Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
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1 AGATTT
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121 TTTTATTTTGAATA--AGCTTGTATGAATTGAAACAAT-TGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCA
** * * * * * * ***
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1 TA-ACAATTT-GAAATAGA-TAATTATT-CAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAA
* * * *
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* *
512 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTC-
124 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
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1 T-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
*** * * *
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* *** * * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * ** * * *
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65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
** * * * *** * * *
878 GAATAAAATAGTATGAA--CAATCAA---AACTAT-TC-AAATAAAAGGTTA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * ** *
923 TAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTCTAA-TGGTTTAGCAAGTAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTGATTCAATAAATAGA
* * * * *
987 TTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGGTTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *** * *
1051 TGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTAA
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* * * * * **
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66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
1233 AAATAAGCTTCTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * ** *
1285 TAACAAGTTCAAATA-ATAATTGTTCATATAGTTTTAATTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* ** *
1349 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTTCTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * *
1414 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAGGTTA
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* * * * * *
1465 TAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTATTAAACAGAT
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* * *
1530 TTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTCTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
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* * *
1591 AACAAGCTTGTATG--TCGAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAA
131 AATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * *
1641 TAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATTTG-A---A--C------T-GAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* * * *
1693 TTATTTTTTAAATATATTACTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * *
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*** * * ** ** * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
* ** * ** ** * * *
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* * * *
1941 CGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCA
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1994 AAACGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTTTTAAATATTCAAACTAGTTTGGCAA-ACAT-
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATT--CAATAAATA
* * * *
2057 -ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTCA-TTTTTGAAATAATATTAAATTAGTGTTATTTT-T
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* * ** *
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1 TAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCA-ATAAATAG
* * *
2233 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
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* * * * * *
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128 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * ** *
2351 TAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTAATTAAACATG-TTCGGTAAACA
1 TAACAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTCAATAAATA
* * * * ** *
2413 GATATATTCTTTTAAATCTCTTACTCATTAAATTTTCGAATGCTAATAAATTAGTTTTATTTTAT
63 GATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * * * *
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* ** * * * **
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** * * * * ****
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
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** * *** * * * *
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** * * * ** * *
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* * ** *
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* ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * **
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* * * * *
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130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
3307 TTTATTTTTTAAAT-T-TTGACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
*** *** * ** *
3368 TCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA-GAAAAAAC-TAAGGTCA
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** * * * * *** *
3421 TAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GAT--TCAAT-AAAT
* * * * ** ** ***
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** * *
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* *
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** * ** * * * * *
3637 TAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTCAACAGA
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* * *
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** * * * * * * *
3761 CAAATAAGTTTGAAT--ATTCAAAAATAATTGTTATATGACGAAACAAAAGGTAA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATT--GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * ** * * * * * *
3814 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACAGGGCCATAATTA-TTGAACT-AGTTTAGTAAACAAA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * * *
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*** * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
4126 AATAATCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAAC-AGAACAAAAGGTTA
131 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCA
* * * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* *
4230 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTT
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4294 GAATAGGCTTGCATG-A-TGAAAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTTCA
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** * * ** * * * * * * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
*
4406 -TA---TTTAAATCTCTAACTT-TTCAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTATT
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* * * * *
4463 TCGGATAAGATTTTATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCA
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*** * * * ** * *
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* * * * *
4646 TGAATAAGCATGTATGAACTGAGACAATTATTTTATGACTAAACGAAAGGTCA
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* * * * * ** * *
4699 -AAGCAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGT-TTCAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAG
1 TAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGATTCAATAAATAG
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4762 ATTTA-TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTCTATTT
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* * * *
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* * * * *** * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA-
* *
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* * * *
5006 TGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCA
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* * * * *
5059 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACAG
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* * ** *
5122 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-T
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
** * * * *
5184 TCAAATTAAACTTGCATGAATAT-AACCAATTGTTTTATGA-TAAAGCAAAAGGTCC
128 TTGAA-TAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCA
*** * * * * *
5239 TAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTA-TTGAACTTATTCAATGAACATA-
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
** * * * *
5302 TT-TTTTAAAAATTCTATTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTACTT
66 TTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * *
5365 CAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT-ATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * *
5419 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
** * * *** * * * **
5483 TGCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTAATCC
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5548 GAATAACCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGTCAAAACAAAAAGTCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
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5663 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTA-
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* * * * *
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* **
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* * * * * *
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** * * * ** *
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* *
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128 TTGAATAAG-CTTGTATGAATTGAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC-A
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* *
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65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
*** * * * * * *
6444 CCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAAACTTATTTTATGCCAAATTTTTGACAAAACAGAAAGT
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAA-TTGTTTTATGACTAA------AC-AAA-AG---GT
6509 CA
180 CA
* * * * * * *** * *
6511 TAACGATTTGAAATAG---GTTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGATTCGGCAAACAAAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* * * * * *
6573 TTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTA-TATTTT-TTATC
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TT
*** * ** * *
6636 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTTA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * *
6688 TAATGATTTGAAGTTTG-TAATTGTCCAAATAG-CAATAACTATCTGAACT-AGTTCAATAAACA
1 TAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATA
* * ** *
6750 AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
63 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
6815 CTGGATAAGCTTGAATG--TTCAAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATT--GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * * * *
6869 TAATGATTTAAAATGGATAATTAGTGACAA-GGCCATAATTATTT-AACATGATTCAGTAAACAG
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAG
* * * * * * *
6932 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAA-TTTTAGAAACATCAATAAATTAGTATTATTTTTAT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
* * * * * *
6996 TTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTACGACAAAATAAAAGATCA
127 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * ** *
7051 TAACAATTTGACATAGATAATTGTTTATATGGTCTTAACTGTTTGAACTGCTTCAGCAAACAGAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* * * * *
7116 TTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * *
7181 AATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTATTTTAT-AATAGAACAAAAGGGT-A
131 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAA-GGTCA
** * * * ** *
7232 TAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG----GA--A-TT--A--GA-TCTATAAGCAAAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
** * *
7285 TTATTTTTTAAATCTCTT----ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * *
7346 AATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAGCAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAAGTTCA
131 AATAAGCTTGTATGAATTG-AAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
7397 TAACTATTTGAAATACATAATT-TCTCAATTGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
* * ** *
7461 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAAG-ATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
** * *
7525 CAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCA
** * * * * * *
7578 TATTTACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTTATTCAATAAACAAA
1 TA-ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
* * * *
7642 ATTATTTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
65 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *** ** * * * *
7707 CGAATAAGCATG-ACTAAACAAAAGATCAAAATAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCTGATA-GTC
129 TGAATAAGCTTGTA-TGAATTGAA-A-C--AATTGTTT--TAT-GACTAA----AC-AAAAGGTC
*
7769 T
181 A
* * * ** * * * ** * * * ***
7770 TAACTATTTGAACTAGCTCAACCA-ACATATTTATTTTTTAAATCTCTT--ACTTATT-AATTTT
1 TAACAATTTGAAATAGAT-AATTATTCA-A-ATA-GTCATAACTAT-TTGAACTGATTCAATAAA
* * * *** * ** * * **
7831 TAGAATATTATTAATTTAGAGATATTTTAC-TCCGAATATGCT-AGTATGACA-AAA--ACAATT
61 TAG-AT-TTATT-TTTTA-A-ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTA-ATAAATTAGTATT
* ***** * * * * * * * ** *
7891 GTTTTACGACAAAACAAAG-TTCATAACGATTTAAGATAGATAATTG-TTCA--AATAGTCATAA
120 ATTTTA-TTTTGAA-TAAGCTT-GT-ATGAATT--GA-A-ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
*
7952 -CT-A
177 GGTCA
** * * * * * * *
7955 TTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTAGTT-TTTAAAT-CTCTTATTAATTTTTGAAAT-ATT-A
1 --T-AAC-AATTTG--AAATAGA--TAATTATTCAAATAGTC--ATAACTATTTGAACTGATTCA
* * **
8016 ATAAATTA-ATACTATTTTATTTTGAATAAT-TTTGTA-TGGATAGAAACAATTGTTTTATGACA
56 ATAAA-TAGAT--T-TATT-TTTT--A-AATCTCT-TACT---T---ATTAA-T-TTTT-TGA-A
* * * ** * * *
8078 -A--AACAAAATGTCA-TAACTATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGATATGATTATTTG-AA
102 TATTAA-TAAAT-T-AGT-ATTATTTTATTTTG--AATAA-GC---TTG-TATGA--A-TTGAAA
* * **
8138 C--GTG-TTTA-G--TAAA-ATATTAA-TTTT
153 CAATTGTTTTATGACTAAACA-A--AAGGTCA
* * ** * * * *
8162 TAA-AATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA-TGAATAGAAACAATTGT
1 TAACAAT-TT--GAAA-TAG-A-TA-ATTA-TTCAAATAGTCAT-AACT-ATTTG-AAC---TG-
* * * ** * *** *
8225 ATTATGACAAAACAAAAGATCATCACGATTTGAAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
51 A-T-T--CAATA-AATAGAT--TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT--AAT--T--T---T-T
* ** * * * * *
8289 CTGAACTCGCTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTTTCAATT
98 -TGAA-T--ATTAATAAATTAG---TATTATTTT--AT-TTTGA---A-TAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * **
8351 TTAATA-AATTAGAATTATTTTGTTCT-GA-ATAAGCTTT
148 TGAA-ACAATT-G--TT-TTATG-ACTAAACAAAAGGTCA
* * ** * * * *
8388 TATA-AA-TAGAAACA-ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TA-ACAATTTGAAATAGA-T-AATTAT-TC---A-AATA-GTCATAACTATTTGAACT-GAT--T
*** * * * * * * ** * *
8450 TGTTCATATAG-TCATAACTATTTTAACATGT-TTAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTAT
54 CAAT-AAATAGAT--TTA-TTTTTTAA-ATCTCTT-----ACTTATTAATTTTTTGAATATTAAT
** * * * ** * * * *
8513 TTATTA--ATT-TTTGGAATATT-AGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAA--GCTTCTATG
109 AAATTAGTATTATTT--TATTTTGAATAAGCTTGTATGA----A-TTGAAACAATTG-TTTTATG
* * *
8572 AGTAGATCTAATTATTTTATGAT-A
166 ACTA-AAC-AA--A----A-GGTCA
* * * * * * * *
8596 AAAGAAAGTGTT-ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAATATG
1 TAA-CAA-T-TTGA-AA-----T-AGA----TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTG
* * * * * * *
8660 -TTCTATGAACAGATTTATTTTTTGATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
51 ATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
** * * ** * * * **
8724 TATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAGCTGAAACAATTATTTTATTACAAAATGAAAGG-C
116 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
8788 -
181 A
** *
8788 TCAATGATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAG---T--C-A--TG-A-T-A---AAT--AT--
1 T-AACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAG
* * * * *** * * *
8834 ATCTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAACT-TTATTTTAAT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
** * * *
8898 CCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA-AGGTCA
* * * * ** *
8951 TAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAAAGATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
* * * * * *
9015 TTTAATTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTTTT-AATATTACTAAATTTGTATTATTTTA-AT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * * **
9078 TGAAATAAGCTT-TATGAAGAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTG
129 TG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
9131 TAGCAATTTCAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTCGATGAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
*** * * * * * * * * *
9195 -TTATTTCGAATAAGCTTAGATGTGCTGAAATAAATTTTTT-ACGATA-AAACAAA--AG-GTCA
65 TTTATTTTTTA-AATC-T--CT-TACT--TATTAATTTTTTGA--ATATTAATAAATTAGTATTA
*** * ** * * * * * *
9254 TAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATGGTCAA-AATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAA
121 TTTTATTTTG-AATA-A-GCTTGTAT-GAATTG-AAACAATTGTTT-TA-T-G--A-CTAAACAA
** **
9317 AATTATTTT
175 AA--GGTCA
* * * * * * * * * * ** *
9326 TTA-AATCTATTACATA-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAATTAA
1 TAACAAT-T-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACT-ATTTGAACTGATTC-AA-TAA
* * **** * * *******
9389 GCTAG-TGTGAATTGAAAAAAT-TGTT--TTATGACAAAACAAAAATGACTTGAAATAGATAATT
60 -ATAGAT-T-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTTGAAT-A-TT--AAT--A-AATT
* * * * * ** **
9450 -GTTCATATAGTCTTAAATATTTGAAT-TGGTT-CA-GCAAAT-AAATTATT-TTTTAATTTCTT
114 AG-T-AT-TA-T-TT-TAT-TTTGAATAAGCTTGTATG-AATTGAAACAATTGTTTT-ATGAC-T
*** ** * **
9509 AGTTATTAGTTTT
169 AAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
9522 TGGAA-TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACGATAAAAAATAATTG-T
1 T--AACAATT-TGA-AATAG-A-TA-ATTA-TTCAAAT-A----GT-C-AT---AACTATTTGAA
* * * * * * *** * * ** ***
9585 TTTATGACAGAAAAAAAGGTTATAAGGATTTAAA-GT-TTACAATTGTTAAAATAGTCAAAACTA
48 CTGAT-TCA-ATAAATAGATT-T-ATTTTTTAAATCTCTTAC--TTATT--AATTTTTTGAA-TA
* * ** * ** * *
9648 TTTGAATTAGTTCAGTAAACACATTTTATTTTTTAA-ATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAA-GA
104 -TT-AATAAATT-AGT--A-TTATTTTA-TTTTGAATA-AGCTTG--TATGAA---TTGAAACAA
** ** * * * **** *
9711 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCA
156 TTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCA
* * * * * * * ** * *
9737 TTATA-AACTTGTATGATAAAAAACAATTGTT-ATAT-GACCA-AACAAAAAGTAATAGTGATT-
1 -TA-ACAA--T-T-TGA-AATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAAC--TATTTGA-ACTGATTC
* * * * * ** * *
9797 --TGAAATAGA-TAATTGTTGAAATGGC-CATAATTATTTGAACTGATTCG-ATA--AACAAATT
55 AAT-AAATAGATTTATTTTTTAAAT--CTCTTACTTA-TT-AA-TTTTTTGAATATTAATAAA-T
* * ** * * * * ** * *
9855 TACTTTTTAAATTACTTATT-AATTTTCAGCAAAT-TACTAAATTAGTATTATTTTATTTTTAAT
113 TA-GTATTATTTTA-TT-TTGAA---TAAGC--TTGTA-TGAATT-GAAACA-ATT-GTTTT-AT
* * **** * *
9918 AAGTTTGTATAAA-TTGA
165 GACTAAACA-AAAGGTCA
*** * * *
9935 -AACAA-TTGTTTTATGATAA--A-ACAAA-AGGTCATAA-TGATTTTAAATAGA-T-AATTGTC
1 TAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAACT-GATTCAA---T-
* * * * * * * ** **
9991 CAAATAG-TTGTAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTG--T-TT--T-AATTCTT
58 -AAATAGATT-T-ATTTTTTAAATCT-CTTACT-TATTAATTT-TTTGAATATTAATAAATTAGT
* * * * ** * * *
10049 ACTTA-TTAATTTTTAA-AA--TAT-TAAGAAATTAGTATTAATTTTTTTAGGA-TAATCTTTTA
117 A-TTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATG-AATT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAAC----A
* * *
10108 TGAA-TTGA
174 -AAAGGTCA
*** * * * * * *
10116 -AACAA-TTGCTTTATGTTAA--A-ACAAA-AGGTCATAA-TGATTTTAAATAAAT-AATTGTTC
1 TAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAACTGATTCAA----T-
* * * *
10173 AAATGGTCATTACTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAAT-GT--T-AA-TA--A
58 AAATAG--ATT--TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
10231 --ATTTTACTCTCAATAA-CTTCTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTC
118 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG-TC
10292 -
181 A
* * * * ** ** * * *
10292 GAACGATTGGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAACT-ATTTCGGTGAACACA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * **
10356 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTCAT-AATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTAAA
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * *
10419 CTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
10473 TAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG-CTATAATTATTTTAATTGATTCAATAAACATA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
* ** *
10537 TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTA-TT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * * * *
10600 CCATCTAAGCTCATATTAACTGAAACAATTGTTTTATAAC-AAATCAAAAGGTTA
129 TGA-ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCA
* * * * * ** * *
10654 TAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTG-TTCCGTAAACAAA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAATAGA
* * * * *
10718 TTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTCAGATTTTAATAAAATAGTATTAATTTATT
65 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
10782 CTAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAATCAAAAAGTCA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * *** * *
10836 AAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCAATTGACCTGATTTGGTAAACAAAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
** * * * * * **
10901 TTATTTTTTTGATCTCTTGCTAATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAGTCA
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * ** * * *
10965 GAATAAGCTTTTA-CAAATAAAACAATTGCCTTATGACAAAAGAAAAAGTCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * * *
11016 AAATAATTTGAAATATATAATTGTTCATATAG-CTTAGCTATTTGAACTGGTT-AGGTAATTACA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCA-ATAAATAGA
* * * ** * * *
11079 TTTATTTTTTAATTTTATTGGTTATTAA-GTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * *
11143 TGAATAAAATAGTATGAA--CATAACTAATTTTTTTATGAC--AATAAAATGTTA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGA-AAC-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
11194 TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAAAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* * * * * *
11259 TTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTCTAAATATTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTG
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * *** * * * * *
11324 AACAAACTTATATTAACAAAAACAACTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTAA
131 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
11375 TAA-AGATTTGGAATAGACAATTTTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTCAATAAATAA
1 TAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAG
* * * * * * *
11438 AATTATTTTCTAAATCTCTTTCTTA-TAAATTTTTGAAATATTGATAAATTAGTTTTATTCTATT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
11502 TCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAAGCAAAAGGTCA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCA
* * * * * * * ** * *
11556 TAACAATTTAAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTCTTTGAACT-AGTTTGACAAATGGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * * * **
11620 TTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTACTAAATTAGTATAATTTTATTCC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
11685 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCA
* * ***
11737 TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * *
11801 TTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
11861 CAAATTAGCATGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * *
11914 TAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACAAAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* ** * ** *
11979 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATACTAATAAAGAAGTATT-TTTTTTTTTG
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-
* * * **
12043 GAA-AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * *** *
12094 TAACAATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAAA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
* * * *
12158 TTTATTTTTTCAAA------GCTTATTAATTTTTTGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
65 TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * ** * * * * *
12217 CAAATAAGCATATATGAGCT-AAAAAAAT-TATTATGATTAAACAAAAGGTCG
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * **** * *
12268 GAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC-TAACTATTTAAACTGGTTGGGCAAACACAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* ** * **
12332 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTACTTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCC
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTT
* ** * * *
12392 AAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCA
130 GAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
12443 TAACAATTTCG-GATTGATATTTGTTCAAATAATCATAACCA-TTAAACTGGTTCAA-AAATAGC
1 TAACAATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
* * *
12505 TTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
12565 TGGATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * *** *
12618 TAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATATTCA-AATCTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACA
1 TAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTCAATAAATA
* * * *
12680 TATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAA---TTT---T-TT--T-AA--AGTATTAATTTAT
63 GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
12733 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTCTTGTGACTAAAGAGAAGGTTA
127 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** * *
12788 GAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTAGCAAACACA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * * *
12852 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-----T-ACTA-T--TAAATTAGTATTATTGTAATAT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** * *
12908 CAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGA-TAAA-ATAAAGATCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCA
** * * * * *** * *
12959 TAATGATTT-AAGACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACAAA
1 TAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
* * *** * *
13023 TATAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTT-TTTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** * * * * **
13083 GAATAA-TTTTTCATGAACAGAAACTATTGTCTTA-CAATAAAACAAAACATCA
130 GAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCA
** * * * * * * * * * ** *
13135 TAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCTAATGGACATGAGTATATGAACTTG-CTCGGTGAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
* *** * * * **
13199 TTTATTTTTTAAA-CTCTTACCTATTAATTTTCACAATATTAATAAATTGGTATTCTCTTATTCC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * ** * * *
13263 AAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * ** *
13315 TAATTATTTGAAATAAATAATTATTAAAACAGTCATAACTGTTTGAATATGCTT-GGTAAATGGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAATAGA
* * * *
13379 TTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATT-TTTT-TTTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
13442 CAAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
130 -GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * *
13495 TAACTCTTTCAATTAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAAAAAAGATA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
* * * *
13559 TTTATTTTTTAAAT-TATTACTAACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * * *
13622 GGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAATGCCA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * ***
13675 TAATGATTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTGAACTTG-TTTGGTAAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
* * * *
13739 TTCATTTTTAAAATCTCTTACTCATTAA---TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * ** * *
13801 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAGTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
13853 TAGCGATTTGAAATACG-TAATTATTCAAATAATCATAGCTATTAGAACTTG-TTCGATAACTAG
1 TAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAG
* * * * *
13916 ATTCAATTTTTAAA--T-AT-CTTATTAA-TTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATGTTATT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * *
13976 CCAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTTTGACAAAACCAAAGGTCA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** * *
14030 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCATTGGTT-AGACCAACAAA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCA-ATAAATAGA
* * * * *
14094 TTCA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAT-AATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
14157 CGAATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAATGGTGA
129 TGAATAAG-CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * * *
14208 TAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAGTTGAATTGGTTTAGTAAATAGAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
** * * *
14273 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATAATGATAAATTAATATTATTTTATTTTG
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * *** * *
14334 AACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCA
131 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * *
14383 T-ACTGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTTGACAGACA-A
1 TAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCA-ATAAATA
* * * **
14446 -ATTTATTTTTTAAATCTCGTAGTTATTAATTTTCTT-AATATTATTAGCTTAGTATTATTTTAT
63 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
14509 TTTGAATAAGCTTGAATGAACAT-AAATAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTA
127 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * *
14564 TAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTAGTAAAGA-A
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * * *
14627 TTTTATTTTTTAAATTTCCTACTCATTAA-TTTTTGAAATATTAA-AAGTTAGTATTATTTTATT
65 -TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
14690 TTGAATAGGCTTCTACG-A-TGAACATCAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGATCA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA-A-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * * *
14744 CAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACT-GA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAA-TAGA
** * * * * *
14808 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAA-CTTTTGAAATATTAATAAAGTA--ATTTTTTTATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * *
14870 TGGATAATTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT-TCTAAAACAAAAGGTCA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCA
** * * * **
14923 TAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATTTG-TTTG
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TC--ATA------ACTATTTGAA-CTGATTCA
* * * * * *
14986 GTAAACAG---T-TTTTTT-AATTTCCTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TAGTATT
56 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATT
* * * * * * * *
15045 ATTTTATTTCGATTAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTA
120 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * * ** * *
15107 GAATGATTTGATATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TCGGTTTGATAAACACA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCAATAAATAGA
* * * * * * * *
15171 TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
** * * * *
15234 GAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * *
15285 TAACAATTTGGGATAGATAATTATACAAATAGTTATAACTATTTGAACTG-GTCTAGTAAATGGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC-AATAAATAGA
* *
15349 TTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * ** * * **
15409 TAAATAATTTTTTATAAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * **
15462 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGA
* * * * *
15526 TTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAAATTTTAGAAAATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15589 CGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG---
129 TG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
** * * * * * *
15640 T--C-ATTTG-TTTAG---A-TAGTC--ATA---ATTA---TTTGAACTTATTCAGTAAACATAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
* * ** * * **
15689 TCT-TTTTTTAATTTTCTTACACATTAG-TTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACAT
66 T-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
15752 CAAATAAGCTTATATGAATTGCAACAATTGTTTTACT-ACAAAAGAAAAGGTCA
129 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA-TGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * *
15805 AAATAAATTGAAATAGAAAATTACTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGA
* ** * *
15869 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA----TTG-CCA--AAT--ATTAATATTATTTTAATTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* *** * * *
15925 GAATATGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAAGTCA
130 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCA
** * * ** * * * **
15977 TAATGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAACTTATTTGATAAATAGAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
** * * * * *
16042 TTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TT-ATTTTTAAAATATTAGTAGATTAATATTATTTTATTCTA
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * *** *
16103 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCA
131 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCA
** * * * *
16154 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCA-ATAAATAGA
* * * ** * * *
16218 ATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAACTTTTCAAATATTAATAGATTCA-TTTTATGTTATTC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-
* * * * *
16282 CT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGGCA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA-ATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *** * *
16335 TAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT-ATTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
** * * * *
16399 TTTATTTTTTAAATAGCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATGA
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * ** * * *
16463 TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAATTTTTTTATGA-TGAAACAAAAGGTTA
128 TTG-A-ATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCA
* * ** ** * * ***
16520 TAACAATTTGAAGT-GTACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTGGTTTGGTAAATAGA
1 TAACAATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
*
16584 TTTATTTTTTAAATATCTTA
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTA
16604 TTAATTTTTA
Statistics
Matches: 12219, Mismatches: 3055, Indels: 2272
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 35 0.00
162 185 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAT
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
Found at i:2823 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 1898--3450 Score: 732
Period size: 177 Copynumber: 8.7 Consensus size: 175
1888 AATCTCATGG
* * * **
1898 TTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTGATTCCGAATAAACTTGTATGAATTG
1 TTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AA-TTGTATGAAAAG
* * * * * * * * *
1962 AAACAATTATTAT-ATGACTAAACAAAAGG-TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATA
63 AAACAATTGTT-TCATAACAAAAC-AAAGGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* * * ** * * *
2025 GTTTTAAATATTCAAACTAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
126 GATATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
* * * * * *
2075 TTATTCATTTT-TGAAATAATATTAAATTAGTGTTATTTT-TATCT-AATTAAGCTCT-TATGAT
1 TTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAA-TAA--T-TGTATGAA
* * * * * * * ** *
2136 CAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAA-GATCATAACGATTT-AACATTGATTTTTGTTGAAA
60 AAGAAACAATTGTTTCATAACAAAACAAAGGATTATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * ** *
2199 TAG-TCATAACTATTGGCACTGGTTCAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTAC
124 TGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-TT-C
* * * * * *
2255 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTA
1 TTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA--TTGTATGAA-AA
* * * ** *
2319 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAAT
62 GAAACAATTGTTTCATAACAAAAC-AAAGGATTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
2381 AG-TCA-AATCTAATTAAACATGTTCGGTAAACAGATATATTCTTTTAAATCTCTTAC
125 GGAT-ATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATT-TTTTAAA--T-TT-C
* ** * *
2437 TCATTAAATTTTC-GAATGCTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAAATTGTAT-AAACT
1 TTATT-AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT--AATTGTATGAAA--
* * * * * * *
2500 A-AAATAATTGCTTT-ATGACTAAACAAAAGG-TTAGAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCTAA
61 AGAAACAATTG-TTTCATAACAAAAC-AAAGGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * **
2562 TAG-TCTTAATTATTT-AAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCCC
124 TGGAT-ATAACTATTTGAACTT-GTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
* ** * * *
2614 TTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATGAAAAGA
1 TTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA--TTGTATGAAAAGA
* *
2679 AACAATTGTTTCATAACAAAA-AAA-TATATCATAATGATTTGAGATAGAT-ATT-TATCAAAAT
64 AACAATTGTTTCATAACAAAACAAAGGAT-T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TC-AAAT
* * *
2740 GG-TCATAACTATTTGAAC-TGTTTTGGCAAATAGATTAATATTTTTAAATTTC
125 GGAT-ATAACTATTTGAACTTG-TTTGGCAAACAAATTTAT-TTTTTAAATTTC
* * *
2792 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAA-
1 TTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA--TTGTATGAA-AAG
* * *
2856 AAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
63 AAACAATTGTTTCATAACAAAACAAAGGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
* **
2921 TATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
128 TATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T--T-C
* *
2973 CTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA--GTATGAATAGAAA
1 TTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTGTATGAAAAGAAA
* * * * * * *
3036 CAATTGTTTTATGAGAAAACCAAA-GATGATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-T
66 CAATTGTTTCATAACAAAA-CAAAGGATTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAT
* * ** *
3098 CATAAGTATTTGAATTTGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTAC
129 -ATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTT-C
* * * ** * * * *
3148 ATATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATCAACATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTGTGAATAG
1 TTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA--ATTGTATGAAAAG
* * *
3212 AAACAATTGGTTT-ATGACAAAACAAAAGG-TCATAACT-ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAAT
63 AAACAATT-GTTTCATAACAAAAC-AAAGGATTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *** *
3274 AGTTATAGCTATTTAAACGTG-TTCAAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTGAC
125 GGATATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTT--C
* **
3327 TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACA
1 TTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAA--TTGTATGAA-A
* * * * * * *
3390 A-AAACAATTATTTTAGAA-AAAACTAAGG-TCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAAT
61 AGAAACAATTGTTTCATAACAAAACAAAGGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
3451 ATTCATAACG
Statistics
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AACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
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415 ATCAATAATA
** * * *
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555 CTAAGCAAAAGGTC-TCAACGGTTTGTAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-C
125 CAAAACAAAAGATCAT-AACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATG
** * * * * * *
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* * ** * * * * *
683 AGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATAAAC-AAAATAATTG-TTCTATGACTAAAGAAAAG
250 AGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTT-TATGACAAAACAAAAG
* ** ** * *
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** * ** * * ** *
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* * ** * ** *
850 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAATCAA-AA----CT-AT-
60 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTCATA
* * * * * * * *
908 TC-AAATAAAAGGTTATAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTCTAA
124 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAA
** * * *
971 TG-GTTT-AGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGGTTAATTTTCTAAATATTAATAA
187 TGTGTTTGA-CAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACAT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * * * * *
1033 ATTAATATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
247 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATA-TTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAA
* * * *
1097 AAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTAT
311 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAT
* * * * * * * *
1140 AATTATTTGAACTGGTTCGACAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAA
1 -ACTATTT-AACTTGTTTGAAAAACA-AATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGGA
* * * ** * *** * * * *
1204 AAATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTCTATGAGTTGAAATAATTATTTTATG
59 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATA
* * * * * * * ** *
1269 ACGAAACAAAAGGTCATAACAAGTTCAAAT-AATAATTGTTCATATAGTTTTAATTATTTGAACT
124 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* ** * * ** *** **
1333 G-ATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTTCTAAATT
188 GTGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
* ** * * * * * *
1397 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGG
250 AGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGG
** * *
1462 TTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCAT
315 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * * ** *
1501 AACTATTTAAACTGGTTT-ATTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTCTTT-AAATA
1 -ACTATTT-AACTTGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAATT-TTTGGAATA
* * * ** * *
1564 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAGCTTGTATGTCGAA-AAACAATTGTTTTATGAC
62 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTGTTTCATAAC
* * * * * * *
1628 -AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAG-C----C-A--T-AAT-TA
126 AAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTG
* * ** * *
1682 TTTG---AACTGATTTATTTTTTAAATATATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAGTAGT
191 TTTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * *
1744 ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTGG
253 ATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGT--
* * * * *
1809 TCTTAATGCTTTTAAATAGATAACTGCTCAAATAGTCAT
316 T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* ** * * ** * ** * **
1848 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAGATAGGTTGACTTTTCCAAATCTCATGGTTATTAATTTTTCAA
1 -ACTATTT-AACTTGTTTGAAAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGGA
* * * * ** *
1913 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTGATTCCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTAT-AT
59 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTT-TCAT
* * * * * * * ** * **
1977 GACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTTTTAAATATTCAAAC
123 AACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * * ** * *
2042 T-AGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTCATTTTTGAAATAATATTAAATTA
187 TGTGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
* * ** * * * *
2104 GTGTTATTTT-TATCT-AATTAAGCTCT-TATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAA
251 GTATTATTTTAT-TTTGAA-TAATAT-TGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA
* * * * ** *
2165 GATCATAACGATTT-AACATTGATTTTTGTTGAAATAGTCAT
313 GGTTATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
** * * * ** * *
2206 AACTATTGGCAC-TGGTTCAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
1 -ACTATT-TAACTTGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGGA
* * * * * * *
2270 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
59 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTCAT
* * * * * *
2334 GACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTAATTAA
123 AACAAAACAAAAGATCATAACTA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGA
** * ** * * **
2397 ACATGTTCGGTAAACAGATATATTCTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAAATTTTC-GAATGCTAAT
186 ATGTGTTTGACAAACAGATTTA-T-TTTTAAAT-T-TTACAT-ATT-AATTTTCAAAATATTAAT
* * * * * *
2460 AAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATAAACTAAAATAATTGCTTTATGACTAAACA
245 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACA
* * * * *
2525 AAAGGTTAGAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCTAATAGTCTT
310 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * ** * *
2569 AATTATTTAAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCCCTTACTAATTTTTGGAATATT
1 -ACTATTTAACTT-GTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGGAATATT
* * *
2634 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATAACAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATAACAAA
* * * * *
2699 A-AAATATATCATAA-TGATTTGAGATAGATATTTA-TCAAAATGGTCATAACTATTTGAACTGT
129 ACAAA-AGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGT
* * * *
2761 -TTTGGCAAATAGATTAATATTTTTAAA-TTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGT
190 GTTTGACAAACAGATT--TATTTTTAAATTTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
2823 ATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAGGGTTA
253 ATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
*
2888 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGATAT
318 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAT
* **
2924 GACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAA
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* * *
2989 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA----GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
60 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATAA
* * * * *
3050 GAAAACCAAAGATGATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTT
125 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGT
* * ** * **
3115 GTTTGATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTACATATTAATTTTTTAAATATTAATAAATCAACA
190 GTTTGACAAACAGATTTATTTTTAAA-TTTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
3180 TTATTTTATTTTGAAT-ATGCTTGTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
254 TTATTTTATTTTGAATAAT-ATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
*
3244 TAACT-ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTAT
318 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAT
* * * ** *
3280 AGCTATTTAAACGTG-TTCAAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTGACTTATTAATTTTTGAAAT
1 A-CTATTT-AACTTGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCCCTTATTAATTTTTGGAAT
** * * *
3344 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTAGA
61 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTCATA
* * ** * *
3407 A-AAAAC-TAAGGTCATAA-TGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATATTCATAACGATTTGAAA
124 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA
** * * * * * * * *
3469 TAGATAATTGTTCATATAG-TCTTAAATATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAT
187 T-G-TGTTTG-ACAAACAGAT-TT--AT-TTTTAAATT-TT------ACATA-TTAATTTTCAA-
** * * * * * * *
3533 TCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAGTATTATTAGACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTT
236 ---AATA-TTAATAA--ATT--AGTATTATT----T--TA-T-TTTGAAT-AATA-----TTGTA
* * * * * * ** *
3598 TCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTC
279 TGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
3663 AAATAGTCAT
344 AAATAGT-AT
* * ** * * * *
3673 AACTATTTGAACTAG-TTCAGTCAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGAT
1 -ACTATTT-AACTTGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGGAATAT
* ** * ** * *
3737 TAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGAATAT-TCAA-AAATAATTGTTAT-ATGA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG--TATGAAAAGAAACAATTGTT-TCATAA
* * * * * * * * ** * *
3799 CGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACAGGGCCATAATTA-TTGAACT-
125 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TG
* * * * * * ** *
3862 AGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTTACATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAAGATTAATAAAT
189 TGTTTGA-CAAACAGATTTA--TTTTTAAAT-T-TTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
* *** ** * * * *
3926 TAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGTTAA-AAAAATAATTG-TTATACGACCAAACAA
249 TAGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATG--AACAAAAACAATTGCTT-TATGACAAAACAA
* * ** * *
3989 AAGGTAATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
311 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
** * * * * **
4032 AACTATTTGAA-TTGCTTTGGCAAGCAGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTCA
1 -ACTATTT-AACTTG-TTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGGA
* * * * * * ** * *
4096 ATATTAGTAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAATCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATA
59 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATA
* * * * * * * * * *
4161 ACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGACATAGATAATTGTTCAAATA---AGAACTAGTT-CA--
124 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATG
* * * ** *
4220 -G--T---AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTA
189 TGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
*** * ** * * *
4279 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGCATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GT
251 GTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
4343 TCATAATGATTTAAAATACATAATTGCTCAAATGGCCGTA-
316 T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT---AGTAT
* * * * * *
4383 ATTATTTGAAC-CGATTG----AC----TTAGTATTTAAATCTCTAACTT-TTCAA-TTTTGAAA
1 ACTATTT-AACTTGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATT-AATTTTTGGAA
* * * *** *
4437 TATTAATAAATTAAG-ATTATTTTATT-TCGGATAAGATTTTATGAGTTGAAACAATTGTTTTAT
60 TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCAT
* * * ** * * *
4500 GATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA
123 AACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA
* * * ** *** *
4565 T-TGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAAATTTCCTATTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAA
187 TGTGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTT-AAATTT--TACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* * ** * ** * *
4629 TTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCA-TGTATGAACTGAGACAATTATTTTATGACTAAACGAA
248 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA
* * * *
4693 AGGTCA-AA-GCAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTTT
312 AGGTTATAATG--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAT
* * * **
4734 CAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAA
1 --ACTATTT-AACTTGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCC--CTTATTAATTTTTGGA
* * * * * * * *
4798 ATATTAATAAGTTAGTATTATTCTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
59 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATA
* * * ** *
4863 ACAAAACAAAAGGTCATAAC-AGTTTGAAATAAAAAATTGTTC-AATAGTCATAACTA-TCCAAA
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* *** * * * ** *
4925 CTCACTCA-ATAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAA
188 GTGTTTGACA-AACAGA-TTTA-TTTTTAAA--TTTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
** * * * *
4989 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA
248 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA
* *
5054 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
313 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * ** *
5095 AACTATTTGAA-TGTGTTT-AGAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTGGGA
1 -ACTATTT-AACT-TGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCCCTTATTAATTTTTGGA
* * * * * * * *
5158 ATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTC-AAATTAAACTTGCATGAATATAACCAATTGTTTTA
59 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCA
* * * * * * * *
5221 TGATAAAGCAAAAGGTCCTAA-TGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTA-TTGA
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* ** ** * ** * ** *
5284 ACT-TATTCAATGAACATATTT-TTTAAAAATTCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAA
186 A-TGTGTTTGACAAACAGATTTATTTTTAAA-T-T-TTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * ** * * * * * *
5347 ATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAATTACAAAAGAA
247 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTT-ATGACAAAACAA
* * * *
5412 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCAT
311 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * * ** * * ***
5455 GACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATGCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAA
1 -ACTATTT-AACTTGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTTAAATC----CCTTATTAATTTTTGGA
* * * * * * * * **
5519 ATATTAATAAATTAATATTGTTTTAATCCGAATAACCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTAGG
59 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATA
* * * * ** *
5584 TCAAAACAAAA-AGTCATCACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTAAA
124 ACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
* ** ** * * **
5647 TTTGCCTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAA
187 TGTGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTT-AAA--TTTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* * * ** * * **
5712 TTTGTATTGTTTTA-TTTGAAATGAGCTTTTATG-ACAAAAAAAATATTATTTTATGACAAAACA
248 TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATATTGTATGAAC-AAAAACA-ATTGCTTTATGACAAAACA
* *
5775 AAAGGTTATAACGA-TTGTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAT
310 AAAGGTTATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * * * * * * **
5819 AATTATTTAAACTTG-TTCAATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTCAAA
1 -ACTATTT-AACTTGTTTGAA-AAACAAATTTATTTTTTAAATC-CCTTATTA--ATTTTTGGAA
* * ** * *
5883 TTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAACCTTATATGAACTGAAACAATTTTTTTAT
60 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCAT
* * * * *
5947 GACAAAA-AAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG-A
123 AACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
6009 TCTAGTTCGGTAAACATATTTATGTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAA
187 TGT-GTTTGACAAACAGATTTAT-TTTTAAA-TTT-TACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* ** ** * * ** * ** *
6074 TTAGTATTATTTTCA-TCTGAATAAGCTTGTACAAACAGAAACAATT-ATTTAAAATAGGATAAA
248 TTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA
** * * **
6137 AAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCAT
312 AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
**** * * * * *
6179 AACTATTTAAACCAAATTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT
1 -ACTATTT-AACTTGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * **
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*** * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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1 -ACTATTT-AACTTG-TTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGGA
* * * * *
6608 ATATTATTAGATTAGTA-TATTTT-TTATCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAATAATTGTTTTA
59 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTCA
* * * * *** * * *
6670 TGAA-AAAATAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAGTTTGTAATTGTCCAAATAG-CAATAACTATCT
122 T-AACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* ** * * ** *
6732 GAACT-AGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTC-AAAGATTAA
184 GAA-TGTGTTTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACATATTAA-TTTTCAAAATATTAA
* * ** * ** * *
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244 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTT-TATGACAAAA
* * * * * *
6859 CAAAAGGTAATAATGATTTAAAATGGATAATTAG-TGACAA-GGCCAT
308 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCA-AATAG-TAT
* * * * * * * * * * *
6905 AATTATTTAACATGATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTAGAAA
1 -ACTATTTAACTTGTTTGA-AAAACAAATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGGAA
* * * * ** * **
6970 CATCAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTACG
60 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTCATA
* * * * * * * * * * *
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124 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATG
* * ** *** *
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* ** * *** * ** * * *
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250 AGTATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** *
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315 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAT
* * * * **
7265 A--A-TT-A---GATCT-ATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTA
1 ACTATTTAACTTG-TTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGGAATATTA
* * * * ** **
7322 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAA-AAGCAATTGTTTTGTGGCAAA
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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192 TTGACAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGT
** ** * ** * * *
7513 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
253 ATTATTTTATTTTGAATAATATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* *
7578 TATTTACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
318 TAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * * * ** *
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1 -ACTATTT-AACTTGTTTGAA-AAACAAATTTA-TTTTTTAAA--TC--CCTTATTAATTTTTGG
* * * *
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* * **** * * * * * ** * * * *
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121 ATAACAAAACAAAAGATCATAACTATT-TGA-AATAAATAATTA-TTCAAATAG-TC-A-TAAC-
* * * * *
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* * ** * * * *
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241 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT-ATTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACA
*
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* * * * * * *
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1 -ACTATTT-AACTTGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * ** * * * *
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* * * *
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* ** * *
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** * * * * *
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258 TTTATTTTGAATAATA-TTGTATGAACAAAAACAATTGCT-TTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * *
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* * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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122 TAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * ** *** *
8476 CATGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAAT
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** * ** * * ** * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* ** *
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** * ** * * * * *
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*
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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*
3942 CAAATAAGCTTGAATGTTAAAAAAATAATTGTTATACGACCAAACAAAAGGTA
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* * * * *
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* ** * * * * *
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** * * * * *
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* ** * * *
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* * * * **
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* * * * * ** * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * * ** *
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*** * * * * **
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1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAA
* * * * * * *
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*** * * ** * * * * * *
4645 TTGAATAAGCATGTATG--AACTGAGACAATTATTTTATGACTAAACGAAAGGTCA
129 CCAAATAAGCTTGAATGTTAA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-A
* * * * *
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* ** * * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * * *** *
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* * **
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*** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* *** * **
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** * * * * * * ** * *
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1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAA
** * * * ** * * * *
5483 TGCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTAATCC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * * * *
5548 GAATAACCTT-ATATG--AACAGAAACAATTGTTTTAGGTCAAAACAAAAAGTC
131 AAATAAGCTTGA-ATGTTAA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
* * * * * * * * ** * *
5599 ATCACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTAAATTTGCCTGGTAAACAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTGGCAAACAA
* * * * *
5663 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTA
65 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATT-T-TTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * ** ** * * * *
5726 TTTGAAATGAGCTTTTATGACAAAAAAA-ATATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
127 TTCCAAATAAGCTTGAATGTTAAAAAAATA-ATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
* * * * * * **** * *
5782 ATAACGA-TTGTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAG
1 ATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAA
* * *
5846 ATTAATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAA-TTTTCAAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTAGTTATTAATTTTTGAAA-GATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * * * *
5909 TTCTAATAACCTT-ATATG--AACTGAAACAATTTTTTTATGA-CAAAAAAAAGATC
128 TCCAAATAAGCTTGA-ATGTTAA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
** * * * * * * * * *
5962 ATAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAA
* * * * ** *
6027 TTTATGTTTTAAAT-TTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-T
66 TTTATTTTTTAAATCTCT-TAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
** ** * * * ** *
6090 CTGAATAAGCTTG--T-ACAAACAGAAACAATTATTTAAAAT-AGGATAA-AAAA--TC
129 CCAAATAAGCTTGAATGTTAAA-A-AAATAATT-GTT-ATATGACCA-AACAAAAGGTA
** * ** * * * ** ** * *
6142 ATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAAATTGATAAATAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAA
* * *
6207 TTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT-TT-TCCTTATTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTC
** * ** ** * * *
6266 TGAA-CAGACTT-ATATG--AGCAAAAGCATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCT-
130 CAAATAAG-CTTGA-ATGTTAAAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG-TA
** * * * *
6317 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA-A
* * *
6382 A-TTATTTTTGAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * *
6444 CCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAAACTTATT-TTATGCCAAATTTTTGACAAAACAGAAA-
129 CCAAATAAGCTTGAATG--TT-AAAAAAA-TAATTGTTAT-----A----TGACCAAACA-AAAG
*
6507 GTC
180 GTA
* * * * *
6510 ATAACGATTTGAAATAG---GTTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACT-GATTCGGCAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAACAA
* * * * *
6571 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTA-TATTTT-TTA
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * ** * *
6634 TCGAATAAGCTTGTATG--AACAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTT
129 CCAAATAAGCTTGAATGTTAA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
** * * * * * ****
6687 ATAATGATTTGAAGTTTG-TAATTGTCCAAATAG-CAATAACTATCTGAACTAGTTCAATAAACA
1 ATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCATATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA
* *
6750 AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * *
6815 CTGGATAAGCTTGAATGTT-CAAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTA
129 CCAAATAAGCTTGAATGTTAAAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
** * * * * * * ** *
6868 ATAATGATTTAAAATGGATAATTAGTGACA-A-GGCCATAATTATTT-AAC-ATGATTCAGTAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATT-GT-TCATATAGTCATAACTATTTGAACTA-G-TTTGGCAAA
* * * * * * * * *
6929 CAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTAGAAACATCAATAAATTAGTATTATTTTT
62 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
*** * * ** * * * * * * *
6994 ATTTTGAATAAACTTGTATG--AACTGAAACAATTGTTTTACGACAAAATAAAAGATC
126 ATTCCAAATAAGCTTGAATGTTAA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
* * * * * ** *
7050 ATAACAATTTGACATAGATAATTGTTTATATGGTCTTAACTGTTTGAACT-GCTTCAGCAAACAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAACAA
* * * *
7114 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * *
7179 TGAATAAGCTT-ATATGAATTGAAATAATTATT-TTATAAT-A--GAACAAAAGGGT-
130 CAAATAAGCTTGA-ATG--TTAAAAAAATAATTGTTAT-ATGACCAAACAAAA-GGTA
** ** ** * * *
7231 ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCA-A-A-T-AGGA--ATTAGATCTA---T---AAGCAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAA
* * *
7284 TTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * ** * * * * * *
7345 AAATAGGCTTGTATGAT-GAAAAGCAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAAGTTC
131 AAATAAGCTTGAATGTTAAAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
* * * * * * ** *
7396 ATAACTATTTGAAATACATAATT-TCTCA-ATTGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCATA-TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAAC
** * * * * * *
7458 TGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAAG-ATTATTTTA
63 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* ** ** * * ** *
7522 TTTCAAATAAGCTTTTATG--AACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
127 TTCCAAATAAGCTTGAATGTTAA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
** * * * ****
7577 ATATTTACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTTA-TTCAATAAACA
1 ATA-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACA
* * * *
7640 AAATTATTTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTTGAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTA
64 AATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
7704 TTTCGAATAAGC
127 TTCCAAATAAGC
7716 ATGACTAAAC
Statistics
Matches: 3173, Mismatches: 660, Indels: 493
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 7 0.00
163 4 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAATAAGCTTGAATGTTAAAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
Found at i:4494 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4236--4546 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
4226 AGATTTATTT
* * *
4236 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAGG
1 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* *
4301 CTTGCATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAATACATA
66 ATTGCATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATACATA
4365 ATTGCTCAAATGGCCGTAATTATTTGAACCGATTGACTTAGTA
130 ATTGCTCAAATGGCCGTAATTATTTGAACCGATTGACTTAGTA
*
4408 TTTAAATCT-CTAACTT-TTCAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTATTTCGGAT
1 TTTAAATCTCCT-ACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAAT
** * * *
4469 AAGATTTTATGAGTTG-AAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATA
63 AAGATTGCATGA--TGAAAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
* *
4532 GATAATTGTTCAAAT
126 CATAATTGCTCAAAT
4547 AGTCATAACT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 13, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
ATTGCATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATACATAA
TTGCTCAAATGGCCGTAATTATTTGAACCGATTGACTTAGTA
Found at i:5783 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5738--5783 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
5728 TGAAATGAGC
*
5738 TTTTATGACAAAAAAAATATTA
1 TTTTATGACAAAAAAAAGATTA
*
5760 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
1 TTTTATGACAAAA-AAAAGATTA
5783 T
1 T
5784 AACGATTGTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TTTTATGACAAAAAAAAGATTA
Found at i:8294 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 7996--8294 Score: 404
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
7986 TTAAATCTCT
* ** ** *
7996 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGGATAGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
* * * *
8061 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGATA
66 ACAATTGTATTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGATA
* * *
8126 TGATTATTTGAACGTGTTTAGTAAAA
131 TAACTATCTGAACGTGTTTAGTAAAA
* * *
8152 TATTAATTTTTAAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
* *
8217 ACAATTGTATTATGACAAAACAAAA-GATCATCACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-T
66 ACAATTGTATTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGAT
8280 CATAACTATCTGAAC
130 -ATAACTATCTGAAC
8295 TCGCTCGATA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 18, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.02
156 121 0.98
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (156 bp):
TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTATTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGATA
TAACTATCTGAACGTGTTTAGTAAAA
Found at i:8463 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 8152--9200 Score: 740
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 177
8142 TTTAGTAAAA
* * * * *
8152 TATTAATTTTTAAAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTCTATGAATAGAA
* * * *
8217 ACAATTGTATTATGACAAAACAAAAGATCATCACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
65 ACAATTGT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
8282 TAACTATCTGAACTCGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACT
129 TAACTAT-TTAACT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT
** * * * * *
8334 TATTAATTTTTTCAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTGTTCTGAATAAGCTTTTATAAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTCTATGAATAGAA
* *
8399 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCA
65 ACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
8464 TAACTATTTTAACATGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTATT
129 TAACTA-TTTAAC-TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
8514 TATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAGTAG-
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTCTATGAATAGA
* * * * * * * * *
8577 ATCTAATTATTTTATGATAAAA-GAAAGTGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
64 AAC-AATT-GTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
8641 TCATAACTATTTAAATATGTTCTATGAACAGATTTATTTTTTGATTCTCTTACT
126 TCATAACTATTT-AA-CTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
8695 CATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAGCT-GA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTCTATGA-ATAGA
* * ** * *
8759 AACAATTATTTTATTACAAAATGAAAGG-C-TCAATGATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAG
64 AACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG
* * *
8821 TCATGA-TA---AA----T--AT------ATCTATTTTTTAAATCTTTTACA
126 TCATAACTATTTAACTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * ** *
8857 TATTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAACT-TTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAG-
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTCTATGAATAGA
* * * * *
8920 AACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGT
64 AACAATT-GTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *
8984 CATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTAAT
127 CATAACTATTT-AAC-TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
9037 TATTAATTGTTT-TAATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTT-TATGAAGAGA
1 TATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTCTATGAATAGA
* * ** * * * * *
9100 AAAAATCAT-TTTATAACAAAACAAAAGGTTGTAGCAATTTCAAATATATAATTGTTTAAATAGT
64 AACAAT--TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
9164 CATAATTATTTAAACTTGTTCGATGAATAGA-TTATTT
127 CATAACTATTT-AAC-TGTTCGATAAACAGATTTATTT
9201 CGAATAAGCT
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 121, Indels: 107
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 27 0.04
162 91 0.13
163 6 0.01
167 2 0.00
168 2 0.00
170 1 0.00
172 1 0.00
174 2 0.00
175 2 0.00
179 34 0.05
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182 139 0.20
183 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTCTATGAATAGAAA
CAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTAACTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
Found at i:9036 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9015--9056 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
9005 GATAAATAGA
*
9015 TTTAATTTTTAAATCT
1 TTTAATTATTAAATCT
* *
9031 TTTAATTATTAATTGT
1 TTTAATTATTAAATCT
9047 TTTAA-TATTA
1 TTTAATTATTA
9057 CTAAATTTGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.22
16 18 0.78
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (16 bp):
TTTAATTATTAAATCT
Found at i:10012 original size:359 final size:349
Alignment explanation
Indices: 9227--10090 Score: 854
Period size: 359 Copynumber: 2.4 Consensus size: 349
9217 TGCTGAAATA
* * * *
9227 AATT-TTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCAAA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
* * * * * *
9291 ATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTATTACATATTAATTTTTAAAAT
66 ACTATTTGAATTAGTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * ** *
9356 ATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAATTAAGCTAGTGTGAATTGAAAAAATTGTTTTATGA
130 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAATTAAACTAGTATGAATAAAAAAAATTGTTATATGA
* * * * * *
9420 CAAAACAAAAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTCAGC
194 CAAAAAAAAAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAATATTTGAACTGATTCAGC
* * * * * * *
9485 AAATAAATTATTTTTTAATTTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT
259 AAACAAATTATTTTTAAATTACTTAGTTA-TAGTTTTAGCAATATTACTAAATTAGTATTATTTT
*
9550 ATTTCAAATAAGCTTGTACGATAAAAAAT
323 ATTTCAAATAAGCTTGTA--ATAAAAAAC
* * * ** * *
9579 AATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTTATAAGGA-TTTAAAGTTTACAATTGTTAAAATAGTCA
1 AATTGTTTTATGATA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
9642 AAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACACATTTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA
64 AAACTATTTGAATTAGTT-AGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * *
9707 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-ATTATAAACTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTAT
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAT-TAAACTAGTATGAATAAAAAA-AATTGTTAT
* * * *
9770 ATGACCAAACAAAAAGTAATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGA
190 ATGA-C-AA-AAAAA--AA-A-TGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAATATTTGA
*
9835 ACTGATTC-GATAAACAAATTTACTTTTTAAATTACTTA-TTA-A-TTTTCAGCAA-ATTACTAA
248 ACTGATTCAG-CAAACAAA-TTA-TTTTTAAATTACTTAGTTATAGTTTT-AGCAATATTACTAA
** *
9895 ATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGTTTGT-ATAAATTGAAAC
309 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAATAAA---AAAC
* * ***
9938 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTCCAAATAGTTGTA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
* *
10003 ACTATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTGTTTTAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAA
66 ACTATTTGAATTAG-TTAGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
*
10067 TATTAAGAAATTAGTATTAATTTT
129 TATTAATAAATTAGTATT-ATTTT
10091 TTTAGGATAA
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 69, Indels: 47
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Consensus pattern (349 bp):
AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
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TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATTAAACTAGTATGAATAAAAAAAATTGTTATATGACA
AAAAAAAAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAATATTTGAACTGATTCAGCAA
ACAAATTATTTTTAAATTACTTAGTTATAGTTTTAGCAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
TCAAATAAGCTTGTAATAAAAAAC
Found at i:11446 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 10260--16615 Score: 2397
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10250 CTAAGATATG
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* * ** * * *
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* ** * * *
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* * * * * ** * *
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* * *** * * * **
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255 TGAACTAG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTAGTTATTAATGTTTTG-AATATT
* * ** ** * * * * *
10578 AATAAATTAGTA-ATATTTTATTCCATCTAAGCTCA-TATTAACTGAAACAATTGTTTTATAACA
317 ACTAAATTAATATA-ATTTTATTCCAAATAAAAT-AGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGAC-
* * * * *
10641 AATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT-AATAACTATTTGAATTTG
379 AAT-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAATAG
** * * *
10705 TTCCGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAGATTTTAATAAAATAG
442 TTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC-TTC-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAG
* * **
10770 TATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTG
503 TATTAATTTATTTTAAATAAGCTTATATTAACAA
* * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAA-AGATTTGAAATAGATAATT-TTTTAAAT
** * * *** ** * *
10866 AGTCT-TAACCAATTGACCTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTGATCTCTTGCTAATTAATT
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* * * *
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* * * * * * *
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190 TTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATT
* * * * * *
11058 TGAACTGGTTAGGTAATTACATTTATTTTTT-AATTTTATTGGTTATTAA-GTTTTGAAATATTA
255 TGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTAGTTATTAATGTTTTG-AATATTA
* * *** * * *
11121 TTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACATAACTAATTTTTTTATGACAATA
318 CTAAATTAATATAATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAATA
* * *
11186 AAATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGT
383 AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGT
* *
11251 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTCTAAATATTAATAAATTAGCATTAAT
448 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-CT-ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTAAT
* * *
11316 TTATTTTGAACAAACTTATATTAACAA
510 TTATTTTAAATAAGCTTATATTAACAA
* * * *
11343 AAACAACTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGGAATAGACAATTTTTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGT
* * * * *
11408 TATAATTATTTGAACT-AGTTCAATAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTTCTTATAAATTTTT
66 TATAATTATTTGAACTGA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * *
11472 GAAATATTGATAAATTAGTTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTT
130 GAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTTTATGAAATAAAACAATTGTTTT
*
11537 ATGAC-AAAGCAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAA-ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTCTTT
193 ATGACAAAAG-AAAAGGTCATAACAATTTAAAA-AATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
** ** *
11600 GAACTAGTTTGACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTACTA
256 GAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTTTGAATATTACTA
* ** * * * *
11665 AATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAA
321 AATTAATATAATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG--ACAATAA
* ** * *
11730 AAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTA
384 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGTA
* * * * * *
11795 AATAGATTTAATTTTTAAATCTC-T-TATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA
449 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA
* * * *
11858 TTTCAAATTAGCATGTATGTT--GAA
513 TTTTAAATAAGC-T-TATATTAACAA
* * * * * *
11882 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGT
* * * *
11947 CATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTA
66 TATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * *
12012 AAATACTAATAAAGAAGTATTTTTTTTTTTGGAA-AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
131 AAATA-TTATAAATTAGTA-TTATTTTATTCGAATAAGCTTTTATGAAATAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
12076 TGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
194 TGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA
* * * * *
12141 CTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAA------AGCTTATTAATTTTTTGAATGTTATTAAA
259 CTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAG-TTATTAATGTTTTGAATATTACTAAA
* * * * * * * *
12200 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATA-TATGAGCTA-AAAAAATTATTATGATTA-AACAAA
323 TTAATATAATTTTATTCCAAATAA-AATAGTATGAAC-AGAAATAATTATT-TTATGACAATAAA
*** * * * ** *
12262 AGGTCGGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC-TAACTATTT-AAACTGGTTGGGCA
385 AGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TAGTTTAGTA
* * * *
12325 AACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-TATTACTTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATT-ATTT-
449 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTA
* * * *
12386 TTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAA
513 TT-T-TAAATAAGCTTATATTAACAA
* * * * * *
12412 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAGA-TCATAACA-ATTTCG-GATTGAT-ATTTGTTCAAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA-AGATTT-GAAATAGATAATTT-TTTAAAT
* * ** * * * ** *
12473 AATCATAACCA-TTAAACTGGTTCAA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
63 AGTTATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
12532 TTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTGTT
128 TTGAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTTTATGAAATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
12597 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATATTC-AAATCTAT
191 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAA-CAATTTAAAAAATATAATTGTTCATATAGTCTTAA-CTAT
* * * * *
12660 TTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTT-GCTCATTAA---TTT---T-TT
254 TTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAG-TTATTAATGTTTTGAATATT
* *** ** * * * * *
12717 --TAAAGT-AT-TAA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTCTTGTGACTAA
317 ACTAAATTAATATAATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGAC-AA
* * * ** *
12777 -AGAGAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT
381 TA-A-AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTT
* * * *
12841 TAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-TACTT-A---TT-AATACTATTAAATTAGTATT-
444 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTA-TTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
12898 ATTGTAATATCAATAAACTTGTATGAA-AA
508 ATT-TATTTTAAATAAGCTTATATTAACAA
* * * * * * * * * *
12927 GAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAGA-TCATAATGATTT-AAGACAAATAATTGTTCAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAA-ATAGATAATTTTTTAAATA
* * * *** * *
12990 GTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACAAATATAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
64 GTTATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * * *
13051 CAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTTTTTGAATAA-TTTTTCATGAACA-GAAACTATTGTC
129 TGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTTT-ATGAA-ATAAAACAATTGTT
** * * ** ** * * * * * * * * * *
13114 TTACAATAAAACAAAACATCATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTC-TAATGGACATGAGTATA
191 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAATATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAACTATT
* * * * * * ** ** *
13178 TGAACTTGCTCGGTGAATAGATTTATTTTTTAAA-CTCTTACCTATTAAT-TTTCACAATATTAA
255 TGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTT-TGAATATTAC
** ** * * * * * * *
13241 TAAATTGGTATTCTCTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
319 TAAATTAATATAATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGAC--AAT
* * ** * * * * * * *
13306 AAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTAAAACAGTCATAACTGTTTG-AATATGCTTG
382 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATA-GTTTA
*** * * * *
13370 GTAAATGGATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATT-
446 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-C-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
13434 -TTTTTTTTCAAATACGCTTGTATGAATAG
508 ATTTATTTT-AAATAAGCTTATATTAACAA
* * * *** * * * * *
13463 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTCTTTCAATTAGATAACTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGT
* * * * * * * *
13528 CATAACTATTTGAACATG-TTCAAAAAAGATATTTATTTTTTAAAT-TATTACTAACTAATTTTT
66 TATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
13591 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATG-AATAAAAATAATTATT
130 GAAATATT-ATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTTTATGAAAT-AAAACAATTGTT
* * * * ** * * * * * *
13654 TTATAACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCT
191 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
* * * * * * * * *
13719 GAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCATTAA---TTTAAATATTAATA
256 GAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTTTGAATATTACTA
* * *** ** * * * * ** *
13781 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAGTATTTTACAACAAAACAA
321 AATTAATATAATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGAC--AATAA
* * * * * * * * *
13846 AAGGTTATAGCGATTTGAAATACG-TAATTATTCAAATAATCATAGCTATTAGAACTTG-TTCG-
384 AAGGTTATAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGT
* * * * *
13908 ATAACTAGATTCAATTTTTAAATATC-T-TATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATT-AT
448 A-AAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAAT
** * ** * *
13970 GTTATTCCAAATAAGCTTGTACGAATAG
510 -TTATTTTAAATAAGCTTATATTAACAA
* * * * * * * *
13998 AAACAATTATTTTTTGACAAAACCAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA-AGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAG
* * * * * ** * *
14062 TCATAACTATTTGCATTGGTT-AGACCAACAAATTCA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAA-TTT
65 TTATAATTATTTGAACTGATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
14124 TCATAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTAT-CAATAGAAACAATTG
129 TGA-AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAG-CTTTTATGAAATA-AAACAATTG
* * * * *
14187 TTTTATGAC-AAA-AAATGGTGATAACGATTTAAAATAA-ATAATTGTTCAAATTGT-TATAACT
189 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAA-AATATAATTGTTCATATAGTCT-TAACT
* * * * * * *
14248 AGTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAT-TTTTAAAATAA
252 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTTT-GAAT-A
* * *** * * *
14308 TGA-TAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTA-TATGAACA-AAA-ACATTTTTTTATGA
315 TTACTAAATTAATATAATTTTATTCCAAATAAA-ATAGTATGAACAGAAATA-ATTATTTTATGA
* * * * * * **
14369 CAAAAAAAAGGTCAT-ACTGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTT-AAACT
378 C-AATAAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-T
* * **
14432 AGTTT-G-ACAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCGTAGT-TATTAATTTTCTTAATATTATTAGC
440 AGTTTAGTA-A-ACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--TCTATTAATTTT-TAAATATTAATAAA
* * * *
14494 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATGAACAT
499 TTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGCTT-ATATTAACAA
* * * * * * * * *
14532 AAATAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGT
* * * * * * * * *
14597 CATAACTATTTGAACT-AGTTTAGTAAAGAATTTTATTTTTTAAATTTCCTACTCATTAATTTTT
66 TATAATTATTTGAACTGA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
14661 GAAATATTA-AAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTACG--ATGAACATCAATTGTT
130 GAAATATTATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTTTATGAAAT-AA-AACAATTGTT
* * * * ** * * * * * * * *
14723 TTATGGCAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
191 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
* * * * *** * * * *
14788 GAA-TTGATTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAA-CTTTTGAAATATTA
256 GAACTAG-TTTGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTTTG-AATATTA
* * * **** ** ** * * * *
14850 ATAAAGTAAT-T-TTTTTATTTTGGATAATTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTCTAAA
318 CTAAATTAATATAATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAAC-AGAAATAATTATTTTA-T-GACA
* * ** * *
14912 ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
380 ATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TC-AA-A------ACTATTTG
* * * * * * * *
14976 AATTTGTTTGGTAAAC--A-GT-TTTTTT-AATTTCCTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAG
436 AAATAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTC-TATTAA-TTTTTAAATATTAATA-
* ** * * * * **
15036 AA-TAGTATTATTTTATTTCGATTAAGCATGTATGAACTG
497 AATTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGCTTATATTAACAA
* * ** * * * * * *
15075 AAATAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGATATAGATAATTGTTCT-AATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATT-TTTTAAATAG
* * ** * *
15139 TCT-TAACTATTTGAA-TCGGTTTGATAAACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
65 T-TATAATTATTTGAACT-GATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
15201 TAG-AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAA-ATTTGTATG-AATAGAAACAATTG
128 TTGAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTT-TATGAAATA-AAACAATTG
* * * *** * * * * *
15263 TTTTATAACAAAA-CAAAGATCATAACAATTTGGGATAGATAATTATACAAATAGT-TATAACTA
189 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAATATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTA
* * * ** *
15326 TTTGAACTGGTCTAGTAAATGGATTTAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAAT-TTTTGAAATATT
253 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTTTG-AATATT
* * * * ** ** * * * *
15386 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTTTATAAATAAAAACAATTATTTTATGACAA-
317 ACTAAATTAATATAATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAT
** ** * * * * *
15450 AACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-C
382 AA-AAGGT-T-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT-AGT
* * * * * * *
15514 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAAATTTTAGAAAATTAATAAATTTA-T
443 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCT-TCTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA-TTAGT
* ** ** * * *
15578 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAG
504 ATTAATTTATTTTAAATAAGCTTATATTAACAA
* * * *
15611 AACCAATTGTTTTATGACAAAAC--------A-AAAG----G---T-CAT--TTGTTTAGATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGT
* * * * * * ** * *
15657 CATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTCT-TTTTTTAATTTTCTTACACATTAGTTTTC
66 TATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * **
15721 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAATTGCAACAATTGTTTT
130 GAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTTTATGAAATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * ** * * * *
15786 ACT-ACAAAAGAAAAGGTCAAAATAAATTGAAATAGAAAATTACTCAAATAGTCATGACCATTTG
193 A-TGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTG
* ** * * * *
15850 AACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA----TTGCCA-A--A-T-
257 AACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTTTG-AATATTACTA
* ** *** * * * * * *
15906 -ATTAATATTATTTTAATT-TGAATATGCTTGTATGAACAAAAACT-ATTGTTTTATAATAGAAC
321 AATTAATATAATTTT-ATTCCAAATAAAATAGTATGAACAGAAA-TAATTATTTTAT--GACAAT
* * ** * * ** * * * *
15968 AAAAAGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTAGAACTTA-TTT-
382 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATAGTTTA
* * * * * * *
16031 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-TATTTATTTTTAAAATATTAGTAGATTAATATTAT
446 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAA
* * * *
16094 TTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAA
509 TTTATTTTAAATAAGCTTATATTAACAA
* * * * * * *
16122 AAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAGT
* * * * * *
16187 CATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAACTTT
66 TATAATTATTTGAACTGATTCA-ATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** * **
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* * * * * *
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* * * * * ***
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254 TTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTTTG-AATATTA
* * * * *** * * *
16441 TTAGATTAGTATTATTTTATGATAGAACAAAA-GGTTAT-AACAATTTGAAATAATTTTTTTATG
318 CTAAATTAATATAATTTTATTCCA-AATAAAATAG-TATGAAC-A---GAAATAATTATTTTATG
* * * * ** * *
16504 ATGAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-GTACAATTGCTCAAATAGTCATAACTA-TTCAAA
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* * * * *
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TTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTAAAT
AAGCTTATATTAACAA
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* ** * *
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* ** ** *
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* * * ** *
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* * * * * *
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1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * ** * *
10686 TAATAACTATTTGAATTTGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT
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* * * * * * * *
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* * * * ** * ** * * *
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188 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** ** * * *
10878 TTGACCTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTGATCTCTTGCTAATTAATTTTTGAAATATTAT
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* * * **
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** * * * ** * *
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1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
11048 -CTTAGCTATTTGAACTGGTTAGGTAATTACATTTATTTTTTAATTTTAT-TGGTTATTAAGTTT
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* * ** ** * * *
11111 TGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGA--ACATAACTAATTTT
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* * * ** * * *
11174 TTTATGAC--AATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATT
189 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
11237 TGAAATGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTCTAAATATTAAT
254 TGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT
* * * * * * * *
11302 AAATTAGCATTAATTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA
318 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * * * *
11342 AAAACAACTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGGAATAGACAATTTTTTAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *** * * * *
11407 T-TATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTTCTTATAAATTTT
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
11534 TTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTAAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTCTT
189 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** *** * * *
11599 TGAACT-AGTTTGACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTAC
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* * *
11663 TAAATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
317 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * ** *
11704 GAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
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* * * * *
11834 TATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATTAGCATGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGA
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* * * * *
11899 CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTG
196 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
*** ** * **
11964 ATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAAAATACTAATAAAGAAG
261 ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * *
12029 TATTTTTTTTTTTGGAA-AAGCTTTTATGAACTA
325 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * *
12062 -AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
12126 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAA--GCTTATTAATTTTTTG-
66 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAA-TTTTTGA
* * * * *
12188 AATGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATATATGA-GCTAAAAA-AATTA--TT
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATG--AAAAACAATTATTTT
** ** ** * * *
12249 ATGATTAAACAAAAGGTCGGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC-TAACTATTTAA
192 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * ** *
12313 ACTGGTTGGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTACT--TTTCAGAATATTATTAAAT
257 ATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAT
* *
12375 TAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG-ATCA
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* * * * * * *
12411 AAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTCG-GATTGATATTTGTTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *** * *
12474 ATCATAACCA-TTAAACT-GGTTCAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
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* * *** * * *** * *
12537 ATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATG
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATG
*
12602 ACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATATTCA-AATCTATTTGAA
195 ACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA
* * *
12665 CTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAA--TTT---T-TT--T-AA
258 -TTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAA
* *
12720 --AGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-
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* * * * * * * * * *
12755 GAAATAATTGTCTTGTGACTAAAGAGAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
12820 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A---TT--A
66 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTTGAA
* * * * * *
12879 ATACTATTAAATTAGTATTATTGTAATATC-AATAAACTTGTATGA-AAAGAAACAATTATTTTA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAA-AAACAATTATTTTA
* * * * *
12942 TGATAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
193 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * ** *
13005 ACTGTTTTGGTAAACAAATATAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA
257 ATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAA
* * * * *
13066 TCAGTATTATTTT-TTTTGAATAA-TTTTTCATGAACA
321 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAATA
* * ** * ** * * * *
13102 GAAACTATTGTCTTACAATAAAACAAAACATCATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCTAATGG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
13167 ACATGAGTATATGAACTTGCTCGGTGAATAGATTTATTTTTTAAACTCTTACCTATTAA-TTTTC
66 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTG
* * * * *
13231 ACAATATTAATAAATTGGTATTCTCTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTT
128 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTT
* * * * * * *
13295 TATGACAAAACAAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTAAAACAGTCATAACTGTTTG
191 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** * *
13360 AATATG-CTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
256 AAT-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * *
13424 AACTAGTATT-TTTTTTTTCAAATACGCTTGTATGAATA
319 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * * *
13462 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTCTTTCAATTAGATAACTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* **** * * *
13527 TCATAACTATTTGAAC-ATGTTCAAAAAAGATATTTATTTTTTAAAT-TATTACTAACTAATTTT
66 TCTTAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T---TAATTTT
* ** *
13590 TGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAATAATTAT
126 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTAT
* * * * * *
13653 TTTATAACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATC
189 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
13718 TGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCATTAA--TTTAAATATTAAT
254 TGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT
*
13780 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA
318 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * ** * * *
13820 GAAAAAAGTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATACG-TAATTATTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
13884 ATCATAGCTATTAGAACTTGTTCGATAACTAGATTCAATTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAA
65 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
13949 ATACTAATAAATTAGTATTATGTTATTCCAAATAAGCTTGTACGAAT-AGAAACAATTATTTTTT
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTAT
* ** * *
14013 GACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCAT
194 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * *** * *
14078 TGGTTAGACCAACAAATTCA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAT-AATATTAATAAAT
259 TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAAT
* * *
14141 TAGAATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATCAATA
322 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATA
* * * * *
14177 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAATGGTGATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
14240 T-TATAACTAGTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
66 TCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
* * * ** * * * ** *
14304 ATAATGATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATG
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * *
14368 ACAAAA-AAAAGGTCATACTGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTAAACT
195 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
** * * * * * **
14432 -AGTTTGACAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCGTAGTTATTAATTTTCTTAATATTATTAGCTT
260 GA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATT
* * *
14496 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAACA
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* * * * * * *
14531 TAAATAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
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* ** * * * * * *
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126 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTT
* * * * * *
14724 TATGGCAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTG
191 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** ** * * *
14789 AATTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAACTTTTGAAATATTAATAA
256 AATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * ** *
14854 AGTA--ATTTTTTTATTTTGGATAATTTTTTATGAACTA
320 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * *
14891 -AAACAATTGTTTTAT-TCTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATG
1 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA----T----TG
* * * * * *
14954 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAG---T-TTTTTTAATTTCCTGCTTAT
57 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA-AT-CT-CTTAT
* * * *
15015 TAATTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTCGATTAAGCATGTATGAACTG--A
119 TAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAA
* ** * * * *
15076 AATAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGATATAGATAATTGTTCTAATAGTC
180 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
15141 TTAACTATTTGAATCGGTTTGATAAACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGA
245 ATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * **
15205 ATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAATTTGTATGAATA
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* * * ** * *
15253 GAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGGGATAGATAATTATACAAATAG
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* * * * * *
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** * *
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** *
15444 TGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
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* * * * * * * * *
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*
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* *
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* * ** * * * * *
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66 TCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTT----ATTAATTT
* ** * * *
15719 TCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAATTG--CAACAATTG
125 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTA
* * * * * ** * *
15782 TTTTACT-ACAAAAGAAAAGGTCAAAATAAATTGAAATAGAAAATTACTCAAATAGTCATGACCA
188 TTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * **
15846 TTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTG-CCA--A
252 TTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTA
* * *
15904 AT--ATTAATATTATTTTAATTT-GAATATGCTTGTATGAACA
316 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * * * *
15944 AAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
16009 T-TATAACTATTAGAACTTA-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTTTTAA
66 TCT-TAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
* * * * * * ** * *
16072 AATATTAGTAGATTAATATTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTA
* *
16136 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
193 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * ** *
16201 CTGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAACTTTTCAAATATTAATAGA
258 TTGATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA
* * * * * *
16265 TTCA-TTTTATGTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATT
321 TT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
16302 GAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGGCATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
1 GAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
16366 GTATTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATAGCTTAGTTATTAATTTT
65 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTT
* * ** * * * ** *** *
16431 TGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAATT
126 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT--TTCAA-ATAAGCTTGT-ATGATGAAAAACAATT
* ** * ** * * *
16496 TTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-GTACAATTGCTCAAATAGTCATAACT
187 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * *
16560 ATTCAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTA
251 ATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
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TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
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13910 AACTAGATTC
* *
13920 AATTTTTAAATATCTTATT
1 AATTTTTAAATATCTAATA
13939 AATTTTTGAAATA-CTAATA
1 AATTTTT-AAATATCTAATA
13958 AATT
1 AATT
13962 AGTATTATGT
Statistics
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AATTTTTAAATATCTAATA
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15181 AATCTTTTAC
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TTATTAATTTAGCAATA
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12876 TTAATACTAT
* * * * *
12886 TAAATTAGTATTATTGTAATATC-AATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGATAAAA
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* ** * * * *** *
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* * * *
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* * * ** * * * * ** *
13062 TAGATCAGTATTATTTTTTTTGAAT-AATTTTTCATGAACAGAAACTATTGTCTTACAATAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAATTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * * * * * ** **
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* * ** *
13191 TGAATAGATTTATTTTTTAAACTCTTACCTATTAATTTTCA-CAATATTAA
129 TAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TCTTATTTATTAATTTT-AGAAATATTAA
* * * * * *
13241 TAAATTGGTATTCTCTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * *
13306 AAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTA-AAACAGTCATAACTGTTTGAA-T-ATGCT
65 -AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-TACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA--CT
* * * * * * *
13368 TGGTAAATGGATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
126 TAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC--TTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
* * * *** *
13422 TAAACTAGTATTTTTTTTTTCAAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
* ** * * * * * * *
13487 AAAGGTCATAACTCTTTCAATTAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--CATGTTCA
65 AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTT-A
** * * * * * * * * *
13550 AAAAAGATATTTATTTTTTAAATTATTACTAACTAATTTTTGGAATATTAA
128 GTAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
** ** * * * *
13601 TAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATAACAAAA
1 TAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * * * ***
13665 CAAA-ATGCCATAATGATTTGAAATATAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTGAACTTGTT
64 CAAAGAT--CATAACAATTTGAAATA-AATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACT
* * * *
13728 TGGTAAATAGATTCA-TTTTTAAAATCTCTTACTCATTAA-TTT--AAATATTAA
126 TAGTAAATAGATTTAGTTTTT-AAA--TCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
** ** * * * **
13779 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAGTATTTTACAACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** * * * * ** *
13844 AAAAGGTTATAGCGATTTGAAATACGTAATTATTCAAATAATCATAGCTATTAGAACT-TGTTCG
65 -AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAG
* * * * *
13908 ATAACTAGATTCAATTTTTAAA---TATCTTATTAATTTTTGAAATACTAA
129 -TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTAT-TTATTAATTTTAGAAATATTAA
* ** * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* * * * * * ***
14021 CAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTTAG
64 CAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAG
* * * * *
14085 -ACCAACAAATTCA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCA-TAATATTAA
129 TA--AATAGATTTAGTTTTTAAATC--TTATTTATTAATTTT-AGAAATATTAA
* * * * *
14136 TAAATTAGAATTACTTTATTTCGAATAAGA-CTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAA-ATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * * * * ***
14200 -AATGGTGATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAGTTGAATTGGTTTAG
64 CAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAG
* * * *
14264 TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTA-AAATAATGA
129 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTATTTATTAA-TTTTAGAAATATTAA
* ** * * * * * * *
14311 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * * *
14375 AAAGGTCAT-ACTGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTAAACT-AGTTTG
65 AAAGATCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAG
* * * * *** *
14438 -ACAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCGTAGTTATTAATTTTCTTAATATTAT
129 TA-A-ATAGATTTAGTTTTTAAATCT--TATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
** ** ** * * * * *
14490 TAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAACATAAATAATTGTTTAATGACAAAAT
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* * * ** * * * *
14555 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTA
64 CAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTTA
* * * * * *
14619 GTAAAGA-ATTTTATTTTTTAAATTTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAA
128 GTAAATAGA-TTTAGTTTTTAAA--TCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
* ** *** * * *
14671 -AAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTACG-AT-GAACATCAATTGTTTTATGGCAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAATAGAA-A-CAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * * * * * * *
14733 ACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA-TT
63 AC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT
* * * * * *
14797 CGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAACTTTT-GAAATATTAA
127 AG-TAAA-TAGATTTAGTTTTTAAATCT--TATTTATTAA-TTTTAGAAATATTAA
* * *** * * *
14851 TAAAGTA--ATTTTTTTATTTTGGATAATTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT-TCTAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA
* ** * * * *
14912 ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
63 AC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAG-TC--ATA------ACTATTTG
* *** * * * * ** * *
14976 AATTTGTTTGGTAAACAG--TT--TTTTTAATTTCCTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAA
118 AACTCACTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAA-ATCTTATTTATTAA-TTTTAGAAATATTAA
* * *** * * **
15033 TAGAA-TAGTATTATTTTATTTCGATTAAGCATGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGAGTAA
1 TA-AATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** * * * * * * **
15096 ACAAAAGGTTAGAATGATTTGATATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TCGGTT
63 AC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT
* * * * *
15160 TGATAAACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAT
127 AG-TAAATAGATTTAGTTTTTAAATC--TTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
* * * * *
15212 TAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * **
15277 AAAGATCATAACAATTTGGGATAGATAATTATACAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GGTCTAG
65 AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACT-TAG
* *
15341 TAAATGGATTTAGTTTTTAAATC-T-TTTATTAATTTTTGAAATATTAA
129 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
* * * * *
15388 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTTTATAAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * *
15453 AAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTGG
65 -AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAG
*
15518 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAAATTTTAGAAA-ATTAA
129 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATC--TTATTTATT-AATTTTAGAAATATTAA
** * *
15569 TAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAA
1 TAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** ** * * * * * *
15633 CAAA-A-GGT--C-ATTTG-TTTAGAT-A--GT-C--ATA---ATTA---TTTGAACTTATTCAG
64 CAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAG
* * * * *** * *
15680 TAAACATATTCT-TTTTTTAATTTTCTTACACATTAGTTTTCGAAATATTAA
129 TAAATAGATT-TAGTTTTTAA--ATCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
* ** * * *
15731 TAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAATTGCAACAATTGTTTTACT-ACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA
* * * * * * * **
15795 GAAAAGGTCAAAATAAATTGAAATAGAA-AATTACT-CAAATAGTCATGACCATTTGAACT-TGT
64 -CAAAGATCATAACAATTTGAAATA-AATAATTA-TACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACT
* * * * ***
15857 TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGCCAAATATTAA
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* ** *** * * * * * *
15911 T--A-T--TA-T-TTTAATTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* ** * * * * * *
15969 AAAAGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTGCT-CAAATAGTTATAACTATTAGAACTTA-TTTG
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* *
16032 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTA-T--TTTTA-AAATATTAG
129 -TAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
* * * * * * * * *
16080 TAGATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * **
16145 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GGTTAG
65 -AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTA-
* * * *
16209 GTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAACTTTT-CAAATATTAA
128 GTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-T-ATTTATTAA-TTTTAGAAATATTAA
* * * * ** * * *
16261 TAGATTCA-TTTTATGTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAA
1 TAAATT-AGTATTATTTTATT-CAAATAAATTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAA
** * * * * * * **
16324 ACAAAAGGGCATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT-ATTAACTATTTAAACT-GGT
63 AC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTCACT
* * * * * * * *
16387 TCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATAGCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAT
126 T-AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT--CTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
*
16442 TAGATTAGTATTATTTTAT
1 TAAATTAGTATTATTTTAT
16461 GATAGAACAA
Statistics
Matches: 2637, Mismatches: 566, Indels: 387
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
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AAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTA
AATAGATTTAGTTTTTAAATCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAA
Found at i:15669 original size:162 final size:162
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Indices: 15490--15804 Score: 358
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15480 AATTGTTCAA
* * ***
15490 ATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTT-TTATTTATT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTCA-TTCAGTAAACAGATTCT-TTTTTT-AATCTTCTTACACATT
* *
15552 AAATTTTAGAAA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAATAG-AA
63 -AATTTTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTACATC-AAATAAGCTTACATGAATAGCAA
15613 CCAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATTTGTTTAG
125 -CAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATTTGTTTAG
* * * * *
15652 ATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTCTTTTTTTAATTTTCTTACACATTAGT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAGTAAACAGATTCTTTTTTTAATCTTCTTACACATTAAT
* * *
15717 TTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAATTGCAACAATTG
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*
15782 TTTTACTACAAAAGAAAAGGTCA
131 TTTTACTACAAAACAAAAGGTCA
15805 AAATAAATTG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 16, Indels: 16
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 19 0.15
162 104 0.81
163 6 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (162 bp):
ATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAGTAAACAGATTCTTTTTTTAATCTTCTTACACATTAAT
TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTACATGAATAGCAACAATTG
TTTTACTACAAAACAAAAGGTCATTTGTTTAG
Found at i:16678 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 16535--16706 Score: 290
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
16525 ATTTGAAGTG
* **
16535 TACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
1 TACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
16600 CTTATTAATTTTTAAAAAAT
66 CTTATTAATTTTTAAAAAAT
* *
16620 TACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCCGTGAATAGATTTATTTTTTAAATAT
1 TACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
*
16685 CTTATTAATTTTTGAAAAAT
66 CTTATTAATTTTTAAAAAAT
16705 TA
1 TA
16707 ATAAATTAGT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 6, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 81 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (85 bp):
TACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
CTTATTAATTTTTAAAAAAT
Found at i:17048 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16736--19691 Score: 1598
Period size: 181 Copynumber: 16.2 Consensus size: 181
16726 TTTCGAATCA
** **
16736 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTT
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * *
16799 AAAATAATTGTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCCAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
16862 TCATAACTATTCGAATTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTATTG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG
* * *
16914 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * *
16979 AAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
17044 CATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAATTTTTTG
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTG
* * * ** * *
17097 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTCCGAATAAGCTTGGAAGATA-
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * * * * * * *
17160 TGAAAGAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATA
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * ** * *
17225 GTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACTCATTTATTTTTTAAATTTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* *** * *
17278 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATT
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* **
17341 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
65 A-AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
17406 GGTCATAATTATTTTAAC-TGAGTCAGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATTTTTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* ** * ** * *
17460 CTTAATAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAATTTGTATTAG
1 CTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
17522 CTAAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
63 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
17587 AAT-ATTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTTAAATCTCTTT
128 AGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG
* * * * *
17642 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT-AATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * *
17706 AAACAATTATTTTGTAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * ** *
17771 TTTAACCATTTGAA-TTGATTCGATAAATGAATTTATATTTTAAATCTC-T-
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * *
17820 C-TATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATTCGAATAAGCTTGTATGGAC-
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** *
17882 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATTATCATTCATATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
17947 TCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAATTAGATTTATTTTTT-AATGTTTTTG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTG
* * * * * ** * *
17999 GTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATAAAC-A
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * * *
18063 AAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGTTTTGAAACAGTTAATTATTCAAATAG
66 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
18128 TTAAAACTATTCGAA-ATGATTT-GATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
130 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-G
** * * * * * *
18181 -TGGTTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA
1 CTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *** * **
18244 AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACTTATA-TTAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAA--AAT-A
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGT--C-ATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCA
* * * * * * * *** * *
18303 AAAAGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-CTGGTT-
125 AATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAT--TTAT--TT-TTTAAATCT-CTTG
* * * *
18364 CAATAAATAGATTTATTTTCTA-AATCTCCTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTT
1 C--T---T--ATTAATTTT-TAGAATAT--TA---ATAAA---TT--AGTATT-AT--TTTA-TT
* * *** * * * ** * * * * * *
18428 TT-ATTCTA-CTCCAATTAAGCTTGTATGAGCTAGAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGTCA
44 TTGAAT-AAGCTTGTATGAA-C---TA--A--AACAATTGTTTTATGACAAA-ACA-AAAGGTCA
* * * * * * * * * * * *
18491 TAACAATTTCAAATAAATAATTTTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAGAT
98 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAT
18556 TTA-TTTTTAAATCTCTTAG
163 TTATTTTTTAAATCTCTT-G
* * * * *
18575 -TTATTAGTTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * *
18639 AAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
18704 CATAACTATTTGAA-ATGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTTAAA--TC-T-
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG
* * ** * ***
18752 CTTATTAATTCTT-GAAATGTTAATAAATTA-TAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGTTG
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * *
18815 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
18879 GGCTATAATTATTT-AAATGGATTCAATAATCTGAA-TTATTTTTTAAATCTTTTA
129 GTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * ** *
18933 CTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTAT-TTTTGGTTAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
18996 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTTATATAGATAATTGTTTAAACAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *
19061 TCATAACTATTTGAACTT-TTTTGATAAATAGCTTTATTTTTTCAAATCTCATG
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTG
* * * * * * *
19114 TTTATTAGTTTTTTGAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * *
19179 AAGCCATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT-GT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
19243 CTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACACATTTA-TTTTTAAATCTC-T-
131 CATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * * * *
19291 C--ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAAT-AGGTTCATATGATC
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTT-GTATGAAC
* * * * * ** * *
19352 -AAACACAGTTGTTTTATGAGAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGATATTTATATTTGTTGAAAT
64 TAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
19415 AATCATAACTATTTGAA-TTAGTTCAGAAAATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
128 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * * * *
19469 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGAGTAATATTATTTTATTTTGGAA-AAGTTTTTGTAAAC
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
19532 TGAAACAATTGCTTTCTGACAAAAC-AAAGGTCGTAA-GAACTTT-AAATAGATAATTGTTC-AA
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
19593 TAGTCA-AATCTATTCGAACTTGTTCCA-TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTG
127 TAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG
* *
19649 CTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
19692 CTAACAAAAG
Statistics
Matches: 2115, Mismatches: 512, Indels: 300
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 36 0.02
175 84 0.04
176 16 0.01
177 115 0.05
178 197 0.09
179 89 0.04
180 405 0.19
181 561 0.27
182 286 0.14
183 145 0.07
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185 7 0.00
186 2 0.00
189 5 0.00
190 11 0.01
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195 2 0.00
196 5 0.00
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209 7 0.00
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216 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:17381 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16735--23700 Score: 2496
Period size: 180 Copynumber: 38.8 Consensus size: 180
16725 ATTTCGAATC
*
16735 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATT-T-CAAATAAGCTTGTATGAG
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT-TTATCCGAATAAGCTTGTATGA-
* * * * ** * * * *
16797 TTAAAATAATTGTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAATAATTTTAAATAGACAATTGTTCCAAT
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * *
16860 AGTCATAACTATTCGAATTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTATT
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAATTTA-TTTTTTAAATTTCTT
* ** * *
16913 GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATG-AC
* * * * * *
16977 TGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
17042 GTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAATTTTTT
129 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAATTTA-TTTTTT-AAATTTCTT
* * * * * *
17096 GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTA-TATT-GTTTTATTCCGAATAAGCTTGGAAGA-
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGAC
* * * * * *
17158 TATGAAAGAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAA
64 TA--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *
17223 TAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACTCATTTATTTTTTAAATTTCTT
127 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * *
17277 ACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCTTCTATGATTA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGACTA
* *
17342 GAAACAATTATTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATG
66 -AAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
17407 GTCATAATTATTTTAACTGAG-TCAGTAAGC-AGATTTATTTTTTAAATTTTTT
129 GTCTTAACTATTTGAACTG-GTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * ** *
17459 ACTTAATAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCC-ATCTAAATTTGTATT
1 ACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGA-ATAAGCTTGTATG
* * * * * *
17520 AGCTAAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAA
62 A-CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** *
17585 ATAATATTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TATATTTATTTTTTTAAATCTCTT
126 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTA-ATTTA-TTTTTTAAATTTCTT
* * * * **
17641 TCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT-AATTAGTATTA-ATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATG-AC
* * * * * *
17704 TAAAACAATTATTTTGTAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATA
64 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
17769 GTTTTAACCATTTGAA-TTGATTCGATAAA-TGAATTTATATTTTAAATCTC-T
129 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACT-AATTTATTTTTTAAATTTCTT
* ** *
17820 -C-TATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATTCGAATAAGCTTGTATGGAC
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTAT-GAC
* * * * * * *
17882 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATTATCATTCATATA
64 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
17946 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAG-CAATTAGATTTATTTTTT-AATGTTTTT
129 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAAT-TTCTT
** * * * * ** * *
17998 GGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAAATAGTATAAAC
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTAT-GAC
* * * * * * * * *
18062 -AAAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGTTTTGAAACAGTTAATTATTCAAAT
64 TAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
18126 AGT-TAAAACTATTCGAAATGATTT-GATAAGC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
* ** * ** * * * *
18179 AGTGGTTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTGTTA-TTTTATTTTGAACAAACTTATATTAA
1 ACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTA-TGA
* * * * * * * * *** * *
18242 CAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACTTATA-TTAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAA--AAT
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGT--C-ATAACGATTTGAAATA-GATAATTATT
* ** * * * * *
18302 -AAAAAGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAA-TAGTTATAATTATTTGAACTGGT
123 CAAATAGTCTTAACT-ATTTGAACT-GGT--TTAG-T-AAACTAATT-T-ATT-TTTTAAAT--T
*
18363 TCAATA
177 TC--TT
* * * * ** * * * * * *
18369 AATAGATTTATTTTCTA-AATCTCCTACTTATAAATTTTTGA-AATATTAAT--AAATTAG-TTT
1 ACT-TATTAATTTT-TAGAATAT--TA---ATAAATTAGT-ATTATTTTTATCCGAATAAGCTTG
* *** *
18429 TAT-TCTACTCCAATTAAGCTTGTATGAGCTAGAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGTCATA
58 TATGACTAAAACAATT-A--TT-T-T-A--T-G-A-CA-------A-AAC---A-AAAGGTCATA
* * * * * * * * *
18493 ACAATTTCAAATAAATAATTTTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAA-TAGATT
100 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTA-ATT
*
18557 TA-TTTTTAAATCTCTT
164 TATTTTTTAAATTTCTT
* * * *
18573 AGTTATTAGTTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTAT--GAATAAGCTTGTATGAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTATCCGAATAAGCTTGTATG-A
* * * * *
18636 CAAAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
18701 GGTCATAACTATTTGAAATGG-TTAGGTAAAC-ATATTTATTTTTTTAAA--TC-T
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTA-GTAAACTA-ATTTA-TTTTTTAAATTTCTT
* * * * *
18752 -CTTATTAATTCTT-GAAATGTTAATAAATTA-TAATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATG-
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
18812 TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAA
63 CT--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * *
18877 AT-GGCTATAATTATTT-AAATGGATTCAATAATCTGAA-TTATTTTTTAAATCTT-TT
126 ATAGTCT-TAACTATTTGAACTGG-TTTAGTAAACT-AATTTATTTTTTAAAT-TTCTT
* * ** *
18932 ACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTATTT-T-TGGTTAAGCTTTTATGAA
1 ACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTTATCCGAATAAGCTTGTATG-A
* * * * * * * * *
18994 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTTATATAGATAATTGTTTAAAC
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
19059 AGTCATAACTATTTGAACT-TTTTTGATAAA-TAGCTTTATTTTTTCAAATCTCAT
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACTA-ATTTATTTTTT-AAATTTCTT
** * * * * ** *
19113 GTTTATTAGTTTTTTGAATATTAATAAATCAATATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAC
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTAT-GAC
* * * * * * *
19177 TGAAGCCATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT-
64 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
19241 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAAC-ACATTTA-TTTTTAAA--TC-T
129 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * ** * *
19289 -CTCATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAAT-AGGTTCATATGA-T
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTT-GTATGACT
* * * * * * ** * * *
19351 CAAACACAGTTGTTTTATGAGAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGATATTTATATTTGTTGAAAT
65 -AAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * *
19415 AATCATAACTATTTGAATTAGTTCAG-AAAATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAA-TTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * * * ** * *
19468 GCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGAGTAATATTATTTTATTTTGGAA-AAGTTTTTGTA-A
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAG--CTTGTATG
* ** * * *
19530 ACTGAAACAATTGCTTTCTGACAAAAC-AAAGGTCGTAA-GAACTTT-AAATAGATAATTGTTC-
62 ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-A-TTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
19591 AATAGTC-AAATCTATTCGAACTTGTTCCA-TAAA-TAGATTTATTTTTTTAAATCTT-TT
125 AATAGTCTTAA-CTATTTGAACTGGTT-TAGTAAACTA-ATTTA-TTTTTTAAAT-TTCTT
* * * ** * * ***
19648 GCTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAACAAAAGGTCAAAATG
1 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGA-ATAAGCT-TGTATG
* * * * * * * ** *
19711 ATTTCAAATA-AATAATTGT-T--C---A-AATA-GTCATAACTATTTG-AAT--TTATTTGGTA
62 A-CT-AAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * * * *
19764 AACATA-T-TT--CTTTTTTAAAT-CTTT--T--ACTTATTAATTGTCTGAATAT-TA
124 AA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTT
* ** * ** * * *** * *
19812 AC--A--AATTTGTATTATTTTAAT-TGTTGAAATAGTCATAGCTATTCGAATAAGCTTGCATGA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT--AGTA-TTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * **
19872 -TAAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTTGA
63 CT--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * ** * * * *
19936 ATGGCCATAATTATTTTAGCTAAGTCGA-TAAACAAATATATTTTTTAAATCTCAT
