Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167957.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_217, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 49173
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Found at i:939 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 908--949 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
898 CACAGTTATT
*
908 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
926 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
943 AACTATT
1 AATTATT
950 TGTTATGTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:1856 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1825--1866 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
1815 CACAGTTATT
*
1825 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
1843 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
1860 AACTATT
1 AATTATT
1867 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:2443 original size:936 final size:926
Alignment explanation
Indices: 332--3093 Score: 4606
Period size: 936 Copynumber: 3.0 Consensus size: 926
322 CTTTTTGTCA
* *
332 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAAAAAAATAATACTAA--TTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * *
395 TAAGAATTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTACC-AACAGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAAC-GGTTTAAATAATTATGACCA
*
458 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT-TTTCAAATTTATTATAAATAAAAAAAGGCA
130 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATAAATAAAAAAAGCCA
* * * * *
522 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTTGGCTTAAAAACC
194 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAATC
*
587 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGC-TTTAGATAC
259 ATTCGCACAATTATTGCACGA-TTTTATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
* * *
651 A-TTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATTGAATTTTTAGAAA
323 ATTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
715 TTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
388 TTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
*
780 AAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAGTT
453 AAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
845 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAA
518 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAA
*
910 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTCATATAATTATATTACA
583 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
975 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTC-----------ATAATTAAAAATTAA
648 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAA
*
1029 TATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCGGAGAT
713 TATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGAT
*
1094 CTTATATCTACTATTTTCTAATTTATCATAAATAAAATTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAA
778 CTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT-AAATTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAA
1159 TATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
842 TATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
1224 TTTAATTAAATAATTTTAAT
907 TTTAATTAAATAATTTTAAT
1244 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
*
1309 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAA-CGGTTTAAATAATTATGACCA
* * **
1374 CTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTATTATAAATTGAAAAAGCCAT
130 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
1439 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAATCA
195 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAATCA
* * *
1504 TTCGCACAATTATTGCAAGATTTTATTTTTTATTTTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
260 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
1569 TTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATT
325 TTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATT
* *
1634 TCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTTAAACTTAAATTAGAATAATATTGAA
390 TCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAA
1699 ATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
455 ATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
1764 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
520 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
* *
1829 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTATATG
585 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
1894 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAA
650 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTAAA
1959 AATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCC
707 AATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCC
2024 TGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTA
772 TGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAA-TTAATTCAAATTGAATTATCTA
2089 ATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTAT
836 ATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTAT
*
2154 AGTTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
901 AATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
2180 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
*
2245 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAA-CGGTTTAAATAATTATGACCA
* *
2310 GTTCAAATAGTTACTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
130 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
2375 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAATCA
195 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAATCA
* *
2440 TTCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACA
260 TTCGCACAATTATTGCACGATTTT-ATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * *
2505 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAAAAATAATTATCAAATGATGGAA-TTTTTGAAAA
324 TTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTG-AAA
*
2569 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
388 TTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
* * *
2634 AAATAGTAATGAATATTT-AATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
453 AAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
* *
2698 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATTTTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
518 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAA
*
2763 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACG
583 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
* * *
2828 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATGAA
648 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAA
** * *
2893 TA--TAAATCA----TAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGA
713 TATTTAAAT-ATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGA
2952 TCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT--A--AA-T----TT-AATTATCTAATAAAA
777 TCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAA
* *
3007 TATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTATTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
842 TATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
3072 TTTAATTAAATAATTTTAAT
907 TTTAATTAAATAATTTTAAT
3092 TA
1 TA
3094 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 1750, Mismatches: 69, Indels: 62
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
912 149 0.09
913 2 0.00
914 29 0.02
915 48 0.03
916 163 0.09
917 362 0.21
918 2 0.00
921 1 0.00
923 80 0.05
926 5 0.00
927 1 0.00
928 12 0.01
930 2 0.00
931 2 0.00
932 3 0.00
933 4 0.00
934 2 0.00
935 3 0.00
936 710 0.41
937 170 0.10
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (926 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACGGTTTAAATAATTATGACCAC
TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATA
TAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAATCAT
TCGCACAATTATTGCACGATTTTATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATT
TTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTT
CAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAA
TAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGC
TACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTA
TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
TTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATAT
TTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTT
ATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAATATA
TATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTA
ATTAAATAATTTTAAT
Found at i:2792 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2761--2802 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
2751 CACAATTATT
*
2761 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
2779 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
2796 AACTATT
1 AATTATT
2803 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:2899 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2874--2913 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
2864 TTCATAATTA
2874 ATAAATAATTAAAAATGAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATGAAT
* *
2894 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATGAAT
2913 A
1 A
2914 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATGAAT
Found at i:3102 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3062--3111 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
3052 ATCTATACAG
3062 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
3077 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
3091 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
3109 TTA
1 TTA
3112 ATAAAAACAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:4134 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4103--4142 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
4093 CACAGTTATT
4103 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTA-TAATTAAAAATA
4121 AATTATAA-TAAAAATA
1 AATTATAATTAAAAATA
4137 AATTAT
1 AATTAT
4143 TTGTTATGTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.64
17 3 0.14
18 5 0.23
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
AATTATAATTAAAAATA
Found at i:4570 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4546--4583 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
4536 TGATTTACCA
4546 AACCGGTTTAAATAATTAT
1 AACCGGTTTAAATAATTAT
*
4565 AACCGGTTTAAATAGTTAT
1 AACCGGTTTAAATAATTAT
4584 TACTATTTGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
AACCGGTTTAAATAATTAT
Found at i:4901 original size:919 final size:909
Alignment explanation
Indices: 3656--5353 Score: 2931
Period size: 919 Copynumber: 1.9 Consensus size: 909
3646 ATTTAAAAAC
3656 TAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATA
1 TAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATA
3721 GATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
66 GATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
* * *
3786 GCACAATTATTTCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTTTTAAATAATTTT
131 GCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTATTAAATAATTTT
*
3851 TAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCTAATCATGGAATTTTTTGAAATTTCA
196 TAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATCATGGAATTTTTTGAAATTTCA
*
3916 AATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTGAAATA
261 AATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATA
*
3981 GTTATGAATATTTAATGCATTGATATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTAC
326 GTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTAC
*
4046 TTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATTA
391 TTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTA
*
4111 ATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAATTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTA
456 ATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTA
* * * **
4175 TATAAATTTATACGCTATCAAATAAATTTATTCATAA-T-TAAA-AATTAATATTTAA-ATATGT
521 TATAAATTTATACGCAATCAAATAAATTTATTCATAATTATAAATAATTAAAAATTAATATAAAT
* ** * *
4236 -TTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACT
586 CATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTACT
4300 ATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAATATATATATAAC
651 ATTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTATCTAA-AAAA-ATATATATAAC
* *
4365 AATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATGCAGTTATAATTAATTTAATTAAA
703 AATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA-ATAATTAAA
4430 TAATTTTAATTAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTT
767 TAATTTTAATTAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTT
4495 TTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATGATTTACCAAACCGGTTTAAATA
832 TTTAATACTTCAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATGATTTACCAAACCGGTTTAAATA
4560 ATTATAACCGGTT
897 ATTATAACCGGTT
4573 TAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAAGCCATAT
1 TAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAAT-AAAAAAAGCCATAT
* *
4638 AGATAATAATTGTGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
65 AGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
*
4703 CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTATTAGATACATT
130 CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTATTAAATA-ATT
*
4768 TTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTT
194 TTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATCATGGAATTTTTTGAAATTT
* *
4833 CAAATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAA
259 CAAATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAA
4898 TAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCT
324 TAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCT
4963 ACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTAT
389 ACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTAT
5028 TAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAAT
454 TAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAAT
* *
5093 TATATAAATTTATATGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATATA
519 TATATAAATTTATACGCAATCAAATAAATTTATTCATAATT-ATAAATAATTAAAAATTAATATA
5158 AATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCT
583 AATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCT
* *
5223 ACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAACAAAATATATATAATAATAATTAAA
648 ACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAAAAAAATATATATAACAATAATTAAA
5288 TAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAAATAATTAAATAATTTTAATT
713 TAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAAATAATTAAATAATTTTAATT
5353 A
778 A
5354 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 30, Indels: 23
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
912 20 0.03
913 64 0.09
914 3 0.00
915 10 0.01
916 2 0.00
917 50 0.07
918 134 0.18
919 277 0.37
920 79 0.11
921 3 0.00
923 4 0.01
924 12 0.02
925 4 0.01
926 80 0.11
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (909 bp):
TAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATA
GATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
GCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTATTAAATAATTTT
TAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATCATGGAATTTTTTGAAATTTCA
AATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATA
GTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTAC
TTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTA
ATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTA
TATAAATTTATACGCAATCAAATAAATTTATTCATAATTATAAATAATTAAAAATTAATATAAAT
CATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTACT
ATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAAAAAAATATATATAACAATAATTAAATAA
GAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAAATAATTAAATAATTTTAATTAAA
ACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTCAAG
AATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCGGTT
Found at i:5053 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5022--5063 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
5012 CACAATTATT
*
5022 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
5040 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
5057 AACTATT
1 AATTATT
5064 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:5160 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 5135--5174 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
5125 TTCATAATTA
5135 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
5155 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
5174 A
1 A
5175 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:6837 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 6815--6853 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
6805 TTCCTAATTA
6815 ATAAATAATAAAAAGTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
* *
6834 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
6853 A
1 A
6854 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.03, G:0.03, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAAGTAAT
Found at i:7041 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7001--7050 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
6991 ATCTATACAG
7001 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
7016 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
7030 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
7048 TTA
1 TTA
7051 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:8430 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8392--8433 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
8382 GAATGTTAAT
*
8392 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
8414 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
8434 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:9784 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9753--9793 Score: 64
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
9743 CACAGTTATT
*
9753 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTA-TAATAAAAAATA
9771 AATTATAATAAAAAATA
1 AATTATAATAAAAAATA
9788 AATTAT
1 AATTAT
9794 TTGTTATGTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 17 0.77
18 5 0.23
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
AATTATAATAAAAAATA
Found at i:10719 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10688--10729 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
10678 CACAGTTATT
*
10688 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
10706 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
10723 AACTATT
1 AATTATT
10730 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:11071 original size:916 final size:929
Alignment explanation
Indices: 9171--11344 Score: 3737
Period size: 916 Copynumber: 2.3 Consensus size: 929
9161 CATTTTGTCA
*
9171 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * * * *
9236 AAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
* * *
9301 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * *
9366 ATAGATAATAATTATGATTAAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
9431 TTAGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
*
9496 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAACTTTTAAAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGAAACTTTTAAAAAT
9561 TTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTAAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
391 TTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTAAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
*
9626 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAACAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTCATAAACAATTTTTAATTA
* *
9691 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCAAAAATTAACACAGTTATTAAT
* *
9756 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAATTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATAATATTACAT
9821 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
651 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTC--AATT--AAATTAATATAAA-CTT--
*
9886 AAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTAAATAAAAGCTTTAATTTTGTC
709 AAATTAATA-TTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTAAATAAAAGCTTTAATTTTGTC
*
9951 CGGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
773 CGGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCG
* *
10016 AATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGAATTTTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
838 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
10081 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
903 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
10108 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
10173 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
*
10238 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCA
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCA
*
10303 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAAAAATTCTGGGCTTAAAAACC
195 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACC
10368 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
260 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
* * **
10433 ATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGAAATTTTTTGAAA
325 ATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGAAACTTTTAAAAA
* * *
10498 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTT
390 TTTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTAAAACTTAAATTAGAATAATATTT
* *
10563 AAATAGTTATGAATATTT-AATGCATTAACATAACTATATTTATTGTCATAAATAATTTTTAATT
455 AAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTCATAAACAATTTTTAATT
*
10627 AGTTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAATAGCAAAAATTAACACAGTTATTAA
520 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCAAAAATTAACACAGTTATTAA
10690 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATAATATTACA
585 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATAATATTACA
10755 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTC-A-T-AATT-A-A-AAA-TT-AA-T-
