT-AAGT
1 TAAT-ATTTAAAAAATTGAA-AAGTAAGAGA-TTAAAAACCTAAAT-TAGTTTATTGAATCAA-T
* * * * * *
448424 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
61 TCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTA-TCACTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * ** * * * * * * **
448488 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAGTTTAT
125 GAAAAAAATTG-TTTCATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
** * * *
448545 TAATATTTTGATAGTT-AATAAGT-AGAAGATTTTAAAAA--TAAA-TATGTTTACTGAA-CAAG
1 TAATATTTAAAAAATTGAA-AAGTAAG-AGA--TTAAAAACCTAAATTA-GTTTATTGAATCAA-
* * * * * * ** * *
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60 TTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATC-ACTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * * * * * *
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124 AGAAAAAAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
* * * * *
448726 TAATAGTCT-AAAAATT-AATTAGTAAGAGATTTAAAAA-ATGAATCTA-TTTATCGAA-CAAGT
1 TAATA-TTTAAAAAATTGAA-AAGTAAGAGA-TTAAAAACCTAAAT-TAGTTTATTGAATCAA-T
* * * * * * * *
448786 TTAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAA
61 TCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATC-ACTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * ** * * * *
448850 TATAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATACTAAATAAAATAATA-TAAACTTAT
125 GAAAAAAATTG-TTTCATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACT-AACTTAT
** * * * *
448907 TAATATTCCAAAAATT-AATAAGTAA-AAATTTAAAAA-ATAAATCTA-TTTTTTGAA-CATGTT
1 TAATATTTAAAAAATTGAA-AAGTAAGAGA-TTAAAAACCTAAAT-TAGTTTATTGAATCA-ATT
* * * * *
448967 CAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTATCA
62 CAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATC-ACTTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCA
* ** * * * ***
449030 TAAACCAATTGTTTTTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACT-A-TT-T
125 GAAAAAAATTG-TTTCATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
* * * ** * * *
449084 TAAATATTTCAAAAATT-AATAAGAAAAATTTTAAAAA--TAAATCT-GCTTATCGAGT-AAGTT
1 T-AATATTTAAAAAATTGAA-AAGTAAGAGATTAAAAACCTAAAT-TAGTTTATTGAATCAA-TT
* ** * * * *
449144 CAAATATTTATAACTGTTTGAACAATTATTTA-TTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
62 CAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTA-TCACTTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCA
* ** * * ** * * *
449207 TAAAGCAATTGTTGCTATTCA-AGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCTAAGTTAT
125 GAAAAAAATTGTTTC-ATTCATA-AAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
** * * * ** *
449264 TAATATTTTGAAAATT-AATAAGTAGGAGATTTAAAAA-ATAAA-TATGCTTA-CCAAACAAGTT
1 TAATATTTAAAAAATTGAA-AAGTAAGAGA-TTAAAAACCTAAATTA-GTTTATTGAATCAA-TT
* ** * *
449325 CAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTT
62 CAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATC-ACTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
449384 GCCATAAAAT
Statistics
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AATTGTTTCATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAACTTAT
Found at i:447839 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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447498 AGAGATTATT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* *
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*** * * * * * * * * * **
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*** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * ** ** *
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** * * * *
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* * *** *
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1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* ** * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
448835 CCTTTTGTTTTGTAATATAA-TAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATACTAAATAAAATAATAT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATAT
* * ** *
448899 AAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATC
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* * * * *
448950 TATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * * ** *
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65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * * *
449078 CT-ATTT-TAAATATT-TCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTTAAAAATAAATC
128 TTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * *
449127 TGCTTATCGAGTAAGTTCAAATATTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATG
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * ** * *
449191 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAGC-AATTGTTGCTATTCA-AGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATA-CAAGTTTATTC-AAATAAAATAAT
** * * * *
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127 ATTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *** * * *
449308 TGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * **
449373 CCTTCTGTTTTGCCATAAAA-TAATTATTTTTGTTTATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATAT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATAT
** * * *
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* * * *
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1 TGTTTATTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
449549 A--TATTTATTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAAT
65 ACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTT-TGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAAT
* * * * * *
449611 ACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATACGGAAGAGATTTAAAAAATAAATG
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* * ** * * * * ** *
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1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG------AACA-A-TTATCTA-TTTCAA
* * *** * * * *
449730 CT-ATT-TGAACAATTACCTATT-TCA-AATACTTATGACCTTTTGTTT-TGTCAGAAACTAATT
56 ATCATTATG-AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC--A--A-ATTTT-TTTGT-TC--ATAC-AA--
* * * * * * *
449790 GTTTCTATTTATACAAGCGTATTCAAAATAA-AATAA--TACTAGT-TTATTAATATTCCAAAAA
107 G-TT-TA--T-T-CAA----A-T-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTGAAAATT--AATAA
* *
449851 TTAATAAGATTTAAAAAAGTAAATC
158 GTAA-GAGATTTAAAAAA-TAAATC
* * ** * * * * *
449876 TATTTATCGAGTAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATATGAACAATTATTTATTCCAAAT-AGTT
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
** * * **
449940 ATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATA
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* * * * *
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* *** * * * * **
450060 TATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** **
450125 CCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTTTGAATAAAATAATAT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATAT
* * * * * *
450189 TTATCTATTCATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTATAAACTAAATC
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* * * *
450237 TATATT-TCGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TCCTATCTCAAATCGTTA
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* * * * *
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* * * * * *
450361 ATATGAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATG
125 ATATTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
**** * * * ** *
450417 TGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACT-TTTAGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTTT
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* *** * *
450480 GACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAAATTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATA
* * * ** * * *
450544 CTAATTTATCAACATTCAAAAAATTAATCAGCAAAAGATTTTAAAAAATAAATC
128 TTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC
* *** * *
450598 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATCAATTTAACTATTT-AAAGTT
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG---AA-CAA-TTATCTATTTCAAA-TC
* ** * ** *
450661 ATTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCGACATAAA
59 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAA
* * * * * *
450725 ATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAAC
122 ATAATATTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
450780 TATTT-TTCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATTTCAAATCATTATG
1 TGTTTATT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * **
450844 ATC-TTTGTTTTCTCATAAAA-TAATTGTTTCTGATCAT-CTAAGCTTATTCGGATAAAAATAAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATAC-AAGTTTATTCAAAT-AAAATAAT
* * * * * *
450906 ACTAA-GTAATAATATT-T-AAAA--ATTAA-T-AGAGATTTAAAAAATATATG
127 ATTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * *
450953 TGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** * ** * *
451018 CCTTTTGTTTAGTAATATAA-TAATTGTTTCAGTTTATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATAC
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATAT
451082 TAATTTATTAA
129 TAATTTATTAA
451093 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 2660, Mismatches: 571, Indels: 353
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 70 0.03
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Consensus pattern (180 bp):
TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATATTA
ATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
Found at i:448447 original size:362 final size:356
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*** * * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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192 TTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAAT
* * * * * * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * ** * *** * *
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* * * * * **
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** * * * * * * *
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252 AATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TATCGA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
** *
448081 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGCTGC
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* * ** * *
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1 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTC
* * * *
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* ** * * * *
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130 CTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTT
* * * *
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*
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* *
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* * * *
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1 --AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** * * * * *
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* * * * * * * *
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126 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTT
* * * * *
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191 TTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTA
* * * * * *
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* *
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* * * *
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1 A-A-AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATAT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * ** * ** * **
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* * *
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* *
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* * * * *
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1 --AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
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* ** * * ** * *
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** **** * * *
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*
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* * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * ** ** * * * * **
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * ** *
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* * * * * *
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** * *
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* * * *
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253 ATAAG-AAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
* * *
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* * * *
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* *
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62 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
450805 TATGACTATTTGAATAAATATCAATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATT
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* * ** * * *
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190 -TTTTTTATTCATAC-AAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATT
* * * * * * * *
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252 AATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
450990 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTA
315 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
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1 A-A-AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
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62 TT
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Found at i:449012 original size:17 final size:18
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* *
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1 TTCAAATAGTTAT
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Statistics
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* * * * * *
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130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTT-ATTGA
* * *
451387 AATAAAATAATACTAATTTATTAATACTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTCAAAAAGTGAAA
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* * * * * **
451451 T-TGTTAACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG---AATAAT-TATTT--ACTTGTTAT
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* * * * * * *
451509 AACCTTTTATTTTGACATCAAACAATTG-TTCTGTTCATACTATTTTATTTGG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTGA
* * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * ** *
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* * * * *
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* * ** * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * **
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64 CTGTTTACCA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** *
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128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT-GA
* * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * **
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* * * * ** * *
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129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTGA
** * * * *
452463 GTTAAATATAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAATATAAAT
1 AATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * *
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64 CTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
452593 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTATTCAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGTTTATT-GA
* * * * * *
452645 AATAAAATAATTCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * ** * * *
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** * * **
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* * ** * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * **
452888 --TTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAAT-AGTTATA
65 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA--T-TA
* * *** *
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127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TT-TATTGA
* * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
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65 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
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* *** * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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1 -AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** * *
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* *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * *** *
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* * * * **
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* * *
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* * * ** * * * **
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63 TCTGTTTAC-C-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
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* * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * *
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GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
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Found at i:453031 original size:177 final size:175
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* * * * *
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* * * ** *
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*
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* * * * *** * * *
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*
453029 ATTCATAATATTAATAAG
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CAAAACAATTGTTTCAATTCATAATAGCTTATCCAAAACAAAATAATACCAAATTACTAATATTC
ATAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAACAAAATTTACTAAACAAA
Found at i:453280 original size:38 final size:38
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * *
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** * * * * *
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1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTT-TTTCAAATTATTATG
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
454104 CTAAGTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
127 CTAATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATT
* * * * * **** *
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* * * * *
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* * * *
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** * ** * *
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* * * *
454393 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATAAAAGCTTATTCGTATTAAAATAATA
63 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-GTAATAAAATAATA
* * *
454458 TTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
127 CTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATT
* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
454640 AATTTATTAATATTCTA-A-AATTAATGAGTAAGAGAATTACAAAATGAATT
129 AATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATT
* ** *
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1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TG-AACAATTATCTTTTTCAAATTATTATG
* *
454754 GCTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTG
64 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
454781 GCATTTGTTT
Statistics
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0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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TTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATT
Found at i:454799 original size:96 final size:97
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454677 TACAAAATGA
* * * *
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1 ATTTGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTATAAAATTATATATTTCAAAACATTA
*
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*
454783 ATTTGTTTA-TCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTATACAATTATATATTTCAAAACATT
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*
454847 ATGGCCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGG
65 ATGGCCTTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGG
454879 TTCTATTCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGGCCTTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGGC
Found at i:455103 original size:180 final size:178
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454785 TTGTTTATCG
* * * *
454795 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATCT-ATACAATTATATATTTCAAA-ACATTATGGCCTTTTT
1 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACC-TTTT
* * *
454858 ATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTT
63 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTT
454922 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCTA
126 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTC-A
*
454976 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATT
1 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATT
* * * *
455041 TTGTCATAAACCAAATGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
455106 AAATACCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTTAAAAAGA-AAATCA-ATTTACC
130 ATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAA-AATTTAAAAA-ATAAAT-ATATTTTCA
* * * * * * ** *
455157 AAGAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTCCAAGTCA-TTATGATATTTTGT
1 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTAT
* *
455221 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
455286 AATATTCTAAAAATTAATATGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCATCG
129 AATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATATT-TTCA
* * * * * * * * * *
455338 AACATGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGCACTATTACCTATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTT
1 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATT
* ** * *
455403 TTATTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAAC-TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
455467 AATATTTCAAAAATTAATAAG-AGAAAATCT-----AT---T-TA---TCA
129 AATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCA
* * * * * *
455505 AATCA-ATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTAAGATC-TTTAT
1 AA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTAT
* * * * * *
455568 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATTGCTAAATTAAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * * *
455633 AATATTTTAAAAATTAACAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGA
129 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTT--TCA
* * * * * * *
455682 ATC-GGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCGAATTGTTTTGACCTTTTATT
1 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATT
* * *
455746 TAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
455777 TGCTNNNNNN
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163 4 0.01
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AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCA
Found at i:457131 original size:183 final size:183
Alignment explanation
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456840 AAGTAAGAGA
* * * * *
456850 TTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTACCTAT
* *** * * * *
456915 TTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTGTCAATTCATACATGCTTATTC
66 TTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTT-TCAATTCATAAAAGCTTA-TC
456979 AAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACTACAAAT
129 AAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAATTAATAAACTACAAAT
* * * * *
457033 TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTACCTAT
* * *
457098 TTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCT
66 TTAAAATAAATATAACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCA
* * * * *
457162 GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAA
130 AAAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAA
457199 TTGATAAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTACCTAT
TTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCAA
AAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAATTAATAAACTACAAAT
Found at i:457314 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
457052 TGCCTAACAA
* * ** *
457062 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATC
1 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATACAAACTTTTCTTTTATC
* * *
457127 ATAAAACAATTG-TTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
66 ATAAAACAATTGTTTTCAA-TCATAAAAGCCTATTC-AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
** * * *
457190 TTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAATAATATGTCAATTTATCGAATTG
129 TTTCAAAAATCAATAAATAAGAGATTTAAAAAATATGTCAATTTATCGAATTG
* * * * * * * * *
457243 GTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTGTTTTGTT
1 GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATACAAACTTTTCTTTTATC
* * *
457308 ATAAAACAATTGTTTTCCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTTCAATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
*
457373 TTAAAAATCAATAAATAAGAGATTTAAAAAATA
131 TCAAAAATCAATAAATAAGAGATTTAAAAAATA
457406 AATTTGTTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 26, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
181 128 0.95
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATACAAACTTTTCTTTTATC
ATAAAACAATTGTTTTCAATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
TCAAAAATCAATAAATAAGAGATTTAAAAAATATGTCAATTTATCGAATTG
Found at i:457541 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 457261--457769 Score: 477
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
457251 AATTTTGGCC
* * * *
457261 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTCATTACAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTA-TAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTA
** * * **
457325 CATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAATA
64 GTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAAT-AATAAATA
* ***
457390 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA-AACCAGTTCCT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAGAAACAGTTAAG
* * *
457430 ATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAAGTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-TTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAG
* * * ** *
457495 TTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
65 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAA-TAATAAATAA
* **
457560 GAGATTTAAAAAATTAATCTAT-TTCCTGAAGTAGTTGAAACAGTTAAG
129 GAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT--T--ACCA---GAAACAGTTAAG
* * * * *
457608 ATTGTATGACCAACTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTT
1 A-T-T-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAT-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* *
457673 CAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTTTTCAAAAAGTAA-A
62 TAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTTT-AAAAA-TAATA
* *
457737 AAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
124 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
457770 TAATAAGTTT
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 47, Indels: 33
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 119 0.44
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGT
TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATAATAAATAAGA
GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAGAAACAGTTAAG
Found at i:457834 original size:533 final size:531
Alignment explanation
Indices: 456893--458298 Score: 1214
Period size: 533 Copynumber: 2.6 Consensus size: 531
456883 AAATAATTAA
* * * *
456893 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCT-GTCATAAAATAATTTT
* * * ** * * * *
456957 GTCAATTCATACATGCTTATTCAAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
65 -TTAGTTCATATAAACTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT
* * * *
457022 AAACTACAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGA
128 -AACTA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGA
*
457086 ACAATTACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA
190 ACAACTACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA
* * * * * * *
457151 AAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATT
255 AAAGCTTATCTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAAAAAGTAAGAGATT
* ** * ** * *** *
457216 TAAATAATATGTCAATTTATCGAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTT
320 TAAAAAATAAATCAATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATGCCAACAATTAACTATTT
* * * *
457281 CAATTCATTACAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT-TTTCCATCATACAAGCCTATTCAA
385 CAAATCATTACAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTATTT-CAACATACAAGCCTATTCAA
* * * * *
457345 AATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
449 AATAAAATAA---T-ACTAATTAATATTTCAAAAATCAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATC
*
457410 TGTTTACC-AA-A-C-CAG-TT
510 TATTTACCGAACATCACAGTTT
* * ** *
457427 -CCTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAAGTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATT-TT
457491 TTAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TTAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
* ** * * * *
457556 CTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTT-CCTGAAGTAGTTGAAACAGTTAAGATTGTATGACCA
130 CTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCT-AACAAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACA
* * *** * * * * *
457620 ACTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
193 ACTACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AA
* *
457685 A-CTTAT-TCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTTTTCAAAAAGTAAAAAGTAAGTGAT
257 AGCTTATCT-AAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA--TTTCAAAAAGTAAAAAGTAAGAGAT
* * * *
457748 TTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCTAATAAGTTTAAATAATTATGGCCATGCCAATAATTAACTAT
319 TTAAAAAATAAATCA-ATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATGCCAACAATTAACTAT
** * * * * *
457812 TTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTC
383 TTCAAATCA-TTACAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAAGCCTATTC
* * * ** *
457876 AGAATAAAATAATACTAATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTA
447 AAAATAAAATAATACTAATTAATATTTCAAAAATCAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
*
457941 TTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTTT
512 TTTACCGAAC-A--TC--ACAG-TTT
* * * * * *
457967 GACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTACTGTCATAAAACAATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATT-TT
* *** * *
458032 TTTGTTCATAT-AACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAATAATTAATAA
65 TTAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
458096 CCTAAAAGAATTAAAAAATAAAT-T-TTCTG-TTGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAA
130 -CT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TGCCT-AACAAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAA
* * * * * * * * *
458158 CAATTACCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTCGTTTTGTCATAAAATAAGTTTCTTTGAATTTA
191 CAACTACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTC-TTTTATCATAAAACAA--TTGTTTCAATTCA
** * * ** * * * * * *
458222 TACTAGCTTCTTTGGAATAACATAA-AACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAG
253 TAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAAAAAGTAAGAG
458286 ATTTAAAAAATAA
317 ATTTAAAAAATAA
458299 TTATGACTAT
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 143, Indels: 62
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
529 47 0.07
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535 1 0.00
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539 5 0.01
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543 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (531 bp):
GACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTTTT
TAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
TAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAACT
ACCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCT
TATCTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCAATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATGCCAACAATTAACTATTTCAAATC
ATTACAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAAGCCTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTAATATTTCAAAAATCAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
CATCACAGTTT
Found at i:458734 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 458293--463103 Score: 2206
Period size: 180 Copynumber: 26.6 Consensus size: 180
