Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19587844
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 105
Found at i:197509 original size:241 final size:241
Alignment explanation
Indices: 197081--197544 Score: 601
Period size: 241 Copynumber: 1.9 Consensus size: 241
197071 GGATAAATAG
* * *
197081 ATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAGTTTTCAAAATATTAAGAGACTAGTATTACTTTATTCCGAA
1 ATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAACTAGTATTACTTTATTCCAAA
*
197146 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAACAG
66 CAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAACAG
* * * * * *
197211 ATAATTATTCAAATTATTATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAAATCT
131 ATAATTATTAAAATTATCATAATTATTTAAACTGATTAGGTAAATAGAATTATTTTTT-AAATCA
**
197276 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTAGTAAACAA
195 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCATTTTATTAGTAAACAA
* ** * * * *
197323 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAA
1 ATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAACTAGTATTACTTTATTCCAAA
* * * ** * ** * *
197387 TAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTCATAATGATTTGAAATA
66 CAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTAAAACA
* *
197451 GATAATTGTTAAAATTATCATAATTATTTAAACTGATTTGGTAAATAG-ATTCATTTTTTAAATC
130 GATAATTATTAAAATTATCATAATTATTTAAACTGATTAGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATC
197515 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
194 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
197545 ATTATTGTTT
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 31, Indels: 6
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
240 41 0.22
241 105 0.56
242 43 0.23
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (241 bp):
ATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAACTAGTATTACTTTATTCCAAA
CAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAACAG
ATAATTATTAAAATTATCATAATTATTTAAACTGATTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCAC
TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCATTTTATTAGTAAACAA
Found at i:197783 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 197314--199759 Score: 2050
Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 181
197304 TCATTTTATT
* *
197314 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *** * *
197374 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
197439 TGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATTA-TCATAATTATTTAAAC-TGATTT
131 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * ** *
197490 GGTAAATAGATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
197551 GTTTTATTTCAAATAAGCTGGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
197616 TGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTAAATTTGTTT
131 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
197667 AGAAAATAGATTTATTTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
197732 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
197797 CAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTGTTC
131 CGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
197848 GGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTTAG-
1 AGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGT
* * * * * * *
197911 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAATGGTC
63 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** * * *
197974 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACCATTTGAACTAGTTT
127 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
** * * * * *
198029 AACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTCAGTTAGTAT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
198093 TATTCTTAACT-GAATAAGCTTATATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAATA--TC
65 TATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTC
* * * * ** * *
198154 ATAATGATTT-AAGATTGATAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTCAAACTAGCTC
127 ATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *
198209 AATAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 AGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
198274 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACTAAAGGTCATA
65 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * *
198339 ATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAAC-TGATTC
130 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * * * *
198391 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAGAAATATTAATAAACTAGTATT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * *
198456 ATTTTATTCCGTATAAGCTTGTATTAGGTAAAACAGTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * **
198521 TGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGGAATAACTATTTGAACTTGTTC
131 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * ** *
198572 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGCTGATAAATTAGTAT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * ** *
198637 TAATTTA-TTCTGGATAAGCTTGAATGAACTTAAGCAATTTTTTTAAGACTAAATGAAAGGTCAA
65 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
198701 AACGATTTGAAATAGATAACTATT-ATAATAGTCTTAACCATATGAACTAGTTC
129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
198754 AGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTACT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
198819 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** *
198882 CAATTTTAAATTGATAATCGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCC
131 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-C
* * * * ** * * * *
198934 A-CAATTAGATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAATAT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * *
198996 TATTTTATTTCAAATAAAATAGAATGAAC-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTAT
65 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
199060 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTT
129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
199113 GGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTGATTAA--TTT----T-CT-A-AAATTAGTATT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
199169 ATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAAGTAATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
199234 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTAATTTGAACTGGTTC
131 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTC
* * * * *
199285 AGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATT--T-TT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
199347 TTTTTATTTTGACTAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
66 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
199411 CGATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT
131 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
199462 GGTAAATGGATTTATTTTTTAAAACT-TTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAATAT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
199525 TATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTAT
65 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** *
199588 AACAATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTT
129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
199641 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * **** *
199702 ATTTTATTT-GAAATAAGCTTGGAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG
66 ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
199760 ATAATATCGT
Statistics
Matches: 1824, Mismatches: 377, Indels: 137
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.00
172 132 0.07
173 1 0.00
174 4 0.00
175 3 0.00
176 116 0.06
177 219 0.12
178 142 0.08
179 180 0.10
180 214 0.12
181 528 0.29
182 268 0.15
183 14 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
Found at i:198712 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 197312--199722 Score: 2082
Period size: 363 Copynumber: 6.7 Consensus size: 360
197302 ATTCATTTTA
*
197312 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
197373 -TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCA
66 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * *
197436 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATTA-TCATAATTATTTAAAC-TGATTTGGTAAATAG
129 TAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAG
* * *
197499 ATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTGTTTTATT
192 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
197559 TCAAATAAGCTGGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
256 TCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
197624 AATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTAAATTTG-T
320 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGAT
* * * * * *
197665 TTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * **
197730 TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
66 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
197795 AACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTGTTCGGTAAATAAAT
130 AACAATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* ** * *
197859 TTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATATATTTAG-ATTATTTTATTT
194 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
197923 TGAATAAGCTTGTATTATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAATGGTCAGAATGATTTGA
257 CAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA-GGTCATAACGATTTGA
* * * *
197986 AATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACCATTTGAACT-AGT
320 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-T
** * * * *
198027 TTAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTCAGTTAGT
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGT
** * * * *
198091 ATTATTCTTAACT-GAATAAGCTTATATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAATA--T
65 ATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGT
** * * * ** * * ** *
198153 CATAATGA-TTTAAGATTGATAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTCAAACTAGCTCAATAAACA
127 CATAACAATTTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
* * *
198217 TATTTAGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
191 GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * **
198282 TTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTAT-AATAAAACTAAAGGTCATAATTATTT
255 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAAC-AAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
198346 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGAT
318 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGAT
* * *
198389 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAGAAATATTAATAAACTAGTA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
198454 TTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTATTAGGTAAAACAGTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
66 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * **
198519 AATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGGAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
130 AACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
* ** * *
198584 TATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGCTGATAAATTAGTATTAATTTA-TTCT
195 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
** * * * * * * *
198648 GGATAAGCTTGAATGAACTTAAGCAATTTTTTTAAGACTAAATGAAAGGTCAAAACGATTTGAAA
258 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * *
198713 TAGATAACTATT-ATAATAGTCTTAACCATATGAACT-AGT
322 TAGATAATTATTCA-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-T
* * * * * *
198752 TCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
198817 CTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
66 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * *** *
198881 ACAATTTTAAATTGATAATCGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCCACAATTAGATT
131 ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATT
* * ** * * *
198945 TATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCA
195 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * * * * * *
199008 AATAAAATAGAATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
259 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* ** * *
199073 AGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGT
323 AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGAT
* * * * *
199111 TTGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTT-----T-CT-A-AAATTAGTA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
199167 TTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAAGTAAT
66 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
199232 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTAATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAA
130 AACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* * * * * * **
199296 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATT--T-TTTTTTTATTTTG
194 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * *
199358 ACTAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTCAAATA
259 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * *
199423 GATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
324 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGAT
* *** * * * * *
199460 TTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAAACT-TTAGTTATGAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAAT
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
199523 ATTATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTA
65 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * ** * *
199587 TAACAATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGAT
129 TAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* * *
199652 TTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
194 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
199713 AATAAGCTTG
259 AATAAGCTTG
199723 GAGGTTGAAA
Statistics
Matches: 1643, Mismatches: 343, Indels: 142
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
348 8 0.00
349 74 0.05
350 77 0.05
351 8 0.00
352 98 0.06
353 47 0.03
354 6 0.00
355 22 0.01
356 106 0.06
357 63 0.04
358 115 0.07
359 148 0.09
360 19 0.01
361 219 0.13
362 286 0.17
363 331 0.20
364 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (360 bp):
TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGAT
Found at i:198920 original size:724 final size:715
Alignment explanation
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Period size: 724 Copynumber: 3.4 Consensus size: 715
197302 ATTCATTTTA
*
197312 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTA
* * * * *
197373 -TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCA
65 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
** * * * * *
197436 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATTA-TCATAATTATTTAAACT-GATTTGGTAAATAG
129 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAACAG
* * ** * *
197499 ATTCATTTTTTAAA--TCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTGTTTTATTTCA
192 ATTTATTTTTTAAATCTCAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* ** * * * *
197562 AATAAGCTGGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
257 AATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
* * * * * * * *
197626 TATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTAAATTTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAA
321 TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAA-ATGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
197691 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTT
385 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTATT
* *
197756 GAACTAAAA-TGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTT
449 -AACTAAAACAG-TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGA-TAATTGTT
* * * * *
197819 CAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTAT
511 CAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTTCTTAT
** * * *
197884 TAATTTTTTGAATGTTAATATATTTAG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTATA-TGAAA
575 TAATTTTTCAAATGTTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTGGATAAGCTTGTATGA-ACTGAAA
* * * * * *
197947 CAAATATTTTATGACTAAAAAATGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTA
637 CAATTATTTTATGACTAAAAAA-GGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTA
198012 ACCATTTGAACTAGT
701 ACCATTTGAACTAGT
** * * *
198027 TTAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTCAGTTAGTA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTA
** * * * *
198092 TTATTCTTAACT-GAATAAGCTTATATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAGC-AAATATCA
65 TTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
** * * * * * * *
198155 TAATGATTT-AAGATTGATAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTCAAACTAGCTCAATAAACATA
129 TAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGA
198219 TTTAGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
193 TTTA-TTTTTTAAATCTC--AGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
198284 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACTAAAGGTCATAATTATTTGAA
255 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * * * *
198349 ATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
320 ATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAAATG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * ** *
198414 TCTCTTAATTATTAATTTTAGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTA
384 TCTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TA
** * ** *
198479 TTAGGTAAAACAGTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTC
447 TTAACTAAAACAGTTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTC
*
198544 AAATAGGAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATT
512 AAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTTCTTATT
* * * * * *
198609 AATTTTTCAAATGCTGATAAATTAGTATTAATTTATTCTGGATAAGCTTGAATGAACTTAAGCAA
576 AATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * *
198674 TTTTTTTAAGACTAAATGAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAACTATTATAATAGTCTTAAC
640 TTATTTTATGACTAAA--AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAAC
*
198739 CATATGAACTAGT
703 CATTTGAACTAGT
* * *
198752 TCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTTGT
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGT
*
198816 ACTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
64 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * ** * * * * * * **
198879 TAACAATTTTAAATTGATAATCGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCCACAATTAGAT
129 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGAT
** ** * * * *
198944 TTATTTTTTATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCA
194 TTATTTTTTA-AATCTCAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * * * * * * *
199008 AATAAAATAGAATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
257 AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
* * * * * *
199073 AGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATC
322 AAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAAAT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
199138 TCTTACTGATTAA-TTT----T-CT-A-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGA
386 TCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATTA
* * * * * *
199195 ACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
450 ACTAAAACAGTTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
199260 TAGTTAT-ACTAATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATAAA
515 TAGTAATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAA
* * * * * * * * *
199323 ATTTTGAAATATTAACAAATT--T-TTTTTTTATTTTGACTAAACTTGTATGAGCTGAAATAATT
578 TTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * * * * *
199385 GTCTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAACTA
642 ATTTTATGACTAAA-AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACCA
*
199449 TTTGAACTGGT
705 TTTGAACTAGT
* *** * * *
199460 TTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAAACT-TTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAAATTAATA
1 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTA
* * * * * *
199524 TTATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTAT
65 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
199588 AACAATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATT
130 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATT
* * *
199653 TATTTTTTAAATCTC--TTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT
195 TATTTTTTAAATCTCAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
199716 AAGCTTGGAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAG
260 AAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAG
199760 ATAATATCGT
Statistics
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0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAAATGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTATTAACTAAA
ACAGTTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAA
ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
CTAAAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACCATTTGAACTAGT
Found at i:199236 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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198976 GAATATTATT
** * * * * * * *
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* * * *
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*
199116 AAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA
131 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTT-TA
* * * *
199158 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAAAA
1 AAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAA
* * * **
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66 AAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACT-ATTTGAACTGGTTTGG
* * * * * *
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130 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGAT-TAATTTTTA
* * * * * *
199330 AATATTAACAAATTTTTTTTTTATTTTG-ACTAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGTCTTATGA
1 AA-ATT----AA-TATTATTTTATTTTGAAC-AAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * **
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** * *
199458 GTTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAAACT-TTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATT-
124 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA---CTG-A---TT--AAT-TT-TTA
* * * * * * * *
199515 AAATTAATATTATTTTATTTCGAA-TAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATA
1 AAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAA
* * * **
199579 AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGT
66 AAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGT
199644 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
131 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
199673 AATTCTTGAA
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 81, Indels: 43
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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183 1 0.00
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186 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
AAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAA
AAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGT
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTA
Found at i:199655 original size:179 final size:178
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Indices: 199158--199710 Score: 570
Period size: 179 Copynumber: 3.1 Consensus size: 178
199148 TAATTTTCTA
* * * * * *
199158 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAAAA
1 AAATTA-TATTATTTTATTTTGAA-TAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC-AAAAA
* **
199223 AAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTAATTTGAACTGGTTCAG
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* *
199287 TAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAAC
127 TAAATAGATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAAC
* * * * *
199339 AAATT-T-TTTTTTTATTTTGACTAAACTTGTATGAGCT-GAAATAATTGTCTTATGACAAAACA
1 AAATTATATTATTTTATTTTGAAT-AACTTGTATGA-ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAA
* * * * *
199401 AAAGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTA
64 AAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTA
* * * * **
199466 AATGGATTTATTTTTTAAAAC-TTTAGTTAT-GAATTTTTAGAATATTATT
129 AATAGATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATAAAATTTTGA-AATATTAAC
* * * *
199515 AAATTAATATTATTTTATTTCGAATAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAATAA
1 AAATT-ATATTATTTTATTTTGAATAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA-AAAAA
* * * **
199580 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTA
64 AAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTA
* * * *
199645 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC---T--AATTCTTGAAATATTAAT
129 AATAGATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATAAAATT-TTGAAATATTAAC
199691 AAATTAGTATTATTTTATTT
1 AAATTA-TATTATTTTATTT
199711 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 52, Indels: 29
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 8 0.03
176 50 0.16
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
AAATTATATTATTTTATTTTGAATAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAA
AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA
TAGATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAAC
Found at i:199777 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 199703--199832 Score: 188
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
199693 ATTAGTATTA
* * * *
199703 TTTTATTTGAAATAAGCTTGGAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATAATATC
1 TTTTATTTCAAATAAGATTGGAGGTTGAAAAAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATAATATC
199768 GT
66 GT
* * * *
199770 TTTTATTTCAAATAAGATTGTATGTTGAAAAAAAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATA
1 TTTTATTTCAAATAAGATTGGAGGTTGAAAAAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATAATA
199833 ATGATTTGAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 55 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (67 bp):
TTTTATTTCAAATAAGATTGGAGGTTGAAAAAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGATAATATC
GT
Found at i:200002 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 199803--200284 Score: 416
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 166
199793 GTTGAAAAAA
* **
199803 AATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATA
1 AATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCATA
* * * * * *
199868 TTTATTTTAAC-AATTCGGTTAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
66 ATTATTTGAACTAATTCGATAAACGAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
199932 ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
130 ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
* * * * * *
199969 AATTGTTTTATG-GCAAATCAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT
1 AATTATTTTATGAG-AAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCAT
** * *
200033 AATTATTTGAACTTGTTTGATAAACGAATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAT
65 AATTATTTGAACTAATTCGATAAACGAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAA--TTTT--T
* ** * * *
200098 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAGAC
126 A--AAT--ATTA-T-TT-TATT-TT--GGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
** * * ** ** *
200149 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTA
1 AATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCATA
* * *
200214 ATCATTTGAAATAATTCAGCA-AATAC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA
66 ATTATTTGAACTAATTC-G-ATAA-ACGAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
200276 AATATTATT
127 AATATTATT
200285 AAATTATTAT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 44, Indels: 37
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 63 0.25
167 35 0.14
169 4 0.02
170 1 0.00
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180 110 0.44
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (166 bp):
AATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCATA
ATTATTTGAACTAATTCGATAAACGAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATA
TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
Found at i:200246 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 199947--200486 Score: 452
Period size: 180 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180
199937 TTTATTTTGG
* * * * * *
199947 ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGGCAAATCAAAAGTTCATAATGATTTTAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGTTCAGAATGATTTGAAATA
* * ** *
200012 GATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACGAATTTATTTTTCAAATCT
66 GATAATTATTCAAATAATCATAATCATTTGAAATAATTAGATAAAC-AATTTATTTTTCAAATCT
* *
200077 CTTGCTTATTAATTTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
130 CTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
*
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** * * *
200190 TAGATAATTATTTTAATAGTCTTAATCATTTGAAATAATTCAGCA-AATAC-ATTTATTTTTTAA
64 TAGATAATTATTCAAATAATCATAATCATTTGAAATAATT-AG-ATAA-ACAATTTATTTTTCAA
* * * **
200253 ATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTATTAAATTATTATTTTTTTAATTATTTTTATCTTA
126 ATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTA-----TT-A-T-TTTAT-TCCAA
* * * * * * * *
200317 ATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTTTTTTATGAAAAAT--AAAGATCATAATGATTTGAGATT
1 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGTTCAGAATGATTTGAAATA
* * * * ** * *
200380 GATATTTATTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACTGGTTAAAAAAACAACTTTAGTTTTT--AAT
66 GATAATTATTCAAATAATCATAATC-ATTTGAAATAATTAGATAAACAA-TTTA-TTTTTCAAAT
* * * *
200442 CTCTTCCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
128 CTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
200487 ATAAAGGTCA
Statistics
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0.76 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 113 0.39
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186 5 0.02
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189 12 0.04
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
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ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGTTCAGAATGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAATCATAATCATTTGAAATAATTAGATAAACAATTTATTTTTCAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
Found at i:201121 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 7.0 Consensus size: 180
200761 TCCTAATTCA
* * * * * * *
200771 AATAAGTTTATATGAA-A-AAAGCAATTGTTCTATGACAAAATAAAGA-TCAGAA-CGATTTGAG
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATC-ATTTGAA
* * * *
200832 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * *
200896 ATC-TCTA---ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTG
128 ATCTTCTACCTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
** * * *
200946 AATAATTTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAATCATAATCATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATCATTTGAAAT
* * * * * *
201011 AGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATC
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *
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131 TTCTACCTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * ** *
201126 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTAATTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAA-CTATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATC-ATTTGAA
* * * * * * *
201189 ATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCATGCTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * **
201254 TCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
129 TCTTCTACCTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * ** * *
201307 AGTAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGATTTATGACAAAATGAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AATCATTTGAAA
* * *
201371 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAG-AAAGCAAATCTATTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAA
* * ** * *
201435 T-TTCTACTTAATAAATTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAT
129 TCTTCTACCT-ATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-G
* * * *
201487 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTGTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATCATTTGAAAT
* * *
201551 AGATAATTG-CCTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
** * *
201615 C-TCTTGCTCATTAATTTGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
130 CTTCTACCT-ATTAATTT-TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * ** * * * * * *
201667 AATAAGCCTATATGAACTGGTACAATTGTTTTATAACAAAACACAAGGTCATAATGACTTGAAGT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATCATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
201732 AGATAGTTATTCAAAGAGTTATGACTATTTGGACTTGTTAGGTAAACATATTTATTTTTAAAATA
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
201797 TTTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATATT-TTCTAATCCG
131 TTCTACCTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * *
201847 ACTAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTTAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATC-ATTTGAAA
* * * * * * * *
201911 TAAATAATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * ** * ** *
201976 TTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATGT-G
130 CTTCTACCTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
202027 AAATAAGCTT
1 -AATAAGCTT
202037 TCGTGAATAG
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 164, Indels: 64
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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178 7 0.01
179 92 0.10
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATCATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TTCTACCTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
Found at i:201334 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 200771--202036 Score: 1213
Period size: 361 Copynumber: 3.5 Consensus size: 358
200761 TCCTAATTCA
* * * * * * *
200771 AATAAGTTTATATGAA-A-AAAGCAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCAGAACGATTTGAGA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATT-TATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAA
* * * * * * *
200833 TAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA
64 TAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * **
200897 TC-TCT--A-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
128 TCTTTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* **
200958 T-AAACAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAATCATAATCATTTGAAATAGATAATTGTT
193 TGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
201022 CAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCCTACCTATTA
256 CAAATGGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAAAT-TTCTACTTATTA
*
201087 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
320 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
* * *
201126 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTAATTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
* * * *
201191 AAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCATGCTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATC
65 AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
** * *
201256 TTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTGTATG
130 TTTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* ** *
201321 AAAAGAAACAATTGATTTATGACAAAATGAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
195 AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
201386 ATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAGCAAATCTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAA
259 ATGGTCATGACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTCTACTT-ATTAA
** *
201450 TTTT-GGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAT-
321 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-ATG
* *
201487 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTGTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTTAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAA
* * * * * *
201550 TAGATAATTG-CCTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
