Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 23775123
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35

Warning! 69000 characters in sequence are not A, C, G, or T


File 78 of 129

Found at i:14772157 original size:42 final size:39

Alignment explanation

Indices: 14772062--14772182 Score: 97 Period size: 42 Copynumber: 3.1 Consensus size: 39 14772052 AAAGCTTATT * 14772062 TAAAG-AAAATAA-AAATATAAAAAATTAAAAATAAAAA 1 TAAAGAAAAATAATAAATATAAAAAAATAAAAATAAAAA * * 14772099 TAAAGAAAGATAAATAAATATAGAAAAAATAAATAATAATAA 1 TAAAGAAAAAT-AATAAATATA-AAAAAATAAA-AATAAAAA * * * * * * 14772141 TCAATAAATAATAAT-AATA-ATAATAATAAATATATAAA 1 TAAAGAAA-AATAATAAATATAAAAAAATAAAAATAAAAA 14772179 TAAA 1 TAAA 14772183 TATATAAAAT Statistics Matches: 66, Mismatches: 12, Indels: 11 0.74 0.13 0.12 Matches are distributed among these distances: 37 5 0.08 38 12 0.18 39 10 0.15 40 8 0.12 41 13 0.20 42 16 0.24 43 2 0.03 ACGTcount: A:0.72, C:0.01, G:0.03, T:0.24 Consensus pattern (39 bp): TAAAGAAAAATAATAAATATAAAAAAATAAAAATAAAAA Found at i:14772261 original size:16 final size:15 Alignment explanation

Indices: 14772225--14772267 Score: 52 Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15 14772215 TAATCTAATC 14772225 AATAAATAATAAT-AAT 1 AATAAA-AA-AATAAAT 14772241 AATAAAAAAATAAAT 1 AATAAAAAAATAAAT 14772256 ATATAAAAAAAT 1 A-ATAAAAAAAT 14772268 GAAAAAAAAA Statistics Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 4 0.86 0.00 0.14 Matches are distributed among these distances: 14 3 0.12 15 6 0.24 16 16 0.64 ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.00, T:0.26 Consensus pattern (15 bp): AATAAAAAAATAAAT Found at i:14772272 original size:24 final size:24 Alignment explanation

Indices: 14772111--14772275 Score: 83 Period size: 26 Copynumber: 6.7 Consensus size: 24 14772101 AAGAAAGATA * 14772111 AATAAATATAGAAAAAATAAATAAT 1 AATAAAAATA-AAAAAATAAATAAT * 14772136 AATAATCAATAAATAATAAT-AATAAT 1 AATAA-AAATAAA-AA-AATAAATAAT * * 14772162 AATAATAAATATATAAATAAAT-AT 1 AATAA-AAATAAAAAAATAAATAAT 14772186 -AT-AAAATGAAAATAAAT-AATAATCT 1 AATAAAAAT-AAAA-AAATAAATAA--T ** * ** 14772211 AAT-CTAATCTAATCAATAAATAAT 1 AATAAAAAT-AAAAAAATAAATAAT * 14772235 AATAATAATAAAAAAATAAATATAT 1 AATAAAAATAAAAAAATAAATA-AT 14772260 AA-AAAAATGAAAAAAA 1 AATAAAAAT-AAAAAAA 14772276 AAACCTAGAA Statistics Matches: 108, Mismatches: 18, Indels: 28 0.70 0.12 0.18 Matches are distributed among these distances: 21 4 0.04 22 6 0.06 23 7 0.06 24 24 0.22 25 30 0.28 26 34 0.31 27 3 0.03 ACGTcount: A:0.68, C:0.03, G:0.02, T:0.27 Consensus pattern (24 bp): AATAAAAATAAAAAAATAAATAAT Found at i:14772464 original size:19 final size:17 Alignment explanation

Indices: 14772440--14772475 Score: 54 Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17 14772430 GCAGACCAAG 14772440 CCTTCCCTCTCTCTCTCTT 1 CCTT-CCTCT-TCTCTCTT 14772459 CCTTCCTCTTCTCTCTT 1 CCTTCCTCTTCTCTCTT 14772476 TTCTCTCTAA Statistics Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2 0.89 0.00 0.11 Matches are distributed among these distances: 17 8 0.47 18 5 0.29 19 4 0.24 ACGTcount: A:0.00, C:0.50, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (17 bp): CCTTCCTCTTCTCTCTT Found at i:14772709 original size:10 final size:11 Alignment explanation

Indices: 14772685--14772713 Score: 51 Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11 14772675 TCAATTGGAA 14772685 TCTAGAAATTT 1 TCTAGAAATTT 14772696 TCTAGAAA-TT 1 TCTAGAAATTT 14772706 TCTAGAAA 1 TCTAGAAA 14772714 AAAATTCACA Statistics Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 10 10 0.56 11 8 0.44 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.38 Consensus pattern (11 bp): TCTAGAAATTT Found at i:14772949 original size:4 final size:4 Alignment explanation

Indices: 14772942--14773103 Score: 52 Period size: 4 Copynumber: 40.2 Consensus size: 4 14772932 ATTTTGATTG * * * 14772942 ATAA AT-A ATAG ATAA ATATA TATAA ATAG ATAA AT-A AT-A ATAT ATAA 1 ATAA ATAA ATAA ATAA ATA-A -ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA * * * * * * * 14772989 ATAG ATAA AT-A AT-A ATAC ATAT ATAT ATCA ACAG ATAA AT-A ATAA 1 ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA * * * 14773034 AAATA ATAAA ATAAA ATAA ATATA TATTA ATAA AT-A GTAGTA ATAA ATAA 1 ATA-A AT-AA AT-AA ATAA ATA-A -ATAA ATAA ATAA ATA--A ATAA ATAA * * 14773084 ATGA AT-A ATAA ATAC ATAA A 1 ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA A 14773104 ATATAAAGAT Statistics Matches: 118, Mismatches: 26, Indels: 28 0.69 0.15 0.16 Matches are distributed among these distances: 3 23 0.19 4 72 0.61 5 14 0.12 6 9 0.08 ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.04, T:0.30 Consensus pattern (4 bp): ATAA Found at i:14772984 original size:22 final size:22 Alignment explanation

Indices: 14772942--14773005 Score: 96 Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22 14772932 ATTTTGATTG * 14772942 ATAAATA-ATAGATAA-ATATAT 1 ATAAATAGATAAATAATA-ATAT 14772963 ATAAATAGATAAATAATAATAT 1 ATAAATAGATAAATAATAATAT 14772985 ATAAATAGATAAATAATAATA 1 ATAAATAGATAAATAATAATA 14773006 CATATATATA Statistics Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 3 0.91 0.02 0.07 Matches are distributed among these distances: 21 7 0.17 22 32 0.80 23 1 0.03 ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.05, T:0.31 Consensus pattern (22 bp): ATAAATAGATAAATAATAATAT Found at i:14773046 original size:8 final size:8 Alignment explanation

Indices: 14773025--14773147 Score: 58 Period size: 8 Copynumber: 14.6 Consensus size: 8 14773015 ATCAACAGAT 14773025 AAATAATAA 1 AAATAAT-A 14773034 AAATAATA 1 AAATAATA * 14773042 AAATAAAA 1 AAATAATA 14773050 TAAAT-ATA 1 -AAATAATA * * 14773058 TATTAAT- 1 AAATAATA * 14773065 AAATAGTA 1 AAATAATA * 14773073 GTAATAA-A 1 -AAATAATA 14773081 TAAATGAATAA 1 -AAAT-AAT-A 14773092 TAAATACATA 1 -AAATA-ATA 14773102 AAAT-ATA 1 AAATAATA 14773109 AAGATAA-A 1 AA-ATAATA * 14773117 ATATAAAATA 1 A-A-ATAATA 14773127 AAATAATA 1 AAATAATA 14773135 AAATAATA 1 AAATAATA 14773143 AAATA 1 AAATA 14773148 CAAAAAAACA Statistics Matches: 88, Mismatches: 14, Indels: 25 0.69 0.11 0.20 Matches are distributed among these distances: 7 11 0.12 8 38 0.43 9 27 0.31 10 4 0.05 11 8 0.09 ACGTcount: A:0.69, C:0.01, G:0.03, T:0.27 Consensus pattern (8 bp): AAATAATA Found at i:14773079 original size:49 final size:45 Alignment explanation

Indices: 14773026--14773147 Score: 105 Period size: 41 Copynumber: 2.7 Consensus size: 45 14773016 TCAACAGATA * 14773026 AATAATAAAAATAATAAAATAAAATAAATATATATTA-ATAAATAGTAGT 1 AATAATAAAAATAATAAAATAAAATAAA-ATATA-AAGATAAA-A-TA-T * 14773075 AATAAATAAATGAATAAT-AAAT-ACATAAAATATAAAGATAAAATAT 1 AAT-AATAAA--AATAATAAAATAAAATAAAATATAAAGATAAAATAT 14773121 AA-AAT-AAAATAATAAAAT--AATAAAATA 1 AATAATAAAAATAATAAAATAAAATAAAATA 14773148 CAAAAAAACA Statistics Matches: 65, Mismatches: 3, Indels: 18 0.76 0.03 0.21 Matches are distributed among these distances: 41 14 0.22 42 4 0.06 43 2 0.03 44 3 0.05 46 3 0.05 47 2 0.03 48 2 0.03 49 13 0.20 50 12 0.18 51 4 0.06 52 6 0.09 ACGTcount: A:0.69, C:0.01, G:0.03, T:0.27 Consensus pattern (45 bp): AATAATAAAAATAATAAAATAAAATAAAATATAAAGATAAAATAT Found at i:14773804 original size:182 final size:179 Alignment explanation

Indices: 14773234--14777940 Score: 2646 Period size: 181 Copynumber: 26.2 Consensus size: 179 14773224 CTATTACAAA * * * 14773234 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAC 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGA-TTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-TTCATAC * * * * * 14773298 AAGCTTATTTAGAATAAATTAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT 64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT * ** * * * * * 14773363 AAAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCATATAGTTATTATTATTTGAAC 128 --AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * 14773417 AATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACA * * ** * * ** * * 14773482 AGTTTAGAT-GGAACAAAA-AATACTAATTTATTGATATTTCCTAAATTATTAA--AA-AAATTT 65 AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT * * * * * * * 14773542 TAAAAATAAATCTATTTAC-CAACTTAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTGAAT 128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC--AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * 14773594 GATTATCTCTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTGTTTCAT-TCATACA * * * * * ** * 14773659 AGCTTATTCAAAATAGAATAATCCAAACTTATTAACATTCAAAAAATTAATAACCAAAAGATTTG 65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT- * * 14773724 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATACTTATGACTATTTGAAC 128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * * * ** * * 14773776 AATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAATACTTCAATTCGTAAA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACA * * * * ** * 14773841 AGCTTATCCAAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTA 65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT- * ** * * * 14773905 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAATTATGACTATTGGAAC 128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * 14773957 AATTGTCTATTT-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-ATTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-TTCATAC * * * * 14774020 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATGCTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTT 64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT * * * ** * * * 14774085 AAAAAGTGAATTTGTTTAGC-GAATC-AGTTCAAATAACGATGGCTATTTCAGC 128 AAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC ** * * * * * * * 14774137 AATTATCTATTTCAAATTATTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTA-TCATA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTC--ATAA-AATAATTGTTTCATTCATA * * * * 14774201 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATT 63 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT * ** * * 14774266 TAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATCAA-TTTGAAT-AGTATGACTATTTGAAT 127 TAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * ** 14774318 AATTGTATATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-ATTCTGTCATAAAA-AATTATTTTTTTTCATAC 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATT-AGTCATAAAATAATT-GTTTCATTCATAC * * * * 14774381 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT 64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT * ** * * * * 14774446 AAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATGTGAAC 128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * 14774498 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTCATTTTGTCATAAAACAACAT-TTTCAATTCATA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGA-TTAGTCATAAAATAA-TTGTTTC-ATTCATA * * * * 14774561 -ATAGCTTATT-AGGAATAAAATAA-AATGAATCTAATAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAGAG 63 CA-AGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG * * * 14774623 ATTTAAAAAAT-AATTTCGTTTACCT-AAAAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAC 124 ATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * ** * * ** * 14774679 AATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTG-TTTCATTCATACA * * ** * * ** * * 14774744 AGTTTGTTTGAAATAAAAAAATAGTAAGCTACTAATAATTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTA 65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA * * * * * * * 14774805 AAAGATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAGC 129 AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * * * * * ** 14774856 AATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTGTTCATACAA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAA * * * * ** * 14774921 G-TATAATT--AGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAACAAAAGATTT 66 GCT-T-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT * * * * * * 14774983 AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTCAAGT 128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-C * * * * * ** * * * 14775035 AGTTATCTATTTAAAATCATTCTGACTTTTTCTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCAATTCATAT 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTCA-TAAAATAATTGTTTC-ATTCATAC * ** ** * * 14775099 AATCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT 64 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* * * * * * 14775914 AATTATCTACTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-ATTAGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATAC * * * * * * * 14775978 AAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGAAGTTT 64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATT * * * * * * * * 14776042 TACAGAATAAATTTATTTA-TCAA-ATTAGTTGAAATAATTATGGCCATTTGAAC 127 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * * * * 14776095 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTGTTCA-TCGTAT 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTAGTCATAAAATAATTG-T-TTCATTCATAC * ** * * * * 14776159 AAGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAAATT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTT 64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT * ** * * * * 14776223 AAAAAATAAAT-TCATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAAC 128 AAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * * * * 14776275 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTAACATTTATACA 1 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TTTTTTTTACCAAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCT 315 ATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAA----T * * * * * * * 14777189 ACGATTTTTTGTTTTGTAATAAAACTATTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG 374 -C-A----------T-T-AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCTGTTCATATAAG * * *** * * 14777254 CTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAA-TAAGGAAAAGATTTA 423 CTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACTAA-G---AGAATTA * * * * 14777317 AAAAATAAAT-ATGTTAACTGAATA-AGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATT 483 AAAAA-AAATCA-GTTTAC-GAA-ACAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATT ** * ** * * * * * * * * * 14777379 TCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAGCAATTATATCAGTTCACATAGGTTTATTCAA 543 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAGCTTATTTAG * * * * * 14777444 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAA-GAGATTTAAAAAGTGAA 607 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAATGAGATTTAAAAAATAAA * * * * 14777507 TCTATTTA-CTAAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAAC 671 TCTATTTACCT-AATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC * * * * * 14777549 AATTTTATATTTCAAATCATTATGACATTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-ATTTC-TGCTCAT 1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAT--TCAT ** * * 14777612 GCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAATAA 63 ATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AG--AGAA * * * 14777675 TTTAAAAAATAAATAT-GTTTTTTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT 123 TTTAAAAAATAAAT-TCATTTATCGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT ** * * * * * * 14777738 ATTT-AAAAGAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTATGTTCACATAAG--TAT 186 ATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTAT * * * * * * * * 14777800 TT-GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGACTTAAAAAAT 249 TTAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT * * * * * 14777864 AAATTTGTTTACCAAGC-ATGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-A 313 AAATTTGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTAAGACT-ATTGAATAATTATCTATTTCAAATCA * 14777927 GTTATGATCTTTTGTTTT 376 -TTATGACCTTTTGTTTT 14777945 ATTATTTTGG Statistics Matches: 3170, Mismatches: 615, Indels: 407 0.76 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 696 4 0.00 697 1 0.00 698 59 0.02 699 25 0.01 700 137 0.04 701 5 0.00 703 26 0.01 704 79 0.02 705 207 0.07 706 14 0.00 707 4 0.00 709 4 0.00 710 31 0.01 711 240 0.08 712 127 0.04 713 3 0.00 714 22 0.01 715 77 0.02 716 373 0.12 717 79 0.02 718 191 0.06 719 92 0.03 720 81 0.03 721 132 0.04 722 314 0.10 723 172 0.05 724 58 0.02 725 32 0.01 726 2 0.00 728 1 0.00 729 1 0.00 730 2 0.00 731 14 0.00 732 4 0.00 733 9 0.00 734 52 0.02 735 1 0.00 737 7 0.00 738 199 0.06 739 70 0.02 740 14 0.00 741 51 0.02 742 56 0.02 743 68 0.02 744 29 0.01 745 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (712 bp): AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATATA AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGAGAATTTAAAAA ATAAATTCATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT AATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT TTGTCATAAAACAATTATTCTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA TATTCCAAAAATTAACTAAGAGAATTAAAAAAAAATCAGTTTACGAAACAATTCAAATAGTTAAG ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT CAATTCATAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT AATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC Found at i:14777249 original size:21 final size:19 Alignment explanation

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Indices: 14778735--14778973 Score: 304 Period size: 125 Copynumber: 1.9 Consensus size: 125 14778725 TCTTTATTTT * * * * * * * 14778735 ATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTCATTCAGATTAAAATAATATTCATTTAATAGT 1 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTCATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAAT * * * 14778800 ATTCCAAATATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAGCTAGTTGAA 66 ATTCCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAGCTAGTTGAA * * 14778860 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTT-ATAAA 1 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTCATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAAT-AA * ** 14778924 TATTCTAAAAATTAA-TGGT-AGCAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA 65 TATTCCAAAAATTAACAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA 14778974 ACAAGTTTAA Statistics Matches: 97, Mismatches: 15, Indels: 5 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 123 2 0.02 124 30 0.31 125 65 0.67 ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.09, T:0.36 Consensus pattern (125 bp): ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTCATTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAAT ATTCCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAGCTAGTTGAA Found at i:14780017 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 14779698--14780554 Score: 738 Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 180 14779688 TATAACTATT * * * * * * 14779698 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAA 1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAT-ATTGTTTTTATTCATACAA * * * * ** * * 14779762 GCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTA 65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA * * * 14779827 AAAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA 129 AAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * 14779879 TTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTCTTGTTTTGTCATAAAACATA-TATTTCTATTCATACAA 1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-ATATTGTTTTTATTCATACAA * ** 14779943 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAA 65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA * ** * * * * * 14780008 AATATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTA 130 AA-ATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * * * 14780060 TTATCTATTTC-AATCATTATGA-C----ATTTTG-C-TTACAA-ATTGTTTTTATTCATACAAA 1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAATATTGTTTTTATTCATACAAG * 14780116 ATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA 66 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA * * 14780176 AAAACTAAA-CTTACTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA 129 AAAA-TAAATC-TATTTGCCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * * * 14780229 TTATTTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTTATACAAG 1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAATATTGTTTTTATTCATACAAG * * * * * * * 14780293 CTTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAAATTA-TAATATTTTAAAAATTAAGAAGCAAGAGATTTG 66 CTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT- * * * * * * * * 14780356 AAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATAATTAAGACTATTTCAACAA 128 AAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * 14780409 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTCAT-AAAATAATTG-TTTCAGTTTATACA 1 TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAT-ATTGTTTTTA-TTCATACA * * * * * 14780472 TA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATT 64 -AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT 14780535 TAAAAACATTAAATCTATTT 127 T-AAAA-A-TAAATCTATTT 14780555 ATCGAACAAT Statistics Matches: 542, Mismatches: 98, Indels: 70 0.76 0.14 0.10 Matches are distributed among these distances: 168 2 0.00 169 54 0.10 170 16 0.03 171 2 0.00 172 53 0.10 173 8 0.01 174 5 0.01 175 6 0.01 176 11 0.02 177 43 0.08 178 5 0.01 179 5 0.01 180 97 0.18 181 217 0.40 182 8 0.01 183 10 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41 Consensus pattern (180 bp): TTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAATATTGTTTTTATTCATACAAG CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA AATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA Found at i:14780388 original size:349 final size:350 Alignment explanation

Indices: 14779742--14780389 Score: 758 Period size: 349 Copynumber: 1.8 Consensus size: 350 14779732 GTCATAAACT * * * * 14779742 AATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAA 1 AATTGTTTTTATTCATAAAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAA * * * 14779807 TTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATT 66 TTAATAAG---AAAATTTTAAAAATAAATCTACTTGCCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATT * ** * * 14779872 TAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTCTTGTTTTGTCATAAAACATATATTTCTATTC 128 TAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTTATCATAAAAAATATATTTCTATTC * * * * *** 14779937 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAG 193 ATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGCAAGAG * ** * 14780002 ATTTAAAATATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTA 258 ATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTA 14780067 TTTCAATCATTATGACATTTTGCTTACA 323 TTTCAATCATTATGACATTTTGCTTACA * * * 14780095 AATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAA 1 AATTGTTTTTATTCATA-AAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAA * 14780159 AATTAATAAG-AGA-TTTAAAAACTAAA-CTTACTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA 64 AATTAATAAGAAAATTTTAAAAA-TAAATC-TACTTGCC-AACCAAGTTCAAATAGTTATGACTA * * * * * * 14780220 TTTGAATAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTTATCATAAAAAA-ATTGTTTTTG 126 TTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTTATCATAAAAAATA-TATTTCTA * * * * 14780283 TTTATACAAGCTTATTCAG-AGTAAAATATTGCTAAAATTA-TAATATTTTAAAAATTAAGAAGC 190 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACT-AAATTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGC * * * 14780346 AAGAGATTTGAAAA-ATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATA 253 AAGAGATTT-AAAATATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATA 14780390 ATTAAGACTA Statistics Matches: 246, Mismatches: 40, Indels: 22 0.80 0.13 0.07 Matches are distributed among these distances: 348 1 0.00 349 107 0.43 350 69 0.28 351 4 0.02 353 45 0.18 354 20 0.08 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (350 bp): AATTGTTTTTATTCATAAAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAA TTAATAAGAAAATTTTAAAAATAAATCTACTTGCCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAA ACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTTATCATAAAAAATATATTTCTATTCATA CAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGCAAGAGATT TAAAATATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTT CAATCATTATGACATTTTGCTTACA Found at i:14781012 original size:181 final size:178 Alignment explanation

