Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19587844
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 60 of 105
Found at i:11026683 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11026300--11034054 Score: 3435
Period size: 181 Copynumber: 43.0 Consensus size: 181
11026290 AGTATAGTGT
* * * * * * ** *
11026300 TAACTATTTGAA-TCAGTTTGGCAATTAGATTTATTATTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTTA
1 TAACTATTTGAACT-GGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * *
11026363 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATATA-ATAGTATGAACAGAATCAATTGTTT
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATA-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
* * * * * * * * *
11026426 CATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCA
127 TATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * *
11026481 AAACTACTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * * *
11026546 GTATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTATTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* * *
11026611 ACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTTA
131 ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * * *
11026662 TAATTATTTCAATTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTGCTTATAAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * **** *
11026727 ATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* * ** * * *
11026792 ATAAAACAAAAGGTTGTAACAA-TTGCAAATATATAATT-TTTCATATAGTCT
131 ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTT-AAATAGTCA
* * ** * * * *
11026843 TAATTGTTTGAACTAATTCGACT-AATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTG-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
** *
11026907 GAATATTACCAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
11026971 ATTATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
128 ATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * *
11027025 TAATTATTTGAACTTGTTCGGTAGAT-GAATTTACTTTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATC
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAG-ATTTA-TTTTT--T--A-A-A--T-C-TCTT--A-C
* * * * ***
11027089 TTTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGA
51 --TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
11027154 AAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTT-TTTCAATTG
114 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTT-AAATA
*
11027217 GCCA
178 GTCA
* * * * * *
11027221 TAACCATTTGAACTGATTTAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAACTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * * *
11027285 AATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAGCTAAAACAATTATTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * *
11027350 AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * *
11027402 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTTATTTTTTT
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTT
* * ** *
11027467 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTAT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * *
11027532 ATGACTAAACAAAAAGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAAATATTCT-AATAGTCT
128 ATGACAAAACAAAAAGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCA
** * * * *
11027586 TAACTATTTGAACCAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * * *
11027647 ATGTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGATTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * ** * ** *
11027711 GAGAAAATAAAGA-TCATAACTCTTTG--A-A-CTAA-T-TCAAAATAG-CTT
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-A
** * * * * * * ** ** * ** *
11027756 TAGGT-TTTAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTGAAATA-TTAGTAAA-GTAGTA-TTAGTTTATT
1 TAACTATTTGAA---CTGGTTTGGTAA--ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATT
* * * ** ** ** * * **
11027817 TTGGATAAATTTTTATAACCAAAACAATTATTTTATCACAAAATAAAAGGTCATAATG-ACTTTA
60 TT--TTAAATATTAATAA--ATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT--AAGCTTGT-ATGAAC---A
* ** * * * *** *** * *
11027881 AATAGAAAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTG-AACT--TGTTTTGTAAATAGATTTATTTTT
114 AA-A-ACAATTATT-TTAT-GACAAAACAAAAAGTAA-TAACAATTTG-AAATAGA-TAATTGTT
*
11027943 TAAAT-CTC-
172 TAAATAGTCA
* * * * *
11027951 TTACTCA-TT-AA-T--TTT--TCAA-A-ATTTA----AT-AATTTATTA-TTATT--TTATTTT
1 TAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTT
* * * * *** * * * * ****
11027999 AAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATCACTAAAAAAAAAAGGTCAGAATGATTTGA
64 AAAT-A--TT-AATAAATT--AGT-ATTATTTTAT---T--TCGAATAAGCT-TGTATGAACAAA
* * * ** * * * * * * * *
11028064 AATAGATAATTGTTCT-A-ATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAAGACATCTATTTTT
116 AACA-ATTATT-TTATGACA-AAACAAAAAGTA-AT-AAC-AATTT-G-AAATAGAT-AATTGTT
*
11028126 TAAA-A-TCTC
172 TAAATAGTC-A
* * * * * ** * * * **
11028135 TTACT-TATT-AA-T--TTTTG-AAATATTATTAAATTCGTATTAT-T-TTAATTTGAATAAGCT
1 TAACTAT-TTGAACTGGTTTGGTAAATA-GATTTATTTTTTA-AATCTCTT-ACTT-ATTAATTT
* * * ** * *** *** * * *
11028192 TGTATGACAAGAA-ACAATT-GTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGTATAA
61 TTTA-AATATTAATA-AATTAGTATTAT---TTTATTTCGA--ATAA-G-CTTG-TAT-G-A-AC
* * * ** * * *
11028255 ATAAAAGCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTGTAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
113 A-AAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
*
11028320 TTAGTCA
175 ATAGTCA
* * * ** * * * *
11028327 AAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCATATTTACTTTTTTAAATATTTTACCTATTAATTTTTTA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * * * *
11028392 AATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTAATAAAAATAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * ** *
11028457 GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATGCAAATAGTTA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* ** * * * * * *
11028509 TAATTATTTGAACTGGTTTCATAAATAGAATTATTTTCTAAATTTTTTCCTTATAAATTTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * *** * * *
11028574 ATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTACGAATAAGCTT-CATGAATTGAAATAGTTGTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
11028638 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCATATAGCCT
131 ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * **
11028690 TAACTGTTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * ** * * * *
11028755 ATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * * *
11028820 ATAGAA-TAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATAGACA
131 ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* **** * * * *
11028870 TAACTATTTGAGCTGGTTCAACAAACAGATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * **** *
11028931 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTTGTAT-CTTGAAAACAATTGTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* ** * * *
11028995 ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT-AAGATAGATAGTTGTTTAAATGGACA
131 ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * *
11029046 TGATTATTTGAATTGATTTGGTAAACT-GATTTATTTTTGAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * *
11029110 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* ** * ** * * *
11029175 GACAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGCTAATTGTTGAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * *
11029227 TAACTATTT-AGACTTGTTCGGTAAACAAATATT-TTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTT
1 TAACTATTTGA-ACTGGTTTGGTAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * * ** * *
11029290 GAATGTCAATAACTTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTAT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * ** * * *
11029354 ATGACTAAACAAAAGGTTAA-AATGATTTAAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCT
128 ATGACAAAACAAAAAG-TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCA
* * * *
11029408 TAACTATTTGAACTGGTTCGAT-AATCACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * **
11029467 GAATATTATTCAGTTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTACGT
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTT
* * * ** * * *
11029530 TATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGACT-GATATTTGTTCAAATAGTCA
127 TATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
11029584 TCACTATTTGAAGTGGTTTAGAAAACAGCTTCAATTTTT-AATCTC-TAGGTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTTA
* * * * * * *
11029647 AATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATGAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * *
11029711 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAAGTAATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * *
11029764 -AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTC
1 TAA-CTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * ** * *
11029828 AAATGTT-ATAAATTAGTATTGTTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * *
11029891 ATGACTAAACAAAAGGTTAA-AACTATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCT
128 ATGACAAAACAAAAAG-TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCA
* * * * * * **
11029945 TAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * *
11030010 ATGTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAA-TAGTTTTA
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTA-TTTTA
* * * * * *
11030073 TGACAGAA-GAAAGGTCATAA-AGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAAGTAATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * **
11030125 TAAATATTTTAACTGTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTATCAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * *** *
11030185 AATATTAATAGATTAGTACTATTTTA-TCCTGAATAA--TTATCCATGAATGGAAACAATTGTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGT--ATGAACAAAAACAATTATTT
* * * * * *
11030247 TATGACAAAACAAAATA-TCATTACAGTTTGAAATAGGTAATAGTTTAAATAGACA
127 TATGACAAAACAAAA-AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * *** ** * * **
11030302 TGATTTTTTAAACTTACTCAGTAAACAAATTT-TATTTTTAAAT-TGCAAACTTATTAA-TTTTT
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * ** * *
11030364 AGAATACTGATAAAGTAGTATTATATTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
64 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * * *
11030429 ATGACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCA
128 ATGACAAAACAAAAAG-TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * * **
11030483 TAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * **
11030548 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
11030613 ACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAAT-GACA
131 ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
**** * *
11030662 TAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * *
11030724 GAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGGATGAAC-AAAACTAATTCTT
64 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AATTATT
* * * *** * *
11030786 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCA
126 TTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
** * * * * * * * *
11030842 TAACTATTTG-ACTTATTTGATAAATATATTCT-TTTTGATAATTATCTTACTCATTAAGTTTTG
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATT-TATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * * *** *
11030905 GAATATTAATAAATTAGTACTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTATTTTA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* ** * * ** * * *
11030970 TTACAAAAGGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGA
129 TGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * **
11031023 TGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * * * *
11031088 ATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* * * ** *
11031153 ACACAACAAAAAGTCATAACAAGTTT-AAATAAAT-ATTACTCAAATAGTCA
131 ACAAAACAAAAAGTAATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * * * *
11031203 TCA-TGATTTG-A-TTGTTCGGCAAACAGATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCA
1 TAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * ** * * *
11031264 TAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGGATGAACATAAAAGAATTCTTTT
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
11031329 ATGATAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
128 ATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * ** *** * *
11031383 TAATTATTTAAATTTATTCAATAAATAGATTCT-TTTTTCAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTT
* * * * ** * * *
11031446 GATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTAAAACTATTCTTTAA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* ** * *
11031511 TGACAAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAAGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * * * * * **
11031564 TGATTATTT-AATCTAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCGA
1 TAACTATTTGAA-CTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * *
11031628 TATATTAATAAATTAGTATTATTTTA----AAATAAGCTTGTATGAATATAACCCATTATTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * *
11031689 AATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTG----A-ATAATTGCTCAAATAGTTA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * *
11031736 TAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTCTTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * * * * * * *
11031797 ATATTAAGAGATTAGTATTGCTTTT-TTCCTAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * ** * * * *
11031861 GACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * *** * * *
11031913 TAATTATTTGAACTAGTTCACTAAACATAATTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * **
11031977 ATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGGATGAATTCAAACAA-ACCTATTT
66 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAA-AACAATTATTT
* * * * * * * **
11032040 TATGACAAAATAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTT
127 TATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * ** * * * * **
11032095 TAAATATTT-AACCTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTT-AATTTCTTAGTTATTAATTTTTGG
1 TAACTATTTGAA-CTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * * * *
11032158 AATATTATTAGATTAATGTTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * ** ** * * *
11032223 GACAGAACTAAAGGTTATAAGGATTTGATGT-TACAATTGTTCAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * * * *
11032274 AAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAGTTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * ** * * ** * * *
11032339 AGAATTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTCTTATA
66 A-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
11032404 TGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTGACATAGCCA
129 TGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * ** * *
11032457 TAATTATTTAAACTGATTCT-GTAAATAGATTCACCTTTTAAA----TTACTTATTAAATTTTGA
1 TAACTATTTGAACTGGTT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * *** *
11032517 AATATTAATAAA-TAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * *
11032581 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGAAAATTGTTTATATAATCT
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
** * *
11032633 TAACTATTTGAACTATTTTGGCAAACT-GATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * *** *
11032695 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TATATGAATTGAAACAATTGTTTT
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * *
11032759 ATAATAGAAC-AAAAGATTATGACAATTTGAAATAGATAATTG------T--TCA
128 ATGACAAAACAAAAAG-TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
11032805 -AA-TA--GGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * *
11032866 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
** * * * * *
11032929 GACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGCCA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * *** * * *
11032981 TAATTACTT-AAATCAATT--CAAATA-ATTTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTCA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * ** *
11033038 AATATTAGTAAA-TAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTGTGAATTAAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
11033101 TGATAGAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAG-TCAAATTGACTATTCAAGTAGTCA
129 TGACAAAACAAAAAGTAATAA-CAATTTGAAATAGAT--AATTG--T-TT-AAATAGTCA
** * * * *
11033159 -AATCTATTTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTT
1 TAA-CTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * *** * *
11033223 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * ** * * *
11033287 ATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTAAAATAAATAATTGTTCT-AATAGTCT
128 ATGACAAAACAAAAAGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCA
* ** * * * * **
11033341 TAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * *
11033406 ATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAGCAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTAT
* * * * * *
11033470 AACAAAATAAAGA-TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * *
11033521 TAACTATTTGAAAT-ATTTGG-ATAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * ** * * * *
11033580 AATATTAATAAATAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTTTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * *
11033645 AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAT-A
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG-TCA
* * * *** ** * **
11033697 TGACTATTTGAGCTAGTTCAATAAACCGATTTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
* * * * * * *
11033762 AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * * * **
11033827 GACAAAGC-AAAAGATCATAACCATTTGAAATAAATAATTGCTCAACCAGTCA
130 GACAAAACAAAAAG-TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * * *
11033879 TAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * ** *
11033944 ATATGAATATACTT-GTATTATTTTATTTTGAATATGCATGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAA
66 ATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * *
11034008 GACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT-GAATAATAGTTTAAAT
130 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTTAAAT
11034055 TGTTGGGATT
Statistics
Matches: 5789, Mismatches: 1404, Indels: 762
0.73 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 94 0.02
169 69 0.01
170 17 0.00
171 4 0.00
172 129 0.02
173 76 0.01
174 20 0.00
175 118 0.02
176 387 0.07
177 328 0.06
178 252 0.04
179 336 0.06
180 739 0.13
181 1736 0.30
182 732 0.13
183 160 0.03
184 133 0.02
185 13 0.00
186 36 0.01
187 68 0.01
188 21 0.00
189 18 0.00
190 10 0.00
191 18 0.00
192 20 0.00
193 23 0.00
194 11 0.00
195 34 0.01
196 108 0.02
197 62 0.01
198 17 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
Found at i:11027414 original size:559 final size:565
Alignment explanation
Indices: 11026497--11027598 Score: 1319
Period size: 559 Copynumber: 2.0 Consensus size: 565
11026487 CTTGAAATGG
* * * * *
11026497 TTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAGTATTAATAAATTAGT
1 TTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TGATTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGT
* *
11026562 ATTATTTTGTTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAA
65 ATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAA
* * ** ** * * *
11026627 TAATAATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTCAATTGGTTTGGTAAATAGAA
130 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACCATTTCAACTGATTTAGTAAATAGAA
* * * * **
11026692 TTATTTTCTAAATCTCTTGCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTCA
195 TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAACTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTCTATTTCA
* * * * * **
11026757 AATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTGTAACAATTGCAAAT
260 AATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTGCAAAT
* * * * * * **
11026822 ATATAATTTTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTAATTCGACT-AATGGATTTATTTTTT-AAA
325 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTCAAA
*
11026885 TCTCTTAG-TTATTAATTTTTTAGAATATTACCAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTT
389 TCTCTT-GCTTATTAATTTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTT
* * * * * * * *
11026948 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTA-TAGAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATT
453 GTATGAACAAAAACAATTATTATATGACTA-AACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAGATAAAT
* *
11027012 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAGATGAATTTACTT
517 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGATGAATTTACTT
11027061 TTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCT-TT-T-ATTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTA
1 TTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATGATTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTA
* * * ** *
11027123 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGT-TGAAAAA-CATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAA
66 TTATTTTATTTCAAACAAACTTATAT-TAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAA
* * * * *
11027186 TAACGATTTGAAATAGATAGTT-TTTCAATTGGCCATAACCATTTGAACTGATTTAGTAAACTA-
130 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTT-AAATAGCCATAACCATTTCAACTGATTTAGTAAA-TAG
* * * * *
11027249 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTT
193 AATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAACTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTCTATTT
*** * **
11027314 TGGATAAGCTTTTATGAGCTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAA
258 CAAATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTGCAA
** *
11027379 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAA
323 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAA
* * * *
11027444 ATCTCTTGCTTATTTATTTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTGAATAAGCTT
388 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTT
** *
11027509 GTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAAATA
453 GTATGAACAAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAGATAAATA
* *
11027574 TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
518 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
11027599 CAGTTTGGCA
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 82, Indels: 19
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
558 4 0.01
559 225 0.50
560 100 0.22
561 87 0.19
562 2 0.00
563 2 0.00
564 28 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (565 bp):
TTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATGATTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTA
TTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAAT
AACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACCATTTCAACTGATTTAGTAAATAGAAT
TATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAACTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTCTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTGCAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATC
TCTTGCTTATTAATTTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTA
TGAACAAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAGATAAATATTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGATGAATTTACTT
Found at i:11027418 original size:377 final size:378
Alignment explanation
Indices: 11026712--11027419 Score: 933
Period size: 377 Copynumber: 1.9 Consensus size: 378
11026702 AATCTCTTGC
* * *
11026712 TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGA
1 TTATAAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AGTTGA
* * * ** * *
11026777 AATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTGTAACAATTGCAAATATATAATTTTTCATATAGTC
65 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTGCAAATAGATAATTTTTCATATAGCC
* *** * *
11026842 TTAATTGTTTGAACTAATTCGACTAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTA
130 ATAACCATTTGAACTAATTCGACTAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATCTTTTA
* * * * *
11026907 GAATATTACCAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
195 AAATATTAACAAAGTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * *
11026972 TTATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
260 TAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
11027037 CTTGTTCGGTAGATGAATTTACTTTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTT
325 CTTGTTCGGTAGATGAATTTACTTTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTT
* *
11027091 TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GTTGAA
1 TTATAAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATAGTTGAA
* * *
11027155 AAACATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTG-AAATAGATAGTTTTTCA-ATTGG
66 AAA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAC-AATTGCAAATAGATAATTTTTCATA-TAG
* * * *
11027218 CCATAACCATTTGAACTGATT-TAGTAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-CT
128 CCATAACCATTTGAACTAATTCGACT-AA-TGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATCT
* * * * * *
11027280 TTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAGCTAAAACAATTAT
191 TTTAAAATATTAACAAAGTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
*
11027345 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
256 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
11027410 TGAACTTGTT
321 TGAACTTGTT
11027420 TGATAAACAG
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 43, Indels: 12
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
377 134 0.48
378 89 0.32
379 58 0.21
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (378 bp):
TTATAAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATAGTTGAA
AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTGCAAATAGATAATTTTTCATATAGCCA
TAACCATTTGAACTAATTCGACTAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATCTTTTAA
AATATTAACAAAGTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGGTAGATGAATTTACTTTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTT
Found at i:11027593 original size:184 final size:175
Alignment explanation
Indices: 11027061--11027717 Score: 623
Period size: 184 Copynumber: 3.7 Consensus size: 175
11027051 GAATTTACTT
* * * *
11027061 TTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAGTA
1 TTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * *
11027123 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT-AA
64 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACTGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAA
* * * * * *
11027186 TAACGATTTGAAATAGATAGTTTTTCAATTGGCCATAACCATTTGAACTG
128 -AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTG
* ** *
11027236 ATTT-AGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAAGTA
1 -TTTGA-TAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
11027300 GCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAGCTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGT
61 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-CTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * *
11027365 CATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
125 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TG
*
11027418 TTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTTATTTTTTTGAATATTAATAAATTA
1 TTTGATAAACA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTT-CTTA-TTA-ATTTTTGAATATTAATAAATTA
* * *
11027483 GTATTATTTTATTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAG
61 GTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
* * *
11027548 TCAAAACAATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCAG
124 TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAA-CTG
** * *
11027602 TTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTGAAATGTTATTAAATTAGTA
1 TTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
11027664 TTATTTT-TATCCGAATAAGATTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA
64 TTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-CTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
11027718 TAAAGATCAT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 59, Indels: 45
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 22 0.06
177 42 0.11
178 30 0.08
179 4 0.01
180 48 0.12
181 84 0.21
182 23 0.06
183 34 0.09
184 109 0.27
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
TTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAAC
AATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTG
Found at i:11028197 original size:184 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11027760--11028254 Score: 543
Period size: 184 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
11027750 TAGCTTTAGG
* * * * * *
11027760 TTTTAAATCTCTTGCTTGTTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTAGTTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * *
11027825 ATTTTTAT-AACCA-AAACAATTATTTTATCACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGA
66 GCTTGTATGAA--AGAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGA
* * * * * * *
11027887 AAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTTTGTAAATAGATTTATT
128 TAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACTAGTTTAGCAAAGACATCTATT
* * * * *
11027940 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCAAA-ATTTAATAATTTATTATTATTTTATTTTAAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
11028004 AGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATCACTAAAAAAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAG
65 AGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATCAC--AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* *
11028069 ATAATTGTTCTAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTTAGCAAAGACATCTATT
127 ATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTAGTTTAGCAAAGACATCTATT
* * *
11028123 TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATTTGAATA
1 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
11028188 AGCTTGTATGACAAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGTA
65 AGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-A
11028252 TAA
128 TAA
11028255 ATAAAAGCAA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 43, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 57 0.22
181 44 0.17
182 7 0.03
183 70 0.27
184 80 0.31
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
GCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACTAGTTTAGCAAAGACATCTATT
Found at i:11028462 original size:239 final size:240
Alignment explanation
Indices: 11028023--11028463 Score: 556
Period size: 239 Copynumber: 1.8 Consensus size: 240
11028013 GAATTGAAAT
* * *
11028023 AATTGTTTTATCACTAAAAAAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCA
1 AATTGTTTGATCACTAAAAAAAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCA
* * *
11028088 TAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAAGACATCTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 AAACTATTTGAAATAGTTTAGCAAAGACATCTATTTTTTAAAATCTCTTACCTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
11028153 AATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGACAAGAAACAATTGTTTTAT
131 AATATTAATAAACTAGTATTATTTTAATTTGAACAAACTTATATGACAAAAAACAATTGTTTTAT
11028218 GACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGTATAAATAAAAGC
196 GACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGTATAAATAAAAGC
* * *
11028263 AATTGTTTGATGAC-AAAATAAAAAGGT-TGTAATAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATTAGT
1 AATTGTTTGATCACTAAAAAAAAAAGGTCAG-AATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAGT
* * * *
11028325 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGC-AAGCATATTTACTTTTTTAAATAT-T-TTACCTATTAATT
64 CAAAACTATTTGAAATAGTTTAGCAAAG-ACATCTA-TTTTTTAAA-ATCTCTTACCTATTAATT
* * *
11028387 TTTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTT-ATTTCGAACAAACTTATATTA-ATAAAAATAATT
126 TTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAATTT-GAACAAACTTATATGACA-AAAAACAATT
11028450 GTTTTATGACAAAA
189 GTTTTATGACAAAA
11028464 CAAAAGGTAA
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 23, Indels: 15
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
238 11 0.06
239 136 0.80
240 22 0.13
241 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (240 bp):
AATTGTTTGATCACTAAAAAAAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCA
AAACTATTTGAAATAGTTTAGCAAAGACATCTATTTTTTAAAATCTCTTACCTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAACTAGTATTATTTTAATTTGAACAAACTTATATGACAAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGTATAAATAAAAGC
Found at i:11029554 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 11028297--11034027 Score: 3110
Period size: 538 Copynumber: 10.7 Consensus size: 535
11028287 GGTTGTAATA
* * * * ** * *
11028297 ATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCATATTTACT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTA-T
* * * * * * *
11028362 TTTTTAAATATTTTACCTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAAC
65 TTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAA-
* * * * * * * *
11028426 A-AA-CTTATATTAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATA
123 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTAAGATA
* * * * * * *
11028489 GATAATTATGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTT-CATAAA-TAGAATTATTTTCTAAAT
186 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGA-AAACT-GATTTATTTT-TAAAT
* * * * * * * * * *
11028552 TTTTTCCTTATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTA-TTACGAATAAGC-TTCA
247 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AAATAAGCTTTGA
* * * * * ** * *
11028615 TGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTT
311 TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT-AGATAATTGTT
* * * * * ** * * * * * * *
11028680 CATATAGCCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGGCAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCATAGTTAT
375 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATATT-TTTTTCAAATCTCTTACTTAT
*** * * * ** * * *
11028744 TAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAC
439 TAATTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAT
* * * * * * *
11028808 AATTTTTTTATGATAGAA-TAAAGGTTATAATA
503 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
** * * * * * *
11028840 ATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATAGACATAACTATTTGAGCTGGTTCAACAAACAGATTTCTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATT
* * * *
11028905 TTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAGAAAAAGC
66 TTTTAAATCTCTTATTAATT-TTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTA-AATAAGC
**** * * * * *
11028968 TTGTATCTTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAGATAGATAGTT
129 TTGTATGAAAAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTAAGATAGATAATT
* * * * * * *
11029033 GTTTAAATGGACATGATTATTTGAATTGATTTGGTAAACTGATTTATTTTTGAAATCTCTTATTT
193 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGAAAACTGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTT
* *** *
11029098 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAA
256 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTGATGAACTAAAA
* * * *
11029163 CAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGCTAATTGTTGAAATAGTCAT
321 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
11029228 AACTATTTAGACTTGTTCGGTAAACAAATATTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAA
386 AACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATATTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
* * * * *
11029293 TGTCAATAACTTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTATATGA
451 TATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATGA
* *
11029358 CTAAACAAAAGGTTAAAATG
516 CAAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * *
11029378 ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAATCACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATT
* *
11029443 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGAATATTATTCAGTTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTT
* * * * * *
11029508 GTATGATAAAAAACAATTACGTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGACT-GATATTTG
131 GTATGA-AAAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTAAGA-TAGATAATTG
* * * * * * *
11029572 TTCAAATAGTCATCACTATTTGAAGTGGTTTAGAAAACAGCTTCAATTTTT-AATCTC-TAGGTT
194 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGAAAACTGATT-TATTTTTAAATCTCTTA-CTT
* * * * * * *
11029635 ATTAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATGAGTTTTTATGAACTAAAA
256 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTGATGAACTAAAA
*
11029700 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-
321 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
11029764 AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTC
386 AA-CTATTTAAACTTATTCGGTAAACA-A-ATATTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * *
11029828 AAATGT-TATAAATTAGTATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTA
448 GAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTA
* *
11029892 TGACTAAACAAAAGGTTAAAACT-
513 TGACAAAACAAAAGGTCAAAA-TG
* * * * **
11029915 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATT
* * * *
11029980 TTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTT-GGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
66 TTTTAAATCTCTTA--T--T-AATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATA
* * * * *
11030044 AGCTTGTATGAAAAGAAACAA-TAGTTTTATGACAGAAGAAAGGTCATAAAGATTTGAGATAGAT
126 AGCTTGTATGAAAA-AAACAATTA-TGTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTAAGATAGAT
* * * * *
11030108 AATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTTAACTGTTTTGGTAAA-TAGATTTTGTTTTTAAA--TCT
189 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGAAAACT-GA-TTTATTTTTAAATCTCT
* ** * * * * *
11030170 T--TTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTATCCT-GAATAA--TTATCCATG
251 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAAAATAAGCTT-T-GATG
* ** * * *
11030230 AA-TGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATTACA-G-TTTGAAATAGGTAATAGTT
313 AACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TA-ATGATTTTAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * **
11030292 TAAATAGACATGATTTTTTAAACTTACTCAGTAAACAAAT-TTTATTTTTAAAT-TGCAAACTTA
375 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATATTT-TTTTCAAATCT-CTTACTTA
* * * * * ** *
11030355 TTAATTTTTAGAATA-CTGATAAAGTAGTATTATATTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAA
438 TTAATTTTTGGAATATC-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAA
* * * *
11030418 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACG
501 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * *
11030453 ATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACACATTTAT
* ** * * *
11030517 TTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAAA
65 TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCT-AAA
* * *
11030581 -AAGCTTTTATGAACAAAAACAATT-GGTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATA
124 TAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATG-TTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTT-AAGATA
* * * ** * *
11030643 AATAATTCTTCAAAT-GACATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAAT
186 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT-TTGGAAAACT-GATTTA-TTTTT-AAAT
* * * *
11030706 -T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGA
247 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTGA
* * *
11030768 TGAAC-AAAACTAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGT
311 TGAACTAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT-AAATAGATAATTGT
* * * * * * *
11030831 TCAGATAGTCATAACTATTT-GACTTATTTGAT-AA-ATATATTCTTTTTGATAATTATCTTACT
374 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATATT-TTTTTCA-AA-TCTCTTACT
* * * * * *
11030893 CATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTACTATCTTACTT-CAAATAAGCTTATATGAATTGA
436 TATTAATTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
* * * ** *
11030957 AACAAGTATTTTATTACAAAAGGAAAGGTCATAATG
500 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * * * *
11030993 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATT
* * * * * **
11031058 TTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATT-TATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
66 TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAGAATATTAT-TAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATA
* * * * * * * *
11031122 AACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACACAACAAAAAGTCATAACAAGTTTAA-ATAAA
126 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGA-TTTAAGATAGA
** * * * * *
11031186 T-ATTACTCAAATAGTCATCA-TGATTTG-ATTGTTCGGCAAACAGATTTATGTTTTAAATCTTT
188 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATTGTTTGGAAAACTGATTTAT-TTTTAAATCTCT
* * * * *
11031248 TACTTATTAA-TTATCATAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGGATGAA
251 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTGATGAA
* * * * * * *
11031312 CATAAAAGAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAA
315 C-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** * *
11031376 ATAGTCATAATTATTTAAATTTATTCAATAAATAGAT-TCTTTTTTCAAATCTCTTTA-TTATTA
378 ATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATAT-TTTTTTCAAATCTC-TTACTTATTA
* * *** * *
11031439 ATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTAAAACT-A
441 ATTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA-TAA
* *
11031503 TTCTTTAATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
505 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * ** *
11031534 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTT-AATCTAGTTTGGCAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * * *
11031598 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTC-GATATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA---AAAT
65 TTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTCAGA-ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAAT
* * * * * * * *
11031658 AAGCTTGTATGAATATAACCCATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTT--G--A-A
125 AAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTAAGATAGA
* * *
11031718 TAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAA-TAGATTTATTTTTTAAA--T
188 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGA-AAACT-GATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * *
11031779 C--ACTTCTTAATTTTTGAAATATTAAGAGATTAGTATTGCTTTT-TTCCTAACA-AA-CTTAT-
249 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT--TAAAATAAGCTT-TG
* * * * *
11031838 ATGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTAT
310 ATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGT
* * * **
11031902 TCAAATAGTAATAATTATTTGAAC-TAGTTCACTAAACATAAT-TATTTTTT--AATCTCTTACT
374 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGGTAAACA-AATAT-TTTTTTCAAATCTCTTACT
** * * * * *
11031963 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGGATGAATTC
436 TATTAATTTTTGGAATATCAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAACTG
* * * * * *
11032026 AAACAAACCTATTTTATGACAAAATAAGAGGTCATAACG
499 AAA-TAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
* * ** * * *
11032065 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTT-AACCTGGTTCGACAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCGATAAACACATTTAT
* * ** * * * **
11032129 TTTTTAATTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATGTTA-TTTTATTCCGAATA
65 TTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCTAAATA
* * * * * * *
11032193 AACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACTAAAGGTTATAAGGATTT--GAT-GTT
126 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTAAGATAG--
* * * * * * *
11032255 ACAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACCTT
187 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGAAAACTGATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * *
11032320 TTACTTATTAGTTTTTGAAAGAATTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAAGC-TTGAAT
250 TTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTTG-AT
** * * * * * * *
11032384 GTTC-AAATACAATTCTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTG
312 GAACTAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * **
11032448 ACATAGCCATAATTATTTAAACTGATTCTGTAAATAGAT-TCACCTTTT-AAA----TTACTTAT
376 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATAT--TTTTTTCAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * *
11032507 TAAATTTTGAAATATTAATAAA-TAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
439 TAATTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATA
* * *
11032571 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
504 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * * * * ** * ** **
11032603 ATTTGAAAAAGAAAATTGTTTATATAATCTTAACTATTTGAACTATTTTGGCAAACTGATTTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATT
* * *
11032667 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATA
66 TTTTAAATCTC----TTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCTAAATA
* ** * * * * * * * * *
11032731 AGAC-TATATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGATTATGACAATTTGAA-ATAG
126 AG-CTTGTATGAA-AAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTT-AAGATAG
* *
11032794 ATAATTGTTCAAATAG---GAAC----TG-A----TTCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCT
187 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGA-AAAC-TGATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * *
11032846 CCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAGGC-TTGTAT
249 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTTG-AT
** ** * *
11032909 G-A-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTC
312 GAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
11032972 AAATGGCCATAATTACTTAAA-TCAATTC---AAA-TAAT-TTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTA
376 AAATAGTCATAACTATTTAAACT-TATTCGGTAAACAAATATTT--TTTTCAAATCTCTTACTTA
** * * * * * * * * * *
11033027 TTAATTTTTCAAATATTAGTAAA-TAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTGTGAATTAAAAC
438 TTAATTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAT
* * * *
11033091 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAATG
503 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
* ** * *
11033124 ACTTT-AAATAG-TCAAATTGACTATTCAAGTAGTCA-AATCTATTTGAACTTTTTTGGTAAACA
1 A-TTTGAAATAGAT--AA-T---TATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGATAAACA
* ** * *
11033186 AATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTA
58 CATTTA-TTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA
* * ** * * * * * *
11033250 TTTTCAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTT
118 -TCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTT
* * * * * ** * **
11033315 AAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTT
180 AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGAAAACTGATTTA-TTTTT
* * * * * **
11033380 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGC-T
243 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTT
* * * * *
11033444 TGTATGAA--AAGAAGCAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAA-CAATTTAAGATAGATA
308 TG-ATGAACTAA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA-ATAGATA
* * * *
11033505 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA--TATTTGG-ATAATAGAT-TTAGTTTTT-AAA--T
369 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTATTCGGTA-AACAAATATT--TTTTTCAAATCT
** * * * *** ** **
11033563 C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGA
430 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA
* * * * **
11033626 A-TAGAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACA
495 ACT-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * * *
11033667 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCTAGTTCAATAAAC-CGATTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAC-A-TTT
* * * * *
11033730 ATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTTATTTTGA
63 ATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCTAA
* * * * * * * *
11033794 ATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACCATTTGAA-AT
123 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATGTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTT-AAGAT
* * ** * *
11033858 AAATAATTGCTCAACCAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAA-TAGATTTACTTTTTAAAT
185 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGAAAACT-GATTTA-TTTTTAAAT
* * * ** * *
11033922 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATATACTT-GTATTATTTTATTTTGAATATGC-ATGT
247 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTG-
* * * *
11033985 ATGAACAAAAACAATTGGTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATAA
310 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
11034028 CTATTTGAAA
Statistics
Matches: 4139, Mismatches: 797, Indels: 508
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
520 7 0.00
521 101 0.02
522 6 0.00
523 2 0.00
524 68 0.02
525 17 0.00
526 63 0.02
527 40 0.01
528 120 0.03
529 65 0.02
530 111 0.03
531 132 0.03
532 14 0.00
533 27 0.01
534 51 0.01
535 27 0.01
536 38 0.01
537 663 0.16
538 1072 0.26
539 166 0.04
540 530 0.13
541 463 0.11
542 111 0.03
543 155 0.04
544 86 0.02
545 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTT
GTATGAAAAAAACAATTATGTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTAAGATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGAAAACTGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTGATGAACTAAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTAAACTTATTCGGTAAACAAATATTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATCA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCAAAATG
Found at i:11030168 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11028249--11034038 Score: 3923
Period size: 181 Copynumber: 32.3 Consensus size: 181
11028239 ATTTGAAATA
* * * **
11028249 GTATAAATA-AAAGCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTGTAATA-ATTTGAAATAGATAA
1 GTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * ** * * *
11028312 TTATTCAATTAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCATATTTACTTTTTTAAATATTTTA
63 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * *
11028377 CCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTT
127 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * *
11028432 ATATTAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACA-ATTTAAAATAGATAATT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * * * * *
11028496 ATGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTCATAAATAGAATTATTTTCTAAATTTTTTCCTT
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * * * * *
11028561 ATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTACGAATAAGCTT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * *
11028613 -CATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAAAATAAT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAAT-AGATAAT
* * * * * * * *
11028676 TGTTCATATAGCCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCATAGT
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
*** * * * *
11028741 TATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAACTT
129 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11028794 GTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGATAGAA-TAAAGGTTATAATA-ATTTGAAATAGATAATT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATT
* * * * **** * *
11028857 GGTCAAATAGACATAACTATTTGAGCTGGTTCAACAAACAGATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTT
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
11028918 ATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAAAAAGCTT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTT
* * * * *
11028970 GTAT--CTTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT-AAGATAGATAGT
1 GTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA-ATAGATAAT
* * * * * * * * *
11029032 TGTTTAAATGGACATGATTATTTGAATTGATTTGGTAAACT-GATTTATTTTTGAAATCTCTTAT
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ***
11029096 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * *
11029150 TTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGCTAATT
1 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
11029214 GTTGAAATAGTCATAACTATTT-AGACT-TGTTCGGTAAACAAATATT-TTTTTCAAATCTCATG
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGT-TTTGGTAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
11029276 CTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAACTTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTT
127 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * *
11029331 TTATGAACT-GAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTA-AAATGATTTAAAATAGATAAT
1 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
11029394 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAT-AATCACATTTATTTTTTAAA--TC-T-C
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * *
11029454 TTATTAATTTTCAGAATATTATTCAGTTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* *** * * * * *
11029508 GTATG-ATAAAAAACAATTACGTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGACT-GATATT
1 GTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGA-AATAGATAAT
* * * * * * * * * *
11029570 TGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAAGTGGTTTAGAAAACAGCTTCAATTTTT-AATCTC-TAGG
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-C
* * * * * *
11029633 TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATGAGTTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* *
11029687 TTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAAT
1 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGA-TTTGAAATAGATAAT
*
11029750 TGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACT-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT
64 TGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGT-TTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* ** * *
11029813 GCTTATTAATTTTTCAAATGTT-ATAAATTAGTATTGTTTTA-TTCTAAATAAGCTT
126 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * * *
11029868 GTATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTA-AAACTATTTGAAATAGATAAT
1 GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
11029931 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
11029996 TACTAAATTTTGGAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
129 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11030049 GTATGAAAAGAAACAATAGTTTTATGACAGAA-GAAAGGTCATAAAGATTTGAGATAGATAATTG
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* *
11030113 TTCAAATAGTCATAAATATTTTAACTGTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TCTT--TT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTT
* *** * * * *
11030173 ATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTA-TCCTGAATAA--TT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * ** * *
11030223 ATCCATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATTACAG-TTTGAAATAGGTAA
1 GT--ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAAAGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * ** * * *
11030287 TAGTTTAAATAGACATGATTTTTTAAACT-TACTCAGTAAACAAATTT-TATTTTTAAAT-TGCA
63 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCT-CT
* * * * * * **
11030349 AACTTATTAATTTTTAGAATACTGATAAAGTAGTATTATATTATTTCAAATAAAATT
125 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11030406 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
11030471 TTCAGATAGTCATAACTATTTGAACT-TGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACAT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
11030535 ATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11030587 TTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATT
* * **** *
11030650 CTTCAAAT-GACATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTAC
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
*
11030711 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * * * * *
11030765 GGATGAACA-AAACTAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATT
1 GTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
11030829 GTTCAGATAGTCATAACTATTTG-ACT-TATTTGATAAATATATTCT-TTTTGATAATTATCTTA
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAATAGATT-TATTTT-TTAAATCTCTTA
* * * * *
11030891 CTCATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTACTATCTTACTTCAAATAAGCTT
127 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * ** * *
11030946 ATATGAATTGAAACAAGTATTTTATTACAAAAGGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
11031011 TTCAAATAGTGATGACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *** * * * * * *
11031075 ATTAACTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11031127 GTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACACAACAAAAAGTCATAACA-AGTTT-AAATAAAT-AT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGA-TTTGAAATAGATAAT
** * * * * * * *
11031189 TACTCAAATAGTCATCA-TGATTTG-ATTG-TTCGGCAAACAGATTTATGTTTTAAATCTTTTAC
64 TGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * * *
11031251 TTATTAATTATCATAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * *** *
11031305 GGATGAACATA-AAAGAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTCAAATAGATAAT
1 GTATG-A-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** *
11031369 TATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAAT-TTATTCAATAAATAGATTCT-TTTTTCAAATCTCTT
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTT-TT-GGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTC-T
* **
11031431 TA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
125 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
11031487 ATATGAATTA-AAACTATTCTTTAATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAAT
1 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
11031550 TATTCAAATAGTCATGATTATTT-AATCTAG-TTTGGCAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTA
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT-GTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
11031613 CTTATTAA-TTGTCGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTA----AAATAAGCTT
127 CTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * * * *
11031664 GTATGAATATAACCCATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTG----A-ATAATTG
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* * *
11031724 CTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * * *
11031784 CTTAATTTTTGAAATATTAAGAGATTAGTATTGCTTTT-TTCCTAACAAACTT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * *
11031836 ATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTA
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* * *** * * *
11031901 TTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAG-TTCACTAAACATAATTATTTTTT-AATCTCTTACTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** * * *
11031964 ATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTA
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* ** * * * * *
11032016 GGATGAATTCAAACAAACCTATTTTATGACAAAATAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
1 GTATGAATAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAAT
* ** * * * ** * * * *
11032081 TGTTCATATAGTTTTAAATATTT-AACCTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTT-AATTTCTTAG
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
11032144 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATGTTATTTTATTCCGAATAAACTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * * ** * *
11032198 GTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACTAAAGGTTATAAGGATTTGATGT-TACAATTG
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
11032262 TTCAAATAGTCAAAATTATTTGAATTAG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACCTTTTACTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
11032326 ATTAGTTTTTGAAAGAATTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAAGCTT
130 ATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTT
* * * * * * *
11032380 GAATG-TTCA-AATACAATTCTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAT
1 GTATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * **
11032443 AGTTGACATAGCCATAATTATTTAAACTGATTCT-GTAAATAGATTCACCTTTTAAA----TTAC
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
11032503 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA-TAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
11032556 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGAAAATTG
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
11032621 TTTATATAATCTTAACTATTTGAACTATTTTGGCAAACT-GATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * **
11032684 ATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGAC-T
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTT
* * * * * * * *
11032736 ATATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGATTATGACA-ATTTGAAATAGATAATT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AAAGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
11032800 GTTCAAATAG------------GAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTT
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
11032853 ATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* ** *
11032905 GTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACA-ATTTGAAATAGAAAATT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *** * *
11032968 GTTCAAATGGCCATAATTACTT-AAATCAATT--CAAATA-ATTTTAGTTTTTAAA--TC-T-CT
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * *
11033025 TATTAATTTTTCAAATATTAGTAAA-TAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTT
129 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11033077 TTGTGAATTA-AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAG-TCAA
1 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGA-TTTGAAATAGAT--A
* * * *
11033139 ATTGACTATTCAAGTAGTCA-AATCTATTTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT
62 ATTG----TTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT
* * * *
11033203 CTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTT
121 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11033264 GTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTAAAATAAATAATT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * * *
11033328 GTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
65 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
11033393 ATTAATTTTTGGAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * *
11033445 GTATGAAAAGAAGCAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACA-ATTT-AAGATAGATAAT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAA-ATAGATAAT
* * * *
11033507 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-ATTTGG-ATAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-C
64 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * ** **
11033566 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTT
128 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * *
11033620 GCATGAATAGAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATT
* * * *** ** *
11033684 GTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCTAG-TTCAATAAACCGATTTTATTTTTTAAATCTCCTA
65 GTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-GTTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA
*** * ** *
11033747 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTT
127 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * ** *
11033802 GCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACCATTTGAAATAAATAATTG
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * *
11033867 CTCAACCAGTCATAACTATTTGAACT-TGCTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTT
66 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * ** * *
11033931 ATTAATTTTTGAAATATGAATATACTT-GTATTATTTTATTTTGAATATGCAT
130 ATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * **
11033983 GTATGAACAAAAACAATTGGTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
1 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAT
11034039 GAATAATAGT
Statistics
Matches: 4425, Mismatches: 947, Indels: 472
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 99 0.02
169 68 0.02
170 1 0.00
172 117 0.03
173 68 0.02
174 16 0.00
175 113 0.03
176 372 0.08
177 279 0.06
178 198 0.04
179 320 0.07
180 673 0.15
181 1322 0.30
182 593 0.13
183 79 0.02
184 7 0.00
185 1 0.00
186 33 0.01
187 60 0.01
188 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
Found at i:11031376 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11031355--11031395 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
11031345 TTATAGCTAT
11031355 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGCATAATTA
11031371 TTCAAATAGTCATAATTA
1 TTCAAATAG-CATAATTA
*
11031389 TTTAAAT
1 TTCAAAT
11031396 TTATTCAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.41
18 13 0.59
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGCATAATTA
Found at i:11036805 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11036390--11038068 Score: 807
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 179
11036380 ACAAACACAG
* * *
11036390 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GGA-ATTATTAAATTAATATTATTTTAATATG
1 TTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
* * ** * * * * *
11036453 AATAGGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCGTAACGATTTGAGATA
65 AATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAAATA
* * * * ** * *
11036518 GATAATTATTCTAATTGTCATAACTATTTGAACTGTTTTAGTAAATAGAT
130 GATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTGAACTGTTCGAGTAAACAAAT
* * * *
11036568 TTAGTTTTTAAAT-T-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTATGA
1 TTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGA
** * * *
11036630 ATAATTTTGCAT-AAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGATTTAAAAT
66 ATAAGCTTGCATGAAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAGATCATAACGATTTAAAAT
* * *
11036694 AGATAAGTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAGCAAAT
129 AGATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTGAAC-TGTTCGAGTAAACAAAT
* * * *
11036745 TTATTTTTTAAATCTCCTACCTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
* ** * * * ** *
11036810 AATAAACTTGTGTGAATAGAGACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAAT
65 AATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAAAT
* * ** * * * **
11036875 AAATAATTATTCAAA-CAATTATAACTATTTGAGCTTATTCGA-TAAACTTAT
129 AGATAAGTATTCAAATGGA-CATAACTATTTGAAC-TGTTCGAGTAAACAAAT
* * **
11036926 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTTTGGGAATATTAAT--A--AA-A-TA---T-TT-TG
1 TTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
* ** * *** * * * *
11036980 AATACGCTTATATGAACAAAAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAAAT
* * * * * * ** * *
11037045 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTTAGAAAACTAAT
129 AGATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTGAACTGT-TCGAGTAAACAAAT
* * *
11037096 TTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-T
1 TTATTTTTT-AAATCTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT
* * * * * * * *
11037159 AGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
64 -GAATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAA
** * * * * ***
11037224 ATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-GTAAATTGAT
127 ATAGATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTGAAC-TGTTCGAGTAAACAAAT
* * * * * ** *
11037277 TCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCA-AAGTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT
* ** *** * * * * * *
11037341 GAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAATA-AAAGGTCATAACAATTTGAA
64 GAATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGA-CAAA-ACAAAGATCATAACGATTTAAA
* * * *
11037405 ATAGATAATTATTCAAATAGTA-ATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACATAT
127 ATAGATAAGTATTCAAAT-GGACATAACTATTTGAAC-TGTTCGAGTAAACAAAT
** * * * * *
11037458 TTATTTTAAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTGATAAACTAATATTATTTTA--ATC
1 TTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-
* * * ** * * * * * *
11037521 AAACAAGATTATATG-AACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
64 GAATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACGATTTAAAA
* ** * * ** * *
11037585 TAAATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTC-AGTAAACAGAT
128 TAGATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTGAAC-TGTTCGAGTAAACAAAT
* * * ** *
11037637 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTTA-AATGA-TAATAAGTTGGTATTATTTTAAT-
1 TTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTA
* * * ** * ** *
11037699 TGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAA-TTTTATTTTATGACATAATA-AAACG-TTATGGCAATT
63 TG-AATAAGCTTGCATGAA-AAAAAACAATTATTTTATGACA-AA-ACAAA-GATCATAACGATT
* * * * * *
11037761 TGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAAT
123 TAAAATAGATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTGAAC-TGTTCGAGTAAACAAAT
* * * * * **
11037818 TCAATTTTTAAATCTCTTATTTATT-AGTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCC
1 TTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTAT
* * * * * * * * * * *
11037881 CAATAAGCTTGGATGAATAGAAACAATTGTTTTTTAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
64 GAATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACGATTTAAAA
* * * * * * ** * *
11037946 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCAA-TGGTTAG-GCCAATAGAT
128 TAGATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTG-AACT-GTTCGAGTAAACAAAT
* * * * * * ** * *
11037998 TCATCTTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTTATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATG
11038063 AATAAG
65 AATAAG
11038069 ACTATATCAA
Statistics
Matches: 1169, Mismatches: 262, Indels: 137
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 4 0.00
170 119 0.10
171 6 0.01
172 2 0.00
174 14 0.01
175 8 0.01
176 57 0.05
177 65 0.06
178 25 0.02
179 131 0.11
180 156 0.13
181 550 0.47
182 25 0.02
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGA
ATAAGCTTGCATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAAATAG
ATAAGTATTCAAATGGACATAACTATTTGAACTGTTCGAGTAAACAAAT
Found at i:11037708 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 11036376--11037977 Score: 1231
Period size: 360 Copynumber: 4.5 Consensus size: 354
11036366 CTTGAGCCGA
* * * * ** *
11036376 TTCGACAAACACAGTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTT-GGA-ATTATTAAATTAA
1 TTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * * * * *
11036438 TATTATTTTAATAT-GAATAGGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-
65 TATTATTTT-AT-TCAAATAAGATTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG
* * * * * * * * *
11036500 TCGTAACGATTTGAGATAGATAATTATTCTAATTGTCATAACTATTTGAACTGTTTTAGTAAA-T
127 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGTAAACT
* * * *
11036564 AGATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTAAAAT-ATTAATAGATCAATATTATTTTA
191 -GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTT-AAATGA-TAATA-ATTAGTATTATTTTA
** ** * ** * * * * **
11036624 TTATGAATAATTTTGCATAAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGATTT
252 -T-TGAATAAGCTTATATGAAC-TGAACAATTGTTTTATGA-AAAATAAAAGGTCATAACAATTT
* * * *
11036689 AAAATAGATAAGTGTTCAAAT-GGACATGACTATTTGAACTTG
313 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
11036731 TTCGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
1 TTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT
** * * * *
11036796 ATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTGTGAATAGAGACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAAGAT
66 ATTATTTTA-TTCAAATAAGA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG-T
* * * * * *
11036859 CATAACT-ATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATTATAACTATTTGAGCTTATTCGATAAACT
128 CATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCG-TAAACT
* * ** * ** *
11036923 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-G-ATTT---TGGGAAT-ATTAATAAAATATT-TTGA
191 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTAAATGATAATAATTAGTATTATTTTATTGA
* ** ** * * *
11036981 ATACGCTTATATGAACAAAAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA
256 ATAAGCTTATATGAAC-TGAACAATTGTTTTATGA-AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *
11037046 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTG
319 GATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-TG
* * * * *
11037082 TTTAGA-AAACTAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
1 -TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
11037145 ATATTATTTTATTTAGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
64 ATATTATTTTATTCA-AATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGT
* * * * *
11037210 CATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATTG
128 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGTAAACTG
* * * * *
11037275 ATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAA-GTACTAATAAATTAGCATTATTTTATT
192 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTAAATG-A-TAAT-AATTAGTATTATTTTA--
* *
11037339 TTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACAATTTGA
252 TTGAATAAGCTTATATGAACTGA-ACAATTGTTTTATGA-AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGA
* *
11037404 AATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACTTG
315 AATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
11037444 TTC-AGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTGATAAACTAA
1 TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * * *
11037508 TATTATTTTAATCAAACAAGATTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCA
65 TATTATTTTATTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCA
* * *
11037572 TAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGAT
130 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GTAAACTGAT
*
11037637 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTTAAATGATAATAAGTTGGTATTATTTTAATTGA
194 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTT-TTTAAATGATAATAA-TTAGTATTATTTT-ATTG-
* * * * * * **
11037702 AATAAGCTTGTAGGAA-TAGAA-AATTTTATTTTATGACATAATAAAACGTTATGGCAATTTGAA
255 AATAAGCTTATATGAACT-GAACAA--TTGTTTTATGA-AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* *
11037765 ATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
316 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
* * * *
11037804 TTCGATAAACAAATTCAATTTTT-AAATC-TCTTATTTATT-AGTTTTAGAATATTAATAAATTA
1 TTCGATAAACAAATT-TATTTTTAAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
11037866 GA-ATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGGATGAATAGAAACAATTGTTTTTTAACAAAATAAAAGG
64 -ATATTATTTTATT-CAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG
** *
11037930 TCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
127 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
11037978 CAATGGTTAG
Statistics
Matches: 992, Mismatches: 197, Indels: 110
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 7 0.01
351 231 0.23
352 22 0.02
353 2 0.00
354 10 0.01
355 38 0.04
356 12 0.01
357 62 0.06
358 60 0.06
359 47 0.05
360 248 0.25
361 110 0.11
362 140 0.14
363 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCAT
AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGTAAACTGATTT
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTAAATGATAATAATTAGTATTATTTTATTGAATAAG
CTTATATGAACTGAACAATTGTTTTATGAAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
Found at i:11037764 original size:541 final size:531
Alignment explanation
Indices: 11036472--11037977 Score: 1506
Period size: 532 Copynumber: 2.8 Consensus size: 531
11036462 GTATGAAAGG
** * * * * * * * * * *
11036472 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TCGTAACGATTTGAGATAGATAATTATTCTAATTGT
1 AAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
11036536 CATAACTATTTGAACTGT-TTTAGTAAA-TAGATTTAGTTTTT-AAA--TTT-CTTATTAATTTT
66 CATAACTATTT-AAATGTATTCAGAAAACTA-ATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTT
* * ** ** * ** * * *
11036595 TAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATT-ATGAATAATTTTGCATAAACAAAAACATTTATT
129 TGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTGA-GAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTATT
* * ** * * * * *
11036659 TTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAGTGTTCAAATGGACATGACTATTT
193 TTATGACAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
11036724 GAACTTGTTCGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-CTATCAATTTTTAGAATATTAAT
258 GAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAA-TTTTAGAATATTAAT
* * * * * *
11036788 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAGACAATTGCTTTATGACAAAACA
321 AAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * * * *
11036853 AAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATTATAACTATTTGAGCTTATTCGAT
386 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* ** * * * ***
11036918 AAACTTATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTTTGGGAATATTAATAAAATATTTTGAAT
451 AAACATATTTATTTTAAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATATTTTGAAT
*
11036983 ACGCTTATATGAACAA
516 ACGATTATATGAACAA
*
11036999 AAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* *
11037064 CATAACTATTTAAATGTGTTTAGAAAACTAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTAAATGTATTCAGAAAACTAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
11037129 AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
131 AAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTGAGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTATTTTA
* * ** *
11037194 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
196 TGACAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *** * *
11037259 CTTGTTTGGTAAATTGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCA-AAGTACTAATAAA
261 CTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-AGAA-TATTAATAAA
* * * * **
11037323 TTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATGATGAAATAAA
324 TTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * *
11037387 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTA
388 AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGA-TA
*
11037451 AACATATTTATTTTAAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTGATAAACTAATATTATTT
452 AACATATTTATTTTAAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AA--AATA-T-TTT
*
11037516 TAATCAAACAAGATTATATGAAC-A
512 GAAT---AC--GATTATATGAACAA
** *
11037540 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
11037604 TTATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAGTT
65 TCATAACTATTT-AAATGTATTCAGAAAACTA-ATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT
* * *
11037666 GTTT-AAATGA-TAATAAGTTGGTATTATTTTAATTGA-AATAAGCTTGTAGGAATAGAAA-ATT
127 -TTTGAAAT-ATTAATAAATTGATATTATTTT-ATTGAGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACA-A
* * * ** *
11037727 TTATTTTATGACATAATAAAACGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
188 TTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
11037792 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAGTTTTAGAATATT
253 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATT
* *** * * *
11037857 AATAAATTAGAATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGGATGAATAGAAACAATTGTTTTTTAACAAA
318 AATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
11037922 ATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
383 ATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTG
11037978 CAATGGTTAG
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 135, Indels: 53
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
527 27 0.03
528 58 0.07
529 5 0.01
531 10 0.01
532 309 0.38
533 5 0.01
535 4 0.00
536 1 0.00
537 6 0.01
539 1 0.00
540 115 0.14
541 248 0.31
542 22 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
AAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTAAATGTATTCAGAAAACTAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTGAGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATT
AGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACA
TATTTATTTTAAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATATTTTGAATACGAT
TATATGAACAA
Found at i:11038137 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11036973--11038137 Score: 1010
Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 178
11036963 ATTAATAAAA
* * * ** *
11036973 TATTTTGAATACGCTTATATGAACAAAAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-A
1 TATTTTGAATAAGC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAA
* * *
11037037 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTTAGAAAACTA-ATTTAT
64 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTAGTAAAC-AGATTCAT
11037100 TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
126 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * * * *
11037154 TATTTAGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGAT
1 TATTTTGAATAAGC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * **
11037219 TTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATTGATTCATTTT
65 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAACAGATTCATTTT
* * * *
11037284 TTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCAAAGTACTAATAAATTAGCATTATTT
129 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * *
11037335 TATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACAA
1 TATTTTGAATAAG-CTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * * *
11037399 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT
64 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACAGATTCATTT
** * ** * * *
11037464 TAAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTGATAAACTAATATTATTT
128 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * * * * *
11037516 TA-ATCAAACAAGATTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
1 TATTTTGAATAAG-CTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * *
11037579 TTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTT
65 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACAGATTCATTTT
* * *
11037644 TTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTTAAATGA-TAATAAGTTGGTATTATTT
129 TTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * ***
11037695 TA-ATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAA-ATTTTATTTTATGACATAATAAAACGTTATGGCA
1 TATTTTG-AATAAGC-TATATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
** * * *
11037758 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCAAT
63 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAACAGATTCATT
* * * * *
11037823 TTTTAAATCTCTTATTTATT-AGTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGT
127 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
*** * * * *
11037875 TATTCCCAATAAGCT-TGGATGAATAGAAACAATTGTTTTTTAACAAAATAAAAGGTCATAACAA
1 TATTTTGAATAAGCTAT--ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * ** * *
11037939 TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCAA-TGGTTAGGCCAATAGATTCATC
64 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTA-GTAAACAGATTCATT
* * *
11038003 TTTTAAAT-TTGTTACTTATTAGTTTTTATAATATTAATAAATTAGCATTACTT
127 TTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
11038056 TATTTTGAATAAGACTATATCAATAGAAATAATTCTTTTAGGACAAAACAAATGGTCATAATGAT
1 TATTTTGAATAAG-CTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
*
11038121 ATGAAATAAATAATTGT
65 TTGAAATAAATAATTGT
11038138 GTTAGCCTTG
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 167, Indels: 58
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 138 0.18
180 169 0.21
181 468 0.59
