Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167956.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_216, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1605 original size:182 final size:181
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103 GAATCGGTTC
** * * * * ** **
113 CTATTTGGGCAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
177 CAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAATAAC
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * *
242 TAAGATATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTGC-CAAAACAGTTCAAATAGTTAAGA
130 TAAGAAATTTAAAAATA-AAATCTGTTTACTGAAAA-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
294 CTATATGAATAATTATCTCTTTGAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
359 AGTTCATAGAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
** * * ** * *
423 AAGTTATTTAACAAGT-GAATCTGTTTA-TCGAATCAGTTCAAATAATTATGG
131 AAGAAATTTAA-AAATAAAATCTGTTTACT-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
474 CTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
* ** ** * * * *
539 -TGAACAT-TCAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAACATTAATAA
65 CAGTTCATAT-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * ** ** *
602 GTAAGAGATATAAAAACT-AAATTTGTTTACTGATCCAA-TTCAAATAGCAATAA
129 GTAAGAAATTTAAAAA-TAAAATCTGTTTACTGA-AAAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * * *
655 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
719 TGTTCAT-TCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
66 AGTTCATAT-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * ** * *
783 TACA-AGAATTAAAAAAT-AAATTTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATATTTAAGA
130 TA-AGA-AATTTAAAAATAAAATCTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
835 CTATATGAACAGTTATGTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTGT
* * * * *
900 TTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
63 TTCAGTTCATATA-AGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * ** *
962 ATACA-TAAGAGATTTAAAAA-ATAATTTTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATGA
125 ATA-AGTAAGAAATTTAAAAATA-AAATCTGTTTA-CTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
1019 TTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATAACCGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
1084 TTGTTCATATAAGTTTGTTC-AGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAA
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
1148 G--AG--ATTTAAAAA-ATAAATTTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGA
129 GTAAGAAATTTAAAAATA-AAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
1197 CTATTTTAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTG-TTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
1261 A--T-ATAT--GCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGT
66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
1321 -A-AAATTTAAAAA-ACAAATATGTTTACT-AAACTAGATCAAATAATCATGA
131 AAGAAATTTAAAAATA-AAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
1370 TTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAGAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
1435 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAA-T
66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* *
1499 AAAGAAATTTAAAAATAAGAATCTGTTTACTGAAAAAGTTTAAATAATTATGA
131 -AAGAAATTTAAAAATAA-AATCTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
1552 CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T
* * * * * *
1616 CTA-TTCATACAATCTTATT-TAAGATAATATAA-ATCAAATTTATTAATATT--AAGACAGTTA
65 C-AGTTCATATAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTA
* * * * *
1676 AAAATGTAA-AAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTTAAATTGTTATGA
125 ATAA-GTAAGAA-ATTTAAAAATA-AAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * *
1734 CTATTT-ATGCAATTATTTATTTCAGCTTGTTATG-CCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 CTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
1797 T-ATGTTCATACAAGTTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCGATAATTAAT
64 TCA-GTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * *
1860 AAGTAAAAAATTTTTAAAAAT-AAATATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAATCATGA
127 AAGTAAGAAA--TTTAAAAATAAAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
1916 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTCTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
1981 AGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATATTATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGACT
66 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
2046 AAGAGAA-CTAGAAAA-AGAATCTATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATAA
131 AAGA-AATTTA-AAAATAAAATCTGTTTACT-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
2097 CTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACCTTTCATTTTGCCACAAAAAAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* ** * * * *
2161 T-TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCTAGAAA-T--T
64 TCAGTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * *
2220 AA-TAAG--------AAA-AAAA--TGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGA
127 AAGTAAGAAATTTAAAAATAAAATCTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** *
2263 TTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT--TATATGATTTTTTGTTTTGTTAT-AAACTAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
** * * * *
2325 TTTGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATA
64 TCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* ***
2390 AGTAA-AAGATTTAAAAAGT-AAATCTGTTTAATGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
128 AGTAAGAA-ATTTAAAAA-TAAAATCTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
2444 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACATTTATGTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * *
2508 TA-TTCATGCAAGCTTGTTC-AAAGTAAAAATAATACTTAACTAAATAA-ATT--ATAAAATTAA
66 -AGTTCATATAAGCTTATTCGAAA-T-AAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCCA-AAAATT-A
* ** * * * * ** *
2568 ATAAGGTAAGAGATGTTACCAAT-AAATGTATTTGCCGAACCAGTT-ATAATAGTTAAAGA
125 ATAA-GTAAGAAAT-TTAAAAATAAAATCTGTTTACTGAAAAAGTTCA-AATAGTT-ATGA
* * * *
2627 CTATTTAGAATAATTATCTATTTTCAAAACGTTCTAACC--TT-TTTTGTCATTAAAA-AATTTC
1 CTATTT-GAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAA-TT-
* * * * *
2688 TTTTCAGTTCACTACAAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAACATT-CAGAAAA
61 GTTTCAGTTCA-TA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCA-AAAA
* * * * *
2751 TTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAA-ATAAATCTATTT-GTCAAACAAGTTCAATTAGTTATGA
122 TTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAATA-AAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
2812 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * ** * * *
2877 CAGTTCA-ATAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTACCATTTC-AAAATTGAGAA
65 CAGTTCATAT-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
** * * ** *
2940 GTTGGAGATTTAAAAA-ATAAATCAGTTT-CTCGAATTAGTTCAAATAATTAT-A
129 GTAAGAAATTTAAAAATA-AAATCTGTTTACT-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
2992 GCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--T
* * *
3057 TTCA--TCATACAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
63 TTCAGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * ** * *
3119 AAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATAT-AG-TTATTGGACTAGTTTAAATAGTTATTA
127 AAGTAAGA-AATTTAAAAATAAA-ATCTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
3174 CTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *** * *
3238 ATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATCAATAAC
66 A-GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
3303 TAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGG
130 TAAGAAATTTAAAAATA-AAATCTGTTTACTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** **** * * *
3355 CTATATGAGTAATTATCT-TTTTTGGTCCCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * **
3419 TTGTTCATATAAGTTTGTTCTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
65 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
3484 --AG--ATTTAAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAACCAA-TTCCAATAGTTATAA
130 TAAGAAATTTAAAAATA-AAATCTGTTTACTGAAA--AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
3533 CAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
3597 TA-TTGATAT-AGTCTTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTCAAAAAATTAATA
66 -AGTTCATATAAG-C-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
*
3660 AGTAAGGGAATTTAAAAA
128 AGTAA-GAAATTTAAAAA
3678 ATGAATCTAT
Statistics
Matches: 2659, Mismatches: 538, Indels: 372
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 11 0.00
165 41 0.02
166 66 0.02
167 3 0.00
168 6 0.00
169 3 0.00
170 3 0.00
171 43 0.02
172 1 0.00
173 90 0.03
174 6 0.00
176 6 0.00
177 67 0.03
178 166 0.06
179 65 0.02
180 366 0.14
181 753 0.28
182 524 0.20
183 129 0.05
184 155 0.06
185 80 0.03
186 47 0.02
187 25 0.01
188 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAGAAATTTAAAAATAAAATCTGTTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:5098 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4224--9016 Score: 3033
Period size: 181 Copynumber: 26.5 Consensus size: 181
4214 AATATCCATA
* **** * * * * *
4224 ATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTAAAACAATTTTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
4289 AAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTG
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* *
4354 TTC-AGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-
131 TTCGA-TAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAAT
* * * * * *
4406 GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
4470 TAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTG
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * *
4533 ATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
131 -TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * * * * *
4585 ATTATTAAATTAATTTTATTTT-TACCCGAATCAGCTTATATGATCAGAAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
4649 CAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGACATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAA-TT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** * *
4712 GCTT-TAGAAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTAATAA-TTTTGAAAT
130 G-TTCGATAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* *** * * * *
4764 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TTGATAAGTTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
4828 AAAATAAAAGGTTAAAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTG
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
4893 TTC-AGTGAATAGATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAAT
131 TTCGA-TAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * *
4944 GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGGAATAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
5009 TAAACAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAG
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
5074 TTCGACAAGCATATTTACTTTTTAAATTTCTTA---ACT-AGTTTGACAAGCAT
131 TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AA--AT
* ** * ** ** * ** * *
5124 ATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATC
1 A-TTA----ATAAA-TTAGTA-TTATT--TTATTCCAA-A-TA--AGCTT-GTATGAACTGAAAC
* * * * ** ** *
5189 AAATAAGCTTATGTGA-AAAGA-AACAATTGTTGT-ATGA--CAAAATAAAGATCATTATGATTT
52 -AAT-TG-TTTTATGACAAA-ACAA-AA-GGTCATAATGATTTGAAAT--AGAT-AAT-TG--TT
* * * * *
5249 GC-GATAG--ATAA-TAGTTCAAATAG-TC-AT-AAC-TATTTGAATTGGTTCAGTAAATAAATT
105 -CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTT--ATT--TT---T---TAAA--
* * *
5306 TAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAAT
157 T--CTCTT--A---CTTATTAATTTTTAAAAT
* * *** * * *
5338 ACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTCTATGTA-TAGAAACAATTGTTTTACT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTA-T
* * * * *
5401 -ACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGAGTATTTGAA
63 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * * * **
5464 CTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAAT
127 CTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
5519 CTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAACTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
5583 CAAAACAAAAGATCACGACT-ATTGGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCT
65 CAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * **
5647 TACTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
129 T-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * **
5700 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGA-TAGAAACAATTGGTTTACCA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* * *
5764 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-T
65 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * **
5827 GTGTTCGA-AAA-A-AATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAAT
129 -TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
*** ** *
5877 ATTAATAAATT--TAATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* **
5940 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
6005 GTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAAT
130 GTTCGA-TAAACATATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* ** * * * *
6059 ATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
6123 CAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
6188 GTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAAT
130 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * *** * *
6239 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
6304 AAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGATCATAACTATTTGAACT
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
* * * * *
6368 TATTTGATAAACA-A-TT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAAT
129 TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTAAAAT
** * **
6418 ATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTGGAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAATA-TTTTGTTTTA
1 ATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAA-ACAATTGTTTTA
* ** * * *
6479 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTA
62 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
6544 CTTGTTCAATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAAT
127 CTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * ** * * * *
6599 ATTAATAAAATAGAATTACGTTATT-CAAATAAGCTTCTACGAA-TAGAAACAATTATTTTGTGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
6662 TAAACCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTA
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*** * * * * *
6727 G-TC-A-GGCCAATAGTTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTCAAAAT
130 GTTCGATAAAC-ATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
6779 ATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTAAAC-TATATGAA-TAAAATAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
6842 CAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTG
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
6907 GTT-TAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAAT
130 GTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* ** * * * * *
6958 ATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAAC-AAAAGCATTTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
7022 CTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTG
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * *
7087 GTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAAT
130 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * ** * ** * * * *
7139 ATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* *** * ** * * *
7204 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AAAAATTCATATACCCTTAACTATTTAAACTAG
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
7267 TTCAATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAAT
131 TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* ** ** * * * * *
7318 ATTATTGCATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGAG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * ** * * *
7383 ATAACAAAAGGTTATTACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGG
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
7448 TTC-AGTAAACAGAATAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
131 TTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
7499 ATTAGA-AAATTAATATTATTTTATTTCGAAGAGGCTTGTAT-AA-TGAAAAACAATTGTTTTAC
1 ATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
7561 GATAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC
63 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
7626 TAATTTGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTAATTTATCAATTATTGAAAT
128 TTGTTCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * *** * * * * *
7680 ATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATAGTTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** ** * * *
7744 TAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
7809 ATTCAATAAATA-ATTT-TTTTTAAAATTTCTTACTTATTTATTTTTTAAAT
130 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * *** * * * *
7859 TTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAG-TATGTATGAACTAAAACAATTATTTTTTTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** * * * *
7923 CCAAACAAAAGATCAAAATAAGTTGGAATAGATAATCATTCTAACAGTCTTAACTATTT-AAATT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
7987 GGTTCAAAAAATACATTT-GTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAAT
130 -GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * ** *
8034 AGTAATAAATTGGTGTTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * *
8098 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATTA-ATAACAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
8162 TGTTCGGTAAATAGATGTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAT
129 TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
8215 AATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAACTATTTTATAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * * * * *
8279 CAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAACTATTCAAATAATTATAACTATTGGAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
8344 GCTCGGTAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAAT
130 GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAAT
* *
8396 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
8461 AAAA-AAAATTGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATG
66 AAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * *
8524 TGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAA-TTTTAGAAT
129 TGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
8575 TTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTATTTTATA
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATG
* * * * * * *
8638 ATAAAACAAATA-GTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAAC
64 ACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * * * **
8702 TTGTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTAT
128 TTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
8757 GTTAATAAATGAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTT-TTAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
8821 AAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTAAACTTG
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
8886 TTCGGTAAACATA-TT-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
131 TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * ** * *
8935 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
*
9000 AAAACAAAAAGTCATAA
66 AAAACAAAAGGTCATAA
9017 CAATTTTGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
Found at i:5119 original size:38 final size:38
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5058 TAACTATTTA
5068 AACTAGTTCGACAAGCATATTTACTTTTTAAATTTCTT
1 AACTAGTTCGACAAGCATATTTACTTTTTAAATTTCTT
*
5106 AACTAGTTTGACAAGCATATTTACTTTTTAAATTTCTT
1 AACTAGTTCGACAAGCATATTTACTTTTTAAATTTCTT
5144 A
1 A
5145 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
38 38 1.00
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Consensus pattern (38 bp):
AACTAGTTCGACAAGCATATTTACTTTTTAAATTTCTT
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Indices: 4911--5323 Score: 487
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4901 ATAGATTTTG
* * * *
4911 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTAATCCAAATA
* ** * * * * *
4976 AGCTTGTATGAACTGGAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGAT
66 AGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTCAAATAGAT
* * * * *
5041 AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAGCATATTTACTTTTTAAATTTCTT
131 AATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTT
5106 AACTAGTTTGACAAGCATATTTAC
196 AACTAGTTTGACAAGCATATTTAC
* * *
5130 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAAT-CAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTAATCCAAATA
* ** *
5194 AGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGAC-AAA-ATAAAGATCATTATGATTTGC-GATAG
66 AGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACTAAACA-AAAGATCAGAATGATTT-CAAATAG
* * * * *
5256 ATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTA-AA-TAAATTTAGTTTTTAAATC
129 ATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTC-G-ACAAGCAAATTTACTTTTTAAATC
5319 TCTTA
192 TCTTA
5324 TTAATTTTCA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 29, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTAATCCAAATA
AGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACTAAACAAAAGATCAGAATGATTTCAAATAGAT
AATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGACAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTT
AACTAGTTTGACAAGCATATTTAC
Found at i:6887 original size:360 final size:357
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Indices: 5124--9016 Score: 2907
Period size: 360 Copynumber: 10.8 Consensus size: 357
5114 TGACAAGCAT
* * * * * *
5124 ATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * **
5189 AAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTATGATTTGCGA
66 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
5253 TAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAA-
131 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAT-AATTTA-TTTTTAAAT
* * * * * *
5317 -TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTCTCTAT
194 TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GCTGTAT
* * * *
5379 GTATAGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
258 GAATA-AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *** * *
5443 AAAT-GAACATGAGTATTTGAACTTTTTTGGTAAACAA
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* * * * * *
5480 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * *
5545 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCACGACT-ATTGGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGA
* * * * * * *
5609 AATAAAAAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTACTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAA-TAATTTA-TTTTTA
**
5673 AATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCT
191 AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-
* * ** *
5736 TGTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATGAT
253 TGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAAT
* * *
5800 TGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTTCGAA-AAA-A-
316 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-AATAAATAG
* * *
5840 A-TTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAATT--TAATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-
** * * * * **
5900 TTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
63 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
5965 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA-ATTTA--TTTTT
* * *
6030 AAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCTGAATAAGC
190 -AAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAG-
* * * * * *
6094 CTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAAT
252 CTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *** *
6159 TATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATAT
316 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * *
6201 ATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * * * * * *
6264 CCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGA
64 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *
6329 AATA-ACTAATTGTTCAAATAGATCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAATTT-TTTTAA
129 AATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAATAATTTATTTTTA
* *
6391 AATCTT-TTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATT-GGAAATA
191 AAT-TTCTTACTTATTAAT-T-TTTAAAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCTG-AATA
* * * * * ** *
6450 AGCTTTTATGAATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGAT
250 AGC-TGTATGAATAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * *
6515 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAG
313 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * * **
6560 ATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACGTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
6625 AAATAAGCTTCTACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAACCAAAAGGTCATTATGATTTGAAA
66 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* ** *
6690 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAG-TCAGGCCAATAGTTTCATTCTTTAAA
131 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAATAATTT-ATT-TTTAAA
* * * * * ** * *
6754 TTTGTTACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTAAACTATA
193 TTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTGTA
* * * * *
6819 TGAATAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCA
257 TGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * * *
6884 AATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAACAT
322 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * *
6920 ATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * *
6984 TGAACAAACTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA
66 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
7048 AATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTT-AGGCAAACATAATTGT-TTTTT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-G-TAA-ATAATT-TATTTTT
* * * * * *
7111 AAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATATGCTA
190 AAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-
* * * * * **
7176 CTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AAAAA
254 GTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * * ** *
7239 TTCATATACCCTTAACTATTTAAACTAGTTCAATAAGCAA
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * **
7279 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * * * * **
7344 TAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATTACAATTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
7409 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAA
* * * * *
7474 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATTATTTTATT-TCGAAGAGGCTTG
193 TTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TG
* * * * * *
7537 TAT-AATGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGACAATTG
255 TATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * ** **
7601 TTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACT-G
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-TAG
* * * * * * *
7641 ATTTATTTTTTAAATCTCTAATTTATCAATTATTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
** * * * * * * * ** ** *
7705 TTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTT
64 TCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
7769 AAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAATAATTT-TTTTTAA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAATAATTTATTTTT-A
* * * * * *
7832 AATTTCTTACTTATTTATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGTATG
191 AATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTG
* * * * * * * * * *
7897 TATGAACTAAAACAATTATTTTTTTACCAAACAAAAGATCAAAATAAGTTGGAATAGATAATCAT
255 TATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
7962 TCTAACAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAAAAAATAC
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATAG
* * * * *
8001 ATTT-GTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * *
8060 TAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
66 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
** * * * * * * *
8125 ATTA-ATAACAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATGTATTTTTTAA
130 A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAA
* * * * * ** *
8189 ATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGT
192 ATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-TGT
* * * * * * ** * *
8254 ATGAATAGAAATAACTATTTTATAACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAACTATT
256 ATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * **
8319 CAAATAATTATAACTATTGGAACTTGCTCGGTAAATAG
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* *
8357 ATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
8421 CCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAATTGTCATAACGATTTA
65 -CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTG
* * * *
8485 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAATA-ATTTA-TTTTT
* * * *
8549 AAATTT-TTTCTTATTAA-TTTTAGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCT
190 AAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-
* * * * * * *
8611 TGCATGAACAAAACCAATTATTTTATAATAAAACAAATA-GTCATAATGTTTTAAAATAGATAAT
253 TGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ****
8675 TATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAATAG
316 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * * * * * *
8717 ATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATGAGAATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * *
8782 TCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTT-TTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTG
64 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
8845 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTT-TTTTTAA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTAA
* * * * * **
8909 GTCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
192 AT-TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-TG
* * * *
8973 TATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
255 TATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
9017 CAATTTTGTT
Statistics
Matches: 2810, Mismatches: 590, Indels: 270
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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365 4 0.00
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Consensus pattern (357 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAATTTATTTTTAAATTT
CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTGTATGAA
TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
Found at i:8717 original size:541 final size:535
Alignment explanation
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5114 TGACAAGCAT
* * * *
5124 ATTTACTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
5188 -CAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATT-GTTGTATGACAAAATAAAGATCATTATGATTTGC
63 CCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTT-TATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * *
5251 GATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAATA-AATTTAGTTTTT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGT-GTTCAG-AAA-ACAATTTAGTTTTT
* * * * *
5314 AAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTCT
189 AAATTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTGAATAAGCT-T
* * * * * *
5375 CTATGTATAGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
252 GTATGAACA-AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* * * * * * * *
5439 GTTCAAAT-GAACATGAGTATTTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
315 GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * * * * *
5503 TATTAATTTGCAAAATCTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
378 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * ** * * * * ** *
5568 ACAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCACGACTATTGGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGTCA
443 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
* * * * *
5633 TAATTATTTGAGCTTACTT-AGTAAACAA
508 TAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAA
** *
5661 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** *
5726 CGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
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* * * * * *
5791 ATAGATGATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATGTGTTC-GAAAA-AAATTAATTTTTAAAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAACAATTTAGTTTTTAAAT
**
5854 TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTAT
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* * ** *
5917 GAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
256 GAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA
* * *
5982 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTCATT
320 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATT
* * ** * * *
6047 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCTGAATAAGCCTATATGAATTGATACA
382 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
* * *
6111 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATGA
446 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
* * * *
6176 CTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATAT
511 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAA
* * *
6201 ATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
6266 AAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATT-GTGTCATGACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAA
65 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGT-TTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * *
6330 ATA-ACTAATTGTTCAAATAGATCATAACTATTTGAACT-TATT-TGATAAACAATTT--TTTTA
128 ATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGA-AAACAATTTAGTTTTT
* * *
6390 AAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATTTATGTAATTTTATT-GGAAATAAG
189 AAAT-TTTTACTTATTAAT-T-T-TAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTG-AATAAG
* * * * * * **
6452 CTTTTATGAATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAA
249 CTTGTATGAACAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA
* * *** *
6517 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTAC
313 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * *
6582 TTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACGTTATT-CAAATAAGCTTCTACGAATAGA
377 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGA
* * * * * * * *
6646 AACAATTATTTTGTGATAAACCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
442 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * **
6711 ATAACTATTTGCACTAG-TCAGGCCAAT-A
507 ATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAA
* * * *
6739 GTTTCATTCTTTAAAT-TTGTTACTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
1 ATTT-ATT-TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
6803 TCCAAATTAAAC-TATATGAATA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTT
62 TCCAAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
6866 GAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTG-GTTTAGTAAACATATTTA-TTTT
125 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TGTGTTCAGAAAACA-ATTTAGTTTT
* * *
6929 TAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTATTATTATTTTATTCTGAACAAAC
188 TAAATTT-TTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * *
6993 TTATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAT
250 TTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * * *
7058 TATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATA-ATTGTTTTTTAAATCTCTTAC
314 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAA-ATAGATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * *
7122 TTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATATGC-TACTAAGAACT
377 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAA-T
* * * * ** *
7185 A-AAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AAAAATTCATATA
439 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * ** **
7247 CCCT-TAACTATTTAAACTAGTTCAATAAGCAA
504 -GTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAA
* * * * ** *
7279 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * *
7344 TAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATTACAATTTGAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
7409 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAA
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAACA-ATTTAGTTTTTAA
* * * * *
7473 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTAATATTATTTTATT-TCGAAGAGGCTT
191 AT-TTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTA-ATAAATTTATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT
* * * * * * *
7536 GTAT-AATGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGACAATT
252 GTATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
* * * ** * * *
7600 GTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTAATT
315 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *** * * *
7664 TATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTG
378 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-ATAG
* * * * ** * * * * *