Indices: 14780567--14781792 Score: 808 Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 178 14780557 CGAACAATTG * * * 14780567 TTTTAGTTCATA-ATAGCTTATCCA-ACATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA 1 TTTTA-TTCATACA-AGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA * ** * * * * * 14780630 AGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAACTCA-GTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAGCCATTTG 62 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATG-TTGTC-AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTG * * 14780694 AACAATTATCTATTTCAAACTA-TTATGAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT 124 AACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT * ** * * * 14780750 TTTTCCA-TCATAAAAGCCAATTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA 1 TTTT--ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA * * * * 14780814 TAAGTATGAGA-TTAAAAAATAAATATGCTTGTCGAACCAATTCAAATAATCATGACTATTTAAA 63 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTGTC-AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAA * * * * 14780878 TAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT 126 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT * * * * * * * 14780931 TTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATA 1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA * * * * * * * * 14780996 ACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAATTCAAATAATTACAGCTATATGAACA 65 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTGTC-AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACA * * * 14781061 ATTCTCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT 128 ATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT * * * * * * 14781112 TTTTATTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TA 1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA * * * * * * 14781174 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TAT-AA--AATTCAATTAGTTATAACAATTTCAACAAT 65 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTGTCAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAAT * * * * 14781234 TATTTATTTCAAATCGGTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAAT-T 130 TATCTATTTCAAATAGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT * * * * * * 14781283 TTCTATTAATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTAATA 1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA * * * * * 14781348 AGTAATG-GATTTAAAAAAATGAATCTGTTGGCATGACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAA 65 AGTAA-GAGATTT-AAAAAATAAATATGTTGTCA--ACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAA * * * 14781412 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC---------A--- 126 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT * * * * * * * 14781453 ----CTTCATACAAGGTGATTGAGAATAACATAATCCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT- 1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA * * * * * * 14781513 A--AA-AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA 65 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTGTCAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACA * * * * * * * * ** * 14781575 ATTACCTGTTTGAAATTGGTGTAACCTTTTATTTTGTTATAAAATATTTTT 128 ATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT * * * * * * 14781626 TTTCTATTCATACAAGCTTGTTTCA-ATTAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCAAACAAGTAA 1 TTT-TATTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAA * * ** ** * * 14781690 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT-TTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA 63 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATATGTTGTCAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGA * * * 14781754 ACAATTATATATTTCAAATCG-T-TGA-CTTTTGTTTTGTCA 125 ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA 14781793 AATAGTCATA Statistics Matches: 827, Mismatches: 162, Indels: 112 0.75 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 160 4 0.00 161 63 0.08 162 9 0.01 163 2 0.00 165 1 0.00 166 49 0.06 170 2 0.00 171 86 0.10 172 24 0.03 173 2 0.00 174 3 0.00 175 9 0.01 176 13 0.02 177 28 0.03 178 45 0.05 179 16 0.02 180 56 0.07 181 180 0.22 182 170 0.21 183 60 0.07 184 4 0.00 185 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (178 bp): TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAA GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTGTCAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT ATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT Found at i:14781347 original size:352 final size:359 Alignment explanation

Indices: 14780672--14781452 Score: 884 Period size: 352 Copynumber: 2.2 Consensus size: 359 14780662 ATCAAACCAG * * 14780672 TTCAAATAATTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTATTATGAACTTTTTGTTTTGT 1 TTCAAATAATTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATG-ACCTTTTGTTTTGT * * 14780736 CATAAAATAATTGTTTTTCCATCATAAAAGCCAATTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA 64 CATAAAACAAATGTTTTT-CATCATAAAAGCCAATTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA * * 14780801 TTTCAAAAATTTATAAGTATGAGATTAAAAAATAAATATGCTTGTCGAACCAATTCAAATAATCA 128 TTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTAAAAAATAAATAT-CTTGTAGAA-CAATTCAAATAATCA * * * * * * 14780866 TGACTATTTAAATAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT 191 TAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAATAGGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATAT * * * * 14780931 TTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATA 256 TTATATTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATA * * 14780996 ACTAA-GATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA-AACAAA 321 ACTAAGGAT-TTAAAAAAATAAATCTG-TTGCCATAACAAA * * * 14781035 TTCAAATAATTACAGCTATATGAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAATTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * **** * * * 14781100 TAAAACAAATGTTTTT-ATTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT 66 TAAAACAAATGTTTTTCA-TCATAAAAGCCAATTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT ** * * * * * 14781164 TTGAAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAAAT-AA-AT-TTGTATAA-AATTCAATTAGTTATAAC 130 TCAAAAATTAATAAGTATGAGATTAAAAAATAAATATCTTGTAGAACAATTCAAATAATCATAAC * * * * 14781222 AATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGGTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAAT-TTTC 195 AATTTAAACAATTATATATTTCAAATAGGTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTTA * * * ** * * 14781286 TATTAATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAAGT 259 TATTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACT * * * * 14781351 AATGGATTTAAAAAAATGAATCTGTTGGCATGACCAA 324 AA-GGATTTAAAAAAATAAATCTGTTGCCATAACAAA * * * * * 14781388 TACAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAATTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA 14781453 CTTCATACAA Statistics Matches: 353, Mismatches: 59, Indels: 22 0.81 0.14 0.05 Matches are distributed among these distances: 352 108 0.31 353 96 0.27 354 9 0.03 356 2 0.01 357 2 0.01 358 9 0.03 359 2 0.01 360 2 0.01 361 50 0.14 362 29 0.08 363 43 0.12 364 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (359 bp): TTCAAATAATTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA TAAAACAAATGTTTTTCATCATAAAAGCCAATTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT CAAAAATTAATAAGTATGAGATTAAAAAATAAATATCTTGTAGAACAATTCAAATAATCATAACA ATTTAAACAATTATATATTTCAAATAGGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTTATA TTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAA GGATTTAAAAAAATAAATCTGTTGCCATAACAAA Found at i:14781773 original size:343 final size:333 Alignment explanation

Indices: 14781134--14781792 Score: 752 Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333 14781124 AAGTTTGTTT * *** * 14781134 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG 1 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG * ** * 14781199 TATAAAATTCAATTAGTTATAACAATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGGTATAACCATTTTG 66 TATAAAATTCAAATAGTTATAACAATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCGGTATAACCATTTTA * * * * 14781264 TTTTGTCATAAAAAAAATTTTCTATTAATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTGTT 131 TTTTGTCATAAAAAAAATTTTCTATTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCAAATTTATT * ** ** * 14781329 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAAATGAATCTGTTGGCATGACCAATACAAA 196 AATATTCTAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTACCA-GAACAATACAAA * * 14781394 TAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACTTCAT 260 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCG-T-TGA-CTTTTGTTTTGTCACTTCAT 14781459 ACAAGGTGATTG 322 ACAAGGTGATTG * * * 14781471 AGAATAACATAATCCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATTTG 1 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG * * * * * * * 14781536 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTGTTTGAAATTGGTGTAACC 66 --TAT--AA-AA-TTCAAATAGTTATAACAATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCGGTATAACC * *** * * * * 14781601 -TTTTATTTTGTTATAAAATATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTGTTTCA-ATTAAAATAATTC 125 ATTTTATTTTGTCATAAAA-A-AAATTTTCTATTAATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATGC * 14781664 AAATTTATTAATATTC-AAACAAGTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTACCA-A 187 AAATTTATTAATATTCTAAA-AAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATGAATCT-GTTACCAGA * * * 14781726 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTGACTTTTGTTTTGT 250 ACAA-TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTGACTTTTGTTTTGT 14781791 CA 314 CA 14781793 AATAGTCATA Statistics Matches: 267, Mismatches: 43, Indels: 21 0.81 0.13 0.06 Matches are distributed among these distances: 337 57 0.21 339 3 0.01 340 14 0.05 341 5 0.02 342 22 0.08 343 99 0.37 344 63 0.24 345 4 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (333 bp): AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG TATAAAATTCAAATAGTTATAACAATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCGGTATAACCATTTTA TTTTGTCATAAAAAAAATTTTCTATTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCAAATTTATT AATATTCTAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTACCAGAACAATACAAAT AGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTGACTTTTGTTTTGTCACTTCATACAA GGTGATTG Found at i:14783220 original size:178 final size:182 Alignment explanation

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Indices: 14783208--14783240 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 14783198 TAATGATTTG 14783208 AAATAG-ATAATTATTC 1 AAATAGTATAATTATTC 14783224 AAATAGTTATAATTATT 1 AAATAG-TATAATTATT 14783241 TGAACTAGTT Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42 Consensus pattern (17 bp): AAATAGTATAATTATTC Found at i:14785207 original size:181 final size:180 Alignment explanation

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TAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAA *** * * * * * 14787638 CAA---AACTAT-TC-AAATAAAAGGTGATAATGATTTGAAATAAATAATTAT 128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT * * * * * * ** * 14787686 TCAAATAATCA-AACTATTAGAAAT-ATTTTGGCAAGCGGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTG 1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT- * * * * * * 14787748 ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTATTATTATTTGATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAA 64 ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAA * * * 14787812 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAC-AGTTTGCAATAGATAATTAT 127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTAT * * * * * * * * 14787866 TCAAATAGTTAAAATTATTTGAACT-AGTTTGGCAAATAGAA-TTATTTTCTGAATCTCTTACTT 1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT ** * * * * * * *** 14787929 ACAAATTTTTGAAATATTGATAAATTACTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTTTATGAGTTGAAA 64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAA * * * ** * * * 14787994 TAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATTGT 128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT * * * * * * ** * * 14788047 TCATATAGTCTTAATTGTTTAAATTGATTCGGTAAACAAGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT 1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT ** * * * * * 14788112 TAATTTTCAAAATATTACTAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ACTAGACAA 66 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAC-A * * * 14788176 AGTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTAT 130 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT * * * * 14788228 TCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCT-GAAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA 1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA ** * * * * 14788288 TTAATTCGTAAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAA 65 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CA-AAA * * * * ** * * ** 14788352 CAGTTGTTTTATGAGAAAACAATTA--TCATAATGATTTGAGGTTGATATTTGC 128 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Indices: 14781851--14787126 Score: 1622 Period size: 533 Copynumber: 9.9 Consensus size: 528 14781841 AATGTTTTAC * * * * * ** * * 14781851 TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTGATTTCAAATAAG-TTTGTATGAACAA 1 TTATTAATTTTTGAAATATTA-CAGAGTAGTATTATTTTATGTCGGATAAGCTTT-TATAAACTA * * *** * * 14781915 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT 64 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAAGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGT * * * * * * * 14781980 TATAACTATTTGAA-TGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAGTAAATTTT 128 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTA-TTAATTTT * * * * 14782043 -GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTT 191 CG-AATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT * * * * ** * * 14782105 TTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAATTAGT-TATAACTATT 253 TTATGACTAAAC-AAAAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCT-TAACTATT * * * * * * * 14782169 TCAACTTGTAT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAA 316 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ATATTATTAAATTAGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-TAAAAAACAATTATTTTAT * * * * * * * * 14783362 GACAAAGCAAAAGGTCATAAAAACTT-AAA---ATA-A--AT--AATTGTTCAT-A-T-TTTGAA 431 GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATTGATATATGTTCAAATAG-CCATAACTATTTAAA * * * * 14783415 TTAATTCAGTAAACTGATTT-ATTTTTTAAATCTCTT 495 CTAATTCAGAAAAC-AATTTCAGTTTTTAAATC-C-T * * * * * * * * 14783451 AGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACC 1 --TTATTAATTTTTGA-AATATTAC-AGAGTAGTATTATTTTATGTCGGATAAGCTTTTATAAAC ** * * * * * * * * 14783515 GGACACAATTATGTT-TGGCAGAATAAAAA-GTTATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTAAAA 62 TAAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAAGGTCATAA-AGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAA * * * * * * * 14783577 TAATCATAACTATTGGAAC-TGATTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT 124 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAT * * * 14783637 TCTT-GAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAACAAT 188 T-TTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAAT * * * * * * * * 14783699 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AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATA-AA-GATTT-AAATAGATAATTGTTTAAAT * ** * * * * * * * 14784111 AGTCTTAACTATTAT-AAC-TGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAGTCTCTTG-GTA--ATT 125 AGTCATAACTATT-TGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAT * * * * * * * 14784171 TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAACAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGT 188 TTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT ** * * * * * * * * * * 14784235 TTTATGAGAAAACACATA-TCATAATC-ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATATTCATAACTAT 252 TTTATGACTAAACA-AAAGTTAGAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTAT * * * * * * 14784298 TTAAACTTATTTAG-AAA-ACAACTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTT 315 TTAAAC-TGTTCAGCAAATAC-A-TTTATTTTTTAAAT--C-T-CTCACTAATTTTTG-AATATT * * * * * * * ** * * 14784361 AATAGAGTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTTTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATAACA 372 ATTAAATTAGGATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACA * * * 14784424 AAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATA-ATTGTTC-AATAGTCA-AACCTATTTAAACT 435 AAACAAAAGGTAATAACAA-TTTGAAATTGATATA-TGTTCAAATAGCCATAA-CTATTTAAACT * * ****** * 14784485 -ATTCAGTAAACAAATTTAAAAAAAAAAAAAATCTTT 497 AATTCAGAAAAC-AATTT---CAGTTTTTAAATC-CT * * * * * * * * 14784521 TGCTCATTAATATTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA 1 T--T-ATTAAT-TTTTGAAATATT-ACAGAGTAGTATTATTTTATGTCGGATAAGCTTTTAT-AA * * * * * * * * * 14784585 A-TGAAATAACTATTTTATGACTAAACAATAGGT-TTGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT-A 60 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT-AAAGATTT-AAATAGATAATTGTTTAA * * * ** * * * * * * 14784647 ATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACACATTTACTTTTTTTAAGTCTCTTACTTACTA 123 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA--TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTA * * * * ** 14784712 ATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAAT 186 ATTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT * * * * * * * * ** 14784777 TATTTTATGAC-AAATCGAAAGGTTAAAACGATTTTAAATAGACAATTATTTAAACAATAATAAC 249 TGTTTTATGACTAAA-C-AAAAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAAC * * * * * * * 14784841 TATTTAAACTTTTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAACTCTTTCTTATTATTTTTTGAATATTA 312 TATTTAAAC-TGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAA-TC--TCTCACTAATTTTTGAATATTA * * * * ** ** * ** * 14784906 ATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTACATGA-ATTGAAATAATTGCTTTATGACTAA 373 TTAAATTAGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAA * * ** * * * * * * 14784970 GCAAAAGGT-TTGAATGATTTGCAA-T-ATATAATTAGTT--AATAGTCTTAACCATTTGAACTG 437 ACAAAAGGTAAT-AACAATTTGAAATTGATAT-A-T-GTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTA * * * * 14785030 ATTTAGTAAACAAAGTT-ATTTTTTTAAATCTCT 498 ATTCAGAAAAC-AATTTCA-GTTTTTAAATC-CT ** * * * * ** * * 14785063 TACGTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-CCAAATAAG-TTTACATGA 1 T---TATTAATTTTTGAAATATTA-CAGAGTAGTATTATTTT-ATGTCGGATAAGCTTT-TATAA * * * ** * * 14785126 AC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATA 60 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAAGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAA * * ** * ** * * * * 14785190 TAGTCTTAAGTATTTGAACCAGTTCAATAGTTAGATTT-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGT 124 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAA-T * * * ** * * * * 14785254 TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG---ATA-GTA-T-AAATAGTTGA 188 TTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG- *** * * * *** * * ** 14785313 AACTAT-TC-AAATAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT 251 TTTTATGACTAAACAAAA-GTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTAT * * ** ** * * * * * * 14785376 TTAAAATATTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAACTTTTTAAATATCAA 315 TTAAACT-GTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ACTAA-TTTTTGAATATTAT * * * ** * * * 14785441 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACA-AAAC-TAAATTGA-CAAAAACAATTGTTTTATGATAA 374 TAAATTAGGATTATTTTATTCT-AA-ATAAGCTTGTA-TGATAAAAAACAATTATTTTATGACAA * * * * * ** * * ** 14785503 AACAAAAAGAAATAACGATTTGAAATAGATA-ATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGT 436 AACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATTGATATA-TGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAAT ** * 14785567 TTGGTAAATATAA-TT-A-TTTTCTAAATCTCTT 500 TCAG-AAA-ACAATTTCAGTTTT-TAAATC-C-T * * * * * * * ** ** 14785598 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTAT-TCTGAATAAGCTTTTAGGAGT 1 --TTATTAATTTTTGAAATATT-ACAGAGTAGTATTATTTTATGTC-GGATAAGCTTTTATAAAC * * * ** * * * * * 14785662 TGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATTGTTCATAGA 62 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAAGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATA * * * * 14785727 GTCTTAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATT 126 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTT-GCTTATTAATT * * * * * * * 14785790 TTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTGCAATAAACTTGTATGACCAGACACAATTGT 189 TTC-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT * * * * * 14785855 TTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAT 252 TTTATGACTA-AACAAAA-GTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTAT * * * * * * * * * 14785919 TTGAATCGGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA 315 TT-AAACTGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTCACTAATTTTTG-AATATTATTAAA * * * * 14785984 TTAGGATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA 378 TTAGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA * * * * * 14786049 GGTAATAACAATTTGAAATTTATAGT-TGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTAATTCA-ATA 443 GGTAATAACAATTTGAAATTGATA-TATGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTCAGA-A * 14786112 AACTAATTT-ATTTTTTAAATCTCTT 506 AAC-AATTTCAGTTTTTAAATC-C-T * * * 14786137 ACTTATTAATTTTTG-AA-A-T-GA-AGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTA 1 --TTATTAATTTTTGAAATATTACAGAGTAGTATTATTTTATGTCGGATAAGCTTTTATAAACTA * * * * 14786197 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGCTCATAACGATTTCACATAGATAATTGTTTAAATAGT 64 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAAGATTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGT * * * * * 14786262 CATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATGTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTT 128 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTAAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTT * * * * * 14786327 CCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTGTTAACTGAAACAATTATTAT 191 CGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT * 14786392 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TTA-AATCTATTTAAACTCGTTCAGCAAATAGA-TT-TTTTTAAAATTCTTTTGCTCATTAGCTT 127 TCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAA-TCTCTTGCTTATTA-ATT * ** * * 14786856 TTCGAGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAATAATTGTT 189 TTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT * * * ** * * 14786921 TTATGACTAAATAATAGGTCAGAATGATTTGAAGTAGATAATTA-TTCAATAGTCTTAACTATTT 253 TTATGACTAAACAA-AAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACTATTT * * * 14786985 AAACTGCTTCAGCTAACACATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATTTTAT 317 AAACTG-TTCAGCAAATACATTTA-TTTTTT-AAATCTC-T-C--ACTAA-TTTTTGAATATTAT * * * * * * * * 14787050 TAAACTAGTG-TTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATAAAAAAAAACAATTATTTTATAACAAAT 374 TAAATTAG-GATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA * 14787114 CAAAAGGTTATAA 438 CAAAAGGTAATAA 14787127 TGATTTTAAA Statistics Matches: 3668, Mismatches: 780, Indels: 577 0.73 0.16 0.11 Matches are distributed among these distances: 519 61 0.02 520 82 0.02 521 9 0.00 522 6 0.00 523 7 0.00 524 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Indices: 14781847--14790044 Score: 1397 Period size: 361 Copynumber: 22.9 Consensus size: 360 14781837 ATTAAATGTT * * * * ** * * 14781847 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTGATTTCAAATA-AGTTTGTATGA 1 TTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTATAGCTTGTATGA * ** * * * 14781911 ACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA 66 ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA * * * * * * * * 14781976 TAGTTATAACTATTTGAATGTATTCAGAA-AATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAGTAAA 131 TAGTCATGACTATTTGAAT-TGTTCAAAAGAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA-TTAA * * * 14782039 TTTTGA-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTATGAATA-AAACAATT 194 TTTTCAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATT * * * * * * * * 14782102 GTTTTATGACAAAAC-GAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAATTAGTTATAAC 257 GTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACT-ATGTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AC * * * ** * 14782165 TATTTC-AACTTG-T-ATGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC 320 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TTGGTCATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTA-AAATAATATAA 1 TTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTATAGCTTGTATGA * * * * * 14782993 ACAGTCAA-AACTA---T-T----AAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTA 66 ACAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA * ** * *** * * * 14783048 AT-GTCA-AACCTATCTAAAATGTTTTGGCAAG-A-AGATTTACTTTTT-AAATCTTTTGCTGAT 130 ATAGTCATGA-CTAT-TTGAAT-TGTTCAAAAGAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTAT * * * * * * 14783108 TAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTACTA-TTTATTTCGAACAAACTTTTATTAGAA-A-AA 191 TAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA-T-GAACATAA * * * * * * 14783169 ATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT 251 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACT-ATGTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGT * * * * * ** * * * * * 14783231 TATAATTATTTGAACTAG-TTTGCCAAAAAGAAT-TATTTTCTAAATCTC 315 CAT-ACTACTCGAACTTGCTCAG-TAAACA-AATCAAATTT-AAAATCTC * * * * ** * * 14783279 TTACTT-ATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTGTTCCGAATA-AGCTTTTATG 1 TTACTTAAT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTATAGCTTGTATG *** * * ** * * * 14783342 AGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAAACTTAAAATAAATAATTGTTC-- 65 AACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA ** ** ** * * * 14783405 ATA-TTTTGA--A-TT-AA---TTCAGTA-AACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT 130 ATAGTCATGACTATTTGAATTGTTCAAAAGAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT * * * * * ** * * 14783461 TTTTAGAATATTACTAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACCGGACACAATTA 195 TTTCAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTG * * * * * * * * * * * * 14783526 TGTT-TGGCAGAATAAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAACTA 258 TTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACTATGTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTA * * * * * * ** * 14783589 TTGGAAC-TGATTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC 322 CTCGAACTTG-CTCAGTAAACAAA-TCAAATTTAAAATCTC * * * * ** * * 14783629 TTA--T--TAATTCTTGAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGT 1 TTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTATAGCTTGTATGA ** * * * * * * 14783689 TGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAACGATTTGAAATAGATAGTTTTTCAAA 66 ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA * * * * * * *** * * 14783753 TGGCCATAATTATTTGCATTGATTCAATA-AATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT 131 TAGTCATGACTATTTGAATTG-TTCAAAAGAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT * * *** * * * 14783817 TTT-TG---A--AATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC-TAAAAAATTA 195 TTTCAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTG * * * * * * * * 14783875 TTTTATGACAAAATAAAATG-TAATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT 258 TTTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACT-ATGTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACT * * * * * * ** * 14783938 ATTTGGACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTCAAATCTC 321 ACTCGAACTTGCTCAG-TAAACA-AATCA-AATTTAAAATCTC * * ** * * * * * * 14783980 ATACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATA-AGCTTCTATAA 1 TTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTATAGCTTGTATGA * * * * * * * * ** ** 14784044 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distributed among these distances: 345 46 0.01 346 45 0.01 347 3 0.00 348 24 0.00 349 163 0.03 350 344 0.06 351 47 0.01 352 204 0.03 353 140 0.02 354 178 0.03 355 303 0.05 356 483 0.08 357 642 0.11 358 588 0.10 359 269 0.04 360 520 0.09 361 695 0.12 362 665 0.11 363 318 0.05 364 151 0.03 365 146 0.02 366 17 0.00 367 18 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (360 bp): TTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTATAGCTTGTATGA ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA TAGTCATGACTATTTGAATTGTTCAAAAGAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT TTCAGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTT TATGACAAAACAAAAAGATCATAACTATGTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATACTACTCG AACTTGCTCAGTAAACAAATCAAATTTAAAATCTC Found at i:14790680 original size:176 final size:176 Alignment explanation

