Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19587844
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 59 of 105
Found at i:10952888 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10952508--10955069 Score: 1377
Period size: 181 Copynumber: 14.2 Consensus size: 180
10952498 ATCAAATAAG
* *
10952508 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAG-TTTATTC
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTTATT-
* * *
10952572 AT-ATTAAAATAATACTAATA-TATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAA
63 -TGAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAA
* * * * * ** *
10952634 TAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCGAATAATTATCTAT
126 -AAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * *
10952690 TTCAAATCATAATGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAACAATTGTTTTAGTTCCTATAAG-TTTGTT
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTTATT
* * * *
10952753 TGAACTCAAATAATACTAATATT-TTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ATTAAAAAAA
63 TGAA-TAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAAA
* **
10952816 GAATCTATTTATCGAATAATTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAATTATCTAT
127 -AATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * *
10952871 TTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGC-TTATTT
1 TTC-AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTTA-TT
* * ** * * *
10952935 TGAATAAAATAAT-TTAA-ATTTATTAATATTCCAAAAAACAATAAATAAAA-ATTTTAAAAATA
63 TGAATAAAATAATACTAATA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAAA
* * * * * *
10952997 AATCCATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATTATCTAT
127 AATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC-AATTATCTAT
* * * * * * *
10953052 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGTTTTTGTTCTTAAAAGCTTAATTG
1 TTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTTATTT
* * * *
10953117 GAATAAAATAATACTAAT-TTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAA
64 GAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAAAAA
* * * * * *
10953181 TCTGTTTA-CTG-ATCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAGATAACTATTTAT
129 TCTATTTATC-GAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * *
10953233 TTTAAATTGTTATAATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTAATT
1 TTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTTATTT
* * *
10953297 GAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTTAAATAT-TTAAAAAATA
64 G-AATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAA-A
* * * * * * * * *
10953360 AATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAACAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTAT
127 AATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * ** * **
10953414 TTCAAAT-TGATATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAA-AATTATT
1 TTCAAATAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTTATT
** * *
10953477 CAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAACATT-TCAAAAATTAATAAG----AGAT-TTAAAAAC
63 -TGAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAA-
* * * * * * *
10953535 TAAATTTGTTTA-C-AAAATATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTAT
125 AAAATCTATTTATCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * ** * *
10953590 TACAAATCACTATGATC-TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCCTACAAGC-TTATTT
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTTATTT
* * * * * * * * *
10953653 AGAGTAAAATATTGCTAA-ACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATC
64 -GAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAA-A
* * * * * * *
10953716 AATGTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAGTTATCTAT
127 AATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTAT
* * * *
10953770 TTCAAATCATTCTGACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGGTTCAT---A---TTAT
1 TTCAAAT-ATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-ATTCATACAAGCTTTAT
* ** * * * * *
10953829 TCGAAATAAAATAATA-TCCTTTTATGAACATTC-AAACAATTAAAAAGCAAAA-AGT-TTAAAA
62 TTG-AATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAAATA-TATT--AA
* * *
10953890 AAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
122 AAAA-AAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * *
10953950 TTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCTTAAAAGC-TTATCC
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTTAT-T
** * * * * * *** * *
10954014 AAAATAAAATAAAATTACT-TTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGAT-TTAAAAATA
63 TGAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAAA
* * * * * *
10954076 AATCATTTTTATGGAATCAA-TTCAAATAATTATCG-CCATTTGAATAATTATCTAT
127 AATC-TATTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTAAACAATTATCTAT
* *
10954131 TTCAAATATTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TCATCATACAAGCTTGT-T
1 TTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTT-TAT
* * ** *
10954194 TCGAATAAAATAATACAAAT-TTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGAT-TTAAAAAA
62 TTGAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAA
* ** * * * *
10954256 TAAATATGCTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
126 -AAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * *
10954312 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTATGTTTATACAAGC-TTATTC
1 TTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTTATT-
** ** * * ** * * * *
10954375 AAAATGCAATAATGCTAAT-CTAAAAATATTAT-AAAATTAATAACTAAGAGAT-TTAAAAAATA
63 TGAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAA-A
* * ** * * * * * *
10954437 AATTTGTCAGATTGACT-AGTACAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
127 AATCTAT-TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * ** * * * *
10954491 TTCAAAGCATTATAACCTTTACTTTTGTTACAAAACAATTATTTCTA-TCTATACAAGC-TAACT
1 TTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTC-ATACAAGCTTTA-T
** * * * * *
10954554 CGGAATAACATAA-ATCTAAT-TTATTAATATTC-CAAAATT--TAA-TAAGAGAT-TTAAAAGC
62 TTGAATAAAATAATA-CTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAA-A
** * ** * * * * *
10954612 TGAATCTGTTTAT-TTATCAAGTTTAAATAGTTACT-ACTCTTTGAATAATTATTTAT
125 AAAATCTATTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTAAACAATTATCTAT
** * * * *
10954668 TTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TCTCTATTCATGCAAGC-TTATTT
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTTATTT
* * * * * * *
10954731 CAATTAAAATAATACAAAT-TTATTAATATT-TAGACAATTGATTAGTAAAAGATTTTAAAAAAT
64 GAA-TAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAA-
* * *
10954794 AAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-T-T
126 AAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * *
10954847 TTATAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC-TTATT
1 TT-CAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTTATT
* * * * * * * *
10954911 TGGATTAAAATAATATTAAT-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAATATA
63 T-GAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAAA
* * * * * * * * * * * **
10954974 AATATGTTTACCAAACAAGTTCTAATTGTCATAACTACTTGAGTAATTATCTAT
127 AATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
**
10955028 TTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGT
1 TTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
10955070 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 1874, Mismatches: 381, Indels: 253
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 78 0.04
176 78 0.04
177 117 0.06
178 47 0.03
179 193 0.10
180 351 0.19
181 756 0.40
182 204 0.11
183 43 0.02
184 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTTATTTGA
ATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATATTAAAAAAAAATC
TATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
Found at i:10954252 original size:898 final size:890
Alignment explanation
Indices: 10952518--10954984 Score: 2357
Period size: 898 Copynumber: 2.7 Consensus size: 890
10952508 TTCAAATCAT
* * * * * *
10952518 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCATATTAAAATA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATA
* * * *
10952583 ATACTAATATATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATATGTTTACC
66 ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACA
* * *
10952648 AAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTC-
126 AAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-ATGA--TCTTCA
* * * *
10952712 TTTTG-CAATAAAACAATTG-TTTTAGTTCCTATAAGTTTGTTTGAACTCAAATAATACTAATAT
187 TTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCCTACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAAT-CTAA-AT
* * * * * * * * *
10952775 TTTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTATCGAATAATTTCA
247 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCA
* * * *
10952840 AATAGTTATGACTAGCTA-AACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGACATA
312 AATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
10952903 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCC
375 AAATAATTGTTTCTATTCAT--AA-CTTATTTCGAAATAAAATAATATCAATTTATTAATATT-C
** * * * ** *
10952967 AAA-AAACAATAAATAAAAA-TTTTAAAAATAAATCCATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATG
436 AAACAATTAA-AAAGAAAAAGTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
10953030 ACTATTTGAACAAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGT
500 ACTATTTGAA-AAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
10953094 TTTTGTTCTTAAAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATA
563 TTTTGTTCTTAAAAGCTT-ATTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGA
* * * *
10953159 AGTAAAATATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGATCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAGATA
627 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGATCGAATTCAAATAATTATGACCATTTAGATA
* * *
10953224 ACTATTTATTTTAAATTGTTATAATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
692 ACTATCTATTTCAAATTGTTATAATCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAA
* * * *
10953289 GTGTAATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTTAAATATTTAA
757 GTGT-ATTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATGTAAAGATTTAA
* * * * * *
10953354 AAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTTAAACAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCA
821 AAAATAAATATGCTTACCAAACTAA-TTCAAACAGTCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCA
10953418 AATTGA
885 AATTGA
* ** * * *
10953424 TATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATA
* * *
10953489 ATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATA
66 ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAATA
* ** *
10953554 TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTACAAATCACTATGATCTTCATTTTGTCA
131 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCTTCATTTTGTCA
* * * *
10953619 TAAAATAATTGTTTTTATTCCTACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTT
195 TAAAACAATTGTTTTTATTCCTACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-CTAAA-TATTAATATTT
* *
10953684 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAA
257 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAA
* * *
10953748 GACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT
321 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * ** * *
10953813 TTTTGGTTCAT-A-TTA-TTCGAAATAAAATAATATCCTTTTATGAACATTCAAACAATTAAAAA
385 TTCT-ATTCATAACTTATTTCGAAATAAAATAATATCAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAA
*
10953875 GCAAAAAGTTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
449 G-AAAAAGTTT--AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA
*
10953940 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCTTAAA
511 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCTTAAA
*** * * * ***
10954005 AGCTTATCCAAAATAAAATAAAATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA-TTT
576 AGCTTAT-TGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTT
* *
10954069 AAAAATAAATCATTTTTA-TGGAATC-AATTCAAATAATTATCG-CCATTT-GAATAATTATCTA
640 AAAAATAAATC-TGTTTACT-G-ATCGAATTCAAATAATTAT-GACCATTTAG-ATAACTATCTA
* * *
10954130 TTTCAAATAT-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCA-TCATACAAGCTTGT
700 TTTCAAAT-TGTTATAATCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCT-ATTCATACAAG--TGT
*
10954193 -TTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAGGAGATTTAAAAA
761 ATT-GAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATGTA-AAGATTTAAAAA
* * * *
10954255 ATAAATATGCTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATT
824 ATAAATATGCTTACCAAACTAATTCAAACAGTCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATT
*
10954320 GT
889 GA
* * * * * * **
10954322 TATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCAAAATGCAATA
1 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATA
* * ** * * *
10954386 ATGCTAATCTAAAAATATTAT-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TCAGAT
66 ATACTAATATATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACA-
* * * * * * * *
10954449 TGACTAGTACAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAGCATTATAACCTTTACT
126 -AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCTTCA-T
* * * * * * ** * *
10954514 TTTGTTACAAAACAATTATTTCTA-TCTATACAAGCTAACTCGGAATAACATAAATCTAATTTAT
188 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC-CTACAAGCTTA-TTTGAATAAAAT-AATCTAA-ATAT
** ** * * *
10954578 TAATA-TTCCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAGCTGAATCTGTTTATTTATCAAGTTTAAA
249 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAA
** * * * ** *
10954639 TAGTTACTACTCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
314 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * *
10954704 AATT-TCTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATA-CAAATTTATTAATATTTAGAC
379 AATTGTTTCTATTCAT--AA-CTTATTTCGAAATAAAATAATATC-AATTTATTAATATTCAAAC
* ** * * * * *
10954766 AATTGATTAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
440 AATTAAAAAG-AAAA-AGTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
10954831 ATTT-AAACAATTAT-T-TTTATAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
503 ATTTGAAA-AATTATCTATTTA-AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * ** * *
10954893 TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
566 TGTTCTTAAAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGT
* *
10954958 AAAAGA-TTTAAATATAAATATGTTTAC
630 AAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC
10954985 CAAACAAGTT
Statistics
Matches: 1279, Mismatches: 227, Indels: 118
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
895 15 0.01
896 37 0.03
897 109 0.09
898 495 0.39
899 247 0.19
900 143 0.11
901 96 0.08
902 49 0.04
903 3 0.00
906 85 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (890 bp):
TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAATA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATATGATCTTCATTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTATTCCTACAAGCTTATTTGAATAAAATAATCTAAATATTAATATTTTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
TCATAACTTATTTCGAAATAAAATAATATCAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAGAAAAAG
TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
TTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCTTAAAAGCTTATTGG
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATC
TGTTTACTGATCGAATTCAAATAATTATGACCATTTAGATAACTATCTATTTCAAATTGTTATAA
TCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGTGTATTGAAATAAAATAATACAA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAA
TTCAAACAGTCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGA
Found at i:10956046 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10955745--10956129 Score: 409
Period size: 182 Copynumber: 2.1 Consensus size: 178
10955735 AATTCAAAAA
* **
10955745 ATTAA-TAAGAGATTTAAAAATATATATATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGACTTTTT
1 ATTAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AAATATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGACCATTT
* * * * * * *
10955809 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTCTGAGATATTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
65 GAACAAATATCAATCTAAAATCATTATGAGATATTGTTTTGTTAAAAAAAAATTGTTTCAGATCA
* *
10955874 TAAAAACTTGTTTCAACTAAAATACAAACTACTTTATTAATATTTAAAAAATT
130 TAAAAACTTATTTCAA-T-AAA-A-AAACTACTTTAATAATATTTAAAAAATT
* * * * *
10955927 ATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTT-TTGAACCAGTTCAATTAGTTATGACCATT
1 ATTAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAAA-TATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGACCATT
* ** *
10955990 TGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCT-TTGTTTTGTTAAAAAAAAATTGTTTCTGATC
64 TGAACAAATATCAATCTAAAATCATTATGAGATATTGTTTTGTTAAAAAAAAATTGTTTCAGATC
* * ** * * *
10956054 ATATAAGCTTATTTGGATAAAAATACTATTTTAATAATATTTCAAAAATT
129 ATAAAAACTTATTTCAATAAAAAAACTACTTTAATAATATTTAAAAAATT
*
10956104 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 ATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA
10956130 CGTATCTACC
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 29, Indels: 13
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 43 0.25
178 6 0.04
179 3 0.02
180 1 0.01
181 39 0.23
182 53 0.31
183 20 0.12
184 5 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
ATTAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAATATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGACCATTTG
AACAAATATCAATCTAAAATCATTATGAGATATTGTTTTGTTAAAAAAAAATTGTTTCAGATCAT
AAAAACTTATTTCAATAAAAAAACTACTTTAATAATATTTAAAAAATT
Found at i:10956700 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10956663--10956700 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
10956653 ATCAAACCAG
*
10956663 TTTAAATAATTATGACTAT
1 TTTAAACAATTAT-ACTAT
10956682 TTTAAACAATTAT-CTAT
1 TTTAAACAATTATACTAT
10956699 TT
1 TT
10956701 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.33
19 12 0.67
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAACAATTATACTAT
Found at i:10957311 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 10956570--10957720 Score: 809
Period size: 359 Copynumber: 3.2 Consensus size: 358
10956560 TGTTTTTCAA
* * ** **
10956570 CATACAAACTCATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TTGGTAATTGA
1 CATACAAACTTA-CTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTTAATAAGAGA
* * *
10956633 TTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACCAGTTT-AAATAATTATGACTATTT-TAAACAATTATC
64 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGT-AACAATTATC
** * * *
10956696 TATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTACTTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGTCTATT
127 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTACATAAAACAATTAGTTCTATTTATACAAGTCTATT
* * * * * *
10956761 CGAAATAAAATTATACTAATGTAATAATATTTTGAAAACTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
192 CGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTCAAAACTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAA
** * * * *
10956826 ATCTGTTTGCCAAACTAATTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTTCCTATTTTCAATCGTTA
257 ATCTAATTGCCAAACTAAATCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTTCCGATTTTCAATCGTTA
* * * * *
10956891 TGACCTTTTGTTTTGTCTTAAGATAATTATTTCAGCT
322 TGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCT
* * * * *
10956928 CATATAAATTTACTCAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGATT
1 CATACAAACTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATT
* * * *
10956993 TAAAAAGTAAGTCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATT
66 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGTAACAATTATCTATT
* * * * * * *
10957058 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTC-A
131 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ACATAAAACAATTAGTTCTATTTATACAAGTCTATTCGA
* * *
10957122 GAATCAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAA
195 -AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTCAAAAC-TAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA
*** * *
10957186 TCTAATTGTTGAAC-AAGATCAAATAGTTAAGACTAAATG-ACTGATTAT-CGA-TTTCAAATCT
258 TCTAATTGCCAAACTAA-ATCAAATAGTTAAGACTAAATGAAC-AATT-TCCGATTTTC-AATCG
* *
10957247 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAATT-TTT-TGTT
319 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAA-AAATTATTTCAGCT
* * * ** ** * *
10957286 CGTACAAGCTTATTTGGTTTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
1 CATACAAACTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGA
* ** * * * * *
10957351 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTAATTCAAATGGTTAAGACTATTAG-AACAATTATC
62 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGTAACAATTATC
* ** * * ** ** * *
10957415 TACTTCAAATTGTTCTGATATTTTCCT-TAGTCATAAAACAATT--TTTTAGTTTATACAAGTTT
127 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTA--CATAAAACAATTAGTTCTA-TTTATACAAGTCT
* * * * * * ** **
10957477 ATTCGGAATAAATTAATACTAATTTATTAA-ATTTTGAAAATTAATAAGAAAG-AGGTTAAAAAT
189 ATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTCAAAACTAATAACCAAGAAAATTAAAAA-
* * * ** ** ** * **
10957540 ATAAATCTATTTACTAAA-TATGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT-CTATTTAAAA
253 ATAAATCTAATTGCCAAACTA-AATCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATT-TCCGATTTTCAA
* ** * * * * *
10957603 TCATTATGACCTTTGGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTAAGCT
316 TCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCT
*
10957646 --T----A--TA---AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-CTAATAAGAGA
1 CATACAAACTTACTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAGAGA
*
10957699 TTTAAAAAATAAATTTATTTAC
64 TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
10957721 TAAGTTAGTT
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 136, Indels: 70
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
346 29 0.05
347 3 0.00
349 1 0.00
350 30 0.05
352 2 0.00
357 8 0.01
358 188 0.30
359 224 0.36
360 55 0.09
361 40 0.06
362 48 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
CATACAAACTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGTAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTACATAAAACAATTAGTTCTATTTATACAAGTCTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTCAAAACTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCT
AATTGCCAAACTAAATCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTTCCGATTTTCAATCGTTATGAC
CTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCT
Found at i:10957802 original size:167 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10957483--10957896 Score: 419
Period size: 167 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
10957473 GTTTATTCGG
* *
10957483 AATAAATTAATACTAATTTATTAA-ATTT-TGAAAATTAATAAGAAAGAGGTTAAAAATATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAA-ATAAAT
* * * *
10957546 CTATTTACTAAATATGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
61 CTATTTACTAAATATGTTAAAATAATTATTACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
** *
10957611 ACCTTTGGTTTTGTCATTAAACAATTG-TT-T-AAGCTTATAAGA
126 ACCTTTGACTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTAAAGCTTATAAGA
* *
10957653 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * ** * ** *
10957718 TACTAAGT-TAGTTAAAATAATT-TTGGCCATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACC
66 TACTAAATAT-GTTAAAATAATTATT-ACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACC
* * **
10957781 TTTTACTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGGTCAGACAAGCTTATTTGA
129 TTTGACTTTGTCATAAAACAATTG--TTT-GT---A-AAGCTTATAAGA
* * *
10957830 AATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAATAATAAATCTATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
10957895 TA
66 TA
10957897 TCAAACGAGT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 28, Indels: 21
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.01
167 75 0.37
168 7 0.03
169 3 0.01
170 25 0.12
171 15 0.07
172 2 0.01
177 72 0.36
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACTAAATATGTTAAAATAATTATTACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTT
TGACTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTAAAGCTTATAAGA
Found at i:10958589 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 10956661--10959339 Score: 1632
Period size: 361 Copynumber: 7.5 Consensus size: 358
10956651 TTATCAAACC
* * * ** * *
10956661 AGTTTAAATAATTATGACTATTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCT-
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * * * *
10956725 ACTTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAG-TCTA-TTCGAAATAAAATTATACTAATGTAATAA
65 TCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCT-TATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * **** *
10956788 TATTTTGAAAACTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAA-TTTAAATA
128 TATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAC-AAGTTCAAATA
* * * * * * *
10956852 GTTAAGACTATATGAACAATT-TCCTATTTTCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAGATA
192 GTTATGACTATTTAAACAATTAT-CT-TTTTAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * ** * * *
10956916 ATTATTTCAGCTCATATAAA-TTTACTCAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTC--AAA
254 TTTTTTTTA-TTCATA-AAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAA
* * * * * * *
10956978 ATT--TTA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAGTCTATTTACCAA-A
316 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATA
* * * * *
10957017 CCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * ** * * ** * *
10957082 TGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTA-TTCAGAATCAAATAATACTAATTTAATA
63 TGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * * ** * *
10957146 ATATT-TCAAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACAAGATCAAAT
127 ATATTATGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAAT
* ** * * * * * * * * *
10957210 AGTTAAGACTAAAT-GACTGATTATCGATTTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC
191 AGTTATGACTATTTAAAC-AATTATC-TTTTTAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
** * * * * ** * * *
10957274 AAATTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGTTTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC-AAAAA
253 ATTTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAA
* *
10957338 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTA
317 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA-TA
* * * * ** * ** *
10957382 A-TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTCTGA-TATTTTCCTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTG
* * * * *
10957445 TCATAAAACAATT-TTT-TAGTTTATACAAGTTTA-TTCGGAATAAATTAATACTAATTTATTAA
65 TCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** * * *
10957507 -ATTTTGAAAATTAATAAGAAAGAG-GTTAAAAATATAAATCTATTTACTAAATATGTTCAAATA
128 TATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
10957570 GTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCATTAAACA-
192 GTTATGACTATTTAAACAATTATCT-TTTTAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAT
* * ** * * *
10957634 ----ATTGTT--T--AAGCTTA-TAAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAAAC
255 TTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAAT
* *
10957689 TAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAGTT
318 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA-TA
* * * * * ** ** * * * **
10957727 AGTTAAAATAATTTTGGCCATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTACTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * ** * * *
10957792 TATAAAACAATTGTTTTTGGTCAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATAT
66 CATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * ** * * *
10957857 T-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCAAACGAGTTCGAATGGTTA
131 TATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * ** * *
10957918 TGACTATTTGAGTAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAATAATTG
196 TGACTATTTAAACAATTATCTT-TTT-AAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTT
** * * * * * **
10957982 TTTCCATTCATACAAGCCTA-TTCGAGTTAAAATAACT-CTAATTTATTAATATTTC-ACCAATT
257 TTTTTATTCATAAAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAA-TACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATT
* * *
10958044 AATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTACTAA-A
319 AATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATA
* * * * *
10958083 CTAGATCAAATAGTCATTG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
1 --AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * * *
10958147 TGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTACTA
63 TGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
10958211 ATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATA
127 ATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
* * *
10958276 ATTATGACTATTTCAACAATTATCTTTTTGAAATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAT
192 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTTTTT-AAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A-
* * * * * *
10958341 TTTTTTTTATTCATACAAGTTTATTTTGAATACAATAATACAAATTTATTAACA-TAAAAACAAT
254 TTTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAA-AAT
* **
10958405 TAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTGAATA
318 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AATA
* * * *
10958447 AGTTCAAAT-CTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATAACTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * * * *
10958510 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-GTTCAAATTACAATAATATTAATTTATTAAT
65 TCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
10958574 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTATGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGT
129 ATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGT
** * ** * * * * *
10958639 CCTGACTATTTGATTAATTATCTATTTTAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATT
194 TATGACTATTTAAACAATTATCT-TTTTAAA-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTT
* * * * * * *
10958704 GTTTCAGTTCATATAAGCTTA-TTTGATATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTCA
257 TTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTA
* * *
10958768 ATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTAA-A
320 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATA
* * * * *
10958806 CATATTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGATTT
1 -A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT
* * * * * * * * **
10958870 ATCATAAAATAATCAGTTATGTTCATGCAACCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
64 GTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* *
10958934 TA-TATGAAAAATTAATAAGTAA-AAAGTTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAAT
128 TATTATG-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAAT
* * *
10958996 AGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCA-AAAACC
191 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-TTTTAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA--
* * * * *
10959060 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAA
252 TATTTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAA
* *
10959125 TTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGTG
317 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA-TA
* * * *
10959168 AGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATTTATTCCAAATCACTATGA-TCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTG
* * *
10959232 TCATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
10959297 TTCTAAAAATTTATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
130 TTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
10959340 CATCACACAA
Statistics
Matches: 1822, Mismatches: 402, Indels: 190
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
343 3 0.00
344 74 0.04
345 15 0.01
346 84 0.05
347 40 0.02
348 6 0.00
349 2 0.00
350 46 0.03
352 2 0.00
353 1 0.00
354 48 0.03
355 1 0.00
357 7 0.00
358 219 0.12
359 250 0.14
360 248 0.14
361 516 0.28
362 246 0.14
363 11 0.01
364 1 0.00
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
CATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTAAACAATTATCTTTTTAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTT
TATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATA
Found at i:10959335 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10956543--10959339 Score: 1828
Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 179
10956533 ATACTTTTCC
* * * * * * *
10956543 TTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTCA-ACATACAAACTCATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * * *
10956607 TTAATATTTCAAGAA-T--T-GGTAATTGATTTAAAAATTAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTTA
65 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-TAGTTCA
* * ** * *
10956667 AATAATTATGACTATTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTG
127 AATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
10956721 TTCT-ACTTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAG-TCTATTCGAAATAAAATTATACTAATGTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * ** * *
10956784 ATAATATTTTGAAAACTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAATTTAA
65 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTTCAA
* * *
10956849 ATAGTTAAGACTATATGAACAATT-TCCTATTTTC-AATCGTTATGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * ** * * *
10956901 TTTTGTCTTAAGATAATTATTTC-AGCTCATATAAATTTA-CTCAGAATAAAATAAAACTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * ** * *
10956964 GTTAATATTTCAAAATT--TTA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAGTCTATTTACCAAACCATTTCAA
64 ATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTTCAA
* * *
10957026 ATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* ** * * ** * *
10957079 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTA-TTCAGAATCAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * ** ** * *
10957143 ATAATATTTCAAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACAAGATCAA
65 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTTCAA
* ** * * * *
10957208 ATAGTTAAGACTAAATG-ACTGATTATCGATTTCAAATCTTTATGACCTTTTA
128 ATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *** *
10957260 TTTTATCATAAAACAAATT-TTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTGGTTTAAAATAATACAAATTTA
1 TTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
10957323 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACTAATTCAA
65 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTTCAA
* * * * ** * ** *
10957388 ATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTCTGATATTTTC
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
10957440 CTTAGTCATAAAACAATT-TTT-TAGTTTATACAAGTTTATTCGGAATAAATTAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
10957503 TTAA-ATTTTGAAAATTAATAAGAAAGAG-GTTAAAAATATAAATCTATTTACTAAATATGTTCA
65 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACTGAATA-GTTCA
* * *
10957566 AATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTGG
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * **
10957619 TTTTGTCATTAAAC-A--A--T-TGTT--T--AAGCTTATAAGAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * *
10957674 TAATATTTCTAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAGTTAGTTAAAA
66 TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA--TAGTTCAAA
* * * * ** ** * * *
10957735 TAATTTTGGCCATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTA
129 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * ** * *
10957786 CTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGGTCAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
10957851 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATAATAAATCTATTTA-TCAAACGAGTTCGA
66 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-TAGTTCAA
* ** * *
10957911 ATGGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * * * * * * **
10957963 TTTCATTATAAAATAATTGTTTCCATTCATACAAGCCTATTCGAGTTAAAATAACT-CTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTA
** * * * * * *
10958027 TTAATATTTCACCAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTACTAAACTAGATCA
65 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTTCA
* * *
10958091 AATAGTCATTG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA
127 AATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * ** * *
10958144 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAC
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
10958209 TAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTT-GTCGAACAAGTTTAA
66 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-TAGTTCAA
* * * * *
10958273 ATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTTTTTGAAATGC--TATAACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
10958324 TTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTATTCATACAAGTTTATTTTG-AATACAATAATACAAATTT
1 TTTTGTCATAAAA-CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * *
10958388 ATTAACATAAAAACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTGAATAAGTTCA
64 ATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT-AGTTCA
* * * * *
10958453 AAT-CTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATAACTTTTTG
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
10958505 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-GTTCAAATTACAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** * ** *
10958569 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTATGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAA
65 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTTCAA
** ** * * *
10958634 ATAGTCCTGACTATTTGATTAATTATCTATTTTAAATTATTGTGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
10958686 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
10958750 TTAATATTCTAAAAGTCAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAACATA-TTCA
65 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GA-ATAGTTCA
* * *
10958814 AATAGTTATGACTATCTGAA-AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTG
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
10958866 ATTTATCATAAAATAATCAGTTATGTTCATGCAACCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * ** *
10958929 ATTAATATATGAAAAATTAATAAGTAA-AAAGTTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTC
64 ATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA-GTTC
* * * * * *
10958992 AAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATAACCTTTTA
126 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
10959046 TTTTGTCA-AAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAA-CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
10959110 TTAAAATTCCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGTGAGTTCA
65 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-T-AGTTCA
* * * * *
10959174 AATAGTTATGACTATTCGAACAATTATTTATTCCAAATCACTATGATCTTTTG
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
10959227 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** *
10959292 TAATATTCTAAAAATTTATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
66 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
10959340 CATCACACAA
Statistics
Matches: 2042, Mismatches: 479, Indels: 193
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 73 0.04
168 14 0.01
170 37 0.02
171 1 0.00
172 2 0.00
173 3 0.00
174 2 0.00
175 2 0.00
176 3 0.00
177 280 0.14
178 109 0.05
179 155 0.08
180 547 0.27
181 739 0.36
182 72 0.04
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
Found at i:10959750 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 10959517--10959905 Score: 401
Period size: 183 Copynumber: 2.1 Consensus size: 182
10959507 TAGTTATGAT
* * * * * * * *
10959517 TATTTGAACGATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGCTTAC-
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-CTTACA
* * * ** * * **
10959581 ATTCATGCAAGCTGATTCAAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAGTATTC-TAAAGATTAATAAGT
65 ATTCATACAAGCTGATTCAAAGTAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAAATTAATAAAC
* *
10959645 AA-GAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGAC
130 AACGA-ATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGAC
* * * *
10959697 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCA
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTCTTACA
* * * * *
10959762 ATTCATACATGCTTATTCAAAGTAAAATAATATTAATTTAGTAACATTCAAAAAAATTAATAAAC
65 ATTCATACAAGCTGATTCAAAGTAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAAATTAATAAAC
* * * * *
10959827 AACTAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGC
130 AACGAATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGAC
*
10959880 TATTCA-AACAATTATCTATTTAAAAT
1 TATT-AGAACAATTATCTATTTCAAAT
10959906 AATTATGACT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 34, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 32 0.19
181 58 0.34
182 17 0.10
183 61 0.36
184 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTCTTACAA
TTCATACAAGCTGATTCAAAGTAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAAATTAATAAACA
ACGAATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGAC
Found at i:10960071 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10959637--10960199 Score: 421
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 179
10959627 TTCTAAAGAT
* ** ** * * * * *
10959637 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATT-
1 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTC
* ** * * * *
10959701 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-CTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-T-TTTTTCAA
66 A-AACAATTATCTATTTAAAATAATTACGAA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTC-A
* * * * * *
10959763 TTCATACATGCTTAT-TCAAAGTAAAATAATATTAATTTAGTAACA-TTCAAAAAAAT
128 TT-A-A-AAGCCTATCTGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC--AAAAAG
** * * ** * *** * *
10959819 TAATAAACAACTA-ATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTAT
1 TAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCAT
*
10959883 TCAAACAATTATCTATTTAAAATAATTATG-ACTTTT-TTTT-TTCATAAAGA-AATTGTTTCGG
64 TCAAACAATTATCTATTTAAAATAATTACGAACTTTTGTTTTGTT-ATAAA-ACAATTGTTT---
* * *
10959944 TTCA-TAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTGATATTTCAAAAAG
124 TTCATTAAAAGCCTATCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAG
* * * *
10959999 TGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTT
1 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTC
* * **
10960064 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATTG
66 AAACAATTATCTATTTAAAATAATTACGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-T-
* * * *
10960129 TACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
129 TAAAAGCCTATCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAG
10960180 TAATAAGTAAGAGATTTAAA
1 TAATAAGTAAGAGATTTAAA
10960200 TTATTTATTG
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 53, Indels: 43
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 61 0.20
180 23 0.07
181 116 0.38
182 29 0.09
183 68 0.22
184 2 0.01
185 1 0.00
186 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTC
AAACAATTATCTATTTAAAATAATTACGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATTA
AAAGCCTATCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAG
Found at i:10960272 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 10960231--10960298 Score: 118
Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
10960221 ATTTGAACAA
*
10960231 TTATATATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTGTT
1 TTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
*
10960263 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
1 TTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
10960295 TTAT
1 TTAT
10960299 TATAAAATAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 34 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (32 bp):
TTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
Found at i:10960457 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10960423--10960563 Score: 71
Period size: 18 Copynumber: 8.2 Consensus size: 17
10960413 TAGGTAAGTC
*
10960423 TATTTT-TTTTTTTTTT
1 TATTTTATTTTATTTTT
*
10960439 TTTTTGTATTTTATATTTT
1 TATTT-TATTTTAT-TTTT
10960458 TATTTTATTTTA-TTTT
1 TATTTTATTTTATTTTT
*
10960474 TATTATTATTATTA-TTAT
1 TATT-TTATT-TTATTTTT
* * *
10960492 TATTGTTTTTTTATATATA
1 TATT-TTATTTTAT-TTTT
*
10960511 TATATTTCTTTTA-TTTT
1 TAT-TTTATTTTATTTTT
* * *
10960528 TATCTTA-TGTATTTAT
1 TATTTTATTTTATTTTT
10960544 TA-TTTA-TTTATTTATT
1 TATTTTATTTTATTT-TT
10960560 TATT
1 TATT
10960564 ACTACTATTT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 19, Indels: 21
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.13
16 22 0.23
17 15 0.16
18 26 0.27
19 19 0.20
20 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.01, G:0.02, T:0.75
Consensus pattern (17 bp):
TATTTTATTTTATTTTT
Found at i:10960461 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10960423--10960505 Score: 70
Period size: 6 Copynumber: 14.5 Consensus size: 6
10960413 TAGGTAAGTC
10960423 TATTTT T-TTTT T-TTTT T-TTTT GTATTTT ATATTTT TA-TTT TA-TTT
1 TATTTT TATTTT TATTTT TATTTT -TATTTT -TATTTT TATTTT TATTTT
* * * *
10960468 TATTTT TATTAT TATTAT TATTAT TATTGT T-TTTT TAT
1 TATTTT TATTTT TATTTT TATTTT TATTTT TATTTT TAT
10960506 ATATATATAT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 4, Indels: 8
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
5 28 0.41
6 31 0.45
7 10 0.14
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.02, T:0.80
Consensus pattern (6 bp):
TATTTT
Found at i:10960463 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10960423--10960530 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 4.4 Consensus size: 25
10960413 TAGGTAAGTC
10960423 TATTTTT-TT-TTTTT-TTTT-TTT
1 TATTTTTATTATTTTTATTTTATTT
10960444 GTA-TTTTA-TATTTTTATTTTATTT
1 -TATTTTTATTATTTTTATTTTATTT
*
10960468 TATTTTTATTATTATTATTATTATTAT
1 TATTTTTATTATTTTTATT-TTATT-T
* * *
10960495 TGTTTTT-TTATATATATATATTTCTTT
1 TATTTTTATTAT-T-TTTAT-TTTATTT
10960522 TATTTTTAT
1 TATTTTTAT
10960531 CTTATGTATT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 6, Indels: 18
0.74 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.07
22 7 0.10
23 6 0.09
24 8 0.12
25 9 0.13
26 9 0.13
27 15 0.22
28 8 0.12
29 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.01, G:0.02, T:0.77
Consensus pattern (25 bp):
TATTTTTATTATTTTTATTTTATTT
Found at i:10960481 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 10960452--10960495 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 15.3 Consensus size: 3
10960442 TTGTATTTTA
* *
10960452 TAT TTT TAT T-T TAT T-T TAT TTT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT T
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT T
10960496 GTTTTTTTAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 4
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.11
3 31 0.89
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.00, T:0.75
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:10960542 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10960520--10960564 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
10960510 ATATATTTCT
10960520 TTTATT-TTTATCTTATGTA
1 TTTATTATTTAT-TTATGTA
*
10960539 TTTATTATTTATTTATTTA
1 TTTATTATTTATTTATGTA
10960558 TTTATTA
1 TTTATTA
10960565 CTACTATTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 19 0.79
20 5 0.21
ACGTcount: A:0.24, C:0.02, G:0.02, T:0.71
Consensus pattern (19 bp):
TTTATTATTTATTTATGTA
Found at i:10960550 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10960522--10960559 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
10960512 ATATTTCTTT
10960522 TATTT-TTATCTTATG
1 TATTTATTATCTTATG
*
10960537 TATTTATTAT-TTATT
1 TATTTATTATCTTATG
10960552 TATTTATT
1 TATTTATT
10960560 TATTACTACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 17 0.81
16 4 0.19
ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.03, T:0.71
Consensus pattern (16 bp):
TATTTATTATCTTATG
Found at i:10960576 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 10960526--10960563 Score: 51
Period size: 4 Copynumber: 9.5 Consensus size: 4
10960516 TTCTTTTATT
*
10960526 TTTA TCTTA TGTA TTTA -TTA TTTA TTTA TTTA TTTA TT
1 TTTA T-TTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TT
10960564 ACTACTATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.10
4 23 0.77
5 4 0.13
ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.03, T:0.71
Consensus pattern (4 bp):
TTTA
Found at i:10960730 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10960693--10960735 Score: 56
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
10960683 TTGATTTACC
10960693 TGATTTATTTTTA-T
1 TGATTTATTTTTATT
*
10960707 T-A-ATATTTTTATT
1 TGATTTATTTTTATT
10960720 TGATTTATTTTTATT
1 TGATTTATTTTTATT
10960735 T
1 T
10960736 TTTTTTATCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 5
0.77 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
12 8 0.33
13 3 0.12
14 2 0.08
15 11 0.46
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.05, T:0.72
Consensus pattern (15 bp):
TGATTTATTTTTATT
Found at i:10961286 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10961260--10961290 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
10961250 TGGGTGTTCT
10961260 AAAGAGAAGGAAGAGA
1 AAAGAGAAGGAAGAGA
10961276 AAAGA-AAGGAAGAGA
1 AAAGAGAAGGAAGAGA
10961291 TAGAGGGAAG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.67
16 5 0.33
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.35, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
AAAGAGAAGGAAGAGA
Found at i:10961648 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 10961631--10961724 Score: 77
Period size: 12 Copynumber: 8.3 Consensus size: 11
10961621 TTTAATATTC
10961631 TTTTATCTTTAT
1 TTTTAT-TTTAT
10961643 TTTTATTTTTAT
1 TTTTA-TTTTAT
* *
10961655 TTTTGTTTTAC
1 TTTTATTTTAT
10961666 TTTT-TTTTAT
1 TTTTATTTTAT
10961676 TTTT-TTATT-T
1 TTTTATT-TTAT
*
10961686 TTTTATTTTCAC
1 TTTTATTTT-AT
*
10961698 TTTTATTTTGTT
1 TTTTATTTT-AT
10961710 TTATTATTTTAT
1 TT-TTATTTTAT
10961722 TTT
1 TTT
10961725 CTTTAAACAA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 8, Indels: 13
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 18 0.26
11 14 0.21
12 28 0.41
13 8 0.12
ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.02, T:0.80
Consensus pattern (11 bp):
TTTTATTTTAT
Found at i:10961654 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10961630--10961724 Score: 74
Period size: 18 Copynumber: 5.6 Consensus size: 17
10961620 ATTTAATATT
10961630 CTTTTATCTTTATTTTTA
1 CTTTTAT-TTTATTTTTA
*
10961648 TTTTTATTTT-TGTTTTA
1 CTTTTATTTTAT-TTTTA
10961665 CTTTT-TTTTATTTTT-
1 CTTTTATTTTATTTTTA
* *
10961680 -TTATTTTTTTATTTTCA
1 CTT-TTATTTTATTTTTA
*
10961697 CTTTTATTTTGTTTTATTA
1 CTTTTATTTT-ATTT-TTA
10961716 -TTTTATTTT
1 CTTTTATTTT
10961725 CTTTAAACAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 16
0.74 0.07 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.03
15 2 0.03
16 18 0.29
17 19 0.30
18 20 0.32
19 2 0.03
ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.02, T:0.79
Consensus pattern (17 bp):
CTTTTATTTTATTTTTA
Found at i:10961678 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 10961642--10961694 Score: 63
Period size: 8 Copynumber: 6.2 Consensus size: 8
10961632 TTTATCTTTA
10961642 TTTTTATT
1 TTTTTATT
10961650 TTTATT-TT
1 TTT-TTATT
10961658 TGTTTTACTTT
1 T-TTTTA--TT
10961669 TTTTTATT
1 TTTTTATT
10961677 TTTTTATT
1 TTTTTATT
10961685 TTTTTATT
1 TTTTTATT
10961693 TT
1 TT
10961695 CACTTTTATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 10
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
8 28 0.70
9 4 0.10
10 5 0.12
11 3 0.08
ACGTcount: A:0.11, C:0.02, G:0.02, T:0.85
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTATT
Found at i:10961712 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 10961670--10961725 Score: 85
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28
10961660 TTTTACTTTT
*
10961670 TTTTATTTTTTTATTTTTTTATTTTCAC
1 TTTTATTTTTTTATTATTTTATTTTCAC
10961698 TTTTATTTTGTTTTATTATTTTATTTTC
1 TTTTA-TTT-TTTTATTATTTTATTTTC
10961726 TTTAAACAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.20
29 3 0.12
30 17 0.68
ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.02, T:0.79
Consensus pattern (28 bp):
TTTTATTTTTTTATTATTTTATTTTCAC
Found at i:10961860 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 10961743--10962069 Score: 426
Period size: 113 Copynumber: 2.9 Consensus size: 113
10961733 AAAATCCAAA
10961743 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAAAAATAAATTTTCTAAAAGGT
1 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAAAAATAAATTTTCTAAAAGGT
* * * *
10961808 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATTAATTTTTCTTAAAAATAAATTTTC
66 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCAAAAATAAAGTTTC
* *
10961856 AAAAAAAGGT-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCCTAAAAATAAATTTTCAAAAA
1 AAAAAAA--TATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT-CCTAAAAATAAATTTTC-TAAA
* *
10961920 AGGTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAGTTTC
62 AGGTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCAAAAATAAAGTTTC
* * * * * * **
10961972 -AAAAGATA-TTTTGGGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAGATTAAAATTTCTAAAAAA
1 AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC-TAAAAATAAATTTTCTAAAAGG
*
10962035 TATTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCT
65 T-TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCT
10962070 TGCATAAAAA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 19, Indels: 14
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
112 7 0.04
113 79 0.42
114 30 0.16
115 23 0.12
116 49 0.26
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (113 bp):
AAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTAAAAATAAATTTTCTAAAAGGT
TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCAAAAATAAAGTTTC
Found at i:10962071 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 10961744--10962070 Score: 392
Period size: 57 Copynumber: 5.8 Consensus size: 56
10961734 AAATCCAAAA
*
10961744 AAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC-TAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAATA-TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
** * *
10961800 TAAAAGGT-TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATTAATTTTTCTTAAAAATAAATTTTC
1 -AAAAAATATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
* *
10961856 AAAAAAAGGTTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCCTAAAAATAAATTTTC
1 -AAAAAA--TATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
** * *
10961915 AAAAAAGGT-TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAGTTTC
1 AAAAAA--TATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
* * * * *
10961972 AAAAGATATTTTG-GGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAGATTAAAATTTC
1 AAAAAATATTTTGAGG-AAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
*
10962028 TAAAAAATATTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTT
1 -AAAAAATATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTT
10962071 GCATAAAAAC
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 21, Indels: 16
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
55 32 0.13
56 61 0.25
57 91 0.38
58 12 0.05
59 45 0.19
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (56 bp):
AAAAAATATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
Found at i:10972516 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10972483--10972534 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
10972473 AAAAATTTTA
* *
10972483 AAAAAAAAT-AAAATAAAAA-
1 AAAAAAAGTGAAAAAAAAAAG
*
10972502 ATAAAAAGTGAAAAAAAAAAG
1 AAAAAAAGTGAAAAAAAAAAG
10972523 AAAAAAAGTGAA
1 AAAAAAAGTGAA
10972535 TGAAAAAGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.26
20 9 0.33
21 11 0.41
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.10, T:0.10
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAAAGTGAAAAAAAAAAG
Found at i:10973598 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 10973535--10973715 Score: 205
Period size: 42 Copynumber: 4.5 Consensus size: 41
10973525 GATTGTCAAT
* **
10973535 GAGCACTTTACTTTTCGAAAGTTATGGTGCCTCTGTTTAGAG
1 GAGCAATTTACTTTTC-AAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
*
10973577 GAGCAATTTACTTTCCAAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
1 GAGCAATTTACTTTTC-AAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
*
10973619 GAGCAATTT-TTTTTCAAAGTC---GTGCCTCTG-TTAGAG
1 GAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
* * *
10973655 GAGCAATTTA-TTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAG
1 GAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
*
10973695 GAGCCATTTA-TTTTCCAAAGT
1 GAGCAATTTACTTTT-CAAAGT
10973716 TGTTGAGCCT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 9, Indels: 13
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 26 0.21
37 9 0.07
39 8 0.06
40 25 0.20
41 10 0.08
42 46 0.37
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (41 bp):
GAGCAATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
Found at i:10973668 original size:40 final size:38
Alignment explanation
Indices: 10973561--10973715 Score: 181
Period size: 36 Copynumber: 4.0 Consensus size: 38
10973551 GAAAGTTATG
* *
10973561 GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTCCAAAAGTC
1 GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTTC-AAAGTC
10973600 GTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTT-TTTTTCAAAGTC
1 ---GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTTCAAAGTC
10973640 GTGCCTCTG-TTAGAGGAGCAATTTA-TTTTCAAAGTC
1 GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTTCAAAGTC
* * *
10973676 GTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCCATTTATTTTCCAAAGT
1 G-T--GCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTTCAAAGT
10973716 TGTTGAGCCT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 4, Indels: 13
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 27 0.26
37 10 0.10
39 7 0.07
40 21 0.20
41 13 0.13
42 25 0.24
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.23, T:0.36
Consensus pattern (38 bp):
GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTATTTTTCAAAGTC
Found at i:10973693 original size:76 final size:80
Alignment explanation
Indices: 10973561--10973715 Score: 228
Period size: 76 Copynumber: 2.0 Consensus size: 80
10973551 GAAAGTTATG
* *
10973561 GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTCCAAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAAT
1 GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTCCAAAAGTCGTGGAGCCTCTGATTAGAGGAGCAAT
*
10973626 TT-TTTTTCAAAGTC
66 TTATTTTCCAAAGTC
* * *
10973640 GTGCCTCTG-TTAGAGGAGCAATTTA-TTTTC-AAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCCAT
1 GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTCCAAAAGTCGTGGAGCCTCTGATTAGAGGAGCAAT
10973702 TTATTTTCCAAAGT
66 TTATTTTCCAAAGT
10973716 TGTTGAGCCT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 6, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
76 30 0.43
77 14 0.20
78 16 0.23
79 9 0.13
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.23, T:0.36
Consensus pattern (80 bp):
GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTCCAAAAGTCGTGGAGCCTCTGATTAGAGGAGCAAT
TTATTTTCCAAAGTC
Found at i:10975825 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10975134--10977049 Score: 795
Period size: 177 Copynumber: 10.8 Consensus size: 179
10975124 AACCAGTTTT
* * * * * ** *
10975134 AAATAATTATGACT-ATTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTAT-AACTTTTTGTTCTA-CTTA
1 AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTT-TATCATA
* * *
10975195 AAACAATTATTTCTA-TTTATACAAG-TCTATTCGGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTT
65 AAACAATT-TTT-TAGTTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT
* * ** * * ** *
10975258 TG-AAAACTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAA-TTT
126 TGAAAAATTAATAAGAAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAC-AAGTTC
* ** * *
10975312 AAATAGTTAAGACT-ATATGAACAATTACCTATTTTC-AAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCT
1 AAATAGTTAAGACTAAT-TGAACAATTATCTA-TTTCAAATCT-TTATGACCTTTTACTTTATCA
* * * * ** * * * **
10975374 TAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAATTTACTCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTT
63 TAAAACAATT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * * ** * *
10975439 CAAAAATTTATAAG----AGATTTAAAAAGTAAGTCTATTTACCAAACCATTTC
127 GAAAAATTAATAAGAAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTC
** * * * * ** * *
10975489 AAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATT
1 AAATAGTTAAGACTAATTG-AACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTATCATA
* * * * ** * * **
10975554 AAACAATTGGTTCTA-TTTACACTATTTTATTCATAATCAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
65 AAACAATT--TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTG
* * *
10975618 AAAACTTAATAACCAATAAA-ATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACAAGTTC
128 AAAAATTAATAA-GAA-AAAGATTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTC
* ** * *
10975671 AAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATCGATTTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCATAA
1 AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTATCATAA
* * ** ** *
10975736 AGCAAATTTTTT-GTTCGTACAAGCTTATTTGGTTTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTGAA
66 AAC-AATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAA
* * *
10975800 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAA-TTC
130 AAATTAATAAGAAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAA-CAAGTTC
* * * * * *
10975851 AAATGGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTACTTCAAAT-TGTTCTGATCTTTTGCTTTGTCAT
1 AAATAGTTAAGACTAATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTACTTTATCAT
* * * * * *
10975914 AAAACAATTTTTTAGTTTATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTACTTTATTAAAATTTG-
64 AAAACAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGA
* * * * *
10975978 AGAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAATATAAATCTATTTACTAAATATGTTC
129 AAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAA-ATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTC
** * * * *** * *
10976030 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCATTA
1 AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTATCATAA
* * * **
10976095 AACAA----TT-GTT--T--AAGATTA-TAAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTA
66 AACAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAA
* * * ** *
10976150 AAACTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAGTTAGTTA
130 AAATTAATAAGAAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAA-CAAGTTC
* * * * * * * * * *
10976197 AAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-TGTTCTAACCTTTTACTTTGTTATA
1 AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTACTTTATCATA
* * * * ** *
10976261 AAACAATTGTTTTTGGTCAGACAAGATTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTC
65 AAACAATT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTG
* * * *
10976325 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTATTT-TTGAA-TAGTTA
128 AAAAATTAATAAGAAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTC
* *
10976372 AAACTA-TT-A-A--AA-T----AATTATCTATTTCAAATCGTT-TGACCTTGT--TTTAGTCAT
1 AAA-TAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTA-TCAT
* * * * * * * *
10976424 AAAA-TATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTAGTCGGAATAAAATAGT-CATAATATATTGACAT
64 AAAACAATTT-TTT-AGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC-TAATTTAATAATAT
** * * * * * * *
10976486 TCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAAAAGCTC
125 TTGAAAAATTAATAAGAAAAAGA-TT-AAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTC
* * * * * *** *
10976542 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATC-TATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTATCATA
* * ** * * * **
10976606 AAACAATTGTTTTAGTTAACACAAGCTTACACAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCT
65 AAACAATT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGA
* * * *
10976671 AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATC-AGTTA
129 AAAATTAATAAGAAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAA-CAAGTTC
* * * * * **
10976719 AAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTATCATAA
* * * * * *
10976784 AACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAA
66 AACAATT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-----AGAAT--AA-AATAATACTAATTTAATAA
*** * ** * * * * *
10976849 TATTCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTAAATC-AGTTC
122 TATTTGAAAAATTAATAAGAAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAA-CAAGTTC
* * * * * * * * * ** * *
10976908 AAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAA
1 AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTATCATAA
*** * * ** * *
10976973 AACAATTGTTTTTCATCATGCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CA
66 AACAATT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAA
10977037 AAATTAATAAGAA
130 AAATTAATAAGAA
10977050 TAAATCTGTT
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 278, Indels: 192
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 10 0.01
164 53 0.04
165 8 0.01
166 21 0.02
167 76 0.06
168 13 0.01
169 23 0.02
170 41 0.03
171 11 0.01
172 4 0.00
173 2 0.00
174 4 0.00
175 14 0.01
176 21 0.02
177 210 0.15
178 113 0.08
179 137 0.10
180 197 0.14
181 185 0.14
182 62 0.05
183 2 0.00
184 6 0.00
185 35 0.03
189 114 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTAAGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTACTTTATCATAA
AACAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAA
AATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTC
Found at i:10975988 original size:359 final size:357
Alignment explanation
Indices: 10975057--10976081 Score: 776
Period size: 359 Copynumber: 2.9 Consensus size: 357
10975047 ACATTTAAAA
* * * * ** *
10975057 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TTAGTAATTGA-TT-AAAATTAAAATCTATT
1 TAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTTA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATT
* * * * * * *
10975119 TATCGAACCAGTTTTAAATAATTATGACTATTA--AACAATTATCTATTTCAAAT--TGTATAAC
64 TACCAAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTAGTAACAATTATCTACTTCAAATCAT-TATAAC
* * * * * * * *
10975180 TTTTTG-TTCT-ACTTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGTCTATTCGGAATAAAATAATACT
127 CTTTTGCTT-TGTCATAAAACAATT-GTTCTATTTACACAAGTTTATTCAGAATCAAATAATACT
* * ** * * * ** * *
10975243 AATGTAATAATATTTTGAAAAC-TCATAACTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTGCCAAAC
190 AATTTAATAA-AATTCCAAAACTTAATAACAAAAAGA-TTAAAAATATAAATCTAATTACTAAAC
* * * * ** ** *
10975306 TAA-TTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTACCTATTTTCAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
253 -AAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTT
* * * * * * ** * * **
10975370 GTC-TTAAG-ACAATTATTTCAGCTCATATAAATTTACTCGGAA
317 ATCATAAAGCA-AATT-TTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTGGTT
* ** * *
10975412 TAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAGTAAGTCTATTTA
1 TAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * *
10975477 CCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
66 CCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGTAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * *
10975542 TGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTTACACTATTTTATTCATAATCAAATAATACTAATTT
131 TGCTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTATTTACACAAGTTTATTCAGAATCAAATAATACTAATTT
* * *
10975607 AATAATATTCCAAAACTTAATAACCAATAAA-ATTAAAAA-ATAAATCTAATTGCTGAACAAGTT
195 AATAAAATTCCAAAACTTAATAA-CAA-AAAGATTAAAAATATAAATCTAATTACTAAACAAGTT
** * *
10975670 CAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATCGATTTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCATA
258 CAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATA
10975735 AAGCAAATTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGTT
323 AAGCAAATTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGTT
* * *
10975770 TAAAATAATACAAATTTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
1 TAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * ** * * *
10975835 TTTGCTGAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAG-AACAATTATCTACTTCAAATTGTTCTGAT
62 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGTAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAAC
* *
10975899 CTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTTTATACAAGTTTATTCAGAAT-AAATTAATACT
127 CTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTCTA-TTTACACAAGTTTATTCAGAATCAAA-TAATACT
* * ** * * * * *
10975962 ACTTTATTAAAATTTGAGAA-TTAATAAGAAAAAGATTAAAAATATAAATCTATTTACTAAATAT
190 AATTTAATAAAATTCCAAAACTTAATAACAAAAAGATTAAAAATATAAATCTAATTACTAAACAA
** ** *
10976026 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
255 GTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTT
10976082 GGTTTTGTCA
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 113, Indels: 42
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 53 0.10
356 21 0.04
357 27 0.05
358 74 0.14
359 212 0.40
360 51 0.10
361 48 0.09
362 48 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGTAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCTTT
TGCTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTTACACAAGTTTATTCAGAATCAAATAATACTAATTTA
ATAAAATTCCAAAACTTAATAACAAAAAGATTAAAAATATAAATCTAATTACTAAACAAGTTCAA
ATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAG
CAAATTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGTT
Found at i:10976300 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 10976116--10979657 Score: 1297
Period size: 181 Copynumber: 19.9 Consensus size: 176
10976106 AAGATTATAA
*
10976116 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * *
10976181 TTTACTAAGTTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACC
66 TTTACTAA-TCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
** * * *
10976246 TTTTACTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGGTCAGACAAGATTATTC
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATTC
* * *
10976293 GAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* *
10976358 TTT-TTGAAT-AGTTAAAACT-ATTA-----A----AATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGAC
66 TTTACT-AATCAGTTAAAA-TAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
10976410 C--TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTAGTC
129 CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTT-TTGATCAGACAAGCTTATTC
* * * * * * *
10976457 GGAATAAAATAGT-CATAATATATTGACA-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT
1 GAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTC-TAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAAT
* * ** * * * *** * *
10976520 AAATCTATTTACCAAAAAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCAT
59 AAATTTATTTACTAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGT
* * * * * **
10976584 TATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAACACAAGCTTACAC
123 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATTC
* * *
10976638 AAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
*
10976703 TTTACTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
66 TTTACT-AATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* ** * *
10976768 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATATAAGCTTATTC
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAGACAAGCTTATTC
* * *
10976815 AAAATAAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAA
1 -----GAAAT--AA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG--A--GATTTAA
* * * * *
10976880 AAAGTAAATTTGTTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAA
54 AAAATAAATTTATTTACT-AATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
10976945 ATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTCATCATG-CAAGCCTATTT
118 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCA-GACAAGCTTATTC
* *
10977004 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT-A-AG--------AATAAATCT-
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * *
10977057 GTT--T-ATC-G---AACTAGTTCAT----ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACC
66 TTTACTAATCAGTTAAAATAATT-ATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
10977111 TTTTGTTCT-AC-TATAAACTAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTT
130 TTTTGTTTTGTCATA-AAAC-AATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATTC
* * * *
10977158 GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * ** * * *
10977223 TCTGTTTGCTGAAGT-AGTTGAAACATTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT
62 TTTATTTACT-AA-TCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * *
10977287 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTT-TTC
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATTC
* * * * *
10977338 AAAATAAAATAATACAAATTT-TTAATA-TTCTAAAAATTAGTAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * *
10977401 ATCTGTTTACTATATCATTTCAAATAATTAGGGCTTTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
61 ATTTATTTACTA-ATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * **
10977466 TTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATTATTCAAGCTTGATT-
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTT-ATTC
* * * *
10977518 GGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAGTATGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTA--A--TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * **
10977583 TTTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTATTAT
62 TTTATTT-ACTAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
10977648 AACCTTTTGTTATGTCATAAAATAATTATTTCT-ACTCATACAAGTTTATT-
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAGACAAGCTTATTC
* * * * * *
10977698 TAGAATAAAATAATACTAATGTAATCATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTA
1 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * * * * *
10977762 AATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATAT-AGGCAATTCTTTATTTCAAATCGT
60 AATTTATTT-ACTAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** *
10977826 TATGACCTTTTGTTTTGTCTTAGAACAATT-TTTTCAATTCTTAG-TAA-CTTATTC
123 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TC--AGACAAGCTTATTC
* * * * *
10977880 AAAAGAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
10977944 TTATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
62 TT-TATTT-ACTAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
10978009 TGACATAAAACAAACATTTTTGTTCATT-T-ATAAAGCAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTTGTT
125 TG-------AC---C--TTTTGTT--TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATT
*
10978072 T
176 C
* * * *
10978073 GAAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * * * *
10978137 ATCTA-TTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTA
61 ATTTATTTACTAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
10978201 TGATC-ATT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAC-AGTCTTATTC
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAGACAAG-CTTATTC
* * * *
10978251 -AGAATAAAGTAATGCTAATTTACTAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATG
1 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAG--A--GATTTAAAAAATA
* ** * * ** * **** * *
10978314 AATCTATTGGCCTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCATATCGTT
60 AATTTATT-TACTAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * * * * * *
10978379 ACAACCTTTTGTTTTATCACAAAATAACTGTTTCT-A-CTTGTACATGCATATTC
124 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATC-AG-ACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
10978432 AAAATAACATAATTCTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAAAATTAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
10978497 TCTGTTTAACGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGCTA
62 TTTATTT-ACTAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
10978561 TAACCTTTTTATTTTGTCAT-AAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC
125 TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGA-TCAGACAAGCTTA-TTC
* * * *
10978614 -AAATAAAAT--TAATAA-GTA-AAATATTT-TAAAA--AAT-A-A-A--T-----CT--ATTTA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * *** * * * *
10978659 ---GCTAATAAGTCT--AATAGTTATGATTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
66 TTTACTAATCAGT-TAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * ** * * *
10978719 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAACTTATTT
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATTC
* * * * *
10978766 GGATTAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTGCCAATTAA-TAAGTAAAAGATTT-TAAAATA
1 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTT-CTAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * ** * * * * *
10978828 AATTGT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAATTGT
60 AATT-TATTTACTAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* ** * * * * * * *
10978892 TATGACCTTATGTTTCATTATAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTC
123 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATTC
*
10978946 TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAAT
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATT-A--A-TAAGAGATTT--AAAAAAT
* * ** * * * * * *** * * *
10979010 GAATCTGCTTACCGAATAAGTTTAATTAGTTATGATTATTTGAATACTTATCTATTTCAAATCAT
59 AAATTTATTTA-CTAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
10979075 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATT-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC
123 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAGACAAGCTTATTC
* * * * * * *
10979128 CAACTAAAATAA-A-TAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAATTAAAATTAAAAA
1 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAATTAAT-A--AGAGA-T----TT-AAAA
* ** * * * * *
10979191 AATAAATCTATTTTTTGAACCCA-TTTAAATAGTTATGACTATTAAACTATTTGAACAATTATCC
56 AATAAATTTATTTACT-AA-TCAGTTAAAATAATTATGGC-------C-ATTTGAACAATTATCT
* * * * *
10979255 ATTTCAAA-CAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATCAACCAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
111 ATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAGACAAGCTTA
*
10979318 TTT
174 TTC
* * * *
10979321 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAACAAAT
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
10979386 TTGTTTACTGAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCACAA-AGTTAT
63 TTATTTACTAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTAT
* * * *
10979450 G-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCAAACAAGTTTATTC
126 GAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAGACAAGCTTATTC
* * * * *
10979501 TAAATAAAATCATATTAATTTATTAATA-TTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAGAAATAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTA-AAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
10979565 ATTTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTCACT-TCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
61 ATTTATTTACTAATC-AGTTAAAATAATTA-TGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * *
10979629 ATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATT
124 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
10979658 ATTTCTATTT
Statistics
Matches: 2588, Mismatches: 530, Indels: 490
0.72 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
152 16 0.01
153 72 0.03
154 100 0.04
155 9 0.00
156 3 0.00
157 10 0.00
158 11 0.00
159 1 0.00
160 5 0.00
161 5 0.00
162 2 0.00
163 12 0.00
164 54 0.02
165 9 0.00
166 29 0.01
167 5 0.00
168 10 0.00
169 30 0.01
170 13 0.01
171 2 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
174 5 0.00
175 20 0.01
176 34 0.01
177 174 0.07
178 96 0.04
179 194 0.07
180 295 0.11
181 713 0.28
182 91 0.04
183 78 0.03
184 45 0.02
185 43 0.02
186 1 0.00
187 3 0.00
188 31 0.01
189 112 0.04
190 5 0.00
191 8 0.00
192 98 0.04
193 103 0.04
194 36 0.01
195 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
TTTACTAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAGACAAGCTTATTC
Found at i:10976962 original size:189 final size:185
Alignment explanation
Indices: 10976645--10976983 Score: 534
Period size: 189 Copynumber: 1.8 Consensus size: 185
10976635 CACAAAATAA
* * *
10976645 AATAATACCAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG
1 AATAATAACAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
* * *
10976710 AATCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
66 AATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTT
10976775 TTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAT
131 TTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAT
* *
10976830 AATAATAATAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATTTGTTT
1 AATAATAACAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* *
10976895 ACTAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTT
62 ACTAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTT
* *
10976960 TGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT
127 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
10976984 TTCATCATGC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 12, Indels: 4
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
185 35 0.25
187 1 0.01
189 102 0.74
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (185 bp):
AATAATAACAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
AATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAT
Found at i:10977134 original size:154 final size:155
Alignment explanation
Indices: 10976922--10977201 Score: 388
Period size: 154 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
10976912 AATTATGGCC
* * * * *
10976922 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCTGACGTAAAACAATTGTTTTAC
** * *
10976987 ATCATGCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGAAT
66 ATCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAT
10977051 AAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAT
131 AAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAT
*
10977076 ATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTCT-AC-TATAAACTAATTGTTT
1 ATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTCTGACGTA-AAAC-AATTGTTT
** *
10977138 TAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
63 TACATCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
10977202 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 13, Indels: 7
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
152 2 0.02
153 7 0.06
154 89 0.82
155 11 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (155 bp):
ATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCTGACGTAAAACAATTGTTTTAC
ATCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAT
AAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAT
Found at i:10978047 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10978013--10978060 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
10978003 TCATTATGAC
10978013 ATAAAACAAACATTTTTGTTCATTT
1 ATAAAACAAACATTTTTGTTCATTT
* **
10978038 ATAAAGCAAATGTTTTTGTTCAT
1 ATAAAACAAACATTTTTGTTCAT
10978061 ACAAGTTTGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 20 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
ATAAAACAAACATTTTTGTTCATTT
Found at i:10978550 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10978518--10978550 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
10978508 AACAAGTTTA
10978518 AATAGTTATGACTATTTG
1 AATAGTTAT-ACTATTTG
10978536 AATAGTTAT-CTATTT
1 AATAGTTATACTATTT
10978551 CAAATTGCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAGTTATACTATTTG
Found at i:10978775 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 10978465--10978765 Score: 365
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
10978455 TAATGTTCCA
* * * *
10978465 AAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAAAATTAATCTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTAACGAACAAGTCTAAATAGTTATGAC
* * ** *
10978530 TATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTTATTTTGTCATAAACAATTTTTTCT
66 TATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTTATTTTATCATAAACAATTTTTTCT
*
10978595 ATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
131 ATTCATACAAACTTATTTCAAAT
* * * * *
10978618 AAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATCTATTTAGCTAATAAGTCT-AATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTGAAAAAATAAATCTATTTAACGAACAAGTCTAAATAGTTATGA
* * * * *
10978682 TTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
65 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTTATTTTATCAT-AAACAATT-TTT
*
10978746 T-TCTTCATACAAACTTATTT
128 TCTATTCATACAAACTTATTT
10978766 GGATTAAAAT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 21, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
152 14 0.11
153 80 0.65
154 30 0.24
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (153 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTAACGAACAAGTCTAAATAGTTATGAC
TATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTTATTTTATCATAAACAATTTTTTCT
ATTCATACAAACTTATTTCAAAT
Found at i:10978987 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10978618--10979672 Score: 778
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
10978608 TATTTCAAAT
* * * * * * *
10978618 AAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATCTATTTAGCT-AATAAG-TCTAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTT--AAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
10978681 ATTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
63 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
10978745 TTTCTTCATACAAACTTATT-TGGATTAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTG
127 TCTATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTA
**
10978799 CCAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAA-TTGTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATTTG-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * ** * *
10978863 TATCTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTATGTTTCATTATAAAACAATTGTAT-T
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *
10978927 AGTTCATATAGGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
130 A-TTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTA
* * * * ** * * * *
10978979 AAAATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAATGAATCTGCTTACCGAATAAGTTTAATTAGTTAT
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAAT---T-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
10979043 GATTATTTGAATACTTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATT-T
62 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
10979106 TTCTATTCATACAAGCTTATTCCAACTAAAATAA-ATAAATTTGTTAATATTCCA
126 TTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTA
* * * ** * * *
10979160 AAAATTAATAATTAAAA-ATTAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACCCA-TTTAAATAG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATT----TT---AAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAG
* * *
10979223 TTATGACTATTAAACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAACAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
58 ---T--C-A-T-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
10979288 CAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
115 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTC
10979351 TCA
178 T-A
* * * * * *
10979354 AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAACAAATTTGTTTACTGAGCAAGTTAAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
10979418 TATTTGAACAATTATATTTTTCACAA-AGTTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATAGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
10979481 CTATTCAAACAAGTTTATTCTAAATAAAATCATATTAATTTATTAATATTCTA
128 CTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTA
* * * ** * * *
10979534 CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTCACT-T
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA-AAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCA-TAA
* * * * * * *
10979598 CCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATTATTTC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
*
10979663 TATTTATACA
129 TATTCATACA
10979673 TATTCTACAA
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 136, Indels: 96
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.00
179 28 0.04
180 232 0.34
181 152 0.22
182 30 0.04
183 71 0.10
184 13 0.02
185 5 0.01
187 4 0.01
188 30 0.04
190 3 0.00
191 2 0.00
192 50 0.07
193 32 0.05
194 34 0.05
195 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTA
Found at i:10979185 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 10979159--10979190 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
10979149 TTAATATTCC
10979159 AAAAATTAATAATT
1 AAAAATTAATAATT
10979173 AAAAATTAA-AATT
1 AAAAATTAATAATT
10979186 AAAAA
1 AAAAA
10979191 AATAAATCTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.50
14 9 0.50
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATTAATAATT
Found at i:10979701 original size:146 final size:144
Alignment explanation
Indices: 10979518--10979816 Score: 453
Period size: 146 Copynumber: 2.1 Consensus size: 144
10979508 AATCATATTA
* *
10979518 ATTTATTA-ATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTA-CGAAACA
1 ATTTA-TACATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACA
*
10979581 AGTTCAAATAGTCACT-TCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTT
64 AGTTCAAATAGTCA-TGCCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGACCCTTTTGTTTT
*
10979644 ATCGTAAAAAAATTATTTCT
127 ATCATAAAAAAA-T-TTTCT
10979664 ATTTATACATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
1 ATTTATACATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * *
10979729 TTTAAATAGTCATGCCCACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTGACCCTTTTGTTTTGTCA
66 TTCAAATAGTCATGCCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTGACCCTTTTGTTTTATCA
10979794 TAAAAAAATTTTCT
131 TAAAAAAATTTTCT
10979808 ATTTATACA
1 ATTTATACA
10979817 AAATTATTGA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 7, Indels: 10
0.89 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 14 0.10
145 7 0.05
146 119 0.84
147 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (144 bp):
ATTTATACATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
TTCAAATAGTCATGCCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTGACCCTTTTGTTTTATCA
TAAAAAAATTTTCT
Found at i:10980204 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10979985--10980377 Score: 442
Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
10979975 ATTGTTTCTT
* * *
10979985 TTCATACAAGCATATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAA-TATGCCAAAAA-TTAATAAG
1 TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAACT-T-CCAAAAAGTTAATAAC
* * * *
10980047 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTGTTGAACCAAG-TCAAATAGTTAGGACTATTAGAATA
63 CAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGATAGGACTATTAGAACA
* *
10980111 ATTATCTATTTTAAA-TTGTTTTGACC-TT-ATGTTG-AATCATAAAATAATTATTTCAG
127 ATTATCTA-TTTAAATTTGTTATAACCTTTAAT-TTGTAAT-A-AAAA-AATTATTTCAG
* * *
10980167 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAGTAACCAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACTTCCAAAAAGTTAATAACCAA
* * * * *
10980232 GATATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTA
66 GAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAGATAGGACTATTAGAACAATTA
* *
10980297 TCTATTTAAATTTGTTATAACCTTTTAATTTGTAATAAAAAAATTGTTTTAG
131 TCTATTTAAATTTGTTATAACC-TTTAATTTGTAATAAAAAAATTATTTCAG
* * *
10980349 TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
10980378 AGCTATTTTT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 22, Indels: 18
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
181 15 0.08
182 148 0.82
183 6 0.03
184 6 0.03
185 5 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACTTCCAAAAAGTTAATAACCAA
GAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAGATAGGACTATTAGAACAATTA
TCTATTTAAATTTGTTATAACCTTTAATTTGTAATAAAAAAATTATTTCAG
Found at i:10980787 original size:488 final size:490
Alignment explanation
Indices: 10979895--10980789 Score: 1192
Period size: 488 Copynumber: 1.8 Consensus size: 490
10979885 ATTTTGTTTA
* * * * **
10979895 TCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCCCAAATCATTATGATCTTTA
1 TCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCCCAAATCATTATGATAATTA
* ** *
10979960 TTTTGCAATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAA
66 TTTTGCAATAGAACAATTATTTCTGATCATACAAGCATATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAA
* *
10980025 TAATATGCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTGTTGAACCAAGTCAA
131 TAATATGCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAAGTCAA
* * * * * *
10980090 ATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACCTTATGTTGAATCATAAAA
196 ATAGTAAGGAC--TCAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTATGTTGAATCATAAAA
* *
10980155 TAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAA
259 TAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAA
* * * * *
10980220 GTTAGTAACCAAGATATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGATATGACTA
324 GTTAATAACCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTA
* *
10980285 TTTGAACAATTATCTATTTAAATTTGTTATAACCTTTTAATTTGTAATAAAAAAATTGTTTTAGT
389 TTTAAAAAATTATCTATTTAAATTTGTTATAACCTTTTAATTTGTAATAAAAAAATTGTTTTAGT
10980350 TCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAAAGCTATTTT
454 TCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAAAGCTATTTT
** * *
10980387 TCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTTAAATTATTATGATAATTG
1 TCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCCCAAATCATTATGATAATTA
** *
10980452 TTTTGTTATA-AAGTAATTATTTCTGATCATACAAGC-TGATTCAGATAAAAATAATACTAATTT
66 TTTTGCAATAGAA-CAATTATTTCTGATCATACAAGCAT-ATTCAGATAAAAATAATACTAATTT
*** * * *
10980515 AATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTATCGAATC-AGTT
129 AATAATATGCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAAG-T
** * * *
10980578 TGAATAGTGAAGG-C-CAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAA
193 CAAATAGT-AAGGACTCAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTATGTTGAATCATAA
* * * *
10980641 AATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAA
257 AATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAAC-TTTCAA
** * * *
10980706 AAA-TTAATAGGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAGGTTCAAATAGTTATGA
321 AAAGTTAATAACCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGA
10980770 CTATTTAAAAAATTATCTAT
386 CTATTTAAAAAATTATCTAT
10980790 CTCAAATCAT
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 54, Indels: 14
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
488 163 0.47
489 8 0.02
490 2 0.01
491 31 0.09
492 140 0.41
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (490 bp):
TCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCCCAAATCATTATGATAATTA
TTTTGCAATAGAACAATTATTTCTGATCATACAAGCATATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAA
TAATATGCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAAGTCAA
ATAGTAAGGACTCAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTATGTTGAATCATAAAATA
ATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGT
TAATAACCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTATT
TAAAAAATTATCTATTTAAATTTGTTATAACCTTTTAATTTGTAATAAAAAAATTGTTTTAGTTC
ATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAAAGCTATTTT
Found at i:10980864 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10980396--10981449 Score: 844
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
10980386 TTCTAACCAA
* * * *** *
10980396 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAA-TATCAATCTTAAATTATTATGATAATTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAA-AAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCA
* * * * **
10980460 TAAAGTAATTATTTCTGATCATACAAGCTGATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 TAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * *
10980524 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAATCAG
129 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATCAG
** * * * * * * * * * * *
10980576 TTTGAATAGTGAAGGCCA---GAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCA
* * * *
10980638 TAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TT
65 TAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA-TATT
* * *
10980702 TGAAAAATTAATAGGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTACTGAA-CAGG
129 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAATCA-G
* *
10980755 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTCTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * *
10980820 AAAAAAATTGTTTCTTTTCATATAAGCATATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
66 AAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
* * * * * * *
10980885 AAATATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CATGTTTGCCGAACCAG
131 AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTGAATCAG
* * * * * * * * * *
10980934 TTTAAATAGTTAGGACTA-TTAGAATAAGTATCTATTTCTAATCGTTCTAACCTTTCGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTT-GTTTTGTC
* * * *
10980998 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATAGAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTT
64 ATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* *
10981062 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAG
129 TC-AAAAATTAATAAGCAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATC-AG
* ** * * * * * * *
10981116 TTAAAATAAATATAACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
10981181 TAAAACAATTGTTTAAGTTGATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTT
65 TAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * * *
10981246 CAAAAATTATTAAGCAAGATATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-CTTGAATTAG
130 CAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-TGAATCAG
** * * * **
10981297 TTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAA-TATCAATCTCCAATTATTATGATATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAA-AAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCA
* * *
10981361 TAAAATAATTATTTCTGATCATACAAGCTAATTTGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 TAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATT
** * *
10981425 TTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
129 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
10981450 TTAAAAAAAA
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 162, Indels: 54
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 19 0.03
178 86 0.13
179 96 0.14
180 172 0.25
181 143 0.21
182 157 0.23
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCAT
AAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAG
Found at i:10981062 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 10980396--10981449 Score: 1080
Period size: 361 Copynumber: 2.9 Consensus size: 357
10980386 TTCTAACCAA
* * * ** *
10980396 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAA-TATCAATCTTAAATTATTATGATAATTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAA-AAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCA
** * * * ** *
10980460 TAAAGTAATTATTTCTGATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
65 TAAAAAAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCT-ATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * *
10980525 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATCAGTTTGAATAGTGAAG
129 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CTGTTT-CCGAATCAGTTTAAATAGT-TAG
* * *
10980590 G-C---CAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
190 GACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATTATTCTAACC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTATT
* * *
10980651 TCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAG
254 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAA
** *
10980716 GCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAGG
319 GCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAG
* *
10980755 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTCTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCAT
* * *
10980820 AAAAAAATTGTTTCTTTTCATATAAGCATATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
66 AAAAAAATTGTTTCTGTTCATAAAAGC-TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
* *
10980885 AAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAACATGTTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAGGAC
130 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAC-TGTTT-CCGAATCAGTTTAAATAGTTAGGAC
* * ** *
10980950 TATTAGAATAAGTATCTATTTCTAATCGTTCTAACCTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
193 TATTAGAATAAATATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTATTTCA
* **
10981015 GTTCATAGAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCA
257 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCA
* *
10981080 AGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
322 AGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAG
* ** * * * * * * *
10981116 TTAAAATAAATATAACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCA
* ** * * * * * * *
10981181 TAAAACAATTGTTTAAGTTGATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTT
65 TAAAAAAATTGTTTCTGTTCATAAAAGC-TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * * * **
10981246 CAAAAATTATTAAGCAAGATATTTAAAAACTAAAGCTGTTTCTTGAATTAGTTCAAATAGTTACA
129 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA-CTGTTTC-CGAATCAGTTTAAATAGTTAGG
* * * * * * ** *
10981311 ACTATTTA-AACAAATATCAATCTCCAATTATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
191 ACTA-TTAGAATAAATATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT
* * * * *
10981375 CTGATCATACAAGCTAATTTGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTG-AAAATTAATA
255 CAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTTGAAAAATTAATA
* *
10981438 AGTAAGAGATTT
318 AGCAAGAAATTT
10981450 TTAAAAAAAA
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 102, Indels: 27
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
357 3 0.01
358 34 0.06
359 128 0.22
360 4 0.01
361 185 0.32
362 166 0.29
363 54 0.09
364 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCAT
AAAAAAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAACTGTTTCCGAATCAGTTTAAATAGTTAGGACTAT
TAGAATAAATATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTC
ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAA
ATTTGAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAG
Found at i:10981214 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10980499--10981449 Score: 735
Period size: 182 Copynumber: 5.3 Consensus size: 180
10980489 GATTCAGATA
* * * * * * *
10980499 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** * * * * * *
10980564 TTATCGAATC-AGTTTGAATAGTGAAGGCCA---GAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACC
65 TTACCGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * *
10980625 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAA-TTCATACAAGCTTATTTGGAAG
129 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
* *
10980677 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAGGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAAC-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * *
10980742 CTTACTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
64 TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* *** * * *
10980807 -TTTGTTCT-GTCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATATAAGCATATTTGGATT
129 TTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
* * * *
10980858 AAAATAATACTAATTTAATAA-TATTCCAAATATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAACT-TT-CAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATC-T
* * * * * * * * * *
10980920 GTTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAGGACTATTAGAATAAGTATCTATTTCTAATCGTTCTAAC
63 ATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * *
10980985 CTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAGAAGCTTATTTGGAAT
128 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
10981038 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * *
10981103 TTTACCAAACAAGTTAAAATAAATATAACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACC
64 TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * *
10981168 TTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTAAGTTGATAAAAACTTATTTGAAAT
129 TTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
* * * * * * * *
10981220 AAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGATATTTAAAAACTAAAGCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** * ** * * * * * * * *
10981285 TT-CTTGAATTAGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAATATCAATCTCCAATTATTATGA--
65 TTAC-CGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * ** * * *
10981347 TATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGATCATACAAGCTAATTTGG-AT
129 T-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
* * ** * *
10981399 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
1 -AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
10981450 TTAAAAAAAA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 136, Indels: 46
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 45 0.07
179 98 0.16
180 158 0.26
181 142 0.23
182 161 0.26
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT
TACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
Found at i:10981910 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 10981467--10981920 Score: 465
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 182
10981457 AAATATGTGC
* * * * *
10981467 AAAAGATTTAAAAAATAAAATGTGTTTA-CTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA
1 AAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATC-GAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * *
10981531 TTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAG
64 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAA
* * * * *
10981596 CTTTATTTGGAAGAAAATAAAACAAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGT
129 ATTTATTCGAAAGAAAATAAAACAAATTTATTAAATTTTGAAAAATCAATAAGT
* * * * * *
10981650 AAGAGATTTGAAAAAATAAGTTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAAT
1 AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* *
10981714 TATCTA-TTGAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTA-TCGTAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AA
65 TATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * ** * *
10981775 AATTTA-TCGAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTG-AAGATCAATAAGT
128 AATTTATTCG-AAAGAAAATAAAACAAATTTATTAA-ATTTTGAAAAATCAATAAGT
* * * * * * *
10981830 AAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTACTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATT
1 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
*
10981895 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTT
66 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
10981921 CATTTTTTCA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 41, Indels: 20
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 31 0.14
180 65 0.29
181 61 0.28
182 25 0.11
183 32 0.14
184 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAAAT
TTATTCGAAAGAAAATAAAACAAATTTATTAAATTTTGAAAAATCAATAAGT
Found at i:10982759 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 10982086--10983283 Score: 902
Period size: 360 Copynumber: 3.3 Consensus size: 360
10982076 CTGTTTACTG
* **
10982086 AACCAATTCAAATAATTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * **
10982150 CTATTATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACAAAATTAAAA
66 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAA
* * * * ** * * * *
10982215 ATATTTTGAAAATCATAACTAAGATATTTTTAAAATAAATTTATTTGTCGAACCAGTTCACATAG
131 AGATTGTGAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCACTTCAAATAG
* * * * *
10982280 TTAAACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAGAAATT
196 TTAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAGAAATT
** * * * ** *
10982345 ATTTCAGCTCATCCAAGTTTATTCGTAATACAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTA
261 ATTTCAGCTCATCCAAGCCTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAA-ATTA
* *
10982410 -AAAGTTAGAGATTTCAAAAAAAAAATCTATATACCA
325 GAAAGTAAGAGATTT-AAAAAAAAAATATATATACCA
* * * * * *
10982446 AACTAGTTC-AATAATTATAACTATTTGAATAATTTTATATTTCAAATCATTATAAGC-TTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * *
10982509 TTGTCATAAAATAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TAATCTAAT
66 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAAT-TAAA
* * * *
10982573 AAGATTAGTGACAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTACTTCAAA
130 AAGATT-GTGA-AAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCACTTCAAA
* * * *
10982638 TAGTTATGGA-TGTATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTATTTTGTCCCAAA-
193 TAGTTA--AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAG
* * *
10982701 ACAATT-TTTTAGCTCTTACTAA-CCTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAA
256 A-AATTATTTCAGCTCAT-CCAAGCCTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAA
* * * * * **
10982764 AAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCA
319 AAATTAGAAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATATATATACCA
* *
10982806 AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
** * * * * * * * *** * *
10982871 TTGTTTTAAAAACAAATGTTTTTGTTCTTATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATC-AATTTAT
66 TTGTCAT-AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CAAAATTAA
* * * * * * * * *
10982935 TAATATTTTGAAAAT--TAA-TAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAGTTTAATT
129 AAAGATTGTGAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCACTTCAAAT
* * * * * * *
10982997 AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATTCGTTATGACCATTTCTTTTGTTATAAA-AC
194 AGTTA-AACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAGA-
* ** * * * * * ** * * **
10983061 AATTTTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTTATTAATATTTTGAA
257 AATTATTTCAGCTCATCCAAG-CCTATTCGGAATAAAATAAAAC-AAATTTACTAATATTTCAAA
* *** * * * *
10983125 AATTA-ATAAGTAA-AGGATTTAGAAAATGTATTTGT-TGGCCC
320 AATTAGA-AAGTAAGA-GATTTAAAAAAAAAATATATAT-ACCA
* * * * * * * * *
10983166 GACTAGTGCAAACAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
** * * * * *
10983231 TTGTCGCAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCTTATTCAGAATAACATAAT
66 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
10983284 TTTTTAATTT
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 156, Indels: 43
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.00
358 95 0.14
359 137 0.21
360 165 0.25
361 149 0.23
362 66 0.10
363 44 0.07
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAA
AGATTGTGAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCACTTCAAATAG
TTAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAGAAATT
ATTTCAGCTCATCCAAGCCTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAG
AAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATATATATACCA
Found at i:10983222 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 10981959--10983451 Score: 585
Period size: 182 Copynumber: 8.3 Consensus size: 177
10981949 AATAAAAATG
* * * ** * **
10981959 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGAACATATAAG-CTTATTTTAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAGTCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * ** *
10982023 TAATA-CTAATTTATTAATA-TTTCAAGAATTAGTATGAGAT-TCACAAAATAAATCTGTTTACT
65 TAATATC-AATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGAGATCT-AAAAAATAAATTTGTTGGCC
* * * * * * * *
10982085 GAACCAATTCAAATAATTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
127 AAATCAGTGCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
* * * * * *
10982135 TTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGT-TTATTCGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAGTCTTATTCGAAATAAAA
* ** * * ** * * *
10982199 TAATA-CAAAATTAAAAATATTTTGAAAATCATAACTAAGATATTTTTAAAATAAATTTATTTGT
65 TAATATC-AATTTATTAATATTTTGAAAAT--TAA-TAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTGGC
* * * * * * * * * **
10982263 CGAACCAGTTCACATAGTTA-AACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAATCG
126 CAAATCAGTGCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
* * * * ** * * * *
10982314 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTCAGCTCATCCAAGT-TTATTCGTAATACA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAA-ACAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCGAAATAAA
* * * * * * * *
10982377 ATAA-AACTAATTTTTTAATA-TTTCAAAATTTTAAAAGTTAGAGATTTCAAAAAAAAAATCTAT
64 ATAATATC-AATTTATTAATATTTTGAAAA--TT--AA-TAAGAGATCT-AAAAAATAAATTTGT
* * * * *
10982440 AT-ACCAAA-CTAGTTCAATA-A-TTATAACTATTTGAATAATT-TTATATTTCAAATCA
122 -TGGCCAAATC-AGTGCAA-ACAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATTA
* * * * * * * *
10982495 TTATAAGC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTTATACAAG-CTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
10982558 TAATA-CTAATCTAATAAGATTAGTGACAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
65 TAATATC-AATTTATTAATATT-TTGAAAATT-A--A-TAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTG
* * * * * * **
10982622 GCCAAA-CTACTTCAAATAGTTATGGA-TGTATGAACAATTATCTATTTCAAATCG
124 GCCAAATC-AGTGCAAACAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
* * *** * * * * * *
10982676 TTATGGCCTTTTATTTTGTCCCAAAACAATT-TTTTAGCTCTTACTA-ACCTATTCGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAA
* * ** * *
10982739 TAA-AACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTT
65 TAATATC-AATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATCTAAAAAATAAATT-TGTTG
* * * * * * * *
10982802 GTCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
124 GCCAAATCAGTGCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
* * * * * *
10982856 TTATTACCTTTTGTTTTGTTTTAAAAACAAATGTTTTTGTTCTTATA-AGT-TTGTTTGGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAAACAATTGTTTTTGTTC--ATACAGTCTTATTCGAAATAA
*
10982919 AATAATATCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA
63 AATAATATCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTGGCCA
** ** * *
10982984 AATCAGTTTAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTCG
128 AATCAGTGCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT-A
* * * *
10983034 TTATGACCATTTCTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAGTCTTATTCGAAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAGTCTTATTCGAAATAAAAT
* * * **
10983099 AAT-GCTAATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGAAAATGTATTTGTTGG
66 AATATC-AA-TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---A-GATCTAAAAAATAAATTTGTTGG
** *
10983163 CCCGA-CTAGTGCAAACAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
125 CCAAATC-AGTGCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
*** * * *
10983216 TTATGACCTTTTGTTTTGTCGCAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAG-CTTATTC-AGAATAAC
