Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 69000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 8 of 129
Found at i:994719 original size:22 final size:22
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994684 CTCCTGAAAT
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1 TCCTTCAAACATGATTTTCAAC
***
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1 TCCTTCAAACATGATTTTCAA
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TCCTTCAAACATGATTTTCAAC
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994909 GATCGAGTGT
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* * *
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1 GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATGCTCTTCAAAGTCGTA
**
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1 GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
995031 ATTAGAATTT
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GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATGCTCTTCAAAGTCGTA
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994775 AGAAGAGCAA
* * ** *
994785 TTTA-CTTTCAAAAGTTGTAGAGCCTCTCATTAGAAAAGCTTTGTTTATGTTTTTCAAAGTCATT
1 TTTATCTTTC-AAAGTCGTAGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATGTTTTTCAAAGTCGTT
* * *
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127 AGTGTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
* *
994943 TTTATCTTTCAAAGTCGTAGAGCGTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATGTTCTTCAAAGTCGTTG
1 TTTATCTTTCAAAGTCGTAGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATGTTTTTCAAAGTCGTTG
* * *
995008 AGCCTCTGCCTAGAGGAGCTTTGATTAGAATTTT-AGGAAAAAAAAACAAAAAAAATGATCGAGT
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1 TTTATCTTTCAAAGTCGTAGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATGTTTTTCAAAGTCGTTG
* * * * * *
995163 AACCTCTGCTTAAAGGAGTTTTGATCAGAATTTTAACGAAAAAAATAAAAAAAGA-GGTCGAGTG
66 AGCCTCTGCTTAAAGGAGCTTTGATTAGAATTTTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAATGATCGAGTG
995227 -GAGCCT
131 TGAGCCT
995233 TGAATGGGTG
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AGCCTCTGCTTAAAGGAGCTTTGATTAGAATTTTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAATGATCGAGTG
TGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
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995064 GATCGAGTGT
995074 GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTA-TCTTTCAAAGTCGTA
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* *
995117 GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATGTTTTTCAAAGTCGTT
1 GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTA-GTCTTTCAAAGTCGTA
* * * *
995162 GAACCTCTGCTTAAAGGAGTTTTG
1 GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
995186 ATCAGAATTT
Statistics
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43 28 0.46
45 33 0.54
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Consensus pattern (44 bp):
GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTAGTCTTTCAAAGTCGTA
Found at i:995371 original size:5 final size:5
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995346 AGATAAGCCC
* *
995356 ATTTT AGTTT ATTTT ATTTT ATTTTT ATTTT ATTTT ATTCT ATTTT ATTTT
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995407 -TTTT ATT
1 ATTTT ATT
995414 CTGTACTTTG
Statistics
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Consensus pattern (5 bp):
ATTTT
Found at i:995382 original size:21 final size:19
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995346 AGATAAGCCC
*
995356 ATTTTAGTTTATTTTATTTT
1 ATTTTA-TTTATTTTATTCT
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1 A-TTTTA-TTTATTTTATTCT
*
995397 ATTTTATTTTTTTTATTCT
1 ATTTTATTTATTTTATTCT
995416 GTACTTTGTA
Statistics
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ATTTTATTTATTTTATTCT
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995346 AGATAAGCCC
*
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1 ATTTTAGTTTATTCTATTTTATTTTT
*
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1 ATTTTAGTTTATTCTATTTTATTTTT
995408 TTTATTCTGT
Statistics
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ATTTTAGTTTATTCTATTTTATTTTT
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995482 TTTATTAATA
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* * *
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1 TATATATATTTTATCTATT
*
995529 TATTATATATATTAT-TATT
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* *
995548 TATCTAT-TATTAT-TA--
1 TATATATATTTTATCTATT
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1 TATATATATTTTATCTATT
*
995579 TACATATTATCATTTATCTATT
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* *
995601 AATATATTTTTTAT
1 TATATATATTTTAT
995615 TTTATTTTTT
Statistics
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Consensus pattern (19 bp):
TATATATATTTTATCTATT
Found at i:995515 original size:23 final size:23
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995448 TTTGCATTTA
* *
995458 TTATTTATTTATCTATTATTACTAT
1 TTATCTATTTATATATTA-TA-TAT
*
995483 TTAT-TA-ATATATA-TATAT-T
1 TTATCTATTTATATATTATATAT
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1 TTATCTATTTATATAT-TATATAT
*
995525 ATAT-TATTATATATATTAT-TAT
1 TTATCTATT-TATATATTATATAT
995547 TTATCTA-TTAT-TATTATTATTAT
1 TTATCTATTTATATATTA-TA-TAT
* *
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1 TTATCTATTTATATATTATATAT
*
995592 TTATCTATTAATATATT
1 TTATCTATTTATATATT
995609 TTTTATTTTA
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TTATCTATTTATATATTATATAT
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995443 TTATTTTTGC
*
995453 ATTTAT-TATTTATTTATCTATTATTACTATTTATTA-ATATA-TATAT
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1 A-TTTATCTATTTATATATCTATTATATATTATTATATATATTATT
* * *
995545 ATTTATCTA-TTATTATTAT-TATTATTTATCTATT-TACATATTATC
1 ATTTATCTATTTA-TA-TATCTATTATATAT-TATTATATATATTATT
*
995590 ATTTATCTATTAATATAT
1 ATTTATCTATTTATATAT
995608 TTTTTATTTT
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ATTTATCTATTTATATATCTATTATATATTATTATATATATTATT
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995885 TATATTGTTG
* * * *** *
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** ** ** * * * * * * *
995959 AATGTATC-AATTGGCTTGACCAGTGCAAAAAGTTATGACTGTTTGAACAATCATCTATTTCAAA
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* * * * **
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* * *
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1 TATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
996141 CTGAATCTGTTTATCTAACAAGCTCAAA-ATGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTACAAAT
66 ATAAATCTGTTTATCTAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * *
996205 CGCTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTATATTCGTACAAGCT
130 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * * *
996257 TATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
996321 AATAAA--T-TTTATCAAATAAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
65 AATAAATCTGTTTATCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * *
996383 CGTTATG-CCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAACCT
130 CGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
** * * *** * *
996435 TATTTGGATTAAAATAATAT-TAATTTATTGATATTTTGACAA-T--TAA-T-A-AGATTTTAAA
1 TATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
996493 AATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTCATGACGATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATCTGTTTATCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** *** * *
996558 CATTCTGAGCTTTTCTTTCATCATAAAATAATTACATC-AGTTCATATAGGCT
130 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * *
996610 TATT-TGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAG-AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ***
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65 AATAAATCTGTTTATCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
996739 CATTATGACC-TTT-TTTTGTCTTAAAATAATTGATTCTATTCATATAAGGT
130 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * * *
996789 T-TTCA-AATAAACTAATAT-AAATGTACTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAAATTTAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
996851 AATAAATGTGTTT-TTTGAACACA-TTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTACTTCAA
65 AATAAATCTGTTTATCT-AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* *
996914 ATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATCGTTTCTATTCATACAAGCT
128 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
996968 TATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAGTATTCCAAAAGTTAATAAGCAA-AAAGTTTAAA
1 TATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AA
* **
997031 AAAATTAATCTGTTTA-CTGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAGT-TATTTC
63 AAAATAAATCTGTTTATCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTC
** * * *
997094 AAAAAGTTATCATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACT
126 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
997150 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
997215 ACAAATATGTTTA-CTAAACATGTTCAAACAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
66 ATAAATCTGTTTATCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * **
997279 CATTATAACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAAAT
130 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
997331 TATTCAAAATAAAATAATACTTATATATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
997392 GTAAATCTCTTTA-CGGAAACAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAGTTATCTATCTCAAA
66 ATAAATCTGTTTATC--TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
997455 TAGTTGTGATC-TTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAACT
129 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
** * * *
997507 TATTTGGATTAAAATAATAT-TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
997571 AAT-AAT-TGTTTTAGCCAAACCAGTTCGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
65 AATAAATCTG-TTTA-TCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * ** *
997634 ATCGTTTTGACTTTTTATTTAGTTATAAAACAATTACTTC-AATCTATACAAGCT
128 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCT
* * * ** *
997688 TATTCA-AAAAAAGATAGTAT-TAATTTATTAACATTGGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
1 TATTCAGAATAAA-ATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
997751 AAA-ATAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAGTTATCTATAT-
64 AAATA-AATCTGTTTATCT-AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* ** * * * *
997812 AAAGTCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAACT
126 AAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * ** * *
997869 TATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * ** * * *
997934 TTAAAGCTGTTT-TCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAAAATCAATCTCAAAA
66 ATAAATCTGTTTATCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
997998 CATTATGATC-TTT-TTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCT
130 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT
* *
998048 TATTCAG-ATAAATATAATTCTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAGAATAAA-ATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
998108 CATAAATGTGTTTA-CTGAATCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTAGAGTAATTATCTATTTCAA
65 AATAAATCTGTTTATCT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * ** * *
998171 GTTGTTCTAACCTTTTGTTTACTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGTT
128 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
** * * * *
998225 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCT-TGAGATTTGACA
1 TATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAA
* * * * *
998289 AAATAAATCTGTTTA-CTAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAA
64 AAATAAATCTGTTTATCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * *
998353 ATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCT
128 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * *
998407 TA-TCAAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATAGTT-CAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAC
1 TATTC-AGAATAAAATAATTCTA-ATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-
* * * * * *
998469 AAAAATAAATC-GATTTAT-TGAATC-AGTTCAGATAATTATGGCCATTTGAACAAATATCTATT
62 AAAAATAAATCTG-TTTATCT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * *
998531 TCAAATTGTTATTAGCTTTTGTTTTGTCATATAAA-AATTGTTTTTCA-ACATACAAGTT
124 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT
* ** **
998589 TATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAG-AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* *** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * ** * *
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* ** * * *** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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** ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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*
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**
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*
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** **
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* * ** *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCAAATAGTTATAAC-CTTTGTTT
** * * * * * * * *
1000465 AATTATAAAACAATTGTTTCTATTTATACATGCTTA-TCTGAATTAAAATAATACTAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * ** * * *
1000529 ATATTTTGACAATTACTAAGTAAAAATTTAGAAAATAAATATGTTTATCAAACCAAATCAAATTG
128 ATATTCTAAAAATTAATAAG---AGATTTA-AAAATAAATCTGTTT-TTGAACTAATTCAAATAG
* * * * * * * *
1000594 TCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTGTGACCTTTTTGTTTTGTCACAAAA-A
188 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-AAGTTATGA--TTTTTTTTTTGTCATAAAATA
* * *** * * * *
1000657 ATT-TATT-TTATTTTATATGTGCTTATTTAAAAT-AAGATAATACTAAGTTATTAATATTCCAA
250 ATTGT-TTCTGA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * *
1000719 AATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTATTGAA-AAGGTTTAAATAATTATGA
312 AA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTACTGAACAA--TTTAAATAATTAAGA
* * * * **
1000782 CTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTT
370 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
1000846 TGTTTATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAGTTAATAAG
435 TGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAAG
* * * * * **
1000910 TAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACTAAATAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAAT
499 ----AGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAA-CAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * *
1000974 TATTTATTTCAAATTGTTATGACTATTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCACT-AAA
559 TATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTA-TAAAA
* * * * * * *
1001037 GCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTA
620 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTA
** * * *
1001102 AAAAATAAAT-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AACTAAGTATCTATTTCA
683 AAAAAT-AATCGTTTAAAGAAC-AGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCA
* * * * * * * * * *
1001165 AATCATTGTGATCATTTATTTTGT-AAGAAAACAATTG--TTTCAGCTCATATAAGCTTATTTGA
745 AATCGTTATTAGC-TTTTTTTTGTCTA-TAAA-AATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTA-TTCA
* * * * *
1001227 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATT
804 AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTAAAAAATATATC
**
1001292 TGTTTACCGA
865 TGTTTATTGA
* * * * * *
1001302 A-TATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAGTTATCTATTTCAAAATA-TTATGACATTTTGT
1 ACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTC-AAATAGTTATAAC-CTTTGT
* ** *
1001365 TTTGTCATAAAACAATTGA-TTATGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAACA-TAAATTT
62 TTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * *
1001427 ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCT-AAATACGTTC
124 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG---AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTT-TGAACTA-ATTC
* * * * * * *
1001490 AAATATTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
182 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATAA
* * * * * * *
1001555 ACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAGTT-GAAATAAA-ATAATATTAATTTATTAAAATTCC
246 AATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * ** * * *
1001618 AAAAATTAATAAGTAAACAATTT-AAAAATAAATCTGTTTAAC-GAGTGAGTTCAAATAGTTATA
310 AAAAATTAATAAG---A-GATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTGA-ACAATTTAAATAATTA-A
* * ** * * **
1001681 -ACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGTTACGATCTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGT
368 GACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT
* * *
1001744 TTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATA
432 TTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATA
* * ** * * *
1001808 AGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCT-TTTGAAC
497 A----GAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAAC-AATTTAAATAGTTATG-ACTATTTGAAC
* ** **
1001872 TATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTCTTGTCATAAAATGATTGTTTCTA-TTTATAC
556 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATA-
** * * * *
1001936 AAA-AATA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTACTGATATGT-AAAAAATT-A-A-TAAGAGAT
617 AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAGTAAGAGAT
* * ** * * *
1001995 TTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATC
680 TTAAAAAAT-AATC-GTTTAAAGAAC-AGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *** *
1002060 TCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGT-TATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAA
742 TCAAATCGTTATTAGCTTTTTTTTGTCTATAAA--AATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTC-A
* * * * ** * * * *
1002124 AATAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATGTAT
804 AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATCTGT
****
1002188 TTGCCAA
868 TTATTGA
* * * * *
1002195 ACTAGTTCAAATAGTTAAT-ACTA-TTAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGT
1 ACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTA-AACAATTATCTA-TTCAAATAGTTATAACC-TTTGT
* * * * * * * *
1002258 TTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTTATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTAT
62 TTTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * * *
1002322 TAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAAATAAAAAAAAAATTTTGCTTATCGAAC-AAGTTCAAA
126 TAATATTCTAAAAATTAAT--A-AGAGATTTAAAAATAAA-TCTG-TTTTTGAACTAA-TTCAAA
* * * *** *
1002386 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTAATTAGTAAATTTAAAAAATAAATCTG
185 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAA--AGTTA-T-GATTT------TTTTTTTG
* * * ** * * * ** **
1002450 T-TTACCAAACCAATTCCTATT-TGA--ATAGTTA-TTTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGT
240 TCATA--AAA-TAATT-GT-TTCTGATCATA-CAAGCTTA-TTCAAAATAAATATAA--TACTAA
* *** ** *
1002509 TTTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAAT
296 TTTA-T-T--AAT-ATTCTAAAAATT-A-ATAAG-AGATTT--AA-AAAATAA-A-T-ATGT--T
* * * * *
1002574 AATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTATCAAAGCAATTCAAAC
345 --TACT-GAACAATT--T-A--AATA-A-TTAAGAC-T--A-----TT-T----G-AA-T-----
* ** * ** ** ** *
1002639 AATTAAGACCATATGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAAC
380 AATT---ATC-TAT-TTCAA--ATC-GTTATAACCT-TT-TG----TTTAGTC-----ATAAAAC
* *** *
1002704 AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
426 AATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C-AAAA
* * * * *** * * * * * ** *
1002769 TTAATAAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATTGGATCAATTCAAAAAATTATGGCCCTA
489 --AATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTA-CCAAACAATTTAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * *
1002834 TCAACAATTATCTATTTCAAATAATTATTACCTTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
551 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTGTCATAAAACAAT--T--GTT-TTA
* * * * ** * * *
1002899 ATCTCTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATA--AATCTATT--TA-T-CAAACTAGT
610 GTTTAT-AAAAGCT--T-A-TTTGA-A-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA--AAT
* * * * *
1002957 TCAAATAGTTATGACTATTT-GAAAAT--T-G--T--A-AAC--TTCAAATA-TTATAACCT-TT
666 T--AATAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAATCGTTTAAAGAACAGTTCAGATAGTTATGA-CTATT
* * * * * * * *
1003009 TG-----TTTTGTA-AT-AAAAC--AATTA---TTTTTGT-TC-ATACAAA-T-TTATTCAGA-A
726 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTTTTTGTCTATAAAAATTGTTTTTCA-ACA
* * * * ** ** * * *
1003057 TA-AA-ATAATACTAATCTAATAATAT--TCCA--AAAATT--AACAACTAAG--AGA-A-TTAA
790 TACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAA
* * * **
1003110 AAAATAAATTTATTTGCCT-A
855 AAAATATATCTGTTT-ATTGA
* * * * * * *
1003130 ACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCAAAT-AGTTATAACC-TTTGTT
* * ** *** *
1003194 TTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTT
63 TTGTCATAAAACAA-TTATTTCTG--TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * *
1003257 ATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-AG---T----A-AGA---G-ATTT--A--AA---AAATAAT
124 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTTTGAACTAATTCAAATAGT
* * * * ** * * * *
1003301 TTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACA-AAC
189 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATAAA-ATAAT
* * ** * *
1003365 TATTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAATACTAATATATTAAAATT-TCAAAAA
252 TGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAA
* * * * * * * *
1003427 TTAATAAGTAAGAGACTTAGAAAATAATTTTTTTTATTGGACTAATTCAAATAATTATA-ACTAT
315 -T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AATTTAAATAATTA-AGACTAT
* * * * * * *
1003491 TGGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTA-TTATAAAATAATTGTTTTTGT
374 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * * *
1003555 TAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATCATTCTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGA
438 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA--ATTAA-TAAGA
* * * * *
1003620 GATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAA-TATTATCT
500 GATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACAATTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * ** ** *
1003684 GTTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT-GTTCATACTATTTTAC
564 ATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTTATAAAAGCTTAT
** * ** * * *
1003748 TCAAAATAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTCCAAAACA-TAATAACCAAGAAAATTATAAAA
626 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAA-ATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAA
** * * * * *
1003811 TAAATC-TAATTATTGAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAGTTCAAATC
688 T-AATCGT--TTAAAGAA-CAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
1003875 GTTATGACCTTTTCTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTTGT--TCATACAAGCTTATTCAGATTAA
749 GTTATTAGCTTTT-TTTTGTCTAT-AAA-AATTGTTTT-TCAACATACAAGCTTATTCA-AATAA
* ** * * * **
1003937 AATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
809 AATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATCTGTTTATT
1004000 GA
873 GA
** * * * * * * * *
1004002 ATTAGTTTAAATGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTCTGTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTA-TTCAAATAGTTATAACCTT-TGTT
* * * ** * * * *
1004066 TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTA
63 TTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * ** **
1004131 ATAGTAAAAAAATTAATATGAAAGAGATTTAAAAAATCAATCAATTTACCGAA--AAGTTCAAAT
128 ATATTCTAAAAATT-A-AT--AAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TTGAACTAA-TTCAAAT
* * * * * * * * **
1004194 AATTATTATTATTATTTGAACAA-TGTCTATAT-AAAATCA-TTATAACCTTTTGATTTGTCATA
186 -A--GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAA--AGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATA
* * * * *
1004256 AAATAATTATTTC-AATTAATACAAGCTTA--GAAGGAATAAA-ATAATACTAATTTACTAATAT
245 AAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAA--AATAAATATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * ** *
1004317 TTCCT--AAATTAATAAGTTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTATTGAATCGGTTAAAATAAT
306 TT-CTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTTAAATAAT
* * * * * * * * * *
1004380 TATGGCCATTTGAATGATTATCTCTTCCAAATCATTATGAGC-TTTGGTT-GTCATAAAACAATT
365 TAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
** * * *
1004443 GTTTTTCATCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATCATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAA
430 GTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* * * * *
1004507 TAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGATTGTTTGAA
495 TAAG----AGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAAC-AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** ** * * * *
1004572 CAATTATCAATCTT-AAATTGTTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAG
555 CAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAA
* ** * * * *
1004636 AAGCTTTTTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCAAAAAATTAATAAGTAATAGATT
618 AAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATT
* * * * ** * * * *
1004700 TAAAAAATAATTATGTTCACCAA-ACCAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATTTATT
681 TAAAAAATAA-T-CGTTTA--AAGAACAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
1004764 TCAAGTCCTTCA-GACCTTTTCTTTAGT-TATAAAATATT-TGTTTCATGTCGTACAAGCCTATT
742 TCAAATCGTT-ATTAGCTTTT-TTTTGTCTATAAAA-ATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTA-T
** * *** *
1004826 TGGAATAAAATAAT-TCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAA-TACACAAAAGATTTGAAAAAA
801 TCAAATAAAATAATAT--AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGT----AAGAGATTT-AAAAAA
* * * *
1004889 TAAATTTATTTATCGA
859 TATATCTGTTTATTGA
** * * * * * * * *
1004905 ATAATTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTTTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCAAATAGTTATAACCTTTGTTTT
* * * * * *
1004970 TTACATAAAACATTTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCTTA
65 GT-CATAAAACAATTATTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *** **
1005034 ATATT-TCAAAAATTAATAGGTAATAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATTCAAAT
128 ATATTCT-AAAAATTAATAAG--AGA-TTT--AAAAATAAATCTGTTT-TTGAACTAATTCAAAT
* * * * *** * * * *
1005098 AGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTGAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
186 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATAAAATA
* *
1005163 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
250 ATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * ** ** * * *
1005226 ATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCAATTCCAATAATTATGGCCAT
314 ATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTTAAATAATTAAGACTAT
* * * * * * * *
1005291 TTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGCTTAATCATATAAA-AATTTTTTTTGA
374 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATA-AAACAATTGTTTTTGT
* * * *
1005355 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
438 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAA--ATTAA-TAAG
* ** * * **** * *
1005420 AGATCTAACCATTAAAAATGTTTATTGTACTAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAATAATCGTA
499 AGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAAC-AATTTAAATAGTTATGACTATTTG---AA-C--A
* * * * * **
1005485 TACTTTGAATCGTATTTACCGGACCAGTTCAAATAGTTAAACCTATTAGAATAAATTATC-TATT
557 -A--TT--ATC-TATTT--C--A--A-ATC-ATTA--T-GACCT-TT----T--TTTGTCATAAA
* * *
1005549 TCGAATTATTTTGGCATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTGATACATTCTTATTCAA
598 AC-AATTGTTTT---A----G-TT--T-ATAAAA-----G---C---T--T--A----T-TT-GA
* * * * * * *
1005614 AATAAAATAATCCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAACAAGCAAGAAATTGAAAAAATAAATC
630 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATC
* ** * * * * * * * *
1005679 AGTTCATCGAAGAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGCTATGA
693 -GTTTAAAGAA-CAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA
* * * *
1005744 -CATTTTATTTTATC-ATAAAACAATTG--TTTCAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAA
756 GC-TTTT-TTTTGTCTAT-AAA-AATTGTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* ** * * * **
1005805 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGGTAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTTATCA
814 TA-TAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATCT-GTTTATTG
1005869 A
874 A
* * * * * * * *
1005870 ATCAATTCAAATAATCATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTATCTA-TTCAAATAGTTAT-AACCTTTGTT
* * * * * * ***
1005934 TTTTCATAAAACAATTGTTTTTCATT-ATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
63 TTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
1005998 AATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCATTTCAAA
127 AATATTCT-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TTGAACTAATTCAAA
* * * * * * * * *
1006062 TAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATAATCTTTTGTTTTGTCATCAAA
185 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-AAGTTATGAT-TTTTTTTTTGTCATAAAA
* * * ** ** *
1006126 TAATTGATTCTGTTCATACCATTTTATTTGAAATAAA-ATAATACTAATTTAATAATATTCTAAA
248 TAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * ** ** * * * *
1006190 ACTTAATAACCATGGAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAATTAGTTCAAACAATTAAGACTA
313 AATTAATAA-GA--G-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTTAAATAATTAAGACTA
* * * * *
1006255 TATGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGGTTT-GTCATAAAATAAATT-TTTTT
373 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-GTTTAGTCATAAAA-CAATTGTTTTT
** * * * * * *
1006318 GTTTGTACATGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT
436 GTTCATACAAGTTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA--ATTAA-T
* * *** * * * * * * *
1006382 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACGAGTT-CATATGGTAAGACTATTAGAACAGTT
496 AAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACAATTTAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATT
** * * * * ** *
1006446 ATCTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAGTTGTTTAAGTTTATGCATGCT
560 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCT
* ** * * * * * *
1006511 TATTCGGCATAAATTAATCCTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAATAAAGAGATTAAAAAA
623 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGT-AAGAGATTTAAAAA
* * * * *
1006576 AT-CTAC-TTACCAAAG-A-AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATC
687 ATAAT-CGTT--TAAAGAACAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
1006636 ATTATGACCATTTATTTTGTC-ACAAAACAATTGTTTTAGT-TA-ATACAAACTTA-T-AAGGAA
749 GTTATTAGC-TTTTTTTTGTCTA-TAAA-AATTGTTTT--TCAACATACAAGCTTATTCAA--AT
* * * * *
1006696 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
807 AAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCCAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATCTGT
*
1006761 TTATTCA
868 TTATTGA
* * * * * * * *
1006768 ACCTGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAATTTCAAATCA-TTATGATCTTTATTT
1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCAAAT-AGTTATAACCTTTGTTT
* * * * *** *
1006832 TGTCATGAAACAATTGTTT-TTTATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAAT
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* * * *
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127 AATATTCT-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TTGAACTAATTCAAAT
** * * * * ** * * * *
1006960 AGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
186 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATAAAATA
* * * *** * * * *
1007025 TTTG-TTCAT-ATTAGACAAGCTTATTTGGAATAAA-ATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAA
250 ATTGTTTC-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * * * * ** *
1007087 ATTAAAAAGCAAAAGATTCAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGCACAAGCTTAAATTGTTATGACT
314 ATTAATAAG----AGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAA-TTTAAATAATTAAGACT
* * * * * *
1007151 ATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTC
372 ATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTT
** * ** *** * *
1007214 ACTTCATAAAAACTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTAAAAAATGAATAAGC
435 TGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT---TAA-T
* * * * * * *
1007278 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTTCTC-AACAAATTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAA
496 AAGAGATTT-AAAAAGTAAATATGTTTAC-CAAAC-AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
1007342 TTGTGTATTTAAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATACAAG
558 TTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAG
* * * * * *
1007407 CATATTTG-AATAAAATAATAATAATAATTTTTAATATTTCAGAAATT-A-A-TAAGTGATTTAA
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* * * * * * *
1007468 AAAGTAAATCTGTTTACCAA-ATCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCA
684 AAAAT-AATC-GTTTA--AAGAACAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
1007532 AATCGTTATGAAC-TTTTATTGTC-ATAAAATAATT-TTTTTCATCATACAAGCCTATTTGAATT
745 AATCGTTATTAGCTTTTTTTTGTCTAT-AAA-AATTGTTTTTCAACATACAAGCTTA-TTCAAAT
* * ** *
1007594 AAAATATTACTAATTTATTTATTATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATA-ACTCT
807 AAAATAATA-TAATTTA-TTAATATTCCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATATA-TCT
* **
1007657 ATTTACCGA
866 GTTTATTGA
* * **
1007666 ACCAGTTC--CTA--T-TGA--A--T----AATTA--T-TTCAAATTGTTATAACCTTT-TAACC
1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTCAAATAGTTATAACCTTTGT--TT
* * ** * * * *
1007714 TGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAA
64 TGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *** * * * *
1007779 TATTCAAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAGAATAAATATATTTGCCAAAATAGTTCAAACAA
129 TATTCTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAA-AATAAATCTGTTT-TTGAACTAATTCAAATAG
* ** * * * *
1007844 TTAAGACTACATGAACAATTATCTATTT-AAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
188 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAA--AGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATAAAATA
** * *
1007907 ATCATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAA
250 ATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * *
1007969 AATTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-TGGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATT
313 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CAATTT-AAATAATTAAGACTATT
* * * * * * * * * *
1008032 TTAACAGTTATCTATTTCAAATCATTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATC
375 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * *
1008097 ATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAAATTAATAAGAGATT
440 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAAGAGA-T
* * * * * *
1008161 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCATATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTGAACAAT
503 TTAAAAAGTAAATATGTTTACCA-AACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-----A-
* * ** * * * * * *
1008226 TGTATACTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGG
561 TCTAT--TTCAAATCATTATGACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGC
* * * *
1008291 TTATTCG-AATAAAATAATA-TTATTCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG-------
622 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAA
* * * *
1008347 AAAT-A--G---AAATAA-A-TT----T-GTT-TGGC-A----AAAAACTAATCTA-TTCAAAGT
685 AAATAATCGTTTAAAGAACAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAA-T
** * * * * **** * *
1008392 CAATATGACCTTTTATTTTTTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAA
748 CGTTATTAGCTTTT-TTTTGTC-TATAAAAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTC-AAATAAA
* ** * * * * **
1008457 ATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCAATTT-
810 ATAATA-TAATTTATTAATA-TTCCAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATCTGTTTA
**
1008521 TCCAA
871 T-TGA
* * * * * * * *
1008526 ACCAAG-GCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCA-TTATGATCTTTGGT
1 ACC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT-TCAAAT-AGTTATAACCTTTGTT
* * * * * *** *
1008589 TTCTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAAT
63 TTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
1008653 AAAATTCCAAAAGTTAATAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCT-AAATCAGTTCAAATAGT
127 AATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TTGAACT-AATTCAAATAGT
** * * * * * * ** * *
1008717 TAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTA-TTTTGACATTTTGGTTAGTCATATAATAAT
189 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-AAGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * *
1008781 TGTTT-TAGTTCATACAGGTTTATTCAGAATAAA-ATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAT
252 TGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * * * *
1008844 TAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACCACT
316 TAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA-TTTAAATAATTAAGACTATT
* * * * * * * ** *
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375 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* ** *** * * *
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* * * * ** * * * *
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501 ATTTAAAAAGTAAATAT-GTTTAC-CAAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ***** *
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564 ATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATT
** * * *
1009168 CAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
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* ** * * *
1009230 TCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTAT
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* * * * *
1009294 AACCTTTTGTTCTATC-ATAAAACAATTGTTCTATT---CATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
754 TAGCTTTT-TTTTGTCTAT-AAA-AATTGTT-T-TTCAACATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA
** * * *
1009355 ATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TCGTTTA-T
813 ATA-TAATTTATTAATATT-CCAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATCT-GTTTATT
*
1009417 CA
873 GA
* * ** * * * * * * *
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1 A-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCAAATAGTTATAACC-TTTGTT
* * * *
1009484 TTGTCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATGAA-ACTAATTTGT
63 TTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTAT
* * * * * * *
1009547 TAATATT-TGAAAAAGTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATCGAAGC-AGTTCG
126 TAATATTCT-AAAAA--T-TAA-TAAGAGATTTA-AAAATAAATCTGTTT-TTGAA-CTAATTCA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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246 AATAATTG--TTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * ** * * **
1009735 TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAAAGTGAATTTGCTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTT
309 TA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTT-AAATAATTAA
* * ** * * * *
1009799 GACTATTTGAATAATTAACTATTTTAAATTATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGT
368 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * *
1009864 TTTGTTCATATTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAGAACTTAATAA
433 TTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT--
* * * * * ** * * * * * *
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496 --AAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAAC-AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
** * * * * * *
1009994 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTT-GTTTGTATAGG
558 TTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAG
* * * * * *
1010058 CTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAGTTTAATAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAA
621 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAA
** ** * * * * * *
1010119 AAATAAATTTTTTTACTGAATCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATAC-ATTTCAA
685 AAAT-AA-TCGTTTAAAGAA-CAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAA
* * * * * *
1010183 ATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT-TATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGA
746 ATCGTTATTAGCTTTT-TTTTGTCTAT-AAA-AATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTCA-A
* * * * *
1010245 ATAAATTAATACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAA-TAAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
805 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGT----AAGAGA-TTTAAAAAATATAT
*
1010309 CTATTTATTGA
864 CTGTTTATTGA
** * * * * * *
1010320 ATAAGTT-AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATT
1 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTCAAATAGTTATAACC-TTTGTTT
* * * * * ** *
1010384 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACCAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
1010448 ATATTTCCTAAATTAA-TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTG--TTT-ACCTAATCAGATAA
128 ATA-TT-CTAAA--AATTAA-TAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTTTGAACTAAT----TCA
* * *** * ** * * *
1010509 AATAATTATGGCCGGTTGAACGATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATATA
183 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTATGA-TTTTTTTTTTGTCATAAA
* *
1010574 ATAATTGCTTT-TCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-TC
247 ATAATTG-TTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCT-
* * ** ** * * *
1010636 AAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACAGCTCAAATAGTTATGAC
310 AAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTTAAATAATTAAGAC
* * *
1010701 TATTTGAACAATTATCAATATCAAATC
371 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
1010728 ATTAAGATCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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827 5 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (874 bp):
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TCATACAAGCTTATTCAAAATAAATATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGA
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TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTT
TACCAAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCGTTTAAAGAACAGTTCAGATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTTTTTGTCTATAAAAATTGT
TTTTCAACATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTAA
GAGATTTAAAAAATATATCTGTTTATTGA
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* *
999306 TGGAA-TAAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATA
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128 AATCTAATTGCCAAGCC
* * * * * ***
999387 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTCGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTT
1 ATTTCAAATCGTTATAACCCTTTATTT-GTCATAAAACAATTGTTCTACCCATATAAGCTTATTT
* * * *
999452 GAATTAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 GAATTAAAATAACACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAA
999517 T
130 T
999518 TTGTTTGCCA
Statistics
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145 94 0.85
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AATTAAAATAACACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAAT
CTAATTGCCAAGCC
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999377 TTGCCAAGCC
** * * * *
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1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * * * *
999451 TGAATTAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
66 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
* * * * * *
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130 ATATGTTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
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1 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
* * * * *
999625 TCAAAATAAAATAATGCTAATTTA-TAAGTCTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT
* * * * * *
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128 AAATATGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * * * ***
999742 ACTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATCATAAAGCAATTATTTCTGTTCATACAAACATATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * ** * * * **
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66 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
999872 TTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAGCAATTATCT
131 TATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCT
* * * * *
999922 ATTTCAAATC--T-T----TTTTG--TTCTCATAAAACAATT-TTTTTAATTCATACTAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGTTTAT
* * * *
999977 TCGAAATAAAATAA-AATGAAGTTATTAATATTTCACAAATTAATATGTACAAAATTTAAAAAAT
65 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
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128 AAATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
1000094 ATTACAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATAT-TTT-TGTTCATATAAGTTTGT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
* * * *
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65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
* * * ** *
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130 ATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
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1 ATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
* ** * *
1000334 AT-GAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
65 -TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAAT
* * * *
1000398 AAATATATTTATCAAACCAGATC-AA-A--T-T-A--A---G--CAATTATCT
128 AAATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * *** * * * * *
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1 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
* ** * * *
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65 TC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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62 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAA
* * * * *
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* ** * ** * * *
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1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-T
* * *
1000864 TC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAGTTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAA
* * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * *
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* *
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127 TAAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCT
* * * * * * * * * *
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1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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64 TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * *
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* * *
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* * *
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* * *** *
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** * * ** *
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1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* ** *
1001765 TGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATA
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* * * * *
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129 AATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCT
** * ** * * ***
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1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * * * * *
1001945 C-ATAATAAAATAATACTAATTTACTGATATGTAAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAA
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* * * * *
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130 ATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
1002057 ATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * * * * * * *
1002121 CAAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAGAAA
66 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
1002183 TGTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAACAATTATCT
131 TATGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * * *
1002233 ATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTTATACATGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGTTTAT
* * * ** * *
1002297 TCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAAA-ATAAAAAAAA
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
* * *
1002360 AATTTTGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
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*
1002413 ATTTAAAAT
1 ATTTCAAAT
1002422 TAATTAGTAA
Statistics
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0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
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CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
TATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:1000474 original size:168 final size:167
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1000252 CTATTTGAGT
* **
1000262 AATTATTTATTTCAAAATGTTATGACTTTTTATTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTTATACA
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*
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* *
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* *
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65 ATGCTTATATGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTTA
*
1000559 GAAAATAAATATGTTTATCAAACCAAATCAAATT
130 GAAAATAAATATATTTATCAAACCAAATCAAATT
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Statistics
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0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.03
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169 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
AATTATCTATTTCAAAATGTTATGACTTTTTATTCAATTATAAAACAATAGTTTCTATTTATACA
TGCTTATATGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTTAG
AAAATAAATATATTTATCAAACCAAATCAAATTAAGC
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Indices: 999387--1002423 Score: 1888
Period size: 361 Copynumber: 8.5 Consensus size: 357
999377 TTGCCAAGCC
** * * * * * *
999387 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTCGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATT
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* * * *
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* * ** * * * *
999516 ATTTGTTTGCCAAATCAGTTCAAAT-G----G-CCATTTCAATAATTATCTATTTTAAA-TAGTT
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* * * * * * ** * **
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * ** * * * *
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1 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATT
* * * ** * * **
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* ** * ** * *
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129 TCTG-TT-TACAAATAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * *
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128 ATCTGTTTA-CAAA-TAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * * *
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*** * * * * *
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* * *
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* * * *** * * * *
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1 ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTAT
* * ** * *
1000502 CTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTACTAAGTAAAAATTTAGAAAATAA
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA-AAAATAA
* * * * * * *
1000567 ATATGTTTATCAAACCAAATCAAATTGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTG
128 ATCTGTTTA-CAAA-TAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * * *
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191 TGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTTTACATGAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
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254 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AAT-TGTTTAC
* * *
1000759 TGAA-AAGGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
317 TGAACAA-GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * *
1000800 ATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTTATACAAGCTTATT
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* * * *
1000864 TCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAA
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* ** * *
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128 ATCTGTTTAC-AAATAAA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * * * * *
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* *
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* * * *
1001354 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-AT-TATGTT-CATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAT
191 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTTACATG--AGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
1001416 AACA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTC
254 AATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC
* * * * * *
1001479 TAAATACGTTCAAATATTTATGACTATTTCAACAATTATCT
317 TGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
1001520 ATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAG
1 ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTAT
* *
1001584 TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAACAATTTAAAAATAA
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAATAA
* * ** * *
1001649 ATCTGTTTAACGAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGTT
128 ATCTGTTT-ACAAAT-AAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTATT
* ** * *
1001713 ACGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATACA--AGTTTATTTGAAATAAAA
190 ATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-TTACATGAGCTTATTTGAAATAAAA
* **
1001775 TAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
253 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTAC
* * *
1001839 TGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCT-TTTGAACTATTATCT
317 TGAACAAGTTCAAATAGTCATG-ACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * ***
1001880 ATTTCAAATCATTATGATATTTTGTCTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTTATACAAAAATA-T
1 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATT
* * * * *