Indices: 14790121--14791005 Score: 661 Period size: 176 Copynumber: 5.0 Consensus size: 176 14790111 TTATTTTAAC * * 14790121 TATTCAAATAGTGATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACATATTTCTTTTTTAAATCTCTTAC 1 TATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTAC * 14790185 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAA 63 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA * * 14790249 AAAAATTTGTTTTATAACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT 127 AAAATTTTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT--T * * * * ** ** 14790302 TATTTAAATGGCCATAATTATTTTCACTAATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTCTTAC 1 TATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTAC * * *** * * 14790366 TTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATTAAC-TA 63 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA ** * * ** * * 14790430 AAATAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAAT 128 AAATTTTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG--ATT * * * 14790482 TATTCAAATAGTACTAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTT 1 TATTCAAATAGTA-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACTT * * * 14790544 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACAAAAA 65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA * * * * 14790609 ATTTTGTTTGATGAGAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGGAATTGATT 130 ATTTTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATT * * * * ** * * * * 14790656 TCCATTCATATAGTATTGACTATTTGAACTGGTTCGACAATTACATTTA-TTTTTAATTTTTTTG 1 T--ATTCAAATAGTA-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA-ATTCTTA * * ** * * * ** * 14790720 GTTATTAAGTTTCAAAATA-TCATAAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACA 62 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA * * * * 14790784 AAACCAA--TTGTTTGATGAGAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA-T 126 AAA--AATTTTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATT * * * * * * * * * * 14790835 AATTCAAATAGTTAAAACTATTTCAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACT 1 TATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACT * * * * * 14790900 AATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAAAAAACTTATATCAACAA 64 TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA * * * * 14790962 AAACA-ATTGTTTTATCACAAAACAAAAA-GTTATAATTATTTGAA 127 AAA-ATTTTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAA 14791006 CTAGTTCAGT Statistics Matches: 555, Mismatches: 122, Indels: 58 0.76 0.17 0.08 Matches are distributed among these distances: 174 3 0.01 175 8 0.01 176 115 0.21 177 92 0.17 178 58 0.10 179 64 0.12 180 108 0.19 181 103 0.19 182 4 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (176 bp): TATTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTA TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAA TTTTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATT Found at i:14790907 original size:357 final size:356 Alignment explanation

Indices: 14790122--14791005 Score: 856 Period size: 356 Copynumber: 2.5 Consensus size: 356 14790112 TATTTTAACT * * * * 14790122 ATTCAAATAGTGATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTT-CTTTTTTAAATCTCTTACT 1 ATTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATGGTTCGATAAATAGATTTAC-TTTTTAAATCTCTTAC- * * * 14790186 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAA 63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACAAAA * * * 14790251 AAATTTGTTTTATAACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCA 128 AAATTTGTTTGATAACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-ATTATTCAAATAGCCA * ** * 14790316 TAATTATTTTCACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTTAGAA 192 TAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTCAGAA * * ** ** * * * * 14790381 ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATTAACTAAAATAATGTTTTATGA 257 ATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACTAAAACAATGTTTGATGA * * * * 14790446 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATT 322 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAG--AATA * * 14790483 ATTCAAATAG-TACTAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T 1 ATTCAAATAGTTA-TAACTATTTAAA-TGGTTCGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACT * 14790544 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACAAAA 64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACAAAA * * * * * * * 14790608 AATTTTGTTTGATGA-GAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGGAATTGAT-TTCCATTCATATAG-T 128 AAATTTGTTTGATAACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATT--ATTCAAATAGCC * ** * * * * * ** 14790670 ATTGACTATTTGAACTGGTTC-G-ACAATTACATTTA-TTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTT 191 A-TAACTATTTGAACTAATTCAGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAA-TTT 14790732 CA-AAATATC-ATAAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAAC-AAAACCAATTG 252 CAGAAATATCAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACTAAAA-CAA-TG * * 14790794 TTTGATGAGAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAG-ATA 314 TTTGATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAATA * * * 14790836 ATTCAAATAGTTAAAACTATTTCAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTA 1 ATTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATGGTTCGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACT- * * * * 14790901 ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAAAAAACTTATATC-AACAAA 64 ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTA-CGAACAAA * * * * 14790963 AACAA-TTGTTTTATCACAAAACAAAAA-GTTATAATTATTTGAA 127 AA-AATTTGTTTGATAACAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAA 14791006 CTAGTTCAGT Statistics Matches: 431, Mismatches: 67, Indels: 54 0.78 0.12 0.10 Matches are distributed among these distances: 353 49 0.11 354 15 0.03 355 62 0.14 356 128 0.30 357 117 0.27 358 9 0.02 360 4 0.01 361 47 0.11 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (356 bp): ATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATGGTTCGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAT TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACAAAAAAA TTTGTTTGATAACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTATTCAAATAGCCATAAC TATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTCAGAAATAT CAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACTAAAACAATGTTTGATGACAAA ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAATA Found at i:14791135 original size:145 final size:145 Alignment explanation

Indices: 14790869--14791134 Score: 324 Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145 14790859 AAATGGTTTG * * * 14790869 GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTA 1 GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATAAATTTTCGAAATATTAACAAATTAGTATTA * 14790934 TTTTATTTAAAAAAACTTATATCAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTTATAATT 66 TTTTATTTAAAAAAACTTATATCAACAAAAACAATTGCTTTATCACAAAACAAAAAGTTATAATT 14790999 ATTTGAACTAGTTCA 131 ATTTGAACTAGTTCA * * * * * 14791014 GTAAATAGATTT-TTTTTTAAAATCTCTTTCTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTTGTTT 1 GTAAATAGATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTAAT-AAATTTTCGAAATATTAACAAATTAGTAT * * * * * * 14791077 TATTTTATTCTGAATAAACTTGA-A-CGAGCTAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAA 64 TATTTTATT-TAAAAAAACTT-ATATC-AACAAAAACAATTGCTTTATCACAAAACAAAA 14791135 GGTCATAACA Statistics Matches: 101, Mismatches: 15, Indels: 9 0.81 0.12 0.07 Matches are distributed among these distances: 144 5 0.05 145 52 0.51 146 43 0.43 147 1 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.06, T:0.42 Consensus pattern (145 bp): GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATAAATTTTCGAAATATTAACAAATTAGTATTA TTTTATTTAAAAAAACTTATATCAACAAAAACAATTGCTTTATCACAAAACAAAAAGTTATAATT ATTTGAACTAGTTCA Found at i:14791305 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 14790993--14791515 Score: 471 Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181 14790983 ACAAAAAGTT * * ** * 14790993 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTTAAAATCTCTTTCTTATAAAATTTTG 1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAGCAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATAAAATTTTG * ** * 14791057 AAATATTAACAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATAAACTTGAACGAGCTAAAATAATTGCTTTA 65 AAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCCAATAAACTTGAACGAGATAAAATAATTGCTTTA * * 14791122 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAACTATACATATAATC 130 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATACAAATAATC * * * * * * 14791174 -TCAACTGTTTGAACTAGTTCGGCAAGCAGATTTATTTTCTAAATCTCTTAGTTAT-GAATTTTT 1 AT-AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTG ** * * * * 14791237 AGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTCCCAATAAATTTGTATGA-ATAGAAATAATTGTTT 65 A-AATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCCAATAAACTTGAACGAGATA-AAATAATTGCTT ** * * * ** 14791301 TATGACAAAACAAAAGGTTTTAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATC 128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATACAAATAATC * * * 14791355 ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAGCAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTAC---T--AATTCTT 1 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAGCAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATT-TT * * * * * * * * 14791415 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTT---AATAAGCTTGTATGTTGA-AAAACAATTGTT 64 GAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCCCAATAAACTTGAACG-AGATAAAATAATTGCT * * * 14791476 TTATGACAAAACGAAAGAT-AGTAACGATTTGAAATAGATA 127 TTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATA 14791516 TTGCATGTTG Statistics Matches: 282, Mismatches: 49, Indels: 27 0.79 0.14 0.08 Matches are distributed among these distances: 176 56 0.20 177 1 0.00 178 29 0.10 179 6 0.02 180 10 0.04 181 160 0.57 182 20 0.07 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGA AATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCCAATAAACTTGAACGAGATAAAATAATTGCTTTAT GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATACAAATAATC Found at i:14792436 original size:182 final size:179 Alignment explanation

Indices: 14791529--14792844 Score: 1020 Period size: 182 Copynumber: 7.3 Consensus size: 179 14791519 CATGTTGAAC * * * * * * 14791529 TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAGAAACAATTGTTCAAATA 1 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * 14791594 GTCGTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTT 66 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * ** * * * * * 14791658 TGGAAATATTAAGAAATTAACATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAAC 129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATTAAT * * * * * * * 14791710 TGAAACAATTCTTTGATGTCAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTTCAAAT 1 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * * 14791775 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAGAGATTTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAAT 65 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT ** * * * 14791840 TTTTTTAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA--AGAT 127 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATTA-AT * * * * * * * 14791893 ATGAAACAAATATTTT-TGACTAAAA-AAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA 1 -TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA ** * * * * * 14791956 TAGTTTTAACTA--TG----GTTTGGGAAACACATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTAATATTTT 64 TAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * ** * * * * 14792015 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCTT-CAATGAT 129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAATAAGCTTGTATTAAT ** * * ** * * 14792066 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAAT 1 -TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * * * * 14792130 AGTCATAACTTTTTG-ATCTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTTGCTTATTAATT 65 AGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT * * * 14792194 TTTGAAATATT-ACAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATAA- 128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTAT--TAAT * * ** * 14792247 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAGTAGATAATCATTCAAATG 1 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * 14792311 GCCATAATTATTTTAATTGATTCGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTT 66 GTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT ** * 14792376 AGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAAT 129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-ATAAGCTTGTATTAAT * * * * * * * 14792428 TGAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTTACAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA 1 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * 14792493 GTAATAATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTCTTCA-TAATT 66 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATT * * * 14792557 GTTT-AAATATTAATAAA-TAGGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC 128 -TTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATTAAT * * * * * * 14792610 TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACT-ATTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT 1 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * ** * * * 14792674 AGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATCTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTT 65 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * * * * * * 14792739 TTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATCCGAATAAGCATGTA-CAAA 129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTTGTATTAAT * * * * * * ** * 14792790 TGACATAGTTCTTTTACGACAAAACAATAGGTCATAACGATTTGATATAGATAAT 1 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT 14792845 CATTCATACA Statistics Matches: 902, Mismatches: 190, Indels: 87 0.77 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 172 1 0.00 173 99 0.11 174 19 0.02 175 12 0.01 178 5 0.01 179 47 0.05 180 156 0.17 181 109 0.12 182 364 0.40 183 23 0.03 184 67 0.07 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA GTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAGCTTGTATTAAT Found at i:14793021 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 14792995--14793030 Score: 56 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19 14792985 TTTAAAATAG * 14792995 ATAATTATTT-AAATAGTC 1 ATAACTATTTGAAATAGTC 14793013 ATAACTATTTGAAATAGT 1 ATAACTATTTGAAATAGT 14793031 TTAGTAAACA Statistics Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 18 9 0.56 19 7 0.44 ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (19 bp): ATAACTATTTGAAATAGTC Found at i:14793235 original size:3 final size:3 Alignment explanation

Indices: 14793221--14793347 Score: 53 Period size: 3 Copynumber: 46.0 Consensus size: 3 14793211 ACAAATTTTC * * 14793221 ATT ATT AGT ATT ATT -TT CTT A-T ATT A-T ATT ATT ATT ATT -TT -TT 1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT * * * * * * 14793264 A-T AAT ATT ATT ATT AGT ACT A-T AGT A-T AAT ATT -GT ATTT ATT 1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A-TT ATT * * * * 14793306 ATT ATT ATT A-T ATT -GT ATT -TT CTT ATT ATC ATT ATT TTT ATT 1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT 14793348 TTCTTTCGTT Statistics Matches: 96, Mismatches: 16, Indels: 24 0.71 0.12 0.18 Matches are distributed among these distances: 2 22 0.23 3 72 0.75 4 2 0.02 ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.04, T:0.62 Consensus pattern (3 bp): ATT Found at i:14793238 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 14793215--14793253 Score: 53 Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18 14793205 AATCGAACAA 14793215 ATTTTCAT-TATTAGTATT 1 ATTTTCATATATTA-TATT * 14793233 ATTTTCTTATATTATATT 1 ATTTTCATATATTATATT 14793251 ATT 1 ATT 14793254 ATTATTTTTT Statistics Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2 0.86 0.05 0.09 Matches are distributed among these distances: 18 14 0.74 19 5 0.26 ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.03, T:0.64 Consensus pattern (18 bp): ATTTTCATATATTATATT Found at i:14793251 original size:24 final size:27 Alignment explanation

Indices: 14793221--14793281 Score: 83 Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27 14793211 ACAAATTTTC 14793221 ATTATTAGTATTATTTTCT-T-ATATT 1 ATTATTAGTATTATTTTCTATAATATT * * 14793246 A-TATTATTATTATTTTTTATAATATT 1 ATTATTAGTATTATTTTCTATAATATT 14793272 ATTATTAGTA 1 ATTATTAGTA 14793282 CTATAGTATA Statistics Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4 0.81 0.08 0.11 Matches are distributed among these distances: 24 15 0.50 25 2 0.07 26 6 0.20 27 7 0.23 ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.03, T:0.62 Consensus pattern (27 bp): ATTATTAGTATTATTTTCTATAATATT Found at i:14793255 original size:21 final size:21 Alignment explanation

Indices: 14793229--14793278 Score: 66 Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21 14793219 TCATTATTAG * 14793229 TATTATT-TTCTTATATTATAT 1 TATTATTATT-TTATATAATAT * 14793250 TATTATTATTTTTTATAATAT 1 TATTATTATTTTATATAATAT 14793271 TATTATTA 1 TATTATTA 14793279 GTACTATAGT Statistics Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2 0.87 0.07 0.07 Matches are distributed among these distances: 21 24 0.92 22 2 0.08 ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.00, T:0.66 Consensus pattern (21 bp): TATTATTATTTTATATAATAT Found at i:14793319 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 14793229--14793347 Score: 70 Period size: 18 Copynumber: 6.6 Consensus size: 18 14793219 TCATTATTAG * 14793229 TATTATT-TTCTTATATT 1 TATTATTATTATTATATT 14793246 ATATTATTATTATT-T-TT 1 -TATTATTATTATTATATT * 14793263 TATAATATTATTATTAGTACTA 1 TAT--TATTATTATTA-TA-TT * * * 14793285 TAGTA-TAATATTGTATT 1 TATTATTATTATTATATT 14793302 TATTATTATTATTATATT 1 TATTATTATTATTATATT * 14793320 GTATT-TTCTTATTATCA-T 1 -TATTATTATTATTAT-ATT * 14793338 TATTTTTATT 1 TATTATTATT 14793348 TTCTTTCGTT Statistics Matches: 79, Mismatches: 11, Indels: 22 0.71 0.10 0.20 Matches are distributed among these distances: 16 3 0.04 17 11 0.14 18 44 0.56 19 15 0.19 20 3 0.04 22 3 0.04 ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.03, T:0.63 Consensus pattern (18 bp): TATTATTATTATTATATT Found at i:14794226 original size:16 final size:16 Alignment explanation

Indices: 14794190--14794243 Score: 63 Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16 14794180 TTTTTTCCAT 14794190 TTTTATTTTATTTTTTGA 1 TTTTATTTTA-TTTTT-A 14794208 TTTTATTTTATTTTTA 1 TTTTATTTTATTTTTA * ** 14794224 TTTTCTTAAATTTTTA 1 TTTTATTTTATTTTTA 14794240 TTTT 1 TTTT 14794244 TGGTTTTTTA Statistics Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2 0.87 0.08 0.05 Matches are distributed among these distances: 16 18 0.55 17 5 0.15 18 10 0.30 ACGTcount: A:0.19, C:0.02, G:0.02, T:0.78 Consensus pattern (16 bp): TTTTATTTTATTTTTA Found at i:14794413 original size:19 final size:19 Alignment explanation

Indices: 14794370--14794409 Score: 55 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19 14794360 TAAAATAGAT * * 14794370 AAATAAAAAAATCTTTTTC 1 AAATAAAAAAATCTCTTAC 14794389 AAATAAAAAAATC-CTTAC 1 AAATAAAAAAATCTCTTAC 14794407 AAA 1 AAA 14794410 ATAAGTTCAT Statistics Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1 0.86 0.09 0.05 Matches are distributed among these distances: 18 6 0.32 19 13 0.68 ACGTcount: A:0.60, C:0.12, G:0.00, T:0.28 Consensus pattern (19 bp): AAATAAAAAAATCTCTTAC Found at i:14798227 original size:74 final size:74 Alignment explanation

Indices: 14798143--14798280 Score: 174 Period size: 74 Copynumber: 1.9 Consensus size: 74 14798133 ATATGCTTTG * * ** 14798143 AAAAAACAAAA-AAAA-AAAGAAGAAGAAAAAGGAAATTAATGGAGC-AAATGTCAATGTGCTCT 1 AAAAAACAAAAGAAAAGAAA-AA-AA-AAAAAGAAGATTAATGGAGCAAAATGTCAAAATGCTCT 14798205 ACCAAAAACTAA 63 ACCAAAAACTAA * * 14798217 AAAAAACAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAGATTGATGGGGCAAAATGTCAAAATGCTCTAC 1 AAAAAACAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAGATTAATGGAGCAAAATGTCAAAATGCTCTAC 14798281 ATGAAGAAAT Statistics Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 6 0.82 0.09 0.09 Matches are distributed among these distances: 73 16 0.29 74 30 0.55 75 6 0.11 76 3 0.05 ACGTcount: A:0.61, C:0.10, G:0.16, T:0.13 Consensus pattern (74 bp): AAAAAACAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAGATTAATGGAGCAAAATGTCAAAATGCTCTACC AAAAACTAA Found at i:14798603 original size:16 final size:15 Alignment explanation

Indices: 14798582--14798614 Score: 57 Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15 14798572 AAATTACAAA 14798582 AAAATAAGAAGAAAAG 1 AAAATAAGAA-AAAAG 14798598 AAAATAAGAAAAAAG 1 AAAATAAGAAAAAAG 14798613 AA 1 AA 14798615 GAAGAAAGAG Statistics Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1 0.94 0.00 0.06 Matches are distributed among these distances: 15 7 0.41 16 10 0.59 ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.15, T:0.06 Consensus pattern (15 bp): AAAATAAGAAAAAAG Found at i:14798616 original size:26 final size:26 Alignment explanation

Indices: 14798580--14798636 Score: 80 Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26 14798570 AAAAATTACA * 14798580 AAAAAATAAGAAGAAA-AGAAAATAAG 1 AAAAAAGAAGAAGAAAGAGAAAA-AAG * 14798606 AAAAAAGAAGAAGAAAGAGAAAAATG 1 AAAAAAGAAGAAGAAAGAGAAAAAAG 14798632 AAAAA 1 AAAAA 14798637 CTTAAATTGA Statistics Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 2 0.88 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 26 22 0.79 27 6 0.21 ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.18, T:0.05 Consensus pattern (26 bp): AAAAAAGAAGAAGAAAGAGAAAAAAG Found at i:14799646 original size:18 final size:17 Alignment explanation

Indices: 14799623--14799665 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17 14799613 TCTTTCTTTT 14799623 TTGTGAATATAAAAGTCC 1 TTGTGAATATAAAA-TCC ** * 14799641 TTGTGAACCTAAAATCT 1 TTGTGAATATAAAATCC 14799658 TTGTGAAT 1 TTGTGAAT 14799666 CTAGAACCTT Statistics Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 1 0.81 0.15 0.04 Matches are distributed among these distances: 17 9 0.43 18 12 0.57 ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.16, T:0.37 Consensus pattern (17 bp): TTGTGAATATAAAATCC Found at i:14799663 original size:17 final size:17 Alignment explanation

Indices: 14799622--14799681 Score: 66 Period size: 17 Copynumber: 3.5 Consensus size: 17 14799612 TTCTTTCTTT * 14799622 TTTGTGAATATAAAAGTC 1 TTTGTGAATCTAAAA-TC * * 14799640 CTTGTGAACCTAAAATC 1 TTTGTGAATCTAAAATC * * 14799657 TTTGTGAATCTAGAACC 1 TTTGTGAATCTAAAATC 14799674 TTTGTGAA 1 TTTGTGAA 14799682 ACTTGAATCA Statistics Matches: 35, Mismatches: 7, Indels: 1 0.81 0.16 0.02 Matches are distributed among these distances: 17 23 0.66 18 12 0.34 ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.17, T:0.37 Consensus pattern (17 bp): TTTGTGAATCTAAAATC Found at i:14799732 original size:85 final size:86 Alignment explanation