458283 GAGATTTAAA
* * * * *
458293 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TTGTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * *
458357 AAATAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAAAAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
458420 CTAATATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTTATCAAACT-AGTT-
128 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAA-TAAGTTC
* * * * * *
458470 TAATAGTTATGACTATATGAGCAATTATTTATTTCAAATC-TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
458534 AACAATTGTTT-ATGTTCATAAAAGCTTATTTAGACTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCA
66 AACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * ** *
458598 ACAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAATAAGTATGTTTACCAAATTGGATC
130 AAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTC
* * * * ** *
458650 AAATAATCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
458715 AAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * *
458780 AAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCA--TTTACTGAACAAGTTT
131 AAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAATAAGTTC
* * * * * * * *
458830 AAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATATATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
458895 AA-ATTTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTCATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
66 AACA-ATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
458956 -AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTC
128 CAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTC
* ** * ** * *
459011 AAATCGTTATGACTATTTACGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * **
459075 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGATTAGAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
66 AACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
459139 ATAATTAATAACTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTC
* * * * ** * *
459192 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
459257 AACAATGGTTTTAGTTCTTATAAGTTTGTTTA-AACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * **
459321 AAAATTAATAAGTAAGAGAA-ATAAAAAATGAATCTATTTACTGAATAAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTC
* * ** * *
459373 AAATGGTTATAACTAGCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTTGACATA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
459438 AAACAATTGATTCTGTTCA-ATCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTC
65 AAACAATTGTTTCAGTTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * **** * *
459501 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT-TTTTTTTTGAACACGTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTC
* * *
459553 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * * *
459618 ACCCATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTCCA
66 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* **
459683 AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTC
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* * ** *
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*
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* * * * **
462296 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTGCCATAGTACAATT-TTTCAGTTCCTAGTAACTTA-TT
185 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC--A-TA-AATTGTTTCAGTTCTTACAAACTTATTT
* * * *
462359 CAGAATAAAAT-A-AATAA-ATTTATTAAT-AT-TTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
246 GA-AATAAAATAATAATAATAATAATTTATAATATTCATAAAATTAATAAG-AAG-GATTTAAAA
* * * * * *
462417 AAT-AATTCTATTTGC-CAAGCTAGTTTAAATAATTATTTCCATTTG
308 AATAAATT-TGTTTACTAAATC-AG-TCAAATAATTA-TGCCATTTG
* *
462462 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
462490 CAATAAAACA
Statistics
Matches: 1400, Mismatches: 276, Indels: 245
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
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338 8 0.01
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343 8 0.01
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349 59 0.04
350 133 0.09
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364 6 0.00
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTCATA
CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACTGAATAGTTAAAATAATTTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATTGTTTCAGTTCTTACAAACTTATTTGAAATAAAATAATAA
TAATAATAATTTATAATATTCATAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA
ATCAGTCAAATAATTATGCCATTTG
Found at i:462262 original size:708 final size:695
Alignment explanation
Indices: 460260--462264 Score: 1984
Period size: 708 Copynumber: 2.8 Consensus size: 695
460250 TATTTTTTGC
* * * * * * *
460260 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATTTATTTACCAAACCAATTCATAGGTTAA
1 TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAAAGTTAA
* * * *
460325 GACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGCCCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTT
65 GACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
460390 TTAGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAATTAATAAG
129 TTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * **
460455 AAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTTAAAATAATCATTACTATTTGAAC
194 -AAG-GATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCA-TTTAAAATAATTA-TGGTATTTGAAC
* * * * *
460520 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
253 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTTAGTTCATTCA
* ** * * * *
460584 TGCTTAAAC--AGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATA--AGAGATTTAAA
318 AGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTA-TAATA-TTTCAAAATTAATAGTAAAGATTTAAA
* * * * * *
460645 AAATAAATTTGTTTACTGAATCAGTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTCAAAT
381 AAATAAATTTGTTTACTAAATCATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
460710 CGTTCTAACCTTTTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTGTGATC-CGACAAGCTTATTCAAAATA
446 CGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTCATCAC-ACAAGCTTATTCAGAATA
*
460774 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTGAAAAAT-AATTGTGTT
508 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTT
* * ** ** * * * * *
460835 TTCGAATAGTTAA-AACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTGACCTTGTTTTAGTCAT
572 TACCAA-A-CCAATTCCTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATATAACCTTGTTTTACTCAT
* * *
460899 AAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCTAATATATTAACA
635 AAAATAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAACA
* *
460960 TTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGCTCAAATAG
1 TTC-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAA-AG
* * * *
461024 TTATGACTATTTGAACAATTAGT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
61 TTAAGACTA-TTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** **
461088 TTATTTTAGTTAATACAAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTCT-AAAAT
124 TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTT-TAAAAAT
* * * *
461152 TAATAAG-A-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTTTGGTCATTTGA
187 TAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCATTTAAAATAATTATGGT-ATTTGA
*
461215 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC--AT---AATTGTTTTAGTTC-TT
251 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTTAGTTCATT
* * *
461274 ACAAACTTATTTGAAATAAAATAATAATAATAATAATTTATAATATTCCTAAAATTAATAAGTAA
316 -CAAGCTTATTCG-----AAATAA-AATAATAATAATTTATAATATTTC-AAAATTAAT-AGTAA
* * * *
461339 GTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTCT-AGCCATTTGAACAATTA
372 -AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCA-TTCAAATAATTATGA-CCATTTGAACAATTA
* * * *
461403 TCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTCATCATACAAACC
434 TCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTCTCATCACACAAGCT
** *
461467 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAA
497 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
461532 ATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATCATAATCTTT
561 ATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCCTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCAT-ATAACCTTG
* * *
461597 TATTCTACT-ATAAAATAATTGTTTCAGT-TCA-ATATGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
625 T-TT-TACTCATAAAATAATTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* *
461659 TTAATAATA
687 ATAATAACA
* * *
461668 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAAATAAATCTATTTGCCGAAGTAGTTCAAACATT
1 -TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTACC-AAATAGTTCAAA-AGT
* * *
461733 TAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATC
62 TAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
461798 GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATACAAATTTATTATATTTTAAAAATTAAT
126 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATATTTTAAAAATTAAT
* * * * * *
461862 AAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAATAATTAGGGTGATTTCAAT
191 AAG-AAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCATTTAAAATAATTATGGT-ATTTGAAC
* * * * * *
461927 AATTATCTAATTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTCA
253 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTTAGTTCATTCA
* *
461992 AGCTTATTCCGAAATAAAATAATACTAATTTACTACTATTTCAAAATTAATATGTAAAGATTTAA
318 AGCTTATT-CGAAATAAAATAATAATAATTTA-TAATATTTCAAAATTAATA-GTAAAGATTTAA
* * * * * * *
462057 AAAATAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
380 AAAATAAATTTGTTTACTAAATCA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * *
462122 ATTATTATAACCTGTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCACACAAGTTTATTCAGAAT
444 ATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTCA-TCACACAAGCTTATTCAGAAT
*
462186 AAAATAATACTAATATA-TAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
507 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
*
462249 TTTGCCAAACCAATTC
570 TTTACCAAACCAATTC
462265 AAATAGTTAA
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 177, Indels: 122
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
692 1 0.00
693 18 0.02
696 3 0.00
697 47 0.04
698 29 0.03
699 2 0.00
700 26 0.02
701 36 0.03
702 26 0.02
703 95 0.09
704 114 0.11
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706 22 0.02
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711 13 0.01
712 2 0.00
715 20 0.02
716 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (695 bp):
TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAGTTCAAAAGTTAAG
ACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATATTTTAAAAATTAATAAGAA
GGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCATTTAAAATAATTATGGTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTTAGTTCATTCAAGCTTATT
CGAAATAAAATAATAATAATTTATAATATTTCAAAATTAATAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACTAAATCATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTCATCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTC
CTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCATATAACCTTGTTTTACTCATAAAATAATTGTTTCAT
ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAACA
Found at i:463172 original size:156 final size:153
Alignment explanation
Indices: 462939--463225 Score: 414
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
462929 AATAATATTT
* * *
462939 TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
1 TAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACT
* *
463004 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
66 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA-C-TTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTT
463068 TCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAA
129 TCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAA
* * * *
463093 TAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTCAAATAGCTATGA
1 TAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATGA
* * * *
463158 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
64 CTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTT
463223 TCT
129 TCT
463226 TCACACAAAC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 13, Indels: 5
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
154 43 0.37
155 8 0.07
156 66 0.56
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (153 bp):
TAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATGACT
ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC
TATTCATGCAAGCTTATTTCAAA
Found at i:463430 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 463097--463449 Score: 416
Period size: 178 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
463087 TTCAAATAAA
* * * *
463097 ATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTCAAATAGCTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTAT
* * * * ***
463162 TTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTT
66 TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTCAGCTT
* *
463227 CACACAAACTTATTTGGATTAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTGCC
131 CACACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGCC
* *
463277 ATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAAT-TTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TCATAAC-
1 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGCT-ATAACT
*
463338 ATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATCA
64 ATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGT-TCA
* * **
463402 GC-TCATATAGGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
127 GCTTCACACAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
463450 CTAAAATTTA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 20, Indels: 14
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.02
178 90 0.61
179 36 0.24
180 18 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTAT
TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTCAGCTT
CACACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGCC
Found at i:463503 original size:517 final size:513
Alignment explanation
Indices: 462581--463615 Score: 1138
Period size: 517 Copynumber: 2.0 Consensus size: 513
462571 AAATATTTTG
* **
462581 AAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTACTAAACTAGTTCAATTATTTATAACTATT
1 AAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTACTAAAC-AGTTCAAATAGCTATAACTATT
* *
462646 TGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATGC
65 TGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATGC
* * ** * **
462711 ATATAGTCTTATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTATCAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAACGG
130 ACACAAACTTATTCGGAATAAAATAATGATAATTTATCAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAAAAG
* * * * *** *
462776 ATTTAAAAAAACAATTTATTGGCCTGACCAGTGCATAGAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTA
195 ATTTAAAAAAACAATTTATTGACCTGACAAGTGCAAAGAGTCATGAACATTTAAATAATTATCTA
* * * * * * **
462841 TTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAAGCATATT
260 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAAACAATTGTATCTACTCATACAAGCATATT
* * * * *
462906 CGAAATTAATATAATTCTAATTTAATAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATTAAT
325 CGAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAATGAAT
* * * **
462971 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATT-TCAAATTGCTA
390 CTACTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGATATTCTCAAATCACTA
** * *
463034 TAACCTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATA
455 TAACC-CCTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
* * *
463095 AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATA-AGTTCAAATAGCTATGAC
1 AAATTAA-AAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC-TATTA-CTAA-ACAGTTCAAATAGCTATAAC
* ** *
463159 TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
61 TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * ***
463224 CTTCACACAAACTTATTTGGATTAAAATAAT-ATGAATTTATTAATATTTTGCCA-TTAATAAGT
126 ATGCACACAAACTTATTCGGAATAAAATAATGAT-AATTTATCAATATTCTAAAAGTTAATAAGT
* * * * * *
463287 AAAAGATTTTAAAATA-AATTTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTCAT-AACATTTAAATAAT
190 AAAAGATTTAAAAAAACAATTTATTGACCTG-ACAAGTGCAAAGAGTCATGAACATTTAAATAAT
* * * *
463349 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTA-TAAAACAATTGTATC-AGCTCATATAG
254 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAAACAATTGTATCTA-CTCATACAA
* * * *
463412 GCTTATTCTAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAACGAGTAAGAGATTTT
318 GCATATTCGAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAA-TTAACAAGTAAGAGA-TTT
* * *
463476 GAGAAAATGAATCTACTTAATGAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTGAACAATTATGATATT
381 ---AAAATGAATCTACTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGATATT
* * *
463541 CTCAAATCATTATGACCCCTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
443 CTCAAATCACTATAACCCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
*
463606 CGAATA
508 CAAATA
463612 AAAT
1 AAAT
463616 AATTACTTTT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 79, Indels: 27
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 29 0.07
513 39 0.09
514 54 0.13
515 34 0.08
516 33 0.08
517 198 0.46
518 27 0.06
519 13 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (513 bp):
AAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTACTAAACAGTTCAAATAGCTATAACTATTT
GAAAAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATGCA
CACAAACTTATTCGGAATAAAATAATGATAATTTATCAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAAAACAATTTATTGACCTGACAAGTGCAAAGAGTCATGAACATTTAAATAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAAACAATTGTATCTACTCATACAAGCATATTC
GAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAATGAATC
TACTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGATATTCTCAAATCACTAT
AACCCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
Found at i:463614 original size:186 final size:179
Alignment explanation
Indices: 463093--463946 Score: 522
Period size: 182 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
463083 TTATTTCAAA
* * * * * * * * *
463093 TAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTCAAATAGCTATGA
1 TAAAATTAACAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATCTATTAATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
463158 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
65 ATATTTGAAAAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
463223 TCTTCACACAAACTTATTTGGATTAAAATAATATGAATTTATTAATATTT
130 TATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTC
*** * * * *
463273 TGCCATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-AA
1 TAAAATTAACAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATCTATTAATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAA
* * * * *
463337 CATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATC
66 TATTTGAAA-AATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
463401 -AGCTCATATAGGCTTA-TTCTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
130 TA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTC
* * * *
463451 TAAAATTTAACGAGTAAGAGATTTTGAGAAAATGAATCTACTTAAT-GAACAAGTTCAATTAGTT
1 TAAAA-TTAACAAGTAAAAGATTTT---AAAATAAATCTA-TTAATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
463515 ATGATTATTTGAACAATTATGATATTCTCAAATCATTATGACCCCTTTATTTTGTCATAAAGCAA
61 ATGAATATTTGAAAAATTAT-ATATT-TCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* *
463580 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT-T-ACTTT-TCAATA-TC
123 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTC
* * * * *** * ** * * *
463633 AAAAATTAATAAAT-CAA-ATAAAAAAATATATCTATTTTTTGAACCCA-TTCAAATAATTATGA
1 TAAAATTAACAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATCTATTAATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG-
* * * * *
463695 CTATTTATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACC
64 --A---A--TATTTGAAAAATTATATATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* *
463760 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCACGAATAAAATAACACT-AATTTATTAATATTCC
121 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TCGAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATT-C
* * * * * * * * * *
463821 AAAAATTAAATAAGTTAAATA-TTAAAAATAATATATGTTACT-GAGCAAGTTAAAATAGTTTAT
1 TAAAATT-AACAAGTAAAAGATTTTAAAATAA-ATCTATTAATCGAACAAGTTCAAATAG-TTAT
* * * * *
463884 GACA-ATTTGAACAATTATTTTTTTTC-AATAGTTATG-CTATTTTGGTTTTATCATAAAACAAT
63 GA-ATATTTGAAAAATTA-TATATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTT-GTTTTATCATAAAACAAT
463946 T
124 T
463947 AATTTTCTAT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
TAAAATTAACAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATCTATTAATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAA
TATTTGAAAAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTC
Found at i:465209 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 464218--466464 Score: 1502
Period size: 182 Copynumber: 12.5 Consensus size: 181
464208 CCACTTAAAC
** * **
464218 AATTATCTATTTTCAAATTATTATGAACCTTTTGTTTTTTCATAAAA-AAGTTGTTT-ATGTTCA
1 AATTATCTA-TTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTATTTAGTCATAAAACAA-TTGTTTCA-GTTCA
* ** *
464281 TAC-AGAATTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTTATAAG----AG
62 TACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAG
* * * * * *
464340 ATTT-AAAACTAAATCTGTTTATCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
126 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* * * * **
464395 AATTATCTATCTCAAATTGTTATGAA-C-TTTATTT-GTCCCTAGAACAATTGTTTTCTTTTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTATTTAGT-CATAAAACAATTG-TTTCAGTTCAT
* * * * * * * *
464457 AAAAGC--ATTTCGGATTAAAATTATATTGATTTAATAATATTTCAAAAATCAGT-AG----AGA
63 ACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
** * *
464515 TTT-AAAAATAAATACAT-TTGGCTGAACCAATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAAT
127 TTTAAAAAATAAAT-C-TGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* * *
464570 AATTATCTATTTCAAATCGTT-TGAA-CTTTTGTTTTAGTCATAAAA-AATTATTTTCAGTTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCAT
* * * * * * * *
464632 ATAAGTTTTATTCGAAATAATATAATATTAATTTATTAACT-TTTGAAAAGTTAGTAACCCAAAA
63 ACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAA-GCAAAA
* * * ** * *
464696 AATTTTAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTA-AAC
125 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAT
* * * * * * * *
464753 AATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGTTTTGTAATACAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * ** * *
464818 AACTTACTTGAAATAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAA-ATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTT
* * * * * * *
464882 AAAAACTAAAGCTATTT-TTTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AAC
130 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAT
* * * * ** ** *
464933 AAATATCAATCTT-AAATCGTTATGATA-ATTGT-TTT-GTCATAAAGTAATTGTTTTTGATCAT
1 AATTATCTAT-TTCAAATCGTTAT-A-ACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * * *
464994 ATAAGCTGA-TTCAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
63 ACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
* ** **
465058 TTTAAAAAATAAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAAT
127 TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* * * *
465114 AATTATCTATTTCAACTCGTTCTAACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
465179 AGCTTATTTGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTCATAAGCAAGAA-ATT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGCAA-AAGATT
* * * * *
465242 TGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
129 T-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* * * * **
465296 AATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * * *
465359 AGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA
* * * * * *
465423 AGAATTAAATATGTTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAAT
131 AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* * * * * * * *
465474 AATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAACAAATATTTTAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
465539 AGCTTATTTGGAATAAACTTATACTAACTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAA-AAGA-T
* * * ** *
465602 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAAATATA-ACTATTTA-AAC
128 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGAAT
* * * * * * *
465656 AATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* ** * * * *
465720 AAACTTATCCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
* * * ** * *
465785 AAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAATAGTTACGACTATTTA-AAT
130 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAT
* * * * * * * * * ** *
465837 AAATGTCAATCTCACAT-GACTATGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCG-TTATAACCTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * * * * ** * *
465899 CAAGCTTATTCG-GATAAAAGTTATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAT
* ** * * *
465963 TTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTGAAATAGTTAACACTATTAGAAT
128 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* * * * * *
466017 AATTATTTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
466082 AGCTTATTTGGAAGAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
* * * *
466146 GAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
130 -AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* * * * *
466199 AATTATCTATTTTAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* ** *** * * * *
466262 AAAATTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAAAGATT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
* * * * *
466327 TAAAAAATAAAAT-AGTTTA-TCGAATCACTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAAT
129 TAAAAAAT-AAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAAT
* * *
466380 AATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCAT
* *
466443 ACAAGCTTATTTTACATAAAAT
63 ACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
466465 CATTATTTCC
Statistics
Matches: 1612, Mismatches: 369, Indels: 173
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
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177 42 0.03
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183 107 0.07
184 26 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
Found at i:465607 original size:543 final size:539
Alignment explanation
Indices: 464212--466454 Score: 1729
Period size: 543 Copynumber: 4.1 Consensus size: 539
464202 GTCATTCCAC
* * * * *
464212 TTAAACAATTATCTATTTTCAAATTATTATGAACCTTTTGTTTTTTCATAAAA-AAGTTGTTTAT
1 TTAAACAATTATCTA-TCTCAAATCATTATG-ACCTTTTGATTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT
* * * * * **
464276 GTTCATAC-AGAATTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT--T-A-T
63 TTTCATACAAG-CTTATTTG-GATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
464335 AAGAGATTT-AAAACTAAATCTGTTTATCTAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
126 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
* * * * * * * * ** *
464399 ATCTATCTCAAATTGTTATGAACTTTATTT-GTCCCTAGAACAATTGTTTTCTTTTCATAAAAGC
191 ATCTATTTCAAATCGTTTTGATCTTTGTTTAGT-CATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATACAAGC
* * * * * * * *
464463 --ATTTCGGATTAAAATTATATTGATTTAATAATATTTCAAAAATCAGT-AG--AG--A-TTT-A
254 TTATTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAA
** * ** * *
464519 AAAATAAATACAT-TTGGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTT
317 AAAATAAAT-C-TGTTTACT-AA-AAAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
* * *** *
464582 CAAATCGTT-TGAACTTTTGTTTTAGTCATAAAA-AATTATTTTCAGTTTATATAAGTTTTATTC
378 CAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATA-AAAACTTATCC
* * * * *
464645 GAAATAATATAATATTAATTTATTAACT-TTTGAAAAGTTAGTAACCCAAAAAATTTTAAAAATA
440 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTTGAAAAATTAGTAA-GCAAGAAATTTAAAAAATA
* * *
464709 AATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGACTAT
503 AATCTATTTACCGAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** ** * * * **
464747 TTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGTTTTGTAATACAACAATTGTTTCAGTT
1 TTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTT
* * * * * * * * *
464812 CATAAAAACTTACTTGAAATAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGA
66 CATACAAGCTTATTTG-GATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
464877 AATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT-T-TAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAAATA
130 GATTTAAAAAATAAA--TATGTTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTA
* * ** * * * * * *
464938 TCAATCTT-AAATCGTTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTTGATCATATAAGCTG
192 TCTAT-TTCAAATCGTTTTGATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
** * * * *
465002 ATTCAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAA
256 ATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAA
* ** *
465064 AAATAAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
318 AAAT-AAATCTGTTTACT-AAAAAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * **
465129 CTCGTTCT-AACCTTTT-ATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
381 ATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAA
*
465192 GAAAATAATATTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTCA-TAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAAT
444 TAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTTGAAAAATT-AGTAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAAT
*
465255 CTGTTTACCGAATAGGTTCAAATAGTTATGACTAT
506 CTATTTACCGAATA-GTTCAAATAGTTATGACTAT
* *
465290 TTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTT
1 TTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTT
* * *
465353 CATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
66 CATACAAGCTTATTTGGA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
465418 GATTT-AGAATTAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCT
130 GATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCT
* * * * *
465482 ATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGCTTATT
195 ATTTCAAATCGTTTTGATCTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
* * *
465547 TGGAATAAACTTATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATA
259 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATA
** *
465612 AATCTGTTTACTAAACAAG-TTGAAATAAATATA-ACTATTTA-AACAATTATCTATTTAAAATC
323 AATCTGTTTACTAAA-AAGTTTG-AATAGTTA-AGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
* *
465674 GCTATG-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAA
384 GTTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAA
* * * * * * * *
465738 ATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTT
448 ATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAGTAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * *
465803 TTGAACCAATTCAAATAGTTACGACTAT
513 CCGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * * * *
465831 TTAAATAAATGTCAATCTCACATGACTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTGA
1 TTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-T
* * * **
465894 TCATACAAGCTTATTCGGATAAAAGTTATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAG
65 TCATACAAGCTTATTTGGATAAAA-TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
465959 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-CCAAATCAGTTGAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTAT
129 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
* * * * * *
466023 TTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTA
193 CTATTTCAAATCGTTTTGATC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
466088 TTTGGAAGAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAA
257 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAA
* ** * * * *
466153 TAAATCTGTTTACTAAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTG
321 TAAATCTGTTTACTAAA-AAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
466218 TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAATTTATCCAAAATAAAAT
385 TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAAT
* * * * * *
466283 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA-ATAGTTTA
450 AATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAGTAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
* * * *
466346 TCGAATCACTTCAAATAATTATAACTAT
513 CCGAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
466374 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTC
1 TTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-
**
466438 AACATACAAGCTTATTT