126 ATAGTCTTAACTATTTGAACT-GGTTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * * *
19991 ACTTATTAA-TCTTAGAAATATTAAT-AATTTGTATTA-TTTTATTCTGTATAAGCTTGTATTAA
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTA-TGA
** * * * *
20053 CTAAAACAA-TGCTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAAC-AATT----T---TAA--A-T--AAC
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
20104 A--C-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATTGATTTTATTTTTTTTAAA--TC-T
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACT-AATTTA--TTTTTTAAATTTCTT
* * *
20154 -CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-ATTTATTCC-AAGTAAGCTTGTATGAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAA-TAAGCTTGTATG-A
* * * * * * * *
20216 CTAAAACAATTGTCTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAGT
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * *
20281 GGTCTTAACCATATGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * * * * * *
20334 CCTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTTGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAC-
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATG-ACT
* * * * *
20398 AAAA-AATTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCACATA
65 AAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** * *
20462 GTATTGACTATTTAAACTAGTTT-GGCAATTAGATTT-TTTTTATAATTTTCTT
129 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTT-TAAATTTCTT
** * * * * * ** ** ** * *
20514 GGTTATTAAGTTTCATAATAATTATTAAATTAATATTA-TTTTATTCTAAATAAAATAATGTGAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGAC
* * * * * ** * *
20578 TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGG-CTATATCAATTTGAAATTTATAATCATTCATA
64 TA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
20642 TAGTATTGACTATTTCAATTGGTTT-G-ACAATTAAATTTATTTTTTTAATTTTCTT
127 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTA-AACT-AATTTA-TTTTTTAAATTTCTT
** * * ** ** *
20697 GGTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAA
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATG-A
* * * * *
20760 C-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
63 CTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** ** ** * ** * * * *
20824 TAAACAAAACTATTTGAAAAGGTTTGGTAAACGGATTTACTTTTCAAATCTCTA
127 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * *
20878 ACTAATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
1 ACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATG-A
* * * *
20941 CAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * ** *
21004 AGT-TATAATTTTTTGAACTAG-TTCGATAAA-TAGAATT-TTTTAAAAATCTCTT
128 AGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * * * * * *
21056 CCTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAGTTTTA-TTTTATTCCAAATAAACTTGTACGAG
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGA-
* * ** * * ** * *
21119 CTAAAATAGTTGCTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATATTTAATTGTTCACAT
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
21184 AATCTCAACTGTTTGAACTAGTTT-GCAAGC-AGATTTAATTTTTT-AATCTCTT
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTA-ATTT-ATTTTTTAAATTTCTT
* * * * * ** *
21236 AGTTATGAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAA-ATTAGTATGAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTT-GTATG-A
* * * ** * * * *
21299 CAAAAATAATTGTTTTACAACAAAAAAAAAGGTTATAAC-AATTGAAATAGATAATTATTCGAAT
63 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
21363 GGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTGAAC-AGATTTATTTTTTAAA--TC-T
128 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * *** *
21413 -CTTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-TT
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGACT
* * * *
21475 GAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 --AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * ** ** * *
21540 GGCCATAATTA-TTGATTTTATTT-GTAAACTAA-TTATTTTTTGAA-TCCTT
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* * * * * ** * *
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1 -ACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTTA-TCCGAATAAG-C-TTGTA
* * ** *
21652 TGAACT-AAACAA-TCTTTTATTGAC-AAAC-AAAGTTCATAATAATCT-AAATAGATAA-TATT
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* *
21826 C-AAATACAA-T-TTTT-GGACACAAA-AAAAGGT-ATAATG-TTTGAAATAGATAA-T-TTCAA
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* * * * * * * *
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126 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * *
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1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATG-AC
* * * * * * *
21992 TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATGATGATTTTAAATAGACAATTATTCGAATA
64 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** * *
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* * *** * *
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* * * * * * * * *
22171 CTGAAACAATTCTTTGATGTCAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGACT-
* * * * * *
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65 -AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
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129 GTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTTAG-TAAACTAATTTATTTTTTAAATTTCTT
** * * *
22647 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAACTTATGTGA-
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* * * *
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* * * * * ** **
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* * * *** * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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1 ACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGACT
* * * ** * * * ** *
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* * * *
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129 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTA-AACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
** * * ** * ** ** * *
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* * * * * * *
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65 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
23498 GTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAA-TAGATTTAGTTTTTAAATCT-TT
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* * ** * * * *
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1 ACTT-ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTA-TG
* * * * *
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62 ACTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
*
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Found at i:18266 original size:34 final size:34
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18059 AACAAAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGTTTTGAAACAGTTAATTATTCAA
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*
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* * *
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* * * * * * *
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66 ATAGTTAAAACTATTCGAAATGATTCAATAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCCTACTGATAAAT
* * * * * * *
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TTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTCTATCTCCAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTG
TTTTATAACAAACTTATATT
Found at i:20705 original size:183 final size:180
Alignment explanation
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20402 AATTTATTTT
*
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* *
20477 ACTAGTTTGGCAATTAGATTTTTTTTATAATTTTCTTGGTTATTAAG-TTTCATAATAATTATTA
65 ACTAGTTTGACAATTAAATTTTTTTTATAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTCA-AAT-ATTATTA
* *
20541 AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAATAATGTGAATAGAACCAATTGTTTG
128 AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAACAGAACCAATTGTTTG
* * * *
20594 ATGACAAAACAAAAGGCTATATCAATTTGAAATTTATAATCATTCATATAGTATTGACTATTTCA
1 ATGACAAAACAAAAGG-TATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCACATAGTATTGACTATTTAA
* * * *
20659 ATTGGTTTGACAATTAAATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAA
65 ACTAGTTTGACAATTAAATTT-TTTTTATAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTCAAATATTATTAA
* *
20724 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTG
129 ATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAACAGAACCAATTGTTTG
* *
20776 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 ATGACAAAACAAAAGG-TATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCA
20822 AATAAACAAA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 20, Indels: 6
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
182 172 0.84
183 29 0.14
184 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATGACAAAACAAAAGGTATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCACATAGTATTGACTATTTAAA
CTAGTTTGACAATTAAATTTTTTTTATAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTCAAATATTATTAAAT
TAATATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAACAGAACCAATTGTTTG
Found at i:21108 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 20707--21539 Score: 799
Period size: 359 Copynumber: 2.3 Consensus size: 359
20697 GGTTATTAAG
** * * *
20707 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAAC-AGAACCAATT
1 TTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTACGAACTA-AAACAATT
*
20771 G-TTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAACAAAACT
65 GCTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAACAAAACT
* * * * *
20835 ATTTGAA-AAGGTTTGGTAAACGGATTTACTTTTCAAATCTCTAACTAATTAATTTT-TTAAATA
129 ATTTGAACAA-GTTT-GCAAACAGATTTAATTTTCAAATCTCTAACTAATGAATTTTCAT-AATA
**
20898 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTT-GTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGAC
191 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA-TTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAAC
*
20961 AAAACAAAAA-GTAATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAG
255 AAAA-AAAAAGGTAATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAG
21025 TTCGATAAATAGAATTTTTTAAAAATCTCTTCCTTATAAAA
319 TTCGATAAATAGAATTTTTTAAAAATCTCTTCCTTATAAAA
* * * * * *
21066 TTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTACGAGCTAAAATAGTTG
1 TTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTACGAACTAAAACAATTG
* * * ** * * * ** *
21131 CTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATATTTAATTGTTCACATAATCTCAACTGT
66 CTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAACAAAACTAT
* * ** * * * *
21196 TTGAACTAGTTTGCAAGCAGATTTAATTTTTTAATCTCTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATT
131 TTGAACAAGTTTGCAAACAGATTTAATTTTCAAATCTCTAACTAATGAATTTTCATAATATTAAT
* * *
21261 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTACAACAAAAAA
196 AAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAAAAA
* * * * * * * * * * * *
21326 AAAGGTTATAACAATTGAAATAGATAATTATTCGAATGGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTG
261 AAAGGTAATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAGTTCGATA
* * ** *
21391 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC---T--AA
326 AATAGAATT-TTTTAAAAATCTCTTCCTTATAAAA
* * ** ** * * ****
21421 TTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATT
1 TT-TTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTACGAACTAAAACAATT
** * * ** *
21486 ATTTTATGACAAAACAAAAGCTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 GCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
21540 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 82, Indels: 21
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
355 4 0.01
356 93 0.24
357 3 0.01
358 87 0.23
359 177 0.46
360 19 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTACGAACTAAAACAATTG
CTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAACAAAACTAT
TTGAACAAGTTTGCAAACAGATTTAATTTTCAAATCTCTAACTAATGAATTTTCATAATATTAAT
AAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAAAAA
AAAGGTAATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAGTTCGATA
AATAGAATTTTTTAAAAATCTCTTCCTTATAAAA
Found at i:23542 original size:721 final size:720
Alignment explanation
Indices: 19964--23706 Score: 2610
Period size: 721 Copynumber: 5.3 Consensus size: 720
19954 GCTAAGTCGA
* * * *
19964 TAAACAAATATATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATCTTA-GAAATATTAAT-AATTTGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAT-TTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
20027 TTTTATTCTGTATAAGCTTGTATTAACTAAAACAA-TGCTTTATGGCAAAAC-------AA-AA-
65 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAT
* * ** * *
20082 GA--T--CATA-ACAATT-TT-AAATAACACTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TTGATTTT
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT-A-TTT
* *
20139 ATTTTTTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTC-C
193 A--TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * *
20199 AAGTAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTCTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
256 AA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAA
* * * * * * ** *
20264 TAGATAATTGTTCTAGTGGTCTTAACCATATGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAAT
320 TAGATAATTGTTCTAATAGT-TTAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
20329 CTCTTCCTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTTGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT
384 CTCTTACTTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAC
* * * *
20394 GAACAAAA-AATTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATAATCATTCA
449 AAACAAAACAA-TTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCA
* * * * * * * *
20458 CATAGTATTGACTATTTAAACTAGTTTGGCAATTAGATTT-TTTTTATAATTTTCTTGGTTATTA
512 AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATCAGATTTATTTTT-TAA-TCTCTTAGTTATTA
* * * * *
20522 AGTTTCATAATAATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAATAATGTGAATAGAACCAA
575 AGTTTCAGAAT-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAA
* * ** * * *
20587 TTGTTTGATGACAAAACAAAAGGCTAT-ATCAATTTGAAATTTATAATCATTCATATAGT-ATTG
639 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TA
* *
20650 ACTATTTCAATTGGTTTGA
702 ACTATTTGAATTGGTTTGG
* ** * * *** * *
20669 CAATTAAATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACATATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * * *
20733 ATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAA
64 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
** * * * *** **
20798 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-AACAAAACTATTTGAAAAGGTTTGGTAAACGGATTT
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT
* * ** * * * *
20862 ACTTTTCAAATCTCTAACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGA
193 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GA
* * * * *
20926 ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAC-ATTTGAAATA
257 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATA
* * * * * **
20989 GATAATTGTTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACT-AGTTCGATAAATAGAA-TT-TTTTAAAAAT
322 GATAATTGTTCTAATAGTT-TAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * * *
21051 CTCTTCCTTATAAAATTTTG-AAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
384 CTCTTACTTAT-TAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTA
* * * * * * ** **
21115 CGAGCTAAAATAGTTGC-TTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATATTTAATTGTT
448 CAAAC-AAAACAATT-CTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATT
* * * * * * *
21179 CACATAATCTCAACTGTTTGAACTAGTTT-GCAAGCAGATTTAATTTTTTAATCTCTTAGTTATG
510 CAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATCAGATTT-ATTTTTTAATCTCTTAGTTATT
* * * * * * * *
21243 AATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTAGTATGAACAAAAATAA
574 AAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAA
** * * * *
21308 TTGTTTTACAACAAAAAAAAAGGTTATAACAA-TTGAAATAGATAATTATTCGAATGGTCATAAC
639 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
21372 TATTTGAATTGGTTTGG
704 TATTTGAATTGGTTTGG
* * *
21389 TGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TAATT--CTTA--AAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
21449 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGT---TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTAAT
65 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTAT-TAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT
* ** * ** * *
21511 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA-TTGATTTTATTT-GTAAAC-TAAT
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATT
* * * *
21573 TATTTTTTGAATC-CTTAAT-TTATTAATTTTAAAT-AATATTAATTAA-TATGT-TATATTTTA
192 TATTTTTTAAATCTCTT--TCTTATTAATTTT--TTGAATGTTAATAAATTA-GTAT-TATTTTA
* * * * * *
21633 TTTTGGATAAGCCTTTTTATGAACT-AAACAA-TCTTTTATTGAC-AAAC-AAA-GTTCATAATA
251 TTCTGAATAAG-C-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTT-AGAACA
* * * * * *
21693 ATCT-AAATAGATAATAT-TATCTAAAAATTATAAC---TT----TGATTCGGTAAATAGAATTT
312 ATTTGAAATAGATAAT-TGT-TCTAATAGTT-TAACTATTTGAACTGATTTGATAAACA-AATTT
* * * * * * * *
21749 ATTTTTTCAAATCT-TTAGTTATTAATATT-ATAAGTGTTAATAAAATA-T-TTATTTTATTTTC
373 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCC
** * ** * **
21810 -AATAATTTTGCATGAACAAATACAA-T-TTTT-GGACACAAA-AAAAGGT-ATAA-TGTTTGAA
435 GAATAAGCTTGTACAAACAAA-ACAATTCTTTTATGACA-AAACAAAA-GTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * * *
21868 ATAGATAAT--TTCAAAT-GAC-TGACAATTT-AACTGATTTGGTAA-AAAATTAACTTTTTAAA
497 ATAGATAATCATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATCAGATTTA-TTTTTTAA
* * * * ** *
21927 TCACTTA-TAATT---TTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGT
561 TCTCTTAGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAAATAGT
* * * * * * * *
21986 ATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATGATGATTTTAAATAGACAATTATT
625 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
* * ** * * *
22051 CGAATAATTGTAACTATTTGAATTTGTTCGA
690 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGG
* * * * * * *
22082 CAAA-AAAGCTTATTTTTTAAA-CTCTTTCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTAGTATTA
1 TAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
22145 TTTTATTTTAGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTCTTTGATGTCAAAGCAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAT
* * * * * * * *
22210 GATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAGAGATTTGT
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT-A
* * * * *
22275 TTTTTTCAAATCT-TTTACGTATTAATTTTTTGGATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAA
194 TTTTTT-AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * * * *
22339 ATAAGCATGTAAGATA-TGAAACAAATATTTT-TAACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAAT
257 ATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAAT
* * * * *
22402 AGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTG-GTTCA-ATAC--ATTTATTTTTTAAATC
321 AGATAATTGTTCTAATAG-TTTAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
*** * *
22463 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATCATTAAATTAGTATTATTTTTAA-CCGAATAAGCTTCTAT
385 TCTTACTTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAATCCGAATAAGCTTGTA-
* * * * * * * *
22527 GATAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTATTCA
448 CA-AACAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCA
* * * ** * * * *
22591 AATGGTCATAACT-TTTTAATCTGGTTTGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTA
512 AATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTTGGCAATCAGATTTATTT-TTTAATCTCTTAGTTATTA
** * * * *
22655 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAT-AA-A-AA
575 AGTTTCAG-AATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAA-ATA-GT-ATGAATAGAA
* * * * * * * *
22716 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCCAA-CGACC
635 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TC
* * * ** *
22780 ATAATTATTTTAACTAATTCGG
699 ATAACTATTTGAATTGGTTTGG
* * * * *
22802 TAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACATATTAATTTAGGAAAAAATAATAAATTAGTATTTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * *
22867 TTTATTTTATCTAAGCTTGTATTAACTGAAATATTTGTTTTATGGCAAATCAAAAGGTTATAACG
66 TTTATTTTAAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATG
* *
22932 ATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTAGT
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-T
*
22997 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATA
195 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* **
23061 AGCTTGTATG-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAT
260 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGAT
23125 AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
325 AATTGTTCTAATAGT-TTAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
23190 ACTTATTAATTTTTGAAAAT-TTATTAAATTAGAATTATTTTAATCCGAATAAGCGTGTACAAAT
389 ACTTATTAA-TTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACAAAC
* * ** * * * *
23254 AAAACAATTCTTATACGACAAAACTTCAAGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAG
453 AAAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG
*** * * * *
23319 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTC
517 TCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATCAGATTTATTTTTTAA-TCTCTTAGTTATTAAGTTTC
* * * *
23384 AGAATATTTTTGAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTG
581 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *
23449 ATGACAAAA-TAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
646 ATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
23513 AATGGTTTGG
711 ATTGGTTTGG
* * * *** *
23523 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-TTA-ATTGATTAATTTTCTAAAAATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACA-T-ATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
23586 ATTTTATTTTGAACAAACTTATACTAAC-AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATA
64 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATTAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
* * * *
23650 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAA
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
23707 GTTATAATTA
Statistics
Matches: 2350, Mismatches: 519, Indels: 322
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
691 1 0.00
692 79 0.03
693 58 0.02
694 2 0.00
696 108 0.05
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718 16 0.01
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726 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (720 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTAAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATT
TTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCTAATAGTTTAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACAAACAAA
ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCTT
AACTATTTGAACTGGTTTGGCAATCAGATTTATTTTTTAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAGAAT
ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
TTTGG
Found at i:24071 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 23730--25646 Score: 1499
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
23720 TTTTGTTTTG
* * * * * * * * **
23730 TCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCTTAAAAAAATTATTTCAATCCATATAAGCTTA-TTCA
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * ** * * * *
23794 ATATAAAATAATAGTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTTATAGATTTAAAAAATGAAT
66 A-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
23859 CTGTTTATCGATCAAGTTTAAATAATTATGACTTTTTGAATAATTATCTATT
130 CTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * * * *
23911 TAAAATCGTTATAACCTTTTGCATTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTTG
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * * * *
23976 AATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAACTAAATC
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
24041 TATTTATTGAGCAAGTTCAAGTTGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATT
131 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATT
* ** * * * *
24092 TCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGG
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * ** * * *
24157 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
24222 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
131 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
24273 TCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAACCTTA-TTT
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTT
* *
24336 GAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAA-AGAGTAAAAGAATTAAAAAAAT
65 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAAT
* * *
24399 GAATCTATTTAGTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATT
126 AAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
24455 TCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGGTTCTAATCATGCAAGCTTATATT
1 TCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
* *** * *
24520 GAACAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAGAAAATAAA
65 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
24583 ACTATTT-TTGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATCTATT
129 TCTATTTATTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * *
24635 TCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCA-AGCAAGCTTATTCA
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATT-T
** * *
24699 T-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAA-T--T-A--AAAACATTTAAAGAATAAA
64 TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
24756 TTTGTTTACCGAGCAAGATCAAATAGTTATGACCATTTGTATAATTATTTATT
129 TCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
24809 TCAAATCGTTATGA--------TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAACTTTATTTG
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTT
** *
24865 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCT-A-AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* *** * * * *
24928 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATT
128 ATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * ** *
24982 TCAAATCGTTATGACATTTTGTTTT-TTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAG
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * * * * *
25046 AATAAAATCATGCTAATTTATTACTATTTCA-AAAATTAATAAG----AGATTTTAAAACTAAAT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * *
25106 CTCTTTA-CCAAAATAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA-CTTATC
130 CTATTTATTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATT
* * * * * *
25158 TCAAATCGTTATGA--TATTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTACTCATACAAGCCTATTTG
1 TCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
* * * * * *
25221 GAGA-AAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTA-AACATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAA
65 GA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * *** * * * * *
25283 ATGTGTTT-GCCAATCCAGTTCAAAAAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
128 ATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *
25337 TCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATACA-CTTA-TT
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTT
* * *
25399 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAA-AAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAAA
64 TG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT
* * ** * *
25462 ATAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATT
126 A-AATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ***
25519 TAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCA
1 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTT
* * * * * * * *
25583 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTA-AAAATTGATAA-TTAGAGATTTAAAACATAAA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
25646 T
129 T
25647 TAGTTATCTA
Statistics
Matches: 1402, Mismatches: 266, Indels: 137
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 57 0.04
167 6 0.00
168 2 0.00
170 1 0.00
171 1 0.00
172 4 0.00
173 87 0.06
174 49 0.03
175 16 0.01
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177 2 0.00
178 6 0.00
179 132 0.09
180 200 0.14
181 419 0.30
182 211 0.15
183 77 0.05
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
Found at i:25812 original size:325 final size:327
Alignment explanation
Indices: 25393--25995 Score: 824
Period size: 325 Copynumber: 1.9 Consensus size: 327
25383 TTCATATACA
25393 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
* *
25458 AAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTT-AA
66 AAAAATAATTTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACATTTCAA
*
25522 AATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
131 AATC-TTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATCCAAAA
* * * * * * * * *
25586 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAA-TTAGAGATTTAAAACATAAATTAG
194 TAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTAG
*
25650 TTAT-CT-AATCAATTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGCAATAAAACAATTATTTTTCATCAT
259 TT-TGCTGAACCAATTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGCAATAAAACAATTATTTTTCATCAT
25713 ACTAG
323 ACTAG
* * * * *
25718 CTTATTTGAAATATATTAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGGAGATTTA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAA-GAAATTTA
* * *
25782 AAAAATA-AATTTATTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
64 AAAAAAATAATTTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACATTTC
** * * * * ***
25846 AATTTCTTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAA
129 AAAATCTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAA
* *
25911 TAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTG
194 TAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTAG
25976 TTTGCTGAACCAATTCAAAT
259 TTTGCTGAACCAATTCAAAT
25996 AGTTAAGGTT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 32, Indels: 12
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 182 0.76
326 45 0.19
327 12 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (327 bp):
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
AAAAATAATTTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACATTTCAA
AATCTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATA
AAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTAGTT
TGCTGAACCAATTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGCAATAAAACAATTATTTTTCATCATACT
AG
Found at i:26099 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 25662--27063 Score: 1210
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 179
25652 ATCTAATCAA
* ** *
25662 TTCAAATCATTATGA-ACTTTT-TTTTG-CAATAAAACAATTATTTTTCATCATACTAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * *
25724 -TGAAATATATTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGAGATTTAAAAAAT
63 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT
* ** * * * *
25788 AAATTTATTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
125 AAATTTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * *
25843 TTCAATTTC-TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-
1 TTCAA-ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
25906 TGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAA
64 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * *
25971 ATTTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTAT
127 ATTTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* ** * *
26024 TTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTT-GTTCATAC-AAGCTTATTC
* * * * ** *
26088 AGAACAAAATAAAACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATTTGTAAGAGATTTAAAAAATAAT
64 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * **
26153 TTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTAT
128 TTTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * * **
26205 TTCAAGTCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
26270 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAGAAAATTTAAAAAA-AAA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
26334 ATTGCTTAATAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTAT
128 TTTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * *
26386 TTCAAAT-AGTTATGACCATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-TGTCTTAT
1 TTCAAATCA-TTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAG-CTTAT
* * *
26449 TCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAAT
62 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT
* * * ** * *
26513 GAATCTGTTGGTA-T-AACCGACGCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
125 AAATTTGTT--TACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * *
26568 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTGTTACCTACAAGCTTATTC-
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTT-CATACAAGCTTATTCA
* * * * *
26632 GTAATAACATAATTCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAA
65 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
26697 TCTGTTCA-TAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTCTAT
128 TTTGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TAT
* ** * * * * *
26748 TTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTTA
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * *
26813 -AATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * *
26876 TCGTTTA-TAAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATTTAT
129 TTGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* *
26927 TTTAAATCATTATGAC-TTTTGGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * *
26991 ATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAA
64 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
*
27055 ATATGTTTA
127 ATTTGTTTA
27064 TCTTTTAAAT
Statistics
Matches: 988, Mismatches: 192, Indels: 82
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 24 0.02
179 123 0.12
180 156 0.16
181 455 0.46
182 223 0.23
183 5 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
Found at i:26141 original size:507 final size:505
Alignment explanation
Indices: 25234--26151 Score: 1120
Period size: 507 Copynumber: 1.8 Consensus size: 505
25224 AAAAATATTG
* * *
25234 CTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAATCC
1 CTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAATCC
* * * * *
25299 AGTTCAAAAAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGT
66 AGTTCAAAAAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGT
* * * *
25364 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATACACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
131 CATAAAATAATTATTTCAGTTCATACACACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAACAT
*
25429 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTT
196 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
25494 ATGACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTG
261 AAGACTATATGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATAACATTTTATTTTATCATAAAATAATTG
* * ** * * * *
25559 TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAT
326 TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAAAACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAAT
*
25624 AATTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTATCTAATCAATTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGC
391 AATTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTATCTAATCAATTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGC
25689 AATAAAACAATTATTTTTCATCATACTAGCTTATTTGAAATATATTAATA
456 AATAAAACAATTATTTTTCATCATACTAGCTTATTTGAAATATATTAATA
* * *
25739 CTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
1 CTAAATTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA--AGATTTAAAAAATAAATGTATTTACC-A
* * * * * * *
25803 A-CTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTC-TTATAACTTTTTAT
62 ATCCAGTTCAAAAAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAA-ATCGTTATAACCTTTTAT
*
25866 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACA-AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTA
126 TTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACACA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTA
* ** * * *
25929 ATAATATTCTGAAAATTAATAA-CTAAGAGAA-TTAAAAAATA-AATTTGTTTGCTGAACCAA-T
189 ATAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGA-AATTTAAAAAAAATAATTTGTTTACCGAA-CAAGT
** * ** * * * *
25990 TCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCAT
251 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATAACATTTTATTTTATCAT
* * * * * *
26055 AAAATAATTTTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTCAGAACAAAATAAAACAAATTTATTAACATTT
316 AAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAACAAAATAAAACAAATTTATTAACATTT
*
26119 CAAAAATTAAT-TTGTAAGAGATTTAAAAAATAA
380 CAAAAATTAATAAT-T-AGAGATTTAAAAAATAA
26152 TTTTATTTAC
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 58, Indels: 24
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 30 0.09
506 127 0.37
507 177 0.52
508 7 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (505 bp):
CTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAATCC
AGTTCAAAAAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGT
CATAAAATAATTATTTCAGTTCATACACACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAACAT
TCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
AAGACTATATGAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATAACATTTTATTTTATCATAAAATAATTG
TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAAAACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAAT
AATTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTATCTAATCAATTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGC
AATAAAACAATTATTTTTCATCATACTAGCTTATTTGAAATATATTAATA
Found at i:26591 original size:544 final size:539
Alignment explanation
Indices: 25662--27062 Score: 1452
Period size: 544 Copynumber: 2.6 Consensus size: 539
25652 ATCTAATCAA
* * *
25662 TTCAAATCATTATGAA-CTTTT-TTTTG-CAATAAAACAATTAT-TTTTCA-TCATACTAGCTTA
1 TTCAAATCACTAT-AACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAA--ATGTTTT-ATTCAAACAAGCTTA
* * * *
25722 TTTGAAATATATTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGAGATTTAAAAAA
61 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTTAAAAAA
* * *** * * * *
25787 TAAATTTATTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTC
126 -AAAATT-CTTAATAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA-ATA
* * * * *
25852 TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGT-TTATT-TGAAATAAA
188 TTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTCTTATTCAG-AATAAA
* * ** * *
25915 ATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTG
251 ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTG
** ** * * * ** *
25980 CTGAACCAATTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTT
316 CTGAACCAACGCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTT
* * * *
26045 GTTTTATCATAAAATAATTTTTTTAGTT-CTTACTAA-CTTATTCAG-AACAAAATAAAACAAAT
381 GTTTTATCACAAAACAATTGTTTT-GTTACCTAC-AAGCTTATTC-GTAACAAAATAAAACAAAT
*** * * *
26107 TTATTAACATTTCAAAAATTAATTTGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTATTTACCAAACCAGT
443 TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTATTCA-CAAACAAGT
26171 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTAT
506 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTAT
* * * * * * *
26205 TTCAAGTCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTATTTG
1 TTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTATTCAAACAAGCTTATTTG
* * * *
26270 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAGAAAATTTAAAAAAAAAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTTAAAAAAAAAA
* * *
26335 TTGCTTAATAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATG
130 TT-CTTAATAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATA-TTATG
* * *
26400 ACCATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-TGTCTTATTCAGAATAAAGTAAT
193 A-C-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * *
26464 GCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTG-TTGGTAT
256 ACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-GAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-G
* * * * *
26527 AACCGACGCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
319 AACCAACGCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTT
* * ** *
26592 TTATCACAAAACAATTGTTTTGTTACCTACAAGCTTATTCGTAATAACATAATTCTAATTTATTA
384 TTATCACAAAACAATTGTTTTGTTACCTACAAGCTTATTCGTAACAAAATAAAACAAATTTATTA
* * *
26657 ACATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTCATAAACAAGTTCAAATAG
449 ACATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTCACAAACAAGTTCAAATAA
**
26722 TTATGACTATTTGAACAATTTTCTAT
514 TTATGACTATTTGAACAATTACCTAT
* * * * * *
26748 TTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTTA
1 TTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTATTCAAACAAGCTTATTTGA
* * *
26813 AATAAAATAATACAAATTTGTTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAA-AAAATTT-AAAAATAAA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAAAATTTAAAAAAAAAA
* * * * *
26875 TTCGTTTATAAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTAT
130 TTC-TTAATAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTAT
* * * *
26940 GACTTTTGGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCATATTAAAATAAT
192 GACTTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
27004 ATTAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAATATGTTT
256 ACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGTTT
27063 ATCTTTTAAA
Statistics
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Consensus pattern (539 bp):
TTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTATTCAAACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTTAAAAAAAAAAT
TCTTAATAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATTATGACT
TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGTCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACCAAC
GCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCAC
AAAACAATTGTTTTGTTACCTACAAGCTTATTCGTAACAAAATAAAACAAATTTATTAACATTTC
AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTCACAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
TATTTGAACAATTACCTAT
Found at i:27721 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 27096--28048 Score: 843
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 180
27086 TTGTTTCATT
* * * * ** * *
27096 ATAAAACAATT-ATACTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATCTATTAAGAT
1 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* ** *
27160 TATGAAAATTAAGGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTA
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* * ** *
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* * *
27276 ATAAAACAATTGTTTCT-TTCATATAAGCTTATTCCAAA-AAAATAATATAAATTTATTAATA-T
1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
27338 TCCAAAATTTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAATTTTGTTT-TCTGAACATGTTCAAATAGTTA
66 TTGAAAA-TTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTTAAATAGTTA
* **
27402 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG--A---CCTTTT-T-
129 TGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTGTC
* * * *
27447 ATAAACCAATTGTTT-TGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
27511 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAGCAAGCTCAAATAGTTAT
66 TTGAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTAT
* * *
27576 GATTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTGTC
130 GACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTGTC
* * * *
27627 ATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * *
27692 TTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTT-AATAGTCAT
66 TTGAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTAT
* * * * * * * *
27756 GTCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCA-CTAAGATCTTTTGTTTTTGTC
130 GACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTT-ATTTTGTC
** * *
27808 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATATTGATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
27872 TTTGAAAATCAAT-A--AGAGATTCAAAAACTAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATACTTAT
65 TTTGAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTAT
* * * * *
27934 GACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAT-CTTTATTTTGTC
130 GACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTGTC
* * * * * * * * * *
27984 ATAGAATAGTTGTTTTTTTTTTCATATAAGCTTATTCGAATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
1 ATAAAACAATTG--TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
28049 AAAAATAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
TTGAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATG
ACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTGTC
Found at i:28822 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 28079--29079 Score: 712
Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 179
28069 GAACCAATTT
* * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * *
28144 AACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTT-TTGTAGAATAAAATAATACTTATTTATTAACATT-AG
66 AACAATTGTTTCAG-TTATACAAGCTTATT-CA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA-
* * ** * *
28207 AAAAATTAAT----AAAAGATTT-AAAAA-AATTTTGTTTACCGAATATGCTC
127 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACATGTTC
* * * *
28254 AATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * * * * * *
28319 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTC-A
66 AACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAA
* * * * * * * *
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128 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAT-GTTC
** * * * * *
28435 AAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATTTTAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * * * * ***
28499 AAAAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAATAACAATAATACTAATTTAATAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTC-AGTTATACAAGCTTATTCAAATAA-AATAATACTAATTTATTAACATTCAAA
* * * * * *
28564 AAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCA-GTTC
129 AAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACATGTTC
* * * * ** * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTAGTCATA
* * *
28679 AAATAATT-TTTCAGTTATACAAGCTTATTCGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
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*
28743 AATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACATGTTC
130 AATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACATGTTC
* * * * * * * *
28794 AAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATATAAAATCGTTATCAACTTTTGATTT-GTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATA
* * * * * * ***
28858 AAACAGTTGTTTCAGTTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTTG
65 AAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAA
* * * ** * *
28922 AAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCAATTTACCGAATCA-GTTC
128 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACATGTTC
* * * * * ** **
28974 AAATACTTATG-GTCATTTGAACAATTATCCATTTTAAATC-TCTATTACCTTTCATTTTTTCAT
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* *
29037 AAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
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29080 CATTATTACC
Statistics
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AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAA
AACAATTGTTTCAGTTATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAA
ATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACATGTTC
Found at i:29118 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 29016--29146 Score: 208
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
29006 TTTAAATCTC
* * *
29016 TATTACCTTTCATTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATC
1 TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATC
29081 AT
66 AT
* * *
29083 TATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACCTATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
29147 AATAGTAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATC
AT
Found at i:29451 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29076--29897 Score: 671
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
29066 ATTTGAAATA
* ** * * *** * * * **
29076 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACCTATAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * *
29141 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TAT
66 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCT
* * * * *
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130 ATTTACAAAAC-AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
29253 AAA--ATGTAATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACACGTTTATTCAA
1 AAATCAT-T-ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAA
* *
29316 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
29381 C-ATTTGTCGAATCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTC
128 CTATTT-ACAAAACAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
29434 AAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTCAGAA
1 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
* ** * **
29499 TAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCT
66 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCT
* * *
29563 ATCTACCAAACTAGTTCAAATAAG-TATAACTATTT-AAGCAATTATCTATTTC
130 ATTTACAAAAC-AATTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC
* * * *** * * * * **
29615 AAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGGCTATTTTTGTTCATATAAGTCTGTTTGAAA
1 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * ** *
29680 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTGTGAGATTTAAAAAGTAAA-TCT
66 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCT
* * * * ** *
29744 ATTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTC
130 ATTTA-CAAAACAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *** ** * * * * *
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1 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
*
29861 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAA
66 TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTGAAAATTAA
29898 GAACCAAGAA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 106, Indels: 44
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTA
TTTACAAAACAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:29645 original size:606 final size:605
Alignment explanation
Indices: 28470--29646 Score: 1273
Period size: 606 Copynumber: 1.9 Consensus size: 605
28460 TATCAATTTT
* *
28470 AAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAATA
1 AAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAATA
* * *
28535 ACAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATGTGT
66 ACAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * **
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130 TTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAAATGTAATAACCT
* *
28665 CTTTTTTAGTCCTAAAATAATTTTTCAGTTATACAAGCTTATTCGAATAAAAAAATACTAATTTA
195 CTTTTTTAGTCATAAAATAATTTTTCAGTTATACAAGCTTATTCAAATAAAAAAATACTAATTTA
* * * *
28730 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACATGTTCA
260 ATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACGAAACATATTCA
* * *
28795 AATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATATAAAATCGTTATCAACTTTTGATTTGTTATAAA
325 AATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATATAAAATCGTTATCAACTTTTGATTTGTTATAAA
* * * ** * * *
28860 ACAGTTGTTTCAGTTCATAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTTGAAA
390 ACAATTATTTCAGCTCATAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTCAAA
* * * ** **
28925 ATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCAATTTACCGAATCAGTTCAAATACTTATGGTCAT
455 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCAATCTACCAAATCAGTTCAAATAAGTATACTCAT
* *
28990 TTGAACAATTATCCATTTTAAATCTCTATTACCTTTCATTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCAT
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29055 CATACAAGCTTATTTGAAATA
585 CATACAAGCTTATTTGAAATA
* * * * * *
29076 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAA-CCTATAAGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCT-AATCATACAAGCTTA-TTCAA
* * *
29140 ATAA-AATAATAGTAATTTATTAATA-TTTCAAGAA-T-T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
63 ATAACAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAA-AATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * *
29200 TGTTTACTAAA-CTAGTTCAAATAGTTATA-AGTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAATGTAAT
127 TGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAAATGTAAT
** * * *
29263 AACCT-TTTGTTCT-GTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACACGTTTATTCAAAATAAAATAA
190 AACCTCTTT-TT-TAGTCATAAAATAATT-TTTCAGTT-ATACAAGCTTATTC-AAATAAAAAAA
* **
29326 TACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAA-CTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTCAT-TTGT
250 TACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAA-TC-TGTT-T
* * * * * *
29388 -CGAATCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
311 ACGAAACATATTCAAATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATATAAAATCGTTATCAACTTT
* * * *
29451 T-ATTT-TATCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAAT
376 TGATTTGT-T-ATAAAACAATTATTTCAGCTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAAT
* ** * * * *
29514 TTGTTAATA-TTTCAAAATTTTGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATCTACCAAA-CTAG
438 TTATTAATATTTTCAAAA-TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCAATCTACCAAATC-AG
* * **
29577 TTCAAATAAGTATAACT-ATTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCAT-TATTACTTTTTGTTTTG
501 TTCAAATAAGTAT-ACTCATTTGAA-CAATTATCCATTTCAAATC-TCTATTACCTTTCATTTTG
29639 TCATAAAA
563 TCATAAAA
29647 TGGCTATTTT
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 79, Indels: 46
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (605 bp):
AAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAATA
ACAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAAATGTAATAACCTC
TTTTTTAGTCATAAAATAATTTTTCAGTTATACAAGCTTATTCAAATAAAAAAATACTAATTTAA
TAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACGAAACATATTCAA
ATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATATAAAATCGTTATCAACTTTTGATTTGTTATAAAA
CAATTATTTCAGCTCATAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTCAAAA
TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCAATCTACCAAATCAGTTCAAATAAGTATACTCATT
TGAACAATTATCCATTTCAAATCTCTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATC
ATACAAGCTTATTTGAAATA
Found at i:29856 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 29131--29887 Score: 830
Period size: 362 Copynumber: 2.1 Consensus size: 358
29121 ACCTATAAGC
* *
29131 TTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
29196 AATATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAAGTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAATGTA
66 AATATATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAATGTA
* * *
29261 ATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACACGTTTATTCAAAATAAAATAA
131 ATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAACTATTTTTGTTCATACAAGTCTATTCAAAATAAAATAA
** *
29326 TACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGTCGA
196 TACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCAA
* * *
29391 ATCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTT
261 ACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
* * *
29456 TATCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGT
326 TATCATAAAACAATTAGTTCAGCTCAAACAAGT
* *
29489 TTATTC-AGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAA-AATTTTGTAAGTAAGAGATTTAA
1 TTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA---T-T-AGTAAGAGATTTAA
* * *
29552 AAAATAATTCTATCTACCAAACTAGTTCAAATAAG-TATAACTATTT-AAGCAATTATCTATTTC
60 AAAATAAATATATCTACCAAACTAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAA-AAATTATCTATTTC
* * * ** * * **
29615 AAATCAT-T-ATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGGCTATTTTTGTTCATATAAGTCTGTTTGA
123 AAA--ATGTAATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAACTATTTTTGTTCATACAAGTCTATTCAA
* * * *** *
29678 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTGTGAGATTTAAAAAGTAAA-
186 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-GAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
29741 TCTATTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
250 TC-ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * * * *
29806 AATCTTTTATTTTGTCATCAAACGGTTGGTTCTG-TCCAAACTATT
314 AACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTAGTTCAGCT-CAAACAAGT
*
29851 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
29888 TGAAACTTAA
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 58, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 3 0.01
358 34 0.10
360 1 0.00
361 7 0.02
362 276 0.84
363 4 0.01
364 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATATATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAATGTA
ATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAACTATTTTTGTTCATACAAGTCTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCAA
ACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
TATCATAAAACAATTAGTTCAGCTCAAACAAGT
Found at i:29863 original size:787 final size:783
Alignment explanation
Indices: 28287--29866 Score: 1739
Period size: 787 Copynumber: 2.0 Consensus size: 783
28277 ATTATCTATT
* * ***
28287 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAA
1 TAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTACAACATAAAAACTTATCCAA
* *
28352 AATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAGATTATTAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGC
66 AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAGA-TATTAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAA-C
* * * * *
28417 TATTTTTCGAACTAGTTTAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATTTTAAATCATTATGA
129 TATTTTACAAACTAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAA-CATTATAA
* * *
28482 TCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAATAACAATAATACTA
193 CCTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAATAACAATAATACTA
* * * * *
28547 ATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCAG
258 ATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAATCAA
* * * * *
28612 TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTCTTTTTTAGTCC
323 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTCTTTTTTAGTCA
*
28677 TAAAATAATTTTTCAGTTATACAAGCTTATTCGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAA
388 TAAAATAATTTTTCAGTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAA
* * * * *
28742 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGAT
453 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATCTACCAAACATGTTCAAATAGTTATAAC
* * * *
28807 TATTTCAACAATTATCTATATAAAATCGTTATCAACTTTTGATTTGTTATAAAACAGTTGTTTCA
518 TATTTCAACAATTATCTATATAAAATCATTATCAACTTTTGATTTGTCATAAAACAGCTATTTCA
* * * *
28872 GTTCATAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
583 GTTCATAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAA
* *
28937 AAAATTTTAAAAATAAATCAATTTACCGAATCAGTTCAAATACTTATGGTCATTTGAACAATTAT
648 AAAATTTTAAAAATAAATCAATTTACCAAACCAGTTCAAATACTTATGGTCATTTGAACAATTAT
* * * * *
29002 CCATTTTAAATCTCTATTACCTTTCATTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTA
713 CCATTTCAAATCTCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTCA-CAAACAAGCTTA
*
29067 TTTGAAA
777 TTCGAAA
* * * * * ***
29074 TAAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACCTATAAGCTTATTTGA
1 TAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTACAACATAAAAACTTATCCAA
* * * *
29139 AATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTC-AAGA-ATT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TA
66 AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAGATATTAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAACTA
* * *
29200 TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAAGTATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAA-ATGTAAT
131 T-TTTAC-AAACTAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAA-TATCAATTTCAAACAT-T-AT
* * ** * *
29263 AACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACACGTTTATTCAAAATAA-AATAAT
191 AACC-TTTGTTCTGTCATAAAAAAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTC-AAATAACAATAAT
*
29327 ACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTGTCGA
254 ACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATGT-ATTTGCCGA
* *
29391 ATCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
318 ATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTCTT-TT
* *
29455 TTA-TCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAA-ACTAATTTGT
381 TTAGTCATAAAATAATT-TTTCAG-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAA-AAATACTAATTTAT
* * ** * *
29518 TAATATTTC-AAAATTTTGTAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTCTATCTACCAAAC-TAGTTC
442 TAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATCTACCAAACAT-GTTC
* * * *
29580 AAATAAG-TATAACTATTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCATTAT-TACTTTTTGTTTTGTCA
505 AAAT-AGTTATAACTATTTCAA-CAATTATCTATATAAAATCATTATCAAC-TTTTGATTTGTCA
** ** **
29642 TAAAATGGCTATTTTTGTTCATATAAGTCTGT-T-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
567 TAAAACAGCTATTTCAGTTCATA-AAG-CT-TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *** * * * * *
29705 TTAGAAAATTAATCAGTGTGAGA-TTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTTAAATAGTT
629 TTAGAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAATCAATTTACCAAACCAGTTCAAATACTT
* * * * * * **
29769 TTGG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACGGT
693 ATGGTC-ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATC-TCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAACAAT
* **
29832 TGGTTCTGTC-CAAACTATTTTATTCGAAA
756 T-GTT-TGTCACAAACAAGCTTATTCGAAA
29861 TAAAAT
1 TAAAAT
29867 AATACTAATT
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 109, Indels: 54
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
781 5 0.01
782 8 0.01
783 64 0.10
784 167 0.25
785 22 0.03
786 113 0.17
787 261 0.40
788 13 0.02
789 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (783 bp):
TAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTACAACATAAAAACTTATCCAA
AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAGATATTAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAACTA
TTTTACAAACTAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAACATTATAACCT
TTGTTCTGTCATAAAAAAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAATAACAATAATACTAATT
TAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAATCAATTC
AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTCTTTTTTAGTCATAA
AATAATTTTTCAGTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA
TTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATCTACCAAACATGTTCAAATAGTTATAACTAT
TTCAACAATTATCTATATAAAATCATTATCAACTTTTGATTTGTCATAAAACAGCTATTTCAGTT
CATAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAA
ATTTTAAAAATAAATCAATTTACCAAACCAGTTCAAATACTTATGGTCATTTGAACAATTATCCA
TTTCAAATCTCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTCACAAACAAGCTTATTCG
AAA
Found at i:30762 original size:351 final size:353
Alignment explanation
Indices: 29924--30974 Score: 1065
Period size: 351 Copynumber: 2.9 Consensus size: 353
29914 AAATAATACC
*
29924 AATGATTATCAATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TTATTCA
1 AATGATTATCAATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTA-TCA
* * *
29987 TATAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGA
64 TACAAGCTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
30052 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTTTTCATATGGTTAAAACTATTAT-AACAATTATCTAT
127 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACATTT-AAATAGTTAAAACTATT-TGAACAATTATCTAT
* * * * *
30116 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTAATAG
190 TTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTAGTCATAAAAAAATTGTTTATGATCATACAAGCTTAATAG
30181 AAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
254 AAATAAA-TAATA-TAATTTAAT--AATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
* *
30246 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATACTTATTACTATATG
315 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATATG
** * * * * *
30285 AACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTAG
1 AATGATTATCAATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCA-
* * * * *
30349 TACAAGCTTATATAGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCTAAAATCAATAAGTAAGAGA
64 TACAAGCTTAT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *** *
30414 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTAAGATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTAT
127 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACATTTAA-ATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
30479 TTCAAATCATTATGACCTTTATTTT-GTTATAAAAAAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCG
190 TTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTATGATCATACAAGCTTAATAG
* * **
30543 AAGTCAA-AAT-T-A-TTAAT-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCT
254 AAATAAATAATATAATTTAATAATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTTAAAAAATAAATCT
* * *
30601 GTTTATCAAACTAA-TTCGAATAATTATGACTATTTG
318 ATTTATCAAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATATG
* * * * *
30637 AATGATTATCAATCTCAAATTGTAATGA-TCTTTGTTGTGCCATAAAACAATTGTTTCTTATCAA
1 AATGATTATCAATTTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCAT
* * * * *
30701 AGAAGCTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTCAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGATAT
65 ACAAGCTTATTAGATT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
30766 TTAAAAAATAAATGTGTTTAACAAACTATTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATT
128 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-ATTT-AAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** *
30831 TCAAATCATTTTGACCTTTTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTAAT-ATCATACAAGCTTGTTTGA
191 TCAAATCATTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAAAAATTGTTT-ATGATCATACAAGCTTAATAGA
* * *
30895 AATAAAATAATCCTAATAAATTAA-CATTCAAAAAATTAATAAG-CAGAAGATTTTAAAAAATAA
255 AAT-AAATAA---T-ATAATTTAATAATTCAAAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTTAAAAAATAA
* * *
30958 ATTTGTTTACCAAACAA
314 ATCTATTTATCAAACAA
30975 TATTTGAACA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 91, Indels: 65
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 11 0.02
351 174 0.31
352 73 0.13
353 23 0.04
354 3 0.01
356 6 0.01
357 1 0.00
358 3 0.01
359 1 0.00
360 28 0.05
361 73 0.13
362 122 0.22
363 48 0.08
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (353 bp):
AATGATTATCAATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCATA
CAAGCTTATTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATTTGTTTACCAAACATTTAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTATGATCATACAAGCTTAATAGAAATAAA
TAATATAATTTAATAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
AACAAGTTCAAATAATTATGACTATATG
Found at i:30775 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 29928--30972 Score: 867
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 178
29918 AATACCAATG
* * *
29928 ATTATCAATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAA
* * * *
29992 GCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAA
65 GCTTA-TTAGGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * ** *
30057 AAAATAAATTTGTTTACCAAACT-TTTCATATGGTTAAAACTATTAT-AACA
128 AAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATAACTATT-TGAACA
* * *
30107 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTAAGTTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACA
* * * * *
30171 AGCTTAATA-GAAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
64 AGCTTATTAGGTAA-AAA-TAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
* * * * *
30235 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-AAGTTCAAATACTTATTACTATATGAACA
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
* * * ** *