182 11 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATTTTGAATAAGCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAACAGATTCATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
Found at i:11040280 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 11040234--11040302 Score: 131
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
11040224 CAAACTTCTT
11040234 AATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTTG
1 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTG
11040269 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
1 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
11040303 ATTTTGGATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 18 0.55
36 15 0.45
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (36 bp):
AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTG
Found at i:11040740 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 11040337--11040940 Score: 488
Period size: 176 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
11040327 GAAATAGTTG
* * * * * * *
11040337 TTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAATGATTTTAAAT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
* ** * * * ** *
11040401 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
66 TTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTAAAAT-C-T-CTTATAAATTTTTAAAATATTAATA
* * * * ** *
11040465 AAATAG-TATTTTTTA-TTTCAAATAAGCATGTATGAACT-AAAATAATTA
128 AATTAGCAATATTTTACTCT-AAATAAGTTTGTATGAA-TAAAAACAATTA
* * * * * **
11040513 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
* * *
11040578 TTGAACTGGTTCAGCAAATACAATTT-TTTTAAAATCTTTTACTTATAAATTTTTAGAATATTAT
66 TTGAACTGGTTCAGCAAACA-AATTTATTTTAAAATC---T-CTTATAAATTTTTAAAATATTAA
** * * * *
11040642 TAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATACGTTTGTATGGATAGAAACAATTG
126 TAAATTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTA
* ** * * *
11040693 TTTTATGACAAAA-CAAAGATCATTTTGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
* ** * * *
11040757 TTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
66 TTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTT-ATTTTAAAATCTCTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
11040822 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATTAATAAAAACAATTA
130 TTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTA
* *
11040869 TTTTATTACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGT-TATAACT
1 TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCT-TAACT
11040932 ATTTGAACT
64 ATTTGAACT
11040941 CACTTGATAA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 78, Indels: 23
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 99 0.29
177 89 0.26
178 18 0.05
179 82 0.24
180 48 0.14
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
TTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
TTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTAAAATCTCTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAT
TAGCAATATTTTACTCTAAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTA
Found at i:11040866 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11040269--11041083 Score: 668
Period size: 177 Copynumber: 4.6 Consensus size: 177
11040259 ATTATTTTTG
* * ** *
11040269 AATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTT-TATGAA-ATGAAA
1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT-AACTTTGTATGAATA-AAAA
* * * * * * * *
11040331 TAGTTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAATGATTTTAAAT-GATAATTGTTCAAATAGTCAT
63 CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *
11040395 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA-TTTTTTTAAATTCCTTGCTTATT
127 AACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTTAAATT-CTTACTTATT
* * * * * *
11040446 AATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATT-TTTTATTTCAAATAAGC-ATGTATGAACT-AAAAT
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA-CTTTGTATGAA-TAAAAAC
* * * * * ** * *
11040508 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
64 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * * *
11040573 ACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACAATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATA
128 ACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTTTTTTTAAAT-TCTTACTTATT
* ** * * * * * *
11040625 AATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAAT-ACGTTTGTATGGATAGAAACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAC-TTTGTATGAATAAAAACA
** *
11040689 ATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATTTTGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
*
11040754 TATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAA-TC-T-CTTATT
130 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTT--TTTTTAAATTCTTACTTATT
* * * *
11040801 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATTAATAAAAACAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAACTTTGTATGAATAAAAACAA
* * * * * *
11040866 TTATTTTATTACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAAC
66 TTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
*** * * * *
11040931 TATTTGAACTCACTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
130 TATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATT-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATT
* * * ** * * *
11040982 GATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTT-TATTAATAAGAGCA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA-CTTTGTATGAATAAAAACA
* *
11041046 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGT-ATAATGATTTGAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAA
11041084 TCTCTCACTT
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 110, Indels: 49
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 121 0.24
177 131 0.26
178 13 0.03
179 97 0.19
180 63 0.13
181 71 0.14
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAACTTTGTATGAATAAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTTAAATTCTTACTTATT
Found at i:11041126 original size:114 final size:116
Alignment explanation
Indices: 11040975--11041198 Score: 290
Period size: 114 Copynumber: 1.9 Consensus size: 116
11040965 TAAATATTTT
* * * * ** * *
11040975 ACTTATTGATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATTAATA
1 ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTACATGAACA
* *
11041040 AGAGCAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGT-ATAATGATTTGAATCTCTC
66 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAATCTCTC
**
11041090 ACTTATTAATTTTTTG-ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCTTACATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTACATGAACA
* * * *
11041154 AAAACATTTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
11041199 ATAGATTATT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 16, Indels: 2
0.84 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
114 64 0.70
115 28 0.30
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (116 bp):
ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTACATGAACA
AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAATCTCTC
Found at i:11041577 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11041093--11041584 Score: 532
Period size: 179 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
11041083 ATCTCTCACT
** * * *
11041093 TATTAATTTTTTG-ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCTTACATGAACAAAA
1 TATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAA
* *
11041157 ACATTTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCA
65 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
11041222 TAATTGTTTGCACTGGTCAAGCCAACAGATACATTTTCTAAATTCATTACT
130 TAACTAATTGAACTGGTCAAGCAAACAGATACATTTTCTAAATTCATTACA
* * * *
11041273 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGA-TTATATGAACAGA
1 TATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTATATGAACAAA
* * * * * *
11041337 AACACTT-TTTTATGATAAAAACGAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAGT
64 AACATTTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *** ** *
11041401 TATAACTAATTGAACTGGTTTGGCAAACA-A-ATTTTTTTTAAATCTC-TTACA
128 CATAACTAATTGAACTGGTCAAGCAAACAGATACATTTTCTAAAT-TCATTACA
*
11041452 TATTAATATTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGAACAAACTTATATGAACAA
1 TATTAAT-TTTGAGAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCT-GAATAAACTTATATGAACAA
* ** * *
11041515 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGT
63 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
11041580 CATAA
128 CATAA
11041585 TTTTTGAAAT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 45, Indels: 19
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 111 0.43
180 34 0.13
181 111 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAA
CATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTAATTGAACTGGTCAAGCAAACAGATACATTTTCTAAATTCATTACA
Found at i:11041586 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11041554--11041597 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
11041544 TAATAACAAT
11041554 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGTATAATTA
*
11041570 TTCAAATAGTCATAATTT
1 TTCAAATAGT-ATAATTA
*
11041588 TTGAAATAGT
1 TTCAAATAGT
11041598 TTTACGAACA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.38
18 15 0.62
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGTATAATTA
Found at i:11042427 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11041614--11043956 Score: 1676
Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 178
11041604 AACAGAATTG
* * * * * *
11041614 TTATGACTTTTTATTTTGT-AGTAAAAAAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAA
* ** * * * *
11041678 TAATATTAATTTATTAGCATTTCAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACG
64 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-
* * * * ** * *
11041743 AAACAAGTTCAAGTAGTCAAGACTAACTGAATAATTATCTATTTCAAATAA
128 TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * *
11041794 TTGTGACCTTCTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAAT
** * * * * *
11041859 AACT-CTAATTTATTAATATACCAAAAATTAAT-GGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA
65 AA-TACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
11041922 CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAAACA
127 CT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
11041975 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAG-TTTTGTTCATGCAAGGTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAA
* * * * *
11042039 TAATA-TAAATTTATTAAAATTCCAAAAATGAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTT
64 TAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * **
11042102 CTGAACACGTTCAAATAGTT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
127 CT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * *
11042154 TTACGACAATTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAA
**
11042218 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATCATAAATCTGTTTAC
64 TAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * *
11042283 TAAGCAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCT
128 TAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
11042335 TTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGAATAAAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATA
* * * * * * * *
11042400 ATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATATGTTAGATATTTAAAAAATTAATCTGCTTACCA
66 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CT
* * * * * * *
11042465 AACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCG
129 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * ** ** *
11042515 TTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTATTTATATAAAATTATTCAAAATAAATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAT
* * * * * *
11042580 AGTACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTT-AAAAATAAATGTGTTTTCC
65 AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* ** * * *
11042639 AAAACAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTA-TTCCAATCG
129 AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * ** *
11042689 TTTTTATCTTTTGTTTAGTTAAAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
* * * * * * *
11042753 TAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAA--AATAAATAAAGGAATTT-TACAA-AAATCTATTTAC
64 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * *
11042813 TGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG
128 T-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * **
11042864 TTATAACATTTTATTTTATCATAAAACAATTG-TTTTACTACATAAAAGATTCTTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA
* * * *** * *
11042928 TAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCAGTTTAT
64 TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-
* ** * * *
11042993 CAAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCA
127 CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
11043045 TTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAA
* * * *** *
11043108 TAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTTTGTTTGTTTA-
64 TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * **
11043172 TAGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
128 T--AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
11043225 CTATAACCTCTTGTTATCTCATAAAAAAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAAT
* * * * * *
11043290 AATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT
65 AATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * * * * **
11043355 GAACTAGTTCAAATATTTAAGGCTATCTGAACAATTCTTTATTTTAAATTG
129 -AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
11043406 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCGGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATA-CAAGCTTATT-TGAATAAA
* * * * * * * * *
11043469 GTAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTTTGTATG
63 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TT
* * * * *
11043534 CCTAACTAGTTCAATTAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
126 ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
11043587 TTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATATAAG--TATGTTCAGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TT--GAATAAA
* * * * * *
11043650 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAGTAAAACTATTT
63 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
11043714 ACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
126 ACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * * *
11043768 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATAATTTTTGTTAATA-TAGTCTTATTCAGAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATT-TGAATAAAA
* ** * * * **
11043832 TAATACTAATTTATCAATATTTTGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCAGTTGGCC
64 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TAC
* * * * *
11043897 TGACTAGTGT-AAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
128 TAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*
11043948 TTATAACCT
1 TTATGACCT
11043957 CTATTTTATT
Statistics
Matches: 1704, Mismatches: 384, Indels: 150
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.00
172 4 0.00
173 7 0.00
174 83 0.05
175 136 0.08
176 17 0.01
177 4 0.00
178 7 0.00
179 127 0.07
180 534 0.31
181 748 0.44
182 29 0.02
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:11044402 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11043961--11046464 Score: 1925
Period size: 180 Copynumber: 14.0 Consensus size: 179
11043951 TAACCTCTAT
* **
11043961 TTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAATGTATCTGTTTAC-GAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTG-AACAA
* * * * ** *
11044020 GTACAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATTAGC-TTTTGTTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGT
* * *
11044084 CATAAAACAAAATT-TTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAAA
128 CATAAAAC--AATTGTTTTCTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
11044138 TTTATTAATA-TTCAGATAACTAGTAAATAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTCA-TCAAATAA
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAA
* * * * * * * * *
11044201 GTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTACTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGAC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* ** * *
11044266 ATGACGCAATTGCTTTTCTTCATAAAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAA
129 ATAAAACAATTG-TTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAA
* * * *
11044319 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAACATTT-TAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
11044383 TCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTATCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
11044448 AAAATAATTG-TATCAATTCATATAGGCTTATTCTAAATAAAATATTACAAA
131 AAAACAATTGTTTTC--TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * *
11044499 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* ** * * *
11044563 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* *
11044628 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT--TAAA
129 ATAAAACAATTGTTT-TCTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AA
* * ** *
11044680 TTTATTAACATTCCAAATTTTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTTA-TGAACAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTACTGAACAA
* * * *
11044742 GTTCAAATAATTCTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * *
11044806 GATAAACCAATTG-TTTCTATCCATACAGGCGTATTTGAGATAAAATAATACTAA
128 CATAAAACAATTGTTTTCT-T-CATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* **
11044860 TTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAGTAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAA
* * * * * *
11044923 GCTCAAATAGTCATGATTGTCTGAACAATT-TTTAATTTCAAAT-ATTATGA-TCTTTTGTTTTG
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTG
* * * * * *
11044985 TAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAC
127 TCATAAAACAATTGTTT-TCTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAA
*** * ** * *
11045040 TTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * ** *
11045105 TCAAATAGTCATGTCCATTCAAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
** * ** * *
11045170 AAATTAATTGTTTATGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGA
131 AAAACAATTGTTT-TCTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
** * * * * *
11045221 TTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
11045282 TGAAATAGTT-TCGACTATTTGACCAATTATCTATCTCAAATCATAATGA-TATTTATTTTGTTA
66 TCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
11045345 TACAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATGATACTAA
130 TAAAACAATTGTTT-TCTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
11045397 TTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTTAAAAATAAATATG-TTAGCCGAACCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAG
* * * * * * *
11045457 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTAGTTA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* *
11045522 TAAAAAAATT-ATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTTC--TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAA
* * *
11045574 TTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * * * * * * *
11045638 TTTCAAATAGATATGACTACTTGAACAATTACCTATTTAAAATTATTTTGACATTTTGTTTTATC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
11045703 ATAAAACAATTGTTTTAGTTAATA-AGAACTTATCCAAAATAAAATTATACTAC
129 ATAAAACAATTGTTTT-CTTCATACA-AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * * * * **
11045756 TTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTGAAGTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * * * * *
11045821 TCTAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTGGTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * *
11045885 AAAACAATTG-TTTCTAATCATATAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAA
131 AAAACAATTGTTTTCT--TCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
11045936 TTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAATC-AG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAG
* * * * * ** **
11046000 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTCCGACCCTTTGTTTTGGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT-GTC
* *
11046065 ATAAAATAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTTC--TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * * * **
11046118 TTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* *
11046182 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
11046246 ATAAAACAATT-ATTTCATTTCACAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACT
129 ATAAAACAATTGTTTTC--TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA-A
** * **
11046300 TTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAAG----AGATTTAAAAAA-AAAT-TAGTTTACTAAATTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACAAG
* * * * * * **
11046356 CTT-AAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACCTTTCATTTTGTC
65 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
** * *
11046420 ATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCCTATTTGAAATAAAAT
129 ATAAAACAATTG-TTTTCTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
11046465 TGTTACTTCC
Statistics
Matches: 1864, Mismatches: 375, Indels: 179
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 91 0.05
175 13 0.01
176 155 0.08
177 150 0.08
178 15 0.01
179 125 0.07
180 451 0.24
181 447 0.24
182 387 0.21
183 25 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAA
Found at i:11044469 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 11043961--11046434 Score: 2016
Period size: 361 Copynumber: 6.9 Consensus size: 360
11043951 TAACCTCTAT
* ** *
11043961 TTTATTAATA-TTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAATGTATCTGTTTAC-GAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTG-AACAA
* * * ** * *
11044020 GTACAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATTAGCTTTTGTTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
11044085 ATAAAACAAAATT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATA
129 ATAAAAC--AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
11044148 TTCAGATAACTAGTAAATAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTCATC-AAATAAGTTCAAATAAT
191 TTCA-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * **
11044212 TATGACTATTTAAATAATTATTTACTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGACATGACGCAATT
255 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATT
* * *
11044277 GCTTT-TCTTCATAAAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAA
320 G-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAA
* * * *
11044319 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAACATTT-TAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * * * *
11044383 TCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTATCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
11044448 AAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCTAAATAAAATATTACAAATTTATTAATATTCT
131 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* * * * * *
11044513 AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTGAACAAGTTTAAATAGTTAT
194 AAAAATTAATAAATAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * **
11044577 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
258 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTT
*
11044642 TCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT--TAAA
323 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AA
* * ** * *
11044680 TTTATTAACATTCCAAATTTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-ATTGTTTTA-TGAACAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TG-TTTACTGAACAA
* * * *
11044742 GTTCAAATAATTCTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
11044806 GATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAGGCGTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
128 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * *
11044871 TCAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAGTAAGCTCAAATAGTC
192 TC-AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
11044935 ATGATTGTCTGAACAATT-TTTAATTTCAAAT-ATTATGA-TCTTTTGTTTTGTA-ATAAAATAA
256 ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTG-ACATAAAACAA
* * *
11044996 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAC
318 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAA
*** * * * * *
11045040 TTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * * ** * * *
11045105 TCAAATAGTCATGTCCATTCAAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * ** * * *
11045170 AAATTAATTGTTT-ATGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTT
131 AAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * * * * * *
11045234 TGAAA--ACT-AATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-CCGAACCAGTTGAAATAGTT-TC
194 AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-
* * * * * ** * *
11045294 GACTATTTGACCAATTATCTATCTCAAATCATAATGA-TATTTATTTTGTTATACAATAATTGTT
258 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTT
* *
11045358 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATGATACTAA
323 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
11045397 TTTAATAGTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATATG-TTAGCCGAACCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAG
* * * * * * *
11045457 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTAGTTA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
11045522 TAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
130 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
11045587 AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAATTTCAAATAGATA
194 -AAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
11045651 TGACTACTTGAACAATTACCTATTTAAAATTATTTTGACATTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTG
257 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTG
* * * * *
11045715 TTT-TAGTTAATA-AGAACTTATCCAAAATAAAATTATACTAC
321 TTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * ** * **
11045756 TTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTGAAGTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
11045821 TCTAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGGTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
11045885 AAAACAATTGTTTCTAA-TCATATAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
131 AAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * *
11045949 TAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAATC-AGTTCAAATAGTTA
193 CAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * ** ** * *
11046012 AGATTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTCCGACCCTTTGTTTTGGTCATAAAATAATTG
257 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT-GACATAAAACAATTG
* *
11046077 TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTAA
321 TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * * **
11046118 TTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * *
11046182 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
11046247 TAAAACAATTATTTCATTTCACAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTATTAATATT
130 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
* * * ** *
11046312 ------TTGAA-AATTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TAGTTTA-CTAAATTAGCTT-AAATAAT
193 CAAAAATT-AATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCTGAACAAG-TTCAAATAGT
* * * * * ** *
11046366 TATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATT
255 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATT
11046431 GTTT
320 GTTT
11046435 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 349, Indels: 157
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 4 0.00
353 130 0.08
354 6 0.00
355 18 0.01
356 64 0.04
357 156 0.09
358 92 0.05
359 130 0.08
360 102 0.06
361 525 0.31
362 315 0.19
363 134 0.08
364 14 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
AAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAA
Found at i:11045933 original size:896 final size:895
Alignment explanation
Indices: 11044072--11046216 Score: 2207
Period size: 896 Copynumber: 2.4 Consensus size: 895
11044062 TCGCTATTAG
* * * * *
11044072 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATTATA
1 CTTTTGGTTTGTAATAAAAC--AATTGTTTCTAATCATACAAGCTGA-TTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * * * *
11044134 CAAATTTATTAATA-TTCAGATAACTAGTAAATAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTCATCAAA
63 CTAATTTAATAATATTTTA-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAA
* * * * * *
11044198 TAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTACTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTT
127 TAAGTTCAAATAGTTATGTCTA-TTAAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT
* * *** * *
11044263 GACATGACGCAATTGCTTT-TCTTCATA-AAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTA
191 GTCATAAAATAATTG-TTTATATTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * *
11044326 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAACATTTTAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAA
254 ATATTTTAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
11044391 TCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTATCATAAAATAAT
316 T-TTGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGA-CTATTATTTTATCATAAAATAAT
* * *
11044456 TGTATCAATTCATATAGGCTTATTCTAAATAAAATATTACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
379 TGTATCAATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATATTACAAATTTAATAATATTCTAAAAATTA
* * * * *
11044521 ATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
444 A-GAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
** * * * * *
11044586 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
508 AACAATTATCTATTTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCAT
* **
11044651 ACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTAAATTTATTAACATTCCAAATTTTAATAAGTAAAAATTT
573 ACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * *
11044716 AAAAAATAAAATTGTTTTATGAACATGTTCAAATAATTCTAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
638 AAAAAATAAAATTGTTTTATGAACATGTTCAAATAATTATAACTACTTGAACAATTACCTATTTA
* * * * * * *** *
11044781 AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAGGCGTATTTGAGA
703 AAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCAATACAGACGTATCCAAAA
* *
11044846 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
768 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTG
* * * * * *
11044911 TTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTCATGATTGTCTGAACAATTTTTAATTTCAAATATTATGAT
833 TTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAAATATCAATCTCAAATATTATGAT
* * * * * *
11044974 CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGAATAAAATAATACTA
* * ** ** ** * *
11045039 CTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAG
66 ATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAATAAG
* * * * *
11045104 TTCAAATAGTCATGTCCATTCAAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
131 TTCAAATAGTTATGTCTATT-AAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * *
11045169 TAAATTAATTGTTTATGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTT
195 TAAAATAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
11045234 TGAAAACTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACCAGTTGAAATAGTTTCGACT
260 TAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTT-GACT
* * * * * *
11045298 ATTTGACCAATTATCTATCTCAAATCATAATGA-TATTTATTTTGTTATACAATAATTGTTTCTA
323 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGACTA-TTATTTTATCATAAAATAATTGTATCAA
* * *
11045362 TTCATACAAGCTTATT-TCAATTAAAATGA-TACTAATTTAATAGTATT-TCAAAAATT-A-A-T
387 TTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAAT-ATTACAAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAAGAGT
* *
11045421 AAGAGATTTT-AAAAAT-AA-ATATGTTAGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATA
449 AAGAGATTTTAAAAAATGAATATAT-TTA-CCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
*
11045483 ATTATCTATTTCAAATCATT-CTAACTTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCATACA
512 ATTATCTATTTCAAATCATTAC-AACCTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCATACA
*
11045547 AGCTTA-TTCAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
576 AGCTTATTTC-GAATAAAATAATTA--AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATT
* *
11045610 TAAAAAAATAAATTTG-TTTACTGAACAAT-TTCAAATAGA-TATGACTACTTGAACAATTACCT
637 T-AAAAAATAAAATTGTTTTA-TGAAC-ATGTTCAAATA-ATTATAACTACTTGAACAATTACCT
* * *
11045672 ATTTAAAATTA-TTTTGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATA-AGAACTT
698 ATTTAAAA-TAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TCAATACAG-ACGT
* * * * *
11045734 ATCCAAAATAAAATTATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAA
760 ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAA
* * * * * *
11045798 CTAAAGCTGTTT-TCTGAAGT-AGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAA
824 ATAAAGCTGTTTATC-G-AGTAAGCTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAAATATCAATCTCAAA
*
11045861 TCGTTATGAT
887 T-ATTATGAT
* *
11045871 C-TTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATATAAGCTGATTCAG-ATAAAAATAATACT
1 CTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGAAT-AAAATAATACT
* ** *
11045934 AATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAATCA
65 AATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAATAA
* ** **
11045999 GTTCAAATAGTTAAGAT-TATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTCCGACCCTTTGTTTTGG
130 GTTCAAATAGTTATG-TCTATTA-AATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT-G
* * *
11046063 TCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAA-
192 TCATAAAATAATTGTTT-ATATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * *
11046126 CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
256 ATTTTAAAAATTAATAAG-AAG--ATTT--AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
11046191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
316 TT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
11046217 TTAAAATCGT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 176, Indels: 87
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
891 3 0.00
892 11 0.01
893 106 0.10
894 40 0.04
895 19 0.02
896 347 0.34
897 80 0.08
898 79 0.08
899 58 0.06
900 8 0.01
901 59 0.06
902 209 0.20
903 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (895 bp):
CTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGAATAAAATAATACTA
ATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAATAAG
TTCAAATAGTTATGTCTATTAAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
AAAATAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
AAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATT
TGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGACTATTATTTTATCATAAAATAATTGTATCAATTCA
TACAAGCTTATTCTAAATAAAATATTACAAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAGAGTAAGAGAT
TTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTACAACCTTTTGTTTAGTTATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTC
GAATAAAATAATTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAATT
GTTTTATGAACATGTTCAAATAATTATAACTACTTGAACAATTACCTATTTAAAATAGTTATGAC
ATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCAATACAGACGTATCCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTGTTTATCGAGTAAG
CTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAAATATCAATCTCAAATATTATGAT
Found at i:11046856 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11046601--11046970 Score: 408
Period size: 182 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
11046591 CTGAATAAAT
* * * * * *
11046601 TCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAGAATTGTTATAATATTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAACTATTTAGAATTGTTATAATATTTTATTTTATCAT
* * * * *
11046666 AAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAATTTATT-TGAAATAAAATAATACTAAATTAATAGTAAT
66 AAAACAATTATTTC-AGCTCATACAAACTTATTCT-AAATAAAATAAAACTAAATTAATAAT-AT
* * *
11046729 CT-AAAAATTCATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTGTCGAACCAGG
128 CTCAAAAATTCATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTATTTATCGAACCAGG
* *
11046783 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAACTATTTTA-AATTGTTATGACT-TTTTATTTTATT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAACTA-TTTAGAATTGTTAT-AATATTTTATTTTATC
* * * * * *
11046846 ATAGAACAATTATTTCAGCTCATCCAAGCTTATTCTTAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATC
64 ATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAACTTATTCTAAATAAAATAAAACTAAATTAATAATATC
* * * * *
11046911 TCAAAAATTTATAAATAAGATATTTAAAAACTAATTTTATTTATTGAACCAGT
129 TCAAAAATTCATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACCAGG
11046964 TCAAATA
1 TCAAATA
11046971 ATTTTATATT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 27, Indels: 11
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
181 29 0.19
182 120 0.77
183 7 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAACTATTTAGAATTGTTATAATATTTTATTTTATCAT
AAAACAATTATTTCAGCTCATACAAACTTATTCTAAATAAAATAAAACTAAATTAATAATATCTC
AAAAATTCATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACCAGG
Found at i:11047166 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11047120--11047167 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
11047110 CTAGACCATC
11047120 TCAAATAGTTAATGCTATA
1 TCAAATAGTT-ATGCTATA
* *
11047139 T-AAATAATTAT-CTATT
1 TCAAATAGTTATGCTATA
11047155 TCAAATAGTTATG
1 TCAAATAGTTATG
11047168 AGATTTTATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 5
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.21
17 11 0.46
18 7 0.29
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
TCAAATAGTTATGCTATA
Found at i:11047586 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11047144--11047918 Score: 593
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 178
11047134 CTATATAAAT
* ** * ** * *
11047144 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGAGATTTTATTTTATTGTAAAACAATT-TTTTTAGCTCTTAA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCAT-A
* * *
11047208 TA-ACTTATTCAAAATAAAATAAATCAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTGAGAGATT
64 TAGTCTTATTCAAAATAAAATAAAT-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
11047272 AAAAACAT-AATTTTTTTAACTGAATTAGTTCAAATAAG-TATGAA-TATTTGAAC
127 TAAAA-ATGAATCTGTTT-ACCGAACTAGTTCAAAT-AGTTAT-AACTATTTGAAC
* * * *
11047325 AATTTTCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAT-
* * * *
11047390 AATCTGT-TT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTATTATCTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
65 AGTCT-TATTCAAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
11047453 TAAAAGATAAATCTGTTTGCCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTTAAC
127 TAAAA-ATGAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * *
11047506 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATA
* * ** *
11047571 GTCTTATTC-----AGAATAAAGTAA--TGCT-A-ATTT-AAAATTAATAAGTAATAGATTTAGA
66 GTCTTATTCAAAATAAAATAAATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-A
* ** * * * *
11047626 AAATGTA-CTTGTTGGCCTGATC-AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAAC
130 AAATGAATC-TGTTTACC-GAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * ** *
11047675 AATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTTTTTTTGTTTGTACA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-T
* * * * * *
11047740 AG-CTTTTTCAAAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTTACAAGTAAGAGATTT
65 AGTCTTATTCAAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** *
11047804 AAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTATGGCTATTTAAAC
128 -AAAAATGAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
** * * * *
11047856 AATTATCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATT-TTTTCTATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATA
11047919 CAAGCTTATT
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 94, Indels: 62
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 114 0.24
170 9 0.02
171 2 0.00
173 2 0.00
174 5 0.01
175 7 0.01
176 6 0.01
177 2 0.00
178 1 0.00
179 4 0.01
180 20 0.04
181 275 0.59
182 20 0.04
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATA
GTCTTATTCAAAATAAAATAAATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AATGAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
Found at i:11047977 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 11047818--11048047 Score: 329
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
11047808 AATGAATCTA
* * *
11047818 TTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAACC
1 TTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACC
*
11047883 TTTTGTTTTGTC-CTAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTG
66 TTTTGTTTTGTCAC-AAAACAATTATTTT-TATTCATAAAAGCTTATTTCAAATTTG
* * * * *
11047938 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACC
* *
11048003 TTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTAT
66 TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTAT
11048048 CCAGATTAAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 11, Indels: 4
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
120 92 0.95
121 5 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (120 bp):
TTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACC
TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATTTG
Found at i:11048113 original size:21 final size:24
Alignment explanation
Indices: 11048074--11048117 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
11048064 TTAATTTATT
11048074 AATATTTTGATAAATAATAAATAA
1 AATATTTTGATAAATAATAAATAA
11048098 AATATTTT-A-AAA-AATAAATA
1 AATATTTTGATAAATAATAAATA
11048118 TGTTTATCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.40
22 3 0.15
23 1 0.05
24 8 0.40
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (24 bp):
AATATTTTGATAAATAATAAATAA
Found at i:11048118 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11048092--11048133 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
11048082 GATAAATAAT
11048092 AAATAAAATAT-TTTAAA
1 AAAT-AAATATGTTTAAA
**
11048109 AAATAAATATGTTTATC
1 AAATAAATATGTTTAAA
11048126 AAATAAAT
1 AAATAAAT
11048134 TCAAATAGTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 16 0.73
ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAAATATGTTTAAA
Found at i:11048227 original size:301 final size:300
Alignment explanation
Indices: 11047652--11048233 Score: 639
Period size: 301 Copynumber: 1.9 Consensus size: 300
11047642 CTGATCAGTG
* **
11047652 CAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACA
* ** * * * * *
11047717 AAACAATTTTTTTTGTTTGTACAAGCTTTTTCAAAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCA
66 AAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * **
11047782 AAAATTTACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTATGGC
131 AAAATATACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAACTCAAATAGTAATAAC
* * ** ** * * * *
11047847 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTTTTTCT
196 TATTTAAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTCATTTCATCATAAAACAATTGTATCA
11047912 ATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
261 ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
** *
11047953 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACA
* * * **
11048018 AAATAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATCCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
66 AAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCC
* * * * * *
11048083 ATAAATAATA-AA-TAAAATATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTAAT
130 AAAAAT-ATACAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAACTCAAATAGTAAT
* ** * * *
11048146 AACTATTTAAATAATCATCTATTTCAAATCGTTTTGATCTTTCATTTCATCATAAAA-AATTGTA
193 AACTATTTAAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTCATTTCATCATAAAACAATTGTA
**
11048210 TCAATTCATTTAAGCTTATTCAAA
258 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
11048234 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 52, Indels: 7
0.79 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
300 6 0.03
301 133 0.59
302 85 0.38
303 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (300 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACA
AAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
AAAATATACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAACTCAAATAGTAATAAC
TATTTAAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTCATTTCATCATAAAACAATTGTATCA
ATTCATACAAGCTTATTCAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
Found at i:11048333 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11047938--11049897 Score: 1247
Period size: 180 Copynumber: 11.0 Consensus size: 181
11047928 TTCAAATTTG
* *
11047938 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
11048003 TTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATCCAGATTAAAATAATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * * *
11048068 TTTATTAATATTTTGATAAA-TAATAAATAAAATATTTTAAAAAATAAATATG
131 TTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * *
11048120 TTTATCAAATAAATTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATCATCTATTTCAAATCGTTTTGATC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
** ** * * ** *
11048185 TTTCATTTCATCATAAAA-AATTGTATCAATTCATTTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
11048249 CTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTACAAGATTTAAAAAATGAATCTA
131 TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* *
11048300 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
11048365 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCGTATAAGCTTATTCTGAATAAATTAATTA-AA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TACTA
* * *
11048429 ATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATCTA
130 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
11048480 TTTTCTAAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
11048545 --TT-TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAGGCTTATTCAGAATAAAAAAATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
11048607 TTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
131 TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
** ** * * *
11048658 TTTATTAAGGGAAA-TCAAATAATTATGAC---TTAAATAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGA
1 TTTACCAA-ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATC-ATTATGA
* * * * * * *
11048718 TCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAGATAATACT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * *
11048783 AATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGGT-GAAGATTTAAATAATAAATATG
129 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
*** * * * * * * * * * * * * *
11048836 TTTATTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGACCTATTATCTATTT-AACAACGTGATAAC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAA-ATCATTATGAC
* * * * * * *
11048900 ATTTTGTTTTGTCGTGAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAA----ATTTAGAATAAAATAATATT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * **** * * *
11048961 ATTTTATTGATATTTTGGAAATTAATAAG----AGATTCAAAAACTAAA-CTTT
129 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TA
* * * * * *** *
11049010 TTTACCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGGTATGATC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
11049075 -ATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCTTATAAA-CTTATTC-GAAGTAAAATATTGCT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
** * * * * *
11049137 AAACTAATAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATGTG
129 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * *
11049190 TTTGCCAAAC-CAGTCAAATGGTTAAGA-T-TGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTA-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
11049252 CATTTTGTTTAGTCCTAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAATA-CTTATT-TGAAATAAAATAACA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * * *
11049314 ATATTTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGT-AAAGAATTTAAAAAAATAAATCTA
127 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTT-AAAAAATAAATCTA
* * * * * *
11049370 TTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTAAAATCATTATGACC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
11049434 TTTTGCTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-ATTTCCTAAAAG-TATATGCAAAATAAAATAGTATT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACT
* * * **
11049497 ACTTTATTAATATTTC-AAAAATTGAGAAGTTGGAA-ATTTAAAAAATAAATC-A
129 AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
**** ** * * * * * * * *
11049549 GTTTATTGGATTAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATAATCTATTTCAGATCAATATGAA
1 -TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
11049614 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTAATCATACATGC-CAATCAGAATAAAATAATAGTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * *
11049678 ATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGA-TT-----AT---T-TG
130 ATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * * *
11049720 TTTATCGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACC
1 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * * *
11049785 TTTTGTTTTGTCATAGAACAATTACTTATGTTCATACAAGCTTATT-TGAAAAAAAATAATACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * * * * *
11049849 ATCTAATAATA-TCATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAGAAAATAAAT
130 ATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
11049898 TTGTCTATTG
Statistics
Matches: 1371, Mismatches: 340, Indels: 136
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 83 0.06
171 41 0.03
172 2 0.00
173 33 0.02
174 61 0.04
175 32 0.02
176 34 0.02
177 84 0.06
178 193 0.14
179 85 0.06
180 373 0.27
181 266 0.19
182 79 0.06
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
Found at i:11048628 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11048596--11048656 Score: 65
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 25
11048586 TTCAGAATAA
11048596 AAAAATATTAATTTA-TTAAA-ATTC
1 AAAAA-ATTAATTTACTTAAAGATTC
* *
11048620 AAAAAATTAA-TAACTTAAAGATTT
1 AAAAAATTAATTTACTTAAAGATTC
*
11048644 AAAAAATAAATTT
1 AAAAAATTAATTT
11048657 GTTTATTAAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 5
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.07
23 10 0.33
24 17 0.57
25 1 0.03
ACGTcount: A:0.59, C:0.03, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAATTAATTTACTTAAAGATTC
Found at i:11050547 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11050522--11050555 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
11050512 ATTAATATTC
*
11050522 AAACAATTAATAAATA
1 AAACAATTAAAAAATA
*
11050538 AAACATTTAAAAAATA
1 AAACAATTAAAAAATA
11050554 AA
1 AA
11050556 TATGTTTATC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.06, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
AAACAATTAAAAAATA
Found at i:11050681 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11050011--11052481 Score: 1492
Period size: 180 Copynumber: 13.9 Consensus size: 181
11050001 TAATATGATT
* * ** * * *
11050011 TTTAAAAATTAAATCTAATTAT-TAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTAT-TC
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-
* * * * * * * *
11050074 ATATCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAA-TAGTTTATGTTCATGCAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
11050138 TTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAAA
129 TCAGATTAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * *
11050192 TTTTAAAAATAAATATGTGTA-CCAAACTAA-ATCAAATAG-TATGACTCA-TTGAATAAATATC
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATC
* * * * **
11050253 AATTTCAAATCGTTATGACC--------TGCCATAAAA-AATTATTTCAATTAAT-CTAAAATTA
64 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AAGCTTA
* * ** * * * *
11050308 TTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTCATATTCCAAAAATTAACAATTAAGAGA
128 TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** * *
11050363 TTTAAAAAATGAATCTATTTAT-GGAACAAGCTT-AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * ** * **
11050426 ATTTGAAATTGCTATAACCTTCTATTTTGTCACAAAATGATT-TTTTTATTCATA-ATATATTAT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA-AGCTTA-
* * *
11050489 TTC-GAGTAAAATAATA-TAAGTTTATTAATATTCAAACAATTAATAAATAAAACA
128 TTCAGATTAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGA
* * *
11050543 TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATATGAACAATTATTT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
11050606 ATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCT-TTCATACAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
11050670 CAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAATA
130 CAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* *
11050723 TTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
11050787 TTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATC-AGCCTATT
66 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-CAAGCTTATT
*
11050851 -TGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAA-TAAAAGA
130 CAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGA
* * * * * * * *
11050904 ATTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTAT-TA
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-
* * * * * ** *
11050967 ATTTTAAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTAT
65 A-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
** * *
11051032 TTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAA-A
129 TCAGATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *
11051085 TTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * **
11051149 TTTTAGATCATTTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGC--TTA-TT-TA-GAATA-AA--
66 TTTCAAATC-GTT-AT-GACCTTTTGTTT-T-GTCATAAAA-CAATTATTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
11051206 --A-T-A-A-T--ACTAAT--TTA-TTA-AAATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGA
125 TTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* ** * *
11051250 TTTAAAAAATAAATATATTTA-CCGAACGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-TC
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-
* * * * **
11051313 ATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTTTGTCA-ATAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTA
65 ATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * **
11051377 TT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGA
128 TTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
11051432 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAAGAAGTTCAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACTATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
11051495 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAA-ATTGTT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * ** *
11051559 CAAATTAAAATAAT-GTAGATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG----AGA
130 CAGATTAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
11051608 TTTAAAAACTAAATCTATTT-TCCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * ** * * *
11051671 ATCTCAAAAT-GTTAT-A-ATCTTATTTTGTCATAAAACAGTTGCTCCTTTTCATGCAAGCTTAT
65 ATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
** * *
11051733 TC-GAATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTCCAAAAATTACTAAGTAAGAGA
129 TCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * *
11051787 TTTAAAAAATAAATATGTTTGTC-GAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * **
11051850 ATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAGACAATTATTTCAATTTGTACAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
11051915 CATAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGA
130 CAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* *** * * * * *
11051965 TTTAAAGCAATAAATCCATTTA-CCAAAAAAGTTC---TA-TT-TGACTTTTTAAACAATTGTTC
1 TTTAAA-AAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATC
* * * *
11052024 TAACTATTTAAAGTCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TAGTTTCAATTCATA-AGA
64 T-A-T-TTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACA-A
* * * * * * *
11052087 ACTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAATTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGA
123 GCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * *
11052147 TTTAAAACTTAAA-ATAGTTT-TCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-T
1 TTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
11052209 AATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAGCAATTGTTT-TTTATCATCCAAGCTTA
65 -ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTA
* * * *
11052272 TTCGGATAAAAATAGTACTAATTTGA-TAATATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGA
128 TTCAGATTAAAATAATACTAATTT-ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
11052323 TTTAAAAAATAAA-AGTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATA-TGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
11052386 ATTTCAAATCGTT-TCAACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCATAT
65 ATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
11052450 TTAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATT
129 TCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
11052482 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 1783, Mismatches: 364, Indels: 291
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 6 0.00
162 4 0.00
163 10 0.01
164 22 0.01
165 65 0.04
166 5 0.00
167 3 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
170 13 0.01
171 78 0.04
172 43 0.02
173 2 0.00
174 47 0.03
175 44 0.02
176 146 0.08
177 61 0.03
178 55 0.03
179 149 0.08
180 425 0.24
181 326 0.18
182 223 0.13
183 17 0.01
184 8 0.00
185 11 0.01
186 16 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
Found at i:11051182 original size:164 final size:165
Alignment explanation
Indices: 11050997--11051310 Score: 445
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
11050987 TTTTGTTTTA
** * *
11050997 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAA
* * * * * *
11051061 ATTCCAAAAACTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ACGTTCAAATAG
65 ATTCAAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACGA-GTTCAAATAA
11051124 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAGATCATT
129 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAGATCATT
* *
11051161 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
* * *
11051226 TTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACGAGTTCAAATAATT
66 TTCAAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACGAGTTCAAATAATT
*
11051291 ATGACTATTTGAACAATTAT
131 ATGACTATTTAAACAATTAT
11051311 TCATTTCAAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 5
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
164 76 0.58
165 54 0.41
166 1 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (165 bp):
TCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
TTCAAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACGAGTTCAAATAATT
ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAGATCATT
Found at i:11051485 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11051161--11052481 Score: 965
Period size: 182 Copynumber: 7.4 Consensus size: 179
11051151 TTAGATCATT
* *
11051161 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
1 TCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
11051225 ATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACG-AGTTCAAATA
64 ATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AAAGAAGTTCAAATA
* *
11051288 ATTATGACTATTTGAACAATTAT-TCATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTTTG
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTG
**
11051343 TCAATAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TC-ATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
11051408 TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGAAGTTCAAATAGTC
65 TTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAGAAGTTCAAATAGT-
* * * ** *
11051473 T-TGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
11051524 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAA-ATT-GTTCAAATTAAAATAAT-GTAGATCTATTAA
1 TCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTA-ATTTATTAA
* * * * * *
11051586 TATTTTGATAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTTTCCAAA-ATAGTTCAAATAG
63 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAGA-AGTTCAAATAG
* * * * *
11051647 TTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATAATC--TTATTTTG
127 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * * * * **
11051698 TCATAAAACAGTTGCTCCTTTTCATGCAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAAAAATA
1 TCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * **
11051763 TTCCAAAAATTACTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAA-TTCAAATAGT
65 TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACCAAAGAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
11051827 TAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTAG
128 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * ** * *
11051879 TCATAAGACAATTATTTCAATTTGTACAAGCTTA-TTCATAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAAC
1 TCATAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * ** *
11051940 ATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAGCAATAAATCCATTTACCAAAAAAGTTC---TA-
64 ATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAA-AAATAAATATATTTACCAAAGAAGTTCAAATAG
* * * * * *
11052001 TT-TGACTTTTTAAACAATTGTTCTAACTATTTAAAGTCGTTATGAGCTTTTGTTTTG
127 TTATGACTATTTGAACAATT-ATCT-A-T-TTCAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * *
11052058 TTATAAAACAATAGTTTCAATTCATA-AGAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
1 TCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * **
11052122 AATTC-GAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAA-ATAGTTTTCCAAACTAGTTCAAATA
64 -ATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACCAAAGAAGTTCAAATA
* *
11052185 GTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTC
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * *
11052238 TCATAAAGCAATTGTTT-TTTATCATCCAAGCTTATTCG-GATAAAAATAGTACTAATTTGA-TA
1 TCATAAA-CAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTA
* * * ** ** *
11052300 ATATT-TCAAAAATTAAT-AG--GAGATTTAAAAAATAAA-AGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAAC
62 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATA-TATTTACCAAAGAAGTTCAAAT
* * * * * * *
11052360 AGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TCAACCTTTTGTTTAG
125 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GATCTTTTGTTTTG
* * * * *
11052415 TCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCATATTTAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATA
1 TCATA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
11052480 TT
65 TT
11052482 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 174, Indels: 133
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 43 0.05
175 39 0.04
176 141 0.16
177 61 0.07
178 55 0.06
179 140 0.16
180 111 0.12
181 102 0.11
182 172 0.19
183 14 0.02
184 5 0.01
185 3 0.00
186 15 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAGAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
Found at i:11052357 original size:715 final size:697
Alignment explanation
Indices: 11050495--11052393 Score: 1762
Period size: 715 Copynumber: 2.7 Consensus size: 697
11050485 TTATTTCGAG
* * * * * *
11050495 TAAAATAATA-TAAGTTTATTAATATTCAAACAATTAATAAATAAAACATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAA-TTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAC
* * * * * * * * *
11050559 GTTTATCGAACAAGTTCAAATCATTATGACTATATGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGAC
65 ATTTACCAAAAAAGTTC--ATAATTATGACTATTTAAACAATTATTCATTTTAAATCGTTATGAC
* * * * * *
11050624 TTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTA-TTTCTTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATT
128 TTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TAGTTTCATTCATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACT
* * * *
11050687 AATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACTAAAC
191 AATTTATTAATAATTC-A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATA-GTTTACCAAAC
* * *
11050750 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
253 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
11050815 TAATAAAACAATTGTTTCCATTCAT-ATC-AGCCTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAA
318 TCATAAAACAATTGTTT---TTTATCATCAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
11050878 TATTTCAAAAATTAATGAATAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAATATGTTCAAATAG
380 TATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA-GTTCAAATAG
* * * * *
11050943 TTATGACTATCTAAACAATTAT-TAATTTTAAAAACATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACA
440 TTATGACTATTTGAACAATTATCT-A-TTTCAAAACATTATGACATCTTATTTTATCATAAAACA
* * * **
11051007 ATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAC
503 ATTGCTCCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTAAAAATATTCCAAAAAC
* * *
11051072 TAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
568 TAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTTA
* * *
11051137 AACAATTATCTATTTTAGATCATTTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAA
633 AACAATTATCTATTTTAGATCATTTCATAAACCAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAGAA
* *
11051202 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACA
* ** * * *
11051267 TTTACCGAACGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTCATTTCAAATCATTATGATC
66 TTTACCAAAAAAGTTC--ATAATTATGACTATTTAAACAATTATTCATTTTAAATCGTTATGA-C
* * * **
11051332 TTTTTTTTTTGTCA-ATAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACT
128 TTTTTGTTTTGTTATA-AAACAATAGTTTC-ATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT
* *
11051396 AATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAA
191 AATTTATTAATAATTC--AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAA-ATAGTTTACCAAA
* * * * **
11051458 GAAGTTCAAATAGTCT-TGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
252 CAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
11051522 TGTCATAAAATAATTGTTTTTGT-TCATGCAA-ATTGTTCAAATTAAAATAAT-GTAGATCTATT
316 TGTCATAAAACAATTGTTTTT-TATCAT-CAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTA-ATTTATT
** * * * * **
11051584 AATATTTTGATAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTTCCAAAATAGTTCAAATAGTT
378 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAATAGTTCAAATAGTT
* * ** * *
11051649 ATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAAATGTTAT-A-ATCTTATTTTGTCATAAAACAGTTG
442 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATCTTATTTTATCATAAAACAATTG
* *
11051712 CTCCTTTTCATGCAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACT-AATTTAAAAATATTCCAAAAATTA
507 CTCCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATA-TAAATTTAAAAATATTCCAAAAACTA
* * *
11051775 CTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC-GAACTA-ATTCAAATAGTTAAGACTA-TT
570 ATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAAC-ACATTCAAATAGTTAAGACTATTT
*
11051837 AGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAGA-CAATTATTTCAATT
632 A-AACAATTATC-----T--ATT-TTA-GA----TCA-TT--TCATAA-ACCAATTATTTCAATT
** * *
11051901 TGTACAAGCTTATTCATAA
679 CATAAAAGCTTATTCAGAA
* * *
11051920 TAAAAT-A-A-TAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAGCAATAAATCC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAATAC
* *
11051982 ATTTACCAAAAAAGTTC-T-ATT-TGACTTTTTAAACAATTGTTCTAACTATTTAAAGTCGTTAT
65 ATTTACCAAAAAAGTTCATAATTATGACTATTTAAACAATTATTC--A-T-TTTAAA-TCGTTAT
11052044 GAGC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCAATTCATA-AGAACTTATTTGAAATAAAATAA
125 GA-CTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTC-ATTCATACA-AACTTATTTGAAATAAAATAA
* * ** *
11052107 TACTACTTTATTAATAATTCGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAAATAGTTTTCCAA
187 TACTAATTTATTAATAATTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTACCAA
* * *
11052172 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTT
251 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
11052235 TTCTCATAAAGCAATTGTTTTTTATCATCCAAGCTTATTCGGATAAAAATAGTACTAATTTGA-T
315 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT-CAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTT-ATT
* ** * * *
11052299 AATATTTCAAAAATTAATAGGAGATTTAAAAAATAAAAGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAACAGTT
378 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAGTTCAAATAGTT
* * *
11052364 AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA
442 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
11052394 TCGTTTCAAC
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 161, Indels: 112
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
700 5 0.01
701 79 0.08
702 53 0.05
703 13 0.01
704 50 0.05
705 10 0.01
706 3 0.00
707 118 0.12
708 63 0.06
709 138 0.14
710 9 0.01
711 22 0.02
712 3 0.00
713 3 0.00
714 44 0.05
715 276 0.28
716 42 0.04
717 1 0.00
718 38 0.04
719 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (697 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACA
TTTACCAAAAAAGTTCATAATTATGACTATTTAAACAATTATTCATTTTAAATCGTTATGACTTT
TTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATAATTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAGTTTACCAAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTTTTATCATCAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATCTTATTTTATCATAAAACAATTGCTCCTATTCATGCA
AGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTAAAAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTAA
AAAATAAATATGTTTTCTAAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAG
ATCATTTCATAAACCAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAGAA
Found at i:11053015 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11052666--11053018 Score: 411
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
11052656 CTATTTATTG
* * * *
11052666 AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAACTCATTATTACTCTTTGTT
1 AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAACTCTTTATT
* * * * *
11052731 TTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAAATGCTTCTATTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* ** * * *
11052796 ATATTTAAAAAATTAATTAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
131 ATATTTAAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * *
11052847 AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAACCTTTTTAT
1 AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAA-CTCTTTAT
* * * * * * * *
11052912 TTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATGCT-ATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAA
65 TTTGTCATAAAACAAATGCTTCTATT-AAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* *
11052976 TAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
129 TAATATTTAAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
11053019 CTAATTGTCA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 30, Indels: 3
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
181 49 0.35
182 88 0.63
183 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAACTCTTTATT
TTGTCATAAAACAAATGCTTCTATTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA
ATATTTAAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
Found at i:11053044 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11052686--11053197 Score: 397
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
11052676 AATAATTATA
* * * *
11052686 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAACTCATTATTACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTT
1 ACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAACTCTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCTT
* * * * * * *
11052751 TTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAG
66 CTATTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAC
* * * * * ** * *
11052816 TAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTG
131 CAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTAAAATAGTTTTG
* * * * *
11052867 ACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGT
1 ACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAA-CTCTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCT
* * * * * *
11052932 TCTATTCATGCT-ATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATA
65 TCTATT-AAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATA
** * **
11052996 ACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCAAACTAGTTAAAATAGTTACG
129 ACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTAAAATAGTTTTG
* * * ** * * * **
11053049 A-TGATATGAATGATTATCT-ATTTTAAATTGTTATGAC-CTTTTCTTTTATTGTAAAAC-AATG
1 ACT-ATTTGAATAATTAT-TGATTTCAAATCATTATAACTC-TTTATTTTGTCATAAAACAAATG
* * * * * * * * **
11053110 -TTTTGTTCATACAAGCTTATTCTAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAAT
63 CTTCTATTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAAT
** * *
11053174 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
128 AACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
11053198 TTTTTTATCA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 68, Indels: 14
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 69 0.27
180 3 0.01
181 47 0.18
182 134 0.52
183 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTGAATAATTATTGATTTCAAATCATTATAACTCTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCTT
CTATTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAC
CAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTAAAATAGTTTTG
Found at i:11054787 original size:175 final size:173
Alignment explanation
Indices: 11054466--11054797 Score: 386
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
11054456 TTCTATCATA
* * *
11054466 AAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCC
1 AAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAATAATATAATAATATTCC
* * *
11054531 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACCAAGCTAGTTCAAATAGTTAAGA
66 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACCAACCGAGTTCAAATAATTAAGA
11054596 CTATATGAAAAATTATCTATTTTAAATCGCTTTTGTTTTGCCAC
131 CTATATGAAAAATTATCTA-TTTAAATCGCTTTTGTTTTGCCAC
* * * *
11054640 AAAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATT-AAGAATAAAATAAAAATGAATTTATTAATAT
1 AAAAAAATTATTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCAA-AATAAAATAAAAAT-AATATAATAATAT
* ** * * *
11054703 TTCAAAAATTAATGTGC-AAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTAACCGA-TTTAAATAA
63 TCCAAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATCTACC-AACCGAGTTCAAATAA
* * * *
11054765 TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAATC
125 TTAAGACTATATGAAAAATTATCTATTTAAATC
11054798 ATTATGACCT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 12
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.02
174 51 0.39
175 74 0.56
176 5 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
AAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAATAATATAATAATATTCC
AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACCAACCGAGTTCAAATAATTAAGA
CTATATGAAAAATTATCTATTTAAATCGCTTTTGTTTTGCCAC
Found at i:11055212 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11053817--11056520 Score: 1187
Period size: 181 Copynumber: 15.0 Consensus size: 179
11053807 ACGTTCAAAA
* * * * * ** * * *
11053817 AATTAATAAGCAAAAGATTTGGAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * *
11053882 ATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTAA
65 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAA
* * * * *
11053947 --TACGTAAAAGCTTA-TCAAAAAAAATAATACTAATTTTTTAATA-TTTCAA
129 GTTA--TAAAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * *
11053996 AATT--TAA-TAAACAAGAGTTTAAAAAAT--AT-T-TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGA
1 AATTAATAAGTAAA-AA-A-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGA
* * * * * *
11054054 CTATTTGAATAATTGTCCATTGAAAATCATTATGAACTTTTGCTTTT-TCACAAAAACAATTGTT
63 CTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAAA-AATTGTT
* * * * *** *
11054118 TCAATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAA
125 TCAAGTTATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* *** * * * * * *
11054174 AATTAATAATTAAGTGATTCAAAAAATGAATTTGCTTACC-ATATCAA-TTCAAATA-TTATGGC
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-AT-AAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * * * *
11054236 TATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTG-CCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTT
64 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAAATTGTTT
** * * * * * * * * ** *
11054300 TTA-CTATACAGGTTTATTTGAAATATAATAATACTAATTTATTAATCTTTAAAA
126 CAAGTTATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * ** * ** * *
11054354 AATTAATAGGTAAGAGATTTACAAATTAAATTTGTTTGTCGAATTAGTTTGAATAGTTATGATTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * * * * * *
11054419 TTTGAACAATGGTA-C--TTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAAATTATTTCT
66 TTTGAACAAT--TATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAAATTGTTTCA
* * * * *** *
11054481 A-TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAA
128 AGTT-ATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * *
11054534 AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACC-AAGCT-AGTTCAAATAGTTAAGAC
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA--TAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * * * *
11054597 TATATGAAAAATTATCTATTTTAAATC-----G--CTTTTGTTTTGCCACAAAACAATTTTTTCA
64 TATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCA
** * * * ** *
11054655 A-TTCATACTAGCTTATTAAGAATAAAATAAAAATGAATTTATTAATATTTCAAA
128 AGTT-ATAAAAGCTTATTCA-AATAAAAT-AATATTAATTTATTAATATTTTGAC
** * * * * * * ** * * * *
11054709 AATTAATGTGCAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAA-CCGATTTAAATAATTATGATT
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAG-TTCAAATAGTCATGACT
* ** **
11054773 ATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTGTTGTTGTAAAAGAAA-TGTTTTTA
65 ATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCAA
* * * * * * ** *
11054837 -TTCATATAAGTTTGTTGAAAATAAAAAAAATACTAATCTT-TTAATATTTCAAA
129 GTT-ATAAAAGCTTATT-CAAAT-AAAATAATATTAAT-TTATTAATATTTTGAC
* * * * ** * * * * *
11054890 AATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT-AATCTATCTACTAAACCAA-TTTATATAGTTATAACT
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACT
* *** * ** ** * * ** * *
11054949 ATTGGGGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTATTATAAAGCAATAGTTTCTA
65 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAA
* *
11055014 TTTATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
129 GTTATAAAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * *
11055066 ATTTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAACTATGTTTACCAAACT-AGATCAACTAGTCATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * *
11055130 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-A
65 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAA
** * ** *** *
11055194 GTTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTCGTATTCCAAA
129 GTT-ATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * * * * *
11055247 AATTAATAATTAAGATACTTAAAAAGTGAATATGTTTATCGAATAAGTTTAAATAATTATAACTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * * *** * *
11055312 TTTCAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGGTTTTTTTCTA
66 TTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCAA
* * ** ** * *** *
11055377 TTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTCTTAATATCAAGAT
129 GTTATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* ** *
11055429 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATCTTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * ** * * *
11055494 TTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAA
66 TTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAAG
* ** *
11055559 TTATATAAGCTTATTTGGACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
130 TTATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * *** * *
11055610 AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTGTTGAACAAGTTCTAATAGTCATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * * *
11055675 TTTGAATAATTATCTATTGTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTGTTTCAG
66 TTTGAACAATTATCTATT-TAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAAAAATTGTTTCAA
* * * * * *** *
11055739 GTTATATAAGTTTATTTGAAA-CAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
129 GTTATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * ** * * * *
11055790 AATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAGATGAATCTATTTGCTAAACATGTTTAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACT
*** * * * * * *
11055854 ATCCAAACAATTGTCTATTTGAAAACAGTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAAAAATTGGTTCTA
65 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAA
** * * * *** *
11055919 -TTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATATAAATTTAGTAATATTCAAAA
129 GTT-ATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * *** * * *
11055971 AATTAGTAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * ** * *
11056035 TTTGAAGAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAATGAATTGTTTCTAT
66 TTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAAG
* * * * * *** *
11056100 TTATAAAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAAAATTCCAAA
130 TTATAAAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * *
11056151 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATGTAATTTATC-AATCGAGTTTAAATCA-TTATGA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAAT-AAGTTCAAAT-AGTCATGA
* * * * ** * *
11056214 CAATTTGAACAGTTATTTGTTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTGGTTC
63 CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC
* * * ** * * * *
11056278 TA-TTCACACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
127 AAGTT-ATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * ** * * **
11056332 AATTTATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTGAAATAGTCATGTTTA
1 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * * * * * * *
11056397 TTTGAACTATCATTTATTTCAAATCATTACGACATTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
66 TTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAAG
* * * * * * * *
11056461 TTCATACAAA-ATTACTAAGAATAAAACAATACTAATTTTTTAATATTTTAAA
130 TT-ATA-AAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
11056513 AATTAATA
1 AATTAATA
11056521 GGAGATTTAA
Statistics
Matches: 1943, Mismatches: 483, Indels: 196
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 110 0.06
175 115 0.06
176 83 0.04
177 84 0.04
178 28 0.01
179 55 0.03
180 529 0.27
181 699 0.36
182 226 0.12
183 13 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAAGT
TATAAAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
Found at i:11055585 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 11053785--11056520 Score: 1778
Period size: 361 Copynumber: 7.6 Consensus size: 361
11053775 GTTTGGTTGG
* * ** * *
11053785 AATAAAATAAT-CTAAATTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGGAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * *
11053849 CTATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATG
64 ATGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATG
* * * ** *
11053914 ACCTTTTGTTTTGACATAAAAT-AATTGTTT-TA-ATACGTAAAAGCTTA-TCAAAAAAAATAAT
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTGTTTCTATTTA--TACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT
* * * * *
11053975 ACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAA--ACAAGAGTTTAAAAAAT--A-TT-TTTACCAA
192 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
* * * * * ** ** *
11054034 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCCATTGAAAATCATTATGAACTTTTGCTT
256 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TT
* * * * *
11054099 TT-TCACAAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGTTTATTCAA
320 TTGTCATAAAAA-AATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAA
* * * ** * * *
11054141 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGATTCAAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
11054206 TGCTTACCAT-ATCAA-TTCAAATA-TTATGGCTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
65 TGTTTA--TTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTA-
* * * * * * *
11054268 TG-CCTTTTGTTTGGTCATATAA-CAATT-TTT-TTTTACTATACAGGTTTATTTGAAATATAAT
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTGTTTCTATT--TATACAAGCTTATTTG-AATAAAAT
* ** * * * * * * **
11054329 AATACTAATTTATTAATCTTTAAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTACAAATTAAATTTGTTTGTC
189 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * ** * ** * ** * *
11054394 GAATTAGTTTGAATAGTTATGATTATTTGAACAA-T-GGTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGT
254 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
11054457 TCTATCATAAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAA
319 TTTGTCAT-AAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAA
* * * * * * *
11054501 AATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA
* * ** * * * * * *
11054566 TATCTA-CCAAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAAAATTATCTATTTTAAATC-----G
65 TGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATG
* * * * * * * * *
11054625 --CTTTTGTTTTGCCACAAAA-CAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAAGAATAAAATAAAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATA
* * ** * * * * *
11054687 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGTGCAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTA
193 CT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAA
** * * * ** *
11054751 A-CCGATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTG
256 ATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
** ** * * * *
11054814 TTGTTGTAAAAGAAA-TGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTGAA
320 TTGTCATAAAA-AAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAA
* * *
11054856 AATAAAAAAAATACTAATCTT-TTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT-AA
1 AAT-AAAATAATATTAAT-TTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *** * * **
11054915 TCTATCTACTAAACCAA-TTTATATAGTTATAACTATTGGGGGAATTATTTATTTCAAATTGTTA
63 TATGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTA
** * * * **
11054979 TGATTTTTTGTTTTATTAT-AAA-GCAATAGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAATTAAAATA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATG-AATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATA
* *** * * * * * *
11055042 ATATTAATTTATTAATATTTTGACATTTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAACTATGTTTACCA
190 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
* * * * * *
11055107 AACT-AGATCAACTAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
255 AA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * ** *
11055171 TTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATAAAAAATTATTCAA
319 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAA
* ** * * * * * *
11055214 AATAAAATAATATTAAGTTATTCGTATTCCAAAAATTAATAATTAAGATACTTAAAAAGTGAATA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
11055279 TGTTTATCGAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAA
65 TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
** *
11055344 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATGGTTTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAC
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATAC
* * * *
11055409 AAATTTCTTAATA-T-CAAGATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
194 TAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA
** * * * *
11055472 TAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
257 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * **
11055537 GTCATAAAACAATTGTTTCAAATT-ATATAAGCTTATTTGG
322 GTCATAAAAAAATTGTTTC-AATTCATAAAAGCTTATTTAA
* ** * *
11055577 ACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT
* * * *
11055641 ATGTTTGTTGAACAAGTTCT-AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTGTAAATCATTG
64 ATGTTTATTGAACAAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTG-AAATCATTA
* * *
11055704 TGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAAT-AATTGTTTC-AGGTTATATAAGTTTATTTGAA-ACAAAT
127 TGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATGAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTGAATA-AAAT
* * * * * *
11055765 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAGATGAATCTATTTGC
189 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * *** * * **
11055829 TAAACATGTTTAAATAGTTATGACTATCCAAACAATTGTCTATTTGAAAACAG-TATGACCTTTT
253 CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATTGTTATGACCTTTT
* * * ** *
11055893 GTTTTGTGATAAAAAAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA
317 GTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAA
* * * *
11055938 AATAAAGTAATATAAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAGTAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
11056003 ATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
66 GTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGAC
* * *
11056068 CTTTTTTTTTGTCAT-AAATGAATTGTTTCTATTTATAAAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACT
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACT
* * * * * *
11056132 AATTGATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATGTAATTTATC-AATC
195 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-TTATTTACCAAAT-
* * * * * * *
11056196 GAGTTTAAATCA-TTATGACAATTTGAACAGTTATTTGTTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTT
258 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** *
11056260 GTCAT-AAAAAATTGGTTCTATTCACACAATTTTATTCAA
322 GTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAA
* * * * *
11056299 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATA
* * ** * * * * *
11056364 TGTTTATTGAACAAGTTGAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATCATTTATTTCAAATCATTACGA
65 TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
* * * * ** ** *
11056429 CATTTTGATTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAAATTACTAAGAATAAAACAATAC
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATAC
* **
11056493 TAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATA
194 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
11056521 GGAGATTTAA
Statistics
Matches: 1853, Mismatches: 434, Indels: 180
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 40 0.02
352 17 0.01
354 50 0.03
355 168 0.09
356 98 0.05
357 189 0.10
358 105 0.06
359 10 0.01
360 232 0.13
361 337 0.18
362 312 0.17
363 280 0.15
364 15 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
GTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAA
Found at i:11056819 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 11056234--11056825 Score: 694
Period size: 322 Copynumber: 1.8 Consensus size: 322
11056224 AGTTATTTGT
** ** *
11056234 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGGTTCTATTCACACAATTTTATTCAA
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGGTTCTATTCACACAAGCTCATTCAA
* * *
11056299 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATC
66 AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * *
11056364 TGTTTATTGAACAAGTTGAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATCATTTATTTCAAATCATTACGA
131 TCCTTACTAAACAAGTTGAAATAGTCAAGATTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTACGA
11056429 CATTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTACTAAGAATAAAACAATACT
196 CATTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTACTAAGAATAAAACAATACT
*
11056494 AATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAGGAGATTTAAACACCAAATATGTTTATCGAACTAG
261 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGAGATTTAAACACCAAATATGTTTATCGAACTAG
** * * * * *
11056556 TTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTTGTTGTGAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTCATTCAA
1 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGGTTCTATTCACACAAGCTCATTCAA
* * *
11056620 AGTAAAATATTTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 AATAAAATA-ATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
11056684 TGTCCTTGCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTA-TTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
129 TCTCCTTACTAAACAAGTTGAAATAGTCAAGATTATTTG-AACAATCATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** *
11056748 TGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA-AA-AAAA
193 CGACATTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTA-CT-AAGAATAAAA
*
11056809 TAATACTAATTTATTAA
254 CAATACTAATTTATTAA
11056826 CATTCAAAAA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 42, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
321 60 0.27
322 156 0.71
323 3 0.01
324 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (322 bp):
TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGGTTCTATTCACACAAGCTCATTCAA
AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATC
TCCTTACTAAACAAGTTGAAATAGTCAAGATTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTACGA
CATTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTACTAAGAATAAAACAATACT
AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGAGATTTAAACACCAAATATGTTTATCGAACTAG
Found at i:11056910 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 11056633--11058416 Score: 810
Period size: 180 Copynumber: 10.1 Consensus size: 176
11056623 AAAATATTTG
* * * * ** * *
11056633 CTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTCCTTGCTAAAC
1 CTAATTTATTAATATTC-AAAAA-TAATAA-CAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAA-
* * * *
11056698 T-AGTTTAAATAGTTAAGATTA-TTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
*
11056761 AGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
125 A-TCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
* * *
11056814 CTAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATACACAAGAAATTTTAAAA-AAATCTATTTACCAAATA
1 CTAATTTATTAATATTC-AAAAA-TAATA-ACAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAATA
* * * * *
11056878 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATAAATAAGACCTTTTGTTTTAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAT
* ** * ** * *
11056943 CATGAAACAATAGTTTTAGTTCATAAAATTTTATCT-AAAATAAAATAATT
127 CATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATA
* * * *** * *
11056993 TTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTGAGATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTA-TAGAA
1 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAA-TAATAACAAGAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTACCA-AA
** * * * * * * ** *
11057056 TCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACCATTATATATTT-AAACTAATTACAAACTTTTGTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTG-TT
* *
11057120 TATCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATA
124 TATCATAAAACAATT-TTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATA
*
11057173 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACC---
1 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAA-TAATA-ACAAGAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * *
11057235 T--G----ACTAG-T-T-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTACTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTT
* * * * * * * * *
11057291 GTTATAAAATAACTATTTTAGTTCAAATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATG
125 ATCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATA
* * * * * **
11057343 CTAATTTAATAATATTCCTAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGC
1 CTAATTTATTAATATT-CAAAAATAATAAC-AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTT-ACCAAAT
* * * * * * *
11057408 AA-TTTAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATAATT-TG---TTTTG----G
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAT
** * *
11057464 CATGTAACAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
127 CATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
* * * * * *
11057515 CTAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAAT-TCATTTATCGAA
1 CTAATTTATTAATATT-CAAAAA-TAATAA-CAAGAGATTTAAAA-ATAAATCT-ATTTACCAAA
* * * * * * * * * * *
11057578 TTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATT-TCCTATTCCAAATCGTGATTACGTTTTGTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** * * *
11057642 GTCATATAACAATTATTTTT--TATCATACAAATTTA-TTCATAATAAATAATA
125 ATCATAAAACAATT-TTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
* * * * * ** *
11057693 CTAATTTATTAATCTTTCAAAAATAAATAAGTATGAAATTTAAAAAGTAAATCTTTTTAATGAAC
1 CTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAT-AATAA-CAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTT-ACCAAA
* * * * * * * *
11057758 CAA-TTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTGTGTACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA
* * * *
11057822 TCATAAAATAATTATTTTT-GTTCATACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATT
126 TCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATA
** * * * * *
11057873 CTAACATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAAC
1 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAA-TAATAAC-AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAA-
* ** * * * * *
11057938 TAATTTC-AATAGTTAAAACGATATGAATAGTTATCTATTTCAAATCATT-T----TTGT-TTTA
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA
* * * * * * *
11057996 TCATAAAACAA-TTTTTTAATACACACTACCTTATTCGAAATAAAATAA-A
126 TCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
* * * ** * * * * *
11058045 ATGAATTTATTAATATTTTAGAAATGAATATGTAAGGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAA
1 CT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAT-AATA-ACAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAA
** * ** *
11058110 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTT
61 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TT
* * * * * * *
11058174 TGTCATAAAGCAAATGTTTTT-GTTCATATAAGTTTCTTTG--AAAAAA-AGTA
124 TATCATAAAAC-AATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
* * * *
11058224 CTAATCTATTAATATTTCAAAAAT--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCA
1 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATAATAACAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAA-TA
* * * * * * *
11058287 A-TTCAAAAAGTTATGACTATTT-AAGGAATTATTTCTTTCAAATTATTTTGACTTTTTGTTCTA
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TA
* * * * ** *
11058350 TTATAAAACAATAGTTTCTT--TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAACA
126 TCATAAAACAAT--TTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
11058401 CTAATTTATTAATATT
1 CTAATTTATTAATATT
11058417 TTGACAATTA
Statistics
Matches: 1208, Mismatches: 300, Indels: 195
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 22 0.02
169 17 0.01
170 87 0.07
171 35 0.03
172 100 0.08
173 107 0.09
174 114 0.09
175 11 0.01
176 15 0.01
177 19 0.02
178 55 0.05
179 264 0.22
180 274 0.23
181 62 0.05
182 25 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
CTAATTTATTAATATTCAAAAATAATAACAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATCATA
AAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATA
Found at i:11058477 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11058445--11058477 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11058435 AACATTTTAA
11058445 AATAAATATGACTATTTG
1 AATAAATAT-ACTATTTG
11058463 AATAAATAT-CTATTT
1 AATAAATATACTATTT
11058478 TCAAATCATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AATAAATATACTATTTG
Found at i:11058926 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 11058434--11059237 Score: 841
Period size: 182 Copynumber: 4.4 Consensus size: 182
11058424 TTAATAACTA
** * * * *
11058434 AAACAT-TTTAAAATAAATATGACTATTTGAATAAATATCTATTTTCAAATCATTATGATCTTTT
1 AAACATGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * ** * *
11058498 GTTTTATCATAAAAAAATT-ATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAAGTT
64 GTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
11058562 ATTTATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAATAAATGAATTTGTTTGCC
129 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * ***
11058616 AAATAAGTTTAAATAATTATGATTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGT
1 AAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
** ** * * * *
11058681 TTTGTTGTAAAATGATTTTTTTTTGTTCATACAAGATTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTA
66 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
11058745 TTAATA-TT-AAGATAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
130 TTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* ** * * * *
11058798 TAAA-ATGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTG
1 -AAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * *
11058862 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * **
11058926 TTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTC
130 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * *
11058979 GAACAAGTTTAAATAGTCATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGT
1 AAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * *
11059044 TTTGTAATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
11059108 TAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTATC
131 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * *
11059161 AAACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATTACCTTTTGT
1 AAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
11059226 TTTGTCATAAAA
66 TTTGTCATAAAA
11059238 TATGTTAGCT
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 100, Indels: 24
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 9 0.02
181 234 0.46
182 259 0.51
183 8 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
AAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
TTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
Found at i:11059147 original size:363 final size:363
Alignment explanation
Indices: 11058451--11059237 Score: 906
Period size: 363 Copynumber: 2.2 Consensus size: 363
11058441 TTAAAATAAA
* * *
11058451 TATGACTATTTGAATAAATATCTATTTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTATCATAAAAAAA
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
* *
11058515 TTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAAGTTATTTATATTCCAAAAATT
64 TTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAAGTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * * * *
11058580 AATAATTAAGAGATTTAATAAATGAATTTGTTTGCCAAATAAGTTTAAATAATTATGATTATTTC
129 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTC
* ** ** * * **
11058645 AACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATGATTTTTTTTTGTTCA
194 AACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAATGAATTGTTTCAGTTCA
11058710 TACAAGATTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAAAAAGTAAAAGA
259 TACAAGATTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAAAAAGTAAAAGA
* **
11058775 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAAA-ATGTTCAAATCTT
324 TTAAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACATGTTCAAATAGT
* * *
11058815 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
* * *** * * *
11058880 GTTTTTA-TTCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAACAATT
66 -ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAAGTTATTAATATTCCAAAAATT
** * * * *
11058943 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTGTTTG
129 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTC
* * *
11059008 AATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAAT-AATTGTTTCAGTTCA
194 AACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAATGAATTGTTTCAGTTCA
* * * **
11059072 TATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATGAGTAAA
259 TACAAGATTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAAAAAGTAAA
* * * *
11059134 AGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTATCAAACATGTTTAAATAGT
321 AG-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGT
* * * * *
11059178 TATGACTATCTGAACAATTATCTATTTTAAAACATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
11059238 TATGTTAGCT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 61, Indels: 17
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
361 1 0.00
362 64 0.18
363 259 0.73
364 30 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (363 bp):
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTCAA
CAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAATGAATTGTTTCAGTTCATA
CAAGATTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAAAAAGTAAAAGATT
AAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGT
Found at i:11062953 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 11062923--11062962 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 3.3 Consensus size: 12
11062913 AAATACTACT
11062923 AAAATAAATAAA
1 AAAATAAATAAA
* *
11062935 CACATAAATAAA
1 AAAATAAATAAA
*
11062947 AAAATAATTAAA
1 AAAATAAATAAA
11062959 AAAA
1 AAAA
11062963 AATACCAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 23 1.00
ACGTcount: A:0.78, C:0.05, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (12 bp):
AAAATAAATAAA
Found at i:11063386 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 11063370--11063394 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
11063360 TTTTGTCGGA
11063370 TTCTGGAAATT
1 TTCTGGAAATT
11063381 TTCTGGAAATT
1 TTCTGGAAATT
11063392 TTC
1 TTC
11063395 CAGAAAAAGC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.12, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (11 bp):
TTCTGGAAATT
Found at i:11063711 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11063684--11063790 Score: 78
Period size: 24 Copynumber: 4.5 Consensus size: 23
11063674 ATATTAATAG
*
11063684 ATAACAAAAAAAATAATTAGATAA
1 ATAATAAAAAAAATAA-TAGATAA
*
11063708 ATAA-AAGAAATAGATAAATA-AT-A
1 ATAATAA-AAA-AAAT-AATAGATAA
11063731 ATAATAATAAATAAA-AATAGATAA
1 ATAATAA-AAA-AAATAATAGATAA
* *
11063755 ATAATAAAAATATTAATAGATAAA
1 ATAATAAAAAAAATAATAGAT-AA
*
11063779 AAAATAAAAAAA
1 ATAATAAAAAAA
11063791 TAAAAAAAAT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 7, Indels: 16
0.75 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.07
23 19 0.28
24 37 0.54
25 5 0.07
26 2 0.03
ACGTcount: A:0.72, C:0.01, G:0.05, T:0.22
Consensus pattern (23 bp):
ATAATAAAAAAAATAATAGATAA
Found at i:11063721 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11063655--11063839 Score: 91
Period size: 17 Copynumber: 11.5 Consensus size: 16
11063645 AAATTAATCA
*
11063655 AAATAAAAAAA-AGGT
1 AAATAAAAAAATAGAT
* **
11063670 AAATATATTAATAGAT
1 AAATAAAAAAATAGAT
*
11063686 AACAAAAAAAATAATTAGAT
1 -A-AATAAAAA-AA-TAGAT
11063706 AAATAAAAGAAATAGAT
1 AAATAAAA-AAATAGAT
*
11063723 AAATAATAATAATA-AT
1 AAATAA-AAAAATAGAT
11063739 AAAT--AAAAATAGAT
1 AAATAAAAAAATAGAT
*
11063753 AAATAATAAAAATATTAAT
1 AAATAA-AAAAATA--GAT
* * *
11063772 AGATAAAAAAATAAAA
1 AAATAAAAAAATAGAT
11063788 AAAT-AAAAAA-A-AT
1 AAATAAAAAAATAGAT
* * * *
11063801 ATATTAATAAATAGAC
1 AAATAAAAAAATAGAT
11063817 AAATAATAAAAATA-A-
1 AAATAA-AAAAATAGAT
11063832 AAATAAAA
1 AAATAAAA
11063840 GCCCATTGGG
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 35
0.70 0.12 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.08
14 14 0.11
15 21 0.16
16 20 0.15
17 29 0.22
18 21 0.16
19 11 0.08
20 5 0.04
ACGTcount: A:0.71, C:0.01, G:0.05, T:0.23
Consensus pattern (16 bp):
AAATAAAAAAATAGAT
Found at i:11063722 original size:37 final size:33
Alignment explanation
Indices: 11063679--11063837 Score: 121
Period size: 35 Copynumber: 4.6 Consensus size: 33
11063669 TAAATATATT
11063679 AATAGATAACAAAAAAAATAATTAGATAAATAAAAGA
1 AATAGATAA-AAAAAAAATAATTA-ATAAAT-AAA-A
* *
11063716 AATAGAT-AAATAATAATAA-TAATAAAT-AAA
1 AATAGATAAAAAAAAAATAATTAATAAATAAAA
*
11063746 AATAGATAAATAATAAAAAT-ATTAATAGATAAAAA
1 AATAGATAAA-AA-AAAAATAATTAATAAAT-AAAA
* * *
11063781 AATAAAAAAATAAAAAAAATATATTAATAAATAGACA
1 AAT-AGATAA-AAAAAAAATA-ATTAATAAATA-AAA
11063818 AATA-ATAAAAATAAAAATAA
1 AATAGATAAAAA-AAAAATAA
11063838 AAGCCCATTG
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 10, Indels: 27
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
30 8 0.08
31 4 0.04
32 2 0.02
33 18 0.18
34 6 0.06
35 31 0.31
36 9 0.09
37 22 0.22
ACGTcount: A:0.72, C:0.01, G:0.04, T:0.23
Consensus pattern (33 bp):
AATAGATAAAAAAAAAATAATTAATAAATAAAA
Found at i:11063746 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 11063695--11063839 Score: 113
Period size: 33 Copynumber: 4.5 Consensus size: 32
11063685 TAACAAAAAA
11063695 AATAATTAGATAAATAAAAGAAATAGATAAATAAT
1 AATAA-TA-ATAAATAAAA-AAATAGATAAATAAT
11063730 AATAATAATAAAT--AAAAATAGATAAATAAT
1 AATAATAATAAATAAAAAAATAGATAAATAAT
* *
11063760 AAAAATATTAATAGATAAAAAAATA-A-AAA-AAT
1 ---AATAATAATAAATAAAAAAATAGATAAATAAT
* * * * * *
11063792 AAAAAAAATATATTAATAAATAGACAAATAAT
1 AATAATAATAAATAAAAAAATAGATAAATAAT
*
11063824 AAAAATAA-AAATAAAA
1 AATAATAATAAATAAAA
11063840 GCCCATTGGG
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 20
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
29 16 0.18
30 16 0.18
31 10 0.11
32 13 0.14
33 20 0.22
34 3 0.03
35 12 0.13
ACGTcount: A:0.72, C:0.01, G:0.04, T:0.23
Consensus pattern (32 bp):
AATAATAATAAATAAAAAAATAGATAAATAAT
Found at i:11063778 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 11063701--11063836 Score: 172
Period size: 70 Copynumber: 1.9 Consensus size: 70
11063691 AAAAAATAAT
* * *
11063701 TAGATAAATAAAAGAAATAGATAAATAATAATA-A-TAATAAATA-A-AAATAGATAAATAATAA
1 TAGATAAA-AAAAGAAAAAAATAAA-AAAAATATATTAATAAATAGACAAATA-ATAAA-AATAA
11063762 AAATATTAA
62 AAATATTAA
*
11063771 TAGATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAAATATATTAATAAATAGACAAATAATAAAAATAAAAAT
1 TAGATAAAAAAAGAAAAAAATAAAAAAAATATATTAATAAATAGACAAATAATAAAAATAAAAAT
11063836 A
66 A
11063837 AAAGCCCATT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 4, Indels: 8
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
68 6 0.10
69 14 0.24
70 27 0.47
71 6 0.10
72 5 0.09
ACGTcount: A:0.71, C:0.01, G:0.04, T:0.24
Consensus pattern (70 bp):
TAGATAAAAAAAGAAAAAAATAAAAAAAATATATTAATAAATAGACAAATAATAAAAATAAAAAT
ATTAA
Found at i:11063813 original size:94 final size:89
Alignment explanation
Indices: 11063669--11063839 Score: 216
Period size: 94 Copynumber: 1.9 Consensus size: 89
11063659 AAAAAAAAGG
* * * * * * * *
11063669 TAAATATATTAATAGATAACAAAAAAAATAATTAGATAAATAAAAGAAATAGATAAATAATAATA
1 TAAAAATATTAATAGATAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAGAAATAGACAAATAATAAAA
11063734 ATAATAAATAAAAATAGATAAATAA
66 ATAA-AAATAAAAATAGATAAATAA
*
11063759 TAAAAATATTAATAGATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAAATATATTAATAAATAGACAAATAAT
1 TAAAAATATTAATAGATAAAAAAA-AAAAAAATAAAAAAAATA-A--AAGAAATAGACAAATAAT
11063824 AAAAATAAAAATAAAA
62 AAAAATAAAAATAAAA
11063840 GCCCATTGGG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 9, Indels: 5
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
90 22 0.32
91 14 0.21
92 1 0.01
93 8 0.12
94 23 0.34
ACGTcount: A:0.71, C:0.01, G:0.04, T:0.24
Consensus pattern (89 bp):
TAAAAATATTAATAGATAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAGAAATAGACAAATAATAAAA
ATAAAAATAAAAATAGATAAATAA
Found at i:11063839 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 11063721--11063839 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 19.0 Consensus size: 6
11063711 AAAGAAATAG
* *
11063721 ATAAATA ATAATA ATAATAA ATAAAA AT--AG ATAAATA ATAAAA ATATTAATA
1 ATAAA-A ATAAAA ATAA-AA ATAAAA ATAAAA ATAAA-A ATAAAA ATA--AA-A
* * ** *
11063773 GATAAAA A-AATA A-AAAA ATAAAA A-AAAT ATATTA ATAAATA GACAAATA
1 -ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAAA ATAAA-A -ATAAA-A
11063822 ATAAAA ATAAAA ATAAAA
1 ATAAAA ATAAAA ATAAAA
11063840 GCCCATTGGG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 14, Indels: 25
0.69 0.11 0.20
Matches are distributed among these distances:
4 3 0.03
5 12 0.14
6 37 0.43
7 20 0.23
8 10 0.12
9 1 0.01
10 3 0.03
ACGTcount: A:0.73, C:0.01, G:0.03, T:0.24
Consensus pattern (6 bp):
ATAAAA
Found at i:11064164 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 11064105--11064515 Score: 391
Period size: 41 Copynumber: 10.1 Consensus size: 41
11064095 AATAAACAAA
*
11064105 GCTCCTCTAAACAGAGGCTCCACGA-TCTT-AAAAATAAATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACT-TTGAAAAATAAATG
* *
11064145 CCTCCCCTAATCAGAGGCT-CACCGACTTTGAAAAATAAAATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCA-CGACTTTGAAAAAT-AAATG
* * * *
11064187 GCTCCTATAATCAGAGGCTCAACGGCTTTGGAAAATAAATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAATG
* *
11064228 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCATGAC-TTCAAAAATAAATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAATG
* *
11064268 GCTCCCCTAATCAGAGGCTCGACGACTTTGAAAAATAAATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAATG
* *
11064309 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCATGAC-TTCAAAAATAAATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAATG
* * *
11064349 GCTCCTCTAATCAGAGGCT-CA--ACTTTTAGAAAGTAAATT
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGA-AAAATAAATG
* * * *
11064388 GCTCCTCTAAAT-AGAGGCACCACAACTTTGAAAAGTAAATT
1 GCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAATG
* * ** *
11064429 GCTCCTCTAAAT-AGAGGC-ACACAACTTTTG-AAGGTAAATT
1 GCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCACGAC-TTTGAAAAATAAATG
* * *
11064469 GCTCCTCTAAAT-AGAGGCACCACGACTTTTG-AAAGTAAATT
1 GCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCACGAC-TTTGAAAAATAAATG
11064510 GCTCCT
1 GCTCCT
11064516 TTAAATAGAG
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 33, Indels: 27
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
37 2 0.01
38 3 0.01
39 26 0.08
40 126 0.39
41 127 0.39
42 39 0.12
43 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
GCTCCTCTAATCAGAGGCTCCACGACTTTGAAAAATAAATG
Found at i:11064303 original size:81 final size:80
Alignment explanation
Indices: 11064105--11064496 Score: 379
Period size: 81 Copynumber: 4.8 Consensus size: 80
11064095 AATAAACAAA
* * *
11064105 GCTCCTCTAAACAGAGGCTCCACGA-TCTT-AAAAATAAATGCCTCCCCTAATCAGAGGCT-CAC
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCT-CACGACT-TTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTCCA-
* *
11064167 CGACTTTGAAAAATAAAATG
63 TGAC-TTCAAAAAT-AAATG
* * *
11064187 GCTCCTATAATCAGAGGCTCAACGGCTTTGGAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTCCATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTC-ACGACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTCCATG
11064252 ACTTCAAAAATAAATG
65 ACTTCAAAAATAAATG
*
11064268 GCTCCCCTAATCAGAGGCTCGACGACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTCCATG
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTC-ACGACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTCCATG
11064333 ACTTCAAAAATAAATG
65 ACTTCAAAAATAAATG
* * * * *
11064349 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCA--ACTTTTAGAAAGTAAATTGCTCCTCTAAAT-AGAGGCACCAC
1 GCTCCTCTAATCAGAGGCTCACGACTTTGA-AAAATAAATGGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCAT
* * * *
11064411 AACTTTGAAAAGTAAATT
64 GAC-TTCAAAAATAAATG
* * ** * *
11064429 GCTCCTCTAAAT-AGAGGCACACAACTTTTG-AAGGTAAATTGCTCCTCTAAAT-AGAGGCACCA
1 GCTCCTCT-AATCAGAGGCTCACGAC-TTTGAAAAATAAATGGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCA
*
11064491 CGACTT
63 TGACTT
11064497 TTGAAAGTAA
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 27, Indels: 24
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 6 0.02
79 27 0.10
80 33 0.12
81 138 0.51
82 32 0.12
83 34 0.12
84 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
GCTCCTCTAATCAGAGGCTCACGACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTCCATGA
CTTCAAAAATAAATG
Found at i:11064497 original size:81 final size:82
Alignment explanation
Indices: 11064217--11064529 Score: 297
Period size: 81 Copynumber: 3.9 Consensus size: 82
11064207 AACGGCTTTG
* * * * * * * *
11064217 GAAAATAAATGGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCATGAC-TTCAAAAATAAATGGCTCCCCT-AAT
1 GAAAGTAAATTGCTCCTCTAAAT-AGAGGCACCACGACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAAT
* * *
11064279 CAGAGGCTCGACGACTTTGA
65 -AGAGGCAC-ACAACTTTTA
* * * * * * *
11064299 -AAAATAAATGGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCATGAC-TTCAAAAATAAATGGCTCCTCT-AAT
1 GAAAGTAAATTGCTCCTCTAAAT-AGAGGCACCACGACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAAT
*
11064360 CAGAGG--CTCAACTTTTA
65 -AGAGGCACACAACTTTTA
*
11064377 GAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATA
1 GAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACGACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATA
11064442 GAGGCACACAACTTTT-
66 GAGGCACACAACTTTTA
* *
11064458 GAAGGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACGACTTTTG-AAAGTAAATTGCTCCTTTAAAT
1 GAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACGAC-TTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAAT
11064522 AGAGGCAC
65 AGAGGCAC
11064530 CATGATTTTG
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 16, Indels: 15
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 7 0.03
79 28 0.13
80 27 0.13
81 133 0.64
82 13 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (82 bp):
GAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACGACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATA
GAGGCACACAACTTTTA
Found at i:11064548 original size:81 final size:80
Alignment explanation
Indices: 11064300--11064555 Score: 267
Period size: 81 Copynumber: 3.2 Consensus size: 80
11064290 CGACTTTGAA
* * ** * * *
11064300 AAATAAATGGCTCCTCT-AATCAGAGGCTCCATGAC-TTCAAAAATAAATGGCTCCTCT-AATCA
1 AAATAAATTGCTCCTCTAAAT-AGAGGCACCACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAAT-A
*
11064362 GAGG--CTCAACTTTTAG
64 GAGGCACACAACTTTT-G
11064378 AAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAG
1 AAA-TAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAG
11064443 AGGCACACAACTTTTG
65 AGGCACACAACTTTTG
* * *
11064459 AAGGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACGACTTTTG-AAAGTAAATTGCTCCTTTAAATA
1 AA-ATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACAAC-TTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATA
11064523 GAGGCAC-CATGA-TTTTGG
64 GAGGCACACA--ACTTTT-G
*
11064541 AAATAAATTACTCCT
1 AAATAAATTGCTCCT
11064556 GAACAATCAT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 13, Indels: 19
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
78 3 0.02
79 24 0.16
80 29 0.19
81 81 0.53
82 17 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (80 bp):
AAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGA
GGCACACAACTTTTG
Found at i:11065166 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11065119--11065177 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
11065109 AGTTTCACTC
*
11065119 CTCAAAGATTCTCATTTTGAAA
1 CTCAAAGATTCTTA-TTTGAAA
**
11065141 CTCAAAGATTCTTATTTGAGTT
1 CTCAAAGATTCTTATTTGA-AA
*
11065163 CTCAAAAATTCTTAT
1 CTCAAAGATTCTTAT
11065178 CAAAATATTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.16
22 27 0.84
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
CTCAAAGATTCTTATTTGAAA
Found at i:11065623 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 11065543--11065659 Score: 137
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 62
11065533 GCACTAATAA
** *
11065543 ATTTCAGAACAAGTTTCATCCACCATCACTGGGTCACTACTCATAGGTGTCTCAACATTAACC
1 ATTTCAGAACAAACTTCATCCACCATCACTAGGTCAC-ACTCATAGGTGTCTCAACATTAACC
** * * * *
11065606 ATTTC-GAACAAACTTCATCGTCCATCAGTAGGTTACATTCATAGGTTTCTCAAC
1 ATTTCAGAACAAACTTCATCCACCATCACTAGGTCACACTCATAGGTGTCTCAAC
11065660 CTAACCACTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 2
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
61 16 0.36
62 24 0.53
63 5 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.26, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (62 bp):
ATTTCAGAACAAACTTCATCCACCATCACTAGGTCACACTCATAGGTGTCTCAACATTAACC
Found at i:11073071 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 11073041--11073090 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 4.2 Consensus size: 12
11073031 AAATACTCCT
11073041 AAAATAAATAAA
1 AAAATAAATAAA
* *
11073053 CACATAAATAAA
1 AAAATAAATAAA
11073065 AAAAT-AATAAGA
1 AAAATAAATAA-A
*
11073077 AAAACAAATAAA
1 AAAATAAATAAA
11073089 AA
1 AA
11073091 TACCAAAAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 4
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
11 5 0.16
12 21 0.68
13 5 0.16
ACGTcount: A:0.78, C:0.06, G:0.02, T:0.14
Consensus pattern (12 bp):
AAAATAAATAAA
Found at i:11073356 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11073326--11073388 Score: 81
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
11073316 AGATAATAAT
11073326 AATAATAAAAATAAAAACAGATA
1 AATAATAAAAATAAAAACAGATA
** *
11073349 AATAATAAAAATATTAATAGATA
1 AATAATAAAAATAAAAACAGATA
*
11073372 AAAAATAAAAAATAAAA
1 AATAAT-AAAAATAAAA
11073389 TTAATAAATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 1
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 25 0.76
24 8 0.24
ACGTcount: A:0.75, C:0.02, G:0.03, T:0.21
Consensus pattern (23 bp):
AATAATAAAAATAAAAACAGATA
Found at i:11073361 original size:45 final size:47
Alignment explanation
Indices: 11073299--11073388 Score: 107
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
11073289 AAAAATAATT
* *
11073299 AGATAAATTAAAGAAATAGATAATA-AT-AATAAT-AAAAATAAAAAC
1 AGATAAATTAAAAAAATA-ATAATAGATAAAAAATAAAAAATAAAAAC
*
11073344 AGATAAA-TAATAAAAATATTAATAGATAAAAAATAAAAAATAAAA
1 AGATAAATTAA-AAAAATAATAATAGATAAAAAATAAAAAATAAAA
11073389 TTAATAAATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 6
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
44 8 0.21
45 15 0.39
46 5 0.13
47 10 0.26
ACGTcount: A:0.71, C:0.01, G:0.06, T:0.22
Consensus pattern (47 bp):
AGATAAATTAAAAAAATAATAATAGATAAAAAATAAAAAATAAAAAC
Found at i:11073386 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 11073320--11073412 Score: 82
Period size: 31 Copynumber: 3.0 Consensus size: 31
11073310 AGAAATAGAT
* * * *
11073320 AATAATAATAATAAAAATA-AAAACAGATAAAT
1 AATAAAAATAATAAATAGACAAAA-A-ATAAAA
* *
11073352 AATAAAAAT-ATTAATAGATAAAAAATAAAA
1 AATAAAAATAATAAATAGACAAAAAATAAAA
* *
11073382 AATAAAATTAATAAATAGACAAATAATAAAA
1 AATAAAAATAATAAATAGACAAAAAATAAAA
11073413 TAAAGCCCAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 9, Indels: 5
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 13 0.26
31 25 0.50
32 12 0.24
ACGTcount: A:0.72, C:0.02, G:0.03, T:0.23
Consensus pattern (31 bp):
AATAAAAATAATAAATAGACAAAAAATAAAA
Found at i:11073413 original size:16 final size:14
Alignment explanation
Indices: 11073320--11073416 Score: 63
Period size: 15 Copynumber: 6.4 Consensus size: 14
11073310 AGAAATAGAT
*
11073320 AATAATAATAATAAA
1 AATAAAAATAAT-AA
*
11073335 AATAAAAACAGATAAA
1 AATAAAAATA-AT-AA
*
11073351 TAATAAAAATATTAA
1 -AATAAAAATAATAA
11073366 TAGATAAAAAATAA-AA
1 -A-AT-AAAAATAATAA
*
11073382 AATAAAATTAAT-A
1 AATAAAAATAATAA
11073395 AATAGACAAATAATAA
1 AATA-A-AAATAATAA
11073411 AATAAA
1 AATAAA
11073417 GCCCATTAGG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 7, Indels: 17
0.74 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 12 0.18
14 4 0.06
15 20 0.30
16 15 0.22
17 16 0.24
ACGTcount: A:0.72, C:0.02, G:0.03, T:0.23
Consensus pattern (14 bp):
AATAAAAATAATAA
Found at i:11074208 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11074176--11074208 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11074166 AACCAGTTTA
11074176 AATAATTATAACTATTTC
1 AATAATTAT-ACTATTTC
11074194 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
11074209 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTC
Found at i:11074840 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11074092--11075732 Score: 726
Period size: 180 Copynumber: 9.1 Consensus size: 181
11074082 GTGCATTCAA
* ** * * * *
11074092 AATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATT
1 AATA-AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
* ** * * ** ** *
11074156 ATATTTATTGAACCAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCA-TTA
65 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAAT-AGTTA
* * * * *
11074219 TTA-C--TT-TTT-GTCATAAAACAATT-TTTT--TTAATATAAGTTTGTTT-G
128 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * *
11074264 AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAAGTGA
1 -AA-TAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA-AAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAA
* * * ** * * * * *
11074327 ATCTATTTACCAAACCA-TTCCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGTA
63 ATCTATTTACCGAACAAGTT-CAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAGTT
* * * * * * ** * *
11074391 ATAACCTTTTATTTTA-TCATTAAATAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTACTTGG
127 ATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * ** *
11074446 AATAAATAATAGTAATTTA-AAAGTATTCCAAAACTTAATAATCAAGA-AATT-AAAAAATAAAT
1 AATAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
** * * * * *
11074508 CTAATTGT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACGATTATCTATTTCAAATCGTT
65 CT-ATT-TACCGAACAAGTTCAAATAGCTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTAAAATAGTT
* * ** * *
11074571 ATGACATTTTCTTTTA-TCGCAAAAAAATTGTTTT-GGTCATACAAGCTTATTTTA-
127 ATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTTAG
** * * **
11074625 TTTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAAAAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAAT
1 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * *
11074688 TTGTTTACCGAATCAA-TTC-AATGGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATAGTTTT
65 CTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTAT
11074751 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG
129 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG
* *
11074804 AATAAATTAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
* * ** *
11074869 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTA-AACAATTGTCTATTTAAAATAGTTAT
65 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTAT
* * * * * **
11074933 AAGCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGCTTCAGTTAATACAAGCTTA-GAAGG
129 GACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA-G
* * * * * *
11074986 AATAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTTC-CAAAATTAAGTAAGAAATTTAAACTAAAACTAAA
1 AATAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAAATTAA-AAAGAAA--GAGATTTAAA--AAA
* * * * *
11075049 ATAAATACTAATTTA---AA-AAG---AAAT---TACGGCCATTTGAAACGATTATCCTATTTAA
59 ATAAAT-CT-ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAG-AACAATTAT-CTATTTAA
* * * *
11075104 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATT-ATTTATGATC-TCACAAG-TTATTGA-
120 AATAGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCAT-ACAAGCTTATTTAG
* * ** * * *
11075164 AATAAAATAATACTAGTCTATTAATATTTGAGAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
1 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * * ** *
11075228 CTATTTATCGAACCAGTACAAATAGGTATGACTATT-GAACAATTATCAATCT-CAACCGTTAAG
65 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
11075291 ATCTTTAT-TTT-GTCATAAAATAACTATTTTTGATCATAGAAGGTTATTCAG
130 ACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * * *
11075342 -TTACATATAATAATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAATATAAA
1 AATA-A-ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
11075405 TGTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-T
64 TCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGCTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTAAAAT-AGT
* * * * * * **
11075468 TTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTG-TATA-TATCTTGCAAGCTTATTCGG
126 TATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * *
11075523 AATAAAATAATTCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAACATAAA
1 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * * ** ** * * *
11075587 TCTATTTACTGAATAATTTTTAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATTTGTTTAAAATA-TTA
64 TCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTA
* * * * * * * *
11075650 TGACCTTTTTATTTTGACATAAAGCAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCCTATCTAA
128 TGACC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG
**
11075705 AATAAAATAATACTAATTGCTTAATATT
1 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
11075733 TTAAAAATCG
Statistics
Matches: 1123, Mismatches: 249, Indels: 183
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.00
172 22 0.02
173 91 0.08
174 5 0.00
175 4 0.00
176 28 0.02
177 30 0.03
178 175 0.16
179 125 0.11
180 253 0.23
181 178 0.16
182 171 0.15
183 9 0.01
184 9 0.01
185 2 0.00
186 9 0.01
187 2 0.00
188 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AATAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGA
CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG
Found at i:11075795 original size:130 final size:129
Alignment explanation
Indices: 11075613--11075870 Score: 340
Period size: 130 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
11075603 TTTTTAATAA
* * *
11075613 TTATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTAAAATATTATGACCTTTTTATTTTG-ACATAAAGCAA
1 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATATTATGACCTTTTTATTTTGTACA-AAA-CAA
* *
11075677 TTGTTTTAGTTCATAAAAGCCTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGCTTAATATTTTAAAAATC
64 TTGTTTTAGTTCATAAAAGCCTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATC
11075742 G
129 G
* * *
11075743 TTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTTACAAAACAA
1 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAAT-ATTATGACCTTTTTATTTTG-TACAAAACAA
* * * * * *
11075807 TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
64 TTGTTTTAGTTCATAAAAGCCTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAAT
11075871 TGATAAGTGA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 14, Indels: 6
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
130 96 0.86
131 12 0.11
132 3 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (129 bp):
TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATATTATGACCTTTTTATTTTGTACAAAACAATT
GTTTTAGTTCATAAAAGCCTATCTAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATCG
Found at i:11076907 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11076083--11078166 Score: 1170
Period size: 180 Copynumber: 11.7 Consensus size: 180
11076073 ATTTAAACAA
* * * * * * *
11076083 TTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *** *
11076148 TATTTCTATTCATACAAGCTTAGTCGAACTAAAATAATACTCATATAATAATATTCCAAAAATTA
66 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
* ** * ** * * *
11076213 ATAACTAAGTAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCTAATAA
131 ATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGATTATCGAACTAGTTCAAATAC
* * *
11076264 TTAAGACTATATTTAACAATTATCTATTTCAAA----T-TG---TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** *
11076321 TTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA
65 TTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGACAA
* * * * * * * * * * *
11076384 TTAATATGTAAGAGATTTAAAAATAATTTTGTTTACCTATCCAGTT-AAATAA
128 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGATTATCGAACTAGTTCAAATAC
* * ** *
11076436 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAA
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * ** *
11076500 TGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTG-AATAAAA-AATTCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTA
66 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
* * * * * * * * *
11076563 AT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-TTCAAAAGAG
131 ATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGATTATCGAACTAGTTC-AAATAC
* ** * * *
11076610 TTATGACTAGTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTCTGTTTTGTTATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
11076674 TAGTTTTTGTTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAA
65 TTGTTTCTATTCA-TATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTGACAA
* *
11076738 TTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAGT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATAC
128 TTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGATTATCGAACTAGTTCAAATAC
* * * *
11076791 TCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** *** *
11076856 TATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGATATTAATATTCCAAAAATTA
66 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
* * * * * * * *
11076921 ATAATTAAGAGATTTAAAAGATGAATCT-ATT-TACTGATC-AGTTTAAATAA
131 ATAAGTAAAAAATTTAAAA-ATAAATATGATTAT-C-GAACTAGTTCAAATAC
* * * * * * **
11076971 TTATGA-TATTTTAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGAT
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * **
11077035 TTTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-TAATAAAATAATAC-AAGTTATTAATATTAAGACAATT
66 TGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
* * * *
11077098 AATAAGTAAAAGATTTAAAGAATAAATCT-ATTCATTGAACAAGTTCAAAT-C
130 AATAAGTAAAAAATTTAAA-AATAAATATGATT-ATCGAACTAGTTCAAATAC
* * * * * *
11077149 TTTATGGCTATTTGAACAATTAT-TTTTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCAT-AAACA
1 -TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
11077211 ATTCTTTCTATT-ATATAA-CTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTCTTAATA-TTTGACAAT
64 ATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAT
* * * *
11077273 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-TAAGTTCAAATAGC
129 TAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGATTATCGAACT-AGTTCAAATA-C
* * * * * * * *
11077327 -CATGCCGATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*
11077391 TGTTTCAATTCATATAAGCTTATAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AATT
66 TGTTTCTATTCATATAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
* * * * * *
11077454 AATAAGTAAGATAATTAAAAAATGAATCTGTTTTATCGAAC-ATGTTCAAAATAG
130 AATAAGTAA-AAAATTTAAAAATAAATATG-ATTATCGAACTA-GTTC-AAATAC
* * * * *** * * * *
11077508 TTATGACTATCTGAACAATTATCAATTTTAAAACATTATGGCATTTTGTTTTGCCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * *** *
11077573 TGGTTCTGTTCATGCCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-AAATTTAATTAATATTCCAAAAA
66 TGTTTCTATTCAT-ATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTTGACAA
*
11077636 TTAATAAGT-AAAAATTTAAAAATAAATATG-TTTTCTGAA-TATGTTCAAATAGC
128 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGATTATC-GAACTA-GTTCAAATA-C
* * * *
11077689 -TATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAGCTTTTTTGTTTTGTCATAAACCA
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * **** *
11077753 ATTGGTT-TGTTCACAAAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTATTATACCAAAAA
64 ATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
* * * ** * *
11077816 TTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCCAT--TTA-CCAAGGATTTCAAATAG
128 TTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAAT--ATGATTATCGAACTAGTTCAAATAC
* ** * *
11077869 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC-AATCATTATGATCC-TTTGTTTTGTCCTAAAATAA
1 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
11077932 TTGTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAA-AAAAAAAAACATCAATTTATTAATATTCTAAAA
65 TTG-TTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTTGACA
* *** * * * * * *
11077996 ATTAATGAGTTGGAGATTGAAGAAATAAATCT-ATTCACCGAACAAGTTCAAATAG
127 ATTAATAAGTAAAAAATTTAA-AAATAAATATGATT-ATCGAACTAGTTCAAATAC
* * * * * * *
11078051 TCATG-C-ATTTGAACT-ACTATCTGTTTCAAATAGTTATGA-C-ATT-TTTTATCATAAAGCAA
1 TTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
*
11078110 TTGTTTTCATATGTACA-A-AA--TAATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 TTG-TTTC-TAT-T-CATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
11078167 CAAAGATTAA
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 294, Indels: 195
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 20 0.01
172 23 0.02
173 49 0.03
174 123 0.08
175 28 0.02
176 134 0.09
177 70 0.05
178 189 0.12
179 155 0.10
180 271 0.18
181 233 0.15
182 171 0.11
183 34 0.02
184 14 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
ATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATATGATTATCGAACTAGTTCAAATAC
Found at i:11077403 original size:535 final size:534
Alignment explanation
Indices: 11076300--11098386 Score: 1915
Period size: 540 Copynumber: 41.4 Consensus size: 534
11076290 TTTCAAATTG
* * *
11076300 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA-TAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-
* *
11076363 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAAAAT-AATTTTGTTTACCT-ATC
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAT-TAAGAGATTTAAAAATGAA-TCTATTTA-CTGAT-
*
11076425 CAG-TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG-TTTG
123 CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * * *
11076488 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTT-ATATAAGTTTATTT-GAATAAAA-AATTCTAATCTATTAAT
188 TCATAAAA-TAAT-TTTTTCTTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AAT-TATTAAT
* * * *
11076550 ATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCATTCAAAAGAGT
249 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTCACCAAACAATTCAAAAGAGT
* * * * * *
11076611 TATGACTAGTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTCTGTTTTGTTATAAAACAATA
312 TATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCATAAAACAATA
* * *
11076676 GTTTTTGTTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATCTAATTTTATTAATATTTTGACAATTA
377 CTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATCTAATTTTATTAATATTTTGACAATTA
* * *
11076741 ATAAGTAAAAAATTTCAAAAGTAATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACTATTTGAA
442 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACGATTTGAA
*
11076806 TAAATATCTATTTCAAAGTGTTATGACC
507 TAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
*
11076834 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
**
11076899 GATATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAGATGAATCTATTTACTGATCAGTT
65 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAA-ATGAATCTATTTACTGATCAGTT
* * * ** * *
11076964 TAAATAATTATGA-TATTTTAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
128 TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * *
11077028 AAATGATTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCTAATAAAATAATACAAGTTATTAATATT-AAG
193 AAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAA-TTATTAATATTCAA-
*** *** *
11077092 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAGAATAAATCTATTCATTGAACAAGTTC-AAATCTTTATGG
255 A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAGAGTTATGA
* *
11077156 CTATTTGAACAATTATTT-TTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCAT-AAACAATTCTTTC
317 CTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCATAAAACAATACTTTC
* * *
11077219 TATT-A-TATAA-CTTATTTGGATTAAAATAATATTAA-TTTCTTAATA-TTTGACAATTAATAA
382 TATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
* * * * * *
11077279 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-TAAGTTCAAATAGC-CATGCCGATTTGAAT
446 GTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACT-AGATCAAATA-CTCATGACGATTTGAAT
* * *
11077342 AATTATCTATTTCAAATTATTGTGACC
508 AAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * *
11077369 TTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAA
*** * * * * *
11077434 TTTATTAATATTTTGAAATTAATAAGTAAGATAATTAAAAAATGAATCTGTTTTA-TCGAACATG
65 TTTATTAATATTCAAAAATTAATAATTAAGA-GATTTAAAAATGAATCT-ATTTACT-GATCA-G
* * * * * * *
11077498 TTCAAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCAATTTTAAAACATTATGGCATTTTGTTTTGCC
126 TT-TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
** * *
11077563 ATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAATTTAATTAATAT
190 ATAAAATAATTTTTTCT-TTCAT-ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAA-TT-ATTAATAT
* * ** ** * * * *
11077628 TCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAATATGTTC-AAATAGCTA
251 T-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTCACCAAACA-ATTCAAAAGAGTTA
* * * * * * * * * * *
11077691 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAGCTTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT
314 TGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-C-TTTCTATTTTATCATAAAACAATA
** * * * ** * * * **** *
11077756 GGTT-TGTTCA-CAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAA-TTTATTATTATACCAAAAATT
377 CTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAATT
* * * * ** ** * * *
11077818 AATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAA-ATCCATT-TACCAAGGATTTCAAATAGTTATGACTATTT
441 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATAT-GATTAT-CGAACTAGATCAAATACTCATGACGATTT
* *
11077881 GAATAATTATTTATTTC-AA-TCATTATGATCC
504 GAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGA-CC
* * * * * * * *
11077912 -TTTGTTTTGTCCTAAAATAATTGTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAA-AAAAAAAAACAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATAC-T
* * * * * * *
11077975 CAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTT-GGAGATTGAAGAAATAAATCTATTCACCGAAC
63 -AATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-AATTAAGAGATTTAA-AAATGAATCTATTTACTGATC
* * * * * * *
11078039 AAGTTCAAATAGTCATG-C-ATTTGAACTACTATCTGTTTCAAAT-AGTTATGACA--TT-TTTT
124 -AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGACATTTTGTTTT
* ** * * ** *
11078098 ATCATAAAGCAATTGTTTTCATAT-GTACAA-AATAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
187 GTCATAAAATAATT-TTTTC-TTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AA-TTATTA
* * * * * *
11078161 ATATTTCAAAGATTAATAAG----AGATTTAAAAACAAAATATATTTATCAAACCAATTC-AAAT
247 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTCACCAAA-CAATTCAAAAG
* * * * * * *** **
11078221 AGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTCTATTCATTCAA-GCTTATTCAAAGTAAA
309 AGTTATGA-C-TAG--TTG------AACAATTATTTAT-TTCA---AATGGTTA-TGACTTTCTA
* * * * *** * * * *
11078285 TATTGT--TAAATCAATAATATTCTAAAAATTAATAAG--TA-AGAGATTTTAAA-AAT-AAATG
359 TTTTATCATAAAACAATACT-TTCTATTCATT-ATAAGCTTATTGGGA-TTAAAATAATCTAAT-
** * * * * * * * *
11078343 TGTTCACCAA-ACTAGTT--C-A--AAT-AGTTAAGATTATTAGAATAATTATCT-ATT-TCAAA
420 T-TT-ATTAATA-T-TTTGACAATTAATAAGTAAAAAAT-TTA-AAAAATAATATGATTATCGAA
* * *** * ** * * * * *
11078399 TTA-TTTTGA-CCTTTTG-TG-TAGTCACA-AAATAAT-TTTTTC--AGTTCATACATG-CC
479 CTAGATCAAATACTCATGACGAT-TTGA-ATAAAT-ATCTATTTCAAAG-T-AT-TATGACC
*** *** * * * * * *
11078452 TATTTGAAATAAAATAATACTAAATTA-TT-AA--CATACAGAACATTAAT-ACACAAAA-AATA
1 T-TTTGTTTTGTCATAA-A-AAAATTATTTCAATTCATATA-AGC-TTATTGAAATAAAATAATA
** *** * ** ** * * * ** *** * *
11078511 AAAAAAAAATAA-A-TCTATTTACCTAACAAGTTCAA-ATAGTT-ATGATGAAT-TAAACAATTA
61 CTAATTTATTAATATTC-A-AAAATTAATAA-TT-AAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACTGA
* * ** ** *
11078571 TCTA-TTT-AA-AA-TA--A--ATATG-AC-CTT-T-GGTTTT--ATCA-TAAAACA-ATTGTTT
122 TC-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTT
* *** * **** * *** * **
11078620 CAGTTCATAAAA-GCCTTATT-GGAAATAAAATAATATTAC-TTTA---T--T--AA-TATT--T
186 -TG-TCATAAAATAATTTTTTCTTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAATTATTAAT
* * * * * *
11078672 CA---AA-AATTGATAAGTTAGAA-ATTTAAAAAATAAGTC-AGCTT-ATCGAATCATTTCAAAT
249 -ATTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA--TTCA-CCAAACAATTCAAA-
* * * * * * * *
11078730 A-A-TTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACATAACTTTC--TTTTGTCAATA
307 AGAGTTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTT--ATGACTTTCTATTTTATC-ATA
* * * * *
11078791 AAACAAT--TTT-TTTTCATCATAGAAGC-TA-TAGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAAAT
369 AAACAATACTTTCTATTCAT--TATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATAT
** * * * * * *
11078850 TTCAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTG-TT-TAGAAC--G--CCAAT--T
431 TT-TGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACT
* ** * * *
11078907 C----CTATTTGAATAGTTTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
493 CATGACGATTTGAATA-AATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * * * * *
11078946 TATTGCTCTATGT-AT-AAATAATTGTTTTAGTCCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
1 TTTTG-T-TTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACT
* * * * * * * * *
11079009 AA-TTAATAATTTTCCAAAAATTCATAACTAAGTACGATTTAAAAATAAATTTATTGCACATAAG
63 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAG-A-GATTTAAAAATGAATCTATT-TAC-TGAT
* * * * * * *
11079073 CAGTTCAAACAGTTAATG-CTATAGTGAACAGATTATCTACTTCAAATCGTATATGACATTTTGT
123 CAGTTTAAATAATT-ATGACTAT-TTGAACA-ATTATCTATTTTAAATCAT-TATGACATTTTGT
* * * *** * *
11079137 TTGGTCATAGGAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTCATTTGAAATAAAATAAAACTAGATTT
184 TTTGTCATA-AAATAATT-TTTTCTTTCATACAAGCTT-ATTTCAAATAAAATAATAC-A-A-TT
** * * * * * ** *
11079202 ATTAATATTTTTGAAAATTAATAAGT----GATGTGAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATTAGTTC
243 ATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAATAAATCTATTCACC-AAACAATTC
* * * * * ** * * ** *
11079263 AAATA-A-TTATGGCCA-TGTCAATAATTATCTATTTC-AATCATTATCACTCTTTTGCTTCATC
304 AAA-AGAGTTATGACTAGT-TGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACT-TTCTATTTTATC
* ** * * *** * *
11079324 ATATAACAATTGTATT-TGA-ACATT-CAAGCTTATTTATAATAAAATAATACTAA-GTTATTAA
366 ATAAAACAATACT-TTCT-ATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAA
* * * * * * * * *
11079385 TCTTTT-A-AA--AATTAA-TAACAGA-TTAAAATA-AATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAG
428 TATTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATGATTATCGAACTAGATCAAATAC
* * * * * ** * * * *
11079443 T-TTGACTATTTGAACAATTGTAAACTT-GAA-TCGTTATAACC
492 TCATGACGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
** * ** * * * **
11079484 TTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACGCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
11079549 TTCTAATAATATTCCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTCTTTGCTGAACTAG
65 TT-TATTAATATTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT--AAAAATGAATCTATTTACTGATC-AG
* * ** * * * * **
11079614 TTCAAATATTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTA-GACCCTTTGTTTTGTCA
126 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
** * * * * *
11079678 TAAAAATAAGTTTTTTGAAATTCATACTAGTTTATTTGGAAAAAAAATAAATGA-ATTTATTAAT
191 T-AAAATAA-TTTTTT--CTTTCATACAAGCTTATTT-CAAATAAAAT-AAT-ACAATTATTAAT
* * * * *
11079742 ATTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTT-AAAA-AAAT-AATTCTA--AAACACTTTC-AAATAG
249 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTC-ACCAAACA-ATTCAAAAGAG
* * * * * * * *
11079801 TTATCGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTTATATAAGC
311 TTAT-GACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATA-AAAC
* * * * * * ***
11079865 AAT--TGTCCTCATTCA-TAAAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACT-ATTTTATTAAAATTCCC
373 AATACT-TTCT-ATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTG
* * * * * * * * * * *
11079926 AAAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGA-GAGTTC-AATAGTTATGA
435 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGA-ACTAGATCAAATACTCATGA
* * * * * ** *
11079989 CTATTTAAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGATC
498 CGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * ** *
11080026 TTTTGTTTTGT--TAAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACCA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAA-AATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTA
* * * **
11080089 ATTTATTAATATTCTAAACATTAATGAGTCGGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATGTTTA-TCGAAT
64 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTA--TTTACT-G-AT
* * * * * * * * * *
11080151 AACTTCAAATACTCATGTCCATTTGAACTATTATTATCTCTTTCAAATCATTATGACAATTTGTT
123 CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAC-A--ATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTT
* * * ** * *
11080216 TTGTCATAAAACAATTGTTTT-TACTCATAAAAAATTA-TGCAGAATAAAATAATATTAATTTAT
185 TTGTCATAAAATAATT-TTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-CAA-TTAT
* * ** *
11080279 TAATATTTCAAAAATTAATAAG----ACATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACTAATT-TAA
245 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTCACCAAAC-AATTCAAA
* * * * *
11080339 ATAGTT-TGACTA-TTAGAACAATTATCTATCTCAAACT-ATTATGA-TCTT-TGTTTTATCATA
307 AGAGTTATGACTAGTT-GAACAATTATTTATTTCAAA-TGGTTATGACT-TTCTATTTTATCATA
* * * * * ** * *
11080399 AAACAATTGC-TTCTATTCA-TACAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAA-ACTAATCATATT
369 AAACAA-TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATT
* * * * * * * *
11080461 CTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA-ATGCATT-TGCCAAATCCGTTCAAATACT-
432 TTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATG-ATTAT-CGAACT-AGATCAAATACTC
** * * * * * *
11080523 AAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACC
494 ATGACGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * * * * ** *
11080564 TTTTGTTTAGTCATAATATAATTGTTTCAATTTATACATGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * ** * * *
11080629 TTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAAAAATAAAAAAATTAAGTCTTTTTACTGAACAAGT
65 TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAA-TCTATTTACTGATC-AGT
* * * * * * *
11080694 TCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
127 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
11080759 AAATTAATTATTTTAGTTT-ATAAAAGCTT-TTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
192 AAAATAATT-TTTT-CTTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-CA-ATTATTAATA-T
* * ** * ** * *
11080822 TCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATCAGTTCAAATA-A-T
251 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTCA-CCAAACAATTCAAA-AGAGT
* * * ** *
11080884 TATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT-TGTTTTATCATAAAACAA
312 TATGACT-AGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATG-ACTTTCTATTTTATCATAAAACAA
** * * * * * *
11080947 TTGTTTGTCA-TCA-TACAAGCTTA-TGCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTAAA
375 TACTTTCT-ATTCATTATAAGCTTATTG-GGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * * **
11081008 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTA
437 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACGA
* * * * *
11081073 TTTGAACAATTATATATTTCAAA-TCGTTATAACC
501 TTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * ** *
11081107 TTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTT-ATCTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAGTACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-ATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTA
* * *
11081171 ATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAATT-A-AGATTTAAAAAATAAATTCGT-TTGT-C-GAA
64 ATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAA-TC-TATT-TACTG-A
* * * * * * * * * * * * *
11081230 CCAATTTAAATAGTTAAGACAATGTGGATAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
122 TCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * * * * * * *
11081295 GTCATAAAACAAATATTTTT-GTACATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
187 GTCATAAAA-TAAT-TTTTTCTTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CAA-TTATTAA
** * * * *
11081359 TATTTTAAAATTAATAAG----AGATTTAATAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATA-AG
248 TATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTATTCACCAAAC-AATTCAAAAGAG
* * * * * *
11081419 TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATT-TGTTTTATCATAAAATAA
311 TTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAA
** * * * *** * * * * * * *
11081483 TTGTTTCTATT-AATACAATCTTATTCTAAATAGAGTAATGCTAA-TTTATTAGTATTCTAAAAA
375 TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAA
* * * * * * * * ** **
11081546 TTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTGGCTTG-ACCA-ATGCAAATAGTTACAAAT
439 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATT--ATCGAACTAGAT-CAAATACTCATGACG
* * * * * *
11081608 TTTTGCACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATGA-C
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * ** * * * ** * *
11081642 TTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAAACTTATTCAGAATAGTATAATTCTAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAA
* * *
11081707 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTATTTATTGAACAAGT
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCTATTTACTGATC-AGT
* * * *** * * *
11081772 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCAT
127 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* *
11081837 AAAATAATTTTATTCTATTGATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
192 AAAATAATTTT-TTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATATTC
* * * *
11081902 AAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAACTCTATTTACCGAATA-AATTC-AAATAGTT
253 AAA-AATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTCACC-AA-ACAATTCAAAAGAGTT
* * * * ** * * ** * **
11081965 ATGACTATTTGAACGATTATTTTTTTGAAATCATTATGACTTTATGTTTGGTCATAAAAAAATTG
313 ATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCATAAAACAATAC
* * * * * *** * * ** **
11082030 TTTTTGTTC-TTACAAGGTTACTCAAATTAAGATAATGTTAA-TGAATTAATATTTCAACAATTA
378 TTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAATTA
* * * * * * * * * *
11082093 ATAAGTCAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCAT-AGCTATTTG
442 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGA-CGATTTG
* * *
11082157 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
505 AATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
** * * * * * * *
11082187 TTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTTATT-AAAAAAAATAGTACTGAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAAT
** * * * *
11082251 TTATTAATATTTTGAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAGATGAAT-TAATTTA-TCGAACAAG
66 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAA-ATGAATCT-ATTTACT-GATC-AG
* * * * * * * *
11082314 TTCAAATAGTTATAACTACTGGAATAAGTT-TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTC
126 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
* * *
11082378 ATAAAATAATTGTTTTCGTTT-ATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT
190 ATAAAATAATT-TTTTC-TTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CAA-TTATTAATA-
* * * * ** ** * *
11082442 TTCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACATT-TAAATAGTTA
250 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTCACCAAACA-ATTCAAAAGAGTTA
* * * * ** * * * *
11082505 TAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTT-TGTTATCTCAT-AAACTAATT
314 TGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAAC-AATA
* * * * * * * * * * * *
11082568 GTTTTTGTTCA-TACAAGCATATTCGAAAT-AAATAATCT-AGTTTATTAATATTCTAAAAATTA
377 CTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATCTAATTTTATTAATATTTTGACAATTA
* * * * * * * * * *
11082630 ATAAGTAAAAAATTTTACAAATAAATTTGTTTA-CTGAGC-AAACTCAAATAGTTATGGCTATTT
442 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATC-GAACTAGA-TCAAATACTCATGACGATTT
* * *
11082693 GAACAAATATTTATTTCAAA-TATTTATGATC
504 GAATAAATATCTATTTCAAAGTA-TTATGACC
* * * ** ** *
11082724 TTTTGTTTTGTCA-ACAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATA-AAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTA
** * * * ** * *
11082788 ATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAACTAAATCTGTTTACCAAAACACT
64 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTA-CTGATCAGT
* * * * *
11082849 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG--ATCTTTATTTTGTCG
127 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCA
* * * *
11082912 TAAAAAAATTGTTTCTTTTCCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATATATTA-ATTTAATAATAT
191 TAAAATAATTTTTTC-TTT-CATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATA-A-TACAATTATTAATAT
* * * * *
11082975 TCCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAATTTAAATA-A-T
251 T-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTCACCAAA-CAATTCAAA-AGAGT
* * * * * ** * * *
11083034 GAAGAATA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTT-T-GTTTAGTCATAAAACA
312 TATGACTAGTT-GAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGAC-TTTCTATTTTA-TCATAAAACA
* ** * *** * * * *** *
11083096 ATTA-TTTCAATTCA-TGCAATCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA-TTTATTAACATTCAAAA
374 A-TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * * * * * *
11083158 AATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGAT-TTGC
437 AATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAA-TAATATGATTATCGAACT-AGATCAAATA-CTCATGA
* * *
11083221 CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACC
498 CGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * *
11083258 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATA-AA--AT-TTGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
11083319 TTATTGATATTTCAAAAATTAAT-ATGCT-ATAGATTTAGAAACTAAAGT-TGTTTTCCTAACCA
66 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAT--TAAGAGATTTA-AAAATGAA-TCT-ATTTACTGATCA
* * * * * * * * *
11083381 ATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATG--ATCTTGGTTTTCT
125 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGT
* * * * *
11083444 CATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTT-AAATAAAAATAATGCTAATT-TAAATAT
189 CATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATAC-AATTATTAATAT
**** * ** * * ** * * * * *
11083507 ATTGTGAA--AATTAGCGAAAGATTTAAAAAATAAGTGTATTTGCTTAACCAGTT-TAAATAGTT
251 -TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTCAC-CAAACAATTCAAAAGAGTT
** * * ** * * * *
11083569 AAAACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTT-TA-CTTAGTCATATAATAA
313 ATGACTAGTT-GAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGAC-TTTCTATTTTA-TCATAAAACAA
** * * *** * * * * *
11083631 TTGTTTCAATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAA-TTTATTAACA-CTTGAAAA
375 TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTG-ACA
* * * * * * * * *
11083693 ATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGCTTATTGAAC-AAATTCAAATAGTTATGAC-
438 ATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGA-TCAAATACTCATGACG
* ** *
11083756 TTTTG--T-TTTGTC-A--T-AAA--A-TA--A--
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
** * * * * * * * * **
11083777 --TTGTTTTAGTTCAT-AAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATAC-TACTTTATCATTATTTCAA
1 TTTTGTTTT-G-TCATAAAAAAATTATTTC-AATTCATATAA-GCTTA-TTGA-AATAAAAT-AA
* * * * * * * * * *** * *
11083837 AAGTTAGTAAGTTGGAGATT-TAAAA--AATAATTTAGTTTTTTGAATCAATTCGAA--TAATTA
59 TACTAATTTA-TT-AATATTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AA--AAAT-GAATCTATTTA
* * * * *** **
11083897 -TG-GCA-TTTGAATAATTAT--CTATTTCAATC-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCCA-TAAAAC
118 CTGATCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTAT---CTATT-TTAAAT-CATTATGAC
* * * * * * * * ** * ** * * * * * *
11083955 A-ATTGTTTTTTCATCATACAAGTCTAT-TTGGA-AGAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTC
177 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTTTCATACAAGCTTATTTC-AA-ATA-AAATAATAC
** * * * * * *
11084016 AAAAATTAATAAGT-AGGAGA-T--TAA---AAA-A--T--AAATATA-C--TT-ACTGAACCTA
239 AATTATTAAT-ATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTCAC-CAAAC-A
* * * * * * * * * *
11084065 GTT-TAAATAGCTATGATTATTTGAA-ACATTAATATATTTC-AAT-CTCTATAACCTTT-TGGT
300 ATTCAAAAGAGTTATGACTAGTTGAACA-ATT-ATTTATTTCAAATGGT-TATGA-CTTTCT-AT
* * * * * ** * *
11084125 TTTACCATAAAACAATTA-TTTATCTTCA-TACAAGCTTGTT-CAAATAAAAT-ATACTAA-TAT
360 TTTATCATAAAACAA-TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTT
* * * * * * * * * *
11084185 AATAATATTATGA-AA-TATTAACTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTA-CTGAACCA-ATT
423 ATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATC-GAACTAGA-T
* * * * * * * * *
11084246 CAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACT
485 CAAATACTCATGACGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
** * ** * * *
11084296 TTTTGTTTTGTTGTAAACCAAATGT-TTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATT
1 TTTTGTTTTGTCATAAA-AAAAT-TATTTCAATTCATATAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATACT
** * * * ** *
11084359 AATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAATATGTTTACCAAACCA
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA-AAATGAATCTATTTA-CTGATCA
* * * * * * * * * *
11084420 ATTCAATTAATTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATG-CA-TTTGTTTTATC
125 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
11084483 ATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAATC-T-TTTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
190 ATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AA-TTATTAATAT
* * * * ** ** * * *
11084546 TCTAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTAGAAAA-ATAATTTGTTGGCCTGACCAGT-ACAAATAGT
251 TC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATA-AATCTATTCACCAAACAATTCA-AAAGAGT
* * * * ** * * *
11084609 TA-CAATTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTT-TATTTTGTCACAAAACAA
312 TATGACTAGTT-GAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAA
** * * * ** * * *** *
11084672 TTGTGTCTATT--TGTACAAG-TTGGTTCAGAATAACATAATTCTAA-TTTATTAATATTCCAAA
375 TACTTTCTATTCAT-TATAAGCTT-ATTGGGATTAAAATAA-TCTAATTTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * *
11084733 AATTAATAAG----AGATTTAAAAACTGAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT
437 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACT-AGATCAAATACTCATGACG
* * * * ** *
11084793 ATTTGAACAACTACCTAGTTCAAA-TCGCTATAACC
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * * * * * *
11084828 TTTTGCTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCAATTCAAACAATACAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * * ** *
11084893 TGTATTATTATTTAGACAACTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGT
65 TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTA-CTGATCAGT
* * * * * * * *
11084958 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTAATGACTTTTTGTTTTGTCAT
127 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
11085023 ACAATAATTATTTT-TGTTCATACAAACTTA-TTCGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
192 AAAATAATT-TTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CAA-TTATTAATA--T
* * * * *
11085086 TGATAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATAC-ATTTA-TAGAACATGTTCAAACA-A-
251 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAAT-CTATTCACCA-AACA-ATTCAAA-AGAG
* * * * * * * * *
11085147 TCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT-TGTTTTGTCATAAAACAAT
311 TTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCATAAAACAAT
** * * * ** *** *
11085211 TGTAT-TAGTTTA-TATAAGCTTTTTGAAAATT-AAATAATGCTAA-TTTATTAATATTCCAAAA
376 ACTTTCTA-TTCATTATAAGCTTATTG-GGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACA
* * * * * * * ** * *
11085272 ATTAATGAGT--AAGATTTAAAATATGAATTTGTTTATTGAAC-AAATTCAAATGGTTATGACTA
438 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGA-TCAAATACTCATGACGA
* *
11085334 TTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACC
501 TTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * *** * * *
11085368 TTCTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTTAAATAAAATAATA-TAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-A
* * * * * ** * ** *
11085432 ACTTATTAACATTCCAATAATTAATAA-GAAAACTTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAAC-GCA
64 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACTGATCAG--
* * * * * * *
11085495 TTCAAATAGTTATGACTTTTTG---AA-TATGTA----AAAT-AGATATGACCTTTTGTTTTATC
126 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTC
* * * * *
11085551 AT-AAATAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATA-TTCAAAACAAAATAATATTAATTTATTAATG
190 ATAAAAT-AATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-CAA-TTATTAATA
** * * * * * * * * **
11085614 TTCCAAAAATTAAGGAGAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCAAGTTC-ATATTGT
250 TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAGAGT
* * * *
11085678 TATGACT-GTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAAT-ATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA
312 TATGACTAG-TTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAA
* * ** * * * * *
11085740 TTA-TTTCTATTCA-TACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTCTAAAA
375 -TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACA
* ** * * * * * ** *
11085802 ATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTCAAT-GAACAAGTTCAAATAGTCATTTCC
438 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATT--ATCGAACTAGATCAAATACTCATGACG
* * * *
11085865 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACT
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * ** ** ** * * *
11085900 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTT-GGTTCATGCAAAATTATTTAGAACAAAATAATACTG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAATTCATATAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTA
* * * * * * *
11085964 ATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATCTAAAAACTAAATATTTTTA-TCGAAACA
64 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCTATTTACT-G-ATCA
* * * * *
11086024 GTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTA-CTATCTCT-AATCAATATG--ATTTTATTTTAT
125 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
* * * *
11086084 CATAAAACAATTTTTTCTTTTCACACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
189 CATAAAATAATTTTTTC-TTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AA-TTATTAATA
* * * * * * * * *
11086148 TTCCAAGATT--T-AGTAAGAGCTTGAAAAA-AAATATATGTTTACCAAACTAGTTC-AAATAGT
250 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTA--TTCACCAAAC-AATTCAAAAGAGT
* * * * * * *
11086208 TAAGACTA-TTAGAACAATTGTCTATTTCAAAT-CTCTTTGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACA
312 TATGACTAGTT-GAACAATTATTTATTTCAAATGGT-TATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACA
* * * * * *** * * ** *
11086270 A-ATGTTTTTGTTCA-TATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTCAAA
374 ATA-CTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * * * * * * *
11086332 AATTAATAAG----AGATTTAATAAATAA-ATCTATTTACCAAATTGGTTCAATTAGTTATAACA
437 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATAT-GA-TTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACG
* * * *
11086392 ATTTGAACAATTATTTATTTC-AAGTCATTATGGCC
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * * * * * *
11086427 ATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTAATACAATCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTA
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
11086491 GTTTATTAATATTCTAAAAACTAGTAAGTAACAAATTTAAAAAAAGAATCTTTTTGCCTGA-CTA
64 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTT-ACTGATC-A
* ** * * * *
11086555 GTTCAAATGGTTAT-AGTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTG
125 GTTTAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTG
** * * *** * ** * *
11086618 TCCCAAAACAATTGTTTCTATTTGCACAAGCTGATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATA
188 TCATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATA
* * * * * * * *
11086683 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATTTTTTTATCGAACAAGTTC-AAATAGT
250 TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAGAGT
* * * * *** * * * *
11086747 TTTGACTA-TGTAAACAATTATCTATTTCAAGTCACTAT-AATTTCTTGTTTTGTCATAAAA-TA
312 TATGACTAGT-TGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTC-TATTTTATCATAAAACAA
* * *** * **
11086809 TATTTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAC-AAATTTATTAATATTCAGACA
375 TA-CTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACA
* * * * * * * * * *
11086872 ACTAATAAGTAAAAGATAT-AAAAA-AATTTGTTTCTCGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTAT
438 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATGATTATCGAACTAGA-TCAAATACTCATGACGAT
* * * *
11086934 TTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACT
502 TTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * *** * * * * * *
11086967 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAACTTATTCGAATTAAAATAATATTGA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * * * * *
11087032 TTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATATGTTTACCGAACAAAT
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAATGAATCTATTTACTGATC-AGT
* * * * * * * ** *
11087097 TCAAATAGTTATAACTATGTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTATAAGC-TTTTGTTTTGTCA
127 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCA
* * ** * * *
11087161 TAAAACAATTGTGTTAGTTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
191 TAAAATAATT-TTTTCTTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-CAA-TTATTAATATT
* * * * * *
11087225 CCATAAATTAATGAGTAATAGATTTAAAATATGAATC-ATTTATCAAACAAGTTC-----A---A
252 -CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAGAGTTA
* * * * * * * * **
11087281 --A-T-G--GAACAATTATATGTTTCAAATCGTTACGACCATT-TATTGTGTCATAAAATAATTG
314 TGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAATAC
* * * *** * * *** *
11087339 TTTATGTTCA-TACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATACA-TTTATTAATATTGCAAAAATTA
378 TTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATCTA-ATTTTATTAATATTTTGACAATTA
* * * * * * *
11087402 ATAAG-CAAAAATTTTAAAAATAAATATG-TTTTCTAAAC-ATGTTCAAATAGGT-ATGACTATT
442 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATC-GAACTA-GATCAAATA-CTCATGACGATT
* * * * * *
11087463 TAAACAATTACCCATTTTAAA-TAGTTATGACC
503 TGAATAAATATCTATTTCAAAGTA-TTATGACC
* ** * * * * *
11087495 TTTTATTTTGTCATAAACCAATTCTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
11087560 TTTATTTAGATTCCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAGGCA
65 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAA-TTAAGAGA-TTT-AAAAATGAATCTATTTACTGA-TC-
* * ** * * * * **
11087622 AGTTCATATCGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TGATTTCAAAT-AGTTAAGATC-TTTCATTT
124 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTTAAATCA-TTATGA-CATTTTGTTT
* * * * *
11087684 TATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTA
186 TGTCATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC-A-ATTATTA
** * *** * * ** * *
11087748 ATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGCGATATAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT--TAAT
247 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAG
* * * * * * ** * * * **
11087811 AGTTATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAGTA
309 AGTTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCATAAAACA
** * * * *** * * * *
11087876 ATTGTTTCTGTTCATGCA-AA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTGA-TCTATTAATATTTTGAA
374 ATACTTTCTATTCAT-TATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * *
11087938 AATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATTGAAAC-A-ATTCAAATAGTTATAAC
437 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCG-AACTAGA-TCAAATACTCATGAC
* * * *
11087997 TATTTGAATAATTATCTATCTCAAA-TCATTATGATC
499 GATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * ** * * * **
11088033 -TTTCTATTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTATGATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * * ** * *
11088097 TTCAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTAAGAGACTAAAAAAAT-ACATGTGTTTGTCAAACCAA
65 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAATGA-ATCTATTT-ACTGATCAG
* * * * * * ** * * * *
11088157 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTTTGACCTTTTATTTAGTCA
126 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
11088222 TAAAACAATTATTTCATTTCACACAAGTTTA-TTCAAAATTAAATAATACTAATTTATTAACATT
191 TAAAATAATTTTTTC-TTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATATT
* * *
11088286 CAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGA-T
252 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAA-AGAGT
* * * * * *
11088350 T-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA
312 TATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAA
** * * * * * ** ** *
11088412 TTGTTT-TAGTTCA-TAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACCTTT-TTAATATTTCAAAA
375 TACTTTCTA-TTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACA
* * ** * * * * *
11088474 ATTAATAAG--CAAGATTTAAAAGCTAA-A-GCTATTTTCCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGAC
438 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATG--ATTAT-CGAACTAGA-TCAAATACTCATGAC
* * * * ** *
11088534 TATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAACCATTATGATC
499 GATTTGAATAAATATCT-ATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * * *
11088570 -TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATATAAGCTTATTCAGATAAAAATATTACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AATTCATATAAGCTTATTGAAAT-AAAATAATACTA
* * * * * * * **
11088633 ATTTGA-TAATATTCCAAAACT--T-AGTAAGCGA--T-AAAATAAATGTGTTTATCAAATC-GA
64 ATTT-ATTAATATTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTA-CTGATCAG-
* * * * * * * * * * * *
11088690 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCACTCTGACCTTTTAATTTAGTC
126 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTT-GTTTTGTC
* * ** *
11088755 ATACAATAATTGTTTTAGTTT-ATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
190 ATAAAATAATT-TTTT-CTTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATA-
* * ** * * *
11088818 TTAAAAAATTAATAAGCACGAGTTTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC-AAATAGT
250 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAGAGT
* * * ** * * *
11088882 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATT-TGTTTTGTCATAAAACAAT
312 TATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAAT
** * * ** * * *
11088946 TGTTT-TAGTTCA-TAAAATCTTATT-CAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTT-AAAA
376 ACTTTCTA-TTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAA
* * *** * * * * * * ***
11089006 GTTACTGAGTAAGGGATTTAAAAAATAA-ATTAGTT-TACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGTA
439 -TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATGA-TTAT-CGAACT-AGATCAAATACTCATGACG
* * * *
11089069 ATTTGAACAACTATCTGTTTCAAA-TCATTATTACC
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * *
11089104 TTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT
* * * * *
11089167 AATTTATTAATATTTTAAGAA-T--TAA-TAAGAGAATTAAAAAAGATATCTATTTA-TCGAACT
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGA-ATCTATTTACT-GATC-
* * * *** * * *
11089227 AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATTGCTATAACATTTTGTTCTA
124 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * *
11089291 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAAT
188 TCATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-ACAA-TTATTAAT
** * ** * * ** *
11089355 ATTCTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTGCTGAACCTGTTC-AAACA
249 ATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCT-ATTCAC-CAAACAATTCAAAAGA
* * * * * * * *
11089418 GTTAAGACT-TTATGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGGCCTTT-TGTTTTGTCATGAAAC
310 GTTATGACTAGT-TGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTAT-GACTTTCTATTTTATCATAAAAC
* ** *** * * * * *
11089481 AATTA-TTT-TAGCTCA-TCCAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAA-TTT-TTAATATATTA
373 AA-TACTTTCTA-TTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAAT-AATCTAATTTTATTAATATTTTG
* * * * * * * * * * * * *
11089541 AAAATTTATAAATAAGAGATTTAGAAAATAAT-TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAA
435 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATAT-GA-TTATCGAACTAGATCAAATACTCATGA
* * * *
11089605 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATTA-C
498 CGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * ** * * * * * * *
11089641 TTTATGTTTTGTCATACAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGTTTGTGTAAAAGAAAATAACATT
1 TTT-TGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAATTCATATAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACT
* * * * * * **
11089705 AATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATGTAAAAAGTAAATCTACTTATCAAATCA
63 AATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCTATTTA-CTGATCA
* * * * * * * *
11089770 -CTCAAATAGTT-TCAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGT
125 GTTTAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
* * ** ** ** *
11089833 TATCAAATAATTGGTTCTGTTCATATTATTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
189 CATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC-AA-TTATTAATA
** * * * * * * * ** *
11089897 TTTTGAAACTTAATAAACTAAAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGC-CTAACCAGCTC-AAATAG
250 -TTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT-ATT-CACCAAACAATTCAAAAGAG
* * * *
11089960 TTAAGATTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAACT-GTTATGACCTTT-TATTTTGTCATAAAAC
311 TTATGACTAGT-TGAACAATTATTTATTTCAAA-TGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAAC
** * * * * ** *
11090022 AATTGTTT-TGTTCA-TACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAA-TTTAATAATATTTCAAA
373 AATACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * ** * *
11090084 AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATTAGTTCAAATGGT-TTAGACA
437 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCAT-GACG
* * * *
11090144 ATTAGAATAATTATATATTTCAAA-TCATTATAACC
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* ** * * * * * * * * *
11090179 TTTTGTTTAGTTGT-AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATTTAAAATAAATTAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * *
11090243 TTTATTAACATTCGAAAAAGTAATAACAAAAAGAGATATAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
65 TTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-A-ATTAAGAGAT-T-TAAAAATGAATCTATTTACTGATC-
* * * * * * *
11090308 AGTTCAAATAATTATTACTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCA-TTTGATTTG
124 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTG
* * *** *
11090372 TCATAAAATAATTGTTTCAGTT-AGTACAAGCTTGGAT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
188 TCATAAAATAATTTTTTC-TTTCA-TACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-CAA-TTATTAA
*** * * * ** ** * *
11090435 TATTTTTTATATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATTAGTT-AAAAT
248 TA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAATAAATCTATTCA-CCAAACAATTCAAAAG
* * * * *** * * * ** *
11090498 AATTATGGCCATTTGAATGGTTATCTATTTGAAATTGTTATGATCTTT-TGCTTTGTCATAAAAC
309 AGTTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAAC
** * * * *** * * **
11090562 AATTGTTTTTTTATCA-TACAAGCTTATTCAAAATCAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAA
373 AATACTTTCTAT-TCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGA
* * * * * * * * * * * *
11090625 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
436 CAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACG
* * * * * *
11090690 ATTTGAATAATTTTCAATCTCAAA-TCATTAAGATC
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * **
11090725 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTAA-TCATAGAAGTTTATTCG-GTTAAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA-TTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAAT-AAAATAATACT
* ** * * * * ** * *
11090787 AATTTAATAATACTAAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGCTT-GTGGAACC
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTACT-G-ATC
* * * ** * * * * * * * *
11090851 AATTCAAATAGTTAAAACCATTAGAA-AATTTATCTATTTCAGATCGTTCTGATATTTTGTTTAG
124 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * ** * *
11090915 TCAAAAAAT-ATTTATTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTGTTAAT
188 TCATAAAATAATTT-TTTC-TTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA-TTATTAAT
* * * * * *
11090979 ATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-
249 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAA-AG
* * * * *
11091043 A-TTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATT-TATTTTGA-CATAAAA
309 AGTTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTT-ATCATAAAA
* * **** * * *
11091105 CAATTA-TTT-TAGTTCA-TAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATTCT-AGTTTCTTAATATTTT
372 CAA-TACTTTCTA-TTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAA-TCTAATTTTATTAATATTTT
* * * * * * * ** * * * *
11091166 GAAAATTAATAAG-CAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAAAAAATTCAAATAGTTAC
434 GACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGA-TCAAATACTCAT
* * * * * * * *
11091229 GACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACT
496 GACGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * *
11091268 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * *
11091333 TTTATTAATATTCCAAAAA-T--T-AGCAAGTGATTCAAAAAGTAAATTTGTTTATTGAATTAGT
65 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCTATTTACTG-ATCAGT
* * * * ** * * *
11091394 TTAAATAATTATTG-CCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTTGGTC
127 TTAAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTT-GTC
* * * * * *
11091458 ATATAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
190 ATAAAATAATT-TTTTCTTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA-TTATTAAT-AT
* * * * * * * *
11091523 TCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTC-AAATAGTTA
251 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTCAC-CAAACAATTCAAAAGAGTTA
* * ** * * * * *
11091587 TGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTAT-TTATAAAATAGCCTTT-TGTTCTATTA
314 TGACTAGTTGAACAA-T-TAT--TT-ATTTCAA--ATGGT-T---AT-GACTTTCTATTTTATCA
* * * * * * * * * *
11091650 TAAAATAATTA-TTTATGTT-AATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TCTAATAATA
367 TAAAACAA-TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATA
*** * * * * * * * * * * * **
11091712 TTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCTAACCA-ATTCAAATTGT
430 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGA-TCAAATACT
* * * * * * * *
11091776 TAAGACTG-TATGAACAATTATCTATTTAAAACTTTTATGACC
493 CATGAC-GATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * **
11091818 TTTTGTTTTGTCATAAAACATTTTTTTCAATTCATACT-TGCTTATTAGAAATAAAATAA-AAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATA-TAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTA
* * *
11091881 ATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGACTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCA
64 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAATGAA-TCTATTTA-CTGATCA
* * * *
11091941 ATTCT-AATAATTATGAC--------C-ATT-T-TA----AAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
125 GTT-TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * *
11091990 AATAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAATCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
189 CATAAAATAATTTTTTC-TTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-CA-ATTATTAATA
* * *** * * *
11092054 TTTAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAAT-TAATTTATCAAATCAGTTCAAAA-A
250 -TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCT-ATTCACCAAA-CAATTCAAAAGA
* * * * * * * * * *
11092117 -TTATGGCCA-TCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAAAC
310 GTTATGACTAGT-TGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCAT-AAAAC
** * *** * ** * *
11092180 AATTGTTTTTCATT-A-TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-ACTAATAATATTATGA
373 AATACTTTCT-ATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGA
* * * * * * ** * * * * * * * *
11092242 AAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATTTGTTTGCCAAACCA-ATTCAAGTAGTAAAGGCT
436 CAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATGATTATCGAACTAGA-TCAAATACTCATGACG
* * *
11092305 ATATGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACC
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
** ** * ** ** *
11092340 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTT-GGTTCATATAAATTTGTCCAAAATAATGTAATATT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCAATTCATATAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACT
** * * * ** *
11092403 AATTTATTAATATTTTGAAAA-T--T-ATTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTACCAAACTA
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAA-ATGAATCTATTTACTGATC-A
* * * * * * * * * ** *
11092464 ATTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTCTTTATTTCCAATCATTATGACCAATTT-TTTTGT
125 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
11092528 TATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATAT
189 CATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATAT
* ** * * * * * * *
11092593 TCTAAAATTAATAAGTAACGGATTTAACAAATGAATATGTT-AGCCTAACCAGTGC-AAATAGTT
251 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTATTCA-CC-AAACAATTCAAAAGAGTT
* * * * * * **
11092656 ATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTT-TATTTTGTCACAAAACAATTG
313 ATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCATAAAACAATAC
* * * *** ** *
11092720 TTTCTATT--TGTACAAGCTTATTTGGAATGGCATAATTCTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATT
378 TTTCTATTCAT-TATAAGCTTATTGGGATTAAAATAA-TCTAATTTTATTAATATTTTGACAATT
* * * * *
11092782 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC--A--A-A-CAAGT--TCA--A--A--T-
441 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACGATTTG
* * * * ** * *
11092832 AGT-TATACCTATTTCAAATTGCTCTAACC
505 AATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * * * * *
11092861 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAATTAAAATAATACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AA-ATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
11092926 AATTTATTAATATTTAAAACAATGAATAAATAAAATATTTAAAAAAT-AA-CTATGTTTACCGAA
63 AATTTATTAATA-TTCAAA-AATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTA--TTTACTG-A
* * ** ** ** * * * *
11092989 TAAATACAAATGGTTGCGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
122 TCAGTTTAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTT
* *
11093053 TGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATT
186 TGTCATAAAATAATT-TTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATAC-AA-TTATT
* ** * * * * * * * *** * *
11093116 AACATTTTGACAATTAATAAGTAACATATTTTAACAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT-TAAA
246 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAA
* * * * * * * * * *
11093180 TAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TGTTTCATCATAAAA
308 GAGTTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAA
* * * * * * *
11093244 CAACTA-TATCAATTCA-TATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAACATTTTG
372 CAA-TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTG
* * * * * * * * * *
11093306 AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTTATTTACCAAAC-AAATTCAAATAGTTATG
435 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATA-TGA-TTATCGAACTAGA-TCAAATACTCATG
* * * * * * **
11093369 ACTATATAAACAATTTTCTATTTCAAA-TCATTATGATA
497 ACGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * ** * * * *
11093407 TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTT-ATGTTTATACAAGCTTATGTCAAATAAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-ATTCATATAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACT-
* * * * ** *
11093470 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAGCA
63 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTT-AAAAATGAATCTATTTACTGATCA
* * * *
11093533 CGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAATAATTATGACCTTTTGTTTTGT
125 -GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
* ** * *
11093598 TATAAACCAATTGTTTT-TGTTCATACAAG-TGCA-TTCAAA-ATAAATAATACTAGCTTATTAA
189 CATAAAATAATT-TTTTCT-TTCATACAAGCT-TATTTCAAATA-AAATAATAC-A-ATTATTAA
* *** * *
11093659 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGAGCAAGTTC-AAAT
248 TATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT-AAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAG
* * * * * * * *
11093723 AGTTTTG-CTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGATATGATCTGT-TGTTTTATCGTAAAA
309 AGTTATGACTAG-TTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAA
** ** * *** * * *
11093786 CAATTGTTTCTATTCA-TGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTACTAATATTCTGA
372 CAATACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGA
* ** * * * * * * *
11093849 AAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAA-A-GCTATTTACCGAACAAGTTCCAATAGTAATG
436 CAATTAATAAG-TAAAAAATTTAAAAAATAATATG--A-TTATCGAACTAGATCAAATACTCATG
* * * * * *
11093911 TCCATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACC
497 ACGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * **
11093949 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGTAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** * *
11094014 TTTATTTATATTTAGAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT-ATATTTGTTTATCAAAACAA
65 TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA-TGA-ATCTATTTA-CTGATCAG
* * * * * * *
11094074 TTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATA-TTTATTTTATCA
126 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * *
11094138 TAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
191 TAAAATAATTTTTTC-TTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATA-T
* * * ** ** *
11094202 TCAAAAATTAATAA-T---AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAATTC-AAATAGTTA
251 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTCACCAAAC-AATTCAAAAGAGTTA
* * ** * * * *
11094262 -GACTA-TTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTT-T-GTTTAGTAATAAAATAAT
314 TGACTAGTT-GAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTA-TCATAAAACAA-
* * ** * * * * ** *
11094323 TA-TTTCAATTCA--ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAA-CTTATTAACA-TTCAAAAA
375 TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAA
* * * * * * *
11094383 CTTAATGAA-CAAGAGATTTAAAAAAATAA-ATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-T-ATTTG
439 -TTAAT-AAGTAAAAAATTT-AAAAAATAATAT-GA-TTATCGAACTAGATCAAATACTCA--TG
* *
11094444 ACTATTTGAACT-ATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACC
497 ACGATTTGAA-TAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* ** * * * * *
11094482 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* ** * *
11094547 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGA-CT----A-G--T-T-TTT--TGAACTAGTT
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACTGATC-AGTT
* * * * * * *
11094600 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG--ATCTTTGTTTTCTCAT
128 TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
11094663 AAAACAA-TTGTTCTTGATCATACAAGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAAAATT
192 AAAATAATTTTTTCTT--TCATACAAGCTTATTT-CAAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATATT
* * * * * ** * * * * *
11094726 -TAAAA--AATTAGT--GAGATTTAAAAAATATATGTATTTGTCGAACCAGTTC-AAATAGTTAA
252 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTCACCAAACAATTCAAAAGAGTTAT
* * * * * * * * *
11094785 GACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTT-T-TTTTAGTCCTATAATAATT
315 GACTAGTT-GAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTA-TCATAAAACAATA
* * *** * * * *** *
11094847 GTTTC-AGTTTA-TATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAA-TTTATTAACATTCCAAAAAT
377 CTTTCTA-TTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAAT
* * * * * * * * * * * *
11094909 TAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGCTCAAAAAGTTATGACTAT
440 TAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAAT-AATATGATTATC-GAACTAGATCAAATACTCATGACGAT
* * *
11094973 TTGAATAATTAT-TGATTT-AAAATCGTTATGACC
502 TTGAATAAATATCT-ATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * ** * *
11095006 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * *
11095071 TTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATCAATTTACTGAATAAGT
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATG-AATCTATTTACTG-ATCAGT
* * * * ** * *
11095136 TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-ACTTTTGTTTTATCA
127 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCA
* **
11095200 TAAAACAATTGTTTT-TCAACATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
191 TAAAATAATT-TTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC-AA-TTATTAATA-
* * * *
11095263 TTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTCGT-TT-ACTGAACCAATTC-AAATAG
250 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA-TC-TATTCAC-CAAACAATTCAAAAGAG
* * ** * * ** *
11095321 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACATTT-TGTTCGATAATAAAACAA
311 TTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGAC-TTTCTATTTTATCATAAAACAA
** * * * * *
11095385 TTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTAGTAATATTTTGAAAA
375 TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAA
* * * * * * ** * * * * * *
11095448 TTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCCAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTAT
439 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGA-TCAAATACTCATGACGAT
* * * * * * *
11095512 ATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACC
502 TTGAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * * * *
11095545 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCTTTTTCTG-AATAGAGTAAAACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-ATTCATATAAGC-TTAT-TGAAATAAAATAATACT
* * * *
11095608 AATTTATTAATATTTC-AAAATT--TTA-TAAGA-AGTTTAGAAAAT-AATTTTATTTA-TCAAA
63 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTTA-AAAATGAA-TCTATTTACT-GAT
* * * * * * * *
11095666 CTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATTACTTTTTATTTT
123 C-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* * *
11095731 GTCATAAAAAAATTATTTT-TGTTAATATAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
187 GTCATAAAATAATT-TTTTCT-TTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATAC-AA-TTATT
* * ** * * * * *
11095793 AATATTTATCAAACCAATAA--AAATAG--TT----AT-GA-CTATTTGAGCAATTATTTATTTC
246 AATATTCA-AAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAATAAATCTA-TTCACCAA--A--CAATTC
** ** * ** *
11095848 -AAATTGTTATGACTTTTTG-----TTCTCTTA--T-AAA--GCAAT-AGTTT-T-TGTTTAT-A
304 AAAAGAGTTATGACTAGTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTAT-TTTATCA
* * * * ** *** ** * ** **
11095898 T-AAGC-TTA--TTCATATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAACAAT-TAATAAGTAAA
367 TAAAACAATACTTTC-TATT--CAT--TATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATCTAAT-TTTATT
* * * ** * * ** *
11095958 AATTTTTTGA-AATAAATATGCTTACCAAA-CTATATCA-AATA-G-TCAT-G-A-T--------
426 AATATTTTGACAATTAATAAG--TAAAAAATTTAAAAAATAATATGATTATCGAACTAGATCAAA
*
11096007 ------T---G-TTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC
489 TACTCATGACGATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * *
11096043 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCCATTCATATGAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * *
11096108 GTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAGTCA-TAATTA-TT
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTACTGATCAGTT
* * * * * * *
11096171 T-GA-AATTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTGAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATA
128 TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * *
11096234 AAAAAGATTTTTTTCTATTCATAGAAG-TTATTTCGAA-AAAGTAACATA-AATTTATTAATATT
193 AAATA-A-TTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT-A-ATACAA-TTATTAATATT
* * * * ***
11096296 -AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT-TAAATCTTT
252 CAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTATTCACCAAACAA-TTCAAAAGAGTT
* * * * * * *
11096359 ATGACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTT-TATTTTGTCATAAAATAATT
313 ATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAATA
* * * * * * ** **
11096423 GTTTATGTTCATT-CAAGCTTATTCGGATTAAAAAAAAT-TAA-TTTATTAATATTTCAACAAAA
377 CTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATT-AAAATAATCTAATTTTATTAATATTTTGACAATT
* * * * * * * * **
11096485 AACAAATAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATTGAACAAGTTCAAATGGTCATGA-GTATTT
441 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACG-ATTT
* * * **
11096549 GAATAATTATTTATTTCAAAATGGTATGACC
504 GAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * * * *
11096580 TTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTGATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
11096645 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTACGAGAATTAAAAAAATTAATCTATTTA-TCGAACAT
65 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAATTAAGAG-ATT-TAAAAATGAATCTATTTACT-GATCA-
* * * * * * *
11096709 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGCTTTGTC
125 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
* * ** * * * *
11096774 ATAAAACAGTTGGTTATGTTCATA-TAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
190 ATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CAA-TTATTAATATT
* * * **** * **
11096838 CCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACCTGTTC--AAGTAGTT
252 -CAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATCT-ATTCACCAAACAATTCAAAAG-AGTT
* * * * * * * * *
11096900 ATGACTATTTGAACAATTATCTATGTGAAATTGTTATGAGCTTT-TGTTTCATCATAAACCAATT
313 ATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTCTATTTTATCATAAAACAATA
* * * * * ** * * * ** *
11096964 GTTTTTGTTCA-TAAAAACTTATTCAGAATAAAATATTACTAA-TTTATTAAAATTTCAAAAATT
377 CTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACAATT
* * * * * * **
11097027 AATAAGTAAAATATTTAAAAAATAA-ATCTATTTATC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCCTT
441 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATAT-GA-TTATCGAA-CTAGATCAAATACTCATGACGATT
** * * * * *
11097090 CAAATAATTATTTATTTCAAATTATTTTGATC
503 TGAATAAATATCTATTTCAAAGTATTATGACC
* * * * **
11097122 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
11097187 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTT-GGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
65 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA-ATTAAGAGA-TTT--AAAAATGAATCTATTTACTGATCA
* * * * ** * *
11097251 GATTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTA-CTTATTTCAAATCATTATGACATTCT-TTTTG
125 G-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * ** * *
11097314 TCATAAAATGATTGTTTCTATTGATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTTATTTATTAAT
188 TCATAAAATAATTTTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA--CAATTATTAAT
* * * * * * * *
11097378 ATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTC-AAATAC
249 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTATTCACCAAA-CAATTCAAAAGAG
* * * ** * ** * * * *
11097438 TTATGACCATTTGATCAATTAACTATCTCAAATCATTATGA-TCGT-TATTTTGTAATAAAATAA
311 TTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACT-TTCTATTTTATCATAAAACAA
* * **** * * * * * * ** *
11097501 TTGCTTT-TGTT--TT-T----TTA-AAAAAGTAAAATATTGTTATATTAATAATATTCTAAAAA
375 -TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAATCTAATTTTATTAATATT-TTGACA
* * * * * * * * * **
11097557 AATAATAAG-AAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTA
438 ATTAATAAGTAAA-AAATTTAAAAAAT-AATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACGA
* * * * * *
11097621 TTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTCTTACG
501 TTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * * * *
11097655 TTTTGCTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATCAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAA
* ** * * *
11097720 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACA
65 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAATTAAGAGATTT--A-AAAATGAATCTATTTACT-GATC-
* * * *
11097784 AGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTT
124 AGTTTAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA-TCATTATGACATTTTGTTTT
* ** * * * *
11097847 GTCATAAAACAATCGTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
187 GTCATAAAATAATTTTTTC-TTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-A-ATTATTAAT
* * * * * ***** * * **
11097912 TTTACAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTT-TAATTAG
249 ATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA-TCTATTCACCAAAC-AATTCAAAAGAG
* * ** * ** *
11097975 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTC-ATTTTCTCATAAAACAA
311 TTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACT-TTCTATTTTATCATAAAACAA
* * * ** * * *
11098038 CT-GTTTCTAATCA-TACAAGCTTATTTAGATAAAAAAAATACTAA-TTTAATAATATTTT-A-A
375 -TACTTTCTATTCATTATAAGCTTATTGGGATTAAAATAAT-CTAATTTTATTAATATTTTGACA
* * * * * * *
11098098 A--AATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAA-ATGTATTCGTCGAACCAGTTCAAATAGCT-ATGACT
438 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATATG-ATT-ATCGAACTAGATCAAATA-CTCATGACG
* * * * **
11098159 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTCTAATG
500 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAAGT-ATTATGACC
* * * * * * *
11098194 TTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * * * *
11098259 TTTATTAACATTCCAAAATTTAAAAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTATTGAACAAG
65 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAA-ATGAATCTATTTACTGATC-AG
* * * * * *
11098324 TTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
126 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
11098387 TCACAAAAGC
Statistics
Matches: 16312, Mismatches: 3749, Indels: 2980
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
491 4 0.00
492 4 0.00
493 17 0.00
494 24 0.00
495 39 0.00
496 29 0.00
497 96 0.01
498 117 0.01
499 51 0.00
500 21 0.00
501 9 0.00
502 23 0.00
503 22 0.00
504 37 0.00
505 32 0.00
506 10 0.00
507 30 0.00
508 55 0.00
509 60 0.00
510 23 0.00
511 15 0.00
512 21 0.00
513 23 0.00
514 26 0.00
515 12 0.00
516 47 0.00
517 44 0.00
518 69 0.00
519 44 0.00
520 43 0.00
521 109 0.01
522 206 0.01
523 248 0.02
524 394 0.02
525 48 0.00
526 121 0.01
527 152 0.01
528 389 0.02
529 213 0.01
530 377 0.02
531 296 0.02
532 503 0.03
533 1110 0.07
534 1085 0.07
535 857 0.05
536 685 0.04
537 975 0.06
538 1178 0.07
539 1222 0.07
540 1246 0.08
541 918 0.06
542 1014 0.06
543 839 0.05
544 504 0.03
545 116 0.01
546 165 0.01
547 27 0.00
548 10 0.00
549 57 0.00
550 190 0.01
551 11 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTTACTGATCAGTTTAA
ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
TAATTTTTTCTTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAATTATTAATATTCAAAAATTA
ATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTCACCAAACAATTCAAAAGAGTTATGACTAGTTGAA
CAATTATTTATTTCAAATGGTTATGACTTTCTATTTTATCATAAAACAATACTTTCTATTCATTA
TAAGCTTATTGGGATTAAAATAATCTAATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATT
TAAAAAATAATATGATTATCGAACTAGATCAAATACTCATGACGATTTGAATAAATATCTATTTC
AAAGTATTATGACC
Found at i:11081374 original size:901 final size:887
Alignment explanation
Indices: 11078214--11099068 Score: 8115
Period size: 898 Copynumber: 23.4 Consensus size: 887
11078204 ATCAAACCAA
* * * * *
11078214 TTCAAAT-AGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTCTATTCATTCAAGCTTATTC
1 TTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC
* ** * * * * *
11078277 -AAAGT-AAATATTGTTAAATCAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAA
64 GAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
11078340 ATGTGTTCACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
128 ATATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * **** *
11078404 TTGACCTTTTGTGTAGTCACAAAATAA-T-TTTTTCAGTTCATACATGCCTATTTGAAA-TAAAA
192 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTC--TTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAA
* * * * ** * * ** * *
11078466 TAATACTAAATTATTAACATACAGAACATTAATACACAAAAAATAAAAAAAAAATAAATCTATTT
254 TAATATTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAAT----AAAAGAT--TTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * *
11078531 ACCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATGAATTA-AACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCT
312 ACCGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGA-CAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * *
11078594 TTGGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCCTTATTGGAAATAAAATAATATTAC
375 TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAG-CTT-TTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
11078659 TTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAGTCAGCTTATCGAATC-AT
438 TTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATCA-TTTA-CCAAACAAG
* ** * * * * * *
11078723 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACAT-AACTTTCT-TTTGT
499 TTCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT--ATGACCTTT-TGTTTAT
* * * * * *
11078786 CAATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATAGAAGC-TA-T-AGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
561 C-ATAAAATAA--TTGTTTCATTTATACATGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
11078847 AATTTCAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT-AGAAC---GC-CA-A-
622 TA-TTC-AAAAATTAATAAGCAAAA-AATT-AAAAAATTAATCTTTTTCTGAACAATTCAAATAG
* * ** * * * * * * *
11078905 -T-T-CCTATTTGAATAGTTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGCTCTAT-GTATAAATA
683 TTATGACAATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA-AAACA
* * ** * *
11078966 ATTGTTTTAGTCCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA-ATTAATAAT-TTTCCAAAAA
746 ATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTT-CAAAAA
* * * * * *
11079029 TTCATAACTAAGTACGATTT-AAAAATAAATTTA-TTGCACAT-AAGC-AGTTCAAACAGTTAAT
808 TTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTT-TA-TTGAA-CAAGTTCAAATAGTT-AT
* *
11079090 G-CTATAGTGAACAGATTATCTAC
866 GACTAT-TTGAACA-ATTATCTAT
* ** * * *
11079113 TTCAAATCGTATATG-ACATTTTGTTTGGTCATAGGAACAATTGTTT-AAGTTCATACAAGCTTC
1 TTCAAATCAT-TATGAAC-TTTTGTTTTATCA-A-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTT-
* * * * *
11079176 ATTTGAAATAAAATAAAACTAGATTTATTAATATTTTTGAAAATTAATAAGT----GATGTGAAA
60 ATTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * *
11079237 AGTGAATCTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTC-AAT
123 AATAAATATGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * *** * ** *
11079301 CATTATCACTCTTTTGCTTCATCATATAACAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTTATAA-TA
188 CATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTATTCA-AATTA
* * * * * *
11079365 AAATAATACTAAGTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAACAGA-TT--AAAATAAATCTGTTTACC
251 AAATAATATTAATTTAATAAT-ATTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * * ** * * * *
11079427 GAACTAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTGTAAACTT-GAATCGTTATAACCTTTTG-
315 GAACCAATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * **
11079489 TTCAGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACGCTAATTCTA
380 TTTA-TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATT-TA
* ** * * ** *
11079554 ATAATATTCCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTC-TTTGCTGAACTAGTTCA
442 TTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAAATAAA--TCATTTACCAAACAAGTTCA
* * * ** * *
11079618 AATATTTAAAACTATATA-AACAATTATCTATTTCAAATAATTA-GACCCTTTGTTTTGTCATAA
503 AATAGTTATAACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCAT-A
* * * * *
11079681 AAATAAGTTTTTTGAAATTCATAC-TAGTTTATTTGGAAAA-AAAATAA-A-TGAATTTATTAAT
565 AAATAA-TTGTTT--CATTTATACAT-GCTTA-TT-CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * * *
11079742 ATTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAAATAA-----TTCTAAAACACTTTCAAATAGT
623 A-TTCAAAAATTAATAAG-CAAAAAATTAAAAAATTAATCTTTTTCT-GAACA-ATTCAAATAGT
* * * *
11079802 TATCGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATATAAGCAA
684 TAT-GACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA-AAACAA
* * * ** * * * *
11079867 TTGTCCTCA-TTCATAAAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTATTTTATTAAAATTCCCAAAAC
747 TTGT-TTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
11079931 TAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGA-GAGTTC-AATAGTTATGACTATT
809 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *
11079994 TAAACAATTATTTAT
873 TGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11080009 TTCAAACCATTATGATCTTTTGTTTTGTTAAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAATTTATTTGA
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA
* * * * ** *
11080074 AATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAACATTAATGAGTCGGAGATTTAAAAAATAATTA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
11080139 TGTTTATCGAATAACTTCAAATACTCATGTCCATTTGAACTATTATTATCTCTTTCAAATCATTA
131 TGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A--ATTATCTATTTCAAATCATTA
** * * *
11080204 TGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAC-TCATAAAAAATTATGCAGAA-TAAAATA
193 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTT-CTTCATACAAAATTATTCA-AATTAAAATA
* * * * * * * *
11080267 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACT
256 ATATTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACC
* * * * *
11080332 AATTTAAATAGTT-TGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAA-CTATTATGATC-TTTGTTTTA
320 AATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * * * * * ** * *
11080394 TCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATCATA
384 TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
11080459 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGCATTTGCCAAATC-CGTTCAAATA-C
448 TT-TTAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAAT-CATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGT
* * *
11080522 TAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAATATAATT
509 TATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTA-TCATAAAATAATT
* * *
11080587 GTTTCAATTTATACATGCTTACTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAGAAAATTAA
573 GTTTC-ATTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAA
*
11080652 TAAGCAAAAAATAAAAAAATTAAGTCTTTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAA
636 TAAGCAAAAAATTAAAAAATTAA-TCTTTTT-CTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACAATTTGAA
* * ** * *
11080717 CAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAATTAATTATTTTAGTTTATAA
698 AAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
* * * * **
11080782 AAGCTTTTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTT
763 AAGCTTTT-CAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* *
11080847 AAAAAATAAATTAGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTAT
826 AAAAAATAAATTAGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * *
11080909 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTGTCA-TCATACAAGCTTATGC
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTC
11080973 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * * *
11081038 TATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT
129 TATGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
11081103 AACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTATCTTCATACAAATTTATTTGAAA-TAAAATAGT
194 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAATAAT
* * * **
11081167 ACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTGTCGAAC
258 ATTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAA--AAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAAC
* * * *
11081231 CAATTTAAATAGTTAAGACAATGT-GGATAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
319 CAATTTAAATAGTTAAGACAAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
11081295 GTCATAAAACAAATATTTTTGTACATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
383 ATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
11081360 ATTTTAAAATTAATAAG--AG-ATTTAATAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC-AATAAGTT
447 ATTTTAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTT
* * * *
11081421 ATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTG
510 ATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTG
* * * * * *
11081486 TTTCTATTAATACAAT-CTTATTCTAAATAGAGTAATGCTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAA
574 TTTC-ATTTATAC-ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAA
* * * * ** * * *
11081550 TAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAATGCAAATAGTTA-CA-AATTTTTG
636 TAAGCAA-AAAATTAAAAAATTAATCT-TTTTC-TGAACAATTCAAATAGTTATGACAA--TTTG
* * * * * *
11081613 CACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCT-GTTCG
696 AAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCA
* ** *
11081676 TATAAA-CTTATTCAGAATAGTATAATTCTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
760 TA-AAAGCTT-TTCAAAATAAAATAA-TCTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
11081740 ATTTAAAAATTGAATCTA-TTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCT
822 ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
11081804 AT
886 AT
*** * * * *
11081806 TTCAAATTGCTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTATTCTATTGATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAACTTA-T
* * * * *
11081870 TC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAA
62 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA
* * * * * * * *
11081933 TAACTCTATTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTTTTTGAAATCA
125 TAAATATGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * *
11081998 TTATGA-CTTTATGTTTGGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCTTACAAGGTTACTCAAATTAAGA
190 TTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTATTCAAATTAAAA
* * * *
11082062 TAATGTTAA-TGAATTAATATTTCAACAATTAATAAGTCAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA
254 TAATATTAATTTAA-TAATATTT-AAAAATTAAT-A---AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * **
11082126 CCGAA-CAAGTTTAAATAGTCATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
313 CCGAACCAA-TTTAAATAGTTA-AGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * * *
11082189 TTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTTATT-AAAAAAAATAGTACTGATTT
376 TTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
11082253 ATTAATATTTTGAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAGATGAATTAATTTATCGAACAAGTTCA
441 ATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AAATCATTTACCAAACAAGTTCA
* * ** * *
11082318 AATAGTTATAACTACTGGAATAAGTT-TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCATAA
503 AATAGTTATAACTATTAGAATAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAA
* * * *
11082382 AATAATTGTTTTCGTTTATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCA
566 AATAATTG-TTTCATTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCA
* * * * *
11082446 AAAATTAATAAGC-AAAAATTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACATTTAAATAGTTATAACT
628 AAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAATTAATCT-TTTTCTGAACA-ATTCAAATAGTTATGACA
** * * *
11082510 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTATCTCAT-AAACTAATTGTTTTT
691 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTTA
* * * *
11082574 GTTCATACAAGCATATTCGAAAT-AAATAATCTAGTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
755 GTTCATAAAAGC-TTTTCAAAATAAAATAATCTATTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * ** * *
11082637 AAAAATTTTACAAATAAATTTGTTTACTGAGCAAACTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAATA
818 AAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
*
11082702 TTTAT
883 TCTAT
* * * *
11082707 TTCAAAT-ATTTATGATCTTTTGTTTTGTCAACAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATT-
1 TTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTATCAA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC
* * *
11082770 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAACTAA
64 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
11082830 ATCTGTTTACC-AAAACACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATT
128 ATATGTTTACCGAATA-ACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * **
11082894 ATGATC-TTTATTTTGTCGTAAAAAAATTGTTTCTT-TTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAT
192 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTCTT-CATACAAAATTATTCAAATTAAAAT
* * * * *
11082957 -ATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAAC
255 AATATTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * *
11083021 CAATTTAAATAATGAAGA-ATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTG-TTT
319 CAATTTAAATAGTTAAGACA-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** ** * ** *
11083084 AGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAATCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA
383 A-TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * * *
11083149 CATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATA
446 TATT-TTAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAAATAAATC-ATTTACCAAACAAGTTCAAATA
** * * ** *
11083214 GATT-TGCCTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
507 G-TTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAAT
* ** *
11083277 AATTGTTTCATTTCATA-A----AATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAA
569 AATTGTTTCATTT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * * **
11083337 TTAATATGCTATAGATTTAGAAACTAAAGT-TGTTTTCCT-AACCAATTCAAATAGTTATGATTA
632 TTAATAAGC-AAAAAATTAAAAAATTAA-TCT-TTTT-CTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACAA
* * * * *
11083400 TTTGAACAAA-TATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTGGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCT
692 TTTGAA-AAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * **
11083462 -GATCATACAAGCTTATT-TAAATAAAAATAATGCTAATTTA--AATATATTGTGAAAA-T--T-
754 AGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAAT-AAAATAAT-CTATTTTATTAATAT-TT-CAAAAATTAATA
** * * * * ** *
11083519 AGCGAAAGATTTAAAAAATAAGTGTA-TTTGCTT-AACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAA
814 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
*
11083582 TAATTATCTAT
877 CAATTATCTAT
* ** * * * *
11083593 TTCAAATCATTCTG-ACATTTT-ACTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTA-TCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
* * * * * *
11083656 CAAAATAAAACAATACTAATTTATTAACACTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT-
63 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
11083720 AA-A--TTT---G--------C---------T---TA-TTGAAC-A--A---A-TTCAAAT-AGT
127 AATATGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T
* ** * ** * *
11083750 TATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
191 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTATTCAAATTAAAATA
* * ** * * * * * ***
11083814 ATACTACTTTATCATTATTTCAAAAGTTAGTAAGTTGGAGATTTAAAAAAT-AATTTAGTTTTTT
256 ATATTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAA----AAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACC
* ** * * * * *
11083878 GAATCAATTCGAATAATTATGGC-ATTTGAATAATTATCTATTTC-AATCATTATGAACTTTTGT
315 GAACCAATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
11083941 TTTGTCCATAAAACAATTGTTT-T-TTCATCATACAAGTCTATTTGGAAGAAAATAATACTAATT
380 TTTAT-CATAAAACAATTATTTCTGTTCAT-AT--AAG-CTTTTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
11084004 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTAAAAAATAAAT-ATACTTACTGAACCTAGT
440 TATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCAT--TTAC-CAAACAAGT
* * * * * * * *
11084067 TTAAATAGCTATGATTATTTGAA-ACATTAATATATTTC-AATCT-CTATAACCTTTTGGTTTTA
500 TCAAATAGTTATAACTATTAGAATA-ATT-ATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTT-G-TTTA
* * * * * * *
11084129 CCATAAAACAATTATTT-ATCTTCATACAAGCTTGTTC-AAATAAAAT-ATACTAATATAATAAT
560 TCATAAAATAATTGTTTCAT-TT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
11084191 ATT-ATGAAATATTAACTAAG---AGATTTAAAATATAAAT-TTGTTTACTGAACCAATTCAAAT
623 ATTCA--AAA-ATTAA-TAAGCAAAAAATTAAAAAATTAATCTT-TTT-CTGAA-CAATTCAAAT
* * * * * * * ** *
11084251 AGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAACCA
681 AGTTATGACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* * * * ** * * **
11084316 AATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
746 ATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAAT
* *** * * * *
11084381 TAATAAG----AGATTTAATAAATAAA-TATGTTTACCAAACCAA-TTCAATTAATTATAACAAT
809 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
*
11084440 TTGAACAATTATTTAT
872 TTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11084456 TTCAAGTCGTTATG--CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAATCTT-TTC-
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCG
* * * * *
11084517 AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTAGAAAAAT-A
65 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAA
* ** ** * * ** * * *
11084581 ATTTGTTGGCCTG-ACCAGTACAAATAGTTACAATTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
128 ATATGTTTACC-GAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * ** * * *
11084645 ATAATCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTGTCTATTTGTAC-AAGTTGGTTCAGAA-TAACAT
192 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATT-ATTCA-AATTAAAAT
* * * * * * *
11084708 AAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTATCGAA
255 AATAT-TAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * * * * * * * * ** * *
11084772 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTACCTAGTTCAAATCGCTATAACCTTTTGCTT
318 CCAA-TTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * * * * * *
11084836 TGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCAATTCAAACAATACAAATGTATTAT
382 TATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
11084901 TA-TTTAGACAACTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATA
446 TATTTTA-A-AATTAATAAGT-AAGAATTTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
11084965 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTAATGACTTTTTGTTTTGTCATACAATAA
507 GTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAA
* * ** * * * * *
11085030 TTATTT-TTGTTCATACAAACTTATTC-GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAA
571 TTGTTTCAT-TT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAA
* * * * * * * * * * * *
11085093 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATACATTTAT-AGAACATGTTCAAACAATCATAACTAT
632 TTAATAAGCAAAA-AATTAAAAAATTAAT-C-TTTTTCTGAACA-ATTCAAATAGTTATGACAAT
* * * *
11085157 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATTAGTT
693 TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * * * * *
11085221 TATATAAGCTTTTTGAAAATTAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT--AA
758 CATAAAAGC-TTTTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * *
11085284 GATTTAAAATATGAATTTGTTTATTGAACAAATTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
821 GATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
11085349 AT
886 AT
* * * * * *
11085351 TTCAAATCATTAT-AACCTTCTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTT
1 TTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC
* * * ** * *
11085415 TAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAACATTCCAATAATTAATAAG-AA-A-ACTTTTAAAAATA
64 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
* * *** ** * *
11085476 AATCTATTTTTTGAA-CGCATTCAAATAGTTATGACTTTTTG---AA-TATGTA----AAAT-AG
127 AATATGTTTACCGAATAAC-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-
* * * * * * **
11085531 ATATGACCTTTTGTTTTATCATAAATAAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TATTCAAAACAAAA
190 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAA-AATTATTCAAATTAAAA
* * * * *
11085595 TAATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAAGGAGAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
254 TAATATTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A--A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * ** * * * * *
11085659 CTAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTAAT-ATCTTT
314 CGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT
* * * * *
11085722 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TTTATTTAGAATAAAATAATATTAATT
377 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTT-TTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * *
11085786 TATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTT-CAATGAACAAGT
440 TATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCAT-TTACCA--AACAAGT
* ** * * * * ** * * *
11085849 TCAAATAGTCATTTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTAT
500 TCAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCAT
* ** * * *** * * * * * *
11085914 AAAACAATTGCTTTGGTTCATGCAAAATTATTTAGAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTT
564 AAAATAATTG-TTTCATTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * * * * *
11085979 AAAAATTAATAAG----AGATCTAAAAACTAAATATTTTTATCGAAACAGTTTAAATAGTT-TGA
627 AAAAATTAATAAGCAAAAAAT-TAAAAAATTAATCTTTTTCT-G-AACAATTCAAATAGTTATGA
* * * * ** *
11086039 CTATTTGAACAATTA-CTATCTCTAATCAATATGA--TTTTATTTTATCATAAAACAATT-TTTT
689 CAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
** * * * * * * * * *
11086100 CTTTTCACACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAGATT--T-AG
754 -AGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *** * * *
11086161 TAAGAG-CTTGAAAAA-AAATATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
816 TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TA-GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
*
11086224 ATTGTCTAT
879 ATTATCTAT
* * * * * * * ** *
11086233 TTCAAATC-TCTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTCTTC
1 TTCAAATCAT-TATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC
* * * *
11086297 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *** * * * * *
11086358 TCTATTTACCAAATTGGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCATTAT
129 TATGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** * ** *
11086423 GGCCATTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTAATACAATCTAATTTGGAA-TAAAGTA
194 GACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTT-TCTTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAATA
** * * * * *
11086485 ATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAACTAGTAAGTAACAA-ATTTAAAAAA-AGAATCTTTTTGC
256 ATATTAATTTAATAATATT-TAAAAA-T--TAA-TAA-AAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTAC
* * * * *** * * * *
11086548 CTG-ACTAGTTCAAATGGTTATAG-TTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
314 C-GAACCAATTTAAATAGTTA-AGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* ** * * *** * * * * *
11086611 TGTTTTGTCCCAAAACAATTGTTTCTATTTGCACAAGCTGATTTGGAATAACATAATTCTAATTT
377 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTT
** * * ** * *
11086676 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATTTTTTTATCGAACAAGTTCA
441 ATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AAATCATTTACCAAACAAGTTCA
* * * * *** ** *
11086741 AATAGTTTTGACTATGTA-AACAATTATCTATTTCAAGTCACTAT-AATTTCTTGTTTTGTCATA
503 AATAGTTATAACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT-TTG-TTTATCATA
* * * *
11086804 AAATATATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
565 AAATA-ATTGTTTC-ATTTATACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
11086867 AGACAACTAATAAGTAAAAGA-TATAAAAA--AAT-TTGTTTCTCGAATAAATTCAAATAGTTAT
627 A-AAAATTAATAAGCAAAAAATTA-AAAAATTAATCTT-TTTCT-GAA-CAATTCAAATAGTTAT
* * * * * *
11086928 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
687 GACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * * ** *
11086993 TTTGTTTATACAAA-CTTATTCGAATTAAAATAATAT-TGATTTATTAATATTTTGATAATTAAT
752 TTAGTTCATA-AAAGCTT-TTCAAAATAAAATAATCTAT--TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** ** * * *
11087056 AAGTAAAAGATTTTCAAAATAAA-TATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATGTGAA
813 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* *
11087120 TAATTATCTGT
877 CAATTATCTAT
** * * * **
11087131 TTCAAATTGTTAT-AAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGT-TAGTTCATATAGGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATT
* ** * * * * *
11087194 CGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCATAAATTAATGAGTAATAGATTTAAAATATGA
63 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
11087259 ATCA--TTTATC--A-AA---C--A-AGTTCA--A--A-TGGAACAATTATATGTTTCAAATCGT
128 AT-ATGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * ** *
11087308 TACGACCATTTATTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTAAA-TAAAAT
191 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAAT
* * * * *
11087372 AATA-TACATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTT-TC
255 AATATTA-ATTTAATAATATT-TAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * * *
11087435 TAAAC-ATGTTCAAATAGGTATGACTATTTA-AACAATTACCCATTTTAAAT-AGTTATGACCTT
315 GAACCAAT-TT-AAATAGTTAAGAC-AATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTT
* * * * * * * *
11087497 TTATTTTGTCATAAACCAATTCTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTT
376 TTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGC-TTTTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * **
11087562 TATTTAGATTCCAAAAATTAATAAGTTAA-AATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAGGCAAGTT
440 TATTAATATT-TTAAAATTAATAAG-TAAGAA-TTTAAAAAATAAA-TCATTTACCAAACAAGTT
* * * * * * * * * *
11087626 CATATCGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TGATTTCAAATAGTTAAGATCTTTCAT-TTTATCA
501 CAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTT--TGTTTATCA
* * * * * *
11087689 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTT
563 TAAAATAATTGTTTC-ATTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
** * * **** * * *
11087754 TGAAAATTAATAGGTAGGCGATATAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT-TAATAGTTATG
626 CAAAAATTAATAAGCAAAAAAT-TAAAAAATTAATCT-TTTTCTGAACAA-TTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * **
11087818 TCCATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAGTAATTGTTT
688 ACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* **
11087883 CT-GTTCATGCAAAA--TTATTCAAAATAAAATAATACTGA-TCTATTAATATTTTGAAAATTAA
753 -TAGTTCAT--AAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CT-ATTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
11087944 TAAG----AGATTTAAAAATTAAATCT-GTTTATTGAAACAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTG
812 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
*
11088003 AATAATTATCTAT
875 AACAATTATCTAT
* * * * * * * *
11088016 CTCAAATCATTATGATC-TTTCTATTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCG
* * ** * * ** * * *
11088080 GATTATGATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTAAGAGACTAAAAAAATACAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * ** *
11088141 GTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTTT
130 ATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * **
11088205 GACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAT-TTCACACAAGTTTATTCAAAATT-AAATAA
194 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTCTTCATACAAAATTATTC-AAATTAAAATAA
* * * * * *
11088268 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACC-
257 TATTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAAT-A--AA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * * ** *
11088332 AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTT
316 AACCAA-TTTAAATAG-TTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * * *
11088395 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACCTT
378 GTTTTATCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTA-ATT
* * ** * *
11088459 T-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-ATTTAAAAGCTAAAGCTATTTTCCAAACCAA-TTC
440 TATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAA-CAAGTTC
* * * * *** * *
11088521 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAACCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATA
502 AAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATA
* * * * * * *
11088584 AAACAATTGTTTCTAATCATATAAGCTTATTC-AGATAAAAATATTACTAATTTGA-TAATATTC
565 AAATAATTGTTTC-ATTTATACATGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTAATATT-
* * * * * * * * *
11088647 CAAAACTTAGTAAGCGATAAAA-T---AAA-T-GTGTTTATC-AAATCGATTCAAATAGTTAAGA
626 CAAAAATTAATAAGC-AAAAAATTAAAAAATTAATCTTTTTCTGAA-CAATTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * ** * *
11088705 CTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCACTCTGACCTTTTAATTTAGTCATACAATAATTGTTT
689 CAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * *
11088770 TAGTTTATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAG
753 TAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * ***
11088834 CACGAGTTTTGAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
816 TAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
11088898 ATTATCTAT
879 ATTATCTAT
* * * *
11088907 TTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAATCTTATT
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATT
* * * * *
11088970 C-AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAGTTACTGAGTAAGGGATTTAAAAAATAA
63 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
11089034 AT-TAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATG-GTAATTTGAACAACTATCTGTTTCAAATCAT
128 ATAT-GTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** ** *
11089097 TATTACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAA-TGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAA
191 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAA
* * * * * * * * * *
11089160 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGAATTAAAAAAGATATCTATTTATCGAA
254 TAATATTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * * * * * *** * * *
11089225 CTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATTGCTATAACATTTTGTTC
318 CCAATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * ** * *
11089289 TATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAA
382 TATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * ** ** *
11089354 TATTCTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCTGAACCTGTTCAAACAG
446 TATT-TTAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAA-TCATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
** * * * * *
11089419 TTA-AGACT-TTATGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATGAAACA
508 TTATA-ACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATA
* * * * * * * * *
11089482 ATTATTTTAGCTCATCCAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATATTAAAAAT
570 ATTGTTTCA-TTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAAT
* ** * * * * ** * * * *
11089546 TTATAAATAAGAGATTTAGAAAA-TAATTCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATT
633 TAATAAGCAA-AAAATTAAAAAATTAA-TCT-TTTTCTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACAATT
* * * *
11089610 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCATACAACAATTGCTTTT-GT
694 TGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGT
* * * * * *
11089673 TAATATAAG-TTTGTGTAAAAGAAAATAA-CATTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGT
757 TCATAAAAGCTTT-T-CAAAATAAAATAATC--TATTTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT
* * * * ** * * *
11089735 AAGAGATGTAAAAAGTAAATCTA-CTTATCAAATC-A-CTCAAATAGTT-TCAACTATTTGAATA
817 AAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACA
11089796 ATTATCTAT
879 ATTATCTAT
* * * * * * * ** **
11089805 TTCAAATCATTAT-AACATTTTATTTTGTTATCAAATAATTGGTTCTGTTCATATTATTTTATT-
1 TTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC
* * * * * * * *
11089868 TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAACTAA-AAAATTAAAAAAAA
64 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * * *
11089932 AATCTAATTGCCTAACCAGC-TCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-CTG
127 AATATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-A
* * * ** **
11089995 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAT
190 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTATTCAAATTAAAAT
* * * * * *
11090059 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAT
255 AATATTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * * * *
11090124 TAGTTCAAATGGTTTAGACAATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTA
319 CAATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * * * *
11090188 GTTGT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCATATTTAAAATAAATTAATATTAATTTATTAA
384 -TCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATATAAGC-TTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * ** * * **
11090251 CATTCGAAAAAGTAATAACAAAAAGAGATATAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAA
446 TATT-TTAAAATTAAT-A-AGTAAGA-AT-TTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * ** * ** * * *
11090316 TAATTATTACTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAAT
505 TAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAAT
* * * * ***
11090381 AATTGTTTCAGTTAGTACAAGCTTGGA-T-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTTA
569 AATTGTTTCATTTA-TACATGCTT--ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
* * * * * * * * * *
11090444 TATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAATTAGTTAAAATAATTATGGCC
630 AATTAATAAGCAA-AAAATTAAAAAATTAATCT-TTT-TCTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACA
*** * * * * * **
11090508 ATTTGAATGGTTATCTATTTGAAATTGTTATGATCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTT
691 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
* * *
11090573 TATCATACAAGCTTATTCAAAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
756 T-TCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *** * * *
11090638 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTT
818 AAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
*
11090703 TCAAT
883 TCTAT
* * * * * * * **
11090708 CTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTAATCATAGAAGTTTATTCG
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCG
** * * ** *
11090772 -GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATACTAAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
65 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *** * ** * * * *
11090836 TGTGCTTGTGGAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACCATTAGAA-AATTTATCTATTTCAGATCGTT
129 TATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * * * ** **
11090899 CTGATATTTTGTTTAGTCA-AAAAATATT-TATTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAA-TAAAA
192 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTC-T-TCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAA
*** ** *
11090961 TAATCCAAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA
254 TAATATTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAAT----AAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * * ** * * * * * *
11091026 TCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATT
313 CCGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * *** * *
11091090 TATTTTGA-CATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATTCTAGT
377 TGTTTT-ATCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATATAAGC-TTTTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** * *
11091153 TTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATT
439 TTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAATTT-AAAAAATAAA-TCATTTACCAAACAAGTT
** * * * * * * *
11091218 CAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATA
501 CAAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTATCATA
* * * *
11091283 AAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
565 AAATAATTGTTTC-ATTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CA
*** * * * * * * *
11091348 AAAA-T--T-AGCAAGTGATTCAAAAAGTAAAT-TTGTTTATTGAATTAGTTTAAATAATTATTG
628 AAAATTAATAAGCAAAAAATT-AAAAAATTAATCTT-TTT-CTGAA-CAATTCAAATAGTTA-TG
* * * * * * * *
11091408 -CCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTTGGTCATATAACAATTGTT
688 ACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTT
* ** * *
11091472 TTA-TATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
752 TTAGT-TCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
11091536 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAG
814 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
11091600 AATTGTATAC
878 AATTATCTAT
* * * * * * * *
11091610 TTCAAATCAATTATTTATAAAATAGCCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGTTAATACA
1 TTCAAATC----A-TTAT--GA-A--CTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * ** * *
11091675 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTA
55 AACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * * * * * *
11091740 AAAATTAAATTTGTTTGTCTAACCAA-TTCAAATTGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTT-
120 AAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ****
11091803 AAAACTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACATT-TTTTTCAATTCATACTTGCTTATT-A
184 AAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTC--TTCATACAAAATTATTCA
* ** * * * * * *
11091865 GAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAATTCTA
246 -AATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * ** *
11091929 TTTACCTAACCAATTCT-AATAATT------A-T-G-ACCATT-T-TA----AAATCATTATAAC
309 TTTACCGAACCAATT-TAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *** *
11091978 CTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATATTA
373 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * *
11092043 CTTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAATTAATTTATCAAATC-
437 ATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAAATAAA-TCATTTACCAAA-CA
* ** * * ** *
11092107 AGTTCAAA-AATTATGGCCATCT-GAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAATTTTTGTTTTG
497 AGTTCAAATAGTTATAACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTA
* ** *
11092170 TCATAAAAACAATTGTTTTTCATTATATA-A-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATA
560 TCAT-AAAATAATTG--TTTCATT-TATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
11092233 ATATT-ATGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA--AAT-TTGTTTGCCAAACCAATTCAAG
621 ATATTCA--AAAATTAATAAGCAA-AAAATTAAAAAATTAATCTT-TTT-CTGAA-CAATTCAAA
* * * * * * *
11092294 TAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
680 TAGTTATGACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * ** * * **
11092359 AAATGTTTTGGTTCATATAAA--TTTGTCCAAAATAATGTAATATTAATTTATTAATATTTTGAA
745 AATTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTT-T-CAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAA
* * *** * *
11092422 AATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAA-TATGTTTACCAAACTAA-TTCAATTAGTTATAAC
806 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
11092481 AATTTGAATAATTCTTTAT
869 TATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11092500 TTCCAATCATTATGACCAATTTTTTTGTTAT--AAAATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATT
1 TTCAAATCATTATGA--ACTTTTGTT-TTATCAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT
* * * * * * *
11092563 TGGAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAACG-GATTTAACAAATG
63 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATA
* ** * * * *
11092626 AATATG-TTAGCCTAACCAGTGCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
127 AATATGTTTA-CCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * ** ** ** ***
11092690 TATGA-CTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTGGAA-TGGCAT
191 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAAT
* *
11092753 AAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT--
255 AATAT-TAATTTAATAATATTT-AAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * *** * *
11092815 ---ATCAA---ACA-AGTT----CAAATAG--TTA-TACCTATTTCAAATTGCTCTAACCTTTTG
314 CGAACCAATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
11092866 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTT
379 TTTTATCATAAAACAA--TTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
11092931 ATTAATATTTAAAACAATGAATAAATAAAATATTTAAAAAATAACTAT-GTTTACCGAATAAATA
441 ATTAATATTT-TAA-AATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAA--ATCATTTACCAAACAAGTT
* * * * * *
11092995 CAAATGGTTGCGATAA-T-TT-GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
501 CAAATAGTT---ATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATC
* * * * * *
11093057 ATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAACAT
562 ATAAAATAATTGTTTCAT-TT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * * * * * * * * * *
11093121 TTTGACAATTAATAAGTAACATATTTTAACAATAAATATGTTTAT-TGAATAAGTTTAAATAGTC
624 TTCAAAAATTAATAAGCAA-AAAATTAAAAAATTAATCT-TTT-TCTGAACAA-TTCAAATAGTT
* * * * * * * *
11093185 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTA
685 ATGACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * * ** * * **
11093250 TATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAAT
750 TTTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *** * * *
11093315 GAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATATAAA
813 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
*
11093379 CAATTTTCTAT
877 CAATTATCTAT
* * * * * * * *
11093390 TTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTATGTTTATACAAGCTTATGT
1 TTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT-T
**
11093454 C-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAAT
63 CGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
*** ** * ** *
11093515 AAATATGTTTTTTG-AGCACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAATAA
126 AAATATGTTTACCGAATAAC-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * *
11093579 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGTGCATTCAAAAT-AAA
190 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAAT-TATTCAAATTAAAA
* ** * * * *
11093642 TAATACTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTA
254 TAATATTAATTTAATAATATT-TAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTA
** * * ** ** * * * *
11093707 TTG-AGCAAGTTCAAATAGTTTTG-CTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGATATGATCT
313 CCGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGAC-AATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT
* * * * ** *
11093769 GTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
375 TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTT-TT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
11093833 TTTACTAATATTCTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAG
438 TTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAG-TAAGA-ATTTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAACAAG
* * ** * * * *
11093897 TTCCAATAGTAATGTCCA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
499 TTCAAATAGTTATAACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATC
* ** *** * *
11093961 ATAAAACAATTGTTTCTATTTATGTAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATT
562 ATAAAATAATTGTTTC-ATTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * ** *
11094026 TAGAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTATATTTGTTTATCAAAACAATTTAAATAGTTAT
626 CA-AAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAATTA-ATCT-TTT-TCTGAACAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
11094087 TACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTATTTTATCATAAAATAATTGT
687 GACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * * * *
11094150 TTCT-TTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
751 TT-TAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** **
11094214 AA-T---AGCTTTGAAAAATAAATGT-GTTTGCTGAACTAA-TTCAAATAGTTA-GACTATTAAA
813 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
11094272 ACAATTATCTAT
876 ACAATTATCTAT
* * * * * * *
11094284 TTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA-TCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC
* * * * *
11094347 -AGAATAAAATAATAGTAACTTATTAACA-TTCAAAAACTTAATGAA-CAAGAGATTTAAAAAAA
64 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAAAA
* * * * * * * *
11094409 TAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACTATTATCTATTT-AAAGT
125 TAAATATGTTTACCGAATAACTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T
* * * *
11094472 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCAT-TTCATA-AAAACTTATTCAAAATA
188 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTCTTCATACAAAA-TTATTCAAATTA
* * * * * * *
11094535 AAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--AAGCA---AGAGACT-AGT-T-TTT--
251 AAATAATATTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * * * * * * *
11094590 TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTG
314 CGAACCAATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
11094654 TTTTCTCATAAAACAATT-GTTCTTGATCATACAAGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTT
379 TTTTATCATAAAACAATTATTTC-TGTTCATATAAGCTT-TTT-GAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * ** * *
11094717 AATAA-AATTTAAAA--AATTAGTGAG-ATTTAAAAAATATATGTATTTGTCGAACCAGTTCAAA
441 ATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAAT-CATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * * *
11094778 TAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTTTTTAGTCCTATAA
505 TAGTTATA-ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTA-TCATAAAA
* * * *
11094842 TAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAACATTCCAAAA
568 TAATTGTTTCA-TTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAA
* * * * * * *
11094907 ATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAAT-TTGTTTACTGAACAAGCTCAAAAAGTTATGACT
631 ATTAATAAGCAA-AAAATT-AAAAAATTAATCTT-TTT-CTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACA
* * *
11094971 ATTTGAATAATTAT-TGATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
691 ATTTGAAAAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * ** *
11095035 GTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAAGTA
755 GTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
11095100 AGAGATTTAAAAAAGAAATCAATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTA
818 AAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
11095165 TCTAT
883 TCTAT
** * * * *
11095170 TTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTC
* *
11095234 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * **
11095295 T-TCGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTT
129 TAT-GTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * ** **
11095358 ATAACATTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAAT
192 ATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAAT
* * * * * *
11095421 AATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCC
255 AATATTAATTTAATAATA-TTTAAAAATT---AA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * **
11095486 CAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTG
315 GAACCAATTTAAATAGTTAAGACAATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
11095550 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCTTTTTCTG-AATAGAGTAAAACTAATTT
379 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTG-TTCATATAAGC-TTTT-TGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
11095613 ATTAATATTTCAAAATT--TTA-TAAGAAGTTTAGAAAATAATTTTATTTATCAAACTAGTTCAA
441 ATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAA-TTTAAAAAATAA-ATCATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * *** * * * *
11095675 ATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAA
504 ATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTATCATAAAA
* * * * * * *
11095740 AAATTATTT-TTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-----
568 TAATTGTTTCAT-TT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
* *
11095798 -TT-AT---C-------------A--AA-C-----C--AATAA---AAATAGTTATGACTATTTG
631 ATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAATTAATCTTTTTCTGAACAATTCAAATAGTTATGACAATTTG
** * * * * * * * * * *
11095832 AGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTCTTATAAAGCAATAGTTTTTGTTTAT
696 AAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * * *
11095897 ATAAGCTTATTCATATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA-AT
761 AAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-
*** * *** * * * * *
11095961 TTTTTGAAATAAA-TATGCTTACCAAACTA-TATCAAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCT
823 TTTAAAAAATAAATTA-GTTTATTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
11096024 AT
886 AT
* * * * * ** * *
11096026 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCCATTCATATGAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCG
* * *
11096091 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * ** * * *
11096156 -T-TAGT-CATAATTA-TTTGAA-A-TTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTGAAATTATTAT
130 ATGT-TTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
11096215 AACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAGATT-TTTTTCTATTCATA-GAAGTTATTTCGAA--AAAGT
194 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAA-ATTGTTTTTC--TTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAAT
* * * * * * *
11096276 AACATAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTAC
255 AATATTAATTTAATAATATTTAA-A-AA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
** * * * * * **
11096340 CGAA-CAAGTTTAAATCTTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT
314 CGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * * *
11096404 ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCAT-TCAAGCTTATTCGGATTAAAA-AAAATTAATTT
378 GTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAT-AAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * ***
11096467 ATTAATATTTCAACAAAAAACAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATTGAACAAGTTC
441 ATTAATATTTTAA-AATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCA--TTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * * * * *
11096531 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAATGGTATGACCTTTTATTTTGTAATAA
502 AAATAGTTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTATCATAA
* * * * * * * **
11096596 AACAATTATTTTAGTTGATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
566 AATAATTGTTTCA-TTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AA
* * * * *
11096661 AAATTAATGAGTACGAGAATTAAAAAAATTAATCTATTTATC-GAACATGTTCAAATAGTTATGA
629 AAATTAATAAGCA-AAAAATT-AAAAAATTAATCT-TTT-TCTGAACA-ATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
11096725 CTATCT-AAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGCTTTGTCATAAAACAGTTG-GT
689 CAATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
11096788 TATGTTCAT-ATAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
753 TA-GTTCATAAAAGC-T-TTTCAAAATAAAATAATCT-ATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** *
11096851 AGTAAAA-ATTAAAAAAATAAA-TATGTTTTTTGAACCTGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAAC
814 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
11096914 AATTATCTAT
878 AATTATCTAT
* * ** * * * * * *
11096924 GTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTC-
1 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCG
* * * * *
11096988 AGAATAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAA
65 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * ** ** * * * *
11097053 TCTATTTATC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATTATTT
129 TATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** *
11097117 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAA-TAAAATAA
193 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTA-TTCAAATTAAAATAA
* * ** * *
11097181 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTTTACT
257 TATTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATA----AAAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * * *
11097246 GAA-CAGATTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTA-CTTATTTCAAATCATTATGACATTCT
315 GAACCA-ATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * * * * ** * *
11097309 -TTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTGATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTTATTT
378 GTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
11097372 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAA
441 ATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATC-ATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * * ** * * * *
11097434 ATACTTATGACCATTTG-ATCAATTAACTATCTCAAATCATTATGATCGTTAT-TTTGTAATAAA
504 ATAGTTATAACTATTAGAAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTATCATAAA
** * ** * *
11097497 ATAATTGCTTTTGTTT-T---T--TTA--AAAAAGTAAAAT-ATTGTTATATTAATAATATTCTA
567 ATAATTG-TTTCATTTATACATGCTTATTCAAAA-TAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTC--
* * * * * *
11097553 AAAAAATAATAAG-AAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTAA
627 AAAAATTAATAAGCAAA-A-AATTAAAAAATTAATCT-TTT-TCTGAA-CAATTCAAATAGTTAT
** * * * * * * * *
11097616 GATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACGTTTTG-CTTAGTCATAAAACAATTAT
687 GACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
11097680 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATCAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT
751 TTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * ** *
11097744 AAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTT
813 AAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAAT-TAGTTTATTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
*
11097807 GAACAATTATTTAT
874 GAACAATTATCTAT
* * * * *
11097821 TT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATT
1 TTCAAA-TCATTATGAACTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATT
* * * * *
11097884 TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT-TTTACAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTA
63 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
*** * * * * * *
11097947 AAGT-TGTTTTTTGAACT-AGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA
127 AA-TATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * ** ** * * * *
11098010 TTATGATC-TTCATTTTCTCATAAAACAACTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTAGATAAAAAA
190 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTATTCAAATTAAAAT
* * * * * ***
11098074 AATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTCGTCGAAC
255 AATATTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * * * * **
11098139 CAGTTCAAATAGCTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTG-TTTA
319 CAATTTAAATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * ** * * * *
11098203 GTCCTATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAC
384 -TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * ** *** *
11098268 ATTCCAAAATTTAAAAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAAGAG
447 ATTTTAAAA-TTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAAATAAA-TCATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * **
11098333 TTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-------T----T--TT
508 TTATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAATAATT
* * * * * * ** *
11098385 G-TTCA--CA-A-AAGCTT-TTCCAAAAGAAAATAATGCTATTTTATTATTATTTTGAAAGTTAA
573 GTTTCATTTATACATGCTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAA
* * * * * * * * * *
11098444 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAA
636 TAAGCAA-AAAATTAAAAAATTAATC-TTTTTCTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACAATTTGAA
* * * * * * * **** *
11098509 CAACTATCTATTTCATATTGTTATTACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATAT
698 AAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
* * ** * * *
11098574 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTGAAAAATTAAT--TTACAA-A--T
763 AAGCTT-TTCAAAATAAAATAAT-CTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* ** * * *
11098634 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAA-TTTAAATAGTTATAAC-ATTTGAATAATTATCTAT
826 AAAAAATAAATTAGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * *
11098695 TTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TT
* * * *
11098759 CGAAACAAAATAATACAAATTT-TGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
63 CGAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * *
11098823 AATCAT-TTTATCGAACCAA-TTCAAACAGTCATAACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTA
127 AAT-ATGTTTACCGAA-TAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** *** ** * *
11098886 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTACTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAGAG
190 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTATTC-AAATTAAAA
* * * * * ** * * * *
11098950 TAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGATTTGGAAAATAATTTTATTTACCAAA
254 TAATATTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * * * * *
11099014 CCAATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTGCAAATCATTATGAC
318 CCAATTTAAATAGTTA-AGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
11099069 ATCGGAGTGT
Statistics
Matches: 15456, Mismatches: 3339, Indels: 2345
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
853 3 0.00
854 32 0.00
855 190 0.01
856 290 0.02
857 75 0.00
858 139 0.01
859 40 0.00
860 163 0.01
861 159 0.01
862 66 0.00
863 116 0.01
864 32 0.00
865 21 0.00
866 8 0.00
867 5 0.00
868 1 0.00
869 2 0.00
871 1 0.00
873 2 0.00
874 72 0.00
875 214 0.01
876 155 0.01
877 49 0.00
878 45 0.00
879 126 0.01
880 179 0.01
881 153 0.01
882 472 0.03
883 90 0.01
884 277 0.02
885 203 0.01
886 420 0.03
887 425 0.03
888 383 0.02
889 622 0.04
890 730 0.05
891 690 0.04
892 585 0.04
893 597 0.04
894 671 0.04
895 736 0.05
896 389 0.03
897 594 0.04
898 1050 0.07
899 715 0.05
900 747 0.05
901 670 0.04
902 718 0.05
903 241 0.02
904 341 0.02
905 166 0.01
906 147 0.01
907 82 0.01
908 76 0.00
909 64 0.00
910 1 0.00
912 33 0.00
913 178 0.01
914 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (887 bp):
TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACCGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAAATTATTCAAATTAAAATAATATT
AATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTTA
AATAGTTAAGACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
ACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
TTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTAG
AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTCATTTATAC
ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTAA
AAAATTAATCTTTTTCTGAACAATTCAAATAGTTATGACAATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTTTCAAAATAAAA
TAATCTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATT
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:11082529 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11082508--11082540 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
11082498 ATAGTTATAA
*
11082508 CTATTTGAAA-AATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
11082524 CTATTTCAAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
11082541 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.60
17 6 0.40
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:11083227 original size:534 final size:530
Alignment explanation
Indices: 11078231--11099070 Score: 9059
Period size: 538 Copynumber: 39.0 Consensus size: 530
11078221 AGTTATGATC
* * * * * ** *
11078231 TTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTCTATTCATTCAAGCTTATTCAAAGT-AAATATTGTTAAA
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** *
11078295 TCAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATGTGTTCACCAAACTAGTT
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
* * * * *
11078360 CAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTT-TGACCTTTTG-TGTAGTCA
130 CAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTTATGACCTTTTGTTTTA-TCA
* * * ** * * *
11078423 CAAAATAATTTTTTC-AGTTCATACATGCCTATTT-GAAATAAAATAATACTAAATTATTAACAT
192 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * ** *
11078486 ACAGAACATTAATACACAAAAAATAAAAAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACAAGTTCAAATAG
255 TTTGAAAATTAAT----AAGAGAT---TTAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAG
* * * * * * * *
11078550 TTATGA-TGAATTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTGGTTTTATCATAAAACAA
311 TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
** * * *
11078614 TTGTTTCAGTTCATAAAAGCCTTATTGGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
375 TTGTTTCTTTTCATACAAG-CTTATT-CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * *
11078679 TGATAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAGTCAGCTTA-TCGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCAT
438 TAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAATTT-AAATAGTTAAGACTAT
* **
11078742 TTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTACATAAC-T
497 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT--ATAACAT
* * * * *
11078777 TTCT-TTTGTCAATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATAGAAGC-TA-T-AGGAATAAAATAATACT
1 TT-TGTTTATC-ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT
* * * *
11078837 AATTTATTAAAATTTCAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA--GAAC
62 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * * * *
11078900 --G--C-CA-A--TT-CCTATTTGAATAGTTTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCTATTGCTCT
125 AAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** *
11078955 AT-GTATAAATAATTGTTT-TAGTCCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA-TTAATA
188 ATCATA-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * *
11079017 AT-TTTCCAAAAATTCATAACTAAGTACGATTTAAAAATAAATT-TATTGCACATAAGCAGTTCA
251 ATATTT-TGAAAA-T--TAA-TAAG-A-GATTTAAAAATAAATTGT-TT--ACCTAAACAGTTCA
* * * * * *
11079080 AACAGTTAATG-CTATAGTGAACAGATTATCTACTTCAAATCGTATATGACATTTTGTTTGGTCA
306 AATAGTT-ATGACTAT-TTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** * * *
11079144 TAGGAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTCATTTGAAATAAAATAAAACTAGATTTATTAATA
367 TA-AAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTT-A-TTCAAATAAAATAATATTA-ATTTATTAATA
** * * * * * * ** * * * *
11079209 TTTTTGAAAATTAATAAGTGATGTGAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATG
428 -TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAG
* * * * * * *
11079274 GCCATGTCAATAATTATCTATTTC-AATCATTATCACTCT
492 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-AT
* * * * * *
11079313 TTTGCTTCATCATATAACAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTTATAATAAAATAATACTA
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
11079376 AGTTATTAATCTTTTAAAAA-T--TAA-TAACAGA-TT--AAAATAAATCTGTTTACCGAACTAG
63 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* ** * * ** * *
11079434 TTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTGTAAACTT-GAATCGTTATAACCTTTTG-TTCAGTCA
128 TTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTA-TCA
* * ** * ** *
11079497 TAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACGCTAATTCTAATAATA-T
192 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATT
** ** * *
11079561 TCCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATAAATT-TCTTTGCTGAACTAGTTCAAATATTT
256 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT--AAAAATAAATTGT-TTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTT
** * * * *
11079625 AAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTA-GACCCTTTGTTTTGTCATAAAAATAAGT
313 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAA-T
* *** * * * * *
11079689 TTTTTGAAATTCATACTAGTTTATTTGGAAAAAAAATAA-ATGAATTTATTAATATTTCAAAAAT
376 TGTTT-CTTTTCATACAAGCTTA-TT-CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
11079753 TAATAAGTGAGAGATTTAAAAAA-ATAA-----TT-CTAAAACACTTTCAAATAGTTATCGACTA
438 TAAT-A---AGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACTGAACCAATTT-AAATAGTTA-AGACTA
* * * *
11079811 TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
496 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * **
11079846 TTTGTTTTGTTATATAAGCAATTG-TCCTCATTCATAAAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTA
1 TTTG-TTTATCATA-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * * * * * *
11079910 TTTTATTAAAATTCCCAAAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGA-GA
63 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-ACAA
* * * * *
11079974 GTTC-AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAACCA-TTATGATCTTTTGTTTTGT
127 GTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * *
11080037 TA-AAAACAATTGTTTCTACTCATACAAATTTATTT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTAATA
190 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
11080100 TTCT-AAACATTAATGAGTCGGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCGAATA-ACTTCAAATAC
254 TTTTGAAA-ATTAAT-A---AGAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTACCTAA-ACAGTTCAAATAG
* * * * ** *
11080163 TCATGTCCATTTGAACTATTATTATCTCTTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAAC
311 TTATGACTATTTGAAC-A--ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * ** *
11080228 AATTGTTT-TTACTCATAAAAAATTATGCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
373 AATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
11080292 ATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACTAATTTAAATAGTT-TGACTATTAGA
436 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGA
* *
11080356 ACAATTATCTATCTCAAA-CTATTAT--GAT
501 ACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACAT
* ** * * *
11080384 CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAA
1 -TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * ** *
11080449 ACTAATCATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGC-ATTTGCCAAATC-C
64 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACTGAA-CAA
* *** * * *
11080512 GTTCAAATACTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTTTGACCTTTTG-TTTAGT
127 GTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTA-T
* * * * ** * * * * *
11080575 CATAATATAATTGTTTCAATTTATACATGCTTACTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACAT
190 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * ** * * *
11080640 TCAGAAAATTAATAAGCAAAAAATAAAAAAATTAAGTCTTTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTT
255 TTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAA-TAAAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTT
* * * * * *
11080704 ATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAATTAATTA
313 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* *
11080769 TTT-TAGTTT-ATAAAAGCTT-TTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
378 TTTCT--TTTCATACAAGCTTATT-C-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
11080831 GAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATG-GTCATT
439 AATAA---G-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACT-ATT
11080894 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-T
498 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * *
11080927 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTGTCA-TCATACAAGCTTATGCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
11080991 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGT
64 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * ** *
11081056 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
129 TCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * * *
11081121 AAAAAAATTATTTATCTTCATACAAATTTATTT-GAAATAAAATAGTACTAATCTAATAATATTA
193 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * * *
11081185 TGAAAATTAATAATTAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTAAGAC
257 TGAAAATTAATAA--GAGATTT-AAAAATAAATT-GTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * * *
11081250 AATGTGGATAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATATTT-T
318 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * *
11081314 TGTACATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGA
383 T-TTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * * *
11081378 GATTTAATAAATAAATCTGTTTAC-CAAACTAGTTCAATAAGTTATA-ACTATTTGAACAATTAT
446 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAAT-AGTTA-AGACTATTTGAACAATTAT
* ** *
11081441 TTATTTCAAATTGTTATGACCA-
509 CTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * * * * * *
11081463 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTAATACAATCTTATTCTAAATAGAGTAATGCTAAT
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * ** *
11081528 TTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAA-T
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-TGAACAAGT
* ** * * * * ** * *
11081592 GCAAATAGTTACAAATTTTTGCACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTATCAC
129 TCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * ** * * *
11081656 AAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAAACTTATTCAGAATAGTATAATTCTATTTTATTAATATTTC
193 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * *
11081721 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTATTTA-TTGAACAAGTTTAAATAGTTATG
258 GAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA-TAAAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATG
* *** * * *
11081785 ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTAT
316 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-T
* * * **
11081850 TCTATTGATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATA
380 TCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATA
* * * * ** * *
11081914 AGTAAAATATTTTAAAAAATAACTCTATTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
443 AG----AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * * *
11081979 GATTATTTTTTTGAAATCATTATGAC-T
503 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * * * * **
11082006 TTATGTTTGGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCTTACAAGGTTACTCAAATTAAGATAATGTTAA
1 TT-TGTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * *
11082071 TGAATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTCAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
64 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * *
11082134 GTTTAAATAGTCAT-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTCA
127 GTTCAAATAGT-TTGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * * *
11082197 TCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTTA-TTA-AAAAAAATAGTACTGATTTATTAAT
189 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
11082259 ATTTTGAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAGATGAATTAATTTATC-GAACAAGTTCAAATAG
253 ATTTTGAAAATTA---A-TAAGAGATTTAAAA-ATAAATT-GTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAG
* * * * * *
11082323 TTATAACTACTGGAATAAGTT-TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAATAA
311 TTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * *
11082387 TTGTTTTCGTTT-ATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAAT
375 TTG-TTTCTTTTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
11082451 TAATAAGCAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CACATTTAAATAGTTATA-ACTATTT
438 TAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCA-ATTTAAATAGTTA-AGACTATTT
* * * *
11082514 GAAAAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCT
499 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * *
11082546 TTTGTTATCTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAAT-AAATAAT-CTAG
1 TTTGTT-TATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * **
11082608 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTACAAATAAATTTGTTTACTGAGCAAAC
64 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * *
11082673 TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATATTTATGATCTTTTGTTTTGTCA-
129 TCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* *
11082737 ACAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
193 A-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
11082802 TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAACTAAATCTGTTTACCAAAACACTTTAAATAGTTATGACTAT
257 TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
11082867 TTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCGTAAAAAAATTGTTTCTTTT
321 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTT
* * *
11082931 CCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAAGAGAT
386 -CATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* ** * * * * *
11082995 TTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAATTTAAATAATGAAGAATATTAGAATAATTATCTATT
449 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
*
11083060 TCAAATCATTCTAACAT
514 TCAAATCATTATAACAT
* * * * *
11083077 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAATCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAT
1 TTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
11083142 TTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTACTAAATAAGT
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
*
11083207 TCAAATAGATTTGCCTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTATGACCTTTTGTTTTATC
129 TCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-ATTTATGACCTTTTGTTTTATC
* *
11083270 ATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AAA--T-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTGATAT
191 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
11083329 TTCAAAAATTAATATGCTATAGATTTAGAAACTAAAGTTGTTTTCCTAACCAATTCAAATAGTTA
255 TTTGAAAATTAATA----AGAGATTTA-AAAATAAA-TTGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
11083394 TGATTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTGGTTTTCTCATAAAACAATTG
314 TGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
** * ** **
11083457 TTTCTGATCATACAAGCTTATTTAAATAAAAATAATGCTAATTTA--AATATATTGTGAAAATTA
378 TTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATAT-TT-CAAAAATTA
** * * * * * * * * *
11083520 GCGAA-AGATTTAAAAAATAAGTGTATTTGCTTAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
440 -ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
* *
11083584 ATTATCTATTTCAAATCATTCTGACAT
504 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
** * * * *
11083611 TTTACTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAT
1 TTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
11083676 TTATTAACACTT-GAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGCTTATTGAACAAA
65 TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
** * * * * * *
11083740 TTCAAATAGTTATGACT-TTTG---TTTTGTC-A--TAAAATAATTGTTTTA-GTTCATAAAAG-
128 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATT-TATGACCTT--T---TGT
* * * * * * * *
11083796 CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATCATT-ATTTCAAAAGTTAGTAAGTTGGAGATTTAA
185 TTTAT-C---ATAAAACAAT--T-GTTTCT-ATTCA-TAC-AAACTTA-T---TT--AGAATAAA
* * * * *
11083860 A-AA-A-TAATTTAGT--T-TTTTGAATCAATTCGAATAATTATGGCATTTGAATAAT-TATCTA
234 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA--AATT--AATAA-GA--G-ATTT-AAAAATAAAT-TG
* * * * * * * * ** * * *
11083918 TTT--C-AATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCCA-TAAAACAATTGT-TTTTTC--ATCA-TA-C
289 TTTACCTAAACAGT-TCAA--ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * ** * ** ** *
11083974 A-AGTCT-ATTTGGAAGAAAATAA-T-ACTAATTT-AT-TAA---TATTTCAAA-AATTAATAAG
351 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAA--AATAA-
** * ** ** * * * * ** * * *
11084029 TAGGAGATTAAAAAATAAAT--ATACTTACTGAACCTAG-TTT---AAATAGCTATGATTATTTG
412 TATTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA--GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTG
* * * * * * * * * *
11084088 AAAC-A-TTAATATATTTCAA-TCTCTAT-AAC-CTT-T-TGGTTT--TACCA-TAAAACA-
472 AACCAATTTAA-ATAGTT-AAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * * * * *
11084139 ATTATTTATCTTCATACAAGCTTG-TTC-A--AATA-AA-ATATACT-AATATAATAATATTA-T
1 TTTGTTTATCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAA-AATAATACT
* * * *
11084196 GAA-ATATTAAC------------------TAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTGAACC
62 -AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-C
* * * * ** * *
11084242 AA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
125 AAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * * * ** * *
11084306 TTGTAAACCAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
189 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
11084370 ATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATATGTTTACC-AAACCAATTCAATTAATTAT
253 ATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAA-AAATAAAT-TGTTTACCTAAA-CAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
11084434 AACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATG--CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
315 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * **
11084497 TCTATTAATAGAATCTT-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGTA
380 TCTTTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TA
* * ** * ** * * *
11084560 AGTAACAGATTTAGAAAAAT-AATTTGTTGGCCTG-ACCAGTACAAATAGTTACA-ATTGTTCGA
440 A-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTT-TACTGAACCAATTTAAATAGTTA-AGACTATTTGA
11084622 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-T
501 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CAT
* * * * ** * * * *
11084652 TTTATTTTGTCACAAAACAATTGTGTCTATTTGTACAAG-TTGGTTCAGAATAACATAATTCTAA
1 TTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
11084716 TTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTA-TCGAATAAG
64 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAG
* * * *** * * *
11084776 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTACCTAGTTCAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCA
128 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * * * * *
11084841 TAAAATAATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCA-ATTCAAACAATACAAATGTATTATTATT
192 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * *
11084905 TAGACAACTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTTA
256 TTGA-AA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTACCTAAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
11084969 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTAATGACTTTTTGTTTTGTCATACAATAATTAT
314 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * *
11085034 TT-TTGTTCATACAAACTTATTCGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAATTAAT
379 TTCTT-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT
* * * * *
11085098 AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATAC-ATTTA-TAGAA-C-ATGTTCAAACAATCATA-ACTATT
442 AAG----AGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACT-GAACCAAT-TT-AAATAGTTA-AGACTATT
* ** * *
11085158 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-C
498 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * * *
11085190 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT-TAGTTTATATAAGCTTTTTGAAAATTAAATAATGCTAA
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
11085254 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT-A-AGATTTAAAATATGAATTTGTTTATTGAACAAAT
64 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * *
11085317 TCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTCTGTTTTGTCA
129 TCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * *
11085381 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTTA-AATAAAATAATA-TAAACTTATTAACA-
192 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
** * * ** *
11085443 TTCCAATAATTAATAAGAAAACTTTTAAAAATAAATCTATTT-TTTGAAC-GCATTCAAATAGTT
255 TTTGAA-AATTAATAAG-AGA--TTTAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAACAG--TTCAAATAGTT
* * * *
11085506 ATGACTTTTTG---AA-TATGTA----AAAT-AGATATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAATAAAT
313 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAT
* * * * *
11085561 TGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAACAAAATAATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTA
376 TGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-
* * * * * * * * * *
11085626 AGGAGAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAGCAAGTTCATATTGTTATGACTGTTTG
439 A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTG
* * *
11085690 AACAATTATTTATTTCAAAT-AGTAATATC-T
500 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACAT
* * * * * *
11085720 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAAT
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
11085785 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAATGAACAAGTT
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * *
11085850 CAAATAGTCATT-TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTTA
130 CAAATAGT--TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTATCA
** * * * * *
11085913 TAAAACAATTGCTTT-GGTTCATGCAAAATTATTTAGAACAAAATAATACTGATCTATTAATATT
192 TAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
11085977 TTAAAAATTAATAAGAGATCTAAAAACTAAATATTTTTATCGAAACAGTTTAAATAGTT-TGACT
256 TTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAAT-TGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
11086041 ATTTGAACAATTA-CTATCTCTAATCAATATGA--TTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTT
319 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTT
* * * * * * * * * *
11086103 TTCACACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAGATTTAGTAAGAGC
384 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
* * ** * * * * *
11086168 TTGAAAAAA-AATATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTCTA
448 TTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
11086232 TTTCAAATC-TCTTTGACCT
512 TTTCAAATCAT-TATAACAT
* * * * * * * *
11086251 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATATTAAT
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * ** ***
11086316 TTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTACCAAATTGGT
65 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
11086376 TCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCA-TTATGGCCATTTT-TTTTGTC
129 TCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACC-TTTTGTTTTATC
* * * * * * * *
11086439 ATAAAACAATTTTTTCTATTAATACAATCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATATT
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
11086504 CTAAAAACTAGTAAGTAACAAATTTAAAAAAAGAATCTTTTTGCCT-GACTAGTTCAAATGGTTA
256 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATA-AAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTTA
* * * * ** *
11086568 T-AGTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCCAAAACAATTG
314 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* ** * *
11086632 TTTCTATTTGC--ACAAGCTGATTTGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
378 TTTCT-TTT-CATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAA-T
* * * * * ** *
11086694 AATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATTTTTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTTTGACTATG
438 --TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATT
* * * *
11086757 TAAACAATTATCTATTTCAAGTCACTATAA-TT
498 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * *
11086789 TCTTGTTTTGTCATAAAATATATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACA
1 T-TTG-TTTATCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
11086852 AATTTATTAATATTC-AGACAACTAATAAGTAAAAGA--TATAAAA-AAATTTGTTT-CTCGAAT
62 AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC
* * *
11086912 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTT
125 AAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
11086976 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAACTTA-TTCGAATTAAAATAATATTGATTTATTAA
188 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
11087040 TATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATATGTTTACC-GAACAAATTCAAATA
252 TATTTTGAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATA
* * * * ** * * *
11087104 GTTATAACTATGTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
310 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
** * * * * *
11087169 TTGTGTT-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCATAAAT
375 TTGT-TTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * *
11087233 TAATGAGTAATAGATTTAAAATATGAATC-ATTTA-T----CAA---ACA-AGTTCA-A--A-TG
438 T-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTT
* * * * *
11087284 GAACAATTATATGTTTCAAATCGTTACGACCAT
499 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACAT
* * * * * **
11087317 TTAT-TGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TACA
1 TT-TGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-A
* * * * * * *
11087380 TTTATTAATATTGC-AAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATG
64 TTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * * * * * *
11087443 TTCAAATAGGTATGACTATTTAAACAATTACCCATTTTAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
128 TTCAAATA-GTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * *
11087508 TAAACCAATTCTTTCTATTCATACAAGCGTATTT-GAAATAAAATAATACTATTTTATTTAGATT
192 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * ** * *
11087572 CCAAAAATTAATAAGTTAAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AGGCAAGTTCATATCGTTA
256 TTGAAAATTAATAAG---AGA-TTT-AAAAATAAA-TTGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTTA
* * * * ** * *
11087636 TGATTGTTTGAACAATTAT-TGATTTCAAAT-AGTTAAGATCTTTCATTTTATCATAAAACAATT
314 TGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * **
11087699 ATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAA
377 GTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
11087764 TAGGTAGGCGATATAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTT-AATAGTTATGTCCATTTGA
441 TA---A-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTGA
* * * *
11087827 ACAACTATCTATTTTAAATCATTATGACTT
501 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* ** * * ** *
11087857 TTTGTTTTATTATAAAGTAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGAT
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
11087922 CTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATTGAAACAA-T
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AACAAGT
* * * * * * *
11087982 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTCTATTGTCA
129 TCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * ** * ** * * *
11088045 TAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTATGATAATACTAATTCAATAATATTC
192 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** * ** * *
11088110 CAAAAATTAGTAAGAGACTAAAAAAATACATGTGTTTGTC-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
257 TGAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * * * *
11088174 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAT
319 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTT
* * * * *
11088239 TTCACACAAGTTTATTCAAAATTAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGTA
384 TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A--A-TA
* * * * *
11088303 AGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAA
443 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAA
** * * *
11088366 TTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCT
505 TTATCTATTTCAAA-TCATTATAACAT
* * * **
11088392 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAC
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-
* * ** * * * **
11088456 CTTT-TTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-CA-AGATTTAAAAGCTAAAGCTATTTTCCAAACCA
63 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CA
* * *
11088517 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAACCA-TTATGATC-TTTGTTTT
126 AGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAA-TATTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
11088578 CTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATATAAGCTTATTCAG-ATAAAAATATTACTAATTTGA-TA
188 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTA
** * * *
11088641 ATA-TTCCAAAACTTAGTAAGCGA--T-AAAATAAATGTGTTTATC-AAATC-GATTCAAATAGT
251 ATATTTTGAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAA-CAG-TTCAAATAGT
* * * * * * * * *
11088700 TAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCACTCTGACCTTTTAATTTAGTCATACAATAAT
312 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAAT
** * * *
11088765 TGTTT-TAGTTT-ATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATT
376 TGTTTCT--TTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
11088828 AATAAGCACGAGTTTTGAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
439 AATAAG-A-GA--TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATT
* *
11088892 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCA-
498 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * * *
11088925 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAATCTTATTC-AAATAAAATAATACTAC
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * **
11088988 TTTATTAATATTTTAAAAGTTACTGAGTAAGGGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATC-A
64 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-CAA
* * * * * *
11089051 GTTCAAATAATTATG-GTAATTTGAACAACTATCTGTTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTG
127 GTTCAAATAGTT-TGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
11089114 TTATAAAACAAATGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
189 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
11089177 TATTTT-AAGAATTAATAAGAGAATTAAAAA-AGATATCTATTTATC-GAACTAATTTAAATAGT
252 TATTTTGAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAATA-A-AT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGT
* *** * * * *
11089239 TATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATTGCTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAAT
312 TATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * *
11089303 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATT
376 TGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * ** * *
11089367 AATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTGCTGAACCTGTTCAAACAGTTAAGACT-TTA
439 AAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATT-
* * ** ** *
11089430 TGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGGCCT
498 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * *
11089463 TTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTT-TAGCTCATCCAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAA
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** *
11089527 TTT-TTAATATAT-TAAAAATTTATAAATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACTAG
64 TTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * ** * *
11089590 TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTATGTTTTGTC
128 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTT-TGTTTTATC
* * * * ** * * * * * *
11089654 ATACAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGTTTGTGTAAAAGAAAATAACATTAATTTATTAATAT
191 ATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
11089718 TTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATGTAAAAAGTAAATCTACTTATC-AAATCA-CTCAAATAGTT
255 TTTGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAA-TAAAT-TGTTTACCTAAA-CAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
11089781 -TCAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTATCAAATAATT
313 AT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * ** ** * * * *
11089845 GGTTCTGTTCATATTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAA
377 GTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAA---AA
* * * * * ** ** * * *
11089910 TAAACTAA-AAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGCCT-AACCAGCTCAAATAGTTAAGATTATATG
437 TTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTG
* * *
11089973 AACAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATGACCT
500 AACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACAT
* * * ** *
11090004 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAAT
1 TTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
11090068 TTAATAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAA-ATTA
65 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--A
* * * * * *
11090126 GTTCAAATGGTTTAGACAATTAGAATAATTATATATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTG-TTTAG
127 GTTCAAATAGTTT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTA-
** * * * * * *
11090189 TTGT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCATATTTAAAATAAATTAATATTAATTTATTAAC
189 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
11090252 A-TTCGAAAAAGTAATAACAAAAAGAGATATAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAA
253 ATTTTG-AAAA-T--T---AATAAGAGAT-T-TAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAA
* * * * * * * *
11090315 ATAATTATTACTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAA
307 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** **
11090380 TAATTGTTTCAGTT-AGTACAAGCTTGGA-T-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTT
372 TAATTGTTTCTTTTCA-TACAAGCTT--ATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
* * * ** * * * * *
11090442 TATATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTATGGC
433 AAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGAC
* *** * ** *
11090507 CATTTGAATGGTTATCTATTTGAAATTGTTATGATC-T
494 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * * *
11090544 TTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATCAAATAATACTAA
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** *
11090609 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG
64 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * * * *
11090673 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCAATCTCAAATCA-TTAAGATC-TTTGTTTTATC
128 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * ** * ** * *
11090736 ATAAAACAATTATTTTTAATCATAGAAGTTTA-TTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATAC
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * **** * *
11090800 TAAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTGGAACCAATTCAAATAGTTA
255 TTTGAAAATTAATAAG--AG--ATTT-AAAAATAAAT-TGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * ** * * * *
11090865 AAACCATTAGAA-AATTTATCTATTTCAGATCGTTCTGATATTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTA
314 TGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * ** *** * *
11090929 TTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAAT
378 TTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
11090994 AAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
442 AAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTG
* * * *
11091057 AACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCAT
500 AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * * * *
11091089 TTAT-TTTGA-CATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATTCTA
1 TT-TGTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * ** *
11091151 GTTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAA
63 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA
* * * * * * *
11091215 ATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT-TGTTATGACTTTTTATTTTGT
127 GTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * *
11091279 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
190 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** ** * * * ** * *
11091344 TCCAAAAATTAGCAAGTGATTCAAAAAGTAAATTTGTTTA-TTGAATTAGTTTAAATAATTATTG
255 TTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAA-TTGTTTACCT-AAACAGTTCAAATAGTTA-TG
* * * ** * * * *
11091408 -CCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTTGGTCATATAACAATTGTT
316 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTT
* * * *
11091472 T-TATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
380 TCT-TTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-
* * * *
11091536 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGA
439 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
* * * *
11091601 ATTGTATACTTCAAATCAATTATTTATAAAATAGCCT
504 ATTATCTATTTCAAATC----A-TTAT---A-A-CAT
* * * * * * *
11091638 TTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
11091703 CTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCT-AACCAA-
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAA-CAAG
* * * * * *
11091766 TTCAAATTGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTAAAACT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTC
128 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * *** **
11091830 ATAAAACATTTTTTTCAATTCATACTTGCTTA-TTAGAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATAT
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * *
11091893 TTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCTAATA---AT---
255 TTTGAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
11091952 TA--TG-ACCATT-T-TA----AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCA
318 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * * * * * *
11092008 GTACATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAGTT
383 TTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---
* * * * * * * * * * *
11092073 GGAGATTTAAAAAAATAAAT-TAATTTA-TCAAATCAGTTCAAA-AATTATGGCCATCTGAATAA
444 -GAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACT-GAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
*** *
11092135 TTATCTATTTCAAATTGCTATGAA-TT
505 TTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * *
11092161 TTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTCATT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTG-TTTATCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
** * * * * * * **
11092225 AACTAATAATATTATGAAAATTAATTAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTGCCAAACCAA
63 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAA
* ** * * * ** *
11092288 -TTCAAGTAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
127 GTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * * ** * ** *
11092352 ATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAATTTGTCCAAAATAATGTAATATTAATTTATTAATAT
191 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
11092416 TTTGAAAATTATTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTACC-AAACTAATTCAATTAGTTATAA
255 TTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAA-ATAAAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
11092480 CAATTTGAATAATTCTTTATTTCCAATCATTATGACCAATTT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTT
317 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * ** ** * *
11092544 CTATTGATACAATCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATA-TTCTAAAATTAATAAG
381 CTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** **
11092608 TAACGGATTTAACAAATGAATATG-TTAGCCT-AACCAGTGCAAATAGTTATCACTATTTGAACA
445 --A--GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA--CTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
* *
11092671 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-T
504 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * ** *** *** *
11092697 TTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTGGAATGGCATAATTCTAAT
1 TTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
*
11092762 TTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAG
65 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAG
* * * *
11092825 TTCAAATAG--T---TA--T--AC------CTATTTCAAAT-TGCTCTAACCTTTTGTTTTGTCA
128 TTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * *
11092874 TAAAATAATTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
192 TAAAACAA--TTGTTTCTATTCATACAAACTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
11092938 TTTAAAACAATGAATAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATA-AATACAAATGG
254 TTTTGAA-AAT---T-AATAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTACCTAA-ACAGTTCAAATAG
** * * * *
11093002 TTGCGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
311 TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * ** *
11093066 TTGTTT-TTGTTCATATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGACAAT
375 TTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * *
11093130 TAATAAGTAACATATTTTAACAATAAATATGTTTATTGAA-TAAGTTTAAATAGTCATA-ACTAT
438 TAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTA-AGACTAT
* ** *
11093193 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
497 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * **
11093227 TTTGTTTCATCATAAAACAACTATATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * ** *
11093292 TTATTAACATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATT
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
* * * ** * *
11093357 CAAATAGTTATGACTATATAAACAATTTTCTATTTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTGTAAT
130 CAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * * * *
11093421 AAAATAATTGCTTATGTTTATACAAGCTTATGTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
193 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
*** * ** * * *
11093484 CCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TTTGAGCACGTTTAAATAGTTAT
256 TTGAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAATAAAT-TGTTTACCTAAACA-GTTCAAATAGTTAT
** * * **
11093548 GACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTT
315 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * ** *
11093613 T-TTGTTCATACAAG-TGCATTCAAA-ATAAATAATACTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
380 TCTT-TTCATACAAGCT-TATTCAAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** *
11093675 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTG-AGCAAGTTCAAATAGTTTTG-CTTGTTTG
442 AAG----AGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGAC-TATTTG
* * * *
11093738 AATAATTATTTATTTCAAAT-AGATATGATC-T
500 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACAT
* * * *
11093769 GTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
11093834 TTACTAATATTCTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAGT
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * * ** *
11093898 TCCAATAGTAATGTCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
129 TCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* ** * * *
11093963 AAAACAATTGTTTCTATTTATGTAAAATTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTT
193 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
11094027 AGAGAATTAATAAGAGATTTAAAAACTATATTTGTTTATCAAAACAATTTAAATAGTTATTACTA
257 TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TA-AATTGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
11094092 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTT
320 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTT
* * * * *
11094155 TTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAGC
384 TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
* * * * * **
11094220 TTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAATTCAAATAGTT-AGACTATTAAAACAATTATCTAT
448 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
11094284 TTCAAATCATTCTGACCT
513 TTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * *
11094302 TTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAAC
1 TTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
11094366 TTATTAACATTC-AAAAACTTAATGAA-CAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACA
65 TTATTAATATTCTAAAAA-TTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACA
* *
11094428 AGTTCAAATATATTTGACTATTTGAACTATTATCTATTT-AAAGTCA-TTATGACCTTTTGTTTT
126 AGTTCAAATA-GTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-ATTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
11094491 GTCATAAAACAATCGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
188 ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
11094555 TATTTTAAAAATTAATAAGCA-A---GAGACT-AGTT-TTT---TGAACTAGTTCAAATAGTTAT
252 TATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAATAAATTGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
11094611 GACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTG-T
315 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * * * *
11094674 TCTTGATCATACAAGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAAAATTTAAAAAATTAGT
380 TCTT-TTCATACAAGCTTA-TT-CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
11094738 --GAGATTTAAAAAATATATGTATTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
442 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
* * *
11094800 TATCTATTTCAAATCGTTCTAACCT
506 TATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * *
11094825 TTTTTTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAA
1 TTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
11094889 TTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAG
64 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
* * * * ** *
11094954 CTCAAAAAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
128 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATC
** * * * *
11095018 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTA
191 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** *
11095081 TTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATCAATTTA-CTGAATA-AGTTCAAATAA
254 TTTTGAAA---ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TGTTTACCT-AA-ACAGTTCAAATAG
* * ** * * * *
11095144 TTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
311 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
** *
11095209 TGTTT-TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
376 TGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
11095273 AAGAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
439 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
**
11095337 AATTATCTATTTCAAATTTTTATAACAT
503 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * ***
11095365 TTTGTTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * **
11095430 TTAGTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCCAACCAA-T
65 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGT
* * * * *
11095494 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
129 TCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * *
11095558 TAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTT-TTTCTGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATA
192 TAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAACTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
11095620 -TTTCAAAATTTTATAAGA-AGTTTAGAAAATAATTTTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTA
254 TTTTGAAAA-TTAATAAGAGA-TTTA-AAAATAA-ATTGTTTACCTAAAC-AGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
11095682 TAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTAT
314 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * * *
11095747 TT-TTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-----ATCAA-
379 TTCTT-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** ** * ** * * ** * * *
11095805 ACCA-A--T-AAAAATAGTTATGACTATTTG-AGCAA-TTATTTATTTCAA-ATTGTTATG-AC-
442 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAATTTAAATAGTT-AAGACTATT-TGAACA
11095861 -TT-T-T-TGTTC---TC-TTATAA-A-
504 ATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACAT
* **** * * *
11095879 ---G-----CA-ATAGTTTTTG-TT-TA-T-AT--AAGCTTATTCATATTAAAATAATACAAATT
1 TTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * *** * * ** *
11095929 TATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTTTGAAATAAATATGCTTACCAAACTA-T
66 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
* * * * *
11095991 ATCAAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
129 -TCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * ** * * * *
11096055 ATAAAAAAATTATTTCCATTCATATGAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** **
11096120 TTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TAGT-CATAATTA-TTTGAA-A-TTAT
256 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATTGT-TTACCTAAACAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
11096180 GACTATTTGATCAATTATCTATTTGAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAGATTTT
315 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-A-TTG
* * * * * *
11096245 TTTCTATTCATAGAAG-TTATTTCGAA-AAAGTAACATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTA
378 TTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTA
* * * * ** * *
11096306 ATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTTAAATCTTTATGACAATTTG
440 ATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTTG
* * ** * *
11096370 AACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCT
500 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * * * ** * * *
11096401 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATTCAAGCTTATTCGGATTAAAA-AAAATTAAT
1 TTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
11096465 TTATTAATATT-TCAACAAA-AAACAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATTGAACAA
65 TTATTAATATTCT-AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACTGAACAA
* * * * * * * *
11096527 GTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-ATGGTATGACCTTTTATTTTGT
127 GTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * **
11096591 AATAAAACAATTATTT-TAGTTGATATAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
190 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
11096654 ATTCTAAAAATTAATGAGTACGAGAATTAAAAAAATTAATCTATTTATC-GAACATGTTCAAATA
253 ATTTTGAAAATTAAT-A--A-GAG-ATT-TAAAAATAAAT-TGTTTACCTAAACA-GTTCAAATA
* * * * * * * * *
11096718 GTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGCTTTGTCATAAAACAG
310 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * *
11096783 TTGGTTATGTTCATA-TAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
375 TTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ** ** * * *
11096847 AATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACCTGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGA
439 AATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGA
* * ** *
11096912 ACAATTATCTATGTGAAATTGTTATGAGC-T
501 ACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * * * * * *
11096942 TTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAATATTACTAAT
1 TTTGTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
11097007 TTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAGCGAG
65 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAG
** ** * * * *
11097070 TTCAAATAGTTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATTATTT-TGATCTTTTGTTTTGTC
128 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTTATGACCTTTTGTTTTATC
* **
11097134 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
11097198 TTTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAGATTCAAATAG
255 TTTGAAAATTAATA----AGAGA-TTT--AAAAATAAAT-TGTTTACCTAAACAG-TTCAAATAG
* * ** * * *
11097262 TCATGTCTATTTGAATTATTA-CTTATTTCAAATCATTATGACATTCT-TTTTGTCATAAAATGA
311 TTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** * * *
11097325 TTGTTTCTATTGATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTAAAAATT
375 TTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
11097390 AATAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTA-TCAAACCAGTTCAAATACTTATGACCATTTGATC
439 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * *
11097454 AATTAACTATCTCAAATCATTATGATCGT
503 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * * * * * ** *
11097483 TAT-TTTGTAATAAAATAATTGCTTT-TGTT--T------TT-TTAAAAAAGTAAAAT-ATTGTT
1 TTTGTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAAA-TAAAATAATACTA
* * * * *
11097536 ATATTAATAATATTCTAAAAAAATAATAAGAAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAAC
63 AT-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC
* * * * * *
11097600 CAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-T-ACGTTTTG-CT
125 AAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATT-TATGACCTTTTGTTT
* * * *
11097662 TAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATCAAATAATATTAATTTATT
187 TA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* *** * * *
11097726 AACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTGA
250 AATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTT--A-AAAATAAAT-TGTTTACCTAAAC-AGTTCA
* *
11097790 AATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
306 AATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
11097853 AAACAATCGTTTCATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT-TTTAC
369 AAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-C
* ** * * * *
11097917 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTTTAATTAGTTATG
432 AAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAG
* * * *
11097980 ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-T
492 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACAT
* * * * *
11098019 TCAT-TTTCTCATAAAACAACTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTAGATAA-AAAA-AATACTA
1 T-TTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-A-AATAAAATAATACTA
* * *
11098081 ATTTAATAATATTTTAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAAATAAA--TGTATT-CGTCGAAC
63 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTAC-T-GAAC
* * * *
11098139 CAGTTCAAATAGCTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATG---TTTTG-T
125 AAGTTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATT-T-ATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
11098200 TTAGTCCTATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
186 TTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * *
11098264 TAACA-TTCCAAAATTTAAAAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTA-TTGAACAAGTTC
249 TAATATTTTGAAAA-TT---AA-TAAGAGATTT-AAAA-ATAAA-TTGTTTACCTAAAC-AGTTC
* * *
11098327 AAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--TCA
305 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* ** * *
11098390 CAA-AA--G---CTTTTCCA-A-AAG---A---AAAT--AATGCTA-T--TTTATTATTATTTTG
369 AAATAATTGTTTCTTTT-CATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTC
** * * * *
11098436 AAAGTTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATG
432 AAA---AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAG
* * * * ** * *
11098499 GCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACTT
492 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
* * * * *
11098538 TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTCCA-ACATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTG-TTTATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * *
11098602 TTTACAAATATT-TGAAAAATTAAT--TTACA-A-A--TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCA
64 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CA
* * * * * *
11098660 A-TTTAAATAGTTATAAC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACATTTTGTTCTA
126 AGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
11098722 TAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAACAAAATAATACAAATTT-TGTAA
189 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT-TAA
* * * * *
11098786 TATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTATCGAACCAATTCAAACA
252 TATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAAT--TGTTTACCTAAACAGTTCAAATA
* * * * * * * *
11098850 GTCATAACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAA
310 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
** ** * * * *
11098915 TTACTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATTT
375 TTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* ** * * * ** * *
11098979 TATAAGAGATTTGGAAAATAATTTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAAC
439 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTA-AGACTATTTGAAC
* *
11099043 AATTATCTATTGCAAATCATTATGACAT
503 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACAT
11099071 CGGAGTGTCA
Statistics
Matches: 15629, Mismatches: 3394, Indels: 2555
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
488 2 0.00
489 7 0.00
490 15 0.00
491 14 0.00
492 14 0.00
493 11 0.00
494 10 0.00
495 8 0.00
496 14 0.00
497 92 0.01
498 175 0.01
499 47 0.00
500 10 0.00
501 18 0.00
502 32 0.00
503 11 0.00
504 44 0.00
505 21 0.00
506 17 0.00
507 10 0.00
508 8 0.00
509 8 0.00
510 9 0.00
511 23 0.00
512 19 0.00
513 5 0.00
514 13 0.00
515 4 0.00
516 14 0.00
517 14 0.00
518 159 0.01
519 139 0.01
520 84 0.01
521 59 0.00
522 150 0.01
523 203 0.01
524 403 0.03
525 50 0.00
526 105 0.01
527 177 0.01
528 409 0.03
529 199 0.01
530 407 0.03
531 300 0.02
532 469 0.03
533 1149 0.07
534 943 0.06
535 659 0.04
536 724 0.05
537 1051 0.07
538 1179 0.08
539 1104 0.07
540 1171 0.07
541 884 0.06
542 920 0.06
543 733 0.05
544 426 0.03
545 124 0.01
546 220 0.01
547 34 0.00
548 15 0.00
549 77 0.00
550 196 0.01
551 13 0.00
552 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
TTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
AAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
AATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATAC
AAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
ATTATAACAT
Found at i:11083531 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 11079104--11099067 Score: 6058
Period size: 181 Copynumber: 112.1 Consensus size: 174
11079094 TAGTGAACAG
* * * * *
11079104 ATTATCTACTTCAAATCGTATATGA-CATTTTGTTTGGTCATAGGAACAATTGTTT-AAGTTCAT
1 ATTATCTA-TTTAAATCAT-TATGATC-TTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTA--TCAT
* * * *
11079167 ACAAGCTTCATTTGAAATAAAATAAAACTAGATTTATTAATATTTTTGAAAATTA-ATAAGTGAT
60 ACAAGCTT-ATTT-AAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATA--TTTAAAAATTAGATAAGAGAT
* * * * * ** * * * * * * *
11079231 GTGAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAATA
120 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** * * *
11079286 ATTATCTATTTCAATCATTATCACTCTTTTGCTTCATCATATAACAATTGTATT-TGAACATTCA
1 ATTATCTATTTAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATCATACA
* * * *
11079350 AGCTTATTTATAATAAAATAATACTAAGTTATTAATCTTTTAAAAATTA-ATAACAGA-TT--AA
63 AGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* *
11079411 AATAAATCTGTTTACC-GAACTAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * ** * *
11079459 ATTGTAAACTTGAATCGTTATAACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAG
1 ATTATCTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAAG
* * ** ** *
11079524 TTTATTTGGAATAAAATAACGCTAATTCTAATAATATTCCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAA
65 CTTATTT-AAATAAAATAATACTAATT-TAATAATATTTAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTT-AA
* * * ** * * ** * *
11079589 AAAATAAATTTCTTT-GCTGAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATAAACA
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * **
11079640 ATTATCTATTTCAAATAATTA-GACCCTTTGTTTTGTCATAAAAATAAGTTTTTTGAAATTCATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAA-TTGTTT-CTA-TCATA
* * * *
11079704 CTAGTTTATTTGGAAAAAAAATAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGTGAGAG
61 CAAGCTTATTT--AAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTT-AAAAATTAGAT-A---AGAG
* * *
11079766 ATTTAAAAAA-ATAA-----TT-CTAAAACACTTTCAAATAGTTATCGACTATTTGAAAA
118 ATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAAACA-ATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACA
* * * * * *
11079819 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATATAAGCAATTG-TCCTCATTCATAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCT-A-TCATAC
* ** * * * * *
11079883 AAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTATTTTATTAAAATTCCCAAAACTAATTAG-TAAAAGATT
62 AAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT---TAAA--AATTAGATAAGAGATT
* *** * * * *
11079947 TAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGAGAGTTC-AATAGTTATGACTATTTAAACA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11080000 ATTATTTATTTCAAACCATTATGATCTTTTGTTTTGTTA-AAAACAATTGTTTCTACTCATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
** * * * **
11080064 ATTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAACATTAATGAGTCGGAGATTTAA
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTAA
* * * * * * *
11080129 AAAATAATTATGTTTATCGAATAAC--TTCAAATACTCATGTCCATTTGAACTA
124 AAAATAAATCTGTTTA-CCAA-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A
* * *
11080181 TTATTATCTCTTTCAAATCATTATGA-CAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTACTCATA
1 --ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATA
* ** ** * * *
11080245 AAAAATTATGCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGACATTTAA
61 CAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAGAGATTTAA
* * ** * *
11080309 AAACTAAATCTATTTA-CTGAACTAATTTAAATAGTT-TGACTATTAGAACA
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11080359 ATTATCTATCTCAAA-CTATTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACA
1 ATTATCTAT-TTAAATC-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
** * * * ** *
11080422 AGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATCATATTCTAAAAATTA-ATAAGTAAGAAATTT
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG--AG--ATTT
* * * ** * ** * *
11080486 AAAAAATAAATGC-ATTTGCCAAATCCGTTCAAATA-CTAAAACTATTAGAATA
122 AAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * * * * * *
11080538 ATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAATATAATTGTTTCAATTTATACAT
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
** * * * * * * *
11080603 GCTTACTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAGAAAATTA-ATAAGCAAAAAATAAA
64 GCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAGATAAG---AGATTTAA
* * ** *
11080667 AAAATTAAGTCTTTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACA
124 AAAA-TAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** * * *
11080719 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAATTAATTATTT-TAGTTTATAAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * *
11080783 AGCTT-TTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA-AGTTGAAGATT
63 AGCTTATT--TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATT-AGATA--AG-AGATT
*** * * * *
11080846 TAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACA
121 TAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA
* * *
11080900 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTGTCATCATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
** * *
11080965 GCTTATGCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
64 GCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTAA
* *** * * *
11081030 AAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
11081081 ATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTATCT-TCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TCTATCATACA
** * * * *
11081145 AATTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATCTAATAATATTATGAAAATTA-ATAATTAAGATTTAA
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAA--GAGATTTAA
** * * * * * * * *
11081209 AAAATAAAT-TCGTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTAAGACAATGTGGATA
124 AAAATAAATCT-GTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
11081260 ATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTA-CATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTCTATCATACA
* * * * * *
11081324 AGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATTA-ATAAGAGATTTAATAA
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* *
11081388 ATAAATCTGTTTACC-AAACTAGTTC-AATAAGTTATAACTATTTGAACA
127 ATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * *
11081436 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTAATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * * * * *
11081501 TCTTATTCTAAATAGAGTAATGCTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTA-ATAAGTAACAGATTTA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG----AGATTTA
* * ** *** * * ** * * *
11081565 AAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAATGCAAATAGTTACAAATTTTTGCACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
11081617 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * ** * * * *
11081681 ACTTATTCAGAATAGTATAATTCTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
64 GCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTAA
* * * *** *
11081746 AAATTGAATCTATTTA-TTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *** * * * * * *
11081797 ATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTATTCTATTGATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTA-TCATACA
* * * * *
11081862 AGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATTA-ATAAGTAAAATATTT
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAA-AATTAGATAAG----AGA-TT
* * * *
11081926 TAAAAAATAACTCTATTTACCGAATA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACG
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
11081980 ATTATTTTTTTGAAATCATTATGA-CTTTATGTTTGGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCTTACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
* * * * ** * *
11082044 AGGTTACTCAAATTAAGATAATGTTAA-TGAATTAATATTTCAACAATTA-ATAAGTCAAAGATT
63 AGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTT-AAAAATTAGATAAG----AGATT
* * * * * *
11082107 TTAAAAATAAATATGTTTACC-GAACAAGTTTAAATAGTCAT-AGCTATTTGAATA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACA
** * ** * * *
11082161 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * * *
11082225 GGCTTA-TTAAAAAAAATAGTACTGATTTATTAATATTTTGAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAA
63 AGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTA--GA-TAAGAGATTTAA
* * * * * * * * *
11082289 AAGATGAAT-TAATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTACTGGAATA
124 AAAATAAATCT-GTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11082340 AGTT-TCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTCGT-TTATA
1 A-TTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC-TATCATA
* * * * *
11082402 CAAGTTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGCAAAAAT
61 CAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAG--AGATT
* * ** * * *
11082465 TAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACACATTTAAATAGTTATAACTATTTGAAAA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11082519 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTATCTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-ATCATACA
* * * * *
11082583 AGCATATTCGAAAT-AAATAAT-CTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTA-ATAAGTAAAAAATTT
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG----AGATTT
* * * ** * * *
11082645 TACAAATAAATTTGTTTA-CTGAGCAAACTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11082698 AATATTTATTTCAAAT-ATTTATGATCTTTTGTTTTGTCA-ACAAACAATTGTTTCTATTCATGC
1 ATTATCTATTT-AAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTA-TCATAC
** * *
11082761 AAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA-ATAAGAGATTT-AA
62 AAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAA
* * *
11082824 AACTAAATCTGTTTACCAAAACACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
125 AAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
11082874 ATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCGTAAAAAAATTGTTTCTTTTCCATACA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TAT-CATACA
* * * *
11082938 AGCTTATTCAAATTAAAAT-ATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-TATAAGAGATTTAAAA
63 AGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
11083001 AATAAATGTGTTTACCAAACCAATTTAAATAATGAAGAATATTAGAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11083050 ATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * * * * *
11083114 ATCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTT-
* * * *
11083179 AAAAAATTAATCTGTTTACTAAATA-AGTTCAAATAGATT-TGCCTATTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-ACAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA
* * *
11083232 ATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATA-AA
1 ATTATCTATTTAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACAA
* * *
11083296 ----ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTA-ATATGCTATAGATTTA
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATA----AGAGATTTA
* * * * * *
11083356 GAAACTAAAGT-TGTTTTCCTAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
123 AAAAATAAA-TCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11083408 AATATCAATCTTAAATCATTATGATC-TTGGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * **
11083472 GCTTATTTAAATAAAAATAATGCTAATTTAA-ATATATTGTGAAAATTAGCGAA-AGATTTAAAA
64 GCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTAATA-ATATT-TAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * * * ** * * * ** * *
11083535 AATAAGTGTATTTGCTTAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
11083584 ATTATCTATTTCAAATCATTCTGA-CATTTTACTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * * *
11083648 AGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAACACTTGAAAAATTA-ATAAGCAAGAGATTT
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGAT----AAGAGATTT
* * *** * *
11083712 GAAAAAATAAATTTGCTTA-TTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAA
122 -AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGAC---T-ATTTG--A-ACA
* * ** ** * * ***** * **
11083773 ATAAT-TGTTTTAGTTCA-TAAAAGC--TT-ATCCAAAATAAAATAATACTACTT-TATCATTAT
1 ATTATCT-ATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCTATCA-TA-
* * * * * *
11083832 TTCAAAAG-TTAGTAAGTTGGAGATTTAAA-AA-A-TAATTTAGT--TTTTTGAATCAATTCGAA
61 --C--AAGCTTA-T---TT--A-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AA-AAATTAG-A
* * * * * * * * * * * * * *
11083891 TAATTATGGCATTTGAATAAT-TATCTATTT--C-AATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCCA-TA
112 TAA-GA--G-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAAT-TCAA--ATAGTTATGACTATTT
*
11083951 AAACA
170 GAACA
* ** ** *** ** * *
11083956 ATTGT-T-TTTTCATCA-TACAAGTCTATTTG-GAAGAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC
1 ATTATCTATTTAAATCATTATGA-TCT-TTTGTTTTG-TCATAAAAC-AATTGT-TT-CTA--TC
* * * * *
11084016 A-A-AA-ATTAATAAGTAGGAGATTAAAA-AATAAATATACTTACTGAACCTAGTTT--AAA-TA
58 ATACAAGCTT-AT--TTA--A-A-TAAAATAAT-ACTA-ATTTAAT-AA--TA-TTTAAAAATTA
* * * * * * * * * * * * * *
11084074 GCTATGATTATTTGAAACATTAATATATTTCAATCTCTATAAC-CTT---TTGGTT-TTACCA-T
110 GATAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTT--A-C-C-AAAACAATTCAAATAGTTATGACTATT
**
11084133 AAAACA
169 TGAACA
* * ** * * * *
11084139 ATTATTTATCT---TCA-TACAAGC--TTG---T-TCA-AATAA-AA-T-ATACTAAT-ATAATA
1 ATTATCTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTCT-ATCAT-ACA
** * * * * ** ** * *
11084189 ATATTA-TGAAATATTAACTAAGA--GATTTAA-AATA--TAAATTTGTTTACTGAACCA-ATTC
63 AGCTTATTTAAATA--AAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAT-TAGA-T-AA-GAGATTT
** ** * * ** * * * *
11084247 AAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG----
122 AAA-AAATAAATCTGT-TTACCAA--AAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
11084301 -TT-T-TGTTGTAAACCA-AATG-T-TTTTG---T-TCAT---ATAA--GTTTGT-T--T----G
1 ATTATCTATT-TAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCATACAAG
* * * *
11084344 -------AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA-ATAAGAGATTTAATAAAT
65 CTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
11084401 AAATATGTTTACCAAACCAATTCAATTAATTATAACAATTTGAACA
129 AAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
11084447 ATTATTTATTTCAAGTCGTTATG--CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * * * * *
11084510 TCTT-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTAG
64 GCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAG--A-TAAGAGATTTA-
* ** ** * * * ** * * *
11084574 AAAAAT-AATTTGTTGGCCTGACCAGTACAAATAGTTACAATTGTTCGAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * **
11084625 ATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTGTCTATTTGTACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * * * * *
11084690 G-TTGGTTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-ATAAGAGATTTAAAA
64 GCTT-ATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
11084753 ACTGAATTTGTTTATCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
126 AATAAATCTGTTTA-CCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** * * * * * *
11084802 ACTACCTAGTTCAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAGAA
1 ATTATCTA-TTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * * * * * * * * * * *
11084867 GCTTATTTCAATTCAAACAATACAAATGTATTATTATTTAGACAACTAAAAAGTAAAAAATTTAA
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-A-AAAT-TAGA-TAAGAGATTTAA
* *
11084932 AAAATAAATCTATTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAA-ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
11084983 ATTATTTATTTCAAGTCGTAATGA-CTTTTTGTTTTGTCATACAATAATTATTTTTGTTCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
* ** * * * *
11085047 AACTTATTCGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAATTA-ATAAGTAAAAGATTT
63 AGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTT-AAAAATTAGATAAG----AGATTT
* * * * * * * * * *
11085111 TAAAAATAAATAC-ATTTA-TAGAACATGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATA
122 AAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * *
11085164 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT-TAGTTTATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * *
11085227 AGCTT-TTTGAAAATTAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-ATGAGTAAGATTTA
63 AGCTTATTT--AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG--AGATTTA
* * * *** * *
11085290 AAATATGAATTTGTTTA-TTGAACAAATTCAAATGGTTATGACTATTTGAATA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11085342 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * * * * * * *
11085407 ACTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAACATTCCAATAATTA-ATAAGAAAACTTTTA
64 GCTTA-TTTAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG-AGA-TTTAA
* **** * *
11085470 AAAATAAATCTATTT-TTTGAACGCATTCAAATAGTTATGACTTTTTG---A
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11085518 A-TATGTA---AAAT-AGATATGACCTTTTGTTTTATCATAAATA-AATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * * * * * * * *
11085577 AGCATATTCAAAACAAAATAATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAAGGAGAAAAAAATTTA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTA
* * * * * *
11085642 AAAAATAAATATGTTTA-CTAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTGTTTGAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11085694 ATTATTTATTTCAAAT-AGTAAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * *
11085757 AGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA-ATAGGTAGGAGATTT
63 AGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATA---A-GAGATTT
* ** *
11085821 AAAAAATAAATCTG-TT--CAATGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCCATTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAA--AACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11085874 ATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTGGT-TCATGC
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-CTATCATAC
** * * * * *
11085937 AAAATTATTTAGAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTA-ATAAGAGATCTAAA
62 AAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
11086001 AACTAAATATTTTTATCGAAACAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACA
125 AAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11086050 ATTA-CTATCTCT-AATCAATATGA--TTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTTTTCACACA
1 ATTATCTAT-T-TAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACA
* * * * * *
11086111 AGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAGATTTAG-TAAGAGCTTGAAAA
63 AGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * * *
11086175 AA-AATATATGTTTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
126 AATAA-ATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
11086224 ATTGTCTATTTCAAATC-TCTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCAT-TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
* * * * * *
11086288 AGTTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGAGATTTAATA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* **** * * *
11086352 AATAAATCTATTTACCAAATTGGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * *
11086401 ATTATTTATTTCAAGTCATTATGGCCATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTAATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * * * * * * * *
11086465 ATCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAACTAGTAAGTAACAAATTTA
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAG--A-TAAGAGATTTA
* * ** * * * *
11086530 AAAAA-AGAATCTTTTTGCC-TGACTAGTTCAAATGGTTAT-AGTTGTTTGAACA
123 AAAAATA-AATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACA
* ** *
11086582 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCCAAAACAATTGTTTCTAT-TTGCACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCAT--ACA
* * * * * * *
11086646 AGCTGATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTA
* * * * * * * * *
11086711 AAAACTGAATTTTTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATGTAAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11086763 ATTATCTATTTCAAGTCACTATAAT-TTCTTGTTTTGTCATAAAATATATT-TTTCTATTCATAC
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTT-TTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTA-TCATAC
* * * * * * * **
11086826 AAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGACAACTA-ATAAGTAAAAGATA
62 AAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAGATAAG--AGATTTA
* * *
11086890 TAAAA-AAATTTGTTT-CTCGAATA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTAC-C-AAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11086941 ATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
* * * * * * * *
11087005 AACTTATTCGAATTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAG-TAAAAGATTT
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTT-A-AA--AATTAGATAAGAGATTT
** * * * * *
11087069 TCAAAATAAATATGTTTACC-GAACAAATTCAAATAGTTATAACTATGTGAATA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
11087122 ATTATCTGTTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGT-TAGTTCATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * * * *
11087186 GGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCATAAATTAATGAGTAATAGATTTA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTA
* * * *
11087251 AAATATGAATC-ATTTATC-AAACAAGTTC--A-A---ATG-------GAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * * *
11087289 ATTATATGTTTCAAATCGTTACGACCATTTATTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * * *
11087354 GCTTATTTTAAATAAAATAATA-TACATTTATTAATATTGCAAAAATTA-ATAAGCAAAAATTTT
64 GCTTA-TTTAAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG---AGATTTA
* * * * * *
11087417 AAAAATAAATATGTTT-TCTAAACATGTTCAAATAGGTATGACTATTTAAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11087469 ATTACCCATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTCTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTA-TTTAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * * * * *
11087533 AGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTTAGATTCCAAAAATTA-ATAAGTTAAAATTTT
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG---AGA-TTT
* * ** * * * *
11087597 AAAAAATAAATTTATTTACC-AGGCAAGTTCATATCGTTATGATTGTTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * *
11087650 ATTAT-TGATTTCAAAT-AGTTAAGATCTTTCATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
1 ATTATCT-ATTT-AAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATAC
* * * * * * *
11087713 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTA-ATAGGTAGGCGATA
62 AAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATA---A-GAGATT
* ** * * *
11087777 TAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTT-TAATAGTTATGTCCATTTGAACA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** * *
11087830 ACTATCTATTTTAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTATTATAAAGTAATTGTTTCTGTTCATGCA
1 ATTATCTA-TTTAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
** * * * * *
11087894 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTA-ATAAGAGATTTAAAA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* *** * *
11087958 ATTAAATCTGTTTATTGAAACAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
11088007 ATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTCTATTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACAA
** * ** * * * *
11088071 GCTTATTCGGATTATGATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAG-TAAGAGACTAAAAAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * *
11088135 ATACATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATA
127 ATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * * * * *
11088183 ATTATCTATTTCAAATGGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCATTTCACACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACAA
* * * * * *
11088248 GTTTATTCAAAATTAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTT-A
*
11088313 AAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA
** * * *
11088365 ATTATCTATTTAAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAA
1 ATTATCTATTTAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * *
11088429 AACTTATTTGAAATAAAATAATACTACCTTT-TTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGCAAGATTTA
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAG--AGATTTA
** * * * *
11088492 AAAGCTAAAGCTATTTTCCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11088544 ATTAT-TAATCTCAAACCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATATA
1 ATTATCT-AT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
* * * * * * *
11088607 AGCTTATTCAGATAAAAATATTACTAATTTGATAATATTCCAAAACTTAG-TAAGCGA--T--AA
63 AGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
11088667 AATAAATGTGTTTATCAAATCGATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
11088716 ATTATCAATTTCAAATCACTCTGACCTTTTAATTTAGTCATACAATAATTGTTT-TAGTTTATAC
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATAC
** * *
11088780 AAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTA-ATAAGCACGAGTTTT
62 AAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAG-A-GA--TTT
*
11088844 GAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
122 -AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11088898 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * * *
11088962 ATCTTATTCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAGTTACTGAGTAAGGGATTTAA
63 AGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTA--GA-TAAGAGATTTAA
* * * *
11089027 AAAATAAAT-TAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATG-GTAATTTGAACA
124 AAAATAAATCT-GTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA
* * * * * * * *
11089078 ACTATCTGTTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTCAACATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * *
11089143 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTA-ATAAGAGAATTAAAAA
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
11089207 AGATATCTATTTATC-GAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
127 ATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
*** * * * *
11089255 ATTAT-TAATTTAAAATTGCTAT-AACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
1 ATTATCT-ATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATAC
* * *
11089318 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTA-ATAACCAAGAGATT
62 AAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGAT----AAGAGATT
* * ** * ** * * *
11089382 TAAAAAATAAAT-TCATTTGCTGAACCTGTTCAAACAGTTAAGACT-TTATGAGCA
121 TAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACA
* ** ** * * *
11089436 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTT-TAGCTCATCCA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * *
11089500 AGCTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATATTAAAAATTTATAAATAAGAGATTTA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT-TTAAAAA--T-TAGATAAGAGATTTA
* * * * * * *
11089564 GAAAATAATTCTATTTACC-AAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11089616 ATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCATACAACAATTGCTTT-TGTTAATAT
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATCATAC
* * * * * * * * *
11089679 AAGTTTGTGTAAAAGAAAATAACATTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATGT
62 AAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATT-A-GA-TAAGAGATTT
* ** * * * * *
11089744 AAAAAGTAAATCTACTTATCAAATC-ACTCAAATAGTT-TCAACTATTTGAATA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACA
* * * * * * * **
11089796 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTATTTTGTTATCAAATAATTGGTTCTGTTCATATT
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
** * * *
11089860 ATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAA-TAAACTAA-AAAAT
63 AGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTT-AAA---AATTAGA-TAAGAGATT
* ** * * * ** * * *
11089923 TAAAAAAAAAATCTAATTGCCTAACCAGCTCAAATAGTTAAGATTATATGAACA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11089977 ATTATCTATTTCAAA-CTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATC-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
** *
11090040 AGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-ATAAGAGATTTAAAA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * *
11090104 AATAAATTTGTTTATCAAATTAGTTCAAATGGTT-TAGACAATTAGAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACA
* * * * **
11090153 ATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTTGT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * * * * *
11090216 AGCATATTTAAAATAAATTAATATTAATTTATTAACATTCGAAAAAGTAATAACAAAAAGAGATA
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAA-T--T-A-GATAAGAGAT-
* ** * * * *
11090281 TAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAATTATTACTATTTTAATA
120 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11090336 ATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTAGTACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCA-TACA
*** * * * * *
11090400 AGCTTGGATAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTTATATTAATAAG-TAAGAAATTT
63 AGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA---TTTA-A-AAATTAGATAAGAGATTT
*** ** * * * * * **
11090464 AAAAAATAAATCTGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATG
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * *
11090517 GTTATCTATTTGAAATTGTTATGATCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCTATCATACA
* * * *
11090582 AGCTTATTCAAAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTA
* * * *
11090647 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
11090699 ATTTTCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTAATCATAGAA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* **** **
11090763 GTTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATACTAAAAAAATTA-ATAAGTAAGAAATTTA
64 GCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAG--AG--ATTTA
* * **** * ** * *
11090827 AAAAATAAATGTGCTTGTGGAACCAATTCAAATAGTTAAAACCATTAGAA-A
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
11090878 ATTTATCTATTTCAGATCGTTCTGATATTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTATTTCATATCTTACA
1 A-TTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACA
* * * **
11090943 AGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTGTTAATATTTAAAAAATTA-ATAAGCAAAAGATTT
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAG----AGATTT
* * * *
11091007 GAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
122 -AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
11091061 ATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGACATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* ** * * ** *
11091125 AGCATATCCAAAATAAAATAATTCTAGTTTCTTAATATTTTGAAAATTA-ATAAGCAAGAGTTTA
63 AGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAG--AGA-TTT-
* * *
11091189 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * *
11091242 ATTGTCTATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * * * *
11091306 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAG-CAAGTGATTCAAAA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * *** ** * * * * * *
11091370 AGTAAATTTGTTTATTGAATTAGTTTAAATAATTATTG-CCATTTTAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACA
** * * * * *
11091419 ATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTTGGTCATATAACAATTGTTTTATATCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTG-TTTCTATCATACA
* * *
11091484 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAA-T--TAGATAAGAGATTTA
** * * *
11091549 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
11091601 ATTGTATACTTCAAATCAATTATTTATAAAATAGCCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTAT
1 ATTATCTA-TTTAAATC----A-TTAT--GAT---CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
11091666 GTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTA
55 -ATCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT--AGA-TA
* * ** * * * * * *
11091731 AGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCTAACCAATTCAAATTGTTAAGACTGTATGAACA
114 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * **
11091792 ATTATCTATTTAAAACTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTTTTTCAATTCATACTT
1 ATTATCTATTTAAATC-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* ** * *
11091857 GCTTATTAGAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGAGACTTAAAAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
11091920 ATAATTCTATTTACCTAACCAATTCTAATA---AT---TA--TG-ACC
127 ATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
11091959 ATT-T-TA---AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTC-AGTACATAAAA
1 ATTATCTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T-CATACAA
* ** * * * **
11092018 TCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAA
64 GCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATT-AG-A-TAAGAGATTT-A
* * * * * * * * *
11092083 AAAAATAAAT-TAATTTATCAAATCAGTTCAAA-AATTATGGCCATCTGAATA
123 AAAAATAAATCT-GTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
*** * * *
11092134 ATTATCTATTTCAAATTGCTATGAAT-TTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTCATTATAT
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATG-ATCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATCATAC
* **
11092198 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTATGAAAATTAATTAG-TAAGAGATT
62 AAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-T--AAA--AATTAGATAAGAGATT
* * * * * * * * *
11092262 T-AAAAA-AAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAGTAGTAAAGGCTATATGAATA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
11092314 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT--ATCATACA
** * ** ** * * * *
11092378 AATTTGTCCAAAATAATGTAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA-TTAAGAGATTTAAAA
63 AGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
11092442 TATAAATATGTTTACC-AAACTAATTCAATTAGTTATAACAATTTGAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
11092491 ATTCTTTATTTCCAATCATTATGACCAATTT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTGATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * **
11092555 ATCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATATTCT-AAAATTA-ATAAGTAACGGATTT
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG--A--GATTT
* * * * * * * *
11092618 AACAAATGAATATG-TTAGCCTAACCAGTGCAAATAGTTATCACTATTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * **
11092671 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* *** * * *
11092735 GCTTATTTGGAATGGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTAA
*
11092800 AAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTT---C-
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACA
** * * *
11092847 A--A---A-TT-GCTC--TA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTA-TCATACA
* * * * * * *
11092901 AACTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAACAATGAATAAATAAAATATTT
63 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAA-AAT---TAGATAAGAGATTT
* * * * * **
11092966 AAAAAATAACTATGTTTACCGAATA-AATACAAATGGTTGCGA-TAATTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACC-AAAACAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA
* * * * *
11093019 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
* * * * * *
11093083 AGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAG-TAACATATTT
63 AGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTT-A-AA--AATTAGATAAGAGATTT
* * * ** * * * * * *
11093147 TAACAATAAATATGTTTATTGAATA-AGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATA
122 AAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * ** * * * * * *
11093200 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTATATCAATTCATATAG
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * *
11093265 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAA
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTTAA
* * * *
11093330 AAAATAAATTTATTTACC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATATAAACA
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11093381 ATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTATGT-TTATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TCTATCATACA
* * * *
11093445 AGCTTATGTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-ATAAGTAAAATTTT
63 AGCTTAT-TTAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG--AGA-TTT
* **** * * *
11093508 AAAAAATAAATATGTTT-TTTGAGCACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
11093561 ATTATCTATTTTTAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTA-TTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * ** * *
11093626 G-TGCATTCAAA-ATAAATAATACTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTA-ATAAGTAAAAGATTT
64 GCT-TATTTAAATA-AAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG----AGATTT
* *** * * * *
11093688 AAAAAATAAAATCTATTTA-TTGAGCAAGTTCAAATAGTTTTG-CTTGTTTGAATA
122 AAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACA
* * * * * *
11093742 ATTATTTATTTCAAAT-AGATATGATCTGTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCA
1 ATTATCTATTT-AAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * *
11093806 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTGAAAATTA-ATAGCTAGGAGATTT
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATA---A-GAGATTT
* * * * * * * *
11093870 AAAAAATAAAGCTATTTACC-GAACAAGTTCCAATAGTAATGTCCATATGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * **
11093923 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGTAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
** * * * *
11093988 AATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTAGAGAATTA-ATAAGAGATTTAAAAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
11094052 CTATATTTGTTTATCAAAACAATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACA
127 ATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11094100 ATTATCTATCTCAAATCATTATGAT-ATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACAA
* * * * *
11094164 GCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-ATAATAGCTTTGAAAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* * ** **
11094228 ATAAATGTGTTT-GCTGAACTAATTCAAATAGTTA-GACTATTAAAACA
127 ATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
11094275 ATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * * * * * *
11094339 GCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAACTTATTAACATTCAAAAACTTAATGAACAAGAGATTTAA
64 GCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAA-TT-A-G-ATAAGAGATTT-A
* * * *
11094404 AAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACT
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACA
* * * *
11094456 ATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCATTTCATAAAA
1 ATTATCTATTTAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACAA
* * * * * * *
11094521 ACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTA-ATAAG-CA---AGAGA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* * ** *
11094581 CT-AGT-T-TTT---TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
127 ATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11094624 AATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTG-TTCTTGATCATACA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-T-ATCATACA
* *
11094687 AGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAAAATTTAAAAAATTAG-T--GAGATTTAAA
63 AGCTTATTT--AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAGAGATTTAAA
* * * ** * * * * * *
11094748 AAATATATGTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATA
125 AAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
11094798 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATAT
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATAC
* * * * *
11094861 AAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTA-ATAAGCAAGAGATT
62 AAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGAT----AAGAGATT
* * ** * * *
11094925 TGAAAAGATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGCTCAAAAAGTTATGACTATTTGAATA
121 T-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11094980 ATTAT-TGATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAA
1 ATTATCT-ATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATAC
** * * * * *
11095043 AAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAAG-TAAGAGATT
62 AAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTT-AAA---AATTAGATAAGAGATT
* ** * * * * * *
11095107 TAAAAAAGAAATCAATTTACTGAATA-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * * *
11095161 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * *
11095226 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-AGAAGAGATTTAAAAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
** *
11095290 ATAAAT-TCGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
127 ATAAATCT-GTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * *
11095338 ATTATCTATTTCAAATTTTTAT-AACATTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATAC
* * * *
11095401 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGATTT
62 AAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATT--AGA-TAAGAGATTT
* * * * *
11095466 AAAAAATAAATCTGTTTGCCCAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACA
122 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * *
11095519 ATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTTATACA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACA
* * * * * * * ** *
11095583 AGCTTTTTCTGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGA-AGTTTAGAA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAGATAAGAGA-TTTAAAA
* * * * * * *
11095647 AATAATTTTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
11095696 ATAATCTATTTCAAAACATTATTA-CTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACA
* * * * * ** * **
11095760 AGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATCAAACCA-ATAA-A-A-AT-AGT
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAGATAAGAGATTTAAAA
* * * * ** * * *
11095820 TAT-GA-CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG----
126 AATAAATCTGTTT-ACCAA--A-ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * ** *
11095867 -TTCTCT-TATAAAGCAATA-G-T-TTTTG-TTTAT-AT-AAGCTTATTCATATTAAAATAATAC
1 ATTATCTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT-GT-TT-CTATCATAC
** ** * * * * * * * *
11095924 AAATTTA-TTAATATTTCAACAATTAATAA-GTAAAAATTTTTTGAAATAAATATGCTTACCAAA
62 AAGCTTATTTAA-A-TAAAATAA-TACTAATTTAATAA-TATTT-AAA-AATTA-G-ATA--AGA
* * * * * ** * *
11095987 CTATATCAAATAGTCATGAT-TGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTG-
117 -GAT-TTAAAAAAT-A-AATCTGTTT-ACCAA--AAC-AATTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGA
*
11096048 --T
172 ACA
* * *** * * ** * * ** *
11096049 TTTGTCATAAAAAAATTATT-TCCATTCATATGAGCTTAT-TCA-AAATA-AAATAATACTAAGT
1 ATTATC-TATTTAAATCATTAT-GA-TC-T-TTTG-TTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCT-A-T
* * ** * * ** * * *
11096110 TAT-TAATATT-TTGAAA-ATTAATAATTAAGAGATTTAA-AA-A-AT-AAATTTAGTCATAA-T
57 CATACAAGCTTATTTAAATA-AAATAA-TACTA-ATTTAATAATATTTAAAAATTAG--ATAAGA
* * * * * * * * * *
11096167 TATTT-GAAATTATGA-CTATTTGATCAATTATCTATTTGAAATTA-TTATAACCT-TTTG----
117 GATTTAAAAAATA-AATCTGTTT-ACCAA--AAC-AATTCAAA-TAGTTATGA-CTATTTGAACA
* * * * * *
11096224 TTTAGTC-A--TAAA--A--AAGAT-TTTT-TTCTAT-TCAT-AGA-AGTTATTTCGA--A-A-A
1 ATTA-TCTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATCATACA
* ** ** * * *** ** * *
11096273 AG-TAACATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATA-AG------T--A-AA-AGATCTAACAA
63 AGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAA
* * * ** *
11096326 ATAAATCTATTTACC-GAACAAGTTTAAATCTTTATGACAATTTGAACA
127 ATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * *
11096374 ATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATTCAA
1 ATTATCTA-TTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
** * * * * ** * *
11096439 GCTTATTCGGATTAAAA-AAAATTAATTTATTAATATTTCAACAAAAAACAAATAAAAGATTTAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT----AAAAATTAGATAAGAGATTTAA
*** * * * *
11096503 AAAATAAA-CATGTTTA-TTGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATA
124 AAAATAAATC-TGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11096554 ATTATTTATTTCAAA--ATGGTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTT-TAGTTGATA
1 ATTATCTATTT-AAATCAT--TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATA
* * * *
11096616 TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTACGAGAAT
61 CAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT-A-GA-TAAGAG-AT
* * * * * * * * *
11096681 TAAAAAAATTAATCTATTTATC-GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATA
120 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11096736 ATTATCTATTTTAAAACATTATGA-CATTTTGCTTTGTCATAAAACAGTTGGTTATGT-TCATA-
1 ATTATCTA-TTTAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TCTATCATAC
* * * * *
11096798 TAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-ATAAGTAAAAATT
62 AAGCTTATTT-AAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATT-TAAAAATTAGATAAG---AGATT
* * **** * ** *
11096861 AAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACCTGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * ** * * * *
11096915 ATTATCTATGTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* * * * * *
11096980 ACTTATTCAGAATAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAAATATTTA
64 GCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAGATAAG----AGATTTA
* * * * ** ** *
11097044 AAAAATAAATCTATTTATC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCCTTCAAATA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
11097096 ATTATTTATTTCAAATTATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
** * *
11097161 TTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA-ATAGGTTGGAGATTTT
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATA----AGAGA-TTT
** * * **
11097225 GAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAGATTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATT
122 -AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** *
11097279 ATTA-CTTATTTCAAATCATTATGA-CATTCT-TTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTGATAC
1 ATTATC-TATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATAC
** * * * *
11097341 AAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTAAAAATTA-ATAAGAGATTTAAG
62 AAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
11097405 AATTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATACTTATGACCATTTGATCA
125 AAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
11097455 ATTAACTATCTCAAATCATTATGATC-GTTATTTTGTAATAAAATAATTGCTTT-TGT--T---T
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATCATACAA
** ** ** * *
11097513 TTTTA-AAAAAGTAAAAT-ATTGTTATATTAATAATATTCTAAAAAAATAATAAGA-AATAGATT
64 GCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAAT-TTAATAATATT-T--AAAAAT--T-AGATAAGAGATT
* * * * * * * *
11097575 TAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACA
121 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
11097629 ATTATCTATTTCAAATCATTCTTA-CGTTTTGCTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAC
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATAC
* * * * *
11097692 AAGCTTATTTAGAATCAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA-ATAAGCAAGAGATT
62 AAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAGAT----AAGAGATT
* * *
11097756 TAAATAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACA
121 T-AA-AAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11097812 ATTATTTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCATTTCATAAAA
1 ATTATCTATTTAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACAA
* * *
11097877 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT-TTTACAAAAATTA-ATAAGCAAGAGATTT
64 GCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT--AAAAATTAGAT----AAGAGATTT
* **** * * *
11097940 -AAAACTAAAGT-TGTTT-TTTGAACTAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACA
122 AAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ** * *
11097992 AATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTCATTTTCTCATAAAACAACTGTTTCTAATCATACAA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAA
* *
11098056 GCTTATTTAGATAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAG-TGAA-AGATTTAAAA
64 GCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAGAT-AAGAGATTTAAAA
* * *** * * * * * *
11098119 AATAAATGTATTCGTCGAACCAGTTCAAATAGCTATGACTATTAGAATA
126 AATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
11098168 ATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAATTCATACAA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * * * * * * *
11098233 GCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAATTTAAAAAGCAAGAGATTTGA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATT--AGA-TAAGAGATTT-A
* * *** *
11098298 AAATATAAATTTGTTTA-TTGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
11098350 ATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTCACAAAAGC---T-TTTC---CA-A-A
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTG-TCATAAAA-CAATTGTTTCTATCATACA
** * * * *
11098406 AG---A---AAAT--AATGCTA-T-TTTATTATTAT-TTTGAAAGTTAATAAG-TAAGAGATTTA
63 AGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATT-TAATAATATTT-AAA---AATTAGATAAGAGATTTA
** * * * * * *
11098459 AAAAATAAATCAATTTACTGAATA-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACA
123 AAAAATAAATCTGTTTAC-CAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * *
11098511 ACTATCTATTTCATATTGTTATTA-CTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATATA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATCATACA
* * * *
11098575 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACA-AATATTTGAAAAATTA-ATTTACA-A-ATAA
63 AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTT-AAAAATTAGA-TAAGAGATTTAA
* * * * * *
11098636 AAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTTAAATAGTTATAAC-ATTTGAATA
124 AAAATAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * *
11098686 ATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * ** * *
11098750 AGCTTATTTCGAAACAAAATAATACAAATTTTGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTT
63 AGCTTATTT--AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATT-A-GA-TAAGAGATTT
* * * * * * * *
11098815 AAAAAATAAATCAT-TTTATCGAACCAATTCAAACAGTCATAACTATATGAATA
122 AAAAAATAAATC-TGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * ** *
11098868 ATTATTTATCTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTACTTCAATTCATACAA
1 ATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAA
* * * * * * ** **
11098933 GCTTATTCGAAATAGAGTAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGATTTGGAAAA
64 GCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
11098997 TAATTTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
128 TAAATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
*
11099044 ATTATCTATTGCAAATCATTATGA
1 ATTATCTATT-TAAATCATTATGA
11099068 CATCGGAGTG
Statistics
Matches: 14995, Mismatches: 3414, Indels: 2752
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
142 17 0.00
143 2 0.00
145 13 0.00
146 23 0.00
147 19 0.00
148 7 0.00
149 16 0.00
150 23 0.00
151 4 0.00
153 5 0.00
154 5 0.00
155 1 0.00
156 3 0.00
157 13 0.00
158 24 0.00
159 19 0.00
160 28 0.00
161 129 0.01
162 48 0.00
163 39 0.00
164 30 0.00
165 69 0.00
166 63 0.00
167 260 0.02
168 112 0.01
169 41 0.00
170 29 0.00
171 101 0.01
172 146 0.01
173 227 0.02
174 270 0.02
175 501 0.03
176 1234 0.08
177 1468 0.10
178 623 0.04
179 1289 0.09
180 2007 0.13
181 3466 0.23
182 1478 0.10
183 539 0.04
184 227 0.02
185 50 0.00
186 32 0.00
187 18 0.00
188 23 0.00
189 31 0.00
190 37 0.00
191 139 0.01
192 26 0.00
193 13 0.00
194 3 0.00
195 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
ATTATCTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCATACAAGC
TTATTTAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAGATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:11085749 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11083740--11095799 Score: 7972
Period size: 181 Copynumber: 67.5 Consensus size: 180
11083730 ATTGAACAAA
* * *
11083740 TTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * **
11083803 AAAATAAAATAATACTACTTTATCATTATTTCAAAAGTTAGTAAGTTGGAGATTTAAAAAAT-AA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * *
11083867 TTTAGTTTTTTGAATCAA-TTCGAATAATTATGGC-ATTTGAATAATTATCTAT
130 TCT-GTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
11083919 TTC-AATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCCATAAAACAATTGTTT-TTTCATCATACAAG-TCT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTAT--TCATACAAGCT-T
*** * *
11083980 ATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTAAAAAA
61 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * *
11084044 TAAATATACTTACTGAACCTAGTTTAAATAGCTATGATTATTTGAA-ACATTAATATAT
126 TAAATCTGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATT-ATCTAT
* * ** * * * *
11084102 TTC-AAT-CTCTATAACCTTTTGGTTTTACCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTGTT
1 TTCAAATAGT-TATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
11084165 C-AAATAAAAT-ATACTAATATAATAATA-TT-ATGAAA-TATTAACTAAGAGATTTAAAATATA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
11084225 AATTTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTAT
128 AATCTGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * * * * * **
11084279 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAACCAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* ** *
11084344 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
11084405 ATGTTTACCAAACCAA-TTCAATTAATTATAACAATTTGAACAATTATTTAT
131 CTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11084456 TTCAAGTCGTTATG--CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAGAATCTT-TTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
11084518 GAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTAGAAAAAT-A
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAA
* ** * * * ** * * *
11084581 ATTTGTTGGCCTGACCAGTACAAATAGTTACAATTGTTCGAACAATTATCTAT
129 ATCTGTT-TACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** *
11084634 TTCAAATCA-TTATAATCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTGTCTATTTGTACAAG-TTGGTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATT
* * * * * *
11084697 CAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTGA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
11084758 ATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTACCTAG
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11084811 TTCAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * * * * * * * *
11084876 -AATTCAAACAATACAAATGTATTATTATTT-AGACAACTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
11084939 ATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
11084992 TTCAAGTCGTAATGACTTTTTGTTTTGTCATACAATAATTATTTTTGTTCATACAAACTTATTC-
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
11085056 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
11085121 TACAT-TTATA-GAACATGTTCAAACAATCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
130 T-C-TGTT-TACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11085173 TTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT-TAGTTTATATAAGCTTTTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
11085236 AAAATTAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT-A-AGATTTAAAATATGAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
11085299 TTTGTTTATTGAACAAATTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
130 TCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11085351 TTCAAATCA-TTATAACCTTCTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
11085415 TAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAACATTCCAATAATTAATAAG-AA-A-ACTTTTAAAAATA
65 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
* ** * * *
11085476 AATCTATTTTTTGAACGCA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTG---AA-TATGTA-
128 AATCTGTTTACT-AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
11085525 ---AAATAGATATGACCTTTTGTTTTATCATAAATA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * ** * * *
11085586 AAAACAAAATAATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAAGGAGAAAAAAATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
11085651 TATGTTTACTAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTAT
130 TCTGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11085703 TTCAAATAGTAAT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
11085767 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** *
11085831 TCTGTTCAATGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCCATTTGAACAATTATCTAT
130 TCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * **
11085883 TTAAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTT-GGTTCATGCAAAATTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * *
11085946 TAGAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATCTAAAAACTAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
11086007 ATATTTTTATCGAA-ACAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTA-CTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
11086058 CTCTAATCA-ATATGA--TTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTTTTCACACAAGCTTATTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
11086120 AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAGATT--T-AGTAAGAGCTTGAAAAAA-AAT
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-
* * * * * *
11086180 ATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTCTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
11086233 TTCAAAT-CTCTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTCTTC
1 TTCAAATAGT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* *
11086297 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
11086358 TCTATTTACCAA-ATTGGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTAT
130 TCTGTTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11086410 TTCAAGTCA-TTATGGCCATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTAATACAATCTAATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
*** * * * * * * *
11086473 TGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATA-TTCTAAAAACTAGTAAGTAACAAATTTAAAAAA-A
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
11086536 GAATCTTTTTGCCTGACTAGTTCAAATGGTTAT-AGTTGTTTGAACAATTATCTAT
128 -AATCTGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *** * **
11086591 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCCAAAACAATTGTTTCTATTTGCACAAGCTGATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
11086656 GAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
11086721 TTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATGTAAACAATTATCTAT
131 CTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
11086772 TTCAAGTCA-CTAT-AATTTCTTGTTTTGTCATAAAATATATT-TTTCTATTCATACAAGCTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-
* * * * * *
11086834 TTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGACAACTAATAAGTAAAAGA--TATAAAA
62 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
11086895 -AAATTTGTTT-CTCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
126 TAAATCTGTTTACT--AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11086950 TTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAACTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * ** * * **
11087014 GAATTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
11087079 TATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATGTGAATAATTATCTGT
130 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11087131 TTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGT-TAGTTCATATAGGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
11087195 GAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCATAAATTAATGAGTAATAGATTTAAAATATGAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
11087260 TC-ATTTATCAAACAAGTTC--A-A---ATG-------GAACAATTATATGT
130 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * **
11087298 TTCAAATCGTTACGACCATTTATTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
11087363 AAATAAAATAATA-TACATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
11087426 TATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGGTATGACTATTTAAACAATTACCCAT
130 TCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
11087478 TTTAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTCTTTCTATTCATACAAGCGTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
11087543 AAATAAAATAATACTATTTTATTTAGATTCCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTTAAAAAATAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
11087606 ATTTATTTACCAGGCAAGTTCATATCGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TGAT
129 ATCTGTTTACTA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* * ** * * *
11087659 TTCAAATAGTTAAGATCTTTCATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* ** * * * *
11087724 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGCGATATAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
11087789 CTATTTACTGAACAAGTT-TAATAGTTATGTCCATTTGAACAACTATCTAT
131 CTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * * **
11087839 TTTAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAGTAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * ** *
11087903 AAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
11087964 TCTGTTTATTGAAACAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
130 TCTGTTTACT--AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11088016 CTCAAATCA-TTATGATC-TTTCTATTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** * ** * * * * * *
11088079 GGATTATGATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTAAGAGACTAAAAAAATACA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
11088140 TGTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
130 TCTGTTT-ACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11088192 TTCAAATGGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTC-ATTTCACACAAGTTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * *
11088256 AAAATTAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* *
11088320 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 AATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
11088374 TT-AAAGTTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATT
1 TTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
** * * **
11088437 TGAAATAAAATAATACTACCTTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CA-AGATTTAAAAGCTA
64 CAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
11088499 AAGCTATTTTCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAAT
128 AATCT-GTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* * * * * *
11088553 CTCAAACCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATATAAGCTTATTC
1 TTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
11088616 -AGATAAAAATATTACTAATTTGA-TAATA-TTCCAAAACT--T-AGTAAGCGA--T--AAAATA
65 AAAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
11088671 AATGTGTTTATCAAATCGA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAAT
128 AATCTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11088725 TTCAAATCA-CTCTGACCTTTTAATTTAGTCATACAATAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
** * * * * *
11088788 T-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCACGAGTTTTGAAAAAAT
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* *
11088852 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
127 AAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
11088907 TTAAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAATCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
11088970 C-AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAGTTACTGAGTAAGGGATTTAAAAAATAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
11089034 AT-TAGTTTACCAA-ATCAGTTCAAATAATTATG-GTAATTTGAACAACTATCTGT
129 ATCT-GTTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11089087 TTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
** * * * *
11089150 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAG--AGA-A-TTAAAAAAGAT
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
11089211 ATCTATTTATCGAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAAT
129 ATCTGTTTA-CTAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* * * * * * * *
11089264 TTAAAATTGCTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * **
11089329 AAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
11089393 T-TCATTTGCTGAACCTGTTCAAACAGTTAAGACT-TTATGAGCAATTATTTAT
130 TCT-GTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11089445 TTCAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTT-TAGCTCATCCAAGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
11089509 AAAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATATT-AAAAATTTATAAATAAGAGATTTAGAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
11089572 TTCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
11089625 TTCAAATCGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCATACAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGTTTGTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTAT-
* * * * * *
11089688 T-AAAAGAAAATAACATTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATGTAAAAAGT
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
11089751 AAATCTACTTATCAAATC-A-CTCAAATAGTT-TCAACTATTTGAATAATTATCTAT
127 AAATCTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * ** ** *
11089805 TTCAAATCA-TTATAACATTTTATTTTGTTATCAAATAATTGGTTCTGTTCATATTATTTTATTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * ** * * * * *
11089869 AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAACTAA-AAAATTAAAAAAAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
11089933 ATCTAATTGCCTAACCAGCTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTAT
129 ATCT-GTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
11089986 TTCAAACT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** * *
11090049 GGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * *
11090110 TTTGTTTATCAAATTAGTTCAAATGGTT-TAGACAATTAGAATAATTATATAT
130 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
11090162 TTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTAGTTGT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCATATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * ** *
11090224 TAAAATAAATTAATATTAATTTATTAACA-TTCGAAAAAGTAATAACAAAAAGAGATATAAAAAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A-AGTAAGAGAT-TTAAAAA
* * * *
11090288 ATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATTACTATTTTAATAATTATCTAT
125 ATAAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11090345 TTAAAATCA-TTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTT-AGTACAAGCTTGG
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TACAAGCTT--
* * *** * *
11090407 A-T-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTTATATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA
61 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * ***
11090470 TAAATCTGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGGTTATCTAT
126 TAAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11090526 TTGAAATTGTTATGATCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTC
*
11090591 AAAATCAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
11090656 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCAAT
130 TCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
11090708 CTCAAATCA-TTAAGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTAATCATAGAAGTTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
*** * * ** *
11090771 -GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATACTAAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
65 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** ** * *
11090835 ATGTGCTTGT-GGAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACCATTAGAA-AATTTATCTAT
129 ATCTG-TT-TACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTAT
* * * ** * * * * * * *
11090888 TTCAGATCGTTCTGATATTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTATTTC-ATATCTTACAAGCTTATTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTC
** * * * * * *
11090952 GGAATAAAATAATCCAAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * *
11091017 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
11091070 TTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGACATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCATATCC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * ** *
11091134 AAAATAAAATAATTCTAGTTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * *
11091198 ATTTGTTTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGTCTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11091251 TTAAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
11091316 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--T-AGCAAGTGATTCAAAAAGTAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * *
11091377 TTGTTTATTGAATTAGTTTAAATAATTATTG-CCATTTTAATAATTATCTAT
131 CTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
11091428 TTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TATATCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATT
** * *
11091492 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
11091557 ATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAA
129 ATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TAT-C-T-AT
* * * * * * * * * * * *
11091615 ATCAATTATTTATAAAATAGCCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGTTAATACAAGCTT
1 TTCAAATAGTTAT----GA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
11091680 ATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAT
61 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
11091745 TAAATTTGTTTGTCTAACCAA-TTCAAATTGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTAT
126 TAAATCTGTTT-ACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
11091801 TTAAAACT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTTTTTCAATTCATACTTGCTTATT-
1 TTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** *
11091864 AGAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGACTTAAAAAATAA
65 A-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
11091924 TTCTATTTACCTAACCAA-TTCTAATAATTATGACCATTT-TA-AA--ATC-A-
129 ATCTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11091971 -T----TA--TA--ACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTC-AGTACATAAAATCTTATCC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * **
11092026 AAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
11092091 AT-TAATTTATCAAATC-AGTTCAAA-AATTATGGCCATCTGAATAATTATCTAT
129 ATCT-GTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * *
11092143 TTCAAATTGCTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTCATT-ATATAAGCTTATT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
** * * *
11092207 CAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTAT-GAAAATTAATTAGTAAGAGATTT-AAAAA-A
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
11092269 AATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAGTAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTAT
128 AATCTGTTT-ACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
11092323 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAATTTGTCC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC
** * ** *
11092387 AAAATAATGTAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
11092448 TATGTTTACCAAACTAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTCTTTAT
130 TCTGTTTA-CTAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11092500 TTCCAATCA-TTATGACCAATTT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
*** * * * * *
11092563 TGGAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAACAAATG
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATA
* * * *
11092626 AATATG-TTAGCCTAACCAGTGCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTAT
128 AATCTGTTTA--CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** **
11092680 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *** *
11092744 GAATGGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
11092809 CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTT---C-A--A---AT
131 CTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11092851 TGC---T--CTA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * * * * * *
11092909 TC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAACAATGAATAAATAAAATATTTAAAAAAT
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * ** *
11092973 AACTATGTTTACCGAATAAATACAAATGGTTGCGA-TAATTTGAACAATTATTTAT
127 AAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11093028 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** * * * * *
11093093 AATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAACATATTTTAACAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
11093158 ATGTTTATTGAATAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
131 CTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * * * * **
11093209 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTATATCAATTCATATAGGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* ** *
11093274 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
11093339 TTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTTTCTAT
131 CTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * *
11093390 TTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTATGTTTATACAAGCTTATGT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-T
*
11093454 C-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAAT
64 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* ** * * *
11093515 AAATATGTTTTTTGAGCACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
127 AAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * *
11093570 TTTTAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TGCATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTC
** * *
11093634 AAAAT-AAATAATACTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* * * * * * *
11093698 ATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTTTG-CTTGTTTGAATAATTATTTAT
129 ATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11093751 TTCAAATAGATATGATCTGTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
11093816 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTCTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
11093879 AGCTATTTACCGAACAAGTTCCAATAGTAATGTCCATATGAACAATTATCTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** ** *
11093932 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGTAAAATTATTCG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
11093997 AAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTT-AGAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTATA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
11094057 TTTGTTTATCAAAACAA-TTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTAT
130 TCTGTTTA-C-TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11094109 CTCAAATCA-TTATGA--TATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
11094171 CGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGCTTTGAAAAATAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * **
11094232 ATGTGTTTGCTGAACTAA-TTCAAATAGTTA-GACTATTAAAACAATTATCTAT
129 ATCTGTTTACT-AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11094284 TTCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
11094347 AGAATAAAATAATAGTAACTTATTAACA-TTCAAAAACTTAATGAA-CAAGAGATTTAAAAAAAT
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * *
11094410 AAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACTATTATCTAT
127 AAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
11094465 TT-AAAGTCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTC-ATTTCATAAAAACTTAT
1 TTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * *
11094527 TCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGA-CT----AGT-
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
11094586 --T-T-TTT--GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT
128 AATCTGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
11094633 CTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTG-TTCT-TGATCATACAAGCTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT--TCATACAAGCTTA-
** * * * *
11094694 TTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAAAATTT--AAAA--AATTAGT--GAGATTTAAAAAAT
62 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
11094752 ATATGTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
127 AAATCTGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
11094807 TTCAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
11094870 CAAAATAAAATATTACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * *
11094935 AATTTGTTTACTGAACAAGCTCAAAAAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TGAT
128 AATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* * * *
11094989 TTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * *
11095053 AAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * *
11095118 TCAATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTAT
130 TCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
11095170 TTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC
11095234 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
11095295 T-TCGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
130 TCT-GTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
11095347 TTCAAATTTTTATAACATTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** * ** * *
11095411 GGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
11095476 TCTGTTTGCCCAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTAT
130 TCTGTTT-ACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
11095528 CTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTTTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATT
** * * * * * *
11095591 CTGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAG--A-AG-TTTAGAAAATAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
11095652 TTTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTAT
129 ATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * * *
11095705 TTCAAA-ACATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTC
1 TTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
11095769 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
11095800 ATCAAACCAA
Statistics
Matches: 9318, Mismatches: 2029, Indels: 1070
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 52 0.01
162 22 0.00
163 8 0.00
164 2 0.00
165 26 0.00
166 44 0.00
167 238 0.03
168 105 0.01
169 8 0.00
170 6 0.00
171 99 0.01
172 78 0.01
173 163 0.02
174 157 0.02
175 225 0.02
176 512 0.05
177 1235 0.13
178 504 0.05
179 480 0.05
180 1428 0.15
181 2614 0.28
182 917 0.10
183 142 0.02
184 88 0.01
185 4 0.00
186 11 0.00
187 11 0.00
188 1 0.00
189 3 0.00
190 1 0.00
191 117 0.01
192 16 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:11085781 original size:711 final size:696
Alignment explanation
Indices: 11083740--11098939 Score: 4501
Period size: 714 Copynumber: 21.3 Consensus size: 696
11083730 ATTGAACAAA
* * * * * **
11083740 TTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
1 TTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTTATACAAGCTTTTTGAA
* * * * * * * *
11083805 AATAAAATAATACTACTTTATCATTATTTCAAAAGTTAGTAAGTTGGAGATTTAAAAAAT-AATT
65 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T-AAGATTTAAAAACTGAATT
* * * * * * *
11083869 TAGTTTTTTGAATCAA-TTCGAATAATTATGGC-ATTTGAATAATTATCTATTTC-AATCATTAT
127 T--TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATAT
* * * *
11083931 GAACTTTTGTTTTGTCCATAAAACAATTGTTTTT-TCATCATACAAG-TCTATTTGGAA-GAAAA
188 -AA-TTCTGTTTTGT-CATAAAATAATT-TTTTTAT--TCATACAAGCT-TATTT-TAATTAAAA
* * * * *
11083993 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTAAAAAATAAATATA-CTT
245 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAG-A--AAACTTTAAAAA-AAATATATTTT
* * * * * * * ** *
11084055 ACTGAACCTAGTTTAAATAGCTATGATTATTTGAAACATTAATATATTTCAATCTCTATAACCTT
305 TC-GAA-C-AATTCAAATAGTTATGACTATTTG-AAC--T-ATGTA--TAAAT-AATATGACCTT
** * * * * *
11084120 TTGGTTTTACCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTGTTC-AAATAAAAT-ATACTAAT
360 TT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAT
* * * * * * * * * * * *
11084183 ATAATAATATTATGAAATATT-AACTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTGAACCAA-TT
424 TTATTAATATT-TCAAAAATTAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAAACAAGTT
* * * * * * * **
11084246 CAAATAGTTA-AGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTGT
487 CAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * * *
11084310 AAACCAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
551 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
* * * * * *
11084375 GAAAATTAATAAG----AGATTTAATAAATAAATATGTT-TACCAAACCAA-TTCAATTAATTAT
615 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCT-TTATA--GAA-CAAGTTCAAATAGTCAT
* *
11084434 AACAATTTGAACAATTATTTAT
675 AACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11084456 TTCAAGTCGTTATG-CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATAGAATC-TTTTCA
1 TTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTTATACAAGCTTTTTGA
* * * * *
11084518 GAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTAGAAAAAT-AA
64 AAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTA-AAAACTGAA
*** * * * *
11084582 TTTGTTGGCCTG-ACCAGTACAAATAG-TT-ACAATTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
125 TTT-TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTTGACTA-T-TT-GAACAATTATCTATTTCAAATCAA
* * * * * * ** ** * * *
11084644 TATAATCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTGTCTATTTGTACAAG-TTGGTTCAGAATAACAT
185 TATAA--TTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTA-ATTAAAAT
* * * * * * *
11084708 AAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAACTGAATTTGTTTATCG
246 AATAT-AAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGAAAACTTTAAAAA--AAATATATTTTTCG
* ** * *
11084770 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTACCTAGT-TCAAATCGCTATAACCTTTTGC
308 AACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG---AACTA--T-GTAT-AAAT-AATATGACCTTTTGT
* * * * * * ** *
11084834 TTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTC-AATTCAAACAATACAAATGTA
364 TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * *
11084897 TTATTATTT-AGACAACTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCA
427 TTAATATTTCA-A-AAAT-TAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCA
* * * * *
11084961 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTAATGACTTTTTGTTTTGTCATACA
489 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
11085026 ATAATTATTTTTGTTCATACAAACTTATTCGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATA
554 ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAA
* * *
11085091 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATACATTTATAGAACATGTTCAAACAATCATAACTA
618 AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAAT-C-TTTATAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTA
*
11085156 TTTGAATAATTATCTAT
680 TTTGAACAATTATCTAT
* * *
11085173 TTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATTAGTTTATATAAGCTTTTTGAA
1 TTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTAGTTTATACAAGCTTTTTGAA
* *
11085238 AATTAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGATTTAAAATA-TGAATTT
65 AA-TAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAA-ACTGAATTT
* * * * *
11085302 GTTTATTGAACAAATTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
128 -TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATAA-
* * *
11085367 CTTCTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTTAAATAAAATAATATAA
190 -TTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATATAA
* * * * * *
11085432 ACTTATTAACATTCCAATAATTAATAAGAAAACTTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAACGCATT
253 ATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGAAAAC-TTTAAAAA-AAATATATTTTTCGAAC-AATT
* *
11085497 CAAATAGTTATGACTTTTTGAA-TATGTA-AAATAGATATGACCTTTTGTTTTATCATAAATA-A
315 CAAATAGTTATGACTATTTGAACTATGTATAAATA-ATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACA
* * * * * *
11085559 ATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAACAAAATAATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAAT
378 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
11085624 TAAGGAGAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCAAGTTCATATTGTTATGACTGTTT
443 TAA--AGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
11085689 GAACAATTATTTATTTCAAATAGTAAT-ATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
506 GAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * **
11085752 ATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAG
570 ATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
** *
11085817 ATTTAAAAAATAAATCTGTTCA-ATGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCCATTTGAACAATTATCT
634 ATTT-AAAAATAAATCT-TT-ATA-GAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCT
11085881 AT
695 AT
* * * * * * **
11085883 TTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTGGTTCATGCAAAATTATTTA
1 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTTATACAAGCTT-TTT-
* * * ** * *
11085948 GAACA-AAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGATCTAAAAACTAAATA
62 GAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTGAAT-
* * * *
11086010 TTTTTATCGAA-ACAGTTTAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTA-CTATCTCTAATCAATATGA
126 TTTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATAA
* * * * * *
11086073 TTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTTTTCACACAAGCTTA-TTTAGATTAAAATAATACT-
190 TTCTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTA-ATTAAAATAATA-TA
* * * * * * * * *
11086136 AATTTAATAATATTCCAAGATTTAGTAAG--AGCTTGAAAAAAAATATATGTTTACCAAACTAGT
252 AATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGAAAACTTTAAAAAAAATATAT-TTT-TCGAAC-AAT
* * * ** *
11086199 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCTCTTTGACCTTTTGTTTTGTCAT
314 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACTA-TG--TA--T-AAAT-AATATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
11086264 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
372 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* * * * *** * *
11086329 AAAAATT-AA-TAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTACCAAATTGGTTCAATTAGTTATAACA
437 AAAAATTAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * *
11086392 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCA-TTATGGCCATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
502 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTAAT-GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * * ** * * *
11086455 TATTAATACAATCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAACTAGTAAGT
565 TATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * ** *
11086520 AACAA-ATTTAAAAAAAGAATCTTT-TTGCCTGACTAGTTCAAATGGTTATAGTTGTTTGAACAA
629 AA-AAGATTTAAAAATA-AATCTTTATAG---AACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAA
11086583 TTATCTAT
689 TTATCTAT
** ** *
11086591 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCCAAAACAATTGTTTCTA-TTTGCACAAGCTGATTT
1 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTTATACAAGCT-TTTT
* *
11086655 G-GAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGA
62 GAAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAACTGA
* * * *
11086719 ATTTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAGTCACTA
124 A-TTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATA
* *
11086784 TAATTTCTTGTTTTGTCATAAAATATATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAT
187 TAA-TTC-TGTTTTGTCATAAAATA-ATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAAT
* * ** * * *
11086849 ACAAATTTATTAATATT-CAGACAACTAATAAGTAAAA-GATATAAAAAAATTTGTTTCTCGAAT
249 ATAAATTTATTAATATTCCA-ACAATTAATAAG-AAAACTTTA-AAAAAAATATATTTTTCGAA-
* * * *
11086912 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
310 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TATGTA--T-AAAT-AATATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
11086977 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAACTTATTCGAATTAAAATAATATTGATTTATTAATA
368 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
** * * ** * * *
11087042 TTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTT
433 TTTCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
11087107 ATAACTATGTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTATAAGC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
496 ATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
11087171 GTGT-TAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCATAAATTA
560 ATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * *
11087235 ATGAGTAATAGATTTAAAATATGAATCATTTATCA-AACAAGTTCAAAT-G------------GA
623 ATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATC-TTTAT-AGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
11087286 ACAATTATATGT
685 ACAATTATCTAT
* * * * * *
11087298 TTCAAATCGTTACGACCATTTATTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTT-
1 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA-GTTTATACAAGCTT-TTTG
* * * * *
11087362 TAAATAAAATAATA-TACATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAA-TAA
63 AAAAT-AAATAATACTA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGA-TTTAAAAACTGA
* * * * * * * * *
11087425 ATATGTTT-TCTAAACATGTTCAAATAGGTATGACTATTTAAACAATTACCCATTTTAAAT-AGT
124 AT-TTTTTATC-GAACAAGTTCAAATA-GTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-A
* * * ** * * * *
11087488 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTCTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATA
185 TAT-A-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATA
* * * * *
11087553 ATACT-ATTTTATTTAGATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAATTTTAAAAAATAA-AT-TTATTTA
247 ATA-TAAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAG--AAAACTTTAAAAAA-AATATATT-TTT-
* * * * * * * * * * *
11087615 CCAGGCAAGTTCATATCGTTATGATTGTTTGAACAATTATTGATTTCAAATAGTTAAGATCTTTC
306 CGA-ACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TA-TG-TAT-AAATA-ATATGACCTTTT
* * * * * * * *
11087680 ATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTA
362 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
** **** * * ** *
11087745 TTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGCGATATAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT-TA
427 TTAATATTTCAAAAATTAA-A-GTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAA
** * * * * * * * *
11087809 ATAGTTATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTATTATAAA
490 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * ** * * * * * *
11087873 GTAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAA
554 ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
* *
11087938 AATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATTGAAACAA-TTCAAATAGTTATAACT
618 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATC--TTTATAG-AACAAGTTCAAATAGTCATAACT
*
11087998 ATTTGAATAATTATCTAT
679 ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** *
11088016 CTCAAATCATTATGA-TCTTTCTATTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTT-ATACAAGCTT-TTTG
* * * * * * * * *
11088080 -GATTATGATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAGTAAG--AGACTAAAAAAAT-ACAT
63 AAAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTGA-AT
* * * * * * *** *
11088141 GTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTTT
126 -TTTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATAT
* * * * * * * * * **
11088205 GACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCATTTCACACAAGTTTATTCAAAATT-AAATAAT
188 -A-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATT-TTAATTAAAATAAT
* * * * *
11088269 ACT-AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTT-AAAAAAATAAATCTATTTAC
249 A-TAAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAG-AA-A-ACTTTAAAAAAAATATAT-T-TTT--
* * **
11088331 CAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTCATGACCTTTT
306 CGAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC---TATGTA--TAAA-TAAT-ATGACCTTTT
* * * ** * *
11088395 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACCTTT
362 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA-ATTT
* ** ** *
11088460 -TTAATATTTCAAAAATT-AA-TAAGCAAGATTTAAAAGCTAAAGCTATTTTCCAAACCAA-TTC
426 ATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAA--AAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTC
* * * * * *
11088521 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTAATCTCAAACCA-TTATG--ATCTTTGTTTTCTCAT
488 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTAATGACAT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * *
11088583 AAAACAATTGTTTCTAATCATATAAGCTTATTC-AGATAAAAATATTACTAATTTGA-TAATATT
551 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AT-AAAATAATATTAATTT-ATTAATATT
* * ** * * *
11088646 C-CAAAACT--T-AGTAAGCGA--T-AAAATAAATGTGTTTATCA-AATCGA-TTCAAATAGTTA
613 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA--TCTTTAT-AGAA-CAAGTTCAAATAGTCA
* * *
11088702 -AGACTATTAGAATAATTATCAAT
674 TA-ACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * *
11088725 TTCAAATCACTCTGACCTTTTAATTTAGTCATACAATAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTG
1 TTCAAATCGTTATGA-CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTTATACAAGCTTTTTG
* * ** * * * *
11088790 -GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCACGAGTTTTGAAAAAATAA
63 AAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA--AGATTT-AAAAACTGA
* * * * *
11088854 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
124 AT-TTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATA
* * * * * *
11088919 TGACCATT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTA-TTCAAATAAAATAA
187 T-A--ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAA
* ** * * * *
11088982 TACT-ACTTTATTAATATTTTAA-AAGTTACTGAGTAAGGGA-TTTAAAAAATAA-ATTAGTTTA
248 TA-TAAATTTATTAATATTCCAACAA-TTAATAAG-AA--AACTTTAAAAAA-AATA-TA-TTTT
* * * * * * * *
11089043 CCAAATCAGTTCAAATAATTATG-GTAATTTGAACAACTATCTGTTTCAAATCATTATTACCTTT
305 TCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTG---AACTA--TGTAT-AAAT-AATATGACCTTT
* * *** ** *
11089107 TGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
361 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * * * *
11089172 ATTAATATTTTAAGAATT-AA-TAAGAGAA-TTAAAAAAGATATCTATTTATCGAACTAA-TTTA
426 ATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-AAGTTCA
* * * * * * *
11089233 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTAATTTAAAATTGCT-ATAACATTTTGTTCTATCATAA
489 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG-TAATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
11089297 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAA
553 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA
** * * ** * *
11089362 AAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCT-GAACCTGTTCAAACAGTTA-AGA
617 AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA-TC-TTT-ATAGAACAAGTTCAAATAGTCATA-A
* *
11089425 CT-TTATGAGCAATTATTTAT
677 CTATT-TGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
11089445 TTCAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTTTAGCTCATCCAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTAGTTTATACAAGCTTTTTGA
* * * *
11089510 AAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATAT-TAAAAATTTATAAATAAGAGATTTAGAAAA-T-A
64 AAATA-AATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTA-AAAACTGA
* * * * * * **
11089571 ATTCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
124 ATT-T-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAAT
* * * * * * * * * * * * **
11089636 ATTACTTTATGTTTTGTCATACAACAATTGCTTTTGTTAATATAAGTTTGTGTAAAAGAAAATAA
186 A-TA-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAA
* * * * * * * * *
11089701 CATTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATTAGTAAGAGA-TGTAAAAAGTAAATCTACTTATC
248 TATAAATTTATTAATATTCCA-ACAATTAATAAG-AA-A-ACTTTAAAAA--AAATATATTTTTC
* * * * * * * * *
11089764 AAATC-ACTCAAATAGTT-TCAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTA
307 GAA-CAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTG---AACTATGTA--T-AAAT-AATATGACCTTTTG
* * * * * ** ** * * * *