1001944 TCATAATAAAATAATACTAATTTACTGATATGTAAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAA
66 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-TAA
* * * ** * * **
1002006 ATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTA
128 ATCTGTTTA--CAAATAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * * * * **
1002071 TGA-TCTTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACA--AGTTTATTCAAAATAAAATA
191 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-TTACATGAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * ** * * * **
1002133 TTGCTAAATTAATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATGTATTTGCCA
255 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTG
* * *
1002194 AACTAGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAACAATTATCT
319 AACAAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * *
1002233 ATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTTATACATGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTTATACAAGCTTAT
** * * ** * * *
1002297 TCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAAATAAAAAAAAAA
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAA
* * * * * *
1002362 TTTTGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTA
129 -TCTGTTTA-CAAATAA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
1002424 ATTAGTAAAT
Statistics
Matches: 2114, Mismatches: 439, Indels: 257
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
343 4 0.00
344 42 0.02
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364 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATC
TGTTTACAAATAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTTACATGAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACAAGT
TCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:1001055 original size:541 final size:537
Alignment explanation
Indices: 999387--1002421 Score: 2181
Period size: 541 Copynumber: 5.7 Consensus size: 537
999377 TTGCCAAGCC
* * * * * *
999387 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTCGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
999451 TGAATTAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
999516 ATTTGTTTGCCAAATCAGTTCAAAT-G----G-CCATTTCAATAATTATCTATTTTAAA-TAGTT
129 ATATGTTT-ACAAACCAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TT
* * * * * * * ** * * * *
999574 ATTACCTTTTGTTTGGTCATATAGCAATTGTTTTTGATCGTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
192 GTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATATATGCTTATTTAAAATAAAATAA
* * * ** * *
999639 TGCTAATTTA-TAAGTCTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
257 TACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * * ** * *
999703 AACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTAT
321 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGT
* * *** * * * * * * * * ** *
999767 TCTATCATAAAGCAATTATTTCTGTTCATACAAACATA-TTCGAAATAAAGTACTACTAATCAAA
385 TTTGTCATAAAATGATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTAT
* * * * ** *
999831 TAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACT-AGTTCAA
449 TAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAGTTCAA
* * * *
999894 ATAGTTAAGACTATAT-AAGCAATTATCT
510 ATATTTATGACTATTTGAA-CAATTATTT
* * * * *
999922 ATTTCAAAT--CT-T---TTTTG--TTCTCATAAAACAATT-TTTTTAATTCATACTAGCTTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
999978 CGAAATAAAATAA-AATGAAGTTATTAATATTTCACAAATTAATATGTACAAAATTTAAAAAATA
65 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * * * *
1000042 ATTTTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTACAAATCATT
128 AATATGTTTA-CAAACCAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * * * * **
1000107 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATAT-TTTT-GTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATA
192 GTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTAGTTTATATATGCTTATTTAAAATAAAATA
* * * * * * * *
1000170 ATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAACAAATATGTTTATCA
256 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * ** * * * *
1000231 AACTAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAAAT-GTTATGACTTTTTAT
321 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACATTTTGT
* * ** * * * * * * * *
1000295 TCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTTATACATGCTTATATGAATTAAAATAATACTAATTTATT
385 TTTGTCATAAAATGATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATT
* * * * ** *
1000360 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA-TCAAACCAGATC-AA
450 AATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAGTTCAAA
*
1000423 -A--T-T-A--A---G--CAATTATCT
511 TATTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* *** * * * *
1000438 ATTTCAAAGAGTTATGACTTTTTGTTCAATTATAAAACAATTGTTTCTATTTATACATGCTTATC
1 ATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
1000503 TGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTACTAAGTAAAAATTTAGAAAATAAA
65 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * *
1000568 TATGTTTATCAAACCAAATCAAATTGTCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGT
130 TATGTTTA-CAAACCAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTGT
* * * * *
1000633 GACCTTTTTGTTTTGTCACAAAA-AATTTATTTTATTTTATATGTGCTTATTTAAAATAAGATAA
194 GACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTAGTTTATATATGCTTATTTAAAATAAAATAA
* * * * * **
1000697 TACTAAGTTATTAATATTCCAAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTATTG
257 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATA-AATTTGTTTACCG
* * * ** * *
1000761 AA-AAGGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGT
321 AACAA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGT
* *
1000825 TTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTTATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATT
385 TTTGTCATAAAATGATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATT
* * *
1000889 AATATTAAGACAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAATTCAAATC
450 AATATTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATA
1000954 TTTATGACTATTTGAACAATTATTT
513 TTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* *
1000979 ATTTCAAATTGTTATGACTATTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCACTA-AAGCTTAT
1 ATTTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTAT
* * * * *
1001043 TTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
64 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
* * *
1001108 -AA-ATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AACTAAGTATCTATTTCAAATC
127 AAATATGTTTAC-AAACCAA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * * * *
1001169 ATTGTGATCATTTATTTTGTAAGAAAACAATTGTTTCAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
189 ATTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATATATGCTTATTTAAAATAAAA
* * * *
1001234 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTAC
254 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * *
1001299 CGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAGTTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTT
319 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACATTTT
** * * * * *
1001363 GTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAACATAAATTTA
383 GTTTTGTCATAAAATGATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTA
* * * *
1001428 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAATACGTTCAA
448 TTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAA
* *
1001492 ATATTTATGACTATTTCAACAATTATCT
510 ATATTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * *
1001520 ATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAG
1 ATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * **
1001584 TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAACAATTT-AAAAATA
64 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATA
* * *** * * * *
1001648 AATCTGTTTAACGAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGT
128 AATATGTTT-ACAAACCAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTAT
** * ** * * * * *
1001712 TACGATCTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
191 TGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATATATGCTTATTTAAAATAAAAT
* * *
1001776 AATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-GGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
255 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * *
1001839 TGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCT-TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTT
319 CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTT
* * * *** *
1001903 GTCTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTTATACAAAAATA-TTCATAATAAAATAATACTAATTT
383 GTTTTGTCATAAAATGATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTT
* * * *
1001967 ACTGATATGTAAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACT-AGTTC
447 ATTAATAT-T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACT-AAATAAGTTC
*
1002027 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
508 AAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * * * *
1002057 ATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATT
1 ATTTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
** * * * * * *
1002121 CAAAATAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAGAAA
65 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
1002183 TGTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTT
130 TATGTTT-ACAAACCAATTCAAATAG-TCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTG
* * * * * *
1002247 TGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACATGCTTATTCAAAATATAATAAT
193 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATATATGCTTATTTAAAATAAAATAAT
* * ** * * * *
1002312 ACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAA-A-AAATAAAAAAAAAATTTTGCTTATCGA
258 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAA-TTTGTTTACCGA
1002375 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
322 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
1002422 TAATTAGTAA
Statistics
Matches: 2001, Mismatches: 394, Indels: 212
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
516 17 0.01
518 1 0.00
519 1 0.00
521 1 0.00
523 6 0.00
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539 16 0.01
540 351 0.18
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543 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
ATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT
ATGTTTACAAACCAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTGTGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATATATGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
ATAAAATGATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATATTTATGAC
TATTTGAACAATTATTT
Found at i:1001582 original size:721 final size:712
Alignment explanation
Indices: 995991--1010736 Score: 4314
Period size: 721 Copynumber: 20.3 Consensus size: 712
995981 GTGCAAAAAG
* * * * * * ** * *
995991 TTATGACTGTTTGAACAATCATCTATTTCAAATCGTTATGACCTGTTGTTTTGCCACAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* ** * * * * ** *
996056 TGTCTCTATTTGTACAAGCTGATTCAGAA-TAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAAT
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * *
996120 AATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCT-AACAAGCTCAAA-ATGTTATGACTATT
129 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CTGAACAA-TTCAAATA-GTCATGACTATT
* * * ** * * * * * * *
996183 TGAATAATTACCTATTACAAATCGCTATAAT-ATTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTATATT
190 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTT-TCTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * * *
996247 CGTACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAA-A
254 CATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
996311 AGATTTAAAAAATAAA--T-TTTATC-AAATAAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTAT
319 A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
996372 TTATTTCAAATCGTTATGCCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAACCTTA
382 CTATTTCAAAT-ATTATG--ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAAGCTTA
*** * * * * * ** * *
996437 TTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTGATATTTTGACAATTAATAAG-----ATTTTAAAAATA
444 TTCAAAATAAAATAACATAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
* * * * * * *
996497 AATATGTTTA-CCAAATAAGTTTAAATAGTCATGACGATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-
509 AATATATTTATCTAAAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AG
* * * * ** * ** * * * *
996560 TTCTGAGCTTTTCTTTCATCATAAAATAATTACATCAGTTCATATAGGCTTATTT-GAAACAAAA
572 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAA
* * * *
996624 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTA-
635 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTAC
* * *
996688 AAGAACAAGTTCAAATAG
698 TA-AA-TAGTTCAAAT-C
* * ** * ** *
996706 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTGTCTTAAAATAATT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTATTTTGTAATAAAACAATT
* * * * * * * * ** *
996770 GATTCTATTCATATAAG-GT-TTTCAAATAAACTAATA-TAAATGTACTAATATTCCAAAAATAA
66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* ** * *
996832 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTTTTGAACACATTCGAATAGTTATGACTATTTGA
130 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACA-ATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
* * * * * * *
996897 ACAATTATTTACTTCAAAT-AGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATCGTTTCTATTCA
193 ACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCATTTT-TCTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * ** * * * * *
996960 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTCCAAAAGTTAATAAGCAA-AAA
256 TACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA
* * * *
997024 GTTTAAAAAAATTAATCTGTTTA-CTG-AGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAG
321 -TTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-
* * * * * * *
997087 T-TATTTCAAAAAGTTATCATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTT
381 TCTATTTCAAATA-TTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAAGCTT
* * * * *
997151 ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAA
443 ATTCAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAA
* * * * * * *
997214 AACAAATATGTTTA-CTAAACATGTTCAAACAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
505 AATAAATATATTTATCTAAATA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * **
997278 TCA-TTATAACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAAATTA-TTCAAAAT
569 T-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAAAT
* * *
997341 AAAATAATACTTATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAGTAAATCTCT
631 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGT
* * * *
997402 TTACGGAAACAATTCAAATAG
694 TTAC-TAAATAGTTCAAAT-C
* * * * * * * *
997423 TTATGATTATTTGAACAGTTATCTATCTCAAATAGTTGTGA-TCTTTATTTTGTTATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTATTTTGTAATAAAACAAT
* * * * * **
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65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * ** * * * * *
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130 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTG-TTTA-CTGAA-CAATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * ** *
997616 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-C-TTTTTATTTAGTTATAAAACAATTACTTC-AATC
192 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTTT-CTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * * * ** *
997678 TATACAAGCTTA-TTCAAAAAAAGATAGTATTAATTTATTAACATTGGAAAAATTAATGAGTAAG
255 -ATACAAACATATTTGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
997742 AGATTTAAAAAA-ATAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAGTT
318 AAATTTAAAAAATA-AATTTGTTTATC-GAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* *
997804 ATCTATAT-AAAGTCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATT-TCAGTTCATAAAA
380 ATCTATTTCAAA-T-ATTATG--ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTAT--GTTCATACAA
* * * ** * *
997866 ACTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGAA-TT
439 GCTTATTCAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTT
* ** * * * ** * *
997929 AAAAATTAAAGCTGTTT-TCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAAAATCAATCT
501 AAAAAATAAATATATTTATCTAAA-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
997993 CAAA-ACATTATGATC-TTT-TTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA-TTC-
565 CAAATA-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA
* * *
998053 AGATAAATATAATTCTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAACATAAA
627 AAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAA
* * * * *
998114 TGTGTTTACTGAATCAATTTAAATAG
689 TCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAAT-C
* * ** * * * * * ** * * *
998140 TTAAGACTATTAGAGTAATTATCTATTTCAAGTTGTTCTAACCTTTTGTTTACTCATATAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* **
998205 TGTTTC-AGTTCATACAAGTTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
65 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
** * * * * *
998268 TAATAAGCT-TGAGATTTGACAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTAT
128 TAATAAG-TAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACAA-TTCAAATAGTCATGACTAT
* * * *
998332 TTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCATTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
189 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTT-TTCTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * *** * *
998395 TTTATA-AAAGCTTATCAAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATAGTTCAAAAATTAATACGT
252 TTCATACAAA-CATATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
998458 AAGAGATTTACAAAAATAAA-TCGATTTATTGAA-TCAGTTCAGATAATTATGGCCATTTGAACA
315 AAGAAATTTA-AAAAATAAATTTG-TTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * ***
998521 AATATCTATTTCAAATTGTTATTAGCTTTTGTTTTGTCATATAAA-AATTGTTTTTCAACATACA
377 ATTATCTATTTCAAA-TATTA-T-GATTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGATTATGTTCATACA
* * * * * ** *
998585 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAGGAATTAATAAG---AGATTTA
438 AGCTTATTCAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* * * ** * * * * * *
998646 AAAAATATATCTGTTTAT-TGAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAAATATCTATGTC
502 AAAAATAAATATATTTATCT-AAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
998710 AAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTCGAA
566 AAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AA
*
998774 TAA-AAAA-AATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAATAATAAAT
628 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AATAAAT
** ** * * *
998833 CTGTTTGTTGAACCAATTCAATTAG
690 CTGTTTACT-AAATAGTTCAAAT-C
* * * *
998858 TTAAGACTATATGAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTATTTTGTTATAAAATA
1 TTATGACTATTTGAACAATTA-TTTATTTCAAATTGTTATGAC--TTTTATTTTGTAATAAAACA
* ** ** * * * *
998923 ATTATTTCTGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
63 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * ** * * * * *
998988 T--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGCTCAGATAATTATAATTATTT
128 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAAC-AATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * * * * *
999049 GAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTA
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTT-TCTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* *** * * *
999113 ATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAA
255 ATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * * * * * * * *
999178 ATTTAAAAAGTAAATATGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTA
320 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *** **
999243 TTTCAAATCGTTATAACCCTTT-ATTTGTCATCAAACAATTGGTTCTACCCATA-ATATTTTATT
385 TTTCAAAT-ATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACA-AGCTTATT
*** * * * * *
999306 TGGAATAAAATAACACT-AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATA
446 CAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATA
* * * * ** * ** *
999370 AATCTAATT-GCCAAGCCATTTCAAATTGTTATGACCT-TTT---C--TT-TC---GTC--ATA-
509 AATATATTTATCTAA-ATAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG
** * ** * * *
999421 --A-AA-CAATTGTTTTGTTCATATAA-GCTTATTTG--AATTA-AA----A--T-AATA-----
572 TTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTTCAAAATAAAA
* * * * *
999466 -----CTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC
635 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC
*
999526 CAAATCAGTTC-AA--
698 TAAAT-AGTTCAAATC
* * * * * * * * * * * * *
999539 --ATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTAAATAGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAGCAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* * * ** * * * *
999602 TGTTTTTGA-TCGTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTA-TAAGTCTTTCAAAAAT
65 TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAAAAAT
* * * * * *
999665 TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTT
128 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAA-CAATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * ** * * * *
999730 GAACAATTCTATACTTCAAATTGTTAT-AACATTTTAT-TCTATCATAAAGCAATTATTTCTGTT
191 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTT-TCT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * ** * * *
999793 CATACAAACATATTCGAAATAAAGTACTACTAATCAAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAG-
254 CATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
999857 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAGCAATTATC
319 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATC
* * * * * *
999921 TATTTCAAAT-CT-T--TTTTG--TTCTCATAAAACAATT-TTTTTAATTCATACTAGCTTATTC
383 TATTTCAAATATTATGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
999979 GAAATAAAATAAAATGAAGTTATTAATATTTCACAAATTAATATGTACAAAATTTAAAAAATAAT
447 AAAATAAAATAACATAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
1000044 TTTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTACAAATCA-TTA
511 TATATTTATCTAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
* * * * *
1000108 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAA
575 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTCAAAATAAAATAA
* * * *
1000171 TATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAACAAATATGTTTA-TCA
638 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-A
1000231 AACTAGTTCAAATAC
700 AA-TAGTTCAAAT-C
** * * *
1000246 TTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAAATGTTATGACTTTTTATTCTGTTATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* * * * * *
1000311 AGTTTCTATTTATACATGCTTATATGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * * *
1000376 ATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTA-T---CAA-AC-CAGA-TCA--A--A-TT-AA
130 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
* * * *
1000428 GCAATTATCTATTTCAAA-GAGTTATGA-C-TTTTTGTTCAATTATAAAACAATTGTTTCTATTT
194 -CAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCATTTTTCTT--ATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * ** * *
1000490 ATACATGCTTATCTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTACTAAGTAA-AA
255 ATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * * ** * * * *
1000554 ATTTAGAAAATAAATATGTTTATCAAACCAAATCAAATTGTCATGACAATTTGAATAATTATCTA
320 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ***
1000619 TTTCAAATTATTGTGACCTTTTTGTTTTGTCACAAAA-AATTTATTTTAT-TTTATATGTGCTTA
385 TTTCAAA-TATTATGA---TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA--TTATGTTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
1000682 TTTAAAATAAGATAATACT-AAGTTATTAATATTCCAAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA
444 TTCAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA
* * *
1000746 -AGAATCTATTTAT-TGAAA-AGGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAA
507 TA-AATATATTTATCT-AAATA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
1000808 TCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTC-AATTAA
569 TAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAAATAA
* * *
1000872 AATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTT
633 AATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTT
*
1000936 ACTAAATAAATTCAAATC
696 ACTAAAT-AGTTCAAATC
1000954 TTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTATTTATTTTGTAATAAAACAA
1 -TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTATTTTGTAATAAAACAA
* * * *
1001019 TTGTTTCTATTCACTA-AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTCAACAA
64 TTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAA
1001083 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT
127 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACAA-TTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * *
1001147 -AACTAAGTATCTATTTCAAATCATTGTGATCATTTATT-TTGTAAGAAAACAATTGTTTC-AGC
191 GAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTT-TTCTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * *
1001209 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAG
253 TCATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
1001274 AAAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAGTTAT
318 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
*
1001338 CTATTTCAAAATATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATGCAAGCTTA
382 CTATTTC-AAATATTATG--ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAAGCTTA
*
1001403 TTTC-AAATAAAATAACATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
444 -TTCAAAATAAAATAACATAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * *
1001467 AAATATGTTT-TCTAAATACGTTCAAATATTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAG
508 AAATATATTTATCTAAATA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG
* * * *
1001531 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAGTT-GAAATAAAA
572 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAA
* *
1001595 TAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAACA-ATTTAAAAATAAATCTGTTTAA
635 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAATAAATCTGTTT-A
* * *
1001659 C-GAGTGAGTTCAAATAG
697 CTAAAT-AGTTCAAAT-C
* * * * * **
1001676 TTATAACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATTGTTACGATCTTTTGTTTTGTCATAAATTAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* * *
1001741 TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTA
65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
*** *
1001805 ATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCT-TTTG
130 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTGAAC-AATTCAAATAGTCATG-ACTATTTG
* * ** *
1001869 AACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-ATTTTGTCTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTTA
192 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTT-TCTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * *
1001933 TACAAAAATA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTACTGATATGTAAAAAATTAATAAG--AG--
256 TACAAACATATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * * *
1001993 ATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
320 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
1002058 TCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA
385 TTTCAAAT-ATTATGAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
1002123 AAATAAAATATTGC-TAAA-TTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAGAAA
448 AAATAAAATA--ACATAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
1002183 TGTATTT-GCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTT
511 TATATTTATCTAAA-TAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * * * * *
1002246 TTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACATGCTTA-TTCAAAATATAATA
574 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTT-GTTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATA
* ** * * * * * *
1002310 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAA-AATAAAAAAAAAATTTTGCTTATCG
637 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA-TCTGTTTA-CT
*
1002374 AACA-AGTTCAAATAG
699 AA-ATAGTTCAAAT-C
* * * * *
1002389 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTAATTAGTAAATTTAAAAAATAAATCTGTT-T
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT-GTTA-TGACTTT------T--AT-T-TTGT
** * * * * *
1002453 ACCAAACCAA---TTCCTATT--TGA-ATAG-TTATTT-ATTTCAAATCATTA-TAACCTTT-TG
54 AATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACA-AGCTTATTTGAATTAAAAT-AATACTAA--TTTAT-
** * ** * ** *
1002508 TTTTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAA
113 TAATATT-TTAAA-AATT-AAT-AAGT-A-A-AAG---ATTT--AA-AAAATAA-A-TTGTTTAC
* * * * * * * *
1002573 T-AA-TATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAACATAAATCTGTTTATCAAAGCAATTC
163 TGAACAATT-CAAATAGTCATGACT-----ATTTGAACA-AT-TATCT-ATT-TC--A--AA-T-
* * *** *
1002635 AAACAATTAAGACCATATGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTATGACCTTTTTATT-TTGTCAT
212 ---C-ATTATGATCAT-TTTTC--TTATC-A-T---AA-----A--A-C----AATTGTT-TC--
* * *
1002699 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
250 ------------T--ATTCATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** * * * * * * * *
1002764 AAAAATTAATAAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATTGGA-TCAATTCAAAAAATTATG
301 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
1002828 GCCCTATCAACAATTATCTATTTCAAATAATTATTACCTTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAAT
365 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGA--TTTTGTTTTG--T--CATAAAAC-AAT
* * * * ** * *
1002893 TTATTAATCTCTCA-A-AAACTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTATCAAACT
422 TGATT-ATGT-TCATACAAGCT--T-ATTCAA-A-A--T--AAAATAACATAAAGTTAT-TAA-T
* * ** * * *
1002954 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTGTAAACTTCAAATATTATAACCTTTTGTTTTGTAA
474 ATTTCAAA-AATTA--A-TAAGTAAAAATT-T-AA----AAA-A-TA-AA-----TATATT-T-A
** * ** * *
1003019 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACA-AATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
519 T-CTA-AA-TA-----GTTCA-A-ATAA-TTA-T--GACT-ATTTGA-AC-AAT-T-AT-CTATT
* * * ** *** * * *
1003083 CCAAA-AATTA-ACAAC-TAAGAGAAT-T-AAAAAATAAATTTATTTG--CCT--AA-C-TAGTT
564 TCAAATAGTTATA-ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAT-AATTT-TTTGTTCATACAAGCTTATTT
* * * ** *** *
1003137 CAAATATTTAAGACTATATGAATAA-TTATCT-AT-TTCAAATCATT-ATGACCT-TTTGTTTTG
625 CAAA-A--TAA-AATA-AT-ACTAATTTAT-TAATATTCAAA-AATTAAT-AAGTAAAAG-ATT-
* * * * ** * * **
1003197 TCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTAT-
679 T-A-AAAATAAATCTGTTT-ACTAAATAGT-TCAAATC
* * * ** * * * * *
1003234 TT-GGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTATGACT--ATTTGAA-CAA-TTATT--TA-TTT-CAAATT-GT---TATGA-CTTT------T
* ** * * * ** * * ** * *
1003298 AATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT-TAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACA
47 -ATTTTG--TA-AT-AA-AACAAT-TGTTTCT-ATTC-ATACAAGCTTAT-TTGAATTA-AAATA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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507 TAAATATATTTATCT-AAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
* * * * *
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* ** * *
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* * * *
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698 TAAATAGTTCAAAT-C
* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * *** * * **
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251 ATTCATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T
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315 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * **
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* ** *
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442 TATTCAAAATAAAATAACATA--AAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAA
* * * * * * * * * *
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504 AAATAAATATATTTATCTAAA-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCA
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567 AATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAAA
* * * * *
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* * * *
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1004737 TTAAAACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAGTCCTTCA-GACCTTTTCTTTAGTTATAAAATAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT-ATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAA
* * * * * **
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* * * * *
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127 TTAATA-AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTACT-GAACAA-TTCAAATAGTCATGACT
* * ** * * * *
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187 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTTTCTTAT-CATAAAACAATTGTTTCT
* *** * * *
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251 A-TTCATACAAA-CATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** * *
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314 TAAGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
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* * **
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439 GCTTATTCAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTA
* * * * * * * * *
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502 AAAAATAAATATATTTATCTAAAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * *
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628 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATC
* * * * * *
1005438 TGTTTATTGTACTAGTTTAATTAG
691 TGTTTACT-AAATAGTTCAAAT-C
* * *
1005462 TTATGACTATTTGAATAATCGTATACTTTGAATCGTATTTACCGGACCAGTTCAAATAGTTA-AA
1 TTATGACTA--T---T--T-G-A-AC----AAT--TATTT--------ATTTCAAATTGTTATGA
* *** *
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* * * * * * * *
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* *** * *
1005719 AATTATCTATTTAAAATTGCTATGA-CATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-
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* * * * * * *
1005847 TAAAACATAAATTAGTTTATC-AAATCAATTCAAATAATCATG-GTCATTTGAACAATTATCTAT
323 TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
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** * * * *
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447 AAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAA
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* * * * ** *
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573 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAAT
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1006165 AATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCATGGAA-ATTAAAAAATAAATCTAATTAC
636 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA--GTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTAC
*
1006229 CAAATTAGTTCAAA-C
698 TAAA-TAGTTCAAATC
* * ** * ** * *
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* * ** * ** * * *
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* * * * * *
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127 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTGAAC-AATTCAAATAGTCATGACTATT
* * ** * * *
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* * ** * * ** * * *
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252 TTCATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-
* * ** * * ** *
1006562 AAGAGA-TT--AAAA-AAATCTACTTACCAAAGAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
315 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
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380 ATCTATTTCAAAT-ATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTCATACAAGC
* * * *
1006686 TTA-T-AAGGAA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
441 TTATTCAA--AATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTA
* * * * *
1006747 AAAAATAAATATATTTAT-TCAACCT-GTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCAATTT
502 AAAAATAAATATATTTATCT-AA-ATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
1006810 CAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTTATCATAGAAGCTTA-TTC-
565 CAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTGT-TCATACAAGCTTATTTCA
*** * *
1006871 GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-ATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
627 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
* ** * *
1006935 ATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAG
688 ATCTGTTTACT-AAATAGTTCAAAT-C
** * * * * * * * * * * *
1006962 TTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* * * * **
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* * * * * * *
1007089 TAAAAAGCAAAAGATTCAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGCACAAGCTT-AAATTGTTATGACTA
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* * * * * *
1007152 TTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCGTTTTGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-
188 TTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGATCATTTT-TCTTATCATAAAACAATTGTTTCT
* * *** * * *
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251 A-TTCATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
1007278 AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTT-TCTCAACAAATTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAA
315 AAGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
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378 TTATCTATTTCAAAT-ATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTCATACAA
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1007406 GCATATT-TGAATAAAATAATAATAATAATTTTTAATATTTCAGAAATTAATAAGT---GATTTA
439 GCTTATTCAAAATAAAATAA-CATAA-AGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* * * * * * * * *
1007467 AAAAGTAAATCTGTTTA-CCAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTC
502 AAAAATAAATATATTTATCTAAAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
1007531 AAATCGTTATGAA-C-TTT-TATTGTCATAAAATAATTTTTT-TCATCATACAAGCCTATTT-GA
566 AAATAGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTGT--TCATACAAGCTTATTTCAA
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1007591 ATTAAAATATTACTAATTTATTTATTATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAACTC
628 AATAAAATAATACTAATTTA-TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATC
* * **
1007656 TATTTACCGAACCAG-T----TC
691 TGTTTA-CTAAATAGTTCAAATC
* * *** * *
1007674 ------CTA-TTG---AA-TAATTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTAACCTGTCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* * ** * * * **
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65 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * * * * * * * **
1007793 AT-AGCTAAGAGATTTAAAGAATAAATATATTTGC-CAAAATAGTTCAAACAATTAAGACTACAT
130 ATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACA-A-TTCAAATAGTCATGACTATTT
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* * ** *
1007919 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--G
254 CATACAAACATATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * *
1007981 --ATTTAAAAAATGAATCTATTTATGGAA-TCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAGTTAT
318 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
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382 CTATTTCAAAT-ATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAAGCTTA
*** * * * * *
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444 TTCAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * * * * * *
1008170 AAATCTGTTTA-CCATATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTGAACAATTGTATACT
508 AAATATATTTATCTAAAT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-----A-TCTAT--T
* * * * * *
1008234 TTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGGTTA-TTC-
564 TCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA
* * * * * ** *
1008297 GAATAAAATAATA-TTATTCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAAATAGAAATAAAT
627 AAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT
* *
1008361 TTGTTTGGC--AA-A----AAA-C
690 CTGTTT-ACTAAATAGTTCAAATC
* * * * *
1008377 TAAT--CTA-TT---C-A--A---A-GTC-AA----TATGACCTTTTATTTTTTCATAAAAAAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTAATAAAACAAT
* * * * * *
1008424 TGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATT
65 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * *** * ** ** *
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* * * * *
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192 AACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGATCATTT-TTCTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
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1008614 CATACAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAA-AATTCCAAAAGT--TAA-TAAG
254 CATACAAACATATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * ** * *
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318 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
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382 CTATTTCAAA-TATTATG--ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTCATACAAGCTT
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443 ATTCAAAATAAAATAACA-TAAAGTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTT-AAA
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504 AAATAAATATATTTATCT-AA-ATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
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1008928 AATCA-TTTTGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCGTAGTTCATAAAAACTTA-TCCAAA
567 AAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-T-TTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA
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* ** * ** * * * *
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65 TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * *
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129 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAA-CAATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * *
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192 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTT-TTCTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
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1009331 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAG
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1009395 ATTT-AAAAATAAATTCGTTTATC-AATCTAGTTTAAGCAGTTAAGACTATATGAACAATTATTT
320 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
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384 ATTTCAA-ATATTATGA--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTCATACAAGCTTAT
* * * * *
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* * * ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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** * * ** * ** * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** **
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* ** *
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* * *
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* *** * * * * * *
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* * *
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* * * ** ** *
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* * *
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*
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*
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** * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *
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TAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAACTTA
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1003138 AAATATTTAA
* * *
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1 GACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAACTATT
* ** * * * *
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66 TCT-AATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATGAATATATTAAAATTTCAAAAATTAAT
*
1003278 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTT
130 AAGTAAGAGACTTAAAAAATAATTTT
* * *
1003304 GACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACA-AACTAT
1 GACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA-ATAACTAT
*
1003368 TTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATATATTAAAATTTCAAAAATTAA
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*
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AGTAAGAGACTTAAAAAATAATTTT
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* *** * * *
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* ** * *** * *
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* * * * ** * * *
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1 GAATAATTATCTATTTCAAATC-TTCATGACCTTTTCTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* *** * * * * * *
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65 ATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAA-ATTAATAAGCAA-A
* * * ** * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * ** *
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* * * * * ** *
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* * ** * * ** * * * *
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* * ** *
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* * * * *** **** * * *** * * *
1004343 -TAAAAATAAATCTATTTATTGAATCGGTTAAAATAATTATGGCCATTT
315 AAAAAAATAAATTTGTTCACCAAAAAAATTCAAATAGTTAAAACTACTA
* * * * ** *
1004391 GAATGATTATCTCTTCCAAATCATT-ATGAGC-TTTGGTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTCA--
1 GAATAATTATCTATTTCAAATC-TTCATGACCTTTTCTTTACTCATAAAACAATTG--TTTCAGT
** * * * *
1004451 TCATACAAG-CTAATTTGAAATAAAATCATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
63 TCATACAAGCCT-ATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAA
* * ** * *** *
1004514 CAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAATTTAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATT
127 -AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATC-AATTCCAATAATTATGACCATTTCAACAATT
* ** * * ** * *
1004577 ATCAATCTT-AAATTGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTT-GTTCATAGAA
190 ATCTAT-TTAAAATTGTTATGACCTTTTGCTTAATCATATAAA-AATT-TTTTTAGATCATAAAA
****** * *
1004638 GCTT-TTTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAGTA-TTCAAAAAATTAATAAGTAATAGATTT
252 GCTTATCCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAATAGATTT
** *
1004701 -AAAAAAT-AATTATGTTCACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTACTA
315 AAAAAAATAAATT-TGTTCACCAAAAAAATTCAAATAGTTAAAACTACTA
* * * * * *
1004749 GAATAATTATTTATTTCAAGTCCTTCA-GACCTTTTCTTTAGTTATAAAATATTTGTTTCA-TGT
1 GAATAATTATCTATTTCAAAT-CTTCATGACCTTTTCTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAGT-T
* *** * **
1004812 CGTACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATACA-CAAA
64 CATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATA-AGCAAA
* * * * * *
1004876 AGATTTGAAAAAATAAATTTATTTATCGAAT-AATTTCAA-ACAGTTATGACTATTTGAACAATT
128 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAATTCCAATA-A-TTATGACCATTTCAACAATT
* * ** * *
1004939 ATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTTTACATA-AAACATTTGTTTTAGTTCATAAAAG
190 ATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGCTTAAT-CATATAAAAATTT-TTTTAGATCATAAAAG
* * *
1005002 CTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAATAG-TTTAAA
253 CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAA
* ** * *
1005066 AAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
318 AAAATAAATTTGTTCACCAAAAAAATTCAAATAGTTAAAACTACTA
* * * * *
1005112 GAATAATTGTCTATTTGAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
1 GAATAATTATCTATTTCAAATCTTCATGACCTTTTCTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * **
1005177 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGA
66 TACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
* * *
1005242 TTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCAATTCCAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTAT
131 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAATTCCAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTAT
* * * * * *
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196 TTAAAATTGTTATGACCTTTTGCTTAATCATATAAAAATTTTTTTAGATCATAAAAGCTTATCCA
* *
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261 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGAT
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Statistics
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TTAAAATTGTTATGACCTTTTGCTTAATCATATAAAAATTTTTTTAGATCATAAAAGCTTATCCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATAAA
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* * * ** * *
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* * * * * ****
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* * * * * * ** * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * *
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** * * * * *** **
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* * * * *
1003835 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAGTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * **
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* * ** *
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130 AAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * * *
1004190 AAATAATTATTATTATTATTTGAACAA-TGTCTATATAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCA
1 AAAT-A--GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
1004254 TAAAATAATTATTTCAATTAATACAAGCTTA--GAAGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATAT
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** * * ** * * *
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126 TTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCAAACAAGTTC
* * * ** * * * * *
1004373 AAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTCTTCCAAATCATTATGAGC-TTTG-GTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
*** * ** *
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* * *
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131 AAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
* * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ***** * *
1004613 AAAACAATTGTTTTTGTTCATAGAAGCTT-TTTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAGTA-TT
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* *
1004676 CAAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT-AA-TTATGTTCACCAAACCAGTTC
128 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTAT-TT-ACCAAACAAGTTC
** * * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGT-CAT
* * * * *
1004976 AAAACATTTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCTTAATATTTC
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* * * * *
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129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
* * * *
1005094 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTGAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
*
1005159 AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
** * * *
1005224 AAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCAA-TTC
131 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAAGTTC
* * * * * * * **
1005275 CAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATTACCTTTTGCTTAATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
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129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
* * ** * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC---TTTA--TGACC--TT----TT
**** * * * ** ** ***** **
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* * * * * * * * * * * *
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*
1005639 ATTCAAA-AAATTAAC
171 ---CAAACAAGTT--C
** ** ** * * * * **
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1 AA--ATAGTTA-TGACTATTTGAA-CAATT-ATC----TATTTCAAATCTTTATGACCT-TTTG-
* * * * * * *
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* * ** * * *** ** *** ** *
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101 TAAAA---TAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAA
*
1005842 A--GATTTA--AAAC-A--T-
161 ATTTATTTACCAAACAAGTTC
* * ** * * * * * **
1005855 AAATTAGTTTATCAAATCAATTCAAATAATCATGGTCATTT-GAA-CAATTAT---CTATTTCAA
1 AAA-TAG-TTAT--GA-CTATTTGAACAATTAT-CT-ATTTCAAATC-TTTATGACCT-TTT-GT
* * * ** * **
1005915 ATTGTTAT-GAACTTTTGTTTT--TTCATAAAACAATTG-TTTTTCATTATACAAGCCTATTTGG
56 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT---ACAA--GCTTATTCAAAATA-AA----A--T--
* * * * * * * * ** *
1005976 AATA-AAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAA
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** * *
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161 ATTTATTTACCAAACAAGTTC
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* * * ** ** *
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* * ** * * **
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129 AAAAATTAATAA--GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * *
1006240 AAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGGTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * *
1006305 AATAAATT-TTTTTGTTTGTACATGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCA
66 AA-CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * *** *
1006369 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACGAGTTC
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* * * * * * * *
1006421 ATAT-GGTAAGACTATTAGAACAGTTATCTATTTCAAAT-TGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *** * * *
1006484 AAACAGTTGTTTAAGTTTATGCATGCTTATTCGGCATAAATTAATCCTAATTTATTAA-AATTCA
65 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * *
1006548 AAAAATTAATAA-TAAAGAGA-TT--AAAA-AAATCTACTTACCAAAGAAGTTC
129 AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
1006597 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCATTATGACCATTTATTTTGTCACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
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* * * * **
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129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCAAACAAGTTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *** *
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* * * * **** *
1006903 -GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
** * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *** * * *
1007020 AAATATTTGTTCATA-TT-AGACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTC
65 AAACAATTGTT-TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * **
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129 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAG-TTC
* * *
