Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
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Warning! 69000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 129
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66 AAAAGATCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
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CAAAACACATTTATTTTTATTAT
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ATCATAACTATTTAAAT
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* * * *
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* ** * * * * ** *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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** * * ***
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * **
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* * *
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1 TATTAATAAATTAGTA-TTAT-TTAATTCGAA-T-AAGCTTGTA-TGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
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** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *** *
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* * * **
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* * *
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** * * *** *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* ** * **
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* * *
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318 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * ** *
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1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * ** * * * *
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** ** *
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* * * **
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* ** * * * * * * * *** *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ***
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* * * * * * *
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* * * ** *
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1 TATTAATAAATT-AGTATTATTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAA-TTGTTTT
* * * * *
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* * * * * * * * *
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126 ACTTA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--ATATTAATAA
* * * * * * *
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* * * ** * * *
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251 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTA
* ** * *
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* * * * ** * * *
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* * * * **
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* * *
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** * * * * * * **
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* * * * **
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* * * ** * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
685789 TTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAACTTGTTATTTATTAATTTCTGAATGTTAATAAATT
128 TTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-ATATTAATAAATT
* * * * *
685854 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAG
191 AGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * **
685918 GTCATAATGATTTGAAATTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAA-TTGGTTCGACA
253 GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCGGTA
* * *
685981 AACACATTTACTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTAGAA
315 AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
686020 TACTATTAATTTAGCAATAATTT-ACTCTGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAG-TATTATTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
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64 ACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * ** * *
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128 TTATTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGATATTAATAAAT
* ** * *
686207 TGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAT
190 TAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * *
686272 GTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGAT-ATGGCTATTTGAACTTGTTTGGTGA
253 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* **
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316 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-AA
* * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* ** * *
686442 CAAAACAAAAGATCATAGCGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTC
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
** * *
686507 GCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATT
129 TATTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-G-ATATTAATAAATT
* * * * * *
686571 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGG
191 AGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * *
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254 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * *
686701 TATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCAAA
319 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
686739 TATTAATAAATT--TATT-TTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
686801 C-AAA-AAAATGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAACAT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * * * * * *
686864 GTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTG
130 ATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-G-ATATTAATAAATTA
* * * *
686929 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAG
192 GTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * * * ****
686993 TCACAATGACTTCAAATAGATAATTATTCAAATTGTCAGGACCATTTGAACATATTAAAAAAACA
254 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
** * *
687058 TATTTATTGCTTAAATCT-TGTACTTATTAATTGTTGAAA
319 TATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAAA
* *
687097 TATTAATAAATTAATATTATTGTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATT-TAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *** * * * *
687162 CAAAACAGAAA-GTCATAA-GATTTGAACTTGTTCGATAAAT-AAATTTATTTTATAAATGTTT-
65 CAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAA--TA-GTCATAACTATTTG
* * * * ** * *
687223 TACTTATTAAGT--GT--CTTTATATTAATAAA-ATTTTA-TTATT--TTATTT-A-A-AAATAA
125 AACTTATTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGATATTAATAA
* * ** ** * * ** * * **
687277 ACTT-GTATGAATAGA-AAGAATCA--TTTTATGACA-A-AACAAAAGGCTATA-G-CAATTTC-
188 A-TTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAA-AAATTGTTTTATGACAA-AACA
* * * * **
687333 -AA----A-AA-GA----AAAT---T-ATTA---AAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGCTCGAC
249 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* **
687380 AAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAA
314 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
687424 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-T-TAT---------C----------TGA
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
687468 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGATC-T
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
687532 AGCTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
130 A-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--ATATTAATAAATTA
* * *
687597 GTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAAGG-
192 GTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * * *
687660 CATAACT-ATTTGAAATAAATAATTACTCAATTAGTCATAA-TGATTTGAACTCATTTGATAAAT
255 CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
*
687723 AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAA
318 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * ** *
687759 TATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACTTTTGTTTTACGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* **
687824 CAAAACAAAAGGCCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAAC-
65 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
687887 TAGTT-AGGTAAACT-GAATTATTTTTTAAATC---TA-TTGTGAATTTTTGAAATATTAATAAA
129 TA-TTCA-GTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--ATATTAATAAA
* ** *** * * *
687946 TTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAAAATAAATTCAAAAAAACTTATTTTATG-CTAAAAC
189 TT-AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAAAA-TTGTTTTATGAC-AAAAC
* * * * * * * * *
688009 GAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGTACTGGTAT-A
248 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCG
* * * * * *
688073 GCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAT
312 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
688118 TATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATAAACAAAAATAATTGCTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * * *
688183 CAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAAC-T
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * *
688245 AGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATGAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
130 A-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--ATATTAATAAATTA
* * * * * * * * *
688310 GTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGAATG-ATAAAAAAATTGTTATGTGACCAAACATAAGGCC
192 GTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * * * *
688374 ATTATTTTTTATAAACAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTTAA-TTGCTTTGGCAAACA
256 ATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-
* * * *
688438 GATATGT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTTAGAA
318 -ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * ** * * *
688478 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAACTATTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
688543 CAGAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG----AA--A-TTG--GTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * *
688599 -CT-A-TAAATAGATTTATTTGATAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAG
130 ATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--ATATTAATAAATTAG
** * * * *
688661 TATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTT
193 TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
688725 CGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAACTATTTGAA-GTGATTCGATAAAC-
255 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* * * * *
688788 TAACTTATTTTTTAAATAT-TTATTTTTTCAATTTTTGAAA
319 T-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAAA
* * * * * **
688828 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * * *
688893 TAAAACAAAAAGTCATACTTCTTAT-AAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * *
688957 TTTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAA
129 TATTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTT-T-GATATTAATAA
* ** * * * **
689020 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATAAATTGAAAGAATTATTTTATGATTAAACAAA
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* * * * * * **
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251 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTA
* * *
689149 AACATATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAGTTTTTAGAA
315 AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
689257 CAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATGATTGTT-AAAGTAGTCATAACTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
689320 TGTT-TGATAAATAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
129 TATTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--ATATTAATAAATT
* ** * * * * *
689380 ATTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAATAAAATG
191 AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** *
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254 TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * ** *
689507 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAA
316 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
689549 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * *
689613 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTAAACTC
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * *
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130 ATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTG-ATATTAATAAATTA
* * * * **
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* * * * * * * *
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* **
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319 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * * *
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** *** ** *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ***
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** ** * * ** * *
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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** * ** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * **
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315 AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
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1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
691410 TAGAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
691469 AAAGATTTAA
Statistics
Matches: 8423, Mismatches: 1839, Indels: 1064
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
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AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
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174 ACAC
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* * * ** *
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* * * *
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1 ATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAAAAAATT--TATTTTTAAATCTCATA-TTATTAATTTCA
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* * * * * * * ***
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1 ATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAAAA-A-ATTTATT-TTTAAATCTCATA-TTATTAA-T-T
* * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * ** * * *
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*
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** * ** *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA-AAAATTTA-TTTTTAAATCTCATAT-T--ATTAATTTC
* *** *** * * *
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61 ATAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAACAA-TTGT
* * * * * **
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122 TTTATGAC-AAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATACAC
* * * * * * * * * *
688052 TTAAATATTTGTACTGGTAT-AGCAAACAAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTT-TTA
1 ATAACTATTTGAACTAGT-TCGGTAAAAAAATTTATTTTTAAATCTCATA-TTATTAATTTCATA
* * * * * * *
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64 -A-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * ***
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126 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATACAC
* * * * * *
688232 AT-A-TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATGAATTT-TTG
1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAAAATTTA-TTTTTAAATCTCATA-TTATTAATTTCAT-
* * * * * * *
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* * * * * ** * * * * * **
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126 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-GAAATATATAATTGTTCAAATACAC
* * * * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAA-A-AAAT-TTATTTTTAAATCTCATA-TTATTAA-TTT
* * * ** * * * *
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* * * * * * *
688538 TATAACAGAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT----
124 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATACAC
* ** * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAAAATTTATTT-TTAAATCTCAT-A-TTATTAATTTCAT
* *** *
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63 --AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
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124 TATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-ACAC
* * ** * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAAAAATTTA-TTTTTAAATCTCATA-TTATT-AATTTCA
* * ** * *
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* * * ** *
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124 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATT-TGAAATATATAATTGTTCAAATA-CAC
* ** * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAAAATTTA--TTTTT-AAATCTCAT-ATTATTAA-TTTC
* ** ** * ** * *
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** * * * * * * * * **
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124 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATACAC
* * * ** * * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAAAAATTTA-TTTTTAAATCTCATA-TTATTA-ATTTCAT
* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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** * ** * *
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* * * * ** * **
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ATTTTTTGAATGTTAATAGAAGAGTATTATT
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***
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * *
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** ** * *** * *
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* **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
676108 TTTGAAATAAATACTTATTCAAATTGTCATGA-TAATTTGATCTAGTTTGGTAAACAATTTA-TT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTA-TTCGGTAAACAAATTATTT
** * * * * * *
676171 TTTAAAAATTTTGCTTATTAATTGTCGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAA
192 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA
* * * * ** * * * * * * * *
676235 GTTTTTATTAATAGAAATTATTATTTTGTAATAGAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAAT
256 GCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGAT
** * * * *
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319 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTT
* * * *
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* *
676423 AAAACCATTTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
445 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * *
676487 AGTCATAATTATTGGAA-TTGGTT-AGGTA
509 AGTCATAATTATTTAAACTT-ATTCA-ATA
* * * * *
676515 AACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATT
1 AATAG-ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATT
* * * * ** *
676579 TTATTCCGAATAAGCTAGTATGAAGTGAAAA-TTTTGTTTTATGCCAAAAC--AA----A-AATG
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
* * * * * ***
676636 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACGAACAAATTTATT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAAA-TTATT
* * * ** * *
676701 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
191 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * * * * * *
676766 GCGTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAATGGTTATAACGATTTGAAGTATACA
256 GCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
676831 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAATTGATTTATATTTTTAAATCTCTT
320 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAATAGA-TT-TATTTTTAAATCTTTT
* ** * * * * *
676896 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACAATTATTTTATTTTTAATAAACATATATG-ATC
382 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * ** * *
676960 AAGAACAATT-TTTATATGACCAAATC-AAAGGAAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
445 AAAAACAATTGTTT-TATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * **
677023 TGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTA
508 TAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* ** ** *
677052 AACAGATTCGCTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
677116 TTATTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGA
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
* * * *
677181 TTTTAAATAG-TCAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTGCTCAGTAAACAAATT-TA
129 TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT--TCGGTAAACAAATTATT
* * * * * *
677243 TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATTATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATA
191 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * * *
677306 AGCTTTTATG-ACTGAAACAAATGTTCTATGTCTAAACAAATGGTCATGAT-GATTTTAAATAAA
255 AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGA
* * * * * * **
677369 TAATTGTTCAAATAGCCATCACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATAAT
318 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTT-AAATCTT
* * * * ** *
677434 TTCCTTTTTAATTCTGTGAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAG-
380 TTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * *
677497 ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAGCAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA
443 ATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * **
677562 ATAGT-TTAAACTATTTGAA-TTGACT-AGGCA
507 ATAGTCAT-AATTATTTAAACTT-ATTCA-ATA
* * * *
677592 AACACATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * *
677652 TT-TTACCAAATAAG-TCACTATG-ATTAGAGACAATTGTTTTATAACAAAAC-ATATATCTTAA
64 TTATT-TCAAATAAGCT-TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * *
677713 CGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACATATTT
126 TGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACA-AATT
* * * *
677777 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
188 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
677842 TAAGCTTGTATGATAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAG
253 TAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAG
** * * * * *
677907 ATAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATATT-AACTAATTCA-ACAAACT-GATTTATTTTTTAAG
317 ATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTAT-TTGAACT-GTTTAGA-AAA-TAGATTTA-TTTTTAAA
* * * *
677968 T-TTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-CATCTAAGCTT
376 TCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTT
* * * * * * *
678030 GTATTAACT-AAAACAAATGTTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATTGACAATT
437 GTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ***
678094 GTTCAAATAGTAATAACTATTCAAACTTGTTTGGTA
501 GTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * *
678130 AACAGATTTATTTTTTTAAAT-TTATTTCTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AATAGA-TTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
678193 ATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAACAGGTCATAA
62 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * * * *
678257 TGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTGAATTGATTCGGTAAATAAATTTA
126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAAA-TTA
* * * * * *
678322 TTTTTTAAATCTGTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTGA-TTAGAA
189 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAA
* * * * * * *
678386 TAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGGAATATA
253 TAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGA
** * * * ** * * * *
678451 TAATCGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGCAATTAGATTTATTTTTTGTAATTTT
318 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTAGAAAATAGATTTA-TTTTT-AAATCTT
** * * * * ** *
678516 CTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAAATAGTATGA
380 -TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
678581 ACAAGACCAATTGTTTGATGTCAAAACAAAAAGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
443 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * *
678646 TAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTAGTA
508 TAGTCATAATTATTT-AAACTTATTCAATA
* * * * * * *
678675 AACATATTTACTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTTAAAATATTAATAACTTAATATTATT
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
678740 TTATTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAAGAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAAC
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAAT
* * * * * *** ** *
678804 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACGATTTGAACTAGTTCAAAAAATGTATTTAT
127 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAA-CAAATTAT
* * *** * * * *
678869 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATA
190 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * * *
678934 AGCTTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAAG
255 AGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGAT
* * * *
678999 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---
319 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTT
** * * * * *
679060 T-CTTATTAATTCATGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTCTAT-ACT
381 TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * ** * * *
679123 GAAAAACAATT-TTTTATAAGAAAGCAAAAGGTAATGACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAGT
445 -AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
679187 GGCCATAATTATTTAAACTGATTCAGTA
509 AGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * * * *
679215 AACT-GATTTATTTTATAAATCTCTTACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATACA--A-CATTAT
1 AA-TAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * **
679275 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACA
63 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
* * **
679339 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTGGATT-AATAAA-AAGATTTA
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--ATTCGGTAAACAA-A-TTA
* * * * *
679402 TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGCATTATTTTATTCCAAAC
189 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * * *
679463 AAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGAGAAAACCAAAGGTCACATCAATTTCAAATAGA
254 AAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
679528 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAACCGCTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCT
318 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTA-GAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTT
* * *
679593 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATTA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAA
381 TACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
679657 TTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
444 -TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
679721 TAGTCTTAACTATTTAAA-TTGATTCGACA
508 TAGTCATAATTATTTAAACTT-ATTCAATA
* * * * * * * * *
679750 AACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTATTTACTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATTT
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
679815 TATTTCAAATAAGCTTGTATAAAC-ATAAATAATTG-TTTATGACAGAACAAAAGGTTTATTTTT
65 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCA-----
* * * * * * * *
679878 TTAAATGATTGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAGCTATTTGAATTGGTTCGATAA
123 -T--A--A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAA
* * * * * * * *
679943 ATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATCAATTAGCATTATTTT
181 ACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
680008 ATTTTGAACAACCTTGTATGATA-AAAAGTAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATA-AGAA
245 ATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCG-A
* * * * * * *
680071 TTTGAAATAGATAATTGTTGC-GATAGCCATATCTATTTGAGCTTGTTT-GATAAACATATTTAT
307 TTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGA-AAATAGATTTA-
* * *
680134 TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAA
368 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAA
* * * * *
680198 TAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTTTGACAAAAC-AAAAGATCAGAACGATTTGAAAT
430 TAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * **
680261 AAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTC----
493 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * * *
680301 ----GA-CA------AAA-C---T-C--ATTTA-TTTT----TATTATTAAATTAGTATTATCTT
1 AATAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
680343 AATTCGAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTATTCTATGACAAAA-TAAA-GATCATAATGA
66 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGA
* * * * * * *
680405 TTTGAGATATATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAGTT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACA-AATTATTT
** * * ** *
680470 TTT-AATAC---T-CTTATTAATTTTTAAAATCTTAATGAATCGGTATTATCTTA-TTCTGAATA
192 TTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
* * * * *
680529 A-TTATGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGA-AAAAGAAAAAGGTCAAAT-GATTTGAAATAG
255 AGCT-TGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAG
* ** * * * * * * * *
680591 ATAATTTTTCAAACGGACATGATTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
317 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTT
* * * * * * *
680656 CTACCTATTACTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTTTTC-AAATAAACTTGTATGAA
380 TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * * *
680720 TAGAAACAATCATTTTATAACAAAATAAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTTAA
444 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
680784 ATAGTCATAACTATTTAAGCTTGTTCAGTA
507 ATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
** * * * *
680814 AATAGATTCACATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTT
1 AATAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * ** * *
680879 TATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGAT
65 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGAT
* * * * * * * *
680944 TTGAAATATATAATTATTCAAGTAGTTATAACTATTAGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTT
130 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACA-AATTATTTT
** * ***** * * * * *
681009 AAAAATATTTTACTTATTAATTGGCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTCAATTCGAATACGC
193 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * *
681074 TTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGACAATACAAAAAGTCATAAT-GATTTGAAATAAATAA
258 TTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
681138 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
321 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-AGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
681202 CTAATTAGTTGTCTG-A-ATTAATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAATA
383 CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * *
681264 GAAAA-TATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATATGAAATAGATAATTATTCAAAGA
446 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
681328 GTCATAACTATTTGAACTTAATCGATA
510 GTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * * * *
681355 AACAGATTCAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-ATTTATA
1 AATAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATT
* * * * * * * *
681419 TT-GTTCTAAGTCAA-CTTATACT-AACAAAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTATAA
64 TTATTTC-AAAT-AAGCTTGTA-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * * * * * * ** *
681481 CGCTTTGAAACATATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTACTGGTTAGGCCAACATATTCA
126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAAATT-A
* * *
681546 -TTTTTAAAT-TTGTTACTTATTAATTTTTAGG-ATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTCGA
189 TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * *
681608 ATAAGATTGTAT---C--AAC---------A-G---AAACAAATGGTTATA-CTAATTTGAAATA
252 ATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATC-GATTTGAAATA
* * * * * *
681654 AATAACTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATC-
316 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCT
** * * * * *
681718 --T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACTTATATG-
379 TTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * * * *
681779 AGCAAAACATTTGTTTTAAGACAAAAC-AAAGGTCATAACTG-TTTGAACTATATAATTATTTAT
443 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
681842 ATAGACTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTA
507 ATAGTCATAATTATTTAAACTT-ATTCAATA
* * ** * * * * * *
681872 AAAAAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTAA-TTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTG
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * *
681936 TATTTTGAATAAGCTTGTTTGAAC-ATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGA
65 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
* * * * *
682000 TTTGAAATATACAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAGCATATTTATTT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACA-AATTATTT
* ** * *
682065 TCTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAG
192 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA
* * ** **
682129 GCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAAAGATTTGAAATAGATA
256 GCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATA
* * * * *
682194 ATTGTTCAAAT-GGCGATAATTATTTGAACTGATTTACTAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTT
320 ATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTG-TTTA-GAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTT
* * * * * * * * *
682257 AACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATAATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAT
381 TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
** * * * * ** *
682322 TGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
445 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
682387 GTCATAACTATTTAAACTTGTTTAATA
510 GTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * * * *
682414 AATAGATTTATTTTTTAAA-CTTTCTACTTGTTAATTTTTTGAATGTTAATAGA--AG-AGTA--
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * *
682473 TTATTT----GAA-C-TG-A--AAC---AATAA---TTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGA
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
*** * * * * *
682523 TTTGAAATAGATAATTGTTTTGATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACACATTGATTT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAAATT-ATTT
** * ** * * *
682588 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAG
192 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * ***
682653 CTTTTATGAATATAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTAAAAATTT-AAGATAGATA
257 CTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAA-ATAGATA
* * * * * *
682716 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTTGTAAACAAATTTAGTTTTAAATC---T-C
320 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTAC
* * * *
682777 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTTCATGAATAG
384 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT-ATGAATAA
* * * * * * * *
682841 GAACAATTGTTTTACGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTTAAAT-GG
447 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ***
682905 AATGAGTGTTTAAACTTATTTGGTA
512 CATAATTATTTAAACTTATTCAATA
** *
682930 AATAGATTTATTTTTTAAATC-TCCACATTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * **
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64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
* * * * * * * *
683058 ATTTGAAATAAATAATTGTTTACATAATCACAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATAAATTATTT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAAATTATTT
* * * *
683123 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
192 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * *
683188 CTTTTATGAACAAAACCAATGGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAA
257 CTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAA
*
683253 TTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTAC
321 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTAC
* * * *
683317 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGCATGAATAGA
384 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAA
* * * * * * *
683381 ACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTC
448 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
683446 A-AAGCTATTTGAACTTTTTCAATA
513 ATAA-TTATTTAAACTTATTCAATA
* * * * * * *
683470 AGTAGATTGTTTTTTAATTCTTTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAGTAAATTATTATTATTTT
1 AATAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * * * * *
683535 AGTTCAAGCAAACTTATGTAAACTAAAACAATTATTTTATTAC-AAA-ATAAGGTCATTATGATT
66 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATT
* * * * * *
683598 TGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACATATTTATTTTT
131 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACA-AATTA-TTTT
* * * * *
683663 TTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATAT-GCATAAA
193 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAG
* * * * * *
683727 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTCATA-CAAGTTGAAATAAATAA
257 CTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
683791 TTGCA-T-ATATAGTCATAACGATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
321 TT--ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT
* *
683854 ACTTATTAATTGTCTT-AATATTATTAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA
382 ACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
683917 TAGAAAA-AATTCTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA-CATTCT-AAATAGATAATTGTTCAA
444 TA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAA
*
683979 ATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATA
507 ATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * *
684009 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTCTT
1 AATAGATT-ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
684073 TTATTCCCAATAAGC-TATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
* * * * * * * * *
684137 TTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACA-AATTATTT
* * * * * **
684202 TTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTGTTTTA-AACGGAATAA
192 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA
* * *
684266 GCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAT-A-AAAA-AAAA-GTCA-AT-GATTTGAAATAAATG
256 GCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATA
** * *
684325 ATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTTA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TT
320 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT
* * * ** * *
684387 --TTATTAATATTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTACTTTATTCCGAATAAAATTATATGAAC
382 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
684449 AAAAACATTTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
445 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
**
684514 AGTCATAATTATTTAAACTGGTT-AGATAA
509 AGTCATAATTATTTAAACTTATTCA-AT-A
* ** * *
684543 ACATA-ATTATTTTTTAAAGCACTTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATT
1 A-ATAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATT
* ** * * * * * *
684605 TTATTCCAAATAAGCTAATATGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAAT
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
* * * *
684670 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTAT
127 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAACAAA-TTAT
* * * * * * * *
684735 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGCATCATTTTATTTCGAATA
190 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * ** * ** *
684800 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAATATAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTAC
255 AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGAT
* ** * * **
684865 AATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAGA-TAGTTCGGTAAATAGGTTTATTTTTTAAATCACT
319 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT-GTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTT
* * * *
684929 TAGC-TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAGAAGCTTGAATG-T
381 TA-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * ***
684992 TCAAATATAATTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTGGCA
444 T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * **
685057 TGGCCACCATTATTTGAA-TTGATTCGGTA
508 TAGTCATAATTATTTAAACTT-ATTCAATA
* * * ** *
685086 GATAGGTTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTA
1 AATA-GATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AA--ATTAGTATTA
* * * **
685151 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAAT
62 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
* * * * * * **
685216 GATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGCTTTGACAAACAAATTAAT
127 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACAAATT-AT
* * * * * *
685281 TTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCGAATA
190 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
** * * * * * * * * *
685346 AGCTTACATGAACTACAACAATTATTTTATAACAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGAG
255 AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGAT
* * * *
685411 AATTGTTTAAATAG---GAACTAGTTTG----G--T---AAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT
319 AATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT
* * * * * *
685464 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGTTTGTCTG-ATG
382 ACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * ** *
685528 AAAAATAATTATTTTATAAC-AAAC-AAAAGTTTGTAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
445 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * **
685591 GGCCAAAATTATTTGAACCAATTCAATA
509 AGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * ** * *
685619 AACT-GACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAACAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 AA-TAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
685682 TTTATTTCGGATAAGCATT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATT
63 TTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
* * * * * *
685746 TATAAT-AAATAG-TAATTGTTCAAATAGCCATAACTAGTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTA
127 GAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACA-AATTA
* * * * *
685809 TTTTTTAAAACTTGTTATTTATTAATTTCT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
189 TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * *
685873 TAAGCATGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAAT
253 TAAGCTTGTATGAAC--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAA-
* * * * * * * *
685936 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAATTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAA
314 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGTTTAGA-AAATAGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * * *
686000 TC---TA-TTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTACTCTGAATAAGCTTGTA
376 TCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * * * *
686061 TGAATATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGA-TCATAA-CATTTTGAGATAGATAATTGTT
440 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
686124 CAAATAATCATAACTA-TTAGAACTGATTCGATA
504 CAAATAGTCATAATTATTTA-AACTTATTCAATA
* * * * * * *
686157 AATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTCAAAAAATTGATAAATTGGTATTATTT
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** ** *
686218 TATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGA
65 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
* * * ** * * *
686282 TTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGGCTATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAAA-TTATT
*** ** * *
686346 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAGTTAGTATTATCTTATTTCGAATAA
191 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * *
686411 ACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCGATTTGAAATAAATA
256 GCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATA
* * *
686476 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTT
320 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTT-AAATCTTTT
* * * *
686541 ACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTATGAAC
382 ACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAT
* ** ** * *
686605 AAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAACTA
445 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
686670 GTCATAACTATTTAAACATGTTCAGAAA
510 GTCATAATTATTTAAACTTATTCA-ATA
* *
686698 ACATA-TTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCA-AATATTAATAAATT--TATT-TT
1 A-ATAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
686757 TTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTATTTTATGAC-AAA-AAAATGCCATAATG
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
* * * * * *
686819 TTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAAACAAATTCATT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACAAATT-A-T
* * * * * *
686884 TTTTTAATTCTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATA
190 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * *
686949 AGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAAT-GACTTCAAATAGA
255 AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TATCGATTTGAAATAGA
* ** * * * * * * * *
687013 TAATTATTCAAATTGTCAGGACCATTTGAACATATTAAAAAAACATATTTATTGCTTAAATCTTG
318 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAATAGATTTATT-TTTAAATCTTT
* * *
687078 TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAA
381 TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
687142 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAGAAAGTCATAA-GA-TT----T-GA-ACTTGTTC-GAT
444 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
*
687198 A--AATAA--ATTT--A-TT-TT--ATA
509 AGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * * * * * ** * * * *
687216 AAT-GTTTTACTTATTAAGTGTCTTTATA-TTAATAAAATTTTATTATTTTATTTAAAAATA-AA
1 AATAG-ATTATTTTTTAA--ATCTTT-TACTT-ATTAATTTTTAGAATATTA-AT-AAATTAGTA
* * * * ** * * * ** ** ** *
687278 CTTGTATGAATAGAAAGAATCATTTTATG-AC-AAAACAAAAG-GCTAT-AGCAATTTCAAAAAG
59 -TTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAA-AACAAAATG
* * * * * * * ** *
687339 --AAAATTA-TTAAAATAG-TCA----T-AATTA-T-TTAA--AGTTG--C---TCGACAAACAT
120 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCGGTAAACAA
* * *
687386 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
185 ATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
687451 TGAATAAGC-T-TAT--------C----------TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
249 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAA
* * * * * * *
687496 TAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGCTCA-ATAAACATATTTATTTTTAAAA
314 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAATAGATTTATTTTT-AAA
* *
687560 TTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGT
376 TCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGT
* * * * **
687624 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAAGGCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTAC
439 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * **
687686 TCAATTAGTCATAATGATTTGAACTCATTTGATA
503 TCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * *
687720 AATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTTTTT
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * ** * * *
687781 TATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACTTTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGCCATAACT-A
65 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGA
** * *
687845 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAACTAGTTAGGTAAACTGAATTATTT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAAC-AAATTATTT
* * * * * *
687910 TTTAAATC---TA-TTGTGAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAA
192 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAA
*** * * * * *
687970 GCTAAAATAAATTCAAAAAAACTTATTTTATG-CTAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
256 GCTTGTATGAA--CAAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * * *
688034 ATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGTACTGGTATAGCAAACAAATTTATTTTTAATTCTCT
317 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAATCTTT
* * * * * * *
688099 TAGTTATTAATTTTTAGATTATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATAAAC
381 TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * ** * *
688164 AAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATA
445 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ***
688229 GTTAT-A-TATTTGAAC-TAGTTTGGTA
510 GTCATAATTATTTAAACTTA-TTCAATA
* * *
688254 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATGAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * *
688318 TTA-TTCTAAATAGGCTTGAATG-A-TAAAAAAATTGTTATGTGACCAAACATAAGGCCATTATT
64 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
* * * * * * * * * * * *
688380 TTTTATAAACAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTTAATTGCTTTGGCAAACAGATATGT
128 ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAACA-A-AT-T
* * * * * *
688445 -TTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
188 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
688509 TAAGCTTATATGAACTGAAACAACTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTACA-AT-GATTTGAAAT
253 TAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-T-CATATCGATTTGAAAT
* *
688572 AGATAATTATTCAAATAG----AA--A-TTG----GTTCTA-TAAATAGATTTATTTGATAAATC
315 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTT-TAGAAAATAGATTTATTT-TTAAATC
* * * ** *
688625 TCTCACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG
378 TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
688690 -ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAGTTCGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTT
442 AAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
688753 AAATGGCCATAACTATTTGAAGTGATTCGATA
505 AAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* * * * *
688785 AACTA-ACTTATTTTTTAAAT-ATTTATTTTTTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTA
1 AA-TAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
688847 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATACT
62 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
** * * * * * * *
688912 TCTTAT-AAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTTTTCGATAAATAGATTTA
127 GATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGGTAAACA-AATTA
** * *
688976 TTTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
189 -TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * ** * * ** * * *
689039 AAATAAAATTGTATAAATTGAAAGAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
250 GAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAA
* * * * * * * * *
689104 TAGATAATTATTCTAACAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAAC
314 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGA-AAATAGATTTA-TTTTTAAAT
* * * * * *
689169 CTCTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTA
377 CTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTA
* * * * *
689233 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAGATAGATGATTGTT-
440 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * **
689296 AAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATA
505 AAA-TAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAATA
* *
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1 AATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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*** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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*** * * * * * * * *
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* *** * * * * * *
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* ** * * * * * ** * *
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** * * * ** * * * *
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* *
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** *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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** * * *
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* ** *
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** * * * * * *
689073 TGATTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTTAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * * *
689138 TTGGTTC-GACAAACATATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAGT-TTTTAGAATATTATTAA
66 CT-ATTCAG-CAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATATTTGA-AATATTAATAA
* * * * * *
689201 TTTAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
128 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
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* * * * *
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257 AACATATTTATTTTTTAAATTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT
** * * * * * *
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321 TC-GAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-TATTT
* * * * * * *
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** * *
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* *
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* * * * *
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1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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383 GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTT
*
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447 TAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
*
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511 TTATATGAATTGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * ** ** *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * **
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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193 AAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGATTAGATA
** * * * *
690950 AACCA-ATTTACCTTTTAAA-TTTATTAATAATTTTTGAAGTATTAATAGATTAGTTTTATTTTA
257 AA-CATATTTATTTTTTAAATTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
* * * *
691013 TTTTGAACA-AA-CTTATATGAAAAAAAAAACATT-TGTTGTATGACAAAAGAAAAGGTCA-AAG
320 -TTCGAA-ATAAGCTTGTATG-AACAAAAAA-ATTAT-TT-TATGACAAAATAAAAGGTCATAA-
* * * * **
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378 -TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAG-ATT
* * * *
691138 -ATTTTTTAGATCTCTTACATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCC
440 AATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC
* * **
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* * *
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** * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
691354 ATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAA
128 ATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * *
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TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT
TGAAACAATTATTTTA
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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* ** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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568 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-A-ATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGCAAAC
* * * **
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630 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * ** **
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128 TT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGT
* * * * *
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* * *
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256 GAAT-TGA-TT-AGACAAACATATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * * ** * * * *
684236 AATAAATTAGTAGTGTTTTAAACGGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAT-A-AAA
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* * * * *
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380 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAACATAG-T
* * * *
684359 TAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATATTTGAAATATTAATAGAA-TAGTAT
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* * ** * *** * ** *
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* * * * * * *
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571 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAG-CAAACATAT
* * * * *
684549 TTATTTTTTAAAGCACTTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTAT-TCC
634 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCT-C
* * **
684612 AAATAAGCTAATATGAATTCA
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* * * * * ** * * *
684633 -AAAAAACTTATTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
1 GAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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129 T-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGT
* * * * * * ** * * *
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192 TTATGACAA-ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
* * ** * ** * *
684891 GAGATAG-TTCGGTAAATAGGTTTATTTTTTAAATCACTTAGC-TATTAATTTTT-GAAAGATTA
256 GA-ATTGATTAGACAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTA-CTTATTAATTTTTAG-AATATTA
* * * * ** * * * *
684953 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AAGAAGCTTGA-ATGTTCAAATATAATTGTTGTATGACCA
317 TTAATTTAGTATTATTTTACTC-GAAATAAGCTT-ATATGAACAAA-ACAATTATTTTATGACAA
* * * * ** * * ** * *
685016 AACAAAAGGTAATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTGGCATGGCCACCATTATTTG-A-ATTGA
379 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACATAG-
* * * * * * *
685079 TTCGGTAGATAGGTTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAT
442 TT-AGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AA--AT
* * * * * **
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501 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * *
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566 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTG-TTCAG-CAA
* * * * * *
685271 ACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT
628 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* **
685336 AT-TCCGAATAAGCTTACATGAACTA
693 ATCT-CGAATAAGATTGTATGAA-TA
* * * * * * * * *
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1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * *
685418 T-A-AA-TA--GGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
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* * * * * * ** * **
685478 TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGTTTGTCTGATGAAAAATAATTATTTT
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* ** * * * * *
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*** * * * ** *
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** * * * * *
685668 TAAAGTAATATTATTTTATTTCG-GATAAGCATT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAA
318 TAATTTAGTATTATTTTA-CTCGAAATAAGC-TTATATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
685731 ACAAAAGGTCATATTTATAAT-AAATAG-TAATTGTTCAAATAGCCATAACTAGTTGAACTTA-T
380 ACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACATAGT
* * * * * * *
685793 TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAACTTGTTATTTATTAATTTCTG-AATGTTAATAAATTAGT
443 T-AGTAAACAGATTAATTTTTTAAATC-TCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
685857 ATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA
505 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
685922 TAATGATTTGAAATTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAA-TTGGTTC-GACAAAC
570 TAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACT-ATTTGAACTT-GTTCAG-CAAAC
* * * * * ** * *
685984 ACATTTACTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTA-
630 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
*
686044 CTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
695 CTC-GAATAAGATTGTATGAATA
* * * * * * * *
686067 TAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGA-TCATAACATTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * *
686131 TCATAACTATTAGAACT-GATTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** * * *
686191 CAAAAAATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
130 --AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT
* * * * * ***
686256 TACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGAT-ATGGCTATT
193 TATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAAATATT
* *** * ** * *
686319 TGAACTTG-TTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAAGAATATTAA
255 TGAA-TTGATTAGACAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAT
* * * * * *
686383 TAAGTTAGTATTATCTTATTTCG-AATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
318 TAATTTAGTATTATTTTA-CTCGAAATAAGCTTATATGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAA
* ** * *
686447 CAAAAGATCATAGCGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGCTT
381 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACATAG-TT
* * * * * *
686511 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTAT
444 AGTAAACAGATTAATTTTTT-AAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *** ** *
686576 TATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
507 TATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
686641 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAACTAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGAAAACATATTT
572 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACATATTT
* * *
686706 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCA-AATATTAATAAATT--TATT-TTTTAT-TTGA
636 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTCG-
* *
686765 AATAAGCTTGCATGAATA
699 AATAAGATTGTATGAATA
* * * * *** * *
686783 GAACCAATTATTTTATGAC-AAA-AAAATGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
686846 TCATAACTATTTAAAC-ATGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTA-GTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-ATT
* * * * *
686910 TTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGT
128 TT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGG
* * * * * * ** **
686974 TTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGACTTCAAATAGATAATTATTCAAATTGTCAGGACCATT
191 TTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATT
* * * ** *
687039 TGAACAT-ATTAAAAAAACATATTTATTGCTTAAA-TCTTGTACTTATTAATTGTT-GAAATATT
255 TGAA-TTGATTAGACAAACATATTTATTTTTTAAATTC-T-TACTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * * * * * *
687101 AATAAATTAATATTATTGTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
316 ATTAATTTAGTATTATT-TTACTCGAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
687165 AACAGAAA-GTCATAA-GATTTGAACTTG-T--TCGA-T--A-A---ATAA--ATTT----AT-T
379 AACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTAAATAGTCATAACTATTTGAACATAG
* * * * * * * *
687211 TTA-TAAA-TGTTTTACTTATTAAGTGTC-T-TTA-T-A---TT---A-A-T-A-AAATT-TTAT
442 TTAGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * *
687259 TATTTTATTTAAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAGAATCATTTTATGACAAAACAAAAGG-CTA
507 TATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-A
* * * * * * * * * * *
687323 TAGCAATTTCAAAAAGAAAATTATTAAAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGCTC-GACAAACATA
570 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAG-CAAACATA
* * *
687387 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GTAATATTAATAACTTAGTATTA---T-T-T
633 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATCT
687446 ----T---ATT-T-TGAAT-
697 CGAATAAGATTGTATGAATA
* * * * * * *
687456 -AAGC-----TTATCTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
687515 TCATGACTATTTGATCTAGCTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT
* *
687580 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
130 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT
* * * * * *
687644 TATAACAAA-AAAAAGGCATAACTATTTGAAATAAATAATTACTCAATTAGTCAT-AATGATTTG
193 TATGACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAT-ATTTG
* * * * * * * *
687707 AACTCATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGA
257 AATTGATTAGACAAACATATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA-A
* * * * * ** * *
687769 -TTAGTATTTTTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACTTTTGTTTTACGACAAAACAAA
321 TTTAGTATTATTTTACTCGAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * **
687833 AGGCCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAAC-TAGTTAGGT
385 AGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACATAGTTA-GT
* * * *
687896 AAACTGAATT-ATTTTTTAAA--TC-TATTGTGAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTAT
447 AAACAG-ATTAATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * * *
687956 TTTATTCCAAATAAGCTAAAATAAATTCAAAAAAACTTATTTTATG-CTAAAACGAAAGGTCATA
510 TTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATT-GAAACAA-TTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATA
* * * *
688020 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAA-TATTTGTACTGGTAT-AGCAAACAAAT
572 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC--AAACTATTTGAACTTGT-TCAGCAAACATAT
* * * * * *
688083 TTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGATTATTATTATATTAGTATTATTTTAT-TCT
634 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTC-
* *
688146 GAATAAGATTGTATAAACA
698 GAATAAGATTGTATGAATA
* * * * * ** * ** *
688165 AAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * *
688230 TTAT-A-TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATGAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT
* * * *
688293 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGAATG-ATAAAAA-AATT-GTTA
130 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT-
* * * * * *** * * * * *
688355 TGTGACCAAACATAAGGCCATTATTTTTTATAAACAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTT
193 TATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * * * * *
688420 TAATTGCTTTGGCAAACAGATATGT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTTAGAATATTAT
256 GAATTGATTAGACAAAC--ATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAT
* * * * * *
688484 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAACTATTTTATAACAGAA
318 TAATTTAGTATTATTTTA-CTCGAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * *
688548 CAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG----AA--A-TTG---GT--TCT
381 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACATAGT-T
* * ** * *
688601 A-TAAATAGATTTATTTGATAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATT
444 AGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
688665 ATTTTATTCCAAATAGGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCGT
508 ATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
688728 AACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAACTATTTGAA-GTGATTC-GATAAAC-TA
571 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTG-TTCAG-CAAACAT-
* * * * *
688790 ACTTATTTTTTAAATAT-TTATTTTTTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
632 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * *
688853 TTCAAATAAGCTTTTATGAACT-
695 CTCGAATAAGATTGTATGAA-TA
* * * * *
688875 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT-AC-TTCTTATAAATATATAATTGTTCAAAT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT-TT-GAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * **
688938 AGTAATAACTATTTAAACT-TTTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTA
64 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTA
* ** * *** *
689001 ATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATAAATTGAAAGAA
125 A-TTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
** * * * * * * * *
689065 TTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTTAAC
187 TTGGTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAA
* * * *
689130 TATTTGAATTGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAGTTTTTAGAATAT
251 TATTTGAATTGATTAGACAAACATATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * *
689195 TATTAATTTAGCAATATTTTACTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
315 TATTAATTTAGTATTATTTTAC-TCGAAATAAGCTTATATGAACA-AAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
689259 AAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATGATTGTTAAAGTAGTCATAACTATTTGAAC-TTG
378 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAA-TAGTCATAACTATTTGAACATAG
* * *
689322 TTTGATAAATAGATTTAA-TTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATT
442 TTAG-TAAACAGA-TTAATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** ** * * * * * * *
689383 ATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAATAAAATGTTA
505 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *** * *
689448 TAACTATTTGAAATAGATTATAGCTCAAATAGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCAATTAATAGA
570 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACATA
** * *
689512 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
633 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTC
689577 GAATAA-ATTGTATGAATA
698 GAATAAGATTGTATGAATA
* * *
689595 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * **
689659 GTCATAACTATTTAAACTCA-CTCAGTAAATAGATTTACTTTTTAAAATAGTTTACTTATTAATA
65 GTCATAACTATTTGAACT-AGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-
* * * * *
689723 TTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGG
127 TTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGG
* * * *
689787 TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAATATT
191 TTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATT
* * *
689852 TGAACGTGATTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
255 TGAA-TTGATTAGACAAACATATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-AT
* *
689916 GAATTTA-TATTATTTTACTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAACCAATTATTTTATGACAAAAC
318 TAATTTAGTATTATTTTACTCGAAATAAGCTTATATGAACAAAA-CAATTATTTTATGACAAAAC
* * *
689980 -AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAACTATCTAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCA
382 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACATAGTT-A
*
690043 GTAAACAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAT
445 GTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTA-T-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
690106 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA
507 TATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
690171 ATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAATTTGTTCAGCAAACATATTT
572 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA-ACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACATATTT
* ** * * * *
690236 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTCATCGAAATATTTATATATTAATAGTATTTTAATCT-G
636 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATCTCG
*
690299 AATAAGTTTGTATGAATA
699 AATAAGATTGTATGAATA
* *
690317 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
** * * *
690382 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TCTATTAATTGT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATT-T
* * * *
690446 CTTAATATTAGTAAATT-GTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAACAATTT
129 -TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-A-A-CAAAAACAA-TT
* * * * * *
690510 GG----TGACAAA-ATAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
189 GGTTTATGACAAACA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
* * * * * * * * * *
690570 ATTTAAACTTGTTTGGTAC--ATAGATTCATTTTCTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATA
252 ATTTGAA-TTGATTAG-ACAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * ** * * * *
690633 TTAATAACTTAGTATTATTTTTTTTC-AAGTAAGCTGATATGAACTAAAATAATT-TTTTATGAT
314 TTATTAATTTAGTATTA-TTTTACTCGAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
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377 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACATA
* * * * * ** *
690760 GTTTAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAGTA
441 G-TTAGTAAACAGA-TTAATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * ** * * * **
690825 GTGTTATTTTAATCCGAATAAGTTTTTATGAATAGAAATTATTATTTTGTAACAAAAGAAAAAAT
503 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
690890 CATAACAATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTTTTTGAACTAAT-TTGA-TAAA
568 CATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACT--TGTTCAGCAAA
** * * * *
690952 CCA-ATTTACCTTTTAAA--T-TTA-TTAATAATTTTT-GAAGTATTAATAGATTAGTTTTATTT
629 -CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * *
691011 TATTTTGAACAA-ACTTATATGAAAAAA
692 TATCTCGAATAAGA-TTGTATG--AATA
* * * * * * * *
691038 AAAACATTTGTTGTATGACAAAAGAAAAGGTCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * ** * * * *
691102 GTCATAATTATTTGAACT-GGTTAGGCAAGCAGAATTATTTTTTAGATCTCTTACATATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* * * * **
691166 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAACAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTG
128 TT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTG
* * * *
691229 CTTTATGACAAA-ACAAAA---AT---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT-ATTAACTA
190 GTTTATGACAAACA-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAAATA
* * * * * * *
691286 TTTGAACT-AGTTTGGCAAA-AAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT
253 TTTGAATTGA-TTAGACAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * *
691349 -TTTATATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATA
316 ATTAAT-TTAGTATTATTTTA-CTCGAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACA
* * *
691412 GAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
378 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TA-GATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTT
691469 AAAGATTTAA
Statistics
Matches: 6490, Mismatches: 1331, Indels: 897
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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662 74 0.01
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716 500 0.08
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718 307 0.05
719 578 0.09
720 460 0.07
721 631 0.10
722 301 0.05
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724 21 0.00
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726 25 0.00
727 41 0.01
728 81 0.01
729 102 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (716 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT
GACAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAATT
GATTAGACAAACATATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAG
TATTATTTTACTCGAAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACATAGTTAGTAAACAGATT
AATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
TAAGCTTATATAAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTCGAATAAGATTGTATGAAT
A
Found at i:691999 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 691976--692011 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
691966 ATTGCTAAAC
*
691976 TAATAATAA-TTTAAAAAT
1 TAATAAGAACTTTAAAAAT
691994 TAATAAGAACTTTAAAAA
1 TAATAAGAACTTTAAAAA
692012 ATCAATGTGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.50
19 8 0.50
ACGTcount: A:0.61, C:0.03, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
TAATAAGAACTTTAAAAAT
Found at i:692689 original size:362 final size:354
Alignment explanation
Indices: 691471--693096 Score: 1216
Period size: 362 Copynumber: 4.5 Consensus size: 354
691461 AACTATTTAA
* * * * *
691471 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
691535 TTATTTCAAATTGTTAAAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTATTC--AGAA--TTT
65 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * **
691596 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAAT
130 TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * * *
691661 AAATTTGTTTATCGAATAAGTTTAAACAGTCATGTCCATTT-AAGCT-ATTATCTATTTCAAATC
193 AAA-TTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAA--TAATTATCTATTTCAAATA
* * * * * * ** * ***
691724 GTTATAACATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTT-ATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAA
255 GTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAA-AAATGTTTTTGA-TCATACAAGCTTGTTTTGAATAAA
*
691788 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
318 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** * * * *
691825 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATCATTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAGTTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * ** *
691890 TATCTT-AAATCGCTATGATC-TTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTA
66 TAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
691953 TTC-AGAGTAAACTATTGCTAAACTAATAATAATTTAAAAA-T--TAATAAGA-ACTTTAAAAAA
130 TTCGA-AATAAAATAATACTAATCTAATAAT-ATTTAAAAATTAATAATAAGAGA-TTTAAAAAA
* * * * ** *
692013 TCAATGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTA-CATATTTCAAATC
192 TAAAT-TGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATC-TATTTCAAAT-
* * * * * *
692077 A-TTTTGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAAT-TTTTTGGTTCATACATGCTT-ATTTGAAATA
254 AGTTATGACCTTTTATTTTA-TCATAAAAAAATGTTTTT-GATCATACAAGCTTGTTTTG-AATA
** * * *
692138 AAATAATACTCTTTTATGAACA-TTCAGAAAATTAGTAAG
316 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG
* * * * * *
692177 CAAGAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAATA
1 --AG-A-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * * * * * * *
692241 ATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTATTTTATCGTAAAACAATTGTTT-TACTTCATAAA
60 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * * * * * ** **
692305 AGTTTATCCTAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGTGAAGTTGGAGATTTA
124 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTAAAAATTAAT-AA-TAAGAGATTTA
* *
692370 AAAAATAAATTAGTTAATCGAATCAGTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAATAATTATCTATTTC
187 AAAAATAAATT-GTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTA-TGACCATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * *
692434 AAATATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTCATCTTACAAGCTTGTTTTGAA
250 AAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAA-AAATGTTTTTGATCATACAAGCTTGTTTTGAA
*
692499 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGG
314 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAG
* * * *
692544 AGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATTTATA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * *
692609 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTAT
66 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
692674 TCGGAATACAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATA
131 TCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * **
692739 AATTTTTTTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATTTATTTCAAACCGT
194 AATTGTTTAT--CGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGT
* * * * * * *
692804 TATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAAAAATGTTGTTGTTCATATAAGTTTGTTTCGAATAAAATAA
257 TATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATGTTTTTGATCATACAAGCTTGTTTTGAATAAAATAA
* ** *
692869 TATTAATTTATTAATATTTTGAAGATTAATAAG
322 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
692902 AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
692967 TATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTGATAC-AGTCTTA
66 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA
* * * * ** * * *
693031 TTTGAAAATAAAGA-AATGCCAATATGTTAATATCCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAA
130 TTCG-AAATAAA-ATAATACTAATCTAATAATAT-TTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
693095 AT
191 AT
693097 GAATCGTTGG
Statistics
Matches: 994, Mismatches: 220, Indels: 111
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 9 0.01
352 50 0.05
353 97 0.10
354 70 0.07
355 9 0.01
356 9 0.01
357 98 0.10
358 172 0.17
359 49 0.05
360 2 0.00
361 7 0.01
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364 14 0.01
365 2 0.00
366 1 0.00
367 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
ACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATGTTTTTGATCATACAAGCTTGTTTTGAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
Found at i:692961 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 691471--693004 Score: 1030
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 177
691461 AACTATTTAA
* * * * * * *
691471 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * ** * * * * * * * * *
691535 TTATTTCAAATTGTTAAAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTATTC--AGAA-TTTT
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTA
*
691597 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTTGG
130 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA----G
* * * * * * * ** *
691648 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTTAAACAGTCATGTCCATTT-AAGCT-ATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA--TAATT
* * * * * **
691710 ATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAAT
63 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCT
* *
691775 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
128 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * ** * * * * *
691825 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATCATTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAGTTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * **
691890 TATCTT-AAATCGCTATGATC-TTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTA
66 TAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * ** * *
691953 TTCAGAGTAAACTATTGCTAAACTAATAATAATTTAAAAATTAATAAG
130 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * ** * * *
692001 A-ACTTTAAAAAATCAATGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGATTATTAGAATAATTA
1 AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTA
* * * * * * *
692064 -CATATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TAAT-TTTTTGGTTCATACATGC
64 TC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATACAAGC
* ** * * * *
692126 TTATT-TGAAATAAAATAATACTCTTTTATGAACA-TTCAGAAAATTAGTAAG
127 TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAG
* * * *
692177 CAAGAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAATA
1 --AG-A-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
* * * * * * *
692241 ATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTATTTTATCGTAAAACAATTG-TTTTACTTCATAAA
60 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTCATACA
* * * * * * **
692305 AGTTTATCCTA-AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGTGAAGTTGG
124 AGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-AT-T-AA-TAAG
* * * * * ** *
692363 AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTAATCGAATCAGTTCAAATAATTATTGCCATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
** * * * *
692427 CTATTTCAAATATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTCA-TCTTACAAGCTT
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATACAAGCTT
* ** * *
692491 GTTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAGG
129 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAAG
* ** * * *
692544 AGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATTTATA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
692609 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTAT
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
692674 TCGGAATACAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAG
131 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAG
* * * * * * *
692725 AGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTGCCAAACCAATTCAAATAATTA-AGGCTATATGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTA
* * * * * * *
692789 TTTATTTCAAACCGTTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-AAATGTTGTTGTTCATATAAGTTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTT
* * * *
692853 GTTTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAGATTAATAAG
129 -ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * *
692902 AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * *
692967 TATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAA
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
693005 TAGTTGTTTC
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 236, Indels: 109
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 12 0.01
176 250 0.23
177 187 0.18
178 9 0.01
179 3 0.00
180 15 0.01
181 452 0.42
182 126 0.12
183 7 0.01
184 3 0.00
185 1 0.00
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
Found at i:693451 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 693126--693665 Score: 475
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180
693116 TATAAATAGT
* * * * ** ** * * *
693126 TATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTACATCCTGACTCAAAATAACAA-
1 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAA-AAT
* * * * * *
693190 AAT-CTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTAT
65 AATACAAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTAC
* * * **
693253 CAATCAAGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATTTATTTCCAATTGC
128 CAATCAACTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAC
* *
693306 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAG
1 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAA
* * *
693369 TAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAACTAATTAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATCTGTTTAC
64 TAATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTAC
* * *
693434 CGAAT-AACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTGAAATCAT
128 C-AATCAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAC
* * * * * *
693487 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAGGGTTATTCAAATTAAAATA
1 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATA
** * * * * *
693552 ATATTAATTTGTTAATATTTTGACAATTAATAAGTGAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCC
66 ATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTA-CC
* * * * * * * *
693617 AA-CAAGTTCTAATTGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
129 AATCAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
693666 GTTTTGACCT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 58, Indels: 23
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 50 0.17
181 219 0.76
182 17 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATA
ATACAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAA
TCAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAC
Found at i:693962 original size:286 final size:286
Alignment explanation
Indices: 693444--693964 Score: 687
Period size: 286 Copynumber: 1.8 Consensus size: 286
693434 CGAATAACTT
* * *
693444 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATA
* * * * * * *
693509 AAACAATTGTTTTTGTTCATATAGGGTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTTG
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG
* * * *
693574 ACAATTAATAAGTGAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCCAACAAGTTCTAATTGTCATAAC
131 ACAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCTAATAGTCATAAC
* * * *
693639 TACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGCTTCATCATAAAACAATGGTATCA
196 CACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCATAAAACAATGGTATCA
693704 ATTCATATAGGCTTACTGAACAGGCC
261 ATTCATATAGGCTTACTGAACAGGCC
* *
693730 CAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TATTTTATTTTGTTA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTATTTTGTCA
* *
693793 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
693857 CTAGA-AATTAATAGGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTC-AACTAGT
128 -TAGACAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCTAA-TAGT
**
693919 CATGTCCACTTGAACAATTATCTATATT-AAATCATTATGACCTTTT
190 CATAACCACTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTT
693965 ATTTTGTCAT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 27, Indels: 14
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
285 6 0.03
286 188 0.94
287 7 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (286 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAG
ACAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCTAATAGTCATAAC
CACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCATAAAACAATGGTATCA
ATTCATATAGGCTTACTGAACAGGCC
Found at i:694967 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 694454--697650 Score: 1430
Period size: 180 Copynumber: 18.0 Consensus size: 178
694444 ATCATTAATA
* * *** * ** * * *
694454 CTTTTCGTTTTTTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACT
1 CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTACTTGAAATAAAATAACACT
* * * * * * * *
694519 AATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAT--TGATTTAAAAGTTAAATCTATTTACCGATCTAGT
65 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAATAAGGATTTAAAA-ATAAATCTATTTACCAAACCAGT
* *
694582 TTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
129 TCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* * * * *
694632 CTTTGGTTTTG-CATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTTACAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTACTTGA-AATAAAATAACACT
* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTACTTGAAATAAAATA-ACACT
* * * * * * * *
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* ** *
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* * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATATAAGTTTAC-TTGAAATAAAATAACAC
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * **
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* * * * ** * * * *
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* * * * * **
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* * * * **
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTACTT-GAAATAAAATAACACT
* * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATATAAGTTTACTTGAAATAAAATAACACT
** * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* * *
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* *** * * ** * * * * *
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** * * * ** *
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* * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* ***
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*
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** * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * ** * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * * ** * ** *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * ** *
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** * * * * * *
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* * * * * * * ** ** *
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** * ** * ** * *
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** ** * * * *
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* ** * * * * * *** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * **** ** *
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* * * * * * **** * ** *
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378 CAAATCACTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACCTCATACAAGTTTATTCGAA
* * * * *
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** ** *
697227 -TAGTTTACCAGACCA-ATTCAAATAGTTATG
507 CTA-TTTACC-GAATACATTCAAATAGTCGTT
* * * * * *
697257 ACTATCTGAAGAATTATATATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAA
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
697313 TAATTATTTT
Statistics
Matches: 1744, Mismatches: 346, Indels: 172
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Matches are distributed among these distances:
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525 1 0.00
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Consensus pattern (536 bp):
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CAGTTAATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCTAAAAATAATAAG
AAATTAAAAAAATAATCTAATTACTAAACCAATTAAAATAATTAAGACCATATGAATAATTATCA
ATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAATTTTTTATCAGACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTATTTATTAAACCAGTTCATAGGTTAAGATTGTTAGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATGA
CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACCTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACT
AATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
CATTCAAATAGTCGTT
Found at i:695724 original size:361 final size:358
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* * * ** **
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* * **
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* * * * *
694628 TAACCTTTGGTTTTG-CATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAG-TTTATTTACAATAAAATAA
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATAA
* * * * * **
694691 TACTAATGTAATAATATTTTAAAAATTCATAATTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAA
193 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * *
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257 ACCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
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319 TTGTCGTAAAACAATTGTTTCA-CTCATACAAGTTTATTCG
* * * * * *
694861 AAATAAAACAGA-ACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAG-GCATTT-AAAAATAA
1 AAATAAAATA-ATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAG-ATTTAAAAAATAA
* * * * * *
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64 ATCTATTTACCGAA-TACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
694987 ATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTCATATAA-TTTTCTTTGAAATAAAATA
128 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATA
* * * *
695051 ACACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCA
192 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* ** * * *
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256 AACCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTAG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
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318 TTTGTCG-TAAAACAATTGTTTC-ACTCATACAAGTTTATTCG
* * * * ** * ** * *
695222 ATATTGAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * * ** * *
695287 ATCTAATTGCTGAA-CCAATTTAAATAGTTA-AGACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCTT
64 ATCTATTTACCGAATAC-ATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** ****
695350 TCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATT-TTTTATTTGTACAAGCTTT-TTTGGTTTAAAAT
127 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTATTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAAT
* * * **
695413 AATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATT
191 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * *
695478 AAACCAGTTCATAGGTTAAGATTGTTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTT
255 AAACCAGTTCATA-GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
*
695543 TAGTCGTAAAACAATTGTTTCACCTCATACAAGTTTATTCG
319 TTGTCGTAAAACAATTGTTTCA-CTCATACAAGTTTATTCG
* *
695584 AAATAAATTAATACTAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
** * *
695649 TCTATTTACCGAATACATTCAAATAGTCGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
65 TCTATTTACCGAATACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * **
695714 AACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGC-TTATACAAAATAAAATAAT
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATAAT
* * * * * *
695778 ACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTAAAT
194 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * * * * *
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259 CAGTT--CATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * * *
695904 TTATAAAACAATTTTTTTA-TCAGACAAGCTTATTTG
322 TCGTAAAACAATTGTTTCACTCATACAAGTTTATTCG
*
695940 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * ** *
696000 GT-GTT------T---TT-GAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTTAAATTGTT-TG
66 CTATTTACCGAATACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * * * * * *
696053 ACCTTAT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATATAAGC-TTATTCAGAATACAATAATC
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATAATA
* * * * * *
696116 CTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACCAA
195 CTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAA
** * * * * * *
696180 ATAAGCTCAATTAGTTATGACTATTTA-AACAATTACCTGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
257 ACCAGTTC-A-TAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * ** *
696244 TTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAGGCCTA-TAG
319 TTGTCGTAAAACAATTGTTTCA-CTCATACAAGTTTATTCG
* * * *
696284 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAT--G--AGAGATTT-AAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * ** *
696344 TTGTTTACTAAAT-CAGTTAAAATAATTACGA-TCATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCGTTA
66 CTATTTACCGAATACA-TTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
696406 TGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAGACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAA
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
696470 TAATAATTTATTAATATTCCTAAAA-T--TAATAAGTGACTTAAAAAGT-AATCTATTTTCCAAA
193 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * * ** *
696531 -TATGATCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC--TT-TT
258 CCA-GTTC--ATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
** ** *
696591 TT-TAATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTG
319 TTGTCGTAAAACAATTG--TTTCACTCATACAAGTTTATTCG
* * ** * *
696631 GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
696696 CTGTTTACC--A-A-A--C---TAGTT-T--TTATTCAAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATA
66 CTATTTACCGAATACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* *** * * * **
696749 ACCTTTT-ATTCCACTATAAAATAATTGTTTCAATTCACACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAAT
131 ACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATAAT
* * *
696812 ATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTTATAAAAA-AAATCTATTTACCA
194 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTA-AAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * ** *
696876 AAGCAGTTCAAACATTTAAAACTA-TACAAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGT
256 AACCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
696940 TCTGTCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
318 TTTGTCGTAAAACAATTGTTTCA-CTCATACAAGTTTATTCG
* * * * * * * *
696982 AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTATTAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *** * * *
697047 CT-GTTACTGAAT-CATTTCAAATACTTAGGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTGT
66 CTATTTACCGAATACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
697110 TACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTT-TGATCATTCAAAC-TTATTTGAAATAAAATAA
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATAA
* * *
697173 TACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCA
193 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCA
* * * * * * ** *
697237 GACCAATTCAAATAGTTATGACTATCT-GAAGAATTATATATTTTAAATTATTATAACCTTTTGT
256 AACCAGTTC--ATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * *** *
697301 TATGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCG
318 TTTGTCGTAAAACAATT-GTTTCACTCATACAAGTTTATTCG
* * * * * ** * * **
697343 GAGTAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATAAACAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
697408 T-TTTCTTGCC-AA-ACCAATTCAAAGAGTTA-AGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAAAT-
65 TCTAT-TTACCGAATA-C-ATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATC
* * * * * * * * * *
697468 GTTATGACCTTTTGTTTTGCCGTAGAACAA---TTTGAGTTCTTAGTAA-C-TTATTCAGAATAA
125 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATA-CAAGCTTTATTTAAAATAA
* * * * * *
697528 AATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTCTATTT
188 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** * * * * * *
697593 GCCAAACTTGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-----
252 ACCAAACCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * *** * * * *
697653 -------T-ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCA
315 TGTTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTCACTCATACAAGTTTATTCG
* * * ** *
697690 AAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTT-TGAAA--AATAAG-AAGTGATTTAAAAAATAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * * * *
697751 TCTA-GTA-CTAA-ACCAATTTAATTAGTTATAA-TCATTTGAACAATTAT-TTTTTCAAATCGT
65 TCTATTTACCGAATA-C-ATTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * ** *
697811 TATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAATC-TTATTTGGAATAAAGT
127 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * * **
697875 AATGCTAATTTATTAATA-TTCTGAAAGTTAATAAGTAATG-GATTT-AAAAATGAATATATTGG
191 AATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
*** * * * * * * * * * *
697937 CTTGACTAGTGCAAATAGTTATGATTGCTT-GAACAATTGTCTATTCCAAATTGTTATAACCTTC
253 CCAAACCAGTTC--ATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * ** ** **
698001 TGTTTTATC--ACAAACTAATTATTTCTGTTTGTACAAGCATATTCG
315 TGTTTTGTCGTA-AAAC-AATTGTTTC-ACTCATACAAGTTTATTCG
* * * * *
698046 AAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * **
698111 CTATTTACCTAACAAATTCAAATAGTCATAACGATTTGACCAATTATCTATTTCAAATCGCTATT
66 CTATTTACCGAATACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-T
* * * * * *
698176 ATCTTTTTATTTTGTCATTAAGCAATTTTTTTCTATTCATACAAGC
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-TATTCATACAAGC
698222 ATATCTCAAA
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCGAATACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTTATTTAAAATAAAATAATAC
TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA
GTTCATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGT
AAAACAATTGTTTCACTCATACAAGTTTATTCG
Found at i:696669 original size:172 final size:173
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696214 ACCTGTTTAA
* * * * * * * *
696224 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAGGCCTA-TAGGAAT
1 AATCGTTATGAACTTTTG-TTTCTAATAAAACAATTGTTTCAG-TCATACAAGCCTATTAGGAAT
* * * * * * *
696288 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATGAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACT
64 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTGACTTAAAAATAAATCTATTTACC
* *
696353 AAATCAGTTAAAATAATTACGATCATTTGAACAATTATCTATTTC
129 AAATCAGATAAAATAATTACGATCATTTCAACAATTATCTATTTC
* * * * *
696398 AATCGTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAGACAAGCTTATTCA-AAA
1 AATCGTTATGAACTTTTGTTTC-TAATAAAACAATTGTTTCAG-TCATACAAGCCTATT-AGGAA
* *
696462 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGTGACTTAAAAAGT-AATCTATTTT
63 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTGACTTAAAAA-TAAATCTATTTA
* * *
696526 CCAAAT-ATGATCAAATAATTATGGTCATTTCAACAATTATCTATTTC
127 CCAAATCA-GATAAAATAATTACGATCATTTCAACAATTATCTATTTC
*
696573 AAATCGTTATGAAC-TTT-TTT-TAATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAA
1 -AATCGTTATGAACTTTTGTTTCTAATAAAACAATTG--TTTCAGTCATACAAGCCTATTAGGAA
** * * * *
696634 TAAAATAATGCTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG
63 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGT----GACTT-AAAAATAAATCTA
696699 TTTACCAAA
123 TTTACCAAA
696708 CTAGTTTTTA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 37, Indels: 27
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
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173 3 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
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AATCGTTATGAACTTTTGTTTCTAATAAAACAATTGTTTCAGTCATACAAGCCTATTAGGAATAA
AATAATAATAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTGACTTAAAAATAAATCTATTTACCAA
ATCAGATAAAATAATTACGATCATTTCAACAATTATCTATTTC
Found at i:696820 original size:169 final size:165
Alignment explanation
Indices: 696560--696877 Score: 383
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
696550 TCATTTCAAC
* * *
696560 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTTAATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCC
1 AATTACCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTCAATAAAACAATTG-TTTTCATCACACAAGCC
* * * * * * ** *
696625 TATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTTA-AA
65 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTTATAA
*
696688 AAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTTTATTCAAAT
130 AAA-AAATCTATTTACCAAACTAGTTTTTATTCAAAT
*
696725 AATTACCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTATTCCACTATAAAATAATTG-TTTCAATTCACA
1 AATTACCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTT-TT-CA--ATAAAACAATTGTTTTC-A-TCACA
* *
696788 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATT
59 CAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATT
696853 TTATAAAAAAAATCTATTTACCAAA
124 TTATAAAAAAAATCTATTTACCAAA
696878 GCAGTTCAAA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 16, Indels: 13
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.02
165 27 0.21
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170 19 0.15
171 5 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (165 bp):
AATTACCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTTTCAATAAAACAATTGTTTTCATCACACAAGCCT
ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTTTATAAA
AAAAATCTATTTACCAAACTAGTTTTTATTCAAAT
Found at i:698257 original size:155 final size:153
Alignment explanation
Indices: 698078--698372 Score: 378
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
698068 TAATATTTCA
* *
698078 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCTAACAAATTCAAATAGTCATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAATTCAAATAGT-ATAAC
** * * * * *
698143 GATTTGACCAATTATCTATTTCAAATCGCTATTATCTTTTTA-TTTTGTCATTAAGCAATT-TTT
65 GATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTATGA-CTTTTTAGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
698206 TTCTATTCATACAAGCATATCTCAAAT
129 TTC--TTCATACAAGCATATCTCAAAT
* * * * * * *
698233 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCTAATAAGTTCAAATAGTTTGACT
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAATTCAAATAGTATAACG
* *
698298 ATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTAGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
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ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTATGACTTTTTAGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT
CTTCATACAAGCATATCTCAAAT
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*
698233 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCT-AATAAGTTCAAATAGTT-TGA
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* * * *
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* * ** * * * *
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** * * * * * *
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1 AAAATTAATAAGT-AAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
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63 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* ** *
698542 -AGTTCATATAGGCATA-TTCTAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTA
128 TA-TTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTA
* * * * *
698594 AAAATTAACAAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATTTGATTGCTGAACAAGTTCAATTAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATCT-ATTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
698659 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATGAAGCAATTGTTTC
63 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * *
698724 TATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATTA-AATTTGTTAATATTGC-A
128 TATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-CTA
* * * *
698775 AAAATTAATAAGTAAAA-GTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAGCCCA-TTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTA-TTTCTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
698838 TAATTAACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAA
64 ----T-A-T--TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * *
698903 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
121 TTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTA
* * * * * *
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1 AAA-ATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAA-TAAATCTATTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * *
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63 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTGTTT
*
699089 CTGTTCATACA
127 CTATTCATACA
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Statistics
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AAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTA
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698648 ATTAGTTATG
* * * *
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1 ACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTT
* * *
698723 CTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATTA-AATTTGTTAATATTGCAAAA-ATTAATAA
66 CTATTCATACAAACTTA-TTCGAAAAAAATAA-TACAATTTATTAATATTCCAAAATATT-A-AA
* *
698786 GTAAAA-GTTAAAAAA-TAAATCTATTTTTTGAGCCCATTCAAATAGTTATGACTAATTA
127 CTAAAATATTAAAAAAGTAAATCTATTTTTTGAGCCCATTCAAATAGTTATGACTAATTA
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1 ACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTT
*
698909 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATATTAAACTA
66 CTATTCATACAAACTTATTCGAAAAAAATAATAC-AATTTATTAATATTCCAAAATATTAAACTA
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130 AAATATTAAAAAAGTAAATCTATTT
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Statistics
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CTATTCATACAAACTTATTCGAAAAAAATAATACAATTTATTAATATTCCAAAATATTAAACTAA
AATATTAAAAAAGTAAATCTATTTTTTGAGCCCATTCAAATAGTTATGACTAATTA
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698969 AACTAAAATA
** ** *
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1 TTAAAAAA-TAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTAAAATAGTAATG-TTCACTTGAACAATTATCT
*
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125 CAATTTAATAGGTAGGAGAT
* * * * *
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* * *
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699244 AAATTATTGA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 14, Indels: 8
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TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTAATGTTCACTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTATTGTAAAAAATTATTTCTGTTCATACATATTCTGCAATTT
AATAGGTAGGAGAT
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699101 ATTCTGCAAT
* * * * ** * * * * *
699111 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTGACATAGTCATG-TTCAC
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-A-
* ** **
699175 TT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTTGTAAAA-AATTGTTTTTGT
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** * * *
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* * * * *
699290 -T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCT-AACTAGTTCAAAACAGTTATGACTA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT-TGAACCAGTTC-AAATAGTTATGACTA
** * * * ** * **
699350 TTTTAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATGGAACAATTGTTTCTTT
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * * * *
699414 TCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA
129 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * *
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1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * **
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66 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * * *
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131 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** * * * ** * *
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1 -TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
699712 TTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTCAG
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCAG
* * * *
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** * * *** * * *
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1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-A
* * * * * *
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* * * * *
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127 GTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * * * *
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1 TTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * *
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64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * * *
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* * * * * *
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1 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * **
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64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * * ** *
700320 TCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAACAATATTCCAAAAA
129 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
** * *
700373 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATATTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTT-TGGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAT-GACTAT
* * * * * * *
700436 TAGAACAATTATTTATTTTAAATCATTCTGACCTTTCGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTT
65 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
** * *
700501 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAA
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* * * ** *
700553 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA-ACTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-
* * * * * *
700617 TTA-AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTCGGT
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * *
700681 TCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAA
129 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * ** * ***
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1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-T
* * * * * ** *
700799 TA-AACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGA
65 TAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * * **
700861 TCATACAAGCTGATTT-CAATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAA
129 TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * *** * * * *
700914 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCATTTTAAATAGTTAAGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
700979 AGAATAATTATTTATTTCAAATTG-TACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATT
66 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
* * *
701043 CATACAATCTTATTT-AGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAA
130 CATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAA
* * * * * ** * *
701095 TTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAGTAAATTTGTTTACCGAA-TAGGTTCAAATAGTTATGAATA
1 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
701159 TTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * *** * * *
701224 TCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTC-AAGA
129 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAA
* * * * ** * *
701277 TCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ACAGTTTATCGAA-TTGTTTCAAATAATTATGACCA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTATTGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTA
* * *
701340 TTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTGTT-T
64 -TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCA
* * * *
701403 GTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTTCAAAAA
127 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * * *
701458 TTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAAAAAAT-TGTTTGCCT-AGCGAGTTTAAATAGTTATGACTA
1 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTT-ATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
701520 TTTA-AACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTCTTGTTTTATCATAAAA-CATATGTTTCT
64 -TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTC-
*
701583 A-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC---------AA-ATTT-----A
126 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
** * * *** * * * *
701623 TTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGATTAAGTTTAAATAATCAT-ATCCAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT
* * * * * *
701687 TTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C----ATTTTGTC-T-ACA-AATTGTTTTTA-T
65 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGT
** *
701743 TCATACAAAATTA-TTCAACATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
129 TCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
** * ** *** * *
701796 TTAATAAGT----GATTTAAAATCTAAATCTGCTTACCAAACTAAG-TCAAATAATTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
701856 TTGAACAATTATTTATCTCAAAT-GATTATGA--TTTT-TTTTGTCATAAAAAAATTTGTTTCTA
65 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTC-A
* * * * ** * * *
701917 -TTTATACAAGTTTATTT-AGAGTAAAATATTACTAAAATAATAGTATTTTAAAAA
127 GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * * * *
701971 TTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAATCAGATCAAATAGTTAAGAC-ATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
702035 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATTATTGTTTTAGTTC
66 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * * *
702100 ATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTTAAAAAA
131 ATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * *
702151 TTAATAAG-AA-A-TTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAAC
702190 ATTTGTTTTA
Statistics
Matches: 2268, Mismatches: 513, Indels: 240
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 4 0.00
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160 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
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AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
Found at i:700559 original size:361 final size:357
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Indices: 699111--702183 Score: 2063
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699101 ATTCTGCAAT
* * * * * * * * * * *
699111 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTGACATAGTCATG-TTCAC
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACT-AT
* ** *
699175 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTTGTAAAA-AATTGTTTTTGTT
64 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
** * * *
699238 CATACAAAATTA-TTGAAATAAAATAATAATTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAG
129 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * **
699298 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCT-AACTAGTTCAAAACAGTTATGACTATTTTAACAATTA
193 AGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTA-CTGAACCAGTTC-AAATAGTTATGACTATTAGAACAATTA
* * * * * * ** ** *
699362 TCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATGGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATA
255 TTTATTTTAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
699427 TTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA
320 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT-CAAAAA
* * * * * * ** * *
699467 TTAATAATTAAGAGATTTAAAAATTAAATATATTTGTTAAACCAATTCAAATAGTTAGGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * * ** *
699532 AGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTACTTCAGTTC
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * * * * * **
699597 ATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAA-CTTTCAAAAAGATAGTAACCAAGA
130 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGA
* * * ** * * *
699661 AATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATGAGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACAATTATT
194 GATTT--AAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATT
* ** * * * * *
699726 TATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTCAGTTCATAAAAACTTA
257 TATTTTAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTA
*
699791 -TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
320 TTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTTCAAAAA
** * * * * ** * * * * *
699831 TTGTTAAGTAAGAGATTTAACAACTAAAGCCATTTTTCGAACCAATTTAAATAGTTATGACTGTT
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * ** *
699896 TAAACAAATATCAATCTT-AAATTGTTATGA--TAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTGA
65 TGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * * *
699958 TCATACAAGCTGATTTGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAC
128 TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-
** * * * * *
700022 A-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGTCAGTTTTAATTA-TTAAGGCTATTAGAATAAT
191 AGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAAT
* * ** * * * * *
700084 TATCTATTTCATTTCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGC
253 TATTTATTTTAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * * *
700149 TTATTTGGAAGAAAATAATTCTAATTTATTAACTTTTGAAAAA
317 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA--TTTCAAAAA
* *
700192 TTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTAAGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-GTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * *
700257 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTT
64 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * ** *
700321 CATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA
129 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
700386 GATTTAAAAATAAATATATTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTT-TGGACTATTAGAACAATTATTT
194 GATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTAGAACAATTATTT
* * * *
700450 ATTTTAAATCATTCTGACCTTTCGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT
258 ATTTTAAATCATTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* *
700515 CAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACTTTCAAAAAA
322 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTC-AAAAA
* * **
700553 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAAATATA-ACTA
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTA
* * * * * *
700616 TTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTCGGT
63 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * * * * * *
700681 TCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAG
128 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * ** *** *
700746 AGATTTAAAAACTAGAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTGCAACTATTTA-AACAAATAT
193 AGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTAT
** * * * * ** * *
700810 CAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCTGAT
256 TTATTTTAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-
* **
700875 TTC--AATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAA
320 TTCGAAAT-AAAATAATACTAATTT-AT-TAATTTCAAAAA
* * * * * *
700914 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCATTTTAAATAGTTAAGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * * * **
700979 AGAATAATTATTTATTTCAAATTG-TACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATT
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * * * * *
701043 CATACAATCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAA
129 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
701107 AGATTTGAAAAAGTAAATTTGTTTACCGAA-TAGGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTA
193 AGATTT-AAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTA
* * * * * *
701171 TTTATTTAAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTT
255 TTTATTTTAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT
* * * * *
701236 ATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTC-AAGA
319 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-A-TTTCAAAAA
* * * ** * * *
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1 TTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAG-TTCAAATAGTTAAGACTAT
* *
701341 TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTGTT-TG
64 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-TTCTG
* *
701404 TTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
127 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
701469 -AAATTTTAAAAAAAAAATTGTTTGCCT-AGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATT
192 GAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATT
* * *
701531 ATTTATTTTAAATCGTTATGATCTCTTGTTTTATCATAAAAC-ATATGTTTCTA-TTCATACAAG
254 ATTTATTTTAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC-AGTTCATACAAG
* *
701594 TTTATTTGAAATAAAATAATAC------A--AATTT-----A
316 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTCAAAAA
** * * * * * * *
701623 TTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGATTA-AGTTTAAATAATCATA-TCC
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GA--ACAGTTCAAATAGTTA-AGACT
* * * * * *
701685 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C----ATTTTGTC-T-ACA-AATTGTTTTTA
62 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
** ** *
701742 TTCATACAAAATTA-TTCAACATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
127 TTCATACAAGCTTATTTGGA-ATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * *
701805 ---GATTTAAAATCTAAATCTGCTTACCAAACTAAG-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
191 AGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACTGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATT
* * * * * * *
701866 ATTTATCTCAAATGATTATGA--TTTTTTTTGTCATAAAAAAATTTGTTTCTA-TTTATACAAGT
254 ATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC-AGTTCATACAAGC
* * * ** * *
701928 TTATT-TAGAGTAAAATATTACTAAAATAATAGTATTTTAAAAA
317 TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA--ATTTCAAAAA
* * * * * * *
701971 TTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTAAATCAGATCAAATAGTTAAGAC-AT
1 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * **
702034 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATTATTGTTT-TAGT
64 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GT
* * * * *
702098 TCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAG-AA
128 TCATACA-AGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* *
702161 -A-TTTTAAAAAATAAATATGTTTA
192 GAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA
702184 TCGAACATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (357 bp):
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GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATTTATT
TTAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATTTCAAAAA
Found at i:700868 original size:903 final size:902
Alignment explanation
Indices: 699181--701628 Score: 3032
Period size: 903 Copynumber: 2.7 Consensus size: 902
699171 TCACTTGAAC
* * * ** ***
699181 AATTATCTATTTCAAATTGTTA-TGACC-TTTGTTTTGTTGTAAAA-AATTGTTTTTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATT-ATACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
** * * * * *
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65 AAGCTTATTTAGAAGAAAATAAT-ACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAAT
* * * *
699302 TT-AAAAACTAAATTTGTTTATCTAACTA-GTTCAAAACAGTTATGACTATTTTAACAATTATCT
128 TTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC-AGGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * **
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191 ATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTT
*
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* * * * * *
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320 TATATTTGATAAACCAGTTTAAATAGTTTGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCT
* *
699560 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTACTTCAGTTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATA
385 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* ** *
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* * * *
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* * *
699754 TGT-AATAAAACAATTATTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATT
577 TATCAA-AAAACAATT-GTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATT
* * * *
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640 AATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCCATTTTTCGAACCAATTCAAAT
** * ** *
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705 AGTTACAACTATTTAAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAA
* **
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* * * * * *
700013 AATAAGTACA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTCAGTTTTAATTA-TTAAGGCTATT
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700076 AGAAT
898 AGAAT
* * * *
700081 AATTATCTATTTC-ATTTCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATT-ATACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
* *
700145 AAGCTTATTTGGAAGAAAATAATTCTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
65 AAGCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
*
700210 GAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
130 GAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
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195 CAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGAT
*
700340 TAAAATAATATTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATAT
260 TAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATAT
* * * *
700405 TTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTTGGACTATTAGAACAATTATTTATTTTAAATCATTCTGACCT
325 TTGATAAACCAGTTTAAATAGTTTGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCT
* * **
700470 TTCGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAAT
390 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAAT
*
700535 TTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAAGTT
455 TTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACGAGTT
* *
700600 CAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCAAA
520 CAAATAGATATAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTATCAAA
* *
700665 AAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCA
584 AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCA
* * * * *
700730 AAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAGAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTGCAAC
649 AAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCCATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTACAAC
** *
700795 TATTTAAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTG
714 TATTTAAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTG
* *
700860 ATCATACAAGCTGATTTCAATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAA
779 ATCATACAAGCTGATTTCAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
700925 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCATTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
844 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCATTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
* *
700984 AATTATTTATTTCAAATTGTACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTATACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
*
701049 ATCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTT
66 AGCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTT
* * * * *
701113 GAAAAAGTAAATTTGTTTACCGAATAGGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTTATTT
130 GAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** ****
701178 AAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGTTTATCCAA
195 CAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCATATTTGG
* * * * * * *
701242 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTC-AAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-
258 ATTAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * ** * *
701305 ACAGTTT-ATCGAA-TTGTTTCAAATAATTAT-GACCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCG
321 ATA-TTTGAT-AAACCAGTTT-AAATAGTT-TGGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
701366 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTGTT-TGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA
381 TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTAT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * *
701430 TAATAATAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAA-AAAATTGTTT
445 TAATAATAATTTATT-AACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAAACTATTT
* * * * * * *
701492 GCCT-AGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTC
508 -ACTGAACGAGTTCAAATAGATATAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGA-CTT
* * ** * *
701556 TTGTTTTATCATAAAAC-ATATGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACAAA
571 TTGTTTTATCAAAAAACAAT-TGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAC
701619 TTTATTAATA
634 TTTATTAATA
701629 AGTTGGAGAT
Statistics
Matches: 1344, Mismatches: 170, Indels: 64
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
899 4 0.00
900 17 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (902 bp):
AATTATCTATTTCAAATTATACTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
AGCTTATTTAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTG
AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGATT
AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATATT
TGATAAACCAGTTTAAATAGTTTGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTT
TTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATT
TATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACGAGTTC
AAATAGATATAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACTTTTGTTTTATCAAAAA
ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
AATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCCATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTACAACTA
TTTAAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGAT
CATACAAGCTGATTTCAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCATTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
Found at i:703226 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 702240--703462 Score: 1056
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 181
702230 CTTATCCAAC
* * * * * ** *
702240 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * *
702304 AATTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 TGTTTA-CAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * ** *
702368 AACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTCATCATACGAGC-CAAGTTGGA
128 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGATTTGGA
* * * *
702421 ATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-AAAAATTTATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * ** * *
702485 TGCTTACTGAACTAA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAGTAATGATATATTTCAAAT-AGTTAT
65 TGTTTAC-AAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
* * * * *
702548 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTT-ATTTGGA
127 GACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGATTTGGA
** * * *
702602 ATAAAGCAATACTAATCTAATAATA-T-AATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
702665 TTGTTTGCTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATATAAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATG
64 TTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** *
702730 ACATTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGATTTTGTTCATATAAGTTTTCTTTAGA
128 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGATTTGGA
* **
702784 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
702845 GTGTA-AACCCAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
66 GTTTACAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
702908 CATTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTCGATTGATACAATCTT-ATTTGGA
130 CTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTGATTTGGA
* * * * * *
702958 ATAAAGTAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTATAAAATGAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * * * * **
703022 TATTGGCATGACTAGTACAAATAGTTATAACTTTTTGAACAATCATCTATTTCAAATTGTTATGA
65 TGTTTACA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
*
703087 CCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TTGATTGGGA
129 CCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGATTTGGA
* * *
703139 ATAACATAATTCTAATTTATT-ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
703203 GTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTCTAAC
66 GTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
703268 CTTTTGTTTTGTTATAAAA-TATCTTTTTTCTATTCATACAAGCTTG-TTT-CA
130 CTTTTGTTTTGTCACAAAACAAT-TGTTTT-TGTTCATACAAGCTTGATTTGGA
* * * * * *
703319 ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAATAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATA
1 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
703384 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATATATTTCAAATCATTATGA
65 TGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
703449 -CTTTTGTTTTGTCA
129 CCTTTTGTTTTGTCA
703463 AACAATCACA
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 173, Indels: 66
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 40 0.05
175 10 0.01
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177 6 0.01
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183 1 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGATTTGGA
Found at i:703429 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 703399--703448 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
703389 ACCAAATAAG
*
703399 TTCAAATAGTTATGATTAT
1 TTCAAATAATTATGA-TAT
703418 TT-AAATAATTAT-ATAT
1 TTCAAATAATTATGATAT
*
703434 TTCAAATCATTATGA
1 TTCAAATAATTATGA
703449 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 10 0.37
18 10 0.37
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATGATAT
Found at i:704613 original size:201 final size:200
Alignment explanation
Indices: 704257--704622 Score: 445
Period size: 200 Copynumber: 1.8 Consensus size: 200
704247 TAATTGTTTA
* * * * * *
704257 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGAGTAAAAAAAAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATATCAAATAAGCTTGCATCAG-AAAAAAAAATTATTTTA
* * * *
704322 TGACAAAACAAAATGTTATAGTGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * **
704387 TTTGTTTGGTAAGCAGATTATTTTTTAAATTCATTTTTTAAATCTATTATCTATTACCTATTAAC
130 TTGGTTAGCCAAGCAGATTATTTTTTAAATTCATTTTTTAAATCTATTATCTATTACCTATTAAC
704452 TTTCAG
195 TTTCAG
* *
704458 AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGCA-CA-AACAAAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATATCAAATAAGCTTGCATCAGAA-AAAAA-AATTATTTT
* ** *
704521 GTGATGAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATCAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-
64 ATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTCGAAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
704584 ACATTGGTTAAGCCAA-CAGATTCATTTTTTAGATTCATT
128 A-ATTGGTT-AGCCAAGCAGATT-ATTTTTTAAATTCATT
704623 ATTAATAACT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 21, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
198 2 0.01
199 9 0.07
200 72 0.52
201 55 0.40
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (200 bp):
AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATATCAAATAAGCTTGCATCAGAAAAAAAAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
TGGTTAGCCAAGCAGATTATTTTTTAAATTCATTTTTTAAATCTATTATCTATTACCTATTAACT
TTCAG
Found at i:704628 original size:542 final size:534
Alignment explanation
Indices: 703535--704943 Score: 1180
Period size: 561 Copynumber: 2.6 Consensus size: 534
703525 TAATTTTTGG
* * *
703535 AATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT
1 AATATTAAT-AATTAATATTATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT
* * * * *
703600 GACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAT
* * *
703665 GTGCTAAAAAAATAGATTTTTTTTTTTAAATTTCTACTTCGTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
130 GTACTAAAAAAATAGATTTTATTTTTTAAATTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
703730 TATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
195 TATATTATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
*
703795 TTATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAATTTGTACGGTAAATA
260 TTATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTTGTACGGTAAATA
* * * * * *
703860 GATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
325 AATTCATTTTTTAAATCTATTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATT
* * ** ** * * *
703925 TCAAATAAATTTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGGTTTGA
390 TCAAATAAACTTACACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
** * * * *
703990 AATAAATAATTATTCAAATAATTGTGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAA
455 AATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTGTA-TAAACACA--TA---TCAAA
704055 TTCATTTTCTTATTAATTGTCAA
514 TTCATTTTCTTA-TAATTGTC-A
* *
704078 AATATTAATAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTAT
1 AATATTAATAATTAATATTATTTT-ATCTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT
* *
704141 GAGAAAACTAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
65 GACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * *
704205 CT-TATTCAATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTGT-TACTTATTAATTGTTT-AAATATTAAT
129 -TGTACTAAAAAAATAGATTTTATTTTTTAAAT-T-TCTACTTAGTAATT-TTTGAAATATTAAT
*
704266 AAATTTGTATTATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGAGTA-AAAAAAAATTATTTTATGACAAAA
190 AAATTTATATTATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * * **
704330 CAAAATGTTATAGTGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTG
253 CAAAAGGTTATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTTGTACG
704395 GTAAGCAGATTATTTTTTAAATTCATTTTTTAAATCTATTA-TCTATTACCTATTAACTTTCAGA
318 GT----A-A--A-----TAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTC-ATTA---ATT---TTT-AGA
* * *
704459 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTGTG
363 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTACACAAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * * *
704524 ATGAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATCAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT--AC
428 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * *
704586 ATTG-GT-TAAGCCAACAGATTCATTTTTTAGATTCATTAT-TAATAACTT-TTA
492 -TTGTGTATAA-AC-ACATA-TCA------A-ATTCATTTTCTTATAA-TTGTCA
** * * * *
704637 GAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT-TCTAAATAAGAC-TGTATAAACAGAAACAATT-ATT
1 -AATATTAAT-AATTAATATTATTTTATCTC-AAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT
* ** * *** * * * * *
704699 TAATAACAGTACAAATGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACT-TAT
62 T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTAT-T
* * * ** * * ** *
704763 TGAA-CTATTTTAGTAAATAGA-TTTA-TTTTTCAA-TTCT-CTTATTAATTTTCAAAATGTTAA
125 TGAATGTA-CTAAAAAAATAGATTTTATTTTTTAAATTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
704823 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAACA-AAG-TTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTGTGACAAA
189 TAAATTTATATTATTTTA-TATGAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * *
704886 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
252 ACAAAAGGTTATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
704944 CTGGTTCAGC
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 101, Indels: 98
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
540 13 0.02
541 129 0.18
542 128 0.18
543 12 0.02
546 1 0.00
547 1 0.00
549 1 0.00
553 2 0.00
554 26 0.04
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556 1 0.00
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561 151 0.21
562 76 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
AATATTAATAATTAATATTATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATG
TACTAAAAAAATAGATTTTATTTTTTAAATTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
ATATTATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
TATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTTGTACGGTAAATAA
ATTCATTTTTTAAATCTATTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTT
CAAATAAACTTACACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTGTATAAACACATATCAAATTCATTT
TCTTATAATTGTCA
Found at i:705458 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 703492--705698 Score: 1312
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 181
703482 GCTTGCTCGA
* * ** * *
703492 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
703557 TTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCT
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AT
* * * * * * *
703622 -ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGCTAAA
130 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAG
* * ** *
703673 AAAATAGATTTTTTTTTTTAAAT-TTCTACTTCGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATT
1 TAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* *
703736 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
703801 TGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAATTTGTACGG
129 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * ** *
703854 TAAATAGATTCATTTTTTAAATC-TCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * * *
703918 TTTTATTTCAAATAAATTTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * ** * * *
703983 GGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTGTGACTATTTGAACTTGTTTAG
130 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * *
704035 TAAACATATTTA-TTTTTAAATTCATT-TTCTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAATATT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC-TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
704097 ATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGAGAAAACTAAAA-GTCAT
64 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
** * * ** *
704159 AACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAA
127 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
*
704214 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTGT-TACTTATTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTTGTATT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
704277 ATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGAGTA-AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTAT
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * **
704341 AGTGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGG
127 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
** * * * ** *
704396 TAAGCAGA-TTATTTTTTAAA--TTC-ATTTTTTAAATCTATT-ATCTATTACCTATTAACTTTC
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATT-AAT-TTTTAAAATATTA---A-TAA-ATT-
* ** ** * * * * * * * *** * *
704456 AGAATATTAATAAATTAGAATTATG-TTATTTCAA-ATAAGC--TTG-CACA-AACAAAAACAAT
58 AG--TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAA
* * * * * * *
704515 TGTTTTGTGATGAAACAAAAGGTTAT-AATGATTTGAATCAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
120 AG----GTCAT------AATGATT-TGAA--A--TAAAT-AAT----TGTTCAAATAGTCATAAC
* *
704579 TATTT-ACATTGGTTAAG
165 TATTTGA-ACTGGTTCAG
** * * * * * * * *
704596 CCAACAGATTCATTTTTTAGATTCAT-TA-TTAATAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTA-AATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * ** *
704659 CTTTA-TTCTAAATAAGAC-TGTATAAACAGAAACAATTATTTAATAACAGTACAAATGGTCATA
65 TTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** *
704722 GTGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACT-TATTGAACTATTTTAG
128 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGTTCAG
* * * *
704776 TAAATAGATTTA-TTTTTCAA--TTCT-CTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
704837 TTTATTTTGAACA-AAG-TTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTA-TTTCAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
704900 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAG
129 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * * *
704953 -CAATCA-ATATTATTTTTCAAAT-TTCTTACTGATTAATTTTTCAAGTACTAATAAATTTGTTT
1 TAAAT-AGAT-TTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * *
705015 TATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAACTAAAAA-ATTTATTTTATGATAGAATAAAAGGTCA
63 TATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** *
705078 TAACGATTTGAAATAAAGAGTTGTCCATATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAG
126 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * * *
705134 CAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTACATTAGCT-TT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATT
* * * * * * * * * ** *
705197 CTTATATTCCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGGAC-AAAGGTTATAA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
705261 TAATTTGAACTAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGG
129 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * *
705314 TAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTTATTTTTAAAATATTAATAAACTAGCATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** **
705378 TTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACTAAAATTTCATAAT
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT
* * * * * *
705442 GATTTAAAATAAATAATTGCTT-AAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTC-G
130 GATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * *
705493 ATAAATTGATTTATGTTTTAAA-CCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATAAATAAAAGTAATAT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTAT
* * * *** * * * *
705557 TATTTTATTTCATATAAGATTTTATGAATTGAAACAAATGTTTTATGAAAAAAATAAAAGGTTAT
63 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** *
705622 AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG
127 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* *
705677 TAAAAAAATTTAGTTTTTTAAA
1 TAAATAGATTTA-TTTTTTAAA
705699 ATTTCTTACT
Statistics
Matches: 1549, Mismatches: 370, Indels: 211
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.00
177 114 0.07
178 23 0.01
179 206 0.13
180 272 0.18
181 541 0.35
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *
707067 ATACTAATTTATTAA-AATTC-AAAA--AATTAA-TAAGAAATTT-TAAAA-AAATCTATTTATC
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* * *
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* * * ** * * * * * **
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1 TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAA
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * *
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1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * ** * *
707601 AATACTAATGTAATAATATTT-TGAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTG
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* * * * * * ** * * *
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127 ATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * *
707719 TATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTCAGTTCTTAGTAA-CTTA-TTCATAATAAA
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* * * * * * * *
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** ** *
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127 ATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * **
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* * *
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* * * * * *
708262 TATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTGTCTGTACAATATTCTAAACAATTATCTG
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-T-T-TGTTC-ATA--C-AAGC--TTATTTG
** * *
708327 AAATAAAATAATTTTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATGAA
56 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
708387 TCTATTTACTGAACAAATACAAATAATTATAACTACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGC
120 TCTATTTA-TCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
708449 TATAACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * **
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* * * * *
708576 ATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGT
127 ATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * * *
708631 TACGACTTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCGGATTAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
708696 ATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTATC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * *
708759 GAACAAGTTCAAATAATCA--ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
130 -AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *** * *
708809 TATGACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATGGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
708874 TTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTATTTGC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT-A
* * * *
708938 TGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGT
128 TCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *** * * *
708991 TATGACTTTTTATATTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *
709056 TTACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTAC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-
* * * *
709120 TGAACAAGTTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
128 TCAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * *
709174 TATTACCTTTTGTATTATCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * *
709238 AAT--TAAATTTATTAATA-TTCCAAATTTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA-AAATTTGTTT-
65 AATACT-AATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
709297 TCTGAACATGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAAATT-TCTGTTTTAAATAGT
128 TC--AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
709352 TATGACCTTTTGTTTTGTGATAAATCAAATT-TTTCTGTCCATACAAGCTTATTCCG-AATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAA
* * * *
709415 TAAT--TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATTTATTT
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* * ** * *
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709541 T
180 T
* * * *
709542 TATGACCTTTTGTTTTGTGATAAACCAATTGTTTTTGTCCATCCAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *
709607 A-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT
66 ATA-CTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-T
* ** * * * * * *
709671 GAGTAAGCTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATAGT
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* * * * * *
709723 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTTATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * * * *
709787 AATACTACTTTATTAATATTT-TGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * *
709851 CAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
129 C-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** **
709904 TATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCAAACAAAATTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
709968 ATATTGATTTAATAATATTT-TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAATATCTATTTAC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTAT
* * * * *
710028 CAAACCAGTTCAAACAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAT
129 C-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
710081 AATGA-TTTTTAG-TTTGTCATACAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA
1 TATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
710143 TTATACTAATTTAATAATATTTCGAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA
* * * * * * *
710202 GCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATGTCAAATCAT
128 --TCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * *
710257 TCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *** * * * * *
710322 ACACTAATTTATTAACATTGGAAAAATCAGTAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATT
66 ATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-T
* * * * * **
710387 AAACAATTTCAAATAGATATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATTAT
129 CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * ** * * * ***
710439 TTTGA-CATTT-TTTTATCATAAAGCAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* ** * * *
710502 ATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTT-TC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATC
* * * ** *
710565 TGAAGC-AGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAACTCAAATCAT
130 --AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
710618 TATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCATATAAGC-TAATTCAAATAAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAAT
* * * * *
710681 AATACTAATTTAATATTATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
** * * * * * *
710745 CGAATTAGCTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
129 C-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * ** ** *
710798 TCTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * *
710863 ATACTAATTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAC
66 ATACTAATTTATTAA-TATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAT
* *
710927 CAAACAAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCAT
129 C-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGT
* * * * * * * ***
710980 TGTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-
* *
711045 AAGATACT--TTTATTAATA-TT-T----TTAA-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
65 -A-ATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
711101 -CTGACTTAGTTTAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
128 TC-AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* ** * * ***
711155 TATTACCTTTCATTTTGTTATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
711219 TGTTAATACC
Statistics
Matches: 4060, Mismatches: 845, Indels: 424
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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65 AATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 TTATT-TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * ** ** *
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* * * * * * * *
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*
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * *** * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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** * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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** * * * * * * *
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*** * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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*** * *
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1 TTATTTGAAATAAAAT--A-ATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** *
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* * ** * *
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* ** * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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** * * * **
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** * * * *
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** * **
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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64 TTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT--A-ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* ** * * * *
711070 -AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTG-ACTTAGTTTAAATAATTATG
125 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
711124 GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTTATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** *
711189 TTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
65 TTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
711219 TGTTAATACC
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* *
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66 TA
* ** * *
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TA
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*
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Matches are distributed among these distances:
19 9 0.36
20 16 0.64
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.06, T:0.57
Consensus pattern (20 bp):
TATAACATTTTGTTTTGTCA
Found at i:711451 original size:242 final size:239
Alignment explanation
Indices: 710986--711460 Score: 532
Period size: 242 Copynumber: 2.0 Consensus size: 239
710976 TCATTGTGAA
*
710986 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAAGATA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-TTAACAAAAGTTTATCCAAAATAAAAT-AAGATA
** * * * *
711051 CTTTTATTAATATTTTTAAAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGACTTAGTTTAAA
64 CTTTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTAATGAATAAGTTCAAA
* ** * * *
711116 TAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTTATAAAAC
128 TAATTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTCATTTTGTCATAAAAC
*
711181 AATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAATAC
193 AATTATTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATAAAATTGTTAATAC
***
711228 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTAACATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT-A-ATA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTAACA-A-AAGTTTATCCAAAATAAAATAAGATA
*
711290 CTAATTTATTAATATTTAAAGAAATAGTACA-AGA-TTCAAAAATAAATC-TGTTAATCGAATAA
64 CT--TTTATTAATATTTAAA-AAAT--TA-AGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTAAT-GAATAA
* * **
711352 GTTCAAATAATTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATATTTTGTTTTGTC
121 GTTCAAATAATTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTCATTTTGTC
* *** * *
711417 ATAAAAC-ATTTTTTTTGTTCATATAAATTTATTTGAAATAAAAT
186 ATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATAAAAT
711461 AATACTAAAT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 28, Indels: 20
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
239 5 0.03
240 6 0.03
241 16 0.08
242 84 0.43
243 78 0.40
244 5 0.03
245 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (239 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTAACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAGATACT
TTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTAATGAATAAGTTCAAATAA
TTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTCATTTTGTCATAAAACAAT
TATTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATAAAATTGTTAATAC
Found at i:711569 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 711215--711900 Score: 567
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
711205 ATTTGAAATA
** * *
711215 AAATTGTTAATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT--TAACATACAAGTTTATTTGA
1 AAATTGTT-ATAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
711278 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAGAA--AT-AGTACA-AGA-TTCAAAAATAAATC
64 AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTAAA-AATTATAACTA-AGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * *
711338 TGTTAATCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTC
127 TGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATT-GAACAATTATCTATTTC
* * **
711391 AAATTGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-TTTTTTGTTCATATAAATTTATTTGAA
1 AAATTGTTATAAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
711454 ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * *
711519 GTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTT-
128 GTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
711570 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTA-TTTCAGCTCATCCAAGCTTATTCGTA
1 AAATTGTTAT-AATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * * *
711634 ATAAAACAAAACTAATTTATTAATATTTCAAATATTTATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTT
65 ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT-AAA-AATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
711698 ATTTATTGAACCAATTCAAATAATCATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTC
128 GTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTA-AGACTA-TTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
711750 AATTTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTACTT-ATACAAGCTTA-TTCAG
1 AAATTGTTATAA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-
* * * *
711813 AGTAAAATAATACT-AATCAAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
64 AATAAAATAATACTAAAT-TAATAATA-TTTAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * *
711877 TTGTTTGCCAAACCACTTCAAATA
126 TTGTTTATCGAACCAGTTCAAATA
711901 GTTATGATAT
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 80, Indels: 47
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 49 0.12
176 32 0.08
178 3 0.01
179 90 0.22
180 187 0.46
181 38 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATTGTTATAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
TAAAATAATACTAAATTAATAATATTTAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
TATCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:712190 original size:327 final size:326
Alignment explanation
Indices: 711597--712232 Score: 755
Period size: 327 Copynumber: 1.9 Consensus size: 326
711587 TGTTTTGTTA
* *
711597 TAAAACAATTATTTCAGCTCATCCAAGCTTATTCGTAATAAAACAAAACTAATTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTATTTCAGCTCATCCAAGCTTATTCGTAATAAAACAAAACCAATTTATTAATACTT
* * * * * * *
711662 CAAATATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAATAATTTTATTTATTGAACCAATTCAAATAATCATAA
66 CAAAAATTAATAAATAAGAGATTAAAAAATAATGTTAGTTACTGAACCAATTCAAATAATCATAA
* *
711727 CTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTC
131 CTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTC
* * * * *
711792 TACTTATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATAATACTAATCAAATAATATTTTGACAATTAATAACT
196 TACATATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCAAATAATATCTTGAAAATTAATAACT
* * *
711857 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTATT
261 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTATT
711922 G
326 G
* * * * * *
711923 TAAAACAATTTTTTTAGCTCTTACTAA-CTTATTCAG-AATAAAATAAATCCAATTTATTAATAC
1 TAAAACAATTATTTCAGCTCAT-CCAAGCTTATTC-GTAATAAAACAAAACCAATTTATTAATAC
* *
711986 TTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTAAAAACATAATGTT-GTTAGCTGAACCAGTTCAAATAATT
64 TTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTAAAAA-ATAATGTTAGTTA-CTGAACCAATTCAAATAATC
* * * * * *
712050 ATGAA-TATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
127 AT-AACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAC-AAT
* * * * * ** *
712114 GTTTTTGTTCATATA-AA-TTTGTTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATCTTGAAAAT
190 -TATTTCTACATATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATCAAATAATATCTTGAAAAT
* * *
712176 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAATTAGTTAT
253 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAT
712233 AACTATTTGA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 44, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
326 79 0.31
327 162 0.63
328 7 0.03
329 10 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (326 bp):
TAAAACAATTATTTCAGCTCATCCAAGCTTATTCGTAATAAAACAAAACCAATTTATTAATACTT
CAAAAATTAATAAATAAGAGATTAAAAAATAATGTTAGTTACTGAACCAATTCAAATAATCATAA
CTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTC
TACATATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCAAATAATATCTTGAAAATTAATAACT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTATT
G
Found at i:712248 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 711951--712644 Score: 561
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 178
711941 TCTTACTAAC
* * * * *
711951 TTATTCAGAATAAAATAAATCCAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTAAAAA
1 TTATTCAAAATAAAAT-AATTCAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
712016 CAT-AATGT-TGTTAGCTGAACCAGTTCAAATAATTATGAA-TATTTAAACAATTATCTATTTTA
64 -ATGAATCTAT-TT-GCCGAACCAATTCAAATAGTTAT-AACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
*
712078 AATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAAT
125 AATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAAT
* *
712132 TTGTTCAAAATAAAATAATATCAATTTATTAATATCTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAAT-TCAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
712197 GATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
64 -ATGAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * **
712262 TATT-TTGACCATTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAGTT
128 TGTTATT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAAT
* * * *
712313 TTATTTAGAATAAAGTAATGC-------T-A-ATTT-AAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATTCAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTA-AAA
* * * * * * * *
712367 ATGTATCTATTGGCCTAATCAGTGT-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
64 ATGAATCTATTTGCCGAACCAAT-TCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * ** * **
712431 TGTTATGACCTTTTTTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTTGTACAAGC
128 TGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAAT
* * *
712482 TTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT--T-A-CAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATTC-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * **
712543 AATGAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GGTGATTTAAACAATTATCTATTTCAA
63 AATGAATCTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAA
* *
712606 ATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
126 ATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
712645 CTATGCATAC
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 77, Indels: 59
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 122 0.30
170 8 0.02
171 2 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
176 8 0.02
177 87 0.21
178 3 0.01
179 4 0.01
180 9 0.02
181 157 0.38
182 6 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATTCAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT
GAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGT
TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAAT
Found at i:712508 original size:169 final size:175
Alignment explanation
Indices: 712030--712653 Score: 461
Period size: 169 Copynumber: 3.6 Consensus size: 175
712020 ATGTTGTTAG
* * * * * * *
712030 CTGAACCAGTTCAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTT
1 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
712095 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAAT-TTGTTCAAAATAAAATAAT-ATCAATT
66 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGCT-AATT
* * * * * *
712158 TATTAATATCTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTTG-
129 TA-TAATA--TTCAAAAAT-GT-A-CAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTGA
** * * * * * * *
712211 CCAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTTTGACCATT
1 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * * * * * * *
712275 TGCTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAGTTTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTT
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTT
* * * * *
712340 A-AA-ATT-AATAA-GTA-ACG-GATTTAGAAAATGTATCTATTGGC
130 ATAATATTCAAAAATGTACAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT-GA
712381 CT-AATC-AGTGT-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
1 CTGAA-CAAGT-TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * ** *
712443 TTTTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTTGTACAAG-CTTATTCAAAATAACA-TAATTCTAA
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAA-AGTAATGCTAA
* *
712506 TTTATTAATATTCCAAAAATTTACAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
127 TTTA-TAATATT-CAAAAATGTACAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTGA
* * * *
712557 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-GTGATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTT
1 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTG-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* *
712621 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATGCATA
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
712654 CATTTCAAAT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 72, Indels: 46
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 112 0.32
170 7 0.02
171 2 0.01
172 4 0.01
173 1 0.00
174 4 0.01
175 5 0.01
176 10 0.03
177 96 0.27
178 1 0.00
179 2 0.01
180 2 0.01
181 98 0.28
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTA
TAATATTCAAAAATGTACAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTGA
Found at i:713362 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 713330--713390 Score: 65
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 25
713320 ATTCAGAATA
713330 AAAAATATTAATTTA-TTAAA-ATTC
1 AAAAA-ATTAATTTACTTAAAGATTC
* *
713354 AAAAAATTAA-TAACTTAAAGATTT
1 AAAAAATTAATTTACTTAAAGATTC
*
713378 AAAAAATAAATTT
1 AAAAAATTAATTT
713391 GTTTATCAAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 5
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.07
23 10 0.33
24 17 0.57
25 1 0.03
ACGTcount: A:0.59, C:0.03, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAATTAATTTACTTAAAGATTC
Found at i:713577 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 712680--714702 Score: 1390
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 178
712670 ACTAAATAAG
* * * * *
712680 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTACGACTTTTTGCTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
712745 TGAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATGCTT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATT
* * * *
712810 -TGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAA
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC-AA-CAA
* * * * * ** * **
712862 TTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATGTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * **
712927 TAAAA-AATTGTATCAATTCATATAAACTTAATCAAAATAAAACAACACTAACGTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
712991 AAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCCAACAA
130 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAACAA
713041 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTT-T
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-GTTTTGT
* * *** *
713105 CATAAAAGAATTGTTTAC-AATCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAAT
63 CATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * *
713168 ATTC-AAAAGATTAATACGTAA-AAATTTAAAAAATAAGTCTAT-TTTAATTTCTAAACATG
126 ATTCTAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--ATATGTTT-A--TC--AACA-A
* * * *
713227 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TTTTGTCGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
713291 AAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAA-AATATTAATTTATTAAAATTCA
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* *
713355 AAAAATTAATAACTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCGAA
131 AAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAA-C-AA
* * * * * *
713405 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTATTTTTTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * *
713470 TAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAGATAATACTAATTTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** *
713535 TAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAATAATAAATATGTTTATCGAACAA
130 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAA
* * * * ** * * *
713585 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTAGGACATTTTGCTTTGCC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
713650 GTAAAACAATTATTCCTATTCATATAATATTATTCAGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
713715 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAAAACTAAATCTGTTTATCAGACCAG
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCA-A-CAA
* * * ***
713763 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAGTTATCTATTTGAAATTGGTATGA-TCTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
713827 TAAAATAATTGTTTCTATTTATATAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTACA-CTAATAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
* * * ** *
713891 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATGTATTTGCCAAACCA
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAA
* * * * * ** * * * *
713942 GTCCAATAGTTAAGATTGTTAAAACAATTGTCTATTTCAAATCATTTTAT-CCTCTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA--TTATGACTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** * * * *
714006 ATGAAATAATTCTTTC-AGTTCGTACATA-CATATTTGAAATAAAATAATAATATTTTTTTAACA
64 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
714069 TT-TAGAAAATTAATAAGTAAG-GAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTAAATAA
127 TTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-TCAACAA
* * *
714123 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTC
* * * * * *
714188 ATAAAAAAATTTGTTTC-ATTTGATAAAAG-TATATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
64 ATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
714251 ATT-TCAAAAATTGAGAAGTTAGACATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAATCAG
126 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATC-AA-CAA
* *
714306 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
714371 TAAAAC-ATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCAATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
714434 -TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGCTTATTGAACCAG
129 CT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAA-CAA
* * * * ** *
714476 CTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
** * ** * ** *
714541 TAAAACAATTACTTATGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCCAATAATA-TC
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
714605 GTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTCTTTATTGAACCAA
130 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAA-CAA
* * * * * *
714657 TTTAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
714703 GTCCTTTTAT
Statistics
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0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 70 0.05
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174 2 0.00
175 1 0.00
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185 52 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAACAA
Found at i:714315 original size:901 final size:901
Alignment explanation
Indices: 712677--714457 Score: 1972
Period size: 901 Copynumber: 2.0 Consensus size: 901
712667 TTTACTAAAT
* * *
712677 AAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTACGACTTTTTGCTTTG
1 AAGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACATTTTGCTTTG
* * ** * * * *
712742 TCATGAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATG
66 CCATAAAACAATTATTCCTATTCATAAAAGATTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
712807 CTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGT
131 CTTTGAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAATTCAAATAGT
* * * * *
712872 AATAACTATTTAAATAATTATGTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTCATCATAAAAAATTG
193 AATAACTAGTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGGTATGATCTTTTGTTTCATCATAAAAAATTG
*
712937 TATCAATTCATATAAACTTAATCAAAATAAAACAACACTAACGTATTAATATTCAAAAAATTAAT
258 TATCAATTCATATAAACTTAATCAAAATAAAACAACACTAACGTAATAATATTCAAAAAATTAAT
* * * **
713002 GAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
323 AAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAAC
* * *
713067 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTTTCATAAAAGAATTGTTTACAATCATACA
388 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGGTTTGTCATAAAAGAATTCTTTACAATCATACA
* * *
713132 AGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCAAAAGATTAATACGTAAAAATTTAA
453 AGCATATTTTGAATAAAATAATATAAATTTACTAACATTCAAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAA
* * * *
713197 AAAATAAGTCTATTTTAATTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
518 AAAATAAATCTATTTTAA-TTCTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
713262 TTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTGTCGTAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGA
582 TTAAAATCATTATGACCTTTTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAA
* * **
713327 ATAAAAAATATTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
647 ATAAAAAATATTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAAGAACTTAAACATTTAAAAAATAAATCAG
* * * * *
713392 TTTATCAAGCGAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGATC
712 TTTATCAAGCGAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* *** *
713457 TTTTATTTTTTCATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAGATAATACTA
777 TTTTATTTTGTCATAAAAC-ATAGTTTCTCA-TCATACAAGCCAATTCAAAACAAAATAATACTA
*
713521 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAATAATAAATATGTTTATCGAAC
840 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAATAATAAATATGTTTATCGAAC
* ** * ** *
713583 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTAGGACATTTTGCTTTG
1 AAGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACATTTTGCTTTG
* * * *
713648 CCGTAAAACAATTATTCCTATTCATATAATATTATTCAGAA-TAAAATAATACTATTTTATTAAT
66 CCATAAAACAATTATTCCTATTCATAAAAGATTATTC-GAATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
713712 ATTTTGAAAATTAATAAG-AGA-TTCAAAAACTAAATCTGTTTATCAGACCAGTTCAAATAGTTA
130 ACTTTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTAA
* * * * **
713775 TGACTAGTTGAACAGTTATCTATTTGAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
195 TAACTAGTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGGTATGATCTTTTGTTTCATCATAAAA-AATTGT
* * * * * * * *** *
713839 TTCTATTTATATAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTACAC-TAATAATATTCTAAAAATTAAT
259 ATCAATTCATATAAACTTAATCAAAATAAAACAACACTA-ACGTAATAATATTCAAAAAATTAAT
* * * * * * *
713903 AAGTAAGAGATTTAAAAAAT-ATATGTATTTGCCAAACCAG-TCCAATAGTTAAGATTGTTAAAA
323 AAGCAAGAGATTTAAAAAATGA-ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAA
* * * * * *
713966 CAATTGTCTATTTCAAATCATT-TTATCCTCTT-GTTTAGTCATGAAATAATTCTTT-CAGTTCG
387 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTCTTGGTTT-GTCATAAAAGAATTCTTTACA-ATCA
* ** *
714028 TACATA-CATA-TTTGAAATAAAATAATA-ATATTTTTTTAACATTTAGAAA-ATTAATAAGTAA
449 TACA-AGCATATTTTG-AATAAAATAATATA-AATTTACTAACATTCA-AAAGATTAATAAGTAA
* *
714089 GGAATTTAAAAAAATAAATCTA-TTT-A-T-TAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
510 -AAATTT-AAAAAATAAATCTATTTTAATTCTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* *
714150 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTTGTTTC-ATTTGATAA
573 ATTATCTATTTAAAATCATTATGAC-CTTT-TTTTATCATAAAAAAA-TTGTTTCTA-TTCATAA
* * * * *
714214 AAG-TATATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTGAGAAGTTAGACAT
634 AAGCT-TATCCAAAATAAAA-AATATTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAAGAACTTAAACAT
* * * *
714277 TTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAACTATCTAT
696 TTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAGCGAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAACTATCTAT
* * * * *
714341 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACATTGTTTTTCATCATACAAGCCAATTTAG
760 TTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACATAGTTTCTCATCATACAAGCCAATTCAA
* *
714406 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATT
825 AACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATT
714458 ATTTGCTTAT
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 130, Indels: 52
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
897 53 0.07
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900 209 0.29
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906 119 0.16
907 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (901 bp):
AAGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACATTTTGCTTTG
CCATAAAACAATTATTCCTATTCATAAAAGATTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
CTTTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTAAT
AACTAGTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGGTATGATCTTTTGTTTCATCATAAAAAATTGTAT
CAATTCATATAAACTTAATCAAAATAAAACAACACTAACGTAATAATATTCAAAAAATTAATAAG
CAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGGTTTGTCATAAAAGAATTCTTTACAATCATACAAGC
ATATTTTGAATAAAATAATATAAATTTACTAACATTCAAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
ATAAATCTATTTTAATTCTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
AATCATTATGACCTTTTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
AAAATATTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAAGAACTTAAACATTTAAAAAATAAATCAGTTTA
TCAAGCGAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
ATTTTGTCATAAAACATAGTTTCTCATCATACAAGCCAATTCAAAACAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAATAATAAATATGTTTATCGAAC
Found at i:714412 original size:363 final size:356
Alignment explanation
Indices: 712677--721148 Score: 1490
Period size: 361 Copynumber: 23.5 Consensus size: 356
712667 TTTACTAAAT
* * * * * *
712677 AAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTACGACTTTTTGCTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTT
* * * * * * *
712742 TCATGAAACAATTATTT-TTGTTCATAAAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 TCATAAAAAAATTGTTTCAT-TTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
712806 GCTT-TGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAATAAATTCAAAT
128 -ATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTATCAAA-CAGTTCAAAT
* * * * * ** * * **
712869 AGTAATAACTATTTAAATAATTATGTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTCATCATAAAA-A
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * * ** * *
712933 ATTGTATCAATTCATATAAACTTAA-TCAAAATAAAACAACACTAACGTATTAATATTCAAAAAA
254 ATTTTTTC-ATTCATACAAGC-CAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAA
* * * * *
712997 TTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCCAAC
317 TTAATAAG-TA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
*
713039 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT-GTTTT
* * * *** *
713104 TCATAAAAGAATTGTTTACA-ATCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAA
65 TCATAAAAAAATTGTTT-CATTTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
713167 TATTC-AAAAGATTAATACG-TAAAAATTTAAAAAATAAGTCTATTTTAATTTCTAAACATGTTC
127 TATTCTAAAA-ATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTT-A--TC-AAACA-GTTC
* * * *
713230 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTT-TTTTGTCGTAA
185 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * *
713293 ACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAA-AATATTAATTTATTAAAATTCAAA
250 AACAATTTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGA
* * * *
713357 AAATTAATAACTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGC
314 AAATTAATAA-GT-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * *
713402 GAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGATC-TTTTATTT
1 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTT-GTT
* * * * *
713465 TTTCATAAAACAATAGTTTC-TATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAGATAATACTAATTTATTA
63 TTTCATAAAAAAATTGTTTCAT-TTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
713529 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAATAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
126 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAAC-AGTTCAAAT
* * * * ** * * * *
713593 AGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTA-GGACATTTTGCTTTGCCGTAAAAC
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * **** * * *
713657 AATTATTCCTATTCATATAATATTATTCAGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAA
253 AATTTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAA
* * * *
713722 TTAATAAG--AGATTCAAAAACTAAATCTGTTTATCAGAC
317 TTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * ***
713760 CAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAGTTATCTATTTGAAATTGGTATG--ATCTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTT
* * * * * * * *
713823 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTT-ATATAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTACA-CTAATA
65 -TCATAAAAAAATTGTTTC-ATTTCATA-AAAGTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTA
* * * ** *
713886 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATGTA-TTTGCCAAACCAG-TCCAAT
126 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-CAGTTTATCAAA-CAGTTCAAAT
* * * ** * * * * * * *
713949 AGTTAAGATTGTTAAAACAATTGTCTATTTCAAATCATT-TTATCCTCTTGTTTAGTCATGAAAT
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
714013 AATTCTTTCAGTTCGTACATA--CATATT-TGAAATAAAATAATAATATTTTTTTAACATTTAGA
253 AATTTTTTCA-TTCATACA-AGCCA-ATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGA
* *
714075 AAATTAATAAGTAAGGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTAAAT
314 AAATTAATAAGTAA-G-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* *
714121 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-
* * * *
714186 TCATAAAAAAATTTGTTTCATTTGATAAAAGTATATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
65 TCATAAAAAAA-TTGTTTCATTTCATAAAAGT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
714251 ATT-TCAAAAATTGAGAAGTTAGACATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAG
128 ATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAG
* * *
714315 TTATGGCTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACATT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*
714380 GTTTTTCA-TCATACAAGCCAATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT
256 -TTTTTCATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAAATT
** **
714443 AATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGCTTATTGAAC
319 AATAAGTA--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * * ** * *
714473 CAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-
* ** * * * ** *
714538 TCATAAAACAATTACTT-ATGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCCAATAAT
65 TCATAAAAAAATTGTTTCAT-TTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *** * * * *
714602 A-TCGTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTCTTTATTGAACCAATTTAAATAG
128 ATTC-TAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCAAACAGTTCAAATAG
* * * * * ** * * * *
714666 TTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCA-T-TGTCCTTTTATTTTATCAT-AATCTAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * ** *
714728 TAATATTTCAAAATT-A-ATATGACATTTCAAAATTAAATTTGATTATTAAACTAGTTCAAATAG
256 T--T-TTTC---ATTCATACAAGCCAATTCAGAA-TAAA-AT-AATATTAATTTA-TT--AATAT
* * * * * ** ** * * * *
714791 CTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAAC
309 TTA-GA-AAATT-AATAAGTA-AGATTT-AAA---AAAT-A-A--AT-CTAT-TTATCAAAC
* * * * *
714853 AATAGTT--TAT-GTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTATTT----T-ATTA--AA
1 -A-AGTTCAAATAGTT-AT--GA-C-TATTT-GA--ACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGAC
** ** * * **** *
714908 ATTTCAATAATTAATAAGTAAAAA--ATTT-AAAAAATAAATATGTT-TACCGAACTAGATCAAA
55 ATTT-TGTTTTTCATAA--AAAAATTGTTTCATTTCATAAA-A-GTTAT-TC-AA--A-AT-AAA
* * * * * ** *
714969 CAGTCATGACTAATTGAATAA-ATATCTATTTCAAATCATT-ATGAACTTTTG-TTTTGTCATAA
109 -A-TAAT-ACTAATTTATTAATAT-TCTA----AAA--ATTAAT-AA-GTTAGAGATT-T-AAAA
* ** * * * ** * *
715031 AA-AAATTA--TT-TCAATTAATCTAAAACTA-TT-TGA--AATAAAATAATACTAAGCTA-TTC
160 AATAAATCAGTTTATCAAACAGT-TCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAAT--T-ATCTATTTC
** * * ** * * * **
715087 AAATTCCAAAAATTAACATTTAAGAGATT-T-AAAAAAGGAATATGTTT-ATGGA-ACAAG----
220 AAA-T-C-ATTATGAAC-TTT-TG-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TTTTTCATTCATACAAGCCAA
* * * ** * * * ** *
715144 TTTA-AATAATTATGATTATTTGAA-CAATTATCTATTT-G-AAATTGCTATAACCTTTTGTTTT
277 TTCAGAATAA-AAT-AATA-TT-AATTTATTA-ATATTTAGAAAATT--AATAA--GTAAGATTT
*** * * ***
715205 GTCATA-AAAT-GATTT-T--TTT
333 AAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
** * * * ** *
715224 TTGTTC--ATA-CTAT-ATTATTTCGAATAAAATAATATAAATTT-ATTAAT-ATTATGACTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-G-A-ACAAT--TATCTATTTCA--AATCATTATGACATTT
* * * * ** * * * *
715283 TGTTTTGTTACAAAACAATTATTTC-TGTTCATACAATCTTATTCATATTAAAATAGTATTAATT
59 TGTTTT-TCATAAAAAAATTGTTTCAT-TTCATA-AAAGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
715347 TATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTAAACAAG
121 TATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATC-AAAC-AG
* * * * * * *
715409 TTCAAATAATCATGACTGTTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTGT-AACCTTTTGTTTTGTA
182 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * * *
715473 ATAAAACAATTGTTTCCGTTAATAAAAGCTTATT-TGAAATAAAATAAGACTAATTTATTAATAT
246 ATAAAACAATT-TTTTCATTCATACAAGCCAATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-
* * * * * * *
715537 TTTA-AAAACTAATTATTAAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAAT
308 TTTAGAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * *
715585 ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCGATTTCAAAAT-ATTATG--ATTTTTTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * ** *
715647 GTCATAGAACAATTGGTTTTA-TTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATT
65 -TCATAAAAAAATT-GTTTCATTTCATAAAAG-TTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * *
715709 AATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTAAAAAAATAAAT-ATGTTT-TGTAAACACATTCAA
125 AATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAT-CAAACA-GTTCAA
* * * * *
715771 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAGATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAC
187 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * *
715836 CAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCA-AA
252 CAATTTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAA
* * *
715900 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGC
315 AATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * *
715944 GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGATC-TTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTT
* * ** *
716008 GTCATAAAATAATTGTTTC-TATTCA-AACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTATTA
65 -TCATAAAAAAATTGTTTCAT-TTCATAA-AA-GTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
716071 ATATTCTAAAAATTAATGAGTT-GAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAA
126 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTAG-AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCAAAC-AGTTCAAA
* * * * *
716134 TAGTCT-TGTCCATTTGAACTATT-TCCTATTTTAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTTGTCATAA
188 TAGT-TATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TTTTGTCATAA
* * * **** * * *
716197 AATAATTCTTTCTATTCATGCAAAATTATTCA-AATTAAATAATA-TAGATCTATTAATATTTTG
250 AACAATTTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTA-ATTTATTAATATTTAG
** * * * *
716260 GTAATTAATAAG--AGATTTAAAAACTGAATCTACTTTTTGAAA-
313 AAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAAC
* * * * **
716302 TAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAAACGTTATGATC-TTTTAATT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTT
* * * * * * * * *
716365 ATCATAAAACAATTGCTCCTTTTCATACAAGCTTATTCCAATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
64 TTCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
716430 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAG
128 ATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAAC-AGTTCAAATAG
* * * * * * * *
716494 TTAAGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAGACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * * * *
716559 TATTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAACATTCAAAAAATT
256 T-TTTTCA-TTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAATT
** * * * * * *
716620 AATAAACAAGAGATTTAAAATAATAACTTTGTATACCAAAA
319 AAT-AAGTA-AGATTTAAAA-AATAAATCTATTTATCAAAC
* * *
716661 AAGTT-AAA-A---A--A-GATTTGAAC-A--ATC--GTTCTAA-C--TATGAGC-TTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTT
* * * * *
716709 GTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAGAACTTA-TCTAAAATAATATAATACTACTTT-TTAA
65 -TCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATAA-AAGTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** ** * **
716772 TATT-TAGAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTTAAAAT-AGCTTCCCAAACAAGTTCAAAT
127 TATTCTA-AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AAATCAGTTTATCAAAC-AGTTCAAAT
* * * * * *
716835 AGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAACA
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * ** *
716899 ATTGTTTTTGA-TCATCCAAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACCAA--T-TT-A-A--T--AAT
254 A-T-TTTTTCATTCATACAAGCCAATTCAGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAA
* * ** * * *
716953 ATTAAT-AG-GAGATTTAAAGAATAAAAGTATTTGTTGAACC
316 ATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAAC
* * * * * * *
716993 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT-T
* * * * *
717057 TCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
717122 TT-TATTTATTTCAA-ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATAC
129 TTCTA-AAAATT-AATA-AGTTA-GA------G-ATT-T-AAAAAATAA--A--TCAGTTTAT-C
* * ** ** * * * *
717185 AAGC-GTATTCAGAATAGGATAAAACTAATTT-----ATTA-AGACTTCAAATAAGTAAG-A---
176 AAACAG--TTCA-AATA-GTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
* * * * * * * * * **
717239 --GATTTAG-C---AAATAA--TTCT-ATTTAT-CAAACTAGTTCA-AATAAATTATTACTTTTT
236 TTG-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATA-TTAAT
* * ** * ** ** * * *
717293 GTTTTGTCATA-ACACAATTGTTTTTGTTGAGATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTT
299 -TTAT-TAATATTTAGAA----AATTAATAAG-TAAG-AT-TT-AAAA-AATA-AAT-CT-ATTT
* *
717357 ATTAATATTTAGA
350 A-TCA-A---A-C
* * * * * * * ** *
717370 AAATT-AATTAG-TAAGA-GATTT-AAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCATT-T--CAAATAGT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATCTATTT--CAAATCATTATGACATTTTGT
* * * * * * ** ***
717428 TTTGACTATCTAAATAATTATCT-ATTTCA-AATAGTTA-TCACTTTTTATTTTGTCATCAA-AC
62 TTT-TC-AT-AAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAGTTATTCA------A-AATAAAAT-AATAC
** * * ** * * * * * **
717489 -AATTGGTT-CTATTCATACTATTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTAAT-AAT-A-TTT-
116 TAATTTATTAATATTC-TA-AAAATTAAT-A-AGTTAGA-GAT-TTAA-AAAATAAATCAGTTTA
* *** * * * * * *
717548 TGAAAC--TT--AATAACCAAGA-AAATT-AAAAACTAAATCTAATTGTCGAAGT-AGTTTAAAT
174 TCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATCT-ATT-TC-AAATCA--TT--AT
* * ** *
717606 AGCTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTTAAATCATCATGACCTTTTCTT-TTGTCATA-ACA
230 -G---A-ACT-TTTG-----TT-T-TGTCATAAA--A-CA--A--TTTT-TTCAT-TCATACA--
***** *** * * * * **
717669 ATTGTTTTCCTCATACAAGCTTATTATGATTAAAATAATACTAAT-TTAATAGTATTTTGAAAAT
271 AGCCAATTCAGAATA-AA----ATAAT-ATT-AATTTAT--TAATATT--TAGAAAATT----A-
* *
717733 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATC
320 --ATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-C
* * ** * * * * * * **
717775 -AGTTCCAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAACCGTTCTAACCTTTTGCATAG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG--TTT
* * * * * * * * * *
717839 TT-ACAAAACAATTG-TTCTAGTCCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTAG
64 TTCATAAAAAAATTGTTTC-ATTTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * *
717902 CATT-TAGAAAATTAATGAGAAATAGA-TTCAAAAAT--A--A----AT--AA-A-TT----TA-
127 TATTCTA-AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACAGTTCAAATAG
* * * * *
717948 TT-T-ACCATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** * * * **
718011 TATTTAAGTTAATACAAGCTTGATTAGATGGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCCTAA
256 TTTTTCA-TTCATACAAGC-CAATT-CA--GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAA
* *
718076 AA-TAATAAGT-A-ATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-CTAAATC
315 AATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA-C
* * * ** * * * * * *
718116 AA-TTAAAATAATTATGGCCGTTTGAACGATTATTTGTTTCTAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-
* * * * * * * *
718180 TCATAAAATATTTGTTT-TTTATTATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTTTTAA
65 TCATAAAAAAATTGTTTCATT-TCATAAAAG-TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
718244 TATT-TAAAAAACTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAATAAAT-ATGTTTATTGAACCAGTTCAA
127 TATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTT--AAAAAATAAATCA-GTTTA-TCAAACAGTTCAA
* * * * *
718307 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
187 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * * *
718371 CAATTATTTCTTATAATAGAAGCTTATTCA-ATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-A
252 CAATTTTTTCAT-TCATACAAGCCAATTCAGA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGA
* *
718434 AAATTAATAAG--AGATTTAAAAAAGAAAAT-T-TTTTTGCTAAACC
314 AAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTAT-C-AAA-C