64 TTCATACAAGCTTATTT
466455 TACATAAAAT
Statistics
Matches: 1379, Mismatches: 260, Indels: 128
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 34 0.02
534 50 0.04
535 15 0.01
536 1 0.00
537 12 0.01
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540 16 0.01
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545 51 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
TTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTT
CATACAAGCTTATTTGGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
TTTCAAATCGTTTTGATCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
GAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACTAAAAAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
ACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATATT
AATTTATTAATATTTGAAAAATTAGTAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAG
TTCAAATAGTTATGACTAT
Found at i:465689 original size:903 final size:903
Alignment explanation
Indices: 464218--466428 Score: 2729
Period size: 903 Copynumber: 2.4 Consensus size: 903
464208 CCACTTAAAC
** * * **
464218 AATTATCTATTTTCAAATTATTATGAACCTTTTGTTTTTTCATAAAA-AAGTTGTTT-ATGTTCA
1 AATTATCTA-TTTCAAATCGTTCT-AACCTTTTATTTAGTCATAAAATAA-TTGTTTCA-GTTCA
* * * *
464281 TAC-AGAATTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTTATAAG--AG-
62 TACAAG-CTTATTTGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAA-CTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGA
* * * *
464340 ATTT--AAAACTAAATCTGTTTATCTAACTA-GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATC
125 ATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
464402 TATCTCAAATTGTTATGAACTTTATTTGTCCCTAGAACAATTGTTTTCTTTTCATAAAAGCAT-T
189 TATCTCAAATTGTTATGAACTTTATTTGT-CATAAAACAATTG-TTTCTTTTCATAAAAGCATAT
* * *
464466 TCGGATTAAAATTATATTGATTTAATAATATTTC--AAA-AATCAGT-AGAGATTTAAAAATAAA
252 TCGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA
** ** * *
464527 TACATTTGGCTGAACCAATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT
317 TATGTTTATC-GAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTT
** * * * *
464592 GAACTTTTGTTTTAGTCATAAAA-AATTATTTTCAGTTTATATAAGTTTTATTCGAAATAATATA
381 GAACTTTTCATTTAGTCATAAAACAAATATTTTCAGTTCATACAAGTCTTATTCGAAATAATATA
* * ** * *
464656 ATATTAATTTATTAACTTTTGAAAAGTTAGTAACCCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACT
446 ATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
464721 GAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGT
511 AAACAAGTTCAAATAAATAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTAAAACCTTTTGT
* * * * *
464786 TTTGTAATACAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-CTTGAAATAAAATAATACCATTTTAT
576 TTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATC-CGAAATAAAATAATACCACTTTAT
*
464850 TAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTT-AACCAGTTCAAA
640 TAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAA
* * * *
464914 TAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTTAAATCG-TTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGT
705 TAGTTACGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAAT-GACTATGATAATTGTTTTGTCATAAAAT
* *
464978 AATTGTTTTTGATCATATAAGCTGATTCAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA
769 AATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
** * *
465043 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTG-AATAGTTAAGACTA
834 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATGTGTTTACCAAATCAG-TTGAAATAGTTAACACTA
465107 TTAGAAT
897 TTAGAAT
* *
465114 AATTATCTATTTCAACTCGTTCTAACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
*
465179 AGCTTATTTGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTG
66 AGCTTATTTGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAG-AATTTG
*
465244 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
130 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
** * * *
465309 AAATCATTATGATCTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGATTA
195 AAATTGTTATGAACTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATAAAAGCATATTCGGATTA
* * *
465374 AAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAATTAAATATGTTT
260 AAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTT
* * *
465439 ATCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATC-TT
324 ATCGAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTTTGAACTTT
* * *
465503 TCATTTAGTCATAAAACAAATATTTT-AGTTCATACAAG-CTTATTTGGAATAA-ACTTATACTA
388 TCATTTAGTCATAAAACAAATATTTTCAGTTCATACAAGTCTTATTCGAAATAATA-TAATACTA
* * *
465565 ACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAA-GCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA
452 ACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCCAAAAAATTTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACA
* ** *
465629 AGTTGAAATAAATATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTA
516 AGTTCAAATAAATA-AGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTAAAACCTTTTGTTTTA
* **
465693 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATA
580 TAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACCACTTTATTAATA
*
465758 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAATAGTT
645 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAATAGTT
* * * **
465823 ACGACTATTTAAATAAATGTCAATCTCACATGACTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
710 ACGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATGACTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * * **
465888 TTTTGATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAGTTATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATA
775 TTTTGATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
*
465953 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTGAAATAGTTAACACTATTAGAAT
840 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTGAAATAGTTAACACTATTAGAAT
* * * * *
466017 AATTATTTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
466082 AGCTTATTTGGAAGAAAATAATAGTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTG
66 AGCTTATTTGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTG
* * * *
466147 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTT
130 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
* * * * *** * **
466212 AAATTGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAATTTATCCAAA
195 AAATTGTTATGAAC-TTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATAAAAGCATATTCGGA
* * * * *
466276 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-AT
257 TTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAAT-AATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATAT
* * ** *
466340 AGTTTATCGAA-TCACTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATT
320 -GTTTATCGAACT-AATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC-TT-TT
* *
466404 -ACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAA
381 GAACTTTTCATTTAGTCATAAAACAA
466429 TTGTTTTTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
AGCTTATTTGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAATTTGA
AAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCA
AATTGTTATGAACTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATAAAAGCATATTCGGATTAA
AATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTAT
CGAACTAATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTTGAACTTTTCA
TTTAGTCATAAAACAAATATTTTCAGTTCATACAAGTCTTATTCGAAATAATATAATACTAACTT
ATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTC
AAATAAATAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGCTAAAACCTTTTGTTTTATAATAA
AACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACCACTTTATTAATATTTCAA
AAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTCAAATAGTTACGACT
ATTTAAACAAATATCAATCTCAAATGACTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA
TCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTGAAATAGTTAACACTATTAGAAT
Found at i:466391 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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466349 AATCACTTCA
466359 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTT
466392 CAAATCGTTA
Statistics
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:466495 original size:67 final size:67
Alignment explanation
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466383 TATCTATTTC
*
466393 AAATCGTTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAC
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466458 ATA
65 ATA
* * *
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1 AAATCATTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTT
466521 ATATTTATTA
Statistics
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AAATCATTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTACA
TA
Found at i:466811 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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466540 GAATTAGTAT
* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
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* * * * * *
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1 GAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* ** * *
466975 TATATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-TT-ATACAAGCTT
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* * * * *
467038 ATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATTAGATTCTGACAATTAATAACTAA
130 ATTTCAAATAAAATAATACAAAT-TAAATATATTCT-AAAATTAATAACTAA
* ** * * * * * *
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1 GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAATTATA--ACTATTTGAACAAT
* ** * * * * *
467152 TATCTATTGCAAATTGTTATGGCCTTTTAG-TTTGTCGTGAAACAA-T-TTTTTAGTGCTTACTA
63 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATAC-A
** ** * * * * *
467214 A-CCTATTTGGAATAAAACAAAACAAATTTACTAATATA-TCAAAAATTATTAAGTAA
125 AGTTTATTTCAAATAAAATAATACAAA-TTA--AATATATTCTAAAATTAATAACTAA
* * *
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1 GAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
** * * * *
467333 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTTATAATATTAATTTATA-A
64 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTAT--T-TTTATTCATACA
* * * * *** ** *** * * *
467397 TATTTTGTTT-GATTAGTTTGTTTGGAATCAAATA-ATAT-T--AATTTATAA-TATT
125 -AGTTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTAAATATAT-TCTAAAATTAATAACTA-A
** * * * * * * *
467449 TTG-TTT----GATAAATTTGTTTA-TCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAACCATTA
1 GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * * *
467508 TTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAGTCT
65 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGT-T
* * * * * * * *
467572 TA-TTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
129 TATTTC-AAATAAAATAATACAAATTAAAT-ATATTCT-AAAATTAATAACTAA
** ** * * * * *
467625 -AGGATTTAGGAAATGTATTTG-TTAGCCTG-ACCAATGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAAT
1 GA-GATTTAAAAAATAAATTAGTTTA--CTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAAT
** * * * * *
467687 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT
63 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGT
* * * * * * * * *
467752 TTATTT-AGACTAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA
128 TTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTAAAT-ATATT-CTAAAATTAATAACTAA
* * * *
467806 GAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
1 GAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * * ** *
467870 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTCCTATTCATACAAGCTT
65 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTT
* * * * * * *
467935 ATTCCAAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAA-TAA
130 ATTTCAAATAAAATAATACAAATTAAAT-ATATTCTAA-AATTAATAACTAA
* * * * * * * *
467986 AAAATTTTAAAAATAAATCTA-TTTTCTGAA-CACGATCAAATAGTTTTGACTA-TTGAACAATT
1 GAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAACCA-GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
** * ** * * *
468048 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATAAAAGC
64 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGT
* ** * * * * **
468112 TTA-CTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTC-AAAA--AATTAGTTG
128 TTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTAAAT-ATATTCTAAAATTAATAACTAA
** * * * ** * *
468162 GA-AGTTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATT
1 GAGA-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * * ** * * * * * **
468225 ACCAATTTTAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAT
64 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTT
* * *
468290 TATTT-AGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATAT-TTC-AAAA--ATTAA-T-A
129 TATTTCA-AATAAAATAATA-CAAATTA--AATATATTCTAAAATTAATAACTAA
* * * * ** * * *
468338 -AG-CTTAAAAACTAAATCT-GTTAACTGGACTGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAAGTA
1 GAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * **
468400 TCTATCTCAAATTGGTATAAGC-TTTGTTTTATGATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTT
65 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTT
** * * * * *
468464 ATTTGGAAT-AAATATTGCTAAACT-AATAATAATCTAAAAATTAATAAGTAA
130 ATTTCAAATAAAATAATAC-AAATTAAAT-ATATTCT-AAAATTAATAACTAA
* * * * *
468515 GAGATTT-AAAAATAAATGT-GTTTGAC-GAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAAT
1 GAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
468576 TATCTATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTA-TTTCAGTTCATACATG
63 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATACAAG
* * * * * *
468640 CTTA-TTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTA-ACATCTAAAAAATTAATAAGC-AA
127 TTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTAAATATA-TTCT--AAAATTAATAA-CTAA
* ** * * *
468695 G-GAATTTAAAAAA-AAA-TA-TGCTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATT
1 GAG-ATTTAAAAAATAAATTAGT-TTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* ** * * * * * * * *
468756 ATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTCTG-CTTATCATAAAACAA-T-TGTTCAGTTCATAAAAGC
64 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATACAAGT
* * * * * * * **
468818 TTA-TCCAAAATTAAATAATA-ATACTTTATTAATAT-TTCAAAAATTGAGAAGTTG
128 TTATTTC-AAATAAAATAATACA-A-ATTA--AATATATTCTAAAATTAATAACTAA
* ** * * *** * *
468872 GAGATTTAAAAAATAAATTACTTTA-TGAAATTAACTT-AAATAGTTATGGTTGTTTGAATAATT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTG-AA-CCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * ** * * * * *
468935 ATCCAATTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGCCATCAAACAATTGTTTTTCA-TCAAACAAG
64 ATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-ATTCATACAAG
** ** * * *
468998 CCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTCATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAA
127 TTTATTTCAAATAAAATAATACAAATT-A--AATATATTCTAAAATTAATAACTAA
* * *
469053 GAGA-TT-----AT---CTA-TTTACTGAACC-GTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* ** * * ** * * *
469107 ATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTGATGTTCATACTAGCTTA
66 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTA
469172 -TTCAGAATAAAATA
131 TTTCA-AATAAAATA
469186 TTGTTGAACC
Statistics
Matches: 1849, Mismatches: 460, Indels: 303
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 91 0.05
171 20 0.01
172 15 0.01
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174 129 0.07
175 17 0.01
176 51 0.03
177 153 0.08
178 151 0.08
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185 8 0.00
186 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTA
TTTCAAATAAAATAATACAAATTAAATATATTCTAAAATTAATAACTAA
Found at i:467022 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 466550--467378 Score: 620
Period size: 180 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
466540 GAATTAGTAT
* * * * *
466550 GAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 GAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * *
466615 CTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATATAAGTTT
65 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
466679 ATTTC-AAATAAAGTAATAC-AGAATTA-AAATATATTCTAAAAA-TCATAACTAA
129 A-TTCGAAATAAAATAAAACTA-ATTTATTAATAT-TTC-AAAAATTTAAAACTAA
* * * * * * *
466731 GAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTGCTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTA
1 GAGATTTAAAAAA-AAATTTA-TTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
466795 TCGATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTCAGCTCATCCAAGTT
64 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTATTTTAGTTCATACAAGCT
* * * * *
466859 TATTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAAAAGTTA
128 TATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAAAACTAA
*
466912 GAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATA
1 GAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
** * *
466977 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTT--TTTATACAAGCTTAT
66 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
467040 TTGAAATAAAATAATACTAATCTAATT-AGA-TTCTGACAA-TTAATAACTAA
131 TCGAAATAAAATAAAACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTTAA-AACTAA
* * * * * *
467090 GAGATTTAAAAAATAATTT-TTT-TTGGCAAACCACTTCAAATAGTTA-AGGA-TGTATGAACAA
1 GAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACT-G--AACCAGTTCAAATAATTATA--ACTATTTGAACAA
* ** * * * * *
467151 TTATCTATTGCAAATTGTTATGGCCTTTTAG-TTTGTCGTGAAACAATT-TTTTAGTGCTTACTA
61 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATAC-A
* * * * * * * * *
467214 A-CCTATTTGGAATAAAACAAAACAAATTTACTAATATATCAAAAA-TTATTAAGTAA
124 AGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA-AAACTAA
* ** * *
467270 GAGATTTAAAAAATAA-TTATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTA
1 GAGATTTAAAAAAAAATTTAT-TTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
** * *
467334 TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAATTAATT
64 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
467379 TATAATATTA
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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181 144 0.28
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT
TCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAAAACTAA
Found at i:467310 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 466545--467378 Score: 911
Period size: 359 Copynumber: 2.3 Consensus size: 360
466535 TTCAAGAATT
* * * * *
466545 AGTATGAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
** * * *
466610 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATATAA
65 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAA
* * * *
466675 GTTTATTTCAAATAAAGTAATACAGAATTAAAATATATTCTAAAAATCATAACTAAGAGATTTAA
130 GCTTATTTCAAATAAAATAATACAGAATTAAAATAGATTCTAAAAATAATAACTAAGAGATTTAA
* * * **
466740 AAAATAAATCAGTTTGCTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCGATTTTAA
195 AAAATAAATCAGTTTGCTAAACCACTTAAAACAATTAAAACTATATGAACAATTATCGATTGCAA
* ** *
466805 ATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAATTATTTCAGCTCATCCAAGTTTATTCGTAATA
260 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAATTATTTCAGCTCATCCAAGCCTATTCGGAATA
* * ** *
466870 AAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAAA
325 AAACAAAACAAATTTACTAATATATCAAAATTTT-AA
* *
466907 AGTTAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* *
466972 TTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-TT-ATACAAG
66 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAG
* * * * *
467035 CTTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATCT-AATTAGATTCTGACAATTAATAACTAAGAGATTTA
131 CTTATTTCAAATAAAATAATACAGAAT-TAAAATAGATTCT-AAAAATAATAACTAAGAGATTTA
* *** * * * * * *
467098 AAAAATAATTTTTTTTGGC-AAACCACTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTG
194 AAAAATAAATCAGTTT-GCTAAACCACTTAAAACAATTAA-AACTATATGAACAATTATCGATTG
* * * * * *
467161 CAAATTGTTATGGCCTTTTAG-TTTGTCGTGAAA-CAATT-TTTTAG-TGCTTACTAA-CCTATT
257 CAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCAT-AAAGAAATTATTTCAGCT-CAT-CCAAGCCTATT
*
467221 TGGAATAAAACAAAACAAATTTACTAATATATCAAAAATTATT-A
318 CGGAATAAAACAAAACAAATTTACTAATATATC-AAAATT-TTAA
* ** *
467265 AGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TTATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTAT-TTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* *
467329 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAATTAATT
64 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
467379 TATAATATTA
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 64, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAG
CTTATTTCAAATAAAATAATACAGAATTAAAATAGATTCTAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCAGTTTGCTAAACCACTTAAAACAATTAAAACTATATGAACAATTATCGATTGCAAA
TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAATTATTTCAGCTCATCCAAGCCTATTCGGAATAA
AACAAAACAAATTTACTAATATATCAAAATTTTAA
Found at i:467390 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 467368--467400 Score: 59
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
467358 TTGTTTTGTC
467368 ATAA-ATTAATTT
1 ATAATATTAATTT
467380 ATAATATTAATTT
1 ATAATATTAATTT
467393 ATAATATT
1 ATAATATT
467401 TTGTTTGATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
12 4 0.20
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ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (13 bp):
ATAATATTAATTT
Found at i:468336 original size:356 final size:361
Alignment explanation
Indices: 467511--469052 Score: 892
Period size: 356 Copynumber: 4.3 Consensus size: 361
467501 ACCATTATTT
* * * **
467511 ATTTCAAATCATTATGATCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAGTCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT
* * ** ** *
467575 TCGGAATAAAGTAAT-GCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAAT
65 TCAGAATAAAATAATAG-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAGAAAAT
** * * *
467639 GTATTTGTTAGCCTGACCAATGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
129 AAATCTATTAGCCTGACCAATGCAAATAATTATGACTGATTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
467704 TATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGACTAATATA
194 TATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAATA
* * * ***
467769 ATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTG
259 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * *
467834 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
323 AACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTACCA
* * * * * * *
467873 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTCCTATTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
* * * * * *
467938 CCA-AATAAAATAATA-TAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAA-TAAAAAATTTTA-AAAA
66 -CAGAATAAAATAATAGT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAGAAAA
** * * *
467999 TAAATCTATT-TTCTGAACACGAT-CAAATAGTTTTGACT-ATTGAACAATTATCTATTTCAAAT
128 TAAATCTATTAGCCTG-AC-CAATGCAAATAATTATGACTGATTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
468061 CATTATGACCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATAA
191 CATTATGACCTTTT-GTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTACTCAGAATAA
* *
468125 AATAATAGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTTG-G-A-AG-TTTAAAAAATAAATCTATTT
255 AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA-ATGAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** *
468186 ACCAAACAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCA
319 ACCAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTACCA
* * *
468229 ATTTTAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
* *
468294 TAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-------CTTA-AAAACTA
66 CAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAGAAAA-TA
* * *** * * * * * * **
468351 AATCTGTTA-ACTGGACTGGTTCAAATAGTTAT-AATTATTTGAACAAGTATCTATCTCAAATTG
130 AATCTATTAGCCT-GACCAATGCAAATAATTATGACTGA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** * * **
468414 GTATAAGC-TTTGTTTTATGATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTTGGAAT-AAA
193 TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAAGCTTACTCAGAATAAAA
* * ** * * * * * *
468476 TATTGCTAAACTAATAATAATCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGA
257 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-A
* * * * * * * * * *
468540 -CGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCT
320 CCAAACAAGTTCAAATAATCATA-ACCATTTGAACAATTACCA
** * * * * * * **
468581 ATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTAT
* * * * * * ** *
468645 TC-GAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATCTAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTA-AAAAA
65 TCAG-AATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAGAAAAT
* ** * * * * * *
468708 AAATATGCTA-CC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATT
129 AAATCTATTAGCCTGACCAA-TGCAAATAATTATGACTGA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
468770 GTTATGGCCTTCTG-CTTATCATAAAACAATT-GTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATTA
192 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTACT-CAGAATAA
* * * **
468831 AATAATAATACTTTATTAATATTTC-AAAAATTGA-GAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAC
255 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATG-AG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-
** * * * * ***** *
468893 TTTATGAAATTAACTT-AAATAGTTATGGTTGTTTGAATAATTATCCA
316 TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTA-CCA
* * * * * *
468940 A-TTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGCCATCAAACAATTGTTTTTCA-TCAAACAAGCCTA
1 ATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTA
** * *
469002 TTTGGAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
64 TTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
469053 GAGATTATCT
Statistics
Matches: 905, Mismatches: 220, Indels: 114
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 39 0.04
350 59 0.07
351 33 0.04
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353 4 0.00
355 6 0.01
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359 13 0.01
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362 89 0.10
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
CAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAGAAAATAA
ATCTATTAGCCTGACCAATGCAAATAATTATGACTGATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
TGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
AAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTACCA
Found at i:468763 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 468731--468763 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
468721 AACAAGTTCA
468731 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
468749 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
468764 AAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:468836 original size:529 final size:529
Alignment explanation
Indices: 467661--468862 Score: 1140
Period size: 529 Copynumber: 2.3 Consensus size: 529
467651 CTGACCAATG
* ** * * * * * * * * *
467661 CAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAATAATCATGACCATTTGAACTATTACCAATTTAAAATCATTATGACATTCTGTCTTATCATA
** ** * * * ** *
467726 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGACTAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * **
467791 AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
131 AAAATT-A--A-T-A-AG-CTTAAAAACTAAATCTGTTAACTGGACTGGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * *
467856 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTCCT
189 TATTTGAACAAGTATCTATCTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTTTATGATAAAACAATTATTCCT
* * *
467921 ATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAATAA
254 ATTCATACAAACTTATTCCAAATAAAATAATATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAATAA
* **
467986 AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGATCAAATAGTTTTGACTATTGAACAATTATC
319 AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACACGATCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATC
* **
468051 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTAGTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTAC
384 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTAC
* * * * *
468116 TCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTTGGAAGTTTAAAAAATAAATC
449 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGCAAGTTTAAAAAATAAA-C
*
468181 TATTTACCAAACAAGTT
513 TATCTACCAAACAAGTT
* * * * * * *
468198 TAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAATCATGACCATTTGAACTATTACCAATTTAAAATCATTATGACATTCTGTCTTATCATA
** * *
468263 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA
*
468328 AAAATTAATAAGCTTAAAAACTAAATCTGTTAACTGGACTGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGA
131 AAAATTAATAAGCTTAAAAACTAAATCTGTTAACTGGACTGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * *
468393 ACAAGTATCTATCTCAAATTGGTATAAGC-TTTGTTTTATGATGAAACAATTGTTTCTATTCATA
196 ACAAGTATCTATCTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTTTATGATAAAACAATTATTCCTATTCATA
*** * * * * *
468457 CAAACTTATTTGGAAT-AAATATTGCTAAACT-AATAATAATCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-
261 CAAACTTATTCCAAATAAAATAAT-ATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAAAAT
* * * * *
468519 TTTAAAAATAAATGTGTTTGAC-GAACTA-GTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
324 TTTAAAAATAAATCTATTT-ACTGAAC-ACGATCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATCTA
** * * * * * * *
468582 TTTCAAATTGTTCTGA-CTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATT
386 TTTCAAATCATTATGACCTTTTAGTTT-GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTACT
*
468646 C-GAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TCTAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAA-
450 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAAT-AGCAA-G--TTTAAAAAAT
468708 AAA-TATGCTACCAAACAAGTT
509 AAACTAT-CTACCAAACAAGTT
* * * * ** * *
468729 CAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTCTG-CTTATCAT
1 CAAATAATCATGACCATTTGAACT-ATTACCAATTTAAAATCATTATGACATTCTGTCTTATCAT
* * *
468792 AAAACAATTG-TTC-AGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAATATT
65 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-ATTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
468854 TCAAAAATT
128 TCAAAAATT
468863 GAGAAGTTGG
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 101, Indels: 40
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (529 bp):
CAAATAATCATGACCATTTGAACTATTACCAATTTAAAATCATTATGACATTCTGTCTTATCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGCTTAAAAACTAAATCTGTTAACTGGACTGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
ACAAGTATCTATCTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTTTATGATAAAACAATTATTCCTATTCATA
CAAACTTATTCCAAATAAAATAATATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAATAAAAAATTT
TAAAAATAAATCTATTTACTGAACACGATCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTACTCAGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGCAAGTTTAAAAAATAAACTATCTACC
AAACAAGTT
Found at i:468840 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 468495--468849 Score: 414
Period size: 179 Copynumber: 2.0 Consensus size: 179
468485 ACTAATAATA
* * * * * * * *
468495 ATCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGACGAACTAGTTTAAATAGTTA
1 ATCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTCTGACAAACAAGTTCAAATAATTA
* * * * * * * *
468560 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTAT
66 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGCTTAGTCATAAAACAATTAG
* * * *
468625 TTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAAC
131 TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAC
468674 ATCTAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAAAAATATG-CT-ACCAAACAAGTTCAAATAA
1 ATCT-AAAAATTAATAAGCAAGAG-ATTTAAAAAAAAATATGTCTGA-CAAACAAGTTCAAATAA
* * *
468736 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTCTGCTTA-TCATAAAACAAT
63 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGCTTAGTCATAAAACAAT
* * *
468800 T-GTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAA
128 TAGTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAA
468850 TATTTCAAAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 26, Indels: 8
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
177 41 0.28
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Consensus pattern (179 bp):
ATCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAATATGTCTGACAAACAAGTTCAAATAATTA
AGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGCTTAGTCATAAAACAATTAG
TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAC
Found at i:468881 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 468546--468889 Score: 408