1007137 AAATTGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCGTTT-TGACCTTTTGTTTTATCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
1007200 AAAATAATTGTTTCACTTCATAAAAACTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTA
64 AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
1007264 AAAAATGAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTTCTC-AACAAATTC
129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTAC-CAAACAAGTTC
* * * * * * *
1007318 AAATAGTTACGATTATTTGAACAATTGTGTATTTAAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
1007383 AACAATTGTTTTGGTTCATACAAGCATATTTGAATAA-AATAATAATAATAATTT-TTAATATTT
66 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAA-AATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
1007446 CAGAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAAGTTC
* * * * * * *
1007496 AAATAGTTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTT-TATTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * * *
1007559 AATAATTTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTTGAATTAAAATATTACTAATTTATTTATTATTTT
66 AACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTC
** * * * *
1007622 AAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAACTCTATTTACCGAACCAGTTC
129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
1007674 CTATTGAATA
Statistics
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AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
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Period size: 177 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
1007727 TTGTTTCAAT
* * * *
1007737 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTCAAAAAATTAATAGCTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A-A--TAAG
* * **** * * * * * ** *
1007802 AGA-TTTAAAGAATAAATATATTTGCCAAAAT-AGTTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTA
62 AGATTTTAAAAAATAAATCTATTT-ATGGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTA
* *
1007865 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTAGT
126 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATCATTTTAGA
*
1007918 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGA
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGA
* *
1007982 -TTTAAAAAATGAATCTATTTATGGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAGTTATCTA
65 TTTTAAAAAATAAATCTATTTATGGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTA
* * * * * *
1008046 TTTCAAATCATTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAAT-GTTTTTGA
130 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAAC-AATCATTTTAGA
* *** * *
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1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAT
*
1008160 TTTAAAAAATAAATCTGTTTA
66 TTTAAAAAATAAATCTATTTA
1008181 CCATATCAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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180 2 0.01
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TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAT
TTTAAAAAATAAATCTATTTATGGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTAT
TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATCATTTTAGA
Found at i:1009174 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 178
1008385 TCAAAGTCAA
* * * * * *
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1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAG---ATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * ** *
1008458 TAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCAATTTTC
63 TAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTAC
* * * * * *
1008523 -CAAACCAAG-GCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCAT
126 TGAAA--TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGT
* * * * * * * ***
1008576 TATGATC-TTTGGTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-GATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAAT
* * ** * * * *
1008639 AATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAGT--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCT-
64 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACTG
** * * * **
1008700 AAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTAT
128 AAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * * *
1008752 TTTGACATTTTGGTTAGTCATATAATAATTG-TTTT-AGTTCATACAGGTTTATTCAGAATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAG---ATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
1008815 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA
63 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTA
* * * *
1008880 CTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACCACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
125 CTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
1008934 TTTGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCGTAGTTC--ATAAAAACTTATCCAAAATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT--T-TTTCAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
*
1008997 TAATACTACTTTATTAATATTTATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAC
63 TAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTAC
** * * * *
1009062 TGAAATAGTAGAAATAATTATGGCTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCGT
126 TGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
1009115 TCTTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAGATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-AGATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
1009180 ATACTAATTCATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
65 ATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACTG
** * *
1009241 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AT
128 AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
1009291 TATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTCTATTC--ATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T-TTCAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
1009354 AATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTCGTTTA-T
64 AATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTACT
* * * ** * * * * *
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127 GAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** *
1009470 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATG
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-
* * * *
1009535 AA-ACTAATTTGTTAATATTTGAAAAAGTT-ATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA-
64 AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTATTTAC
** * * * * *
1009597 TCGAAGCAGTTCGAATAATTGTAACTATTTGAACAATTAT-TAATTTCAAATCAT
126 T-GAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGT
* ** * * * * *
1009651 TATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCTTA-ATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAC
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-TCAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
1009715 AATATTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAAAGTGAATT-TGCTTAC
64 AATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT--TTAC
* * * * * * **
1009778 -CAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTTAAATTAT
126 TGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** ** *
1009831 TATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTTTGTTC--ATATTATTTTATTCGAAATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G-TTT-TTCAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * ** * * * * *
1009894 TAATACTAATTTAATAATATTCTAGAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATATATCTAATTGC
63 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTAC
* * * * *
1009959 -CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGT
126 TGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * ** * * * *
1010012 TATGACATTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTGTTTG-TATAGGCTTATTCAGATTAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
1010076 ATATTAGTTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACTG
65 ATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTG
* * * * * *
1010137 -AATCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATAC-ATTTCAAATTGT
128 AAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCGT
* * * * *
1010188 TCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAG---ATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * **
1010251 TAATACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTA
63 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TATTTA
* * * *
1010316 TTG-AATAAGTT-AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGT
125 CTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * **
1010369 TATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAG---ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* ** * * * *
1010431 ATAATACCAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTA
62 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTA
* * * * *** * *
1010496 CCT--AATCAGATAAAATAATTATGGCCGGTTGAACGATTATTTATTTCAAATCGT
125 -CTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
1010550 TATGACCTTTTGTTTTGTCATATAATAATTGCTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-GATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
1010615 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTGTTTAC-C
65 ATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTG
* * * * *
1010679 AAACAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCAAATCAT
128 AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *
1010730 TAAGATC-TTTGTTTTGTCATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1010751 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 1712, Mismatches: 363, Indels: 202
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 2 0.00
175 49 0.03
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177 174 0.10
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185 1 0.00
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAAA
TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
Found at i:1009904 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 1008399--1010731 Score: 1473
Period size: 361 Copynumber: 6.5 Consensus size: 354
1008389 AGTCAATATG
* * * * * *
1008399 ACCTTTTATTTTTTCATAAAAAAATTG-TTTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTT-GATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * * * * **
1008463 CTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCAATTTTCCAAAC
65 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * * * *
1008528 CAAG-GCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATCTTTGGTT-
126 C-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTC
* * * * *** *
1008590 TCTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAAT
188 TATCATAAAACAATTG-TTCT-ATTAATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATT
* ** * * * * *
1008653 AA-AATTCCAAAAGT--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCTAAA-TCAGTTCAA
250 AATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACT-A-TTTAA
** * * * * * *
1008712 ATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTATTTTG
311 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
* ** * * * * * * * *
1008756 ACATTTTGGTTAGTCATATAATAATTG-TTTTAGTTCATACAGGTTTATTCAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTT-GATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
*
1008820 CTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGA
65 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--A--AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * * * * * * * *
1008884 ACAAGTTCAAATAGTTATGACCACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCATTTGTTT
124 ACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTC
* * * ** * *
1008949 TGTCATAAAACAATTG-TCGTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
188 TATCATAAAACAATTGTTC-TA-TTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * **
1009013 ATATTTATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAAA-TAGTAGAAAT
251 ATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTAGTTTAC-CAAACTA-TTTAAAT
* * * * * *
1009077 AATTATGGCTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCGTTCTT
313 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
* * **
1009119 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAGATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTGATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
1009184 TAATTCATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTT
66 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTT
* * *
1009249 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
131 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
* *
1009314 AACAATTGTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTATGA
196 AACAATTGTTCTATTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-GA
* * * * ** *
1009378 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATTCGTTTATCAATCTAGTTTAAGCAGTTAAGACTA
260 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTACCAAACTA-TTTAAATAGTTATGACTA
* * *
1009443 TATGAACAATTATTTATTTCAATTTGTTATG
324 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
* * * *
1009474 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATGAA-
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTT-GATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AAT
* * * * *
1009537 ACTAATTTGTTAATATTTGAAAAAGTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA-TCGA
64 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--T-TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GA
* * * * **
1009601 AGCAGTTCGAATAATTGTAACTATTTGAACAATTAT-TAATTTCAAATCATTATTATTTTTTGTT
124 ACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * * *
1009665 TTGTCATAAAACAATTGCTTTTCTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTA
187 CTATCATAAAACAATTG-TTCTATTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
1009730 ACATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAGTGAATTTGCTTACCAAACTATTTCAAATAG
251 ATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTACCAAACTATTT-AAATAG
* * ** * *
1009795 TTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTTAAATTATTATA
315 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
* * * * ** *
1009835 ACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTTTGTTCATATTATTTTATTCGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTGATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * **
1009900 TAATTTAATAATA-TTCTAGAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATATATCTAATTGCCAAAC
66 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * * * * *
1009964 TAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTT
126 CAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATAACCTTTTGTTCT
* * * * * ** * * * * * * * *
1010028 GTTATAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAGGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAGTTTAATAATA
189 ATCATAAAACAATTGTTCTATTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * *
1010093 TTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACTGAATCAATTCAAATGGT
254 TTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTAGTTTAC-CAAACTATTTAAATAGT
* * * ** * *
1010153 TAAGACTATTAGAATAATTATACATTTCAAATTGTTCTG
316 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * * *
1010192 ACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATA
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTT-TGATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * *
1010256 CTAATTTGTTAACA-TTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGA
65 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT---AAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
** * * * * *
1010320 ATAAGTT-AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATT
124 ACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTG-TT
* * * ** *
1010384 -TGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACCAATTTAT
187 CTATCATAAAACAATTGTTCT-A-TTAATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*** * * * * *
1010446 TAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCT-GTTTACCTAA-TCAGATAA
249 TAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACT-A-TTTA
* * *** * * *
1010509 AATAATTATGGCCGGTTGAACGATTATTTATTTCAAATCGTTATG
310 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * * *
1010554 ACCTTTTGTTTTGTCATATAATAATTGCTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTGATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
1010619 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTGTTTAC-CAAAC
66 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACC
* * * * *
1010683 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCAAATCATTA
127 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTA
1010732 AGATCTTTGT
Statistics
Matches: 1556, Mismatches: 343, Indels: 150
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 7 0.00
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364 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTGATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTT
CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
AACAATTGTTCTATTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTACCAAACTATTTAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
Found at i:1010388 original size:718 final size:715
Alignment explanation
Indices: 1008374--1010731 Score: 2055
Period size: 718 Copynumber: 3.3 Consensus size: 715
1008364 TTTGGCAAAA
* * * * *
1008374 AACTAATCTA-TTCAAAGTCAATATGACCTTTTATTTTTTCATAAAAAAATT-GTTTT-AGTTCA
1 AACTAA-CTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTCA--ACA
* * * * * * *
1008436 TAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAGAG
62 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATA-TTTCAAGAATTAATAAG-AA-A-
* * * * * * *
1008500 ATTTAAAAACTAAAGC-AATTTTCCAAACCAAG-GCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATC
123 A-TTAAAAAATAAATCTAA-TTACCAAACC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
* * ** * *
1008563 AATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGGTT-TCTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCT
185 TAT-TTCAAAT-ATTAT-AACATTTTCTTCTATCATAAAACAATTG-TTCT-ATTCATACAAGCT
* * * * * *
1008624 TATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAGTTAATAAGATATTTAAAAAATA
245 TATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
1008688 AATGTGTTTGCTAAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTATT
309 AATTTGTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTGTT
* * * * * * * *
1008753 TTGACATTTTGGTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAGGTTTATTCAGAATAAAATAA
374 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAA
* ** * * *
1008818 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTG
439 TACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * * * *
1008883 AACAAGTTCAAATAGTTATGACCACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCATTTGTT
504 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTT
* *
1008948 TTGTCATAAAACAATTGTCGTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
569 TTGTCATAAAACAATTGTCGTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTATTA
* * * * *
1009013 ATATTTATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAAATAGTAGAAATA
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*
1009078 ATTATGGCTATTTGAAC
699 ATTATGACTATTTGAAC
** * * * * *
1009095 AACTATTTATTTCAAATCGTTCTTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAGATATA
1 AACTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTCAACATATA
* * *
1009160 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAGAATTAATAAGAAAATTAAAAA
* ** * * *
1009225 ATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA
131 ATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATA
* * *
1009290 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
196 TTATAACATTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * * * *
1009355 ATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTCGTTTA-TC
261 ATACTAATTTAATAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
* ** * * *
1009418 AATCTAGTTTAAGCAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTG
322 AATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * *
1009482 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAATGAA-ACTAATTTG
385 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA-AATTAATACTAATTTG
* * * * * * * *
1009546 TTAATATTTGAAAAAGTT-ATAAGTAAA-AGA-TTTAGAAAATAATTTTATTTATCGAAGC-AGT
449 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAA-AAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGT
* * * * * **
1009607 TCGAATAATTGTAACTATTTGAACAATTAT-TAATTTCAAATCATTATTATTTTTTGTTTTGTCA
511 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
1009671 TAAAACAATTG-C-T-TTTCTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAACA
575 TAAAACAATTGTCGTAGTTCATAA-A-AA-CTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAACA
* * * * * * *
1009733 TTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAAAGTGAATTTGCTTAC-CAAACTATTTCAAATAGT
637 TTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGCTTACTCAAA-TAGTACAAATAAT
* *
1009796 TTTGACTATTTGAAT
701 TATGACTATTTGAAC
* * * * *** *
1009811 AATTAACTATTTTAAATTATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTTTGTTCATATT
1 AACTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTCAACATATA
** * * *
1009876 ATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAGAACTTAATAACCAAGAAAATT
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAGAA-TTAAT----AAGAAAATT
* * * *
1009940 AAAAAATATATCTAATTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTC
126 AAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * ** * * *
1010005 AAATTGTTATGACATTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAGGCTTATTC-AGAT
191 AAA-TATTATAACATTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * *
1010069 TAAAATAATATTAGTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTA
254 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * *
1010134 CTGAATCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATACATTTCAAATTGTTCTGACCTTTT
319 CTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* *
1010199 GTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTG
384 GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTG
*
1010264 TTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTT-A
449 TTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCA
* * * *
1010328 AATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAA
514 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ***** * * * ***
1010393 ACAATTGT-TTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCCT
579 ACAATTGTCGT-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAACATTTAGA
* * * * *
1010457 AAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCT-GTTTAC-CTAATCAGATA-AAATAATTATG
643 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGCTTACTCAAAT-AG-TACAAATAATTATG
* ***
1010519 GCCGGTTGAAC
705 ACTATTTGAAC
* * ** * * * * * * * *
1010530 GATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATATAATAATTGCTTTTCATCATACA
1 AACTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTCAACATATA
* * * *
1010595 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAGAATTAATAAG-AA-A-A-TTA
* * ** * * * * *
1010660 AAAAGTAAATTTGTTTACCAAA-CAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCA
127 AAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
1010724 AATCATTA
192 AAT-ATTA
1010732 AGATCTTTGT
Statistics
Matches: 1301, Mismatches: 280, Indels: 115
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
714 9 0.01
715 72 0.06
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722 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
AACTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTCAACATATA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAGAATTAATAAGAAAATTAAAAA
ATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATA
TTATAACATTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC
AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGT
CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTGTTAACAT
TCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTT
ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TCGTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAAT
AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGCTTACTCAAATAGTACAAATAATTATGACTATTTGAAC
Found at i:1019042 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1018816--1019229 Score: 469
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
1018806 ATATTTTACT
* * * * * * **
1018816 AGCTTATTCAGAATAAAATAATTA-AAATTTATCAA-CTTCAAAAAATTAATAATTAAAAGATTT
1 AGCTTATTAAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAG-TTT
* * * * *
1018879 GAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAGCAAGTCAAATAGTT-TAACTAATTGAACAATTATTTATTC
64 AAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAGAAAGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTC
* *
1018942 AAAATCATTATGACCATTTGTTGTGACATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAA
129 AAAATCATTATGACCATTTGTTGTGACATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAA
* * *
1018995 AGCTTATCT-AAAATAACATAATACTAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTA
1 AGCTTAT-TAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTA
* * * * * * *
1019059 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATTGTTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTA
65 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAAGAAAGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTCA
* * * * *
1019124 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTAATACA
130 AAATCATTATGACCATTTGTTGTGACATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAA
* **
1019176 AGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
1 AGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
1019230 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 34, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 47 0.24
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ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTAA
AAAAATAAATTTGTTTACCAAAGAAAGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTCAA
AATCATTATGACCATTTGTTGTGACATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAA
Found at i:1019583 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1019559--1019598 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
1019549 TTAGATAAGC
1019559 TTTTATGAACTAAAACAATTG
1 TTTTATG-AC-AAAACAATTG
*
1019580 TTTTATGTCAAAACAATTG
1 TTTTATGACAAAACAATTG
1019599 GTCATAACGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.56
20 1 0.06
21 7 0.39
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
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TTTTATGACAAAACAATTG
Found at i:1019644 original size:180 final size:181
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Indices: 1019323--1020149 Score: 681
Period size: 180 Copynumber: 4.6 Consensus size: 181
1019313 CCTCAATCAT
* *
1019323 TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATA
1 TTACTTATTAATTTTTAAG-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGAATAAGCTTTTATG
* * * * * * *
1019386 AATTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
65 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * *
1019451 ATAGTTGAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTCTTAAA-CTC
130 ATAGTTAAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTC
* *
1019503 TTCCTTATTAATTTTTAAGATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTTTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGAATAAGCTTTTATGA
* ** * *
1019567 ACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAATTGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAA
66 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * ** * * *
1019632 TGGTTAAACTATTTG-ACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTT
131 TAGTTAAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * *
1019683 TTTCTTATTAATTTTTCAA-A-GTTAATAAATTAAG-ATTATTTTATTCTA-AATAAACTTGTA-
1 TTACTTATTAATTTTT-AAGATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAGAATAAGCTTTTAT
* * * * * * * * *
1019743 -AAATATGAAACAAATATTTTGTGACTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGAA-AATTAT
64 GAACTA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-AATAATTGT
* * * * * * **
1019806 T-ATAATAGTTTTAACTATTGGAA-CTAGTTTGACAAACACATTTATGCTTTAAATCTC
126 TCA-AATAG-TTAAACTATTTGAATTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * ****
1019863 TTATTTAGTAACTTTT-GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTTTATG
1 TTACTTATTAATTTTTAAG-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGAATAAGCTTTTATG
* * * * * **
1019926 ATC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCA
65 AACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * ** * *
1019989 AATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATC
129 AATAGTTA-AACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
1020043 TTACTTATTAATTTATGAA-ATATTAATAAATTATTATTATTTTA-ATTCGAATAAGCTTTTATG
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*
1020106 -A-TAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
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1020150 CGCTCAAATG
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 111, Indels: 62
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.01
178 1 0.00
179 121 0.24
180 311 0.62
181 66 0.13
182 1 0.00
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TTACTTATTAATTTTTAAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGAATAAGCTTTTATGA
ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
TAGTTAAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:1020007 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 1019317--1020086 Score: 815
Period size: 360 Copynumber: 2.1 Consensus size: 359
1019307 TATTACCCTC
* * * *
1019317 AATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTATTCTAAATAAACTT
* * ** * * *
1019381 GTATAAATTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTG
64 GTATAAATTGAAACAAATATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGAAAATTA
* * ** ** * *
1019446 TTCAAATAGTTGAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTCTTAAACTCTTCCTTAT
129 TTCAAATAGTTGAACTATTGGAATCTATTTGACAAACAAATTTATGCTCTTAAACTCTTACTTAG
* ****
1019511 TAATTTTTAAGATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
194 TAATTTTGAAGATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAACCGAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
* * * * * * * *
1019576 ATTGTTTTATGTCAAAACAATTGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATGGTTAAAC
259 ATTGTTTTATGACAAAACAATAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAC
* * *
1019641 TATTTGACTT-GCTCGATAAATAGATTTATTTTTTTA
324 TATTTGAATTGGCTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTA
* *
1019677 AATCTTTTTCTTATTAATTTTTCAAA-GTTAATAAATTAAGATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAAGATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
* *
1019741 TA-AAATATGAAACAAATATTTTGTGACTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGAAAATTA
65 TATAAAT-TGAAACAAATATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGAAAATTA
* * *
1019805 TT-ATAATAGTTTTAACTATTGGAA-CTAGTTTGACAAACACATTTATGCT-TTAAATCTCTTAT
129 TTCA-AATAG-TTGAACTATTGGAATCTA-TTTGACAAACAAATTTATGCTCTTAAA-CTCTTAC
* ** *
1019867 TTAGTAACTTTTGGA-ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGA-ATAAGCTTTTATGATC-
190 TTAGTAA-TTTTGAAGATATTAAGAAATTAGTATTA-TTTTAACCGAGATAAGCTTTTATGAACT
* * **
1019929 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATA
253 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *
1019993 GTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
317 GTCA-AACTATTTGAATTGGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * **
1020037 AATATCTTACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
1 AATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAAGATTATTTTA
1020087 ATTCGAATAA
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 60, Indels: 27
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 5 0.01
359 126 0.38
360 158 0.47
361 47 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (359 bp):
AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAAGATTATTTTATTCTAAATAAACTTGT
ATAAATTGAAACAAATATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGAAAATTATT
CAAATAGTTGAACTATTGGAATCTATTTGACAAACAAATTTATGCTCTTAAACTCTTACTTAGTA
ATTTTGAAGATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAACCGAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAATAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAACTA
TTTGAATTGGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
Found at i:1020311 original size:164 final size:166
Alignment explanation
Indices: 1019986--1020314 Score: 418
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
1019976 TGATAATTGT
* * * *
1019986 TCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTAT
1 TCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATATCTTACTTAT
* * * * *
1020051 TAATTTATGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTTTATGATAAAAAAAA
66 AAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCCAATAAGCTTGTAT-ATAAAAAAAA
1020116 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTCGC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTCGC
* * * *
1020153 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTCTT-AA-AT-TT-CTTAT
1 TCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATATCTTACTTAT
* *
1020214 AAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCATCTAATCTTGTAT-TAACTAAAA
66 AAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCCA-ATAAGCTTGTATATAA--AAAA
* *
1020277 CAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTC
128 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTC
1020315 TAAATATACA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 17, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
162 5 0.04
163 50 0.35
164 37 0.26
165 2 0.01
166 2 0.01
167 42 0.30
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (166 bp):
TCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATATCTTACTTAT
AAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCCAATAAGCTTGTATATAAAAAAAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTCGC
Found at i:1021384 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1021134--1023425 Score: 1080
Period size: 181 Copynumber: 12.7 Consensus size: 179
1021124 AAAATGTTTG
* ** * * * * * *
1021134 TTCAAATAGTCAGAACTATTTAAACTCATTC-GGTTAACTAATTTATTTTTTAAATCCT-TTGCT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAAT-CTATTACC
* *
1021197 TATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAACCTTGTATGAACATAA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACATAA
* * *
1021262 ACAATTGATTTATCACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTA
128 ACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTA
* * *
1021315 TTTAAATAATCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAAACAAATTTATTATTTAAAT-TATTACCT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGTTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTATTACCT
*
1021379 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-TCATG-A-ATA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGT-ATGAACATA
* * * * * * ** *
1021440 GATCTAATTGCTTTCTGACAAAATAAAAAGTCATAATGTGTTGAAATAGATAATTG
127 -AAC-AATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAAAT-TTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
1021496 TTCAGATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCA-ATAAACAGATTCATTTATTTAATTCTCTTA-C
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTCAGATAAACAAATTTA-TTATTTAAATCTATTACC
* * * *
1021559 TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTAAC-TA
64 T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * *
1021623 ATATATTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTA
127 A-ACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * *
1021678 TTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTATTACCT
* * * * * * * * *
1021741 ACTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAA
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACATAAA
*** ** * * *
1021805 CAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAATCGTCACAATTT---AT---T--GT-
129 CAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCAT-AAAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * *
1021848 TT-AAATAATCATAA-TGATTTGAACTTATT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
1 TTCAAATAGTCATAACT-ATTT-AAATTGTTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTATTACC
* * * *
1021910 TATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAATAG
64 TATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
1021973 AAGA-AATCT-TTCTATGAC-AAACAAAAGGTTATAGAGATTTCAAATAGATAATTG
126 AA-ACAAT-TGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATA-AAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * **
1022027 TTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTCTTCA-ATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTATTACCT
* * *
1022091 ATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-AT--A
65 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACATAAA
* * *
1022153 -ATTTCTTTTATGACAAAAC-AAA-GTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTA
129 CAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCAT-AAAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * ** * * * * *
1022202 TTCAAATAGTCATGACTATTT-GATCTAGTT-TGGTAAACATTTTTATTTTTTTAATTTTTTACT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-T-GTTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTATTACC
* * * * ** * *
1022265 TATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTCGTACAAATAGA
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * ** * * *
1022329 AACTATTGTTTTATAATAGAATTAAAA-GTAATAACGATTTGAAATA-AGTAATTG
127 AACAATTGTTTTATCACA-AAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGA-TAATTA
* * * * * *
1022383 CTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTT-TGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATC---T-CT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTCAGATAAACAA-ATTTATTATTTAAATCTATTACC
* * * * * * * * *
1022442 TATCAATTTTT-GAAAAATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGCACAAA
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACATA
* ** * * *
1022506 AACATTTGTTTTATGGCAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
127 AACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
1022560 TTCAAATAGTCATAATTA-TTAGAACTAGAT-AGGTAAATAGAA-TTATCT-TTTAAATCTCTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTA-AA-TTGTTCAGATAAACA-AATTTAT-TATTTAAATCTATTA
* * * *
1022621 CTTATTAGTTTTTTTA-AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTAGTATGA
62 CCTATTA--ATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTT-GTATGA
* ** * * * * * *
1022683 A-TTGGAAA-TTTTGTTTTATGACCAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
122 ACAT--AAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTA
* * *** * **
1022742 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCAG-TAAACAAATTTAATT-TTTAAATCTCTTAGT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTCAGATAAACAAATTT-ATTATTTAAATCTATTACC
* * * * * *
1022805 TATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAGCATAA
64 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACATAA
* * * * * * * * *
1022870 ATAATTGTTTTATGACAGAACAAATGATTTATTTTTTAAATAATTGATTTGAAGTATATAATTG
128 ACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAG-GTCA-----T--A-AA---ATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * * * *
1022934 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTC-GATGGATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTATTACCT
* * * ** * * *
1022998 ATTAATTTCT-GAAAGATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCGAACAACCTTGTATGATA-AAA
65 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGA-ACATA
* * * * *** ** * * **
1023061 AATAATTATTATATGATTGAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATCTATAATTA
127 AACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * *
1023115 TTGAGATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCA-ATAAACAGATTCACTT-TTTAAATC----ACT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTCAGATAAACAAATTTA-TTATTTAAATCTATTACC
* *
1023174 TATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAA-TTA
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAT-
* * * * * *
1023237 AAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTA
126 AAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTA
* * * * ***
1023292 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCTG-TAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTCAGATAAACAAATTTA-TTATTTAAATCTATTACC
* * * * *
1023355 TATTAATTTTT-GAAATATTAAAAAATTAGTATTACTTTATTTTAGAGAAGCTTTTATGAAC-TG
64 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAT-
1023418 AAACAATT
126 AAACAATT
1023426 ACGAATGTTA
Statistics
Matches: 1641, Mismatches: 340, Indels: 260
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 101 0.06
171 19 0.01
172 3 0.00
173 4 0.00
174 3 0.00
175 111 0.07
176 34 0.02
177 250 0.15
178 19 0.01
179 49 0.03
180 184 0.11
181 427 0.26
182 259 0.16
183 22 0.01
184 2 0.00
186 1 0.00
187 1 0.00
189 1 0.00
190 1 0.00
191 13 0.01
192 125 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTCAGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTATTACCTA
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACATAAACA
ATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAAATTTGAAATAGATAATTA
Found at i:1022613 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 1022009--1023395 Score: 679
Period size: 177 Copynumber: 7.7 Consensus size: 175
1021999 GGTTATAGAG
* * * **
1022009 ATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTA-AACTTCTTCA-ATAAACA-AATTC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAGAACTAGTT-AGATAAACAGAATT-
* *
1022071 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAA
63 ATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * *
1022136 TAAGCTTATATG--AAATA-ATTTCTTTTATGAC-AAA-ACAAAGTCATAAAA
123 TAAGCTTATATGCAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
* * * * * * ***
1022184 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATTTTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTAGATAAACAGAATTA-T
* * * * **
1022249 TTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAA
65 TTTTTAA--ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
** * * * * * *
1022314 GCTCGTA--CAAATAGAA-ACTATTGTTTTATAATAGAATTAAAAGTAATAACG
126 GCTTATATGCAAA-A-AACA-T-TTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
* * * * * * * *
1022365 ATTTGAAATA-AGTAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTAGATAAACAGAATTAT
* * * *
1022429 TTTTTAAATCTCTTATCAATTTTTGAAAAATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACT
65 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
*
1022494 TATATGCACAAAAACATTTGTTTTATGGCAAAATAAAAAGTCATAACA
129 TATATGCA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
* * * * *
1022542 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTAGATAGGTAAATAGAATTATC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTAGATAAACAGAATTATT
* * **
1022607 TTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAAT
66 TTTTAAATCTCTTA-TTA--A--TTTTTGAAATATTAAT-AATT-AGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * **
1022671 AAG-TTAGTATG-AATTGGAAA-TTTTGTTTTATGACCAAAGAAAATGTCATAATG
124 AAGCTTA-TATGCAA---AAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
* * * **
1022724 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCAG-TAAACA-AATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTT-AGATAAACAGAA-TTA
* * * * **
1022787 ATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTTAAAT
64 TTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * *
1022852 AAACTTGTATGAGCATAAATA-A-TTGTTTTATGACAGAACAAATGATTTATTTTTTAAATAATT
124 AAGCTTATAT--GCA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAA--A---A----GT-CATAA-C
*
1022915 G
175 A
* * * ** * *
1022916 ATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACT-GATTCGATGGATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAGAACTAG-TTAGATAAACAGAATTA
* * * * *
1022979 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAAGATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCGAAC
64 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * *** * * * *
1023044 AACCTTGTATGATAAAAAATAATTATTATATGATTGAATGAAAGGTAATAACG
124 AAGCTTATATG-CAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
** * * * * *
1023097 ATTTGAAATCTATAATTATTGAGATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTCA-ATAAACAG-ATTC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTAG-TT-AGATAAACAGAATT-
* * *
1023159 ACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
63 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
** * * * * **
1023224 CTTGCATG-AATTAAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATG
127 CTTATATGCAA--AAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
* * * * * * * *
1023274 ATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCTG-TAAACA-AATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTT-AGATAAACAGAA-TTA
* * *
1023337 TTTTTTTAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTACTTTATT
64 -TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAATTAGTATTATTTTATT
1023396 TTAGAGAAGC
Statistics
Matches: 929, Mismatches: 199, Indels: 162
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 93 0.10
176 14 0.02
177 263 0.28
178 22 0.02
179 18 0.02
180 21 0.02
181 208 0.22
182 134 0.14
183 11 0.01
184 1 0.00
185 4 0.00
186 3 0.00
190 7 0.01
191 8 0.01
192 112 0.12
193 4 0.00
194 2 0.00
195 1 0.00
196 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTAGATAAACAGAATTATT
TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
TATGCAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
Found at i:1023066 original size:192 final size:191
Alignment explanation
Indices: 1022718--1023076 Score: 423
Period size: 192 Copynumber: 1.9 Consensus size: 191
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * ** *
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1 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGATTCAG-TAAACA
* * **
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* * *
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ACACTTAATTTTTAAAATCTCATA
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ACACTTATTTTTAAAATCTCATA
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**** * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* ** ** * *
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* * *
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** * *
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*
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** * *
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* * *
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AATTGTCCAAATAGTTATATCTAT
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*
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** * *
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* *
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AATATTAATAACATAATGTTAT
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* * * * *
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* **
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*
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* * * *
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** * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAA-TAATTAGTATTATTTTA
** *
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* ***
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** * * * * * **
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1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * * * *
1033315 A-TTTCAGACAAG-TTTTAAT-AAGCTG-AAACAATTATTTTTTGATAAAATACAAGGTCATAAT
64 ATTTTGA-ATAAGCTTGT-ATGAA--TGAAAACAATT-GTTTTAGACAAAACAAAAAGTAATAAC
* * * * ** * * *
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* * * * *
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1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT
* * * * * * * **
1033493 ATTTTGAATAAGCATGTATGAGCTG-AAGCAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAA-AATGA
64 ATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATGAAAACAATTGTTTTA-GACAAAACAAAAAG-TAATAACAA
** * * ** * * * * ** *
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126 TTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAACCATAAATATTTGAACTGGTTAGATAAG
* * * * * ** *
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1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTA
* * ** * * * * * * **
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** * * ** * * * * *
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* * * * *
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1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG-AATATTAAT-AATTAGTATTATTTT
** * * **
1033847 ATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAATGTAATAATGAT
64 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAACAATTGTTTTA-GACAAAACAAAAAGTAATAACAAT
* * * * * ** * * * *
1033911 TTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGA-CATGACTATTCAAACTTGTTTGGTAAA
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* * *
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* * * * * ***
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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** * ** * * * * **
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* ** * *** * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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*** * * ** * * * * **
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * **
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* * ** * * * *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTTAT
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AATAAATAATTGTTAAATAACCATAAATATTTGAACTGGTTAGATAAG
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1033325 AGTTTTAATA
* * * *
1033335 AGCTGAAACAATTATTTTTTGATAAAATACAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAA
1 AGCTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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1 AGCTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
**
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* * *
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* ** * * * * * * * * ** *
1033693 AACAAAAATAAATGTTTTAGGATAGAA-CAAAGATCATAATGATTTGAGGTATATAATTATTCAA
1 AGCTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * * **
1033757 ATAGTC--AACTGTTTGAATTGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAAT-C-T-CCAATTAAT-
66 ACAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTT--TTTTTAAATCCTTACTTATTAATA
* * * * * ***
1033816 TTTTGAAATAG-TAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATG
129 TTCT-AAAT-GTTAATAAATTAACAATATTTTACTCTGAATAAGCATGTATG
* ** * * *
1033867 A-ATAGAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAATGT-AATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTT
1 AGCT-GAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTA-TT
** * ** ** * * * *
1033929 CAAATGGACATGACTATTCAAACTTGTTTGGTAAACAGATTAATTTTTTAAAT-CTTCAACTTAT
63 CAAACAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATT--TTTTTTAAATCCTT--ACTTAT
* * ** * * * * * *
1033993 TAAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
124 TAATATTCTA-AATGTTAATAAATTAACAATATTTTACTCTGAATAAGCATGTATG
* * * * * * * * *
1034048 A-ATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-CAAAGGATTATATTGATTTGAAATAAATAATTATTC
1 AGCT-GAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGG-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * ** * * * *
1034111 AAATAATCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAGCAAATTTATTTTTAAAATCTTTTAGTTATT-
64 AAACAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTT-TTTTT-AAATC-CTTACTTATTA
* ** * * ** ** * *
1034174 A-ATTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGGTTTTTTG
126 ATATTCTA-AATGTTAATAAATTAACAATATTTTACTCTGAATAAGCATGTATG
* * ** * * * * * * *
1034227 AACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTATTCAA
1 AGCTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
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66 A
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Statistics
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * ** * *
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* * ** ** * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * ** * * ***
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252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAA-ATAGTAAT-AATCA
* ** * * *
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315 TTTGAACTTGTTCAAAAAATACATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * * * * * *
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1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTGA-TATTATTTTA-TTTAAATAAACTTATATGAA-TAAA
* * * * ** * * ** * * * *
1032993 ATAATTATTTTTTGTCGGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTTTTTAAATAATCA
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* * * ** *
1033058 TAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAGCAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTTTA
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* * * * *
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191 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAG-AAAA-AATTGTTT
* * ** * * * * *
1033184 TATGACAAAACAAAAGTTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCAT-A--A-TT-
254 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAATCATTTG
* * * * *
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* * * * * * * * * * *
1033278 ATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTCAGA-CAAGTTTTAAT-AAGCTGA
1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTGATATTATTTTATTT-AAATAAACTTAT-ATGAA--TAA
* * * * * * * *
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* * * *
1033406 AAAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAATAGA-TT-TTTTTT--AAT-TTCTTATTTATTAATTTT
127 ATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAA--TT
* *** * * * ** *
1033465 CTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGCT-GAAGCAATTAT
188 CTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-ATAGAAAAAATTGT
* * * * ** * * **
1033528 TTTATGACTAAATAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCT-AACAGTCTTAA-CTA
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTAATAATC-A
* *** * **
1033591 TTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTACTT
315 TTTGAACTTGTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
* ** * * * * * * * * * *
1033636 ATTAATATTTAGAATGTTATTAATTTAACAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTGATATTATTTTA-TTTAAATAAACTTATATGAA-TAAAA
* * * * * ** *
1033701 TAAATGTTTTAGGATAGAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGGTATATAATTATTCAAATAGTC--
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * ** * *
1033763 AACTGTTTGAA-TTGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTT-AAATC---T-CCAATTAATTTTTGA
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* * *** ** * * *
1033822 AATAGTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATGGTTTTAT
192 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTAT
* * * * * * **
1033887 GACAAAACAAAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT-GGACATGA-CTATTCA
257 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTTAAATAGTA-ATAATC-ATTTG
**** * * * **
1033949 AACTTGTTTGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTT
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* *
1033991 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAA
1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTGA-TATTATTTTA-TTTAAATAAACTTATATGAATA-AA
* * * * *
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63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* *
1034120 TAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAGCAAATTTA-TTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTCTAGA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTCTAGA
* * * * * *
1034183 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGGTTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATG
193 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATG
* * * * *
1034248 ACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTATTCAAATAGTTATAATCATTTGAA-T
258 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAATCATTTGAACT
*
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323 -TGTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
* * * * * *
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1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTGATATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAATAAAA-
* * * * *
1034415 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATG-TTTAGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT-GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * ** * *
1034479 TAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCCTACTCT-TTAATTTTTG
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACT-TATTAATTCTAG
* * * * *
1034543 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTACATGAATTGAAATAATTGTTTTA
192 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTA
* * ** *
1034608 -GTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGCTAATTATTTAAATAGTAATGA-CTATTTG
256 TG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAATC-ATTTG
* ** **
1034671 AACTTGTT-TAGTAA-ACA--T-TTTTAAAAATTTTTTACTT
319 AACTTGTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTT
* * * * * * * *
1034708 ATTAATTGTCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAATCTTGTATGGAAAAAA
1 ATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTGATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTATAT-GAATAAA
* * *
1034772 ATAATTATTTTATGATAAAACACAAA-AGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
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* * *
1034835 TCATAACAATTTGAACTTGTTAGATAAACAAAATTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGT
125 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-T-T
* * * * * *
1034899 CT-TAATATTAATAAATTCGTATTATTTTTATTCAAAATATGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATC
188 CTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAG--AAAAAATT
* * * * * ** * * * *
1034963 ATTTTATAACAAACCAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCAATAATTGTTTGGTAAGTA-AAATAG
250 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-ATT--TAAATAGTAATA-
* * * * *
1035027 TATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAATT
311 -ATCATTTGAACTTGTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAATTT-TTACTT
* * * * *
1035078 ATTAATTTTCAGAATATTAATAACATAG-TATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAATTGAA
1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAA-ATTGATATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAA-TAAA
* * * *
1035142 ATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
1035207 TAACTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTCCTTATTAATTGTCA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTCT-A
* **
1035270 AAATATTAATAAATTAGTATTA---TA-T-----TAA---T-T-TGAAT----AAGCTTG---TA
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* * * * ** * *
1035314 TGAACAGAATAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGCTTAAATATTCATAA-CTATTTG
256 TG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAATC-ATTTG
** * * *
1035378 AA-TTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AATTCTT--TT
319 AACTT-GTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
* * * * ** * *
1035416 ATTAATTTTTA-AAATTTTAATAGATT-AGTTTTATTTGACTCCAAACAAACTTATATGAACAAA
1 ATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTGA-TATTATTTTA-TTTAAATAAACTTATATGAATAAA
* * * * * *
1035479 ACTATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATC
63 AC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
1035544 ATAATTTTTTGAACTGGTTC-AGCAAACAGAA-TTATTTTTT-AAAT-TTCTTACTAATTAATTT
127 ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACA-AATTTATTTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTC
* * * *** * *
1035605 TTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTGT
189 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAATAGAAAAAATTGT
* * * * * * * * * * ****
1035669 TTTACGACAAAATAAAAGGACATAATGATTTGGAATAGAGAATTGTTCATACAACCTTAA-CTAT
252 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAATC-AT
* ** * * *
1035733 TTGAA-TTGGCTCAGCAAATAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTT
316 TTGAACTT-GTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * * * * * * * *
1035777 GTTAATTTTTAGAATATTATTACATT-AGTAGTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTGA-TATTATTTTATT-TAAATAAACTTATATGAATA-AA
** * * * ** ** *
1035841 TTAATTGTTTTATGACAGAACAAAATATTATAACAATTTGAAATGTATAATTATTCAAATAGTAA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * ** * * *
1035906 TAACTATTTGAACTGGTTTGATCAATAGATTTCTTTTTT-AAATCTCCTACTCATTAATTTTTGA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTCTAG-
* *
1035970 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AGTCTTGTATG-AT-GAAAAACAATTGTTT
192 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTATATGAATAG-AAAA-AATTGTTT
** ** * * * * * ** *
1036032 TATGAGTAAACTGAAGTTCACAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGCCATAATTATTT
254 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTTAAATAGTAATAATCATTT
* * * ** ** *
1036096 -AAATTGATTCAATAAACT-GATTTAAGTTTTAAATCCCTAACTT
318 GAACTTG-TTCAA-AAAATACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * * * *
1036139 ATCAATTTTT-GTAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAA
1 ATTAATTTTTAG-AAAATTAATAAATTGATATTATTTTATTT-AAATAAACTTATATGAA-TAAA
* * * ** * * * *
1036203 ACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
1036268 AAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT-TTTTTCT--AAT-TTCTTACTTATTAATTTTT
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTT-TAAAATCTT-TTACTTATTAA-TTCT
* * *** * * * ** *
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* * * * * **
1036393 TATGACTAAACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAA-CTATT
254 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTAATAATC-ATT
* * * * **
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* * * * * * * *
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* * ** ** ** *
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** * * * **
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317 TGAACTTGTTCA-AAAAATACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * * *
1036854 ATGAATTTTTAGAATATCAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 ATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTGA-TATTATTTTA-TTTAAATAAACTTATATGAATA-AA
* ** *
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63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
1036983 TAACTATTTGAACTTGCTT-AATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTAACTTATTAATT-TT
128 TAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTT-ACTTATTAATTCTA
* * * * * * *
1037045 GAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCAAAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTT
191 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTT
**
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ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTCTAGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAATCATTTGAACTTGT
TCAAAAAATACATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
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1035153 ATGACAAAAC
* *
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1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAG
* *
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* * * *
1035324 AAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAAT-TGGTT-
1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATCTAGTTC
* * * * * * *
1035386 TGATAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAGATTAGTTTTAT
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AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAG
TAAACAGATTTATTTTTTAATTCTTTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTA
ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAT
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1035314 TGAACAGAAT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * *** * * * * * *
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** * * * *
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1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * *
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66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
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* * * * * * ** * * *
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1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * * * *
1035747 CAAATAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTAGTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * ** * *
1035810 TTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAATTAATTGTTTTATGACAGAAC
130 TTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAAC
** * * * * *
1035862 AAAATATTATAACAATTTGAAAT-GTATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTT-T
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * * *
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65 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
**
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** * * * * * * * * * * *
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1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* ** ** * * * * *
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66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * ** *
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* * * * * * *
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1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
** * * *
1036646 TAAAGTGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTTTTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
1036707 TTTATTCTGAATAATTTTGGATGAATAGAAACAATTGTTTTA-CACTAGAAC
131 TTTATTTTGAATAA-GTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-TAAAAC
* * * * * * *
1036758 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGA-TAATTTGAACTTGTT-A
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCA
* * * *
1036821 GGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTC-AACTTATGAATTTTT-AGAATATCAATAAATTAGTA
65 -GTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* *
1036884 TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
127 TTATTTTATTTTGAAT-AAGTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAAC
* * * *
1036939 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-A
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCA
* *
1037003 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTAACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *** * * * * *
1037066 AATTTTATTCAAAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
128 TATTTTATTTTGAATAA-GTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAAC
** *
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1037141 CGTGTTCAAA
Statistics
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TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAAC
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1036963 AATAATTGTT
* * *
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* * ***
1037038 TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCAAAATAAGGTTTTTTGAATAGAAAC-A
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* *
1037102 ATTGGTTTATGACAAAA
130 ATTAGTTTATAACAAAA
* *
1037119 CAAATTGTCATAACTATTTGAACGTG-TTCAAAAAATTGATTTATTTTTTAAAT-TTGT-ACTTA
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* * * * **
1037181 TTAATTTTTGGAGCATTAATAAATTTA-TATTATTTTGTTTGAAATAAGCTTGAATGAATAAAAC
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*
1037245 TAATTATTTTATAACAAAA
128 TAATTAGTTTATAACAAAA
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1 CAAATA-GTCATAACTATTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGCTTAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTGTAACTTAT
TAATTTTGAAACATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAATAAAACTAA
TTAGTTTATAACAAAA
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1037147 CAAAAAATTG
* ** *
1037157 ATTTATTTTTTAAAT-TTGTACTTATTAATTTTTGGAGCATTAATAAATTTA-TATTATTTTGTT
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * *
1037582 T-AAATAAGC-TCATATGGAAA-AAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAAGTCATAAGAAT
64 TGAAATAAGCTTGA-AT--AAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAGAAT
* * * *
1037644 TTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT
124 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTTATTTGGTAAACAT
*
1037700 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * **
1037764 TGAAATAAGCTTGTACAAATTAAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTA-AAGCAATTCC
64 TGAAATAAGCTTGAATAAA-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAG-AATTTG
* * * * *
1037828 AAATCA-ATAATTATTTAAATGGTCATAATTATTTAAACTTATTTGGTAAATAG
127 AAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTATTTGGTAAACAT
* * *
1037881 ATTCATTTTTTAAAT-TTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
1037944 TTCAAATAACCTT-ATATGGACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG-ATT
63 TTGAAATAAGCTTGA-AT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GAATT
1038006 TGAA
125 TGAA
1038010 TCTCTCATTA
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 93, Indels: 78
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAAGCTTGAATAAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTATTTGGTAAACAT
Found at i:1038112 original size:51 final size:51
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Period size: 51 Copynumber: 1.9 Consensus size: 51
1037994 GTCATAACGA
* *
1038004 TTTGAATCTCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAATATTGATT
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* *
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1 TTTGAATCTCTCATTAAGTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTAATATT
1038102 TTATTTTGAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TTTGAATCTCTCATTAAGTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTAATATTGATT
Found at i:1038565 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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1038054 TTTTGAATCT
* * * * ** * * *
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* * * * *
1038129 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGGA
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* * * * * **
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* * * * **
1038245 CTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTC-AA-AA-CAATTATATGAGT
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* * * * * *
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64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATAGT-TCAAAT
* * * *
1038371 AATCATAACTATTTAAACTCTTTGGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACT-TTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * *
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* * * * *
1038490 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATTATACTTAAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGT
* * * * *
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130 CATAACTATTTGAACT-T--TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** *
1038605 CTTGTTAA-TTTTGGAATGTTAATAAACTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTT-TCATGAA
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* * * * * * * * * *
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* * *
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127 A-GTCATAACTATTTGAAC-T-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * ***
1038784 CTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
1038849 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAACAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGT
* * ** * * *
1038913 CATGACTATTTGAATTTCTTAGAAAAACATATTTATTTTTTAATTCTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
1038964 CTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAC
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
1039029 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGT
** * * * * *
1039094 CATAAAAATTTGAGCTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAATCTTTTG
130 CATAACTATTTGAACTT-TT-GGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTA
* *
1039147 CTTACT-ATTTATCT-TAATATTAATAAA--A-T-TGTA--TTA-TT----TAAGCTTGTATGAA
1 CTTATTAATTT-T-TAAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * * *
1039199 CAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTAAACAGATAATTGTTGAAA
63 CA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAA
* * * * * *
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126 TAGTCATAACTATTTGAACTT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * **
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1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAACA
* * * *
1039381 GAAATAATT-TTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTA-TTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA-ATAGTTCAAATA
* * * *
1039444 GTCATGAA-TATTTGATCTAATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTA
128 GTCAT-AACTATTTGAACT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
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1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * * * * * * * *
1039562 AAACTATTGTTTTACAATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAAT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGT
* * ** *
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130 CATAACTATTTGAACT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
1039674 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATT-TTTT-TTTCAAACAAACTTATATAAACAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
1039737 AAACATTTGTTTTATGGC-AAACAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAGTAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAG
* * * * *
1039800 TCATAATTATTTGAACTCGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCCCTTA
129 TCATAACTATTTGAACT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * **
1039852 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTGTGAATT
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
1039916 GAAA-ATTTATTTTATGACAAAACATAAG---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGT
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* * * *
1039974 CTTAA-TCATTGGAA-TTACTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 CATAACT-ATTTGAACTT--TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * *
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* * * * * * * * *
1040089 AAATAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGGT-ATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTTAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--GTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG
* * * *
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129 TCATAACTATTTGAACTT--TT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * **
1040206 CTTATTAATTTTTGAAAA-AATAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATTA
1 CTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
1040270 AAAATAATTGTTATATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG
* * * ** ** * * *
1040334 CCATAATTATTTGAACTAAGTCAGTAAATGGATTCACTTTTTAGA--TC--A
129 TCATAACTATTTGAACT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ***
1040382 CTTATTAATTTTCAAAACAATAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
*
1040446 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCATATAG
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* * * ** *
1040510 TCTTAACTGTTTAAACTATTTTGACAAACAGATTCT-TTTTTTAAATCTCTTG
129 TCATAACTATTTGAAC--TTTTGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ***
1040562 CATATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGGTGAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * *
1040626 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
66 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG
* * * * * ** * * *
1040691 CCTTAATTATTTGAATCGATTTGATAAACTCACTTATATTTTAAATCTCTAA
129 TCATAACTATTTGAA-C-TTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *
1040743 CTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* *** * *
1040808 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCAT-ATTTTTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAG
* * * * * * *
1040871 TCATAACTACTTAAACTTATTTGGCAAATAGATTTATTTTTTCTAATTTTTTA
129 TCATAACTATTTGAAC-T-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
* * *
1040924 -TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
1 CT-TATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* *
1040987 TAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
64 -AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAG
1041037 TTTTAATTAT
Statistics
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170 29 0.01
171 5 0.00
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184 1 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:1039430 original size:533 final size:532
Alignment explanation
Indices: 1038120--1049312 Score: 3061
Period size: 539 Copynumber: 21.0 Consensus size: 532
1038110 AATAATTTTC
* * * * * * * * *
1038120 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCACAACAATTTGAAATAGATGATAGT
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* * * * * ** * * * * *
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65 TCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-T
* * * * *
1038247 TATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAA-ACA-ATTATATGAGTAGA
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* * * * * *
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* * * *
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254 CATAACTATTTGAA-T-TTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
1038567 AATGTGCTT-AGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTGTTAA-TTTTGGAATGTTAATA
446 AAT-TGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-
* * *
1038629 AACTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-
509 AA--TAGATTGTATTATTT---A-AA-CTTG
* * * *** * *
1038659 TCATGAACATAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGTTTTCAAATAAATAATTG
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* * * * * * * * *
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64 TTCAAATA-GTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
* *
1038787 ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA
128 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA
* * * * * *
1038852 CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATG
193 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * *
1038917 ACTATTTGAATTTCTTAGAAAAACATATTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTGTTAAAAT
258 ACTATTTGAATTTCTT-GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * *
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322 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** *
1039047 AAAACAAAAAGTTATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAAATTTGAGCTT-
387 AAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTG
* * * *
1039111 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAATCTTTTGCTTACT-ATTTATCT-TAATATTAATAA-
451 GTTCAGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TGAAATATTAATAAT
*
1039173 A-ATTGTATTATTTAAGCTTG
512 AGATTGTATTATTTAAACTTG
* * * * *
1039193 TATGAACAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTAAACAGATAATTG
1 TATGAACA-AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * *
1039257 TTGAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATGTCTTAATTA
64 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * *
1039321 TTAATTTTTAGAATATTGATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT-TAGAATTGAAA
129 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-GAATTGAAA
* * *
1039385 TAATT-TTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCAT
193 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
1039449 GAA-TATTTG-ATCTAAT-TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTATCA
257 -AACTATTTGAAT-T--TCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * *
1039511 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACTATTGTTTTA
318 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
** * * * * * *
1039576 CAATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAA
383 TGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
1039641 TTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAT
448 TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-A-
* *
1039702 TAGCATT-T-TTTTTTCAAACAAACTTA
511 TAG-ATTGTATTATTT-----AAACTTG
* * * * * * *
1039728 TATAAACAAAAACATTTGTTTTATGGCAAACAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
1039793 CAAGTAGTCATAATTATTTGAACTCGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCCCTTACA-TA
66 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-ATTA
* * * * *
1039856 TTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTGTGAATTGAA
129 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTGAA
* * * * * * *
1039919 A-ATTTATTTTATGACAAAACATAAG---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTT
192 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
1039977 AA-TCATTGGAATTACTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
257 AACT-ATTTGAATTTCTT-GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *
1040041 ATATT-ATTATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
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* * * * * * * * * * *
1040105 ATAGAGCAAAAGGGTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAATT
385 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * * * * *
1040170 GGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAAAATAATAAATT
450 GGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-T
*
1040235 AGTATTGTTTTATTTTGAATAAACTTG
512 AG-ATTGTATTA--TT---TAAACTTG
** * * * *
1040262 TATGATTAAAAATAATTGTTATATGACAAACAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
1040327 GAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAG-TC-AGTAAATGGATTCACTTTTTAGA--TC--ACTTA
66 CAAATAGTCATAATTATTTGAACT-TGTTCGA-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * * * * *
1040386 TTAATTTTCAAAACAATAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
129 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
* *
1040450 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTA
194 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
1040515 ACTGTTTAAACTATT-TTGACAAACAGATTCT-TTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTT-GA
258 ACTATTTGAA-T-TTCTTGGCAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * ***
1040577 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTATG
320 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
1040642 ACAAAAAAAAAAGTTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCTTAATTATTTGAAT
385 ACAAAACAAAAAG-TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * ** * * * *
1040707 CGATT-TGATAAACTCACTTATATTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAG
449 TGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-
* * * *
1040771 TAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTT
511 T-AGATTGTATTA--TT---TAAACTTG
* * * * * *** * *
1040799 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCAT-ATTTTTTAAAATAGATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * ** * * * *
1040863 TCAAATAATCATAACTACTTAAACTTATTTGGCAAATAGATTTATTTTTTCTAAT-TTTTTATGT
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTT-AAATCTCTTAAT-T
* * * * *
1040927 ATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
128 ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAA
* * * * *
1040991 AAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAG----TT-TT-AATTA-T-T
192 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* *
1041048 TGAAC----TG--GTT-TT-GCAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTA-TAATTTTTAGA
256 T-AACTATTTGAATTTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * ** * * * *
1041100 ATATTATTAATTTTGTAATATTTT-GCTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAACTGTTTTCT
320 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * ** *** * ** *
1041164 GACAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAACTAGTTCAA-TAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCT
384 GACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAAT-AATTGTTCA-A-ATAG-TCAT-AA-CTAT
* * * * * *
1041227 TATTAATT-TTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTT--A--T-TT--TTAATAATTTGTATG
443 T-TGAATTGGTT-CAGTA--AACAAATT--TATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TG
** * ** * * *** *
1041284 -AATAGAAACAAT-TTTTTTA-CAACAAAACAAAATG
499 AAATATTAATAATAGATTGTATTATTTAAAC---TTG
* **** * ** * * * ** * * *
1041318 TTAT-AACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAACAAAGATGACTTTTTGAACGTATTCGGTAAAG
1 -TATGAACAAAAACAATTATTTTAT-G-ACAAACAAA-A-G--GTAAT-AAC-AATT-TG-AAAT
* * * * * * * * *
1041382 AGATTTATTTTTTAAAT-CTCCA-ACTTA-TT-AA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTAT
55 AGA-TAATTGTTCAAATAGT-CATAATTATTTGAACTTGTTCG-ATA--AATAGATTCAT-TT-T
* * * ** * * *** ***
1041442 TT-TAT-T-TTGAA-TA--AAATTATATGAATAGAAAT-ACTT-GTTTTATGAAAAAAC-AA-AA
113 TTAAATCTCTT-AATTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * ** * * * * * **
1041497 GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT-TG-----A-AATAGTTATAACCATAT-AAA-CCA-
176 GCTTAT-ATGAATTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * * * * * ** * *
1041552 ACTTGGT-AAATAGT-TTTATTTTTTAAATCTT-TT-----ACTTATTAATTTTTGAAA--TTTT
239 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* ** ** * * * * * * *
1041607 A---ATAAATTGGTATTATATTATTGCAAATAAG--CT-TTTTATGAATAGAA-ACA-ATTGATT
303 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT--AAATTAGTATTATTTTAT--TTCGAATA-AGCTTG-TA
* * ** * * **** * ** * *
1041664 TGTTACAAAACAAAAAGGTCGTAATG--ATTTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAGTCATAAC
362 TG-AACAAAA-ACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATA--AATAA-
** * * * * * * * ** ** *
1041724 TACTTGAACGT-GTTCAGAAAACATATTT-AGTT-TTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTTAAA-
421 TTGTTCAA-ATAG-TC--ATAAC-TATTTGAATTGGTT-CA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * ***
1041785 -TATTAATAAATTTATATTATTT----TATTCAA-AATAAGCTTGCATGAACAAAAGCAATTG
479 CTCTTACT-TA-TTA-ATT-TTTGAAATATT-AATAAT-AGATTGTATTATTTAAA-C--TTG
* * * * ***
1041842 TTTTATC----ACAA--A----A-------CAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
1041890 CAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCAT
66 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAATTAT
* * ** * *
1041955 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAATTTATATAAACTGAAACA
130 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA
* * * * * *
1042020 ATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGAAAATTATTCGAATAGTCATG
195 ATTGTTTTA-TGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ***
1042084 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATGCTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTT-GAA
258 ACTATTTGAATTTCTT-GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAG-A
* * * *
1042147 ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTAT-AATCAGAAACAATTATTTTA
320 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * **
1042210 TGATAAAACAAAAAATCATAACAAATTAAAATAAAAAATTGTTCAAAAAGTCATAAAGATTTGAA
383 TGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
1042275 CTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATA
448 -TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAT-
* * * *
1042337 AATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTG
509 AA-TAG-ATTGTATTATT-----TAAACTTG
* * * * * * * * * * *
1042368 TATAAGTAGAAAAAAAATCATTTTATCACAAAAGAAAATGTTATAGCTATTTCAAATAGATAATT
1 TAT--GAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * *
1042433 GTTGACATAGTTATAATTATTT-AAGCTTGTTC-AGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
63 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTTGTTCGA-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
* * ** *
1042496 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTATATGATTTGA
126 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGA
* * * * * *
1042561 CATAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTC
191 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * ** * *
1042626 ATGACTATTTG-ATCTAGT-TTGGTAAACATATTTATTTTGAAAATTTTTTTA-TTATTAATTAT
255 ATAACTATTTGAAT-T--TCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
1042688 T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACTATTGT
316 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * ** * * **
1042751 TTTAT-AGTAGAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTCCTCAAATAATTATCGCTAT
379 TTTATGA-CAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
1042815 TTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
443 TTGAATTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
1042875 ATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAGCAAACTTA
507 ATA-A-TAG-ATTGTATTA-TTT----AAACTTG
* * * * * * *
1042909 TATGAATAAAAACATTTATTTTATAATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
1042974 TCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAATAAAATT-A-TTTTTAAATATCTTACA-
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTCGATAAAT-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-AT
* * * *
1043035 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTA-TTCTGAATAAGC-TACTATGAATTG
127 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA-TATGAATTG
* * * * * **
1043098 AAAAAATTATTTTATGGCAAAACAAAA---AT---GATTTAAAATAAATAATTATTCGTATAGTC
190 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
1043157 TTAACTATTTGTA-GT-TTAGTAGACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GA
255 ATAACTATTTGAATTTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-
* * * * * * * *
1043218 AATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
319 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
1043283 GATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AA-AAATACATTTGTTTAGATGGTTATAACTATTTAA
384 GACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATA-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * *
1043346 ACTAATTCA-TAAATAGATTTATTTTGTAAATCT-TTCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAA
447 ATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-A
* * *
1043409 ATTATAATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
510 A-TA-GATTGTATTA-T-T---TAAACTTG
* * * * *
1043439 TACGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGG
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
1043504 TGAAATAGCCATAATTATTTAAAC-TGATTTGGTAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTAATTA
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
** * * * *
1043568 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAACTGAAA
129 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA
* * ** ** *
1043632 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGGCAATTGTTCAAATAGTCAT
193 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * **
1043697 -ACTATTTGAATTTGTTATGTAAA-AGAAATTATTTTTTTAAA-CTATTGTTTATTAATTTTT-G
257 AACTATTTGAATTTCTT-GGCAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * **
1043758 ---A--AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCCTT-CATGAACTGAAACAATTGTTTTA
319 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
1043817 TGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
383 TGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *** * * *
1043882 TTTGTTCAATAAATGGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATA
448 TTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-
* * * * *
1043946 AATTTGGATTATTTTATTCTGAA-TAAG
509 AA--TAGATTGTATTATT-TAAACT-TG
* * * * * ** * *
1043973 AATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGAAAA
1 TATG-AACA-A--AAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAA
* ** * ** * * * * *
1044038 TTATTTTAATGGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTC-TTTTTTAAATCTC---
61 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * *
1044099 -TTATTAATTCTTAGAATATTATTGAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTAT-AATC
125 ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAAT-
* * ** * * * *
1044161 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATA
188 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * *
1044225 CTCGTAACTATTAGAATTGGT-TTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTT
252 GTCATAACTATTTGAATT--TCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * *
1044289 TT-GAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGCTAAAAAAAACAATT
315 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG--AACAAAAACAATT
* * * * * * * * *
1044353 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATT
377 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT
* * ** * * * *
1044417 ATTTTAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA---ATTGA--TTTG----A-T
441 ATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
1044472 AA-AA-AG-TT-T-GTA---CAAC---
506 AATAATAGATTGTATTATTTAAACTTG
* * * **
1044488 CA-G--C---AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * *
1044547 TCAAATAGTCATAACTATTTGCACTGGCTAAACT-AATAGATACATTTTCTAAA--T-TT-GTTA
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * *
1044607 CTT-A---TT--AAT-TT--TAAATTAGCATTACTTTA-TTCTAAATAAGAC-TATATGAATAGA
129 -TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTATATGAATTGA
* * ** * * * *
1044661 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTT
191 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
1044726 GTAACTAATTGAATTGGT-TTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
255 ATAACTATTTGAATT--TCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * * *
1044790 -AGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-AAACAAATTTATATGAACAAAAATATTTGTTT
318 GA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
1044853 TATGACTAAAC-AAAAGTTAATAACAATTTAAAATAGATAACTATTTAAATATTCATAATTATTT
381 TATGACAAAACAAAAAGTT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** *
1044917 GAACTGGTTCGGTTAACAAAAGTAGTTTTTAAATCTCTTA-TCTATTAATTTTTGAAATATTAAT
445 GAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * *
1044981 AAATTCA-ATT-TATTTTATCCCTAATAAGTTAA
509 -AA-T-AGATTGTA--TTAT---TTA-AACTT-G
* **** * * ** * * * *
1045013 TAAGAGTTGAAA-ATTTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * ** * *
1045077 TCATATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTA
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * * * * * * *
1045141 TTAATTATCAAAATATTATTAGATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTTTGAGCA-T-A
129 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGA--ATTGA
* * * * * * * * * *
1045203 AATAAATGTTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTT
191 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** *** * * * *
1045268 ATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTGTT-G
255 ATAACTATTTGAATTTCTT-GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
1045332 AAACATTAACAAATTAGCT-TTATTTTATTACGAATAAACTTGGAT-AAGCTAAAATAATTGTTT
319 -AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * * *
1045395 TATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTAATTGTTTG
381 TATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * ** * **
1045460 AACTGGTT-TGACAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTAACGAATTTTTAGAATATTATTA
446 AATTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA-A-TATTA
* * * * *
1045524 AT-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTA
507 ATAATAG-ATTGTATTA-TT----TAAACTTG
* * * * * *
1045555 TATGACCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-GAATAATCG
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG-ATAATTG
* * * * * *
1045619 TTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTGAATCTC---A-TA
64 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * * * * *
1045680 CTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT--ATTCAAA
129 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATT--GA
* * * * * **
1045742 AATAATTGTTTTATTACAAAACGAAAGGT-ACTAACAATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGTTT
191 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCA-TAAC-----GATTTGAAAT--A---G-AT-AAT
* *** ** * *
1045806 TATGGCAAAATGAGAGGTAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAA-TTA--TTTG
242 TAT-TC-AAAT-AGTCATAACTATTTG-AAT---TTCTTG-GCAAA----CA-AATTTATTTTTT
* * ** * * * * * * ** * * *
1045867 AACTAATTCAAATTGATTTATTTTTTAAACATCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATGCTA
294 AAAT-CTTTTACTT-A-TTAATTTTTAGA-ATATTA---ATAAATTAGT-ATTAT-TTTAT-TTC
* *** * **** * * **** ** * * ****
1045931 TAATATTATTTTATTTTGGATAAAC-TTTGTGACCTG---AAAC-AATTGTTTTATGACAAAGCA
349 GAATAAGCTTGTA-TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG--TTATAACGATTTG
* * * **
1045991 AAAGTTCATAATGATT-TTGAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTTG
411 AAA--T-A-AATAATTGTT-----------CA----AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCA
* * * * * *
1046054 GTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAA-AGTTAATAAATTAGTGT
456 GTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAAT-AA-TAG-AT
* * *
1046118 TATTTTCTTTCAAATAAGCTTG
516 TGTATTATTT---A-AA-CTTG
** * ** *
1046140 TATGAACTGAAACGATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
** * * * * * * * * * * *
1046204 TTTAATAATCTTAACTATTTGAAC-TGATTCAACAAACACATTTATTTTTAAAATTTCTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * * * * * * * **
1046268 TTAATTTTCAAAACATTATTAAATTAGTATTATTTTTACTT-GAATCAGCTTATATG-GTCAAAA
129 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-TGAA
* * * * * **
1046331 ACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTG
192 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
1046394 TAACTATTAGAACTGCTT--CAAAAAAGAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTT-
256 TAACTATTTGAATTTCTTGGC-AAACA-AA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * ***
1046456 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATTAATGGAAACAATTGTTTT
318 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
** * * * * * * * * *
1046521 ATGACAAAACAAATGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATATCTAATTGT
382 ATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-
* * * * * *
1046586 AATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATCTTGCCTATTAATTTTTCAAATGTTAATA
446 AATTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-
* * *
1046650 AATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
509 AA-T-AGATTGTATTATTT---A-AA-CTTG
*** * * * * * ** * *
1046681 TATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAAATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * ** * * * * *
1046746 TCTAATAGTTTTAACTATATGTA-TTGGTTCGGCAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * * * * * * * ** *
1046810 TTAATTTTCAAAAAATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAT
129 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
* ** * * * *
1046875 AATTATTGCATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
194 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
1046939 ACCATTTAAACTGGT-TTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAA
258 ACTATTTGAA-T-TTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *** * *
1046999 TATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGGATGAATGGAAACAATTATTTTAAG
321 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
1047063 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATGACTATTTGAACT
385 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * ***
1047128 T-GTT-TGTTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTGC-TACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAA
449 TGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-A
1047190 AGTAGTATTAGT-TTATTCCAAATAAACTTG
510 A-TAG-ATT-GTATTATT-----TAAACTTG
* * * * * * * * *
1047220 TATGAATAGAAACAATTGTTATATGACAAAACAGAAGATCATAACTATTTGAAATA-AAAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
1047284 TCAAACTA-TCATAACTATTTGAGCTT-TCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
65 TCAAA-TAGTCATAATTATTTGAACTTGT-TCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
* ** * * **
1047347 ATAAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGAGAGAA
128 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAA
* * * **
1047411 ATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG-AAT-G---CGT-TT--AA-A---A
192 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
1047464 -AAC-A----AA----TT----AA-AATTTTAAATTTTT--A-C--TTA-TTA--AA-TTTTGGA
256 TAACTATTTGAATTTCTTGGCAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * *
1047505 ATATTAATAAATT--TAATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTAT
320 ATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
1047568 GAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGACATAGATTATTATTCAAATACTCATAACTATTTTAAC
384 GACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * *
1047632 TT-GTTCAATAAACAGATTCAGTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAA
448 TTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA
** * *
1047695 TTTAGTGATATTTTATTTTGAATAAGCTTA
511 TAGATTG-TA--TTA-TTT--A-AA-CTTG
*** * * * * * *
1047725 TATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGGTAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * *** * * * * * * * *
1047790 TCAAAGAGTTATGGCTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATTTTTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
* * * * * * * ***
1047854 TAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAGGCTTGTATGAAGAAAAAC
130 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
* * ** * * *
1047918 AATTGTGTCATGACAAAACAAAAAGTTGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
194 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * *
1047983 ACTATTTGAACTTAT-TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAGTTGTTT-GA
258 ACTATTTGAA-TT-TCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGA
* * * * **
1048046 ATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAA-TTTTGTTTTA
320 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
1048109 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTA
383 TGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A
* * * *
1048174 CTT-GTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAA
447 ATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT--
* *
1048237 AATAGAATTATGTTATTTAAAGTAAGCTTG
509 AATAG-ATTGTATTATTT--A--AA-CTTG
* * * * * * * *
1048267 TATGAACAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAGAGAGATAAATGT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * * * *
1048332 TTAAACAACCATAACTATTT-ACAC-TGGTCAGGT--ATACGAATTCATTTTTTAAAGCTGTTGC
65 TCAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTTGTTC-GATAAATA-G-ATTCATTTTTTAAATCTCTT-A
* * * * * * *
1048393 A-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTACTTTGTTCCAAATAGGATTTTATGAACAT
125 ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TT
* * * * *
1048456 -AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAATGATTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
189 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
1048519 ATTATAACTAATTAAACTAGT-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCT--TTCTTAATTT
252 GTCATAACTATTTGAA-T-TTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * *
1048580 TCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTT
315 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * *
1048645 TTATGACAAAAC-AAAGGTCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATT
380 TTATGACAAAACAAAAAGT-TATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
1048709 TGAACTAGTT-AGGCAAACAAAATTGTTTATTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAA
444 TGAATTGGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
1048773 TAAATTTG-TTTTATTTTATTCTAAATAAGTTTC
508 T-AA-TAGATTGTA--TTATT-T--A-AA-CTTG
** * * * * *
1048806 TAAAAACTAAAAA-AATTATTTTA-CAGCAAAATAAAAGG-ACATAACGATTTGAAATAAAGAAT
1 TATGAAC-AAAAACAATTATTTTATGA-C-AAACAAAAGGTA-ATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
1048868 TATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAGTAGTT-TAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
62 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * * *
1048931 GTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTGTGAATA
125 ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATT
* * * * * * * *
1048995 GAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAG
189 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * * * *
1049060 TCATAACTATTTGAACTGGTCGGTAAATAGATTAACTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-
253 TCATAACTATTTGAATTTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * **
1049120 GAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTT
318 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
1049185 ATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTG
382 ATGACAAAACAAAAAGTT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * *
1049249 AAATAATT-TGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATA
446 AATTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1049312 A
510 A
1049313 AGTAATATTA
Statistics
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CAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAATTTCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCA
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATAGATTGTAT
TATTTAAACTTG
Found at i:1040434 original size:357 final size:357
Alignment explanation
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1038625 AATAAACTTA
* * *
1038635 TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTT-TCATGAACATAACCAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAG
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
1038759 ACAGATTCA-TTTTTTGATTCTCTTAC-TCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATT
126 ACAGATT-ATTTTTTTAAATCTCATACAT-ATTAATTTT-TGAAAAATAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
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** * ** * * * *** * * *** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * *
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66 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGA-CAAACAG
** * * * * * *
1039124 ATTTATTTTTTTTAAATCTTTTGCTTACT-ATTTATCTTAATATTAATAAA--A-T-TGTA--TT
130 A-TTA-TTTTTTTAAATCTCATACATATTAATTT-T-TGAAAAATAATAAATTAGTAT-TATTTT
* ** ** * * * *
1039182 A-TT----TAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAGCAA
190 ATTTCAAATAAACTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAGTTAATAACAA
* * * * * * * * *
1039240 TTTTAAACAGATAATTGTTGAAATAGTCA-AATTATTTAAACT-TGTTC-GATAAATAGATTCAT
254 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAG-TCAG-TAAATGGATTCAC
* * * * * * *
1039302 TTTTTAAATGTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTGATAAGTTAG
317 TTTTTAGA--TC--ACTTATTAATTTTCAAAACAATAATAA-TTAG
* *** * * *
1039348 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT-TAGAATTGAAATAATT-TTTTATGGCAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * **
1039411 CATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGATCTAATTTGGTAAACA
65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTAAACTAGTTCGACAAACA
* * ** ** * *
1039475 TATT-TATTTTTTAAATTTTTTAGTTATTAA-TTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
129 GATTAT-TTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTGAAAA-A-TAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
1039538 ATCCAAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAACTATTGTT-T-T-ACAATAGAACAAAAAGTT-ATAAC
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* * *** * * ** * * *** *
1039598 AATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAA-TTGGTTTAATAAACAAATTTA
252 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAG-TCAGTAAATGGATTCA
* * * ** * *
1039662 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAG
316 CTTTTTAGATCACTTATTAATTTTCAAAACAATAATA-ATTAG
* * * * * * * * *
1039705 CATT-TTTT-TTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGGC-AAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * * ** *
1039767 ATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTGAACTCGTTAGGTAAACAAA
66 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAAC-AG
* * * *
1039832 ATTA-TTTTTTAAATCCCTTACATATTAATTTCT-AAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT
130 ATTATTTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTGAAAA-A-TAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
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192 TTCAAATAAACTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAGTTAATAACAAT
* * * * * * * * ** * * *** * *
1039948 TTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAATCATTGGAATTACTTCGGCAAACAAATTTATTTT
255 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAGTCAGTAAATGGATTCACTTT
* * *** * * * *
1040013 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATTTAG
320 TTAGA--TC--ACTTATTAATTTTCAAAACAATAATAATTAG
* * * * *
1040055 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGT
* * * * * * * * ** *
1040120 -ATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTCGGTAAATAG
65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAG
* *
1040184 ATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAAAATAATAAATTAGTATTGTTTTATT
130 A-TTATTTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTG-AAAAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * *
1040249 TTGAATAAACTTGTATGATTAAAAATAATTGTTATATGAC-AAACAAAATG-TAATAACAATTTG
193 TCAAATAAACTTGTATGATGAAAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAGTTAATAACAATTTG
*
1040312 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAGTCAGTAAATGGATTCACTTTTTA
258 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAGTCAGTAAATGGATTCACTTTTTA
1040377 GATCACTTATTAATTTTCAAAACAATAATAATTAG
323 GATCACTTATTAATTTTCAAAACAATAATAATTAG
***
1040412 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * *
1040477 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTAAACTATTTTGACAAACAGA
66 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAGA
* * * * *
1040542 TTCTTTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
131 TTATTTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTGAAAAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * ** *
1040607 AATAGGCTTGTATGGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGTTTTTAACGATTTGAAA
196 AATAAACTTGTATGATGAAAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAGTTAATAACAATTTGAAA
* * ** * *
1040672 TAGATAATTGTTCAAATGGCCTTAATTATTTGAATCGATTTGA-TAAACT-CACTT-A-TATTTT
261 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-CTAAGTCAGTAAA-TGGA-TTCACT-TTTT
* * ** * * * *
1040733 AAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAA
322 AGA--TC--ACTTATTAATTTTCAAAACAATAAT-AATTAG
* * * * * *
1040774 TATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGAT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-T
*** * * * * * *
1040838 CAT-ATTTTTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTACTTAAACTTA-TTTGGCAAATA
65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCGACAAACA
* ** ** **
1040901 GATTTATTTTTTCT-AATTTTTTATGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
129 GA-TTATTTTTT-TAAATCTCATACATATTAATTTT-TGAAA-AATAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
1040964 CTTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTATTTTATGAC-TAAACAAAAGATCATAACG
190 ATTTCAAATAAACTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAGTTAATAACA
1041026 ATTTGAAATAG
253 ATTTGAAATAG
1041037 TTTTAATTAT
Statistics
Matches: 1602, Mismatches: 334, Indels: 210
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
347 53 0.03
348 5 0.00
349 3 0.00
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351 29 0.02
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAGA
TTATTTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTGAAAAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAACTTGTATGATGAAAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAGTTAATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAGTCAGTAAATGGATTCACTTTTTAGAT
CACTTATTAATTTTCAAAACAATAATAATTAG
Found at i:1041309 original size:140 final size:141
Alignment explanation
Indices: 1041062--1041332 Score: 334
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 141
1041052 CTGGTTTTGC
* ** * * *
1041062 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTTTTAGAATATTATTAATTTTGTAATATTTTGCT
1 AAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTAATATTTTACT
* *
1041127 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAACTGTTTTCTGACAAAAC-AAATATCATAATGATTTGA
66 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAACTGTTTTCTAACAAAACAAAATATCATAACGATTTGA
1041191 ACTAGTTCAAT
131 ACTAGTTCAAT
*
1041202 AAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA
1 AAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TAATTTTTAG-AATATTAAAAAATTAGTAATATTTTA
* * * * * * * *
1041266 TTTTTAATAA-TTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTAC-AACAAAACAAAATGTTATAACGATT
64 CTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAACTGTTTT-CTAACAAAACAAAATATCATAACGATT
1041329 TGAA
128 TGAA
1041333 ATAGATGATA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 17, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
140 57 0.52
141 53 0.48
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (141 bp):
AAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTAATATTTTACT
CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAACTGTTTTCTAACAAAACAAAATATCATAACGATTTGA
ACTAGTTCAAT
Found at i:1041572 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1041171--1044454 Score: 2100
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 180
1041161 TCTGACAAAA
** *
1041171 CAAATA-TCATAA-TGATTTGAACTA-GTTCAATAAACATATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTA
1 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGGTT-GGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
1041229 TTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTTAAT-AATTTGTATGAATAGAAAC
63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAC
* ** * * * * * *
1041293 AATTTTTTTACAACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATGATAGTT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* *** * * * ***
1041346 CAAACAAAGATGACTTTTTGAACGTA--TTCGGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGGTT-GGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
1041409 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAATAGAAA
63 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAA
* * * *
1041473 TACTTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * ** * *
1041527 GAAATAGTTATAACCATATAAACCAACTTGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *** * *
1041592 AATTTTTGAAATTTTAATAAATTGGTATTATATTATTGCAAATAAGCTTTTTATGAATAGAAACA
65 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-TTATATGAATAGAAACA
* * * * * *
1041657 ATTGATTTGTTACAAAACAAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATT
129 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * *
1041710 CAAATAGTCATAACTACTTGAAC--GTGTTCAGAAAACATATTTAGTTTTTAAAT-TTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-GTT-GGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *** * ** *
1041772 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAA
63 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAA
* * *
1041835 GCAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
127 -CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * *
1041890 CAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTT-GGTAAACA-ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
1041954 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAATTTATATAAACT-GAA
63 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-TAGAA
* * *
1042017 ACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGAA-AATTATT
126 ACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTT
* * * *
1042072 CGAATAGTCATGACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAAC-ATGCTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTT-GGTAAACAAT--TTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
1042135 TT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-AATCAGAA
63 TTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAT-AGAA
* * ** ** * * *
1042198 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACAAATTAAAATAAAAAATTGTT
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* ** * * *
1042253 CAAAAAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
1042318 AATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTAT-AAGTAGAA
65 AATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAA-TAG--
* ** * * * * * * *
1042379 AAAAAATCATTTTATCACAAAAGAAAATGTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTGTT
124 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * * * *
1042436 GACATAGTTATAATTATTT-AAGCT-TGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGGTT-GGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** * * *
1042499 TTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTATATGATTTGACA
63 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAA
* * * * * *
1042563 TAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * ** *
1042617 CAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTGAAAATTTTTTTA-TTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTAT
* * * * * *
1042681 TAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACT
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* * * * ** * **
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* * ** * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTT-GGTAAA-CAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * *
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* * * *
1043102 AATTATTTTATGGCAAAAC--AA----A-AATGATTTAAAATAAATAATTATT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
** * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA-A-TTGTT
* * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * ** *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-GTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
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** ***
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** * * * * **
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* * *
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* * * *
1043805 ACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTATT
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* ** ** ** *
1043860 CAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTTGTTCAATAAATGGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTT-GGTAAA-CAATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTT
* * * * *
1043924 ATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAGAATGTA-A-G-ATAT
62 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACT-TATATGAATA-
* * * * * * *
1043985 GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGAA-AATTATT
123 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTT
** * ** * ** * *
1044043 TTAATGGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAAATTTCTTTTTTAAATC---T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGGTTGGTAAA-CAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *** * *
1044104 AATTCTT-AGAATATTATTGAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTAT-AATCAGAAA
65 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTATATGAAT-AGAAA
* * ** * **
1044166 CAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
1044219 CAAATACTCGTAACTATTAGAA-TTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGG-TTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * ** * ** * *
1044283 TAACTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGCTAAAAAAAA
64 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG--AATAGAAA
* * * * *
1044348 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTATT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
1044402 CAAAT-GGCTATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
1 CAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-GTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAT
1044455 TTCTTAATTG
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
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ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
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Found at i:1042485 original size:545 final size:540
Alignment explanation
Indices: 1041171--1044454 Score: 2336
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1041161 TCTGACAAAA
* * * * *
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* * *** * *
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* * * * * * * ***
1041293 AATTTTTTTA-CAACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAACAAAGAT
128 AATTATTTTATC-ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
1041546 AAACCAACTTGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATA
381 GAA-CTAGTTAGTAAACAG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * *
1041611 AATTGGTATTATATT-AT-TGCAAATAAGCTTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTGTTACAAAA
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* * *
1041674 CAAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATT
506 CAAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATT
* * * * * *
1041710 CAAATAGTCATAACTACTTGAACGTGTTCAGAAAACATATTTAGTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
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* * * *
1041774 AATTTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-CAAAAGCA
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* * *
1041838 ATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-TGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATA
129 ATTATTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
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* *
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* *
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* *
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* *
1042160 AATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-AATCAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAA
448 AGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* ** * * *
1042224 ATCATAACAAATTAAAATAAAAAATTGTT
512 GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATT
* ** * * *
1042253 CAAAAAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
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*
1042318 AATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATAAGTAGAAAAA
66 AATT-T-TTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATAA-T-CAAAAA
* * * * * * * * * *
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*
1042447 AATTATTT-AAGCTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGA
192 AATTATTTGAA-CTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGA
* ** * * ** * *
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* * * * * * *
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321 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAAAATTATTCGAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
1042641 AGTTTGGTAAACATATTTATTTTGAAAATTTTTTTA-TTATTAATTATTGAAATATTAATAAATT
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* * * *
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* ** **
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512 GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATT
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
1042985 TAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGTAAATAAAATT-A-TTTTTAAATATCTTACA-TATTAATTTT
191 TAATTATTTGAACTT-GTTCA-GTAAA-CATATTCATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTT
* * * * * * ** * * *
1043045 TAAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCT-GAATAAGCTACTATGAATTGAAAAAATTATT
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* * *
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* * * * *
1043166 TG---TAGTTTAGTAGACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATT
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* * * * * * *
1043227 ATATTAATATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAAC
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * **
1043389 AATTTTTGAAAGATTAATAAATTAT-AATTATTTTATTCTG-AATAAACTTGTACGATCAAAAAC
66 AATTTTT-AAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATAATCAAAAAC
* * * * * * * * *
1043452 AATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGGTGAAATAGCCATA
128 AATTATTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * *
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* * * * *
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** ** * * *
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* * * **
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* * * *
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* * *
1043828 AAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTATT
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* * * * *
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* * * * * * * * ** *
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125 AACAATTATTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * * *
1044051 TTTAACTATTTGAACTAGTT-TGACAAATAAATTTC-TTTTTTAAATCTC----TTATTAATTCT
189 CATAATTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATA-TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
* * * **** * ** * * * *
1044110 TAGAATATTATTGAATTAATATTATTTTTAACCGAATAAGCTTCTATA--ATCAGAAACAATTAT
252 TAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAAAAAATT-TATATGAACTGAAATAATTGT
* ** * * * * * * * *
1044173 TTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATACTCGTAACTATT
315 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAAAATTATTCGAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
1044237 AGAATTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT
380 TGAACTAGTTAG-TAAACA-GTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
1044302 CAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGCATGCTAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAA
443 AAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATG--AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
* * *
1044366 ACAAAAGGTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTATT
505 ACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATT
* * * **
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1044455 TTCTTAATTG
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TATTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAATTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAAAATTATTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTA
GTAAACAGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATG
ATTTAAAATAAATAATTATT
Found at i:1042685 original size:726 final size:723
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* * * *
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* * * * * ** *
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** * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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*** * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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515 AAAACATATTCAGTTTTTAAATTCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTTATATTATT
* * *
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* *
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***
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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256 TTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAACATT
* *
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*
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384 TAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAAAAAATCATTTGT-T-ACA
* * * * * * * * * * *
1042398 AAA-GAAAATGTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTGTTGACATAGTTATAATTA-TTTAAGCT
445 AAACAAAAAGGTCATA-ATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAA-CG
* * *
1042460 TGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTTAGAATATTAAT-AACT
508 TGTTCAGAAAACATATTCAGTTTTTAAAT-TCTTAATTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAACT
* ** * *** * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * **
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * **
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258 TATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAACATTTG
* * * * *
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323 AACTTGCTTA-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATA
* * ** * * *
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386 AATTAGTATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTGT-T-ACAAAA
* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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513 AGAAAACATATTCAGTTTTTAAAT-TCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTT-ATAT
* ** * * * * * * *
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576 TATTTTA-TTCAAAATAAGCTTACATGAACA-AAAGCAATTCTTTTATCACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
1043300 TAATGATTTGAAA-A-ATACATTTGTTTAGATGGTTATAACTATTTAAAC-TAATTC-ATAAATA
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* * *
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* * * * * * *
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1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTAAAAAAATTTATATGAAT-
* * * * * * * * ** *
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** * * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * ** ***
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255 TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAC-A
* * * ** *
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* * * * * ** *
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381 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAG-CTTGTATGAA-TAGAAAAAAATCATTTGT-T
* * *
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442 ACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAA
** * * * * ** * *
1043882 TTTGTTCA-ATAA-ATGGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATTTTAAT
506 CGTGTTCAGAAAACAT--ATTCA-GTTTTT-AAAT-TCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTAAT
* ** ** * ** * * * *
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566 AAACTTATATTATTTTATTCAAAATAAG-CT-TACATGA-ACAAAAGCAATTCTTTTATCACAAA
* * * * ** * **
1044007 ACAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGAAAATTATTTTAATGGTTTTAACTATTTGAAC-TAGTT
628 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTT
* ** * * **
1044071 TGACAAATAAATTTC-TTTTTTAAA-TC---T-
692 CGGTAAACAGA-TTCATTTTGAAAATTCTTTTA
* * * * **** * ** *
1044098 CTTATTAATTCTT-AGAATATTATTGAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTAT-AAT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAAAAAATTTATATGAAT
* * * * * * * * *
1044160 CAGAAACAATTATTTTAT-GACAAAACAAAGA-TTTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAA
64 -AGAAACAATTGTTTTATAG-CAAAACAAAAAGTTATAACGATTTAAAATAGAAAATTATTCAAA
* * * * * *
1044223 TACTCGTAACTATTAGAA-TTGGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
127 TAATCATGACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A
* * * ** * ** * *
1044286 CTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGCTAAAAAAAACAA
189 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG--AATAGAAACAA
* * * * * * *
1044351 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAA
252 TTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAA
** * * * *
1044415 TTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
316 ACATTTGAACTTG-CTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT
1044455 TTCTTAATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAATTTATATGAATAG
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CATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGA
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTAT
GATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAACATTTGAAC
TTGCTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTGTTACAAAACAAAAAGG
TCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTGAACGTGTTCAGAAAACA
TATTCAGTTTTTAAATTCTTAATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTTATATTATTTTATTC
AAAATAAGCTTACATGAACAAAAGCAATTCTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAACAGATTCATTTTGAAAA
TTCTTTTA
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1 AAATTAATTTT
1043068 ATTTTATTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTAATTTTTAAATATATTACAT
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1044608 TTATTAATTT
** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* ** *
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129 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * * * *** *
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* * * * * * * *
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* ** * ** *
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126 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATT-TTGAAATATTAA
* ** * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * **
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* *
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* *
1045762 ACGAAAGGTACTAACAATTT
63 ACAAAAGTTA-TAACAATTT
1045782 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 768, Mismatches: 178, Indels: 78
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 75 0.10
178 5 0.01
179 17 0.02
180 143 0.19
181 505 0.66
182 20 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAAATTAATATTATTTTATTTAAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACA
AAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAA
Found at i:1045170 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 1044678--1045657 Score: 989
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 359
1044668 GTTTTATGAT
* * * * *
1044678 AAAAC-AAATGGTCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGT-TGTAACTAATTGAAT
1 AAAACAAAAT-GTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAAA
* * * * * *
1044740 TGGTTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAGATATTAATAAATT
63 TGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATT-ATTAATT
* *
1044805 AATATTATTTTATTATAAACAAATTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACTAAACAAAA-G
127 AATATTATTTTATT-TAAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG
* * * ** *
1044869 TTAATAACAATTTAAAATAGATAACTATTTAAATA-TTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTTAA
191 TT-ATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTT-ATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAA
* * * *
1044933 CAAAAGTAGTTTTTAAATCTCTTA-TCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-ATTTATTT
254 CAAAAGTAGTTTTTAAATCTCTTACT-TATAAATTGTTGAAACATTAACAAATT-AGATTTATTT
* * * *
1044996 TATCCCTAAT-AAGTT-AATAAGAGTTGAAAAT-TTGTTTTACAAC
317 TATCACGAATAAACTTGAAT-A-AGCT-AAAATATTGTTTTACAAC
*
1045039 AAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAATGG
1 AAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAATGG
* *
1045104 TTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCAAAATATTATTAGATTAAT
66 TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTATTA-ATTAAT
** * * * * * *
1045169 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTTTGAGCATAAATAAATGTTTTAT-AATAGAACAAAAGGTT
130 ATTATTTTATT-TAAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTT
* * * *
1045233 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAATAAA
193 ATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAA
** * * *
1045298 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTGTTGAAACATTAACAAATTAGCTTTATTTTATTAC
258 AGTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTGTTGAAACATTAACAAATTAGATTTATTTTATCAC
* *
1045363 GAATAAACTTGGATAAGCTAAAATAATTGTTTTATAAC
323 GAATAAACTTGAATAAGCTAAAAT-ATTGTTTTACAAC
* * * * * * * *
1045401 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTAATTGTTTGAACTGG
1 AAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAATGG
* * ** * ** * * *
1045466 TTTGACAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTAACGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGT
66 TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTATTAA-TTAAT
* * * *
1045531 ATTATTTTATTTCGAATAAATTTATATGACCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTA
130 ATTATTTTATTT-AAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTA
* * * * *
1045596 TAACAATTTGAAAT-GAATAA-TCGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACA
194 TAACAATTTGAAATAG-ATAACT-ATTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACA
1045658 GATTTATTTT
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 88, Indels: 37
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 12 0.02
361 260 0.51
362 234 0.46
363 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAATGG
TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTATTAATTAATA
TTATTTTATTTAAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATA
ACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAAAGT
AGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTGTTGAAACATTAACAAATTAGATTTATTTTATCACGAA
TAAACTTGAATAAGCTAAAATATTGTTTTACAAC
Found at i:1045536 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 1044664--1045770 Score: 907
Period size: 361 Copynumber: 3.1 Consensus size: 358
1044654 GAATAGAAAC
* * * ** * * * * * *
1044664 AATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGT-TGT
1 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCT-T
* * * * * * * ** * *
1044728 AACTAATTGAATTGGTTTGGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAG
65 AACTATTTGAAATGGTTT-GACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAACGAATTATCAAA
* * * * * **
1044792 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-AAACAAATTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTAT
129 ATATTATTAGATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGACCAAAAATAAATGTTTTAT
* * * * * * *
1044856 GACTAAACAAAA-GTTAATAACAATTTAAAAT-AGATAA-CTATTTAAATATTCATAATTATTTG
193 AACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATGA-ATAATC-GTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** * ** * * * * *
1044918 AACTGGTTCGGTTAACAAAAGTAGTTTTTAAATCTCTTATCTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
255 AACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC--A--TACTAATTCTTGAAACATTAACAA
** * * *
1044983 ATTCAAT-TTATTTTATCCCTAAT-AAGTT-AATAAG-AGTTGAAAAT
316 ATT-AATATTATTTTATTACAAATAAACTTGGATAAGCA----AAAAT
* * * * * * *
1045027 --TTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTA
* * **
1045090 ACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATCAAAAT
66 ACTATTTGAAATGGTTTGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAACGAATTATCAAAAT
* * * * *
1045155 ATTATTAGATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTTTGAGCATAAATAAATGTTTTATAA
131 ATTATTAGATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGACCAAAAATAAATGTTTTATAA
* * * * *
1045219 TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-ATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-
195 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGA-ATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
1045282 TAGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTGTTGAAACATTAACAAATT
259 TA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATAC---T-AATTCTTGAAACATTAACAAATT
* * *
1045347 AGCT-TTATTTTATTACGAATAAACTTGGATAAGCTAAAAT
319 A-ATATTATTTTATTACAAATAAACTTGGATAAGCAAAAAT
1045387 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTA
1 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTA
* * * * * ** * * *
1045452 ATTGTTTGAACTGGTTTGACAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTAACGAATTTTTAGAAT
66 ACTATTTGAAATGGTTTGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAACGAATTATCAAAAT
* * * * *
1045517 ATTATTA-ATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTATATGACCAAAAATAATTGTTTTATGA
131 ATTATTAGA-TTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGACCAAAAATAAATGTTTTATAA
* *
1045581 CAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGAATAATCGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTT
195 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
1045646 ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTGAATCTCATACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATT
260 ATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTAATTCTTGAAACATTAACAAATTAATATT
* * **
1045711 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATATTCAAAAAT
325 ATTTTATTACAAATAAACTTGGATAAGCAAAAAT
* *
1045745 AATTGTTTTATTACAAAACGAAAGGT
1 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT
1045771 ACTAACAATT
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 118, Indels: 49
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 3 0.00
358 75 0.12
359 2 0.00
360 9 0.01
361 258 0.43
362 246 0.41
363 11 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTA
ACTATTTGAAATGGTTTGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAACGAATTATCAAAAT
ATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGACCAAAAATAAATGTTTTATAAC
AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTAATTCTTGAAACATTAACAAATTAATATTA
TTTTATTACAAATAAACTTGGATAAGCAAAAAT
Found at i:1046197 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1045823--1047452 Score: 1234
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 180
1045813 AAATGAGAGG
* * * ** *
1045823 TAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTC---AAATTGAT
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
** *
1045884 TT-ATTTTTTAAA-CATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-GCTATAATATTATTTTATT
66 TTAATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
1045946 TTGGATAAACTT-TGTGACCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTCA
128 TCGAATAAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
1045999 TAATGATTTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA
1 TAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA
* * * * *
1046063 TTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTGTTATTTTCTTT
65 TTTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
1046128 CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACGATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCA
129 CGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * ** * * *** * *
1046180 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAATCTTAACTATTTGAAC-TGATTCAACAAACACA
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGA
* * * *
1046244 TTT-ATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAACATTATTAAATTAGTATTATTTTTACT
65 TTTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * *
1046308 T-GAATCAGCTTATATGGTCAA--AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCA
128 TCGAATAAGCTTGTAT-G--AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * ** * * *
1046359 TAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAACTATTAGAAC-TGCTTC--AAAAAAGA
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAG-
* * * * * *
1046421 ACTTT-AGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
64 A-TTTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
1046485 TTTGGATAAGTTTTTATTAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCA
127 TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * * * *
1046540 AAACAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATATCTAATTGTAA-TTGTTCAGTAAACAGA
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGGTAAATAGA
* * * * ** *
1046604 TTTATTTTTTTAAATATCTTGCCTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTT
65 TTTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
1046669 CGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTTA
129 CGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * ** * * * *
1046722 GAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATATGTA-TTGGTTCGGCAAATATA
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGA
* * * * * *
1046786 TTT-ATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTCAAAAAATTATTAAATTAGTATCATTTTAATC
65 TTTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** * *
1046850 CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTGCATGACAAAA-TAAAGATCA
129 CGAATAAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
1046902 TTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGAT
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* * * *
1046967 TT-AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTT
66 TTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
1047027 GAATAA-TTCTGGATGAATGGAAACAATTATTTTAAGACAAAATAAAAGGTCA
130 GAATAAGCT-TGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
1047079 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATGACTATTTGAACTTGTTTGTTAAATAGAT
1 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* * * * *
1047144 TT-ATTTTTTAAAATTTGC-TACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTAGTTTATT
66 TTAATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
1047207 CCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTATATGACAAAACAGAAGATCA
128 TCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * ** *
1047261 TAACT-ATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAACTA-TCATAACTATTTGAGCTT-TCTCAATAAACA
1 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAATA
* * * *
1047322 GATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
63 GATTTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
1047386 TTTGAATAAGCTTGTATGGAGA-GAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCA
127 TTCGAATAAGCTTGTAT-GA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
1047441 TAACT-ATTTGAA
1 TAA-TGATTTGAA
1047453 TGCGTTTAAA
Statistics
Matches: 1150, Mismatches: 250, Indels: 104
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 68 0.06
177 111 0.10
178 16 0.01
179 124 0.11
180 250 0.22
181 294 0.26
182 270 0.23
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
TTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
Found at i:1046482 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 1045967--1047453 Score: 648
Period size: 180 Copynumber: 8.2 Consensus size: 177
1045957 TTGTGACCTG
* * *
1045967 AAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTCATAATGATTTTGAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGATCATAA-CAATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** * *
1046032 TATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
64 T-TAACTATTTGAAC-TGATT-CAAAAAAGACTTT-ATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
* * * **
1046096 TCAAAAGTTAATAAATTAGTGTTA-TTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
125 T-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTTCTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * ** ** *
1046149 AAACGATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAATC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGT-
* * * * *
1046214 TTAACTATTTGAACTGATTCAACAAACACATTTATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAA
64 TTAACTATTTGAACTGATTCAAAAAAGAC-TTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAA
* * * **
1046279 AACATTATTAAATTAGTATTATTTTTAC-TT-GAATCAGCTTATATGGTCAA
128 AA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTT-CTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * *
1046329 AAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAACAATTTGA-ATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * *
1046393 GTAACTATTAGAACTGCTTCAAAAAAGAACTTTAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTAATAATTTTTG
65 -TAACTATTTGAACTGATTCAAAAAAG-ACTTTA-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-
* * ** * * * ***
1046457 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTT-GGATAAGTTTTTATTAATGG
126 AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT-TCTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * *
1046508 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACAA-TTTGAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
1046573 CATATCTAATTGTAATTG-TTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTTAAATATCTTGCCTATTAATTT
64 -TTAACTATTTG-AACTGATTCA--AAAAAGACTTTA-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTT
** * * * * ***
1046636 TTCAAATGTTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTG
124 TT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTTCTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * ** * * * *
1046690 AAATAATTGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACAATTT-GAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * * * * * * * * *
1046755 TTTAACTATATGTATTGGTTCGGCAAATATA-TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTC
63 TTTAACTATTTGAACTGATTC--AAAAAAGACTTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-
* * * ** * *
1046819 AAAAAATTATTAAATTAGTATCA-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AA
125 TAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTTCTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * ** * * *
1046870 GAAATAATTATTGCATGACAAA-ATAAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGATCATAACAATTTGA-ATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** *
1046934 TCATAACCATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGA-TTTAGTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTT
63 T-TTAACTATTTGAACT-GATT-CAAAAAAGACTTTA-TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTT
* * * * * ***
1046993 TCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAT-TTT-GAATAA--TTCTGGATGAATGG
124 TTAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-TCTTTCAAATAAGCTTAT--ATGAACAA
* * * * ** * *
1047047 AAACAATTATTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAG-
** * * ** * * * *
1047112 CATGACTATTTGAACTTGTTTGTTAAATAGA-TTTATTTTTTAAAATTTGC-TACCTATTAATTT
63 TTTAACTATTTGAAC-TGATT-CAAAAAAGACTTTA-TTTTTAAAATCT-CTTGCTTATTAATTT
** * * * * * * * *
1047175 GCAAAATATTAATAAAGTAGTATTA-GTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
124 TTAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTTCTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * *
1047229 AAACAATTGTTATATGACAAAACAGAAGATCATAACTATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAACTA-
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAATTATTCAAA-TAG
* * * * * * *
1047292 TCATAACTATTTGAGCT-TTCTCAATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTT
63 T-TTAACTATTTGAACTGAT-TCAA-AAA-AGACTTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTT
* * * * * *
1047355 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTT-GAATAAGCTTGTATGGAGAG
124 TT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT-TCTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * *
1047409 AAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAT
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAT
1047454 GCGTTTAAAA
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184 3 0.00
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AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAACAATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTTT
AACTATTTGAACTGATTCAAAAAAGACTTTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAAA
TTAATAAATTAGTATTATTTTTCTTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
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Period size: 144 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
1047320 CAGATTTATT
*
1047330 TTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
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* * * *
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65 GCTTGTATGAAGAGAAATAATTATTTTATCAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAATGCGTTT
1047460 AAAAAACAAATTAAAA
129 AAAAAACAAATTAAAA
*
1047476 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAAA-TTTTGGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTTATTTGGAATA
1 TTTTAAATCTTTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGATTATTTTATTTGGAATA
* *
1047538 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGA
64 AGCTTGTATGAAGAGAAATAATTATTTTATCAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGA
1047595 CATAGATTAT
Statistics
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TTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTATTTTATTTGGAATAAG
CTTGTATGAAGAGAAATAATTATTTTATCAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAATGCGTTTAA
AAAACAAATTAAAA
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1047466 CAAATTAAAA
* * * *
1047476 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTATTTTATTTGGAATA
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* * * *
1047538 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGACATAGAT
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
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130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TT
* *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
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65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** * *
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130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * * * * * *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * ** * *
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66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * *
1047965 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGATAAATAGATTTATT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATT
* * * * *
1048016 TTTTAAATCTTTTACTCATTAGTTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATAATTTTA-TTTGAAAT
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
* * * * * *
1048079 AAGCTTGTGTGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAG
64 AAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
1048143 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAGTAAACAGATTCATT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * *
1048197 TTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATGTTA-TTTAAAGTA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TA
* * * * * * * *
1048261 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAGAGAGAT
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** * * *
1048326 AAATGTTTAAACAACCATAACTATTT-ACAC-TGGTCAGGTATAC-GAATTCATT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCA-GTAAACAG-ATTTATT
* * * * * * *** *
1048378 TTTTAAAGCTGTTGCATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTACTTTGTTCCAAATAG
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * * * *
1048442 GATTTTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAATGATTATAATGATTTGAAATATAT
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
1048506 AATTGTTCAAATAATTATAACTAATTAAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * * * *** *
1048558 TTTTAAATTTC-T--TTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTCCAAACAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * *
1048620 ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCCATAATGATTTGAAATAAAT
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
1048684 AATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTT-AGGCAAACAAAATTGTT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATT
* * * * * *
1048736 TATTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * ** * * * * * *
1048800 AGTTTCTAAAAACTA-AAAAAATTATTTTA-CAGCAAAATAAAAGGACATAACGATTTGAAATAA
65 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
1048863 AGAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAGTAGTTTAGTAAACTA-ATTTATT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AGATTTATT
* * * * * *
1048917 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * * * *
1048982 ACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATATATA
66 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
1049047 ATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCGGTAAATAGATTAACT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
*
1049097 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * *
1049157 GGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGA
65 AGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
1049221 TAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATAAT-TTGA-TAAACTA-ATTTATT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAAC-AGATTTATT
* * * * *
1049274 TTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * * * *
1049338 ACTTTTATTTACT-GAAACAGTTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
66 GCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
*
1049402 -ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1049427 AAACAAGCAT
Statistics
Matches: 1409, Mismatches: 311, Indels: 104
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
Found at i:1048672 original size:720 final size:709
Alignment explanation
Indices: 1047487--1049426 Score: 1833
Period size: 720 Copynumber: 2.7 Consensus size: 709
1047477 TTTAAATTTT
* * **
1047487 TACTTATTAAATTTTGGAATATTAAT-AAATTTAATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
1047551 AGAAATAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGACATAGATTATTATTCAAA-T
65 AGAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA
* * *
1047614 ACTCATAACTATTTTAACTTGTTCA-ATAAAC-AGATTCAGTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA
130 AC-CATAACTA-TTTAAC-TGGTCAGGTATACGA-ATTCA-TTTTTTAAA-CT-TT-CT-ATTAA
* * * *
1047677 TTTTTAGAATATTAATAATTTAG-TGATATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGATACAAT
186 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGAT--TATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGAAAT-AAACAAT
* * * * **
1047741 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAAGAGTTATGGC
248 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
1047805 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATTT-TTTACTTATTAACTTTTAAAATA
311 TATTTAAACTAGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTT-C---TTAA-TTTTAAAATA
* ** * * * *
1047868 TTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACA
370 TTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* **
1047933 AAACAAAAAGTTGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-
435 AAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAG
* * * * * * *
1047997 TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATT-AGTTGTTTG-AATATTAATAAATTT
498 TTAGACAAACAAAATTATTTATTAAATCTCTTACTCATTAAG-T-TTTGAAATATTAATAAATTT
* *** ** * *
1048060 GTATAATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTGTGAA-TAGAAAATTTTGTTTTA-TGACAAAACAAAA
561 GTATAATTTTATTCT-AAATAAGCTTCTAAAAACTA-AAAAAATTATTTTACAG-CAAAACAAAA
** * * * * * * * *
1048122 GGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAGTAAA
623 GGACATAACAATTTCAAATAAAGAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAA
1048187 C-AGATTCATTTTTTAAATCTCG
688 CTA-ATTCATTTTTTAAATCTCG
* * *
1048209 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATGTTATTTAAAGTAAGCTTGTATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
1048274 AGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAGAGAGATAAATGTTTAAACA
65 AGAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA
1048339 ACCATAACTATTTACACTGGTCAGGTATACGAATTCATTTTTTAAAGCTGTTGCATATTAATTTT
130 ACCATAACTATTTA-ACTGGTCAGGTATACGAATTCATTTTTTAAA-CT-TT-C-TATTAATTTT
* * *** * * *
1048404 TAGAATATTAATAAATTAGATTACTTTGTTCCAAATAGGATTTTATGAACATAAACAATTATTTT
190 TAGAATATTAATAAATTAGATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGAA-ATAAACAATTGTTTT
* * *
1048469 ATGACAAAA-AAAATGATTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATTATAACTAATTA
254 ATGACAAAACAAAA-G-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTA
1048533 AACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
317 AACTAGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTAATTTT-AAAATATTAATAAATT
* *** * *
1048598 AATGTTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAGGT
380 AATATTATTTTATTATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGT
* * *
1048663 CCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACA
445 -CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAACA
* * * *
1048728 AAATTGTTTATTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATT
509 AAATTATTTATTAAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATT
* * * *
1048793 CTAAATAAGTTTCTAAAAACTAAAAAAATTATTTTACAGCAAAATAAAAGGACATAACGATTTGA
574 CTAAATAAGCTTCTAAAAACTAAAAAAATTATTTTACAGCAAAACAAAAGGACATAACAATTTCA
* * * * *
1048858 AATAAAGAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAGTAGTTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAA
639 AATAAAGAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACTAATTCATTTTTTAA
*
1048923 ATCTCT
704 ATCTCG
* * * * * * * * *
1048929 TAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAAT
1 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
1048994 AGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACA
65 AGAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA
** * * *
1049059 GTCATAACTATTTGAACTGGTC-GGTAAATA-G-ATTAACTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTT
130 ACCATAACTATTT-AACTGGTCAGGT--ATACGAATTCATTTTTTAAACTTTC-TATTAATTTTT
* *
1049120 -GAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAA-AAACAATTGTT
191 AG-AATATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGA--AATAAACAATTGTT
* ** *
1049183 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
252 TTATGACAAAACAAAAGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * *
1049248 GAAA-TAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAAAATATTAATA
316 -AAACTAGTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCT---TTCTTAATTTTAAAATATTAATA
* * * * ** ** * * *
1049312 AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATTTACTGAAACAGTTGTTTTATGATAAAATAA
376 AATTAATATTATTTTATTATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CA
* * *
1049377 AAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT-ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
440 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1049427 AAACAAGCAT
Statistics
Matches: 998, Mismatches: 180, Indels: 85
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
714 1 0.00
715 30 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (709 bp):
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATA
GAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAA
CCATAACTATTTAACTGGTCAGGTATACGAATTCATTTTTTAAACTTTCTATTAATTTTTAGAAT
ATTAATAAATTAGATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGAAATAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTT
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
ATTATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGACAAACAAAATTATTTATT
AAATCTCTTACTCATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTCTAAATAAGCTT
CTAAAAACTAAAAAAATTATTTTACAGCAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAAGAATTA
TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACTAATTCATTTTTTAAATCTCG
Found at i:1049711 original size:450 final size:452
Alignment explanation
Indices: 1049033--1049881 Score: 1091
Period size: 450 Copynumber: 1.9 Consensus size: 452
1049023 GTTTATAACA
* * *** * *
1049033 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTCGGTAAATAGATTAACTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTAGAACTGGTCAAAAAAAACATTAACTT
** * * * *
1049098 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTG
66 TTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * ***
1049163 TATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
131 TATGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAACAGATAACAAT
* *
1049228 TCAAATGGCCATAATTATTTGAAATAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT
196 TCAAATGGACATAACTATTTGAAATAATTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT
* **** * * *
1049293 TAA-TTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATTTACT-GAAAC
260 TAATTTTTAAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA-TGAATAGAAAC
* * * * * ** * * *
1049356 AGTTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT-ATTGTTTAAATAGTCATA
324 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACA
*
1049420 ACTATTTAAACAAGCATGTATGAATTCAAACAACTATTTTTTGACAAAACAAAAGATCAGAATG
