Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 105
Found at i:87340 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 87322--87347 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
87312 TATGAATAAA
87322 CTTACATTTTTGG
1 CTTACATTTTTGG
87335 CTTACATTTTTGG
1 CTTACATTTTTGG
87348 GATTTTAAGT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
CTTACATTTTTGG
Found at i:88852 original size:22 final size:21
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88801 TTTATAGCAA
*
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*
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1 TTGGTAT-AAGAGCTTAAACA
88853 CAAAGGGAGA
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Matches are distributed among these distances:
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22 11 0.61
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Consensus pattern (21 bp):
TTGGTATAAGAGCTTAAACAT
Found at i:91205 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 91182--91224 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
91172 TTTTATTTTG
91182 AATAATTTTATATGGACAGA
1 AATAATTTTATAT-GACA-A
*
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1 AATAATTTTATATGACAA
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1 AATAA
91225 AAGGACATAA
Statistics
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0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.27
19 4 0.18
20 12 0.55
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Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTTATATGACAA
Found at i:91337 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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90877 AAAAGCTAAC
* ** * * *** *
90887 ATAATTGTTCAAATAGTCGTAAAGATTTGAACTTGTTTAGTACGTAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
90952 TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTACTAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTCTAT
66 TTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATAT
* * ** * * ** * *
91014 GAATAGAAAAAATCATTTTTTAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAG
128 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
91068 ATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** *
91133 TTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGG
66 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA
* * * *
91197 ACAGAAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGACATAATAAGTTGAAATAG
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
91248 ATATTTATTCAAAAAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAA-CTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T
* * * * * * *
91312 TTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGA
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA
* * *
91377 ACAAAAACTATTGTTTTAT-----------A--AC---A--ATTTGAAATAA
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * *
91411 ATAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA----
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
91472 TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGT-TTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATGTA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA
* * * * ** *
91535 CACAAATATTTCTTTTATGACAAAGTAAAAGGTA-ATAACGATTTGAAATAG
131 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-ACATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
91586 AAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** ** *
91651 TTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATCCTATTCCGAATAAACTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA
* * * * * * *
91715 TCAAAAACAATTGTTATATGACCAACCAATAGGTA-ATAATGATTTAAAATAG
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-ACATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** * *
91767 ATAATTATTAAAATGGCCATAA-T-TTAATGAACTAATTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT--TGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
91830 ACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATG
64 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
* * * * * * * **
91895 AACTGAAACAATTATTTTGTGACAAAGCAAAAGGTCACAACGATTTTCAATAG
129 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * *
91948 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * *
92012 CTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAATCTCT-TATG
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT-TATATG
* * * *
92076 AACTAAAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAATAAAAGGTA-ATAATGATTTTAAATAA
129 AAC-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG-ACATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
92130 ATAA-TGTTC-AATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTGTCAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCT
* * * * * * *
92193 TTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAAG
65 CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
* * * * * * * *
92257 ATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAA-GATCAAAACGGTTTGAAATGG
129 A-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA-CATAATGATTTGAAATAG
* * ** * * * *
92310 ATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTAGTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
** * * * *
92375 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAGTTAGTATTATTTT-TAATTGAATAAGCTTCTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTATATGA
* * * ** * *
92439 TA-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC--AAGCATCTTAACAATTTGAGATTG
130 -ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA-CATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
92490 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTAGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
92555 TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAT
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA
* * * * **
92619 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACGGTCATAACAATTTGAAATAG
131 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
92670 ATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATTTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
92735 TTA-TTACTTATTATTTTAGGAAATATTAAT-AATTAGTA-TATTTT-TTATTCCATCTAAGCTT
66 TTACTTA-TTA--ATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TT-GA-ATAAACTT
* * * * * * **
92796 TTATTAACTGAAACAATTATTTTATGGCAAATCAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAG
124 ATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * *** * *
92853 ATAATTGTTCAAATAGTGATAACTGTTTGAACTTGTTCAATAAACAGGTTTATTTTTTTAAATAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * *
92918 CTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGA-TTTTATG
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTATATG
* * ** * * *
92982 AACTGAAACAATTGTTTTAAGATTAAACAAAAGGTCA-AAGTGATTTCAAATAA
129 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAA-TGATTTGAAATAG
* * ** *
93035 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAACTAAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT-GGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
93099 TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATTAGAATAAGCTTGTACG
64 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
* * * * * * * * *
93164 AACA-AAATAATTATTTTACGATAAAAGAAAATGTCATAACGATTTAAAATAG
129 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * ** * * * *
93216 ATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAATTATATTTATTTTTTAATTTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
** * * ** * * ** *
93281 TTGGTTATGAAGTTTCAAAATATT-AT-TA-TAATATTATTTTA-TTCCAAGTAAA-ATAGTATG
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTA-TATG
* * * *
93341 AA-AAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
129 AACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
93394 ATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
93459 TTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTA
66 TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA
* *
93523 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTA-ATAATGATTTGAAATAG
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
93575 ATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAA--T-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
93637 TT-CTTATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCT-AAGTATACTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTATATGA
* * * ** * *
93700 GCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAAATTGAAATAA
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
* *
93752 ATAATTGTTCATATAGTCTTAA-TATTTGAAC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
93783 AAAAGATCAT
Statistics
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0.76 0.17 0.07
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185 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
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CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAG
Found at i:91572 original size:158 final size:160
Alignment explanation
Indices: 91263--91564 Score: 351
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91253 TATTCAAAAA
* * * *
91263 GTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAACTTTTTACTTATTAATTGT
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* * * *
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** *
91393 TATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATG
128 TATAACAAAGTAAAATAAATAATTGCTCAAATG
* * *
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* * * * * *
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*
91552 TGACAAAGTAAAA
130 TAACAAAGTAAAA
91565 GGTAATAACG
Statistics
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Consensus pattern (160 bp):
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AACAAAGTAAAATAAATAATTGCTCAAATG
Found at i:93822 original size:14 final size:14
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93793 AACAATTTAA
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93817 AATAAATTAATATT
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93831 A
1 A
93832 TTTTATTCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
AATAAATTAATATT
Found at i:94891 original size:180 final size:180
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Indices: 94076--98904 Score: 2249
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94066 ATATTTGTTT
* * *
94076 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAA-AAACAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATT
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* * **
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** * * *
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** * * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * * *
94389 TGTTTTATGACTAAACAAAGTGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTT
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* * ** * *
94440 TAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
94504 ATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATAAATAATCTTGAATGAA-AAAAA-AA
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* * * *
94567 TTGTTCTATGACAAAA-AAAA-GATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * *
94618 AAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTCAAAAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * * ** *
94678 AATTTTAAAAATATTGATATATGAGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * *
94743 TTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAAACTAA-TATTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAA-TAATTATTC
* * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACT-TATT
** * * ** * * *
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* * * *
94923 TTATTTTATGACAAAACGAAA-GATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * * * * **
94975 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATATTTTACTCACC
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
95039 AATATTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCGAATATAG-TTGAATGAACAAAATCA
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* * * *
95103 ATTGGTTTATAACAAAA-AAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * *
95155 AAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAA-AAATAGATTTATTTTTAAAACTTTTACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
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* * * * *
95281 ATTATTTTATAACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAACTAAAAAATTATTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * *
95334 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * * *** *
95399 ATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATACAAT
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* ** * *
95464 TGTTTTATAATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
130 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * ** * *
95515 AAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTA
* ** * * * ** **
95580 ATTATCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACGCAAACAAT
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* * *
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* * * * * * ** *
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** * ** *
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* * * * * * * * *
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* * **
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* * * ** *
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387 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAAT
** ** * * * * * *
96108 CCGTTACACATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATGAGCATTATTTTATTCTAAATAAGAC-TAT
450 CTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGT
* * *
96171 ATTAATAGAAACATTTGTTTTATG-A
513 ATGAA-CGAAACAATTGTTTTATGCA
* * * * *
96196 TAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTG
1 -AAAA-AAA-AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
96261 GTTTGGTAAACAGAATTATTTTTCAAATC---T-CTTATTGATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
63 ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * ** *
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127 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
96386 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATATTCATAACTATTT-AAATTGGATC-AGCAAACA
192 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAATA
* * *
96449 AATTTAGTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATT
255 AATTT-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
** ** * * * * *
96510 TTGAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTACT-ATAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
318 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * **
96574 AAATA-AAAAATAGTTCAAATAGACATGGCTATTTGAACTTG-T---T---C--A---A-----T
382 AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT
** * * ** * *
96621 AAATCTTCAACTCATTAA-TTTT-ATAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTAAAAAAAAAC
446 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGC
* * * *
96684 TTATTTGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
509 TTGTATGAA-CGAAACAATTGTTTTATG-CA
* ** * * *
96715 AAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTGTTTGAACTCAC
1 AAAAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
* *
96780 TCGTTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA--AATAAATTAGTA
65 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
96843 TTATTTTATT-TCGAATAAGATTGTATTAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTTA
129 TTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
96907 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-T-A-AA-TATTTAAACATGTTCAAAAAATAAAT
193 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAAT
* *
96968 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTT-TTGAA-TTTTGAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
258 TTGTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
97029 CAAAATAAGCTTGCATGATTAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA-TATTTAG
319 C-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-G
* * *** * * * *
97093 AAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAAC-AAAAGATTCTT-TT--TTATGACATATTCT-CTTT
382 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTA-AACATATT-TATTTT
* * * * * * * * ** *
97153 TTAATTCTATTA-TTCATTTATTCTCGGAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTACTTCAAATAGG
444 TTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * *
97217 CTTGTATGAACTGAAACGATTATTTTAT-TA
508 CTTGTATGAAC-GAAACAATTGTTTTATGCA
* * * **
97247 CAAAAAAAGGCCATAATGATTTG----AAAT-A--GTT---ATA---AT---TATTTGAACTGGT
1 -AAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
* * * * * * * * * *
97296 TTGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTGATAAATTAGTT
65 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
97361 TTATTCTT-TCCTGAATAAACTTGTATGAGCTA-AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGCTC
129 TTATT-TTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
97424 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTCAA-TTGGTTCGACAAACAT
192 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAA
* * * ** * * *
97488 ATTTACTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTCAAAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTAATC
256 ATTT-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * * * * * * *
97553 CGAATAAGCTTATATAAACT-GAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGA
319 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * ** ** * * *
97617 AATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACCGGTTTAGTCAATAAATTTATTTTTTAA
383 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* ** *
97682 ATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT
448 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * *
97743 ATGTTAA-AAAATAAATGTTTTACGACA
513 ATG--AACGAAACAATTGTTTTATG-CA
* * * * * * * * ** *
97770 AAACACAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGTCATAATTATTCAAACTAAT
1 AAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
** * ** * * * *
97835 TTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATATATTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
65 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
97900 TTATTTTATTGTGGATAAACTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
129 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** *
97964 TAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAGAT
193 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAAT
* * * * * *
98028 TTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAATATTATTTGATTCC
258 TT-GTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-C
* * * * * * *
98093 AAATAAGCTTGTATCAACT--AAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGATCAAAATGATTTTAA
320 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * ** *
98156 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA
384 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * *
98221 TC---T-CCTATTAATTTTTGAAATATTATTAAACTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGT
449 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGT
* * *
98281 ATGATCAAAAATAATTGTTTTATG-A
513 ATGAAC-GAAACAATTGTTTTATGCA
* * * * * * *
98306 GAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGAT---TTATAGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAA-TTG
1 -AAAAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * ** * * ** *
98367 ATTCTGAAAACATCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAG
63 ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
98432 TATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT
127 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
98496 TATAACAACTTGAAATTGATAAATTATTCAAATAGT-AAAATCTATTTGAACTTGTT-TAGTAAA
191 CATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA
* ** * * * * *
98559 CACGTTTATTTTTTTAAATATCTT-GTTCATTAATTTTTCAAATATTAATAAAATAGTATTATTT
253 TA-AATT-TGTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
98623 AATTTTC-AATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGA
315 --TATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * ** *
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378 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTT
* * * * * * *
98752 TTTAAATATCTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAG
443 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* *
98817 CATGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATG-A
508 CTTGTATG-AACGAAACAATTGTTTTATGCA
* * * * *
98847 CAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTA
1 -AAAAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
** * *
98911 TTTTGTAAAACA-A---A---TTT-AAT-TTTTA---A--AA----TG----TTAATAGATCAGT
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* * * ** * * * * * **
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** * * * * * *
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* * * **
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256 ATTT-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
** * * * *
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319 CAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * *
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383 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * *
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* * * *
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512 TATGAAC-GAAACAATTGTTTTAT-GCA
* * *
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1 AAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
* * * * * *
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* * * * *
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129 TTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * ** *
99561 TACCAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAGCATAT
193 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAAT
* * * * * ** *
99626 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTGTTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
258 TTGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCA
** * * * * *
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* * * * * *
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386 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
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* * * *
99884 TGAATAGAAGCTATTATTTTATG-A
514 TGAA-CGAAACAATTGTTTTATGCA
* * * * * * *
99908 AAAAACATATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTACAACTATTTGAACTC
1 AAAAA-A-AAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
99973 ACTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAG
63 ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* * * *
100037 TATTATTTTATTATGAATAAGTTTTTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAAACAAAAGGT
127 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGT
* * * * * *
100101 CATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAT
191 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAA
* * ** * * * *
100166 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCCTTGGAATATTAGTAATTTTA-TATTATTTTATG
256 ATTT-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT
* * **
100229 CAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGA
319 C-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * **
100294 AATAGAGAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAAAAAATTCCTTTTTTAA
383 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * ** ** * * * *
100359 ATCTCTAACTCATTAATTTTT-AGAATAACAATAAGCTACTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTA
448 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * *
100423 TAGGAATTGATACAATTATTTTACGATG-A
512 TATGAA-CGAAACAATTGTTTT---ATGCA
* * * * * * * * * *
100452 AACAAAAAGTCATAATGATTTG---TACATAATTATTCAAACACTTATTATTATTTGAACTTGTT
1 AAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
* * *** *
100514 AGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTGATAAATTTA-TA
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* * * * * **
100577 TTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATCATTTTATGATAAAATAAAAAATCAT
129 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* *
100641 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
194 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
100690 ATATGGTAAA
Statistics
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CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTG
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAA
GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACGA
AACAATTGTTTTATGCA
Found at i:96936 original size:179 final size:178
Alignment explanation
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* * * * *
96696 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *** *
96761 CATAGTTGTTTGAAC-TCACTCGTTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTT
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* * *
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*
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** *
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* ** *
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* * * * *
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65 TCATAA
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Statistics
Matches: 206, Mismatches: 29, Indels: 22
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 7 0.03
174 15 0.07
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Consensus pattern (178 bp):
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CATAATATTTAAACATACTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTTTGAATTTTGAGA
ATATAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGATTGCATGAACAA
Found at i:99307 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 98975--100689 Score: 1501
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 178
98965 CTAAATAATT
* * * * * ** * * *
98975 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGATAAAATAGAAGCCCATAGTGATTTAAAATAAAACAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AAA-TA
* * * * **
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* * * *
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*
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
99222 TTGTTCAAACAGTAATAATTATATGAACTTGCTCGGTAAACTATTTATTTTTTAAATTTTTTACT
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* *
99287 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGT
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* * * * *
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* * * * *
99401 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGGTAAA-TAGATT-TTTTTAAAATCTCTTA
64 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTA-TTTATTTTTTAAATCTTTTA
*
99464 CTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGAC
128 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAATAAG-C
* * * * * * *** * *
99518 -TATATGAATTGATACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAGGTCATACCAATTTAAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
99582 TATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
99647 TGTTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
130 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT-GAATAAGC
** * * *
99698 TCATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTAAAATAAATAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAA
* *
99762 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
99825 CTTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGCTATAAAC
128 CTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTG-AATAAGC
* * * * * *
99879 TTGCATGAATAGAAGCTATTATTTTATGAAAAAACATATGATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * *** * *
99944 TATTTAAATAGTTACAACTATTTGAACTCACTCAGTAAA-TAGATTTA-TTTTTAAACCTTTTAC
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * *
100007 TTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGT
129 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAATAAGC
* * * *
100059 TTTTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * *** *
100123 TTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CTATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
** * * * ***
100187 TTATTAATCCTTGGAATATTAGTAATTTTATATTATTTTATGCAAAATAAGC
129 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTATATTATTTTAT-TTGAATAAGC
* * * * * *
100239 TTTTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAGAGAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * ** ** * *
100304 TGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAAAAAATTCCTTTTTTAAATCTCTAACT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAACTATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* ** ** *
100369 CATTAATTTTTAGAATAACAATAAGCTACTATTATTTTATTTTAAATAAGC
130 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGC
* * * * * * ** *
100420 CTATAGGAATTGATACAATTATTTTACGATGAAACAAAA-AGTCATAATGATTTG---TACATAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * * *
100481 TTATTCAAACACTTATTATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTAC
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-TATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *
100545 TTATTAATTGTCAAAATATTGATAAATTTATATTATTTTAATCTGAATAAGC
129 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTT-ATTTGAATAAGC
* * * * * *
100597 TTGTATGAATA-AAAAAATCATTTTATGATAAAATAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
100661 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
100690 ATATGGTAAA
Statistics
Matches: 1241, Mismatches: 243, Indels: 100
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 33 0.03
177 61 0.05
178 44 0.04
179 180 0.15
180 375 0.30
181 459 0.37
182 40 0.03
183 48 0.04
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAATAAGC
Found at i:100791 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 100770--100802 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
100760 TAGCAATTTA
100770 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
100786 AAATAGCTATAATTATT
1 AAATAGC-ATAATTATT
100803 TGAACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:101046 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 100842--101420 Score: 477
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 179
100832 TTAAAATCTC
* *
100842 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTAT-TTATTCCAAATAAGATTGTATGAA
* * * * * * *
100907 CAGAAACAATTGTTTTGTGA-CAAACAAAGGGTCATAAGGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAAC
65 CAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTAAAATAAATAAATGTTCAAAC
** * * * * *
100971 AGTCATAACTGTTTGCATTGGTTAGGCCAACAAATACATTTTCTAAATCCA
130 AGTCATAACTAATTGAACTAGTTAGGCAAACAAATACATTTTC-AAATACA
** *
101022 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAG
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTA-TTTATTCCAAATAAGATTGTATGAA
* * * * *
101087 CATAAATAATTATTTTATGATAAAACTAATGGTCATAACGATTTAAAATAAATAAATGTTCAAAT
65 CAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTAAAATAAATAAATGTTCAAAC
* * ** **
101152 AGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTCAAATATT
130 AGTCATAACTAATTGAACTAGTTAGGCAAACAAATACATTTTCAAATACA
* * * *** * *
101202 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTA-TTTATTCCAAATAAGA-TTGTATGA
* * * * * * * *
101266 A-AAAAACATTTGTTTTATGATAAAATAAAAAACAGAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT
64 ACAGAAACAATTATTTTATGAT---A-AAACAA-AG--GGTCATAACGATTTAAAATAAATAAAT
* * * * * * * * *
101330 GTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTA-TTTTTTAAAT-CTC
122 GTTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTAGTTAGGCAAACA-AA-TACATTTTCAAATAC-A
101389 TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
101421 TATTTTATTT
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 64, Indels: 21
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 17 0.05
180 130 0.40
181 70 0.22
182 1 0.00
183 4 0.01
184 1 0.00
186 58 0.18
187 39 0.12
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTATTTATTCCAAATAAGATTGTATGAAC
AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTAAAATAAATAAATGTTCAAACA
GTCATAACTAATTGAACTAGTTAGGCAAACAAATACATTTTCAAATACA
Found at i:101570 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 101307--101575 Score: 371
Period size: 141 Copynumber: 1.9 Consensus size: 141
101297 ACAGAAGGTA
* *
101307 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGA
* ** *
101372 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCT
66 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCT
101437 GAATAAATGTC
131 GAATAAATGTC
* * * * * *
101448 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGTAGTGGTTTGGCAAATA-A
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGA
* * *
101512 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGA-TTAGTATTATTTTATT
66 A-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
101576 TCAAATAAGC
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 15, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
140 5 0.05
141 106 0.95
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (141 bp):
ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGA
ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCT
GAATAAATGTC
Found at i:101972 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 101619--102950 Score: 1149
Period size: 180 Copynumber: 7.4 Consensus size: 180
101609 TTATTTCAAA
* * * * *
101619 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAAATATTTTTATTCATACAAGCTTATT--GAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAT
* * * *
101682 AATA-TAAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAATAAGTACAA-ATGTAAAAATTAAATTTATTTTT
65 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTTA
* * * *
101744 TGAGTGC--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATGAT
127 TCAAT-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * **
101797 TATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTATTCATACAAGGATATTCGGAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
* *
101862 ATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
*
101927 ATCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTT-AACAATTA-CTTATTTCAAAT-AGT
130 ATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCA-T
* ** **
101977 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
* * *
102042 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AGATTTTGTTTA-C
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTATC
* * * * * *
102105 TAAACAAGTTGAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCAT
129 -AATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * ** ** *
102158 TAT-ATCCTTCTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTTAGAATTAAAT
1 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAT
* * * ** * * * * *
102222 AATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAGATCTATTTACCA
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
* * * *
102284 A-AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTT-AAATCGT
130 ATCA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCAT
* * * * * * * * *
102335 TATGATC-TATATTTTGTCATAGAATAATTGTTTCTGTT-ATAAAATCTTATTCGGATTAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
* * * **
102398 ATACTAATTTAATAATATTGCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTGGTCG
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-
* * * *
102463 AA-CTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
129 AATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * **
102514 TCTAACCTTTTGTTTAGTCATGAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAT
* * * * ** * * *
102578 AATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTT
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * **
102643 AAACCAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCCCAAATCAT
129 AATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
102695 TATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATT-ATCCAAGCTTAATT-GG-ATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT-ATTCGGAAT-AAA
* * *
102756 ATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTAT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* * * * * **
102818 CGAAT-TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGT
128 C-AATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
102871 TTTGAGCTTTTGTTTTGTTATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
102936 ATACTAATTTATTAA
66 ATACTAATTTATTAA
102951 CTTTTTTATT
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 190, Indels: 83
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 44 0.05
176 93 0.10
177 140 0.15
178 27 0.03
179 91 0.10
180 272 0.29
181 253 0.27
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAA
TCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
Found at i:102845 original size:536 final size:537
Alignment explanation
Indices: 101751--102946 Score: 1333
Period size: 536 Copynumber: 2.2 Consensus size: 537
101741 TTTTGAGTGC
* * ** * * *
101751 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAAT-GATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGAGCTTATATTTTGT
* * ** * ** * *
101815 TATA-AACCAATTGTTTTTATTCATACAAGGATATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTA
65 CATAGAA-TAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
101879 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAATCAAGTTCAAATAGTT
129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTGATCAATCAAGTTCAAATAATT
* * * * * * *
101944 ATGACTGTTTAACAATTACTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
194 AAGACTATTGAACAATTACTTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
**
102009 TTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
259 TTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * *
102074 AGCAAGAGATTTAAAAAAAGATTTTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTCATGTCCATTTGAACA
324 AGCAAGAGATTTAAAAAAAAATATTGTTTA-TAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACA
* ** * * * *
102139 ATTATCAATTTCAAATCATTATATCCTTCTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAA
388 AATATCAATCCCAAATCATTATATCCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCCAA
* * * * * ** *
102204 AATTATTTAGAATTAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAC
453 AATTAATTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
*
102269 TAGATCTATTTACCAAAATA
518 TAAATCTATTTACCAAAATA
* * * *
102289 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTT-AAATCGTTATGATC-TATATTTTGT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGAGCTTATATTTTGT
** * *
102352 CATAGAATAATTGTTTCTGTT-ATAAAATCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
65 CATAGAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * *
102416 TGCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTGGTCGAA-CTAGTTCAAATAATT
130 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTGATC-AATCAAGTTCAAATAATT
* *
102480 AAGACTATTAGAACAATTA-TCTATTTCAAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATGAAACAAT
194 AAGACTATT-GAACAATTACT-TATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* * *
102543 TATTTC-AGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
256 TATTTCTA-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * *
102607 AATAAGTAAGGGATTTAAAAACTAAAACTATT-TTT-TAAACCAGTTCAAGTAGTTATGACTATT
320 AATAAGCAAGAGATTTAAAAA--AAAA-TATTGTTTATAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATT
*
102670 TGAACAAATATCAATCCCAAATCATTATGAT-CTT-TGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAAT
382 TGAACAAATATCAATCCCAAATCATTAT-ATCCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-AT
** * *
102733 T-ATCCAAGCTTAATT-GGATAAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
445 TCATCCAAAATTAATTAGAAT-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
* * * * *
102796 TTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATTA
509 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAATA
* * * * * *
102825 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGAGCTTTTGTTTTGTT
1 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTATATTTTGTC
* * * *
102890 ATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTA
66 ATAGAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA
102947 TTAACTTTTT
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 91, Indels: 34
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
535 5 0.01
536 233 0.42
537 219 0.40
538 81 0.15
539 9 0.02
540 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTATATTTTGTC
ATAGAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTGATCAATCAAGTTCAAATAATTAA
GACTATTGAACAATTACTTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
CTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
CAAGAGATTTAAAAAAAAATATTGTTTATAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAAAT
ATCAATCCCAAATCATTATATCCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCCAAAAT
TAATTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAAATA
Found at i:104109 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 103778--106502 Score: 1451
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 179
103768 CCATACAAGA
* * * * * * *
103778 TTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * *
103843 AATAAATATGCTTATCT-AACTAGATCAAATAGTCATGACTATATGACTAAATATCTATTTCAAA
65 AATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * *
103907 TTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTAATTTAAAA
129 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-ATTCATATAAAC
* * * *
103959 TTATTAGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * *
104024 AATAAATCTCTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAAT
65 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * ** * * *
104089 TACTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAATGATTTTTTTTTGTTCGTACAACC
130 TATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-CA-ATTGTTTCATTCATATAAAC
*
104141 TTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* ** * * *
104204 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAA
63 AAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * *
104269 ATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAC
128 ATTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCATTCATATAAAC
* * * * * *
104322 TCATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAATATTTAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* *
104386 AAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
64 AAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * *
104451 TCATTATGACCTTTTGTTGTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGC
129 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-CATTCATATAAAC
* * * *
104503 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
104568 AATGAATTTGTTTACTAAAGATGTTCAAATAGA-AAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA-ATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* ** * * *
104631 ATATTATGACCTTTTG-TTTG--------CAAGCGTAT--TTCAAATAAAA
129 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCATTCATATAAAC
* * ** * * ** ** * *
104671 TAATAT-AAATTTATTAATATTCCAA-AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATG-TT
1 TTATTTGAAATAAAATAATA--CTAATTTATTAATATTTAAAA-A-TTAATAAGTAAA-A-GATT
* * ** *
104733 TACTAAACAAGTTTAAATA-G-TTA-T-GACTA-TTTGAAT-A--AT---TA--T--CT-ATT-T
60 TA--AAA-AA---TAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTAT
* * * *
104781 ------CAAATCATTATGACCTTTGGTTGTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGC
119 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-CATTCATATAAAC
* * *
104837 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * ** *
104902 GATGAATCTGTTTACT-AAGATGTTCAAATAGA--AAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA-ATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
*** * * * * ** **
104964 ACGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTAT-GTTCATGCAAGT
129 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTT-TCATTCATATAAAC
* * *
105016 TTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * * * * * *
105079 ATATAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
64 AAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
105144 TTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCGTAAAAAGG
129 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCATTCATATAAA-C
* * *
105197 TTATTTAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
105262 AATAAATCTATTTACTAAGCGAGTTCAAATACTTATGACTATTTCAACAATTATTTATTTCAGAT
65 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * **
105327 CGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAATT
130 TATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-ATTCATATAAAC
** * *
105378 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
105443 AACAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAA
65 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAA
* * * * ** *
105507 TTGTTATGACCTTTTGTTTTG-ACATAAAATAATTGTTACTGTTCATGCAAAA
129 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTA-ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATATAAAC
* * *
105559 TTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAA
1 TTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * * * * * *
105619 AATTAAATTTGTTTTCCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACCATTTAAATAATTATTTATCTCAA
64 AAATAAATATGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
105683 A-AAGTTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAATAATTATTCCTTTTCATA-AAAGC
128 ATTA-TTATGACCT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-ATTCATATAAA-C
* * * *
105735 TTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
105800 AATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAAT
65 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
105865 TGTTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGC
130 TATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-TTCATATAAAC
* * * * *
105916 TTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGATAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAA
1 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA
* * * * * * * * *
105980 AAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTCAAAAAGAT-TTAACTTTTTGACATCATT-TCTAACTA
63 AAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA-ATCATGACTATTTGA-ATAATTATCT-A-T-
* * * * * *
106043 TTTAAAGTCATTATGAGCTTTTGTTTT-TATTATAAACCATTGTTTCA-GC-TATCAAAAC
123 TTCAAA-TTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATA-AAACAATTGTTTCATTCATAT--AAAC
* * *
106101 TTATTCTGAAAT--AAT-ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATAGAGATTTAA
1 TTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAA
* * * * * * *
106163 AAAACCTAAA-ATTGTTTTCCTGAACCAA-TTC-AATAGTTTATGACTATTTGAACAAATATCAA
63 AAAA--TAAATA-TG-TTTACT-AAACAAGTTCAAATA-ATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * ** *
106225 TCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTCT-CTAAAA-AATTCTTTTGA-TCATCCCAAGC
122 T-TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTTTCATTCAT-ATAAAC
* * * **
106281 TTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTTAATAATTATTTCCAAAAATT-AT-A-TAGGA-ATTA
1 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAA-TTTATTAA-TATTT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-
* * * * * * * * *
106341 AAAAAAATAAATGTG-TTGCTAACCTAGTTCAAATTAGTTAAGACTATTAGAATACATATATCTA
60 TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAA-TAATCATGACTATTTGAATA-AT-TATCTA
* * * * * * * * * *
106405 TTTTTAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
122 -TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-TTCATATAAAC
* * *
106465 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
106503 TTTATTTCAA
Statistics
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0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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159 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
ATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCATTCATATAAAC
Found at i:104465 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 103769--104649 Score: 926
Period size: 363 Copynumber: 2.4 Consensus size: 361
103759 AGTTTATGTC
* ** * * * *
103769 CATACAAGATTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAA
1 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * * * * *
103834 AATTTTAAAAATAAATATGCTTATCTAACTAGATCAAATAGTCATGACTATATG-ACTAAATATC
65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATC
* * * ** * ** *
103898 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTAATTTAAAATTAT
129 TATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTAT
* * * *
103963 TAGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATA
194 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
104028 AATCTCTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATTACT
259 AATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * * *
104093 ATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAATGATTTTTTTTTGTT
324 ATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-CAATTGTTTCTATT
* *
104132 CGTACAACCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAA
1 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAA
* ** *
104195 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTAT
63 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
104260 TTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTCA
128 CTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTA
* * * * *
104325 TTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAATATTTAAAAAA
193 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* *
104389 TAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
257 TAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
* *
104454 TTATGACCTTTTGTTGTGTAATAAAACAATTGTTTCCATT
322 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
104494 CATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * **
104559 TAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAAGATGTTCAAATAGAAAT-ACTATTTGAACAATTATCT
65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*
104623 ATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTT
130 ATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTT
104650 GCAAGCGTAT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 83, Indels: 18
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
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362 95 0.22
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364 11 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
TATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
GACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATT
Found at i:105779 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 104651--106010 Score: 1390
Period size: 357 Copynumber: 3.8 Consensus size: 354
104641 CTTTTGTTTG
* *
104651 CAAGCGTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
*
104716 TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
66 TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * **
104781 CAAATCATTATGACCTTTGGTTGTGTA-ATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGCTTATTTGA
131 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG-ACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-A
* * *
104845 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAGATGAATC
194 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** * *
104910 TGTTTACTAAGAT-GTTCAAATAG-AAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACGTTATGG
255 TATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACGTTAT-G
* * * * *
104973 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTATGTTCATG
319 -ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTCTATTCATA
*
105011 CAAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * * *
105075 TTAAATATAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTT
66 TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
105140 CAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCGTA-AAAAGGTTATTTA
131 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAA--TTATTT-
* *
105204 AAATAAAATAATCCTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
193 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
* *** * * * *
105269 CTATTTACTAAGCGAGTTCAAATACTTATGACTATTTCAACAATTATTTATTTCAGATCGTTATG
254 CTATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACGTTATG
*
105334 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATA
319 A--TTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTATTCTATTCATA
** * * *
105373 CAATTTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGA
1 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * *
105436 TTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACT-ATTATCTA
64 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTA
* * * * * *
105500 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTACTGTTCATGCAAAATTATTC
128 TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT
* ** * * *
105565 AAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATTTG
193 AAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
105630 TTTTCCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACCATTTAAATAATTATTTATCTCAAAAAGTTATGATA
257 TTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACGTTATGAT-
* *
105695 TTTATTTTGTCATAAAATAATTATTCCTTTTCATA
321 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT-CTATTCATA
* * * * *
105730 AAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGAT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
105794 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
65 TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * * **
105859 TTAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTA
130 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTA
* * *
105923 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGATAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA
194 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAA
*
105988 TCTATTTACCAAAAAAGTTCAAA
253 TCTATTTACCAAAATAGTTCAAA
106011 AAGATTTAAC
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 143, Indels: 56
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
356 11 0.01
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358 73 0.09
359 102 0.12
360 126 0.15
361 25 0.03
362 179 0.22
363 96 0.12
364 4 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACGTTATGATTTTGT
TTTGTCATAAAATAATTATTCTATTCATA
Found at i:107602 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 106561--110752 Score: 2575
Period size: 180 Copynumber: 23.4 Consensus size: 177
106551 TCAGAATAGG
* * * * * * *
106561 ATAAAACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTACAAAATAATTCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA
* * * * * * * * *
106626 CCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTC
63 TCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTT
* * ** * * * *
106691 G-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTGAAGATAAGTTTACTCAAAATAAA
127 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
106741 ATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGAGTTAAAAAGTAAATCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA
* * * * * * * * *
106806 CCAAACCATTTTATATAGTGT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACCATT-TAACCTTT
63 TCGAA-CAATTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT
* * * * * ** *
106869 TATTTTATCATCAAACAATTGGTTTT-GTTCATACTATTTTATTCAGAATAAA
126 TGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * ** *
106921 ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTG
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA
* * * * * * *
106986 CCGAACCTATTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGAC-CTT
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* * *** ** * ** *
107049 TCTTTTGTCGTAAAATAATT-AAGT-GTTTGTACAAGTTTATTCTGATTAAA
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* * * * * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTGTTTAT
* * * * * * * *
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* * * ** *
107223 TATTTAGTCATAAAA-CATTGTTCCAGTTCATAACAAGTTTATTCAAAATAAA
126 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** ***
107275 TTAATAATAATTTAATTAGCATTTGGAAATTAATAAG-AAAGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTT
1 ATAATACTAATTT-ATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAA-TTGTTT
* * * * * * *
107338 AACTGAATTAAGTTTCAAGTAGTTATTACCAATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCGTTAT-AC
62 ATC-GAA-CAA--TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * **
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* *
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* * * *
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126 TGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* *
107638 AGAATACTAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA
* * * * * * *
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* * * * * ***
107766 GTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAA
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* * * * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-TTGTTTAT
* ** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** *
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1 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAAT-TGTTT
* * * * * * *
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62 ATCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT
* * * * *
108124 TGTTTTGGCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAA
126 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
108176 ATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATCAA-TAAGAGTTTAAAAAA-ATATTTTTTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTGTTTAT
* * * * * ** ** *
108239 CAAACAAATTTAAATAGGTATGACTATTTGAACAATTGTCTA-TTGAGAATTGTTAAAACATTTT
64 CGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACTTTTT
* * ** * *
108303 GTTTTGTCACAAAACAATTACTTTAGTTCATACAAGTTTATTAAAAATAAA
127 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * *
108354 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA
* * * * * *
108419 ACAAATCAGTTCAAATAATTATGGAC-ATTCT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTT
63 TCGAA-CAATTCAAATAGTTAT-GACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
* * * * * **
108482 TTGTTTGGTCATATAAAAAATTGTTTTTGATCGTACAAG-TTCATTTGAAATAAA
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* * * * * *
108536 ATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAGATTAATAAG-AATAGATTTACAAAATAACTCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA
* * * * * * * * * * *
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63 TCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACTTTT
* * * * * * *
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* * * * * **
108716 ATAATACCAATATAATAATATTCCAAAAACTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-TTGTTTAT
* * * * * * * * *
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* **** * *
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* * * * *
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* * * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT
* * * * ** * **
109129 CAAACCAGTTTAAATAATTAT-ACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * ** **
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* * * *
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* * *
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* *
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* ** * * ** *
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* * * * *** *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * ***
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*
110146 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTT
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* * * **
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*
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* * *
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1 ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA
* ** * * * * *
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63 TCGA-ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTT
* * * ** **
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* ** *