650 TAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCAATTAAATTAATATAAACTTAAATTA
* *
10810 ATA-TAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGAT
715 ATATTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTAAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCGGAGAT
* *
10874 CTTATATCTAGTATTATCTAATTTGTCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCGAATAAAA
780 CTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCGAATAAAA
10939 TATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
845 TATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
*
11004 TTTAATTAAATAATTTTTAT
910 TTTAATTAAATAATTTTAAT
*
11024 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
** *
11089 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCTATTTAAATAATTATAACCG
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
*
11154 GTCCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
*
11219 ATAGATAATAATTATGATTTAAACCATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
11284 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGA
11345 CTAGTATTAT
Statistics
Matches: 1186, Mismatches: 50, Indels: 24
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
915 152 0.13
916 362 0.31
918 3 0.00
919 1 0.00
920 2 0.00
923 2 0.00
925 3 0.00
926 1 0.00
927 1 0.00
928 4 0.00
931 1 0.00
932 1 0.00
935 142 0.12
936 1 0.00
937 219 0.18
938 291 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (929 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGAAACTTTTAAAAAT
TTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTAAAACTTAAATTAGAATAATATTTA
AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTCATAAACAATTTTTAATTA
GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCAAAAATTAACACAGTTATTAAT
TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATAATATTACAT
AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCAATTAAATTAATATAAACTTAAATTAA
TATTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTAAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCGGAGATC
TTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCGAATAAAAT
ATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAAT
TTAATTAAATAATTTTAAT
Found at i:11638 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11617--11649 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11607 TATTGATTTC
11617 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
11633 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
11650 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:11905 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 11521--12013 Score: 510
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 175
11511 ACTTACTAAC
** * *
11521 TTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATG-A-TAGAAAAGCAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACT-G-AAA-CAAT
* ** * * * * *
11582 TATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATT
63 TATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* * * * *
11647 ATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAAT
127 ATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
*
11696 TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
*
11761 TTTTATGACAAAACGAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* ** * *
11825 TTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAAT
129 TTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAAT
* * *
11876 TTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-
* * * * * * * *
11941 TTTTTTTGTCGAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTA
64 ATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTA
*
12006 TTTGAACT
128 TTTAAACT
12014 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 39, Indels: 21
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 28 0.11
176 41 0.15
177 49 0.18
178 17 0.06
179 2 0.01
180 65 0.25
181 39 0.15
182 24 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTT
AAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
Found at i:13696 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13415--13853 Score: 501
Period size: 180 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
13405 TATGATAAAA
* * ** * * * * *
13415 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATCATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT-AATATTCAAATAGC
* * * * * *
13480 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCA-TTTTTTAAA-TC-AG-TTATTAATTTTTG
65 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTAGCTCATTAATTTTTG
*
13541 AAATATTAATAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
130 AAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATCTT-GAATAAGCTTGTATGAACTG
*
13592 AAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
* ** * *
13657 ATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGA
66 ATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTAGCTCATTAATTTTTGA
* * *
13722 AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
131 AATATTAAGAAATTACTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
13772 AAACAATTGTTTTTTTGTCGAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAG
* * *
13837 TCACAACTATTTGAACT
64 CCATAACTATTTAAACT
13854 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 36, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 38 0.17
177 51 0.23
178 2 0.01
179 1 0.00
180 65 0.30
181 39 0.18
182 23 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATATTCAAATAGCC
ATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTAGCTCATTAATTTTTGA
AATATTAAGAAATTACTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:15302 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15271--15312 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
15261 CACAGTTATT
*
15271 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
15289 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
15306 AACTATT
1 AATTATT
15313 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:16235 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16204--16245 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
16194 CACAATTATT
*
16204 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
16222 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
16239 AACTATT
1 AATTATT
16246 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:16342 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 16317--16356 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
16307 TTCGTAAATA
16317 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
16337 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
16356 A
1 A
16357 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:16545 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 16505--16554 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
16495 ATCTATACAG
16505 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
16520 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
16534 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
16552 TTA
1 TTA
16555 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:16899 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16878--16920 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
16868 AAAAAAGGTC
*
16878 ATAATTATTGAAATAA-
1 ATAATTATTCAAATAAT
16894 ATAATTATTCAAATAATT
1 ATAATTATTCAAATAA-T
16912 ATAATTATT
1 ATAATTATT
16921 TGAACTGGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.62
18 9 0.38
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTCAAATAAT
Found at i:17933 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17895--17936 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
17885 GATTGGTAAT
*
17895 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
17917 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
17937 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:19267 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19236--19277 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
19226 CACAGTTATT
*
19236 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
19254 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
19271 AACTATT
1 AATTATT
19278 TGTTATGTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:20201 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20170--20211 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
20160 CACAATTATT
*
20170 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
20188 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
20205 AACTATT
1 AATTATT
20212 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:20303 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 20281--20319 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 14
20271 TATTCATAAT
20281 TAATAAATAATTAA
1 TAATAAATAATTAA
*
20295 TAATTAATAATTATA
1 TAATAAATAATTA-A
*
20310 TTATAAATAA
1 TAATAAATAA
20320 AAGCTTTAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.57
15 9 0.43
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
TAATAAATAATTAA
Found at i:20315 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 20223--20312 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 4.6 Consensus size: 19
20213 GTTATGTGAT
20223 ATAATTATATTACATAATTA
1 ATAATTATATTA-ATAATTA
* *
20243 TATAAATT-TA-TAAGCAATCAA
1 -AT-AATTATATTAA-TAAT-TA
*
20264 ATAAATT-TATTCATAATTA
1 AT-AATTATATTAATAATTA
*
20283 ATAAATA-ATTAATAATTA
1 ATAATTATATTAATAATTA
20301 ATAATTATATTA
1 ATAATTATATTA
20313 TAAATAAAAG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 14
0.71 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 19 0.35
19 8 0.15
20 17 0.31
21 7 0.13
22 4 0.07
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATATTAATAATTA
Found at i:20492 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 20452--20501 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
20442 ATCTATACAG
20452 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
20467 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
20481 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
20499 TTA
1 TTA
20502 ATAAAACTAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:21676 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 21293--21785 Score: 524
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 176
21283 ACTTACTAAC
** * * ***
21293 TTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTA
* ** * * * * * *
21356 TTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATCGATAATTATTGAAATAGCCATAATTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * *
21421 TTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAAT
130 TTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
* *
21468 TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
*
21533 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* ** * *
21597 TTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAAT
130 TTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAAT
* * *
21648 TTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TT
* * * * * * * *
