Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 58 of 105
Found at i:10851095 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 10850932--10851081 Score: 192
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10850922 TAAGTTCTCA
** * ** *
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* *
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* * *
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AATGAGAATCTTCAAATTTCAAATGAGAATATTTAAGGTGTGAAACCTAAAATTCATCAAATATG
AATCATTAAATCTAG
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10850922 TAAGTTCTCA
* * ** *
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1 AATGAAAATCTTTGAATTTCAAATGAGAATATTTAAGGTGTGAAACCTAAAATTCATCAAATATG
* *
10850997 AATCATTAAATTTCG
66 AATCATTAAATCTAG
** ** * *
10851012 AATGTGAATCTTCAAATTTCAAATGAGAATATTTGAGGTGTGAAACCCTAAAATTCATCGAATAT
1 AATGAAAATCTTTGAATTTCAAATGAGAATATTTAAGGTGTGAAA-CCTAAAATTCATCAAATAT
*
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65 GAATCATT-AAATCTAG
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AATGAAAATCTTTGAATTTCAAATGAGAATATTTAAGGTGTGAAACCTAAAATTCATCAAATATG
AATCATTAAATCTAG
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10851472 CAATGAGCCT
** *
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* * * *
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* **
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* * *
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* * * * *
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1 TTTATTTTTCAAAGTTGTGGTGCCTCTG-TTTAAAGAGCAA
*
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1 TTTATTTTTC-AAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAAA-GAGCAA
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1 TTTATTTTTC
10851736 TCAAAGCCTT
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TTTATTTTTCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAAAGAGCAA
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Alignment explanation
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10851493 AGTTGTAATG
* * * * * * * ** *
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1 CCTCTATTTAAATGAGCAATTTATTTTTCAAAATTGTAGTGCCTCTGATTAAAAAAGCAGTTTAC
* *
10851568 TTTTCAAAGTTGTGGTATCTCTGTTTAGAA-GAGCAATTTATTTTTCACAGTTGTGGTA
66 TTTTCAAAGTTGTGGTACCTCTGTTCA-AAGGAGC-ATTTATTTTTCACAGTTGTGGTA
*
10851626 CCTCTATTTAGAA-GAGCAATTTATTTTTCAAAATTGTAGTGCCTCTGATTAAAAAAGCATTTTA
1 CCTCTATTTA-AATGAGCAATTTATTTTTCAAAATTGTAGTGCCTCTGATTAAAAAAGCAGTTTA
*
10851690 -TTTTCTAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTCAAAGGAGCATTTATTTTTC
65 CTTTTC-AAAGTTGTGGTACCTCTGTTCAAAGGAGCATTTATTTTTC
10851736 TCAAAGCCTT
Statistics
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123 73 0.78
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CCTCTATTTAAATGAGCAATTTATTTTTCAAAATTGTAGTGCCTCTGATTAAAAAAGCAGTTTAC
TTTTCAAAGTTGTGGTACCTCTGTTCAAAGGAGCATTTATTTTTCACAGTTGTGGTA
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10851472 CAATGAGCCT
* * *
10851482 TTTATTTTT-AAAGTTGTAATGCCTCTGTTTAAATGAGCACTTTATTTTTCAAAGTTGTGGTGCC
1 TTTATTTTTCAAAGTTGTAGTGCCTCTGTTTAAAAGAGCAATTTATTTTTCAAAGTTGTGGTGCC
* * * *
10851546 TTTGTTTAGAGGAGGAG
66 TCTGTTTAAAGGAGCAA
* * ** * * *
10851563 TTTACTTTTCAAAGTTGTGGTATCTCTGTTTAGAAGAGCAATTTATTTTTCACAGTTGTGGTACC
1 TTTATTTTTCAAAGTTGTAGTGCCTCTGTTTAAAAGAGCAATTTATTTTTCAAAGTTGTGGTGCC
*
10851628 TCTATTTAGAA-GAGCAA
66 TCTGTTTA-AAGGAGCAA
* * * *
10851645 TTTATTTTTCAAAATTGTAGTGCCTCTGATTAAAAAAGCATTTTA-TTTTCTAAAGTTGTGGTGC
1 TTTATTTTTCAAAGTTGTAGTGCCTCTGTTTAAAAGAGCAATTTATTTTTC-AAAGTTGTGGTGC
*
10851709 CTCTGTTCAAAGGAGC-A
65 CTCTGTTTAAAGGAGCAA
10851726 TTTATTTTTC
1 TTTATTTTTC
10851736 TCAAAGCCTT
Statistics
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TCTGTTTAAAGGAGCAA
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* * * * * * * *
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*
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1 AAAAAA
10851853 TGAACCTGTT
Statistics
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A
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*
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1 AAAAAAAC
*
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1 AAAAAAAC
*
10851830 AAAAAAAT
1 AAAAAAAC
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1 AAAAAAA
10851845 AATAAAAATG
Statistics
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10851779 TTTAAAACAA
*
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*
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1 AAAAAAACAA-AAAAAT
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AAAAAAACAAAAAAAT
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*
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1 AAAAAAAT
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1 AAAAAAAT
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1 AAAAAAAT
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1 AAAAAAAT
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1 AAAAAAAT
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1 AA-AAAAAT
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Statistics
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* *
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*
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*
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1 TAAAAAAACAAAAAAATAA-AAAAA
10851853 T
1 T
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Statistics
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TAAAAAAACAAAAAAATAAAAAAA
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10853334 AAAATGGGGA
* * * *
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1 AATAAAAAAAATTTCTAAATAAGCCCAAATGGTGAAAATTTAAAAATTCAAAAAAAG
10853458 AAAATATTTT
Statistics
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* *
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1 TTATATATATTCTTAAATTT
10854634 TTATA
1 TTATA
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Statistics
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TTATATATATTCTTAAATTT
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*
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1 TAAAATT
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1 TAAAATT
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1 TAAAATT
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1 TAAAATT
10854735 TAAAATT
1 TAAAATT
10854742 TAAAATT
1 TAAAATT
10854749 GATAAATTGA
Statistics
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7 34 1.00
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TAAAATT
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10854861 TCTGAAGAAA
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1 CCAAATCGAATCGTTAT
10854887 CCAAATCGAATCGTTAT
1 CCAAATCGAATCGTTAT
10854904 C
1 C
10854905 ACCCCTAGTG
Statistics
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16 12 0.71
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CCAAATCGAATCGTTAT
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* *
10855152 TTTTTATTTTTTTATTTTC
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1 TTTTCATTTTTTCATTTT
10855189 TTGTTTTTTT
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*
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1 TAAA
10855654 GAGTAATTAA
Statistics
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16 12 0.63
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*
10858492 TAATAAAAAA
1 TAAGAAAAAA
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
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13 6 0.29
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Found at i:10858492 original size:13 final size:14
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Indices: 10858464--10858501 Score: 51
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10858454 AAATATTTGT
10858464 TAAGAAAAAAATAAA
1 TAAG-AAAAAATAAA
10858479 TAAGAAAAAA-AAA
1 TAAGAAAAAATAAA
*
10858492 TAATAAAAAA
1 TAAGAAAAAA
10858502 GAATTTTAGG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
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13 12 0.55
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10863690 AAAGGGATCC
* * *
10863700 TTCATAATAGTGTAACTTTTTTTTTTTT
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*
10863728 TTCATATTAGTGTAACCTTTATATTTTT
1 TTCATAATAGTGTAACCTTTATATTTTT
10863756 TT
1 TT
10863758 GACCCTTGGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
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TTCATAATAGTGTAACCTTTATATTTTT
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10863880 TCTATACATT
* *
10863890 TA TA TA CA TA TA TA TA TA TA CA TA TA TA TA T- TCA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA TA TA
* * * *
10863932 TG TG TA TA TG TG TA TA T- TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
10863956 GTTGATATAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 8, Indels: 6
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1 2 0.04
2 50 0.94
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TA
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Indices: 10863882--10863932 Score: 66
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10863872 GATCCTGATC
*
10863882 TATACATTTATA
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* *
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* * *
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*
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** * * *
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* * * * *
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* *
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*
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* *
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* *
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* * *
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*
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*
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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66 A
* **
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A
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* *
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AAAGAAAAA
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* * * *
10898996 ATTTGCAAAACATTTTTAAATTTTTAAAGTTTCATGGCCTTTGATTAGAGGAGCATTCAAAAG-T
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65 TTTGAG
* * * *
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1 ATTTGCAAAACATTTTTAAATTTTCAAAGTTTCAAGGCCTTTAATTAGAAGAGCATTAAAAGATT
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66 TTGAG
*
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TTGAG
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*
10899178 AAAGTTTCATAGCCTATGATTATAGGAGCATTC
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* * *
10899211 AAAGTTTCATAGCCTCTGATTGGAGGAGCATTT
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1 AAAG
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Statistics
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AAAGTTTCATAGCCTATGATTAGAGGAGCATTC
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*
10899207 ATTCAAAGTTTCATAGCCTCTGATTGGAGGAGCATTTAAAGATTTTAAGATTTGTAAGACCTTCA
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* * * **
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* *
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66 AGCATAATCTCCAACCATTTTA
* *
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* * **
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ATTCAAAGTTTCATGGCCTCTGATTGGAGGAGCATTTAAAGATTTTAAGATTTGTAAGACCTTCA
AGCATAATCTCCAACCATTTTA
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* *
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* * * * *
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1 GATTTTTGGGATTTAATTCTACAATCAATTCGCATTAAAAATGATATGGAGAA
* *
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1 GATTTTTGGGATTTAATTCTACAATCAA
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GATTTTTGGGATTTAATTCTACAATCAATTCGCATTAAAAATGATATGGAGAA
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*
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10906291 ATAAAATATT
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TTTTATATTTAAATTAT
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10907019 CAGGTTTTCC
*
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1 TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTA-T TTTAT TTTAT TTTA-T TT-TAT
** *
10907079 TTTA- AGTAT TTTAT TTTCAAT TTTCAAT TTTCAAT TTTCAAT TTT-T TTATTT
1 TTTAT TTTAT TTTAT TTT--AT TTT--AT TTT--AT TTT--AT TTTAT TT-TAT
10907131 TTTAT TTTAT TTTAT TGGTT-T TTTAT TTT
1 TTTAT TTTAT TTTAT T--TTAT TTTAT TTT
10907160 TATTGAGTAA
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TTTAT
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10907029 TTTATTTCAT
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1 TTTATTTATATTTTA
*
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1 TTTATTTATATTTTA
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**
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1 ATTTT
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ATTTTCA
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10907022 GTTTTCCTTT
*
10907032 ATTTCATTTTATTTTATTT
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* *
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* *
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* *
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1 ATTTATTTTATTTTTTA
* *
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1 A-TTT--ATTTT-ATTTTTTA
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*
10907135 TTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTATT
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Statistics
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ATTTATTTTATTTTTTA
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Indices: 10908101--10908138 Score: 67
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*
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1 AAAAGAAAAA
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1 AAA
10910109 TGAAGGAGAA
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Matches are distributed among these distances:
10 23 1.00
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10911156 TTCGATTTTG
* * *
10911166 GCTCAGTCTAGATCATTTTCCTGACTTGTGGTTTAATCTCGA-TCATTTGATCCCT
1 GCTCAGTCTAGATCATTTTCCTGACTTATGGTTCAATCTCGAGTCATTTGATCCAT
* * * * *
10911221 GCTCAATCTAGATCATTTTCTTAATTTATGGTTCAATCTCG-GTCGTTTGA-CCAT
1 GCTCAGTCTAGATCATTTTCCTGACTTATGGTTCAATCTCGAGTCATTTGATCCAT
* * * *
10911275 GACT-TGATCTA-AGTCAATTTT-CTAGACTTGTGGTTCAATC-CTAGTC-TTTGAT-CTT
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* *
10911330 GGCTCAGTCTAGATCATTTTCTTGACTTATGGTTCAATCTC-AGTCATTTGAT-CTT
1 -GCTCAGTCTAGATCATTTTCCTGACTTATGGTTCAATCTCGAGTCATTTGATCCAT
* * * * * * *
10911385 AGCTCAATCCATATCATTTTCCTAACTTATAGTTCAATCTC-AGTTATTCGATCTCA-
1 -GCTCAGTCTAGATCATTTTCCTGACTTATGGTTCAATCTCGAGTCATTTGATC-CAT
* * * *
10911441 GTTCAGTCCAAATCATTTT--TAGATTTATGGTTCAATCT
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10911479 TGGTTGTTCA
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GCTCAGTCTAGATCATTTTCCTGACTTATGGTTCAATCTCGAGTCATTTGATCCAT
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Indices: 10911211--10911478 Score: 253
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10911201 ATCTCGATCA
* * * * * *
10911211 TTTGATCCCTGCTCAATCTAGATCATTTTCTTAATTTATGGTTCAATCTCGGTCGTTTGACCATG
1 TTTGATCTCAGCTCAGTCTAGATCATTTTCTTGATTTATGGTTCAATCTCAGTCATTTGACCATG
** * * *
10911276 ACTTGATCTAAGTCAATTTTCTAGACTTGTGGTTCAATCCTAGTC
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** * * *
10911321 TTTGATCTTGGCTCAGTCTAGATCATTTTCTTGACTTATGGTTCAATCTCAGTCATTTGATC-TT
1 TTTGATCTCAGCTCAGTCTAGATCATTTTCTTGATTTATGGTTCAATCTCAGTCATTTGACCATG
10911385 AGCTCAATCCATA-TC-ATTTTCCTA-ACTTATAGTTCAAT-CTCAGT-
66 A-CTCAATCCA-AGTCAATTTT-CTAGACTTATAGTTCAATCCT-AGTC
* * * *
10911429 TATTCGATCTCAGTTCAGTCCAAATCATTTT-TAGATTTATGGTTCAATCT
1 T-TT-GATCTCAGCTCAGTCTAGATCATTTTCTTGATTTATGGTTCAATCT
10911479 TGGTTGTTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTGATCTCAGCTCAGTCTAGATCATTTTCTTGATTTATGGTTCAATCTCAGTCATTTGACCATG
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Found at i:10911565 original size:56 final size:56
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Indices: 10911505--10911653 Score: 192
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10911495 AGATCGATCC
*
10911505 AGATCATTTTTTTGACTTGTGGTTTAATCCCAGTCATTTTGATCTCAACTCGGTCT
1 AGATCATTTTTTTGACTTGTGGTTCAATCCCAGTCATTTTGATCTCAACTCGGTCT
* * * * * *
10911561 AGATCATTTTTTTGACTTGTGGTTGAATCTCGGACATTTTGATCTTAGCTCGGTCT
1 AGATCATTTTTTTGACTTGTGGTTCAATCCCAGTCATTTTGATCTCAACTCGGTCT
* ** *
10911617 A-ATCATCTTTTTGACTCATGGTTCGATCCCAGTCATT
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10911654 CATTTTCGAC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 14, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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*
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*
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10911814 CTGTGAAACT
Statistics
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Found at i:10911866 original size:69 final size:69
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Indices: 10911740--10911913 Score: 172
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10911730 GCGAATTTAG
* * * * *
10911740 AACCTTTACGAAACTTAAAATCTTGCGAATTTGAAAGTCCTTGCAAAACTAAGACCTTTGCAAAT
1 AACCTCTATGAAACTTGAAATCTTGCGAATCTGAAAGTCCTTGCAAAACTAAGACCTTGGCAAAT
10911805 CTAA
66 CTAA
* * * * ***
10911809 AACCTCTGTGAAACTTGAAATCTTGCGAATCT-AAAGGTCTTTGCGAACCTGAA-ACCTTGGTGG
1 AACCTCTATGAAACTTGAAATCTTGCGAATCTGAAA-GTCCTTGCAAAACT-AAGACCTTGGCAA
* *
10911872 ATTTAG
64 ATCTAA
* *
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1 AACCTCTATGAAACTTGAAATCTTGCGAATCTGAAA
10911914 ATCTTTGTGA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 17, Indels: 5
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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CTAA
Found at i:10912489 original size:51 final size:50
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Indices: 10912368--10912503 Score: 166
Period size: 51 Copynumber: 2.7 Consensus size: 50
10912358 CAACTTTAAT
* * *
10912368 TAAGGAATTTTTAGGATTTAATTCTAGAATCAATTGGCATTAAAAATGATG
1 TAAGAAATTTTTGGGATTTAATTCCAGAATCAATT-GCATTAAAAATGATG
* * * *
10912419 TGAAGAGATTTTTGCGATTTAATTCCAAAATCAATT-CATATTAAAATGATG
1 T-AAGAAATTTTTGGGATTTAATTCCAGAATCAATTGCAT-TAAAAATGATG
10912470 CTAAGAAATTTTTGGGATTTAATTCCAGAATCAA
1 -TAAGAAATTTTTGGGATTTAATTCCAGAATCAA
10912504 ATCAAATAAA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 10, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TAAGAAATTTTTGGGATTTAATTCCAGAATCAATTGCATTAAAAATGATG
Found at i:10913102 original size:11 final size:11
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Indices: 10913082--10913186 Score: 54
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10913072 AGGTTTTCCT
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1 TTTTTATTTTA
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*
10913118 TTTTGA-TTTA
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*
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*
10913141 GTATTTATTTTCAA
1 -TTTTTATTTT--A
10913155 TTATTTATTATT-
1 TT-TTTATT-TTA
10913167 TATTTTATTTTA
1 T-TTTTATTTTA
10913179 TTTTTATT
1 TTTTTATT
10913187 AAGTAATTTA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTATTTTA
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10913071 TAGGTTTTCC
*
10913081 TTTTTTCATTTTATTTTTA
1 TTTTTTCATTTGA-TTTTA
*
10913100 TTTTTTGATTTGATTTTA
1 TTTTTTCATTTGATTTTA
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1 TTTT
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TTTTTTCATTTGATTTTA
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10913147 ATTTTCAATT
*
10913157 ATTTATTATTTATT--TTA
1 ATTTATTATTTATTAAATA
* *
10913174 TTTTATT-TTTATTAAGTA
1 ATTTATTATTTATTAAATA
10913192 ATTTATTATTTATTAAATA
1 ATTTATTATTTATTAAATA
10913211 ATTT
1 ATTT
10913215 TCTTATATTA
Statistics
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17 6 0.18
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ATTTATTATTTATTAAATA
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* *
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1 ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
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1 A
10915839 CACAACTTAA
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ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
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10919413 TTTTCATTCA
10919423 TCAAATCATCAAATTTCTTTT