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCGA-AATAAA
* * * *** * * * *
10983279 ATAATTTTTTAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAACTTAAAAAATGAATCTGTT
64 ATAA--TATCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATC-TAAAAAATAAATTTGTT
** * * * * ** * *
10983344 TACTAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATTAA-TATCTATTTCAAATTG
123 GGCCAAATC-AGTGCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
* * * * *
10983398 CTATAACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTTATACAAGT-TTATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATAC-AGTCTTATT
10983452 TCAAATCTGT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 226, Indels: 128
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 74 0.07
177 42 0.04
178 121 0.12
179 136 0.13
180 189 0.18
181 147 0.14
182 231 0.23
183 76 0.07
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAGTCTTATTCGAAATAAAAT
AATATCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTGGCCAAAT
CAGTGCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
Found at i:10983566 original size:119 final size:119
Alignment explanation
Indices: 10983336--10983570 Score: 305
Period size: 119 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
10983326 TTAAAAAATG
**
10983336 AATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGATTAATATCTATTTCAAATTGCTA
1 AATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATATCTATTTCAAATTGCTA
* *
10983401 TAACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTTATACAAGTTTATTTCA
66 TAACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTTCA
* * * *
10983455 AATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT-T-TGTTCAAATTGT
1 AATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TATCTAT-TTCAAATTGC
* * * * *
10983518 TATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATAAAAGTTTATT
64 TATAACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAAAAGTTTATT
10983571 CGGATTAAAT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 13, Indels: 6
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
118 1 0.01
119 92 0.92
120 7 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (119 bp):
AATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATATCTATTTCAAATTGCTA
TAACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTTCA
Found at i:10983982 original size:155 final size:156
Alignment explanation
Indices: 10983813--10984095 Score: 426
Period size: 155 Copynumber: 1.8 Consensus size: 156
10983803 GAGTAAGAGA
* * * *
10983813 TTTAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
* * * * *
10983878 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATTAAA-TAA-TTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTT
66 TCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCA-TAAACCAATTTGTTCCTATTCATAAAAGCTTATTT
10983941 CGAATCAAAAAATTAATAAGCAAAAAT
130 CGAATCAAAAAATTAATAAGCAAAAAT
* *
10983968 TTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
1 TTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
* *
10984033 TCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCATAAACCAATTTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT
66 TCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCATAAACCAATTTGTTCCTATTCATAAAAGCTTATT
10984096 CAAAATAAAA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 13, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
154 4 0.04
155 87 0.77
156 22 0.19
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (156 bp):
TTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCATAAACCAATTTGTTCCTATTCATAAAAGCTTATTTC
GAATCAAAAAATTAATAAGCAAAAAT
Found at i:10984546 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 10983966--10985203 Score: 608
Period size: 176 Copynumber: 7.0 Consensus size: 174
10983956 ATAAGCAAAA
* * ** *
10983966 ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GGACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTA-C-A
* * * * *
10984031 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCATAAACCAATTTGTTTCTGTTCATAA-AAGCTTAT
63 TTTCAATTCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCA-AACAAGATTAT
* * * *
10984095 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAACAAGTAAAAG
125 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--TAA-TAAGAG
* * *
10984148 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT--ATT
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACGGA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATT
* * * * * *
10984211 T-ATTTCA-GAT--CTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAA
65 TCAATTCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGATTATTCAAA
* * * ** *
10984272 ATAAAATAATACTAATTTATTAGTA-TTCAAAAAATTAGTTGGAA
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAGAG
* * * * * ** * * *
10984316 ATTTAAAAAATTAATCTTTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTACCAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGGACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTA-CAT
** * *
10984381 TTCAATTCATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAAATTATTTA
64 TTCAATTCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGATTATTCA
* *
10984446 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAGAG
128 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAGAG
* * * * * * *
10984492 ATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGGACCAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGGACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTA--CA
* * * * * *
10984557 TCTTAAATT-AGTATGA-TCTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA-ACTTAT
63 T-TTCAATTCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGA-TTAT
*** * * * ** * *
10984619 TTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAG
125 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT--TAA-TAAGAG
* * * * ** * * *
10984671 ATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGATTATTAAAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACGGACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTA-C-
* * * * * * * * * *
10984735 ATTTCAAATT-GTTCTAACTTTTTGTTTAGTTACAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTA
62 ATTTC-AATTCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAACAAGATTA
* * * * *
10984798 TTCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAACA-TCCAAAAAATTAATAAGCAAGG
124 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAG--A-G
** ** * ** *
10984851 AATTTAAAAAA-AAAT-TGCTTACTAAATAAGTTCAAATATAGTTAGGACTATTTGAACAATTAT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GGACAAGTTC-AA-ATAGTTATAACTATTTAAACAATTA-
* * * * * * *
10984914 CTATTTAAAATCATTATGGCCTTTT-TCTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAA-AAGCT
61 C-ATTTCAATTCATTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-AACAAGAT
* * * * * ** *
10984976 TATCCAAAATTAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGTG
122 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--TAA-TAAGAG
* * * ** * *
10985032 ATTT-AAAAATAAATC-A-TTATTGAATCAA-CTCAAATAGTTATGGCTAATTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGGA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTA-C-
* * * * * **
10985093 AATTCAAATCAATATGAACTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTCA-TCAAACAAGCCTAT
62 ATTTCAATTCATTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAAACAAGATTAT
*** * *
10985157 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAA-TTAATAAG
125 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAG
10985204 CAGGAGATTA
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 194, Indels: 118
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 48 0.06
169 3 0.00
171 13 0.02
172 51 0.06
173 21 0.03
174 5 0.01
175 21 0.03
176 170 0.21
177 63 0.08
178 81 0.10
179 87 0.11
180 117 0.14
181 71 0.09
182 52 0.06
183 2 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACGGACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATTT
CAATTCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGATTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAATAAGAG
Found at i:10984859 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10984652--10984994 Score: 390
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
10984642 ATAATATTCT
** * * * *
10984652 AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT-AGTTC-AA-ATAGTTA
1 AAAAATTAATAAGCAAGAGAATTTAAAAAAAAAT-TGCTTACCAAA-TAAGTTCAAATATAGTTA
* * ** * * *
10984714 AGATTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCT-AACTTTTTGTTTAGTTACAAAATAATTG
64 AGACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTT-CTTA-TCACAAAATAATTG
* * * *
10984778 TTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAACATCCA
127 TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAACATCCA
* *
10984833 AAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAAAAATTGCTTACTAAATAAGTTCAAATATAGTTAGG
1 AAAAATTAATAAGCAAGAGAATTTAAAAAAAAATTGCTTACCAAATAAGTTCAAATATAGTTAAG
** ** *
10984897 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGGCCTTTTTCTTATCATAAAATAATTGTTTC
66 ACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTTCTTATCACAAAATAATTGTTTC
*
10984962 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATA
131 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
10984995 TTACTTTATT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 25, Indels: 9
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.01
179 13 0.10
180 60 0.45
181 53 0.40
182 6 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AAAAATTAATAAGCAAGAGAATTTAAAAAAAAATTGCTTACCAAATAAGTTCAAATATAGTTAAG
ACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTTCTTATCACAAAATAATTGTTTC
AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTGTTAACATCCA
Found at i:10985148 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10985114--10985150 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
10985104 ATATGAACTT
*
10985114 TTGTTTTGTCATTAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
10985133 TTGTTTT-TCATCAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
10985151 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.59
19 7 0.41
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTGTCATCAAACAA
Found at i:10985654 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10985633--10985670 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
10985623 TAACAATTTG
*
10985633 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTA
10985649 AAATAGTCATAATTATTA
1 AAATAG-CATAATTATTA
10985667 AAAT
1 AAAT
10985671 TGATTAGGCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.32
18 13 0.68
ACGTcount: A:0.53, C:0.05, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTA
Found at i:10986052 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10985320--10986303 Score: 789
Period size: 177 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
10985310 ATCTAGTTAG
* * * *
10985320 GTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTGTTAGTTGTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
10985385 TTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *** *
10985449 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACCAATTT
129 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTAAATTGATTA
* * * *
10985500 GATAAAAAGTTTTATTTTTTACA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTA
1 G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
10985562 TTTTA-TTCTAAAAAAACTTATATGA-ACAAAAACATTTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
64 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
10985625 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTAAAATTGATTA
128 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTAAATTGATTA
* * * *
10985677 GGCAAATAGAATTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTT
1 -GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * ** * * *
10985738 ATTTTA-GTCTAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAAA-AA-TATTTTATGATAAAAGAAAAGATCA
63 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
10985800 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCATAACTATTTGAATTGTTTTG
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATATCATAACTATTTAAATTG-ATTA
*
10985855 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
10985920 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
10985985 CGATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATGACCATAATTATATT-AACTGATTCA
129 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ATCATAACTAT-TTAAATTGATT-A
* ** * *
10986037 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTCAAAAATATTAATAAACTAATATT
1 GTAAATAGATTTATTTTTT-AAA-TTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATT
**** ** * *** * *
10986102 ATTTTATTTTGTCTAAGCTTGTAT--TAACTGAAATAATTATTTTATGACAAATTGAAATGTTAT
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
10986165 AATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAATAATAACTATTTAAAATTG-TTCA
127 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ATCATAACTATTT-AAATTGATT-A
* * **
10986219 GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATT
1 GTAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATT
*
10986284 AATTTT-TATCAAATAAGCTT
63 -ATTTTATTTCAAATAAGCTT
10986304 ATTAATTTTC
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 126, Indels: 62
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.01
177 266 0.41
178 9 0.01
179 8 0.01
180 10 0.02
181 77 0.12
182 196 0.30
183 73 0.11
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATCATAACTATTTAAATTGATTA
Found at i:10986321 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10986300--10986351 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
10986290 TATCAAATAA
10986300 GCTTATTAATTTTCTT
1 GCTTATTAATTTTCTT
*
10986316 GCTTATTATTTTAAATTTCTT
1 GC---TTA--TTAATTTTCTT
10986337 GCTTATTAATTTTCT
1 GCTTATTAATTTTCT
10986352 AAATGTTAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 10
0.71 0.05 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.38
18 3 0.10
19 3 0.10
21 12 0.41
ACGTcount: A:0.21, C:0.12, G:0.06, T:0.62
Consensus pattern (16 bp):
GCTTATTAATTTTCTT
Found at i:10986334 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10986305--10986349 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
10986295 AATAAGCTTA
*
10986305 TTAATTTTCTTGCTTATT-ATT
1 TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
10986326 TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
1 TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
10986348 TT
1 TT
10986350 CTAAATGTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.77
22 5 0.23
ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.04, T:0.64
Consensus pattern (22 bp):
TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
Found at i:10986741 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10986367--10988827 Score: 1339
Period size: 181 Copynumber: 13.8 Consensus size: 181
10986357 TTAATGAAAG
* * * ** * ** * * *
10986367 CAATTGTTTTACGAGAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTGAATGGACC
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCA
* * * * * **
10986431 TGACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAA
65 TAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * *
10986496 ATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * *
10986547 TAATTGTTTTATGACAAGACCAAAGATCATAACAATTTGATATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * **
10986612 AACTATTTAAACTTGCTT-AATAAACAAATTTATTTTTTCAATTTTTTACTTATCAATTTTTGGA
66 AACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * *
10986676 ATTTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * *
10986728 TAATT-TGTTTATGAC-AAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
1 CAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * **
10986791 TAACTATTTGAA-TATGTTCAAGAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGT
65 TAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA
* * * ** *
10986854 AATATTACTCAATTTA-TATTATTTTATTC-GAAATAAACTTACATGAA-AAGAAC
129 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAA-AAA
* * *
10986907 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
10986972 TAACTATTTGAA-TATGTTCAGTAAATAGA-TTAATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAA
65 TAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * *
10987035 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATTTGAACTAAAG
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * ** ** * *
10987088 CGATTGTTTTATTACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTGAAATAATCA-
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** *** * * *
10987152 AGATTATTTCAACTTGTTCGGTAAATGTATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCAAA
66 A-ACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
10987217 ATATTAGTAAATTAATATTGTTTTAATCCGAATAATCTTGTATGAA-AAGAAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAA
* * *
10987269 CAATTGTTTTATTA-AAAACCAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC
1 CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * ** * * * *
10987332 ATAA-TGATTTGAATTTATTTGATAAAAAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTC
64 ATAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** * ** * *
10987396 CTAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
127 AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * * *
10987451 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTTAA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
10987515 AATTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC-AA-TT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAT
66 AACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* ** * *
10987577 TATTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGAATGAACATAAA
131 TATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * ** *
10987628 CAATTATTTTATAATAGGATA-AAAAG-TTGTAACGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGT
1 CAATTGTTTTATGACA--AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGT
* ** * * * *
10987690 CATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTATTG
63 CATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
10987751 AAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAA-AATAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * **** * * * * *
10987804 -AA--G-GTCATAACAATTTGAAATA-GAT-A-ATTGTTCAAATAGTCATAATTATT----T-G-
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT-TTGAAATA--AATAATTATTCAAATAGT
** * * * * * * * *
10987856 ----A--A--TGGGCTAGGT-AA-ATAGAAA--TATTTTTTTAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
63 CATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * **
10987909 AAATATTAATGAATT--TATT-TTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * ** *** * * * * *
10987960 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATATTTTGAAATGGACGGTTGTTCATACAATCTT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * ** * * * * *
10988023 AAATATTTGGACTAGTTCGACAAACAAATTCA-TTTTTACTTCTCTTAGTTATCAATTTTCATAA
66 AACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
10988087 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATCCTGAATACGTTTGTATGAACATAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * * *
10988138 TAATTGTTTTATGATAGAACAAAATATTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * * *
10988203 AACTATTTAAAATGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * **
10988268 GATTAATAAGTTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTAAAT-AATC-AAAA
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAA
* * * * * * ** * * * * *
10988318 CATTTGTTATT-TCACCAAAGAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCA
1 CAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
10988382 TAATTATTTGAA-ATGATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTAA
65 TAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA
* * * **
10988442 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATTAACTGAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * ** * * ** * *
10988495 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGTTTCTAAATAGATAGCTATTTAAATAGTAA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT-GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
10988559 TAACTATCTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTT
65 TAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTT
** * * * ** * *
10988623 TGAATGTTAATAAATTAGCATTAATTTATTCCAAACAAGCTTGTATGAACTAAAA
127 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * ** * * *
10988678 CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTAAAATGGATAATTGTTCGAATAGTCTT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * ** *
10988743 AATTATATGAACTAGTTTGAA-AAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGA
66 AACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA
* *
10988807 AATATTATTAAATTTGTATTA
129 AATATTAATAAATTAGTATTA
10988828 AATTTGTATT
Statistics
Matches: 1744, Mismatches: 433, Indels: 206
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 12 0.01
155 20 0.01
156 14 0.01
157 1 0.00
158 37 0.02
159 12 0.01
160 8 0.00
161 3 0.00
162 1 0.00
167 1 0.00
168 2 0.00
169 1 0.00
170 11 0.01
171 4 0.00
172 21 0.01
173 2 0.00
174 5 0.00
175 34 0.02
176 64 0.04
177 193 0.11
178 98 0.06
179 99 0.06
180 399 0.23
181 454 0.26
182 103 0.06
183 133 0.08
184 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
Found at i:10987140 original size:541 final size:540
Alignment explanation
Indices: 10986433--10991458 Score: 1479
Period size: 540 Copynumber: 9.4 Consensus size: 540
10986423 AATGGACCTG
* * * * *
10986433 ACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-TTAATTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTCAAAA
** * * *
10986497 TATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATG
64 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT--AAACAATTGTTTTATT
* * * * *
10986560 ACAAGACCAAAGATCATAACAATTTGATATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
127 ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * *** *
10986625 TGCTTAATAAACAAATTTATTTTTTCAATTTTTTACTTATCAATTTTTGGAATTTTAAAAAATTA
192 TG-TTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAAATTA
* * * * * * *
10986690 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAACAA-AAATAATT-TGTTTATGACAAA--TAAAA
256 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGT-TTTATGAAAAACCAAAAA
* * * *
10986751 GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATATGTTCAAGAA
319 G-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAATATATTCAAGAA
* * * ** * * *
10986815 ACAAATTTA-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTACTCAATTTATATTATTT
382 AAAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTATATTATTT
* * * *
10986878 TATTCGAAATAAACTTACATGAAAAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACAT
447 TATTCAAAATAAACTTACATGAAAAGAA-AAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAA
* * * *
10986943 TTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATA
510 TTTCAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCAAA
* *
10986974 ACTATTTGAA-TATGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAAT
1 ACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* *
10987038 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTAAAGCGATTGTTTTATTAC
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA-CAATTGTTTTATTAC
* ** * * * *
10987103 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTGAAATAATCA-AGATTATTTCAACTT
129 AAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTAAACTT
* ** * **
10987167 GTTCGGTAAATGTATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAGTAAATTAA
193 GTT-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAAATTAA
* * *
10987232 TATTGTTTTAATCCGAATAATCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATTAAAAACCAAAAAGTC
257 TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAACCAAAAAGTC
* * * ** *
10987297 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATGATTTGAATTTATTTGATAAAAAAA
322 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTTGAATATATTCAAGAAAAAAA
*
10987362 TTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTC
387 TTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTC
* ** * * *
10987427 AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA
452 AAAATAAACTTACATGAAAAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAA
* *
10987492 TAAATAATTGTTCAAAGAGTTAAA
517 TAAATAATTATTCAAAGAGTCAAA
* * * * * *
10987516 ATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA-ATT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAATTA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * *
10987579 TTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGA-ATGAACATAAACAATTATTTTATAA
66 TTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAAC-TAAACAATTGTTTTAT--
** * * *
10987642 TAGGATA-AAAAGTT-GTAACGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
126 TACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * ** * *
10987704 CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA--T-T-AATTATTGAAATATTAATAGAT
190 CTTG-TTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAAAT
* * * * * *
10987765 TAGTATTA--CT--T-----T-A--TT-T-TG--AACAAAC-----TTATATG-AAAA-TAAAAG
254 TAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAACCAAAAA
* * * **** *
10987807 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATGGGCT-AGGTAAA
319 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTTGAATATATTCAAG-AAA
* * * * * *** * *
10987871 TAGAAA--TATTTTTT-TAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAA-TT-TATT-TT
383 -A-AAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTATATTATT
** * * ** * *
10987930 TTATTCTGAATAAGC-TAGTATGAACTGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAT
446 TTATTCAAAATAAACTTA-CATGAAAAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* ** *** * * * * *
10987993 TTTGAAATGGACGGTTGTTCATACAATCTTAA
510 TTTCAAATAAATAATTATTCAAAGAGTC-AAA
* * * * * * ** * * *
10988025 A-TATTTGGACTAGTTC-GACAAACAAATTCATTTTTACTTCTCTTAGTTATCAATTTTCATAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * * * * * *
10988088 ATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TCCTGAATACGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGA
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAC-TAAACAATTGTTTTATTA
* * * * * * * * *
10988152 TAGAACAAAA-TATTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAT
128 CAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * * * ** * * *
10988216 GGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAGTTA
192 TGTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAAATTA
* * * ** * * * * *
10988281 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAAT-AATCA-AAACATTTGTTATT-TCACCAAA-GAAAA
256 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTT-TTATGA-AAAACCAAAA
* * ** * * * * * *
10988342 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-ATGATTC-AGTA
318 AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTTGAATAT-ATTCAAG-A
* * * * * * *** * *
10988405 AACAGATTCACTTTTT-AAATC----ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATT
381 AAAAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTATATTATT
* ** * ** * * *
10988465 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-T
446 TTA-TTCAAAATAAACTTACATGAAAAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** * *
10988528 GTTTCTAAATAGATAGCTATTTAAATAGT-AATA
509 ATTTC-AAATAAATAATTATTCAAAGAGTCAA-A
* * * * * ***
10988561 ACTATCTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTTGA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-TTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAA
* * * * * * * *
10988626 ATGTTAATAAATTAGCATTAATTTATTCCAAACAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATG
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAACAATTGTTTTATT
* * * ** * * * * * *
10988691 ACTAAACAAAAGGTT-AGAACGATTTAAAATGGATAATTGTTCGAATAGTCTTAATTATATGAAC
127 ACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * ** * * *
10988755 TAGTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
191 TTG-TTGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATATTTTACTTATCAA-TTATCAAA-A-TATT-AA-
* * * * * * ** *
10988820 TTGTATTAAATTTGTATTATTTTGAAATATTATTATTTCGAAGAAACTTGCATGAGCTA-AAATA
249 ----A--AAA--T-TA--A---T--ATTATT-TTAATCCGAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACA
* * * * ** * * *
10988884 ATTGTTTTTTGACGAAA-CAAAAGGTCTTAACAATTTGAAAT-AATAATTGCTCATATTGTCTTA
296 ATTGTTTTATGA-AAAACCAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * **
10988947 ATTG-TATAAAT-TGGTTCAAGAAACATATTTA-TTTTT-AAATC---T-CTTA-TGAATTTTTA
360 A-TGATTTGAATAT-ATTCAAGAAAAAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACT-AATTGTCC
* * * *
10989003 GAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGA-ATGAAAAGAAATAATTGA-
422 TAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTT-ACATGAAAAGAAA-AATT-AT
* * * * * * * * *
10989064 TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
482 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCAAA
* * ** * * * *
10989123 ACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAAGTTTATTTTTTAAAGT-TCTTAC----TAATTCTT-GAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGATTAATTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATT-TTCAAA
* * * * * *
10989182 ATATTAATAAATTAGTGTTATTTCATTTCAAATAAGCTTGTGTGTTGA-GAAACAATTG-TTTAT
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG--AACTAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * *
10989245 GACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATATAGAATAATT---AT--T--TGAACTGA-TT--
126 TACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AACT-ATTTAA
* * * * * * ** *
10989300 A---G--GCA-AACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAACAAA
189 ACTTGTTG-ATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAAA
* * * ** * ** * **
10989357 GTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-C-AA
253 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACCAAA
* * * * * * *
10989420 AAGTTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT-ATTTGAACT-TGTTCAC
317 AAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAA-TATATTCAA
* * * * * * * ** *
10989483 TAAATAGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATT-TTTTGAAT-GTTAATAAA-CTAGTA
379 GAAAAAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCT-AATAG-TAATAAATTTA-TA
* * * * * *** * ** *
10989545 TCATTATATTTC-GAATAAGCTTATATGAGCTGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATCTTA
441 TTATTTTA-TTCAAAATAAACTTACATGAAAAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * **
10989609 GAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCTTA
504 TAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCAAA
* ** * * * * * * * *
10989646 ACCATTTGAACTAATTCAGCAAACACATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAAAATTT-GAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA--TTAATTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTCAAA
* * * * * *
10989710 AT-TTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTATATGATCATAAACAATT-TTTAAT
63 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTATATGAAC-TAAACAATTGTTTTAT
* * * ** ** * * * ** *
10989773 GATAAAAC-AAAGATCATAGTGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAA
126 TACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* ** * ** * * * * * ** *
10989836 CTAGCTCAAAAAATAGCTTTAATTTTTAAATCTATTGCTTAAT-AATTTTTGAAATATTAATAAA
190 CTTG-TTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTT-ATCAATTATCAAAATATTAAAAAA
* * * ** * * *
10989900 GTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTAT-AAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA-CAA
253 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACCAA
* * * * * * *
10989963 AATA-TCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTACTTGAGCT-TATT-T
316 AA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAT-GATTTGA-ATATATTCA
* *** * * * ** ** * *
10990024 GGTAAACTTATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTGTTAATT-TTTTGATTATTAATAAA-TTAGT
378 AG-AAAAAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCT-AATAGTAATAAATTTA-T
* * * * * *
10990087 ATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGCATGAACTAA-AATAATTATTTTATGGCTAAACAAAAGGT
440 ATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTACATGAA--AAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * **
10990150 CAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTACTACTCTTA
502 CATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCAAA
* * ** *
10990189 ACTATTTGAACTAGTT-TGGCAA-A-A-T-ATATTT--AT-T-TT--TTATT-A--TT--AAA-A
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * ** * *
10990237 -TAGT--ATTA-TCTTA----ATCT-GAATAAGCTCATATGATAAGAAACAATTGTTCTATGACA
66 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ACTAAACAATTGTTTTATTACA
* * * * * *
10990293 AAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT
130 AAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGT
* * * * * * * * * *
10990357 GTGGTAAATAGATTTAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTAAAGTATTAATAAATCAATA
195 -TGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAAATTAATA
* ** ** * *
10990418 TTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTA-CAATAAAACAAAAAGGT
259 TTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGAA-AAACCAAAAA-GT
* * * ** ** *
10990481 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACT-ATTTGAACCTATT-TGGTAAAG
321 CATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AATGATTTGAATATATTCAAG-AAAA
* *** * * * *
10990544 AGATTTATTTTTT-AAATCTACGACCT-CTTAATTTTCATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
384 AAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTAC-TAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTA-TATTATTT
* ** * * * * ** *
10990606 TATT-ATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATCACAAAACAAAACATCATAACTA
447 TATTCA-AAATAAACTTACATGAAAAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * *
10990670 TTTGAAAGAAATAAATATTCAAACAGTCATA
510 TTTCAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCAAA
* * * * * * * * * ***
10990701 ACCATTAGAGCTTGCTCAGTAAACATATTTAATTTTTAAGTTTTTTACTTATTAATTTTTTGAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
10990766 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGA
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT--AAACAATTGTTTTATTA
* * * * * *
10990830 CAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTGAA-T
128 CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTAAACT
* * * * ** *
10990893 GTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
192 -TG-TT-GATAAATAAATTTATTTTTT-AAATATTT-TACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAA
* * *
10990957 ATCT-ATATTATTCT-ATTCGACAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
252 AT-TAATATTATTTTAATCCG--AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAAC
* * ** * * ** *
10991019 CAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCACTTAGTCATGACT-ATTTGAACT-TATT
313 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AATGATTTGAA-TATATT
* ** * * ** * *
10991082 --TGGTAAACATATT-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAT
376 CAAGAAAAAAAT-TTATTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTAT
* ** *** * * * *
10991143 ATTATTTTAATCCGAATAAACTCGTATGGATAAA-AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGT
440 ATTATTTTATTCAAAATAAACTTACAT-GA-AAAGAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGT
* * * * * * *
10991207 CATTAGAAATTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA
502 CATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCA-AA
* * * * * * * * **
10991247 A-GATTTAAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * ** *
10991311 ATTAATAAATT--TA-T-TTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATAAACAAAAAAAAATCATTTTATG
65 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAC--TAAACAATTGTTTTATT
** * * ** * * * **
10991371 ACAACCCAAAAGGTT-ATAGCGATTTCAAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATCCAAAC
127 ACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* *
10991435 TTGTTAGGTAAATAAATTCATTTT
191 TTGTT-GATAAATAAATTTATTTT
10991459 AAAAATCTCT
Statistics
Matches: 3456, Mismatches: 748, Indels: 561
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
507 1 0.00
508 45 0.01
509 65 0.02
510 147 0.04
511 15 0.00
512 206 0.06
513 137 0.04
514 33 0.01
515 32 0.01
516 132 0.04
517 44 0.01
518 13 0.00
519 5 0.00
520 7 0.00
521 5 0.00
522 14 0.00
523 122 0.04
524 32 0.01
525 4 0.00
526 7 0.00
527 54 0.02
528 32 0.01
529 10 0.00
530 6 0.00
531 3 0.00
532 30 0.01
533 13 0.00
534 19 0.01
535 28 0.01
536 129 0.04
537 38 0.01
538 20 0.01
539 74 0.02
540 373 0.11
541 286 0.08
542 244 0.07
543 293 0.08
544 154 0.04
545 101 0.03
546 88 0.03
547 34 0.01
548 5 0.00
549 5 0.00
550 2 0.00
552 4 0.00
554 3 0.00
555 35 0.01
556 47 0.01
557 5 0.00
558 1 0.00
560 1 0.00
561 11 0.00
562 143 0.04
563 60 0.02
564 39 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAACAATTGTTTTATTACAA
AACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT
GATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATCAATTATCAAAATATTAAAAAATTAATATT
ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAACCAAAAAGTCATAA
CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATGATTTGAATATATTCAAGAAAAAAATTTA
TTTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATAGTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAA
TAAACTTACATGAAAAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAA
TAATTATTCAAAGAGTCAAA
Found at i:10988828 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 10988812--10988838 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 2.5 Consensus size: 11
10988802 TTTGAAATAT
10988812 TATTAAATTTG
1 TATTAAATTTG
10988823 TATTAAATTTG
1 TATTAAATTTG
10988834 TATTA
1 TATTA
10988839 TTTTGAAATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 16 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (11 bp):
TATTAAATTTG
Found at i:10989592 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10989309--10990201 Score: 780
Period size: 182 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
10989299 TAGGCAAACT
* *
10989309 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTAACAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
* * ** * *
10989374 TGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAA
66 CGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAA
* **
10989439 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCACTAAATA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCACTAAATA
* * * * *
10989489 GATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAACTAGTATCATTATA
1 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAAT-TTAATAAAGTAGTATTATTTTA
* * * *
10989553 TTTCGAATAAGCTTATATGAGCTGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-TCTTAGAACGATT
63 TTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATT
* * * * * *
10989617 TGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAGC-AAACA
127 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCA-CTAAATA
* * * * ** * * * *
10989671 CATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAAAATTTGAAATTTATTAAATTAATATTATTTTAAT
1 GA-TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATTTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
* * * * * * **
10989736 CCAAATAAGCTTTATATGATCAT-AAACAATT-TTTAATGATAAAAC-AAAGATCATAGTGA-TT
65 TCGAATAAGC-TTATATGAAC-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTT
* * * ** ** **
10989797 TAAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAACTAGCTCAAAAAATA
128 TAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCACTAAATA
* * * *
10989851 GCTTTAATTTTTAAATCTATTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
10989916 TTGAATAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA-TATCATAACAATTTT
65 TCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTT
* * * * ***
10989980 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTACTTGAGCTTATTTGGTAAACT-
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCACTAAA-TA
* * * *
10990032 TATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTTG-ATTATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAAT-TTAATAAAGTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
10990096 TTTCGAATAAGCTTGCATGAACTAAAATAATTATTTTATGGCTAAACAAAAGGTCAAAACGATTT
63 TTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTT
* * * * * *
10990161 GAAATAGATAATTATTCTACTACTCTTAACTATTTGAACTA
128 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
10990202 GTTTGGCAAA
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 137, Indels: 42
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 50 0.09
180 95 0.17
181 111 0.20
182 279 0.50
183 18 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCACTAAATA
Found at i:10989986 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 10989311--10990003 Score: 813
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 363
10989301 GGCAAACTGA
* * ** * * ***
10989311 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTAACAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAAAATTTGAAATTTAACAAAGTAATATTATTTTAATCCA
* * * *
10989376 GATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTTAAAT
66 AATAAATTTATATGAACTGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAAT
* * ** *
10989441 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCACTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT
131 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGCTCAAAAAATAGATTTAATTTTTCAAAT
* * *
10989506 ATTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAACTAGTATCATTATATTTCGAATAAGCTTATAT
196 ATATTGCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAACTAGTATCATTATATTTCGAATAAGCTTATAT
* * * * * * *
10989571 GAGCTGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATCTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCC
261 AAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
10989636 AATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAACACAT
326 AATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAACACAT
** *
10989674 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAAAATTTGAAATTTATTAAATTAATATTATTTTAATCCA
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAAAATTTGAAATTTAACAAAGTAATATTATTTTAATCCA
* * * **
10989739 AATAAGCTTTATATGATCAT-AAACAATT-TTTAATGATAAAAC-AAAGATCATAGTGA-TTTAA
66 AATAA-ATTTATATGAAC-TGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAA
* * ** ** *
10989800 GATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAACTAGCTCAAAAAATAGCTTTAATTTTT-A
129 -ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGCTCAAAAAATAGATTTAATTTTTCA
* * * * * *
10989864 AATCTATTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTT
193 AATATATTGCTTAATAATTTTTTG-AATATTAATAAACTAGTATCATTATATTTCGAATAAGCTT
* * * * * *
10989928 TTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATAATTG
257 ATATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTA
10989993 TTCAAATAGTC
322 TTCAAATAGTC
10990004 ATATCTACTT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 55, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
360 6 0.02
361 117 0.43
362 61 0.23
363 69 0.25
364 17 0.06
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (363 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAAAATTTGAAATTTAACAAAGTAATATTATTTTAATCCA
AATAAATTTATATGAACTGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAAT
AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGCTCAAAAAATAGATTTAATTTTTCAAAT
ATATTGCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAACTAGTATCATTATATTTCGAATAAGCTTATAT
AAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAACACAT
Found at i:10990776 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10990226--10991321 Score: 760
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
10990216 ATTTATTTTT
* * * * * * ** *
10990226 TATTATTAAAATAGTATTATCTTAATCTGAATAAGCTCATATG-ATAAGAAACAATTGTTCTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
10990290 ACAAAA-TAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AA
65 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTA-TTAGAA
* * * * *
10990352 CTAGTGT-GGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTTAAA
128 ATTGT-TCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * ** * * **
10990401 GTATTAATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACA
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
10990466 ATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAAC
65 ACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAGAAA
* * ** * *** * * *
10990531 CTATTTGGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTACGACCTCTTAATTTTCAT-AA
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TTGAA
* *
10990584 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATCA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * **
10990649 CAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAAGAAATAAATATTCAAACAGTCATAACCATTAGAGCTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAGAAATT
* * * *
10990714 GCTCAGTAAACATATTTAATTTTTAAGTTTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
131 GTTCAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
* *
10990765 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
10990829 ACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTG-AA
65 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAGAAATAATTATTCAAA-CAGTCATAACTATTAGAAA
* * * **
10990892 TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAAAATTTCTACTTATTAA-TTTTTGAAA
129 T-TGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTTT-TACTTATTAATTTTTTG-AA
* * * *
10990948 TATTAATAAATCTA-TATTATTCTATTCGA-CAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
1 TATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT--ATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *** * *
10991011 TGACAAAACAAAAGGTCACAA-TGATTTG-AAGTAGATAATTATTCACTTAGTCATGACTATTTG
63 TGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAAG-AAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAG
* * ** * * ***
10991074 AACTTATTTGGTAAACATATTT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
126 AAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * ** * * *
10991128 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTCGTATGGATAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * * * * * **
10991193 TAAAACAAAAAAGTCATTAGAAATTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAAGATTTA-AAA
66 CAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTA-TTAGAAA
* *
10991257 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AA
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTTGAA
10991310 TATTAATAAATT
1 TATTAATAAATT
10991322 TATTTTTATT
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 155, Indels: 72
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 51 0.07
177 4 0.01
178 68 0.09
179 42 0.06
180 82 0.11
181 218 0.30
182 121 0.17
183 43 0.06
184 95 0.13
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAGAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAGAAATT
GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
Found at i:10991112 original size:363 final size:358
Alignment explanation
Indices: 10990255--10991352 Score: 1068
Period size: 363 Copynumber: 3.1 Consensus size: 358
10990245 TCTTAATCTG
** * *
10990255 AATAAGCTCATATGATA-AGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTG-AG
1 AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAG
* * * * *
10990317 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTGTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAA
65 -TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAA
* * **
10990381 ATC---T-CTTATTAA-TTTTTAAAGTATTAATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTG
127 ATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAACTTG
* ** *
10990441 TATGAACAAAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
190 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
10990506 TTCAAATAGACATGACTATTTGAACCTATTTGGTAAAGAGATTTATTTTTT--AAATCTACGACC
255 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAAT-TTCTACT
* * *
10990569 TCTTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-ATG
318 TATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTA-TATTA-TTTATTCA-A
* * * * *
10990613 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATCACAAAACAAAACATCATAACT-ATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTG-AA
* * * * * ** ** *
10990677 G-AAATAAATATTCAAACAGTCATAACCATTAGAGCTTGCTCAGTAAACATATTTAATTTTTAAG
64 GTAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTT-ATTTTTAAA
* * * *
10990741 TTTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
128 TCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTA
* * * * *
10990806 TGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-TAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT
192 TGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
10990870 CAAATCA-TCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAAAATTTCTACTT
257 CAAAT-AGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAAAATTTCTACTT
*
10990934 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTATATTATTCTATTCGAC
319 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT-TATATTATT-TATTC-AA
* *
10990978 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGT
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAGT
* ** *
10991043 AGATAATTATTCACTTAGTCATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTT-TTTTTAAATCT
66 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCT
* ** * * *
10991107 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTCGTATGG
131 TTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCGAATAAACTTGTATGA
* * * * * *
10991172 ATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATTAGAAATTGAAATAAATAATTGTTTAA
195 ATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * **
10991237 ATAGTCATAAAGATTTAAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTTT-TACTTATTAA
260 ATAGTCATAACTATTT-GAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTCTACTTATTAA
10991301 TTGTCTT-AATATTAATAAATT-TATT-TTTATTCAA
324 TT-T-TTAAATATTAATAAATTATATTATTTATTCAA
*
10991335 AATAAGCTTGTATAAACA
1 AATAAGCTTGTATGAACA
10991353 AAAAAAAATC
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 106, Indels: 63
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
357 19 0.03
358 38 0.06
359 62 0.10
360 7 0.01
361 3 0.00
362 97 0.16
363 160 0.27
364 114 0.19
365 102 0.17
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAGT
AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCT
TTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAATAAACTTGTATGAA
TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTCTACTTATTAATT
TTTAAATATTAATAAATTATATTATTTATTCAA
Found at i:10992297 original size:806 final size:808
Alignment explanation
Indices: 10990749--10992298 Score: 1650
Period size: 806 Copynumber: 1.9 Consensus size: 808
10990739 AGTTTTTTAC
* * *
10990749 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCGAATAACCTTATATGAATAGA
* * * *
10990814 AACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCATC
66 AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATCATC
* * * * *
10990879 ATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAAAATTTCTACTTATTAATTTTT
131 ATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTT-AAAAATTTCTACTTATTAATTGTC
* * * * *
10990944 GAAATATTAATAAATCTATATTATTCTATTCGACAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
195 AAAATATTAATAAATCTACATTATTCTAATCGACAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * * ** *
10991009 TATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCACTTAGTCATGACTATTTG
260 TATAACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * *
10991074 AACTTATTTGGTAAACATATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
325 AACTTATTTAATAAACAGATTTTTTTTAAATATTTTA-TTAGTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
10991139 TAATATTATTTTAATCCGAATAAACTCGTATGGATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
389 TAATATTATTTTAATCCAAACAAACTCATACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * *
10991204 AGTCATTAGAAATTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAAGATTTAAAATTGTTCGGTAAA
454 AGTCATAAGAAATTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAAATTGTTCGATAAA
* * * *
10991269 CAGATTTATTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTATTTTTATTCA
519 CAAAATTATTGTTTAAAACTCTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTATTTTTATTCA
* * ** * * *
10991334 AAATAAGCTTGTATAAACAAAAAAAAATCATTTTATGACAACCCAAAAGGTTATAGCGATTTCAA
584 AAATAAGCTTGCATAAACAAAAAAAAATCATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAA
** * * * * ** *
10991399 ATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATCCAAACTTGTTAGGTAAATAAATTCATTTTAAAAA
649 ATAAAGAATTGTTCAAATGGCCATAACTATCCAAACTGGTTAGAAAAAGAAATTCATTTTAAAAA
*
10991464 TCTCTTAAATATTAATTTTTGGAATATTAGTAACATATTATCATATAATTATTTAAACTAGTTCG
714 TCTCTTAAATATTAATTTTTAGAATATTAGTAACATATTATCATATAATTATTTAAACTAGTTCG
10991529 ATGAATAGATTCATTTTTAAAATTGCTTAA
779 ATGAATAGATTCATTTTTAAAATTGCTTAA
10991559 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTAATATTTTATTAT-GAATAACCTTATATGAAC
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAA-ATTAGTAATATTTTATT-TCGAATAACCTTATATGAA-
* **
10991621 T-GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATA-AAAAGTTATTCAA
62 TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGAAAA-TTATTCAA
* * * * *
10991684 AT-AGTCATGACTATTTGATATAT-TTCAGTAAACATATTTA-TTTTT-AAAATTTTTAGTTATT
125 ATCA-TCATAACTATTTGA-ATATGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTCTACTTATT
* *
10991745 AATTGTCAAAATATTAATAAAT-TAGCATTGTGT-TAATCTA-AACAAGCTTGTATGAACAGAAA
188 AATTGTCAAAATATTAATAAATCTA-CATTAT-TCTAATCGACAACAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * *
10991807 CAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTCA
251 CAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCA
* **
10991870 TAACTATTTGAAC-TAGTTTAAT-AACAAGATTTATTTTTAAA-ATTTT-TTAGTAGTT-TTGAA
315 TAACTATTTGAACTTA-TTTAATAAAC-AGATTT-TTTTTAAATATTTTATTAGTAATTGTCAAA
* * * * * *
10991930 ATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTGTTTTATG
377 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTCATACGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * ** *
10991995 ACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-GA
442 ACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAAATTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAA
* * *
10992057 ATTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAAACTCTTA-TTGATTAATT-TTTTGAAATATTAAT
506 ATT-GTTCGATAAACAAAATTATTGTTTAAAACTCTTACTT-ATTAATTGTCTT--AATATTAAT
* * **
10992120 AAATTTGTTTTATTTTATTTC-GAATAAG-TTAGCA-AGAACTGAAAAAAAT-ATTTTACGACAA
567 AAA--T-TTAT-TTTTA-TTCAAAATAAGCTT-GCATA-AACAAAAAAAAATCATTTTACGACAA
* * * **
10992181 AATAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAGAATTGTTCACATTGCC-TAAACTATTTAAACTGGT
625 AACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAGAATTGTTCAAATGGCCAT-AACTATCCAAACTGGT
* ** * *
10992245 TCA-AAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTAGTAATTAATTTTTAGAATATTA
689 T-AGAAAAAGAAATTCATTTTAAAAATCTCTTAAAT-ATTAATTTTTAGAATATTA
10992299 TTACATTAGT
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 106, Indels: 62
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
801 9 0.01
802 77 0.13
803 75 0.12
804 7 0.01
805 11 0.02
806 148 0.24
807 86 0.14
808 45 0.07
809 7 0.01
810 80 0.13
811 57 0.09
812 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (808 bp):
TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCGAATAACCTTATATGAATAGA
AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATCATC
ATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAAATTTCTACTTATTAATTGTCA
AAATATTAATAAATCTACATTATTCTAATCGACAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
ATAACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTATTTAATAAACAGATTTTTTTTAAATATTTTATTAGTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTAATCCAAACAAACTCATACGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG
TCATAAGAAATTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAAATTGTTCGATAAACA
AAATTATTGTTTAAAACTCTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTATTTTTATTCAAA
ATAAGCTTGCATAAACAAAAAAAAATCATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAAT
AAAGAATTGTTCAAATGGCCATAACTATCCAAACTGGTTAGAAAAAGAAATTCATTTTAAAAATC
TCTTAAATATTAATTTTTAGAATATTAGTAACATATTATCATATAATTATTTAAACTAGTTCGAT
GAATAGATTCATTTTTAAAATTGCTTAA
Found at i:10992380 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10991561--10995299 Score: 1954
Period size: 180 Copynumber: 20.8 Consensus size: 180
10991551 TTGCTTAATT
* * * **
10991561 ATTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTAATATTTTATTAT-GAATAACCTTA-TATGAACTG
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGC-TAGTATGAACAA
* *
10991623 AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAA-AAGTTATTCAAATA
63 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAATA
* ** ** * * * *
10991687 GTCATGACTATTTGATA-TATTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAGTT-
126 GTCATAACTATTTGA-ACTGGTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* ** * * * * * * *
10991742 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTGTGTTA-ATCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTAGTATGAACAAAA
* * * * * * * *
10991806 ACAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTC
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTC
* * * * *
10991869 ATAACTATTTGAACTAGTTTAATAACAAGATTTATTTTTAAAAT-T-TT-TT-
129 ATAACTATTTGAACTGGTTAAAAAAGAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * * * * *
10991918 AGT-AGTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA-TACGAACAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAACAAAA
* * ** * *
10991981 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
10992046 TAATTATTTGAATTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAAACTCTTATTG
130 TAACTATTTGAACTGG-TTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * * * * *
10992098 ATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAGTTAGCAAGAACTGAA
1 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAAC--AA
* * * * * * *
10992163 AAA-AA-TATTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAGAATTGTTCACATTG-
63 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
10992225 CCTAAACTATTTAAACTGGTTCAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTA
128 CAT-AACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * *
10992280 ATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAACAAAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAA
* * *
10992343 ATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
10992408 TAACTATTTGAACTGATTTGATAAGTATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTT
130 TAACTATTTGAACTGGTTAAAAAAG-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * * **
10992460 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTGTGATGAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAA
* * ** * * * * *
10992525 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATGGCCAT
66 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *** * *
10992590 AATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTT-
131 AACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* * * * ** *
10992641 ATCAATTTTT-ATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTCTATGAACTAAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAA
* * * * ** ** *
10992705 ACAATTATTTTATGAAAAAATAACAA-GTCATAATGATTTTTAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* ** *** * * * ** *
10992769 AAAACTATTTGAACTCATTTGGTAAA-TAGTTTTTTTTTTTTATTTCTTACTT-
129 ATAACTATTTGAACT-GGTTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* * * ****
10992821 ATTAATTTTCT-AAATGTTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC-ATGTATGAGTTGA
1 ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTA-GTATGAACAAA
** * * * * * ** * * **
10992884 AGCAATTATTTTTTGACTAATCAAAAGGTTATAATGAGTTGATATAGGTAATTGTTCAAATAGTC
64 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
10992949 TTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTT-
129 ATAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* * * * * * * * * * *
10993001 AGTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAA
* * * * * ** * ** *
10993066 TAAATATTTTAGGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATAGTTAATTATTCAAATAGTCAT
66 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * *
10993130 AATTATTTGAACTGGTTTAGCAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCTC---TT-
131 AACTATTTGAACTGG-TTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * * * * ** * * *
10993177 ATTAATGTTCGAAATAGTAATGAATTAGTATTATTTT-TTT-GAATAATTTTGTATGAA-TAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAA
* * * * * * * * *
10993239 CAATTGCTTTATGACAAAA-AAAA-GCCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACAT
66 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * *** * * *
10993302 GATTTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TTGACTT-
131 -AACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-A-TTA
* * * * *
10993354 ATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAA
* * * **
10993418 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-ATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * **** * * *
10993482 ATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATC-CTTTACTT-
129 ATAACTATTTGAAC-TGGTTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA-TTA
* * * * * ** * * *
10993535 ATT-AGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAA
* * * * * * *
10993599 CAATTGGTTTATGACAATACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAC
66 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** *
10993664 AACTATTTGAAC-GTTTTCAAAAAATAGATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTT-
131 AACTATTTGAACTG-GTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* * * * * * ** ** *
10993714 ATTCATTTTTGAGACATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTTGAAATAAGCTTGCCTGAGTAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAA
** ** ** *** * * **
10993778 CCAATTGTTTTATGATGAAACAAAATATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTATCTAGTCA
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * * * *
10993843 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAATTCCCTTATT-
130 TAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * * ***
10993894 -TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTA-CATGAATTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAACAAAA
* * * * * *
10993957 ATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTT-AAAGTAGATAATTATTCGAATAGTC
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * **** * *
10994021 ATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAA-ACA--TATTTTTTAAAAATCTTTTACTT-
129 ATAACTATTTGAACTGGTTAAAAAAGAAATTTATTTTTT--AAATCTCTTA-TTA
* * * * * * * *
10994072 ATTAATTATTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCTT--AATAAGGTCGTATGGATAGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-TTCAAATAAGCTAGTATGAACAAA
* * * *
10994135 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGT
64 AATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** *** * * *
10994200 TATAA-TGATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-
128 CATAACT-ATTTGAAC-TGGTTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* * * * *
10994254 ATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTGTGAACTAA
1 ATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAAC-AA
** * * *** * *
10994317 AAA-AATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGGGATTCT-AAATCAATAATTGTTCAAATGG
63 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT-TGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * * *
10994380 TCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATTTATTAATT-
127 TCATAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA
* * * ** *
10994435 ATCAAATTTTGGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTA-TATGAACTA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC--TAGTATGAACAA
* * * * ** * * *
10994497 AAATAATTTTTTTTTTCACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTTTTCAAATAG
63 AAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *** * * * * *
10994562 TAATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTT-
127 TCATAACTATTTGAACT-GGTTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* ** * * * * *
10994617 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA-TATT-TTATTA-ATCTGAATAAGCTTGTATG-AGAGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-AAATAAGCTAGTATGAACAAA
* * * * * * *
10994678 ATTTATTGTTGTATAATAGAACAGAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAT
64 AATAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAG
* * * * *
10994741 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC---TT-
127 TCATAACTATTTGAACT-GGTTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * * * ** *
10994792 ATTAATTTTCGAAATAGTAATAGATTAGTGTTATTTTA-TTCAACCCAAACT-GATATGAACAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGCTAG-TATGAACAAA
* ** * * * *
10994855 AATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAATAATC
64 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
10994920 ATAATTATTTAAACTGGTTTGACAAACAG-AA-TTATTTTTTAATTCTCTTACTG
129 ATAACTATTTGAACTGG-TT-A-AAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
** * * * * * *
10994973 ATTAATTTTTGAAATAGCAATAAATT-TTTTTATTTTAATTCGAATAAGATAGTAAGAACTAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAAC-AAAA
* * * * *
10995037 A-ATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAAAGAATTGTTCATATAG-CT
65 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-
* * * * *
10995100 TTAACTATTTGAACTGGCTCAGCAAAA-AATTTTATTTTTTAAATCTCTCAGTT-
129 ATAACTATTTGAACTGG-TTA-AAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
* * * * * * * *
10995153 ATTAATTTTTAAAATATTATTACATCAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACATAAT
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAA
* *** * * ** *
10995218 TAATTATTTTATGATGGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTTGAATATTCAT
66 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
10995283 AACTATTTGAACTGGTT
131 AACTATTTGAACTGGTT
10995300 TGATAAATCT
Statistics
Matches: 2762, Mismatches: 658, Indels: 277
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 31 0.01
173 53 0.02
174 14 0.01
175 108 0.04
176 108 0.04
177 132 0.05
178 29 0.01
179 424 0.15
180 831 0.30
181 660 0.24
182 350 0.13
183 7 0.00
184 15 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAA
TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTGGTTAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
Found at i:10992825 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 10991559--11003229 Score: 4268
Period size: 361 Copynumber: 32.3 Consensus size: 362
10991549 AATTGCTTAA
* * * *
10991559 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAACA-TAGTAATATTTTATTAT-GAATAACCTTATATGAAC
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * ** * *
10991621 T-GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATA-AAAAGTTATTCAA
63 TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAA
* ** * *
10991684 ATAGTCATGACTATTTGATA-TAT-TTCAGTAAACATA-TTTATTTTTAAAATTT-TTAGTTATT
126 ATAGTCATAACTATTTGA-ACT-TGTTTGGT-AA-ATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT
* ** * * * * * * *
10991745 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTGTGTTA-ATCTAAACAAGCTTGTATGAA-CAGAAAC
187 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATGAAAAAC
* * * * * *
10991808 AATTATTTTATAATAAAACAAAAAG-TCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTCA
251 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA
** * *
10991870 TAACTATTTGAACTAGTTTAAT-AACAAGATTTA-TTTTTAAA-ATTTT--
314 TAACTATTTGAACT-GTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * * *
10991916 TTAGTAGTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATACGAAC-AA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * *
10991979 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** **
10992044 CATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAAACTCTTA-TTGATTAATTTT
131 CATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA-TAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-ATTAA-TTT
* * * * *
10992107 TTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTAGCAAGAACTGAAAAA-AA-T
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TGAAAAACAATT
* * * * ** * * * * * *
10992169 ATTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAAGAATTGTTCACATTG-CCTAAACT
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACT
* * * *** *
10992233 ATTTAAACTGGTTCAAAAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAG
319 ATTTGAACT-GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
10992278 TAATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAAC-AA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* ** * ** *
10992341 AAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
10992406 CATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAGTATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTT
131 CATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAA--ATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * *
10992469 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTGTG-ATGAAAAATAATTGTT
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTT
* * * * * *
10992533 TTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATGGCCATAATTATTT
258 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
10992598 GAACTGATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAAC
323 GAACTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
10992639 TTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTCTATGAACTA-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * **
10992703 AAACAATTATTTTATGAAAAAATAACAA-GTCATAATGATTTTTAATAGATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * **
10992767 TCAAAACTATTTGAACTCATTTGGTAAATAGTTTTTTTTTTTTATTTCTTACTTATTAATTTTCT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-T
* * * * * * *
10992832 -AAATGTTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATGAGTTG--AAGCAATTATT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATGAAAAACAATTGTT
* * * * * * *
10992894 TTTTGACTAATCAAAAGGTT-ATAATGAGTTGATATAGGTAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATT
258 TTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
10992958 TGAACTAGTTCAACAAA-TACATTTATTTTTTAAATC-CTTAC
322 TGAACT-GTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * * *
10992999 TTAGTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * * * * * * * *
10993063 AAATAAATATTTTAGGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATAGTTAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
10993127 CATAATTATTTGAACTGGTTTAGCAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATGTTCG
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * *
10993188 AAATAGTAATGAATTAGTATTATTTT-TTT-GAATAATTTTGTATGAAT--AGAACAATTGCTTT
195 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * **
10993249 ATGACAAAA-AAAAG-CCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGATTTATTTG
260 ATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTG
* * *
10993312 AACTTGTTCGGTAAA-TAGATTAATTTTTTAAATCTTTGAC
324 AAC-TGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* *
10993352 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * *
10993416 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-ATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
10993480 TCATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAATCCTTTACTTATT-AGTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATTTC-TTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
10993543 TGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGGTTTTTTGAAT-AGAAACAATTGGT
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTT
* * * ** * *
10993607 TTATGACAATACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTT
258 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * **
10993672 GAACGTTTTC-AAAAAATAGATTTATTTTAAAAAT-TTTTAC
323 GAAC-TGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * ** *
10993712 TTATTCATTTTT-GAGACATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTTGAAATAAGCTTGCCTG-AGT
1 TTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* ** ** * * **
10993774 AGAACCAATTGTTTTATGATGAAACAAAATATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTATCTA
64 AGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
10993839 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATA-TTTATTTTTT-AATTCCCTTA-TT-TTAATT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATAGTTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATT
* * ** *
10993900 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTACATGAATTG--AAATAATT
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATT
* * * * * * *
10993963 GTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTT-AAAGTAGATAATTATTCGAATAGTCATGACT
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
10994027 ATTTGAACTTGTTTGGTAAAC--A--TATTTTTTAAAAATCTTTTAC
319 ATTTGAAC-TGTTCGATAAACTGATTTATTTTTT--AAATCTTTTAC
* * * * * *
10994070 TTATTAATTATT-GAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCTT--AATAAGGTCGTATGGA-
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * *
10994131 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
63 TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
10994195 AGAGTTATAA-TGATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTA
126 ATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTA
* * * *
10994258 ATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTGTGAACT-AAAAA
188 ATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAA
** * ** *
10994320 -AATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTT-ATAGGGATTCT-AAATCA-ATAATTGTTCAAATGGT
250 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATT-TGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
10994381 CATAATTATTTAAACTTGTTC-AGTAAA-TAGATTCATTTTTTAAAT-TTATTAA
312 CATAACTATTTGAAC-TGTTCGA-TAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTT-TTAC
* * * ** *
10994433 TTATCAAATTTTGGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTATATGAACT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACT
* * * * * * * *
10994496 A-AAATAATTTTTTTTTTCACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTTTTCAAAT
64 AGAAACAA-TTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
10994560 AGTAATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
* ** * * * ***
10994624 GTCAAAATATTAATAAATTA-TATT-TTATTA-ATCTGAATAAGCTTGTATG-A-GAGAATTTAT
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAAT
* * * * ** * *
10994684 TGTTGTATAATAGAACAGAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAA
254 TGTTTTATGACAAAACA-AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAA
*
10994747 CTATTTGAACTAGTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATC---T-C
317 CTATTTGAACT-GTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * ** *
10994790 TTATTAA-TTTTCGAAATAGTAATAGATTAGTGTTATTTTA-TTCAACCCAAAC-TGATATGAAC
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGCTTG-TATGAAC
* * * * * *
10994852 -AAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTTAAAT
63 TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * * *
10994916 AATCATAATTATTTAAACTGGTTTGACAAACAGAATTATTTTTT-AATTCTCTTACTGATTAATT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATT
** * * * * * * * *
10994980 TTTGAAATAGCAATAAATT-TTTTTATTTTAATTCGAATAAGATAGTAAGAACT-AAAAA-ATTT
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATT
* * ** * * * * *
10995042 GTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACT
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT
* * * * * *
10995106 ATTTGAACTGGCTCAGCAAAAAAT--TTTATTTTTTAAATCTCTCAG
319 ATTTGAACT-GTTC-G-ATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
10995151 TTATTAATTTTTAAAATATTATTACATCAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
** * *** * ** * ** *
10995215 AATTAATTATTTTATGATGGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTTGAATATT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
10995280 CATAACTATTTGAAC-----TGG----T--TTGA-----TAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
10995329 GATATTAATAAATTAG-ATTTATTTTATTTAAAATAGGCTGGTATG-AT-AAAAACAATTATTTT
196 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT
* * * *
10995391 ATGATAAAA-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
260 ATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
10995455 ACTGATTTGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAAC
325 ACTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *** *
10995494 TTATCAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-G
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * * * * ** * * * *
10995558 AAATAATCGTTTGAGGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTT-TAGTAGATAATTATTTAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
10995622 CAAAACTATTT-AAGCTTGTTCGGTAAATAGATTT-TTTTTCT-AATTTCCTACTTATTAATTTT
131 CATAACTATTTGAA-CTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTT-TAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * ** * * *
10995684 CT-AAATGTTAATAAATTAATATAATTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-AA-GCTAAAGAGTTAT
193 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGT
* * * * * * *
10995746 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATT
257 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
10995811 TGAACTGGTTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAATTC-TTTAC
322 TGAACT-GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * * * *
10995852 TTATCAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAACTTGT-T-AAATA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * * * *
10995914 GAAATAAATGTTTTAGGAAAAAAC-AAAGATCTTAACGATTGGAGATAGATAATTGCTCTAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
10995978 TCACAACTATTTGAA-TTGGTTGAGT-AA-AG-ATATTTTTTAAA--TC-T-CTCATTAATTTTC
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTG-GTAAATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * **
10996035 AAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAATAAC--TT-
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-GAAA-AACAATTG
* *** * * * *
10996096 TTTTAGGGTGAAAC-AAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * *
10996160 TT-AACTTGTTCGGTAAACAAATTAATTTTTTAAGT-TTTCAAC
321 TTGAAC-TGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTT-TAC
* *
10996202 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * * *
10996266 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
10996331 CATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTT
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * * * * *
10996394 GAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAAGAAGGTTTTTTGAA-CAGAAACAATTGGTT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTT
* * * *
10996458 TATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
259 TATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
10996523 AACGTGTT-TAAAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTAC
324 AAC-TGTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * *
10996562 TTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAAC-A
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * *
10996625 GAACCAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCTTAATGTTTTGAAATAGACAATTGTT-AGGAT
65 GAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAT
* * * * * *
10996688 TGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTATTTTACTCT-TTAAT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATT-TCTTACT-TATTAAT
** **
10996752 TTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTG--AAACAAT
190 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAAT
* * * * * *
10996815 TGTTTTATTACAAAACAAAGGGTT-ACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
254 TGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
**
10996879 TATTTGAACTTGTTCGATAAAC--ATAGATTTTTTAAATCTTTTAC
318 TATTTGAAC-TGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * ** *
10996923 TTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATGGAC-AG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * * *
10996987 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
10997051 GTCATAA-TAATTTCAACTTGTTTGCTAAACATA-TTTATTTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA
129 GTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATAGTTTA-TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAA
* * ** * *
10997113 TTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATGTTAATAAATTATTATTATTTT
189 TT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA---T-A-AGCTT-GTATGA----
* ** * ** ****
10997176 ATTTAGAAAAAGC--TTGTATGT-TGA-AAAACAATTGTATTATAACAAAACAAAAGGTA-ATAA
242 A--T-GAAAAA-CAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAA--TAGAT-A
* * ** * * **
10997236 CAAT-TTAAAATAG--ATAGTTGTTT-AAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTTGTTAAATTGA
298 -ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC--GA-TA----AACTGA-----T---TT-A
*
10997297 CTTATTTTGTAAAT-TTCTTGC
346 --T-TTTT-TAAATCTT-TTAC
* * * *** *
10997318 TTATTAATTTTT-GAAATATTAACAAAGTGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
10997382 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTTATATAGATAATTGTTGAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
10997446 TTATAACTATTTGGATTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTCATACTTACTAATTC
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTA-TTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATT-
* * * * **
10997511 TTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGCATGAATTG--AAGTAAT
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAAT
* * * * * * ** * * * *
10997572 TATTGTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACT
254 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** ** * *
10997637 ATATGAATTAGTTTGGCAAACACAATTCTTTTTTAAATC---T-C
319 ATTTGAACT-GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * *
10997678 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATG-A-TA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-
* * * * * * * * * *
10997740 AAAAATAATTAG-TTTATGAGAAAAC-AAAGTTCATAACGATTTGAGATTGATATTTTTTTAAAT
64 AGAAACAATT-GTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * **** * * *
10997803 AGACATAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
* * *** * * *
10997868 TTGAAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTTGATAAGTTTTTATGAACTG--AAACAATTA
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTG
* * *
10997931 TTTTATGACAAAGCAAAA-TGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTTA-AATC
256 TTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-C
* * * * * *
10997993 TATTTCAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC
318 TATTTGAAC-TGTTCGATAAACTGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAC
** * * * *
10998040 ACATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAA-GA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* ** * * * *
10998103 GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *** * * * *
10998168 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACGTTTATTCTTTAAATCTCTTAC-TA--ATTTTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA-GTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
10998230 GGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGGATGGAA--AGAAATAATTGTT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAATGAAAAACAATTGTT
* * * * * *
10998293 TTATGATAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT
258 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
10998357 GAACTATTTC-AGTAAA-TAGATCTT-CTTTTTAAATC---T-C
323 GAACT-GTTCGA-TAAACT-GAT-TTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * ** *
10998394 TTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTCA-TATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATGAAC-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * ** * * *
10998456 AGAAAAAATTGATTTACGATAAAACAAAATGTGATTACAATTTGAAATGGATAATAGTTCAAATG
64 AGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * ** ** *
10998521 GACATCATTGTTTGGACTTGTTTAGTAAACATA-TTTATTTTTTAAAACTCAAAGTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
** *
10998585 TT-AGAATATTAATAAA-T--TATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAAT-AGAAACAATTG
192 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTG
* * *
10998645 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGGAAT-GAATAATTGTTCAAATTA-TCATAACT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACT
* *
10998708 ATTTGAACTTGCTT-GGTAAA-TGGATTTATTTTTTAAATATTTTAC
319 ATTTGAAC-TG-TTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * *
10998753 TTAGTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAG-----TGTTATTT----T-A---T-T-T----T-G
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * ** **
10998798 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAA-T-TTGGAATTTT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * **** *
10998860 AATAAATTAGTATT-ATTTTATTT--TAAAAAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGGTGTATGAC
131 CAT-AACTA-T-TTGAACTTGTTTGGT-AAATAG--TTTAT---T-TTTTAAATT--TCT-T-AC
** ** **** * * * * * *
10998922 AAAACAAAAGGTCATAACAAT-CTGAAA-TAG-ATAATTTTATAAATAGTC--ATAA-CTATTTA
182 TTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT---T--TCAAATAAGCT-TGT-
** * ** **** * * *
10998981 AATGTGTTCAGAAAACATATT-TATTT-T-TTAAAATTTTACTT-ATTAAT-TTTTGGATTATTA
238 -ATG-AATGA-AAAACA-ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGTTCA-TAATGATTT-GA--AATA
* ** * * ** * ** * * ** *
10999041 -ATAAAT-TT-AAATTA-TTTTATTCAAAATAAACTTGCACAAACAAAACCAATTGT-TTTATGA
294 GATAATTGTTCAAA-TAGTCATA-ACTATTTGAAC-TGTTC-GA-TAAACTGATT-TATTT-T-T
* * *** *
10999101 CAAAAC-AAAAGG
351 TAAATCTTTTA-C
* * * **
10999113 TCA-TAATGTTTTGAAAAAGATAATT-GTTCATATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTCATAA-
1 TTATTAAT-TTTT---AGA-AT-ATTAATAAAT-TAGT-AT---TA-TT----TTATTTCA-AAT
* * * * *** * * * *** *
10999175 ACATTTTCTTTTTTCAATTCT-CTTACTCATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAT-ATTATC
49 A-A---GCTTGTATGAA--CTAGAAAC-AATT-GTTTTATGAAA-A--AACAAAAGGTCA-TA-A
* * * * * * * * *** **
10999237 TTATTTGAAACAAGGTTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTAC-AAAAGAAAATGTCATAATG
101 TGATTTGAAA-TAGATAAT-TG--TTCAAA-TA--G--TCATAACTATTTGAACTTGT--T--TG
* * * * * * * *
10999301 ATCTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATGAC-TATTTAAACTTGCTTGATAAATATATTTAT
153 --GT-AAATAGTTTATTTTTTAAAT-TTC-TTACTTA-TT-AA-TT--TT--TGAA-ATA-TTA-
* ** * ** * *
10999365 TTTTAAAATCTTTTACTTA-TTAATTATCAAA-ATA--TT-TAT-AA--ATTAA-TATTATTTTA
203 --AT-AAAT-TAGTA-TTATTTTATT-TCAAATA-AGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTT-
* * ** * * * **
10999421 ATCCAAATAAACTTGTATGAATAG-AAATAATTGTTTTACGACAAAACA-AAAAG-TCATAATAA
260 AT-GACA-AAAC----A--AA-AGTTCATAA-TGATTT--GA-AATAGATAATTGTTCA-AAT-A
* * * * * * **
10999483 GTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCCTAATGATTTAAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTT
310 G-TC--ATAACT-ATT--TGAACT-GTTC-GATAAACT------G------------ATTTATTT
10999548 TTTAAATCTTTTAC
349 TTTAAATCTTTTAC
* * *
10999562 TTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGGATGAA-
1 TTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * *
10999623 TAGAAAAACAATTCTTTTTTGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAGATAAATAATTATTCA
63 TAG--AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
10999687 AACAATTATAATTATTT-AAATATGTTTAGG-AAACAGATTCACTTTTTAAATCTGT-TTA-TTA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTT-GGTAAATAG-TTTATTTTTTAAAT-T-TCTTACTTA
* * ** *
10999748 TTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTATATGAACTG--AA
185 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAA
* * * * ** * * *
10999811 AGAATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTAA
249 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
10999876 TGATTATTTGATCTAATTCGTTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTAC
314 TAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
10999926 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * * *
10999990 AAACAATTGTTTTAT-AATAGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAAT-GAATAATTGCTCAAATA
66 AAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATA
* *
11000053 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * * *
11000114 TAAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAA-CAAAAACATTTG
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTG
* ** *
11000176 TTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAAT-ATTTGAAATATATAATTGTTCATGTAGTCATAATTA
256 TTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * *
11000239 TTTGAATTGGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
320 TTTGAACT-GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * ** *
11000283 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAATAT-AAAT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
** * * * * * * * * *
11000345 TCAAACAAACCTATTTTATGACAAAA-AAATGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTTATA
64 AGAAAC-AA-TTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * * *
11000409 TAGTTTTAAATATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA-TAGTTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAA
* * * * * * * * ** *
11000472 TTTTTGGACTATGATTAGATTAGTGTTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAATAA
189 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAA
* * * ** * * * *
11000536 TTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAATGATTT-AAGTTTACATTTGTTCAAGTAGTTATAA
253 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
11000599 CTATTTGAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-C
317 CTATTTGAACT-GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * **
11000642 TTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGAATGTTC-A-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * ** * * * *
11000705 AATACAATTCTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAG
66 AA-ACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
11000770 CCATAATTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTT
130 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * ** *
11000834 TGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGT
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGT
* ** * * *
11000897 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATT
257 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
11000962 TGAACTACTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
322 TGAACT-GTTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * *
11001004 GTATTAAGTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAT-AAAT-G
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * * ** * *
11001067 AAACAATTATTTTAT-AATAGAGCAAAAGGTTATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * *
11001131 ------------GAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAATGTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
11001184 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGCATGTATG-AT-AAAAACAATTTTT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTT
* ** ** * * * * *
11001246 TTATAACTAAAA-AAATTTTCATAACAATTAGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATT
258 TTATGAC-AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
11001310 TGAACCGATTCGATAAACTGACTTATTTTATAAATCTCTAAC
322 TGAACTG-TTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *** * *
11001352 TTATCAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAACT-
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * *
11001415 GGAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
11001480 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTT-GTGTATTAATTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATTTCTTACT-TATTAA-TTT
* * *
11001544 TTG-AGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAG-ATGTATGAACT-AAAAA-AATT
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATT
* * * * * * *** *
11001605 ATTTTACGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTGTTTTGATAGTCTTAACTA
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** ** * *
11001670 TTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATATTTTAAA---TTT-G
320 TTTGAACT-GTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * ** * * *
11001710 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAGTTACCAATATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * ** * * ** * * *** *
11001774 AAATAATTTTTTTATGATGAAAC-ATAGATCATAACAATTTGAACTAGTTCAATAAAT-AGATTT
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCA-A-AT
* ** * * * * *** * **** * * * *
11001837 TGTTTTTAAATCTTT-TA-TTAATTTTCAAAATA-TTAAAAAATTAGTATTATTTTATCTAAATA
128 AG-TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGTTTATTTTTTA-AATT-TCTTA-CTTATTA
* ** * * * * *
11001899 A-TTTTG---TATGAATAGAA--ACAATTGTTTTA---CAACA-AAAC----A-AAATGTCATAA
188 ATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGCTTGTATGAATG-AAAAA
* * ** * * * * * *
11001949 CAA---TTTCA--A-ATAGATGATAGTTCA-AATGGATATGACTATTTGA-AGTTGTTC-CATA-
250 CAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGTTCATAAT-GATTTGA--AATAGATAATTGTTCAAATAG
** *** * * *
11002004 --A-AAAGATTT----T-TTTTTTAAATCTCCA---ACTTATT-AAT-TTTT--
311 TCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAA-CT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* ** * *
11002043 ------------AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTCTATG-AGTAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * * * *
11002095 AAACAATAGTTTTATGACAAAA-TAAAGGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGG
66 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ***
11002159 TCATAGCTATTTAAACTCT-CTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTTGCT
130 TCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGT-AA-ATAGTTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT
* * * *
11002221 TTT-AGAATTTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAA-AAAAAACAATT
191 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATT
* * * * *
11002283 GATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTCTTCAAGTAGTCATAACTA
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * **
11002348 TTTAAACATGTTTAGA-AAA-TACATTTATTTTTTAAAAATTTTAC
320 TTTGAAC-TG-TTCGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * **
11002392 TTATTAATTTTTGGAATATTAATGAATCTA-TATTATTTTA-TTCGAAGTAAACTTACATGAA-T
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * * * * * *
11002454 AGAACCAATT-ATTTATGTCAAAACAAGAGATAATAATGTTTTAAAATAGAAAATTGTTCCAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
11002518 GTTATAACTATTTGAACATATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AATTATCTTACTCATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTT
* **
11002582 TTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACTG--AAACAATTG
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTG
* ** * * * *
11002645 TTTTATTACAAAACATATGGTT-ATTATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTA
256 TTTTATGACAAAACA-AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
11002709 TTTGAACTCGTTCAGA-AAA-TATATTTATTTTTTAAATCTTTAAC
320 TTTGAACT-GTTC-GATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * * *
11002753 TTAGTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATATGCTTATATGAAC-AA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * * ** * *
11002817 AAATCAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAG
66 AAA-CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * *
11002882 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTTCTTATTAATTGT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-TTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T
* * * * **
11002946 TT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTG-AT-AAAAA-AATCAT
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGT
* * * * * * * * *
11003007 TTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAGCA-AATTTCAAGTAAAGAATTGTTGAAATAGTTATAATT
257 TTTATGACAAAACAAAA-GTTCATA--ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
11003070 ATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
319 ATTTGAAC-TGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * *
11003115 TTATTAATATTTGGAATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATGAACTA-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
* * *
11003179 AAATAATTTTTTTATGATAAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
66 AAACAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
11003230 TTTATTTTTA
Statistics
Matches: 8414, Mismatches: 2086, Indels: 1624
0.69 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
319 11 0.00
320 13 0.00
321 70 0.01
322 30 0.00
323 12 0.00
324 2 0.00
325 1 0.00
326 6 0.00
329 6 0.00
330 1 0.00
331 2 0.00
332 9 0.00
333 10 0.00
334 25 0.00
335 5 0.00
336 4 0.00
337 12 0.00
338 9 0.00
339 19 0.00
340 41 0.00
341 7 0.00
342 34 0.00
343 161 0.02
344 67 0.01
345 37 0.00
346 12 0.00
347 15 0.00
348 152 0.02
349 176 0.02
350 137 0.02
351 70 0.01
352 104 0.01
353 119 0.01
354 275 0.03
355 173 0.02
356 337 0.04
357 610 0.07
358 718 0.09
359 643 0.08
360 743 0.09
361 1154 0.14
362 990 0.12
363 505 0.06
364 122 0.01
365 22 0.00
366 2 0.00
367 3 0.00
368 3 0.00
369 2 0.00
372 1 0.00
373 7 0.00
374 11 0.00
375 21 0.00
376 10 0.00
377 16 0.00
378 2 0.00
379 8 0.00
380 13 0.00
381 8 0.00
382 25 0.00
383 16 0.00
384 3 0.00
385 5 0.00
386 4 0.00
387 1 0.00
388 1 0.00
389 8 0.00
390 10 0.00
391 6 0.00
392 10 0.00
393 10 0.00
394 69 0.01
395 122 0.01
396 8 0.00
397 9 0.00
398 6 0.00
399 11 0.00
400 11 0.00
401 7 0.00
402 11 0.00
403 9 0.00
404 8 0.00
405 2 0.00
406 6 0.00
408 3 0.00
409 2 0.00
410 2 0.00
411 14 0.00
412 10 0.00
413 12 0.00
414 6 0.00
415 11 0.00
416 6 0.00
417 10 0.00
418 8 0.00
419 7 0.00
420 3 0.00
421 7 0.00
422 6 0.00
423 3 0.00
424 11 0.00
425 9 0.00
426 17 0.00
427 20 0.00
428 7 0.00
429 5 0.00
430 8 0.00
431 8 0.00
432 3 0.00
433 2 0.00
434 13 0.00
435 5 0.00
439 2 0.00
440 2 0.00
443 2 0.00
444 6 0.00
445 4 0.00
446 1 0.00
449 7 0.00
450 8 0.00
451 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAG
AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGTTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
Found at i:10993739 original size:893 final size:889
Alignment explanation
Indices: 10991559--10994949 Score: 2179
Period size: 893 Copynumber: 3.8 Consensus size: 889
10991549 AATTGCTTAA
* * * * *
10991559 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTAATATTTTATTAT-GAATAACCTTATATGAACT
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTGTGAA-T
* * * * ** *
10991622 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAA-AAGTTATTCAAAT
62 AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--GTTATAATGATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
10991686 AGTCATGACTATTTGATA-TAT-TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAGTTATTAAT
124 GGTCATAATTATTT-AAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTATTACTTATAAAT
** * * * * * *
10991748 TGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTGTGTTAATCTAAACAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATT
186 T-TTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATT
* * * * * *
10991812 ATTTTAT-AATAAAACAAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATATTCATAAC
248 AGTTTATGAA-AAAACAACAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAAAAC
* * * * * *
10991874 TATTTGAACTAGTTTAATAACA-AGATTTATTTTTAAAA-TT-TT--TTAGTAGTTTT-GAAATA
311 TATTTGAACTA-TTTAA-AAAATAG-TTTATTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCTAAACA
* * * ** * ** * * * * *
10991933 TTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC
373 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAACATGCATGAGTAGAACCAATTATTTTATGAT
* * * * *
10991997 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTG
437 GAAACAAAAGATCATAATGAGTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* ** * * * * * * * *
10992061 GTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAAACTCTTATTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTT
501 ATTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCCCTTATTG--TAA-TGTTTAAAATATTAATAAATTA
*** * * * * * * * * *
10992126 GTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTAGCAAGAACTGAAAAAAATATTTTACGACAAAATAAAAGG
563 GCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTA-CATGAACAGAAATAAATATTTTAGGACAAAACAAAAGA
* * * * * * * * * * **
10992190 TCATAACAATTTCAAA-TAAAGAATTGTTCACATTG-CCTAAACTATTTAAACTGGTTCAAAAAA
627 TCACAATAATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTTAGCAAA
* * ** * * ** * ** * *
10992253 GAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTAATTAATT-TTTAGAATATTATTACATTAGTATTA-TTT
690 CAGA-TT-TTTTAAAAATC--TTACTTATTAATTATCGA-AATAGTAAAAAATTAATATTATTTT
* * * * * * * * ** *
10992316 AT-TTCGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGTCAAA-ACAAAAGGTTATAACAA
750 ATCTT--AATAAGGTCGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAACA-AAAAAGCCATAAGAA
* * * * * * * * ** * *
10992379 TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGATTTGATAAGTATATTTATT
812 TTTAAAATAAATAATAGTTCAAAGAGACATAA-TGATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTAATT
*
10992443 TTTTAAATCTCTTAT
876 TTTTAAATCT-TTAC
**
10992458 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTGTG-ATGAA
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAAT-AA
* * * *
10992522 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATGGC
64 AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGT
* * * * * * *
10992587 CATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT
127 CATAATTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTATTACTTATAAATTTTG
* * *
10992651 ATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTATTTT
190 A-AATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTAGTTT
* ** ** *
10992716 ATGAAAAAATAACAAGTCATAATGATTTTTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
253 ATGAAAAAACAACAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
*** * **** ** *
10992781 ACTCATTTGGTAAATAGTTTTTTTTTTTTATTTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTGATAAA-
318 ACT-ATTTAAAAAATAGTTTATTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCTAAACATTAATAAAT
* * * * *
10992845 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTTTGACT-AATCAAA
382 TTA-TATTATTTTATTTCAAATAAACATGCATGAGTAGAACCAATTATTTTATGA-TGAAACAAA
* * * * *
10992909 AGGTTATAATGAGTTGATATAGGTAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAACA
445 AGATCATAATGAGTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAACA
* * *
10992973 AATACATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTTAGTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTT
509 AACACATTTATTTTTTAAATCCCTTA-TT-GTAATGTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTT
** ** *
10993037 TACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATATTTTAGGACAAAAC-AAAGATCTTAATGAT
572 TACTCCAAATAAGCTTACATGAACAGAAATAAATATTTTAGGACAAAACAAAAGATCACAATAAT
* * * *
10993101 TT-GAGATAGTTAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTAGCAAAGAGATTTAGTT
637 TTAAAG-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAGATTT--TT
** ** * **
10993165 TTTAAATC-T-CTTATTAATGT-TCGAAATAGTAATGAATTAGTATTATTTT-T-TTGAATAATT
699 TAAAAATCTTACTTATTAAT-TATCGAAATAGTAAAAAATTAATATTATTTTATCTT-AATAAGG
* *
10993225 TTGTATGAATAG-AACAATTGCTTTATGAC-AA-AAAAAAGCCATAACG-ATTTAAAATAGATAA
762 TCGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAACAAAAAAGCCATAA-GAATTTAAAATAAATAA
* * * *
10993286 TAGTTCAAATG-GACATGATTTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTG
826 TAGTTCAAA-GAGACAT-AATGATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTT-
10993350 AC
888 AC
* *
10993352 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAATA-A
* * *
10993417 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
64 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTC
* * * *
10993482 ATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCCT-TTACTTATTAGTTTTGA
128 ATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT-AAAT-CTATTACTTATAAATTTTGA
* * * * * * *
10993546 AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGGTTTTTTGAA-TAGAAACAATTGGTTTA
191 AATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTAGTTTA
* * * *
10993610 TGACAATACAA-ATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGA
254 TGAAAAAACAACA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
* *
10993674 ACGT-TTTCAAAAAATAGATTTATTTTAAAAATTT-TTACTTATTCATTTT-TGAGACATTAATA
318 AC-TATTT-AAAAAATAG-TTTATTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCT-AAACATTAATA
* * * * * *
10993736 AATTTATATTGTTTTATTTGAAATAAGCTTGCCTGAGTAGAACCAATTGTTTTATGATGAAACAA
379 AATTTATATTATTTTATTTCAAATAAACATGCATGAGTAGAACCAATTATTTTATGATGAAACAA
* ** * ** * *
10993801 AATATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTATCTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATA
444 AAGATCATAATGAGTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAACA
* * * * ** * * *
10993866 AACATATTTATTTTTTAATTCCCTTATTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
509 AACACATTTATTTTTTAAATCCCTTATTGTAATGTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA
* * ** * * ** *
10993931 TTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTT
574 CTCCAAATAAGCTTACATGAACAGAAATAAATATTTTAGGACAAAACAAAAGATCACAATAATTT
* * * * * *
10993996 AAAGTAGATAATTATTCGAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTTTTAAAA
639 AAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAGATTTTTTAAAA
* *
10994061 ATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCTTAATAAGGTCGT
704 ATC--TTACTTATTAATTATCGAAATAGTAAAAAATTAATATTATTTT-ATCTTAATAAGGTCGT
* * * * *
10994126 ATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGT
766 ATGAATAGAAACAATTGCTTTATGAC-AAACAAAAAAGCCATAAGAATTTAAAATAAATAATAGT
** * *
10994191 TCAAAGAGTTATAATGATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
830 TCAAAGAGACATAATGATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATC-TTTAC
* *
10994252 TTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTGTGAACTA
1 TTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAA-TA
** * ** *
10994316 AAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGGGATTCT-AAATCAATAATTGTTCAAATGG
63 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATT-TGAAATAAATAATTGTTCAAATGG
* * * * *
10994380 TCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATTTATTAATTATCAAATTTT
126 TCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTATTACTTAT-AAATTTT
* *** * * * **
10994445 GGAATATTAATAACATAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTATATGAACTAAAATAATTTTTT
189 GAAATATTAATAA-ATAGTATTATTTTATTCCAAACAAGC-TTCTATGAACTAAAACAA-TTAGT
* * * * ** * * *
10994509 TTTTCACAAAATAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTTTTCAAATAGT-AATGACTAT
251 TTATGAAAAAACAACAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AACTAT
* * * * * * * *
10994572 TTGATCTAGTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
314 TTGAACTA-TTT--AAAAAATAGTTTATTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCTAAACATTA
* * * * * *** * * *
10994636 ATAAA-TTATATT-TTATTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAG-AGAATTTATTGTTGTATAAT-A
376 ATAAATTTATATTATT-TTATTTC-AAATAAACATGCATGAGTAGAACCAATTATTTTATGATGA
** * * *
10994696 GAACAGAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAAC-T
439 -AACA-AAAGATCATAATGAGTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * * * *
10994758 AGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T-TAAT-TTTCGAAATAGTAATAGATTAG
501 A-TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCCCTTATTGTAATGTTT-AAAATATTAATAAATTAG
*** * ** * * * * ** * * *
10994820 TGTTATTTTA-TTCAACCCAAACTGATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
564 CAATATTTTACTCCAA-ATAAGCTTACATGAACAGAAATAAATATTTTAGGACAAAACAAAAGAT
* * * * * * *
10994884 CATAATGATTTGAAA-TAGATAATTTTTTAAATAATCATAATTATTTAAACTGGTTT-GACAAAC
628 CACAATAATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-CAAAC
10994947 AGA
691 AGA
10994950 ATTATTTTTT
Statistics
Matches: 1985, Mismatches: 403, Indels: 208
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
891 8 0.00
892 73 0.04
893 346 0.17
894 214 0.11
895 60 0.03
896 16 0.01
897 47 0.02
898 94 0.05
899 287 0.14
900 242 0.12
901 251 0.13
902 167 0.08
903 45 0.02
904 134 0.07
905 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (889 bp):
TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAATAAAA
AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATA
ATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTATTACTTATAAATTTTGAAATAT
TAATAAATAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTAGTTTATGAAAAA
ACAACAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTATTTA
AAAAATAGTTTATTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTCTAAACATTAATAAATTTATATTAT
TTTATTTCAAATAAACATGCATGAGTAGAACCAATTATTTTATGATGAAACAAAAGATCATAATG
AGTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAACAAACACATTTATT
TTTTAAATCCCTTATTGTAATGTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGC
TTACATGAACAGAAATAAATATTTTAGGACAAAACAAAAGATCACAATAATTTAAAGTAGATAAT
TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAGATTTTTTAAAAATCTTACTTATT
AATTATCGAAATAGTAAAAAATTAATATTATTTTATCTTAATAAGGTCGTATGAATAGAAACAAT
TGCTTTATGACAAACAAAAAAGCCATAAGAATTTAAAATAAATAATAGTTCAAAGAGACATAATG
ATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTTAC
Found at i:10995466 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 10995151--10995468 Score: 374
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
10995141 AATCTCTCAG
* * * *
10995151 TTATTAATTTTTAAAATATTATTACATCAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACATA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTGGTATGAACATA
** * * * ** **
10995216 ATTAATTATTTTATGATGGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTTGAATATTC
66 AACAATTATTTTATGAT-GAAAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
*
10995281 ATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATCTCCTAC
130 ATAACTATTTGAACTGATTTGATAAATCTCCTAC
* * * *
10995315 TTATTAATTTTTTAGATATTAATAAATTAG-ATTTATTTTATTTAAAATAGGCTGGTATGATA-A
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTA-TTATTTTATTTAAAATAAGCTGGTATGA-ACA
** *
10995378 -AAACAATTATTTTATGAT-AAAAAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
64 TAAACAATTATTTTATGATGAAAAAAAAGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
10995441 CCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAA
128 CCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAA
10995469 CTGATTTATG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 22, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 9 0.07
162 51 0.40
163 17 0.13
164 51 0.40
165 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (163 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTGGTATGAACATA
AACAATTATTTTATGATGAAAAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCA
TAACTATTTGAACTGATTTGATAAATCTCCTAC
Found at i:10995855 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10995303--10998799 Score: 1538
Period size: 180 Copynumber: 19.3 Consensus size: 178
10995293 ACTGGTTTGA
* * ** *
10995303 TAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAGATATTAATAAATTAGAT-TTATTTTATTTAAAATAGGC
1 TAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * *
10995367 TGGTATGATA-AAAACAATTATTTTATGATAAAA-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
63 TTGTATGA-ACTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
10995430 TGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAACT-GATTTATGTTT
127 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTT
* * * *
10995482 TAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCT
1 TAAATCT-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * * * ** * *
10995547 TTTATGAACTGAAATAATCGTTTGAGGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTT-TAGTAGATAATT
64 TGTATGAACT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
10995611 ATTTAAATAGTCAAAACTATTT-AAGCTTGTTCGGTAAATAGATTT-TTTTT
128 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* *
10995661 CT-AAT-TTCCTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAATATAATTTTATTTTGAATAAG
1 -TAAATCTT--TACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * *
10995724 CATGTAT-AAGCTAAAGAGTTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAA
62 CTTGTATGAA-CTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
10995788 TTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATTGATTTATTTTT
126 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * * ** * * * *
10995841 TAATTCTTTACTTATCAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAACTT
1 TAAATCTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * * * *
10995906 GT-T-AAATAGAAATAAATGTTTTAGGAAAAAAC-AAAGATCTTAACGATTGGAGATAGATAATT
65 GTATGAACT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
10995968 GCTCTAATAGTCACAACTATTTGAA-TTGGTTGAGT-AA-AGA--TATTTTT
128 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-GTAAATAGATTTATTTTT
* * * * **
10996015 TAAATC--T-CTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTT-AATAATTT
1 TAAATCTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TTGAATAAGCT
* * *** **
10996076 TGTATGAA-TAGAAATAACTT-TTTTAGGGTGAAAC-AAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAA
64 TGTATGAACT--AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
10996138 TAGTTCAAATAGACATGACTATTT-AACTTGTTCGGTAAACAAATTAATTTTT
126 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* ** *
10996190 TAAGT-TTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAA
1 TAAATCTTT--ACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * *
10996253 CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAAATA
62 CTTGTATGAACT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* *
10996317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAATAGATTTATTTTT
125 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * *
10996371 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAAGAAGGTT
1 TAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * *
10996436 TTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTG
65 GTATGAAC-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * ***
10996501 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTGTTTAAAAAATAGATTTATTTTT
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * *
10996551 AAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCT
1 TAAATCTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCT
* * * * *
10996615 TGAATGAAC-AGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCTTAATGTTTTGAAATAGACAAT
64 TGTATGAACTA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
10996679 TGTT-AGGATTGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
127 TGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTT
* * **
10996732 TAATTAT-TTTACTCT-TTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
1 TAA--ATCTTTACT-TATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
** * * * * * *
10996795 CTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAGGGTTACAATGATTTGAAGTAGATAA