21713 TTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCACAACTA
64 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTA
*
21778 TTTGAACT
129 TTTAAACT
21786 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 44, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 28 0.11
176 40 0.15
177 53 0.20
178 15 0.06
180 62 0.23
181 44 0.17
182 22 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
TAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
Found at i:23215 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 23193--23227 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
23183 ACACAGTTAT
23193 TAATTATTAATTAAAAA
1 TAATTA-TAA-TAAAAA
23210 TAATTATAATAAAAA
1 TAATTATAATAAAAA
23225 TAA
1 TAA
23228 ACTATTTGTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.50
16 3 0.17
17 6 0.33
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (15 bp):
TAATTATAATAAAAA
Found at i:24156 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 24125--24166 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
24115 CACAATTATT
*
24125 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
24143 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
24160 AACTATT
1 AATTATT
24167 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:24263 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 24238--24277 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
24228 TTCATAATTA
24238 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
24258 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
24277 A
1 A
24278 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:24465 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 24425--24474 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
24415 ATCTATACAG
24425 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
24440 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
24454 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
24472 TTA
1 TTA
24475 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:24848 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24812--24849 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
24802 TATTTGAAAT
24812 AAATAATTATGGCCTTG
1 AAATAATTATGGCCTTG
24829 -AATAATTAT-GCCTTG
1 AAATAATTATGGCCTTG
24844 AAATAA
1 AAATAA
24850 CTAAGTGATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.30
16 14 0.70
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAATAATTATGGCCTTG
Found at i:25803 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25772--25813 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
25762 CACAATTATT
*
25772 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
25790 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
25807 AACTATT
1 AATTATT
25814 TGTTATGTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:26721 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26690--26730 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
26680 CACAGTTATT
26690 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
26708 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
*
26724 AACTATT
1 AATTATT
26731 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
17 4 0.19
18 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:27155 original size:936 final size:929
Alignment explanation
Indices: 25192--28876 Score: 6105
Period size: 925 Copynumber: 4.0 Consensus size: 929
25182 CTTTTTGTCA
* *
25192 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAA-TTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
* * * *
25256 TAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
* *
25321 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCAT
131 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * *
25386 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTTGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
25451 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTTA-TTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* *
25515 TTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATTATTGAATTTTTAGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
*
25580 TTCACATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
25645 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
25710 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
*
25775 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTCATATAATTATATTACAT
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
25840 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTC-----------ATAATTAAAAATTAAT
651 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAAT
* * * * *
25894 ATTTAAATATGTTTGCCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAATCTTTAATTTTGTCTTGAGATC
716 ATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATC
*
25959 TTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAAATTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAAT
781 TTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAAT
*
26024 ATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAATTATAATTAAT
846 ATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAAT
*
26089 TTAATTAAATAATTTTAAT
911 TTAATTAAATAATTTTATT
*
26108 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
*
26173 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACTAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
* * *
26238 CTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTATTATAAATAGAAAAAGCCAT
131 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* *
26303 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTCGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
* * *
26368 TTCGCACAATTATTGCAAGATTTTAATTTTTCATTTTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* *
26433 TTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
* * *
26498 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATCAAACAAATTTAAACTTAAATTAGAATAATATTGA
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
26563 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
26628 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
*
26693 TATTAATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTATAT
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
*
26757 GATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
651 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTAA
26822 AAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATATT-T
708 AAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAAT-TTGT
26886 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
772 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
26951 TAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTT
837 TAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTT
27016 ATAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
902 ATAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
27044 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
* *
27109 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
*
27174 CCTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAG-CAT
131 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * * *
27238 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTTTGAACAATTTTTGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
27303 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
*
27368 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
*
27433 TTCAAATATTAGTATATTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAG----------A
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
*
27488 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTACTTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
27553 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
*
27618 TATTAATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTATAT
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
*
27682 GATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
651 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTAA
27747 AAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTTGTC
708 AAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTTGTC
27812 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
773 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
27877 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
838 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
27942 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
903 TAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
27969 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
*
28034 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
* *
28099 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAGAAAGCCAT
131 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
*
28164 ATAGATAATAATTACGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
** * * *
28229 TTCTTACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTATTGTGTTTGATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * * *
28294 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATTATGGAATTTTTTGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
*
28359 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
* * * *
28424 AATAGTTATGAATATTT-AACGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTCAATTA
456 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
28488 GCTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAGTAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
521 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
*
28551 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACGT
586 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
* * *
28616 AATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCCTAATTAATAAATAATTAAAAATTAAT
651 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAAT
** * * *
28681 A--TAAATCA----TAAAAATTAATAATTATATTATCAATAAAAGCTTTAAATTTATCCTGAGAT
716 ATTTAAAT-ATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGAT
28740 CTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTATCTAATAAAA
780 CTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAA
*
28794 TATATATAATAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
845 TATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAA
28859 TTTAATTAAATAATTTTA
910 TTTAATTAAATAATTTTA
28877 ATTATCAATT
Statistics
Matches: 2626, Mismatches: 107, Indels: 78
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
910 97 0.04
911 2 0.00
915 1 0.00
916 53 0.02
917 290 0.11
918 311 0.12
919 1 0.00
921 79 0.03
924 7 0.00
925 664 0.25
926 249 0.09
928 2 0.00
929 2 0.00
930 3 0.00
931 2 0.00
933 67 0.03
934 81 0.03
935 297 0.11
936 416 0.16
937 2 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (929 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
TTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAAT
ATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATC
TTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAAT
ATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAAT
TTAATTAAATAATTTTATT