64 TAAATAATTGTTC-AAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
201614 TCTCTTGC-TCATTAATTTGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTAT
128 TCTTTTACAT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
** ** * * * * * *
201678 ATGAACTGGTACAATTGTTTTATAACAAAACACAAGGTCATAATGACTTGAAGTAGATAGTTATT
192 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
201743 CAAA-GAGTTATGACTATTTGGACTTGTTAGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTAT
256 CAAATG-GTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTT-AAAT-TTCTACTTAT
* * * * **
201807 TAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATT-TTCTAATCCG
318 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
* * * * * *
201847 ACTAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAA
* * * * * * *
201911 TAAATAATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
64 TAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * *
201976 TTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATGT-GAAATAAGCTT
129 CTTTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT
202037 TCGTGAATAG
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 139, Indels: 60
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 13 0.02
356 14 0.02
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358 3 0.00
359 12 0.02
360 252 0.34
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362 27 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
TTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
GGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTC
AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
Found at i:201917 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 201897--201944 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
201887 ACAAAAAGTC
*
201897 ATAACAATTTAAAAT-A-A
1 ATAACTATTTAAAATAATA
*
201914 ATAATTATTT-AAATAATA
1 ATAACTATTTAAAATAATA
201932 ATAACTATTTAAA
1 ATAACTATTTAAA
201945 CTTATTTAGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
0.78 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.16
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19 2 0.08
ACGTcount: A:0.58, C:0.04, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
ATAACTATTTAAAATAATA
Found at i:202002 original size:541 final size:540
Alignment explanation
Indices: 200903--202057 Score: 1295
Period size: 541 Copynumber: 2.1 Consensus size: 540
200893 TAAATCTCTA
* * * ** * *
200903 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATAAACAGAA
1 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTAT-AATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * *
200967 ACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAATCATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
64 ACAATTGTTGTACGACAAAACAAAAAATCATAATCATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGACA
* * *
201032 TGACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAA
129 TGACTATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAA
** * * * *
201097 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTAATTTATGA
194 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTAATTTATAA
* * *
201162 TAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCAT
259 CAAAACAAAAGATCATAACTACTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAGCAT
* * *
201227 GCTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
324 GCTTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATATTTTACATATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTAA
* * * * ** *
201292 TATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGATTTATGACAAAATGAAAGGTC
389 TATTATTCTAATCCGACTAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * *
201357 ATAAATATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAGCAAA
454 ATAAATATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAAACGTATTTAGAAAGCAAA
201422 TCTATTTTTTAAATTTCTACTT
519 TCTATTTTTTAAATTTCTACTT
* * *
201444 AATAAATTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCATAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-ATAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
201509 CAATTGTTGTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGC-CTAAATAGTCA
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* **
201572 T-AGCTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTGCTCATTAATTTGT-
129 TGA-CTATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAATTT-TC
* * ** **
201634 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACT-GGTACAATTGTTT
190 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAA-TAGAAACAATTAATT
* * * * * * * * *
201698 TATAACAAAACACAAGGTCATAA-TGACTTGAAGTAGATAGTTATTCAAAGAGTTATGACTATTT
254 TATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ACTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTT
* * *
201762 G-GACTTG-TTAGGTAAACATATTTATTT-TTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCT-AAATATT
318 GAG-CATGCTT-GGTAAACAAATTTATTTCTT-AAATATTTTACATATTAATT-TCTGAAATATT
*
201823 AATAAATTAATATT-TTCTAATCCGACTAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAA
379 AATAAATTAATATTATTCTAATCCGACTAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGATTTATGACAA
* *
201886 AACAAAAAGTCATAACA-ATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTAT
443 AACAAAAAGTCATAA-ATATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAAACGTAT
* *
201950 TTAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTT
507 TTAG-AAAGCAAATCTATTTTTTAAA-TTTCTACTT
* * * *
201985 ATTAATTTTTTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATGTGA-AATAAGCTT-TCGTGAATAGA
1 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT-T-ATAATAAGCTTGT-ATGAATAGA
202048 ATA-AATTGTT
63 A-ACAATTGTT
202058 TAAATAATCA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 79, Indels: 40
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
539 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTATAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
AATTGTTGTACGACAAAACAAAAAATCATAATCATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGACATG
ACTATTTGAACTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTAATTTATAACA
AAACAAAAGATCATAACTACTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAGCATGC
TTGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATATTTTACATATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTAATA
TTATTCTAATCCGACTAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
AAATATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAACTATTTAAACGTATTTAGAAAGCAAATC
TATTTTTTAAATTTCTACTT
Found at i:202161 original size:130 final size:131
Alignment explanation
Indices: 201909--202164 Score: 293
Period size: 130 Copynumber: 1.9 Consensus size: 131
201899 AACAATTTAA
*
201909 AATAAATAATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
1 AATAAATAATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* *** * * * *
201974 ATTTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATGTGAAATAAGCTTTC
66 A--TTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGAATTATATTATGTCAAATAAGCTTTC
202039 GTG
129 GTG
* * * * * * *
202042 AATAGAATAAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTGAATAGATTT-TTTTTT
1 AATA-AAT-AATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT
* *
202106 AAA-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCAAATAAGC
64 AAATTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGAATTATATTATGTCAAATAAGC
202165 ACGTACGAAT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 18, Indels: 7
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
130 44 0.43
131 2 0.02
133 4 0.04
134 12 0.12
135 41 0.40
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (131 bp):
AATAAATAATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
ATTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGAATTATATTATGTCAAATAAGCTTTCGT
G
Found at i:202383 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 202059--202909 Score: 670
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 177
202049 TAAATTGTTT
* * * * * * *
202059 AAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTGAATAGATTT-TTTTTTAAATC-T-CTTATTAAT
1 AAATAGTCATAACTA-TTCAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
202121 TTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCAAATAAGCA-CGTACGAATAGAAACAATT
65 TTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT-GAATAAG-ATTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * * * *
202185 GCTTTGTGATAAAACAAATGATTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTTTTC
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * ** * *
202235 AAACTA-TCATAACTATTTATATTGG-TTAGGCCAACAGATTTTTTTTTTAAAATCTATTACTTA
1 AAA-TAGTCATAACTATTCA-ACTGGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC--TTACTTA
* * * * *
202298 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTTTTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAAAAAAAAT
60 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TGAATAAGATTGTATGAACAAAAAC
* * *
202363 AATTGTTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAACT-ATTTGAAACAAATAATTGTTT
124 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * *
202417 AAATAATTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACT-ATTCAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA--ATCTTACTTATTA
* * * * * *
202482 ATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAA-ACATACTTATTTGAATAAAAACA
63 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTGAATA-AGA-TTGTATGAACAAAAACA
* * * *
202545 TTTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
125 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * * *
202598 AAATAGTCATAAGTATATCAACTGGTTTAGCAGACAAAATTATTTATTATATC-T-CGTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTAT-TCAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTAC-TTATTAA
* * * * * * *
202661 TTTTTGAAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-TATT
64 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT-GAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * * * *
202725 GTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTATACAATTATTC
128 G--TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC
* *
202777 AAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTC-AACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AA-ATCTTACTTATTA
* * *
202842 ATTTTTAAAA-ATTAAAAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAT
63 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAT
202906 TGTT
127 TGTT
202910 ATATAATATA
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 99, Indels: 68
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 24 0.04
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183 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AAATAGTCATAACTATTCAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATT
TTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC
Found at i:202990 original size:853 final size:849
Alignment explanation
Indices: 201276--202888 Score: 1773
Period size: 854 Copynumber: 1.9 Consensus size: 849
201266 TAATTTTTGG
* * * ** * * * *
201276 AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGATTTA
1 AATATTAATAAATTAGA-ATTATATTATTTCAAATAAGCACGTACGAATAGAAACAATTGCTTTG
* * * * * * *
201340 TGACAAAATGAAA-GGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTG
65 TGATAAAA-CAAATGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACTA-TCATAACTATTT-
* * * * * * *
201403 A-ACGTGTTTA-G-AAAGCAAATCTATTTTTT-AAAT-T-TCTACTTAATAAATTTTGGAATATT
127 ATA-TTGGTTAGGCCAA-CAGATTTTTTTTTTAAAATCTAT-TACTTAATAAATTTTAGAATATT
* * * *
201462 AATAAATTTATATTATTTTATTCATAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTGTATGACAAA
189 AATAAATTTACATTATTTTATTCATAATAAGATTGTATGAAAAAAAACAATTGTTGTATGACAAA
* * * * * * *
201527 ACAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGCCTAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTAG
254 ACAAAAGTCATAATGATTTGAAACAAATAATTGCCTAAATAATCATAACTAATTGAACTGGTTAG
* *
201592 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTGTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
319 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* *** *
201657 TTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGTACAATTGTTTTATAACAAAACACAAGGTCATAAT
384 TTTTATTTCAAACAAGCCTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * ** * * * *
201722 GACTTGAAGTAGATAGTTATTCAAAGAGTTATGACTATTTGGACTTGTTAGGTAAACATATTTAT
449 GACTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATATCAACTGGTTAGGCAAACAAAATTAT
* *
201787 TTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTTTCTAATCCGACTAA
514 TTTT--AATATTCTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTTTCTAATCCGAATAA
*
201852 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATA
577 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAACA
* * * * * *
201917 ATTATTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTA
642 ATTATTCAAATAATAATAACTATTCAAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTA
* * * * * *
201982 CTTATTAATTTTTTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATGTGAAATAAGCTTTCGTGAATAG
707 CTTATTAATTTTTTAAAAATTAAAAAATTAGAATTATTTTATGTGAAATAAGCTTTCATGAATAG
* * * ***
202047 AATAAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTGAATAGATTTTTTTTTAAATCT
772 AAAAAATTGTTTAAATAATCATAACTATTT--ACTTGTCCAGTAAATAGATTTTTAAATAAATCT
202112 CTTATTAATTTTCAA
835 CTTATTAATTTTCAA
202127 AATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCAAATAAGCACGTACGAATAGAAACAATTGCTTTGT
1 AATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCAAATAAGCACGTACGAATAGAAACAATTGCTTTGT
202192 GATAAAACAAATGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACTATCATAACTATTTATAT
66 GATAAAACAAATGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACTATCATAACTATTTATAT
* *
202257 TGGTTAGGCCAACAGATTTTTTTTTTAAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-
131 TGGTTAGGCCAACAGATTTTTTTTTTAAAATCTATTACTTAATAAATTTTAGAATATTAATAAAT
* * *
202321 TTAGCATTTTTTTATTC-TGAATAAGATTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
196 TTA-CATTATTTTATTCAT-AATAAGATTGTATGAAAAAAAACAATTGTTGTATGACAAAACAAA
** *
202385 TAGTCATAACT-ATTTGAAACAAATAATTGTTTAAATAATTATAACTAATTGAACTGGTTTA-GT
259 -AGTCATAA-TGATTTGAAACAAATAATTGCCTAAATAATCATAACTAATTGAACTGG-TTAGGT
* * *
202448 AAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
321 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGT-AAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * *
202512 TTTATTTCAAACATA-CTTATTTGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCATAA
385 TTTATTTCAAACA-AGCCTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
202575 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATATCAACTGGTTTA-GCAGACAAAATT
448 TGACTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATATCAACTGG-TTAGGCAAACAAAATT
* * * * * *
202639 ATTTATT-ATA-TCT-CGTTATTAATT-TTTGAAATATTATTAGATTAGTACTATTT-TATTTCG
512 ATTT-TTAATATTCTAC-TTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAATA-T-TTTCTAATCCG
* * * * * * *
202699 AATAAGCTTGTATGAACAAAAA-TATTGTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAA
572 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG--TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAA
* * * * * *
202763 GTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
635 ATAAACAATTATTCAAATAATAATAACTATTCAAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
*
202828 TATCTTACTTATTAA-TTTTTAAAAATTAAAAAATTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCTT
700 TATCTTACTTATTAATTTTTTAAAAATTAAAAAATTAGAATTATTTTA-TGTGAAATAAGCTT
202889 GTATGATCAA
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 107, Indels: 51
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
850 12 0.02
851 145 0.23
852 79 0.13
853 182 0.29
854 201 0.32
855 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (849 bp):
AATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCAAATAAGCACGTACGAATAGAAACAATTGCTTTGT
GATAAAACAAATGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACTATCATAACTATTTATAT
TGGTTAGGCCAACAGATTTTTTTTTTAAAATCTATTACTTAATAAATTTTAGAATATTAATAAAT
TTACATTATTTTATTCATAATAAGATTGTATGAAAAAAAACAATTGTTGTATGACAAAACAAAAG
TCATAATGATTTGAAACAAATAATTGCCTAAATAATCATAACTAATTGAACTGGTTAGGTAAACA
AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
TCAAACAAGCCTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGA
AATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATATCAACTGGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTAAT
ATTCTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTTTCTAATCCGAATAAGCTTGTATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAACAATTATTCAA
ATAATAATAACTATTCAAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAAT
TTTTTAAAAATTAAAAAATTAGAATTATTTTATGTGAAATAAGCTTTCATGAATAGAAAAAATTG
TTTAAATAATCATAACTATTTACTTGTCCAGTAAATAGATTTTTAAATAAATCTCTTATTAATTT
TCAA
Found at i:203664 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 202942--203998 Score: 758
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 175
202932 CATACAAATA
* * ** *
202942 TATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAA
* * * *
203007 ATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAGGACTATTTGAGTAATTATATATTTCAAATC
60 ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
203072 ATTGTGGCTTTTTCTTTTG-CAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCT
125 ATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* ** * * * *
203123 TATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATGAGTAAGAGAATTAAAAA
1 TA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT---T-AATAAGTGATTTAAAAA
* * * * * * * *
203188 -AGAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTATCAATTTCAAAAT
61 TA-AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAAT
* * * * *
203252 -ATAATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCT
124 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* *
203303 TATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAA
* *** * * * *
203367 AATAAATCTTTTTATTGAACGAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTTAAAT
59 AATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * **
203432 CGTTATGACATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTTATACAAAAT
124 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
203483 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAGATAA
1 TATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAA-ATAA
* * * * * *
203548 ATCTGTTTATCAGACCAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCTT-AAATCATT
64 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATT
* * * * *
203612 ATGA-TTTTTGTTTTATGATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCT
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
** * * * *
203659 TATTCAAAGTAAAAT-ATAGCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAA
1 TATTCAAA-TAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TCAAA--AATTAATAAGTGA-TTTAAAA
* * * * * *
203723 ATAAATGTATTTGCCAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
60 ATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* ** *
203787 CATTTTGACCTTTT-TTTAATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATA-CT
124 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCT
* * ** ** **
203838 TCTCCAAAATAAAATAATA-TTGTTCTATTAGCA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAA
1 TATTC-AAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGTGATTT--A
* * * * * *
203901 AAAACAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTGTCTATTTAAA
57 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * *
203966 ATCATTATCG-CCTTTTATTTTATAATAAAACAA
122 ATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
203999 AAAAATAATA
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 137, Indels: 89
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.02
176 128 0.18
177 8 0.01
178 8 0.01
179 117 0.17
180 233 0.34
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184 1 0.00
185 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
TATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
Found at i:203952 original size:536 final size:538
Alignment explanation
Indices: 202933--203973 Score: 1151
Period size: 536 Copynumber: 1.9 Consensus size: 538
202923 GTTTCTGTCC
* * * ** *
202933 ATACAAATATATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAG
1 ATACAAATATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AG
* *
202998 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAGGACTATTTGAGTAATTATATA
63 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAGGACTATTTGAATAATTATATA
* * * *
203063 TTTCAAATCATTGTGGCTTTTTCTTTTGCAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTT
128 TTTCAAATCATTATGGATTTTTCTTTTACAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTC
* * ** * * *
203128 GATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAGAAT
193 AAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTCCAAAAATAAATAAATAAGAGAATTAAAAAAGAAT
* * *
203193 CTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTATCAATTTCAAAATATAATG
258 CTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACAATCTAAACAATTATCAATTTCAAAATATAATG
** * * * * *
203258 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT
323 ACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTACTCCAAATAAAATAATAT
* ** ** * * *** *
203323 AAATTTATTAATATTCCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATTGAACG
388 AAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTACCAAACA
* * * * *
203388 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTGTC
453 AATTCAAATAGTCAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTGTC
203453 ATAAAACAATTATTTTTATTT
518 ATAAAACAATTATTTTTATTT
203474 ATACAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GAT
1 ATACAAATA-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAT
* * * * * * *
203537 TTAAAAGATAAATCTGTTTATCAGACCAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATC
65 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAGGACTATTTGAATAATTATATAT-
* ** * *
203602 TT-AAATCATTAT-GATTTTTGTTTTATGATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCA
129 TTCAAATCATTATGGATTTTTCTTTTACAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCA
* * *
203665 AAGTAAAAT-ATAGCTAAACTAATAATATT-CTAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAATA-A
194 AAGTAAAATAATA-CTAAACTAATAATATTCCAAAAATAAATAAATAAGAGA-ATTAAAAA-AGA
* * * *
203727 ATGTATTTGCCAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
256 ATCTATTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTAAGACAATCTA-AACAATTATCAATTTCAAAAT-A
** * *
203789 TTTTGACCTTTT-TTTAATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATA-CTT-CTCCAAAATAA
318 TAATGACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATACA-AGCTTACTCC-AAATAA
** *
203850 AATAATAT-TGTTCTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTAAAAAAACAAATCTG
380 AATAATATAAATT-TATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAA-AAGATTT-AAAAAACAAATCTG
* * *
203913 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTAT
442 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTCAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT
203974 CGCCTTTTAT
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 74, Indels: 33
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
534 5 0.01
535 93 0.23
536 189 0.46
537 70 0.17
538 2 0.00
540 1 0.00
541 52 0.13
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
ATACAAATATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATT
TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAGGACTATTTGAATAATTATATATTT
CAAATCATTATGGATTTTTCTTTTACAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAA
GTAAAATAATACTAAACTAATAATATTCCAAAAATAAATAAATAAGAGAATTAAAAAAGAATCTA
TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACAATCTAAACAATTATCAATTTCAAAATATAATGACC
TTTTGTTTAATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTACTCCAAATAAAATAATATAAA
TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTACCAAACAAAT
TCAAATAGTCAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTGTCATA
AAACAATTATTTTTATTT
Found at i:204892 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 204203--208816 Score: 3483
Period size: 181 Copynumber: 25.7 Consensus size: 181
204193 AATTTTTAAT
* * * * * *
204203 ATTTCAAAAAATGAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATAT
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
204268 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTT-ATTTTCATACAACCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTAT
** * * * * *
204332 TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTAAGAAAATTAATAACTAAGAG
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * ** * *
204385 ATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCCAAGCCAGTTCAAATAATTAAGGTTATATGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** * * * * * *
204449 TTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTTGTAAAAAAATGTTTTTC--TTCACATAAGTTTGTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
204512 CGGAATAAAAAAATACTAATCTACTAATATGTCAAAAATTAATAAG----AG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * *
204560 ATTTAAAAAATAAATTTGTATAACAAATAAATTAAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * * * * *
204625 TTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGCTTCTA-TTCATACAATCATA-C
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
** * * * * *
204688 CCAGATTAAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAACAATTAATAAGTAAAAA
130 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
204741 ATTTATAAAAA-AAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
204805 GTTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
** * *
204870 TGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAATG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
204922 AATTAAAAAA-AGAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
204986 ATTTTAGAAT-ATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGGTTCTA-TTGATGCAAGTTTA
65 ATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA
* *
205049 TTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTCATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAG
128 TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
205102 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATGAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * **
205166 ATTTCAAATCATTATAACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAAATTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
205230 TTAGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AG
129 TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
*** * * * * *
205279 ATTTAAAGCCTAAATATGTCTACCAAACCAA-TTCAAATATTTATGACTGTTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
205343 ATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCGTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
* * * * ** * * *
205406 TTGGAGTAAAATACTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAG
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
205458 ATTTAAAAAATAAA-CGTATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
205522 ATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACATGCTTATC
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
** * *
205587 CAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-CAAAG
130 TGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* *** * * * *
205638 AATTTAAAAAAAAAATCTGTTTACTGGACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAACAATTATCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
205703 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAATAAAATAATTGTTTTCAGTTCATAAAAGCTGAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
205768 GTAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGTTGGAAAG
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-T-AAAAG
* * * * * *
205823 --TTAAAAAATAAAT-TAGTCTATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * **
205884 TATTTCAAATCATTATGAATTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TT-GTTTAAGCTT
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTT
* * * *
205947 A-TTGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATTTTTCAAAAATTAATGAGTAGAAG
127 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
206000 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATATA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * *
206065 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AATTATTT-ATGTTAATACAAGCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATT
** * * * * * * *
206128 CAAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTTAGAG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
206180 ATTTAAAAAATGAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTGA-GGCTATATGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * ** ** *
206244 ATTTTAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTTAA--TTTTG
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-
* * * **
206307 TTCAGAATAAAA-AATATTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AG
129 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * *
206356 ATTTAAAAAATAGATATCTTTGCTAAAC-CGATTCAATTAGTTATAACAATTTGAAC----A---
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * *
206413 ATTTCAAATCATTATTCCCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTGATAC-AGTTTTA
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAG-CTTA
* * * * * * **
206476 TTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTTAAAAACTAATAAGTAATGG
128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * * * *
206530 ATTTAAAAAATGAATCTATTGGCCTAACCAGTGCAAATAATTATGAC-AGTTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCT
* ** **
206594 ATTTCAAAT-AGTTCTGACCTTTTAATTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTTGTACAAGCTTA
65 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA
* * * * ** *
206657 -TTCAGAACAACATAATTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGGCAAAT
128 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *** * * *
206711 ATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGCTATTACTACTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
206776 TTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTGGTCATAAAATAATTTTTTCCA-TTCATACAAGCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-CAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
206840 TCAATTAAAATAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACTATTAATAAGTAAAAG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
206892 ATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTTAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTT
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * ** **
206956 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTGTTTTTGGTTCATACAAATTTA
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTA
* * * * * ** *
207021 TTCGGATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAG
128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
207075 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** ** * *
207140 TTTTAAATCATTATGACTTTTTATTTCATCAT-AAATCAATTGCATCAGTTCATATAGGCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
** * * *
207204 CAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** ** * *
207256 ATTTAAAAAGTGAATCCATTTACCAAACAAGTTCTGATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTATA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
207321 TTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTTTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
*
207384 TCCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-
130 T-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * **** *
207435 ATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
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* *
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** * *
207560 TATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
126 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * *
207615 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATTGTTATGACTGTTTTAATAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** *
207680 TTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTCCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTAT
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* * **
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129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * *
207796 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCATATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCAA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** ** **
207861 TTTCAAATCTTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-ATGTTCATAGCAAAATTA-
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATA-CAAGCTTAT
* * * **
207924 TTCAAA-AAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AG
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
207972 ATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAAACAA-TTTACATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * **
208036 ATCTCAAATTATTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-T
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * *
208099 TCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAG
130 TGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AG
* * * * * *
208152 ATTTAAAAAATAATTGTGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
208216 ATTTCAAATCATTCTGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
** * * * * *
208281 CAAAATAAATTAATACTACTTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* *
208333 ATTTAAAAAAATAAATCTG-TTGCCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATC
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
208396 TATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTA
64 TATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
** * * * *
208460 TCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATACTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * *
208514 ATTTAAAAACTAAAGCCGTTTTCTTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATATCA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
208578 ATCTCAAACCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATT-ATACAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTAT
* *
208641 TT-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG----AG
129 TTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * ** * *
208690 ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
208755 TTTCAAATCGTTATGACCTATTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTA
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA
208817 ATCAGTTCAA
Statistics
Matches: 3517, Mismatches: 765, Indels: 305
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 47 0.01
170 31 0.01
171 3 0.00
172 1 0.00
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185 4 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
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TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
Found at i:205958 original size:898 final size:889
Alignment explanation
Indices: 204203--208810 Score: 3837
Period size: 898 Copynumber: 5.1 Consensus size: 889
204193 AATTTTTAAT
* * * * *
204203 ATTTCAAAAAATGAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATAT
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* * * **
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64 ATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATACAAAATTAT
* * **
204332 TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAAGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAA
128 TCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATAA
* * * * * * ** *
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* * ** * * * * * * * *
204462 TGACCATTTGTTTTGTTGTAAAA-AAATGTTTTTCTTCACATAAGTTTGTTCGGAATAAAAAAAT
253 TGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * *
204526 ACTAATCTACTAATATGTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTATAACAAA
317 ACTAATCTAATAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAA
* * * * * * * * * *
204587 -TAAATTAAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTT
381 CT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
204651 TGTTATAAAACAA-TAGCTTCTATTCATACAATCATACCCAGATTAAAATAATATTAATTTATT-
445 TGTCATAAAACAATTA--TTTTATTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
204714 ACTATTTC-AACAATTAATAAGTAAAAAATTTATAAAAAAAATATGTTTA-TCAAACAAGTTCAA
508 AC-A-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAAAAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAA
* * * * *
204777 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTGTAATAAAA
570 ATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
* * * **
204842 TAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
634 TAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAA
* * *
204907 ATTAATGAGT-AAATGAATTAAAAAA-AGAATTTGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGAC
698 ATTAATAAGTGAAA-G--TTAAAAAATA-AATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * * *
204969 TATCTAAACAATTATCTATTTTAGAAT-ATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGGTTC
759 TATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGAATTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * *
205033 TATTGATGCAAGTTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTCATATTTCAAAATTAATAAGT
823 TATT-ATACAAGCTTATTGT-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGT
205097 AAAAG
885 AAAAG
* *
205102 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATGAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
* * * *
205167 TTTCAAATCATTATAACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTT
65 TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTC
** **
205232 AGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAGCCTAAATATG
130 A-AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAA-AATAAATATG
* * * * *
205297 TCTACCAAACCAATTCAAATATTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC
193 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATC
* * * ** * * * *
205362 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGGAGTAAAATACTGCTAAA
258 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * *
205427 CTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACGTATTTACTAAACTAGTTC
323 CTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGTTC
* *
205492 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
388 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
205557 AATAATTATTTTAGTTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTCAA
453 AACAATTATTTTA-TTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAACATTCAA
* * * * *
205621 AAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAAAAAATCTGTTTACTGGACAAATTCAAATAGTCAAGTC
516 AAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAAAAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * *
205686 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAATAAAATAATTGTTTTC
581 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG-TTTC
* * * * * *
205751 AGTTCATAAAAGCTGATGTAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAG
644 AGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT-AATAAG
* * * * * *
205815 TTGGAAAGTTAAAAAATAAATTAGTCTATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAA
707 -T-GAAAGTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * **
205879 TTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTGTTTAAG
770 TTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTATACAAG
* * * *
205944 CTTATTGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATTTTTCAAAAATTAATGAGTAGAAG
834 CTTATTGTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
206000 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATATA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
* * * * * **
206065 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTC
65 TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTC
* * * *
206129 AAAACAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATGAA
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* * * * * *
206194 TTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTGA-GGCTATATGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTA
189 TATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTA
* * * * * * ** *
206258 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTTAATTTTGTTCAGAATAAAA-AAT
253 TGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * ** * * * * *
206322 ATTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAGATATCTTTGCTAAA
317 ACTAATCTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAA
* * * ** * *
206383 C-CGATTCAATTAGTTATA-ACAATTTGAACAATT-TC-AAATC--ATTATTC---CCATTTATT
381 CTAG-TTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTT
* * * **** * *
206439 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATAC-AGTTTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATT
444 TTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAG-CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * ** * ** * *
206503 AACATTTTAAAAACTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCCT-AACCAGTGCAAA
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* * * * *
206567 TAATTATGAC-AGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTCTGACCTTTTAATTTGTCATAAAA
571 TAGTCATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
** * * * * * *
206631 TAATTGTTTCTA-TTTGTACAAGCTTATTCAGAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAA
634 TAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAA
* * * * *
206695 AATTAATAAG-GCAAATATTTAAAAACTAAATCTA-TTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGCTATTA
697 AATTAATAAGTG--AA-AGTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
206757 CTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT-AACCTTTTGCTTGGTCATAAAATAATTTTTT
758 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-TTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
206821 CCATTCATACAAGCTTATT-TCAATTAAAATAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACTATTAATA
822 CTATT-ATACAAGCTTATTGT-AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA--ATTAATA
206884 AGTAAAAG
882 AGTAAAAG
* * * * * *
206892 ATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTTAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTT
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT
* * * * * * *
206956 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTGTTTTTGGTTCATACAAATTTA
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* ** * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * **
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* ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * **
207406 ATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACA-TTC
504 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAAAAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTC
* * *
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* * * * *
207533 AACTAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATATTC
631 AAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCT-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
207596 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACCG-AGCAAGTTCAAATTGTTAT
694 AAAAATTAATAAGTGAAAG--TTAAAAAATAAATTA-GTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
207659 GACTGTTTTAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATG-ATCTTTTCCTTTGTCATAAAATAATTG
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* *
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**
207787 AAGTAGGAG
881 AAGTAAAAG
* * * * * * *
207796 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCATATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCA-
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-AT
* * * *
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* * *
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* * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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449 ATAAAACAATTATTTTA-TTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
* * * *
208312 CAAAAAATTAATGAG-CAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTG-TTGCCGAACAAGTTCAAATAGAT
513 CAAAAAATTAATAAGTAAAGA-ATTTAAAAAAA-AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-T
* * *
208375 -TTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAT
575 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAT
* * *** *
208438 TATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATACTTCAAAAATTA
638 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * *** * *
208503 ATAAG-CAAGAGATTTAAAAACTAAAGCCGTTT-TCTTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT
702 ATAAGTGAA-AG--TTAAAAAATAAATTAGTTTATC-GAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
208565 TGAAGAAATATCAATCTCAAACCATTATG-ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATT
763 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATT
* *
208629 ATACAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG----A
827 ATACAAGCTTATTGTA-AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAAA
208689 G
889 G
* * ** * ** * * *
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* * * * * * * **
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ATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGTTCAAA
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AATTATTTTATTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAT
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GAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
AAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTGAAAGTTA
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Statistics
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AATAGTTATACTATTTG
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* * *
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* * * * * ** *
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* * **** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * **
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* ** * * ** * * *
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* * ** * * *
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1 AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
209783 CAACAA-T-TTTTTGTAC-TAC---CTTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAAGTTATTAATATTT
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* * * * *
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* ** ** ** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT-TTTA-TCAT
* * * * * *
209956 AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTA-TTAAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTC
64 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
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128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTT
* * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAA
* ** * * ** * * ***
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAA
* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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66 AACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTT
* * * *
210558 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAAATT
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* ** * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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** * * * * *
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* * ** *
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** * *** * * *
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65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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** * **
211572 AACAATT-TTTTCAATTCACATTAGCTT-TTT-AGAATAAAATAA-ACTGAATTTATTAATATTT
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* * ** * * *
211633 CAAAAATTATTATCTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTT
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTT
* ** * * * ** * *
211687 -ACTAACTCTGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGTCCCTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * *
211751 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAAT-AAATGATACTAATCTATTGATA-TTTAA
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* * * ** * ***
211814 AAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTA-TTAAACTGGTT
131 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTT
* * * * * * * * * * *
211861 AAAGAGTTATGGCTACTT-AAGAAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTCTCTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
** * ** * * *
211925 AAACAATAATTTCTGTTCATGTAAGCGTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTA
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * *
211990 AGAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGA-TC
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCA-ATTT
* *
212042 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
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212078 GTTCATACAA
Statistics
Matches: 2371, Mismatches: 616, Indels: 174
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Matches are distributed among these distances:
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180 171 0.07
181 862 0.36
182 231 0.10
183 17 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTT
Found at i:210286 original size:532 final size:530
Alignment explanation
Indices: 209283--210295 Score: 1120
Period size: 532 Copynumber: 1.9 Consensus size: 530
209273 TTATTTGGAA
* * * *
209283 TAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTTTA
1 TAAAATAAAAATAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATTGA
* * * * ** * * *
209348 TTTACCAAACTAGTTCAAATTATTATAACTATTTGAACAATTGTTTATTCCAAATCTTCATTATT
66 TTAACCAAACTAATTCAAATGATTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTCCAAATCTT-ATTACT
* * * * ** ** *
209413 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATGTAAGTTTATTTGAAATAAAATAATCTAAT
130 TTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCCTATTAGAAATAAAATAATCTAAT
* * * ** *
209478 TTATTAATACTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAATGTAAATCTGTTTACAAATCATTTC
195 TTATTAACACTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAATCAATTC
* * *
209543 AAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATCA
260 AAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATCA
* * ** **
209608 AACAACTGGTTCTGCTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAA
325 AACAACTGGTTCAGCTAATACTAGCTTAAATGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAA
* * * *
209673 AACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACCAGTTTAAATAGCTTAAACT
390 AACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCGAACCAGTTAAAATAGATTAAACT
* *
209738 ATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATCACTTTTTTTCGTACAACAATTTTTTGTACTACC
455 ATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTTTCGTACAACAATTTTTTGTACTACC
209803 TTTATTCTGAT
520 TTTATTCTGAT
* * *
209814 TAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAA-AAATTGA
1 TAAAATAAAAATAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATTGA
* *
209877 TTAACCAAA-TCAATTCAAATGGTTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGA
66 TTAACCAAACT-AATTCAAATGATTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTCCAAATC-TTATT-A
* *
209940 CTTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATTA-AGAATAAATTAATAC
128 CTTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCCTATTAGA-AATAAAATAAT-C
* *
210004 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATTTGTTTACCGAA
191 TAATTTATTAACACTT-AAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTA-CAAA
*
210068 -CAAATTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGAT
253 TC-AATTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTT-AT
* * * * *
210131 TTGT-T-AT-AAGACAATTGTTTCAGTTAATAC-ACGCTTAAATGGAATAAAGTAATACTAATTT
315 TT-TATCATCAA-ACAACTGGTTCAGCTAATACTA-GCTTAAATGGAATAAAATAATAATAATTT
* * ** * * ** * *
210192 ATTAATATTTCCTAAA-TTAATAATTAA-AAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAGTT
377 AATAATA-TTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAA-TTAAAAAATAAATCTAATTACCGAACCAGTT
** *
210255 AAAATA-ATTATGCCTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATT
440 AAAATAGATTA-AACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATT
210296 ATTGTGACAT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 71, Indels: 33
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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529 100 0.25
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533 14 0.04
534 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
TAAAATAAAAATAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATTGA
TTAACCAAACTAATTCAAATGATTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTCCAAATCTTATTACTT
TTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCCTATTAGAAATAAAATAATCTAATT
TATTAACACTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAATCAATTCA
AATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATCAA
ACAACTGGTTCAGCTAATACTAGCTTAAATGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAA
ACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCGAACCAGTTAAAATAGATTAAACTA
TATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTTTCGTACAACAATTTTTTGTACTACCT
TTATTCTGAT
Found at i:211082 original size:896 final size:903
Alignment explanation
Indices: 209099--211503 Score: 2119
Period size: 896 Copynumber: 2.7 Consensus size: 903
209089 AACTTATTTG
* * *** * **
209099 GAAT-AATATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAATTTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAA
1 GAATAAAT-TAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAA
** * * * * * * * * * * **
209162 ATCCGTTTACCGAACCAATTTAAACAGTTATGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTATTA
65 ATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATATAAAATCGTTA
** * * * * * * ** * ** ** *
209227 CGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTATTTCAACTCGTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAA
130 TAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAAATAAAATAAAATAAT
* * * *
209292 AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTT-ATAAG-TAAAAGATTTAGAAAA-TAATTTTATTTACC
195 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAGTTAAAA-ATTTA-AAAATTAAATCTGTTTACC
* * * ** * * * * * * * **
209354 -AAACTAGTTCAAATTATTATAACTATTTGAACAATTGTTTATTCCAAAT-CTTCATTATTTTTT
257 GAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTT-ATGACATTTT
* * * * * ** ** **
209417 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATGTAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAATTTA
320 GTTTGGTCATAGAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * *
209481 TTAATACTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAATGTAAATCTGTTTAC-AAA-TCA-TTTC
385 TTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATATACTAAACT-AGTTT-
* * * * * * ** *
209543 AAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTA-TTTTATCATC
447 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACC-TTTAGTTCTATCA-C
** ** ** ** * ** *
209607 -AAACAACTGGTTCTGCTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATA-ATAATTTAATAATATTC
510 AAAACAACTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACA-AATCAAACAATATTC
* * * * * * ** * ** * *
209670 CAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACCAGTTTAAATAGCTTAA
574 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAAATTAAATAGATAAA
* * ** * * * * * *
209735 ACTA-TATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTAT-CAC-TTTTTTTCGT-ACAACA-ATTT-TT
639 ACTATTA-GAATAATTACCTATTTCCAATTGTTCTGAACATTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTT
* * ** * * * *
209794 T-GTA-C-TAC--CTTTATTCTGATTAAAATAATACTAA-GTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
703 TCATATCTTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-CCAATTTTATTAACATTTCAAAAATTAATA
* * *
209853 AGTAAGAGATTTAAAAAAAATTGATTAACCAAATCAATTCAAATGGTTAAAACTATTAAAACAAT
767 AGCAAAAGATTTAAAAAAAATTGATTAACCAAATCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAAAACAAT
* * * * *
209918 TATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
832 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC
*
209983 CTATTAA
897 CTATCAA
* *
209990 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAA
1 GAATAAATTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * * *
210055 TTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTAT
66 TTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATATAAAATCGTTAT
* * * * * ** *
210120 AACCTTTTGATTTGTTATAAGACAATTGTTTCAGTTAATACACGCTTAAATGGAATAAAGTAATA
131 AACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAAATAAAATAAAATAATA
* * *
210185 CTAATTTATTAATATTTCCTAAA-TTAATAA-TTAAAAAATTTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCG
196 CTAATTTATTAATATTT-CAAAATTTAATAAGTT-AAAAA-TTTAAAAATTAAATCTGTTTACCG
* * *
210247 AATCAGTTAAAATAATTAT-GCCTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATTA-TTGTGACATTTTG
258 AATCAGTTAAAATAATTATGGCC-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACATTTTG
* * *
210310 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTGGTCATACAAACTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTAT
321 TTTGGTCATAGAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
210375 TAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TCAGTTTAAA
386 TAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATATACTAAACT-AGTTTAAA
* * * * * *
210436 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCA-A-TCTCAAATCGTTA-CATCTTT-GTTTTGTCATAAA
450 TAATTATGACTATTTGAACAATTAT-ATACT-TCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCACAAA
* * ** ***
210497 AGAACTATTT-TTTATCATAAAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACAAATTTGACAATATT-TC
513 ACAACTATTTCTAT-TCATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACAAATCAAACAATATTCT-
*
210559 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAAATTAAATAGATAAAA
575 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAAATTAAATAGATAAAA
210624 CTATTAGAATAATTACCTATTTCCAATTGTTCTGAACATTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
640 CTATTAGAATAATTACCTATTTCCAATTGTTCTGAACATTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
210689 ATATCTTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATCCAATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG
705 ATATCTTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATCCAATTTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAG
* ** **
210753 CAAAAGATTTGAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
769 CAAAAGATTT--AAAAA-AAAT-TGATTAACCAAATCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAAAAC
* * *
210816 AATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA
829 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCTTTAG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA
*
210880 AAGCTTATCCAA
893 AAGCCTAT-CAA
* * ** * *
210892 -AAT-AATATAATATTAATTT-CTAATATT-TTAAAATTACTAAGCAAGA-A-TTAAAAAAATAA
1 GAATAAAT-TAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAA
* *
210951 ATTTGTTTACTAAACAAATTC-AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGTCTATATAAAATCGTTA
65 ATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATATAAAATCGTTA
* * * * * *
211015 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTTATAAAAG-TTTATTCAAAATAAAATAA
130 TAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAAAT-AAAATAAAATAA
* *** *
211079 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGTGATTTAAAAATTGAATCTGTTTACCGA
194 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTTAAAAATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGA
* * * *
211144 ATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATAGTTATTACCTTTTGTTT
259 ATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTT
* ** * *
211209 GGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAA
324 GGTCATAGAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
211274 TCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATATACTAAACTAGTTTAAATAA
389 TATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATATACTAAACTAGTTTAAATAA
* *
211339 TTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCACAAAACAAT
453 TTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCACAAAACAAC
* ** *
211404 TATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATCAAATAATATTCTAAAAATTA
518 TATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATCAAACAATATTCTAAAAATTA
*
211469 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC
583 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
211504 AAACTAGCTC
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 225, Indels: 111
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
887 2 0.00
888 130 0.11
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (903 bp):
GAATAAATTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAA
TTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATATAAAATCGTTAT
AACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAAATAAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTTAAAAATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAAT
CAGTTAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTGG
TCATAGAACAATTGTTTTTGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATATACTAAACTAGTTTAAATAATTA
TGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTAGTTCTATCACAAAACAACTAT
TTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATCAAACAATATTCTAAAAATTAATA
ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAAATTAAATAGATAAAACTATTAGAATA
ATTACCTATTTCCAATTGTTCTGAACATTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAA
GTTTATTCAAAATAAAATAATCCAATTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAA
AAAAAATTGATTAACCAAATCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAAT
CATTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCCTATCAA
Found at i:211244 original size:540 final size:533
Alignment explanation
Indices: 208826--212073 Score: 1663
Period size: 540 Copynumber: 6.1 Consensus size: 533
208816 AATCAGTTCA
* * * * * * * *
208826 AATAATTATGGCTATTTGGACAACTATCGATTTCAAATCATTATTTCCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTA--TACTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * ** *
208891 ACGATTGTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTGCTAATATTTTA
64 AC-AAT-TTTTT-AATTCATAAAAGTTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
208954 AGAATTAATAAG---G-GATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
125 AAAATT-ATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCGAACCAATTTAAATA-ATATGAC
* * * * *** * * *
209015 TATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTGTTCTA-TCACAAAATAATTATTTT
187 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCATTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTT
* ** *** * * * * ** *
209079 TGTTCATACAAACTTATTTGGAATAATATAATACTAATTTAGTAAT-ATTTTGAAATTTAATAA-
251 TGATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAG
* ** * * * * * * *
209142 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAACCAA-TTTAAACAGTTATGACTATATGAATA
315 C-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATATACC-AAACAAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * ** * *
209206 ATTATTTATTTCAAATTATTACGACCTTTTGTTTT-ATCAAAAAATAATTATTTCAACTCGTACA
378 ATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
*** * * * * *
209270 AGCTTATTTGGAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTA
443 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGA-ATTTA
* * * * * *
209335 GAAAATAATTTTATTTACCAAACTAGTTC
505 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTC
** * * * *
209364 AAATTA-TTATAACTATTTGAACAATTGTTTAT-TCCAAATC-TTCATTATTTTTTGTTTTGTCA
1 -AA-TAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATAT-AAAATCGTT-A-TA-CTTTTGTTTTGTCA
* ** * ** * *
209426 TAAAATAATTGTTTTTGTTAATGTAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATACTT
60 TAAAACAATT-TTTTAATTCATAAAAGTTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** * * * *
209490 AAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAATGTAAATCTGTTTA-CAAATC-ATTTCAAATAGTTTT
123 CAAAAATT-ATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCGAACCAATTT-AAATA-ATAT
* * * * * * * * *
209553 GGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTA-TCATCAAACAACTGG
184 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCATTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGT
* * * * *** *** * *
209617 TTCTGCTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAAT-ATTCCAAAACTTAAT
248 TTTTGATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCATT-CAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
209681 AACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTA-ATTGCCTAACCAGTTTAAATAGCTTA-AACTATATG
312 AAGCAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATA-TACCAAACAAGTTAAAATA-ATTATGACTATTTG
** * * ** * * * * *
209743 AATGATTATCTATTTGAAATTGTTATCA-C--TT-TTTT--TCGTACAACAATT-TTT-TGTAC-
374 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* ** * * * *
209799 T---ACCTTTATTCTGATTAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
439 TAAAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGA-
* *
209861 ATTT-AAAAA-AAA-TTGATTAACCAAATC-AATTC
500 ATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACTAAA-CAAATTC
* *** ** * * * *
209893 AAATGGTTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTT-TCTTTAGTCATA
1 -AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTAT-ACTTTTGT-TTT-GTCATA
* * ** * *
209957 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATTAAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCA
62 AAACAATT-TTTTAATTCATAAAAGTTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
** * * * * *
210021 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATT
124 AAAAATT-ATAAGTTAGAGATTTAA-AAAAT-AATCTGTTTACCGAACCAATTTAAATA-ATATG
* * * * * * * *
210086 ACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTT-GTTATAAGACAATTGTT
185 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCATTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * ** * * * **
210150 TCAGTTAATACACGCTTAAAT-GGAATAAAGTAATACTAATTTATTAAT-ATTTCCTAAATTAAT
249 TTTGATCATACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAAT
** * * * * * * * *
210213 AATTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAATC-AGTTAAAATAATTATGCCTATTTGAA
312 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATATA-CCAAACAAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * * ** *
210277 CGATTATCTATTTCAAATTATTGTGACATTTTGTTTTG-TCATAGAACAATTGTTTTTGGTCATA
376 CAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* *
210341 CAAA-CTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-ATT
441 -AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAATT
* ** *
210402 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAGTTTA
503 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAATTC
* * * * * *
210434 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTACA-TCTTTGTTTTGTCATAAAA
1 AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTATACT-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** * *
210498 GAACTATTTTTTA-TCATAAAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACAAATTTGA-CAATATTTCAA
65 CAA-T-TTTTTAATTCATAAAAGTTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAA
* * * * **
210561 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAAATTAAATAGATAAAACT
126 AAATT-ATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCGAACCAATTTAAATA-ATATGACT
* * * * * * * * * * *
210626 ATTAGAATAATTACCTATTTCCAATTGTTCTGAACATTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT
188 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TT
*
210691 -ATCTTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-CCAATTTTATTAA-CATTCAAAAAATTAATAAG
252 GATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCCAA-TTTATTAATCATTC-AAAAATTAATAAG
* * *
210753 CAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
315 CAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATATACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* *
210818 TTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAA
379 TTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAA
* * * * * *
210882 GCTTATCCAAAATAATATAATATTAATTTCTAATATTTTAAAATTACTAAGCAAGAATTAAAAAA
444 GCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAA
210947 ATAAATTTGTTTACTAAACAAATTC
509 ATAAATTTGTTTACTAAACAAATTC
*
210972 AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGTCTATATAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTAT-A-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
211037 ACAATTGTTTTAATTTATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
64 ACAATT-TTTTAATTCATAAAAGTTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
211102 ATTTGATAAGTTAGTGATTTAAAAATTGAATCTGTTTACCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCA
127 AATT-ATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCGAACCAATTTAAATAA-TATGACTA
* * * * *
211167 TTTCAACAATTATCTATTTTAAATAGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA
189 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGA
* * * * *
211232 TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
254 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCATTCAAAAATTAATAAGCAAA
* * * *
211297 AGATTTAAAAAATAAATCTATATACTAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTA
319 AGATTTAAAAAATAAATCTATATACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATA
* * * * * * *
211362 TACTTCAAATCATTATAACCTTTAGTTCT-ATCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT
384 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTT
** **
211425 ATTTGAAATAAAATAATATTAATCAAATAATATTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAA
448 ATTCAAAATAAAATAATATTAAT-TTATAATATT-TAAAAATTAATAAGC-AAGA-ATTTAAAAA
* * * **
211489 ATAAATTTGTTTGCCAAACTAGCTC
509 ATAAATTTGTTTACTAAACAAATTC
* * * * * *
211514 AAATAGTTATAAG-TGTATGAACAATTATCTATTTTAAATC---AT--TTTTGTTTTATCATAAA
1 -AATAGTTAT-GGCTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTATACTTTTGTTTTGTCATAAA
* **
211573 ACAATTTTTTCAATTCACATTAGCTTT-TTAGAATAAAATAA-ACTGAATTTATTAATATTTCAA
64 ACAATTTTTT-AATTCATAAAAG-TTTATTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
211636 AAATTATTA-TCTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTT-ACTAACTCTGAT
126 AAATTATAAGT-T-AGAGATTTAAAAAATAA-TCTGTTTACCGAACCAATTTAAATAA-TATGAC
* * *
211699 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGT-CCCTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
187 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-TACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * *** * * * * * *
211763 TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAAT-AAATGATACTAATCTATTGAT-ATTTAAAAAATTAATAAG
251 TGATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAG
* * ** ** * * * * *
211826 ----AGATTTAAAAAAGAAATCTATTTATTAAACTGGTT-AAAGAGTTATGGCTACTT-AAGAAA
315 CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATATACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAA-CAA
* * * * * ** * **
211885 TTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTCT-CTTATAAAACAATAATTTCTGTTCATGTA
379 TTATATATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
* *** * * * * * *
211948 AGCGTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGTAAAAAATTTT
443 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATA-TTTAAAAATTAATAAG-CAAGAATTTA
* ** *
212013 AAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGA-TC
505 AAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AAATTC
* * *
212042 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
1 -AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTAT
212074 TTCAGTTCAT
Statistics
Matches: 2145, Mismatches: 449, Indels: 241
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
AATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTATACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTTTTTAATTCATAAAAGTTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTTACCGAACCAATTTAAATAATATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
AGTTTATTCAAAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA
AAAAATAAATCTATATACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATATTAATTTATAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
ACTAAACAAATTC
Found at i:212207 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 211959--212216 Score: 317
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 139
211949 GCGTATTTGG
211959 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
* * * * * *
212024 TGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAGTTCATACAAG
66 TGTTTACCGAACTAGATAAAATAATCATGACCATGTCAACAATTATCTATTTCAGTTCATACAAG
212089 CTTATTCAA
131 CTTATTCAA