11089827 TTTTGTTATCAAATAATTGGTTCTGTTCATATTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAA
363 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * * * * * *
11089892 TAATATTTTGAAACTTAA-TAAACTAAAAAA-TTAAAAAAAAAATCTAATTGCCTAACCAGCTCA
428 TAATA-TTTCAAA---AATTAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCA
* * * * * *
11089955 AATAGTTA-AGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAACT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATA
489 AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
11090018 AAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TC
552 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-
* ** * *
11090081 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA-AATTAGTTCAAATGGT-TTA
615 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA--TCTTTAT-AGAACAAGTTCAAATAGTCATA
* * * *
11090140 GACAATTAGAATAATTATATAT
676 -ACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * *
11090162 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTTGT-AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATTT-
1 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTTATACAAGC-TTTTTG
* * * * ** * *
11090225 AAAATAAATTAATATTAATTTATTAACATTCGAAAAAGTAATAACAAAAAGAGATATAAAAAAAT
63 AAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAATAAGTA-AGAT-TTAAAAACT
* * * * * * *
11090290 AAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAATTATTACTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCA
122 GAAT-TTTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
11090354 TTATAACCATT-TGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT-AGTACAAGCTTGGA-TAGAA-TA
184 ATAT-A--ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCA-TACAAGCTT--ATTTTAATTA
* *** * * *
11090415 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTTTA-TATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA-ATCTG
242 AAATAATATAAATTTATTAATA-TTCCAACAATTAATAAG-AA-AACTTTAAAAAA-AATATAT-
* * * * * * * * * ** *
11090478 TTTATTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGGTTATCTATTTGAAATTGTTATGATC
302 TTT-TCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA---CTATGTA--T-AAA-TAATATGACC
* * * *
11090543 TTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATCAAATAATACTA
358 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
* * * * *
11090608 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG
422 ATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAG
* * * * * *
11090673 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TTCAATCTCAAATCATTAA-G--ATCTTTGTTTTA
485 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAAT-AGTAATGACAT-TTTGTTTTG
* * * * ** * *
11090734 TCATAAAACAATTATTTTTAATCATAGAAGTTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA
547 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATA
* ** * * *
11090799 CTAAAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTGGAACCAA-TTCAAATAG
611 TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAATAAATCT--TTATAGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * *
11090862 TTAAAACCATTAGAA-AATTTATCTAT
671 TCATAACTATTTGAACAA-TTATCTAT
* * * * * * * *
11090888 TTCAGATCGTTCTGATATTTTGTTTAGTCAAAAAATATTTATTTCA-TATCT-TACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGT-T-TATACAAGCTT-TT
* * * * ** * *
11090951 TG-GAATAAAATAATCCAAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAT
61 TGAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--TAAGATTT-AAAAACT
* * * * * * **
11091015 AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGT
122 GAAT-TTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAA
* * * * * * *** *
11091080 TATGACCATT-TATTTTGACATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAAT
185 TAT-A--ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAAT
* * * ** * * *
11091144 AAT-TCTAGTTTCTTAATATTTTGAA-AATTAATAAGCAAGAGTTT-AAAAAAATAAATTTGTTT
246 AATAT-AAATTTATTAATA-TTCCAACAATTAATAAG-AAAACTTTAAAAAAAATATA-TT-TTT
* * * * ** *
11091206 ACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTT
306 --C-GAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTA-TG--TA--T-AAA-TAATATGACCTTT
* *** * *
11091271 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
361 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
* * *** * * * * *** ** *
11091336 ATTAATATTCCAAAAATT--AGCAAGTGATTCAAAAAGTAAATTTGTTTATTGAATTAGTTTAAA
426 ATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAA
* ** * * * * * ** * * *
11091399 TAATTATTGCCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTTGGTCATATAA
491 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTT-GTCATAAAA
* * * *
11091464 CAATTGTTT-TATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAA
555 CAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AA
* * * * *
11091527 AAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
617 AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCT-TTATA--GAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
11091591 TATTTGAAGAATTGTATAC
678 TATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
11091610 TTCAAATCAATTATTTATAAAATAGCCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGTTAATACA
1 TTCAAATC------GT-T---AT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA-GTTTATACA
* * * * *
11091675 AGCTTATTCG-AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTT
54 AGCTT-TTTGAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTT
* * * * * * * *
11091739 AAAAATTAAATTTGTTTGTCTAACCAA-TTCAAATTGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTT
115 AAAAACTGAATTT-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * ** **
11091803 -AAAACTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTTTTTCAATTCATACTTGCTTATTAG
177 CAAATC-AATAT-A-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTT--ATTCATACAAGCTTATTTT
* * * * * *
11091866 AAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGAC-TTAAAAAATAATTCT
237 AATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGAAAACTTTAAAAAA-AA-TAT
** * * * * * * *
11091928 ATTTACCTAACCAATTCTAATAATTATGACCATTTTAA--A---AT-CAT--TATAACCTTTTGT
300 ATTTTTCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATGTATAAATAATATGACCTTTTGT
* * ** * * * * *
11091985 TTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATT
364 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATT
* *** * *
11092050 AATATTTAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAAT-TAATTTATCAAATC-AGTTCA
429 AATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATAT-ATTTACCAAA-CAAGTTCA
* ** * * * * *
11092113 AA-AATTATGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCT-ATGA-ATTTTTGTTTTGTCATA
489 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG-TAATGACA-TTTTGTTTTGTCAT-
* * * * * ** * *
11092175 AAAACAATTGTTTTTCATT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTA
551 AAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
* * * * *
11092239 TGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAT-TTGT-TTGCCAAACCAA-TTCAAGTAGT-A
614 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTT-TATAG---AA-CAAGTTCAAATAGTCA
* *
11092299 -AAGGCTATATGAATAATTATCTAT
674 TAA--CTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
11092323 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAA-ATTTGTCC
1 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTTATACAAGCTTT-TTG
* * *** * *
11092387 AAAATAATGTAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTATTAAG--AGATTTAAAATA-TAAAT
63 AAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAA-ACTGAAT
* * * * * * * * * *
11092449 ATGTTTACCAAACTAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTCTTTATTTCCAATCATTAT
126 -TTTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA--AT
* * * * * *
11092513 GACCAATT-T-TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTTGGAA-TAAAATA
186 -A-TAATTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTT-TAATTAAAATA
* * * * * * ***
11092575 ATGCT-AATTTGTTAATATTCTAA-AATTAATAAG-TAACGGATTTAACAAATGAATATGTTAGC
247 AT-ATAAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGAAAAC---TTTAA-AAA-AAATATATTTTT
* * * * * ** *
11092637 CTAACCAGTGCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTA
306 CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TATGTA--T-AAAT-AATATGACCTTTTG
* * * ** *** ***
11092701 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTGGAATGGCATAAT-TCTAATTTA
363 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTA
* * * * *
11092765 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
427 TTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * *
11092830 ATAGTTATACCTATTT---C-A--A---ATTGC---T-CT-A--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
490 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * **
11092879 TAATTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TA
555 CAA--TTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-
* * * * ** * * * *
11092942 AAACAATGAATAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATACAAATGGTTGCG
615 AAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA--ATCTTTATAGAACAAGTTCAAATAG-T-C-
*
11093007 AT-A--ATTTGAACAATTATTTAT
673 ATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11093028 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTTATACAAGCTTTTTGA
* * *** * * * *
11093093 AATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAACATATTTTAACAA-TAAA
64 AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGA-TTTAAAAACTGAA
* * * * * * * ***
11093157 TATGTTTATTGAATAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
125 T-TTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATAT
* ** * * * ** * * * *
11093222 AACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTATATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATA
188 AA--TTCTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATA
* ** * * ** *
11093287 CT-AATTTATTAACATTTTGAA-AATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
250 -TAAATTTATTAATA-TTCCAACAATTAATAAG-AA-A-ACTTT-AAAAA-AAATATATTTTTCG
* * * * * **
11093349 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
308 AAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TATGTA--T-AAAT-AATATGACCTTTTGTT
* * * * * *
11093414 TTGTAATAAAATAATTGCTTATGTTTATACAAGCTTATGTC-AAATAAAATAATATAAATTTATT
365 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * **** * * *
11093478 AATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAGCACGTTTAAAT
429 AATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * ** * * * * *
11093542 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCA
492 AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * ** *
11093607 ATTGTTTTTGTTCATACAAG-TGCATTC-AAAATAAATAATACTAGCTTATTAATATTCCAAAAA
557 ATTATTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * ** *
11093670 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGT-TTTGCTTG
620 TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT-AAATC--TTTATAGAACAAGTTCAAATAGTCATAAC-TA
* *
11093734 TTTGAATAATTATTTAT
680 TTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11093751 TTCAAATAGATATGATCTGTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAG-TTTATT
1 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTTATACAAGCTTT-TT
* * ** * *
11093814 CAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATA
62 GAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TA--AGATTTAAAAACTG
* * * * * * * * **
11093878 AAGCTATTTACCGAACAAGTTCCAATAGTAATGTCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
123 AA-TTTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAAT
* * * * * ** ** ** *
11093943 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGTAAAATTATTCGAAATAAAATAA
186 AT-A-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAA
* * * * ** * *
11094008 TACT-AATTTATTTATATT-TAGAGAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAACTATATTTGTTTATCAA
248 TA-TAAATTTATTAATATTCCA-ACAATTAATAAGAAAACTTTAAAAAAAATATAT-TTT-TC-G
* * * * *
11094069 AACAATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTATT
308 AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TATGTA--T-AAAT-AATATGACCT-TTTGTT
* * * * * *
11094132 TTATCATAAAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAAT
365 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATT
* ** * * * * **
11094196 AATATTTCAAAAATT-AA-TAATAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAA-TTCAAATA
429 AATATTTCAAAAATTAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-AAGTTCAAATA
* ** * ** * * * *
11094258 GTTA-GACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAATA
493 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
11094321 ATTATTTCAATTCA-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAACTTATTAACATTC-AAAAAC
557 ATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAA-
* * *
11094384 TTAATGAA-CAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCA-AACAAGTTCAAATA-T-ATTTGA
620 TTAAT-AAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATC--TTTAT-AGAACAAGTTCAAATAGTCA--TAA
*
11094445 CTATTTGAACTATTATCTAT
677 CTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
11094465 TT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCA-TTTCATAAAAACTTATT
1 TTCAAA-TCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTTT-ATACAAGCTTTTT
* * ** * * *
11094528 CAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAG------AGACT--AG
62 GAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTGAAT
* * * * * *
11094585 TTTTT-T-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
126 TTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATAA
* * * * ** **
11094648 TCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTCTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGACAAAAATAATACT
190 T-TCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TT-TTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATA-T
* * ** * * * * * *
11094712 -AATTTAATAAAATTTAAAAAATTAGT--G-AGA-TTTAAAAAATATATGTATTTGTCGAACCAG
251 AAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGAAAACTTTAAAAAA-A-ATATATTTTTCGAA-CAA
* * * * ** * *
11094772 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTTAGTC
313 TTCAAATAGTTATGACTATTTG---AACTATGTA--T-AAAT-AATATGACCTTTTGTTTT-GTC
* * * ** * * * * *
11094836 CTATAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAACATT
370 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * * * ** * *
11094901 CCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGCTCAAAAAGTTA
435 TCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
11094966 TGACTATTTGAATAATTATTGATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
497 TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * * * * * * *
11095031 TT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAAT
562 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * ** *
11095095 AAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATCAATTTACT-GAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAA
625 AAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC--TTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
11095159 CAATTATCTAT
686 CAATTATCTAT
* * * * *
11095170 TTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT--TTCAACATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTA-TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTT---TATACAAGCTTTTT
* * * * *
11095233 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAG--AGATTTAAAAAATAAAT
62 GAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTGAAT
* ***
11095296 TCGTTTA-CTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTA
126 T-TTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATA
* * * * * *
11095359 TAACATTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATA
187 T-A-ATTCTGTTTTG-TCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTT-TAATTAAAATA
* ** * * *
11095422 ATACT-AATTTAGTAATATTTTGAA-AATTAAAAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAA-ATCTGTTT
247 ATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAACAATTAATAA-GAA-A-ACTTTAAAAAA-AATATAT-TTT
* * * * * **
11095483 GCCCAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTT
305 -TCGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TATGTA--T-AAA-TAATATGACCTTT
* ** * ** * * * *
11095548 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCTTTTTCTGAATAGAGTAAAACTAATT
361 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
** * * * * * * *
11095612 TATTAATATTTC-AAAATTTTA-TAAGAAGTTTAGAAAATAATTTTATTTATCAAACTAGTTCAA
425 TATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
11095675 ATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAA-ACATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAA
490 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATA-GTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
11095739 AAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T---
554 ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
* **
11095800 -A-T--CAA--ACCA-A--T----A-AAA-----AT------AGTT---AT-G-----ACTATTT
618 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTTTATAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
11095831 GAGCAATTATTTAT
683 GAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
11095845 TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTCTTATAAAGCAATAGTTTTTGTTTATATAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAGTTTATACAAGCTTTTTGA
* * * * * * ** *
11095910 TATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTTTGAAA-TAAA
64 AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGA--TTTAAAAACTGAA
** * * * * * * * *
11095974 TATGCTTACCAAACTA-TATCAAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
125 T-TTTTTATCGAACAAGT-TCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATA
* * * ** ** ** *
11096038 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCCATTCATATGAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
187 T-A-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAAT
* ** * **
11096103 ACT-AAGTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAAATAA-AT-TTAGTCA
249 A-TAAATTTATTAATA-TTCCAACAATTAATAA-GAA-A-ACTTTAAAAAA-AATATATTTTTC-
* ** ** * * * *
11096163 TAATTATTTGAA-A-TTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTGAAATTATTATAACCTTTTGTT
307 GAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG---AACTATGTA--T-AAA-TAATATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
11096226 TAGTCATAAAAAAGATTTTTTTCTATTCATAGAAG-TTATTTC-GAA-AAAGTAACATAAATTTA
365 TTGTCATAAAACA-ATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * *
11096288 TTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTT
427 TTAATATTTCAA-A-AATT-A-AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTC
** * * * * * * *
11096351 AAATCTTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
488 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
11096416 AATAATTGTTTATGTTCATTCAAGCTTATTCGGATTAAAA-AAAATTAATTTATTAATATT-TCA
553 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-A
* * * * * * *
11096479 ACAAA-AAACAAATAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATTGAACAAGTTCAAATGGTCATGA
616 A-AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT-AA-ATCTTTATAGAACAAGTTCAAATAGTCATAA
* * *
11096543 GTATTTGAATAATTATTTAT
677 CTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
11096563 TTCAAAAT-GGTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTGATATAAGTTTATTT
1 TTC-AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTAGTTTATACAAGCTT-TTT
* * * * *
11096627 G-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTACGAGAATTAAAAAAATT
62 GAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA--AG-ATTTAAAAACTG
* * * * * * * *
11096691 AATCTATTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATT
123 AAT-TTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAAT
* * * * * * * * *
11096756 ATGACATTTTGCTTTGTCATAAAACAGTTGGTTATGTTCATA-TAGCTTATTTCGAA-TAAAATA
186 AT-A-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTT-TAATTAAAATA
* * * * *
11096819 ATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGA
247 ATATAAATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAG-AAAACTT-TAAAAA-AAATATATTTTTCGA
** * * ** *
11096884 ACCTGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTT
309 A-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TATGTA--T-AAA-TAATATGACCTTTTGTTT
** * * * * * *
11096949 CATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAATATTACTAATTTATTAA
366 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * * *
11097014 AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCGAGTTCAAATAG
431 TATTTCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* ** ** * ** *
11097079 TTATGACCCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATTA-TTTTGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATA
494 TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTAATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * *
11097142 ATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
557 ATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* *** **
11097207 TAATAGGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAAC-AGATTCAAATAGTCATGTCT
621 TAATAAGTAAAAGA-TTT--AAAAATAAATCT-TTATA--GAACAAG-TTCAAATAGTCATAACT
**
11097270 ATTTGAATTATTA-CTTAT
679 ATTTGAACAATTATC-TAT
* * ** * **
11097288 TTCAAATCATTATGACATTCT-TTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTA-TTGATACAAAATTATTT
1 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTTATACAAGCTT-TTT
* * * ** * * *
11097351 -AGAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGATTTAAGAATTAAAT
62 GAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTGAAT
* * * * * * * * * *
11097413 CTGTTTATCAAACCAGTTCAAATACTTATGACCATTTGATCAATTAACTATCTCAAATCATTATG
126 -TTTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATA
* * * ** * *
11097478 A-TCGTTATTTTGTAATAAAATAATTGCTTTTGTTTTTTTA-AA----A----AAGTAAAATATT
189 ATTC--TGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAAT
* * * * * * * *
11097533 GT-TATATTAATAATATTCTAAAAAAATAATAAGAAATAGATTTAAAAAATAA-ATGTGTTTATC
249 ATAAAT-TTATTAATATTC-CAACAATTAATAAGAAA-A-CTTTAAAAAA-AATATAT-TTT-TC
* * * * * * * * * *
11097596 GAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACGTTTTGC
307 GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC---TATGTA--T-AAAT-AATATGACCTTTTGT
* * ** * * *
11097661 TTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATCAAATAATATTAATTTATT
364 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * * * * *
11097726 AACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTGA
429 AATATTTC-AAAAATT-A-AAGTAAAAAATTT-AA-AAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCA
* * * *
11097790 AATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
489 AATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATA
** * * * * * *
11097853 AAACAATCGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTAC
552 AAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-C
* * * * * * * * * * *
11097917 -AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAGTTGTTTTTTGAACTAGTTTAATTAGTTATGA
614 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA--TCTTTATAGAACAAGTTCAAATAGTCATAA
* *
11097981 CTATTTGAACAAATATCAAT
677 CTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * *
11098001 CTCAAATCATTATGA-TCTTCATTTTCTCATAAAACAACTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTTATACAAGCTT-TTT
* ** * * * *
11098064 AGATAAA-AAA-AATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAGT--GAAAGATTTAAAAAATAAA
62 -GA-AAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTGAA
* ** * * * * * *
11098125 TGTATTCGTCGAACCAGTTCAAATAGCTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT
125 T-TTTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATAT
* * * * ** ** *
11098190 AATGTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
188 AA--TTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATA
* * * * *
11098255 TTAATTTATTAACATTCCAA-AATTTAAAAAGCAAGAGA-TTTGAAAATATAAATTTGTTTATT-
250 TAAATTTATTAATATTCCAACAA-TTAATAAG-AA-A-ACTTT-AAAA-A-AAATATATTT-TTC
* * * *** **
11098317 GAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCAAT--T-T-A----AAATCAT-T-A
307 GAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATGTATAAATAATATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * ** * *
11098371 T-GACCTTTTG-TTTTGTTCACAAAAGCTT-TTCCAAAAGAAAATAATGCTATTTTATTATTATT
371 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** * * * ** * *
11098433 TTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTA
435 TCAAAAATT-A-AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * * * * * *
11098497 TGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGT
497 TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-A
* * * * **
11098562 TTTCCA-ACATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATT-TGAAAAATTAA
561 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
* * * * * *
11098625 T--TTACAA-A-TAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAATCAA-TTTAAATAGTTATAAC-ATTTGA
624 TAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTT-TATA--GAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
11098683 ATAATTATCTAT
685 ACAATTATCTAT
* * * * * *
11098695 TTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAGTTTATACAAGCTT-TTT
* *** * *
11098759 CGAAACA-AAATAATACAAATTT-TGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
62 -GAAA-ATAAATAATACTAATTTAT-TAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAACT
* * * * * * * * * *
11098822 AAATCATTTTATCGAACCAA-TTCAAACAGTCATAACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTA
122 GAAT-TTTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
11098886 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTACTTCAATTCATACAAGCTTATT
184 ATAT-A-ATTCTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATT
11098940 CGAAATAGAG
Statistics
Matches: 11174, Mismatches: 2412, Indels: 1812
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
673 3 0.00
674 71 0.01
675 119 0.01
676 18 0.00
677 25 0.00
678 120 0.01
679 146 0.01
680 11 0.00
681 2 0.00
683 1 0.00
684 4 0.00
685 3 0.00
687 2 0.00
688 1 0.00
689 1 0.00
690 2 0.00
692 2 0.00
693 4 0.00
694 28 0.00
695 72 0.01
696 31 0.00
697 9 0.00
698 61 0.01
699 290 0.03
700 215 0.02
701 143 0.01
702 66 0.01
703 163 0.01
704 73 0.01
705 403 0.04
706 200 0.02
707 225 0.02
708 356 0.03
709 385 0.03
710 356 0.03
711 610 0.05
712 224 0.02
713 652 0.06
714 766 0.07
715 562 0.05
716 510 0.05
717 582 0.05
718 523 0.05
719 465 0.04
720 370 0.03
721 511 0.05
722 610 0.05
723 336 0.03
724 179 0.02
725 263 0.02
726 121 0.01
727 47 0.00
728 13 0.00
729 10 0.00
730 37 0.00
731 90 0.01
732 80 0.01
733 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (696 bp):
TTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTTATACAAGCTTTTTGAAA
ATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTGAATTTTTT
ATCGAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATAATTCTGT
TTTGTCATAAAATAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAAATAATATAAATTTATTA
ATATTCCAACAATTAATAAGAAAACTTTAAAAAAAATATATTTTTCGAACAATTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACTATGTATAAATAATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAAAAAT
TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATT
TCAAATAGTAATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTT
TATAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:11089626 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11089594--11089626 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11089584 AACTAGTTCA
11089594 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
11089612 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
11089627 CAAATCGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:11094037 original size:542 final size:539
Alignment explanation
Indices: 11091965--11095799 Score: 2971
Period size: 542 Copynumber: 7.2 Consensus size: 539
11091955 GACCATTTTA
* * * ** * * * *
11091965 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAATCTTATCCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * ***
11092030 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAAT-T
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * * * * *
11092094 AATTTA-TCAA-ATCAGTTCAAA-AATTATGGCCATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTAT
130 -ATTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
** * * *
11092156 GAATTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTCATT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
192 GACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** * * * * *
11092220 TACTAAACTAATAATATTATGAAAATTAATTAG-TAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTGCCA
255 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
11092282 AACCAA-TTCAAGTAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
320 AA-CAAGTTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * ** *
11092346 TTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGGTTCATATAAATTTGTCCAAAATAATGTAATATTAATTTAT
384 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * ** *
11092410 TAATATTTTGAAAATTATTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAATTAGT
448 TAATATTTAGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AATTCAAATAGT
* * * * *
11092475 TATAACAATTTGAATAATTCTTTATTTC
512 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * ***
11092503 CAATCATTATGACCAATTT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTTGGA
1 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * *
11092567 ATAAAATAATGCTAATTTGTTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAACGGATTTAACAAATGAA--T
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* * ** * *
11092629 ATGTTAGCCT-AACCAGTGCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
130 AT-TTA--CTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * ** *** *** *
11092693 GA-CTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTGGAATGGCATAATT
192 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* *
11092757 CTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
257 CTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * *
11092820 ACAAGTTC-AA-A-T-A-G--T-TAT--AC------CTATTTCAAATTGCTCTAACCTTTTGTTT
321 ACAAGTTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
11092869 TGTCATAAAATAATTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTAT
386 TGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATATAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
11092933 TAATATTTAAAACAATGAATAAATAA-AATATTTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATACA
448 TAATATTTAGAA-AAT---T-AATAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTCA
* ** *
11092997 AATGGTTGCGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTC
506 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
11093031 AAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* ** * * * * * *
11093096 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAACATATTTTAACAATAAATATG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
11093161 TTTATTGAATAAGTTTAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
131 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * **
11093225 CTTTTGTTTCATCATAAAACAACTATATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
195 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
11093290 ATTTATTAACATTTTGAAAATTAATGAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
260 ATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * ** *
11093354 ATTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTA
325 GTTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * **
11093419 ATAAAATAATTGCTTATGTTTATACAAGCTTATGTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
390 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTAT-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* ** * * *
11093482 TTCCA-AAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAGCACGTTTAAATAGTT
453 TT-TAGAAAATTAATAAG--AAA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-ATTCAAATAGTT
*
11093546 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTT
513 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
11093573 TAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TGCATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-TATTCAAA
** * *
11093637 AT-AAATAATACTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAAT-AAATC
* * ** * * * *
11093701 TATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTTTG-CTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGATATG
129 TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
11093765 ATCTGTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
193 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
11093830 TAATTTACTAATATTCTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAAC
258 TAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * *
11093894 AAGTTCCAATAGTAATGTCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
323 AAGTTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
11093959 TCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGTAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATA
388 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** * *
11094024 TTTAGAGAATTAATAAGAGATTTAAAAACTATATTTGTTTATCAAAACAATTTAAATAGTTATTA
453 TTTAGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAATTCAAATAGTTATGA
*
11094089 CTATTTGAACAATTATCTATCTC
517 CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
11094112 AAATCATTATGA--TATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCGA
1 AAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
11094174 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGCTTTGAAAAATAAATG
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * ** *
11094235 TGTTTGCTGAACTAA-TTCAAATAGTT-AGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTG
129 TATTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
11094298 ACCTTTTG-TTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
193 ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * *
11094361 GTAACTTATTAACATTC-AAAAACTTAATGAA-C-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC
257 CTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TTAAT-AAGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * *
11094423 AAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACTATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTT
319 AAACAAGTTCAAATAGTA-ATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTT
* *
11094486 GTTTTGTCATAAAACAATCGTTTC-ATTTCATA-AAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTT
382 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAAA-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
11094549 TATTAATATTTTA-AAAATTAATAAG-CA---AGAGACT-AGT-T-TTT--TGAACTAGTTCAAA
445 TATTAATA-TTTAGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AATTCAAA
* * *
11094604 TAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC
508 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** *
11094636 AAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTCTTGATCATACAAGCTTATTTGGAC
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAA
* * * * * *
11094700 A-AAAATAATACTAATTTAATAAAATTT--AAAA--AATTAGT--GAGATTTAAAAAATATATGT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
11094758 ATTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAA
130 ATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * *
11094822 CCTTTT-TTTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTA
194 CCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * * **
11094885 CTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGA
257 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
11094949 ACAAGCTCAAAAAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTT
321 ACAAGTTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
11095013 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTAT
385 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
11095076 TATTATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATCA-ATTTACTGAATAAGTTCAA
448 TAATATTTAGAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAACAA-TTCAA
* * *
11095140 ATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC
507 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * ***
11095173 AAATTGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
*
11095238 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TC
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCT-
* * * * *
11095298 GTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAA
130 ATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* ** * ***
11095362 CATTTTGTTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
194 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
11095427 AATTTAGTAATATTTTGAAAATTAA-AAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCCAACC
259 AATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAAC
* * *
11095491 AA-TTCAAATAGTTAA-GACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
323 AAGTTCAAATAG-TAATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * ** * * *
11095554 GTCATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTTTTCTGAATAGAGTAAAACTAATTTATTA
387 GTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * * *
11095617 ATATTTCA-AAATTTTATAAGAAGTTTAGAAAATAATTTTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAAT
450 ATATTT-AGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAAC-AATTCAAATAGT
* *
11095680 TATAACTATTTGAACAATAATCTATTTC
512 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
11095708 AAAACATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
11095773 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
11095800 ATCAAACCAA
Statistics
Matches: 2636, Mismatches: 520, Indels: 285
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
520 4 0.00
521 40 0.02
522 39 0.01
523 115 0.04
524 302 0.11
525 13 0.00
526 3 0.00
527 7 0.00
528 127 0.05
529 82 0.03
530 111 0.04
531 9 0.00
532 69 0.03
533 190 0.07
534 38 0.01
535 217 0.08
536 39 0.01
537 125 0.05
538 172 0.07
539 236 0.09
540 166 0.06
541 61 0.02
542 383 0.15
543 6 0.00
544 47 0.02
545 1 0.00
546 34 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTAATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:11094712 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11094428--11094735 Score: 376
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
11094418 TTATCAAACA
* * * * * *
11094428 AGTTCAAATATATTTGACTATTTGAACTATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATATATATGACTATTTGAACAAATATCAATTCAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTCT
* * *
11094493 CATAAAACAATCGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
66 CATAAAACAATCGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAAT
*
11094558 TTTAAAAATTAATAAGCAAGAGACTAGTTTTTTGAACT
131 TTAAAAAATTAATAAGCAAGAGACTAGTTTTTTGAACT
*
11094596 AGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAA-TCATTATGATC-TTTGTTTT
1 AGTTCAAATA-TATATGACTATTTGAACAAATATCAAT-TCAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** *
11094658 CTCATAAAACAATTG-TTC-TTGATCATACAAGCTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAAT
64 CTCATAAAACAATCGTTTCATT--TCATAAAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
11094720 AAAATTTAAAAAATTA
126 AAAATTTAAAAAATTA
11094736 GTGAGATTTA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 17, Indels: 11
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.02
166 3 0.03
167 63 0.53
168 45 0.38
169 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AGTTCAAATATATATGACTATTTGAACAAATATCAATTCAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTCT
CATAAAACAATCGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAAT
TTAAAAAATTAATAAGCAAGAGACTAGTTTTTTGAACT
Found at i:11094867 original size:524 final size:520
Alignment explanation
Indices: 11083869--11095573 Score: 2923
Period size: 540 Copynumber: 21.9 Consensus size: 520
11083859 AAAAATAATT
* * * * * *
11083869 TAGTTTTTTGAA-TCAATTCGAATAATTATGGC-ATTTGAATAATTATCTATTTC-AATCATTAT
1 TAGTTTTTTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
* * * * *
11083931 GAACTTTTGTTTTGTCCATAAAACAATTGTTTTTTCATCATACAAG-TCTATTTGGAAGAAAATA
65 GATC-TTTGTTTTAT-CATAAAACAATTG-TTCTT-ATCATACAAGCT-TATTTGAAAAAAAATA
* * ** *
11083995 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTAAAAAATAAATATACTTACTG
125 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTG
* * * * * * * *
11084059 AACCTAGTTTAAATAGCTATGATTATTTGAA-ACATTAATATATTTC-AATC-TCTATAACCTTT
184 AACC-AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA-ATT-ATCTATTTCAAATCAT-TCTAACCTTT
** * * *
11084121 TGGTTTTA-CCATAAAACAATTATTT-ATCTTCATACAAGCTTGTTC-AAATAAAAT-ATACTAA
245 T--TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * *
11084182 TATAATAATATT-ATGAAA-TATTAACTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTGAACCAA-
306 TTTATTAACATTCA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAG
* * * * *
11084244 TTCAAATAGT-TAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTT
369 TTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** * ** * *
11084308 GTAAACCAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
433 ATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
* * *
11084372 TTTGAAAATTAATAAG--AGATTTAA
497 TTTAAAAATTAATAAGCAAGA--GAC
* * * * * * * * * *
11084396 TAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAATTAATTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAA
1 T-AGT---T-T-TTT---GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
* * * * * *
11084461 GTCGTTATG--CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-TCTATTAATAGAATC-T-TTTCAGAA
57 ATCATTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCT-TA-TCATACAAGCTTATTTGA-AA
* * * * *
11084521 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGTAAGTAACAGATTTAGAAAAAT-AATT
118 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAGT--G----AGATTTA-AAAAATAAATG
* * * * * * *
11084584 TGTTGGCCTG-ACCAGTACAAATAGTTACA-ATTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
175 TGTTTG-CTGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT
* * * * * ** * * *
11084647 AATCTTTTATTTT-GTCACAAAACAATTGTGTCTATTTGTACAAG-TTGGTTCAGAATAACATAA
238 AACCTTTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
11084710 TTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTGAATTTGTTTATCGA
300 TACTAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * * * *
11084771 ATAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAACTACCTAGTTCAAATCGCTATAACCTTTTGCT
364 ACAAGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * * *
11084835 TTGTCATAAAATAATTTTTTC-TATTCATAGAAGCTTATTTC-AATTCAAACAATACAAATGTAT
428 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTACTTTAT
* * * ** * *
11084898 TATTATTTAGACAACTAAAAAGTAAAAAATTTAA-AAAA
491 TAATATTT-------TAAAAA-TTAATAA-GCAAGAGAC
* ** * * * * *
11084936 TAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCG
1 T-AGT-T-TTT-TGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
* * * * * * * * * * **
11085001 TAATGACTTTTTGTTTTGTCATACAATAATTATTTTTGTTCATACAAACTTATTCG-ATTAAAAT
61 TTATGA-TCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTT-ATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAT
* * * * * * *** *
11085065 AATATTAATTTATTAATATTTTGATAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATACATTT-A
124 AATACTAATTTAATAATA-TTT--CAAA--AATTAGT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
* * * * * * ** * *
11085129 TAGAA-CATGTTCAAACAATCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
182 T-GAACCA-ATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTT
* * * * * * * * *
11085192 TGTTTT-GTCATAAAACAATTGTATT-AGTTTATATAAGCTTTTTGAAAATTAAATAATGCTAAT
244 TTTTTTAGTAATAAAATAATTGT-TTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *** *
11085255 TTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT-A-AGATTTAAAATATGAATTTGTTTATTGAACAAATT
307 TTATTAACATT-CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * *
11085318 CAAATGGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCTGTTTTGTCAT
371 CAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
11085382 AAAATAATTGTTT-TTGTTCATACAAACTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAAC-TTATTAACAT
435 AAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT--ACTTTATTAATAT
** * * *
11085444 TCCAATAATTAATAAGAAAACTTTTAAAAATAAATC
497 TTTAAAAATTAATAAG----C-------AAGAGA-C
* * * *
11085480 TA-TTTTTTGAACGCA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTG---AA-TATGTA----AAAT-AGATA
1 TAGTTTTTTGAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTA
* * *
11085534 TGACCTTTTGTTTTATCATAAATA-AATTGTT-TCTATTCATACAAGCATA-TTCAAAACAAAAT
64 TGATC-TTTGTTTTATCATAAA-ACAATTGTTCT-TA-TCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAAT
* * * * * *
11085596 AATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAAG-GAGAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
124 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AGTGAG------ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
* * * * * * * * * *
11085660 T-AAGCAAGTTCATATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGT-AATATCTTT
182 TGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTA-ACCTTT
* * * * * * *
11085722 TGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATT
245 T-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * ***
11085786 TATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAATGAACAAGTTC
308 TATTAACATTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
11085851 AAATAGTCAT-T-TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTAT
372 AAATAGT-ATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * *
11085914 AAAACAATTGCTTT-GGTTCATGCAAAA-TTATTTAGAACAAAATAATACTGA-TCTATTAATAT
435 AAAACAATTG-TTTCATTTCAT-AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATAT
*
11085976 TTTAAAAATTAATAAGAGATCTAA-AAAC
497 TTTAAAAATTAAT-A-AG--C-AAGAGAC
* * *
11086004 TAAATATTTTTATCGAAAC-AGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTA-CTATCTCTAATC
1 T--A-GTTTTT-T-G-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC
* * * * * **
11086066 AATATGAT-TTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTTTTCACACAAGCTTATTT-AGATTAAAA
60 ATTATGATCTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTCTTATCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAA
* * * * * * * **
11086129 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAGATTTAGTAAGAGCTTGAAAAAA-AATATATGTTTACCAA
123 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT--GAGATTTAAAAAATAA-ATGTGTTTGCTGA
* * * * *
11086193 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATC-TCTTTGACCTTTTGTT
185 ACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TCTAACCTTTT-TT
* * * ** * * * *
11086257 TT-GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATT
248 TTAGTAATAAAATAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *** *
11086321 AATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTACCAAATTGGTTCAATT
312 AACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
11086382 AGT-TATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCATTATGGCCATTTT-TTTTGTCATAAAA
376 AGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *** * * * *
11086445 CAATTTTTTC-TATTAATACAATCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAA
439 CAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAA
* * *
11086509 AACTAGTAAGTAA-CAAATTTAAAAA
503 AA-T--TAA-TAAGC-AA---GAGAC
* * * * * *
11086534 AAGAATCTTTTTGCCTGACTAGTTCAAATGGTTAT-AGTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
1 TAG--T-TTTTTG---AACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT
* * ** * * * *
11086598 CGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCCAAAACAATTGTT-TCTAT-TTGCACAAGCTGATTTGGAATA
59 CATTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCT-TATCAT--ACAAGCTTATTTGAAAAA
* * * * * * *
11086661 ACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAAT-TTTT
120 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
** ** * * *
11086725 TTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTTTGACTATGTA-AACAATTATCTATTTCAAGTCACTATAA-
179 TGCT-GAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
* * *
11086787 -TTTCTTGTTTTGTCATAAAATATATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAAT
241 CTTT-TT-TTTAGTAATAAAATA-ATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * * * *
11086849 ACAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAGTAAAAGA--TATAAAA-AAATTTGTTT-CTCGA
301 ACTAATTTATTAACATTCA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA
* * * * * *
11086910 ATAAATTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
364 ACAAGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
11086974 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTTATACAAACTTATTCGAATTAAAATAATATTGA-TTTAT
428 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTTAT
* * * *
11087037 TAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTC
491 TAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGA----C
* * * * * * * * *
11087071 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATGTGAATAATTATCTGTTTCAA
1 ----T-AGT-T-TTT--TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
** * * * * * * * *
11087136 ATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TGTTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAAT
57 ATCATTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTTA--TCATACAAGCTTATTTGAAAA
* * * * * ** * *
11087200 AAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCATAAATTAATGAG---TAATAGATTTAAA-----AT-A
119 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTGAGATTTAA-A-AAATAAATGTGTTTGC
* * * * * * * * *
11087256 TGAATCATTTATCAAACAAGTTCA-A--A-TGGAACAATTATATGTTTCAAATCGTTAC-GACCA
182 TGAACCA-AT-TCAAA-TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-CTAACC-
* * * **
11087316 TTTATTGT-GTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TA
242 TTTTTTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
11087378 CATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGC-AA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACA
305 -ATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * * *
11087441 TGTTCAAATAG-GTATGACTATTTAAACAATTACCCATTTTAAATAGTTATGACCTTTTATTTTG
367 AGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * *
11087505 TCATAAACCAATTCTTTC-TATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTTAG
431 TCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
** * * * *
11087569 ATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAATTTTAAAAAA
495 ATTTTAAAAATTAATAAG----CA----AGAGAC
* * * * * * *
11087603 TAAATTTATTT-ACCAGGCAAGTTCATATCGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TGATTTCAAAT
1 T-AGTTT-TTTGA--A--CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATCTCAAAT
* * * * *
11087666 -AGTTAAGATCTTTCATTTTATCATAAAACAATTATT-TCTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAAT
59 CA-TTATGATCTTT-GTTTTATCATAAAACAATTGTTCT-TA-TCATACAAGCTTATTTGAAAA-
* * * * * * * *
11087728 AAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGCGATATAAAAAATAAATCTAT
119 AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAA--ATTA-GT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGT
* * * * * * * * * * *
11087793 TTACTGAA-CAAGTT-TAATAGTTATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTTAAATCATTATGACT
178 TTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
* * * * ** *
11087856 TTTTGTTTTA-TTATAAAGTAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTG
242 TTTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * * **
11087920 ATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTATTGAAACAA
305 ATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAA
* * * * * * * *
11087981 -TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTCTATTGT
368 GTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** * ** * * *
11088043 CATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTATGATAATACTAATTCAATAATAT
432 CATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
** * * * *
11088108 TCCAAAAATTAGTAAGAGACTAAAAAAA
497 TTTAAAAATTAAT-A-AG-C-AAGAGAC
** * * * * * * **
11088136 TACATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATGG
1 T--A-GT-TTT-TTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
* * * * * * *
11088201 TTTTGACCTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTATTTCATT-TCACACAAGTTTA-TTCAAAATTA
61 TTATGATCTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATT-GTTC-TTATCATACAAGCTTATTTGAAAA-AA
* * * *
11088263 AATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
121 AATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAA-T--T-AGT--GAGATTT-AAAAAATAAATGTGT
* * * * *
11088327 TTAC-CAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGT--TGTCAT
178 TTGCTGAACCAA-TTCAAATAG-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TCAT-TC-T
* * * * * * **
11088387 GACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAAT
238 AACCTTTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * ** * *
11088451 ACTACCTTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGC--A-AGATTTAAAAGCTAAAGCTATTTTCCA
301 ACTA-ATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * *
11088512 AACCAA-TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAACCATTATGATC-TTT
363 AA-CAAGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCT-AT-TTAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
11088573 GTTTTCTCATAAAACAATTGTTTC-TAATCATATAAGCTTATTC-AGATAAAAATATTACTAATT
425 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTACTT
** * * * * * *
11088636 TGA-TAATATTCCAAAACTTAGTAAGCGATAAAA
488 T-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGAC
* * * * * * * * *
11088669 TAAATGTGTTTATCAAATCGATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCA
1 T--A-GT-TTTTTGAACTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
* * * * * * * *
11088734 CTCTGACCTTT-TAATTTAGTCATACAATAATTGTT-TTAGTTTATACAAGCTTA-TTGGAATAA
61 TTATGATCTTTGT--TTTA-TCATAAAACAATTGTTCTTA--TCATACAAGCTTATTTGAAAAAA
* * * * * *
11088796 AATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCACGAGTTTTGAAAAAATAAATCTATT
121 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT--G-A-GA--TTT-AAAAAATAAATGTGTT
* * * * * * * *
11088861 TAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCA
179 TGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC-
* * * * * * *
11088925 TTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATTC-AAATAAAATAATACTAC
242 TTTTTTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
11088988 TTTATTAATATTTTAAAAGTTACTGAGTAAGGGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATC-A
306 TTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAA-CAA
* * * * * * *
11089051 GTTCAAATAAT-TATG-GTAATTTGAACAACTATCTGTTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTG
368 GTTCAAATAGTATATGACT-ATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** *
11089114 TTATAAAACAAATGTTT--TTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
431 TCATAAAACAATTGTTTCATT--TCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
* * * * *
11089177 TATTTTAAGAATTAATAAGAGAATTAAAA
494 TATTTTAAAAATTAATAAG-CAA-GAGAC
* * * * *
11089206 AAGATATCTATTTATCGAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAA
1 TAG---T-T-TTT-T-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATCTCAAA
** * * *
11089270 TTGC-TATAACAT-TTTGTTCTATCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAA
58 -T-CAT-TATGATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCT-TA-TCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *
11089331 ATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
118 A-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAGT------GAGATTTAAAAAATAAATG
* ** * * * ** *
11089394 TCATTTGCTGAACCTGTTCAAACAGTTAAGACT-TTATGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
175 T-GTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT
** * * * * * * * * *
11089458 GGCCTTTTGTTTT-GTCATGAAACAATTATTTTAGCTCATCCAAGCTTATTCAAAATAGAATAAA
238 AACCTTTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * *
11089522 ACTAATTT-TTAATATATTAAAAATTTATAAATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAA
301 ACTAATTTATTAACAT-TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * * *
11089586 CTAGTTCAAATAAT-TATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTATGTT
365 CAAGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTT-TGTT
* * * ** * * * * *
11089649 TTGTCATACAACAATTGCTTT--TGTTAATATAAGTTTGTGT-AAAAGAAAATAACATTAATTTA
428 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCAT-TTCATAAAAACTTAT-TCAAAATAAAATAATACTACTTTA
* * *
11089711 TTAATA-TTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATG
490 TTAATATTTTA-AAAATTAATAAGCAAGAGA-C
* * * * * *
11089743 TAAAAAGTAAATCTACTTATCAAATCA-CTCAAATAGTT-TCAACTATTTGAATAATTATCTATT
1 T----AGT---T-T--TT-TGAACT-AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATC
* * * * * * ** **
11089806 TCAAATCATTAT-AACATTTTATTTTGTTATCAAATAATTGGTTCTGT-TCATATTATTTTATTT
53 TCAAATCATTATGATC--TTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTCT-TATCATACAAGCTTATTT
* * * * * * * *
11089869 -AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAACTAAAAAATTAAAAAAAAA
114 GA-AAAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAA---AAT-TAGT-GAGATTTAAAAAATAA
* ** ** * *
11089933 ATCTAATTGCCT-AACCAGCTCAAATAGTTAAGATTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAA-CTG
172 ATGTGTTTG-CTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATC-A
* * * * ** ** *
11089995 TTATGACCTTTTATTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAT
234 TTCTAACCTTTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
11090059 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
298 AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
** * * * * * * *
11090120 AAATTAGTTCAAATGGTTTA-GACAAT-TAGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTT
362 AAACAAGTTCAAATAGTATATGACTATAT-GAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTT
* ** * * * * * * * * *
11090183 GTTTAGTTGT-AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATTTAAAATAAATTAATATTAATTTA
425 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTA
* ** * *
11090247 TTAACATTCGAAAAAGTAATAA-CAAAAAGAGATATAAAAAAA
490 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGC---AAGAG---------AC
* * * * * * * *
11090289 TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATTACTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCA
1 T-AGT-T-TTT--TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA
* * * * * * * * *
11090354 TTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTGTT-TCAGTTAGTACAAGCTTGGA-TAG-AATAA
61 TTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTTA-TCA-TACAAGCTT--ATTTGAAAAAA
* * * * * * *
11090416 AATAATATTAATTTATTAATATTTTTTATATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT
121 AATAATACTAATTTAATAATA--TTTCA-A-AAATTAGT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
** ** * * * * * * * *** * ** * * *
11090481 ATTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGGTTATCTATTTGAAATTGTTATGATCTTT
180 GCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT
* * * ** *
11090546 TGCTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATCAAATAATACTAAT
245 T-TTTTAGTAATAAAATAATTG-TTTCAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
11090610 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTT
307 TTATTAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * * * * *
11090675 CAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTTTCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTATCAT
371 CAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** *** * * *
11090738 AAAACAATTATTT--TTAATCATAGAAGTTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATAC
435 AAAACAATTGTTTCATT--TCATAAAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTACTTTATTAATAT
** * * *
11090800 TAAAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
497 TTTAAAAATTAATAAGCAAGAGA-C
* * * ** * * *
11090825 TAAAAAATAAATGTGCTTGTGGAACCAATTCAAATAGTTAAAACCATTAGAA-AATTTATCTATT
1 T----AGT---T-T--TT-T-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATC
* * * * * * * * * *
11090889 TCAGATCGTTCTGATATTT-TGTTTAGTCAAAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGCTTATTTG
53 TCAAATCATTATGATCTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATT-GTTCTTATCATACAAGCTTATTTG
* * * * ** * *
11090953 GAATAAAATAATCCAAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA
115 AAAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT--G----AGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * *
11091018 TCTGTTT-ATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTT
173 TGTGTTTGCT-GAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * *
11091081 ATGACCATTTATTTT-G-ACATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAAT
236 CTAACC-TTTTTTTTAGTA-ATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * ** * *
11091144 AATTCTAGTTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGC-AAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTA
298 AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
11091207 CCAAAAAAATTCAAATAGT-TACGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTT
360 CCAAACAAGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTT
* * * * *
11091271 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
424 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTT
** ** * *
11091336 ATTAATATTCCAAAAATTAGCAAGTGATTCAAAAAGTAAAT
489 ATTAATATTTTAAAAATT---AA-T-A---AGCAAG-AGAC
* * * * * * * * * ** *
11091377 TTGTTTATTGAATTAGTTTAAATAATTATTG-CCATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGT
1 TAGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT
* * * * * *
11091441 TACCTTTTGTTTTGGTCATATAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
65 GATC-TTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTCT-TATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAAT
* * * * *
11091506 ACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
127 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAA
* * * * * * * *
11091571 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTATAAAATAGC
186 CCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC----A-TTCT---A-A-C
* * * * *
11091636 CTTTTGTTCTA-TTATAAAATAATTATTT-ATGTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
241 CTTTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * * *
11091699 TAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCTAACC
303 TAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAAC
* * * * *
11091764 AA-TTCAAATTGT-TAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTAAAACTTTTATGACCTTTTGTTTT
366 AAGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTT
* * * **** ** *
11091827 GTCATAAAACATTTTTTTCAATTCATACTTGCTTATT-AGAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAA
430 GTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCA-AAATAAAATAATACTACTTTATTAA
* * *
11091890 TATTTCAAAAATTAATAAGAGACTTAA-AAAA
494 TATTTTAAAAATTAAT-A-AG-C--AAGAGAC
* * * * ** * *
11091921 TAATTCTATTT-ACCTA--ACCAATTCTAAT-A--ATTATG-ACCATT-T-TA----AAATCATT
1 TAGTT-T-TTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATCTCAAATCATT
* * * * * * **
11091973 ATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTT-TCAGTACATAAAATCTTA-TCCAAAATAAAAT
63 ATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTTA-T-CATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAAT
* * * * *
11092036 AATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAAT-TAATTT-
124 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT----AG-T-GAGATTT-AAAAAATAAATGT-GTTTG
* * * * * * * * * * *
11092099 ATCAAATCAGTTCAAA-AATTATGGCCATCT-GAATAATTATCTATTTCAAAT--TGCTATGA-A
181 CT-GAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTA--ACC
* * * *
11092159 TTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTCATT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
242 TTTTT-TTTAGTAAT-AAAATAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** * * * * * * *
11092223 TAAACTAATAATATT-ATGAAAATTAATTAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTGCCAAAC
303 TAATTTATTAACATTCA--AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-
* * * *
11092285 CAA-TTCAAGTAGTA-AAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
365 CAAGTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* *** * * * * ** * *
11092348 TGTCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAAATTTGTCCAAAATAATGTAATATTAATTTATTAA
429 TGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
* * * * *
11092413 TATTTTGAAAATTATTAAG-AGATTTAAAA
494 TATTTTAAAAATTAATAAGCA-A--GAGAC
* * * * * * * * * *
11092442 TA-TAAATATGTTTACCAAACTAATTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTCTTTATTTCCAA
1 TAGT---T-T-TTT---GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
* * * * * * * *
11092506 TCATTATGACCAATTT-TTTTGTTATAAAATAATTGTT-TCTATTGATACAATCTTATTTGGAAT
58 TCATTATGATC--TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCT-TA-TCATACAAGCTTATTTGAAAA
* ** * * * * * *
11092569 AAAATAATGCTAATTTGTTAATATTCTAAAATTAATAAGTAACGGATTTAACAAATGAATATGTT
119 AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAA--AATTAGTGA--GATTTAAAAAATAAATGTGTT
* * * ** * * * *
11092634 AGCCT-AACCAGTGCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CT
179 TG-CTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCT
* * * ** *** *** *
11092697 TTTATTTT-GTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTGGAATGGCATAATTCTAA
243 TTT-TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
11092761 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
306 TTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* **
11092826 TCAAATAGT-TAT-ACCTAT-T--TC-A--A---A-TT-GCTC--TA--ACCTTTTGTTTTGTCA
370 TCAAATAGTATATGA-CTATATGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
11092874 TAAAATAATTTTTTTTC-TATTCATACAAACTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAAT
434 TAAAACAA--TTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
* ** * *
11092937 ATTTAAAACAATGAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAC
495 ATTTTAAA-AAT---T-AAT---A-A---GCAAGA-GAC
*** * * * ** * * *
11092976 TATGTTTACCGAA-TAAATACAAATGGTTGCGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTT
1 TA-GTTTTTTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATT
* * * * * * *
11093039 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATTAAAATA
63 ATGA-TCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTT-ATCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAAATA
* * * * * * * * * **
11093103 ATACTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAACATATTTTAACAATAAATATGTTTATTG
125 ATACTAATTTAATAATA-TTT--CAA-AAATTAGT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTG
* * * * * ** *
11093168 AA-TAAGTTTAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
184 AACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT-
* * * * * * * * **
11093231 TTTCA-TCATAAAACAACTATATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
246 TTTTAGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * *
11093295 TTAACATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATTCAA
310 TTAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
* * * ** *
11093360 ATAGT-TATGACTATATAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTAATAAA
374 ATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * **
11093424 ATAATTGCTT-ATGTTTATACAAGCTTATGTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCC
438 ACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTAT-TCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTT
* * * *
11093486 AAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAA
500 AAAAATTAATAAG----------CAAGA-GAC
* * * ** *
11093518 TATGTTTTTTGAGC-ACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAATAATTA
1 TA-GTTTTTTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTA
* * * * * * * * *
11093582 TGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TGCA-TTCAAAATAAATAA
64 TGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTT-ATCATACAAGCT-TATTTGAAAAAAAATAA
** * * * * * **
11093645 TACTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTG
126 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGT--GAGATTTAAAAAAT-AAATGTGTTTGCTG
* ** * * * * * * * *
11093710 -AGCAAGTTCAAATAGTTTTG-CTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGATATGATCTGTT
184 AACCAA-TTCAAATAGTTAAGAC-TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTAACCT-TT
* ** * * *
11093772 GTTTTA-TCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
245 TTTTTAGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
11093836 ACTAATATTCTGAAAATTAATAGCTAGGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAGTTCC
309 ATTAACATTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* *
11093901 AATAGTA-ATGTCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
373 AATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
11093965 AACAATTGTTTCTATTT-ATGTAAAA-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATA-TTT
437 AACAATTGTTTC-ATTTCAT-AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTT
* * * *
11094027 AGAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAC
500 A-AAAATTAATAAG-CA---AGAGAC
* * * * *
11094053 TATATTTGTTTATCAAAAC-AATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC
1 --TAGTT-TTT-T--GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATC
* * * * * **
11094117 ATTATGATATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
60 ATTATGATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTCTTATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAT
* * * *
11094182 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTGAAC
124 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT--GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAAC
* * * *
11094247 TAATTCAAATAGTT-AGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
187 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTTTTTAG
* * * *
11094311 TAATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAACTTATTAACA
252 TAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
*
11094375 TTCAAAAACTTAATGAAC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-
316 TTCAAAAA-TTAAT-AACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * *
11094438 TATTTGACTATTTGAACTATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
378 TATATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
*
11094503 TCGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATT
442 TTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATT
11094568 AATAAGCAAGAGAC
507 AATAAGCAAGAGAC
* *
11094582 TAGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG
1 TAGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
* * *
11094647 ATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTCTTGATCATACAAGCTTATTTGGACAAAAATAATACT
66 ATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTT-ATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACT
* * * * *
11094712 AATTTAATAAAATTTAAAAAATTAGTGAGATTTAAAAAATATATGTATTTG-TCGAACCAGTTCA
130 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCT-GAACCAATTCA
* * ** *
11094776 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTTTTTAGTCCTATA
194 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTTTTTAGTAATAAA
* * *
11094841 ATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAACATTCCAAA
259 ATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CAAA
* * * ** * *
11094906 AATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGCTCAAAAAGT-TATGA
322 AATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATATGA
* *
11094969 CTATTTGAATAATTAT-TGATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
385 CTATATGAACAATTATCT-ATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
11095033 TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAAG
448 CATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* *
11095098 TAAGAGATT
513 CAAGAGA-C
* * * * *
11095107 TAAAAAAGAAATCAATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATT
1 T-----AG---T---TTT-TTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATC
** * * * * *
11095171 TCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTA-TTCA
53 TCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTT-ATCATACAAGCTTATTTGA
* *
11095235 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCG
116 AAA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AG-TGAGATTTAAAAAATAAATGT-G
* * * ** *
11095299 TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAA-C
177 TTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
* * * * ***
11095363 ATTTTGTTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA
242 TTTTTTTTAG-TAATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * * * *
11095428 ATTTAGTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCCAACCAA
305 ATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAA
* * * *
11095493 -TTCAAATAGT-TAAGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
368 GTTCAAATAGTATATGACTATATGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
*
11095556 CATAAAACAATTATTTCA
432 CATAAAACAATTGTTTCA
11095574 GCTTATACAA
Statistics
Matches: 8586, Mismatches: 1789, Indels: 1594
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
517 1 0.00
518 1 0.00
520 1 0.00
521 36 0.00
522 139 0.02
523 159 0.02
524 399 0.05
525 29 0.00
526 110 0.01
527 170 0.02
528 344 0.04
529 141 0.02
530 377 0.04
531 150 0.02
532 460 0.05
533 738 0.09
534 337 0.04
535 361 0.04
536 225 0.03
537 485 0.06
538 707 0.08
539 520 0.06
540 872 0.10
541 451 0.05
542 463 0.05
543 265 0.03
544 214 0.02
545 40 0.00
546 155 0.02
547 5 0.00
548 2 0.00
549 36 0.00
550 176 0.02
551 8 0.00
552 6 0.00
553 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (520 bp):
TAGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
ATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTTATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTA
ATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAATTCAAA
TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTTTTTAGTAATAAAAT
AATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATT
AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATATGACTATAT
GAACAATTATCTATTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCAT
AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGAC
Found at i:11095611 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 11092858--11095799 Score: 2299
Period size: 358 Copynumber: 8.2 Consensus size: 358
11092848 AATTGCTCTA
* * * * *
11092858 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTC-AATTAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* ** * * * * * * *
11092922 TACAAATTTATTAATATTTAAAACAATGAATAAATAAAATATTTAAAAAATAACTATGTTTACCG
63 TACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
** * * ** * *
11092987 AATAAATACAAATGGTTGCGA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGT
127 AACCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
** * *
11093051 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAT
191 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * *
11093115 TAACATTTTGACAATTAA-TAAGTAACATATTTTAACAATAAATATGTTTATTGAA-TAAGTTTA
256 TAATA-TTT--CAA-AAATTAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACCAA-TTCA
* * * ** *
11093178 AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
314 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
11093223 ACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTATATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * *
11093288 TAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA
66 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACC
* * * * **
11093353 AATTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGT
131 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
11093418 AATAAAATAATTGCTT-ATGTTT-ATACAAGCTTATGTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
196 CATAAAACAATTGTTTCA-GTTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * ** * * *
11093479 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTTTG-AGCACGTTTAAATA
258 ATATTTCAAAAATTAAGAAG--AGA-TTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACCA-ATTCAAATA
** *
11093543 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAATAATTATG
318 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
11093584 ACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TGCATTCAAAAT-AAATAATA
1 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATA
** *** * **
11093647 CTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATTG-A
65 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAA
* * * * * * * * *
11093711 GCAAGTTCAAATAGTTTTG-CTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGATATGATCTGTTGTT
129 CCAA-TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
11093775 TTATCGTAAAACAATTGTTTC--TATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAC
192 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
11093838 TAATA-TTCTGAAAATTAATAGCTAGGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAA-CAAGTTCC
256 TAATATTTC-AAAAATT-A-AG--AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTGAACCAA-TTCA
* * * * *
11093901 AATAGTAATGTCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
314 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** **
11093946 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGTAAAATTATTCGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * * *
11094011 TAATTTATTTATATTTAGAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTATATTTGTTTATCAAAAC
66 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACC
* * * * * *
11094072 AATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTATTTTA
131 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * * *
11094135 TCATAAAATAATTGTTTC-TTTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
195 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
11094199 ATTTCAAAAATTAATAATAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAATTCAAATAGTTA-G
260 ATTTCAAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATG
** *
11094263 ACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTG
324 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
11094298 ACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCA-ACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * * ** * *
11094361 GTAACTTATTAACA-TTCAAAAACTTAATGAA-CAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC-
65 CTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * *
11094423 AAACAAGTTCAAATA-TATTTGACTATTTGAACTATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTT
127 AACCAA-TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTT
* * * *
11094486 GTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCA-TTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTT
189 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
11094550 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-CA---AGAGACT-AGTT-TTT--TGAACTAGTTCAAATAG
254 ATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACCAATTCAAATAG
* * *
11094607 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG
319 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
11094647 ATC-TTTGTTTTC-TCATAAAACAATTG-TTCT-TGATCATACAAGCTTATTTGGACA-AAAATA
1 ACCTTTTG-TTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTAT--TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATA
* * * * * **
11094707 ATACTAATTTAATAA-AATTT-AAAA--AATTAGT--GAGATTTAAAAAATATATGTATTTGTCG
62 ATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * * * *
11094766 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT-TT
127 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
11094830 TTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTAT
192 TT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
11094894 TAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGCTCA
256 TAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTACTGAACCAA-TTCA
* * * *
11094958 AAAAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTAAAATCGTTATG
314 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATG
* * * * *
11095003 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * *
11095067 CTACTTTATTATTATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATCAATTTACTGAA-
65 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * * *
11095131 TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTT
130 CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* *
11095196 ATCATAAAACAATTGTTT---TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
194 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
11095258 AATATTTCAAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTT
257 AATATTTCAAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACTGAACCAATTCAAATAGTT
** *
11095323 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATA
321 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
11095361 ACATTTTG-TTCGATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTCG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * *
11095425 CTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCCAAC
65 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * *
11095490 CAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
130 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * *
11095555 TCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGCTTTTTCTGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAAT
195 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * * *
11095619 ATTTCAAAATTTTATAAGA-AGTTTAGAAAATAATTTTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAATTA
260 ATTTCAAAAATTAAGAAGAGA-TTTAAAAAATAA-ATTGTTTACT-GAACCAATTCAAATAGTTA
* * * *
11095682 TAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATT
322 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * * * *
11095719 ACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
11095784 TAATTTATTAATATTT
66 TAATTTATTAATATTT
11095800 ATCAAACCAA
Statistics
Matches: 2040, Mismatches: 426, Indels: 229
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 119 0.06
343 19 0.01
344 1 0.00
345 6 0.00
346 4 0.00
347 4 0.00
348 42 0.02
349 64 0.03
350 12 0.01
351 35 0.02
352 64 0.03
353 38 0.02
354 6 0.00
355 23 0.01
356 109 0.05
357 203 0.10
358 462 0.23
359 53 0.03
360 71 0.03
361 221 0.11
362 244 0.12
363 209 0.10
364 4 0.00
365 23 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
ACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACC
AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAGTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
Found at i:11095828 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 11095655--11095939 Score: 329
Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
11095645 AAAATAATTT
* * ** *
11095655 TATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATTA
1 TATTTATCAAACCAATAAAAATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATGA
* * * *
11095720 CTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTA-TTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAC
66 CTTTTTATTCTCTCATAAAAAAA-TAGTTTTTGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
11095784 TAATTTATTAA
130 AAATTTATTAA
* * * * * ***
11095795 TATTTATCAAACCAATAAAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 TATTTATCAAACCAATAAAAATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATGA
* * ** * * *
11095860 CTTTTTGTTCTCTTATAAAGCAATAGTTTTTGTTTATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATACA
66 CTTTTTATTCTCTCATAAAAAAATAGTTTTTGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