389 AATATTTAAACAAGCATGTATGAATTCAAACAACTATTTTTTGACAAAACAAAAGATCAGAATG
* * * * *
1049484 ATTTGCAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTAGAACTGGTTCAAAAAAAACATTTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTAGAACTGG-TCAAAAAAAACATTAACT
* *
1049548 TTTTAAATC-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTT
65 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
*
1049612 GTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAATAATTTGAAACAGATAAC
130 GTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATAATTTGAAACAGATAAC
* * ** *
1049675 AATTCGAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAATTTTTTTTTTAAATCTCTAACTT
193 AATTCAAATGGACATAACTATTTGAAATAATTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTT
* * *
1049740 ATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
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*
1049805 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAC
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AATTTTTAAAATAATAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAA
TATTTAAACAAGCATGTATGAATTCAAACAACTATTTTTTGACAAAACAAAAGATCAGAATG
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* *
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*** * * * * * *
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* *
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* * *
1049786 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGA
* * * ** * * *
1049851 TAATTGTTCAAATAGTCACAAATATTTAAACTTACTCGGCAAACAAATTTATTATTTAAATCTTT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTT
* * *
1049916 TACTTTTTAATTTTACAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAAT
130 TACTTATTAATTTTACAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
** * *
1049967 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGTGTCATAATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-ATCATAATAATTTGAAATAG
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65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAACA-ATTTA-TTTTTTAAATC
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TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTT
ACTTATTAATTTTACAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
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*
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1 AGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTT
1050127 A
1 A
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AGAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTT
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1049881 CTTACTCGGC
*
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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TTATTCAAAATAAGCTTGCATAAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAGATTCATTT
TTTTAAATTTTTAGA
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1050091 AATTTTTAGA
*
1050101 AAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATT-TTAATAAATTTATATTA
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* * * * ** * *
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* * * * *
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1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAT-TATTAATA-AATT-AATATT
* * * * *
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* *
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*
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* * *
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1050578 AATCATAACA
Statistics
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TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
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1050848 ATAATAAAAC
* *
1050858 AATTGTTTCTGTTCATACAATCTTATTCGAAATAA-AGTAATGCTAA-TTATTAATATT-CTAAA
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*
1050920 AATTAATAAGTAACATATTTAGAG
64 AATTAAAAAGTAACATATTTAGAG
* *
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*
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TTAAAAAGTAACATATTTAGAG
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1051144 AGCTTATTTC
* * * * * *
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* * *
1051219 TATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTA
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* * * * *
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* * * * *
1051321 AAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
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*
1051385 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A-A-TTTG-AAA-TAAAATAATACTAAATTATTACTA
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* *
1051445 TTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAT
130 TTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
1051479 GAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
1051544 TATAACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAAT
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* ** * * *
1051608 AATA-TAAATTTAATAATATTGCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTT-TAAAA-
112 AATACTAAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
1051657 AAATCTATTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
1051722 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTGCTAATCATAAAATCTTATTTGGATAAAATAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATT--T--T-GT--AA----A--T---TAAAATAA
* * * * * *
1051787 TACTAATTTATTAAAATTCCAAAAA-AAATTAGTAAAAGATTTAAAAAAT
114 TACTAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
** *** * *
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1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* **
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTGTAAATTAAAATAATACTAAATTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:1051902 original size:179 final size:176
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Period size: 180 Copynumber: 19.6 Consensus size: 176
1051393 TTTTGTTTTG
* * * * * *
1051403 TCATAAAAC-AATTTGAAATAAAATAATACTAAATTATTACTATTCTAAAAATTAATGAGTAAAA
1 TCATAAAACTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-AAATTAGTAAAA
* *
1051467 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
64 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* **
1051532 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACTAATTGTTTCTAT
127 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTAT
* * * ** *
1051582 TCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTGCAAAGATTAATAAGTAA
1 TCATA-AAACTTATTT-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAA-AAAAATTAGTAA
* * * *
1051646 AA-ATTT-TAAAA-AAATCTATTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
62 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-ATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
1051708 GTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTGCTAA
125 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* *
1051760 TCATAAAATCTTATTTGGATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAAAATTAGTAAAAG
1 TCATAAAA-CTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAAATTAGTAAAAG
* * * *
1051825 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTA
65 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
1051890 TTTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTCATCATAAAACATTTGTTTCTAT
128 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** * ** * *
1051938 TTATACAAAATTACTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATT---TTAAAAATTAATAAGA
1 TCATA-AAACTTA-TTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAAATTAGTAAAA
** ** * *
1052000 GATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAATTATCT
64 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* *** * * * *
1052065 ATTTCATATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
127 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * * * ** **
1052114 CCATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATT-ATATTCTAAAAATTTACAAGTAA
1 TCATA-AAACTTATT-TGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAA-AAATTAGTAA
* * * * ** * * *
1052178 GAGATTTAAAAAGA-AAATGTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTA
62 AAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTT-ACTGA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * *
1052242 TCTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGT
124 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-T
** * * * * *
1052295 TCATACATGCTTATTTGAAATAAAATATTATTATTTTATTAACATT-CAAAAAATTAATAAGT-A
1 TCATA-AAACTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAA--AATTAGTAA
* * * * *
1052358 AAGAATTTAAAAAAACAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATT
62 AAG-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
*
1052423 ATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATT
123 ATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-T
*** * * *
1052477 TCATAAAAGCTTATCCCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC---AAAAATTGAG-AAA
1 TCATAAAA-CTTAT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAAATT-AGTAAA
**** * * ** * * * * * * *
1052538 TA-ATATTACTTTATTAA--T-ATT-CCAAAAATT-AAGA-AATT-GGA-GATTT-AAAACATAA
63 -AGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGATAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACA-AT-T
** * *** * * * *
1052593 ATC-AGTTTATCAAATCAGTT-T-A--AATAGTTCTGGCCATTTAAATAATTATCTATTTTAAT
123 ATCTA--TT-TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTT-TTATCA-TAAAACAA-T-TGT-TTCT-AT
* * * * ** * **
1052652 TCGTATTAAACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAA
1 TC--ATAAAAC--TTATTTG-AATAAAATAATACTAATTT-AT--T--AA---TA-TTCCAA-AA
* * * *
1052716 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTATCTGTTTACTAAACTAG
51 AA-AAT--T-A-GTA-AAAGATTT---AAA---A-AA-T---A-A--ATCTGTTTACT-GA-TAG
* * * * * *
1052781 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCACATCGTTATAACCTTTTTATTTTATC
94 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTATC
* * *
1052846 ATAAAACAATTATTTATGT
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* * * ** ** * * *
1052865 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAG
1 TCATA-AAACTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAAAAAATTAGTAAA
* ** * * * *
1052930 AGATTTGAAAAATAAAAT-TGTTTGTTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTAT
63 AGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTG-AT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *** *** * **
1052994 CTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTTGCAAAACAAACATTTTTGC
125 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * ** * *
1053046 TCATATAAGTT-TGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT---TTAAAAATTAATAAG
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* * ** * * * * **
1053107 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTC-AATCAGTTATAACAATTAAAACAATTAT
63 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGA-TAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * *
1053171 TTATTTCATATCGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTAT
125 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* ** * * * ** * **
1053223 TGATATAGTCTTATTTGAATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAACGG
1 TCATA-AAACTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAAATTAGTAAAAG
* * * *
1053288 ATTCAAAAAATGAATCTG-TTAGCCTGACCAAG--CAAATAGTTATGAC-ATTTTGAATAATTAT
65 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA--CTGA--TAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTAT
* * * * * *
1053349 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC--ACAA-AATTATTTCTGT
125 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** ** * ** * * *
1053398 TCATACAAGCTTATTAGGAATAGCATAATTTTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAATAAG
1 TCATA-AAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAAAAATTAGTAAA
* * * * * * * *
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63 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-A-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* **** * * * * *
1053528 TATTTAAAATTGGCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCAT
126 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * * * ** *
1053579 TCCTACAAGCTTATTTCAATTAAAATATTGCAAATTTACT-ATCATT-TAGATAATTAATAAGTA
1 TCATA-AAACTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCA-A-AAAAAATTAGTA
* * *
1053642 AAAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTACTACATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATA
61 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
1053706 TTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
124 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * * **** * *
1053759 TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATACTATTAGTTTATTAATATTTCAATCGTTAATAAGTAGA
1 TCATA-AAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-AAAAAATTAGTAAA
* * ** * * *
1053824 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
63 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** *
1053889 TATCTCAAATTGTTATGACCTTTTG------------ACAATTGTATC-AGT
126 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* ** ** * * ** ** * *
1053928 TTATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTGTGAAAATTAATGAGTAAG
1 TCATA-AAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAAAAAATTAGTAAA
* * * * *
1053993 AGATTTAAAAGATGAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT
63 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-G-A-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
1054057 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAT
125 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * *
1054109 TCATACAAGCTTATACTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATA-AAACTTAT-TTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAA-AAATTAGTAA
* * * * * * * *
1054173 AAG-TTTAAAAAATAAATATTTTTTCTAAACACGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTAT
62 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
1054237 CTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTGTGTTTTGTCATAAATCAACTATTTTTGT
125 CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * *
1054289 TCATACAAGTGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
1 TCATAAAACT-TATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-AAATTAGTAAA
* * *
1054354 AGATTTAAGAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTAT
63 AGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACTGA-T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * *
1054419 TTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTT-GCATAAAGCAATTGTTTCTAT
125 CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* ** ** * * *
1054470 TCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAA-TAGGTAG
1 TCATA-AAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-AAATTA-GTAA
* * * * * * *
1054534 GAGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTA
62 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-G-AT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * *
1054598 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
124 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* ** * * * * ** * *
1054651 TCATGAAAAGTTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATT---TTAAAAATTAATAAGA
1 TCAT-AAAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAAATTAGTAAAA
* * * * * *
1054713 GATTTAAAAATTAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATCC
64 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG--ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
1054778 ATCTT-AAATCAATATGATC-TTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTTT
127 AT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * ** *
1054827 TCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTATTAAGTAAG
1 TCATA-AAACTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAAAATT-AGTAAA
* * * * * *
1054892 ATATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACTAGCTCAAATAGTTAAGACTA
63 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GA-TAGTTCAAATAGTTATGACTA
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CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
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1051407 AAAACAATTT
* * * ** *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * *
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* * * * * ** *
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1 GAAATAAAATATTA-TAAACTAATTAACATT-CAAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAGA-
* *** * * * * * *
1051836 AAATCTGTTTA-TTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATTTATTTCAAATC
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* * ** * ** * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * *
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1 GAAATAAAATATT-ATAAACTAATTAACATTCAAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAGAAA
* * * * *
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* * * * ** *
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* ** * * *
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1 GAAATAAAATATTATAAACTAATTAACATTCAAAAAATTAACAAGTAAGAG-ATTTAAAAAGA-A
* * * * **
1052375 AATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATC-ATTTTAAAATCAT
64 AATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA-TTTAAAATTGT
* * * *
1052439 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATA-AAAGCTTATCC
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*
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1 GAAATAAAATA
1052504 ATATTACTTT
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
GAAATAAAATATTATAAACTAATTAACATTCAAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAGAAAA
TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAAACTTATTC
Found at i:1052462 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1051413--1054942 Score: 2069
Period size: 181 Copynumber: 19.6 Consensus size: 180
1051403 TCATAAAACA
* * * * *
1051413 ATTTGAAATAAAATAATACTAAATTATTACTATTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *
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* ** *
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130 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
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1 ATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* ** * *
1051655 AAAAATCTATTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATC
64 AAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
1051720 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTGCTAATCATAAAATCTT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
1051772 ATTTG-GATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAA--AATTAGTAAAAGATTTAAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* *** *** * * *
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65 A-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * **
1051899 ATTATGATCTTTT-TTTCATCATAAAACATTTGTTTCTATTTATACAAAATT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * **
1051950 A-CTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAG
1 ATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-
** * * * * * *
1052010 CTAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAATTATCTATTTCATATT
64 AAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * * * * *
1052075 GGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTCCATACAAACTT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * * * * * * *
1052126 ATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATT-ATATTCTAAAAATTTACAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAAT-ATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
1052190 GAAAATGTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATT
65 -AAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
1052255 GTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTT
129 ATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * *
1052307 ATTTGAAATAAAATATTATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGT-AAAGAATTTAAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTT-AAAA
* * *
1052371 AACAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATC-ATTTTAAAA
64 AA-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAA
*
1052435 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTT
127 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
*** * *
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1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT----AAT-A-AGTA----A--
* * * *
1052553 AATATTCCAAAAATTAAGAAAT-TGGAGATTTA--AAAC-A--T-AAATCAGTTTATCAAATCAG
53 AAGATT--TAAAA--AA-AAATCT----ATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AG-TTAT-GACT-A-
* * * * * * * *
1052611 TTTAAATAGTTCTGGCCATTTAAATAATTATCTATTTTAATTCGTATTAAACTTTT-TTTTGTCA
104 TTTGAACAATTAT--CTATTT---CAA--ATC-A--TT-A-T-G-----ACCTTTTGTTTTATCA
* *
1052675 TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCT
151 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT
* *
1052705 ATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT----
1 ATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
1052763 ----ATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCACATC
64 AAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
1052824 GTTATAACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTT
129 ATTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * *
1052877 ATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA
* *** * * * * *
1052941 ATAAAAT-TGTTTGTTGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAA
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* * *** *** * ** * *
1053004 TCATTATGTCCTTTTGTTTTGTTGCAAAACAAACATTTTTGCTCATATAAGTTT
127 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* ** **
1053058 GTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * ** * *
1053119 TAAATTTATTTACCAAACCAA-TTC-AATCAGTTATAACAATTAAAACAATTATTTATTTCATAT
66 -AAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* ** * * * *
1053182 CGTTATGACAATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTGATA-TAGTCTT
128 CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTT
* ** * ** *
1053235 ATTTG-AATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTAACGGATTCAAAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
1053298 TGAATCT-GTTAGCCTGACCAAG--CAAATAGTTATGAC-ATTTTGAATAATTATCTATTTCAAA
66 -AAATCTATTTA-CC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
1053359 TCGTTATGACCTTTTATTTTGTC--ACAA-AATTATTTCTGTTCATACAAGCTT
127 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * ** * ** * *
1053410 ATTAGGAATAGCATAATTTTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAT
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-
** * * *** * * * * **
1053475 TGAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTAAAATTG
65 AAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * *
1053540 GCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCATTCCTACAAGCTT
130 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *** * * * *
1053591 ATTTCAATTAAAATATTGCAAATTTACT-ATCATTTAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
1053655 TAAATGTGTTTACTACATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCG
65 AAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
1053720 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
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* * * * *** *
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1 ATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAA
* * * * * *
1053834 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAT
63 AAAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * *
1053899 TGTTATGACCTTTTG------------ACAATTGTATC-AGTTTATATAGGCTT
128 CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
** * * *** * *
1053940 ATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTGTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAGA
1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-A
** * * *
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* * *
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* * *
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1 AT-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAA
* *** ** * * *
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** * * * *
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129 A-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * * * * **
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1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * * * **
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66 -AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
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130 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTT
** * * * **
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1 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-
* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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*** *** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * *** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
1054976 TATTTAAATAATTATTTATTTCA-AATAGTTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAGACAATTGTTT
126 ---CT---T--TTGTTT-TGTCATAA-A---A-CA-ATTGT-TTTTGTTCAT---ACAA--G---
* *
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167 CT-T--ATTCA-G-A-A--TA
* * * * * * *
1055060 AAATAA-AATAATACTAGTT--TA-TTC--ATATTCCAAAAATTAATA-A-GTAAAAGATTTAAA
1 AAATAATACTAAT-TTA-TTAATATTTCAAAAATT--AATAAGTAAGAGATTTAAAA-A--T-AA
* * * *
1055117 AATAAATCTATTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTTTATTTCAAA
58 -----ATCTGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAA
* * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * ** *
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128 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * * *
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** * * * *
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* *
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127 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TA
* * * * *
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* * * * ** * * *
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65 T-ACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * ***
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128 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * * *
1055769 AAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTAT
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* * * * *
1055834 TTATCGAATAAGTTTAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTGATCTAACTATTTAAAGTCGTTA
64 TTA-CTAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCT-A-T-TTCAAA-TCGTTA
* * * * * * * * *
1055898 TAACCTTTTATTCTATCATTAAACAATTGTTTCAT-TTCATAGAAGCTTATCCAAAATA
122 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * *
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1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTT
** * * * * * * *
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65 TACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * ** * * *
1056085 TTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGACCATTCAAGCTTATT-TGGATAA
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-A
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
1056260 TTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATA
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* * *
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AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTT
ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
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** * * *
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64 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * *
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128 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
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* * * ** * * * *
1052854 AT-TATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAA
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* * * * * *
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* * ** * *
1052981 TATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTTGCA-AAACAAACATT-TTT
371 T-TTAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-T-CATAAA-ATA-ATTGTTT
* * * * *
1053044 GC---TCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
431 -CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATA-TTTAAAAATTAATAA
* *
1053106 G----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA
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* * * ** * * * **
1053136 CCAATTC-AATCAGTTATAACAATTAAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATGACAATTTGTTT
1 --AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
* * * * * * * * * *
1053200 TATCATAAAACAATTATTTTTATTGATA-TAGTCTTATTTGAATAAATTAATGCTAATTTATTAA
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* * ** * * * *
1053264 TATT-CTAAAATTAATAAGTAACGGATTCAAAAAATGAATCTG-TTAGCCTGACCAAG--CAAAT
127 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTA--CTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * ** *
1053325 AGTTATGAC-ATTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACA-AAA
189 AGTTATAACTA-TTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGA---ATCCTTTTG--A-AGCAA
* * * * * ** **
1053388 TTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGGAATAGCATAATTTTAATTTATTAATATTCTGAAAAT
247 TTGTATCTATTCACACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAAT
* * * *
1053452 TAATAAATAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
311 TAAT-AGTAAGAGATTTAAAAA-TGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * *
1053517 AAACAATTACCTATTTAAAATTGGCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCATTCC
374 AAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* * ** *
1053582 TACAAGCTTATTTC-AATTAAAATATTGCAAATTTACT-ATCATTTAGATAATTAATAAGTAAAA
438 TACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAAT-ATTTA-AAAATTAATAAGTAAAA
* *
1053645 GATTTAAAAATAAATGTGTTTACTACATA
500 GATTTAAAAATAAATATATTTACTA-A-A
* * *
1053674 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * *
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66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* *** *
1053804 TTCAATCGTTAATAAGTAGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
130 TCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
1053869 TAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATG-A-CCTTTTG-A-CAATTGTATC-AGTT
194 TAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATCCTTTTGAAGCAATTGTATCTA-TT
* * * * * *
1053929 TATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTGTGAAAATTAATGAGTAAGA
258 CACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGA
* *
1053994 GATTTAAAAGATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
322 GATTTAAAA-ATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAAAATTATCT
** * *
1054059 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATA
385 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
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450 CAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
* *
1054188 ATATTTTTTCTAAA
513 ATATATTTACTAAA
* * * * *
1054202 CACGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTGTGTTTT
1 -A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * * * * * *
1054267 GTCATAAATCAACTATTTTTGTTCATACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTAGTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-TATTAG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * **
1054331 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGTTCAAATA
127 TATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTA-AAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * **
1054396 GTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGCATAAAGCAAT
190 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGA-A--TCCTTTTG----AAGCAAT
* * * * *
1054461 TGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTA
248 TGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATTA
* * * * * * *
1054526 ATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
313 ATA-GTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-A
* * * *
1054591 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATG
375 AAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-
* ** *
1054656 AAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGAT
439 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
*
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503 TTAAAAA-TAAATATATTTACT-AAA
* * ** * *
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1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * *
1054805 GTAATAAAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAA
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* * * *
1054869 TATTCCAAAAATTATTAAGT-AAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACTAGCTCAAATA
127 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGAT-TTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * **
1054933 GTTA-AGACTACTTT-ATC-ATAAAACACAT-TTAAATAGTTATG-A--CTATTT-AAATAA-T-
190 GTTATA-ACTA-TTTGAACAAT-TATC-TATCTCAAATAGTTATGAATCCT-TTTGAAGCAATTG
* * *** **** * * * * ** *
1054988 TATTTATTTCA-A-ATAG-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTA-TC-CATA
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* ** ** * *
1055048 CATGCATA-TTTGA-A-AT-AAAAT-AATACTAGTTTATTC-ATATTCCAAAAATT--AATAAG-
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* ** * *
1055104 TA-AAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAAT
363 TATGACTATTTAAAAAT-TATCTATTT-C--A--AA--T----T-GTTATGAC--CTT------T
* * * * * * * * * *
1055168 TATTTTATTTCA-AATAGTTATGATCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATAAGTTTATTTAGAA
407 T-GTTT-TGTCATAA-A---ATAAT-TGTTTCTAT-TC--------A-TACAAGCTTATTCAAAA
* * ** *
1055232 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTT
455 TAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATAT
*
1055296 GTTTACTGAACA
517 ATTTACT-AA-A
* * * * * **
1055308 AGTTTAAATAGTAATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-TCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTG
* * * ** * * * * *
1055372 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTACTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * ** *
1055437 TGT-TGAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTGAAA-TAGTTCAAATAG
129 T-TCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAG
* * *
1055496 TTGAT---TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATG-ATCTTTATTTTGTTATAAAACAA
191 TT-ATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATC---CTTTTG-----AAGCAA
* * * * * * *
1055557 TTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATT-AGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-CAAGAA
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* * ** * * *
1055620 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTGCCAAACCAA-TCCAAATAGTTAAGACTAT
310 TTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * * * * *
1055683 TAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTCTGACCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATT
372 TTAAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
* * * * * *
1055748 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAG
436 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAA
* *
1055812 AGATTTAGAAAAATAAATCTATTTATCGAATA
499 AGATTT--AAAAATAAATATATTTA-CTAA-A
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
1055972 CTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAAACTAT-TTT-TTGAACCAGTT
123 ATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAA-T-AAA-TATGTTTACTAAACAAGTT
* * *
1056034 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA-TTATG-ATCTTTGTTTTCTCAT
184 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGAATC-----CTT-T--T
* ** * * ** *** * *
1056097 AAAATAATTGTTTCTGA-CCATTCAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATT
240 GAAGCAATTGTATCT-ATTCACACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
1056160 -TCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
303 CT-GAAAATTAATAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
1056221 GACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATCTTA--ACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATT
366 GACTATTTA-AA-AATTATCTATTTCAAAT--TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* ** * *
1056283 ATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAACATTT----ATT--
427 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTTAAAAATTAA
* ** * **
1056341 T-ATTTCAA-ATTGT-----TATA-ACCTTT--T---
491 TAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATATATTTACTAAA
* * * * * * **
1056365 -GTTGAAATAGTTAAGACTATATGACTGATTATTTATTTCAAAGT-GTTATGACTTTTAT-TTCA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTT-TGTTTT
* * * * * * * * *
1056427 GCTCGT---ACAA--------G--C--AC-A---T-TTGGAATAGAATAAAACAAATATATTAAC
64 G-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * * * *
1056472 ATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGA-TTTAGAATATAATTCTATTTA-TCGAACCAGTTCAAATA
128 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTA-AAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATA
* * * ** *
1056535 ATTATAACTATTTGAACCATTATCTATTTCAAATCA-TTAT---TTTTTTTGTCACAAAACAATT
190 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGAATCCTTTTG-----AAGCAATT
* * * * * * * * * *
1056596 GT-TTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATT-TAGAACATTA
249 GTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-GAAAATTA
* * * * * * * *
1056659 ATCAGTAGGAGATTTAAAAAGTGAATCTATTTA-CCAATCCATTTCAAACAGTTTTGACTA-TTA
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* * * * * *
1056722 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAA-----T-TATTCA
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* ** ** * * * * * **
1056781 TACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAACATTCCAAAACTTAACAACCAAGAA
438 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AA
* * * * *
1056845 AATTAAAAAATAAATCTATTTTTCGAACCA
500 GATTTAAAAATAAATATA-TTTACTAA--A
* * * * * *
1056875 A-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
** * * *
1056939 TGTAAAAGAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAACACTAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
*** * * * * ** ** *
1057003 TTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAATTAGTTCGAATAGTTA
130 TCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * ** *
1057068 -AGACTATTACAACAATTATCTATTTGAAATCGTTCTAAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG
194 TA-ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAA-TCCT-TTT-G-----AAGCAATTG
* * * * * * **
1057132 T-TTTAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAAT-ATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA
250 TATCTA-TTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATTAA
* * * * *
1057195 TAAGAAAGATATTCTAAAAAAATAAATATG-TTATGGAA-AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTG
314 T-AGTAAGAGATT-T--AAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-
* * * ** * * * *
1057258 AACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAA
374 AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCA
** * *
1057322 TACAAGCTTGGA-T-GGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAGTAA
438 TACAAGCTT--ATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTT--AAAAATTAATAAGTAA
* *
1057383 TAA-ATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAATCA
498 -AAGATTTAAAAA-TAAATATATTTA-CTAA--A
* * * * ** * * *
1057416 A-TTAAAATAATTATGACCATTTGAA-AGATTATCTATTTTAAATTATTACGACCTTTTGTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * ** * *
1057479 TCATAAAACAATTGTTTGTGATCATACAAAATTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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** * * * * *
1057543 ATTTGAAAAGTTAATAAGTAAGTGATTTGAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAA-TTCAAATAG
128 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * **
1057607 TTATAACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCA-TTAAG-ATCTTTGTTTTGTCATAAAATAA
191 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGAATC---CTTTTG-----AAGCAA
* * * * * * ** * * *
1057670 TTGTTTCTGA-ACATAGAAGGTCATTC-AGCTAAATAAAATAATAATTTAATAATATTTTGAAAA
247 TTGTATCT-ATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAA
* * * * * **
1057733 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA-T
310 TTAAT-AGTAAGAGATTTAAAA-ATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * *
1057797 TAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATAT
373 TA-AA-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TAT
* * ** * * *
1057862 T-TTACAAGCTTATTGAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAA
435 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAA
*
1057925 AGGATTTGAAAAAATAAACT-TATTTACCGAACA
499 A-GATTT--AAAAATAAA-TATATTTA-CTAA-A
* * * * *
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* * * * * * * * **
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65 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
* ** * * * * * *
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129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-TAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * ** *
1058145 ATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TGAAAATTGTAATGAGCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATT
193 ATAACTATTTGAACAATTATCTATCT-CAAATAGTTATGA---ATCCTTTTG-----AAGCAATT
* * * * * * * *
1058209 GTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAAAAGAAAATGATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAAAT
249 GTATCTA-TTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-GAAAATT
* * * * ** * *
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312 AAT-AGTAAGAGATTTAAAAA-TGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTT
* ** * * * * *
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* * * * *
1058739 TCATACTAGCTTATTCAAAATAACATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTATTATGTA
257 TCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATA-GTA
* * * * *
1058802 AGAGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTACCTAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
319 AGAGATTT-AAAAATGAA-TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAAAATT
* ** ** * * * * * *
1058865 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT
381 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * *
1058930 TGTTTAGAATAAAA-AATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAA
446 TATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAA
* * *
1058989 AATAAATCTACTTACCAAA
508 AATAAATATATTTACTAAA
* * ** * ** *
1059008 TTAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAGCAATTATTTATTTTGAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * * * * * * * * * *
1059073 ATTATAAAATAATAGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTACTTTATTAAC
64 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * ** * * * * * *
1059138 ATTTCGACAATTAATAAACAAAAAATTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAACATA-TTTAAATA-
128 ATTCCAAAAATTAAT-AAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAG
* * * * * * ** * * ** * *
1059201 -AATATCTATTT---CAAAT-TCT-TAT--GATA-TTTTTTAT-C--ATAAAAAAATTATTTC-A
191 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATCCTTTTGAAGCAATTGTATCTA
* * ** * * * *
1059253 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAATTA
256 -TTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATT-AATAGTA
* * * * *
1059318 AAAGATTTAAAAAATGAATATGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACATTT
319 AGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTAAAAATT
* *** * * * *
1059382 ATCTATTTGAAATTACAATAACCTGTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTGT-TGTTCATACAAGC
381 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACAAGC
* * *
1059445 TTATTTC-TAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
445 TTA-TTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTT-A
* * **
1059508 AAAATAAATTTGTTCGCTGAATA
506 AAAATAAATATATTTACT-AA-A
* ** * * * ** *
1059531 AGTTCGAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTACAACTTTTTGCTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * *
1059596 CATAAAATAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * *
1059661 TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTCA
130 TCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAG-TTCAA-A-T-A
* * * *
1059726 TGACTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-CTGTG-A-CCTTTT
190 -G------T---TA-T-A--ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-TAGTTATGAATCCTTTT
* * * * * * * * *
1059788 GTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTA
240 G----------AAGCAATTGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTA
* * * * * * *
1059853 TTAATATTC-CAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGCTTACCGAATATGTTCAA
295 TTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAG-ATTTAAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAA
* * *** * *
1059917 ATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTT-ACATAAAA
358 ATAGTTATGACTAT-TTAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
1059981 TAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTATTATTCCAAA
422 TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT-TAAA
* *
1060045 AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTTCT-GA
485 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTACTAAA
* * * *
1060086 A---C--ATA-TTATGA-TGATTTAAACATTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * * * *
1060144 TTAT-AAACAAATT-TTTTCTGTTCATAAAAGCATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
65 TCATAAAAC-AATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * **
1060207 AATACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTAC-CAAGGAGTTCAAATA
127 TATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * **
1060270 GTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
190 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATC----CTTTTG-----AAGCA
* * * * * * * *
1060334 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAGAATAATACTAATTTATAAATATTCTAAAAAT
246 ATTGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAAT
** * * * * * * * * *
1060399 TAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTT
311 TAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
** * * * * * * *
1060464 GAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTCCTATTCA
374 -AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* * * * *
1060529 TACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAGA
438 TAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * *
1060592 GATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCGAACC
500 GATTT-AAAAATAAATATATTT-ACTAA-A
* * * * * * * *
1060622 GGTTCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCT-AATCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTG
* ** * * *
1060686 TCAT-AAATAATT-TTTTCAATTCATACATGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
65 TCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTAG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * *** *
1060747 CTTGCAAAACATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAA-AAATCCATTTAC-AGAATAAGTTTC-AA
128 ATTCCAAAA-ATTAATA-AGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTA-AACAAG-TTCAAA
* * * * * * ** **
1060808 TAATTATGACAATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATG-A-CCTTTTGTTTTATCATAAA
188 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATCCTTTTG----A--A-GCA
* * * * * * * * *
1060871 ATAAT-TATTTCAGTTCATAAAAGCTTACTCGAAAT-TAATAATATTACTTTATTAATATT-TCA
246 AT--TGTATCT-A-TTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-G
* * * *
1060933 AAAATTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAAT-AAGT-TAGTTTATCGAATAAGTTCAAATAATTATG
306 AAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATGAA-TAT-GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * *
1060996 GCCATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
367 ACTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * *
1061060 TTCA-TCATACAATCCTATTCGAAATAGAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
431 CT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTT-AAAAATTAATA
** * *
1061123 AGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTAA
493 AGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTACTAAA
* * * * * * * *
1061157 A---C---TAGTTCT---TATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTGTTATAACCTATTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * *** * * * * *
1061213 TATAAAATAATTGTTTCAATTTATATAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * ** * * * *
1061278 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTTGAAGC-AGTCCAAACAATT
130 TCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * ** **
1061342 A-AGACTATATGAACAATTATTTGTTTCAAATTCTTATG-A-CCTTTTGTTATAAAATAATTGCT
193 ATA-ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATCCTTTTG-----AAGCAATTG-T
* * * * * *** * * *
1061404 -TCAATTTATATAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATA
251 ATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-
* * * * * * * * *
1061468 ACTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTGTTGAAGCAA-TCCAAACAATTAAGACTATATGAA
315 AGTAAGAGATTT-AAAAATGAA-TATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAA
* * * * *
1061531 CAATTATTTGTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTC-AGTTCATA
376 AAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * * * **
1061595 CAACCTTATTCGAAATACAATAAAACT-AATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAAGTGAT
440 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *
1061659 TTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAA
503 TTAAAAA-TAAATATATTTACTAAA
* * * * * * * * * * * *
1061684 TCAATTCAAATAATAATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATTACCTTTTGCTT
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACTTTTTGTTT
** * * ** * *
1061748 CATCATATAACAATTGTATTTGACCATTA-AAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATT
63 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA-TACAAGCTTA-TT-AGATTAAAATAATACTAATTTAAT
* * * * * * *
1061811 AATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAAT
125 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
1061876 AATTTTGACTATTTGAATAGTTGT-AAACTTGAAATCGTTAT--A-CCTTTTGTTCTATCATAAA
189 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATC-TCAAATAGTTATGAATCCTTTTG----------AA
* * * * * * * * * * * * * *
1061937 ACAATTATTTTTAATCATACAAGTTTATTGC-GAATAAAATAACACTCATCTAATAATATTC-CA
243 GCAATTGTATCTATTCACACAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGA
** * * * * ** * * *
1062000 AAAGTTAATAACCAAGAGAATTAAAAA-AAATTTTCTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAAGAC
307 AAA-TTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAATGAA-TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
1062064 TACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTT
369 TA-TTTAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTC
* *** * * * * *
1062128 TGAATTCATACTAGCTTATTTGGAACAAAATAAAATGAATTTATTAATAATTATAAAATTAATAA
432 T--ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTTA-AAAATTAATAA
* **
1062193 G----AGATTTAAAAA-ACAATTCTATTTACCTAGCT
494 GTAAAAGATTTAAAAATA-AA-TATATTTA-CTA-AA
* * *
1062225 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT-T
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * *
1062289 CATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTTGGAATAAAGTAATACTAATATATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
*** * * * * *
1062354 TTTGAAAATTAAAAAGT---GATTTGAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTA
130 TCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * ** *
1062415 TGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAGTCA-TTATGATTTTTTGTTCTGTTATAAACAATTG-
194 TAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA-ATCCT-TT-TG----AAGCAATTGT
* * ** * *
1062478 --CTTTTCAACATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATT
251 ATCTATTC-AC--ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAA-AATT
* * * * * *
1062540 AATA--AA-ACATTTAAAAAATAAATCTATTT-GCTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT
312 AATAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * *
1062600 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCCTTTTGGTCTATCATAAAA-AATTATATCTGTTC
374 -AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
* *
1062664 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACT--AA
437 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAA
* ** *
1062726 GATTTAAAAAATGAATCCACTTGT-CGAACCA
500 GATTT-AAAAATAAATATA-TT-TACTAA--A
* * * * * * * * *
1062757 A-TTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* ** * ** * * *
1062821 CATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCCTATTAGAAAAAGAATAAAATTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTAGATTAA-AATAATACTAATTTAATAATA
** * * * *
1062885 TTTTAAAAAATT-ATAAGTAAGAGA-TTTAATAAATAATTTTAT-TTTTC-AAACCAGTTCCAAT
129 -TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAA-AAATAA--ATATGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * ** **
1062946 AGTTATAACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
189 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA---ATCCTTTTG-----AAGC
* * * * * * * * * * *
1063010 AATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAA
245 AATTGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-GAAA
* * * * * * * * * *
1063074 ATTAATCAGTAAGACATTTAAAAAGTAAATCTGCTTACCAAACTATTTCAAATAATTTTGACTAT
309 ATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAA-TGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * * * *
1063139 TTAAATTATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TATATTGTCATCAAACAATTGGTTCTG
372 TTAAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT-T-TTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * ** * * * * * *
1063203 TTAATACTATTTTATT-AAGAATAAAGTAATGCT-AATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAAT
434 TTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAAT-ATAAATTTACTAATA-TTTAAAAATTAATAAGT
* * * ** *
1063266 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACT
496 AA-AAGATTTAAAAATAAATAT-ATTTACTAA-A
* * * * * * * *
1063300 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATCATTATTACCTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * ** *
1063365 CATAAAATAATT-TTCTTGTTTGTACAAGCTTATCT-GACTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * ** * *
1063428 TTCAAAAATTAATAAGTACGAGA-TTTAAAAA-AAATTTGTTTA-TCGAATTAGTTCATATGGTT
130 TCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