* *** *
212098 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTGAA-ATTTAATAAGTAAGTGA-TTTAAAAAGTGAA
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTT-AAGAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAA
* * * *
212161 TTTGTTTACTGAA-TCA-ATTAAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCA
64 TATGTTTACCGAACT-AGA-TAAAATAATCATGACCATGTCAACAATTATCTATTTCA
212217 AATCGTTATT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 15, Indels: 8
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
138 10 0.10
139 88 0.88
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ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (139 bp):
AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
TGTTTACCGAACTAGATAAAATAATCATGACCATGTCAACAATTATCTATTTCAGTTCATACAAG
CTTATTCAA
Found at i:212884 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 212349--212897 Score: 688
Period size: 294 Copynumber: 1.9 Consensus size: 294
212339 TTACCAAACT
* * *
212349 AATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AATTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTAT
** ** *
212414 CATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATCT
66 CATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATAT
* * * * * * *
212479 TCCAAAAATTAATAATTAGGAGAATTAAAATATAAATTTGATTGCCGAACCAGTTCAAATATTTA
131 TCCAAAAATTAATAAGTAGAAGAATTAAAAAATAAATCTGATTACCGAACCAGTTCAAACAATTA
* * * *
212544 AAACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAGCTTT
196 AAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTATGTCATAAAATAGCTTT
212609 TGTTGAATTAAAACATAAATCAATTTACCGAATC
261 TGTTGAATTAAAACATAAATCAATTTACCGAATC
* * ** * * *
212643 AATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACC-TTTGTTTTG
1 AATTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTCTA
* * *
212707 TCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAAT
* * * ** *
212771 ATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAACAAT
129 ATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAGAATTAAAAAATAAATCTGATTACCGAACCAGTTCAAACAAT
*** * * * *
212836 TCTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAATA
194 TAAAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTATGTCATAAAATA
212898 ATTATTTCTG
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 42, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
294 205 0.97
295 6 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (294 bp):
AATTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTAT
CATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATAT
TCCAAAAATTAATAAGTAGAAGAATTAAAAAATAAATCTGATTACCGAACCAGTTCAAACAATTA
AAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTATGTCATAAAATAGCTTT
TGTTGAATTAAAACATAAATCAATTTACCGAATC
Found at i:212963 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 212645--213846 Score: 1054
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 181
212635 ACCGAATCAA
* * * *
212645 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACC-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
212709 ATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATAT
* ***
212773 TTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAG
129 TTTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * * * * * *
212826 TTCAAACAATTCTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
212891 TAAAATAATTATTTCTGTTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTC
66 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTT
* * * **
212955 TAAAAATTAATAACTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTAG
131 TAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
** * * ** * * * **
213006 TTCAAATAGCTAAGGCTATAAGAACAATTCTTTA-TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTTG
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
213070 TAAAATAATT-TATT-TAGTTCTTACTAA-CTTATGT-AAAATAAAATACA-A-AAATTTATTAA
66 TAAAACAATTAT-TTCTA-TTCATAC-AAGCTTAT-TCAAAATAAAATA-ATACTAATGTATTAA
* * * * * *
213129 TATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAA-ATTTAAAAAAATAATTATGTTTGCCAAACCAG
126 TATTTTAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * *
213186 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
213251 TAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-GATATTAATATT
66 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATG-TATTAATATT
* * * * *
213315 TTGAAAATTAAT-A--AG-ATATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAA
130 TTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * * * ** *
213363 TTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGAGTTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
213427 ATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATAT
* * * * * * * *
213491 TTTGATAATTAATAGGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACTAG
129 TTTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * * *
213543 ATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTATTGTTTTGTC
1 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** *
213607 ATAAAA-AAGTTATTTCAATTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAAGAATACT-ATGTTATTAATA
65 ATAAAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATG-TATTAATA
* * * * *
213670 TTTTGAAAATTAATAATTA-AGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAA
128 TTTTAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
* * ** ** * * *
213723 TTTAAATAATTATTACTATTCAAACAATTAT-TGATTTGTAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * *
213787 ATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAA-AAAATAATACAAATTTATTAA
65 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAA
213847 AATTAAGACA
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 159, Indels: 80
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 139 0.17
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180 409 0.50
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182 24 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTT
TAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
Found at i:213222 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 213190--213222 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
213180 AACCAGTTCA
213190 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
213208 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
213223 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:221069 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 220439--221580 Score: 1080
Period size: 361 Copynumber: 3.2 Consensus size: 358
220429 AACAACAATT
* * * * * * *
220439 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAACTTGTTGTGACTATTTG
1 AATAAATAAAATATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
220504 AACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA-CTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTATTTCTATC
65 AATAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGATC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * *
220567 CATACAAGCTTATTAGC-ATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA
128 CATACAAGCTTATT-TCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
220631 AGATTTAAAAA-AGATATATTTACCGAATAAGTTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCT
191 A-ATTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT
* * *** *
220695 ACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTTCAGTTCACGTAAGCTTATT
255 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCAAAAAACCTTATT
*
220760 -TGAATTAAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAAAATC
320 CAGAA-TAAAATAATAATAATTTATTAACATGCC-AAAATC
* *
220800 AA-AGAGTAAGAGA-ATTAAAAAAAT-AATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAT
1 AATA-AATAA-A-ATATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * **
220862 CTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTAT-ATCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
62 TTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* * *
220926 TCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCAAAAAATTAATAAGTAAA
127 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAA
* *** * * *
220991 AATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAGCATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
191 AA-TTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT
** * *
221056 ATTTCAAATCATTATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTGTTCAAAAAACCTTAT
255 ATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCAAAAAACCTTAT
* * ** *
221120 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATT
319 TCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAAATC
** * ***** * *
221160 AATAAATAAAATATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGTGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTA
1 AATAAATAAAATATTAAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
221225 AATAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTTA
65 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * * *
221289 TACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATCAGTAAGTTGAAA
130 TACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAAA
* * * * * * * *
221353 ATTTAAATAATTAATTTGTTTACCAAACAAGTTCTAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTA
192 ATTTAAA-AATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
221418 TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATATTCATACAAAA--TTA
256 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCA-GTTCA-A-AAAACCTTA
* ***
221480 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ACTAT-TTTAAA--
318 TTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAC-ATGCCAAAATC
* * * * * * * *
221518 AATTAACAAGAGATTTAAAAATTAAATCTCTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 AATAAATAAAATATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
221581 GAAATATTAA
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 116, Indels: 53
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
358 49 0.08
359 18 0.03
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363 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AATAAATAAAATATTAAAAAAATAAATCTATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
AAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCAAAAAACCTTATTCAGAAT
AAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAAATC
Found at i:221084 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 220435--221580 Score: 1025
Period size: 180 Copynumber: 6.4 Consensus size: 178
220425 GGCTAACAAC
* * * * *
220435 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAACTTGTTGTGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
220500 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTATTTCT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
* * * * *
220564 ATCCATACAAGCTTATTAGC-ATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAC
128 ATTCATACAAGCTTATT-TCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAA
* * * * * *
220617 AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAA-AGATATATTTACCGAATAAGTTCAAATTGTCATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
220680 TTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTTC-AG
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-
*** * * * *
220744 TTCACGTAAGCTTATTTGAATTAAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAA
129 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATAT-TCAAA
* * * * * *
220796 AATCAA-AGAGTAAGAGA-ATTAAAAAAATAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
1 AATTAATA-AGTAAAAGATTTTAAAAATA-AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * **
220859 TATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTAT-ATCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTC
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* *
220923 TATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCAAAA
127 TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTC-AAA
**** * *
220977 AATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAGCATGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *
221041 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTGT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* * *
221106 TCAAAAAACCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
130 TCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAA
* * * ****** *
221156 AATTAATAAATAAAATATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGTGTGAGTTCAAATAATTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
221221 TTTAAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTAT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* * * *
221286 TTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAA
130 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTC-AAA
* * * * * * * * *
221337 AATCAGTAAGTTGAAA-A-TTTAAATAATTAATTTGTTTACCAAACAAGTTCTAATAGTCATGTC
1 AATTAATAAG-TAAAAGATTTTAAA-AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
221400 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
** * *
221465 ATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAAA
128 ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAA
* * *
221518 AATTAACAAG----AGA-TTTAAAAATTAAATCTCTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
221578 ATT
65 ATT
221581 GAAATATTAA
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 141, Indels: 73
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 40 0.05
178 3 0.00
179 108 0.14
180 317 0.40
181 293 0.37
182 25 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCAAA
Found at i:221442 original size:541 final size:541
Alignment explanation
Indices: 220435--221580 Score: 1295
Period size: 541 Copynumber: 2.1 Consensus size: 541
220425 GGCTAACAAC
* * *
220435 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAACTTGTTGTGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
220500 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTATTTCTA
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACTTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * * * * *
220565 TCCATACAAGCTTATTAGCATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
131 TCCAAAAAACCTTATTAGCAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAA
* ** *
220630 AAGATTTAAAAAAGATATATTTACCGAATAAGTTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCT
196 AAGATTTAAAAAAAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTATCT
* *
220695 ACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTTCAGTTCACGTAAGCTTATT
261 ACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAAAAATTATTTCAGTTCACG-AAGCTTATT
* *
220760 TGAATTAAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAAAATCAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAAATA
325 TGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAAAATCAAAGAGTAAGAAAATTAAAAAAATA
* * *
220825 ATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTA
390 ATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGACCATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTA
* * * **
220890 TATCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
455 TATCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAA
220954 TA-TAAATTTATTAATGTTCAAAA
519 TACT-AATTTATTAATGTTCAAAA
* * **** * *
220977 AATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAGCATGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
*
221041 TTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-TATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCT
66 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACTTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
* * *
221104 GTTCAAAAAACCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAAT
130 ATCCAAAAAACCTTATT-AGCAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAAT
* * * * ** * *
221167 AAAATATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGTGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATT
194 AAAAGA-TTTAAAAA-AAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATT
* * * * * * *
221232 ATTTATTTTAAATCATTATGATCC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTTATAC-AAG
257 ATCTACTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTATAATAAAAAAATTATTTC-AGTT-CACGAAG
* ** * * * * *
221295 TTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATCAGTA-AGT-TGAAAATTTA
319 CTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAAAATCA-AAGAGTAAGAAAA-TTA
* * * * * *
221358 AATAATTAATTTGTTTACCAAACAAGTTCT-AATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTT
382 AAAAAATAATCTATTTACCAAACAAGTT-TAAATAGTCATGACCATCTGAA-TAATTATCTATTT
* * *
221421 CAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAAAATTATTCAG
445 CAAAACATTAT-ATCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATATTCATACAAAATTATTCAG
* * **
221485 AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAAA
509 AATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTCAAAA
* * *
221518 AATTAACAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTC-TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-CATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
221578 ATT
65 ATT
221581 GAAATATTAA
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 88, Indels: 36
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
537 1 0.00
538 40 0.08
539 15 0.03
540 85 0.17
541 332 0.66
542 25 0.05
543 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACTTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
TCCAAAAAACCTTATTAGCAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAA
AAGATTTAAAAAAAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTATCT
ACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAAAAATTATTTCAGTTCACGAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATGCCAAAAATCAAAGAGTAAGAAAATTAAAAAAATAA
TCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGACCATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTAT
ATCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATGTTCAAAA
Found at i:221800 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 221583--222396 Score: 805
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 181
221573 TGACTATTGA
* * *
221583 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
221647 TGACAAAACAAAATGTCATAACAATCTGAAATAGAA-AA-TAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTA
*
221710 AACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-TTCAATAATTTTTAG
128 AACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAG
* * ** *
221764 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATGCAATTGGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-ATTTT
* * * *
221828 -TGATGAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTA
64 ATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTA
* * * * * *
221891 AACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAACATCT-TTACTTATTAATTTTCAA
128 AACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
221944 AATATTAATAAATTAATAGTATTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * *
222008 GATAAAATAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAAAATTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAAC
* * * * *
222073 TTGTTCGATAAATGGATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--
131 TTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAG
* ** * * * *
222124 AATATAAATAAATTTCTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTG
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * *
222188 TGACAAAACGAAAGGTTATAGA-AATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATA-ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAA
* * * * *
222252 ATTTG-TTCACTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATGTTTGG
129 ACTTGTTTGA-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
222305 AATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATT-TTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* *
222369 GATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
222397 TCTAGTTTGA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 95, Indels: 47
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.02
179 95 0.18
180 118 0.23
181 278 0.54
182 16 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAAC
TTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
Found at i:222768 original size:672 final size:672
Alignment explanation
Indices: 221836--223068 Score: 1594
Period size: 672 Copynumber: 1.8 Consensus size: 672
221826 TTTGATGAAA
* *
221836 AAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGTTTG
1 AAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTG
* *
221901 GTAAACATATTTATTTTTAACATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAGTAT
66 ATAAACAGATTTATTTTTAACATCTTTA-TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAGTAT
* * * *
221966 TTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAACAA
130 TTAATCTGAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * * *
222031 GTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAAAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATGGATTTATTT
195 GTTGAAATAAATAATGGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTGGTTAGATAAATAGAATTATTT
* *
222096 TTTCAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATAAATAAATTTC-TATTATTTTATTCAAAATA
260 TTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATAAATAAA-TTCATATTATTTTATTCAAAATA
* * * * *
222159 AGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTGTGACAAAACGAAAGGTTATAGA-AATTTCAAATAAA
322 AGCTAGTATGAAT-GAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACAATTTCAAACAAA
* * * * * *
222223 TAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTAAATTTGTTC-ACTAAATAGATTCATTTTTTAAATCT
385 TAATTATTCAAATAATCT-TAACTATTTAAACTAGTTCGAC-AAACAAATTCATTTTTTAAATCT
*
222286 CTTAATTATTAATGTTTGGAATATTAATA-ACTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TAT
448 CTTAATTATCAATGTTTGGAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTAT
* * * *
222349 GAATAGAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGATCTAGTTTGATAAACA
511 GAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGATCTAGTTTGATAAACA
222413 TATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAGTAAATCAGTATTATTTTAAC
576 TATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAGTAAATCAGTATTATTTTAAC
222478 CCGAATAAGCTTGCATGAACATATAACAAAAC
641 CCGAATAAGCTTGCATGAACATATAACAAAAC
* * * * * *
222510 AAAAA-GTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTG
1 AAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTG
** *
222574 ATAAACAGATTTATTTTTTAA-ATC-TT-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAGATTAATATTA
66 ATAAACAGATTTA-TTTTTAACATCTTTATTATTAATTTTCAAAATATTAATAA-ATTAATAGTA
* * *
222636 TTTTATTCTGAACAAACTTTTATGATA-AAAAAC-ATTCATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATA
129 -TTTAATCTGAACAAACTTGTATGA-ACAAAAACAATT-ATTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATA
* * * * *
222699 ACGATTTGAAATAGATAATGGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATT
191 ACAAGTTGAAATAAATAATGGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTGGTTAGATAAATAGAATT
* * **
222764 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGAA
256 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATAAATAAATTCATATTATTTTATTCAAAA
* * * * * *
222829 TAAGCTAGTATGAATTAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAACAGA
320 TAAGCTAGTATGAATGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAACAAA
* * *
222894 TAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
385 TAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCT
* * * ***
222959 TAGTTATCAATTTTTGGAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAC
450 TAATTATCAATGTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAC
* *
223024 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGA
515 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
223069 AGTTTACAAC
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 70, Indels: 30
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
670 28 0.06
671 166 0.35
672 203 0.43
673 66 0.14
674 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (672 bp):
AAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTG
ATAAACAGATTTATTTTTAACATCTTTATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAGTATT
TAATCTGAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAAG
TTGAAATAAATAATGGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTGGTTAGATAAATAGAATTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATAAATAAATTCATATTATTTTATTCAAAATAAGCT
AGTATGAATGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAACAAATAATTA
TTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
TCAATGTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAAT
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATTTT
TTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAGTAAATCAGTATTATTTTAACCCGAATAAGC
TTGCATGAACATATAACAAAAC
Found at i:223138 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 222503--223621 Score: 968
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 178
222493 TGAACATATA
* * * * * *
222503 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** *
222568 GGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAGATTA
66 -GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTA
* * * * ** *
222630 ATATTATTTTATTCTGAACAAACTTTTATGATA-AAAAACATTCATTTTATG
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGA-ACAAAAAAATT-ATTTTATG
* * ** *
222681 AAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATGGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
222746 GGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
66 -GTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * **
222810 CA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAATTATTTTATG
128 -AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAAAATTATTTTATG
* * * * * * * *
222861 ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
222926 AGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTACTAGATTA
66 -GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*
222991 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATG
* * * ** * * * * *
223042 ACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACAACTATTTAAACAATCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
223107 AGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAGATTG
66 -GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * *
223172 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATG
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATG
** * * * * * *
223223 ATC-AAACAAAAGGGAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTCAAC
1 A-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** *
223287 TGATTCAACAAACAGATTCACATTTTAAATCAC---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
65 TG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * *
223349 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAA-CAAAAAAATTATTTTATG
* * * * * * *
223400 ATAAAACAAAGGGTTATAATGATTTGCAATAGATAATTATTTATAA-AGTCTTAACTGTTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * ** *
223464 TGCTTTAGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCGT-TTAGTTATTCATTTTAAAAATATTATTAAAT
65 TG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * ** *
223528 TAGTATTGTTTTATTTTGAAAAAGCTTA-TATGAACTAAAGTAATTATTTTATA
127 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGTATGAAC-AAAAAAATTATTTTATG
*** * * * * *
223581 ATGGAACAAAAGATTAAAACGATTTAAAATAGATAATTATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
223622 TAAAAAAGAG
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 150, Indels: 41
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
177 138 0.18
178 83 0.11
179 1 0.00
180 154 0.20
181 366 0.48
182 27 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAAAATTATTTTATG
Found at i:223591 original size:358 final size:354
Alignment explanation
Indices: 222589--223621 Score: 1020
Period size: 358 Copynumber: 2.9 Consensus size: 354
222579 CAGATTTATT
* * * * * *
222589 TTTTAAATCTTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAGATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACT
1 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * *
222654 TTTATG-ATAAAAAACATTCATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
65 TGTATGAATAAAAAA-ATT-GTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATAGATAAT
** * * * * * *
222718 GGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
127 TATTTAAACAGTCATAACTATTTGAACTGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *
222783 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGC-TAGTATGAATTA
191 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAACTA
* * * * * * *
222846 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAATC
254 AAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAACC
* * * **
222911 TTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTTATT
319 ATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACAAATTCACA
* * *
222947 TTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * ** *
223012 GCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACA
62 GCTTGTATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA-TAGATA
* * * *
223077 ACTATTTAAACAATCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
125 ATTATTTAAACAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** *
223142 TTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAGATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATGTTCA
189 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-ATATGAACT
* * * * * * **
223206 AAAACAATTGTTATATGATCAAACAAAAGGGAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGG
253 AAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAA
* * *
223271 CCATAATTATTTCAACT-GATTCAACAAACAGATTCACA
317 CCATAACTATTTAAACTAG-TTCAACAAACAAATTCACA
*
223309 TTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
223374 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTTATAATGATTTGCAATAGATAATTA
66 GTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATAGATAATTA
* * * *
223439 TTTATAA-AGTCTTAACTGTTTGAACTGCTTTAGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCGT-TTAGT
129 TTTA-AACAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACT
* ** * * *
223502 TATTCATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAAAAAGCTTATATGAACTAAA
191 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAA
* * ** * *
223567 GTAATTATTTTATAATGGAACAAAAGATTAA-AACGATTTAAAATAGATAATTATT
256 -AAATTATTTTATGATAAAACAAAAG-GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
223622 TAAAAAAGAG
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 109, Indels: 42
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.00
358 247 0.45
359 11 0.02
360 4 0.01
361 164 0.30
362 115 0.21
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
GTATGAATAAAAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAATAGATAATTATT
TAAACAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAAATT
ATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAACCATAACTA
TTTAAACTAGTTCAACAAACAAATTCACA
Found at i:223591 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 222499--223581 Score: 1238
Period size: 539 Copynumber: 2.0 Consensus size: 537
222489 TGCATGAACA
* ** * * * * ** * *
222499 TATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTG
1 TATAACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACAACTATTTAAACAATCATAACTATTTG
* ** * *
222564 AACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAGATT
66 AACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAGATT
** *
222629 AATATTATTTTATTCTGAACAAACTTTTATGATAAAAAACATTCATTTTATGAAAAAACAAAAGG
131 AATATTATTTTATTCTGAACAAACTTGAATGATAAAAAACATTCATTATATGAAAAAACAAAAGG
** * * * * ** *
222694 TCATAACGATTTGAAATAGATAATGGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATA
196 GAATAACGATTTGAAATAGATAATGATTCAAATAGCCATAATTATTTCAACTGATTAGACAAACA
** *
222759 GAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATT
261 GAATTACATTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATT
*
222824 CTGAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAA
324 CTGAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * *
222889 ACAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAA
389 ACAGATAATTATTCATATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTAGACAAACAAATTTATGTTTTAAA
*** * *
222954 TCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTA
454 TCTCTTAGTTATCAATTTTAAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTAGTA
*
223019 TGAACAAAAATAATTGTTT
519 TGAACAAAAATAATTATTT
*
223038 TATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACAACTATTTAAACAATCATAACTATTTG
1 TATAACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACAACTATTTAAACAATCATAACTATTTG
223103 AACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT-A
66 AACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-TTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAA
** * * * * * * **
223167 GATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATT-GTTATATGATCAAACA
127 GATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTGAATGATAAAAAAC-ATTCATTATATGAAAAAACA
* * * * *
223231 AAAGGGAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTCAACTGATTCA-A
191 AAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAATGATTCAAATAGCCATAATTATTTCAACTGATT-AGA
223295 CAAACAG-ATTCACATTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
255 CAAACAGAATT-ACATTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTAT
* * * * * * * *
223356 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTTATAATG
318 TTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATT-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
223421 ATTTGCAATAGATAATTATTTATA-AAGTCTTAACTGTTTGAACT-GCTTTAG-TAAACAGATTT
382 ATTTGAAACAGATAATTATTCATATAA-TCTTAACTATTTAAACTAG--TTAGACAAACAAATTT
* *
223483 ATGTTTTAAATCGT-TTAGTTATTC-ATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTG
444 ATGTTTTAAATC-TCTTAGTTA-TCAATTTTAAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* *
223546 AAAAAGCTTA-TATGAACTAAAGTAATTATTT
507 AAAAAGC-TAGTATGAACAAAAATAATTATTT
223577 TATAA
1 TATAA
223582 TGGAACAAAA
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 77, Indels: 30
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 1 0.00
538 63 0.14
539 235 0.52
540 10 0.02
541 5 0.01
542 112 0.25
543 26 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
TATAACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACAACTATTTAAACAATCATAACTATTTG
AACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAGATT
AATATTATTTTATTCTGAACAAACTTGAATGATAAAAAACATTCATTATATGAAAAAACAAAAGG
GAATAACGATTTGAAATAGATAATGATTCAAATAGCCATAATTATTTCAACTGATTAGACAAACA
GAATTACATTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCT
GAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAC
AGATAATTATTCATATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTAGACAAACAAATTTATGTTTTAAATC
TCTTAGTTATCAATTTTAAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTAGTATG
AACAAAAATAATTATTT
Found at i:224658 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 224637--224669 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
224627 TAATGATTTG
224637 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
224653 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
224670 TGAAAGTGTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:225061 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 223671--225492 Score: 1203
Period size: 180 Copynumber: 10.1 Consensus size: 180
223661 ATTTACTACT
* * * * * * *
223671 TTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAT
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * ** * * *
223735 TTATTTTAAATATATAATTGTTGTAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTT-
65 TGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * *
223799 TTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
223850 TTTTATTTGAAATAAGCATGTATGAACT-GAAA-AATTATTTTAAGA-ATAAACAAAAGGTCAAA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATA
** * * * * * *** *
223912 ACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTTGAAA-AGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACAT
64 ATGA-TTGAAATAGATAATTA--TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * * *** * * * * *
223975 TTATTATTTAAGTCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATTATTAATTTAGCAATG
126 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
224030 TTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAA-TCATAAT
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * * * *
224094 GATTTGAGATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAG
66 GA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT
*
224159 TTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** ** * *
224206 TTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATAGAAGTAATTGTTTTACGACAAATCAAAATA-TCATAA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAA
* * * * * * *
224270 T-ATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACGTGACTATTTAAACTTGTTCGATGAACAAATTT
65 TGA-TTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTT
** * *
224333 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
224386 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAA-TAAAAGATAATAA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA
* * *
224450 TGATTTGAAATA-AAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCCTT-TT-AGTAAATAGATT
65 TGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA--CTTGTTCGGTAAACAGATT
* * ** * *
224512 TATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTC
127 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * **
224566 TTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTACGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATTGTCATA
1 TTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * *
224629 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAAA-GTG-TCAAGAAAACATAT
64 ATGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTC-GGTAAACAGAT
* * * * * *
224692 TTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTAATACTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTG
126 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
** * * * * *
224746 TTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAA-CGAAAACAATTATTTTGTGATAGAAA-AAAAGGTCAT
1 TTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCAT
** * * * * * * *
224808 AATTTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGCCATAACTATTTAAACATGGTT-GGTAAACCGAT
63 AA-TGATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TTGTTCGGTAAACAGAT
* * * *
224872 TCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTTA
126 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
224927 TTTTATTTCAAATGAA-CTTATTTGAACT-GAAACACTTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTTATA
1 TTTTATTTCAAAT-AAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * *
224990 ATGATTCACAATA-ATTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACATATT
64 ATGATTGA-AATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATT
* ** * * *
225054 TATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAA-TTGTCAAAAAATAATAAATTAATATTA
127 TATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
225107 TTTTA-ATCTGAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTAT-AGCAAACCAAAAAGTCATA
1 TTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATA
** * * * * * * * * *
225170 ACAAGTAGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACGATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT
64 ATGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTT
*
225235 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATCTA-TATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * * * * * * * *
225288 TTTGATTCCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTATAG
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * *
225353 TGATTTG-AATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAATTATTTAAACTTG-TCTGGTAAACAAATA
65 TGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-GGTAAACAGATT
* ** * *** * *
225415 CATTTTTTATGTCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTGATAAATTGGTATTA
127 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
225469 TTTTATTTCAAGTAAACTTATATG
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
225493 TGGCAACTGA
Statistics
Matches: 1289, Mismatches: 284, Indels: 138
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 128 0.10
177 11 0.01
178 66 0.05
179 63 0.05
180 606 0.47
181 363 0.28
182 49 0.04
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
GATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:225146 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 223682--225473 Score: 1083
Period size: 361 Copynumber: 5.0 Consensus size: 356
223672 TTTATTTTAG
* * * * * * * *
223682 ATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAAAACAAAA-AGTCATATTTATTTTAAA
1 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTACAACAAAATAAAAGA-TAATAATGATTTAAAA
* ** * **
223745 TATATAATTGTTGTAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTT-TTTTTT-AAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
223808 TTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCATGT
128 CTCTTAC-TA-TAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTAT
* * * * * ** *
223871 ATGAACT-GAAA-AATTATTTTAAGA-ATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA-TA
189 TTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAATGA-TTCAAATAGATAATTA
* * * * * * *** * * *
223932 GTTTGAAA-AGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTATTTAAGTC-TCTTAC
251 --TTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTC-TAC
* * * * * ** * * * *
223995 TTATCAATTTTTATTATATTATTAATTTAGCAATGTTTTACTCCAA
313 TTATTAA-TTTCA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAA
* * * * *** * * * *
224041 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACAACAAAATAAAAGATAATAATGATTTAAAATA
* * * *
224105 GATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** *
224170 CTTA--ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAAT
130 CTTACTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATTTGAAT
** * * *
224233 AGAAGTAATTGTTTTACGACAAATCAAAATA-TCATAAT-ATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAA
195 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGA-TTCAAATAGATAATTA-TTCAAA
* * * * * * *
224295 TAGACGTGACTATTTAAACTTGTTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACT
257 TAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-T
* * *
224360 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAA
321 TTCA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AA
* *
224397 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAAGATAATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACAACAAAATAAAAGATAATAATGATTTAAAATA
* * * *
224462 -AAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCCT-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA--CTGGTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
224525 TTTTACTTACTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTTTA-TTCTGAATAAGCTT-TTA
129 TCTTAC-TA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATT-
* ** *
224588 CGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
190 TGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTCAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * *
224652 CAAATAGTTATAATTATTTGAAA-GTG-TCAAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTA
253 CAAATAGTCATGACTATTT-AAACTTGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTA
* * ** * * * *
224714 ATACTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTGTTTTATTCAAA
316 TTA--ATTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAA
* * *** * * * **
224757 ATAAGCTTGCATGAA-CGAAAACAATTATTTTGTGATAGAAA-AAAAGGTCATAATTTTTTAAAA
1 ATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTACAACA-AAATAAAAGATAATAATGATTTAAAA
* * * ** * *
224820 TAGATAATTGTTTAGATAGCCATAACTATTTAAACATGGTTGGTAAACCGATTCATTTTTTAATT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
224885 CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATGAA-CTTATT
128 CTCTTACT-A-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTATT
* * *
224949 TGAACT-GAAACACTTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTTATAATGATTCACAATA-ATTAATTAT
190 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTCA-AATAGA-TAATTAT
* *
225012 TCAAATTGTCATGACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTAT
252 TCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTAT
* * *
225077 TAATTGTCAAAAAATAATAAATTAATATTATTTTAATCTGA
317 TAATT-TCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAA
* * * * * * **
225118 ATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATAGCAAACCA-AAAAG-TCATAA-CAAGTAGAA
1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACAACAAA--ATAAAAGATAATAATGATTTA-AA
* * * * * * * * *
225180 ATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACGATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
225245 TCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATCTA-TATTATTTGATTCCTAATAAGCTT
127 TCTCTTAC-TA-TAATT-T-TTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * * * * ** * *
225307 GTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTATAGTGATTTGAATAAATAATTG
187 ATTTGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTCAAATAGATAATTA
* * * ** ** *
225372 TTCAAATTA-TCATAATTATTTAAACTTG-TCTGGTAAACAAATACATTTTTTATGTC-TCTTAA
251 TTCAAA-TAGTCATGACTATTTAAACTTGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTC-TAC
* **
225434 TTATTAATTTTCAAAATATTGATAAATTGGTATTATTTTA
313 TTATTAA-TTTC-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
225474 TTTCAAGTAA
Statistics
Matches: 1130, Mismatches: 238, Indels: 127
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 8 0.01
356 230 0.20
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362 94 0.08
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACAACAAAATAAAAGATAATAATGATTTAAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATTTGAATA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTCAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTCAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAA
Found at i:227092 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 226951--227123 Score: 240
Period size: 74 Copynumber: 2.3 Consensus size: 74
226941 TAGAGGATTG
* * * *
226951 ATCCCTTCTTAAAGGGATCGATCGATTGCTCAGACAGAATGTTTCCCAAGTTTGAAAACCCAAAA
1 ATCCCCTCTTAAAGGGATCGATCGATTGCTCAAACAAAATGTTTCCCAAGTTCGAAAACCCAAAA
*
227016 AAGGGATCG
66 AAGGGATCA
* * *
227025 ATCCCCTGTTAAAAGGGATCGATCGATTGCTCAAACAAAATG-TTCCCCAGTTCGAAAACCCAGA
1 ATCCCCTCTT-AAAGGGATCGATCGATTGCTCAAACAAAATGTTTCCCAAGTTCGAAAACCCAAA
227089 AAAGGGATCA
65 AAAGGGATCA
* *
227099 ATCTCCTCTTAAAGGGATCAATCGA
1 ATCCCCTCTTAAAGGGATCGATCGA
227124 GTACGACAAA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 11, Indels: 3
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
73 14 0.16
74 44 0.51
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ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (74 bp):
ATCCCCTCTTAAAGGGATCGATCGATTGCTCAAACAAAATGTTTCCCAAGTTCGAAAACCCAAAA
AAGGGATCA
Found at i:228302 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 227866--228414 Score: 537
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 175
227856 AAAAGGAAAT
** * * * *
227866 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
1 GTCATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAT
* * * * *
227931 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATAATTTTAA
65 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC---TT-ATTGTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * *
227996 TCCGAATAAACTTGTATG-AATATTAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
125 TTCGAATAAGCTTGTATGAAATA-AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
228047 GTCATAACAAGTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGAAATAACGATTTGAACTTATTT-GATAAA
1 GTCATAACAA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAA
* *
228111 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGTCATAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCG
64 TAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG
* *
228176 AAATAAGCTTGGATGAACATAAAAGAATTCTTTTATGACAAAACAAAAG
129 -AATAAGCTTGTATGAA-ATAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
228225 GTTATACCTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGGCATAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAAT
1 GTCATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAT
* * ** * *
228290 AAATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTAGGTTATTAATAAATTAGTATTACTTTA
65 AAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATT--GTCATA--ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
228354 TTTTGAATAAGCTTATATGAATTAAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAG
125 -TTCGAATAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAG
228406 GTCATAACA
1 GTCATAACA
228415 GTTAATTATT
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 51, Indels: 26
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 43 0.14
178 97 0.32
179 8 0.03
180 4 0.01
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182 39 0.13
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
GTCATAACAATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATA
AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAA
TAAGCTTGTATGAAATAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:228471 original size:152 final size:154
Alignment explanation
Indices: 228290--228566 Score: 370
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154
228280 TTTAGTAAAT
**
228290 AAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTT-AGGTTATTAATAAA-TTAGTATTACTTT
1 AAATTCATTTTTTAAATCTC-TTATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTACTTT
* * * *
228353 ATTTTGAATAAGCTTA-TATGAATT-AA-AACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA
63 ATTTCGAAAAAGC-TAGTATGAATTCAACAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
228415 GTTAATTATTTGAACGGTTAGGTAAACA
127 GTTAATTATTTGAACGGTTAGGTAAACA
* *
228443 AAATT-ATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTA
1 AAATTCATTTTTTAAATCT-CTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTACTTTA
*
228506 TTTCGAAAAAGCTAGTATGAATTCAACAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTCGAAAAAGCTAGTATGAATTCAACAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
228567 TAATTTAAAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 9, Indels: 13
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
151 4 0.04
152 61 0.56
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154 31 0.29
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (154 bp):
AAATTCATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTACTTTATT
TCGAAAAAGCTAGTATGAATTCAACAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAGTTA
ATTATTTGAACGGTTAGGTAAACA
Found at i:228774 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 228728--228765 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
228718 TATGACAGAA
*
228728 CAAAAAGTTATAACAATTT
1 CAAATAGTTATAACAATTT
*
228747 CAAATAGTTATAACTATTT
1 CAAATAGTTATAACAATTT
228766 GAACTAGTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
CAAATAGTTATAACAATTT
Found at i:229081 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 228756--229986 Score: 899
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 180
228746 TCAAATAGTT
* * * **
228756 ATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTAAG
1 ATAATTATTTGAACTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* ** * * * ** * * * *
228820 AAAGATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTC-AAATACAATTCTTAT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTTTT
* * * * * *
228884 ATGATGAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCC
129 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGCC
* * * * *
228937 ATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTTTGA
1 ATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTGA
* * * *
229002 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATTATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTTTTA
* * * **
229066 TGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCACATAGTT
130 TGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGCC
* * *
229118 TTAATTGA-TTGAACT-ACTTC-AGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
1 ATAATT-ATTTGAACTGA-TTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
229180 CAGAATATTATTAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATACGAACT-AAAATAATTATT
63 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTT
* * * * *
229244 TTATAATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTG-----T--CC
127 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGCC
* * * * ** **
229291 A-AA-TA--GGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATCTTTTAAATAAC-TACTTACAAATGTTTGA
1 ATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTGA
** * * * *
229351 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-ATGGCATGCATG-A-TAAAAACAATTGTTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA-AGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTTTT
*** * * *
229413 ATGATAAAACAAATTTTCATAATGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCC
129 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGCC
* * *
229466 AT-ATTATTTAAACTGATTCGATAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATATTTG
1 ATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTG
* * * * * * *
229529 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-AGAACAATTATTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTTTT
*** * *
229593 ATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
129 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGCC
* * ** * *
229646 ATAACTATTTGAACTTG-TTTGGCAAATAGATTTATTTTTATAAATTTCTT-GTGTATTAATTTT
1 ATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACT-TATTAATTTT
* * * * * * * * * *
229709 CTAAATGTTACTAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATCTATGAGCTAAAAAAAAAT-TT
63 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTT
* * * *
229773 TTATGACT-AAACAAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
127 TTATGA-TAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGCC
* * ** * * * *
229829 TTAATTATTTGAACTGGTTTAATAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
1 ATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-
* * * * * *
229894 AATATTATTAATTTAGCACTATTTTACTCTT-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTTTT
* *
229957 AT-A-AAAAAATAAAGATCATAACGATTTGAA
129 ATGATAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAA
229987 TTGGTTTAAT
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 181, Indels: 91
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 46 0.06
168 43 0.05
169 32 0.04
170 2 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
175 5 0.01
176 2 0.00
177 1 0.00
178 29 0.04
179 50 0.06
180 88 0.11
181 311 0.38
182 135 0.16
183 75 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAATAATTGTTTTAT
GATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGCC
Found at i:229567 original size:528 final size:527
Alignment explanation
Indices: 228437--229818 Score: 1410
Period size: 528 Copynumber: 2.6 Consensus size: 527
228427 AACGGTTAGG
* * *
228437 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTACTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAATTTTAT
* * * *
228502 TTTATTTCGAAA-AAGCTAGTATGAATTCAACAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 TTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA--CTA-GAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
228566 ATAATTTAAAAAAATAATTGTTCACATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTCA--AAACA-A-TTA
126 ATAATTTAAATAAATAATTGTTCACATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAATAGATTTA
* * ** * *
228627 -TATTTAATTCTC-TAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAAT
191 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** * * * * *
228690 AAACTTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAACAATTTCAAATAG-
256 AAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGA
* * * ** * * ** * *
228754 TTA-T-AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTT
321 TAATTGTACAATAGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATCTTTTAAATAACTTACTTATCAAATT
* * * *
228817 AAGAAAGATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTCTT
386 AAGAAAGATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTCAATAAGCATGAATGATCAAAAACAATTCTT
* * * *
228882 ATATGATGAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTT
451 ATATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTGGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTT
*
228947 GAACTGATTCGA
516 AAACTGATTCGA
* * * *
228959 TAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATA-TTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
** * *
229023 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATTATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAA--ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * *
229087 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCACATAGTTTTAATTGA-TTGAACTACTTCAGCAAATAGATTT
127 TAATTT-AAATAAATAATTGTTCACATAGTTTTAAAT-ATTTGAACTAGTTCAGCAAATAGATTT
*
229151 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGAATTATTTTA-TTCTAA
190 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* *
229215 ATAAGCTTATACGAACTAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATA
254 ATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATA
* *
229280 GATAATTGTCCAAATAGGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATCTTTTAAATAAC-TACTTA-CAA
319 GATAATTGTAC-AATAGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATCTTTTAAATAACTTACTTATCAA
** * ** *
229343 ATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAA-AATGGCATGCATGAT-AAAAACA
383 AT-TAAGAAAGATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTCAATAA--GCATGAATGATCAAAAACA
* * *** * ** *
229405 ATTGTTTTATGATAAAACAAATTTTCATAATGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAT-A
445 ATTCTTATATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTGGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAA
229469 TTATTTAAACTGATTCGA
510 TTATTTAAACTGATTCGA
* * * *
229487 TAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA
1 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
* * *
229551 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAGAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATT
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-A
* * * ** * * **
229616 TATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTAT
127 TAATTTAAATAAATAATTGTTCACATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAATAGATTTAT
* * * *
229681 TTTTATAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTCTA-AATGTTACTAAATTGGTATTATTTTATTTCAA
192 TTTT-TAAATCTCTTAGT-TATTAATTTTC-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * ** * **
229744 ATAAGCATCTATGAGCTAAAA-AAAAATTTTTATGACTA-AACAAAAAGGTTAAAATGATTTGAA
254 ATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTA-TTTTAT-AATAGAAC-AAAAGGTTAAAACAATTTGAA
229807 ATAGATAATTGT
316 ATAGATAATTGT
229819 TCTAATAGTC
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 117, Indels: 62
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
518 3 0.00
520 33 0.05
521 43 0.06
522 75 0.11
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531 34 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (527 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
TTAAATAAATAATTGTTCACATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAATAGATTTATTTTT
TAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
TATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATT
GTACAATAGGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATCTTTTAAATAACTTACTTATCAAATTAAGAA
AGATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTCAATAAGCATGAATGATCAAAAACAATTCTTATATG
ATAAAACAAAAGGTAATAACAATTGGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACT
GATTCGA
Found at i:229628 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 229310--229641 Score: 411
Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
229300 CTGGTTTGAT
* * *
229310 AAATAGATTTATCTTTTAAATAACTACTTACAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAATAGATTTATCTTTTAAATAACTACTTACAAATATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTT
* * ***
229375 TATTCCAAAATGGCATGCATGATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATTTTCATAATGATT
66 TATTCCAAAATAGCATGCATGATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
229440 GGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATATTATTTAAACTGATTCGATA
131 GGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATATTATTTAAACTGATTCGATA
* **
229489 AAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATC-AATATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 AAATAGATTTATCTTTTAAATAACT-ACTTA-CAAATATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
* * ** * *
229552 TTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGA-ACTAGAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAT
64 TTTATTCCAAAAT-AGCATGCATGATA--AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* **
229615 TTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
126 TGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAAT
229642 AGTCATAACT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
AAATAGATTTATCTTTTAAATAACTACTTACAAATATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTT
TATTCCAAAATAGCATGCATGATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
GGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATATTATTTAAACTGATTCGATA
Found at i:230084 original size:141 final size:144
Alignment explanation
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Period size: 141 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
229825 AGTCTTAATT
*
229835 ATTTGAACTGGTTTAATAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTGGTTTAATAAACACATTAATATTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
** * * * * * * *
229900 ATTAATTTAGCACTATTTTACTCTTAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAAAAAA
65 AAAAAATTAACACTATTTTACTCTAAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATAAAAAA
229965 ATAAAGATCATAACG
130 ATAAAGATCATAACG
* *
229980 ATTTGAATTGGTTTAATAAACAGACTTAAT-TTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATAT
1 ATTTGAACTGGTTTAATAAACACA-TTAATATTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATAT
* * **
230040 TAAAAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATAAATAGAAACAATTATTTTA
64 TAAAAAATTAACACTATTTTACTCTAAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTA
230099 CGACAAAATA
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (144 bp):
ATTTGAACTGGTTTAATAAACACATTAATATTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
AAAAATTAACACTATTTTACTCTAAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATAAAAAAA
TAAAGATCATAACG
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Period size: 181 Copynumber: 17.6 Consensus size: 176
229986 ATTGGTTTAA
* * * **
229996 TAAACAGACTTAATTTTTAAA-TC-T-CT-TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAACATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTAT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
230057 TTTATTCT-AAATAATTTTATATAAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAATAAAATGTCACAAT
64 TTTATT-TAAAATAAATTGA-ATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
230121 GATTT-GAAATAGATGA-TAGTTCAAATGGAT-ATGATTATTTGAACTTGCTTGG
127 GATTTAG-AATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTAAAC-TG-TTAG
* * ** *
230173 AAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTATTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTATTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * **
230238 TTTATTTTGAATGAAATTGAATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCG
64 TTTATTTAAAAT-AAATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
230303 ATTTAGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCCTAG
128 ATTTAGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-G-TTAG
* * * *
230354 TAAATAGATTTA-TTTTTAAA-TCTT-TTACTT-A--TTT---T-TTAATAAATTAATATTATTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTATTTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * **
230409 TATTTCAAATAAGCTTTTATAAACAGAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
66 TATTTAAAATAA-ATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* **
230474 TT-GAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAG
130 TTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTG-TTAG
* ** * * * * *
230523 AAAACCTATCTATTTTTTAAATTTTTAC-ATATTAATGTTTCGAATATTGATAGATTTA-TATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTAT-TTAAT-TTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTA
* * ** *
230586 TTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAACCAATTGATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
63 TTTTATTTAAAATAAA-TTGAATGAACAGAAAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
230651 TGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAG
126 TGATTTAGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTT-AG
* * *
230704 TAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCA-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTACTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACT-ATTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *** *** * *
230768 TTTTGTTT--CATTAATTAGTACT-ATTTTGTTTCAAATAAGTTTAAATGAACTAAAACAATTCT
63 TTTTATTTAAAATAAATT-G-AATGA-ACAG-AAAAAATTA-TTT-TATG-AC-AAAACAA----
* * * * * * * * * * *
230830 TTTA-TTACAAAACAAAAGGTTACAGTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
116 --AAGGT-C---A-TAATGATT-TA--GA-AT-AGATA-ATTA-T-TC-AAATAGTCATAACTAT
* * *
230894 CTCAACT-TGT-T
165 TTAAACTGT-TAG
* * * * ** * * * * *
230905 TGGAAAACATAT-TTATTTTTTAATCTT-TTACTTATTATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
1 T-AAACAGATTTATT-TTTTAAATTCTTACTATTTAAT--TT-TTG-AATATTAATAAATTAGTA
** * * * * *
230968 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
60 TTATTTTATTTAAAATAA-ATTGAATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * ** * *
231032 TAACAATTT-GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTTAG
123 TAATGATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-T-GTTAG
* * *
231088 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-ATATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTAT-TTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * * *
231151 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAAAATAATTTTATGACAAAACTAAAGGTTACAG
62 ATTTTATTTAAAATAA-ATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
231215 CAATTT-GAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGG
126 TGATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TG-TTAG
** * * * * *
231268 TAAGTAGATTCAATTTTTTTTAATTCTT-TTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTCAGTA
1 TAAACAGATT-TA-TTTTTTAAATTCTTACT-A-T-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
** * * * * *
231332 TTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATTAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
60 TTATTTTATTTAAAATAAATTGA-ATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * * * * * * *
231396 CGTTGATTT-GAAATCGATATTTATTTAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGG
123 TAATGATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTT-AG
* ** * *** *
231452 TAAACATATTTATTTTTT-TGTTATT-C-A-TT-A--TCAAAATATTAATAAATTAGTGTTATTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTATTTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * * ** * ** * * * **
231510 TAATCTGAAGA-AGCTTGTATGAATAGCAACTATTGTTTTACAATAAAATAAAAAGTCATAACAA
66 T-AT-TTAAAATAAATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
** * *
231574 TTT-GAA-AGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTG
129 TTTAGAATAG--ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTAG
* *
231623 ATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CT-TATTAACTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTAT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
231683 TTTT-TTCAAACA-AACTT-ACATGAACAAAAGCTACTATGAATTGAAAAATTATTTTATGGCAA
63 TTTTATTTAAA-ATAAATTGA-ATG------A---AC-A-G-A---AAAAATTATTTTATGACAA
* * ** *
231745 AACAAAA----AT--T-ATTT-GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTGGAATTAGT
111 AACAAAAGGTCATAATGATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GT
*
231802 TCGG
174 T-AG
* * * ** * *
231806 CAAA-AAACTTTATTTTTTAAAATCATTTGGT-TATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTAT
1 TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATTC--TTACTAT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
231869 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTAT
61 TATTTTATTTAAAATAA-ATTGAATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
231933 AATGATTTGAAGAAT--ACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAG
124 AATGATTT--AGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTT-AG
* *
231988 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTAT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
232052 TTTTCTTCCAAATAAACTAT-TATGATA-A-AAAATAGTTGTTATATGAC-AAACAAAATGT-AG
63 TTTTATTTAAAATAAA-T-TGAATGA-ACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-
* * * * * * *
232112 TAATGATTT-GAAATAGATAATT-GTCGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAA
123 TAATGATTTAG-AATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTT-AG
* * *
232168 TAAAC-GAATTCACTTTTTAAATTCCT--TA-TTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTAT
1 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATTCTTACTATTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * **
232228 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACCGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA
64 TTTATTTAAAATAA-ATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
232293 ATTT-GAAACAAATAATTATTCATATAGTCTTAACT-TGTTAAACTACTTCG
128 ATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTAAACT-GTTAG
* * * * *
232343 ACAAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTAGT-TATTAATTTTTGGAATATT-ATAAAATTAGTAT
1 -TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATTCTTACTAT-TTAATTTTT-GAATATTAAT-AAATTAGTAT
* * * * *
232406 TATTTTATTCT-AAATAAGCTT-ATATGAACTA-AAATAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTT
61 TATTTTATT-TAAAATAA-ATTGA-ATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
232468 ATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-TT--AGT-TTAG
122 ATAATGATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTAG
* *
232513 TAAATAGATTTATTTTTTCAATCTCTTA-TATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTAT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * ** * * * *
232577 TTTTATTCCAAATAAGTTTGCATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCGTAA
63 TTTTATTTAAAATAA-ATTGAATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
232641 TGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACCGATTTG
126 TGATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTG-TTAG
* * * * * * *
232693 ATAAACTGACTTATTTTCTAAA-TCTATAACT-TATCAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAATAT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCT-T-ACTAT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * ** * *
232756 TATTTTATTTCAAATGAACTTTTATGAACTGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGATCATA
61 TATTTTATTTAAAAT-AAATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
232821 TTTATTTTA-AATAGATACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCG
125 ATGA-TTTAGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTAG
* * *
232874 ATAAACA-ATTTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTATATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTA
1 -TAAACAGA-TTTATTTTTT-AAA-TTCTTACTAT-TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
232937 TTGTTTTATTTCAAATATACA-TGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTA
60 TTATTTTATTT-AAA-ATAAATTGAATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
233000 ATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTGGTTCAG
122 ATAATGATTTAG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTT-AG
* * * * * * *
233057 CAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCCTACT-TATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAAT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAAT-TCTTACTAT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
233121 ATTTTACTCT-AAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
62 ATTTTA-TTTAAAATAA-ATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
233173 TAAAGATCAT
Statistics
Matches: 2244, Mismatches: 510, Indels: 487
0.69 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