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* * * * * * * **
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63 TCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTT
* * **
110640 GTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
127 GTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
110691 AAAATA-TAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAT
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT
110752 C
64 C
110753 AAAGTAGTTT
Statistics
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Consensus pattern (177 bp):
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Found at i:108305 original size:178 final size:179
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Indices: 107451--110725 Score: 552
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* * * *
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* * * * * * * * * ***
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* * * * *
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* *** * * * * * ** **
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* * * * ** ** * * ** *
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127 AACATTTTGTTTT-GGCACAAAACAATTACTTT-AGTTCATAAAAACTTA-TCAAA
* * * * * ** * * * *
107988 AATAAAATAGTCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAGCAAATAGAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-A-AAAAAATAT
* ** * * **
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* * * * *
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128 ACATTTTGTTTTGGCACAAAACAATTACTTT-AGTTCATAAAAACTTATCAAA
*
108170 AATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCAAAAATTAATCAA-TAAGAG-TTTAAAAAAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AATTAAGAGATTTAAAAAAATAT
* * * **
108232 TTTTTTTCAAACAAATTTAAATAGGTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAGAATTGTTAAAA
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* * ** *
108297 CATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTACTTTAGTTCATACAAGTTTATTAAA
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* *
108348 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTT-AAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAT-ATT
* * **
108412 CTATTT--AACAAATCAGTTCAAATA-ATTATGGAC-ATTCT-AACAATTATCTATTTCAAATCA
65 TTTTTTCAAACAAAT---TT-AAATAGA-TAT-GACTATT-TGAACAATTATCTATTGAAAATCA
** * * * ** * * * * * ***
108472 TTATTACCTTTTG-TTTGGTCATATAAAAAATTGTTTTTGATCGT-ACAAGTTCATTTGA
123 TTAAAACATTTTGTTTTGG-CACA-AAACAATTACTTTAGTTCATAAAAACTT-ATCAAA
* * * *
108530 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAGATTAATAA-GAATAGATTTACAAAATAACT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTA-AAAA-AA-T
* * * * ** * * * * * * *
108593 CTATTTATT-GAATTAGTTTAAACAGCTATGACTATTTGAATAATTGTTTACTT-TAAATCATTA
62 ATTTTTTTTCAAACAAATTTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAATCATTA
* * * * ** * * ** *
108656 TAACCTTTTGCTTTGTCGTAAAACAATTA-TTTCTGTTCATATAAGTTTATTC-GA
126 AAACATTTTGTTTTGGCACAAAACAATTACTTT-AGTTCATAAAAACTTA-TCAAA
* * * * * *
108710 AATAAAATAATACCAATATAATAATATTC-CAAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-ATATT
** * * * * * * * **
108771 TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATGGATAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTTAAATCATT----
65 T-TTTTTCAAACAAATTTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTAAAA
* * ** * * * * *
108832 --TTTAT-TTTT-TCATAAAACAAAAAATTCAATTCATACAAGCTTATTC-AA
129 CATTT-TGTTTTGGCACAAAACAATTACTTTAGTTCATAAAAACTTA-TCAAA
* * * *
108880 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAGAATTTAAT-ATGTAAAAGATTT-AAAAAATA
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* ** * * ***** * * * ** * * ***
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* * *
109061 AATAAAAAAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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* * * * ** * ** ** *
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* * * *** * * * * * *
109184 GACTTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AG
127 AACATTTTGTTTTGGCACAAAACAATTA-CTT-TAGTTCATAAAAACTTA-TCAAA
* * * * * *
109237 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAAA-ATAT
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** * * * * ***
109364 TGAC-CTTT-TTTTGGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAAA-TTATTTGA
126 AAACATTTTGTTTTGG-CACAAAACAATTACTTTAGTTCATA-AAAACTTATCAAA
* *
109417 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAT--AT
* * * * * * * ** *
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127 AACATTTTGTTTTGGCACAAAACAATTACTTTAGTTCATAAAAACTTATCAAA
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** ** **
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* * * * * * ** *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-ATAT-
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* * *
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** * * *
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* *
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*
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* * * * **
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* **
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* * * * * * *
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*** * * * * * * *
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* **
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* * * * ** *
111495 ATATAACAATTGGTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCAAAATATA
319 ATAAAATAATT-ATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
111538 ATAATACTAAATTATTAATCTAT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTT
1 ATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * * * * *
111602 ACTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCATTATGTCCTTT
65 ATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * * * * * * *
111667 TGATCTATC-ATAAATCAATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATA
130 TGTTTTGTCAAAAAAT-AATTGTTTCA-TTTATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
111731 TAATAATATTCCAAAAATTAATAACCT-AAAGATTTAAAAAATAAA-CTTGTTTGCCGAA-CTAA
193 TATTAATATTTCTAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCGAAGAT-G
* ** * *
111793 TTCCAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T-T----TTTT-TTTTGCCA
255 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * **
111851 TAAAATAA--ATTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAA
320 TAAAATAATTATTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * **** * ** * *
111892 ATAA-AATGAATTTATTAAAATTTTTGAAATTAATATGTAAGTGATTTAAAAAATAATTTTGTTT
1 ATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * *
111956 ACTT-AACCAGTTCAAATAATTATCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
65 A-TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * ** * * *
112020 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAG--TATGTTAAAA-AAAAT--TATTAAT
129 TTGTTTTGTCAAAAAATAATTG-TTTCATTTATAAAAGCTTAT-TTAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
112080 CTAATAATATTTC-AAAACTTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCA-G
192 TTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-GATG
* * ** * * * * *
112139 TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTA-CTTTTTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTCTATT
255 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
* * * * *
112203 ATAAAATAA-TAGTTTCTATTCATACATGCCTA-TTCAGATTAAA
319 ATAAAATAATTA-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * * *
112246 ATAATACTAATTTATTAATA-T------GTTGATAATTAATA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * * * * * *
112303 CTGAACTAGATCAAATAATTATGATTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCGTTGTGATC-TTT
66 TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTT
* * * * * * * *
112367 TGTTTTGTCATAAAAA-AATTATTTCAGATAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATACTATTAAGT
130 TGTTTTGTCA-AAAAATAATTGTTTCA-TTTATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
112431 TATTAATATTT-TAAAAATTAATAATTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATAAGTT
193 TATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAGATGTT
* * * * * *** * *
112495 TAAATAATTACGACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
257 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* *
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* * * * * *
112601 ATAATACCAATTTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTCTATTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
** * ** * * ** *
112665 ATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAA-AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTT
65 ATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * ** * ** *
112729 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA--
129 TTGTTTTGTCAAAAAATAATTG-TTTCATTTATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * ** * *
112792 T-TT-ATATTTC-AACAAATAATAAGTAAACA-ATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACAAGT
193 TATTAATATTTCTAA-AATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAGATGT
* * * * * * *
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256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCA
* * * *
112918 TAAAACAATTA-GTTTAGTTCATATAATCTTATTTGAAATAAA
320 TAAAATAATTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
112960 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGATTATGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
*** * * * * *
113025 CCAAACCA-TGT-AAATAGTTATGACTATCTTGAATAATTA-CTA-TTCAAA-CATTATGA-TTT
66 TTGAACAAGT-TCAAATAGTCATGACTAT-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * * ** * *
113084 TTGTTTTGTCATAAAA-CATTGGTTT-GTTCATGCAAGTTTTATTTTCAAATAAAATAAATA-TA
129 TTGTTTTGTCAAAAAATAATT-GTTTCATTTATAAAAG-CTTA-TTTAAAATAAAAT-AATACT-
* * * * * *
113146 AATTTTATTACTATTAC-AAAATTAAATAAGT-ATA-ATTTAAAAAAAAAGAATGT-TTT--CTA
189 AA-TTTATTAATATTTCTAAAATT-AATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATA-AATCTATTTACCGA
* * * * *
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250 AGAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
* * * **
113270 TTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AA
314 TTGTCATAAAAT-AATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
113317 ATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTT
** * * * * * * *
113382 A-CCAAGCGAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGGTC-T
65 ATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACAT
* * * ** ** *
113445 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTTAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
128 TTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTC-ATTTATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* *** * * * * *
113510 TTTTTAATATTT-TAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGT
192 TTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAGATGT
* * * * * * * *
113574 TTAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATCATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCGT
256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
113639 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAA
321 AAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * * * *
113680 ATAATATTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTATTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
*
113741 TCGAACCAA-TTCAAAT
66 TTGAA-CAAGTTCAAAT
113757 CATTATGATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
Found at i:111653 original size:359 final size:355
Alignment explanation
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110753 AAAGTAGTTT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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** ** * ** * * * * * *
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*
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* *
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* * * * * *
111433 TCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATAATCTAATTC
319 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * **
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* ** * * *
111729 TATAATAATATTCCAAAAATTAATAACCTAA-AGATTTAAAAAATAAACTTGTTTGCCGAA-CTA
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* ** *
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* * * * *
111831 AAATCA-T-T----TTTTTTTTGCCATAAAATAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAAT
1 AAATCATTATGACATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *** * * *
111889 AAAATAA-AATGAATTTATTAAAATTTTTGAAATTAATATGTAAGTGATTTAAAAAA-TAATTTT
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* * * * *
111952 GTTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
128 ATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-
* * * * *
112017 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAG--TATGTTAAAA-AAAAT--TAT
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* * * * *
112076 TAATCTAATAATATTTCAAAACTTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCA
255 TAAT-TATTAATATTTTAAAA-TTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAATCA
* * *
112138 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTA-CTTTTTTC
317 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTC
** * * * * * * * *
112177 AAATTGTTAAGAC-TTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACATGCCTATTCAGA
1 AAATCATTATGACATTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * * * * *
112241 TTAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-----GTTGATAATTAATA-ATTAAAAAAATAAATATG
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
112364 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGATAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATACTATTAA
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* *
112429 GTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAAAGAA-TTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAAT-AA
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* * * * *
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*** * * * * * ***
112531 AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTTTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTTG
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* *
112595 AATAAAATAATACCAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAACT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAA-T
* ** ** * * **
112659 CTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
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** * *
112723 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
190 GAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * *
112788 TTAA-T-TT-ATATTTCAACAAATAATAAGTAAACAATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAA-C
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* * *
112849 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTC
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* * * * * * **
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* * * *
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* * ** * * *
113018 ATGTTTACCAAACCA-TGT-AAATAGTTATGACTATCTTGAATAATTA-CTA-TTCAAA-CATTA
126 CTATTTACTGAACCAGT-TCAAATAATTATGACTAT-TTGAACAATTATATATTTCAAATCATTA
* * *
113078 TGATTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGGTTT--GTTCATGCAAGTTTTATTTTC-AAATAAAAT
189 TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAG-CTTA--TTCAAAATAAAAT
* ** * * * *
113139 AAATA-TAAATTTTATTACTATTACAAAATTAAATAAGT-ATAATTTAAAAAAAAAGAATGTTTT
250 -AATACT-AA--TTATTAATATTTTAAAATT-AATAAGTAAGAATTTAAAAAATAA-ATTGTTTA
* * * *
113202 CTAAGCTC-ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
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* * *
113249 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAA
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* * * * *
113314 T-AAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATTAATCT
* * * * * * *
113378 GTTTAC-CAAGCGAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGG
128 ATTTACTGAA-CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-G
* ** ** **
113442 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATTTAATTTTATTTGAAATAAAATAATAC
191 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* **
113506 TAATTTTTTAATATTTTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT-
255 TAA-TTATTAATATTTTAAAA-TTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAATC
* * * * * *
113570 AAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATCATCTATTTT
316 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** *
113611 AAATCATTATGACATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAA
1 AAATCATTATGACATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* *
113676 TAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATTAAATCT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATT-AATCT
* *
113736 ATTTA-TCGAACCAATTCAAATCATTATGA
128 ATTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATGA
113765 TGTTTGTTTT
Statistics
Matches: 2112, Mismatches: 406, Indels: 263
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 4 0.00
346 156 0.07
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348 110 0.05
349 33 0.02
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352 13 0.01
353 34 0.02
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355 111 0.05
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363 149 0.07
364 9 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AAATCATTATGACATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATT
TACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTA
TTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAATCAATTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:111748 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 110763--113716 Score: 2185
Period size: 181 Copynumber: 16.6 Consensus size: 181
110753 AAAGTAGTTT
* * * *
110763 AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCT-AA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAAA
* * * * * * *
110826 GTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATGT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
110889 GTTTATTGAACCAATTCATATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTC
130 GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
110941 AAATCATTGTTACC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
* * * * *
111005 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAGGAGTTTTAAAAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
111070 G-TT--T--ACCA----AACTAG-T-T-CCTATTCGAATAATTATCTATTTC
130 GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
111110 AAATCATTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
* * * * *
111175 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
** * ** * ** * * *
111240 TTTGTTGAAGTAGTTTAACCAGTTAAGACTATAT-AGACAATTATCTGTTTC
131 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTC
* * * *
111291 AAATCGTTATGA-CTTTGTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
** * *
111355 ATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTTAAAATTAATAGGTAAGTA-ATTT-AAAAATGAAT-
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
111416 TCGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATAATCTAATTC
129 T-GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
111470 AAATCGTTATTACATTTT-ATTTGTCATATAACAATTGGTTTT--TATCATACAAGTTTATTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAA
* * * *
111532 AATATAATAATACTAAATTATTAATCTAT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
111596 ATATTTACTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTC
128 ATGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
111650 AAATCATTATGTCCTTTTGATCTATCATAAATCAATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
* * *
111715 TAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACCTAA-AGATTTAAAAAATAAACT-
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TA
* ** * * * ** *
111778 TGTTTGCCGAACTAATTCCAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTC
129 TGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
111831 AAATCA-T-T----TTTT-TTTTGCCATAAAATAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
* * **** * * * *
111888 TAAAATAA-AATGAATTTATTAAAATTTTTGAAATTAATATGTAAGTGATTTAAAAAATAATTTT
66 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
111952 GTTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATCACTATTTGAATAATTATCTATTTC
130 GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
112004 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTT-GTTCATATAAG--TATGTTAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTAA
* * * * * *
112066 AA-AAAAT--TATTAATCTAATAATATTTC-AAAACT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * *
112124 TATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTA-CTTTTTTC
129 TGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTC
** * * * * * * * * * * *
112177 AAATTGTTAAGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACATGCCTATTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
* * * * * *
112241 TTAAAATAATACTAATTTATTAATA-T------GTTGATAATTAATA-ATTAAAAAAATAAATAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
112298 GTTTACTGAACTAGATCAAATAATTATGATTATTTGAATAAATATCTATTTC
130 GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
112350 AAATCGTTGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGATAATATAAGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
* * * ** * * * * *
112415 TAAAATACTATTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * * * * *
112480 TTTACCAAATAAGTTTAAATAATTACGACTATTTCAACAATTATCTATTTG
131 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * **
112531 AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATT-TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTTG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTAA
* * *
112595 AATAAAATAATACCAATTTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** ** * *
112659 CTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTC
128 ATGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * **
112713 AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
* *
112778 TAAAATAATATTAATTTA-T-AT-TT-CAACAAA-TAATAAGTAA-ACAATTTAAAAAATAAATA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-AAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
112837 TATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTC
129 TGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
112890 AAATCATTGTAACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTAG-TTTAGTTCATATAATCTTATTTGA
1 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAA
* * * *
112954 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGATTA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* *
113019 TGTTTACCAAACCA-TGT-AAATAGTTATGACTATCTTGAATAATTA-CTA-TTC
129 TGTTTACTAAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
113070 AAA-CATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGGTTT-GTTCATGCAAGTTTTATTTTCA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAG-CTTA-TTTAA
* * *
113131 AATAAAATAAATA-TAAATTTTATTACTATTAC-AAAATTAAATAAGT-ATA-ATTTAAAAAA-A
64 AATAAAAT-AATACT-AA-TTTATTAATATTCCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
113191 AAGAATGTTTTCTAAGCTCA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
125 AA-TATGTTTACTAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
113249 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
* * * * *
113313 AT-AAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATA
* * * * * *
113377 TGTTTACCAAGCGAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
129 TGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** ** ** *
113430 AAATCATTATGGTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATTTAATTTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
* ** * ** *
113494 ATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* ** * * * * * *
113559 GTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATCATCTATTTT
130 GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * *
113611 AAATCATTATGACATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
* * *
113675 ATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
113717 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 2208, Mismatches: 452, Indels: 229
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 111 0.05
170 17 0.01
171 2 0.00
172 17 0.01
173 331 0.15
174 26 0.01
175 22 0.01
176 20 0.01
177 164 0.07
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179 211 0.10
180 173 0.08
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182 253 0.11
183 10 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:111766 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 106561--114985 Score: 3855
Period size: 541 Copynumber: 15.8 Consensus size: 535
106551 TCAGAATAGG
* * * * *
106561 ATAAAACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAA-GAGATTTACAAAAT-AATTCTATT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTTA-AAAATGAATT-TGTT
* * * * *
106624 TACCAAA-CTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
62 TACCAAATC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * * * *
106688 TTCG-TTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGTGAAGATAAGTTTACTCAAAATAAAATAAAACTAA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTAT-CATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * * * * * * *
106751 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGAGTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATT
189 ATTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCAGT
* * * * * * * *
106816 TTATATAGTGT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACCATT-TAACCTTTTATTTTATCA
254 TCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCA
* * ** *
106879 TCAAA-CAATTGGTTTTGTTCATACTATTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
317 T-AAATCAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * * * *
106942 TTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACCTA-TTCAAATAGTT
379 TCCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTCTGAA-CTAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
107006 AAGACTATATAAACAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTA
441 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** ** * * ** *
107070 AGT--GTTTGTACAAGTTTATTCTGATTAAA
505 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* *
107099 ATAACATTAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAT-AATTTGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAATTAATAAGTAAGGA-ATTTAAAAATGAATTTGTTTA
* ** * * * *
107161 -CAAAT-AGTTCAAAATGGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTTTTTGAAATCATCTA--ACCT
64 CCAAATCAATTC-AAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACAT
* * ** *
107221 TTTATTTAGTCATAAAAC-ATT-G-TTCCAGTTCATAACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATAAT
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA--TCAT-ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-AT
* ** *** * * * * * *
107283 AATTTAATTAGCAT-TTGGAAATTAATAAGAAAGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTAACTGAAT
187 AAATT-ATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTT-A-TCAAA
** * * * * * *
107346 TAAGTTTCAAGTAGTTATTACCAATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCGTTAT-ACCTTTTGAT
249 CCAG-TTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-T
* * * ** *
107409 T-TGTCATAAA--ATATTGTTTTAAGTTAAAACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTA
310 TCTATCATAAATCA-ATTGTTTT-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * *
107471 TTAATATTTCTTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC-GATTTACCGAA-TCAATT
372 ATAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTG-TTT-CTGAACT-AGTT
* * * * ** *
107533 AAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
432 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
107598 AAATAATTAATTT-TGATCACACAAACTTATTCAAAATAAA
496 AAACAATT-GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * * * *
107638 AGAATACTAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAAATAA-AAGATTTAAAAATAAATATGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTTAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTTAAAAATGAATTTGTTTA
*** * * * * * *
107702 TTGAA-CTAATTCAAATAGTTATGACCACTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTA--AGATCT
64 CCAAATC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-T
* * * * ***
107764 TTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTTTGATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAA
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTT-ATCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATA-TAA
* * * ** * * * ** *
107827 TTTAATAATACT-CCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTGTTTGTTGAACCGG
189 ATTATTAATA-TATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCAG
* * * * * * *
107887 TTCAAATAGTTA-AAGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT-TTTTAGT
253 TTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTA-T
* * * * * * * * * * *
107950 CATAAAAT-ATTTGTTTCACATCTTACATGCTTA-TTCAGAATAAAATAGTCCAAATTTATTAAC
315 CAT-AAATCAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * ** * ** * * *
108013 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAGCAAATAGATCTGTTTACCAAACAAATTTAAATAG
377 ATTCCAAAAATTAATAA-CTAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACTAGTTCAAATAG
* * * * *
108078 ATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAAT
439 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
108143 TGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAA
503 TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
108176 ATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATCAA-TAA-GAGTTTAAAAA--AATATTTTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAAT-AAGTAAGGAATTTAAAAATGAAT-TTGTTT
** * ** * * ** **
108237 TTCAAA-CAAATTTAAATAGGTATGACTATTTGAACAATTGTCTA-TTGAGAATTGTTAAAACAT
63 ACCAAATC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACAT
* ** * *
108300 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTACTTTAGT-TCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TTATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * * * * *
108364 TTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACAAATCAG
189 ATTATTAATATATC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCAG
* *
108428 TTCAAATAATTATGGAC-ATTCT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT-TGG
253 TTCAAATAATTAT-GACTATT-TGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCT-A
** * *
108490 TCATATAAAAAATTGTTTT-TGATCGTACAAG-TTCATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
314 TCATA-AATCAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * * * * * * * *
108553 ATCTTTCAAAGATTAATAA-GAATAGATTTACAAAATAACTCTATTTATTGAATTAGTTTAAACA
375 ATATTCCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * *
108617 GCTATGACTATTTGAATAATTGTTTACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCGTAAAACA
438 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
108681 ATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAA
501 ATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * ** * * *
108716 ATAATACCAATATAATAATATTCCAAAA--ACTAA-TAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTT-AAAAATGAATTTGTTTA
* * * * * *
108777 CCAAA-CTAGTTCAAATGGA-TAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTTAAATCATT-T----TT
64 CCAAATC-AATTCAAAT-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* **** ** * * *
108835 AT-TTTT-TCATAAAACAA-AAAATTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGAAT
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAT-AAA
* * * * * * * * *
108897 TTATTAATATTTCAGAATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAA-TAATTTTGTTTACCTAACCAGT
190 TTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAA-TATATTTATCAAACCAGT
* * * * * **
108961 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATATATTTCAAATCATGATGACCTCTTGTTTTGTTGT
254 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCAT
* * * * * * ** * * * *
109026 GATAT-AAATGTTTTTGTTCATATACGTTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTT
318 -AAATCAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
* * * * * * *
109090 CAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAATAATTAT-A
381 CAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * ** * * * * *
109151 CTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTC
445 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
109216 TA-TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAA
509 -AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
109243 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-AATTAATAAGTAAGGAA-TTT-AAAAATGAATTTGTTT
* * * * * * * * *
109307 ACCGAA-CTAGA-TCAAATAGTCATTACTATTGGAATAAATATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
63 ACCAAATC-A-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * ** **
109370 TTT-TTTGGTCATAAAATAATT--ATTTTAGTTCATATAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA--TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TA
* * * * * *
109432 AGTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTATCGAACAA
188 AATTATTAATATAT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCA
* * * * ** * * *
109496 GTTTAAATAATTATGACTGTTTCAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTC
252 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATC
* * * *
109561 ATAAAAT-GATTTTTTTAATT-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
316 AT-AAATCAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA
* ** * * * **
109623 TT--AAGACAACTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCT
378 TTCCAA-A-AATTAATAACT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACTAGTTCAAATAG
* * ** * *
109686 TTATGACTATTTGAACAAATT-TTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATTAAATAA
439 TTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * *** *
109750 TTGTTTTTGTTTATATAAGCTTATTTGGATTAAA
502 TTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
109784 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAATAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGGA-ATTT-AAAAATGAATTTGTTT
**** * * * * * * *
109848 TTTGAA-CAAGTTCAAATAGTCACGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACATT
63 ACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * * ** **
109912 TTGTTTTG-CAAAAAATAATT-GTTTCAGTT-T-ATATAAGCTTATTTGAAATAAGCTAATACTA
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT---TTATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TA
* * * * * * * * * *
109973 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATGCA-TAAAAGAATTAAAAAATGAATCTATTTATCGAA-GA
188 AATTATTAATATATCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCA
* * * * * *
110036 TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTATTTTG
252 -GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTCTA
* * * * *
110101 TCGTAAATAAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
314 TCATAAATCAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAA
* * * * * *
110164 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTATGAAC-ATGTTTAAAT
376 TATTCCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG---TTTCTGAACTA-GTTCAAAT
* ** *
110228 AGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATC
437 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
*
110293 AATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
500 AATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * * * *
110329 ATAATACTAATTCATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTT-AAAAATGAATTTGTTT
* * * * * * * * * *
110393 ACCGAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTT
63 ACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * ** *
110458 TGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAAT
* * ** * * * ** *
110522 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTC
191 TATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCAGTTC
* * * * * * * ** * *
110587 AAATAGTCATGTCAATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTTTGAAATTTTGTTTTGTCATAA
256 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCATAA
* * ** ** * ** *
110652 AACAATTGCTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATA-TAATTTTTTAATATTTCAA
320 ATCAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * * * * *
110716 AAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAAGTAGTTTAAATCA-TTATGA-T
384 AAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCT-GAACTAGTTCAAAT-AGTTATGACT
* ** * * * *
110776 CTTTG---TTTTGTC-A--T-AAA--A-TA--A-TTGT-TTTTGTTCATAAAAGC--TTATTCTA
447 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTG-TCATAAAA-CAATTGTT-TC
110825 AG-T-A-A-AA---TATTGC----T-AA
509 AGTTCATATAAGCTTATT-CAAAATAAA
* * * * *
110841 AT--TAATAA--TATT-CTA----AAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAA-AAATGTGTTTAT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTTAAAAATGAATTTGTTTAC
** * * * * * * * * *
110895 TGAACCAATTCATATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCATTGTTAC-CTTTG
65 CAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
* * * * * ** *
110959 TTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA--TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATT
* * * * * * * * *
111023 ATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAGGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTC-
192 ATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCAGTTCA
* * * * *
111087 -----------CTATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTATTATAAA
257 AATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCAT-AA
* * *
111141 AT-AATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAA
320 ATCAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
* * * * ** *
111204 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAAGTAGTTTAACCAGTTAAGAC
383 AAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
111269 TATAT-AGACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACTTTGTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
446 TATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
*
111333 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
509 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
111360 ATAATACTAA-TTATTAATATTCTTAAAATTAATAGGTAAGTAATTTAAAAATGAATTCGTTTAC
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGGAATTTAAAAATGAATTTGTTTAC
* * * * * * *
111424 CAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATAATCTAATTCAAATCGTTATTACATTTT-
65 CAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
* * *
111488 ATTTGTCATATAACAATTGGTTTTTATCATACAAGTTTATTCAAAATATAATAATACTAAATTAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTAT
* * *
111553 TAATCTATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTA-CTGAACCAGTTTAA
194 TAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATC-AAACCAGTTCAA
* * * *
111617 ATAATTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCATTATGTCCTTTTGATCTATCATAAAT
258 ATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAT
* * *
111682 CAATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAA
322 CAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA
* * * **
111747 ATTAATAACCTAAAGATTTAAAAAATAAA-CTTGTTTGCCGAACTAATTCCAATAGTTAAAACTA
386 ATTAATAA-CTAAAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTT-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
111811 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T-T---TTTT-TTTTGCCATAAAATAAAT-TTTCAATT
448 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
111869 CATACT-AGCTTATTCAAAATAAA
513 CATA-TAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
111892 ATAA-AATGAATTTATTAAAATTTTTGAAATTAATATGTAAGTG-ATTTAAAAAAT-AATTTTGT
1 ATAATACT-AATTTATTAATA-TTTTAAAATTAATAAGTAAG-GAATTT-AAAAATGAA-TTTGT
** * * * * *
111954 TTACTTAACCAGTTCAAATAATTATCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
61 TTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * * *
112019 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGT-TCATATAAGTATGTT-AAAA-AAAAT--TATTAA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTT-TATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATAAA
* * * * *
112079 TCTAATAATATTTC-AAAACT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGT
190 T-TATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCAGT
* * * ** * * *
112140 TCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTACTTTTTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTCTATTAT
254 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCAT
* * * * * *
112205 AAAAT-AATAGTTTCTATTCATACATGCCTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
318 -AAATCAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * * *
112267 ------GTTGATAATTAATA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATTAT
380 CCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
112325 GATTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCGTTGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATT
443 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
112390 TCAGATAATATAAGCTTATTCAAAATAAA
507 TCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
112419 ATACTATTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGT-AAGGAATTTAAAAATGAATTTGTTTA
* * * * *** * *
112484 CCAAAT-AAGTTTAAATAATTACGACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTT
64 CCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * * *** *
112548 TGTTTTGTCATAAAATGAATT--TTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACCAA
128 TGTTTTGTCATAAAA-CAATTGGTTTTTA--TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAA
* * * **
112611 TTTATTAATAT-TAAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAACTCTATTTATCAAATAA
189 ATTATTAATATATCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAA-TATATTTATCAAACCA
** * ** * * *
112674 GTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
252 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATC
* * * * *
112739 ATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTT-AT-AT-TT
316 ATAAATCAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * * *
112801 -CAACAAA-TAATAAGTAAACAATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTCA
380 CCAA-AAATTAATAACTAAA-GATTTAAAAAATAAATCT-GTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
112864 TGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA
442 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* **
112929 GTTT-AGTTCATATAATCTTATTTGAAATAAA
504 GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
** * *
112960 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATG-ATTATGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAG-GAATTTAAAAATGAATT-TGTTT
* * * *
113024 ACCAAA-CCATGT-AAATAGTTATGACTATCTTGAATAATTA-CTA-TTCAAA-CATTATGA-TT
63 ACCAAATCAAT-TCAAATAATTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* *
113083 TTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGGTTTGT-TCATGCAAGTTTTATTTTC-AAATAAAATAAATAT
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTATCATACAAG-TTTA--TTCAAAATAAAAT-AATAT
* * * * * *
113145 AAATT-TTATTACTATTACAAAATTAAATAAGT-ATA-ATTTAAAAAA-AAAGA-ATGTTTTCTA
187 AAATTATTAATA-TATCA-AAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATAT-TTATC-A
* * * *
113205 AGCTCA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
247 AAC-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** * *
113269 TTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATATTAATTTATT
310 TCTATCATAAATCAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * * * * *
113333 AAAATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAGCGAGTTTAA
374 AATATTCCAAAAATTAATAACT-AAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-CTGAA-CTAGTTCAA
* * *
113397 GTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGGTCTTTTGTTTTGTCATAAAA
435 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** **
113462 CAATTGTTTCTA-TTCATTTAATTTTATTTGAAATAAA
499 CAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
113499 ATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAGTTAATAAGT-TGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-TTAATAAGTAAGGA-ATTT-AAAAATGAATTTGTTT
* * * * * * *
113563 ACCAAAT-AAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATCATCTATTTTAAATCATTATGACATT
63 ACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * ** * *
113627 TTATTTTGTCGTAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAAT
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAA
* * * * *
113691 TTTTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATTAAATCTATTTATCGAACCAAT
190 TTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATT-AATATATTTATCAAACCAGT
* * * * *
113751 TCAAATCATTATGA-TGTTTG------T-TT-TGTCATAA--A--AT-A-ATTGT-TTCTAT--T
254 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTCTATCAT
** * * * * * * * ** * * ** * *
113798 AAGGCAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCAAAATT--AATAATATTTTA-AAAATTAATAAGTA
318 AAATCAA--TTGTTT-TATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA-TA
**** ** **
113860 AGAGATTTAA--AAT-A-T-AA-A--T---CCAT---T-TG---CTGAACTAGTTCAAATAGTTA
378 TTCCA-AAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
113907 AGTCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTT
442 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
113972 TTTTAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAA
505 TTTCAGTTCATATA-AGCTTATTCAAAATAAA
* * * ** * * *
114003 ATAATACTAATTTAGTAACATTTAGAAAATTAATACA-TAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATA-AGTAAGGAA-TTT-AAAAATGAATTTGTT
* * * * * * *
114067 TACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCT
62 TACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * * *
114131 TTTGTTTTATCATAAAACAAGT-G-TTCTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA--TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TA
** * * * ** *
114194 CTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAAGTAA-AAATTTAAAAAA-TAAGTCA-ATTTATTGAAT
188 AATTATTAATATATCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATTAA-T-ATATTTATCAAAC
* * * ** * * * *
114256 CAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTCTATTTTG
250 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTA
* * * * * * * *
114321 TCATAAAACAATTATTTT-TATCATGCATGCCTT-GTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
314 TCATAAATCAATTGTTTTAT-TCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * ** * *
114384 ATTTCAAACATTTATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTC-------
377 ATTCCAAAAATTAATAACTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACTAGTTCAAATAGT
* * * * *
114442 -----CTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATT
440 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
114502 GTTTCAGTTCATGTAAGCTTATTCAAAATAAA
504 GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
114534 ATAATACTAATTTAATATTATTCTGAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAAAAAAT-AATTTCGTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTT-AAAAATGAATTT-GTT
* * * * * * * ** * * *
114597 TGTCGAAGT-AGTTTAAACAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
62 T-ACCAAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * *
114661 TTT-TTTTGTCATAAAACAA-TCG-TTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACCA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTA--TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TA
* * * * * * * * *
114723 ATTTATTAATAT-TCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCA
188 AATTATTAATATAT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCA
* ** * * * * *
114787 ATTCAAATAATTATGGTTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACC-TTTGTT-TCGT
252 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCT-AT
* * * * * *
114850 CATATAA-GAATTGCATTTGA-ACATTCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
315 CATA-AATCAATTG--TTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * * * ** * *
114912 TCTTTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTACCAAATTAGTTTAAATAG
376 TATTCCAAAAATTAATAACTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACTAGTTCAAATAG
114977 TTATGACTA
439 TTATGACTA
114986 GCTCAAATAG
Statistics
Matches: 6116, Mismatches: 1296, Indels: 947
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
487 3 0.00
488 68 0.01
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492 2 0.00
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497 4 0.00
499 25 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGGAATTTAAAAATGAATTTGTTTACC
AAATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGGTTTTTATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTATTA
ATATATCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATA
ATTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAATCAAT
TGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
TAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAG
CTTATTCAAAATAAA
Found at i:112002 original size:16 final size:17
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Indices: 111970--112002 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
111960 AACCAGTTCA
111970 AATAATTATCACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
111988 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
112003 CAAATCATTA
Statistics
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AATAATTATACTATTTG
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Indices: 113836--114951 Score: 604
Period size: 180 Copynumber: 6.2 Consensus size: 179
113826 GCAAAATTAA
* * * * *
113836 TAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCCATTTGCTGAACTAGTTCAA
1 TAATA-TTTAAAAATTAATAAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAACAAGTTCAA
* * * * * *
113900 ATAGTTAAGTCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTTGTTTAGTCATAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAT-TTT-GTCATAAA
* * * * * * *
113965 ATAATTTTTTTAATTCATACATACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAG
127 ACAAGTGTTCTAATTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * *
114018 TAACATTTAGAAAATTAATACA-TAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCA
1 TAATATTTA-AAAATTAATAAAGT-AAAAA-TTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAACAAGTTCA
* * * * * *
114082 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTATTTTGTCATAAA
* * * *
114147 ACAAGTGTTCTAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
127 ACAAGTGTTCTAATTCATACAAA-CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * *
114200 TAATATTTCAAAAATTGATAAAGTAAAAATTTAAAAAATAAGTCAATTTATTGAATC-AGTTTAA
1 TAATATTT-AAAAATTAATAAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAA-CAAGTTCAA
* * * **
114264 ATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTCTATTTTGTCATAAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TATTTTGTCATAAAA
* * * * * ** * * * *
114329 CAATTATTTTTA-TCATGCATGCCTTGT-CGAAATAAAATAAAACTAATTTAT
128 CAAGTGTTCTAATTCATACA-AACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAG
* * *** *
114380 TAATATTTCAAACATTTAT-AAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC----C--G---AA
1 TAATATTT-AAAAATTAATAAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAACAAGTTCAA
* * * * *
114435 CTAG-T-T-CCTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT-TGTTCTGTTATAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAT-TT-TGTCATAAA
* * * ** * * *
114496 ATAATTGTT-TCAGTTCATGTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
127 ACAAGTGTTCT-AATTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * * * * * ** *
114549 TATTATTCTGAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTC-GTTT-GTCGAAGTAGTTT
1 TAATATT-TAAAAATTAATAAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA-ATCAATTTACT-GAACAAGTTC
* ** * * *
114611 AAACAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAA
62 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAA
* * * * *
114676 ACAA-TCGTT-TAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACCAATTTAT
127 ACAAGT-GTTCTAA-TTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAG
* * ** * * ** **
114729 TAATATTCCAAAATTTAAT-AAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCA
1 TAATATT-TAAAAATTAATAAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAA-CAAGTTCA
* ** * * * * * * *
114792 AATAATTATGGTTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTGTTTCGTCATATAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
114857 GAATTGCATT-TGAA--CATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
128 CAAGTG--TTCT-AATTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * * *
114909 TAATCTTTCAAAAGTTAAT-AAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAAT
1 TAATATTT-AAAAATTAATAAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAAT
114952 TTGTTTACCA
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 157, Indels: 94
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 4 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TAATATTTAAAAATTAATAAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAA
GTGTTCTAATTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAG
Found at i:114537 original size:349 final size:348
Alignment explanation
Indices: 114096--114780 Score: 783
Period size: 349 Copynumber: 2.0 Consensus size: 348
114086 GTTATGACTA
* * *
114096 TTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTGTTCTAGT
1 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAGTGTTCTAGT
* * * * *
114161 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAAGTA
66 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAAT-AACTA
* * *** *
114225 A-AAATTTAAAAAATAA-GTCAATTTATTGAA-TCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAAT
129 AGAAATTTAAAAAATAATGTC-ATTTATCGAAGT-AGTTTAAACAATTAAAACCATATGAACAAT
* * * *
114287 TATCTATTTCAAATCATTATGAAATTCTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TCATGCATGC
192 TATCTATTTCAAATCATTATGAAATT-TATTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTAAGTCATACAAG-
* * * *
114351 CTT-GTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAACATTT-ATAAGTAGGTGATTTAA
254 CTTAGTCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAA-ATTTAATAAGTAAGTGATTTAA
114414 AAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCCTC
318 AAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCCTC
* * * * * * *
114445 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTT-TCAG
1 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAGTGTTCT-AG
** * * *
114509 TTCATGTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCTGAAAATTAATAACTAA
65 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAA
* * * * * *
114574 GAGATTTAAAAAATAATTTCGTTTGTCGAAGTAGTTTAAACAGTTAAAACTATATGAACAATTAT
130 GAAATTTAAAAAATAATGTCATTTATCGAAGTAGTTTAAACAATTAAAACCATATGAACAATTAT
* ** * * *
114639 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATCGTTTAAGTTCATACAAGCTTAT
195 CTATTTCAAATCATTATGAAATTTATTTTGTCATAAAACAATAGTTTAAG-TCATACAAGCTTAG
* *
114704 TCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTG
259 TCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATA
*
114769 AATCTGTTTACC
324 AATCTATTTACC
114781 AAATCAATTC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 49, Indels: 18
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
347 5 0.02
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350 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (348 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAGTGTTCTAGT
TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAG
AAATTTAAAAAATAATGTCATTTATCGAAGTAGTTTAAACAATTAAAACCATATGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGAAATTTATTTTGTCATAAAACAATAGTTTAAGTCATACAAGCTTAGTC
AAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAA
TCTATTTACCGAACTAGTTCCTC
Found at i:114894 original size:529 final size:532
Alignment explanation
Indices: 113916--114969 Score: 1170
Period size: 529 Copynumber: 2.0 Consensus size: 532
113906 AAGTCTATTA
* * * * *
113916 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAATTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTC
* *
113981 ATACATACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTTAGAAAATTAATACATAAAAA
66 ATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTAGAAAATTAATACATAAAAA
* ** * *
114046 ATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
131 ATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAACAATTATCT
114111 ATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTGTTCTAGTTCATAAAAGCTTATC
196 ATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTGTTCTAGTTCATAAAAGCTTATC
* ** * * *
114176 CAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
261 CAAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
*** * * * *
114241 GTCAATTTATTGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
326 GTCAATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
114306 TGAAATTCTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATCATGCATGCCTTGTCGAAATAAAATAAAA
391 TGAAATTCTATTTCGTCATAAAACAATTATTTTGAACATGCAAGCCTTGTCGAAATAAAATAAAA
* * * *
114371 CTAATTTATTAATATTTCAAACA-TTTATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
456 CTAATTTATTAATATTTCAAA-AGTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTACCAAA
114435 CTAGTTCCTCTTT
520 CTAGTTCCTCTTT
* *
114448 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTCT-GTTATAAAATAATTGTTTCAGTT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATT
** **
114511 CATGTA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCT-GAAAATTAATA-ACTA
65 CATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATT-TAGAAAATTAATACA-TA
* * * * ** ** *
114573 AGAGA-TTTAAAAAAT-AATTTCGTTTGTCGAAGTAGTTTAAACAGTTAAAACTATATGAACAAT
127 AAAAATTTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAACAAT
* *** * *
114636 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA-TCGTT-TAAGTTCATACAA
191 TATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGT-GTTCT-AGTTCATAAAA
* * **
114698 GCTTATTCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAAATTTAAT-AAGTAAGTGATTTA
254 GCTTATCCAAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAGTAA-AAATTTA
* ** **
114762 AAAAGTGAA-TCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGTTATGTCAACAATTATCTATTTC
318 AAAAAT-AAGTCAATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * * *
114826 AAATCGTTATTACCTT-TGTTTCGTCATATAAGAATTGCA-TTTGAACATTCAAG-CTTATTC-A
382 AAATCATTATGAAATTCTATTTCGTCATAAAACAATT--ATTTTGAACATGCAAGCCTT-GTCGA
* *
114887 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAAT
444 -AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAAT
* * *
114952 TTGTTTACCAAATTAGTT
508 CTATTTACCAAACTAGTT
114970 TAAATAGTTA
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 77, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
528 29 0.07
529 223 0.52
530 70 0.16
531 79 0.18
532 30 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (532 bp):
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTC
ATACATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTAGAAAATTAATACATAAAAA
ATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAACAATTATCT
ATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTGTTCTAGTTCATAAAAGCTTATC
CAAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
GTCAATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
TGAAATTCTATTTCGTCATAAAACAATTATTTTGAACATGCAAGCCTTGTCGAAATAAAATAAAA
CTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTACCAAAC
TAGTTCCTCTTT
Found at i:115567 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 115223--122333 Score: 1955
Period size: 181 Copynumber: 39.7 Consensus size: 174
115213 TGACCATTTG
* *
115223 TTTTAACATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAACT--TAATAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA-TAATAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
115285 AATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCAT
64 AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAT
* * * **
115350 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAATT
128 TATGAC-TTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * *
115399 TGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTC-AAA-AATAATAAGAGATTTAAAAAATA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATAATAATAAGAGATTTAAAAAATA
** *
115462 ATTCTACTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCAT
65 ATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAA-CAATTATATATTTCAAATCAT
* * *
115526 TATGACTTTTTGTTGAATTATAAAAC-AATAATTTATGTTCATACAAGCT
128 TATGACTTTTTGTTG--TCATAAAACAAAT-GTTTATGTTCATATAAGCT
* * * *
115575 TATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTCT-AAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AA-TAATAA-TAAGAGATT-TAAAA
* * * * * *
115639 AATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATATTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATATT-ATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * *
115704 CGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCA-GTTCATATAAGCT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
* * *
115756 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAGTTAATAATAAGAGATTTAAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--TAATAATAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * *
115821 TGAA-TCTATTTATTGAACAAATTTAAATAATTAT-AACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAAT
63 T-AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAA-TATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
*** * ** * * * * **
115884 GGGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAA-ATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * *
115937 TATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATCAATAAGTAAAAAATTCT-AAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAT-AATAA-TAAGAGATT-TAAAA
* * * * * * *
116001 AATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * *
116066 CGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCA-GTTCATATAAGCT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
* * *
116118 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAT-AAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * * * *
116183 ATGAA-TCTATTTATTGAACAAATTTAAATAATAAT-AACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAA
62 AT-AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAA-TATTTGAACAATTATATATTTCAAA
*** * ** * * * * **
116246 TGGGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCT
124 TCATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAA-ATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * * *
116300 TATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * ** ** * * *
116364 AATAAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATCGTATGTTTA-TTAAATCAATTATTTATTTCAAC
61 AATAATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATATTATGAATATTTGAA-CAATTATATATTTCAAA
** * * * * * * *
116427 TTGTTATGACTTTTT-TTTTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAAG-T
124 TCATTATGACTTTTTGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * * * * * *
116476 TTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TT-TT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA-AAATAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
116541 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * ** * *
116606 CATTATGATCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTCA-ATTCATATACGCT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
* * * * * ** *
116658 TATTTGAAGTAAGATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGTGTAAGAGAATTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAAT-AATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
116723 A-AA-TATGTTTACCAAA-TAAGTCCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCATAA
62 ATAATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCA-AA
* * * * **
116785 -CATTATGACCTTGGTT-TTGTCATAAAAC-AATGGGTTCTATTCATGCAAGCT
124 TCATTATGA-CTT-TTTGTTGTCATAAAACAAAT-GTTTATGTTCATATAAGCT
* * * *
116836 TATTTCAAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-A-ATTTTAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAA-TAAT-AATAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
116898 AATATATATAT-TTTTTGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCA
61 AATA-AT-TCTGTTTATCAA-ACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCA
** * * * * * * *
116960 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT
122 AATCATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGC-T
* * *
117016 TTTCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TTT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * ** *
117080 AGTAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATGATTATTTATTTCAAAT
61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
** * * * * * * **
117145 TGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * * **
117197 TATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * *** * * *
117262 ATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGATCCATTATCTATTTCAAATC
62 ATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
* * * * * * * * * **
117327 ATAATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAAT
126 ATTATGAC-TTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * ** *
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1 T-TTTAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAATAA-TAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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126 ATTATGA-CTTTTTGTTGTCATAAAACAA-ATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * * * * * *
117553 TATTCAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * * ** *
117618 ATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATCAGAACAATTATATATTTCAAATT
62 ATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
* * * * * * *
117683 GTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATACAAGCT
126 ATTATGACTTTTTG-TT-GTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
** * * *
117734 TAATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAATATTAA-AGAGCAAGAGATTTAAAAA
1 TTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-A-TAATA-A-TAAGAGATTT-AAAA
* * * * * * * *
117798 AATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTGAAATTGATT-TGACTAGTAGAACAATTATCTGTTT-AA
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* * * * * *
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* * * *
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1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAA--TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
117979 ACT-ATAGCTGTTT-TCTGAA-TCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCA-ATCTC
61 AATAAT-TCTGTTTATC-AAACT-AGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTAT-ATATTTC
* * * * *
118040 AAATCATTATGATCTTTGTT-TTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCT
121 AAATCATTATGA-CTTT-TTGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGT-TCATATAAGCT
* * * * * *
118095 TATTCATATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TCCTAAAA-ATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATAATAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * ** * * *
118158 AAATGTGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGT
64 AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAT
* * * * * * *
118223 TTTGA-TCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTATTTCA-ATTCATACAAGCT
128 TATGACT-TTTTG-TT-GTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
** * *
118272 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAA-AATTAATAAGCATGAGATTTGAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATAA-TAAT-A--A-GAGATTT-AA
* * ** * *
118335 AAAATAAATCTGTTTACTC-AAC-AATT-ATCTATT-TAAAATCATTATG-ACCATT-TAT-TTT
59 AAAATAATTCTGTTTA-TCAAACTAGTTCAAATATTAT-GAAT-ATT-TGAACAATTATATATTT
* * ** * * * **** *** * *
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120 CAAAT--CATTATGACTTTTTGTTGTCATAAAA-CAAATGTTTATGTTCATATAAG----CT
* * ** * **
118450 TTATTAATATTTCAAAA-ATTACTAA-GCA--AGAGATTT-AAAA-AATAA-ATCAG-TTT---A
1 TT-TTAA-A-AT-AAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAATAATAATAAGAGATTTAAAA
* * * * *** * * * * *
118504 TAGAATT-AG--T-TC-AA--A--T---A-ATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATT
61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
* * *
118556 GTTACT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-T-TTCAATATACAAGCT
126 ATTA-TGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTC-ATAT--AAGCT
* * *
118607 TTTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCATGAAT--TAATAAGAGATTTAAAAAAG
1 TTTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAATAATAATAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * **
118670 AAATCTAGTTGCT-GAACCAGCTCAAATAGTTATGACT-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
64 AATTCT-GTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * *
118733 TTATAACCTTTGTT-CTATCATAAAATAATTGGTTCTAT-TT-ATACAAGCT
127 TTATGA-CTTT-TTGTTGTCATAAAACAAAT-GTT-TATGTTCATATAAGCT
** * * * *
118782 TCTTCGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
** * * * *
118847 AT-ATTCTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAAT
62 ATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAA-TATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
** * * * * ** *
118910 TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-ACTCATACAAGCCT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAG-CT
* * * * * * * * *
118963 ATTCAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAA
1 TTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
119028 GAATTCTATTT-TCGAAACCAGTTCAAAGAATTAT-AACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAAT
63 TAATTCTGTTTATC-AAACTAGTTCAAA-TATTATGAA-TATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * * * * * * *
119091 CATTATTACTTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGTTTTTATTAATGTAAGTT
125 CATTATGACTTTTTG--TTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
* *
119143 TGTTTGAAATAAAATAATGA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTT-CAAAA-TAAT-AATAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * * * * *
119207 AGTAAATT-AGCTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
61 AAT-AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAA
* * * * *
119271 TCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTAT-TT-ATACT-A-TT
124 TCATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAAT-GTT-TATGTTCATA-TAAGCT
** * * * * * **
119323 TTATTGGGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAA
1 TT-TT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAA-ATAATAA-TAAGAGATTTAAAA
** * ** * * * * * * * *** * *
119387 AA-AA-AATATTTGCCGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAAT
61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * * ** *
119450 CATTATGACATTTTCT-TTCGTCACAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAGCT
125 CATTATGAC-TTTT-TGTT-GTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
* *** * *
119501 GATTCGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAGA-TTAAAA
1 -TTTTAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* ** * * * * *
119564 AATAAATT-TGTTTATCAAA-TCATTTCAAATGGTA-AAACTATTAGAATAACTATATACTTCAA
61 AAT-AATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATATTATGAA-TATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * *
119626 AT-AGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCAT-TCAAGCT
123 ATCA-TTATGACTTTTTG-TT-GTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATAT-AAGCT
* * * * * * * *
119680 TATTCAGAATAAATTAATACTATTTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
119745 ATAAATCTGTTTA-CTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAA
62 ATAATTCTGTTTATC-AAACT-AGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAA
* * * * ** *
119808 TCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTAAATACAAGC-
124 TCATTATGACTTTTTG--TTGTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
** * * *
119860 TTAGACGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
1 TTTTA--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAAATAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * *** ** *
119925 AATAAATCTATTTATCAAA-TCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTCAAA
61 AATAATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAAT-ATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAA
* * *
119989 TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTATCATATAAGCT
124 TCATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGT-TCATATAAGCT
* * * *
120042 TATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGA-TTAAAAC
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA-
* * * * * * *
120105 GATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCA-ATCTCAAA
61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAATATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAA
* * * * * ** *
120169 TCATTA--AATTCTTTGTTTCATCATAAAATAATTAATTT-TAATCATAAAAGCT
124 TCATTATGACTT-TTTG-TT-GTCATAAAACAAAT-GTTTATGTTCATATAAGCT
* * * * *
120221 TATTT-GATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
1 T-TTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * ** * * *
120285 AATAAATGTGTTTGCTGAATC-AATTCAAATAGTTAAAAACTAGTAGAATAATTAT-TATTTCAA
61 AATAATTCTGTTT-ATCAAACTAGTTCAAATA-TTATGAA-TATTTGAACAATTATATATTTCAA
* ** * *
120348 ATCATTCA-GACTTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATG-TCTTACAAGCT
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* * * * * * * * *
120402 TGTTTGAAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAA-TAATAA-TAAGAGATTT-AAAA
* * * * * * * * *
120467 AATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATTTATGTAAAA
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* * * * * *
120531 TCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAGAACAATTGTTTCA-GTTCACAAAAGCT
124 TCATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
** * * *
120584 TATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATAATAATAAG--AGA-TTT-AAAA
* * * * * * * * *
120648 AATAAATT-TGTTTATCGAA-TAAATTAAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTGTTTATTTAAA
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** * * * * *
120711 ATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAACT
123 ATCATTATGACTTTTTG--TTGTCATAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
* * ** * *
120765 TGTTCAAAAAAAAATAATTTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * * *
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* * * * * *
120892 ATCATTATCAAC-TTTTGTTTGGTCATATAAC-AAT-TTTTTTTATCATACATGCT
123 ATCATTAT-GACTTTTTG-TT-GTCATAAAACAAATGTTTATGT-TCATATAAGCT
** * *
120945 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * * *
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62 ATAATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATAT-A-TTTCAA
** * * * *
121071 ATTGTTATAACATTTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-AAGCT
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** * * *
121126 TATACAAAATAAAATAATAC-AACTCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * ** * * *
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* *
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* * *
121306 TATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA-TT--AA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
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61 AATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * * * *
121431 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTC--AGAAGTT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
* * *
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1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATAA-TAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
121544 AAATT-TGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATT
64 -AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAATATTTGAA-CAATTATATATTTCAAATC
* * * * * *
121607 ATTATGACTCTTTT-TTCTCTTATAAAATAATAGTTTTTTTTTTTCATACAAGCT
126 ATTATGACT-TTTTGTTGTC--ATAAAACAA-A--TGTTTATGTTCATATAAGCT
* * * * * * *
121661 TATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA-AAATAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * * * *
121726 CTAAATATGTTTATTGAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT
62 ATAATTCTGTTTATCAAACTAG-TTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
* * * * *
121790 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTCA-GTTCATGTAAGGT
125 CATTATGA-CTTTT-TGTTGTCATAAA-ACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGCT
* ** * * *
121842 TATTCAAAATAAAATAATA-TTGTGTTATTAGTGTTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-TCAAAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * ** ** **
121906 AATGAA-TCTATTTAAT-GACCAAGTTTAAATAATTATG-ATCATTTGAATGATTATCGATTTGG
61 AAT-AATTCTGTTT-ATCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGAAT-ATTTGAACAATTATATATTTCA
* * * * * * * * * *
121968 AATCGTTATAACCTTTTGGTTTGTCACAAAA-ATGATTTTTTCTATTCATACAAGAT
122 AATCATTATGA-CTTTTTG-TTGTCATAAAACA--AATGTTTATGTTCATATAAGCT
** * * * *
122024 TATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
122088 AATAAATT-TGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAA
61 AAT-AATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAAT-ATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * *
122151 ATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCCATATGAGCT
123 A-TCATTATGAC-TTTTTG--TTGTCATAAAACAAATGTTTATGTT-CATATAAGCT
** * * * * * * * *
122206 TATTCGAATTAACATAATATTAATTTATTAATTTTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA
1 T-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCA-AAATAATAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
122271 A-AA-TATGTTTA-CTGAACAAGTTCCAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAT
62 ATAATTCTGTTTATC-AAACTAGTTCAAATA-TTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
122333 C
125 C
122334 TCTTAATTAT
Statistics
Matches: 5340, Mismatches: 1144, Indels: 899
0.72 0.15 0.12
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154 5 0.00
155 16 0.00
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173 9 0.00
174 40 0.01
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Consensus pattern (174 bp):
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TTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATATTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
GACTTTTTGTTGTCATAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGCT
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Alignment explanation
Indices: 115230--118351 Score: 2272
Period size: 181 Copynumber: 17.4 Consensus size: 178
115220 TTGTTTTAAC
* * *
115230 ATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAG----AGATTTAAAAAATAATTC
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* * * * * * ** * *
115355 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTGAA
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* * *
115407 ATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAG----AGATTTAAAAAATAATTCT
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** * * * * *
115467 ACTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
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* ** * *
115531 CTTTTTGTTGAATTATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAA
130 CTTTTTGTTG--TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* *
115582 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTCT-AAAAATAAAT
1 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAAT
* * *
115646 ATGTTTATCAAACTAGATCAAATA-TTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
64 CTGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
115710 GACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAA
128 GA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AA
* * * * *
115764 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAGTTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* *** * * * * * * * *
115828 ATTTATTGAAC-AAATTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATGA
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* ** * *
115892 CCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAA
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* * * *
115945 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATCAATAAGTAAAAAATTCT-AAAAATAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATC
* * * * *
116009 TGTTTATCAAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
65 TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
116074 CCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAA
130 -CTTTT-TGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AA
* * *
116126 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATC
* *** * * * * * * * * *
116190 TATTTATTGAAC-AAATTTAAATAATAATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATG
65 TGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* ** * *
116254 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAA
129 A-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
*
116308 ATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * *
116371 CTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATCG-TATGTTTA-TTAAATCAATTATTTATTTCAACTTGTTA
64 CTGTTTACCAAACT-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
116433 TGACTTTTT-TTTTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAAGTTTATTCAGA
127 TGACTTTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-A
* * * ** * *
116485 TTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
116550 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
66 GTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-
* * * * * * *
116615 CTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATACGCTTATTTGAA
130 CTTTT-TGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
* * * * ** * * *
116666 GTAAGATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGTGTAAGAGAATT-AAAAA-AAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
116729 GTTTACCAAA-TA-AGTCCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCATAA-CATTAT
66 GTTTACCAAACTAGA-T-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTAT
* * * *
116791 GACCTTGGTT-TTGTCATAAAACAATGGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAA
128 GA-CTT-TTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
* * * * *
116844 ATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAA-TTTTAAAAATATATAT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAAT
* *** * * *
116907 AT-TTTTTGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
64 CTGTTTACCAA-ACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
116969 GACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTTTTCTGAA
128 GA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC--AA
* *
117024 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** * *
117088 TATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
65 TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * ** *
117153 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTTTATTTAAA
130 -CTTTT-TGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
* * ***
117205 ATAAAATAATACTAGTTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * *
117269 TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGATCCATTATCTATTTCAAATCATAATGA
65 TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * ** *
117334 CATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGA
130 C-TTTT-TGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-A
* ** *
117386 ATAAAATAATATCT-ATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG---AA-ATTT-AAAAATGAAAT
1 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * * ** * * *
117445 ATATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATT-TAAATCTCCAATCTTTATG
64 CTGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
117509 ATCTTTAT-TTGTCAAAAAACAATTTTTTTCTTTTTATACAAGCTTATTCAGA
129 A-CTTTTTGTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-A
* * * * * * *
117561 TTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * * *
117626 GTTTGCCAAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATCAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAA
66 GTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
117690 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTAATCAA
130 CTTTTTG-TT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAA
* * * *
117741 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAATATTAA-AGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * *
117805 CTGTTTACCAAA-TAAGTTGAAATTGATT-TGACTAGTAGAACAATTATCTGTTT-AAAGTCGTT
64 CTGTTTACCAAACT-AGATCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTT
* * * * *
117867 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTTGAA
126 ATGAC-TTTT-TGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAA
* * * * * *
117923 ATAAAATAATACTACTTCT-TTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTATAGC
1 ATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** ** * * * *
117987 TGTTTTCTGAA-TCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG
65 TGTTTACCAAACT-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
118051 ATCTTTGTT-TTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTATTCAT
129 A-CTTT-TTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAA
* *
118102 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TCCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
1 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * *
118162 GTGTTTGCCAAACTA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTT
64 CTGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * **
118226 GA-TCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGA
128 GACT-TTTTG-TT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
* * * **
118280 ATAAAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
118344 CTGTTTAC
64 CTGTTTAC
118352 TCAACAATTA
Statistics
Matches: 2366, Mismatches: 454, Indels: 245
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Matches are distributed among these distances:
174 19 0.01
175 68 0.03
176 225 0.10
177 241 0.10
178 173 0.07
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180 301 0.13
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183 21 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
TTTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
Found at i:116007 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 115230--122333 Score: 4643
Period size: 362 Copynumber: 19.8 Consensus size: 360
115220 TTGTTTTAAC
* * * *
115230 ATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC-AAAACT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTC
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATA
* * * * * * *
115290 TGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGA
64 TGTTTACCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * ** ** * ** *
115355 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTGAAATAAAGTAATACT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * ** *
115420 AATCTATTAATATTTC--AAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTACTTATCAAACTA
193 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
* * ***
115480 GTTCAAATAGTTATGAA-TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGAA
258 GTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * *
115543 TTATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAA
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* * *
115582 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTCTAAAAATAAATA
1 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATA
* *
115647 TGTTTATCAAACTAGATCAAATATTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
64 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATATT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
115712 CCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
115777 AATTTATTAATAATCCAAAAGTTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAA
193 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
* * * * * ***
115841 ATTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATGACCTTTTGTTTTGTC
258 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** *
115906 ATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAA
323 ATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* * * *
115945 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATCAATAAGTAAAAAATTCTAAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATAT
* * * *
116010 GTTTATCAAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
65 GTTTACCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * *
116075 CTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* *
116140 ATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAA
194 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
* * * * * * ***
116204 ATTTAAATAATAATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATGACCTTTTGTTTTGTC
258 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** *
116269 ATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAA
323 ATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* *
116308 ATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * ** ** * * * *
116371 CTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATCGTATGTTTA-TTAAATCAATTATTTATTTCAACTTGTTAT
63 ATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATATTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
116434 GA-CTTTT-TTTT-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTGATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAAT
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * *** * * * * ***
116495 ATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
190 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
* * * * *
116560 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTT
255 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
116625 GTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATACGCTTATTTGAA
320 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* * * * ** *
116666 GTAAGATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGTGTAAGAGAATTAAAAA-AAATATG
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATG
* * * * * *
116730 TTTACCAAA-TAAGTCCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCATAA-CATTATGA
66 TTTACCAAACT-AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGA
* * * **
116793 CC-TTGGTTTTGTCATAAAACAATGGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * * * * *
116854 TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-A-ATTTTAAAAATATATATATTTTTTGAA
191 CT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
* * **
116917 CACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
255 CA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
116981 TATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT-TTTCTGAA
319 TGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC--AA
* * *
117024 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATA
* * * * * * *
117088 TATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
64 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * ** *
117153 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTA-TTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATAC
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * ** **
117217 TAGTTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
192 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
* ** * * * * * *
117282 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGATCCATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTAT
257 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * **
117347 CGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGA
322 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-A
* ** *
117386 ATAAAATAATATCT-ATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAATGAAATA
1 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT-AAATA
* * * * ** * * *
117446 TATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATT-TAAATCTCCAATCTTTATGA
64 TGTTTACCAAACTAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * ** * * * *
117510 TC-TTT-ATTTGTCAAAAAACAATTTTTTTCTTTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAC
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * ****
117573 AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
192 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-C
** * ** * * *
117638 AA-TTCAAATAGTTA-AGACTATCAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTA
256 AAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
117701 GTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-ATCAA
320 GTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAA
* * *
117741 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAATATTAA-AGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTT--AAAAATAAAT
* * * * * *
117805 CTGTTTACCAAA-TAAGTTGAAATTGATT-TGACTAGTAGAACAATTATCTGTTT-AAAGTCGTT
63 ATGTTTACCAAACT-AGTTCAAA-T-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTT
* * * * * **
117867 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAA
124 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * * *
117932 TACTACTTCT-TTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTATAGCTGTTT-TCT
189 TACTAATT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-T
* * * * * *
117995 GAATC-ACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTG
252 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
118058 TTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCAT
316 TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* *
118102 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TCCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * * * ** *
118162 GTGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTG
63 ATGTTTACCAAACTAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * ***
118227 ATCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
118292 TAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTCAAC
192 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
** * * * * * * * *
118357 AA-TT-ATCTATTTA-AAATCATTATG-ACCATT-TAT-TTTGAAAT-A--A-AACAATTAT-TT
256 AAGTTCAAATAGTTATAACT-ATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTT
* * * ** **
118411 TAGT-TTATAA-AA---GCT-TACCCA-A-AA---TA----AA
318 TTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* * * ** * * *
118439 ATAAGAATACTTTATTAATATT-TCAA-A----AATTACTAAG---CAAGAGATTTAAAAAATAA
1 ATAA-AATA--ATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAA
* * * * * * * * * *
118495 ATCA-GTTTA-TAGAATTAGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATTGT
61 AT-ATGTTTACCA-AACTAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
*
118558 TACT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTCAATATACAAGCTTTTTCAAAATAA
123 TA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC-ATAT--AAGCTTATTCAAAATAA
* * ** * *
118619 AATAATGCTAATTTATTAATATTTCATGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTAGTT
184 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * * * ** *
118680 GCTGAACCAGCTCAAATAGTTATGACT-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TT
249 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * ** * *
118743 TGTTCTATCATAAAATAATTGGTTCTATTTATACAAGCTT-CTTCGAA
314 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AA
* * ** * * * *
118790 ATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAA-ATATTCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AATAT
* ** * * * *
118854 GTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAC
65 GTTTACCAAACTAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** * * * * *
118919 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAAAATTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
** * * * * * * *
118984 ATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAAGAATTCTATTT-TCGAAACCA
194 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG-AACAA
* * * * *
119048 GTTCAAAGAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTC
258 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
119113 AGAAAACAATTGTTTT-TATTAATGTAAGTTTGTTTGAA
323 ATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
*
119151 ATAAAATAATGA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 ATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAAT
* * * * * *
119214 -TAGCTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
63 AT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * ** ***
119278 AACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTTATACT-ATTTTATTGGGAATAAAATAA
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *** * ** ** * ***
119341 TACAAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAAAA-AAA-ATATTTGCCGA
189 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGA
* * *** * * *
119403 ACCAA-TTTAAATAGTTA-AGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTCT
254 A-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
119466 TTCGTCACAAAACAATTATTTTGT-TT-GTACAAGCTGA-TTCGGA
317 TTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AA
* * * * *
119509 TTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAGATTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATAT
* * ** ** * * * * * *
119573 GTTTATCAAA-TCATTTCAAATGGTAAAACTATTAGAATAACTATATACTTCAAATAGTTCTGAC
65 GTTTACCAAACT-AGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * *
119637 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-TCAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACT
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *** * * * * *
119701 ATTTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAA
193 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
* * * * * * *
119766 GTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTC
258 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** **
119831 ATAAAATAATTGTTTC-AGTAAATACAAGCTTA-GACGAA
323 ATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AA
* ** * *
119869 ATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATAT
* * * * * * * *
119934 ATTTATCAAA-TCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTCAAATCATTATGA
65 GTTTACCAAACT-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * ** *
119998 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTATCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * ***
120061 TAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGA-TTAAAACGATAAATCTATTTACCAAAC
192 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTATTGAAC
* * * * * ** *
120125 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTA--AATTCTTTGTTTC
256 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * * *
120188 ATCATAAAATAATTAATTT-TAATCATAAAAGCTTATTT-GA
320 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* * * * *
120228 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATG
1 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATA
* ** * ** * * *
120293 TGTTTGCTGAA-TCAATTCAAATAGTTAAAAACTAGTAGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTCA
64 TGTTTACCAAACT-AGTTCAAATA-TT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-A
* * * * * * * **
120356 -GACTTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TGTCTTACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAA
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *** * * * * *
120419 TCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTG
189 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * * * *
120484 AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATTTATGTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
253 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
120549 TTGACATAGAACAATTGTTTC-AGTTCACAAAAGCTTA-TCCAAA
318 TTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AA
* * * *
120592 ATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATA
* * * * * * * * * * *
120656 TGTTTATCGAA-TAAATTAAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATG
64 TGTTTACCAAACT-AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * **
120720 ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAACTTGTTCAAAAAAAAATAATTT
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
120785 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTTGAATC
192 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-C
* ** * * * * * *
120850 -AGTTCAAATAATTAT-GGTCATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCATTATCAACTTTTGTTTG
256 AAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *
120913 GTCATATAACAATTTTTTTTA-TCATACATGCTTA-TTCGAA
320 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AA
* *
120953 ATAAAATAATACTAATTTATTAGTCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATAT
** * * * *
121017 GTTTACCGCA-TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TGTAAGCTTCAAATTGTTAT
65 GTTTACCAAACT-AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCT-A-TTTCAAATCGTTAT
* * * * ** *
121079 AACATTTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-AAGCTTATACAAAATAAAATAA
126 GAC--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
121143 TAC-AACTCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATACT-AATTTGTTTGTC
189 TACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTATT
* * * ** * * *
121206 GAACTAGTT-AAGTGGTTA-AGACTATACGAACAATTATCTAATTGAAATCATTATGATCTTTTG
252 GAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* ** *
121269 TCTTGTCATAAAACAAAATTTTCAATTCATACTAA-CTTA-TTCAGA
316 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTCA-A
* * * *
121314 ATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA-TT-AAAA-AATTCT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATAT
* * * * * *
121375 ATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
65 GTTTACCAAACTAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * ** * * * * *
121440 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTC--AGAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * ** **
121503 ATCTAATAATATT-TAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATTAG
194 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
* * * * *
121564 TTCAAATAATTATGAA-TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTT-TTCTC
259 TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTG
* * * *
121626 TTATAAAATAATAGTTTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTT-AGA
321 TCATAAAA-CA-A-TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-A
* * ** * * *
121669 TTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATAT
*** * * * *
121734 GTTTATTGAACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGA
65 GTTTACCAAACTAG-TTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
121798 CCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTCAGTTCATGTAAGGTTATTCAAAATAAAATAATA-
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** * * * * * * *
121861 TTGTGTTATTAGTGTTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAATGACC
192 TAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
* * * ** * ** * * *
121926 AAGTTTAAATAATTATGA-TCATTTGAATGATTATCGATTTGGAATCGTTATAACCTTTTGGTTT
256 AAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * **
121990 GTCACAAAA-ATGATTTTTTCTATTCATACAAGATTATTTTGA
320 GTCATAAAACA--ATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* *
122032 ATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAAT
* * * * * *
122095 TTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTA
63 ATGTTTACCAAACT-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTA
* ** * * * *
122158 TGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCCATATGAGCTTATTCGAATTAACATA
125 TGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *** * * * * * *
122222 ATATTAATTTATTAATTTTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATATGTTTACTG
188 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * *
122285 AACAAGTTCCAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATC
253 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
122334 TCTTAATTAT
Statistics
Matches: 5325, Mismatches: 1141, Indels: 562
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
330 22 0.00
331 16 0.00
332 14 0.00
333 12 0.00
334 5 0.00
335 127 0.02
336 8 0.00
337 14 0.00
338 3 0.00
339 8 0.00
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341 2 0.00
342 3 0.00
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344 5 0.00
345 3 0.00
347 3 0.00
348 8 0.00
349 3 0.00
350 11 0.00
351 45 0.01
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358 321 0.06
359 512 0.10
360 498 0.09
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366 2 0.00
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Consensus pattern (360 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATG
TTTACCAAACTAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
Found at i:116879 original size:718 final size:717
Alignment explanation
Indices: 115230--122333 Score: 4826
Period size: 718 Copynumber: 9.9 Consensus size: 717
115220 TTGTTTTAAC
* * * * *
115230 ATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC-AAAACT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTC
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATAAATA
* ** * * * * *
115290 TGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGA
64 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * ** * ** * * *
115355 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT-TTTTGTTCATATAAATTTGTTTGAAATAAAGTAATAC
129 C-CTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTTCATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAAT-C
* * * ** *
115419 TAATCTATTAATATTTC--AAA--AATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAATTCTACTTA-TCAAAC
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC
* * * * * * **
115478 TAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGA
253 AAATTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * *
115542 ATTATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
317 GTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
115607 ATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTCT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACT-AGATCAAATA
381 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATA
* * *
115670 -TTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGA
443 GTT-ATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ** *
115734 AATGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAG
507 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * *** * * * * *
115798 TTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATAATTATAACTGTT
571 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *** * * ** *
115862 TGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTTTTTTCTATT
636 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTATTTCTATT
* *
115927 CATCCAAGCTTATTTCAA
700 CATACAAGCTTATTTGAA
* * *
115945 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATCAATAAGTAA-AAAATTCTAAAAATAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-T-TAAAAATAAATA
* * * * * *
116009 TGTTTATCAAACT-AGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
64 TGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
116073 ACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
128 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-C
* * * *
116138 TAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACA
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
* * * * * ***
116203 AATTTAAATAATAATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATGACCTTTTGTTTTGT
254 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *
116268 CATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA
319 CATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
116333 -TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATCG-
382 TTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGT
** * * *
116396 TATGTTTA-TTAAATCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGA-CTTTT-TTTT-TCATAAAACAAT
445 TATGACTATTTAAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
116457 TATTTCTATTGATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTA
509 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * *
116522 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
574 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * *
116587 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATA
639 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
* *
116652 TACGCTTATTTGAA
704 CAAGCTTATTTGAA
* * * * **
116666 GTAAGATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGTGTAAGAGAATTAAAAA-AAATATG
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAATAAATATG
* * * * *
116730 TTTACCAAATAAGTCCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCATAA-CATTATGAC
66 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGAC
* *** * *
116794 CTTGGTTTTGTCATAAAACAATGGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTTAAA
130 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATCT-AA
* * * * *
116859 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAA-A-TTTTAAAAATATATATAT-TTT-TTGAACAC
192 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * ** *
116920 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATC
255 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
116985 ATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTTTTCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
320 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
117050 TCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTA
383 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
117115 TGATTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
447 TGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** * * * * *
117180 ATCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAGTATTCTAAAAATTAATA
512 TTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
*** * * * * * *
117245 AGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGATCC
577 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
117310 ATTATCTATTTCAAATCATAATGA-CATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACA
642 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
**
117374 AAATTATTT-AGA
706 AGCTTATTTGA-A
* ** * *
117386 ATAAAATAATATCT-ATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAATGAAATA
1 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAT-AAATA
* * * ** * * *
117446 TATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATT-TAAATCTCCAATCTTTATG
64 TGTTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
117509 ATCTTT-ATTTGTCAAAAAACAATTTTTTTCTTTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAC
128 ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT-C
* * * * * **
117573 AAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAAC
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * ** * ** * * *
117637 CAATTCAAATAGTTAAGACTATCAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAG
253 AAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
117702 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTAATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
318 TCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
117766 TTTGAAATATTAA-AGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTGAAATTG
382 TTT-AAAAATTAATA-AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAG
* * * * *
117830 ATT-TGACTA-GTAGAACAATTATCTGTTT-AAAGTCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAATC
444 -TTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
117892 AATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTCT-TTAATATTTCAA
506 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTTAA
* * * * * * * * * *
117954 AACTTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTATAGCTGTTTTCTGAATC-ACTTCAAATAGTTATGAC
568 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
118018 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-T
632 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCT
* * *
118081 TTATCATACAAGCTTA-TTCAT
697 AT-TCATACAAGCTTATTTGAA
* * *
118102 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TCCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATAAAT
* * * ** * *
118162 GTGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTT
63 ATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * **
118226 GATCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
127 GA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-
* * * ** *
118291 CTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACT---
188 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* *
118353 C-AA--C----AATTAT--C----T-----A-T-T-TA----AAATCATTATGACCATTTATTTT
252 CAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * * * ** * * *
118393 GAAATAAAACAATTATTT-TAGTTTATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAAGAATACTTTATTAA
317 GTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
118457 TATTTCAAAAATTACTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-TAGAATTAGTTCAAAT
380 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCA-AATAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
118520 AATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
442 AGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * **
118584 AATTGTTTTTCAAT-ATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCATGA
506 AATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * * ** * *
118648 ATTAATAAG----AGATTTAAAAAAGAAATCTAGTTGCTGAACCAGCTCAAATAGTTATGACT-T
570 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * * * * **
118708 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTGGTTCTATT
635 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATT
* * *
118772 TATACAAGCTTCTTCGAA
700 CATACAAGCTTATTTGAA
* * ** * * * * *
118790 ATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAA-ATATTCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAATA-AATAT
* ** * * ** *
118854 GTTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAA
65 GTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
118918 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAAAAT-
129 CC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATA-AA-ATAATC
** * * * * * *
118982 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAA-AGATTTAGAAAAGAATTCTATTTTC-GAAA
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AA
* * * * * * *
119045 CCAGTTCAAAGAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTT
252 CAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * * *
119110 GTCAGAAAACAATTGTTTT-TATTAATGTAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATGA-TAATTTATTA
317 GTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTA
* * * * ** *
119173 ATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAAT-TAGCTTGCCAAACCATTTCAAA
379 ATATTT-AAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAATAAGTTCAAA
* * * * * *
119236 TAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAC
441 TAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** ** * * * *
119301 AATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTGGGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAAC
506 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
** * * * * * *
119366 TTAATAACCAAGAA-A-ATAAAAAA-AAA-ATATTTGCCGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTA
571 TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *** * * ** * *
119426 TATGAATGGTTATCTATTTTAAATCATTATGA-CATTTTCTTTCGTCACAAAACAATTATTT-TG
634 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA
** * * *
119489 TTTGTACAAGCTGATTCGGA
698 TTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * *
119509 TTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAG-ATTAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATAAATA
* * * * ** * * * * *
119572 TGTTTATCAAATCATTTCAAAT-GGTAAAACTATTAGAATAACTATATACTTCAAAT-AGTTCTG
64 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * *
119635 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTCAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAC
128 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT-C
* * *** * * *
119700 TATTTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA
189 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
* * * * * * * * *
119765 AGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGT
254 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** ** *
119830 CATAAAATAATTGTTTC-AGTAAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATA
319 CATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
119894 TTTCCTAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTAAAATAAT
382 TTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
119958 TATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
445 TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
120023 ATTT-TGTATCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAA-ATTAATTGATTAATATTTCAAAAATT
510 GTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * *
120085 AATAAGTAACAGA-TTAAAACGATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
573 AATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
120149 GAACAATTATCAATCTCAAATCATTA-AAT-TCTTTGTTTCATCATAAAATAATTAATTT-TAAT
637 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTCTATT
*
120211 CATAAAAGCTTATTTG-A
700 CATACAAGCTTATTTGAA
* * *
120228 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAAT
1 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TT-AAAAATAAAT
* * ** ** * *
120292 GTGTTTGCTGAATCAA-TTCAAATAGTTAAAAACTAGTAGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTC
63 ATGTTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-
* * * * * * * *
120355 A-GACTTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATGTCTTACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAA
125 ATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAT-TCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAA
* * * *** * *
120419 TCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAA-ATATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACT
187 T-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * * *
120483 GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATTTATGTAAAATCATTATGACCTTTTGT
249 GAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * *
120548 TTTGACATAGAACAATTGTTTC-AGTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCT
314 TTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
120612 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAATTAAA
377 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAA
* * * * * * * *
120676 ATAGTTATGACTACTTAAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAA
440 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * ** *
120741 CAATTGTTTCAATTCATACAAACTTGTTCAAAAAAAAATAATTTTAATTTATTAATATTCTAAAA
505 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* ** * * *** * * *
120806 ATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTTGAATC-AGTTCAAATAATTATG-GTC
570 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-
* * * * * ** * * *
120869 ATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCATTATCAACTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTA
633 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA
* *
120934 -TCATACATGCTTATTCGAA
698 TTCATACAAGCTTATTTGAA
* * *
120953 ATAAAATAATACTAATTTATTAGTCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATAAATAT
** * * **
121017 GTTTACCGCATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TGTAAGCTTCAAATTGTTAT
65 GTTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-A-TTTCAAATCATTAT
* * * ** *
121079 AACATTTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-AAGCTTATACAAAATAAAATAA
127 GAC---CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* * * * *
121143 TAC-AACTCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAAAATACT-AATTTGTTT-G
187 T-CTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTAC
* * * ** * ** * * *
121204 TCGAACTAGTT-AAGTGGTTAAGACTATACGAACAATTATCTAATTGAAATCATTATGATCTTTT
248 T-GAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * *
121268 GTCTTGTCATAAAACAAAATTTTCAATTCATACTAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATT
312 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT-AATT
* * **
121331 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTAAAAAAT---TCTATTTACCTAACCAA-TT
374 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAAGTT
* * * *
121391 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
437 CAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * * *
121456 AAATAAATGTTTTTGTTC--AGAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTAA
502 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * ** * *
