Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 23775123 ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35 Warning! 69000 characters in sequence are not A, C, G, or T File 7 of 129 Found at i:879263 original size:143 final size:143 Alignment explanation
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* *** * * 904229 A-AAGTTACTTTATGACAAGACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAGAGT- 1 ACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC * * * * * * * 904292 AGTAACTATTTAAACTTGATCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATATCT-TACTTATTAATTTTT 65 A-TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCTACTTATTAATTTTT ** * * * ** * 904356 GGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTA-TTCCAAGTCAGCTTGTAAAAACATAA 129 AAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAA *** * * * * * 904410 ACAATTGTTTTGCAACAAAACAAAAGGTTATAA-CACTTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTT 1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC * * * * * * 904474 ATAACTATTTGTATTGGTT-AGTTCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CGT-TACTTATTAATTTT 65 ATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TCTACTTATTAATTTT * * ** * * * 904536 TAAGATATTAATAGATTAACATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATCAATAGAA 128 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAGAA * * * * * * * * 904591 ACAACTATTTTATGACAAAACAAATGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TT 1 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TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTC-CTACTTATTAATTTTTGA 66 TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCTACTTATTAATTTTTAA * ** * 905077 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAACAAGCTTGTATGATGAAAA 131 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAA * * * * 905129 ACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGC 1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC * * * * ** * * ** 905192 AATAATTATTTCAACTGATTCGATAAACTGATTTATTATTTAAATCTC-CAACTTAACAATTTTT 65 -ATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCTACTTATTAATTTTT * * * * * * * 905256 GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAGGAACTA-AA 129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAA * * * * * * 905310 A-AATTATTTTATG--ATAA-AAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCA 1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA * * * * 905371 TAACTA-TTGAACTTGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTTAAA-CT-TCTTACTTATTAATTTTT 66 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ATTAA--TTT--AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGAATGATTTGA 129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA--ACA * ** * ** * ** * * * * * * * * 910574 AATAGATAATTGCTCATATAGTC-TTA-AATATTTGA-ACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTT 190 AA-A-ACAATTG-TTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TG-AAATAGA-TAATTATT * * ** * ** * ** * * 910636 TAATTTTC-TAAGT-TATT-AA-TTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT--AT-T-TTG 248 CAAATGGCATAACTAT-TTGAACTGATTCG-ATA--AACAAATT--TATT-TTTTAAATCTCTTA ** *** * * * * ** * *** *** * 910693 GATAAGCATGTATGAACAAAAAT-AATT-GTTTTATGGCAAAGC-AA-AAGCTTA 306 CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTG * * ** * * * * *** * * 910744 TAACGATCTTAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATATATTTGAATTAGTTCAGTAAACAGATTT 1 T-ATGA--AT-AG-AAACAATTATT---TTA-TGACA-A-AACAA-AAGGTCA-T-AAC-GATTT ** * * ** * ** * * ** * 910809 -ATTTTTGA-AATCTCTT-ACTTA-T--TAA-TTTTTGAA-AGAAT-AATAAGTTAGTATTATTT 51 GA-AATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAA-ACAG-ATT-TAT * ** * ** *** ** * ** 910865 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* * 909103 ATTAGTATTA--TTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA 188 ATTAGTATTATTTTTTATTT---ATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACA * * * * * * * * * 909166 AAAGATCATAGTGATTTGGAATAAATAATTGTT-AAGTAGTCATAACTATTTGAACTCGCCTA-G 250 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTGGACTAG-TTAGG * * * 909229 TAAATA-AATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A 313 TAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGA * * * * * * ** 909271 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATAAATAGAAAAAATTGGTTTA 1 -AATATTAATAAATT-CTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTA * * * * * * 909336 TAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAA 64 TAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAA * ** * * * * ** * 909401 -TGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAT 129 CT-AGTTCAGTAAACAGATTT-TTTTTTAAATCTCT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAGA- ** * ** * * * * 909465 TTA-TATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAA 189 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* * * * 914848 AAATTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTA 1 --ATTTA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTA * * * 914912 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT 63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT * * ** * * 914977 AAGATTGTATCATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC 128 AAGCTTGTATGA-ATGAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT-AC 915030 AATTTGAAATAGATAAT 1 -ATTT-AAATAGATAAT 915047 CATCAAATGG Statistics Matches: 3383, Mismatches: 687, Indels: 455 0.75 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 166 37 0.01 167 16 0.00 168 45 0.01 169 131 0.04 170 14 0.00 171 11 0.00 172 69 0.02 173 175 0.05 174 96 0.03 175 162 0.05 176 71 0.02 177 135 0.04 178 69 0.02 179 464 0.14 180 661 0.20 181 608 0.18 182 371 0.11 183 239 0.07 184 6 0.00 185 2 0.00 186 1 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (178 bp): ATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTT 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AAATAAAATGTCATAATGATTTCAAACAAATAATAGTTTAAATGGACGTGACTGTTTAAACTTAT 570 AAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT * * * * * * 920058 TTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGT 634 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTAGT * * * * * * * *** **** 920122 ATTATTTTATTTCAAATAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTA----ATAAGAGATTTATTTTTT 698 ATTATTTTA-ATGAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTT * *** * ** ** * ** ***** 920183 GAACTCTCTCGGTAAATAGATTTAT-TT-----TTTAA-ATCT-TTT--ACTT-ATTGATTTTTG 761 AAAGAAT-T-TG-AAATAGATAAATGTTCAAAGAGTAACAACTATTTGAACTTGATCAATAAACA * ** * * * *** * ** * 920237 GAATT--TTAATAAAT-T---A-GTAT-TA-TTTT--ATTCGAAATAAGCT--A-TTATGAACAA 823 GATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGATTTATG-TTAT ** * * * 920288 AACCAAT-AGG 887 TTCGAGTAAGC * * * * * * * 920298 TT-TATG--ACA-AAACAA--A----A-GGT----CATAACG-----AT--TTGAAAT-AGATAG 1 TTGTACGATACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAA ** * * * * * ** 920340 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGA-AAATAAATTTATTTTTAAGATTTTTAC 66 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCTAC * * * * * * 920404 TTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTTA-AATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAATA 130 TTATTAATTTTTAGAGTATTAATAGAA--TAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCATGTATGAATA * * * * * * * * 920467 GAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG 192 GAAACAATTATTTTAT-AAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAG * * * ** * * * * * * 920531 TCAAAACTATTTGAAATATTTTAGTAAATAGATTC-TTTTTTAATTGTTTTACTCATTAATTTTT 256 TCATAACTATATGAACTCGTTTAATAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTA-TCATTAATTTTT ** * * * * ** ** 920595 GGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTA--AAGCAAACTTATATAAACTGAAACAATTATTT 320 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAA-CAAACCTATATGAACAAAAACAATTGGTT ** * * * ** * * * ** 920658 TATTACAAAAGAAAAAGTCATTATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTG 384 TAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAGTCAAGTAGTTA-GACTATTAC * * * * * *** 920723 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TTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGATC-GAACCA 693 TTAGTATTATTTTA-ATGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGA-CAAAACAA * * * * ** * * * * 921926 AAGGTTATAATG-ATTTGAAATATG-CAATTATTCAAATTGTCATAATTATTTAAAC-TGATTCA 755 AAGCTTA-AA-GAATTTGAAATA-GATAAATGTTCAAAGAGTAACAACTATTTGAACTTGA-TCA * * ** * * * * * 921988 ATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGACTAATAAATTA-CTAT 816 ATAAACAGATTTA-GTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGAT-T * * * * * 922052 TATTTTCTTTTGAATAAAC 879 TATGTTATTTCGAGTAAGC * ** * * * * ** * * * * * 922071 ATAAATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATTGGTAA 1 TTGTACGATACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAA * * * * * * * 922135 TTGTTGAAATTG-CAATAATTATTTGAACTGATTTCG-TAAACAAATTCACTTTTTAAATCTCTT 66 TTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCCT * * * * * 922198 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATAATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATGAAT 128 ACTTATTAATTTTTAGAGTATTAATAGAA-TAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCATGTATGAAT ** * * * * * * * * * * 922262 TCAGACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATA 191 AGAAACAATTATTTTAT-AAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACA * * * * * ** * * * 922327 GTCATAACAATTTGAATTTGCTTGGTAAACAAATTC--ATTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTT 255 GTCATAACTATATGAACTCGTTTAATAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTT-ATCATTAATTTT * * * * * * * * * * ** 922389 TGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT-TTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTTTT 319 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGA-ACAAACCTATATGAACAAAAACAATTGGT * * ** * * * * * 922453 TTATGTCAAAACAAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATCATTAT 383 TTAAGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAG-TCAAGTAGTTA-GACTAT ** * * * * * * ***** * * 922517 TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTCCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATGTA 445 TACAACTTGTTCGATAAAAAAATTTATTTTT-TAAATC-TCTTACTTATTAATTGCCAAAATATT * * * * * * * * * * 922581 AATAAATTTAGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACA-AA-TATTTTATGACT 508 AATAAATTAATATCA-TTTAATTCAAATAAGATTGTATGA-A-CAAAAATAATTATTTTATGACA * * * * * * ** * * * * 922644 AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATTAATAATTATTTTAATAG-CTTTAGCTATTTGAATTGG 570 AAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGA * * * * * * * * * * 922708 CTCGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAAGATTAATAAATTAC 633 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAG * * * * * * * * * * * 922772 CATTATTTTATTTTG-AATAAACATATAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGG 697 TATTATTTTA--ATGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGC * * * * * ** * * * 922835 TAATAATG-ATTTGAAATTGATAACTTTTGAAATG-GCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAA 759 T--TAAAGAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAA-GAGTAACAACTATTTGAACTTGA-TCAATAA * * * * * * 922897 ACAGACTCACTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG-TATTATT 820 ACAGATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAACTAGAT-TTATG * * 922956 TTATTTTGATTAAGC 883 TTATTTCGAGTAAGC * * * * * * * * * * * * 922971 GTGTATGAATTCAG--ACAATTGCTTTTATGAGAAAATAAAAGGTTACATTGATTTTAAATGGAC 1 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* * * * * 925668 TCGTATGAATTC--AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCACAATGATTTTAAATAGAC 1 TTGTACG-ATACAGAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGAT * * * * * * * * 925731 AATTGTTTAAATAGTTATAACAATTTGAATTTGTTCCG-TAAACAAATTTA--TTTTAAACTCTT 64 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCT * * * * * ** * * 925793 GCTTATTAATTTTT-GAATTATTAAAAGATTAGTTTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC 128 ACTTATTAATTTTTAG-AGTATTAATAGAATAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCATGTATGAA- * ** * * * * 925857 T-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT 190 TAGAAACAATTATTTTAT-AAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAC * * * * * * * * * * 925921 AGTCATCACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAAT 254 AGTCATAACTATATGAACTCGTTTAATAAACAGATTCATATTTT-AAATC-TCTT-ATCATTAAT ** * * * * ** 925985 TTTTTGAATGTTAATAAATTTATATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCCTATAAGATA-TGAAACAA 316 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACA-AA-CCTATATGA-ACAAAAACAA * ** ** * * ** * * 926047 ATATTTTATA-ATTAAACGAAAGGTCAGAATGATTTGAAATTA-ATAATTATTTTAA-TAGCTTT 378 TTGGTTTA-AGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTA-GTCAAGTAG--TT *** * * * * * **** 926109 AG-CTATTTGTA-TTGGCTC-AGTAAACACATTTATTATTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG 438 AGACTATTACAACTT-GTTCGA-TAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGCCA * * * * * * * * * ** ** 926171 AAGTATTATTAAATGAGTATTATTTTTAA-CCAAATAAGCTTTTACGATTAGAAAA-AATTGGTT 501 AAATATTAATAAATTAATATCA--TTTAATTCAAATAAGATTGTATGAACA-AAAATAATTATTT * * * * * * * ** * 926234 TCTGACAAAACAAATA-TCTTAATGACTTCAGATTAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG 563 TATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGA-AAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG * ** * ** * * * 926298 AACTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATT-TTTGAAATATTAATA 627 AACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTGTCT-AAATATTAATA * * * * 926362 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAAC 691 AATTAGTATTATTTTA-ATGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAA-AATTATTTTATGACAAAAC * * * * * * * * 926425 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* * * * * * * * * * 926823 TAATCTTAACCATTTGAACT-GATTCAACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAT 253 CAGTCATAACTATATGAACTCG-TTTAATAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTA-TCATTAAT * * ** ** * * * 926887 TTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTA-GAA-AAAGATTGTTTGAA-TAAAACAAT 316 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTATGAACAAA-CCTATATGAACAAAAACAAT * * * * 926949 TGTTTTACA-ACAATGGA-AAAAGGTCATAACAATTT-AGAACAGATAA-TCGTTCATA-TAGTC 379 TGGTTTA-AGACAA--AACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTAG-TCA-AGTAG-- ** * * ** * * * * ** * 927009 TTA-ACTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTT-TC 436 TTAGACTATTACAACTTGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTGCC * * * * ** * * ** ** * * 927072 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGGACCAATTGTTTG 500 AAAATATTAATAAATTAATATCA-TTTAATTCAAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTATTTT * * * * * * * 927137 ATGACAAAATAAGAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATATTCAAAACTATTTGA 564 ATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA * * * * * * * * * * * 927202 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* * 927599 TTATTAATTCTT-GAAATATTAGTA-AATTAGATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTCTAT--AT 130 TTATTAATTTTTAG-AGTATTAATAGAA-TAG-TATTATTTTATTT-AAATAAGCATGTATGAAT * * * * * ** * * * 927660 TGAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAA 191 AG-AAA-CAATTATTTTAT-AAAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA ** * * * * * 927725 ATGGACAT-A--AT-T--A-----TT--TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAACT 252 ACAGTCATAACTATATGAACTCGTTTAATAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTATCATTAATT * * * * * * * ** 927774 TTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTCAAACAATT- 317 TTTAAAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTATGAACAAACCTATATGAACAAAAACAATTG * ** * * * * * * 927837 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATT-GTTTAAATAGTCATTACTA 381 GTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAG-TCAAGTAGTTA-GACTA * * ** ** 927901 TTTA-AA-TTGGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTCTAATCTCTTGGTTATTAATTTTTC-AAA 444 -TTACAACTT-GTTCGA-TAAAAAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTGCCAAAA * * * * * ** * * 927962 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* * 931374 ACAGAAACAATTATTTTGTGACAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAGATAGATAATTATTTAAA 189 ATAGAAACAATTATTTTAT-AAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA * * * * * * * * * 931438 TAGTCATAATTATTTGAA-TTGATCTAGTAAATAGATT--TAGTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA 253 CAGTCATAACTATATGAACTCG-TTTAATAAACAGATTCATA-TTTTAAATCTCTT-ATCATTAA * * * * * * **** * ** 931500 TTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTACTATTTTATT-TCGAATAGGTTTTTATGAACTGAAACAAT 315 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-GAACAAACCTATATGAACAAAAACAAT ** ** * ** ** * * * * * * 931564 TATTTTTTTGACAAAACAAAAGTTTGTAA-TGTCTTTAAATAAAAAATT-GTTCAAATAGTCAAA 379 T-GGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTAG-TCAAGTAGTTAGA ** * * * * *** 931627 TCTATTTTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAA 441 -CTA--TTACAACTTGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTGCCAA * * * * * * ** * ** * 931692 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTACATAAACTGAAATAATTGTTTTAT 502 AATATTAATAAATTAATATCA-TTTAATTCAAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAT * * * * * * * * * 931757 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* * * * * * * ** 933290 TTTGAA-GTTAGTAAGTTTGGATTATTTTGTTTTTAATAAGCCTATAAGATA-AGAAATAAATAT 318 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACCTATATGA-ACAAAAACAATTGG * * * * * * * 933353 TTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGGAATAGATAATTATTCCAA-TAGTTTTA-ACTA 382 TTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAGT-CAAGTAG--TTAGACTA * * * * * *** * 933416 TTTA-AA-TTGGTTTGACAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT 444 -TTACAACTT-GTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGCCAAAATAT * * * * * * * * 933479 TATTAAATTAGTATTATTTTTAA-CCGAATAAG-TTCTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGAC 507 TAATAAATTAATATCA--TTTAATTCAAATAAGATTGTATGA-ACAAAAATAATTATTTTATGAC * * ** ** *** * * * * * 933541 AAAACAAAGA-TTTTAGTGATTTGAGATTGAGAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTGG 569 AAAATAAAAAGTCATAACGATTTGA-AAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA ** * * * * * * 933605 TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATAATAATAAATCAG 633 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAG * * * * * * 933669 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* 936699 TACTCATTATTTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGC-TATATGAA 127 TACTTATTAATTTTTAGAGTATTAATAGAATAGTATTATTTTA-TTTAAATAA-GCATGTATGAA * * * * * ** * * * 936763 TTGATACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTACTT-AAA 190 TAGAAACAATTATTTTATAA-AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAA * * * * * * * * * * 936827 TAGTTATAAATATTTGAACTTGTTCAATAAACATA-TC-TATTTTTGAAATCTTTTGCTTATTAA 253 CAGTCATAACTATATGAACTCGTTTAATAAACAGATTCATA-TTTT-AAATCTCTT-ATCATTAA * * * * *** * * * * * * * 936890 TTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAATAATT 315 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACCTATATGAACAAAAACAATT * * * * * * * 936955 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-AGTAATT-GTTCAAATAGTTATAAT 380 GGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTAG-TCAAGTAGTTA-GAC ** * * * * * * * * * * 937018 TATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATAGTCTAAATAT 442 TATTACAACTTGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGCCAAAATAT ** * * * * * * * * 937083 TAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAA-ACATGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTTTGAT 507 TAATAAATTAATATCA-TTTAATTCAAATAAGA-TTGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGAC * * * * * * 937146 AAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT-AGACTT 569 AAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC-T * * * * * 937210 G-TTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATT-T-TAAGAATATTAATAAAT 631 GATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTGTCT-A-AATATTAATAAAT ** * * * ** * * 937272 TAG-ATTTATGTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAAAAAAAAAACAATTGCTTTGTG-CTAAAAT 694 TAGTA-TTAT-TT-TAATGAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAAA-AATTATTTTATGAC-AAAAC * * * ** * * * * * 937334 AAAAGGTCATAAGTATTTGAAATAGATATTTGTTCAAA-CGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAG 753 AAAAGCTTA-AAGAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAAGAGTAACAACTATTTGAACTTGATCA- * * * * * * 937397 GCT-AACAGGTTTA-TTTTCTAAA--TGC-A-TTA-C--TTATT--AATTTTCAT-AAC----TT 816 -ATAAACAGATTTAGTTTT-TAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGATT * 937446 TA---T-TTT-GAATAAGAC 879 TATGTTATTTCGAGTAAG-C * * * * ** * ** * * * 937461 -TGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAAAGAA 1 TTGTACGATACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAA * * * * * 937523 TTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGATC-TAGTTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT 66 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCCT * * * * * * * * * * * * * * 937586 ACTTCTTAGTTTTCAAAATATGAATA-AATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAAC 128 ACTTATTAATTTTTAGAGTATTAATAGAA-TAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCATGTATGAAT * * * * * * * 937650 A-AAAGAAATTTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA 191 AGAAA-CAA-TTATTTTA-TAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA * * ** * * * * * * * * * 937714 TA--CACAGTTATTTGAACTGGTTTGACAAATA-ATT--TTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATT 253 CAGTCATAACTATATGAACTCGTTTAATAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTA-TCATTAATT * * ** * * * ** * 937774 TTTGAAATATTAACAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAA-TAAGTTACTAAGAA-ATGAAAA-AAT 317 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAACCTA-TATGAACA--AAAACAAT * * * * 937836 T-GTTATACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATT-GTTCATA-CAGCCTT 379 TGGTT-TAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTAG-TCA-AGTAG--TT ** * * * * ** 937898 A-ACTATTTGAAC-TGATT-TAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTT-TT 438 AGACTATTACAACTTG-TTCGA-TAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTGCC * * * * * ** * * * * 937959 AGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTGTATGAATAGAAATAATTGTT 500 AAAATATTAATA-AATTAATATCA-TTTAATTCAAATAAGA-TTGTATGAACAAAAATAATTATT * * * * ** * 938022 TTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAAATATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTT 562 TTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAAAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT * * * * * * * 938087 GAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAGT 626 GAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTGTCT-AAATATTAAT * * * * * 938151 AAATTAAT-TGTATTTTATTCTG-AATAGGCTTATATG-AT-GAAAAATAATTGTTTTATGACAA 690 AAATTAGTAT-TATTTTA--ATGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTATTTTATGACAA * * * * * * 938212 AACAAAAG-TTCACAATG-ATTTTAAATATATAATTATTTAAATGACCGT---AATTATTTGAAC 750 AACAAAAGCTT-A-AA-GAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAA-GA--GTAACAACTATTTGAAC ** * * * * 938272 -TGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAGATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTGAT-AA 809 TTGA-TCAATAAAC-AGATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAA * * * 938334 GTA-ATGTTATTTTATTTCGAATAAGC 872 CTAGAT-TTATGTTATTTCGAGTAAGC * * * * * **** * * * * 938360 TTCTATG-CACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAACCATAATGATTTTAAATATACA 1 TTGTACGATAC-AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATA * * * * * ** * * 938423 ATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACTGAGTTATTTTTTTAATT--T-C 65 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCTAC * ** * ** * * * 938485 TTGCTT-A---TTA-A-T-TTCCTA-AATATTATTATTTTACTTGGAATAGGCATGTATTAGCTA 130 TT-ATTAATTTTTAGAGTATTAATAGAATAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCATGTATGA-ATA * * * * * * * * 938542 -AAAAAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAA-AAAAAATTGTTCTAATAG 192 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TTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTCTGAA 315 TTTTTAAAATATTAATAAATT-AATATTATTTTATTATGAA 940501 TAAGCTAGTA Statistics Matches: 16613, Mismatches: 3957, Indels: 2839 0.71 0.17 0.12 Matches are distributed among these distances: 847 4 0.00 848 35 0.00 849 102 0.01 850 66 0.00 851 103 0.01 852 101 0.01 853 57 0.00 854 76 0.00 855 13 0.00 856 3 0.00 859 2 0.00 860 2 0.00 861 7 0.00 863 4 0.00 864 6 0.00 865 2 0.00 866 8 0.00 870 1 0.00 871 4 0.00 872 7 0.00 873 5 0.00 874 6 0.00 875 9 0.00 876 34 0.00 877 70 0.00 878 12 0.00 879 67 0.00 880 187 0.01 881 123 0.01 882 225 0.01 883 321 0.02 884 85 0.01 885 340 0.02 886 371 0.02 887 119 0.01 888 213 0.01 889 115 0.01 890 152 0.01 891 216 0.01 892 231 0.01 893 356 0.02 894 665 0.04 895 1164 0.07 896 474 0.03 897 656 0.04 898 916 0.06 899 611 0.04 900 874 0.05 901 1698 0.10 902 1306 0.08 903 1013 0.06 904 696 0.04 905 468 0.03 906 128 0.01 907 186 0.01 908 73 0.00 909 185 0.01 910 155 0.01 911 30 0.00 912 8 0.00 913 15 0.00 914 62 0.00 915 53 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TCCAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAA-AAATTGTTTTATAACAAAAAAAAATGTC---A--ATTT ** * * ** * * 926082 GAAATTA-ATAATTATTTTAATAGCTT-TAGCTATTTGTA-TTGGCTCAGTAAACACATTTATTA 120 GAAA-TAGATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATT- * * * * ** 926144 TTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAGTATTATTAAATGAGTATTATTTT-TAACCAAATAA 181 TTTTAA-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAA * * * * * * * * * * * * 926208 GCTTTTACGATTAGAAAAA-A-TTGGTTTCTGACAAAACAAATA--TCTTAATGACTTCAGATTA 243 ACTTATATGA--ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAA * * * * * * * * 926269 GTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAACATAT 305 ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATT-AGATAAACAAAA * * * 926318 TTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA * * * * 926383 AATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAA 66 AATAAGCTTGTATGAATGAAAAA-A-TTGTTTTATAACAAAAAAAAATGT--C-A--ATTTGAAA * * ** * * * ** * 926447 TAGATAATCATTCGAACGGCTATAATTATTTTAAC-TAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAG 124 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAA- * * * * * * ** * * 926511 CTCTCACTTATTAA-TTTAGTAAGTACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTA 187 ATCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATA * * * * * * * * * * * * * 926575 TTAACTAAAACAATTGTTTTATGTCTAACCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACATTTGTTC 250 TGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC * * * * * * * * * 926640 AAATAATAATAACTATTTGAACTTG-TTCGTTAAATAGAT 315 AAATAGTCATAATTATTT-AAATTGATTAGATAAACAAAA * * * * * * 926679 TTATTTTTTAAATCTCTTTCTTACTAATTTTT-TAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTCTA 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA * * * * * * * * 926743 AATAGGCTTGTATGCACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTCAAAT 66 AATAAGCTTGTATG-AATGAAAAAATTGTTTTATAACAAAAAAAAATGT-----CAATTTGAAAT * * * * ** * * * 926808 AGATAATTGTTCTAATAATCT-TAACCATTTGAAC-TGATTCAACAAAAAAATTTATTTTTTAAA 125 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* * 927233 TCTCTTAATGATTATTTTTCTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTAT 188 --TCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTAT * * * * * * 927298 ATTAACAAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT 249 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATT ** * ** * * * *** 927363 CATGTAGTC-TTATTATTTGAGCTAGTTTAG-CAAA-TGGA 314 CAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGATTAGATAAACAAAA * * * 927401 TT-TTTTTTAAAAATTTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT 1 TTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT ** * * * * *** 927464 CTGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGA 63 CCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAATTGTTTTAT-A-ACAA-AAAAAAATGT--CAATTTGA * * * * * * * 927529 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA 122 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA * * * ** * 927593 AAAC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTCT 186 AATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTAT ** * * * * * * * * * 927656 AT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTG 249 ATGA-ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTA * * * * 927720 TTTAAATGGACATAATTATTT-AA---ACT-GAT-------- 312 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTAGATAAACAAAA * ** 927749 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTT 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCC ** * * * * * * * * 927809 GGATAAACTTTTATGAACTCAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA 65 AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATAACAAAAAAAAATGTC---A--ATTTGAAA * * * * * * * * * 927873 TTGATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTT-AAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCTA 124 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTT-TA * ** * * * * 927937 ATCTCTTGGTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTG 186 A-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTA ** * * * * * * * * 928001 TATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATTAAA-AATTA 248 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-TAAATAATTA * * * * * * 928065 TTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTG----GTTCAAC-AAA 312 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTAGATAAACAAAA * * 928102 TACATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT 1 T-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T * 928161 CCAAATATGCTTGTATGA 63 CCAAATAAGCTTGTATGA 928179 TCAAAAATAA Statistics Matches: 5841, Mismatches: 1378, Indels: 799 0.73 0.17 0.10 Matches are distributed among these distances: 337 1 0.00 339 5 0.00 340 4 0.00 341 2 0.00 342 59 0.01 343 65 0.01 344 7 0.00 345 40 0.01 346 48 0.01 347 30 0.01 348 2 0.00 349 6 0.00 350 1 0.00 351 60 0.01 352 3 0.00 353 8 0.00 354 77 0.01 355 256 0.04 356 202 0.03 357 186 0.03 358 810 0.14 359 610 0.10 360 917 0.16 361 949 0.16 362 746 0.13 363 604 0.10 364 116 0.02 365 18 0.00 366 3 0.00 367 1 0.00 368 4 0.00 369 1 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42 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Indices: 920193--941227 Score: 5804 Period size: 721 Copynumber: 29.1 Consensus size: 715 920183 GAACTCTCTC * * * * * 920193 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTTTTGGAATT-TTAATAAATTAGTAT 1 GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA-CTCTTCCTTATTAATTTTT-GAATTATTAATAAATTA-TAT * * * * 920257 TATTTTATTCGAAATAAGCTAT-TATGAAC-AAAACCAA-TAGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC 62 TATTTTATT-TAAATAAGCT-TGTATGAACTGAAA-CAATTA-TTTTATGTCAAAACAAAAGGTC * * * * ** * * * * * 920319 ATAACGATTTGAAA-TAGATAGTTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAAT 123 AGAATGATTTGAAATTA-ATAATTATTTTAATAGCT-TTAACTATTTGAATTG-GCTCGGTAAAC * * * * * 920381 AAATTTA-TTTTTAAGATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA 185 ACATTTATTTTTTAA-A-TCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTACTATTATTTTA ** ** * * * * ** * * 920444 TTTGGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAATGTTTT 247 TTTCAAATAAGCTTATATG-ATAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTT * * * * * * ** * * 920508 GAAATAGATAATTGTTT-AGATAGTCAAAACTATTTGAAAT-ATTTTAGTAAA-TAGATTCTTTT 311 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TCATAACTATTCGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTT 518 