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191 2 0.00
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194 2 0.00
195 5 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTATTTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTAAAATAAATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
TAGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTAG
Found at i:230499 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 230220--230695 Score: 451
Period size: 169 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
230210 TTTTAAAATA
* ** * * *
230220 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAAATTGAATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-AACTTGAATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACA
* ** * *
230285 AAACAAAAGATCATAGCGATTTAGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-CG
65 AAACAAAAGGTCATAATGATTTA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGCG
* * * *
230349 CCTAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-T-T
129 CCTAGAAAACAGATCTATTTTTTAAAT-TTTTACATATTATGT
** * *
230389 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACAGAAAAAATTGCTTTATGACA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA-CTTGAATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACA
* * *
230454 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTG
65 AAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGCG
** **
230518 TTTAGAAAACCTATCTATTTTTTAAATTTTTACATATTAATGT
129 CCTAGAAAACAGATCTATTTTTTAAATTTTTACATATT-ATGT
* * **
230561 TTCGAATATTGATAGATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAACCAATTGA
1 TT---A-A-T-A-A-ATTAATATTATTTTATTTC-AAAT-AACTTGAATGAACAGAAAAAATTG-
* * *
230625 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTAT
55 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
230690 TTAAAC
119 TTAAAC
230696 ATGTTCAGTA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 38, Indels: 25
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 125 0.50
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171 1 0.00
172 3 0.01
175 1 0.00
176 1 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAACTTGAATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGCGCC
TAGAAAACAGATCTATTTTTTAAATTTTTACATATTATGT
Found at i:230685 original size:350 final size:350
Alignment explanation
Indices: 230039--230695 Score: 772
Period size: 350 Copynumber: 1.9 Consensus size: 350
230029 TTTTGAAATA
* * * *
230039 TTAAAAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATAAATAGAAACAATTATTTTACGACA
1 TTAAAAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAACTTTATATAAACAGAAAAAATTACTTTACGACA
* * * * * * *
230104 AAATAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGGATATGATTATTTGAACTTGC
66 AAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATACTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTGC
* * *
230169 TTGGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTATTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
131 TTAGAAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCAACTATTTAATGTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
*** * *
230234 TTATTTTATTTTGAATGAAATTGAATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
196 TTATTTTATTCAAAATGAAATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCAT
* * *
230299 AGCGATTTAGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCCTAGTAAATAGATT
261 AACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCCTAGTAAATAGATT
230364 TATTTTTAAATCTTTTACTTATTTT
326 TATTTTTAAATCTTTTACTTATTTT
* * * *
230389 TTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTT-TATAAACAGAAAAAATTGCTTTATGA
1 TTAAAAAATTAACATTATTTTATTCT-AAATAA-CTTTATATAAACAGAAAAAATTACTTTACGA
* *
230452 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-T
64 CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATACTTCAAATAGAT-ATAACTATTTGAACT
* ** *** ** * *
230515 GTGTTTAGAAAACCTATCTATTTTTTAAAT-TTTTAC-ATATTAATGTTTCGAATATTGATAGAT
128 -TGCTTAGAAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCAACTAT-TTAATGTTTAAAATATTAATA-AA
* **
230578 TTA-TATTATTTTATTCAAAAT-AAACTTGCATGAACAGAACCAATTGATTTTATAACAAAACAA
190 TTAGTATTATTTTATTCAAAATGAAA-TTGAATGAACAGAAAAAATT-ATTTTATAACAAAACAA
* * * * *
230641 AAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAAC
253 AAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
230696 ATGTTCAGTA
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0.80 0.15 0.05
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349 54 0.21
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351 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
TTAAAAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAACTTTATATAAACAGAAAAAATTACTTTACGACA
AAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATACTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTTGC
TTAGAAAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCAACTATTTAATGTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCAAAATGAAATTGAATGAACAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCAT
AACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCCTAGTAAATAGATT
TATTTTTAAATCTTTTACTTATTTT
Found at i:230783 original size:23 final size:23
Alignment explanation
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Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
230747 AATATTAATA
230757 AATTAGTACTATTTTGTTTCATT
1 AATTAGTACTATTTTGTTTCATT
230780 AATTAGTACTATTTTGTTTCA
1 AATTAGTACTATTTTGTTTCA
230801 AATAAGTTTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
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Consensus pattern (23 bp):
AATTAGTACTATTTTGTTTCATT
Found at i:231206 original size:385 final size:383
Alignment explanation
Indices: 230445--231193 Score: 816
Period size: 385 Copynumber: 2.0 Consensus size: 383
230435 AAAAAATTGC
* * * *
230445 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATC
* * *
230510 TGAATGTGTTTAGAAAACCTATCTATTTTTTAAATTTTTACATATTAATGTTTCGAATATTGATA
66 TCAATGTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTTAAATTTTTACATATTAATGTTTCGAATATTAATA
* * * *
230575 GATTTATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAACCAATTGATTTTATAACAAAACA
131 AATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTTATAACAAAACA
* *** * * ** *
230640 AAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGT
196 AAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACATATTCAGT
*
230705 AAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTACTATT
261 AAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTACTATT
* * **** *** *
230770 TTGTTTCATTAATTAGTACTATTTTGTTTCAAATAAGTTTAAATGAACTAAAACAATTCT
325 TTGATTCA-TAATAAGTACTATGAACTAAAAAATAAGTTTAAATAAACTAAAACAATTCT
* * * *
230830 TTTATTACAAAACAAAAGGTTACAGTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATC
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATC
* * * *
230895 TCAACT-TGTTTGGAAAACATATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATT-AT-TTGTTGAAATATT
66 TCAA-TGTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTTAAAT-TTTTACATATTAATGTT-TCG-AATATT
* * * *
230956 AATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTG-TTTTATGACA
127 AATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTTATAACA
* * * *
231019 AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTAT
191 AAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACATAT
* * * * *
231084 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACAT-ATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTG
256 TCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAG
* ** *
231147 TATTATTTT-ATTCGA-AATAAGCTTGTATGAACTAAAAAATAATTTTA
318 TACTATTTTGATTC-ATAATAAG-TACTATGAACTAAAAAATAAGTTTA
231194 TGACAAAACT
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 55, Indels: 22
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
382 5 0.02
383 20 0.07
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385 141 0.47
386 6 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (383 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATC
TCAATGTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTTAAATTTTTACATATTAATGTTTCGAATATTAATA
AATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTTATAACAAAACA
AAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACATATTCAGT
AAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTACTATTT
TGATTCATAATAAGTACTATGAACTAAAAAATAAGTTTAAATAAACTAAAACAATTCT
Found at i:231943 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 230780--233172 Score: 1456
Period size: 181 Copynumber: 13.3 Consensus size: 181
230770 TTGTTTCATT
* * * ** * * * *
230780 AATTAGTACTATTTTGTTTCAAATAAGTTTAAATGAACTAAAACAATTCTTTTATTACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * **
230845 AAGGTTACAGTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATCTCAACTTGTTTGGA-
66 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAAT
* * *
230909 AAACATATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATA
130 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGGAATATTAATA
* * * * * *
230960 AATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * ** * * ** * *
231025 AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTA-TTTAGT
66 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAAT
* * * *
231089 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCTT--AATATTAATA
130 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATA
* * * *
231141 AATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-AATAATTTTATGACAAAACT
1 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
* *** * * * * * ***
231204 AAAGGTTACAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGT
65 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
** * * * * * *
231269 AAGTAGATTCAATTTTTTTTAATTCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
130 AAACAAATT---TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * * * * *
231324 ACTCAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATTAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* *** * * * * * * **
231389 AAGGTCACGTTGATTTGAAATCGATATTTATTTAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTA
66 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * ***
231454 AACATATTTA-TTTTT---T-TGTTA-TTCATT-A---TCAAAATATTAATA
131 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * * * * * ** * *
231496 AATTAGTGTTATTTTA-ATCTGAAGAAGCTTGTATGAATAGCAACT-ATTGTTTTACAATAAAAT
1 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAAC
* * ** * * ** * * **
231559 AAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGA
64 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
* * *
231624 TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATA
129 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * **
231673 GATTAGTA-T-TTTT-TTTCAAACAAACTTACATGAACAAAAGCTACTATGAATTGAAAAATTAT
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC---A---A--A--AA-T----AATTAT
* * *
231735 TTTATGGCAAAACAAAA----AT--T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATT
51 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * *** **
231793 GGAATTAGTTCGGCAAA-AAACTTTATTTTTTAAAATCAT-TTGGTTATTAATTTTTGGAATATT
116 TGAACTAGTTCAATAAACAAA-TTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
*
231856 ATTA
178 AATA
* * *
231860 TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
231925 AAGGTTATAATGATTTGAAGA-ATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGT
66 AAGGTTATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
* * *
231989 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATA
130 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * * *
232041 AATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAACTAT-TATGATA-AAAAATAGTTGTTATATGAC-AAAC
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGA-ACAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
232103 AAAATG-TAGTAATGATTTGAAATAGATAATT-GTCGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTC
64 AAAAGGTTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * *
232166 AATAAACGAATTCACTTTTTAAAT-TC---CTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-
127 AATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
** ** *
232216 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACCGAAATAATTATTTTATGACAAAATAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * ** * * * * * * * *
232281 AAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTATTCATATAGTCTTAACT-TGTTAAACTACTTCGAC
66 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGTTCAAT
* * * * *
232345 AAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT-ATAA
130 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-A
* * * *
232397 AATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATTACAAAATA
1 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
* * * *
232461 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG------------GAATTAGTTTAGT
65 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAT
* * * *
232514 AAATAGATTTATTTTTTCAATCTCTTA-TATATTAATTTTTGAAATATTAATA
130 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * ** * * *
232566 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGCATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * **
232631 AA-GTTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-CGATTTG
66 AAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-TTCA
** * * * * * * *
232693 ATAAACTGACTTATTTTCTAAATCTATAACTTATCAATTTTTGAAATATTATTA
128 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * ** * ** *
232747 AAGTAATATTATTTTATTTCAAATGAA-CTTTTATGAACTGAAACAATTGCTTTATGATAAAACA
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
232811 AAAGATCATATTTATTTTAAATAGATACTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGA
65 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAA
* * * * * *
232875 TAAACAATTTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTATATTAATTTTTTGAATGTCAATA
129 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * *
232929 AATTAGTATTGTTTTATTTCAAATATA-CATGTATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAAC
1 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
232992 AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTGGTTCAG
64 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
* * * * *
233057 CAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
129 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * * * *
233111 ATTTAGCAATATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
1 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAA
233173 TAAAGATCAT
Statistics
Matches: 1718, Mismatches: 382, Indels: 224
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 133 0.08
170 4 0.00
171 2 0.00
172 109 0.06
173 11 0.01
174 18 0.01
175 75 0.04
176 89 0.05
177 25 0.01
179 15 0.01
180 287 0.17
181 392 0.23
182 322 0.19
183 80 0.05
184 79 0.05
185 2 0.00
186 2 0.00
187 29 0.02
188 1 0.00
189 20 0.01
190 18 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
Found at i:232250 original size:720 final size:716
Alignment explanation
Indices: 231037--232371 Score: 1518
Period size: 720 Copynumber: 1.9 Consensus size: 716
231027 AGTCATAACA
* * * *
231037 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTGGAACTTATTCAGCAAATAAATTTATT
* *
231102 TTTTAAATCTTTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAA
66 TTTTAAATCATTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAA
* * * *
231167 GCTTGTATGAACTAAAAAATAATTTTATGACAAAACTAAAGGTTACAGCAATTTGAAATAGATAA
131 GCTTGTATGAACAAAAAAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGACAA
* * * * ** * * *
231232 TTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAGTAGATTCAATTTTTTTTAATTCTTT
196 CTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAG-ACATTCAATTTTTTTTAAATCTCT
* * * * *
231297 TAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTCAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATTAAC
260 TAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAACTTTATATTAAC
* * * * **
231362 TAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACGTTGATTTGAAATCGATATTTATTTAAATA
325 -AAAATAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCACGTTGATTTGAAATAGATAATTATCGAAATA
* * * * ** * * *
231427 GTCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTGTTATTCATTATCAAAATATT
389 GCCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACATATTCATTTTTTTCTTATTAATTATCAAAATATT
* * * * *
231492 AATAAATTAGTGTTATTTTAATCTGAAGAAGCTTGTATGAATAGCAACT-ATTGTTTTACAATAA
454 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAGAAGCTTGTATGAACAG-AAATAATTATTTTACAACAA
* * * *
231556 AATAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TTATTTAAACTAGT
518 AATAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTT-GTTAAACTACT
* * * *
231620 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTT
582 TCGACAAACAGATTTATCTTTTAAAACTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTT
231685 TTTTCAAACAAACTTACATGAACAAAAGCTACTATGAATTGAAAAATTATTTTATGGCAAAACAA
647 TTTTCAAACAAACTTACATGAACAAAAGCTACTATGAATTGAAAAATTATTTTATGGCAAAACAA
231750 AAATT
712 AAATT
* * ** *
231755 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTGGAA-TTAGTTCGGCAAA-AAACTTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTGGAACTTA-TTCAGCAAATAAA-TTTA
*** * *
231818 TTTTTTAAAATCATTTGGTTATTAATT-T-TTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTC-
64 TTTTTT-AAATCATTTACATATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCG
** * * **
231880 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGAAG
125 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAA-
* *
231945 A-ATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGTAA-ACA-T-ATTTATTTTTT
188 ATAGACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAGACATTCAATT-TTTTTT
* * *
232006 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAACTA
252 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAAT-AACT-
* *
232071 TTATGA-TAA-AAAATAGTTGTTATATGAC-AAACAAAATGT-A-GTAATGATTTGAAATAGATA
315 TTAT-ATTAACAAAATAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCACGT--TGATTTGAAATAGATA
* *
232131 ATTGTCGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACGA-ATTCACTTTTTAAATTCCTT
377 ATTATCGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAAC-ATATTCA-TTTTT---TT-CTT
* * * * * * *
232195 ATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACCGAAA
436 ATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAGAAGCTTGTATGAACAGAAA
** * * *
232259 TAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTATTCATATAGTCTT
501 TAATTATTTTACAACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTACTCAAATAGTCAT
*
232324 AACTTGTTAAACTACTTCGACAAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTA
566 AACTTGTTAAACTACTTCGACAAACAGATTTATCTTTTAAAACTCTTA
232372 GTTATTAATT
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 90, Indels: 42
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
714 2 0.00
715 1 0.00
716 63 0.12
717 86 0.17
718 59 0.12
719 71 0.14
720 201 0.40
721 22 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTGGAACTTATTCAGCAAATAAATTTATT
TTTTAAATCATTTACATATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAA
GCTTGTATGAACAAAAAAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATAGACAA
CTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAGACATTCAATTTTTTTTAAATCTCTT
AATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAACTTTATATTAACA
AAATAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCACGTTGATTTGAAATAGATAATTATCGAAATAGC
CATAATTATTTGAACTAATTCAATAAACATATTCATTTTTTTCTTATTAATTATCAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAGAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTACAACAAAAT
AAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTTGTTAAACTACTTCGA
CAAACAGATTTATCTTTTAAAACTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTT
CAAACAAACTTACATGAACAAAAGCTACTATGAATTGAAAAATTATTTTATGGCAAAACAAAAAT
T
Found at i:232299 original size:356 final size:358
Alignment explanation
Indices: 231836--233172 Score: 885
Period size: 350 Copynumber: 3.7 Consensus size: 358
231826 AATCATTTGG
* *
231836 TTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * ** *
231901 AATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAATGATTTGAAGA-ATACAACTATTCAAATAGT
66 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA-ACAAACAACTATTCAAATAGT
* ** * * * *
231965 CATAA-TTATTTAAACTGGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
130 CATAACTT-GTTAAACTACTTCGA-CAAACAGATTTATCTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTT
* * *
232028 TGAAAGATTA-ATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAAC-TATTATGATA-AAAAATAGTTG
193 TGAAAGATTATA-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTA-TATGA-ACAAAAATAATTA
*
232090 TTATATGAC-AAACAAAATG-TAGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTCGAAATGGCCATAATTA
255 TTATATGACAAAACAAAAGGTTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTCGAAATGGCCATAATTA
232153 TTTGAACTAATTCAATAAACGAATTCACTTTTTAAATTCC
319 TTTGAACTAATTCAATAAACGAATTCACTTTTTAAATTCC
** **
232193 TTATTAATTTTTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACCGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * *
232257 AATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTATTCATATAGTC
66 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAACAACTATTCAAATAGTC
* * * *
232322 TTAACTTGTTAAACTACTTCGACAAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTGG
131 ATAACTTGTTAAACTACTTCGACAAACAGATTTATCTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
232387 AATATTATAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTAT
196 AAGATTATAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTATAT
* *
232452 TACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGG----AATTAGTTT-
261 GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TCGAAAT-GGCCATAATTA-TTTG
* * * * *
232511 -AGT-A---AAT--A-G-ATTTATTTTTTCAATCTCTTA
323 AACTAATTCAATAAACGAATTCACTTTTTAAAT-TC--C
* * * * **
232541 TATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGCATGATGA
1 T-TATTAATTTTTAG-AATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * * * *
232605 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAGTTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
64 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAACAAACAACTATTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
232668 GGCTATAA-TTATTTGAACCGA-TTTGATAAACTGACTTAT-TTTCTAAATCTATAACTTATCAA
128 GTC-ATAACTT-GTT-AAACTACTTCGACAAACAGATTTATCTTT-TAAAACTCTTACTTATTAA
* * * * * * * ** *
232730 TTTTTGAAATATTATTAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATGAACTTTTATGAACTGAAACAATT
189 TTTTTGAAAGATTATAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATT
* * * * * * * * * * * *
232795 GCTT-TATGATAAAACAAAAGATCATATTTATTTTAAATAGATACTTATTC-AAATAGTCATAAC
254 -ATTATATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTCGAAATGGCCATAAT
* * * * *
232858 TATTTGAACTTATTCGATAAAC-AATTTTATTTTTTAAAATTTCTTG
317 TATTTGAACTAATTCAATAAACGAA-TTCACTTTTT-AAA-TTC--C
* * * * * *
232904 TATATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATATA-CATGTATGAACT
1 T-TATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAAC-
* * * * * * * * *
232968 AAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
63 AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAACAACTATTCAAATA
* ** * ** * * *
233032 GTCTTAACTACTTGAACTGGTTC-AGCAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATT
128 GTCATAACTTGTTAAACTACTTCGA-CAAACAGATTTATCTTTTAAAA-CTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * * * * * *
233096 TTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTA
191 TTTGA-AAGATTATAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTA
*
233160 TTTTATGACAAAA
255 TTATATGACAAAA
233173 TAAAGATCAT
Statistics
Matches: 770, Mismatches: 157, Indels: 99
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
345 12 0.02
346 3 0.00
347 1 0.00
348 2 0.00
349 37 0.05
350 201 0.26
351 6 0.01
352 4 0.01
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354 7 0.01
355 6 0.01
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360 1 0.00
361 1 0.00
362 13 0.02
363 123 0.16
364 87 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAACAACTATTCAAATAGTC
ATAACTTGTTAAACTACTTCGACAAACAGATTTATCTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGA
AAGATTATAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTATAT
GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTCGAAATGGCCATAATTATTTGAAC
TAATTCAATAAACGAATTCACTTTTTAAATTCC
Found at i:232628 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 232345--232667 Score: 463
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
232335 CTACTTCGAC
*
232345 AAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATAAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATTAGTATTATT
* * * * *
232410 TTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTT-ATAATG
66 TTATTCCAAATAAGCTTACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-GTTCATAATG
232474 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAATTAGTTTAGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAATTAGTTTAGT
* * *
232514 AAATAGATTTATTTTTTCAATCTCTTA-TATATTAATTTTTGAAATATTA-ATAAATTAGTATTA
1 AAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTAGT-TATTAATTTTTGAAATATTATA-AAATTAGTATTA
* * ** * *
232577 TTTTATTCCAAATAAGTTTGCATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCGTAAT
64 TTTTATTCCAAATAAGCTTACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAAT
232642 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
232668 GGCTATAATT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 15, Indels: 6
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.04
169 131 0.96
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
AAATAGATTTATCTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATAAAATTAGTATTATT
TTATTCCAAATAAGCTTACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAATTAGTTTAGT
Found at i:233429 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 233226--233732 Score: 622
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
233216 TTTTAAATCT
* * *** *
233226 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAATTTGTATGAATA
* * * * *
233291 GAAGCAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATGATAGTTCAAAT-G
65 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
233355 ACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
129 TCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
*
233407 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAAATTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAATTTGTATGAATAG
* * *
233472 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ***
233537 CATAACTCTTTAAACTCGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
* * * * *
233588 CTTATCAATTTTTAGAATTTTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTT-TATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAA-TTTGTATGAATA
* * * * *
233652 TAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
233717 GTCATAACTATTTGAA
128 GTCATAACTATTTGAA
233733 TGTGTTTAGA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 42, Indels: 9
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 90 0.32
181 137 0.49
182 50 0.18
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAATTTGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
Found at i:234198 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 233741--237362 Score: 1596
Period size: 181 Copynumber: 20.1 Consensus size: 181
233731 AATGTGTTTA
* *
233741 GAAA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGCATAAACA-AAACCAATTGT
1 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATAAACATAAA-CAATTAT
* *** * * *
233802 TTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATT-GTTCAA-A-T-ATAACTAT
63 TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
233863 TTGAACATCTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTTTT-ATGCATTAATTTTT
127 TTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAAT-TATTAATTGTC
* * * * * *
233919 GGAATATTAATAAATTAGTTTTATTATT--TT-GAATAAACATATATAAAC-TGAAACAATTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAA---TT
* * * * ** * *
233980 TTTTTTTTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGATTA
61 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTA
** * * **
234045 TTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTCAAGTATTTTTTGTC
126 TTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
** * *
234101 GAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTTT
* * * * **
234166 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATT-GTTAAATAGTCATAAAGATTTGA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
234230 ACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTC
131 ACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
** * * * * * *
234281 TTAATATTAATAAAATT-GTATTATTTTACTTGAAATATGCTTGTATAAATAGAAA-AATCATTT
1 GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTT
* * * * * *
234344 TATGACAAAACAAAAGGTTC-TAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTT
65 TATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
234408 AAACTTGTTCGGCAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
129 GAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* * * * * ** * * * *
234461 GGAATATTAATAACTCACTATTATTTTATTTCAAATAATTTTATATGAA-TTGAAATAATTATTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTATTT
* * ** * *
234525 TATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATCGATGTTTATTTAAATAGTAATGACTATTTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
234590 ATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAATTTTTTACTTATTAACTGTC
130 AACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* * * * *
234642 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATAAACAAAAACTATTGTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTT
* * * * * ** * *
234706 TATAATAGAACATAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTT
65 TATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *
234770 GAACTGGTT-TGTTAA-ATATATATTTTTTTAAATCTCTT-ATTAATT--TT-T-
129 GAACTTGTTCAGAAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAATT-ATTAATTGTC
* * * ** * * ** * * *
234818 GAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTTTATTTTGAACAAACTTACATGAACAAAAACATTTAT
1 GAAATATTAATAAATTAGTA---TTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTAT
* * * * * * * *
234883 TTCATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATT
63 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
234948 TGAACTAGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAAATT-TT
128 TGAACTTGTTCA-GAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA-ATTATT-AATTGTC
* * * ** * * * *
235002 GAAATATTAACAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAA-ATTTTGT
1 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACA-ATTAT
* * * * *
235064 TTTATGGCAAAAC--AA----A-AACAATTTAAAATAGATCATT-TTTCATACAGTCTTAACTAT
63 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTT-AAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
235121 TTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
127 TTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* * * * * ** * * * * * *
235176 GGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAATAGAAATAATTCTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTTT
* * * * * ** * * * * *
235241 ATGATAGAAGAAAAAGTTATAATGATTTAAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * * * *
235306 ACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATCTAT-
131 ACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAT-TGTC
* * * * * * *
235357 GAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATCAAAAACAATT-TTTA
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTT-
* * * ** * * * * * *
235421 TATGACCAAACAATAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTATTGAAAT-GACCATAATTATTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAG-TCATAACTATTT
** * * * * * ** *
235485 GAA-TTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTC
129 GAACTTG-TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* ** * * * *
235538 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-TAAAATAATTGTT
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTATT
* ** * * ** * * * *
235601 TTGTGGTAAAACAAAATGTTATAACAATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATATTCATAACTATTT
64 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
235666 GAATTTGTTTA-ATAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTAATTAATTTTT
129 GAACTTGTTCAGA-AAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* * * *** * *
235719 GAAATATTAAGAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC-TAAAACAATTATTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTATTT
* ** * * ** *
235783 TATGTCAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * *** * *
235847 AATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATATTTGGCTTATTAATTTTTT
130 AACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTAATTATTAA-TTGTC
* ** * * ** * * * *
235901 G-AATGTTAATAAATTTAG-GCTACTTTATTTTGAATAAG-TATGCA-AGATATGAAACAAATAT
1 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT-TGTATAAACAT-AAACAATTAT
* * ** * **
235962 TTTATGACTAAACAAAAGGTTA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTAACTAT
63 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTAT
** ** * * * *
236025 TTGAACAAGTTTGGCAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTT-ATTAATT--TT-T-
127 TTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATT-ATTAATTGTC
* * * * * * * * * * *
236076 GGAATATTATTAAATTACTATTATTTTTAA-CCGAATAAGCTTCTATGATCAAAAATAATTGTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTT
* * * * * * * *
236140 TATGACAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTC
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
236204 AA-TTGGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT
130 AACTT-GTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* * * * * * *
236256 GAAGTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCA-AAATTAATTATTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAA-CAATTATTT
* * * * * *
236320 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAAT-GTCCATAATTATTT
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGT-CATAACTATTT
* * * * * * * * *
236384 TAA-TTGATT-TGATAAAAAGATTTACTTTTTAAAT-TTCTTACTTATT-GTTTTAA
129 GAACTTG-TTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTAATTATTAATTGT-C
* * ** * * * **
236437 GAATTATTAATAAATTAGTATT-TTTTTATTCCATCTAAGCTTGTTTTAACTTAAACAATTGCTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTT
* * * * * * * *
236501 TATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
236566 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTC
130 AACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTT-AAATCT-TTTAATTATTAA-TTGTC
** * * * * *
236620 -AAATGCTAATAAATTATTATTAATTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-TGGAACAATTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTATT
* * ** * * * *
236682 TTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATT-GTTATAATAGTCTTAACCATT
64 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTA-AATAGTCATAACTATT
* * * * * *
236746 TGAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATC
128 TGAACTTG-TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* * * * **
236800 AAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATT-AGAATAAGCTTATACGAACA-AAACAATTATTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCA-AATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTT
** * * * * * * * *
236863 TACAATAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATAT-GTCTTAACTATTTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * ** * *
236927 AAAC--GATTCAGCAATTAGATTTAGTTTTT-AATTTTCTTCGTTATTAGGTTTTC
130 -AACTTG-TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTAATTATTA-ATTGTC
* * * ** ** * * **
236980 AAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATTGGT
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAA-CAATTATT
** * * * * * * * * *
237044 TGGTGACAAAATAAAAGGTTA-AACGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAATCAAAACAATTT
64 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * * * * * * * *
237108 AAAATGGTTTGGTAAATAGATTTA-CTTTTAACTCTCTTACTAATTAATTTTC
129 GAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
* * * ** * * * * ** * *
237160 TAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAGTAAACTTATCTTGACAAAAACAATTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTTT
* ** * * * *
237225 ATGAC-AAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGA
66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
237288 ACTAGTTCA-ATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
131 ACTTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
*
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ACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTC
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* * * *
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*
234073 TTTAAAAATCT-TTCAAGTATT-TTTTGTCGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCAAA
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* *
234136 TAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA
128 TAAGCTTATATAAA-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA
* * *
234200 AAAAATT-GTTAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTGAATCT
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* ** * *
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* * * *
234368 GATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGCAAACATATTCAT
1 GATTTAAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATTCAT
** * * * ** * *
234433 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTCACTATTATTTTATTTCAAATA
66 TTTAAAAATCTCTTAAGTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTAATCCAAATA
** * * * * * ** *
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** * * ** * *** *
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GATTTAAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGAAAACATATTCAT
TTTAAAAATCTCTTAAGTATTATTTTTGAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTAATCCAAATAA
GCTTATATAAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAAA
ATTAGTTAAATAGTAATAAAGATTTGAACTAGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTCAATCTTTTA
CTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATAAATAG
AAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTCTAGC
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1 TTG
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TTGAAATGACCATAATTA
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* *** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** *
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** * *** * * *
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* * * * * * * **
234164 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTGTT-AAATAGTCATAAAGATTT
64 TTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * **
234228 GAACT--TGTT-CAAAAAACATATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTA
129 GAACTGAT-TTGGTAAAAA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTAT-GAAATATTA
* * * * * * **
234290 ATAAAATT-GTATTATTTTACTT-GAAATATGCTTGTATAAATAGAAA-AATCATTTTATGACAA
190 AT-AAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * * *
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* * * * * * *
234416 TCGGCAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
317 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * ** ** * * * *
234461 GGAATATTAATAACTCACTATTATTTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATAATTATTTT
1 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTT
* * * * ** * * * *
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66 ATGAT-AAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * * *
234590 ATCT-AGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAATTTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATA
130 AACTGA-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTAT-GAAATATTAATA
* * * * * * *
234654 AATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATAAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACA
193 AATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * ** * * * *
234718 TAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-TG
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* * * *
234781 TTAAATATATAT-TTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTG
321 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * ** * *
234819 A-AATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTTTATTTTGAACAAACTTACATGAACAAAAACATTTAT
1 AGAATATTAATAAATTAGTA---TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTAT
* * * * ** * *
234883 TTCATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATT
63 TTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
234948 TGAACT-AGTTAGGTAAACAAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTA
128 TGAACTGA-TTTGGTAAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTATGAAATATTA
* * * * ** ** *
235011 ACAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGGCAA
190 ATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
235074 AAC---A---AA-AACAATTTAAAATAGATCATTTTTCATACAGTCTTAACTATTTGAACT-AGT
253 AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-T
* * * * *
235131 TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
317 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * * * *
235176 GGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAT-AAATAGAAATAATTCTTT
1 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTATTT
* * * * *
235240 TATGATAGAAGAAAAAGTTATAATGATTT-AAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
65 TATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * *
235304 AAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATCTATGAAATATTCATA
129 GAACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TATGAAATATTAATA
* * * *
235369 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATCAAAAACAATT-TTTATATGACCAAACA
193 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT-TATGACAAAACA
* * * * * * * **
235433 ATAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTATTGAAAT-GACCATAATTATTGGAATTGATTTGG
257 AAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGATTCAG
* * * *
235497 TAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTC
321 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* *
235538 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTT
1 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTT
* * * * ** * *
235603 GTGGTAAAACAAAATGTTATAACAATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGA
66 ATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * *
235668 ATTTG-TTTAATAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAAGA
131 A-CTGATTTGGTAAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTATGAAATATTAATA
* * * * * * *
235731 AATTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGTCAAAAC-A
193 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * ** **
235795 AAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTTGGT
258 AAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGT
* * *
235859 AAATAGATTTATTTTTTCAAATAT-TTGGCTTATTAATTTTT
322 AAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTC
* * ** * * * * * *
235900 TGAATGTTAATAAATTTAG-GCTACTTTATTTTGAAT-AAGTATGCAAGATA-TGAAACAAATAT
1 AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT-TGTATGA-ACTAAAACAATTAT
* * * **
235962 TTTATGACT-AAACAAAAGGTTA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAT
63 TTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
236025 TTGAAC-AAGTTTGGCAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TT-TGGAATATTA
127 TTGAACTGA-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTATGAAATATTA
* * ** * * *
236085 TTAAATTACTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
190 ATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * * * *
236149 AC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTCAATTGGTT-
254 ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTC
* * * *
236212 TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTT-
319 AG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * *
236255 TGAAGTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAATTAATTATT
1 AGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAA-CAATTATT
* * * * * *
236319 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAAT-GTCCATAATTATT
64 TTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATT
* * * * * * ** * *
236383 TTAATTGATTTGATAAAAAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTGTTTTAAGAATTATTAAT
128 TGAACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTATGAAATATTAAT
* * * * * * ** * *
236448 AAATTAGTATTTTTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTTTTAACTTAAACAATTGCTTTATGACAAATC
192 AAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
236512 AAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCA
256 AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCA
*
236576 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTC
320 GTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTC
** * * * * * ** *
236620 A-AATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGGAACAATTTTTTT
1 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTT
* * * * * *
236684 ATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTT-ATAATAGTCTTAACCATTT
66 ATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTT
* * * *
236747 GAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTATTA
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* * * * * ** * *
236812 AATTAGTATCATTTTAATTAGAATAAGCTTATACGAAC-AAAACAATTATTTTACAATAAAAGAA
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * **
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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257 AAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAG
*
237298 TAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-
321 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * ** ** *
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** ** * * * *
237448 AA---A-----T--AAAAGGTTA--TAAT-AA--T-TTA--AAATAA--AT-AAATGTAAATAAA
130 AACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATGAAATATTAATAAA
* * * ** * * * *
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195 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * ** * * *
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** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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130 AACTGA-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTATGAAATATTAATA
* * * * * * *
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193 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** * * *
238277 AAAGATCATAAC-ATTTTGATGTAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT---TGGA---A-
257 AAAGGTAATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAG
*
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321 TAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * ** * *
238369 ATAATATTAATAGATTAGTACTATTTTAATTTGAATAATTTTGAATGAAC-AGTAACAATTATTT
1 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTATTT
* * * **
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65 TATGAT-AAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT--TGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
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127 TTGAAC-TGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATGA-AATATTA
* ** * * * * *
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* * * * * * *
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255 CAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTC
* *
238687 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
319 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * ** * * *
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1 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTT
* * * * ** * *
238785 TA--ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACACCCATAATTATTTA
65 TATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** ** * * * * * *
238848 AACTTATCCAGTTGACAAATTCATTTTTTAAAACTCTTA-TTATTAATTTTTGTAATATTATTAA
130 AACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTATGAAATATTAATAA
* * * * * * * *
238912 ATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACAAAAATAACTGTTTTGTGACAAAACAAA
194 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * * * * *
238977 ATGTCATGATAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGTATTG-GTCA-AAC
259 AGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTA-
* * ** * *
239040 CAAAACATACATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTTT-
323 -AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* ** * *
239079 ----TA-GAAT--A-T--TA--A-TTTATTCCGAATAAGAC-TGTAT-AAATATAAACAATTGTT
1 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAACTA-AAACAATTATT
* * * * *
239129 TTATGATAAAACAAATGGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATT
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* * *
239193 GAACT-AGCTTGGCAAAAAAATTTATATTTTAAATCTCTTA-TTGATT--TTCA--AAATATTAA
129 GAACTGA-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATT-ATGAAATATTAA
* * * * * * *
239252 TAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAACAAACTCATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAA
191 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
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320 G
239382 CAAACAAAAT
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AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
Found at i:236378 original size:899 final size:882
Alignment explanation
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* * *
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* * * ** *
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* * * * ** * **
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* * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *** *
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* * ** * * *
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* * *
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* ** ***
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* * * * *
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1 TATAAATAAAAATAATTCTTTTATGACA-AA-ACAAAGTTATAACGATTTAAA-TAGATAATTGT
* * ** * * * * *
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63 TAAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
* * *
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* * * ** * * * *
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189 ATTATTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTATTCAAATGTCCATA
* * * ** *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * *
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509 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
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574 TAATGATTTCAAATAGATAATTG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTAGGTAAACAAAT
* * * * * *
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*
235930 TTGAATAAG-TATGCAAG-ATATGAAACA-AATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAATGATTT
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* * * ** *
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755 AAAATAGATAATTATTCAT-ACAGTCTTAACTATTTGAACAAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTT
* *
236056 TAAATCTC-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTC
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* * * * *
236119 TAT-GATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCT-TAACGATTTGAGATTGATAATTA
1 TATAAAT-AAAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAG-T-TATAACGATTT-AAATAGATAATTG
* *
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62 TTAAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
*
236247 TTAATTTTTGAAGTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAATT
126 TTAATTTTTGAA-TATTA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATCAAAA-T
*
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188 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTATTCAAATGTCCATA
* * * *
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253 ATTATTTGAATTGATTTGGTAAAAAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAGAA-
* ** * * * * * *
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* * * *
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381 TAAAACAAAA-GTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA-TTATAACTATTTGAACTT
* * * * * **
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444 GTTTAGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTC-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * * * * ** * *
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507 GAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
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572 CATAATGATTTCAAATAGATAATTGTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTAGGTAAACAA
* * ** ** ** * *
236766 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTATCAAAATATTATTAAATT-AGTATCATTTTAA
635 ATTTATTTTTTAAATATCTTACATATTAAATT-TTGAAATATTAACAAATTCAGGCT-ACTTTAT
* ** * * * ** * *
236829 TTAGAATAAGCTTATACGAA--CAAAACAATTATTTTACAATAAAAGAAAAGGTTATAACGATTT
698 TTTGAATAAGCTTGCAAGAATTGAAAATAA-TATTTTATGACAAAACAAAA----A-AA--ATTT
* * * ** * *
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755 AAAATAGATAATTATTCATACAGTCTTAACTATTTGAACAAG-TTCAGCAAACAAATTTATTTTT
* * * ** * ***
236955 TAATTTTCTTCGTTATTAGGTTTTCAAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
819 TAA--ATC-TCTTTATTA-ATTTT-TGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATACCGAATAAA
*
237020 -ATA
879 CTTA
* * ** ** ** * * *
237023 GTATGAACAAAACCAATTGGTTGGTGACAAAATAAAAGGTTA-AACGATTTGAAATGGATAATTA
1 -TATAAATAAAAATAATTCTTTTATGACAAAA-CAAA-GTTATAACGATTT-AAATAGATAATTG
* * * * * * * * * * * *
237087 TTCAAATAATCAAAACAATTTAAAATGGTTTGGTAAATAGATTTA-CTTTTAACTCTCTTACTAA
62 TTAAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * * * * *
237151 TTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAGTAAACTTATCTTGA-CAAAAA
126 TTAATTTT-TGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT-ATGATC-AAAA
* * * ** * * *
237215 CAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TA
187 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTATTCAAAT-GTCCA
* *** * * * * *
237277 TAATTATTTGAACT-AGTTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TG
251 TAATTATTTGAATTGA-TTTGGTAAAAAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAG
*
237340 AAATATTAATAAATTAGTTTTAT
315 -AATATTAATAAATTAGTATTAT
237363 CCTATTCCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (882 bp):
TATAAATAAAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAGTTATAACGATTTAAATAGATAATTGTTAA
AATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
TTTTGAATATTATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATCAAAATAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTATTCAAATGTCCATAATTATTTG
AATTGATTTGGTAAAAAGATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
GTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATATTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAA
AATTTATTTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAA
ATAGATAATTGTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
TCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAACAAATTCAGGCTACTTTATTTTGAATAAGCTTGCAAG
AATTGAAAATAATATTTTATGACAAAACAAAAAAAATTTAAAATAGATAATTATTCATACAGTCT
TAACTATTTGAACAAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAATA
TTATTAAATTACTATTATTTTATACCGAATAAACTTA
Found at i:237273 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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1 AAATAG-TATAATTATT
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Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:237922 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 237486--238777 Score: 963
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237476 AATAAATGTA
* * *
237486 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT-A
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* * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
237725 AAAGC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTAATATTTTTTTTTAATAGTCATAACTATTTGAACTA
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* * ** * *
237789 GTTCA-AAAACAGTTTTAGCTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATT
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** *
237843 AATAAAGCAGTA-TATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAA
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* * * * *
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* * *
237971 TTTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-CAATATT
125 TTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATT
* * * * * * * *
238029 AATAAATTAGTAATATTTCA-TTCTAAATAA-TCTTGTATGAACTAAAATAGTTGTTTTATGATT
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGT-TTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATA
* * * * * *
238092 AAACAAAAGGTCA-AACTGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG
64 AAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATTAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** **
238156 TTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATACG
128 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* * * * * ** * *
238210 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGCAACAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAA
* * ** * *
238275 A-TAAAGATCATAA-CATTTTGATGTAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTA-TT----TTG--
66 ACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATTAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
238331 --GAAAACAAATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCATAATATT
130 CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* * * * * * *
238377 AATAGATTAGTACTATTTTAATTTGA-ATAATTTTGAATGAACAGTAACAATTATTTTATG-TCA
1 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAGATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAT-A
* * ** * * * **
238440 AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA-TAGATAATAATGT-AAATGGACAGGACTATTTGAACTT
64 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATTA-ATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
238503 GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-ATTTTTAGAATATT
127 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* **
238557 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATA
* * * *
238620 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGC
64 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATTAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * ** *
238685 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTT
129 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* *
238738 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAG-TAAGTTTTTATGA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTGTATGA
238778 GCAGAAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAA
ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATTAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
Found at i:238656 original size:528 final size:536
Alignment explanation
Indices: 237486--238757 Score: 1367
Period size: 528 Copynumber: 2.4 Consensus size: 536
237476 AATAAATGTA
* *
237486 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGA-TA
* * * ** * *
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65 AACAAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAG-TTTAACTATTTGAACTAGTT
* * **
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128 CAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
* * * * * * *
237676 TATTTTTATTCGAATAAGCTAGGATGATCAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAGCAAAGATCATAA
193 TATTTTAATCCAAATAAGCTAGGATGA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAA
* * * * * **
237741 TGATTTGAGATTAATATTTTTTTTTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAACAGTTTTA
257 TCATTTGAGATAAATATATTATTTAAATAGTCATAACTATTT--A-TAG-T-AAAAACAAATTTA
*
237806 GCTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGCAGTATATTTTATTTCAGATA
317 ACTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGCAGTATATTTTATTTCAGATA
* * * *
237871 AGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTT
381 AGTTTTAATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATCAATTTAAATAG-T
* * * * *
237936 AGAATGATTATTCAAAAAGTCAAATCTTTTTGAACTTTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA
445 AGAATGA-TATTCAAAAAGACAAATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA
* *
238001 TCTCTTACTTATTAATTTTTCCAATATT
509 TCTCTAACTTATTAATTTTTACAATATT
* * * * * *
238029 AATAAATTAGTAATATTTCATTCTAAATAATCTTGTATGAACTA-AAATAGTTGTTTTATGATTA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGA-TA
238093 AACAAAAGGTCAAACTGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT
65 AACAAAAGGTCAAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTT
* **
238158 TAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATACGATTAAATTAGTAT
128 CAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
* * *
238223 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AAAGCAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATA
193 TATTTTAATCCAAATAAGCTAGGATGACAAA--AACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATA
* *
238287 A-CATTTTGATG-TAAATA-ATTATTTAAATAGTCATAACTATTT-T-G-GAAAACAAATTTAAT
256 ATCA-TTTGA-GATAAATATATTATTTAAATAGTCATAACTATTTATAGTAAAAACAAATTTAAC
* * ** *
238346 TTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCATAATATTAATAGATTAGTACTATTTTAATTTGA-ATAA
319 TTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGCAGTA-TATTTT-ATTTCAGATAA
* * *
238407 -TTTTGAATGAACAGTAACAATTATTTTATG-TCAAAACAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAATAG
382 GTTTT-AATGAACAGAAACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGCTCATAATCAATTT-AAATAG
* ** * * *
238469 -ATAAT-A-ATGT-AAATGGACAGGA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTTA
444 TAGAATGATAT-TCAAAAAGACA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTA
*
238528 AATCTCTAACTTATT-ATTTTTAGAATATT
507 AATCTCTAACTTATTAATTTTTACAATATT
* * *
238557 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGAT-A
* * * *
238621 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGCT
65 AACAAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTT-TAACTATTTGAACTAGTT
* * * * *
238686 CAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTAT
128 CAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
238751 TATTTTA
193 TATTTTA
238758 TTCTAAGTAA
Statistics
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0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (536 bp):
AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTATTTTATGATAA
ACAAAAGGTCAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTTTAACTATTTGAACTAGTTCAG
TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTAATCCAAATAAGCTAGGATGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATCAT
TTGAGATAAATATATTATTTAAATAGTCATAACTATTTATAGTAAAAACAAATTTAACTTTTAAA
CTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGCAGTATATTTTATTTCAGATAAGTTTTAATG
AACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATCAATTTAAATAGTAGAATGATATT
CAAAAAGACAAATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTAT
TAATTTTTACAATATT
Found at i:239079 original size:350 final size:350
Alignment explanation
Indices: 238438--239090 Score: 760
Period size: 350 Copynumber: 1.9 Consensus size: 350
238428 TATTTTATGT
*** * *
238438 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATAATGTAAATGGACAGGACTATTTGAACTT
1 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATAATGTAAACACACAGAACTATTTAAACTT
* * * * * * *
238503 GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
66 ATCCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAACTCTAACTTATTATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
* * * * * *
238568 ATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCA
131 ATTATGTTATTTTGAATAAAATTGTACGAACAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * * * * * *
238633 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGAT
196 TAATAATTTAAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGAAAAAACAT
** * * * *
238698 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
261 ACATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
238763 AGTAAGTTTTTATGAGCAGAAATAA
326 AGTAAGTTTTTATGAGCAGAAATAA
* * * *
238788 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAACACCCATAATTATTTAAACT
1 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATAATGT-AAACACACAGAACTATTTAAACT
** * *
238852 TATCCAGTTGACAAATTCATTTTTTAAAACTCTTA-TTATTAATTTTT-GTAATATTATTAAATT
65 TATCCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAACTCTAACTTATT-ATTTTTAG-AATATTAATAAATT
** * * *
238915 AGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACAAAAATAACTGTTTTGTGACAAAACAAAATG
128 AGAATTATGTTATTTTGAATAAAATTGTACGAACAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * *
238980 -TCATGATAATTTAAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGTA-TTGGTCA-AACCA
192 ATCATAATAATTTAAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGAA--A
239042 AAACATACATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
255 AAACATACATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
239091 TTATTCCGAA
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 50, Indels: 12
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 13 0.05
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351 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATAATGTAAACACACAGAACTATTTAAACTT
ATCCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAACTCTAACTTATTATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
ATTATGTTATTTTGAATAAAATTGTACGAACAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
TAATAATTTAAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAGAAAAAACAT
ACATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
AGTAAGTTTTTATGAGCAGAAATAA
Found at i:240132 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 239402--244490 Score: 2993
Period size: 181 Copynumber: 28.6 Consensus size: 179
239392 TATTATTACA
** * * *
239402 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATACTATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * *
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66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAAGT
* *
239532 TCAAATAGTCATGACTATGTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * * *** * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * ** * * * *
239648 ATTTATTAATA-TACGAAAAGTTAACGAGTAAGAGAACTAAAAATATGAATCTATTTACTGAACA
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATATGTTTA-TCAACA
* * * * *
239712 AGTTTAAATAATTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * * * * * * *
239766 ATTTGCTTTATCATAAAACAACTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAATATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-
* * * * * *
239829 AATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAATTAAATCTATTTCCTAAACA
64 AATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCAACA
* * * **
239892 TGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * * * *
239946 TTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGCTCATAAAAACATATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
240011 TTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCGAGT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAA-CAAGT
* *
240076 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGCTC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGC-C
* * * * * ***
240127 TTTTGTTATGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *** * *
240192 ATTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAGAATATAAATATGTTTATCGAACAAG
66 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAAG
* * * *
240256 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * * ** *
240308 TTTTGTTTTG-CTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
240372 ATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-T-AAAGATTT-TAAAA-AAATGTGTTTGTCTAACTAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAAG
* * * * * *
240430 TTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GCC
* * * * ** * *
240482 TTTTGTTTAGTCA-AAAATAGTTG-TTTTGTTTCATACATGCTTATTTGAAATATAATAATGCTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
240545 ATTTATTAACA-TTAAAAATATTAATAAGCAAGAA-AATAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA
65 ATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACA
* * *
240608 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTACGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * *
240662 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * * *
240726 ATTTATTAATATTACAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATGAATATGTTTA-CTAAGCAA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AA-CAA
* * * * * * *
240790 ATTCAGATAGTTGTTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG-CC
* ** * * * *
240843 TTTTGTTTTGTTATAAGGCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * * *
240908 TGTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATATTCACTGAACAAGT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAACAAGT
* * * * *
240973 TCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGCCC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
** * * ** ** * ** * ** * *
241024 TCATGTTTTGTC-TAAAAAAAATTATTTCCGTGGATGCAAAATTATTTAGGATAAAATAATATTG
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
241088 ATCTT-TTATTATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTAT-TTTCTGAAAC
65 AT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTAT-CAAC
* * * * * ** **
241147 AA-TTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAATTAACTATCTCAAATTGTTAT-AA
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGCC
* * * * * *
241199 TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAAAATT
1 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * ** * ** *
241263 AATTTACTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAA
* * * * * * *
241328 GTTTAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGGCA
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GCC
* * * *** *
241381 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAACCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
241446 TATATTAACA-TTCAACAAATTAATTAGCAAGATATTTAAAAAAATAAACATATTTATTAAACAA
66 TTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-TCAACAA
* * *
241510 GTTCAAATAGCTT-TTACTATTTGAATAATTTATCAATTTCAAATCGTTATGACC
128 GTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * **** * * *
241564 TTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAAATCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * *
241628 TTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGATAATTTCA-AAACCA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTT-ATCAA-CA
* * * * ** * * *
241692 A-TTCAAATAATTATTACTATTTGAAAAACTATAAATCTCAAAT-TTTATG-A
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGCC
* * *
241742 TCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTT-ATCATACAAGCTTATTC-AGA-AAAA-AATACT
1 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
241803 AATTTAATAATGTTTCAAAAACTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATGTGTTTACCGAACTA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAA
* * * * *
241864 GTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTAGT-TATTTAAAATCATTTTGATC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * * * * * * ** *
241917 TTTTATTTGGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTTTTCGGAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * *
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* * * * **
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128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GCC
* * * * * *
242095 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATAAAAG-TTATCCAAAAT-AAATAATACTAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * *
242158 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTAAT-TTGCTAAATAAG
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-T-ATGTTTATCAACAAG
** * * * * * ** **
242222 TTTGAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTAC
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* * * * * *
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1 TTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
242337 AATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT---T-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACTGCACCA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-T-CAACA