121519 AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGAA
567 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
121580 TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTTTTCTCTTAT-AAAATAATAGTTT
632 TATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGT-T-TTATCATAA-AACAATTA
* *
121643 TTTTTTTTCATACAAGCTTATTT-AGA
692 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-A
* * ** * *
121669 TTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAACTAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAA-TAAATA
** * * * *
121733 TGTTTATTGAACT-AGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTAT
64 TGTTTA-CCAAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** *
121796 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTCAGTTCATGTAAGGTTATTCAAAATAAAATAAT
127 GACC-TTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTATTTCA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT
* ** * * * * * * * *
121860 ATTGTGTTATTAGTGTTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAATGAC
188 CTAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * ** * ** * * *
121925 CAAGTTTAAATAATTATGA-TCATTTGAATGATTATCGATTTGGAATCGTTATAACCTTTTGGTT
252 CAAATTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** *
121989 TGTCACAAAA-ATGATTTTTTCTATTCATACAAGATTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATT
316 TGTCATAAAACA--ATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
122053 AATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAA
378 AATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAA
* * * *
122117 TCGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAA
441 TAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * * *
122181 ACAATTGTTT-TTTTCCATATGAGCTTATTC-GAATTAACATAATATTAATTTATTAATTTTTTG
504 ACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * ** *
122244 ACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATATGTTTACTGAACAAGTTCCAATAGTTATGAC
567 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
122307 TATTTGAATAATTATCTACTTCAAATC
632 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
122334 TCTTAATTAT
Statistics
Matches: 5027, Mismatches: 1073, Indels: 566
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
686 2 0.00
687 84 0.02
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689 19 0.00
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708 1 0.00
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729 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (717 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAATAAATATG
TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATCTAATTTA
TTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAA
ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAT
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
AA
Found at i:119742 original size:537 final size:538
Alignment explanation
Indices: 118562--121461 Score: 1509
Period size: 541 Copynumber: 5.4 Consensus size: 538
118552 AATTGTTACT
* * * *
118562 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA-TATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATG
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
118626 CTAATTTATTAATATTTCATG--AATTAATAAG--AGATTTAAAAAAG-AAATCTAGTTGCTGAA
64 CTAATTTATTAATATTT--TGAAAATTAATAAGAAAGATTT-AAAAAGTAAATCTAGTTGCTGAA
* * * ** * *
118686 CCAGCTCAAATAGTTATGACT-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCT
126 CCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
* * *
118749 ATCATAAAATAATTGGTTCTATTTATACAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAAT
191 GTCATAAAATAATTGGTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATAAT
** * ** *** * * *
118814 ATTTTGAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAAATATTCTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTT
256 ATTTTGAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATAAAATATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTT
* ** * * * *
118879 AAAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
321 AAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTCGTCACAAAACAATTA
* * * *
118944 TTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTAT
386 TTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAACTAAT
* * * * * * *
119009 AAGTAAAAGATTTAGAAAAGAATTCTATTTTCGAAACCAGTTCAAAGAATTATAACTATTTGCAC
451 AAGCAAAAGATTTAAAAAAAAATTCTATTTTCGAAACCAGTTCAAAG-AGTAAAACTATTAGAAC
* * * *
119074 AATTATCTATTTCAAATCATTATT
515 AACTATATACTTCAAATCATTATG
* * ** * * *
119098 ACTTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGTTTTTATTAATGT-AAGTTTGTT-TGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-AT-TCAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT
** * **
119161 GA-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAAT-TAGCTTGCCA
63 -ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AAGAA-AGATTTAAAAAGTAAATCTAG-TTGCTG
*
119224 AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
124 AACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
* * * ** * *
119289 TTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTGGGAATAAAATAATACA-AATTTAAT
189 TTGTCATAAAATAATTGGTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-ATAATTTAAT
* * *
119353 AATATTTTGAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAAAAA-AAAATATTTGCCGAACCAATTTAAATA
253 AATATTTTGAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATAAAATATTTGCCAAACCAATTCAAATA
* ** * *
119416 GTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTCTTTCGTCACAAAACAA
318 GTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTCGTCACAAAACAA
*** ** ** * * *
119481 TTATTT-TGTTTGTACAAG-CTGATTCGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAA
383 TTATTTCAACTCATACAAGCCT-ATTCAAAATAAAATAAAACTAATTT-ATTAATATTTAAAAAA
* * * *
119543 CTAATAAGCAAGAGA-TTAAAAAATAAATT-TGTTTATC-AAATCATTTCAAATG-GTAAAACTA
446 CTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAA-AAATTCTATTT-TCGAAACCAGTTCAAA-GAGTAAAACTA
* *
119604 TTAGAATAACTATATACTTCAAAT-AGTTCTG
508 TTAGAACAACTATATACTTCAAATCA-TTATG
* *
119635 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTCAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-ATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
119700 TATTTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAAT
65 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AAAGATTTAAAAAGTAAATCTAG-TTGCTGAAC
* * * *
119764 AAGTTCAAATAGTTATT-ATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGA-TT
127 CAGTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-ATTT
* ** ** ** *
119827 TGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTAAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATTCTAATTTATTA
190 TGTCATAAAATAATTGGTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATA
*** ** * * ** * * *
119891 ATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTAAAAT
254 ATATTTTGAAAATTAATAACCAAGAGAA-ATAAAAAATAAA-ATATTTGCCAAACCAATTCAAAT
* *** * * * * * * * * *
119955 AATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
317 AGTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTCGTCACAAAACA
** * * ** * * *
120020 ATTATTTTGTA-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AAATTAATTGATTAATATTTCAAAAA
382 ATTA-TTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAA
* * * * * * * * **
120083 TTAATAAGTAACAGA-TTAAAACGATAAA-TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTA
446 CTAATAAGCAAAAGATTTAAAA--AAAAATTCTATTTTCGAAACCAGTTCAAA-GAGTAAAACTA
* *
120146 TTTGAACAA-T-TATCAATCTCAAATCATTA--
508 TTAGAACAACTATAT-ACT-TCAAATCATTATG
** ** * * * * ** * *
120175 AATTCTTTGTTTCATCATAAAATAATTAATTTTAATCATAAAAGCTTATT-TGATTAAAAATAAT
1 ACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTATTCAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAAT
* *** * * *
120239 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCTGA
63 ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAGTAAATCTAG-TTGCTGA
* * *** * * * * *
120303 ATCAATTCAAATAGTTAAAAACTAGTAGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTCA-GACTTTTTGT
125 ACCAGTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTAT
* * * * * *
120366 TTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTCT-TACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATCCA-AATTT
188 TTTGTCATAAAATAATTGGTTCTAT-T-TATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-AATAATTT
* * * * * ** * * * **
120428 -ATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGT
250 AAT-AATATTTTGAAAATTAATAACCAAGAGAAAT-AAAAAATAAA-ATATTTGCCAAACCAA-T
* ** * * * * * * * * * * * *
120491 TTAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATTTATGTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAT
311 TCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTCGTCAC
* * ** * * * * *
120556 AGAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAA-TAATTTCTTAATATTT
376 AAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
120620 CAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAATA--AATTAAAATAGT
440 AAAAAACTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAA-AAATTCTATTT-TCGAA-ACCAGTTCAAAGAG-
** * * * * * **
120681 TATGACTACTTA-AACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATG
500 TAAAACTA-TTAGAACAACTATATACTTCAAATCATTATG
* * * * * * * **
120720 ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAACTTGTTCAAAAAAAAATAATTT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-ATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
120785 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTTGAATC
65 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-GAA-AGATTTAAAAAGTAAATCTAGTTGCTGAACC
* * * * * * *
120850 AGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCATTATCAA-CTTTTGTTTG
128 AGTTCAAATAGTTTTGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTATTTT
* * ** * * * * * *
120913 GTCATATAACAATTTTTTTTA-TCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGT
191 GTCATAAAATAATTGGTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATAAT
* ** ** ** * * ** *
120977 CTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGCATCAATTCAAATAGT
256 ATTTTGAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATAAA-ATATTTGCCAAACCAATTCAAATAGT
** * * * ** * * *
121041 TATGACTATTTGAA-AATT-TGTAAGCTTCAAATTGTTATAACATTTTTTGTTATGTCATAAAAC
320 TAAAACTATATGAATAATTATCT-A-TTTCAAATCATTATAACATTTTCT-TT-CGTCACAAAAC
**** * * * * * **
121104 AATTATTTTTGTTCATA-AAGCTTATACAAAATAAAATAATAC-AACTCTAATAATATTCCAAAA
381 AATTATTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAACTAA-TTTATTAATATTTAAAAA
* * ** * * * *
121167 ATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAATACTAATT-TGTTTGTCG-AACTAGTT--AAGTGGTTAAGA
445 ACTAATAAGC-AAAAGATTTAAAA-AAAAATTCTATTT-TCGAAACCAGTTCAAAG-AG-TAAAA
* * * *
121227 CTA-TACGAACAATTATCTAATTGAAATCATTATG
505 CTATTA-GAACAACTATATACTTCAAATCATTATG
* * * *
121261 ATCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCAATTCATACTAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAATT-ATTC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* ** * * * *
121323 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGA-TT-AAAA--AATTCTATTTACCT-
63 ACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-GAA-AGATTTAAAAAGTAAATCTAGTT-GCTG
* * * * * *
121383 AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
124 AACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT
121448 TTGTCATAAAATAA
189 TTGTCATAAAATAA
121462 ATGTTTTTGT
Statistics
Matches: 1848, Mismatches: 407, Indels: 217
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
534 4 0.00
535 1 0.00
536 75 0.04
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545 9 0.00
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Consensus pattern (538 bp):
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AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAGTAAATCTAGTTGCTGAACCAGT
TCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAT
AAAATAATTGGTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTT
GAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATAAAATATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAAAC
TATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTCGTCACAAAACAATTATTTCA
ACTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAACTAATAAGCA
AAAGATTTAAAAAAAAATTCTATTTTCGAAACCAGTTCAAAGAGTAAAACTATTAGAACAACTAT
ATACTTCAAATCATTATG
Found at i:120748 original size:904 final size:887
Alignment explanation
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Period size: 898 Copynumber: 7.9 Consensus size: 887
115220 TTGTTTTAAC
* * *
115230 ATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAG-AGA-TTTAAAAAAT-AATTCT
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* * ** * * * * * * *
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* * * *
115420 AATCTATTAATATTTC--AAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTACTTATCAAA-CT
193 AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC-
* ** * * ***
115479 AGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGAA
257 AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
115543 TTATAAAACAATAATTTATGT-TCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAA
321 TCATAAAACAATTATTT-TGTATCATATAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAA-ATTAATTTATTAA
* * * * * *
115606 TATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTCTAAAA-ATAAATATGTTTATCAAACTAGA-TCAAAT
383 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T-TAAAAGATAAAT-TATTTACCAAACCA-ATTCAAAT
* * * *
115669 A-TTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTAT-TTTGTCATAAA
444 AGTT-ATGACTATTTGAA-AATTATCAATCTCAAATCATTA--A-ATTCTT-TGTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
115731 AGAAAT-GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAATCCA
503 ACAATTAATTTTA-TTCATAAAAGCTTATT-AGAATAAAAATAATAC-AATTTAATAATATTCCA
* * * * * ** *
115794 AAAGTTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATAATTATA-A
565 AAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAC-AA-TTAAATAGTTA-AGA
* ** * * *** * **
115857 CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTTTTTT
627 CTATACGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAA--AAAATTTTT
* * * * * * *
115922 CTAT-TCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATCAATAA
689 C-ATGTCTTACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * * *
115986 GTAAAAAATTCTAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGA-TCAAATAATCATGATTATTTGAATA
752 GCAAGAGATT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC-A-ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
116050 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAA
813 ATTATATA-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAA
*
116115 GCTTATTCAAA
877 GCTTATTCAGA
* ** * * *
116126 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-GAAGAG-TTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * * * *** *
116191 ATTTATTGAACAAATTTAAATAATAAT-AACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGGTATGA
64 GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATAA
** * * * ** *
116255 CCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-GACAAAATAAAATAATT
* *** * *
116319 CAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
191 CTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
* ** *** * * **
116383 TAAGTTCAAAT-CGTATGTTTA-TTAAATCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGA-CTTTT-TTT
255 TCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAAT-AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
116444 T-TCATAAAACAATTA-TTTCTATTGATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATA
319 TGTCATAAAACAATTATTTTGTA-TCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA-ATTAATTTATT
** * * * *
116506 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAA
381 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAGATAAAT-TATTTACCAAACCAA-TTCAAA
* * * * * *
116570 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTCTTTTGTAATAAAA
443 TAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCAATCTCAAATCATTA-AATTC-TTT-GTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * *
116634 CACTT-GTTTCAATTCATATACGCTTATTTGAAGT-AAGATAATATTAATTTATTAATATTCCAA
504 CAATTAATTT-TATTCATAAAAGCTTATTAGAA-TAAAAATAATA-CAATTTAATAATATTCCAA
*** * ** * * * *
116697 AAATTAATGTGTAAGAGAA-TT-AAAAA-AAATATGTTTACCAAATAAGTCCAAATAGTTATGAT
566 AAATTAATAACTAAGA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAA-T-TAAATAGTTAAGAC
* * * * * **
116759 TAT-CTAAACAATTATCTATTTCATAA-CATTATGAC-CTTGGTTTTGTCATAAAACAATGGGTT
628 TATAC-GAATAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAAAAAT-TTTT
* * * * ** *
116821 CTAT-TCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
689 C-ATGTCTTACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * * * ** * *
116885 ATAA-A-ATTTTAAAAATATATATATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAA
752 GCAAGAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AACA-ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * *
116948 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAA
814 TTATATA-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCACAAAA
* *
117012 GCTTTTTCTGAA
877 GCTTATTCAG-A
* * * * *
117024 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGAG-TTTAAAAAATAAATTT
* * * * * ** * * *
117089 ATTTA-CCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
64 GTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATAA
* * * ** *** *
117153 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATTCT
* * ** *
117218 AGTTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-C
193 AATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * * * *
117281 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG-ATCCATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTT
257 -AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAAT-AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** * *
117345 ATCGTAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATATCT-ATCTATT
320 GTCATAAAACAATTATTTTGTA-TCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA-AT-TAATTTATT
** * * ** *
117407 AATATTTTGATAATTAATAAG-AA-A-TTTAAAA-ATGAAATATATTTACCAAAATAGTTCAAAT
381 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAGAT-AAAT-TATTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * *
117468 AGTTATGACTATATGAACAATT-TAAATCTCCAATCTTTATGA-TCTTTATTTGTCAAAAAACAA
444 AGTTATGACTATTTGAA-AATTATCAATCTCAAATCATTA-AATTCTTTGTTTGTCATAAAACAA
** * * * *
117531 TTTTTTTCTTTTTATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAA
507 TTAATTT-TATTCATAAAAGCTTATT-AGAATAAAAATAATAC-AATTTAATAATATTCCAAAAA
* * * * **
117595 TTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-
569 TTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAA-CAATT-AAATAGTTAAGACTATA
* * ** * * * *
117659 CAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA-GT
632 C-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAAAAATT-TTTCATG-
* ** * * * *
117723 TCATACAAGCTT-AATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAATATTAA-AGAGCAA
693 TCTTACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATA-AGCAA
* * * * * *
117786 GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTGAAATTGATT-TGACTAGTAGAACAATT
756 GAGA-TT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACAA-TTTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
117850 ATCTGTTTAAAGTCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTAGTTCATAAAAACT
816 ATATATTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCT
*
117915 TATT-TGAA
880 TATTCAG-A
* * * * * * **
117923 ATAAAATAATACTACTTCT-TTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTATAGC
1 ATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGAG-TTTAAAAAATAAATT
* * * * * ** * * * *
117987 TGTTT-TCTGAATCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG
63 TGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATA
* * * ** ** *
118051 ATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTATTC-ATATAAAAATAAT
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTAGACAAAAT-AAAATAAT
* * * * * **
118113 ACTAATTTAATAATA-TCCTAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAA
190 TCTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
* * * * ** * * * *
118173 A-CTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATCTTTTGTT
254 ATC-AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** * * * *
118237 TGGTCATATAATAATTA-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
318 TTGTCATAAAACAATTATTTTGTA-TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-ATTAATTTATT
* * * * * * *
118301 GACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-C---TCAA--C--
381 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAGATAAAT-TATTTACCAAACCAATTCAA
* ** * **
118357 A-A-TTAT--CTATTT--AAA--ATC-AT-T---ATGA--CCATT-TAT-TTTGAAATAAAACAA
442 ATAGTTATGACTATTTGAAAATTATCAATCTCAAATCATTAAATTCTTTGTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * *
118405 TT-ATTTTAGTTTATAAAAGCTTACCCAAAAT-AAAATAAGA-ATACTTTATTAATATTTCAAAA
507 TTAATTTTA-TTCATAAAAGCTTA-TTAGAATAAAAATAATACA-A-TTTAATAATATTCCAAAA
* * * * * * * * *
118467 ATTACTAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTT-ATAGAATTAGTTCAAATAATCATGGC
568 ATTAATAA-CTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTGCT-GAA-CAATT-AAATAGTTAAGAC
* *** * * * ** * *
118529 CATTTAAACAACTATCTATTTTAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
628 TATACGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACTTTTTG-TTTGTCATAAAAAAATT-TTTC
* * * **
118592 -T-TCAATATACAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCATGAATTAAT
690 ATGTC--T-TACAAGCTTGTTT-GAAATAAAATAATACAAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** *
118654 AAG--AGA-TTTAAAAAAGAAATCTAG-TTGCTGAACCAGCTCAAATAGTTATGACT-TTTGAAC
750 AAGCAAGAGATTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-AA-CAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * * * *
118714 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAATAATTGGTTCTA-TTTATAC
812 AATTATATA-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCACAA
*
118777 AAGCTTCTTC-GAA
875 AAGCTTATTCAG-A
* * ** * *
118790 ATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAAAT--ATTC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-GAAGAG-TTTAAAAAATAAATT-
** * * * * * * *
118853 TGTTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTTA-AAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
63 TGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTAT
* * * ** * *
118916 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCCTATTCAAAATAGAATAAAA
126 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAGACAAAATAAAAT-AAT
** * * * *
118981 T-TAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAA-AAGATTTAGAAAAGAATTCTATTT-TCGA
190 TCTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-A
* * * * * * * * *
119043 AACCAGTTCAAAGAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTT
253 AATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
119108 TTGTCAGAAAACAATTGTTTT-TATTAATGTAAGTTTGTTTGAAATAAAAT-AATGATAATTTAT
318 TTGTCATAAAACAATTATTTTGTA-TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAT--TAATTTAT
* * * *
119171 TAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAA-AGTAAATTAGCTTGCCAAACCATTTCA
380 TAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGA-TTAAAAGA-TAAATTA-TTTACCAAACCAATTCA
* * * *
119234 AATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT-TTAT-TTTGTCATC
441 AATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCAATCTCAAATCATTA-AA--TTCTT-TGTTTGTCATA
** * * ** ** * **
119297 AAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTGGGAAT-AAAATAATACAAATTTAATAATATTTT
501 AAACAATTAATTTTATTCATAAAAGCTTATT-AGAATAAAAATAATAC-AATTTAATAATATTCC
* * * * * *
119361 GAAACTTAATAACCAAGAAA-ATAAAAAA-AAA-ATATTTGCCGAACCAATTTAAATAGTTAAGA
564 AAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAA-CAA-TTAAATAGTTAAGA
* ** * * * * *
119423 CTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTCTTTCGTCACAAAACAATTATTT-
627 CTATACGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAAAAATT-TTTC
* * * * * *
119487 -TGTTTGTACAAGC-TGATTCGGATTAAAATAATACTAATTTCATAATATTTCAAAAACTAATAA
690 ATGTCT-TACAAGCTTG-TTTGAAATAAAATAATACAAATTT-ATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * *
119550 GCAAGAGATTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATC-ATTTCAAAT-GGTAAAACTATTAGAATAA
752 GCAAGAGATTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-CAATTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * ***
119613 CTATATACTTCAAAT-AGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTCAA
814 TTATATA-TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAA
119677 GCTTATTCAGA
877 GCTTATTCAGA
* * * ** * *
119688 ATAAATTAATACTATTTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGAG-TTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
119753 GTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAA
64 GTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATAA
* * * ** *
119817 CCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTAAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATTCT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATTCT
119882 AATTTATTAATATTTCCT-AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
193 AATTTATTAATATTT-CTAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * *
119946 AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
257 AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
120011 CATAAAACAATTATTTTGTATCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAATTAATTGATTAATATT
322 CATAAAACAATTATTTTGTATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAATTAATTTATTAATATT
* * *
120076 TCAAAAATTAATAAGTAACAGATTAAAACGATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAT
387 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAA-GATAAAT-TATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAT
* *
120141 GACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAATTCTTTGTTTCATCATAAAATAATTAATT
450 GACTATTTGAA-AATTATCAATCTCAAATCATTAAATTCTTTGTTT-GTCATAAAACAATTAATT
* * * *
120206 TTAATCATAAAAGCTTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
513 TTATTCATAAAAGCTTATTAGAATAAAAATAATAC-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
* *
120271 TAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAAAAACTAGTA-GAATA
577 TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAA-CAATT-AAATAGTT-AAGACTA-TACGAATA
* *
120335 ATTAT-TATTTCAAATCATTCA-GACTTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATGTCTTACA
638 ATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAAAAATT-TTTCATGTCTTACA
* * ** * *
120398 AGCTTGTTTGAAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAATATTTG
700 AGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTAT-AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TT-
* * *
120463 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATTTATGTA
762 AAAAAATAAATCTGTTTACT-AACAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT-TC
* * * *
120528 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAGAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCTTATCCAAA
824 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCTTATTCAGA
* * *
120592 ATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGAGTTT-AAAAAATAAATTT
* * * * * * *
120657 GTTTATCGAATAAATTAAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGAC
64 GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATAAC
* * * * * *
120722 TTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAACTT-GTTCAAAAAAAAATAATTTT
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAG-ACAAAATAAAATAATTCT
* ** * * * **
120786 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTTGAATC
193 AATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
** * * * *
120850 AGTTCAAATAATTATGGTCATTTCAATAATTATTTATTTCAAATCATTATCAACTTTTGTTTGGT
257 AGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
120915 CATATAACAATT-TTTTTTATCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTCT
322 CATAAAACAATTATTTTGTATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATAT
* * * ** *
120979 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGCATCAATTCAAATAGTTAT
386 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAGATAAAT-TATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAT
* * ** *
121044 GACTATTTGAAAATT-TGTAAGCTTCAAATTGTTATAACATTTTTTGTTATGTCATAAAACAATT
450 GACTATTTGAAAATTAT-CAATC-TCAAA-TCAT-TAA-ATTCTTTGTT-TGTCATAAAACAATT
* * * * *
121108 ATTTTTGTTCAT-AAAGCTTA-TACAAAATAAAATAATACAACTCTAATAATATTCCAAAAATTA
509 AATTTTATTCATAAAAGCTTATTAGAATA-AAAATAATACAA-TTTAATAATATTCCAAAAATTA
* * * * * *
121171 ATAACTAAGAGATTTAAAATACT-AATTTGTTTG-TCGAACTAGTTAAGTGGTTAAGACTATACG
572 ATAACTAAGAAATTTAAAA-AATAAATATGTTTGCT-GAAC-AATTAAATAGTTAAGACTATACG
* * * *
121234 AACAATTATCTAATTGAAATCATTATGA-TCTTTTGTCTTGTCATAAAACAAAATTTTCAAT-TC
634 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGT-TTGTCATAAAA-AAATTTTTC-ATGTC
* * * * **
121297 ATACTAA-CTT-ATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAA
695 TTAC-AAGCTTGTTTGA-AATAAAATAATACAAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AA
* * * *
121359 GAGATTAAAAAAT---TCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
756 GAGATTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-CAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
* * ** * * *
121421 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTT--CAGAAGTTTGT
819 TA-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCTTAT
*
121484 TTAGA
883 TCAGA
* *
121489 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATTTGT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
121552 TTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGAATATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTC
66 TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATAAC-C
* * * * * *** *** * * *
121617 TTTT-TTCTCTTATAAAATAATAGTTTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATAC
130 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-A-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATTC
* * * * * * **
121681 TAATTTATGAATATTT-TGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATATGTTTATTGAA-
192 TAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT
* * * *
121744 CTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTT
256 C-AG-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
121808 TGTCATAAAGA-AATTATTTCAGT-TCATGTAAGGTTATTCAAAATAAAATAATATT-GTGTTAT
319 TGTCATAAA-ACAATTATTT-TGTATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-ATTAAT-TTAT
* * * * * * *
121870 TAGT-GTTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA--ATGACCAAGTTT
380 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAGATAAAT-TATTTACCA-AACCAA-TTC
* * * * ** * * *
121932 AAATAATTATGA-TCATTTGAATGATTATCGATTTGGAATCGTTATAACCTT-TTGGTTTGTCAC
440 AAATAGTTATGACT-ATTTGAA-AATTATCAATCTCAAATCATTA-AA--TTCTTTGTTTGTCAT
* * * * *
121995 AAAA-ATGATT-TTTTCTATTCATACAAGATTATTTTGAAT-AAAATAATACAAATTTATTAATA
500 AAAACA--ATTAATTT-TATTCATAAAAGCTTA-TTAGAATAAAAATAATAC-AATTTAATAATA
* * * * * * *
122057 TT--AAGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATC
560 TTCCAA-A-AATTAATAACTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAA-TT-AAATA
* * *** * *
122119 GTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
620 GTTAAGACTATACGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-TTTTTG-TTTGTCATAAAAA
* * * ** * * * * ** * ** *
122183 AATTGTTT-TTTTCCATATGAGCTTATTCGAATTAACATAATATTAATTTATTAATTTTTTGACA
682 AATT-TTTCATGT-CTTACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACAAATTTA-TAATATTTCAAAA
* * ** * **
122247 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-AAATATGTTTACTGAACAAGTTCCAATAGTTATGACTATT
744 ATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AACAA-TTTAAATAGTTATGACTATT
* *
122311 TGAATAATTATCTACTTCAAATC
807 TGAACAATTATATA-TTCAAATC
122334 TCTTAATTAT
Statistics
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Consensus pattern (887 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGT
TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATTCTAAT
TTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTT
CAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTTGTATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAATTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAGATAAATTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAAAATTATCAATCTCAAATCATTAAATTCTTTGTTTGTCATAAAACAATTAATTTTATTCAT
AAAAGCTTATTAGAATAAAAATAATACAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAAATT
TAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAATTAAATAGTTAAGACTATACGAATAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAAAAATTTTTCATGTCTTACAAGCTTGTTTGAAATAA
AATAATACAAATTTATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAATAAATCTGTTTAC
TAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCTTATTCAGA
Found at i:122956 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 122560--124226 Score: 1263
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 180
122550 AACATATAAC
* ** * * ** *
122560 AAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAGTAAATAATTGCTT-AAGCAATCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * *
122624 GTTTA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAGGAAT
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* * * * *
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* * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
122803 TTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-
66 TTAGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG
* * * *
122867 TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTACTATGAATTTAAA-AATTATTTTATGAT
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* * * * *
122918 AAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGG
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * * *
122983 TTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTCAAATATTATTAGATTAGT
66 TTAGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
123048 ATTATTTTATTTCAAATAGGCTAGTATGAATTGAAATAATTATTTTATAAC
130 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGAT
* * ** * * *
123099 AAAACAAAAGG-CTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAACAGTCATAACAATTTGAACT-
1 AAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * *
123162 AGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATT
65 A-TTAGGTAAACAA-A-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * ** * *
123222 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATG--TTCAAAACCAATTGGTATATGAC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATT-AAAA-CAATTATTTTATGAT
* * * * * * * * * *
123276 CAAACAAAAGATAACAATGATTTGAAATAAATAATTGTT-AACATAGCCATAATTATTTCAACTC
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * ** * * *
123340 TTTCA-ATAAACAGATTCACATTTTAAATCACTTACTTATTAGTTTTTTAAATATTAATAAATTA
65 ATT-AGGTAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
123404 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAT
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGAT
* * * *
123457 AAAACAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCTTAACTATTAGAACTG
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * *
123521 TTTCA-GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTT-AAATATTATTAAATTA
65 ATT-AGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
123584 GTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTA-TATGAACTAAAACAATTATTTTCTAAT
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGAT
* * * * * *
123637 GAAA-TAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TA--GGAGCTGA
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
123689 TTTGGTAACCAAAATTTTTTTTTAAATATGC-TACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA
66 TTAGGTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
123752 GTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATG-ATGAAAAGCAATTGTTTTATGAT
128 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAA-CAATTATTTTATGAT
* * * * * * * * **
123805 AAAGCAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTAGAACCAA
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** * * * * * *
123869 TTCGATAAACTATCTTA-TTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAAT
66 TTAGGTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** * * *
123933 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAGCAATTGTTTTATGAT
130 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGAT
*** *
123984 AAAACAAGAA-GTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * * * * *
124048 G-TTTGGTAAACAATTTTTTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATT
64 GATTAGGTAAACAA-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
** * *
124111 AGTATTATTTTATTAGGAATAAACCT-GTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACT
127 AGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTAGTATGAA-TTAAAACAATTATTTTATGA-T
* * * * * * *
124166 -AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCTAATAATCTTAACAATTTGAAC
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
124227 CAGTACAACA
Statistics
Matches: 1184, Mismatches: 238, Indels: 131
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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168 63 0.05
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170 2 0.00
171 4 0.00
172 1 0.00
174 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
TTAGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGAT
Found at i:123427 original size:358 final size:349
Alignment explanation
Indices: 122579--123597 Score: 1009
Period size: 358 Copynumber: 2.8 Consensus size: 349
122569 AGTCATAATA
* *
122579 ATTTGAAGTAAATAATTGCTTAAGCA-A-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTG-TTAA-CATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAATAAACAGATTTA
* * * *
122642 TTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTGAAATATTAATAGGAATCAGTATTATTTTATTTCGAAT
63 CTTTTTAAATCCTTACTTATTATTTTTCAAATATTAATA--AATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** ** * *
122704 AAACTTA-TATGAATAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
126 AGGC-TAGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * *
122768 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTC
190 ATAATTGTTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TC
*
122833 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTACTATGA
251 -T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAG--ACTATGA
* * * * * * *
122897 ATTTAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACG
310 ATTTAAAAATTAGTATATGACAAAACAAAAGATAACAACG
* * * * * * *
122937 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAAATTTAG
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTAACATAGTCATAACTATTTGAACTT--TTCAATAAACAGATTTAC
* * * *
123001 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTCAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
64 TTTTTAAATC-CTTACTTATT-ATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * **
123066 GGCTAGTATGAATTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGG-CTATAATGATTTGAAGTTTA
127 GGCTAGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAAA
* *
123130 CAATTGTTCAAACAGTCATAACAATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCT
191 TAATTGTTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCT
*
123195 TATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CT-TGAATGTTCAA
254 TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACTATGAAT-TT--A
* * *
123258 AACCAATTGGTATATGACCAAACAAAAGATAACAATG
315 AA--AATTAGTATATGACAAAACAAAAGATAACAACG
* * * * *
123295 ATTTGAAATAAATAATTGTTAACATAGCCATAATTATTTCAACTCTTTCAATAAACAGATTCACA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTAACATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCAATAAACAGATTTACT
* *
123360 TTTTAAATCACTTACTTATTAGTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAG
65 TTTTAAATC-CTTACTTATTA-TTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAG
* * * * *
123425 GCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
128 GCTAGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * * *
123490 ATTATTCATAAAGTCTTAACTATTAGAACTGTTTCAGCAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
193 ATTGTTCA-AAAGTCATAACTATTTGAACTGTTT-GGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
*
123554 AGTTATTCATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
255 A-TTA---ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
123598 CAAAAAAGCT
Statistics
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ATTTGAAATAAATAATTGTTAACATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCAATAAACAGATTTACTT
TTTAAATCCTTACTTATTATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCT
AGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
GTTCAAAAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACTATGAATTTAAAAATTAGTAT
ATGACAAAACAAAAGATAACAACG
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126118 CATATGTTAG
*
126128 TCAAATATATG-AAGT-AAGCACAA
1 TCAAACATATGCAAGTCAAGCACAA
*
126151 TCAAACATATGCATGTCAAGCACAA
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*
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Statistics
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TCAAACATATGCAAGTCAAGCACAA
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126704 ATACAAGCTC
*
126714 ATACCAATTGTTGAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
126730 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
126746 ATA
1 ATA
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Statistics
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ATACCAATTGTTAAAG
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128682 GAACCAAGAA
128692 TCAATATATTCCATTTAAGCACATAATGT
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1 TCAATATATTCCATTTAAGCACATAATGT
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1 TCA
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TCAATATATTCCATTTAAGCACATAATGT
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CTACAAAAAGAGACCAAAG
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132442 GCTAACATTA
* * * ** * * * * * *
132452 TTTAAATCTCTTACTTATCAGTTTTTATTATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAACAAG
1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAG
* * * * *
132517 ATTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATAATTTGAGATAGATAA
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* * *
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* *
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1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAG
* ** * * *
132692 C-TTTATGAATAGAAGCAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATATTGATTTGAAATAAATAA
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* * * * *
132756 TTATTCAAATAACAATAACTATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTT
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* * * *
132807 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAACTAATATTATCTTATTCGAAATAAT
1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAAG
* * * ** *
132872 CTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
65 CTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * **
132937 TTGTTTAAAAAATCAAAACTATTTGAA--AGTGTCAAAAAAGCA-ATTTTATTT
130 TTG-TTCAAATATCATAACTATTTGAACTAGT-TCAGTAAA-CAGA-TTTATTT
** * *
132988 TAAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAG
1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAAG
** * * * * *
133052 CTTGCATGAAT-GAAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATA
65 CTTTTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
133116 ATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAAGGTT-GGTAAACATATTCATTT
129 ATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * * *
133168 TTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAG
* * * * **
133233 CTTATT-TGAATTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATATTTA
65 CTT-TTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * ** *
133297 ATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTT
129 ATTGTTCAAA-TATCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTA-TTT
* * * * * *
133350 TTTAAATCTTCTACTTATTAATTATCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAC
1 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAAG
* ** * * * *
133415 CTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTAAAGGCAAAACAGAAA-ATCATAATGATTTGAA
65 CTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAA
133472 CTTGTTCAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAGC
TTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATATCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTT
Found at i:133348 original size:361 final size:353
Alignment explanation
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132437 TCAAGGCTAA
* * * * * * *
132447 CATTATTTAAATCTCTTACTTATCAGTTTTTATTATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAA
1 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAA
* * * * * *
132512 ACAAGATTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATAATTTGAGATAGA
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* *
132577 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAAATTTAATTTTTAAA--TCT
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-CAATTT-ATTTTTAAATTTCT
* *
132640 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAAT
191 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGCATGAAT
* * * * *
132702 AGAAGCAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATATTGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
254 AGAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
** *
132767 ACAATAACTATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATT
319 ACAATAACTATTTGAACAAGCTCAGTAAACAGATT
* * * * * * *
132802 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAACTAATATTATCTTATTCGAA
1 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AA
* * * * * *
132867 ATAATCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATA
64 ATAAGCTTTT-TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** * * *
132932 GATAATTGTTTAAAAAATCAAAACTATTTGAAAGTG-TCAAAAAAGCAATTTTATTTTAAAAATT
126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-CAA-TTTATTTT-TAAATT
* *
132996 TTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGA
188 TCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGCATGA
*** * * * * *
133061 AT-GAAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAG
252 ATAG-AAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAA
* * ** *
133125 ATAGTC-ATAACTATTTGAACAAGGTTGGTAAACATATT
316 ATA-ACAATAACTATTTGAACAAGCTCAGTAAACAGATT
* *
133163 CATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
1 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAA
* * *
133228 ATAAGCTTATTTGAATTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATA
64 ATAAGCTT-TTTGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA
** * * * * * *
133293 TTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATC
126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-ATTTA--TTTTTAAAT-
* * * * * * * **
133358 TTCTACTTATTAATTATCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAACCTTGTACA
187 TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGCATG
* *
133423 AATAGAAACAATT-GTTTA-AAGGCAAAACAGAAA-ATCATAATGATTT
251 AATAGAAACAATTATTTTACAA--CAAAACA-AAAGGTCATAATGATTT
133469 GAACTTGTTC
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.01
355 55 0.11
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAT
AAGCTTTTTGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAATTTATTTTTAAATTTCTACTTA
TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACA
ATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAACAATAA
CTATTTGAACAAGCTCAGTAAACAGATT
Found at i:133761 original size:328 final size:327
Alignment explanation
Indices: 133153--133763 Score: 762
Period size: 328 Copynumber: 1.9 Consensus size: 327
133143 ACAAGGTTGG
* * *
133153 TAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * *
133218 TTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * * *
133283 ATTTGATATATTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTATT
130 ATTTCAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTCTGGTAAACAAATTCATT
*
133348 TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTATCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATA
195 TTTTTAAATCTTCTAATTATTAATTATCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATA
* *
133413 ACCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTAAAGGCAAAACAGAAAATCATAATGATTTGAACTTGTT
260 AACTTATACAAATAGAAACAATTGTTTAAAGGCAAAACAGAAAATCATAATGATTTGAACTTGTT
133478 CAA
325 CAA
* * *
133481 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTATT-AATATTAATAAATTTA-TATT
1 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-T-TTAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * *
133544 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAG
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* ** *
133609 TGATTTCAAATAAATAATTGTTTTAATTGTCATAATTATTTAAACTTGTCTGGTAAACAAATTCA
128 TGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTCTGGTAAACAAATTCA
* * * ** * *
133674 TTTTTTTAAATCTAT-TAATTATTAATTTTCAAAATATTGATAAATTGTTATTATTTT-ATTTCG
193 TTTTTTTAAATCT-TCTAATTATTAATTATCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-A
* *
133737 AATAAACTTATATAAATTGAAACAATT
256 AATAAACTTATACAAATAGAAACAATT
133764 CTTTTATGAT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 42, Indels: 10
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 3 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (327 bp):
TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTCAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTCTGGTAAACAAATTCATTT
TTTTAAATCTTCTAATTATTAATTATCAAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAA
ACTTATACAAATAGAAACAATTGTTTAAAGGCAAAACAGAAAATCATAATGATTTGAACTTGTTC
AA
Found at i:133929 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 133481--134117 Score: 548
Period size: 180 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
133471 ACTTGTTCAA
* *
133481 TAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-ATTAATATTAATAAATTTA-TAT
1 TAAACAAATTATA-CTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA-AAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * *
133543 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATA
63 TATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *
133608 GTGATTTCAAATAAATAATTGTTTTAATTGTCATAATTATTTAAACTTGTCTGG
128 ACGATTTGAAATAAATAATT-TTTAAATAGTCATAACTAATTAAACTAGTCTGG
** * * * *
133662 TAAACAAATTCATTTTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTCAAAATATTGATAAATT-GTTATT
1 TAAACAAATT-ATACTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG-TATT
* * * * *
133726 ATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAATTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
64 ATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
133791 CGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTAATTGATCTAGT-TCGG
129 CGATTTGAAATAAATAATT-TTTAAATAGTCATAACTAATTAAACTAGTCT-GG
* * * *
133844 TATACATATT-TACTTTTCAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTATACTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
133908 TTAAATTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AGCAGAACAAAAAGTCATAAC
66 TTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
133972 AATTTGAAATAAATAATTTGTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGA
130 GATTTGAAATAAATAATTT-TTAAATAGTCATAACTAATTAAACTAGTCTGG
* * * * * *
134024 TAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGTT--TT-T-GAAATATTAATAGATTAGTATT
1 TAAACAAATTATA-CTTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
134083 ACTTTATTCT-GAACAAACTTATATGAACA-AAACAA
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134118 CCAACAAACT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 74, Indels: 31
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.02
177 41 0.11
178 2 0.01
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182 138 0.37
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAAATTATACTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAAATAATTTTTAAATAGTCATAACTAATTAAACTAGTCTGG
Found at i:134529 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 134130--134729 Score: 464
Period size: 180 Copynumber: 3.3 Consensus size: 182
134120 AACAAACTTA
* * * *
134130 TATGAACAAAAATATTTG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAAAAATATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGC
* * * **
134194 TCAGATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAAATCTCTTACTTA
66 TCAGATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTAGACAAACATAATTATTTTTTAAAATCTCTTACTTA
* *
134259 TTAATTTATGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAG
131 TTAATTTATGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCTGAATAAGCTAC
*** **
134311 TATGAATTGAAAT-TTTGGTTTTATGAT-GAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGCAATAGATAAT
1 TATGAACAAAAATATTT-GTTTTATGATAG-AACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAAATAGATAAT
* * * *
134373 TGCT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGACAAACA-AATT-TATTTTT-AATTCTCTT
63 TGCTCA-GATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTAGACAAACATAATTAT-TTTTTAAAATCTCTT
* * * ** * * *
134434 AGTTATTAATTTTTGGAATATTGTTAGATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTC
126 ACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTAC
* * * ** * * * * * *
134491 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACAATGTGAAGTATACAATTGT
1 TATGAACAAAAATATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGC
* * * * * *
134556 TCAAATAGTCATAAATATTT-AACTGATTTGGTAGATAGAT--TTATTTTTT-AAA--TC-T-CT
66 TCAGATAGTCATAAATATTTGAACT-AGTTAG-ACAAACATAATTATTTTTTAAAATCTCTTACT
* * * **
134613 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-AGTATAATTTTATTCTGAATAAGCTTG
129 TATTAATTTATGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTAC
* * * * * * *
134667 AATGATCAAAGACATTTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATT
1 TATGAACAAAAATATTTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
134730 ATTGAAATGG
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 74, Indels: 37
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 92 0.28
177 2 0.01
178 2 0.01
179 5 0.02
180 131 0.40
181 32 0.10
182 65 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TATGAACAAAAATATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGC
TCAGATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTAGACAAACATAATTATTTTTTAAAATCTCTTACTTA
TTAATTTATGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCTGAATAAGCTAC
Found at i:135383 original size:520 final size:525
Alignment explanation
Indices: 134137--135395 Score: 1295
Period size: 520 Copynumber: 2.4 Consensus size: 525
134127 TTATATGAAC
* *
134137 AAAAATATTTG-TTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT-CAGA
1 AAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAGT
* * * **
134199 TAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACATA-ATTATTTTTTAAAATCTCTTACTT-ATTA
65 TA-CCATAATTATTT-AACTGATTAGGT-AA-ATAGATTA-TTTTT-AAATCAATTA-TTAATT-
* **
134262 ATTTATGAAATATTAATAAATTCATT-TTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAATT
122 -TTTA-GAAATATTAATAAATT-ATTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
** * * * *
134325 TTGGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATATTTTGCAATAGATAATTGCTATTATAGTCTTAA
183 TT-GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGCAACAGATAATTGCTATTATAGTCTTAA
* * *
134390 ATATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATAT
247 ATATTTGAACTACTTCGACAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATAT
* * * *
134455 TGTTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAG
312 TATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTATTTTATAATAG
* * * **
134520 AATAAAAGGTTATAACAATGTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAACTGATTT
377 AACAAAAGGTTATAACAATGTGAAG-AT--AA-TGGTCAAATACTCA-AAATATGAAACTGATTT
* * * *
134585 GGTAGATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATAATTT
437 GCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATAATTT
* *
134650 TATTCTGAATAAGCTTGAATGATC
502 TATTCTGAATAAGCTTGAATCATA
* * * * * * *
134674 AAAGACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAA-T
1 AAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT-AAAGT
** * * *
134738 GGCCATGATTATTTGACATGATTCGGTAAATAG---A---TT--A--AATTATTAATTTTT-GAA
65 TACCATAATTATTTAAC-TGATTAGGTAAATAGATTATTTTTAAATCAATTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
134792 ATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGACTAAAACGATTATTTGAT
129 ATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC-ATTGTTTTAT
* * * * *
134856 GACAAAAC-AAATGTCATAACAATTTGGAACAGATAATTG-TTTGTGTAGTCTTAATTGTTTGAA
192 GACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGCAACAGATAATTGCTAT-TATAGTCTTAAATATTTGAA
* * *
134919 C-ACTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
256 CTACTTCGACAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
* *
134983 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACT-ATTATTTTATAATAGAACAAAA
320 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAAC-AAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAA
** * * *
135047 GGTTATAATGATTTGAA-AT-A-GGT-AATTACTC-AAATA-GAAACT-AGTTTGCTAAACATAT
384 GGTTATAACAATGTGAAGATAATGGTCAAATACTCAAAATATGAAACTGA-TTTGCTAAACAGAT
* * * *
135105 TTATTTTTTAGATCTCTTATTAATTTTTGTAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
448 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCTGAATA
*
135170 AGCTTGTATCATA
513 AGCTTGAATCATA
* * * *
135183 AAAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGCTTTGAAATAGATAATTGTTAAAGTT
1 AAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAGTT
*
135248 ACCATAATTATTTAAACTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCAATTATTAATTTTTAG-
66 ACCATAATTATTT-AACTGATTAGGTAAATAGATT-A-TTTTTAAATCAATTATTAATTTTTAGA
* * * *
135312 AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGATTAAGGTTGTATGAATTGATACATTGTTTTATA
128 AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTGTTTTATG
135377 ACAAAACAAAATGTCATAA
193 ACAAAACAAAATGTCATAA
135396 TGATTTTAAA
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 98, Indels: 80
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
508 4 0.01
509 158 0.27
510 7 0.01
512 6 0.01
513 3 0.01
515 1 0.00
517 2 0.00
518 2 0.00
519 18 0.03
520 167 0.28
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525 6 0.01
527 1 0.00
530 2 0.00
534 1 0.00
536 3 0.01
537 12 0.02
538 58 0.10
540 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (525 bp):
AAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAGTT
ACCATAATTATTTAACTGATTAGGTAAATAGATTATTTTTAAATCAATTATTAATTTTTAGAAAT
ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTGTTTTATGACA
AAACAAAATGTCATAACAATTTGCAACAGATAATTGCTATTATAGTCTTAAATATTTGAACTACT
TCGACAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
TATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATA
ACAATGTGAAGATAATGGTCAAATACTCAAAATATGAAACTGATTTGCTAAACAGATTTATTTTT
TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCTGAATAAGCTTGAA
TCATA
Found at i:136018 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 135419--136167 Score: 604
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
135409 AAAATTCAGA
* *
135419 AAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** *
135484 TTAGTTTGGATAAG-TTTTTTGAACTA-AAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
66 TTA--TTCGATAAGCTTATTTGATC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACA
* * * * * * *
135547 ATTTTAACTAAGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAGCTTGTTCGGT
127 ATTTGAATTGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * *
135599 AAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATATATTTGGATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * *
135663 TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAAACATTTTATGATAAAA-AAAGGTCAAAACGA
65 TTTATTCG-ATAAGCTTATTTGATCA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAA
** * * * ** *
135726 TAAGAAATAGATAATTATTCTAATAGT--TTACTATTTGAACTAGTTAAAC
128 TTTG-AATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * * *
135775 AAACACA-TT-TTTTGTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTCAATTAGAATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T
** *
135837 TTTAACCGATTAAGCTTATTTGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAAT
65 TTTATTCGA-TAAGCTTATTTGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAAT
* ** *
135902 TTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCGAT
129 TTGA-ATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * *
135952 AAACAGATTTATTTTTTAAAATCTATTAG-TAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
136016 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAAT
64 TTTTA-TTC-GATAAGCTTATTTGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAC
* ** * * * * * * *
136081 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATT-TAGT
126 AATTTG-AATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T
*
136134 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
136168 TCTAAAACAA
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 99, Indels: 49
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 5 0.01
173 33 0.07
174 44 0.10
175 34 0.08
176 21 0.05
177 21 0.05
178 33 0.07
179 13 0.03
180 79 0.18
181 97 0.22
182 64 0.14
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCGATAAGCTTATTTGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTT
GAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
Found at i:136207 original size:125 final size:127
Alignment explanation
Indices: 136054--136286 Score: 303
Period size: 125 Copynumber: 1.9 Consensus size: 127
136044 AAAATAATTG
* * *
136054 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-GGCCATAATTA
1 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGG-AATAACTA
* *
136118 TTTTAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTATCTAAAACAATA
65 TTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTATCTAAAACAATA
* * *
136180 TTTTATGAA-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGGAATAACTA
1 TTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGGAATAACTA
** * * *
136243 TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTA
65 TTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTA
136287 TTAATTTTTC
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 13, Indels: 6
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
125 67 0.74
126 22 0.24
127 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (127 bp):
TTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGGAATAACTAT
TTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTATCTAAAACAATA
Found at i:136442 original size:303 final size:305
Alignment explanation
Indices: 135864--136468 Score: 684
Period size: 303 Copynumber: 2.0 Consensus size: 305
135854 ATTTGATCAG
* * * * * **
135864 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTC
1 AAACAATTATTTTATGAAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGGA
* *
135929 ATAACTATTCAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTATTAGTAATTAATTTTTG
66 ATAACTATTCAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTACTA-TAATTAATTTTTC
* * * *
135994 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
** * * ** * *
136059 TAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAA
195 TAACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACCATATGAA
* *
136124 CTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATCTA
260 CTAATTGAGTAAACAAATTTATTTTTCAAA--TCTTACTTATTATCTA
* ** *
136172 AAACAA-TATTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGGA
1 AAACAATTATTTTATGAAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGGA
** * * *
136236 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCT-CT-T-ATTAATTTTTCC
66 ATAACTATTCAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTACTATAATTAATTTTT-C
* * ** *
136298 AACT-TTGATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTTAAGCAATTGTTTTA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
136362 TGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAGCCATATGA
195 TAACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGCCATAACCATATGA
**
136426 ACTGGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTACTTATTA
259 ACTAATT-GAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTACTTATTA
136469 ATTTTTGAAA
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 47, Indels: 13
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
301 12 0.05
302 1 0.00
303 133 0.54
304 5 0.02
306 1 0.00
307 89 0.36
308 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (305 bp):
AAACAATTATTTTATGAAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGGA
ATAACTATTCAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTACTATAATTAATTTTTCA
AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
AACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACCATATGAAC
TAATTGAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTACTTATTATCTA
Found at i:136527 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 136169--137442 Score: 777
Period size: 176 Copynumber: 7.2 Consensus size: 176
136159 TACTTATTAT
* * ** * * *
136169 CTAAAACAA-TATTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
1 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
*** * * * *
136232 AGGAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATC-T-CTTATTAATTTT
66 AGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
136295 TCCAACT-TTGATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCATGTATGAA
130 T-GAAATATTAATAAATTTGTA-T--TTTATTTCGAATAAACTTATAAGAA
* * * * *
136345 CTTAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAA
1 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AA
* * * *
136409 TAGTCTTAGCCATATGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTACTTATTAATTTT
65 TAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTT
* * *
136474 TGAAATATTATTAAATTTGTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAAGAA
130 TGAAATATTAATAAATTTGTATTTTATTTCGAATAAACTTATAAGAA
* * * * * ** *
136521 CTTAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATTGATAATCGTTCATAT
1 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * ** * * **
136586 AGTCTTAACTATGTGAATTGGTTCTGCAATTAGATTTATTTTTT--TTCTTGGTTATTAAGTTTT
66 AGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAA-TTTT
* * * * * *
136649 TG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAA-ATAGTATGAA
130 TGAAATATTAATAAATT--T-GTATTTTATTTCGAATAAACTTA-TAAGAA
* *
136698 C-AAAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
1 CTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * * * *
136762 TAGCCAAAAG-TGTTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAA
65 TAGTC-TTAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTT-ATTAA
* * *
136825 TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAA
126 TTTTTGAAATATTAATAAATT--T-GTATTTTATTTCGAATAAACTTATAAGAA
* * * * *
136878 C-AAAACAATTGTTTTACT-ATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAA
1 CTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * *
136941 TAGT-TATA-CTTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATC-T-CTTATAAAA
65 TAGTCT-TAGC-TATTTGAACTGGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAAT
* * * * *
137001 TTTTGAAATATTAACAAATTAATTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGAGAG
127 TTTTGAAATATTAATAAA-T--TTGTATTTTATTTCGAATAAACTTATAAGAA
* * * * * *
137054 CTGAAATAATTGTCTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
1 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * ** * * * * *
137118 AATCTTAACTGTTTGAATTAGTTTAGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA-TT
66 AGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
137182 TTCATAATATTATTAAAATAGAATTACTT-TATTCTGAATAAACTTGTATGAA
129 TTGA-AATATTAATAAATTTGTATT--TTAT-TTC-GAATAAACTTATAAGAA
* * * * * * * **
137234 C-ATAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAA
1 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
137298 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-CTTACTAATTCT
65 TAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTT
* * * * * **
137361 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTG
130 TGAAATATTAATAAATT--T-GTATTTTATTTCGAATAAACTTATAAG-AA
*
137412 C-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACGAAAAG
1 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
137443 TAATAATGTT
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AGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTTGTATTTTATTTCGAATAAACTTATAAGAA
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136695 GAACAAAACC
*
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* * * * * * *
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66 ACTGTTTGAAATAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTGATGAATTTTCAAATA
* * * *
136835 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAACAATTGTTTTACTATAA
131 TTAATAAAATAGAATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAACAATTATTTTACTATAA
* * *
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196 AACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAAAGATAATTGCTCAAATAGTCATACTTATTTGAACTAGTT
** *
136965 TGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TAAAATT-TTGAAATATTAACAAATTAATTTTA
261 CAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT--AATTCTTGAAATATTAACAAATTAATATTA
*
137028 TTTTATTTCGAATAAACTTGTGAGAGCTGAAAT
324 TTTTATTTCAAATAAACTTGTGAGAGCTGAAAT
* * * * * **
137061 AATTGTCTT-ATGACAAAA-TAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTT
1 AATTGT-TTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCAA
* * *
137124 AACTGTTTGAATTAGTTTAGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATGAATTTTCATA
65 AACTGTTTGAAATAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATGAATTTTCA-A
* * * *
137188 ATATTATTAAAATAGAATTACTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTATTTTA-
128 ATATTAATAAAATAGAATTACTTTATTTC-GAACAAACTTATATGAACA-AAACAATTATTTTAC
* * * * * *
137251 TGATAGAATAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAC-TATTTGA
191 T-ATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAAAGATAATTGCTCAAATAGTCAT-ACTTATTTGA
* * *
137315 ACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAG
254 ACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAACAAATTAA
* * *
137380 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-AG-GTTGCAAAAC
319 TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGAGAGCTG--AAAT
* * * *
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137449 TGTTTTTATT
Statistics
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AATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCAAA
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TTAATAAAATAGAATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAACAATTATTTTACTATAA
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CAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAATATTAACAAATTAATATTATT
TTATTTCAAATAAACTTGTGAGAGCTGAAAT
Found at i:137463 original size:67 final size:67
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137375 ATTAGTATTA
* *
137385 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACGAAAAGTAATAAT
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137450 GT
66 GT
* * *
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137516 CAATTTGAAA
Statistics
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TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACGAAAAGTAATAAT
GT
Found at i:137830 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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137442 GTAATAATGT
* * * * *
137452 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAA-ATGAAAGGTAAT
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* ** * * *
137514 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TATTCGGTAAACAAATT
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* * *
137578 TGTTTTTTAAATC-CTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTA
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*** * * * *
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* * * *
137697 AATTT-TAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTAT
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* * *
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* * * *
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** * * * * * ** * *
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* * *
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* * * *
137994 TTTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATT-TTTTATGACAAAGC-AAAGATCATA
1 -TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGTTCATA
** * * * * * * ** * * *
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* * *
138120 AGTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAGTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
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** * * * * * * * * *
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64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAT-TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT
* ** *
138292 ATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCTAATGTTAATAAATTA-TATT-
128 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * *
138344 TTAAATTCCAAATAA-CTTATTATGAACCGAAATAATTG-TTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTT-TTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTTCATA
* * * * *
138406 ACAATTTGAAACAGATAATTATTCTAAT-G--A-AA-TATAT-AA-TTATTC--T-AA-TAATCT
63 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAT-T
* * * * * ** **** ** ** * *
138460 TAACTATATGAACCAATTTGGCAAAACACATTT---AT-TT-TTAAATTAATATTA
127 T-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * * * *
138511 TCTTAATTCGAATAAG-TTTATAT-AA-AAAAACAATTGTTATATGAGAAAC-AAAGATCAAAAT
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTCATAAC
* * * * * * * *
138572 GATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGGTTCAATAAACAAATTTAG
65 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT
* ** **
138636 TTTTCAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACAAATAAATTAGTATTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
138683 TTTTA-TACTGAATAA-TTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTT-
1 TTTTATTTC-AAATAAGCTTT-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTA-TGAC-AAACAAAA-GTTC
* * * ** * * * * * *
138743 ATAACGATGTGAAATAGATAATTATTTAAA-AGGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAT
60 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTTATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
* * * * **
138807 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTGTTGATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
124 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
138864 TTTTATTAT-GAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
1 TTTTATT-TCAAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTCATA
* * *
138927 ACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
63 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
138954 CAATCATAAC
Statistics
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TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTCATAACA
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TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:138437 original size:21 final size:21
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138402 TAGAACAATT
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* *
138433 TGAAATATATAATTATTCTAA
1 TGAAACAGATAATTATTCTAA
138454 T
1 T
138455 AATCTTAACT
Statistics
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TGAAACAGATAATTATTCTAA
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138639 TCAAATCTCT
**
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* * * *
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* * * * * * * ** *
138778 ATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT-GTTGATTTTCA
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*
138905 TATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACAAATT
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138969 TATTTCTTAAATCTTTTACA
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** ** *
138989 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TATTAATTTTCAAAATACAAATAAATTAGTATTATTTTATACT-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
139052 AACAATTGGTTTAC-AAAAAACCAAAAGGTTATAAATATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGT
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* * * * **
139116 CATAACTACTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAACTTTGG
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** * *
139181 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
194 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTAT
* * **
139246 GACAAAACAAATGGTCATATGATTTGAAATAGTTAATTGTCCAAA
259 GACAAAACAAAAGATCATATGATTTGAAATAAATAATTGTCCAAA
139291 TGGTCATAAC
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 41, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (338 bp):
TATTAATTTTCAAAATACAAATAAATTAGTATTATTTTATACTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
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TATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATATGATTTGAAATAAATAATTGTCCAAACAATCATAACAAATTTATTTCT
TAAATCTTTTACA
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Indices: 138961--143808 Score: 3701
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138951 AAACAATCAT
* * *
138961 AACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT-TT
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * ** * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * **
139556 TTAATTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * **
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* ** * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* ** * * * *
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1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
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* *
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* ** * *
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1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
140923 AACTA-ATTTATGTTTCAAATCTTTAACTTATCAATTTTTAAAATGTTACTAAAGTAATATTATT
1 AAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * *
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* * * *
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129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * *
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1 AACAGATTTAT-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * * * *
141167 TTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
63 TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
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127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * *
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1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * *
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* * * * *
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* ** *
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1 AAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * **
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* * * *
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* * *
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1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* ** * ** * *
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130 -TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * ** * * **
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* *
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* * * ** * * * *
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65 TTATT-TGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
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* * *
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Statistics
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138951 AAACAATCAT
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* *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
139864 TTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAG
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* * ** * * * * *
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* ***
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* * *
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* * *
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* * *
140159 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGCTATAACTAATTGAACTTGTTTAGTAAACT-GATTTATT
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* * * * *
140223 TTTTAATTCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAACAAAC
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* * * * * *
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* * * *
140351 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTGGTTCAACA
320 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * * *
140388 AATAAAATTATTTATTAAACCTCTTA-TTGATTAATTTTTGAAGTATTAATAAATTTA-TTTTAT
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* * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
140701 TGA-AA-T-AT-AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATA
313 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * * *
140741 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * *
141059 TAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATA
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
141422 ATTGTTTAAATAGTCATACCTATTTAAACTAGTTCGATA
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* * * * * * *
141651 TTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAA
192 TTTAAATC-T--ACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAG
* * ** *
141716 CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAA
254 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * *
141781 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTCAGTA
319 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
** *
141819 AACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
141884 ATTGC-AAAT-AAGCTTGTTTGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAACG
65 ATT-CTGAATAAAGC-TATATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATG
* * * *
141946 ATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-TCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGCTTTA
126 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAATAGATTTA
* * ** * *
142009 TTTTCTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTT-TTTCAAAA
189 TTTT-TTAAA-TCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTC-GAA
* * * * * *
142071 TATGCTAGCATGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTTGAAATA
250 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATA
*** * ** * *
142135 G---A-TGTTTGGATAGTCATAACTATTTTAGTTTGATCAATA
314 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * ** * *
142174 AGCAAATTCATTTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTCAAAATATTAATCAA-TAATATTA
1 AACAAATT--TATTTTTTAAATC-CTTACT-TATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
142237 TTTTATT-TCAA-ATAAGCTTATATGAACTGAAACGA-TATTTTATTACAAAACAAACGGTCATA
61 TTTTATTCTGAATA-AAGC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATA
* * * *
142299 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATGACTATTTAAACTTGTTT-GATAAA-ATAT
123 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGAT
* * *
142361 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-ATGTTATTTTATTT
186 TTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTT
* * * * * ** *
142424 CAAATAAGCTTGTCTAAACAG-AACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGG
246 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *
142488 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTCAATA
310 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTCAATA
* * * * *
142535 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * *
142599 TATT-TGAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGCTATAGTG
64 TATTCTGAATA-AAGC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTC-ATAATG
* * * * * * *
142661 ATTTCAAATAGATAATTATTTAGATA-ATCATAATTATTTAAACTTAG-TTAGTAAATAGATTTA
126 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAATAGATTTA
* * * *
142724 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTA-ATATTATTTTATTTTGAA
189 TTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCGAA
* * * * * ** * * *
142788 TAAACTTATATGTATTGAAATAATT-TTTTACAACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGATATAG
250 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** * *
142852 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTTAGTA
315 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * ** *** *
142894 AACATATTTATTTTTTTACATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATT
1 AACAAATTTA-TTTTTTA-AATCCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
142959 TTAATCTGAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGT-ATAATG
63 TTATTCTGAATAAAGC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATG
* * ** *
143022 ATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCT-T-A--ATTTGAACCAGTTT-GATAAACAGATTT
126 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG-CTATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTT
* * * * * *
143081 ATTTTTTAAAT-TTCTTATTAATTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA
188 ATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * ** *
143144 ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAGAGGTCATAACAATTTGAAATCGATA
253 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
143209 ATTATTCAAAT-GTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTA
318 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-ATA
* * *
143247 AACATAA-TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTAT
1 AACA-AATTTATTTTTTAAA-TCCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* *** * *
143310 TTTATTCTAAAT-AAGCTAGTATGAATTGCAAA-TATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
62 TTTATTCTGAATAAAGCTA-TATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * ** *
143373 TGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-TCCTAACTATTTGAAC-TGATTCAACAAACA-ATT
124 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATT
* * * * *
143435 T-TATTTTTAAATCT-CTTAGTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCA
187 TAT-TTTTTAAATCTAC-T--TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCG
** * * * * ** *
143498 AATAAGCTTGTATGAATAGCGATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT
248 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * ***
143563 ATACAGTTGCTCAAATAGTCATAACTCTTTAAATTGGTTTGGTA
313 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * * *
143607 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * **
143672 ATTCTGAAT-AAGCTTATATGATAAAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAAAACAA
65 ATTCTGAATAAAGC-TATATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGA
* * * * * * * * *
143736 TTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACATATTCAAT
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTATT
143800 TTTTAAATC-ACTT
191 TTTTAAATCTACTT
143813 TTTGTATCTG
Statistics
Matches: 3573, Mismatches: 696, Indels: 449
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 17 0.00
352 324 0.09
353 424 0.12
354 175 0.05
355 74 0.02
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365 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
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AAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
AATCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
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AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
Found at i:140317 original size:534 final size:532
Alignment explanation
Indices: 138961--143776 Score: 3310
Period size: 534 Copynumber: 9.0 Consensus size: 532
138951 AAACAATCAT
* * *
138961 AACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT-TT
1 AACAAATTT-TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
139024 TTATT-TCGAAT-AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTACA--A-AAAACCAAAAGGTTA
63 TTATTCT-GAATAAAGCTTATATGAACTA-AAACAATT-GTTTA-ATGACAAAA-CAAAAGGTCA
* * * *
139083 TAAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTACTTGAACGTGTTTAG-AAAATAG
123 T-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACT-G
* ** **
139146 ATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAACTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TT
186 ATTTATTTTTT-AA-TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* *
139209 CAGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-ATGATTTGA
248 CA-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGA
* * * * *
139273 AATAGTTAATTGTCCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTCATTTTTTT
311 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTT
* * * *
139337 AAATCACTTGCTCATTAATTTTCAGAATATT--T--A--ATATTATTTTATTTCAAATAATCCTA
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* ** * * * * * * *
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435 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
139460 TTTAAATAGTTATGACTATTT-AGACTTGTTCCA-TA
499 TTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTT--AGTA
* * * *
139495 AACATATTTATTTTTAAAAT--TTACTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AACAAATTT-TTTTTTAAATCCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * **
139557 TAATTC-GAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
64 T-ATTCTGAATAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
139620 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTATTCAGTAAA-TAGATTTAT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACT-GATTTAT
* * ** * * *
139684 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATA
192 TTTT-TAA--TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * *
139749 AGCTTCTATGAATAGAAGA-AATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAGTGATATGAAATAGA
254 AGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
139813 TAATTATTCAAATAATCATTACTATTTGAACTTGTTCAGTGAATAGATTCATTTTTTAAATCTCT
317 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
139878 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAA
382 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
139943 ACAATT-TTTTGTGATTAAACAAATGGTTATAACGACTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA
446 ACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
**
140007 TAACTATTT-ACACTAGTTAGGCC
511 TAACTATTTGA-ACTAGTTA-GTA
* * *
140030 AACAAATTCTTTTTTTAAATCCATTACTTGTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTT
1 AACAAATT-TTTTTTTAAATCC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
140095 TATTCTGAATAAAGC-CATATGAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAATAAATA-GTCATAATG
64 TATTCTGAATAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAA-AGGTCATAATG
* * *
140158 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG-CTATAACTAATTGAACTTGTTTAGTAAACTGATTTAT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACTGATTTAT
* * * *
140222 TTTTTAATTCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAAC
192 TTTTTAATTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * *
140286 TTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATAAT
257 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * * * *
140351 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTGGTTCAACAAATAAAATTATTTATTAAACCTCTTATT
321 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-TCTT
* * * * *
140416 GATTAATTTT-TGAAGTATTAATAAATTTATTTTATTTTA-TTCTGAATAAG-TTAGTAAGAACC
383 -ATTAATTTTCAGAA-TATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-GTATGAA-T
* * * * * * * *
140478 A-AAAAAATTATATTATGATAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTAAAATAAAAGAATTGTTCATA
442 AGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAA
* *
140541 TA-TCCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCA
505 TAGT-CATAACTATTTGAACTAG-TTAGTA
* * * * *
140570 AACAAATTTATTTTTTAAATCAATTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTT
1 AACAAATTT-TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
140635 TATT-TCGAATAAA-CTTGTATGAAC-ATGAATAATTGATTT-ATGATAGAACAAAAGGT--T-A
64 TATTCT-GAATAAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTG-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
140693 T-A--AGAAATTGA-AA-T-AT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAA-TAGATT
126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACT-GATT
* * * * * *
140749 TATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTACGA
189 TATTTTTT-AAT-TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
140814 AT-AGGTTAGTATG-ATGAAAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAA
251 ATAAGCTT-GTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
140877 TAGATAAATGTTCAAATGGCCCATAATTATTTTAA-TTGATTTGAG-AAACTA-ATTTATGTTTC
313 TAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG--TTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTT
* * * * * * ****
140939 AAATCTTTAACTTATCAATTTTTAAAATGTTACTAAAGTAATATTATTTTATTTGGGGTAAGCTT
374 AAATC--T--CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * *
141004 TTATGATATA-AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAGATAGACAATT
434 GTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* *
141068 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATA
498 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTA
* * * * *
141104 AACATATTTATCTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTATT
1 AACAAATTT-T-TTTTTAAA-TCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-T
* * * * * * *
141168 TTTATT-TCAA-ATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
62 TTTATTCTGAATA-AAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** **
141231 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGATCGGTAAACACATTTA
126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACTGATTTA
* * * * * * * *
141296 TTTTTTAAATC--CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAACTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAG
191 TTTTTTAATTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * * *
141359 CTTATATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAAT
256 CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
141552 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGACAA-TAGTTCAAATGGACA
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* *
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* * *
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* ** * * * * * **
141702 TTACTCCAAATAAA-CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATG
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* * * * **
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128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACTGATTTATT
* ** *
141831 TTTTAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAATAA
193 TTTT--A-ATTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * *
141895 GCTTGTTTGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
255 GCTTGTATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
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318 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TTAAA-TCT
** * * *
142023 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTA-TTT-TTTCAAAATATGCTAGCATGAAT
380 -CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * **
142086 AGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAA-TATTTTGAAATAGAT--GT-TT-GGA
442 AGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * * *
142145 TAGTCATAACTATTTTAGTTTGATCAATA
505 TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTA
* * * * * *
142174 AGCAAATTCATTTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTCAAAATATTAATCAA-TAATATTA
1 AACAAA-T--TTTTTTTTAAATC-CTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
142237 TTTTATT-TCAA-ATAAGCTTATATGAACTGAAACGATAT-TTT-ATTACAAAACAAACGGTCAT
61 TTTTATTCTGAATA-AAGCTTATATGAACTAAAACAAT-TGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
142298 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTT-GATAAAAT-AT
124 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACTGAT
* * * * *
142361 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTCA
188 TTATTTTTT-AA--TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * ** *
142426 AATAAGCTTGTCT-AA-ACAGAACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGGA
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* *
142489 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
312 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * ** * *
142553 ATCTTTTACTTATTACTTTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
376 ATCTCTTA-TTA--ATTTTCAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * ** *
142618 TGAACA-AAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGG-CTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATT
437 TGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
142681 TAGATAATCATAATTATTTAAACTTAGTTAGTA
501 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGTA
* * * * *
142714 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATATTATTT
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* * * * * * * *
142779 TATTTTGAATAAA-CTTATATGTATTGAAATAATTTTTTACA--ACAAAAGAAAAGGTCATAACG
64 TATTCTGAATAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTA-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
142841 ATTTGATATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATTTAGTTTAGTAAACAT-ATTTA
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* * * * * *
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* * * * *
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251 ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** * *
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* * * ** * * * *
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378 CTCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
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* * *
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506 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTA
* * * *
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* * * * * *
143311 TTATTCTAAAT-AAGC-TAGTATGAATTGCAAA-TATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
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* * * * ** *
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* * * * *
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189 TATTTTTTAAT-TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
*** * * * * ** * *
143500 TAAGCTTGTATGAATAGCGATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTAT
252 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** *
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316 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-
* * * * *
143629 TTAATTATTAATTTT-TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATG
379 -T-CTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * ** ** * * * * *
143692 ATAAAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTAA
439 A-ATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* *
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TATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTAGTTAGTA
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* * * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * ** * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTT
* * * * * *
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
140369 TATTTCAACTGGTTCAACA
695 TATTTGAACTTGTTCAATA
* * * ** *
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1 AACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-ATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTTATATTATT
* * * * **
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* * * *
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* * *
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190 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAC-TTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
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* * * * *
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318 TAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
140773 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTACGAAT-AGGTTAGTATG-ATGAAAAAC
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* * * * * *
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* * * *
140901 AATTATTTTAATTGATTTGAGAAACTAATTTATGTTTCAAATCTTTAACTTATCAATTTTTAAAA
511 AATTATTTGAATTGATTTGAGAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAAA
* * * **** * * *
140966 TGTTACTAAAGTAATATTATTTTATTTGGGGTAAGCTTTTATGATA-TAAAACAATTATTTTATG
576 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
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141095 TGTTCAATA
705 TGTTCAATA
* * * *
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1 AACAAATTTAT-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTA-T
* * * * *
141168 TTTATT-TCAAATAAG-CATGTATGAACTAAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
141355 TAAGCTTATATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAG
253 TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-GA----A-ATTG
* * * * *
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* ** * *
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* * *
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438 ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCA
* * * * * *
141607 AATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTT-AGTAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATT
502 AATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGAG-AAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATT
* * * * * * *
141670 AATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAA
565 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAA
* ** * *
141735 TTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
630 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *
141800 TATTTGAACTCGTTCAGTA
695 TATTTGAACTTGTTCAATA
*
141819 AACAAATTTATTTTTTAAATATT-TTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
1 AACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATT
* * *
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* * * * * **
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* * * * * *
142009 TTTTCTAAA--ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTT-TTTCAA
189 TTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAACTTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * ** * * * **
142069 AATATGCTAGCATGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAAT
251 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAAATTGAAAT
** * * * * * * * * *
142134 AGATGTTTGGATAGTCATAACTATTTTAGTTTGATCAATAAGCAAATTCATTTTTTTTAATTCTC
316 --A---TTAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTCGATAAACAGATT--TATTTTTTAAATCTC
* * * *
142199 TTACTCT-TTAATTTTCAAAATATTAATCAA-TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATG
374 TTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTAGTATG
* * * *
142261 AACTG--AAACGA-TATTTTATTACAAAACAAACGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
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* * * * * * * *
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501 AAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGAGAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATT
* * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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254 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAAATTGAA--AT-
* * * *
143566 CAGTTGCTCAAATAGTCATAACTCTTTAAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-T
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* * *
143630 TAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA-TATG-A
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* ** * * * ** *
143693 TAAAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAA
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503 ATAGCCATAATTATTTGAATTGATT
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Statistics
Matches: 3272, Mismatches: 634, Indels: 404
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Matches are distributed among these distances:
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707 4 0.00
708 3 0.00
709 64 0.02
710 96 0.03
711 287 0.09
712 228 0.07
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718 64 0.02
719 72 0.02
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722 4 0.00
723 2 0.00
724 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (713 bp):
AACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTT
ATTCTAAATAAGTTAGTATGAACAAAAAAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTA
AATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAAATTGAAATATTAAATAGT
CATAACTATTTAAATTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTAGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGA
ATTGATTTGAGAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
TTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATA
Found at i:144008 original size:224 final size:223
Alignment explanation
Indices: 143603--144032 Score: 499
Period size: 224 Copynumber: 1.9 Consensus size: 223
143593 AAATTGGTTT
**
143603 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTTTCCAAAGATTAATAAATTAGTATTA
* * *
143668 TTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATAAAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAAAA
66 ATTTATTCTGAATAAGCTTATATGATAAAAAAACAATTCTCATATGACCAAACAAAAGATAAAAA
* ** * * *
143733 CAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACATATTCA
131 CAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAACCATAAGCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTCA
143798 ATTTTTAAATCACTTTTTGTATCTGTTC
196 ATTTTTAAATCACTTTTTGTATCTGTTC
* *
143826 GGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCA-TATTAATTTTCCAAATG-TTAATAAATTAGT
1 GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TCTTTAATTATTAATTTTCCAAA-GATTAATAAATTAGT
* * * ** * *
143889 ATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAAA-AATTCTTTTATGACTAAACAAAATAT
62 ATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGATA-AAAAAACAATTCTCATATGACCAAACAAAAGAT
* * ** * ** * * *
143952 CAGAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCTAATAATCTTAAGCATTTGAACTGATTCAATAAGCAA
126 AAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAACCATAAGCATTTGAACTGATTCAATAAACAA
* *
144017 ATTTATTTTTTAAATC
191 ATTCAATTTTTAAATC
144033 TCTTATTAAT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 32, Indels: 9
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
223 13 0.08
224 93 0.55
225 57 0.34
226 7 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (223 bp):
GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTTTCCAAAGATTAATAAATTAGTATTA
ATTTATTCTGAATAAGCTTATATGATAAAAAAACAATTCTCATATGACCAAACAAAAGATAAAAA
CAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAACCATAAGCATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTCA
ATTTTTAAATCACTTTTTGTATCTGTTC
Found at i:145033 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 144651--146040 Score: 847
Period size: 180 Copynumber: 7.8 Consensus size: 181
144641 TTATTTGGAT
* ** * *
144651 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAACATTAATAAGTAA-AAGATTTTTAAAGT---TT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAA-ATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATC
** ** * * * * * *
144711 TGTTTATTAAATTAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTCTG
64 TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATG
* * ** *
144775 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTAATACAAGCTTA--GATGGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATCGA--GAA
* *
144829 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * * *
144894 TTTACCAAATTAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTATTTTAAATTCTTATAACC
66 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACC
* *
144959 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGATCATATAAGTTTATTCGA-AA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA-TCGAGAA
* * * *
145009 TAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * *
145074 TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTCTGAC
66 TTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGAC
* * * * *
145138 CTTTTGTTTAGTC---AAA-ATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTC-AGGA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTA-TCGAGAA
* * ** * *
145186 TAAAATAAT-TTAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTGAAAAATTAAAT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * *
145249 CTCTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAAATCATTAT
63 CTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTAT
* * ** * * *
145313 GACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTG-TTTCAATTTATAAAAGCTTATCTAGAA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATCGAGAA
* * * * * * *
145368 TAAAATAATATTGATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAA-AAGTTAAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
145432 TTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACGATTATATGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACC
66 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACC
* ** *
145497 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCGA-AA
131 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATCGAGAA
* ** * *
145548 -AAAATAAAAACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAAT-AGCTAAGTGATTTAAAAAGTTAAT
1 TAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCC-AAAATTAATAAG-TAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
145610 TTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAA-TCATTAT
63 CTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTAT
* ** * * *
145674 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGGGAA-ATTATTCAAAACA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAT-ACAAGCTTA-TCGAGA-A
* * * * * * * *
145731 AAAAAAAATATTGATTTATTAACA-TT-C--TATTGAA-AA--AATAAATTT-----GT---T-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATT-AATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * * *
145780 -ACTA-AACA--AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCATTATGA
65 GTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGA
* * ** * * *
145840 ACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-T-ATAAAAGCTTATCCAAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATCGAGAA
* * * *
145891 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * *
145956 TTT-CCAAATTAGA-TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATTA
66 TTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGA
* **
146018 CCTTTCGTTTCATCATAAAACAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
146041 CTATTTTTCG
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 210, Indels: 130
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 19 0.02
161 9 0.01
162 5 0.01
163 6 0.01
164 75 0.08
166 8 0.01
167 2 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
174 1 0.00
176 6 0.01
177 76 0.08
178 170 0.18
179 25 0.03
180 258 0.28
181 186 0.20
182 61 0.07
183 21 0.02
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATCGAGAA
Found at i:145320 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 144651--146040 Score: 1070
Period size: 358 Copynumber: 3.9 Consensus size: 357
144641 TTATTTGGAT
* * ** *
144651 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAACATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAGT---TTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
** ** * ** *
144713 TTTATTAAATTAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACT
66 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACC
*
144778 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-AT-TAATACAAGCTTA-GATGGAATAAAATAATAC
130 TTTTGTTTAGTC--AAAACAATTGTTTCATATCT--TACAAGCTTATCA-GG-ATAAAATAATA-
** * * * *
144840 T-AATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
188 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATCAAA
* * * * * * *
144903 TTAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTATTTTAAATTC-TTATAACCTTTTGTTT
252 -TAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* *
144967 TGTCATAAAA-AATTGTTTTTGATCATATAAGTTTATTCGA-AA
315 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAAAAGCTTA-TCGAGAA
* * *
145009 TAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * *
145074 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTCTGACC
66 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACC
* *
145139 TTTTGTTTAGTC-AAA-ATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCAGGATAAAATAATTTAAATT
130 TTTTGTTTAGTCAAAACAATTGTTTCATATCTTACAAGCTTA-TCAGGATAAAATAATATAAATT
* * *
145202 TATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTCTTTATCAAACTAGTT
194 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAATTAAATCTGTTTATCAAA-TAGTT
* * * *
145267 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATA
257 CAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * *
145332 AAAGAATTG-TTTCAATTTATAAAAGCTTATCTAGAA
322 AAACAATTGTTTTTGA-TCATAAAAGCTTATCGAGAA
* * * * * *
145368 TAAAATAATATTGATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAAAG-TTAAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *
145432 TTTACCAAACAAATTTAAATAGTTACGATTATATGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACC
66 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATA-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACC
* * * * * *
145497 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATC-GAAAAAAATAA-AAAC
130 -TTTTGTTTAGTC--AAAACAATTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATCAGGATAAAATAATATA-
* ** * *
145559 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGCTAAGTGATTTAAAAAGTT-AATTTGTTTATCGAA
190 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAA-TTAAATCTGTTTATCAAA
* * * *
145622 TCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
252 T-AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *
145687 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGGGAAA--TTATTC-AAAA
316 GTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAT--AAAAGCTTA-TCGAGAA
* * * *** *
145729 CAAAA-AA-A--AA--TATT--GATTT-----ATTAA-CA-T--TCTATTGAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * ** * *
145777 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAC
66 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACC
* * * **
145842 TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTA---TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-
130 TTTTGTTTAGTC--AAAACAATTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTAT-CAGGATAAAATAATA-TA
* * * * * *
145903 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-CCAAATTA
190 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATCAAA-TA
* * * * * * * **
145967 GATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTCATC
254 GTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
146032 ATAAAACAA
319 ATAAAACAA
146041 CTATTTTTCG
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 144, Indels: 96
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
342 79 0.09
343 46 0.05
344 40 0.05
345 70 0.08
346 1 0.00
347 1 0.00
348 5 0.01
353 4 0.00
355 3 0.00
356 3 0.00
357 70 0.08
358 205 0.24
359 72 0.08
360 4 0.00
361 179 0.21
362 42 0.05
363 23 0.03
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCT
TTTGTTTAGTCAAAACAATTGTTTCATATCTTACAAGCTTATCAGGATAAAATAATATAAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATCAAATAGTTCAAA
TAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTTTGATCATAAAAGCTTATCGAGAA
Found at i:145679 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 144713--145690 Score: 1237
Period size: 539 Copynumber: 1.8 Consensus size: 539
144703 TAAAGTTTTG
* * * * * * *
144713 TTTATTAAATTAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACT
1 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * *
144778 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAA
* * * * **
144843 TTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAAT
131 TTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAAT
* * * * *
144908 TAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTATTTTAAATTCTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
196 TAAAATAATTACGACCATATGAACAATTATCTATTTAAAATTCTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * * *
144973 AAAAAATTGTTTTTGATCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCA
261 AAAAAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCA
*
145038 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAAAC
326 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAAAAC
* * ** *
145103 TACTAGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCAAAATTTGTTTCATATC
391 CACTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAAAATTTGTTTCATATC
145168 TTACAAGCTTATTCAGGATAAAATAATTTAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAG
456 TTACAAGCTTATTCAGGATAAAATAATTTAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAG
145233 ATTTGAAAAATTAAATCTC
521 ATTTGAAAAATTAAATCTC
* * * *
145252 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACC
1 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * ** * *
145317 TTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATATTGA
66 TTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAA
* * *
145382 TTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAA-AAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAAT
131 TTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAAT
* * ** * * *
145446 TTAAATAGTTACGATTATATGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCA
196 TAAAATAATTACGACCATATGAACAATTATCTATTTAAAATTCTTATAACC-TTTTGTTTTGTCA
*
145511 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TCGAAA-AAAATAAAAACTAATTTATTAATATT
260 TAAAA-AATTATTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AAAACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
145574 CCAAAAATTAAT-AGCTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTC
323 CCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTC
*** * * * * *
145637 ATGTCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
386 AAAACCACTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
145691 TAAAACAATT
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 71, Indels: 10
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
538 75 0.21
539 265 0.73
540 23 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
TTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAAT
TAAAATAATTACGACCATATGAACAATTATCTATTTAAAATTCTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAAAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAAAAC
CACTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAAAATTTGTTTCATATC
TTACAAGCTTATTCAGGATAAAATAATTTAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAG
ATTTGAAAAATTAAATCTC
Found at i:146648 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 146226--146880 Score: 511
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
146216 TAGTTATGAC
* * * * ** * * * * *
146226 CAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTATTATAACATTATGTTCTA
1 CAGTACAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTG
* * ** * * *
146291 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTC--ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAATTATTAA
* * * * * * * * ** *
146356 TAGTCT-GAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTGCCGAAC
129 TA-TTTACAAAATT-ATCAGTAAGAGATTTAAAAA-GAAATCTATTTACTAAAT
* * * * * * * * *
146409 CAATTCAAATAGTTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTTAAATTGTCATGACCTTTTGTTTT
1 CAGTACAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTT
* * * *
146473 GTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAATTGTTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAATTATTAAT
* * * *
146538 ATTT-CAAAATT-TTA-TAAGAGACTTTTTAAAA-AATTTTATTTACTAAA-
130 ATTTACAAAATTATCAGTAAGAGA--TTTAAAAAGAAATCTATTTACTAAAT
*
146585 CTAGTACAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTA-CTATTTGTTT
1 C-AGTACAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCT-TTTGTTT