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1 TCAAATCACAAA-TTTCTTTT
10919464 TC
1 TC
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Statistics
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TCAAATCACAAATTTCTTTT
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10923846 CTTAACCGAT
* * * * * *
10923856 TAAGCTTATATGAA-A-AAAAAATTATTCTATGACAAAA-TAAAGATT-ATAA-TGATTTGAGAT
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAACT-ATTTGAAAT
* * *
10923916 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA-
64 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
** * * *
10923979 --AAT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATCATTTTATTCTAAA
128 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAA
* ** * * * *
10924030 TAA-TTCTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAGACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATA
1 TAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATA
* * * * *
10924094 GATAATTGTTTAAATGGAT-ATGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
65 GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * * * *
10924158 TCCTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATGTTATTCTAAA
129 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAA
** * * * * *
10924211 TAAATTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAA
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
10924276 ATAATTATTTAAACAATCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATT
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* *
10924341 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
131 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAA
* * * * *
10924392 TAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAGCTATTTGAAATAG
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAG
** * * *
10924457 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCGGAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TT
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
10924521 TTACTTACTAATTTCTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAA
131 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAA
* *
10924572 TAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAG
* * * * *
10924636 ATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTC
66 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
10924701 TTACTCATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAA
131 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAA
* * * ** * * * *
10924752 TAAGCCTATATGAACTGGTACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAGTTCATAACTTTTTGAAAAA
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATA
* * * * * * *
10924817 GATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGGACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCT
65 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
10924882 TTTATTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAA
130 TTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAA
* * * * *
10924934 TAAGTTTGTATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTAAAAT
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACT-ATTTGAAAT
* * * * ** *
10924997 AAACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA-A
64 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * *
10925060 TTTT--TTATTAATTGTTT-GAATAGTAATAAATTTTTATTATTTTATTTAAAA
129 TTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAA
* * * * * *
10925111 TAAGGTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGGCGAAACAAAAAG-TCAT-AGTAATTTGAAA
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACT-ATTTGAAA
* * * * * * *
10925173 TAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTTAACTTGTTTGGTGAATAGATTCATTTTTTAAAT
63 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
10925238 CTCTTACTTATTAATTTTTGGATTGTTAATCAA-TTAGAATTATGTTATTTCAAA
128 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAA
* * * * * *
10925292 TAAG-TTGTACGAACAAAAATAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTTC-TAA-TGATTTGAAAT
1 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACT-ATTTGAAAT
* * * * * ** ** * *
10925354 AGATAATTGTTTAAACAATCACAACTATTTGCA-TTGGTTAAGCCAACATATTCATTTTTTAAAT
64 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
** * *
10925418 CCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTACTTTATTTCGAA
128 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAA
10925472 TAAGAC-TGTATGAACA
1 TAAG-CTTGTATGAACA
10925488 AAAAATGGTC
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 228, Indels: 79
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 10 0.01
175 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAG
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TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAA
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Period size: 542 Copynumber: 4.6 Consensus size: 541
10923865 ATGAAAAAAA
* * * * * * *
10923875 AATTATTCTATGACAAAATAAAGA-TTATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
10923939 ACTATTTG-AATTAGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAAA---AT-CTTATTAATTTTTAAAA
66 ACTATTTGAAATTGGTTCGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
10923999 TATTAATAAA-TTAGTATCATTTTA-TTCTAAATAA-TTCTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
129 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * * *
10924061 CAACAAGACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGAT-ATGACTATTTGA
191 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTGA
* * * * *
10924125 ATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
255 ACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * *
10924190 TTAGTATTATGTTATTCTAAATAAATTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAATAA
320 TTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAA
* * * *
10924253 AAGATCATAACTATTTGAAATAA-ATAATTATTTAAACAATCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGT
383 AAGTTCATAACTATTTGAAA-AAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGA-CTTGTTCGAT
* * * *
10924317 AAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATT
446 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* *
10924382 TTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACAAAAAT
511 TTAATTTGAATAAG-TTTGTATGAACAGAAAT
** * *
10924413 AATTGGTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAGCT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
10924476 TAACTATTTGAAAGT-GTTCGGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTACTAATTTCTGGA
64 TAACTATTTGAAATTGGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAA
**
10924540 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATG
128 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
10924604 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACT
193 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* * * * *
10924669 TGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTT
258 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * *** * *
10924734 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGGTACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAGT
323 GTATTATTTTATTCTAAATAAG-TTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAAGT
* * * * *
10924799 TCATAACTTTTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGGACTTGTTCGATAAACA
387 TCATAACTATTTGAAAAAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTT-GACTTGTTCGATAAACA
* * *
10924864 TATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
451 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * **
10924928 TATGAATAAGTTTGTATGAATAGAACC
515 TTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAAT
* *
10924955 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * *
10925020 ATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAA-TTTT--TTATTAATTGTTT-GAAT
66 ACTATTTGAAATTGGTTCGAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATT-TTTAAAAT
* * * * * *
10925081 AGTAATAAATTTTTATTATTTTATTTAAAATAAGGTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGG
130 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGA
* ** * *
10925145 CGAAACAAAA-AGTCATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTTAACT
194 CAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* * * ** * * *
10925209 TGTTTGGTGAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGATTGTTAATCAATTA
258 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * * *
10925274 GAATTATGTTATT-TCAAATAAGTTGTACGAACAAAAATAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGT
323 GTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAAGT
* * * * * **
10925338 TC-TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAATCACAACTATTTG-CATTGGTT-AAGCCA
387 TCATAACT-ATTTGAAAAAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAC-TT-GTTCGA-TAA
* * ** * ** *
10925399 ACATATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTACTTT
448 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
**
10925464 -ATTTCGAATAAGACTGTATGAAC---AA-
513 AATTT-GAATAAGTTTGTATGAACAGAAAT
* * *
10925489 AA--A----ATG------------GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** *
10925536 ACTAATTG-AACTGGTTCAGTAAGTAGATTTATTTTT-TAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
66 ACTATTTGAAATTGGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTAAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * * *
10925599 ATATTAAT-GATTTAATATTATTTTATTCCAAAAAAACTTATTTGAATAAAAACATTTATTTTAT
128 ATATTAATAAATTT-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* **
10925663 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TGTCTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTGAA
192 GACAAAACAAAAGATCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * * * * **
10925726 CTAGTTCGGCAAACAGAATTATTTTTTCAATCTTTTA-TTGATTAATTTTTGAAATGCTAATAAA
256 CTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
10925790 TTTGTTTTATTTTATTCTGAATAAGTTAGTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
320 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTA-TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAA
* * * * * * * * ** * * *
10925855 TG-TCGTAACAATTT-AAAAGAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTTAATTGATTCAGA-
384 AGTTCATAACTATTTGAAAA-AGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGACTTG-TTC-GAT
* * * * *
10925917 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT-TCATAATATTATTAAATTAGTATTA-
446 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTAATATTAT
**
10925980 TTTAATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAAT
510 TTTAA-TTTGAATAAGTTTGTATGAACAGAAAT
* * * * * *
10926013 AA-TAGTTTTATGACAGATCAAAAGGTTATAA-GAAGTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
1 AATTA-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
10926076 TAACTATTT-AAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGA
64 TAACTATTTGAAATTGGTTCGA-AAACAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAA
* * ** *
10926140 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTAATATG-ATGAAAAACAATTGTTTT
127 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * *
10926203 ATGACAAAACAAAAGTTCATAACGA-TTGAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTG
190 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * *
10926267 AAC-TGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTGA-TTATCAATTTTTAAAATATTAAT
254 AACTTG-TTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* *
10926329 AAAGTAATATTATTTTAT
317 AAATTAGTATTATTTTAT
10926347 GATAAAATAA
Statistics
Matches: 1549, Mismatches: 292, Indels: 182
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
515 6 0.00
516 59 0.04
517 1 0.00
518 4 0.00
519 96 0.06
520 230 0.15
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522 1 0.00
523 2 0.00
524 2 0.00
525 1 0.00
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530 3 0.00
532 1 0.00
534 2 0.00
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536 1 0.00
537 14 0.01
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540 150 0.10
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544 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (541 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAAATTGGTTCGAAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
TTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGT
TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCTAAATAAGTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAAGTTCAT
AACTATTTGAAAAAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGACTTGTTCGATAAACAAATTT
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAA
TAAGTTTGTATGAACAGAAAT
Found at i:10925100 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 10923894--10926346 Score: 1401
Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 176
10923884 ATGACAAAAT
* * * * *
10923894 AAAGATTATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTAGTTCGA
1 AAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * * *
10923958 TAAACAGATTTAGTTTTTAAAA-ATCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATCATTTT
64 TAAACAGATTTA-TTTTTAAAATTTTTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * ** *
10924022 ATTCTAAATAA-TTCTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAGAC-A
127 ATTTTGAATAAGTT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
10924071 AAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGAT-ATGACTATTTGAATTTGTTTGG
1 AAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* ** *
10924135 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
64 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-T--T-TTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
10924200 GTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-TA
124 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
10924252 AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAATCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGT
1 AAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * *
10924317 AAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATT
65 AAACAGATTTA-TTTTTAAA-ATTTT--TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
10924382 TTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAAC-A
125 TTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** * *
10924433 AAAGTTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCGGA
1 AAAGATCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * ** *
10924498 AAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTACTAATTTCTGGAATATTAATAAATTTATATTATTT
65 AAACAGATTTATTTTTAAAA-TTTT--TTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* *
10924563 TATTTGGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A
126 TATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * **
10924612 AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
1 AAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * **
10924677 AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATT
65 AAACAGATTTATTTTTAAAAT-T-TT--TTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATT
** * ** * *
10924742 TTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GGTACAATTGTTTTATAACAAAAAAA
125 TTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
10924794 AAAGTTCATAACTTTTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGGACTTGTTCGAT
1 AAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* *
10924859 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATT
65 AAACAGATTTATTTTTAAAA---TTT-TTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
10924924 TTAATATGAATAAGTTTGTATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAA
125 TTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
10924976 AAAG-TCATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTAGT
1 AAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * **
10925040 AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTAATTGTTTGAATAGTAATAAATTTTTATTATTTTAT
65 AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * *
10925105 TTAAAATAAGGTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGGCGAAACAA
129 TTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
10925153 AAAG-TCATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTTAACTTGTTTGGT
1 AAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * * * *
10925217 GAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGATTGTTAATCAATTAGA-ATTAT
65 AAACAGATTTATTTTTAAAAT-T-TT--TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-ATATTAT
* ** * * * * * * *
10925281 GTTATTTCAAATAAG-TTGTACGAACAAAAATAATTATTTTGTGATAAAACAA
124 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * **
10925333 AAGGTTC-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAATCACAACTATTTGCA-TTGGTTAAG
1 AAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
** * * ** ** *
10925396 CCAACATATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTAC
64 TAAACAGATTTA-TTTTTAAA---ATTTTTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* ** * * * ** ***
10925461 TTTATTTCGAATAAGACTGTATGAACA-AAA-AA-TG-GTCAT-A-ACGATTT
124 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** * * * **
10925508 GAA-AT-A-AATAATTG---TTTA-AATAG-T-------T-ATAACTAATTGAACTGGTTCAGTA
1 AAAGATCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
** * * * *
10925557 AGTAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATGATTTAATATTATTT
66 AACAGATTTATTTTTAAAAT-T-TT--TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTT
*** * ** * * * * *
10925622 TATTCCAAAAAAACTTATTTGAATAAAAACATTTATTTTATGACAAAAC-A
126 TATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
10925672 AAAGGTCATAATGTCTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTGAACTAGTTCGGC
1 AAAGATCATAATAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* ** ** ** *
10925736 AAACAGAATTATTTTTTCAATCTTTTATTGATTAATTTTTGAAATGCTAATAAATTTGTTTTATT
65 AAACAGATTTA-TTTTT-AAAATTTT-TT-ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * *
10925801 TTATTCTGAATAAGTTAGTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAA
125 TTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * * * **
10925853 AATG-TCGTAACAATTTAAAAGAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTTAA-TTGATTCAG
1 AAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* * * * * *
10925916 AAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTAT
64 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-T-TT--TTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* ** * * * * *
10925981 TTAATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATAGTTTTATGACAGATC-A
124 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
10926033 AAAGGTTATAAGAAGTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTCGA
1 AAAGATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * *
10926097 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
64 TAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TT-T--TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * ** *
10926162 TTTATTTCGAATAGGCTAATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A
124 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
10926214 AAAGTTCATAACGA-TTGAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTG
1 AAAGATCATAA-TATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG
* * * * *
10926277 ATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTGATTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA
63 GTAAAC-AGATTTATTTTTAAAAT-T-T-TTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTA
10926341 TTTTAT
123 TTTTAT
10926347 GATAAAATAA
Statistics
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0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
156 1 0.00
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160 6 0.00
161 1 0.00
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164 3 0.00
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168 7 0.00
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171 2 0.00
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174 1 0.00
175 3 0.00
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185 1 0.00
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Consensus pattern (176 bp):
AAAGATCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
AACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
TGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
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Period size: 142 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
10926189 AAAACAATTG
* * *
10926199 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTGAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTAT
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*
10926264 TTGAAC-TGATTTG-ATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TGATTATCAATTTTTAAAATAT
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10926325 TAATAAAGTAATATTA
128 TAATAAAGTAATATTA
* * * ** * *