Indices: 14799576--14799801 Score: 222 Period size: 85 Copynumber: 2.6 Consensus size: 86 14799566 GCATCTTGGA * * * * ** 14799576 GAATCTATAACTTTTGTGAAACTTAGAATCTTGCGATTCTTTCTTTTTTGTGAATATAAAAGTCC 1 GAATCTAAAACCTTTGTGAAACTTAGAATCATGCGAATCTTTCTTTTTTGCAAATATAAAAGTCC * 14799641 TTGTGAACCTAAAATCTTTGT 66 TTGTGAACCTAAAATCTTTAT * * * * 14799662 GAATCTAGAACCTTTGTGAAACTT-GAATCATGTGAATCTTT-TTTTCTTGCAAATTTGAAAGTC 1 GAATCTAAAACCTTTGTGAAACTTAGAATCATGCGAATCTTTCTTTT-TTGCAAATATAAAAGTC * * 14799725 CTTGTGAACTTTAAATCTTTAT 65 CTTGTGAACCTAAAATCTTTAT * * ** * * * * * * 14799747 AAATCTAAAACCTCTACGAAGCTTAGAATCTTACGAATCTTCCATTCTTGCAAAT 1 GAATCTAAAACCTTTGTGAAACTTAGAATCATGCGAATCTTTCTTTTTTGCAAAT 14799802 TTGAAAACCT Statistics Matches: 113, Mismatches: 24, Indels: 6 0.79 0.17 0.04 Matches are distributed among these distances: 84 4 0.04 85 64 0.57 86 43 0.38 87 2 0.02 ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.13, T:0.40 Consensus pattern (86 bp): GAATCTAAAACCTTTGTGAAACTTAGAATCATGCGAATCTTTCTTTTTTGCAAATATAAAAGTCC TTGTGAACCTAAAATCTTTAT Found at i:14800323 original size:115 final size:114 Alignment explanation

Indices: 14800036--14800323 Score: 296 Period size: 115 Copynumber: 2.5 Consensus size: 114 14800026 CTTGATTTAG * * * * * * 14800036 GCCAAATCATTTTTTGACTC-GTGGCATTATCTTGATCATTCATTTTTGACCTCAACTAGATCCT 1 GCCAAATCATTTTCTGAC-CAATGGCATCATCTTGGTCATTCATCTTTGACCTCAACTCGATCCT * * 14800100 GATCACTTTCAAACTCATAGCATCATCACAGTTATTCAATCTCAGCTCAA 65 GATCACTTTCAAAATCATAGCATCATCACAGTCATTCAATCTCAGCTCAA * * * * ** 14800150 GCCAAATCATTTTTTGACCCATGGCATCATCCTGGTCATTCATCTTTGACCTCGACTCGATTTTG 1 GCCAAATCATTTTCTGACCAATGGCATCATCTTGGTCATTCATCTTTGACCTCAACTCGATCCTG ** * ** 14800215 ATCACTTTCAAAGATTGTGGCATCATTC-CAGTCATTCAATCTTTGCTCAA 66 ATCACTTTCAAA-ATCATAGCATCA-TCACAGTCATTCAATCTCAGCTCAA * * * * 14800265 GCTAAATCATTTTCCT-A-CAAGTGGTATCATCTTGGTCATTCATCTTCGACCTTAACTCG 1 GCCAAATCATTTT-CTGACCAA-TGGCATCATCTTGGTCATTCATCTTTGACCTCAACTCG 14800324 CTATTCGTCA Statistics Matches: 145, Mismatches: 24, Indels: 9 0.81 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 113 1 0.01 114 68 0.47 115 73 0.50 116 3 0.02 ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.12, T:0.36 Consensus pattern (114 bp): GCCAAATCATTTTCTGACCAATGGCATCATCTTGGTCATTCATCTTTGACCTCAACTCGATCCTG ATCACTTTCAAAATCATAGCATCATCACAGTCATTCAATCTCAGCTCAA Found at i:14801392 original size:12 final size:13 Alignment explanation

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Indices: 14803332--14813309 Score: 3985 Period size: 181 Copynumber: 55.5 Consensus size: 179 14803322 GCTTATTCAA * ** * * 14803332 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA-C 1 AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * * * * * *** 14803396 ATGTTTACC-AATCAAGTTTAAATATTTATGATTATTTGAACAGTTATCTATTTGAAATCACTAT 64 -TTTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT * * * * * * 14803460 AACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAAAT-TTTATGTTCATACAAGCTTATTTCG 127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG * * 14803512 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATC 1 AATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC 14803577 TTTTTACCGAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGTTAT 64 TTTTTACCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTAT * * * 14803640 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGTTTA-TTCGG 127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-G * ** * * * * 14803692 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Indices: 14804776--14813309 Score: 2505 Period size: 360 Copynumber: 23.7 Consensus size: 362 14804766 AAATATTGCT * * * * * * * 14804776 AAATTAATAAGTAAG-GAATAAAAAAATAAATGTGTTTGC-CAATCTAGTTCAAATGGTTA-AGA 1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATA-A * * * * * * * 14804838 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-AATTGTTT 64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAATAAATTGTTT * * * * * * * 14804902 TAGTTCGTACATGTTTTATTCAAAATAAAAT-A-AT-ACTTTATTAACATTAAAAAAATTAATAA 129 TAGTTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAA * * * * * * 14804964 GCAAGAAATTAAAAAAAATAAATCTA--TTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA 192 GTAAGAGATT-TAAAAAATGAAT-TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA * * * * ** * 14805027 CAATTGTCTATTT-AAA-----A-GACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA 255 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTTTCATAC * ** * * * 14805085 AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTCATTAATATTTTAA 319 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-TAGTTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT ** * ** * * * 14807478 AA-TAAGAGATTTAAAAGCTAAATCTAT-TTGCT-AAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTGTTTG 190 AAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT- ** ** * * * * 14807539 AAA-AATTATCTAACTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTTTTCA 252 AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTTTTCA * * * * **** 14807602 TATAAGCTTAATT-GAATTAAGATAATATTAATTTAATAATAAAAAATA 316 TACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA-A * ** ** * * ** * * * * * * * 14807650 AAAGTGTTTTGTCCAACCA-ATTCAAATAGTTAAGA-CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATT 1 AAATTAATAAGT--AA-GAGATTTAAA-AAATAA-ATCTGTT--TAC--TGAACCAGTTCAAATA * * * *** * * * ** ** 14807713 GTTCTAACCTTTTTG----TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCACA-CAAGCTTATGTGGA 57 GTTATAA-CTATTTGAACAATTA-TC-TATTTCAAATA-GTTA--TGACATTTAG-TT-T-TGTC ** * * * * * *** 14807773 ATAAAA-AAA-T-ACTTA-TTTAT-TAA-C--ATT-A-AA-AAAATTA-AT-AAGTAAGCGAT-T 113 ATAAAATAAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT * * * *** * ** * * * ** * 14807824 TTAAAAA--AATAAATCTATTTATTGAACAAGCTCAAATA-G---AT-G-ACTA-TTTGAATAAT 178 TCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA-AAAATGAATTATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT **** * * * ** 14807880 TAT--CTATTTAAA-ATCATTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTAGTTCAT-A 241 TATGACTATTTAAACA--ATTAT--CTATTTCAAATTGTTAT-GACCTTTTGTTTT-G-TCATAA * * * * 14807940 AA-AA-------CTT-AT-----C-TA---A-AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAA 299 AATAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAA * * * * * * * * * * 14807985 AAATGATTAAGCAAGAGTTTTAAAAACTAAAGCTAATTT-TTGAACCAGTTCAAATTGTTACAAC 1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAAC * * * * * * 14808049 TATTTAAATTAA-TATCAATCTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTTGTCATAACA-AAATTGTT 65 TATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATTTAGTTTTGTCATAAAATAAATTG-T * * * * 14808110 TTTA-ATCATACAAGTTTATTTAG-ATAAATATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAA 127 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* * * 14808533 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATTGAATC-AGTTCAAATACTTATGGCCAATTGAAC 192 GTAAGAGATTTAAAAAATGAATTATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC * * * * * * * ** 14808596 AAATATCTATTTTAAATCGTTATTA-CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATAC 256 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-TTCATAC * * * * * * * * * 14808660 AAGCTTATTCAAAATAAAATCATTATTACCTTTCGTT-TTGTCATAAA 319 AAGCTTATTTAGAATAAAAT-AATATTA-ATTT-ATTAATAT-TTTAA * * * * * * * * * * 14808707 ACAATTATTTTTCAACCTATAAACTTATTCGAAATAAA-ATATTACTAATTTA-TTAA-TA-TTT 1 A-AATTA---AT-AA-GTA-AGA--GATT-TAAA-AAATA-AAT-CT-GTTTACTGAACCAGTTC * * ** * * 14808768 AAAGATTTAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT 52 AAATAGTTA-TAA-CTATTTG---AA-CAA----TTAT----CTATTTCAAATAGTTATGAC-AT * * * ** * * ** * 14808833 TTGAATAATTATC-T-ATTTCAAATTG--TTA--T-A-ACCTA-TTTATTCTATCATAAAACAAT 102 TT-AGT-TTTGTCATAAAAT-AAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTC-AGAATAAAATAAT * * * * ** * * * ** * * * * * 14808889 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TATTTGAACAATTTTCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTATTTC 65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAATAAATTGTTT- * 14813195 TA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTGATATTCCAAAAATTAATAA 129 TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAA * * * * * 14813258 GTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTAT-TTTCT-GAACATGTTCAAATAGTTATGA 192 GTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA 14813310 TTTTTTCTTT Statistics Matches: 6081, Mismatches: 1514, Indels: 1165 0.69 0.17 0.13 Matches are distributed among these distances: 323 10 0.00 324 2 0.00 325 2 0.00 326 9 0.00 327 8 0.00 328 20 0.00 329 5 0.00 330 5 0.00 331 5 0.00 332 10 0.00 333 13 0.00 334 1 0.00 335 18 0.00 336 24 0.00 337 12 0.00 338 2 0.00 339 11 0.00 340 24 0.00 341 16 0.00 342 17 0.00 343 41 0.01 344 137 0.02 345 4 0.00 346 37 0.01 347 5 0.00 348 4 0.00 349 4 0.00 350 7 0.00 351 69 0.01 352 118 0.02 353 207 0.03 354 108 0.02 355 274 0.05 356 135 0.02 357 359 0.06 358 516 0.08 359 643 0.11 360 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Indices: 14808676--14813309 Score: 3282 Period size: 180 Copynumber: 25.9 Consensus size: 180 14808666 ATTCAAAATA * * * * **** * * * * 14808676 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACCTATAAACTTATTCGAAA 1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA * * * 14808741 TAAAATATTACTAATTTATTAATATTTAAAGATT--T-AGTAAGAGATTTGAAAAATAAAT-TGT 66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT * * 14808802 TTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC 131 TTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC * * * * * * * * 14808852 AAATTGTTATAACCTATTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACGAGTTTATTTGA 1 AAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA * * * * 14808916 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC 64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * * * * * ** 14808981 CGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATTATATGAATAATTATAGATTTC 128 TGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC * * * 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-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTATATAAAACAATTGTTTCA * * * 14813722 A--AATAAAAT 347 ATTCATACAAG ** ** * * * 14813731 AATATT-G-ATCTATTAATA-T--TTTGA--AA-ATTAATAAGAGATT--T-A------------ 1 CTTATTCGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATT-TTAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTA * ** * ** 14813773 AAAACTAAATCTATTTACTG-AATTAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATCGC 63 AAAAATAAATCTATTTAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC * * * * * * * 14813836 AAATTGTTAAGATCTTTT-TTTTGTGATAAAATAATTGTTTCT-TTCCATATAAGCTTATTCGAA 127 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT-CATACAAGCTTATTCAAA * * * * * * 14813899 TTATATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGT 191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTT * ** * * * * 14813963 GTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTGCAACAATTATCTAGTTCAAAACATTGTGA 254 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA * * * * * 14814027 ACGTTTGTTTAGTCAT-AAACAATTATTTCAATTTATACAAG 318 CCTTTTTTTTA-T-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG * * ** * * * * 14814068 CTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTCAAAAAAATTAGTGAGCAAAAGATTTAA 1 CTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A * * * 14814133 AAAAATAAATCTATTTACCAAAC----TCAAATAAATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT- 63 AAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC * * * * 14814192 AAAGTTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTT-TT--- 127 AAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAA ** * * * * * 14814252 -T-CGA-AATACTACTTTATTAATACTT-AAAATATT-ATAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAAGT 190 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT * * * * * * * * * 14814312 TGTTTTTCGAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTATTTTG 253 TGTTTATCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG ** * * 14814376 ATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-ATGATT-ATACAAG 317 ACCTTTTTTTTAT-ATAAAACAATTGTTTCA--ATTCATACAAG * * * ** * 14814418 CTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATCAATAA-T---AGATTTAAA 1 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Indices: 14813295--14816037 Score: 1864 Period size: 181 Copynumber: 15.4 Consensus size: 180 14813285 TCTGAACATG * * * * * * 14813295 TTCAAATAGTTATGATTTTTTCTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCACACAAGCATATTC- 1 TTCAAATA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA * ** * * * 14813359 GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAACTTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA 65 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA * * * * 14813424 TCTATTTATCGAGCAAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTAT 129 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * 14813476 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA 1 TTCAAATA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA * * * * * * 14813541 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGAAATTTAATAGGTAGGTGATTTAAAAAATAAAT 65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * ** * * * 14813606 CTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTAA 130 CTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * ** 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Indices: 14817336--14817600 Score: 347 Period size: 138 Copynumber: 1.9 Consensus size: 138 14817326 TGACTAGTGC * * * 14817336 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAA 1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAA * * *** 14817401 AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTAAAAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAA 66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTAAAAATAAAACAATGCAAATTTATTAATATTCCAA 14817466 ATAAGTTT 131 ATAAGTTT * * 14817474 AAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATGC-ATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTT-TCCAT 1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTAT-CAT * * * ** 14817537 AAAATAAGTT-TTTCTATTCATAGAAGCTTATTCCAAATAAAACAATGCAAATTTATTAATATTC 64 AAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAACTTATTAAAAATAAAACAATGCAAATTTATTAATATTC 14817601 AAACAATTAA Statistics Matches: 109, Mismatches: 15, Indels: 6 0.84 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 137 1 0.01 138 105 0.96 139 3 0.03 ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.06, T:0.43 Consensus pattern (138 bp): AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAA AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTAAAAATAAAACAATGCAAATTTATTAATATTCCAA ATAAGTTT Found at i:14817938 original size:500 final size:500 Alignment explanation

Indices: 14816969--14817962 Score: 1148 Period size: 500 Copynumber: 2.0 Consensus size: 500 14816959 TTGCCAAACT * * 14816969 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT 1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGT * * * * * * * ** 14817034 TATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGATTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT 66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGATTATTCCAAATAAAACAATACAAATTTATTAATAT ** * * * * * * 14817099 TTTGAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTAAACTAGTTCAATTACTTA 131 TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACTAATTCAAATACTTA * * 14817164 TAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT 196 TAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT * * ** ** * 14817229 TTCTGTTCATACTATCTTATTTGGAATAAAGTAATGTTGATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGA 261 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATATTGATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGA * * * * * * 14817294 AGTAATAGATTTAAAAAATGAAACTGTTGGCTTGACTAGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACA 326 AGTAAAAGATTTAAAAAATGAAAATGTTGGATTGACAAGTGCAAATACTCATAACTATTTGAACA ** * * * 14817359 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA 391 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAA * ** 14817424 ACTTATTAAAAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAATA 456 ACTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAATA * * * 14817469 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATGC-ATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTT- 1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG * * * 14817532 TCCATAAAATAAGTT-TTTCTATTCATAGAAGCTTATTCCAAATAAAACAATGCAAATTTATTAA 65 T-CATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATAGAAGATTATTCCAAATAAAACAATACAAATTTATTAA * * 14817596 TA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAA-TAAATTCAAA 128 TATTTCAAA-AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAACT-AATTCAAA * * * 14817658 TACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAA 190 TACTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATGATC-ATTTGTTTTGTCATAAAA * * * * * * **** 14817722 TAATTATTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTGATTTCTTTATATTTTGGCT 254 TAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATATTGATTTATTAATATTCTAAAA * * 14817787 ATT-AGTAAGTAAAAGATATT-AAAAAT-AAATATGTT-TATTGAACAAGTTCAAATACTCATAA 319 ATTAAG-AAGTAAAAGAT-TTAAAAAATGAAA-ATGTTGGATTG-ACAAGTGCAAATACTCATAA * * * 14817848 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTATC 380 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTATC * ** * 14817913 -AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC 445 TA-TTCATACAAACTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC 14817963 TAAAAATTAT Statistics Matches: 410, Mismatches: 72, Indels: 24 0.81 0.14 0.05 Matches are distributed among these distances: 499 16 0.04 500 385 0.94 501 9 0.02 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43 Consensus pattern (500 bp): AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGT CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGATTATTCCAAATAAAACAATACAAATTTATTAATAT TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACTAATTCAAATACTTA TAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATATTGATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGA AGTAAAAGATTTAAAAAATGAAAATGTTGGATTGACAAGTGCAAATACTCATAACTATTTGAACA ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAA ACTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAATA Found at i:14818034 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 14817463--14818034 Score: 562 Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180 14817453 ATTAATATTC * * * * * 14817463 CAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATGC-ATTTCAAATTGCTATAACCTTT 1 CAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAAT-AATTAT-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTT * * * * * 14817526 TGTTTT-TCCATAAAATAAGTTTTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTCCAAATAAAACAATGCAAAT 64 TGTTTTGT-CATAAAATAA-TTTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAAT * * 14817589 TTATTAATATTC-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC 126 TTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT * * * 14817644 CAAATAAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG 1 CAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG ** * * * * * * 14817709 TTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTGATTTCT 66 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTAT * * **** * 14817774 TTATATTTTGGCTATTAGTAAGTAAAAGATATT-AAAAATAAATATGTTTAT 130 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTAT ** * * * * * 14817825 TGAACAAGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA 1 CAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG * * * * * * 14817890 TTTTGTTATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT 66 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTAT * * * * * * 14817955 TAATATTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATGTATTTAT 130 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT * * 14818006 CAAATAAGTGCAAATAGTTATGACTATTT 1 CAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTT 14818035 ATACAAACTT Statistics Matches: 309, Mismatches: 74, Indels: 16 0.77 0.19 0.04 Matches are distributed among these distances: 180 4 0.01 181 300 0.97 182 5 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (180 bp): CAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG TTTTGTCATAAAATAATTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATT AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT Found at i:14818414 original size:20 final size:20 Alignment explanation

Indices: 14818388--14818432 Score: 81 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 14818378 ATTAATATTT 14818388 CAAAAATAATTGTTTTATGA 1 CAAAAATAATTGTTTTATGA * 14818408 TAAAAATAATTGTTTTATGA 1 CAAAAATAATTGTTTTATGA 14818428 CAAAA 1 CAAAA 14818433 CAAAAGTTCA Statistics Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0 0.92 0.08 0.00 Matches are distributed among these distances: 20 23 1.00 ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.09, T:0.38 Consensus pattern (20 bp): CAAAAATAATTGTTTTATGA Found at i:14818882 original size:157 final size:158 Alignment explanation

Indices: 14818561--14818912 Score: 394 Period size: 157 Copynumber: 2.2 Consensus size: 158 14818551 AAAGTAATGT * * 14818561 TATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCAT 1 TATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCAA * * * * * ** * 14818625 AACGTTTTTAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT 65 AACGATTTGAAATGAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCAACAAACAGATT * * 14818690 TATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAGCAT 130 TATTTTTTTAATTCCTTACTTATTAGCAA * * * * 14818719 TATTTTATTTTGAATAACCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT-AAATGAAAGGTCAA 1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAATAAAAAGTCAA * * * * * 14818783 AATGATTTGAAAT-AAAAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGATCAACAAACATAT 65 AACGATTTGAAATGAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GATCAACAAACAGAT 14818846 TTA-TTTTTTAATTCCTTA-TTAATTTAGCAA 129 TTATTTTTTTAATTCCTTACTT-A-TTAGCAA * * 14818876 TATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA 1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA 14818913 ATGTTTTAGA Statistics Matches: 163, Mismatches: 25, Indels: 13 0.81 0.12 0.06 Matches are distributed among these distances: 155 2 0.01 156 18 0.11 157 77 0.47 158 64 0.39 159 2 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (158 bp): TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCAAA ACGATTTGAAATGAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCAACAAACAGATTT ATTTTTTTAATTCCTTACTTATTAGCAA Found at i:14818960 original size:157 final size:157 Alignment explanation