62 CTTGTATGAACT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * **
10996860 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGAT-AA-ACATAGATTTTT
126 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
** * * *
10996911 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT
1 TAAATC-TTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
** * * * * *
10996976 CATATGGACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAA
64 TGTATGAAC-TAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAA
* * * * *
10997040 TTATTCAAATAGTCATAA-TAATTTCAACTTGTTTGCTAAACATATTTATTTTTT
126 TTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTT
** *
10997094 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAA-ATG-
1 TAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * ** * ** * * ** *
10997155 TT-AAT-AAAT-TATTATTATTTTAT--TTAGA-AAAAGCTTGT-ATG--TTGAAA-A-ACAATT
63 TTGTATGAACTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * ** * *
10997209 GTATTATAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATGATTA
128 G---T-T--C---A-AATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-T--TTG-GTAAATAG-ATTTATTT
10997274 TT
177 TT
* * * * * * ** ** * *
10997276 TGAA-C-TGATTTGTTAA-ATTGACTTATTTTGTAAATT--TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
1 TAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAATA-TTAATAAATTAATATT-ATT-TT-A-TTTTG-AATA
* * * ** **** * ** * *
10997336 TTAACAAAGTGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC-AATTGT-TTTATGA
60 --AGC----TTGTATGA-ACTA--AACAAT-TG-TTTTATG-AC-AAAACAAAAGGTCATAATG-
**** * * * * * *
10997399 CAAAACAAATGGTCGTAA-TGATTTTATATAGATAATTGTTGAAATAGTTAT-AACTATTTGGAT
111 -ATTTGAAATAG--ATAATTG--TTCAAATAG-TCA----T-AACTA-TT-TGAAC---TT-G--
*
10997462 TTATTCGATAAATAGATTTATTTTTT
157 -T-TT-GGTAAATAGATTTA-TTTTT
* * * * * * *
10997488 TCAAATCTCATACTTACTAATTCTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
1 T-AAATCT-TTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * ** * * * * * ** *
10997553 TTGCATGAATTGAAGTAATTATTGTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATATATAAT
63 TTGTATGAACT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
10997618 TATTCTAATAGTCTTAACTATATGAA-TTAGTTTGGCAAACACAATTCTTTTT
127 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* * *
10997670 TAAATC--T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCT
1 TAAATCTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTGAATAAGCT
** * * * * * * *
10997731 TGTATGATAAAAAATAATTAG-TTTATGAGAAAAC-AAAGTTCATAACGATTTGAGATTGATATT
64 TGTATGA-ACTAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * **** * * *
10997794 TTTTTAAATAGACATAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTTAGTTTT
127 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
*
10997846 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGA-ATTATTTTATTTTTG-ATAAG
1 TAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-TTTTGAATAAG
* * * * *
10997909 TTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAGCAAAATGTCATAATGACTTT-AAATAGATA
62 CTTGTATGAACT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATA
* * * * *
10997973 ATTGTTCAAATACTTA-AATCTATTTCAACTTGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTT
125 ATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTT
* ** * * * *
10998028 TAAATCTCTTGCACATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCT
1 TAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
** * * * *
10998093 TGTATGAAGAGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATT
64 TGTATGAA-CTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *** * *
10998158 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACG-TTTATTCTT
128 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA-GATTTATTTTT
* ** * * * * **
10998209 TAAATCTCTTACTAATT--TTTTGGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTT
1 TAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* ** * * * * * *
10998272 GGATGGAAAGAAATAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGACATAGATAATTG
65 GTAT-GAACTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** *
10998336 TTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAT-TTCAGTAAATAGATCTT-CTTTT
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAGAT-TTATTTTT
** * * * **
10998386 TAAATC--T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTCATATTATTTTATTCTGAATAATTTT
1 TAAATCTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * * * ** * *
10998448 GCATGAACAGAAAAAATTGATTTACGATAAAACAAAATGTGATTACAATTTGAAATGGATAATAG
65 GTATGAAC-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
10998513 TTCAAATGGACATCATTGTTTGGACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTT
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* ** * ** **
10998563 TAAAACTCAAAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-T--TATTATTTTATTTCAAATAAAAT
1 TAAATCT-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * *
10998625 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGGAAT-GAATAA
64 TGTATGAACT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAA
* *
10998688 TTGTTCAAATTA-TCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATGGATTTATTTTT
126 TTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * * *
10998741 TAAATATTTTACTTAGTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAA
1 TAAAT-CTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
10998800 ACAATTGGTT
Statistics
Matches: 2482, Mismatches: 626, Indels: 418
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 1 0.00
169 6 0.00
170 1 0.00
171 46 0.02
172 78 0.03
173 11 0.00
174 15 0.01
175 15 0.01
176 144 0.06
177 215 0.09
178 325 0.13
179 408 0.16
180 485 0.20
181 198 0.08
182 279 0.11
183 86 0.03
184 3 0.00
185 1 0.00
188 3 0.00
190 1 0.00
191 3 0.00
192 4 0.00
193 5 0.00
194 1 0.00
196 3 0.00
198 7 0.00
199 6 0.00
200 4 0.00
201 7 0.00
202 17 0.01
203 6 0.00
204 7 0.00
205 1 0.00
206 8 0.00
207 7 0.00
208 10 0.00
209 2 0.00
210 3 0.00
211 3 0.00
212 15 0.01
213 4 0.00
214 5 0.00
215 4 0.00
216 7 0.00
217 9 0.00
218 5 0.00
219 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
TATGAACTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
Found at i:10997159 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 10997124--10997184 Score: 99
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
10997114 TGTCTTAATA
10997124 TTAATAAATT-TGTATTATTTTATTT-GAAATG
1 TTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTAGAAATG
10997155 TTAATAAATTATTATTATTTTATTTAGAAA
1 TTAATAAATTATTATTATTTTATTTAGAAA
10997185 AAGCTTGTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 3
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 23 0.82
32 5 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.07, T:0.54
Consensus pattern (32 bp):
TTAATAAATTATTATTATTTTATTTAGAAATG
Found at i:10997728 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 10997317--10998799 Score: 840
Period size: 177 Copynumber: 8.3 Consensus size: 176
10997307 AAATTTCTTG
* * * * * *
10997317 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAACAAAGTGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-T
* * ** * * * * **
10997381 A-AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAATGGTCGTAATGATTTTATATAGATAATTGTTGAAAT
64 AGAAATAATTATTTTATGACTAAAA-AAA-GGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
** * *
10997444 AGT-TATAACTATTTGGATTTA-TTC-GATAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTCAT
127 AGTCT-TAACTATTT-GAACTAGTTCAG-TAAACACATTTA-TTTTTT-AAA--TC-T
* * * *
10997499 ACTTACTAATTCTTT-GAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAAT
1 -CTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
10997563 TGAAGTAATTATTGTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATATATAATTATTCTAATA
64 AGAAATAATTATTTTATGACTAAA-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * ** * * *
10997628 GTCTTAACTATATGAATTAGTTTGGCAAACACAATTCTTTTTTAAATCT
128 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
*
10997677 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATG-ATA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * * * * * * *
10997740 AAAAATAATTAGTTTATGA-GAAAACAAAGTTCATAACGATTTGAGATTGAT-ATTTTTTTAAAT
64 AGAAATAATTATTTTATGACTAAAA-AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AAT
* * * * ** *
10997803 AGACATAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGC-TTTAGTTTTTAAATCTCTT
127 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACA-CATTTATTTTTTAAA--TC-T
* * * * *
10997856 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTTG-ATAAGTTTTTATGAA
1 -CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
10997919 CT-GAAACAATTATTTTATGAC-AAAGCAAAATGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCA
63 -TAGAAATAATTATTTTATGACTAAA--AAAAGGTCAAAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCT
* * *
10997981 AATA--CTTAAATCTATTTCAACTTGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT
124 AATAGTCTT-AA-CTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACACATTTA-TTTTTTAAATCT
* * *
10998035 CTTGCACATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGA
1 CTT----ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
10998100 AGAGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
62 ATAGAAATAATTATTTTATGACTAAA-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
* * * *
10998165 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACGTTTATTCTTTAAATCT
126 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
10998216 CTTACTAATTTTTTGGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGGATGGAA-
1 CTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAAT
* * * * *
10998280 AGAAATAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAGATCATAAA-GATTTGACATAGATAATTGTTCAAAT
64 AGAAATAATTATTTTATGACTAAAA-AAAGGTCA-AAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
* * * * * *
10998343 AGTCATAAATATTTGAACTATTTCAGTAAATAGATCTT-CTTTTTAAATCT
127 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACAT-TTATTTTTTAAATCT
* * * * ** * *
10998393 CTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTCA-TATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * ** * * *
10998457 GAAAAAATTGA-TTTACGA-TAAAACAAAATGTGATTACAATTTGAAATGGATAA-TAGTTCAAA
65 GAAATAATT-ATTTTATGACT-AAA-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAA
* * * * * * * * * * *
10998519 TGGACATCATTGTTTGGACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAACT
126 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* **
10998570 CAAAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-T--TATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATG
1 C----TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
10998631 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGGAAT-GAATAATTGTTCA
61 AATAGAAATAATTATTTTATGACTAAA-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAG-ATAATTATTCT
* * * *** *
10998695 AATTA-TCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATGGATTTATTTTTTAAATATTTT
124 AA-TAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACACATTTATTTTTT-AA-A-TCT
* * * * *
10998751 ACTTAGTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAA
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
10998800 ACAATTGGTT
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 208, Indels: 154
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 10 0.01
176 123 0.12
177 211 0.21
178 198 0.19
179 17 0.02
180 71 0.07
181 106 0.10
182 151 0.15
183 113 0.11
184 15 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
AAATAATTATTTTATGACTAAAAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
TTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:10998763 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 10997155--10998795 Score: 918
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 177
10997145 ATTTGAAATG
* * * * * *
10997155 TTAATAAATTATTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTATTATAAC
1 TTAATAAA-TA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** * *
10997219 AAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATGATTATTTGAAC-TG
63 AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ATCATAACTATTTGAACTTG
* ** * * * *
10997283 ATT-TGTTAAATTGACTTATTTTGTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATA
126 -TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * *
10997336 TTAACAAAGTGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAA-T-ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
10997400 AAAACAAATGGTCGTAATGATTTTATATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTTGGATTTA
63 AAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
10997465 TTC-GATAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTCATACTTACTAATTCTTT-GAATG
126 TTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATATCTTACTTATTAATT-TTTAGAATA
* * * ** * *
10997519 TCAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAGTAATTATTGTATGAC
1 TTAATAAA-TA-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
10997583 TAAATAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATATGAA-TTA
63 AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTT-
** * * * *
10997647 GTTTGGCAAACACAATTCTTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTAGAATA
125 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
10997696 TTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTAG-TTTATG
1 TTAATAAA-TA-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-GTTTTATG
* * * * * * * *
10997758 AGAAAAC-AAAGTTCATAACGATTTGAGATTGATATTTTTTTAAATAGACATAACTATTTGAAGT
61 ACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
10997822 GGTTCAAAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
124 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * *
10997876 TTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTTG-ATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGA
1 TTAATAAA-TA-TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
10997939 CAAAGCAAAATGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA-CTTAAATCTATTTCAAC
62 CAAAACAAAA-GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATCAT-AA-CTATTTGAAC
* * ** * *
10998002 TTGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCACATTAATTTTTTGAATG
123 TTGTTCA-GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* *
10998058 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAAGAGAAATAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAA-TA-TATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
10998122 TAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
63 AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
10998187 TTCAATAAACACG-TTTATTCTTTAAATCTCTTAC-TA--ATTTTTTGGAATA
126 TTCAGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
10998236 TTATTGAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGGATGGAA-AGAAATAATTGTTTTATGAT
1 TTAAT-AAATA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
10998300 AAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGACATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAT
63 AAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAACT-T
* * * * *
10998364 -TTCAGTAAATAGATCTT-CTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTATCAAAATA
125 GTTCAGTAAACAGAT-TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * * * * *
10998412 TTAATAGATTCATATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAAAAATTGATTTACGAT
1 TTAATA-AAT-ATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
10998476 AAAACAAAATGTGATTACAATTTGAAATGGATAATAGTTCAAATGGA-CATCATTGTTTGGACTT
63 AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT--ATCATAACTATTTGAACTT
* * ** *
10998540 GTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA-ACTCAAAGTTATTAATTTTTAGAATA
125 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* **
10998593 TTAATAAAT-TATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 TTAATAAATATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
*
10998657 ACAAAAGATCATAACGATTTGGAAT-GAATAATTGTTCAAATTATCATAACTATTTGAACTTGCT
66 ACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAA-TATCATAACTATTTGAACTTG-T
* ** * * * *
10998721 T-GGTAAATGGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAGTAATTTTTGGAATT
127 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
*
10998771 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTT
1 TTAATAAA-TA-TATTATTTTATTT
10998796 TGAAACAATT
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 251, Indels: 164
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 3 0.00
175 9 0.01
176 125 0.11
177 190 0.17
178 203 0.18
179 22 0.02
180 72 0.06
181 211 0.19
182 161 0.14
183 122 0.11
184 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTAATAAATATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:10999523 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10998849--11001816 Score: 1653
Period size: 181 Copynumber: 16.6 Consensus size: 180
10998839 GAATAGATAA
* * * ** * *
10998849 TTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA-AAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
10998913 GTGTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATCTGAAATAGATAATT-TTATAAATAGTCATAACTA
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTT-CAAATAGTCATAA-TA
* *
10998977 TTTAAA-TGTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAA--TTTTACTTATTAATT
128 TTTAAACT-TGTT-TGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * ** *
10999029 TTTGGATTATTAATAAATTTAA-ATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCACAAACA-AAACCAATT
1 TTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-CAATT
** * *
10999092 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAA-AAGATAATTGTTCATATAGTCATGACT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAT
* * * * * * * * *
10999156 ATTTGAACTTATTTCATAAACA-TTTTCTTTTTTCAATTCTCTTACTCATTAATT
127 ATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTT-ATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* ** * ** * * *
10999210 TTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATCTTATTTGAAACAAGGTTATATGAATTGAAACAAGTGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * * * *
10999274 TTTATTACAAAAGAAAATGTCATAATGATCTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATGACTATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATT
* * *
10999339 TAAACTTGCTTGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
130 TAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* ** * * *
10999390 ATCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * *
10999455 TTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCCTAATGATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-ATT
* * *
10999520 TAAACTTGTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
130 TAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* ** * * *
10999571 GTCTT--AATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGATGAATAGAAAAACAA
1 -T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG--AAACAA
* * * * * * * * * *
10999634 TTCTTTTTTGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAGATAAATAATTATTCAAACAATTATAA
62 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
10999698 TTATTTAAA-TATGTTT-AGGAAACAGATTCACTTTTT-AAATCTGTTTA-TTATTAATT
126 -TATTTAAACT-TGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATT
* * * * ** * * * *
10999754 TTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTATATGAACT-GAAAGAATTC
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * *
10999818 TTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTAATGATTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATAT
* * ** * * *
10999883 TTGATCTAATTCGTTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT
129 TTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* ** * *
10999935 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * * * *
11000000 TTTATAATAGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATGAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATT
* * * *
11000065 TGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATT
130 TAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * ** ** * * * * *
11000112 TTTAAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * **
11000177 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT-ATTTGAAATATATAATTGTTCATGTAGTCATAATTATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATT
* * * * * *
11000241 TGAA-TTGGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
130 TAAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * ** * ** *
11000292 TTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAATATAAATTCAAACAAACCT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC-AA-TT
* * * ** * * * * **
11000357 ATTTTATGACAAAA-AAATGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTTTTAAATA
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATA
* ** * * * * *
11000421 TTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATT
128 TTTAAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * * ** * * *
11000474 TTTGGACTATGATTAGATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAATAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * ** * * * *
11000539 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAGTTTACATTTGTTCAAGTAGTTATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAT
* *
11000603 TTGAA-TTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
129 TTAAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * *
11000651 TTTAAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA-AAAGCTTGAATG-TTCA-AATACAAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAA-CTTGTATGAAT-AGAA-ACAAT
* * * * ** * * * *
11000713 TCTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-T
* * ** *
11000778 ATTTGAAC-TGATTT-AGTAAACAGATTCACTTTTT-AAATCACTTACTTATTAAAT
127 ATTTAAACTTG-TTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * *** * *
11000832 TTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * *
11000896 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAT
* ** * * * * * ** *
11000961 TTGAACTACTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGGTATTAAGT
129 TTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
11001013 TTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAAT-GAAACAATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * * * * *
11001077 TTTATAATAGAGCAAAAGGTTATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-GA-ACTAGTT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTT
* * * ** * * *
11001140 ---C-----AG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAATG
131 AAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * ** * * *
11001181 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCATGTATG-ATAAAAACAATTTT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* *** * * * * * *
11001245 TTTATAACTAAAA-AAATTTTCATAACAATTAGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTAT
66 TTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAT
* * * * * * * * *
11001309 TTGAAC-CGATTCGATAAACTGACTTA-TTTTATAAATCTCTAACTTATCAAAT
129 TTAAACTTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTA-AAATCTTTTACTTATTAATT
* **** ** * * *
11001361 TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAACT-GGAACTATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * *
11001425 TTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAT
* * * * ** *
11001490 TTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTT-GTGTATTAATTT
129 TTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTT-TTACT-TATTAA-TT
* * * * ** * *
11001543 TTTG-AGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGATGTATGAACTA-AAAAAATTA
1 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * *** *
11001606 TTTTACGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTGTTTTGATAGTCTTAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAT
* * ** * *
11001671 TTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATATTTT-AAA---TTT-GTTATTAATT
129 TTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
* * ** * * * * * * * *
11001719 TTT-AGAATATTATTAAGTTACCAATATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTT
1 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
** * * *
11001783 TTTTATGATGAAAC-ATAGATCATAACAATTTGAA
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
11001817 CTAGTTCAAT
Statistics
Matches: 2163, Mismatches: 528, Indels: 198
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 122 0.06
169 4 0.00
170 1 0.00
171 4 0.00
174 2 0.00
175 3 0.00
176 119 0.06
177 235 0.11
178 11 0.01
179 22 0.01
180 435 0.20
181 889 0.41
182 167 0.08
183 135 0.06
184 12 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTT
AAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
Found at i:11000425 original size:358 final size:359
Alignment explanation
Indices: 10998858--11001763 Score: 1869
Period size: 358 Copynumber: 8.1 Consensus size: 359
10998848 ATTTGGAATT
* ** * * * ** * * *
10998858 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAGCTTTTATGAATAGAAA-AAATTGGTGTATGAC
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACAAACTGTTTTATGAC
* * * * *
10998922 AAAACAAAAGGTCATAACAATCTGAAATAGATAATT-TTATAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-
66 -AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * *
10998984 GTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATT
129 GT-TT--GATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-T
* ** * ** *
10999048 TA-AATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCACAAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
188 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
10999112 GTCATAATGTTTTGAAAAAGATAATTGTTCATATAGTCATGACTATTTGAACTTA-TTTCATAAA
253 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGATAAA
* * * * *
10999176 C-ATTTTCTTTTTTCAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATA
317 CAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* ** * * * * * *
10999219 TTAATAAATT-ATATTATCTTATTTGAAACAAGGTTATATGAATTGAAAC-AAGTGTTTTATTAC
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACAAACTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
10999282 AAAAGAAAATGTCATAATGATCTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATGACTATTTAAACTTG
66 -AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * *** * *
10999347 CTTGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTTATAAATTAAT
130 TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * * *
10999412 ATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCA
192 ATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
10999477 TAATAAGTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCCTAA-TGATTTAAACTT-GTTTCATAAACAA
257 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTAGTTTGATAAACAA
*
10999540 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATA
320 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAAATA
* ** * ** * ** * * * *
10999580 TTAACAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGATGAATAGAAAAACAATTCTTTTTTGA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACA-AACTGTTTTATGA
* * * * * * * * * * *
10999645 CAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTCAGATAAATAATTATTCAAACAATTATAATTATTT-AAATA
65 C-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * *
10999709 TGTTT-AGGAAACAGATTCACTTTTTAAATCTGTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAAT
129 -GTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC----TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * ** * * *
10999772 TAGTATTATTTTATT-TCGGATAAGCTTATATGAACTGAAAGAATTCTTTTGTGACAAAACAAAA
188 TAGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * * * *
10999836 GGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTAATGATTATTTG-ATCTAATTCGTTAA
252 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTTGATAA
* * * * * *
10999900 ACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
316 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * ** * * *
10999944 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATAAT
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACAAACTGTTTTATGAC
* * * *
11000008 AGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAAT-GAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
66 A-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* ** *
11000072 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTAT
129 GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
11000136 TACCTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
194 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * * *
11000201 AT-ATTTGAAATATATAATTGTTCATGTAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGATAAACAAAATT
259 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAACAAATTT
*
11000265 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
324 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * *
11000301 TTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAATATAAATTCAAACAAACCTATTTTATGA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACAAA-CTGTTTTATGA
* * * ** * * *
11000366 CAAA-AAAATGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAATTG
65 CAAACAAAA-GGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
** * * * * * * *
11000430 GTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGACTATGATTAGATTAG
129 GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * *
11000495 TGTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT
191 TATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * ** * * * * *
11000560 TATAATGATTT-AAGTTTACATTTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAACAG
255 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAACAA
*
11000624 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAGA
320 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * *
11000660 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGA-AT--GTTCAAATACAATTCTTATATG
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-ATATAAATTCAAACA-AACTGTTTTATG
* * * * *
11000722 ACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAACT
64 AC-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
11000787 -GATTT-AGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAAT
128 AG-TTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * * **
11000850 TAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
188 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * * * *
11000915 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTCGGTAAAT
253 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAAC
* ** *
11000980 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGGTATTAAGTTTTAAAATA
318 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * * *
11001022 TTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAA-TGAAAC-AATTATTTTATAAT
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACAAACTGTTTTATGAC
* * * * * *
11001085 AGAGCAAAAGGTTATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAG---GAACTAGTT---C-A-
66 A-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * *
11001142 ---G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGT
130 TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * * ***
11001203 ATTATTTTATTCTAAATAGGCATGTATG-ATAAAAACAATTTTTTTATAACTAAAA-AAATTTTC
192 ATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTC
** * * * * * ** * **
11001266 ATAACAATTAGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-CCGATTCGATAAACTG
256 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTTGATAAACAA
* * * * * *
11001330 ACTTATTTTATAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATA
320 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* **** * * * * ** * *
11001370 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAACTGGAAC-TATTGTTTTATGAT
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACAAACTGTTTTATGA-
* * * *** * * *
11001434 AAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
65 CAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * ** * * *
11001499 TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGTGTATTAATTTTTTGAGTGTTAATAAATTAGT
130 TTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAA-ATCTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
* ** * * *
11001564 ATTATTTTATT-TCAAATAAAGATGTATGAACTAAAAA-AATTATTTTACGACTAAACAAAAGGT
192 ATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *** * * * **
11001627 CAGAATGATTTGAAATAGACAATTGTTTTGATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAA
255 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAACAA
* * *
11001692 ATTTATATTTTAAA--T-TT-GTTATTAATTTTTAGAATA
320 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * ** * * *
11001728 TTATTAAGTTACCAATATTTTATTTCGAATAAGCTT
1 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
11001764 GTATGAACAT
Statistics
Matches: 1987, Mismatches: 470, Indels: 179
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
348 139 0.07
349 122 0.06
350 2 0.00
351 1 0.00
352 7 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
357 175 0.09
358 377 0.19
359 72 0.04
360 121 0.06
361 286 0.14
362 297 0.15
363 113 0.06
364 267 0.13
365 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAATTCAAACAAACTGTTTTATGAC
AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
Found at i:11000522 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 10998862--11001730 Score: 2127
Period size: 539 Copynumber: 5.3 Consensus size: 535
10998852 GGAATTTTAA
* * ** * * * * * * *
10998862 TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA-AAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGGTGTATGACAAAA
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAA
* * * * * * * *
10998926 CAAAAGGTCATAACAATCTGAAATAGATAATT-TTATAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-GTGT
65 CAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGCT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-T
* * ** * *
10998988 TCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-A
128 T--GATAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGT
* ** * * *
10999051 ATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCACAAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
187 ATTATTTTATTCAAAA-AAACTT-AATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * **
10999116 TAATGTTTTGAAAAAGATAATTGTTCATATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTCA-TAAACATT
250 TAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAA-TTGTTT-AGTAAACAGA
* * * *
10999180 TTC-TTTTTTCAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATCTTATTT
312 TTCACTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * ** *
10999243 GAAACAAGGTTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAATGTCATAATGATCTGAA
376 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * *
10999308 ATAGATAATTATTGAAATAGTCATGACTATTTAAACTT-GCTT-GATAAATATATTTATTTTTAA
441 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTAA
* *
10999371 AATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATT-T
504 AATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAT
* ** * *
10999402 ATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAA
1 -TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAA
* * * * * *
10999467 CAAAAAGTCATAATAAGTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCCTAA-TGATTTAAACTTGTTT
65 CAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTT
* * * *
10999531 CATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTGTA
129 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
10999594 TTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGATGAATAGAAAAACAATTCTTTTTTGACAAAACAAAAGGTT
188 TTATTTTATTCAAAA-AAACTT-AATG-A-ACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * * * * *
10999659 ATAGCTATTTCAGATAAATAATTATTCAAACAATTATAATTATTTAAATATGTTTAGGAAACAGA
249 ATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAAT-TGTTTAGTAAACAGA
* * *
10999724 TTCACTTTTTAAATCTGTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
312 TTCACTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * *
10999788 CGGATAAGCTTATATGAACTGAAAGAATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
376 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * *
10999853 GTAGATAATTATTCAAATAGTAATGATTATTTG-ATCTAATTCGTTAAACAGATTTATTTTTAAA
441 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAA
* * * *
10999917 ATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
505 ATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAT
* *
10999948 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAAT
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAAC
* *
11000013 AAAAAGTTATAATGATTTGAAATGAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
66 AAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * **
11000078 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTA
131 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
11000143 TTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATATTTG
196 TTC-AAAAAAACTTA-ATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATATTTG
* * * * *
11000208 AAATATATAATTGTTCATGTAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGATAAACAAAATT-ATTTTTT
259 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAATTGTTTAG-TAAAC-AGATTCACTTTTT
* *
11000272 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCT
322 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * * *
11000336 AATATAAATTCAAACAAACCTATTTTATGACAAAA-AAATGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
386 TATATGAACTGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
** * * ** * * * * * * * *
11000400 TCGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAG
449 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTAC
*** * *
11000465 TTATTAATTTTTGGACTATGAT
514 TTATTAATTTTCAAAATATTAT
* * * * ** * * * *
11000487 TAGATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAATAATTGTTTTATGATAGAA
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAATAGAA
* * * ** * * * * * *
11000552 CAAAAGGTTATAATGATTT-AAGTTTACATTTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAATTAGTTTG
65 CAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
* * *
11000616 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAATATTATTTT
130 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * *
11000681 ATTCCAAAAAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTCTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATT
195 ATT-CAAAAAAACTT-AATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TATT
* * * *
11000746 TGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTCACTTTT
257 TGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAATTG-TTTAGTAAACAGATTCACTTTT
* * * * ** *
11000811 TAAATCACTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCT
321 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
*
11000876 TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
386 TATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * **
11000941 ATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGGT
451 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTT
11001006 ATTAAGTTTT-AAAATATTAT
516 ATTAA-TTTTCAAAATATTAT
* * * * * * * *
11001026 TAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAAT-GAAACAATTATTTTATAATAGAGC
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAAC
* * * * * *
11001090 AAAAGGTTATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAG---GAACTAGTT---C-A----G-
66 AAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * *
11001143 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
131 TAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * **
11001208 TTTATTCTAAATAGGCATGT-ATG-ATAAAAACAATTTTTTTATAACTAAA-AAAATTTTCATAA
192 TTTATTC-AAAAAAAC-T-TAATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAA
* * * * * * ** * * *
11001270 CAATTAGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTCGATAAACTGACTT-
253 -TATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAATTGTTTAG-TAAACAGA-TTC
* * * * * ***
11001334 A-TTTTATAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGG
315 ACTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *** *
11001398 ATAAGGTTTTATGAACTGGAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATA
379 ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* ** *
11001463 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATT
444 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATC
* *** * * *
11001527 TCTT-GTGTATTAATTTTTTGAGTGTTAA
508 TCTTACT-TATTAATTTTCAAAATATTAT
* * * ** * * * *
11001555 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGATGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTACGACTA-A
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TAATAGA
* * * * * * * *** * *
11001618 ACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGACAATTGTTTTGATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT
64 ACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
** * * *** *
11001683 GGCAAACAAATTTATATTTTAAATTTGTTATTAATTTTTAGAATATTA
129 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTA
11001731 TTAAGTTACC
Statistics
Matches: 1866, Mismatches: 386, Indels: 155
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
526 20 0.01
527 1 0.00
528 18 0.01
529 281 0.15
530 96 0.05
531 5 0.00
532 1 0.00
533 7 0.00
535 7 0.00
536 1 0.00
537 43 0.02
538 150 0.08
539 429 0.23
540 180 0.10
541 158 0.08
542 73 0.04
543 7 0.00
544 111 0.06
545 277 0.15
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAAC
AAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTCAAAAAAACTTAATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATATTTGAA
ATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAATTGTTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTCAAAATATTAT
Found at i:11001272 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 11000963--11001296 Score: 401
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 167
11000953 TTAACTATTT
* * ** * *
11000963 GAACTACTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGGTATTAAGTTTTAAAATATTATTA
1 GAACTACTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAAGTTTTAAAATATTAATA
* *
11001028 AATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAATGAAACAATTATTTTATAATAGAGCAAA
66 AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAA-GAAACAATTATTTTATAATAGAGAAAA
*
11001093 AGGTTATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
130 AGGTTATAACAATTAGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
* *
11001131 GAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAA-TGTTTGAAATATTAAT
1 GAACTACTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAAGT-TTTAAAATATTAAT
* * *
11001195 AAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGCATGTATGAT-AA-AAACAATTTTTTTATAACTA-A
65 AAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGC-T-TAT-ATAAAGAAACAATTATTTTATAA-TAGA
** *
11001256 -AAAAATTTTCATAACAATTAGAAATAGATAATTGCTCAAAT
125 GAAAAAGGTT-ATAACAATTAGAAATAAATAATTGCTCAAAT
11001297 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 17, Indels: 14
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 10 0.07
168 122 0.86
169 3 0.02
170 5 0.04
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
GAACTACTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATAAAGTTTTAAAATATTAATA
AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAAGAAACAATTATTTTATAATAGAGAAAAA
GGTTATAACAATTAGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
Found at i:11002351 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11001854--11003229 Score: 1017
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 179
11001844 AAATCTTTTA
* * * ** * * *
11001854 TTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATCT-AAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAC
** * ** * * * *
11001918 AATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGATGATAGTTCAAATGGAT-AT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT
* * * * * ***
11001982 GACTATTTGAAGTTGTTCCA-TAAAAAGATTTTTTTTTTAAATCTCCAACTTA-
129 AACTATTTAAACTT-TT--AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * ** *
11002034 TTAATTTTTAGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTCTATGAGTAGAAAC
1 TTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAC
* * * * *
11002099 AATAGTTTTATGACAAAA-TAAAGGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
11002163 AGCTATTTAAACTCTCTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
129 AACTATTTAAACT-T-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * *
11002216 TTGCTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAAAAAAAACA
1 TTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAAAAACA
* * * *
11002280 ATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTCTTCAAGTAGTCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * **
11002345 CTATTTAAACATGTTTAGAAAATACATTTATTTTTTAAAAATTTTACTTA-
131 CTATTTAAAC-T-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * *
11002395 TTAATTTTTGGAATATTAATGAATCTA-TATTATTTTA-TTCGAAGTAAACTTACATGAATAGAA
1 TTAA-TTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAAAAAA
* * * * * * * * * * *
11002458 CCAATT-ATTTATGTCAAAACAAGAGATAATAATGTTTTAAAATAGAAAATTGTTCCAATAGTTA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
11002522 TAACTATTTGAACATATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAATTATCTTACTCA-
128 TAACTATTTAAAC-T-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ***
11002575 TTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACTGAAA
1 TTAA-TTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAAAAA
* * * * * * *
11002639 CAATTGTTTTATTACAAAACATATGGTTATTATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
11002704 GACTATTTGAACTCGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTA-
129 AACTATTTAAACT--TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * *
11002756 GTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATATGCTTATATGAACAAAAAT
1 TTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-AAAAAA
* * ** * *
11002821 CAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * *
11002886 AAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTA-
129 AACTATTTAAAC-T-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * * * *
11002938 TTAATTGTTTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTG-ATAAAAA-
1 TTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAC
** * * * * * * * * *
11003001 AATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCA-AATTTCAAGTAAAGAATTGTTGAAATAGTTA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
11003065 TAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA-
128 TAACTATTTAAACTT-TTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * ** *
11003118 TTAATATTTGGAATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATGAACTAAAAT
1 TTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAC
* *
11003183 AATTTTTTTATGATAAAA-ATAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
11003230 TTTATTTTTA
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 215, Indels: 61
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 32 0.03
180 434 0.46
181 315 0.33
182 167 0.18
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTAAACTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
Found at i:11004209 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11003741--11005010 Score: 903
Period size: 180 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180
11003731 TTGCAAACAA
* * * *
11003741 ATTTATTTCTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATT-AT-TA-TATTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * *
11003803 CGAATAAGCTTGTAT-AAGCAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGA
* * * * ** * ** * * *
11003867 AGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTAAAATTGGTTCGGTAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATAG
* * * * * *
11003919 ATTTTTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTAATTTATTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** *** * * * *
11003984 TGAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTGTCAGATGAC-AAACAAAATGTAACAACGATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGA
* * * * *
11004047 AATAGATAATTGTTAAAATGGCTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAGTAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATAG
* * * *
11004099 ATTCATTTTTTAAATCACTTAGTTATTAGTTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
11004163 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAA
* * * * * * **
11004228 GTAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACGG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATAG
* * ** * *
11004279 ATTTATTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
11004344 TAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACGAAATAAAAAGTTATAATAATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAA
* * * *
11004409 ATAAATAATTGTTTAAATAG-A-AACTA---G-TCT-A---G-TAAATAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATAG
** ** * * *
11004448 ATTTATTTTTT-AATCTCCAACATATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
11004511 CAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTTGTAA-CATTT
66 TGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TTATAATGA-TT
* * * * *
11004573 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGACAAATTA-
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAATTCGATAAA-TAG
* * * * * * *
11004628 ACTTATTTTTTAAAGTCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA-TCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
11004693 TTGGATAAACATT-TATGAACAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTT
65 TTGAATAAGC-TTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * *
11004757 AAGTAGATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TAGTAAATAG
129 AAATAGATAATT-GTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAATAG
* * * *
11004810 ATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGCATTAAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGT-TATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * **
11004873 TTTCAAATAAGGTTGTATGAACTAAAAT-ATTGTTTTATGGCTAAACAAAAAGGTCATAACAATT
63 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTTATAATGATT
* * * * * * *
11004937 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTAAACTA-TTAAACTAGTTC-AGCAAACAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAT-AACTATTTGAACTAATTCGA-TAAATAG
*
11004991 ATTTAATTTTTAAATCTCTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT
11005011 TTTAATTTAG
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 191, Indels: 90
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 1 0.00
167 67 0.08
168 45 0.05
169 14 0.02
170 2 0.00
171 4 0.00
173 1 0.00
174 3 0.00
175 1 0.00
176 1 0.00
178 42 0.05
179 51 0.06
180 207 0.24
181 190 0.22
182 147 0.17
183 73 0.09
184 3 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATAG
Found at i:11004818 original size:531 final size:530
Alignment explanation
Indices: 11003911--11004953 Score: 1207
Period size: 531 Copynumber: 2.0 Consensus size: 530
11003901 AATTGGTTCG
* * *
11003911 GTAAACAAATTTTTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAATATTA
** *
11003976 ATTTATTATGAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTCAGATGACAAACAAAATGTAACAACG
66 ATTTATTACAAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTCAGATGACAAACAAAAAGTAACAACG
* ** *
11004041 ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAGTAGATTCATT
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGAAAAGTAGATTCATT
* * * * * * *
11004106 TTTTAAATCACTTAGTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
196 TTTTAAATCACTAACTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAA
* * *
11004171 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAA
261 CTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAA
* * * * *
11004236 TTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACGGATTTA-TTTTTAAAATCTT-TT
326 TTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTT
* *
11004299 AGT-TATT-AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTATATGA
390 -GTGCATTAAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGA
* * *
11004361 ACTGAAACA-ATTATTTTATAACGAAATAAAAA-GTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
452 ACT-AAA-ATATTATTTTATAACGAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
11004424 AATAGAAACTAGTCTA
515 AATAGAAACTAGTCTA
* * *
11004440 GTAAATAAATTTATTTTTT-AATCTCCA-ACATATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CATACATATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAATATT
* * ** * *** * ***
11004502 ATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTTGTA
65 AATTTATTACAAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTCAGATGAC-AAACAAAAAG-TAACA
* *
11004567 AC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGACAAATTA-AC
128 ACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGA-AAAGTAGA-
* **
11004630 TT-ATTTTTTAAAGTCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
190 TTCATTTTTTAAA-TCACTAACTTATCAATTTTCAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
* * * * * * *
11004694 TGGATAAACATT-TATGAACAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTA
253 TGAATAAAC-TTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * *
11004758 AGTAGATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
317 AGTAAATAATT-CTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* *
11004822 AAATTTCTTGTGCATTAAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTT
381 AAATTTCTTGTGCATTAAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * ** * *
11004887 GTATGAACTAAAATATTGTTTTATGGCTAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
446 ATATGAACTAAAATATTATTTTATAACGAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
11004952 TT
511 TT
11004954 CTAATAGTCT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 70, Indels: 31
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
527 56 0.13
528 27 0.06
529 80 0.19
530 31 0.07
531 136 0.32
532 87 0.20
533 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAATATTA
ATTTATTACAAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTCAGATGACAAACAAAAAGTAACAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGAAAAGTAGATTCATT
TTTTAAATCACTAACTTATCAATTTTCAAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAA
CTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAA
TTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTG
TGCATTAAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA
AAATATTATTTTATAACGAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGA
AACTAGTCTA
Found at i:11004962 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11004474--11004971 Score: 436
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 179
11004464 CCAACATATT
* **
11004474 AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTGTATGATGAAAAATAA
1 AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGG-TTGTATGAACAAAAAT-A
* * * * * * *
11004538 TTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTTGTAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAA
64 TTGTTTTATGGCTAAA-AAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
11004603 TTATTTGAACCAATTCGACAAATTAACTTATTTTTTAAAGTCTCTAACTTATC
128 CTATTTGAACCAATTAGACAAATTAACTTATTTTTTAAAATCTCTAACTTA-C
* *** ** *
11004656 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACATT-TATGAACAGAAAAA
1 AATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-AAGGTTGTATGAACA-AAAAT
* * *** * * *
11004720 ATTATTTTAT-GATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAGTAGATAATTACTT-AAATAGTCAT
63 ATTGTTTTATGGCTAAAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCAT
* * * * * **
11004783 AACTATTTGAACTTATTTAG-TAAA-TAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTGCATTA-
126 AACTATTTGAAC-CAATTAGACAAATTA-ACTTATTTTTTAAAATCTC-T-AAC-TTAC
* * *
11004839 AATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTGTATGAACTAAAATATT
1 AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAATATT
* *
11004904 GTTTTATGGCTAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TAAAC
66 GTTTTATGGCTAAA-AAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAC
11004968 TATT
129 TATT
11004972 AAACTAGTTC
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 55, Indels: 32
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
181 23 0.09
182 151 0.62
183 60 0.24
184 7 0.03
185 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAATATT
GTTTTATGGCTAAAAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACCAATTAGACAAATTAACTTATTTTTTAAAATCTCTAACTTAC
Found at i:11005769 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11005106--11007591 Score: 1869
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 181
11005096 AACTGCTTCA
* * * * *
11005106 ATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA-T--CTTTTGAAATATTAAAAAAATAGTATTA
1 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
11005167 TTTTA-TTCTTAATCATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAA
66 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
11005231 TGATTTCAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GAACATGATTATTTGAACTT-GTTC
130 TGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTAGTTC
* * * ** *
11005282 GGTAAACATATTT-TTTTCTAAATTTCCAACTTATTAATTTTT-ATAATATTAGTAAATTAGTAT
1 -ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * **
11005345 TATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATGGAAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGGATTGT
64 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCAT
* * * * * * *
11005409 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAC-TCGCTC
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
* * * * * * *
11005462 AGTTAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATT
1 A-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
11005527 ATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGGTCGTA
65 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
* * * *