7727 AAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAAT
441 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * **
7792 CATAACTATTTGAACTTATTCAATAAAT-A
506 TATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAA
* * * *
7821 ATTT-TTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTTATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATT
1 ATTTATTTTT-AAATCTT-TTACTTA-TTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** ** * * * * * ** *
7884 TTGAATAAG-TATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTTTTACCAAACAAAAGATCAAAATAAGTT
63 CCAAATAAGCT-TGTATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAACGATTT
* ** * * * * *
7947 GGAATAGATAATCATTCTAACAGTCTTAACTATTTAAAT-TGGTTCAAAAAATACATTT-GTTTT
125 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGT-GTTCAGAAAACA-ATTTAGTTTT
* * ** * * **
8010 TAAA----TCCTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTATTCTAAATAATTTT
188 TAAATTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * **
8071 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATTA-ATAACA
252 GTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAAATAGATAATT
* * * * * *
8135 GTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATGTATTTTTTAAATCTCTAACTT
315 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
8200 ATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
379 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * * * * * * * *
8265 TAACTATTTTATAACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAACTATTCAAATAATTAT
444 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
* * *
8330 AACTATTGGAACTTGCTCGGTAAATAG
509 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAA
8357 ATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* *
8422 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAATTGTCATAACGATTTAAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAA-GGTCATAACGATTTGAA
*
8487 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAACA-ATTTAGTTTTTAAA
* * * * *
8552 TTTTTTCTTATTAATTTTAGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATG
192 TTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
8617 AACAAAACCAATTATTTTATAATAAAACAAATA-GTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTA
257 AACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
8681 GATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTA
320 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT-A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
8746 ATTTTTAGTATGTTAATAAATGAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAA
383 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAA
* * * * *
8810 TTGTTTT-TTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAT
447 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAC
* * *
8874 TATTTAAACTTGTTCGGTAAACAT
512 TATTTGAACTTGTTCGGTAAATAA
* * * *
8898 ATTT-TTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
1 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* ** * * *
8962 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
65 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTT
9023 TGTTGGTAGA
Statistics
Matches: 2685, Mismatches: 551, Indels: 250
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
534 8 0.00
535 253 0.09
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543 30 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (535 bp):
ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAACAATTTAGTTTTTAAATTTT
TACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
TTGTTCGGTAAATAA
Found at i:9068 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9033--9068 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
9023 TGTTGGTAGA
*
9033 ACTATTTGAAATAATTATG
1 ACTATTTGAAACAATTATG
9052 ACTATTTG-AACAATTAT
1 ACTATTTGAAACAATTAT
9069 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
18 8 0.50
19 8 0.50
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ACTATTTGAAACAATTATG
Found at i:9281 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9239--9292 Score: 81
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9229 TATAACTATT
* *
9239 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA
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*
9266 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
9293 CGACCTTTTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 24 1.00
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Consensus pattern (27 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
Found at i:9776 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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9446 TAAAATCCTA
* * * * * *** *
9456 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTA-TT-TCAGTACATAAAAGCTTATCAAAAAGAAAAT
1 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCA-T-CATACAAGCCTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
9519 AATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGGAA-AGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAT
64 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--AATAGTAGGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTAG
* * *
9583 CAAA-TCAGTTCAAATAATTGTGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
126 CAAACT-AGTTCAAATAATTATGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
** *
9637 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTT-TCATCATTTAAGCCTATTTGAAATAAAGTA
1 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTATCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATA
* * *
9701 ATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTAGCA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAGGAGATTTAAAAAATAA-TCTATTTAGCA
* * * * * *
9766 AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTATT
128 AACTAGTTCAAATAATTATGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * ** *
9818 AT-AATTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATA
* * * * * *
9882 ATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AATGTATTT-GCC
65 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AGTAGGAGATTTAAAAAATAATCTATTTAG-C
* * * * * * ** * * *
9944 GAACCAATTCAAGTAGTAAAAGCTATATGAATGACTATCTATTTCAAATCGTT
127 AAACTAGTTCAAATAATTATGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * ** * ** * *
9997 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATA
1 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-CATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * * *
10061 ATATTAAATTATTAATATTTTGAAAATT-AT--TAAGAGATTTAAAATAT-ATATGTTTACCAAA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAGGAGATTTAAAAAATAATCTATTTAGCAAA
* * * ** * * * *
10122 CCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCCAATTGTT
130 CTAGTTCAAATAATTATGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * *
10172 -T-AACCAATAT-TTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTAT--TGATGCAATCTTATTTGAAATAAA
1 ATGAA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-T-TATCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAA
* * * * *
10232 ATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAGAAACTAATAAGTAATG-GATTTTAAAAATGAA--TATG
62 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGT-AGGAGATTTAAAAAAT-AATCTAT-
* ** * * * * ** * * * *
10293 TTGGCTTGACTAGTGCAAACAGTTGTAACTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTT
122 TTAGC-AAACTAGTTCAAATAATTATGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * ** * * * ** ** **
10352 ATGACCTTTTATTTAATGAAAAAACAATTATTT-TTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAGCATA
1 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCA-TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATA
* * * *
10416 ATTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA
65 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAGGAGATTTAAAAA
10465 CTAAATCTGT
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 153, Indels: 76
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
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176 1 0.00
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183 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAGGAGATTTAAAAAATAATCTATTTAGCAAAC
TAGTTCAAATAATTATGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
Found at i:10860 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10553--12191 Score: 1183
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 179
10543 TTTTGTCAAT
* * * * * *
10553 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AGACAATGAATAAATAAAAGA-CTTAAAAATAACTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATAT
* * * * * * * * *
10616 GTTTACCGAATAAATTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * *
10681 CTTTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAA
* * * * * *
10732 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAACTAT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATAT
** * * *
10797 GTTTATTGACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
** * * * ** * * *
10862 CTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATATCAGCTCATATAGGCTTATTTGAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AAA
* * *
10914 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATAT
* * * * * * * * * *
10978 ATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATTCCAAATTGTTATGAT
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * *
11043 ATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AAA
* *
11095 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTACTAAAAATTAACAAGT-AA-A-TTTCAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATAT
* * * * * * **
11156 GTTTTTCTGAGCACGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGA
64 G-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
11221 CCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTG-TTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTAAA
* * *
11273 -ATAAATAATACT-A---GTT--TA---T----A-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATAT
* * * * * *
11323 GTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGCTAT-GCTTGTTTGAACAATTAT-TGATTTCAAATAGTTATG
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATG
** * * * * * ** * * *
11386 ATGTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTGTTGCCAG-TGTATTCAGAA
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-TATTTA-AA
* * *
11440 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGAAGATTTTAAAAA-AAAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTTAAAAATAAATA-T
* ** * * *
11504 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCA-TCGAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
64 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * ** *
11568 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAAA
* * *
11621 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAACTACATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAA-TAAATATG
* * * * * * ** *
11682 TTTACTGATA-TAGTTTAAATAATTATTAA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTGTGA
65 TTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * *
11745 --TATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCAGAT
128 CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTA-AA
** * * * * *
11797 TAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAG---CGCTTTGAAAAATAAATGTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGT
* ** * * ** * * *
11859 TTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACA
66 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * ** *
11923 TTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAAA
* * * * * * *
11974 TAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGA-TTTAAAAAAAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTTAAAAATAAATATG
* * *
12038 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAACTATCTATTT-AAAGTGTTATGAC
65 TTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * *
12101 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTTGAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTT-AAA
*
12153 TAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
12192 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 1147, Mismatches: 244, Indels: 137
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.01
164 1 0.00
165 4 0.00
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167 27 0.02
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172 2 0.00
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGT
TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAA
Found at i:11518 original size:526 final size:525
Alignment explanation
Indices: 10836--13334 Score: 1536
Period size: 526 Copynumber: 4.8 Consensus size: 525
10826 CTATTTGAAT
* * * * * * ** *
10836 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCA-TCATAAAATAATTATATCAGCTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTT-AGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATAC
* **
10900 AGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-GAGTAAGAGAT
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAG-GTAA-AGAT
* * * *
10963 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATATAAACAATTTTTTATT
127 TTAAAAAA-AAAATTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATATAAACAATTATCTATT
** * * *
11028 CCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA
191 -CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTATTTCA
*
11093 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTACTAAAAATTAACAAGTAAATTTCAAAA-TAAATAT
254 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAACAAG-AAATTTAAAAACTAAATAT
* * * * * * *
11156 GTTTTTCTGAGCA-CGTTCAAGTAGTTA-TAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTAT
316 G-TTTACTGA-CATAGTTCAAATAATTATTAA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATTAT
* *
11219 GACCT-TTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAATAAT
378 GA--TATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
11282 ACTAGTTT-ATA-T-AATAAGTAA-AA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACAAGTTCAA
441 ACTAATTTAATATTCAAAAAGTAATAACGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAA
* * * **
11342 ATAGCTATGCTTGTTTGAAC
506 ATAGCTAAGATTATTAAAAC
** ** **
11362 AATTAT-TGATTTCAAA-TAGTTATGATGTTTTGTTTTA-TCGTAAAACAATTATTTCT-ATTGT
1 AATTATCT-ATTTCAAATTA-TTATGACATTTTG-TTTAGTAATAAAACAATTATTT-TAATTCA
* * * *
11423 TGCCAG-TGTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGAAG
62 TACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTA-AAG
* * * ** * **
11487 ATTTTAAAAAAAAAATTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATCGAAACAATTATCTA
125 A-TTTAAAAAAAAAATTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATATAAACAATTATCTA
* * * * *
11552 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATGCAAAATTA-TT
189 -TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTATTT
* * * * *
11616 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTACATCT
252 C-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGAAATTTAAAAACTAAATAT
* * * *
11681 GTTTACTGATATAGTTTAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTGTGAT
316 GTTTACTGACATAGTTCAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATTATGAT
** * * *
11746 ATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAA
381 ATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
11811 TTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGCGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAA
446 TTT---AATATT-CAAAAAGTAATAA-CGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAA
* *
11876 ATAGTTAAGATTATTAAAAT
506 ATAGCTAAGATTATTAAAAC
*
11896 AATTATCTATTTCAAATTATTTTGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACA
* * * **
11961 AGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGGTAAAGATTTA
* * * * *
12025 AAAAAAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAACTATCTATTTA
130 AAAAAAAAAT-TATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATATAAACAATTATCTATTCA
* * *
12089 AAGTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAAT
193 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TTTCATACAAACTTATTTCAAAT
* * ** **
12154 AAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAA-TAG----TT-ATGACT--AT-T-TGAA
257 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAACAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTTTA
** * * * * ** *
12208 CAAATATCAATCTCAAATCATTA-TGATATTTG------T-T-T-TCTCATAA-AACAAT--TGT
321 CTGACAT-AGT-TCAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCA-AATAATTATGATAT
* * * *
12260 TT-TTTTATCATAAAAGC--TTATTTGGA--C--A-AA----A---AAAAT--ACTAAT-TTAA-
383 TTATTTTATCATAAAA-CAATTGTTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
12306 -TAATATTTCAAAAATTAGTGA-GATTTAAAAAAATATATGTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATA
447 TTAATA-TTCAAAAAGTAATAACGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGCC-AAACAAGTTCAAATA
* * * *
12368 GTTAAGACTATTAGAAT
509 GCTAAGATTATTAAAAC
* * * * ** * * * * *
12385 AATTATCTATTTCAAATTGTTCTAAC-TTTTTTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACA
* * * * * *
12449 AGCTTATTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTG
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAA-AGATTT-
* * * ** * * * *
12514 AAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTT
129 AAAA-AAAAAATTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATATAAACAATTATCT-A-TT
* ** * * *
12578 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAGCTTA-TCCA
191 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT--TTCATACAAACTTATTTC-
* * * * * *
12640 AAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
253 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAACAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAA
**** * * * **
12704 T-TGGTTTACTGA-ATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAATTTGTT
313 TAT-GTTTACTGACAT-AGTTCAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATT
* * * * * * **
12767 ATTACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTC-A-ACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAA
376 ATGA--TATTTATTTTATCATAAAACAATTG--TTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAA
* * * * ****
12829 TAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA
437 TAATACTAA-TT--TAATA-TTCAAAAAGTAATAA-CGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAA
* * * * ** **
12894 CTAGTTCAAATGGTTATGACAATTTGAAC
497 CAAGTTCAAATAGCTAAGATTATTAAAAC
* * * *
12923 AATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTA-TAATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTT-TAGTAATAAAACAATTATTT-TAATTCATA
*** * *
12986 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAGCTAAGAGATT
64 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAA-AGATT
* * * * * * *
13051 TAAAAAATAAATTCATTTGCCAAACCAA-TTCAAACAGCTATGACTATATGAACAATTATTTATC
128 TAAAAAAAAAATT-ATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATATAAACAATTATCTAT-
* * ** *
13115 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTA-TTCG
190 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TTTCATACAAACTTATTTC-
* * * * * * * *
13179 GAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAA-TAATTCT
253 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAACAAGAAATTTA-AAAACTAAATAT
* * * * * * * *
13242 ATTTACT-AAACCAGTTCAAATAATTA-CAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATT
316 GTTTACTGACA-TAGTTCAAATAATTATTAA-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATTATG
* *
13305 ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
379 A-TATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
13335 TTGTTAATAT
Statistics
Matches: 1553, Mismatches: 293, Indels: 247
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
487 3 0.00
488 87 0.06
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490 102 0.07
491 54 0.03
493 1 0.00
495 3 0.00
496 5 0.00
498 3 0.00
499 2 0.00
500 3 0.00
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540 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (525 bp):
AATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAAGATTTAA
AAAAAAAATTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATATAAACAATTATCTATTCAAAT
TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTCATACAAACTTATTTCAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTTTACTGAC
ATAGTTCAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAATTATGATATTTATTTTA
TCATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTC
AAAAAGTAATAACGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGCTAAGATTATT
AAAAC
Found at i:11970 original size:353 final size:347
Alignment explanation
Indices: 10687--12191 Score: 1124
Period size: 353 Copynumber: 4.2 Consensus size: 347
10677 TGACCTTTTA
* * * * * *
10687 TTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTA-AATTAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
10751 TTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAACTATGTTTATTGACCAAGTTTAA
65 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG--A-AGA-TTTAAAAATAAAT-TGTTTACTGAAC-AGTTCAA
* * ** *
10816 ATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCA-TCATAA
124 ATAGTTA-AGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-AGTCATAA
* * ** * * ** *
10879 AATAATTATATCAGCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
187 AACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * *
10944 AAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTA-TAAC
252 AAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAGTTATTAA-
* * * *
11008 TATATAAACAATTTTTTATTCCAAATTGTTATGATATTTTG
311 TATTTGAACAA-TTATTATT-CAAA-TATTATGATA-TTTG
* * * * *
11049 TTTTGTAATAAAATAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTT
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTT
* * * *
11112 ATTAATATTACTAAAAATTAACAAGTAA-ATTTCAAAATAAATATGTTTTTCTGAGCACGTTCAA
64 ATTAATATT-CTAAAAATTAATAAG-AAGATTTAAAAATAAAT-TG-TTTACTGAACA-GTTCAA
* * ** * * * *
11176 GTAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
124 ATAGTTA-AGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * * *
11240 CCAATTGTTTCGATTCATACAAGCGTATTCAAAAT-AAATAATACT-A-GT-TT-ATA---TAAT
188 ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * *** *
11297 AAGT-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGCTATGCTTGTTTG
253 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACGAACAAGTTTAAATAGTTATTAATATTTG
*
11359 AACAATTATTGATTTCAAATAGTTATGATGTTTTG
317 AACAATTATT-A-TTCAAATA-TTATGAT-ATTTG
* * ** * *
11394 TTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTGTTGCCAG-TGTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
11458 TTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGAAGATTTTAAAAAAAAAATTGTTTACCGAACAAGTTCAA
65 TTAATATTCTAAAAATTAATA---AGAAGA-TTT-AAAAATAAATTGTTTACTGAAC-AGTTCAA
* * * ** * * *
11523 ATAGTCATG-TCCATCGAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
124 ATAGTTAAGAT-TATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
** * **
11587 ACAATTATTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
188 ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * *
11652 AATTAATAAGAGATTTAAAAACTACATCTGTTTACTGATA-TAGTTTAAATAATTATTAATATTT
253 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GA-ACAAGTTTAAATAGTTATTAATATTT
* *
11716 GAACAATTATCTATCTCAAATCATTGTGATATTTA
316 GAACAATTAT-TAT-TCAAAT-ATTATGATATTTG
* * *
11751 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAA
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
11816 CAATATTCCAAAAATTAATAAG-CGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAG
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAG
* * *
11880 TTAAGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAAT
128 TTAAGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* * * **
11945 TATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA
193 TATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * *
12010 ATAAGCAAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGAT-TTAACTATTTG
258 ATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAGTTATTAA-TATTTG
* * * *
12073 AATAACTATCTATTTAAAGTGTTATGACCT-TTTG
317 AACAATTAT-TATTCAAA-TATTATGA--TATTTG
* * * * * *
12107 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTT
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT
12170 ATTAATATT-TCAAAAATTAATA
64 ATTAATATTCT-AAAAATTAATA
12192 GTTATGACTA
Statistics
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Consensus pattern (347 bp):
TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATTGTTTACTGAACAGTTCAAATAGTTA
AGATTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAACAAGTTTAAATAGTTATTAATATTTGAACAATTAT
TATTCAAATATTATGATATTTG
Found at i:13126 original size:358 final size:352
Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 11.9 Consensus size: 352
12178 TTCAAAAATT
* * * * * *
12188 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTCTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
12252 ACAATTGTTTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGGACA-AAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCA
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* *
12316 AAAA-T--TAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGAC
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* * * * * *
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191 TATT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
12438 CAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
254 CA--ACATACAAGCTTTTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---
*
12503 CAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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191 TA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTT
* * *
12802 CAACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
254 CAACATACAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
* *
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* * * ** * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * *
12967 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAA
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* * *
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129 AAATTAATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
13096 ATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCA
192 AT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTCA
* * * * * *
13160 ACTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAG
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* * * *
13225 ATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACCAGTTCA
318 ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAGTTCA
* ** * * * *
13260 AATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
13325 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTATCA
66 ACAATTGTTTTTATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TT-TCA
* * * * * ** * * * *
13390 AACCAATAAAAAATGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT--C-AA--ATTGTTATAACT--
128 AA--AAT-TAATA-G-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATTATTTGCCGAACCAAT-TCA-AA-TAG
* * ** * ** ** ** * ** *
13448 TTTTGTTCTATT-ATA-AAACA-ATAGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTA-AATTAAT
184 TTATG-ACTATTGA-ACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATTA-CCT-TTTGTTTTATCA-TAA-
** * * * ** ** ** *
13508 GCCAATT-TATT-AATATTTCAA-C--AATGAATAAGTAAAA-AATTTTAA-AAATAAATATGCT
242 AACAATTGTTTTCAACA-TACAAGCTTTTTG-A-AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT--T
* * * * * ** ** ** * * * * *
13566 T-ACCAAACTAGATCA-A-ATAGT-CATGAT-TGTTTGAATAATTATCTATTTCA
301 TCA-AAAATTA-ATAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
* * *** * ** * ** *
13616 AATCA-TTATGACTTTTTG-----TTTTCTCATAAAAAAATCATTTTGGTTCAAATGAGCTTAT-
1 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAAATCATTAT--AAC-ATTTTG-TTTTG
* * * * *** *
13674 TCA-AAATA-AA-----ATAATAC-T-AAG-TTA-TTAATATTTTGAAAAT--TAA-TAATTAAG
59 TCATAAA-ACAATTGTTTTTATTCATAAAGCTTATTTAA-AATAAAAAAATACTAATTTATT-A-
* * * * * * *
13725 AGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAATAAATTTAAATAATGATGATTATTT---GAA-CAAT
120 ATATTTCAAAAATTAAT-AG--TAA-G---AGATTTAAAAAAT-A-AATTATTTGCCGAACCAAT
** * ** * * * *
13786 T-ATCTATTTGAAATTG-CTA-T-AACCTTTTGTTTAGTTAT-AAAATG--ATT---TTTT-TTC
176 TCAAATAGTT---A-TGACTATTGAA-CAATTATCTA-TT-TCAAATTGTTATTACCTTTTGTTT
* *
13840 TATTCAT---AGAA--G--TT-----T---A----TTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
234 TA-TCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTTTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
13885 TA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
297 TATTTCAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
** * ** *
13945 AATCTTTATGA-TACTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
14009 AACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAGTTTATTAATATTTCAA
65 AACAATTGTTTTTATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *** * * *
14074 CAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATTGAA-CAAGTTCCAATGGTCATGA
129 -AAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * * *
14137 GTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
190 CTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTT
*** *
14202 TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
253 TCAACATACAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-
* * * * *
14266 TAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA-TCGAACATGTTCA
312 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCA
* * * *
14307 AATAGTTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT-TTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
14370 AACAATTGGTTCTATTCATGCCAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTTCA
65 AACAATTGTTTTTATTCAT-AAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAA-TTTATTAATATTTCA
* * * *** * *
14434 AAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTATAA
128 AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTGCCGAACCA-ATTCAAATAGTTATGA
* * * ** *
14497 CTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAAACCAATTGTTTT
190 CTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTT
*** * * * * * *
14562 TGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGT
253 TCAACATACAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* * * * * * * *
14627 AAAATATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCG
316 ---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
** ** * * * * *
14667 AATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATC-TTTTGTTTTTTCAT-A
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * *
14730 AACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCTA
65 AACAATTGTTTTTATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTC-A
** * * * * *
14794 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAA-CAAGTTTAAATAGTCAT
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* ** ** * * * **
14858 GTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATGATTG-T
188 GACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
** * * ***
14922 TTCTATTA-ATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAT
252 TTC-A--ACATACAAGCTTTTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
14986 AAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTA-TCGAACCAA-TTCA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * ** * *
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* * *
15345 GCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCA
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
15745 AATAGCTGA-GACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCCTAT
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15809 AATAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCT
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15873 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATT
128 AAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAT-TTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
15937 ACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
189 ACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * * *
16002 T-AGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAA-TA
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** * *
16065 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAAATAAGTTCA
311 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
* * * * * ** * * * *
16108 AATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTATGTAATAAA
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* * * * **
16173 ACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATTTC-A
66 ACAATTGTTTTT-ATTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
16363 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAATTAA-TAACTAA
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16427 GAGATTTAAAAAATAAAT
315 GAGATTTAAAAAATAAAT
16445 CCATTTGTCA
Statistics
Matches: 2927, Mismatches: 709, Indels: 528
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTATTCATAAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTG
AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTCAACATA
CAAGCTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
Found at i:13386 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12188--13385 Score: 1059
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
12178 TTCAAAAATT
* * * * ** *
12188 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTCTCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAA
* * *
12251 AACAATTGTTTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGGACAA-AAAA-AATACTAATTTAATAATATTT
65 AACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTT-GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
12314 CAAAAA-T-TAGT--GAGATTTAAAAAAATATATGTATTTGCCGAACCAATTCA
127 CAAAAATTATAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * * * *
12364 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCT-AACTTTT-TTTTAGTCCTAT
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAA
* ** * * * *
12427 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCA
65 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
12491 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
129 AAAATT-AT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
* **
12545 AA-AAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *** * * *
12608 AAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCA
64 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* ** **
12672 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGGTTTACTGAATAAGTTCA
129 AAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * *
12725 AATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*** * * * *
12790 ACAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
12855 AATTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCA
131 AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
** * * * * * * *
12902 AATGGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
12967 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * ** *
13031 AAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCCAAACCAATTCA
130 AAATT-ATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
* ** * * *
13083 AACAGCTATGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* **** * * * * *
13148 ACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
13213 AATT-TA-TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACCAGTTCA
131 AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACTGAACCAGTTCA
** * ** * * *
13260 AATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
13325 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
13386 ATCAAACCAA
Statistics
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0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
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178 3 0.00
179 5 0.01
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183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:14400 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13400--16687 Score: 2498
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 181
13390 AACCAATAAA
* * ** * * * * *
13400 AAAT-GTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * *
13464 AACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATGCCAATTTATTAATATT-TCA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
* * * * * * ** * * * *
13528 ACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGATC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * * * * *
13580 AAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * ** * *
13645 AAAAATCATTT-TGGTTCAAATGAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTT
66 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * * *
13708 GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAATAAATTT
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * * * *** * * *
13761 AAATAATGATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
13826 AATGATTTTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-T-
66 AA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* * * *
13888 TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTC
128 TAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTC
** * ** *
13944 AAATCTTTATGA-TACTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
14008 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAAAAATATTAGTTTATTAATATT-T
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * *
14071 CAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATTGAACAAGTTC
129 -AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * * * *
14125 CAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
14190 AACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * *
14255 AAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTC
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * *
14306 AAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * *
14369 AAACAATTGGTTCTATTCATGCCAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATT-T
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCT
* * * * * * *
14432 CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
129 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * ** * *
14485 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * ** * * *
14550 ACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * * *
14615 AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCGAGCGAGTTC
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* ** ** * * * * *
14666 GAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTTTCAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * *
14730 AACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
** * * * *
14795 AAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTT
131 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * ** * * *
14848 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * ** * *
14913 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * *
14977 TAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCGAACCAA-TTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTC
* * * * * *
15025 AAATACTTATGACTAGTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
15089 AACAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCT
66 AACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * *
15152 AAAAAATAATAAGAAAGGGATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTACCGAACCAA-TTT
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CAAGTTC
* * * * * *
15205 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
15270 AACAATTATTTC-AGTTCATACAAGATTA-TTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTC
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTC
* * * *
15332 GAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * * *
15388 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
15451 AAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAGTCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACAT
64 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
15513 T-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTT-TCTGAACTAGTTC
126 TCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATC-GAACAAGTTC
* * * * *
15568 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * *
15632 AATAATTATTTCTAATCATATAAGCTTA-TTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * ** * *
15696 ACAATTAGT--G-AA-AGATTTTAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * * * * * *
15744 AAATAGCTGA-GACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCCTA
1 AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
15808 TAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCC
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C
* * * * *
15872 T-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTC
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTC
* * * *
15926 AAAGAGTTATTACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
15991 AAAAATTATTT-TAGTTCACAAAAGCTTA-TTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATT-T
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * *
16053 CGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-CTAAATAAGTTC
129 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-GAACAAGTTC
* * * * * ** * * *
16107 AAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTATGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * **
16172 AACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTACAAATATT-T
66 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * *
16234 CAAAATT--TAA-TAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-ATC
129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTC
* ** * * * * * *
16284 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
16349 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT-
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * *
16412 GAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAAACCAA-TTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTC
* * * * * * ** *
16464 AAACAATTATGACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * * *
16529 AATAATTACTTC-AGCTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAGAGTAGA-AATAGTTTATTAATATT-
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
16590 TCAAAAATT--T-A-TAACAGATTT-AGAAATAATTTTATTTATCAAACCAGTTC
128 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
* * * * *
16640 AAATAATTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
16688 ACCAGAGTGT
Statistics
Matches: 2498, Mismatches: 507, Indels: 210
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.00
176 182 0.07
177 283 0.11
178 22 0.01
179 130 0.05
180 568 0.23
181 712 0.29
182 253 0.10
183 332 0.13
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC
Found at i:15275 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 13405--16687 Score: 2428
Period size: 540 Copynumber: 6.1 Consensus size: 534
13395 ATAAAAAATG
* * * * * * *
13405 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * * * * *
13470 AGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATGCCAATTTATTAATATT-TCAACAATG
66 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATT
* * * * * * * *
13534 AATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-ATGCTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGATTGTT
129 AATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATGA-GTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
13597 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAAAAATCATTT-TGGTT
191 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATT
* ** ** * * * *
13661 CAAATGAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGA
255 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
13726 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACGAATAAATTTAAATAATGATGAT-TATTTGAACAATTATC
320 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG-TCTATTTGAACAATTATC
* *** * * * * * * * * **
13790 TATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATAGAAGTTT
384 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAAATT
** *
13855 ATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAA
447 A-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCGA-AATTAATAAG----AGATTTAA-AA
*
13919 ATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAAT-C
504 ATAAATCTATTTATCGAAACAA-TTCAAATAC
* *
13949 TTTATGA-TACTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
1 -TTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
14013 ATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAGTTTATTAATATT-TCAACAA
64 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AA-AA
* ** * * * *
14077 A-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATTGAA-CAAGTTCCAATGGTCATGAGT
126 ATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATGA-GTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
14139 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTG
188 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
*
14204 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
253 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
14269 GAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTAT
318 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTAT
* * * * * * **
14333 CTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCCAGCTT
383 CTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATT
* *
14397 ATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAA
447 A-TTCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTC-GAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAA
* * * * * *
14461 TAAATATGTTTTTTG-AACACGTTCAAATAG
505 TAAATCTATTTATCGAAACA-ATTCAAATAC
* * * * *
14491 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCGTCATAAACCAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * *
14556 TGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTA
66 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTA
* * * * * * * **
14621 ATAAGTAAAATATTTAAAAAGTAAATCTA-TTTACCGAGCGAGTTCGAATAGTTATGACCCTTCA
130 ATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT-A
* * * * * *
14685 -AATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTTTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCA
192 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
** * **
14748 TACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
257 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * **
14813 TTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCT
322 -TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCT
* * ** *
14878 ATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTATT
385 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT
* *
14943 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAATAAGAGATTTAAGAATTAAATCT
450 CA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCG-AAATTAATAAGAGATTTAA-AAATAAATCT
*
15008 ATTTATCGAACCAATTCAAATAC
512 ATTTATCGAAACAATTCAAATAC
* * * ** * *
15031 TTATGACTAGTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
15095 TGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAAATA
66 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTA
* * *
15160 ATAAGAAAGGGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGA
130 ATAAGAAA-AGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGA
* * * *
15225 ACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCAT
194 ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCAT
* ** * * * *
15289 ACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCGAAAAATTAATGAGCAAGAGA
258 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
15353 TTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATT
322 TTT-AA-AAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGTCTATTTGAACAATTATC
* **
15417 TATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAGTCT
384 TATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-AAT
* * * *
15479 TATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAC
446 TATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-GAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAA
* * *
15544 TAAAGT-TGTTT-TCTG-AACTAGTTCAAATAG
505 TAAA-TCTATTTATC-GAAAC-AATTCAAATAC
* * * ** * * *
15574 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * ** * *
15638 TATTTCTAATCATATAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAACAATTA
66 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTA
* * * * * * *
15703 GT--G-AAAGATTTTAAAAATAAATGTA-TTTGCCAAACTAGTTCAAATAGCTGA-GACTATTAG
130 ATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATG-AGTTTACCGAACCAATTCAAATAG-TTATGACTATTAG
* * * *
15763 AATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCCTATAATAATTATTTC-AGTTCA
193 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCA
* * *
15827 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCT-AAAATTAATAAGCAAGAG
257 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** *
15891 ATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATC
321 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGT-CTATTTGAACAATTATC
* * * * *
15955 GATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTC--ACAAAAGCT
384 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAA--T
* * * * *
16017 TATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
446 TATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAA--T--TAA-TAAGAGATTT-AAAA
* * *
16082 ATAAATC-AGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAA
504 ATAAATCTA-TTTATCGAAACAA-TTCAAATAC
* * * * * * *
16113 TTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTATGTAATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*** * *
16178 TGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTACA-AATATT-TCAAAATT
66 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTCT-AAAAAT
* ** * * *
16241 TAATAAG---AGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATCAAATAGTTATGACTATTTG
128 TAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAG
* * ** * * * * * *
16303 AACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAACAATTATTTCTATTCAT
193 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * *
16368 ACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT-GAAATTAATAACTAAGAGA
258 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** ** * * * * * * *
16431 TTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAAACCAA-TTCAAACAATTATGACTATATGAATAATTATTTA
322 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * ** * **
16495 TCTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTACTTC-AGCTCATACAAGCTTATT
386 TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATT
* * * * * * * * * *
16559 CGAAATAGAGTAGA-AATAGTTTATTAATATTTCAAAAATTTATAACAGATTTAGAAATAATTTT
450 C-AAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTC-GAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCT
* *
16623 ATTTATC-AAACCAGTTCAAATAA
512 ATTTATCGAAA-CAATTCAAATAC
* * * * **
16646 TTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
16688 ACCAGAGTGT
Statistics
Matches: 2205, Mismatches: 437, Indels: 204
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
TAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATGAGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAAT
AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGA
AACAATTCAAATAC
Found at i:17252 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17232--17263 Score: 50
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17222 CATTATTAAA
17232 CTTC-TTGTGAG-TTTT
1 CTTCTTTGTGAGCTTTT
17247 CTTCTTTGTGAGCTTTT
1 CTTCTTTGTGAGCTTTT
17264 TCTATTTGTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.06, C:0.16, G:0.19, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
CTTCTTTGTGAGCTTTT
Found at i:19261 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19005--19393 Score: 429
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18995 AAAAAAATTT
* *
19005 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGTGAATAAACTTTTACAAG
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* * * *
19070 CAGAAATTATTGTTTTGTAATATAAA-AAAA-ATCATAAG-AATTTGAAATAAATAATTGCTCAA
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* * * * *
19132 ATAGTCATAACT-TTTGAACTGATTTGTTAAACGGATTTATTTTTTTAAA-TC
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* * * *
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* * * * *
19245 A-CAAAAACAT-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
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* * *
19308 AATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC
128 AATAGTAATAACTATTTGAACTGATTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA-CTC
*
19362 TTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
19394 CAATATATAT
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 25, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGTGAACAAACTTTTACAAG
CAAAAAATATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
AGTAATAACTATTTGAACTGATTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAACTC
Found at i:20680 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19442--22353 Score: 1600
Period size: 181 Copynumber: 16.3 Consensus size: 178
19432 CAAAAAAATT
* * * * * *
19442 GTCATAGA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
1 GTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAA
* * * * *
19506 TAGAATTA-TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTCAAT-TTATTTT
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* * * * *
19568 TTTTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAA-
127 TATT-CAAATAAGCTTGTATGA-TAG--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * * * * *
19621 ---A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACTATTTGAACT-AGTTTGGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGA-TTCGGTAAA
* * * * * * * * *
19680 TAAATTTATATTTT-AATCTCTTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT
** * * * *
19743 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGC-AAACCAAAAG
128 A-TTCAAATAAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAG
* * * * ** * *
19796 GTTATAATGATTTGAATTATAAAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACT-AGTTCGGTATA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGA-TTCGGTA-A
* * * *
19860 A-AGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTT
64 ACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * ** * *
19922 ATTTTGAATAAACATATATGATAAAAATAAATTGTTACATGACCAAACAAGAG
128 A-TTCAAATAAGCTTGTATGATAGAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * * * * * * * *
19975 GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAACTGAATCGGTAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAAC
* ** ** *
20040 AGATTCACCTTTTAAAT-TGC-T-C--ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA
66 AGATTTATTTTTTAAATAT-CTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * ** * *
20100 TTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAG
129 -TTCAAATAAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * ** * * * *
20152 GTCATAA-CATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTG-TGCGATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAA
* * * ** * *
20215 CAAATTTA--TTTTCAA-CTCTTGGTTATTAATTTTTGTATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * *
20277 TTTTGGATAAGCTTTTTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATG-TTAAAACAAAAG
129 -TTCAAATAAGC-TTGTATGATA--GAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAG
* * * * * * *
20330 GTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAA
* *
20394 TAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATT
65 CAGATTTATTTTTT-AAAT-ATCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* ** * * *
20457 TTATTCTAAAAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAG
126 TTATTC-AAATAAGCTTGTATGATA-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * * *
20512 GTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTC-TAACTATTTAAATTGACTCGGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAA
* *
20576 CACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTT
65 CAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
* * *
20641 AATCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAG
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* * ** * * * * * * **
20692 ATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATCAATTCGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAAC
* *
20757 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
66 AGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** * * * * *
20822 TTTGAATAAGTTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAT-AGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
** * ** * * * * *
20873 GTCATAACAATTTGTAATAGATAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATTCT-AACTAATTCGATAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT-TAAATTGATTCGGTAA
* * * * *
20936 ACAAATTTAGTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTT
64 ACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTT
*** * * *
21000 TATTCCTTCTAAGCTTGTATTA-ACTGAAACAATTGTTTTGTGAC-AAATTAAAAG
127 TATT-CAAATAAGCTTGTATGATA--GAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAG
* * * ** * * * *
21054 GTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAA
* * * * * *
21118 CAGA--T-TTTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
21180 TTCTGAATAAGCTTGTATAAACTA-AAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATG
129 TTC-AAATAAGCTTGTAT-GA-TAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * * * * * * * * **
21232 GTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATCTTAACCATTTAAACTAATTCAATAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAAC
* * * *
21297 AAATTTATTTTTTAAATA---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAA
66 AGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA
* * *
21358 TT-AGAATAAGTTTGTATGAATA-CAAC-ATTGTTTTATGA-TAAAAGAAAAAG
129 TTCA-AATAAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAA-CAAAAG
* * * * * * ** **
21408 GTCATAATGATTTGAAATAGAGAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAATT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAAC
* *** *
21473 AGATTTATTTTTTAAATTATTTTGAC-TATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
66 AGATTTATTTTTTAAA-TATCTT-ACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * * *
21537 ATTTTGAATAAAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTTATGACAAAATAAAAA
128 A-TTCAAAT-AAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * * * ** * *
21590 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTTAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAAC
* * *
21655 AGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTT
66 AGATTTATTTTTTAAATATCTTACTT-ATTAA-TTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
21719 ATTCCGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTGTCTTATGA-TAGAACAAAAG
128 ATT-CAAATAAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAG
* ** * * * * *
21772 GTTATAACAATATGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAAC
* * *
21836 AGATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAT
66 AGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * **
21897 TTCAAATAAGCTTCTAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTCAGAAAACAAAAG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* ** * * * * * * * * * *
21948 GTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACAT-AGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGA-TTCGGTAAA
* * * * * *
22012 -ATAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTT
65 CA-GATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*** * * *
22076 ATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTA-AAACAATT-TTTTATGA-TAAAACAAAAG
128 A-TTCAAATAAGCTTGTATG-A-TAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAG
* * ** * * * * **
22128 GTCGTAACGATTACAAATTGATAATTATTCAGATACTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAA
* * * * * * *
22192 CAAAGTTATTTTTTCAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTTGAATTTTATTAAATTTGTTTTATTTTA
65 CAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
22254 TTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAG
129 TT-CAAATAAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * * * *
22306 GTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTT
1 GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
22354 GAACTAGTTA
Statistics
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GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAAC
AGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CAAATAAGCTTGTATGATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
Found at i:21344 original size:19 final size:19
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
21293 AAACAAATTT
*
21303 ATTTTTTAAATATCTTATTA
1 ATTTTTGAAATA-CTTATTA
21323 ATTTTTGAAATA-TTATTA
1 ATTTTTGAAATACTTATTA
21341 A
1 A
21342 ATTAGAATTA
Statistics
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0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.39
20 11 0.61
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Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTGAAATACTTATTA
Found at i:21615 original size:898 final size:891
Alignment explanation
Indices: 19620--22356 Score: 2291
Period size: 898 Copynumber: 3.1 Consensus size: 891
19610 TGACAAAACA
* * *
19620 AAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT-ACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAA
1 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATAAA
* * * * *
19684 TTTATATTTT-AATCTCTTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATATCTT-ACTATTAATTTTAA-AATATTATT-AAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
19747 TGAAT-AAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGA
127 TGAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGA
* * * * * *
19811 ATTATAAAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTATAAAGA-TT-TTTTTTAA
192 AATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTAATC-AGTTCGGTA-AAAGATTTATTTTTTAA
* * * *
19874 ATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATAT
255 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTAT
** * * * *
19939 ATGATAAAAATAAATTGTTACATGACCAAACAAGAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
320 ATGATAAAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCGTT
* * * *
20004 GAAATGGCCATAATTATTTAAACTGAATCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAATTGCTCATTAATT
384 CAAATGGCCATAATTATTTAAACTGAATCGATAAACAAATTCACCTTTTAAATTGCTCATTAATT
*
20069 TTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGC
449 TTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-ACTAAGCTTGTATGAACTCAAACAATTGC
* *
20134 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTT
513 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTT
* * *
20199 GAATTTGTGCGATAAACAAATTTATTTTCAACTCTTGGTTATTAATTTTTGTATTATTAAGAAAT
578 GAACTTGTGCGATAAACAAATTTATTTTCAACTCTTGCTTATTAATTTTTGTAATATTAAGAAAT
* * * * * * *
20264 TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAA
643 TAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGCTAAAACAAAA
* * * * * * * * ** ***
20329 GGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
708 GGTCAGAACAATTTCAAATAAATAACTATTTAAATAATCATAACCATTTAAACTAATTCAATAAA
* * *
20394 TAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAGATTATTTT
773 CAAATTTATTTTTTCAAATCA-TTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAGATTACTTT
* *
20459 ATTCTAAAAAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTC
837 AATCTAAAAAAGCTTGTAAAATA-GAAACAAATATTTTATGACTAAAAAAAAGGTC
* * ** * * *
20515 AAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGT-TCTAACTATTTAAATTGACTCGGCAAACAC
1 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATAA
* **
20579 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAA
64 ATTTATTTTTTAAATATCTTAC-TATTAA-TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * **
20643 TCAA-ATAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCT-TAACAATT
127 TGAATA-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-TATAATGATT
* * * * * * *
20704 TGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATCAATTCGGTAAACATATTTATTTTT
189 TGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTT-AATCAGTTCGGTAAA-AGATTTATTTTT
* **
20769 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT
252 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * *
20834 TGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGTAATAGATAATC
317 TATATGAT-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATC
* * ** * * *
20899 GTTCAAATGGCTATAATTATTCT-AACT-AATTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAGTTTCTTAC
381 GTTCAAATGGCCATAATTATT-TAAACTGAA-TCGATAAACAAATTCACCTTTTAAATTGCTCA-
* * *
20962 TTATTATTTT-AGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT-CTAAGCTTGTATTAACT
443 TTA--ATTTTCA--AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTACTAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * *
21025 GAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG
502 CAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG
** * * *
21090 TAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTT-TTTT-AGATCTCTTTCTTATTAATTTTTT
566 TAATAACTATTTGAACTTGTGCGATAAACAAATTTATTTTCA-A-CTCTTGCTTATTAATTTTTG
* * *
21153 TAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGC-TTGTATAAACTAAAACAATTTTTTT
629 TAATATTAAGAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTT
* * * *
21217 ATGACT-AAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCT-AATAATCTTAACCATTT
694 ATG-CTAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAAATAACTATT-TAAATAATCATAACCATTT
*
21280 AAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-A-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTATT
757 AAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCATTCCTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT
* * * * * *
21340 AAA-TTAGAATTACTTTAAT-TAGAATAAGTTTGTATGAATA-CAAC-ATTGTTTTATGA-TAAA
821 AAATTTAG-ATTACTTTAATCTA-AAAAAGCTTGTA-AAATAGAAACAAATATTTTATGACT-AA
21400 AGAAAAAGGTC
882 A-AAAAAGGTC
* * * * * * *
21411 ATAATGATTTGAAATAGAGAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAATTAGA
1 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATAAA
* *
21476 TTTATTTTTTAAATTATTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAA-TATCTT-ACTATTAA-TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
21541 TGAATAAAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGA
127 TGAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGA
* * * * * * *
21605 AATAGATAATTAATCAAATAGTCAAAACTATTTAAAAT-GGTTTAGTTAATAGATTTACTTTTTA
192 AATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTT--AATCAG-TTCGGTAAAAGATTTATTTTTTA
* **
21669 AATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACT
254 AATCTCTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * *
21733 TATATGAATAGAAAA-AATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAGATAAT
317 TATATG-ATA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAAT
** * * * * ** * * * * ** *
21797 TATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTAT
380 CGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTGAATCGATAAACAAATTCACCTTTTAAAT-TGCTCAT
* * * * * * * * *
21860 TAATTCTT-GAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAT--ATTGAAAA
444 TAATT-TTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TACTAAGCTTGTATGAACT-CAAA
* * * * * * * * ** * * **
21922 GCAATTGTTTTGTCAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCA
506 -CAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAA
* ** * * *
21987 TAATTATTTGAAC-T-AAC-ATAGTAAAATAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTT
569 TAACTATTTGAACTTGTGCGATA--AACA-AATTTA-TTTTC-AA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * *
22049 GAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTTGTGAACTAAAACAATT-TTT
628 GTAATATTAAGAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTTGTATAAACTAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * * *
22112 TATGATAAAACAAAAGGTC-GTAACGATTACAAATTGATAATTATTCAGATACTCATAACTATTT
693 TATGCTAAAACAAAAGGTCAG-AACAATTTCAAATAAATAACTATTTAAATAATCATAACCATTT
* ** * * * * *
22176 GAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATC--T-CTTATTAATTTTTTGAATTTTATTA
757 AAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCATTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATA
* * * ** * * * * * *
22238 AATTT-GTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACA
822 AATTTAG-ATTACTTTAATCTAAAAAAGCTTGTA-AAATAGAAACAAATATTTTATGACTAAAAA
22302 AAAGGTC
885 AAAGGTC
* * * *
22309 AGAATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAA
1 AAAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAA
22357 CTAGTTAAGC
Statistics
Matches: 1484, Mismatches: 277, Indels: 159
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
891 3 0.00
892 3 0.00
893 7 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (891 bp):
AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATAAAT
TTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
TAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATA
GATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTAATCAGTTCGGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATA
AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGG
CCATAATTATTTAAACTGAATCGATAAACAAATTCACCTTTTAAATTGCTCATTAATTTTCAAAA
TAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTACTAAGCTTGTATGAACTCAAACAATTGCTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGT
GCGATAAACAAATTTATTTTCAACTCTTGCTTATTAATTTTTGTAATATTAAGAAATTAGTATTA
ATTTATTCTGAATAAGCTTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGCTAAAACAAAAGGTCAGAA
CAATTTCAAATAAATAACTATTTAAATAATCATAACCATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTA
TTTTTTCAAATCATTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAGATTACTTTAATCTAAAA
AAGCTTGTAAAATAGAAACAAATATTTTATGACTAAAAAAAAGGTC
Found at i:21875 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 18567--27043 Score: 2794
Period size: 358 Copynumber: 23.6 Consensus size: 356
18557 CTACCCAACA
* * * ** * *
18567 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGCCATAAAAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * ***
18632 TTTTAAATCTTTTAACTATTAATTGTCTT--AGTATTAATAAAGTA-TATTATTTTATTCAAAAT
65 TTTTAAATC-TCT---TATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * ** * * *
18694 AAACTTGTATGAATAGAAAAAAATCT-TTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATA
124 AAGCTTGTATGAATA-AAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * ** * * * *
18758 GATAATTGTTCAAATACTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAATTT
187 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * * * *
18823 CTTAATCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAACT-AG-TTAATA
251 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA-TAAGCTT-ATA
* * * * *
18885 TGAACT-GAAATAATT-TTTTATGATAAAATAAAAGGTCTTAACA
313 TGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** * *** *
18928 ATTTTCAAATAAATACTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCAATAAACATATTTAT
1 A-TTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAT
*** * * * *
18993 TTAAAAAAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGTGAATA
64 TT-TTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * ** * * * *
19058 AACTTTTA-CAAGCAGAAATTATTGTTTTGTAATATAAA-AAAA-ATCATAA-GAATTTGAAATA
125 AGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATA
* ** * * **
19119 AATAATTGCTCAAATAGTCATAACT-TTTGAACT-GATT-TGTTAAACGGATTTATTTTTTTAAA
187 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCAG-TAAACAAATTTA--TTTTTAAA
* ** * * *
19181 --TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATG
248 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATA
* * *
19242 TGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCG
313 TGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
19286 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* **
19351 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAATATATATTTT-TTTCCAAA
65 TTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT-TATTTTATTT-TGAA
* **
19415 TAAGCTAGTATG----------A--G---T-TG-CAAAA-AAATTGTCATAGA-GATTTGAAATA
123 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATA
* * * * *
19461 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAGAA-TTATTTTTAAATC
187 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTAAATC
* * * *
19524 TCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTCAAT-TTATTTTTTTTCCAAATAAGC-TAGT
250 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTA-T
* *
19586 ATGAGTTGCAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---G
312 ATGAATAG--AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
19626 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * *
19690 TTTT-AATCTCTTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * * * *
19753 AGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGAATTATAA
125 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * *
19818 AATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTATAA-AGATTT-TTTTTAAATCTCTT
190 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTA-AACAAATTTATTTTTAAATCTCTT
* * * ** * *
19881 ACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATA
254 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATA
* ** * * *
19945 AAAATAAATTGTTACATGACCAAACAAGAGGTAATAACG
319 GAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * ** * * * **
19984 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAACTGAATCGGTAAATAGATTCACC
1 ATTTGAAATAGATAATTATT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* ** * *
20049 TTTTAAAT-TGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCT
65 TTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
** * * *
20113 TGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATT
129 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
** * * * * * * **
20177 GCTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTGTGC-GATAAACAAATTTA-TTTTCAA-CTCTTGGTT
194 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTT
* * * ** * *
20239 ATTAATTTTTGTATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT-GA
258 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TTATATGAA-TAGA
* ** **
20303 AACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATA
321 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
20339 ATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* *
20404 TTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTAAA
65 TTTT-AAATC---T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * *
20467 AAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA
123 TAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
20531 GATATTTATTCTAATAGTTC-TAACTATTTAAA-TTGACTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
187 GATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAT
* * * * *
20594 ATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-CAAATAAGCTTCT
249 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTAT
* * * *
20657 ATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACA
312 ATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** * *
20701 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAA-TCAATTCGGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTTGGTAAACAGATTTAT
*
20765 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