* * ** * * *
242398 A-TTCAAATAGTTATGATTATTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACT
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* * * * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * ** * * * * ** * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTA
* * * * * * *
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*
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* * * ** * * ** * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * * *
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*** ** * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * * *
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** * * * *
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* * ** *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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** * * * *
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65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AACAAG
* * * * * * ** *
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129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGCC
* * * * * * *
243854 TAATTTGTCTTGTCATAAAACAATGGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAAAATAAAATAATGC
1 T--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATAC
* ** * *
243918 TAATTTATTAATA-TTCTAGAAATTAATGTGTAACAA-ATTTAAAAATTAAATCA-G-TTAGCCT
63 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-TC-
* * * *
243979 GACCAGTGC-AA-A--TA-G--TATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACC
123 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CC
* * * * * * * *
244030 TTTTATTTTATCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTACT-AGGAATAACATAATTCTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTA
* *
244094 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACAAA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAC-AA
* * * * *** *
244159 GTTCAAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATTGCTATAACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GCC
* * * **
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
244275 AATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAATAACTCTGGTTACCAAATA
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* * * * * * *
244338 AGTTCTAATCA-TTATTACTATTTCAATAATTGTTTATTTCAAATCGTTATGAC
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* ** * * * * * * *
244391 -TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCATTCATATAAGCTTATTTAGATTATACTAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
*
244454 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
244491 TCAAAATCCA
Statistics
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* * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
239850 TTAATAAGTAAAATTTTAAAAATTAAATCTATTTCCTAAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTT
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* * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTAA
* * *
240140 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATT
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** *
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259 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AATATGAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGT-AT
* *
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* *
240333 TTCTATTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATA
385 TTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-TATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
240398 -AAGATTTT-AAAA-AAATGTGTTTGTCT-AAC-TAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT
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*
240458 TATCTATTTCAAATCGTTATAACC
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* * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
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* * * *
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128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTA
*
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* * * * * * *
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257 TT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAATATGAATATGTTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTA
* * * * **
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* * *
240864 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTCAAAAATT
381 TTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
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* * * **
240993 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGCCC
505 GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACC
** * * ** ** * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
241147 AA-TTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAATTAACTATCTCAAATTGTTATAATC-TTTATTTTG
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* ** * ***
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443 TTAA-TAG-AA-A-ATTT-TAAAAATAAATC-TATTTCCTAAACATGTTCAAATAGTC-AAGACT
* * * * *
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* * **** * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * *
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* * * * ** * * * * *
241693 -TTCAAATAATTATTACTATTTGAAAAACTATAAATCTCAAAT-TTTATGATC-TTTGTTTTCTC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTA
* * * *
241755 ATAAAACAATTGCTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCAGA-AAAA-AATACT-AATTTAATAATG
193 ATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAAT-
* * * * * *
241815 TTTC-AAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTT
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* * * * * * * * *
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* * * * *
241937 ATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCTT-TTTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTCAAAA
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441 AATTAATAGA-AAATTT-TAAAAATAAATCTATTTCCTAAACATGTTCAAATAGTCAAGACTATT
* * * * *
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* * * * *** *
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* * * * * * * *
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** * * * * * ** * * *
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129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTA
* * ** *
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193 ATAAAACAATTGTTTCTATT--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAAT
* * * * * *
242348 ATTTCAAGAATTAAT---TAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACTGCACCAA-TTCAAATAG
256 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAATATGAATATGTTTAC-G-AACAAGTTCAAATAG
* ** * * * ** *
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317 -TATG-TCTA-TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGCTATAAAAC
* * * * * * * *
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* * * * * *
242532 AAAATTAATA-ACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAC-TAGTTGAAATAGTTAAG
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242695 TAATTTATTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAAC
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* * *
242759 CAGTTC--A-A---AT-A--A-TT--AT-A--A-CTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
242808 TAATAAAATAATTGTTT-GAGTTCATATAACCTTATTTGAAGTAAAATAATTCT-AATTTATTAA
191 TAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAA
** * * * * * * * * * *** ***
242871 TATTTTGAAAATAAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAGAATCTG-TGACAAAAAAAAAACTTT
255 TA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT---TAAATATGAATATGTTTAC-GAACAAGTTCAAA
** ** * * * * * *
242935 TCTTATGAATATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACC-TTTTGTTTT-ATCATAAAA
314 TAGTATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGCT-ATAAAA
* * *
242998 TAATT-TGTTCTGA-TCATGCAAGCTTACTTT-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAGTA-TTC
378 CAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGATTA-TTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTA-TATTTC
* * * * * * ** * * *
243058 TAGAAATTAAAAAGAAAAAATTTGAAAAATAAGTATGTTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGA
438 -AAAAATT-AATAG--AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTCCTAAACATGTTCAAATAGTCAAGA
* * * * * * * *
243123 CTCTTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACA
499 CTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACC
* * * * * * *
243160 ATTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
243225 TTTATT--TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATTAAATATGTTTGA-CGAGCAA
66 TTTATTAAAATT-AAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTT-ACCAAACAA
* * * * *
243287 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTA
* * *
243352 ATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACT-GATTTATTAATA
193 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAATTTATTAATA
* *
243415 TT-ATAAAATTAAT---T-----A--T---T-TGAAGA--TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
257 TTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATATGAATATGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAG-TA
* * * *
243463 TGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTG-TCATAAAATAATT
319 TGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGCT-ATAAAACAATT
* * * * * * *
243526 ATTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
383 GTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAA
* ** * * * *
243591 T--AAGATATTTAAAAACTAAATCTATTTTTCC-ATCCA-GTTTAAATAGTTATGAATA-TATGA
447 TAGAAAAT-TTTAAAAA-TAAATCTA--TTTCCTAAACATGTTCAAATAGTCAAGACTATTA-GA
* * * * **
243651 ATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATA
507 ACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACC
* * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-T-GAAATAAAATAATACT
* ** * * * * *
243742 AATTTATTAATATTTTGAAAA-T--CAA-TAAAAGATTTGAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTA
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* * * * * * ** *** * *
243803 GTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCGCTATGATAATTTGTCTTGTC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTA
* * * ** *
243868 ATAAAACAATGGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATA
193 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATA
* ** * * * * * *
243931 TTCTAGAAATTAATGTGTAACAAATTTAAAAATTAA-ATCAG-TTAGCCTG-ACCAGTGC-AA-A
257 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATATGAATAT--GTTTA--C-GAACAAGTTCAAATA
* * * *
243991 -TA-G--TATTTGAA-TAATTATCTATTTTAAATCATTATGACC-TTTTATTTT-ATCACAAAAC
316 GTATGTCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGCT-ATAAAAC
* * * * * * *
244049 AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-CTAGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAA
379 AATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTA-GAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTCAAAA
* * * * * * *
244113 ATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAATATGTTT-ATCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGAC
442 ATTAAT-AG-AA-A-ATTTTAAAAA-TAAATCTATTTCCT-AAAC-ATGTTCAAATAGTCAAGAC
** * * * * * *
244176 TATTTCAATAATTACCTATATCAAATTGCTATAACC
500 TATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACC
* * * * **
244212 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
244276 ATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAATAACTCTGGTTACCAAATAAG
65 ATTTATTAA-AATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
244340 TTCTAATCA-TTATTACTATTTCAATAATTGTTTATTTCAAATCGTTATGA-C-TTT-TTTTGTC
129 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTA
* * * * * *
244401 ATAAAATAATTGTTT-TCATTCATATAAGCTTATTT-AGATTATACTAATA-TTAATTTATTAAT
193 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAATTTATTAAT
* *
244463 ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT
256 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
244491 TCAAAATCCA
Statistics
Matches: 3561, Mismatches: 717, Indels: 545
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
515 3 0.00
516 131 0.04
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518 9 0.00
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TTTATTAAAATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
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AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATATGAATATGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTATGTCTAT
TTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGCTATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTATATTTCAAAAATTAATAGAAAATT
TTAAAAATAAATCTATTTCCTAAACATGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
AAAATCGTTATAACC
Found at i:240847 original size:716 final size:714
Alignment explanation
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Period size: 716 Copynumber: 7.1 Consensus size: 714
239392 TATTATTACA
* * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATTA
* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * ** * * * * * *
239659 -TACGAAAAGTTAACGAGTAAGAGAACTAAAAATATGAATCTATTT-ACTGAACAAGTTTAAATA
256 TTTC-AAAAATT-A--A-TAAGAGATTTTAAAATA--AATGTGTTTGTCT-AACTAGTTCAAATA
* * * *
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* * * *
239785 AACTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAATATAAT-ATAAATTTATTAA-ATTTTCAAA
376 AA-TTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTT-G-A-AATATAATAATTAATTTATTAATA-TTTAAAA
* * * * *
239848 AATTAATAAGTAA-AATTTTAAAAATTAAATCTATTT-CCTAAACATGTTCAAATAGTCATGACT
436 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** ** * *
239911 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTG
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* * * * * *
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* * * *
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*
240105 TTTATTTCAAATTA-TTATGCTC
693 TTTATTTCAAA-TAGTTATGATC
* * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* *** *
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* * *
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130 TCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCTAT
** *
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*
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* * * * *
240450 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCA-AAAATAGTTGTTTTGTTTC
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* * *
240514 ATACATGCTTATTTGAAATATAATAATGCTAATTTATTAACA-TTAAAAATATTAATAAGCAAGA
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* * *
240578 AAATAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
451 AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
240643 ATTTGAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
516 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
240708 CTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTACAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATGA
581 CAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAA
* * * * * *
240773 ATATGTTTACTAAGCAAATTCAGATAGTTGTTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTA
645 ATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTA
240838 TGATC
710 TGATC
* ** * * *
240843 TTTTGTTTTGTTATAAGGCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * ** * * *
240908 TGTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATATTCA-CTGAACAAG
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* * * * **
240972 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGCCCTCATGTTTTGTCT
129 TTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG-CT
* * ** ** * ** ** * * *
241037 A-AAAAAAATTATTTCCGTGGATGCAAAATTATTTAGGATAAAATAATATTGATCTT-TTATTAT
193 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATAT
* * * * * *
241100 TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTT-TCTGAAAC-AATTCAAACAGTTATA
257 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAA-TAAATGTGTTTGTCT--AACTAGTTCAAATAGTTA-A
* * * * ** * *
241163 -ACTATTTGAACAATTAACTATCTCAAATTGTTATAATCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGT
318 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
241225 TTCTTTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA-AATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTTAT
382 TT-TTTTCATACAAGCTTATT-TGA--AATATAATAATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
** * * * * * * * *
241289 AAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATTAGAAC
443 AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * **
241354 AATTATCTATTTCAAATCATTTTGGCATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACA
508 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACA
* * * * * *
241419 ACCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACA-TTCAACAAATTAATTAGCAAGATATTT
573 AGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAATATTT
* * * * **
241483 AAAAAAATAAACATATTTATTAAACAAGTTCAAATAGCTT-TTACTATTTGAATAATTTATCAAT
636 -AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAA-TTATTTAT
* *
241547 TTCAAATCGTTATGACC
698 TTCAAATAGTTATGATC
* * * * * * * *
241564 TTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAAATCATAAAAACTTATCT-GAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTA
* * * * ** *
241628 TTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAACTAAAGATAATT-TCAAAACC
65 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAA-TAAATATGTTTATC-GAA-C
* * * * ** * *
241691 AA-TTCAAATAATTAT-TACTATTTGAAAAACTATAAATCTCAAAT-TTTATG--ATCTTTGTTT
126 AAGTTCAAATAGTTATGT-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTT
* * * *
241751 T-CTCATAAAACAATTGCTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCAGA-AAAA-AATACTAATTTAAT
189 TGCT-ATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * ** *
241811 AATGTTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTT
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* * * * * * *
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* * * *
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380 GTTTT--TTTCATACAAGCTTATTT-GAAATATAAT-A-ATTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
* * ** *
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* * * * * *
242064 GAATAATTATATATTTAAAATCTTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTC
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* * * *
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568 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAT
* * * ** * * * * * *
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632 ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* *
242255 ATTTCAAATTGTTATTA-C
696 ATTTCAAATAGTTATGATC
* * * * * *
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* * * * *
242336 TAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT---T-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCA-CTGCAC
63 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATATGTTTATC-G-AA
* ** * * *
242396 CAA-TTCAAATAGTTATGAT-TATTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTT
125 CAAGTTCAAATAGTTATG-TCCA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
** * ** * * * *
242459 TTATTATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTGA-TCGAATTAATATAACAATAATTTCA
188 TTGCTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-ATTTAAAATAAAATAATACTAATTT-A
* * * * *
242522 -TAA-AATTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-CTGAACTAGTTG
250 TTAATATTTC-AAAAATTAATAA--GAGAT-TTT--AAAATAAATGTGTTTGTCT-AACTAGTTC
* ** * *
242584 AAATAGTTAAGACTATGT-GAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
308 AAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATA
* * *** * * *
242648 AAATAATTATTTCAGCTCATAGAAGTTTATTTAGGAAAGATCAA-AATTAATTTATTAATATTTC
372 AAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTT--GAAATAT-AATAATTAATTTATTAATATTT-
** * * * * * * *
242712 AAAATTTTAA-AAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACCAGTTCAAATA---AT-
432 AAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
242772 --TA--T-AAC-----TC--TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT
497 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
** * * ** * * ** * *
242825 GAGTTCATATAACCTTATTTGAAGTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAATGAG
562 CTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *** ** ** * * * *
242890 TAAGAGAATTAAAAAAAAAAGAATCTGTGACAAAAAAAAAAC-TTTTCTTATGAATATCTAAACA
626 TAAAATATTTAAAAAATAAA-TATGT-TTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
242954 ATTATCTATTTTAAA-ACATTATGACC
689 ATTATTTATTTCAAATA-GTTATGATC
* * *
242980 TTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TGTTCTGA-TCATGCAAGCTTACTTT-GAATAAAATAATAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAATAT
* * * * * * * *
243042 AAATTTATTAGTATTCTAGAAATTAAAAAG-AAAAAATTT-GAAAAATAAGTATGTTTTTTGAAC
63 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAG-AAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * *
243105 ATGTTCAAATAGTTATGACTC-TTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTT
126 AAGTTCAAATAGTTATGTC-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * **
243169 GTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT--T
190 GCTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
243232 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATTAAATATGTTTGACGAGCAAGTTCAAATAG
255 ATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTT-AAAA-TAAATGTGTTTGTCTAACTAGTTCAAATAG
* * * * *
243297 TTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
314 TTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA
* * * *
243361 TTGTTTCTATTT-ATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTGATTTATTAATA-TTATAAAA
378 TTGTTT-T-TTTCATACAAGCTTATTTGA-AATATAATAAT--TAATTTATTAATATTTAAAAAA
* * * * *
243423 TTAAT---T-----ATTT----GA-AGA----TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATT
438 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
243471 TGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTC
503 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTC
**
243536 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AT
568 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAT
* * * * * * * *
243597 ATTTAAAAACTAAATCTAT-TTTTC-CATCCAGTTTAAATAGTTATGAATATATGAATAATTATT
632 ATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT
* *
243660 TATTTCAAATCGTTATGATA
695 TATTTCAAATAGTTATGATC
* * * * * *
243680 TTTTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAG-TT-TTCTCGAAATAAAATAATATT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAG-AATAAAATAATATT
* * * * *
243742 AATTTATTAATATTTTGAAAA-T--CAA-TAAAAGATTT-GAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT
64 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAG-AAAATAAATATGTTTATCGAACA
* ** * * * ** * * *
243802 AGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCGCTATGATAATTTGTCTTG-
127 AGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGC
* * * * *
243866 TCATAAAACAATGGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
192 T-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * * * *
243930 A-TTCTAGAAATTAATGTGTAACAAATTTAAAAATTAAATCAGTTAGCCTGACCAGTGCAAATAG
255 ATTTC-AAAAATTAA----TAAGAGATTTTAAAA-TAAATGTGTTTGTCTAACTAGTTCAAATAG
* * *
243994 -T---A-T-TT-GAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTA-TCACAAAACAA
314 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAA
* * * * *
244051 TTATTTTTGTTCATACAAGCTTACTAGGAATA-ACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
378 TTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATATA-ATAA-T-TAATTTATTAATATTTAAAAAAT
* * * * *
244115 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATT
439 TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *** * * *
244180 TCAATAATTACCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTC
503 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTC
* *
244245 ATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAA
568 ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAA
* * * * * * * * *
244308 ATATTT-AAAAATAACTCTGGTTACCAAATAAGTTCTAATCA-TTATTACTATTTCAATAATTGT
630 ATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTAT
*
244371 TTATTTCAAATCGTTATGA-C
694 TTATTTCAAATAGTTATGATC
* * * * *
244391 -TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TCATTCATATAAGCTTATTTAGATTATACTAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTA
*
244453 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT
65 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
244491 TCAAAATCCA
Statistics
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Consensus pattern (714 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCTATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGAGATTTTAAAATAAATGTGTTTGTCTAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTTTCAT
ACAAGCTTATTTGAAATATAATAATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGT
TTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATC
Found at i:243215 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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242940 TGAATATCTA
* * * * * * *
242950 AACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TGTTCTGA-TC
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTC
* * *
243013 ATGCAAGCTTACTT-TGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAGTATTCTAGAAATTAAAAAG-AAA
64 ATACAAGTTTA-TTGAGAATAAAATAATACT-AATTTATTA-TATTCTA-AAATTAAAAAGTAAA
* *** * * *
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125 AAATTTGAAAAATTAAATATGTTTGACGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * *
243130 AATAAATATCTATTTCAAATCATTATGA-CAATTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCA
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATC-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * *
243194 TACAA-TCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATT-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
65 TACAAGT-TTATT-GAGAATAAAATAATACTAATTTATTATATT-CTAAAATTAAAAAGTAAAAA
* *
243256 ATTTTAAAAATTAAATATGTTTGACGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
127 ATTTGAAAAATTAAATATGTTTGACGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
243310 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTAT
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * ** * ** *
243375 ACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTATAAAATTAATTATTTGAAGATT
66 ACAAGTTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCTAAAATTAAAAAGTAAAAAATT
* * * * *
243440 TACTAAACAAGTTCAAATA-GTTATGTC---C-ATTTGAACTA-TTAT--CTATTT-
130 T--GAAA-AA-TT-AAATATGTT-TGACGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * *
243488 --C-AA-ATC--GTT---AT-A--A-CAT--TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * * * * *
243538 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGATAT
66 ACAAGTTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATA-TTCTAAAATTAAAAAGTAAAAAAT
* * * ** * * * * *
243599 TT-AAAAACTAAATCTATTTTTCCATCCAGTTTAAATAGTTATGAA-TATATG
129 TTGAAAAATTAAATATGTTTGACGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTG
* * * * * * * *
243650 AATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAT-ATTTTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTT-TGTTCA
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
243713 TATAAGTTT-TCTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--CAA-TAAAA
65 TACAAGTTTAT-T-GAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCT-AAAATTAAAAAGTAAAA
* * * * * *
243772 GATTTGAAAAA-TAAATCTGTTT-ATCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTG
126 AATTTGAAAAATTAAATATGTTTGA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * ** * * * *
243826 AACAATTATTTGTTTCAAATCGCTATGATAATTTGTCTTGTCATAAAACAATGGTTTCTATTGAT
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *** *
243891 A-TAGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATGTGTAACAAA
66 ACAAGT-TTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCTA-AAATTAAAAAGTAAAAAA
* * * *
243955 TTT-AAAAATTAAATCA-GTTAGCCTG-ACCAGTGCAAATAG-------TATTTG
128 TTTGAAAAATTAAAT-ATGTTTGAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * * * * * *
244000 AATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCACAAAACAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * * *
244065 ACAAGCTTACT-AGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
66 ACAAGTTTATTGA-GAATAAAATAATACTAATTTATT-ATA-TTCTAAAATTAAAAAGTAAAAAA
* * * * *
244129 TTT-AAAAACTAAATATGTTT-ATCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTC
128 TTTGAAAAATTAAATATGTTTGA-CGAAC-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * *** * * * * *
244182 AATAATTACCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAT
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * ** * *
244247 ACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAT
66 ACAAGTTTA-TTGAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCT-AA-AATTAAAAAGTAAAAA
* * * * * * * *
244310 ATTT-AAAAA-TAACTCTGGTT-ACCAAATAAGTTCTAATCA-TTATTACTATTTC
127 ATTTGAAAAATTAAATATGTTTGA-CGAACAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTG
* * * * * *
244362 AATAATTGTTTATTTCAAATCGTTATGA-C-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TCATTCA
1 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
* * * * * * * * *
244423 TATAAGCTTATTTAGATTATACTAATATTAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAG
65 TACAAGTTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCT-AA-AATTAAAAAGTAAAAA
244487 ATTT
127 ATTT
244491 TCAAAATCCA
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 213, Indels: 181
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
154 7 0.01
155 3 0.00
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158 7 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGTTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTATATTCTAAAATTAAAAAGTAAAAAATTT
GAAAAATTAAATATGTTTGACGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
Found at i:243459 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 243284--243579 Score: 414
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
243274 GTTTGACGAG
* * *
243284 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTT
* * ** * * *
243348 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAA
65 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
243413 TATTATAAAATTAATTATTTGAAGATTTACTAAA
130 TATTATAAAATTAATTATTTGAAGATTTACTAAA
** * *
243447 CAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT
* * * *
243512 GTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
66 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
243577 ATT
131 ATT
243580 TCAAAAATTA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 18, Indels: 2
0.85 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.02
163 112 0.98
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (163 bp):
CAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTATAAAATTAATTATTTGAAGATTTACTAAA
Found at i:243533 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 243508--243548 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
243498 TAACATTTTG
243508 TTTTG-TCATAAAATAATTAT
1 TTTTGTTCATAAAA-AATTAT
*
243528 TTTTGTTCATACAAAATTAT
1 TTTTGTTCATAAAAAATTAT
243548 T
1 T
243549 CAAAATAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
20 12 0.63
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ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGTTCATAAAAAATTAT
Found at i:244458 original size:177 final size:182
Alignment explanation
Indices: 243439--244490 Score: 524
Period size: 177 Copynumber: 5.9 Consensus size: 182
243429 ATTTGAAGAT
* * * * * * * *
243439 TTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
1 TTACCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTCAA-TAATTACCTATATCAAATCGCTATAAC
* * ** * *
243502 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-TGTTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATAT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATAA
* *
243565 TAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG----ATATTTAAAAACTAAATCTAT-T
128 TAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAA--TATGG
* * * * * * * * ** * * * **
243617 TTTCC-ATC-CAGTTTAAATAGTTATGAATATATGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATA
1 TTACCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATCGCTATAACC
* * * * * * * * *
243680 TTTTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAG-TT-TTCTCGAAATAAAATAATATT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TC-AATTAAAATAATAAT
* * * *
243742 AATTTATTAATATTTTGAA-AA-T--CAA-TAAAAGATTTGAAAAA-TAAATCTGT
129 AATTTATTAATA-TTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAACTAAATATGG
* * ** * * * * ** * * * **
243792 TTATCAAAC-TAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCGCTATGATA
1 TTACCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATCGCTATAACC
* * * ** * * * **
243856 ATTTGTCTTGTCATAAAACAATGGTTTCTATTGATA-TAGTCTTA-TTCAAAATAAAATAATGCT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTC-AATTAAAATAATAAT
* ** *
243919 AATTTATTAATATTCTAGA-AATTAATGTGTAACAA-ATTTAAAAATTAAATCA--G
129 AATTTATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAACTAAAT-ATGG
** * * * * * * ** *
243972 TTAGCCTGAC-CAGTGC-AA-A--TA-G--TATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
1 TTA-CCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATCGCTATAAC
* * * * * *** * **
244029 CTTTTATTTTATCACAAAACAATTATTTT-TGTTCATACAAGCTTACTAGGAA-TAACATAATTC
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTCAATTAAAATAATAA
* *
244092 TAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATATGT
128 TAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATATGG
* *
244147 TTATCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATTGCTATAACC
1 TTACCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATCGCTATAACC
*
244212 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAAAAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAATAA
* * *
244277 TTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAA-TAACTCTGG
131 TTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATATGG
* * * *** * * *
244328 TTACCAAA-TAAGTTCTAATCA-TTATTACTATTTCAATAATTGTTTATTTCAAATCGTTATGA-
1 TTACCAAACAAAGTTC-AAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATCGCTATAAC
* * * *
244390 C-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-ATTCATATAAGCTTATTT-AGATTATACTAATAT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATAA
*
244451 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT
128 TAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTT
244491 TCAAAATCCA
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 141, Indels: 93
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 110 0.16
175 22 0.03
176 131 0.19
177 195 0.28
178 15 0.02
179 4 0.01
180 49 0.07
181 46 0.07
182 110 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTACCAAACAAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTCAATAATTACCTATATCAAATCGCTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAATAA
TTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATATGG
Found at i:244512 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 244505--244715 Score: 137
Period size: 7 Copynumber: 30.0 Consensus size: 7
244495 AATCCAAAAC
244505 CCCT-AA
1 CCCTAAA
*
244511 CCCCAA-
1 CCCTAAA
244517 CCCTAAA
1 CCCTAAA
244524 CCCCTAAA
1 -CCCTAAA
*
244532 CCCTAAC
1 CCCTAAA
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1 CCCTAAA
*
244546 CCTTAAA
1 CCCTAAA
*
244553 CCCTATA
1 CCCTAAA
244560 CCCTAAA
1 CCCTAAA
*
244567 CCCTAAT
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* *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * **
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AT
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*
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*
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*
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* ***
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*
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* *
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1 ATTTTTTTAATTTTCG
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*
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* *
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Done.