* * * * * * * *
146649 TATCATAAAACACTTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAATTATTAA
* *
146714 TATTTAGAAAATTAATCAGTACGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAAT
129 TATTTACAAAATT-ATCAGTAAGAGATTTAAAAAG-AAATCTATTTACTAAAT
* * * * * *
146767 CATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTAACCTTTTGTTTT
1 CAGTACAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATT-ACCTTTTGTTTT
* * * *
146831 GTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTAGAAA-AAAATAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-GAAATAAAATAA
146881 TTATGGCCAT
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CAGTACAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAATTATTAATA
TTTACAAAATTATCAGTAAGAGATTTAAAAAGAAATCTATTTACTAAAT
Found at i:146829 original size:181 final size:176
Alignment explanation
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146219 TTATGACCAG
* * ** * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
* ** *
146294 TAAAACAATTATTTCTATTCATATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAG
66 TAAAACAATTATTTCTATTCATAT--AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * *
146359 TCTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTGCCGAACCAA
128 TTTGAAAATT-ATAA-TAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTATTT-ACTAAACAA
* * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * *
146477 TAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAATTGTTAATATTT
66 TAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
146542 CAAAATT-TTATAAGAGACTTTTTAAAA-AATTTTATTTACTAAACTAG
131 GAAAATTATAATAAGAGA--TTTAAAAATAAATTTATTTACTAAAC-AA
* * * * *
146589 TACAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTA-CTATTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTTTTATC
* * * * *
146653 ATAAAACACTTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
146718 TAGAAAATTAATCAGTACGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAATCAT
130 T-GAAAATT-AT-AATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTATTTACTAAA-CAA
* * * *
146770 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
* ** *
146835 TCAAACAATTGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTTAGAAA-AAAATAATTATGGCCATTCGAA-T
66 TAAAACAATTATTTCTATTCATA-TAAGTTTATTT-GAAATAAAATAA-TA----C--T--AATT
* * * * ** *** * * * *
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* * ** * * * ** * *
146958 TTCTAACTTA-TT-CGACATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTAAAAAAG-TATTAA-GTAA
1 TTC-AA-ATAGTTATGAC-T-ATTTGA-AC-AA-TTA-T-CTATTTCAAATCGTTA-TAACCT-T
** * ** * * * * * * *
147019 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCACATTGTTATGATTATTTGAACAATTAA
55 TTG-TTT-TATCATAAAAC-AATTATT--TCTA-TT--CA-T-ATAAGTTTATTTG-A-AA-TAA
* * * * *
147084 AATAATA-TAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAATCTATT
107 AATAATACT-AATTTATTAATATT-TGAAAATT-ATAA-TAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTATT
* *
147147 TACCAAATAA
167 TACTAAACAA
* * * *
147157 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
* * * * * * * * *
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65 ATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * *
147286 TTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCAAAGAA
128 TTTGAAAATT-ATAA-TAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTATTTACT-AAACAA
* * ** * * * * * *
147338 GTTCAAATAGTCATAACCGTTTGAATAATTAT-TGTTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTAAAA
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-TAT
* * * * * ** ** * *
147401 AAAAAAACAATTGTATCAATTCATAT-AGCCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTGAATAATA
64 CATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAG-TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
147465 TTCCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTACCAAATAA
128 TT-TGAAAATTA-T-AATAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTATTTACTAAACAA
* * * * * *
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1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTA
* * * * *
147580 TCATAAAATAATTGA-TTCTATTCATACAAGTTTATTCCG-TAGAAAATAATA-TAAATTTATTA
63 TCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATATAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * ** * *
147642 ATATTTCAAAAAT-TAATAAGAAAAAATTAAAAAAACAATTTTATTTTTTTGAACACG
125 ATATTTGAAAATTATAATAAG--AGATTTAAAAATA-AA-TTTA-TTTACTAAACA-A
* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
147827 TTCCAAAAATTAATAGCTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCGAATCAG
128 TT-TGAAAATT-ATA-ATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTATTTA-CTAAACAA
* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
* * * ** * ** * * * * *
147946 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATGGGAA-ATTATTCAAAACAAAAAAAGTATTGATTTATTAACAT
66 TAAAACAATTATTTCTATTCAT-ATAAGTTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
148010 TCTAAAAATTAATAAGCAAGATAATTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
129 T-TGAAAATT-ATAA-TAAGA-GATT-TAAAAATAAATTTATTTACTAAACAA
* * * * * * *
148063 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAA-TTTTTCTTTTGT
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTAT
* * * * *** *
148127 CATAAAACAATTGTTTC-AGT-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
148190 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATAGTTTACCAAATTAGA
129 TT-GAAAATT-ATAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTA-TTTACTAAA-CA-A
* * * * **
148244 -TCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTCGTC
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATC
*
148307 ATAAAACAACTATTT
65 ATAAAACAATTATTT
148322 TTCGACTTAC
Statistics
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TAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
GAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTATTTACTAAACAA
Found at i:147184 original size:105 final size:106
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146977 AAATAACACT
* * * ** *
146987 AATTTATTAATATTTAAAAAAGTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCA
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* * *
147052 GTTCACATTGTTATGATTATTTGAACAATTAAAATAATATA
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* * * ** *
147093 AATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAATCTATTTACCAAATAA
1 AATTTATTAATATTCAAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
147157 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
147188 TTTATTTCAA
Statistics
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GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAAATAATATA
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147071 TTTGAACAAT
* * * *
147081 TAAAATAATATAAATTTATTAATATT-CAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAATCT
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* * *
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** * * *
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130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
*** * *
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1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
* * * * *** * * *
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66 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT
**** * * * * *
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131 TTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAA
* * * * * ** * *
147441 TAAAATAATACTAATTGAATAATATTCCAAAAATTATTGAGTAGGAGA-TTTAAAATATGAATCT
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATAT
* * * *
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65 GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAAATCGTTATG
* * * * ***
147567 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTA-TTCATACAAGTTTATTCCGTA
128 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * ** * *
147621 GAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTAAAAAAACAATTTTA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAA--ATA
**** * * * * * * *
147685 T-TTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTACGATTATATGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGA
64 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
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* * ** *
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1 TAAAAT-AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTTAAAAA-TAAAT
* * * * * * * *
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* ** ** *
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127 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * * **
147984 CAAAAAAAGTATTGATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGATA-ATTGAAAAAATAAAT
1 TAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AGATTTTAAAAATAAAT
* * * * * *
148048 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
63 ATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
148113 AATTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-T-ATAAAAGCTTATCCAAAA
128 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * *
148165 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATA
1 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATAT-
* * * * * * *
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65 GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *
148294 CTTTTGTTTCGTCATAAAACAA
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
148316 CTATTTTTCG
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
Found at i:148157 original size:362 final size:353
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Indices: 147081--148315 Score: 1133
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 353
147071 TTTGAACAAT
* * * *
147081 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-CAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAATC
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATT
* * *
147143 TATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
63 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGTC-ATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATCATTATGA
* * * **
147208 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCACACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATT
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTCAGAACAAAATAATATT
* * ** *
147273 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA-ATATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAAGA
191 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-AAATA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTAT-AAACA
* * *** * * ****
147337 AGTTCAAATAGTCATAACCGTTTGAATAATTAT-TGTTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTAAAA
252 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTT-TTTTTGT
* * * * * *
147401 AAAAAAACAATTGTATCAAT-TCATATAGCCATATTCAAAA
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* * * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTG
* * * *
147506 TTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTGATATT--AATCATTATAAC
65 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG-TCATTTGAACAATTATT-AT-TTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * *
147569 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATACAAGTTTATTCCGTAGAAAATAATATAA
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTCAGAACAAAATAATATTA
* * * * * * *
147634 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTAAAAAAACAATTTTATTTTTTTGAACACG
192 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAATAATTAAAAAAATAA--ATATGTTTATAAACAAG
* * * *
147699 TTCAAATAGTTACGATTATATGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTC
254 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTT-TTTTGTC
* * * * *
147764 ATAAAATATTTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
317 ATAAAACAATTGTTTCAG-T-ATAAAAGCTTATTCAAAA
* * *
147803 -AAAATAAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGCTAAGTGATTTAAAAAGTTAATT
1 TAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAA-TAAATT
* * * *
147866 TGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGA
63 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGT-CATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATCATTATGA
** * *
147931 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGGGAA-ATTATTCAAAACAAAAAAAGTA
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGATTATTCAGAACAAAATAA-TA
* * * *
147995 TTGATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGATAATTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
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** *
148060 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAATTTTTCTTTT
250 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTT-TTTT
*
148125 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTATAAAAGCTTATCCAAAA
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* * * *
148165 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG
* * * ** *
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*
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ATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAATAATTAAAAAAATAAATATGTTTATAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTTTTTGTCATAAAACAA
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**
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* *
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*
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1 AAAATTAATAAAAA
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* * * * ** *
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* * * **
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTAAAAAAATAAAT-C
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATC-GT
** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATCGT
* * * * * * * * *
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* * * *
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126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
150917 GACC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT-T-GTCATAAAACACTTGTTTCAGTTCA
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* * ** ** * * *** * * *
150973 TAAAA-ACTTATTCAAAATAAAAATAATACTACCCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATT
1 TAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTTC-A-AAAATTAATA---AGTAAA--AAT--TA-A--
* * * * * * * **
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* * * * * * *
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151164 AA
177 AA
* * * *
151166 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAATAAATGTG
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAAT-CG
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
151292 CTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-AAGTTTATACAAGATTACTT-GAAA
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** * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--TAAAAATTAAAAAAATAAATC
** * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATC-G
* * * * *
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* * *
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* * * * * **
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAA-TCGT
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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63 GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAC
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAA-AATTAAAAAAATAAATCG
** * * * * * *
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* * * * * * ** ** * *
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* * * ** *
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** ** * * * ** *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *** *
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* * * ** *
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* **
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* * *
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* * * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*** * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * *
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*** * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
153752 TTTACTAAATC-AGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCTTTATTAC
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
153930 TTTACTGAACTAGTTTAAATAGTT-TGACTGTTTGAACAA-T-TGTATGTCAAATCATTATAACC
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAAT-C
* * * **
154288 ATTTACTT-AACCA-TATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACA
63 GTTTA-TTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATG
*** * *** * *** * ** *
154351 ACC-----TTTTAAAACAAAAGTTTTTTTTC-A-T-ATA-AGTTTGTTTGGAAAAA
125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TAT-TTAGAA
* * * * * * ** * * ** **
154398 AAAATACTAATCTACTAATATT-TCAAAAATT-AATAA-GAA-ACTTAAAAAATAAATATGTTTA
1 TAAA-A-TAA--TACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAA
*** * * * * ** **
154459 TCAAAATAGTTCAA-ATAGTT-ATGACTA-TT-TGAGC-AATT-----ATT-TAT-TTCAAATCA
61 TC-GTTTA-TTGAACA-AGTTCA--AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
** * * * * ** *
154512 TTATGAGTTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAG-TATATTCGGAT
120 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTAGAA
** * ** * * *
154571 TAAAATAATGTTAATTTATTACTATTTTGATAATTAATAAATAAAATATTTTAAAAAATAAAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A--TTAAAAAA-ATAAAT
* *** * * *
154636 -ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATCATTCTA
62 CGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAAT-ATTATG
** * * * * * * *
154699 ATTTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTCATTTA-ATG
125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGA-A
* * * *
154753 TAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGAATT-AAAAAAGAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAAATAAATCG
* * * * * * * *
154816 TTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCGATTTCAAAACATAAGGACC
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* ** *** * *
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128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * *
154932 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATC-
* * ** * *
154996 ATTTATCGAATGAGTTCAAATAATTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
63 GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAC
* ** * * * * **
155061 ATTTTTGTTTTGTTGTAAAACTATTATTTTTATTTATACAAAATTATTTAGAA
127 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * ** * *
155114 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAGGTGAATTTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAAT-AAATCGT
* * * * * * *
155176 TTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-
65 TTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCT
* * * * * *
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129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
** * * * * *
155290 TAAAAT-ATAGCTAAACTAATAATA-TT-ATAAATTAATAATTAAGAGACTT-TAAAAATAAATA
1 TAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAAATAAAT-
** * * * * * * *
155351 TATTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCACATTGTTCTG
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* * * ** *
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125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * *
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1 TAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAA-AAA-TTAAAAAAATAAA-
** ** * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * ***
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTAAAAAAATAAATCGT
** ** * * * *
155714 AAATT-AAGTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
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* * * * * *
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128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-AA
* * * * * * *
155829 TAAAAAAATACTAATTT-TTATTATTGCAAAAATTAA-ATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA-AAATTAAAAAAAT-AAATC
* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAA-TC
**** * * * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATC-GT
** * * *
156252 TTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAA-TATTTATTTCAAATTGTTACGAC
65 TTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAA-TATTATGAC
* * * * * *
156314 TTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCATATTT-GAA
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * *
156365 TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAATAAAACAAATA
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAAATAAAT-
* * * * * * *
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62 CGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAA-TATTATG
* * * * * * *
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125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGA-A
*
156548 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-AAAA-TAATTAAAAA-AAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAA--AAAAATAAATC-
** * * * * * * *
156610 GTTTAACGAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACATTTATCTATTTTAAA-A-CA--A--
63 GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACC
* * * ** *
156669 --TTG----GTTATAAAACAATTGGTTATATGGATGCAAGCTTATTTCA-AA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAA
* *
156714 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATC-
* * * * *
156778 GTTTATTGAACGAA-TTCAAACAGTTATGAGTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGCTT-TA
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* * * ** * *
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125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* *
156895 TAAAATAATAGTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
156936 ATATTTACTA
Statistics
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Indices: 149356--156935 Score: 4621
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149346 TTTGAACAAT
* ** *
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*** * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * ** * * ** * **
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255 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
** * * * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * ** * *
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* * * * ***
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511 TTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTCAAAA
* * * *
149897 GAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG-AAAAAATTAAAAAAAAAAATTT
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* * *
149959 ATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGA-
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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259 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * ***
150216 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTC
323 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * *
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387 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
150345 TCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTTCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
452 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*
150410 TTGTTCATGCAA-ATTATTCAAAA
517 TTGTTCATACAAGATTATTCAAAA
* ** * *
150433 TAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAA-TCA
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* * * * * *
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66 -TTTATTGAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* * * *** *
150557 TCTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT
129 CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * ** *
150621 AATATAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
193 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAAT-CGTTTACTGAACA
* * * ** * * * *
150684 A-TTTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAG
256 AGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
150748 TTATAAAATAATTCTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
320 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** *
150812 ATTTGAAAAACTAATGAGTGAGGGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTCTTGAACAAGTTGAAATA
384 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
* * * *
150877 GATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGCCATTATGACCTTTATTTTATCATAAAATAA
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* ** *
150941 TTGTTTTGTCATAAAACACTTGTTTCAGTTCATA-AAAACTTATTCAAAA
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*** ** * * **
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1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * ** *
151051 ATTTTTTGAAC-CAATTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAAATATCAACCTCAAATTGTTATGA
65 ATTTATTGAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* * * * * **
151115 TCTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGGTTCTAATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACT
129 CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* * * * * *
151179 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTT-AAAAAATAAATGTGTTTATTGAACCA
193 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAATAAAT-CGTTTACTGAACAA
* * * * * * * * *
151240 GTTTAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATATA-TTCAAATCATTTTGACCCTTTGTTTAGTC
257 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * **
151304 ATATAATAATTGTTT-AAGTTTATACAAGATTACTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA
322 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
151367 TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATGTGTCTACCGAACAAGTTCAAATAGT
385 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * ** * *
151432 TATAACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
448 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
151497 TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAA
512 TGTTTTTGTTCATACAAGATTATTC-AAAA
* * * *
151526 TAAAATAATACTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * *
151590 GTTTATTGAATCA-ATTCAAATAATAATGGCTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTG
66 -TTTATTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TG
* *** *
151654 -CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATC
128 AC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * **
151717 CTAATTTATTAATAATT-CAAGAATTAATAAG---AGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAA
191 CTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAATAAA-TCGTTTACTGAA
* * * * ** * *
151777 CCA-TTACAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCCTTTGTTC
254 CAAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * *
151841 TATCACAAAACAAATGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAA
318 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *** ** * * *
151906 AATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACAAATTCAAACAA
383 TATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG
** * * * * * * * *
151971 TTAAAATTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTTAGAAAACAAT
447 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * **
152036 TATTTTAGCTCACACAAGCTTCTTTGGAAA
512 TGTTTTTGTTCATACAAGATT-ATTCAAAA
* * * * * * * *
152066 -AGAATAAAACTAATTTATCAATATTTTAAAAATTTATGAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-T
* * * *
152129 ATTTATTGAAC-CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATT
65 ATTTATTGAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
* * * * * ** *
152192 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAT
128 AC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
152257 TAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGCAAAGATTTAAAAAAGTAAATC-TACTTA-TCAA
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* * * ** * *
152319 ACCA-TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAAGCTTTTATT
253 ACAAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * ** ** * *
152383 TTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATA
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * ****
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* *
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* * * * * * * ***
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* * * *
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** * ** * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * * *
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64 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
154852 ACAATTATCGATTTCAAAACATAAGGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
129 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* *** *** * * *
154905 GTTCGGTAGGTGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
1 TTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * ** * *
154969 TAAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATGAGTTCAAATAATTATGACTCTTTGAA
65 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
** *
155034 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTGTTTTGTTGTAAAACTATTA
130 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* ** *
155087 TTTTTATTTATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T
1 TTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * * *
155149 AA-TAAGAGATTTAAAAGGTGAATTTGTTTA-CTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAA
66 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * *
155212 TAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCA--TTGTTTTGTCATAAAATAATTA
130 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * ** * *
155263 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAT-ATAGCTAAACTAATAATA-TT-ATAAATTAA
1 TTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
155325 TAATTAAGAGACTTT-AAAAATAAATATATTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAG
65 TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
155388 AACAATTATCTATTTCACATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-
128 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * ** * *
155441 GTTTCAGTTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAGAATT
1 TTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAA-AATT
* * * * * * * * *
155504 AATCAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAAGTCTATTT
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* * * * * *
155569 GAACAATTATCTTTTTAAAATCATTATGGC-TTTTTTGTTTATAATAAAACAATT-
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* * ** * * *
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1 TTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* ** ** *** *** * * *
155688 GAAGTTGGAGATTTTTAAAATAAATCAAATTA---AGTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAA
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* *
155750 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTG
130 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * *
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1 TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
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64 ATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
155927 GAACAATTATAT-TTTC-AATCATTATAACATTTAGTTTTGTCATAAAATAATTA
127 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * *
155980 TTTATGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAA
1 TTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAA
* * * * ** * * * * * * *
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65 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * **
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* * * * * * *
156162 TTTTTCTTCAT-CTAAGTTTATTTGGAAATAAGATAATACTAATCTACTAATATGTC--AAA--A
1 TTTTTATTCATAC-AAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
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* ** * * *
156285 AAGCAA-TATTTATTTCAAATTGTTACGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TA
128 AA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * *
156338 GTTTTTGTTCATACAAGCATATTT-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTA
1 -TTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
156402 ATAAGTAAAAGATTTAATAAAACAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTGTTT-
64 ATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
156466 AAGTAATTATCTATTTCAAATTATTTTGAGC-TTTTCTTTTGTAATAAAATAATT-
128 AA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * *
156520 GTTTTAGCTCATATAAGCTTATTT-GATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
1 TTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * *
156584 ATGAGTAAAATAATT-AAAAA-AAATCTGTTTAACGAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAA
64 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
156647 ACATTTATCTATTT----T-A--A-AACA-ATTG----GTTATAAAACAATTG
129 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * ** * *
156687 GTTATATGGATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCCAAAATTA
1 TTTTTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
156750 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACGAA-TTCAAACAGTTATGAGTATTTG
64 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
156814 AACAATTATTTATTTCAAATCGCTT-TAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
128 AACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* ** * * * *
156868 TTTTTATTCGTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAAT
1 TTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
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66 AAG
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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190 TTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAA
* * * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** * * ** *
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383 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATT
** * * *
157933 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACTAAACTAGCTCAAT
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
158085 TATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATTGATTTAAAAA
64 TATTCGAAATAAA-TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA
* * ** * * * *
158150 ATGAATTTGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAATTACGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
127 ATAAATATGTTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
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191 TGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATT-TGAA-AAA
* *** * * * * **
158279 AAAT--T-CTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAAAAAGGTAA-ATATTTAAAAACTAAATCCGT
254 AAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAA--CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * ** *
158340 TTATCGAACAAGTTTAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCT
317 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT
* * * *
158405 TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAAACAAA
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* * **
158469 TTTATCAATATTCAAACAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TAA
445 TTTATTAATATTCAAA-AATTAATAA--G-AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-A
158533 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
504 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * * * **
158565 TTGTTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAATTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
158630 TTCGGATTACAATAATATTATTTTATTAATAATT-TGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
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* * * * **
158694 TAAATATGTTTACCGAAAAAATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
128 TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
* ** * * * * *
158759 TTATGACC-TTTGGTTA---A-AAAATACAGCAAGTGTATCAGTTCATA-GAGGTTATTCGAAAT
193 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA-A-TTA-TTTAT-A-TTCATACAAGCTTATTTGAAAA
* * * ** * * *
158818 AAAATAATACTGATTTATTAATATTCTGAAAATTATTGAGTAAGATATTTAAATAGTAAATCTAT
253 AAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAAT-AACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
158883 TTACCGAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTAAATAATTTTATATTTTAAATTGTTAAGA--T
317 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT
* * * **
158946 ATTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGTTTGTACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAA
382 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-A
* * * * *
159009 ATTTACTAATATTCAAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC-ACG
444 ATTTATTAATATTCAAAA-ATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTA-G
** * * *
159073 TTCAAATAGTTAAAACAATTTAAATAATTAT
505 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * *
159104 CTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCGT
1 CTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * ** * *
159168 ATTCAAAATAAAATAATATTAGTTTAATAATATTAAAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAG
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* * * * * *
159233 TAAATATCTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATC-ACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATA
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* * * * * * *
159297 GTTATGATCTTTTGCTTT-GTTATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTCGCAATAAA
192 GTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAA
* ***
159361 ATAATGCTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAGGTAG-GAGTTTAAAAAATAAATCTATTTA
256 ATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAACAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
159424 CCGAACAAGTTCACATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTT
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** * * ** * * *
159489 GTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAA-AAAATGATACTGATCTAT
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* * * * *
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450 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATA
159616 GTTATGACTATTTGAACAATTAT
513 GTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
159639 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
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* * * * * * **
159765 AATGTGTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
130 AATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * *
159830 ATGACTTTTTCTTTACTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAATT
195 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTATA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAAT
* ** * * **
159893 AATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATGAACAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGT
258 AATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAAT-AACAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
*
159958 CGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAGTTGTTATGACCTTT
321 CGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA-TCGTTATGACCTTT
* * * *
160021 TGTTTTGTCAT-AAACAATT-ATTTTAGTTCAT-CAAACCTTATCCGAAATAAAATAATACTACT
384 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAC-AAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAT
* * * *
160083 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAGTAAAGCTATTTTAC-AAACCAGT
446 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAG--ATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTAAACTAGT
*
160147 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTAT
506 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
160177 CAATCTCAAAT-AGTTATAATC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
*
160240 ATTTGGATAA-AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAA
65 A-TTCGA-AATAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAA
* ** * * * **
160301 TAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTC--A-A---A-GACTATTAGAATAATAATCTATTTCAAATCA
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* * * *
160359 TTCTGACCTATT-TTTAGTCATATAATAATT-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
193 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATT-TAT-A-TTCATACAAGCTTATT
160414 CTGTTTATTG
Statistics
Matches: 2347, Mismatches: 466, Indels: 240
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
CTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
TTCGAAATAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTAT
Found at i:158231 original size:181 final size:180
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156933 AAGATATTTA
* * * * *
156943 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * ** * * * *
157007 -TCTAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT-AGAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAGAAA
66 TTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAA
* * **** * * * * * *
157070 TAAATGTATTTGTTAAATC-AGTTTAAATAATTAAGACTGTTAGAACAATTAT
129 TAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
157122 CTATTTCAAATTGTTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
157187 -TCTGAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTC-AAAAAATAATAAGCAAGACATTTTAAAA
66 TTC-GAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAA
* * * * * * *
157249 AATAAATTTCTTTACCGAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATATGAATAATTAT
127 AATAAATCTGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * * * *
157304 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
157369 ATGCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAATTTGAA-AAGTTGAAGATTTAAAA
65 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT-AATAAG-TAAAGATTTAAAA
** ** * * * *
157432 AATAAATCAATTTATAGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT
127 AATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
** * * * * * *
157486 CTATTTCAAATCATTATGGA-TTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATATAAGCC
1 CTATTTCAAATTGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT
* * * * *
157549 TATTTGGAA-AAAATAATGCTAATTT-TTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTACAA
64 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAA
* *
157611 AATAAATTTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
127 AATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
157665 ATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTATGTTAATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
157729 TTTGAAAAAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAAT
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-GTAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
157794 AAATTTATTTGCCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTAT
130 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * ** ** * *
157845 CTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAAATGTTTTTGCTCATTTAAGTTTG
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
157910 TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATA
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * *
157972 AATCTCTTTACTAAACTAGCTCAATTAGTTATAACAATTTGAACT-ATTAT
131 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTAT
* ** * * * *
158022 TTATTTCAAATCATTATTG-CCATTTGTTTTGTGACAAAACAATTGTTTCTATTGATAC-AGTCT
1 CTATTTCAAATTGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CT
* * *
158085 TATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATTGATTTAAAAA
64 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA
* * ** * * * * *
158150 ATGAATTTGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAATTACGACAATTTGAATAATTAT
128 ATAAATCTGTTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * *
158203 CTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
158268 TTC-AGAACAACA-AATTCTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAAAAAGGTAAATATTTAAAAAC
66 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-GTAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
158331 TAAATCCGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTAT
129 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
*** * * *
158383 CTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
158448 TTTC-AATTAAAATAAAACAAATTTATCAATATTC-AAACAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAA
66 -TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAA
* * *
158511 AATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
127 AATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * ** * * * * * **
158565 TTGTTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAATTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
158630 TTCGGATTACAATAATATTATTTTATTAATAATT-TGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAA
* * * * * *
158694 TAAATATGTTTACCGAAAAAATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATAATTAT
129 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ***** * * * * * *
158746 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTAAAAAATACAGCAAGTGTATC-AGTTCATA-GAGGTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * *
158809 ATTCGAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTCTGAAAATTATTGAGTAAGATATTTAAATAG
65 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAA
* * * *
158874 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTAAATAATTTT
129 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * **
158926 ATATTTTAAATTGTTAAGA--TATTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGTTTGTACAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * *
158988 ATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTC-AAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
65 ATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAA-ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA
* * * * ** * *
159051 ATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTAAAACAATTTAAATAATTAT
128 ATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * *
159104 CTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCGT
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * ** * *
159168 ATTCAAAATAAAATAATATTAGTTTAATAATATTAAAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAG
65 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAA
* * * * * *
159233 TAAATATCTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAATAATTAT
129 TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
159285 TTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGTTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
159350 TTCGCAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAGGT-AGGAGTTTAAAAAAT
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAAT
* * * * * * *
159413 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCACATAATCATGTCCATTTGAACAATTAT
130 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * ** * **
159464 CTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
159529 TTC-AAA-AAAATGATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTA
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
* * *
159589 AATCTGTTTACCAAAACAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
131 AATCTGTTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
159639 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
159703 TTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATA
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
159765 AATGTGTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
131 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
** * * ** * *
159815 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTACTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * ** *
159879 ATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATGAA-CAAGAGATTTAAAAA
65 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTT-AAAA
* ** *
159943 AATAAATTTGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTAT
127 AATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* *
159997 CTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTT-TAGTTCAT-CAAACC
1 CTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGC
* * * *
160058 TTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
63 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAA
* * * * * * *
160122 AAGTAAAGCTATTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTAT
126 AAATAAATCT-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
160177 CAATCTCAAATAGTTATAATC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
160241 TTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT
66 TTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * *
160302 AAATGTGTTTGTCGAACCAGTTC--A-A---A-GACTATTAGAATAATAAT
130 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
** * * * * *
160346 CTATTTCAAATCATTCTGACCTATT-TTTAGTCATATAATAATTTTGTTTC-AGTTCATACAAGC
1 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTA-TTCATACAAGC
160409 TTATTC
63 TTATTC
160415 TGTTTATTGA
Statistics
Matches: 2609, Mismatches: 586, Indels: 204
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 39 0.01
170 4 0.00
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173 1 0.00
174 38 0.01
175 74 0.03
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178 138 0.05
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185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
Found at i:161026 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 160428--162659 Score: 1582
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 180
160418 TTATTGAATA
* * * *
160428 AGTTCAAATAATTAT-AGCAATTTGAACAACTATCGATTTCAAATCGTTATTG-CC-TTTGTTTT
1 AGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA-TGACCTTTTGTTTT
* * * * **
160490 GTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTGCTA
64 GTCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * *
160553 ATATTTCAGGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * * * *
160604 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTCTA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
160668 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA-T-ATA
65 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
160731 --T-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAGTAAATCCGTTTATCAAACC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * * *
160779 AGCTT-AAACAATTAGGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTT
1 AG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
160842 GTCATAAAACAATTATTTCAGCTCACACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
160907 ATTTAAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAGACC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* ** * * *
160960 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATCGT-TATTCCAAATCTTTATTACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
161024 CATAAAACAATTTTTTTTA-TTAATATAAGTTTATTC-ACAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAA-TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
161087 ATTT-AAAAATT-ATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTA-CAAACC
129 ATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACC
* * * * * *
161137 ATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAT-TATTATAACCTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * ** * * * *
161201 TCATCAAACAATTGCTTCTGTTCATACTATTTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTAATAATA
65 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * ** * *
161266 -TTCTGAAACTTAATAACCTAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACC
130 TTTC-AAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* ** * * * * * *
161318 AGTTCAAATAACTAAAACTATATGAACGATTATCTATTTGAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * ** * * *
161383 --T-GTACAATTATTT--TTTTGTACTAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATACT-ATTTAATAATA
66 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
161441 TTTCAAAAATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAATC
130 TTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACC
* * * * * * ** * *
161494 AGTTCAAATGATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-AATTTATTCTTTGG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTT-TTGTTTTG
* * *
161558 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAA-
65 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
161621 ACTTCAAAAATTAATAAGAAAGATATTTGAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * * * * * * *
161675 AATTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
161740 TATAAGACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
161804 TTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * * ** * * *
161855 -GTTAAAATAATTATGCCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTCT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
161919 CATAAAACAATT-GTTCTTGGTCATAAAAGCTTATTCAAAAATAAGATAATGCTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ***
161983 ATTTCACAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATCTATTTATTGAACC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACCAAACC
*
162036 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT-TAATTTCAAATCATTTA-GA--TATTTGTTT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC-TTTATGACCT-TTTGTTT
* * ** * * *
162097 TGTCATAAGACAATTGTTT-TTTATCATAGAAGCTTATTCG-ATTAAAAATAATACAAATTT-TA
63 TGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT-
* * * *
162159 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAATGTGTTTGCCGAA-C
125 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACC
* ** ** * * * *
162215 AGATCAAATAGGTAAAACTATTAGAATAATTATCT-TTTCCAATC------A--TTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * *
162271 CATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTAGAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-CCAAGTTTTTTAAC
66 CATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
** * * * * * *
162334 ATTAGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAAATTTGTTTACCGAACA
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * * * *
162387 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTG-
* * * * *
162452 T-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
65 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
162516 TTTTGAAAATTCAAAAAGCAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
130 TTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* * ** * * * *
162568 AATTC-AATAGTTACAACTATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
162632 CATAAGACAATTGTTTCAATTTATACAA
66 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA
162660 ACTGTTAGCT
Statistics
Matches: 1625, Mismatches: 343, Indels: 172
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 89 0.05
172 40 0.02
173 8 0.00
174 7 0.00
175 171 0.11
176 135 0.08
177 96 0.06
178 113 0.07
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180 315 0.19
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* * * * **
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* * * * * **
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** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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** * *
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* * *
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* * * * ** *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT-TTGTTTTG
* * *
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65 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAA-TAAAACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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319 TT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACC
* * ** * * * * * *
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* * * *
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CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATAAAACTAATTTATTAATATT
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TAACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATCTTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
TTTATTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACC
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* *
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* * *
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* *
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*
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*
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* * *
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*
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G
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*
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* *
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*
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** * *
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* * *
173799 CGAGAAAAATTGATATTTTCAATTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTAAAAAATTATTTT
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* * * *
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** **** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAA--AACAATTGT
* * * * * *
177049 TT-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-TAAATTTAATA
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
* * * * * * * *
177231 -TGAAT-ATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATGATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAA
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* * * *
177294 GTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACTAATTTAAATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * * * * *
177347 CTATTTGAACAACTGTAAACTTCAAATCCTTATTACCTTTTGTTCTATCTTAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
177412 TGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * **
177477 AAAAGAATTAAAAATTAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATATTTAAAA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* *
177528 CTATGTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGGTT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTT
* * * * * * *
177591 GT-TGAATTCGTACTAGCTTTTTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTAAAAAATT
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* * * * *
177654 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCT-TTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGA
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* * * * * *
177711 CTATATGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * *
177776 TGTTCATTTAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACAAATCTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-T
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* * *
177837 AAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * *
177888 ATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATTATTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
177952 CTATTCACACATGCTTATTC-AAATTAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTACA-A
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
178068 CTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAGAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
178133 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-T
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
178197 AAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAA-TAAATTTAAATAATTATGA
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* * * * * *
178249 CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAAT-ATGTA-GAACCTTTTGTTTCGTAATAAAAGAATTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT
* * * * *
178312 TTCTATTCATCCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTA
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* * * *
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* ** * * ** * *
178431 CCATTTGGGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * ** *
178496 TATTCATATAAGTTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAG
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* * * * *
178560 TAAAAGATTTAAAAAATAAGTATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * *
178612 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAGTTTTTCTTTTGTTATAAAACATTTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** ** ** * * *