20830 AGTTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGTAATAGA
125 AGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * * *
20894 TAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATTCT-AACTAATTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAGTT
189 TAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT-TAAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATC
* * *** *
20956 TCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTCTAAGCTTGTAT
250 TCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAT
* * * ** * *
21020 TAACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATG
314 GAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * *
21063 ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTT-TT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
** ** ** * * *
21127 TTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGC
65 TTTTAAATC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * *
21192 TTGTATAAACT-AAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAA
128 TTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
21256 CTATTCTAATAATCTTAACCATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-AT-C
192 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
21317 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATT-AGAATAAGTTTGTATGAAT--
256 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATAG
* * * * *
21379 ACAACATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATG
320 AAAAAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACG
* * * * * **
21417 ATTTGAAATAGAGAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAATTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * ** *
21482 TTTTAAATTATTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAA-T-CTCT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-
* ** * * * * * *
21547 AAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGA
124 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
21611 TAATTAATCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTTAATAGATTTACTTTTTAAATCTCT
189 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCT
* *
21676 TA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGA
253 TACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGA
* * * * *
21740 ATAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
316 ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
21781 ATATGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTT
* * * ** *
21846 TTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTC
66 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
21911 TAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTCAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTA
131 TATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * **
21975 TTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACAT-AGTAAA-ATAATTTATTTTTCAAATCTCTTACT
195 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTT-AAATCTCTTACT
* * * ** * * * *
22038 TATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTA-A
257 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAA-TAGA
* * *
22102 AACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCGTAACG
321 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * * * *
22137 ATTACAAATTGATAATTATTCAGATACTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * **
22202 TTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATTTTATTAAATTTGTTTTATTTTATTCCGAATAAGC
65 TTTT-AAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
** * * * * ** *
22266 TTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAA
128 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAA
* * * * *
22330 TTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAG-T---TAAGC-AA---A----T--A---C-TA--
192 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
22375 -A-T--TTTTAG-AACATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATTAGA
257 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTATATGAATAGA
* * *
22434 AACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATA--TCATAATG
321 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACG
* * * * * * * *
22469 ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACATGCTTTTTAA-T--TATTGAAATATTAATA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAAC-T--ATTTGAACTGGT-TTG--GTA--AACA
* * ** * ** * * *
22531 AAGTAGTATTTTTTTTATTTCGGA-TAATTTTT--AATGAATTGAA-ACAATTA-TTTTATGTCA
57 GA-T-TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAT--ATT-AATA-AATTAGTATTATTTTA
*** * * ** * ** * *
22591 AAAT-AA-AAG-GTCTAACAACTTTAAATA-AATAATTGT-T--CAAATACTCAAA--TCTATTT
116 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA---TAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AC-AAAAGGTC-A--T
* * * * * ** *
22647 GAACTTG-TTCGGTG-AATAGAT-TTTTTTTAAAT-CTC-TTACTCA-TTAAA-TTTTTGAATGT
173 -AAC--GATT---TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTAGTT-CA-GT
* * * * * * * * * ** * *
22705 TAATAAA-TTAGTATT-ACTTTATT-CTGAATAA-GCTTGTATAA-ATTAAAATAATTA-TTTTA
229 AAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-A-AATATTAATA-AATTAGTATTA
** ** ** ** * * * * * ** * ** *
22764 TGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA-ACATAAAATTATTCGAATAGTCTTAAC--TA--T
291 T-TTTATTCCGAA--T-AAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGGT
* * *
22824 TAGAACT
350 CATAACG
* * ** * * * * * * ** *
22831 AGTTTGGCAAACA-CTTTTTTTTTAAT-CTC-TTACT-TTTTAA-T-TTTTGGAATATTATTAAA
1 A-TTT-G-AAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG--TA--AACAGA
* * * * * ** * ***
22890 TTAGTATTATTTT-AA--TCTAAATAA-GTTTG---TATGAA-AAGA-AACAATTGTTTTACGAT
59 TT--TATT-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * ** * * *
22946 GAAATAAAGATCATAATGATTTGAGAT-AGAA-AATTCTTTACATAGTTAAAAC--TA-TTTA-A
120 G-AAT-AAG--C-T--TG-TATGA-ATAAAAACAATTGTTT-TAT-GACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * ** * * *
23005 ACTGTTTCTGTAACAAATTTAGTT-TTTAAATCTTTTATTAA-T-TTTCAAAATA-TT-AATATA
174 AC-GATT-TG-AA-ATAGATAATTATTCAAAT-AGTCA-TAACTATTT-AAACTAGTTCAGTA-A
* * * ** *
23065 TC-AGTATTA-TTTT--AT-T-TTGA---A-TAA-TTTTG-CATGAACAA-AAA-TA--ATTGTT
231 ACAAAT-TTATTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * * ** * ** ***
23114 TTATTAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGTCAAGGGCTTGGA
293 TTATT-CCGAAT--AAGCTTAT-ATGAATAG-AA-A-A-AATTGTT-TTATGACAA-AAC-AAAA
* **
23179 CG-CATTGCCTG
347 GGTCA-TAAC-G
* * ** ** *
23190 ATAATGCCCAAAT-GAAAAGATTATGGCTCAAGTAGAGGA-AGACT-TGGAGGAAAATGAAGAGA
1 AT-TTG---AAATAG-ATA-ATTAT---TCAA-TAG-TCATA-ACTAT--TTG-AACT---G-G-
** * ** ** ** **** ** * * ** *
23252 AGCTGGCTAAAGAGGATCAAAACCTTAAAAAGTAGAAATAGGTTACCTATGGTGAT-TGTAGAGC
46 -TTTGG-TAAACA-GAT--TTATTTTTTAAA-T-CTCTTA--TTAATTTTTGAAATAT-TA-A-T
** * * ** * * *** * * * * * * *
23316 ATCTTTAGTCATACAATTTAACTTGAGTATCGCACCTATTAAAAAAGAATACTAGTTGTGT-A-A
99 A-AATTAGT-AT-TATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAATAAA-AACAATTGTTTTATGACA
** * * ** * *
23379 AAATGTGTTCCACACTCGGTCTATTACCCAACAATTTGAAATAAATAATCGTTCAATTAGCCATA
159 AAA-------CA-A-AAGGTC-A-T----AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * ** *
23444 AAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT--
209 ACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-T-TTGA
* * * ** * * * *
23506 ATTATAAATAAAGTA-TATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTCTTTTGG
270 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTT-A
* *
23570 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCG
334 TGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * **
23593 ATTTCG-AATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCCT
1 ATTT-GAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * * ** *
23657 TTTTTAAATTTCTTAATCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAAC
64 TTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * *
23721 CAG-TTAATATGAACT-GAAATAATT-TTTTATGATAAAATAAAAGGTCTTAACAATTTTCAAAT
124 AAGCTT-GTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAAT
* * * * * ** * * * ** **
23783 AAATACTTACTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCAATAAACATATTTATTTAAAAAAAA
186 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTT-TTAAATC
* * * * * *
23848 TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCTGATTAAACTT-T-T-
250 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATG
* * * * ** *
23909 ACA-AGCAAAAATTATTGTTTTGTAATATAACAAAAAATCAT-ATG
315 A-ATAG-AAAAA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * * *
23953 AATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTGATTTGTTAAACGGATTTAT
1 -ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-
* * * * *
24018 TTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAAC
63 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * *
24083 TTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAAT
128 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
24148 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA
193 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA-GTAAACA-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
24211 CATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA--ATTTTTTTTTTCCAAATAAGC-TAGTATGAGT
255 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTA-TATGAAT
*
24273 TGCAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---G
318 AG--AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
24307 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * *
24372 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * * *
24436 AGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAATTATAC
125 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * *
24501 AATT-TCTCAAATAGTTATAACTATTGAAACTAGTTCGGTATAA-AGATTT-TTTTTAAATCTCT
190 AATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTA-AACAAATTTATTTTTAAATCTCT
** * * * ** * *
24563 TACTTATTGTTTTTTCAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-AT
253 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAAT
** * * *
24627 A-AAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAGAGGTAATAACG
318 AGAAAA--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * ** * * * **
24667 ATTTGAAACAGATAATTATTGAATGGCCATAATTATTTAAACTGAATCGGTAAATAGATTCACCT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTT
* ** * *
24732 TTTAAAT-TGCTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTT
66 TTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
** * * * *
24796 GTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATTG
130 GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * **
24860 CTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTGTGC-GATAAACAAATTTA-TTTTCAA-CTCTTGGTTA
195 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** * * *
24922 TTAATTTTTGTATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAATTGAAA
259 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TTATATGAATAGAAA
* ** **
24987 CAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATA
323 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
25021 ATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* *
25086 TTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTAAA
65 TTTT-AAATC---T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * *
25149 AAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA
123 TAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
25213 GATATTTATTCTAATAGTTC-TAACTATTTAAA-TTGACTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
187 GATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAT
* * * * *
25276 ATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-CAAATAAGCTTCT
249 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTAT
* * * *
25339 ATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACA
312 ATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
25383 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAA-TCGATTCGGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTTGGTAAACAGATTTAT
*
25447 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
25512 AGTTTGTATGATTAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGTAACAGAT
125 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
*** * * * * *
25577 AATCGCTCAAAT-GGCTATAATTATTCT-AACTAATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTT
190 AATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT-TAAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT
* ** *** * *
25639 CTTACTTATT-ATTTTAGTAAGCATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTTCTAAGCTTGTATT
251 CTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATG
* * ** * *
25703 AACT-GAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATG
315 AA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
25745 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTT-TT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
** ** * * * *
25809 TTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGC
65 TTTTAAATC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * *
25873 TTGTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAA
128 TTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
25937 CTATTCTAATAATCTTAACCATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-AT-C
192 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
25998 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCATGTATGAAT--A
256 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATAGA
* * * *
26061 AAACATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAAGG
321 AAAAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACG
* * * ** **
26098 ATTTGAAATAGATAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAATTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * ** **
26163 TTTTAAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTAAA--TCTCT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-
* ** * * * * *
26228 AAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGA
124 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
26292 TAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCT
189 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCT
* * *
26357 TA-TTGATTAATTTTCTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATGTGA
253 TACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGA
* * * * *
26421 ATAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
316 ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
26462 ATATGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTATACAGATTTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTT
* * * ** *
26527 TTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTC
66 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
26592 TAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTCAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTA
131 TATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** **
26656 TTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACAT-AGTAAAGTAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTT
195 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTT
* * * ** * * * *
26720 ATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTA-AA
258 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAA
** **
26784 GCAATTG-TTTATGGTAAAACAAAAGGT-AGTAACG
322 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACG
* * * * * *
26818 ATTTTAAATTGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * **
26883 TTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATTTTATTAAATTTGTTTTATTTTATTCCGAATAAGC
65 TTTT-AAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
** * * * * ** *
26947 TTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAA
128 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAA
* * * *
27011 TTGTTCTAATAGTCTTAAATATTTAAACTAGTT
192 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
27044 AAGCAAATAC
Statistics
Matches: 5963, Mismatches: 1598, Indels: 1114
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
331 3 0.00
332 74 0.01
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Found at i:22241 original size:19 final size:18
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*
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TTATTAATTTGTTTAATT
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * **
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * **
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** * ** *
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** * *
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128 AGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * ** * * ***
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* * * **
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* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
*
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAACAGATTTATT
* **
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* * * * * *
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* * *** * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT-TAAATTGATTCGGTAAACAGATTTA
* * * * ***
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* * * * *
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126 TAAGCTTGTATGATA--GAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
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* * *
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129 GCTTGTATGATA--GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAACAGATTTATT
* * * *
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* * *
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129 GCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAA-CAAAAGGTCATAACG
* * * * * * **
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAACAGATTTATT
* * *** ** **
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCGGTAAACAGATTTATT
* * *
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* * * * * * *
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127 AAGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGA-TTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
26525 TTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATA
* * * * ** * *
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128 AGCTTGTATGATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGA-TTCGGTAAA-CAGATTTA
* * * * * ***
26701 TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGAT
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT
* * * * *
26766 AAGTTTTTGTGAACTA-AAGCAATTG-TTTATG-GTAAAACAAAAGGT-AGTAACG
127 AAGCTTGTATG-A-TAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCA-TAACG
* * * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
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65 TTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATA
* * * * **
26944 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAATA
128 AGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
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*
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*
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TTATTAATTTGTTTAATT
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* * * * * ** * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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248 -TATTTTATGACTAAAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAAC
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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503 TCGGTA-AAAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
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* * * * * *
24663 AACGATTTGAAACAGATAATTATTGAATGGCCATAATTATTTAAACT-GAATCGGTAAATAGATT
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* ** * * **
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692 TATTTTTTAAATT-CTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACTA
* * * *
24791 AGCTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGACA
755 AGCTTGTAT-AATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAACATTTTAAATAGACA
* ** *
24856 ATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAA-TTTGTGCGATAAACAAATTTA-TTTTC-AA-CTCTT
819 ATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCAT-AGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCTCTT
**
24917 GG
882 AC
* * *
24919 TTATTAATTTTTGTATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAATTG
1 TTATTAA-TTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTTATGAACTG
* ** * *
24984 AAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCA-TAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGCTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTA-TTCAATAG
* * * *
25048 TCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATC---T-CTTATTAATTTT
* * *
25113 TTGAATATTAATAAATTTAGATTATTTTATTCTA-AAAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATAT
189 TTGAATATTATTAAA-TTAGATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAATAT
* * *
25176 TTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGT-TCTAACTAT
251 TTTATGACTAAAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCT-TAACTAT
* ** * * * *
25240 TTAAATTGACTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAT
314 TTGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAC-TATTAA-TTTTAAAATATTTT
** * *
25305 TAAATTAGTATTATTTT-TAATCAA-ATAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACAA
377 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
25367 AACAAAGA-TCT-TAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT-GAATCGA
440 AACAAAAAGT-TATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAT-GG
* *
25429 TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGT
502 TTCGGTAAA-AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * * * *
25494 ATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATTAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
565 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAAAAATAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGGTAA
* * * * * * * *
25559 TAACAATTTGTAACAGATAATCGCTCAAATGGCTATAATTATTCTAACTAATTCGATAAACAAAT
628 TAACAATTTGAAACAGATAATTGTTC-AATAGCCATAATTATT-TAACTAGTTCGGTAAACAGAT
* ** * *
25624 TTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTTAGTAAGCATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCT
691 TTATTTTTTAA-ATTCTTA-TTA--ATTTTAG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * ** * *
25689 TCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAAT
751 ACTAAGCTTGTA-TAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAA-CATTTTAAAT
* * ** * * *
25754 AGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGA-TT-TTTTT-AGATC
814 AGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATC
*
25816 TCTTTC
878 TCTTAC
* * * * * * * *
25822 TTATTAATTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAA
1 TTATTAATTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAA
* * * *
25887 ACAATTGTTTTATGACT-AAACAAATGGTCAG-AACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAAT
66 ACAATTGTTTTATG-CTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTC-AATAGT
* * * ** * * *
25950 CTTAACCATTTAAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATATCTTATTAA-TTTTTGAA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTG-A
* * * * *
26013 ATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCATGTATGAATA-AAAC-ATTGTTTTATG
193 ATATTATTAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATG
* *
26076 A-TAAAAGAAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATCATTCACATAGTCTTAACTATTTGAA
257 ACT-AAA-AAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAA
* * * * * * *
26140 TTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTAAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTTTTAAA
319 TTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAA-TATCTT-ACTATTAA-TTTTAAAATATTTTTAAA
* * * * *
26205 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTTATGACAAAATAAA
381 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* **
26269 AAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAA
446 AAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATGGTTCGGTAA
*
26334 ATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTGAAATATTACTAAATTAGTATTATT
510 A-AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * *
26398 TTATTCCGAATAAACTTATGTGAATAGAAAA-AATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
571 TTATTTTGAATAAACTTATATGAATA-AAAATAATTGT-TTATGACA-AACAAAAGGTAATAACA
* * * * *
26462 ATATGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTATACAGATTTATTT
633 ATTTGAAACAGATAATTGTTCAATAGCCATAATTATTT-AACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTT
* * *
26527 TTTAAATCTCTTATTAATTCTT-GAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
697 TTTAAAT-TCTTATTAATT-TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACTAAGCTT
* * * * * *
26591 CTAT-ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTCAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTT
760 GTATAATTG-AAA-CAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTAAATAGACAATT
* * * * * *
26655 ATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACATAG-TAAAGTAATTTATTTTTCAAATCTCTTAC
822 GTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACT-TCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCTCTTAC
* * * *
26718 TTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACT-A
1 TTATTAA-TTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGA
* *
26782 AAGCAATTG-TTTATGGTAAAACAAAAGGT-AGTAACGATTTTAAATTGATAATTATTCAGATAG
65 AA-CAATTGTTTTATGCTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTCA-ATAG
*
26845 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGA
* * * * * * *
26910 ATTTTATTAAATTTGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATG
193 ATATTATTAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATG
* * ** * *
26975 ACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAATTGTTCTAATAGTCTTAA--A--T--A-
257 ACTAAAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAA-TAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAAT
* *** * * *
27032 T--TT----AAACT--AGTTA---AGCAAATA-C-TA--A-T--TTTTAGAACATTATTAAATTA
320 TGGTTCGGCAAA-TAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTAAAATATTTTTAAATTA
* ** * * * *
27079 GTATTATTTT-TATCCAA-ATAAGCTTGTACGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATA
384 GTATTATTTTATTTTGAATA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * ** **
27142 -TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACATGCTTTTTAATTATT--G---
448 GTTATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAAC-T-ATTTAAAATGGTTCGGTAA
** * ** * * * ** * * **
27201 AA-A--TATTAATAAA-GTAGTATTTTTTTATTTCGGATAATTTTTAATGAATTGAAACAATTAT
510 AAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA-TATTAATAAATT---AGTATTAT
*** ** * ** * * * **
27262 TTTATGTCAAAATAAAAGGTCTAACAACTTTAAATAAATAATTGTTCA--A-ATACTCAAATCTA
570 TTTAT-TTTGAAT-AAACTTATATGAA---T-AA-AAATAATTGTTTATGACAAAC-AAAAGGTA
* * * * * * * * * * * * * *
27324 TTTGAAC-TTGTTCGGTGAATAGAT-TTTTTTTAA-ATCTCTTACTCA-TTAAAT-TTTTGAATG
627 -AT-AACAAT-TT--G-AAACAGATAATTGTTCAATAGC-CATAATTATTTAACTAGTTCG---G
* * * * * *
27384 TTAATAAATTAGTATTACTTTT---TTCTTAATAAGCTTGTA-TAA-ATT-A-AAA-TA--ATTA
682 TAAACAGATT--TATT--TTTTAAATTCTTATTAA--TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * *** * *** * * ** ** *
27439 TTTTAGGACTAAACAAAAGGTCAAATTGATTTGAAACATAAACTTATTCTAAC-AGTCTTAA-CT
741 TTTTA--TTTCAAC-TAAGCTTGTA-T-AATTGAAACA-ATTGTT-TTGTGACAAAACAAAAGGT
* *** * * ** * * * * * * *
27502 ATTAGAACTAGTTTGGCA-A-ACATTTTTTTTAGT-CTC-TTACT-TTTTAATTTTGGAATATTA
799 A--ATAAC-A-TTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAA-CTT--CATA-GA
* * * *
27562 TTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGTTTGTA-
856 -TAAA-AAAT-TTATTTT--TC-AAAT--CTCT-TAC
* ** * ** * * * * ** *
27598 TGAAAAGAAACAATTGTTTTACGATGAAATAAAGATCA-TAATGATTTGA-GATAGATAA-TTCT
1 T------TATTAATT-TTGTAATAT-TAAT-AA-ATTAGT-ATTATTTTATTTTGGATAAGTT-T
* * *** **
27660 TTACATAGTCAAAACT-ATTTA-AACTGTTTT-TG-T--AACAAATTTA-GTTTTTAAATCTTTT
54 TT--AT-G----AACTGA--AACAATTGTTTTATGCTAAAACAAA---AGGTCAGT-AA-CGATT
* * * ** ** *
27718 ATTAATTTTCA-AAATATTAATAT-ATTAGT-ATTATTTTATTTTGAA-TAATTTTGCATGAACA
105 -TTAA--AT-AGATA-ATT-AT-TCAATAGTCA-TA-ACTA-TTTGAACTTGTTTAG--T-AA-A
* * *** * ** ** * * *
27779 AAAATAATTGTTTTATT-AAA--AAATA-AAAGGTCAT-AATGA-T-TTAAAATAGA-TA-ATTG
156 CAAAT--TTATTTT-TTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGAAT-ATTATTAAATTAGATTATTTTA
* * * * **** ***** * *
27835 TTCA-AATGTCAAGGGCTTGGACGCATTGCCTGATAATGCCCAAATGA--AAAGATAATGGCTCA
217 TTCAGAA--T-AA--GCTTGTATGAATAGAAACA-AAT-ATTTTATGACTAAA-AAAAAGG-TCA
* ** * * * * * *** * ** *
27897 AGTAGAGGA--AGACTTGGAGGAA--AATGAAGAG----AAGCTGGCTAAAGAGGAT---C-AA-
273 A--A-AGGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAATAGTCTTAA-CTATTTGAATTGGTTCGGCAAAT
** ****** * ** * * ** ** * * * *
27949 AACCTTAAAAAGGAGGAAGAGGTTACCTATGGTGATTGTGGAGCATCTTT-AGTCA-TA-TAATT
333 AAATTTATTTTTTA--AATATCTTA-CTAT--TAATTTTAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTT
** * ** *** * * * ** ***** ****
28011 TAACTTGAGTATCGCACCTACTAAAAAAGAAGACTAGTTGTGTAAAAATGTGTTCCACACTCGGT
393 TATTTTGAATAAAGCTTGTA-T-GAATAGAA-AC-AATTGT-T--TTATG-ACAAAACAAAAAGT
* * ** * * * ** * * * **
28076 CTACTACCCAACAATTTGAAATAAATAACCGTTCAATTAGCCAAAAAGATTTGAACTTGTTTAGT
450 -TA-T----AACGATTTGAAATAGATAA-TTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATGGTTCGGT
* * * *
28141 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAAC-TATTAATTGTCTT--AGTATTAATAAAGTA-TATT
508 AAA-AGATTTA-TTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * *
28202 ATTTTATTCAAAATAAATTTGTATGAATAGAAAAAAATCT-TTTGGTGACAAAACAAAAGGTTAT
568 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATA-AAAATAAT-TGTTT-ATGAC-AAACAAAAGGTAAT
* * * * * * *
28266 AGCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA-CTTATAATTATTTAACAATA-TAC-TTATAA-AT
629 AACAATTTGAAACAGATAATTGTTC-AATAGC-CATAATTATTTAAC--TAGTTCGGTA-AACAG
* ** * * * * *
28327 ACTTACTCAAATAGTCATAACTCTTTGATT-TTGTTCAATAAACATATTTATTTAAAAAAAATTT
689 A-TT--T--ATTTTTTA-AATTC-TT-ATTAAT-TT---TAGA-A-A--TA-TT--AATAAA--T
* * * * * * *
28391 TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATA-AACTT-TTACAA
733 TA-GTATT-ATT-TT---AT-TT--CAACTAAG-CTT-GTATAAT-TGAA-ACAA-TTGTT----
* ** * * * * * *
28454 GCAAAAATTATTGTTTTGTA-ATATAACAAAAAATCATAAGAATTTCAAATAAATAATTGCTCAA
780 ----T------TG---TG-ACA-A-AACAAAAGGTAATAA-CATTTTAAATAGACAATTGTTCAA
* * ** * * ** *
28518 ATAGTCATAACTTTTTGAA-TTGGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTTAAA--TCTT--
828 ATGGTCATAACTATTTGAACTT-CATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCTCTTAC
* * * * * ** * * **
28571 TTATTAATTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACAAA
1 TTATTAA-TTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGA
* * * * * *
28636 AACATTTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCA-TAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
65 AACAATTGTTTTATG-CTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTC-AATAG
* * *
28699 TCATAATTATTTGAAC-TGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AAATCTCTTACATATTAA-T
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACA-AATTTATTTTTTCAAATCTC-T---TATTAATT
* * * * * *
28760 TTTTGAAATATTAATAAATTCA-ATTTATTTTTTTTCCA-AATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAA
187 TTTTG-AATATTATTAAATT-AGA-TTA-TTTTATT-CAGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACA
* * * *
28823 AATTGTTTTATGAC---AAAACA----AAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA
246 AA-TATTTTATGACTAAAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTA
* * * * * *
28881 ACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAAGAAT
309 ACTATTTGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTT-ACTATTAATTTTAA-AAT
* * * * * * *
28946 ATTTTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGG
372 ATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * * * *
29010 CAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAATTATACAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTA
437 CAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATG
* * *
29075 GTTAGGTATAAAGATTT-TTTTTAAATCTCTTA-TTA-T--TTTTTGAAAGATTAATAAATTACT
501 GTTCGGTA-AAAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
29135 ATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTA
565 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAAAAAT-AATTGTT-TATGA-CAAACAAAAGGTA
* * * * *
29199 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTAAACT-GAATCGGTAAATAG
627 ATAACAATTTGAAACAGATAATTGTT-CAATAGCCATAATTATTT-AACTAG-TTCGGTAAACAG
* ** * * **
29263 ATTCACCTTTTAAATTGCTCATTAATTTTCA-AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
689 ATTTATTTTTTAAATT-CTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
29327 CTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAG
752 CTAAGCTTGTAT-AATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAACATTTTAAATAG
* ** *
29392 ACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAA-TTTGTGCGATAAACAAATTTA-TTTTC-AA-CT
816 ACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCAT-AGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCT
**
29453 CTTGG
879 CTTAC
* *
29458 TTATTAATTTTTGTTATTATTAAGAAATTAG--TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT
1 TTATTAA-TTTTG-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTTATGAACT
* * * ** * *
29521 GAAACAATTTTTTTATGTTAAAACCAAAGGTCA-TAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATA
63 GAAACAATTGTTTTATGCTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTA-TTCAATA
* * * *
29585 GTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATC---T-CTTATTAATTT
* *
29650 TTTGAATATTAATAAATTTAGATTATTTTATTCTA-AGA-AAGCTTGTA-AAATATGAAACAAAT
188 TTTGAATATTATTAAA-TTAGATTATTTTATTC-AGA-ATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAAT
* * * *
29712 ATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGT-TCTAAAT
249 ATTTTATGACTAAAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCT-TAACT
* ** * * * * *
29776 ATTTAAATTGACTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTT
312 ATTTGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAC-TATTAA-TTTTAAAATATT
* ** * *
29841 ATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAA-ATAAGCTTCTATG-ATAAGAAACAATTGTTTTATGAC
375 TTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
29903 AAAACAAAGA-TCT-TAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTG
438 AAAACAAAAAGT-TATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATG
* * *
29966 ATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAG
501 GTTCGGTAAA-AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * *
30031 TATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG-ATGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGT
564 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAT-AAAAATAA-TTGTTTATGAC-AAACAAAAGGT
* * * * * * * *
30095 CATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCTATAATTATTCTAACTAATTCGATAAACAA
626 AATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTC-AATAGCCATAATTATT-TAACTAGTTCGGTAAACAG
* * *
30160 ATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
689 ATTTATTTTTTAA-ATTCTTA-TTA--ATTTTAG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * * *
30225 CTTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAAGTTATAATGATTTTAA
749 CAACTAAGCTTGTA-TAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAA-CATTTTAA
* * ** * * *
30290 ATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA-TT-TTTTT-AGA
812 ATAGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAA
30352 TCTCTTTA-
876 TCTC-TTAC
* * * * * * *
30360 TTATTAAGTTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTG
1 TTATTAA-TTTTGT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTG
* * *
30424 AAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAATGGTCAG-AACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATA
64 AAACAATTGTTTTATG-CTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTC-AATA
* ** * * ** * *
30487 ATGTTAACCATTTAAAC-TAATTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATATCTTATTAA-TTTTT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTT
* * * *
30549 GAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAC-ATTGTTTT
191 G-AATATTATTAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTT
* * * *
30612 ATGA-TAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTGGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTT
254 ATGACT-AAA-AAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAACTATTT
* * * * * * * * *
30676 AAATTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCAAAATATTTTT
316 GAATTGGTTCGGCAAATAAATTTA-TTTTTTAAATATCTT-ACTATTAA-TTTTAAAATATTTTT
* * * * * * *
30741 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAAT
378 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * **
30805 AAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAG
443 AAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATGGTTCGG
**
30870 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTGAAATATTACCAAATTAGTATT
507 TAAA-AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * *
30934 ATTTTATTCCGAATAAACTTATGTGAATAGAAAA-AATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
568 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATA-AAAATAATTGT-TTATGACA-AACAAAAGGTAATA
* * * * * * *
30998 ACAATATGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTA
630 ACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAATAGCCATAATTATTT-AACTAGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
31063 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTT-GAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