Found at i:27646 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27615--27655 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
27605 CACAGTTATT
27615 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
27633 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
*
27649 AACTATT
1 AATTATT
27656 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
17 4 0.19
18 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:28579 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 28548--28589 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
28538 CACAATTATT
*
28548 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
28566 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
28583 AACTATT
1 AATTATT
28590 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:28686 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 28661--28700 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
28651 TTCCTAATTA
28661 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
28681 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
28700 A
1 A
28701 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:28889 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 28849--28898 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
28839 ATCTATACAG
28849 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
28864 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
28878 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
28896 TTA
1 TTA
28899 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:29801 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 29780--29812 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
29770 TATTGATTTC
29780 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
29796 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
29813 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:30134 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 29738--30175 Score: 497
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 177
29728 TATGATAAAA
* * ** * * * *
29738 AAACAATTATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * *
29803 CATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTGTTAATTTTTGAAAT
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTTGTTAATTTTTGAAAT
*
29868 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
131 ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* *
29915 AAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * ** * *
29979 CCTAACTATTTAAATTTCTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAA-CTCTTGCTCATTAATTTTT
66 CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAATCACTTG----TTAATTTTT
* * *
30043 GAAATATT-AGAAATTAGTATTATTTTATCTT-GGATAAGCTTTTATGAACTG
126 GAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
30094 AAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
30159 TCACAACTATTTGAACT
65 CCATAACTATTTAAACT
30176 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 36, Indels: 12
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 41 0.19
177 52 0.24
179 44 0.20
180 58 0.27
181 22 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTTGTTAATTTTTGAAAT
ATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:30274 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 30236--30277 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
30226 GATTGGTAAT
*
30236 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
30258 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
30278 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:31608 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 31577--31615 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
31567 CACAGTTATT
*
31577 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
31595 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
31612 AATT
1 AATT
31616 GTTTGTTATG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.75
18 5 0.25
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:32311 original size:924 final size:891
Alignment explanation
Indices: 31012--32832 Score: 2739
Period size: 924 Copynumber: 2.0 Consensus size: 891
31002 CTTTTTGTCA
31012 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * * *
31077 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATAACCA
* *
31142 CCTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATAAATAAAAAAAGGCATATAGATAATAATTATGA
131 CCTCAAATAGTTACTACTATTTGAACAATTATAAATAAAAAAAGCCATATAGATAATAATTATGA
* * * * *
31207 TTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCATTCGCCCAATTATTGCA
196 TTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCA
*
31272 CGATTTTAATTTTTCACTGTATTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGTTGCTCTAAG
261 CGATTTTAATTTTTCACTGTATTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
*
31337 AATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAATTTCAAATATTAGTATCA
326 AATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAATTTTTAGAAATTTCAAATATTAGTATCA
*
31402 TATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATAGTTATGAATATTT
391 TATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATAGTAATGAATATTT
31467 GAATGCATTAACATAACCATATTTATTGCTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAA
456 -AATGCATTAACATAACCATATTTATTGCTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAA
*
31532 ATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATTAATTAAAAATAAA
520 ATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTAATTAAAAATAAA
* * *
31597 TTATAATAAAAAAT-AA-A-TTGTT-TGT-TAT-GTGATA-TA-T-TTATATAAATTTATATGCT
585 TTATAATAAAAAATAAACATTTGTTATGTATATAATGATATTACTATTATATAAATTTATAAGCA
*
31653 ATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAAATTAATATTTAAAT-ATGT
650 ATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTAAAAATGAATA--TAAATCA---
** ** *
31717 TTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTA
702 -TAAAAATTAATAATTATATAATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTA
31782 TTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAATATATATAACAAT
766 TTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTATCTAATAAAATATATATAACAAT
31847 AATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAA
820 AATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAA
31912 TTTTAAT
885 TTTTAAT
*
31919 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
31984 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAA-TCGGTTTAAATAATTATAACC
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACT-GGTTTAAATAATTATAACC
**
32048 AGTTCAAATAGTTACTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCA
130 ACCTCAAATAGTTACTACTATTTG-------A---A---C--A--ATTATAAATAAAAAAAGCCA
*
32113 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAATC
178 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACC
* * *
32178 ATTCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATAC
243 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCACTGTATTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATAC
*
32243 ATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAATTTTT-GAAA
308 ATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAATTTTTAG-AA
* *
32307 ATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATT
372 ATTTCAAATATTAGTATCATATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATT
* * *
32372 CAAATAGTAATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
437 CAAATAGTAATGAATATTTAATGCATTAACATAACCATATTTATTGCTATAAATAATTTTTAATT
*
32437 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATTTTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
502 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
*
32502 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACG
567 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAAC-ATTTGTTATGT-ATATAATGATATTAC-
32567 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATGAA
629 T-ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATGAA
32632 TATAAATCATAAAAATTAATAATTATATAATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
693 TATAAATCATAAAAATTAATAATTATATAATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
*
32697 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAAT
758 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAAT
* *
32762 TAAATAAGAATATTAAATTCTTATTTATAATCTATATAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTT
823 TAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTT
32827 TAAT
888 TAAT
32831 TA
1 TA
32833 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 839, Mismatches: 42, Indels: 61
0.89 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
906 1 0.00
907 143 0.17
912 99 0.12
913 2 0.00
914 1 0.00
917 2 0.00
918 2 0.00
920 1 0.00
921 1 0.00
922 1 0.00
923 218 0.26
924 282 0.34
926 6 0.01
927 6 0.01
928 15 0.02
930 5 0.01
931 6 0.01
932 5 0.01
933 2 0.00
934 1 0.00
936 40 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (891 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACTGGTTTAAATAATTATAACCA
CCTCAAATAGTTACTACTATTTGAACAATTATAAATAAAAAAAGCCATATAGATAATAATTATGA
TTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCA
CGATTTTAATTTTTCACTGTATTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
AATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAATTTTTAGAAATTTCAAATATTAGTATCA
TATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATAGTAATGAATATTT
AATGCATTAACATAACCATATTTATTGCTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAA
TAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTAATTAAAAATAAAT
TATAATAAAAAATAAACATTTGTTATGTATATAATGATATTACTATTATATAAATTTATAAGCAA
TCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATGAATATAAATCATAAAAATTAATAAT
TATATAATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCA
TAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTA
GTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
Found at i:32531 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 32500--32541 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
32490 CACAATTATT
*
32500 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
32518 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
32535 AACTATT
1 AATTATT
32542 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:32638 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 32613--32652 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
32603 TTCATAATTA
32613 ATAAATAATTAAAAATGAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATGAAT
* *
32633 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATGAAT
32652 A
1 A
32653 ATTATATAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATGAAT
Found at i:32841 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 32801--32850 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
32791 ATCTATATAG
32801 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
32816 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
32830 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
32848 TTA
1 TTA