11005592 ATGATTTGAAATCGATAATTCTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAT-GTTC
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
*
11005644 ATAAAACATATTTATTTTTCTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-T
1 AT-AAACATATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
* * *
11005707 ATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
62 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
11005772 CAATGATTTCAAATAGATAATTATTTAAGTAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTTA
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG-TTC
** * ** *
11005827 ATAAACATATTTATTTCATAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
11005891 ATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAGAAA-GTCA
65 ATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCA
** * * * * *
11005953 TAACAATTTAAAATA-AAAATTTGTTCAAATAGTTATTAA-GATTTGAACTT-GTTC
127 TAATGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTAGTTC
* * * *
11006007 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTA
1 -ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * ** * *
11006070 TTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT-ATATAGAAAAAATCATTTTGTGACAAAACAAAAGGTT
63 TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*** * * * * * * * ** *
11006133 ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAAATTTTTTG
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
* * *
11006189 GTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTATT
1 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATT
* ** * * * *
11006253 ATTTTATTTCAAATAATTTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
65 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
11006317 ATGA-TTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TTAGTTC
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
* * ** * *
11006368 GGTAAATATATTTATTTTTTAAAAGTTTTACTTATTAATTGTTG-AA-A-T-ATAAATTAGTATT
1 -ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
11006429 -TTTTA-ATCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACCATTGTTTTATAATAGAATAAAAAGTCATA
65 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * ** * * * *
11006492 ACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAAATATTTGAAC-TGGTTTG
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG-TTC
* * * *
11006545 ATAAACAGATTTATTTTATAAATCTCTTA--TA--AAATTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-
1 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * **
11006605 TTATTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC---A
* * *
11006670 TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATTATTTGAAC-TAGTTAG
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTT-C
* * * *
11006724 ATAAACAGTA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATAATATTTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTT
1 ATAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* * * * * *
11006787 TATTTTGTTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAC--AA----A-A
64 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
11006845 ATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTAATTATTTAAAC-TAGTTTG
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG-TTC
* * * * * * *
11006898 ACAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTA
1 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
11006963 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAAT
66 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
11007028 GATTTG-AAGA-ATACAGTTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA-ATC
131 GATTTGAAATAGATA-A-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
* * * * * * * *
11007078 AGTAAACATATTTATTTTATCAAATATTTTACTTATTAAATTTTCAAATTTTAATAAATTTGGAT
1 A-TAAACATATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * *
11007143 TATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAG
64 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** *
11007207 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAAC-TAGTTC
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
** * * * * *
11007260 GGCAAATAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATT
1 -ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
11007321 ATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATG-ATCATAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCTT
65 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* *
11007383 AACT-ATTTGAAACT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTC
128 AA-TGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
* *
11007436 GAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAGTATT
1 -ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
11007500 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAGGAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTAT
65 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
11007563 AATGATTTTAAATAGACAATTCTTCAAAT
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
11007592 GGTAAATGGA
Statistics
Matches: 1827, Mismatches: 377, Indels: 207
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.00
173 33 0.02
174 115 0.06
175 65 0.04
176 145 0.08
177 126 0.07
178 11 0.01
179 132 0.07
180 267 0.15
181 474 0.26
182 298 0.16
183 146 0.08
184 9 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC
Found at i:11007189 original size:356 final size:352
Alignment explanation
Indices: 11005106--11008453 Score: 1747
Period size: 362 Copynumber: 9.4 Consensus size: 352
11005096 AACTGCTTCA
* * * *
11005106 ATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTA-T--CTTTTGAAATATTAAAAAAATAGTATTAT
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * * * * *
11005168 TTTA-TTCTTAATCATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAAT
66 TTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * * * *
11005232 GATTTCAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GAACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTT
130 GATTT-GAA-AGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTATTCAGTAAACATATTT
* * ** * * * *
11005295 -TTTTCTAAATTTCCAACTTATT-AATTTTTATAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
190 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTCA-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAA
** * * * * * *
11005358 ATAAAATTGTATGAATGGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAGGATTGTAACGATTTGAAATA
254 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AA-GA---CAATGATTTCAAATA
* * * * * * *
11005423 AATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTCG-CTC
314 GATAATTATTCAAATAGT-TTAACTATTTAAACTAGTTTG
* * * * * *
11005462 AGTTAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATT
1 A-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * **
11005527 ATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGGTCGTA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTTATA
* * * *
11005592 ATGATTTGAAATCGATAATTCTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACATGTTCA-TAAAACATATT
128 ATGATTTGAAA--GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAGT-AAACATATT
* ** * **
11005656 TATTTTTCTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTG
189 TATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-ATTTTCAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCC
* * * * *
11005720 GAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTCAAA
252 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGACAAAAC--AA-G--ACAATGATTTCAAA
* * * * * * *
11005785 TAGATAATTATTTAAGTAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTA
312 TAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACTATTTAAACTAGTTTG
* ** * ** *
11005827 ATAAACATATTTATTTCATAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
11005891 ATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAGAAAGTCAT
64 ATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT
** * * * * * * * * *
11005954 AACAATTTAAAATAAAAATTTGTTCAAATAGTTATTAA-GATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
127 AATGATTTGAAA-GATAA-TTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-TTATTCAGTAAACATAT
* * * *
11006018 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCA
188 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTC-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCC
* ***
11006082 AAATAAGCTTGTAT-ATATAGAAA-AAATCATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCA
252 AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAAAT-ATTTTATGACAAAAC--AAGACAAT-G--ATTTCA
* * * * **
11006145 AATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAAATTTTTTG
310 AATAGATAATTATTCAAATAGTT-TAACTATTTAAACTAGTTTG
* * *
11006189 GTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACA-TAGTATT
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATT
* ** * * *
11006253 ATTTTATTTCAAATAATTTTATATGAAC-TAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATA
* * * *
11006317 ATGA-TTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATATATTT
128 ATGATTTG-AA-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-TTCAGTAAACATATTT
** * * * * **
11006381 ATTTTTTAAAAGTTTTACTTATT-AATTGTT-GAA-A-T-ATAAATTAGTATT-TTTTAATCTGA
190 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TTCAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * * * * ** *
11006440 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACCATTGTTTTATAATAGAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
254 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTAT--GACAA-AACAAG--ACAATGATTTCAAATA
* ** * * *
11006505 AATAATTCCTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTGGTTTG
314 GATAATTATTCAAATAGTT-TAACTATTTAAACTAGTTTG
* * * *
11006545 ATAAACAGATTTATTTTATAAATCTCTTA-TA--AAATTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-T
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** *
11006606 TATTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAT
66 T-TTATTTCGAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT--T-AT
* * *
11006671 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATTATTTGAACTAGTT-AGATAAACAGTA
127 AATGATTTG-AA-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-TTCAG-TAAACA-TA
* * ** * ** * * **
11006734 -TTATTTTTTAAATCTCTTACATAATATTTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTGTTTT
187 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCC
* * * * * *
11006798 GAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AAATTGTTTTATGGCAAAACAA-A-AATGATTTAAAATAGA
252 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAA-TATTTTATGACAAAACAAGACAATGATTTCAAATAGA
* * *
11006860 TAATTATTCATATAATCTTAATTATTTAAACTAGTTTG
316 TAATTATTCAAATAGT-TTAACTATTTAAACTAGTTTG
* * * * *
11006898 ACAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTA
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
11006963 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAAT
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* *
11007028 GATTTG-AAGAATACAGTTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTAATCAGTAAACATATTTA
130 GATTTGAAAG-ATA-A-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAGTAAACATATTTA
* * * * *
11007092 TTTTATCAAATATTTTACTTATTAAATTTTCAAATTTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAA
191 TTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * *
11007157 TAAGCATGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATA
255 TAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAATATTTTATGAC-AAA-ACAA-G--ACAATGATTTCAAATA
* *
11007221 GATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCG
314 GATAATTATTCAAATAG-TTTAACTATTTAAACTAGTTTG
** * * * *
11007261 GCAAATAAATTTCTTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAGTATTAT
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
11007323 TTT-TAACTGAATAAGCTTCTATGATCATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCT-TAA
66 TTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-TATAA
* *
11007385 CT-ATTTGAAACTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC-G-ATAACATATT
129 -TGATTTGAAA--GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-ATTCAGTA-AACATATT
* * * *
11007447 TATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGC-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
189 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-CAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCA
* * * *
11007511 AATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAGGAATTATTTTATGACAAATC-A-A-AA-G-GTT---ATA-A
253 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAAATATTTTATGACAAAACAAGACAATGATTTCAAATAGA
* ** * * *
11007565 TGATT-TT-AAATAG-ACAATTCTTCAAA-T-G---G
316 TAATTATTCAAATAGTTTAACTATTTAAACTAGTTTG
*** * *
11007594 -TAAATGGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-TCTCATTAATTTTTTG-AATACTAATAAATTATTA
1 ATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAT-T-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
11007656 TTAATTTA-TTCTAAATAAGTTTGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAACGTC
62 TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTT
* * * * * * * * * *
11007719 AAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGA-TAAGGTAAAAAA
125 ATAATGATTT-GAA-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCA-GTAAACAT
* *
11007783 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTATTAAA--T-TATTATTTTAA
186 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTC-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
* * * * * * * ** *
11007844 TCAAAATAAGCTTGCACGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACAATTTA
249 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGAC--AA-AACAAG--ACAATGATTTC
* * * * **
11007908 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAATTAAACTACTTCA
309 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTAACTATTTAAACTAGTTTG
* ** * * * * * * ** *
11007953 ACAATTAGATTTAATTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * *
11008018 TTTTATTTTGAATAA-AATAGTATG-A-ATAGAACAAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTAT
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAACATA-AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT
* * ** ** *
11008080 AATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATT
127 AATGATTT-GAA-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTATTCAGTAAACATATT
* * * * * * *
11008145 TACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAA
189 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * * * * * * * *
11008210 ACAAACATATCTTAACA-AAA-AAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAT
254 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAA-TATTTTAT-G-ACAA-AACAAG--ACAATGATTTCAAAT
* * * * * * ** *
11008273 AGATAACTGTTCAGATAGCTATAATTATTTGAACCGGTTCG
313 AGATAATTATTCAAATAG-TTTAACTATTTAAACTAGTTTG
* * *
11008314 ATAAATAGAA-TTATTTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTT
1 ATAAACA-AATTTATTTTT-TAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * * *
11008378 TATCCTATTTCAAATATGCTTGTATGAGC-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
63 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT
**
11008442 AACAATTTGAAA
127 AATGATTTGAAA
11008454 TAAAAAATTA
Statistics
Matches: 2329, Mismatches: 490, Indels: 342
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
332 8 0.00
333 14 0.01
335 1 0.00
336 17 0.01
337 95 0.04
338 54 0.02
339 18 0.01
340 40 0.02
341 2 0.00
342 5 0.00
343 4 0.00
344 2 0.00
346 4 0.00
348 2 0.00
349 4 0.00
350 5 0.00
351 7 0.00
352 79 0.03
353 68 0.03
354 39 0.02
355 84 0.04
356 273 0.12
357 141 0.06
358 94 0.04
359 229 0.10
360 63 0.03
361 242 0.10
362 349 0.15
363 162 0.07
364 208 0.09
365 15 0.01
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATG
ATTTGAAAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTCAGTAAACATATTTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
TGTATGAATAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAGACAATGATTTCAAATAGATAATTATTCA
AATAGTTTAACTATTTAAACTAGTTTG
Found at i:11007621 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 11007444--11007741 Score: 397
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
11007434 TCGATAACAT
* *
11007444 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAA-TTTTTGCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTG-AATACTAATAAATTAGTATTAATTTATT
* * * * * *
11007508 -TCAAATAAGCTTGTATGATC-AAAAGGAATTATTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAATGATT
65 CT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTATTTTATAACTAAA-CAAAACGTCAAAATGATT
*
11007570 TTAAATAGACAATTCTTCAAATGGTAAATGG
127 TCAAATAGACAATTCTTCAAATGGTAAATGG
* * *
11007601 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTTGAATACTAATAAATTATTATTAATTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTGAATACTAATAAATTAGTATTAATTTATT
*
11007666 CTAAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAACGTCAAAATGATTTCA
65 CTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAACGTCAAAATGATTTCA
*
11007731 AATAGATAATT
130 AATAGACAATT
11007742 GTTCTAATAG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 14, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 5 0.04
158 103 0.84
159 14 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (157 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTGAATACTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
TAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAACGTCAAAATGATTTCAA
ATAGACAATTCTTCAAATGGTAAATGG
Found at i:11007935 original size:178 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11007601--11007936 Score: 446
Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
11007591 TGGTAAATGG
* *** *
11007601 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTTGAATACTAATAAATTATTATTAATTTATT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTATTATT-ATTTAAT
* * * * * * ** *
11007666 CTAAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAACGTCAAAATGATTTCA
65 CAAAATAAGCTTGCACGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAA
11007731 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATAAGGTAAAAAA
130 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATAAGGTAAAAAA
* * *
11007783 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTATTA-T-TTTAATC
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTATTATTATTTAATC
* * *
11007846 AAAATAAGCTTGCACGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACAATTTAAA
66 AAAATAAGCTTGCACGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAA
11007910 ATAGATAATTGTTC-ATATAGTCTTAAC
131 ATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCTTAAC
11007937 TAATTAAACT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 6
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.01
178 62 0.47
179 21 0.16
181 1 0.01
182 48 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTATTATTATTTAATC
AAAATAAGCTTGCACGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAA
ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATAAGGTAAAAAA
Found at i:11008339 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11007608--11008391 Score: 441
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 181
11007598 TGGATTTATT
* * * * * * * *
11007608 TTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTTGAATACTAATAAATTATTATTAATTTA-TTCTAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAC
** * * * * * * *
11007672 AAGTTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAACGTCAA-AATGATTTCAAATA
65 AAAATAGTATGAAC-AGAAAAAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGT-AATAATGATTTCAAATA
* * * ** * * ** * * *
11007735 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTG-AACTGATAAGGTAAAAAAATTTATT
128 GATAACTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAC-GGTTCGATAAACAAATTTA-C
* * * *
11007790 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTATTAAA-T--TATTATTTTA-ATCAAA-
1 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
* * * * * * * * * ** *
11007849 ATAAGCTTGCACGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA
65 A-AA-ATAGTATGAACAGAAAAAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTCAAATA
* * * ** * ** * * ** * *
11007913 GATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAATT-AAACTACTTCAACAATTAGATTTAA
128 GATAACTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAC-GGTTCGATAAACAAATTTAC
* * ** * ** * ** *
11007967 TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACA
* * * * *
11008032 AAATAGTATGAATAGAACAAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGAT
66 AAATAGTATGAACAGAAAAAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTCAAATAGAT
* * * *
11008097 AATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTAC
131 AACTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAACGGTTCGATAAACAAATTTAC
*
11008148 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACA
1 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACA
* * * ** *
11008213 AACATA-TCTTAACA-AAAAAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGA
66 AA-ATAGTATGAACAGAAAAAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTCAAATAGA
* * * * * * *
11008276 TAACTGTTCAGATAG-CTATAATTATTTGAACCGGTTCGATAAATAGAA-TTAT
130 TAACTATTCAAATAGTC-AAAACTATTTGAAACGGTTCGATAAACA-AATTTAC
* * * **
11008328 TTTTCTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATCCTATTTCAAA
1 TTTT-TAAATCTCTTACTAATTAAGTTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
11008392 TATGCTTGTA
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 114, Indels: 37
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 35 0.07
178 84 0.18
179 20 0.04
180 106 0.23
181 187 0.40
182 38 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACA
AAATAGTATGAACAGAAAAAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTCAAATAGAT
AACTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAACGGTTCGATAAACAAATTTAC
Found at i:11008925 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11008502--11011016 Score: 1631
Period size: 180 Copynumber: 14.1 Consensus size: 179
11008492 ATCATAATAA
* *
11008502 TTTGAAATA--AATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG-AA-AATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
* * * * * * * * * **
11008563 TATATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTTTTAACTATT
65 TTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
11008628 TGAACTGGTTCA-ACAAACATATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATT
129 TGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
11008675 TTAT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGGATGATCAGAAACAATTA
1 TT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
* * * * *
11008739 TTTTATGAGAAAACAAAGATCGTAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
64 TTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
11008804 TGAGCTGGTTCAGAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
129 TGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
11008855 TTTGAAATATTAATAAAGTT-GTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
* * *
11008919 TTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGACTTT-AAATAGTTATAATGATTGTTCAAAAAGTCA-
64 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGA-TTTGAAATAG--AT-A--ATTGTTCAAATAGTCAT
* *
11008982 AA-TATTT----TGG-T----AAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTT
122 AACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * *
11009032 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
* * * ** * * ** * * *
11009096 TTTATGACTAAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTCTTTTAATAATCTTAATTATT
65 TTTATGAC-AAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
11009161 TGAACTAGTT-AGGAAAC-GCATTTATTTTTTAAAATATTCTTACTTATTAATT
129 TGAACTGGTTCAGAAAACAG-ATTTATTTTTT-AAAT-CTCTTACTTATTAATT
* * * * *
11009213 TTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA--AAAGACCAATT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAA-A-CAATT
* * * * * ** * *
11009276 GTTTTATGACAAAATAAATATCATAATGTTTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGTCATAGCCAT
63 ATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** ** * * *
11009341 TTGAACTATTTTGGAAAAAAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
128 TTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * ** * * **
11009389 TTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTAGTTTGAATAATTTTGCATAAACAAAAACAATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
*** * * *
11009454 TTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATACATCAAATGGAC-TGACTAT
65 TTTATGACAAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * **
11009517 TTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTCCAACTTATTAATT
128 TTGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* **
11009569 TTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATT
1 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * * * *
11009632 GTTTTATGAGC-AAACAAAACATGACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACT
63 ATTTTATGA-CAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
11009696 ATTTGAACTCG--CACGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATT
126 ATTTGAACTGGTTCA-GA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
11009750 TTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTAT-AAATAGAAACAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTA
* * * * *
11009814 GTTTATGACAAAAGATAAGGTCATAATGATCTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
64 TTTTATGACAAAACA-AAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
11009879 TTGAAC-GTGTTTAGGAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAGTAATT
128 TTGAACTG-GTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
11009930 TTTGGAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAAT
1 TTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC--AATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAAT
* * * * *
11009992 TATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACT
62 TATTTTATGAC-AAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * ** *
11010057 ATTTGAA-TATGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATT
126 ATTTGAACT-GGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
11010111 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGGAGACAATTG
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTA
* * * * *
11010175 TTTTACT-ACAAAACAAAGGTCACAA--A--T---AT--ATAATTATTCAAATAGCCATGACTAT
64 TTTTA-TGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
11010230 TTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTA-TGTATT-ATT
128 TTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATT
* * * * * **
11010282 TATAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
1 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
* * * * * * **
11010347 TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAGGAT
64 TTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
11010412 TTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATCA
128 TTGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T
* * ** * *
11010464 TTT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAACAAAAAAAATCA
1 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
* * * *** * * * * *
11010527 TTTTGTGACAAAACTAAAGGTAATAGCAATTTTAAATGGATAATTATCCAAATAGTCATAATTAT
64 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** ** * * *
11010592 TTAAACTTATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
128 TTGAACTGGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
11010644 TTTGGAATATTAGTAGCA-TAGTATTGTTTTAGTTCAA-ACA-ATTGTATATTAACTGAAATAAT
1 TTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAATA-AGCTTG--TATGAACTGAAACAAT
* ** * * * * * * *
11010706 TTTTTTATGACAAAACAAA-AGGACAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATATTCATGATTA
62 TATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
11010770 TTTGATCTAGTAT-GGTAAACATATTTATTTTTT-AAT-TTTTAATTATTAATT
127 TTTGAACTGGT-TCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * **
11010821 GTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATTATTA
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTA
* * * ** * * * *
11010885 TTTTTTAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTGAAATAGTTATAACTAT
64 TTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** *
11010950 TTGAACTAGTTTA-ATAAATTGATTTAATTTTTAAATCTC--A--TATTAA-T
128 TTGAACTGGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
*
11010997 TTTGAAATATTAATAGATTA
1 TTTGAAATATTAATAAATTA
11011017 TGTCAAAATA
Statistics
Matches: 1860, Mismatches: 354, Indels: 253
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 58 0.03
172 83 0.04
173 19 0.01
174 3 0.00
175 52 0.03
176 289 0.16
177 136 0.07
178 17 0.01
179 139 0.07
180 485 0.26
181 418 0.22
182 134 0.07
183 5 0.00
184 6 0.00
185 2 0.00
186 14 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATT
TTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTGGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
Found at i:11009853 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 11008511--11011016 Score: 1520
Period size: 361 Copynumber: 7.0 Consensus size: 356
11008501 ATTTGAAATA
* * * ** * *
11008511 AATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA-AATTATTATATAACTAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTATTTTATGAC-AAA
* * * * * ** * *
11008575 CAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTTTTAACTATTTGAACTGGTTCA
65 -AAAA-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * *
11008640 ACAAACATATTTATTTTTTAAA---TCT-CCTATTAATTTTAT-AAATATTATTAAATTAGTATT
128 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * *
11008700 ATTTT-TATCTGAATAAGCTTGGATGATCAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACA-AAGATCGTA
192 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACATAAGGTCATA
* * * ** * * * * *
11008763 ATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTGGTTCAGAAAACAGTTTT
256 ATGATTT-AAATAGATA-ATAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAACAGATTT
* * *
11008828 AGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
319 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * *
11008866 AATAAAGTT-GTATTATTTT-ATTTCATATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
1 AATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTGA-ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACA
* * *
11008929 AAACAAAAGCTCATAACGACTTT-AAATAGTTATAATGATTGTTCAAAAAGTCA-AA-TA-TT--
63 AAA-AAAA--TCATAATGA-TTTGAAATAG--AT-A--ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
11008988 --TTG---G-TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
119 ACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* * * *** *
11009046 AATTAGTATTATTGTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAAA-
182 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAC
* * ** * ** ** * * * *
11009109 AAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTCTTTTAATAATCTTAATTATTTGAACTAGTT-AG
245 ATAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAA-TAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGAG
* * *
11009173 GAAAC-GCATTTATTTTTTAAAATATTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
308 TAAACAG-ATTTATTTTTT-AAAT-CTCTAACTTATTAATTTTTGGAATATT
* *
11009224 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAAGACCAATTGTTTTATGACAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAA-A-CAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
11009288 AATAAATATCATAATGTTTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGTCATAGCCATTTGAACTATTTT
64 AA-AAA-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT
* * * * * * * *
11009353 GGA-AAAAAAATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTAT
126 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
11009413 TATTTTAGTTT-GAATAA--TTTTGCATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC
191 TATTTTA-TTTCAAATAAGCTTTT--ATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACATAAGGTC
* * * *
11009475 ATAATGATTTGAAATAGATAATACATCAAATGGAC-TGACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAG
253 ATAATGATTT-AAATAGATAATA-ATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GAGTAAACAG
* * *
11009538 ATTTATTTGTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATT
315 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * ** * *
11009580 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGCAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTATTTTATGA-CAA
* * * * * * **
11009645 ACAAAACATGACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTCGCAC
64 A-AAAA-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
11009710 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATT
127 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** *
11009775 ATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAGATAAGGTCATAA
192 ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACATAAGGTCATAA
* ** * * * *
11009840 TGATCTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGGAAACATATTTA
257 TGAT-TTAAATAGATAA-TAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAACAGATTTA
* * *
11009905 TTTTTTAAAT-TTTTACTTAGTAATTTTTGGAATATT
320 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * ** *
11009941 AATCAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGACAA
1 AAT-AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTATTTTATGAC-A
* * * *
11010005 AAAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGT
63 AAAAAAA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGT
* * * * * * * *
11010069 TTGGTAAATAGATTCATTTTTT-AGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
125 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *** * *
11010133 ATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAGACAATTGTTTTACT-ACAAAACA-AAGGTC
189 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTA-TGACAAAACATAAGGTC
* * * * * * * *
11010196 ACAA--A--TATATA-AT--TATTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATT
253 ATAATGATTTAAATAGATAATAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAACAGATT
* * * *
11010254 TATTTTTTTAAATCTTTTA-TGTATT-ATTTATAGAAATATT
318 TA-TTTTTTAAATCTCTAACT-TATTAATTT-TTGGAATATT
* * *
11010294 AATAAATTAATATTATTTCAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGAC-AA
* * * * **
11010359 ACAAAAAGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAGGATTTGAACTTGTTC
64 A-AAAAA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *
11010424 AATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATCATTT-AAATATTAATAAATTTA-TA
127 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * * *
11010486 TTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTTTATGAACAAAAAAAATCATTTTGTGACAAAAC-TAAAGGTA
190 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAT-AAGGTC
*** * * * * *
11010549 ATAGCAATTTTAAATGGATAATTATCCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTTG-GTAAACAG
253 ATAATGA-TTTAAATAGATAATAAT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGAGTAAACAG
*
11010613 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTGGAATATT
315 ATTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * * * * * *
11010655 AGTAGCA-TAGTATTGTTTTAGT-TCAA-ACA-ATTGTATATTAACTGAAATAATTTTTTTATGA
1 AATA-AATTAGTATTATTTTAATCTGAATA-AGCTTG--TATGAAC-AAAACAATTATTTTATGA
** * * * * * * * *
11010716 CAAAACAAAAGGACAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATATTCATGATTATTTGATCTAGT
61 CAAAA-AAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * *
11010781 AT-GGTAAACATATTTATTTTTT-AA-TTTTTAATTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGT
125 -TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * ** * * * *
11010843 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATTATTATTTTTTAACAAAACAAAAAGTCA
189 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACATAAGGTCA
** * ** * * * * * **
11010908 TAACAATTTGAAATAAATAATTGCTGAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATTGAT
254 TAATGATTT-AAATAGATAA-TAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAACAGAT
* *
11010973 TTAATTTTTAAATCTC--A--TATTAA-TTTTGAAATATT
317 TTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGGAATATT
*
11011008 AATAGATTA
1 AATAAATTA
11011017 TGTCAAAATA
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 340, Indels: 244
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
351 55 0.03
352 113 0.07
353 151 0.09
354 24 0.01
355 45 0.03
356 172 0.10
357 200 0.12
358 313 0.19
359 80 0.05
360 48 0.03
361 374 0.22
362 99 0.06
363 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAA
AAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
AACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGAT
TTAAATAGATAATAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAACAGATTTATTTTTT
AAATCTCTAACTTATTAATTTTTGGAATATT
Found at i:11011551 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11011524--11011568 Score: 81
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
11011514 GAACTGAAAC
*
11011524 AATTATTTTATGACTAAACAAAT
1 AATTATTTTATGACCAAACAAAT
11011547 AATTATTTTATGACCAAACAAA
1 AATTATTTTATGACCAAACAAA
11011569 ATGTCAGAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.11, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
AATTATTTTATGACCAAACAAAT
Found at i:11012072 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11011562--11012311 Score: 655
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 179
11011552 TTTTATGACC
* * * *
11011562 AAACAAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACA-A-TTAACTATTTG-A-TTGG
1 AAAC-AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTT-G
** * * * ** *
11011623 TTCAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGC
64 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * ** * * * **
11011688 AATATTTTACTCCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAACTATTTTATGACA
128 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACA
*** ** *
11011740 AAACAAA-GATCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTAT
1 AAACAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
11011804 TTAGTAAATAGATTTAGTTTTTGAATCTC---TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTAT
65 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** **
11011866 TGTTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACA
130 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACA
* *
11011916 AAATCAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTTTTTGAACTTGT
1 AAA-CAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGT
* **
11011981 TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCAAAATTATTAATTTATT-GAATATTAATAAATTAGT
65 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * **
11012045 ATTATCTTATTTCAAATAAACTTGTATGGATTGAAACTATTGTTTTATGACA
128 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACA
* * * * * * **
11012097 AAACAAAAGATCATAATGATTAGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCAC
1 AAACAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACT-TG
* * * *
11012162 TTGA-TAAACAAATTTATTTTTCAAATCTGTTAGTTATTAATTTTTTGAAT-TTCAATAAATTAG
64 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATT-AATAAATTAG
*
11012225 TA-TATTTTATTCCAAATAAGCCTT-TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAA-A
127 TATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTT-T-ACAACA
* * * *
11012279 AAAAAAAGGTCGTAACGATTTGAAATAGATAAT
1 AAACAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
11012312 ATGAAATTTA
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 89, Indels: 39
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 70 0.15
177 106 0.23
178 5 0.01
179 10 0.02
180 64 0.14
181 191 0.41
182 14 0.03
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAACAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTT
CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACA
Found at i:11013356 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 11012881--11013841 Score: 1098
Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 360
11012871 ATTTTATGAT
* * * * * * * *
11012881 AAAACAAATGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGG
1 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCT-TAACTATTTGAAATGG
* * * * *
11012946 TTTAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT
65 TTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
11013011 ATTATTTTATTCTGAACAAATTTACAAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAA
130 ATTATTTTATTCTGAAAAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTA
* * * *
11013076 TAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTTAACCGATTCAGCTAACA-AA
195 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATT-ATAATTATTTAAACCGATTC-GATAA-ATAA
* * * * * *
11013140 A-TTATTTTTAAAATCTCTTA-T-T-AATTTTTGAAATATCAATAAATTTG-ATTTGTTTTATTC
257 ACTTATTTTTAAAATCTCTTACTATAAATTTTTAAAATATAAATAAATTAGTATTTATTTTAGTA
* * *
11013200 TGAATAAA-TTAGTAAGAGCTGAAA-AAGTTGTTTTACAAT
322 AGAATAAACTT-GGAAGAGCTGAAATAA-TTGTTTTACAAC
* *
11013239 AAAATAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAAATGG
1 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-CTTAACTATTTGAAATGG
* * * * *
11013304 TTTGGCAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGT
65 TTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
11013369 ATTATTTTATTCTGAAAAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGATTA
130 ATTATTTTATTCTGAAAAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTA
* * * * *
11013434 TAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATAAAC
195 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTATAATTATTTAAACCGATTCGATAAATAAAC
* *
11013499 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATAAATAAATTAGTTTTTATTTTAGTAA
259 TTATTTTTAAAATCTCTTAC-TATAAATTTTTAAAATATAAATAAATTAGTATTTATTTTAGTAA
* *
11013564 GAATAAACTTGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAAC
323 GAATAAACTTGGAAGAGCTGAAATAATTGTTTTACAAC
* * * * *
11013602 AAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCATGTAGTCTTACCTGTTTGAACTG
1 AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-CTTAACTATTTGAAATG
* * * *
11013666 GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATT-ATAAATTTA
64 GTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTA
* * *
11013730 GTATTATTTTTATT-TCAAATAAATTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAG
128 GTATTA-TTTTATTCTGAAA-AAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAG
*
11013794 GTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTTATAACTATTT
191 GTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTATAATTATTT
11013842 GACCTTATTC
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 85, Indels: 24
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 7 0.01
358 221 0.44
359 3 0.01
360 1 0.00
361 1 0.00
362 26 0.05
363 152 0.30
364 91 0.18
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCTTAACTATTTGAAATGGT
TTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCTGAAAAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTAT
AATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTATAATTATTTAAACCGATTCGATAAATAAACTT
ATTTTTAAAATCTCTTACTATAAATTTTTAAAATATAAATAAATTAGTATTTATTTTAGTAAGAA
TAAACTTGGAAGAGCTGAAATAATTGTTTTACAAC
Found at i:11013626 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11012821--11013841 Score: 854
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 181
11012811 TTATTAATTT
* * ** * * * *
11012821 TAAATTAGCATTACTTTATT-TGGAATAAGA-TTACATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA-ACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
11012884 ACAAATGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTT
64 ACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTT
* * * * *
11012949 AACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
129 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * ** * ** * * *
11013002 TAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAATTTACAAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
11013067 AAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTCATAATTATTTTAACCGATTCA
66 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTAAACTGGTT-T
* * * * *
11013131 GCT-AACAAAATTA-TTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATCAA
129 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * ** *
11013179 TAAATTTG-ATTTGTTTTATTCTGAATAAA-TTAGTAAGAGCTGAAA-AAGTTGTTTTACAATAA
1 TAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAAACTT-GTATGAACTGAAATAA-TTGTTTTATGACAA
* * * *
11013241 AATAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCT-TAACTATTTGAAA-TG
63 AACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTT-AAACTG
** * * * * *
11013303 GTTTGGCAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTAT
125 GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * *
11013360 TAGATTAGTATTATTTTATTCTGAAAAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAAT
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
11013425 AAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTCGA
66 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTGA
* * * *
11013490 TAAATAAACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATAAA
131 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * *
11013541 TAAATTAGTTTTTATTTTAGTAAGAATAAACTTGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAA
1 TAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * *
11013606 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATGTAGTCT-TACCTGTTTGAACTGGTTT
65 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTAAACTGGTTT
* * *
11013670 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATT-A
129 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * *
11013722 TAAATTTAGTATTATTTTTATT-TCAAATAAATTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACA
1 TAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACA
* * *
11013785 GAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTTATAACTATTT
62 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
11013842 GACCTTATTC
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 148, Indels: 57
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.01
177 117 0.18
178 11 0.02
179 4 0.01
180 16 0.02
181 276 0.42
182 233 0.35
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTGA
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
Found at i:11013862 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11012855--11013869 Score: 784
Period size: 182 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
11012845 ATAAGATTAC
* * * * * * *
11012855 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
1 ATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
11012920 CAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
66 CAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
11012985 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTGAACAAATTTAC
131 AATTTTTAAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAACTTAT
* * * * * * * *
11013036 AAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
1 ATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
11013101 CAAATATTCATAATTATTTTAACCGATTCAGCT-AACAAAATTA-TTTTTAAA-ATC-T-CTTAT
66 CAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
11013161 TAATTTTTGAAATATCAATAAATTTG-ATT-TGTTTTATTCTGAATAAA-TTAGT
130 TAATTTTTAAAATAT-TATAAATTAGTATTAT-TTTTATTC-AAATAAACTTA-T
* * * ** * * *
11013213 AAGAGCTGAAA-AAGTTGTTTTACAATAAAATAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTG
1 ATGAACAGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTG
* ** * **** * *
11013276 TTCATATAGCCT-TAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTT
64 TTCAAATA-TTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
11013340 ATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTA-TTTTATTCTGAAA-AAACTTGT
128 ATTAATTTTTAAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTTATTC--AAATAAACTTAT
* * * * * * * * *
11013394 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATT
1 ATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
11013459 CAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATAAACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATA
66 CAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * **
11013524 AATTTTTAAAATATAAATAAATTAGT-TTTTATTTTAGTAAGAATAAACTTGG
131 AATTTTTAAAATAT-TATAAATTAGTATTAT-TTTTATTCA-AATAAACTTAT
* * * *
11013576 ATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
1 ATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * ** *
11013641 CATGTAGTCT-TACCTGTTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
66 CAAATA-TTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
11013705 GAATTTTTAGAATATTATAAATTTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAATTTAT
130 TAATTTTTAAAATATTATAAA-TTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAACTTAT
* * *
11013758 ATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * *
11013823 CAAATATTTATAACTATTTGACCTTATTCAATGAACAAATTTCTTTT
66 CAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTT
11013870 CTGAAATAAA
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 157, Indels: 61
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.01
177 116 0.18
178 9 0.01
179 3 0.00
180 14 0.02
181 243 0.38
182 248 0.38
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATATTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTAAAATATTATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAACTTAT
Found at i:11013961 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 11013926--11013984 Score: 82
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
11013916 ATTGTTTCAA
* *
11013926 AATAAAATAACATTAACTTATTACTATTTAG
1 AATAAAATAACACTAACTTATTAATATTTAG
* *
11013957 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 AATAAAATAACACTAACTTATTAATATT
11013985 CTTAAAATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 24 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (31 bp):
AATAAAATAACACTAACTTATTAATATTTAG
Found at i:11014764 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11014429--11015284 Score: 766
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 180
11014419 ATAAAACGCA
* * * * * * *
11014429 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTTATTTTTTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * **
11014494 ATAAACCAATTGTTTCCATTCATACATGCATATTCGAAATAAAACAACATTAGTTTATTCGTATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
11014559 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTGTACTAAGCAAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTACTAA-CAAG
* * * * * *
11014610 TTTAAATAGTTATGACTAGTTGAACGATTATTTATTTTAAATAGTTATGATCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* *
11014675 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* ** * * *
11014740 TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTACAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
131 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTA-CTAACAAG
* ** * * * *
11014791 TTCAAATAATCCTGTCCT-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * * *
11014855 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * **
11014920 TTGAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAACTAAATTTATTTTTTGAA-ATAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTACT-AACA-AG
* * * * * *
11014968 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATTGTTATGAT-TTTTATTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
11015032 TAAAACAATTGTTTCT-TTCCATATAACCTTCTT-TGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
11015095 TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAAAATAAATGTGTTTGT-CAAACCAG
129 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATCTG--TGTACTAACAAG
* * * * * *
11015150 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
11015215 TAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAACATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
*
11015278 AAAAAAT
131 TAAAAAT
11015285 AAATCTATTT
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 114, Indels: 40
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 77 0.14
177 61 0.11
178 1 0.00
179 2 0.00
180 96 0.18
181 199 0.37
182 65 0.12
183 34 0.06
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTGTACTAACAAG
Found at i:11015599 original size:519 final size:526
Alignment explanation
Indices: 11015319--11016325 Score: 1424
Period size: 537 Copynumber: 1.9 Consensus size: 526
11015309 GATATATTTG
* ** *
11015319 ACTATTCAAATAATTGATCTGACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAATAGT
1 ACTATTCAAACAATCAATCTGACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAATAAT
*
11015384 TGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTA
66 TGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTA
* * * * *
11015449 ATAAGAGTTTTAAAAACTAAAACTACTTTCTAAACCAATTCAAATAGTTATTGTTATTTGAACAA
131 ATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAA
* * *
11015514 ATATCAATCTCAAATCATTAAGATCTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATCCAAGC
196 ATATCAATCTCAAATCATTATGATATTT-TTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGC
* * *
11015579 TTATTCATATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAACAAGAGATTTTAAAAAAT
260 TTATTGA-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * *
11015644 AAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCAT
323 AAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
11015709 TTTGACCTTTTTATTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAAC
388 TTTGA-CATTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
*
11015774 AATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTATTGAGCAATAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
452 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA-TATTGA-CAATAGATTTTAAAAAATAAA--TGTTTAC
11015839 CAAACCAGTTCAAATAA
513 CAAACCAGTT---ATAA
** *
11015856 ACTATTTGAACAATCAATCTGACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAGAATAAT
1 ACTATTCAAACAATCAATCTGACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAATAAT
* * * * *
11015921 TATTTCAGTTCATAGAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTTAAAAATTA
66 TGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTA
* * **
11015986 ATAAGAGATTTAAACACTAAAACTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAA
131 ATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAA
* * * * *
11016050 ATATCAATCTCAAATCAATATGATATTTTTTTCTCATAAAATTATTGTTTCTAATGATTCAAGCT
196 ATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCT
* *
11016115 TATTTGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAAATAA
261 TA-TTGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
11016180 ATGTGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTT
325 ATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT
* *
11016244 TGACATTTTGTCTAGTCATATACTAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
390 TGACATTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
*
11016309 ACTGATTTATTAACATT
455 ACTAATTTATTAACATT
11016326 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 51, Indels: 7
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
532 69 0.17
533 28 0.07
534 43 0.10
535 78 0.19
536 40 0.10
537 160 0.38
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (526 bp):
ACTATTCAAACAATCAATCTGACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAAAATAAT
TGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTA
ATAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAA
ATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCT
TATTGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
TGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTT
GACATTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAACATTCAAAAAATATTGACAATAGATTTTAAAAAATAAATGTTTACCAAACCAG
TTATAA
Found at i:11015900 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11015630--11015967 Score: 407
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
11015620 AATTAACAAG
* ** * * *
11015630 AGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
1 AGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG-TAAGACTATTAGAACAATAAT
* * * * * *
11015695 CTATTTTAAATCATTTTGACCTTTT-TATTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCT
65 CTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCT-TCTA-TCATAGAATAATTATTTCAGTTCATAGAAACT
***
11015759 TATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTATTGAGCAAT
128 TATCCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTATTGAGCAAT
*
11015813 AGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTC-AA-A-TAA-ACTATTTGAACAATCAAT
1 AGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTAAGACTATTAGAACAAT-AAT
11015874 CTGACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAGAATAATTATTTCAGTTCATAGAAA
65 CT-A-T-TTTAAA-TCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAGAATAATTATTTCAGTTCATAGAAA
* *
11015939 CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTA
126 CTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTA
11015968 CTAATATTTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 13
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 12 0.09
179 7 0.05
180 1 0.01
181 2 0.02
182 58 0.44
183 50 0.38
184 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTAAGACTATTAGAACAATAATC
TATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTCTATCATAGAATAATTATTTCAGTTCATAGAAACTTAT
CCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTATTGAGCAAT
Found at i:11017016 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11016572--11019052 Score: 1484
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 180
11016562 AAGTTTGTTC
* * * * *
11016572 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTGAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
11016637 TTGTTTACCAAAACATTTCCAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTA
66 TTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * * * * **
11016702 ACC-TTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTT-
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * ** *