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* *
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* * * **
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*
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*
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* *
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* *
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* * * *
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** ** * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * *
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*
525026 TTA TGT- TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTG TTA TTA TTA TTA
1 TTA T-TA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
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1 TTA
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TTA
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* * * * *
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* * *
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* *
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*
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1 T
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* * * * *
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* * * **
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* * *
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* * *
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* **
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* * * * * * *
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*
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* *
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* * * *
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**
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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** * * * *
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* *
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* * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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*
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**
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*
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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** *** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* ** ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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125 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
551288 ATTTATTTCAAATTGTTATGACCAATTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
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* * * **
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*
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * ** * *
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* ** ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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** * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
550610 AAAAAAATTATTTTTCATCATACAATCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
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* * *
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* * *
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* * * ***
550805 ATTCATACAAGCTCATTCAGAATAAAATAAAACTAATG-TAATAATATT----TTGAAAATTAAT
448 ATTCATACAAGCTCATTCAAAATAAAATAAAACT-ATGTTATTAACATTCAAAAAAAAAATTAAT
* * * *
550865 AACATAG-AGATTTAAACAATAAAT-TA
512 AAGA-AGAAGATTAAAAAAATAAATCCA
* ** * * * * * * * * * * *
550891 TTT---GAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGACC
1 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGA-T
* * * * * *
550953 A-TTTGTTTTA-CATAAAACAATTCTT-TCAATTCTTAGTAACTTATTCA-G-AATAAAATAAAA
65 AGTTTATTTTATCATAAAACAATTATTCT-AGTTCATA-AAACTT-TT-ATGAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
551013 CAAATCTATTAATATTTCAAAAATAATCAGTAAGG-GATTTAAAAAATAATTTC-ATTTGCTGAA
126 CTAATTTATTAATATTTTAAAAAT--T-AATAAGGAGAATTAAAAAATAA-ATCAATTTACCGAA
* * * * * * * * * *
551076 CCAATTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTT
187 TCAGTTTAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGGTATGAACTTTTGTTTT
* ** * * ** * * * * *
551141 GTCATAAAACAAATT-TTT-TTTTCAAATAAGTTTGTATGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
252 ATCATAAAA-AAATTATTTCTCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAATAA
* * *
551204 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAGATAGTTAAAAAATAAACT-TGTTTACTAAACCAGTT-AAATT
316 TATTTTAAAAATTAATAAGT-A-AT--TT-AAAAATAAA-TGTGTTTACTGAACTAGTTCAAA-T
* * * * * * * *
551267 AGTTTA-ACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCAAT-TATTTTGTCATAAAAC
374 AGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAACTGTTATAACC-TTGTATTTAGTCATAAAAC
* * * * * *
551330 AATTGTTTCTAGTCATACAATCTTATTCAGAATAAA
438 AATTATTTCAATTCATACAAGCTCATTCAAAATAAA
551366 GTAATGCTAA
Statistics
Matches: 1258, Mismatches: 229, Indels: 135
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Matches are distributed among these distances:
531 2 0.00
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Consensus pattern (538 bp):
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GTTTATTTTATCATAAAACAATTATTCTAGTTCATAAAACTTTTATGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGGAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCGAATCAGTTTAA
ATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGGTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAA
AAATTATTTCTCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTTAAAA
ATTAATAAGTAATTTAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
CAATTATATATTTCAAACTGTTATAACCTTGTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAC
AAGCTCATTCAAAATAAAATAAAACTATGTTATTAACATTCAAAAAAAAAATTAATAAGAAGAAG
ATTAAAAAAATAAATCCA
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549194 ATAAACTTAT
** * * *
549204 TTTAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAAA
1 TTTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAATA
* * * * * * * *
549268 AATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAACAT-
64 AATCTCTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATCTC-AAAC-TG
* * * * * * * *
549332 -TATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCATTT-TGTTCATGCAACCTTATTTCA-AATAAA
127 GTATAACCTTGTATTTTATCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTCA-TTCAGAATAAA
* * * ** * * *
549394 ATAAAA-TAAATTTATTGATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTT
190 ATAAAACT-AATGTAATAATATTTTAAAAATTAATAA-TAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA--TT
* * * * * * *
549458 CTGAATGCA-TTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAGAAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCAT
250 -TGAA-CCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCAT
* * ** ** * *** * * *
549521 TTGTTTTGTCATAAACCAATAGTTTCTTTTCA-AACAAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAAT
312 TTGTTTT-ACATAAAACAATTCTTTCAATTCATAATAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAAT
* * * * * * *
549585 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAGTGAGTTT
375 CTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCCATTTACCAAATAAGTTC
* * *
549648 AAATTGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTTGTTTTGTCATA
440 AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * * * *
549713 AAACAATCAATTCTATTCATACAAGTTTACTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTCTA
504 AAACAAT--TTTTTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
549778 AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAATAAGTTTAAATAGTCATGTC
567 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTTTAAATAGTTATGAC
* * * *
549843 CATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTATTATGATA-GTTTGTTTTGTCATAAGACAATTATGT
632 CATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-T
549906 CTATTCAT-ACTA-AAT-TA
694 -T-TTCATCA-TACAATCTA
* *
549923 TTCATAAA-AAATTAATACTAATTTATTACTATTTTAAAAATTAATAAG-AGA-A-TTAAAAACT
1 TT--TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAA-T
* * * *
549984 AAATCTCTTTACCGAA-TCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTGAAATTG
63 AAATCTCTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATCTCAAACTG
* * * * * * * * * * *
550048 GTATGA-TTTTTGTTTTATCCTATAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTTAGAGTAAAAT
127 GTATAACCTTGTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTCATTCAGAATAAAAT
*** * *
550112 ACTGCTAAAT-TAATAATATTTTAAAAATTAAT-A-AG-TATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCG
192 AAAACT-AATGTAATAATATTTTAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-ATT-T-G
* * * *
550173 AA-CATTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTG-
252 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCATTTGT
* * * * *
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316 TTTA--CATAAAACAATTCTTTCAATTCATA-ATAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAAT-CT
* *
550298 ATTAACA-TTCAAAAAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAAATCCGTTTACCAAATAA
377 ATTAACATTTC-----AAAAATTAATAAGTAAGAAATT-AAAAAATAAATCCATTTACCAAATAA
* * * *
550362 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTATTTTATC
436 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
*
550427 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTT-TTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
501 ATAAAACAATT-TTTTA-TTCATAAAAG-TTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * *
550491 TTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAATCAGTTTAAATAATT
563 TTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATCAGTTTAAATAGTT
* * * *
550555 ATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA
627 ATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
550620 TTTTTCATCATACAATCCTA
692 TTTTTCATCATACAAT-CTA
550640 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA
1 TTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAATA
* * * * * * *
550705 AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAACTGTT
64 AATCTCTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATCTCAAACTGGT
*
550770 ATAACCTTGTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTCATTCAGAATAAAATAA
129 ATAACCTTGTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTCATTCAGAATAAAATAA
* *
550835 AACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACATAGAGATTTAAACAATAAATTATTTGAACCA
194 AACTAATGTAATAATATTTTAAAAATTAAT-A-ATAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTGAACCA
* * * * *
550900 GTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTACA
257 GTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTTTACA
* * * *
550965 TAAAACAATTCTTTCAATTCTTAGTAACTTATTCAGAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTT
322 TAAAACAATTCTTTCAATTCATAATAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAACATTT
* * * * * * * ** *
551030 CAAAAA-TAATCAGTAAGGGATTTAAAAAATAATTTCATTTGCTGAACCAA-TTCAAATAATCAT
387 CAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTAAAAAATAAATCCATTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTCAT
* ** * *
551093 GACTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTT
450 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTT
* * * *
551158 TTTTTCA-AATAAGTTTGTATGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
514 TTATTCATAA-AAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
** * * * * * * * * *
551222 GTAAGATAGTTAAAAAATAAA-CTTGTTTACTAAACCAG-TTAAATTAGTT-TAACTATTTGAAG
578 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTGAATCAGTTTAAA-TAGTTATGACCATTTAAAT
* * * * * *
551284 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCAATTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AGTCATAC
641 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATAC
551348 AATCTTA
705 AATC-TA
* * * **
551355 TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATTACTAATGA-ATTTAAATAA
1 TTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-TAAGAA-GAGATTTAAA-AA
* * * * * * * * * *
551419 TGAA-CT-GTTAGCCTAGCTAGTGCAAATATTTATGATTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
62 TAAATCTCTTTA-CCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA--TA--T---ATC
* * * ** * **
551482 ATTACAACTTTTTGTTTACTAAACAAGTTAAAGTTGTTATGACTTTTGAACAATTA--TCTATTT
119 -TCA-AAC----TG-GTA-T-AAC--CTTGTA-TT-TTAT--C-ATAAAACAATTATTTCTA-TT
* * ** * * ** * *
551545 CAAATCACTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTGCT-AT-TCATACCAGCTTATTTA
167 C--AT-AC-A-AGC---TCATTCAG-AATAAAATAA----AACTAATGTAATA--A---TATTTT
* * * * * ** *
551608 AAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAA
214 ----------A-A-AAA-TTAATAATA---GAG-ATTTAAAAAATAAA-TTATTT---GAACCAG
* * * * *
551673 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTGCAAATCGTTATGA-C-TTT-TTTT-TAT
258 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTTTTACAT
* *** * * * * * ** * *
551734 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCATATTAAAATTATATTAATTTATTAATATTT
323 AAAACAATTCTTTCAATTCATA-ATAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAACA-TT
* ** *** * *
551798 TGAAAAA-TAATAAGTAA-AATATTTTTAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAATCCAAATAGTC
386 TCAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TTAAAAAATAAATCCATTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTC
* * * * * ** **
551860 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATTTTAAAACAATTG
448 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * * * * *
551925 TATTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCT-AAAATTAA
512 TTTTA-TTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAA
* ** * * * * * * *
551989 TGAGTCAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTG
575 TAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATC-AGTTTAAATAGTTATGACCATTTA
* * ** * * * * *
552052 AACAACTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAT-ATTCA
638 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCA
* *
552116 TAAAAGCTTA
702 TACAATC-TA
* * * *
552126 TTCTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAGT
1 TT-TAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAA-T
* *** * * *
552190 AAATCTATTTTTTGAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TA
63 AAATCTCTTTACCGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATCTCAAACT-
* * * * * * * *
552253 GTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTCTTTC-ATTCATACAAACTTATT-TGAAATAAA
126 GGTATAACCTTGTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTCATTCAG-AATAAA
* * * * ** * *
552316 ATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
190 ATAAAACTAATGTAATAATATTTTAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAAT-T-ATT-
* * * * ** * * * *
552381 TCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGACCGTTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGAA--ATT
250 T-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCA-T
* * * * ** * * *
552444 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-ATTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
312 TTGTTTT-ACATAAAACAATTCTTTCAATTCATA-ATAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAAT
* * * ** * *
552508 TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGT
375 CTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAAATAAATCCATTTACCAAATAAGT
* * * * * * * * **
552572 TCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTACCAT
438 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** *
552637 AAAACAATACCTTTTGTTCATATAAA-ATTATTT-AGAATAAAATAATACTGGTTTATTAATTTT
503 AAAACAAT--TTTTTATTCATA-AAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
552700 TTGAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACTAAATTAG-TTAAATAGTTTT
564 TTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTTTAAATAGTTAT
* * * * * * *
552760 GACTA-CTAGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGATCA-TTATTTTGTCATAAAACAATTG
629 GACCATTTA-AATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * *
552822 TTTCTT-TTCATATAAACTTA
692 TTT-TTCATCATACAATC-TA
* * *
552842 TTCAAAT----T-ATGA-TAA--TACT-A-A-TTT---AA-CAATAA-AA-A-A--T--AAAT--
1 TTTAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAATAA
* * * * * *
552883 GTGT-TTTACC-AATCTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
65 ATCTCTTTACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATATATCTCAAA-C-T
*** * * *
552945 --TCCGACCTT-T-TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCACACAAGCTTATT-TGAAAT
126 GGTATAACCTTGTAT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTCATTCAG-AAT
* * * ** * *
553004 AAAATAATA-TGAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCCAGAGATTTAAAAAAATTAATAT
187 AAAATAAAACT-AATGTAATAATATTTTAAAAATTAATAA--TAGAGATTT-AAAAAATAAAT-T
* * * * * * * * * *
553068 GTTTACCTAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
247 ATTT---GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* ** * * * * *
553133 CTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTA
309 CATTTGTTTT-ACATAAAACAATTCTTTCAATTCATAATAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAA
* * * * * * ** * * * * **
553198 CT-TCATTAATATTTAAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAGCTAAAGCTATTTTCTAAACCA
373 ATCT-ATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAAATAAATCCATTTACCAAATAA
* * * * ** ** * *
553262 GTTCAAATAGTTATGACCACTTGAACAAATATCAATCCCAAATCA-CTATGGT-TTTTGTTTTGT
436 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * *
553325 CATAAAA-AATTGTTTCT-TATCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
500 CATAAAACAATT-TTT-TAT-TCATAAAAGTTTATTTGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAAT
* ** * * * * * * *
553387 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCA-TTGCAAATGG
561 ATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTT-TAAATAG
* * * * * * *
553451 TTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
625 TTATGACCATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAA
* *
553515 -T-TGTTTCAATTCATACAAGCTTA
689 TTATTTTTC-A-TCATACAATC-TA
* * * * **
553538 TTCAGAATAAAATAAAACTAATTAATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAA
1 TTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTT--AAAAA
* * * * * * * * * * * * *
553603 TAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATA-TTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTA
62 TAAATCTCTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATCTCAAACTG
* * * * * * * * * * *
553667 TTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAA
127 GTAT-AACCTTGTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTCATTCAGAATAAAA
* * * * * * * *
553731 TAATACTACTTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGACTTAAAAAATAAAATCAGTTTG
191 TAAAACTAATGTAATAATATTTTAAAAATTAAT-AAT-AGAGATTTAAAAAAT-AAATTA--TT-
** * * * * * * * * * *
553796 TCGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTT
250 T-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCATTT
* ** * *
553861 GTTTTATCATAAAACAATTCTTTTTCAA--CATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
314 GTTTTA-CATAAAACAATTC--TTTCAATTCATA-ATAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAAT
* * * * ** *
553923 TTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG--AG--ATCAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAATAA-TT
375 CTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCCATTTAC-CAAATAAGTT
* * * * *
553983 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACT-GTTATAAGCTTTTGTTTTGTCAT
439 CAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
554047 AAAA-TATTATTTCTGA-TCATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
503 AAAACAATT-TTT-T-ATTCATAAAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * *** * * * * * * *
554109 CTAGAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTGAACCAATTCAAACAGTTAA
564 TTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTTTAAATAGTTAT
* * * * * * *
554174 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA--
629 GACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* *
554237 TTTCAGCTTATACAAGTTTA
694 TTTCA--TCATACAA-TCTA
* * * * *
554257 TTTGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-
1 TTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGA-TTTAAAAAT
* * * * * * *
554321 AAATTTCTATTACCAAAGTAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTT
63 AAATCTCT-TTACCGAACTAGTTC-----------AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATAT
* * * * ** * * * * * * * * **
554386 ATGTCAAATTGTTATTATTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATATAAGTTTGT
116 ATCTCAAACTGGTATAACCTTGTATTTTATCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTCAT
* * * * * *
554451 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATA
180 TCAGAATAAAATAAAACTAATGTAATAATATTTTAAAAATTAAT-AAT-AGAGATTTAAAAAATA
* * *** * *
554516 AATT-TGTT-TACCAAACGTTTTGAAATAGTTTTCACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCA
243 AATTAT-TTGAACC--A-G--TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * ** * * ** ***
554579 TTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTAGTTCTATTCATACTATTTTATTTGGAATAAAAT
302 TTATAACCATTTGTTTT-ACATAAAACAATTCTTTCAATTCATAATAACTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * ** * * * * *
554644 AATACTAA-CTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGACAAATCTAATTGC
366 AAAACAAATC-TATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AAATTAAAAAATAAATCCATTTAC
* * * ** * *
554708 CAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCATT
429 CAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTT
* * * * * * * **
554771 T-TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTGTTCTTACAAA-CTTATTCGGATTAAAATAATACAAATT
492 TGTTTTGTCATAAAACAA--TTTTTTATTCATA-AAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATT
* * ** * * * *
554834 TAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAACAAATAAATTTGTTTA-TCGAA-CTAAT
554 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATC-AGT
* * * * * * *
554897 TTATAT-GATTAAT-ACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
617 TTAAATAG-TT-ATGACCATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGT
* * * *
554959 CATAAAGCAA-T-TGTTTCAATTCGTACAAGCTTA
679 CATAAAACAATTATTTTTC-A-TCATACAATC-TA
** ** * * ** * *
554992 TTCGGAGCAAATTAATACTAATTTATTAACATTAGAAAAATTGAGAAGAATGAGATTTAAGAAAA
1 TT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAA-GAGATTT-A-AAAA
* * * * * * * * * *
555057 TAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTAT-TTAAAATC
62 TAAATCTCTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATCTCAAACT-
** * * * * * * * * * *
555121 ACTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGTTTATACAAAAT-AA
126 GGTATAACCTTGTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTCATTCAGAATAAA
* * * * *
555184 GTAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGAA-AAATTTGTT
190 ATAAAACTAATGTAATAATATTT-TAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAA-AATAAA-TT-AT
* * * * * * * * *
555247 TATCGAATCAGTT-AAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCAT
249 T-T-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCAT
** * *** *
555311 TTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTTTATCAT-ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAA-TA
312 TTGTTTT-ACATAAAACAATTCTTTCAAT-TCATAATAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AACAA
* * * * *** ** *
555374 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAA
373 ATCTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAAATAAATCCATTTACCAAA-TAA
* * ** ** * * * * *
555439 -TTCAAGTAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCT-AAC--TTGCTTTTAG
436 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTG-TTTT-G
* * * * * * * *
555500 TTACAAAA-TATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCTTAATATATTAAC
499 TCATAAAACAATTT-TTT-AT-TCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* *** * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *** *
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* * * * *** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * * * *
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* * * * * *** * * * *
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* * ** ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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248 T-TTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCAT
* * * * * *** * *
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* * * * * *** **
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* * * * * * ** * *
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** ** * * * * *
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* **** * * ** * * * * *
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* * * ** * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *** * * * * *
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* * * * ** ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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Statistics
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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** ** * * * * *
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** * *** * * * ** * * * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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65 -TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
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* * *
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1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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65 -TGTTAGCTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
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128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* ** *
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* * * * ** * * * *
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65 -TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
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128 GACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * **
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
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65 T-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * * ** *
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129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA--TTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
** * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* ** * * * *
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65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTAT
* * * * * *
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128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
** ** * * **
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1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA--AA---AAA
* * * * * * * * *
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60 T-AAATTGTTAGCTGAACCAGTTCA-AATAGTTATGACTATTT-GAATAATT---ATCTATT-TC
* * * ** * ** * * * * * *
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118 AAATCGTTATGACCATT-TGTTTTGTCATAAAACAA--TTATTT---CT--ATTCATA-CAATCT
* *
553019 TATTAAT
174 TATTCAG
* * ** * * * ** ** **
553026 ATTCAAAA-AAT--TAA-TAAGCCAGAGATTTAAAAAAATTAATATGT---TTACCTAACAAGTT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTA-TTA-ATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAT
* * * ** * * * ***
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61 -AAATTGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTAT---CTATTTCAAA
* * * * * * * * * * *
553141 TTGTGATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAA-ATTTA-TTCAAAATAAAATAATAC-TACTTC
121 TCGTTAT-GACCATTTGTTT---TGTCATAAAACAATTATTTC-TATTCATACAAT-CTTA-TTC
*
553202 ATT
179 A-G
** * * * *
553205 AAT-ATTTAA-A--AAATTATTAAGCA----AGAGATTTAA-AAGCTAA-AGCTATTTTCTAAAC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTA-AAAATTAATAAG-TAAGAG--A--TT-TAAA-
** * * * * * *** * * *
553260 CAGTTCAAATAGTTA--TG-ACCACTTGAACA-A-ATAT--CAATCCCAAATCACTATGGT-TTT
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**** * * * ** * * * * * * * *
553317 TGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCT-T-ATCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAAT
117 CAAATCGTTATGACCATTTGTTT-TGTCATAAAACAA--TTATTTC-TATTCATACAAT-CTTAT
*
553379 T--T
177 TCAG
* * ** ** * * * * **** *
553381 AAT--AATATTTC-AA-AAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATGTGTTTGCCGAA-C
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGA-G-ATTTAAAAAATA
* *** * * * *
553439 CA---TT-GC--AAATGGTT-AAGACTA-TTA-GAATAATT--AT--C----TATTTCAAATTGT
62 AATTGTTAGCTGAACCAGTTCAA-A-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * * *
553487 TCTAAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAG
125 TATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * ** *
553543 AATAAAATAAAACTAATTAATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
** * * * * * * **
553608 ATGTTTA-CCAAACAAGCTCAAATA-TTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTAT
65 -TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * *
553671 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAA
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
553724 AATAAAATAATACTACTTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGACTTAAAAAATAAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * ** * * * * * * *
553789 CAGTTTG-TCGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
65 -TGTTAGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * *
553853 TACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTTTCA-ACATACAAGCTTATT-TG
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAATCTTATTCAG
* * *
553905 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGA-TCAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * *
553965 CTGTTTA-CTGAAATAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTGTTA
65 -TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTA
* * * * *
554028 TAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTATTTCTGA-TCATACAAGT-TTATTTAG
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAA-TCTTATTCAG
* * * * * *
554081 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAGAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
** * * * * * *
554146 CATTTGCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
65 TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* *
554211 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGT-TTATT-TG
130 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA--TTCATACAA-TCTTATTCAG
* * * * *
554261 AAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTTAAAAAA-AAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA-
* * * ** * * * * * * *
554325 TTCTATTACCAAAGTAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATGT
63 AT-TGTTAGC----T-G----AACCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * *** * * * * * * *
554390 CAAATTGTTATTATTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTCA
117 CAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAA-TCTTATTCA
*
554454 A
180 G
* *
554455 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
** *** * * * * * *
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65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * * * **
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129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * ** * * * *
554636 AATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGACAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* ** * * * * *
554701 TAATT-GCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 T-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
554765 ATCATTT-TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTGTTCTTACAAACTTATTCGG
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
554816 ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAACAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * * * * *
554881 TGTTTATC-GAACTAATTTATAT-GATTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTT
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
554943 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCGTACAAGCTTATTCGG
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
** * * ** * *
554997 AGCAAATTAATACTAATTTATTAACATTAGAAAAATTGAGAAG-AATGAGATTTAAGAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAA-AAAATAAA
* * * * * * **
555061 TATATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCACTA
64 T-T-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
555125 TGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGT-TTATACAA