CCATAATTATTTGAAC-TGATTCGTAAACAAATT--TATTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTT * * * * ** * 929523 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCCTATATTAACAGATACAATTGTTT 579 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAG-CTAAGCTTGTATGAACTCAAACAATTGTTT ** ** * * * * ** * 929587 TATGATGAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGTCAATTTG 642 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG * 929652 AACTTGTTC 707 AACTTGTTT * * * * * ** ** 929661 AGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAACATTAATAAATTAATATT 1 GGTAAACAAATTTATTTTT-AAA-CTCTTCCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATT-ATATT * ** * * ** * * * * 929726 ATTTAAATCCAAATAAGCTTCTATAAACAAAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA-GTCATA 63 ATTT-TATTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAA-AGGTCAGA * * * * *** * * * * 929790 ACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAACTAG-TCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAATAGAG 126 ATGATTTGAAATTAATAATTATTTTAA-TAGCT-TTAACTATTTGAATTGGCTCGGTAAACACAT * * * * * ** * * 929853 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* * * * * * 936314 AATAGATTTATTTTCTAACTCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTACTATTT 182 AACACATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTT * * * * * * 936379 TATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT-TATGACAAAACAAAAAGTCATAACT- 245 TATTTCAAATAAGCTTATATG-ATAAAAACAATT-GTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA-TG * * * * * * * 936442 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGA-AAA-TAAATTTA 307 ATTTGAAATTGATAATTTTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACT--ATTTA * * * 936505 TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT-A-AAA--AGT-TT-TTATTATTTTATT 369 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTATT * * * * * ** ** * 936563 CCAACCAAGCTTGTGTAAAT-AGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTG 433 TCAA-TAAGCATGTAT-GATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTG * ** * * * * 936627 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTTGGAAA-ATAGTTTCATTTTT 496 AAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGTAAACA-AATTT-A--TTT * * * * 936690 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--T-TTTGAACAACCTTGTATGATAAAAAAAAATTTGTTATATAACTAAATGAAAGGTAATAACA 427 TTTATTTCAATAAGCATGTATGATCAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATG * * * * * * * * 940928 ATTTGAAATAGGTAATTGTTGAGATGGCCATAATTATTTCAACTGATTTAGCAAACAGATTCACT 491 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTGA-TTCGTAAACAAATTTA-- * * * * 940993 TTTTAAA-TC--ACTTATTAATTCTTCACATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAA 553 TTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAG-CTAA * * * * ** 941054 GCTTGTATCAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACA 616 GCTTGTATGAACTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACA * ** * 941119 ATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTT 681 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT * * * * 941154 GGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTATTATT 1 GGTAAACAAATTTA--TTTTTAAACTCTTCCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTA-TATT 941219 ATTTTATTT 63 ATTTTATTT 941228 TGGATAAGCT Statistics Matches: 15784, Mismatches: 3243, Indels: 2567 0.73 0.15 0.12 Matches are distributed among these 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Indices: 941456--941849 Score: 480 Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181 941446 TCGCAAGCAC * * * 941456 ATTTATTTGTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATCATTAAATTAGTATT-TTTT-TT 1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAAT-AATAAATTAGTATTATTTTATT * * * 941518 AACAAAATAAGCTTCTACGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTT 65 -AC-AAATAAACTTCTACGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTT ** * * 941582 GAGATTA-ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTAT-TTGAACTGATTCAATAAATAT 128 GAGA-TAGATAATCATTCAAAT-GCCCATAACTATATT-AACTGATTCAATAAATAG * 941636 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTT 1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTA * * * * * * 941701 CAAATAAACTTGTATGATCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAT 66 CAAATAAACTTCTACGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAG * * * 941766 ATAGATAATCATTCAAATGCCCATCATTATATTAACTGATTCAGTAAATAG 131 ATAGATAATCATTCAAATGCCCATAACTATATTAACTGATTCAATAAATAG 941817 ATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTT 1 ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTT 941850 CAAAAATATT Statistics Matches: 185, Mismatches: 20, Indels: 16 0.84 0.09 0.07 Matches are distributed among these distances: 180 91 0.49 181 72 0.39 182 22 0.12 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.43 Consensus pattern (181 bp): ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTA CAAATAAACTTCTACGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAG ATAGATAATCATTCAAATGCCCATAACTATATTAACTGATTCAATAAATAG Found at i:942525 original size:180 final size:181 Alignment explanation
Indices: 942148--943187 Score: 642 Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 181 942138 TTGTTTTACA * * * * * * * * 942148 ACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATCGATAATAGTTCGAATGGACATGACTATTTGAAC 1 ACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT * * * * * 942212 TTGTTC-GTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATT 65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTAACTTATTAATATTTAGAATATTAAAAAATT * * * ** 942276 AGTATTATTTTATTTCGCATAAACTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTTATG 130 AGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATG ** * * 942328 ACAAGGCAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT 1 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT * * * * * 942393 TGCTCAGTAAACAGATTTACTATTTT-AATCTTCT-ATTTATTAATATTTGGAATTTTAAAAAAT 66 TGTTCAGTAAATAGATTTA-TATTTTAAATC-TCTAACTTATTAATATTTAGAATATTAAAAAAT * * * 942456 TAGTATTGTTTTATTCCTAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA-TAATTTATG 129 TAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATG * * * * * 942508 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGTTAATTGCTGAAATAGTTATAACTATTTGAATG 1 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT * * * * * * * 942573 TGTTCAGAAAATAGATTTGT-TTTTAAAAT-TTTAAATTATTAAT-TTTTGTAATATTAATTAAT 66 TGTTCAGTAAATAGATTTATATTTT-AAATCTCTAACTTATTAATATTTAG-AATATTAA-AAAA ** ** ** * ** 942635 TTA-TATTATTTTATT-CGAAATATGCTTGCAACAATAGAACCAATTGTTTTATG 128 TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATG * * * ** * * * 942688 ATAAAATAGAAGGCCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGCTT-ATATAGTCATAACTATTCGAA 1 ACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA ** ** * * * * * * * 942751 CATGTTTGGTAAACAGATTAAT-TTTTAATTCTCTTACTCATTAGT-TTGT-GAATATTAATAAA 64 TTTGTTCAGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTAACTTATTAATATT-TAGAATATTAAAAAA * * * * 942813 TTAATATTATTTTGATT-C-AAAAAAGCTTATT-TGAACT-GAAACAATTATTTTATT 128 TTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAA-CTT-TTATGAA-TAGAAACAATTAATTTATG * * * * * * * * * * 942867 ACAAAACCAAAGGTCA-AATGAGTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTTCAACT 1 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT * * * * * * * 942931 TGTTC-GATAAATATATTTAT-TTTTAAATTTTTTACTTATTAAT-TGTCCA-AATATTGATAAA 66 TGTTCAG-TAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTAACTTATTAATAT-T-TAGAATATTAAAAAA ** * * * * * * * * * 942992 TTAACATTATTTTAATCCAAATAACCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATA 128 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATG * * * * * * 943046 ACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACGATTTGAAC 1 ACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT * * * * * * * * 943110 TTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCT--AATATTAATAAA 65 TTGTTCAGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TAT-TTAGAATATTAA-AAA * 943173 TTTA-TATTATTTTAT 127 ATTAGTATTATTTTAT 943188 GCAAAATAAG Statistics Matches: 669, Mismatches: 155, Indels: 71 0.75 0.17 0.08 Matches are distributed among these distances: 177 3 0.00 178 89 0.13 179 159 0.24 180 289 0.43 181 114 0.17 182 14 0.02 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT TGTTCAGTAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTAACTTATTAATATTTAGAATATTAAAAAATTA GTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATG Found at i:942995 original size:179 final size:180 Alignment explanation
Indices: 942801--943200 Score: 489 Period size: 179 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180 942791 TTAGTTTGTG * * ** 942801 AATATTAATAAATTAATATTATTTTGATTCAAAAAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTATTTTAT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATCCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAT * * * ** ** * * * 942866 TACAAAACCAAAGGTCA-AATGAGTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTTCAAC 65 AACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCAAATAACCATAACGATTTCAAC * * * * * 942930 TTGTTCGATAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCCA 130 TTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCA * * * * * 942980 AATATTGATAAATTAACATTATTTTAATCCAAATAACCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTAT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATCCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAT * * * 943045 AACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACGATTTGAAC 65 AACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCAAATAACCATAACGATTTCAAC * 943110 TTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCT 130 TTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCA * * 943161 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATGCAAAATAAGCTT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATCCAAAA-AAGCTT 943201 GTTTAGTAAA Statistics Matches: 183, Mismatches: 35, Indels: 4 0.82 0.16 0.02 Matches are distributed among these distances: 179 69 0.38 180 60 0.33 181 54 0.30 ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.06, T:0.41 Consensus pattern (180 bp): AATATTAATAAATTAATATTATTTTATCCAAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATA ACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCAAATAACCATAACGATTTCAACT TATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCA Found at i:944097 original size:360 final size:352 Alignment explanation