10926341 TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATATCGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
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* * * * ** *
10926406 ATGAACTTGTTGCATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
66 ATGAACTTGTTGCATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGATTATCAATTTTTAAAATATTAA
* *
10926471 TAAATTAGTATTA
131 TAAAGTAATATTA
10926484 TTTTAT
1 TTTTAT
10926490 TTTGAATAAG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 20, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.44
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TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
ATGAACTTGTTGCATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGATTATCAATTTTTAAAATATTAA
TAAAGTAATATTA
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Indices: 10926807--10929248 Score: 1030
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10926797 TTGAAATAGA
* * * ** * * * **
10926807 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATT-GTT-TTACGACA
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* * * * * * * * * * * *
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65 AACAAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-
* * * * *
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128 TCAGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTT-TACTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGT
*
10926998 ATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
191 ATTATTTTATTCAAAATAAAC-T-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* *
10927063 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTCGGTAAACAAAT
254 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTCTCTCAGTAAACAAAT
* *
10927128 TTATTCTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTGGAATATT
319 TCATTCTTTAAATATTTTACTTATAAATTTTGGAATATT
* * * * *
10927167 TATAAACTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTCATGATAAA
1 AATAAACTAATATTATTTTATTCTAAAGAAACTTATATGAATAGAAACAATTGGTTCATAATAAA
** * * * *
10927232 ACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTA
66 ACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-GT-
*
10927296 CAGA-AAATAGCTTTATTTTCTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TA
129 CAGATAAATAGATTTATTTT-TAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * *
10927359 TTATTTTATTCAAAATAAGC-T-TGCAT-G-AACTAA-TATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
192 TTATTTTATTCAAAATAAACTTATGAATAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * * * *
10927419 ATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAGCAGATT
256 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTCT-CTCAGTAAACAAATT
* * * *
10927483 CATTTTTTTAATTATTTTACTATTTAATTTTTGGAATATT
320 CA-TTCTTTAAATATTTTACT-TATAAATTTTGGAATATT
* * * *
10927523 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAGAAGA-TTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATA
1 AATAAACTAATATTATTTTATTCT-AAAGAA-ACTTATATGAATAGAAACAATTGGTTCATAATA
*** *
10927586 GGTCAAAAAGTCATAACAG-TTTGAAATAAATAATT-TATAAAATAGTTATAACTATTTAAACTA
64 AAACAAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAAATAATTGT-TAAAATAGTCATAACTATTTAAACTA
** * * *
10927649 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TATT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT
127 GTCAGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * * *
10927711 AGTACTTTATTTC-AAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
191 ATTATTTTA-TTCAAAATAAAC-T-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * *
10927775 ATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCATTTAAACTGGT-T-AGATAAAT
253 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACT-ATTTAAACT-CTCTCAG-T-AA-
* * * * * * *
10927837 AAAAATAT-ATTTTTTAAATCTCTTATTTATTTAATTTTTGAAATATT
313 ACAAAT-TCATTCTTTAAATATTTTACTTA--TAAATTTTGGAATATT
* * * * * * * ** * * *
10927884 AATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATGATTTG-AA-AATTCTTTTATGACAA
1 AATAAACTAATATTATTTTATTCTAAAGAAACTTA-TATGAATAGAAACAATTGGTTCATAATAA
* * * * * * * * ** * *
10927946 AACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATGAATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGGATTGGTT
65 AACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-T
* * * * * * *
10928011 C-GGTAAACAAATTTATTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAGTA
129 CAGATAAATAGATTTATTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
** * * * * * * * * * *
10928074 TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATTATTTTGTGATAGAACACAAGGTAAT
192 TTATTTTATTCAAAATAAAC-T-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * * * *
10928139 AACAATTTGAAGTATAA-AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGT-TCAATAAATAAA
255 AATGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT-CTCTCAGTAAACAAA
* * * * * * *
10928202 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
318 TTCATTCTTTAAATATTTTACTTA-TAAATTTTGGAATATT
* * * * * * * * * *
10928243 AATAAATTAGTATTATTTTATCCCACATAAGCTTAAATG-ATCAAAAAC-ATTTGTT-AT-ATGA
1 AATAAACTAATATTATTTTATTCTAAAGAAACTTATATGAAT-AGAAACAATTGGTTCATAAT-A
** * * * * * *
10928304 CCAAAC-AAAAGGAAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAA-
64 --AAACAAAAAGTCATAAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTT-AAAC
* * * * ** * *
10928367 TAATTC-TATAAATAGATTCACTTTTAAAATCACTTACTTACTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
125 T-AGTCAGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
10928431 TTGCATTTTTTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATTAACT-GAAATAATTATTTTATAACAAAACAA
187 TAGTA-TTATTTTA-TTCAAAATAAAC-T-TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-A
* * * ** * * * *
10928494 AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACT-TGTTCAA
246 AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTCT-CTCAG
* * * * * **
10928558 TAAATAGATTTATTTTTTAAAATATCTTT--TTATCAATTTTTTTAATATT
310 TAAACAAATTCATTCTTT-AAATAT-TTTACTTAT-AAATTTTGGAATATT
* * * * * * * * * *
10928607 AATAAATTAGTGTTAATTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACTA-AAGCAATTGTTTTATGACT
1 AATAAACTAATATTATTTTATTCT-AAAGAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGGTTCAT-AAT
* * * * * ** * ** * * * *
10928670 -AAACAAAAGGTAAGAACGATTTCAAATGGATAGTTGTTCTAATAGTCTTAACCATATGAACTGA
63 AAAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACT-A
* * * * * * * * *
10928734 TTC-GAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTATTAAATTTG
127 GTCAGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
10928798 TATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTACGAACA-AAAAAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGGT
190 TATTATTTTATTCAAAATAAAC-T-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGAT
* ** * * * * * ** **
10928862 CATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTCAT-TCAACAATTA
252 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTC-TCTCAGTAAACA
* * * * ** *
10928926 GATTTATT-TTTTAATTTTCTTGGTTATTAATTTTTGGAATATT
316 AATTCATTCTTTAAATATT-TTACTTA-TAAATTTTGGAATATT
* * * * ** * * *
10928969 ATTAAATTAGTATT-TTTTATT-T-CAGATAAAATAGTATGAATAGAACCAA-TAGTT-A-GATG
1 AATAAACTAATATTATTTTATTCTAAAGA-AACTTA-TATGAATAGAAACAATTGGTTCATAAT-
* * * * * *
10929028 AAAA-AAAAAGATTATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGAGAACTATTTGGAAA
63 AAAACAAAAAG-TCATAA-AGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTT--AAA
* *
10929091 -T-G-CTAG-TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT--AA-A-T-ATAA
124 CTAGTC-AGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAA
* * * *
10929147 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAACAAACTTATATAAATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAA
185 ATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAAC-T-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* ** * *
10929211 AA-AGTAATAACAATTTGAAATATAT-ATTTTTCAAATAG
247 AAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
10929249 TTATAATTAT
Statistics
Matches: 1621, Mismatches: 353, Indels: 223
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 3 0.00
353 49 0.03
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356 135 0.08
357 16 0.01
358 52 0.03
359 233 0.14
360 229 0.14
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364 203 0.13
365 20 0.01
366 5 0.00
368 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AATAAACTAATATTATTTTATTCTAAAGAAACTTATATGAATAGAAACAATTGGTTCATAATAAA
ACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTCA
GATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCAAAATAAACTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTCTCTCAGTAAACAAATTCATTCT
TTAAATATTTTACTTATAAATTTTGGAATATT
Found at i:10927722 original size:177 final size:182
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10926961 TTCAACTTAC
* * * * * *
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1 TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTC-AAACAAACTTATATAAACAAAAA
* * * *
10927034 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
64 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAAAGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCA
* * * * * *
10927098 TAA-CTATTTAAACT-CTCTCGGTAAA-CAAATTTATTCTTTAAA-TC-T-TTTACTT
128 TAATC-ATTTAAACTAGT-TAGATAAATAAAATATATTTTTTAAACTCATATTTA-TT
* * * * * * * * * * * * *
10927150 ATAAATTTTGGAATATTTATAAACTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTTTTTGAATAGAAA
1 -TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTC-AAACAAACTTATATAAACAAAAA
* * * * ** * * * *
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64 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCAT
* * ** * * * ** *
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* * * ** *
10927331 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAA-ATAAGCTTGCATGAAC----
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAGTACTTTATTTCAAACA-AA-CTTATATAAACAAAA
* * * * * * * * * * * *
10927389 -TAA-TATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCA
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* * ** * * * *
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128 TAATC-ATTTAAACTAG-TTAGATAAATAAAATAT-ATTTTTTAAACTCATATT--TATT
* * * * * * *
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTCAAACAA-ACTTATATAAACAAAAAC
* *** * *
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* * *
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128 TAATC-ATTTAAACTAGTTAGATAAATAAAATATATTTTTTAAACTCATATTTATT
*
10927684 TAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTAGTACTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACA
* * * * *
10927749 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAA
* *
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131 TCATTTAAACTAGTTAGATAAAT-AAAATATATTTTTTAAA-CTCATATTTATT
** * * * * ****
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAGTACTTTATTTCAAACAAACTTA-TATAAACAAAAA
* * * * * * * * * *
10927930 -AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATGAATAATTGTTCATATAGTCTT
64 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCAT
** * * * * * * * * *
10927994 AAAT-ATTTGGATTGGTTCGGTAAA-CAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTA-T
129 -AATCATTTAAACTAGTTAGATAAATAAAATATATTTTTTAA-ACTCATATTTATT
* * * * * * * * * *
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACA
* * * * * * * * * * * * *
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66 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA-AGATTTAAAATA-AATAATTGTTAAAATAGTCAT
* * * *
10928174 AA-CTATTTAAACTGGTTCA-ATAAAT-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-T
129 AATC-ATTTAAACTAGTT-AGATAAATAAAATATATTTTTTAAA-CTCATATTTATT
* * * ** * * * * * *
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAACA
* * * * ** * * * * * *
10928292 TTTGTTATATGACCAAAC-AAAAGGAAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATA
66 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAA-GATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATA
* * ** * * * * *
10928356 ATTATTTGAAA-TAATTCTATAAAT-AGAT-TCA-CTTTTAAAATCACTTACTTA-C
130 ATCATTT-AAACTAGTTAGATAAATAAAATAT-ATTTTTTAAACTCA--TATTTATT
* * * ** * * * * * **
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1 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-GTACTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAA
* * * * * * *
10928472 TAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
64 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAA-GTCATAAAGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCA
* * * * * * *
10928537 TAATTATTTGAACTTGTTCA-ATAAAT-AGATTTATTTTTTAAAAT-ATCTTT-TT
128 TAATCATTTAAACTAGTT-AGATAAATAAAATATATTTTTTAAACTCATATTTATT
** * * * * *
10928589 ATCAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGT-GTTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAAA
1 -T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAG-TACTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAA
* * * * * * * * ** * ** *
10928653 GCAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAACGATTTCAAATGGATAGTTGTTCTAATAGTCT
63 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCA
* * * * * * *
10928718 TAACCATATGAACT-GATTCGA-AAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-T
128 TAATCATTTAAACTAG-TTAGATAAATA-AAATATATTTTTTAAA-CTCATATTTATT
* * * * * * * * * **
10928772 TAATTTCTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTACGAACAAAAA-
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTC-AAACAAACTTATATAAACAAAAAC
* * * *
10928835 AATTATTTTA-AGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
65 AATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAA-GTCATAAAGATTTAAAATAAATAAT
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TCATTTAAACTAGTTAGATAAATAAAATATATTTTTTAAACTCATATTTATT
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* *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTA-TTTTTTAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
10927788 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCATTTAAACTGGTT-AGATAAATAAAAATATATTTTT
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCA-ATAAAT--AGATTTATTTTT
* *
10927851 TAAATCTCTTATTTATTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAA
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* *** * *
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125 CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * ** * *
10927970 AT-GAATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGGATTGGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAA
1 ATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * ** *
10928033 TTCTCTTAGTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGT
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * **
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66 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
* * * * * * ** *
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* * * * * ** * * * *
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1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
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66 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAACTTG
* * * * *
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* * *
10928514 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AA
* * * ** * * *
10928579 ATATCTT-TTTATCAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTGTTAATTTATTTCAAATAAACTTGT
65 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT
* * * * * * *
10928643 ATGAACTA-AAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAACGATTTCAA
130 ATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
10928695 ATGGATAGTTGTTCTAATAGTCTTAACCATATGAACTGATTCGAA-AAACAAATTTATTTTTTAA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-AATAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
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* * *
10928824 ACGAACA-AAAAAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAA
130 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAA
** * * * ** * * *
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1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
* ** * * * * * *
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* * ** * * **
10929005 TGAATAGAACCAA-TAGTTAGATGA-AAAA-AAAAGATTATAACAATTTGAA
131 TGAACAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
10929054 ATAGATAATTATTCAAATAGTGAGAACTATTTGGAAAT-GCT-AGTAAATAGATTTACTTTTTAA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * *
10929117 ATCTCTTACTGATTAATTTTCT--AA-A-T-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
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* * * * * * **
10929177 TATAAATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
129 TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * ** * *
10929230 ATATAT-ATTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCTGTAAATAAAATTATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * **
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66 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
10929359 T
131 T
10929360 AAGCTGAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
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TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
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Found at i:10928820 original size:545 final size:535
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* * * *
10926718 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT-CTCTATTTG-AATCAGTTCGATAAAAAGGTTTAGTTTTTA
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** * *
10926781 AA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATAGAAATAAA-TT-AGTATTATTTTA-TTCTAAATAAT
60 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTCA-T-TTTTTTTATTTC-AAATAAG
* * * ** * *
10926838 TTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAGA-AAAATATTATAATGATTTGAAATAGATA
121 CTTGTAT-AAT-GAAATAATTATTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATA
* * * * * * *
10926902 ATAGTTCAAAT-GGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATTTTCA
183 ATTGTTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCT
**
10926965 ACTTA-CTAATTCTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTATATGA
247 TTTTATC-AATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGA
* * * *
10927027 ATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
309 ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAGAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * ** * * *
10927091 ATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTCGGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTTTTACTTA-TAAA
374 ATAGTCTTAACTATTTAAACTAT-TCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
10927155 TTTTGGAATATTTATAAACTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTTTTTGAATAGAAACAATTG
438 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTAAATAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTT
* * *
10927220 GTTCATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAA
501 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
10927255 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTACAGAAAATAGCTTTATTTTCTAAA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-ATGTTCA-TAAATAG-ATTATTTT-TAAA
* * *
10927320 T-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTT-ATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTG
62 TCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTCAT-TTTTTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * *
10927382 ---CATGAACTAA-TATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTC
125 TATAATGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * * *
10927443 ATATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAGCAGATTCATTTTTTTAATTAT-TTTACTATT
190 AAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCTTT-TTA-T
* *
10927507 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAGA-TTATATGAATAGAAAC
253 CAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTATATGAATAGAAAC
* ** * * *
10927571 AATTGTTTTAT-AATAGGTCAAAAAGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATT-TATAAAATAGT-
317 AATTGTTTTATGACTAGAACAAAAGGTAATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTC
* * * * *
10927632 TATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TATT--TTATTAATTTTTG
380 T-TAACTATTTAAACTA-TTCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
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443 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT-AAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTG-TTTA
*
10927758 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAA
506 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
10927788 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATCATTT-AAACTGGTTAGATAAATAAAAATATATTTTTT