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAA-TCTTATTCAG
*
555179 AAT-AAGTAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGAA-AAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAA
* * * * * * * *
555241 TTTGTTTATC-GAATCAGTT-AAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTA
64 -TTG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
555304 TGACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTTTATCATATAAGCTTATTCAA
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAATCTTATTCAG
*
555359 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * ** ** * *
555424 TGTTTG-TCAAACCAATTCAAGTAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCT-
65 TGTTAGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
555487 A--ACTTGCTTTTAGTTACAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATT-TG
129 ACCATTTG-TTTT-GTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAATCTTATTCAG
* * * *
555538 AAATAAAATAAT-CTTAATATATTAACA-TTCAAGAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATA
1 -AATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTTAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
** * * *
555601 AATCTGTTTA-CTGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATTTAAAATCG
62 AAT-TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCG
* ** * ** * *
555664 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-AGTTCATAAAAGGTTATCCAA
124 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
555721 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
** ** ** * * * * * *
555786 ACATTTTCTGAATAAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTATAATTAAAATCGTTATG
65 -TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
*** * * * * *
555851 ATGTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATTA-AAGCTTATTCAA
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCA-TACAATCTTATTCAG
* * * ** *
555903 AACAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAACGTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * * * * *
555964 TATTTG-TCGAATCAATTCAAATAATTAAGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
65 TGTTAGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * **
556028 AACA-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGG
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAATCTTATTCAG
*
556079 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* * *
556144 TGTT---T-----A--TCAAAGCAG-T-T-CCTATTTGAATAATT-TCCTATTTCAAATCATTAT
65 TGTTAGCTGAACCAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * * * * *
556195 AACCTTTTATTCTATTAT-AAATAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATT-TG
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * ** * * * *
556246 AAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTACAAAAATTGATAACTAAGGGATTTAAAAAGTAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
556311 CAGTTTATC-AAAGCAGTTTAAACAATTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
65 -TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * ** * *
556375 GA-AATTTTGTTTTGTTATAAAACAATCGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT-TG
128 GACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
556427 AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *** * * * *
556488 CCGTATA-C-GTAATCATTTTAAATAATTATGGCTGCGTCAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
65 -TGT-TAGCTG-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * ** * * * * * *
556551 TTTA-CTTTTG-TTGGTCATGTAACAAATGTTTTTGA-TCATTCAAGCTTATTTAG
127 -TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAATCTTATTCAG
* * * *
556604 AATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * ** * *
556669 TGTTTA-TTGAACCAATTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTGTATACATCAAATTGTTATA
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * **
556732 ACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * * *
556784 AATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * * * *
556848 TGTTTGAC--AACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATAAACAATTATCGATTTCAAAAT-GTTAT
65 TGTTAG-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTAT
* * * * * * *
556910 GACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTAATTC-G
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * ** * *
556961 AAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGATATTGGAAAAAATAT
1 -AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATA-
** * * * * * *
557025 TTTTGTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
62 AATTG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * ** *
557089 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATTTAAGT-TTGTTCTA-
126 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-TCTTATTC-AG
* * *
557144 AATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* ** * * *
557205 TATTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATTGTTCT
65 T-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
** ** * * * * *
557268 GACTTTTTGTCCTATTATAAAAC-ATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * *
557319 AATTAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAACAAGTAA-AGATTTTAAAAAATAAA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * **
557383 TATGTTTA-CCGAACTAGATT-AAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAAT
64 T-TG-TTAGCTGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
557446 ATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTT-TGGTTCATATAAGT-TTATTC-G
126 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAA-TCTTATTCAG
* * * *
557500 AAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
557565 TGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATA
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
557629 ACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTCCATCCATACAAGCTTATTTC-G
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTA-TTCAG
* ** * ** * ** **
557681 -ATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTATCTATTTCA-A-ATCATTATGACCT-
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTA-ATAAGTAAGAGAT--TTAAAAAATA
* * * ** * ** * *
557741 -TTTGTTGTGTCATAAAATAATTC-TTTATGTTTAT-ACAAGTTTAATTTGAATAAAATAGC-A-
62 AATTGTT-AG-C-TGAACCAGTTCAAATA-G-TTATGAC-----T-ATTTGAAT-AATTATCTAT
* ***** * ** * ***
557801 -T-AAAT--TTATTA--ATATT-TCAAAACTTAATAAGCAAAAATTT-AAAAAATA-AAT-TTAT
115 TTCAAATCGTTATGACCAT-TTGTTTTGTCATAA-AA-CAATTATTTCTATTCATACAATCTTA-
**
557856 TTTTTG
176 -TTCAG
* * * * * * * * * ** * * ** **
557862 AACACATTCAA-A-T-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA-ATAGTTATGACCT--
1 AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA-ATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * *
557921 TTTGTTTTGTCATAAACCAATT-ATTTCTA-TTCAT-ACAAGTGTATTCGAAATAAAATAATACT
63 ATTG-TTAG-C-TGAACCAGTTCA--AATAGTT-ATGAC-----TATTTG-AAT--AATTAT-CT
* * ** * * ** ** * * * *
557983 ATTTTATTAAT-ATT-CCA-AAATTAATAAGTAAAAAGTTTAAAAATTAAATTTGT-TTACCA-A
113 ATTTCA--AATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAA----AACAATT--ATTTCTATT--CATA
558043 GCAAGTTCATATCATT-ATG
168 -CAA--TC-T-T-ATTCA-G
* *** * * * * ** * ** *
558062 ACT-GTTTGA-AC-AA-TTATT--TATTTCAAATAGTT-GTGATCTATTG-TTTTGTCATAAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAAT-AAGTA-AGAGATT-T-AAAAAAT
** ** * * * * *
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123 -GTTATGACCATT--T-GTTTTGTCA--TAAAACAATTATTTCTATTCATA-C-AATCTTA-TTC
558233 A-
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* * ** ** * ** ** **
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1 AATAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAA-TA--T-TTTAAAAAT-TAAT-A-AGTAAGAGATT-T-A
* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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1 AA-TAAAAT-AATACTAATTTATTAATATT-T--T-AAA-AATTA---ATAAGT-A-AGAGA--T
* * * *
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52 -TT---A-AAAAATAA-A-T--TGTTAGCTGAACCAGTT--CAAATAGTT-AT--GACTATTTGA
* * * ** * * * * ** * * *
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103 ATAATT-ATCTATTTCA---AATCGTTATGACCATTTGTTTTGTC-A-TAAAACAATTATTTCTA
* * *
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162 -TTCATACAAT-C-TT-A-TTC-A-G
* ** ** * * * * * *
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1 AATAAAATAA-T-ACT-AATTTAT-TAA---TATTT----TAAAA-ATTAATAA-GTA--AGAGA
* * ** ** * ** * *
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* * * *
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99 -TT--G--------AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
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153 TTATTTCTA-TTCATACAATCTTATTCAG
* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
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66 -G-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
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128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAATCTTATTCAG
* * *
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** * * * *
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65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
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129 ACCATTTGTTT-TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * * *
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65 TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
** * * * * *
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130 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** ** * *
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65 TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
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130 CCATT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-TCTTATTCAG
* * * *
559539 AAAGAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTACAAAGTAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
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63 AT-TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * ** *
559666 AT-AACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTAT-TTCATTCAG
126 ATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTT-ATTCAG
* * * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
** ** * * * * ** *
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65 -TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTAT
* * * * * * * * **
559849 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTTTCGTACAAACTTTTTTTGG
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATC-TTATTCAG
* * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * ** *
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66 G--TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
560031 ACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTCAA
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * **
560083 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAACAAAATGAGATTTAAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GTAA-GAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * * * * *
560148 ATCTATTTA-CTTAACAAATTCAAATAGTTATTACTATAT-AAGCAATTGTCTATTTAAAATCAT
63 AT-T-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *** *
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125 TATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCA-TACAATCTTATTCAG
* * * ** *
560267 AATAAAATAACAGTAACTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * * * *
560330 TATTTA-TTTAACCAGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGGATGATTATCTATTTGAAAT-G-TAT
65 T-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
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128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * * *
560435 AATATAAAT-ATA-TTA-TTATTAATATTTGAAAAATTAATAATTAATATTATTTATTTAAAATA
1 AATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTA--AAAAATA
* * ** * *
560497 AATTTGTTATC-G-A--AGTTC-AATAGTTAT-A-T-TTTGACA-AA-CA-AAATCTCAAATCAT
62 AA-TTGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGT
* ** * * *
560551 T-T-A-AATATAATTGTTGTCAT-AAACAATTATTT-GA-TCATA-GAGCTTATTCAG
125 TATGACCAT-TTGTT-TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * **
560602 -TTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * ** * * * * *
560666 TGCTT-GCGGAACCAGTTCAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCATTCTG
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
560730 A-TATTTTGTTTAGT-AAAAAAAATATTTAGTTTC-ATATCTTACAAGTTTTATTTAG
129 ACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACA-A-TTA-TTTCTAT-TCATACAA-TCTTATTCAG
* * ** * *
560785 AATAAAATAA-ACCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
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64 --TTGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * * * * *
560913 TGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCATATCCAA
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAATCTTATTCAG
* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-
* * * * * * **
561031 TTGTTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATCTTTTTAAAATTATTAT
64 TTG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * *
561095 GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTTGCTTT-AATTTATACAACCTTATT-TG
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * ** * *
561147 AAATCAAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * *
561208 CTGTTTA-CCAAATCAGCTCAAATAATTATCACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGT
65 -TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * *
561272 TACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTAATATT-GTACAAGCTTATTCGG
128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
561325 AAT-AAATAATACTAATTTCTT-ATCTTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AGAAA-AAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * *
561386 TGTTTATC-GAACCTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTAT
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-----G
* * * * * * * *
561450 TTACAAAATAAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATAC-ATGCTTATTCAA
124 TT-----AT-GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAT-CTTATTCAG
* * * * *
561513 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAA-T
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * **
561577 -TTA-CTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
66 GTTAGC-TG---AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
561640 TGA-CATTGTGTTTTGTCTTAAAACAATTTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTC-G
127 TGACCATT-TGTTTTGTCATAAAACAA--TTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * *
561695 AAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAT
1 -AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
561758 TATGTTTACCT-AACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
64 T-TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
561822 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTCAG
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-TCTTATTCAG
* * * *
561876 AACAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * ** * * *
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65 -TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
562000 GACTC-TTTATTCTGTTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGG
128 GAC-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
562053 ATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAAGGTAAGA-ATTTTAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *
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65 -T-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
** * * * * * * *
562181 GATTATTTGACTAATTATCCATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT-TGT
128 GACCATTTG--T-TTTGT-CA--TAAAACAA-T-T-A---TTT-CTAT-TCAT---ACAATCT-T
562245 -TTCAG
175 ATTCAG
* * * * * * ** ** * * ** *
562250 -TTAACATAA-GCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATT--T-A-TTA-ATATTCCAAAAATGAA
1 AATAAAATAATACTAATTT--ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
562308 TGAGTAAG-AGAACTAGAAAATTGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAAAAGTTATAACTATCTA
64 T-TGTTAGCTGAACCAG----TTCAAATAG-TTA-TG-AC----T-----A-TT-TGA--A--T-
*** * * **
562372 AACAATTATCTATTTCAAAAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGA-TTCTGCTCA
105 ---AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCA
* * **
562436 TCCAAGCTTATTTTG
166 TACAATCTTATTCAG
* * ** * * * *
562451 AATAAAATAATA-TAAATAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCAA-AAATTTGAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
*** * *
562514 TGTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 TGTTAGCTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* *
562578 ACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATTCAG
* * * * *
562630 AATAAAA-ACATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAGT
1 AATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
562694 CCTTTTA-C-CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATATTTATTTATTTCAAATTGTTA
65 --TGTTAGCTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * **
562757 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AATGCTTATTTGG
127 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAT-CTTATTCAG
* * * * *
562811 AATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTCT-AAAAGTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * * ** * *
562875 TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGACCT-ATCATCTATTTTGAATCATTAC
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* **
562938 GA-CATTT-TGTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTA
128 GACCATTTGT-TTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-TT---AT--TT-CTATTCATACAATCTTA
*
563001 TTTAG
176 TTCAG
* * ** *
563006 AATAAAATAATACCAATTTATTACTATTCCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATTAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * ** *
563066 TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TCG
65 TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-G
* * * * * * *
563130 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATGC-ATGCTTACTTGA-
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAT-CTTA-TTCAG
* * * * * *
563182 AATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTTAGAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * *
563246 CTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
65 -TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * ** * ** **
563310 GACCTTTTTTATTTTTATCATAAAGC--TTA--TCCA-AAATAAAATAATATTACTT
128 GACC--ATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATCTTATT-CAG
* * ** * * * * * * ** * * **
563362 ATTAATATTTTA-AAATTTGATAAGTTAGAGATTTGAAAAATAAATTAATTTATCGAATCAGTTC
1 AATAAAATAATACTAA-TT--T-A-TTA-ATATTTTAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTA--AA
* ** *
563426 AAAT-AA---TTA--TG-GCCA-TTTGAATAATTAT--CTA--TG--TCAA--ATC-A-TT---A
57 AAATAAATTGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAA
* * * * **
563470 T-G--A--A-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTC-TATTTGG
121 TCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAA-TCTTATTCAG
** * * *
563524 TGTAAAATAATACTAAGTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * ** *
563589 TGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAGTTATATATTTCAAATTATTATA
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
563653 ACC-TCTTGTTATGTTATAAAATAAGTATTTTTGTTCAAATAAGT-TTATTCA-
129 ACCAT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-TCTTATTCAG
* ** * * * * *
563704 AA-AAAACAAATACTAACGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAGAAAT
1 AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
563768 GTATTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAACCATTATG
65 -TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * * * *
563833 ACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAGTT-TTTCAATTCTTAGTAA-CTTATTCAA
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATA-CAATCTTATTCAG
* * * * *
563885 AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-AT
* * * * * * * *
563950 TGTTTG-TCAGACCAATTCAAATA-TTATGATTATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATT
65 TGTTAGCTGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* ** * * **
564013 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGT-TTATTTGG
129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAA-TCTTATTCAG
* * * * * *
564065 AATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAATAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * ** * * * *
564130 TGTTTA-CTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTCAAATCATGATG
65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * *
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* ** * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
** * * * *
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65 TG-TTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTAT
* ** * * *
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* ** *
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1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* ** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* *** * ** * * * * *
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* * * * * * ***
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * * **
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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566811 T
65 T
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Statistics
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * * **
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* ** * ** * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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** * * *
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** * ** *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * ** * ***
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* * * * * * * *
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248 TAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *** * * *
550819 A-TTCAGAATAAAATAAAACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CATAGAGATTTAAAC
190 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAA
* * * * * * *
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253 AATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * * * *
550943 CGTTATGACCATTTGTTTT-ACATAAAACAATTCTTTCA-A
318 CATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATA
* * * * * * * * *
550982 TTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCA-AAAATAATCAGTA
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** * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *** * * *
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189 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * *
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** ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *** * * * *
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** * * * * *
551468 ATCTATTTCAAATCA-TTACAACTTTTTG-TTTA-C-T-AAACAAGTTAAAGTTGTTATGACTTT
126 ATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TT----CT-TTAT-TCATA
* * ** * * ** * ** *
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183 T-AA-ACTTATTTGAAATAAAAT-A--AT-ACTAATTTA--TTAACATTCCAAA-AATTAAT--A
* * * ** * * * * **
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237 AGT-A-A-AAG---ATTT--AA-AAAATAA-ATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGA
* *** *** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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*** * * * *
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* * *
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**
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* *
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** * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAG-TA
* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* **
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
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* *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *** * * * * *
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* * * * * * *
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1 TAAAAAATAAATATG-TTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
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* *
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130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGC--AA-GAGATT
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1 T-AAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATT
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* * * * * *
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1 T-AAAAAATAAATATGTTTACCTA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
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* * *
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1 T-AAAAAATAAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
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129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * ** * * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
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* * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
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* * *
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* * * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *** * * *
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66 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-
* * *
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130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
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1 TAAAAAATAAAT-ATGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTA
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63 TTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * ** * *
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127 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GCAAGAGATT
* * * * * * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *** *
562170 CAAATGGTCATGA-TTATTTGACTAATTATCCATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAAT
66 CAAATCGTTATGACCT-TTTG--T-TTTGT-CA--TAAAACAA-T-TG----TTT-CAAT-TCAT
* * ** * * * * * * * * **
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*
562292 -ATATT
175 GAGATT
** * * *** * * * ** **
562297 CCAAAAATGAATGA-G-TAAGAGAACTAG--AAAATTGAATT-TGTTTA-TTGAACAAGTTCAAA
1 TAAAAAATAAAT-ATGTTTACCTAACAAGTTCAAA-T-AGTTATGACTATTTGAACAA-TT-ATC
* * * * * * * *
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61 TA-TT-TCAA--ATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA--A----TTGTTTCAAT-T
* * ** * ** * * *
562413 CAGA-AAACAATTGATTCTGCTCATCCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATAATTAATAT
113 CATACAAGC--TT-ATTC-G-AAAT--AA---AATAAT-ACT-AATTTAT---------TAATAT
* *
562477 TCCAAAAGTTAATAAGCAA-AAATT
157 T-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * ** * * *
562501 TGAAAAATAAATTTGTTT-TTTGAACACGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
562565 TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-A
65 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
562629 GAATAAAA-ACATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTT
130 -AATAAAATA-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * *
562682 TAAAAAATAAGTCCT-TTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATATTTATTTAT
1 TAAAAAATAAAT-ATGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
562745 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AATGCTTATTT
64 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA-GCTTATTC
* * * * * **
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128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * *
562862 TAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGACCTATCATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * **
562926 TTGAATCATTACGACATTTTG-TTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGTATTC
65 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-TT-G--T--TT-CAATTC
** * * *
562990 ATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTCCAAAAATTAAT----AAG-
114 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAGA
563049 GATT
177 GATT
* * * * * * * **
563053 TAAAAAATTAATGTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
563117 TCAAATCGTT-TCGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATGCATGCTTACTT-
65 TCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * *
563180 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAAAAATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * *
563234 AAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * ***
563299 CAAATTGTTATGACCTTTTTTATTTTTATCATAAAGC--TT-ATCCAA--AATAAAATAATATTA
66 CAAATCGTTATGACC--TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-
** * * ** * * * * * ** *
563359 CTTATTAATATTTTA-AAATTTGA-TAA-GTT-AGAGATTTGAAAAATAAATTA-ATT
127 CGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCA-AAAATT-AATAAGCAA-GAGATT
** * ** * ** * * *
563412 TATCGAATCAGTTCAAATA--ATTA--TGGCCA-TTTGAATAATTAT--CTATGTCAA-ATCATT
1 TA---AA--AAAT-AAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA--ATT
** **** * * * ** * * * * * *
563469 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TCATCATACAAGTCTATTTGGTGTAAAATA
58 ATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT-A-A-AA--C-AATT-GTTTCAATTC
* * * * * * **
563533 ATACTAAG-TTA--CTAATATTTTAAA-AAT--TAA-TAAGTAAGAGATGTAAAA--AATAA--A
114 ATAC-AAGCTTATTCGAA-A--TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCA
***
563587 TCTG-TT
174 AGAGATT
** * ** *
563593 TACTGAACTAGTTCAAATA-G-TTA--TGACAA-TTTGAACAGTTAT-A-TATTT---CAA--AT
1 TA---AA--AAAT-AAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *** * * *
563646 -TA-TT---A----TA--ACCTCTTGTTATGTTATAAAATAAGTATTTTTGTTCAAATAAGTTTA
60 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA
* ** *
563700 TTC-AAA-AAAACAAATACTAACGTAATAATATT-ATGAAAATTAATAA-CTAAGAGATT
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * ** * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCTA-A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** ** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
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65 TCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* * *
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129 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCT-AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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*** * *
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* * * * * * * **
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* * ** * * * *
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** * ** * *
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* * * * *
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* * * * ***
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TAAAAAATAAATATGTTTACCT-AACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
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* * * * * *
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Statistics
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* ** ** * * *
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* * * *
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* * * * ** * * ** *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * * * **
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1 AAAA-ATAAAT-TTGTTTACAAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTTC
* * * *** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * ** *
554880 TTGTTTATCGAACTAATTTATATGATTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTT
187 ATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * * * ** ** *
554944 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCGTACAAGCTTATTCGGAGCAAATTAATA
251 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATAATA
* * ** * * *
555009 CTAATTTATTAACATTAGAAAAATTGAGAAGAATGAGATTT
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * * * *
555115 -AAAATCACTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGTTTATACAA
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* * * * *
555179 AAT-AAGTAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGAA-AAAT
125 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAA-AATAAAT
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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185 ATATGTTTACCT-AACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