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945795 ATGTTTTAGTTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA 1 ATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA * * * * * * 945860 TAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAA 66 TAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG * * * * * * 945924 ATAAGTGTTCAAATGGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAATAAACTAATTT 130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAA-AAATTT * * * * * * * * 945975 A-TGTTTACAATCTCTAACTTATCAATTTTT-AGAATATTAAAAAAGTAATATTATTTTATTC-G 1 ATTTTTTA-ATTCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA * * * * * * * * * 946037 GATAAGCTTTTATGA-ACTGAAACAGTTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTTAAA 64 AATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA * * * * * 946101 TAGATAATTGTCCAAAT-GTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA-TT 127 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAA-AAATTT * ** * * 946153 -TTTTTTAATT-TCTTACTCATTAATTTTTTTAGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA 1 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distributed among these distances: 174 4 0.00 175 1 0.00 176 99 0.07 177 130 0.10 178 151 0.11 179 203 0.15 180 377 0.28 181 283 0.21 182 91 0.07 183 4 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (179 bp): ATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA TAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAAAATTT Found at i:946364 original size:356 final size:360 Alignment explanation
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AAATATAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTTATAAATTAATATTAT 1 AAACATATATTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * ** 955895 TTTAATT-TAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCATAAC 65 TTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC * * * * * * * * 955959 AAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAACGATTTGAACTTGTTAGGT 128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGT * * 956012 AAACGA-AT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTAT 1 AAAC-ATATATTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT ** * * * 956073 TATTTTATTCAAAATAAGCTTAG-ATGAACAGGAAAA-AAAT-TTTTATGACACAACAAAAGGTT 62 TATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAA-A--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * * * * * * * ** 956135 ATAGCTATTTCAAATAGATAATTATTCATACAATCCTAATTATTTAAATTTGTTAAGT 123 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGT * * * 956193 AAACA-A-AGTCATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAA-TTTTGCAATTATTAATAAATTAGTAT 1 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* 955831 AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTTATAAATTAATATTATT 1 AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT * * * * * * ** * 955896 TTAATTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCATAACAA 65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA * * ** * * * * 955961 GTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAACGATTTGAACTTGTTAGGTAAAC-GAATTTATT 130 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAACAG-ATTTATT * * *** 956025 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAAT 193 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT * * * * * * * * 956088 AAGCTTAG-ATGAACAGGAAAAAAAT-TTTTATGACACAACAAAAGGTTATAGCTATTTCAAATA 256 AAGCTT-GTATGATCA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA * * * * * * * * * 956151 GATAATTATTCATACAATCCTAATTATTTAAATTTGTTAAGT 318 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGT * * * 956193 AAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAA-TTTTGCAATTATTAATAAATTAGTATTA 1 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* * * * 960110 AAACAAATTTATTCTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATCAGTATTAT 1 AAACAAATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * * 960174 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA 64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG * ** * * ** * * * 960239 ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATTGCTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGAATTATT 129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAACAGATTTATT * *** 960304 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA 193 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA * * * * * ** 960365 GCTTGAATGTTCAAATACACTTGTTATATGACAAAACAAAAGGCCATAA-TTTTTGGTAAATAGA 258 GCTTGTATGATCAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-G-AAATAGA * * * * * * * * 960429 TAGTTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACT-ATTTCAGC 320 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTT-AGT * ** * * * * * * 960469 AAATAGGTTTTATTTTTTAAATCTTCTTGC-TATCAATTTTTAAAATAATATTAAATTAGTATTG 1 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** * * * 966024 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGGTATTTAGAAAACATG-TTTA 128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAACA-GATTTA * * * * * * 966088 TTTGTTCAAT-TTTTACTTAATAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TGTTATTTTA-TTCGA 191 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG- * * * * * * 966149 AATAAGCTTTGCACGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTTATAA-TATTTGAAA 253 AATAAGC-TTGTATGATCAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * * 966212 TAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGT 316 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTAGT * * * * ** 966256 AAATAGA-TTAATTTTT-AATTCTCTTACTCATTCGTTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA 1 AAACAAATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA * * * * * * * 966318 TTTTA-TTTGAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGATTTATTATAAAACAAAAGATCACAA 63 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA * * * * * * * * 966382 TGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTT 127 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* * 968309 TAGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAA 191 T-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA * * * * ** 968374 TAAGTTTTTATGAAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAACAACTTT-AAAT 255 TAAGCTTGTATG--ATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAAT * * * 968437 GGATAATTGCTT-AACTAGTCA-AATCTATTTGAACTT-G-TTGGAT 317 AGATAATTG-TTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGGTTTAG-T * * * * * * * 968480 AAATAGATTTATATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATT 1 AAACA-AATT-TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT * * * 968544 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTCATA 62 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * * * **** * 968608 ACGATTTGCAATAAATAATTGTT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGCTCAACAAACACATT 126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGGTAAACAGATT ** * * * * * ** 968672 CCTTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGA 189 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* * * 969513 -AATTTGTTTATATAGTCAAAACTATTTGAACTT-G-TTCGAT 320 TAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTAG-T * * 969553 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT 1 AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT * * * * * ** ** 969618 TTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTA-ATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATA 65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG * * * *** * 969682 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATT 129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATT * * * * ** * * * * 969747 TTTAAAATATGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTACTAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAA 193 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA * * * * * * * 969812 GCTTGTTTGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATA 258 GCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA * ** * 969877 ATTTTTCAAATAGTC-TCAACTATTTGAATTTATTCAGT 322 ATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTGGTTTAGT * * ** * * * 969915 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Indices: 960666--964565 Score: 1731 Period size: 720 Copynumber: 5.4 Consensus size: 713 960656 AAATCTCCTA * * * 960666 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGTTTGTATGATGAA 1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGTTTGTATGAT-AG * * ** 960731 AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GA 64 AAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA * * * * * * * * 960795 CTATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACTAACTTGTTTTTAAAATTTTTAACTTATTAGTTTT 128 C-ATGATTATTTGAACTTG-TTCAATAAACGAACTTGTTTTTAAAATCTCTAACCTATAAATTTT * * * * 960859 TGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTGAGACAATTGTTT 191 TGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTGTTT * * * * * * * 960924 TATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTG 256 TATGATAAAACAAAAGATCATATTGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTAATAACTATTTG ** ** * 960989 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGGATGTTAATA 321 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* * * * ** * * * 964887 TTTGAA-T--T---GGTTCGGCAAGTACATTTATTTTTTAAATCTTTCATTAATTTTTGGAA-TA 383 AAAAAAGTCATAACGATT-TG-AAATA-AATAATTATTCAAAT-AGTCATGACTATTT-GAACT- * * * * * * **** * 964945 T-TAT--TAAA-TTAGTATTATTTTATCTAAATAAGCTTGT-GTGATGAAAAACAT-AATTATT- 442 TGTTTGGTAAACATA-T-TTATTTT-T-TAAAT---CTTTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTA * * ** * * * 965003 CT-AA-TAGTCTTA-ACT-ATTTGAAT-TGGTTCGGTA--AA-TA 499 ATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTT--GTATGAACAA * *** * *** * * * * * * ** * 965040 CATTTATTGTTTAAATCGTTCACTAATTTTTAAAATATTATTA-AATTAG-CAT-TATTTTTATT 1 AAACAATTGTTT-TAT-G---AC-AA--AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT ** * * **** * * ** 965102 TGAATAAG-CTTATATGACAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAATATCATGATGATTTAAGA 58 CAAAT-AGTCATAAAT-A-TTTGAAC--TTG-TTCA--A-TAAACAAT-T--T-ATTTTTTAA-A ** * * ** * ** * ** 965166 T-TGATATTTGTTCAAATAGTT-AACTAGTTCAAAAAACAACT-TTAGTTTTAAATCTGTGCTTA 109 TCTTTTACTTATT--AATTTTTGAA-TA-TT-AATAAATTAGTATTA-TTTT--A--T-T-CGAA * * * * * * ** *** * ** * ** 965228 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* * * * 969054 AGAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTT-TCATGAAT-CAAAACAATTGT 128 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAAACAATTGT ** ** * * * * * * * 969116 TTTACAATAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTAAAATAAAAAATTATTCAAACAGGCATAACTAT 191 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT * * * 969180 TTGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA 255 TTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTA * * * ** * * 969244 