* ** * * * *
718477 AA-TTAAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATT-TCA-ATCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA--TTTTGTTT
* * * * * * * * ***
718539 AGTCATAAAATATTTGTTTTATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTA
64 -TTCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * ** * ** * *
718603 ACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAACAAATTTAAA
126 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTT-AAAAAATAAATC-AGTTTATCAAAC-AGTTCAAA
* * ** * * * * * **
718667 TAGTTATGATTATATGAACAATTAAATATTTAAAATCATTAAGACCTTTAGTTTTGACATAAAGT
188 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** * * * *
718732 AATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCA-AAA
253 AATTTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAA
** * *
718796 ATTAATAAACAAGAGTTTTAAAAGAAT--AT-T-TTTACCAAAA
316 ATTAATAAGTAAGA--TTTAAAA-AATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * * * ** * *
718836 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAGTGTCCATTGAAAATCATTATGACCTATTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-
* * * * *
718901 TCACAAAACAATTGTTTTCAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAAAAATTG-TTTCATTTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
718966 ATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT-ATGTTTACCATATCAGTTCAAATA
128 ATTCTAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCA-AACAGTTCAAATA
** ** * * * * * * *
719029 AATA-GGGTCGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTCTGTTTGGTCATATAACA
190 GTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* *** * * *
719093 ATTGTTTT-TTATCATACAAGTTTATT-TGAA-AGAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA-AA
254 ATT-TTTTCAT-TCATACAAGCCAATTCAGAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAA
* * * * *
719154 AATTAATATGTAAGATATTTACAAAATAAATTTGTTTA-CTAAAT
315 AATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC
* * * * * * * * *
719198 TAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT-TT
* * * * * *
719263 TCATAAAACAATTATTTC-TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAAA
65 TCATAAAAAAATTGTTTCAT-TTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
719327 ATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATTTA-TCTACCAAACTAGTTCAAATAG
128 ATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAA-TAAATCAGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAG
* ** * *
719391 TTAAGACTATACGAACAATTATCTATTTTAAATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * *
719449 TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCA-AAAATT
256 TTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAAATT
* * * *
719513 AATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACC
319 AATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC
* * * *
719554 AA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCGATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTGTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGT-TT-
* * * * * * *
719617 TT-GTAAATTAAA-TGTTT-TTATTCATATAAGTTTGTTC-AAA-AAAA-CATACTAATCTATTA
64 TTCATAAA-AAAATTGTTTCAT-TTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
719676 ATATT-TCAAAAATTAAT-A---AGATATTTAAAAAAT-AATCTGTCTATTAAACTGTTCAAATA
126 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACAGTTCAAATA
* * ** * ** * * *
719735 GTTATAATTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTCTATTATAAAACA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** *
719799 ATAATTTTT-GTTCATACAAGCTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AC
254 AT--TTTTTCATTCATACAAGCCAATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAA
* * * * * * *
719861 ATTTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAACTATGTTTACCAAAG
315 AATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * * * * * *
719904 TAGATCAACTAATCATGACTATTTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * * *
719969 GTCATAAAAAAAATTATTTTAGTTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAA
65 -TCAT-AAAAAAATTGTTTCATTTCAT-AAAAGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
720034 TATTCCAAAAATTAGTAA-TTAAGATATTTAAAAAATGAAT-ATGTTTATCAAACATGTTTAAAT
127 TATTCTAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACA-GTTCAAAT
* * * ** * ***
720097 AATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTGGATATTGCTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-
* * * ** ** ** * *
720161 GATTTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATA
252 CAATTTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAA
* **
720226 ATTAATAAGTAAAAGATTT----AA-AAAT-TA--TATCGAGT
316 ATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
** * * * ** *
720261 AAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-
* * * * ** * *
720326 TCATAAAACAACTGTTTCAGATT-ATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTCATTAAT
65 TCATAAAAAAATTGTTTCA-TTTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** * *
720390 ATTTTGACAAA-TAACAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACAAGTTCAAAT
128 ATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGAT-TTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAAC-AGTTCAAAT
* * * * * * *
720453 AATCATGACCATTCGAATAATTATATATTGT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAA
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC-ATAAAA
* * * * ** * * * *
720516 TAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AA
252 CAATTTTTTCA-TTCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAA
* * *
720580 AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTA-CTAAAC
315 AATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC
* * * * * * *
720624 ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAGCAATTGTATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-
* * * * * * ** ** *
720689 TGACAAAACAATTGGTTC-TACTCATGCAATTTTATTTTGAAA-AAAATAATA-TAAATTTAGTA
65 TCATAAAAAAATTGTTTCAT-TTCAT-AAAAGTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * ** *
720751 ATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTTTTGAACATATTCAAAT
126 ATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACA-GTTCAAAT
* * * *
720814 AGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTATTGTTTTGTCATAAATC
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** * * *
720879 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTA-AAA
253 AATTTTTTC-ATTCATACAAGCCAATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAA
* * * * *
720942 ATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAAATCAATTTATCGAGC
316 ATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * *
720983 GAGTTTAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-GTAGTGATATTTTGTTT
1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACATTTTGTTT
* * **
721046 TGTCATAAAACAATTAGATTT-A-TTCACACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
64 T-TCATAAAAAAATT-G-TTTCATTTCATA-AAAGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
721109 AATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAA
125 AATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAA
721149 TTTTTTTTGT
Statistics
Matches: 5922, Mismatches: 1503, Indels: 1372
0.67 0.17 0.16
Matches are distributed among these distances:
331 10 0.00
332 16 0.00
333 1 0.00
334 1 0.00
336 9 0.00
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340 5 0.00
341 90 0.02
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* *
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** * *
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* * * * * * * ***
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* * *
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* * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* *
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** ** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * **
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * **
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* * * * * * * *
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126 -GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * ** **
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* * * ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * ** ***** * *
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63 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA---A----AAA-T-TAAT-A--AGTAAAAAT-TAAA
* * * * ** * *
717162 AAAATAATTAT-TTCAGCTCATACAAGCGTATTCAGAATAGGATAAAACTAATTT-ATTAA-GA-
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** * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * *
717390 T-AAAAAGTAAATCTGTTTACCA
338 TGAACAA-T-TATCTATTTA--A
* ** ** * * * ** * ***
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* * * * * * **
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** * * ** * *
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* * ** * * * **** ** *
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152 TGACTATTTGAATAAT-TAT---CTATTTCAAATCAT---T-AT-A--ACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * *
717665 --AACAATTGTTT-TCCTCATACAAGCTTATT-ATGATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTT
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* * * * * * * * *
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**
717791 ACTATTAAAACAATTATCTATTTAA
332 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * * * ** * * * * * *
717816 AACCGTTCTAACCTTTTGCATAGTTACAAAACAATT-GTTCTAGTCCATACAAGCTTATTTAGAA
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
718050 AGTACTAATTTATTAATATTTCCT-AAAA-TAATAAGT--A-ATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-
249 AATA-TAATTTATTAATATTT--TAAAAACTAATTATTAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAT
* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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1 AATATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTG-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTCG-AA
* ** * * *
718221 TAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAACTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAATAAAT
63 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TA-AAAATT-AAAAAAATAAAT
* * * * * * *
718286 ATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAATCTCAAATCATTA-A
124 ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * *
718350 GATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TATAATAGAAGCTTATTCAATAA-AAAATAA
189 -ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAAAAGCTTATTCAA-AATAAAATAA
* * * * ** * *
718412 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA-TA--AGAGATTTAAAAAA-GAAAATTTTTTTGCTA
251 TA-TAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATTATTAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAT-C-A
* * * ** * * * *
718473 AACCAATTAAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTCA
313 AA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
* * * * * * *
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1 AAT-ATTAT-GATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTCGA
* * * *
718581 ATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT
62 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * ** *
718645 CTATTTATTGAACAAATTTAAATAGTTATGATTATATGAACAATTAAATATTTAAAATCATTA-A
124 ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * ** * *
718709 GACCTTTAGTTTTGACATAAAGTAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
189 -ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
718774 CTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAA-TA-AACAAGAGTTT-TAAAA-GAATATTTTTACCAAA
253 -TAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATTATTA-AAGA-TTTAAAAAATGAATCTATTTATC-AA
* * * * * * * *
718835 AAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAGTGTCCATTGAA
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* * * * * *
718878 AATCATTATGACCTATTGTTTTGTCACAAAACAATT-GTTTTCAGTTCATATAAGTTTA-TTCAA
1 AAT-ATTATGATCT-TTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTT-A-TTCATACAAGCTTATTTC-G
* * ** * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * ** *
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191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATAT-
* * * *
719490 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAAC
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* * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * ** * *
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* * * ** * * * * *
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* * ** * * * *
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256 TTTATTAATATTTTAAAAACTAATTA-TTAAAGATTTAAAAAATGAATCTA--TTTATCAAA-TA
* * * * * * *
719906 GATCAACTAATCATGACTATTTTGAATAAATATCTATTTCA
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* * * * * ** *
719947 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATT-ATTTTAGTTCATAAAAAATTA-TTCAA
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* * * * * *
720010 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTAAGATATTTAAAAAATGAATA
61 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATA
* * * * * * ** * ***
720075 TGTTTA-TCAAACATGTTTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTGGATATTGCTATA
125 TGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * * ***
720139 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
189 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
720204 CAAATTTATTAATA--TTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTT---AAA--AAT-TA--TATCGA
253 -TAATTTATTAATATTTTAA-A-AACTAATTA-TTAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAA
* ** * *
720259 GTAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAA
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* * * *
720304 ATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACT-GTTTCAGATT-ATACAAGCTTA-TTCGG
1 AATATTATGATC-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGGTTT--TATTCATACAAGCTTATTTC-G
* * ** * *
720365 ATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTTGACAAA-TAACAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAA
61 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-AT-TAAAAAAATAAA
* * * * * * * *
720429 TTTGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTCGAATAATTATATATTGT-AAATCATTA
123 TATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTA
* * * * *
720493 TGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTCAAAACAAAATA
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* *
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** * * *
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* * * * * * * ***
720925 TTTATTAA-AATTTAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAAAAATAAATCAATTTATCGAGCGAGTT
256 TTTATTAATATTTTAAAAACTAATTATTAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATC-AAATAGTT
* * *
720988 TAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
320 CAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * * * * ** *
721025 AATCGTAGTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGATTTATTCACACAATTTTA-TTCAAAA
1 AATATTA-TGATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-GAA
* * * *
721089 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAA
63 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTAAAAAAATAA
721149 TTTTTTTTGT
Statistics
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Consensus pattern (356 bp):
AATATTATGATCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTA
CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTAT
TAATATTTTAAAAACTAATTATTAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAAATAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
Found at i:716004 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 181
715261 ATTTATTAAT
* * * * * * * * *
715271 ATTATGACTTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTCTGTTCATACAATCTTATTCATATTAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
715336 TAGTATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTA
66 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
715400 CTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTGTTTGAATAATTAACTATTTCAAATC
130 CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** * **
715452 ATTGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCGTTAATAAAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
715517 TAAGACTAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATTA-TTAAA-ATTTAAAAAATGAATCTGTTTAT
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
715580 CAAA-TATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCGATTTCAAAAT-
131 CAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATC
* * ** *
715631 ATTATGA--TTTTTTTTTGTCATAGAACAATTGGTTT-TATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAA
* * *
715692 AATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATATGTT
64 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
*** * *
715755 TTGTAAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAGATC
128 TACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* *
715809 ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
715874 TAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
715939 CGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATC
131 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * ** **
715990 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA-AACAATTTTATTTGAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA-AAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** *
716054 ATAATACTAATGTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
716118 ACCAAACAAGTTCAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACT-ATT-TCCTATTTTAAATC
129 ACCAAACTAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAA-TAATTAT-CTATTTCAAATC
* * * * *
716171 GTTATGAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTCTTTCTATTCATGCAAAA--TTATTC-AAATT
1 ATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATA
* **** * * *
716233 AAATAATA-TAGATCTATTAATATTTTGGTAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTGAATCTAC
63 AAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-G
*** * * *
716293 TTTTTGAAA-TAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAAAC
126 TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATC
* * ** * * * * * * *
716348 GTTATGATCTTTT-AATTATCATAAAACAATTGCTCCTTTTCATACAAGCTTATTCCAATTAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * **
716412 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGT
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
716477 CGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
131 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
716528 ATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAGACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * * * *
716592 AT-A-A-TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAATAATAACTTTGTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTT
** * * * *
716653 TACCAAAAAAGTT-AAA-A---A--A-GATTTGAA-CA--ATC--GTTCTAA-C
128 TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * *
716693 --TATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAGAA-CTTA-TCTAAAATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA-AAGCTTATTC-AAAATAA
* * * * * ** * *
716754 TATAATACTACTTT-TTAATATTT-AGAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTTAAAAT-AGC
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGT
* * * * * *
716816 TTCCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATC
127 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** **
716871 ATTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATCCAAGCTTATTC-GGATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AA
* *
716933 AATAATACCAATTTAATAATATT
64 AATAATACTAATTTATTAATATT
716956 AATAGGAGAT
Statistics
Matches: 1195, Mismatches: 233, Indels: 153
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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166 13 0.01
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169 1 0.00
170 1 0.00
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185 2 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:716399 original size:538 final size:534
Alignment explanation
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Period size: 538 Copynumber: 2.4 Consensus size: 534
715300 ATTATTTCTG
* * * * *
715310 TTCATACAATCTTATTCATATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* ** * * *
715374 AAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTGTTTGAATAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * ** *
715439 ACTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCGTT-AATAAAAGCT
130 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAA-ACAAGCT
* * *
715503 TATTTGAAATAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATTATTAAAATTTAAAAAAT
194 TATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGATTAAAATTTAAAAAAT
* * * * * *
715568 GAATCTGTTTATCAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCGATTTCAAAATAT
258 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATCTAAACAATTATCGATTTCAAAATAT
* * ** *
715633 TATGATTTTTTTTTGTCATAGAACAATTGGTTTTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT
323 TATGATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTATTCATGCAAAATTATTTCAAATAAAATAAT
*
715698 ATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTGTAAAC
388 ATAAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTGTAAAC
* * * * * *
715763 ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAGATCATTATGACCTTTTGTTTTG
451 ACATACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTAT-
* * *
715828 CCATAAACCAATTGTTTCTA
515 CCATAAAACAATTGCTCCTA
* * *
715848 TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
715913 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
66 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * **
715978 TTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAATTTTA
131 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA
* *
716043 TTTGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTTGAAGATTTAAAAAAT
196 TTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGA-TT-AAAATTTAAAAAAT
* * * * * *
716108 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACTATT-TCCTATTT-TAAAT
258 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACCATCTAAACAATTAT-CGATTTCAAAAT
* * *
716170 CGTTATGAACTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATT-CTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAATT
321 -ATTATG-A-TTTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TATTCATGCAAAATTATTTCAAATA
* ***** * * * *
716233 AAATAATATAGATCTATTAATATTTTGGTAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTGAATCTACT-TT
381 AAATAATATAAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAAT-AA-ATA-TGTT
* * * *
716296 TTG-AAATA-GTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAAACGTTATGATCT
443 TTGTAAACACATACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAACATTATGACCT
*
716358 TTTAATTAT-CATAAAACAATTGCTCCTT
507 TTT-ATTATCCATAAAACAATTGCTCCTA
* * *
716386 TTCATACAAGCTTATTCCAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * *
716451 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTAT
66 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
716516 CTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAGACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTT
131 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAACAAGCTT
** * *
716580 ATTCAAAATAAAAT-AA-TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
195 ATTTGAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
716623 AAACAAGAGA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 116, Indels: 37
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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536 1 0.00
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543 31 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGATTAAAATTTAAAAAATAAA
TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATCTAAACAATTATCGATTTCAAAATATTAT
GATTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTATTCATGCAAAATTATTTCAAATAAAATAATATA
AATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTGTAAACACATA
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTATCCATAA
AACAATTGCTCCTA
Found at i:717169 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 717017--717220 Score: 282
Period size: 101 Copynumber: 2.0 Consensus size: 101
717007 AGACTATTAG
* * * *
717017 AATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCAT
1 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCAT
* * *
717082 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 ACAAGCGTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATT
* ** *
717118 AATATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCAT
1 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCAT
* **
717183 ACAAGCGTATTCAGAATAGGATAAAACTAATTTATT
66 ACAAGCGTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATT
717219 AA
1 AA
717221 GACTTCAAAT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 14, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
101 89 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (101 bp):
AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCAT
ACAAGCGTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATT
Found at i:717465 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 717416--717466 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
717406 TTACCAAATC
*
717416 ATTTCAAATAGTTTTGACT
1 ATTTCAAATAGTTAT--CT
* *
717435 ATCT-AAATAATTATCT
1 ATTTCAAATAGTTATCT
717451 ATTTCAAATAGTTATC
1 ATTTCAAATAGTTATC
717467 ACTTTTTATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 4
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 10 0.38
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
ATTTCAAATAGTTATCT
Found at i:717754 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 717333--721148 Score: 636
Period size: 181 Copynumber: 21.4 Consensus size: 180
717323 GATAAGTTTG
* * * * *
717333 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * *
717398 AAATCTGTTTACCAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAATAGT
66 AAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATAGT
* * * * **
717463 TATCACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTA
131 CATCACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * ** * * *
717514 TTCAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAACT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
717579 AAATCTAATTGT-CGAAGT-AGTTT-AAATAGCTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTTAAAT
66 AAATCT-ATT-TACCAAATCA-TTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
717641 CA-TCATGACCTTTTCTTTTGTCAT-AACAATT-GTTTTCCTCATACAAGCTTA
128 -AGTCATCACCTTTTATTTTGTCATAAACAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* *
717692 TT-ATGATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
1 TTCA-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * **
717756 TAAATTTGTTTATCAAATCAGTTCCAATAGTTAAGACTAT-TAAAACAATTATCTATTTAAAACC
65 TAAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATAT-AAACAATTATCTATTTCAAATA
* * * *
717820 GTTC-TAACCTTTTGCATAGTT-ACA-AAACAATT-GTTCTAGTCCATACAAGCTTA
129 G-TCATCACCTTTT--AT-TTTGTCATAAACAATTGGTTCTACT-CATACAAGCTTA
* * * * ** * * * * *
717873 TTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTTAGAAAATTAATGAGAAATAGATTCAAAAATA
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAA-A
* ** * * * ** *
717938 AATAAATTTATTTACCATTTGA--ACAATTTTCT---A-TTTA-AAATC-ATTATGACCT-TTT-
63 AATAAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAA-CAATTAT---CTATTTC
* * * * * ** * * *
717993 GATTTGTCATAAAACAATTATTTAAGT--TAATACAA---G--CT--TGAT--TAG---A
124 AAATAGTCAT-CACCTTTTATTT-TGTCATAA-ACAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * *
718039 -T-GGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCCT-AAAA-TAATAAGT---A-ATTTAAAAA
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT--TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * ** * * ** * * * * * *
718096 CTAAATCTGTTTACTAAATCAATTAAAATAATTATGGCCGTTTGAACGATTATTTGTTTCTAATT
64 ATAAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTC-AAAT
* * * * * * * *
718161 A-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA-ATATTTGTTTTTTA-TTATACAGGCTTA
128 AGTCATCACCTTTTATTTTGTCATAAACA-A-TTG-GTTCTACTCATACAAGCTTA
** ** * *
718214 TTC-GAAATAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAACTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
1 TTCAG-AAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAA
* * *** * * * * * * * * *
718278 AAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAATCTCAAA
62 AAATAAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * ** * *
718343 TCA-TTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTA-TAATAGAAGCTTA
127 T-AGTCATCACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTC-TACTCATACAAGCTTA
* * *
718397 TTCA-ATAAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA
1 TTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * * * *
718457 GAAAATTTTTTTGCTAAACCAATTAAAATAGTTAAAACTAT-TAGAATAATTTTCTATTTCAAAT
65 -TAAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATA-AACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
718521 CA-T-TTCAATCTTTTGTTTAGTCATAAA-ATATTTGTTTTATATCTTACATGCTTA
128 -AGTCATC-ACCTTTTATTTTGTCATAAACA-ATTGGTTCTA-CTCATACAAGCTTA
** * * *** * *
718575 TTTGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAA
1 TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
** * * * * * ** *
718639 ATAAATCTATTTATTGAACA-AATTT-AAATAGTTATGATTATATGAACAATTAAATATTTAAAA
64 ATAAATCTATTTA-CCAA-ATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * * * *
718702 TCA-TTAAGACC-TTTAGTTTTGACATAAAGTAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA
127 T-AGTCATCACCTTTTA-TTTTGTCATAAA-CAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * ** ** ** *
718757 TCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTTAAAAGAA
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AA
** * * * * * * * **
718822 T--AT-T-TTTACCAAAAAAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTAAATAAGTGTCCATTGAAAATC
65 TAAATCTATTTACCAAATCA-TTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * * * * * * *
718882 A-TTATGACCTATTGTTTTGTCACAAAACAATT-GTTTTCAGTTCATATAAGTTTA
128 AGTCATCACCTTTTATTTTGTCA-TAAACAATTGGTTCT-A-CTCATACAAGCTTA
* *** * * *
718936 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * ** * * *
719001 GAATATGTTTACCATATCAGTTCAAATAAATAGGGTCGT-T-TCAACAATTATCTATTTCAAATC
66 AAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTA-AGAC-TATATAAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * * * * * *
719064 A-TTATTACCTTCTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGTTTA
128 AGTCATCACCTTTTATTTTGTCATA-AACAATTG-GTTCTACTCATACAAGCTTA
* * * ** * * *
719117 TT-TGAA-AGAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAGATATTTACAAAA
1 TTCAGAATA-AAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * ** * * * * *
719180 TAAATTTGTTTACTAAATTAGTTT-AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATC
65 TAAATCTATTTACCAAATCA-TTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * * ** ** *
719244 A-TTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTA
128 AGTCATCACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * * *** *
719297 TTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * ** *
719362 TAATTTATCTACCAAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACGAACAATTATCTATTT-TAA-A-
66 AAATCTATTTACCAAATC-ATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATAG
* * ** * * *
719423 TCAT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTA
130 TCATCACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * * ** *
719471 TTAAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAA
1 TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * ** * * * *
719535 TAATTCTATTTACCTAACCAATTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCGATTT-AAATC
65 TAAATCTATTTACCAAATC-ATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * * ** * * * * * * * *
719598 A-TTATGACCTTTTGTGTTGTTGTAAATTAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTG
128 AGTCATCACCTTTTATTTTGTCATAAA-CAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * * * * *
719651 TTCA-AA-AAAA-CATACTAATCTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGATATTTAAAAAAT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * ** * *
719709 -AATCTGTCTATTAAA-C-TGTTCAAATAGTTATA-ATTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATT
66 AAATCTATTTACCAAATCAT-TTCAAATAGCTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATA
* * * * * * * *** * **
719770 GTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTTTTGTTCATACAAGCTTA
129 GTCATCACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * * * * *
719823 TTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAACATTTAATAAGTAAAAAATTT-AAAA
1 TTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * * * * * *
719885 ATAACTATGTTTACCAAAGT-AGATCAACTA-ATCATGACTATTTTGAATAAATATCTATTTCAA
64 ATAAATCTATTTACCAAA-TCATTTCAAATAGCT-AAGACTA-TATAAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * **
719948 ATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATT-ATTTTAGTTCATAAAAAATTA
126 AT-AGTCATCACCTTTTATTTTGTCAT--AAACAATTGGTTCTA-CTCATACAAGCTTA
* * * *** * * *
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1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * ** * * ** * *
720070 GAATATGTTTATCAAA-CATGTTTAAATAATTATA-ACTATTTCAACAATTATCTATTGGATATT
66 AAATCTATTTACCAAATCAT-TTCAAATAGCTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATA
* * ** * *
720133 G-CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATGATTTTTTTCTATTTATACAAGCTTA
129 GTC-ATCACCTTTTATTTTGTCATAAACA--A-TTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
** * * ** * *
720187 TTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTT----AA-
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *** * * * * * * *
720247 AAAT-TA--TATCGAGTAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGT
66 AAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATAGT
* * * * * * * *
720309 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTC-AGATTATACAAGCTTA
131 CATCACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTA-CTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
720360 TTCGGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTTGACAAA-TAACAAGTAAAAGATATAAAAAA
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAA
* * * ** * * * * * * *
720424 ATAAATTTGTTTGCTGAA-CAAGTTCAAATA-ATCATGACCAT-TCGAATAATTATATATTGT-A
64 ATAAATCTATTTACCAAATC-ATTTCAAATAGCT-AAGACTATAT-AAACAATTATCTATT-TCA
* * * * * * * *
720485 AATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTA
125 AAT-AGTCATCACCTTTTATTTTGTC-AT-AAACAATTGGTTCTA-CTCATACAAGCTTA
* * * *** * *
720542 TTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
720607 GAATCTGTTTACTAAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAGCAATTGTATATTTCAAA-AC
66 AAATCTATTTACCAAATCAT-TTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATA-
* * * * * * **
720670 ATTATGACCTTTTGTTTTATGACA-AAACAATTGGTTCTACTCATGCAATTTTA
129 GTCATCACCTTTT-ATTT-TGTCATAAACAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
** * * *** *
720723 TTTTGAAAAAAATAATA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA
1 TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * **** * * * * *
720786 TAAATATGTTTTTTGAA-CATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATC
65 TAAATCTATTTACCAAATCAT-TTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * * * * *
720850 A-TTATGACCCTATTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
128 AGTCATCA-CCTTTTATTTTGTCATAAA-CAATTGGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * * * *
720904 TT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAA
1 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
720965 TAAATCAATTTATC-GAGCGAGTTT-AAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
65 TAAATCTATTTACCAAATC-A-TTTCAAAT-AGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** * * * * **
721027 TCGT-AGTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGATT-TATTCACACAATTTTA
127 TAGTCA-TCACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATT-GGTTCTACTCATACAAGCTTA
* * * * *
721082 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT
1 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
721147 AA
66 AA
721149 TTTTTTTTGT
Statistics
Matches: 2741, Mismatches: 667, Indels: 454
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
157 16 0.01
158 3 0.00
159 4 0.00
160 3 0.00
161 4 0.00
162 12 0.00
163 8 0.00
164 41 0.01
165 5 0.00
166 1 0.00
169 4 0.00
170 5 0.00
171 29 0.01
172 56 0.02
173 83 0.03
174 201 0.07
175 30 0.01
176 29 0.01
177 113 0.04
178 348 0.13
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182 502 0.18
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184 86 0.03
185 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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AAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAGCTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATAGT
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Found at i:718418 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 717954--721333 Score: 1985
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 179
717944 TTTATTTACC
* * * * *
717954 ATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTAAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--C
* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT
* * * * * *
718200 ATTATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAACTAATAAGTT
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*
718265 AGAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
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* * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTA
* * *
718384 TAATAGAAGCTTATTCAATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG
66 TCATACAAGCTTATTCAA-AAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * **
718445 AGATTTAAAAAAGAAAATTTTTTTGCTAAACCAATTAAAATAGTTAAAACT
130 AGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
718496 ATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATT-TCAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * *
718559 ATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
64 -TATCATACAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
718622 GCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATAGTTATGATT
125 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * ** *
718678 ATATGAACAATTAAATATTTAAAATCATTAAGACCTTTAGTTTTGACATAAAGTAATTGTTTC-A
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT
* * * **
718742 ATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACA
65 A-TCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** ** *
718807 AGAGTTTTAAAAGAAT--AT-T-TTTACCAAAAAAGTTTAAATAGTTATGACT
128 AGAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * *
718856 ATTTAAATAAGTGTCCATTGAAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT
* * * * *
718920 AGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATT
65 A--TCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * ** **
718985 AAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTAC-CATATCAGTTCAAATAAATA-GGGT
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
719037 CGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTCTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * * *
719102 TATCATACAAGTTTATTTGAAAGAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAA
64 TATCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
719167 GATATTTACAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTTTAAATAGTTTTGACT
129 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* * * * * *
719283 T-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAAAATTCCAAAAATTAATAACTA
64 TATCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * *
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** * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTA
* * *
719457 TTCATACTAGCTTATT-AAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGT
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* * * * * *
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127 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** ** *
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* * * * *
719636 ATTCATATAAGTTTGTTC-AAAAAAA-CATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
65 A-TCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
719695 GATATTTAAAAAAT-AATCTGTCTA-TTAAACTGTTCAAATAGTTATAATT
129 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
** * ** * * * * **
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT
* ** * * *
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* * * ** ** * * * *
719873 AAAAATTT-AAAAATAACTATGTTTACCAAAGTAGATCAACTAATCATGACT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
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1 A-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTC
* ** * * *
719987 TTAGTTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAA
63 TTA--TCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
720052 TTAAGATATTTAAAAAATGAATATGTTTA-TCAAACATGTTTAAATAATTATAACT
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* ** * *** * ** *
720107 ATTTCAACAATTATCTATTGGATATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* ** * *
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* * * **
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125 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * **
720281 ATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT
* * ** * * * *
720346 ATTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTTGACAAA-TAACAAGTA
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* * * * * * * *
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128 AGAGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTC
* *
720526 AGTT-T-ATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
63 --TTATCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
720589 GTAAAAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTACT-AAACATGTTCAAATAGTTATGACT
125 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
720644 ATCTGAGCAATTGTATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATGACAAAACAATTGGTTC-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT
* ** ** * *
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65 A-TCATACAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* ** *
720772 AA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CATATTCAAATAGTTATGACT
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACT
* *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
720888 TATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT-AAAAATTAATAAGT
64 TA-TCATACAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
720952 AA-A-ATTTTAAAAATAAATCA-ATTTA-TCGAGCGAGTTTAAATCA-TTATGACT
127 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACT-GAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACT
* * ** *
721003 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-GTAGTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAG-AT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC
* **
721065 TTATTCACACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
63 TTA-TCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * ** ** * *
721129 GTTAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTTTTTGTCGAATAAGTTCAAATAGTCATG-TT
125 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** ** * **
721183 CGTTTGAACTATCATATATTTTGAATTGTTATGACATTT-TATTTGTTGTAAAACAATTGTTTC-
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** **
721246 TATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAGCACTAATATT-TTAATATTTCAAAAA-T--TAA-
64 TA-TCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
721306 TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
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Statistics
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TCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
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718159 TTATTATGAC
*
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* * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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261 TTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAG-AAATATTTTTACCAAACAAATTAAAATAGTTAAAA
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* * *
718530 CTTTTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTTATATCT-TACATGCTTATTTGGAAT-AAAATAAT-
1 CTTTTGTTTTA-TCATAAAATATTTGTTTTATAT-TATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATA
* * *
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* * *
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** * * *
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* * *
718782 TTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTT-TAAAAG-AATATTTTTACCAAA-AAAGTTTAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTTATATTATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACT
AATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAATAAATATATTTATTGAAC
AAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTGAAAATCTAAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGA
CATAAAACAATTATTTCATATAATAAAAGCTTATCCAATAAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAGAAATATTTTTACCAAACAAATTAAAATAGTTAAAAC
TATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTTCAAT
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Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 360
718159 TTATTATGAC
*
718169 CTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTTTTATTATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTTATATTATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACT
* * * ** * *
718234 AATTTTTTAATATTTAAAAAACTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC
66 AATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAATAAATATATTTATTGAAC
* * * ** * * *
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131 AAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTGAAAATCTAAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGA
* * *
718364 CATAAAACAATTATTTCTTATAATAGAAGCTTATTCAATAAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
196 CATAAAACAATTATTTCATATAATAAAAGCTTATCCAATAAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * *
718429 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAAATTTTTTTGCTAAACCAATTAAAATAGTTAAAA
261 TTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAG-AAATATTTTTACCAAACAAATTAAAATAGTTAAAA
* * * **
718494 CTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTTCAAT
325 CTATTAGAATAAGTGTCCATTGAAAATCATTTCAAT
* * *
718530 CTTTTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTTATATCT-TACATGCTTATTTGGAAT-AAAATAAT-
1 CTTTTGTTTTA-TCATAAAATATTTGTTTTATAT-TATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATA
* * *
718591 CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-GAAAAAATAAATCTATTTATTG
64 CT-AATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAATAAATATATTTATTG
* * *
718655 AACAAATTTAAATAGTTATGATTATATGAACAATT-AAATATTTAAAATCATTAAGACCTTTAGT
128 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTGAAA-ATCTAAAATCATTAAGACCTTT-GT
** * * *
718719 TTTGACATAAAGTAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATCCAA-AATAAAATAATACTAATTTT
191 TTTGACATAAAACAATTATTTCATA-TAATAAAAGCTTATCCAATAA-AAAATAATACTAATTTA
* * *
718782 TTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTT-TAAAAG-AATATTTTTACCAAA-AAAGTTTAA
254 ATAATATTTCAAAAATTAAT-AA-AAGA-TTTAAAAAAGAAATATTTTTACCAAACAAA-TTAAA
** * *
718844 ATAGTTATGACTATTTA-AATAAGTGTCCATTGAAAATCATTAT-GAC
315 ATAGTTAAAACTA-TTAGAATAAGTGTCCATTGAAAATCATT-TCAAT
* * * * * * * * * *
718890 CTATTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTCAGT-TCATATAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATA
1 CTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTT-A-TATTATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATA
* * * *
718953 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
64 CTAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAA
718983 TTAAGTGATT
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 65, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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359 75 0.20
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (360 bp):
CTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTTATATTATACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACT
AATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAATAAATATATTTATTGAAC
AAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTGAAAATCTAAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGA
CATAAAACAATTATTTCATATAATAAAAGCTTATCCAATAAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAGAAATATTTTTACCAAACAAATTAAAATAGTTAAAAC
TATTAGAATAAGTGTCCATTGAAAATCATTTCAAT
Found at i:719391 original size:181 final size:181
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Indices: 717954--721357 Score: 2137
Period size: 182 Copynumber: 19.0 Consensus size: 181
717944 TTTATTTACC
* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
718081 TAAGT---A-ATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAAA-TCAATTAAAATAATTATGGCC
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* * * * * * * * * * *
718135 GTTTGAACGATTATTTGTTTCTAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT
* * * ** *
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65 ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * *** *
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* * * * *
718319 ATTTGAACAATTGTCAATCTCAAATCATTA-AGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
718382 -TATAATAGAAGCTTATTCAATAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-
65 AT-TCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
** * * * * * * **
718441 TAAGAGATTTAAAAAAGAAAATTTTTTTGCTAAACCAATTAAAATAGTTAAAACT
128 TAAGAGATTTAAAAAA-TTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
718496 ATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATT-TCAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *** * *
718559 ATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
65 AT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *** * * * *
718623 CAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATAGTTATGATT
128 TAAGAGATTT-AAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * ** *
718678 ATATGAACAATTAAATATTTAAAATCATTA-AGACCTTTAGTTTTGACATAAAGTAATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * **
718742 ATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACA
65 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* ** *
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* * * * * ** * * *
718856 ATTTAAATAAGTGTCCATTGAAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* * * *
718920 AGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATT
65 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * ** **
718985 AAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCATA-TCAGTTCAAATAAATA-GGGT
129 AAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
719037 CGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTCTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-T
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * * * *
719101 TTATCATACAAGTTTATTTGAAA-GAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGT
65 AT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
719165 AAGATATTTACAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTTTAAATAGTTTTGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
719218 ATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
719283 TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAAAATTCCAAAAATTAATAACTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
719348 GAGATTTAAAAAATTAATTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
131 GAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * *
719399 ATACGAACAATTATCTATTTTAAATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
719457 TTCATACTAGCTTATT-AAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGT
66 TTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
719520 AAGAGATTTAAAAAA-TAATTCTATTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATTAATT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** ** * *
719573 ATTTGAACAATTATCGATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTGTTGTTGTAAATTAAATGTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
719637 TTCATATAAGTTTGTTC-AAA-AAAA-CATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * *
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131 GAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
** * ** * * * * * ** * *
719744 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
719809 TTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACATTTAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
719874 AAAATTT-AAAAA-TAACTATGTTTACCAAAGTAGATCAACTAATCATGACT
131 GAGATTTAAAAAATTAA-TTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
719924 ATTTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTT-
1 A-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTC
* ** * * *
719988 TAGTTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAT
64 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
720053 TAAGATATTTAAAAAATGAATATGTTTATCAAAC-ATGTTTAAATAATTATAACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACT
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCT
* *** *
720172 ATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGATAATTAATAAG
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* * * * **
720235 TAAAAGATTT-AAAAATT-A------TATC-GAGTAAGTTCAAATCTTTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-T
** * * ** * *
720346 ATT-ATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTTGACAAA-TAACAAGT
65 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * *
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129 AAGAGAT-TTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
720463 ATTCGAATAATTATATATTGT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTGTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTC
* * *
720526 -AGTTTATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
64 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
720590 TAAAAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * *
720644 ATCTGAGCAATTGTATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATGACAAAACAATTGGTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * ** ** *
720709 CTCATGCAATTTTATTTTGAAA-AAAATAATA-TAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
66 TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * ****
720772 AA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACATA-TTCAAATAGTTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
720824 ATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTATTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * *
720889 ATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TAAAAATTAATAAGTA
65 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * *** * * * * *
720953 A-A-ATTTTAAAAATAAATCAATTTATCGAGCGAGTTTAAATCA-TTATGACT
130 AGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAAT-AGTTATGACT
* * * ** *
721003 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-GTAGTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGATT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC
* ** *
721066 TATTCACACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
64 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * *
721131 TAGAGATTTAAAAAA-TAATTTTTTTTGTCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATG-TT
129 AAGAGATTTAAAAAATTAA-TTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** ** * * * **
721183 CGTTTGAACTATCATATATTTTGAATTGTTATGACATTTT-ATTTGTTGTAAAACAATTGTTTCT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** ** *
721247 ATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAGCACTAATATT-TTAATATTTCAAAAA-T--TAA-T
65 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
721307 AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCAAACTATTTCAAATCGTTATGA
129 AAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
721358 TCTTTATTTT
Statistics
Matches: 2507, Mismatches: 588, Indels: 260
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 29 0.01
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175 30 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:719576 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
719545 TACCTAACCA
*
719555 ATTTAAATAATTATGACT
1 ATTTAAATAATTATGACG
* *
719573 ATTTGAACAATTAT--CG
1 ATTTAAATAATTATGACG
*
719589 ATTTAAATCATTATGAC
1 ATTTAAATAATTATGAC
719606 CTTTTGTGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
16 12 0.48
18 13 0.52
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAATTATGACG
Found at i:721114 original size:540 final size:539
Alignment explanation
Indices: 717954--721146 Score: 2322
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717944 TTTATTTACC
* * * * * *
717954 ATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTT-AA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
718018 GTTAATACAAGCTTGATTAGATGGAATAAAATAGTACT-AATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAA
66 -TTCATACAAG-TTTATT---TTGAAAAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAA
* * * * * * * **
718081 TAAGT---AATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAAATCA-ATTAAAATAATTATGGCCGTTTGAA
124 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * *
718142 CGATTATTTGTTTCTAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTTTTATT-ATA
188 CAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATA
* * * * * * *
718206 CAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAACTAATAAGTTAGAGAT
252 AAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-TA-AAAT
* * *** * * * *
718271 TTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAA
314 TT--TAAAAATAAATA-ATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * *
718336 TCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTC-TTATAATAGAAGCTTAT
375 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGT-TCATACAAGCTTAT
* *
718398 TCAATAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-
439 TCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
718457 GAAAATTTTTTTGCTAAACCA-ATTAAAATAGTTAAAACT
503 G--AATATGTTTACTAAA-CATGTTCAAATAATTATGACT
** * * * * * * *
718496 ATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATT-TCAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT-T
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * * *
718559 ATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAATCTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC
65 AT-TCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
718624 AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATAGTTATGATTATATGAACAAT
129 AAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * ** *
718689 TAAATATTTAAAATCATTAAGACCTTTAGTTTTGACATAAAGTAATTGTTTCAATTCATAAAAGC
192 TATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGC
* * * * ** *
718754 TTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTT-AAA
257 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTAAAA
* * * * * * * * **
718818 A-GAATATTTTTACCAAAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAGTGTCCATTGAAAATC
321 ATAAATA-ATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
718882 ATTATGACCTATTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTCAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAA
384 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
718947 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTA
449 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTA
* * * **
719012 CCATATCA-GTTCAAATAAATA-GGGT
514 CTA-AACATGTTCAAATAATTATGACT
* * * * *
719037 CGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTCTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-T
1 -ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
719101 TTATCATACAAGTTTA-TTTGAAAGAAATAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATG
65 AT-TCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
719164 TAAGATATTTACAAAATAAATTTGTTTACT-AA-ATTAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACA
128 TAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA-TA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
719227 ATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAA
190 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * * * * *
719292 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
255 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTA
* * * * * ** * *
719357 AAAATTAATTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACGAACAATTATCTATTTTAA
318 AAAA-TAAATAATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * *
719422 ATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATT-AAGAA
381 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA-AA
* * * *
719478 TAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTC
445 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TA
* *
719541 TATTTACCTAACCAAT-TT-AAATAATTATGACT
508 TGTTTA-CTAAAC-ATGTTCAAATAATTATGACT
* * * ** ** * *
719573 ATTTGAACAATTATCGATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTGTTGTTGTAAATTAAATGTTTTTA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
719637 TTCATATAAG-TT-TGTTCAAAAAAA-CATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--
66 TTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * **
719696 -ATATTTAAAAAAT-AATCTGTCTATTAAAC-TGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAGGAATTAT
130 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * ** * * *
719758 TTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTTTTGTTCATACAAGCTTA
195 ATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
* * * * * *
719823 TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACATTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATA
260 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAATTTTAAAAATA
* * ** * * * *
719888 ACTATGTTTACCAAAGTAGATCAACTAATCATGACTATTTTGAATAAATATCTATTTCAAATCAT
324 AATA-ATTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * **
719953 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTT-AGTTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAA
386 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
720017 TAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAATTAAGATATTTAAAAAATGAATATGTTTA-
450 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTAC
* *
720081 TCAAACATGTTTAAATAATTATAACT
515 T-AAACATGTTCAAATAATTATGACT
** * *** * * * *
720107 ATTTCAACAATTATCTATTGGATATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCT
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCT
* * * *
720172 ATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGATAATTAATAAG
65 ATTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAG
* * * **
720235 TAAAAGATTT-AAAAAT-TATATCG---A--GTA-A-GTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAA
128 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * ** * * * *
720291 TTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAGATT-ATACAA
191 TTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATAAAA
* * * * * * * *
720355 GCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTTGACAAA-TAACAAGTAAAAGATATA
255 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-AT-TT
* ** * ** * * * *
720419 AAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTCGAATAATTATATATTGT
316 TAAAAATAAA-TAATTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-T
* * *
720484 -AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTG-TTTCAGTTTATATAAGCTTATTCA
378 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
720546 AAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAAT
442 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
* *
720611 CTGTTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGACT
507 ATGTTTACTAAACATGTTCAAATAATTATGACT
* * * * * * * * * *
720644 ATCTGAGCAATTGTATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATGACAAAACAATTGGTTCTA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
720709 CTCATGCAATTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
66 TTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
720774 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATC
131 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
* *
720839 TATTTCAAATCATTATGACCCTATTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
196 TATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
*
720904 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT-AAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAA
260 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAA
* * * * * * * *
720968 ATCAATTTATCGAGCGAGTTTAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-GTA
325 AT-AATTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * * **
721032 GTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGATTT-A-TTCACACAATTTTATTCAAAATAAAAT
388 -TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
721095 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT
451 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
721147 AATTTTTTTT
Statistics
Matches: 2085, Mismatches: 461, Indels: 212
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
524 4 0.00
525 31 0.01
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527 12 0.01
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532 34 0.02
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAAA
TAATTTACCAAACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTAAACA
TGTTCAAATAATTATGACT
Found at i:721203 original size:540 final size:539
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Indices: 717953--721252 Score: 2269
Period size: 540 Copynumber: 6.1 Consensus size: 539
717943 ATTTATTTAC
* * * * *
717953 CATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTT-A
1 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
718017 AGTTAATACAAGCTTGATTAGATGGAATAAAATAGTACT-AATTTATTAATATTTCCTAAAA-TA
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* * * * * * * **
718080 ATAAGT---AATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAAATCA-ATTAAAATAATTATGGCCGTTTGA
124 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CATATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * * *
718141 ACGATTATTTGTTTCTAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTTTTTTATT-AT
188 ACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCAT
* * * * * * *
718205 ACAGGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAACTAATAAGTTAGAGA
252 AAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-TA-AAA
* * *** * * * *
718270 TTTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCA
314 TTT--TAAAAATAAATA-ATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * *
718335 ATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTC-TTATAATAGAAGCTTA
375 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGT-TCATACAAGCTTA
* *
718397 TTCAATAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAA
439 TTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAA
* * * * * **
718457 -GAA-AATTTTTTTGCTAAACCAA-TTAAAATAGTTAAAA
503 TGAATTATGTTTAT-C-AAA-CAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
718494 CTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATT-TCAATCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT
1 C-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
718558 -TATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAATCTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
64 CTAT-TCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
718622 GCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATAGTTATGATTATATGAACA
128 GTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * ** *
718687 ATTAAATATTTAAAATCATTAAGACCTTTAGTTTTGACATAAAGTAATTGTTTCAATTCATAAAA
191 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * * * ** *
718752 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTT-A
256 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTAA
* * * * * * * * **
718816 AAA-GAATATTTTTACCAAAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAGTGTCCATTGAAAA
320 AAATAAATA-ATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * *
718880 TCATTATGACCTATTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTCAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATA
383 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * *
718945 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGTGATTTAAAAAGTGAA-TATG
448 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATGAATTATG
* * * * *
719008 TTTACCATATC-AGTTCAAATAAATAGGGT
512 TTTATCA-AACAAGTTCAAATAATTA-TGA
* * * * * *
719037 CGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTCTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-T
1 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
719101 TTATCATACAAGTTTA-TTTGAAAGAAATAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATG
66 AT-TCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
719164 TAAGATATTTACAAAATAAATTTGTTTACT-AA-ATTAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACA
129 TAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA-TA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
719227 ATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAA
191 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * * * * *
719292 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
256 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTA
* * * * * ** * *
719357 AAAATTAATTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACGAACAATTATCTATTTTAA
319 AAAA-TAAATAATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * *
719422 ATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATT-AAGAA
382 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA-AA
* * * * *
719478 TAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTC
446 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATTA
* * * *
719541 TATTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGA
510 TGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * ** ** * *
719571 CTATTTGAACAATTATCGATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTGTTGTTGTAAATTAAATGTTTT
1 C-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
719635 TATTCATATAAG-TT-TGTTCAAAAAAA-CATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 TATTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * **
719696 ---ATATTTAAAAAAT-AATCTGTCTATTAAAC-TGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAGGAATT
129 TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * ** * * *
719756 ATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTTTTGTTCATACAAGCT
194 ATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
* * * * * *
719821 TATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACATTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA
259 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAATTTTAAAAA
* * ** * * * *
719886 TAACTATGTTTACCAAAGTAGATCAACTAATCATGACTATTTTGAATAAATATCTATTTCAAATC
323 TAAATA-ATTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * **
719951 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTT-AGTTCATAAAAAATTATTCAAAATAA
385 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * *
720015 AATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAA-TTAAGATATTTAAAAAATGAA-TATGT
449 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATGAATTATGT
* * *
720078 TTATCAAACATGTTTAAATAATTATAA
513 TTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGA
* ** * *** * * * *
720105 CTATTTCAACAATTATCTATTGGATATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTT
1 C-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTT
* * * *
720170 CTATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGATAATTAATA
64 CTATTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATA
* * * **
720233 AGTAAAAGATTT-AAAAAT-TATATCG---A--GTA-A-GTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAC
127 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * *
720289 AATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAGATT-ATAC
190 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATAA
* * * * * * *
720353 AAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTTGACAAA-TAACAAGTAAAAGATA
254 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-AT-
** ** * ** * * * *
720417 TAAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTCGAATAATTATATATT
315 TTTAAAAATAAA-TAATTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * *
720482 GT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTG-TTTCAGTTTATATAAGCTTATT
378 -TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
720544 CAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGA
441 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGA
* * *
720609 A-TCTGTTTA-CTAAACATGTTCAAATAGTTATGA
506 ATTATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * * *
720642 CTATCTGAGCAATTGTATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATGACAAAACAATTGGTTC
1 C-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
720707 TACTCATGCAATTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
65 TATTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* *
720772 AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTA
130 AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
720837 TCTATTTCAAATCATTATGACCCTATTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
195 TATATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
*
720902 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT-AAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAT
259 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAT
* * * * * * * *
720966 AAATCAATTTATCGAGCGAGTTTAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-G
324 AAAT-AATTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * **
721030 TAGTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGATTT-A-TTCACACAATTTTATTCAAAATAAA
387 TA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
721093 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTTTTT
450 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATTATGTTT
* * * * * *
721157 GTCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTT
515 ATCAAACAAGTTCAAATAATTATG-A
* * * * ** ** * * **
721183 CGTTTGAACTATCATATATTTTGAATTGTTATGACATTTT-ATTTGTTGTAAAACAATTGTTTCT
1 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
721247 ATTCAT
66 ATTCAT
721253 GCAAAATTAT
Statistics
Matches: 2160, Mismatches: 489, Indels: 222
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
524 4 0.00
525 31 0.01
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527 12 0.01
528 14 0.01
529 2 0.00
532 31 0.01
533 28 0.01
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543 210 0.10
544 71 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGTTTATTTTGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
ATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAA
ATAATTTACCAAACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATTATGTTTATCAAA
CAAGTTCAAATAATTATGA
Found at i:721673 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 721339--724341 Score: 1845
Period size: 181 Copynumber: 16.9 Consensus size: 180
721329 GTTTATCAAA
* * * * * *
721339 CTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTT
* * ** * *
721402 A-TTCAAAGTAAAATATTGGTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
65 ATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * *
721466 ATAAATATGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTAT
128 ATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
721519 GGATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTTTTTTAGTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * *
721584 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAACTAATACA-TAAGAAATTTTAAAAAA
66 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGA-TTTAAAAAA
* * * *
721648 TAAATCCT-TTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATAATTATTTGAACAATTAT
129 TAAAT-ATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * * * * * **
721700 CTATTTAAAATAAATATTACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATGGTTTCAATTTATAAAATTTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTA
*** ** * * * *
721765 TCCAAAATAAAATAATTTTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATGAGTTAGAGATTTAAAAAAT
66 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * *
721830 AAGTCA-GTTTA-TCGAATTGGTTCAGATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT
130 AAAT-ATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * *
721881 ATATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATAGAAGCC
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTGTTTTT-AGTTCATACAAGCT
* * * * * * *
721944 TA-TT-CAGT---GTAA-AC--------T-AT-TTCCAAAATTAATATGCAGGAGATTTAAAAAA
64 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
721993 TAAATCTATTTA-TAAGACT-AGTTC----C--------TATTTGAACAATTAT
129 TAAATATGTTTACTAA-A-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
722033 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTT
* * **
722097 ATTT-AGAATAAAATTATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAA
65 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * ** * * * * * *
722161 ATAAATCTATTTGCCAAAGCAGTTTAAACAATTAAGACTATATAAACAATTAT
128 ATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
722214 CTATTCCAATTCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATA-TAGACT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTTTAGTTCATACAAG-CT
722277 TATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAA
64 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * ** * *
722337 GTGAAT-TGGTTTA-TCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTCCATAATTTT
128 ATAAATAT-GTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTAT
* * * * * *
722391 CTATTTCAAATCATGATTACGTTTTG-TTTGTCATATAACA-ATTATATTTCA--TCATACAAGT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-ATATTGT-TTTTAGTTCATACAAGC
* * * *
722452 TTATTT-AGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAA
63 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * ** * *
722516 AAATAAATCTTTTTAATGAACCAA--TCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGT
126 AAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
722571 ATACTTCGAAA-CATTATAACCTTTTGTTCTGTGATAAAATAATTATTTTT-GTTCATACATGCT
1 CTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTTTAGTTCATACAAGCT
* * * * *
722634 TATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
64 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
** * * ** * * *
722699 ATAAA-ATTGTTTGTTGAACTAA-TTCCAATAGTTAAAACTATATGAATAGTTAT
128 ATAAATA-TGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * ** * *
722752 CTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTCTCAAAAAACA-AGTTTTTAATACGCACTACCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
722809 CTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGGGATTTAAAAAA
66 TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
722873 TAATTTTGTTTACCTAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
129 TAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
722925 CTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTT-GTTCATATAAG-TT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTT
* *
722988 -TCTT-AAA-AAAAAAAGTACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
65 AT-TTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
723046 AATAAATTTGTTTA-TCAAACTAA-TTCAAAAAGTTATGACTATTT-AAGGAATTAT
127 AATAAATATGTTTACT-AAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTAT
* * ** * * * * * *
723100 TTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTT
* * ** * * *
723164 ATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAACTAA-ACAATTTAAAAA
65 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAA
* * * * *
723228 ATAAATATGTTTACTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATAT
128 ATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
723281 TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAAATT-TATTTCAATTCATATAAGCTT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTGT-TTTTAGTTCATACAAGCTT
* * *
723345 ATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAGAAA
65 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
723410 TGAATTTGTTT-GTCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
129 TAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** * *
723462 CTATTTGAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACA--ATTTTT--TTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * *
723523 TTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
66 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * **
723587 TAAATCTATTTATCGAGA-AAGTTTAAATTTTTATGACTATTTGAACAATTAT
129 TAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * **
723639 TTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATTAAACAAAGTTTTT-GTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
723703 -TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAA
66 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
723767 TAAATATGTTT-TTCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
129 TAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
723819 CTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTTGTTTTGT-ATTAAAACAATTG-TTTCAGTTCATATAAGC
1 CTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAA-TATTGTTTTTAGTTCATACAAGC
* * *
723882 TTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAA
63 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * * *
723947 AATGAATTTGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAATAATTAT
127 AATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
724001 CTATTTCAAAACATTA-GTACCTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGGTTCT-GTTTATGCAAGCT
1 CTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTGTTTTTAGTTCATACAAGCT
* * *
724064 TATTTTG-AATAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAA
64 TA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
724126 AAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTAT
126 AAATAAATATGTTTACTAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
*
724181 CTTATCTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCT-GTTCAT-CAAA
1 C-TAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT--ATTGTTTTTAGTTCATAC-AA
* * * *
724242 GCTTATTTGGAATAAAACAGTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAA
61 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* *
724307 AAAATAAATTTG-TT-CGTCGAATAAGTTCAAATAGT
125 AAAATAAATATGTTTAC-T-AAATAAGTTCAAATAGT
724342 CATGTTCGTT
Statistics
Matches: 2203, Mismatches: 459, Indels: 320
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
150 1 0.00
151 4 0.00
152 63 0.03
153 2 0.00
154 2 0.00
157 2 0.00
158 2 0.00
163 1 0.00
164 39 0.02
165 1 0.00
166 3 0.00
167 3 0.00
168 2 0.00
169 41 0.02
170 2 0.00
172 8 0.00
173 106 0.05
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178 26 0.01
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180 321 0.15
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182 221 0.10
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
Found at i:723830 original size:538 final size:538
Alignment explanation
Indices: 721339--727588 Score: 3743
Period size: 538 Copynumber: 11.7 Consensus size: 538
721329 GTTTATCAAA
* * * * *
721339 CTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TGTTCATACAAGCTTA
* * ** * *
721403 TTCAAAGTAAAATATTGGTAAA-TTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
63 TTTAAA-TAAAATAAT-ACAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * **
721467 TAAATATGTTT-GCTGAAC-CAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATGGATTTCAAAT
125 TAAATCTGTTTATC-GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * **
721530 CTTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATTTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATA
188 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTAG-AATA
* * *
721593 AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAACTAAT-ACATAAGAA-ATTTTAAAAAATAAAT-C
251 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC-TAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * * * * * *
721654 CTTTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATTA
313 GTTTTTC-GAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * ** *** **
721719 -CCTTTTGTTTTATCACAAAACAATGGTTTCAATTTATAAAATTTTATCCAAAATAAAATAATTT
377 TCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-ATAGCTTATTTGAAATAAAATAATAA
* * * ** *
721783 TACTTTATTAATAGTT-CAAAAATTGATGAGTT-AGAGATTTAAAAAAT-AAGTCAGTTTATCGA
441 TAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAAT-AATTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTTGTTTACCGA
*** * * * *
721845 ATTGGTTCAGATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT
503 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * * * *
721881 ATATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATAGAAGCCTA
1 CTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGT--TCATACAAGCTTA
* * * * * * **
721946 -TTCAGT---GTAA-AC--------T-AT-TTCCAAAATTAATATGCAGGAGATTTAAAAAATAA
63 TTTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * *
721996 ATCTATTTAT---A-AGA--C---TAG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
128 ATCTGTTTATCGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
722049 TAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATTAT
193 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * ** *
722114 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAA
258 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGA
** * * * * * * * * * *
722178 AGCAGTTTAAACAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTCCAATTCATTATGA-CTTTTTATT
322 ATAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTGTT
* * *
722242 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAGACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTA
387 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAG-CTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTA
* * * * *
722306 ATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATTGGTTTATCGAATC-AGTTCAAAT
451 ATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * *
722366 AATTATGGCCATTTTCCATAATTTT
515 AATTATGACTA-TTTCAACAATTAT
* * * * *
722391 CTATTTCAAATCATGATTACGTTTTG-TTTGTCATATAACAATTATATT-TCATCATACAAGTTT
1 CTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTGT--TCATACAAGCTT
* * * * **
722454 ATTTAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAA
62 ATTTA-AATAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * *
722519 TAAATCTTTTTAAT-GAAC-CAATCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCGAAA
125 TAAATCTGTTT-ATCGAACACATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAA
* * * * *
722582 -CATTATAACCTTTTGTTCTGTGATAAAATAATTA-TTTTTGTTCATACATGCTTA-TTCGAAAT
187 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AAT
* * * * *
722644 AAAATAATACTAATATAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATTG
250 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TG
* * ** *
722708 TTTGTT-GAACTAA-TTCCAATAGTTAAAACTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATC------A
314 TTT-TTCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * * * *
722765 --TTTTTGTTTTCTCAAAAAACAAGTT-TTT-AATACGCACTACCTTACTCGGAATAAAATAA-A
377 TCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATA-TAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
722825 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGCAAGGGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTACCT
440 AT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT-TAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTTGTTTACCG
* *
722888 AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
502 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * * * *
722925 CTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-
1 CTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTGTTCATACAAGCTTA
* * *
722988 TCTTAAA-AAAAAAAGTACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAA
63 T-TTAAATAAAATAA-TACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
723048 TAAATTTGTTTATCAAACTA-ATTCAAAAAGTTATGACTATTT-AAGGAATTATTTCTTTCAAAT
125 TAAATCTGTTTATCGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAAT
** * * * * * * * *
723111 TGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAA
188 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA
** *
723176 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAACTAAACA-ATTTAAAAAATAAATATG-TT
253 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * *
723239 TACTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGATC-
317 TTC-GAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCT
* * *
723302 TTTTGTTTTATCATAAAA-AATTTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
380 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATAT-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAATA
* * **
723366 AGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAGAAATGAATTTGTTTGTCGAACAAG
443 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAG
*
723431 TTTAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
508 TTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * **
723462 CTATTTGAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTT-TTCATACAAGCTTATT
1 CTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTTCATACAAGCTTATT
723525 TCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
65 T-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * ** **
723589 AATCTATTTATCGAGA-A-AGTTTAAATTTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
127 AATCTGTTTATCGA-ACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
* * * *
723652 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATTAAACAA-AGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
190 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * *
723716 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTTTC
255 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTC
* * * *
723781 GAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTTG
320 GAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTG
*
723846 TTTTGT-ATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTA
385 TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAATTCATAT-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTA
* * * * *
723910 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACATGTTCAA
448 TTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * *
723975 ATAGTTATGAGTATCTAAATAATTAT
513 ATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * * *
724001 CTATTTCAAAACATTAGTACCTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGGTTCTGTTTATGCAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TGTTCATACAAGCTTA
* * * *
724066 TTTTGAATAAAATAACATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAT
63 -TTTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *
724130 AAATATGTTT-TCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTTATCTT-AAAT
126 AAATCTGTTTATC-GAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTAT-TTCAAAT
* * *
724193 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTGTTCAT-CAAAGCTTATTTGGAATA
188 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATAGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTTAGAATA
* * * * * *
724256 AAACAGTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
251 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
** * * * ** ** *
724320 TCGTCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTTCGT-T-TGAACT-ATCATATATTTTGAATTGTTACGA
315 TTTTCGAATAAGTTCAAATAGTCATG-AC-TATATGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * ** * * ** ** ** *
724382 -CATTTT-ATTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAGCAC
377 TCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-TAGCTTATTTGAAATAAAATAATAA
* * * * *
724445 TAATATT-TTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCAAAC
441 TAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAAC
* * ** * ** *
724505 TATTTCAAATCGTTATGA-TCTTT--A-TTTTGT
505 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * * * * * * **
724535 C-A--T-AAAACAAT-TA---TTT-CTAT-TCAT---ACAA--GCTTATTCAAAGTAA-AATA-T
1 CTATTTCAAATCATTATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTTCATA-CAAGCTTATT
** * * ** * * *
724583 T-GGTAAATTAATA-ATATTCTAAAAATTAAT--AA---------GTAAGAGATTTAAAATATA-
65 TAAATAAAATAATACAAATT-TATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAA-AAAT
* * ** * * * * *
724634 -AATATATTTGCCAAACTA-GTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAC-ATCTATTTATTTCAAATC
126 AAATCTGTTTATCGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATTTATTTCAAATC
* * * * * * * *
724696 GTTATGACATTTT-TTTAG-CTATAAAATAATA-TTTTTAGATCACACATGCTTATTCAAAATAA
189 ATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATAGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAA
* * * *
724758 AATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACAC-AAGAA-ACTAAAAAAATAAATCTG
252 AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-ACTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
724820 TTTATT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTA-TT-AGAATAAATATGA
314 TTT-TTCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGA
* * * * * *
724882 -CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCAATTCATAACAGCTTTTTTGAAATAAAATAATAT
377 TCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-ATAGCTTATTTGAAATAAAATAATAA
* ** * * ** **
724946 TACTTTATTAAT-TTTAAAAAATTGATAAGTT-AGGGATTTAAAAAAT-AAGTCAGTTTATTGAA
441 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTTGTTTACCGAA
* * * *
725008 TC-GGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTAT
504 -CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
** ** * * **
725043 CTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATCATACCTG-TCTA
1 CTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGT-TCATACAAGCT-TA
* * * ** **
725107 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATATTTAGGAGATTTAAAAAAT
63 TTTA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
725172 AAATTTATTTA-CCAA-AC---C----AG-T-T-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
126 AAATCTGTTTATCGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * * * * ** * * * *
725225 TATAATCTTTTGTTCTATTATAAACTAATTA-TTTCAGTTCATATAGGTTTATTCAGAATAAAAT
191 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * *
725289 AATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAACAA-ATTT-AAAAATAAATATATTTA
255 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTT
* * * * * * * *
725351 CCGAAGT-AGTTCAAACAGTTCA-AATTATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGATC-A
318 TCGAA-TAAGTTCAAATAG-TCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
* ** **
725413 TTTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AACT-A
381 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAT-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAA-TAA
* * * * * * * **
725476 TTTATTAATATTCC-TAAATT--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTTAATCTATTTACTGAATTAGT
444 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGT
* *
725537 TCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTAT
509 TCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* ** * * ** *
725567 CTAATTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCATATAAGAATTGTAGTTGAGCATTCAAGCTT-
1 CTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT--TTGTTCATACAAGCTTA
* * * * * **
725631 TTTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATTCTTTCAAAAACTAATAAATAGGAGATTTAAAAA
63 TTT--AAATAAAATAATACAAATTTATTAA-T-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * ** *
725696 ATAAAT-TGGTTTA-CTAA-ACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAA
124 ATAAATCT-GTTTATCGAACAC--ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
* * * * * * * *
725758 ATCCTTAT-AACATTTGTTATGTCATAAAACAATTA-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
186 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT
* * * * * * *
725821 AAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
250 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * ** *
725886 TTGTCAAACT-AGTTCAAATATTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-C
315 TTTTCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * * *
725949 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTGTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AA
379 TTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTCAATTCATA-TAGCTTATTTGAAATAAAATAATAA
* * *
726013 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCTAA
441 T-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATT-TGTTTACCGAA
*
726077 CCAA-TTCAAATAATTATTACTATTTCAACAATTAT
504 -CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * * * *
726112 ATATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTG
1 CTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * *
726177 TTCGT-AATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGT----GATTTAAAAAA
63 TT--TAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *
726237 TAAATCTATTTATC-AA-ACTAGTT-AAATATTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT
125 TAAATCTGTTTATCGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * ** * * * * * * * * *
726299 CGTTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAGA
188 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA
* * * *
726364 ATAATACTAATTTAATAATATTTCAACAAGTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT
253 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * **
726428 ATCAAACT-AGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-T
317 TTCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
* * ** *
726491 TTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
381 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAT-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAAT
** * * * ** *
726556 TTATTAATAAGCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAATT
445 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTT
* * * *
726621 TAAATAATTATGACTGTTTGAATAATTAT
510 CAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * **
726650 CTATTTGAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATGTTCATTGAAGCT
1 CTATTTCAAATCA-TTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTT-TGTTCATACAAGCT
* *
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61 TATTT-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA--AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
726778 AATAAATCTATTTACCAAACA-ATTTCAAATCGTTATGACTGTTTGAGCAATTATTTATTT-AAA
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** * * ** *** * * *
726841 CTTGTTATGACTTTTTAG-TGTGTCATAAAGCAATTA-TTTCAATTCATACAAGTTTATTCA-TA
187 -TCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * ** * *
726903 TCAAAATAATATTAATTTATAAATATTTGGACAATTAATAAGC-AAAAAATTTAAAAAATAAATA
249 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * **
726967 TATTCATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
312 TGTTTTTCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * * * *
727032 -CCTTTTCTTTTGT-AAAAAATTACTTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAATATACTA
377 TCTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCAATTCATAT-AGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
727095 TTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAACAAAAAGAATATGTTTACCGAA
440 ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA-AAAATGAATTTGTTTACCGAA
* * * * *
727160 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTAT
504 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTAT
* * * *
727195 CTATTTCAAAACATCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAGAATTGGTTCTGTTCATCCAAGCTT
1 CTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATT-GTT-TGTTCATACAAGCTT
** ** *
727260 ATGTCGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAA
62 AT-TTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * ** * * *
727324 TAAAATATGTTTTTTGCACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATT
125 T-AAATCTGTTTATCGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* ** * *
727389 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAACT-GTTTTTGTTCATAAAAGCTT-TTTTGAAATAA
189 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAA
* * * * * * *
727452 AATAATACTAATTTATTAAAATTCCCAAAACTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATCTG-TT
252 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * * **
727516 TACTG-ACAAGTTCAAATACTTATGACTATCTAAATAAATATTTATTTCAAATTGTTATGATC-T
317 TTC-GAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
727579 TTTGTTTTGT
381 TTTGTTTTGT
727589 TAACTATTTA
Statistics
Matches: 4474, Mismatches: 901, Indels: 664
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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500 32 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
CTATTTCAAATCATTATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTTCATACAAGCTTATTT
AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTATCGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAATAA
GTTCAAATAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
CCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTAT
GACTATTTCAACAATTAT
Found at i:724337 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 722017--727588 Score: 2541
Period size: 362 Copynumber: 15.6 Consensus size: 358
722007 AGACTAGTTC
* * *
722017 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTT-
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
* * * *
722081 TAGTTCATATAAGCTTATTT-AGAATAAAATTATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
66 T-GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
* * * ** * ** * * * * * * *
722145 -CAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGCAGTTTAAACAATTAAGACTATATAAACA
128 GTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * *
722209 ATTATCTATTCCAATTCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-TA
192 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAA
* *
722273 GACTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT---GATTTA
256 G-CTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* * *
722333 A-AAAGTGAAT-TGGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGG
318 AGAAA-TAAATAT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * * * * *
722374 CCATTTTCCATAATTTTCTATTTCAAATCATGATTACGTTTTG-TTTGTCATATAACAATTATAT
1 CTA-TTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT-T
** * * *
722438 T-TCATCATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* ** * *
722501 ACTATGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTAAT-GAACCAA--TCTAAATAATTATGACTATTTG
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTT-ATCGAA-TAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
722562 AACAATTGTATACTTCGAAA-CATTATAACCTTTTGTTCTGTGATAAAATAATTATTTTTGTTCA
188 AATAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCA
* * * * * * *
722626 TACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
251 TACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AA
* * * * **
722690 ATTTAAAAAATAAA-ATTGTTTGTTGAACTAA-TTCCAATAGTTAAAA
313 ATTTAAGAAATAAATA-TGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
722736 CTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTCTCAAAAAACAAGTT-TTT
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TTGTTT
** * ** * * * * * * *
722793 -AATACGCACTACCTTACTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT
65 CTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA
* ** * * * * *
722856 GCAAGGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
128 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * * *
722920 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAA
192 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * * * *
722985 G-TT-TCTT-AAAAAAAAAAGTACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAA
256 GCTTATTTTGAATAAAATAA-TA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
* * * *
723044 AAAATAAATTTGTTTATCAAACTAA-TTCAAAAAGTTATGA
319 GAAATAAATATGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * * *
723084 CTATTT-AAGGAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTT
1 CTATTTGAA-GAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
723148 CTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAC
65 CTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG
* * *
723213 TAAACA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
129 TAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * ** *
723275 AAATATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTTATTTCAATTCATATA
191 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAA-TTGTTTCTGTTCATACA
* * *
723340 AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
255 AGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
* * * * *
723404 AAGAAATGAATTTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATTATGA
317 AAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
723446 CTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAA-T-TTT-
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
* *
723508 T-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAG
66 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAG
* * * ** *
723571 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGA-AAGTTTAAATTTTTATGACTATTTGAACAA
129 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
** * *
723635 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATTAAACAAA--GTTTTTGTTCATACAA
193 TTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAA-AAATTGTTTCTGTTCATACAA
** * *
723698 GCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
256 GCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAA
* * *
723763 GAAATAAATATGTTTTTCGAATAAGTTCAAATAGTCATGA
319 GAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *
723803 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTTGTTTTG-TATTAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTTA-TAAAACAATTGTT
* * *
723867 TCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA
* * * * * * * *
723932 GTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAATAA
128 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * *
723997 TTATCTATTTCAAAACATTA-GTACCTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGGTTCTGTTTATGCAA
193 TTATTTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAA-AAAATTGTTTCTGTTCATACAA
*
724061 GCTTATTTTGAATAAAATAACATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAA
256 GCTTATTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAA
724126 -AAATAAATATGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA
319 GAAATAAATATGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGA
* * *
724165 CTATTTGAAGAATTATCTTATCTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTT
1 CTATTTGAAGAATTATC-TAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
* * *
724229 TCTGTTCAT-CAAAGCTTATTTGGAATAAAACAGTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
64 TCTGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* * ** * * *
724293 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCGTCGAATAAGTTCAAATAGTCATG-TTCGTTTGAAC
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAA-
* * ** ** * * * ** *
724357 T-ATCATATATTTTGAATTGTTACGACATTTT-ATTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
190 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATAC
** *** ** * *
724420 AAAATTATTCAAAATAAAATAGCACTAATATT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT
254 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * * *
724481 AA-AAACTAAATTTGTTTATCAAACTATTTCAAATCGTTATGA
317 AAGAAA-TAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * * *** *
724523 TCTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TATTTCTATTCA-TACAAGC---T-TATTCAAAGTAAAA-T
1 -C--TA-TTTG--A-AGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA-TAAAACA
* *** * ** *
724581 ATTG-GTAAATT-A-ATAA---TATTCT-AAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTA--AA-ATATAA
58 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAA--AATAA-TACTA-ATTTATTAATATTTAA
* * **** ** *** * * * * *
724635 ATA-TATTTGCCAAACTAG-TTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACATCTATTTATTTCAAATCGT
118 AAATTAATAAGTAAA--AGATTTAAA-AAATAA-A-T-TT-GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGT
*** ** * ** ** *** *
724698 TATGAC-ATTTTTTTAGCTA-TAAAAT-AATATTTTTA-GATCACACATGCTTAT-TCA-AAATA
176 TATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA-ATCATTATGA-C-CTTTTG-TTTTGTCATAAA-A
* ** * * * * * * * * * **
724757 AAATAATACTAATTTAT-TAA-C--ATTTAG-A-AAATTAATACACA---A-GAA-ACTAAAAAA
236 AATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATA-ATTTATTAATATTCCAAAA
* ** ** * * * ** ** *
724811 ATAAATCTGT--TTATTGAACAAGTTCAAATA-G-TTAT-G-A-TTGTTTGAATAATTAT--
299 ATTAATAAGTAAAAATTTAAGAA-AT-AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * ** *
724864 CTA-TT--AGAA-TA--AATAT--GA-CCTT-T----TGTT-TTATCATA--AAACAATTGTTCC
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
** * * * *
724912 AATTCATA-ACAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT-TTTAAAAAATTGATAAG
66 TGTTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* ** * ** * ** * * * * *
724975 TTAGGGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATTGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAAT
129 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** ** **
725040 TATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-T-TATCATACCTG
194 TATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTGTTTCTGT-TCATACAAG
* * * * ** * *
725103 -TCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATATTTAGGAGATTTAA
257 CT-TATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAA
* * * ** *
725167 AAAATAAATTTATTTA-C---C-A----AACCAG-T-T-C
319 GAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
725195 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTCTATTAT-AAACTAATTATTT
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAC-AATTGTTT
* * * * * * *
725259 CAGTTCATATAGGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
725323 CTAACAA-ATTT-AAAAATAAATATATTTACCGAAGT-AGTTCAAACAGTTCA-AATTATATGAA
128 GTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA
* * * * * ** *
725384 CAATTATATATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTCTGTTCATAT
190 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATAC
* * * *
725449 AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAAACT-ATTTATTAATATTCCTAAATTTAATAAGT---GATTT
254 AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * ** * *
725509 AA-AAAGTTAATCTATTTA-CTGAATTAGTTCAAATAATTATGG
317 AAGAAA-TAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * * * *
725551 CTATGTCAACAATTATCTAATTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCATATAAGAATTGTAGT
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT-TT
** * * * * *
725616 -TGAGCATTCAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATTCTTTCAAAAACTAATA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTT-AAAAATTAATA
* ** * *
725679 AATAGGAGATTTAAAAAATAAATTGGTTTA-CTAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * * * * * *
725742 CAATTGTAAACTTCAAATCCTTAT-AACATTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
190 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATAC
* *** * * * *
725806 AAGTTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAA-T
254 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATT
* * * * * * **
725870 TAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATATTTAAAA
316 TAAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
725913 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTGTT
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACA--ATTGTT
*** * * *
725978 TGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * * * * *
726042 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATTACTATTTCAA
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
726105 CAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
190 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATAC
* * * * * *
726170 AAG-TT-TGTTCGTAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGT---GATT
254 AAGCTTAT-TTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATT
* * * * * * *
726230 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTT-AAATATTTATAA
316 TAAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** *
726272 CTATTTG-AGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAAG-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
726336 CTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAGAATAATACTAATTTAATAATATTTCAACAAGTAATAAG
65 CTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* * * * *
726401 TAACAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACT-AGATCAAATAATCATGACTATTTGAATA
129 TAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* ** * * ** *
726464 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGTTTCAATTCATATAA
192 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAA
*** **
726529 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAGCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTA
256 GCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTA
* * * * * * * *
726593 AAAAATGAATCTATTTA-CTAAACAAATTTAAATAATTATGA
318 AGAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
726634 CTGTTTGAATAATTATCTATTTGAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTT
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-GTT
* ** * * * *
726698 TATGTTCATTGAAGCTTATTTCAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATA-TTAAGGTAATTAATA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA--AAATTAATA
* * * * * * * * **
726762 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATCGTTATGACTGTTTGAGCA
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
** * * * * **
726827 ATTATTTATTT-AAACTTGTTATGACTTTTTAG-TGTGTCATAAAGCAATTATTTCAATTCATAC
192 ATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAA-AAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * *** * *
726890 AAG-TT-TATTCATATCAAAATAATATTAATTTATAAATATTTGGACAATTAATAAGCAAAAAAT
254 AAGCTTATTTTGA-AT-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAAT
* * * *
726953 TTAAAAAATAAATATATTCATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
315 TTAAGAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
726997 CTATTTG-AGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG-TAAAAAATTACTTGTT
1 CTATTTGAAG-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-CAATTGTT
* * * * * * * *
727060 T-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAATATACTATTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG
64 TCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* * * * *
727124 AGTAAGAGAATTAACAAAA-AGAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA
127 AGTAAAAGATTTAA-AAAATA-AATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
727188 TAATTATCTATTTCAAAACATCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAGAATTGGTTCTGTTCATC
190 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAA-AATTGTTTCTGTTCATA
* * * *
727253 CAAGCTTATGTCGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTT
253 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * * * *
727318 AAAAAATAAAATATGTTTTTTGCACATGTTCAAATAGTTATAA
317 AAGAAAT-AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
727361 CTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAACTGTTTT
1 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
* * * ** *
727426 TGTTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCCAAAACTAATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
727491 AAAAGATGTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTG-ACAAGTTCAAATACTTATGACTATCTAAATAAA
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
** *
727554 TATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
194 TATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
727589 TAACTATTTA
Statistics
Matches: 3952, Mismatches: 956, Indels: 609
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
322 3 0.00
323 5 0.00
324 28 0.01
325 21 0.01
326 21 0.01
327 11 0.00
328 21 0.01
329 20 0.01
330 16 0.00
331 8 0.00
332 4 0.00
333 1 0.00
334 5 0.00
335 13 0.00
336 6 0.00
337 4 0.00
338 12 0.00
339 1 0.00
340 4 0.00
341 1 0.00
343 13 0.00
344 19 0.00
345 15 0.00
346 16 0.00
347 17 0.00
348 200 0.05
349 46 0.01
350 13 0.00
351 24 0.01
352 46 0.01
353 24 0.01
354 160 0.04
355 63 0.02
356 258 0.07
357 605 0.15
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359 82 0.02
360 39 0.01
361 133 0.03
362 721 0.18
363 550 0.14
364 307 0.08
365 22 0.01
366 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
TTTTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAGAAATAA
ATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:726101 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 724504--727588 Score: 1888
Period size: 363 Copynumber: 8.6 Consensus size: 360
724494 GTTTATCAAA
** * * * * **
724504 CTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTGAATTCATACAAGCTTA
** * ** * * *
724568 -TTCAAAGTAAAATATTGGTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAT
66 TTTGGAA-TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
724631 ATAAATATATTTGCC-AAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAC-ATCTATTTATTTCAAA
129 ATAAATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATATATTTCAAA
* * * * * * * * *
724694 TCGTTATGACATTTT-TTTAG-CTATAAAATAA-TATTTTTAGATCACACATGCTTATTCAAAAT
193 TCATTATAAC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAGTTTATTC-AAAT
* * * * * * * * *
724756 AAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATACACAAGAAACTAAAAAAATAAATCTG
254 AAAATAATACTAATCTATTAATATTCCA-AAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
** * * * * *
724820 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTAT
317 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * **
724864 CTA-TT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCAATTCATA-ACAGCT
1 CTATTTCA-AATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTGAATTCATACA-AGCT
* * * * * * * *
724926 TTTTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT-TTTAAAAAATTGATAAGTTAGGGATTTAAAAA
64 TATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
724990 ATAAGTCA-GTTTA-TTGAATC-GGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAA
129 ATAAAT-ATGTTTACCT-AACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
** * * * ** * *
725052 ATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-T-TATCATACCTGTCTATTTAGAAT
192 ATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGT-TCATACAAGTTTATTCA-AAT
* * * * * * *
725115 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATATTTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
254 AAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * *
725180 TTACCAAAC-----C----AG-T-T-CCTATTTGAATAATTAT
318 TTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * * * * * * * *
725211 CTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTCTATTAT-AAACTAATTATTTCAGTTCATATAGGTTT
1 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTGAATTCATACAAGCTT
** * * * * *
725275 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAACAAATTT-AAAA
65 ATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * *
725338 ATAAATATATTTACCGAA-GTAGTTCAAACAGTTCA-AATTATATGAACAATTATATATTTCAAA
129 ATAAATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
* * * * * * * *
725401 TCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAA
193 TCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAA
* * * * * * *
725466 AATAAAACT-ATTTATTAATATTCC-TAAATT--TAATAAGTGATTTAAAAAGTTAATCTATTTA
256 AATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * ** * *
725527 -CTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTAT
321 TC-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * * * * *
725567 CTAATTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCATATAAGAATTGTAGTTG-A-GCATTCAAGCT
1 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGT--TTGAATTCATACAAGCT
** * * * * * *
725630 T-TTTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATTCTTTCAAAAACTAATAAATAGGAGATTTAAA
64 TATTT-GGAATAAAATAATAATAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
725694 AAATAAAT-TGGTTTA-CTAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTC
127 AAATAAATAT-GTTTACCT-AACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * *
725756 AAATCCTTATAACATTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
190 AAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTC-AAAT
* * * * *
725821 AAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
254 AAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * * * *
725886 TTGTCAAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAATAATTAT
318 TTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* *
725929 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTGTTTGAATTCATACTAGCT
1 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--TTTGTTTGAATTCATACAAGCT
725994 TATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
64 TATTTGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
726058 AATAATTATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATTACTATTTCAACAATTATATATTTCAAA
128 AATAAATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
* * * * * * *
726122 TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGTAATAA
193 TCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAA
* * * * *
726187 AGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAGAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
256 AATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* *
726249 TCAAACTAGTT-AAATATTTATAACTATTTGAGCAATTAT
321 TCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* ** * ** * * * **
726288 TTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTGAATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
726353 TTTGGATTAGAATAATACTAATTTAATAATATTTCAACAAGTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAT
66 TTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
726418 AAATATGTTTATC-AAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
131 AAATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* * ** * *
726482 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TAGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
196 TTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAA
* ** * *
726546 TAATACTAATTTATTAATAAGCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-
258 TAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT
* * * * * * *
726610 CTAAACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAATAATTAT
322 C-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * **
726650 CTATTTGAAA-TAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATGTTCATTGAAGCT
1 CTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTGA-ATTCATACAAGCT
** * * *
726714 TATTTCAAATAAAATAGTACA-AATTTATTAATA-TT-AAGGTAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
64 TATTTGGAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
726776 AAAATAAATCTATTTACC-AAACAATTTCAAATCGTTATGACTGTTTGAGCAATTATTTATTT-A
126 AAAATAAATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
** * * * ** *
726839 AACTTGTTATGACTTTT-TAGTGTGTCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCATA
191 AA-TCATTATAACTTTTGT--TTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAA
* * * *** * * * *
726903 TCAAAATAATATTAATTTATAAATATTTGGACAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAATAT
253 T-AAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
726968 ATTCATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAGCAATTAT
316 ATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
727013 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT-AAAAAATTACTTGTTTTAGTTCATATAAGCTT
1 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTGTTTGAATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
727077 ATTT-GAAGTAATATACTATTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAACAA
65 ATTTGGAA-TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AA
* * * * *
727141 AA-AGAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAA
128 AATA-AATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * ** * * *
727204 AACATCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAGAATTGGTTCTGTTCATCCAAGCTTATGTCGAAT
192 ATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTAT-TCAAAT
* *
727269 AAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAAATA
254 AAAATAATACT-AATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATA
* * * *
727331 TGTTTTTTGCACA-T-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTAT
315 T-ATTTAT-CAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * ** *** * *
727377 TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAACTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTT
1 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTGAATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
727442 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCCAAAACTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAAT
66 TTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
727507 AAATCTGTTTA-CTGA-CAAGTTCAAATACTTATGACTATCTAAATAAATATTTATTTCAAATTG
131 AAATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
*
727570 TTATGATCTTTTGTTTTGT
196 TTAT-AACTTTTGTTTTGT
727589 TAACTATTTA
Statistics
Matches: 2126, Mismatches: 485, Indels: 226
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
343 1 0.00
344 25 0.01
345 2 0.00
347 26 0.01
348 157 0.07
349 44 0.02
350 6 0.00
353 1 0.00
354 2 0.00
355 3 0.00
356 83 0.04
357 271 0.13
358 78 0.04
359 217 0.10
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363 439 0.21
364 308 0.14
365 17 0.01
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTGAATTCATACAAGCTTA
TTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
AAATATGTTTACCTAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
TTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAA
TACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAA
CTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
Found at i:726287 original size:721 final size:720
Alignment explanation
Indices: 724504--727588 Score: 1762
Period size: 721 Copynumber: 4.3 Consensus size: 720
724494 GTTTATCAAA
* * * * * * *
724504 CTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATATTCATACAAGCTT
**** * *
724567 A-TTCAAAGTAAAATATTGGTAAA-TTAATAATATTCTAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
66 ATTTCAAA-TAAAATA-AAACAAATTTATTAATA-T-TAAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * ** *
724629 ATATAAATATATTTGCCAAACTAGTTT-AAATAGTTAAGACTATTAGAAC-ATCTATTTATTTCA
127 AAATAAATATATTTACCAAAC-AATTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAAT-TATATATTTCA
* * * * * * * * * **
724692 AATCGTTATGACATTTT-TTTAG-CTATAAAA-TAATATTTTTAGATCACACATGCTTATTCAAA
190 AATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC-ATAAAACAAATATTTCT-GTTCATATAAGTTTATTCGTA
* * ** * *
724754 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACACAAGAAACTAAAAAAATAAATC
253 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--TA-AGAAGTGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * ** * *
724818 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTA-TT-AGAATAAATATG
313 TATTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCA-AATCATTATG
** * * * * *
724881 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCAATTCATA-ACAGCTTTTTTGAAATAAAATAATA
377 ACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTGTTTCGATGCATACA-AGCTTATTTAAAATAAAATAATA
* * * * * * * * * *** * **
724945 TTACTTTATTAAT-TTTAAAAAATTGATAAGTTAGGGATTTAAAAAATAAGTCA-GTTTATTGAA
441 CTAATATAATAATATTTCAAAAACTAATAAATAACAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA
* * * * * * ** * **
725008 -TCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-ATTTTGTT
505 CT-AGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCCTTATGAACA-TTTGTT
* * * ** ** * * * * *
725071 TTGTCATAAAAAAATTGTTTTTA-TCATACCTG-TCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
568 ATGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAAT
*** * * * * * * * *
725134 AATATTTCAAACATTTATATTTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC----CAAA--C---C
632 AATAAGCCAAAAATTAATAATAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAAT
* * *
725190 AGTT---CCTATTTGAATAATTAT
697 AATTAAAACTATATGAATAATTAT
* * * * * ** * * * * * *
725211 CTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTCTATTATAAACTAATTATTTCA-GTTCATATAGGTTT
1 CTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATATTCATACAAGCTT
* * * * *
725275 A-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAACAA-ATTT-AAA
66 ATTTCA-AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-AAGAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAA
* ** * * * * * * *
725337 AATAAATATATTTACCGAAGTAGTTCAAACAGTTCA-AATTATATGAACAATTATATATTTCAAA
128 AATAAATATATTTACCAAACAATTTCAAATAATT-ATGACTATTTCAACAATTATATATTTCAAA
* * * * * * *
725401 TCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAA-TAATCATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATA
192 TCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAAT-ATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCGTAATA
* * * * * * *
725465 AAATAAAACT-ATTTATTAATATTCCTAAATTTAATAAGTGATTTAAAAAGTTAATCTATTTA-C
256 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * * *
725528 TGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATGTCAACAATTATCTAATTCAAATCATTATTACCTTTTG
321 -GAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
725593 T-TTCATCATATAAGAATTGTAGTT-GA-GCATTCAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAAT
385 TCCT-ATCATAAAACAATTGT--TTCGATGCATACAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAAT
* * ** *
725654 ATATTAATTCTTTCAAAAACTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTA-CTAAACTA
446 ATAATAA-TATTTCAAAAACTAATAAATAACAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATC-AAACTA
* * *
725717 -ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTAT-AACATTTGTTATGT
508 GA-TCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCCTTATGAACATTTGTTATGT
*** *
725780 CATAAAACAATTA-TTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATA
572 CATAAAACAA-TAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATA
** * * * * * *
725844 TTCCAAAAATTAATAACT-AAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GTCAAACTAGTTCAAATAT
636 AGCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAATTCAAATAA
725907 TTAAAACTATATGAATAATTAT
699 TTAAAACTATATGAATAATTAT
* * * *
725929 CTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTT-TGTTTGA-ATTCATACTA
1 CTATTTCAAA-TAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGA-ATTCT-TTT-ATATTCATACAA
** * *
725991 GCTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTA
62 GCTTATTTCAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TT-AAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * *
726055 AAAAATAATTATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATTACTATTTCAACAATTATATATTTC
125 AAAAATAAATATATTTACC-AAACAATTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATATATTTC
* * * * *
726119 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGTAA
189 AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCGTAA
* *
726184 TAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
726249 TCAAACTAGTT-AAATATTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTT
319 TCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** * * *
726313 GTCCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAGAATAATACTAATTTA
384 GTCCTATCATAAAACAATTGTTTCGATGCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATATA
* * *
726378 ATAATATTTCAACAAGTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAA
449 ATAATATTTCAAAAACTAATAAATAACAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAA
* ** * ** * * *
726443 ATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
514 ATAATCATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCCTTATGAACATTTGTTATGTCATAAAA
* * * * *
726508 GAATAGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAGCCAAAA
579 CAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATAAGCCAAAA
* * * ** *
726573 ATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAATTTAAATAATTATGACTGT
644 ATTAATAATAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTAAAACTAT
*
726638 TTGAATAATTAT
709 ATGAATAATTAT
* * **
726650 CTATTTGAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATGTTCATTGAAGCTT
1 CTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATATTCATACAAGCTT
** *
726715 ATTTCAAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATTAAGGTAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
66 ATTTCAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTAA-GAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* ** * * * * *
726780 TAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATCGTTATGACTGTTTGAGCAATTATTTATTT-AAACTT
130 TAAATATATTTACCAAACAATTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATATATTTCAAA-TC
* * * * * ** * *
726844 GTTATGACTTTTTAGTGTGTCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAT-ATCAAA
194 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCGTAAT-AAA
* * * *** * *
726908 ATAATATTAATTTATAAATATTTGGACAATTAA-TAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTC
258 ATAATACTAATTTATTAATATTT---CAA-AAATTAAG-AAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * *
726972 ATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
318 ATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* ** * * * * * * * * * * * * *
727037 TCTTTTGT-AAAAAATTACTTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAATATACTATTGAT
383 TGTCCTATCATAAAA-CAATTGTTTCGA-TGCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * *
727100 TTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAACAAAA-AGAATATGTTTACCGAA-TA
446 ATAATAATATTTCAAAAACTAATAAATAACA-AATTTAA-AAAATA-AATATGTTTATCAAACT-
* * * * * ** * * * * * *
727162 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATCAT-AACCTTTTGTTTTG
507 AGATCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCCTTATGAA-CATTTGTTATG
* * * ** * * ** * *
727226 TCATAAAAAGAATTGGTTCTGTTCATCCAAGCTTATGTC-GAATAAAATAA-TTTAAATTTATTA
571 TCAT-AAAACAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAACACT-AATCTAATA
** ** * * ** ** **
727289 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-TTTTAAAAAATAAAATATGTTTTTTGCACATGTTCAAA
633 ATAAGCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGAATTAAAAAAT-AAATCTATTTACTAAACAAATTCAAA
* * * *
727352 TAGTTATAACTATTTGAAGAATTAT
696 TAATTAAAACTATATGAATAATTAT
* * * ** * * * *
727377 TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAACTGTTTT-TGTTCATAAAAGCTT
1 CTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATATTCATACAAGCTT
* * * * * * * *
727441 TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCCA-AAACTAATAAGTAAAAGATGTAAAAA
66 ATTTCAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT--AAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * ** * * * * * * * *
727505 ATAAATCTGTTTA-CTGACAAGTTCAAATACTTATGACTATCTAAATAAATATTTATTTCAAATT
129 ATAAATATATTTACCAAACAATTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATC
* *
727569 GTTATGATCTTTTGTTTTGT
194 GTTATGACCTTTTATTTTGT
727589 TAACTATTTA
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Consensus pattern (720 bp):
CTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTTATATTCATACAAGCTT
ATTTCAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTAAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
AAATATATTTACCAAACAATTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCGT
TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCGTAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACT
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCCTAT
CATAAAACAATTGTTTCGATGCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATATAATAATAT
TTCAAAAACTAATAAATAACAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAATCA
TGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCCTTATGAACATTTGTTATGTCATAAAACAATAGT
TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATAAGCCAAAAATTAATA
ATAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTAAAACTATATGAATA
ATTAT
Found at i:726594 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 725195--727588 Score: 1681
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725185 AAACCAGTTC
* * * * * * **
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TAGTTT
* * * *
725259 CAGTTCATATAGGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAA
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
725323 CTAACA-A-ATTT-AAAAATAAATATATTTACCGAAGTAGTTCAAACAGTTCA-AA
129 GTAA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * * * * *
725375 TTATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATCA-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAT-AGTTT
* * * *
725439 CTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACT-ATTTATTAATATTCC-TAAATT--TAA-
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
725499 T-AAGTGATTTAAAAAGTTAATCTATTTA-CTGAATTAGTTCAAATAATTATGG
130 TAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * *
725551 CTATGTCAACAATTATCTAATTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCATATAAGAATTGTAGT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGT--T
* * * * * * *
725616 TGAG--CAT-TCAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATTCTTTCAAAAACTAAT
64 TCAGTTCATAT-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAAT
* * *
725678 AAAT-AGGAGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTA-CTAAACTAATTCAAATAGTTATGA
127 AAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * * *
725733 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTAT-AACATTTGTTATGTCATAAAACAATTA-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TAGTTT
** * * * * * * *
725796 TTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * **
725861 T-AAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATATTTAAAA
130 TAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** ** *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AGAATAGTT
* * * * * *
725978 TGAATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
64 TCAGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * * *
726041 AAGT-AAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATTA
127 AAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
726096 CTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-ATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATA-GTTT
** * * * * * *
726160 TTGTTCATATAAGTTTGTTCGTAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
726222 --AAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTT-AAATATTTATAA
130 TAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * *
726272 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGTTTC
* * * * * * * * *
726337 TA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAGAATAATACTAATTTAATAATATTTCAACAAGTAATAAG
66 -AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
726401 TAACA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAATCATGA
130 TAA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
726453 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGTTTC
* * **
726518 AATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAGCCAAAAATTAATAA-T
66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
726582 AAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAACAAATTTAAATAATTATGA
131 AAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** *
726634 CTGTTTGAATAATTATCTATTTGAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTCTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGTTTC
* * *
726699 ATGTTCAT-TGAAGCTTATTTC-AAATAAAATAGTACAAATTTATTAATATT--AAGGTAATTAA
66 A-GTTCATAT-AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA--AAATTAA
* * * * * *
726760 TAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATCGTTATGA
126 TAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
726816 CTGTTTGAGCAATTATTTATTT-AAACTTGTTATGACTTTTTAG-TGTGTCAT-AAAGCAATTA-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAAG-AA-TAG
* * * * * * *** *
726877 TTTCAATTCATACAAGTTTATTC-ATATCAAAATAATATTAATTTATAAATATTTGGACAATTAA
62 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * * * *
726941 TAAGCAAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTCATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
126 TAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
726997 CTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT-AAAAAATTACTTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-GAATAGTTT
* * * * * * * *
727061 TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAATATACTATTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
727126 T-AAGAGAATTAACAAAA-AGAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAAAGAGATTTAA-AAAATA-AATATGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
727179 CTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAGAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAGAATAGTTT
* ** *
727244 CTGTTCATCCAAGCTTATGTCG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
65 CAGTTCATATAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * *
727307 AGTAAA-A-TTTTAAAAAATAAAATATGTTTTTTGCACA-T-GTTCAAATAGTTATAA
128 AGTAAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATG-TTTAT-CAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * **
727361 CTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAACT-GTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TAGTTT
** * * * * * *
727425 TTGTTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCCAAAACTAATAAG
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * ** * *
727490 TAAA-AGATGTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGACAAGTTCAAATACTTATGA
130 TAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
727541 CTATCTAAATAAATATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
727589 TAACTATTTA
Statistics
Matches: 1754, Mismatches: 374, Indels: 172
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 1 0.00
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184 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATAGTTTC
AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:728664 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 727615--729622 Score: 1422
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727605 TTCAGTAAAT
** * * * * *
727615 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTG
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* * * * * * * * *
727679 TATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAA-CAAAAAGTAATAACGATTTGAAAAAGATAATTA
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* * * * * ** * * * *
727743 TTGAAATTGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTCAA--TC--ACTTA
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
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193 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-ATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAACATAAAC
* * ** * **
727867 AATT-TTTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTATTCAAATAGTTG
257 AATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
727931 TAACTATTTGGAATTG-TTTGGTTAAA-AAATTTATTTTTTTAA
320 TAACTATTT-GAACTGATTCGG-TAAACAGATTTA-CTTTTTAA
* * * *
727973 A-CTCTTGCTTATTAATTTT-GAAATATTAAGAAATT-ATATTATTTTATTA-T-GGATAAGCTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA--ACTCGAATAAGCTT
* * *** * * * ** * * *
728033 TTCTGAGCTGAAACAAATGTTTTATGTCAAAA-CAAAGAGTCA-TAATGATTTTAAATAAATAAC
64 GTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGCAAAG-GT-ATTAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * ** * *
728096 TATTCAAATAATCATAACTACTTGAACTT-ATTCGGTAAGTAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTG
126 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
** * * * * ***
728160 CTTATTAATTTCTT-TTATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCTTGTAAGA---TATG----
189 CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAACA
* * * * * * *
728217 -AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATATATAATTATTCTAATAG
252 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * *
728281 TTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTA-TATTTTAA
317 TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTACT-TTTTAA
* * * *
728325 ATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAATATTATATTTAACT-GAATAACCTTC
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT-TTTAACTCGAATAAGCTTG
* * * * *
728389 TATGATAAAAAATAATTATTTTATGACCAAA-CAAAGATATTAACAATTTGAGATTGATAATTGT
65 TATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGCAAAGGTATTAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* *
728453 TCAAATAGTCATAA-T-TTTGAATTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
728516 TAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCCAATAAGTTTGTATGATCACAAACAA
194 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAACATAAACAA
* * *
728581 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAA
259 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAA
* *
728645 TTATTTTAACTGATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAA
323 CTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAA
* * * * *
728683 ATTTCTTACTTATT-ATTTT-AGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCATCTAAGCT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTCA--AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACTCGA-ATAAGCT
* * * * *
728745 TGTATTAACTAAAACAATTATTTTATGAC-AAATCAAAAGGT-TATAACAATTTTAAATAGACAA
63 TGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAAGC-AAAGGTAT-TAACAATTTGAAATAGATAA
* * *
728808 TTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTGAATCTCTT
125 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * * *
728872 TCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA
188 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTC-AAATAAGATTGTATGAA
* * * * * * * * * ** *
728935 CTTAAACAATTTTTTTATGTCTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGATAATTGGTCTAAT
250 CATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
729000 AGTC-TAACCATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
315 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAA
* * *
729045 ATCTTTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATAGTT-TTTTAA-TCAGAATAAGCTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTAACTC-GAATAAGCTT
* * ** * * * * **
729108 GTATGAACAAAACAATTCTTTTACAATAAAAGAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAAATAATCA
64 GTATGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGCAAAGGT-ATTAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * * * **
729172 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTT-TGTCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTT
128 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
729236 ATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAG--TATTTTATTACAAATTAA-ATAGTATGAACATAAC
192 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCAAA-TAAGATTGTATGAACATAAA
* * * * * * *
729298 CAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGACAA
256 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** *
729363 AACTATTGGAAAT-ATTTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAA
321 AACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAA
* * * ** * * * *
729403 ATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTAT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACTCGAATAAGCTTGT
* * * * ** *
729468 ATTAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAAAG-AAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAACTGT
66 ATGAA-AAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAGCAAAGGTATTAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
729531 TCAAATAGTTATTATTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATTTCTTACTTAT
129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*
729596 AAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
194 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
729623 TTTATTCTAT
Statistics
Matches: 1299, Mismatches: 277, Indels: 147
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 16 0.01
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364 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACTCGAATAAGCTTGT
ATGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGCAAAGGTATTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAACATAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAA
Found at i:728711 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 727615--729634 Score: 1564
Period size: 180 Copynumber: 11.3 Consensus size: 181
727605 TTCAGTAAAT
* * *
727615 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * *
727680 ATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAAAAGATAATTATT
66 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * * *
727745 GAAATTGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTCA
131 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* *
727796 A--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGATTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * * ** *
727857 ATGAACTAAAA-ATTTTTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTATT
66 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
** * * *
727921 CAAATAGTTGTAACTATTTGGAATTG-TTTGGTTAAA-AAATTTATTTTTTTAA
131 CAAATAGTCATAACTATTT-GAACTGATTCGG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * ** *
727973 A-CTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAAGAAATTA-TATTATTTTATTAT-GGATAAGCTTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTG
* * ** * * * * * *
728034 TCTGAGCTGAAACAAATGTTTTATGTCAAAAC-AAAGAGTCATAATGATTTTAAATAAATAACTA
65 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * **
728098 TTCAAATAATCATAACTACTTGAACTTATTCGGTAAGTAGATTTATTTTTTCAA
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AA
* * ** * * *
728152 ATCTTTTGCTTATTAATTTCTT-TTATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTC-------CTTG
1 ATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* ** * * * * * *
728208 TAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATATATAATTA
65 TATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * *
728272 TTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATATTTTAA
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * ** * *
728325 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAAATTAATATTATATTTAACT-GAATAACCTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * * *
728388 CTATGATA-AAAAATAATTATTTTATGACCAAAC-AAAGAT-ATTAACAATTTGAGATTGATAAT
64 GTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * ***
728450 TGTTCAAATAGTCATAA-T-TTTGAATTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAA
127 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
728503 ATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCCAATAAGTTTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * *
728567 ATGATCACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATT
66 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
728632 CAAAT-GACCATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAA
131 CAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * **
728683 ATTTCTTACTTATT-ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTG
1 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
728747 TATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGT
65 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
728812 TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTGA
130 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * *
728865 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTT
1 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
** * * * * * * * * *
728928 GTATGAACTTAAACAATTTTTTTATGTCTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGATAATTG
64 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
728993 GTCTAATAGTC-TAACCATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * ** * * *
729045 ATCTTTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATAGTT-TTTTA-ATCAGAATAAGCTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCA-AATAAGCTT
* ** * * * *
729108 GTATGAAC-AAAACAATTCTTTTACAATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCA
64 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * **
729172 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTT-TGTCAATTAGATTTATTTTTTAA
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGT-AAACAGATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * * *
729225 TTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAG---TATTTTATTACAAATTAA-ATAG
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTG
* * * * * * *
729286 TATGAACATAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTAT
65 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * ** * *
729351 TCAAATAGACAAAACTATTGGAAAT-ATTTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAA
130 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
729403 ATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
1 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * *
729467 TATTAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAA-AGAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAACTG
65 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
729530 TTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTGATTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAA
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
729583 ATTTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
729635 TGAATGTGCT
Statistics
Matches: 1454, Mismatches: 317, Indels: 137
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 2 0.00
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175 5 0.00
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184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
Found at i:730512 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 729752--730792 Score: 664
Period size: 176 Copynumber: 5.8 Consensus size: 177
729742 TAAATGTTAA
* * * *
729752 TAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACGATTATTATATGACTAA
1 TAAATTAGTATTATTTTTATCT-AAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTATATGAGTAA
* * * **
729815 ACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TT
65 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTT
* * *
729879 CAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAT
129 GA-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAG
* * *** * *
729929 TAAATTAGTATTATTTTTAT-TCAAATAAGGTTGAATGGTTA-GAAACAATTATTTTATGAGAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTTATCT-AAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTATATGAGTAA
* * * * * * * * * *
729992 AC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTACTT-AAATTGGTT
65 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACTAGTTT
* * * * * *
730055 CA-AAAAATAGTTTTAGTGTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAG
129 GACAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAG
* * ** * * *
730105 TAAAGTAGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGTTTCTATGAAC-TGAAACAATTATTCTATGA-TAG
1 TAAATTAGTATTATTTTTA-TCTAAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTATATGAGTA-
* * * * *
730167 AAGAAAAGGTCATAATGACTTTAAATACTTAGATCGATTGTTCAAATAG--T--CTATTTGAACT
64 AACAAAAGGTCAAAACGA-TTTGAA-A--TAGAT-AATTGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAACT
* ** *** * * * * *
730228 TGTTTGGTAAATGGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTCAATAATTTTTTGAATGTTAA
124 AGTTTGACAAACATATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAG
* * *
730287 TAAATTAGTATTATTTTGTTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTATTATATGATTAA
1 TAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTATATGAGTAA
* * *
730350 ACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TAGGTT
65 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTA-GTT
* *
730414 TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAGAATATTAT
128 TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAG
* * * * *
730464 TAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGGATGATCAT-AAACAATTATTTTATGAGAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTATATGAGTAAA
* * * * * * * *
730528 C-AAAGATTATAATGATTTGAGACTA-ATATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTAGTTT
66 CAAAAGGTCAAAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTT
* *
730591 G-GAAA-ATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTATTA-AATATTAG
129 GACAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT-TTAGAATATTAG
* * ** * * * * *
730640 TAAAGTAGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGTTTCTATGAAC-TGAAACAACTATTCTATGA-CAG
1 TAAATTAGTATTATTTTTA-TCTAAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTATATGAGTA-
* * * * **
730702 AAGAAAAGGTCATAACGACTTTAAATAGTCAGATCAATTGTTCTAATAGTCGAATCTATTTGAAC
64 AACAAAAGGTCAAAACGA-TTTGAA-A-T-AGAT-AATTGTTCAAATAGTTTAA-CTATTTGAAC
* *
730767 TTA-TTTG-CTAAATAGATTTATTTTTT
123 -TAGTTTGAC-AAACATATTTATTTTTT
730793 GAATGTTAAT
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 141, Indels: 101
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 8 0.01
175 21 0.03
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180 5 0.01
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183 11 0.02
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTATATGAGTAAA
CAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
CAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAG
Found at i:731242 original size:515 final size:514
Alignment explanation
Indices: 730271--731753 Score: 2012
Period size: 515 Copynumber: 2.9 Consensus size: 514
730261 TTGCTCAATA
* * * *
730271 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
1 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
* * * *
730336 TATTATATGATTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACT
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130 ATTTGAATAGGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
* *
730466 AATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTATTTTATGAGAAAACAA
195 AATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTATTTTATAAGAAAACAA
* * *
730531 AGATTATAATGATTTGAGACTAATATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAA
260 AGATCATAATGATTTGAGACTAATATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAA
* *
730596 ATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTATTAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT
325 ACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTATGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT
* *
730661 TGGATAAGTTTCTATGAACTGAAACAACTATTCTATGACAGAAGAAAAGGTCATAACGACTTTAA
390 TGGATAAGTTTCTATGAACTGAAACAACTATTCTATGACAGAAGAAAACGTCATAACAACTTTAA
* * *
730726 ATAGTCAGATCAATTGTTCTAATAGTCGAATCTATTTGAACTTATTTGCTAAATAGATTT
455 ATAGTCAAATCAATTGTTCCAATAGTCGAACCTATTTGAACTTATTTGCTAAATAGATTT
*
730786 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
1 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
* *
730851 TGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT
65 TGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACT
*
730916 ATTTGAATAGG-TTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAGAATATTATT
130 ATTTGAATAGGTTTGA-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAGAATATTATT
*
730980 AAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTATTTTATTAGAAAACA
194 AAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTATTTTATAAGAAAACA
*
731045 AAGATCATAATGATTTGAGACTAATATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGGTTCGAAA
259 AAGATCATAATGATTTGAGACTAATATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTAGTTCGAAA
*
731110 AACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTCTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT
324 AACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTATGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT
* * * * *
731175 TTGGATAAGTTTCTATGAATTGAAACAACTATTTTATGATAGAAGAAAACGTTATAGCAACTTTA
389 TTGGATAAGTTTCTATGAACTGAAACAACTATTCTATGACAGAAGAAAACGTCATAACAACTTTA
* * *
731240 AATAGTCAAATCAATTGTTCCAATAGTTGAACCTATTTGAATTTATTTGGTAAATAGATTT
454 AATAGTCAAATCAATTGTTCCAATAGTCGAACCTATTTGAACTTATTTGCTAAATAGATTT
* *
731301 ATTTTTTGAATGTTAACAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
1 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
* *
731366 TGTTTTATGGCTAAAAAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACT
65 TGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACT
* * ** *
731431 ATTTAAACT-GATTTGACAAACGCATTTACTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
130 ATTTGAA-TAGGTTTGACAAACATATTTA-TTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * ** * * * *
731495 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGGTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAATA
189 TTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTATTTTATAAGA
* * * * * * *
731560 AAATAAAAATCATAACGATTTGAGA-TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT--A--A--
254 AAACAAAGATCATAATGATTTGAGACTA-ATATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * *
731618 -C--AAAACAGATTTAGTTTTCAAATCTCTTATTAATTT-TCAAATACTAATAGA-TAAATATTA
318 TCGAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTATGAAATATTAGTAAAGT-AGTATTA
* * * * * * * *
731678 TTTTATTTT-AATAATTTTGC-ATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
382 TTTTATTTTGGATAAGTTT-CTATGAACT-GAAACAACTATTCTATGACAGAAGAAAACGTCATA
731740 ACAA-TTTGAAATAG
445 ACAACTTT-AAATAG
731754 ATAATTGTTT
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 85, Indels: 34
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.00
509 50 0.06
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513 1 0.00
514 3 0.00
515 614 0.71
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519 2 0.00
520 117 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (514 bp):
ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATT
GTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA
TTTGAATAGGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAGAATATTATTAA
ATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAA
GATCATAATGATTTGAGACTAATATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAAA
CAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTATGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTT
GGATAAGTTTCTATGAACTGAAACAACTATTCTATGACAGAAGAAAACGTCATAACAACTTTAAA
TAGTCAAATCAATTGTTCCAATAGTCGAACCTATTTGAACTTATTTGCTAAATAGATTT
Found at i:731942 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 731308--732147 Score: 737
Period size: 182 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
731298 TTTATTTTTT
* * * *
731308 GAATGTTAACAAATTAGTATTATTTTA-TTATGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * *
731372 ATGGCTAAA-AAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTT
65 AT-GCTAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * *
731435 AAACTGATTTGACAAAC-GCATTTACTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
127 GAACTG-TTTGGTAAACAG-ATTTA-TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCA
* * * * *
731490 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGGTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
** * * * * * *
731555 TAATAAA-ATAAAAATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT-AA
66 TGCTAAACA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
731618 C-------AAAACAGATTTAGTTTTCAAA---TCT-CTTATTAATTTTCA
130 CTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCA
* * * * * ** * * *
731657 -AATACTAATAGATAAATATTATTTTATTT-TAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTTTTTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
* * * * *
731720 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGACATGACTATTTGAA
66 TG-CTAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
731785 CTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCA
130 C-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCA
*
731836 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * *
731901 ATAGCTAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGA
65 AT-GCTAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * **
731966 ACTTGCTAAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTG
129 AC-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCA
* * * ** * * *
732018 GAATATGAATAAACTAGTATTGTTTTATTTTGAATATGCATGTATGAATAGAAACAATTGGTTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT-GTTTT
* * * * *
732083 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATG-CTAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
732148 CATAAATAAT
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 98, Indels: 50
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 28 0.05
166 68 0.13
167 17 0.03
168 2 0.00
171 7 0.01
172 9 0.02
173 1 0.00
175 16 0.03
178 2 0.00
179 13 0.02
180 28 0.05
181 69 0.13
182 272 0.51
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
TGCTAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCA
Found at i:732144 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 732098--732183 Score: 154
Period size: 35 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35
732088 AAAACAAAAG
*
732098 GTCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTTAAATA
1 GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
*
732133 GTCATAACTATTTGACATAAATAATTGTTTAAATA
1 GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
732168 GTCATAACTATTTGAA
1 GTCATAACTATTTGAA
732184 TGTGTTTTAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 48 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (35 bp):
GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
Found at i:732501 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 732198--732653 Score: 499
Period size: 176 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
732188 TTTTATGACA
* * * * * *
732198 AAATAGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTA
* *
732263 ATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAAT
63 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAAT
* * * * *
732328 TGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACTATTTGAGATGGATAATTATTC
128 TGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
732378 AAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATT
* * *** ** *
732442 TTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGC
66 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGC
* *
732507 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
131 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
732555 AAATAGAT-ATGACTATTTGAAGT-TGTTCGCTAAGCAAATTTATTTTTTTAATTCTCCTACCTA
1 AAATAG-TCATAACTATTTGAACTATTTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAA--AT-CTACTTA
732618 TTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
60 TTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
732654 GTTCTAAATA
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 35, Indels: 16
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 80 0.34
177 59 0.25
178 10 0.04
180 44 0.19
181 8 0.03
182 31 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATT
TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGC
TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
Found at i:732653 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 732198--732654 Score: 457
Period size: 177 Copynumber: 2.6 Consensus size: 176
732188 TTTTATGACA
* * * * * *
732198 AAATAGTCTTAACTATTTGACCTA-GTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTATG-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-TATT
* *
732262 AATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-AATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACA
64 AATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGAAT-C-AAT-A-CTTGTATGAAAAGAAACA
* * * * *
732326 ATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACTATTTGAGATGGATAATTATTC
125 ATTGCTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
732378 AAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCT-CT--TATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTATGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTATTAA
* * *
732440 TTTTTAA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAT-TTTGTATGAATAGAAACA
66 -TTTTAAGAATATTAATAAATTAG---TA--TTATTTTGAATCAATACTTGTATGAAAAGAAACA
* *
732502 ATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
125 ATTGCTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
732555 AAATAGAT-ATGACTATTTGAAGT-TGTTCGCTAAGCAAATTTATTTTTTTAATTCTCCTACCTA
1 AAATAG-TCATAACTATTTGAACTATGTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTA-CTA
732618 TTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTG
62 TTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTG
732655 TTCTAAATAG
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 30, Indels: 37
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
176 56 0.24
177 71 0.31
178 11 0.05
179 10 0.04
180 45 0.20
181 13 0.06
182 24 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTATGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTATTAA
TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGAATCAATACTTGTATGAAAAGAAACAATTGCT
TTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
Found at i:733079 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 732771--733748 Score: 939
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 181
732761 CTGACTAAGG
* * * * *
732771 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** ** * * *
732836 AAAATAATTATTTCAATTCATGTAAATTTATT-TGAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTT
66 AAAACAATTATTTTAGCTCATCCAAATTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
732900 TAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGT
130 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT
* * * * *
732952 TCAAACAATTAAGACTATATGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTTAT
1 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
733017 AAAACAATTATTTTAGCTCATCCAAGTTTATTCACAATAAGATAAAACTACTTTATTAATATTTC
66 AAAACAATTATTTTAGCTCATCCAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * ** * *
733082 AAAAATTTATAAGC-AAGATATTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACCAAT
131 AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT
* * * * * * * * *
733133 TCAAATGATTAAAACTATTTGAATAATTATATATTTTAAATTATTATAACTTTTTGTTCTGTCAT
1 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
733198 AAAATAATTA-TTTATGTTCATACAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
66 AAAACAATTATTTTA-GCTCATCCAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
733262 TCACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCACT
130 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT
* * ** * * * * **
733314 TCAAATAGTTAAGGCTATAGGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGT
1 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
733379 AAAACAGATT-TTTCAGCTCTTACTAATTTATTCAGAATAAAATAA-ATCAAATTTATTGATATT
66 AAAACA-ATTATTTTAGCTCATCCAAATTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT
* * * *
733442 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAGT
129 TTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT
* * * * *
733495 TCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTT-TTTTGTCAT
1 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
733559 AAAATAAATGTTTTTGTCCTTAT--AAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATC
66 AAAACAATTATTTTAG--CTCATCCAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
733622 TTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACCAGT
129 TTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT
* * * * * * *
733675 TCAATTAGTTATA-AATATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGCCCATTTGTTTTATCA
1 TCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
733739 TAAAACAATT
65 TAAAACAATT
733749 GTTTCTGTTC
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 147, Indels: 26
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.00
180 145 0.23
181 480 0.75
182 10 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTATTTTAGCTCATCCAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGT
Found at i:733411 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 732771--733753 Score: 1135
Period size: 362 Copynumber: 2.7 Consensus size: 362
732761 CTGACTAAGG
* * * * * *
732771 TCAAATAGTTAT-GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACTTTTTG-TTTGTCA
* *
732835 TAAAATAATTATTTCA-ATTCATGTAAATTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA-CTTAATAATA
65 TAAAATAATTATTT-ATGTTCATATAAATTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATC-TAATAATA
* * * *
732897 TTTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAACAATT
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTT
* * *
732962 AAGACTATATGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTA
192 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTATTATAAAACAATTA
* * * * *
733027 TTTTAGCTCATCCAAGTTTATTCACAATAAGATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTTAT
257 TTTCAGCTCATCCAAGTTTATTCACAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
733092 AAGCAAGATATTTAAAAAATAATTTTATTTA-TCGAACCAAT
322 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTT-GTTAGCCAAACCAAT
* * * **
733133 TCAAATGATTA-AAACTATTTGAATAATTATATATTTTAAATTATTATAACTTTTTGTTCTGTCA
1 TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACTTTTTGTT-TGTCA
*
733197 TAAAATAATTATTTATGTTCATACAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
65 TAAAATAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
* * * *
733262 TCACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCACTTCAAATAGTTAAG
130 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
* * * *
733327 GCTATAGGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTTATTTTATTGTAAAACAGATT-T
195 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTATTTTATTATAAAACA-ATTAT
* * * * *
733390 TTCAGCTCTTACTAA-TTTATTCAGAATAAAATAAATCAAATTTATTGATATTTCAAAAATTAAT
258 TTCAGCTCAT-CCAAGTTTATTCACAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *
733454 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAGT
322 AAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAAT
* *
733495 TCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTT-TTTGTCA
1 TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTA-TAACTTTTTGTTTGTCA
* * * * * * * * * * * *
733558 TAAAATAAATGTTTTTGTCCTTATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCT
65 TAAAATAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
* * * *
733623 TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATA
130 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-A
* * * ** * * * *
733688 -AATATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGCCCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
194 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTATTATAAAACAATTATT
733752 TC
259 TC
733754 TGTTCATACA
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 82, Indels: 29
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 3 0.01
361 169 0.32
362 335 0.64
363 18 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACTTTTTGTTTGTCAT
AAAATAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTT
AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTC
AGCTCATCCAAGTTTATTCACAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
AAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAAT
Found at i:734006 original size:328 final size:326
Alignment explanation
Indices: 733445--734040 Score: 743
Period size: 328 Copynumber: 1.8 Consensus size: 326
733435 TGATATTTCA
* *
733445 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGAA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTAGTTAGCCAAACCAGTGCAAATAATTATGAA
* * * * * *
733510 TATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTG
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTG
* * * ** * *
733575 TCCTTATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTTGAAAATTAATAAGTAA
131 TCCTTACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAACAAGCAA
* * * * *
733640 GAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAATATTTGAACAATTAT
196 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAATTAT
*
733705 TTATTTCAAATTGTTATGCCCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGTTTTA
261 CTATTTCAAATTGTTATGCCCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGTTTTA
733770 T
326 T
* * * * * *
733771 AAAATTAATGAGTAATG-GATTTAGAAAAT-GTATTAGTTGGCCTAACCAGTGCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAT-TTAGTTAGCCAAACCAGTGCAAATAATTATG
* * * *
733834 ACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT
64 AATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT-TTTTGTCACAAAACAAATGTTT
* ** *
733899 TCTGT-TTGTACAAACTTATTCGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAA
128 T-TGTCCT-TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATCT-CAAAAATTAA
* ***
733961 CAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA
189 CAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAA
734026 CAATTATCTATTTCA
254 CAATTATCTATTTCA
734041 TAAAACAATT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 39, Indels: 12
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 86 0.38
327 24 0.11
328 113 0.50
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (326 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTAGTTAGCCAAACCAGTGCAAATAATTATGAA
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTG
TCCTTACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAACAAGCAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATGCCCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGTTTTA
T
Found at i:734658 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 734093--735605 Score: 1320
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 179
734083 TTCATCGAAA
* * * *
734093 AAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-C-TGCTATGACATTTTGATT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
734156 TGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATTAAAATATTATTAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
*** * * * *
734220 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAAC
128 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAAC
* * * * * * * *
734274 AAGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCATTTGTTTCG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
734339 TCATAAAA-AATTGTATT-AATTC-TATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAACCTATTAA
66 TCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
734400 TATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAAATTTAAAAAAAGAATCTGTTTACTAAAC
129 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATA-AATCTATTTACTAAAC
* * *
734453 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTGCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
734518 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* *
734582 ATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAATAAATAAATCTATTTTCTAAAC
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA-AAATAAATCTATTTACTAAAC
* * * * *
734633 ACA-TTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTTTT
1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
734697 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAGGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
734760 AAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGC
128 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAAC
* * * * * * *
734814 GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCTAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
734879 TCATAAAACAATAGTTTCTCTCCATACAAGTTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * * * *
734944 TTCTACATATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCAAGC
131 TTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAA-TAAATCTATTTACTAAAC
* * * * *
734995 AAGTTCAAAAAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *** *
735060 TCGTAAAACAATTGTTTCTATTCAT-CAA-AAAATATTCAGAATAAAATAATACTATTTTATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *** * * **
735123 CATTTTGAAAATTAATAAG---ACATTCAAAAACTAAATCTATTTACCGAAC
129 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-TAAATCTATTTACTAAAC
* * * * ** *
735172 CAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAATTATCCATTTCAAATCGGTATGATC-TTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * * ** *
735236 TCATAAGACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
735301 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAAC
131 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAAC
* * * * ** * *
735352 TAG-TCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
735416 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTTGAAACAAAATAATAATATTTTATTAAC
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
735480 ATT-CAAGACATTAATAAGCAAGGAATTTAAAGAAATAAATCTATTTACTGAAT
130 ATTCCAA-AAATTAATAAGTAA-AAATTT-AA-AAATAAATCTATTTACTAAAC
* * * * * * *
735533 AACTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTA
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
734518 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
* * * *
734583 TTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAATAAATAAATCTATTTTCTAAACACA-TTCAAATGGTT
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* * *
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* * ** * *
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* *
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* * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
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66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
* ** * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * **
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* * * *
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* * * * ** *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * * * *
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66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAAT
* * * *
735300 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACTAG-TCAAATAG
130 ATTCT-AAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * ** * * * *
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192 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * *
735428 TGTTTCAATTCATACATACTTATTTGAAACAAAATAATAATATTTTATTAACA-TTCAAGACATT
257 TGTTTCAATTCATAAAGACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAA-AAATT
* * *
735492 AATAAGC--AAGGAATTTAAAGAAATAAATCTATTTACTGAAT
321 AATAA-CTAAAAG-ATTTAAA-AAATAAATCTATTTAC-CAAC
* * * * * * *
735533 AACTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
735598 TCATAAAA
66 TCATAAAA
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AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
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TTCTAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCAATTCATAAAGACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
CTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAC
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* *
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1 ATT
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* * * * **
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* * * ** * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * **
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** * * * * * ** *
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* * * * * * * *** * * *
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** * * * * *
736560 TCATAAAATGATTTTTTTTGTCCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-
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* * * * * **
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* ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
736974 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACA
1 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 T-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * ** * *
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* * * *
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* * * ****
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1 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * *
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66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG-
** * *
737464 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATAC
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* ** * *
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* * * * * * * * * *
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66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * ** *
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* * *** * * * *
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1 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCAAAC
** * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAA
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **** *
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** * ** ** * * *
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66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * *
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1 TAATTTATTAA
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CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
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* * ** * * * * *
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65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * * * * * *
736262 TAAATTTTCAACAATTAATAAGAAAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCTAG
129 TAAAATTCCAA-AA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAA
* * * * * * * ** * * *
736327 TAGTCATTATTATTTGAATAAATATCTACTTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTTG-TCA-AAAA-
191 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGTTCATAAAAC
* * * * * ** *
736389 AATTATTTCAGTTAATATAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTGATATTCCAAAAA
256 AATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * ** * *
736454 TAAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAATTATG-CTAT-
321 TTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATC
** * * * * * * ** ** * *
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*
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*
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * * * * *
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129 TAA-AATTCCA-AAATAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAA
* * * * *
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* * *
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*
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* * * *
737121 TATTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAACA-TAAATTGATTAATATTCCAAAAATTACTAAG
446 TATTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
737185 TAAAAATTTTAAAAATAAA-TATGTTTTC
510 TAAAAA-TTTAAAAATAAACTATGTTTTC
* * * * * *
737213 TAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAGATTGTTATGACCTTGTG
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTT-TG
* * * * *
737278 TTTTGTCCTAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTAA
** *
737343 TAAAATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCATGTGAGTCCAAA
129 TAAAATTCCAAAA--TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAA
*
737408 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTATTTGTTCATAAAAC
191 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGTTCATAAAAC
* * ** * *
737473 AATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
256 AATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
** * * * * * * * *
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321 TTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATC
* ** * * *
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386 -TGAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
* * * * * ** *
737666 TCATGCAAA-ATTATTTAGATTAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAGTTAATAAG---
449 TCATG-AAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
*
737727 AGATTTAAAAACTAAACT-TGTTTTC
513 AAATTTAAAAA-TAAACTATGTTTTC
* * * ** * *
737752 CAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTATCTCAAAACATTATGATATTTA
1 TAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTG
* * * * * *
737816 TTTTGTCATAAAATAATTG-ATCATTTTCATAGAAGCTTATTCAGATTAAAATAACACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
737880 ATAATATTCC-----AA-AAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAAT
128 ATAAAATTCCAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAAT
* * * * * *
737937 AATTA-AGATTATTAGAAGAATTATTTATTTCGAATCATTCT-AACGTTTTGTTTAG-TCAT-AA
192 AGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAAC-TTTTGTTT-GTTCATAAA
* * *
737998 ACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
254 ACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * *
738063 AATTAATGAGAAAGA-AACTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAA-AAGTTAAAAAAGATT-TG
319 AATTAATAAGTAAGAGAA-TT-AAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATA-ATTATG
* * * * * *
738125 ACTTTTTGAACAATCATTCTAACTATTTAAAGTCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
380 ACTATCTG-A-AAT-AAT-TATCTATTTAAA-ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
738190 T-GTTTTAGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
440 TGGTTCTA-TTCATGAAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
738253 TAATAAGCAAGAGATTTTAAAACTAAAACTAT-TTTCC
503 TAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAT-AAACTATGTTTTC
* * *
738290 T-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTATGATCTTTGT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTGT
* * * * *
738354 TTTCTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATCCAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATACTAATTTAAT
* * * ** * * * *** **
738419 AATATTTCAAAA-ATTAA-TAGGAGATTTACAAAATAAATATGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAG
130 AAAATTCCAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAATAGTTCAAATAG
* * * * ** ** * * * *
738482 TTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAGGTTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTT-ATATAATAA
194 TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTT-GTTCATAAAACAA
* * * * * * * *
738546 TTGTTTTAGTTCA-ACAAGCTTATTCT-GAATAATATAATACTAATTTATTAACATT-----TAT
258 TTATTTCAATTCATACAAACTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * ** * **** * * * *
738604 T--T--CT-------TT--CAAAT-TGT-TA-TGACC--TTTTGTTCAAGTAGTTAAGACTATAT
322 TAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCT
* * * * *** * * * ** *
738651 G-AACAGTTTTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTCGTCATAAAATAATTATTTC-AGCT
387 GAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TT
** * * *
738714 CAT-ACAAG--TATATTTGAAATATGATGACACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTTATAAGT
450 CATGA-AAGCTTAT-TTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
738775 AAGAGATTTAGAAAATAATTCTAT-TTATC
511 AA-AAATTTA-AAAATAA-ACTATGTTTTC
* * * * * * *
738804 -AAATCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAACTCATTATTACTTTTT
1 TAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TCTTT
* * * * * * * * ** * *
738867 CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTAAAAATTAAATAATACTAGTTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * * * *
738932 TTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAATCATTTCAA
128 ATAA-AATTCCAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAA
* * * * * * * * * *
738997 ATAGTTTTGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT-CACTTTT-TATTTTGTCATC
190 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTGTGAACTTTTGT-TTGT-TCATA
** * * ** * * * * ***
739059 AAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTG
252 AAACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* ** * * * ** * ** * ** *
739124 AAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAACTAAATCTAATTGTCGAAGTAGTTTAAATAGCTAAGAC
317 AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * ** *
739189 TATATG-AACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATT-GTTT
382 TATCTGAAATAATTATCTA-TTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTC
* * * * * **
739252 TGTTCATGCAAGCTTATTCTT-ATTAAAATAATACTAATGTAGTAATATTTTGAAAATTAATAAG
446 TATTCATGAAAGCTTATT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
739316 TAAGAGATTTAAAAA-ATA-TTTTTTTTAC
510 TAA-AAATTTAAAAATAAACTATGTTTT-C
* * * * * * ** *
739344 TGAATC-AGTTCAAATTA-TTAAG-TTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTT
1 T-AAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTT
* * * * *
739406 -TATTTAGTTATAAAACAATTG-TTCCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAACAATAAT
64 GT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAAT
** * *
739469 TTAATAGCATTCAAAAAATTAATGAG-AAAGAGATTT---AAA-AAA---A--T----AA-A-TT
125 TTAATAAAATTC-CAAAA-TAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAGTT
* * * * *
739518 ----T-GTT-T-ACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTGATTTG-TCA
187 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAA-CTTTTG-TTTGTTCA
* * * * ** ** *
739574 TAAAACAATTGTTT-AAGTTAATATAAGCTTAGATGGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATT
250 TAAAACAATTATTTCAA-TTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
** * *
739638 TCC-CTAA--AATAA-TAAGA-AATTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAA-CTAAAATAAT
313 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAAT
* * * * * * * * *
739697 AATGACCATTTG-AATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGCCCTTTTTGTTTTGTTATAAAATAA
376 TATGACTATCTGAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
739761 TTGCTTTTCA-TCAT-ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
439 TTGGTTCT-ATTCATGA-AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* *
739823 ATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAA-TATGTTTATC
501 ATTAATAAGTAA-AAAT-TTAAAAATAAACTATGTTT-TC
* * * * * *
739862 -GAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-AGCTTCAAA-TAGTTAAGATCTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATC-TCAAATTA-TTATGATCTTT
* * * * * * * **
739924 G-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTATCATAGAATCCTATT-TAATTAAAAATTGTTGTAACC
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAA-T-AAAA---TAAT-A-C
** ***** * ** * **** *
739987 TTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATTTTGCACTCTTATTTGGAATAAAAT-AATCCAA
121 --TAATTTA---AT-AAA-A-TTCCAAAATAATAAGTA-AAAGATTT--AA-AAAATAAAT-C-T
** * * * * *
740051 ATTTATTAAA-ATTTGAAA-AATTAATAAGCAAAAGATTTGATAAAATAAATCCATTTACTGATC
172 ATTTACCAAATAGTTCAAATAGTT-ATAA-C----TATTTGA-ACAAT---T--A-TT--T-AT-
* * ***** ** *
740114 AAATTCAAATAATTATG-ACTATTTAAACAATT-ATATACTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTT
220 ---TTCAAATCATTGTGAACT-TTT-GTTTGTTCATA-A-AAC-AATTATT-TCAA---------
* * * *
740176 CTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATA
267 -T-TCAT---ACAA--ACTTA--TT--TA-AA----A-T------AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
740241 ATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATA
309 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
740306 GTTAAT-ACTATATG-AACAATTATCTATTT-TAA-ATCAT----TTTTGTTTTGCCATAAAACA
374 ATT-ATGACTATCTGAAATAATTATCTATTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * * * * * *
740363 GTTTTTTCAATTCAT-ACTAGCTTATCTAGCATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAA
438 ATTGGTTCTATTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* ** * *
740426 ATTAATATGTAAGTTATTTAAAAA-AAAATATTGTTTACC
501 ATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAACTA-TGTTT-TC
* * * *
740465 T-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* ** * * ** * * ** * * *
740529 TTTTGTTCATATAA-GTTTGTTT-GA--AATA-AA--AAAAT--ACTAATCTATTAAT-ATTTCA
65 TTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAA
** * * * * ** **
740584 -AAAATTAAAAAAAAATATGTTTATCAAACCAGTATAAATAGTTATAA-CTATTTGAGGAATTAT
129 TAAAATTCCAAAATAATAAG--TA--AAA-GA-TTTAAA-AAATA-AATCTATTT-ACCAA--A-
* * * * * * * * *
740647 TTATTTTAAATTGTTATGACT-TTT--AC--TCTA-TTA--TAAAATAATAGT----TTATGTTC
182 -TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT-TATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTT
* * * * * * * * * * *
740700 ATGCAT---GC--TTA-TTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAAT-AATTCA-AC-AA-TTAA
245 GTTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATACAA-ACTTATTTA-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * ** * * *
740755 TAAGTA----AAAAATTTAAAAAGT-AGATATGTTTATCGAATTAGATC-AAATAGTCATGACTA
307 TAA-TATTCCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGA--ATTA-AAAAATAAATCTATTTA-CCA-AACAA
** * * * * *
740814 -TTTGAATAAATAT--CTATTTCAAATCAA--ATC--GTT----C--TA--ACCTTTTGTTTAGT
365 GTTCAAATAATTATGACTATCTGAAAT-AATTATCTATTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
740864 TATAAAATATTTGTTTC-ATATC-TTACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA-CCTAAATTTATTA
429 CATAAAACAATTGGTTCTAT-TCATGA-AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * *
740925 ACATTT-AGAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAATAAA-TCA-ATTTAC
490 ATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAA-AATTT--AAAAATAAACT-ATGTTTTC
** * * ** * * * * * *
740975 CGAACAACTTCAAATAGTGATGACTATTTGAATGATTATTTATTTAAAATCATTATGACCATTTA
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * * * * **
741040 TTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCATATCCAAAGTAAAATAATACTAATTTCT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * * * *
741105 TAATAATTCAAAAATTAATAAGAAAAAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTTAAA
129 TAA-AATTCCAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAA
* * * * * * * *
741167 TTGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCATTATGACCTTTGGTTT-TGTCATAAAA
191 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCATAAAA
* * * * * * *
741231 CAATTCTTTGAATTCATACAAGCTTAGTTAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATGTTTCAAAA
255 CAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * * * * * * * *
741296 ATGAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATTTGTTAACCTAATC-AGTTCAAATAATAATGGCCA
320 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
** * * * * * * * * *
741356 T-TTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCA-AATAAAAATTGTTTTT
384 TCTGAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGGTTCT
* * *** * *
741419 GA-TCAT-ATATGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
447 -ATTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
741482 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA--TTTAC
510 TAA-AAATTT--AAAAATAAA-CTATGTTTTC
** * * * * * * * * * *
741512 CGAACTAGTTTAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTGTAT-TCTTTAAATCATTTTAACTTTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATC-TCAAATTATTATGA-TCTTT
* * * * * * * * *
741576 GTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTTATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
741641 A-AAATATTCCAAATATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCA
128 ATAAA-ATTCCAAA-A-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCA
* *
741705 AATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA---T---CTTTAT-TTTG-TCATA
189 AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTT-TGTTTGTTCATA
* * * * *** * *
741761 AAACAATTTTTTCACTTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC
252 AAACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCC
* * * * * * *
741825 AAAACTTAATATGCAAGAG-ATTTAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGA
316 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * ** * * * *
741889 CTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTT
381 CTATCTGAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT
* * * * **** *
741953 TTAATCAT-ATAAGTTTGTACAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
445 CTATTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
*
742017 -T--AGATTTAAAAA-ATAA-TATGTTTATC
509 GTAAAAATTTAAAAATA-AACTATGTTT-TC
* * ** * * * *
742043 -AAACCAA-TTCAGAA-AGTTTTAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTT
1 TAAA-CAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TCTT
* * * * ** * * *
742105 TGTTCTATTACAAAACAATAATTTCTATTCACAAAAGCTTATTC-ATATGAAAATATTACTAATT
63 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AT-AAAATAATACTAATT
* * * * *
742169 TATTAATATTTCAACAACTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACTAGAT
126 TAATAAAATTCCAA-AA-TAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTT
* * * * ** * *
742232 CAAATAGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTT-TGTCAT
187 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCAT
* * * * * *
742296 AAAAAAATTATTTTAGTTCATATC-AGCTTATTCAACATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
251 AAAACAATTATTTCAATTCATA-CAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * * * * * *
742360 TGATAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATA
315 CAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATG
* * * ** * * ** *
742425 ACTATTTG-AACAATTATCTATTTTAAATTTCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATGATT-TT
380 ACTATCTGAAATAATTATCTATTTAAAACAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT
* * ** *
742488 TCTGTTCAT-ACAAGCATATTTCAAACAAAATAATAC-AATTTATTAAT-TTT-AAGACAATTAA
444 TCTATTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * *
742549 TAGGTAAATGATTTAAAAAATAAA-TTTGTTTAC
506 TAAGTAAA-AATTT-AAAAATAAACTATGTTTTC
** * * * *
742582 TAAACAAGTTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-TCTTTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC--TTT
* * * *
742646 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAA-TTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * *
742710 ATAAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAATTCAA
128 ATAAA-A-TTCCA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAGTTCAA
** * * * * *
742775 ATAGTCT-CGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT-TGTAATAA
190 ATAGT-TATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCATAA
* * * * * * * *
742838 AACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAAT-TTTCTA
253 AACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
** * * * * ** *
742902 AAATTAATGGGTAAGAGAATTAAAAAGTTAATATGTTTACCAAACATTTTCAAATAGTTATGACT
318 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACT
* * * * * *
742967 ATTTG-AATAATTATGTATTTCAAAATATTATGAACTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCT
383 ATCTGAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT
* * ** * *
743031 GTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTGATA-TTCTAAAAATTAATAAA
447 ATTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
*
743094 TAAAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTT
510 TAAAAATTT-AAAAATAAACTATGTTTTC
* * * * * * *
743122 TGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTCA
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTT-G
* * * * *
743187 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAA
** * **
743252 TAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAGAA-CAAT-TATTT-----AT--TTTTA
129 TAAAA-TTCCAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTA-AAA-AATAAATCTATTTACCAAATAGTTCAA
* * * * *
743308 ATCA-TTATGATCT-TTTG-----TT-TTGTCA--T-AAAACAAT-TG-----TT-TCTATTCAT
190 AT-AGTTAT-AACTATTTGAACAATTATT-T-ATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGTTCAT
* * * * * * * *** * * *
743355 ---ACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-TAAGTTAG
251 AAAACAATTAT-TTC-AATTCATACAA-ACTTATTTA-AAATAAAAT-AATACTAATTTA-TTA-
* ** * * * * ** * * *
743416 AGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTCAAATAGCTCAAGTTCCATTTGAGCCATTA
309 ATATTCCAAAAATTAATAAG-T-A-AG-AGAA-TT-AAA-AAAT-AA-ATCTATTT-A-CCA-AA
* * * * * * * * *
743481 TATATTTCAAATAGTTATGA-TATTTTG---T--TT-TGT-TGTAAAACAGT-T-A---TTTCTA
362 CA-AGTTCAAATAATTATGACTA-TCTGAAATAATTATCTATTTAAAACATTATGACCTTTTGTT
* * ** *
743533 TT-T-ATACAA-AATT-ATTCTAAATAAAAT-AATA-C-TAATTT--A-----------------
425 TTGTCATAAAACAATTGGTTCT--AT-TCATGAA-AGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTT
* *
743572 -TTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAACTAAATCTAT-TTATC
486 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-TAAA-CTATGTTTTC
* * * * *
743621 -AAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * ** * * * *
743685 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAAAGTAAAATATTGCAAAATTAA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTAA
* * *** * * * ** *
743750 TAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAATTTTTTTAAAAAAT--GTGT-TTGT-CGAACCAGTTTAA
129 TAAAATTC-CAAAA-TAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACCAAATAGTTCAA
* * * * ** * *
743810 ATAGTTGA-GACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAG-TCATAA
190 ATAGTT-ATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTT-GTTCATAA
** * * * * ** ** * *
743873 ATTAATTTTTTTAGTTTATAC-ATGTCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCAA
253 AACAATTATTTCAATTCATACAAACT-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
** * * * * *
743937 AAAATTAATAAACAAGA-AATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA
317 AAAATTAATAAGTAAGAGAA-TT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * * *
744001 ACAATTTG-AACAATTTTCTATTTATAAGA-AGTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAA-AGATTG
380 ACTATCTGAAATAATTATCTATTTA-AA-ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTG
* * **** * *
744063 TTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
442 GTTCTA-TTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
*
744127 -AAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAGTCA-GTTTATC
506 TAAGTAAAA-ATTTAAAAATA-AACT-ATGTTT-TC
* * * * * * * * * *** *
744160 GAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTT-ACACAATTATCTCTTTCAAATCATTGCAAACTTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTT
* * *
744223 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
744287 ATTAATATTTGAAAAATTAGTAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTATCC-AA-A---C
127 AATAA-AATTCCAAAA-TAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAATAGTTC
* * * *
744345 ---CAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AATCTTTTGTTCTATT-AT
188 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAA-CTTTTGTT-TGTTCAT
* * * * * ** *
744402 AAAATAATTGTTTCAGTTCATAGTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
251 AAAACAATTATTTCAATTCATA-CAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * ** ** * *
744467 CAAAAATTGATAACTAAGAG-ATGTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAAGTAGTTCAAACAATTAA
315 CAAAAATTAATAAGTAAGAGAAT-TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * *
744531 GATTATAC-G-AATAATTATCTATTTATCGAAA-ATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAAGAAT
379 GACTAT-CTGAAATAATTATCTATTTA---AAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * *
744593 T-GTTTTTTATCATTCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATT
440 TGGTTCTAT-TCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
*
744657 AATAAGTAAGAGATTT-AAAA-AAA-TATGTTTATC
504 AATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAACTATGTTT-TC
* * * ** * * * * *
744690 -AAACTAGTTCAAATA--TATAACTATTTGAACAATCATAAAAT-TCAAGTTGTTATAACCTTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATCTCAAATTATTATGATCTTTG
* * * * * * *
744751 TTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
65 TTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * ** **
744816 ATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCGATTCAA
128 ATAAAATTCC-AAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAG-TTCAA
* * * * * * *
744881 ATA-TTTTAAACTATATGAACAATTATCTATTTCTAATCA-TATGACCTTTTGTTT-TGGCATAA
190 ATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCATAA
* * * * * * * * ** *
744943 AATAAGTTTTATTAAATGCATACTAGCTTATTTCAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAACGTTT
253 AACAA-TTAT-TTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* * * * *
745007 CAAAAATTAATAAATAAGAG-ATTTAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTC-AATAATTATG
315 CAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * *
745070 AC-ATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAATGTT
380 ACTATCTGAAATAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT
* * * * * * * *
745133 TTTGTTCAT-ATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCCAAAATTAATA
444 TCTATTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* *
745197 AG---AAATTTAAAAAATAAATCCAT-TTATC
508 AGTAAAAATTT-AAAAATAAA-CTATGTTTTC
** * * * * * * * *
745225 -AAATGAGCTCTAATAATTATGA--A---G--CAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * * * *
745281 TTTTGTTC-TAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCCTATTGGATTAAAATAATAC--------
65 TTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * ** * *
745337 T-CAA---C-AATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGGTCAAAT
129 TAAAATTCCAAAATAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAATAGTTCAAAT
* * * * ** * * * * *
745396 AATCATGATTATTTGAATTATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAAA
192 AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCATAAAAC
* * * ** ** * *
745460 AATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTACAAAAA
256 AATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * * ** *
745525 TTAATAACTAAGAGATTTAAAACATGATTTTGTTTGTCAAACAAGTTTAAATAATTAT-ACTAT-
321 TTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATC
** * * * * * ** ** * *
745588 TTCAACAATTATCTTTTTGAAA-TTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGT
386 TGAAATAATTATCTATTTAAAACAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
* * *
745652 TCAT-ACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA--TAAAGACAATTAACAAG
449 TCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
745713 TAAAAGATTTAAGAAATAAA-TATGTTTT-
510 TAAAA-ATTTAA-AAATAAACTATGTTTTC
* * ** * *
745741 TCGAATAAGTTCAAATAGTCCTGACTATTTGAATAATTATCTAT-T-AAATTATTGTGATCTTTT
1 T-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTT
* * * * * *
745804 ATTTTGTAATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATATAA-ATATATTTGAAATAAAATAATACTAATT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TATTCG-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * * *
745867 TATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACATA-TT
126 TAATAA-AATTCCAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ATAGTT
* * * * *
745931 TAAATAGTTATGACTATCTT-AACGATTATCTATTTCAAAAT-ATTATG-ACATTTTGTTT-TGT
187 CAAATAGTTATAACTAT-TTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTGTGAAC-TTTTGTTTGT-T
* * * * * ** * * *
745992 CATAAAATAATTAGTT-ATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAACTAATA-TAAATATATTTAT
248 CATAAAACAATTATTTCA-ATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
** * * * * * * * *
746055 ATTTGAAAAATTAATAAGTCAA-A-ATTTTAAAAATAATTGTGTTTTCTAAA-AATGTTTAAATA
311 ATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-GTTCAAATA
* * * * * *
746117 GTTATGATTATTTG-AATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCA
374 ATTATGACTATCTGAAATAATTATCTA-TTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
746181 ATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAG
438 ATTGGTTCTATTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * **
746245 TTAAGAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTCAC
502 TTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAACTATGTTTTC
*** * * * * *
746282 TAAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTAT-TCCAAATTACTATGATATTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT-CAAATTATTATGAT-CTTT
* * * *
746346 GTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * * *
746411 TTCATATTCTAAAAATTTATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCATACA-AGTTCA
128 ATAAAATTC-CAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-A-ATAGTTCA
* * * * * * *
746475 AATAGTTATATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACATTATAT-TTTG-TCAT
189 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAAC-TT-T-TGTTTGTTCAT
* * * * * *
746537 AAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTA
251 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* * * * * * **
746601 CAACAAA-T--TAA-TAAGAG-ATTTAAAAATAAAATCTATTTATCGAACCAGTTCTATTGGTTA
315 CAA-AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTA
* * * * * * * * * *
746661 TTAGTATGTG-AACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTG
378 TGACTATCTGAAATAATTATCTAT-TTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * *
746724 TTTATATTCATGCAAGCTTA-TTCGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTA
442 GTTCTATTCATGAAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * *
746787 ATAAG---AGATTTAAAAA-ATAC-ATGTGTTTGT
505 ATAAGTAAAAATTTAAAAATAAACTATGT-TTT-C
* * * * *
746817 TAAACTAGTTCAAATA---AT---TA---GAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * * *
746873 TTTAGTCATAAAATAATTTTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
746937 TTAACATTCAAAAAATTAATAAATAACAA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTT
128 ATAAAATTC-CAAAA-TAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-ATAGTT
*** * * * * * * *
747000 CAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTATTT-TATCAT
187 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCAT
* * *** * * * * *
747064 AAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCGAAATAGAATAATATTACTTTAATAATATTT
251 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *** *
747128 CAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AATTTAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTTT
315 CAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * ** * * * * * * * * *
747192 GGCCATTTG-AACCATTATCTAATTCAAATCGTTACGAACATTTGTTTTATTAT-AAACAATTGT
379 GACTATCTGAAATAATTATCT-ATTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGG
* * * *
747255 TTTTCA-TCAT-ACAAGCCTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTA
443 TTCT-ATTCATGA-AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *
747317 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATC
505 ATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAACTATGTTT-TC
* ** * * * * * * *
747352 -GAAC-----C-----G--ATTCCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTT
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * * * * *
747404 TTTTGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAACTTGTTTAGAATAAAATAATACCAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * ** *
747468 TTAATATTCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAAGCAATTCAAA
128 ATAAAATTCCAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAATAGTTCAAA
* * * * *
747533 CAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCT-TTTCAAATCATTCT-ACCTTTTGTTT-TGTCATAAA
191 TAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCATAAA
* * * * *
747594 ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAG
254 ACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-
* * ** * ** *
747657 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATCGTTATGAT
318 A-AATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* *** * * * * * *
747722 TATTTG-TGCAATTATTTATTT-CAACTTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
382 TATCTGAAATAATTATCTATTTAAAAC--ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT
* ** * * ** *
747785 CTATTCAT-ACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGACAATTAATAA
445 CTATTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
*
747849 GTAAAAGATTTTAAAAAATAAA-TATGTTTAC
509 GTAAAA-A-TTT-AAAAATAAACTATGTTTTC
* * * * * * ** * *
747880 TAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTTTAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTC
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * * * *
747945 TTTTATAATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCTTATAA--TTATGTTTGAACTAAAATAATACTAATT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA--TTCGAA-TAAAATAATACTAATT
* *
748007 TATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACCATAAGAGAAT
126 TAATAAAATTCC-AAAA-T-A--A-T-A-AG---T---AAAAG-----ATTT---A-AA-A-AA-
* * * * *
748072 TAAAAAAAGTATCTATTTACCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAGAATTATCTAGTTT
165 T-----AA--ATCTATTTACCAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTT
* * * * **
748137 -ACAA-CATTATG-ACTTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGA-CTCTATTCATGCAAGTTTATT
222 CA-AATCATTGTGAAC-TTTTGTTTGT-TCATAAAACAATT-ATTTCAATTCATACAAACTTATT
** * * **
748197 TTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTTGAAAAT
283 TAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAAT
* * * ** * * * *
748259 AAATATGTTTTCTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCA
346 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAAATAATTATCTATTT-AAAACA
* * * * * * * * * *
748322 TTATTAACTCTTATTTTGTCAGAAACCCATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTCA-TTGGAATAAAA
410 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGAAAGCTT-ATTTTGAATAAAA
* *
748386 TAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA-TTTGTTTT
474 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAA-TTTAAAAATAAACTATGTTTT
748450 C
537 C
* * * * * * *
748451 TAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTG
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * * * * ** *
748516 TTTTCTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATACTAGTTTATTTGAAATAAAATAATTTTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTAA
* * * *** * * * *
748581 TAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAATAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAA
129 TAAAATTC-CAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAA
* * * ** * * * * * * *
748646 CAATCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTT-TGTCATAAAA
191 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCATAAAA
* * ** * * * * *
748710 TAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
255 CAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * * * * *
748775 A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTGCAAAATC-ATTTCAAATAGTTATGACTA
320 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * ** * ** * **
748835 TTTG-AACAATTATCTATCTCAAATCGCTATGATC-TTCATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
384 TCTGAAATAATTATCTAT-TTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
* * * * * * ** * * *
748898 TTTAT-ACAAGTTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAATTA
448 TTCATGA-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
748962 AGAGATTTAAAAAATCAA-TGTGTTTATC
512 A-AAATTT-AAAAATAAACTATGTTT-TC
* * * ** * * *
748990 -GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
1 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTG
* * * * * * **
749054 TTTAGTAATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTCTTTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * *
749118 TTAACATT-CAAAA-AATTAA-TAAGAAG-TTTAAAAAAATAAAT-T-TGTTACCGAACA-AATT
128 ATAAAATTCCAAAATAA-TAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTAT-TTACC-AA-ATAGTT
* * * * * * * *
749176 CAAATAGTTATGACTATTCGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TATCAT
187 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTGTTTGT-TCAT
* * * * * *
749240 AAAATAATTATTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
251 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAA-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * ** * ** *
749304 CAAAAATTGAGAAGTTGGAGAATTTAAAAAATAAAT-AAGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAATT
315 CAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATT
* * * *
749367 ATTG-CCATTTG-AATAATTATCTATTTTAAATATATTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
377 A-TGACTATCTGAAATAATTATCTA-TTTAAA-ACA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
749425 GCTATTTGAA
Statistics
Matches: 9597, Mismatches: 2222, Indels: 1869
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
495 3 0.00
496 4 0.00
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TAATTATCTATTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGAA
AGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
AAATAAACTATGTTTTC
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* * * *** * * *
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* * ** ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * **
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131 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
***
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* * * ** * * *
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261 AACTATTTATCGAACAAGCTCAAATAATCATGACCACTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTA
* * * * * * * *
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326 TGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATCCAAAATTATTCAAATAAAAATAAT
* ** * *
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391 ACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAACTTGTTTTCCAAAACAG
** * * * *
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456 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATATTTATTTAGTCAT
* *
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* *
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1 CATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
* * *
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* * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * **
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* *
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** * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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64 TCAGTTCAAATA-ATTAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTT
* * * * * * * * *
739052 TGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTCAGAATAAAATAAT
127 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGA-TAAGTTTATT-AAAATTAAATAAT
* * ** * * * *
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1 ACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T-AAT-TTATT-TACCA
* * ** * * * *
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** * * * ***
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126 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-AAGATAAGTTTATTAAAATT-AAATAAT
* * * * **
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* ** * * * *
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*
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Found at i:739039 original size:17 final size:17
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*
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* *
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* * * * * * * *
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* ** ** * * * *
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*
739146 AAAAACTAAATCTAATTGT-C-GAAGT-AGTTTAAA-TAGCTAAGACTA-TATGAAC
130 AAAAA--AAAT-TAATTGTACTGAA-TCAGTTCAAATTA-CTAAG-CTATTA-GAAC
* * * * ** *
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1 AATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTATTTAGTTATAAAACAATTGTTCCAGTTCATACA
* ** * *
739262 AGCTTATTCTTATTAAAATAATACTAATGTAGTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
66 AGCTTATTCTTATTAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTA
* ** * * *
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1 AATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTATTTAGTTATAAAACAATTGTTCCAGTTCATACA
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66 AGCTTATTC
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AATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTATTTAGTTATAAAACAATTGTTCCAGTTCATACA
AGCTTATTCTTATTAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTA
AAAAAAATTAATTGTACTGAATCAGTTCAAATTACTAAGCTATTAGAAC
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATCTAAACAAT
* * * * * **
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196 TATCTATTTCAAATAGTTATCACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCCATTCATACAAGC
* *
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261 TTATTCAGAATAAAATAACAATAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA
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* * **
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* *** *
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66 TTGTT-AAGACAAGCTTATTAAAAATT-AAATAATACTAATGTAGTAATATTTAGAAAATTAATA
* * ** *
739314 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-ATTTTTTTTACTGAATCAGTTCAAATTA-TTAAG-TTAT-TAGAA
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAA-TAGTTAAGACTATCTA-AA
* * * *
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*
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256 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAACAATAATTTAATA
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TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATCTAAACAAT
TATCTATTTCAAATAGTTATCACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCCATTCATACAAGC
TTATTCAGAATAAAATAACAATAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA
ACTAAATCTAATTGTCGAAGTAGTTTAAATAGCTAAG
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* * *
740715 AATTAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAACAATTAATAAGTAAAAAAT
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * ** *
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1 TT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * ** * * * *
741018 TTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCATATCCA
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* * * * *
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129 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
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1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * ** **
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* * * *
741261 AAATAAAATAATACTAATTTTTTAATGTTTCAA-AAATGAATAAGT----GAT
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* * * * * * * * * * * * *
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1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ** * * * *
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* * * * *
741437 AAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
129 --AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGAT
* * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* ** * * * *
741617 TCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAA-ATATTAATAACTAAGAGAT
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* * * * * * *
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1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** *
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66 TCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-
* * * *
741794 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAA-AACTTAATATGCAAGAGAT
129 -AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAACAAC-TAATAAGTAAAAGAT
* * * *
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1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * *
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* * *
741974 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA-AA--ATTAA-TAATAGAT
129 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * ** *
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1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGA-TCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
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* *
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129 A-AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGA-T
* * * * *
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1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
742266 TCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATC-AGCTTATTC
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* * * * *
742329 AACATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGATAATTAATAATTAAGAGAT
129 -A-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AACAACTAATAAGTAAAAGAT
* ** * * * *
742382 TTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
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* * * * ** * * *
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* * * * *
742510 AAACAAAATAATAC-AATTTATTAAT-TTTAAGACAATTAATAGGTAAATGAT
129 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-ACAACTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * ** * *
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* ** *
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* * * *
742690 GATTAAAATAATATTAATTAATAAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGAT
130 -A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGAT
* ** * * * *
742742 TTAAAAAATAAATATGCTTATCGAA-CA-ATTCAAATAGTCT-CGACTATTTGAATAATTATCTA
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGA-TCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * ** *
742804 CTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATT
64 TTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-T
* * * ** * *
742868 TGAAATAAAATAATACTAATTTATGAAT-TTTCTAA-AATTAATGGGTAAGAGAA
127 T-CAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AACAACTAATAAGTAAAAGAT
* * * * ** * *
742921 TTAAAAAGTTAATATGTTTACCAAA-CATTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATGTAT
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-GATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *** * *
742985 TTCAAAATATTATGAACTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTC
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* * * *
743050 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTGATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAAA-AT
129 -AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AACAACTAATAAGTAAAAGAT
* * **** * *
743101 TTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
1 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-GATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * ** * *
743165 TTTAAATTATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCA
65 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-
* * * *
743230 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
129 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGTAAAAGAT
743282 TTA
1 TTA
743285 CAAAGAACAA
Statistics
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740578 ATTTCAAAAA
* * ** *
740588 TTAAAAAA-AAATATGTTTATCAAACCAGTAT-AAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTAT
1 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
740715 AATTAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAGAT
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
740909 TAA-CCTAAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGGAA-ATGAT
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* * * * * ** *
740953 TTGAAAAAATAAATCA-ATTTACCGAACAACTTCAAATAGTGATGACTATTTGAATGATTATTTA
1 TT-AAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * ** * *
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1 TTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
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65 TTCAAAT-TTTATGACCTTTTATTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC
* *
741437 AAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAA
128 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * *
741672 TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTAT
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* * ** ** **
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* * * *
741795 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATATGCAAGAGATTT-AAAAAT-AAT
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* * * * **
741857 TCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT
194 T-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
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258 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* *
741985 TACTAATCTATTAATATTTCAAA--AATTAATAATAGAT
320 TACTAATTTATTAATATTTCAAATTAA-TAATAAGAGAT
* * ** *
742022 TTAAAAAAT-AATATGTTTATCAAACCAA-TTCAGAA-AGTTTTAACTATTTGAGTAATTATTTA
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** * * * * * ** * *
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* * * * * *
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128 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
* * * * * **
742212 AA-TTATTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTTCAAATTGTT
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* *
742276 TTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATC-AGCTTATTCAACATAAAATA
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*
742340 ATACTAATTTATTAATATTCTGATAATTAATAATTAAGAGAT
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* * * * * *
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1 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * *
742447 TTAAATTTCTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATGATT-TTTCTGTTCATACAAGCATATTTC-
66 TCAAATTT-TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCA
* *
742510 AAACAAAATAATAC-AATTTATTAAT-TTT-AAGACAATTAATAGGTAA-ATGATTTAAAAAATA
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATA
* * ** * **
742571 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
191 AATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
* * * * * *
742636 ATGTCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATA
256 ATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * *
742700 ATATTAATTAATAAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGAT
319 ATACTAATTTATTAATATTTC-A-AATTAATAA-TAAGAGAT
* * * ** * *
742742 TTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAA-TTCAAATAGTCT-CGACTATTTGAATAATTATCTAC
1 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
742805 TTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTG
65 TTCAAAT-TTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCA
* * ** * * *
742870 AAATAAAATAATACTAATTTATGAAT-TTTCTAAAATTAATGGGTAAGAGAATTAAAAAGTTAAT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
742934 ATGTTTACCAAACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAAAT-ATTAT
194 TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTAT
* * * * * *
742998 GAACTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCT-GTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
258 G-ACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
* * *
743061 TA-TAAATTTATTGATATTCTAAAAATTAATAAATAA-AAAT
320 TACT-AATTTATTAATATT-T-CAAATTAAT-AATAAGAGAT
**** * * *
743101 TTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
1 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
743166 TTAAATTATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCAA
66 TCAAATT-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * *
743231 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
743285 CAAAGAACAA
Statistics
Matches: 1846, Mismatches: 393, Indels: 190
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TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAATTAATAATAAGAGAT
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743070 ATTGATATTC
*
743080 TAAAAA-TTAATAAA
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TAAAAATTTAAAAAA
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743142 TGACTATTTA
* *
743152 AACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT
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* * * **
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* ** * * * *
743355 ACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGAT
66 AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
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131 TTA
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AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTACAAAG
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742799 ATCTACTTCA
* * **
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1 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
** * *
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* ** * * * * *
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* * * **
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* * * **
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* * *
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* * * *
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* * **
743307 AATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTCAAAA
1 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * *
743371 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATAT
65 TAAAATAATACTAATTTATGAAT-TTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATAT
* * * *
743435 GTTCACCGAACAAGTTCAAATAGCTCAAGTTCCATTTGAGCCATTATATATTTC-AAATAGTTAT
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* * * * *
743499 GATA-TTTTGTTTTGT-TGTAAAACAGTTATTTCTATTTATACAAAATTA-TTCTAAATAAAATA
190 GA-ACTTTTATTTTGTCAG-AAAACAATTAGTTCTATTCATACAAAATTATTTC-AAATAAAATA
* * *
743561 ATACT-AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A-AAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCA
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* * * **
743622 AAC-CAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTTTT
315 AACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTCAT
* * * * * * * *
743686 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAAAGTAAAATATTGCAAAATTAAT
379 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAT
*
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AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATGAATTTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTT
CACCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAAATATTATGAACTT
TTATTTTGTCAGAAAACAATTAGTTCTATTCATACAAAATTATTTCAAATAAAATAATATAAATT
TATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACACGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAATAAAATTTAAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAGAACAATTATTTATTTTT
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743280 ATTTACAAAG
* ** * *
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** * * *
743354 TACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
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130 TTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATC-AGTTCAAATA-ATTATG-ACTATTT
* * * * ** ** * *
743472 GAGCCATTATATATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTTGTAAAACAGTTATTTCTA-TT
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTT
* ** *
743535 TATACAAAATTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-A
63 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
743596 GATTTAAAAACTAAATCTA-TTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
128 GATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * **
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1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * *
743714 TATAAGCTTATT-TAAAGTAAAATATTGCAAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG-AA-A
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* *** ** * * * * *
743775 -TTTTTTTAAA-AAATGTGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTGA-GACTATTAG
128 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATT-ATGACTATT-T
* ** * * * ** * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * ** *
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** * * * * *
743955 ATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTT
129 ATTT-AAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * * *
744008 GAACAATTTTCTATTT-ATAAGAAGTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAA-AGATTGTTTCAGTT
1 -AACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCAGTT
* * * * * *
744071 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTAAAA
63 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
744135 GATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTT
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* ** *
744188 ACACAATTATCTCTTTCAAATCATTGCAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--T
1 A-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTT
* * * *
744251 CATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAGTAAGTAAGA
63 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** *
744316 AATTTAAAAAATAAATC--TATTATC----CA----AACCAGTT-T--CTATTT
128 GATTTAAAAAATAAATCAGT-TTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * *
744357 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * *
744422 TAGTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAG
65 TA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * **
744487 ATGTAAAAAATAAATCTA-TTT-TCTGAAGT-AGTTCAAACAATTAAGATTATACG
129 ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATC-GAA-TCAGTTCAAATAATTATGACTAT-TT
* * * * * **
744540 AATAATTATCTATTTATCGAAA--ATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAAGAATTGTTT-TTTA
1 AACAATTATCTA-TT-TC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-
* * * * *
744602 TCATTCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
62 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
744667 AGATTTAAAAAA-ATAT--GTTTATC-AAACTAGTTCAAAT-A-TATAACTATTT
127 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * ** * * * **
744716 GAACAATCATAAAATTCAAGTTGTTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTC
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * * * *
744780 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * * *
744845 AATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAA-CCGATTCAAAT-ATTTTAAACTATATG
129 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCAG-TTCAAATAATTAT-GACTAT-TT
* * * * * * * *
744898 AACAATTATCTATTTCTAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAAGTTTTATTAAATGC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT-TTCAGTTC
* * ** *
744962 ATACTAGCTTATTTC-AAATAAAATAA-AATAAATTTATTAACGTTTCAAAAATTAATAAATAAG
64 ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
745025 AGATTT-AAAAATAATTCTA-TTTACCTAACCAGTTC-AATAATTATGAC-ATTT
127 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * **
745076 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * * *
745141 TATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCCAAAATTAATAAG--A-A-A
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
745202 TTTAAAAAATAAATCCA-TTTATCAAATGAGCTCTAATAATTATG---A---
130 TTTAAAAAATAAAT-CAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * * *
745247 AGCAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTGTTC-TAAAATAATTGTTTCTGTTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * *
745310 TACAAGCCTATT-G------GAT--TA--AA---A-TAATA-CTCAACAATTAATAAGTAA-AAA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
745358 TTTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATTGAA-CTAGGTCAAATAATCATGATTATTT
130 -TTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
** * * * * * * *
745410 GAATTATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCA
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * *
745475 TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTACAAAAATTAATAACTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * ** * * *
745540 TTTAAAACATGATTTTGTTTGTC-AAACAAGTTTAAATAATTAT-ACTATTT
130 TTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * *** ** * **
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1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * *
745655 TACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA--TAAAGACAATTAACAAGTAA
65 TACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA
* * * * * **
745716 AAGATTTAAGAAATAAAT-ATGTTTTTCGAATAAGTTCAAATAGTCCTGACTATTT
126 GAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * * *
745771 GAATAATTATCTA-TT-AAATTATTGTGATCTTTTATTTTGTAATAAAAAAATTGTTTCAGTTCA
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * *
745834 TATAA-ATATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAG
65 TACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * *
745898 AATTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTGAA-CATATTTAAATAGTTATGACTATCTT
129 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCA-GTTCAAATAATTATGACTAT-TT
* * * *
745951 AACGATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAG-TT-ATGTT
1 AACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCA-GTT
* * * * * *
746013 CATGCAAGCTTATTTTG-AATAAACTAATA-TAAATATATTTATATTTGAAAAATTAATAAGTCA
63 CATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A
* * ** * ** * * *
746076 A-A-ATTTTAAAAATAATTGTGTTT-TCTAAAAATGTTTAAATAGTTATGATTATTT
125 AGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCA-GTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * *
746130 GAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTA-TTC
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTC
* * * * * * * *
746194 ATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAGTTAAGAAATAAAA
64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
746258 GATTTAAAAAATAAATCTGTTCA-CTAAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
746375 ATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTCATA-TTCTAAAAATTTATAAGTTAGA
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** * * * *
746439 GATTTAAAAAATAAATTTGTTCA-C-CATACAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTT
128 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAAT-C-AGTTCAAATAATTATGA-CTATTT
* * * * * * * *
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1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
** * *
746556 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTACAACAAA-T--TAA-TAAG
64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * *
746616 AGATTT-AAAAATAAAATCTA-TTTATCGAACCAGTTCTATTGGTTATTAGTATGTG
127 AGATTTAAAAAAT-AAATC-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTAT-TT
* * * * *
746671 AACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-ATATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCA
* * * * *
746734 TGCAAGCTTATTCGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAG
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * *
746794 ATTTAAAAAATACATGTGTTTGT-TAAACTAGTTCAAATAATTA-G-------
129 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * * *
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* * **
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130 -TTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * *
747019 GAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * * * *
747084 TAAAAGCTTATCCGAAATAGAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGA
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* * * ** * * *
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130 TTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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127 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAG-TTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * * * *
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* * * * * * *
747497 TTTAAAAAATTAATCTA-TTTA-CTGAAGCAATTCAAACAGTTAAGACTATATG
130 TTTAAAAAATAAATC-AGTTTATC-GAATCAGTTCAAATAATTATGACTAT-TT
*
747549 AACAATTATCT-TTTCAAATCATTCT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* *
747612 ACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAA
66 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA
* ** *
747674 GATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CTGAATAAGTTCAAATCGTTATGATTATTT
128 GATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATC-GAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
** * * ** *
747727 GTGCAATTATTTATTTCAACTTGTTA-AGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TT
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTT
* * * * ** * *
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63 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
747855 GATTTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTTT
128 GA-TTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACT-ATTT
* ** * * * * * * *
747910 AATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTATAATAAAAAAATTGTTTTAGTTCTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * *
747975 ATAA--TTATGTTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAG
66 ACAAGCTTA--TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * *
748038 AATTAAAAAA-AGAATCTA-TTTA-CCATAAGAGAATTAAAAAAAGTAT--CTATTT
129 ATTTAAAAAATA-AATC-AGTTTATCGA-ATCAG--TTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * * *
748090 ACCAA--A--AAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATCTGAAGAATTATCTAGT-TTACAACATTATG
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCT-T-T--TG--TT-T-T-GTCATAAAACAAT-TG
** * * * ** * * * * * *
748148 ACTTTTTGTTTTGTCATA-AAAC-AATT-G-ACTCTATTCATGC-AAGTTTATT-TTGA-ATAAA
55 --TTTCAG---T-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT-ATTTCAA
** ** * * ** * * *
748206 ATAATTTAA-ATTTATTA-ATATTACAAAAATTAATAAG--TA-AAAAT--TTTGAAAATAAATA
112 A-AA-TTAATAAGTAAGAGAT-TTA-AAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTT-CAAATAATTA
*
748264 TG--TTTTCT
172 TGACTATT-T
** * * * * ** * *
748272 GAACAATTCAAATAGTT-ATGA-CTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTCTT
1 -AACAATT-ATCTATTTCA-AATC-ATTAT-AAC-CTT-T-TGTTT--TGTCA-TA--AA-AC-A
** ** * *
748334 ATT-TTGTCAG-AAACCCATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTCATTGGAATAAAATAATACTAATT
51 ATTGTT-TCAGTTCATACA-AG-CT-TATTC------G----A----AATAAAATAATACTAATT
* * * * ** * *
748397 TATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTT-TCTAAGCTAGTT
98 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTT
*
748461 CAAATAGTTATGACTATTT
162 CAAATAATTATGACTATTT
* ** * * * *
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1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
* * * ** * **
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* * * * * * * * *
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128 GATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * *
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1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTT
* ** * *
748724 CATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
63 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * * *
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128 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * ** * * *
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1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
* * * * * * ** * * *
748901 ATACAAGTTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAG
64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * *
748966 ATTTAAAAAATCAATGTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAA
129 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATT-T
* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * ** *
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66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * * *
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130 TTT-AAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATT-T
* * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * * * **
749261 AAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA
66 ACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-
* * *
749325 ATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATTG-CCATTT
129 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTA-TGACTATTT
* * * * *
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1 -AACAATTATCTATTTCAAAT-CA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
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744180 GGCCATTTAC
* * * *
744190 ACAATTATCTCTTTCAAATCATTGCAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTG-TTTTCATCATA
* ** * *
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* * * *
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* * * *
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744507 TTCTGAAGTA
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Matches are distributed among these distances:
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ACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTCATCATAC
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* * ** * * *
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* ** * ** * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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65 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
** *** * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * *
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256 TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAA
*
743966 TAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTT
319 T--A--TGTTTATC-AAAC-AGTTCAAATAG-TATAACTATTT
* * ** * *
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1 GAACAATTATCTAATTCA-AATCATTATAATCTTTT-TTTCTATCATAAAATA-ATTGTTTCAGT
* * * * * * * *
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63 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
* * * * * * ** * *
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128 AGAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTA-AACTATTGA-ACAATTAT
* * * * *
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191 CTATTTCAAATCATATG--ACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGCCT
* * * * *
744262 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAA
253 ATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA
* * *
744327 TAAATCTATTATCCAAAC----C----AGT-T-TCTATTT
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* * *
744357 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTTTTTCTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
*** *
744422 TAGTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAG
66 TA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * ** * * * *
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130 AAT-TAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTAA-ACTAT-TGAACAATTATC
* * * *
744550 TATTTATCGAAA--ATTATGACCTTTTG-TTTGGTCATATAAGAATTGTTTTTTATCATTCAAGC
192 TA-TT-TC-AAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGG-CATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGC
** * *
744612 CTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
251 CTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAA
744677 AAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TATAACTATTT
316 AAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTATAACTATTT
* ** * ** * * **
744716 GAACAATCATAAAATTCAAGTTGTTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCA
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTTTTTCTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
* *
744781 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
66 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
* *
744846 ATTAAAAAATAAATTTGTTTGCT-GAACC-GATTCAAATATTTTAAACTATATGAACAATTATCT
131 ATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAG-TTCAAATA-ATTAAACTAT-TGAACAATTATCT
* * * *
744909 ATTTCTAATCATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAAGTTTTATTAAATGCATACTAGCTTAT
193 ATTTCAAATCATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAA-TTTT-TTTAAT-CATACAAGCCTAT
* **
744974 TTCAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAACGTTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAATA
255 TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA-A
* * * * * *
745038 ATTCTATTTACCTAACCAGTTC-AATAATTATGAC-ATTT
318 A-TATGTTTATC-AAACAGTTCAAAT-AGTATAACTATTT
* * * * * * * **
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1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTTTTTC-TATCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * *** * * *
745140 ATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCC-AAAA-T--TAA-TAAGA
65 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAAGA
** * * ** * * *
745200 -AATTTAAAAAATAAATCCATTT-ATCAAATGAGCTC---TAA-T-AATTA-TGAAGCAATTATT
129 GAA-TTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTAAACTATTGAA-CAATTATC
* * * * ** *
745257 TATTTTAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTGTTC-TAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCCTA
192 TATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTG-GCATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGCCTA
** * ** ** *
745320 -TTGGATTAAAATAATACTCAA-CAATTAATAAGT-AAAAATT--T---T-A-A-A---AAATAA
254 TTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA
** * * * *
745371 ATATGTTTATTGAACTAGGTCAAATAATCATGATTATTT
318 ATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGT-ATAACTATTT
** * ** * * * * * * *
745410 GAATTATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTC
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * * * *
745474 ATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTACAAAAATTAATAACTAAGAG
65 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * * * * * * * * * *
745539 ATTTAAAACATGATTTTGTTTG-TCAAACAAGTTTAAATAATTATACTATTTCAACAATTATCTT
130 AATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTAAACTA-TTGAACAATTATCTA
* * * * ** **
745603 TTTGAAATTGC-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGTTTATT
194 TTTCAAA-T-CATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAAT-AATTTTTTTAATCATACAAGCCTATT
** * * * *
745667 TTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA--TAAAGACAATTAACAAGTAAAAGATTTAAGAAA
256 TCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAATAAGAGATTT-A-AAA
* * *
745729 TAAATATGTTTTTCGAATA-AGTTCAAATAGTCCTGACTATTT
316 -AAATATGTTTATC-AA-ACAGTTCAAATAGT-ATAACTATTT
* * * * * * *
745771 GAATAATTATCT-ATT-AAATTATTGTGATCTTTTATTT-TGTAATAAAAAAATTGTTTCAGTTC
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* ** * * * *
745833 ATATAA-ATATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGA
65 ATATAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
* * * * * * * * *
745897 GAATTAAAAAATGAATTTGTTTACT-GAA-CATATTTAAATAGTTATGACTATCTTAACGATTAT
129 GAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCA-GTTCAAATAATTA-AACTAT-TGAACAATTAT
* * * * ** * *
745960 CTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTATGTTCATGCAAGCTT
191 CTATTTC-AAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGCCT
** * * * * *
746024 ATTTTGAATAAACTAATA-TAAATATATTTATATTTGAAAAATTAATAAGTCAA-A-ATTTTAAA
253 ATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-AAGAGA-TTTAAA
* * * * *
746086 AATAAT-TGTGTTTTCTAAAAATGTTTAAATAGTTATGATTATTT
315 AA-AATATGT-TTATC-AAACA-GTTCAAATAG-TATAACTATTT
* * * * * * * ** *
746130 GAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAACCAATTGTTTTTA-TT
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTG-TTTCAGTT
* *** * * * * * * *
746193 CATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAGTTAAGAAATAAAA
64 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
* * * ** * *
746258 GATTTAAAAAATAAATCTG-TT-CACTAAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
129 GAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAA-CCAGTTCAAATAATTA-AACTA-TTGAACAATTAT
* * * ** * * * * * * **
746321 TTATTCCAAATTACTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATATAAGTTTA
191 CTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGCCTA
* * * *
746386 -TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTCATA-TTCTAAAAATTTATAAGTTAGAGATTTAAAAA
254 TTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTT--AAA
* * * * * *
746449 ATAAATTTGTTCACCATACAAGTTCAAATAGTTATATCCATTT
315 A-AAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAG-TATAACTATTT
* * * * * * * *
746492 GAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TATATTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTAT-A-ATCTTTTTTTCTATCATAAAATAATTGTTTC-AGT
* * ** * *
746554 TTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTACAACAAA-T--TAA-TA
63 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAA-AAATTAATAACTA
* * * * * ** * *
746614 AGAG-ATTTAAAAATAAAATCTATTT-ATCGAACCAGTTCTATTGGTTATTAGTATGTGAACAAT
126 AGAGAATTAAAAAAT-AAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTA-AACTAT-TGAACAAT
* * * ** * * *
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188 TATCTATTTCAAATCA-TATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGC
* * * * *
746741 TTA-TTCGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAA
251 CTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTT-A
* * *
746800 AAAATACATGTGTTTGTTAAACTAGTTCAAATA--AT---TA---
313 AAAA-A-ATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTATAACTATTT
* * * * * *
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1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTTTTTCTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * * * * * *
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65 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * * ***
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130 AA--TTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTA-AACTA-TTGAACAATTAT
* * * ** * * * * * *
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191 CTATTTCAAAT-CATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATTTTTTTA-ATCATACAAGCCTA
* * * * * * * * *
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254 TTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAA
* ** * * ** *
747158 TAATTTAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTT
317 -AATAT-GTTTATCAAA-CAGTTCAAAT-AGTATAACTATTT
* * * * * *
747200 GAACCATTATCTAATTCAAATCGTTACGAA-CATTTGTTT-TATTAT-AAACAATTGTTTTTCA-
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTA-TAATC-TTTTTTTCTATCATAAAATAATTG--TTTCAG
* * ** * * * * *
747261 -TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAA
62 TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
* * * *
747325 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCGAACC-G--------ATT--CCTATTTGAATAATTAT
127 GAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTAAACTA-TTGAACAATTAT
* ** * * ** * * * * * *
747378 CTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTTTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAACTTG
191 CTATTTCAAA-TCATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATTTTTTTA-ATCATACAAGCCTA
* * *
747443 TTT-AGAATAAAATAATACCAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
254 TTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAA
* * * * * * *
747506 TTAATCTATTTACTGAAGCAATTCAAACAGT-TAAGACTATAT
317 --AATATGTTTA-TCAAACAGTTCAAATAGTAT-A-ACTATTT
* * * * *
747548 GAACAATTATCT-TTTCAAATCATTCT-ACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * * *
747610 ATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAA
65 ATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA-A-AATTAATAACTAA
* * * * ** ** * * **
747672 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGTGCAATTA
127 GAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTA-AACTA-TTGAACAATTA
* * ** * ** * * * **
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190 TCTATTTCAA-ATCATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGCCT
* * * ** * * *
747801 A-TTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA
253 ATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGA-TTT--AA
* *
747865 AATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTT
314 AA-AAATATGTTTATC-AAAC-AGTTCAAATAGT-ATAACTATTT
* * * ** * * * * *
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1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* ** * * * *
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* * ** * * * * * *
748036 AGAATTAAAAAA-AGAATCTATTTAC-C-ATAAGAGAATTAAAAAAAGT-ATCTATTTACCAA--
128 AGAATTAAAAAATA-AATCTGTTTGCTCGA-ACCAG--TTCAAATAATTAAACTATTGAACAATT
* * * * **
748095 A--AAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATCTGAAGAATTATCTAGTTTACAACATTATGACTTTTTG
189 ATCTATTTCAAATCA--TATGACCT-T-T--TG--TT-T-TGGCATA-AA-A-TA--A--TTTT-
** *
748156 TTTTGTCATAAAACAATTGACTCTATTCATGCAAGTTTATTTTGAATAA-AATAATTTAAATTTA
236 TTTAATCAT---ACAA--G-C-CTATT--T-CAA----A---T-AA-AATAAT-A-CT-AATTTA
* * * * *
748220 TTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTGAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAATTCAA
279 TTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGA-TTT-AAAA-AAATATGTTTATC-AAACAGTTCAA
*
748283 ATAGTTATGACTATTT
340 ATAG-TATAACTATTT
* * * * ***
748299 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAA-CTCTTATTT-TGTCAGAAACCCATTGTTTCTA-T
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTA-TAATCT-TTTTTTCTATCATAAAATAATTGTTTC-AGT
* ** * * * *
748361 TCATAAAAGCTTCATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA
63 TCATATAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
* * * * * * * *
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127 GAGAA-TTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAA-CCAGTTCAAATAATTA-AACTA-TTGAACAAT
* ** * * ** ** * * * * *
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* * ** * **
748552 TTATTTGAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAA
251 CTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AA
* * * * * ** *
748616 TAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAACAATCATGTCCATTT
314 -AA-AAATATGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGT-ATAACTATTT
* * * * * *
748661 AAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAT-TTTATTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTTA-T
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTAT--AATCTTTTTTTCTATCATAAAATAATTG-TTTCAGT
** ** * * *
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63 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
* * * ** * * * *
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128 AGAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTA-AACTA-TTGAACAATTAT
* * * ** * * * * **
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191 CTATTTCAAATC-ATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATT-TTTTTAATCATACAAGCCTA
** * * * ** * * *
748912 TTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
254 TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAA-
* * *
748977 CAATGTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGT-TAAGACTATTA
317 -AATATGTTTATC-AAACAGTTCAAATAGTAT-A-ACTATTT
* * * * * * * *
749018 AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAGTAATAAAAAAATTATTTCAGTTC
1 GAACAATTATCTAATTCAAATCATTATAATCTTTTTTTCTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * ** ** * * * *
749082 ATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA--GA-AG
65 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
* * * * * * * *
749144 -TTTAAAAAAATAAATTTG-TTAC-CGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTCGAGCAATTATC
130 AATT-AAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTA-AACTATT-GAACAATTATC
* * ** * * * * *
749206 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTAT
192 TATTTCAAATC-ATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATTTTTTTA-ATCATACAAGCCTAT
* * * *
749271 CTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
255 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
749312 GAGAAGTTGG
Statistics
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331 2 0.00
332 12 0.00
333 12 0.00
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Consensus pattern (354 bp):
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TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
ATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTCGAACCAGTTCAAATAATTAAACTATTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATTTTTTTAATCATACAAGCCTATTTCAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAATATGTTT
ATCAAACAGTTCAAATAGTATAACTATTT
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* ** * *
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** * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * ** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
743671 ATTATGATC-TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAAAGTAAA
384 ATTATGA-CATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
* * * *** * * *
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448 ATAATAT-C-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAAATCTATTTA
* * * * * ** * * *
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509 TCGAACCAGTTCT-ATTGGTT-ATTAGTATT-GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATC-T
* * * * * * * *
743859 TTGTTTAGTCATAAATTAATT-TTTTTAGTTTATACATG-TCTATTCGAAATAAAATAATACTAA
570 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATATTGCTAA
* * * * * * * *
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* * * *
743986 GTTCAAATAGTTATAACAATTT
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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127 AA-ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAAT
* * ** *** * * * *
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188 TATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAG
** * * * * * *
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252 TTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAA
* * * *
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317 AAATAAATATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATCATATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAA
* * * * * * * ** ***
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* * * *
744439 ATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAGATGTAAAAAATAAATC
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** * **** ** * * * *
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503 TATTTATC-GAACCAGTTCTATTGGTTATTAGTAT-TGAACAATTATCTA--TCTC-AAATCATT
* * * * * * * * *
744565 ATGACCTTTTGTTTGGTCATATAAGAATTGTTT-TTTATCATTCAAGCCTATTTGGAATAAAATA
563 ATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * * *
744629 ATACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATGT-TTATCA
626 TTGCTAAATTAATAATATTCT-AAAAA-T--TAACTAAGAGATTTAAAAAATACATGTGTTTTTA
* * *
744691 AACTAGTTCAAATA-T-ATAACTATTT
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* ** * * ** * * * * **
744716 GAACAATCATAAAATTCAAGTTGTTATAACCTTTTTTTCTA-TCATAAAATAATTATTTTTGTTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * * * * *
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65 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAATAA-A-
* * * * * *
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128 AATTTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACAAG-TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTA
* * ** ** * * ** * ** *
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190 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGT-TTCTATTCATAAAAGT
* * ** * *
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253 TTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAA
* * * * * * *
745033 AAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTC-AATAAT--TATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAA
317 AAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAT-CCATTTGAACTATTATCTATTTCAA
* * * * * * * ** * ***
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381 ATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATA
* * * * *
745160 AAGTAATA-CTAATCTATTAATATTTCCAAAATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCCATTTA
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* ** * * * * * * *
745223 TCAAATGAGCTCTA------ATAATTA-TGAAGCAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTT
509 TCGAACCAGTTCTATTGGTTATTAGTATTGAA-CAATTATCTATCTCAAATCATTATAATC-TTT
* * * * * * * * * *
745280 TTTTTGTTC-TAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCCTA-TTGGATTAAAATAATACTCAA-C
572 GTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATATTGCTAAATT
** * * * * ** *
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* * *
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** * * * * * * *
745410 GAATTATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCA
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* * * * * *
745475 TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT-ACAAAAATTAATAACTAAGAG
66 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA-AAAAATTAATAAATAA-AA
* * * * * * * * *
745539 A-TTTAAAACATGATTTTGTTTGTCAAACAAGTTTAAATAATTAT-ACTATTTCAACAATTATCT
129 ATTTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-T
* * * * ** * * * *
745602 T-TTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGTTTAT
192 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTA-
* * * * * * *
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256 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
** * * * * *
745728 ATAAATATGTTTTTCGAATAAGTTCAAATAGTCCTGA-CTATTTGAA-TAATTATCTA-TT-AAA
319 ATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCAT-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * **
745789 TTATTGTGATC-TTTTATTTTGTAATAAAAAAATTG-TTTCAGTTCATA-TAAATATATTTGAAA
382 TCATTATGA-CATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAAT-TATTCAAAA
* * *
745851 TAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTT
444 TAAAATAATATC-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCT
* * * * * * * * *
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504 ATTTATC-GAACCAGT-TCT-ATTGGTTATTAGTAT-TGAACAATTATCTATCTC-AAATCATTA
* * * *
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564 T-A-ATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAAT
* * * * * *
746038 AAT-ATAAATATATTTATATT-TGAAAAATTAA-TAAGTCAAAATTTTAAAAATA-ATTGTGTTT
625 ATTGCTAAAT-TAATAATATTCT-AAAAATTAACTAAG---AGATTTAAAAAATACA-TGTGTTT
* * * *
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684 T-TAAACAA--TTCAAACAGTAAT-A-TATAT
* * * * * *
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1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTC
* * * * * *
746194 ATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAGTTAAGAAATAAAAG
65 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAATAAAA-
* * ** * *
746259 A-TTTAAAAAATAAATCTGTTCACTAAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTT
129 ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* ** ** * * *
746323 ATTCCAAATTACTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATATAAGTTTATT
193 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATT
* * * *
746388 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTCATA-TTCTAAAAATTTATAAGTTAGAGATTTAAAAAATA
258 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
746452 AATTTGTTCACCATACAAGTTCAAATAGTTATATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCGTT
322 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
746517 ATGACATTATATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
387 ATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
*
746582 TATCAATTTATTAATATTACAACAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAATAAAATCTATTTATCGAAC
452 TATCAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAATCTATTTATCGAAC
*
746646 CAGTTCTATTGGTTATTAGTATGTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATCTTTGTTTTAT
515 CAGTTCTATTGGTTATTAGTAT-TGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATCTTTGTTTTGT
* * *
746711 CATAAAATAATTGTTTATATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATAT
579 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATAT
*
746776 TCTAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATACATGTGTTTGTTAAACTAGTTC-AA-A-T-A-AT
644 TCTAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAATACATGTGTTT-TTAAAC-AATTCAAACAGTAATAT
746835 -TA-
707 ATAT
* * *
746837 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * *
746902 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAATAACAAA
66 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAATAA-AAA
** *
746967 TTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTA
130 TTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* *** * * *
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194 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGTTTATT
* * * * *
747096 CGAAATAGAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-A
258 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAA
* * *** ** ** * * *
747160 ATTTAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACCATTATCTAATTCAAATCGTT
323 ATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *** **
747225 ACGAACA-TTTGTTTTATTAT-AAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAAT
387 ATG-ACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
* * *
747287 AATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
450 AATATCAATTTATTAATATTTCAA-AA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTATC
** * * * ** * *
747352 GAACC-G----A----TTCCTA-T-TTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTTTT
511 GAACCAGTTCTATTGGTTATTAGTATTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATC-TTTGTT
* * * * * * * * *
747406 TTGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAACTTGTTT-AGAATAAAATAATACCAATTTAT
575 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATATTGCTAAATTAA
* * * * * *
747469 TAATATTCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTA-ATCTATTTACTGAAGCAATTCAAA
638 TAATATTCTAAAA--ATTAACTAAGAGATTTAAAAAA-TACATGTGTTT--TTAAACAATTCAAA
*
747533 CAGTTAAGACTATAT
698 CAG-TAATA-TATAT
* *
747548 GAACAATTATCT-TTTCAAATCATTCT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * *
747611 TACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAA
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* * * * **
747674 GA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGTGCAATTATT
129 -ATTTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
* * * * *
747738 TATTTCAACTTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
192 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTAT
* * * * ** * * *
747803 TCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT
257 TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGA-TTTAAAAAAT
* * *
747868 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGA-CTC-TTTTAA-TAATTATCTATTTCAAAT
321 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCAT-ATC-CATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * ** *
747930 CACAATGACCTTTTCTTTTATAATAAAAAAATTG-TTTTAGTTC-T-TATAATTATGTTTGAACT
383 CATTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAATTA--TTCAAAAT
* *
747992 AAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTA
445 AAAATAATATC-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTAAAAAAA-AATCTA
* ** *
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505 TTT---AT---CG------AACCAGT-TCTA-TT--------GGT----TA-TTA-G--TAT-TG
* * * * * **
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539 AACAATTATCTA-TCTCA-AATCATTAT-AATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
* * *
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601 ATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAAT-ATTGCTAAA-TTAATAATATT-CTAAAAATTAACTAAG-
* ** * * * * * *
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661 --AGATTTAAAAAATACATGTGTTTT-TAAACAATTCAAACAGTAAT-A-TATAT
* * * * * * * *
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1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
* * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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450 AATATCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAATCTATTTATC-GA
* * * * * * * ** * **
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* * * * * *
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577 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAAT
* * * * * *
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*
749006 TTAAGACTAT-T
701 -TAATA-TATAT
* * * *
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1 -GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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258 C-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAG-ATTTAAAAAAT
* ** * * *
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321 AAATATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATCATAT-CCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAAT
749398 ATATTTATGA
Statistics
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TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCGA
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TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATC
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACCAGTTC
TATTGGTTATTAGTATTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATAATCTTTGTTTTGTCATAAAA
TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAA
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* * * ** * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * *
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130 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
747968 AGTTCTTATAA-TTATGTTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATGA
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* *
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Statistics
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AGTTCATACAAGTTTGTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
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747362 CTATTTGAAT
* * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
* * * *
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* * * *
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*** * * * *
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*
747632 ATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
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* *
747731 AATTATTTATTTCAACTTGTTA-AGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATA-ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA
** * * * ** * *
747794 CAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATT
64 CAAACTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTAATAATA-TTCCAAAATTAATAACTAAAAGA-T
* * * * * * *
747859 TTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTTTAATAATTATCTAT
127 TTAAAAAATAAATATATTTACTGAAACAA-TTCAAACAGTCAAGACTATATGAACAATTATCT-T
* * *
747923 TTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTATAATAAAAAAATTGTTTTAGTTCTTATAA-TTATGTTT
190 TTCAAATCACAAT-ACCTTTTCTTTTATAATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAACTTA--TTT
* * * * *
747987 GAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-A
252 CAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATA
748049 GAATCTATTTAC
315 -AATCTATTTAC
748061 CATAAGAGAA
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 46, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
AACTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAATTAATAACTAAAAGATTTAA
AAAATAAATATATTTACTGAAACAATTCAAACAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTTTTCAAA
TCACAATACCTTTTCTTTTATAATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAACTTATTTCAAATAAAA
TAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAC
TGAATAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGTGC
Found at i:748067 original size:31 final size:31
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Indices: 748032--748093 Score: 115
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
748022 AATTAATGAG
748032 TAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACCA
1 TAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACCA
*
748063 TAAGAGAATTAAAAAAAGTATCTATTTACCA
1 TAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACCA
748094 AAAAGTTCAA
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0.97 0.03 0.00
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31 30 1.00
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TAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTACCA
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Period size: 357 Copynumber: 3.7 Consensus size: 351
748081 TATCTATTTA
* * *
748091 CCAAAA-AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAGAATTATCTAGTTT-ACAA-CATTATGA-CTT
1 CCAAAACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCA-AATCGTTATGATC-T
* * *
748152 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-CTCTATTCATGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAATTTAAA
62 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATTTAAA
* * * ** *
748216 TTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTGAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAT
126 -TTATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAGT
* * * *
748279 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTCTTATTTTGTCAG
189 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCAT
*** * *
748344 AAACCCATTGTTTCTATTCAT-AAAAGCTTCATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
254 AAAAAAATTGTTTTTATTCATCAAAA--TT-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
*
748408 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTT
316 CAAAAATTAATAAG-----AAGTTTAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
748449 TCTAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTT
1 CCAAAAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
* * ** * * *
748514 TGTTTTCTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATACTAGTTTATTTGAAATAAAATAATTTTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAA-TTTAAATT
* ** * * * * *
748579 ATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAATAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTA
128 ATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAGTTCA
* * * * * * *
748644 AACAATCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTTTGTCATAAA
192 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAA
* * * *
748709 ATAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
257 AAAATTGTTTTTATTCAT-CAAAATTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAA
748774 AATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
320 AATTAATAAGAAG-TTTAAAAA-TAAATTTGTTT
* * *
748807 GCAAAATCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGCTATGATC-TT
1 CCAAAA-CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
** * * * *
748871 CATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAGTAAAAT-ATTGCTAAAC
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATT--TAAAT
* * * *
748935 TAATAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTATCGAACCAGTTC
127 TATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAGTTC
* * * * * *
749000 AAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTAATAA
191 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAA
* * *** ** *
749065 AAAAATT-ATTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACA-TTCA
256 AAAAATTGTTTTTA-TTCAT-CAAAATTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-
*
749128 AAAAATTAATAAGAAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTA
317 AAAAATTAATAAGAAGTTT--AAAAATAAATTTGTTT
* * * *
749165 CCGAACAA-ATTCAAATAGTTATGACTATTCGAGCAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT
1 CC-AA-AACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
* * * * * ** **
749229 TGTTTTATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATATTACTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAT-TTAAAT
* * * * *
749293 TATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTT-GGAGAATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAATCAG
127 TATTAATATTAT-AAAAATTAATAA-TTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAG
* * * * * * * *
749356 TTCAAATAATTATTG-CCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATATATTTATGATCTTTTGTTTTG
188 TTCAAATAGTTA-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-CA-TTATGAACTTTTATTTTG
749420 TCATA
250 TCATA
749425 GCTATTTGAA
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 154, Indels: 69
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Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 9 0.01
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Consensus pattern (351 bp):
CCAAAACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATTTAAATTATT
AATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAAAAA
TTGTTTTTATTCATCAAAATTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAA
TAAGAAGTTTAAAAATAAATTTGTTT
Found at i:751756 original size:181 final size:179
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Indices: 750301--752738 Score: 1378
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750291 TTGCTTTTTA
* * * * *
750301 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-TTGTAATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* *
750365 TAAAACAAAAGGTC-TAACGACTTT-AAATAGATAATT-TTACAAATAGTCA-AATCTATTTAAA
65 -AAAACAAAATGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAA-CTATTTGAA
* ** * * * *
750426 CTTGTTCAATAAATAGATTT-TTTTAAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAAT
126 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT
* * * * * * * * *
750480 GTTAATAAATTAATTTTATTTTA-TTCTAAACAAGCTTGTTTGAATTA-AAATAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
750543 ACTAAACAACAA-GTCAAAATGATTTGAAGCT-GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
64 A-AAAACAA-AATGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
750606 -TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAT
126 CTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT
* * * * * * *
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1 ATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * ** * *
750725 TGAAA-TAAA-GACCATAACAATTTTAGATAGATAATTGCTT-ACCTGGTCATAACTATTTAAAC
65 -AAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * **
750787 TAT-TTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAAT
127 T-TGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GGAAT
* * * ** * * * *
750837 ATTAGTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTCATTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
750901 AAAACTGAAAGGTCATAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT
65 AAAAC-AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * *
750966 GTT-AGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAT
129 GTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT
* * *
751017 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-
* * * *
751082 AAAACAAAA-GATCATAACTATTT-ACAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAATAACTATTTAA
65 AAAACAAAATG-TCATAACGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATA-G--TCATAACTATTTGA
** * *
751145 ACTTACTCAGTAAACAGATTTATCTTTTTAAATC--TTA-TTA--ATTTTTGGAAT
125 ACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAAT
* * * * ** *
751196 ATTAATAAACTACTATTATTTTATTTAG-ATACGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAA
* * *
751260 AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTG
66 AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
* * *
751324 TTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTGTACTTATTAATTTTTTGGAAT
130 TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTGGAAT
* * * * * *
751375 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATATGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAA
* * * * * * *
751440 AAACAAAATGTCATAACAATTTTAAA-AAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTTAT
66 AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
** * * * * * *
751504 TTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTGCTAATAAATTTTAGGAAC
131 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GGAAT
* * * * * * *
751554 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAATAGATACAATTGTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-
* * * * *
751619 GAAACAAAATGTCATAACGATTTGCAATAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG
65 AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** * *
751684 TTCAGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAAAT
130 TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGGAAT
* * * * * * * * * *
751735 ATAAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTCTATGAACAAAAACAATTGTTTTTTGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-
*** * * * *
751800 AAAACAAAAAACCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA
65 AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
*
751865 TTCAGTAAATAG-TGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAAT
130 TTCAGTAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGGAAT
* * *
751916 -TTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGACAA-AATTATTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTATTTTATG
* * * * *
751978 AGAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATACG-TAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
64 A-AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
752042 TTGTTCAATAAATAGATTCAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTCAGAAT
127 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GGAAT
* ** * * * *
752092 ATTAATAAA-TAATAATTATGCTA-TTCCAA-ATGCTTGTAGGAACAAAAACAATT-TTTT-TG-
1 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * * *
752151 --AAC--GA--TCATAATGATTCGAAATCGATAATTGTTCAAAACAGTCAAAACTATTTGCACTG
65 AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** ** *
752210 GTT-AGGCCAACCGATTCT-TTTTTTAAATCTGTTT-CTTATTAATTTTTAGAAT
129 GTTCA-GTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTGGAAT
* * * * ** * * * * * * *
752262 CTTAATTAATTAGCATTACTTT-GCTCTAAATAAGAC-TATATCAATA-AAAAAAATGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT-
* * * * * * *
752324 GCAAAAC-AAATGGCCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTA-TTATAACTAATTGAA
63 GAAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA
** * * **
752387 CCGGTAT-GGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATC----CCTTATTAATTTTCAAAAT
126 CTTGT-TCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GGAAT
* * * * * *
752439 ATTAATAAATTA--A-TATTTT-TTT--AACAAACTTATATGAA-A-AAAAAATTTGTTTTA-CA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGA
* * * * *
752495 ACAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAAATATTTGAA-T
65 A-AAA-CAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * * *
752559 TGGTTTGGCAAAACACATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATT-ATTTT-GATT
128 T-GTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAAT
* * * * * * *
752611 AATATATTAGATTATTATTA-TTTATTTCGAACTAAACTTGTATG-ACATAAATAATTGTTTTAT
1 -AT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
* * *
752674 GAACAA-AAAATGTTATAAC-ATTTGAAATGATAATAATTATTCAAAATAGTCA-AACTATTTGA
63 GAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT-A-GATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGA
752736 ACT
125 ACT
752739 AGTTTGATCA
Statistics
Matches: 1747, Mismatches: 379, Indels: 265
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 19 0.01
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167 1 0.00
169 6 0.00
170 40 0.02
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184 1 0.00
185 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAA
AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAAT
Found at i:754254 original size:181 final size:180
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Indices: 752872--755850 Score: 2083
Period size: 181 Copynumber: 16.6 Consensus size: 180
752862 AAAGGTAATA
* ** * * *
752872 ATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * * * * *
752937 TGGATAAACTTTTAAAAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * *
753002 ATAGATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAG
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGTAAACAG
* * * * * * *
753053 ATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAAATAGTATTATTTGAGT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * ** * ** * * * *
753118 TCAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTAGAATGATTGGA
64 TTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * ** * * *
753183 AATATATAATTATTCTAATAGTC-TAACTATTTGAA-TTACTTCGGCAGACAC
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTC-GTAAACAG
* * * * ** * * *
753234 ATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTCTTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA-CTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
753298 CAATTAAGCTTGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATGACATAAC-AAAGCTCATAACGATTTGAG
66 GAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * ** *
753362 ATAGATAATTGCTCAAATAGTC--AACTTTTTGAACGAGTTTGGTAAACAG
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGTAAACAG
* * * * *
753411 ATTTAGTTTCTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * ** *
753476 TGAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTTGTAAC-ATCTTTA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGA
* *
753540 AATAGA-AGATTGTTCAAATAGCCA-AATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAGAG
129 AATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTC-GTAAACAG
* * * * * * *
753592 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGGATTAGTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * *
753657 TTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACTAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTG
64 TTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
** ** * ** *
753722 AAATAGATAATTGTTCTGATAGTTTTAACTATTTAAAC-TAATTCGGCAAAC--
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTC-GTAAACAG
* * *
753773 ACTTAGTTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
753833 TTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTCATGA-AAAGA-TAAAGATCATAACAATTT
64 TTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * ** *
753895 -AGATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TTTTATGAACAG
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTCGTAAACAG
* ** * * * *
753948 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * ** * * * * *
754009 TAAATAA--TT-T-TGAATGAATA-GGTTGTTTTATGAAAAAACTAAAGTTCATAATGATTTCAA
65 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * *
754069 ATAGATAATTGCTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTTCGTAAACA-
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCGTAAACAG
* *
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1 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
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63 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * ** *
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* *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* *** *
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* * * * *
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* *
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* * ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * ** * * * * * *
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* * ** ** * * * ** *
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* *
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*** * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * ** *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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** * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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*** *
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* *
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* * * * * ** *
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* ** ** * * **
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* * * *
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**** * * * * * *
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* * * *
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* * **
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** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
757469 TTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTGGTTTGACAAACA
320 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACA
* *
757508 CATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TA
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
** * * * * *
757568 TCCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAATC-AAAGATCATAACTATTT
65 TTTAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * * *
757631 GAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTTCA-AAAATAGCTTTAGTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * * ** *
757694 TAAATCTTTTGCTTATGAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGTTAAGTT
192 TAAATC-TTTAC-TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * ** * * *
757759 TTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-AGATAGAAAAT
254 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGAAAAT
* * * ** *
757822 TGTTCATACAGTCA-AATCTATTTAAACTTATTCA-ATAAA-A
318 TGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACA
* * * *
757862 AGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 A-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * *
757927 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAATATCAAAATAATT
64 TTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATT
* ** ** * *
757991 TGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATACATTTATTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTT
* * *
758055 TTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT-ATCAAATTAGTATTACTTTAATTTAAATAA
191 TT-AAATCT-TTAC-TATTAATTTTT-GAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * ** * * *
758119 GCTTGTATGAA-AAGAAACAATCATTTTATGACAAAA-GAAAGACCATAATGATTTGAGATAGAT
251 GCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAA
* ** *
758182 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGTAAGCA
315 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACA
* * * * ** * * *
758225 GATTTAGTTTTTATATATC-T-C--ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTGTTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * * ** *
758286 CTGAATAA--TT-T-TTCA-TGAATAGATTGTCTTATAACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTCA
66 TTAAATAAGCTTGTATGAATTGAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * *
758346 AATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * *
758411 ATCTTCTACCTATTAATTTTCAT-AATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
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* * * * * *
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256 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAA-AATTG
* * **
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320 TTCA--AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTAGGTAAACA
* * * * * * * * *
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1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
758643 TCAAATATGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACTATTTG
66 TTAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * **
758707 AAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTA
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* * * * * ***
758772 TATTTTTAATTATTAATTTTTTGAATACTAATAAATTTA-TGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
194 AATCTTT-ACTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* ** * *
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256 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGT
* * * *
758901 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTAGGAAAATA
321 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACA
** * * * * *
758939 TTTTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTACT
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * ** *
759004 TCAAATAAGC-CGTATAAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTTA
66 TTAAATAAGCTTGTATGAATTGA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
** * * * * * * * *
759068 AATAGATAATTACTCAAATAAT-TATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATCTATTTTTAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * *****
759132 AATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTG
194 AAT-CTTTAC-TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * ** *
759197 TATGGAGAAAAGCGATTGTTTTA-GAACAAAACAAAATGTTGTAACGATTTGAAATA-AGTAATT
256 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-AAATT
* * * ** *
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319 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTAGGTAAACA
* * * * * *
759300 GATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATAGTCT-AAATATTAATAAACTTA-TATAATTTTA
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * *
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64 TTTTAAATAAGCTTGTATGAATTG-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * ** *
759424 GAAAATAGATAATTGTTGAAATAGT-TATAAATATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTT
128 G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT
* * ** *
759488 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAATAAA
191 TTAAATCT-TTAC-TATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * * *
759552 CTTTTATGAATAGAAACAATTGCTTTGTGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
252 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAAA
* * * *
759617 ATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGCATTGGTCAGGCTAATAC-
316 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGG-TAA-ACA
* * * *
759661 -ATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
1 AATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * *
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65 TTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
759789 AAATAAAGAATTGTTCAAATAGT-TATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGATTTATTTTT
* * ** * * ** * *
759852 TAAATCACTTACTTCTTAATTTTCAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATACTGAATAAACTC
192 TAAATC-TTTAC-TATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * ** * *
759917 CTATGAGCAAAAAC-ATCTGTTTTACAAC-AAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
255 GTATGAACAAAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATT
* * * **
759980 ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCA-ACAAACA
319 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACA
* *
760020 AATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTAAT
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * *
760083 TTTGAATAAG-TTACTAAGAACTACAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAATGCCATAACAATTT
65 TTTAAATAAGCTT-GTATGAA-TTGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * *
760147 GAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT
760187 AATTCGTAGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (358 bp):
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ATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
TCTTTACTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
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TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACA
Found at i:756209 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 755872--760184 Score: 2973
Period size: 181 Copynumber: 24.1 Consensus size: 180
755862 CAAATTGTAA
* * *
755872 TAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTT
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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1 TAACTATTTGAATTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA
* * * *
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* * * * * *
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128 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * *
756708 TGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTGCAAATATATAATTGCTCATATAGTCT
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * * *
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1 TAACTATTTGAATTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * *
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65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGT--A-TGAACAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * *
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127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * *
757301 TAAGTATTTGAACTT-ATTTG-TAAACAGATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
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* * * * * *
757364 -AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCTGAAACAATTATTATA
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* * * * * * * * *
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128 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * *
757481 TAACCATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TAACTATTTGAATTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * **** * * * *
757721 ATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGTTAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
757786 A-AAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-AGATAGAAAATTGTTCATACAGTC-
130 ACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * ** * * *
757835 AAATCTATTTAAACTT-ATTCAATAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTT
1 TAA-CTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
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** * ** * **
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127 ATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* ** * * *
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* * * **
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* ** * * *
758147 TGACAAAA-GAAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
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* * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * *
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*
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* * ** * *
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1 -TAACTATTTGAA-TTGATT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * ** *
758974 GGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTACTTCAAATAAGC-CGTATAAATTGATACAATTGTTTT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTT
** * * ** *
759038 ATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAAT-T
127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * * * * *
759091 ATGACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACATATCTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTTG
1 -TAACTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * **** * * *
759155 AAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAGCGATTGTTTTA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTA
* ** *
759220 -GAACAAAACAAAATGTTGTAACGATTTGAAATA-AGTAATTGTTGAAATAGT-T
128 TG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * *
759272 ATAACTATTTGAAGTT-ATTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATAGTC
1 -TAACTATTTGAA-TTGATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTT
* * * * *
759335 T-AAATATTAATAAACTTA-TATAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATT
62 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTT
* * * * *
759398 TTATGATAAAA-TAAA--T-ATAGCAATTTGAAAATAGATAATTGTTGAAATAGT-T
125 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * *
759450 ATAAATATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTA
1 -TAACTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
759513 AGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGCTT
64 A-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * * * *
759577 TGTGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
126 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * ** * *
759633 TAAGTATTTGCATTGGTCAGGCTAATAC--ATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTT
1 TAACTATTTGAATTGAT-TTGATAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
759695 AAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTGTATTAACAGAAACAATTATTTT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * *
759760 ATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAGT-T
127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * *
759813 ATAACTAATTGAACT-AGTTT-AGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTCTTAA-TTT
1 -TAACTATTTGAATTGA-TTTGA-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * ** *
759874 TCAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATACTGAATAAACTCCTATGAGCAAAA-ACATCTGTT
62 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACA-AT-TGTT
** * * *
759938 TTACAAC-AAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
125 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * ** * *
759993 TAATTATTTGAACT-AGTTCAACAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAATTGA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
760056 AATATTAATAAATTTA-TTTTATTTAATTTTGAATAAG-TTACTAAGAACTACAAA-AATTATTT
65 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-GTATGAAC-A-AAACAATTGTTT
* * * * * * * *
760118 TACGACAAAACAAAATGCCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCT
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
760173 TAACTATTTGAA
1 TAACTATTTGAA
760185 CTAATTCGTA
Statistics
Matches: 3262, Mismatches: 702, Indels: 336
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 46 0.01
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173 1 0.00
174 5 0.00
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAACTATTTGAATTGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
Found at i:759989 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 759968--760000 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
759958 TAACGATTTG
759968 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
759984 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
760001 TGAACTAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:761071 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 760727--761332 Score: 661
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 180
760717 CGACAAATAT
* * * *
760727 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAAATAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * *
760792 TGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATAGTTTTATGACATAACAAAAGGTT-ATAATAATTTCA
66 CGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATAATTTCA
* *
760856 AATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAA
129 AATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACTA
* *
760908 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
760973 CGAATAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAA
66 CGAATAAGCTTGTATGATGAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTCAA
* * * * * *
761038 ATAGATAATTGTTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTA
130 ATATATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACTA
* * * * *
761089 ATTTA-TTTTTAAATCT-CTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ** * *
761151 TCAAATAAGCTTTTAAGCACTG-AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGCCATAATGATTTT
65 TCGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTC
* *
761215 AAATATATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACTA
128 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACTA
* * * * *
761268 ATTTATTTTTTCAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
761332 T
65 T
761333 TCTAAATGTT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 59, Indels: 24
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 105 0.30
180 78 0.22
181 171 0.48
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTGTATGATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTCAAA
TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACTA
Found at i:761609 original size:310 final size:308
Alignment explanation
Indices: 761044--761610 Score: 671
Period size: 310 Copynumber: 1.8 Consensus size: 308
761034 TGAAATAGAT
* * * ** *
761044 AATTGTTTAAATGGCTATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTAATTTATTTTTAAATCTCTAA
1 AATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATCAGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTAA
* * * * * *
761109 CTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTAAGCACTGA
66 CTTATCAAATTTTAAAATATCAATAAGTAATATTAATTTATTCCAAACAAGCTTGTAAGCACTGA
* * * * * *
761174 AACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGCCATAATGATTTTAAATATATAATTGTTCAAGTAGTC
131 AACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
761239 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTAATTTATTTTTTCAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTA
196 ATAACCATAAGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAATCTCTTACTTATTAATTTTCTA
761304 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCTAAATGTTAATTTTCTA
261 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCTAAATGTTAATTTTCTA
* *
761352 AATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTTAACTGAATCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTGT
1 AATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTG-ATCAGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * * * * *
761416 TACTTAT-TAATTTTAAAAATATCAATAAATTAGTATTAATTTATTCCCAACAAGCTTGTATG-A
64 AACTTATCAAATTTT-AAAATATCAAT-AAGTAATATTAATTTATTCCAAACAAGCTTGTAAGCA
* *
761479 TCTTAAACAATTATTTTATGACTAAAA-AAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-AT
127 -CTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAATAAAAAGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-
* *
761542 AATAGTCTTAACCATAAGAA-TTGGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTCAAATCTCTTACTTATT
189 AATAGTCATAACCATAAGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTC-AATCTCTTACTTATT
761605 AATTTT
252 AATTTT
761611 TGAAATATTA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 37, Indels: 16
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
308 45 0.21
309 40 0.19
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311 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (308 bp):
AATTGTTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATCAGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTAA
CTTATCAAATTTTAAAATATCAATAAGTAATATTAATTTATTCCAAACAAGCTTGTAAGCACTGA
AACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACCATAAGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAATCTCTTACTTATTAATTTTCTA
AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCTAAATGTTAATTTTCTA
Found at i:762794 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 762174--763179 Score: 895
Period size: 176 Copynumber: 5.6 Consensus size: 177
762164 TGGTATAAAT
* * * * * ** * *
762174 TTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGATTCAGCAAACAGATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATT
* *
762238 TTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCATAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAAA-
65 TTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATT-T-AAAT
* * * * * * * **
762301 AA-CTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAA
125 AAGATTGTATGATCTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTAATAATGA
* * *
762354 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATATATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
762419 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAA-A
66 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTT-AAATAAGA
* * ** *
762479 CTTATATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAATGA
129 -TTGTATGATCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTAATAATGA
* * * * **
762530 TTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACTA-ATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TAGATTTATT
* * **
762594 TTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAG
65 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTAAATAAG
* * *
762659 ATTTTATGATCTAAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTA-AATGA
128 ATTGTATGATCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTAATAATGA
* * *
762709 TTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
* * *
762774 TTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
66 TTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATT-TAAATAA
* * * * ** *
762839 GTTTGTATGAACTAAAACAATTATTGTATGACTAAATTAAAGGTCAA-AATAA
127 GATTGTATGATCTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAGGT-AATAATGA
* * * * * * *
762891 TTTGAAATAGCTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTAATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
* * * * ** * *
762956 TTTAAATCTCTT-ATTA--AATTTTGGAATATTATTAGAATAGTATTATTTTTAGTCGAACAAGC
66 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTGAAATATTAATA-AATAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGA
* * *
763018 TTGTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGA
129 TTGTATGATCTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTAATAATGA
* * * *
763067 TTTGAGATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGG-AAA-ACGACTTTA
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATA-GA-TTTA
* *
763129 GTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAA-AAA-AGTATTATT
63 TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATT
763180 GATCATAATG
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 119, Indels: 66
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 23 0.03
176 188 0.28
177 66 0.10
178 17 0.03
179 68 0.10
180 177 0.26
181 63 0.09
182 69 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTAAATAAGATT
GTATGATCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTAATAATGA
Found at i:763276 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 763056--763303 Score: 399
Period size: 124 Copynumber: 2.0 Consensus size: 124
763046 AGAAAACAAA
*
763056 GATCATAATGATTTGAGATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGAAAA
1 GATCATAATGATTTGAGATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGAAAA
* *
763121 CGACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAAGTATTATT
66 AGACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAAGTATTATT
* * *
763180 GATCATAATGATTTGATATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTTGAAAA
1 GATCATAATGATTTGAGATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGAAAA
* * *
763245 TAG-TTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATT
66 -AGACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAAGTATTATT
763304 ATTTTATTTC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 9, Indels: 2
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 113 0.99
125 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (124 bp):
GATCATAATGATTTGAGATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTGGAAAA
AGACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAAGTATTATT
Found at i:763673 original size:843 final size:837
Alignment explanation
Indices: 762353--763957 Score: 1825
Period size: 843 Copynumber: 1.9 Consensus size: 837
762343 TGTTATAACA
* * *
762353 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATATATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGAAAATAGATATAGT
*
762418 TTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA
66 TTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAAAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA
* ** *
762483 TATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAATGATTTGAAATAGATAGTTAT
131 TATGCTG-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** *
762548 TCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
195 TCAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTAT
* * * ** * *
762613 TAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAGATTTTATGATCTAAAACAA
260 TAACTTTTCAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATCTAAATAAGATTGTATGATATAAAACAA
** * * * * * * *
762678 CTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTAAATGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACT
325 CAATTTTATGACAAAACAAATGATTAAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCAGAACG
* ** * * * * * *
762743 ATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGT
390 ATATGAACTTGTCGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
762808 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA-AGTTTGTATGAACTA-AAACAATT-ATTGTATGA
455 TAATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATACA-CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGATT-TATGA
* ** * * *
762870 CTAAATTAAAGGTCA-AAATAATTTGAAATAGCTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT
517 CAAAAAAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * *
762934 G-GTTTGGTAAACACATTAATTTTTTAAA-TCTCTTATTAAATTTTGGAATATTATTAGAA-TAG
580 GTGTTTAGAAAACACATTAATTTTTAAAATTCTCTTATTAAATTTTGGAATATTAATA-AATTA-
* * *
762996 TATTATTTTTAGTCG-AACAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGAT
643 TATTA-TTTTAGTCGAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * *
763059 CATAATGATTTGAGATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGAAAACGA
707 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTGATTTGGAAAACGA
763124 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAAGTATTATTGATCATAAT
772 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAAGTATTATTGATCATAAT
763189 G
837 G
* * * * * *
763190 ATTTGATATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTTGAAAATAGTTTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGAAAATAGATATAGT
* * **
763255 TTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATTATTTTATTTCTGATAA
66 TTTTAAATCTC----TTATTAATTCTTGAAATATTAAAAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAA
** * * *
763320 GTTTTTATGAACTG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTC-ATAACAACTTTG-AATAG
126 ACTTATATG--CTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGCAATAACAA-TTTGAAATAG
* * * **
763382 ATAATTGTTGAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTTAAAT
187 ATAATTATTCAAATAGCCATAAT-TATTTAAACTAATTTGGTAAACTA-ATTTA-TTTTTTAAAT
763445 CTCCTACCTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTAAATAA-ACTTGT
249 CTCCTACCTATTAACTTTTCA-AATATTAATAAAATAGTATTATTTT-ATCTAAATAAGA-TTGT
*
763508 ATGA-ATAGAAA-AA-AATTTTATGACAAAACAAAAT-ATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATT
311 ATGATATA-AAACAACAATTTTATGACAAAAC-AAATGAT--TAAATGATTTGAAATAAAAAATT
* * **
763568 GTTCAAATAGTCAGAACGATATGAATTTGCTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAAAAT-TTTTA
372 ATTCAAATAGTCAGAACGATATGAACTTG-TCGAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAATCTCATA
* *
763631 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTCCAAATACACTTGTATGAATAG
435 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATACACTTGTATGAATAG
* * * *
763696 ATACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
500 AAACAATTGATTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
763761 CATAGCTATTTGAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTCTTATTAATTTTTGGA
565 CATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAACACATTAATTTTTAAAA-TTCTCTTATTAAATTTTGGA
* * *
763826 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTA
629 ATATTAATAAA-TTATATTATTTTAGTCG--AAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
* * * *
763891 TGACACAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAA
691 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAA
763956 CT
756 CT
763958 TGTCCAGTAA
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (837 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGAAAATAGATATAGT
TTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAAAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA
TATGCTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATT
AACTTTTCAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATCTAAATAAGATTGTATGATATAAAACAAC
AATTTTATGACAAAACAAATGATTAAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCAGAACGA
TATGAACTTGTCGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATACACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAA
AAAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTT
AGAAAACACATTAATTTTTAAAATTCTCTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTT
TAGTCGAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTGATTTGGAAAACGACTTTAGTTT
TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAAGTATTATTGATCATAATG
Found at i:763985 original size:362 final size:363
Alignment explanation
Indices: 763255--764122 Score: 972
Period size: 362 Copynumber: 2.4 Consensus size: 363
763245 TAGTTTTAGT
* * **
763255 TTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAAGTATTATTATTTTATTTCTGATA
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAA-TATTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
763319 AGTTTTTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAACTTTG-AATAG
65 AGCTTATATGAACTAGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAG
* * * * *
763382 ATAATTGTTGAAATAGTCAAATCTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT
129 ATAATTGTTCAAATAGTCAAAGCTATTTAAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAATCT
* *
763447 CCTACCTATTAATTTTCATAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGA
194 CCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCAAAATAAACTTGTATGA
* * *
763512 ATAGAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATA
259 ACAGAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATA
* * * * *
763577 GTCAGAACGATATGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTT
324 GTCAGAACCATATGAACTTGCTCCATAAACAAATTCATTA
* *
763617 TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTCCAAATA
1 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
763681 CA-CTTGTATGAA-TAGATACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAG
65 -AGCTTATATGAACTAGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * *
763744 ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTTA-TTTTTAAAAT-
129 ATAATTGTTCAAATAGTCAAAGCTATTTAAACT-TGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAATC
* * * ** * * *
763806 T-TTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAAAATAAGCTTGT
193 TCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTAATC--AAAATAAACTTGT
* * * * * *
763869 ATGAACATAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
255 ATGAACAGAAA-AA-AATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTT
* * * * * *
763934 TAAATAGTTATAACCATTTGAACTTG-TCCAGTAAATAGATTCA-TA
318 CAAATAGTCAGAACCATATGAACTTGCTCCA-TAAACAAATTCATTA
* * *
763979 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAA
* ** * * *
764044 GCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAGCAATTTGAAATATAT
66 GCTTATATGAACTAGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
*
764108 AATTATTCAAATAGT
131 AATTGTTCAAATAGT
764123 TATGAGATTT
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 68, Indels: 30
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 36 0.09
360 3 0.01
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363 83 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (363 bp):
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTATATGAACTAGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCAAAGCTATTTAAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCC
TACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCAAAATAAACTTGTATGAAC
AGAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGT
CAGAACCATATGAACTTGCTCCATAAACAAATTCATTA
Found at i:764125 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 763190--764122 Score: 862
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 181
763180 GATCATAATG
* * * * * * * * * * *
763190 ATTTGATATCGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTTGAAAATAGTTTTA-G
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTAGTAAACAGATTTATT
* * *
763254 TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAAGTATTATTATTTTATTTCTG-A
66 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAA-TAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * * *
763317 TAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
129 TAAGCTTGTATGAACT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
763371 ACTTTG-AATAGATAATTGTTGAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTCTAGTAAACAGATTTA
** * * * *
763434 TTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-ATCTA
64 TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-G
* *** ** *
763497 AATAAACTTGTATGAA-TAGAA-AAAAATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACT
127 AATAAGCTTGTATGAACTA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * *
763551 ATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAGAACGATATGAATTTG-CTCGATAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTAG-TAAACAGATTTAT
* * * *
763615 TTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTCCAAA
65 TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAA
* * *
763679 TACA-CTTGTATGAA-TAGATACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACT
129 TA-AGCTTGTATGAACTA-A-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
763733 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTCTAGTAAACAGATTTAT
* * *
763796 TTTTTAAAAT-TTTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAA
65 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCG--
* * *
763857 AAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTCATAACG
127 -AATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
763914 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAACTTGTCCAGTAAATAGATTCA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTAGTAAACAGATTTATT
* *
763978 ATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
66 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * ** * *
764043 AGCCTATATGAACTAATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAGCA
131 AGCTTGTATGAACTAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* *
764095 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
764123 TATGAGATTT
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 96, Indels: 62
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 43 0.07
180 148 0.24
181 245 0.39
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183 44 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTAGTAAACAGATTTATT
TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATA
AGCTTGTATGAACTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
Found at i:764138 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 764095--764170 Score: 127
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
764085 GGTCACAGCA
*
764095 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATGA-G
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*
764129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATG
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1 ATTTGAA
764171 CTTATTCGAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 32 0.82
35 7 0.18
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Consensus pattern (35 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATG
Done.