Indices: 14818583--14819028 Score: 390 Period size: 157 Copynumber: 2.8 Consensus size: 157 14818573 GATAAGCTTT * * * * * * * * * 14818583 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAATAAAAAGTCATAACGTTTTTAAATGGATAATTA 1 TATGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAAACAAAGA-TCAAAATGATTTGAAAT-AATAATTG * ** * * 14818647 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTT 64 TTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCAACAAACAGATTTA-TTTTTTAATTCCTTA-TT * * * 14818711 -A-TTAGCATTATTTTATTTTGAATAACCATG 126 AATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAACCATG * ** * * 14818741 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAAAATTGTT 1 TATGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAAATAATAATTGTT * * * 14818806 CTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGATCAACAAACATATTTATTTTTTAATTCCTTATTAATTT 66 CTAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAATTCCTTATTAATTT * * 14818871 AGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTG 131 AGCAATATTTTACTTCGAATAACCATG * * * * 14818898 TATGAA-TAGAAACAAATGTTTTA-GAAC-AAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGGTAATT 1 TATGAACT-GAAACAAATATTTTATG-ACTAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAAATA-ATAATT ** * * * 14818960 GTT-TAAATAGTCATAA-TCATTTGAACCAGTTCAATC-AAGAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA 63 GTTCT-AATAGTCATAACT-ATTTGAATTAGTTCAA-CAAACAGATTTATTTTTTAATTC-CTTA 14819022 TTAATTT 124 TTAATTT 14819029 TTGAAATAGT Statistics Matches: 236, Mismatches: 41, Indels: 22 0.79 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 155 2 0.01 156 44 0.19 157 132 0.56 158 51 0.22 159 7 0.03 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.40 Consensus pattern (157 bp): TATGAACTGAAACAAATATTTTATGACTAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAAATAATAATTGTT CTAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAATTCCTTATTAATTT AGCAATATTTTACTTCGAATAACCATG Found at i:14819236 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 14818876--14824498 Score: 3633 Period size: 181 Copynumber: 31.4 Consensus size: 180 14818866 AATTTAGCAA * * 14818876 TATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTA-GAACAAAAC-AAAGATCA 1 TATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCA * * * * ** * * * 14818938 TAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAA-TCATTTGAACCAGTTCAATCAAGAGA 64 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA * * * 14819002 TTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAACTAGTAT 128 TTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT * ** * * * 14819052 TATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATA 1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * * * * * 14819117 ACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAATG 66 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT * * * 14819182 ATTTTCTAAATCTTCAACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT 131 ATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * 14819233 TATTTTATTCTGAATAAAACTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTCTGACAAAACAAGAGATCAT 1 TATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * 14819298 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGCTCAATAAACAAATT 65 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT * * * 14819363 TATTTTTTAAGTTTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT 130 TATTTTTTAA-ATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT * * * ** * * 14819414 TATTTTATTCCGAA-AAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATTGTTAAA 1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA ** * * ** ** * * 14819478 ATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATAGCTTT 66 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT ** * * 14819543 ATTTTCCAAAAT-TTTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT 131 ATTTT-TTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTAT ** * * * 14819592 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAATAATAGGTCAT 1 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Indices: 14819214--14820141 Score: 481 Period size: 179 Copynumber: 5.1 Consensus size: 180 14819204 TAATTTTTAG * * * * * * * 14819214 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAACTTTTATGAA-TAGAAACAATTATTT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAAT-AAGCTTATATAAACTA-AAACAATTGTCT * * * * ** * * * * 14819277 TCTGACAAAAC-AAGAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTT 63 TATAACAAAACAAAAAG-TCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTT * * * ** * * * * * * 14819341 GAACTTGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTTTTACTTATTAAT-TTTAG 127 GAACTTGTTCGATAAACATA-TTATTTTTTAAAATATTTACGTATAAATCATCAA * * * * * * 14819395 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA-AAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTG-CTTT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTA-AAACAATTGTC-TT * ** * * * * * * ** * 14819457 ATGACAAAACAAATTGTTAAAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA 64 ATAACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTTGA ** * ** * * ** *** 14819522 AAGTGTTC-A-AAAAATAGCTTTATTTTCCAAAAT-TTTA-TTATTAATTTTTGG 129 ACTTGTTCGATAAACATA---TTATTTTTTAAAATATTTACGTATAAATCATCAA * ** * * 14819573 AATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAA-TAAAACCAATTGTTTT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATAAACTAAAA-CAATTGTCTT * * * * * *** * * * * * 14819636 ATGACAAAATAATAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCA 64 ATAACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTTGA * * * * * * ** * * 14819701 ACTTGTTC-AGTAAGCAGATTCAATTTTTT-TATTCTCTTAC-TCATTAATTTTTAG 129 ACTTGTTCGA-TAAACATATT--ATTTTTTAAAATAT-TTACGT-ATAAATCATCAA 14819755 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTAAAACAATTGTCTTAT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTAAAACAATTGTCTTAT * * * ** * * * * 14819820 TACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATCATCACTATTTGAAC 66 AACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTTGAAC 14819885 TTGTTCGATAAACATA-TATTTTTTAAAATATTTACGTATAAATCATCAA 131 TTGTTCGATAAACATATTATTTTTTAAAATATTTACGTATAAATCATCAA * * * * * * 14819934 AATATTAATAAATTAATATATTTTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAGC-AGAAACAATTGTTT 1 AATATTAATAAATTAATAT-TATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATAAACTA-AAACAATTGTCT ** * * 14819997 TATAATGAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTG 63 TATAACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTTG * * * * * ** ** 14820062 AACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTATGTATTAATTGTCTT 128 AACTTGTTCGATAAACATA-TTATTTTTTAAAAT-ATTTACGTATAAATCATCAA ** 14820117 AATATTAATAAATTTGTATTATTTT 1 AATATTAATAAATTAATATTATTTT 14820142 CTTCAAAATA Statistics Matches: 609, Mismatches: 109, Indels: 57 0.79 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 177 15 0.02 178 40 0.07 179 212 0.35 180 112 0.18 181 42 0.07 182 149 0.24 183 39 0.06 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (180 bp): AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTAAAACAATTGTCTTAT AACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTTGAAC TTGTTCGATAAACATATTATTTTTTAAAATATTTACGTATAAATCATCAA Found at i:14820111 original size:362 final size:356 Alignment explanation

Indices: 14818876--14830122 Score: 5226 Period size: 361 Copynumber: 31.3 Consensus size: 356 14818866 AATTTAGCAA * * * * 14818876 TATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTA-GAACAAAAC-AAAGATCAT 1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCAT * * ** * * ** * * * * 14818939 AATGATTTGAGATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAA-TCATTTGAACCAGTTCAATCAAGAGAT 64 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAT * * * 14819003 TTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAACTAGTATTATTTTA-TTC 128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC * ** * * * * 14819062 TAAATAATTTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA 192 -GAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA * * * * * * * * 14819127 ATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGAATGATTTTCTAA 255 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T-AA-ACATTTATTTTTTAA * * * * 14819191 ATCTTCAACT-TACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT 317 ATCTT-TAGTATA--AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * * 14819233 TATTTTATTCTGAATAAAACTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTCTGACAAAACAAGAGATCAT 1 TATTTTATT-TGAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * 14819298 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGCTCAATAAACAAATT 64 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT * * * * 14819363 TATTTTTTAAGTTTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA 129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA * * * ** * * * * 14819427 A-AAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATTGTTAAAATAATTTAAAATA 194 ATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA * ** * * * ** 14819491 GATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATAGCTTTATTTTCCAAAAT- 258 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA--TTTATTTT-TTAAATC * * *** 14819555 TTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT 320 TTTAGTATAAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTAT ** * * * * 14819592 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAATAATAGGTCAT 1 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * * 14819656 AATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCAGTAAGCAGATT 64 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT * * * * * * 14819721 CAATTTTTTTATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA 129 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG * * * ** 14819786 AATAAGCTTATATAAACTAAAACAATTGTCTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT 193 AATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT * * * * * * 14819851 AGATTATTATTCAAATAATCATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATTTTTTAAAATAT 257 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATTTATTTTTT-AAATCT ** * 14819916 TTACGTATAAATCATCAAAATATTAATAAATTAATAT 321 TTA-GTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * ** * * 14819953 ATTTTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAAGTCAC 1 -TATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * 14820018 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATT 64 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT * * * 14820083 TATTTTTTAAAATCTTTTA-TGTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT-CT 129 TATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * ** * * ** 14820144 TCAAAATAGGCTTGTATGTATAGAAAAAAATCATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAGTAATTT 190 TC-GAATAAGCTTATATG-A-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT * * * * * 14820209 CAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAC---TT-G------ATTCATTTTTTAA 252 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATTTATTTTTTAA * * * * * 14820264 ATCTCTTAATTATTAAA-TTTCATAATATT-TTGAACTTGGTAT 317 ATCT-TT-AGTA-TAAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTAT * * * * * * * 14820306 TATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGATAAAAGAAAGGGTCAT 1 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * * 14820370 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTGTTTG-ATTTAGTTTACTAAACATAT 64 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAAT * * * * * * 14820434 TTATTTTTTAAAATTTTTTACTTACTAA-TTGTAAAATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTAATTC 128 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC * * * * * 14820496 -AATAGGTGTTA-ATGAACCAAAACAATTG-TTTATTAC-AGACAAAA--TCATAAC-ATTTGAA 192 GAATAAG-CTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA * * 14820554 ATA-ATAATTGCTT-AAATAGTTATAACTA-TTGAA-TTGAGTTTGAATATAAACAGATTTTATT 255 ATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTCG---ATAAAC--A-TTTA-T * * * 14820615 TTTTTAAATGCGCTTA-T-T-AGTTTGTCAAAATATTAATACATTAGTAT 310 TTTTTAAAT-C-TTTAGTATAAATTT-TCAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * * * * 14820662 TATTTTATTCTAAATAAACTTATATAAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAATAAAGGGTCATA 1 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * * 14820727 ATGATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAAAT 65 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATT * * * * 14820791 TATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCTA-TTTTATTTTA-TTCT 129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC- * * * * 14820854 AAATAAGCTTGTATGATTTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAACAATTT-AA 192 GAATAAGCTTATATGA-AT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA * * * * * * * 14820917 CATCGATAATTATTCATATAGTTATAACAATTTGAACTGGTTC-ATTAAAAAAATTTATTTTTTA 255 -ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T--AAACATTTATTTTTTA * ** * * * * 14820981 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTACTTT 316 AATCT-TTAG-TATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * 14821024 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATA 1 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * * * ** * * 14821089 ACTATTT-AAAGATACAATTCCTT-AAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGA- 65 ACGATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAAT * 14821150 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A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTC * * * ** * * 14821571 GGATAAGCCTT-TATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAA 192 GAATAAG-CTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA * * * * * 14821635 ATAGACAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAA 255 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC--ATTTA-TTTTTTAA ** ** * * 14821700 ATCTCTTTCTTATTGATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTAT 317 A--TCTTTAGTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT * * ** * * * * * * 14821742 TAATTTATCCT-AAGTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTAAGACTAAACAGAAGATTAG 1 TATTTTAT-TTGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * 14821806 AACGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTCGGTAAACAAAT 64 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAAT * * * 14821870 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATC 128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT * * * * * * 14821933 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GATAAATGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAA-TTGGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT 258 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-T-AA-ACATTTATTTTTTAAAT * 14822769 CTCTTA-T-T-AATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT 319 CT-TTAGTATAAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTAT * * *** * * * * 14822805 TACTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGTTGAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATA 1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * ** * * * * * * *** 14822870 ATGATTTTTAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAA-TCGATTC-GATAAATTGAT 65 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAAAT * * * 14822933 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTT 128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC * * * * * * * * ** * 14822997 GGATAAGCTTTTACGAACTAAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAATGATCATAATGATTTTAAA 192 GAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * * * 14823062 TAGAAAATTGTTCAAAAAGTTATAACTATTTTAACTT-TGTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAA 256 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGAT-AA-ACATTTATTTTTT-AA * ** * 14823126 ATGTCATGCTTA-T-TAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGT-T 317 A--TC-T--TTAGTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT *** * ** * * * * 14823167 T-TTTT-TCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTATATAACTAAAA-AAAAGGTCAGA 1 TATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATA ** * ** * * ** * 14823229 ATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTT 65 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT * * * * * * * 14823294 A--TTTT--ATATC-T-CTTATGAATTTATGGAATATTATTAAAATAGTATTATTTT-TATCCGA 130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGA * * * * * ** * 14823352 ATAAGCTTGTATG-ATCAAAA-ATAGTTGTTTCATTAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGA 194 ATAAGCTTATATGAAT-AAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA ** * * * * * * 14823414 TTTATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTCAGA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAG 256 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACA--TTTATTTTTTAAA * * * ** * 14823478 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* 14823880 TAGTTTAATCTGAATAAGCTTTTATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGT 1 TA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * * * * * * 14823943 AACTATTTTAGATATATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTCAACTAT-ATCAATAAACAGAT 64 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAAT * * * * * * * 14824007 TTAGTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTAATTTA-TTCT 128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG * ** ** * * * * ** 14824067 AACAATTTTGCATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT 193 AATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT * * * * * 14824132 AGATAATTGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAAT 257 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAC--ATTTATTTTTTAAAT * * * * * * * 14824196 CTCCTACCTTTTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTAT 319 CT-TTA-GTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * 14824236 TATTTTATTTTAATAAATTTGTATAAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA 1 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* ** 14826930 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTAAA 130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA * ** * * * * * * * 14826994 TATGCTCGTAAGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACTATTTAAAATAG 195 TAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG * * * * 14827059 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATT-TATTTTTAAATTTT 259 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT-TTAT-TTTTTAAATCTT * * 14827123 TACTTATTAATTATT-AAAATATTAATAAATTTA-TAT 322 TA-GTATAAATT-TTCAAAATATTAATAAA-TTAGTAT ** * * * * * 14827159 TATTTTATTCAATATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATA 1 TATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * ** * * 14827224 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTC 65 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT * * * * * 14827289 ATTTTTTAAATCTCTAACTCATTAATTTTCAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA 130 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Indices: 14818876--14824492 Score: 2259 Period size: 537 Copynumber: 10.5 Consensus size: 526 14818866 AATTTAGCAA * * * * * * * 14818876 TATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTA-GAACAAA-ACAAAGATCAT 1 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGACTTGAAACAATTATTTTATG-ACAAACA-AAAG-TCAG ** * ** * * ** * * * * 14818939 AATGATTTGAGATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAA-TCATTTGAACCAGTTCAATCAAGAGAT 62 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAAT * * * * * * 14819003 TTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATA 126 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCTGAATA ** * * ** * * * 14819068 ATTTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGA 190 AGCTTGTATGA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTTAGATATA * * * * * * * * * 14819132 TAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAATGA-TTTTCTAAATCTT 252 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAAC-TATTCAATAAATAGATTTAGTTTT-TAAATCTT * * * 14819196 CAACTTACTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAACTTTTATG 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TATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGACTAGAAACAATCATTTTATGATAGAACAAAAAGTTATA 1 TATTTT-ATTTGAATAAGCTTATATGACTTGAAACAATTATTTTATGACA-AAC-AAAAGTCAGA * * * * * * * 14822693 ACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGATTT 63 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTT * * * * 14822758 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAG 128 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCTGAATAAG * * * * * * * 14822823 CTTTTATGTTGAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTTA-ATAGATA 192 CTTGTATG--AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTTAGATATATA * * * * * * * * 14822887 GTTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAATCGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA 254 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAA-CTATTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTTA * * ** * 14822952 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTACGAACTA 316 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTATTCT--A-AAAATTTTATGAAC-A 14823017 -AAACAATTATTTTATAAG-AAAAC-AAATGATCATAATGATTTTAAATAGAA-AATTGTTCAAA 377 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TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTACTAAATTAGGATTAGTTTAATCTGAAT 129 TTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCTGAAT * * * 14823895 AAGCTTTTATGGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGTAACT-ATTTTAGATAT 189 AAGCTTGTAT-GAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTTAGATAT * * * 14823958 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTCAACTATATCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAAT-TT 251 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAT-TCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTT ** * * 14824022 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TCAGTATTAATTTATTCTAACAATTTTGCATGAACA 315 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AGTATTAATTTATTCTAAAAATTTT--ATGAACA * * ** * * * * * 14824085 GAAACAATTTTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGG 377 GAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAA--A * * * * * * * * 14824150 A-CATGACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCCTAC-CTTTTAATT 439 ATCATAACTATTTAAACTTGTTGAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCATGCTC-ATTAATT * * * 14824212 TTTAGAATATTAGTAAATTAGTAT 503 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTAT * ** * * 14824236 TATTTTATTTTAATAAATTTGTATAAAACTTGTA-TAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC 1 TATTTTATTTGAAT-AAGCT-TAT---A--TG-ACT---T-GAAACAATTATTTTATGA-CAAAC * * * * * *** * 14824300 AAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTTAACTTAATCGG 53 AAAAG-TCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG ** * 14824365 TAAACAAATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT 117 TAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * * * 14824430 TTTATTTCAAATATGCTTGTATAAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA 178 TTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA 14824493 CTATTTAACG Statistics Matches: 3989, Mismatches: 800, Indels: 570 0.74 0.15 0.11 Matches are distributed among these distances: 520 2 0.00 521 116 0.03 522 17 0.00 523 15 0.00 524 31 0.01 525 310 0.08 526 78 0.02 527 17 0.00 528 13 0.00 529 14 0.00 530 22 0.01 531 38 0.01 532 221 0.06 533 152 0.04 534 117 0.03 535 161 0.04 536 239 0.06 537 485 0.12 538 173 0.04 539 257 0.06 540 296 0.07 541 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Indices: 14823489--14824498 Score: 554 Period size: 191 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181 14823479 CTCTAACTTA * * * * * * 14823489 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTAATA-AGATTTTATGAACTGAA 1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATA-CTTGTATAAACAGAA * * ** * * * 14823551 ACAATTATTTTATG-CTAAAACAAAATATCGTAA-TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACA-A 64 ACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATAATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGA * ** * * ** ** * 14823613 TCA-AATCTATTTAAACTTGTTGAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-CTTGCTCA 127 -CATAA-CTATTTGAACTTAATCAGTAAACAAATTTA-TTTTAAAAATCTCCTACCT-T * * * * * * ** 14823670 CTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATA-AGCTTTTAT-TACTTT 1 TTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATATA-CTTGTATAAAC-AG * * * * * * * 14823732 AAATAATTATTTTATGAC-AAACAATAG-TCAGAACAATTT-AAATTAAATAATTATTCTAATAG 62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAA-TAAATAATTATTCAAATAG * * *** * ** * 14823794 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTT 126 ACATAACTATTTGAACTTAATCAGTAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCCTACCTT * * * * * * * * * 14823849 ACTAATTTTTGGAATATTACTAAATTAGGATTAGTTTA-ATCTGAATA-AGCTTTTATGGAA-AG 1 -TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATATA-CTTGTAT-AAACAG * ** * * * * 14823911 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGTAACTATTTTAGATATATAATTGTTCAAATA-A 62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGA * * * * * 14823974 TCATAATTATTTCAAC-TATATCAATAAACAGATTTAGTTTT-TAAAT-T--T--CTT 127 -CATAACTATTTGAACTTA-ATCAGTAAACAAATTTA-TTTTAAAAATCTCCTACCTT * * * * * * * * 14824025 ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTAATTTA-TTCTAACA-AT-TTTGCATGAACAGA 1 -TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA-ATATACTTGTATAAACAGA * * * * * * * 14824087 AACAATTTTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGA 63 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGA * * * ** 14824151 CATGACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTT 127 CATAACTATTTGAACTTAATCAGTAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCCTACCTT * * 14824206 TTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAATTTGTATAAAACTTGTAT 1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT--CAAA----TAT---ACTTGTAT * * * 14824271 AAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCA 56 AAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCA * * * * ** 14824336 AATAGCCATAACTATTTTAACTTAATCGGTAAACAAATTTATTTTAAAAATTTTTTA-CTT 121 AATAGACATAACTATTTGAACTTAATCAGTAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCCTACCTT * * 14824396 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATAAACAGAAA 1 -TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATACTTGTATAAACAGAAA * * 14824461 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTT 65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACTATTT 14824499 AACGTGTTCA Statistics Matches: 658, Mismatches: 124, Indels: 94 0.75 0.14 0.11 Matches are distributed among these distances: 174 3 0.00 175 31 0.05 176 97 0.15 177 6 0.01 179 66 0.10 180 110 0.17 181 114 0.17 182 46 0.07 183 31 0.05 184 4 0.01 187 2 0.00 188 3 0.00 190 6 0.01 191 138 0.21 192 1 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (181 bp): TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATACTTGTATAAACAGAAAC AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATA ACTATTTGAACTTAATCAGTAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCCTACCTT Found at i:14824750 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 14824517--14830122 Score: 2627 Period size: 181 Copynumber: 30.9 Consensus size: 181 14824507 CAAAAAATAG * * * * 14824517 ATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAA 1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-A * ** * * * * 14824579 ATAAGCTTATATGAGCAGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTGAAATA 65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA * * * * * 14824644 AAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTC 130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTT * * 14824696 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA 1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA * * * * * * * ** * * * 14824761 TAAACCTATATGAGTTGATACAATTGTTTTCTGATGAAATAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAG 66 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG * * * * * * * * 14824826 ATAAGTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTT 131 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTT * * * * * 14824877 ATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGA 1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GA * * * * * * 14824941 ATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATA 65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA * * ** * * 14825006 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTT 130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTT * * * 14825058 ATTTTTTAAATC-CTTTACTT-TTCAATTGTCT-AAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATT- 1 ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATT-AATT-TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC * * * ** * * 14825118 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTAATGATGAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAA 63 G-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA * * 14825183 ATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTT 127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTT * * * * * * * 14825238 AGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-CTTTAGGAATATTAATAACTTAAAATTATGTTA-TTCGG 1 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A-TAAATCTGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA * * * * * 14838673 TTGTTATGAGCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-ATTTCATA-AAGGTTTATCCAA 301 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GTTTATTCAG * ** * * ** 14838733 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC 1 AATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC ** * ** * * * * 14838798 AATTTA-TCGAATTAGTTCAAATACTTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG 65 TGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG * * * * * * * * 14838862 AAC-TTTTGTTGTCAT-AAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGC-CAATTAAGAATTAAATAATA 129 ACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA * ** 14838923 CTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGTTTATTGAA 192 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA * * * * * ** * * 14838977 CCAGTTGAAATAATTATGATTATTTAAACAATTATAAATTTCAAGA-AGTT-TGAACCTTTCGTT 256 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* * * * ** * 14845157 TT-T-AAAAAATAAATCTG-TT-TA-TCAAACCAGTTCAAAC-T 319 TTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG * ** ** * **** * * * ** 14845195 ATTTGAATAATTATCTATTTCATATTGTTATAATCTTTTGTTCTATCA-TAAGACAATTTTTTTG 1 AATAAAATAA-TA-CTA-TT--TATTAATAT-TTCTAAAATT-AATAAGTAAGA-GA---TTTAA *** * * * ** * * * * 14845259 TTCATATAAGCT-TATT-CGAAATAAAAT-AATACTAATT-TAGTAATATTTTAAATAATTAAT- 55 AAAATA-AATCTGT-TTACTAAACAAGTTCAA-A-TAGTTAT-G-ACTA-TTTGAACAATT-ATC * * * ** * *** * * * * 14845319 TA-GTAAGAGATTTAAAAAGAAAATTTGTTT-AC-TAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG 112 TATTTCA-A-A-TCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAA--A---C-AATTG-TTT--CTA-TTC * * ** * * * * ** ** 14845381 A-ATAA--TTATAT-ATTTCAAATCATTA-TAACTTT-TTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCT 164 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATACTAA-TTTATTAATAT-TC-T-AAA-AATTAAT-AA * * * * * ** * *** * * * 14845440 GTTCATATTACTTTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTAATAATGTTTCGAAACTTAATAACCA 222 G-TAAGA-GA-TTTA--AAAAATA-AAT-CTGTTTACCGAACAA-G-TTC-AAA--TAGT---TA * ** * ** * * * ** * 14845505 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A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT * * * * * ** 14850580 TTGTCCTAAAATAAGTT-TATTCGAATTCATACTAGCTTATTTGG 319 TTGTCATAAAACAA-TTGT-TTC-TATTCATACAAGTTTATTCAG * * 14850624 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT 1 AATAAAATAATACT--ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT ** * * * * * * 14850687 CCATTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGAATATCTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT 64 CTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * * * * * * * 14850751 GACCTTTAGTTGTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTCATTTGGAATAAAGTAAT 128 GACCTTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAAT * * * * * 14850815 ACTAATCTATTAATATT-TCAAACA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA 191 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA ** * * * * 14850875 ATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTT 255 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT * * 14850940 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* * * 14851343 AATAAAATAATACAAATTTATTAACATAAT-GACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAAT 1 AATAAAATAATAC-TATTTATTAATAT-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * 14851407 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-CTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTAT 64 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT ** * * * 14851470 GATTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATTACAA-AAT 128 GACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAAT * * * * * * 14851533 ATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTTCTGAA 191 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA * * 14851597 CAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT 256 CAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT 14851643 GTTTCAGTTC Statistics Matches: 15001, Mismatches: 3715, Indels: 3120 0.69 0.17 0.14 Matches are distributed among these distances: 321 3 0.00 322 7 0.00 323 7 0.00 324 59 0.00 325 11 0.00 326 5 0.00 327 8 0.00 328 4 0.00 329 8 0.00 330 12 0.00 331 6 0.00 332 4 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Indices: 14830964--14835655 Score: 2816 Period size: 542 Copynumber: 8.7 Consensus size: 535 14830954 TAATTATCTA * * * * ** * * 14830964 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTAATATAATATTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTAT 1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT * * * * * * * ** 14831029 TAATATACCAAAAACTAGTAAG-AA-A-ATTAAAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAA 65 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAA * * * * * ** * ** 14831091 ATAGTTATGACTATCTAAATAATT-TTCTATTT-CAATACATTATAACCATTTGTTTTATCATAA 129 ATAATTGT-ACTATTTGAATAATTATT-TATTTAAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTTCGTCATAA * ** * * * * * 14831154 AATAATTGAATCTATTCATGAAAGCTTATTTCGAATAAAATACT-ATAAATTTATTAAAATTTC- 191 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTTCA * * 14831217 AAAACTTAATAAGTAAAA-ATTTAAAATA-TAAATATGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTA 255 AAAAC-TAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAACTAAAT-TGTTTATC-GAATA-AGTTCAAATAGTTA * * ** ** * 14831278 TGATTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGA-TAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTG 315 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Indices: 14830964--14835717 Score: 3221 Period size: 181 Copynumber: 26.3 Consensus size: 181 14830954 TAATTATCTA * * * * ** * 14830964 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTAATATAATATTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTA 1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA * * * * * * * 14831028 TTAATATACCAAAAACTAGTAAG-AA-A-ATTAAAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCA 65 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCA * * * * * * 14831090 AATAGTTATGACTATCTAAATAATT-TTCTATTTC-AATACATTATAACCATTTG 129 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTG * * ** * 14831143 TTTTATCATAAAATAATTGAATCTATTCATGA-AAGCTTATTTCG-AATAAAATACTA-TAAATT 1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATT * * * * * * 14831205 TATTAAAATT-TCAAAACTTAATAAGTAA-AAATTTAAAATATAAATATGTTTTCTGAACACA-T 63 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGT * * ** * *** 14831267 TCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGATAATTTG 126 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ATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTG-CCTTTCAT- 130 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTA-TGACCTTT--TG * * * * * 14835666 TTTTGTCATAAAACATTTGTTTTTCA-ACATACAAGTTTATTTAAAATAAAAT 1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT 14835718 TGTTAGTACC Statistics Matches: 3579, Mismatches: 790, Indels: 410 0.75 0.17 0.09 Matches are distributed among these distances: 175 9 0.00 176 246 0.07 177 133 0.04 178 41 0.01 179 310 0.09 180 777 0.22 181 1320 0.37 182 511 0.14 183 74 0.02 184 4 0.00 187 5 0.00 188 4 0.00 190 4 0.00 191 5 0.00 193 1 0.00 194 1 0.00 195 4 0.00 196 9 0.00 197 84 0.02 198 5 0.00 199 31 0.01 200 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (181 bp): TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAA TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG Found at i:14835109 original size:362 final size:358 Alignment explanation