32851 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:34082 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 33831--34309 Score: 533
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
33821 AAATTTTAAT
* * * * * *
33831 AAATAATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAG
1 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTG-TAATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTATTCAAA
*
33896 ATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTT
** * * * *
33961 GTTTATTTAA-CAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATA-TTATCTATTTA
129 GTTTATCGAATC-AATTCAAACAGTAATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTA
* * *
34012 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAA
* * * * *
34077 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TAACTAAGTGATTT-AAAAAGTTAATT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGC-AAGAG-TTTAAAAAAATTAATT
* * * *
34140 TTTTTATCGAATCAGTTCAAACAGTAATGTCCATTTGAATAGTTATCTATTTC
128 TGTTTATCGAATCAATTCAAACAGTAATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTA
* * * * * * *
34193 AAATCGTTATGACTTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCAGT-ATAAAAGCTTATGCAAAA
1 AAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTCAAAA
* *
34257 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAA
34310 TAAATCAGCT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 42, Indels: 18
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 5 0.02
178 2 0.01
179 3 0.01
180 161 0.65
181 49 0.20
182 26 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGT
TTATCGAATCAATTCAAACAGTAATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTA
Found at i:35071 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 35040--35085 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
35030 CACAGTTATT
35040 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
35058 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
* *
35074 AACTATTTATTA
1 AATTATTAATTA
35086 TGTGATATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.50
17 5 0.21
18 7 0.29
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:35526 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 35502--35539 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
35492 TGATTTACCA
*
35502 AACCGGTTTAAATAATTAT
1 AACCGGTCTAAATAATTAT
*
35521 AACCGGTCTAAATAGTTAT
1 AACCGGTCTAAATAATTAT
35540 TACTATTTAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
AACCGGTCTAAATAATTAT
Found at i:35822 original size:937 final size:911
Alignment explanation
Indices: 34460--36309 Score: 2945
Period size: 937 Copynumber: 2.0 Consensus size: 911
34450 CTTTTTGTCA
34460 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * *
34525 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
* *
34590 CTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCAT
131 CTTCAAATAATTATTACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * * *
34655 ATAAATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTTAACAATTTTGGGCTTAAAAATCA
196 ATAAATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
34720 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTATTAGATACA
*
34785 TTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCTAATGATGGAATTTTTAGAAAT
326 TTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
34850 TTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAATAA
391 TTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAATAA
*
34915 AATAGTTATGAATATTTGAATGTATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTT-AATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
34980 GCTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
520 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
35043 TATTAATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAACTATTTATTATGTGATATAATTATATTACAT
585 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTATTATGTGATATAATTATATTACAT
*
35107 AATTATATAAATTTATACGCTATCAAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
650 AATTATATAAATTTATACGCAATCAAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTAA
* ** * *
35172 AAATTAATATTTAAA-TATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAATTTTGT
707 AAATTAATA--TAAACCA----TAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGT
35236 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
766 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTATC
* *
35301 TAATAAAATATATATATAACAATAATTAAATAGGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATGCAG
820 TAAT-AAA-ATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG
35366 TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
883 TTATAATTAA-TTAATTAAATAATTTTAAT
*
35396 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
35461 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACC-
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
** * *
35525 GGTCTAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAAGCC
131 CTTC-AAATAATTATTACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAAT-AAAAAAAGCC
* *
35590 ATATAGATAATAATTGTGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAAC
194 ATATAAATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAAC
* * *
35655 CATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTATTAGATA
259 CATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTATTAGATA
* * * *
35720 CATTTTTAGGTGCTGTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAA
324 CATTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAA
* * * ** *
35785 ATTTCAAATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATT
389 ATTTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAAT
* * *
35850 CAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
454 AAAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
35915 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
519 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
*
35980 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
584 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTATTATGTGATATAATTATATTACA
* *
36045 TAATTATATAAATTTATATGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAA
649 TAATTATATAAATTTATACGCAATCAAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAA
36110 TATAAACCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
714 TATAAACCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
*
36175 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAAT
779 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAAT
36240 TAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTAATTAAATAATTTT
844 TAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTAATTAAATAATTTT
36305 AAT
909 AAT
36308 TA
1 TA
36310 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 49, Indels: 36
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
912 21 0.02
913 63 0.07
914 3 0.00
915 11 0.01
916 2 0.00
920 1 0.00
921 2 0.00
924 1 0.00
926 80 0.09
929 4 0.00
930 1 0.00
931 13 0.02
933 2 0.00
934 2 0.00
935 5 0.01
936 236 0.27
937 266 0.31
938 66 0.08
939 80 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (911 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
CTTCAAATAATTATTACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAAATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTATTAGATACA
TTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
TTCAAATATTAATATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAATAA
AATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTATTATGTGATATAATTATATTACATA
ATTATATAAATTTATACGCAATCAAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATA
TAAACCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATAT
CTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATTA
AATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTAATTAAATAATTTTAA
T
Found at i:36009 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 35978--36019 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
35968 CACAATTATT
*
35978 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
35996 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
36013 AACTATT
1 AATTATT
36020 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:36308 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 36285--36329 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
36275 ACAGTTATAA
*
36285 TTAATTAATTAAATAATT
1 TTAATTAATCAAATAATT
*
36303 TTAATT-ATCAATTAATT
1 TTAATTAATCAAATAATT
36320 TATAATTAAT
1 T-TAATTAAT
36330 AAAAACTAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.43
18 11 0.48
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
TTAATTAATCAAATAATT
Found at i:38000 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 37960--38009 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
37950 ATCTATACAG
37960 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
37975 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
37989 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
38007 TTA
1 TTA
38010 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:39091 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 38871--39289 Score: 458
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
38861 TATATGATCG
* * * * *
38871 AACAAAAGGTAATATTGA-TTTCAATAAATAATTATTGAAATAGCAATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGC-ATAACTATTTGAACTAATT
* * * * *
38935 CAGTAAACAAAATCA-TTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATT-GCTA
65 AAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAG-TA
38996 CTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTACGACAA
128 CTATTTTATCTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTACGACAA
* * * * * **
39048 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCCTAACTATTTAAATTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAG-CATAACTATTTGAACTAATT
* * * *
39112 AAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATGTTAAGAAATTAGTAT
65 AAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTC-TACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAC
* * ** *
39177 TATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCAA
129 TATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTACGACAA
* * *
39229 AATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAG-CATAACTATTTGAACT
39290 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 35, Indels: 15
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 49 0.25
178 21 0.11
179 2 0.01
180 56 0.28
181 47 0.24
182 22 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGCATAACTATTTGAACTAATTA
AATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTA
TTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTACGACAA
Found at i:39388 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 39350--39391 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
39340 GAATGTTAAT
*
39350 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
39372 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
39392 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:40741 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 40712--40764 Score: 106