30289 ATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAGTACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCA-TACAA
* * * * *
30354 GCTTATATA-GAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCTAAAATCAATAAGTAAGAGATTTA
65 GCTTAT-TAGGTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** *
30418 AAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAATT-AAGATAATTATGGCCATTTGAACA
127 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AATTCAA-ATAATTATAACTATTTGAACA
* * * *
30470 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTATTTTGTTATAAAAAAATTGTTTTTGATCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAA
* * *
30534 GCTTATT-CG-AAGTCAA-AAT--T-A-TTAAT-AT-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
65 GCTTATTAGGTAA--AAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * **
30590 AAAATAAATCTGTTTATCAAACTAATTCGAATAATTATGACTATTTGAATG
128 AAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
30641 ATTATCAATCTCAAATTGTAATGATC-TTTGTTGTGCCATAAAACAATTGTTTCTTATCAAAGAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAA
* * *
30705 GCTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTCAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGATATTTAA
65 GCTTATTAGG-TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
30770 AAAATAAATGTGTTTAACAAACTATTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
128 AAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
* * * * * *
30821 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTAATATCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAA
* * ** * * * * *
30885 GCTTGTTTGAAATAAAATAATCCTAA-TAAATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-CAGAAGATTT
65 GCTTATTAGGTA-AAAATAATACTAATTTAA-TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGA-TT
*
30948 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
30973 AATATTTGAA
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 128, Indels: 80
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 116 0.17
172 10 0.01
173 5 0.01
174 6 0.01
175 1 0.00
176 2 0.00
177 5 0.01
178 7 0.01
179 68 0.10
180 233 0.33
181 121 0.17
182 110 0.16
183 12 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAG
CTTATTAGGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
Found at i:31780 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 31318--31938 Score: 568
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
31308 CCATATTCAG
*
31318 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * * ** *
31382 TATTTGCTAAAGTAGTTTAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TA
66 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTA
* * *
31446 CCTTTATTTTGTCATAAAAC-AATCATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
131 CCTTT-TTTCGTCATAAAACAAAT-ATTTTTGATCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
31496 AATAAAATGAAT-C-AATTTATTAATATTACAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
1 AATAAAAT-AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * **
31555 CTG-TTAATGAAATCGTTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAGTCATTAT
65 CTGTTTACCGAACTAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTAT
* * *
31619 TACCTTTCGTTTCGTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCGA
129 TACCTTT--TTTCGTCATAAAACAAATATTTTTGATCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
31672 AATAAAATAATACAAATTTATTAATTTTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
31737 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTTAAATTGTTATAA
66 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTA
* * *
31802 CCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA
131 CCTTTT-TTC-GTCATAAAACAAATATTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGA
* *
31853 AATAAAA-AATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * *
31915 TTGTTTGTCGAACCAATTCAAATA
65 CTGTTTACCGAACTAGTTCAAATA
31939 TTTAAACAAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 71, Indels: 33
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 7 0.02
174 54 0.15
175 13 0.04
176 43 0.12
177 36 0.10
178 14 0.04
179 36 0.10
180 41 0.12
181 103 0.29
182 8 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTA
CCTTTTTTCGTCATAAAACAAATATTTTTGATCATACAAGCTTATTCGA
Found at i:33111 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 31963--33300 Score: 997
Period size: 179 Copynumber: 7.5 Consensus size: 181
31953 GGATAAAAAT
* * * ** *
31963 TTTCAATTCATACTAGCTTATTT-AGGATAAAATTAA-ACAAATTTATTAGTATTTC-AAAAATT
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA-TAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT
* ** * * * * * *
32025 AATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTT
63 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * * * *
32089 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAAATG
127 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * ** * * *** *
32144 TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAATGTAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAACTAAT
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* * * * * * * * * *
32209 AAG----GGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAATAATTATGATTATTTG-AT
66 AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
* * * * * *
32269 AAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTG
131 -AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * *** *
32321 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATCAAAATAATATTAATTTATTATTATTTTGACAATTAA
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* * * * * * * * * *
32385 TAAGT-----ATTTTAAAAA-ATATATATTTATCAAACTAGATCAATTAGTCA-AGACTATATGA
65 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGA
* * * * * * *
32443 ATAATTACCTATTTCAAATC-GT-TGGCCTTTTGTTTTTTCATTAAAGAATTG
129 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * *
32494 TTTC-AGTTCATATAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
1 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* * * * * * *
32557 TAA-T-TAAGATATTTAAAAGAT-GATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTA
65 TAAGTAAAAGAT-TTTAAAA-ATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* **** * *
32619 AATAATTATCTATTTGAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
128 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * *
32672 TTTTTATTTATACAAGCCTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-AAAATAATTA
1 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAA-AATTA
* * * *
32735 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGA
64 ATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * *
32800 ACT-ATTATTTATTTCAAA-CAGTTATGACTTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTG
129 A-TAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * *
32853 TTTCTATTCATACAAACTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AACAATTAA
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAA
* * *
32917 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * *
32982 TAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-GTTTTCGTTTTGT-TTCAAACAATTA
130 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * *
33033 TATCAATTCATA-TAGGTTATTTGAAATAAAATAATGTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATT
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* * * * *
33097 GAGTAAAAGATTTTAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCGAATAGTTA-ATACTATTTGAA
66 AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAA
* * * * * * *
33161 CAATTTTCTA-TTCAAATCATTGTGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTA
130 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* ** *
33212 TTT-TTTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
33276 AAGT-AAA-ATTTTAAAAAATAAATCT
66 AAGTAAAAGATTTT-AAAAATAAATCT
33301 ACTTTCTAAA
Statistics
Matches: 929, Mismatches: 186, Indels: 87
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 36 0.04
173 44 0.05
174 1 0.00
175 48 0.05
176 27 0.03
177 187 0.20
178 59 0.06
179 226 0.24
180 116 0.12
181 177 0.19
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
Found at i:33436 original size:145 final size:144
Alignment explanation
Indices: 33183--33445 Score: 386
Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
33173 CAAATCATTG
*
33183 TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
1 TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
***
33248 TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACA
66 TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACA
33313 CGATCAAATAGTTA
131 CGATCAAATAGTTA
* * * * * *
33327 TGACCTTTTGTTTTGTTATAAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TATATTCGAAATAAAATAA
1 TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTT-TGTTCATACAAGCT-TATTCCAAATAAAATAA
*
33391 TACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCT
64 TA-TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCT
33446 GTTTACTGAG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 11, Indels: 5
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
144 28 0.27
145 76 0.72
146 1 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (144 bp):
TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACA
CGATCAAATAGTTA
Found at i:33465 original size:145 final size:144
Alignment explanation
Indices: 33183--33475 Score: 376
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
33173 CAAATCATTG
*
33183 TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
1 TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
***
33248 TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACA
66 TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACA
* *
33313 CGATCAAATAGTTA
131 AGATCAAAAAGTTA
* * * * * *
33327 TGACCTTTTGTTTTGTTATAAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TATATTCGAAATAAAATAA
1 TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTT-TGTTCATACAAGCT-TATTCCAAATAAAATAA
* * *
33391 TACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCT-GTTTACTG
64 TA-TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCTACTTT-CTA
* *
33454 AGCAAGTTCAAAAAGTTA
127 AACAAGATCAAAAAGTTA
33472 TGAC
1 TGAC
33476 TGTTTGAACA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 17, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
144 31 0.24
145 96 0.75
146 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (144 bp):
TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACA
AGATCAAAAAGTTA
Found at i:33663 original size:503 final size:505
Alignment explanation
Indices: 32813--33782 Score: 1104
Period size: 503 Copynumber: 1.9 Consensus size: 505
32803 ATTATTTATT
* * *
32813 TCAAACAGTTATGACTTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGG
1 TCAAACAGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA
* * * * * *
32878 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATA
* * * *
32943 TGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGA
131 TGTTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * **
33008 GTTTTCGTTTTGTTTCAAACAATTATATCAATTCATATAGGTTATTTGAAATAAAATAATGTTAA
196 GTCTTCGTTTTGTATAAAACAATTATATCAATTCATAAAGGTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
33073 TTTATTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAAAGATTTTAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGT
261 TTTATTAAAATTCCAAAAATAATAGAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAAAAAGT
* * * * * *
33138 TCGAATAGTTAATACTATTTGAACAATTTTCTA-TTCAAATCATTGTGACATTTTATTTTGTGA-
326 TCAAATAGATAATACCATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCAT
**
33201 TAAAATAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
391 TAAAA-AATTATTTTTGTTCATACAAAATTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
33263 TCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACACGA
453 TCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACACGA
* * ** * *
33316 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGTATATTC
1 TCAAACAGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAACT-TATTC
33379 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-ATAAAAAATAAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAA
* * * * * * *
33443 TCTGTTTACTGAGCAAGTTCAAAAAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTA
129 TATGTTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
* * *** *
33507 TGA-TCTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATA
193 TGAGTCTTC-GTTTTGT-ATAAAACAATTATATCAATTCATA-AAGGTTATT-AGAAATAAAATA
* ** *
33570 ATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAACTAATAG-GCAGGAGA-TTTAAAAATAAATATATTTAGC
254 ATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAA-TAATAGAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACC
* * * ** * *
33633 AAAAAAGTTCAAATA-ATCATGTCCATTTGAACAATTATCTACTTCAACTTGTTATGACTTTTTG
318 AAAAAAGTTCAAATAGATAAT-ACCATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACATTTTA
* * *
33697 TTTTGTCATTAAAAAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
382 TTTTGTCATTAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
**
33762 TAATATTTTAAAAATTAATAA
447 TAATATTCAAAAAATTAATAA
33783 CAGATTTAAA
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 70, Indels: 26
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
501 5 0.01
502 81 0.21
503 159 0.42
504 76 0.20
505 61 0.16
506 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (505 bp):
TCAAACAGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATA
TGTTTACCGAACAAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
GTCTTCGTTTTGTATAAAACAATTATATCAATTCATAAAGGTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAAAATTCCAAAAATAATAGAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAAAAAGT
TCAAATAGATAATACCATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCAT
TAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
AAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACACGA
Found at i:34154 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 33316--36143 Score: 2285
Period size: 180 Copynumber: 15.8 Consensus size: 181
33306 CTAAACACGA
* *
33316 TCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TATATT
1 TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATT
* * *
33378 C-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-ATAAAAAATA
63 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * *
33441 AATCTGTTTACTGAGCAAGTTCAAAAAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATT
127 AATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** *
33496 TCAAAT-AGTTATGATCTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA
1 TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
33560 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAACTAATAGGCAGGAGATTT-AAAAATAAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * *
33624 ATATTTAGCAAAAAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTACT
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * ** * ** *
33676 TCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTTA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
** * *
33740 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAAAACTAAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * *
33801 TTGTTTACCAAAATAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATC
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * * * *
33853 ACAAATAATTAAGATC-TTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC-TTTCCATATAGGCATATTCA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-CATACAAGCTTATTCA
* * *
33916 -AATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATTAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
65 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
33979 ATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTAGT
128 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATT
** * * * * * *
34033 TCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTCAG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
34098 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTGAGCAAGACATTTAAAAAAATAAAT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * *
34163 CTATTTACCAAA-C---TCAAATAGATT-TGGCTATTTAAATAATTATCTA-T
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
34210 TGAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAAACTCT-TTC
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGCT-TATTC
* * *
34274 -------AA-AATACTACTTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA
64 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * * *
34329 AGT-TATTTTTCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACAATTTG-ACAAATATCAATC
128 A-TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
34382 TCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGATT-ATACAAGCTCATT-T
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
34444 GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAA-T--CAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAG
65 GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-
* * ** * * * *
34505 AA-GTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
127 AATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * * *
34559 TCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTAGTCATATGATAATTGTTTCAATTTATACAAACTTATTCAG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* ** *
34624 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
34689 -TCCTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCAATT
130 CT-ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
34741 TAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAACTTATCCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *** *
34806 AATAAAAAAAAACACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 AAT--AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
34871 TCAATTCACTAAATCAATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTACT
129 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *
34924 TCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCA--ACATACAAGCTTATTC
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
* *
34987 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
64 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** *
35047 ATCTATTTACCGTACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
128 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * *
35101 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
35165 GAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAAAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * ** * * *
35230 CCATTTGTCGAA-CAGTTCCAACAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATT
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * *
35281 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGGTTA-TCTA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-A
* * * * * * *
35345 GAATAGAATAAAACTAATTTATAAATATTTC-AAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
35409 TCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAGCAATTATCTATT
129 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
35462 TCAAATTATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTT-TGTTAATATAAGTTTGTTCA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * ** *
35526 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
35591 CTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCCATT
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * ** *
35643 TCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTTATACTATTTTATTTA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * ** * * *
35707 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCATAACA-TAATAACCAAGAAAATCAAAAAATAAA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
35771 TCTAATTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTCA-GACTCTATGAAAAATTA-CTATT
129 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ** **
35823 TCAAATCGTTATGGCCTTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTTG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* *
35887 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-A-TTAAAAAATAAAT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **
35949 TTGTTTATCGAATCAGTTCAATTGGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATT
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** *
36001 TCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
36066 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATCAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
*
36131 CTATTTACTAAAC
130 CTATTTACCAAAC
36144 AAATTTTAAA
Statistics
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0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 18 0.01
169 21 0.01
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185 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
Found at i:34154 original size:863 final size:862
Alignment explanation
Indices: 32468--34165 Score: 1965
Period size: 863 Copynumber: 2.0 Consensus size: 862
32458 AAATCGTTGG
* * *
32468 CCTTTTGTTTTTTCATTAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGAAATAAAATAATATTA
1 CCTTTTGTTTTTTCATTAAAGAATTGTTTCAGTTCATACAAGTATATTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
32533 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAGATGATTTGTTTACCGAACAAGT
66 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * * *
32598 TTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTGTCAT
131 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTCTGTTTTGTCAT
* * ** *
32663 AAAATAATTTTTTTATTTATACAAGCCTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAA
196 AAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTAAA
* * * * * * * ** *
32728 ATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATCGTTATGAC
261 ATAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAGCAAAAAAGTTCAAATAATCATGAC
* * * *
32793 TATTTGAACTATTATTTATTTCAAACAGTTATGACTTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCT
326 CATTTGAACAATTATCTACTTCAAACAGTTATGACTTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
32858 ATTCATACAAACTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
391 ATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TAATAAGTA
* *
32923 AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTA
455 AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTA
*** * * * * *
32988 TCTATTTTAAATCATTATGAGTTTTCGTTTTGTTTCAAACAATTATATCAATTCATATAGGTTAT
520 TCTATCACAAATAATTAAGAGTTTTCATTTTGTTTAAAACAATTATATCAATTCATATAGGATAT
* ** * * *
33053 TTGAAATAAAATAATGTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAAAGATTTTAAAAATG
585 TTCAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * *
33118 AATCTATTTACCAAACAAGTTCGAATAGTTAATACTATTTGAACAATTTTCTATTCAAATCATTG
650 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAATCATTG
* * * *
33183 TGACATTTTATTTTGTGATAAAATAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
715 TAACATTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTGTTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
* *
33248 TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTT-AAAAAATAAATCTACTTTCTAAAC
780 TAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAATTTTAAAAAAATAAATCTACTTTCTAAAC
33312 ACGATCAAATAGTTATGA
845 ACGATCAAATAGTTATGA
* *
33330 CCTTTTGTTTTGTT-A-TAAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAGTATATTCGAAATAAAATAATA
1 CCTTTTGTTTT-TTCATTAAA-GAATTGTTTCAGTTCATACAAGTATATT-GAAATAAAATAATA
* *
33393 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-ATAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGC
63 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAT-AATCTGTTTACCGAAC
* * * ** * *
33457 AAGTTCAAA-AAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTCTGTTTT
127 AAGTTCAAATAA-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTCTGTTTT
* **
33521 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
191 GTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
* * **
33585 AATTCTAAA-AACTAATAGGCAGGAGATTT-AAAAATAAATATATTTAGCAAAAAAGTTCAAATA
254 AATT-AAAATAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAGCAAAAAAGTTCAAATA
* * * *
33648 ATCATGTCCATTTGAACAATTATCTACTTC-AACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATTAAAA-
318 ATCATGACCATTTGAACAATTATCTACTTCAAAC-AGTTATGACTTTTTGTTTAGCCA-TAAAAC
* * * *
33711 AATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-AA
381 AATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA
* * * * *
33775 -ATTAA-TAACAGA-TTTAAAAACTAAATTTGTTTACC-AAAATAGTTTAAATAGTTATAACTAT
446 TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAAAAT-GTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
33836 TTGAACAATTATCTATCACAAATAATTAAGA-TCTTT-ATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC-TT
509 TTGAACAATTATCTATCACAAATAATTAAGAGT-TTTCATTTTGTT-TAAAACAATTATATCAAT
*
33898 TCCATATAGGCATA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATT-AG-
572 T-CATATAGG-ATATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATT-ATTGAGT
* * *
33960 AAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACA
633 AAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-TGAACA
** * * *
34023 ATTATCTAGTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTT-ATACA
695 ATTATCTA-TTCAAATCATTGTAACATTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTT--GTTTCATACA
* *
34087 AGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTGAGCAAGACA-T
757 AGCTTATTCCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA-A-ATT
34149 TTAAAAAAATAAATCTA
818 TTAAAAAAATAAATCTA
34166 TTTACCAAAC
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 109, Indels: 56
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
858 22 0.03
859 93 0.13
860 92 0.13
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864 79 0.11
865 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (862 bp):
CCTTTTGTTTTTTCATTAAAGAATTGTTTCAGTTCATACAAGTATATTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAATCTGTTTACCGAACAAGT
TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGCCATAACCTTCTGTTTTGTCAT
AAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTAAA
ATAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAGCAAAAAAGTTCAAATAATCATGAC
CATTTGAACAATTATCTACTTCAAACAGTTATGACTTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATAATAAGTAA
AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTAT
CTATCACAAATAATTAAGAGTTTTCATTTTGTTTAAAACAATTATATCAATTCATATAGGATATT
TCAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAATCATTGT
AACATTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTGTTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATAT
AAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAATTTTAAAAAAATAAATCTACTTTCTAAACA
CGATCAAATAGTTATGA
Found at i:35142 original size:542 final size:535
Alignment explanation
Indices: 33316--36138 Score: 2395
Period size: 542 Copynumber: 5.2 Consensus size: 535
33306 CTAAACACGA
* **
33316 TCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TATATT
1 TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TCATCATACAAGCT-TATT
* * * *
33378 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-ATAAAAAATAA
62 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
33442 ATCTGTTTACTGAGCAAGTTCAAAAAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTA
124 ATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
33507 TGATCTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAT
189 TAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * ** *
33572 ACTAATTTATTAAAATTCTAAAAACTAATAGGCAGGAGATTT-AAAAATAAATATATTTAGCAAA
254 ACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CCTTTA-CCAA
* * * * * * * *
33636 AAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTACTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTT
316 ACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
33701 GTCATTAAAA-AATTGTTTTTGTTCATGCAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
381 GTCA-TAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-AAAAACTTATCTAAAATAAAA-AAAACTAATTTATTA
* * * *
33764 ATATTTTAAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAAAT-AGTTTAAAT
443 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAATCAGTTTAAAT
* *
33824 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATC
507 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * * * *
33853 ACAAATAATTAAGATC-TTTATTTTGTTGTAAAACAATTG-TTTCTTTCCATATAGGCATATTCA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-AT-CATACAAGCTTATTCA
* * *
33916 AATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATTAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
33981 GTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTAGTTCAAATTGTTTT
126 CTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* *
34045 AACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
190 AACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
34108 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTGAGCAAGACATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCA
253 TACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATC-CTTTACCA
* * * * * *
34173 AAC---TCAAATAGATT-TGGCTATTTAAATAATTATCTA-TTGAAGTCATTATGACCTTTTGTT
315 AACAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * *
34233 TTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAAACTCTTTC-AAAAT-------ACTACTTTATT
379 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-AAAAACT-TATCTAAAATAAAAAAAACTAATTTATT
* * * * * *
34290 AATA-TTTCAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTATTT-TTCAAACCAGTTTAAA
442 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAATCAGTTTAAA
* * * *
34353 TAGTTATGACAATTTG-ACAAATATCAATC
506 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
34382 TCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGATTATACAAGCTCATT-TG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCATACAAGCTTATTCAA
* * * * * *
34445 GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAGAA-G
65 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATC
** * * * * * *
34508 TGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
127 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* ** * * *
34573 CTTTTTG-TTTAGTCATATGATAATTGTTTCAATTTATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATAC
192 CCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* *
34637 TAATTTATTAACATTTGAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCCTTTACCAAAC
256 TAATTTATTAACATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TCCTTTACCAAAC
* * * *
34702 AAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTC
318 -AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
34767 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAACTTATCCAAAATAAAAAAAAACACTACTTTATTAA
382 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTAAAAT--AAAAAAA-ACTAATTTATTAA
* * ** * * *
34832 TATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTCACTAAATCAATTTAAATAA
444 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATCAGTTTAAATAG
* * * *
34897 TTATGGCCATTTGAACAACTATCTACT
509 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *
34924 TCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCAACATACAAGCTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCTTATTCAA
* *
34989 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * *
35053 TTACCGTACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
130 TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
*
35118 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
195 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * ** *
35183 TTAGTAATATTCTAAAAATTAA-AAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACAGTT
260 TTATTAACATT-TAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCC-TTTACCAAACAGTT
* * * ** * * * *
35247 CCAACAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
322 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * * *
35312 AAACAATTATTTTAGCTCATACAAGGTTATCTAGAATAGAATAAAACTAATTTATAAATATTTCA
387 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATA-AAAAAAACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
35377 AAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTA-TCAAA-CTAGTTCAAATAATTAT
451 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACT-AAATC-AGTTTAAATAGTTAT
* *
35439 AACTATTTGAGCAATTATCTATT
513 GACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * * * *
35462 TCAAATTATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCATCATACAAGCTTATTCAA
* *
35527 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA---GTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
35592 TGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATAA
127 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * ** *
35657 CATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACT
192 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
35722 AATTTAATAATATTTCATAACA-TAATAACCAAGAAAATCAAAAAATAAAT-CTAATTGCCAAAC
257 AATTTATTAACATTT-A-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCCT--TTACCAAAC
* * * * * *
35785 TAGTTCAAATAGTTCA-GACTCTATGAAAAATTA-CTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTCTTTT
318 -AGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * * * ** * * *
35848 GTCGTAAAATAATTGTTTT-GTTTGTACAAGCTTATTTTGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
381 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAA-AAAACTAATTTATTAAT
* * * * * *
35912 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-A-TTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATCAGTTCAATTGG
445 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAATCAGTTTAAATAG
* **
35974 TTAAGACTATTAAAACAATTATCTATT
509 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* **
36001 TCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCA
* * *
36065 AAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAGAAAATCAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAA
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAAT---TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
*
36129 ATCTATTTAC
124 ATCTGTTTAC
36139 TAAACAAATT
Statistics
Matches: 1862, Mismatches: 336, Indels: 173
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 189 0.10
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
TACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
TATTAACATTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCCTTTACCAAACAGTTCAAA
TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAAAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATT
Found at i:36172 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 35998--36300 Score: 428
Period size: 148 Copynumber: 2.1 Consensus size: 147
35988 ACAATTATCT
* * * * *
35998 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAACCTTATT
** * *
36063 CAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATCAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATA
66 CAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATCAATAAGAAAGA-AATTAAAAAAATA
*
36128 AATCTATTTACTAAACAA
130 AATCAATTTACTAAACAA
* * * *
36146 ATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTCCATACATCCTTGTT
1 ATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAACCTTATT
* *
36211 CAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAA
66 CAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATCAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAA
*
36276 ATCAATTTACTGAAC-A
131 ATCAATTTACTAAACAA
*
36292 AGTTCAAAT
1 ATTTCAAAT
36301 ATTTACTACT
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Consensus pattern (147 bp):
ATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAACCTTATT
CAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATCAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAA
ATCAATTTACTAAACAA
Found at i:36399 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 36146--39148 Score: 2477
Period size: 181 Copynumber: 16.7 Consensus size: 181
36136 TACTAAACAA
* * * * ** * * * ** *
36146 ATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTCCATACATCCTTGTT
1 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
** * * * * *
36211 CAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAA
66 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * **
36276 ATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATATTTACT-ACTATTCAAACAATTATCT
131 ATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * ** * *
36327 ATTTAAAATCATTTTGACTTTTTATTTTATCATAAAACTATTATTCCAATTCATAAAAGCTTATA
1 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
** * * * *
36392 AAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATA
66 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * *
36456 AATC-AGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCC
130 AATCTA-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** *
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1 ATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
*
36572 TTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-AGAAGATCTAAAAAA
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
36634 TAAATTTGTTTACTGAACTA-TTCAAATAGTTATTACTAGTTGCATAATTATAT
128 TAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * **** * * * ** *
36687 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCAAATTGTCATAAAACAATTATTTCTATCCATGTAAGCTTAG
1 ATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
** * *
36752 TCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAAT
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
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129 AAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * *
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1 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAC-AAGCTTA
* * * *
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* * * * *
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129 AAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
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1 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
37106 TCATAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
66 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
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130 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
37223 ATTTCAAATCATTATGA-TCATTTGTTTTGTCAGAAAATAATTGTTTTTGTTCATACTATCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* *
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65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
** * * * *
37352 GAAA-CTATTGGCTTG-ACTAGTGCAAATAGATATAACTATTTGAACAATTATCTT
129 -AAATCTATTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-T
* * * * * *
37406 TTTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTATCATTAATCAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
37470 TGGAAATAATAGAATTCCAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATG
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
37531 AATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCT
130 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*** * * * * * *
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* * * * * * *
37648 TTAAATAAAACAATGCAAATTTATTAATATTC-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAATATA
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* *
37711 AATCTATTTAC-GAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
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** * * ** *
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1 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * ** * * * * * * *
37828 TTG-GATTAAATAGTTTTAATTTCTTCATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATA
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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1 ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * ** * *
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* * * * * *
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129 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
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1 ATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
** *
38367 TCAAAACT-AAATAATACTAATTTTTTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAA
65 TTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAA
* * * * ** *
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128 TAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCT
* ** *
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1 ATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * ** *
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64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
38612 AAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCT
129 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
38665 ATTTCAAATCAATATGA-TCTTCTATTTTGTCGTTAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGAATTA
1 ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTA
* * * * *
38728 TTTAGAATTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
64 TTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* *
38789 TAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
128 TAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** ** * * *
38843 ATCTCAAATTGTTATGA-TAGTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-T
1 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
38906 TGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAACATA
66 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
38970 AGTGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
130 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
39022 ATTTCAAATCATTTTGA-TCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAACCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * *
39086 TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA
65 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
39149 AATAAATTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
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TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:37029 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 37008--37056 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
36998 TACTGAACCA
37008 ATTTAAATAATTATGACT
1 ATTTAAATAATTAT--CT
*
37026 ATTTAAACAATTATCT
1 ATTTAAATAATTATCT
*
37042 ATTTCAAATTATTAT
1 ATTT-AAATAATTAT
37057 AACCTTTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
ATTTAAATAATTATCT
Found at i:38183 original size:540 final size:537
Alignment explanation
Indices: 36222--39148 Score: 2557
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36212 AAAATAAAAA
* * * *
36222 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTAAAAAAATAAATCA-ATTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA
* ** * * *
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* * * * * * *** * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * ** **** *
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* * * * *
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1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-A
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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127 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
36955 TATTAATATTC-----A--ATGAGTAAGAGATTTAAAAATTAATTCTGTTTACTGAACCAA-TTT
191 TATTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTC
* * *
37012 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
255 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * ** **
37077 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGATT-GTTCATAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTTG
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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* ** * * * * * *
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1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-C
* * **
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65 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
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130 TTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
38034 AATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
195 AATATTCTAAAAATTA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * *** *
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* * * *
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1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACG
* ** * * * *
38444 AAGTAAGCGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAGT-TGTTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
66 AA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * *
38507 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAGTACTAACTT
128 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
** * * *
38571 ATTAATATTCTAAAAATTAATGGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCA
192 ATTAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCA
* * * * * * * * * *
38636 AATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGATCTTCTATTTTGTCGTTAA
256 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *** **
38701 ACAATTGTTTCTATTCATA-AAGAATTA-TTTAGAATTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTT
320 ACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTTA-AA-TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA
* *
38764 GAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG-AATAAGTTCAAATAGTTATG
382 GAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** *
38824 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATAGTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
445 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
38889 TT-TTCATACAAGCTTA-TTGGATTAAAAT
509 TTGTTCATACAAGCTTATTTGGATT-AAAT
* ** * * * *
38917 AATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAACATAAGTGTGTTTGC
1 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-A
* * * * *
38981 CGAACTAGTTCAAATATTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTT
64 CGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
39045 G-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAACCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATT
128 GTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATT
* * *
39108 TATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA
191 TATTAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
39149 AATAAATTTG
Statistics
Matches: 1921, Mismatches: 386, Indels: 160
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 3 0.00
534 116 0.06
535 140 0.07
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537 91 0.05
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539 106 0.06
540 601 0.31
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542 244 0.13
543 40 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACG
AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAA
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
GCTTATTTGGATTAAAT
Found at i:39152 original size:721 final size:715
Alignment explanation
Indices: 36146--39161 Score: 2583
Period size: 721 Copynumber: 4.2 Consensus size: 715
36136 TACTAAACAA
* * * * * * * *
36146 ATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTCCATACATCCTTGTT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAACCTTATT
* * * * *
36211 CAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAA
66 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
*** * * *
36276 ATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATATTTACT-ACTATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCATT
131 ATTTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATT
* * * * * * * * ***
36340 TTGA-CTTTTTATTTTATCATAAAACTATTATTCCAATTCATAAAAGCTTATAAAAAATAAAATA
193 ATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * * *
36404 ATATT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAT
257 ATATTAAC-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAC
** * * ** * *
36467 TGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGAACTTTTA
320 TGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTA
* * * *
36532 TTTTGTTATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTA
385 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
36595 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTA-TTCAA
449 TTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAGTTCAA
* * * * * * * **
36659 ATAGTTATTACTAGTTGCATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCAAATTGTCATAAA
510 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTT-ATTTTGTCATAAA
* * ** ** *
36724 ACAATTATTTCTATCCATGTAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAA
574 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AA
* * * ** *
36788 AAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAATGGTTAAGGCT
638 AAATTAATAG-T-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAA-CAGTTCAAATATTTAAGACT
* * *
36853 A-TATGAATAATTCTTT
700 ATTA-GAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
36869 ATTTCAAATCGTTATGACCATCTATTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTAGTTCTTACTAA-GTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AACCTTAT
* * * * *
36933 TTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTC--------AATGAGTAAGAGATTT-AAAAATT
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* *
36989 AATTCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA
130 AATT-TGTTTAC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TA
* * * * * * * *
37053 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGATTGTTC-ATAATAAAA
191 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAA
* * * *
37117 TAACATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
255 TAATATTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * * *
37182 TAAACTAGCTCAATTACTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTG
320 TGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTA
* * * * * * *
37247 TTTTGTCAGAAAATAATTGTTTTTGTTCATACTATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
385 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * *
37312 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATGAAA-CTATTGGCTTGACTAGTGCA
450 TAATATTTTAAAAATTAATAAG--A-AGATTT-AAAAAAT-AAATCTATTTAC-TGAATAGTTCA
* * * ** * * *
37376 AATAGATATAACTATTTGAACAATTATCTTTTTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATTA
509 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAA
* * * * * * * *
37441 ATCAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTGGAAATAATAGAATTCCAATTTATTAATATTCCA
573 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
* *** * *
37505 AAAATTAATA--AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATATTTATGACTA
637 AAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAAC-AGTTCAAATATTTAAGACTA
*
37568 TTTGAACAATTATCT
701 TTAGAACAATTATCT
*** * * * * * *
37583 ATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTTATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAACCTTAT
* * * * * * * *
37647 TTTAAATAAAACAATGCAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAATATA
65 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
37711 AATCTATTTACGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
130 AATTTGTTTACG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TATT
* ** * * * * *
37776 ATGAGT-TTTTGTTTTGTCATGAAATGATTGTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG-GATTAAAT
193 ATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * * * * *
37839 AGTTTTAATTTCTTCATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-T
256 AATATTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * ** * *
37903 CGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
321 -GAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTA
* * * * * *
37968 TTTTATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
385 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
38032 TTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAA
449 TTAATATTTTAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAGTTCAA
* * *
38097 ATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAA-TCTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
510 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAA
* * * * * ** **
38160 CAATTGTTTCTGTTCACACAAGCTTATTTTAAATAAAATAA-AATAAAATAATTAATATTGAAAA
575 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTTCAAA
* * * * ** * * *
38224 AATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAAGAGTTT-TGATTA
639 AATTAAT-AGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACA-GTTCAAATA-TTTAAGACTA
*
38288 TTTGAACAATTATCT
701 TTAGAACAATTATCT
* * * * * * * **
38303 ATTTCAAA-AAGTTATGACCTTTTATTTTA-TTATATACCAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTA
1 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAACCTTA
* * *
38366 TTCAAAACT-AAATAATACTAATTTTTTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAA
64 TTTAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAA
* * ** *
38429 ATAAATTTGTTTACCAAGTAAGCGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAGT-TGTTTCAAAT
127 ATAAATTTGTTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA-TCTATTTCAAAT
* *
38493 AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTCGAAATAAA
190 A-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * ** *
38558 ATAGTACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATGGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
254 ATAATATTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * *
38623 CTGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGATCTTCT
319 CTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT
* * * * * *
38688 ATTTTGTCGTTAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGAATTATTTAGAATTAAAATAATATTGATT
384 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATT
* *
38752 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAA
447 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAT-AGTTCAAA
* ** *
38816 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGAT-AGTTATTTTGTTATAAAAC
511 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAC
* * *
38880 AATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
576 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * * *
38944 TTAATAAGTACGAGATTTAAAACATAAGTGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATT
641 TTAAT-AGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAAC-AGTTCAAATATTTAAGACTATT
39009 AGAACAATTATCT
703 AGAACAATTATCT
* * *
39022 ATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAACCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAACCTTATT
* * *
39087 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAAT
66 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAAT
39152 AAATTTGTTT
129 AAATTTGTTT
39162 CCCAAACAGA
Statistics
Matches: 1822, Mismatches: 394, Indels: 156
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
713 5 0.00
714 135 0.07
715 248 0.14
716 50 0.03
717 86 0.05
718 192 0.11
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724 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (715 bp):
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAACCTTATT
TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATTTGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATATTATG
ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
TAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
AGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
Found at i:39843 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 39558--40928 Score: 1212
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 180
39548 TGGACATGAA
* ** * *** *
39558 TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTAT--AATA
1 TATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATA
* * * *
39621 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* *
39686 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-AAC
130 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAC
* * * * * * *
39736 TATTTCAACTCACTCAATAAATAGATTTTGTTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATT
1 TATTTGAACTTATTCAATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * *
39801 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAATGGTTTATGACA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
39866 AAAGAAAATG-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
130 AAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAC
* * * * *
39918 TATTTGAACGTGTT-AAGAAAACATATTTATTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTTATTCAA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * *
39980 TTAATAAATT--TA-TATTATTATCTTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACTAATTATTTTAT
65 TTAATAAATTAGTATTATT-TTAT-TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTAT
* * *
40041 GACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCTTAAC
126 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAC
* * * * * * * *
40097 TATTTAAACTTATTCTATAAACA-AATTCTGTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAT
1 TATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
* * * ** * * * *
40161 TAATAAATTAGTATTATGTCACTTCAAATAAGCTTATATGAGCTA-AAACAATTGTTTTATTATA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * * * *
40225 AAAGTAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATGAT
130 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAC
* * * * * *
40277 TATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCT-AAATA
1 TATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGGAATA
* * * *
40341 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * * *
40406 AAACAAAA-AGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAAC
130 AAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAC
* * ** *
40458 GATTTTGAACTTGTTCGGT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AA
1 TA-TTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAA
* ** *
40520 TATTAAT-AATTTGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AACTTATTTTAT
63 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTAT
* * * *** * * * * *
40582 GATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAAT
126 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAC
* *
40638 TATTTAAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTA
1 TATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * *
40702 TTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTCTTTTATGA-
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
40765 TAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAT
129 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAC
* * * *****
40818 TATTTGATC-TAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAAT-ATTTACTTATTAATTGCCAAAAT
1 TATTTGAACTTA-TTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * ** *
40881 ATTCATAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTTTAT-AATAGAA
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
40929 TAAAAAGTCA
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 179, Indels: 79
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.00
177 6 0.01
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179 173 0.18
180 466 0.48
181 239 0.25
182 45 0.05
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAC
Found at i:40555 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 39530--51252 Score: 4754
Period size: 361 Copynumber: 32.6 Consensus size: 360
39520 TGTCATAACG
* * ** *
39530 AATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGAA-TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT-AATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT
*** * * * * *
39593 AAATCTCCAACTCATTAA-TTTT-ATAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAACT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* * * **
39656 TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
128 TGTATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * * *
39721 GTTCAAATAGTC--AACTATTTCAACTCACTCAATAAATAGATTTTGTTTTTTAAACCTTTTACT
192 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * ** *
39784 TATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
256 TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
39849 ACAAATGGTTTATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTGA
320 ACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * *
39890 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT-AAGAAAACATATTTATTTTTT-
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACATATTTATTTTTTA
* * *
39953 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTATCTTC-GAAATAAGCTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG-AATAAGCTT
* * ** *** *
40016 GCATGAACAAAACTAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTA
129 GTATGAATAAAAC-AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * * * *
40081 TTTAGATAGTCTTAACTATTTAAACTTATTCTATAAACAAA-TTCTGTTTTAATTCTCTTACTCA
193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
40145 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATGTCACTTCAAATAAGCTTATATGAGCTA-AAA
258 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA
* * *
40209 CAATTGTTTTATTATAAAAGTAAAGGTCATAATGATTTGA
321 CAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * *
40249 AATAGATAATTATTAAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * *
40314 ATATTTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTG
66 ATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
*
40378 TATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTA
130 TATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * **
40442 TTAAAATAGTCATAACGATTTTGAACTTGTTCGGT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
193 TTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
*
40506 ATTAATTGTCTT-AATATTAAT-AATTTGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATGAATAGA
257 ATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCA-ATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *** *
40568 AA-AACTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCA
319 AACAA-TTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * *
40610 AATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * *
40675 ATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGCTTA
66 ATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * *
40739 TATGAACTAAAACAATT-CTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTA
130 TATGAA-TAAAACAATTGC-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * * *
40802 TTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAAT-ATTTACT
193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT
**** * * *
40865 TATTAATTGCCAAAATATTCATAAATTAGTATTATCTTA-ATCCGAATAAGCTT-T-T--AT---
256 TATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCC-AATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** *
40922 ---AA------TA-G--AATA-AAAA-GTCATAACAATTTAA
319 AACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* ** * * * * * * *
40950 AATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAGTT-GAGAAATAGATTTA-TTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
** * * ** * * * *
41013 ATC---T-CTTATTAATTCGTGAAA-AGTTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACATA
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * *
41073 TATGAGCA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAAT-AGTAATT
130 TATGA--ATAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATAAATAATT
* ** * * * * *
41135 ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGCTAAACAAAATCATTTTTTAAATCTCTTGCT
192 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
41199 TATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAC-TCCAAATAAACTAGT-TGAATTG
256 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTACTTCC-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
41261 AAA-AAGTTATTTTAGGAGAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTGA
318 AAACAA-TTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * ** * *
41304 CACAGATAATTATT-AATATAGCCTCA-AA-TATTTGAACTAGTT-AGGCAAACAAATATATTTT
1 AATAGATAATTATTCAA-ATAG--TCATAATTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTTATTTT
* * * * *
41365 TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCT-AATAA
62 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CTGAATAA
* * * * * * * * ** * * *
41428 GCTTGTTTGAACAAAAATAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTACACA
125 GCTTGTATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATA
* *** ** * *
41493 ATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACCGATTTATTTTCTAAATCTCTT
189 ATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * *
41557 ACTTATTAATGTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATATA-TTTG-ACT-A
253 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-CAATA-AGCTTGTA-TGA
* * **
41618 ATCA-AAAGCAA-T-TATTAT-CT----G---A--CCA-AATGATTTGA
314 AT-AGAAA-CAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * ** ** * *
41653 AATAGATAGTTATT-ACA-ACT-ATAATTATTTGAACTAATTCTGTAAACAAATTTACTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
** * * * * *
41715 ATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * * * * *
41780 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAACTATT
131 ATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
* * ** ** * * * ** *
41843 CATATAGTCTTAACTATTTGAACTGCTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATT
195 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * *
41908 ACTTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACA
260 AATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * *
41972 ATTATTTTATAACAAAACAAAA-G---TAATTATTTGA
323 ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * ** * * *
42006 AATAGACAATTGTTCAAATAGT-A-AATGGTTTG-----G-----TAAATAGATTTATTTTTTCT
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-A
* * * *
42059 AATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTACTT-T-AATAGGCTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTT
* ** * ** * *
42122 GTATGACAAAAAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGAGTTGAAATAGA
129 GTATG-------AATAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAA
* * * * **
42187 TAATTTTTCAAATAG-CTATAATTATTTGAA-TCGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCT
187 TAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-TATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *** *
42250 CTAACTTATCAACTTTGGAAATATTAATAAAGT-GATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
250 TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATG
* * * * *
42314 AACTA-AAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCAT-ATCTATTTTA
313 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAAT-GATTTGA
* * * * * *
42362 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-A
** ** * *
42427 AAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAG-T
65 AATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCT
* ** * * * ** * * *
42489 ATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAACTAGACAAT
128 -TGTATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* ** * * *** * *
42554 TGTTTTAATAGTCTTAACTATTT-AAATTATTTCGGCAAA-AATATTTATTTTTTCAATCTCTTA
191 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * * *
42617 CTTATTAAATTTTAGAATATTATTACTTTAGCAATATTTTAC-TCTGAATAAGCTTGTATAAATA
254 CTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-CAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
42681 GAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATGATAATTATTT-A
317 GAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * ** * * *
42723 AGATAGATTATTGTTCAAATAGGAATAACTATTTGAACATGTT-AAGAAAACATATTTATTTTTT
1 A-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACATATTTATTTTTT
* * * * * ** *
42787 AAAT-TTTTATTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTCTTCAAAATAAGATT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * * *
42851 GCATGAACATAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATATTTTGAAATAGATAATT
129 GTATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * ** * * * * * * *
42915 GTTTAGATAATCATAACTATTTGAACATGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTAATTATCTCACTC
192 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * *
42980 ATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATCTAAACTA-AA
257 ATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * **
43044 ACAATTGTTTTATTG-CAAGACAAAATGTCGTAATGATTTGA
320 ACAATTGTTTTA-TGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * *
43085 AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTACACATATTTATCTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* ** * ** * *
43150 A-----T-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTGA-TCCAAAAAACCTTG
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTG
* ** * *
43208 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTG
130 TATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * * ** *
43272 TTCAAATAGCCATAA-TGATTTTAACATGTTGGATAAACAAATTTA-TCTTTAAATCTTTTA-TT
193 TTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * *
43334 ATTAATTGCCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATA-A
257 ATTAATT--TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-CAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * *** *
43396 AAAATATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCA
319 AACA-ATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * *** * *
43439 AATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTATTTTGTAAACAGATTCATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * ** * *
43504 ATCTCTAAATTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
66 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * *
43568 ATGAACTGAAACAATT-CTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
131 ATGAA-TAAAACAATTGC-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * * * * * *
43632 TCAAATAGTCATGACTATGTGATC-TAGTGCAGTAAACATATTTGTTTTTAAAATTTTTTATTTA
194 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
43696 TTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-ATCCAAATAAGCATATATGAATGGAAA
258 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCC-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
43760 CAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
321 CAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * ** *
43800 AATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* ** * * *
43864 AATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCATTACTTTATT-TCGAACAAACTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT
* * * * *
43924 ATATGAATAAAAACATTTG-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATT
129 GTATGAAT-AAAACAATTGCTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * * *
43988 TTTCAAATAGGT-ATAATTATTT-AAATTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTG
192 ATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTT-ATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
44050 CTTATTACTTTTTGAAATAATAATAAATTCACT-TTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAAT
254 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTACTTC-CAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * **
44113 TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
316 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
** * * * * *** * *
44158 AATAGATAATTGCTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
44223 TTCTCTTT-GTTATTAAGTTTTGAAAGATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA
66 ATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* ** * * * * * * *
44287 TATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATTAGAATTTG-AA-GAATACAGTT
130 TATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATA-A-TT
* * * * * *
44350 GTTCAAATAGTCAT-TCTTATTT-AAC-TAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
192 ATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* *
44412 TTATTAA----T---T-TT--TAAA--AG-ATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGAATG-ATCAA
255 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCC-AATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * *
44462 AAAC-ATT-TTTTATAAAACCAAACAAAAGGTTAATAACGATTTGA
318 AAACAATTGTTTTATGATA--AAAGAAAAGGTT-ATAATGATTTGA
* * * * ** * * * *
44506 AATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-ATGATTCTGTAAATAGATTCACTTTTTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* ** * *
44570 AATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTG
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * ** * *
44631 TATGAACTGAAACGATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGTAATTGT
130 TATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * * * *
44696 TTATATAGTCTTAACTATTTAAACTGT-TTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
194 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
44760 TTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAA
258 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * *
44824 TAATTATTTTATAAT-AGAGCAAAATGTTATAATGATTTGA
321 CAATTGTTTTATGATAAAAG-AAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * *
44864 AATAGGTAATTATTTAAATAG---GAACTAGTT---C--G-GCAA-ATA-A-ATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* *
44917 AT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
66 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* ** * * ** * *
44981 TATGATAAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
130 TATG--AATAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * * * * * * *
45046 TTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAATAGATTCACTTTTT-AA-C--TCACTTG
193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** * *
45107 TTAATTTTGGGAATATTAATAAATTA-T-TT-TTTTCATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAG
258 TTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ACTTCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
45169 CAATTGTTTTA-GTACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTA
321 CAATTGTTTTATG-ATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * ** * * * * *
45209 AATATACAAATGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTCAGA-ACATATATTTATTTTTTT
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTTA--TTTTT
* ** * * *
45273 TAAATCTATTGGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCT
63 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* * * * * * ** * *
45338 TTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAGTAATT
128 TGTATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * ** * * *
45403 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACC
192 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT
* * * * * *
45468 TATGAAATTTCTAAATGTTAATATATTAAG-ATTATTTTA-TATCAAATAAGCTTGTATG-ATAT
256 TAT-TAATTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTACT-TCCAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * *
45530 GAAACAAATATTTTATGACT--------A-GTCAAAATGATTTGA
317 GAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* ** * ** * *
45566 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGATTTGACAAACAAATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* ** * ** * **
45630 AATC---T-CGTATTAATTTTCAAAATATTATTAAACCAATATTATTTT-TAACCAAATAAGCTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTT
* * * * * * * **
45690 CTA-CAATTAGAAACAATTG-TTATATGACAAAA-TAAAGATTATAGCGATTTGAGATTGATAAT
129 GTATGAA-TA-AAACAATTGCTT-TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * ** ** * * * *
45752 TGTTCTAATAGTCATAACTATTCAAACCAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTCTTACT
191 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
*** * * * *
45817 TATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-ATAAAA
256 TATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * * * * *
45881 AACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-
319 AACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * *
45922 AA-AGATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTTAA-TTGTTTTAGTACACAAATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
45985 AATCTCTTACTTATAAATTTTAGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAT-AA-ATGCT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTC-TGAATAAGCT
* * ** * ** * * *
46048 TGTATTAACTAAAAAAGATTATTTTATGAGC-AAACAAAA-AGTCAGAATGATTTTAAATAGACA
128 TGTATGAA-TAAAACA-ATTGCTTTATGA-CAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATA
* * * * * * *
46111 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGCATTTGTTCAGTAAA-TAA-TT-TTTTTTAAATCTATTT
189 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTT
** * * **
46173 -CTTATTAAATTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
253 ACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * **
46237 -GAAACAATTGTTTTATAACT-AAATAAAAGGTCAGAACAATTTGA
316 AGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * ** ** *
46281 AATAGATAATTGTT----T--TAAT-ACCATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTT
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATATTTA-TTTTTT
* * **
46338 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAAGCT
* * * * * * * * ** **
46402 TGTACGAACAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATATGAAATTGATAATCG
128 TGTATGAATAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * ** * ** *
46467 TTGATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT---T-GAC-AA-TTA-GATTT--AT-TTTT--TAA
193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** * * ** **
46520 TT--TTCTTGGCTA-T--TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAATATGAATAG-AACT
258 TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-
*
46579 AATTGTTTGATGGA-AAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGA
322 AATTGTTTTAT-GATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * * * * *
46617 AATAAATAATTATCCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATAGTTTC-ATCAACAGATTTACTTTTTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
46681 AATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAACAAACTT
65 AATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * ** * *
46744 ATACGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAATAATTTGAAATAAATAATT
129 GTATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* *
46808 ATT----T-G----AACTA---G------TTCAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACT
192 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
46854 TATAAATTTTTGTAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCCAAATAAACTTGTATGAGCT-G
256 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCC-AATAAGCTTGTATGA-ATAG
* * * ** * **
46917 AAATAATTATTTTATG-TCAAAACAAAATATCATAACAATTTGA
318 AAACAATTGTTTTATGAT-AAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * **** *** **
46960 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATGGATTT-TTTTAAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
47023 AATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCT
* * * * * * *
47086 TGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
128 TGTATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* *
47151 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CT
192 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * * * * * * *
47211 TGCTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATG--TTGAA
256 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAATAG-A
* * * * * *
47274 AACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTTA
319 AACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
** * * ** ** * * *** ** *
47315 TTTTAAAGAAGCTTGTACGCTAAA-AAACA-ATTGTCTTATG-AC---AAAAATAAAGGTAATTA
1 -AATAGATAA---T-TATTC-AAATAGTCATAAT-TATT-TGAACTTGTTCAATAAACATATTTA
** * * * ** * *
47374 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGAT-TT
58 -TTTTTTAAAT--CT--TT-TACTTAT-----TAATT-TTTGAAAT-ATT-AATAAATTAATATT
* ** *
47438 ATTTTTTCAACTTCTTACTTATTAATTTTTGATAT-AA-AAATAGTGTTATTTTATTTTGGATAA
109 A--TTTT--A-TTCTGA---A-TAA-GCTTG-TATGAATAAA-A----CA----A---T---T--
* * ** * * * **** ** * *
47501 GCTTTTATTAACTAAAACAATTATTTTATCAGAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAG--A
146 GC-TTTA-TGAC-AAAACAA-AAGATCATAACAATTTGAAA-TAAATAATTA-TTCAAATAGTCA
* * * * *
47564 TAA-T-TGTTCAAATAATGAT-AACTATTTTAACTTGTTCTGTAAACATATTAATTTTTTGAAAT
205 TAACTAT-TTGAACTTAT--TCAA-TA--A--A------C----AA-AT-TTATTTTTT--AAAT
* * *
47626 CTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTA
248 CTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCC-AATAAGCTTGTA
* * * ** * * * * ** *
47690 TAAATTA-AAAAAATTATTTTATGATTGAACAAAATGTCAAAACAATTAGA
311 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * ** * **
47740 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACGCATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * *
47805 A-CTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTT
66 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTT
** * * ** ** *
47868 GTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACGATTTGAGCTTGATATTT
129 GTATGAAT-A-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * ** * * *
47931 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCT
192 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * * *
47995 TAATGATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTATGAATTGA
256 T-ATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCA-ATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * ** *
48059 AACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTA
319 AACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * * *
48101 AATGGATAATTGTTCAAATATTCAT-GTCTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTC
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-
* * * * * * * * *
48165 GAAT-TGCTTCCTTATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAATTGGCAT-TTTTTTTGTTTTGAATAA
64 AAATCT-TTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATT--AATATTATTTTATTCTGAATAA
* * * * * * * ** *
48227 GTTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATA
125 GCTTGTATGAA-TAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATA
* * * * * ** * *
48292 ATTGTTCTATTAGT-ATTAACAATTTGAACTAATT-AGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
189 ATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * *
48355 AACGTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCCAAATAAGATTGTGTGAA
252 TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCC-AATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
48419 AAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGTTTTGA
315 TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * * * * *
48464 GATAGATAACTATTCAAACAATCATAACTATTTGAA-TTGGCTCAGTAAATAGATTTA-GTTTTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * * **
48527 AATC--TT--TTATTAATTTTTAAAACATCAATAAATCAGTATTATTTTAATTCTAAATAATTTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTT
** * ** * *
48588 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
129 GTATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * *** ** ** *
48653 TTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCATACCTA
193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
48718 TTAATTTTCAGAATATTAACAAATTAGTACTATTTTA-TTACAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
258 TTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTT-CCAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * *
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* * * * * * * *
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1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-A
* * * * *
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** * * ** * * * * *
48950 GTATGACCAGAAACAATTGATTTGTGATGAAATAAAAGGTC-TAACTATTTGAAATAGATAATTG
129 GTATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * *
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193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
*
49074 TT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
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* **
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* * * * * * * *
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1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * **
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* * * * * * *
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128 TGTATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAAT-A
* * * * *
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189 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * ** *
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* * ** * * **
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** * ** * * **
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1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTT--TT
* * * * *
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* ** * * ** ** * * *
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* * *** * * *
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* * * * *
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218 TTATTCAA-TA--AACAA--ATTT--A-TT-TT---T---TA-A---ATCTTTT---A---CTT-
* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * *** *
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1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * ** * ** *
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* * * * * * * *
50084 GTATG---AACA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTATCGATTTGAGATAGATAATCAT
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* * * * * *** *
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* * ** *
50204 TTAATTTGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAGTAGAAA
258 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-CAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
50268 TAATT-TTGTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-A
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* * * * * *
50307 AAGTAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGAT-AACTAGATTTATTTTT
1 AA-TAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-ATATTTATTTTT
** * * *
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* ** * ** *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTT
* * **
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* * ** * *
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128 TGTATGAATA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
** * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* *
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* * *
51220 TTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATT
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51253 TGGTAAACAC
Statistics
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ATGAATAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
GTTTTATGATAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
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66 TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
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* * * * **
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTA
* * * * * *
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* * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTA-GTTA
* * * *
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* * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTAG
* * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TAG
* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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41663 TATTACAACT
* * *
41673 ATAATTATTTGAACTAATTCTGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTAGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTA----TTAATTTTTGA
* * * * *
41738 AATATTAATAGATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTA
61 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * * *
41802 TGA-AAAA-AAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA
125 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAA
* * * * * * * *
41865 CT-GCTTTG-A-CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTACTTTTTGGAATATTAGTA
189 CTAG---TGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATT-GAATATTAATA
* * * * *
41927 AATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
250 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAA
** *
41992 AA-G---TAATTATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAG--
314 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
42027 -TAA--A--TG-----GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCTAATCTTTTACTTATTATTTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTAGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC----ACTTATTAATTTTTG
* * * * *
42082 AAATATTAATACATTAGTATTATTTTACTTT--AATAGGCTTGTATGACAAAAAAAAAAAACAAT
60 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTATATG------AATAGAAACAAT
* ** * * * *
42145 TATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGAGTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAG-CTATAAT
118 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-AT-AC
* * * ** * * *
42209 TATTTGAA-TCGATTC-GATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAACTT-TGGAAA
181 TATTTAAACTAG-TGCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTATTG-AA
* **** * *
42271 TATTAATAAAGT-GATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATA
242 TATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATA
* * * * *
42335 ATAAAACAAAAGGTCATATCTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
305 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** *
42385 ATAACTATTTTAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAA--TC--ACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
42450 TAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTT
60 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TATATGAATAGAAACAATTATTTT
* * ** * * * ** *
42514 ATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAACTAGACAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAA
124 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAA
* * * * * * *
42579 ATTATTTCGGCAAA-AATATTTATTTTTTCAATCTCTTACTTATTAAATT-TTAGAATATTATTA
188 ACTAGTGCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTATT-GAATATTAATA
** * * * ** * * * * *
42642 CTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-A
250 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATAACAAAACAA
* * ** * **
42706 AAGATGATAATTATTT-AAGATAGATTATTGTTCAAATAGGA
314 AAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
42747 ATAACTATTTGAAC-ATGTTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTATTTTTTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTA-GTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * * * *
42811 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-CTTCAAAATAAGATTGCATGAACATAACCAATTGTTTT
61 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
42874 ATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTGA
124 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAA
* * * * * *
42939 AC-ATGTTTG-A-TAAACAGATTCATTTTTTAATTATCTCACTCATTAATT-TTGGGAATATTAA
188 ACTA-G--TGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATT--GAATATTAA
* * * * * ** *
43000 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATCTAAACTAAAACAATTGTTTTATTGCAAGAC
248 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATAACAAAAC
* * * * *
43065 AAAATGTCGTAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTC
312 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * **
43108 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTACACATATTTATCTTTTAAAT--CTTATTAATTGTCAAAATA
1 ATAACTATTTGAACTAGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * * *
43171 TTAATAAACTAATATTATTTTGA-TCCAAAAAACCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
65 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
43235 AAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATGATTTTAAC-AT
129 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATACT-ATTTAAACTA-
* * * *
43299 GTTGGA-TAAACAAATTTA-TCTTTAAATCTTTTA-TTATTAATTGCCTT-AATATTAATAAATT
192 G-TGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT--ATTGAATATTAATAAATT
* * * * * *
43360 TGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAATATTATTTTGTGACAAAACAAAAGG
254 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAAA-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
* * * * *
43425 TTATAGCAATTTCAAATACATAATTGTTCAAATAGTC
318 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
43462 ATAATTATTTAAATTTATTTTGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTAAATTATTAA-TTTTGG
1 ATAACTATTTGAA-CTAGTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA
* * *
43526 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTTA
61 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
43590 TGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATGTGAT
125 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAA
* * * * * *
43655 CTAGTGCAGTAAACATATTTGTTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTATTGAAATATTAATAAAT
189 CTAGTGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTG-AATATTAATAAAT
* * * * * * * *
43720 TAGCATTATTTTAATCCAAATAAGCATATATGAATGGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAA
253 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT-AAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* *
43785 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTC
317 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTC
*
43823 ATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * * *
43888 TTAATAGATTAGCATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTAATGACA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
43953 AAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGGT-ATAATTATTTAAATTGG
130 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-GTCAT-ACTATTTAAACTAG
* * * * * *
44017 T-TAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTTGAAATAATAATAAATTCA
193 TGCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTG-AATATTAATAAATT-A
* ** * *
44081 CT-TTATTTTATTCTGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
255 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
* * *
44144 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCATATAGTC
318 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
44181 TTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTTGTTATTAAGTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTAGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCAC----TTATTAATTTTTGA
* * * *
44246 AAGATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTATTTTA
61 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
44310 TGATAGAACAAAAGGTTATTAGAATTTG-AA-GAATACAGTTGTTCAAATAGTCATTCTTATTT-
125 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATA-A-TTGTTCAAATAGTCATAC-TATTTA
* * *
44372 AACTAGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A--A-T---T-TT--TAA
187 AACTAGTGCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTGAATATTAATAA
* *
44426 A--AG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATG-ATCAAAAACATT-TTTTATAAAACCAAAC
251 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-ATATGAAT-AAAAAAATTGTTTTAT--AACAAAAC
* * *
44485 AAAAGGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCC
312 AAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
44529 ATAATTATTTGAAAT-GATTCTGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAAT
1 ATAACTATTTGAACTAG-TT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
44593 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAACT-GAAACGATTGTTTTATGA
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA
* ** * * * *
44657 AAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGTAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTAAACT-
128 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAACTA
* ** * * * *
44721 GTTTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTA
192 G-TGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTATTGAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
44786 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAGAGCAAAATGT
255 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT
* * * * *
44851 TATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATAG--
319 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
44885 -GAACTAGTT---C--G---GCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
44941 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTAT
62 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ATAGAAACAATTATTTTAT
* * ** * * * * * *
45006 GATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC
126 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAAC
** * * * * *
45071 T-GATTTAGTAAATAGATTCACTTTTT-AA-CTC--ACTTGTTAATT-TTGGGAATATTAATAAA
190 TAG-TGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATT--GAATATTAATAAA
*** * * **
45130 TTA-T-TT-TTTTCATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAGCAATTGTTTTAGT-ACAAAACAA
252 TTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTA-TAACAAAACAA
* * * * * * *
45191 AAGATCATAATGATTTTAAATATACAAATGTTCAAATAGTT
314 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
45232 GTAACTATTTGAA-T--TTAT-TCAGAACATATATTTATTTTTTTTAAATCTATTGGTTATTAAT
1 ATAACTATTTGAACTAGTT-TGT-A-AACA-A-ATTTA--TTTTTTAAATC-A---CTTATTAAT
* * * * *
45293 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTG
55 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTA
* * ** * *
45358 TTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
120 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTAT
* * * * * * * * *
45423 TTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACCTATGAAATT-TCTAAATGTT
184 TTAAACTAGTGCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT-TAATTAT-TGAATATT
* * * *
45487 AATATATTAAG-ATTATTTTATAT-CAAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAA-TATTTTAT---
246 AATAAATT-AGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTATATGA-AT-AAAAAAATTGTTTTATAAC
* * * * * * *
45546 --GAC--TA-GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT
307 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * **
45589 TTAACTATTTGAA-TTGATTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCGTATTAATTTTCAAAAT
1 ATAACTATTTGAACTAG-TTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * ** * * * * *
45653 ATTATTAAACCAATATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTA-CAATTAGAAACAATTGTTATATG
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * ** * * *
45716 ACAAAA-TAAAGATTATAGCGATTTGAGATTGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTCAAACC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAACT
* * * * * **
45780 AATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTA
191 AGTGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTAT-TGAATATTAATAAATTA
* * * * *
45845 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-ATAAAAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGG
255 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT-AAAAA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
* * *
45909 TCATAACGATTTG-AA-AGATAATTATTTAAATAGCC
318 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
45944 ATAATTATTTTAA-TTGTTTTAGTACACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTAG
1 ATAACTATTTGAACTAG-TTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTG
* * * *
46008 AAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTC--ATAAATGCTTGTATTAACTA-AAAAAGATTAT
60 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AA-GCTTATATGAA-TAGAAACA-ATTAT
* * ** * * * *
46070 TTTATGAGC-AAACAAAAAGTCAGAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
121 TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTAT
** * * * * * * * **
46134 TTGCATTTGTTCAGTAAA-TAA-TT-TTTTTTAAATCTATTTCTTATTAAATTTTTGAATGCTAA
184 TTAAACTAGTGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTATTGAATATTAA
* *** * * * * *
46196 TAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAAT
248 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATAACAAAAC
* * *
46261 AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTT----T--TA
312 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
46298 AT-ACCATTTGAATTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTAGTTTG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * *
46362 AAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACGAACA-AAATAATTGTTTTA
60 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * ** * * * * *
46426 TGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATATGAAATTGATAATCGTTGATATAGTCTTAACTATTTGAA
125 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAA
* ** ** * **
46491 CT-G-G--TTTGAC-AA-TTA-GATTT--AT-T-TT--TTAATT--TTCTTGGCTA-T--TAAAT
189 CTAGTGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTATTGAATATTAATAAAT
* * ** * ** * *
46538 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAATATGAATAGAACTAATTGTTTGATGGA-AAAA-AAAA
253 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATA-AAAAAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAA
* * * * *
46601 GGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATCCAAATAGTC
316 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
46640 AAAACTATTTAAAATAGTTTCATCAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTAGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCAC---TT-ATTAATTTTTGA
* * * * * *
46705 AACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAACAAACTTATACGAACAAAAACAATTATTTTAT
61 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * *
46769 GACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAAATAATTATT----T-G--A-ACTAGTT---C-
126 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATACTATTTAAACT
* * * *
46822 AGT--A--AATA-GAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGTAATATTAATAAATT
191 AGTGCAGTAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTG-AATATTAATAAATT
* * * * * * * * ** **
46881 TGTTTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGTCAAAACAAAATA
254 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-ATAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG
* *
46946 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
318 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *** ** *
46983 TTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATGGATTT-TTTTAAAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-A
1 ATAACTATTTGAACTAGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTA--T-T-AATTTTTGA
* * * * * * **
47046 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTA
61 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
47111 TGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
125 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAAA
* * * *
47176 CTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGC----TAATTCTTGAAATATTAATAAAT
189 CTAGTGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTG-AATATTAATAAAT
* * * * * * *
47237 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATG-TTGAAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAG
253 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT-AAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * ** * * * *
47300 ATAATAATGATTTTATTTTAAAGAAGCTTGTACGCTAAAAAACAATTGTC
317 GTCATAACGATTTGA-AATAGATAA--TTGT----T----CA-AATAGTC
* *** * * * * * * ** *
47350 TTATGACAAAAATAAAGGTAATTACGATTTG-AAATAGA-TAATTGTTCAAATGGC-CA-TAATT
1 --AT-----AACTATTTG-AACTA-G-TTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT
* * * * *
47411 ATTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATT-TTTTCAACTTCTTACTTATTAA--TT-TTTGATA
56 -TTTGAAAT-ATT-AATAAATT-A-GTATTATTTT--A--T-TT-C-GAATAAGCTTATATGA-A
* * * * * * * * *
47472 TAAAAATAGTGTTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTTATTAA-CT-AAAACAATTATTTTATCAGA
108 TAGAAACA--ATTATTTTA---T-GACAAAAC----A-AAAGGTCATAAC-A--ATTTGA--A-A
* ** * * * * *
47534 -AAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA-TAATGATAACTATTTTAACTT
156 TAAATAATTGTTCA-AAT-A--GT-CATA-CT-A-T-TT-AAACT-A-G-T-GC-A--GTAA---
* * ** * * * * *
47597 GTTCTGTAAACATATTAATTTTTTGAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
201 --AC----AA-AT-TTATTTTTTAAAT--CTCTTACTTATTAA-TTATTGAATATTAATAAATTA
* * * * * *** *
47662 GTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATTAAAAAAATTATTTTATGATTGAACAAAATGT
255 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT
* * * * *
47727 CAAAACAATTAGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
319 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** *
47763 TTAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACGCATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTAGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA
* * *
47828 AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTT
61 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTATTTT
* * * ** ** * *
47891 ATGACAAAAC-AAAGATTATAACGATTTGAGCTTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
124 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTAA
* * * ** * ** * * * * * *
47955 ATTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATGATTTTTTAAATATTAATAAA
188 ACTAGTGCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTATTGAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
48020 ATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAA
252 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
* * * * *
48085 GGTCAAAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATATTC
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** * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * ** * *
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* * * * ** *
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** * * * *
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*** ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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1 ATAACTATTTGAACTAG-TTTGTAAACAAATTTATTTTTT--AA-A--TCACTTATTAATTTTTG
* * * * **
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 ATAACTATTTGA-ACTAGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTG
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * **
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* * * *
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**
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Statistics
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ***
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* ** * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 AATAAGCTTGAATGAATAAAAAAC-ATTATTTTATAAGACAAAACAAAAGGTTCATAACAATTTG
* * ** * * *
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* * **
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* * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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316 TGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTATATGAAT
* * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
43761 AATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTCATA
386 AATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTG--A-AAATAAGTTGTCAAATAGTCATA
* * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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127 TAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATGTTTATTTTATTTTGAATAAGC
* * *
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189 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAG-TAA
* * * * * * *
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253 TTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTG
* * * * *
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* * *
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508 TAAAAGCATTATTTTATTCCA
* * * * *
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1 AATAAGCTTGAATGAATAAAAAACATTATTTTATAAGACAAAACAAAAGGTTCATAACAATTTGA
*
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66 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTT-AAATTGATT-TGTAAATAGATTCACTTTTTA
*
44570 AA-TC-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGT
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* * **
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193 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAGTAATTGTT
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*
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** ** * *
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* ***
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1 AATAAGCTTGAATGAAT-AAAAAAC-ATTATTTTATAAGACAAAACAAAAGGTTCATAACAATTT
* * * *
45032 GAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAATAGATTCACTTTTT
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128 AAACTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATGTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
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193 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-AGTAATTG
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* * ** * *
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441 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CT-T---A-
45476 TTCTAA-ATGTTAATATATTAAG-ATTATTTTATAT-CA
499 -T-TAATAT-TT--TA-A--AAGCATTATTTTAT-TCCA
* * * * **
45512 AATAAGCTTGTATGATATGAAACAA-A-TATTTTAT--G-----AC--TA-G-TCAAAATGATTT
1 AATAAGCTTGAATGA-AT-AAAAAACATTATTTTATAAGACAAAACAAAAGGTTCATAACAATTT
* * *** * * * * * * *
45564 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGATTTGACAAACAAATTTATTTTTT
64 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTGATTTG-TAAATAGATTCACTTTTT
* *** * ** * ****
45629 AAA-TCT-CGTATTAATTTTCAAAATATTATTAAACCAAT-ATTATTTT-TAACCAAATAAGCTT
128 AAACTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTATGTTTATTTTAT-TTTGAATAAGCTT
* * * * * * * * * * *
45690 CTA-CAATTAGAAACAATTGTTATATGACAAAA-TAAAGATTATAGCGATTTGAGAT-TGATAAT
191 GTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAG-TAAT
* * ** * * * * * **
45752 TGTTCTAATAGTCATAACTATTCAAACCAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTCTTACT
254 TGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTGT
* ** * * * *
45817 TATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATG-ATAAA
319 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAAT-AG
* * * * * *
45880 AAACAATTGA-TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAGATAA-TTATTTAAATAGC
382 AAACAATT-ATTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-ATAAGTT-GTCAAATAGT
* * * ** *
45943 CATAATTATTTTAA-TTGTTTTAGTACACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTA
444 CATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-T-T--A--TT-
** * *
46007 GAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCA
501 --AATATT--T-TAAAAGCATTATTTTATTCCA
* * * * * * * **
46040 TAA-ATGCTTGTATTAACTAAAAAAGATTATTTTATGAG-C-AAACAAAAAG-TCAGAATGATTT
1 -AATAAGCTTGAATGAA-TAAAAAACATTATTTTATAAGACAAAACAAAAGGTTCATAACAATTT
* * ** * * * * *
46101 TAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGCATTTG-TTCAGTAAATA-ATT--TTTTT
64 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTT-AAATTGATT-TGTAAATAGATTCACTTTT
** *
46162 TAAA-TCTATTTCTTATTAAATTTTT-GAATGCTAATAAATTA-GTATTAATTTATTTTGAATAA
127 TAAACTCTA---CTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTATGT-TTATTTTATTTTGAATAA
* * * *
46224 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAATAAAAGGTCAGAACAATTTGAAAT-AGAT
187 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAG-T
** * * * * *
46288 AATTGTTTTAATA--C----C-ATTTGAATTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTC
251 AATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTC
** * * * * *
46345 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTACGA
314 TTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
46409 ACA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
378 ATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTCA
46444 AAACGATATG
Statistics
Matches: 3286, Mismatches: 596, Indels: 523
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
513 2 0.00
514 43 0.01
515 1 0.00
516 1 0.00
517 4 0.00
518 2 0.00
519 1 0.00
521 2 0.00
522 1 0.00
523 5 0.00
524 4 0.00
525 244 0.07
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532 141 0.04
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548 3 0.00
549 42 0.01
550 33 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (528 bp):
AATAAGCTTGAATGAATAAAAAACATTATTTTATAAGACAAAACAAAAGGTTCATAACAATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTGATTTGTAAATAGATTCACTTTTTAAA
CTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATGTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAGTAATTGTTCAA
ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAAT
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTA
TTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAATAAGTTGTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTTAAAAGCATTATT
TTATTCCA
Found at i:44884 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 44853--44885 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
44843 CAAAATGTTA
44853 TAATGATTTGAAATAGG
1 TAATGATTTGAAATAGG
*
44870 TAATTATTT-AAATAGG
1 TAATGATTTGAAATAGG
44886 AACTAGTTCG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.47
17 8 0.53
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
TAATGATTTGAAATAGG
Found at i:45362 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 44904--47312 Score: 1355
Period size: 180 Copynumber: 13.7 Consensus size: 180
44894 CGGCAAATAA
* *
44904 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*** * * *
44969 TGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
45034 AATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAATAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAG-AAACAG
* * * * * *
45086 ATTCACTTTTT-AA-C--TCACTTGTTAATTTTGGGAATATTAATAAATTA-T-TT-TTTTCATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* *
45144 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAGCAATTGTTTTA-GTACAAAACAAAAGATCATAATGATTTT
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
* * * ** * *
45208 AAATATACAAATGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTCAGAACATAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGAA-ACAG
**
45261 ATTTATTTTTTTTAAATCTATTGGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTA--TTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
45326 TTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTT
64 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
* * *
45391 AAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
129 AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAG-AAACAG
* * * * * *
45444 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTACCTATGAAATTTCT-AAATGTTAATATATTAAG-ATTATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTATTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
* ** * * * *
45507 TATCAAATAAGCTTGTATG-ATATGAAACAAATATTTTATG-----AC--TAG-TCAAAATGATT
63 TTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATT
* * ** * * * *
45563 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGATTTGACAAACAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTCAGAAACAG
* ** * ** * *
45618 ATTTATTTTTTAAATC---T-CGTATTAATTTTCAAAATATTATTAAACCAATATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
*** * * * * * **
45678 CCAAATAAGCTTCTA-CAATTAGAAACAATTGTTATATGACAAAA-TAAAGATTATAGCGATTTG
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
* * * ** ***
45741 AGATTGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTCAAACCAATTCAGTAAACAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAG-AAACAG
* * * **
45794 ATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTGTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * *
45859 CGAATAAACTTGTATG-ATAAAAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-
66 TGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
45922 AA-AGATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTTAATTGT-TTTAGTACACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-TATTCAG-AAACAG
* * * *
45973 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTAGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
46038 CAT-AA-ATGCTTGTATTAACTAAAAAAGATTATTTTATGAGC-AAACAAAA-AGTCAGAATGAT
66 --TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA-ATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGA-TCATAATGAT
* * * * * *
46099 TTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGCATTTGTTCAGTAAATA-
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAG-AAACAG
* ** *
46154 A-TT-TTTTTTAAATCTATTTCTTATTAAATTTTTG-AATGCTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * **
46216 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAATAAAAGGTCAGAACAATTTGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * *
46281 AATAGATAATTGTT----T--TAAT-ACCATTTGAATTGGT-TTGATAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT--TATTCAGAAACAG
* * * *
46326 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * * *
46391 TCGAATAAGCTTGTACGAA-CAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATATGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * * * * * **
46455 AATTGATAATCGTTGATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT-TTGACAATTAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-TTATTCAGAAACAG
**
46507 ATTTATTTTTT-AAT-T-TT-C----------TTG-GCTA-T--TAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** ** * ** * * *
46554 CGAATAAAATAATATGAATAGAACTAATTGTTTGATGGA-AAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * ** **
46617 AATAAATAATTATCCAAATAGTCAAAACTATTT-AAAATAGTTTCATCAACAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA--TTCAGAAACAG
* * * *
46669 ATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *** * * *
46732 TCGAACAAACTTATACGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAATAATTTG
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTG
* * * * *
46796 AAATAAATAATTATT----T-G----AACTA---G--TTCAGT---AAATAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGAAACAG
* * * * * * *
46831 AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGTAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * * * * **
46896 CAAATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGTCAAAACAAAATATCATAACAATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
* * ** ** **
46961 ATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATGG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAG-AAACAG
** * * * *
47012 ATTT-TTTTAAAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *** * * * * * * **
47075 TCGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* *
47140 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCAGTAAACAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA-TTCAG-AAACAG
** * *
47192 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTGCTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
47253 CAAATAAGTTTATATG--TTGAAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTT
66 TGAATAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
47313 TATTTTAAAG
Statistics
Matches: 1719, Mismatches: 380, Indels: 263
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
161 2 0.00
162 142 0.08
163 86 0.05
164 5 0.00
165 5 0.00
166 3 0.00
167 2 0.00
168 9 0.01
169 52 0.03
170 1 0.00
171 19 0.01
172 13 0.01
173 8 0.00
174 120 0.07
175 177 0.10
176 94 0.05
177 62 0.04
178 81 0.05
179 205 0.12
180 305 0.18
181 97 0.06
182 110 0.06
183 113 0.07
184 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGAAACAG
Found at i:46864 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 46675--46970 Score: 384
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
46665 ACAGATTTAC
* *
46675 TTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTT-TAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAAC
1 TTTTTAAATCTCTTATTGATAAATTTTTGT-AACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAC
*
46738 AAACTTATACGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAATAATTTGAAATAA
65 AAACTTATACGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TAATAACAATTTGAAATAA
46802 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTAT
129 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTAT
* * * * *
46837 TTTTTAAATCTTTTACTT-ATAAATTTTTGTAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTA-TTGATAAATTTTTGTAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAC
* * * ** * * * *
46901 AAACTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATGTCAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA
65 AAACTTATACGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATAATAACAATTTGAAATAAA
46966 TAATT
130 TAATT
46971 GTTCATATAG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 17, Indels: 7
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 48 0.42
163 64 0.57
164 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (163 bp):
TTTTTAAATCTCTTATTGATAAATTTTTGTAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACA
AACTTATACGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATAATAACAATTTGAAATAAAT
AATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTAT
Found at i:47888 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 47339--51249 Score: 2339
Period size: 181 Copynumber: 21.5 Consensus size: 179
47329 GTACGCTAAA
* * * *
47339 AAACAATTGTCTTATGACAAAA-ATAAAGGTAATTACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
47403 CCATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTCAACTTCTTACTTATTAA-TTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA-CGATTTATTTTTT-AAATTCTTACTTATTAATTTT
* ** * * *
47466 TTG-ATA-TAA-AAA-TAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATTAACTA-
127 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * * *
47515 AAACAATTATTTTATCAGAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
47580 GATAACTATTTTAACTTGTTCTGTAAAC-ATATTAATTTTTTGAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACGAT-TT-ATTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAATTTT
* * * *
47644 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATTA-
127 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * *** * * * * * *
47697 AAAAAATTATTTTATGATTGAACAAAATGTCAAAACAATTAGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* **
47762 CTTAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACGCATTTATTTTTTAAACTTCTTACTTATTAATTTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACG-ATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTT
* *
47827 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATG-ATCAG
129 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * ** * *
47878 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACGATTTGAGCTTGATATTTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * *
47942 CATAACTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATGATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAA-CGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
48006 TAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAATTG
128 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
48058 AAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATATT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * *
48123 CATGTCTATTTGAACTTATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTCGAATTGCTTCCTTATTAGTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAA-CGATTTATTTTTT-AAATT-CTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** * *
48187 TTGAATGTTAATAAATTGGCATTTTTTTTGTTTTGAATAAGTTTGTATGAATTG
127 TTGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
48241 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTATTAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * *
48306 -ATTAACAATTTGAACTAATT-AGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTAACGTATTAATTTT
66 CA-TAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAAC-GATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
48369 TGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGATTGTGTGAAAAG
127 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * * *
48422 AAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAACTATTCAAACAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
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66 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAA-CGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * ** **
48546 AAACATCAATAAATCAGTATTATTTTAATTCTAAATAATTTTGTATGAATAG
129 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
48598 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * **
48663 CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAATTTTCA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-GATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTT
* * * *
48728 GAATATTAACAAATTAGTACTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATAG
129 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
48779 AAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACTATTTGAACTAAATAGTTATTCAAACAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
48844 CATAATTATTTGAGCTTGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAA-TTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-GATTTATTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAATTTTT
* * * * **
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128 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * ** * *
48960 AAACAATTGATTTGTGATGAAATAAAAGGTC-TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
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66 CATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAA-CGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTT
**
49083 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAG
129 GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* *
49134 AAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
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66 CATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAAC-GATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTT
* * *
49261 AGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAG
128 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
49313 AAAAAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGGTTC-TAGCGATTTGAAATAGATAAATTGTTCAAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAAT
* * * * *
49377 AGCCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGA--CATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TT
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* ** * ** *
49439 TTGGAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGGACTA-
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* * ** * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** ** ** *
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66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-GATTTATTTT--TTAAAT-TCTTACTTATTAA-T--
* * * * * **
49621 CTATTTGAACTAATTTGACAAACTAAT-TTATTTTTTAAATCTCC-AACTTCTCAATTTTTGAAA
124 -TTTTTGAA-T-A-TTAATAAATTAGTATTA--TTTT--AT-TCCGAA----T-AA-GCTTG---
* *
49684 TATTATTA-
171 TATGAATAG
** * * * * * * ***
49692 AATTATTATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTTATAAA-CT-AAAACCA-TTGTTTTATGATAA-
1 AA--ACAATTGTTTTA---T-GACAAAAC----A-AAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAAT
** * *
49752 --AACAAA-AGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAAGT
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* * * * ** ** *** * * ** *
49813 TGTTCAGTAAAAAGAT-TTATTTTTTAAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAAA
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* * * *
49877 T-AGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGAATGTATGAATTG
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* * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
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66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-GATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * *
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* * * * * **
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
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** ** *
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* * * * *
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1 AAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
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66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACGAT-TTATTTTT-TAAAT-TCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
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128 TGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
51233 CATAACAATTTGAACTT
66 CATAACTATTTGAACTT
51250 ATTTGGTAAA
Statistics
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* * *** *
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* **
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *** * *
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320 ATTAGTA-TTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAA
* * * *
48266 AAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTATTAGTATTAACAATTTGAACTAATTAGGCA
384 AAGGTCAAAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTATTAACTATTTGAACTAATTA-GTA
* *
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447 AACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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** *
48612 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAA
193 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
* * * * ** * *
48677 CTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCATACC-TATTAATTTTCAGAATATTAACAAA
258 CTTG-TTCGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTC-TTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
* * *
48741 TTAGTACTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGCAAA
321 TTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACTAAA-CAAA
* * * * * * * * * ** *
48805 AGATCATAACTATTTGAACTAAATAGTTATTCAAACAGTCA-TAATTATTTGAGCTTGCTCAGTA
385 AGGTCA-AAATATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT-ATTAACTATTTGAAC-TAATTAGTA
* * * *
48869 AACAAATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
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** * * *
48933 TTGTTTCGAACAAGCTTGTATGACCAG
511 TTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* ** * *
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* * * * *
49023 TCATAACTGA--T-CA-T-GTTCTATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTT-ATTATTTTT
63 TCATAACT-ATTTGAATTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATTCTT-CTTAATAATTTTT
** * * *
49082 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
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* *
49145 TTATGA-AAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTT
190 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTT
** * * * * * * * * * ** *
49208 -ATACTTGTTTAATAAGCAAATTGATTTCTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCAGAATATTAAT
255 GA-ACTTG-TTCGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* ** * * *
49272 AAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTAGGACAAAACA
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* *** * * * *
49337 AAAAGGTTCTAGCGATTTGAAATAGATAAATTGTTCAAATAGCCA-TAACTATTTGAACTTATTC
382 AAAAGG-TCAAAATATTTGAAATAGAT-AATTATTCTAATAG-TATTAACTATTTGAACTAATT-
* * * * * **
49401 AATAAACAGA--CATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAAAATT
443 AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
* * ** *
49463 ATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGGACTA-
508 ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAC-AG
* * * ** * *
49493 AAATAATTTTTTATGAGAGCAGAA-AAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTAT--GA-CAAAATAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
** * ** * * * * *
49556 TCACGACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAGATTT--TTTTAAAAAAATCTTTTACTTATTAAGT
63 TCATAACTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTT---TAAAT-TCTT-CTTAATAA-T
* * * * * * * ***
49619 GACTATTTGAACTAAT-TTGACAAACTAAT-TTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTT-TG
122 ---T-TTT-AA--AATATTAATAAAATAGTATTA--TTTT--ATTTCAAAATAAGC--TTTTATG
* * * * * * * *
49681 AAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTTATAAA-CT-AAAACCA-TTGT
174 --A-A-TA-GAAA-CA--ATTATTTTA---T-GACAAAAC----A-AAAGGTCATAACAATTTGA
** ** * * * * * **
49742 TTTATGATAA---AACAAA-AGGTCAT-AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA-AGTAGTTATA
222 AATA-GATAATTGTTCAAATA-GTCATGACT-ATTTGAACTTG-T--TCGTAAACAG-A-TT-T-
* * * * * * ** ** *** * *
49801 ACTATTTGAAGT-TGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTT-AAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTT
277 ATTTTTTGAA-TCTCTTC-CT-----TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGT-ATTATTTT
* ** ** * *
49864 AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAATGTATGAATTGAAACAATTATTTTAT
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* * * * *
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** * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * *
50217 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTTGTATGAGTAGAAATAATT-TTGTTA
130 TATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTATT-TTA
* ** * * *
50279 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AAAGTAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGA
193 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
* ** * *
50343 ACTTGTTCG-ATAACTAGATTTATTTTTTAAATCT-TAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
257 ACTTGTTCGTA-AAC-AGATTTATTTTTTGAATCTCT-TCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
*** * * ** *
50406 AATTAGTATTATTTTATTTTGAACACA-CTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATGA-TAAAAC
319 AATTAGTATTATTTTATTACAAATA-AGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACT-AAAC
* * * * **
50469 AAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ACTAATTGTT-TAAATAGTCA-TAACTATTTAAACTTGCT
382 AAAAGGTCAAAAT-ATTTGAAATAGA-TAATTATTCT-AATAGT-ATTAACTATTTGAAC-TAAT
* * * * * *
50531 CAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTGATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTA
442 TAGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA
* ** * *
50595 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATTAACAG
506 TTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * *
50627 AAATAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATT-GTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
50692 CACAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAACTT-TTACTTATTAATTTT
64 CATAACTATTTGAATTG-GTTCA-ATAAATAGATTTAGTTTTTAAA-TTCTT-CTTAATAATTTT
** * * * *
50754 TTGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
125 TAAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAT
* ** * * * * *
50817 TTTGTGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTCGAAATAGATAATTGCTCAAATGGTGATAACTATT
189 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * * *
50881 TGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAT
254 TGAACTTG-TTCGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* * * * * * *
50945 AAGTTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGATACAATTGTTTTATGA-TGAAA
318 AAATTAGTATTA-TTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACT-AAA
* * **
51009 CAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACTTGTT
381 CAAAAGGTCA-AA-ATATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-TATTAACTATTTGAACTAATT
* * * * *
51072 CAGTAAACATA-TTATTTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT--AACTATTAATAAATTAA
443 -AGTAAACACATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGGAA-TATTATTAAATTAG
* * ** *
51134 TATTATTTTAATTCGAATAAGTTTGTATGAGTAA
504 TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * ** * * *
51168 AAACAATTATCTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
1 AAACAATTGT-TTATGACAAAATAAAGA-TCATAACGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
51233 CATAACAATTTGAA
64 CATAACTATTTGAA
51247 CTTATTTGGT
Statistics
Matches: 2600, Mismatches: 555, Indels: 426
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
531 3 0.00
532 113 0.04
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534 174 0.07
535 42 0.02
536 73 0.03
537 49 0.02
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539 186 0.07
540 177 0.07
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543 173 0.07
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545 5 0.00
546 5 0.00
547 7 0.00
548 7 0.00
550 1 0.00
551 6 0.00
552 2 0.00
553 3 0.00
554 1 0.00
555 2 0.00
556 2 0.00
557 26 0.01
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579 2 0.00
580 5 0.00
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588 1 0.00
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591 10 0.00
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598 4 0.00
599 36 0.01
600 22 0.01
601 67 0.03
602 13 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
AAACAATTGTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATTCTTCTTAATAATTTTTAAAAT
ATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT
GTTCGTAAACAGATTTATTTTTTGAATCTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
AAATATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTATTAACTATTTGAACTAATTAGTAAACACATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAA
TAAGCTTGTATGAACAG
Found at i:48650 original size:357 final size:350
Alignment explanation
Indices: 47459--49569 Score: 1363
Period size: 357 Copynumber: 5.9 Consensus size: 350
47449 TTCTTACTTA
* * ** * *
47459 TTAATTTTT-G-ATA-TAA-AAA-TAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATTAACTA-AAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * *
47518 CAATTATTTTATCAGAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATGAT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AT
* * * * * ** * *
47583 AACTATTTTAACTTGTT-CTGTAAACATATTAATTTTTTGAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG
128 AACTATTTGAACTTATTAC---AAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTAACGTATTAATTTTTGG
* * * * *
47647 AATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATTA-AAAAAATTATTTTA
189 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
47711 TGATTGAACAAAATG-TCAAAACAATTAGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
253 TGA--CAA-AAAAAGATCATAAC-TTTTG-AATAGATAAATATTCAAACAGTCATAACTATTTGA
*** **
47775 -ACTAATTCAGTAAACGCATTTATTTTTTAAA-CTTCTTAC
313 GA-TTGCTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTT-TTAC
* **
47814 TTATTAATTTTTTA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATG-ATC
1 ---TTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * ** * *
47876 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACGATTTGAGCTTGATATTTGTTCAAATA
60 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * *
47940 GTCATAACTATTTGAA-TTGGTT-CAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATGATT
124 GT-ATAACTATTTGAACTT-ATTAC-AAACACA--TTTATTTTTTAAATCTCTAACGTATTAATT
** * * * * * *
48003 TTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGT
184 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * * * * **
48068 TTTTTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATATTCATGTCTATT
249 TTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAAC--TTTTGAATAGATAAATATTCAAACAGTCATAACTATT
** * * *
48133 TGA-ACTTATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTCGAATTGCTTCCTTA-
310 TGAGA-TTGCTCAG-TAAACAAATTTA-TTTTT--AAAT-CTT--TTAC
* * * * * * * * * * *
48179 TTAGTTTTTTGAATGTTAATAAATTGGCATTTTTTTTGTTTTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
48244 TAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTATTAGTATT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA-T
* *
48309 AACAATTTGAACTAATTAGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTAACGTATTAATTTTTGGAA
128 AACTATTTGAACTTATTA--CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTAACGTATTAATTTTTGGAA
* * * * * *
48374 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGATTGTGTGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
48439 CAAAATAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAACTATTCAAACAATCATAACTATTTGA-ATTG
256 CAAAA-AAAGATCATAAC-TTTTGA-ATAGATAAATATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGATT-
* * *
48503 GCTCAGTAAATAGATTTAGTTTTAAATCTTTTA-
317 GCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTAC
* * * * **
48536 TTAATTTTTAAAACATCAATAAATCAGTATTATTTTAATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
*
48601 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACAT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAT
* * ** ** * **
48666 GACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCTC-ATACCTATTAATTTTCAGA
128 AACTATTTGAACTT-ATT-ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTA-ACGTATTAATTTTTGGA
* * *
48730 ATATTAACAAATTAGTACTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * *
48795 ACAAAGCAAAAGATCATAACTATTTGAACTAAATAGTTATTCAAACAGTCATAATTATTTGAGCT
255 ACAAA--AAAAGATCATAACT-TTTGAA-TAGATAAATATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGAT
*
48860 TGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATATTTTAC
316 TGCTCAGTAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTTTTAC
* * * * * **
48897 TTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTT-TCGAACAAGCTTGTATGACCAGA
1 TTA--ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** *
48961 AACAATTGA-TTTGTGATGAAATAAAAGGTCTAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
63 AACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCTAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
49024 CATAACTGATCATG---TT-CTATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT-ATTTTTG
126 -ATAACT-AT-TTGAACTTATTACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTAACGTATTAATTTTTG
*
49083 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
188 GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
49147 ATGAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATA
252 ATGACAAAAAAAGATCATAAC-TTTTG-AATAGATAAATATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGA
* * * * *
49211 CTTGTTTAATAAGCAAATTGATTTCTTAAATCTTTTAC
315 -TTGCTCAGTAAACAAATTTATTT-TTAAATCTTTTAC
*
49249 TT-ATTGATTGTCAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATA
1 TTAATT--TT-T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * **
49312 GAAAAAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGGTTCTAGCGATTTGAAATAGATAAATTGTTCAAAT
61 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGG-TCTAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAAT
* * *** *
49377 AGCCATAACTATTTGAACTTATT-CAATAAACAGACATTTTTTAAATCTCTTA-GTTATTAA-TT
123 AG-TATAACTATTTGAACTTATTACAA-ACACATTTATTTTTTAAATCTCTAACG-TATTAATTT
** * * ** * *
49439 TTGGAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGGACTA-AAATAATT-T
185 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGT
* * * * **
49502 TTTATGAGAGCAGAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACGACTAT
249 TTTAT--GA-CAAAAAAAGATCATAAC-TTTTG-AATAGATAAATATTCAAACAGTCATAACTAT
49566 TTGA
309 TTGA
49570 ACTAATTCAG
Statistics
Matches: 1398, Mismatches: 265, Indels: 177
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 2 0.00
351 2 0.00
352 17 0.01
353 117 0.08
354 10 0.01
355 87 0.06
356 37 0.03
357 236 0.17
358 93 0.07
359 71 0.05
360 81 0.06
361 188 0.13
362 136 0.10
363 178 0.13
364 129 0.09
365 4 0.00
366 9 0.01
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAAC
TATTTGAACTTATTACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTAACGTATTAATTTTTGGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
AAAGATCATAACTTTTGAATAGATAAATATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGATTGCTCAGTAA
ACAAATTTATTTTTAAATCTTTTAC
Found at i:51328 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 51149--51368 Score: 298
Period size: 119 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
51139 TTTTAATTCG
* * *
51149 AATAAGTTTGTATGAGTAAAAACAATTATCTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATCTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * *
51214 AAATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTGGTAAACACATTTGA
66 AAATAATTATTCAAATAGTCACAACAATTTGAACTTATTTGGTAAACACATTTGA
* * * * **
51269 AATAAGCTTGTATGAATAAAAA-AATTATTTTACGACAAAAGAAAAGGTTATTGCAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATCTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* **
51333 AGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTT
66 AAATAATTATTCAAATAGTCACAACAATTTGAACTT
51369 GTTCAGTAAA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 15, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
119 65 0.76
120 20 0.24
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (120 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATCTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTATTCAAATAGTCACAACAATTTGAACTTATTTGGTAAACACATTTGA
Found at i:51690 original size:477 final size:480
Alignment explanation
Indices: 50787--51720 Score: 1106
Period size: 477 Copynumber: 1.9 Consensus size: 480
50777 ATTTTATTCA
* * **
50787 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGTCATAATGATTCGAAAT
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGT-ATAATGATTCGAAAT
* * * * *
50852 AGATAATTGCTCAAATGGTGATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTAAATCT
65 AGATAATTACTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTAAATCT
* * * *
50917 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCATATATG
130 CTTA-TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTGTTATTTCAAATAAGCATATATC
* * * *
50982 AACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTCAA
194 AAATGAAACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAATATTATTCAA
* * * * * * **
51047 ATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTATTTTTCTAAATCTTTTACTTATTAAT
259 ACAGTCATAACTATTTGAACTTGGTCAGCAAACATATTAATTTTCTAAATCTGCTACTTATTAAT
* * * ** * ** *
51112 TGTCTAACTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGTTTGTATGAGTAAAAACAATTA
324 TGTCTAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCGAATAAGACTATATGAACAAAAACAACTA
* * * *
51177 TCTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAC-AA
389 TCTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTAA
51241 TTTGAACTTATTTGGTAAACACATTTG
454 TTTGAACTTATTTGGTAAACACATTTG
* * *
51268 AAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTATTTTACGACAAAAGAAAAGGT-TATTGCAATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAA-GTATAATG--ATTCGAA
* *
51331 ATAGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAA
63 ATAGATAATTACTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCA-TTTTTAAA
* *
51396 TCTC-T-T-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTA-TTCTAAATAAGCTTGT
127 TCTCTTATCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTGTTATTTC-AAATAAGCATAT
* *
51456 A-CAAATAGAAACAATTATTTTGTGAT-AGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-AATAGTT
191 ATCAAAT-GAAACAATTATTTTATGATGA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAATA-TT
* * * *
51518 ATTCAAACAGTCATAATTGTTTGCAC-TGGTCAGGCCAACATA-TACATTTTCTAAATCTGCTAC
253 ATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGGTCA-GCAAACATATTA-ATTTTCTAAATCTGCTAC
* * *
51581 TTATTAATTTTC-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTCTGTATAAGACTATATGAACA
316 TTATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTC-GAATAAGACTATATGAACA
* ** *
51644 AAAACAACTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACTACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAG
379 AAAACAACTATCTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAG
*
51709 TTATAACTAATT
444 TCATAACTAATT
51721 GAATTGGGTT
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 59, Indels: 29
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
476 22 0.06
477 208 0.55
478 35 0.09
479 5 0.01
480 22 0.06
481 77 0.20
482 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (480 bp):
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGTATAATGATTCGAAATA
GATAATTACTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTC
TTATCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTGTTATTTCAAATAAGCATATATCAA
ATGAAACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAATATTATTCAAAC
AGTCATAACTATTTGAACTTGGTCAGCAAACATATTAATTTTCTAAATCTGCTACTTATTAATTG
TCTAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCGAATAAGACTATATGAACAAAAACAACTATC
TTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTAATT
TGAACTTATTTGGTAAACACATTTG
Found at i:51822 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 51324--52557 Score: 833
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 177
51314 GGTTATTGCA
* * * * * * *
51324 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
** * * *
51389 TTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCTAAATAAG
66 TTTTAAATCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAA-AAA
** * * * * * * * * * **
51451 CT-TGTACAAATAGAAACAATTATTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACA
128 CTAT-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATG
* * * * * * * ** * * **
51501 ATTTGAAATAAATAGTTATTCAAACAGTCATAATTGTTTGCACTGG-TCAGGCCAACATATACAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GGTAAATAGATTTAT
* * ** * * *
51565 TTTCTAAATCTGCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGTATA
65 TTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC--CAAA
* * *
51630 AGACTA-TATGAACAAAAACAACTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACT-
125 AAACTATTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAA-TG
* * * * * *
51682 ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTTATAACTAATTGAATTGGGTT-GGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAATAGATTTAT
*
51746 TTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTCCAAACAAAC
65 TTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA-AAAC
* * * * *
51809 TTATTAT-AACAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAACAAATAGTAATAATG
129 -TATTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATG
* * ** * * *
51858 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * * * *
51923 TTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
66 TTTT-AAA--TCTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAA
* ** * * * *
51988 AGTATCTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATG
127 ACTAT-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATG
* * * * *
52040 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTAGG-CAATCATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAT-AGATTTAT
* * * *
52104 TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAGGAATATTATTAAATTACA-ATTATTTTAATCTAAAT
65 TTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAA-
* * * * * *
52168 ACACTAGTATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAT-ATCATAATG
125 AAACTATTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATG
* * * *
52220 ATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
* ** **
52285 TTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTTAATAATT
66 TTTTAAATCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAA-AAAA
* * * * * *
52348 CTA-TATGAATAGAAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCATGATG
128 CTATTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATG
** * * * * * * * * *
52397 ATTAAAAATAAATAATTGGTT-AAATGGACATGACTATTTTAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTAT
* * * *
52461 TTTTTAAATATACTACCTATTAATTTGCAGAATATTAATAAATTAATATTAGTTTT-TT-CAAAA
65 TTTTTAAATCT--TACTTATTAATTT-TAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCCAAAA
*** *
52524 TAA--A-TATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAA
126 -AACTATTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAA
52558 TTTACTTGGT
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 178, Indels: 96
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 7 0.01
176 177 0.21
177 178 0.21
178 6 0.01
179 6 0.01
180 86 0.10
181 231 0.28
182 134 0.16
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAACTA
TTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATG
Found at i:51892 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 51844--51899 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
51834 GTGACAAAAC
51844 AAATAGTAATAA-TGATTTG
1 AAATAGT-ATAATTGATTTG
51863 AAATAG-ATAATTG-TTT-
1 AAATAGTATAATTGATTTG
51879 AAATAGTCATAATT-ATTTG
1 AAATAGT-ATAATTGATTTG
51898 AA
1 AA
51900 CTAATTCAGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 10
0.76 0.00 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
17 7 0.22
18 11 0.34
19 8 0.25
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
AAATAGTATAATTGATTTG
Found at i:51981 original size:358 final size:354
Alignment explanation
Indices: 51580--52414 Score: 879
Period size: 358 Copynumber: 2.3 Consensus size: 354
51570 AAATCTGCTA
* * * *
51580 CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGTATAAGACTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGACTATATGAACAG
* * *
51645 AAACAACTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACT-ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAG
65 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAG
*
51709 T-TATAACTAATTGAATTGGGTT-GGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTT
129 TCT-TAACTAATTGAACT-GGTTAGG-AAATCAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTT
* * * *
51769 A-AAATATTAATAATTTA-ATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTAT-AACAA-AAACATTTG
191 AGAAATATTAATAAATTACA-ATTATTTTAATCCAAACAAAC-TAGTATGAA-AAGAAACAATTG
* * * * *
51830 TTTTGTGACAAAACAAATAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTAT
253 TTCTATGACAAAACAAATA-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTAT
*
51895 TTGAACTAATTC-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAAATCTCTT
317 TTGAACTAATTCGA-TAAACAGAATTAGTTTTT-AAA--TC-T
* * * *
51937 GCTTATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTA-TCTATGAAC
1 -CTTATT-AATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAG-ACTATATGAAC
* * * * * * * *
52001 TGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGA
* * *
52066 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTAGGCAATCATATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTT
128 GTCTTAACTAATTGAACTGGTTAGGAAATCAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTT
* * * * *
52131 AGGAATATTATTAAATTACAATTATTTTAATCTAAATACACTAGTATGAAAAGAAACAATTGTTC
191 AGAAATATTAATAAATTACAATTATTTTAATCCAAACAAACTAGTATGAAAAGAAACAATTGTTC
* * *
52196 TATGACAAAATAAATATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
256 TATGACAAAACAAATATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * *
52261 ACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
321 ACTAATTCGATAAACAGAATTAGTTTTTAAATCT
* * * ** *
52295 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATT-TTTAATAATTCTATATGAATA
1 CTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAT-ATAAGACTATATGAACA
* * * *
52359 GAAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCATGATGA-TTAAAAATAAATAATTG
64 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGACTT-GAAATAAATAATTG
52415 GTTAAATGGA
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 64, Indels: 39
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 9 0.02
357 96 0.24
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359 12 0.03
361 4 0.01
362 85 0.22
363 57 0.14
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
CTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGACTATATGAACAGA
AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTC
TTAACTAATTGAACTGGTTAGGAAATCAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTAGAAA
TATTAATAAATTACAATTATTTTAATCCAAACAAACTAGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
CAAAACAAATATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAA
TTCGATAAACAGAATTAGTTTTTAAATCT
Found at i:52314 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 51324--52337 Score: 1233
Period size: 539 Copynumber: 1.9 Consensus size: 534
51314 GGTTATTGCA
**
51324 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAGATTCATT
* ** *
51389 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTT
* * * * * *
51454 GTACAAATAGAAACAATTATTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAGTTA
131 CTACAAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTA
* * * *
51519 TTCAAACAGTCATAATTGTTTGCACTGGTCAGGCCAACATATACATTTTCTAAATCTGCTACTTA
196 TTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCCAACATATACATTTTCTAAATCTACTACTTA
* ** *
51584 TTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGTATAAGACTATATGAACAAAAAC
261 TTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCTAAATAACACTATATGAACAAAAAC
* * * *
51649 AACTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACTACTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTTATA
326 AACTATTCTATAACAAAACAAATGATCATAACTACTTGAAATAAATAATTGCTCAAAGAGTCATA
* * *
51714 ACTAATTGAATTGGGTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATATTAA
391 ACTAATTGAACTGGGTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATATTAA
* *
51779 TAATTTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTATAACAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAAC
456 TAAATCAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTATAACAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAAC
51844 AAATAGTAATAATG
521 AAATAGTAATAATG
* * *
51858 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAGAATT-AT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAG-ATTCAT
* * *
51922 TTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
65 TTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAAT
* * * * **
51987 AAG-TATCTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATAACTA-AACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAAT
125 AAGCT-TCTA-CAAATAGAAACAATTATTTTATAA-TAGAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAAT
* * * * * * ** *
52049 AGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTAGG-CAATCATATTTATTTTTTAAAT
187 AAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCCAA-CATATACATTTTCTAAAT
* * *
52113 CTATTACTTATTAATTTT-AGGAATATTATTAAATTA-CAATTATTTTAATCTAAAT-ACACTAG
251 CTACTACTTATTAATTTTCA-GAATATTAATAAATTAGC-ATTACTTTAATCTAAATAACACTA-
* * * * * * *
52175 TATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAT-ATCATAA-TGATTTGAGATAGATAATT
313 TATGAACAA-AAACAACTATTCTATAACAAAACAAATGATCATAACT-ACTTGAAATAAATAATT
* *
52237 GCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATT
376 GCTCAAAGAGTCATAACTAATTGAACTGGGTT-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATT
52301 AATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATT
440 AATTTT-AAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATT
52338 TTTAATAATT
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 62, Indels: 29
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
534 60 0.15
535 6 0.01
537 7 0.02
538 92 0.23
539 231 0.58
540 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAGATTCATT
TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTT
CTACAAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTA
TTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCCAACATATACATTTTCTAAATCTACTACTTA
TTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCTAAATAACACTATATGAACAAAAAC
AACTATTCTATAACAAAACAAATGATCATAACTACTTGAAATAAATAATTGCTCAAAGAGTCATA
ACTAATTGAACTGGGTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATATTAA
TAAATCAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTATAACAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAAC
AAATAGTAATAATG
Found at i:52484 original size:357 final size:362
Alignment explanation
Indices: 51580--52505 Score: 820
Period size: 357 Copynumber: 2.6 Consensus size: 362
51570 AAATCTGCTA
* ** * ***
51580 CTTATT-AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGTATAAG-ACTATATGAAC
1 CTTATTAAATTTTCA-AATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAGTA-TATATGAAC
** * ** * * * *
51643 AAAAACAACTATTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACT-ACTT-GAAATAAATAATTGTTCAAA
64 TGAAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCAGAA-TGA-TTAAAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** * * ** * * *
51706 GAGTTATAACTAATTGAATTGGGTT-GGTAAATAGATTTATTTTTT-AA-AT-CT-CTTATTAAT
127 TAGACATAACTATTTGAACT-GGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATATACTACCTATTAAT
* * * * * * * * *
51766 TT-TAAAATATTAATAATTTA-ATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTAT-AACAA-AAACAT
191 TTGCAGAATATTAATAAATTACA-ATTATTTTAATCTAAATACAC-TAGTATGAA-AAGAAACAA
* * * * *
51827 TTGTTTTGTGACAAAACAAATAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAT
253 TTGTTCTATGACAAAACAAATAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAC
*
51892 TATTTGAACTAATTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAAATCTCTTG
318 TATTTGAACTAATTCAGTAAACAGAATTAGTTTTTAAAA-CTCTTG
* * * *
51938 CTTATTAAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTATCTATGAACTG
1 CTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAGTATATATGAACTG
* * * * ** * * *
52003 AAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
66 AAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTAAAAATAAATAATTGTTCAAATAGA
* * * * * * * *
52068 CTTAACTATTTGAACTGGTTAGGCAATCATATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTT-TA
131 CATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATATACTACCTATTAATTTGCA
*
52132 GGAATATTATTAAATTACAATTATTTTAATCTAAATACACTAGTATGAAAAGAAACAATTGTTCT
196 -GAATATTAATAAATTACAATTATTTTAATCTAAATACACTAGTATGAAAAGAAACAATTGTTCT
* * *
52197 ATGACAAAATAAATA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
260 ATGACAAAACAAATAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * *
52261 ACTGGTTC-GATAAATAGATTTAGTTTTT-AAA-TC-T-
325 ACTAATTCAG-TAAACAGAATTAGTTTTTAAAACTCTTG
*** * *
52295 CTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTTAATAATTCTATATGAA-T
1 CTTATTAAATTTTC-AAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAGTATATATGAACT
52358 AGAAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCATG-ATGATTAAAAATAAATAATTGGTT-AAA
65 -GAAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCA-GAATGATTAAAAATAAATAATT-GTTCAAA
* * * * * *
52421 TGGACATGACTATTTTAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATACTACCTATTAATT
127 TAGACATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATATACTACCTATTAATT
52486 TGCAGAATATTAATAAATTA
192 TGCAGAATATTAATAAATTA
52506 ATATTAGTTT
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 83, Indels: 39
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 8 0.02
357 167 0.36
358 130 0.28
359 13 0.03
360 1 0.00
361 5 0.01
362 85 0.18
363 56 0.12
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
CTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCAAATAAGTATATATGAACTG
AAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTAAAAATAAATAATTGTTCAAATAGA
CATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATATACTACCTATTAATTTGCA
GAATATTAATAAATTACAATTATTTTAATCTAAATACACTAGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTA
TGACAAAACAAATAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTAATTCAGTAAACAGAATTAGTTTTTAAAACTCTTG
Found at i:52892 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 52574--53145 Score: 626
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 181
52564 TGGTAAATAG
* * *
52574 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATCATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
52639 TCAAC-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAATGGTCATAACTATTT-
65 TCAACATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* ** *
52702 AAAGTAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTACTTGAAGGTGTTCAAAAAACAT
130 AAA-TAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTCAATAAACAT
* * *
52756 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACATATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-A
1 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * *
52818 TCAACATAAACTTGTACGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
65 TCAACATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
*
52883 AAATAGATAATTATTTACATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACA-
130 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTCAATAAACAT
* * *
52935 AGTTCGT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAACTTAGTATTATTTT
1 A-TT--TATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
52998 ATTTCGA-AGAAACCTATATGAACTGATACAATTCTTTTATGACGAAAC-AAAGGTCATAATGAT
62 ATTTCAACATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * ** * **
53061 TTGCAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTAACTTGTTCGGTAAACAT
127 TTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTGAACTTGTTCAATAAACAT
53116 ATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
1 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
53146 ATCAAAAAAT
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 51, Indels: 26
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 24 0.07
179 6 0.02
180 152 0.46
181 72 0.22
182 71 0.22
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAACATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTGAACTTGTTCAATAAACAT
Found at i:54359 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 53149--56651 Score: 1916
Period size: 180 Copynumber: 19.7 Consensus size: 179
53139 ATTAATTATC
* * * * * * * ** *
53149 AAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGATATA-AGTAATTATTCTTAGA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATA
* * * * ** *
53212 GCCTTAACTATTTG-AGTTGATTTGGTAAACAAATTTGA-GCTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATT
* * * * * *
53275 TTT-AGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATAAACA
126 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * ** * * * ** *
53329 AAAA-TATAGTTTTATGACATGATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTAG-TCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATA
* * * *
53392 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * * *
53456 TGAAATATTAGTAAATTAGAATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGACA-A
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * * * *
53508 AAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** ** * * * * *
53573 CCATAATTATTTGAACTAATTCAATAACCCAATTTATTTTTGAAATGTCTAACTTATCAGA-TTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTA-ATTTT
* * * * *
53637 TGAAATATTAATAAAGT-GATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGCACT-
128 TGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATA
* * * * * * *
53689 TAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATCG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
53754 TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTTAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-TT-TTACTTATTAATTTT
* * * *
53819 CT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTATA-TTCTAAATAAGCATGTATGAACT-
128 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * * *
53871 GAAATAATTATTTTATGACTAAAC-AAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAGAATTGTTCTAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * *
53935 TCTTAACTATTTGAACTACTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAA---TCCTTATTAATTTTTAA
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** *
53997 AATAGTGATAAATTGGTATTATTTTACTT-GAATAATTTTGTATGTATA
131 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
54045 GAAATAATTG-TTTA--ACAATAAACATAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATTATAGTTCGAA
1 AAAACAATTGTTTTATGAC-A-AAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * * * * **
54106 TGGACATGGCTCTTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA--CTTTCAA----ACTTATTAACATT
63 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTT
*
54165 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCT-TGAATA
128 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAATA
* * * *
54217 AAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
54282 TCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
54346 GAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTA-TTCTGAATAACCTTGAATGAATA
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
54397 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
54462 TAATAACTATTTGAA-TGTGTAC-ATAAA-ATATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACA-A-ATTTATTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTT
* * * *
54524 TTGGAATATTTATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAA-C
127 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
54576 AAATCAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAAT-ATTTTGAAATATATAGTTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * ** *
54640 GTCATAACTATTTGAACTTACTCAGTAAATAGATTCCTTTTTGTAAATTCTTTTACTCATTAAGT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT-TAAA---TTTTACTTATTAA-T
* * * * * * * ** * *
54705 TATT-ATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTATATTAACT-GAA-ACA-ATTGT-T---TT
125 TTTTGA-AATATTA-AT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAATA
** **** * * *
54755 ATTACAA-------A--AC-AAA-AGGTCATGAT---GATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
54806 TCATGACTATTTGAACATGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTGTC
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA--ATTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
54871 AAAATATTAATAAAATAATATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGAATA
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATA
** * *
54922 GAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAGA-CATTGTTCAAAC
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
54984 AGTCATAACAATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTAAAATGTTTTACTTATTAATTG
64 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-
*
55048 TCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATGG
126 T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAT-A
** ** * * * * *
55102 AGGA-AATCATTTTATAACAAAACAAAATG-TTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * ** * *
55165 GTCATAGTTATTT-AAATTGGTTC-ATAAATAGGTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTT
* * * *
55228 TTGGAATATTAATAACTTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGA
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-A
* * * * * * *
55283 AATA-ATTTTTTTTATGACAGAAGAAAAG-TCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTTC-AATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATA
* * * ** *
55345 GTCATCACTATGTGATCAAGTTTGGTAAAC--A--TATTTTTTAAAACTTTTTTACTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA---TTTTACTTATTAATT
* ** * * * * *
55406 ATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCCAATAAACTTGTATGGATA
126 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * ** * * **
55460 GAAACTATTATTTTTTAATAGAATA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAAGTACTCAAAT
1 AAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
55523 AATTATAACTATTTGAACTTG-TCTGGTAAA-ATGATTTATTTTTTAGA-TCTA-TTATTAATTT
64 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTT
** * * * * * * * * * *
55584 TCAAAATATTGATAGAGTAGTATTAATTTATTTTGAACAAACTTATATGGACA
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
55637 AAAACATTTATTTTATGAAAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
55702 TAAT-ATTATTTGAACTGGTTAGGTAAGCAGAA-TTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAA-TTTT-
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
55761 CAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGAATGAATTG
130 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * *
55812 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAACTGTACATATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
55876 TCCTAATTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTT
*** * * * *
55940 GGCGTATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
** * * * * * * * * *
55991 TGAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT-TTTAT-TTTTTAAATA-ACTGA-T-TT--AA-A
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATA
* * * * * *
56048 CT-AT-AC-ATTTGAA-TGGGTTTGGTAAATAAATTTTATTTTTTAAATTTTTACTTATAAACTT
65 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAA-TTTATTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTT
* * * *
56109 TTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAA
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG--AATA
* * * * * ** * * * *
56164 AAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATTTTGATTTCAAAT-GATAATTATTGAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
56228 CCATAATTATTTGAAC-TGATTTAGTAAATAGAA-TCATTTTTTAAA--TCACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTT
* * *
56289 TAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-A
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
56339 TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATA
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
56404 GTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAC-AATTTAATTTTTTTAGACTTTTGCTTATTAATTC
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT-A-TTTTTTA-AATTTTACTTATTAATTT
** * * *
56468 TTGAAATATTACGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * *
56521 GAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
56586 TTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAGATCTTTTGCTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-A-A-ATTTTACTTATTAATTTT
56651 T
128 T
56652 TGAATGCTAA
Statistics
Matches: 2569, Mismatches: 570, Indels: 366
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
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TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA
Found at i:55089 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 54708--56648 Score: 853
Period size: 181 Copynumber: 10.9 Consensus size: 178
54698 ATTAAGTTAT
* * * * *
54708 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * * *
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* ** *
54838 TTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATAA
130 -TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTA
* * *
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1 TATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
** * * * *
54952 TCATAACAATTTGAAATAGACATTGTTCAAACAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCGATAAATAG
64 TCATAATGATTTGAAATAGAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAG
* *
55017 ATTTTTTTTAAAATGTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA
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* ** ** * *
55068 TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TGGAGGAAATCATTTTATAACAAAACAAAATG
1 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * **
55131 TTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGTTATTTAAA-TTGGTTC-ATAAAT
64 TCATAATGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGATAAAT
* * * *
55194 AGGTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-T-TTGGAATATTAAT-AACTTA
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* * * * *
55247 GCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTTATGACAGAA-GAAAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * ** * * *
55311 TCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTTC-AATAGTCATCACTATGTGATCAAGTTTGGTAAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGA-AATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAAT
* * * * **
55375 ATA-TTTTTTAAAACTTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AAATTA
127 AGATTTTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTA
* * * * * * ** * * * * * *
55426 GTATTATTTTAATCCCAATAAACTTGTATGGA-TAGAAACTATTATTTTTTAATAGAATAAAAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
** * * * * * * *
55490 TCATAACAATTTGAAATAAATAAGTACTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTG-TCTGGTAAA-
64 TCATAATGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-GATAAAT
* * ** * * *
55553 ATGATTTATTTTTTAGATC---TA-TTATTAATTTTCAAAATATTGAT-AGAGTA
127 A-GA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTA
* * * * * * * * *
55603 GTATTAATTTATTTTGAACAAACTTATATGGAC--AAAAACATTTATTTTATGAAAAAAGAAAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * * **
55666 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAAT-ATTATTTGAACTGGTTAGGTAAGC
63 GTCATAATGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAAT
* *
55730 AGAATTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TCAATATTAATAAATTTA
127 AG-ATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTA
* * * * * *
55778 TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGAATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * * * * * *
55842 TATAATGTTTTGAAATAGATAACTGTACATATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTT-TAGCAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-TAAATA
* * * * * *
55906 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGCGTATTATT-AT---ATTA
128 GA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTGTCTTAATATTAATAAAATTA
* * * * * *
55957 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATG-AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAC-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * * * * * * *
56021 T-TTTAT-TTTTTAAAT--AACTGATT-TAA-ACT-AT-AC-ATTTGAA-TGGGTTTGGTAAATA
64 TCATAATGATTTGAAATAGAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCGATAAATA
* * * *
56076 AATTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATAAACTT-T-TGAAAGATTAAT-AAATTA
128 GA--TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCT-TAATATTAATAAAATTA
* * * *** * * *
56128 GCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG--AACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* ** * * * * * * *
56193 GTAATTTTGATTTCAAAT-GATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATT-TAGTAA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGA-TAA
* *
56255 ATAGAATCATTTTTTAAATC----ACTTATTAATT-TTTTAAATATTAAT-AAATTA
125 ATAG-AT-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAAATTA
* * * * * * *
56306 CTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACCAAAGGT
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * *
56371 CATAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACA-
65 CATAATGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAG
* * **
56435 ATTTAATTTTTTTAGA-CTTTTGCTTATTAA-T-TCTTGAAATATT-ACGAAATTA
129 A--T--TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAATTA
* * * * * * *
56487 GTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGT
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * *
56552 TATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG
65 CATAATGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAG
* *
56617 ATTTATTTTTTCAGATCTTTTGCTTATTAATT
129 A-TT-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT
56649 TTTTGAATGC
Statistics
Matches: 1362, Mismatches: 300, Indels: 194
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 5 0.00
170 27 0.02
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172 1 0.00
173 30 0.02
174 82 0.06
175 52 0.04
176 89 0.07
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183 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
ATAATGATTTGAAATAGAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGAT
TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAATTA
Found at i:55650 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 55397--55773 Score: 406
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 176
55387 ACTTTTTTAC
* * * * * * *
55397 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCCAATAAACTTGTATGGATAGA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTAATCCCAACAAACTTATATGGACAAA
* * *
55462 AACTATTATTTT-TTAATAGAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAGTACTCAAATAAT
66 AACTATTATTTTATGAA-AAAAGAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAGTACTCAAATAAT
* * * *
55526 TATAACTATTTGAACTTGTCT-GGTAA-AATGATTTATTTTTTAGATCTA
130 AAT-ACTATTTGAACTGGT-TAGGTAAGAA-GAATTATTTTTTAAATCTA
* * * ***
55574 TTATTAATTTTCAAAATATTGATAGAGTAGTATTAATTTATTTTGAACAAACTTATATGGACAAA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTAATCCCAACAAACTTATATGGACAAA
* ** * * *
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ATACTATTTGAACTGGTTAGGTAAGAAGAATTATTTTTTAAATCTA
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACA
* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** * **
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * ** * *
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1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-GAC
* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * ** * *
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* * * * * **
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* * * * *
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Found at i:58307 original size:182 final size:181
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56687 AAACAATTTG
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* ** * * *
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1 AAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
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*** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 AAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * **** * *
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131 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * **
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1 AAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * *** * ** * * * * * **
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* ** *
58567 AAA-TACATTTATTTTTTGAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA-
65 AAATTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAC
* * * *
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* * ** ** * * *
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* ** * * *
58806 TTTTATTCAG-ATAAGTTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
128 CTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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64 TAAATTA-ATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * **
58986 TAATTTTATTTTGCATAAGCTTGTATGAAACTGAAATAATTATTTTATGATTAAACAA
126 T-ACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** * *
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Statistics
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AATTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTACTT
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Found at i:58483 original size:541 final size:539
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* * *
56763 ATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTGA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
65 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
56826 TTATTTTGTCTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGA
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* * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
57019 TAAGCTTGTATGAATTGAAACAT--TTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAAT
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* * ** * * * *
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* * *
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** *
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* * * * * * **
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1 GGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * * * * * * *
57307 TTAAATTAATTTTAT-AATTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
65 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * * *
57371 ATTTCAAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATT
130 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * ** * ** *
57436 TGAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGATAAGCAAATTTACTTTT
194 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACTGATTTATTTTT
* * * *
57501 TAAATCTCTTATTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTTGAACAAACT
259 TAAATTTCTTATTAATT--TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* ** * * **
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321 TGTATGT-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAAT
* * * **** * *
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385 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCT
* * * *
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450 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-CT
* * * *
57757 AAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAA
512 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAT
* * * * * * * * *
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1 GGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTA
* * * *
57847 AATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTTATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTA-T
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* * * **
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128 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAATGA
*
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192 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACTGATTTATTT
* *
58040 TTTAAATTTCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACAT
257 TTTAAATTTCTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* * * *
58104 GTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTAAAATGGATAGTTG
322 GTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTA
* * * * * * *
58169 TTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAATTAATTTATTCTTTTAAATCTATTACTT
387 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTGCTT
* * * * * *** *
58234 ATTAATTTTTTAAATATTACTAAAGTAGCATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAA
451 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
*
58299 CAATTGTTTTATGGCAAAACAAAT
516 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAT
* * * *
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1 GGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* * *
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66 TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * ** * *
58453 CTTCCAAATAAGTTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGTCTAAAGTAAAGGTCAGAATGATT
130 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-ATAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * * * *
58518 CGAAATTGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAA-TACATTTATTTT
194 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACT-GATTTATTTT
* * * ** *
58582 TTGAATTTCTTATTAA-TTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TACCTGAATAAGCTT
258 TTAAATTTCTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTT
* * * * * * * *
58645 TTATGAT-AAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAA-AACAATTTGAGATTGATATT
322 GTATGTTGAA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACAATTTAAAATAGATAAT
** * * * **
58707 TATTCAAATAGTCATAAGAATTTGAATTAGTTTGG-AAA-ACAATGTTAGTTTTTAAAAATCTTG
385 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATA-AAT-TTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * * * *
58770 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTA-TTCAGATAAGTTTTTATAAACTA
448 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
58834 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
513 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAT
* ** * * * * * * **
58862 -GTTATAATGACTTTAAATTGTTAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTTAATTTGTTCAATAA
1 GGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * * ** * *
58925 ACAGACTTACTTTTTTTAAATATGATGCTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTAA
65 ATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT-A
* * * * * * *
58989 TTTTATTTTGCATAAGCTTGTATGAAACTGAAATAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAAAA
126 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAA
** * ** * *
59054 CAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCAAGAAACAT-ATTT
189 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAC-TGATTT
* *
59118 -TTTTTAAAATTACTTA
253 ATTTTTTAAATTTCTTA
59134 ATTATAATTT
Statistics
Matches: 1520, Mismatches: 320, Indels: 106
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 140 0.09
538 190 0.12
539 161 0.11
540 142 0.09
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Consensus pattern (539 bp):
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TTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACTGATTTATTTTTTA
AATTTCTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT
GTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAT
Found at i:58961 original size:721 final size:713
Alignment explanation
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56792 TTGATTTAGG
* ** * * *
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* * * * * * * **
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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*
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* * ** * *
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* * * * ** * *
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** * * * *
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511 A-AAAATCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGATAAAA
* * * *
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* * * * *
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* *
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700 CTAATTAATTTTTT
* * * * * *
57526 AAATATTAATAAATTAGTATT-CTTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAAAATTGTTTT
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* * * * *
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* * * * * * ** *
57655 AC-TAGTAAAATAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTGCTTA-TAAAATTTTGAAATATTAATA
130 ACTTA-TTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
* * * * * * *
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* * * * *
57782 AAAGGTCACAACAATTTG-AATAAATAATTGTT-TATATAGACTTAACTGTTTGAATTGGTTCAG
257 AAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAG
** * * *
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321 CAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTA-TTA---ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * * *
57910 TTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAGT-AGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAA-ATGTTATAA
382 TT-TTACCGAATAAGCTTGTATGA-TAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAA
** * *
57972 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACTGATTTA
443 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGACAAAC-AATTTA
* * **
58037 TTTTT-TAAAT-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
506 TTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-ATA
** * * ** *
58099 AACA-TGTAT-GTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACAATTTAAAATGG
570 AA-ATTGTATAAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAG
* * * * * * * * *
58162 ATAGTTGTTTAAATGGCCATAAT-TATTTGAACTAATTCGGTAAATTAATTTA-TTCTTTTAAAT
632 ATAATTGTTAAAATAGTCA-AATCTATTTGAAATAGTTCGATAAA-CAATTTACTTTTTTTAAAT
*
58225 CTATTACTTATTAATTTTTT
695 CTA-TACTAATTAATTTTTT
* * * * * *
58245 AAATATTACTAAAGTAGCATTACTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
* * * *
58310 TGGCAAAACAAATGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
**
58375 CTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
131 CTTATTAAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
* *** * * **
58440 TTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGTTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGTCTAAAGTAAA
195 TTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAA
** * * * *
58505 GGTCAGAATGATTCGAAATTGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAA
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* * *
58570 TACATTTATTTTTTGAATTTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTACCT
325 TAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTACC-
* * * * *
58635 GAATAAGCTTTTATGATAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAAAACAATTTGAGAT
389 GAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAAT
* * * ** *
58700 TGATATTTATTCAAATAGTCATAAGAATTTGAATTAGTTTGGA-AAACAATGTTAGTTTTTAAAA
454 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT-GACAAACAAT-TTA-TTTTTAAAA
* * * ** *
58764 ATCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTCAGATAAGTTTTTATA
515 ATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGATAAAATTGTATA
* * * * *
58829 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGACTTT-AAATTGTTAATTGTTCA
580 AA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGA-TTTAAAATAGATAATTGTTAA
* * * * * * * *
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643 AATAGTCAAATCTATTTGAAATAGTTCGATAAACA-ATTTACTTTTTTTAAATCT-ATACTAATT
*
58958 AATTTTTC
706 AATTTTTT
* * * * *
58966 AAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTTATTTTGCATAAGCTTGTATGAAACTGAAATAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATT-ACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AACTAAAATAATTGTTT
** * * * * *
59031 TATGATTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTG
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* * * * ** *
59096 AA-TTGGTTCAAG-AAACATATTT-TTTTTAAAAT-T-A--CTTAATT-ATAATTTGAATACTAT
129 AACTT-ATT-AAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTT-ATTAATTTTTTGAAT-GT-T
* * * * * * * * *
59153 AA-AAATTAATCATTATTATTAATAT-TAT-ACCTTTTAATTA-TT-ATAA-ACTT-TT-TGTTA
189 AATAAATTAGT-ATTATT-TTATTATGAATAAGCTTGT-ATGAGTTGA-AACAATTATTATATGA
* * * * * * ** *
59210 TCAAAATAAAA--ACA-ATATCATTTTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATTA-AATAATACTATTT
250 -CTAAACAAAAGGTCAGA-A-CA-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAGTCTTA-ACTATTT
* * * * * * * * * **
59270 -ACTT--ATCTTG-TAACAGA-TTA--GTTTAAA-ATCATTGATTAACTTTCAAAATTATTA-TA
309 GAATTGGTTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTC-TT-ATTAATTTTTGAAA-TATTATTA
* * * * *
59326 CAGAATAGTATTATTTATT-CTG-AT-A-TTTG-A--ACAA-ATTA-AATATGATTTTATG----
370 -A-ATTAGTATTATTT-TTACCGAATAAGCTTGTATGATAAGA-AACAAT-TG-TTTTATGACAA
* * * ** *
59378 ---AAA-AT-TTAAC-ATTTGAAATAAATAATTATTC--AT-GTTCATGAAGCTTATCGGATA-A
429 AACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT-AA-C-TATTTGA-ACT
** * ** * *
59433 ACTTGA-ATAATTAA-TTATTATATTCAAATTAA-CTAACCTA-GAA--TTT-AAA-ATTAATCA
489 GTTTGACA-AA-CAATTTATT-T-TT-AAA--AATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-A
* ** * * *
59490 AATT--T-TTA-TTTA---AAAT-AAATTGTTATGCATATGAACAATTATTATT-T--C-AAA-C
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* *** * * ** * *
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608 AAAGGTTATAATGA-TTTAAAATAGAT-AATTGTTA--AAATAGTCA-AATCTATTTGAAATAG-
* * * *
59600 TT-GGTAAAC-ATATTAC--TTTTAAAATTTCT-TACTTATTAATTTTTG
667 TTCGATAAACAAT-TTACTTTTTTTAAA--TCTATACTAATTAATTTTTT
* * * * * * * *
59645 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGGTTGTAT-AAATAGAAACAATTGATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTT
* * * *
59709 ATGACAAAACAAAGGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * ** * * *
59773 AACGTGTTCAA--AAATCAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
129 AACTTATT-AAGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* * * *
59835 AAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAAC-A--ATT-GAT-A--AAA
192 AAA-TTAGTATTATTTTATTATG-AATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGACTAAA
* * * * * * * * * * * * *
59891 TAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGATTATTTAAACTT-CTT
255 CAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTT
* * * * * * * *
59954 CGGTAAATAGATTTTTTTTTTCAAATCTCCAACCTATTAATTTTTGGAATATTAATT-GATTCA-
318 CAGCAAATAAATTTATTTTTT-AAAT-T---TCTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATT-AG
*** *
60017 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ATAGAAAC-ATATGTTTTATGACAAAAC-----T
376 TATTATTTT-TACCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAGAT
* * * * * * * * * * **
60075 --TAACTATTTG-AATTGGT--TTG-ACAAACA--CATTTATTTTTTAAATCT-CTT-ACTTACT
438 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-CTGTTTGACAAAC-
** * * * ** * * * *
60130 AA-TT-TTTGGAATATTATTAAATTAGT-ATTATTT-TAATATGAATAAGCTT-GTATTA----A
500 AATTTATTTTTAAAAATCTT-GCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA
* * ** *
60186 ---------AA--G--------AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAACAATTTGA
562 TTCAGATAAAATTGTATAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAA
* * * * * *
60231 TATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAA-CTATTT-AAACTA-TTCCGGTAAACAAAATTA--GTT
627 AATAGATAATTGTTAAAATAGTCA-AATCTATTTGAAA-TAGTT-CGATAAAC-AATTTACTTTT
* * *
60291 TTTAAATC--T-CTTATTACTTTTTA
688 TTTAAATCTATACTAATTAATTTTTT
* * ** * * * ** * * *
60314 AAATATTAATAGATCAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTT
* * * * ** * * * ** * *
60378 ATGAGAAAATAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACATGACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* ** * * * * *
60443 ACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTAT--TTACTAATTTTCAT-AGTATTAAT
130 ACTTATTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-C-ATGCTTATTAATTTT-TTGAATGTTAAT
* *** * * * *
60505 CAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGA-TTAGAAAAAATTATTTTAGGACAAAAC
192 AAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAGTT-GAAACAATTATTATATGACTAAAC
* * * * * * * * *
60568 AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGCTTG
256 AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTC
* * * * *
60632 A-TAAATAGATTTA-TTTTTAAAGTTTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAGTAT
319 AGCAAATAAATTTATTTTTTAAA----TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
** * * * *
60694 TATTTTATTTCGAATATAG-TTGTATGA-ATAGAAACAATTGGTTTCTAACAAAACAAATGGTCA
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* * * * **
60757 TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAGAGTCATAACTATTTCATTGTGTTTAGA-AAACATA
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* * * *
60821 TTTATTTCTT-CAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTC
502 TTTATTT-TTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * * * * *
60884 AAAATAAGCTTGTTTGAATGGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
565 -AGATAAAATTGTATAAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAA
* * ** * * ***
60949 ATAGATAATAGTT--TATA-T-GGA-C-A--T-AACTA-TT---TAAAC---TT--GTTCAGT-A
628 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAATCTATTTGAAATAGTTCGATAAACAATTTACTTTTTTTAA
*
60995 A-GTAT--T-ATTAA-TTTTT
693 ATCTATACTAATTAATTTTTT
* ** * * * * *
61011 AGAATATTAGTTGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA-CAAATAGAAA-CATATGTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAAT-TGTT
* ** * * * * *
61074 TTATGACAAAATAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * ** * * *
61139 GAACTTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAAT
128 GAACTT-ATTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* * ** * *
61203 AAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAG-TTTTATGCA-CAGAAATAATTGGTT-TATGA-TAA
192 AAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATG-AGTTGAAACAATT-ATTATATGACT-A
* * * *
61263 AATAAAAGGT------AA--T--AAT-G---A-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTGT
253 AACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTG-GT
* * * * * * * *
61311 TTAGAAAACATATTTATTTTTGAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-AA
317 TCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTA
* * * * *
61375 TTA-TTTTATTCGAAATAAACTTGCATGACT-AGAATCAATTGTTTTATGACAAAACATAAGGTC
378 TTATTTTTA-CCG-AATAAGCTTGTATGA-TAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGATC
*** ** * * **
61438 ATAATGTTTTGTGATAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAACAG
439 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-GACAAACA-
* *** * * *
61502 ATTCTTTTTTTAATTCTCTTGGTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTACTT
501 ATT-TATTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * * * * * *
61566 CAAAT-AAGTATATATTAACTAAAATAATTCTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGA
564 CAGATAAAAT-TGTA-TAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAA
* * * * * * * **
61630 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-CTATTTGAAGTTGTTTGGTAGCCATATTTA--TTTTT
627 AATAGATAATTGTTAAAATAGTCA-AATCTATTTGAAATAGTTCGATAAACA-ATTTACTTTTTT
* * *
61692 TAAATC--T--T--TTACTTATTA
690 TAAATCTATACTAATTAATTTTTT
* * * * * * * *
61710 AAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
* * * * ** * ** *
61775 TGACAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTAAAGTAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAGGATTAGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
** * * * *
61840 CTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCTT-AATTTTAATAAA
131 CTTATTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATT-TTTTGAATGTTAATAAA
* * * * * * *
61903 TTTGTATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
195 TTAGTATTATTTTATT-ATGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAA
* * * * * * * * * * * * * *
61967 AGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTACTTAAACTT-ATTTAGTA
259 AGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCA
* * * * * * * * **
62031 AACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTTATTATTAATTTTT-AGATTTTTAATAGAGAAGTATTATT
323 AATAAATTTATTTTTTAAA----TTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATT
** * * * **
62095 TTATTTCG-ATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
383 TT-TACCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACA
* ** * * * * ** *
62158 ATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTCATT
445 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGACAAACA-ATTTATT
* * ** * * * * *
62223 TTTAAAATTTTTTATTTATTAATTGTTGATATATTAAT-AATTAGTATTAGTTTAATCCAAATAA
508 TTTAAAA-ATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAGATAA
** * * ** * * ** * *
62287 GCTTGTATGAAT-AGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTCAAATAATTCTTTCATGA
571 AATTGTATAAATAAAACAATTGT-TTT---AT--G---ACA-AAA-T-AAA-AGGT-TATAATGA
*** * * * **
62351 CAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATTATTATCTGATCTA
622 TTTAA-AATA-G--AT-A--A-TTG--TTA-A-AA-TAGTC-AA-A-TC--TA-T-T-TGAAATA
* * * * * * * *
62416 GTTCGATAAACATTTTA--TTTTTAAAATTTTTTTAGTTATTAATTGTTG
666 GTTCGATAAACAATTTACTTTTTTTAAA--TCTATACTAATTAATTTTTT
* * * * *** *
62464 ATATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCAAATGAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTT
* * * * ** * *
62528 AT--------AATA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTGAAATAGTAATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * ** *
62584 ACTTGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTT-AA----AT-CTTAGTAATTTTTAAAATATTAATAA
130 ACTTATTAAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAA
* * * * * * **** * * * *
62642 ATTAGTATTACTTTATTCCTAAATAAACTTATATTAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
194 ATTAGTATTATTTTATT-ATGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGACTAAACAA
* * *
62707 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT-AGG
258 AAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCA-G
* * * * * * * *
62770 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAGTTTTTGAAAAATTAATAAATTCA-TTTTATTTA
321 CAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT-AGTATTATTT-
* * * * * * *
62834 TT-CC-AACTAAACTAGTATGAATTAAAAAAAAACTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
384 TTACCGAA-TAAGCTTGTATG-A-TAAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAC
* * * * *
62897 AATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTGAA-TATTTGAACTGCTTTGGCAAACAAATTTA
444 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTG-TTTGACAAAC-AATTTA
*** ** * ** * *
62961 TTTTTTAATTCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT-ATTGATTAATATTATTTTATTCTGAAT
506 -TTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAG-AT
** * * * * ** * * **
63025 AAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAGTTT
569 AAAATTGTAT-AA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAG
* * * *
63089 ACAATTGTTCAAATAGTCACAA-CTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA--TTTTTTAAAT
632 ATAATTGTTAAAATAGTCA-AATCTATTTGAAATAGTTCGATAAACA-ATTTACTTTTTTTAAAT
* * *
63151 CT-T--TTATTAACTTTTG
695 CTATACTAATTAATTTTTT
** * * * * ** * * *
63167 AAGGATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
* * * * * * * ** *
63232 TGGCCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTACATGGCCATAATTATTT-AA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * *
63296 ATTGATTCAA-TAAACAGATTTACTTTTTAAA--TCA--CTTATGAA-TATTTGAAATATTGATA
131 CTT-ATT-AAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
* * * * * * *
63355 AATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCCTATATGAACTT-AAACAATTATTTTATGACAAAACA
193 AATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATG-AGTTGAAACAATTATTATATGACTAAACA
* * * * * * * *
63419 AAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-TATATAGTCTAAACTGTTTAAACTGCTTAAG
257 AAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAG
* * * *
63483 CAAATAGATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGCAATATTATTAAATTAGTATTAT
321 CAAATAAATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
** * * ** * * * * * * **
63548 TGTATT-CTAAATAAACTTATATGA-ACTAAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAGG
382 T-T-TTACCGAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAC
* **
63611 AATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AACTA---GAACTGGTTCGGTAAACATATTTAT
444 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGACAAACA-ATTTAT
* * **
63664 TTTT-TAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTTGAAT
507 TTTTAAAAATCT-TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAG-AT
*** ** * ** *
63728 AGGCTTGTAT-GGTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATA
569 AAAATTGTATAAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT-ATAATGATTTAAAATA