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TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG * * * * * * 14837540 TTTACCAAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C 1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGATC * * * 14837604 CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TA 66 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT- * * * * 14837667 AATTTATTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA 128 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG * * * * * 14837719 TTT-TCTAAACACGTTCAAAATAGTTATGACTTTTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGA 1 TTTATC-GAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA * * * * * ** * *** * 14837783 CCTTTTTTTTTTTATCATAAACCAATTTTTTTTGCTCATA-AATGTTTATTTGGATTAAAATAAT 64 --TCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAAT * * 14837847 ACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATTG 125 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TG * * * * 14837903 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ATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC * * * * * * 14839095 TAATCTAATAATA-TCATGAAAATTAATAACTAACAG-TTTAAAAAATAAATTTG 127 TAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG * * * * * * * * * 14839148 TTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC 1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGATC 14839212 TTTTTGTTTTGTCATAA 66 -TTTTGTTTTGTCATAA 14839229 TCTATTAATA Statistics Matches: 1475, Mismatches: 304, Indels: 181 0.75 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 167 3 0.00 168 49 0.03 169 2 0.00 170 8 0.01 171 64 0.04 172 5 0.00 173 38 0.03 174 67 0.05 175 10 0.01 176 21 0.01 177 13 0.01 178 86 0.06 179 104 0.07 180 442 0.30 181 285 0.19 182 138 0.09 183 112 0.08 184 26 0.02 185 2 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (180 bp): TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGATC TTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT 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* * * * 14838340 CAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAACA 66 CAATTGTTTATATTCATATAAGCTTATTCAAA-TAAAATAAT-CTAAACTAATAATATTTCAA-A * * 14838405 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAG-TCAAATAGTTGAGACTAT 128 ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTT-AGACTAT * * * * 14838469 TAGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTCTAACC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGT 191 TA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGC * * 14838533 TCATACATACTTATTTGAAACAAAATAATAATATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAA--AC 254 TCATAAATACTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTATTAA-ATTTCA-AAAATTAATAACTA- * * * * * 14838595 AAGGAATTTAAAAAACTAAATTTGTTTA-CGAAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAGCAA 316 AAAG-ATTTAAAAAA-TAAAATTGTTTATCG-AACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAA * 14838659 TTATCTATTTAAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-ATTTCATA-AA 378 TTATCTATTTAAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATAGTTTCTA-TTCATACAA * ** * ** 14838722 GGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTT 442 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AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTT-AGAC * ** * 14839177 TATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GCCTTTTTGTTT 188 TAT-TAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTT 14839221 TGTCATAATC Statistics Matches: 784, Mismatches: 127, Indels: 77 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 709 4 0.01 710 80 0.10 711 122 0.16 712 12 0.02 713 16 0.02 714 29 0.04 715 91 0.12 716 233 0.30 717 48 0.06 718 117 0.15 719 27 0.03 720 5 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (702 bp): AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAA CAATTGTTTATATTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATCTAAACTAATAATATTTCAAAATT AATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAGACTATTAAAC AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAA TACTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTATTAAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAA AAAATAAAATTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTAAA ATTGTTATGAGCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATCCAAAATA 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Indices: 14839226--14856373 Score: 4931 Period size: 718 Copynumber: 23.8 Consensus size: 714 14839216 TGTTTTGTCA * ** * * ** * 14839226 TAATCTATTAATATT-TCAAAATTAATGTGAGATTTAAAAATTAAATATGATTATTAAACTA-GT 1 TAATCTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTAAGAAACCATGT * * * ** * * 14839289 TCAAATAGTTATGA-TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTAT 65 TCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCAT * * * * * * 14839353 AAAATAATAG-TTATGTTCATACAAGCTTAGTT--GATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT 129 AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT * * * * * * 14839415 CAACAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAATAAAGATGTTTATCGAACTAGATCAAATAGTCATG 193 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATATGTTTA-C---C--G-----A-A--C-T- * * * ** 14839480 ACTATTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTT 241 A--A-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT * * * * * * 14839545 TGACATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAA 303 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** * ** * * 14843554 TAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAGCAAGTT 1 TAATCTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTAAGAAACCATGTT * * * * 14843617 TAAATAGTT-GTTATGCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTG 66 CAAATAGTTAG-GA--C-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTG ** * * * * * 14843680 TTGTAAAACAATTGTATTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT-ATATTAATTTATTAATA 125 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA * * * * * * 14843744 -TTCTAAAAAATAATAGGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCCAAC-AAGTTCAAATAGT 190 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAA-TTCAAATAGT * * * * * * * * * 14843807 CATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTGTT-TAATAAAATAAT 253 TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAAT * ** * ** * ** 14843871 TATTTTTGTTCAAGAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T- 317 TGTTTCAGTTC-ATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA * * * ** * * * * * 14843934 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TAAT--CTA-TT-AATA--T-TCTGA----AAA---TTAATA---AGAG-AT--T--TAAAA-AA ** * * * * ** ** * * 14845083 TTGCATTTCAATATAG-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-AAC---TA-ATATTTCA 43 -TAAATTT-ATTA-AGAAACCATGTTC-AAAT-AGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA **** * * * * ** * * 14845142 AGA--ATTA-G-TAAGAG-ATT-T-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAC-TATT- 103 A-ATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT-T-TATTCA-TACAAGCTTATTC * * * ** * ***** * * * **** 14845198 TGAAT--AATTAT-CTATTTCATATTGTTATAATCTTTTGTTCTATCA-TAAGACAATTTTTTTG 162 AGAATAAAATAATACTAATT--TATTAATAT-TTCAAAAATT-AATAAGTAAGA-GA-TTTAAAA * * * * * * * * * * * * 14845259 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTAGTAATATTTTAAATAATTAAT-TA- 221 AT-AAATATGTTTA-CCGAACT-AATTCAA-A-TAGTTAAG-ACTA-TTTGAACAATT-ATCTAT * * ** * *** * * * * 14845321 GTAAGAGATTTAAAAAGAAAATTTG-TTT-AC-TAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAA 278 TTAA-A-A-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA--A---C-AATTG-TTT--C-AGTT-CA *** * * * * * * ** ** 14845383 TAATTATATATTTC-AAAT--CATTATAACT-TTTTATT-TTGTCATCAAACAATTGGTCCTGTT 329 TAAAGCT-TA-TTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATAT-TTCAAA-AATTAAT-AAG-T * * * * * * * * * * * * 14845443 CATATTACTTTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTAATAATGTTTCGAAACTTAATAACCAAGA 387 AAGA-GA-TTTA--AAAAATA-AAT-TTATTTACTGAACAA-G-TTC-AAA--TAAT---TATGA ** * * * * * * * * ** * 14845508 AAATTTAAAAAATAAATTTAATTGTCAAACCAGTTCA--A---ATAGTTAAGACTATATGAATGA 438 CTATTTGAACAAT-TATCT-ATT-TAAAATC-GTT-ATGACCTTTTGTTTTGTC-ATA--AA--A * * * **** * *** ** * * * 14845568 TTATTTGTTCCAAATCG-TCATGACCTTTTTCTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTTATTCATACAA 493 -CAATTGTTTC---T-GTTCAT-ACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAA--TACTAATTTAT-TAA * * * * * * 14845632 GCTTATTCTGATTAAAA-TAAT--GCT--A-ATTTAATAATATTTCAAA-AT-TTAATAAGCAAA 548 ---TATT-TCA--AAAATTAATAAG-TAGAGATTTAA-AA-A-AT-AAATCTGTTTACAA--ACA * * * * * * * * * 14845689 AGATTTAAACAATAAAT-T-TATTT-ATCAAATAGTTCAAATGGTT-AAGATTATTAAAACAATT 600 AG-TTCAAATAGT-TATGTCTATTTGAACAATTA--TC-TAT--TTCAA-ATAATTATAAC---- * * **** * * * 14845750 ATCTATTTGAAATCATTCTGACCTTTTGTCTAGTCATAAAAGAATTGTTCTAGTTCATACAAGCT 653 --CT-TTTG---T--TT-TG-TCATAAAACAAAT--TG---------TTCTA-TTCATACAAG-T * * 14845815 TATTCAGAATAAATTAATAC 695 TATTTAGAATAAAATAATAC * ** * * ** 14845835 TAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGAAAGAGATCT-AAAAA-AAATCTATTTATCAAA-C 1 TAATCTATTAATATTCTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTAAGAAACC ** ** * * * * * * 14845897 AAATTCAAATAGTTATTACTTTTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTG 61 ATGTTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTG * * * * 14845962 TCATAAAATAATTG-TTTCAGTTAATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA 125 TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA * * * * * * * * * * 14846025 TACTTACTAAAA-TAATAACTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTAAAATA 188 TA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAATTCAAATA * * * * * * 14846089 ATTATAG-CCATTTGAACGATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA 251 GTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA * * * 14846153 ATTTTTTTA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--TAAA- 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14850412 CCTTTTG-TTCTG-T-ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATA-TTCTAA 312 ACAATTGTTTCAGTTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA * * * * ** * 14850473 AAATTAATAACTAAGAGCA-TTAAAAAATAAACTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAA-AATTTAAG 375 AAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAA-TTATG * * * * * * * 14850535 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTCCTAAAATAAGTT-TA 437 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT- * * * 14850599 TTC-GAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC-AAAATTA 500 TTCTG--TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA * ** * * * ** * 14850661 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCCATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGAATATCTGA 562 ATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGA * ** * * * * * 14850726 ACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTGTGTCATAAAACAAA-TGTTTTTGTTCAT 625 ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTG-TTCTATTCAT * * * 14850790 ATAAGTTCATTTGGAATAAAGTAATAC 689 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14851598 AAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATGTTTCA-GTTCATATAAGC 61 ATGTTCAAATAGT-TAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGATC-T-T-TG- ** * * * ** ** 14851661 TTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAA-AA 120 -T-TTTGTCATAAAACAAT-TGT-TTTTATTCATA---C-AAGCTT-AT-TCAGAA-TAAAATAA * * * * * * * * * 14851724 TA--AATTTATT--TA--TCGAATATTGTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT 174 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT-TAATA-AG-TAAGA-GATTT-AAAAATAAATATGTTT ** * ** * * ** * *** * 14851782 -CAAAACGTTATT---ATA-TTTTG--T-TTTG-TC-ATAAAATAATT-GGTTCTATTCATG-CA 233 ACCGAAC-TAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC-ATT-ATGACC *** * ** * * * * * * ** ** 14851835 AGCT-TATT-TCA-AATAA-AATAATATAAATTTATTAA---TATTTGAAAATTTAATAAGTAAA 295 TTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCAGTTCATAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA-TACT ** * ** * * * * 14851893 AATTTA--AA-AAGT-AAATATGTTTTATG-AACACG--TT------CAAA--TAGTTA-TG-AC 357 AATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAAC * ** * * * * 14851941 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CATGTTCAAATAGTTAGGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC--TTTGTT * * * * ** * * 14852346 TTGTCGTAACACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTA 122 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA ** * * * ** * 14852411 ATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACCAATTTTAATG 187 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACTAATTCAAATA * * * * ** * * * 14852472 GTTATGATTATTTCAACAATTATCTATCTCGAATCGTTATGA-TTTTTGTTTTATCATAAAACAA 251 GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA * * * *** * * * * * * 14852536 TT-TTTTATATTCAAACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAGTA-TTCTAAAAA 316 TTGTTTCA-GTTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA * * * *** * * 14852599 TTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAATTGGTTTAAATAATTAAGACTAT 378 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT * * * * * * * * 14852659 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTTTTTCAGTT 442 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Indices: 14839489--14844271 Score: 1147 Period size: 357 Copynumber: 13.3 Consensus size: 358 14839479 GACTATTTCA * * * ** * * * * 14839489 AATACTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAA 1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATT-TTTCAAATCATTATAACCATTCGTTTTGTCATAA * * * * * ** * * * ** 14839553 AAGAATTGTTTCA-GTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATT-TC 65 AACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT- * * * * * * * * 14839616 AAAAATTAATAAC--A--G-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTT-TGA 128 AAAAATTAATAACTAATGGATTT-AAAAGTAAATTTCTTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTAAGG * * * * * ** * * 14839675 CTATTTGAA-AAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCA-AAAAC-AAT-TGT 192 CAATATGAACAAA-TATCTATTTCAAATGGTTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT * * * * * * 14839736 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATA 256 TTC-A-TCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAT- * * * * * * * ** 14839801 AGTAA-ATAATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAATCAACTC 317 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AAACAATTGTTTCA-GTTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T 64 AAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT * * * * * *** **** * 14841774 CAAAATTAAGAAGT--TGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAGTTCAAATAATTAT 128 AAAAATTAATAACTAAT-G-GATT-TAAAAGTAAATTTCTTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTAA * * * 14841837 GGCAATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTGTTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT 190 GGCAATATGAACAAATATCTATTTCAAATGGTTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT *** 14841902 TTTCATCATATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGA 255 TTTCATCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-T-A ** * * * ** 14841967 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATTAGTTC 318 GTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACCAGTTC * * * * 14842008 AATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATATTTTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA 1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATAACCATTCGTTTTGTCATAAA * * * 14842073 ACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAA 66 ACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAA * * * 14842138 AATTAATAACTAA-GAGATTTAAAAGTAAATTTCTTTGCCAAATCAGTTCAATTAGTTAAGGCTA 131 AATTAATAACTAATG-GATTTAAAAGTAAATTTCTTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTAAGGCAA * * * ** 14842202 TATGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAAATGTTTTT 195 TATGAACAAATATCTATTTCAAATGGTTATGAAC-AATTGTTTTGTCA-TAAAACAAATGTTTTT ** * * * 14842266 -ATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA-A-TAA 258 CA-TCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAGTAA * 14842328 CAGA-TTGAAAAATAAATCTATTTAGCAAACCAGTTC 322 CAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACCAGTTC * * 14842364 AATTAGTTATAAC-AGTTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATCATTATGACCATTCGTTTTGTCAT 1 AA-TAGTTATAACTA-TTTGAACAATTATATT-TTTCAAATCATTATAACCATTCGTTTTGTCAT * * * * * ** * * * 14842427 AAAACAATTTTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCGA-AATAAAGTAATGTTAGTTTATTAATATT 63 AAAACAATTATTTATATTCATACAAG-CTTATT-GAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT * * * * * * * ** * * * * 14842490 CTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATTAATCTATTGGCCTGA-CTAATGCAAATAGTTT 126 ATAAAAATTAATAACTAATGGATTT-AAAAGTAAATTTCTTTGCCAAATC-AGTTCAAATAATTA * * ** * * * ** * ** * * 14842554 TGACTGTTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGT 189 AGGCAATATGAACAAATATCTATTTCAAATGGTTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGT * ** * * * *** ** * * 14842619 TTCTGTTCCTACAAGCTTATTTGTAATAACTTAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA 254 TTTTCATCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT- * * * * ** * 14842684 AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAATAAATTC 317 AGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACCAGTTC * * * * * 14842726 -A-A---ATAA-TATTT-AAGCGATTACCTA-TTTT-AAAT-AGCTATAATCTTTTGTTTTGTCA 1 AATAGTTATAACTATTTGAA-CAATTA--TATTTTTCAAATCA-TTATAACCATTCGTTTTGTCA * * * * * * * * * 14842781 TAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAACTAATACAAATTTACTAATATT 62 TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT * * * ** ** * **** * * * 14842845 CA-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACAACTTTATTTAATGAATAAATTCAAATAGTT 126 -ATAAAAATTAATAACTAATGGATTTAAAAGTA-AA-TTTCTTTGCCAAATCAGTTCAAATAATT * * * * * * * ** * * * 14842909 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTCTTTGTTTTGTCAAAAAATAATT 188 AAGGCAATATGAACAAATATCTATTTCAAATGGTTATGAAC-AATTGTTTTGTCATAAAACAAAT ** * * *** * * * * * 14842973 GTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAGTAATATTAATTTATTAATATTTCCACAATTAA 252 GTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A * * * * * * ** 14843038 TAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCTAATAAGTTC 316 T-AGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACCAGTTC * * * * * * * ** * 14843082 AAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTGTTGTTTCATTATA 1 -AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATAACCAT-TCGTTTTGTCATA * * * * * 14843146 AAACAA--ATGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT 64 AAACAATTATTTAT-A-TTCATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT * * * * * * * * 14843208 -TCAAAAATTAATGAGC-AA-GAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGCAGA--AGTTTGAAAT 126 AT-AAAAATTAAT-AACTAATG-GATTT-AAAAGTAAATTTCTTTGC--CAAATCAG-TTCAAAT * * * * * * * * ** * * * 14843268 -GTTATGACTATTTGAACAATTTTCTAGTTCAAATCATTATG-ACATTTTATTTTGTCATAAAAT 184 AATTAAGGCAATATGAACAAATATCTATTTCAAATGGTTATGAACA-ATTGTTTTGTCATAAAAC * ** * * * * 14843331 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA 248 AAATGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA * * * * 14843396 ATTAATAAG-AA-AAATTTTAAAAGTAAATCTATTT-TCTAAACACA-TTC 312 ATT-AT-AGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGC-AAAC-CAGTTC * * * * * * * 14843443 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA 1 -AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATAACCATTCGTTTTGTCATAA * * * * * * * * ** 14843508 ACCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCA 65 AACAATTATTTATATTCATACAAGCT-TATTGAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATA * * * * * * * * 14843572 AAAA-T--TAA-TAA--GATTTAAAAAATAAATTTATTT-ACTAAGCAAGTTTAAATAGTTGTTA 129 AAAATTAATAACTAATGGATTT-AAAAGTAAATTTCTTTGCCAAATC-AGTTCAAATA-AT-TAA * ** * * * * * ** ** * 14843630 TGCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGT 190 GGC-AATATGAACAAATATCTATTTCAAATGGTTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGT * ** * ** * * * 14843695 ATTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT-ATATTAATTTATTAATATTCTAAAAAATAATA 254 TTTTCATCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTATA * * * * 14843759 GGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCCAACAAGTTC 318 -GTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACCAGTTC * ** * * * * * * * 14843800 AAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTGTT-TAATA 1 -AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATAACCATTCGTT-TTGTCATA * * * * ** * * * * * 14843864 AAATAATTATTTTTGTTCA-AGAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTT 64 AAACAATTATTTATATTCATA-CAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT * * * * * * * * * ** 14843928 GAAAATTAATAA--GA--GATTTAAAAACTCAACTTGC-TT-ACAGAAACAGTTTAAATAGTTTT 128 AAAAATTAATAACTAATGGATTT-AAAAGT-AAATTTCTTTGCCA-AATCAGTTCAAATAATTAA * * * * * * ** * * * ** * 14843987 GACTATGTGAAGAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACAATTGTT 190 GGCAATATGAACAAATATCTATTTCAAATGGTTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT * * * * *** * * * * * 14844051 TCTT-TTCATACAAACTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCTAAAACTAATA 255 T-TTCATCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAT- * * * * 14844115 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCCAAACCAATTCC 317 AGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAG-CAAACCAGTT-C * * * * * ** * 14844158 AATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATATGTTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAA 1 AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATAACCATTCGTTTTGTCATAA * * * 14844222 AATAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAAT 65 AACAATTATTTAT-ATTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATACTAAT 14844272 TTATTAACAT Statistics Matches: 3444, Mismatches: 746, Indels: 474 0.74 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 352 2 0.00 353 54 0.02 354 50 0.01 355 291 0.08 356 348 0.10 357 510 0.15 358 286 0.08 359 420 0.12 360 200 0.06 361 307 0.09 362 307 0.09 363 291 0.08 364 80 0.02 365 172 0.05 366 53 0.02 367 65 0.02 368 3 0.00 369 5 0.00 ACGTcount: 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Indices: 14839501--14856650 Score: 4482 Period size: 537 Copynumber: 31.8 Consensus size: 530 14839491 TACTTATGAC * * * * * * 14839501 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTC- 1 TATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT * * * * 14839565 AGTTCATAAAATCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAA-T--TAA- 65 A-TTCAT-AAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG * * * ** * * 14839625 TAACAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAAAAT 126 TAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * * * 14839688 TATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC 190 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC * * ** * ** 14839752 TTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAAATAATTTAAAA 255 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAA * * * * * * * * 14839817 AATGAATATGTTTACCGAATCAACTCAAATAATTATTGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAA 319 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** 14840646 TTC-ATTCA-AAA--TTATTT-AGAATAAAATTAATAATAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--T 61 TTCTATTCATAAAGCTTATTTCA-AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT * * * * * 14840703 AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTCA-AGAA-ACCATGTCAAATAGTTAGGACTATTTGA 123 AAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAATCTATTTACTGAACA-AAT-TCAAATAGTTATGACTATTTGA * * * * * 14840765 ACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTTATA 185 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA * * 14840829 CAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT 250 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-GAT * * * * * 14840893 TTAAAATAATAAAATGTGTTTGCCGAACTAATTCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA 313 TTAAAA-AAT-AAATATGTTTACCG-ACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * * * * * 14840958 TTTAAAATAATTTTGACCTTTGGTTTTGGCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT 375 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT * * * * * 14841023 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* * * * * * * 14841434 ATAAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAAGAATATTAGAACAATTATCTA 313 -TTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-CTAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * * * * 14841499 TTTCAAATCGTTCTAAACCTTTT-TTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACATGCTTAT 375 TTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTAT * * * * 14841562 TCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAT 438 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT * * * * 14841626 AAATATGTTTACTGAACAAATTTAAATAGT-TAAGAG 502 AAATCTGTTTA-T---CAAA--TAAAT--TCAAATAA * * * * * * * * 14841662 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTGTTG-TTTATAATAAAACAATTGTTTC- 1 TATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT * * 14841725 AGTTCATAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAAGAAGT 65 A-TTCATAAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT ** * * * * * * * * 14841788 TGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAAA 127 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* * ** 14846473 GTCATTTTGACATTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTAAAAGCTTATTCAAAAT 381 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT * * * 14846537 AAAATAA-GCTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTCAAAAAATAAAT 445 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAAT * * * * * 14846599 CTATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTGATGA 506 CTGTTTATCAAATAA-ATTCAA-A-T-A--A * * * * * 14846630 CTATTTGCATAATTATTTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTT-TACATAAAA-AATTGTT 1 -TATTT-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTTTT * * * * 14846692 TCAATTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACTAGTTTCTTAATAATTCAAAAATTAATA 62 TCTATTCAT-AAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATA * * * * * * 14846756 AGCAAGAG-TTT-AAAATAAATTTGTTTA-TCAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA 124 AGTAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACT-GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * * * * * * * * 14846818 ATTGTCTATCTAAAATCGTTATGACCTCTTTTTTATTTTTCATAAAACAATTGTTTCAATACATA 188 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* * * * 14848006 TTAAAAAATGAACATGTTTACAAAAC-AAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTAT 313 TTAAAAAATAAATATGTTTAC-CGACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * * * 14848070 TTGAAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAAGATTTTTTTTTGTTTATACAAGCTTATT 376 TT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT * * * 14848135 TCG-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-CT-AAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAT 439 T-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA- * * * * * * 14848196 ATATATTTGTTGA-CTAAACAAGTTGAAATCATTA 500 ATAAATCTGTTTATC-AAATAAATTCAAAT-A--A * * * * * 14848230 TGATTAATTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTGTTTTGGCATAAAACAATTG 1 T-A-T--TT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTT ** * * * * * 14848294 TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAAAATTAATTTATAAATATTTCAATGAA-TAA 60 TTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA-AAATTAA * * * * * * 14848358 TAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GTAACAAGTTCACATAATCT-TTACTATTTG 122 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* * * * * 14850673 TTTAAAAAATAATTCCATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGAATATCTGAACAATTATTTAT 312 TTTAAAAAATAAATATGTTTACC-GACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * 14850738 TTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTGTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTCATTT 376 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTT * * * * 14850802 GGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAACA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA 440 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA * * * 14850863 TCTATTTATCAAATGAGTTCAAATAGTTATGA 505 TCTGTTTATCAAATAAATTC-AA-A--TA--A * * * 14850895 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTG-CTATAAAACAATTGTTT 1 -TATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATT-TTT * * * * 14850959 TCTATTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTTATATTTCAACAATTAATT 62 TCTATTCATA-AAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA * * * * * * * * * * 14851023 AGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGA-TCAAATAGTCATGATTATTTTAAT 124 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TTATTTGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA * * 14854018 GAATAAA-----TT-T-AAAT-AATT---ATGAT 498 AAATAAATCTGTTTATCAAATAAATTCAAAT-AA * * * * * * * * * 14854041 TGTTTGAACAATTATCTACTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAT-TTATAAAA-GATTTTTTT 1 TATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTTTTTC * * ** * 14854104 TGTTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAGTAAG 64 TATTCA-TAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAG * * * * * * * * ** 14854168 TAAAAGATATAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAATT 126 TAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT * * * ** * * * * 14854233 ATTTATTTTAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGGT 191 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT * * * 14854298 TATTC-ATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAA 256 TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGGA-TTTAAA * * * * 14854362 AAATAAATATGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAG-CATGACTATTTGAATAATTCTCTATTTCAA 318 AAATAAATATGTTTACCG-ACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA * * * * ** * * * * 14854425 ATCATAATGACCTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTGTTTGAACTA 381 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA * * * * * * 14854490 AAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAAACTAT 446 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGT * 14854554 TTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTA 510 TTATC-AAATAAATTCAAATA---A * * * 14854578 TGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG 1 T-A-T-T-T-AACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT * * * * * * * 14854642 GTTCTATTGATGCAAGCTTATTTAAAATTAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAGAATTAA 60 TTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAA * * ** * * * 14854706 TATCATTTGGAATAGAATATTACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTA 122 TA--A---GTAAGAG-AT-TTA--AA---A--AAA-AATC--TATTTACT--G-AACAA-A-TT- * * * * * * 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Indices: 14844486--14851632 Score: 1547 Period size: 539 Copynumber: 13.4 Consensus size: 526 14844476 AGCAAGTTAC * * * * 14844486 GACTATTTGAACAA--ATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TCTGTTTTTTCATAAAACAATTG 1 GACTATTTGAACAATTATAT-ACT-TAAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTTCATAAAA-AATT- * * * * 14844548 TTTCTGA-TCATACAAGCTTATTAAAA-AAAATAATACTAATTT-TATAATATTTTGAAAATTAG 61 TTTCT-ATTCATACAAGCTTATCAAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATA-ATTCAAAA--AT * * * * * * * 14844610 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA 121 TAAGAGATTT--AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * ** * * * 14844675 TTTTTAATTTCAAATCATTCTGA-CTTTTTGTTTAGTCATATAATAA-TGATTTC-AATTCATAC 184 TTATCAATCTAAAATCATTAAGATCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTG-TTTCTAA-TCATAC ** * * * 14844737 AAGCTTAT-TCGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT 245 AAGCTTATGTCATAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AGA-ATT * * * * ** * ** * 14844801 TGAAAAAATAACTTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCAAT 307 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Indices: 14848039--14848074 Score: 56 Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17 14848029 AACAAGTTTA 14848039 AATAATTATAACTATTTG 1 AATAATTAT-ACTATTTG 14848057 AATAATTAT-CTATTTG 1 AATAATTATACTATTTG 14848073 AA 1 AA 14848075 AATCACTATA Statistics Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2 0.90 0.00 0.10 Matches are distributed among these distances: 16 9 0.50 18 9 0.50 ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44 Consensus pattern (17 bp): AATAATTATACTATTTG Found at i:14848674 original size:359 final size:357 Alignment explanation