694 TTTTTTAAAT-TCTTATTAATT-TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACTAAG
* * * * *
31127 CTTCTAT-ATTGAAAAGCAATTGTCTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATA
757 CTTGTATAATTG-AAA-CAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTAAATAGACA
* * * * * * * *
31191 GTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTACCATAG-TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTT
819 ATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACT-TCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCTCTT
31255 AC
882 AC
* * * * *
31257 TTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTAA
1 TTATTAA-TTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGA
* * *
31322 AACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTC-GTAACAATTTTAAATTGATAATTATTCAGATAGT
65 AACAATTGTTTTATGCTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTCA-ATAGT
*
31385 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGAA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGAA
* *** * * * *
31450 TTTTATTAAATTTTTCTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGA
194 TATTATTAAA-TTAGATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGA
* * * ** *
31515 CTAAACAAAGGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAA--A--T--A-T
258 CTAAAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAA-TAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAATT
* * *** * * *
31572 --TT--G-AACT--AGTTA---AGCAAATA-C-TA--A-T--TTTTAGAACATTATTAAATTAGT
321 GGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTAAAATATTTTTAAATTAGT
* ** * * * *
31620 ATTATTTT-TATCCAA-ATAATCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAATGT
386 ATTATTTTATTTTGAATA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * ** **
31682 CATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACATGCTTTTTAATTATT--G---AA
450 TATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAAC-T-ATTTAAAATGGTTCGGTAAAA
** * ** * * * ** * * **
31742 -A--TATTAATAAA-GTAGTATTTTTTTATTTCGGATAATTTTTAATGAATTGAAACAATTATTT
512 GATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA-TATTAATAAATT---AGTATTATTT
*** ** * ** * * **
31803 TATGTCAAAATAAAAGGTCTAACAACTTTAAATAAATAATTGTTCA--A-ATAC-TCA---AAT-
572 TAT-TTTGAAT-AAACTTATATGAA---T-AA-AAATAATTGTTTATGACAAACAAAAGGTAATA
* ** *
31860 -CTATTTG-AAC------TTGTTCGGT-G-AATAGA-T-TTT---T--TT---T----A-A---A
630 ACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAATAGCCATA-ATTATTTAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * * *
31897 TCTCTT--A--CTCATTAAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAA-TAAG
694 TTTTTTAAATTCTTATT-AATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAACTAAG
* * * * * * * * *
31956 CTTGTATAAATTAAAATAATTATTTTAG-GACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAACATAA
757 CTTGTAT-AATTGAAACAATTGTTTT-GTGACAAAACAAAAGGT-AATAA-CATTTTAAATAGAC
* * * * * *** * * *
32019 AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAGAACTAGTTTGA-CAAACATTT-TTTTT--AATCTCTTA
818 AATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCATAGATAAAAAATTTATTTTTCAAATCTCTTA
*
32080 G
883 C
* * * * * ** * **
32081 TTTTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGTTTGTATGAAAAGA
1 TTATTAA-TTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGA
* * * * * * * * * * *
32146 AACAATTGTTTTACGATGAAA-TAAAGATC-TTAATGATTTGAGATAGATAATTCTTTACATAGT
65 AACAATTGTTTTATGCTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTCA-ATAGT
* * * * * * ***
32209 CAAAACTATTTAAAC-GGTTTCTGT-AACAAATTTAGTTTTT-AAATCTTTTATTAATTTTCAAA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGA
* * * ** ** * * * * * * *
32271 ATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATT
193 ATATTATTAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATG
* * * * * * * * *
32336 A-AAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAAC
257 ACTAAAA-AAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAA-
* * * * * * **
32400 TT-GTTTGGTAAACATATTT-TATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
319 TTGGTTCGGCAAATAAATTTAT-TTTTTAAATATCTTA-CTATTAATTTT-AAAATATTTTTAAA
* * * *
32463 ATAGTATTATTTTATTTTTAATAAA-CTTGTATGAATAGAAA-AATTGTGTTACGACAAAAC-AA
381 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *** *
32525 AAGATCATAACTATTTGAAA-AAATTATTGTTCAAATAGGTATAATAACTATTTAAACTTACTCA
446 AAG-TTATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATA-G--TCATAACTATTTAAAATGGTTCG
* *
32589 GTAAATAGATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATT
506 GTAAA-AGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** ** * * * * **
32648 ATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGGTCCTAA
568 ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAAAAATAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAA
** * * * * * * *** *
32713 CTTTTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAAC-ATGTTCAAAAAATAGATTT
631 CAATTTGAAACAGATAATTGTTC-AATAGCCATAATTATTT-AACTA-GTTCGGTAAACAGATTT
* * ** *
32777 ATTTTTAAAATTTTTTCTTATTAATTTTTTGGGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA
693 ATTTTTTAAA----TTCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * * * *
32842 -TAAGCTTGTATGAA--CAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTGAAATA
752 CTAAGCTTGTAT-AATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTAAATA
* * * * ** * ** ** * *
32903 AAAAATTATTTAAATAATCATAACAATTCAAACTTGTTAG-TAAATAAATTCATTTTTTAAATCT
815 GACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAATCT
*
32967 CTTGC
879 CTTAC
** * * *** ** * *
32972 CCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGA
1 TTATTAA-TTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGA
* * * * * * *
33037 CACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGGTTA-TAACGATTTGAAATATATAATTATTGAAATAG
65 AACAATTGTTTTATGCTAAAAC-AAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATT-CAATAG
* * * *
33101 TTC-TGACTATTTGAACTT-TTTAGGTAAACATATTT-GTTTTTGAAATCTCTTACTT-ATTAAT
128 -TCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTA-TTAATT--T
* * * * * * *
33162 TGTTGAAATATTGA-TAAATTAATATTACTCTAATACA-AATAAGCTTCTATG-A-ACAAA-AAC
188 T-TTG-AATATT-ATTAAATT-AGATTA-TTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAA
* * * ** * * * *
33222 TATTTTATGAC-AAAACAAGGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAAGTGTTCAAATAGT-TATAA
248 TATTTTATGACTAAAAAAAAG-GTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCT-TAA
* ** * * * * * * *
33285 CTATTGGAATTTATTCGG-TAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTGTTT-GAAT
310 CTATTTGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAC-TATTAA-T-TTTAAAAT
** * * *
33348 ATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTTATTTTAT
372 ATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTAT
* * * * ** * *
33410 GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
435 GACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT-TTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAA
** * * * *
33475 TTATTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
499 TGGTTCGGTAAA-AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** ** *** * * * * * * *
33540 AAAATTAAATTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAACAGAAACAATTGCTTTGTGACAAAACAAAAGG
562 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAAAAATAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGG
* ** * * * * * * * ***
33605 TCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGCTTATTAATTTATTTTA
625 TAATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTC-AATAGCCATAATTA-TT--TAACT-AGTT-CGGTA
*** *** * * * *
33670 TTGAGGCCATTTATTAATAAACAAATACATTTATTAATTTGTA-AAATATGAA-ACAAATA-CAT
684 AACA-G--ATTTATT--T-TTTAAATTC--TTATTAATTT-TAGAAATATTAATA-AATTAGTAT
* * ** * ** *
33732 T-TATTAATTCTAAAAAAGCTTGTATTATTAATTTTTGTATTAATATGATAATTTAGATAATACA
739 TATTTTATTTC-AACTAAGCTTG---TA-TAA---TTGAAACAAT-TG-T--TTT-G-T--GACA
* * ** * ** * *
33796 TAATAGTCAAAATAGTCAA-AATAAATT-AATATGATAATTTAGATAATACATAAAAGTCAAAAT
788 -AA-A--CAAAA-GGT-AATAACATTTTAAATA-GACAA-TT-G-T--T-CA-AATGGTCATAAC
* * * *
33859 TATTTGCTTATTAATTCATAG-TAAATAAATTGAATTTATT--AA--TATGA-
839 TATTTG---A--ACTTCATAGATAAA-AAATT-TATTT-TTCAAATCTCTTAC
* ** * * *** * * * *
33906 AT-TTAA-AATGCCAATGAATTCATTTTTTATGTCCATTACTTATTAATTTT-TAGAA-TATTGA
1 TTATTAATTTTG-TAAT--ATTAATAAATTA-GT--ATTA-TT-TT-ATTTTGGATAAGTTTTTA
* * ** * * * * ** * *
33967 T-AAAT-TAAC-ATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAATAG-AAAAAATTGTTTTATGACA
57 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGCT-AA-AACA----A--AA-GGTCAGTAA-CGATTT-T-A-A
* * * * * ** * * * * *
34028 ACAAATAGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTG-TTA-T-AACTAATTGATCTGA
109 ATAGATAATTAT-TCAA-TAGTCATAACT-A-T-TTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTAT-T--
* * * * * * *
34090 TTTGGTAAATTAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
166 TTT--T-CA--AATCT-CTTATT-AA--T-TT-TT-----T--GAATATTATTAAATT-AGATTA
* * * * * ** *
34155 TTTTATT-ATGAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACT-A-TAAAACAAAAAGGTCA
212 TTTTATTCA-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTA-TGACT-AAA-AAAAAGGTCA
* ** * * * * *
34217 TAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTCACTAATTGAATTGGTTTGGCAAACAAAT
273 AAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAATAAAT
* * * * * * *
34282 TTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTG
337 TTATTTTTTAAATATCTTA-CTATTAATTTT-AAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * *
34347 AAT-AAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
400 AATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAA
* * * **
34411 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACGAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
465 TAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATG-GTTCGGTAAA-AGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * ** *
34475 TCTCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAGGCTTTTA
526 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA
* * * * *
34540 TG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTT
591 TGAAT-AAAAATAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAGATAATTGTT
* * ** * * *
34604 CAAATTGCCATAATTA---AACTAGTTCGATAAATTGATTTATTTTTTCAATCTCCAACATCTTA
653 C-AATAGCCATAATTATTTAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T----CTTATTA
* * * * ** * * *
34666 ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTCATTTTGGA-TAAGCTTTTATGAACTGAAATAA
712 ATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAACTAAGCTTGTAT-AATTGAAACAA
* * * * * * * * * * *
34730 TTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAAC
775 TTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTCATAAC
* ** * * * * * *
34795 TATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTTTGC
839 TATTTGAACTTCATAGATAAA-AAATTTATTTTTCAAA-TCTCTTAC
* * * * ** *
34842 TTATTAA-TTT-T--T-TGAATAAAATAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCATGTATGAACTGAA
1 TTATTAATTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAA
* * *
34902 ACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAG-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
66 ACAATTGTTTTATG-CTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTC-AATAGT
* * * * * * *
34965 CTTGACTATTTGAA-TTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTT-AAAACTCTTATTAA-TTTTAGA
129 CATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTTGA
** * * * * * *
35027 ATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCA-AATATGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTAT
193 ATATTATTAAATTAG-ATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTAT
** * * * * * *
35091 GAC-AAACCAAAGATCAAAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
256 GACTAAAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACTATTTGAAT
** * * * * * * ** *
35155 TGG-TCTACTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAG
320 TGGTTCGGC-AAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAC-TATTAA-TTTTAAAATATTTTTAAAT
* * * *
35219 TAGTATTATTTTATTTTGGAT-AAGTTTTTATGAGCTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
382 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * ** *
35282 AAGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTCA-AATCTATTT---GTTCTTCAGT
446 AAGTTATAACGA-TTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAA-CTATTTAAAATGGTTCGGT
* ** * * * *
35342 AAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTGGCTGATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAC
508 AAA-AGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * *
35407 TTTATTTTAAATAAGCTCGTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAAGGTCAGAA
570 TTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-TAAAAATAATTG-TTTATGAC-AAAC-AAAAGGTAATAA
** * * * * * ** *
35471 TGATTTGAAATTA-ATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAATTAGTTTGACAAACACATTT
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* * * *
35535 ATTATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTA-ATCTA
693 ATT-TTTTAAA----TT-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* ** * * * * * *
35599 AATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGAT
751 ACTAAGCTTGTAT-AATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTAAAT
* * * * * * *** * *
35663 AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGT-TTTCTTGAACAGATTTAGTTTTT-AAA
814 AGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACT-TCATAGAT-AAAAAATTTA-TTTTTCAAA
35726 --TC-T-C
876 TCTCTTAC
** * * **
35730 TTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA---TTT-TGAA-TG-
1 TTATTAATTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGA
* * * * *
35789 -ACTAGTTTGTTTTATGC-AAAACAAAAGGTCA-TGACAATTTCAAATAGATAATTTTTCAA-AC
65 AAC-A-ATTGTTTTATGCTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAATA-
* * * * *
35850 ATACATGACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACCTATTAAT
127 GT-CATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-CT---TATTAAT
* * ** * * * * * **
35913 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAACTTATATGAACAAAAACATTT
186 TTTTTGAATATTATTAAATTAG-ATTATTTTATTCAGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAAAT
* * * ** * * * *
35978 GTTTTATGAC-AAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATT
249 ATTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACT
* * * * * * * *
36042 ATTTGAACTGGTTAGGTAAACGAAA-TTATATTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATAT
312 ATTTGAATTGGTTCGGCAAA-TAAATTTATTTTTTAAATATCTT-ACTATTAA-TTTTAAAATAT
** * *** * * * * *
36106 TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAAT-AAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATGT
374 TTTTAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
36169 CAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTG
437 CAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATG
* * * * * * * * *
36234 GTTCGGCAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AGTTTTGGAATATTATTAGATTAAT
501 GTTCGGTAAAAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
36298 ATTATTTTATTTTGAATAAAC-TAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTT
565 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAATAAAAATAATT-GTTTATGA-CAAACAAAAGGTA
* * ** * * * * * * * * * * *
36362 ATAACGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGATTTGGTAAGCAAA
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*
36427 TTTATTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
690 TTTATTTTTT-AAAT-TC-T--T-ATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * ** * * * * * *
36491 TCGATTAAACTTGTATGATAAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAACGATTTGA
748 TCAACTAAGCTTGTATAAT-TGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAATAAC-ATTTTA
* ** * * * * * * * * *
36556 AATAGATAATTACTGAAATGGCCATAATTATTTGAGC-TGATTCGGTAAACATATTCACTTTTT-
811 AATAGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTCA-TAGATAAA-AAATTTA-TTTTTC
*
36619 AAGTCAT-TTAC
873 AAATC-TCTTAC
** * * * * *
36630 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGA
* * * * * *
36695 TACAAATGTTTTATGAC-CAAAGAAAAGGTCA-TAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AACAATTGTTTTATG-CTAAAACAAAAGGTCAGTAACGATTTTAAATAGATAATTATTC-AATAG
* * * * * *
36758 TCA-AACTATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTCTTCCTTATTAA-TTTT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAA-TC-T-CTTATTAATTTTT
**
36821 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT
190 TG-AATATTATTAAATTAG-ATTATTTTATT
36852 TTGGATAAGA
Statistics
Matches: 8688, Mismatches: 2241, Indels: 1991
0.67 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
821 6 0.00
822 97 0.01
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829 96 0.01
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833 1 0.00
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TTATTAAATTAGATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGACTA
AAAAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTC
GGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTATTAATTTTAAAATATTTTTAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAC
GATTTGAAATAGATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATGGTTCGGTAAAAGATTTATTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
TTATATGAATAAAAATAATTGTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAGATAATTG
TTCAATAGCCATAATTATTTAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTATTAATTT
TAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATAATTGAAACAATTGTTT
TGTGACAAAACAAAAGGTAATAACATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
ACTTCATAGATAAAAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAC
Found at i:28647 original size:177 final size:178
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28384 AAAATTTTAC
* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAACTT-T-TACAAGCA
* ** * * *
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64 AAAA-ATATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAGCAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATA
*
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ATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCT
Found at i:29005 original size:358 final size:353
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28485 AATCATAAGA
* * * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * *
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66 TTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTAAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
28978 AGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAATTATAC
129 AGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
** * *
29043 AATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTAGGTATAA-AGATT-TTTTTTAAATCTCTT
194 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTAGGTA-AACAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * * *
29106 A-TTA-T--TTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTA-TTTTATTTTGAATAAACATATATGATA
258 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGATG
** * *
29166 AAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACG
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* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTAT
* * * *
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65 TTTTTAAATCT-CTTATTATTAATTTT-AAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * *
29329 AAGCTTGTATGAA-TTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAG
128 AAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* ** * * * * ** * * *
29392 ACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTGTGCGATAAACAAATT-TATTTTCAA-CTCT
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCT
** * * * * *** *
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257 TACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTTA-TTCAAATAAGC-TTGTATG
* * ** *
29517 AACTGAAACAATTTTTTTATGTTAAAACCAAAGGTCATAATA
319 -A-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-C-AA-G--ATAATG
* * * * * *
29559 ATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
* ** *
29624 TTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT-AA
66 TTTT-AAATC-TCTT-ATTATTAATTTTAAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * **
29686 GAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAT
127 -TAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
29750 AGATATTTATTCTAATAGTTC-TAAATATTTAAA-TTGACTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
190 AGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAG-TTAGGTAAACA-AATTATTTTTTAAA
* * * * * *
29813 TATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCAAATAAGCTTCT
252 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGT
* **
29877 ATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACA
316 ATGAT--GAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAGA---TAATG
* * * * * *
29921 ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTAT
*
29985 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTAAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* ** * * * *
30049 AAGTTTGTATGATGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA
128 AAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
** * * * * * * *
30114 TAATCGTTCAAAT-GGCTATAATTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTT
193 TAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT-TAAACTAGTTAGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCT
* * * ***
30177 CTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCTTCTAAGCTTGTAT
255 CTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATT-CAAATAAGCTTGTA-
* * * *
30240 TAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAAGTTATAATG
317 TGA-TGAAAAAATTGTTTTATGAC-AA--AACAAG--ATAATG
* * * * *
30283 ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA--T-TT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * * * *
30345 TTTTAGATCTCTTTATTATTAAGTTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATA
66 TTTTAAATCTC-TTATTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
30409 AGCTTGTATAAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGA
129 AGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * ** * * * * *
30473 TAACTATTCTAATAATGTTAACCATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-A
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCT
* * *
30535 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGA-ATTA-CTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGA
257 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTTATTCA-AATAAGCTTGTATG-
* * *
30597 AT-AAAACATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATG
319 ATGAAAAAATTGTTTTATG--ACAA-AACAA-G--ATAATG
* ** * * * * *
30637 ATTGGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGTAATTAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTA-
* * * * * **
30701 TTTTTTAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCAA-AATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * ** * * * * * * **
30765 TAATG-TAGTATGAATAGGACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATA
127 TAA-GCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
30829 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
191 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTAGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATC
** * * * *
30893 TCTTA-TTGATTAATTTTCTGAAATATTACCAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAACTTAT
254 TCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATT-CAAATAAGCTTGT
* * * * **
30956 GTGAATAGAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
316 ATG-AT-GAAAAAATTGTTTTATGACA-AA-ACAA-G--ATAATG
* * * * *
31001 ATATGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * * **
31065 TTTTAAATCTC---TTATTAATTCTTGA-AATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTATTATTAATT-TTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* ** * * * *
31126 GCTTCTAT-ATTGA-AAAGCAATTGTCTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGA
130 GCTTGTATGA-ACATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * ** *
31189 TAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTACCATA-GTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTC
193 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-GTTAGGTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCTC
* * * * *** * * *
31253 TTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGA
256 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATG-
* * **
31317 ACT-AAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCGTAACA
319 A-TGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC--AA-G--ATAATG
* * * * ** * * *
31357 ATTTTAAATTGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * ** * **
31422 TTTTCAAATCTCTTATTAATT--TTTT--GAATTTTATTAAATTTTTCTTATTTTATTCCGAATA
66 TTTT-AAATCTCTTATT-ATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
31483 AGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAGGGTCAGAATAATTTGAAATTA-
129 AGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAG
* * * * *
31546 AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTA
192 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTA
31584 AGCAAATACT
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
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TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAA
AATTGTTTTATGACAAAACAAGATAATG
Found at i:29077 original size:181 final size:180
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Indices: 28394--31578 Score: 1935
Period size: 181 Copynumber: 17.8 Consensus size: 180
28384 AAAATTTTAC
* * * * *
28394 TTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTTTA-CAAGCA
1 TTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* ** * * * * ** * * * *
28457 AAAATTATTGTTTTGTAATATAACAAAAAATCATAAGAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAG
63 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ***
28522 TCATAACTTTTTGAA-TTGGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTTAAA--TCTT--
128 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * * * *
28571 TTATTAATTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACAAA
1 TTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* ** *
28636 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
28701 ATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACA
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-A
* * * *
28753 -TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTT-TTTTCCAAATAAGCTAGTATGAGT
1 TTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTT--GAATAAGCTTGTATGA--
* * * *
28815 TGCA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAT
60 -ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
28872 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTAA
124 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * *
28929 TTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
1 TTATTAATTTT-AGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * *
28993 AAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAATTATACAATTGCTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
29058 TATAACTATTTAAACTAGTTAGGT--ATAAAGATT-TTTTTTAAATCTCTT-A
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * *
29107 TTATT--TTTT-GAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGATA-A-
1 TTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAT
** * * ** *
29167 AAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
64 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
29232 CCATAATTATTTAAAC-TGAATCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAAT-TGC----
128 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTAA
* * * * *
29281 TCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAA-TTC
1 TTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-
* * * * * *
29345 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * **
29409 CATAACTATTTGAATTTGTGCGATAAACAAATTTA--TTTTCAA-CTCTTGG
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * *
29458 TTATTAATTTTTGTTATTATTAAGAAATTAG--TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAAC-
1 TTATTAATTTTAG--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACA
* ** * * * * *
29520 TGAAACAATTTTTTTATGTTAAAACCAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATA
63 T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * **
29585 GTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCC
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTTAA
* * * * *
29640 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCT-AAGAAAGCTTGTA-AAATA
1 TTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * *
29702 TGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATA
63 T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
29767 GTTC-TAAATATTT-AAATTGACTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTAC
127 G-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * ** *
29821 TTATTAATTTTTAGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAATAAGCTTCTATGATA-A
1 TTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * * * * * * *
29884 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAA
63 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
29948 TCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
128 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * ** *
30001 TTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATGAAA
1 TTATTAATTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * *
30066 AATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GGC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * * *
30130 TATAATTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTAC
130 -ATAACTATT-TGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* *
30182 TTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT--CTAAGCTTGTATTAAC
1 TTATTAATTTTAG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * * * *
30244 -TGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
62 AT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
30308 AGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA--T-TTTTTTAGATCTCTTTA
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * *
30360 TTATTAAGTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAAC-TG
1 TTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-
* * * ** * * * * *
30424 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAAT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * ** * * *
30489 GTTAACCATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATC----
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * ** *
30537 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAATA-A
1 TTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * ** *
30601 AAC-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTGGAAATAGATAATCATTCATATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
30665 CTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTTTTGA
129 CATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAA
* * * ** * * *
30718 CTATTAAGTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TAGTATGAATAG
1 TTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAACAT
* * * * * * * * *
30782 GACCAATTGTCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** *
30847 CAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-A
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* ** ** * * * *
30898 TTGATTAATTTTCTGAAATATTACCAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATGTGAATA
1 TT-ATTAATTTT-AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * *
30963 GAAAAAATTGTCTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAGATAATTATTC-AATAG
63 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
31027 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTATACAGATTTATTTTTTAAATCTC----
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * ** * **
31076 TTATTAATTCTT-GAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAT-ATTGA
1 TTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * * * * * * * *
31139 -AAAGCAATTGTCTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATG
63 TAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * *
31203 GCCATAATTATTTGAACTACCAT-AGTAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
127 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* * * * * *
31257 TTATTAACTTTT-GAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAAC-T
1 TTATTAA-TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * *
31320 AAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTTAAATTGATAATTATTCAGATAG
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * *
31384 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTT-A
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAA
* * ** * ** *
31437 TTAATT--TTTT-GAATTTTATTAAATTTTTCTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TTG
1 TT-ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-
* * * * * * * *
31498 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAGGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG
* *
31562 TCTTAAATATTTGAACT
128 TCATAACTATTTGAACT
31579 AGTTAAGCAA
Statistics
Matches: 2362, Mismatches: 510, Indels: 271
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 37 0.02
175 124 0.05
176 250 0.11
177 505 0.21
178 277 0.12
179 37 0.02
180 249 0.11
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182 278 0.12
183 45 0.02
184 21 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
Found at i:30347 original size:720 final size:710
Alignment explanation
Indices: 28506--30857 Score: 1582
Period size: 720 Copynumber: 3.3 Consensus size: 710
28496 TTTCAAATAA
* * * * * * * **
28506 ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAATTGGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
28569 TT--TTATTAATTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAA
66 TTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
28632 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
131 TAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAGACAATCGCTCAAAT
** * ** ** * * * * *
28697 AATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTT
195 GGTCATAACTATTTGAACTAATGCGATAAACA-AATT-TATTTTCAA-CTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * ** *
28762 TTG-AAATATTAATAAATTCAATTTATTTT-TTTTCCAAATAAGC-TAGTATGAGTTGCAAAAAA
257 TAGTAAGTATTAAGAAATT--AGTTATTTTATTTT---GATAAGCTTTGTATGAACTG--AAACA
* * * * * * **
28824 ATTGTTTTATGACAAAAC---AA---A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA
315 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAA
* * * * *
28882 CTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAAT-TTATATTTT-AAATCTCTTAATTATTAA-TTTTAAGA
380 CTATTTGAACTTGTTT-G---ATAAATAGTATTTTTTCAAATCTCTTCATTATTAAGTTTT-TGA
* * ** * * * * * *
28944 ATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTA
440 ATATTAAT-AAATTAGTATTAATTTATTCTGAAAAAGCTTGTAT-AAAATGAAACAAATATTTTA
* * * * ** * * * *
29007 TGGCAAAACAAAAGGTTATAATAATTT-GAAT-TAT-ACAATTGCTCA-AATAGTTATAACTATT
503 TGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAACTATT-CTAATAAT-GTTA-AAC-ATT
** * ** * * * * *
29068 TAAACTAGTTAGGTATAA-AGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAA
564 TAAACTAACTCGACA-AACAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
** * * ** * * * ** *
29130 TTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAA
628 TTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCTTCTATGAAT-AAAA-C-ATTGTTTTATGACAAAAC-AA
* ** * * *
29194 AGGTAATAACGATTTGAAATAG
689 AGATCTTAACAATTTGAGATTG
* * ** * * * * * * * **
29216 ATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTAAACTGAATCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAAT-TG
1 ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-
** * * *
29280 C-T-C--ATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGA
65 CTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
** * * *
29341 ATTCAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTAAATAGACAATTGCTCAAAT
130 ATAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTGAAATAGACAATCGCTCAAAT
* ** ** *
29406 GGTCATAACTATTTGAATTTGTGCGATAAACAAATTTATTTTCAACTCTTGGTTATTAATTTTTG
195 GGTCATAACTATTTGAACTAATGCGATAAACAAATTTATTTTCAACTCTTACTTATTAATTTTAG
* * * *
29471 TTATTATTAAGAAATTAGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTTTTTTA
260 TAAGTATTAAGAAATTAGTTATTTTATTTT-GATAAGCTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * *
29536 TGTTAAAACCAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATCACTATTTGAA
324 TGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
* * *
29601 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA
389 CTTGTTTGATAAATAG---TATTTTTTCAAATC-TCTTCATTATTAAGTTTTTGAATATTAATAA
* *
29665 ATTTAG-ATTATTTTATTCT-AAGAAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAT
450 A-TTAGTATTAATTTATTCTGAA-AAAGCTTGTATAAA-ATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
* * ** * * * * *
29727 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGT-TCTAAATATTTAAATTGACTGG
512 AAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATGT-TAAACATTTAAACTAACTCG
* * * *
29791 GCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTATTAAATTAGTATT
576 ACAAACAAATTTATTTTTTAAATA---T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGAATT
*
29855 ATTTTTAATCA-AATAAGCTTCTATG-ATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTA
636 A-CTTTAATCAGAATAAGCTTCTATGAAT-A-AAAC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTA
29918 ACAATTTGAGATTG
697 ACAATTTGAGATTG
29932 ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