ATAAACTAGTATTATTTCT-TTT-GAATACGCTTGCATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGATAA 319 ATAAATTAGTATTATTT-TATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAA * * * * * * 969306 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATGTGT 382 AA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT-TGT * * * * 969370 TTAG-AAA-ACATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-T 445 TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGT * * * 969431 AATATTTTAA-TTGAAATAAGCTTATATGAACAG 509 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CATTT-AAATTGATTCGGTAAACAAATTTGTTTCTTAAATCTCTT-A-T-TTATTTTTTA-ACTA 252 TATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA * * * * * 972975 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACA 316 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA ** ** * ** * * * * 973039 AATCCAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTTTT 381 AA-AAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGT ** * * ** * * * 973104 TTGGCT-ATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAAAATATTATTAAATTAG 445 TTGG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * ** * ** * 973167 TATTATTTT-ATTCTAAATAAAATAGTATCTACAG 508 TATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAA * * * * * * * * ** * * 973201 AACCTATTATTTGATGAGAAAAAAAAAGGTTATAATGATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGT 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * *** * * 973266 CA-AAACTATTTTTAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTT 66 CATAAA-TA-TTTGAACTTGTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTT * 973329 TCTAAATATTAATAAATTAGTA 127 T-TGAATATTAATAAATTAGTA 973351 ATAATGATTT Statistics Matches: 11476, Mismatches: 2820, Indels: 1999 0.70 0.17 0.12 Matches are distributed among these distances: 503 141 0.01 504 51 0.00 505 9 0.00 506 1 0.00 507 5 0.00 508 47 0.00 509 91 0.01 510 11 0.00 511 3 0.00 512 4 0.00 515 6 0.00 516 5 0.00 517 6 0.00 518 72 0.01 519 89 0.01 520 57 0.00 521 87 0.01 522 81 0.01 523 139 0.01 524 11 0.00 525 113 0.01 526 26 0.00 527 20 0.00 528 16 0.00 529 314 0.03 530 82 0.01 531 170 0.01 532 548 0.05 533 153 0.01 534 280 0.02 535 407 0.04 536 403 0.04 537 1063 0.09 538 900 0.08 539 1090 0.09 540 800 0.07 541 740 0.06 542 952 0.08 543 654 0.06 544 248 0.02 545 119 0.01 546 141 0.01 547 42 0.00 548 34 0.00 549 68 0.01 550 15 0.00 551 85 0.01 552 38 0.00 553 39 0.00 554 63 0.01 555 9 0.00 556 67 0.01 557 124 0.01 558 42 0.00 559 20 0.00 560 17 0.00 561 28 0.00 562 11 0.00 563 11 0.00 564 11 0.00 565 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Indices: 967677--972560 Score: 3684 Period size: 181 Copynumber: 27.2 Consensus size: 179 967667 AGTTTTTGAA * * * * * * * 967677 AAACAATTGTTTTATGAC-AGACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGCTCAAAT-GG 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * * 967740 CTATAATTATTTGAACTTATCT-AGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAACTTT 66 C-ATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAA-TTT * * * * * * * * 967804 CAAAATAATAATAAAGTAGCATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA- 127 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG * * * * 967857 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGC 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * * * * 967922 CATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATCTTTTCAAATCTCTTACTTACTAATTTTT 66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTT * * * * * * 967987 GGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTATGAATAATCATGTATGAACTA- 128 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG * * * * * * * * * * * 968039 AAACAATTATTATAGGACTAAATAAAAGATTAAAACGATTTGAAATAGATAATT-ATCTAATAGT 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * * * 968103 CTTAACTATTTGAACTGGTTT-AGCAAATACA-TT-TTTTTT-AATCTTTCAC-TA--ATTTTTG 66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTA * * *** 968161 GATTATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATGTTAA-A- 129 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATG--AATAG ** * * * * * * 968212 AAATGATTGTGTTATGAGAAAA-AAAAGATTATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAG 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * 968275 TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAACA-ATTT-TAGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTT 65 TCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT * * * * 968337 TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAA-ATG 127 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-G * ** ** * * 968391 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAACAACTTT-AAATGGATAATTGCTT-AACTA 1 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CATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAATATATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCA 66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTA * * ** * * 972466 AAATATTAGTAAATTAAAATTATTTTAATTTGAATAAGTTTGTATGAATAG 129 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG * * * * * 972517 AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAA 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA 972561 CTTATTCGAT Statistics Matches: 3734, Mismatches: 814, Indels: 311 0.77 0.17 0.06 Matches are distributed among these distances: 171 2 0.00 172 26 0.01 173 88 0.02 174 31 0.01 175 153 0.04 176 380 0.10 177 353 0.09 178 110 0.03 179 346 0.09 180 721 0.19 181 1088 0.29 182 237 0.06 183 189 0.05 184 9 0.00 185 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTAGA ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG Found at i:969708 original size:16 final size:17 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Indices: 973232--973464 Score: 292 Period size: 118 Copynumber: 2.0 Consensus size: 118 973222 AAAAAAGGTT * ** * 973232 ATAATGATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTTTAAATGGTTTGGTAAATAG 1 ATAATGATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTTGAAATGGTTTACTAAATAA * * * 973297 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA 66 AATTATTTTCTAAATCTCTTATTGATAAATTTTCTAAA-ATTAATAAATTAGTA * * * * * * 973351 ATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TCA-TTTGAACTGGTTTACTAAATA 1 ATAATGATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACT-ATTTTGAAATGGTTTACTAAATA * 973414 AAATTATTTTCTAAATCTCTTACTT-ATAAATTTTTTAAAATTAATAAATTA 65 AAATTATTTTCTAAATCTCTTA-TTGATAAATTTTCTAAAATTAATAAATTA 973465 ATTTTGTTCT Statistics Matches: 98, Mismatches: 14, Indels: 6 0.83 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 117 12 0.12 118 49 0.50 119 37 0.38 ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.09, T:0.45 Consensus pattern (118 bp): ATAATGATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTTGAAATGGTTTACTAAATAA AATTATTTTCTAAATCTCTTATTGATAAATTTTCTAAAATTAATAAATTAGTA Found at i:973694 original size:182 final size:172 Alignment explanation
Indices: 973357--974099 Score: 577 Period size: 177 Copynumber: 4.2 Consensus size: 172 973347 AGTAATAATG ** ** * * * 973357 ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TCATTTGAACTGGTTT-ACTAAATAAAATTA 1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACT-ATTTGAACT-ATTTGA--AAATAGATTTA * * * * * * * 973420 TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTTAAAATTAATAAATTAATTTTGTTCTATTCCAAATA 62 TTTT-TAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATA * 973485 AGCTTATAT-AAGCT-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA 121 AGCTTGTATGAA--TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA * * * 973537 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACACATAGATTTATT 1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTA-TTTGA-AAATAGATTTATT * * 973602 GTTTAAAATCTTGTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA 64 -TTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATA ** * * * 973667 AGCCCGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA 121 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA * * * * * 973719 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAAATTGGTAAATAGATGTACT 1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT--ATTTGAAAATAGATTTA-T * * 973784 TTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAGATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTT 63 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTT * * * * * ** * ** 973849 GTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAATAATAATG 126 GTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA ** * * 973896 ATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTATTTCAGTAAAAT-GATTTA 1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAC-TATTTGAACTATTT--G-AAAATAGATTTA * * * * ** 973959 TTTTTTAAATCCCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTGGGGATAAG 62 -TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--AAATAAG * * * * 974023 CTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAACA 123 CTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA * 974073 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG 1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG 974100 TCTGATACCT Statistics Matches: 452, Mismatches: 85, Indels: 55 0.76 0.14 0.09 Matches are distributed among these distances: 175 3 0.01 176 9 0.02 177 226 0.50 178 6 0.01 179 1 0.00 180 50 0.11 181 22 0.05 182 122 0.27 183 8 0.02 184 2 0.00 185 3 0.01 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (172 bp): ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTATTTGAAAATAGATTTATTTT TAAATCTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATG AATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA Found at i:980933 original size:183 final size:180 Alignment explanation