1063490 A-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTCTG-A-CCTTTTATTGAGTTCTAAAACA
193 ATA-ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-TAGTTATGAATCC--TT-TT--G-----AAGCA
* * * * * * * * *
1063551 ATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTTATTTATTAACATT-TGGAAA
246 ATTGTATCTA-TTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-GAAA
* * * * *
1063614 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-GCTGAACAAGTTCAAATAGTTAT---TA
309 ATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
*** * * * *
1063675 -TTATTGATTATCTA-TTAAAATTGTTATAACATTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGT
371 TTTAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-T
** ** * * * * **
1063737 AAATACAAGCTTAGACAGAATTAAATAACACT-AATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAA
435 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-A
* ** ** *
1063801 AAAAATAAAAAAATAAACCTATTTACCAAA
497 AAAGATTTAAAAATAAATATATTTACTAAA
* * * * * * *
1063831 TTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCT-TTTCAAATCATTATGACCTTTTAG-TT
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTT
* * * * * *
1063894 TGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAA-TTATTAA
63 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
** * * * *
1063958 -ATTTAAAAAATTAATAAGTAACA-AATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATA
127 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAA-AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * **
1064021 GTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCA--T-TGAAACCTTTGTTTTCTCATAAAAT
190 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGAATCC------TT-T--TGAAGC
* * * * ** ** * *
1064083 AATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATTC-AGTTAAAAATAATGCTAATTTAATAATATT-TCAAA
245 AATTGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTCT-GAA
* * * * * *
1064146 AATTAATAAATAAGAGATTTAAGAAAT-AA-ATGTGTGTGCTGAACCAGTTCAAATAATTA-AAC
308 AATTAAT-AGTAAGAGATTTAA-AAATGAATATGTTTAT-C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * *
1064208 TATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-
369 TATTTAAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* *** ** * ** * * *
1064272 ATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTGATAAGC
433 AT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * **
1064337 AAAAGGTTTGAAAAAATAAATCTGCTTACTGAATA
496 AAAAGATTT--AAAAATAAATATATTTACT-AA-A
* * * * * * * * *
1064372 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTCTTGA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
** * * * **
1064437 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-CCAAAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTAT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * * *
1064501 TTTCAAAAATTAAAAAG-CAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAGATAGT
129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTT-TAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * **
1064565 TACAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCA-TTATG-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
192 TATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGAATC----CTTTTG-----AAGCAA
* * * * * *
1064628 TTGT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTATTAGTAATTTATTAATATTCCT-AAAA
247 TTGTATCTA-TTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-CTGAAAA
** * * * * ** * * *
1064691 TT-A-A-TAAGTTATTAAAAAAGTGAATCTATTTATAGAATTAGTTCAAATAATTGTG-GTCATT
310 TTAATAGTAAGAGATTTAAAAA-TGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT
* * * * * * * *
1064752 TCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATT
373 T-AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATT
* * * *
1064817 -ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG----
436 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAA
*
1064876 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA
499 AGATTT-AAAAATAAATATATTTACT-AAA
* * * * * * *
1064905 CCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATCATTATAACCTTTTT-TT
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTT
* * * * * * * *
1064968 ATGTTATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAGTAATACTAATCTAAT
62 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGATTAAAA-TAATACTAATTTAAT
* * * * * *
1065033 AATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTAAAAT
125 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
1065098 AATTA-AGAGTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAA
189 AGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA----AT-CCTT-T--TGAAG
* * * * * * * * *
1065161 TAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAA
244 CAATTGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTCT-GA
* * * * * * *
1065224 AAATTATTAAGTAAGAGATTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
307 AAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAATGAA-TATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * *** *
1065287 TATTTAAAGAATTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAACTTTTT
369 TATTTAAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * ** * *
1065352 GTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-
433 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTT-AAAAATTAATAAGT
* * *
1065415 ---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTCA-TCAAA
496 AAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTACT-AAA
* * * * *
1065444 CCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTT
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * * * * *
1065509 GAT-ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATCCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
64 G-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
*** * * * * * * *
1065573 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCACACTAGATCAAATAGA
127 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * **
1065638 CATGAA-TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTA-TTATGACCAT-TTTTTGTCATAAAAAAAT
192 TAT-AACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-TAGTTATGA--ATCCTTTTG-----AAGCAAT
* * * * * * *
1065700 TATTTCAATTCATATCAA-CTTATGCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATT-TCAAAAA
248 TGTATCTATTCACA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAT-TTATTAATATTCT-GAAAA
* * * * * * * ** *
1065762 TTATTAATTAAGGGGTTTCAAAAACGAATTTGTTTATCAAACAAGTTTGAATAATTATGACTATT
310 TTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * * * * *
1065827 TAAGCAATTATCTATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTC
373 TAA-AAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
*** * * * *
1065892 A-AGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTGAGACAATTAATAAGTAAAA
437 ATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAA
*
1065956 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA
500 GATTT-AAAAATAAATATATTTACT-AA-A
* * * *
1065986 AGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTTGTTTTG
* * * * *
1066051 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
*** * * * *
1066116 TTTTGATAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAGAAGTTCAAATAGTC
129 TTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * ** * * * ** *
1066180 ATCATTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCA-TTGTGACCTTTTTTTCGTAATAAAACAATTG
193 ATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA-ATCCTTTT-G-----AAGCAATTG
* * ** * * ** * **
1066244 TTTCAATTCTTATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAA
250 TATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATT-AA
* * * * *
1066309 GAGTAAGAGAATTAAGAAAATGAATTTGTTTA-CTGAACAAGCTCAAATAGTTATGATTATTTAA
314 TAGTAAGAG-ATTTA-AAAATGAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAA
* *** * * *
1066373 ACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCAT
376 A-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCAT
* *** * * * *
1066437 GCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAACTAAAA-AT
439 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-
* * **
1066501 TTTAAAAATAAGTCTATTTTTTTAACA
502 TTTAAAAATAAATATA-TTTACTAA-A
* * * * *
1066528 CGTTCAAATCA-TTATGACTATTTG--T-TTTGTC-A--T-AAA-C--CA--A-TTGTTT-CTTT
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTT-TTTGTTTT
* ** **** * * * *
1066578 -TCA-AACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAT--TAATAA-
64 GTCATAA-AA-C-AATT--GTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATT-AGATT--AAAATAATACTAAT
* * * * ** ** * * ** ** * *
1066637 GTAA-AAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTACCAAGTAAGTTCAAACT-GTTATGACTATTTGAAC
120 TTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--TA--AAG-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTAAAC
** * * ** * * * * * * * *
1066699 AA-TT-ATTTA-TT-TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCGTAAAATA-AT-TG-TTTCTAT
179 AAGTTCAAATAGTTAT-AACT-ATT-TGAACAATT-ATCTATC-TCAAATAGTTATGAATCCTTT
* * * * *
1066757 TCATA-CAA--GT-T-TATT----C-AG---AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATGTT-CTAA
239 TGA-AGCAATTGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAA-AATAA--TAATAAT-TTATTAA
* * * * * * * *
1066807 AAAT-T---AA-TAACT--TGA-AGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAG
299 TATTCTGAAAATTAA-TAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * ** * ** * * ** *
1066864 TCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCGAATCATTTTGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAAT
362 TTATGACTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* ** * * *
1066929 TATTTCTATTCATACAAAATTATTCATAAA-AAAAT-A-CTAATTATTACT-AT-TTCAAAAATT
426 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATATAAAT-TTACTAATATTTAAAAATT
* * * * **
1066989 AATAAG----AGATATAAAAACTAAATCTCTTTACCGATTC
489 AATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATATATTTA-CTA-AA
* * * * * * * *
1067026 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCCATCTAAAATTGGTATGA-TCTTTGTTTCGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * * * *
1067089 CCTAAAACATTTATTTCTATGCATAGAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAGTAT
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * *
1067154 TCTAAAAATTAATAAG---A-ATTTAAAAAATAAATGTGTCTGT-C-GAAC-AGTTCAAATAGTT
130 TCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGT-T-TACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * ***
1067212 A-AGATTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-TA-CCTTTTGTTTAGTTAAAAATAA
193 ATA-ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGAATCCTTTTG--AAG-CAATTGT-A
* * ** * * *
1067273 TTCTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTATTTTATTAACATTC-AAAAATT
252 -TC--T-A-TTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAA-T
* * * * * *
1067337 TAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
311 TAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
1067401 TGAACAATTATCTATTTAAAACTATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTT
373 T-AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * * * * *
1067465 TATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAG
436 CATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATATAAATTTACTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAA
* *
1067529 AGATTTAAAAA-AAATCA-GTTTATCGAATCA
499 AGATTTAAAAATAAAT-ATATTTA-CTAA--A
* * * * * *
1067559 A-TTCAAATAATTATGGCCATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTTG-TTTT
* * * * * * * *
1067622 GCCATAAAAAAATTGTTTCTT-ATCATACAATCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTAG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAA
** * * * * * *
1067686 TATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACCAATCTAGTTCAAATGG
127 TATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * **
1067750 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AA-CCTATTGTTTTATTATAAAATA
191 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATCC---T-TTTGA--A-GCAAT-
* * * * * * * * *
1067813 AATATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-ATTGTAATAATATTATAAAAA
248 --TGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATT-TATTAATATTCTGAAAA
* ** * * * * * * *
1067877 TTAATAACTAAGAGATTTAAACAAAAAATTTATTTGTCGAACCATTTCAAATAGTTAAGGCTATA
310 TTAAT-AGTAAGAGATTTAAA-AATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-
* * * * * ** * * * **
1067942 TGAACAATTCTTTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCCGTTC
372 TTAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
* *** * * * ** *
1068007 ATAGTAA-CTTATTTGGAGTAAAATAAAACAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATCAA-TAAG
437 ATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTT-AAAAATTAAT-AAGTAAA
* * * *
1068070 AGATTTAAAAA-ATAATTTCGTTTGCCGAACCA
499 AGATTTAAAAATA-AATAT-ATTT-ACTAA--A
* * * * *
1068102 A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTT
* * * * * * * * * *
1068165 GTCATAAAACAAATGTTTTTTTTCAAATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
*** * * * * * *
1068230 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGATTACTAAACTAGTTCAATTAGT
128 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* * * ** *
1068295 T-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTTTTTGTCATA-AAATAAAT
192 TATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGA--ATCCTTTTG--A-AGCAAT---T
* * * * * * *
1068358 GTTTCTATTCATAC-AGTCTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
249 GTATCTATTCACACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATTA
* * * ** * * * * * * * * *
1068422 ATAAGAAACAAATTTAAAAAATGAATCCGTTAACCTG-CCCAGTGCAAATATTTATAATTGTTTG
313 AT-AGTAAGAGATTT-AAAAATGAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-
* ** * * * * * * *
1068486 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTGTTATCA-CAAATCAATTATTTATGTTCA
374 AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCA
* * * * * ** * * * *
1068550 TAAAAGTTTATTCGAAATAACATAACTCT-AGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAT
438 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
1068614 ATTTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACA
501 A-TTT-AAAAATAAATATATTTACT-AA-A
* * * * * *
1068644 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-AAGTTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
1068708 TCACAAAATAATT-TTTGCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAGTACAAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTA-TT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * *
1068771 TATT-CAAACAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATA
127 TATTCCAAA-AATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * ** * *
1068835 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCA-TTATGACTTTTTTTTTATAAAACAATTG
190 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGA---ATCCTTT-TGAAGCAATTG
* * * * *** * * *
1068899 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAA
250 TATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGA-AAATTAA
* * ** * * *
1068963 TAAGCAAAAGATTTTAAAAACAAATATATTTA-CTGAACAAG-TCTAAATAGTCATAACTATTTG
314 T-AGTAAGAGA-TTTAAAAATGAATATGTTTATC-GAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTT-
* * * * ** ** * *
1069026 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTCATTTTAAAACAATTGTATT-AATTCA
374 AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCTATTCA
* * * ** * ** ** *
1069090 TATAGGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAATTAACGAGTAAGAGA
438 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * *
1069154 TTTATAAAATGTATCTGTTTACTGAACA
502 TTTA-AAAATAAATATATTTACT-AA-A
* * * *
1069182 AGTTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * *
1069247 CATAAAACAATTGCTTTTGTTCCTACAAGTTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACT-AATTTAATAATA
* * * * * *
1069311 TTCCAAAAATTCATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTAATTT-TTGAACACA-TTCAAATAG
129 TTCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTTAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACA-AGTTCAAATAG
* * * * ** *
1069373 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
191 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGA---ATCCTTTTG-----AAGCAAT
* * * * * * *** * *
1069438 TGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAGCGTAATTTATTAGTATTC-CAAAATTT
248 TGTATCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAA-TT
** * * * * * * *
1069502 AATAACAAAAGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTA-CCAAGCAAGCTCAAATAGTTATGATTGTTT
312 AATAGTAAGAGATTT-AAAAAT-GAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
1069566 GAATAATT-TTTTTTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
374 -AAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* ** * ** ***
1069630 TACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTGGTTGGAG
438 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAG
* *
1069694 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
501 ATTT-AAAAATAAATATATTTA-CTAA-A
* * * * * *
1069723 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTAGTTTT-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTTG
* * ** * * * **
1069787 TCGTAAAACAATTATTTCAGTTCACACAGAAC-TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTGTTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
** * * * *
1069851 ATTTTAAAAATTAATAAG---GGA-TTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAATC-AG-TCTAAATA
128 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACT-AAACAAGTTC-AAATA
* * *
1069910 GTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCT
190 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCT
1069939 TAAACCATTA
Statistics
Matches: 12884, Mismatches: 2785, Indels: 2255
0.72 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (526 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
CCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA
ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAATCCTTTTGAAGCAATTGTATCTATTCAC
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATT
TAAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAATTATCTATTTCA
AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATATAAATTTACTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATATTT
ACTAAA
Found at i:1054982 original size:18 final size:18
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Indices: 1054959--1055014 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
1054949 CATAAAACAC
1054959 ATTTAAATAGTTATGACT
1 ATTTAAATAGTTATGACT
* *
1054977 ATTTAAATAATTAT--TT
1 ATTTAAATAGTTATGACT
1054993 ATTTCAAATAGTTATGAC-
1 ATTT-AAATAGTTATGACT
1055011 ATTT
1 ATTT
1055015 TGTTTTGTCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 6
0.76 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.16
17 9 0.29
18 17 0.55
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAGTTATGACT
Found at i:1055190 original size:216 final size:216
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Indices: 1054745--1055165 Score: 476
Period size: 216 Copynumber: 2.0 Consensus size: 216
1054735 ACTGAAACAG
*
1054745 TTCAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATCCATCTTAAATCAATATGATCTTTATTTTGTAAT
1 TTCAAATAGTTATGACTAATTAAATAATTATCCATCTTAAATCAATATGATCTTTATTTTGTAAT
* * * * *
1054810 AAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCC
66 AAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCATATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCC
* * * * * *
1054875 AAAAATTATTAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACTAGCTCAAATAGTTAAGA
131 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGCTCAAATAGTTAAGA
* *
1054940 CTACTTTATCATAAAACACAT
196 CTACTTAAACATAAAACACAT
* ** * *
1054961 TT-AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTAT-TTCAAAT-AGTTATGA-CATTTTGTTTTG
1 TTCAAATAGTTATGACTAATTAAATAATTATCCATCTT-AAATCA-ATATGATC--TTTATTTTG
* * * * * * *
1055022 TCATAAGACAATTGTTTCTATCCATACATGCATATTT-GAAATAAAATAATACTAGTTTATTCAT
62 TAATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCATATTTAG-AATAAAATAATACAAATTTAATAAT
* * *
1055086 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAGCAAGTTCAAATAGT
126 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGCTCAAATAGT
* *
1055150 TATGACTAGTTAAACA
191 TAAGACTACTTAAACA
1055166 ATTATTTTAT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 31, Indels: 11
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
214 4 0.02
215 80 0.47
216 85 0.50
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (216 bp):
TTCAAATAGTTATGACTAATTAAATAATTATCCATCTTAAATCAATATGATCTTTATTTTGTAAT
AAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCATATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCC
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGCTCAAATAGTTAAGA
CTACTTAAACATAAAACACAT
Found at i:1055348 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1055061--1055384 Score: 447
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
1055051 GCATATTTGA
* *
1055061 AATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT
* * *
1055126 ATTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTTTATTTCAAA-TAGTTATG
66 ATTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTAATGACCAGTTAAACAATTATTCTATTTCAAATTA-TTATG
* *
1055190 ATCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATAAGTTTATTTAG
130 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATAAGTTTATTTAG
* * ** *
1055230 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC
* * * * *
1055295 TGTTTACTGAA-CAAGTTTAAATAGTAATGTCCATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTATTAT
65 TATTTACT-AAGCAAGTTCAAATAGTAATGACCAGTTAAACAATTATTCTATTTCAAATTATTAT
1055358 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
129 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1055385 GTTTCTATTC
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 17, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 86 0.64
170 47 0.35
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT
ATTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTAATGACCAGTTAAACAATTATTCTATTTCAAATTATTATGA
TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATAAGTTTATTTAG
Found at i:1055417 original size:742 final size:744
Alignment explanation
Indices: 1054199--1055681 Score: 2074
Period size: 742 Copynumber: 2.0 Consensus size: 744
1054189 TATTTTTTCT
* * * *
1054199 AAACACGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTGTGT
1 AAACACATTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTGTGT
* * * ** *
1054264 TTTGTCATAAATCAACTATTTTTGTTCATACAAGTGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTAGT
66 TTTGTCATAAATCAACTATTTCTATCCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTAGT
* * * *
1054329 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGTTCAAA
131 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACTAAGCAAGTTCAAA
*
1054394 TAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGCATAAAGCA
196 TAGTTATAACTGTTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGCATAAA-CA
*
1054459 ATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAC
260 A----TTCAATT--CACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAC
* *
1054524 TAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT
319 TAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTT
* *
1054589 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
384 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
*
1054654 TGAAAAGTTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTA
449 TGAAAAGTTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATGTTAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * *
1054719 AAAATTAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATCCATCTTA
514 AAAACTAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAG-T-TGACTAATTGAACAATTATCCATCTCA
*
1054784 AATCAATATGATCTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAG-ATT
577 AATCAATATGATCTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTAGAATT
* * *
1054848 AAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTATTAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATATGT
641 AAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATATGT
* * *
1054913 TTGCTAAA-CTAGCTCAAATAGTTAAGACTACTTTATCATA
705 TTGCCAAACCAATC-CAAATAGTTAAGACTACTTTATCATA
* * * *
1054953 AAACACATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGT
1 AAACACATTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTGTGT
* * * *
1055018 TTTGTCATAAGA-CAATTGTTTCTATCCATACATGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTAT
66 TTTGTCATAA-ATCAACTATTTCTATCCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTAG
*
1055082 TCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-A-AAAATAAATCTATTTACTAAGCAAGTTCAA
130 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACTAAGCAAGTTCAA
* * *
1055145 ATAGTTATGACTAG-TTAAACAATTATTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTTTTTTGTCAT-A
195 ATAGTTATAACT-GTTTAAACAATTA-TTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTG-CATAA
* * * *
1055208 A-AA-T-AATT-ATAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
257 ACAATTCAATTCACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAA
* * *
1055269 TAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAGTAATGTCCATTTGA
322 TAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTGA
* * *
1055333 ACAATTATCTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATG
386 ACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATG
* * * *
1055398 CAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTACTAATATGTTGAAAATTAATAAGAGATTTAA
451 -AAAAGTTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATGTTAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* ** * * * *
1055462 AAACTAAATCTGTTTTTTGAAATAGTTCAAATAGTTGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT
515 AAACTAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTGACTAATTGAACAATTATCCATCTCAAAT
*** *
1055527 TGTTATGATCTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAA
580 CAATATGATCTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAA
* * *
1055592 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATGTGTTTGCC
645 TAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTGCC
1055657 AAACCAATCCAAATAGTTAAGACTA
710 AAACCAATCCAAATAGTTAAGACTA
1055682 TTAAAACAAT
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 71, Indels: 31
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
739 33 0.05
740 131 0.20
741 2 0.00
742 249 0.38
743 4 0.01
745 3 0.00
746 1 0.00
751 2 0.00
752 47 0.07
753 34 0.05
754 143 0.22
755 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (744 bp):
AAACACATTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTGTGT
TTTGTCATAAATCAACTATTTCTATCCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTAGT
AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACTAAGCAAGTTCAAA
TAGTTATAACTGTTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGCATAAACAA
TTCAATTCACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAGG
TAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATTATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGAAAAG
TTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTACTAATATGTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTA
AATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTGACTAATTGAACAATTATCCATCTCAAATCAATAT
GATCTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAATAATAC
AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTGCCAAACCA
ATCCAAATAGTTAAGACTACTTTATCATA
Found at i:1056005 original size:367 final size:355
Alignment explanation
Indices: 1055230--1056337 Score: 876
Period size: 367 Copynumber: 3.1 Consensus size: 355
1055220 GTTTATTTAG
* * *
1055230 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** ** * ** * *
1055294 TTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTAATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
65 GTGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTAATGACCATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
1055359 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATAT
130 ACCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
1055424 TTATCTACTAATATGTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTGAAATAGTT
195 TAATCTACTAACATGTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAATAGTT
* * * * * * *
1055489 CAAATAGTTGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTATTTTGTTATAAAA
260 CAAATAGTTGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATAACCTTTATTCTATCATAAAA
* *
1055554 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTAGA
325 CAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATCAGA
* * * *
1055585 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATG
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * *
1055649 TGTTTGCCAAACCAA-TCCAAATAGTTAA-GACTATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTCT
66 TGTTTACCAAA-CAAGTCCAAATAG-TAATGACCATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTAT
**
1055712 GACCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
129 GACCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATA
* *
1055777 CTAATTTATTAACAT-TTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTATCG-
194 CTAATCTACTAACATGTTG-AAAATTAAT----AAGAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTATCGA
* * * *
1055840 AATAAGTTTAAATAAATTTGACTATTTGAACAATTGATCTAACTATTTAAAGTCGTTATAACCTT
253 AAT-AGTTCAAAT--AGTTGACTATTTGAACAATT-ATCT-A-T-CTCAAA-TCGTTATAACC-T
* *
1055905 TTATTCTATCATTAAACAATTGTTTCATTTCATAGAAGCTTATCCA-A
309 TTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTAT-CAGA
* * * **
1055952 AATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAAC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* **** * * * * * ** * * *
1056017 TATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
66 TGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTAATGACCATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGA
* ** * * * * * ** * *
1056082 TCTT-TGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGA-CCATTCAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATA
131 CCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATACAAAATTATTCAGAAT-AAAATAATA
* * * * * * ** * *
1056144 TTAATTTAATAATAT-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTC-AAACCA
194 CTAATCTACTAACATGTT-GAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAA-TA
* * * * *
1056207 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATCT-TAACCTTT-TGTTTAG
257 GTTCAAATAGTT--GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGT-TATAACCTTTAT-TCTA-
* * * * * **
1056270 TCATATAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA
317 TCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATCAGA
* * *
1056309 AATAAAATAATATTAATTTACTAACATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
1056338 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 115, Indels: 64
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.00
354 121 0.20
355 57 0.09
356 8 0.01
357 63 0.10
358 19 0.03
359 25 0.04
360 4 0.01
361 22 0.04
362 43 0.07
363 11 0.02
364 1 0.00
365 4 0.01
366 11 0.02
367 162 0.27
368 51 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (355 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
TGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTAATGACCATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGA
CCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACT
AATCTACTAACATGTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAATAGTTC
AAATAGTTGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATAACCTTTATTCTATCATAAAAC
AATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATCAGA
Found at i:1056315 original size:544 final size:530
Alignment explanation
Indices: 1055222--1056338 Score: 1320
Period size: 544 Copynumber: 2.1 Consensus size: 530
1055212 AATTATAAGT
* * *
1055222 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAA
1 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAA
* * *
1055287 AATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTAATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAG-AATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * ** *
1055352 TATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAA
129 CATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATCCAAAATAAA
* * * *
1055417 ATAATATTTATCTACTAATATGTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTGA
194 ATAATATCTATCTACTAATATGTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTGA
* * * ** *
1055482 AATAGTTCAAATAGTTGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTATTTTGT
259 AACAGTTCAAATAGTTGATTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTCT
* *** *
1055547 TATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTAGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
324 CATAAAACAATTGTTTCTGACCATACAAGCTTATTAGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* *
1055612 TCCAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATGTGTTTGCCAAACCAATCCAAATAGTTAA
389 TCCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAATGTGCTTGCCAAACCAATCCAAATAGTTAA
*
1055677 GACTATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTCTGACCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
451 GACTATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTCTAACCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
1055742 TCAATTCATACAAGC
516 TCAATTCATACAAGC
*
1055757 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAAT-GAGCAAGAGATTTAGA
1 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAG-GCAAGAGATTTA-A
* *
1055821 AAAATAAATCTATTTA-TCGAATAAGTTTAAATA-AATTTGACTATTTGAACAATTGATCTAACT
63 AAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTTAAATAGAA--TGACCATTTGAACAATT-ATCT-A-T
* * * **
1055884 ATTTAAAGTCGTTATAACCTTTTATTCTATCATTAAACAATTGTTTC-ATTTCATAG-AAGCTTA
122 -TTCAAA-TCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-GCAAAATTA
*
1055947 TCCAAAATAAAATAATA-CTACTTTACTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
183 TCCAAAATAAAATAATATCTA-TCTACTAATATGTT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
*
1056010 CTAAAACTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT
242 CTAAAACTATTTTTTGAAACAGTTCAAATAGTTGAT---TATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT
* * * * *
1056074 CATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGACCATTCAAGCTTATTTGGATAAAAA
304 CATTATGATCTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGACCATACAAGCTTATTAGAATAAAAA
* * *
1056139 TAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTCAA
369 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAT-AATGTGCTTGCCAA
* * * * * *
1056203 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TCTTAACCTTTTGTT
433 ACCAATCCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTC-TAACCTTGTGTT
* * * *
1056267 TAGTCATATAATAATTATTTTAGTTCATACAAGC
497 TAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGC
* *
1056301 TTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTACTAACATTTA
1 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTA
1056339 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 64, Indels: 42
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
534 4 0.01
535 55 0.11
536 44 0.09
537 4 0.01
538 1 0.00
539 1 0.00
540 10 0.02
541 69 0.14
542 2 0.00
543 17 0.03
544 133 0.27
545 44 0.09
547 109 0.22
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (530 bp):
TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGAATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATCCAAAATAAAAT
AATATCTATCTACTAATATGTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTGAAA
CAGTTCAAATAGTTGATTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTCTCA
TAAAACAATTGTTTCTGACCATACAAGCTTATTAGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
CAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAATGTGCTTGCCAAACCAATCCAAATAGTTAAGACTA
TTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATTCTAACCTTGTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAT
TCATACAAGC
Found at i:1057365 original size:361 final size:358
Alignment explanation
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1056436 AGCACATTTG
* * * * * * * * *
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* * * * *
1056510 TCTAT-TTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACCATTATCTATTTCAAATCA-T-
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * ** **
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* ** * * * *
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* * ** * *
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** * * * * * * * *
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254 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* *
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* * *
1057156 GAATAAATTAATA-TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTCTAAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATT-T-AAAAAATAA
* * *
1057220 ATATGTTATGGAA-AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTAT
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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255 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * **
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319 TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-A
** * * * *
1057518 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAGTTAATAAGTAAGTGATTTGAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AGAATAAA-ATAAT
* * ** * * ***
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190 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* ** * * * *
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255 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
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* * * *
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1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGA-GATTT-AAAAAATAA
* * *
1057942 ACTTAT-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCAT
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* * * * *
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* * * * * *
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188 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC
** * * ** ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
1058234 AAAGAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAA-TAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * *
1058298 TCTGTTTACCAA-ATTAGTTCAAATAATTATTG-CCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATT
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* * *** *
1058361 ATTACCTTTTG-TTTGATCATATAACAATTGTTTTTTTTATCATACAAG-TTAATTCAAAATAAA
126 ATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATACAAGCTT-A-T-AGAATAAA
* * *
1058424 ATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-------------A--TGTTTA
185 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * *
1058474 CCAAACCAGTTTAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTT
250 CCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
1058645 ATTTAT-TTGTCAAGCTAGTTCTAATAATTAGGACTATATAAACAATTATCTATTTC-AA--ATT
64 A--TATGTTATGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
1058706 AT----TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAACATAA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AGAATAAAATAA
* * * * *
1058767 -AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT
189 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * *
1058831 AA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTT
253 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * *
1058895 TCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTA
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*
1058936 GAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * ** **
1058995 TCTACTTACCAA-ATTAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAGCAATTATTTATTTTGAATTGTTA
65 TAT-GTTATGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
1059059 TGACTTTTTGTTTTATTATAAAATAATAGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA--TAGAATAAAATAA
* * * * ** * * * * * **
1059123 TACTACTTTATTAACATTTCGACAATTAATAAACAAAAAATTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGA
189 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
*
1059188 A-CA--T---AT--TTA--A--A-T---A-AA-TATCTATTTCAAATTC-TTATGA--TATT-TT
254 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
1059231 TTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCA
318 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
1059272 AAATAAAATAATTCTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAATTAAA-AGATTTAAAAAATGAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
1059336 TATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACATTTATCTATTTGAAATTACAAT
65 TATG-TTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * **
1059401 AACCTGTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTGT-TGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAAT
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTA--TAGAATAAAATAAT
* * ** *
1059464 ACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCGCTG
190 ACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
** * ** * * * *** ** * *
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253 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
1059592 TTGTCATAAAATAATTG-TTTATGTTTATACAAGCTTATT-T
318 TTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCA
* *
1059632 GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATA
1 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
1059695 AATATGTTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
63 AATATG--TTATGAAC--------A-AGT--T--C-A----AATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
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108 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * * *
1059825 TTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAA
173 TTA--TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
1059889 AATGAATTTGCTTACCGAA-TATGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAACAATTATCTATTTCAA
236 AATAAATTTGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
1059952 AACATTATGGCCTTTTGTTTT-ACATAAAATAATTG-GTTATGTTCATGCAAGCTTATTTC-
299 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTA-TTCA
* *
1060011 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
1060073 ATATATT-T--TC----TGAACATA-TTATGA-TGATTTAAACATTTATCTATTTCAAATCGTTA
64 ATATGTTATGAACAAGTTCAA-ATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
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127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGC-T-TATAGAATAAAATAA
* * ** * **
1060193 TATTAATTTATTAAAATACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACC-A
189 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
** * * ** *
1060257 AGGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTT
254 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* *
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318 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * ***
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1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * *
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* * * * * *
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127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC-AAGCTTA-T-AGAATAAAATA
* * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
1060911 ATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAGTTAGTTTATCG
188 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
** * * * * * ** * *
1060976 AATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTCTT
253 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
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* * *
1061080 GAAATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * **
1061144 ATCTATT-T-----A-TT-AAACTAGTTCT---TATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTGTTAT
64 ATATGTTATGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * *
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128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TAGAATAAAATAATA
* * * ***
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* * ** *
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1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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* * * * *
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255 CCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTT
** * **
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * ** * * * * *
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* *
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1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
* * **
1062561 ATCTAT-TTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
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* * * * * * * *
1062624 TATAACCCTTTTGGTCTATCATAAAA-AATTATATCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
125 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AGAATAAAAT
* * * **** **
1062688 AATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAATGAATCCACTTGT
187 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * ** *
1062750 CGAACCAATTTAAACAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
251 CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
1062814 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCCTATT-A
315 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
1062857 GAAAAAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTTAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAATAAATAA
1 GAATAA-AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
1062921 TTTTAT-TTTTCAAACCAGTTCCAATAGTTATAACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 --ATATGTTAT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * ** * * * * *
1062985 ATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATAG-AATAAAATAA
* * * * * * *
1063050 TACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGACATTTAAAAAGTAAATCTGCTTACCAA
189 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* * * * ** *
1063115 ACTATTTCAAATAATTTTGACTATTTA-AATTATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TA
254 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-
* * * * ** *
1063178 TATTGTCATCAAACAATTGGTTCT-GTTAATACTATTTTATTAA
317 T-TTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *** * * *
1063221 GAATAAAGTAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA-ATAAGAAAATTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * ** *
1063285 TCTAAT-TGCCTAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATCATTA
65 TATGTTATG---AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** * *
1063349 TTACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTCTTGTTTGTACAAGCTTATCTGACTAAAATAAT
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT-AGAATAAAATAAT
* * *
1063412 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTATCGAA
190 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
** * * * * * * * **
1063475 TTAGTTCATATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTATTGA
255 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *
1063540 GTTC-TAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTA
320 G-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * ***
1063579 GAATAAATTAATACTTATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * **
1063644 CTAT-TTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTA-TTG----ATTATCTA-TTAAAATTGTTAT
65 -TATGTT-ATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** * * *
1063702 AACATTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTAAATACAAGCTTAGACAGAATTAAATAACA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT--ATAGAATAAAATAATA
** * * * * ** * * *
1063767 CTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAAATAAAAAAATAAACCTATTTACCAAAT
191 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * **
1063832 TAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCT-TTTCAAATCATTATGACCTTTTAG-TTT
256 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTT
* * *
1063895 GTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
320 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
1063934 AAATAAAATAAAACTAA-TTATTAA-ATTTAAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
1063997 TTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTGA-
66 ATG-TTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-AT
* * * * * *
1064061 AACC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTA-ATCATAGAAGCTTATTCAG-TTAAAAATAA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-T-AGAAT-AAAATAA
* * * * * * * *
1064123 TGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAGAAATAAATGTGTGTGCTGA
189 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* * * * *
1064188 ACCAGTTCAAATAATTA-AACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTT
254 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * **
1064252 AGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTG
319 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCA
* * ** * *
1064292 GAATAAAATAATCCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTGATAAGCAAA-AGGTTTGAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * **
1064356 ATCTGCTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTA
64 ATATG-TTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
1064421 TGACCTTTTCTCTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-CCAAAGCTTATCCA-AATTAAAATA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTAT--AGAA-TAAAATA
* * *
1064484 ATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
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* ** * ** * * * *
1064548 AAATAAGTTCAGATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGT
252 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
*
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317 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * ** **
1064654 GAAATAAAGTATTAGTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAAT----AAGTTA-TTAAAAAAGTGA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAA-T-A
* ** * * * * *
1064714 ATCTAT-TTATAGAATTAGTTCAAATAATTGTG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGT
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* * * * **
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125 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTA--TAGAATAAAAT
* * * *
1064841 AATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
187 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * *
1064902 AAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATCATTATAACCTTTT-
252 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
1064965 TTTATGTTATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAGCATATTCA
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* * * * **
1065009 AAATAAAAGTAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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254 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
*** * * * * *
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*
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1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * **
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1 GAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * ** **
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* ** * * *
1065853 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCA-AGCAAGCTTATTTTGAATAAAATA
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-CAAGCTTA--TAGAATAAAATA
* * * * * *
1065917 ATA-TAAATTTATTAACA-TTGAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
188 ATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * * * ** *
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**
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* * * *** *
1066089 GATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** *
1066152 TATGTTTACTGAAGAAGTTCAAATAGTCATCATTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTGT
65 TATG-TTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
1066217 GACCTTTT-TTTCGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCTTATAAACTTATTTGAAATAAAATAATA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TAG-AATAAAATAATA
* * *
1066281 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAGAAAATGAATTTGTTTACTG
191 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * *
1066344 AACAAGCTCAAATAGTTATGATTATTTA-AACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGT
253 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* **
1066408 TTTGTCATAAAACAATTGGTTTT-GTTCATGCAAGCTTATTTT
317 TTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* *
1066450 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA
1066493 CTAAAAATTT
Statistics
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Consensus pattern (358 bp):
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AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
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1056447 AATAGAATAAAACAAATATATTAACATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAATATAATTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
1056686 TATTTACC-AATCCATTTCAAACAGTTTTGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
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* * * * ** *
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* * ** * * ** * *
1056796 AATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAACTTAACAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * ** **
1056861 TATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
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* ** * * **
1056926 CCTTTTCTTTTGTTGTAAAAGAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCTG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AA
* * * ** * *
1056976 ATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * ** * * * *
1057041 TGCTTACCGAATTAGTTCGAATAGTTAAGACTATTACAACAATTATCTATTTGAAATCGTTCTAA
66 TATTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
1057106 ACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AA
* * * * *
1057157 AATAAATTAATA-TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTCTAAAAAAATAAA
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** * * *
1057221 --TATGTTATGGAA-AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTA
64 TCTAT-TTACCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * **
1057283 TAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTGGATGG
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT--ATAA
** * * *
1057337 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAGTAATAAATTTAAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
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* ** * ** *
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128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AA
* * * * *
1057518 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAGTTAATAAGTAAGTGATTTGAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *** * * * * *