*
29997 TTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG-A
66 TTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * *
30061 TGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAA
131 T-AAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-ATTTGAAATAGACAATCGCTCAAA
* * * *
30126 TGG-CTATAATTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-A
194 TGGTC-ATAACTATT-TGAACTAATGCGATAAACAAATTTA-TTTTCAA--CTCTTACTTATTAA
* * *
30188 TTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT-CTAAGC-TTGTATTAACTGAAACA
254 TTTTAGTAAGTATTAAGAAATTAG--TTATTTTATT--TTGATAAGCTTTGTATGAACTGAAACA
* ** * * * *
30251 ATTGTTTTGTGACAAATTAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAA
315 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAA
* * * *
30316 CTATTTGAACTTGTTTGATAAATAG-ATTTTTTTAGATCTCTTTATTATTAAGTTTTTGAATGTT
380 CTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGTATTTTTTCAAATCTCTTCATTATTAAGTTTTTGAATATT
* * * *
30380 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAA
445 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAAAAAGCTTGTATAAAATGAAACAAATATTTTATGACTAA
* * * *
30445 ACAAATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATGTTAACCATTTAAACTAATTC
510 ACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATGTTAAACATTTAAACTAACTC
*
30510 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTT
575 GACAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTT
* * * * * **
30575 TAATCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAACATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGATT
640 TAATCAGAATAAGCTTCTATGAATAAAACATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAGATCTTAACAATT
* * *
30640 GGAAATAG
703 TGAGATTG
** * * * * * * * ** * * *
30648 ATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTTAATTTT
1 ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCT
* * ** * ** *
30713 TTTGAC-TATTAAGTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TAGTAT
65 CTT-ACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTAT
** * * * * * * ***
30776 GAATAGGACCAATTG-TCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
128 GAATAAAAACAATTGCT-TTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CATTTGAAATAGACAATCGCTC
* *
30840 AAATAGTCAAAACTATTT
191 AAATGGTCATAACTATTT
30858 AAAATGGTTT
Statistics
Matches: 1300, Mismatches: 269, Indels: 140
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
703 19 0.01
704 6 0.00
705 16 0.01
706 27 0.02
707 19 0.01
708 4 0.00
709 49 0.04
710 184 0.14
711 91 0.07
712 19 0.01
713 17 0.01
714 17 0.01
715 15 0.01
716 176 0.14
717 186 0.14
718 16 0.01
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722 7 0.01
723 21 0.02
724 97 0.07
725 15 0.01
727 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (710 bp):
ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
TAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTGAAATAGACAATCGCTCAAATG
GTCATAACTATTTGAACTAATGCGATAAACAAATTTATTTTCAACTCTTACTTATTAATTTTAGT
AAGTATTAAGAAATTAGTTATTTTATTTTGATAAGCTTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
TGTTTGATAAATAGTATTTTTTCAAATCTCTTCATTATTAAGTTTTTGAATATTAATAAATTAGT
ATTAATTTATTCTGAAAAAGCTTGTATAAAATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
AAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATGTTAAACATTTAAACTAACTCGACAAACAAAT
TTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATA
AGCTTCTATGAATAAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACAATTTGAGATTG
Found at i:30449 original size:539 final size:529
Alignment explanation
Indices: 28393--31578 Score: 1734
Period size: 540 Copynumber: 5.9 Consensus size: 529
28383 AAAAATTTTA
* * * * * *
28393 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAACTTTTA-CAAGC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTATGATG-
* * * * * * * * * *** *
28456 AAAAATTATTGTTTTGTAATATAACAAAAAATCATAAGAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATA
64 AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATG
* * ** * * **
28521 G-TCATAACTT-TTTGAATTGGTTTGTTAAACGGATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAA-T
128 GCT-ATAA-TTATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACT
* * * * * * * ** *
28579 TTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTG
191 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-A-TAAGTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * *** * * * * *
28644 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTAT
254 TTTTGTGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTAT
* * *
28709 TTGAAC-TGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTA
319 TTGAACTTGTTTA-GTAAATAG-A-T-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTG-AATGTTA
* * * * * ** *
28773 ATAAATTCAAT-TTATTTTTTTTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGCAAAAAAATTGTTTTATGAC
378 TTAAATT-AGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AAATG--AAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
28837 AAAACAAA------AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AG
438 TAAACAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATAATCATAACTATTTGAACTGA-
* * * *
28895 TTTGGCAAATAAATTTATATTTTAAATCT
501 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
28924 CTTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
1 CTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATG
** * * * * * * * * ***
28988 AACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAATTATACAATTGCTCAA
61 ATGA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAA
* * * * * * * *
29053 ATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTAGGTATAA-AGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATT--
125 ATGGCTATAATTATTTAAACTAATTCGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA
* * ** * *
29112 -TTTT-GAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-A-TAAAAATCA
189 CTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AT-AAGTTGTATGAACT-GAAA-CA
*** * * * * * * * * **
29173 ATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAA
250 ATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAA
* * * ** * * **
29238 TTATTTAAAC-TGAATCGGTAAATAGATTCACCTTTTAAAT-TGC---TCATTAATTTTCAAAAT
315 CTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATT---TTTTTAAATCT-CTTATTATTAATTTT-TGAAT
* ** * * * *
29298 AG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGCTTTATGA
374 -GTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AAATGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** ** *
29362 CAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTT
437 CTAAAC-AAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAATCATAACTATTTGAA-CT
* * * *
29426 G-TGCGATAAACAAATTTA-TTTTCAACTCTT
499 GATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-T
* * * * * * *
29456 GGTTATTAATTTTTGTTATTATTAAGAAATTAG--TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAA
1 -CTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGC-TTGTATG-A
* * ** * * * * * * *
29519 CTG-AAACAATTTTTTTATGTTAAAACCAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAA
62 -TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAA
* * * * ** * * * * * *
29583 TAG-TCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTA
126 TGGCT-ATAATTATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TTCTTACTTATTA
* * * * *
29646 ATTTTTTG-AATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTAAGA-AAGCTTGTA-AAATATGAAA
188 ACTTTTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-T-TGATAAG-TTGTATGAA-CTGAAA
* * * * * * * * * * **
29707 CAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTCT
248 CAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAT
* * * ** * * * *
29772 AAATATTT-AAATTGACTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGA
313 AACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGA--T-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTT-GA
* * *
29836 ATGTTATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-CAAATAAGCTTCTATGATAA-GAAACAATTGTTTTA
372 ATGTTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-A-AATGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
29899 TGACAAAACAAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAAT
434 TGACTAAACAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAATCATAACTATTTGAAC
*
29964 TGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
498 TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T
* * *
29999 ACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATGA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGATGA
* *
30064 AAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGG
65 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGG
*
30129 CTATAATTATTCT-AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-A-TTT
129 CTATAATTATT-TAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTT
* * *
30191 TAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTT-CTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTG
193 TAG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGATAAG-TTGTATGAACTGAAACAATTG
* * *
30255 TTTTGTGACAAATTAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
254 TTTTGTGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTAT
* *
30320 TTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTTTTTAGATCTCTTTATTATTAAGTTTTTGAATGTTAATA
319 TTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTTTTTAAATCTC-TTATTATTAA-TTTTTGAATGTTATTA
* *
30384 AATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAA
381 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAAA-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAA
** * * * ** * * * *
30449 ATGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAACTATTCTAATAATGTTAACCATTTAAACTAATTCGATA
445 A-GGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAATCATAACTATTTGAACTGATTCGGTA
*
30514 AACAAATTTATTTTTTAAATAT
508 AACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
30536 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGA--AT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGATGA-
* * * ** * *
30599 AAAACATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTGGAAATAGATAATCATTCATATAG
65 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G
* * * ** ** * * * *
30664 TCT-TAACTATTTAAATTGGTTC-AGTAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTTTTGAC-TATTAAG
128 GCTATAATTATTTAAACTAATTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTCTT-ACTTATTAAC
* ** * * *
30726 TTTCA-AAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATGTAGTATGAA-TAGGACCAAT
190 TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAA-GTTGTATGAACT-GAAACAAT
* *
30789 TG-TCTGATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AA
252 TGTTTTG-TGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AATAA
* * *
30852 CTATTTAAAATGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCTGAAAT
315 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGA--T-TTTTTTAAATCTCTTATT-ATTAATTTT-TG-AAT
* ** * * * * * *
30917 ATTACCAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATGTGAATAGAAAAAATTGTCTTATGA-
374 GTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAAAT-GAAACAATTGTTTTATGAC
* *
30981 TAGAACAAAAGGT-TATAACAATATGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTG
438 TA-AAC-AAAGGTCT-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATAATCATAACTATTTGAACTG
* * *
31045 GTTCGGTATACAGATTTATTTTTTAAATCT
500 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
31075 CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTCTAT-ATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGA-TG
* * * * * * * * *
31138 AAAAGCAATTGTCTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATG
64 AAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATG
* * * * *
31203 GCCATAATTATTTGAACTACCA-TAG-TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACT
128 GCTATAATTATTTAAACTA--ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACT
* * * * *
31266 TTT-GAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAATT-
191 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GATAAG-TTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * ** ** * * *
31329 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTTAAATTGATAATTATTCAGATAGTCATAACTAT
254 TTTTGTGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTAT
* * * *
31394 TTGAACTTGTTTAGTAAACAAAGTTATTTTTTCAAATCTCTTATTA--ATTTTTTGAATTTTATT
319 TTGAACTTGTTTAGT-AA-ATAG--ATTTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAATGTTATT
** * * * *
31457 AAATTTTTCTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACA
380 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACA
** * * * * *
31522 AAGGGTCAGAATAATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACT
444 AA-GGTCTTAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTC-AATAATCATAACTATTTGAACT
31579 AGTTAAGCAA
Statistics
Matches: 2073, Mismatches: 431, Indels: 298
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
526 21 0.01
527 3 0.00
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544 20 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (529 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGATGAA
AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCT
ATAATTATTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTTTTAG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATAAGTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTGTG
ACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
TGTTTAGTAAATAGATTTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAATGTTATTAAATTAGTATT
ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAGGTCTTAACA
ATTTGAAATAGATAATTATTCAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTT
TTTAAATCT
Found at i:30564 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30523--30561 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
30513 AAACAAATTT
*
30523 ATTTTTTAAATATCTTATTA
1 ATTTTTGAAATA-CTTATTA
30543 ATTTTTGAAATA-TTATTA
1 ATTTTTGAAATACTTATTA
30561 A
1 A
30562 ATTAGAATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.39
20 11 0.61
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Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTGAAATACTTATTA
Found at i:33320 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 31888--33546 Score: 999
Period size: 358 Copynumber: 4.6 Consensus size: 355
31878 TGAATAGATT
* * * *
31888 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCTGA
1 TTTTTTAAATCTCTTACCCATT-AATTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * * * * * ** *
31951 ATAAGCTTGTATAAATTAAAATAATTATTTTAGGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACA
63 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
* * * * * * *
32016 TAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAGAACTAGTTT-GACAAAC--ATTT-TTTTT-AATCT
127 CATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTAGATAAACAGATTTGTTTTTAAATCT
* * * * * * * * *
32076 CTTAGTTTTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-CTAAATAAGTTTGTATG
191 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTACTCTAATAC-AAATAAGCTTCTATG
* * * * ** * * ** * * * * * * * *
32140 AAAAGAAACAATTGTTTTACGATGAAATAAA-GATCTTAATGATTTGAGATAGATAATTCTTTAC
255 AACA-AAA-AACTATTTTATGACAAAACAAATG-TCATAACAATTTAAAATAAAAAAGTATTCAA
* * * * * *
32204 ATAGTCAAAACTATTTAAACGGTT-TCT-GT-AACAAATTTA
317 ATAATCATAACAATTCAAAC--TTAT-TAGTAAATAAATTCA
* * *** * **
32243 GTTTTTAAATCT-TT---TATTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * * * * * * ** *
32304 AATTTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATTAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAA-TAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATACA
* * * * * * * * *
32369 TAATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAACTTGTTT-GGTAAACATATTTTATTTTTAAATCTC
129 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTAGATAAACAGA-TTTGTTTTTAAATCTT
* * *** * * * * * *** * *
32433 CTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTTAATAAACTTGTATGAA
192 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTACTCTAATACAAATAAGCTTCTATGAA
* * * * * * * * ** * *
32498 TAGAAAAATTGTGTTACGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAA-AAATTATTGTTCAAATA
257 CA-AAAAACTATTTTATGACAAAACAAATG-TCATAACAATTTAAAATAAAAAAGTATTCAAATA
* * * * * *
32562 GGTATAATAACTATTTAAACTTACTCAGTAAATAGATTTA
320 ---ATCATAACAATTCAAACTTA-TTAGTAAATAAATTCA
32602 TTTTTTTAAA--TCTT----ATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 -TTTTTTAAATCTCTTACCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * ** **
32661 TACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGGTCCTAACTTTTTGAAATAC
64 TAAGCTTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAC
* * * * * *
32726 ATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACATGTTCA-AAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-T
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTTAGATAAACAGATTTGTTTTT-AAATCT
* * * * * * * *
32789 TTTTCTTATTAATTTTTTGGGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
191 TTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTACTCTAATACAAATAAGCTTCTATG
* * * * *
32854 AACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTATTTAAATA
255 AACAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAAAAGTATTCAAATA
*
32919 ATCATAACAATTCAAACTTGTTAGTAAATAAATTCA
320 ATCATAACAATTCAAACTTATTAGTAAATAAATTCA
*
32955 TTTTTTAAATCTCTTGCCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** * *
33020 AAGCCTATATGAATTGACACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAT
65 AAGCTTGTATGAATAGA-ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAC
* * * *
33085 ATAATTATTGAAATAGTTC-TGACTATTTGAACTTTTTAGGTAAACATATTTGTTTTTGAAATCT
128 ATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTTTTAGATAAACAGATTTGTTTTT-AAATCT
* * * *
33149 CTTACTTATTAATTGTTGAAATATTGATAAATTAATATTACTCTAATACAAATAAGCTTCTATGA
191 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTACTCTAATACAAATAAGCTTCTATGA
* *
33214 AC-AAAAACTATTTTATGACAAAACAAGGA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAAGTGTTCAAAT
256 ACAAAAAACTATTTTATGACAAAACAA--ATGTCATAACAATTTAAAATAAAAAAGTATTCAAAT
* * * ** * * * *
33277 AGTTATAACTATTGGAATTTATTCGGT-AATAGAGTT-G
319 AATCATAACAATTCAAACTTATT-AGTAAATA-AATTCA
* ** * * * *
33314 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACCCATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * *
33378 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAG
64 TAAGCTTGTATGAATAGAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAC
* *** * *
33443 GTAATCGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTATTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTT-TTAGATAAACAGATT-TGTTTTTAAATCT
*
33507 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTA
191 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA
33547 AATTATTCCA
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 219, Indels: 95
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
350 7 0.01
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360 32 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATACATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTAGATAAACAGATTTGTTTTTAAATCTTTTAC
TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTACTCTAATACAAATAAGCTTCTATGAACAAA
AAACTATTTTATGACAAAACAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAAAAGTATTCAAATAATCATA
ACAATTCAAACTTATTAGTAAATAAATTCA
Found at i:33640 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 31730--36852 Score: 1537
Period size: 181 Copynumber: 28.2 Consensus size: 181
31720 AACATGCTTT
* * * * * ** * * *
31730 TTAATTATTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTATTTCGGATAA-TTTTTAATGAATTGAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAA
* * * * *
31794 CAATTATTTTATGTCAAAATAAAAGGTC-TAACAACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATACTCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
31857 -AATCTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAGATTT--TTTTTAAATCTCTTACTCA
129 TAA-CTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
31908 TTAAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATAAATTA-A
1 TT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * * * * * *
31970 AATAATTATTTTAGGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACATAA-AATTATTCTAATAGT
63 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
32034 CTTAACTATTAGAAC-TAGTTTGA-CAA-ACATTT--TTTTT-AATCTCTTAGTTT
127 CATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
32084 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGTTTGTATGAAAAGAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* ** * * * * * * * * * *
32148 CAATTGTTTTACGATGAAA-TAAAGATCTTAATGATTTGAGATAGATAATTCTTTACATAGTCAA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
32212 AACTATTTAAACGGT-TTCTG-TAACA-A-ATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTA
130 AACTATTTGAAC-TTATTC-GATAA-ATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * * ** ** * * * *
32259 TTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAAT
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * *
32324 AATTGTTTTATTAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
32389 ACTTTTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTTA-TTTTTAAATCTCCTACCTA
131 ACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGA-TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * ** *
32440 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTTAATAAACTTGTATGAATAGAAA-
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
32504 AATTGTGTTACGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAA-AAATTATTGTTCAAATAGGTATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-G--TC
* * *
32568 ATAACTATTTAAACTTACTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTA
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAATAGATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
32617 TTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * ** * * *
32682 AATTGATTTATAACAAAACAAAAGGTCCTAACTTTTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCGTA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
32747 ACTATTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTAAAAT-TTTTTCTTA
131 ACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * *
32797 TTAATTTTTTGGGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAA
1 TTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
32861 -AATTATTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTATTTAAATAATCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * * * * **
32924 AACAATTCAAACTTGTTAG-TAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTGCCCA
130 AACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
32975 TTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGACA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
** * * * *
33039 CAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTGAAATAGTTC
65 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TC
* * * * * *
33104 -TGACTATTTGAACTTTTTAGGTAAACATATTT-GTTTTTGAAATCTCTTACTTA
128 ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
33157 TTAATTGTTGAAATATTGATAAATTAATATTACTCTAATACAAATAAGCTTCTATG-A-ACAAA-
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * *
33219 AACTATTTTATGACAAAAC-AAGGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAAGTGTTCAAATAGTTAT
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
33283 AACTATTGGAATTTATTCGGT-AATAGAGTT-GTTTTTTAAATCTTTTACTTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAG-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * *
33334 TTAAGTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
1 TTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * ** * *
33398 -AATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCGCTCAAATAGTCA
65 CAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
33462 TAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTTTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * *
33515 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAATTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
33580 AATTGCTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAAA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** * * ***
33645 ATTATTTG--CTTATT-AATTTATTTTATTGAGGCCATTTATTAATAAACAAATACATTTA
131 ACTATTTGAACTTATTCGA-TAAATAGATTTA-G---TTT-TT-A-AATCTCTTAC--TTA
* ** * * * * *
33703 TTAATTTGTAAAATATGAA-ACAAATACAT-TTA--TTAATTCTAAAAAAGCTTGTATTATTAAT
1 TTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTA-ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG---TATGAA-
* * ** * * ** * **
33764 TTTTGTATTAATATGATAATTTA-GATAATACATAATA-GTCA-AAATAGTCAAAATAAATTAAT
59 --TAGAAACAAT-TG-T--TTTATGACAAAACA-AA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAA-TAAT
* * * * * ** * * * * * ***
33826 ATGATAATTTAGATAATACATAA-AAGTCAAAATTATTTGCTTATTA-ATTCATAGTAAATAAAT
115 -TG----TTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATT--TAGTTTTTAAAT
** *
33889 -T-GAATTTA
172 CTCTTACTTA
** *** * * * * * * ***
33897 TTAATATGAATTTAAAATGCCAATGAATT--CATT-TTTTATGTC-CATTA-CTTATTAATTTTT
1 TTAAT-T---TTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GT-ATGAAT
* * ** * ** *** * *
33957 AG-AA-TATTGATAAATTAACATTACTTTA-TTCTGAATAA-GA-TTGTATCAATAGAAAAAATT
60 AGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTC---ATAACGATTTG-A--AAT--AAATAATT
** * * * * * * * *
34017 GTT-TTAT-GACAACAAATAGTCAT-AAC-AATTAGAAATAAATA-A-TT-G--TTCAAAT-TGT
116 GTTCAAATAGTC-ATAACTA-T-TTGAACTTATTCG--ATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-C
*
34072 TATAACTAA
175 T-T-ACTTA
* ** *
34081 TTGATCTGATTTGGTAA-ATTAATTTATTTTTTAA-ATCTCTTATTAATTTTCAAA-ATA--TT-
1 TTAAT-T--TTTGG-AATATTAA--TA--AATTAATAT-TATT-TT-A-TTTCAAATA-AGCTTG
* * * ** * * * ** * *** *
34140 AATAAATTA-ATATTATT-TTATTATGAAAAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTGTTTTACTAT
53 TATGAA-TAGAAACAATTGTT-TTATGACAAAAC--AAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATA-AAT
** * * * ** * *
34202 AA---AACAAAAAGGTCATAACCATTTG-A---A----ATAGATA-A-TTA-TTCATATAGC-CT
112 AATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
*
34252 TCACTAA
176 T-ACTTA
** ** *
34259 TTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TTAATTTTCATAATATTA
1 TT-AATT--TTTGG------AA--TA-TTAATAAAT-TAATA-TTATTTTA-TTTC--AA-A-TA
* * * ** ** * * * * * *
34323 TTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAA
47 --AGCTT-GTATGAATAGAAAC--AAT-TGTTT-TATG-ACA-AAACAA------AAGGTCATAA
* * *
34388 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GAGTTC
97 C----GATT-TGA-AA--T---A-A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTC
* * * * *
34452 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
148 GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
34486 ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAGGCTTTTATG-ATGAAAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* * * * * *
34550 TAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * *
34614 T-A--A-TTAAAC-TAGTTCGATAAATTGATTTATTTTTTCAATCTCCAACATC
129 TAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *** *
34663 TTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTCATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * * * * * * *
34727 TAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
34792 AACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTTTGCTTA
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* * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * * *
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64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
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* * ** ** * * * * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
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** * * *
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* * * * *** * * *
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* * * *
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65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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65 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
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*** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
35853 CATGACTATTTGAA-TTGGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
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* * * * * * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * * *
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66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * *
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** * * * * * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* * * * * * ** * * *
36516 AAATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTACTGAAATGGCCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
36581 AATTATTTGAGCTGATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAGTCAT-TTACTTA
130 AACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC-TCTTACTTA
*** * ** * * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
36698 AAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-A
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
36762 ACTATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTA-TTGTTTAAAACTCTTCCTTA
131 ACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTAGTT-TTTAAATCTCTTACTTA
* * *
36813 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
36853 TGGATAAGAT
Statistics
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Found at i:34343 original size:182 final size:179
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33931 TTTATGTCCA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAAAAGCTTGTATGAA
* * * *
34544 GAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAA-GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
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* * * * * * *** *
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** * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
34721 CTGAAATAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
34786 AGTCCTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTT
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* * * * *
34838 TTGCTTATTAATTTT----T-TGAATAAAATAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCATGTATGAAC
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** * * * *
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* * * * * * *
34963 GTCTTGACTATTTGAATTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAA--AC
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* ** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
35137 AGTCATAACTATTTGAACTGGTCTAC--TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTT
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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128 TAGTCATAA-CTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC
** * * * * * *
35367 TGGCTGATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTAAATAAGCTCGTATGAA
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
35728 -T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA--TT-T-TGA
1 TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAA-AAGCTTGTATGA
** ** ** * * * *
35786 ATGACTA-GTTTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATGACAATTTCAAATAGATAATTTTTCAAA
63 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
35849 CA-TACATGACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
128 TAGT-CATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
35901 CTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAACTTATATGA
1 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-AAAGCTTGTATGA
* * * * *
35966 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
63 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
36031 TAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACGAAA-TTATATTTTAAATCTC
128 TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * *
36083 TTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAA
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGA
* * * *
36147 ATTGAAAAA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGGTCA
63 A--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
36211 TATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTC
126 AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
36264 TTAGTTATTAGTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAA-CTAGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-AAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
36328 CAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAAT
64 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
36393 AGTCAAAACTATTTAAATTGATTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAAATCTC
129 AGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * *
36445 TTACTCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAA-CTTGTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA-AAAAGCTTGTATGA
* * * * * ** *
36509 TA-AAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTACTGAA
63 -ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * * * * *
36573 ATGGCCATAATTATTTGAGCTGATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAGTCAT-
127 ATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TC
* *
36626 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTGTATGAA
*** * * * * * *
36691 TTGATACAAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
36756 AGTCA-AACTATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTC
129 AGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* *
36806 TTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
36853 TGGATAAGAT
Statistics
Matches: 2162, Mismatches: 467, Indels: 210
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.00
171 86 0.04
172 6 0.00
173 3 0.00
174 8 0.00
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181 497 0.23
182 399 0.18
183 107 0.05
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAGCTTGTATGAACA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:37378 original size:855 final size:863
Alignment explanation
Indices: 36119--37717 Score: 1991
Period size: 855 Copynumber: 1.9 Consensus size: 863
36109 TAAATTCATT
* * *
36119 TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCA
1 TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
36184 TAACGATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAAAAAAT
66 AAACGATTTGAAATAGATAATTAGTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAAAAAAT
* * * **
36249 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAA
131 TATGTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTAAGAA
* * * * **
36314 TAAACTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAGTAT
195 TAAACTACTAAGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAAAATTTCAAGTAT
* * *
36379 ACAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGATTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAAATCT
260 ACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT
* *
36444 CTTACTCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAACTTGTATGA
325 CTTA-TCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA
* *
36509 TAAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAA-GCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTACTGAA
389 TAAAAAAAAATTGTTATATGACAAAACAAAATG-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAA
* * *
36573 ATGGCCATAATTATTTGAGCTGATTCGGTAAACATATTCACTTTTT-AAGTCATTTACTTATTAA
453 ATGGCAATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAAATCATTTACTTATTAA
* ** * * *
36637 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC-AAGCTTGTATGAATTGATACAAA
518 TTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAACTAAGCTAGTATGAACTGAAACAAA
* * * * *
36701 TGTTTTATGACCAAA-GAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AAC
582 TATTTTATGA-CAAATCAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTATTCAAATAGT-AGAAC
* *
36764 TATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTGT-TTAAAACTCTTCCTTATTAA-TTTTTGAAAT
645 CATTTAAATTTATTTGGTAAACAAACTTATT-TCTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTTTG-AAT
* * *
36827 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACCGAAACAATATAATTGTTCA
708 ATTAAGAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACCGAAACAATATAATTGTTCA
36892 AATAGTCATAACTATTTAACTTGCTTAATAAACATATTTATTTTTTTTCAAATCTTTTGCTTATT
773 AATAGTCATAACTATTTAACTTGCTTAATAAACATATTTATTTTTTTTCAAATCTTTTGCTTATT
36957 AATTTTTTAAAGCTAATAAATTTGGA
838 AATTTTTTAAAGCTAATAAATTTGGA
* * * * * *
36983 TTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAA-TATTTTATGACCAAACAAAAGGTC
1 TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAT-TGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
37046 AAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCA-ATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAT
65 AAAACGATTTGAAATAGATAATTAGT-CATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAA-AA
* * *
37110 AGTTATGTTTTAAATCTCTTA-TTA-ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTT-TTAAG
128 AATTATGTTTTAAATCTCTTAGTTATAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTAAG
* * * * *
37171 CAAATAAGCTTCTAAGACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCT-TAAAAATTT-A
193 --AATAAACTACTAAGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT-TATAAAAATTTCA
* * * * * * *
37233 AGATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-
255 AG-TATACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* *
37297 AAATCTC-T-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTACTTT-GAATAAACTT