Indices: 14844480--14851642 Score: 4872 Period size: 359 Copynumber: 20.1 Consensus size: 357 14844470 TTAAAGAGCA * * * * * * * 14844480 AGTTACGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TCTGTTTTTTCATAAAACA 1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA * * 14844544 ATTGTTTC-TGATCATACAAGCTTA-TT-AAAAAAAATAATACTAATTT-TATAATATTTTGAAA 66 ATTGTTTCAT--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATA-TTTAAAA * * * * * 14844605 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA 127 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTA * * * * * * * * * 14844666 TTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCATTCTGACTTTTTGTTTAGTCATATAATAA-TGATTTCA 190 TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT ** * * * 14844729 ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAGT 253 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT * * 14844793 AAGAGATTTGAAAAAATAACTTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT 317 AA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAAT * * * ** * 14844837 AGTTATTACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AATCA 1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA * * * *** * ** * * 14844901 ATTTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTACATTAATATTTTAGAAGT 66 ATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAAT * ** * * * * * 14844966 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT-TAGTTTACTGTATCAGTTTAAATAATTATGGCCATT 129 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATT * * ** ** * ** * 14845030 TAAATAGCTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTCCTCATAAAACAATTGCATTTC-AA 192 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCTAT * * * * * 14845094 T-ATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAACTAATATTTCAAGAATTAGTAAG---A 255 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA * 14845155 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTC---- 320 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAAT * * ** * * * * * 14845190 A---A--ACTATTTGAATAATTATCTATTTCATATTGTTATAATCTTTTGTTCTATCATAAGACA 1 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Indices: 14851496--14851781 Score: 341 Period size: 144 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143 14851486 ATAAAACAAT * *** 14851496 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATTACAAAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA 1 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAAAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA * * * * 14851561 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAAT 66 TAAG---AAGAATTAAAAAATAAATTATTTTCTGAACAAGTTAAAATAGTCTTGACTATTTGAAC 14851626 AATTATCTATTTTAAA 128 AATTATCTATTTTAAA * 14851642 TGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAAT 1 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-AAATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAAT * * 14851705 TAATAAG-AGAATTAAAAAATAAATTTATTTATC-GAA-TATTGTAAAATAGT-TATGACTATTT 63 TAATAAGAAGAATTAAAAAATAAA-TTATTT-TCTGAACAAGT-TAAAATAGTCT-TGACTATTT 14851766 GAACAATTATCTATTT 124 GAACAATTATCTATTT 14851782 CAAAACGTTA Statistics Matches: 122, Mismatches: 11, Indels: 16 0.82 0.07 0.11 Matches are distributed among these distances: 143 18 0.15 144 40 0.33 145 3 0.02 146 26 0.21 147 35 0.29 ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (143 bp): TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAAAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA TAAGAAGAATTAAAAAATAAATTATTTTCTGAACAAGTTAAAATAGTCTTGACTATTTGAACAAT TATCTATTTTAAA Found at i:14851894 original size:15 final size:15 Alignment explanation

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Indices: 14851642--14853843 Score: 1644 Period size: 181 Copynumber: 12.4 Consensus size: 176 14851632 CTATTTTAAA * * * ** 14851642 TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA 1 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA * * * * * 14851707 ATAAG-AGAATTAAAAAATAAATTTATTTATCGAATATTGTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA 66 ATAAGTAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAATAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * * ** * 14851771 ATTATCTATTTCAAAACGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAAT 129 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT * * * * * * 14851819 TGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAATTT 1 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATT * * * * * 14851883 AATAAGTAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTTATGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA 65 AATAAGT--AGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACGAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGA * * * * 14851948 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAAT 126 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT * * 14851999 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TGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC 125 CGTTATGA-CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC 14856651 AAAGTAATTA Statistics Matches: 1357, Mismatches: 314, Indels: 179 0.73 0.17 0.10 Matches are distributed among these distances: 162 15 0.01 163 9 0.01 164 4 0.00 165 1 0.00 166 52 0.04 167 36 0.03 168 3 0.00 171 3 0.00 172 3 0.00 174 2 0.00 175 52 0.04 176 186 0.14 177 133 0.10 178 130 0.10 179 26 0.02 180 417 0.31 181 216 0.16 182 52 0.04 183 12 0.01 184 3 0.00 185 1 0.00 186 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (176 bp): ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA TCTGTTTACAAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT GACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT Found at i:14857927 original size:16 final size:18 Alignment explanation