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA-T-GTT-CATAAAT--AGAT-TA-TTTTT
* * *
10927852 AAATCTCTTATTTATTTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTCATTTTATTTTATTCCAAATAAA
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* * *
10927915 CTAGTATGATTTG-AA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT-GAATA
121 CTTGTAT-A-ATGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAG-ATA
* ** * * * * *
10927977 ATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGGA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTT-AATTCTCT
183 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCT
* * * * * * * * * *
10928039 TAGTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATAAAC
247 T-TTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT
* * * * * * *
10928104 AGAAATAATTATTTTGTGA-TAGAACACAAGGTAATAACAATTTGAAGTATAA-AATTATTCAAA
311 AGAAACAATTGTTTTATGACTAGAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAA
* *
10928167 TAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-AATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
375 TAGTCTTAACTATTTAAACT-ATTCGAA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
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* ** *
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502 TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
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1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAAT-GTTC-ATAAATAGATT-A-TTTTTAAA
* * *
10928396 TCACTTACTTACTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTGCATTTTTTTTATTTCGAATAAGCTTGT
62 TCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTT-CATTTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGT
*
10928461 ATTAACTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTT-AAATAGATAATTG
126 A-TAA-TGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-TTTTGAAATAGATAATTG
* * * *
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187 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCTTTTTA
** * * * *
10928590 TCAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTGTTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTA-AAG
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* * ** * *
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* * * *
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381 TAACTATTTAAACT-ATTCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
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** * * ** * *
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* * ** * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
10929127 GATTAATTTTCT--AA-A-T-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATAAATAAA
250 TATCAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *** *
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* * * * * *
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187 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCTTTTTA
* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * ** ** *
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380 TTAACTATTTAAACT-ATTCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** * ** ** * * *
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185 TGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCTT-T
* * * * * *
10930176 TTA-CTAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTGTATG-ATC
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* * * * * * * * **
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* * * * * * ** * * * *
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373 AATAGTCTTAACTATTTAAACT-ATTCGAAAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** ** * * *
10930362 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCCGATAAGTTTTTATGAATTGAAATA-A
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* * *
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* * * ** * *
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1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAA-ATG-TTCATAAATAGA-TTATT-TTTAA
* ** * * **
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** * * * * * **
10930591 GTATGAACCAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAACGATTTGTGATAGATAATT
124 GTAT-AA-TGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGTTTTGAAATAGATAATT
* * **
10930655 GTGCAAATAATCTTAACTATTTGAACT
186 GTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
10930682 AGTTTGGCAA
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GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACTAGAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTA
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TCATAATGATTTGAA
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10926978 TTGAATATTA
* * * * * * *
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** * ** * * *
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* *
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* * * * * * * * * * *
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** * *
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** * * * * * * * *
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*
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130 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
10929302 CTATAAAATT
Statistics
Matches: 1667, Mismatches: 347, Indels: 244
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 14 0.01
174 108 0.06
175 45 0.03
176 106 0.06
177 163 0.10
178 99 0.06
179 90 0.05
180 286 0.17
181 372 0.22
182 225 0.13
183 96 0.06
184 53 0.03
185 5 0.00
186 2 0.00
187 2 0.00
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACATATATAAATAAAAACAATTATGTTATGATAAAA
CAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATATTATTCAAATAGTGAGAACTATTTGAAATGGTCTGT
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAT
Found at i:10930499 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 10929373--10930704 Score: 1109
Period size: 361 Copynumber: 3.7 Consensus size: 361
10929363 CTGAAATAGT
* * * ** * *
10929373 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTTTTAACTATTTCAACTAGTTTAGG-AAACGA-AT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTT-GGTAAAC-ACAT
* * * *
10929436 TTCTTTTTT-AATCTCTTAG-TTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
64 TTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * * * *
10929498 CAAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTGATTTATGATAGAACAAAAG-CTTATAACAATTTGA
127 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGTC-CAAAACAATTTGA
* * * ** * * *
10929562 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTATT--
191 AATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGAAAACAAATTTATTTCTTCA
* * *
10929625 AA-ATC-T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGT
256 AATATCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGT
*
10929687 ATG--TTGAGAAACAATTATTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
321 ATGAATT--GAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGGTAATA
* * * * * * **
10929729 ATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACTGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACACATTT
* * *
10929794 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTATTACTATTTTATTTTGGA
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAA
* ** * * * *
10929859 TAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCCAAAACGATTTTAAATA
131 TAAGC-TTGTATGAACAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGTCCAAAACAATTTGAAATA
* *
10929924 GATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTCTTCAAATT
195 GATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGAAAACAAATTTATTTCTTCAAATA
* * *
10929989 TCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTG
260 TCTTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCG-ATAAGCTTGTA
* ** * *
10930052 TGAATTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAATCTTAGA
322 TGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTAATA
* * * * ****
10930093 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-ACTAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAACAAACACATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACACATT
* * * *
10930157 TATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTT-TATTCG
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTTG
* * * * *
10930221 AATAAGCTTGTATGATCAAAAAAAAAAT-TTTTATGACAAAA-TAAAGAT-CATAGCAATTTGAG
129 AATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCCAAAACAATTTGAA
* * ** ** * * **
10930283 ATTGAT-ATTCGTTCAAATGGTTTTAATTATTTGAA-TTGCTTC-GAAAACTAGCTTTAATTT-T
192 ATAGATAATT-ATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTG-TTCGGAAAAC-AAATTT-ATTTCT
* *
10930344 T-AAATATCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCCGATAAGT
253 TCAAATATCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CGATAAGC
* * *
10930408 TTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTCATA
317 TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AGGTAATA
* * * ** *
10930454 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATA-TGTTTGAACTTGTTTGGTAAACATATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAATTTGGTAAACACATT
* * * * *
10930518 TATTGTTTAAATCCCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * *** * **
10930582 AATAAGCTTGTATGAACCAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAACGATTTGTGA
129 AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCCAAAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
10930646 TAGATAATTGTGCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAATACATTTATTT
193 TAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGG-AAAACAAATTTATTT
10930705 TTTATTATTA
Statistics
Matches: 778, Mismatches: 157, Indels: 76
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 57 0.07
357 49 0.06
358 98 0.13
359 1 0.00
360 19 0.02
361 215 0.28
362 98 0.13
363 72 0.09
364 165 0.21
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (361 bp):
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACACATTT
ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGTCCAAAACAATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGAAAACAAATTTATTTCTTCAAATAT
CTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAA
TTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTAATA
Found at i:10930570 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10929375--10930706 Score: 1042
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 178
10929365 GAAATAGTAT
* * ** * *
10929375 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTTTTAACTATTTCAACTAGTTTAGG-AAACGA-ATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAAC-ATATTT
* * * * *
10929438 CTTTTTTAATCTCTTAG-TTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
64 ATTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * *
10929501 ATAAACTTGTATGAATAT-AAATAATTGA-TTTATGATAGAACAAAAGCTTATAAC
126 ATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAC
* * * * * * *
10929555 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTAT
* * *
10929620 TTATTAAA--TC-T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAA
66 TT-TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAA
* * *
10929681 GCTTGTATG--TTGAGAAACAATTATTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAAT
130 GCTTGTATGAATT--GAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAAC
* * * *
10929731 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAAC-TGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAT-ATTT
* * * *
10929794 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTATTACTATTTTATTTTGGA
64 A-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGA
* * * * *
10929859 TAAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCCAAAAC
127 TAAGC-TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGT-CATAAC
* * * * * *
10929913 GATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTAT
* *
10929978 TTCTTCAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GA
66 TT-TT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCG-
* * * * *
10930041 ATAAGCTTGTGTGAATTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAA-ATCTTAGAAT
126 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTC--ATAAC
* * * * * ** **** *
10930095 GATTTGAAATAGATAATTATTCTACTAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAACAAACACATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-
* * * *
10930160 TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTT-TATTCGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCG-AT
** * ** * * *
10930224 AAGCTTGTATG-ATCAAAAAAAAAATTTTTATGACAAAATAAAGATCATAGC
128 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAC
* * * * ** * * * *
10930275 AATTTGAGATTGAT-ATTCGTTCAAATGGTTTTAATTATTTGAA-TTGCTTCGAAAAC-TAGCTT
1 GATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA--TT
* * *
10930337 TAATTTTTAAATATCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCCG
63 T-ATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CG
* * *
10930402 ATAAGTTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTCATAAC
126 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAAC
* * *
10930456 GATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATA-TGTTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA
* * * *
10930520 TTGTTTAAATCCCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
65 TT-TTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-A
*** * * * *
10930584 TAAGCTTGTATGAACCAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAAC
127 TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAT-AAC
** * * * * *
10930637 GATTTGTGATAGATAATTGTGCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAA-ATACATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT--ATTT
10930701 ATTTTT
64 ATTTTT
10930707 TATTATTAAA
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 170, Indels: 113
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 1 0.00
175 2 0.00
176 94 0.10
177 41 0.04
178 5 0.01
179 14 0.02
180 228 0.25
181 272 0.29
182 207 0.22
183 53 0.06
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTAT
TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAG
CTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAC
Found at i:10931185 original size:511 final size:513
Alignment explanation
Indices: 10930192--10931705 Score: 1144
Period size: 511 Copynumber: 2.9 Consensus size: 513
10930182 ATTTTTGAAA
* * *
10930192 TATTATTAAAGTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAAAAAAATTTTTATGA
1 TATTATTAAAGTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTAGTATGA-CAAAAAAAAAATTTTTATGA
* * * ** * *
10930257 CAAAATAAAGATCATAGCAATTTGAGATTGATATTCGTTCAAATGGTTTTAATTATTTGAATTGC
65 CAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATATTCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGGC
*
10930322 TTCGAAAACTAGCTTTAATTTTTAAATATCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT
130 TTCGAAAACTAGATTTAATTTTTAAATATCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT
* *** * * * *
10930387 ATTATTTTATTTCCGATAAGTTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTCA
195 ATTATTGTATTTCCGATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * *
10930452 TAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATATGTTTGAACTTGTTTGGTAAACATAT
260 TAACGATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGACATATA-GTATGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
*** * * *
10930517 TTATTGTTTAAATCCCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
324 TTATTGTTTAAATCCCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * * * **
10930582 AATAAGCTTGTATGAACCAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTTGAACGATTTGTGAT
389 AATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTGATCACAAAACAAAAGATATGAACGATTTGAAAT
* * * *
10930647 AGATAATTGTGCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAATACATTTATTTTT
454 AAATAATTCTGCAAACAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAATACATTTATTTTT
* * * *
10930707 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTTGAATAAGCTAAG-ATGA-AAAGAAATAATTGTTCTAT
1 TATTATTAAAGTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCT-AGTATGACAAAAAAAAAATT-TT-TAT
* *
10930770 GACAAAATAAAGATTATAACATTTTGAGATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
63 GACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGAT-ATTCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * *
10930834 TGGTTTGGTAAAC-AGATTTAATTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAA-TTTTGAAAATATTAATAAA
126 TGGCTTCGAAAACTAGATTTAATTTTTAAATATCTTGCTTAATAATTTTTG-AAATATTAATAAA
* * * * *
10930893 TTAGTATTATTGTGTTT-TGAATAA-TTCTGTT-TTAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACA
190 GTAGTATTATTGTATTTCCG-ATAAGTT-T-TTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACA
*
10930955 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATCAAAT-GAACATGACTA-TATGAACTTGTTTG
252 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAG-ACAT-A-TAGTATGAACTTGTTTG
* *
10931017 GTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCC-TACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
314 GTAAACAGATTTA-TTGTTTAAATC-CCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
*
10931081 TATTTTATTCTGAATAAACTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTGATCACAAAACAAAAGATCAT-
377 TATTTTATTCTGAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTGATCACAAAACAAAAGAT-ATG
* * * * * * * * *
10931145 AACTATTTGAAATAAATAATTCTTCAAGCAGTCATAACTATTAGAGCTTGCTTGGTAAACATATT
441 AACGATTTGAAATAAATAATTCTGCAAACAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAA-ATA--
*
10931210 TTATTTTTTAAATTATTTATT
503 -CA-----T---TTATTT-TT
* * * * * *
10931231 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGA
1 TATT-A---TT--AA-AGTAGT--ATT-ATCTTA----A-TTCGAATAAGCTAGTATGACAAAAA
* * * * * * * *
10931295 CACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAC--TCAAATAA
51 AAAAATT--TTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGAT-ATT-CGTTCAAATAG
* * * * * * * *
10931358 TTATAACTATTTGAATTTGTTTAGAAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTTT
111 TCATAACTATTTGAA-TGGCTTCGAAAACTAGATTTAATTTTTAAATATCTTGCTTAATAATTTT
* * * * * * *
10931421 TGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTAT
175 TGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTGTATTTCCG-ATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTAT
* * * * * * **
10931484 TTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA-T
238 TTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGACAT-A-TAGT
* * * * * *
10931548 TTGAACTTGTTAGGTAAACCGATTCATTATTTAAATCTCTTA-CTCATTAATTTTTAGAATATTA
301 ATGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCCCTTACCT-ATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * * *
10931612 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCAAT--ATGAACTAATACAATTGTTTTATTACAA
365 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAAC-TTGCATGAACAAAAACAATTGTTTGATCACAA
* *
10931674 AACAAAAGGTTAT-AACGATTTGAAATAGATAA
428 AACAAAA-GATATGAACGATTTGAAATAAATAA
10931706 CTACTGAAAT
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 135, Indels: 101
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 40 0.05
511 226 0.28
512 11 0.01
513 13 0.02
514 4 0.00
515 104 0.13
516 13 0.02
520 1 0.00
523 6 0.01
524 6 0.01
525 1 0.00
528 2 0.00
530 2 0.00
531 5 0.01
533 3 0.00
534 5 0.01
538 2 0.00
539 33 0.04
540 70 0.09
541 3 0.00
542 55 0.07
543 148 0.19
544 45 0.06
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (513 bp):
TATTATTAAAGTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTAGTATGACAAAAAAAAAATTTTTATGAC
AAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATATTCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGGCT
TCGAAAACTAGATTTAATTTTTAAATATCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
TTATTGTATTTCCGATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAT
AACGATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGACATATAGTATGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
ATTGTTTAAATCCCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
TAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTGATCACAAAACAAAAGATATGAACGATTTGAAATAA
ATAATTCTGCAAACAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAATACATTTATTTTT
Found at i:10931470 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10930707--10931874 Score: 1113
Period size: 180 Copynumber: 6.5 Consensus size: 181
10930697 ATTTATTTTT
* * * * *
10930707 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTT-GAATAAGCTAAG-ATGAA-AAGAAATAATTGTTCTA
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAA-AAACAATTGTTTTA
* * * * **
10930769 TGACAAAA-TAAAGATTATAAC-ATTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
10930832 ACTGGTTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTGAAAA
127 ACTTGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * *
10930883 TATTAATAAATTAGTATTATTGTGTTTTGAATAA-TTCTGTTTTAACAAAAACAATTTTTTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
10930947 ACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA-TCAAAT-GAACATGACTATATGAA
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * ** * *
10931009 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
128 CTTGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * *
10931064 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTGATC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * *
10931128 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATT-CTTCAAGCAGTCATAACTATTAGAGC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTAC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
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*
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* * * ** * * * * * * * **
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****
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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10936531 AAGGA
175 AA-GA
* * ** *
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* * * * *
10936599 -CAG-ATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATTAA--TT-T-TGGAATATTAATA-AATTAGTATT
46 TTAGTA-TTA-TTTT---A---TTT--CAAATAAGCTTGTAT-GAATA-GAA-ACAATTA-TTTT
****** * * ** ** * * ** * *
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* * * * *
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* ** * *
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** * * * * *
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* * ** * **
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* * * * ** ** * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * *** **
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* **
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* * * * * * * * * * * *
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63 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * * * * **
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * **
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* * * * *
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* * * * *
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** * *
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*
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1 TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATT-TTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
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* * * * * * * ** **
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127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-AAAAAAAGA
** * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
10937899 GAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAA
64 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * * * * *** *
10937963 ATTGACAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTGGGTAAACAGA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CAAAAAAAGA
* * * ** * * *
10938015 TTTTTTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTTAATGTCAATAAATTA-TATTTTTTTATT
1 -TTTATTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
10938079 GCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTGA-AAGTGATTT
62 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTT
** ** ***
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125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-AAAAAAAGA
*** * *
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* * * * * * ** ** *
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* * * * * * * * *
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129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAAAAGA
* * * * * *
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* * *
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*
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* * * * * **
10939693 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTGA-TTTATTACCAAAAAAAAAAAAGGTCATAATGGT
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* * *** * *
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* * *
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* * * * * * *
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63 C-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* *
10940839 GAATTAGATAATTGTTCA
125 GAAATAGATAATTATTCA
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Statistics
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GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAAAGA
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10932231 ACCAACATAT
* * * * *
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64 TGAATAAG-TTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
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10932559 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATTGA
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* * * * * *
10932601 TTTACTTTTTAATTCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCT
1 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * * *
10932666 GAATAGGCTTGTAT-AATGAAAAATAATT-GTTTTATGACAAAAAAAAAGTTAATAACGAATTGA
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* * * * * ** * * * *
10932729 AAGAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAA-TGGATTGGATAAATTGCTTTA--TGTTA
127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
10932791 AATCTCTAACATATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGAA-AACCTT
191 AATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTT
* * * * * * *
10932855 TTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGG-TCATAATAATTTTAAATAGATAA
254 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAGGATCATAAAAATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
10932918 CTATTCAAAT-GTCAAAACTGTTTGAACTTGTTCGATAAACAG-
316 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA
* *
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* * * * * *
10933020 TGAATAAGCATTTATGAGCTA-AATCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
64 TGAATAAG-TTTTATGA-ATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
10933084 AATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAAA-ACATTTATTTTTTA
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* * * * * * * *
10933148 AATCTTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGT
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* * * * * * *
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* * *** * *
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*
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322 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA
* * *
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* * * * * * * *
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317 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA
* *
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* * * * * * * * *
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63 TTG-AATAA-GTTTTATGAATAGAAACAATTA-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATT
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189 TAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
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252 TTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAGGATCATAAAAATTT-GAA-ATAAAT
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* * * *
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192 A-TCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTG
* * * * * *
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255 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGA-TCATAAAAATTTGAAAT-AAATAATT
* * * * * **
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* * * ***
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66 AA-TAAGTTTTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
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129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
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* * * * ** * *
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255 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGATCATAAAAATTTGAAATAAATAATTG
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* * * * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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**** *** ***** * * * **
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* * * * ** ***** ***
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10936314 CTTATTAAT-TTTTGAAATTG-TAA-TA---AATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
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* * * * *** * * *
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168 TCAA-A-AAATAGATTTATTTT-T--TAAATC-TTTA--CTTATTAATTT---TTA-A-AATA-T
* * * * *
10936435 TCAAATGGAAA--AG-ACTATTTGAAATATT--AATAAA-TTATTATTATTTTATTCCGAATA-A
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** * * ** * *** * * * *
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269 A-TTGT-TTTATGACAAAACAA-AGGATCAT-A-AAAA-TTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATA
* * * * *
10936554 --AATAA-T-TGTTCAAATAG-TC-ATAACTATTTGAA
327 GTCATAACTAT-TTGAACTTGTTCAATAA--A-TAG-A
* **** * *
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1 -TT--T-ATTTTTTA-A---ATCTTT---A-CTTATTA---ATT---TTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
10936650 TAGTATTATTTT-TTTT-ACTAAGGTTTTTTGAACAGAAACAAATGGTTTATGACAAAACAAATG
48 TAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
10936713 GTC-------------ATA-ACAATT-TT---A-A-TCTTAACCATTTGAA-ATGATTCGATAGA
112 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAA
* * *
10936757 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTATT-AAATATT-ATGAAATTAGTATTATTG
176 TAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT-TTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATT-
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10936820 TAATATC-AATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGG-TCATAATG
237 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGATCATAAAA
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301 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA
* * * * ** * * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
** * ** * * * * * *
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* * * **** * *
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126 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTA
* *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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317 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAGA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * *
10937620 CAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGATCAACAAATAGA
321 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA
* * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
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** * ** *
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* * *** *
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1 -TTTATTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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** * *
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1 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
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* * ***
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127 AATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
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* * * * *
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253 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAAAAATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
10939406 TCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTCAACAAACATA
317 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA
* *
10939449 TTTATTTTTTAAAAT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTT-TTT
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* * * **
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* *
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** * * * * * * ** * * *
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** * * * ***** * * *
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* * * * *** *** * * **
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* * * ** * * * *
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10936554 AA
713 AA
* * * * * * ** * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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** * *** *** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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** ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** * *** ** * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
10937209 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTA
441 ACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * *** *
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* *
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*
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* ** * *
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323 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCGGCAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * *
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* * * * * * * * *
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516 AACTTGATTCG-TAAACTG
*
10937833 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-T-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
* *
10937898 TGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAA
64 TGAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
* * * * * *
10937963 ATTGACAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTGGGTAAACAGATTTTTTTTTTTCA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTT-A
** * * * * *
10938028 AATCTCATGCTTATTAATTTTTTTAATGTCAATAAATTA-TATTTTTTTATTGCAAATAAGCTTA
192 AATCTCATGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * **
10938092 TATGAACT-GAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTGA-AAGTGATTTGAAATAGATAATT
257 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATT
** **
10938155 ATTC-AATAGTTTTAACTATTTGAACT-GATTCGGCAAACCCATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
319 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGA-TCGGCAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
* ** * * * * *
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382 AATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAT-TTCGAAAAAGCTTGTATGATAAAAACAA
** * * *
10938282 TTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGACCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAAC
445 TTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
10938346 TATTTAAAGTGGTTTAGAAAACAG
510 TATTTGAACTTGATTCGTAAACTG
* * ** * *
10938370 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTACA-TACTAGTTTTGAAATATTAATAAAGGTAGTATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTA--ATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAATATTATTTTATT
* * * * * * * * *
10938433 TTCATATAAGTTTTTATGAATTGAAGTAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAACGACTTT
63 TTGA-ATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
* * * * *
10938498 AAATAGATCATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
10938562 AAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTA-TATTTTA-TTCTGATTAAGC
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* * *
10938625 TTGTATGAA-ATGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAA
254 TTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* ** * * * * *
10938689 TTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACGCATTTATTTTTTTAAATGTCTTA
317 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCGGCAAAAG-ATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-
* * * * * *
10938754 CTTAATAATTTTTGAAATATTATTACATTAGTATTATTTGAATT-GAATAAGCTTGTATGAGAAG
376 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAAGCTTGTATGATAA-
* * * * * * *
10938818 AAACACTTGTTTTCTGA-CAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGT
439 AAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
10938881 CATAAATATTTGAAC-T-ATTTAGGTAAA-TAG
504 CATAACTATTTGAACTTGA-TT-CGTAAACT-G
* * ** * *
10938911 ATTT-TGTTTTTAGATCTC--TTATTAATTATCAAAATATTAATAGA-TCAATATTATTTTATTC
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AATATTATTTTATTT
* * * * *
10938972 TAAACAA--TTTTACATGAAC-ATAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATTATGATTT
64 TGAATAAGCTTTT--ATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
10939034 GAAATAGATAATAGTTCAAGTGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
126 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
*** * **
10939099 AAATCTCAAAATTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATT
191 AAATCTCATGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
10939164 GTATGACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTT
256 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TT
* * * * *
10939229 TTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTA
319 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCGGCAAAAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTA
* * * *
10939293 TTAATTTTTGAAATTTTAATAAGTTAGTATT-TTTTATTTTGAAAAAGCTTTTATGAATAGAAAC
380 TTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAAAAAGCTTGTATG-ATAAAAAC
* * * *
10939357 AATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATA
443 AATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * **
10939422 ACTATTTAAACGTG-TTCAACAAACAT-
508 ACTATTTGAACTTGATTC-GTAAAC-TG
* *
10939448 ATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTT-T
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAATATTATTTTAT
* * ** *
10939509 TTCGAAATAAGCTTGCT-TGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-CT
62 TTTG-AATAAGCTT-TTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
10939571 TTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTCT-TT
124 TTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT-TATT
* * * * * * *
10939635 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAA
187 TTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * ** * * ***
10939700 GCTTATATGAATTGAAACAAGTGATTTATTACCAAAAAAAAAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATA
252 GCTTGTATGAATAGAAACAATTG--TT-TTA--TGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * *
10939765 GATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTTAATCT
312 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCGGCAAA-AGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
10939830 TTTACTT-ATTAGTTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAA-CTTGTA
376 CTTA-TTAATT--TT-T-GAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT-ATTTCGAA-AAAGCTTGTA
* * * * * * * * *
10939892 TGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTC
433 TG-ATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** ** *
10939957 ACATAGCCATAAAGATTTGAACTTTTTTGGTAAA-TAG
497 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCGTAAACT-G
* * * * **
10939994 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AGTATTATTAAATTTGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
*** ** * * * * * *
10940057 TCAAAATAAGCTTAGATGATTA-GAAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAGCT-AT
62 TTTGAATAAGCTTTTATGA--ACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGAT
* * * * * * * * * ** * * *
10940120 TTCAAATAGATAATTATTCAAACAATCCTAATTATTTAAATTTATTTAGTAAATAGAGTCATTTT
124 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTT
* * * **
10940185 TTAAATCTC-TTCATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
189 TTAAATCTCATGC-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * *
10940249 CTTATATAAACT-GAAACAATT-CTTTAGTGACAAACCAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGAT
253 CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGATAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * *
10940312 AATTATTTAGATTGTCATGATTATTTGATCTAGTG-T-GGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TT
315 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-GATCGGCAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
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* * * * * * *
10940438 ATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-CCAAA
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* * *
10940502 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TAATTTGGTACA-TAG
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* * * * * *
10940537 ATTTA-TTTTTAAATCAC--TTATTAATTTTTGAAATATTAACATATTAGTATTACTTTATTTTG
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG
* * * * * * *
10940599 AATAA-ATTTAAATGAGC-AAAA-AATGTTAGTTTTATAACAAAA-AAAAAGTAATAATGATTTG
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* * * * * *
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** * * *
10940723 AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAG
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* * * ** *
10940785 CTAGTATTAATTA-AGAA-AATTCTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAATTAGAT
253 CTTGTATGAA-TAGA-AACAATTGTTTTATGATAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
*
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TCATGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
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GATTCGTAAACTG
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10936750 CGATAGACAA
* * *
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** * * * *
10936823 TATC-AATAAGCTTG-TACA-AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATT
59 T-TCAAATAAGCTTGTTTGATAA-AAAA-AATTGTTTTATGATAAAA-CAAAGATCATAACGATT
* * * * ** * ** *
10936885 TAAAATAGATAATTATTTATATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCA-ACAATTAGATTTAGTTT
120 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGA-AAACAGATTTATTTT
* * * ** * * * * * *
10936949 TTGATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATT-ATGAAATTTGCATTATTTTATTTAAAATAAA
184 TTAAATCTCTT-AATA-TAATTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * * * * * * * * *
10937013 ATAGTATAAATAGTACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAA
245 ATTGTAT-GATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAA
* * * ** * ** *
10937078 -TTATTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTT
309 GTTGTTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
10937141 A-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AACAAACTTATATTA
374 ACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGA
* * **
10937203 ACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TGC
436 A-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTG-
* * * * ** ** * * *
10937265 AAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTC-GTAAGTA-AAATTATTTTCTAAA-TCTCTTATAAA
498 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTTTTTTTTTAAATTCTCTTATTAA
* * *
10937327 TTTTTTAAATATTAATAAATTA-ATTTTATTATATTCCTAATAAGCTTGTATGAGCTTAAATAAT
562 TTTTTTAAATATTAATAAATTATATTTT-TT-TATTGC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAAT
* * * * *
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* ** *
10937455 TATTTAAACTAGTTCAACAAACGG
686 TATTTGAACTAGTTCGGCAAACAG
* * * * * *
10937479 ATTTATTTTTTAAACTCATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTC
1 ATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTC
* * * * * * *
10937544 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
62 AAATAAGCTTGTTTG-ATAAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
10937609 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGATCA-ACAAATAGATTTCTTTTTTAAAT
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
10937673 CTCTT-AT-TAATTCTTGAAGTATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTT-AGAAAAAGCTTGTATG
190 CTCTTAATATAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGATTGTATG
* * * *
10937734 -TTGAAAAACAATTG-TTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGAT-AGTTGTTT
253 ATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAAGTTGTTC
* * * * * * **
10937796 AAATGGACATGAT-TATTTGAA-TTGATTCGTTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTTAT
316 AAATAGTCATAATCTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
10937859 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
380 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAATAAAACA
* * ** * * * *
10937924 ATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATTGACAATTGTTGAAATAATCATAA
445 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAA
* * *
10937989 CTATTTGAACTTGTTGGGTAAACAGATTTTTTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTTAA
510 CTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTTTTTTTTT-AAAT-TC-T-CTTATTAATTTTTTAAA
* * * * *
10938054 TGTCAATAAATTATATTTTTTTATTGCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTATATGAC
571 TATTAATAAATTATATTTTTTTATTGC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* *
10938119 TAAACAAAAGGTGA-AAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTTTTAACTATTTGAACT-G
635 -AAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTTTTAACTATTTGAACTAG
**
10938182 ATTCGGCAAACCC
698 -TTCGGCAAACAG
* * * *
10938195 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCAAA
* * * *
10938260 TAAGCTTGTTTGATAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGACCATAACGATTTGAGATTGAT
65 TAAGCTTGTTTGATAAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *
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130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
10938390 ACATACTAGTTTTGAAATATTAATAAAGGTAGTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGAATT
195 A-ATA-TAATTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATG-ATT
** * * *
10938455 GAAGTAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAACGACTTT-AAATAGATCA-TTGTTCAAAT
256 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTAAAATAGATAAGTTGTTCAAAT
* * * *
10938518 AGTCA-AATCTATTTCAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATT
320 AGTCATAATCTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--
* * * * *
10938582 TTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCTGATTAAGCTTGTATGAAATGAAATAATT
383 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAATAAAACAATT
* * ** *
10938645 GTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTA
448 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTA
* ** * * *
10938710 TTTAAACTGGTTCGACAAAC-GCATTTATTTTTTTAAATGTCTTACTTAATAATTTTTGAAATAT
513 TTTAAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTTTTTTTTTTAAAT-TC-T-CTTATTAATTTTTTAAATAT
* * ** * * * *
10938774 TATTACATTAGTATTATTTGAATTG-AATAAGCTTGTATGAGA-AGAAACACTTGTTTTCTGACA
574 TAATAAATTA-TATT-TTTTTATTGCAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * ** * *
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636 AACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTT
* * *
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* * *
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* ** * *
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* * * * * * * * *
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123 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAA
** * * *
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* * * * * * *
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250 ATGA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAAGTTGT
**
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* * * *
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* * * * *
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* *** * * * * **
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* * **
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*** * * **
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* * *
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694 C-TAGTTCGGCAAACAG
* * *** * *
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* * ** * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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*** * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** **
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * ** * * **
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** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* *
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* ** * * * *
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* * *
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*
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ATAAACCGATTTACCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCAAGCCAATAAT
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Period size: 718 Copynumber: 6.2 Consensus size: 719
10942332 AATAACTAGG
* * * * *
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* * *
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* * *
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193 ATCGATTTACCAAATCAGTTTAAATAATTATGACCAAGCCAATAATCATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
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258 TGACT-TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTAT-TTTGATACATACAAGCTTATTCAGAATAAAACA
* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * **
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* * * * **
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* * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* * * * **** *
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193 ATCGATTTACCAAATC-AGTTTAAATAATTATGACCAAGCCAATAATCATC-TATTTCAAATCGT
* * * * ** *
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256 TATGACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTTGATACATACAAGCTTATTCAGAATAAAACA
* * * * * *
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* * * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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128 TATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC--CAA-AAATTAA-TAAAAGATTTAAAA
* * * **** *
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* * ** * * * ** * * * *
10944027 TCATAATGACCTTTTCATTT-ATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAG-TT-TGCTTGAAC
252 TCGTTATGA-CTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTTGATACATACAAGCTTATTC-AGAA-
* * * * * * *
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* ** * * * ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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*** * * * ** * *
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*
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* * * * * *** * * * * *
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1 ---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * * ** * *
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* * *
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* * * * * **** * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *** *
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* * *
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* * *
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1 AG-A-TTT--AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
* * * * ** *
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* * * * * * **
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125 GTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT---AA-TAAAAGATTTAA
* *** * * **** * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * * *
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** * * ** * * * * * * * *
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* * * * **
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* **
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* * ** *
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10946772 GAGTGAGATT
Statistics
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AATTTATTAATAGTTCAAAAAATAATAACTAAAAAATTAAAAAAATAAACATATTTACCGAACTA
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AAAAATTAATAATAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGTTCACCGAACAAGTTAAAATAATTAAGA
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** * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * **
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* * *
10942943 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAA
123 TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT--A
* * * **
10942997 TTCATACTAGCTTATTTCAAATAAGATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTG
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT--ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAG
* * * * * *
10943061 ATTTAAAAAACAATTCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTA
63 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* ** * *
10943126 TTTCAAATTATTATGACCTTTAATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTATT-TATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAAAG
* * * * ** * *
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63 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* * * * *
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127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAA-AA--ATTAA-TAA
* * * * * * * *
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60 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
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124 TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* ** *
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1 TTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A--ATAA
* * * * * *
10943594 AGAGATTTCAAAAATGAATCTGTTCATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTTGAACAATT
60 A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAATTATGACTA-TTTGAACAATT
* * * * * * *
10943659 ATTTATTTGAAATCACTATAACCTATTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTTTCTA
122 ATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTT-TA
* * * *
10943715 TTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTTCAA-A-AA-T--TAA-T
* * **
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58 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * *
10943842 TATTTATTTCAATTTGTTACGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
121 TATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * *
10943896 TTCATACAAGTTTATTCATATTAAAATAATTCTAATTTATTAAAATTTCTACAATTAA-TAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-A-AA--AATTAA-TA
* * * * * *
10943960 AAAGATTTTAAAAAT-AATATATTTAC--A-TA----AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
59 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * **
10944017 CTATTTCAAATCATAATGACCTTTTCATTTATAATAAAACAATTGTTTCAA
124 TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * *
10944068 TTCATAAAAGTTTGCTTGAACTAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGTA
1 TTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A--A-TA
* * * * ** * * * *
10944132 AAAAAATTAAAAAA-AGAATATATTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATT
59 AAAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTAC-GAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
10944196 ATCTATTTCAAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TAAATTTA
122 ATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT--TTTTA
* ** * * * *
10944250 TTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA-ATCTATTTTTTGAACACGTTCAAA
1 TTCATA---CAAGCTT-AT---T-CAAA---T-AAAATAATA-CTATTTATT-AATA-TTTCAAA
* * ** * * * * * *
10944314 TAGTT-AT-GACTATTTGAACAAT-TATCTATTT-C-AA--A--TCATTATAACCTTTTG--T-T
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** **** * ** * * ** * ** *
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112 TTG--A-ACAA-TTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
10944426 TTA
172 TTA
** ** ** * * ***
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1 TTCATACAAGCTTATTCAAATAA--AATAA-T--ACTATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * ** * * ** * * ** *
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* ** * * * * ** * ** * ** *
10944547 TTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCA-TA-CA-AGTTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATT
115 ---A--A-CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTT
10944608 TA
173 TA
* * ** * * ***
10944610 -T--T--AA---TATTCTAA-AAATTAATA--A-TT-TGGAGATTT-AAAAAATAA-ACTTG-TT
1 TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATT
* * * * * * * *
10944659 TACCAAATAAGTTTAAAT-AG-TCATG-CCCATTTGAACT-ATTAT--CTATTTG---A------
66 TA--AAA-AA---TAAATCTGTTTACGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATT
* * *
10944709 -------AATCATTATGACATTTTATTTTGCCATAAAA-AATTGTTTTTA
125 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* ** *
10944751 TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAGAGA
1 TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGA
* * * * * * * *
10944813 TTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATAAGTTCAAATAGTTATGA-TAAATTGAAC---GA-CTA
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* * * * *
10944873 --TC-TATCATTAGGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * **
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* **** * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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59 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
*
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AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
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*
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* * *
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* * ** * * ** * *
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* * *
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ATAAAATAATTTA
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* *
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* *
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* *
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* *
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*
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*
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* * * *
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** * * * * * *** * *
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121 CTTTTCATTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTACTTGGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * ***
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* * * *
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10944530 TTGTTATAAT
Statistics
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TAAAATAATTCTAATTTATTAAAATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAATATAT
TTACATAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATAACCTTTTCATTT
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TATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAATTAGAAAAAAAATATATTTACCGAAAAAGTTCAAATAGT
TATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACTTTTTATTTTGTCA
Found at i:10944705 original size:503 final size:495
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Indices: 10943747--10944743 Score: 1096
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10943737 AAAATAAAAC
* * *
10943747 AAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
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** * * ** * *
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66 AGTTCAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
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131 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
* *
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* * *
10944007 GAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTCATTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCA
261 AAATAATTATCTATTTCAAATCATAATAACCTTTTCATTTATAATAAAACAATTATTTCAATTCA
* * *
10944072 TAAAAGTTTGCTTGAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAAAAA
326 TAAAAGTTTACTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* ** *
10944137 ATTAAAAAAAGAATATATTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATCTAT
391 ATTAAAAAAAGAATATATTTACTCAAAAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTAAACAATTATCTAT
* *
10944202 TTCAAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTT
456 TT-AAAATCATTATGACATTTTATTTTGCCATAAAA-AATTT
* * **
10944243 AAATTTATTAATATTCCA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAAC
1 AAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* *
10944305 ACGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
65 AAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTT
* * * * * * **
10944369 GTCATAAACCCATTTTTTTTGTTCCTAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
* * *
10944434 TTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAGAGAATAAATCTATTTACCGAGTGAGTTCAAATAG
194 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA-AAAAT-AATATATTTA-C-A-T-A----AAATAG
* * * ** * * * *
10944498 TTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTT-GTTTCATCATAAAACAA
249 TCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATAATAACCTTTTCATTT-ATAATAAAACAA
* * * * *
10944562 TTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
313 TTATTTCAATTCATAAAAGTTTACTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCAAAAAATT
* *** * * * * *
10944627 AATAATTTGGAGATTTAAAAAATA-AACT-TGTTTAC-CAAATAAGTTTAAATAGTCATGCCCAT