319 AAATCTCTTATCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTA-TTTCGAATAAACTT
* * * * * *
37358 GTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTG
383 GTATGATAAAAAAAAATTGTTATATGACAAAACAAAATGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * **
37423 TTCAAATGGCAATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTT
448 CTCAAATGGCAATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAAATCATTTACTT
** * *
37488 ATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTAGTATTAACTGAAA
513 ATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAACTAAGCTAGTATGAACTGAAA
* * ** *
37553 CAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTCTAAATAGACAATTATTCACATAGTAGT
578 CAAATATTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTATTCAAATAGTAG-
* * * * * *
37618 AACCATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGACTTATTTCTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAA
642 AACCATTTAAATTTATTTGGTAAACAAACTTATTTCTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTTTGAA
* *
37683 TGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAG
707 TATTAAGAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAG
37718 CATGTATGAA
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 100, Indels: 39
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
855 153 0.25
856 113 0.18
857 78 0.13
858 7 0.01
859 13 0.02
860 62 0.10
861 64 0.10
863 77 0.12
864 52 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (863 bp):
TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
AAACGATTTGAAATAGATAATTAGTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAAAAAAT
TATGTTTTAAATCTCTTAGTTATAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTAAGAAT
AAACTACTAAGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAAAATTTCAAGTATA
CAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTC
TTATCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATA
AAAAAAAATTGTTATATGACAAAACAAAATGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATG
GCAATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAAATCATTTACTTATTAATTT
ACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAACTAAGCTAGTATGAACTGAAACAAATATT
TTATGACAAATCAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTATTCAAATAGTAGAACCATTTA
AATTTATTTGGTAAACAAACTTATTTCTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAAGAA
ATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACCGAAACAATATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTAACTTGCTTAATAAACATATTTATTTTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTT
AAAGCTAATAAATTTGGA
Found at i:37514 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 36881--37967 Score: 742
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 178
36871 CCGAAACAAT
* * * ** *
36881 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGCTT-AATAAACATATTTATTTTTTTTCAAA
1 ATAATTGTTCAAATAGGCATAACCATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAGATTTA--TTTTTT-AAA
* * ** * *
36944 TCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCT-AGATAAGCTTGT
62 T-TTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA-ATAAGCTTGT
* ** * * * * *
37007 AAGATATGAAACAAATATTTTATGACCAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAG
124 ATG-TAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * *** * ** * * *
37063 ATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTTCGACAAACATAGTTATGTTTTAAA---
1 ATAATTGTTCAAATAGGCATAACCATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT
* * ** * *
37124 TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAAGCAAATAAGCTTCTAAG-
65 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG--AATAAGCTTGTATGT
* * ** **
37187 ACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAAAAATTT-AAGATTT
128 A--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAG
* * * * *
37239 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA---T
1 ATAATTGTTCAAATAGGCATAACCATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
* * *
37301 CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTACTTTGAATAAACTTGTATGATA
66 TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-TA
* * *
37366 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCG
129 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * *
37416 ATAATTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATT
1 ATAATTGTTCAAATAGGC-ATAACCATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATT
** ** * *
37480 TTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTAGTAT-
64 TTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATG
* * * *
37544 TAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTCT-AAATAG
127 TAA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAG
* * * * * * * * *
37598 ACAATTATTCACATA-GTAGTAACCATTTGAATTTG-TTTGGTAAATAGACTTATTTCTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGGCA-TAACCATTTGAA-CTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-
* * * *
37661 TCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCATGTAT
63 TTTTTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
37725 G-AACTAAAACAACTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATTATTTGAAATAG
126 GTAA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
37779 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGGCATAACCATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TT
* ** * * * *
37844 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGCA
65 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGTA
* * * * * * * *
37909 CATAATAATTGTTTTTTCACAAAACAAAGGGTCACAACGATTTGAAATAG
129 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
37959 ATAATTGTT
1 ATAATTGTT
37968 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 149, Indels: 82
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 158 0.22
177 111 0.16
178 9 0.01
180 63 0.09
181 190 0.27
182 165 0.23
183 17 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATAATTGTTCAAATAGGCATAACCATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT
TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGTAAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
Found at i:37787 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 36941--37887 Score: 951
Period size: 363 Copynumber: 2.6 Consensus size: 360
36931 ATTTTTTTTC
* * * *
36941 AAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTT-AAAGCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCT-AGATAAGC
1 AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGC
* * * *
37003 TTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACCAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAT
64 TTGTATGATATAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAT
* * ** * * * *
37068 TATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTTCGACAAACATAGTTATGTTTTAAA--TCT-CT
129 TGTTCAAAT-GGCTTAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACT
* * *
37129 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAAGCAAATAAGCTTCTAAGACCAAA
192 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATAACCAAATAAGCTACTAAGAACAAA
* ** * *
37193 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAAAAATTTAAGATTTATAATTGTTCAAATAGTCA
257 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAAAAATTTAAGATAGACAATTATTCAAATAGTCA
* * *
37258 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT
322 TAACCATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGACTTATTTCTT
* * *
37297 AAA--TC--TCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTACTT-TGAATAAAC
1 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGC
* * * * * * *
37356 TTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAAT
64 TTGTATGATATAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
37421 TGTTCAAATGGCAATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTAC
129 TGTTCAAATGGC-TTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAA-TTTTTAC
** * * ** * ** **
37486 TTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCATCTAAGCTAGTATTAACTG
191 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATAACCAAATAAGCTACTAAGAACAA
* * ** *
37550 AAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGT-TATAATGATTCTAA-ATAGACAATTATTCACATA
256 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAAAAATT-TAAGATAGACAATTATTCAAATA
* *
37613 GT-AGTAACCATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGACTTATTTCTT
318 GTCA-TAACCATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGACTTATTTCTT
* *
37656 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCAT
1 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * *
37721 GTATGA-ACTAAAACAACTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATTATTTGAAATAGATAATT
66 GTATGATA-TAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
37785 GTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTT
130 GTTCAAAT-GGCTTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* *
37850 ATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTATTATTATTTTA
193 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
37888 ATCTGAATAA
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 90, Indels: 46
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.01
352 9 0.02
353 119 0.25
354 8 0.02
356 3 0.01
357 2 0.00
358 72 0.15
359 65 0.14
360 3 0.01
361 3 0.01
362 45 0.09
363 133 0.28
364 8 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
GTATGATATAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATGGCTTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATAACCAAATAAGCTACTAAGAACAAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAAAAATTTAAGATAGACAATTATTCAAATAGTCATAAC
CATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGACTTATTTCTT
Found at i:38357 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 37973--38358 Score: 400
Period size: 178 Copynumber: 2.1 Consensus size: 178
37963 TTGTTATAAT
* * *
37973 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAACTAATAACGATTTGAAATATATAGTTGCTCAAATGGCC
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAACTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGCC
* * * * *
38038 ATAATCATTTGAACTGATTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTACTTATTAACTTTTGAAAA
66 ATAAACATTTGAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTCAAATTTACTTATTAACTTTTGAAAA
** * * *
38103 TTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAA
131 TTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTCCGAATAAGCATATATAAACTAA
* * * * * * * ***
38151 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTT
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAACTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGCC
* *
38216 ATAAACATTTGAACTTG-TTCGATAAA-TAAATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
66 ATAAACATTTGAAC-TGATTCGATAAACT-AATTTAT-TTTTCAAA--T-TTACTTATTAA-CTT
* * * * * *
38279 TTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCATATATGAATTGA
124 TTGAAAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTCCGAATAAGCATATATAAACTAA
*
38333 AACAATTATTATATGACTAAACAAAA
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAA
38359 GGTCAGAACA
Statistics
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181 1 0.01
182 55 0.33
183 23 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AACAATTATTATATGACAAAACAAAAACTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGCC
ATAAACATTTGAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTCAAATTTACTTATTAACTTTTGAAAA
TTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTCCGAATAAGCATATATAAACTAA
Found at i:38996 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 38523--40425 Score: 1621
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 181
38513 AGCGTATCCA
* * * *
38523 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAG-ATAGAGATTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * * * *
38585 ATTAGTTTA-TCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 ATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATT
* * * * * *
38649 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCG
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
38703 ATATAAAATTTTATAATACTAATTT-TCTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAA
1 AAAT-AAA----ATAATACTAATTTAT-TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
38766 AATAAATATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
59 AATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
38831 TATTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAACTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCG
124 TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
38889 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*** * * * * * * * * * * * * *
38954 GCATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAGTCATAATT
66 TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
* * * * **
39019 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTG
* * *
39070 AAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAAC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
39130 TTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTAT
* ** * * * * *
39195 TACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
39247 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
39311 TTGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTTAT-ACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATTGTGAT
66 TTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTAT
* * *
39374 GACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTT-
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTG
* * * * *
39425 AGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAA
** * * * *
39489 ATTTG--T--TGGACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTTA
64 ATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTA
* * * * *
39550 TGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCTA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
39603 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * ** *
39668 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTA-CTATATCAAATTGCTATA
66 TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
* * * *
39732 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTT
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
39783 AAATAAAATGATTCAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAA-AAA-
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
39844 --GTTTTCTAAGCACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAA-TAGTTA
66 TTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTA
* *
39905 TGACCTTTTGTTTTGCCATAAAGA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
39958 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
40023 CTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTT-AAAATAGTTAT
66 TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTAT
* * *
40087 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
40139 GAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
40202 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCAATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTAT
65 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTAT
* * * * * * ** * * *
40267 AACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTGTTTGTGA-AA-ATTCTTTT
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTG
* * *
40318 AGAATAATATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
40378 TTTGTTCA-TGGAAACGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
65 TTTGTTTACT--AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
40426 CCATCTCAAA
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 263, Indels: 118
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 37 0.03
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178 27 0.02
179 104 0.07
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182 3 0.00
185 10 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:40444 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 38524--40449 Score: 1418
Period size: 356 Copynumber: 5.4 Consensus size: 355
38514 GCGTATCCAA
* * * *
38524 AATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAG-ATAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-AT--TAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
38587 TAGTTTAT-CAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
62 TTGTTTATGGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * ***
38651 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGATATAAAATTTT
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAAACAAG-C--TT--ATTTAAAATAAA
* *
38715 ATAATACTAATTT-TCTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATATGTTT
185 ATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTT
* * *
38779 ACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTT
248 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * * *
38844 TGTTATGTTATAGAACAACTATTTCTGTTCATACAAGTT-TATTCG
313 TGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTGTTCATA-AAATTCT-TTTG
* * * * *
38889 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAA-
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
38953 -TGCATT-TGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAGTCATA
62 TTG-TTTATG-GAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTT
* * * * ** *
39016 ATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAAT
124 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-AAACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * *
39079 AAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGG-GATTTAAAAAATAACTTTGTTTACC
187 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA-ATTGTTTACT
* * * *
39140 AAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGT
251 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
** * * *
39205 TTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT-TATTTG
316 TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAATTCT-TTTG
* ** * *
39247 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAATT
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAA-ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
39312 TGTTTACT--AAACCAATTCAATTAGTTAT-ACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATTGTGAT
63 TGTTTA-TGGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
39374 GACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTTAGAATAAAGTAAT
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAAT
* * * * * * **
39438 GCTACTTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATT-TGT--TGG
190 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAA
* * * * *
39498 ACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTT
253 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTT
* * * * *
39562 TTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA-GCTTATCTAA
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* * * *
39604 AATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * * * *
39669 TGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTA-CTATATCAAATTGCTATA
63 TGTTTATGGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
39732 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTTAAATAAAATGATTC
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
39797 AAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA--AAAATTAAAAAA-AAA--GTTTTCTAAGCAC
192 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACA-
* * *
39857 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG
256 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * *
39920 CCATAAAGAAATTGTTTCTATTCATACAA-GCATATTTG
320 TCATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATAAAATTC-T-TTTG
* ** *
39958 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
40023 CTATTTACT-G-AGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTA
62 TTGTTTA-TGGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
* * **
40086 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGGAATAAAA-AAT
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT
* *
40150 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
190 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAA
* * * * *
40214 ACAAGTTCAAATAGTTATGTCAATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACATTTTCTTT
253 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* **
40279 TGTCATTAAACAATTGTTTTTGTTTGTGAAAATTCTTTTAG
318 TGTCA-TAAACAATTGTTTCTGTTCAT-AAAATTCTTTT-G
* *
40320 AATAATATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * ** * *
40383 TCATGGAAACGATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGATCT
66 TTATGGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
40448 TT
131 TT
40450 ATCTATGCTT
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 251, Indels: 154
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 1 0.00
353 3 0.00
354 14 0.01
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359 13 0.01
360 19 0.02
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363 2 0.00
364 2 0.00
365 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
TTATGGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
ACAATTGTTTCTGTTCATAAAATTCTTTTG
Found at i:41178 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 41144--41178 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
41134 AAAGCATAAG
**
41144 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
41162 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
41179 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:41371 original size:200 final size:198
Alignment explanation
Indices: 41087--41766 Score: 615
Period size: 200 Copynumber: 3.4 Consensus size: 198
41077 ATTAAATCAT
* * * *
41087 TTAATGACT-TTTTT-TT-ATATATAGCTAACG-AATCTAATGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGA
1 TTAATGA-TGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGA
* * * *
41148 CATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACAATAATTTGTGACAATAATTGTGTCACCA
65 CATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTTGTGACAATAATTATGTCACAA
* * ***
41213 ATATTGTGACAATTTATCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGATGGTTA
130 ATATTATGACGATTTA-CTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTA
41278 TAGCC
194 TAGCC
* ** *
41283 TTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATAACTAACAAAAACTAACGTCATAAAAAAAGCATAAGGTGA
1 TT-AATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGA
** * * * * * **
41348 TGTGTAATTTTATTGTCACATTTGACAATATCTTATAATCATTGGTGATGATAATTATGTCACAA
65 CATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTTGTGACAATAATTATGTCACAA
* * ** * *
41413 AT-TCTATAATGATTTACATTTCATCA-TAAACATATAAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAAT
130 ATAT-TATGACGATTTAC-TTTTGTCACT-AATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAAT
41476 TATAGCC
192 TATAGCC
* * * * * * * *
41483 TTAATGACGTTTTTGTTTACAACTAGTTGATGAAAACTAATGTCACAAAAATTAACGCATAAGGT
1 TTAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCACAAAAA--AA-GCATAAGGT
* * * *
41548 GACATTTGATTTTATTGTCACAATAGATATTATCTTACAATCA-TTGAT-AGCAATAATTTTGTC
63 GACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTTG-TGA-CAATAATTATGTC
* * * * * *
41611 ACTAATACTATGCCGATTTACCTTTTGTTACTAATATATTAGGTTTTCTCATTT-TTTTGTGACA
126 ACAAATATTATGACGATTTA-CTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACA
*
41675 AATATAGCC
190 ATTATAGCC
* * *
41684 TTAAATGACT-TTTTTTTTCCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCACCGAAAAAAAAAACATA
1 TT-AATGA-TGTTTTTCTT-CATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCA-C---AAAAAAAGCATA
* *
41748 GGGTGACATTTTATTTTAT
59 AGGTGACATTTGATTTTAT
41767 CATCACGGTA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 80, Indels: 38
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
196 3 0.01
197 10 0.03
198 2 0.01
199 51 0.13
200 135 0.35
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205 2 0.01
207 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (198 bp):
TTAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCACAAAAAAAGCATAAGGTGAC
ATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTTGTGACAATAATTATGTCACAAA
TATTATGACGATTTACTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATA
GCC
Found at i:43349 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 41961--47140 Score: 3573
Period size: 181 Copynumber: 28.8 Consensus size: 181
41951 GCTTGTTCAA
* * * * ** * * * *
41961 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTTGCTTTTTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
42026 TTTATTTCGAATAAGCTTCTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTTAACAAAAGGT-TTGAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AA
* * ** * * ***
42089 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
42142 CAAATACA--T-TTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** * * **
42199 TTT-TAACCGAATAAACTTCTATGATTAGAAACAATT-TTTTATGAAAAAAC-AAAGATTTTAAC
66 TTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * **
42261 AATTTGAGAAT-GATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTCAG
130 GATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGG
* * * * * * *
42313 TAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTTT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
42378 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAC
* * * * *
42443 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTT-TAACTGATTTGG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* * ** *
42495 TAAACATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * ** * * *
42556 TTTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAAT
66 TTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * **
42620 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
42675 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAAATTTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
42739 ATTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAA-ATGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAA
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * **
42802 ACGATTT-AAAGTATATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAAA-TGATTCAG
128 ACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* * * *
42856 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATT-A--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * ** * * **
42917 TTTTA-ATCAAAATAAGCTTGTACAAATA-AAATAATTGTTTTACAACAAAA-AAAGAGGTCATA
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
* * * * * * *
42979 ACGATTTGAAATAGACAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTG-AATTGGTT-C
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * ** * * * *
43031 AACAATTA-ACTTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGCAT
1 TA-AA-TAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * * *
43095 TATTTTTATTTCTAATGAA-ATAATATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTA
63 TA-TTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*
43159 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-ACACTATTTGAAATTGTTTGG
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * *
43214 CAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** *
43279 TTTATTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATAATAACG
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
43344 ATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTTTG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * *
43395 TAAATAGAATTATTTTCTAAATC-CTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
43459 TTCTATGTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTTATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * * *
43524 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGATCGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
43576 CAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTAT
1 TAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
43638 TATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-AATTATTTTATGATAGAAC-AAAGGTTAT
63 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * **
43700 AAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAA
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGG
* * * *
43755 TAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTGATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * *
43816 TTTATTTAGAA-ACAGCTTGTA--CATTGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAA
66 TTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * * *
43878 TGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTG-AACTGATTCGA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* *
43931 TAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
43994 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
44058 TGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACTG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA---T--T--T-G-AA--A--T----TG
44123 ATTTGG
177 -TTTGG
* * * * *
44129 CAAACACATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * * *
44189 TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTTTGAGAAAAAAGAAAGATCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA
* * * * * * * ***
44253 TGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAGTGGTTCAA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * * *
44305 AAAAGAGCTTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTCGAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * **
44369 TTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
44433 TGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGG
129 CGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * *
44486 CAAACAGATTTATTTTTTTAAAATGTATTGCTCATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 TAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-
* * * * * * * *
44550 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTTAA
62 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
44615 AACGATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGA
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * *
44670 CAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
44735 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTT-TGACAAAA-TAAAGATTATAAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
44797 GATTTGAGATAGATAACTGTTCAAATGGTCATAAATATTTG-AATTGTTTTGG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTTGG
* * * * *
44849 TAAATAGATTT-TGTTTATAAATCTC-T--TT-TTAA-TTATGAAAATCTTAATATATAAGTATT
1 TAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * *
44908 GTTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC--AATGTCATTA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
44971 TGATTTGAAATAGACAA-TAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGG
129 CGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * ** * *
45024 TAAACAGATTTATTTTTTATATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
45088 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
45152 GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGCTCGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * *
45203 CAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * *
45268 TTTATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAAC
66 TTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * *
45332 AATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA-TGTTTAG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATTGTTTGG
* * * * * * * *
45384 -AAACATATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAATA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * *
45445 TTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
* * * * * * *
45510 ATGTTTTGAAATAGAAAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * *
45564 TAAATATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
45628 TCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * **
45692 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTTG-AATTATTCAG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAATTGTTTGG
* * * ** * * *
45745 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTTAGAAATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * ** *
45810 TTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
45875 AGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * *
45926 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * *
45988 TATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAATAGAAA-AGTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT
63 TATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
46051 -GCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATTT-AAATATGTTTAG
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAAT-TGTTTGG
* * * *
46105 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
46169 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *** * ***
46234 GATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * *
46286 TAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * * *
46350 TTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCCTAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * *
46415 GATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTTGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTTGG
* * * *
46466 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATTATTAC
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * *
46527 TTTA-TTC---TGAA-C----A--AACCA-AGATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATA
66 TTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
46577 ATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * *
46631 TAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * * *** * *
46695 TTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * * * * *
46759 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACTAGCTCGG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
* * * * * * * * * *
46813 CAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
46878 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACG
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * *
46943 ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTTGG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTTGG
* *
46994 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
47059 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
*
47123 GATTTGAAATATATAATT
130 GATTTGAAATAGATAATT
47141 GTTCTAAACC
Statistics
Matches: 3926, Mismatches: 858, Indels: 430
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 21 0.01
165 58 0.01
166 9 0.00
167 3 0.00
168 1 0.00
169 33 0.01
170 5 0.00
171 47 0.01
172 20 0.01
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174 16 0.00
175 181 0.05
176 146 0.04
177 144 0.04
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181 1094 0.28
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183 117 0.03
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187 2 0.00
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189 1 0.00
190 1 0.00
192 1 0.00
193 1 0.00
194 63 0.02
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196 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGG
Found at i:46244 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 42289--47997 Score: 2361
Period size: 541 Copynumber: 10.6 Consensus size: 538
42279 GTTTAACTAG
** * *
42289 TCATAACTATTTG-AATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTGTTTAAAT-T-TGTTACCTATTAATT
1 TCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCT-TTACTTATTAATT
* * * ** * **
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63 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-TGAAACAATTG
* * * * * *
42415 TTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTA
127 TTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* * ** * *
42480 TTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATT-TAGGAAATATT
191 TTTGAA-TTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT-CGAAATATT
* * * ** * * * * *
42540 AATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAA
254 TATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAA
** * * * * * * * * *
42605 TTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACT-T
318 ACAAAAAGTCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAACTAT
* * * * * * *
42669 GCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAAATTTTTAAATGTTAATAAA-TT
378 --TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTA-TGAATTTTTGAATATTAACAAATTT
* * * * * * *
42732 AGTATTAATTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAA-ATGAAACAATTTTTTTATGACTAAAC-AAA
439 A-AAATATTTTATT-TGAAATAAGCTTGAATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
42794 AAGTCAAAACGATTT-AAAGTATATAATTATTCTAATAT
501 AAGTTATAATGATTTCAAA-TAGAAAATTATTCAAATAA
* ** * * *
42832 TCTTAACTATTTGAAA-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATC-TTACTTATT-A--G
1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
42892 TTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGTA-CAAATAAAATAATTG
64 TTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTG
** * * * * * * *
42954 TTTTACAACAAAA-AAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATCACTCATATAGTCTTAACTA
127 TTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* ** * * ** *
43018 TTTGAATTGGTTCAACAATTA-ACTTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTT-TTGAAATA
191 TTTGAATT-ATTCAGTAAATATA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTATCGAAATA
* * * * * ** * * *
43080 -TTATTAAATTTGCATTATTTTTATTTCTAATGAAA-TAATATAAATAGAACCAATTGTTTGATG
252 TTTA-TAAATTAGTATTA-TTTTAATCCAAAT-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-ATA
* * * * * * *
43143 ACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-ACACTATTTGAAA
313 ACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATA-ACTATTTG-AA
* * * * ** * * * * * * *
43206 TTGTTTGGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-T