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247 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAA
* * * **
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*** * * ** * * * * * * * *
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** ** * * * * *
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62 CAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCA-TACAAGCTAATTCG
* ** *
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124 AAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAAAAGAT-ATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * * * **
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186 TATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** *
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251 -AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATATAAGTTTATTCT-AAATAAAATA
*
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313 ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* **
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1 -AAAAATAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTAAACAATTAT-CTATTTC
* * * * * * * * *
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63 AAAAT-GTTATGACCTTTTGCTT-TGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTAATTCGA
* * * * ** *
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125 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * * * **
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187 ATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
* * * * * *
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251 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGTTTATTCT-AAATAAAATAA
* * * *
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314 TACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* ** * * * * * ** * *
556477 AAAAAGTGAATCCGTATACGTAATCATTTTAAATAATTATGGCTGCGTCAACAATTATTTATTTC
1 AAAAA-TAAATTTGTTTAC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACT-ATTAAACAATTATCTATTTC
* * * ** ** * * *
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63 AAAATGTTA-TGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTCAATTCATACAAGCTAATTCGA
* * * *
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125 -AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGAT-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** **
556667 TCTGTTTA-TTGAACCAATTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTGTATACATCAAATTGTTA
186 TATGTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
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250 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCT-AAATAAAATAA
* * *
556794 TACTAATATAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATT
314 TACTAATATATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * *
556837 AAAAATAAATTTGTTTGAC-AACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATAAACAATTATCGATTTCA
1 AAAAATAAATTTGTTT-ACAAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTTCA
* *
556901 AAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTAATTCGAAATA
64 AAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAAATA
* ** *
556966 AAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGATATTGGAAAAAATATTTTTGT
129 AAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-AAGATATT-TAAAAAATAAATATGT
*
557031 TTACCTAACCAATTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
191 TTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * *
557096 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATTTAAGTTTGTTCTAAATAAAGTAATACTAAT
256 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAAT
*
557161 CTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AA-AGATTT
321 ATATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * ** *
557193 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTC
1 -AAAAATAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTAAAC-AATTATCTATTTC
* * * * * ** *
557258 AAATTGTTCTGACTTTTTGTCCTAT-T-ATAAAACATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AA
63 AAAATGTTATGACCTTTTG--CTTTGTCATAAAACAATTTTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAA
* ** * *
557320 ATTAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAACAAGTAAAGAT-TTTAAAAAATAAAT
126 A-TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
557384 ATGTTTACCGAACTAGA-TTAAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAATAT
187 ATGTTTACCTAACCA-ATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** *
557448 GACCTTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTTGGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
251 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATAATA
* *
557513 CCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
316 CTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * * *
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1 AAAAATAAATTTGTTTAC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
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64 AAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-TTTTTCAATTCATACAAGC-TAATTCGAA
* * * *
557681 ATAAAATAATATAAATTGATTAATATTACAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
126 ATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA---A--T-AAA--A--A-GA-----T-A
* * * * * * *
557746 TGTGTCATAAAATAATTCTTTATGTTTA--T-A-CAAGTT---TAATT-TGAATAAAATAGCATA
173 T-T-T-AAAAAATAA----ATATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACT--ATTTGAAT-
* * * ***** * *
557803 AATTTATTAATATTTCAAAAC-TTAATAAGC--AAAAATT-T-AAAAAATAAATT-TATTTT-TT
228 AA-TTA-T-CTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGT-TTTTATT
* * * ** * * * *
557861 GA-A-CA---CATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATAGTT-ATGA
287 CATATAAGTTTATTCTAAATA-AAAT-AATA-CT-AATATATTA-ATATTTCAAA-AATTAAT-A
* ** **
557918 CCTTTTG-TTTTGT
345 --ATAAGAGATT-T
* ** * * * **
557931 CATAAACCAATTAT-TTCTATTCATACAAGTGTATTCGAAATAAAATAAT-ACTATT---TTATT
1 -AAAAATAAATT-TGTT-TA--CAAACCA--GT-TT--AAAT--AATTATGACTATTAAACAATT
* * * ** ****** * * *
557991 A-ATATTCCAAAAT-TAAT-AAGTAAAAAGTT-T-A-AAAATTAAATTTGTT-TA-CCA-AGCAA
54 ATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAA--CAATTT-TTCAATTCATA-CAA
* * * *** ** * * * ** ** *
558047 GTTCATATC-ATTATGACTGTTTGAACAA-TTATT--TATTTCAAATAGTTGTGATCTATTG-TT
115 GCTAAT-TCGA-AAT-A-AAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAA-A-AT-TAATAAAAAGATA
* * ** ** * * *
558107 TTGTCATAAAAT-AAT-T-TTT-TCTATTC-ATACAAGT--TTAT--TTAGTTT-AA-AATAATA
173 TT-T-AAAAAATAAATATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTA-TTTGAATAATTAT-
* * ** * * ** ** * * * *
558161 CTATTTC-ATTACTATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CCG
234 CTATTTCAAAT-C-ATTAT-AACCTT--TTGTTTTGTCA--TAAAACAAT---TGTTTTTATTC-
* ** * ** * * ** *
558224 A-ACAAGTTTA-AATAGATTTGACTATTTGAAC-AAT-TATT--TATTT-AAAGTTGTTATGACC
288 ATATAAGTTTATTCTA-AATAAAATA-AT--ACTAATATATTAATATTTCAAAAAT-TAAT-A--
* ** **
558282 TTTTG-TTTTGT
345 ATAAGAGATT-T
* * * * * * * * ** *
558293 CATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTA-TTCAAAATAA-AAT-AATACT--ACTTTTTT
1 -A-AAAATAA--ATTT--GTT--TACAAAC-CAGTT-TAAATAATTATGACTATTAAACAATTAT
* * * * **** * * * *
558353 AATATTTCAAAAAT-TAATAAGCAAGAG-ATT-T-A-AAAACTAAATAGTTATGACTATTCAAAC
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* ** * * * *
558413 AA-AT-A-TC-AAAGTAAAATCATTATGATCT-TT-GTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTAATC
113 AAGCTAATTCGAAA-TAAAAT-AAAATAATTTATTAATATT-TC----AA-AA--A--T-TAAT-
** * * * * * *
558472 ATATAAACTTATTCGGATAAAAAT-AATACTAATTTA-ATAA--TATTCCCAAAATTAA-TAAGA
164 A-A-AAAGATATT--TA-AAAAATAAATA-T-GTTTACCTAACCAATT---TAAA-TAATTATGA
* * * * * * * * * * *
558532 -GATTTAAAAAATTAATGTGTTTATTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
218 CTATTT---GAA-TAAT-TATCTATT---TCAAATC-ATTA--TAA-CCT-TTTG--T-TTTGTC
***
558596 -TATTTCAAATTGCTTTGACCTCTATTCATTCAATAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTATTTGG
267 ATAAAAC-AATTG-TTT----T-TATTCA-T--ATAA--GTTT--A-T--T-----C-TA-----
* * * * *
558660 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGGGATTT
304 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * * *
558713 GAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTACGACTTTTTAAACAATTATCTATTT
1 --AAAAATAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGAC-TATTAAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
558778 -AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTA-TCCA
62 CAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTAATTCGA
* * * * *
558841 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAGTTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAAT
125 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * *
558905 -TAGTTTATCAAATCAATTCCAATAATTATG-GTCAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
187 AT-GTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
558968 TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
250 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATAA
* *
559032 TACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAATAAGAGATTT
314 TACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * * *
559071 AAAAAATATATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTGAACAATTATCTATTTCA
1 -AAAAATAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTAAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
559136 AATTGTTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
64 AAATGTTATGACCTTTTGCTT-TGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAAA
* * * * * * **
559200 TTAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATCC
127 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * ** *
559264 GTTT-GCTGAACCAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
189 GTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * ** * * * * * *
559328 -CTGTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAAC
253 CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATAATAC
*
559392 TAAT-T-TTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTT
317 TAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* *
559430 AGAAAA-AAATTTTATTTACCAAACCAG---------TT-TGA--A-T----AATTATTTATTTC
1 A-AAAATAAA-TTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTAAACAATTATCTATTTC
* * * *** * * * ** *
559477 -AAATCGTTATTACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAA
63 AAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAA
* * * * * * * *
559541 AGAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTACAAAGTAAATC
126 ATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAAAAGATATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
559605 TGCTTATC-AAACAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATA
188 TGTTTACCTAACCAATTT-AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * *
559669 ACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACT-A-TTTCATTC-AGAATAAAGTAA
252 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-TAAGTTT-ATTCTA-AATAAAATAA
* * * ** * * *
559731 TTCTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATTA
314 TACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAG-AGATTT
**** * * * * * * *
559775 AAAAATAAATCAAATTACCAAACCAATTCAATTAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTTCA
* * * * * ** * * ** * * *
559840 AACTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTTTCGTACAAACTTTTTTTGGAT
64 AAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGC-TAATTCGAAA
* * * * * * *
559904 TTAAATAATACTAATTCAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TG
127 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAATATG
* * * * ** * * * * *
559968 TTTTATCGAA-TAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGA
190 -TTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * ** * * * * *
560032 CCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACT
253 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACT
* * *
560097 AATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAACAAAATGAGATTT
318 AATATATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A-ATAA-GAGATTT
* * * * * * * * * *
560138 AAAAAAATAAATCTATTTACTTAACAAATTCAAATAGTTATTACTATATAAGCAATTGTCTATTT
1 --AAAAATAAATTTGTTTAC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTT
* * * * * * **** *
560203 -AAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-AGTAGAAGCTTGGACA
62 CAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCA-TACAAGCTAATTCG
* * *** * *
560266 AAATAAAATAACAGTAACTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAATAAAT
124 AAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * * *
560329 CTATTTATTTAACCAGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGGATGATTATCTATTTGAAAT--GTAT
187 ATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
560391 AAGC--TT-TTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTA-TCATA-AA--TT-TTC-AAATATAAAT-AT
251 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATA-AAATAAT
* * * *
560446 A-TTAT-TATTAATATTTGAAAAATTAATAATTAATATTATTT
315 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGA-GATTT
* * * ** ** ** *
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1 A---AAAATAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTAAACAATTATCTATTT
* ** * * * *
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** * * * * *
560600 -AGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
123 GAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * ** * * * *
560664 TGTGCTTGCGGAACCAGTTCAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCATTCT
186 TATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * *
560729 GATATTTTGTTTAGT-A-AAAAAAATAT-TTAGTTTCATATCTTACAAGTTTTATT-TAGAATAA
251 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT--TTT-AT-TCATATAAG-TTTATTCTA-AATAA
* * * ** * *
560790 AATAA-ACCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
309 AATAATA-CTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * * * *
560838 GAAAAAATAAATCTT-TTTACCAGACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATT
1 --AAAAATAAAT-TTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATT
* * ** * * *
560902 T-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC-ATATCC
61 TCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTA-ATTC
* * * * *
560965 AAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGT-TTAAAAAAATAA
123 GAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGA-TATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
561029 ATTTGTTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATCTTTTTAAAATTATT
185 ATATGTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * ** *
561093 ATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTTGCTTTAATTTATACAACCTTATT-TGAAATCAAATA
249 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCT-AAATAAAATA
* * * *
561157 ATACTAATTTATTAATACTCCAAAAA-T--TAATAAGTGATTT
313 ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * * * * * *
561197 AAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAGCTCAAATAATTATCACCATTTCAATAATTATCTATTTC
1 AAAAA-TAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTC
* * * * ** * *
561262 AAATTGTTGTTACCTTTTG-TTTAGTCATATAACAATTGTTT-AATATTGTACAAGCTTATTCGG
63 AAAATGTTATGACCTTTTGCTTT-GTCATAAAACAATT-TTTCAAT-TCATACAAGCTAATTCGA
* * * * * * *
561325 AAT-AAATAATACTAATTTCTT-ATCTTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AGAAA-AAATC
125 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-AAGATATTTAAAAAATAAATA
* * ** * * * * * *
561386 TGTTTATCGAACCTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATT
188 TGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC----A-T
* * * * * * * * * *
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248 T-----AT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAAT
* *
561516 AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
307 AAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * ** *
561566 AAAAATTAAATTTACTTGT-CAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTT
1 AAAAA-TAAATTT-GTT-TACAAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
561630 CAAATTATTATGACATTGTGTTTTGTCTTAAAACAATTTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCG
62 CAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA---TTTTTCAATTCATACAAGCTAATTCG
* * *
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124 AAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAAT
* * **
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* * * * *
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251 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTA-AATAAAATAAT
* *
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315 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * *
561925 AAAAAATAAATCAT-TTTATCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAAT-TATT
1 -AAAAATAAAT-TTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATT-ATCTATT
* * * * * *
561988 TGAAATCAT-TT-TGACTCTTTAT--TCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
61 TCAAA--ATGTTATGAC-CTTT-TGCTTTGTCATAAAACAAT-TTTTCAATTCATACAAGCTAAT
* * * * ** * * *
562049 TCGGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAAGGTAAGA-ATTTTAAAAAT
121 TCGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAAT
* * * * * * *
562113 AAATATATTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATGG
183 AAATATGTTTACCTAACCA-ATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA---
* * **
562177 TCATGATTATTTGACTAATTATCCATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
244 TC------A-TT-A-T-A--A-CC-TTT----T-GTTTTG----TCA---------TAAAACAAT
* * * * * * *
562242 TG-TTTCAGTTAACATAAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
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* * **
562305 GAATGAGTAAGAGAACT
340 TAAT-AATAAGAGATTT
* ** * * *
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1 A-AAAA-TAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAA-TTATGACTAT-TAAACAATTATCTATT
** * * * *** * * *
562386 TCAAAAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGATTCTGCTCATCCAAGCTTATTTTG
61 TCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGC-TAATTCG
* * * * * *
562451 -AATAAAATAATATAAATAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCAAA-A-ATTTGAAAAATAAAT
124 AAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAATAAAT
* ** * * **
562513 TTGTTT-TTTGAA-CACGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
187 ATGTTTACCT-AACCA-ATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
562576 TGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAA-AC
250 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTA-AATAAAATA-
* * * *
562639 ATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTT
313 ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * * * * * * *
562683 AAAAAATAAGTCCT-TTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATATTTATTTATTT
1 -AAAAATAAAT-TTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
562747 CAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AATGCTTATTTGG
62 CAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAA-GCTAATTCGA
* * * * ** * *
562811 AATAAAATAATATTAATTTGTTAATA-TTCTAAAAGTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATT
125 AATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * ** *
562875 TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGACCT-ATCATCTATTTTGAATCATTAC
188 TGTTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * **
562938 GACATTTTG-TTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTAT
251 AACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-TT-G--T--TT-TTATTCATATAAGTTTAT
* * * *
563002 T-TAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTCCAAAAA-T--TAATAAG-GATTT
300 TCTA-AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * * * * *
563054 AAAAAATTAATGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAATTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTC
1 -AAAAATAAATTTGTTTAC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTA-AACAATTATCTATTTC
* * * *
563119 -AAATCGTT-TCGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATGCATGCTTACTT-
63 AAAAT-GTTAT-GACCTTTTGCTTT-GTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGC-TAATTC
* * * *
563180 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAA-AAATTAAAAAAATA
123 GAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAATA
* * * * * **
563243 AATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
184 AATATGTTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
563307 TATGACC-----TTTT-T--T------A---TTTTTA-TCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATA
248 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATA
* * * * * *
563353 ATATTACT-TATTAATATTTTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTT
313 ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
** * * * * * * * *
563396 GAAAAATAAATTAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATGTC
1 -AAAAATAAATTTGTTTA-CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTC
* * * * *
563461 -AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGTCT-ATTT
63 AAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA---TTTTTCAATTCATACAAG-CTAATTC
*** * * * * * * *
563522 GGTGTAAAATAATACTAAGTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAA
123 GAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
563587 TCTGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAGTTATATATTTCAAATTATTA
186 TATGTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * *
563651 TAACCTCTTGTTATGTTATAAAATAAGTATTTTTGTTCAAATAAGTTTATTC-AAA-AAAACAAA
250 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAA-TAA
** * *
563714 TACTAACGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTT
314 TACTAATATATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * * * * * * *
563757 AAAAAAGAAATGTATTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTT
1 -AAAAATAAATTTGTTTAC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * * *
563822 AAACCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAGTTTTTCAATTCTTAGTAA-CTTATTCAAA
63 AAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-TTTTTCAATTCATA-CAAGCTAATTCGAA
* * * * * *
563886 ATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTTT
126 ATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAATAAATAT
** * * * * * * *
563951 GTTTGTC-AGACCAATTCAAAT-ATTATGATTATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATTA
189 GTTTACCTA-ACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * *
564014 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTATT-TGGAATAAAACAATAT
253 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCT-AAATAAAATAATAC
* ** * *
564078 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAATAGATTT
317 TAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * * * * *
564118 AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTC
1 -AAAAATAAATTTGTTTAC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
564183 AAATCATG--ATGATCATTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTTCTATTCAT-CTAGTCTTATTCG
63 AAA--ATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAG-CTAATTCG
** ** ** * * * *
564245 GGATAATGTAATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAGTAAGTAACGA-ATTTAAAAAATGA
124 AAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAATAA
* ** * * ** * * * *
564308 ATTTGTTGGCTTGACCAATGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
185 ATATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * * *
564373 TGACCTTTGGTTTTATTACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAA
250 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCT-AAATAAAATAA
* * *
564437 TTCTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
314 TACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * ** * * * * *
564479 AAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATATC
1 AAAAA-TAAATTTGTTTAC-AAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTC
* * * * * * **
564544 AAATTGCTT-TAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAA
63 AAAATG-TTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-TTTTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAA
* * * *
564608 ATAAAATAATATAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-A-TTAAAAAA-AAA-G
126 ATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAATAAATA
* * * *
564668 T-TTTA--TGATCACATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
188 TGTTTACCTAACCA-ATTTAAATAATTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCA-TTA
* * * * * **
564728 TAACCTTTTGTTTTTTCATAAACCCATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATT-TGAAATAAAATAA
250 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCT-AAATAAAATAA
* * * * * * *
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314 TACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
** ** * * * * ** * *
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1 -AAAAATAAATTTGTTTACAAACCAGT-TTAAATAATTATGACT-ATTAAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * * *
564899 TAAATAGTTATGATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAAGTTTATTAGGA
63 AAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAA
** ** * * * * *
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126 ATA-AAATAAAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AAAAGATATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * **
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* * * ** ** **
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* * * * *
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313 ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * *
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1 AAAAA-TAAATTTGTTTA--CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTT
* * * * ** *
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62 CAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * *
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307 AAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAA-AATTAATAA-TAAGA-GATTT
* ** * * * * *
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*** *
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* * * *
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* * ** * * *
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185 ATATGTTTACCT-AACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
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248 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAAT
* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * *
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126 ATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAAGATATTTAAAAAATAAAT
566811 TTATTTTTTG
Statistics
Matches: 10196, Mismatches: 2381, Indels: 2003
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422 9 0.00
423 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAAAATAAATTTGTTTACAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTAAACAATTATCTATTTCAAA
ATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTCAATTCATACAAGCTAATTCGAAATAAA
ATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
TAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATATATT
AATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
Found at i:557915 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 557868--557915 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
557858 TTTGAACACA
557868 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTAT
* *
557887 TT-GAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
557903 TTCAAATAGTTAT
1 TTCAAATAGTTAT
557916 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 4
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
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17 8 0.33
18 8 0.33
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAGTTATACTAT
Found at i:558005 original size:288 final size:287
Alignment explanation
Indices: 557425--558002 Score: 697
Period size: 288 Copynumber: 2.0 Consensus size: 287
557415 TTGTTTGAAT
* * * *
557425 AATTATCTATTTCAAATCAATATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTTGGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCAATATGACCTTTTCTTGTGTCATAAAAGAATTCTTTTGGTTCATACA
** *
557490 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
66 AGTTTATTCGAAATAAAATAATA-CAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTA
* * *
557555 AAAAAAAAATTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAA
130 AAAAAAAAATTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* *
557620 ATCACTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTCCATCCATACAAGCTTATTTCGATAA
195 ATCACTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCCATCCATACAAGCTTATTTCGATAA
557685 AATAATATAAATTGATTAATATTACAAA
260 AATAATATAAATTGATTAATATTACAAA
* * * *
557713 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTCTTTAT-GTTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCAATATGACCTTTTCTTGTGTCATAAAAGAATTCTTT-TGGTTCATAC
* *
557777 AAGTTTAATTTG-AATAAAATAGCATA-AATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAA-AAAT
65 AAGTTT-ATTCGAAATAAAATA--ATACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAT
* ** * *
557839 TTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
127 TTAAAAAA-AAAATTATTTACTGAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
557903 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAG-TGTA-T
190 TTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCCATCCATACAAGCT-TATT
* * *
557965 TCGAAATAAAATAATACT-ATTTTATTAATATTCCAAA
253 TCG--ATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAA
558002 A
1 A
558003 TTAATAAGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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290 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (287 bp):
AATTATCTATTTCAAATCAATATGACCTTTTCTTGTGTCATAAAAGAATTCTTTTGGTTCATACA
AGTTTATTCGAAATAAAATAATACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAA
AAAAAAAATTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCACTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCCATCCATACAAGCTTATTTCGATAAA
ATAATATAAATTGATTAATATTACAAA
Found at i:561388 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 560891--561929 Score: 406
Period size: 177 Copynumber: 5.7 Consensus size: 175
560881 TTATTTGAAC
* * * * *
560891 AATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-ACATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGCTTT-AATTTATA
* * * * * * * * * **
560954 AAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGTTT
64 CAACCTTATTCGAAATCAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAG--AGA-TTT
* * ** ** * *
561019 AAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAATTCAAATAGTTA-CGACTATTTAAAT
126 --AAAAA-GAATCTGTTTACCAAATC-AGCTCAAATAATTATC-ACCATTTAAAT
* * * *
561072 AATTATCTTTTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTTGCTTTAATTTATACA
1 AATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTAATTTATACA
* * *
561137 ACCTTATTTGAAATCAAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAA
66 ACCTTATTCGAAATCAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
*
561202 GTGAATCTGTTTACCAAATCAGCTCAAATAATTATCACCATTTCAAT
131 --GAATCTGTTTACCAAATCAGCTCAAATAATTATCACCATTTAAAT
* * * * * *
561249 AATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTG-TTTAATATTGTAC
1 AATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTAAT-TTATAC
* * * *
561313 AAGCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTCTT-AT-CTTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATT
65 AACCTTATTCGAAATCAAATAATACTAATTTATTAATAC-TCAAAAAA-T--T-AATAAGAGATT
* * * * * * * * * *
561375 TAGAAAA-AATCTGTTTATCGAACCTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAG
125 TA-AAAAGAATCTGTTTACCAAATCAGCTCAAATAATTATCACCATTTAAAT
* * * * * * *
561426 AATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTCT-GTTATAAAATAATT-AT
1 AATTATCTA-TT-TAA--AATTA-TT-----AT-GACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGCT
** * * * * * *
561489 TT-ATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAT
54 TTAAT-TT-ATACAACCTTATTCGAAATCAAATAATACTAATTTATTAATA-CTCAAAAA--ATT
* * ** ** * * ** ** * *
561553 AACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTACTTGTCAAA-CTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAA
114 AA-TAAGAGATTTAAAAA--GAATCTGTTTACCAAATC-AGCTCAAATAATTATCACCATTTAAA
*
561617 C
175 T
* * * * * ** *
561618 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTGTGTTTTGTCTTAAAACAATTTTTTTTCAATTCATA
1 AATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-TTGCTTT-AATTTATA
* * * * *
561683 CTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAA
64 CAACCTTATTCGAAATCAAATAATACT-AATTTATTAATA-CTCAAAAAATTAATAAG--AG--A
* * * * * * * *
561746 TTTAAAAATAATTATGTTTACCTAA-CTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAAT
123 TTTAAAAAGAA-TCTGTTTACCAAATC-AGCTCAAATAATTATCACCATTTAAAT
* * * * * ** * *
561800 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATATA
1 AATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTAATTTATACA
** * * * *
561865 AGTTTGTTC-AGAA-CAAAATAATACAAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAA
66 ACCTTATTCGA-AATC-AAATAATACTAATTTATTAATA-CTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAA
561927 AAA
128 AAA
561930 ATAAATCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 8 0.01
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193 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
AATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTAATTTATACA
ACCTTATTCGAAATCAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
GAATCTGTTTACCAAATCAGCTCAAATAATTATCACCATTTAAAT
Found at i:561702 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 561494--562174 Score: 490
Period size: 177 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
561484 ATTATTTATG
*
561494 TTCATAC-ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
1 TTCATACTA-GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTA
* ** **
561558 AGAGATTTAAAAATTAAATT-TACTTGTCAAACTAGTTC-AATTTGTTAAGACTATATAAACAAT
64 AGAAATTTAAAAA-T-AATTATACTTACCAAACTAGTTCTAA-TAATTAAGACTATATAAACAAT
* * *
561621 TATCTATTTCAAATTATTATGACATTGTGTTTTGTCTTAAAACAATTTTTTTTCAA
126 TATCTATTTCAAATTATTATGACATTGTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTT--A
* * *
561677 TTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACTAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTA
** * * * * *
561741 AGAAATTTAAAAATAATTATGTTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT
64 AGAAATTTAAAAATAATTATACTTACCAAACTAGTTCTAATAATTAAGACTATATAAACAATTAT
* * * *
561806 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTG
129 CTATTTCAAATTATTATGACATTGTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTA
* * * *
561857 TTCATA-TAAGTTTGTTCAGAACAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TA
1 TTCATACT-AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTA
* * * * * * * * * * *
561917 AGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTATCAAACCAATT-TAAATAGTTATGACTATTTGAGCAAT
64 AGAAATTT-AAAAAT-AATTATACTTACCAAACTAGTTCT-AATAATTAAGACTATATAAACAAT
* * * * * * * *
561980 TAAT-TATTTGAAATCATTTTGAC-TCTTTATTCTGTTATAAAACAA-TAGTTTCTA
126 T-ATCTATTTCAAATTATTATGACAT-TGTGTTTTGTCATAAAACAACT-GTTTTTA
* * * * * ** * *
562034 TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAAGGTA
1 TTCATACTAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTA
* * * * * * * * * * *
562099 AGAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
64 AGAAATTTAAAAATAATTATACTTACCAAACTAGTTCTAATAATTAAGACTATATAAACAATTAT
*
562164 CTAGTTCAAAT
129 CTATTTCAAAT
562175 GGTCATGATT
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 74, Indels: 48
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 12 0.03
177 119 0.30
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179 3 0.01
180 51 0.13
181 52 0.13
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183 68 0.17
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCATACTAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
AAATTTAAAAATAATTATACTTACCAAACTAGTTCTAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCT
ATTTCAAATTATTATGACATTGTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTA
Found at i:561811 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 561779--561811 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
561769 AACTAGTTCT
561779 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
561797 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
561812 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:562173 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 562129--562210 Score: 110
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
562119 ATTTACCAAA
*
562129 CTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
1 CTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
* * *
562164 CTAGTTCAAATGGTCATGATTATTTGACTAATTAT
1 CTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
* *
562199 CCATTTCAAATA
1 CTAGTTCAAATA
562211 ATTATGACCT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 7, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 40 1.00
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Consensus pattern (35 bp):
CTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
Found at i:562740 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 562710--562760 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
562700 ACCAAGCAAG
*
562710 TTCAAATAGTTATGATTAT
1 TTCAAATATTTATGATTAT
562729 TT-AAATATTTAT--TTAT
1 TTCAAATATTTATGATTAT
562745 TTCAAAT-TGTTATGAT
1 TTCAAATAT-TTATGAT
562761 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 8
0.75 0.03 0.22
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.26
17 8 0.30
18 9 0.33
19 3 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.08, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATATTTATGATTAT
Found at i:562895 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 559464--566812 Score: 4314
Period size: 361 Copynumber: 20.4 Consensus size: 360
559454 CAGTTTGAAT
* * * * * * * *
559464 AATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
559529 AGTTTGTTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAAATTAAT-AAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
559592 TACAAAGTAAATCTGCTTA-TCAAACAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ** * *
559656 TTAAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTA-TTTCATTCA
192 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCA
* * * ** * * *
559720 GAATAAAGTAATTCTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAA-AATTAAAAAATAAA
256 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA
**** * * * * *
559784 TCAAATTACCAAACCAA-TTCAATTAGTTAAGACTATATGAAC
320 TTTGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * *
559826 GATTATCTATTTCAAA-CTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTTTCGTAC
1 AATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * * *
559889 AAACTTTTTTTGGATTTAAATAATACTAATTCAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
65 AAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
559954 TAAAAAATAAA-TTGTTTTA-TCGAATAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
128 TAAAAAATAAATTTG-TTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
560017 TTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTCA
191 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * **
560082 AAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAACAAAATGAGATTTAAAAAAAT
256 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA--AGATTT-AAAAAAT
* * * * * * *
560146 AAATCTATTTACTTAACAAATTCAAATAGTTATTACTATATAAGC
317 AAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * *
560191 AATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTT-AGTA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TA
* ***** * * * * * *
560254 GAAGCTTGGACAAAATAAAATAACAGTAACTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGA-AAT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * * **
560318 T-AAAAATAAATCTATTTATTTAACCAGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGGATGATTATCTATT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
560381 TGAAAT--GTATAAGC--TT-TTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTA-TCATA-AA--TT-TTCA-
192 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * ** *
560435 AATATAAAT-ATA-TTA-TTATTAATATTTGAAAAATTAATAATTAATATTATTTATTTAAAATA
257 AATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTA--AAAAATA
*
560497 AATTTG-TTATCG---AAGTTC-AATAGTTAT-A-T-TTT-GAC
318 AATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
** ** * ** * ** * *
560532 AAACA-AAATCTCAAATCATT-T-AAATATAATTGTTGTCAT-AAACAATTATTT-GA-TCATA-
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * *
560590 GAGCTTA-TTCAGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * ** * * *
560654 AAAAAATAAATGTGCTTGCGGAACCAGTTCAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATCTATTTC
129 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * * *
560719 AGATCATTCTGATATTTTGTTTAGT-AAAAAAAATATTTAGTTTC-ATATCTTACAAGTTTTATT
194 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-A-TTA-TTTCTAT-TCATACAAG-CTTATT
* * * ** *
560782 TAGAATAAAATAA-ACCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAT
254 CAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT
* * * * *
560846 AAATCTT-TTTACCAGACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAAC
317 AAAT-TTGTTTACGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * ** *
560891 AATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* *** * * * *
560955 AAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
561019 AAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATCTTTTT
129 -AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
561084 AAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTTGCTTT-AATTTATACAACCTTATT-TG
193 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
561147 AAATCAAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT
257 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
561208 CTGTTTACCAA-ATCAGCTCAAATAATTATCACCATTTCAAT
321 TTGTTTACGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
** * * * * * *
561249 AATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTAATATT-GTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATAC
* * * * *
561313 AAGCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTCTT-ATCTT-TAAAAAATTAATAAATAAGAGATT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * * *
561375 T-AGAAA-AAATCTGTTTA-TCGAACCTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
561437 TCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATACA
192 TCAAATC----A-TT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
* * * * * *
561502 TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
246 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * *
561567 AAAATTAAATTTACTTGT-CAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAAC
311 AAAAATAAATTT-GTT-TACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * * *
561618 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTGTGTTTTGTCTTAAAACAATTTTTTTTCAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATA
* * * * *
561683 CTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
561747 TT-AAAAAT-AATTATGTTTACCT-AACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA
127 TTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * * *
561809 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC
190 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
561874 AGAACAAAATAATACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAA
255 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
561935 TCAT-TTTATCAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAGC
320 T-TTGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * * *
561977 AATTAAT-TATTTGAAATCATTTTGA-CTCTTTATTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATA
1 AATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * *
562040 CAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAAGGTAAGA-AT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAA-GTAAGAGAT
* * * ** * * * * *
562104 TTTAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAGT
127 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
*** ** *
562169 TCAAATGGTCATGATTATTTGA-CTAATTATCCATT-TCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTA
192 TCAAA---TC---ATTA--TGACCT--TT-TGTTTTGTC--ATAA--A--A-C---AATTAT-T-
* *
562232 ATAAAACAATTGTTTCAGTTAACATAAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
234 -T----C---T-ATTCA--T-AC--AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * * * *
562296 TCCAAAAATGAATGAGTAAGAGAACTAGAAAATTGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAAAAGTT
284 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTT
* *
562361 ATAACTATCTAAAC
347 ATGACTATTTAAAC
** * * ** *
562375 AATTATCTATTTCAAAAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGATTCTGCTCATCCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
562440 AGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATAATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGCAA-AAATTT
66 AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * *
562502 GAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
129 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
562567 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA
194 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * *
562632 TAAAA-ACATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAGTCC
259 TAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T
* * *
562696 T-TTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAAT
322 TGTTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * ** *
562735 ATTTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-A
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
562799 ATGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTCTAAAAGTAATAAGTTAGAGATTTA
66 A-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * **
562864 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGACCTATCATCTATTTTG
130 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
562929 AATCATTACGACATTTTG-TTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGTATTCATA
195 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-TT---AT--TT-CTATTCATA
** * * * *
562993 CAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAG-----GATT
244 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * *
563053 TAAAAAATTAATGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAATTAAGCCTA-TGAGAAC
309 TAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AAC
* * * * *
563106 AATTATCTATTTCAAATCGTT-TCGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
563170 ATGCTTACTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAAAAATT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * **
563234 AAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * *
563299 CAAATTGTTATGACC-----TTTT-T--T------A-T-TTT-TA-TCATA-AAGCTTATCCAAA
193 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * * * * *
563345 ATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTGAAAAATAAATTA
258 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
563409 ATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAAT
323 GTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * *
563448 AATTATCTATGTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
*** * * * *
563512 AAG-TCTATTTGGTGTAAAATAATACTAAGTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATG
65 AAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
563576 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAGTTATATATTT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * * * * *
563641 CAAATTATTATAACCTCTTGTTATGTTATAAAATAAGTATTTTTGTTCAAATAAGTTTATTCA-A
193 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* ** * * * * *
563705 A-AAAACAAATACTAACGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAGAAAT
258 ATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
563768 GTATTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAAC
321 TTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * * * * *
563809 AATTCTTTATTTTAAACCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAGTT-TTTCAATTCTTAG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATA-
* ** * * * *
563873 TAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
563937 TAAAAAATAACTTTGTTTGTCAGACCAA-TTCAAATA-TTATGATTATTTAAACAATTATCTTTT
128 TAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * * **
564000 TCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTG
192 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** * * *
564064 GAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAATAGATTTAAAAAATAAAT
256 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
564129 TTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAAC
321 TTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * * * * * *
564170 CATTATTTACTTCAAATCATGATGATCATTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTTCTATTCAT-CT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* ** ** * * *
564234 AGTCTTATTCGGGATAATGTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAGTAAGTAACGA-ATT
66 AG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAA-GAGATT
* ** * * *
564298 TAAAAAATGAATTTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
564362 TCAAATCGTTATGACCTTTGGTTTTATTACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTA-TCTA
192 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-A
* * * *
564426 AAATAAAATAATTCTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAGTGAA
256 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA
* * *
564489 TTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC
320 TTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * *
564531 AATTATCTATATCAAATTGC-TT-TAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAA-T-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * *
564594 CAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AA
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
564656 TTAAAAAA-AAA-GT-TTTA-TGATCACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
127 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
564716 TTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAACCCATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATT-
191 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
564779 TGAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTCCAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
255 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
** * **
564844 ATTTGTTTACCGAGTAA-TCTCAAATAGTTATGACTGTTTGGAC
319 ATTTGTTTA-CGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * * * *
564887 AATTGTTTATTTTAAAT-AGTTATGATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCTTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * *
564951 AAGTTTATTAGGAATAGAAA-AAAACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATT
65 AAGCTTATTTGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * * *
565015 TAAGAAAGAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAAAAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * ** * **
565080 GAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTGTGCAAAATTATTCAG
193 CAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
565145 AATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--CAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATT
257 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
565206 TGTTTATGGAA-ACAGTTTAAACAATTATGACTATTTAAAC
322 TGTTTA-CGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* ** * * *
565246 AATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
565310 AGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAATATTAATAAGTAAGAGATTT
66 AGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
565374 AAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACGAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTT
129 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
565438 CAATTCCTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
193 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * *
565502 AATAAAAAAAATAGTAATTTATTAACATTT-AAAACATTAATGAGCAAGAGA-CT-AAAAA-AAA
257 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
565563 -TTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA-TATTTAACTATTTAAAC
320 TTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTAAAC
*
565604 AATTATCTATTT--AA--A--ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-TCTTC-AGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTA-TTCATA
* * ** * * * * *
565660 AAAACTTATTCAAAATAAAATAATACCACTTTACTAATATT-TAAAAAATTAATAAGCAAGTGAT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** * * ** * * *
565724 TTAAAAACTAAAGTTATTTTTTGAACCAGTTTAAATAGTTATTTCTATTTGCACAGA-AATCAAT
127 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT
* * * * * * *
565788 CTAAAAT-AGTTATGATCC--TTATTTTCTCATAAAATAATTATTT-TTTATCAGACAAGCTT-T
191 TTCAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTAT
*** * * * * *
565848 TTTTAAT-AAA-AATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATCAG----AGATTT-TAAAA-A
253 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
565905 AATATGTTTGTCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACT-TCTAGAAT
318 AATTTGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AAC
* * * * * * *
565949 AATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTAGTTTAGTCATATAATAATTGCTTTGATTTTATTT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---T--TTCTATTC
* ** * ** *
566014 GTACAAGCTTATTCAAAAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAAGA
61 ATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
566079 TA-CTATAAAACTAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGGTATGACTATTTGAACAATTAC
124 GATTTA-AAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** *
566142 CTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA
187 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
566207 TTTCA-ATTAAAATAATTC-AATTTATTAATA-TTCAAACAATTAAAAAGTAAAGGATTTAAAAA
252 -TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* *
566269 ATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
315 ATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * * *
566316 AATTATTTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
566381 AGCTTA-TTCAGATTAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
566444 TAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAAG-CATAATTATTTGAATACTTATCTATTT
129 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
566508 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATAT-TAGCTCATATAGGCTTATTCAA
193 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
566572 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTGT-AAAAA-T--T-AGTAATACATTTAAAAAATGAAT
257 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
566632 CTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
321 TTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * **
566673 AATTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * *
566737 AGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA-AAATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
*
566800 AGAAAATAAATTT
129 AAAAAATAAATTT
566813 ATTTTTTGAA
Statistics
Matches: 5388, Mismatches: 1210, Indels: 784
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
333 2 0.00
334 37 0.01
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336 53 0.01
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340 22 0.00
341 10 0.00
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378 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
TACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
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563317 TTTATTTTTA
* * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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**** * * * *
563514 G-TCTATTTGGTGTAAAATAATACT-AAGTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATGT
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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311 CAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
* ** * ** * * * *
563704 AA-AAAACAAATACTAACGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAGAAAT
375 AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * * * * * * *
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438 TTGTTTAC-CGAGCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * **
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502 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTGT
* * * * *
563867 TCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAA
1 TCATA-CAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
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64 GAGATTTAAAAAATAA-TCTATTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** * * *
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** * * ** * *
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* * * * * *
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254 A-AAA-TTGTTTA-TGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * **
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316 -AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTC-AAAT
** * * * * * *
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378 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTA-TAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * * *
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* * *
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505 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGT
* *
564409 TCGTACAAGCTTATCTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
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* *
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* * * *
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193 TTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAAAAA
* * * *
564667 GT-TTTATGATCACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATA
258 TTGTTTATGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
564730 ACCTTTTGTTTTTTCATAAACCCATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATAT
323 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* *
564795 TAGTTTATTAATATTCCAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTA
388 TAATTTATTAATATTCCAAAA-TTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGCA
* * * * * * *
564860 ATCTCAAATAGTTATGACTGTTTGGACAATTGTTTATTTTAAAT-AGTTATGATCATTTGTTTTA
452 AT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTA
*
564924 TCATAAAACAATTGTTTCTAT
515 TCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * * * ** * *
564945 TCTTACAAGTTTATTAGGAATAGAAA-AAAACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAG
1 TCATACAAGCTTATTA-AAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
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64 GAGATTTAA-AAA-ATAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * **
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** * * *
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190 TTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAA
* * * * * *
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254 --AAAATTGTTTAT-GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 TCATACAAGCTTATT-AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTA
* * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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191 TATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA--AATTTAAAA
* * * * ** * * * * *
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253 A--AAAATT-GTTTATGAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAA
* * * * * * **
565793 ATAGTTATGATCC--TTATTTTCTCATAAAATAATTATTT-TTTATCAGACAAGCTT-TTTTTAA
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* * * * * * *
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377 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
** * * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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1 TCA----TACAAGCTTATT--AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
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* *** * **
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122 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACA
* * *
566201 AGCTTATTTCAATTAAAATAAT-TCAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAAAAAGTAAAGGATTT
187 AGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAA--ATTT
* *
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249 AAAAAA-AAA-TTGTTTAT-GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
566328 TAAATCA-TTTTGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCA
311 CAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
* ** * *
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375 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-AATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
566554 TCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTGT-AAAAA-T--T-AGTAA
1 TCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
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64 GAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * **
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128 CTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
566743 TTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAATTTAGAAAATA
193 TTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAATTTA-AAAA-A
* * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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*
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** *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * **
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** *
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* * ***
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* * *
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128 ---A-AGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATAATTATAATTCTTTAT
* **
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189 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATT-AGAAACAAAATAATACTAATTTA
* * *
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* * *
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*
567551 TTTTGACCTTTTGTTT
1 TTATGACCTTTTGTTT
567567 AGTTAACACT
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 48, Indels: 28
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Matches are distributed among these distances:
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGAATATTCAAAATAAAGT
AATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAG
TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATAATTATAATTCTTTATTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
CAAAAATTAAAAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTGACCAAATAAGTTCAAATAGTTATA
GACTTTAGAACAATTATCTAATTCAAATCG
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567503 CTAGTTCAAA
* * * * *
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* *
567566 TAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTT
1 TAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTAATTCAAATTATTCTGACCTTTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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567653 CTTATTTGGC
* * *
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1 AAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * ** * * * * * * * *
567727 CTATTTTCAGAAAAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
60 CAATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTATA
*** *
567792 ATAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAA
125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCACATAAAAGCTTATCCAAAA
* * *
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* * * * * *
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* * *
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131 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGC-ACATAAAAGCTTATCCAAAA
* * * * ***
568023 ATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTT
1 AAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTT
* * * * * * ** * *
568088 ACTGAACCATTTTAAATAGTTATGACTATTTTAATATTTATTTTATTTCAAATTGTTATAACTTT
66 ACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATA-TTTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* *
568153 TTGTTCTATCATAAAACAATTGT
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
568176 GTTGGCCTTG
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AAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTT
ACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCACATAAAAGCTTATCCAAAA
Found at i:572008 original size:715 final size:709
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* *
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* * * *
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65 CATAAAA-AAATGTTTTGTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATATATTAATATT-
*** * * * * * * * *
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128 TTGAAATT-A-A-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
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190 ACTATTT-AATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTAATAAAACAATTGTTT
* * * * *
570901 TTGATCATACCAA-CTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
253 TTGTTCATA-AAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * *
570965 GTAAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAGCAAT
316 GTAAAAAATTTAAAAAATAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAGTCA-GACTATTTAAGCAAT
* * ** * * **
571030 TGTATCTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCGTAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGC
380 TATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* *
571095 TTCTTTAAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATGTTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
445 TTCTTTAAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
** * ***
571160 AATAATTTTTTTTACTAAACCAATTCAAATTGTTAAGACTATATGAACAATGATCTATTTCAAAT
510 AATAATAGTTTTTA-TAAACAAATTCAAATAACTAAGACTATATGAACAATGATCTATTTCAAAT
** * ** ** ** * *
571225 TGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAAATTATATTAGCTTATTCAAAATAAA
574 TACTATAACCTTAAGTTTCATCATAAAACAATTTTTTCAAATTATACAAGCATATTCAAAAGAAA
*** ** ** *
571290 ATAAAATGGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTA
639 ATAAAACAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
*
571354 ACTAACC
704 ACGAA-C
* * ** *
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1 AATTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* *
571425 CATAAAAAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATCTATTAATATT
65 CATAAAAAAATG-TTTTGTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATATATTAATATT
* *
571490 TTGAAATCTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
128 TTGAAAT-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** ** * *
571554 TATTTAAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAATTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTTT
192 TATTTAA-TAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTAATAAAACAATTGTTTTT
* ** *
571619 GTTCATAAAAGCTTTTTCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
255 GTTCATAAAAGCTTTTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *** *
571684 AAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAGTGAACTAAATCAAATAGTCA-ACTATTTGAA-TAATTA
319 AAAAATTTAAAAAAT-AATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAGTCAGACTATTT-AAGCAATTA
* * * *
571747 TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATAAGCTT
382 TATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT
* * ** * *
571811 TTTTGAAATAAAATAATACCG-AAGT-TCAA-AATATTATGAAATTTAATAATTAAGAGATTTAA
447 CTTTAAAATAAAATAATA--GTAA-TCT-AATAATATTACAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
571873 AAAATGAATCAGTTTTT-TGAACAAATTTAAATAACTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTGA
508 AAAAT-AAT-AGTTTTTATAAACAAATTCAAATAACTAAGACTATATGAACAATGATCTATTTCA
** *
571937 AATTACTATAACCTTAAGTTTCATCATAAAATGATTTTTTC-TATTCATACAAGCATATTTC-AA
571 AATTACTATAACCTTAAGTTTCATCATAAAACAATTTTTTCAAATT-ATACAAGCATA-TTCAAA
* * * * *
572000 AGAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATATATAT
634 AGAAAATAAAACAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
*
572065 GTTTACCGAAC
699 GTTTAACGAAC
* * * * **
572076 AATTCAATCATTATGACTA-TTCAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTCATC
1 AATTCAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
572140 ATGAAACAATTGTATAAGCTTATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATATATTAATATT
66 AT-AAAAAAATGT-TTTG-TTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATATATTAATATT
* * * * *
572205 TTGATAATTTATAAGTAAAAGAATTTTAAAAA-AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCA
128 TTGA-AA--T-TAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * *
572269 TGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTGTGTTTTGTAATAAAACAATTGT
188 TGACTATT-TAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTAATAAAACAATTGT
*** * * *
572334 TTCCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-A
251 TTTTGTTCATAAAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
572398 GAGTAAGAGAA--TAAAAAATGAATTTGCTTACCAAAC-AAATTGAAAT-GTTATGACTATTTGA
315 -AGTAA-AAAATTTAAAAAAT-AATATGTTTACCAAACTAAA-TCAAATAGTCA-GACTATTT-A
* * * * * * * * *
572459 A-CAGTTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTGT-A-TTC
374 AGCAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATT-ATT-TCAGTTC
* * * * * * *
572521 A-AGCAAGCTTATTTCAAACAAAGTAATA-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAA-
437 ATA-CAAGCTTCTTTAAAATAAAATAATAGT-AATCTAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAG
** * * * * ** ** * *
572582 A-ATTTTGGAAAATAA-AGCTATTTTCTGAACACATTCAATTAGTTGTGACTATTTGAACAATTA
500 AGA-TTTAAAAAATAATAG-T-TTTTATAAACAAATTCAAATAACTAAGACTATATGAACAATGA
* * * * * ** * * * * *
572645 TCTATTTAAAATCATTATGACCATT--TTTTTGTCATAAACCAACTATTTC-TATTCAAACAAGC
562 TCTATTTCAAATTACTATAACC-TTAAGTTTCATCATAAAACAATTTTTTCAAATT-ATACAAGC
* * * ** * *
572707 -TATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAATTAATAAGTATAAGATTTAAA
625 ATA-TTCAAAAGAAAATAAAACAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAA
* *
572770 AAATAAATTTGTTT-ACTGAGC
689 AAATAAATATGTTTAAC-GAAC
* * * * * * *
572791 GAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA-TATTATGA-TCTCTTGTTTT
1 -AATTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTT
* * * *** * *
572854 GTCATAAGACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
63 GTCATAA-AAAAATGTTT-T-GTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATATATTAAT
** * * * * * *
572919 ATTCTAAAAATTAA-TAAATTGAAGATTTAAAAAATTATTCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATA
125 ATT-TTGAAATTAAGT-AA--G-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACCAGTTCAAATA
* ** * * * * * *
572982 GTCATTTCCATTTAA-ACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGATTTGTCATAAAACA
184 GTTATGACTATTTAATA--ATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTAATAAAACA
* * * * * *
573046 ATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTT-AGAATAAAATAATACTAGTTTATTACTATCTCAAAA
246 ATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCTT-TTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * ** *
573109 ATTGATAAG----AGATTTAAAAACTAA-ATCTCTTGACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
308 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATGT-TT-ACCAAACTAAATCAAATAGTCA-GACTA
* * ** * * * * * * **
573169 TTTAAACAATTATCTATCCCAAATCATTATGATCTTTGT-TT-TGTCCTAAAACATTTGTTTTTG
370 TTTAAGCAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTT-TCTTCTATCATAAAACAATTATTTCAG
* ** * *
573232 TTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAAT-ATTGCTAAAT-TAATAATATT-CTAAAAA-T--TAA-
434 TTCATACAAGCTTCTTTAAAATAAAATAATAG-T-AATCTAATAATATTAC-AAAAATTAATAAC
* * * * **
573290 TAAG-GATTTAAAAAATAATTATGTTTGT-TGATCCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACA
496 TAAGAGATTTAAAAAATAA-TA-GTTTTTATAAACAAATTCAAATAACTAAGACTATAT-GAACA
* * * * * ** * *
573352 AT-TTCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTT-AGTCATAAAATAATTGTTTT--AGTTCATA
558 ATGATCTATTTCAAATTACTATAACCTTAAGTTTCA-TCATAAAACAATT-TTTTCAAATT-ATA
** * ** * * * * *
573413 CTTGCTTATTCAAAACCAAATAATACTAATTTATTAACATTGAGAAAATTAATAAGGAAGAA-AT
620 CAAGCATATTCAAAAGAAAATAAAACAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGCAA-AAGA-
* *
573477 TTTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAATA
683 -TTTAAAAAATAAATATGTTTAAC-GAA-C
* * * ** * *
573506 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTAT
1 AATTC-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
573571 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACA
65 CATAAAA-AAATGTTT-TGTT-ATACAAGTTTATTC-AAAATAAAATAATAATAATATATTAATA
* * * * ** *
573635 TTTT-AAAGTTCTATAAGTTAGAGATTCAAAACATAAATCA-GTTTATCGAATTAGTTTAAATAA
126 TTTTGAAA----T-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAACCAGTTCAAAT-A
* * * * ** * *
573698 G-TATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATA
184 GTTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTTAAATCATTAT-AACCTTTTG-TTTGTAATAAAACA
*
573761 ATTATTTTTG
246 ATTGTTTTTG
573771 AAATATTAAT
Statistics
Matches: 1916, Mismatches: 376, Indels: 239
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
709 2 0.00
710 21 0.01
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Consensus pattern (709 bp):
AATTCAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
ATAAAAAAATGTTTTGTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATATATTAATATTTTG
AAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
AAAAGCTTTTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
TAAAAAATAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAGTCAGACTATTTAAGCAATTATATATTTCA
AATCATTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTCTTTAAAAT
AAAATAATAGTAATCTAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATAGTTT
TTATAAACAAATTCAAATAACTAAGACTATATGAACAATGATCTATTTCAAATTACTATAACCTT
AAGTTTCATCATAAAACAATTTTTTCAAATTATACAAGCATATTCAAAAGAAAATAAAACAAATT
TATTAATATTAAGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACGAAC
Found at i:572025 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 571377--572069 Score: 795
Period size: 360 Copynumber: 1.9 Consensus size: 354
571367 AATAATTATG
* * * * **
571377 ACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTCTTTTATCATAAAAAAATATTTCA
* * * *
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66 GTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAAGAATCTATAAATATTATGAAATATAATAAGAG
* * * ** * *
571507 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAGTAATTATTTA
131 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTAAACAAATTCAAATAACTATGACTATTTAAGCAATTATCTA
** * ** * * *
571572 TTTCAAATTGTTATAAATTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTTTTC
196 TTTCAAATTACTATAAACTTAAGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTATTTC
** * ** *
571637 ATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
261 ATAAGAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
571702 TATGTTTAGTGAACTAAATCAAATAGTCA
326 TATGTTTAGTGAACTAAATCAAATAGTCA
* *
571731 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAAAATTATTTC
1 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTCTTTTATCATAAAAAAATATTTC
** *
571796 AGTTCATATAAGCTTT-TTTGAAATAAAATAATACCGAAGT-TCA-AAATATTATGAAATTTAAT
65 AGTTCATATAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATA-AGAA-TCT-ATAAATATTATGAAA--T-AT
* * * * *
571858 AATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTTTTGAACAAATTTAAATAACTATGACTATTTGAGC
123 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTAAACAAATTCAAATAACTATGACTATTTAAGC
* * **
571923 AATTATCTATTTGAAATTACTATAACCTTAAGTT-TCATCATAAAATGATT-TTTTCTATTCATA
187 AATTATCTATTTCAAATTACTATAAACTTAAGTTCT-ATCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATA
* * *
571986 CAAGCATATTTCA-AAGAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATATGTAAAAGAT
250 AAAGC-TATTTCATAAGAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAT
*
572050 TTAAAAAATATATATGTTTA
314 TTAAAAAATAAATATGTTTA
572070 CCGAACAATT
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 49, Indels: 18
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
354 36 0.13
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTCTTTTATCATAAAAAAATATTTCA
GTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAAGAATCTATAAATATTATGAAATATAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTAAACAAATTCAAATAACTATGACTATTTAAGCAATTATCTA
TTTCAAATTACTATAAACTTAAGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTATTTC
ATAAGAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
TATGTTTAGTGAACTAAATCAAATAGTCA
Found at i:572572 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 570585--573763 Score: 2056
Period size: 181 Copynumber: 17.7 Consensus size: 178
570575 AAAAGCTTCC
* * * * * * *
570585 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAA-AATAGTTTATATATTGAAAAAATTCG
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** *
570649 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
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* *
570713 AACAAATG-AT-T-TT-ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
126 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * **
570762 TTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATC-AATTCA
1 TTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAATTCA
* * * * * * * * *
570826 AATAATTATGGCAATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATA
62 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
570891 ATAATTGTTTTTGA-TCATACCAA-CTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTA
127 ACAATTGTTTCT-ATTCATA-CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * *
570943 TTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACTAGTTCAA
1 TTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAA
* * * * *** * * * *
571007 ATTGTTATGACTATTT-AAGCAATTGTATCTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCGTAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
571071 ACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTCTTTAAAATAAAATAATAGTAATCTA
127 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
571123 ATAATGTTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTACTAAACCAATTCAA
1 TTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAA
* * * * *** *
571188 ATTGTTAAGACTATATGAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * *
571253 CAATTTTTTCAAATT-ATATTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA-AATGGATTTA
128 CAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AATTTA
** * * * *
571304 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTAACT-AACCAGTTCA
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACAAATTCA
* * * *
571367 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAA
62 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
571431 A-AAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATAATAATCTA
127 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
*** * * * * *
571482 TTAATATTTTGAAATCTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTCAAA
1 TTAATATTCAAAAAT-TAATAAGTAAAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAA
* * *** * ** * * *
571544 TAGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAATTTTTGTTCTATTATAAAA
64 TAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
571608 CAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTT-TTTCATATTAAAATAATACTAATTTA
128 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * *
571659 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAGTGAACTAAA-TCA
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-AAATTCA
* * * * * *
571723 AATAGTCA--ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAA
62 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
571786 A-AATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACCGAAGTTCA
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* * * * ** ** *
571839 -AAATATT-ATGAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTTTTTGAACAAATTTA
1 TTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCA
** * * ** * * ** **
571902 AATAACTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATTACTATAACCTTAAGTTTCATCATAAA
62 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * *
571967 ATGATTTTTTCTATTCATACAAGCATATTTCAAAGAAAATAATACAAATTTA
127 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
572019 TTAATATT-AAGACAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATATATATGTTTACCGAAC-AATTC-
1 TTAATATTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCA
* * *** * * ** *
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62 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
572144 AACAATTGTAT-AAGCTT-ATACAAGTTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATATA
126 AACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * *
572197 TTAATATTTTGATAATTTATAAGTAAAAGAATTTTAAAAA-AAATATGTTTA-TCGAACAAGTTC
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAG-A-TTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAATTC
* * * * * * *
572260 AAATAGTCATGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTGTGTTTTGTAATAA
61 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
572325 AACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
126 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
572378 TTAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATAAAAAATGAATTTGCTTACCAAACAAATTGAA
1 TTAATATT-CAAAAATTAATA-AGTAA-AGATTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAA
*
572442 AT-GTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
572506 TAATTGGTTGTATTCA-AGCAAGCTTATTTCAAACAAAGTAATA-TGAATTTA
128 CAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTA
** ** * * *
572557 TTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAA-ATTTTGGAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACATTCAA
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGA--TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAA
* * *
572620 TTAGTTGTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCATTT-TTTTGTCATAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
572683 CCAACTATTTCTATTCAAACAAGC-TATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
127 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
572735 TTAATATTCCAAAATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCGAGTTCAAA
1 TTAATATTCAAAAATTAATAAGTA-AAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAA
* * * * * * *
572800 TAGTTTTGACTATTTGAAAAATTATTTATTTC-AAATATTATGATCTCTTGTTTTGTCATAAGAC
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * **
572864 AATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
129 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
572914 TTAATATTCTAAAAATTAATAAATTGAAGATTTAAAAAAT-TATTCTATTTACTGAACAAGTTCA
1 TTAATATTC-AAAAATTAAT-AAGTAAAGA-TTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAATTCA
* ** * * * * * * *
572978 AATAGTCATTTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGATTTGTCATAAA
62 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** *
573043 ACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAGTTTA
127 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * *
573095 TTACTATCTCAAAAATTGATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTCTTGACCGAACCAGTTCAAA
1 TTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAA
* ** * * *
573157 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCCCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAAC
64 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
573221 ATTTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTA
129 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
573271 ATAATATTCTAAAAATTAATAAG----GATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGTTGATCCAATTCAA
1 TTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAGA-TTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAATTCAA
* * * * *
573331 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
63 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* **
573395 TAATTGTTT-TAGTTCATACTTGCTTA-TTCAAA-ACCAAATAATACTAATTTA
128 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATA--AAATAATACTAATTTA
* * * * * *
573446 TTAACATTGAGAAAATTAATAAGGAAGAAATTTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAATTC
1 TTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAA-AGA---TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTC
* * * *
573511 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATA
61 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
573575 AAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTA
125 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * * ** ** * *
573629 TTAACATTTTAAAGTTCTATAAGTTAGAGATTCAAAACATAAATCAGTTTA-TCGAATTAGTTTA
1 TTAATATTCAAAAATT-AATAAG-TAAAGATT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAATTCA
* * * *** *
573693 AATAAG-TATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
62 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
*
573757 AATAATT
126 AACAATT
573764 ATTTTTGAAA
Statistics
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185 1 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
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GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
Found at i:572633 original size:538 final size:537
Alignment explanation
Indices: 570585--573637 Score: 2324
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* * * * *
570585 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG--CAAGAGTTTAAAAA-AAATA-GTTTATATATTGAAAAAAT
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* * ** *
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* * * ** *
570711 AAAACAAATGATT---TTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * ** * * * *
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129 ACAATTGTTTC-CATTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA
* * * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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1 TTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCTGAAC-AATTCA
* * * * *
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* * * * * *
571786 A-AATTATTT-CAGTTCATATAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACCGAAGTTCA-AAATATTAT
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* * * ** **** * *
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190 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGA
* * * * * ** ** *
571913 CTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATTACTATAACCTTAAGTTTCATCATAAAATGATT-TTTT
255 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
* * *
571977 CTATTCATACAAGCATATTTCAAAGAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAT
320 -TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATA-
* * * * * * * *
572041 GTAAAAGATTTAAAAAATATATATGTTTACCGAACA-A-TTCAATCA-TTATGACTATTCAA-CA
380 AT-AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACAGTTCAATTAGTTATGACTATTTAAGCA
* * *
572102 ATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTT-TCATCATGAAACAATTGTATAAGCTT-ATAC
443 ATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCT-ATCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATAC
* * * *
572165 AAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATATA
506 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
572197 TTAATATTTTGATAATTTATAAGTAAAAGAATTTTAAAAA-AAATATGTTTATC-GAACAAGTTC
1 TTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTTAAAAATAAATATGTTTATCTGAACAA-TTC
* * * * *
572260 AAATAGTCATGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTGTGTTTTGTAATAA
64 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TGTTTTGTCATAA
*
572325 AACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
128 AACAATTGTTTCCATT-ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * *
572390 AAATTAA-AGAGTAAGAGA-ATAAAAAATGAATTTGCTTACCAAACAAATTGAAAT-GTTATGAC
192 AAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGAC
* * * * *
572452 TATTTGAACAGTTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTGT
256 TATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
* *
572517 ATTCA-AGCAAGCTTATTTCAAACAAAGTAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATA
321 ATTCATA-CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATA
** * *
572581 AAATTTTGGAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACA-TTCAATTAGTTGTGACTATTTGAA-CAATT
383 AAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACAGTTCAATTAGTTATGACTATTT-AAGCAATT
* * ** * * * * * * *
572644 ATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTT-TT-TGTCATAAACCAACTATTTCTA-TTCAAACAAG
446 ATTTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAG
*
572706 -CTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
509 TTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
572735 TTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAGCGAGTTCA
1 TTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCTGAAC-AATTCA
* * * * *
572798 AATAGTTTTGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGATCTCTTGTTTTGTCATAAG
65 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAA
* * * *
572862 ACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
129 ACAATTGTTTCCA-TTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * ** * * * **
572927 AATTAATAAAT-TGAAGATTTAAAAAAT-TATTCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATTTC
193 AATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATGAATT-TGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * * *
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256 TATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
** * * * * *
573055 ATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAGTTTATTACTATCTCAAAAATTGATAA-G
321 ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAATA
* * * ** * * *
573118 AGATTTAAAAACTAAATCTCTTGACCGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
383 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACAGTTCAATTAGTTATGACTATTTAAGCAATTAT
* ** ** * * * * * * * *
573182 CTATCCCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
448 TTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTA
* * * * *
573246 TTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTA
513 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
573271 ATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAAATAATTATGTTTGT-TGATCCAATTC
1 TTAATATTTC-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCTGA-ACAATTC
* * * *
573329 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
64 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAA
* * * ** ** * *
573393 AATAATTGTTT-TAGTTCATACT-TGCTTATTCAAAACCAAATAATACTAATTTATTAACATT-G
128 AACAATTGTTTCCA-TT-ATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * ** * *
573455 AGAAAATTAATAAGGAAGAAATTTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTA
190 A-AAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTA
* * * * * *
573520 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTG-
252 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * * *
573584 TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTT
317 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT
573638 TAAAGTTCTA
Statistics
Matches: 2009, Mismatches: 402, Indels: 213
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 17 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
TTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCTGAACAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCCATTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCA
TACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAAATTTAA
AAAATAAATCTATTTTCTGAACACAGTTCAATTAGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCA
AATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTA
Found at i:572772 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 570649--573641 Score: 1671
Period size: 357 Copynumber: 8.4 Consensus size: 358
570639 AAAAAATTCG
**
570649 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * *
570712 AAACAAAT-GAT-T-TT-ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
64 AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * ** * ** * *
570772 AAAAATTAAT--A-TGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATT
128 AAAAATTAATAAATTG-AA--AATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
570833 ATGGCAATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACC-TTTTGTTTGGTCATATAATAATT
189 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTT-TTT-GTCATAAAACAATT
* *** * *
570897 GTTTTTGA-TCATACCAA-CTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATT
252 GTTTCT-ATTCATA-CAAGC-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAATT
* * * *
570960 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
313 AATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAACAAGTTCA
* * * * *** * * * * *
571006 AATTGTTATGACTATTT-AAGCAATTGTATCTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCGTAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * * * * * * *
571070 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTCTTTAAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATGTTCCAA
65 AACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* *** * * * * *
571135 AAATTAAT-AACT-AAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTACTAAACCAA-TTCAAATTGTTAAG
130 AAATTAATAAATTGAA-A-ATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATG
* * * ** *
571197 ACTATATGAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
192 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTT--TTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * **
571261 TCAAATT-ATATTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGGATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
255 TC-TATTCATACAAGC-TATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCCAAAATTAAT
* * * * * *
571324 AAGCAAGTGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTAACTAACCAGTTCA
316 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAACAAGTTCA
* * * * *
571367 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * **
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66 ACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * * * *
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130 AAAT-TAATAAATTGAAAATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * ** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
571723 AATAGTCA--ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * * * * * *
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66 ACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAACAAAATAATA-CTAA-TTTATTAATATTCT
* * * * ** * * *
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* * * * * * ** **
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* * * * *
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* * * *
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314 ATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAACAAGTTCA
* * *** * ** *
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1 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATA
* * ** * *
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* * * * * ** * ** *
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* * * *
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188 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATT-T-TTTTGTCATAAAACAAT
* * *
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* * * * *
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* *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
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** * * **
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* * *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** *
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66 ACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * ** ** *
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131 AATTAATAAATTGAAAATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * * *
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** * * * * *
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259 TTCATAC-AAGCTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAATTAATAAGTAA
* * *
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* ** * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * * * *
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* *** * ** * * *
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130 AAATTAATAAATTGAAAATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * *
573342 TATTAGAACAATT-TCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-
194 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTC
** * ** * **
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257 TA-TTCATACAAGC-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAATTAATAAG
* * * * * * *
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319 TAA-AGA--TTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAACAAGTTCA
* * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
573575 AAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTT
64 AAACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
573639 AAA
128 AAA
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TTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAACAAGTTCA
Found at i:573301 original size:18 final size:18
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*
573301 AAAATAAT
1 AAATTAAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:573538 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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573501 GAATAAATTC
*
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*
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* *
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1 AAATAATTATGACTATTTA
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Statistics
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Done.