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
40702 CCGATCCCAT
40712 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
40738 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
40764 C
1 C
40765 CAAAGTCAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
Found at i:41060 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 41031--41082 Score: 95
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
41021 CCGGTCTGAT
41031 CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
*
41057 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
41083 GCTAAGTCAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 25 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.25, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
Found at i:41976 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 41926--41978 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
41916 CCGGTCCGAT
* *
41926 CTTAGACTGGGAATGAAATTCGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAAACTCGTATG
41952 CTTAGACTAGGAATG-AACTCGGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAAACTC-GTATG
41978 C
1 C
41979 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 4 0.17
26 20 0.83
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTAGGAATGAAACTCGTATG
Found at i:42833 original size:900 final size:896
Alignment explanation
Indices: 40845--47181 Score: 8322
Period size: 900 Copynumber: 7.1 Consensus size: 896
40835 TCAGTCGGGT
* * * *
40845 CAAGTACCAGCACCCATCACACATCGTGTGCGCACACCTCCCCCGGCCCCCTGATCACCGGAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACA-C-CCCCCGGCCCCCCGATCGCCGGAACC
* * * *
40910 CCAATGCCGTCGGTCAAGTTCTCCGACAATGCTCCGGCGAT-GTGCCCCGACGAAGAAAAATG-G
64 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACTATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
* * *
40973 AGCACCAGCACATGCTCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCTGATCTTAGAC
129 -GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGAC
* *
41038 TAGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGGCTAAGTCAACCCACGAAAC
193 TGGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAAC
* ** * *** *
41103 GAGTGTGCGGGCGCTCAATCAGCCAGAGGGGTGGGATGCGCAAGCCGAGGATCGGTTGGGTGCCC
258 GAGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGT-GGATGCGCAAGCCG-GGATCGACCGGGTCCCC
* * ** *
41168 CTCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCGTAACCCTCGGTCCGGTCTGAAATTAGACTTGGAATGAA
321 CTCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
* * * *
41233 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCAATGAAAC-A--AG-CGGGCGGGCGGGCATTACGTCGGCCAGAG
386 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGACGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGAG
* *
41294 AGACGGGATGCGCAAGTCGTGGATCGATAGTGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
451 AGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
41359 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAA
516 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAA
* * * * * * *
41424 GTTTCATGGCAAAACAACACGTTTTTTATTTTTCACGATTTTTGAAACTTTTTACAGTTCGAGAT
581 GTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGAT
* * *
41489 TTTTTAAAATTTTTTTGGAAGGAGTTTTTTCCCCAAACTTGGTAGACATGATCCTTGTATTTTTG
646 TTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTTTG
* * *
41554 TTGGCATGCATAAAAAAA-TCAGCTAAAAACTCAAAGTGTACAAGATTTTCTGACCATTTGAAAA
711 TTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAAAA
* * * * *
41618 TATTGTCCCCATTTTAAACACTTTAATGGCTACTAGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCT
776 AAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCT
* * * * **
41683 TTAAGGGGGTATGAGTTCTCCAAGTTTGATGAGGCATAGGGGGATAATATAAGGGC
841 TTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* * * * * *
41739 CAGGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGACCCCTCAGATCGTCGAAAAC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACA-CCCCCCGGCCCC-CCGATCGCCGGAACC
* * * * * *
41804 CCAATGCCGTCAGTCAGGTTCTCCG-GTGATGCTCCGATGATGGTGCCCCAACGAAGAAAAATGT
64 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACT-ATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGC
*
41868 GGCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGTAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGAC
128 GGCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGAC
* * * *
41933 TGGGAATGAAATTCGTATGCTTAGACTAGGAATGAACTCGGTATGCCTAAGTCAACCCA-GAAAA
193 TGGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACG-AAA
* * * * *
41997 TGAACGTGCGGGCGCTCAACCGGCCAAAGGGGATGGATGCGCAAGCCAGGGATCGACCGAGTCCC
257 CGAGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGG-TGGATGCGCAAGCC-GGGATCGACCGGGTCCC
* * ** * *
42062 CCTCTACATGCTATCGATCCTGCTATCGCAACCCTCAGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGA
320 CCTCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGA
* *
42127 ACTCTGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGACGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAAA
385 ACTCCGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGACGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGA
* *
42192 GAGACGGGATGCACAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACACCTTCATATTT
450 GAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTT
*
42257 CTACATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGA
515 CTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGA
* *
42322 AGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGGTTTTCAAAACTTTTTGCGGTTCGAGA
580 AGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGA
* * *
42387 TTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACATGGTAGATGTGATCCTTGTATTTTT
645 TTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTTT
* * **
42452 TTTGGCATGCACAAAAAATTTCAGC-AAAAGACTCGAAGTGTATGAGATTTTGTGACCATTTGAA
710 GTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAA-ACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAA
* * * *
42516 AAAAGTGTTCCCATTTCAAACATTTTAATGGCTACTGGAAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCT
774 AAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCT
* ** *
42581 CTTTACGGGGGTGTGAGCACTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGTGC
839 CTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* *
42639 CAAGTACCAGCACCCATTGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGACCCCCCGATCGTCGGAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACA-CCCCCCGG-CCCCCCGATCGCCGGAACC
* * * * * *
42704 CCAATGCCGCCGATCAGGTTCTCCGACTATGCTCCGGCAATGGTGCCCCGATGAAAAAAAATGCA
64 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACTATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
* ** * *
42769 GCACCAACACATGGTCGAGCCCAGCATGTGCTGTCGCAACCCTCGGTCCAGTCCGATCTTAGACT
129 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGACT
* * *
42834 GGGAATGAACTCTGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCATATGCATAAGTCAACCCACGAAACG
194 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * * * *
42899 ATCGTGCTGGTGCTCAACCGGCCAGATGGGCG-GGATGCGCATGTCGGGGATCGACCGGGTCCCC
259 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGA-GGG-GTGGATGCGCAAG-CCGGGATCGACCGGGTCCCC
** * * * *
42963 CTCTATGTG-TGGCTGATCCTGCTGCCACAACCCTCGGTCTGGTCCGATCTTAGACTGGGAATGA
321 CTCTGCGTGCT-GCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGA
* * *** ** *
43027 ACTCCGTATGCCTGAGCCAACCTATGAAACGA-ATAAGCGGGCGGGCGGGCACTACGTTGGCCAA
385 ACTCCGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGA-CGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAG
*
43091 AGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGTTCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATT
449 AGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATT
* *
43156 TCTGCATGCCAATGCCACTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCTTTCACGTG
514 TCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTG
* * * * *
43221 AACTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTCAAAACATTTTGTGGTTCGGG
579 AAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAG
* * *
43286 ATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTATAATTT
644 ATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTT
* *
43351 TGTTGGCCTGCAAAAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGA
709 TGTTGGCATGC-ACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGA
*
43416 AAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTTAAATGC
773 AAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGC
* * * *
43481 TCTTTAA-GGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTCATGATGGATAGGGGGCAAATATAGGGGC
838 TCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* *** ** * * *
43539 TAAGTATTGGCACCCATCGCACATCATGTGCG--TGCCCCCCGGCCCCCCGATCGCCGAAAGCCT
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCGGCCCCCCGATCGCCGGAACCCC
** * * * ** *
43602 AATGCTACCGGTCAAGTTCTCCGACGATGCTCCAACGATGGTGCCCCGGGGAAGAGAAATGCGGC
66 AATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACTATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCGGC
* * * * * *
43667 ACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGTTACTGCAACCCTCAGTTCGGTCCGATCTTAGACTGA
131 ACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGACTGG
* * *
43732 GAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCATACGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAG
196 GAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACGAG
* * * * * **
43797 CATACGGGCGCTTAGCCAGCCAGAGGGGTGACATGCGCAAGCCGGGGATCGGTCGGGTCCCCCTC
261 CGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGTG-GATGCGCAAGCC-GGGATCGACCGGGTCCCCCTC
* * * * * * ** *
43862 TGCGTGCTGCCGATCCTGCTGCCACAACTCTCGGCCCGATCCAATCTTAGACTGGGAATGAAGTC
324 TGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAACTC
* * *
43927 CGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCAGGCGGTCGGGCGGGCGCTACGCCGGCCAGA
389 CGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGC-GG-A--CGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGA
* *
43992 GAGACGGGATGCACAACCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTT
450 GAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTT
* *
44057 CTGCATGCCAATGCCATTTTTATGCCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACTTGA
515 CTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGA
* * * *
44122 AGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCATGATTTTCAAAACATTATTGCAGTTC-AG
580 AGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAAC-TTTTTGCGGTTCGA-
* *
44186 GATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACATGGTGGACGTGATCCTTGTATTT
643 GATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTT
* * * * *
44251 TTTTTGGCATGCAAAAAAAAATTTAGCTAAAAACTCGAACTGTACAAGAGTTTGTGACCATTTGA
708 TTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGA
* * * *
44316 AAAAGGTGTCCCCATTTTAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACTTGTAAAATTTCAAATGC
773 AAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGC
* * *
44381 TCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCAAGGTTTGATGATGGATAGAGGGCCAATATAAGGGC
838 TCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* * * *
44440 CAAGTACCAGCACCCATCGTACATCAAGTGCGCACACCCCCTGGCCCCCTCGATCGTCGGAACCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCGGCCCCC-CGATCGCCGGAACCC
* * * *
44505 CAATGCCACCGGTCAGGTTCTCCGA-TAATTCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAAAAAAATACG
65 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACT-ATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
** * *
44569 ATACCAGCACATGCCTGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTTGGTCCGGTCCGATCTTAGACT
129 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGACT
* * *
44634 GGGAATGAACTCCATATGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGGAACG
194 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * *
44699 AGCGTACGGGCGCTCAGCCGGGCAGAGGGGCAGGATGCGCAAGCTGGCGATCGACCGGGTCCCCC
259 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGG-TGGATGCGCAAGCCGG-GATCGACCGGGTCCCCC
* * * * *
44764 TCTGTGTGCTGCCAATCCTGCTACCGTAACCCTTGGTCTGGTCTGATCTTAGAATGGGAATGAAC
322 TCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAAC
* * *
44829 TTCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCAGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCA
387 TCCGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGAC--G--GGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCA
* * *
44894 GAGAGACAGGATGCGCAACCCGTGGATCAATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATAT
448 GAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATAT
* *
44959 TTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGCCTTGTAAATTCATACAATTGTCCCTTAAGCCTTCACGT
513 TTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGT
* *
45024 GAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTGAAA-TGTTATGCGGTTC-
578 GAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACT-TTTTGCGGTTCG
*
45087 AGGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGATTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTAT
642 A-GATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTAT
*
45152 ATTTT-TTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGAGTTTGTGACCATT
706 -TTTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATT
* * * * *
45216 TGAAAAAGGTATCCCCATTTCAGACACTTTAATCGCTACTGGTAGCAAACTTGTAAAATCTCAAA
770 TGAAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAA
* *
45281 TGCTTTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCAAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
835 TGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* *
45343 CAAGTACCAGCACCCATCTCACATCATGTGCGCACATCCCCCCGG-CCCCCTATCGCCGGAACCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACA-CCCCCCGGCCCCCCGATCGCCGGAACCC
* * * *
45407 CAATGCCGCCGGTAAGGTTCT-C--C-A-------ACGAT-GCGCCCCAACAAAGAAAAATGCGG
65 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACTATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCGG
* *
45460 CACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCACAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACT-
130 CACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGACTG
*
45524 -G-A-G-A------ATG---A-AC------T---CT--GTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACAA
195 GGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACGA
* * * * * *
45564 GCGTACGGGCACTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGTAAGTCGAGGATTAGTA--GGGTCCCC
260 GCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGG-TGGATGCGCAAGCCG-GGA-TCG-ACCGGGTCCCC
* * * * * *
45627 CTCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTGCCACAACCCTCGATCCGATCCGATCTTAGACTGGGAATGAA
321 CTCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
* *
45692 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCAATGAAACGAGCGGGCGGGTGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCC
386 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGAC----GGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCC
*
45757 AGAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTACGTGGGTTTAGGCACATCTTCATA
447 AGAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATA
* * ** * *
45822 TTTCTACATTCCAATGCCATTTTTATCACTTGTAAATTCATACAATGGTCCTTTAAGCCTTGACG
512 TTTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACG
* * * * *
45887 TGAAGTTTCATGGCAAGATGACTCTTTTTCTATTTTTCATGATTTTTGAAACTTTTTGCGGTTAG
577 TGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCG
* * *
45952 GGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTTCCCAAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATT
642 AGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATT
* *
46017 TTTGTTGGCATGCACAAAAAAATGCAGCTAAAAACTCGTAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTG
707 TTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTG
*
46082 AAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTAGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATG
772 AAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATG
*
46147 CTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAAGGGGCCAATATAAGGGC
837 CTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* *
46207 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCTGGCCCCCTCGATCGTCGGAACCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCGGCCCCC-CGATCGCCGGAACCC
* * *
46272 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCC-AGCGATGCTCCGACGATGGAGCCCCGACGAAGAAAAATACG
65 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGA-CTATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
* * * * * *
46336 GCACCAGCACATGCCCAACCCCAGCATGTGCTGCCACAACCCTCGATCCAGTCTGATCTTAGACT
129 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGACT
* * * *
46401 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAACGAACTTCATATGCCTAAGTCAACCCACGAAATG
194 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * * *
46466 AACGTGCGGGCACTCAGCCGGCCAGAGGGGTGGGATGCACAAGCCAGGGATCGATCGGGTCCCCT
259 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGT-GGATGCGCAAGCC-GGGATCGACCGGGTCCCCC
* * * * * * *
46531 TCTACGTGCTGCTGATCTTAC-AGCCGCAACCCTCGGTCTGTTCTAATCTTAGATTGGGAATGAA
322 TCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTA-CCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
* * ** * * * **
46595 CTCCGTATGCCTAAGCTAACCCAAAAAATGAGTGGGCGGGCGGACGGGCGGGCACTACATCGGCC
386 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGA----GCGGACGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCC
* * * *
46660 AGAGAGACGAGATGCGCAAGCCGTGGATTGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGCCACATCTTCATC
447 AGAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATA
* * *
46725 TTTCTGCATGCCAATGCAATTTTTATGGCTTGTAAATTCATATAATGGTCTCTTAAGCCTTCACG
512 TTTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACG
* * *
46790 TGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCATTTTTTATTTTTC-CTGATTTTTAAAACTTTTTGCGATTC
577 TGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCAC-GATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTC
* * * * *
46854 AAGATTTTTTAAAATTTTTTCAGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACATGATCCTCGTAT
641 GAGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTAT
* * * * *
46919 TTTTATTGGCATGCATAAAAAAATTCAACTAAAAACTCGAAGTGGACAAGATTTTGTGTCCATTT
706 TTTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTT
* * * *
46984 GGAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTATTGGCAGTAAGCCTGTAAAATCTCAAAT
771 GAAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAAT
47049 GCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
836 GCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* *
47110 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGTGCACACCCCCCGGCCACCCCGATCGCCAGAACCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCGGCC-CCCCGATCGCCGGAACCC
47175 CAATGCC
65 CAATGCC
47182 CCGACGAAGA
Statistics
Matches: 4784, Mismatches: 552, Indels: 205
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
863 11 0.00
864 634 0.13
865 37 0.01
866 6 0.00
868 1 0.00
869 2 0.00
875 2 0.00
876 6 0.00
877 80 0.02
879 4 0.00
880 1 0.00
881 1 0.00
882 1 0.00
885 1 0.00
886 1 0.00
887 1 0.00
888 4 0.00
890 77 0.02
891 6 0.00
892 2 0.00
893 10 0.00
894 81 0.02
895 273 0.06
896 310 0.06
897 9 0.00
898 2 0.00
899 288 0.06
900 1152 0.24
901 274 0.06
902 41 0.01
903 939 0.20
904 520 0.11
905 1 0.00
907 6 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.24, T:0.25
Consensus pattern (896 bp):
CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCGGCCCCCCGATCGCCGGAACCCC
AATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACTATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCGGC
ACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGGTCCGGTCCGATCTTAGACTGG
GAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACGAG
CGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGTGGATGCGCAAGCCGGGATCGACCGGGTCCCCCTCTG
CGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAACTCCG
TATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGACGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGAGAGACG
GGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTCTGCAT
GCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAAGTTTC
ATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGATTTTTT
AAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTTTGTTGGC
ATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAAAAAAGTG
TCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCTTTAAG
GGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
Found at i:42877 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 42826--42878 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
42816 CCAGTCCGAT
**
42826 CTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
42852 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
42878 C
1 C
42879 ATAAGTCAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 25 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.25, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
Found at i:46444 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 46393--46445 Score: 79
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
46383 CCAGTCTGAT
* *
46393 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAACGAACTCCATATG
*
46419 CTTAGACTGGGAACGAACTTCATATG
1 CTTAGACTGGGAACGAACTCCATATG
46445 C
1 C
46446 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 24 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAACGAACTCCATATG
Found at i:48119 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 48090--48142 Score: 106
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
48080 CCGATCTGAT
48090 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
48116 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
48142 C
1 C
48143 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
Done.