Indices: 980283--981629 Score: 930 Period size: 177 Copynumber: 7.6 Consensus size: 180 980273 TGGCAAATAG * * * * 980283 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTG-ATTATTACTAAATTAGTATTATTTTATT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * ** 980346 TTGAATAAGCCTGTATAAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG 65 TTGAATAAGCTTGTATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAATGATTTG * * * * 980410 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAA-CA 128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATGA * 980462 GATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT 1 -ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT ** * * * * * 980523 TTGAATAAGCTTGTAT--GTTGAAAAAAAATGTTTTAAGATGAAACAAAAAGTAATAATGATTTG 65 TTGAATAAGCTTGTATAAACT-AAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTG * ** * * * * 980586 AAATAGGTAGCTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTT-TTTGGTAAATTG- 128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTGTTTAGTAAA-TGA * * * * 980639 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTATTT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT * * * * * * 980704 TGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA 66 TGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * 980769 GTAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATGA 130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATGA * * 980820 ATTTATTTTTTCAAATCCCCTACTTATTAATTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA 1 ATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA ** * * * 980884 TTCCGATTAAGCTTGTATAAACTAAAGCAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTCA-ACATGATT 63 TTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATA-ATGATT * * * * * * 980948 TGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCG-ACAA--A 126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTA-AATGA * * * 981000 CATATT-TTTTTTAAATCT-CTA---ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATT-TTTTA- 1 -AT-TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT ** * * * * * 981058 TTCAAAAAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTAT-TTGAAA-ATAAGGATCATAAAT-ATT 64 TTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGG-TCAT-AATGATT * * * * * * * * ** 981119 TCATATTGAT--TTA---AAATAATCATAAACTATTTGAACTGGTTCA-AAAAACA 126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATGA ** * * ** * * 981169 GCTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT * ** * * * * * * * * * 981234 TGGATAATTTTTTATGAACTGAAAGAAATATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAACTTT-A 66 TGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA * * * * * * * * 981298 AATAGATAATTGTTTAAATAGTTA-AATCTATTTGAACTTATTTGGCAAA-CA 129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAATTTGTTTAGTAAATGA * * * * * * * 981349 A-TT-TTTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAACAAATTACTATTATTTTATTT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT * * * * * 981411 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA 66 TGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * * * ** 981476 ATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATGTGAA-TTGGTTCGGCAA-GCA 130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATG-A * * * * 981526 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAA 1 -ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT ** ** * 981590 TCCGAATAAATTTGTATCAAAAT-AAACAATTGTTTTATGA 64 TTTGAATAAGCTTGTAT-AAACTAAAACAATTGTTTTATGA 981630 CAAAATAAAG Statistics Matches: 916, Mismatches: 188, Indels: 125 0.75 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 166 6 0.01 167 15 0.02 168 14 0.02 169 5 0.01 170 6 0.01 171 16 0.02 172 44 0.05 173 21 0.02 174 24 0.03 175 32 0.03 176 120 0.13 177 181 0.20 178 12 0.01 179 11 0.01 180 91 0.10 181 177 0.19 182 29 0.03 183 107 0.12 184 5 0.01 ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43 Consensus pattern (180 bp): ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT TGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATGA Found at i:981806 original size:5 final size:5 Alignment explanation
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Indices: 981796--981896 Score: 93 Period size: 21 Copynumber: 4.6 Consensus size: 21 981786 TTTCAGTTTG 981796 TTTTATTTTATTTTATTTTAT 1 TTTTATTTTATTTTATTTTAT * 981817 TTTTATTTTATTCTATTTTAT 1 TTTTATTTTATTTTATTTTAT 981838 TTTT-TATTTATTTTGTATTGTGTATT 1 TTTTAT-TTTA-TTT-TATT-T-TA-T 981864 TTTGTATTTTA-TTTA-TTTAT 1 TTT-TATTTTATTTTATTTTAT 981884 TTATTA-TTTATTT 1 TT-TTATTTTATTT 981897 ATCTATTATT Statistics Matches: 68, Mismatches: 2, Indels: 21 0.75 0.02 0.23 Matches are distributed among these distances: 19 4 0.06 20 8 0.12 21 31 0.46 22 3 0.04 23 5 0.07 24 3 0.04 25 4 0.06 26 4 0.06 27 5 0.07 28 1 0.01 ACGTcount: A:0.19, C:0.01, G:0.04, T:0.76 Consensus pattern (21 bp): TTTTATTTTATTTTATTTTAT Found at i:981825 original size:26 final size:26 Alignment explanation
Indices: 981798--981913 Score: 84 Period size: 26 Copynumber: 4.4 Consensus size: 26 981788 TCAGTTTGTT * 981798 TTATTTTATTTTATTTTATT-TTTATT 1 TTATTCTATTTTATTTT-TTATTTATT 981824 TTATTCTATTTTATTTTTTATTTA-- 1 TTATTCTATTTTATTTTTTATTTATT * 981848 TT-TTGTATTGTGTATTTTTGTATTT-TAT 1 TTATTCTATT-T-TATTTTT-TATTTAT-T * 981876 TTATT-TA-TTTATTATTTATTTATCT 1 TTATTCTATTTTATTTTTTATTTAT-T 981901 ATTATTACTATTT 1 -TTATT-CTATTT 981914 ATTAATATAT Statistics Matches: 73, Mismatches: 4, Indels: 23 0.73 0.04 0.23 Matches are distributed among these distances: 23 6 0.08 24 8 0.11 25 17 0.23 26 31 0.42 27 1 0.01 28 6 0.08 29 4 0.05 ACGTcount: A:0.21, C:0.03, G:0.03, T:0.73 Consensus pattern (26 bp): TTATTCTATTTTATTTTTTATTTATT Found at i:981837 original size:31 final size:33 Alignment explanation
Indices: 981797--981881 Score: 99 Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 33 981787 TTCAGTTTGT 981797 TTTATTTTATTTTATTTTATTTT-TATT-T-TA 1 TTTATTTTATTTTATTTTATTTTGTATTGTGTA * 981827 TTCTATTTTATTTTTTATTTATTTTGTATTGTGTA 1 TT-TATTTTATTTTAT-TTTATTTTGTATTGTGTA * 981862 TTT-TTGTATTTTA-TTTATTT 1 TTTATTTTATTTTATTTTATTT 981882 ATTTATTATT Statistics Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 9 0.80 0.05 0.15 Matches are distributed among these distances: 30 2 0.04 31 19 0.40 32 8 0.17 33 12 0.26 34 2 0.04 35 4 0.09 ACGTcount: A:0.18, C:0.01, G:0.05, T:0.76 Consensus pattern (33 bp): TTTATTTTATTTTATTTTATTTTGTATTGTGTA Found at i:981890 original size:15 final size:15 Alignment explanation
Indices: 981833--981916 Score: 64 Period size: 15 Copynumber: 5.4 Consensus size: 15 981823 TTTATTCTAT * 981833 TTTATTTTTTATTTA 1 TTTATTTATTATTTA * * * 981848 TTT-TGTATTGTGTA 1 TTTATTTATTATTTA 981862 TTT-TTGTATTTTATTTA 1 TTTATT-TA--TTATTTA 981879 TTTATTTATTATTTA 1 TTTATTTATTATTTA * 981894 TTTATCTATTATTACTA 1 TTTATTTATTATT--TA 981911 TTTATT 1 TTTATT 981917 AATATATATT Statistics Matches: 54, Mismatches: 9, Indels: 10 0.74 0.12 0.14 Matches are distributed among these distances: 14 11 0.20 15 24 0.44 17 17 0.31 18 2 0.04 ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.05, T:0.71 Consensus pattern (15 bp): TTTATTTATTATTTA Found at i:981905 original size:7 final size:7 Alignment explanation
Indices: 981872--981986 Score: 52 Period size: 8 Copynumber: 15.0 Consensus size: 7 981862 TTTTTGTATT 981872 TTATTTA 1 TTATTTA 981879 TTTATTTA 1 -TTATTTA 981887 TTATTTA 1 TTATTTA * 981894 TTTATCTA 1 -TTATTTA 981902 TTA-TTA 1 TTATTTA * 981908 CTATTTA 1 TTATTTA 981915 TTAATATATA 1 TT-AT-T-TA * 981925 TTTTTTA 1 TTATTTA * 981932 TCTGTTTAA 1 T-TATTT-A * * 981941 ATATCTA 1 TTATTTA * 981948 TTATATA 1 TTATTTA 981955 TTATTATA 1 TTATT-TA * 981963 TATCTATTA 1 T-TAT-TTA 981972 TTATTTA 1 TTATTTA 981979 TCTATTTA 1 T-TATTTA 981987 CATATTATCA Statistics Matches: 82, Mismatches: 14, Indels: 22 0.69 0.12 0.19 Matches are distributed among these distances: 6 4 0.05 7 31 0.38 8 34 0.41 9 8 0.10 10 5 0.06 ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.01, T:0.63 Consensus pattern (7 bp): TTATTTA Found at i:981914 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 981871--981974 Score: 61 Period size: 21 Copynumber: 4.9 Consensus size: 21 981861 ATTTTTGTAT * * 981871 TTTATTTATTTA-T-TTATTA 1 TTTATTTATCTATTATTACTA 981890 TTTATTTATCTATTATTACTA 1 TTTATTTATCTATTATTACTA * * * 981911 TTTATTAATATATATTTTTTATCTG 1 TTTATT--TATCTA-TTATTA-CTA ** * 981936 TTTAAATATCTATTATATATTA 1 TTTATTTATCTATTAT-TACTA * 981958 -TTATATATCTATTATTA 1 TTTATTTATCTATTATTA 981975 TTTATCTATT Statistics Matches: 66, Mismatches: 12, Indels: 13 0.73 0.13 0.14 Matches are distributed among these distances: 19 11 0.17 20 3 0.05 21 25 0.38 22 4 0.06 23 12 0.18 24 5 0.08 25 6 0.09 ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.01, T:0.62 Consensus pattern (21 bp): TTTATTTATCTATTATTACTA Found at i:981927 original size:46 final size:45 Alignment explanation
Indices: 981877--982021 Score: 120 Period size: 46 Copynumber: 3.2 Consensus size: 45 981867 GTATTTTATT ** 981877 TATTTATTTAT-TATTTATTTATCTATTATTACTATTTATTA-ATATA 1 TATTTATTTATCTATTTAAATATCTATTA-TA-TA-TTATTATATATA * * 981923 TATTT-TTTATCTGTTTAAATATCTATTATATATTATTATATATC 1 TATTTATTTATCTATTTAAATATCTATTATATATTATTATATATA * * * * 981967 TATTATTATTTATCTATTTACATAT-TATCATTTATCTATTA-ATACA 1 TA-T-TTATTTATCTATTTAAATATCTATTATATAT-TATTATATATA * 982013 TTTTTATTT 1 TATTTATTT 982022 TATTTTATTT Statistics Matches: 82, Mismatches: 11, Indels: 14 0.77 0.10 0.13 Matches are distributed among these distances: 43 6 0.07 44 14 0.17 45 9 0.11 46 33 0.40 47 20 0.24 ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.01, T:0.61 Consensus pattern (45 bp): TATTTATTTATCTATTTAAATATCTATTATATATTATTATATATA Found at i:981972 original size:14 final size:14 Alignment explanation
Indices: 981953--981984 Score: 55 Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14 981943 ATCTATTATA 981953 TATTATTATATATC 1 TATTATTATATATC * 981967 TATTATTATTTATC 1 TATTATTATATATC 981981 TATT 1 TATT 981985 TACATATTAT Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0 0.94 0.06 0.00 Matches are distributed among these distances: 14 17 1.00 ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.00, T:0.62 Consensus pattern (14 bp): TATTATTATATATC Found at i:981979 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 981884--982001 Score: 75 Period size: 21 Copynumber: 5.5 Consensus size: 21 981874 ATTTATTTAT * 981884 TTATTATTTATTTATCTAT-TA 1 TTATTATTTA-TTATATATCTA * * 981905 TTACTATTTATTA-ATATATA 1 TTATTATTTATTATATATCTA * * 981925 TTTTTTATCTGT-TTAAATATCTA 1 -TTATTAT-T-TATTATATATCTA 981948 TTA-TATATTATTATATATCTA 1 TTATTAT-TTATTATATATCTA * 981969 TTATTATTTATCTATTTA-CATA 1 TTATTATTTAT-TATATATC-TA * 981991 TTATCATTTAT 1 TTATTATTTAT 982002 CTATTAATAC Statistics Matches: 78, Mismatches: 10, Indels: 17 0.74 0.10 0.16 Matches are distributed among these distances: 19 3 0.04 20 6 0.08 21 36 0.46 22 26 0.33 23 7 0.09 ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.01, T:0.60 Consensus pattern (21 bp): TTATTATTTATTATATATCTA Found at i:982021 original size:22 final size:22 Alignment explanation
Indices: 981880--982006 Score: 73 Period size: 22 Copynumber: 5.6 Consensus size: 22 981870 TTTTATTTAT ** 981880 TTATTTAT-TATTTATTTATCTA 1 TTATTTATCTATTTACATAT-TA * 981902 TTA-TTA-CTATTTATTAATATATA 1 TTATTTATCTATTTA--CATAT-TA * * * 981925 TTTTTTATCTGTTTAAATATCTA 1 TTATTTATCTATTTACATAT-TA * * 981948 TTATATAT-TATTATATATCTATTA 1 TTATTTATCTATT-TACA--TATTA 981972 TTATTTATCTATTTACATATTA 1 TTATTTATCTATTTACATATTA * 981994 TCATTTATCTATT 1 TTATTTATCTATT 982007 AATACATTTT Statistics Matches: 83, Mismatches: 13, Indels: 18 0.73 0.11 0.16 Matches are distributed among these distances: 21 9 0.11 22 23 0.28 23 23 0.28 24 15 0.18 25 13 0.16 ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.01, T:0.61 Consensus pattern (22 bp): TTATTTATCTATTTACATATTA Found at i:982349 original size:26 final size:24 Alignment explanation