178677 AATTCATTTAAGCTTATAT-GAAGGAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
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* * ** * *
178741 TAAGAGAATTAACAAAA-GAATAGGTTCACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * *
178855 CTATTCATGTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
65 CTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
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128 AGTAAGAGA-TTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGA
* * * *
178972 CTATTTGAAGAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * **
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** *
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** * * * * *
179281 TTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
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* * ** * * * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * * *
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129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * **
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** * * *
180942 --A-TT-----A-TA-C-ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * * * *
180996 AGCTCATATAAGCCTAATCAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTC--AAATTTATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * **
181059 AAGATATTTAGAAAATAATTCTATTTAC-AAAATCAGTTCAAATAATTAAAA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
181110 CTATTTGCACAATTATCTATTTCAAA-CATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
181174 TGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTT-AGAAAATTAATCAG
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG
* * * * * ** * * *
181238 TAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
181290 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* * * ** * * * * *
181355 -TATTTATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAAC
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
** * * * ** * * * *
181419 CAAAAAAATTTAAAAAATCTAAT-TG----CCAAACCAATTCAAATAGCTAAGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* *** * * * * * * *
181468 CTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCGTTAT-AACTTTTCTTTTCTTACAAAACAATTGTCTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
* * * *
181532 CT-TT-GTTCAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
181593 TGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATCATTTCAAATGGTTAAGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
181647 CTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
181711 TAATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAA-T--TAA
66 T-GTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
181772 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGGAACAAGTTTATATAGTTATTA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
181824 TTATTTCAACAATTGTTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * **
181889 AATTAATACAAGCTTAGAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAG
66 TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
181953 TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTCAC-CAAATCAGTTAAAATAATTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * *
182005 CCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
182069 TTTATCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
66 TGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
182134 TAACAGATTTAAACAATAAATCTATTTACTGAA-TCAATTCAAATAGTTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* ** * *
182186 CTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCATTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * ** * **
182249 CTAATCATAGAAGCTTATTTG-TTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--TAA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * **
182310 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * *
182362 CTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATGCA--AACTTTTGGTTTATTTAGTCATAAAATATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTT-G--T-TTT-GTCATAAAACAAT
* * * * * * * * * **
182425 TGTTT-TATGTCTTACAATCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATT
60 TGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
182489 AATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATAA
124 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
182548 CTATTTAAACAATTATTTATGTAAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * ** *
182613 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGC
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * *
182678 AAGAG-TTTACAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAAAAAATTTAAATAGTTACGA
131 AAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * *** * *
182729 CTATTCAAACAATTGTTTATTTAAAATTGCTATGA-CTTTTCGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
182793 CAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
182858 TAAGTGATTTTAAAAAGTGAATCTATTTGCT-AAATCAGTTTAAATAATTATGG
130 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * *
182911 CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
182976 TGATCATACAAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* **
183041 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
183092 CTATTTGAGCAATTGTAC-ACTTCAAATCATTATAACATTTTTGGTTATGTCATAAAACAACTAT
1 CTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * ** * * *
183156 TTCTATTCATACAAGCTTATACGAAATAAAATAATGTTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA
63 TTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
183221 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
183275 CTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATT-TTCT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T
** * * *
183339 CAATTTATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
183403 GTAAGAGA-TTAAAAAA-AATTCTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** *
183454 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
183519 TGTTCATAGAAGTTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCCATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-T
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
183580 AAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTTAAAAAATTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * ** * *
183631 ATA-TTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACTCTTTT-TTCTCTTGTAAAATAATAGTT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** *
183694 TCTATTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTGACAATTAATA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
183758 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTATTGAACTA-TATCAAATGGTCATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGT-TCAAATAGTTATGA
* * * * *
183812 TTATTTGAATAATTATCTATAT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
183874 TAGTTCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
66 T-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
183937 AATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * * *** *
183991 -TCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATCACTATAACCTTTTCG-TTTGTCATAAATTGATTTT
1 CT-ATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
184053 TTCTATTCATATAAGCTTATTTTG-AA-AAAATAATA--AATTTATTAATA-TT-AAGATAATTA
63 TTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTA
* * * * * *
184112 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCCAACAAGTTCAAATCGTTATGT
125 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
184169 TTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * * * ** *
184233 TTTGTCCATATGAGCTTATTC-AGATTAACATAATATTAATTTACTAATATTTTGACAATTAATA
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
184297 AGTAAAAGATTTAAAAGAT--ATATGTTTA-TAGAACAAGTTTAAATTGTCATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
184349 CTGGTTTGAATAATTATCT-TCTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTT
1 CT-ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** *** * *
184413 TCAATTCATGTTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTAA-AG
64 TCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-
* * * *
184477 AGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATATGTTTACTGATCAAGTTCAAATAGTTATGA
128 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
184532 CTATCTAAATAGTTATCAATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * ** *
184596 T-TATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACGTTCCAAAAATTAAT
64 TCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** * *
184658 AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAAC-ACATTCAAA-ACGTTATGG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTA-GTTCAAATA-GTTATGA
* * *
184712 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
184777 TATTCAAAAAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
184841 AAAAGACTTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAGA-GAGTTCAAATAGTTATGA
131 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-ACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
184892 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAATTCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
184956 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * * *
185020 GT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTT-AAATTGTCATGT
129 GTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
185072 CCATTTGAACTATTATCTATTACAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGCCGT-AAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * *
185136 TATTCATACAAAATTATTTC-AAATAAAATAATACTAAGTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-
66 TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
185196 TAACAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTGTGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * * *
185248 CTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTA-CATC-TTAGTTCTATCCTAAAACATTTATTTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
185311 TGTTCATACAAGCTTATTCAGCGTAAAATATTGCAAAACTAAATACTTACTTATTAATGTTCCAA
66 TGTTCATACAAGCTTATT---CG---AA-A-T--AAAA-T-AATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
185376 ACATTAATAAGTAAG-GATTTTAAAACTAAATGTGTTTCCCGAA-TCAGTTCAAATAATTAGGA
119 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
185438 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAGA-AATTGCTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTT
* * * * * *
185502 CAGCTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * *
185566 GTAAGA-AATTAAAAAAAAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAACTAGTTTTGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
185618 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
185683 AGTTCAAAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTAT-AAAAA-TAGATAA
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTA-ATAA
* * * * * * *
185746 GTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTACTGAATTAGTTTAAATAATTATGG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
185799 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGAGCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * *
185863 TCATCATACAAACCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
185928 AGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACCAATTCAAAATAGTTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTC-AAATAGTTATGA
* ** * * * *
185980 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** ** * *
186045 TGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAACGTAAGAATA-TTCGAAAAACTAATAAC
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
186109 TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTCTTC-AAACCAGTTCAAATAGCTAAGG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * * ** * *
186160 CTACATGAACAATTCTTTA-TTCAAATTGTTATGACCTTATATTTTGTCATAAAACAAGTT-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT
* * * * *
186223 -TAGTACTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATGAA-ACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT
65 CT-GTTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** * *
186285 CAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTCTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGA
127 -AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * *
186340 TTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ATCC-TTTGTTTGGTCACAAAACAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * ** **
186403 TTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAGATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
186464 TAAGATATTTAAAAAAATAAAT-TATTTA-TCAAACCAATACAAATAGTTATGA
130 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * **
186516 ATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAACAACAGTTT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * ** * *
186580 CTTTTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAG
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** * *
186644 TAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * *** * *
186695 CTATTTGAATAATTATCTATTGCAAATCATTATGACCAACTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * ** * *
186760 AATTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACTACGTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * *
186824 TAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATAATTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** ** * * * **
186875 CTATTTGAACAATTATAGATTT-AGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTTATAAAATGATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
186939 CTATTCATACAAGCTTATTTCGAAA-AAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAT
65 CTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT
* * * ** * * **
187001 AAGTAAAAGATTTAACAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCA-TAAAAAA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAAT-AGT-TATGA
* * ** * * ** *** * ** *
187057 GTAATACAA-ACTTAT-TAATATT-AAGATAATTGAT-AAGTAAAAGATTTAACA-AATA-AATT
1 CTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAA-ATCATT-ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* *** * * *** * * * * *
187116 GGTT-TAACCAAACAAG-TTCAAATCGTTGT-GACTATTTGAATAA-TTATT--TATTTC-AAAT
61 GTTTCTGTTCATACAAGCTT--ATTCGAAATAAAATA-AT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * * * * * *
187174 TCTTATGACT-TGCTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTT-CTG-TCCA-TACAAGT--TTAT-
122 T-TAATAAGTAAG--AG-ATT-T-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATG
*
187230 T
181 A
* ** * * * * *** **
187231 CGGATTAAAATAGTATTAATCTA-TT--AAT-ATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAGATTTTAAAA
1 C-TATTTGAACA--ATT-ATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTT--T-TGT-TTTG-TCATAAAA
* * * * * ** * * * *
187292 -AAATATATATGTT--TACTGAA-C-AAGTTC-AAATAGTCATGATTATTTGAA-TAATTATCTA
56 CAATTGTTTCTGTTCATAC--AAGCTTA-TTCGAAATA-AAAT-AATA-CT-AATTTATTA-ATA
* * * ** ** ** *
187350 CTTCAAATCATT-GTGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAT-AAT-TGTTTCAATTCATGTAAGCTT
113 TTTCAAA-AATTAAT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATCTGTTT--A--C-TG-AA-C-T
* * * *
187411 ATTTGAAATAAAATAAT-A
165 AGTTCAAAT--AGTTATGA
* * * * * ** * * * **
187429 CTAATTT-----ATTA-ATATTCCAAA-AATTAAAGA--GTAAG---AG-AATTAAAA-AAATAA
1 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGT
* * * ** * * * *
187480 ATCAGTT--TACTGAA-C-GAGTTC-AAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAA
63 TTCTGTTCATAC--AAGCTTA-TTCGAAATA-AAAT-AATA-CTAATTTATTA-ATATTTCAAAA
** *** **** * * *
187540 CATT-ATGACCT-TTTG-TTT-TGTCATAAATCTATTTACCG-AGTGAGTTCAAATAGTTATGA
121 -ATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
187599 CTATTTGAACAATTATTTGTTTCAATTCATTATGA-TTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
187663 CTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * *
187727 GT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
129 GTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * **
187780 CCATTTGAACTATTATCTATTACAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * *
187845 TACTT-ATACAAAATTAATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA
66 T-GTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
187905 -TAACATATTTAAAAACTAAATATCTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * * * * * *
187957 CTATTTTAACAATTGCCTATCTCAAATCGTTA-CATC-TTTGTTCTATCCTAAAACATTTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * ** *
188020 TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** * *
188085 AAAAGATTT-AAGAA-AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
188134 CTATTTCGATA-ATAGTTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTGTGTAATAAAATAATTG
1 CTATTT-GA-ACA-A-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** ** * * **
188198 TTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATGCCAAAAATTAA-
62 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
188262 AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGA
127 A-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
188319 CTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
188384 TATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAA
66 TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * *
188447 GTAA-AAATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGAAC-ACATTTAAATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
188498 CTATTTAAATAATTATCTATTCCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
188562 CTATTCA-AAAAGACCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAACTAATA
65 CTGTTCATACAAG--CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
188624 AATAAAAGATTT-TAAAATAAATCTGTTTAC-CAAGTGAGTTCAAATAGTTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
188677 CTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
188741 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATTAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
65 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * * * * *
188805 GT-TGAAGATTTAAAAAATTAGTCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCAAGT
129 GTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
188858 CCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * *
188923 TATTCATACAAAATTATTC-ATAATAAAATAATAATAATTTATTACTAGTTCAAAAA-T--TAA-
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
188983 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAACTAGTTCAAA-AGTTATGA
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AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
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* *
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*
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*
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*
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* * *
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187116 GGTTTAACCA
* * *
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** * * * * *
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*** * * * *
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* * * *
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1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** * *
187375 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
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*
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* * * *
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187557 TTGTCATAAA
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AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTATTTCAATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTA
ATATTCCAAAAATTAAAGAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAATCAGTTTACTG
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* *
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* * * * ** *
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*
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1 ATTTAAATAGTTATGACT
* *
188516 ATTCCAAATCGTTATGACT
1 ATT-TAAATAGTTATGACT
188535 ATTT
1 ATTT
188539 GTTTTATCAT
Statistics
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ATTTAAATAGTTATGACT
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176092 TCTACAATGG
* * * * * * *
176102 CTATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATTA-CATTT-TGTTTGGTCATATAACAATGT-T
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* * * ** * *
176164 TT-TAATCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAGTTAAT
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* * * * * ** * * *
176227 AAG-TAGGAGATTTCAAAAATAAATTTTTTTACCAAATGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-A
127 AAGTTA-AAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAA
* * * * * * ** * *
176290 ACAATTGTATACTTTAAATTGTTATAACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATA
191 ATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
** * * * **
176355 CAAGCTTATTT-GAAATAAAATATTACTAATCTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAA-AGAT
255 CAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGAT
* * * * * * *
176418 TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACT-TGCTCAAATAGTTAAGA
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* * * * * ** * *
176462 ATGTATGAACAATTATCTATTTC-AA--A-T-TG-T-TTTTGTTTCATCATTAAACAATTTTTTC
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* **** ** * *
176520 AATTCACGTTAGCATT-TTAGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTGATA
66 TATTCATACAAGC-TTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* ** * * * * * * * *
176582 TG-TAAGAGTTTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTC-TAACTATTT-AA
128 AGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTCATGACCATTTGAA
* * ** * * * *
176644 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCCTTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA
191 ATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * * * * * * *
176709 TAAATTTGTTCAGAATAAAATAATAGTAATCTATTGATATTTCAAATATGAATAAGGGATTTAAA
255 CAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGATTT-AA
* * *
176774 AAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTT-AAATAGTTATGA
319 AAATAAATCTCTTTACCGAA-TGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
176812 CTACTT-AAGCATTTATTTATTTCAAATCATTATGA--CTTTTTGTTTTTTATAAAACAA-TAGT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTA-T
* * * * * * * *
176873 TTCTATTCATGCAAGC--ATGTTCGGATTAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTTTGACAATTAA
63 TTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* *** * * *
176936 TAAG-TAAAAAGTTTTAAAAATAAATATATTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTG-
126 TAAGTTAAAAA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
* * ** * * ** *
176999 AATAATTATCTATTTC--AGC-TCAT-ACATGACT-ATTTG--A-ATAATTATCTATTT-TAGTT
190 AATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TT
* ** * * * ** * *
177055 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAATTTAATAAGTGAA-T
251 CATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA---AATAAAT-AAGA
* * * ** * * *
177119 GATTTAAAAAATGAATATTTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATGG
312 GATTT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
177166 CCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTT-TGTTTCATCATATAAGAATTGTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAA-T-TA
* * * ** * * * *
177229 TTT-GAAT-ATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATGATATTAATTTATTAATCTT-TCAAAAGTTAA
62 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
* * * * * * * *
177291 TAAG-TAAGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTG
126 TAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTCATGACCATTTG
* * * ** * * * * * * * * *
177354 -AACAACTGTAAACTTCAAATCCTTATTACCTTTTGTTCTATCTTAAAACAATTATTTTTGTTCA
189 AAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
** * * * * *
177418 TACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAG
253 TACAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAGAG
* * * * * * * **
177482 AATTAAAAATTAAATTTGTTTGCTGAACT-AGTTTAAATATTTAAAA
313 ATTTAAAAA-TAAATCTCTTTACCGAA-TGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
177528 CTATGTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAA--TTAT
** * * * ** * *
177591 GTTGAATTCGTACTAGCTTTTTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTAAAAAATTA
63 -TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTA
* * * * * * *
177655 ATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAATTCT-TTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATAT
125 ATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTT
* * * * * * * * *
177717 G-AACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTC
188 GAAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * * * * * *
177781 AT-TTAAGTT-TGTTCGAAATAAAGTAATACAAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGAT
252 ATACAAAATTAT-TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGAT
* * * * *
177844 TTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
315 TT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAA-TGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * * *
177888 ATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATTATTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTA-TT
* * * *
177951 TCTATTCACACATGCTTA-TTCAAATTAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-TCGACAATTACA
64 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTA-A
* * * * * * * * *
178013 -AA-CTAACAAGGTTT-AAAATTAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTG
126 TAAGTTAA-AA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTG
* * * * * * *
178075 -AATAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAGAATTATTTC-AGTTC
189 AAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* ** * * * *
178138 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAG
252 ATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AAT-AAGAG
* * ** * * * *
178203 ATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAATAAATTTAAATAATTATGA
313 ATTT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
178249 CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAAT-ATGTA-GAACCTTT-TGTTTCGTAATAAAAGAATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGATCCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAA-TTA
* ** * *
178311 TTTCTATTCATCCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGGCAATTA
62 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA--AAATTA
* * * * * * *
178374 ATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAATTCAAATCA-TTATGTCCATTT
125 ATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTCATGACCATTT
*** * * * * *
178437 G-GGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
188 GAAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* ** * * * * * * * * *
178501 ATATAAGTTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAG
252 ATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT-CCAA-AAATAAATAAGAG
* * * * ** *
178566 ATTTAAAAAATAAGTATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
313 ATTT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
178612 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAGT-TTTTCTTTTGTTATAAAACATTTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* ** * * ** * * *
178676 CAATTCATTTAAGCTTATATGAAGGAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
65 CTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* ** * * * * ** *
178741 -TAAGAGAA-TTAACAAAA-GAATAGGTTCACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTG-AA
130 TTAA-A-AATTTAA-AAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAA
* * * * * *
178802 CAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC-CTTT-TTTTGTCATGAAACAATTGGTTCTATTCATG
192 TAATTATCTA-TTC-AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* ** * * * *
178864 TAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTT
255 CAAAATTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAG--AGA-TT
* * * * * * *
178928 TAAAAAAGTAAATATATTTTCTGAA-CATGTTCACACAGTTATGA
316 T-AAAAA-TAAATCTCTTTACCGAATGA-GTTCAAATAGTTATGA
* * * *
178972 CTATTTGAAGAATTATCTATTTGAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * *
179036 CTATTCATAAAAGATT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAC
65 CTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * ** * *
179100 G-TAAAATATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AAT
129 GTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAAT
* * * * * **
179163 AATTATTTATTGCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCACAAAATATTTGCATCTATTCATAC
193 AATTATCTATT-CAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * * *
179227 AATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTT
256 AAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAA----GAGATTT
* ** ** * *
179291 AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
317 -AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * * *
179333 CTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTAATG-GCATTTAGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTA-TTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * ** * * * * *
179397 TTGTTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTTATAATTAATAA
65 CTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
179461 G----AGATTT-AAAAATGAAATTTATTTACTGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AA
129 GTTAAAAATTTAAAAAAT-AAATATATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAA
* * * * * *
179519 TAGTTATCTATCTCAAATCTTTATG--ATCTTT-ATTTGTCAAAAAAC-ATTTTTTCTTTTCATA
192 TAATTATCTAT-TCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
*** * * *
179580 CATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATT
255 CAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TA--AA-TAAGAGATT
* * * * ** * *
179645 TAAACAATAAATATGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGA
316 TAAA-AATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * *
179688 CTATTAAAATAATTATATATTTCAAATCATT-TTAACCTTT-TGTTTAGTCATAAAAGAATTATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTATT
* * * *
179751 T-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATGT-GAAATATTAA
64 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAA
* * * * * * * * *
179813 TGAG-CAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGAT-TTGACAATTT
126 TAAGTTAA-AAATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TCATGACCATTT
* * * * * * * *
179876 G-AATAATTATTTGTTTAAAGTTGTTATGAC--CTT-TTTT-TCATAAATCCATTATTTC-AGTT
188 GAAATAATTATCTATTCAAA-TCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * **
179935 CGTA-AAAACTAATCTAAAAT-AAATAATACTACTTTATTAATATTTCCAAATTTAATAAGCAAG
251 CATACAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAA---AATAAATAAG
* ** * ** * *
179998 AGATTTAAAAACTAAAGCAATTTTCTAAACT-ATTTAAAATAGTTATGA
311 AGATTTAAAAA-TAAATCTCTTTACCGAA-TGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
180046 CTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATAAT-CTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * *
180110 TGA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATACTAATTGAATAATATTCTAAAAATTAGTAA
66 T-ATTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * *
180173 G----AGATTT-AAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGGCTATTAG-AATA
129 GTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAATA
* * * * * * * * *
180232 ATTATCTTTTTCAAATTGTTTTGACCTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACA
194 ATTATC-TATTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * * * * * *
180297 ATCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTTACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTG
257 AAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAAT-A--A-GAGATTT-
* * **
180362 AAAAAAATAAGTCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
317 --AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
180405 TTATTTCAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-CCATTTATTTTGTCATAAGACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * ** * *
180469 -TAGTCTATAAAAGCTTA-ACCAAAATAAAATAAAACTATTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
65 CTATTC-ATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * ** * * * *
180531 AAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTA-TTGA
127 AAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
* * * * * * *
180593 AACAACTATCTATTTTAAATCGTTATTACGTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTCT-TCAAC
190 AATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT--TC
** * * ** * **
180656 ATACAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTGAAGAATTGATAAGAGATT
252 ATACAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGA-T
* * * * **
180720 TTAAAAACAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
315 TTAAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
180763 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * *
180827 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTT-TGCAATATTCTGAAAATTAATAA-
66 TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * ** * * *
180890 CTATTAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-A--A-TT---AT-
130 TTA-AAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAATA
* * * * * * * *
180947 A-CA--T-TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTC-AGCTCATATAA
194 ATTATCTATTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
*** * * * * * * * * * *
181007 GCCTAATCAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAATTTATAAGTAAGATATTTAGAA
258 AATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA--AATAAATAAGAGATTTA-AA
* * ** * * **
181072 AATAATTCTATTTACAAAATCAGTTCAAATAATTAAAA
320 AATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
181110 CTATTTGCACAATTATCTATTTCAAA-CATTATTA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-CTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
181173 TTGTTAATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TAGAAAATTAAT
65 CTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAAT
* * * ** * * * ** *
181235 CAG-TAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG-A
127 AAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAA
* * * * *
181298 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TATTTA
191 ATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCA
* ** * * * * *
181361 TACTATTTTATTT-GAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCA-AAA
253 TACAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAA---AATAA--ATAAG
* ** * * ** * * *
181424 AAATTT--AAA-AAATCTAATTGCCAAACCAATTCAAATAGCTAAGA
311 AGATTTAAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* *** * * * * * * * * *
181468 CTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCGTTAT-AACTTTTCTTTTCTTACAAAACAATTGTCTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT-TT
* * * *
181532 CT-TT-GTTCAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATT-TCAAAAACTAAT
65 CTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * * * * * * * *
181592 ATG-CAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATC-ATTTCAAATGGTTAAGACTATTAG-
127 AAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
* * * * * *
181654 AATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAATTCA
190 AATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
** * * * * *
181718 TACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTA
253 TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGATTT-
* ** ** * * *
181783 AAAAATAAATCTATTTATGGAACAAGTTTATATAGTTATTA
317 AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
181824 TTATTTCAACAATTGTTTATTTAAAATCATTAT-AACCTTT-TGATTTGTCATAAAATAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT--TTTGTCATAAAACAATTATT
* * ** *
181887 TCAATTAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT--AAATTAAT
64 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-CTAAAAATTAAT
* * * * *
181950 AAG-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGACCATTTG-
127 AAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
* * * * * * *
182012 AATGATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCA
190 AATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCA
* ** * * * * * *
182076 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGA
253 TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGA
* * * *
182141 TTTAAACAATAAATCTATTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGA
314 TTTAAA-AATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* ** *
182186 CTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCATTAAAAT-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * *** * * *
182249 CTAATCATAGAAGCTTATTT-GTTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * ** * *
182313 G----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAAAATA
129 GTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAATA
* * *
182373 ATTATCTATTTCAAATC---ATGCAAACTTTTGGTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTT-TATG
194 ATTATCTA-TTCAAATCGTTATG-ACA-TTTT-G--T-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-
* ** * * * * * *** *
182434 TCTTACAATCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAA
250 TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAG----
* * * * *
182499 AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATAA
311 AGATTT--AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
182548 CTATTTAAACAATTATTTATGTAAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * *
182613 -AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAA
66 TA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * * * * * *
182676 G-CAAGAGTTTACAAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAATTTAAATAGTTACGACTA-TTCAAAC
129 GTTAAAAATTTA-AAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAAT
* * * * * * *
182739 AATTGTTTATTTAAAATTGCTATGAC-TTTTCGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATA
193 AATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
** * * *
182802 CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGAT
255 CAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGA-
* * * ** * * * *
182866 TTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTAAATCAGTTTAAATAATTATGG
314 TTTAAAAA-TAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * *
182911 CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCA-CCTTT-TGTTTGGTCATATAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTATT
* ** * *
182974 TTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAAT
64 TCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * * *
183037 AAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-A
127 AAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAA
** * * * * * *
183100 GCAATTGTAC-ACTTCAAATCATTATAACATTTTTGGTTATGTCATAAAACAACTATTTCTATTC
191 ATAATTAT-CTA-TTCAAATCGTTATGACA-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** ** * *
183164 ATACAAGCTTA--TACGAAATAAAATAATGTTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
252 ATACAAAATTATTTA-G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAG
* * * *
183227 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGA
311 AGATTT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAA-TGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
183275 CTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGA-CCTTT-TGTCTTATCATAAAACAATT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT-T-TTGTCATAAAACAATTATT
* * * *
183337 CTCAATTTATACTAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTA
64 -TCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTA
* * * * * * * *
183399 ATAAG-TAAGAGA-TTAAAAAA-AATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-
125 ATAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTG
* * * ** * *
183460 AAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCA
189 AAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* ** * ** ** * * *
183525 TAGAAGTTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTA
253 TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGATTT-
* * * ** * * *
183590 AAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAAAAATTATGA
317 AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * ** *
183631 ATA-TTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTTTTATGA-CTCTTT-TTTCTCTTGTAAAATAA-TAG
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-CTTTATTT-TGTCATAAAACAATTA-
* * * * *
183692 TTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTGACAATTAA
62 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * *** * * **
183756 TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTATTGAACTA-TATCAAATGGTCATGATTATTTG-
126 TAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTCATGACCATTTGA
* * * *
183819 AATAATTATCTATAT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTT-TAGTTCA
190 AATAATTATCTAT-TCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* ** * * * *
183881 TATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAG
253 TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTC--CAAA--AATAAATAAGAG
* * * ** * *
183945 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGA
313 ATTT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
** * * *** *
183991 -TCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATCACTAT-AACCTTT-TCGTTTGTCATAAATTGATTT
1 CT-ATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT--TTTGTCATAAAACAATTA
* **
184052 TTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAA-AAAATAATA--AATTTATTAATA-T-TAAGATAATTA
62 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTA
* * * ***
184112 ATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCC-AACAAGTTCAAATCGTTATGTTTATTT
125 ATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTT
* * * * * * *
184175 -AAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGT
188 GAAATAATTATCTA-TTCAAA-TCGTTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* ** ** * * * * * * * * *
184238 CCATATGAGCTTATTCAGATTAACATAATATTAATTTACTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA
250 TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT-CCAA-AAATAAATAAG
* * ** * * *
184303 AGATTTAAAAGATATATGT-TTATA--GAACAAGTTTAAATTGTCATGA
311 AGATTTAAAA-ATAAATCTCTT-TACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
184349 CTGGTTTGAATAATTATCT-TCTTCAAATCATTGTGA-CCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGT
1 CT-ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
* *** * *
184412 TTCAATTCATGTTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATT-TCAAAAATTAA-
63 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * ** * * * *
184475 AGAG-TAAGAGAATTAAAAAAATAAATATGTTTACTGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-
127 A-AGTTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTG
* * * *
184538 AAATAGTTATCAATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATT
189 AAATAATTATCTA-TTC-AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATT
* ** ** *
184601 CATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAACGTTCCAAAAATTAATAAGTAA
251 CATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAG---
* * * *** * * *
184664 AAATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAA-CACATTCAAA-ACGTTATGG
311 AGATTT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGA-GTTCAAATA-GTTATGA
* * * *
184712 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * *
184776 CTATTCAAAAAACCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
184839 G-TAAAAGACTTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAGA-GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-A
129 GTTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATATATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAA
* * * * *
184900 ATAATTATTTATTTCAATTCGTTATGATC-CTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCAT
191 ATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * * * *
184964 ACAAGTTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGAT
254 ACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAA---G-AGAT
* * ** * * *
185029 TTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTT-AAATTGTCATGT
315 TT-AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
185072 CCATTTGAACTATTATCTATTACAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGCCGT-AAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-CTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
** * *
185135 CTATTCATACAAAATTATTTCAAATAAAATAATACTAAGTTATTACTATT-TCAAAAATTAAT-A
65 CTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA
* * * * * ** *
185198 ---ACAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTGTGACTATTTG-AAT
129 GTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAAT
* * * * * * * * *
185258 AATTATCTATCTCAAATC---ATTACATCTTAGTTCTATCCTAAAACATTTATTTATGTTCATAC
193 AATTATCTAT-TCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * * * * *
185320 AAGCTTATTCAGCGTAAAATATTGCAAAACTAAATACTTACTTATTAATGTTCCAAACATTAATA
256 AAAATTATT-----T-AGA-A-T--AAAA-T-AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATA
* * * * * * *
185385 AGTAAGGATTTTAAAACTAAATGTGTTTCCCGAATCAGTTCAAATAATTAGGA
309 AG--A-GA-TTTAAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * **
185438 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA-CCTTTTATTTAGTCATAAAGA-AATTGCT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAA-ACAATTATT
* * * * * *
185501 TC-AGCTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATA
64 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * ** *
185565 AG-TAAGAAA-TTAAAAAAAAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTG-AA
128 AGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAA
* * ** * * * *
185627 CAATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCA-A
192 TAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * ** *
185690 -AAAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTATAAAAATAGATAAGTTAGAG
255 CAAAA--TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT--A-AA-TAAGAG
** * * * * *
185753 ATTTAAAACATAAATCAGTTTACTGAATTAGTTTAAATAATTATGG
313 ATTTAAAA-ATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
185799 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGAGCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * *
185863 TCA-TCATACAAACCTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
66 T-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * * * *
185925 AG-TAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAA-TTCAAAATAGTTATGACTATTTG-
128 AGTTA-AAAATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAACAAGTTC-AAATAGTCATGACCATTTGA
* * * * * * * * *
185987 AACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTATGTTCAT
190 AATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* ** * * ** ** *
186052 ATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAACGTAAGAATATTCGAAAAACTAATAACTAAGAGA
254 ACAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGA
* * * * * ** * * *
186116 TTTAAAAAAAAATTTATTCT-TCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGG
314 TTTAAAAATAAATCTCTT-TACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
** * * **
186160 CTACATGAACAATTCTTTA-TTCAAATTGTTATGA-CCTTATATTTTGTCATAAAACAAGTT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTT-TATTTTGTCATAAAACAA-TTATT
* * * * *
186222 T-TAGTACTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATGAA-ACAAATCTATTAATATT-TCAAAAATTA
64 TCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTCAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTA
* * * * * * * * **
186283 ATCAA--TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTCTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTT
125 AT-AAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTT
** * * * * * * *
186346 G-AGCAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ATC-CTTTGTTTGGTCACAAAACAAATGTTTTTGTT
188 GAAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** * * * ** *** * *
186408 CATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAGATATTAATATTTTGAAAATTAATAAGATATT
251 CATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGATT
* * * ** * *
186473 TAAAAAAATAAAT-TATTTATCAAACCAATACAAATAGTTATGA
316 T--AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * *
186516 ATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-CAGTT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTA-TT
* * * * * * * *
186579 TCTTTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAA
64 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * *
186643 GTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTG-AATA
129 GTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAATA
* ** * * * *
186706 ATTATCTATTGCAAATCATTATGACCA-ACTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATA
194 ATTATCTATT-CAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * ** * *
186770 AGGTTA-TTCGAAATAAAATAATACTACGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTT
257 AAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--CAAA--AATAAATAAGAGATTT
* * * ** * *
186834 AAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGA
317 AAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
** ** * * ** *
186875 CTATTTGAACAATTATAGATTT-AGAATCGCTAT-AACCTTT-TGGTTTGTTATAAAATGATTGT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGATCCTTTAT--TTTGTCATAAAACAATTAT
*
186937 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAA-AAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTA
63 TTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTA
* * * * ** ** *
186999 ATAAG-TAAAAGATTTAACAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCA-TAAAAAAGTAAT
125 ATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGT-CATGACCATT
** * * ** *** * ** * *
187062 ACAAACTTATTA-ATATT-AAGATAATTGAT-A-AGTAAAAGATTTAACA-AATA-AATTGGTT-
187 TGAAA-TAATTATCTATTCAA-ATCGTT-ATGACA-T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * ** * * * **
187120 TAACCAAAC-AAGTTCAAATCGTTGTGACT-ATTTGAATAATTATTTATTTCAA-ATTCTTATGA
247 TATTCATACAAAATT---AT--TT-AGAATAAAAT-AATACTAATTTA-TT-AATATTC-CAAAA
* *** * ** * * * ** * * * *
187182 CTTGCT-TG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGT-CC-ATACAAGTT-TATTCGGATTA-AA
302 ATAAATAAGAGATT-T-A-AAAATAA--ATCTCTTTACCGA-ATGAGTTCAAAT-AG-TTATGA
* * * * * * * *****
187240 ATAGTATT-AATCTATTA-ATATTTTGACAATTAGTAAG-TAAAAGA-TTT-T-A-AAAA-AATA
1 CTA-T-TTGAA-CAATTATCTA-TTTCA-AATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAAT-
* * * * * * *
187297 TATATGTTTACTGA-ACAAG-----TTCAAAT--AGTCATGA-TTATTTGAATAATTATCTACTT
60 TAT-T-TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAA-TAT-T-C-T
* * ** ***** * *
187353 CAAATCATT-GTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAT-TGTTT------CAA-TTC--AT-GT
117 -AAA-AATTAAT-AAGTTAAAAATT-T-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * ** * ** *
187405 -AAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCA-AAAATTAAAGAGTAAGAG
177 CATGAC-CATTTGAAAT--AATTAT-CT-ATTCA--AATCGTT--ATGACATT-TTG-TTTTG-T
* * * * * * **
187466 AATTAAAAAAATAAATCAGTTTACTGA-ACGAGTTC-AAA-TAGTTATGACT-ATCTAA-A-TAA
230 CA-TAAAACAAT---T--GTTT-CT-ATTC-A-TACAAAATTATTTA-GAATAAAATAATACTAA
* *** **** * *
187525 -TTATCT-AT-TT-CAAAACAT-TATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAATCTATTTACCGAGTGAG
284 TTTAT-TAATATTCCAAAA-ATAAAT-A---AGAGATTTAAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAG
187584 TTCAAATAGTTATGA
343 TTCAAATAGTTATGA
* * * * *
187599 CTATTTGAACAATTATTTGTTTCAATTCATTATGATTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* **
187664 TATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
66 TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
187729 TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-AT
131 TAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAATAAT
* **
187793 TATCTATTACAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTACTT-ATACAAA
196 TATCTATT-CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA
* * * * * *
187857 ATTAATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAACATATTTAAAAACT
259 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAA-T
* ** * *
187922 AAATATCTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAA
323 AAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * * * * *
187957 CTATTTTAACAATTGCCTATCTCAAATCGTTA-CAT-CTTTGTTCTATCCTAAAACATTTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* ** * * * * * * *
188020 TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAAG-
66 TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * *
188084 TAAAAGATTT-AAGAA-AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTCGATAAT
131 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTT-GA-AAT
* * * * * * * * **
188147 AGTTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTGTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATGTA
193 AATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** * *
188212 AGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATGCCAAAAATTAAAGAGTAAGAGAATT
257 AAATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-AA-A-TAAGAG-ATT
* * * ** *
188276 AAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGA
316 -TAAAAATAAATCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * **
188319 CTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* *
188383 CTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
**** * * *
188447 G-TAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGAACACA-TTTAAATAGTTATGACTATTT-AAAT
129 GTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAAT
* *
188508 AATTATCTATTCCAAATCGTTATGAC-TATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCA-A-
193 AATTATCTATT-CAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* *
188570 AAAGACCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAACTAATAAATAAAAGAT
256 AAA-A--TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAA--AATAAATAAGAGAT
* *
188634 TTTAAAATAAATCTGTTTACC-AAGTGAGTTCAAATAGTTATGA
315 TTAAAAATAAATCTCTTTACCGAA-TGAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
188677 CTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCCTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* *
188742 TATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
66 TATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *
188806 TTGAAGATTTAAAAAATTAGTCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCAAGTCCATTTG-AATTA
130 TTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAATAA
* * *
188870 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTATATTCATACAAA
195 TTATCTA-TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA
* * * * *
188935 ATTATTCATAATAAAATAATAATAATTTATTACTAGTT-CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAC
259 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAA-
188999 TAAATCTCTTTACCGAACT-AGTTCAAA-AGTTATGA
322 TAAATCTCTTTACCGAA-TGAGTTCAAATAGTTATGA
189034 CTATT
1 CTATT
189039 GAAATATTAA
Statistics
Matches: 9590, Mismatches: 2215, Indels: 1547
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
345 71 0.01
346 20 0.00
347 174 0.02
348 1 0.00
349 8 0.00
350 79 0.01
351 89 0.01
352 30 0.00
353 77 0.01
354 365 0.04
355 399 0.04
356 726 0.08
357 992 0.10
358 836 0.09
359 617 0.06
360 1300 0.14
361 879 0.09
362 931 0.10
363 746 0.08
364 550 0.06
365 264 0.03
366 142 0.01
367 150 0.02
368 16 0.00
369 8 0.00
370 64 0.01
371 17 0.00
372 34 0.00
373 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
TAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAATAAT
TATCTATTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAT
TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAATAAA
TCTCTTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:188907 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 177240--187035 Score: 1673
Period size: 541 Copynumber: 18.2 Consensus size: 537
177230 TTGAATATTC
* * * * * * * *
177240 AAGCTTATTTGGA-ATAAAATGATATTAATTTATTAATCTTT-CAAAAGTTAATAAGTAAGAGAT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAA-CTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * * * ** *
177303 TAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT-AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTGTAAAC
64 T-TAAGAATAAATCTGTTTA-CCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
* * * * * * * *
177367 TTCAAATCCTTATTA-CCTTT-TGTTCTATCTTAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATT
127 TTCAAATCATTATGATCCTTTAT-TT-TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
* * * * * * ** *
177430 GGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATT-AAAAATTA
190 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATT-
* * * * * * * * * *** * * * * *
177494 AATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATATTTAAAACTATGTGAACAATTATCTATTTTAAATCATT
254 AATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** * * ** * **
177559 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGGTTTTGTTGAATTCGTACTAGCTTTTTTGGAATAAAA
319 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGT-TTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAA
* * * * * * *
177623 TAAAATAAATTTATTAATATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCT-TTTA
381 TAATATAAATTTATT-A-CTGTTCAAAAATTAATAAG-AAAA-ATTTAAAAACTAAATATATTTA
* * * * * ** * * * *
177687 CCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCT-TT
442 CCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATC-GT-T-ACATATT
* * * * * * * **
177751 TGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATTT
504 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* * * * *
177785 AAG-TT-TGTTCGA-AATAAAGTAATACAAATCTATTAATATTT-CAAAA-T--TTAATAAGAGA
1 AAGCTTAT-TTGGATAA-AAA-TAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGA
* * * * * * *
177843 TTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAGCAATTATTTA
63 TTT-AAGAATAAATCTGTTTA-CCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTA
* ** * * * * * * * * *
177907 TTTCAAATCATTATTATTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCACACATGCTTA-TT
126 TTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT
* * * * ** *
177971 CAAATTAAAAT-ATACTAATTTATTAATATT-TCGACAATTACA-AACTAACAAGGTTT--AAAA
191 GAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTA-ATAAGT-TGAAGATTTAAAAAA
* * ** * * * * *
178031 TTAAATATGTTTACTAAACTAGA-TCAAATAATCATGACTATTTGAA-TAATTATCCATTTCAAA
252 TT-AATCTATTTACCGAAC-AAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * ** *
178094 TTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAGAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
314 TCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAGAATA
* * * * * * * *
178158 AAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT
378 AAATAATATAAATTTATTACT-GTTCAAAAATTAATAAGAAA-A-ATTTAAAAACTAAATATATT
** ** * * * * * * * * * * *
178223 TATTGAATAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATATGTAGAACCT-
440 TACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAAT-CGT--TACATA
* * **
178287 TTTGTTTCGTA--ATAAAAGAATTTTTTTCTATTCATCC
502 TTTG-TTC-TATCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATAA
* * * * ***** * *
178324 AAGCTTATTTTGA-ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGGCAATTAATAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATT
* * * * * * * ***
178388 TAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAATTCAAATCA-TTATGTCCATTTGGGCAATTATTTAT
65 T-AAGAATAAATCTGTTTA-CCAAGTGAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
* ** * * * * *
178451 TTCAACTTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTA-TT
127 TTCAAATCATTATGATC-CTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT
* * * * * * * **
178514 CATATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TA
191 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTA
* * * * * * **
178578 AGTATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTAT
255 A-TCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGT
** * * * * ** ** * *
178642 TATGAGTTTTTCTTTTGTTATAAAACATTTGTTTCAATTCATTTAAGCTTA-T-ATGAAGGAAGA
318 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCA-GAA-TAAAA
* * * **
178705 TAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAACAAA--AGAATAGGT
381 TAATA-TAAATTTATTACTGTT-CAAAAATTAATAAG-AA-A-AATTTAA-AAACTA-AATATAT
* * * * * * * * ** *
178766 TCACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
439 TTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTC-AAATCGT-T-ACA