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Indices: 14856655--14858379 Score: 1302 Period size: 544 Copynumber: 3.2 Consensus size: 540 14856645 TTTTTCAAAG * * * * * * * * * 14856655 TAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAGCTTA-TTCGGAAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT 1 TAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAC-TAGTTCAGTAAACAGATTTGTCTTTT-AAATCG * * * * * * * 14856719 CTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATATATTAGGATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATG 64 CTTACTGATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAACAAACTTATATG * * * * * * * * * 14856783 ATA-TGAAAGAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAACAATTTG-AATAGATAATTATTCT 127 A-ACTAAAACAATTGTTTTATGAGTAAACAAAAAGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT * * * ** * * * * * 14856845 AATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACGTTTTTTTTTTAATTTTCT-ACTTATTAA 191 AATAGTCTTAACCATATGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACCTATAAA ** * * * ** * * 14856909 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAAT 256 TTTTCAAAATATTAACAAATTAGCATTATTTTATCTCAAATAAACTTGTATGA-ACAAAAA-AA- * * * * * * * 14856974 TGTTTTATAACG-CAACA-AAAA-GTCTTAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATCA-CCAT 318 TGGTTT-T-ACGACAACACAAAAGGTCATAATAATTTGAAACAGATAATCGTTCATAT-AGTCTT * * * * * * * * 14857035 AATTATTTTAATTGATTCAATAAAC-AA-TT-TTTTTTAAATATCTTA--T-T-AA-TTTTAGAA 380 AACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAAGTTTGA-AA * * ** ** * * * * * * 14857092 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTATAAGCTAGTATTAATTGAAACAATTGTTTTTTT 444 ATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTATAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATTATATTATG * * * * 14857157 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA 508 ACAAAACAAAACGTTATAACAATTTGAAATAGA * * * * * * * 14857190 CAATTGTTAAAATAGT-AATAACTATTTAAACTTGTAC-GATAAA-ATATATT-T-TTTAAAATA 1 TAATTATTCAAATAGTCAA-AACTATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAGAT-TTGTCTTTTAAAT- *** * * * * * * 14857250 TTTTTA-TGATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCGAATAAGCTTGTAT 62 CGCTTACTGATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATAT * * * * 14857314 GAACTGAAACAATTGTTTTATGAGTAAACAAAATGTTACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT 126 GAACTAAAACAATTGTTTTATGAGTAAACAAAAAGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT * * 14857379 AATAGTCTTAACCATATGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACCTATTAA 191 AATAGTCTTAACCATATGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACCTATAAA ** * * * * 14857444 TTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATT 256 TTTTCAAAATATTAACAAATTAGCATTATTTT-ATCTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATG * * * ** 14857508 GTTTTATGA-TA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTA 320 GTTTTACGACAACACAAAAGGTCATAATAATTTGAAACAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTA * ** * * * * * ** 14857571 TTTGAACTGGTTCGATAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTGAGGATATT 385 TTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAAGTTTGAAAATATT * * * * * 14857636 TTTATATTAGTATTATTTTATT-TCACATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGT-TTGATGACA 449 ATTAAATTAGTA-TATTTTATTAT-AAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATTATATT-ATGACA * ** 14857699 AAACAAAACTTTATAATGATTT-AAACTAGA 511 AAACAAAACGTTATAACAATTTGAAA-TAGA ** * 14857729 TAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TAGTTTGGTAAACATATTT-TACCTTTTAAAT 1 TAATTATT-CAAATAGTCAAAACTATTT-AAACTAGTTCAGTAAACAGATTTGT--CTTTTAAAT 14857792 CGCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATAT 62 CGCTTACTGATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATAT * * 14857857 GAA-TAATAACAATTG-TTT-TGAGATAAAACCAAAAAGTAATAGCGATTTGAAATAGATAATTA 126 GAACTAA-AACAATTGTTTTATGAG-T-AAA-CAAAAAGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTA ** * * * * * * * 14857919 TT-TAAATAGT-TATAATTATTTGAATTGGTTCTATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAT 187 TTCT-AATAGTCT-TAACCATATGAACTAGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTAAC * * ** * * * ** 14857981 TTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAGCTG 249 CTAT-AAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGCATTATTTTATCTCAAATAAACTTGTATGAACAA * 14858045 AAAAATGGTTTTACGACAACACAAAAGGTCATAATAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTC 313 AAAAATGGTTTTACGACAACACAAAAGGTCATAATAATTTGAAACAGATAATCGTTCATATAGTC * * * 14858110 TTAGCTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAA 378 TTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAAGTTTGAA * * * 14858175 AATATTATTAAATTAGTATATTTTATTATAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATATTATG 443 AATATTATTAAATTAGTATATTTTATTATAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATTATATTATG ** * * 14858240 GTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA 508 ACAAAACAAAACGTTATAACAATTTGAAATAGA * * * * * * 14858273 TAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTCT 1 TAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTGTCTTTTAAATCGCT * * * 14858338 TACT-AGT--TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 66 TACTGATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 14858380 TAAATAAGCT Statistics Matches: 956, Mismatches: 181, Indels: 103 0.77 0.15 0.08 Matches are distributed among these distances: 529 1 0.00 530 8 0.01 531 51 0.05 532 79 0.08 533 29 0.03 534 74 0.08 535 93 0.10 536 3 0.00 537 1 0.00 538 37 0.04 539 84 0.09 540 29 0.03 541 16 0.02 542 31 0.03 543 104 0.11 544 192 0.20 545 54 0.06 546 70 0.07 ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (540 bp): 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Indices: 14856655--14858429 Score: 1244 Period size: 180 Copynumber: 9.9 Consensus size: 178 14856645 TTTTTCAAAG * * * ** * 14856655 TAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTCAAATCT 1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT * * * * 14856719 CTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATATATTAGGATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAT 64 CTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTAT * * * * * 14856782 GATATGAAAGAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAACAATTTG-AATAGA 126 GA-ATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA * * * ** * * * 14856835 TAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACGTTTTTTTTTTAATTTTC- 1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT ** * 14856899 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA 66 TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG--A ** * ** * * * 14856964 AAAAAACAATTGTTTTATAACGCAACAAAAAGTCT-TAATGATTTGAAACAGA 128 ATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGA * * * * * * * * 14857016 TAATTGTTCAAATCA-CCATAATTATTTTAATTGATTCAATAAAC-AA-TT-TTTTTTAAA--T- 1 TAATTATTCAAAT-AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC * ** * * * 14857074 AT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGTATAAGCTAGTATTA 65 TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGA * * * * * 14857137 ATTGAAACAATTGTTTTTTTACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA 128 A-TGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA * * * ** * * * * * 14857190 CAATTGTTAAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTACGAT--A-AAATATATTTTTTAAAATATT 1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-CT * * * * * * 14857252 TTTA-TGATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCGAATAAGCTTGTATG 64 CTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG * * 14857315 AACTGAAACAATTGTTTTATGAGTAAACAAAATGTTACAACGATTTGAAATAGA 127 AA-TGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA * * * * * * 14857369 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATATGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT 1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT * * * * * * * * * 14857434 AACCTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAA 66 TACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAA ** * * * * 14857498 CAAAAAAATTGTTTTATGAT-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGA 129 TGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA ** * ** * * * 14857547 TAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTC 1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC ** * * ** * * * * 14857612 TTGGTTATTAAGTTTGAGGATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCACATAAAATAGTATGAA 65 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA * * * ** * 14857677 TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAACTTTATAATGATTT-AAACTAGA 129 T-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA-TAGA ** * * * * * ** * 14857729 TAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAACATATTTTACCTTTTAAATCG 1 TAATTATT-CAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT * * * * * 14857794 CTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGA 64 CTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA * * * * 14857859 ATAATAACAATTGTTTTGA-GATAAAACCAAAAAGTAATAGCGATTTGAAATAGA 128 ATGA-AACAATTGTTTT-ATGAT-AAA-CAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA * * * * * 14857913 TAATTATTTAAATAGT-TATAATTATTTGAATTGGTTCTATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCT 1 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT * * * * * 14857976 CTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGA 64 CTTACTTAT-TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA * * * * * ** * 14858041 GCTGAAA-AATGGTTTTACGACAACACAAAAGGTCATAATAATTTGAAACAGA 128 -ATGAAACAATTGTTTTATGATAA-ACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA * * * * 14858093 TAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT 1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT * * * * 14858158 TAGTTATGAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTAT-AAATAAACTTGTATGAA 66 TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAA * * * * * 14858221 TAGAAATAATTATATTATGGTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA 129 T-GAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA * * * * * * 14858273 TAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTAAACTGGTTC-AGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTC 1 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC * * * * * 14858337 TTAC-TAGT--TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-TT 65 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT * * 14858398 GAACAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG 130 G-A-AACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGG 14858430 CAATAATGAT Statistics Matches: 1246, Mismatches: 282, Indels: 137 0.75 0.17 0.08 Matches are distributed among these distances: 172 3 0.00 173 4 0.00 174 78 0.06 175 52 0.04 176 26 0.02 177 51 0.04 178 124 0.10 179 239 0.19 180 291 0.23 181 105 0.08 182 103 0.08 183 135 0.11 184 32 0.03 185 3 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (178 bp): 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Indices: 14858640--14859215 Score: 626 Period size: 177 Copynumber: 3.2 Consensus size: 179 14858630 TGGCCATAAT * * ** 14858640 TATTTGAACTTGTTTGATAAACA-ATTTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAAT 1 TATTTGAACTTGTTCGACAAACACA-TTTATTTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAATTTTTCAAAT * * * * * 14858704 GTTAATAAATTAGTGTTA-ATTTATTCTGACTAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA 63 GTTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA * 14858768 CTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAAC 127 CTAAAAAAAAGG-TAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAAC * * 14858822 TATTTGAAC-TGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-TT-TTAATTTTTGAAATAT 1 TATTTGAACTTG-TTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTCAAATGT * * * * * 14858883 TATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA 65 TAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTA * * * * * * * * * 14858948 AAAAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATATC 130 AAAAAAAGG-TAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAAC * * * * * 14858999 TATTTTAGCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGT 1 TATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTCAAATGT * * * * * * 14859064 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTA 65 TAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTA * * * 14859129 AATAAAAGGTCGAAACGATTTGAAATA-AATAATTATTCTAATAGTCTTAAC 130 AAAAAAAGGTAG-AATGATTTGAAATAGAA-AATTATTCTAATAGTCTTAAC * * 14859180 TATCTGAACTAGTTCGACAAAGCACATTTATTTTTT 1 TATTTGAACTTGTTCGACAAA-CACATTTATTTTTT 14859216 TATTATTAAA Statistics Matches: 320, Mismatches: 63, Indels: 22 0.79 0.16 0.05 Matches are distributed among these distances: 177 137 0.43 178 9 0.03 180 4 0.01 181 129 0.40 182 40 0.12 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.43 Consensus pattern (179 bp): TATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTCAAATGTT AATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAA AAAAAAGGTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAAC Found at i:14859595 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 14859216--14862002 Score: 2005 Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 181 14859206 TTTATTTTTT * * * ** * * * 14859216 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTCAAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGCTCTATG 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATG * * ** * * 14859280 AC-AAA-ATAAGGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA- 65 ACAAAACAAAAGG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC * * * * * 14859342 TTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTTTTAAAA 129 TT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA * * ** 14859392 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAACATAAACAATTGTTTTACA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG * * * * * * * * * 14859456 ACAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGACATAGATAACTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACT 65 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT * * * 14859521 TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA 130 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA * * 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* 14861533 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA * * * 14861598 TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAAC-T 66 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT ** * * ** * * * 14861662 GCCTCGATAAACATATTTAGGTTTTCAATCTCCTACGTATTAATTTTTTA-AA 131 GTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAA ** * 14861714 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA * * * 14861779 TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAAC-T 66 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT ** * * ** * * * 14861843 GCCTCGATAAACATATTTAGGTTTTCAATCTCCTACGTATTAATTTTTTA-AA 131 GTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAA * * ** * 14861895 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATGATGAAAAACAATTATTTTATGA 1 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* 14860338 ATAAAACAAAA-AGTCATAATGATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAA 65 ACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA * * * * * * * 14860401 CTTATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGCTTGAATATTAATAAATT 128 -TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATT--TTAAATATTAATAAATT ** * * 14860464 TGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATC-ACAAAGCAAAA 190 AATATTATTTTATTTGAAA-AA-CTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTA-CGACAAAACAAAA * * * * * * 14860527 GGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTTAA 251 GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAA * * * ** * * 14860592 CAGATTCATTTTTTAAATCTCTCACTT-TTTAAGTTTCAAAATATTAATAAGGTCG-ACTTATGT 316 TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-TTGTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTT * * * * ** 14860655 TATTTTGAATAAGCTTGT-ACAAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGTTTTAATGA 379 TATTTCGAATAAGCTTGTAAC-AACA-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTATAACAA * * * * * * 14860719 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AATT-ATTTTTTTTTAATCTCTTATTGTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA 319 -ATTCA--TTTTTTAAATCTCTTATTGTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA * * * * 14861197 TTTTGAATAA-ATTAGTAACAACTAAAAAAATTGTTTAAT-ACAAAACAAAAGGTTA-AACAATT 381 TTTCGAATAAGCTT-GTAACAAC-AAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTATAACAATT * * * * ** * * * * 14861259 TGAAATAAAGAATTGGTCATATAACCATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTT 443 TGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGGCAAACAGATTTATTTTT * * * * 14861324 TAAAT-GTCTTAGTTCTTAATTTTCAGAA 508 TAAATCCT-TTACTTATTAATTTTTAGAA * * * * * 14861352 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAGGA * * * * * * * 14861417 TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTG 66 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG ** * * * * * 14861482 CCTCGATAAACATATTTAGGTTTTCAA-TCTCCTACGTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA 131 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TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATGATGAAAAACAATTATTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAGGA * * * * 14861960 GAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAA 66 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAA 14862003 GCTTTTATGA Statistics Matches: 1817, Mismatches: 347, Indels: 185 0.77 0.15 0.08 Matches are distributed among these distances: 518 61 0.03 519 63 0.03 520 128 0.07 521 25 0.01 522 37 0.02 524 1 0.00 526 1 0.00 532 1 0.00 536 3 0.00 537 15 0.01 538 156 0.09 539 432 0.24 540 470 0.26 541 87 0.05 542 83 0.05 543 245 0.13 544 9 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (535 bp): TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAGGA CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG TTTAGTAAACAGATTTATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAATATT ATTTTATTTGAAAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAACA ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATTCATT 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ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCA-G-AAATAG * * * 14860775 ATTCA-TTTTTTAAATC-CGTTACTAATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTA 64 ATT-ATTTTTTTAAATCTC-TTA-TGATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA ** * * * * * * 14860837 TTTCAAATAGGACTA-TATGAA-TAAAAATAATTCTTTTAGGACAAAACAAATA-ATCATAACAA 125 TTTTGAATA-AATTAGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTA-TACAAAACAAA-AGGTTATAACAA * * * * * * * 14860899 TTTGAAAAAAATAATTGTTTAAATAGTTA-AATTAATTAAATTGGTTTAGTAAACAGA-TT-TTT 186 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTT * * * * * * 14860961 TTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAA 251 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG * * * ** * * * * 14861026 CTTATTTGAATAAAAATGTTTG-TTTACGACAAAACAATAGGTC 315 CTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT * * 14861069 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGA 1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAG-AAATAG- * * * * 14861134 ATTATTTTTTTTTAATCTCTTATTGTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATT 64 ATTA-TTTTTTTAAATCTCTTA-TGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT ** * 14861199 TTGAATAAATTAGTAACAACTAAAAAAATTGTTTAATACAAAACAAAAGGTTA-AACAATTTGAA 127 TTGAATAAATTAGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA * * * ** * * 14861263 ATAAAGAATTGGTCATATAACCATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA 192 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA * * * * * 14861328 TGTCTTAGTTCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA 257 TCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA 14861393 TGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT 321 TGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT * * ** * 14861431 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGCCTC-GATAA-ACA 1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGA-AATAGA * * * * 14861494 -TATTTAGGTTTTCAATCTCCTACGTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT 65 TTATTT---TTTTAAATCTCTTATG-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT * * 14861558 TTTGAATAAGCTT-GTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATT 126 TTTGAATAA-ATTAGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTTATAACAATT * * ** * * * ** 14861621 TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGCCTCGATAAACATATTTAGGTTT 188 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT * * * * 14861686 TCAATCTCCTACGTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT 253 TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT 14861751 TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT 317 TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT * * ** * 14861793 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGCCTC-GATAA-ACA 1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGA-AATAGA * * * * 14861856 -TATTTAGGTTTTCAATCTCCTACGTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT 65 TTATTT---TTTTAAATCTCTTATG-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT ** * * * 14861920 TTTGAATAGGCTT-TTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAA-GTTCATAACAA 126 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Indices: 14863317--14863723 Score: 464 Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181 14863307 TATTTTACCA * * * * 14863317 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAATCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAAT 1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAAT *** * * * *** * 14863382 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATGTATCTTTTGGCTTGACCAGTG 66 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAATGGATTTACAAAATGAATCTTTTGACCAAACAAGTG * * * * 14863447 CAAACAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT 131 CAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGTTATAACCT * * * 14863498 TTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAACA-TAATTCTA 1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAA-AGTAATGCTA * 14863561 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGA-GAGATTTACAAAATGAATCTGTTT-ACCAAACA 64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTACAAAATGAATCT-TTTGACCAAACA * * * * 14863624 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGACCAATTATCTAGTTCAAATTGTTATAACCT 127 AGTGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGTTATAACCT * * * * 14863679 TTTGTATTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT 1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATT 14863724 TCAAATCTGT Statistics Matches: 190, Mismatches: 31, Indels: 10 0.82 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 180 5 0.03 181 180 0.95 182 5 0.03 ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (181 bp): TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAAT TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAATGGATTTACAAAATGAATCTTTTGACCAAACAAGTG CAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGTTATAACCT Found at i:14864285 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 14863936--14865127 Score: 1098 Period size: 181 Copynumber: 6.6 Consensus size: 179 14863926 TTCAAATAGT * * * * 14863936 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATATCAATTCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT * * * * * * 14864001 ATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAT 66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAAT * * * * 14864066 TTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG 130 TTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * ** * * 14864117 GACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT * 14864182 ACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTACTT-ATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AA 66 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAT-AATTTA-TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA * * * * * * 14864244 ATATAGAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACGTTCAAAATAGTTATGACCATTTG 128 ATTTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAACACGTTC-AAATAGTTATGACTATTTG * ** 14864298 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT * * * * 14864363 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AATA 66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA-A * * * * * * 14864427 TTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCAAGTTA-GTTCAATTAATTATGACTATTTA 129 TTTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAA--CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * * 14864479 AATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATACA 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA * ** * * ** 14864543 CACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG--A 65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAA * * * * 14864604 TTTAAAAACTATATCTGTTTATTGAAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG 129 TTTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG * ** * * * 14864656 AATAATTATCTATCTCAAATCGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTCCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT * * * * ** * * * 14864720 ACAAACTTATTC-AGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA 66 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAA * * * * 14864784 TTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAAC-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAT- 129 TTTAAAAAATAAATCT-TTTATCGAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATT-TG * * 14864836 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTC-AGTTCA 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCA * * * * * * 14864899 TACATGCTTATTCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGGAA 65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAA * * * * * * 14864964 -TTAAAAAATAAA--TTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTA 129 TTTAAAAAATAAATCTTTTATCGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * 14865012 AACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTC 1 AATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTC * * * * * * 14865075 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATT 64 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATT 14865128 GAGAAATAAT Statistics Matches: 833, Mismatches: 148, Indels: 64 0.80 0.14 0.06 Matches are distributed among these distances: 175 3 0.00 176 145 0.17 177 114 0.14 178 4 0.00 179 13 0.02 180 154 0.18 181 370 0.44 182 29 0.03 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40 Consensus pattern (179 bp): AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT TAAAAAATAAATCTTTTATCGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTG Found at i:14864432 original size:362 final size:355 Alignment explanation

Indices: 14863936--14865127 Score: 1235 Period size: 362 Copynumber: 3.3 Consensus size: 355 14863926 TTCAAATAGT * * * * * 14863936 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATATCAATTCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT * * * * * * 14864001 ATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAT 66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT * * * 14864066 TTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATT 131 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATT * * * 14864131 TCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC- 195 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA * * 14864195 AAATAAAATAATATAAATTTACTT-ATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATATAGAAAATAAAT 259 AAATAAAATAATAT-AATTTA-TTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAAT-TA-AAAATAAA- * * 14864259 TTGTTTTTTGAACACGTTCAAAATAGTTATGACCATTTG 318 TTGTTTATTGAACACGTTC-AAATAGTTATGACTATTTG * * 14864298 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT * * * * 14864363 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATAT 66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT * *** * * * 14864428 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAGTTAGTTCAATTAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATT 131 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCTATT * * * * ** 14864493 TCAAATCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATACACACAAAATTATTCA 195 TCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA * ** * * * 14864557 AAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTATATCTG 259 AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAATTAAAAA-TAAAT-TG * 14864621 TTTATTGAAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTG 321 TTTATTGAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG * ** * * * * 14864656 AATAATTATCTATCTCAAATCGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTCCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT * * * ** * 14864720 ACAAA-CTTATTC-AGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGA 66 A-AAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA * **** * * 14864782 GATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTATAATAATTATCT 128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TAATAATTATCT * * * * 14864847 ATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTC-AGTTCATACATGCTTAT 192 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT * * * * 14864910 TCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTAAAAAATAA 256 TCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AA-AAATT-AAAAATAA *** * * * * 14864975 A-T-TTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTA 317 ATTGTTTATTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * 14865012 AACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTC 1 AATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC * * * * * 14865075 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATT 64 ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT 14865128 GAGAAATAAT Statistics Matches: 683, Mismatches: 123, Indels: 53 0.80 0.14 0.06 Matches are distributed among these distances: 355 2 0.00 356 110 0.16 357 219 0.32 358 60 0.09 359 26 0.04 360 8 0.01 361 5 0.01 362 250 0.37 363 3 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40 Consensus pattern (355 bp): AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAATAATTATCTATTT CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA ATAAAATAATATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAATTAAAAATAAATTGTTTAT TGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTG Found at i:14865135 original size:36 final size:36 Alignment explanation

Indices: 14865095--14865168 Score: 130 Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36 14865085 ATCCAAAATA * 14865095 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTGAG 1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAAG * 14865131 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG 1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAAG 14865167 AA 1 AA 14865169 GTTGGAGATT Statistics Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0 0.95 0.05 0.00 Matches are distributed among these distances: 36 36 1.00 ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.04, T:0.39 Consensus pattern (36 bp): AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAAG Found at i:14866777 original size:20 final size:20 Alignment explanation

Indices: 14866699--14866803 Score: 66 Period size: 19 Copynumber: 5.5 Consensus size: 20 14866689 CAATTAATAC 14866699 ATAATCATATT-AA-ATTATT 1 ATAAT-ATATTAAATATTATT * * 14866718 ATAATCATGATTATAAT-TCAAT 1 ATAAT-AT-ATTA-AATATTATT * 14866740 ATCATAATATTAAA-ATTA-- 1 ATAAT-ATATTAAATATTATT * 14866758 ATAATA-ATTCAATATTATT 1 ATAATATATTAAATATTATT 14866777 ATAATATATTAAATA-TATT 1 ATAATATATTAAATATTATT 14866796 -TAATATAT 1 ATAATATAT 14866804 ATAAGAATTT Statistics Matches: 69, Mismatches: 8, Indels: 19 0.72 0.08 0.20 Matches are distributed among these distances: 16 5 0.07 17 5 0.07 18 12 0.17 19 18 0.26 20 14 0.20 21 4 0.06 22 11 0.16 ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.01, T:0.45 Consensus pattern (20 bp): ATAATATATTAAATATTATT Found at i:14869856 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 14869821--14869885 Score: 87 Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31 14869811 AATTCATATT * * 14869821 TAATTATAATTAATTAA-ATTATAATATTTAA 1 TAATTATAATTAATTAATATT-TAAAAATTAA * 14869852 TAATTCTAATTAATTAATATTTAAAAATTAA 1 TAATTATAATTAATTAATATTTAAAAATTAA 14869883 TAA 1 TAA 14869886 ATAAAAGATT Statistics Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 2 0.86 0.09 0.06 Matches are distributed among these distances: 31 27 0.90 32 3 0.10 ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.46 Consensus pattern (31 bp): TAATTATAATTAATTAATATTTAAAAATTAA Found at i:14870881 original size:23 final size:23 Alignment explanation

Indices: 14870842--14870892 Score: 61 Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23 14870832 TATAATATAT 14870842 ATTAATTTTAAATATT-AAATCTA 1 ATTAATTTTAAATATTAAAAT-TA * 14870865 ATTAA-TTTATATAATTAAAATTA 1 ATTAATTTTAAAT-ATTAAAATTA 14870888 ATTAA 1 ATTAA 14870893 AAATTTTACT Statistics Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4 0.83 0.03 0.13 Matches are distributed among these distances: 22 6 0.24 23 15 0.60 24 4 0.16 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (23 bp): ATTAATTTTAAATATTAAAATTA Found at i:14870972 original size:22 final size:22 Alignment explanation

Indices: 14870931--14870984 Score: 67 Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22 14870921 ATAATTGTTA 14870931 TAATTA-AATAATAATCTAATT 1 TAATTATAATAATAATCTAATT 14870952 TAATTATAATAGATAAT-TAATT 1 TAATTATAATA-ATAATCTAATT * * 14870974 AAAATATAATA 1 TAATTATAATA 14870985 TAAATATTTA Statistics Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 3 0.85 0.06 0.09 Matches are distributed among these distances: 21 6 0.21 22 18 0.62 23 5 0.17 ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.02, T:0.41 Consensus pattern (22 bp): TAATTATAATAATAATCTAATT Found at i:14871013 original size:13 final size:13 Alignment explanation

Indices: 14870985--14871022 Score: 58 Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 13 14870975 AAATATAATA 14870985 TAAATATTTAAATTT 1 TAAATA-TT-AATTT 14871000 TAAATATTAATTT 1 TAAATATTAATTT 14871013 TAAATATTAA 1 TAAATATTAA 14871023 AACTAATATA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 13 15 0.65 14 2 0.09 15 6 0.26 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (13 bp): TAAATATTAATTT Found at i:14872682 original size:14 final size:14 Alignment explanation

Indices: 14872663--14872692 Score: 51 Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14 14872653 TTAAGAGATT 14872663 ATAAATTTAGTATA 1 ATAAATTTAGTATA * 14872677 ATAAATTTATTATA 1 ATAAATTTAGTATA 14872691 AT 1 AT 14872693 TTAAAGTAAG Statistics Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0 0.94 0.06 0.00 Matches are distributed among these distances: 14 15 1.00 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.03, T:0.47 Consensus pattern (14 bp): ATAAATTTAGTATA Found at i:14873056 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 14873033--14873070 Score: 51 Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18 14873023 AAATATATTA 14873033 TATAATTTATAAT-ATAAT 1 TATAA-TTATAATAATAAT * 14873051 TATAATTATATTAATAAT 1 TATAATTATAATAATAAT 14873069 TA 1 TA 14873071 AAAATATTAT Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2 0.86 0.05 0.10 Matches are distributed among these distances: 17 6 0.33 18 12 0.67 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (18 bp): TATAATTATAATAATAAT Found at i:14873398 original size:21 final size:22 Alignment explanation

Indices: 14873372--14873424 Score: 65 Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22 14873362 GTTTGTCATT 14873372 ATTAATAGTTA-ATAATTATAA 1 ATTAATAGTTATATAATTATAA * * 14873393 ATTAATA-TTATATTATTATAT 1 ATTAATAGTTATATAATTATAA 14873414 ATTAAATAGTT 1 ATT-AATAGTT 14873425 TTGTTATTAA Statistics Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 4 0.82 0.06 0.12 Matches are distributed among these distances: 20 3 0.11 21 18 0.67 22 4 0.15 23 2 0.07 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.04, T:0.49 Consensus pattern (22 bp): ATTAATAGTTATATAATTATAA Found at i:14876544 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 14876191--14876571 Score: 430 Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 179 14876181 TACTATTAAA 14876191 ACTAATTTATTAATACTTC--AAAAAATTATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACC 1 ACTAATTTATTAATACTTCAAAAAAAATTATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACC * * * * * 14876254 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGT 66 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT * * * 14876319 CATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAC 131 CATAAAACAATTGGTTCTGTTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAAC * * 14876368 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATT-TGTTTACCA 1 ACTAATTTATTAATACTTCAAAAAA--AATTA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCA * * * * * * ** 14876431 AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATACTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATT 62 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT * * * * * * * 14876496 TTGTTATTAAACAATTGGTTCTGTTCATGCT-ATTTTATTCAGAATAAAATAAT 127 TTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTT-AAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAAC * * * 14876549 ATTAATTTAATAATATTTCAAAA 1 ACTAATTTATTAATACTTCAAAA 14876572 CTTAATAACC Statistics Matches: 169, Mismatches: 27, Indels: 11 0.82 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 176 3 0.02 177 15 0.09 178 4 0.02 180 5 0.03 181 128 0.76 182 14 0.08 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.43 Consensus pattern (179 bp): ACTAATTTATTAATACTTCAAAAAAAATTATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACC AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT CATAAAACAATTGGTTCTGTTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAAC Done.