11016751 G--TAATAA-AATACTTATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAA
1 GAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAA-AAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
11016812 ATCTAATT-GCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
64 ATTTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * * *
11016876 ATAACCTTTTCTTTTGTTGTAAAAGAATTGTTTTGTTCGTACAATCTTATTTT
128 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * *
11016929 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
11016994 TTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTTTA
66 TTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * *
11017059 ACGTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-TGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *** *
11017111 GAACAAATTAATACTAATTCATTAACATTCAAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-ATAAAAGATTT-AAAAAATAA
** * * * * * *
11017175 ATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTAGTTAAAATCGTTA
64 ATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * * * * *
11017240 TAACCTTTTGATTTATCATAAAATGATTGTTTCAGTTAAAACAAGCTT-TGATG
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTAT-TTA
* * *
11017293 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT-AAAA-TAATAAGTAAGAA-ATTTGAAATATA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--TGAAAATTAATAAATAA-AAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * *
11017355 AATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATTG-CCATTTAAATGATTATTTATTTCAAATCGT
63 AATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
11017419 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGATCATACAAACTTGTTT-
127 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTA
*
11017473 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
11017537 AATTGTTTA-CTAAACCAGTTC-AA-AGTTATGATTATTTAAATAATTATCAATCTCAAATCATT
64 ATTTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * *
11017599 A-ATA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATAGAAGGTAATTCA
128 ATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * * *
11017652 G-TTAAATATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATATGAA
1 GAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * ** * *
11017716 TGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGATAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTT-T
65 TTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** *
11017780 AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTTA
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTA
* * * * **
11017832 GAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TCTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATAA
* * ** * * * * *
11017896 ATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTTATTTAAAATCATTA
64 ATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * **
11017961 TGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCA
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * ** * ** * *
11018014 -AAAAAAAT-ATAATAATTTCTTACTATTTCAAAAAATAATAAGCAAGAG-TTTGAAAAAATAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATAAA
* * ** * * ** * * * **
11018076 TTTTTTTACCAAATAATTTTAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTGTCTATTGAAAATCGTTAT
65 TTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
11018141 GACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTA-TTC
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTA
* * *** * * *
11018192 GAAATAAAATGATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
11018253 TATGTTTA-CAAAATCAG-TCTTAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
65 TTTGTTTATC-AAACCAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
11018316 ATTACTTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTCT-TATCATACAAGTTTATTTA
128 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGT-TCATACAAGCTTATTTA
* * * * * *
11018370 GAATAAAATAATACTAACTTATTAAT-CTTT-CAAA--AATTAAT--AAG---T----AAGAGA-
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
11018421 -TGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTACAAATTGTTATA
66 TTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * * *
11018485 ACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATCTCTGTTCATACAAGCTTATTT-
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * *** * *
11018535 GAAATTAAACAATTCTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
11018600 TTTGTTTGTCAAACCAGTTCTAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTATTTCAAA---TTA
65 TTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * *
11018661 T----TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTA-CTC
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T-TGTTCATACAAGCTTATTTA
* ** ** *
11018709 GAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
1 G-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
11018772 ATTTTTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTA
64 ATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * **
11018837 TGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCG
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *
11018888 GAATAAAAAAATACTAATCTATTAATA-TTT-CAAA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * * *
11018949 CTATTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-AGCATTATTTATTTCAAATTGTAATG
66 TTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * *
11019013 A-CTGTTTGTTTTATTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATAC
131 ACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATAC
11019053 CAATTTATTA
Statistics
Matches: 1777, Mismatches: 430, Indels: 193
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 102 0.06
167 5 0.00
168 5 0.00
170 5 0.00
172 6 0.00
173 57 0.03
174 126 0.07
175 47 0.03
176 35 0.02
177 237 0.13
178 175 0.10
179 165 0.09
180 266 0.15
181 296 0.17
182 156 0.09
183 93 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTA
Found at i:11017481 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11016573--11018418 Score: 1024
Period size: 180 Copynumber: 10.3 Consensus size: 180
11016563 AGTTTGTTCG
* *
11016573 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTT-AAAAAGTGA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTGAAAAA-TAA
* * * * ** * *
11016635 ATTTGTTTACCAAAACATTTCCAATAATT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
63 ATCTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATTG-CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * **
11016699 GTAACC-TTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT-ATTTATACTATTTTATTT-
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAACTTATTTA
* * * ** * ** * *
11016751 -GTAATAA-AATACTTATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAATAAAT
** * * * * * * * * *
11016814 CTAATTGCTAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
65 CTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATTG-CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * ** * * * * *
11016878 AACCTTTTCTTTTGTTGTAAAAGAATTGTTT-TGTTCGTACAATCTTATTTTG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTA-TTTA
* * *** * *
11016930 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGGAAATTAATAAATAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTGAAAAATAAAT
* * * * * * * *
11016994 TTGTTTA-TCGAATCAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATT
65 CTGTTTACT-AAATCAGTTAAAATAATTATTG-CTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
11017056 TTAACGTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGATCATACAAACTTATTTA
* * * * * * *
11017111 GAACAAATTAATACTAATTCATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-GAAAAATAA
* * * * * * * * * * *
11017175 ATTTGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTAGTTAAAATCGTT
63 ATCTGTTTACTAAATC-AGTTAAAATAATTATTGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * ** * * * * * **
11017239 ATAACCTTTTGATTTATCATAAAATGATTGTTTCAGTTAAAACAAGCTT-TGATGG
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTAT--TTA
* *
11017294 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTTGAAATATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAATAAAT
* * * * *
11017358 CTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATTGCCATTTAAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATG
65 CTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATTGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *
11017423 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGATCATACAAACTTGTTTGA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTT-A
* *
11017475 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTGAAAAAT-AAA
* * * * * * *
11017539 T-TGTTTACTAAACCAGTT-CAA-AGTTA-TGATTATTTAAATAATTATCAATCTCAAATCATTA
64 TCTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATTG-CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-
* * * * * ** * *
11017600 AT-A-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATAGAAGGTAATTCA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTTA
** * * * * * *
11017652 GTTAAATATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAATATGAA
1 AATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAA-ATAAA
* * * * * *** *
11017716 TGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGA-TAAAACTA-TTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTT
64 TCTGTTTACTAAATCAGTTAAAATA-ATTATTGCTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
11017779 -TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTTA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGATCATACAAACTTATTTA
* * * * * *
11017832 GAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATCTGAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTGAAAAAATAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTG-AAAAATAA
* * * * * * * * * *
11017896 ATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAGTTATTTATTTAAAATCAT
63 ATCTGTTTACTAAATC-AGTTAAAATAATTATTG-CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * **
11017959 TATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCA
126 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAA-CTTATTTA
* * * * * * * *
11018014 AAAAAAAT-ATAATAATTTCTTACTATTTCAAAAAATAATAAGCAAG-AGTTTGAAAAAATAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTG-AAAAATAAAT
* * * * * * * *** * * **
11018077 TTTTTTACCAAATAATTTTAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTGTCTATTGAAAATCGTTATG
65 CTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATTGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * ** *
11018142 ACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATT-TA
* * * *
11018194 AATAAAATGATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--G--ATTT-AAAAAGTGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAA-TAAAT
* * * * *
11018254 ATGTTTACAAAATCAGTCT-TAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 CTGTTTACTAAATCAGT-TAAAATAATTATTGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * **
11018318 TACTTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTCTTATCATACAAGTTTATTTA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTTA
* *
11018370 GAATAAAATAATACTAACTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
11018419 GATGTTTACC
Statistics
Matches: 1296, Mismatches: 301, Indels: 140
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 8 0.01
177 247 0.19
178 131 0.10
179 144 0.11
180 266 0.21
181 253 0.20
182 154 0.12
183 89 0.07
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAATAAATC
TGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATTGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTTA
Found at i:11017955 original size:721 final size:720
Alignment explanation
Indices: 11016929--11018985 Score: 1788
Period size: 719 Copynumber: 2.9 Consensus size: 720
11016919 ATCTTATTTT
** *
11016929 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
11016994 TTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTTTA
66 GTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCAGTTTA
* *
11017059 ACGTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAACAAATTAATA
131 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAACAAAATAATA
* * *
11017124 CTAATTCATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA
196 CAAATTCATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
* * *
11017189 CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTAGTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTT
261 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT
** ** * *
11017254 -ATCATAAAATGATTGTTTCAGTT-AAAACAAGCTTTGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATT
326 GA-CATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAAA-AAGC-TT-ATCCAAAAAAAAT-ATAATAATTTATT
** * * *
11017316 AATATTTCCTAAAATAATAAGTAAGAAATTTG-AAATATAAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAA
386 AATATTTCAAAAAATAATAAGCAAG-AATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTAAAA
*** ** * ** *
11017380 TAATTATTGCCATTTAAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
450 TAATTACAACCATTTAAACAATTATCTATTGAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAAC
** * * **
11017445 AATTATTTGTGATCATACAAACTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAA
515 AATTATTTCAGATCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * *
11017510 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATTGTTTACTAAACCAGT-TCAA-AGTTATGATTAT
580 TTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACAAAACCAGTCTCAATAATTATGACTAT
* * *
11017572 TTAAATAATTATCAATCTCAAATCATTAATA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTGA
640 TTAAATAATTATCAATCTCAAATCATTAATACTTTTTATTTGGTAATAAAACAATTGTTTCTT-A
*
11017635 TCATAGAAGGTAATTCA
704 TCATACAAGGTAATTCA
* * * *
11017652 G-TTAAATATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATATGAA
1 GATTAAA-ATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
11017716 TGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGATAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATC-GTTT
65 TGTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCAGTTT
* * * *
11017780 AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTG-TTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
130 AACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTAGAACAAAATAA
* * * *
11017843 TCCAAATTTATTAACA-TCTGAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAT
194 TACAAATTCATTAACATTC-AAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * *
11017906 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
257 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTAAAATCATTATAACCTTTTG
* * *
11017971 TTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAAAAATATAATAATTTCTTA
322 ATTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAAAAAATATAATAATTTATTA
* * * * * * *
11018036 CTATTTCAAAAAATAATAAGCAAGAGTTTGAAAAAATAATTTTTTTTACCAAATAATTTTAAATA
387 ATATTTCAAAAAATAATAAGCAAGAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTAAAATA
* * * *
11018101 GTTACAACTATTTAAACAATTGTCTATTGAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAA
452 ATTACAACCATTTAAACAATTATCTATTGAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAA
* ** * *
11018166 TTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATGATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATT
517 TTATTTCAGATCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * *
11018231 AATAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACAAAATCAGTCTTAATAATTATGGCTATTTCAATA
582 AATAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCAGTCTCAATAATTATGACTATTTAAATA
* * * * * *
11018296 ATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTCTTATCATACAA
647 ATTATCAATCTCAAATCATTAATACTTTTTATTTGGTAATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAA
* * *
11018361 GTTTATTTA
712 GGTAATTCA
* * * * * *
11018370 GAATAAAATAATACTAACTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-------------A-
1 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * * * *
11018421 -TGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTACAAAT-TGTTAT
66 GTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCAGTT-T
* * * * *
11018484 AACTTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATT-ATCTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAA-ATTAAAC
130 AACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAACA--AAAT
* * * * * ** * * *
11018545 AATTCTAATAT-AATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTG
192 AATACAAAT-TCATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * **
11018608 TCAAACCAGTTCTAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTA-TTTCAA--ATTAT----TTT
256 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTAGTTAAAATCATTATAACCTTT
* * * * * ** * * *
11018665 TGTTTTGTCATAAAATAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTACTCGAAATAAAATAAAATGAATT
320 TGATTTGACATAAAACAATTGTT-TCAGTTCAAAAAAGCTTA-TCCAAAAAAAATATAAT-AATT
* * * * * **
11018729 TATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTTTTTTACCTAACCAA-T
382 TATTAATATTTCAAAAAATAATAAGCAAGA-ATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAAGT
* ** * * ** * *
11018791 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CTTTT-TTTTGTCAT
445 TAAAATAATTACAACCATTTAAACAATTATCTATTGAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAC
* * ** * * ** * * * * *
11018854 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTC
510 AAAACAATTATTTCAGATCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * *
11018919 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAAT-TCAAATAGTTATGACTA
575 AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCAGTCTC-AATAATTATGACTA
11018983 TTT
639 TTT
11018986 GAGCATTATT
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 201, Indels: 90
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
694 1 0.00
695 117 0.11
696 41 0.04
697 66 0.06
698 40 0.04
699 3 0.00
700 5 0.00
702 5 0.00
703 99 0.09
704 75 0.07
705 7 0.01
715 27 0.02
716 4 0.00
717 35 0.03
718 80 0.07
719 180 0.16
720 12 0.01
721 162 0.15
722 40 0.04
723 103 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (720 bp):
GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
GTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCAGTTTA
ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAACAAAATAATA
CAAATTCATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAGTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT
GACATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAAAAAATATAATAATTTATTAATAT
TTCAAAAAATAATAAGCAAGAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTAAAATAATTA
CAACCATTTAAACAATTATCTATTGAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTAT
TTCAGATCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
AGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCAGTCTCAATAATTATGACTATTTAAATAATTA
TCAATCTCAAATCATTAATACTTTTTATTTGGTAATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGGTA
ATTCA
Found at i:11018306 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11018274--11018309 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
11018264 AATCAGTCTT
11018274 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
11018292 AATAATTAT-CTATTTC
1 AATAATTATGCTATTTC
11018308 AA
1 AA
11018310 ATCGTTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:11018344 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 11016510--11022347 Score: 1255
Period size: 181 Copynumber: 33.0 Consensus size: 176
11016500 TTACCAAATC
** * * * ** * * *
11016510 ATTTCAAATAATTATTAC-TTTTG-TTGTCGTTAAA-AATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTC
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTC
*
11016572 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTGA
66 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATGA
* * * * * *
11016635 ATTTGTTTACCAAAACATTTCCAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCT
126 ATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * ** * * *
11016686 ATTTCAAATTGTTGTAACCTTTAT-TTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTTATACTATTTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTAT
* * * * ** * * * *
11016749 TTGTAAT--AA-AATACTTATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATA
64 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATG
* ** * * * * * * * *
11016811 AATCTAATTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCT
125 AATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * *
11016863 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCT-TTTGTTGTAAAAGAATTGTTT-TGTTCGTACAA-TCTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGT-TTA
* * * * * *
11016925 TTTTG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
63 -TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-CAAA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
11016989 TAAATTTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
123 TGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
11017043 ATTTGAAATCATTTTAACGTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGTTTAT
* * * * *
11017108 T-TAGAACAAATTAATACTAATTCATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAA
64 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAA
* * *** * * * * *
11017171 ATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCT
122 ATGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * ** * * *
11017226 AGTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAATGATTGTTTCAGTTAAAACAAGCTTTGA
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAG-TTT-A
* * * * *
11017291 -T-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAATAATAAGTAAGAAATTTGAAATAT
63 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * ** * * ** *
11017354 AAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATTG-CCATTTAAATGATTATTT
124 GAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * ** *
11017407 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTGTGATCATACAAACTTGTT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* *
11017472 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-A
65 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATGA
* * * * * * *
11017536 AAATTGTTTACTAAACCAGTTC-AA-AGTTATGATTATTTAAATAATTATCA
126 ATA-TGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * ** * * * *
11017586 ATCTCAAATCATTAAT-A-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATAGAAGGTAAT
1 ATTTCAAATCGTT-ATGACTTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTAT
** * * * *
11017649 TC-AGTTAAATATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATAT
64 TCGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* *** * ** * * *
11017713 GAATGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGA-TAAAACTATTAGAATAATTATAT
124 GAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
11017766 ATTTCAAATCGTT-TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGTTTAT
* * * * * *
11017829 T-TAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATCTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAA
64 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAA
* * * *** * * * * * *
11017893 TAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTT
123 TGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
11017947 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-T
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * * * *
11018011 CCAAAAAAAAT-ATAATAATTTCTTACTATTTCAAAAAATAATAAGCAAGAGTTTGAAAAAAT-A
65 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAAATGA
* * * * * * ** * *
11018074 ATTTTTTTTACCAAA-TAATTTTAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTGTCT
126 A-TATGTTTACCAAACCAGTTCT-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * *
11018126 ATTGAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * * *
11018191 CGAAATAAAATGATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATAT
65 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATAT
* * * * *
11018256 GTTTACAAAATCAG-TCTTAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCT
130 GTTTACCAAACCAGTTC-TAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
11018303 ATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTGGTAATATAACAATTGTTTC-TTATCATACAAGTTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAGTTTAT
* * * *
11018367 T-TAGAATAAAATAATACTAACTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-A-AG---T----AA-G-AG
64 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAAT
* * * * *
11018420 ATGTTTACCGAACTAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAT
128 ATGTTTACCAAACCAGTTCT-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
11018469 ACTACAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATCTCTGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * * * * * *
11018534 TGAAATTAAACAATTCTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
65 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGA
* ** *
11018599 ATTTGTTTGTCAAACCAGTTCTAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCT
126 ATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTAT-TTGAACAATTATCT
* * * * *
11018650 ATTTCAAA----T-T-A-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTAC
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATT-TCAGTTCATACAAGTTTAT
*
11018707 TCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT
64 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
11018771 -AATTTTTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
124 GAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** * *
11018823 ATTTTAAATCATTATGACTTTTT-TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTC
* * * * * *
11018887 GGAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
66 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATATG
* * * * * *
11018952 TTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGC-ATTATTT
131 TTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
11018997 ATTTCAAATTGTAATGACTGTTTGTTTTATTATAAAACAA-TAGTTTCTGTTCATACCAA-TTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATA-CAAGTTTA
*** * * * * * * * * *
11019060 TT--AATATTTTGACAATTAATAA-GTA-AAAAATTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAATTAGA
63 TTCGAA-A-TAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---A--GATTTA-A
* * * ** ** * * ** * *
11019121 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTG--C-TTTG
119 -AAAAT-G-AAT-A-TGTTT--ACCAA-A-CCAGTTCTAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTA
11019182 TC-
174 TCT
*** ** * * * * * * * *
11019184 ATAAAAAAATTATT-TCAGTTCATATAAGCTTAT-TCAAAATAAAAATAATACTAAGTT-AT-CA
1 AT-TTCAAATCGTTATGACTT--T-T-TG-TT-TGTCATAA-AACAATTAT-TTCAGTTCATACA
* * * ** ** *
11019245 A---TATTC-CAA-AAAAT-A-A-TAA-TTA--AGAGATTT-AAAAAGTGAATTTGTTTATTGAA
57 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAA-TTAATAAG-AGATTTAA
** * ** ** ** * * * *
11019298 CAAGTTTAA-ATAATTA--TGATTA-TTTTAACAACTAT--CTATTTGAA-ATCGTTATAACCT
119 -AAAATGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACA--ATTAT---CT
** * * * * * * * *
11019355 -TTT-ATTTTGTCATAAAATATTTT-TTCTGTTCATACAAGC--TTATTTCTAATAAAATAATAT
1 ATTTCAAATCGTTAT-GACT-TTTTGTT-TG-TCATA-AAACAATTATTTC-AGT----TCATAC
* * * * * * * * ** ** *
11019415 AAATTTATT--AATATTAAGACAATTAATAA-GTA-AAAGATTT-AAAAAATAGATCTG-TTTGC
56 AAGTTTATTCGAA-A-TAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGAGAT-T
* * * * *
11019474 TAAAAAAGCTCAA-ATCTTTA--T-----G-----ATTATT-TGAAC-AATT-----AT--T-T
116 TAAAAAA--TGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATG-ACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * ** * *
11019515 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTCACCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * * *
11019580 C-AGATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
65 CGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATG
**** * * * * *
11019644 AATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCT
125 AATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * * * *
11019696 ATTTCAAATTATTGTGACATTGTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTA-T
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * *
11019760 CTTAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAGTTAAAAAATG
65 C-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATG
* * * * * *
11019823 AATCTATTTACCGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCT
125 AATATGTTTACCAAACCA-GTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** * * *
11019875 ATTTCAAAACATTATGGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGGTTCTA-TCCATGCAAGCTTA
1 ATTTCAAATCGTTAT-GACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTA
* * ** * **
11019938 TTTTG-AAT-AAATAATA-TAAATTAATTAATATCCCAAAAACTGATAAGTAA-AAATTTTGAAA
63 -TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * * *
11019999 ATAAATATATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTATCT
122 ATGAATATGTTTACCAAAC-CAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
11020054 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTGTCGTAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTA
* * * *
11020118 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
63 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAA
* ** * *
11020182 TAAATCCAT-TTT--C-AAGGAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
123 TGAAT--ATGTTTACCAAACCAGTTCT-AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
11020234 ATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAATTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTTAT
* *
11020297 TTGAAATAAAATAATGA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAA
64 TCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
11020360 TAAATCTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGACCTATTATCT
123 TGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ***
11020414 ATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCATACAAAACTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTA-TTTC-AGTTCATACAAGTTTA
* *
11020477 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACA-AAA
63 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATGAA
* * * * * * * *
11020541 TCTATTGATCAAACCAATTC-ACATAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCT
127 TATGTTTACCAAACCAGTTCTA-ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * *
11020591 ATCTCAAATCGTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-ATTCATACAAGTT-TATTCGGAG-T-A-A-A
1 ATTTCAAATCGT-T-AT--GACTTTTTGTTTGTCA-TAAAACAA-TTAT-TTC--AGTTCATACA
* * * *
11020649 A---TATT-G--CTAAACTAATAAT-ATTCTA--AA-AATT-----ATTAAGTAAGAGATTTAAA
57 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * **
11020699 AAATAAATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATGAGAACAATTATCT
120 AAATGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * * *
11020756 ATTAC-AATCGTTCTAACCTTTAT-TTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACATGCTTGTT
1 ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
*
11020819 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAGCACTAA-TACATAAGAGATTT---AAA-
65 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A--A--AATTA-ATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * *
11020878 -AATCTGCTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACGATTTAAACAATTATCT
124 GAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* *** * * * * *
11020930 ATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * ** *
11020995 CAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-A
65 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGA
* * * * * * * * *
11021059 AGTCA-ATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTCT-AGCCA-TTCAGACAGTTATCT
126 A-T-ATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGA-CTATTTGA-ACAATTATCT
* * * **
11021111 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTCT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATATAAGCCT
1 ATTTCAAATCGTTATG-ACTTTT-TGTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTCATACAAGTTT
* * *
11021173 ATTCCG-AACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAATAGGAGATTTAAAAA
62 ATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT----AATAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * *
11021237 ATAAATTTGTCTACTGAATCAGTTC----------G--TA-TTAAACAATTATTT
122 ATGAATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
11021279 ATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATT
* * * * *
11021344 CAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTCAAAAATTAATAACTATATGATTTAAAAAATAA
65 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGA-GATTTAAAAAATGA
* * * * * * * *
11021409 ATTTGTTTACCGAAGCAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTT
126 ATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
11021460 GTTTCAAATCATTAAGA-TCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTAT
* * * * * *
11021524 TCGAAATAAAATAAAACTATTTTATTAATA-TTCTAAACTCTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
64 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGAGATTTAAAAAATGAAT
* * * * * * * * * *
11021588 CTATTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCAATGTCAACAATTATCT
128 ATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * ** * *
11021637 ATTTCAAATCATTATTACTTTTTGCTTCATCATATAATAATTGTATTT--GAACATTCAAGCTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTCATACAAGTTTA
* * * *
11021700 TT-TAGAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
63 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
11021764 T-AATCTATTTACCGAACTAGTATTTGAATAATTGTAAACTA---G-A-AATCAT-T
123 TGAATATGTTTACCAAACCAGT-TCT-AATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCT
* * *
11021814 A--T--AA-C-------CTTTTGT-TCTATCATAAAACAATTAATTTTA-TTCATACAAGTTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGTTTAT
* * ** * * * * *
11021865 TTGGAATAAAATAGCACTAATCTAATAATATTCTCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATA
64 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATG
* * ** * * * * * *
11021930 AATTTCTTTGTCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCT
125 AATATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
11021982 ATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTCAATTTATACTAGCTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAA--TTATTTCAGTTCATACAAGTTTA
* * * *
11022047 TT-TAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATGTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
63 TTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA
* * *
11022110 T-AATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTG-ACTAATTATCT
123 TGAA-TATGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCT
* * * * ** * *
11022164 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGT
1 ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTAT
* * * * * * *
11022228 TTGGAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATC
64 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATA
* * * * * * * * * *
11022293 TATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTGTAACTATTTCAGCAATTATTT
129 TGTTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
11022341 ATTTCAA
1 ATTTCAA
11022348 CATACAAGCC
Statistics
Matches: 4219, Mismatches: 996, Indels: 893
0.69 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
155 5 0.00
156 19 0.00
157 10 0.00
158 9 0.00
159 6 0.00
160 23 0.01
161 30 0.01
162 19 0.00
163 16 0.00
164 81 0.02
165 106 0.03
166 127 0.03
167 31 0.01
168 131 0.03
169 16 0.00
170 16 0.00
171 12 0.00
172 33 0.01
173 68 0.02
174 176 0.04
175 75 0.02
176 140 0.03
177 504 0.12
178 352 0.08
179 422 0.10
180 545 0.13
181 699 0.17
182 297 0.07
183 149 0.04
184 18 0.00
185 5 0.00
186 7 0.00
187 5 0.00
188 18 0.00
189 3 0.00
190 24 0.01
191 9 0.00
192 8 0.00
193 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTC
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATATG
TTTACCAAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:11018917 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11018439--11019051 Score: 560
Period size: 174 Copynumber: 3.5 Consensus size: 178
11018429 GAACTAGTTT
* * * * * * * *
11018439 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTACAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC-TTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * * * *
11018504 AACAATTATCTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAACAATTCTAATATAATAATATTCCAA
65 AACAAATGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAA
* ** *
11018569 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGTTC
130 AAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTC
* * *
11018620 TAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTATTTC-AA--ATTAT---TTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
11018678 AA-TAAT-TTTCTCAATTCATACT-AGCTTACTCGAAATAAAATAAA-A-TGAATTTATTAATAT
65 AACAAATGTTTCT--GTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAA-AAATACT-AATATATTAATAT
* *
11018738 TTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTTTTACCTAACCAATTC
125 TTCAAAAATTAATA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTC
* * *
11018793 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTT-TTTTGTCATAAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * *
11018857 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAA
66 ACAAATGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAA
* *
11018922 AATT-A-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAATTC
131 AATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTC
* * * * * *
11018968 AAATAGTTATGACTATTTGAGC-ATTATTTATTTCAAATTGTAATGACTGTTTGTTTTATTATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACT-TTTGTTTTATCATAA
11019032 AAC-AATAGTTTCTGTTCATA
65 AACAAAT-GTTTCTGTTCATA
11019052 CCAATTTATT
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 54, Indels: 51
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.02
173 50 0.14
174 117 0.33
175 46 0.13
176 30 0.08
177 5 0.01
178 60 0.17
179 8 0.02
180 6 0.02
181 25 0.07
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTATCATAAA
ACAAATGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAA
AATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTC
Found at i:11019499 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11019054--11022347 Score: 1508
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 177
11019044 TGTTCATACC
* * * * * * * **
11019054 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAATTA
1 AATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * * * * *
11019119 GATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
11019184 ATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAAATAATACT
129 AT-AAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-TAAT-AAAATAATA-T
* * * * * * * * *
11019236 AAGTTATCAATATTCCAAAAAATAATAATTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATTGAACAA
1 AATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * * * * * * *
11019301 GTTTAAATAATTATGATTATTTTAACAACTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
11019366 ATAAAATATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATAT
129 ATAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATAT
* * * *
11019415 AAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTGCTAAAAA
1 -AATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
* ** * * ** * *
11019480 AGCTCAAATCTTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTCA
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-G
* * * *
11019544 CCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTC-AGATTAAAATAATATT
127 TCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTA-A-TAAAATAATA-T
* * * **
11019597 AATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAA
1 AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * * * * *
11019662 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACATTGTGTTTTGTA
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
11019727 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATCT-TAA-ATAAATAATACT
129 ATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATA-AAATAATA-T
* * * * * * * *
11019777 AATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAGTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACATG
1 AATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* *
11019842 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGA-CTTTTGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
11019906 ATAAAACAACTGGTTCTATCCATGCAAGCTTATTT-TGAAT-AAATAATAT
129 ATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCT-AATAAAATAATAT
* * * * ** * * *
11019955 AAATTAATTAATATCCCAAAAACTGATAAGTAAAA-ATTTTGAAAATAAATATATTTTCTGAACA
1 -AATTTATTAATAT--TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
* * *
11020019 CA-TTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTT
63 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTT
* * * **
11020083 GTCGTAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
126 GTCATAAA-AAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATA-T
* ** * **
11020137 AATTTATTAAAATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTT--TCAAGGA
1 AATTTATT--AATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * *
11020200 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG-TTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** **
11020264 GTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATGAT
129 ATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAAT-AT
**** * **
11020315 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCAAACAA
1 AATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * * * *
11020380 GTTCAAATAGTTATGTCCATTTGACCTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTAT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
11020444 CATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAAAC-TA-TTCAAAATAAAATAATACT
128 CATAAAA-AATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTC-TAATAAAATAATA-T
* * *
11020496 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACA-AAATCTATTGA-TCAAAC
1 AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT-GAA-
* * * * * * * **
11020555 CAA-TTCACATAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTGTCATAAAACAATTGT
61 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-T-AT-GACCTTTTGT
* * * * *
11020619 TTCTATTCAT--ACAA--G-TT-TATTCGGAGTA-AA--ATATTGC---TAAACT-A-AT
123 TT-T-GTCATAAAAAATTGTTTCTATTC--A-TACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATAT
* * * * * *
11020665 AA--TA-T--T-CTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAA-
1 AATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAG
* ** * * * * * *
11020723 TTCAAATAGTTAAGACTATGAGAACAATTATCTATTAC-AATCGTTCTAACC-TTTATTTAGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * **
11020786 TAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTGTTTGAAATAAAATAATACT
130 TAAAA-AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATA-T
** * * * * *
11020836 AATTTATTAATATTCAGAGCACTAATACA-TAAGAGATTT----AA-AAATCTGCTTACCGAATA
1 AATTTATTAATATT-A-AAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
* * * * * * *
11020895 AGTTCAAATAATTATGACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
11020960 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATT
128 CATAAAA-AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATA-T
* ** * * * * **
11021012 ACTTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTA-TCGAATC
1 AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-C
* * * * * * *
11021076 -AGTTCAAATAATTCT-AGCCA-TTCAGACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTT
62 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
11021138 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTCCGAACAAAATAATACT
125 TGTCATAAAA-AATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATA-T
* * ** * *
11021193 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACTGAATC-
1 AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CA
* ** * * * *
11021257 AGTTC-----G-TAT---TA----AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
11021309 TATAAAATAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
128 CATAAAA-AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATA-T
* * * * * * *
11021361 AATTTAATATTATTTCAAAAATTAATAACTATATGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAGC-
1 AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CA
* * * * * * * *
11021425 AGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTTCAAATCATTAAGATCTTTTGTTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
11021490 CATAGAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAACT
128 CATA-AAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATA-T
* * * * * * *
11021542 ATTTTATTAATATTCTAAACTCTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTA-TCAA-AT
1 AATTTATTAATATT-AAAAAT-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-
* * * * * * * **
11021601 CAGTTCAAATAGTTATGGCAATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGCTTCA
63 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** **
11021666 TCATATAATAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCC
127 TCATA-AAAAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAAT-AT
* * * * *
11021719 AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCGAACTA
1 AATTTATTAAT-ATT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
** * * * * * ** **
11021783 GTATTTGAATAATTGTAAACTA---GAA-ATCATTATAACCTTTTGTTC-TATCA-TAAAACAAT
64 G--TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACA--ATTAT---C-TAT-TTCAAATCATTATGACCTT
** * * ** * * * *
11021842 TAATTTTATTCAT--ACAA--G-TT-TATT--TGGAA---TA----AAATAGCACTAATCT
119 TTGTTTT-GTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATA-AAATAATAT
* * * * * * * * *
11021888 AA--TAAT-AT-TCTCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTT-GTCGAACTA
1 AATTTATTAATAT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAA
* * * *
11021948 GTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** *
11022013 ATAAAATAAGTTTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAAT
129 ATAAAA-AA--TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATAT
* * * * * *
11022065 GAATTTATTAATGTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCT-AACC
1 -AATTTATTAAT-ATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACA
** * *
11022129 AGTTCAAATTA-TTATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTT
63 AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * ** *
11022192 GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACT
126 GTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATA-T
* * * *
11022246 AATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACT
1 AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACA
* * * * *
11022306 AGTTCAAATAGTTGTAACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAA
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
11022348 CATACAAGCC
Statistics
Matches: 2389, Mismatches: 519, Indels: 413
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.00
159 3 0.00
160 16 0.01
161 29 0.01
162 9 0.00
163 15 0.01
164 43 0.02
165 78 0.03
166 5 0.00
167 8 0.00
168 133 0.06
169 15 0.01
170 7 0.00
171 6 0.00
172 6 0.00
173 6 0.00
174 48 0.02
175 23 0.01
176 88 0.04
177 249 0.10
178 125 0.05
179 251 0.11
180 372 0.16
181 556 0.23
182 259 0.11
183 12 0.01
184 10 0.00
185 10 0.00
186 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATAT
Found at i:11019608 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11019058--11020524 Score: 673
Period size: 180 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
11019048 CATACCAATT
** * * * ** * ** *
11019058 TATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAGTAAATATGTTTATTGAATTAGATC
1 TATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAAAAAGCTC
* * * * * * * ** **
11019123 AAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTACCAT-A
* * * * * *
11019188 AAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAAATAATACTAAGT-
130 AAATATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-TAAT-AAAATAATA-TAAATC
* * * * * * * * ** * * *
11019240 TATCAATATTCCAAA-AAATAATAATTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATTGAACAAGTT
1 TATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAAAAAGCT
* * * * * * **
11019304 TAAATAATTATGATTATTTTAACAACTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATA
65 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTACCATA
*
11019369 AAATATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATATAAATT
130 AAATATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATATAAATC
* *
11019420 TATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTGCTAAAAAAGCT
1 TATTAATATTTAA-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAAAAAGCT
** * * *
11019484 CAAATCTTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTCACCAT
65 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTT-ACCAT
* *
11019548 AAAATAATTGTTTT-TGTTTATACAAGCTTA-TTC-AGATTAAAATAATATTAATC
129 AAAAT-ATT-TTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTA-A-TAAAATAATATAAATC
* ** * * *
11019601 TATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTC
1 TATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAAAAAGCTC
* * * * * * * * * ***
11019666 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACATTGTGTTTTGTAATAA
66 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTACCATAA
* * ** * * *
11019731 AACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATCT-TAA-ATAAATAATACT-AATT
131 AA-TATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATA-AAATAATA-TAAATC
** * * * * * * * ** * * *
11019781 TATTAATATTCCAA-AATTAATGAGTAAGAGAGTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACATGTTC
1 TATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAAAAAGCTC
* * *** * * **
11019845 AAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGA-CTTTTGTTTTGTCATA
66 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATTTTACCATA
* * ** * * *
11019909 AAACAACTGGTTCTATCCATGCAAGCTTATTT-TGAAT-AAATAATATAAAT-
130 AAA-TATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCT-AATAAAATAATATAAATC
** * * ** * * * *
11019959 TAATTAATATCCCAAA-AACTGATAAGTAAAA-ATTTTGAAAATAAATATATTTTCTGAACACA-
1 T-ATTAATAT-TTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCT-AAAAAAG
* ** * ** * * **
11020021 TTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTGTC
63 CTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTATTTTACC
* * * * ** *
11020086 GTAAACCA-ATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATT
127 ATAAA--ATATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATA-TAAATC
* * **
11020141 TATTAAAATACTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCAT-TTT-C--AAGGAG
1 TATTAATAT-TTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT--ATGTTTGCTAAAAAAG
* * * * ** * * *
11020201 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTGT--C
63 CTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTT-TACC
* * * ** ** *
11020264 GTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATGAT-AATT
127 ATAAAAT-ATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAAT-ATAAATC
**** * ** * * *
11020319 TATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCAAACAAGTT
1 TATTAATATT-TAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAAAAAGCT
* * * * * * * *
11020383 CAAATAGTTATG-TCCATTTGACCTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCAT
65 CAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTACCAT
* ** * * * *
11020447 AAAACAATAGTTTCTATTCATACAAAAC-TA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATT
129 AAAA-TATTTTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTTC-TAATAAAATAATA-TAAATC
11020500 TATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG
1 TATTAATATTT-AAACAATTAATAAG
11020525 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 193, Indels: 109
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 2 0.00
178 93 0.09
179 227 0.22
180 295 0.28
181 274 0.26
182 139 0.13
183 4 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAAAAAGCTC
AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTACCATAA
AATATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATATAAATC
Found at i:11020492 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 11019121--11024958 Score: 1730
Period size: 542 Copynumber: 11.0 Consensus size: 536
11019111 TTGAATTAGA
* *
11019121 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTTGTCAT
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGCTTTGTCAT
* * * *
11019186 AAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATACTAAGTTATCAATATTC
65 AAAAAAATTGTTTCA-TTCATATAAGCTTATT-TAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * ** * *
11019251 CAAAAAATAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTAT
126 CAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
11019315 GAT-TATTTTAACAACTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATATTTTT
190 G-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTT
* * * *
11019379 TCTGTTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAA
253 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATCAAGACAACTAATAA
* * * ** ** *
11019444 GTAAAAGATTTAAAAAATAGATCTGTTTGCTAAAAAAGCTCAAATCTTTATGATTATTTGAACAA
317 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTAAAAAAGCTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAA
* ** * * * * *
11019509 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTCACCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAG
382 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG
* * * * *
11019574 CTTATTCAGATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
447 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
*** *
11019639 AAATAAATATGTTTTTTGAACAAGT
512 AAATAAATATCCATTTTCAACAAGT
* * * * * *
11019664 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACATTGTGTTTTGTAAT
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGCTTTGTCAT
* *
11019729 AAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATCTTAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCC
65 AAAAAAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * * * *
11019793 AAAATTAATGAGTAAGAGAGTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGAC
128 AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTC
* * *
11019858 TATCTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGGTTC
193 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTC
* * ** * *
11019922 TATCCATGCAAGCTTATTTTGAAT-AAATAATATAAATTAATTAATATCCCAA-A-AACTGATAA
255 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT--CAAGACAACTAATAA
** * * * *
11019984 GTAAAA-ATTTTGAAAATAAATATATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACGATTTAAACA
317 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCT-AAAAAAGCTCAAATAGTTATGACGATTTAAACA
** * *
11020047 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTT-GTCGTAAACCAATTGTTTCTATTCATAA
381 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTT-TTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA
** *
11020111 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATACT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
444 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAAAT-CTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
**
11020175 TAAAAAAT-AA-ATCCATTTTCAAGGAGT
508 TAAAAAATAAATATCCATTTTCAACAAGT
* * * *
11020202 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG-TTTGTCGT
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGCTTTGTCAT
* * **
11020266 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATGA-TAATTTATTAATATTC
65 AAAAAAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
11020330 TAAAAATTAATAAGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
127 -AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
11020395 TCCATTTGACCTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTT
191 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-GTTT
*
11020460 CTATTCATACAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AA-T--
254 CTATTCATAC-AAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA--TCAAGACAACTAA
* * * * * * *
11020518 TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAATCTA-TTGATCAAACCAA-TTCACATAGTAATGA-GTATT
314 TAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATATATTTGCT-AAA-AAAGCTCAAATAGTTATGACG-ATT
* * *
11020578 TGAACAATTATCTATCTCAAATC-----G--------TGT---CATAAAACAATTGTTTCTATTC
375 TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * * * * * * *
11020627 ATACAAGTTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATAT-TCTAAAAATTATTAAGTAAGA
440 ATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTC-AAAAATTAATAAGTAAAA
** *
11020691 GATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTGCCGAACCAA-T
504 GATTTAAAAAATAAATATCCATTT-TC-AA-CAAGT
* * ** * * * * * * * *
11020724 TCAAATAGTTAAGACTATGAGAACAATTATCTATTAC-AATCGTTCTAACCTTT-ATTTAGTCAT
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGCTTT-GTCAT
* * * * * *
11020787 AAAATAATTTTTTTAGTTCATACATGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
65 AAAAAAATTGTTTCA-TTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
** * * * * *
11020852 GAGCACTAATACA-TAAGAGATTT---AAA--AATCTGCTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATG
128 -AAAATTAATA-AGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** *
11020911 ACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
191 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTT
* * * *** *
11020976 C-AGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAA-A-TTTTGAT
254 CTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA--TCAAGACAACTAAT
* * * * * ** * * * * *
11021038 AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTT-ATCGAATCAGTTCAAATAATTCT-AGCCATTCA
315 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTGCT-AAAAAAGCTCAAATAGTTATGA-CGATTTA
* * * ** *
11021100 GACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TC
377 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCT-ATTC