374 CTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAA-TTTTTGAATATTAACAAATT
* * * *
43270 TAGTATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTT-ATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
438 TA-AAATATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGA-ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
43332 AATA-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAG
499 AAAAGTTATAATGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * *
43371 TTATAACTATTTGAACTCGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTAAATC-CTTTACTTATAAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * ** *
43435 TGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATGTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTT
65 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
43500 TATGACAAAGC-AAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTT
130 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * **
43564 GAACTGGA-TC-GACAAATGA-ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATT-TTTAGAATA-T
194 GAA-T-TATTCAG-TAAAT-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGA-AATATT
* * ** * ** * * * *
43624 TACTAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-AATTATTTTATGATAG
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAA
* * * * * * * *
43688 AAC-AAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTT
317 AACAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATT
* * * * * * * *
43752 TAATAAA-TTGATTTGTTTTTTAAA---TTT-CTGATTAATTCTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
379 TAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG-AATATTAACAAATTTA-A
* * *
43811 ATTATTTTATTTAGAAA-CAGCTTG--T--ACATTGAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAA
441 AATATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAACA--G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * **
43870 GGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGG
502 AGTTATAATGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * * *
43907 CCATGATTATTTG-AACTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTC-TTACTTATTAA-TT
1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * *** * * *
43969 TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTT
* ** * * *
44034 TTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTC
129 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TAGTC
* ** * * * *
44099 TAATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-C--CT-CTTATTA
184 ----A-T-G--ACTATTTGAA-TTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *** * *
44160 ATTTTAG-AATA-TTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACA
240 ATTATCGAAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * * * * ** * *
44222 ATTGTTTTTTGAGAAAA-AAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAT
303 ATTG-TTTATAACAAAACAA-AAAG-TCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCAT
* * * ** * ** * * * * * * *
44286 AACTA-TTGAAGTGGTTCAAAAAAGAGCTTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTAT-TACTTTCGAAA
363 AACTATTTGAACT-ATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG--A
* * * * * * * ** **
44349 ATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTAT
425 ATATTAACAAATTTA-AAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
44413 GACAAAAC-AAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAG
489 GACAAAACAAAAAAGTTATAATGA-TTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * * *
44462 TCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAAATGT-ATTGCTCATTACT
1 TCATAA-CTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA-TTA-TTTTTT-AAATCTCTTTACTTATTAAT
* * ** * * *
44525 TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT
62 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT
* * * * * * * *
44590 ATTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTA
126 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* * * * * * * *
44655 CTTGAACTAGTT-TGACAAATACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTACTAACTT-TTGGAATA
191 TTTGAATTA-TTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTATCGAAATA
* * * *
44717 -TTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTTTGAC
252 TTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTATAAC
* * * * * * * *
44780 AAAATAAAGA-TTATAA-AGATTTGAGATAGATAACTGT-TCAAATGGTCATAAATATTTGAATT
315 AAAACAAAAAGTCATAACA-A-TTGAAATAAATAA-T-TCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * * * *
44842 GTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTATAAATCTCTT--TT-T-AA-TTATGAAAATCTTA-ATATA
376 -ATTTAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGAATAT-TAACAAATT
* * ** * * * *
44900 TAAGTATTGTTTTATTTTG-AATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC---
438 TAA--AATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
44961 AATGTCATTATGATTTGAAATAGACAA-TAGTTCAAATAGA
500 AAAGTTATAATGATTTCAAATAGAAAATTA-TTCAAATA-A
* * * **
45001 -CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTATATCTC-AAACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
45064 TAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
65 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTT
* * * *
45129 TATGA-AAAAC-AAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTT
130 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
** * * * * *
45191 GAACTTGCTC-GACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TTTAA
194 GAA-TTATTCAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTT-A
* * * * * ** *
45254 TAAATTTGTATTATTTT-ATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAA
256 TAAATTAGTATTATTTTAAT-CCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAA
* * *
45318 A-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTT
318 ACAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTT
* * *
45382 AG-AAACATATTTA-TTTTTAAA-ATTTTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAAT
380 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTT-GAATATTAACAAATTTAAAAT
* *
45444 ATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTAT
444 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTAT
* * *
45509 AATGTTTTGAAATAGAAAATTATTCAGATAA
508 AATGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * *
45540 TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATATA-TATTTTATTTAAT-TCTCTTACTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTATTTT-TTAAATCTCT-TTACTTATTAATTT
* * * *
45603 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTT
* * *
45668 TTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
129 TTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA-T
* *
45732 TTGAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTTAG
192 TTGAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTTAT
* * * *
45797 AAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTCTATAACAAAACA
257 AAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATAACAAAACA
* *
45862 AAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGT
321 AAAAGTCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGT
* * *
45927 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAACAAATTTATATTAT
383 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATT-T-TTGAATATTAACAAATTTAAAATAT
* * * * * * **
45991 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAAA-AGTTTTTTTTTTACAAAAC-AAAAGGTTATGCT
446 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAAT
* *
46054 -ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGA
511 GATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * *
46081 TTATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAAT-TGTTTGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* ** * *
46144 TTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTT
* *
46209 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTT
129 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * *
46274 G-GTCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAA
194 GAAT-TA-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTATCGAAATATTTA
* * * * *
46337 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAAC
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAAC
* * * *
46402 AAAAAGTCCTAACGATTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GA
320 AAAAAGTCATAACAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAG-
* * * * *
46466 TAAATAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATT----AA--TAGACTAT
382 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG-AATATTAACAAATTTAAAATAT
* * * * * * * *
46521 TATTACTT----T-A--TT--CTGAACA-AACCAAGATG-ATTAGGTAAACAAAAC-AAAAGGTC
446 T-TTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAA-TTGTTTTA--T-GACAAAACAAAAAAGTT
* * * * *
46574 ATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAG
506 ATAATGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * * *
46607 TCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATC-TTATTTATTATTTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
46671 TGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAGGC-TAGTATGAATTCAAACAAACCT
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* * * * ** * *
46734 CTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATA
126 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* * * * * * * * * * *
46798 TTTGAACTAGCTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTT-TTGGAATA-T
191 TTTGAATTA-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCGAAATATT
* * * * * * * *
46861 TATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAA
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAA
* * * * * ** * * *
46926 ACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT
317 AACAAAAAGTCATAAC-AATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TT
* * * * * * * **
46991 TGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTT
379 TAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG-AATATTAACAAATTTA-AA
* * * * *
47055 TTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGT
442 ATATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* * * * *
47117 CATAATGATTTGAAATATATAATTGTTC------
505 TATAATGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * *
47145 T-A-AACCACTT--CA-------GCAAACA-ATTTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA--TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * *
47197 TTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTT
* * * * * * ** *
47262 TTATAATAAAGCGAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-TT
129 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * ** * * * * *
47320 G--GT-TT-GGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGT-TTGAAACATTAACA
194 GAATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TATCGAAATATTTATA
* * ** * *
47380 AATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
258 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAAAACA
** * * * * *
47443 AAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTGAACCAATTT-
321 AAA-AGTCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTATTTA
* * * * * * * * *
47506 GACAAAC-TGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATAAA-GTAATA
381 G-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTG-AATATTAACAAATTTAA-A
* * * ** ** * * * * * *
47569 TTATTTTATATCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCA
442 ATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTA
* * * * * * *
47633 TATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAG
507 TAATGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * *
47665 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAATTTC-TTA-TGTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACT-TATTAATTT
* * * * * ** * *
47728 TCT-AAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAGCTGAAAAAATTAT
64 T-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGT
* * * * * * * *** *
47792 TTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGGTAGTC-TTATCTAT
128 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-CTAT
* * * * * * **
47856 TTGAATTGGTT-TGTCAAACACATTTATATTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA-TT
192 TTGAATT-ATTCAGT-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTT
* ** * * * * *
47915 ATTAATTTACCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAA
255 A-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAAA
* *
47980 ACAAAGA-TCATAATAATT
318 ACAAAAAGTCATAACAATT
47998 TGAATTGGTT
Statistics
Matches: 4066, Mismatches: 798, Indels: 610
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
513 34 0.01
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557 13 0.00
558 22 0.01
559 70 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
ATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTTATAAAT
TAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAAAG
TCATAACAATTGAAATAAATAATTCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACATAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGAATATTAACAAATTTAAAATATTTTATTTGAA
ATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGATTTCAAAT
AGAAAATTATTCAAATAA
Found at i:46365 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 41961--48001 Score: 3270
Period size: 362 Copynumber: 16.9 Consensus size: 360
41951 GCTTGTTCAA
* * * * ** * * * *
41961 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTTGCTTTTTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTAT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** *
42026 TTTATTTCGAATAAGCTTCTAAGACAT-GAAACAAATATTTTATGACTTAACAAAAGGT-TTGAA
66 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT--A
* * ** * * * * * **
42089 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-CTG-GT--TCAACAAATACA
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGATTTA
* * **
42150 TTTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAA
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAA
* * * * * ** *
42210 TAAACTTCTATGATTAGAAACAATT-TTTTATGAAAAAACAAAGA-TTTTAACAATTTGAGAAT-
256 TAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA-AATA
* * * * * * *
42272 GATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG
320 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * * * *
42313 TAAACAGATTTATTGTTTAAAT-TTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * *
42377 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATA
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT-
* * * * * * * *
42441 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-CTGATTTGGTAAACATATT
126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATG-TTTAGTAAACAGATT
* * *
42505 TATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCC
190 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * ** * * * *
42564 ATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAA
254 A-ATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
42629 TAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAG
318 TAAATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * *
42675 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAAATTTTT-AAATGTTAATAAATTAGTATT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
42738 AATTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-ATGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAA
64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-AT
* * * * * * *
42802 ACGATTT-AAAGTATATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAA-ATGATTCAGTAAACAAAT
126 ACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATG-TTTAGTAAACAGAT
* * * *
42865 TTATTTTTTAAATATCTTACTTATT-A--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTA-ATC
189 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC
* * ** ** *
42925 AAAATAAGCTTGTACAAATA-AAATAATTGTTTTACAACAAAA-AAAGAGGTCATAACGATTTGA
253 -GAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * *
42988 AATAGACAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAA
316 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * ** * * * *
43033 CAATTA-ACTTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATT
1 TAAATATA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * *
43096 ATTTTTATTTCTAATGAA-ATAATATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTAT
64 A-TTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * **
43160 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-A-ACACTATTTGAAAT-TGTTTGGCAAGTAGA
126 -ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGA
* * **
43222 TTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
188 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
43287 GAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TAATAACGATTTGAA
253 GAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
43351 ATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTTTG
317 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * * * * *
43395 TAAATAGAATTATTTTCTAAATCCTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTAT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
43460 TCTATGT-CGAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTTATAA
66 TTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * * * * * * * ** *
43523 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA-CTGGATCG-ACAA-ATGAAT
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTAGTA-AACA-G-AT
* * * *
43585 TTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTA-TTC
189 TTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * * **
43648 TGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-AATTATTTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAAAAATTTGAA
253 -GAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
43711 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAA
317 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * *
43755 TAAAT-TGATTTGTTTTTTAAA---TTT-CTGATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
43815 TTTTATT-TAGAA-ACAGCTTGTA--CATTGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAAT
65 TTTTATTCCA-AATA-AGCTTGTATGAATAG-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * * * * *
43876 AATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-CTGATTCGATAAACTGAT
126 -ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTAG-TAAACAGAT
* * * *
43940 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
189 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * ** *
44004 GATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAA
254 AATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA--TT---
* * *
44068 TAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACT-GATTTGG
313 T-GA-AA----T-AAATA---AT---TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAG
* * * * * *
44129 CAAACACATTTATTTTTTAAA-C--CT-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
** * * * * *
44189 TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTTTGAGAAAAAAGAAAGATCATA
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCAT-
* * * * * * * * * ** * * *
44252 ATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAGT-GGTTCAAAAAAGAGCTTC
126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGATTT
* * * * * *
44316 AATTTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTCGAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-A
191 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
** * * * * *
44379 GATAAGTTTTTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AA
255 -ATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAA
* * * *
44442 ATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGG
317 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTTAG
* * * * * * * * *
44486 CAAACAGATTTATTTTTTTAAAATGTATTGCTCATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 TAAATATATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-
*** * * * *
44550 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTTA
62 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTC
* * * * * * * * *
44614 AAACGATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTA-GTTT-GACAAATAC
124 ATACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAATATGTTTAG-TAAACAG
* * * * * * *
44677 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATC
187 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
44742 CAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTT-TGACAAAATAAAGA-TTATAAAGATTTGA
252 CGAATAAACTTGTATGAATA-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
44804 GATAGATAACTGTTCAAATGGTCATAAATATTTGAA-TTGTTTTGG
316 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAG
* * * * * * *
44849 TAAATAGATTT-TGTTTATAAATC---T-CTTTTTAA-TTATGAAAATCTTAATATATAAGTATT
1 TAAATATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATT
* *** ** * * * * * *
44908 GTTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC--AATGTCATTA
64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TA
* * * * * *
44971 TGATTTGAAATAGACAA-TAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATT
127 CGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATT
* ** * * * *
45034 TATTTTTTATATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAA
190 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * *
45099 ATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAAC-AAAAGATCATAACGATTTAAAAT
255 ATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* * * *
45162 AAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTG-CTCG
319 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * * *
45202 ACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTA
1 -TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** *
45267 TTTTATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
65 TTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * * * *
45331 CAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAG-AAACATATTTA
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGATTTA
* * * * * *
45395 TTTTTAAAAT-T-TTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAATATTTTATTTGGAA
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *
45457 TAAGCTTGCATGAACAGAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAATGTTTTGAAAT
256 TAAACTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
45522 AGAA-AATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTA-TTTGG
319 A-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAG
* * * * *
45564 TAAATATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATATAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
45628 TCTTACTT-CAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCAT
65 TTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
45690 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTTGAAT-TATTCAGTAAATATAT
126 -ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAATATGTTTAGTAAACAGAT
* * *** * * * * *
45754 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTTAGAAATTAATATTATTTTAATCCG
189 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
45819 AATAAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAGTTGAAAT
254 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* *
45884 AAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTA-TTTAG
319 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAG
* *
45926 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TAT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
** * * * * * * *
45988 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAAAAGTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATGC
63 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAC
* * * * *
46053 TATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGATTCA
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGATTTA
* *
46117 TTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
192 TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
46181 TAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAG
256 TAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
* * ** * *
46246 ATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAA
321 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * *
46286 TAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
46350 TTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCCTAAC
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AC
* ** *
46415 GATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-GTTT-GATAAATAGATTT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TATGTTTAG-TAAACAGATTT
* * * * *
46477 ATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATTATTACTTTA-TTCTGA
191 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* * * * * * * *
46537 ACAAAC---CAAG-AT-G--AT--TAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
255 ATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* * *
46590 TATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTAGG
320 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-G
* * * * * * * *
46631 TAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTA
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * *
46695 TTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCA-AACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAA-AAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** * * * ** * *
46758 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACTA-GCTCGGCAAACAAAT
126 -ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGAT
* * * * * * *
46822 TTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCA
189 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
46887 AATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGT
254 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
** * * * *
46952 TTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGG
319 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * *
46994 TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
47059 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATCATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AC
* ** * * *
47123 GATTTG--A-A-AT-A-TA-T--AATTGT--T--CTA---AACCA-CTTCAGCAAACA-ATTTTA
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGA-TTTA
* *
47170 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * * * * ** *
47235 AAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATAATAAAGCGAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAG
257 AAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
* * *
47299 ATAATTGTTCAAATAG----GA--A-TTG-----GTTTGG
321 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * ** * * * *
47327 TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAACAAATTAGTATTAT
1 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * **
47392 TTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAA
66 TTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCAT-A
* * * * * * * * *
47455 CAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTGAACCA-AT-TTGA-CAAACTGA
127 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTT-AA--ATATGTTTAGTAAACAGA
* * * * * * * * *
47516 CTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATC
188 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * *** *
47581 AAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAA
253 GAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
47646 TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
318 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
* * * *
47688 ATAAACATATTTATTTTTTTAAT-TTCTTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGCA
1 -TAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
47750 TTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAGCT-GAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTA
62 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAG-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *** * * * *
47814 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGGTAGTCTTATCTATTTGAAT-TGGTTT-GTCAAACAC
125 -TACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAT-GTTTAGT-AAACAG
* ** * * ** * * *
47877 ATTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTC
187 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * **
47938 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATAATTTGAA
252 CGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
48002 TTGGTTCAAT
Statistics
Matches: 4434, Mismatches: 961, Indels: 583
0.74 0.16 0.10
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331 1 0.00
332 28 0.01
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336 1 0.00
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339 2 0.00
340 1 0.00
341 2 0.00
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Consensus pattern (360 bp):
TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACGAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGATTTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
Found at i:47462 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 46982--47661 Score: 509
Period size: 164 Copynumber: 4.0 Consensus size: 167
46972 ATAACTATTT
* * *
46982 GAATTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
47047 AATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAACA
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* ** *
47111 AAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTC---TA
129 AAAGTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * ** * * * *
47147 -AACCACTTCAGCAAACAA-TTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAT
1 GAATTAGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
47209 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTATTTTATAATAAAG
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGATAAAA
* *
47273 CGAAAGGTT-ATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
127 C-AAAAGTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
47314 GGAATTGGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAAC
1 -GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAAT
* * *
47379 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
65 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
* * *
47443 AAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAATGCCCA
129 AAA-GTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT----A
* * * * * * * *
47487 TAATTA-TTTGAACCAATTTGACAAACTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTCGA
1 GAATTAGTTTG-------GT-A-AAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGA
* * * * * *** * *
47551 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTAT
56 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTAT
* *** * *
47616 GATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
120 GATAAAACAAAAGTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
47662 CAGTCATAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (167 bp):
GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
AGTTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
Found at i:48474 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 48033--50123 Score: 1491
Period size: 180 Copynumber: 11.8 Consensus size: 178
48023 TTTTGAATCT
* * * * ** **
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1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * * * * * *
48097 -AATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAAC-AGTTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * ***
48159 AT-ATGACTATTTGATCTTATTCAATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
128 -TCATAACTATTTGAACTT-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * *
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1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * * **
48275 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGT
65 AAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
48340 CACAACTATTTAAACTCTTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTA
129 CATAACTATTTGAACT-TTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
48391 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
48456 AAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTC
66 AAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
48521 ATAATTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
130 ATAACTATTTGAAC-TTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** *
48570 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
** * * * *
48634 TAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
65 -AAAAAATT-TTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
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* * * * * * *
48751 CTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * * * * * *
48816 AAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGT
65 AAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
48881 CATGACTATTTGAA-TTTGTTTG-AAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 CATAACTATTTGAACTTT-TTAGTAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
48932 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * *
48997 AAAAAATTCTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AAAAAATTTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *
49061 CATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 CATAACTATTTGAACTT-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
*
49112 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAAATAAGCTTCTATGAA
1 CTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
49174 CAGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAATGGTTAT-A-GTAGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAA
63 CAAAAAAAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-A-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAA
* * * *
49237 ATAGACA-AAC---TTG-----TTCAGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTCTTA
124 ATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** *
49282 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC--
* * *
49347 AAATAATATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATA
64 AAA-AAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATA
* ** * * ** * * **
49411 -ACACGACTGTTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAAT-TTTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
49462 GTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATAAATAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * * * *
49527 AAACTATTATTTATAAC-AAA-AAAA-GTCATAACAATTTGGAAGAAATAATTGCTGAAATTGTC
66 AAA-AATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
49589 ATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-
130 ATAACTATTTGAACTTTTTAG-TAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
49636 CTTATTAA-TTTT-GAATATTAGTATATTAGTA-T-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
49696 AAACATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTC
66 AAA-AATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
49761 ATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCCTTTA
130 ATAACTATTTGAACT-TTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * ** * **
49811 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
49875 GAAAAATTTTTTATGACAAAATAAAA-G---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
65 AAAAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
49933 TTAACTATTGGAA-TTAGTTGGCAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 ATAACTATTTGAACTT-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
49981 GTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTATTTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * * * * *
50044 AATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTT
66 AAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
50109 ATAATTATTTAAACT
130 ATAACTATTTGAACT
50124 GATTTGATAA
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 309, Indels: 164
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 25 0.02
169 63 0.04
170 119 0.08
171 36 0.02
172 145 0.10
173 12 0.01
174 11 0.01
175 34 0.02
176 72 0.05
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179 123 0.08
180 473 0.31
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182 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:49240 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49218--49251 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
49208 TAGTAGTTTC
*
49218 AAATAGATAAA-TTGTTG
1 AAATAGACAAACTTGTTG
49235 AAATAGACAAACTTGTT
1 AAATAGACAAACTTGTT
49252 CAGTAAACAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.67
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ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGACAAACTTGTTG
Found at i:49990 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 49732--50040 Score: 392
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
49722 GGTCATAACA
* * * *
49732 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTATT
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*
49797 TTTTAAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATA
66 TTTTAAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATT-AT-AATTCAGTATTATTTTATT-TGAATA
*
49861 AGCTAGTATGAATTGAAAAATTTTTTATGACAAAATAAAAGTG
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* * * * *
49904 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGGAATTAGTT-GGCAAA-AAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTAGTTAAGCAAACAAAATTATT
** * * * *
49967 TTTTAAAT-CTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATTTAGTATTATTTTATTTGAATAAA
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*
50031 CTTGTATGAA
130 CTAGTATGAA
50041 CAAAATAATT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.17
169 15 0.13
170 36 0.31
171 4 0.03
172 42 0.36
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Consensus pattern (170 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTAGTTAAGCAAACAAAATTATT
TTTTAAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATTATAATTCAGTATTATTTTATTTGAATAAAC
TAGTATGAATTGAAAAATTTTTTATGACAAAATAAAAGTG
Done.