378 AATAAGTAAAAAAATTAAAAAA-AGAA-TATATTTACTCAAA-AAGTTCAAATAGTCATGACCAT
* * * *
10944689 TTGAACTATTATCTATTTGAAATCATTATGACATTTTATTTTGCCATAAAAAATT
440 CTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGCCATAAAAAATT
10944744 GTTTTTATTC
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (495 bp):
AAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
AGTTCAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAATATATTTACATAAAATAGTCATGACTATTT
AAATAATTATCTATTTCAAATCATAATAACCTTTTCATTTATAATAAAACAATTATTTCAATTCA
TAAAAGTTTACTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
ATTAAAAAAAGAATATATTTACTCAAAAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTAAACAATTATCTAT
TTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGCCATAAAAAATTT
Found at i:10946817 original size:899 final size:887
Alignment explanation
Indices: 10944260--10946822 Score: 2347
Period size: 899 Copynumber: 2.9 Consensus size: 887
10944250 TTAATATTCC
* * * ** ** * * *
10944260 AAAATTAATAAGTAA-AAATTT-TAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGCAAGAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTGATCAAACAAGTACAAATAGTTATAA
* * *
10944323 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTTTTTT
66 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* *
10944388 TGTTCCTAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT-AATACTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAA
130 TGTTCATAAAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAAT-CTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
10944451 GTAAAAGATTTAGAGAA-TAAATCTATTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGA-TTATTTAAAT
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* ** * *
10944514 AATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
255 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTCTATTCATACA
* * * *
10944579 AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTA
320 AGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTA
* * * * *
10944644 AAAAATAAA-CTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTCATGCCCATTTGAACTATTATCTATTTG
384 AAAAATAAATC-TGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * ** *
10944708 AAATCATTATGACATTTTATTTTGCCATAAAAAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAAT
448 AAATTATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
*
10944773 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT--C-A--AA-AATTAAGAGA-TTTAAAAACTAAATTTG
513 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAA-TAAATTTG
* * * * * * *
10944830 TTTACAAAATAAGTTCAAATAGTTATGATA-AATTGAAC---GA-CTA--TC-TATCATTAGGAT
577 TTTACAGAACAAGTTTAAATAG-TAT-A-ACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * * * *
10944887 C-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATAAAAGCTTATTCG-AAGTAAAAT-ATTGC
639 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATCTAATCATATAAGCTTATT-GAAAATAAAATAATT--
* * * * * *
10944949 TAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTACTGAACC
701 TTAATTTATAATA--TTAAAAA--AATAAGT-AGAGATTT--AAAATGAATATGTTTACT-AAAC
* * * * * *
10945014 AATCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAATTCATTCTGACCTTTTAGTCATA
758 ATTCAAATAGTTATAGACAATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTACTCATA
** *
10945078 AAATAATTGTTTCGATTCATACATGCATATTCAAAATAAAATAATACTCTTTTAATAACATTCAA
823 AAATAATTGTTTCGATTCATACATGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATCCAA
* * *
10945143 AAAATTAATAAGCAAGAAGTTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATA
1 AAAATTAATAAGCAAGAAGTTT-AAAAAAATAAATCTATTGATCAAACAAGTACAAATAGTTATA
* * * * * *
10945208 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAATTATTATACCCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
** * * * * *
10945273 AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAT-TACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
130 TGTTCATAAAAGCTTAT-TAGAATAAAATAA-ATCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * **
10945337 T-TGAAGATTTAAAAACTAAATCAGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATCG-CCATTTGAAC
193 TAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCG-ATTAAGTTCAAATAGTTAT-GACTTTTTGAAC
*
10945399 AATTATCTATTTCAAATCT-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTT-TCA-TCAT
255 AATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTTCT-ATTCAT
* *
10945461 ACAAGCCTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAT
317 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAT
* * * ** *
10945526 TTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATT
381 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATT
* * * * * *
10945591 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG
446 TCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
10945656 AATACAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATT
510 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATT
* * * * * * *
10945721 TTTTTACTGAACCAA-TTCAAGTAGT-TAAGGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAACCATTAT
575 TGTTTACAGAA-CAAGTTTAAATAGTATAA--CTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * * *
10945784 GATCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATG-ATTTTGCTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT
636 GATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTA-TCTAATCATATAAGCTTATTGAAAATAAAATAAT
* ** * * * * *
10945848 ATTAATTTATTAATATTTGGAAAATTAA-TAAGAGATATAAAAAGTAA-ATCTATACTAAACTAA
700 TTTAATTTA-TAATA-TTAAAAAAATAAGT-AGAGATTTAAAATG-AATATGTTTACTAAAC--A
* * *
10945911 TTCAAATAGTTATA-ACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTTTTTCTCA
759 TTCAAATAGTTATAGACAATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACC---TTTTACTCA
* * ** * * ** *
10945975 TAAAATAATTGTTTTCTATTCATACAAT-CTTATTTGAAATAAAGTAATTCTAATTTGTTAATAT
821 TAAAATAATTG-TTTCGATTCATAC-ATGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACAT
*
10946039 CCTA
884 CCAA
* * * * * ** *
10946043 AAAATTTATAAGTAATGGA-TTT-AAAAAATGAATCTATTGGCTTGATC-AGTACAAATAGTTAT
1 AAAATTAATAAGCAA-GAAGTTTAAAAAAATAAATCTATT-GATCAAACAAGTACAAATAGTTAT
* * * * * *
10946105 AACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAAGTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTT
64 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
10946170 TTTGTTCGTACAAA-CTAACTTAGAATAACATAAATCCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
128 TTTGTTCATA-AAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
*
10946234 AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGATTAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACA
191 AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGATTAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACA
** * *
10946299 ATTATCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAA
256 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTCTATTCATACAA
* * * * * * ** * *
10946364 GCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATCTTCAGACAACTAATTAGTAAAAAATTTAG
321 GCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA
* * * * *
10946429 AAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTTAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
385 AAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * *
10946494 ATTATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGATTA
450 ATTATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * * *
10946559 AAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTT
514 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTT
* * *
10946624 TACCGAACAAGTTTTAATAGTCATAACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
579 TACAGAACAAGTTTAAATAGT-ATAACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
* * * *
10946689 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAAATCATGTAGGCTTATTGAAAATAAAATAATTTTAATT
642 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTATCTAATCATATAAGCTTATTGAAAATAAAATAATTTTAATT
** *
10946754 TATCAATATTCCAAAAATGAGT-GAGATTTAGAATATGAATATGTTTACTAAACATGCTCAAATA
707 TAT-AATATTAAAAAAATAAGTAGAGATTTA-AA-ATGAATATGTTTACTAAACAT--TCAAATA
10946818 GTTAT
767 GTTAT
10946823 GATTGTTTGA
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 265, Indels: 138
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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902 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (887 bp):
AAAATTAATAAGCAAGAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTGATCAAACAAGTACAAATAGTTATAA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
GTTCATAAAAGCTTATTAGAATAAAATAAATCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGATTAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA
TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATA
AATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATT
ATGACATTTTATTTTGTCATAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACAGAA
CAAGTTTAAATAGTATAACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTGTATCTAATCATATAAGCTTATTGAAAATAAAATAATTTTAATTTATAATATT
AAAAAAATAAGTAGAGATTTAAAATGAATATGTTTACTAAACATTCAAATAGTTATAGACAATTA
GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTACTCATAAAATAATTGTTTCGATTCATACA
TGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATCCAA
Found at i:10948910 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10948597--10952491 Score: 2195
Period size: 181 Copynumber: 21.9 Consensus size: 180
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** * * *
10948597 GTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** **
10948662 TTGTTTCCATTCATACAAGCCTATTTGAGTTAAAATAACT-CTAATTTATTAATATT-TCACCAA
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAA
* * *
10948725 TTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATATTTACTAAACTAGATCAAATA
129 TTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* ** * *
10948778 GTTATTG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGATTTATTTTGTCATAAAAAA
1 GTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * ** * ** * *
10948842 ATTATTTCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAACAATATTATGAAAAT
65 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * * * * *
10948907 TAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTT-GTCGAACAAGTTTAAATA
130 TAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATA
* * * * *
10948959 ATTATGACTATTTCAACAATTATCTTTTTGAAATGC--TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATG
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-
* * * * * ***
10949022 ATTTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-AAAAAAC
64 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-
* **
10949085 AATTAATAAGTAAAACATTTAAAAATAAATCCGTTTACTGAA-TAAGTTCAAAT-
127 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATA
* * * * *
10949138 CTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * * *
10949202 ATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTT-GTTCAAATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
65 ATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * ** *
10949265 ATTAATAAGTAAAATATTTATGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
128 ATTAATAAGTAAAAAATTTA-AAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
** ** * * * *
10949319 GTCCTGACTATTTGATTAATTATCTATTTTAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * *
10949384 TTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGT
66 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * *
10949448 TAATGAGTAAGAAAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACATA-TTCAAATA
130 TAATAAGTAA-AAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-TAGTTCAAATA
* * * * * *
10949500 GTTGTTACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGATTTGTCATAAAATAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * *
10949565 TTGGTTATGTTCATGCAACCTTATTTTG-TATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-TT-TGAAAA
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAA
* * **
10949626 ATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAGATATGTTTTTTGAAC-ACGTTCAAATA
128 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTA-GTTCAAATA
* * * * * * *
10949679 GTTATGACTGTTTAAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCA-AAAACCA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA
* * * * *
10949743 ATTGTTTCTATTTATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAT
65 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * * *
10949808 TAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAGTGATTTCAAATA
130 TAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATA
* * * * * *
10949860 GTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTCCAAATCACTGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * *
10949925 TTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
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* *** * * * * * *
10949990 TATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCA-TCAAACAAGTTCAATTA
131 AATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATA
* * * * * ** * * * *
10950041 GCCGTAT-TC-GTTTGAGCTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTATATTTTGTCTTAAAAT
1 G--TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* ** * * * * *
10950104 AATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACCACTTTTTTAATATTTTGAAA
64 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * * * * *
10950168 A-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAA-TCAATTCTAATA
128 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATA
* * * * * *
10950218 GTTATGATTATTTGAACGATTATCTATCTC-AA--ATTGTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * * * *
10950279 TTGCTTAC-ATTCATGCAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAAT
66 TTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * **
10950343 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATA
130 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * ** *
10950394 ATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAT
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* * ** * * * *
10950459 TTTTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAACATTCAAAAAAA
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** ** * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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254 TTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* * * ** ** *
10952473 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGGTCATCAAATAAGTTCAAATCA
318 AAA-ATTTATAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAAT-A
* * * ** * * * *
10952517 -TTATGAC--TTT------TTGT-TTTGTC--A----TA-AAACAATTG-TTTCT-ATTCACACA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATA
* ** * * * * * ** *
10952563 A--G-TT-TATTCATATTAAAATAATACT-A-ATATATTAATATTTCAA-CAATTAATAAGTAAA
65 ATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTAT-TTGAGATAAAATAATA-CT-AATTTATTAATAACTAAA
* * ** * * * ** * * * *
10952621 ATATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACT-A-TTCGAATAATT
126 A-A--TTAATAAGTAAA-AAATTTA-AAAATAAATTTATTTACT-A-AACTAAGTTCAAATAGTT
* *
10952684 AT--CTATTT---CAA--ATC-A--T------A--ATGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAACAATT
184 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATT
* * * * * ** * * * *
10952730 GTTT-TAGTTCCTATAAGTTTGTTTGAACTCAAATAATACTAATATT-TTAATATTCTAAAAATT
247 ATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTGAAAATT
* * * * * * * *
10952793 AATGAGTAAGAGAA-TTA-AAAAAAGAATCTATTTATCGAATAATTTCAAATA
310 AATAAGTAA-A-AATTTATAAAATA-AATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
** * * * * * *
10952844 GTTATGACTAGCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * *
10952908 ATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAA
65 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAGATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-ACTAAAA
** * * ** ** * *
10952971 AACAATAAATAAAAATTTTAAAAATAAATCCATTTTTTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTAT
127 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *** * * *
10953035 TTGAACAAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGTTTTTG
192 TTAAAC-AATTATCTATTTCAAA-ACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * ** * ***
10953099 TTCTTAAAAGCTTAATTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTA
254 TTCATACAAGCTT-ATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
* ** * *
10953163 AAATATTT-TAAAAATAAATCTGTTTACTGATCGAGTTCAAATA
318 AAA-ATTTAT-AAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * *
10953206 GTTATGACTATTT-AGATAACTAT-TTATTTTAAATTGTTATAATCATTTGTTTTGTCATAAAAC
1 GTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTT-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * **
10953269 AATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTAATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
64 AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATA-ACTAAAA
* * * * * * * * * * *
10953333 ATTAATAATTTAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTTAAACAGTCATGTCCA
127 ATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * ** * * *
10953397 TTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGA-TATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTA
191 TTTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* ** * * **
10953461 TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG---
254 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
* * ** * *
10953523 AGATTTA-AAAACTAAAT-T-TGTTTACAAAATATTTCAAATA
319 AAATTTATAAAA-TAAATATGTTTTTTGAACA-AGTTCAAATA
* * * ** * * **
10953563 GTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTACAAATCACTATGATC-TTCATTTTGTCATAAAATAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * ** * **
10953627 TTGTTTTTATTCCTACAAGCTTATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAAT
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-ACTAAAAAT
* * * * * * * * *
10953691 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-T
129 TAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
10953754 TAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGG
193 TA-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-A
* * ** *
10953819 TTCAT---A--TTATTCGAAA-TAAAATAATATCCT--TTTATGAACA-TTCAAACAATTAAAAA
254 TTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATA--CTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAA
* * * * **
10953875 GCAAAAAGTTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
315 GTAAAAA-TTT--ATAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
10953923 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * *** * * * * **
10953988 TTGTTTTTGTTCTTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAACT-AAAAATT
* * *** * * * *
10954053 GAGAAGTTGGAGATTTAAAAATAAATCATT-TTTA-TGGAA-TCAA-TTCAAATAATTATCG-CC
130 AATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAAT--TTATTTACT-AAACT-AAGTTCAAATAGTTAT-GACT
* * * * *
10954113 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA-TTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
190 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAAT-TATTT
* * * **
10954177 C-A-TCATACAAGCTTGTTTCGAA-TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
251 CTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
* * * * ****
10954239 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAA-TTCAAATA
315 GTA-AAAATTTATAAAATAAATATGTTTTTTGAAC-AAGTTCAAATA
* * * *
10954285 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * ** * ** * * ** *
10954349 TTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCAAAATGCAATAATGCTAATCTAAAAAT-ATTATAAAATT
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAACTA-AAAATT
* * * * * * ** * *
10954413 AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTCAGATTGACT-AGTACAAATAGTTATAACTATT
130 AATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTATTTA-CTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * ** * * *
10954476 TGAATAATTATCTATTTCAAAGCATTATAACCTTTACTTTTGTTACAAAACAATTATTTCTA-TC
193 TAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTC
* * * * **
10954540 TATACAAGCTAACTCGGAA-TAACATAA-ATCTAATTTATTAATA-TTCCAAAATT--TAA-TAA
257 -ATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
10954599 GAGATTTA-AAAGCTGAATCTGTTTATTT-ATCAAGTTTAAATA
319 -AAATTTATAAA-ATAAATATGTTT-TTTGAACAAGTTCAAATA
* * *
10954641 GTTACT-ACTCTTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
1 GTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTT-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * ** *
10954704 AATT-TCTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACA
64 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAACTA-AAA
* * * * **
10954767 ATTGATTAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT
127 ATTAATAAGTAAAA-AATTT-AAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
10954831 ATTTAAACAATTAT-T-TTT-ATAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