Indices: 982301--982351 Score: 66 Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24 982291 TCGGTGGAAA ** 982301 TTTTTTAGAATTTTTGGTGAATTT 1 TTTTTTAGAATTTTTGGAAAATTT 982325 TTTTTCTAGAAATTTTTGGAAAATTT 1 TTTTT-TAG-AATTTTTGGAAAATTT 982351 T 1 T 982352 CAGATTCGGT Statistics Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2 0.85 0.07 0.07 Matches are distributed among these distances: 24 5 0.22 25 3 0.13 26 15 0.65 ACGTcount: A:0.25, C:0.02, G:0.14, T:0.59 Consensus pattern (24 bp): TTTTTTAGAATTTTTGGAAAATTT Found at i:982436 original size:31 final size:31 Alignment explanation
Indices: 982376--982436 Score: 88 Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31 982366 TTTTTCGACG * * 982376 AAGTTTGAATTTTTCTGCCACTTTTTCAGTC 1 AAGTTTGAATTTTTCAGCCACTTTCTCAGTC 982407 AAGTTTGAATTTTTCAGCCAGC-TTCTCAGT 1 AAGTTTGAATTTTTCAGCCA-CTTTCTCAGT 982437 TTTCGGTGAC Statistics Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 2 0.87 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 31 26 0.96 32 1 0.04 ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.15, T:0.44 Consensus pattern (31 bp): AAGTTTGAATTTTTCAGCCACTTTCTCAGTC Found at i:982878 original size:4 final size:3 Alignment explanation
Indices: 982865--982921 Score: 60 Period size: 3 Copynumber: 17.0 Consensus size: 3 982855 CCAGTTTTTT 982865 TTA TTA TTA TTTA TTTA TTTA TTA TTA TTA TTTA TTTA TTA TTA TTA 1 TTA TTA TTA -TTA -TTA -TTA TTA TTA TTA -TTA -TTA TTA TTA TTA 982912 TTA TTTA TTA 1 TTA -TTA TTA 982922 GATTAGAATT Statistics Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 6 0.89 0.00 0.11 Matches are distributed among these distances: 3 30 0.59 4 21 0.41 ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70 Consensus pattern (3 bp): TTA Found at i:982897 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 982864--982921 Score: 100 Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 17 982854 CCCAGTTTTT 982864 TTTATTATTATTTATTTA 1 TTTATTATTA-TTATTTA 982882 TTTATTATTATTATTTA 1 TTTATTATTATTATTTA 982899 TTTATTATTATTA-TTA 1 TTTATTATTATTATTTA 982915 TTTATTA 1 TTTATTA 982922 GATTAGAATT Statistics Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 2 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 16 10 0.25 17 20 0.50 18 10 0.25 ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.00, T:0.71 Consensus pattern (17 bp): TTTATTATTATTATTTA Found at i:982937 original size:38 final size:37 Alignment explanation
Indices: 982858--982954 Score: 94 Period size: 38 Copynumber: 2.6 Consensus size: 37 982848 GCCGTTCCCA * ** 982858 GTTT-TTT-TTATTATTATTTATTTATTTATTATTATT 1 GTTTATTTATTATTATTA-TTATTTATTGATTAGAATT * 982894 ATTTATTTATTATTATTATTATTTATTAGATTAGAATT 1 GTTTATTTATTATTATTATTATTTATT-GATTAGAATT * 982932 GTTTATTACATT-TTATT-TTATTT 1 GTTTATT-TATTATTATTATTATTT 982955 TATTTTTCTT Statistics Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 7 0.80 0.09 0.11 Matches are distributed among these distances: 36 3 0.06 37 18 0.35 38 27 0.53 39 3 0.06 ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.04, T:0.68 Consensus pattern (37 bp): GTTTATTTATTATTATTATTATTTATTGATTAGAATT Found at i:982951 original size:5 final size:5 Alignment explanation
Indices: 982941--983007 Score: 100 Period size: 5 Copynumber: 13.0 Consensus size: 5 982931 TGTTTATTAC 982941 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT -TCTTT ATTTT ATTTT CATTTTT ATTTT 1 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT AT-TTT ATTTT ATTTT -A-TTTT ATTTT 982988 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT 1 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT 983008 CTTTAAATAA Statistics Matches: 58, Mismatches: 0, Indels: 8 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 4 1 0.02 5 50 0.86 6 3 0.05 7 4 0.07 ACGTcount: A:0.18, C:0.03, G:0.00, T:0.79 Consensus pattern (5 bp): ATTTT Found at i:982988 original size:32 final size:32 Alignment explanation
Indices: 982947--983008 Score: 108 Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32 982937 TTACATTTTA 982947 TTTTATTTTATTTT-TCTTTATTTTATTTTCAT 1 TTTTATTTTATTTTAT-TTTATTTTATTTTCAT 982979 TTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTC 1 TTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTC 983009 TTTAAATAAA Statistics Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 2 0.94 0.00 0.06 Matches are distributed among these distances: 32 28 0.97 33 1 0.03 ACGTcount: A:0.16, C:0.05, G:0.00, T:0.79 Consensus pattern (32 bp): TTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTCAT Found at i:983245 original size:58 final size:61 Alignment explanation
Indices: 983025--983252 Score: 277 Period size: 61 Copynumber: 3.7 Consensus size: 61 983015 TAAAATTCAA * * 983025 AAAAAATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATACA-T-TTTCTAAA 1 AAAAAATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAGAAAATA-AGTCTTTCT--C * * * * 983087 ATATATATATATATTTTTTAAGGAAAGGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAGAAAATAAGTTTTTTT 1 A-A-A-A-A-ATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAGAAAATAAGTCTTTCT 983152 C 61 C * * 983153 AAAAAATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAATATCAATTTTCCTTGAAAATAAG-CTTTCT- 1 AAAAAATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAGAAAATAAGTCTTTCTC 983212 AAAAAATA-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC 1 AAAAAATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC 983253 CTATACAAAA Statistics Matches: 147, Mismatches: 12, Indels: 18 0.83 0.07 0.10 Matches are distributed among these distances: 58 32 0.22 59 8 0.05 60 4 0.03 61 44 0.30 62 2 0.01 63 2 0.01 64 2 0.01 65 2 0.01 66 3 0.02 67 44 0.30 68 4 0.03 ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.12, T:0.39 Consensus pattern (61 bp): AAAAAATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAGAAAATAAGTCTTTCTC Found at i:993676 original size:9 final size:9 Alignment explanation
Indices: 993662--993746 Score: 63 Period size: 9 Copynumber: 9.8 Consensus size: 9 993652 ATGCTTGAAC 993662 AAAAAAAT- 1 AAAAAAATA 993670 -AAAAAA-A 1 AAAAAAATA * 993677 AAAAAAATG 1 AAAAAAATA * 993686 AAAAAAA-G 1 AAAAAAATA * 993694 AAAAAAATG 1 AAAAAAATA 993703 AAAAAAATGAA 1 AAAAAAAT--A * 993714 AAAAAAATG 1 AAAAAAATA 993723 AAAAAAA-A 1 AAAAAAATA ** 993731 GGAAAAATA 1 AAAAAAATA 993740 AAAAAAA 1 AAAAAAA 993747 AGTGAATGAA Statistics Matches: 62, Mismatches: 8, Indels: 13 0.75 0.10 0.16 Matches are distributed among these distances: 7 6 0.10 8 19 0.31 9 29 0.47 11 8 0.13 ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.08, T:0.07 Consensus pattern (9 bp): AAAAAAATA Found at i:993690 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 993662--993747 Score: 97 Period size: 17 Copynumber: 5.1 Consensus size: 17 993652 ATGCTTGAAC 993662 AAAAAAAT--AAAAAAA 1 AAAAAAATGAAAAAAAA * 993677 AAAAAAATGAAAAAAAG 1 AAAAAAATGAAAAAAAA 993694 AAAAAAATGAAAAAAATGAA 1 AAAAAAATG-AAAAAA--AA 993714 AAAAAAATGAAAAAAAA 1 AAAAAAATGAAAAAAAA ** 993731 GGAAAAAT-AAAAAAAA 1 AAAAAAATGAAAAAAAA 993747 A 1 A 993748 GTGAATGAAA Statistics Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 9 0.81 0.07 0.12 Matches are distributed among these distances: 15 8 0.13 16 8 0.13 17 23 0.38 18 6 0.10 19 6 0.10 20 10 0.16 ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.08, T:0.07 Consensus pattern (17 bp): AAAAAAATGAAAAAAAA Found at i:993725 original size:37 final size:37 Alignment explanation
Indices: 993675--993746 Score: 110 Period size: 37 Copynumber: 1.9 Consensus size: 37 993665 AAAATAAAAA * 993675 AAAAAAAAATG-AAAAAAAGAAAAAAATGAAAAAAATG 1 AAAAAAAAATGAAAAAAAAG-AAAAAATAAAAAAAATG * 993712 AAAAAAAAATGAAAAAAAAGGAAAAATAAAAAAAA 1 AAAAAAAAATGAAAAAAAAGAAAAAATAAAAAAAA 993747 AGTGAATGAA Statistics Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 2 0.89 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 37 24 0.75 38 8 0.25 ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.10, T:0.07 Consensus pattern (37 bp): AAAAAAAAATGAAAAAAAAGAAAAAATAAAAAAAATG Found at i:993735 original size:10 final size:10 Alignment explanation
Indices: 993676--993737 Score: 78 Period size: 9 Copynumber: 6.5 Consensus size: 10 993666 AAATAAAAAA 993676 AAAAAAAATG 1 AAAAAAAATG 993686 -AAAAAAA-G 1 AAAAAAAATG 993694 -AAAAAAATG 1 AAAAAAAATG 993703 -AAAAAAATG 1 AAAAAAAATG 993712 AAAAAAAAATG 1 -AAAAAAAATG * 993723 AAAAAAAAGG 1 AAAAAAAATG 993733 AAAAA 1 AAAAA 993738 TAAAAAAAAA Statistics Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 6 0.87 0.02 0.11 Matches are distributed among these distances: 8 8 0.17 9 17 0.35 10 14 0.29 11 9 0.19 ACGTcount: A:0.82, C:0.00, G:0.11, T:0.06 Consensus pattern (10 bp): AAAAAAAATG Found at i:993748 original size:17 final size:15 Alignment explanation
Indices: 993662--993747 Score: 82 Period size: 16 Copynumber: 5.1 Consensus size: 15 993652 ATGCTTGAAC 993662 AAAAAAATAAAAAAA 1 AAAAAAATAAAAAAA 993677 AAAAAAATGAAAAAAA 1 AAAAAAAT-AAAAAAA 993693 GAAAAAAATGAAAAAAATGAA 1 -AAAAAAAT---AAAAA--AA 993714 AAAAAAATGAAAAAAA 1 AAAAAAAT-AAAAAAA * 993730 AGGAAAAATAAAAAAA 1 A-AAAAAATAAAAAAA 993746 AA 1 AA 993748 GTGAATGAAA Statistics Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 14 0.77 0.05 0.18 Matches are distributed among these distances: 15 8 0.13 16 18 0.30 17 14 0.23 18 5 0.08 19 5 0.08 20 8 0.13 21 2 0.03 ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.08, T:0.07 Consensus pattern (15 bp): AAAAAAATAAAAAAA Found at i:993752 original size:28 final size:29 Alignment explanation
Indices: 993657--993762 Score: 86 Period size: 28 Copynumber: 3.9 Consensus size: 29 993647 ATACTATGCT * 993657 TGAACAAAAAAAT-AA-AAAAAA-AAAAAA 1 TGAA-AAAAAAATGAATAAAAAAGGAAAAA * * 993684 TG--AAAAAAA-GAA-AAAAATGAAAAAAA 1 TGAAAAAAAAATGAATAAAAAAG-GAAAAA 993710 TGAAAAAAAAATGAA-AAAAAAGGAAAAA 1 TGAAAAAAAAATGAATAAAAAAGGAAAAA * 993738 T-AAAAAAAAAGTGAATGAAAAAGGA 1 TGAAAAAAAAA-TGAATAAAAAAGGA 993763 GGACTCAAGG Statistics Matches: 67, Mismatches: 4, Indels: 14 0.79 0.05 0.16 Matches are distributed among these distances: 24 14 0.21 26 8 0.12 27 11 0.16 28 17 0.25 29 17 0.25 ACGTcount: A:0.78, C:0.01, G:0.12, T:0.08 Consensus pattern (29 bp): TGAAAAAAAAATGAATAAAAAAGGAAAAA Found at i:993759 original size:1 final size:1 Alignment explanation
Indices: 993662--993747 Score: 55 Period size: 1 Copynumber: 86.0 Consensus size: 1 993652 ATGCTTGAAC * ** * ** ** ** 993662 AAAAAAATAAAAAAAAAAAAAATGAAAAAAAGAAAAAAATGAAAAAAATGAAAAAAAAATGAAAA 1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ** * 993727 AAAAGGAAAAATAAAAAAAAA 1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 993748 GTGAATGAAA Statistics Matches: 65, Mismatches: 20, Indels: 0 0.76 0.24 0.00 Matches are distributed among these distances: 1 65 1.00 ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.08, T:0.07 Consensus pattern (1 bp): A Done.