* * * * * * * * * * **
11021163 ATATAAGCCTATTCCGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAATAGGAG
440 ATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* *
11021228 ATTTAAAAAAT-AA-AT---TTGTCTAC----
505 ATTTAAAAAATAAATATCCATTTTCAACAAGT
* * * ** * * *
11021251 T-GAATCAGT--T--CGTA-TTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTATTG-TTCTAT
1 TCAAAT-AGTCATGAC-TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGCTT-TGT
* * * * * * *
11021309 TATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTAT
62 CATAAAAAAATTGTTTCA-TTCATATAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * *
11021374 TTCAAAAATTAATAACTATA-TGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAGC-AGTTCAAACAAT
124 TTCAAAAATTAATAAGT-TAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
11021437 TAAGACTATATGAACAATTATTTGTTTCAAATCA-TTAAGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAAT
187 TATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-
* *
11021501 TGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACT-ATTTTATTAATATTCTAA-AC-
249 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TC-AAGACA
* * * * * ** * * *
11021562 TCTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTT-ATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCAA
309 ACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCT-AAAAAAGCTCAAATAGTTATGACGA
* * * ** * * *
11021622 TGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGCTTCATCATATAATAATTGTATT-TG
373 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGT-TTCT-
* ** * * * * ** *
11021686 A-ACATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
436 ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTA
* *
11021750 AGAGATTTAAAAAAT--A-ATCTA-TTT--AC----
501 AAAGATTTAAAAAATAAATATCCATTTTCAACAAGT
* * * ** * ** * *
11021776 -C-GA-A--C-T-AGTATTTGAATAATTGTAAACTAGAAATCATTATAACCTTTTG-TTCTATCA
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGCTT-TGTCA
* * * * * * ** * *
11021833 TAAAACAATTAATTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAGCACTAATCTAATAATATTC
64 TAAAAAAATT-GTTTCATTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * ** * * *
11021898 TCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCGAACTAGTTCAAATATTTAAG
127 -AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
11021963 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAATAAGTTTT
191 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---TG
* * * * * * * *
11022027 TTTCAATTTATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATGTTTC-A-A-AATTA
251 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAA--TATCAAGACAACTA
* * * * ** * *
11022089 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCT-AACCAGTTCAAATTA-TTATGACTATTT
313 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-GCTAAAAAAGCTCAAA-TAGTTATGACGATTT
* ** * * ** * * *
11022152 -GACTAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTT-GTCATAAAACAAATGTTTTTGTT
376 AAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * ** * * * *
11022215 CATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----
439 CATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* *
11022276 GATTTAAAAAAT-AA-ATCTATTTATCAAACTAGT
504 GATTTAAAAAATAAATATCCATTT-TC-AACAAGT
** * * ** *
11022309 TCAAATAGTTGTAACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAACATACA--A-G-C-CTT--TTTG--A
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA-AT-CATTATGACTTTTGCTTTGTCA
* * * *
11022365 -AATAAAA-----T-A---ATACTAA-TTTA-TT-AAT---AT--TTC-AA-TAATTAATA---A
64 TAAAAAAATTGTTTCATTCATA-TAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * * * * * *
11022407 GACATT--TAA--CA-A-A--T---AAAT---T-TGTTTGCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGAC
128 AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTC
* * * * * * * * *
11022457 TATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCCTTTTGTTCTATCGTAAAAAAATTGTTTT
193 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTC
* * ** * *
11022522 TATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAGTAATA-CTTTGAAAATTAATAA
255 TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATC-AAGACAACTAATAA
* * *** ** * ** * * * * *** * * *
11022585 --ATAAGATTTAAAAAATGAATCCGTTTATTGAACCAGTTTAAACAGTTAAGGTTATATGAATAA
317 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTAAAAAAGCTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAA
* ** * * * * **
11022648 TTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATGCA
382 TTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAA
* * * * * * * *
11022711 AGCTTATTC-GAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTT
445 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
11022775 AGAAAAT-AAT-TCTATTTGTCGAACCAGT
509 AAAAAATAAATATCCATTT-TC-AACAAGT
* * * * * * * * *
11022803 TTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGCTTTGTCAT
* ** * * * * * *
11022868 AAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA
65 AAAAAAATTG-TTTCATTCATATAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * * * *** * * * * *
11022933 AAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATTAAACTATTTCAAATAATTTTGA
127 AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGT
* * * * *
11022998 CTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTT
192 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-GTT
* * * ** * * * * *
11023062 T-TGTTAATACCATTTTATTTGAAAAAAAATAATGCT-AATTTAATAATATTCCA-A-AACTTAA
253 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATA-TCAAGACAAC-TAA
** * * * * ** *
11023123 TAACCCAAAA-AATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAACCAA-TTCAAATAGTTA--A-GATTAT
314 TAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTG-CTAAAAAAGCTCAAATAGTTATGACGATT-T
* * ** *
11023183 AAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTT-GTCATAAAACAATTGTTT-TGT
376 -A-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * * * * * *
11023246 TTGTAGAAGTTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
438 TCATAAAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** *
11023310 GAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACTAA-ATTAGT
502 AAGATTTAAAAAATAAATATCCATTTTC-AACA--AGT
* * * * * * ** * *
11023345 TCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-TTGAGTCA
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGCTT-TGTCA
* * * * *
11023409 TAAAACAATTGGTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTT
64 TAAAAAAATTGTTTCA-TTCATATAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* ** * ** ** * * * ** *
11023474 TAAAAATTAATAAGAAAAATTTTTTTAAAATAAATCTATTTGCTTAATAAGTTCAAATAGTTAT-
126 CAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * ** * * *
11023538 TATTATTTTAATAATTGTCTATTTAAAATCA-TTATAACCTTTTGACTTATCATAAAATCATTAT
191 T-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATGT
* * ** * *
11023602 TTCAATTAATACAAGCTTAGACAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTTA-A-AA-TA
252 TTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA--TC-AAGACAACTA
* * * * * * * * *
11023664 ATAAGTAAAAAATTT---TAA-AAATA-A--T-C-AAATTAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTG
313 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTAAA-AAAGCTCAAATAGTTATGACGATTTA
** * * ** * *
11023719 AATGATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT-GTCATAAAAGAATTGTTTTTGA-TC
377 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCT-ATTC
* * * * *
11023782 ATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAAT-TGATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAC
440 ATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATCT-ATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTAA-
* ** *
11023845 AA-ATTTAAACAAT-AA-ATCTGTTTATCTAACAAAT
502 AAGATTTAAAAAATAAATATCCATTT-TC-AACAAGT
* * * * * ** * * ** *
11023879 TTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAAACTTTTGTTTTGTCATA
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGCTTTGTCATA
* * * **** * *
11023944 AAATAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA
66 AAAAAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * * * * ***
11024009 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAATC-AGTTCAAATAATTAAAA
128 AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGT
* * * * * * * *
11024073 CTAGTAGAAAAAGTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT
192 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATGTTT
* * ** * * * *
11024137 C-ATATCTTGCAAGCTTATTTGGACTAAAATAATCTAAATTTA-T--T-CCAA-A-AATTAATAA
254 CTAT-TCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATCAAGACAACTAATAA
* * * * * * * *
11024195 GCAAAATATTTGAAAAAATAAATCTGCTTAT-C-AAATAAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGT
317 GTAAAAGATTT-AAAAAATAAATAT-ATT-TGCTAAA-AAAGCTCAAATAGTTATGACGATTT-A
* * ** * * *
11024257 AA-TATTATTTATTT-AACATTGTTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTCAATTC
377 AACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGA-CTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * * *
11024319 ATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT---T
440 ATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAT--AAT--ACT-AATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGT
* ** *
11024380 AAGAGA-TTAAAAGAAT-AAT-TTTATTTACCTAACCAA-T
500 AAAAGATTTAAAA-AATAAATATCCATTT-TC-AA-CAAGT
* * * * * *
11024417 TCAAATAATTATGA-TGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTCATGACT-ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT-GACTTTTGCTTTGTCA
* * *
11024481 TAAAACAAAGGTTTTTGTTCTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATA
64 TAAAA-AAA-----TTG---T-T--T----C--A--------TTCATATAAGCTTATTT-AAATA
* * * * *
11024546 AAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAA---A-AGATTTAAAAAATAAATATTTT
102 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTT
* * * ** * * * *
11024607 TATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAATT
166 TACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG-ACT
* ** * *
11024671 TTTATTTTGAT-ATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATGTGGATTAAAATAATATTAA
229 TTTGTTTTG-TCATAAAACAAT-GTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATATAAA
**** * * * * * ** **
11024735 TTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTCAAAAAATAAATATGTTTACCCAACTAG
291 TTTATTAATATCAAGACAACTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTAAAAAAG
* * ** * * * * * **
11024799 ATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTT-GTC
355 CTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTCACC
* * *
11024863 ATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAA-CTTATTC-GAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAA
419 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAAT-CTATTAA
* * * *
11024924 TATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA
480 AATCTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
11024959 ATGAATCTAT
Statistics
Matches: 4082, Mismatches: 851, Indels: 703
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
488 2 0.00
489 10 0.00
490 126 0.03
491 43 0.01
492 65 0.02
493 21 0.01
494 61 0.01
496 4 0.00
498 2 0.00
499 1 0.00
500 4 0.00
501 1 0.00
502 2 0.00
503 6 0.00
505 3 0.00
507 4 0.00
509 1 0.00
511 6 0.00
512 5 0.00
513 7 0.00
514 1 0.00
515 7 0.00
516 128 0.03
517 3 0.00
518 7 0.00
519 8 0.00
520 149 0.04
521 102 0.02
522 224 0.05
523 54 0.01
524 61 0.01
525 94 0.02
526 162 0.04
527 152 0.04
528 12 0.00
529 8 0.00
530 134 0.03
531 11 0.00
532 15 0.00
533 256 0.06
534 115 0.03
535 16 0.00
536 99 0.02
537 190 0.05
538 155 0.04
539 209 0.05
540 272 0.07
541 141 0.03
542 385 0.09
543 164 0.04
544 18 0.00
545 4 0.00
548 1 0.00
549 1 0.00
551 1 0.00
555 1 0.00
556 1 0.00
559 4 0.00
560 138 0.03
561 10 0.00
563 5 0.00
564 64 0.02
565 106 0.03
566 18 0.00
567 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGCTTTGTCATA
AAAAAATTGTTTCATTCATATAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
ATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTCTATTCA
TACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATCAAGACAACTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATATATTTGCTAAAAAAGCTCAAATAGTTATGACGATTTAAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACTTTTTTTTTCACCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATCTATTAAAATCTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TCCATTTTCAACAAGT
Found at i:11021120 original size:520 final size:517
Alignment explanation
Indices: 11020082--11021030 Score: 1110
Period size: 516 Copynumber: 1.8 Consensus size: 517
11020072 CTTTTTCTTT
* * * ** *
11020082 TGTCGTAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAACTAATAA
* ** * *
11020147 AATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTTCAAGGAGTTTAAATAGTT
66 AATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTCCAACCAATTCAAATAGTT
* ** * * * * * *
11020212 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTGTCGTAAAATAATTGT
131 AAGACTATGAGAACAATTATCTATTACAAATCATTATAACCTTTTGTTAGTCATAAAATAATTGT
* *
11020277 TTCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATGATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
196 TTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATGATAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATA
** * * * * * *
11020342 AGTTGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGACCT
261 AGTAAGAGATTT---AAATAAATCTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACA
* **
11020407 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAA
323 ATTATCTATTTAAAATAAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAA
11020472 AACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAC
388 AACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAC
* * * * *
11020537 AAAATCTATTGATCAAACCAATTCACATAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCG
453 AAAATCAATTGATCAAACCAATTCAAATAATAATGAGCATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCG
* * * * *
11020602 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAACTAATAA
* * * * ***
11020667 TATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAG
66 AATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-CC-AACCAATTCAAATAG
* *
11020732 TTAAGACTATGAGAACAATTATCTATTAC-AATCGTTCTAACCTTTAT-TTAGTCATAAAATAAT
129 TTAAGACTATGAGAACAATTATCTATTACAAATCATTATAACCTTT-TGTTAGTCATAAAATAAT
* ** * **
11020795 T-TTTTTAGTTCATACATGCTTGTTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTC-AGAGCA
193 TGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATGA-TAATTTATTAATATTCTA-AAAA
* * *
11020857 CTAATACA-TAAGAGATTT-AA-AAATCTGCTT-ACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACGATTT
255 CTAATA-AGTAAGAGATTTAAATAAATCTG-TTCACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTT
* *
11020918 AAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
318 AAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCTA-TTC
* * *
11020982 ATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAA
382 ATACAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
11021031 TTTTGATAAG
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 61, Indels: 24
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
515 5 0.01
516 128 0.36
517 4 0.01
520 100 0.28
521 84 0.23
522 37 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (517 bp):
TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAACTAATAA
AATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTCCAACCAATTCAAATAGTT
AAGACTATGAGAACAATTATCTATTACAAATCATTATAACCTTTTGTTAGTCATAAAATAATTGT
TTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATGATAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATA
AGTAAGAGATTTAAATAAATCTGTTCACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATT
ATCTATTTAAAATAAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAAAC
TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAA
ATCAATTGATCAAACCAATTCAAATAATAATGAGCATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCG
Found at i:11021377 original size:349 final size:349
Alignment explanation
Indices: 11020916--11021560 Score: 789
Period size: 349 Copynumber: 1.8 Consensus size: 349
11020906 TTATGACGAT
* * * *
11020916 TTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
1 TTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTATTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTT
* * * ** * *
11020981 CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGT-TAG
66 CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTATA-
* * * * * *
11021045 AGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTCTAG-CCAT-TCAGACAGTTA
130 AGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAAGCAGTTCAAACAATT-AAGACCATATCA-ACAATTA
* *
11021108 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCC
193 TCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTCATACAAGCC
*
11021172 TATTCCG-AACAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAAGAAATAGGAGATTTAAA
256 TATT-CGAAACAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAAATTAAGAAATAGGAGATTTAAA
11021235 AAATAAATTTGTCTACTGAATCAGTTCGTA
320 AAATAAATTTGTCTACTGAATCAGTTCGTA
* * *** * * *
11021265 TTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTT
1 TTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTATTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTT
* * *
11021330 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTCAAAAATTAATAACTATAT
66 CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTATAA
*** * * *
11021395 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAGCAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTT
131 GATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAAGCAGTTCAAACAATTAAGACCATATCAACAATTATCT
* * * * *
11021460 GTTTCAAATCATTAAGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
196 ATTTCAAATCATTAAGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TCATACAAGCCTATT
* *
11021525 CGAAATAAAATAAAACTATTTTATTAATATTCTAAA
260 CGAAACAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAA
11021561 CTCTAATAAG
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 44, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
347 5 0.02
348 4 0.02
349 228 0.93
350 8 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
TTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTATTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTT
CATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTATAA
GATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAAGCAGTTCAAACAATTAAGACCATATCAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTAAGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTCATACAAGCCTATTC
GAAACAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAAATTAAGAAATAGGAGATTTAAAAAATAA
ATTTGTCTACTGAATCAGTTCGTA
Found at i:11021992 original size:522 final size:527
Alignment explanation
Indices: 11020783--11022295 Score: 1310
Period size: 522 Copynumber: 2.9 Consensus size: 527
11020773 CTTTATTTAG
* * * * ** * * *
11020783 TCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACATGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATA
** * * * * **
11020848 -TTCAGAGCACTAAT-AC-ATAAGAGATTTAAAAAT---CTGC-TTACCGAATAAGTTCAAATAA
66 TTTCA-AAAATTAATAACTATAAGA-ATTAAAAAATAAATTTCTTTACCGAAGCAGTTCAAATAA
* * * * * * * *
11020906 TTATGACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
129 TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
11020971 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAATTTTG
194 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAACTCTA
* * *
11021036 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTCTAGCCATTCAG
258 ATAAGTT--AGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCAATTCAG
* ** * *
11021101 ACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATA
321 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTCATCATAAAACAATTGTATTTCAACATA
* * *
11021166 TAAGCCTATTCCGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAATAGGAGATT
386 TAAGCCTATTCAGAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAATAAGAGATT
* * * * ** * * **
11021231 TAAAAAATAAATTTGTCTACTGAATCAGTTCGTATTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAA
451 TAAAAAATAAATCTATCTACCGAATCAGTTCATATTAAACAATTATAAACTACAAATCATTATAA
11021296 CCTATTGTTCTA
516 CCTATTGTTCTA
* * * * * *
11021308 TTATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATATTA
1 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATA
* * * *
11021373 TTTCAAAAATTAATAACTATATGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAGCAGTTCAAACAATT
66 TTTCAAAAATTAATAACTATAAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTACCGAAGCAGTTCAAATAATT
* * * * *
11021438 AAGACTATATGAACAATTATTTGTTTCAAATCATTAAGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTG
131 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
11021503 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTATTTTATTAATA-TTCTAAACTCTAA
196 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTC-AAACTCTAA
* * * *
11021567 TAAG-T-GATTTAAAAAGTGAA-TCTATTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCAATGTCA-A
259 TAAGTTAGATTTAAAAAAT-AAGTCAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCAAT-TCAGA
* * * *
11021628 CAATTATCTATTTCAAATCATTAT-TACTTTT-TGCTTCATCATATAATAATTGTATTTGAACAT
322 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCT--TTCATCATAAAACAATTGTATTTCAACAT
* * * * * * * *
11021691 -TCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCCAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
385 AT-AAGCCTATTCAGAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAATAAGAGA
* * * * *
11021755 TTTAAAAAAT-AATCTATTTACCGAA-CTAG-T-AT-TTGAATAATTGTAAACTAGAAATCATTA
449 TTTAAAAAATAAATCTATCTACCGAATC-AGTTCATATTAAACAATTATAAACTACAAATCATTA
*
11021815 TAACCTTTTGTTCTA
513 TAACCTATTGTTCTA
* *** *
11021830 TCATAAAACAATTAATTTTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAGCACTAATCTAATAAT
1 TCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAAT
**
11021894 ATTCTC-AAAATTAATAACTA-AGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCGAA-CTAGTTCAAAT
65 ATT-TCAAAAATTAATAACTATA-AGAATTAAAAAATAAATTTCTTTACCGAAGC-AGTTCAAAT
* * *
11021956 ATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAATA
127 AATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * *
11022021 AGTTTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATGTTTCAAAA
192 A--TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAC
* * * * * * * *
11022086 T-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATTATTAT-GACT
254 TCTAATAAGT--TAGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATAG-CA
* ** * ** * *
11022148 ATT-TGACTAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
315 ATTCAGAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTCTTTCATCATAAAACAATTGTATT
*** ** * ** * * * * *
11022211 TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATT----AAT
378 TCAACATATAAGCCTATTCAGAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAAT
*
11022272 AAGTGATTTAAAAAATAAATCTAT
443 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
11022296 TTATCAAACT
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 152, Indels: 71
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
521 2 0.00
522 185 0.23
523 34 0.04
524 57 0.07
525 85 0.11
526 169 0.21
527 129 0.16
528 6 0.01
529 7 0.01
530 127 0.16
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (527 bp):
TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATA
TTTCAAAAATTAATAACTATAAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTACCGAAGCAGTTCAAATAATT
AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAACTCTAATA
AGTTAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCAATTCAGACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTCATCATAAAACAATTGTATTTCAACATATAAGC
CTATTCAGAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATCTACCGAATCAGTTCATATTAAACAATTATAAACTACAAATCATTATAACCTAT
TGTTCTA
Found at i:11022112 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11021806--11022315 Score: 488
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
11021796 TGTAAACTAG
* * * * ** * * * *
11021806 AAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAATTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAA
1 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAGAA
** * * * * * *
11021871 TAAAATAGCACTAATCTAATAATATTCTCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTC
66 TAAAATAATAATAATATATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* *
11021936 TTTGTCGAACTAGTTCAAATAT-TTAAGACTATATGAAC-AATTATCTATTTC
130 TTTATCAAACTAGTTCAAATATATTAAGACTATATG-ACTAATTATCTATTTC
* *
11021987 AAATCATTATGACC-TTTAGTTTTGTCATAAAA-TAA-GTTTTT-TTCAATTTATACTAGCTTAT
1 AAATCATTATAACCTTTTA-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC-A--TATA--AGCTTAT
* *
11022048 TTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATGTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-
60 TTAGAATAAAATAATAAT-AATATATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
11022111 AATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAAT-TATTATGACTATTTGACTAATTATCTATTTC
124 AATT-TATTTATCAAACTAGTTCAAATATATTAAGACTATATGACTAATTATCTATTTC
** * * *
11022169 AAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAA
1 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAGAA
* * *
11022234 TAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTA
66 TAAAATAATAATAATATATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
11022295 TTTATCAAACTAGTTCAAATA
130 TTTATCAAACTAGTTCAAATA
11022316 GTTGTAACTA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 41, Indels: 39
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 30 0.11
178 6 0.02
179 5 0.02
180 35 0.13
181 49 0.18
182 100 0.37
183 35 0.13
184 7 0.03
185 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAGAA
TAAAATAATAATAATATATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
TTATCAAACTAGTTCAAATATATTAAGACTATATGACTAATTATCTATTTC
Found at i:11022470 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 11022227--11022477 Score: 324
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
11022217 TATAAGTTTG
* * **
11022227 TTTGGAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAAT
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAAT
* * *
11022292 CTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTGTAACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGC
66 CTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAACATACAAGC
11022357 CTT
131 CTT
* * *
11022360 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGACATTTAACAAATAAAT
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
11022425 TTGTTT-GCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
66 CTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTT
11022478 TAAATTGTTA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 18, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
132 1 0.01
133 98 0.99
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (133 bp):
TTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAAT
CTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAACATACAAGC
CTT
Found at i:11022660 original size:313 final size:312
Alignment explanation
Indices: 11022052--11022631 Score: 674
Period size: 311 Copynumber: 1.9 Consensus size: 312
11022042 GCTTATTTAG
* *
11022052 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATGTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTAT
1 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAATT-ATAAGTAAGACATTTAAAAAATAATTAT
*
11022117 GTTTACCTAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
65 GTTTACCTAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
* * * * * * *** *
11022182 CTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTA
130 CTTTTATTCTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
11022247 ATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCA
195 ATATAGTAATATTTCAAAAATTAATAAATGATTTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAGTTCA
* * *
11022312 AATAGTTGTAACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGCCTTTTTGA
260 AACAGTTGTAACTATATCAACAATTATTTATTTCAACATACAAGCCTTTTTGA
* *
11022365 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAATAA-T-TAA-TAAGACATTTAACAAATAAATT
1 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAA-AATTATAAGTAAGACATTTAAAAAAT-AATT
* * * *
11022426 -TGTTT-GCTGAACTAGTTTAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTA
63 ATGTTTACCT-AACCAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * *
11022488 TAACCCTTTTGTTCTATCGTAAAA-AAATTGTTTTTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
126 TAA-CCTTTTATTCTATCATAAAACAAA-TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * **
11022552 ATACTAATTTAGTAATACTTT-GAAAATTAATAAATAAGATTTAAAAAATGAATCCGTTTATTGA
189 ATACTAATATAGTAATA-TTTCAAAAATTAATAAAT--GATTTAAAAAATAAATCCATTTATCAA
*
11022616 ACCAGTTTAAACAGTT
251 ACCAGTTCAAACAGTT
11022632 AAGGTTATAT
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 34, Indels: 20
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
309 4 0.02
310 72 0.32
311 77 0.35
312 3 0.01
313 63 0.28
314 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (312 bp):
AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAATTATAAGTAAGACATTTAAAAAATAATTATG
TTTACCTAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
TTTTATTCTATCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TATAGTAATATTTCAAAAATTAATAAATGATTTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAGTTCAA
ACAGTTGTAACTATATCAACAATTATTTATTTCAACATACAAGCCTTTTTGA
Found at i:11022828 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11022348--11024971 Score: 1449
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 181
11022338 TTTATTTCAA
* *
11022348 CATACAAGCCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAA-T--TAA-TAAG
1 CATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
11022408 ACATTTAACAAATAAATTTGTTT-GCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
11022472 CTATTTTAAATTGTTATAACCCTTTTGTTCTATCGTAAAAAAATTGTTTTTA-TT
129 CTATTTCAAATCGTTATAA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTT
* * * * *
11022526 TATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATACTTT-GAAAATTAATAAAT-A-
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** ** * * ** *
11022588 AGATTTAAAAAATGAATCCGTTTATTGAACCAGTTTAAACAGTTA-AGGTTATATGAATAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
11022652 TTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCAGCT
129 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * * * *
11022705 CATGCAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
11022770 GATTTAGAAAATAATTCTATTTGTCGAACCAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* ** * **
11022835 ATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
131 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * * * * * *
11022886 AATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * * *
11022951 GATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATTAAACTATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTAACT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
11023016 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGTT
131 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCAGTT
* * ** * * * * * * **
11023067 AATACCATTTTATTTGAAAAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCCAA-
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAG
* * * ** * * * ** *
11023131 AAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAACCAATTCAAATAGTTA-AGATTATAAGAACAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTAT
* * * *
11023195 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTT
129 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
** * * *
11023247 TGTAGAAGTTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * *
11023311 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATTAGTTCAAATGGTTA-AGATTATTAGAATAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTA
* * * * *
11023374 TCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-TTGAGTCATAAAACAATTGGTTCAGTT
128 TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * * * * *
11023428 CATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAATTAATAAGAAAA
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
** ** * * * * * *
11023492 ATTTTTTTAAAATAAATCTATTTGCTTAATA--AGTTCAAATAGTTATTATTATTTTAATAATTG
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAA-ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* * ** * *
11023555 TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGACTTATCATAAAATC-ATTATTTCAATT
128 TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CAATTGTTTCAGTT
* ** * *
11023609 AATACAAGCTTAGAC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTTAAAA-TAATAAGTAA
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * ** * *
11023672 AAAATTTTAAAAAT-AATC-A--AAT--TA--A-TTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * ** *
11023728 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTGAT
129 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * * *
11023781 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAACA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * *
11023846 AATTTAAACAATAAATCTGTTTATCTAACAAATTTAAATAGTTA-AGATTATTTGAACAATTATC
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
11023910 AATCTCAAATCGTTA-AAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-AT
130 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTT
* ** * *
11023961 CATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * * * * *
11024025 AGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTAAAACTAGTAGAAAAAGTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
11024090 TATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TAT
130 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGT-T
* * * * * * * *
11024142 CTTGCAAGCTTATTTGGACTAAAATAAT-CTAA---ATT--TATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** ** *
11024201 TATTTGAAAAAATAAATCTGCTTATCAAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGTAAT-ATTAT
66 GATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AATAATTAT
* * * *
11024265 TTATTT-AACATTGTTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTCAATT
129 CTATTTCAA-ATCGTTATAACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * *
11024318 CATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT---
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT--AAT--ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
11024379 TAAGAGA-TTAAAAGAATAATTTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGA-TGATTTGAACA
61 TAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATA
* * * * *
11024442 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCTG-T
124 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AA---TTGT-TTCAGTT
* * * * * ** * * * **
11024504 CATAAAACAAAGGTT-TTTG--TTCATATAAGT--TTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATT
1 CAT---AC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAA-TACTAATTT---AT-TAATATTTC-AA-AAATT
** * * * ** ** *** * ** * *
11024564 AATATTTAAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATCAGTTCAAATAATT
55 AATAAGTAAGAGATT--TAAAA-A-AT-AAATCTATTTA-TCAAACCAGTTCA--A---ATAGTT
* * * * * *
11024629 ATGAA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-TTTTTATTTTGAT-ATAAAACAA
109 AT-AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAA
*
11024691 TAGTTTCTA-TT
171 TTGTTTC-AGTT
* * * **
11024702 CATACAAGCTTATGT-GGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * * * *
11024766 AAATTCAAAAAATAAATATGTTTACCCAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
11024831 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTT
130 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * *
11024883 CATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAG
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
*
11024947 AGATTTAAAAAAATGAATCTATTTA
65 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
11024972 CCGAACAAAT
Statistics
Matches: 1875, Mismatches: 449, Indels: 240
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
172 124 0.07
173 7 0.00
175 26 0.01
176 99 0.05
177 11 0.01
178 50 0.03
179 82 0.04
180 368 0.20
181 772 0.41
182 108 0.06
183 9 0.00
184 2 0.00
185 11 0.01
186 18 0.01
187 29 0.02
188 3 0.00
189 5 0.00
190 8 0.00
191 5 0.00
192 16 0.01
193 1 0.00
194 17 0.01
195 7 0.00
196 8 0.00
197 18 0.01
198 10 0.01
201 2 0.00
202 50 0.03
203 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT
Found at i:11022838 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11022806--11022838 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11022796 AACCAGTTTA
11022806 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
11022824 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
11022839 CAAATCGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:11023381 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 11022348--11024993 Score: 1657
Period size: 361 Copynumber: 7.3 Consensus size: 358
11022338 TTTATTTCAA
* * *
11022348 CATACAAGCCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAAT-A-AGAC
1 CATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-AATTAATAACAAAA
* * * * * * * * *
11022410 ATTTAACAAATAAATTTGTTTG-CTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
64 ATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCT-AACAAATTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
11022474 ATTTTAAATTGTTATAACCCTTTTGTTCTATCGTAAAAAAATTGTTTTTATTTATACAAGCTTAT
128 ATTTCAAATCGTTATAA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAAGCTTAT
* * *
11022539 TCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATACTTT-GAAAATTAATAAAT-A-AGATTTAAAAAAT
192 TC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * ** * * * ** * **
11022601 GAATCCGTTTATTGAACCAGTTTAAACAGTTAAGGTTA-TATGAATAATTATTTATTTCAAATTG
255 AAATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
11022665 TTATGATCTTTTGTTTCA-TCATAAAACAATT-ATTTCAGCT
319 TTATAACCTTTTGTTT-AGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTT
* * * * * * * *
11022705 CATGCAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAA-CAA-A
* * * * * * * * * * *
11022770 GATTTAGAAAATAATTCTATTTGTCGAACCAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATC
63 AATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAATTCAAATAGTTA-AGATTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * *
11022834 TATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGT
127 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAAGCTTAT
* * * * *
11022899 TCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTA
192 TC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * *
11022964 AATTTGTTTATTAAACTATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATT
256 AATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * *
11023029 ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTTTGTT
321 ATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTTTGTT
* * ** * * *
11023067 AATACCATTTTATTTGAAAAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCCAAA
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAA--CAAA
* * * * **
11023132 AAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATAAGAACAATTATCT
63 AATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCT
* * * ** *
11023197 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTAGAAGTTTATT
128 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAAGCTTATT
11023261 CAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
193 CAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * ** *
11023326 ATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTT
257 ATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * **
11023391 TGACCTTTTGTTGAGTCATAAAACAATTGGTTCAGTT
322 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTTTGTT
* * ** *
11023428 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAATTAATAAGAAAA
1 CATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAACAAAA
** * * * ** * * *
11023492 ATTTTTTTAAAATAAATCTATTTGCTTAATAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTTAATAATTGTC
64 A--TTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * *
11023557 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTGACTTATCATAAAATC-ATTATTTCAATTAATACAAGCTTA
127 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTAATAGAAGCTTA
** * * * * * *
11023621 GACAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTTAAAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
191 TTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
11023685 T-AA------T-C-AAATTAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCA
254 TAAATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
11023741 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTGAT
319 TTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTTTGTT
* *
11023781 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAACA
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAA-CAA-A
* * ** * *
11023846 AATTTAAACAATAAATCTGTTTATCTAACAAATTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCA
63 AATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
11023911 ATCTCAAATCGTTA-AAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATT
128 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAAGCTTATT
*** *
11023975 CGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
193 CAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
11024040 ATATATTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTAAAACTAGTAGAAAAAGTATCTATTTCAAATCATTT
257 ATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * **
11024105 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTCATAT
322 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTTTGT-T
* * * *
11024142 CTTGCAAGCTTATTTGGACTAAAATAAT-CTAA---ATT--TATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAA-CAAAA
** ** * * * *
11024201 TATTTGAAAAAATAAATCTGCTTATCAAATAAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGTAA-TATTA
64 -ATTT-AAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAATTCAAATAGTTA-AGATTATTTG-AACAATTA
* * * * * * **
11024264 TTTATTT-AACATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATACTAGCT
125 TCTATTTCAA-ATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAAGCT
* *
11024328 TATTCAAAATAAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT---TAAGAGA-TT
189 TATTC-AAATAAAAT--AAT--ACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * * * *
11024388 AAAAGAATAATTTTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGA-TGATTTGAACAATTATCTAT
248 AAAA-AATAAATTTGTTTA-CTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACT-ATTAGAATAATTATCTAT
* * *
11024451 TTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AGGTTTTTGTTCTGT
310 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGG-TTTTG---T-T
* *
11024504 CATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
1 CAT---AC-AA-------G--C-T-T-A-----TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * * ** * * * *
11024569 TTAAAAAATTAAT-A-AAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTAT
44 TTCCAAAATTAATAACAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAA-CAAATTCAAATAGTTAA
* * * * * * *
11024631 GAATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-TTTTTATTTTGAT-ATAAAACAATAG
108 GATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG
* * ** * * * **
11024694 TTTCTATTCATACAAGCTTATGTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAAT
171 TTTCTATTAATAGAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** * * * * * * *
11024759 AAGTAAGAAATTCAAAAAATAAATATGTTTACCCAACTAGATCAAATAGTCATGATTATTTGAAT
235 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAAT
* * * * * * * *
11024824 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAGTT
300 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTT
* * * * *
11024883 CATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAG
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA-TTCCAAAATTAATAA-CAA-
* * * * * *
11024947 AGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAATTTAAATAATTAA
62 AAATTT-AAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAATTCAAATAGTTAA
11024994 TCTCTTACTT
Statistics
Matches: 1791, Mismatches: 384, Indels: 222
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
352 83 0.05
353 182 0.10
354 10 0.01
355 26 0.01
356 58 0.03
357 103 0.06
358 125 0.07
359 18 0.01
360 90 0.05
361 445 0.25
362 311 0.17
363 43 0.02
364 1 0.00
365 2 0.00
366 3 0.00
373 1 0.00
375 3 0.00
376 2 0.00
377 1 0.00
378 1 0.00
379 25 0.01
380 5 0.00
382 7 0.00
383 100 0.06
384 113 0.06
385 8 0.00
386 3 0.00
387 3 0.00
388 1 0.00
389 11 0.01
390 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAACAAAAAT
TTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAAGCTTATTCAA
ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACTAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTTTGTT
Found at i:11024003 original size:714 final size:710
Alignment explanation
Indices: 11022348--11024992 Score: 1914
Period size: 714 Copynumber: 3.7 Consensus size: 710
11022338 TTTATTTCAA
11022348 CATACAAGCCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAATAATTAATAAG-AC
1 CATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAA-AATTAATAAGAAC
* * * * * * *
11022410 --ATTT-AACAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
64 AAATTTAAAC-AATAAATCTGTTTCCT-AACAAATTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
11022472 CTATTTTAAATTGTTATAACCCTTTTGTTCTATCGTAAAAAAATTGTTTTTATTTATACAAGCTT
127 CTATTTCAAATCGTTATAA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG-TTTTATTTATAGAAGCTT
** * * *
11022537 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATACTTTGAAAATTAATAAAT-A-AGATTTAAAAAA
190 ATTCATTA-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * * *
11022600 TGAATCCGTTTATTGAACCAGTTTAAACAGTTAAGGTTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTG
253 TAAATATGTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGATTATA-GAATAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * *
11022665 TTATGATCTTTTGTTTCA-TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATGCAAGCTTA-TTCGAAATAGA
317 TTTTGACCTTTTG-TTCAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCTTATTTAG-AATA-A
* * * * * * *
11022728 ATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTG
379 ATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTG
* * * * * **
11022793 TCGAACCAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATTTTTT
444 TCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTT
** * * *** * * *
11022858 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
509 GACTTATCATAAAACAATTATTTCAATTAATACAAGTTAGTACGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * *
11022923 TTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATTAAACTATTTCAA
574 TTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGT-AA------TATCAAACTAATTAAA
* * *
11022988 ATAATTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAA
632 ATAATTATGACCATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAA
*
11023053 CAATTGGTTTTGTT
697 CAATTGGTTTTGAT
* * ** * * * *
11023067 AATACCATTTTATTTGAAAAAAAATAATGCTAATTTAATAATA-TTCCAAAACTTAATAACCCAA
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAA-TTAATAA--GAA
* * * * * * * **
11023131 -AAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATAAGAACAATTAT
63 CAAATTTAAACAATAAATCT-GTTTCCTAACAAATTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
11023195 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTTGTAGAAGTTTAT
127 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTATTTATAGAAGCTTAT
11023260 TCAAATT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
192 TC--ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
11023324 AAATTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
254 AAATATGTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGATTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * *
11023389 TTTGACCTTTTGTTGAGTCATAAAACAATTGGTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTA
318 TTTGACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAA-TA
* ** **
11023454 ATACTAATTTATTAACATTTTAAAAATTAATAAGAAAAATTTTTTTAAAATAAATCTATTTG-CT
382 ATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTGTC-
* * * * * * *
11023518 TAATAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTTAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGA
446 GAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGA
11023583 CTTATCATAAAATC-ATTATTTCAATTAATACAAGCTTAG-AC-AGAATAAAATAATATTAATTT
511 CTTATCATAAAA-CAATTATTTCAATTAATACAAG-TTAGTACGA-AATAAAATAATATTAATTT
** *
11023645 ATTAATATTTCTTAAAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-T-A-ATCAAATTAATTAAAATAA
573 ATTAATATTT-AAAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAAAAGTAATATCAAACTAATTAAAATAA
* * * * *
11023706 TTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAT
636 TTATGACCATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
*
11023771 TGTTTTTGAT
701 TGGTTTTGAT
*
11023781 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAACA
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAG-AACA
* *
11023846 AATTTAAACAATAAATCTGTTTATCTAACAAATTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCA
65 AATTTAAACAATAAATCTGTTT-CCTAACAAATTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
11023911 ATCTCAAATCGTTA-AAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATT
129 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TATTTATAGAAGCTTATT
*
11023975 CGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
193 C-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * **
11024040 ATATATTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTAAAACTAGTAGAAAAAGTATCTATTTCAAATCATTT
256 ATATGTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGATTA-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTT
* * * * * *
11024105 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTGCAAGCTTATTTGGACTAAAATAA
320 TGACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATGCAAGCTTATTTAGAAT-AAATAA
* * * ** *
11024169 T-CTAAATTTATT--C----CAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAATCTGCTTATC
383 TACT-AATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTT-AGAAAATAAATCTATTTGTC
* * * * * * ** *
11024227 AAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGTAAT-ATTATTTATTTAACATTGTTATGACCTTTTG
446 GAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTG-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTG
** * * * * * *
11024291 TTTTGA-CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAATAAAATA
510 ACTT-ATCATAAAACAATTATTTCAATTAATACAAG-TTAGTACGAAATAAAAT--AAT---ATT
* * *** * * * *
11024354 AATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGAGATTAAAAGAA--T-AATTTTATTTACCTAACCAA
568 AATTTATTAATATTT-AAAAA--ATTAATA-AGTAAAA-AATTTAAAAAGTA-ATATCAAACTAA
* ** * * * *
11024416 TTCAAATAATTATGATGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCA
627 TTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
* *
11024481 TAAAACAA-AGGTTTTTGTTCTGT
692 TAAAACAATTGG-TTTTG----AT
* *
11024504 CATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
1 CAT---AC-AA-------G--C-T-T-A-----TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
11024569 TTAAAAAATTAAT-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATAT-TTT--TATCAAATCAGTTCAAATAAT
45 TTCCAAAATTAATAAGAACAAATTTAAACAATAAATCTGTTTCCTAACAAAT---TT-AAATAGT
* * * * * * * *
11024628 TATGAATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-TTTTTATTTTGAT-ATAAAACAA
106 TAAGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAAAA
* * * * * * *
11024691 TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATGTGGATT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAAT
169 TTGTTT-TATTTATAGAAGCTTAT-T-CATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAAT
* * ** * * *
11024755 TAATAAGTAAGAAATTCAAAAAATAAATATGTTTACCCAA-CTAGATCAAATAGTCATGATTATT
230 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTA-T
* * * * * ** * *
11024819 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTC
293 AGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
** * * * ** *
11024884 ATATAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAG
358 ATGCAAGCTTATTTAG-AAT-AAATAATACTAAT-TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAA
* * ** * *
11024947 AGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAATTTAAATAATTA
420 AGATTT-AGAAAATAAATCTATTTGTCGAACAAGTTCAAATAATTA
11024993 ATCTCTTACT
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 288, Indels: 176
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
708 22 0.01
709 101 0.07
710 6 0.00
711 3 0.00
712 1 0.00
713 36 0.02
714 387 0.25
715 16 0.01
716 3 0.00
717 4 0.00
718 13 0.01
719 121 0.08
720 3 0.00
721 53 0.03
722 30 0.02
723 337 0.22
724 26 0.02
726 2 0.00
727 2 0.00
734 1 0.00
736 8 0.01
737 1 0.00
738 1 0.00
739 6 0.00
740 58 0.04
741 194 0.13
742 9 0.01
743 1 0.00
744 40 0.03
747 51 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (710 bp):
CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGAACAA
ATTTAAACAATAAATCTGTTTCCTAACAAATTTAAATAGTTAAGATTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTATTTATAGAAGCTTATTCAT
TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGATTATAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCT
TTTGTTCAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAATAATACTAATT
TATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTGTCGAACAAGTTC
AAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGACTTATCATAA
AACAATTATTTCAATTAATACAAGTTAGTACGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAA
AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAATATCAAACTAATTAAAATAATTATGACCATTTGAA
TAATTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGAT
Found at i:11024504 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11024468--11024525 Score: 107
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
11024458 CATTATAAAC
*
11024468 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAGGT
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAAGGT
11024493 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAAGGT
1 TTTTGTTCTGTCATAAAACAAAGGT
11024518 TTTTGTTC
1 TTTTGTTC
11024526 ATATAAGTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 32 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.16, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
TTTTGTTCTGTCATAAAACAAAGGT
Found at i:11025613 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 11025198--11025712 Score: 409
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 182
11025188 TTTTGAAATA
* * * * * * *
11025198 TTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTTATGA
1 TTAATAAATTAGA-ATTAATTTATTCCAAATAAGCATGTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGA
* * ** * * * * * ** *
11025261 CA-AAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATTCATAATCT-TTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC
64 -AGAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGACAAT-TATGCGAATAGTCATAACCATTTGAAC
** * * * * ** * *
11025324 TGATTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTAGGAAATA
127 TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTTTTTCTTATTAAATTTCTG-AGTG
* * ** * * *
11025379 TTAATAAATTAGAATTATTTTCTTCCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTAT-AAG
1 TTAATAAATTAGAATTAATTTATTCCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAG
* * * * *
11025443 AAATCAAAAGGTCATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCGAATAGTGATAACTATTTGAACGT
66 AAA-CAAAAGGTCAGAACAATT-TAAAATAGACAATTATGCGAATAGTCATAACCATTTGAAC-T
*
11025507 G-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATTTTTTTTCTTATTAAATTTCTGAGTG
128 GATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTTTTTCTTATTAAATTTCTGAGTG
* * * * **
11025561 TTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACT
1 TTAATAAATTAGAATTAATTTATTCCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAG
** * * * *
11025626 AAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATACTTATGCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGAT
66 AAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGACAATTATGCGAATAGTCATAACCATTTGAACTGAT
11025691 TTGGTAAACAAATTTATTTTTT
131 TTGGTAAACAAATTTATTTTTT
11025713 AAATCCTTAT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 54, Indels: 23
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 6 0.02
181 109 0.41
182 142 0.53
183 10 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTAATAAATTAGAATTAATTTATTCCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAG
AAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGACAATTATGCGAATAGTCATAACCATTTGAACTGAT
TTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTTTTTCTTATTAAATTTCTGAGTG
Found at i:11026246 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 11026002--11026252 Score: 349
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
11025992 TAACAATTTA
* * * *
11026002 AAATAGATAATTGTTCGAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTGTTA
1 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTGTTA
*** * * *
11026067 AATGTTTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
66 AATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATG
11026132 TTG
131 TTG
* * * *
11026135 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTGTTA
* * *
11026200 AATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTCCTTTATTCCAAA
66 AATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAA
11026253 CAAACTTATA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 17, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
133 101 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (133 bp):
AAATAAATAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTGTTA
AATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATG
TTG
Done.