* * * * *
63791 GATAATTGTTCAAATGGCCATAAT-TATTTG-AATCGATTTGATAAACTAATTTA--TTTTTTAA
631 GATAATTGTTAAAATAGTCA-AATCTATTTGAAATAG-TTCGATAAAC-AATTTACTTTTTTTAA
* * *
63852 ATATCA-ACTTA-TCATTTTTT
693 ATCT-ATACTAATTAATTTTTT
* * * * * * * * *
63872 GAAATATTATTAAAGTAATGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTT
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTT
* * * * * * *
63937 ATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTGT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT-TAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
64001 AACTTGTTTAA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
129 AACTT-ATTAAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* * *
64065 AAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCATG--T-A--TG-AAC----A-GA-ATGATCT-GA
192 AAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGA-CTAAA
* *** * * * *
64116 -AATAGGT------AA-TTGTTCTA-ATAA-TCTT-GACTA-T-TTGA--A------TTGGTTC-
255 CAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCA
* * * * * * *
64159 GATAAATACA-TT-TTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAAGTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAA
320 G-CAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTA-TTAATT---TTTGA-AATATTATTAAATTAGTAT
*
64221 TA-TTTTAGTCCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCAT
379 TATTTTTA--CCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
* * * * *
64284 AA-AGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAAAT
441 AACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGACAAAC-AAT
* *
64348 TTAGTTTTT--AACTC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTT
503 TTA-TTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC--
** * * * * ** *
64409 A-ATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAA
565 AGATAAAATTGTATAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAA
* * * * * * *
64473 TAGATAATAGTTCAAAT-GTCATAA-CGATTTGAACTTGTTTGATAAAC-A--TATTTTTTTTAA
629 TAGATAATTGTTAAAATAGTCA-AATCTATTTGAAATAGTTCGATAAACAATTTACTTTTTTTAA
* * * *
64533 GTCTTTTACTTATTAATTGTCTT
693 ATC-TATACTAATTAATT-TTTT
* * * *
64556 -AATATTAATAAGTTTA-TATTA-TTT-TCTTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA-AAATATT
1 AAATATTAATAA-ATTAGTATTACTTTAT-TTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTT
* ** * * * *
64615 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * ** * * ** ** *
64680 AAAATTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATTTTAATA
128 GAACTTATTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
* * * * * * * ** * * * *
64745 ATTTGGCATTATTTTGTT-TCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTAT-AATAGAAC
193 AATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGACTA-AAC
* * ** * * ** * *
64808 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAG---ATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTG-ATTAAGTTCG
256 AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATT-GGTTCA
* * * * * * * *
64869 GTAAACATATTTATTTTTAAAATTTGTAATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAG--TTACTTT
320 GCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTT
* * * * * * * * *
64932 ATT-TCAAATAAACTTATATGA-ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATAA
384 -TTACCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAA
* * * * * * * * * * * ** *
64995 TTTGAACT-GGT--TAGGT-AAACA---ATTATTTTTTTAAATCGCTT-AC---TTATTAATTTT
446 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGACAAACAATTTATTTT
** * * * * *** * *
65049 TGAAAAA--TTAATAAATTCA-TTTT---AT-TT--T--ATTCCG-AATAAGCTAGT---AT-GA
510 T-AAAAATCTTGCT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCAGATAAA
* * * * * *
65098 ATTG-----A-AAAA-ATTTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAAT
572 ATTGTATAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * ** * * *
65156 TGTTCATATGGTCTTAAA--TATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTA---ATTTTAATTCTCT
637 TGTTAAAATAGTC--AAATCTATTTGAAATAGTTCGATAAAC-AATTTACTTTTTTTAAATCT-A
* * *
65216 TAGTTATTAATTTTTG
698 TACTAATTAATTTTTT
* * ** * *** *
65232 GAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
65296 ATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGCATACAATTGTTCTATTATTCATATAATCATAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT-----A-A-AATAGAT-AATTATTCAAATAGTTATAA
* ** ** * * * *
65361 CCATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAA-TTTTTGAAAA
122 CTATTTGAACTTATTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AAT
* * * * * * *
65425 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTGAATGA-TTAAAAACATTTGTTTTATG
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* * * * * ** * * * * *
65488 ACCAAACAAAAGTTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT
249 ACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATT
* * * * * * * *
65553 GATTC-GATAAACAGATTCACTTTTTAAGTCATTTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATT
314 GGTTCAG-CAAATAAATTTATTTTTTAA---ATTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-T
*** * **
65617 TA-TATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTGTATGA-ACTA-AAATGATTGTTTTATGACAAAACAAA
373 TAGTATTATTTT-TACCGAATAAGCTTGTATGATA--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
* * ** * ** * * * * * *
65679 AGGTTATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCATGTAGTCTTAATTGTTTGAACTACTTCGATAA
434 AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGACAA
** ** ** * *
65744 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTT
498 ACA-ATTTA-TTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** *
65809 ATTCTTA-ATAAGCA-TGTATAAAATGAAACAATTATTTTATAACAGAACGAAAGGTTATAACGA
561 ATTC--AGATAA-AATTGTAT-AAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGA
* * * * ** * *
65872 TTTGAAATAGGTAA---TT---CT--TC-AAT-TA--GGAGCTGGTTCGATAAAAAATTTA--TT
622 TTTAAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAAATCTATTTGAAATAGTTCGATAAACAATTTACTTT
* * *
65923 TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTA
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* * * * * *
65951 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTGTG-A-TGAAAAAAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAATAATTGTTTT
* * * * * * * ** *
66014 ATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * * * *
66079 ACTAATTCAGTAAACAGATTCACTTTTT-AATCACTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA-AA
130 ACTTATTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA
* * * * * *
66141 GATTATTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
194 -ATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGACTAAACA
* ** ** * * * * *
66205 AAAGGTCATAATGATTTTTAATATACAA-TAGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTA
257 AAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCA
* * * ** *
66268 GAAAATATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATCAAAAAATTAGTACT
320 GCAAATAAATTTA-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
** * * * * * * *
66333 ACTTTATT-TTGCATAAGTTTTTATGA-ACTA-AAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAGGTTAT
380 A-TTT-TTACCGAATAAGCTTGTATGATA--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
* ** * * ** * * **
66395 TATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTTAAATAGTCATAAGAATTTG-AGTTTATTCGGTAAACATA
441 AACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-GACAAACA-A
* * ** * ** *
66458 TTTATTTTT-TAATTCTCTGGCTTATTGGTTTTTTG-AATGTTAATGTATTAGGATTATTTTATT
502 TTTATTTTTAAAAATCT-T-GCTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * * * *
66521 CCAAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAAT-ATTTATGCCTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGA
564 -CAGATAAAATTGTAT-AAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAA
* ** ** * *
66585 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAA-CTATTTG-AATAGGTTTGACAAACACATTTA--TTTT
627 AATAGATAATTGTTAAAATAG-TCAAATCTATTTGAAATA-GTTCGATAAACA-ATTTACTTTTT
* * *
66646 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT
689 TTAAATCT-ATACTAATTAATTTTTT
* *** * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT--TTGAATAAGCTTGTATGAACT--AAAATAATTGT
* * * * * * * *
66733 TTTATGACAAAAC-AAAGATAATAATGATTTGAGATTGATAATTATTCAAATTGTAATAACTATT
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** *** * * * * * *** *
66797 CAAACCGGTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
127 TGAACTTATT-AAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
* * *
66861 TAAATTAATATTATTTCAATT-TGAATAAGCTTATATGA
191 TAAATTAGTATTATTT-TATTATGAATAAGCTTGTATGA
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Statistics
Matches: 6989, Mismatches: 1657, Indels: 1456
0.69 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
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AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
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CTTATTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAG
GTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAAT
AAATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTACCGA
ATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGACAAACAATTTATTTTTAAAAATCTTG
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGATAAAATTGTATAAATAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCA
AATCTATTTGAAATAGTTCGATAAACAATTTACTTTTTTTAAATCTATACTAATTAATTTTTT
Found at i:59752 original size:17 final size:18
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59716 AACAAAGGGT
*
59726 CATAACTATTTGAAATAG
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*
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CATAATTATTTGAAATAG
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AAATAGCATAATTATTC
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59606 AACATATTAC
*
59616 TTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
1 TTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAATA
* * * *
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* * *
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* * * *
59862 GCTTGTTTGAATAGAAACAATTGA--TA--A-AATA-AAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
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* * * ** *
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129 TAGTTCAAATAGACATAATTATTTAAACGTCTTCGAAAAATAGATTTAT
*** * **
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* *
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TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATA
GTTCAAATAGACATAATTATTTAAACGTCTTCGAAAAATAGATTTAT
Found at i:60644 original size:180 final size:179
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60087 TTGGTTTGAC
* * * *
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* *** * * * * * *
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64 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA
* * *
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* * * * * **
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAT-TTACTAATTTTTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATT
* ** * * * * * * *
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64 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA
* * * * *
60403 TTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCGGT
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* * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTATTTACTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATT
* * *
60519 TTATTCCAAATAA-CTTGTATGATTAGAAAAAATTATTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTA
64 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA
* * * *
60583 TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGCTT-GAT
129 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGGT
* * * * * *
60634 AAATAGATTTA-TTTTTAAAGTTTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTCTATTTACTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATT
* * ** * * * *
60698 TTATTTCGAATATAG-TTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTCTAACAAAACAAATGGTCATAACT
64 TTATTCCAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * * * ** *
60762 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAGAGTCATAACTATTT-CATTGTGTTTAGA
128 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCGGT
* * * * * * *
60814 AAACATATTTATTTCTTCAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTATTTACTAATTTTTAG-AATATTAAT-AA-TTAGTATTAT
* * * * *
60877 TTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAATGGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATG-TCATAA-
63 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAAC
* * * * *
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127 T-ATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGT
60994 AA
1 AA
60996 GTATTATTAA
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AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTATTTACTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTT
ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATT
TGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGT
Found at i:61280 original size:338 final size:337
Alignment explanation
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Period size: 338 Copynumber: 1.9 Consensus size: 337
60651 AAGTTTTTTA
* * * **
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1 ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTACAAATAGA
* * * * *
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* * * * *
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131 ATAACTATTTAACTGTGCTTAGAAAACAAATTTATTTCTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAA
** *
60856 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAATGGAAACAATTGTTTTACG
196 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTACG
* * *
60921 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTATATGGACATAACTATTTAAACT
261 ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTTATATGGACATAACTATTTAAACT
60986 TGTTCAGTAAGT
326 TGTTCAGTAAGT
* * *
60998 ATTATTAATTTTTAGAATATTAGTTGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTACAAATAG
1 ATTATTAATTTTTAGAATATTA-ATAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTACAAATAG
* * *
61063 AAAC-ATATGTTTTATGACAAAATAAAAT-ATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTTAAAT
65 AAACAAT-TGGTTTATAACAAAA-AAAATGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTTAAAG
* * * * * *
61125 AGTTATAATTATTTGAACT-TGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
127 AGTCATAACTATTT-AACTGTGCTTAGAAAACAAATTTATTTCTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
* * *
61189 TTT-AGAATTTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-TT-TTATGCACAGAAATAA
190 TTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTT-TGAACAGAAACAA
* * *
61249 TTGGTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAATGATTTCAAATAG
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61291 TCATAACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACAATTGGTTTATAACAAAAAAAATGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTTAAAGAGTC
ATAACTATTTAACTGTGCTTAGAAAACAAATTTATTTCTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTACG
ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTCAAATAGATAATAGTTTATATGGACATAACTATTTAAACT
TGTTCAGTAAGT
Found at i:61423 original size:164 final size:163
Alignment explanation
Indices: 61110--61443 Score: 381
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
61100 ATTTGAAATA
* * * * * * * *
61110 AATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
1 AATAATGATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGCTTAGAAAACAAATTTATTTTTGAAATCT
* * * **
61175 TTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTATGCA
66 TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAACTTGCATGCA
* *
61240 CAGAAATAATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGT
131 CAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
61273 AATAATGATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTGAAAT-
1 AATAATGATTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACGTGCTTAGAAAACAAATTTATTTTTGAAATC
* *
61337 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGCA
65 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTC-AAAT-AACTTGCA
* *
61400 TG-ACTAG-AATCAATTGTTTTATGACAAAACATAAGGT
127 TGCAC-AGAAAT-AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
*
61437 CATAATG
1 AATAATG
61444 TTTTGTGATA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 22, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
162 3 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (163 bp):
AATAATGATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGCTTAGAAAACAAATTTATTTTTGAAATCT
TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAACTTGCATGCA
CAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
Found at i:61424 original size:344 final size:337
Alignment explanation
Indices: 60592--62297 Score: 938
Period size: 354 Copynumber: 4.9 Consensus size: 337
60582 ATTTGAAATA
* * * * * * *
60592 AATAATTATTT-AAATAGTCATAACGATTTGAACTAGCTT-GATAAATAGATTTATTTTT-AAAG
1 AATAATGATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTGAAA-
* * * * * *
60654 TTTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTA
64 TCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAGTAAATTA-AATTATTTTA-TT-GAATAAACTTGTA
* * * * ** *
60718 TGAATAGAAACAATTGGTTTCTAACAAAACAAATGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTT
125 TGACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * * * * *
60782 TAAAGAGTCATAACTATTT-CATTGTGTTTAGAAAACATATTTATTTCTTCAAT-TTTTACTTAT
188 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T-ATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * ** *
60845 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAATGGAAACA
251 TAATTTTTG-AATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAATAAG-TTATATGAACAGAAATA
* * *
60910 ATTGTTTTACGACAAAACAAAATGT
313 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
60935 CATAATGATTTGAAATAG--ATAA-TAGTTT--A-TATG--GACATAAC-TATTTAAACTTGTT-
1 AATAATGATTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAGT-TGTTTAGAAAACATATTT--A-TTTTTG
* * *** ** *
60990 CAGT-AAGTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAGTTGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
61 AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAGTAAATTA-AATTATTTTA--TTGAATAAACTT
** * *
61053 GTACAAATAGAAAC-ATATGTTTTATGACAAAATAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
122 GTATGACTAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * * *
61117 ATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
185 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * *
61182 ATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTATGCACAGAAAT
249 ATTAATTTTT-GAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAATAAGTTATATGAACAGAAAT
** * *
61247 AATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGT
312 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
61273 AATAATGATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG-TGTTTAGAAAACATATTTATTTTTGAAAT
1 AATAATGATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-GTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTGAAAT
*
61337 -TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAACTTGCAT
65 CTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAGTAAA-TTAAATTATTTTATT-G-AATAAACTTGTAT
* ** * ** *
61401 GACTAGAATCAATTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGTTTTGTGATAGATAATTGTTCA
126 GACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * ** *
61466 GATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTGGTCATTA
190 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-GGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* *
61530 ATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTACTTCAAATAAGTATATATTAACTA-AAATAA
253 ATTTTTG-AATTTTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAATAAGT-TATATGAAC-AGAAATAA
* * *
61593 TTCTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAAT
314 TTATTTTATGACAAAACAAAAGG------T
* * * **
61623 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGTTGTTTGGTAGCCATATTTAT
1 AA--T--AAT-G---A-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTGTTTAGAAAACATATTTAT
* **
61688 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA------AATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATATGAATAA
56 TTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAGTAAATTAA-ATTATTTT-AT-TGAATAA
* * *
61747 ACTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAAGTT-AAAGTAAA
118 ACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAATGATTTGAAA-TAAA
* ** *
61810 TAATTGCTCAAATAGTCATAAGGATTAGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TT
180 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
*
61874 TACTTATTAATTGTCTT-AATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA
244 TACTTATTAATT-T-TTGAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAATAAG-TTATATGAA
* *
61938 TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
305 CAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG---T
* * * * * * * *
61974 AGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTACTTAAACTTATTTAGTAAACAGATT
1 ---AA--T--AAT-G---A-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTGTTTAGAAAACATATT
* * * * * * *
62039 CATTTTTTAAATCTTTTTA-TTATTAATTTTTAGATTTTTAATAGA-GAAGTATTATTTTATTTC
53 TATTTTTGAAATC-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAGTAAATTAA--ATTATTTTA-TT-
* * * *
62102 G-ATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAA
112 GAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAA
* ** * * * * * * *
62165 ATAGATAATTACTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTCGGTAAACATATTCATTTTTAAA
175 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
62229 ATTTTTTATTTATTAATTGTTGATATATTAAT-AATTAGTATTAGTTTAATCCAAATAAGCTTGT
238 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-ATTTTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTCAAATAAG-TTAT
62293 ATGAA
300 ATGAA
62298 TAGATTATTT
Statistics
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0.75 0.13 0.12
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (337 bp):
AATAATGATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTGAAATC
TTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAGTAAATTAAATTATTTTATTGAATAAACTTGTATGACTA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
ATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAATAAGTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGGT
Found at i:61662 original size:682 final size:687
Alignment explanation
Indices: 60592--61988 Score: 1434
Period size: 682 Copynumber: 2.0 Consensus size: 687
60582 ATTTGAAATA
* *
60592 AATAATTATTT-AAATAGTCATAACGATTTGAACTAGCTTGATAAATAGATTTATTTTTAAAGTT
1 AATAATAATTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGCTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAG-T
* * * *
60656 TTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATAGTTGTATGA
65 TTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCATGA
* *
60721 ATAGAAACAATTGGTTTCTAACAAAACAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
130 ATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
60786 GAGTCATAACTATTTCATTGTGTTTAGAAAACATATTTATTTCTTCAATTTTTACTTATTAATTT
195 GAATCATAACTATTTAACTGTATTCAGAAAACAGATTTATTTCTTCAATTTTTACTCATTAATTT
* * *
60851 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAATGGAAACAATTGTT
260 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATTTGAATGAAAACAATTCTT
* * * * *
60916 TTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTATATGGACATAACTATTT
325 TTACGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTT
* **** *
60981 AAACTTGTTCAGTAAG-TA-TTA-TT-AA-T-TT-TTAGAATATTAGTTGATTAGTATTATTTTA
390 AAACTTGTTCAGT-AGCTATTTATTTAAATTATTATTAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * *
61039 TTTTGAATAAACTTGTACAAATAGAAAC-ATATGTTTTATGACAAAATAAAATA-TCATAATGAT
454 ATATGAATAAACTTGTACAAACAAAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATAAG
* * * ** * *
61102 TTGAAA-TAAATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTT
517 TT-AAAGTAAATAATTACTCAAATAGTCATAAGGATTAGAACTTACTTGGTAAATAAATTTATTT
61166 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
581 TTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCTT--AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAAT
* * * * * *
61228 AAG-TTTTATGCACAGAAATAATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGT
642 AAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
61273 AATAATGATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTTAGA-AAACATATTTATTTTTGAAA
1 AATAATAATTTCAAATAGTCATAACGATTTGAAC-TAGCTT-GATAAACAGATTTATTTTT-AAA
* *
61336 -TTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTG
63 GTTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AA-TTAGAATTATTTTATTTCG-AATAAACTTG
* * * * * **
61398 CATGACTAGAATCAATTGTTTTATGACAAAACATAA-GGTCATAA-TGTTTTGTGATAGATAATT
125 CATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACA-AATGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
61461 GTTCAGATAATCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAACAGATTCT-TTT-TTTAATTCTCTTG
188 GTTCAAAGAATCATAACTATTT-AACTGTATTCAGAAAACAGATT-TATTTCTTCAATT-T-TTA
* *
61523 GTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTACTTC-AAATAAG-TATATATT-AA
249 CTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCT-TAT-TTGAA
* ** *
61584 CT-AAAATAATTCTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAA
311 -TGAAAACAATTCTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAA
* * * * **
61647 ATAGTCATGACTATTTGAAGTTGTTTGGTAGCCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAA
374 ATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAG-C-TATTTA---TTTAAA----TTA-TTATTAAA
**
61712 ATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
429 ATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTGTACAAACAAAAACAATTGTTTTATG
*
61777 ACAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTAAAGTAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAGGATTAGAACT
494 ACAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTAAAGTAAATAATTACTCAAATAGTCATAAGGATTAGAACT
* * *
61842 TATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATTTTAATAAATTTG
559 TACTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATTTTAATAAATTAG
* *
61907 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
624 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGT
* **
61971 TATAGCAATTTCAAATAG
1 AATAATAATTTCAAATAG
61989 ATAATTGTTC
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 91, Indels: 67
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
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699 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (687 bp):
AATAATAATTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGCTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAGTT
TTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCATGAA
TAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAG
AATCATAACTATTTAACTGTATTCAGAAAACAGATTTATTTCTTCAATTTTTACTCATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATTTGAATGAAAACAATTCTTT
TACGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTA
AACTTGTTCAGTAGCTATTTATTTAAATTATTATTAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAAT
ATGAATAAACTTGTACAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTAA
AGTAAATAATTACTCAAATAGTCATAAGGATTAGAACTTACTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
ATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
TGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGT
Found at i:61693 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 61282--64103 Score: 1193
Period size: 180 Copynumber: 15.7 Consensus size: 177
61272 TAATAATGAT
* * * * * * *
61282 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTGAAATTTTTACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
* * ** * * *
61347 TAATTTTTGGAATATTAGTAAATTTAAATTATTTTATTCGAAATAAACTTGCATG-ACTAGAATC
66 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAAT-AAGTTGTATGAACTA-AAAC
* * ** **
61411 AATTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGTTTTGTGATAGATAATTG
127 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** *
61462 TTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTGGTC
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCT-TTACTT
* *
61526 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTACTTCAAATAAGTATATATTAACTAAAA
64 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAATAAGT-TGTATGAACTAAAA
* * * *
61590 TAATTCTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
126 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** *
61642 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAAGTTGTTTGGTAGCCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTA
* ** * * *
61707 TT-A-----AAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTTGTATGAACAAAAAC
65 TTAATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-AT-TCAAAT-AAGTTGTATGAACTAAAAC
* * * *
61765 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAAGTT-AAAGTAAATAATTG
127 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-TAGATAATTG
* ** * *
61816 CTCAAATAGTCATAAGGATTAGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
*
61881 TAATTGTCTT-AATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
66 TAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAATAAG-TTGTATGAACTA-AAA
* * * ** *
61944 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTG
126 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
61996 TTCAAACAGTCATAATTACTTAAACTTATTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTTA-TT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TTTACTT
* * * *** * * *
62060 ATTAATTTTTAGATTTTTAATAGAGAAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTATATGAACTGAAA
64 ATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAATAAG-TTGTATGAACTAAAA
* * * *
62124 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTA
126 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * *
62176 CTCAAATAGTCATGATTATTTGATC-TAGTTCGGTAAACATATTCATTTTTAAAATTTTTTATTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTT
* * * * *
62240 ATTAATTGTTGATATATTAAT-AATTAGTATTAGTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-T---A
64 ATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTCAAATAAG-TTGTATGAACTAAAA
* * ** ** *** *
62300 -GATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTCA-AATAATTCTTTCAT-GACAA---
126 CAATTCTTTTATGAC-AA-AA-C--A-A-AAGGTCATAATAATT-TGAAATAGATAATTG
** * * * ** *
62354 AACAAA-AGGTCATAA-TGAGTTGAAATAGATAATTAATCAAATAG-TCATTATTATCTGATCTA
1 TTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAACT---TATTTGGT-AAACAGAT--TTATT-T-T--T-TA
** ** * **
62416 GTTCGATAAACATT-TT-ATTTTTAAA-ATT--T--TTTTAGTTATTAATTGTTGATATGTTAAT
53 AATC--TTTAC-TTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTT-G-TATT-ATT-TT-AT-T-CAAAT
* * ** ** * * * *
62474 AAATTAGTATTAGTTTAATCCAAATGAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATAATAGTCAT
108 AAGTT-GTATGA-ACTAAAAC-AAT--TCTTTTATG-ACA-AAA-CA-------A-AA-GGTCAT
* *
62539 AACAATTTGAAATAAATAATTG
156 AATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
62561 CTGAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA----T-CTTAG
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
* * * * * *
62621 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCTAAATAAACTTATATTAACAAAAAC
66 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-C-AAAT-AAGTTGTATGAACTAAAAC
* * ** *
62686 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
127 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
62737 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC--T-CTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTA
* * ** * * * * *
62798 TTAGTTTTTGAAAAATTAATAAATTCATTTTA-TTTATTCCAACTAAACTAGTATGAATTAAAAA
65 TTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-CAAAT-AAGTTGTATGAACT--AAA
* * * * *
62862 AAAACTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTG
125 ACAA-TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * * *
62916 TTTATATAGTCTTGAA-TATTTGAACTGCTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAATT
1 TTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
* ** ** * *
62980 ATTAATTTTTGGAATATT-ATTGATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
64 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAATAAG-TTGTATGAACTAAAA
* * * * * * ** *
63044 TAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTG
126 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
63096 TTCAAATAGTCACAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TT--TTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTA
* ** * * * * ** *
63157 TTAACTTTTGAAGGATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAAC
65 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAATAAG-TTGTATGAACTAAAAC
* * * * * *
63222 AATTGTTATATGGCCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTA
127 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *** *
63273 TTTACATGGCCATAATTATTT-AAATTGATTCAATAAACAGATTTACTTTTTAAATC---ACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTA
* * * * * ** * * *
63334 TGAATATTTGAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCCTATATGAACTTAAAC
65 TTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTCAAATAAG-TTGTATGAACTAAAAC
* * * *
63399 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
127 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** ** * * * *
63450 TTTATATAGTC-TAAACTGTTTAAACTGCTTAAGCAAATAGATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTT
1 TTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
* * * * * *
63514 ATTAATTTTTGCAATATTATTAAATTAGTATTATTGTATTCTAAATAAACTTATATGAACTAAAA
64 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AAAT-AAGTTGTATGAACTAAAA
* * * * **
63579 -AATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAGGAATTTGAAATAGATAA---
126 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
** * * *
63627 TT---AT--TCA-AACTA---GAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTACTTAT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
** * ****
63683 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGGTGAAAAAC
66 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTT-GTATTATTTTA-TTCAAATAAG-TTGTATGAACTAAAAC
* * *
63748 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
127 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * **
63799 TTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TCGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATATCAACTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
* * * * ** * *** * *
63862 ATCATTTTTTGAAATATTATTAAAGTAATGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAA
64 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAATAAG-TTGTATGAACTAAAA
* * * *
63927 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTA-TTGTAAATAGATAATTG
126 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG-AAATAGATAATTG
* * * ** * * **
63979 TTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTT
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-TTACTT
* * * * *
64044 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCATGTATGAAC
64 ATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCA-AATAAG-TTGTATGAAC
64104 AGAATGATCT
Statistics
Matches: 2003, Mismatches: 473, Indels: 330
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTAT
TAATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAATAAGTTGTATGAACTAAAACAATT
CTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
Found at i:62388 original size:213 final size:213
Alignment explanation
Indices: 62089--62511 Score: 670
Period size: 213 Copynumber: 2.0 Consensus size: 213
62079 ATAGAGAAGT
* * * *
62089 ATTATTTTATTTCGATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
1 ATTATTTTATTTCAATAAGCTTATATAAACTCAAACAATTCTTTCATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * *
62154 AATGATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATT
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*
62219 CATTTTTAAAA-TTTTTTATTTATTAATTGTTGATATATTAAT-AATTAGTATTAGTTTAATCCA
130 CATTTTTAAAATTTTTTTAGTTATTAATTGTTGATATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCA
62282 AATAAGCTTGTATGAATAG
195 AATAAGCTTGTATGAATAG
* *
62301 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTCAAATAATTCTTTCATGACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTTC-AATAAGCTTATATAAACTCAAACAATTCTTTCATGACAAAACAAAAGATCA
* *
62366 TAATGAGTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATTATTATCTGATCTAGTTCGATAAACATTT
65 TAATGAGTTAAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATGATTATCTGATCTAGTTCGATAAACATTT
* *
62431 TATTTTTAAAATTTTTTTAGTTATTAATTGTTGATATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCA
130 CATTTTTAAAATTTTTTTAGTTATTAATTGTTGATATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCA
*
62496 AATGAGCTTGTATGAA
195 AATAAGCTTGTATGAA
62512 CAGAAATAAT
Statistics
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Consensus pattern (213 bp):
ATTATTTTATTTCAATAAGCTTATATAAACTCAAACAATTCTTTCATGACAAAACAAAAGATCAT
AATGAGTTAAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATGATTATCTGATCTAGTTCGATAAACATTTC
ATTTTTAAAATTTTTTTAGTTATTAATTGTTGATATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCAA
ATAAGCTTGTATGAATAG
Found at i:62756 original size:18 final size:19
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Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
62700 AAAACAAAAG
*
62710 GTCATAACGATTTGAAATA
1 GTCATAACTATTTGAAATA
*
62729 G--ATAATTATTT-AAATA
1 GTCATAACTATTTGAAATA
62745 GTCATAACTATTTGAA
1 GTCATAACTATTTGAA
62761 TTGGTTAGGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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17 8 0.31
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19 3 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
GTCATAACTATTTGAAATA
Found at i:63317 original size:177 final size:178
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Indices: 62338--64104 Score: 1067
Period size: 177 Copynumber: 10.0 Consensus size: 178
62328 AAACTCAAAT
* * ** * * * * *
62338 AATTCTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAGTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
* * * * * * * *
62403 ATTATCTGATCT-AGTTCGATAAACA-TTTTATTTTTAAAATTTTTTTAGTTATTAATTGTTGAT
66 ACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCTTA-TTATTAATTTTTGAA
* * * * ** * * * *
62466 ATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCAAATGAGCTTGTATGAACAGAAAT
126 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGAACAAAAAC
* * * ** * **
62519 AATTGTTTTAT--------AATA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTGAAATAGTAATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
* * * * *
62575 ACTATTTGAACTTG-TTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC---TTAGTAATTTTTAAAATAT
66 ACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
62636 TAATAAATTAGTATTACTTTATTCCTAAATAAACTT-ATATTAACAAAAAC
130 TAAAAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAAC
* * * *
62686 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
* * * * * * * * *
62751 ACTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-TCTTATTAGTTTTTGAAAAATT
66 ACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * *
62815 AATAAATTCA-TTTTA-TTTATTC-CAACTAAACTAGTATGAATTAAAAAAA
131 AAAAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGAATGAA--CAAAAAC
* * * * * *
62864 AACTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTT
1 AA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCAT
* * ** * * *
62929 GAA-TATTTGAACTGCTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAATTATTAATTTTTGGA
65 -AACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATCTT-ATTATTAATTTTTGAA
*** * * *
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126 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGAACAAAAAC
* * * ** * * * * *
63045 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCACA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
* * **
63110 ACTATTTGAACT-AGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTAACTTTTGAAGGAT
66 ACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATTATTAATTTTTGAAATAT
**
63173 TAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAAC
130 TAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGAACAAAAAC
* * * * * * * *
63222 AATTGTTATATGGCCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTACATGGCCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
* * * * * * *
63287 ATTATTTAAATTGATTCAATAAACAGATTTACTTTTTAAATC--ACTTATGAATATTTGAAATAT
66 ACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * **
63350 TGATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCCT-ATATGAACTTAAAC
130 TAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAAC
* * *
63399 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTC-TA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCAT-
* * * * * * * *
63463 AACTGTTTAAACTGCTT-AAGCAAATAGATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGCA
65 AACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTA-TTATTAATTTTTGAA
** * * * *
63527 ATATTATTAAATTAGTATTATTGTATTCTAAATAAACTT-ATATGAACTAAAA-
126 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAAC
* * * **
63579 AATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAGGAATTTGAAATAGATAATTA--T---T---CA-A
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
* * *
63635 ACTA---GAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATA
66 ACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TA-TTATTAATTTTTGAAATA
* * * * ***
63697 TTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGGTGAAAAAC
129 TTAA-AAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGAACAAAAAC
* * * * *
63748 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
* * * * * *
63813 ATTATTTGAA-TCGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATATCAACTTATCATTTTTTGAAA
66 ACTATTTGAACT-GATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-TA-TTATTAATTTTTGAAA
** * * * * * ** **
63876 TATTATTAAAGTAATGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAAC
127 TATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGAACAAAAAC
* * *** * * **
63928 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTA-TTGTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTATTTAAATAGCCAT
* ** * *
63992 AACTATTTAAACTTG-TTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG
65 AACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TCTT-ATTATTAA-TTTTTG
* * * *
64056 -AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCATGTATGAACA
124 AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGAATGAACA
64105 GAATGATCTG
Statistics
Matches: 1242, Mismatches: 270, Indels: 147
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 38 0.03
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170 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATA
ACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTATTATTAATTTTTGAAATATT
AAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGAACAAAAAC
Found at i:63860 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 63834--63878 Score: 56
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
63824 CGATTTGATA
*
63834 AACTAATTTATTTTTT-AAATATC
1 AACTAA-TCATTTTTTGAAATATC
*
63857 AACTTATCATTTTTTGAAATAT
1 AACTAATCATTTTTTGAAATAT
63879 TATTAAAGTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.42
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (23 bp):
AACTAATCATTTTTTGAAATATC
Found at i:64136 original size:149 final size:146
Alignment explanation
Indices: 63966--64253 Score: 328
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
63956 TATTTATTGT
* *
63966 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTT-GTTTAATAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAA-TTGGTTCAATAAATACA-TT-TTTTTT
* * * * * * * *
64030 AAAATTTCTT-GTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGC
63 -AAATCTCTTAG-TTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTAGTCAGAATAAGC
64094 ATGTATGAACAGAATGATCTG
126 ATGTATGAACAGAATGATCTG
* * * * * *
64115 AAATAGGTAATTGTTCTAATAATCTTGACTATTTGAATTGGTTCGATAAATACATTTTTTTTAAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTCAATAAATACATTTTTTTTAAA
* * * *
64180 TCTCTTAGTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAGTCCGAATAAGCTTGTA
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*
64245 TGAATAGAA
131 TGAACAGAA
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Statistics
Matches: 116, Mismatches: 21, Indels: 7
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
146 62 0.53
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ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.11, T:0.45
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AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTCAATAAATACATTTTTTTTAAA
TCTCTTAGTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTAGTCAGAATAAGCATGTA
TGAACAGAATGATCTG
Found at i:64422 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 64233--64719 Score: 484
Period size: 176 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
64223 TTTTAGTCCG
* * *
64233 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAAAGATTTGAGATA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAAA-ATTTCAAATA
* *
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**
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128 CTTATTAA-TTGTCT-AAATATTAATAAGATTA-TATTATTTTATTCGA
** * * *
64409 AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAATAAA-ATGTCATAACAATTTTAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAA-AATTTCAAA
* * * *
64473 TAGATAATAGTTCAAATGTCATAACGATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTT-TTTTTAAGTCT
63 TAGATAATTGTTCAAATGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAA--C-
* * * *
64537 TTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAGTTTATATTATTTTCTTCGA
125 TCT-CTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAGATTATATTATTTTATTCGA
* * * * *
64587 AATAAGCTTGTATGAATA-AAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA-AAATTTCAAAT
* * * * * * *
64650 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC
64 AGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAACTC
64715 TCTTA
127 TCTTA
64720 ATTATTAATT
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 40, Indels: 33
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.03
175 5 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAAAATTTCAAATAG
ATAATTGTTCAAATGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAACTCTCTT
ATTAATTGTCTAAATATTAATAAGATTATATTATTTTATTCGA
Found at i:64998 original size:140 final size:143
Alignment explanation
Indices: 64863--65138 Score: 305
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 143
64853 TATTTGATTA
* * * *
64863 AGTTCGGTAAACATATT-TATTTTTAAAAT-TT-GTAATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT-A
1 AGTTAGGTAAACA-ATTAT-TTTTTAAAATCTTACTAATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTCA
* * *
64924 -GTTACTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGACAAATCAAAAGG
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64986 TCATAATAATTTGAACT
127 TCATAATAATTTGAACT
* * *
65003 GGTTAGGTAAACAATTATTTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTCA
1 AGTTAGGTAAACAATTATTTTTTAAAAT--CTTACTAATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTCA
* * * * *
65068 TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTTGTTATATGACAAAACAAAAGGT
64 TGTTACTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAA-TCAAAAAATTTGTTATATGACAAAACAAAAGGT
65133 CATAAT
128 CATAAT
65139 GTTTTGAAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 15, Indels: 14
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
139 12 0.11
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (143 bp):
AGTTAGGTAAACAATTATTTTTTAAAATCTTACTAATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTCATG
TTACTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATCAAAAAATTTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAT
AATAATTTGAACT
Found at i:65642 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 64987--66956 Score: 1124
Period size: 180 Copynumber: 10.9 Consensus size: 180
64977 ATCAAAAGGT
* * * * * *
64987 CATAATAATTTGAACTGGTTAGGTAAACA-ATT-ATTTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTT
1 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCA-CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *** * *
65050 GAAAAATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAA-ATTTGT
65 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-ATT-AAAAACAATTGT
* * * * * * *
65113 TATATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATGGT
127 TTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * * * * ** * * * * *
65168 CTTAAATATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTA-ATTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTG
1 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** ** * * * *
65232 GAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
66 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * * *
65297 TGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGCATACAATTGTTCTATTAT-TC
131 TGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-GA-AATGGC
* * * * * * * *
65349 ATATAATCATAACCATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTA
1 -CATAAT--T----ATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
65414 ATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGAATGATTAAAAACATT
59 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAAT
* * *
65479 TGTTTTATGACCAAACAAAAGTTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
124 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * *
65537 CATAATTATTTGAAATGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAGTCAT-TTACTTATTATTTTTT
1 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTT
* * * **
65601 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTGTATGAACT-AAAATGATTGTT
65 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTT
* * * ** * *
65664 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCATGTAGT
128 TTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * * * * *
65718 CTTAATTGTTTGAACT-ACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTC
1 CATAATTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
65782 AAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTT-AATAAGCATGTAT-A-AAATGAAACAATTAT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAAATAAGCTTGTATGATTAA--AAACAATTGT
* * * * *
65844 TTTATAACAGAACGAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATT-CT----T---
127 TTTATGACAAAAC-AAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * * * * * * *
65891 C--AATTA--GGAGCTGGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTA
1 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
65951 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTGTGATGAAAAA-AATTGTTTTA
66 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTA
* *
66015 TGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
131 TGACAAAACAAAAGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * *
66066 CATAATTATTTGAACTAATTC-AGTAAACAGATTCACTTTTT-AATCACTTGCTTATTAATTTTT
1 CATAATTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
66129 GAAATATTAA-AAGATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTT
65 GAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTT
* * ** * * * * * *
66192 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTTAATATACAATAGTTTAAATAGT
128 TTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * * * * * * * *
66246 CATAACTATTTGAATTTGTTTAGA-AAATATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
1 CATAATTATTTGAA-CTGATTCGATAAACAGATTCA-CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * ** * * * *
66310 TGAAATATCAAAAAATTAGTACTACTTTATTTTGCATAAGTTTTTATGAACT-AAAACAATTTTT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
66374 TTATGATAAAACAAAGGTTATTATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTTAAATAGT
128 TTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTGAAATGGC
** ** * * * * * * ** **
66427 CATAAGAATTTGAGTTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTCTCTGGCTTATTGGTTTTTT
1 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTT
* ** * ** * * *
66492 G-AATGTTAATGTATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-TATGAAACAAAT-ATT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTT
* * * * * ** * *
66554 TATGCCTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
129 TATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
** * * * * * * *
66607 TTTAACTATTTGAA-TAGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA
1 CATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-
* *** * ** * *
66671 T-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTACAATAAAAAATAATTGTT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
66734 TTATGACAAAAC-AAAGATAATAATGATTTGAGATTGATAATTATTCAAATTGT
128 TTATGACAAAACAAAAG-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
* * ** * * * * * * * **
66787 AATAACTATTCAAACCGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCA
1 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** *
66852 AAATATTAATAAATTAATATTATTTCAATTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
66 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTA
* * *
66917 TTACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTAAAATAAATAATT
131 TGACAAAAC-AAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT
66957 TATTAAATTT
Statistics
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CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
Found at i:65679 original size:370 final size:369
Alignment explanation
Indices: 64994--65696 Score: 864
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64984 GGTCATAATA
*
64994 ATTTGAACTGGTTAGGTAAACAATTATTTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTA
1 ATTTGAACTGGTTAGGTAAACAATTATTTTTTTAAATCGCTTACGTATTAATTTTTGAAAAATTA
* * *
65059 ATAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTTGTTATATGACAAA
66 ATAAATTCATATTATTTTATTCAGAATAAGCTAGAATGAATTGAAAAAATTTGTTATATGACAAA
* * *** * * * * * *
65124 ACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTAAATATTTGAATTGGTTT
131 ACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAAATGATTC
* * * * * * *
65189 GGCAAACAAATTTAATTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGTTTAGTATTA
196 GACAAACAAATTCAATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTTAGTATTA
* *
65254 TTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
261 TTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
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326 AATTTGAAGCATACAATTGTTCTATTATTCATATAATCATAACC
* * *
65363 ATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAAAAT
1 ATTTGAACTGGTTAGGTAAACA-ATTAT-TTTTTTAAATCGCTTACGTATTAATTTTTGAAAAAT
* *
65427 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGAATG-ATT-AAAAACATTTGTTTTATG
64 TAATAAATTCA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTAGAATGAATTGAAAAA-ATTTGTTATATG
* * * *
65488 ACCAAACAAAAGTTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT
126 ACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAAAT
* * * *
65553 GATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAGTCAT-TTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATT
191 GATTCGACAAACAAATTCA-ATTTTAAGTC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATT
*** * * *
65617 TA-TATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTGTATGAACTA-AAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAA
253 TAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
**
65680 GGTTATAATGATTTGAA
317 GGTTATAACAATTTGAA
65697 ATGGATAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTGAACTGGTTAGGTAAACAATTATTTTTTTAAATCGCTTACGTATTAATTTTTGAAAAATTA
ATAAATTCATATTATTTTATTCAGAATAAGCTAGAATGAATTGAAAAAATTTGTTATATGACAAA
ACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAAATGATTC
GACAAACAAATTCAATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTTAGTATTA
TTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
AATTTGAAGCATACAATTGTTCTATTATTCATATAATCATAACC
Found at i:65709 original size:370 final size:362
Alignment explanation
Indices: 64989--66876 Score: 933
Period size: 361 Copynumber: 5.2 Consensus size: 362
64979 CAAAAGGTCA
* *
64989 TAATAATTTGAACTGGTTAGGTAAACA-A-TTATTTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGA
1 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
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65 AAAATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTAGAATGAATTGAAAAAATTTGTTA
* * *** * * *
65115 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTAAATATTTG
129 TATGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTG
* * * * * * * * * *
65180 AATTGGTTTGGCAAACAAATTTAATTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGT
194 AAATGATTCGACAAACAAATTCAATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAT
* *
65245 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
259 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
*
65310 GGTTATAACAATTTGAAGCATACAATTGTTCTAT-TATTCAT
324 GGTTATAACAATTTGAA-CATACAATTGTTC-ATGTAGTC-T
* * *
65351 ATAATCATAACCATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAAT
1 -TAAT--T----ATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
*
65416 TTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGAATG-ATT-AAAAACAT
59 TTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTAGAATGAATTGAAAAA-AT
* * * * *
65478 TTGTTTTATGACCAAACAAAAGTTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAAT
123 TTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAA
* * * *
65543 TATTTGAAATGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAGTCAT-TTACTTATTATTTTTTGAAATA
188 TATTTGAAATGATTCGACAAACAAATTCA-ATTTTAAGTC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
*** * * *
65607 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTGTATGAACTA-AAATGATTGTTTTATGA
251 TT-ATAAATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA
** *
65670 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA-ATGGATAATTGTTCATGTAGTCT
314 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAACAT--ACAATTGTTCATGTAGTCT
* ** * * * *
65720 TAATTGTTTGAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAA
1 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * *
65784 AATATTATTATATTAGTATTATTTTA-TTCTTAATAAGC-ATGTATAAAATGAAACAATTAT-TT
66 AA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTA-GAATGAATTGAAAAAATT-TGTT
* * * * * * * * *
65846 -TATAACAGAACGAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTCTTC--A-----AT---TA--G
128 ATATGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTT
** * * * * * * *
65898 GAGCTGGTTCGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
193 GAAATGATTCGACAAACAAATTCA-ATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATA
* ** * * *
65962 AA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTGTG-AT-GAAAAAAATTGTTTTATGATAAAAC
256 AATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAG-AAATAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * ** * * *
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320 AAAAGGTT-ATAACAATTTGAACAT--ACAATTGTTCATGTAGTCT
** * * * *
66068 TAATTATTTGAACTAATTCA-GTAAACAGATTCACTTTTT-AATCACTTGCTTATTAATTTTTGA
1 TAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
66131 AATATTAA-AAGATTATTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAA-TTGTTT
65 AAAATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTAGAATGAATTGAAAAAATTTGTTA
* * ** ** * * * * * * *
66193 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTTAATATACAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
129 TATGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTG
* * * * * * * * * * *
66258 AATTTGTTTAGA-AAATATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATCAAA
194 AA-ATGATTCGACAAACAAATTCA--ATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATA
* * * **** ** * * * *
66322 AAATTAGTACTACTTTATTTTGCATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTTTTTTATGATAAAAC
256 AATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * ** *
66386 -AAAGGTTATTATGATTTTAA-ATAAGTAATTGTTTAAATAGTCA
320 AAAAGGTTATAACAATTTGAACAT-A-CAATTGTTCATGTAGTCT
** ** ** * * * ** **
66429 TAAGAATTTGAGTTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAATTCTCTGGCTTATTGGTTTTTTG-
1 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGA
** ** * * * * *
66493 AATGTTAATGTATTAGGATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATG-ATATGAAACAAA--TATT
65 AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTAGAATGAAT-TGAAA-AAATTTGTT
* * * * ** * * * *** *
66554 -TATGCCTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT
128 ATATGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTT
* * * * * *
66618 G-AATAGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AAATATTAT
193 GAAAT-GATTCGACAAACAAATTCA-ATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTA-
* * * * *
66681 TAAA-TTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTA-CAATAAAAAATAATTGTTTTATGACAA
254 TAAATTTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAACCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGACAA
* * ** * * * ** * **
66743 AAC-AAAGATAATAATGATTTGAGA-TTGATAATTATTCAAATTGTAA
317 AACAAAAGGTTATAACAATTTGA-ACAT-ACAATTGTTCATGTAGTCT
* ** * * * * *
66789 TAACTATTCAAACCGGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTGTCA
1 TAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
*
66852 AAATATTAATAAATTAATATTATTT
65 AAA-ATTAATAAATTAGTATTATTT
66877 CAATTTGAAT
Statistics
Matches: 1197, Mismatches: 254, Indels: 151
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 1 0.00
346 4 0.00
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354 2 0.00
355 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (362 bp):
TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
AAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAATAAGCTAGAATGAATTGAAAAAATTTGTTATA
TGACAAAACAAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAATATTTGAA
ATGATTCGACAAACAAATTCAATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTT
AGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TTATAACAATTTGAACATACAATTGTTCATGTAGTCT
Found at i:66972 original size:99 final size:99
Alignment explanation
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66869 TATTATTTCA
* * *
66879 ATTTG-AATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTTATAACGAT
1 ATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAAA-AATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAT
66942 TTAAAATAAATAATTTATT-AAATTTGTATTACTTT
65 TTAAAATAAATAA-TTATTCAAATTTGTATTACTTT
* * * * * * *
66977 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGTTGTAACAATT
1 ATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATT
*
67042 TAAAATAGATAATTATTCAAAT
66 TAAAATAAATAATTATTCAAAT
67064 AGTCATAACT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 11, Indels: 5
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
98 10 0.14
99 59 0.81
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ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (99 bp):
ATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATT
TAAAATAAATAATTATTCAAATTTGTATTACTTT
Found at i:67599 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 66968--70108 Score: 2359
Period size: 181 Copynumber: 17.4 Consensus size: 179
66958 ATTAAATTTG
* * * * * *
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1 TATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * *
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* * * *
67098 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
130 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA
* * * * * **
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1 TATTA-TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** *
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64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
** * * * *
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* ** * * *
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1 TATTATTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
67395 ACAATGATTT-AACATAAATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAG
65 ATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * **
67459 ATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATTT-ATTATTAATAAATTTG
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAA
** * *
67510 TATTACATTACTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
67575 TATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * *
67640 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTCAAATTTTCAATAAATTAA
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATT-AATAAATTAA
* * * * * * * *
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1 TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGT
* * * * * * **
67757 TATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGCA-TTAG-TCAAGCCAAC
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* * * *
67820 AAATTCATTTTTTAAAT-TTGTTACTTATTAATTTTTTTGAATATTAATAAATTAG
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* * * * *
67875 CATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAA-AAAATGG
1 TATTATTTTATTT-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GG
* * * * * * ** **
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* *
68003 AATTTA-TTTTT-AATACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
128 GATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA
* * * * * * *
68055 TATTATTTTATTTTG-ATCAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTA-TTTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
68119 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTAA-TTGGTTTGGCAAACA
64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC-
* * *
68183 AGA-TTGTTTTTTAAAT-TTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
127 AGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA
* ** * * * * * *
68236 TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTGTTTTACGACAACATAAAAGGT
1 TATTATTTTATT-TGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** ** * * * * * *
68300 TATAATGATTTGAAATAAAGAGTTATTCATTTAACCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAA
64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * **
68365 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTTCATTAA
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAA
* * * * * * * * * *
68417 TATTATTTTATTCTGAACAAGCTTG-ATAAAGAAAAATAATTGCTTTATAACAGAACAAAATGTT
1 TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * *
68481 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAA-AGTCATAACTACTTGAA-TTATTTCAG-AAACAA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAG
** * *
68543 ATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAG
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAA
* ** * *
68594 TATTAGCTTTATTCCT-AATTGGCTTGTATG-AT-GAAAAATAGTTGTTTTATGACAATACAAAA
1 TATTA-TTTTATT--TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * *
68656 TTTCATAATGATTAGAAATTGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTAAAC-TGATTCGATA
61 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTA
* * * * * *
68719 AACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAA
124 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA
* * * * * * *
68776 CATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTATATTATAAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
68840 CATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACATGCTCGGTAAACAT
64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* ** * *
68905 ATTTATTTTTTAAAAAT-TTTTGGCTTATTAATTTCTTGGATGTTAATAAATTAG
129 ATTTATTTTTT--AAATCTTTT-ACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAA
* * * * * *
68959 TATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAATTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAG-
1 TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** *
69022 CTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTAGCAAACA
64 C-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * ** ** * *
69087 TATTT-TTTTTAAAATC-TACACTTATTAATTTTTAGAATATTTTTAATTTAG
128 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAA
* * *** * *
69138 CAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTAAGACAAAAC-AAAGGTC
1 TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * *
69202 ATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAAGAG
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG
* * * * * *
69266 ATTTAGTTATTAAA---TGT-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAG
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAA
* ** * *
69314 TATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTC
1 TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
69379 ATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACA-GACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* ** *
69443 TTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAT
130 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAA
* * * * * *
69494 TATTATTTTATTCTGAATACA-CTTTTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGAT
1 TATTATTTTATT-TGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
69558 CATAACGAGTTGAAACAAATA-ATTTAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGAT
64 CATAATGATTTG----AAATAGA--TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* **
69621 AAATAGATTTA-TTTTTAAA-CTTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAA
123 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAA
* * * * *
69677 TATTATTTTATTTGAATAAGTTTATTTGAATAG-AACAAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTC
1 TATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* **** *
69741 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAA-TGTGTTTAAAAAATAG
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAG
* *
69805 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTTA
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA
* ** * * * * * *
69855 TTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATCAATAGAACCAACT-ATTTATGACAAAACAAAATGTC
1 TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * *
69919 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTTTTTAGATAGTTGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* * * *
69984 TTTGTTTTTTTAATTTTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGA
130 TTTATTTTTTAAATCTT-TTACT-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA
* * * * * *
70036 CATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGT
1 TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
*
70100 CACAATGAT
64 CATAATGAT
70109 ATTTTATTAT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
TATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAA
Found at i:68216 original size:362 final size:356
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 8.7 Consensus size: 356
66974 TTTATTTGAA
* * * * ** *
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1 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* *
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65 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCGGTAAACAAGATT-ATTTTTTAAAT
* * **
67112 CTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTTCGAATAAGCCTAT
128 TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAG-CTAT
* * * * * * *
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190 ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
67346 AATAAGCTTGTATCAA-TAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCACAATGATTT-AACA
1 -ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-A
* * * * * *
67409 TAAATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAAGA-TTATTTTTTAAA
* * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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252 TTCAAATACTTATAACTATTTAAACTGGTTTAG-TAAACAAATTTA-TTTTTAAA-CTCTTACTT
* * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 -ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * **
67772 TAGATAATTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGCATTAG-TCAAGCCAACAA-ATTCATTTTTTAA
64 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTC-GGTAAACAAGATT-ATTTTTTAA
* * *
67835 ATTTGTTACTTATTAATTTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTA
126 ATTTCTTACTTATTAA-TTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTA
* * * * *
67900 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAAAAATGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTGT
189 TATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* **
67965 TCAAATACTTATAACTAATTAAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTAATACTCTTACTTATT
253 TCAAATACTTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAA-ACTCTTACTTATT
*
68030 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
317 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
* * * * * *
68070 ATCAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
1 AT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
68135 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTAATTGGTTTGGCAAACAAGATTGTTTTTTAAATT
65 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGGTAAACAAGATTATTTTTTAAATT
* * * * *
68200 TCTTACTGATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTA
129 TCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTA-TA
* * * * * * * * *
68263 AGAATTGAAAAAATTGTTTTACGACAACATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAGTTATTC
191 TGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * * *
68328 ATTTAACCT-TAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
255 AAAT-ACTTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA-CTCTTACTTATT
* * **
68392 AATTTTTAGAATATTATTTCATTAATATTATTTTATTCTG
317 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
* * * * * * * * *
68432 AACAAGCTTG-ATAAAGAAAAATAATTGCTTTATAACAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAAT
1 -ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
68496 ATATAATTGTTCAAA-AGTCATAACTACTTGAATTATTTCAG-AAACAA-ATT-TATTTTTAAAT
65 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGGTAAACAAGATTAT-TTTTTAAAT
* * * * * * ** *
68557 CTCCTACTTATTAA-TTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTAGCTTTATTCCTAATTGGCTTGT
128 TTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGC-TAT
* ** * *
68621 ATG-AT-GAAAAATAGTTGTTTTATGACAATACAAAATTTCATAATGATTAGAAATTGATAATTG
190 ATGAATAGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** *
68684 TTCAAATGGC-TATAATTATTTAAACT-GATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACT
252 TTCAAAT-ACTTATAACTATTTAAACTGGTTTAG-TAAACAAATTTAT-TTTTAAA-CTCTTACT
* * * *
68747 TATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGG
313 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-G
* * * * * * ** *
68792 ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTATATTATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
68857 GATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACATGCTCGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAAAA
66 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACA-AGATTATTTTTT--AAA
* * * * *
68921 TTT-TTGGCTTATTAATTTCTTGGATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATAT
127 TTTCTT-ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TAT
* * * *
68985 ATGAATTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGCT-AAAATGATTTGAAATAGATAATTG
190 ATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
69048 TTCTAATAGTCT-TAATTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTT-TTTTTAAAATCTACACTTA
252 TTCAAATACT-TATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAACTCT-TACTTA
* ** * ** * * **
69111 TTAATTTTTAGAATATTTTTAATTTAGCAATATTTTACTCCAA
315 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTG
* * * * *
69154 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTAAGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAGATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
69218 GATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAA-GAGATTTAGTTATTAAA--
66 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGGTAAACAAGA-TTATTTTTTAAATT
* *** * * ** *
69280 T-GT-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTAT
129 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA-GCTATAT
* * * * *
69342 GAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCA
192 GAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
69407 AATGGAC--A-GACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTAATTTTTTAAA-TCTTCAACTTAT
256 AAT--ACTTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAACTCTT--ACTTAT
* *
69468 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTG
316 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
* * * * * * *
69509 AATACA-CTTTTATGAA-AAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGAGTTGAA
1 -ATA-AGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG--
* * *
69572 ACAAATA-ATTTAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAA-TAGATT-TAT
61 --AAATAGA--TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAAGATTAT-T
* *
69633 TTTTAAACTTT-TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATA
120 TTTTAAA-TTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * *
69695 AGTTTATTTGAATAGAACAAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
184 AG-CTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * ** * * * *
69760 AATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAA-TGTGTTTAAAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTT
247 AATTGTTCAAATACTTATAACTATTTAAACTG-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTT-AAACTCTT
* * * **
69824 ACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAA
310 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-TG
* * * * * * * * ***
69871 ATAAGCTTGCATCAATAGAACCAACT-ATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * ** * * * *
69935 GATAATTTTTTAGATAGTTGTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTTGTTTTTTTAATT
66 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAAGA-TT-ATTTTTTAAAT
* *
69999 TTCTTACTCT-TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT-GACATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
128 TTCTTACT-TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TA
* * * *
70061 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGTCACAATGAT
189 TATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGAT
70109 ATTTTATTAT
Statistics
Matches: 2177, Mismatches: 458, Indels: 257
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 35 0.02
355 101 0.05
356 112 0.05
357 35 0.02
358 75 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAACAAGATTATTTTTTAAATTTC
TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTATATGAAT
AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAC
TTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
Found at i:70938 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 70171--72515 Score: 1500
Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 180
70161 TTAACAAAAG
* * * * * ** * *
70171 AAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATGTAGTTCGG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
* * * * * *
70236 TAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTCCTTATTAATTGTTAAAATATTAGTAAATTAGTACTAT
66 TAAACATATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* ** * * * *
70301 TTTTAATCCGAATAAGCTTA-TATAAATAGAAACTATTGTTTTATAACAAAAC
129 TTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * * * * * *
70353 AAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCACATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGA
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
* * * *
70418 T-AA-ATGATTTAATTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTTAAATGTTAATAGATTTAGTATT
66 TAAACAT-ATTT-ATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATT
*** * ** * * * * *
70477 ATTTTATTCCAAACAAATTTA-TATCAACAAAAACATTTGTTTTATGA-CAAAA
128 ATTTTATTTTGAA-TAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * *
70529 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATGTGAACTGGTTAGG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
* * * * * * *
70594 TAAATAGAATTATTTTTAAATC---T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATCAATTCA-TTTTAT
66 TAAACATATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * * *
70654 TTT-TTTTCGAATAAGCTAG--TGAATTGAAAAAATTATCTTATGACAAAAC
130 TTTATTTT-GAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * * * * *
70703 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCATATAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTTGG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
* * * * * * * *
70768 CAAATAAATTTATTTTTTAGACCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATTTTATTAGATTAGTATTAT
66 TAAACATATTTATTTTTTA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
70833 TTTATTTTGAATAAACTAGTATGAATAGATATAATTGTTTTATGACCAAAT
130 TTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * * * **
70884 AAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATATAATT-TTACAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCA
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
** * *
70948 GTAAACA-AGTTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATT
65 GTAAACATA-TTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
71012 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTAA-A-AAACAATTGTTATATGA-CAAA-
128 ATTTTATTTTGAATAAGCTAGTAT-G-AATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * * * * * **
71063 AAAATAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTTG
1 AAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * * **
71128 ATAAACAGATTAACATTTTAAATC----ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
65 GTAAACATATTTA-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
71189 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCGAACT-G-AATAATTG---TAT-A--AAAC
129 TTTTATTTTGAATAAGCTAGTAT-GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * ** * * *
71235 AAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ACT-ATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTCAATTTGTTTG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * *
71298 GTAAACA-ATTTTATTTTTTTTAAACTCTTGCTTATT-ATTTTCTGAAATATTAAGAAATTAGCA
65 GTAAACATA-TTTA--TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * ***
71361 TTACTTTATTTTGGATAAGCT-TTAATGAACT-GAAACAATTATTTTATGTTAAAAC
126 TTATTTTATTTTGAATAAGCTAGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * *
71416 GAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
1 -AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * * * *
71481 GCAAACATATTTATCTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGAT
65 GTAAACATATTTAT-TTTT-TAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
71545 TATTTTATTACGAATAAGCTAGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
127 TATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * * ** * *
71599 AAAATGTCAAAATGATTTGAAATAG---A----TCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGATTTGG
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
* * * * *
71657 AAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT-AGAATACTATTAAATTAGTATTA
66 TAAACATATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
**** * ** * * *
71721 TTTT-TAACCAAATAACCTTCTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
129 TTTTAT-TTTGAATAAGCTAGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* ** * * * *
71773 -AAAGATTTTAACGATTTGATATTA-ATGATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTT
1 AAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT
* * * * * *
71835 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
64 GGTAAACATATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
71900 ACTTTATTTTGAATAAGCTGGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
128 ATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
** * * * * *
71953 AAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATCT-TTTAAATAG-CTATAATTTTTTTAACTGATTT
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTT
* * * ** *
72016 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAACAAATTAGTAT
64 GGTAAACATATTTATTTTTT--AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * *
72081 TATTTTATTCTGTTTAAGTTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGAACAATC
127 TATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * * * ** *
72135 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAATTTATTTGA
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
* * *
72200 TAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
66 TAAACATATTTATTTTTT-AATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
72264 ATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACTAAAC
129 TTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAC
* * * * * * * ** *
72316 AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATTA-ATAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTC
1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT
* *
72380 AGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTGAAAATATT-ATTAATTAGTA
64 GGTAAACATATTTATTTTTT-AATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * * * *
72442 TTA-TTTAATATGAATAAGCTTGTATGACCA-AAGCAATTGTTTTA-CAGCAAAAG
126 TTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CCAAAC
72495 AAAAGGTCATAACTG-TTTGAA
1 AAAAGGTCATAAC-GATTTGAA
72516 CTAGTTTAGC
Statistics
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AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
TAAACATATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
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* * *
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* * **
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* *
71278 TAACTATTTCAATTTGTTTGGTAAACA-ATTTTATTTTTTTTAAACTCTTG
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* *
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* *
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* * * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGCTTTAATGAACTG
AAATAATTGTATTAAAACGAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
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Found at i:72813 original size:180 final size:180
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *** * *
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* * * * **
72983 TATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGATATATATAACTGTTCGTATA
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* * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * *** * *
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* ** ** * * * *
73163 TTGTGACCGAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATATAATT-TTACAAATA
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** * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * * *
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* * * * *
73338 T-TG--TAAGT--AA--TAATAAC---TTGAAATAGATAATTATTAAAATA
130 TATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** *
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* * * *
73504 TTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAACT-ATTGTTCAAATA
129 TTATGACAAAAT-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
*** * * * * * ** * *
73556 GTTGCAACTATTTCAATTTGTTCGG-TAATCA-ACTTTATTTTTTTTATACTCTTGCTTATTATT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAT-AGA-TTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * * *
73619 TTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTA--ACGAACTGAAACTATTGTTTTAAGTTAAAAC
63 TTTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAAC--TTATATGAA--AAAAAC
* ** * * *** ** * *
73682 AA-AAGGTCAT-A-AAGATTTTA---AATAAATAATTG--TTCAAAT-A--G-TCATAATA
122 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCA-AATA
* * * **** **
73731 -T-TTGAACTTGTTTGGTAAACATA-TTT-----AT---TTTTTCAAATA--T-T-TGGCTTATT
1 GTCAT-AAC-TATTT-G--AAC-TAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * **
73781 AATTTTCT-AAATGTTAATAAAATT-GGATTATTTTATTAT-GAATAAGC-TAGTAAGATATGAA
60 AATTTT-TGAAATATTAAT-ATATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTA-TATGA-AAAAA
* * * * * * *
73842 ACAAATATTTTATAACTAAACAAAAGATCAA-AACGATTTG----AAAT-A--GATCTAATA
120 ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * * * ** * * *
73896 GTTTTAAATATTTAAACTAGTTCGGTGAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** ** *
73961 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATTAGAAATAATTTTTTTATG-AAAAAACA
66 TGAAATATTAATATATTAGTATTA-TTTT------ATTTCAAATAA-ACTTATATGAAAAAAACA
** ** ** * * * ** * *
74025 AAGATTTTA--ACAATTTGATATTGGTAATTACTCATATAGTTATAACT-A-T-TT-AAACTG
123 ATTATTTTATGACAAAAT-A-AAAGGTAATAAC-GAT-TTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TA
** * ** * * *
74082 GTTTGGTAAACAAATTT--A-T--TTTTACATAT-G--TTATTTATT-AA--T-TT-CTGA--AA
1 G--TCAT-AAC-TATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
74132 -TATT--AATA-----A-ATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATT
62 TTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGA-AAAAAACAATT
* ** * * *
74188 GTTTTATGACAAAA-AAAAAATCATAACGATTTGAAAATAGATAATCT-TTCGAATA
126 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTG-AAATAAATAAT-TGTTCAAATA
* * * ** * * * *
74243 CT-ATAATTATTTTAACT-GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
** * * ** * * * * *
74306 TAGGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTA-TTCATCTAAGCTTGTATTAACCAAAACAATTGT
64 TTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-AAAAACAATTAT
* * * *
74370 TTTATGA-ACAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACT-ATTGTTCAAATA
128 TTTATGACAAAAT-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * * *
74423 ATAATAACTATTTGAATTTA-TTCGATAAACATATATATTTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * * * * ** *
74487 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGACCTAAAATAATT
63 TTTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGA-AAAAAACAATT
* ** * * * * * * *
74550 -TTTTATAATTAGACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAAATTATTCTAATA
126 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAAT-AATTGTTCAAATA
** * * ** * ** * * * * *
74605 GTTTTAACCATTTGAA-TTGATTCAGTAAGCAAATTTATTTTTTTAATTTCTTATTTATTAAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * ** *
74669 TTGAAATATTATTA-ATTAGTATT-TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGACCAAAACAATTGTTT
65 TTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAAAAAACAATTATTT
* * * * * * * * *
74732 TA-CAAAAAAGAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATTATA
130 TATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATA
* * * ** * * * ** *
74782 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * *
74847 CAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA-ATAGTATGAACAAAACCAATT-TT
66 TGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAA-AAAAACAATTATT
* * * *
74910 TTATGACAAAATAGAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
129 TTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
74962 ATCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGTAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
75026 TTAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAGAAAAAACAATTATTT
66 TGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGA-AAAAAACAATTATTT
* * * *
75091 TATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
130 TATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
75142 GTTATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTCAAATCTGTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * *
75207 TGAAATATTAGCA-AGTTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAA-AAT
66 TGAAATATTAATATA-TT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTA-TATGAA--AAAAACAAT
* * * * * * * *
75267 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAACAGATAATTGTT--AATA
125 TATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *** *
75321 GTCTTAACTATTTGAAGTAGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
75382 TAAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTTTATTCCAATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGT
66 TGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTAT-TTCAAAT-AAACTTATATGAA-AAAAACAATTAT
* * * * *
75446 TTTATGACAACA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
128 TTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
75498 GTCATAATTATTTG-ACTTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * *
75562 TTGAAATATTAATAAATTCCTTTTATTTTATTCCAAATAAA-TTAGTAT-AAATTCAAAA-AAGC
65 TTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAAA---AAAACAA--
* * * * * * *
75624 TTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATAGAA-ATTTGTTCATATA
124 TTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATA
* * *** * * *
75681 GT-ATTAAATATTTGAACTGGTTCAACAAATA-ATTT-TTTTTTAATTCTCTTAGTTGTTAATTT
1 GTCA-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * **
75743 TTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGG
65 TTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAA-AAAAACAATTAT
* * * * * ** * ** * *
75807 TTTATGATAGAACAAAA-GTTATAATGAAATGAAGTTTAGAATTATTCAAATA
128 TTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* ** * * *
75859 GTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAACAAATTTATTACTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * ** * *
75924 TTGAAAGATTAATAAATGAGTATTCTTTCATTTCGAATAAGCTTGA-ATGTTCAAATACAATTGT
65 TTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-ATATG-AAAAAAACAATTAT
* * * * * * * * *
75988 CATATATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGACATG
128 --TTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
76043 GCCATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * ** *
76108 TGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAACTGAAATAATTATTT
66 TGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-AAAAACAATTATTT
* * * * *
76173 TATGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAATA
130 TATGACAAAAT-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * ** *
76225 GTCTTAACTGTTTGAAAT-GCTTCAGCAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
76289 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTAT
64 TTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-AAAAACAATTAT
* * * * * * * *
76354 TTTGTAATAGAACAAAAGGTTATAACGAGTTGAAATAGATAATTG------T-
128 TTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * * * *
76400 -T--TAAGTA--GGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *** ** * ** * *
76460 TGAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTGTATGGTGAAAAATAATTGTTT
66 TGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATAT-GAAAAAAACAATTATTT
* * ** * * * *
76525 TATGACAAAACAAAAGTTCCTAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATG
130 TATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * **
76576 GCCATAACTATTTTAACT-GATT--C-AATAAACTTACTTATTTTTTAAATCTCCAAC-TATTCA
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGA--T--TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A
* * * *** * * **
76636 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTGAAACAA
61 ATTTTTGAAATATTAATATATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-AAAAACAA
* * * * *** * * ** *
76701 TTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAATTCGATAATTGTTCAAATG
124 TTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
76758 GTCATAACTATTTGAACCT-G-TT-CCATTAACACATTTATTTCTTAAATATTTTACTTATT-AT
1 GTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGCA--AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * * * * * * * *
76819 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATCT-GAATAAATTTGTATGAACAGAAACAATT
63 TT-TTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-AAAAACAATT
* * * * * * *
76883 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATGACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACA
126 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * * * ** * * * *
76938 GTCATAAAGATTTTAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTTTTACATATTAATTGT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * * ** *
77003 CTT--AATATTAATAAAATT-TTCTTATTTTATTTGAAATAAGA-TTGCATGAATAGAAAA-TAT
65 -TTGAAATATTAAT-ATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTATATGAA-A-AAAACAAT
* * * ** * * *
77063 TCATTTTATGACAAAACATAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATA
125 T-ATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * **
77120 GTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAA-TTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
77184 TCAGAATATTAATA-ACTTAATATTGTTTTACTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAAAA-AATT
66 TGA-AATATTAATATA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA---AAAAACAATT
* * * * * * * *
77247 TTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTTAAATA
126 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * * * ** *
77302 GTCATGACTATTTGATCTAATTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAATGTTTTTTACAAATTAATTA
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * **
77366 TCGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAATTCAAATAAACTTGTAT-AAACAGACACTATTGC
65 TTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAA-A-AAACAATTAT
* * * * * * * *
77430 TTTATAACAAAATAAAAAGTCATTACAATTT-AAAGAAATAACTGCTCAAATA
128 TTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * *
77482 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTT
1 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
77543 TGAAATATTAATAGT-TTAGTATT-TTTTATTCCATACAAACTTATATAAACAAAAAC-ATTGTT
66 TGAAATATTAATA-TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-AAAAACAATTATT
* * * *
77605 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATCATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
129 TTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
*
77657 GTCATAATTATTTGAA
1 GTCATAACTATTTGAA
77673 TTGGTACTAG
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAAAAAACAATTATTTT
ATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
Found at i:73190 original size:354 final size:349
Alignment explanation
Indices: 72629--73292 Score: 780
Period size: 354 Copynumber: 1.9 Consensus size: 349
72619 ACCAATTTTT
* * * *
72629 TTATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCCAATAGTCAAAACTATTT
1 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAACTATTCCAATAGTCAAAACTATTT
* * *
72694 GAACTAGTTTGGTAAGTAGATTTACTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAT
66 GAACTAGTTTGGCAAATAAATTTACTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAT
* *
72759 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAA
131 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* *
72824 AAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAATCATAATTATGTGAACTGGTT-AGGT
196 AAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTACAAATAATCATAACTATGTGAACTAGTTCA-GT
* *
72887 AAACA-GAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTCGTTTTTT
259 AAACATG-ATTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCGTTTTTT
72951 TTTTTAATAAGCTAGTGAATTGAAAATTGTC
319 TTTTTAATAAGCTAGTGAATTGAAAATTGTC
* * * ** **
72982 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGATATATATAACTGTTCGTATAGTCTTAACTATTT
1 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAACTATTCCAATAGTCAAAACTATTT
* * * * * *
73047 GAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATGTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTT-TGAAATTTTATT
66 GAACTAGTTTGGCAAATAAATTTA-CTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAAT
** * * *** * * * ** *
73111 AGT-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGGTATAATTGTTTTGTGACCGAGC
129 A-TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
73175 AAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATATAATTTTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG
193 AAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTTTACAAATAATCATAACTATGTGAACTAGTTCAG
* *
73240 TAAACATGTTTATTTTTTGAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
258 TAAACATGATTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
73293 AGTATTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (349 bp):
TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAACTATTCCAATAGTCAAAACTATTT
GAACTAGTTTGGCAAATAAATTTACTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAT
ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTTTACAAATAATCATAACTATGTGAACTAGTTCAGTAA
ACATGATTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCGTTTTTTTTTTTAA
TAAGCTAGTGAATTGAAAATTGTC
Found at i:73500 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 73191--73488 Score: 447
Period size: 164 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164
73181 TTATAACAAT
* * * * ** *
73191 TTGAAGTATATAATTTTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATGTTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTTTACAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTT
* * *
73256 TTGAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTT
66 TTGAATCACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
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131 ATGATAAAAAATAATTGTTGTAAGTAATAATAAC
* *
73355 TTGAAATAGATAATTATTA-AAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTCACTT
1 TTGAAATAGATAATT-TTACAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCA-TT
*
73419 TTTT-AATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
64 TTTTGAATCACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
73483 GTATGA
129 GTATGA
73489 ACTGAAATAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 13, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (164 bp):
TTGAAATAGATAATTTTACAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTT
TTGAATCACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
ATGATAAAAAATAATTGTTGTAAGTAATAATAAC
Found at i:75246 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 73431--77672 Score: 2250
Period size: 537 Copynumber: 7.9 Consensus size: 537
73421 TTAATCACTT
* * * * *
73431 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAGAA-TAAA
* ** *
73495 ATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-ACT-ATTGTTCAAATAGT
65 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * ** *
73558 TGCAACTATTTCAATTTGTTCGGT-AATCAACTTTATTTTTTTTATACTCTT-GCTTATTATTTT
128 TATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAT-AA-ATTATTTTTTAAAT-CTCTTAG-TTATTAATTT
** * * *
73621 TTGAAATATTAAGAAATTAGCATTACTTTA-AC-G---AA-C-TG-A--AACT------ATTGTT
189 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * *
73670 TTA-AGTTAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATT
254 TTACA--AAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCTTAACTATT
* * * * * ** *
73733 TGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATATT-TGGCTTATTAATTTTCT-AAATGTT
315 TGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT--AATTTTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATT
* * * ** * * * *
73796 AATAAAATT-GGATTATTTTATTAT-GAATAAGCTAGTAAGATATGAAACAAATATTTTATAACT
377 AAT-AAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTAGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
73859 AAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATCTAATAGTT----T--T--AAA-TATTTAAACT-
439 AAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA--TAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTG
* * * * * *
73914 AGTTCGGTGAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTG
502 A-TTTGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTCTTACTA
* **
73952 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA--TT-TTT--AACCAA---AT-TAG----AAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAGAATAAAA
* * * ** ** * * * ** *
74004 TAATTTTTTTATGAAAAAACAAAGA-TTTTAACAATTTGATATTGGTAATTACTCATATAGTTAT
66 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * * * *
74068 AACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAAATT-TATTTTTACATATGTTATTTATTAATTTCTGAAA
131 AACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTAT-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAA
* * *
74132 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATG
195 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-TTT-T-
* * *
74196 ACAAAAAA-AAAA-TCATAACGATTTGAAAATAGATAATCT-TTCGAATA--CTATAATTATTTT
256 ACAAAAAACAAAAGTCATAACGATTTG-AAATAGATAAT-TATT-AAATAGTCT-TAACTATTTG
* ***
74256 AACT-GATTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTT-TTACTTATTAATTTAGGAAATATTA
317 AACTAG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT--AATTTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * *
74318 ATAAATCAGTATTATTTTA-TTC-ATCTAAGCTTGTATTAACCAAAACAATTGTTTTATGA-ACA
378 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAACTAGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
74380 ATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACT-ATTGTTCAAATAAT-AATAACTATTTGAATTTA
441 AT-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAATCAA-AACTATTTGAACTGA
* * * * * *
74443 TTCGATAAACATATATATT-TTTTTAAATCTCTTCCTT
503 TTTGGT-AA-ATAGAT-TTACTTTTAAATCTCTTACTA
* * * * * *
74480 ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTAT-GACCTA
1 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATAGA-ATA
* ** * * * * * * *
74542 AAATAATT-TTTTATAATTAGACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAAATTATTCTAATAG
63 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * * *
74606 TTTTAACCATTTGAATTGATTCAGTAAGCAAATTTATTTTTTTAATTTCTTATTTATTAAATTTT
127 TTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
* * *
74671 GAAATATTATT-AATTAGTATT-TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATG-ACCAAAACAATTGTTTT
191 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * *
74733 ACAAAAAAGAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTATTATAGTCTTAACTATTTGAA
256 ACAAAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTA-AATAGTCTTAACTATTTGAA
* ** * ** * * *
74798 CTGGTTCGATAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAT
319 CTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * *
74863 TAATATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATT-TTTTATGACAAAATAGAAG
384 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTAGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
* * *
74927 GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGT
448 GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTGATTTGGTAAAT
*
74992 AGATTTACTTTTAAATCTCCTACTA
513 AGATTTACTTTTAAATCTCTTACTA
* * *
75017 ATTAATTTTTTAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAGAA-AAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATA-TAGAATAAA
* *
75081 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
65 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * *
75146 TAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTCAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAA
130 TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAA
** * * * *
75211 ATATTAGCAAGTTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTA
194 ATATTATTAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
75274 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAACAGATAATTGTT-AATAGTCTTAACTATTTGAAG
257 -CAAAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
* * * * *
75338 TAGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATT
320 TAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * *
75399 AGTATT-TTTTTTATTCCAATCAAACTTA-TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAACA-AAA
385 AGTATTATTTTAT-TTCGAAT-AAAC-TAGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * * * * * * *
75461 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ACTTGGTTAGGTA
446 AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAAC-TGATTTGGTA
* *
75525 AATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC-A
510 AATAGATTTA-CTTTTAAATCTCTTACTA
** * *
75553 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCCTTTTATTTTATTCCAAATAAA-TTAGTATA-AATTC
1 -ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATAGAA-T-
* * * *
75616 AAAA-AAGCTTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATAGA-AATTTGTTCATA
62 AAAATAA--TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAA
* ** * * *
75679 TAG-TATTAAATATTTGAACTGGTTCAACAAAT-AATTTTTTTTTAATTCTCTTAGTTGTTAATT
124 TAGTTA-TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
* * * * * *
75742 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGG
188 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * * * ** * ** * *
75807 TTTATGATAGAACAAAAGTTATAATGAAATGAAGTTTAGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
253 TTTA-CAAAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCTTAACTATTT
* * * * * * *
75872 GAATTAGTTTGATAAACAAATTTATTACTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT
316 GAACTAGTTCGATAAACAAATTTATT-TTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * * ** * *
75937 AAATGAGTATTCTTTCATTTCGAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTCATATATGACCAAA
380 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTAGTATGAACAAA-ACAATTGT--TTTATGACAAAA
* * * * * *** * * * *
76002 CAAAAGGTGATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTAAACTAATTTG
442 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTGATTTG
* * * * *
76067 GTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTT
507 GTAAATAGATTTAC-TTTTAAATCTCTTACTA
* * * * *
76099 ATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAATCTTATAT-GAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAGAA-TAAA
* * * *
76163 ATAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAATAGTC
65 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
* * * * *
76228 T-TAACTGTTTGAAATGCTTCAGCAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
128 TATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-A-ATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
** *
76292 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTT
191 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
** * * * * *
76357 GTAATAGAACAAAAGGTTATAACGAGTTGAAATAGAT-A--A-T---T-GT-TTAAGTA--GGAA
256 ACAA-AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAATAGTCTTAACTATTTGAA
* * * * * * *
76411 CTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACTAATTTTTGAAATATTGATAAAT
319 CTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * ** * * * *
76476 TAGTATTATTTTATTTTGGATAGGCTTGTATGGTGA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
384 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTAGTAT-G-AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
* * * * *** * * ***
76540 -GTTCCTAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTTAACTGATTCAATAA
447 GGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTGATTTGGTAA
* * * **
76604 ACT-TACTTATTTTTTAAATCTCCAACT-
511 A-TAGATTTA-CTTTTAAATCTCTTACTA
* * *** * * *
76631 ATTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-GAAGTG
1 ATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAGAA-TA
* * * * * * * * *
76695 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAATTCGATAATTGTTCAAATGGT
63 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
76760 CATAACTATTTGAACCT-GTTCCATTAACA-CATTTATTTCTTAAATATTTTACTTATT-ATTTG
128 TATAACTATTTGAA-CTGGTT-CAGTAA-ATAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT-
** * * * **
76822 TCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATCTGAATAAATTTGTATGAAC-AGAAACAATTGT
189 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* * * * * * * * **
76885 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATGACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAAAGATT
253 TTTA-CAAAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCTTAACTATT
* * * * * * * *
76950 TTAATTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTT-TTACATATTAATTGTCTT--AATAT
315 TGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTT-TTAATTTTCTTACTTATTAATT-T-TTAAAATAT
* * * * * *
77011 TAATAAAATT-TTCTTATTTTATTT-GAAATAAGA-TTGCATGAATAGAAA-ATATTCATTTTAT
376 TAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA-ACTAGTATGAACA-AAACA-ATT-GTTTTAT
* * ** * * * * * *
77072 GACAAAACATAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAAC
435 GACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAAC
** * * ** *
77137 TTG-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGGTT
500 -TGATTTGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTCTTACTA
* * * * * * *
77176 ATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTAATATTGTTTTACTTCGAATAAGCTTATAT-GAATTGA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAGAA-T-A
* * * * * * *
77239 AAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTTAAATAGT
63 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * * *** * *
77304 CATGACTATTTGATCTAATTCAGTAAACATATT-TATTTTTAATGTTTTTTACAAATTAATTATC
128 TATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTAT-TTTTTAA-ATCTCTTAGTTATTAATTTTT
* * * * * * *
77368 GAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAACTTGTATAAAC-AGACACTATTGCT
191 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-T
* * * * * ** * *
77431 TTATAACAAAATA-AAAAGTCATTACAATTT-AAAGAAATAACTGCTCAAATAGTCATAACTATT
253 TT-T-ACAAAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTATTAAATAGTCTTAACTATT
* * * *
77494 TGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
315 TGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
** * * *
77555 AGTTTAGTATT-TTTTA-TTCCATACAAACTTA-TATAAACAAAA-ACATTGTTTTATGACAAAA
380 AAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAAC-TAGTATGAACAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
77616 GAAAAGGTCATCATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
442 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAA
77673 TTGGTACTAG
Statistics
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ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAGAATAAAA
TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAT
ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTACAAA
AAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC
GATAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTCGAATAAACTAGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTAC
TTTTAAATCTCTTACTA
Found at i:76567 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 76259--76569 Score: 383
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
76249 GCAAATAGAT
* * *
76259 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
76324 AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTGTAATAGAACAAAAGGTTATAACGAGTTGAAA
66 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGAGTTAAAA
*
76389 TAGATAATTGTTTAAGTAGGAACTGGTTCGATAAACAAA
131 TACATAATTGTTTAAGTAGGAACTGGTTCGATAAACAAA
*
76428 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACTAATTTTTGAAATATTGA-TAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTC
*** * *** * * * * * *
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65 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAACGAGTTAA
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129 AATACATAATTGTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.12, T:0.43
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TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGAGTTAAAA
TACATAATTGTTTAAGTAGGAACTGGTTCGATAAACAAA
Found at i:76831 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 76408--77345 Score: 477
Period size: 182 Copynumber: 5.2 Consensus size: 179
76398 GTTTAAGTAG
* * * * * * * * ** *
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1 GAACTGATTCAATAAACACACTTATTTCTTAAATATCCAAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATA
* * * *
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*
76536 AAAAGTTCCTAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
128 AAAAG-TCATAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
* ** * * **
76589 TAACTGATTCAATAAACTTACTTATTTTTTAAATCTCCAACTATTCAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAACTGATTCAATAAACACACTTATTTCTTAAATATCCAACTATT-AATTTTCAAAATATTAATA
* * *
76654 AAGTAATATTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTGAAACAATTATTTTATGATAAAACA
65 AATTAATA-TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
76719 AAATGTCATATTTATTT-TAATTCGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTT
129 AAA-GTCATAATGATTTAAAATAC-ATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
* * * ***
76771 GAACCTG-TTCCATTAACACATTTATTTCTTAAATATTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAA
1 GAA-CTGATTCAATAAACACACTTATTTCTTAAATATCCAAC-TATTAATTT-TCAAAATATTAA
* * * * **
76834 TAAATTAATATTA-TTTAATCTGAATAA-ATTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
63 TAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAAGTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * ** * **
76897 CAAAAAGTCATGACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAAAGATTT
127 C-AAAAGTCATAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
* * * * * * * *** * **
76951 TAATTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTT-TCTAAATCTTTTACATATTAATTGTCTTAATATTAA
1 GAA-CTGATTCAATAAACACACTTATTTCT-TAAATATCCAAC-TATTAATTTTCAAAATATTAA
* * * * ** *
77014 TAAAATT-TTCTTATTTTA-TTTGAAATAAGATTGCATGAA-TAGAAA-ATATTCATTTTATGAC
63 T-AAATTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAAGT-GAAACA-ATT-GTTTTATGAC
* * * * * * * * *
77075 AAAACATAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTT
123 AAAACA-AAAGTCATAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
* * * * * * **** *
77133 AAACTTG-TTCAGTAAATAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTCAGAATATTAA
1 GAAC-TGATTCAATAAACACACTT-ATTTCTTAAATATC-CAACTATTAATTTTCAAAATATTAA
* * * * * * * * *
77196 TAACTTAATATTGTTTTACTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAAATTTTTTTATGACAAAA
63 TAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
77261 CAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTTAAATAGTCATGACTATTT
127 CAAAA-GTCATAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
* * * * *
77315 GATCTAATTCAGTAAACATATTTATTT-TTAA
1 GAACTGATTCAATAAACACACTTATTTCTTAA
77346 TGTTTTTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
GAACTGATTCAATAAACACACTTATTTCTTAAATATCCAACTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
ATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGTCATAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
Found at i:77910 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 77875--77960 Score: 154
Period size: 29 Copynumber: 3.0 Consensus size: 29
77865 AGGTCGGTAG
**
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1 TGCTAAGAAGAGGTCAGGGTTGGGTCAGT
77904 TGCTAAGAAGAGGTCAGGGTTGGGTCAGT
1 TGCTAAGAAGAGGTCAGGGTTGGGTCAGT
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1 TGCTAAGAAGAGGTCAGGGTTGGGTCAG
77961 GTTCGAGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (29 bp):
TGCTAAGAAGAGGTCAGGGTTGGGTCAGT
Found at i:78056 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 78021--78062 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
78011 TATTTATTTA
*
78021 TATATATTTATATAAC
1 TATATATTTAAATAAC
78037 TATATATTTAAAT-A-
1 TATATATTTAAATAAC
*
78051 TTTATATTTAAA
1 TATATATTTAAA
78063 AAATAATATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
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TATATATTTAAATAAC
Found at i:78834 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 167 Copynumber: 6.4 Consensus size: 178
78212 ATGGAATTAG
* * * ** * * * *
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* * *
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66 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAAC-AAAAGTTA
* * * * * * * *
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** * * * * *
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1 -TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
78463 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG-A-TCAAA-AATAATTGTTATAAGATGAAACAAAAA
65 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACTAAAACAATTATT-TTATAACA-G-AAC-AAAA
* * * * * *
78525 GTAATAACAATTTGAAA-AAATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTGA
126 GTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACT-A
* * * * * * * * * **
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1 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
78644 ATTATTTTATTTCAAATAAACTTGAATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGTTCA
66 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGTT-A
* *
78709 TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTAAACTA
130 TAACTATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTATTTAAACTA
* * * * * *
78759 CTTCGGTAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAA
1 -TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *
78824 TATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTT-ATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAAAAAAAGG
65 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGA-ATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAA-G
* ** *
78887 TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G--GGAAC----T--A--G
127 TTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTA
* *
78929 TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
1 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
78993 ATTA-TTT-TTTCTGAATAAGCTT-ATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGT
66 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGA-ATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAA-GT
* *
79055 TATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA---AGAAC----T--AGT-
128 TATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTA
* * * *
79097 TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAACTTTTG-AATATTAAT-AATTAGT
1 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *** * * *
79159 ATTATCTTATTCCGAATAGGCTT-ATATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGTT
66 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGAACTAAAACAATTATTTTAT-AACAGAACAAAAGTT
* * * * * * * * *
79222 CCTAACGATTTGATATGGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGA
129 -ATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT-AAACTA
* ** * ** *
79275 CTT-GATAAATTGACTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTAACAATTTTTGAAATATTAATAAAATA
1 -TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*
79338 ATATTATTTTATTT
64 GTATTATTTTATTT
79352 TGGATAACTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
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ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGTTAT
AACTATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTA
Found at i:79467 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 79423--79467 Score: 54
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
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* * **
79423 TTTTCTAAATTTTCATTTATTAA
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1 TTTTCTAAATGTTAATAAATTA
79468 GTGTTATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (23 bp):
TTTTCTAAATGTTAATAAATTAA
Found at i:80009 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 79361--80811 Score: 1006
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79351 TTGGATAACT
* * * *
79361 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
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* * *
79424 TTTCTAAATTT-TCATTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAAT
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** * * * **
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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64 TTTTTAAATTTCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * ** *
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* * ** * * * * * ** *
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* *
79780 TTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATA
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* * *
79841 ATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAATGTGATAACG
127 ATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATG
* ** * * *
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1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-AAACAAATTTATT
* * *
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** * *
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* * * * ** *
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1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGAAAACAAATTTATT
* *
80139 TTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
65 TTTTAAAT-TTCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-A
* * * *
80204 ATTTT-TATGAA-CGAAAACAATTAGTTTATGACAAAATAATAGGTCATAATG
127 ATTTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATG
* * * * *
80255 ATTTAAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAGCATATTTAT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTT-GAAAACAAATTTAT
* * * **
80319 TTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTCTAGATTATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCTAAAT-
64 TTTTTAAATTTCTACTTATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA
* * * * * * * **
80382 ATGCTCGCATGAATAGAACCAAGT-GTTTAAGACAAAACAATGGTCATAATG
127 AT-TTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATG
* * * * * * ** * * *
80433 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATATTCAATAAATAGATTCATT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-AAACAAATTTATT
* ** * *
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** * * * *
80562 AGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATG
127 ATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATG
* * * * * ** * *
80614 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-TGATTTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTAT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTTGAAAACAAATTTAT
* * * * * * *
80678 TTCTTAAATCTTTTACCTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAT
64 TTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTT-T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * * * * **
80742 AAACTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGCCATAACA
126 AATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATG
*
80795 ATTTGAAATAAATAATT
1 ATTTAAAATAAATAATT
80812 TGTTAGCCTT
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 225, Indels: 95
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 78 0.08
177 178 0.18
178 95 0.10
179 75 0.08
180 111 0.11
181 434 0.43
182 22 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAAAACAAATTTATTT
TTTAAATTTCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTT
TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATG
Found at i:80538 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 79361--80779 Score: 1158
Period size: 359 Copynumber: 4.0 Consensus size: 355
79351 TTGGATAACT
* * * * *** * *
79361 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAAC-TATTCAATAAATAGATTTATT
* * *
79424 TTTCTAAAT-T-TTCATTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAA
65 TTT-TAAATCTCTT-A-CTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
79486 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAGGTCAAAACAATTTGAAATAG
126 TAAACTTTTATGAAC-GAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ** * *
79550 ATAATTATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTG-GTTTGACAAACACATTTATTTTTTTAA-AT
190 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTTAATTT
* * * * * *
79613 CT-CTTATTAATTTTTAGAACATT-ATTAATTTAGC-AATATTTGACTTC-AAACATGCTTATAT
255 CTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTT--CTATTATTTTA-TTCTAAATATGCTTGTAT
* *
79674 GAATAGCAATAATTGTTTTATA-ACAAAATGAAGATCTTAATG
316 GAATAG-AATAATTGTTTTA-AGACAAAA-CAAGATCATAATG
* * * * * * * *
79716 ATTTGAGATGGATAATTGTTTAAAAAGTCATAACTATCTAAACTATTTCGATAATTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTA-TTCAATAAATAGATTTATT
*
79781 TTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAAT-A
65 TTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA
* * * * * * * * *
79841 ATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAATGTGATAACGATTTAAAATAAAG
129 ACTTT-TATGAA-CGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
79906 AATCATTCAAATGGACATAACTTTTTGAACT-TGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC
192 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTTAAT-TTC
* * ***
79970 TACTTCTTAACTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATGAA
256 TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCT-AAATATGCTTGTATGAA
*
80034 TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
319 TAG-AATAATTGTTTTAAGACAAAAC--AAGATCATAATG
* * ** * * *
80074 ATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTCGCTCAGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACT-ATTCAATAAATAGATTTATT
* *
80139 TTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTAAATCTCT-TAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
80203 AATTTTTATGAACGAAAACAATTAGTTTATGACAAAATAATAGGTCATAATGATTT-AAGATAGA
128 AACTTTTATGAACG-AAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGA
* * * *
80267 TAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAGCATATTTATTTTTTTAATTT
191 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTT-GACAAACAAATTTATTTTTTTAATTT
* * * * *
80330 TTACTTATTAATTTCTAGATTATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCTAAATATGCTCGCATGAA
255 CTACTTATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCTAAATATGCTTGTATGAA
* * *
80395 TAGAACCAAGTG-TTTAAGACAAAACAATGGTCATAATG
319 TAGAA-TAATTGTTTTAAGACAAAACAA-GATCATAATG
* * * *
80433 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATATTCAATAAATAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAAC-TATTCAATAAATAGATTTATT
* * * *
80498 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTAGTATCATCTTATTTCAAATA
65 TTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
80562 AGCTTATATGAATTGAAACAATT-GTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
128 AACTTTTATGAA-CGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
80626 TAATTATTCAAATAGTCATGA-TGATTTTAACT-TG-CTCAGTAAACATATTTATTTCTTAAATC
191 TAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGTGTTTGA-CAAACAAATTTATTTTTTTAAT-
* * * ** * **
80688 TTTTACCTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAACTTGTA
253 TTCTACTTATTAATTT-T-AGAATATTAATAAATTTCTATTATTTT-ATTCTAAATATGCTTGTA
*
80751 TGAATATAAATAATTGTTTTATA-ACAAAA
315 TGAATA-GAATAATTGTTTTA-AGACAAAA
80780 TAAAAAGCCA
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 155, Indels: 102
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 4 0.00
353 68 0.08
354 69 0.08
355 23 0.03
356 11 0.01
357 89 0.10
358 82 0.10
359 214 0.25
360 75 0.09
361 78 0.09
362 134 0.16
363 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTATTCAATAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
TTTTATGAACGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTTAATTTCTACTT
ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCTAAATATGCTTGTATGAATAGAATA
ATTGTTTTAAGACAAAACAAGATCATAATG
Found at i:80721 original size:721 final size:713
Alignment explanation
Indices: 79355--80811 Score: 1581
Period size: 721 Copynumber: 2.0 Consensus size: 713
79345 TTTATTTTGG
* * * * * * **
79355 ATAACTATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATT
1 ATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAACTATATGAACTCGCTCAGTAAACAAATT
* * *
79420 TATTTTTCTAAATTTTCATTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAA
66 TATTTTTCTAAATCTTCACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * *
79485 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAG
131 ATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAG
* * **
79550 ATAATTATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTTAAATCT
196 ATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTTAAATCT
* * * *
79615 CTTATTAATTTTTAGAACATTATTAATTTAGCAATATTTGACTTCAAACATGCTTATATGAATAG
261 CTTATTAATTTCTAGAACATTATAAATTTAGCAATATTTGACTTCAAACATGCTCACATGAATAG
* * * * * * *
79680 CAATAATTGTTTTATAACAAAATGAAGATCTTAATGATTTGAGATGGATAATTGTTTAAAAAGTC
326 CAACAAGTGTTTTATAACAAAATCAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTC
* * *
79745 ATAACTATCTAAACTATTTCGATAATTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
391 ATAACTATCTAAACTATTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
* * * ** *
79810 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTTTGACA
456 TTAATAAATTAGTATCATCTTATTATAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTTTGACA
* * *
79875 AAACAAAATGTGATAACGATTTAAAATAAAGAATCATTCAAATGGACATAACTTTTTGAACTTGT
521 AAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAGAATCATTCAAATAGACATAACTTTTTGAACTTGT
** * * * * *
79940 TTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTCTTAACTTTTAGAATATTAATAAATTACTA
586 CAGACAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCCTACCTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATA
* * *
80005 TTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATC
651 TTATTTTAATTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG-CC
** *
80068 ATAATGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATATGAACTCGCTCAGTAAACAAA
1 ATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC--AACTATATGAACTCGCTCAGTAAACAAA
* *
80133 TTTATTTTT-TAAATCTTCTACTTATTAATTTT-TGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
64 TTTATTTTTCTAAATCTTC-ACTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * **
80196 TCAAATAAATTTTTATGAAC-GAAAACAATTAGTTTATGACAAAATAATAGGTCATAATGATTT-
127 TCAAATAAACTTGTATGAACTG-AAACAATTAGTTTATGACAAAACAA-AGGTCAAAACAATTTG
* * *
80259 AAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAGCATATTTATTTT
190 AA-ATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTT-GACAAACACATTTATTTT
* * ** ** * * *
80322 TTTAATTTTTACTTATTAATTTCTAGATTATTAATAAATTT-TTATTATTTTA-TTCTAAATATG
252 TTTAA-ATCT-CTTATTAATTTCTAGAACATT-ATAAATTTAGCAATATTTGACTTC-AAACATG
* * *
80385 CTCGCATGAATAG-AACCAAGTG-TTTA-AGACAAAA-CAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGAT
313 CTCACATGAATAGCAA-CAAGTGTTTTATA-ACAAAATCAA-GATCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * *
80446 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-ATATTCAATAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCT
375 AATTGTTCAAAAAGTCATAACTATCTAAACTAT-TTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC-
*
80510 TACTCATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTAGTATCATCTTATT-TCAAATAAGCTTATATGA
438 T--T-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATCATCTTATTAT-AAATAAGCTTATATGA
* * * * * * *
80573 ATTGAAACAATTGTTTTATT-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
498 ATAGAAACAATTATTTT-TTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAGAATCATTCAA
* * * * **
80637 ATAGTCATGA-TGATTTT-AACTTGCTCAG-TAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACCTATT
562 ATAGACATAACT--TTTTGAACTTG-TCAGACAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCCTACCTATT
* * *
80699 -A-TTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAATATAAAT
624 AACTTT-T-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAAT
*
80762 AATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGCC
687 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCC
*
80789 ATAACAATTTGAAATAAATAATT
1 ATAACAATATGAAATAAATAATT
80812 TGTTAGCCTT
Statistics
Matches: 612, Mismatches: 102, Indels: 52
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
713 30 0.05
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716 69 0.11
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719 10 0.02
720 5 0.01
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722 14 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (713 bp):
ATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAACTATATGAACTCGCTCAGTAAACAAATT
TATTTTTCTAAATCTTCACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTTAAATCT
CTTATTAATTTCTAGAACATTATAAATTTAGCAATATTTGACTTCAAACATGCTCACATGAATAG
CAACAAGTGTTTTATAACAAAATCAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTC
ATAACTATCTAAACTATTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATCATCTTATTATAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTTTGACA
AAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAAGAATCATTCAAATAGACATAACTTTTTGAACTTGT
CAGACAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCCTACCTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTAATTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCC
Found at i:83801 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 83756--83807 Score: 70
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
83746 GAATCTATGG
*
83756 GATTACATGTGAATGCTCTTAATATTGA
1 GATTACA-GTGAATGATCTTAATATTGA
*
83784 GATTACA-TGAATGATCTTGATATT
1 GATTACAGTGAATGATCTTAATATT
83808 TTGATATTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 15 0.68
28 7 0.32
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
GATTACAGTGAATGATCTTAATATTGA
Done.