190 ATTTAAACAATTATCTATTTCA-AAA-CATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* *** * *
10954893 TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
252 TATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* **** * *
10954958 AAAAGATTTA-AATATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCTAATT
317 AAAA-ATTTATAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* * * ** * ** * ** *
10955001 GTCATAACTACTTGAGTAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * ** * * * ** *
10955066 TTGTATCAATTCATATAGGCTTA-TTGA-ACAAGCTCAA-A-T-AGTTATGACTATTTGAATAAT
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAAT-AATACTAATTTATTAATAACT-AAAAAT
* ** * * * ** ** ** * ** *
10955126 TATTTATTTCAAATAGTT-ATGAT-CTTTTATTTTGT-CAC-AA-AAC-AATTGTTA-G--TATT
129 TA-ATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
10955182 CATACAAGT-T-TA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTAT-TAATTTG-C-TAAAAGTTAA-TA
193 TAAACAATTATCTATTTC--AA-AACAT--TATGACTTT-TGT--TTTGTCATAAAA--TAATTA
** * ** * * * * * * * **
10955240 -GGCAGGAGATTCA-A-AAAATAAATCTATTTACCTAATAAGTTCAAATTGTCATGT-CCA-TTT
248 TTTC----TATTCATACAAGCTTATTCAAATTA--AAATAA-TACTAATT-T-AT-TAATATTTT
* * * ** * * ** * * ** *
10955300 GAACAGTT-ATCTATTTCATATCATTATGACCT--TTTTGTTTTGTCATTGAATACTTGTTTCTA
303 GAA-AATTAAT-AAGTAAAAAT--TTATAAAATAAATATG-TTT-T--TTG-A-ACAAG-TTCAA
*
10955362 TTCA
357 AT-A
* * * * * * * * ** * * *
10955366 -TACATAATTATTTAGAATAAAATGATATTGATTCATTAA--GATTTTGAAAATTAATAAGAGTA
1 GT-TATGACTATTT-G-A-ACAATTATCTT-TTTCA--AATCG-TTAT-AACCTT--T-TG-TTT
* * *
10955428 T-T-A-AAAACTAAATCTATT-TA-TCGA-ACTAGCTTAAATAGTT-ATGACTTTTTGAACAATT
53 TGTCATAAAA-TAATTGT-TTCTATTC-ATACAAGCTT--AT--TTGA-GA-----T-AA-AA-T
* * * * ** * ** ** ** * *
10955486 ATGTATCTCAAATCATT-ATGATCT-TTATTTTGTCATAG-AACAATTGTTTCTTTTCATATAAG
102 A-ATA-CT-AATTTATTAAT-AACTAAAAATTAAT-A-AGTAA-AA-----AATTTAAAAATAAA
* * * * ** * * * * * * **
10955548 CTTATTTGGATTAAGA-TAA-TACTAAT--TTAATGA-TA-AAAAATAAATGTGTGTTGCCGAAC
155 TTTATTT--ACTAA-ACTAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAAC
* * * ***** * * * * * * * * **
10955607 TAGTCCA-AACAGTTAAAACTATTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTA
216 -A-T-TATGAC-TTTTGTTTTGTCATAA-AATAAT-TATTTCTATTCATAC-AAGCTTAT-TCAA
* * * * * * *
10955671 GTCATAAAACAACTACTTCAGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATCAAA
273 AT--TAAAATAA-TAC-T-AATTTAT-TAA---TATTTTG---AAAAT--TAATAA-GTA--AAA
* * * * *** * *
10955736 ATTCAAAAAATTAATAAGAGATTT-AA-AAATAT-ATATA
321 ATTTATAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGT-TCAAATA
* ** * * * *
10955773 TGTTTATCGAACAAGCTCAA-ATAGATATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTCTG
1 -G-TTAT-G-ACTATTTGAACA-A-TTAT--CTTTTT---CAA--ATC--GTTATAA-C---CT-
* * * * * *
10955837 AGATATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTGTTTCA-ACTAAAATACA
46 ---T-TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAGA-TAAAATA-A
* * ** * * * ** ** *
10955900 AACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTGA
104 TACTAATTTATTAATAACT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATTTATTTACTAA
* * * * * * * *
10955965 AC-CAGTTCAATTAGTTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTT
167 ACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACT-TTTGTT
* * * * * *** * *
10956028 TTGTTAAAAAAAAATTGTTTCTGA-TCATATAAGCTTATTTGGA-T-AAA-AATACTATTTTAAT
231 TTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATT
** * * * * *** **
10956089 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ACGTATCTACCATATTAGTTCAA
295 AATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTATAAAATAAATATGT-TTTTTGA-ACAAGTTCAA
*
10956152 ATG
357 ATA
* * * * * * * * ** * *
10956155 GTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTC-AA--GTTTTAACTTTTTGTTAAGACTTAAAACT-
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA
* * * * * * * *
10956216 ATGGTTT-TAGTTCATACAAGTTTGTTCG-G--AATA-AACACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
65 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATA-ACTAAAAA
** ** * * * * * *
10956276 GAAATAACCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-AAGTTGAAATAGTTATGATTA
128 TTAATAAGTAAAAAATTT--AAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * *
10956340 TTTGAACAATTATTTATTT-AAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAA
191 TTTAAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * * * * ** **
10956404 TTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTTTTTAATATTTCAAAAATTAGCAAG---
254 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
* * * ****
10956465 AGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAATC-AGTTCAAATA
319 AAATTTATAAAATAAAT-ATGTTTTTTGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * *
10956506 ATTAT-AGCCATTT----AA--A-C-----AAAATCGGTA-ATA-CTTTTCCTTTTGTCATAAAA
1 GTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATA-ACCTTTT-GTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * ** *
10956556 GAATTGTTTTTCA-ACATACAAACTCATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAG
63 TAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAACT-AAA
* *** * * * *
10956620 AA-T--T-GGTAATTGATTTAAAAATTAAATCTATTTA-TCAAAC-CAGTTTAAATAATTATGAC
126 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATTTATTTACT-AAACTAAGTTCAAATAGTTATGAC
*** * * * * *
10956679 TATTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCT-ACTTAAAACAATTATTTC
189 TA-TTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * * * * *
10956743 TATTTATACAAG-TCTATTCGAAA-TAAAATTATACTAATGTAATAATATTTTGAAAACTCATAA
252 TATTCATACAAGCT-TATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
* * * * **** *
10956806 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAA-TTTAAATA
315 GTAA-AAATTTATAAAATAAATATGTTTTTTGAAC-AAGTTCAAATA
* * * * *
10956852 GTTAAGACTATATGAACAATT-TCCTATTTTC-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAGAT
1 GTTATGACTATTTGAACAATTAT-CT-TTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * ** * * * * ** *
10956915 AATTATTTC-AGCTCATATAAATTTA-CTCAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAA
64 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATAACTAAAA
* * * * * * * * *
10956978 ATT--TTA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAGTCTATTTACCAAAC-CATTTCAAATAGTTTTGACTA
127 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * **
10957039 TTTGTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA
191 TTT-AAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * ** * * * **
10957104 TTTATACTATTTTATTCAGAA-TCAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAACTTAATAACC
254 TTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGT
* * * ** * *
10957167 AATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACAAGATCAAATA
317 AA-AAATTTATAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* ** * ** * * * * *
10957211 GTTAAGACTAAATG-ACTGATTATCGATTTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACA
1 GTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-T
* * * * * **
10957275 AATT-TTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTG-GTTTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAA
64 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATAACT-AAAA
* * * * *
10957337 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTAA-TTCAAATGGTTAAGACTA
127 ATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *** * * ** * *
10957401 -TTAGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTCTGATATTTTCCTTAGTCATAAAACAATT-TTT-TA
191 TTTA-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * * *
10957463 GTTTATACAAGTTTATTCGGAA-TAAATTAATACTAATTTATTAA-ATTTTGAAAATTAATAAG-
254 -TTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT
** * * * ** * * *
10957525 AAAGAGGTTAAAAATATAAATCTATTTACTAAATATGTTCAAATA
317 AAA-AATTTATAAA-ATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
10957570 GTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCATTAAACAA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
** * * *
10957635 TTG------TT--T--AAGCTTATAAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAAC
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATA--ACTAAAAAT
* * * * * * * *
10957689 TAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAGTTAGTTAAAATAATTTTGGCCATT
129 TAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** *** * * ** * * * * **
10957749 TGAGTAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTACTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGGTC
193 TAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTC
* * * ** *
10957814 AGACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AG
257 ATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAA
* * * ** * * *
10957875 ATTTA-AATAATAAATCTATTTATCAAACGAGTTCGAATG
321 ATTTATAA-AATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
** * ** *
10957914 GTTATGACTATTTGAGTAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAATA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTT-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * ** **
10957978 ATTGTTTCCATTCATACAAGCCTATTCGAGTTAAAATAACT-CTAATTTATTAATATTTCACCAA
65 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATAA-TACTAATTTATTAATAACT-AAAAA
* * *
10958042 TTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATATTTACTAAACT-AGATCAAATAGTCATTG-CTA
128 TTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTA-TGACTA
* * * * * *
10958105 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAAT
191 TTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT
* * * * * * *
10958170 TCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTACTAATATTATGAAAATTAATAATTAAG
255 TCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-
* * * * * * *
10958235 AGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATA
319 AAATTTATAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* * * *
10958276 ATTATGACTATTTCAACAATTATCTTTTTGAAAT-GCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA
1 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A
* * * * * *
10958340 TTTTTTTTTATTCATACAAGTTTATTTTGA-ATACAATAATACAAATTTATTAACATAA--AAAC
65 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAGATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATAACTAAA-
* *** * *
10958402 AATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTGAA-TAAGTTCAAAT-CTTATGACT
126 AATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACTAAACTAAGTTCAAATAGTTATGACT
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** * * * * * ** *
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** ** * * *
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* * * * **
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* *
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* *
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* * * *
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* *
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* * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** *** * *
10951719 AGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATTTTAAAA-AATTAGT-ATTCAAAA-A-TT
441 ACCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAAAAAAACAATTAATAAGT-AAAACATTT
* * *
10951780 ----ATTAAT-CTGTTTACCT-AACTAGTTCGAAT
505 AAAAATAAATAC-GTTTA-CTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
10951809 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCATTTGTTTTGTCATAAAATA
1 -GTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * ** * * * * * * *
10951874 AATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGTATAGAA--AAAAGTAATATTAATCTATTGATATTTCAA-A
65 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAATTAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTAACA
* * * * *
10951936 TATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAACTAGTTTAAATAGTTATGACTA
128 -ATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTAATGACTA
** * * * * * * * * * **
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190 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAT
* * *
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254 TCATATAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AATTAATAAGTA
* ** ** * * ** ** * * * * *
10952124 A-AAAGTTTTTAAAACAAATATGTTTATTGAACTAA--AAAAATAATTATAATTATTTGAATAAT
316 AGAAA-ATTAAAAAATGAATTTGTTTCTCAAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATCTCAACAAT
* * * ** * * * * * *
10952186 TATTTATTTTAAAT-CGTTGTGGCCTTTT-ATTTTGTTATAAAA-GAATT-TTTTTCGCTCATAT
379 TATCTATTTCAAATAC--TATAACATTTTGA-TTTGTCATAAAATGAATTGGTTAT-GTTCATAC
* ** * * ** *
10952247 AAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTTATAATCCAAA-AATTAATAA-TAAAGAGAT
440 AACCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAA-AAAAACAATTAATAAGTAAA-ACAT
* * *
10952310 TTAAAAAATGAAT-CTGTATACTGAACAAGTT-TAA-
503 TT-AAAAATAAATAC-GTTTACTGAACAAGTTCAAAT
** * ** * *
10952344 ---AT-A--A-TT--ATGATTATTTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAA
1 GTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * *
10952400 TTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAA
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-ACAA
* * ** * * * * *
10952463 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGGTCATCAAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTTT
129 TTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTA-CTAACAAGTTCAAAT-AGTAATGACTAT
* * * * * * * *
10952527 TTG--T-TTTGTC-A--T-AAAACAAT-TG----TTT-CTAT-TCACACAAGT--TTA-TTCATA
191 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTATTTC--A
* * * ** * * * * *
10952575 TTAAAATAATACTAATATATT-AATATTTCAACAATTAATAA-GTA-AAATATTTTAAAA--AAT
253 TTCATATAA-GCT--TAT-TTGAA-A-TAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAAT
* * * ** *** ** * * *
10952635 AAATATG---TTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTCGAATAATTAT--CTAT-T-
311 AAGTAAGAAAATTAAAAAATGAA-TT-TGTTTCTCA-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTC
* ** * *
10952691 -TCAA--ATC-A--T--AATGAC-----C-TTTTCTTTTG-CAATAAAA-CAATT-GTTTTAGTT
373 AACAATTATCTATTTCAAAT-ACTATAACATTTTGATTTGTC-ATAAAATGAATTGGTTAT-GTT
* * * * * *** *
10952739 CCTATAA-GTT-TGTTTGAACTCAAATAATACTAATATT-TTAATATTCTAAA-AATTAATGAGT
435 CATACAACCTTAT-TTTGAA-TAAAATAATACAAAT-TTATTAATA-AAAAAACAATTAATAAGT
* * * * * * *
10952800 AAGAGAATTAAAAAAAGAAT-CTATTTA-TCGAATAATTTCAAAT
496 AAAACATTTAAAAATA-AATAC-GTTTACT-GAACAAGTTCAAAT
** * * * * *
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1 -GTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * ** *
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** * * ** ** * *
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127 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTAATGACTAT
* * *** * **
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191 TTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCA-TTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCA
* * * * * *
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253 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
10953164 -AATATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-GATCGAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAGATAAC
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* * ** * * * * *
10953226 TATTTATTTTAAATTGTTATAATCA-TTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAA
379 TATCTATTTCAAA-TACTATAA-CATTTTGATTTGTCATAAAATGAATTGGTTATGTTCATACAA
* * * *** * * *
10953289 -GTGTA-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAATTTAAATATT
442 CCT-TATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-AAAAAACAATTAATAAGTAAAACATT
** * * *
10953351 TAAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAATAAGTTTAAACA
504 T-AAAAATAAATAC-GTTTACTGAACAAGTTCAAA-T
* * * * * * * * * * ** *
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* * ** * * * * *
10953452 TTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATT
66 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATT
* * * * * *
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131 AATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATATATTTACTAACA-AGTTCAAATAGTAATGACTATTTG
** * * * * ** * * *
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* * * * ** * * *
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258 ATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAAA
* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *** * *
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445 TATTTTG-AATAAAATAATA-CAAATTTATTAATAAAAAAACAATTAATAAGTAAAACA-TTTAA
*
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * *** * * * * *
10954052 TGAGAAGTTGGAGATTTAAAAATAAATCATTTTTA-TGGAATCAA-TTCAAATAATTATCG-CCA
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * ** *
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* *** ** * * * ** ** * * * *
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442 CCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAAAAAAACAATTAATAAGTAAAACATTT-A
** ** * * *
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506 AAAATAAATACGT-TTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * * *
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127 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAA-ATAAATATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAG-TAATGACT
* * ** * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
10954841 TTAT-T-TTTATAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTGTTCATACA
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* * * ** ***** *
10954903 AGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTA
441 ACCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATAAAAAAACAATTAATAAGTAAAACATTTA
* * ** *
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* * * * ** * ** * ** *
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* * * *
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AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAA
AAAATGAATTTGTTTCTCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTCAACAATTATCTATTTCAA
ATACTATAACATTTTGATTTGTCATAAAATGAATTGGTTATGTTCATACAACCTTATTTTGAATA
AAATAATACAAATTTATTAATAAAAAAACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAATAAATACGTTT
ACTGAACAAGTTCAAAT
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* * *
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* * * * * *
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* *
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*
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AATAATATTAATTTAATAACATTCAAAAAAATTAATAAACAACTAATTTAA
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* ** *
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* * *
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* * * * ** *
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* *
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CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATAAACTTCAAATTGTCATAACCTTTTG
TACTGTCATAAAACAATTATTTTTGTCCATATAAGCATATTCGAAAA
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Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
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** * * * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
10952407 TATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
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10952495 GTCATCAAAT
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAAGAATTTTTTTC
GTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAACAATTAATAAGTAAA
AAGATTTAAAAAATAATCTGTATACTAAAAAAATTTAAA
Found at i:10952531 original size:146 final size:147
Alignment explanation
Indices: 10952365--10952661 Score: 393
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
10952355 TATTTATTTG
* * * * *
10952365 AAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCA-A
1 AAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGCTTA-TTCATA
*
10952429 ATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAAT
65 ATAAAATAATACAAATATATTAATATTTAA-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAT
* *
10952492 CTGGTCATCAAATAAGTTC
129 ATGGTCACCAAATAAGTTC
* * * * *
10952511 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCATAT
1 AAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGCTTATTCATAA
* * *
10952576 TAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATAT
66 TAAAATAATACAAATATATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT
* *
10952641 GTTTACCAAATAAGTTC
131 GGTCACCAAATAAGTTC
10952658 AAAT
1 AAAT
10952662 AGTCATGACT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 4 0.03
146 90 0.69
147 36 0.28
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (147 bp):
AAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGCTTATTCATAA
TAAAATAATACAAATATATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT
GGTCACCAAATAAGTTC
Done.