* * ** **
178830 T-TTT-TT-TGTCATGAAACAATTGGTTCTATTCATGT
500 TATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* * * * * * *
178865 AAGCTTATTTTGA-ATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-T
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACT-AATCTAATAATATTTCC-AAAACTAATAAATAAAAGA
* * * * * * * * * * *
178926 TTTAAAAAAGTAAATATATTTTCTGAA--CATGTTCACACAGTTATGACTATTTGAAGAATTATC
63 TTT-AAGAA-TAAATCTGTTTAC-CAAGTGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATT
* * ** * *
178989 TATTTGAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGATTT
124 TATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTT
** * * ** * *
179053 -TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATACGTAAAATATTTAAAAAG
187 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAA
* * * ** * * * * * * *
179117 TAAATATGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATTTATTGCAAATT
252 TTAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATC
* * * ** ** *
179181 GTTATGATC-TTTTGTTTTGTCACAAAATATTTGCATCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAA
316 GTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAA
* ** * * *
179245 ATAATACT-AATTTATTA-TATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
380 ATAATA-TAAATTTATTACTGTTC-AAAAATTAATAAG--AAAAATTTAAAAACTAAATATATTT
* * * ** * * * *
179308 A-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTG-TA-ATGGCA
441 ACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTACAT---A
* * * * * * *
179370 TTTAGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAA
502 TTT-GTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCAT--AA
* * * ** * *
179409 AA--TTATTTAGA-ATAAAATAATACTGATCTATTAATATTT---TTA-TAATTAATAAGAGATT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATT
* * * * * * * * * *
179467 TAAAAATGAAATTTATTTACTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATC
65 TAAGAAT-AAATCTGTTTAC-CAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATT
* * * * *
179531 TCAAATCTTTATGAT-CTTTA-TTTGTCA-AAAA-ACATTTTTTCTTTTCATACATGCTTATTTG
128 TCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAATA-ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * * * * *
179592 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAG-TAAGAGATTTAAACAATAAA
192 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA-AGATTTAAAAAATTAA
* * * * * * * * * * * * * * * *
179656 TATGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAAAATAATTATATATTTCAAATCATTT
256 TCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * **
179720 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAGAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
320 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * * *
179784 TATTAATTTATTAACATG-TGAAATATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-C
384 TATAAATTTATT-AC-TGTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTT-AAAAACTAAATATATTTACC
* * * * * * * ** * * * * **
179847 TAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACAATTTGAATAATTATTTGT-TTAAAGTTGTTATGACCTTT
444 GAACCAA-TTCAAATAG-TTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAA-TCGTTA-CATATTT
* * *
179910 -TT-T-TCATAAATCCATTATTTC-AGTTCGTAA
505 GTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAA
* * * * * * * ** ** *
179940 AAACTAATCT--AAAATAAATAATACTACTTTATTAATATTTCCAAATTTAATAAGCAAGAGATT
1 AAGCTTATTTGGATAA-AAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATT
* * ** * * * * * * * ** *
180003 TAAAAACTAAAGCAATTTTCTAAACT-ATTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATC
65 TAAGAA-TAAATCTGTTTAC-CAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATT
* * * * * * * * *
180067 TCAAATCGTTATAAT-CTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCG
128 TCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTG
* * * *
180130 -AATAAAAATAATACTAATTGAATAATATTCTAAAAATTAGTAA---G-AGATTT-AAAAATAAA
192 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAA
* * * * * * * * * * * * * *
180189 TGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGGCTATTAGAA-TAATTATCTTTTTCAAATTGTTT
256 TCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * ** **
180253 TGACCTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAATCTTATTTGGAATAAAATAA
320 TGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * *
180318 TA-ATAATTTATTTAC-ATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAAATAAGTCTGTTTA
384 TATA-AATTTA-TTACTGTTC-AAAAATTAATAAG-A-AAAATTT--AAAAACTAAATATATTTA
* * * ** * * * * *
180381 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCATT
442 CCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTA-CA-TATT
* * * * * *
180445 TATTTTGTCATAAGACAATTGTTT-TAGTCTATAA
504 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTC-ATAA
**** * * * * * * * * *
180479 AAGCTTA-ACCAAAATAAAATAAAACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATT
* * * * * * * * *
180543 TAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA-TTAGTTCAAATAATTATGGCTATTGAAACAACTATCTATT
65 T-AAGAATAAATCTGTTTA-CCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATT
* * * * * *
180607 TTAAATCGTTATTA-CGTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTCT-TCAACATACAAGCTTT-T
128 TCAAATCATTATGATC-CTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT--TCATACAAG-TTTAT
* * * * *
180668 TTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TGAAGAATTGATAA---G-AGATTTTAAAAAC
189 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * **
180728 AAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
253 TAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * ** *
180793 TATAAC-CTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAAT
318 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAG-AATAAAAT
* * * * * * * * ** *
180856 AATA-ATAATTT-TGCAATATTCTGAAAATTAATAACTATTAGATTTAAAAAATAAATCCATTTG
382 AATATA-AATTTAT-TACTGTTC-AAAAATTAATAA-GA-AAAATTTAAAAACTAAATATATTTA
* * * * * *
180919 CCAAACTAGTTCAAATAGTTAT-A--A-TT-----A-TA-C-ATTTCAAATTGTTATA-ACCTTT
442 CCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTACATA---TT
* * * * *
180971 TGTTTTGTCATTAAACAATTATTTC-AGCTCATAT
504 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAA
* * * * * * * * * * * * *
181005 AAGCCTA-AT-CAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTT-C-AAATTTATAAGTAAGATAT
1 AAGCTTATTTGGATAA-A-AATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * ** ** *
181066 TTAGAAAATAATTCTATTTACAAAATCAGTTCAAATAATTAAAACTATTTGCACAATTATCTATT
64 TTA-AGAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATT
* * * * * * * * * *
181131 TCAAA-CATTATTA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCG
128 TCAAATCATTATGATC-CTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * ** * *
181194 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAA
192 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAA
* ** * * * * ** * * *
181258 TTTGCTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTA
256 TCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * ** *
181322 TAATC-TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TATTTATACTATTTTATT-TGAAATAAAAT
320 TGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAAATTATTCAG-AATAAAAT
** * * * * * * * *
181384 AATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAAAAAATTT--AAA--AAATCTAATTGC
382 AATATAAATTTATTACT-GTTCAAAAATTAAT-A--AGAAAAATTTAAAAACTAAATATATTTAC
* * * * *** * * * * *
181445 CAAACCAATTCAAATAGCTA-AGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCGTTATA-ACTT-T
443 CGAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTACATATTTGT
* * * * **
181507 TCTTTTCTTACAAAACAATTGTCTTCT-TT-GTTC
507 TC-TATC--ATAAAACAATTAT-TTCTATTCATAA
** * * * * ***
181540 AAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTCATAATATTTCAAAAACTAATATGCAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATTT
* * * * * * * * * * *
181605 AAAAAATAAATTTGTTTATCAAATCATTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATATACTT
66 -AAGAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATTTATTT
* * * * *
181669 CAAATCGTTTTGA--CTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAATTCATACAAGCTTA-TT
129 CAAATCATTATGATCCTTTAT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTT
* * * * * *
181730 CAGAATAAATTAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAA---G-AGATTTAAAAAATAA
191 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTA
** * * * * ** * * * * * *
181791 ATCTATTTATGGAACAAGTTTATATAGTTAT-TATTATTTCAACAATTGTTTATTTAAAATCATT
255 ATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGT-CCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * ** * *
181855 ATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGATGA-AATAAAATA
319 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATA
* * ** * * *
181919 ATACT-AATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTCACC
383 ATA-TAAATTTATTACT-GTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAACTAAATATATTTACC
* * * * * * * * ** * * * * *
181983 AAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCT-TTTA
444 GAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTA---CATATTTG
* * * *
182047 TTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATAT
506 TTCTATCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATAA
** * * * * * * *
182079 AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATGCTAAT-TGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGAT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCT-AATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * **
182142 TTAAACAATAAATCTATTTACTGAA-TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
64 TT-AAGAATAAATCTGTTTAC-CAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
** * * * * * *
182206 CTT-AAATCATTAAAAT-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCATAGAAGCTTATTT
127 -TTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT
** * * * *
182269 G-TTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA---G-AGATTTAAAAAATAA
191 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTA
* * * ** * * * *** * * *
182329 ATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAAAATAATTATCTATTTCAAATC---
255 ATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * ** **
182390 ATGCAAACTTTTGGTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTT-TATGTCTTACAATCTTATTTGGAA
319 ATG-ACA-TTTT-G--T-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAAATTATTCAGAA
** * ** * *
182454 TAAAATAATCCAAATTTATGAACAT-TTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATC
376 TAAAATAATATAAATTTAT-TAC-TGTTCAAAAATTAATAAG-AAAA-ATTT-AAAAACTAAATA
* * * * ** * * *
182518 TGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATTTATGTAAAATCGTTATA
436 TATTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTA-C
* * *
182582 ATCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAA
499 AT-ATTTGTTCT-ATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAA
*** * * ** ** * ** *
182622 AAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATT
* * * *** * * * * *
182685 TACAAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAATTTAAATAGTTACGACTATTCAAACAATTGTTTATT
65 T--AAGAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATT
* *** * * * * *
182750 TAAAATTGCTATGA-CTTTTCGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC
128 TCAAATCATTATGATCCTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTT
* * *
182813 GAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TT-AAGTGATTTTAAAAAGT
191 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAA--GA-TTTAAAAAAT
* * ** * * * * * * * *
182876 GAATCTATTTGCTAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTG
253 TAATCTATTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * ** ** *
182940 TTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGAACAAAA
317 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
183004 TAATACT-AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTA
381 TAATA-TAAATTTATT-ACTGTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAACTAAATATATTTA
* * * * * * *
183068 CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTA-C-A-CTTCAAATCATTATAACAT
442 CCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAA-T-TACCTATC-TCAAATC-GT-T-ACAT
* * * * *
183130 TTTTGGTTATGTCATAAAACAACTATTTCTATTCATAC
501 ATTT-GTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
** * ** * * *
183168 AAGCTTA-TACGAAATAAAATAATGTTAATCTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCC-AAAACTAATAAATAAAAGAT
* * * * * * * * *
183231 TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAA
64 TT-AAGAATAAATCTGTTTACC-AAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
* * * * * * *
183295 TTCAAATCGTTATGA-CCTTT-TGTCTTATCATAAAACAATT-TTCTCAATTTATACTAGCTTAT
127 TTCAAATCATTATGATCCTTTAT-T-TTGTCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACAAGTTTAT
* * *
183357 TCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTAAAAA
189 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGAAGA-TTTAAAAA
* * * * * * * * *
183418 A--AATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
251 ATTAA-TCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * ** * *
183481 CGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATAGAAGTTTGTTCGGAATAAA
315 CGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAA
** * * * * * *
183546 ATAATACT-AATCCATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--ATATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
380 ATAATA-TAAATTTATTACT-GTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAACTAAATATATTTAC
* * * * * * * ** * ** * *
183608 CAAACCAGTTTAAAAAATTATGAA-TATTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACTCTTT
443 CGAACCAATTCAAATAGTTAT-AACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTA-CA-TATTT
* * ** * *
183672 TTTCTCTTGTAAAATAA-TAGTTTCTATTCATAC
505 GTTCTATCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATAA
* * * ** * * * *
183705 AAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAAT-TTATGAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATT
1 AAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATCTAAT-AATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGA-T
* * * ** * * * * * * *
183769 TTAAAAATAAATATATTTATTGAACT-A-TATCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTATCTAT
64 TTAAGAATAAATCTGTTTA-CCAAGTGAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
* * * * * *
183832 AT-AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTT-TAGTTCATATAAGGTTATT
127 TTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATT
** * * *
183893 CAAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAAT
190 TGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * * * **
183956 GAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGAT-CATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATC
253 TAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACTATTATCT-ATTTCAAATC
** * * *** * * ** **
184019 ACTATAACCTTTTCG-TTTGTCATAAATTGATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAA-AAA
316 GTTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAA
* * * *
184082 AT-A-ATAAATTTATTAATATT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
380 ATAATATAAATTTATTACTGTTCAA-A-AATTAATAAG-AAAA-ATTTAAAAACTAAATATATTT
* *** ** * * *
184144 ATCC-AA-CAAGTTCAAATCGTTATGTTTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTT
441 A-CCGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAA-TCGT-T-ACAT
* * * * * * * *
184207 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTCCATAT
501 ATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* ** * * * * * ** * * *
184244 GAGCTTATTCAGATTAACATAATATTAATTTACTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATTT
* * * * *** * * * * * * *
184309 AA-AAGATATATGTTTA-TAGAACAAGTTTAAATTGTCATGACTGGTTTGAATAATTATCTT-CT
66 AAGAATAAATCTGTTTACCA-AGTGAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTAT-TTATT
* * * * * *** *
184371 TCAAATCATTGTGA-CCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTTAGCTTATTTG
128 TCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * *
184435 AAATAAAATAATACTAATTTATTATTATT-TCAAAAATTAA-AGAG-TAAGAGAATTAAAAAAAT
192 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA-AGTTGA-AG-ATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
184497 AAATATGTTTACTGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-AAATAGTTATCAATTTCAAAAT-
253 TAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTA-TTATCTATTTC-AAATC
* * * **
184560 ATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAA
316 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAA
*
184623 AATAATATAAATTTATTAAC-GTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTT
379 AATAATATAAATTTATT-ACTGTT-CAAAAATTAATAAG-AAAAATTTAAAAACTAAATATATTT
*** ** * * * * * * *
184687 TTTGAA-CACATTCAAA-ACGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
441 ACCGAACCA-ATTCAAATA-GTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTA-CA-TA
* * * * *
184750 TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAAA
502 TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* * * * * * * *
184786 AACCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAGACT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGA-T
* * * * *
184849 TTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGAGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
64 TTAAGAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT
* * * * * * **
184914 CAATTCGTTATGATCCTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAA
129 CAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAA
*
184979 ATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCT
194 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCT
* * *
185044 ATTTACCGAACAAGTT-AAATTGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTACAAATCGTTATGAC
259 ATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *
185108 ATTTTGTTTTGCCGT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTCA-AATAAAATAATACT
324 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATA-T
* * * * * * *
185171 -AAGTTATTACTATTTCAAAAATTAAT-A-ACAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACTGAACCAA
387 AAATTTATTACT-GTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAACTAAATATATTTACCGAACCAA
* * * * * * * * *
185233 TTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTACATCTTAGTTCTATCCTA
451 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTACATATTTGTTCTATCATA
* * * *
185298 AAACATTTATTTATGTTCATAC
516 AAACAATTATTTCTATTCATAA
* * * * *
185320 AAGCTTATTCAGCG-TAAAATATTGCAAAACTAAATACTTACTTATTAATGTTCCAAACATTAAT
1 AAGCTTATT-TG-GATAAAA-A-T--AATACT-AAT-C-TA-ATAAT-AT-TTCCAAA-ACTAAT
* * * * * * *
185384 AAGT-AAGGATTTTAA-AACTAAATGTGTTTCCCGAA-TCAGTTCAAATAATTAGGACTA-TTAG
53 AAATAAAAGA-TTTAAGAA-TAAATCTGTTTACC-AAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-
* * * * *
185445 AACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA-CCTTTTATTTAGTCATAAAGA-AATTGCTTC-AGCT
114 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
185507 CATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAG-T-AA
176 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAA
* ** * * * * * ** * * *
185570 GAAATTAAAAAAAAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAACAATTATC
241 G-ATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATC
* ** * * * *
185635 TATTTAAAATCACTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCA-A-AAAAGCT
305 TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAA--T
* ** * * * * *
185697 TATT-TGAAATAAAATAATATTTATTTATTAATATT-ATAAAAATAGATAAGTTAGAGATTT-AA
367 TATTCAG-AATAAAATAATATAAATTTATTACTGTTCA-AAAATTA-ATAAG--AAAAATTTAAA
* * ** * * * ** * * * *
185759 AACATAAATCA-GTTTACTGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCA
427 AAC-TAAAT-ATATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCA
* * * * *
185823 AA-CATTATGAGCT-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACA
490 AATCGTTA-CA--TATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATA-A
* * * * * * * **
185873 AA-CCTATTCGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATT
1 AAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATT
* * * ** * * *
185936 TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CCAATTCAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
65 T-AAGAATAAATCTGTTTA-CCAAGTGAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
** * * * * * * *
186000 TTCAAATTGTTAT-AACCTTT-TGTTATGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAGCTTATT
127 TTCAAATCATTATGATCCTTTAT-TT-TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
* * ** ** * * * * *
186063 CGAAATAAAATAATATTAACGTAAGAATATTCGAAAAACTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAA-A
190 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA-AGATTTAAAAAATT
* * * * * * * * * * * *
186126 AATTTATTCT-TCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGGCTACA--TGAACAATTCTTTA-TTCAAATT
254 AATCTATT-TACCGAACAAATTCAAATAG-TCATG-TCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
186187 GTTATGACCTTATATTTTGTCATAAAACAAGTT-TTT-TAGTACTTACTAACTTATT-TGAAATA
316 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAG-AATA
* * * * * * * * * *
186249 AAATGAA-ACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTCT
378 AAAT-AATATAAATTTATTACT-GTTCAAAAATTAAT-AAGAA-AAATTTAAAAACTAAATATAT
* * * * * * * * * * * * *
186313 TTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATATCCT
439 TTACCGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTACAT-AT
* * * * * * *
186378 TTGTT-TGGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
503 TTGTTCT-ATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
** * ** * ** * *
186413 AAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAAGATATTAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAGATAT
1 AAGCTTAT-TTGGATA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGAT
* * * *** * * * *
186472 TTAAAAAAATAAAT-TATTTATCAAACCAATACAAATAGTTATGAATATTTAAGCAATTATTTAT
64 TT--AAGAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT
** * * * * * ** * *
186536 TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAACAACAGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTT-
127 TTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
* * * * * * * ** * *
186600 AGATTAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAAT
192 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAAT
* * * * * * * *
186664 ATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTGCAAATCATTA
257 CTATTTACCGAAC-AAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * * * * **
186727 TGACCA-ACTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTATTC-GAAATAAAATA
320 TGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAG-AATAAAATA
** * * * * * * * *
186790 ATACT-ACGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCTATTTATC
383 ATA-TAAATTTATTACTGTTC-AAAAATTAATAA-GAA-AAATTTAAAAACTAAATATATTTACC
* * * * *** * *
186853 GAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATAGAT-TTAGAATCGCTATAACCT-TT
444 GAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCA-AATCG-T-T-ACATATT
* * ** * *
186915 TGGTT-TGTTATAAAATGATTGTTTCTATTCATAC
504 T-GTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* * * * * *** * * *
186949 AAGCTTATTTCGAAAAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATTT
* *
187014 AACAAATAAATTTGTTTACCAA
66 AA-GAATAAATCTGTTTACCAA
187036 ACAAGTTCAA
Statistics
Matches: 7147, Mismatches: 1580, Indels: 1053
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
522 4 0.00
523 81 0.01
524 72 0.01
525 33 0.00
526 67 0.01
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530 1 0.00
531 8 0.00
532 27 0.00
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Consensus pattern (537 bp):
AAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCCAAAACTAATAAATAAAAGATTT
AAGAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCA
AATCATTATGATCCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTAT
TTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATAAAT
TTATTACTGTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAACTAAATATATTTACCGAACCAATTCAA
ATAGTTATAACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCGTTACATATTTGTTCTATCATAAAACA
ATTATTTCTATTCATAA
Found at i:189449 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 189040--191165 Score: 1401
Period size: 180 Copynumber: 11.7 Consensus size: 179
189030 ATGACTATTG
* * * * * *
189040 AAATATTAATAAATTTATAGTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAA-TCGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * ** *
189104 ATGAAAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
189168 AACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-TTCAATAATTTTTA
130 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACTT-ATTAATTTTCA
* * * * *
189221 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-ATACAACTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * * ** * *
189285 TTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATACAAATCTTTATGACTATTTGA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
189350 ACTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTAACATATTTACTTATTAATTGTCA
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* * * * *
189401 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCCTGTATGAAC-AAAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * * ** * * *
189465 ATGACAAAAGAAAAAGTCATTATGATTTGAAATAAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * *
189530 AACTTACTCGGTAAACAGATTTATTTTCTAAATCATTTACTTATTAATTGTT-T
130 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT-TAAAT--TTTACTTATTAATT-TTCA
* ** * ** * *
189583 GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTCTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * * *
189647 ATGACAAAACAAAAGGT-TTAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * *
189711 ACTCATTTGATAAACAGCTTCAATTTTTAAATCTTGTACTTATTAATTTTCA
131 ACTTGTTTGGTAAACAGATT-TATTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTTCA
* * * * ** *
189763 AAATATTAACAAATTAGA-ATTATGTTATTTTGTATAAGCTTGTACAAAC-AGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTT
* ** * * *
189826 TGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAGAAATAGATCATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** ** *
189891 CA-TTGATCAGGCCAACAG-TTCATTTATTAAATTCGTTACTTATTAATTTTCA
130 AACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTT-TTAAATT--TTACTTATTAATTTTCA
** * ** * *
189943 AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TACATCAA-TAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACTAGAAACAATTATTT
* * * * * * * *
190006 TATGACAAAATAAATGGTTATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAATAATTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
190071 AACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT--TTATTAATTTTCA
130 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTCA
* * * * * * * *
190120 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATTTG-ACCAAAAACATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * ** * * * *
190184 ACGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTA-ATAATTATTCATATAG-CCTTACTATTTG
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
190247 AACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA
130 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTCA
* * * * * ** * * * * * *
190300 TAATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACT-TAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * * *
190364 ATGATAAAACAAAAGGTTATAATGGTTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAATCATAATTGTTCAA
66 ATGACAAAACAAAAGG---TCA-----T--AACA-AT--TTG---AAAT-A-GATAATTGTTCAA
* * *** * * *
190429 ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAAT
113 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-T-TTACTTATTAAT
**
190494 TTTTG
175 TTTCA
* * * * * * * * *
190499 AAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAGGCCTATATG-A-TGAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AGAAACAATTATTT
* * * ** * * *
190562 TATGATAGAA-AAAAGTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTT
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* * * * **
190625 GAA-TTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAGCTTCTCAATTTTTG
129 GAACTTG-TTTGGTAAAC-AGATTTA-TTTTTAAAT-TTTA-CTTATTAATTTTCA
* * * * *
190679 AAATATTAATAAAGTT-ATATTATTTTATTATAG-ATAACCTTTTATGAA-TATAAACAATTGTT
1 AAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATT
* * * * *
190741 TTATTATAAAACAAAAGGCCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
64 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** **
190806 AAATTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-TCTAATTTTTT
129 GAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA-TT-TTACTTAT-TAATTTTCA
* * * * * * *
190860 GAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTT-GAATAAACATGTATGAA-TTGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * * ** * * * * * *
190923 ATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTTAAAAAGATAATTGCTCTAATAGTCTTAACGATTTGA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
190988 ACTAGTTTGGCAAATATATTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTT-A
131 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTCA
* * ** * * * * *
191035 GAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTCCGAAGAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
* * ** * * *
191099 ATAACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
191163 ACT
131 ACT
191166 GCTTCAATAA
Statistics
Matches: 1546, Mismatches: 325, Indels: 154
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 69 0.04
176 83 0.05
177 105 0.07
178 5 0.00
179 19 0.01
180 653 0.42
181 351 0.23
182 105 0.07
183 3 0.00
185 2 0.00
187 2 0.00
188 4 0.00
190 4 0.00
191 2 0.00
193 3 0.00
195 3 0.00
196 4 0.00
197 1 0.00
198 20 0.01
199 108 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTCA
Found at i:189932 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 189040--190146 Score: 1223
Period size: 542 Copynumber: 2.1 Consensus size: 538
189030 ATGACTATTG
* * ** * * *
189040 AAATATTAATAAATTTATAGTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATCGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTCTTTTA
* **
189105 TGAAAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
66 TGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
** * * * * * *
189170 CTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTCAATAATTTTTAGAATATTAATAAAT
131 CTCATTCGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCTTATTCAATAATTTTCAAAATATTAACAAAT
* * ** * *
189235 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAATACAACTATTTTTTGACAAAACAAAAG
196 TAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATACAAACTAAAACAACTATTTTGTGACAAAACAAAAG
* * * * **
189300 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATACAAATCTTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGCAAAC
261 GTCATAACAATTAGAAATAGATAATTATACAAATCGTCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAAAC
* * *
189365 ATATTTATTTTTAACATATTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
326 ATATTCATTTTTAACATATTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAAT
* ** * *
189430 CCAAATAAGCCTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATTA-TGATTTG
391 CCAAATAAGACTACATCAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACT-ATTTG
* * *
189494 AAATAAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-CTCGGTAAACAGATTTATTTTC
455 AAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAATTAAAC-TAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTC
*
189558 TAAATCATTTACTTATTAATTGTT-T
518 TAAATC--TT--TTATTAATT-TTCA
* *
189583 GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTCTTTTA
1 AAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTCTTTTA
* * * *
189648 TGACAAAACAAAAGGT-TTAGCAATTTGAAATAGGTAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
66 TGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GAAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * *
189711 ACTCATTTGATAAACAGCTTCAATTTTTAAATCT-TGTACTT-ATTAATTTTCAAAATATTAACA
130 ACTCATTCGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCT-TA-TTCAATAATTTTCAAAATATTAACA
* * * * *
189774 AATTAGAATTATGTTATTTTGTATAAGCTTGTACAAAC-AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACA
193 AATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATACAAACTA-AAACAACTATTTTGTGACAAAACA
** * * * *
189838 AAAGGTCATAATGATTAGAAATAGATCATTGTTCAAA-CAGTCATAACTATTTGCA-TTGATCAG
257 AAAGGTCATAACAATTAGAAATAGATAATTATACAAATC-GTCATAACTATTTGAACTTG-TCAG
* * * *
189901 GCCAACA-GTTCATTTATTAA-AT-TCGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCAT
320 GCAAACATATTCATTT-TTAACATAT--TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACAT
* * * * * * * ** *
189963 TACTTTATTTCGAATAAGACTACATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTTATA
382 TACTTTAATCCAAATAAGACTACATCAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATA
* * * * *
190028 ACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAATAATTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTT
447 ACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAATTAAACTAGCTCGGTAAACAGATTT
*
190093 ATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTCA
512 ATTTTCTAAATCTTTTATTAATTTTCA
*
190120 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
190147 TTTCGAACAA
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 85, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.00
537 33 0.07
539 2 0.00
540 3 0.01
541 67 0.14
542 284 0.61
543 76 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
AAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTCTTTTA
TGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
CTCATTCGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCTTATTCAATAATTTTCAAAATATTAACAAAT
TAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATACAAACTAAAACAACTATTTTGTGACAAAACAAAAG
GTCATAACAATTAGAAATAGATAATTATACAAATCGTCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAAAC
ATATTCATTTTTAACATATTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAAT
CCAAATAAGACTACATCAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACTATTTGA
AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAATTAAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTCTAA
ATCTTTTATTAATTTTCA
Found at i:190438 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 190398--190438 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
190388 GTTTGAAATA
*
190398 TATAGTTGTTCAAATAAT
1 TATAATTGTTCAAATAAT
* *
190416 CATAATTGTTCAAATAGT
1 TATAATTGTTCAAATAAT
190434 TATAA
1 TATAA
190439 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
TATAATTGTTCAAATAAT
Found at i:192550 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 192197--193551 Score: 1090
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 180
192187 TTTTTAATCT
* * ** *
192197 CTTATTAATTTTTGAAGCATTAAT-AATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * ** ** * ** * *
192261 AAATAATTGTTTTACAATAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATAATTCAAATGGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * ***
192326 CATATGACTCTTTAAACTTTTTCA-GTAAA-AGATTAAGTTTTTAAGTCTACAA
130 CATA--ACTATTTGAACTTGTT-AGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
192378 CTCATTAATTTTAT-AATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAG
1 CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
192442 AAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAATGATTATAACAATTTGAACTA-AGTAATTGTTCAAATA
65 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATA
* *
192505 GTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTA
128 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
192558 CTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATTAATAG
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
192623 AAACAATTGGTTTATCATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
192688 CAAAACTATTTGAACGCGTTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTTGTTAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
192738 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TA-TA-TA--TTATTTT--AT--TCTTGCATGAATA-
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
*** * * *
192793 AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATTG
65 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
192858 TCATAACTATTTGAACTTGTT--CCATAATCAGATTT-TTTTTTAATTCTCTTA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTAGGCA-AAT-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * ** * *
192909 CTCATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATATGCTTATATGAACT-
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * ** * *
192973 GAAAAAATTATTTTATTACTAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
193038 TTATGACTATTTAAACTTGTTCA-GCAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTGTT-AGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *** ** * *** *
193090 TTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * * *
193155 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
193220 CATCACGATTCGAACTTGTCT-GG-TAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTTGT-TAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
193270 CTTGTTAATTGTCTT-AATATTAATAATTTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * * * * *
193333 AGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTATTCAAAAT
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAAT
* * * * *
193398 AGTCATAATTATTTAAATTTGTTAGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * ** * * *
193452 ATTATTAATTTTTGGAATAGTAATAACTTAGTATTATTTTATGTCAAATAAGCTTATATAAACAG
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
193517 AAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
193552 TGATTTGATC
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 191, Indels: 87
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 14 0.01
171 109 0.12
172 7 0.01
173 4 0.00
174 2 0.00
175 7 0.01
176 5 0.01
177 2 0.00
178 4 0.00
179 24 0.03
180 266 0.28
181 388 0.41
182 105 0.11
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:192873 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 192435--193493 Score: 634
Period size: 180 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
192425 TAAACTTGTT
* * * * *
192435 TGAATAGAAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAATGATTATAACAATTTGAACTA-AGTAATTGT
1 TGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGT
* *
192498 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGC-TTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTA
64 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--GCGTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTTAATCTTTTACTTA
* * *
192562 TTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTA
126 TTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TA-TAGTA--TTATTTT--AT-A-TTTGCA
* * * *
192616 TTAATAGAAACAATTGGTTTATCATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
192681 AAATAGTCAAAACTATTTGAACGCGTTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAA
66 AAATAGTCATAACTATTTGAACGCGTT-AGAAAATAGATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAA
*
192746 TTTTTGGAATATTAATAAATATA-TATTATTTTAT-TCTTGCA
130 TTTTTTGAATATTAATAAATATAGTATTATTTTATAT-TTGCA
* *
192787 TGAATA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
1 TGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** ** * * * *
192851 TAGATTGTCATAACTATTTGAACTTGTTCCATAATCAGATTT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATA
65 CAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGTTAGAAAAT-AGATTTATTTTTTAA-TCTTTTACTTATT
* *
192915 AATTTTTTAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTACTTCAAATATGCTTATA
128 AATTTTTTGAATATTAATAAATATAGTATTATTTTA--T---ATTTGC----A
* * * * * * * *
192967 TGAACT-GAAAAAATTATTTTATTACTAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATT
1 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * * * * **
193031 CAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTCAGCAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTGTTTATT
65 CAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGTT-AGAAAATAGATTTATTTT-TTAATCTTTTACTTATT
* *** ** *
193096 AATTGTCAAAATATTAATAAAT-TAAAATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
128 AATTTTTTGAATATTAATAAATATAGTATTATTTT-AT----AT----TTGCA
* * ** * * * *
193148 TGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTC
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** ** *
193213 AAATAGTCATCACGATTCGAACTTGTCT-GGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTA
66 AAATAGTCATAACTATTTGAACGCGT-TAGAAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTA
* * * *
193277 ATTGTCTT-AATATTAAT-AATTTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
129 ATT-TTTTGAATATTAATAAATATAGTATTATTTTA--T---AT----TTGCA
* ** * * * * * * *
193328 TGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTATTC
1 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *** * * * *
193393 AAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTAGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
66 -AAATAGTCATAACTATTTGAACGCGTTA-GAAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATT
* * *
193458 AATTTTTGGAATAGTAATAACT-TAGTATTATTTTAT
128 AATTTTTTGAATATTAATAAATATAGTATTATTTTAT
193494 GTCAAATAAG
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 137, Indels: 85
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 18 0.03
171 125 0.18
173 3 0.00
175 7 0.01
176 3 0.00
177 3 0.00
178 2 0.00
179 9 0.01
180 236 0.34
181 230 0.33
182 59 0.08
183 2 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACGCGTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAAT
TTTTTGAATATTAATAAATATAGTATTATTTTATATTTGCA
Found at i:194206 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 194178--194217 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
194168 AATAAGCTAG
194178 TATGAATAGAA-ATAATTGTTT
1 TATGAATAGAACA-AATTGTTT
194199 TATG-ATAGAACAAATTGTT
1 TATGAATAGAACAAATTGTT
194218 ATAATGATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.72
21 5 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TATGAATAGAACAAATTGTTT
Found at i:194285 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 193669--196019 Score: 1832
Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 181
193659 CATATAATAG
* * * * * *
193669 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *
193734 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGATTAGTA
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTA
* ** * * * * *
193795 TTA-TTTTATTCTGAGCAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAA
130 TTATTTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * *
193847 AATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAATTATTTGAA-TTGAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T
* * *
193911 TAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTCA-T
65 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGT
* * * *
193974 TTTA-TTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTA-AAAAAATT-TTTTATGACAA
129 ATTATTTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
194026 AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* ** * * * * *
194091 TGACCATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTAT
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
194156 TATTTTTTTTCCAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAG
131 TATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
** * * ** * *
194207 AACAAATTGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *
194272 CAATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTCCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-GATA
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TA
* * * * * * * *
194336 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAAT-ATTCAAAAAAAACTATTTTATGACCA
130 TTATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * * *
194388 AACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTGACATGGCCATAATTATTTCAA-TTGAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T
* * * *
194452 TC-AGTAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAACATTAATAAATTAGT
65 TCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
194515 ACTATTTTATTTT-GAATAGGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAA
129 ATTATTTT-TTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * * * * * *
194568 AACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATACATAATTATTCATAA-ATTCTTAATTGTTTGAACTACT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * ** * * * *
194632 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTG
65 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ***
194697 TTATTTTATTTT-GAA-AGGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATGG
130 TTATTTT-TTTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * *
194748 AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TA--TGAGCTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * *
194801 CGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
194865 TTA-TTTTATTCTAAATATGCTTGTA-CAAT-GAAAACCAATTATTTTATGATAA
130 TTATTTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTATTTTATGACAA
* * * *
194917 AACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T
* * * * * * * * *
194980 TCAATAAACTAACTTA-TTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTA-AA
65 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
195043 TTATTTTATTTT-GCATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAA
130 TTATTTT-TTTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
195095 AACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * *
195160 CGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTCATTAATTTTTG-AATGTTACTAAATTAGTAT
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
195224 TATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACTA
131 TATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * ** * ** ** *
195275 AACAAACGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTTAATAGTTTTCACTATTTGAACTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * * * *
195340 CAACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAGCA
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * *
195404 ATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
130 TTATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * * *
195456 AACAAAA-ATCATAATGATTTGTGATAGATAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * *
195520 CGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTAATAT
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * *
195581 TATTTTATTTT-GAATAATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
131 TATTTT-TTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * *
195632 AACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTTAAATTGACATGACTATTTGAACTTA-T
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGT
* * * * *
195696 TTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAA
65 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * **
195759 TATTATTTTATTTC-AAGTAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTACAACAA
128 TATTATTTTTTTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * *
195813 ATCAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * *
195878 CGGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGATTTTTAATAAATTAGTAT
66 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** *
195943 TATTTTATTCTT--AATAAGCTTTTATGAACAGAAATAATTGGTTTATAACAA
131 TATTTT-TT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* *
195994 AATAAAATTGTCATAACT-ATTTGAAA
1 AACAAAA-GGTCATAA-TGATTTGAAA
196020 ATGTTAAGAA
Statistics
Matches: 1726, Mismatches: 369, Indels: 152
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 4 0.00
168 76 0.04
169 47 0.03
170 1 0.00
171 4 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
176 72 0.04
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181 572 0.33
182 24 0.01
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
Found at i:194957 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 194631--194957 Score: 421
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
194621 TTTGAACTAC
** * *
194631 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGT
1 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * **
194696 GTTATTTTATTTTGAAAGGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAT
66 ATTATTTTATTCTAAAAGGCTTATATCAACTAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTAT
194761 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATGAGCTAG
131 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATGAGCTAG
* *
194799 TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * *
194863 TATTATTTTATTCTAAATATGCTTGTA-CAA-TGAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAA-G
65 TATTATTTTATTCTAAA-AGGCTTATATCAACT-AAAA-CAATTATTTTATAATAAAACAAAAGG
* *
194925 TTCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAAT
127 TT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
194958 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 17, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
168 91 0.66
169 45 0.33
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTAAAAGGCTTATATCAACTAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTAT
AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATGAGCTAG
Found at i:195912 original size:538 final size:538
Alignment explanation
Indices: 193710--196000 Score: 1580
Period size: 538 Copynumber: 4.3 Consensus size: 538
193700 ATTATTCAAG
* * ** * * * *
193710 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
* * * ** * * *
193771 TTTGA-AATATTAATAGGATTAGTATTATTTTATTCTGAGCAAACTTATATGAACAAAAACATTT
66 TTTGATTATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * ** ** *
193835 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAATTA
130 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATAGCCATAACTA
* * * * *
193900 TTTGAATTGATT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATT
194 TTTGAACTGATTCA-ATAAACTAACTTA-TTTTTAAAT-TC-TACTTATCAATTCTTGAAATATT
* ** * ** * * *
193963 AATAAATTCATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAATT-TTTTATGACAAA
255 AATAAAGT-AAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * * * * ** *
194027 ACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTT
319 ACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTC
** * * * * * * *
194092 GACCATCAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTAT
384 GATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TACTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATAT
* * * * ** *
194156 TATTTTTTTTCCAATAAGC-TAGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA-TAGAACAAATTG-T
447 TATTTTATTTGCAATAAGCAT-GTATGAACTA-AAAAAATTATTTTACAACTA-AACAAA-AGAT
* * ** * * ** * * *
194217 TATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAA
508 CAGAACAATTTAAAATAAATAATAGTTTAAA
* * * * * * * *
194248 TAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTCCTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
* * * * *
194313 TTTGA-AAGATTAATAAATT-GATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGAAT-ATTCAAAAAAAA
66 TTTGATTATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAA
* * * * * * * * * *
194374 CTATTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTGACATGGCCATAAT
128 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATAGCCATAAC
* * * * * *
194439 TATTTCAATTGATTCAGTAAAC-ATA-TTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAC
192 TATTTGAACTGATTCAATAAACTA-ACTT-AT-TTTTAAAT-TC-TACTTATCAATTCTTGAAAT
* * * * * * *
194501 ATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAC
252 ATTAATAAAGTA-AATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * *
194566 AAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATACATAATTA-TTCATAA-ATTCTTAATTGTTTGAAC-
316 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAA-TAGTTCA-AATAGACATAACTATTTGAACT
* * ** * * * *
194628 TACTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTTGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAAT
379 TA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TACTTACTCATT-AATTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
194692 TAGTGTTATTTTATTTTG-AA-AGGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAA-TGGAACAAA
441 TAATATTATTTTA-TTTGCAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAATTATTTTACAACT-AAACAAA
* * * * * *
194754 AGGTTATAACGATTTGAAATAGAT-A-A--TT--A
504 AGATCAGAACAATTTAAAATAAATAATAGTTTAAA
* * *** * * * *
194783 T--TCA-AA-TA--TGAGCTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
* * * * *
194842 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTGTA-CAATGAAAACCAATT
66 TTTGATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATT
* * * *
194905 ATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATGGCCATAATTAT
130 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
194970 TTGAACTGATTCAATAAACTAACTTATTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTCTTGAAATATTAAT
195 TTGAACTGATTCAATAAACTAACTTATTTTTAAA-TTCT-ACTTATCAATTCTTGAAATATTAAT
* *
195035 AAAGTAAATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
258 AAAGTAAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
*** * * * * *
195100 AAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
323 AAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCGATA
* * * * * * * *
195165 AACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTCATTAATTTTTGAATGTTACTAAATTAGTATTATTTT
388 AACAAATTTATTTTTTAAATTACTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * *
195230 ATTTGGAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAACGGTCAGAACAATT
453 ATTTGCAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAATTATTTTACAACTAAACAAAAGATCAGAACAATT
* * *
195295 TGAAATAGATAATAGTTTTAA
518 TAAAATAAATAATAGTTTAAA
** * * * * * * * *
195316 TAGTTTTCACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
* * * * * *
195381 TTT-ATTATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
66 TTTGATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
** * **
195445 TTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGTGATAGATAATTTTTCAAATAGTTATAACTAT
131 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * *
195509 TTGAATTGGTTCGATAAA-TAGATTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATT-TCTGAAATATTAA
195 TTGAACTGATTCAATAAACTA-ACTTA-TTTTTAAATTCTACTTATCAATTCT-TGAAATATTAA
* *
195570 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
257 TAAAGTAA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
195633 ACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTTAAATTGACATGACTATTTGAACTTATTT
319 ACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTC
* * *
195698 GGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAATAT
384 GATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TACTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATAT
* ** *
195762 TATTTTATTT-CAAGTAAGCTTGTATGAA-TAGAAGCAATTGTTTTACAAC-AAATCAAAAGATC
447 TATTTTATTTGCAA-TAAGCATGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTACAACTAAA-CAAAAGATC
* *
195824 ATAACGATTTAAAATAAATAATTA-TTTAAA
509 AGAACAATTTAAAATAAATAA-TAGTTTAAA
* *** *
195854 TAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
* * * *
195919 TTTGGATT-T-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAAGCTTTTATGAACAGAAATAATT
66 TTT-GATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
** * *
195982 GGTTTATAACAAAATAAAA
130 ATTTTATGACAAAACAAAA
196001 TTGTCATAAC
Statistics
Matches: 1423, Mismatches: 263, Indels: 134
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
525 4 0.00
526 35 0.02
527 195 0.14
528 61 0.04
529 129 0.09
530 2 0.00
531 4 0.00
532 2 0.00
533 5 0.00
535 4 0.00
536 32 0.02
537 135 0.09
538 267 0.19
539 148 0.10
540 23 0.02
541 227 0.16
542 144 0.10
543 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAACAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
TTTGATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATT
TGAACTGATTCAATAAACTAACTTATTTTTAAATTCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAA
GTAAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAACGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAC
AAATTTATTTTTTAAATTACTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
TGCAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAATTATTTTACAACTAAACAAAAGATCAGAACAATTTAA
AATAAATAATAGTTTAAA
Found at i:196449 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 196246--196617 Score: 408
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
196236 TTTTTGGAAT
* * * ** * *
196246 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAATTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATAT-AAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
** * ** * * * *
196310 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAGTTATTCAAATTGTCATAACTATTTCAACTT
65 CAAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTCAACTA
* * * * *
196375 GTTTGGTAAA-TGTATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAAA
130 GTTTGATAAACAG-ATTTATCTTTT-AATCTTCTACTAATTAATTATCAAAAA
* * * *
196427 ATTAATAAATTAAG-ATTATTTTAATATGAATAACCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGG
1 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATATAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
*
196491 CAAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTA
65 CAAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTCAACTA
* * ** *
196556 GTTTGATAAACAGATTTATCTTTTAATTTTTTACTAATTAATTATCTTAAT
130 GTTTGATAAACAGATTTATCTTTTAATCTTCTACTAATTAATTATCAAAAA
196607 ATTAATAAATT
1 ATTAATAAATT
196618 TATATATTAA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 31, Indels: 7
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 31 0.20
181 120 0.76
182 6 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTCAACTAG
TTTGATAAACAGATTTATCTTTTAATCTTCTACTAATTAATTATCAAAAA
Found at i:197160 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 196626--197304 Score: 475
Period size: 178 Copynumber: 3.8 Consensus size: 174
196616 TTTATATATT
* * * * *** *
196626 AAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAA-TTGTTCAAATT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTGTT-AAA-T
** * ** *
196689 A-TCATAATTATTTAAACTTATCCGATAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
64 AGTCATAACAATTTAAACTAATTGGATAAATAAATTTA-TTTTGTAAATCTC----TTATTAATT
* * * *
196753 TTCAAATTATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTATATGAATT
124 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTA-TTCAAATAAACTTATATGAA-C
* * * **
196807 GAAACAATTCTTTTATGACAAATCAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT-TTAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TGTTAAATA
* * * * * * * * * *
196871 GGCATGACTAA-TTGATCTAGTTAGG-TAAACATATTT-TTTTG-AATTTTTTACTTATTAATTG
65 GTCATAAC-AATTTAAACTAATT-GGATAAATAAATTTATTTTGTAA--ATCT-CTTATTAATTT
* *
196932 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAATTCAAATAAGCTTGTATGAAC
125 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT--ATTCAAATAAACTTATATGAAC
*
196984 AAAACCAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTGTTAAAT
1 AAAA-CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTGTTAAAT
* *
197048 AGTCATAACAATTTAAACTAATTGGATAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAGTTTTCAA
64 AGTCATAACAATTTAAACTAATTGGATAAATAAATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTCAA
* * * * *
197113 AATATTAAGAGACTAGTATTACTTTATTCCGAACAAACTTATATGAAC
129 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATT-CAAATAAACTTATATGAAC
* * * * * * *
197161 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAACAGATAATTAT-TCAAAT
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TGTTAAA-
* ** * * ** *
197225 TA-TTATAATTATTTGAATTGGTTAGG-TAAATAGAA-TTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTT
63 TAGTCATAACAATTTAAACTAATT-GGATAAATA-AATTTATTTTGT-AAATCTCTTATTAATTT
**
197287 TTGAAATATTAATAAATT
125 TCAAAATATTAATAAATT
197305 CATTTTATTA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 76, Indels: 57
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 133 0.34
178 168 0.43
179 8 0.02
180 6 0.02
181 7 0.02
182 64 0.16
183 5 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTGTTAAATAG
TCATAACAATTTAAACTAATTGGATAAATAAATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTATTCAAATAAACTTATATGAAC
Done.