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* * * ** * * * *
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130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TAA
** * * * ** *
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* * *** * ** * * * *
1057762 GTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTG
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* * * **
1057827 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATTTTACAAGCTTATTGAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTA-T-AA
* * * * *
1057879 AATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGGATTTGAAAAAATAAA
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* *
1057943 -CTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCATT
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * ** ** *
1058119 TTTTTTACTGAACAAATAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATTGTAATGA
65 CTATTTACCGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
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* *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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* * * * * *
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* * * * *
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66 TATTTACCGAAC--------A-A-T--T--C-A----AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
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1059829 TTAA
176 -TAA
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1059833 AATAAAATAATACTATTTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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66 TATTTACCGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * **
1059962 CCTTTTGTTTT-ACATAAAATAATTGGTT-ATGTTCATGCAAGCTTATTTCG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTA--TAA
* ** *
1060012 AATAAAATAATA-TAAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
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1060131 ACCTTTTGTTTTGTTAT-AAACAAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCATATTTGG
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* * *** *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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* * * *
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129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-T-AA
* * **
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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65 CTATTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
* * * * * * *
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*
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TAA
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1060723 AATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TGCAAAACATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAA-AAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTAAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
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* * * * *
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* * * * * * *
1060903 AAT-TAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAGT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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66 TA-TTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
1061031 AACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA--TCATACAATCCTATTCGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AA
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1061082 AATAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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1061147 TATTT--------ATT-AAACTAGTTCT---TATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTGTTATAA
66 TATTTACCGAACAATTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * * **
1061200 CCTATTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTTATATAAACTTATTTGG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TAA
* * *
1061251 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *** * * * * * * * *
1061315 TTGTTTGTTGAAGCAGTCCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTTCAAATTC-TTAT
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* * * * * * **
1061379 GACCTTTTG---T-T-ATAAAATAATTGCTTCAATTTATATAAACTTATTTGG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TAA
* * *
1061427 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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1061491 TTGTTTGTTGAAGCAATCCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTTCAAATTGTTATG
65 CTATTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
1061556 ACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCAGTTCATACAACCTTATTCGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AA
* * * * * *
1061608 AATACAATAAAACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
1061672 CTATTTACCAAATCAATTCAAATAATAATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTAT
65 CTATTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTAT
* * ** * * ** *
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128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCA-TACAAGCTTA--TAA
* * *
1061789 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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1061854 TGTTTACTGAACTAGTTTAAATAATTTTGACTATTTGAATAGTTGTAAACTTGAAATCGTTAT-A
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* * * * * * **
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130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-AA
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1061969 AATAAAATAACACTCATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACCAAGAGAATTAAAAAA-AATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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66 TATTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
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130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TAA
* * * * * *
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1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT--ATAA
* * ** * *
1062327 AATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATT-A-AA--AAGTGATTTGAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
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66 TATTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * *
1062453 TTTTTTGTTCTGTTAT-AAACAATTGCTTTTCA--ACATACAAGCTTTTTTGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGC--TTATAA
* * *
1062503 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-ACATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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66 TATTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
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* * *
1062680 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT-AAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * ** *
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* *
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129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTA-TA-A
* * * *
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1 AATAA-AATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
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64 TCTATTTACCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * * * * *
1062987 TACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-AT-AA
* * *
1063040 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGACATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * ** *
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* * * * * **
1063170 CCTTTT-TATATTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTAATACTATTTTATTAA
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* * * ** * * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * *
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65 CTATTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** **
1063351 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTCTTGTTTGTACAAGCTTATCTG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT-AA
* * * * *
1063401 ACTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATTT-AAAAA-AAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * *
1063464 TGTTTATCGAATTAGTTCATATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGA
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* ** * *
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130 CCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TAA
* * * ** *
1063580 AATAAATTAATACTTATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** *
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* * * ** *
1063704 CATTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTAAATACAAGCTTAGACA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATA-A
* * *** * * * * *
1063754 GAATTAAATAACACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAAATAAAAAAATAAAC
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* * * * * * * **
1063819 CTATTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCT-TTTCAAATCATTATG
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* ** *
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* * * * *
1063935 AATAAAATAAAACTAA-TTATTAA-ATTTAAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
1063998 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTGA-A
66 TATTTACCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATG
* * * * *
1064062 ACC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTA-ATCATAGAAGCTTATTCA
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** * * * * *
1064112 GTTAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAGAAATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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1064177 GTGTGTGCTGAACCAGTTCAAATAATTA-AACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTG
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1064293 AATAAAATAATCCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTGATAAGCAAAAGGTTTGAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
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1064358 CTGCTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATG
65 CTATTTACCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
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* * * *
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* * * *** * *
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** * * * * * * *
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* * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *** ** * * * **
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * ** * ** **
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* * * * *
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** * * * * **
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* * **
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* * * ** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * *
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*
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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**** * * * * *
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* *
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** * * ** *
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* * *
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* *** * * * * * *
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* ** * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** * * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* ** * * *
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* ** * * *
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* * * **
1060354 TTTATTCGAAATAGAATAATACTAATTTATAAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAA
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * *** * * * *
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* * * * *
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* * * *
1060714 GCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTGCAAAACATTAATACA-CAAGAAATTT
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* * * * *
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*** * * * *
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* * * * * *
1060905 T-TAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAGT-TA
255 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
1060968 GTTTATCGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAGCAAT
320 -TTTATCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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** ** * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * *** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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*
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* ** * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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** * * * * ** * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** ** * *
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* * * *
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* ** * **
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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**
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* *****
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * **
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *** * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * **
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** ** * * * *
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* * ** **
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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191 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAAAAGTTTA-TTGAAATAAAATAA
** ** *
1069655 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCA
254 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATC-AGTTTA-CG
* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGAACTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTATCATACA-ATCTTAT
* * *
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* * * * **
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126 AAATCTGTTTAC-CAATCAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAAT
* * * * * * * * * * *
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188 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAAAAGTTTA-TTGAAATAAAA
*
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * ** ** * *
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* * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TCATAAAACAATTATTT-TGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * * * ** * *
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65 TT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATT
** * * * * * * * *
1078982 ATTACTATTTGAACAACTGTCTATTTAAAATCGCTATGACATTTT-TTTT-
129 AAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * *
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128 TAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
1079211 TTATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTACTTGA-AATAAAATAATACTAATTCATTAAT
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*
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**
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* *** *
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* * **
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* * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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** *
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* * * * * * * *
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* *
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* * ** * * **
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**
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** * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *** * * * ****
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* *
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*** * ** *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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** ** *
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* * * * * ** **
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* * ** * *
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* * * * *
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** * * *
1079222 TTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTACTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAAT
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* *** * **
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * *** *
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* * * *
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** ** ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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**** * * *
1080784 CACAAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATAAACTTTTTGCTCT
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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Consensus pattern (347 bp):
ATCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAATTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGATCAACAGTTGACTATTTGAACAATTACATATTTAA
AATCATTAAAACCTTTTGTTCT
Found at i:1080481 original size:176 final size:173
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1079370 CTATAAGAAT
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATA
*** *
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* * * * * *
1079506 TTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
123 TT-AAAAAATAAATCTGTTT-TC-AAGCAA-TTCAAATAATTATG-CTATTTCAAC
* * * * ** *
1079561 AACTAAT-T-TTCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTACTTCAGTTCATA
1 AA-TTATCTATT-TCAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA
* * *** ** * *
1079624 AAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAACTAATAAGTAAGAGAT
63 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCT-AAAAA-T--TAA-TAAGTGAT
* * * ** *
1079688 TTAGAAAAATAAATGCATTTTTTGAA-CAAATTCAAATAGTTGCGACTATTTGAAC
123 TTA-AAAAATAAAT-C-TGTTTTCAAGC-AATTCAAATAATTATG-CTATTTCAAC
* * * ** * *
1079743 AATTGTATATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
*
1079808 AGCTTATTTGAAATAAAATAAT---AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGTGATTTA
65 AGCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCTAAAAA-T--T-AATAAGTGATTTA
* * * * ** *
1079870 AAAAGTGAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAC
126 AAAAATAAATCTGTTT-TC-AAGCAATTCAAATAATTAT-GCTATTTCAAC
* * *
1079921 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTC-A-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATA
* * ** * * *
1079984 CAATCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
63 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGATTTAA
** * * *
1080048 AAAATAAATCTGTTTATC--G--A--C--GCAGTT-T-CTATTTGAAT
127 AAAATAAATCTGTTT-TCAAGCAATTCAAATAATTATGCTATTTCAAC
* * * * * * * *
1080086 AATTACCTATTTCAAATCATTA-AAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCGTAC
1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
* * * * *
1080150 AAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
64 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-AAAATTAATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGTGATT
* * * * ** *
1080214 TAAAAAATAAATCTATTTGCCGAAGCAATTCAAATAGTTAAGACTACATGAAC
124 TAAAAAATAAATCTGTTT-TC-AAGCAATTCAAATAATTATG-CTATTTCAAC
*
1080267 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
*
1080332 AGCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAA
65 AGCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAA
* * * *
1080397 GTGAATCTGTTTATCGAATCAATTCAAATAATCATGCTATTTCAAC
130 ATAAATCTGTTT-TC-AAGCAATTCAAATAATTATGCTATTTCAAC
*
1080443 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAATA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATA
* * **
1080506 CAAG-TCTA-TTCAGAATAAATTAATATTAATT-ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG
63 CAAGCT-TATTTGA-AATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT----G
* * * *
1080567 ATTTAAAAAATAAATCAG-TTT--A-C--TT-AAACAA-T-TCCTATTT-GAC
121 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCAAGCAATTCAAATAATTATGCTATTTCAAC
* * * * * * * *
1080610 TAATTACCTATTTTAAATTATTAT-AACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTG-TTCAGTTTATA
1 -AATTATCTATTTCAAA-TATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA
* * *
1080673 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAA-TAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAAAT
63 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAA-AAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT--G--AT
* ** * * * *
1080737 TTAAAAAATAAATCTATTTGTCAAGGCCGTTCAAACAGTTAAG--ATTACACAAAC
123 TTAAAAAATAAATCTGTTT-TCAA-GCAATTCAAATAATTATGCTATT--TC-AAC
* * * * *
1080791 AATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTTGCTCTGTCATAAAACAACTGTTTCAGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
* *
1080856 AAGCTTATTT-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTGATTTAAA
64 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGATTTAAA
* * * * * * *
1080919 AAGTGAATCTGTTTGCTAAATCATTTCAAATAATTATGGTCATTTCAAT
128 AAATAAATCTGTTT--TCAAGCAATTCAAATAATTATGCT-ATTTCAAC
* * * * * * * * ** *
1080968 AATGATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGA-TCATTC
1 AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATAC
* ** * * *
1081032 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTC-CAAAATTAATAAGT
64 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
1081087 AAGCAATTTA
Statistics
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AATTATCTATTTCAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
GCTTATTTGAAATAAAATAATAAAAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAA
TAAATCTGTTTTCAAGCAATTCAAATAATTATGCTATTTCAAC
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1076826 ATAATCCAAC
* * * * * * * *
1076836 AATTACCTATTTCAAATCATTCTGATCGTTTT-TT-AATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAC
1 AATTACCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATT-GTTCAGTTCATAC
* * * ** *
1076899 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAATAAGAGATTT
64 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * * ** * * * * ** *
1076964 AAAAAAATTAATATGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATTGATATGACTATTTGAATAATTATCTATT
129 -AAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATT
* * * ** * ** ***
1077028 TAAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAAAAATTTATCCA
192 TCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
1077093 AAATAAAATAATACTAGTTCATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAA
256 AAATAAAATAATA-AAATTTATTAATA-TTCTAAAA--ATTAA-TAAGTGATTTAAAAAGT-GAA
** * * * * * * * * * * **
1077158 T-TGTTTTTCGAA-CTAGTTCAAATAGTTACGACCATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCGCCA
315 TCTGTTTACCAAATC-AATTCAAATAATTATG-CTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
1077221 TGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATACCAG-CTTATTTG-GATAAAAATA
378 TGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTC-TATTCGAAAT-AAAATA
* ** ** *
1077283 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTC-
441 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCG
* * *
1077347 AAATTAATTCAAATGGTTAAGATTATTAGCAT
506 AAA-CAATTC------CT---A-T-TT-GAAT
* ** * * * * *
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1 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTA-TTATAAAATAATTGTTCAGTTCATACA
* * * *
1077443 AGCTTATTCAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAGATTAATAAGC-AAGAGATT
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* * * * ** * **
1077505 TGAAAAAATAAATATGTTT-ACTGAA-CAAACTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTA
128 T-AAAAAATAAATCTATTTGTC-GAAGC-AATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTA
* * * * * * * **
1077568 TTTAAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCC
190 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
1077633 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
255 GAAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCT
* * ** * * * * * *
1077697 GTTTATCGAATCGGTTCAAATAGTTATTGCCATTTGAACAATTATATATTTTAAATCA-TTATTA
318 GTTTACCAAATCAATTCAAATAATTA-TGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA
* * * * * *
1077761 CCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAG-CTTATTAGAAATAAAATAATAC
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* * * **
1077825 TAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-ACTAAGAGATCT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAAAT
445 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT------AT
* * *
1077885 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAT
504 CG---AAACAA-T-T-CCTATTTGAAT
* * ** * * * * ** *
1077912 AATTATCTATGTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTAATTTTGTTCATATA
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATT-GTTCAGTTCATACA
* ** * * ** *
1077977 AGTTTATTTTGAATAAAATAATAGTAATGTAATAATATTCTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTA
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
* * * * * * * * *
1078042 AAAAATAAGTCCATTTATTGAA-CTAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTC
130 AAAAATAAATCTATTTGTCGAAGC-AATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTC
** ** ** * ** *
1078106 AAATTTTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATAAAAATTTA-TTCAG
194 AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-
* * * *
1078169 AATAAAATAA-AACTAATTTGTTAATATT-TCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
257 AATAAAATAATAA--AATTTATTAATATTCT-AAAA--AT-TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAA
* * * * * *
1078231 TTCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
315 -TCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTAT-GCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * ** * * * *
1078296 T-TACATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAA
378 TGAACA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTCTATTCGAAATAAAATAA
* * **
1078360 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTA-CT
442 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-
* * *
1078423 AAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATATGAAT
505 GAA--A---C--A-A---TT-CCTATTTGAAT
* * * * * * * *
1078455 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACGTTTTATTTTGTCATCAAACA-AATGGTTCTA-TTCATA
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTAT-AAA-ATAATTGTTC-AGTTCATA
* ** * * ** * * * *
1078518 CTATTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAAT
63 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
* * ** ** * * * * **
1078583 TAAAAGATAAATATAACTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATTT
128 TAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTT
**
1078648 CAAATCATTAT-AACCATTTT-TTTTGTCATAAAACAAT--TTAT-TGTTCATACAAGCTTATTT
193 CAAATCATTATGAA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTT-TCAATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
1078708 GGATTGAAATAATACAAATTTAATAATGTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
255 GAAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGA
* ** * * * * ** * * *
1078772 ATTTGTTTACTGAA-CTAGTTTATATAATTAATACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTT
314 ATCTGTTTACCAAATC-AATTCAAATAATT-ATGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * * * * *
1078836 CTAAACTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATTG--TTTCAGTTCATATAAG-CTTATTC-AGAATGAA
377 ATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGTC-TATTCGA-AATAAA
* * * * *
1078897 TTGATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TT
438 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTT
* *
1078960 TA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC
501 TATCGAAACAA-TTC------------CTATTTGAAT
* ** * ** * * * * * *
1078996 AACTGTCTATTTAAAATCGCTATGACATTTT-TT-T-TTCATGAAACAATTGTTTTAGTTAATAC
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATT-ATAAAATAATTG-TTCAGTTCATAC
** *** * * **
1079058 AAATTTATACGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCC-AAAATTAATAAGTAAGAGACG
64 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
* ** * * * * * ** * *
1079122 TAAAAAATAAATTTATTTACCGAATCAATT-AAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTC
128 TAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTT
* * ** *
1079186 CAAATCATTAT-AAGCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTACTTG
193 CAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
1079249 AAATAAAATAATACTAATTCATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
256 AAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAA
* * ** * * ** * * * * *
1079312 -ATGTGTAAGAGATTTAA-AAAAATAAATGTG-T-TTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA
315 TCTGTTTACCA-AATCAATTCAAATAATTATGCTATT-TC-AA-CAATT---AT--CT---A-TT
* * * * * * * *
1079373 TAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAATCTTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-A
367 TCA-AAT-A--GT-TA--T-GAA-C-AT-T--T-GT-TTT--GTCATAAAACAATTGTTT-TTCA
* * *
1079437 TCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATCCTAATATATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTA
414 TCATACAAGTC-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* ** *
1079500 AGATATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
477 AGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTATCG-A-AA---C--A-A--T-T-CCTATTTGAAT
* * * * * * *
1079561 AACTA-AT-TTTCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTACTTCAGTTCATA
1 AATTACCTATTTC--AAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATT-GTTCAGTTCATA
* * ** * * * *
1079624 AAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATT
63 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
* * ** ** * *
1079689 TAGAAAAATAAATGC-ATTTTTTGAA-CAAATTCAAATAGTTGCGACTATTTGAACAATTGTATA
128 TA-AAAAATAAAT-CTATTTGTCGAAGC-AATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTA
* ** ** *
1079752 TTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTT
190 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
1079817 GAAATAAAATAAT--AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
255 GAAATAAAATAATAAAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--T-AATAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
* * *
1079880 TTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
316 CTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTAT-GCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT
* * *
1079944 GAACATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAA-TCCTATTTGAAATAAAATAAT
379 GAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGT-CTATTCGAAATAAAATAAT
* * *
1080008 ACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAC
443 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA
* * *
1080069 GCAGTTTCTATTTGAAT
508 ACAATTCCTATTTGAAT
* *
1080086 AATTACCTATTTCAAATCATTAAAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCGTACA
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTG-TTCAGTTCATACA
*
1080151 AGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
65 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
*
1080216 AAAAATAAATCTATTTGCCGAAGCAATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCA
1080281 AATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
195 AATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
1080346 AAAATAATAAAAATTAATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAT
260 AAAATAAT-AAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAC
* *
1080411 CGAATCAATTCAAATAATCATGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACATTTGT
324 CAAATCAATTCAAATAATTATGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACATTTGT
* *
1080476 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTCTATTC-AGAATAAATTAATATTAA-TTAT
389 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTCTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
*
1080539 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CTTAAACAATTCCT
453 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAAACAATTCCT
*
1080603 ATTTGACT
517 ATTTGAAT
* * * *
1080611 AATTACCTATTTTAAATTATTATAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTCAGTTTATACAA
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTCAGTTCATACAA
* * * *
1080676 GCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAA
66 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
** * * **
1080741 AAAATAAATCTATTTGTC-AAGGCCGTTCAAACAGTTAAGATTACACAAACAATTATCTATTTCA
131 AAAATAAATCTATTTGTCGAA-GCAATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
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258 ATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTT
* * * * * * * * * * *
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321 TACCAAATCAATTCAAATAATTATGCT-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACAT
* * * * *
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* * * *
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511 ATTC
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ATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
AAATAATAAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCA
AATCAATTCAAATAATTATGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACATTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAAACAATTCCTATTT
GAAT
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* *
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1 AATTTATTAAGATTTAAAA
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1 AA
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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** ** * * *
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* * * ** * * *
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* * **
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* ** * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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** * *
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1 A-TTCAT-ATAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * **
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* * *
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126 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * *
1083245 AGTCATA-CAGC-TATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATA-TTC-TAAATTAATAAGT-
1 ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** * * *
1083305 ----ATTTAAAAAATGAATTTGTTTATAGAA-TAGTTCAAATA-TTGTGAC-ATTTGAACAATTA
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* *
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* * *
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* * *
1083467 -AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-TTATTTGAACAAT
64 TAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * *
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128 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* ** * *
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* * * * * * * * * *
1083640 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTAAAATAATTAAGAGTATATGAAC
61 AAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* *
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* *
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1 -ATTCATA-TAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
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62 AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * *
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125 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATAA-TTGTTTC
* * * * *
1083941 GTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TA
1 ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
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66 AGAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * *
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130 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * * * ** *
1084117 TATTCATACAAACTTA-TCCAGATTAAAATAATATTAATTTATTTATATTTTGAAAATTAATAAT
1 -ATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
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* * * *
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***
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1084326 ATGTCTTACT
Statistics
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CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
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1081113 TATCGAACCA
* * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
1081312 CTTA-TTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT-TATAAG-ATTTAAAAAA
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* * * * * * *
1081374 ATATTTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATATTTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
254 A-A-ATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
1081438 -GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTT-TGTTCATATAAG-TCT-GTTCAAAAT
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** * *
1081499 AAAGA-AATATTAATCTGTTAATATTTCAA-AAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTA
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* * *
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** * * * *
1081623 TTTTTGTCCTATTATAAAACATTTGTTTTT
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*
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* * *
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* ** * * * * * * * *
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*
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* * * *
1081913 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGC
254 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
*
1081978 TATAACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATA
319 TATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATA
** * * *
1082043 ATGCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCG
383 ATAAAAATTTATTAATATTAAGA-AATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
* **
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*
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* * * * * *
1082193 GTTCATACAAGGTTATTCGGATTAAAATAATATTAA-TTATTAATATTT-TGACAATTAATAAGT
1 ATTCATAAAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAG-CAAATAATAAGT
* *
1082256 AAAAGA-TTA-AAAA-AAAAATGTTTACCGAA-TAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAAT
65 AAAA-ATTTACAAAATAAAAATGTTTACCGAACT-AGATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAAT
* * *
1082317 TAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTATTTCAATTTAAATTAGC
128 TATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTCAATTTATATTAGC
** *
1082382 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAGTGACTAAGAGAATTAAAA
192 TTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-T-A-TAAGA-ATTTAAAA
* * * * * ** * * *
1082447 AATAATTTGTTTACTGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTACCTAAATAATTATTTATTTCAAAAC
252 AAAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * ** ** **
1082512 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAA
317 GTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAA
*
1082577 TAATAAAAATTGATTAATATTACAGAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-T
381 TAATAAAAATTTATTAATATTA-AGAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * ** *
1082640 CTAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGATCTTTT
444 C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAT-TTTT
* * *
1082705 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTT
507 GTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCT
* *** * * ** * * * * * * * * * *
1082730 AAATC-T-CTTGGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATCAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
1 -ATTCATAAAAGCTTATTCA-GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA--GCAAATAA--
* * * ** * * * * **
1082793 T-TGT--ATA-TT-CATAAACAATTAT-TTTA-TG-A-TAGAACAAA-AGGTTATAACAATTTG-
60 TAAGTAAAAATTTACA-AAATAAAAATGTTTACCGAACTAGATCAAATA-GTCATGATTATTTGA
* * * * * *
1082847 A-AA-TA--GA--T-AAAT-ATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTA
123 ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATATTTCA-AT-TTA
* * * * ** * *
1082904 CA--AGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACGTTCAAAAAATTGATA-AGCAAAAG
185 TATTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATATA--AGAA-
* * * * * * *
1082966 GTTTGAAAAAATAAATCTGCTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
245 -TTT-AAAAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * *
1083031 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTCTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATCAAAGCTTA-
307 ATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATAAAAGCTTAT
* ** * * *
1083094 TCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAA-AAATTAAAAAG-CAAGAGTTTAAAAAA
370 TTCAAA-TAAAATAATAAAAATTTATTAATA-TT-AAGAAATTAATAAGAAAAGA-TTT-AAAAA
* * * * * ** *
1083157 ATAAATTTGTTTA-CCAATAA-TT-AGATAG-TACAACTATTTGAA-AATT-GTTA-TT--AATC
430 ATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
** *
1083213 A-TATGACCTTTTGTTTT-TTAT-AAA-A-TTGTTT-T
495 ATTAT-AATTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCT
* * * * * *
1083245 AGTCAT-ACAGC-TATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATA-TTCTA--AATTAATAAGT
1 ATTCATAAAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AGCAAATAATAAGT
* * ** ** * ** * *
1083305 ----ATTTAAAAAATGAATTTGTTTATAGAA-TAGTTCAAATA-TTGTGA-CATTTGAACAATTA
65 AAAAATTTACAAAATAAAAATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTA
* * * ** * **
1083363 TCTATTTCAAATCGTTAT-ACC--TT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTT
130 TCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTCAATTTATATTAGCTT
*
1083423 A-TTCAGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATT-C-AAAATTA-ATAAAGAGATTTAAAAAAT
194 ATTTGA-AATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAT-AAGA-ATTTAAAAAA-
* * * *
1083483 AAATCT-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GT
254 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
1083545 TA-ACCTTTT-TTTTGT-ATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT-
319 TATAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAATA
* * * * * *
1083604 ATAAATTACTAATCTAATAATATTCTAA-AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
383 AT-AA--A--AATTTATTAATA-T-TAAGAAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * **
1083668 TTA-CTGAACTAGTTAAAATAATTAAGAGTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
440 TTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AAT
* * * * *
1083732 TTTTGTCTTGTCATAAAATAATTTTTTCA
503 TTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCT
** * * * * * *
1083761 ATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCA-AAAATTATTAAGT
1 ATTCATAAAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAGCAAA-TAATAAGT
* * ** * * * * * * * *
1083825 AAGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACCA-ATTCAAATAATTATGACTATTTAAAGAAT
65 AA-AAATTTACAAAATAAAAATGTTTACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGATTATTTGAATAAT
* * * * * *** * * *
1083888 TATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAACTTTTTGTTCATATAAGT
128 TATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATA-TTTCAATTTATATTAGC
* * * *
1083953 TTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTA-ATAAGAGATTTAAAAAAT
192 TTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATATAAGA-ATTTAAAAAA-
* * * * * * * * * *
1084017 AAATTTGTTCATCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCAT
254 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* ** * *
1084082 TATAACTTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAA-CTTA-TCCAGATTAAA
319 TATAAC-TTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTCA-AATAAA
** * ** * * * *
1084144 ATAATATTAATTTATTTATATTTTGAAAATTAATAATTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA
380 ATAATAAAAATTTATTAATATTAAG-AAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * ** * * * *
1084208 CCACACTAGATCAAATAGACATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
443 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
1084265 GACCATTTTT
Statistics
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CTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTCAATTTATATTAGCTTAT
TTGAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATATAAGAATTTAAAAAAAAATCTG
TTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAAT
TTATTAATATTAAGAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAGTTGTTTCT
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1082882 AAAATATTTG
* *** * * ** *
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1 TTTCAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT
* * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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303 TATT--TCAAATGTTAAACTTTT-TTTTGTATAAAACAATTA
* * * *
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* * * *
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*
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131 TATTTCAAATCATTATACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
*
1083426 CAGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
195 CAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
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1083554 TTTTGTATAAAACAATTA
324 TTTTGTATAAAACAATTA
* *
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1 TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA-AT-AA-TACTAATTTATTAATATTC-AAAAA-T
* * *
1083637 AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTAGTTAAAATAATTAAGAGTATAT
60 --TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGAACTAGTTCAAATAATTATGA-TATTT
* *
1083701 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCA
120 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGT-TTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCA
* * *
1083766 TACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGA
183 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT-A--AAGAGA
* * *
1083831 -TTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAAGAATTATTTA
243 TTTAAAAAATAAATCT-TTTACC-AAACAAGTTCAAATAATTATG-CTATTTAAACAATTATCTA
*
1083894 TTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAACTT-
305 TTTCAAAT--GT-TAAACTTTT-TTTTGT-ATAAAAC--AA-TTA
* * * * * *
1083938 TTT-GTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATA
1 TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* * * * * *
1084002 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCA-AACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATT
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-AGAACTAGTTCAAATAATTATGA-TATTTGAACAATT
* * ** *
1084066 ATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAAC
128 ATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTG-TTTG-TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * * *
1084130 TTATCCAGATTAAAATAATATTAATTTATTTATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAATTTTAAAA
190 TTATTCAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAA--AGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
1084195 ATAAATATGTTTACCACACTAGATCAAATAGA-CATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
251 ATAAATCT-TTTACCAAACAAGTTCAAATA-ATTATG-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-
* * ** *
1084259 TATTATGACCATTTTTTGTCATAAAAAAATTA
312 TGTTA-AACTTTTTTTTGT-ATAAAACAATTA
*
1084291 TTTCAATTCATATCAA-CTTATGCAAAATAAAATAA
1 TTTC-ATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
1084326 ATGTCTTACT
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 128, Indels: 148
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
323 6 0.01
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATAGAACTAGTTCAAATAATTATGATATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
AGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTT
TACCAAACAAGTTCAAATAATTATGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGTTAAACTTTTTT
TTGTATAAAACAATTA
Found at i:1084655 original size:182 final size:177
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 7.2 Consensus size: 177
1084319 AAAATAAATG
* * * * * * **
1084329 TCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTACA
1 TCTT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
1084394 AACT-ATAACAATTGTTTTATAACAAAATAAATGGTCGTAATGATTTTAAATAGACAATTATTCA
65 AACTGA-AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
1084458 AATAGTCAAAACTATTTAAATTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTCGAA
128 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTT-AAA
* * **
1084509 TGACATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
1 T--C-TTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
1084574 TGAACTGGAACAATTATTATATGACAAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
63 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * **** * *
1084639 TAATAGTCTTAACTATTTGAAC-CGATTTGGCAAA-AACTTT-TATTTTAAA
127 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * *
1084688 TC-TCTTATTAA-TTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTGTAT
1 TCTTCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTAT
* ** * * * * ** *
1084750 G-ATTAGAAACAATTG-TGCAGTGACAAAATAAAGCTCATAATGATTTGAGATTCATATTTGTTC
64 GAACT-GAAACAATTGTTTTA-TGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * ** **
1084813 AAAGAGTCATAAATATTTGAACTGGTTTAGA-AAATAGCTTTGGTTTTTAAA
127 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * ** *
1084864 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTATTTCATTTTGGATAAGATAT-
1 --TCTT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCT-TG
*
1084927 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTCT-AAATAGATAATTG
61 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTG
* * *
1084991 TTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCGATTAATATATTTATTTTCTTAAA
124 TTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTT-TTAAA
* ** * *
1085046 TCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
1 --TCTT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
1085111 TGAACTTAAATAATTATTTTATGACTAAATAAAAA-TTCAAAACGAATTGAAATAAATAATTGTT
63 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *** * *
1085175 CTAATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATA
126 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTT-AA-A
* * ** ** * *
1085229 TCTTAATTACTAATTTTTGGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAGAATAAGCTTGTAT
1 TCTT-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-AATAAGCTTGTAT
* * ** * *
1085293 GGAA-AGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAAAAGGATTGTAACAATTTGAGATAGATAATTGTTC
64 -GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * *
1085356 AAATAGTTATAACTATTTGAACTAT-TTTGATAAACAGATTTAATATTTAAA
127 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * ** * * ** *
1085407 TC-TCTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGATCAACATTAATTTATTCTAAATAATTTTGCATG
1 TCTTCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG
* *
1085470 AA-TGGAAGCAATTGTTTTATGACAACACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
65 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
1085534 AATAGACATGACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGAA-TTATTTTTCAAA
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*
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** * * ** * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * ** *
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* * * * * ** * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* *
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** ** ** * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTA-TTCAGTAAACA-A
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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*** * * * ** * * *
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* ** * **
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* ** * * ** * * *
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** * * * * *
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* * * * * * ** *
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254 TAATATCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * ** *
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317 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * *
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1 ATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAA
* * * * *
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** * * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*** * * *
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* ** * * *
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* * * * * * ** *
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** ** * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * *** * *
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* ** ** * * ** * **
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** * ** * ** *
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* * * *
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** * * ** *
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* * * * **
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Statistics
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* * * * * * * * *
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65 AATAACGATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAATGATTTGATAAAAAG
* *
1089974 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTAAAG
130 ATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTTAAAG
* * *
1090009 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACTAAACAAAAGGTTA
1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * **
1090074 ATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTGAAATAGCCATAGTTATTTGAAATGATTTGATAAAAAGA
66 ATAACGATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAATGATTTGATAAAAAGA
1090139 TTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTT
131 TTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTT
1090167 CATAATATTA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 25, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
163 53 0.40
164 78 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (164 bp):
ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTTA
ATAACGATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAATGATTTGATAAAAAGA
TTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTTAAAG
Done.