11095925 AATTTATTAA
131 AATTTATTAA
11095935 TATTT
1 TATTT
11095940 CAACAATTAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 25, Indels: 2
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
139 2 0.02
140 117 0.98
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (140 bp):
TATTTATCAAACCAATAAAAATAATTATAACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAAACATTATGA
CTTTTTATTCTCTCATAAAAAAATAGTTTTTGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
AATTTATTAA
Found at i:11096188 original size:16 final size:14
Alignment explanation
Indices: 11096167--11096211 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
11096157 TAGTCATAAT
11096167 TATTTGAAATTATGAC
1 TATTTGAAATTAT--C
11096183 TATTTGATCAATTATC
1 TATTTGA--AATTATC
11096199 TATTTGAAATTAT
1 TATTTGAAATTAT
11096212 TATAACCTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 6
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.22
16 15 0.56
18 6 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (14 bp):
TATTTGAAATTATC
Found at i:11097012 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 11095813--11099068 Score: 1857
Period size: 357 Copynumber: 9.1 Consensus size: 355
11095803 AAACCAATAA
* * ** * * *
11095813 AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTCTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TATCATAA
* * * * * * * * * * *
11095878 AGCAATAGTTTTTGTTTATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA
* * * *** * ** * * * * *
11095943 CAATTAATAAGTAAAAATTTTTTGAAATAAATATGCTTACCAAACTA-TATCAAATAGTCATGAT
129 AAATTAATAAGTAGAGA--TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGT-TCAAATAGTTATGAC
* * * * **
11096007 TGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCC
191 T-ATTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT
* * * * *** *
11096072 ATTCATATGAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATT
255 GTTCATA-AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** *
11096136 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTAG-TCA-T-AATTA-TTT
318 AA-AAATTGAAAAAATAAATAT-GTTTATTGAACCAGTTC
* * * * *
11096172 GAA-A-TTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTGAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-TCATAA
* * * * * * *
11096235 AAAAGATTTTTTTCTATTCAT-AGAAGTTATTTCGAA-AAAGTAACA-TAAATTTATTAATA-TT
65 AACA-A-TTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * * **
11096296 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATCTTTAT
127 AA-A-AATTAATAAGT-AGAGAT-TAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** *
11096361 GACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTT
188 GACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * * *
11096426 TATGTTCATTCAAGCTTA-TTCGGATTAAAA-AAAATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-AAAC
252 TATGTTCA-TAAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAA-AAATTAAT
* * * *
11096488 AAATAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATTGAACAAGTTC
314 AAGTAAAA-ATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * * *
11096531 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA--ATGGTATGACCTTTTATTTTGTAAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT--TATGACCTTTT-GTTTATCAT
* * * **
11096594 AAAACAATTATTT-TAGTTGATATAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
63 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
11096657 CTAAAAATTAATGAGTACGAGAATTAAAAAAATTAATCTATTTATCGAA-CATGTTCAAATAGTT
126 -TAAAAATTAATAAGTA-GAG-ATT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACCA-GTTCAAATAGTT
* * * * * *
11096721 ATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGCTTTGTCATAAAACAGTTG
186 ATGACTAT-TAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* *
11096786 GTTATGTTCATATAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
250 TTTATGTTCATAAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * *
11096850 AAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACCTGTTC
314 AAGTAAAAATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTC
* * * ** *
11096892 AAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-ATCATAA
* * * * * *
11096957 ACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTCAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA
* * *
11097022 AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGAC
129 AAATTAATAAGT-AGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * * * *
11097086 CCTTCAAATAATTATTTATTTCAAATTATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
191 TATT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT
* ** ** *
11097151 ATTCATACAATTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGT
255 GTTCATA-AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-
* ** * *
11097215 TGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGATTC
317 T--AAAAATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAG-TTC
* * ** * *
11097256 AAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTA-CTTATTTCAAATCATTATGACATTCTT-TTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTATCATA
** * * *
11097319 AAATGATTGTTTCTATTGATACAAAA-TTATTTAGAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTTT
64 AAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * * * * *
11097383 AAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAGAATTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATACTTATGACC
127 AAAAATTAATAAGTAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
11097446 ATTTGATCAATTAACTATCTCAAATCATTATGATC-GTTATTTTGTAATAAAATAATTGCTTT-T
192 ATTAAAT-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTAT
*** * * * * * *
11097509 GTT--T-----TT-TTAAAAAAGTAAAATATTGTTATATTAATAATATTCTAAAAAAATAATAAG
255 GTTCATAAAGCTTATTTCGAAA-TAAAATAATATAAT-TTATTAATATTC-CAAAAATTAATAAG
* * *
11097566 -AAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAGTTC
317 TAAA-A-ATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * *
11097606 AAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACGTTTTGCTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-TCATAA
* * * * * * *
11097671 AACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATCAAATAATATTAATTTATTAACATTCAA
65 AACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * *
11097735 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTGAAATAGATT-T
128 AAAATTAATAAG-TAGAGA-TT-AA-AAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAG-TTAT
* * * * * *
11097799 GACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGT
188 GACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * *
11097863 TTCAT-TTCATAAAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTACAAAAATTAA
251 TT-ATGTTCAT-AAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * * * *
11097926 TAAGCAAGAGATT-TAAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTTT
313 TAAGTAA-AAATTGAAAAAATAAA-TATGTTTATTGAACCAGTTC
* * * * * * *
11097969 AATTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTCAT-TTTCTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTATCATAA
* * * * * *
11098033 AACAACTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTTA
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTA
* * * ** *
11098097 AAAATTAGTGAA--AGA-TTTAAAAAATAAATGTATTCGTCGAACCAGTTCAAATAGCTATGACT
128 AAAATTAAT-AAGTAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * *
11098159 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCCTATAATAATTGTTTCA-
192 ATTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-AT
* * * * *
11098223 ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCCAAAATTTAAAAAGC
255 GTTCATA-AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * *
11098287 AAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTC
318 AA-A-AATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTC
* * *
11098327 AAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTG----T--T---
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATCATAAA
* * * * * * * *
11098383 ----TTG-TTC-A--C--AAAAGCTT-TTCCAAAAGAAAATAATGCTATTTTATTATTATTTTGA
66 ACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAA
* * ** * *
11098437 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CTGAATAAGTTCAAATAATTATGGC
129 AAATTAATAAGT-AGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** * * * *
11098501 CATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT-T
191 TA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT
*** ** ** *
11098565 CCAACATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTGAAAAATTAAT--T
255 -GTTCATA-AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * ** * * *
11098627 TACAAA-T-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTT
317 TAAAAATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTC
* * ** * * *
11098664 AAATAGTTATAAC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TATCATAA
* * * * *
11098728 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAACAAAATAATACAAATTT-TGTAATATTTT
65 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT-TAATA-TTT
* * * * * *
11098792 GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTTATCGAACCAATTCAAACAGTCATA
127 AAAAATTAATAAGT-AGAGA-TTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
11098856 ACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTACTT
189 ACTAT-TAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTT
* * * * * * * *
11098921 CA-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAGAGTAAAATAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAA
252 TATGTTCATA-AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * *** *
11098984 G--AGATTTG-GAAAATAATTTTATTTACCAAACCAATTC
316 GTAAAAATTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTC
* * *
11099021 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTGCAAATCATTATGAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
11099069 ATCGGAGTGT
Statistics
Matches: 2229, Mismatches: 508, Indels: 321
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
336 33 0.01
337 34 0.02
338 5 0.00
339 38 0.02
340 2 0.00
341 6 0.00
342 1 0.00
343 128 0.06
344 5 0.00
345 2 0.00
348 2 0.00
349 4 0.00
350 82 0.04
351 89 0.04
352 13 0.01
353 3 0.00
354 2 0.00
355 12 0.01
356 217 0.10
357 431 0.19
358 171 0.08
359 96 0.04
360 114 0.05
361 282 0.13
362 196 0.09
363 138 0.06
364 92 0.04
365 21 0.01
366 8 0.00
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
ATTAATAAGTAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTA
AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCAT
AAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTG
AAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTC
Found at i:11098230 original size:539 final size:528
Alignment explanation
Indices: 11095992--11099067 Score: 1813
Period size: 533 Copynumber: 5.8 Consensus size: 528
11095982 CCAAACTATA
* * * * * * ** *
11095992 TCAAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCAT
* * * ** ** * * *
11096057 AAAAAAATTATTTCCATTCATATGAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTT
66 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT
* ** * * * ** **
11096122 GAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTAGTCAT--AATTA-TTTGAA-A-TTATG
131 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
11096181 ACTATTTGATCAATTATCTATTTGAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAGATTTTT
196 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA-A-TTGT
* * * * *
11096246 TTC-TATTCAT-AGAAGTTATTTCGAAA-AAGTAA-CATAAATTTATTAATATT-AAGACAATTA
258 TTCATATTCATAAAAACTTATTT-GAAATAA--AATAATATATTTATTAATTTTCAA-A-AATTA
* * * * *** * * ** *
11096306 ATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATCTTTATGACAATTTGA
318 ATAAG-AAGAGATTTAA-AAATAAATATGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * * * *
11096371 ACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATT
381 ACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TCTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTT-T-ATCA-T
* ** * ** * *
11096436 CAAGCTTATTCGGATTAAAAAAAAT--TAATTTATTAATATTTCAACAAAAAACAAATAAAAGAT
441 -AAACTTATTTAGA--AAAAAAAATACTAATTTAATAATATTT----AAAAAATTAGTGAAAGAT
** * * *
11096499 TTAAAAAATAAACATGTTTATTGAACAAGT
499 TTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAGT
* * * * * ** * *
11096529 TCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA--ATGGT-ATGACCTTTTATTTTGT
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATG---TTTTGTTTAGT
* * * * * * * * *
11096591 AATAAAACAATTATTTTAGTTGATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
63 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * * * *
11096656 TCTAAAAATTAATGAGTACGAGAATTAAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTCAAATAGTT
128 TCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
11096721 ATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGCTTTGTCATAAAACAGTTG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
11096786 GTT-ATGTTCAT-ATAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
257 TTTCATATTCATAAAAACTTATTT-GAAATAAAATAATAT--ATTTATTAAT-TTTCAAAAATTA
* * *
11096848 ATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACCT-GTTCAAGTAGTTATGACTATTTG
318 ATAAG-AAGAGATT-TAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * *
11096911 AACAATTATCTATGTGAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCAT
380 AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTAT-TTTC-TCATAAAACAATTG-TTTT-ATCAT
* * * * * * * *
11096976 AAAAACTTATTCAGAATAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATAT
441 --AAACTTATTTAGAA-AAAAAAATACTAATTTAATAATATTT--AAAA--AATTAGTGAAAGAT
* *
11097041 TTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCGAGT
499 TTAAAAAATAAATGTATTTATCGAA-CCAGT
** * * * * * *
11097071 TCAAATAGTTATGACCCTTCA-AATAATTATTTATTTCAAATTATTTTGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATT-AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCA
* ** * *
11097135 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* *** * *
11097200 TAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAC-AGATTCAAATAGT
130 TAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAG-TTCAAATAGT
* * ** * **
11097263 CATGTCTATTTGAATTATTA-CTTATTTCAAATCATTATGACATTCT-TTTTGTCATAAAATGAT
192 TATGACTATTTGAACAATTATC-TATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *
11097326 TGTTTC-TATTGATACAAAA-TTATTT-AGAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTAAAAA
255 TGTTTCATATTCATA-AAAACTTATTTGA-AATAAAATAATA--TATTTATTAAT-TTTCAAAAA
* * * ** * * *
11097388 TTAAT---AAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATACTTATGACCATTT
315 TTAATAAGAAGAGATTTAA-AAATAAATATGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
11097450 GATCAATTAACTATCTCAAATCATTATGATCGTTATTTTGTAATAAAATAATTGCTTTTGT--T-
379 GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTATTTTCTCATAAAACAATTG-TTTTATCATA
* * * *
11097512 ---TT-TTTA-AAAAAGTAAAATATTGTTATATTAATAATATTCTAAAAAAATAATAAGAAATAG
442 AACTTATTTAGAAAAA--AAAATA--CTAAT-TTAATAATATT-TAAAAAATTAGT--G-AA-AG
*
11097572 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAGT
497 ATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAGT
* * * * * *
11097604 TCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACGTTTTGCTTAGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCAT
* * * * *
11097669 AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATCAAATAATATTAATTTATTAACATTC
66 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* * *
11097733 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTGAAATAGATT
130 TAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA-AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TT
* * * *
11097798 -TGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
11097862 TTTCAT-TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTACAAAAATTAA
257 TTTCATATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATA-TA-TTTATTAATTTT-CAAAAATTAA
* * *
11097926 TAAGCAAGAGATTTAAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACTAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAA
319 TAAG-AAGAGATTTAAAAATAAA-TATGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * *
11097990 CAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTCATTTTCTCATAAAACAACTGTTTCTAATCATACA
382 CAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTT-ATTTTCTCATAAAACAATTGTTT-T-ATCATA-A
*
11098055 AGCTTATTTAGATAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAGTGAAAGATTTAAAAA
443 A-CTTATTTAGA-AAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAGTGAAAGATTTAAAAA
**
11098120 ATAAATGTATTCGTCGAACCAGT
506 ATAAATGTATTTATCGAACCAGT
* *
11098143 TCAAATAGCTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCCT
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCAT
* * * *
11098208 ATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCC
66 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT
* * * * * * * *
11098273 AAAATTTAAAAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAAGAGTTATG
131 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
11098338 ACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTCACAAAAGC--TT-T
196 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAA-CAATTGT
* * * * * *
11098400 TCCA-A---A-AGAAAA--TA-ATG--CT---AT--TTTA-TTATT-ATTTT-GAAAGTTAATAA
258 TTCATATTCATA-AAAACTTATTTGAAATAAAATAATATATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAA
* ** * * *
11098447 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
322 G-AAGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTTTTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * * *
11098510 AACTATCTATTTCATATTGTTATTACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATATA
383 AATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TCTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTT--ATCATA-A
* * * *
11098575 AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTACA-AATATTTGAAAAATTAATTTACAA-A--TA
443 A-CTTATTTAGAAA-AAAA-AATACTAATTTA-ATAATATTTAAAAAATT-AGTGA-AAGATTTA
* * * * *
11098635 AAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAAT
502 AAAAATAAATGTATTTATCGAACCAGT
* * * ** * ** *
11098662 TTAAATAGTTATAAC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTA-TAA
1 TCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTT-TAGTCA
* * * * *
11098725 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAACAAAATAATACAAATTT-TGTAATAT
65 TAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAACAT
* * *
11098789 TTTGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC-ATTTTATCGAACCAA-TTCAAACA
128 TCTAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
11098850 GTCATAACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * * * * *
11098915 TTACTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAAAATAATTTATTAATATTTC-AAAATT
254 TTGTTTCATATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATAT-ATTTATTAAT-TTTCAAAAATT
* * * * * * **** * * * *
11098978 --TTATAAGAGATTTGGAAAATAATTTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGA
317 AATAAGAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
11099041 ACAATTATCTAT-TGCAAATCATTATGA
381 ACAATTATCTATCT-CAAATCATTATGA
11099068 CATCGGAGTG
Statistics
Matches: 2000, Mismatches: 395, Indels: 292
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
517 6 0.00
518 164 0.08
519 150 0.08
520 63 0.03
521 13 0.01
522 5 0.00
523 3 0.00
524 3 0.00
525 1 0.00
526 2 0.00
527 4 0.00
528 2 0.00
529 12 0.01
530 3 0.00
531 9 0.00
532 25 0.01
533 281 0.14
534 81 0.04
535 7 0.00
536 14 0.01
537 204 0.10
538 100 0.05
539 203 0.10
540 91 0.05
541 122 0.06
542 223 0.11
543 165 0.08
544 21 0.01
545 6 0.00
546 2 0.00
547 10 0.00
548 1 0.00
549 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATGTTTTGTTTAGTCAT
AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT
AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
ATATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGAAG
AGATTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATCTCAAATCATTATGATCTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTATCATAAACTTATTTAGAAA
AAAAAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATC
GAACCAGT
Found at i:11098680 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11098660--11098714 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
11098650 TACCGAATCA
11098660 ATTTAAATAGTTATAAC
1 ATTTAAATAGTTATAAC
* *
11098677 ATTTGAATAATTAT--C
1 ATTTAAATAGTTATAAC
*
11098692 TATTTCAAATTGTTATAAC
1 -ATTT-AAATAGTTATAAC
11098711 ATTT
1 ATTT
11098715 TGTTCTATAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 7
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.03
16 4 0.14
17 19 0.66
18 4 0.14
19 1 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
ATTTAAATAGTTATAAC
Found at i:11098900 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11098429--11099059 Score: 495
Period size: 176 Copynumber: 3.5 Consensus size: 178
11098419 ATTTTATTAT
* * * * *
11098429 TATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAATAAGTTCAAATAA
1 TATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTAC-GAACAA-TTCAAATAG
** * * * * * * *
11098494 TTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCATATTGTTATTACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAAT
64 TTAT-AACATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTATAATAAAACAAT
* * *
11098559 TGTTTTCCAA--CATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACAAA
128 TG-TTT-CAATTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACAAATTTACAAA
* * *
11098610 TA-TTTGAAAAATTAAT--TTACA-A-A--TAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAATCAATTTAAA
1 TATTTTG-AAAATTAATAACTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTA-CGAA-CAATTCAAA
*
11098667 TAGTTATAACATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACA
61 TAGTTATAACATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTATAATAAAACA
* ***
11098732 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAACAAAATAATACAAATTTTGTAA
126 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAACAAAATAATACAAATTTACAAA
*
11098786 TATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTATCGAACCAATTCAAACAG
1 TATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTA-CGAA-CAATTCAAATAG
* * * * * * * * * *
11098851 TCATAACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAAT
64 TTATAAC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTATAATAAAACAAT
** * * * **
11098916 TACTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAA-A-ATAATTTATTAA
128 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACA-AATTTACAAA
* * ** ** *
11098966 TA-TTTCAAAATT--TTA-TAAGAGATTTGGAAAAT-AATTTTATTTACCAAACCAATTCAAATA
1 TATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTA-CGAA-CAATTCAAATA
* * *
11099026 ATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTGCAAAT
63 GTTATAAC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
11099060 CATTATGACA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 65, Indels: 43
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.01
174 3 0.01
175 67 0.18
176 125 0.34
177 10 0.03
178 4 0.01
179 14 0.04
180 16 0.04
181 58 0.16
182 67 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTACGAACAATTCAAATAGTT
ATAACATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGT
TTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACAAATTTACAAA
Found at i:11099765 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11099742--11099788 Score: 85
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
11099732 ACTAATAGAA
11099742 GATGTTGAAGCCAACACT
1 GATGTTGAAGCCAACACT
*
11099760 GATGTTGAATCCAACACT
1 GATGTTGAAGCCAACACT
11099778 GATGTTGAAGC
1 GATGTTGAAGC
11099789 AACTACAAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 27 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
GATGTTGAAGCCAACACT
Found at i:11104852 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11104831--11104863 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
11104821 ATAATTTTGA
11104831 CTATTT-GAATAATTAT
1 CTATTTCGAATAATTAT
*
11104847 CTATTTCGAATCATTAT
1 CTATTTCGAATAATTAT
11104864 AGCATTTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCGAATAATTAT
Found at i:11105244 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 11104692--11105270 Score: 508
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 176
11104682 TTACTTTTTA
* * * * *
11104692 TTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTAAT-CTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
11104756 TTAATATTTAGAAAATTAATCAGTATGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACAAAACCATTTCAA
64 TTAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACCATTT-AA
* * * *
11104821 ATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCGAATCATTATAGCAT-TTTA
128 A-AATTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AG-ATCTTTG
* * * **
11104873 TTTT-TCATCAAAA-AATTGATTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCAT-AAAACAATT-ATTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * ** * *
11104936 ATAATATTCT-GAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACCATTTCA
64 TTAATATT-TAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACCATTT-A
* * * * * * * *
11105000 AATAGTAAGATTATATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
127 AAAATTATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGATC-TTTG
*
11105052 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-ATAACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTA
*
11105116 TTAATATTTAAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTTGA
64 TTAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACCA-TTT-A
* * * **
11105180 ACAATTATGACTATTTAAGCAATTATCAATCTCAAATTGTTAAGATCTTTG
127 AAAATTATGACTATTTAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTAAGATCTTTG
*
11105231 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATA-AAGCTTATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTT-TCATACAAGCTTATT
11105271 TGGTTAAAAA
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 64, Indels: 31
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 10 0.03
179 114 0.36
180 181 0.57
181 14 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACCATTTAAAAA
TTATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGATCTTTG
Found at i:11105416 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 11105349--11105465 Score: 225
Period size: 57 Copynumber: 2.1 Consensus size: 57
11105339 TGTTAAACTA
*
11105349 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCGTTTTGACCTTTG
1 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCGTTTTGACATTTG
11105406 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCGTTTTGACATTTG
1 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCGTTTTGACATTTG
11105463 GTT
1 GTT
11105466 TAGTTAGAAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
57 59 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (57 bp):
GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTAAATCGTTTTGACATTTG
Found at i:11105996 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11105551--11109912 Score: 2924
Period size: 181 Copynumber: 24.4 Consensus size: 180
11105541 ATTTGTTTCA
* * * * *
11105551 TATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * * * * *
11105615 AAGTAATATTTATTGA--AAA-AGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAA
64 AAATAA-ATTTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
11105677 TCATTATGACC-TTTG---A-T-ATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAACT
128 TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * *
11105724 TA-TCAAAA-AAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTGAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * * * * * * * *
11105786 AATAAATTAGTTTATCAAACAAATTCAAATAATTACGATTATTTGAACAATTGTCTGTTTAAAAT
65 AATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* *
11105851 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTCTTTCAATTCATACAAGCT
129 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* *
11105903 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
11105968 GTGAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATT
66 ATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * ** * *
11106033 GTTATTACCTTTTATTTGGTCAT--AATAATTGTTTTTTATT-ATAAAAGTT
130 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCT
** * *
11106082 TATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTCTT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
*** * * * * * * *
11106142 AATAAATTTGTTTATTGAATAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATA
65 AATAAATTTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
11106207 ATTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCT
130 ATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
** * ** * * * *
11106258 TATTTGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTACTAACTGAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * **
11106323 ATAAATTTG-TTAGCCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAAT
66 ATAAATTTGTTTA-CCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
11106387 C---AT----TTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTTTTTCAATTCA-ACTAGCT
129 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
** * * * *
11106431 TATTCGGAATAAAA-AAT--GAATTTATTCATA-TTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
11106492 AT-AATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAAGAGTTATG-CTATTTAAACAATTATCTACTTAAAAT
66 ATAAATT-TGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
11106555 CATTATGACCATTTGTTTTGTCATCAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCT
129 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * * * **
11106607 TATCCAAAATAAAACAATAATACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
** * * * ** *
11106672 ATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATA-TTAT-AGC-CTTTAAATAGCTATCTATTTCAGAT
66 ATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*** * * * *
11106734 TGCTATTACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCCAA--CGTACAAGCT
129 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTT-CAATTCATACAAGCT
* ** * * **
11106786 TTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAGAATTAATCGGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
11106851 GTAAA-TTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
66 ATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * ** * **
11106915 ATTATGATCTTTTATTTTGTTATCAAACAATTGGTTCTTTTCATACTATTT
130 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* ** * * * *
11106966 TATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTTGAAACTTAAT-AGCCAAAAGAATTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAA
* ** * ** * * ** *
11107029 AATAAATCTAATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAATTATATGAATGATTATCTATTTTAAAT
65 AATAAATTTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * ** *
11107094 CATTATGAACTTTTCTTTTA-TTGTAAAATAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCT
129 CATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
*** * * * *
11107145 TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A-T--GAAATTTAAAAT
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * * * **
11107206 ATAAATTTGTTTATCGAATTAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTTGAATC
66 ATAAATTTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
11107271 GTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAGACGCT
130 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * * * *
11107322 TATTTAGAATAAACTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT-ATAAGAAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
11107385 AATAAATCTATTTA-CAGAACGAGTTCAAATAGTTATTATTATTTAAATAGTTTTCTATTTTAAA
65 AATAAATTTGTTTACCA-AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA
* * * * * * ** *
11107449 ATCGTTATAATCTTTTGACTCA-TCGTAAAACAATTGTTTCAGCTAATACAAGCT
127 ATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* ** ** *
11107503 TAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
1 TA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * ** * * * * ** *
11107567 AATAGATCTATTTACTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAAT
65 AATAAATTTGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * **
11107632 TATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTCTTTTTGA-TCATACAAGCT
129 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCT
* *
11107684 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
11107749 CTAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTAATTGAACAAATAT-TAATCTCAAAT
66 ATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAT
** ** * * * *
11107813 TGTTAAAATC-TTTGTTTTA-TCGTAAAACAATTGTTT---TTCGTATAAGCT
129 CATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
**** * * *
11107861 TATT-TGGTTATAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAA
1 TATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * *
11107925 AATAAATGTATTTGCCAAACGAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAAT
65 AATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * *
11107990 TGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCC
129 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCT
* * * * * * ** * *
11108042 TA-TGAAGAAAAAAATATTCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAA
1 TATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * * * * * *
11108106 AAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAATTATTTATTTAAAA
64 AAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
11108171 TCA--CTGACCTTTTGTTTTGACAT-AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCT
128 TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * * *
11108221 TATACAAAA-AAAAAAATACTAATTTCA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * * * * * *
11108283 AAATAAATTTTGTTTACCGAATA-AATTTAGATAATTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTAA
64 AAATAAA-TTTGTTTACC-AA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
11108347 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
126 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * *
11108402 TATTCAAAATAAAATGACACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** * * * * * * *
11108466 AATTAATTTGTTTATGGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTTAAGAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATTTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * ** *
11108531 TGTTATTACCTTTTGTTT-GATCATATAAGAATCGTTTTTA-TCATATAAGCT
129 CATTATGACCTTTTGTTTAG-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
*** *
11108582 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
11108643 A-AAA--TGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACATTTGTGTACTTCAAATC
66 ATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
11108705 GTTATAACCTTATGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT
130 ATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * *
11108756 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
11108820 ATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATT
66 ATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * *
11108885 ATTGTGACCTTTTGTTTTA-T-ATAAATTAACTT-TTTCAATTCATACTAGTT
130 ATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * * * * *
11108935 TATGCAGAATAAAATAA-AATGAATTGATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
11108999 AATAATTTTGTTTACTTAACCATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
65 AATAAATTTGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * ** * *
11109064 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTT
129 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
** **
11109116 TATTCAAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
11109177 ATAAATATATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAAT
66 ATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *** * *
11109241 C-TTATGACTTTTTGTTCTA-TTATAAAATAATAGTTTTTGTTCACACAAGCA
129 CATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * * ** * ** * * * *
11109292 TATTCGAATTACACCATTACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
11109357 ATAAATTTGTTAATCAAATTAGATCAAATTGTCATGACTATTTGTATAATTATCTATTTCAAATC
66 ATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** * * * * * *
11109422 GTTTTTACCTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTTTAGTTTATATAAGCT
130 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * *
11109473 TATTCAAAACAAAATAATACT-ATGCTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAA
* ** * * *
11109536 AAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAA
64 AAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
**** * * * ** ** *
11109601 TTGCCATAACATTTTGTTTTA-TCATAAGATGATT-TATTCTGTTCATACAACCT
128 TCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATACAAGCT
* * *
11109654 TATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTATTAAGTAAAAGATTTAA
1 TA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
11109716 ACAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAACTAATTATAACTATTTGAATAATTAT-TCATTAT-
63 AAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATT-TC
* * * ** *
11109779 AAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAAGCT
125 AAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* ** * ** * *
11109834 TATTCGATTTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
*
11109899 ATAAATATGTTTAC
66 ATAAATTTGTTTAC
11109913 TGAACAATTT
Statistics
Matches: 3261, Mismatches: 769, Indels: 311
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 26 0.01
169 50 0.02
170 26 0.01
171 40 0.01
172 14 0.00
173 135 0.04
174 130 0.04
175 70 0.02
176 241 0.07
177 260 0.08
178 144 0.04
179 386 0.12
180 692 0.21
181 856 0.26
182 186 0.06
183 4 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATTTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
Found at i:11107707 original size:718 final size:718
Alignment explanation
Indices: 11105551--11109904 Score: 2893
Period size: 718 Copynumber: 6.1 Consensus size: 718
11105541 ATTTGTTTCA
* * * *** *
11105551 TATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA
* * * * * * * *
11105616 AGTAATATTTATTGA--AAA--AGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAA
65 AATAA-ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAA
* * * * * ** **
11105677 TCATTATG-ACCTTTG----AT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTT-ATAAAAACTTA--TCAAAAA
129 TCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT---TTTCATACAAGCTTATTTGGATTA
* ** * * *
11105733 AAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA-AGAGTTTGAAAAAATAAATTAGT
191 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AATTT--AAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * * * *
11105797 TTATCAAACAAATTCAAATAATTACGATTATTTGAACAATTGTCTG-TTTAAAATCATTATGACC
253 TTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC-GATTTCAAATCGTTTTAACC
* * * *
11105861 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTCTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
317 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
11105926 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCA-AATC-
382 TCTATTAACATT-CAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAA-CA
* * * * * * * * * * **
11105988 AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTGGT
444 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTAT
*** * * * * * * *
11106053 CATAATAATTGTTTTTTA-TT-ATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCT
509 CATAA-AACAATTTTTCAGTTCATACAAGCTTATATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * *
11106116 CTTAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATTGAA-TAGTTTAAATAGTT
573 -TTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATT
* * * * * * * * * * *
11106175 ATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAATAATTA
637 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG
*
11106240 TTTCTATTCATACAAGCT
702 TTTTTA-TCATACAAGCT
** * ** *** * * * *
11106258 TATTTGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTACTAACTGAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * ***
11106323 ATAAAT-T-TGTTAGCCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACCTTTATCTATTTCAAA
66 ATAAATCTAT-TTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
11106386 TC---AT----TTTTGTTTTGTCTTAAAATAATT-TTTTCAATTCA-ACTAGCTTATTCGGAATA
129 TCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT---TTCATACAAGCTTATTTGGATTA
* * * * * *
11106442 AAA-AAT--GAATTTATTCATA-TTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATTCTGT
191 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAATA-AATT-TGT
* * * * * * * * * * * *
11106502 TTACCTAACCAGTTCAAAGAGTTATG-CTATTTA-AACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACC
253 TTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTTTAACC
* * * * * * * * *
11106565 ATTTGTTTTGTCATCAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATAATA
317 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * ** *
11106629 CTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCA-AAT
381 ATCTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CAGAA-
* * * ** * * * * * * *
11106691 C-AGTTCAAATA-TTAT-AGC-CTTTAAATAGCTATCTATTTCAGATTGCTATTACCTATTGTTT
442 CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * * * * *
11106752 TGTCATAAAACAATTGCTTTCCA--ACGTACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
506 TATCATAAAACAATT--TTT-CAGTTCATACAAGCTTATATCAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * * * * *
11106815 AAAATTTCAAGAATTAATCGGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTGC---TTACCAAACCATTTCAA
568 AATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT-CTATTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * * * *
11106877 ATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTTATCAAA
631 ATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * **
11106942 CAATTGGTTCTTT-TCATACTATTT
696 AAATT-GTT-TTTATCATACAAGCT
* * * *
11106966 TATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTTGAAACTTAAT-AGCCAAAAGAATTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAA
* * ** * *
11107029 AATAAATCTAATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAATTATATGAATG-ATTATCTATTTTAAA
65 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAA-GAATTATCTATTTCAAA
* * ** *
11107093 TCATTATGAACTTTTCTTTTATTGTAAAATAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGATTAAA
129 TCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAA
11107158 ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A-T-GAAATTTAAAATATAAATTTGTTTAT
193 ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAA-ATAAATTTGTTTAT
* * * * ** * *
11107220 CGAATTAGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTTGAATCGTTTTGACATTTTG
257 CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTG
* * * * * * *
11107285 TTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAGACGCTTATTTAGAATAAACTAATACTAATTTA
322 TTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
*
11107349 TTAACATTCAAAAAATT-ATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACGAGTTCA
386 TTAACATTC-AAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCA
* * * * * * ** * *
11107412 AATAGTTATTATTATTTAAATAGTT-TTCTATTTTAAAATCGTTATAATCTTTTGACTCATCGTA
450 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TA-TTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * ** *
11107476 AAACAATTGTTTCAGCTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCC
513 AAACAATT-TTTCAGTTCATACAAGCTTATATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * ** * *
11107541 TAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAGA-TCTATTTACTGAATTAGTTAAAATAATTATGG
576 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * *
11107605 CCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTCTTTT
641 CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTT
11107670 TGATCATACAAGCT
706 T-ATCATACAAGCT
* ** *
11107684 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * *
11107749 CTAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTA-ATTGAACAAATAT-TAATCTCAAA
66 ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATA-TGAAGAATTATCT-ATTTCAAA
* * * * * *
11107812 TTGTTA--AAATCTTTGTTTTATCGTAAAACAATTG-TTTTTCGTATAAGCTTATTTGG-TTATA
129 TCGTTATGAACT-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTA-A
* * * * *
11107873 AATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATAAATGTATTT
192 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAAT-TTAAAAATAAATTTGTTT
** * * * * *
11107938 GCCAAACGAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTCTAACCTTT
255 ATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTTTAACCTTT
* * * * * * * * *
11108003 TGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATTT-TACAAGCCTA-TGAAGAAAAAAATATTCCAAAT
320 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-TATTTATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAAT
* ** *
11108066 TTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAA
383 CTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CAGAACAA
* * *
11108129 GTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAATTATTTATTTAAAATC---ACTGACCTTTTGTTTTGA
445 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTTT-A
* * *
11108191 -CAT-AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATA-CAAAAAAAAAAATACTAATTTCA-TAAT
508 TCATAAAACAATT-TTTCAGTTCATACAAGCTTATATCAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAAT
* * * * * * * *
11108252 ATTTTAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAAATAAATTTTGTTTACCGAATAAATTTAGATA
571 A-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * *
11108316 ATTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
634 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
**
11108381 TTGTTTCAATTCATACAAGCT
699 TTGTTTTTA-TCATACAAGCT
* * * * **
11108402 TATTCAAAATAAAATGACACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * *** * * * * * * * *
11108467 ATTAATTTGTTTATGGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTTAAGAATTATCTATTTCAAATT
66 ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
11108532 GTTATTACCTTTTGTTTGATCATATAAGAATCGTTTTTATCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
131 GTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTT-TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
* * * *
11108597 AATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAA-AAA-ATGTTTATCGA
195 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAA
* * * * * * *
11108657 ACTAGTTCAAATAG-TAATGACTATTTGAACATTTGT-GTACTTCAAATCGTTATAACCTTATGT
260 ACTAGTTCAAATAGTTAA-GACTATTAGAATAATTATCG-ATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGT
* *
11108720 TCTA-TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAA
323 T-TAGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAT
* * * * *
11108784 TAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTGCCA-AACTAGTTCA
387 TAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAGAACAAGTTCA
* * * ** * *
11108846 AATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTAT-ATAAA
450 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAA
** * * * *
11108910 TTAACTTTTTCAATTCATACTAG-TT-TATGCAGAATAAAATAA-AATGAATTGATTAATATTTC
515 ACAA-TTTTTCAGTTCATACAAGCTTATAT-CA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-
* * * * * ** * *
11108972 AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAT-AATTTTGTTTACTTAACCATTTCAAATAATTATG
575 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATG
* *
11109036 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTT
640 ACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTT
* *
11109100 TTTATTCATATAAGTT
704 TTTA-TCATACAAGCT
**
11109116 TATTCAAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * ** * * *
11109177 ATAAATATATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTAT-TTAAGCAATTATTTATTTCAAAT
66 ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAG-AATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
11109241 C-TTATG-ACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTTTGTTCACACAAGCATATTCGAATTAC
130 CGTTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTG-TTTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAA
** * * ** * * *
11109304 ACCATTACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTA
192 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAA-TTTAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
11109369 ATCAAATTAGATCAAATTGTCATGACTATTTGTATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTTACCTTT
255 ATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTTTAACCTTT
** * * *
11109434 TGTTTTTTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTTATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACT-ATG
320 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-
* ** * * * *
11109497 CTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGT
383 CTATTAACATT-CAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAGT
* * * * * ** *
11109561 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCCATAACATTTTGTTTTATCAT
447 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* ** * * * *
11109626 AAGATGATTTATTCTGTTCATACAACCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTA
512 AAAACAATTT-TTCAGTTCATACAAGCTTATATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * *
11109690 AGACAATTATTAAGTAA-AAGATTTAAACAATAAA-TCTATTTACCGAACAAGTTCAACTAATTA
576 A-A-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTA
* * * *
11109753 TAACTATTTGAATAATTAT-TCA-TTATAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
638 TGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTA-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
*
11109815 GTTTCTGT-TCATTCAAGCT
701 GTTT-T-TATCATACAAGCT
* ** * *
11109834 TATTCGATTTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
11109899 ATAAAT
66 ATAAAT
11109905 ATGTTTACTG
Statistics
Matches: 2880, Mismatches: 594, Indels: 331
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
701 4 0.00
702 41 0.01
703 16 0.01
704 201 0.07
705 41 0.01
706 27 0.01
707 143 0.05
708 125 0.04
709 72 0.03
710 111 0.04
711 1 0.00
712 60 0.02
713 21 0.01
714 411 0.14
715 175 0.06
716 98 0.03
717 296 0.10
718 517 0.18
719 222 0.08
720 137 0.05
721 85 0.03
722 73 0.03
723 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (718 bp):
TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAATC
GTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATA
ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAA
CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTTTA
GTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAC
ATTCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
TTTCAGTTCATACAAGCTTATATCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATA
AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAT
AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATCATACAA
GCT
Found at i:11109410 original size:357 final size:351
Alignment explanation
Indices: 11105551--11109868 Score: 1674
Period size: 358 Copynumber: 12.1 Consensus size: 351
11105541 ATTTGTTTCA
* * * * *
11105551 TATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA-TAAGGAAAAGATTTGAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAACTAA-G---AGATTT-AAA
* * * * *
11105615 AAGTAATATTTATTGA--AAA--AGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTAA
61 AAATAA-ATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTT-AAGCAATTATTTATTTCA
* * * * * * *
11105675 AATCATTATGACC-TTTG---A-TATAAAACAATTGTTTCAGTTT-ATAAAAACTTA-TCAAAAA
124 AATTATTATGACCTTTTGTTTATTATAAAATAA-TGTTT--TTTTCATACAAGCTTATTCGAATA
* * * * * *
11105733 AAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGTTTGAAAAAATAAATTAGT
186 AAAT--TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTT-TAAAAATAAATTTGT
* ** * * * * * * * * *
11105797 TTATCAAACAAATTCAAATAATTACGATTATTTGAACAATTGTCTGTTTAAAATCATTATGACCT
247 TAATCAAA-TTAGTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCT
* * * * *
11105862 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTCTTTCAATTCATACAAGCT
311 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
*
11105903 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TAAGTAAGTGATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAACTAAG--A--GATTTAAAA
* * * * * * * * *
11105967 AGTGAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTGTG-GCCATTTCAA-CAATTATCTATTTCAA
62 AATAAATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAG-TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAA
* * * * * * * * *
11106030 ATTGTTATTACCTTTTATTTGGTCAT--AATAATTGTTTTTTATTATAAAAGTTTATTTGAAATA
125 ATTATTATGACCTTTTGTTT-ATTATAAAATAA-TGTTTTTT-TCATACAAGCTTATTCG-AATA
* * * * *
11106093 AAATAATAGTAATTTATTAATCTCTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
186 AAAT--TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTA
** * * * * * * * **
11106155 ATTGAA-TAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATAATTATAACCTTT
249 ATCAAATTAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTT
* * * * * *
11106219 TATTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCT
313 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
** * ** *
11106258 TATTTGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTACTAACTGAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAA-T--TAACTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * ** *
11106323 ATAAATTT-GTTAGCCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAA-CCTTTATCTATTTCAAA
63 ATAAATTTATTTA-TCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTAT-TTAAGCAATTATTTATTTCAAA
* * * *
11106386 TCATTTTTG---TTTTG--T-CT-TAAAATAAT-TTTTTCAATTCA-ACTAGCTTATTCGGAATA
126 TTA-TTATGACCTTTTGTTTATTATAAAATAATGTTTTT---TTCATACAAGCTTATTC-GAATA
* * * * *
11106442 AAA--AATGAATTTATTCATA-TTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTT
186 AAATTACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATT-TGTT
* * * ** * * * * * * *
11106503 TACCTAACCAGTTCAAAGAGTTATG-CTATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCAT
248 AATCAAATTAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTT
* * *
11106567 TTGTTTTGTCATCAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCT
312 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * ** * *
11106607 TATCCAAAATAAAACAATAATACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTCCAAAA--ATTAACTAAGAGATTTAAAAA
* * * ** ** ** * *
11106672 ATAAA-TCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATA-TTAT-AGCCTTTAAATAGCTATCTATTTCAGAT
63 ATAAATTTA-TTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAAT
** * * * ** * * *
11106734 TGCTATTACCTATTGTTT-TGTCATAAAACAAT-TGCTTTCCAACGTACAAGCTTTTTTGAAATA
127 TATTATGACCTTTTGTTTAT-T-ATAAAATAATGTTTTTTTC-A--TACAAGCTTATTCG-AATA
* * * **
11106797 AAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAGAATTAATCGGTAAGAGA-TTTAAAAAGTAAA-TTGC
186 AAAT--TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAA-TAAATTTG-
* ** * ** * * * * *
11106860 TT-ACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
246 TTAATCAAATTA-GTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACC
* * * * * * * **
11106924 TTTTATTTTGTTATCAAACAATTGGTTCTTTTCATACTATTT
310 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* *** * * * *
11106966 TATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTTTGAAACTTAATAGCCAAAAGAATTAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATT-A-A-CTAAGAGATTTAAAAA
* * * * ** ** * * * *
11107030 ATAAATCTAATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAATTATATGAATG--ATTATCTATTTTAAA
63 ATAAATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTAT-TTAA-GCAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * * *
11107093 TCATTATGAACTTTTCTTTTATTGTAAAATAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGATTAAA
126 TTATTATGACCTTTT-GTTTATTATAAAATAA-TGTTTTTTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAA
* * * *
11107158 ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A-TGAA-A-TTTAAAATATAAATTTGTTTA
188 AT--TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAA-ATAAATTTGTTAA
* * * * * ** * * *
11107219 TCGAATTAGCTCAAATGGTTAA-GACTATTAGAATAATTATCGATTTTGAATCGTTTTGACATTT
250 TCAAATTAG-TCAAATAG-TAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTT
* * * * *
11107283 TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAGACGCT
313 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * * **
11107322 TATTTAGAATAAACTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATAAGAAAGAGATTTAAAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAA-T-TAACTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * ** * *
11107387 TAAATCTATTTA-CAGAACGAGTTCAAATAGTTATTATTATTTAAATAGTT-TTCTATTTTAAAA
64 TAAATTTATTTATCA-AATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAGCAATTATT-TA-TTTCAAA
** * * * * ** * *** * * *
11107450 TCGTTATAATCTTTTGACTCATCGTAAAACAATTGTTTCAGCTAATACAAGCTTAGATGGAATAA
126 TTATTATGACCTTTTG-TTTATTATAAAATAA-TGTTT-TTTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAA
*** * * *
11107515 AATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAGATCTAT-T
187 AAT--TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAAT-T-TGT
* * * * * * * ** * ** * *
11107579 TACT-GAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATTATTATGACTT
247 TAATCAAATTAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCT
* *
11107643 TTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTCTTTTTGA-TCATACAAGCT
311 TTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTCT-ATTCATACAAGCT
*
11107684 TATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TGATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAATAGATTTAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCT-ATTAATATTCCAAAAATTAACTAAG----AGATTTAAA
* * * * * * * * *
11107747 AACTAAATCTATTTA-CTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTAATTGAA-CAAATATTAATCTCA
61 AAATAAATTTATTTATC-AAATTAGTTCAAATAGTTATGAGT-ATTTAAGCAATTATTTATTTCA
* ** * ** * * * * * *
11107810 AATTGTTAAAATC-TTTGTTTTATCGTAAAACAAT-TGTTTTTCGTATAAGCTTATTTGGTTATA
124 AATTATTATGACCTTTTG-TTTATTATAAAATAATGTTTTTTTCATACAAGCTTA-TTCG-AATA
* * * * * * * * *
11107873 AATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATAAATGTATTT
186 AA-ATTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATTTGTTA
** ** * * * * * * *
11107938 GCCAAACGAGTTCAAATAGTTAA-AACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTCTAACCTT
249 ATCAAATTAG-TCAAATAG-TAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTT
* * ** * *
11108002 TTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCC
312 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTC-TATTCATACAAGCT
* * * * * * * ***
11108042 TA-TGAAGAAAAAAATATTCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAA-TAAGCAAAAGATTTGAA
1 TATTCAA-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAACTAAG----AGATTT-AA
* * * ** * *
11108105 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAA-CAATTATTTATTT-A
60 AAAATAAATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTT-AAGCAATTATTTATTTCA
* * * * ** * * *
11108168 AA--ATCACTGACCTTTTGTTT-TGACATAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATACAAAA
124 AATTATTA-TGACCTTTTGTTTATTATA-AAATAA-TGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTC--GA
* * * *
11108230 AAAAAAATACTAATTTCA-TAATATTTTAAAAATTAATAAG-CAAGAGTTTAAAAAAATAAATTT
183 ATAAAATTACTAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTT-TAAAAATAAA-TT
* * * * * * * * * * * *
11108293 TGTTTACCGAATAAATTTAGATAATTACGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
244 TGTTAATCAAAT-TAGTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAA
* * *
11108358 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
308 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
11108402 TATTCAAAATAAAATGACACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAAGTAAGTGATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAACTAAG--A--GATTTAAAA
* * ** * * * * *
11108466 AATTAATTTGTTTATGGAATCAATTCAAATAATTATG-GCCATTTTAAG-AATTATCTATTTCAA
62 AATAAATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAG-TA-TTTAAGCAATTATTTATTTCAA
* * * * * * * *
11108529 ATTGTTATTACCTTTTGTTTGATCATATAAGAATCGTTTTTATCATATAAGCTTATTTGGAATAA
125 ATTATTATGACCTTTTGTTT-ATTATAAAATAAT-GTTTTTTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAA
* * * *
11108594 AATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAA-AAA-ATGTTTA
187 AAT--TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTAA
* * * * * * * *
11108653 TCGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACATTTGTGTACTTCAAATCGTTATAACCTTAT
250 TCAAATTAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTT
* * * *
11108718 GTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT
314 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* *
11108756 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAA-T--TAACTAAGAGATTTAAAAA
** * * * *
11108820 ATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-CAATTATTTATTTCAAAT
63 ATAAATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTAT-TTAAGCAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * *
11108884 TATTGTGACCTTTTGTTT-TATATAAATTAACT-TTTTCAATTCATACTAGTTTATGCAGAATAA
127 TATTATGACCTTTTGTTTAT-TATAAAATAA-TGTTTT--TTTCATACAAGCTTATTC-GAATAA
* * * * * ** *
11108947 AATAAAATGAATTGATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTTTGTTT
187 AAT-TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATTTG-TT
* * * * *
11109012 ACTTAACCATT--TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCT
248 AATCAA--ATTAGTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCT
* * *
11109075 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTT
311 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* ***
11109116 TATTCAAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTTTGAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* *
11109180 AATATATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAA-TCTT
66 AATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTATT
* * * *
11109244 ATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTTTGTTCACACAAGCATATTCGAATTACACCAT
131 ATGACCTTTTGTT-TATTATAAAATAAT-GTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCGAA-TA-A-AAT
* * *
11109309 TACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTAATCAA
190 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTAATCAA
* * * * * * *
11109374 ATTAGATCAAATTGTCATGACTATTTGTATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTTACCTTTTGTTT
254 ATTAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * * *
11109439 TTTCATAAAA-AAAT-TATTTTAGTTTATATAAGCT
318 TGTCATAAAACAAATGT-TTCTA-TTCATACAAGCT
* *
11109473 TATTCAAAACAAAATAATACT-ATGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAA
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAAT-CTATTAATATTCCAAAAATT-A-A-CTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
11109537 AATGAATTTGTTTACTGAACA--AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTGA
62 AATAAATTTATTTA-TCAA-ATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTT-AAGCAATTATTTATTTCA
*** * * * * * * *
11109599 AATTGCCATAACATTTTGTTTTATCATAAGATGAT-TTATTCTGTTCATACAACCTTATTTCAAA
124 AATTATTATGACCTTTTG-TTTATTATAAAATAATGTT-TT-T-TTCATACAAGCTTA-TTCGAA
* *
11109663 TAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTAAGACAATTATTAAGTAAAAGA-TTTAAACAATAAAT
184 TAAAAT--TACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTTAAA-AATAAAT
* * * * * ** * * * * * **
11109725 CTATTTACCGAACAAGTTCAACTAATTATAACTATTTGAATAATTAT-TCA-TTATAAATTATTA
243 TTGTTAATCAAATTAG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTA-AAATCGTTA
* * * * *
11109788 TGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCAAGCT
305 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
* ** * *
11109834 TATTCGATTTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
11109869 TTGATAATTA
Statistics
Matches: 3033, Mismatches: 708, Indels: 441
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
345 15 0.00
346 15 0.00
347 15 0.00
348 16 0.01
349 162 0.05
350 40 0.01
351 19 0.01
352 67 0.02
353 115 0.04
354 187 0.06
355 208 0.07
356 231 0.08
357 322 0.11
358 369 0.12
359 328 0.11
360 357 0.12
361 190 0.06
362 296 0.10
363 71 0.02
364 10 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAATA
AATTTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTATT
ATGACCTTTTGTTTATTATAAAATAATGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATTACTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTAATCAAATTAGTC
AAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAAATGTTTCTATTCATACAAGCT
Found at i:11110287 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11109918--11111149 Score: 929
Period size: 180 Copynumber: 6.9 Consensus size: 179
11109908 TTTACTGAAC
* * *
11109918 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTAAAAAACAAATCTATTTAT-TGAAC
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAAC
* * * * * ** * *
11109982 AAGTTTAAAAAGTTAT--CTA---AAACAGTTATCTATTCCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATGTTATGACCATTTGTTTTG
* * * * * * *
11110042 TAATAAAAAAAATTGGTTCTATTCGTGCAAGATTAATTCA-AATAAAATATTA-T
127 TCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACT
* * *
11110095 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTAAACAT
1 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAA
* * *
11110160 GTTCAAATATTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATGATTATGACCATTTGTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATG-TTATGACCATTTGTTTTGTC
* *
11110225 ATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * ** * *
11110276 AATTTATTAATATTCC-AAAATTTATAAGTAGATGATGTAAAAGATAAATCTAATTACTGAGCGA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAAC-A
* * * * * *
11110340 A-TTTAAATAGTTCTGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCATTTGTTTTGT
* *
11110404 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATACT
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * * ** * *
11110456 AATTTATTATTATTCTAAATATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTCACTGCATAA
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAA
* * * * * * * *
11110521 GTTCAACTAGTCATGTCCATTTGAACTATTATATATATCAAATTGTTATG-GCATTCTGTTTTGT
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCATT-TGTTTTGT
* ** *
11110585 CATAAAAACAATTGTTTCTATTCTTACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACT
128 CAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
*** * * * * *
11110638 AATTTATTACA-ATTTTGAAAATTATTAAG---AGATTT-AAAAATAAAATCTCTTTACCGAACC
1 AATTTATTA-ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTTCTGAACA
* * * * ***
11110698 AGTTCAAATAATTATAACTA-TTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTAT-AATGTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCATTTGTTTTGT
* * * * * * *
11110761 CCTAAAATATTTGCTTCTATTCATACAACCTTATTCA-AAGTAAAATATTGCT
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
* * * * * * * ** **
11110813 AAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATAATGATTT--AAAA-AAATGTGTTTGCCAAAGTAG
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAG
* * * * * *
11110875 TTTAAATAGTTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTC
66 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCATTTGTTTTGTC
* * * *
11110939 ATAAAATAATTATTTCAATTCATA-AAGCTTACTC-GAAATAAAATAATACT
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * ** * *
11110989 AATTTAGTAACATTCAAAAAATTAAT-AGGCAAGAAATTAAAAAATTAAATTTGTTTATC-GAAC
1 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAA-TAAATCTGTTT-TCTGAAC
* * * * *
11111052 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTA
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCATTTGTTTTG
*
11111117 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTT
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
11111150 GAACAATTAT
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 178, Indels: 83
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 89 0.11
176 115 0.14
177 68 0.08
178 72 0.09
179 22 0.03
180 273 0.33
181 122 0.15
182 68 0.08
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
Found at i:11111375 original size:254 final size:254
Alignment explanation
Indices: 11110896--11111403 Score: 612
Period size: 254 Copynumber: 2.0 Consensus size: 254
11110886 AATACTATTA
* * * *
11110896 GAACAATTATCTACTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCA
1 GAACAATTATCTACTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTACTAATAAAATAATTATTTCAATTCA
*
11110961 TAAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAGGCAAGAAAT
66 TAAAGCCTACTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAGGCAAGAAAT
* * * *
11111026 TAAAAAATTAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATT
131 TAAAAAATTAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATATATT
* * *
11111091 TAAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT
196 TAAAATCATTATAACCATTTATTCTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTT
* * * *
11111150 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTCTAAT-AAATAATTGTTTTTC-ATT
1 GAACAATTATCTACTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTACTAATAAAATAA-T-TATTTCAATT
* * * * * * *
11111213 -ATACAAGCCTATTTGGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATATGTAG
64 CATA-AAGCCTA-CTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACA-TTCAAAAAATTAATAGGCAA
* * ** *
11111275 GAGATTGAAAAATTAAATCTGTTTACCAAAGTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
126 GAAATTAAAAAATTAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCAT
* ** * * * * *
11111340 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTT
191 ATATTTAAAATCATTATAACCATTTATTCTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTT
11111404 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 36, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
253 9 0.04
254 191 0.90
255 13 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (254 bp):
GAACAATTATCTACTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTACTAATAAAATAATTATTTCAATTCA
TAAAGCCTACTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAGGCAAGAAAT
TAAAAAATTAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATATATT
TAAAATCATTATAACCATTTATTCTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTT
Found at i:11111495 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11111148--11112445 Score: 959
Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 179
11111138 TCATAAAAGC
* * *
11111148 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTCTAAT-AAATAATTGTTTTTCA
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-A
* *
11111211 TT-ATACAAGCCTATTTGGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTA
64 TTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * *
11111274 GGAGATTGAAAAATTAAATCTGTTTACCAAAGTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
127 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCC-AACCATTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * *
11111328 TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATT
* * * * *
11111393 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTATGAAATTAAGAACTAAGA
66 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
11111457 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAGCCATTTCAAATAGTTATGGCTAT
130 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAA-CCATTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * * *
11111508 ATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-ATTAAACAATT-TTTGTAGT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-T
* * * * *
11111571 TCTTACTAA-CTTATTAGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAGTA
65 TCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * *
11111634 AGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTGTCGAACTAGTTT-AAAGAATTATGACTAT
127 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG-CCAACCA-TTTCAAATAATTATGACTAT
* *
11111688 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTATTGTTTTGTCATAAACA-AA-TGTTTTTAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTTTAT
* * * ** ** * *
11111751 TCAAATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGTTAATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAG--AG
65 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
11111814 A-A-TTAAAAAATAAATAT-ATT--C-A-C---T-AAACCAATT-T-ACTAT
129 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAACCATTTCAAA-TAATTATGACTAT
* * * * * *
11111853 TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTG-TTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATT
* * *
11111917 CATACAATCTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACG
66 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-G
* * * * * * * *
11111982 -GATTTAAAAAATGAATCTGTTAGCCTGATCAGTGCAAATAATTCTAACTAT
129 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCC-AACCATTTCAAATAATTATGACTAT
** * * * ** * * * *
11112033 TTGAACAATTAAGTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCACGAAACAATTATTTCTCTT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATT
** * * ** * *
11112098 TGTACGAGCTTATTCGAAATACCATAAGT-CTAAATTATTAATATTCTAAAACTTAATAAGTAAG
66 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG
* * *** * * *
11112162 AGATTTAAAAAATGAATCTATAAACTTAACAATTTCAAATAGTTATGACTAT
129 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGC-CAACCATTTCAAATAATTATGACTAT
** * * * *
11112214 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTGATAAAATATTTTTTTTCTAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TAT
* * * * * * * *
11112279 TCATACAAGCATGTTTCAAATAAAATAATA-AAATTTGTTAATATTCAAACAATTGATAAGTAAA
65 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAG
* * * * ** * *
11112343 AGATTTTAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTT-AAATAGTTATGATTAT
129 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGC-CAACCA-TTTCAAATAATTATGACTAT
* * ** * *
11112395 TTGAACAATTATTTATTTTAAATCAATATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
11112446 CAAAACGTAT
Statistics
Matches: 888, Mismatches: 182, Indels: 95
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 13 0.01
165 96 0.11
166 5 0.01
167 5 0.01
168 2 0.00
169 13 0.01
170 1 0.00
171 1 0.00
172 1 0.00
174 1 0.00
175 3 0.00
176 13 0.01
177 1 0.00
178 13 0.01
179 53 0.06
180 311 0.35
181 329 0.37
182 26 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATT
CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAACCATTTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:11112644 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 11112495--11112774 Score: 456
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138
11112485 AACTAGTGTT
11112495 ATTATATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAACAAAAATAATTATTATCACTTAACAAAT
1 ATTATATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAACAAAAATAATTATTATCACTTAACAAAT
*
11112560 TG-T-AATAAAAGATAAATATTATACAATCCAAAATAATAAATAAAATAGTAAGTAATAAATAAA
66 TGTTAAATAAAAGATAAATATTATACAATCCAAAATAATAAATAAAATAATAAGTAATAAA-AAA
11112623 ATAATTAAA
130 ATAATTAAA
* * *
11112632 ATTATATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAATAAAGATAATTATTATCTCTTAACAAAT
1 ATTATATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAACAAAAATAATTATTATCACTTAACAAAT
* *
11112697 TGTATTAAATATAAGATAAATATTATACAATCCAAAATAGTAAATAAAATAATAAGTAATAAAAA
66 TG--TTAAATAAAAGATAAATATTATACAATCCAAAATAATAAATAAAATAATAAGTAATAAAAA
*
11112762 AATAATTCAA
129 AATAATTAAA
11112772 ATT
1 ATT
11112775 GTATTAAATA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 7, Indels: 5
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
137 64 0.48
140 15 0.11
141 53 0.40
ACGTcount: A:0.58, C:0.08, G:0.05, T:0.29
Consensus pattern (138 bp):
ATTATATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAACAAAAATAATTATTATCACTTAACAAAT
TGTTAAATAAAAGATAAATATTATACAATCCAAAATAATAAATAAAATAATAAGTAATAAAAAAA
TAATTAAA
Found at i:11112709 original size:68 final size:67
Alignment explanation
Indices: 11112494--11112711 Score: 165
Period size: 68 Copynumber: 3.2 Consensus size: 67
11112484 AAACTAGTGT
* *
11112494 TATTATATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAACAAAAATAATTATTATCACTTAACAAA
1 TATTAAATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAA-TAAAATAATTATTATCACTTAACAAA
11112559 TTG
65 TTG
* * ** * * * * * * ** *
11112562 TAATAAAAGATAA-ATATTATACAA-TCCAAAATAATA-AATAAAATAGTAAGTAAT-AAATAAA
1 T-ATTAAATATAAGCCA--ATAAAATTCCAAAAGAAAATAATAAAATAATTA-TTATCACTTAAC
*
11112623 ATAATTAA
62 A-AATT-G
* * *
11112631 AATTATATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAATAAAGATAATTATTATCTCTTAACAAA
1 TATTAAATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAATAAA-ATAATTATTATCACTTAACAAA
11112696 TTG
65 TTG
11112699 TATTAAATATAAG
1 TATTAAATATAAG
11112712 ATAAATATTA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 35, Indels: 22
0.65 0.22 0.14
Matches are distributed among these distances:
67 18 0.17
68 40 0.38
69 32 0.31
70 14 0.13
ACGTcount: A:0.57, C:0.08, G:0.05, T:0.30
Consensus pattern (67 bp):
TATTAAATATAAGCCAATAAAATTCCAAAAGAAAATAATAAAATAATTATTATCACTTAACAAAT
TG
Found at i:11113249 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 11113220--11113266 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
11113210 TTTAGTTTAT
11113220 AAAATACAAACAAAAAATAA
1 AAAATA-AAACAAAAAATAA
*
11113240 AAAATAAAACAAATAATAA
1 AAAATAAAACAAAAAATAA
*
11113259 GAAATAAA
1 AAAATAAA
11113267 GATATAAAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 19 0.76
20 6 0.24
ACGTcount: A:0.79, C:0.06, G:0.02, T:0.13
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAAAACAAAAAATAA
Found at i:11113724 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 11113717--11113741 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
11113707 ATGAAAATAT
11113717 AAATAAAAAAG
1 AAATAAAAAAG
11113728 AAATAAAAAAG
1 AAATAAAAAAG
11113739 AAA
1 AAA
11113742 CCAAAATAAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.00, G:0.08, T:0.08
Consensus pattern (11 bp):
AAATAAAAAAG
Found at i:11113810 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 11113785--11113829 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
11113775 ATAAAGTACA
*
11113785 AAAAAAAG-AA-AAAATATAAAAT
1 AAAAAAAGTAAGAAAATAAAAAAT
11113807 AAAAAAAGTAAGAAAATAAAAAA
1 AAAAAAAGTAAGAAAATAAAAAA
11113830 AGACAAATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.40
23 2 0.10
24 10 0.50
ACGTcount: A:0.82, C:0.00, G:0.07, T:0.11
Consensus pattern (24 bp):
AAAAAAAGTAAGAAAATAAAAAAT
Found at i:11113812 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11113793--11113830 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
11113783 CAAAAAAAAG
*
11113793 AAAAAAT-ATAAAATAA
1 AAAAAATAAGAAAATAA
*
11113809 AAAAAGTAAGAAAATAA
1 AAAAAATAAGAAAATAA
11113826 AAAAA
1 AAAAA
11113831 GACAAATTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.32
17 13 0.68
ACGTcount: A:0.82, C:0.00, G:0.05, T:0.13
Consensus pattern (17 bp):
AAAAAATAAGAAAATAA
Found at i:11114131 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11114093--11114137 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
11114083 TAAGAAAAGC
*
11114093 AAGAAAAAGAATAAAAATGAA
1 AAGAAAAAGAATAAAAATAAA
* *
11114114 AAGACAAAAGATTCAAAATAAA
1 AAGA-AAAAGAATAAAAATAAA
11114136 AA
1 AA
11114138 AAGAATATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.20
22 16 0.80
ACGTcount: A:0.73, C:0.04, G:0.11, T:0.11
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAGAATAAAAATAAA
Found at i:11114174 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11114154--11114205 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 17
11114144 ATAAAAAAGT
11114154 TTAAAACAATGAAAAAA
1 TTAAAACAATGAAAAAA
11114171 TTAAAACAAAT-AAAAAA
1 TTAAAAC-AATGAAAAAA
*
11114188 TGAAAACATATGAAAAAA
1 TTAAAACA-ATGAAAAAA
11114206 AAAAAGCAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 5
0.84 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.03
17 21 0.68
18 9 0.29
ACGTcount: A:0.71, C:0.06, G:0.06, T:0.17
Consensus pattern (17 bp):
TTAAAACAATGAAAAAA
Found at i:11114186 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11114144--11114206 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 3.5 Consensus size: 18
11114134 AAAAAAGAAT
*
11114144 ATAAAAAAGTTTAAAAC-A
1 ATAAAAAA-ATTAAAACAA
*
11114162 ATGAAAAAATTAAAACAA
1 ATAAAAAAATTAAAACAA
* *
11114180 AT-AAAAAATGAAAACAT
1 ATAAAAAAATTAAAACAA
11114197 ATGAAAAAAA
1 AT-AAAAAAA
11114207 AAAAGCAAAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 5
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 22 0.58
18 10 0.26
19 6 0.16
ACGTcount: A:0.71, C:0.05, G:0.06, T:0.17
Consensus pattern (18 bp):
ATAAAAAAATTAAAACAA
Found at i:11114210 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11114156--11114210 Score: 58
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
11114146 AAAAAAGTTT
*
11114156 AAAACAATGAAAAAATTAAAACAAA
1 AAAAAAATGAAAAAATTAAAACAAA
* * *
11114181 TAAAAAATGAAAACATATGAAA-AAA
1 AAAAAAATGAAAAAAT-TAAAACAAA
11114206 AAAAA
1 AAAAA
11114211 GCAAAAACAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 2
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 20 0.83
26 4 0.17
ACGTcount: A:0.76, C:0.05, G:0.05, T:0.13
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAAATGAAAAAATTAAAACAAA
Found at i:11114274 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 11114256--11114296 Score: 59
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 12
11114246 TTGAAAAACT
11114256 ATAAAATAGAAA
1 ATAAAATAGAAA
11114268 A-AAAATAGGAAA
1 ATAAAATA-GAAA
11114280 ATAAAATA-AAA
1 ATAAAATAGAAA
11114291 ATAAAA
1 ATAAAA
11114297 AATTTTGAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 15 0.56
12 6 0.22
13 6 0.22
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.07, T:0.15
Consensus pattern (12 bp):
ATAAAATAGAAA
Found at i:11114453 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11114427--11114470 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
11114417 AACAAAAACA
11114427 AAAAGTAAAAAAGTAAG
1 AAAA-TAAAAAAGTAAG
* *
11114444 AAAATAAAAAATTTAG
1 AAAATAAAAAAGTAAG
*
11114460 AGAATAAAAAA
1 AAAATAAAAAA
11114471 AAATAAAACG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 20 0.83
17 4 0.17
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.11, T:0.16
Consensus pattern (16 bp):
AAAATAAAAAAGTAAG
Found at i:11114749 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 11114739--11114765 Score: 54
Period size: 7 Copynumber: 3.9 Consensus size: 7
11114729 ATAAAAAATG
11114739 AAAATAC
1 AAAATAC
11114746 AAAATAC
1 AAAATAC
11114753 AAAATAC
1 AAAATAC
11114760 AAAATA
1 AAAATA
11114766 TATAAAAATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 20 1.00
ACGTcount: A:0.74, C:0.11, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (7 bp):
AAAATAC
Found at i:11115115 original size:64 final size:66
Alignment explanation
Indices: 11114994--11115116 Score: 155
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 66
11114984 TAAGTACTAA
* **
11114994 AAAAGAGAAAAATTAAAAATAAACAAAAACGCAATTAAAAAAAGTAAGAAAATGAAAAAATGAGT
1 AAAAGAGAAAAATTAAAAATAAACAAAAACGCAATAAAAAAAAAAAAGAAAATGAAAAAATGAGT
11115059 C
66 C
* *
11115060 AAAAGA-AAAAATTAAAAA-ATACAAAAAC-TAATAAAAATTAAAAAAAGAAAA-GAAAAA
1 AAAAGAGAAAAATTAAAAATAAACAAAAACGCAATAAAAA--AAAAAAAGAAAATGAAAAA
11115117 GACAATAGAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 5, Indels: 6
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
63 7 0.14
64 15 0.30
65 22 0.44
66 6 0.12
ACGTcount: A:0.73, C:0.05, G:0.09, T:0.13
Consensus pattern (66 bp):
AAAAGAGAAAAATTAAAAATAAACAAAAACGCAATAAAAAAAAAAAAGAAAATGAAAAAATGAGT
C
Found at i:11115167 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 11115142--11115180 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
11115132 TTTAGTTTAT
11115142 AAAATACAAACAAA-AATAAA
1 AAAATA-AAACAAATAATAAA
*
11115162 AAAATATAACAAATAATAA
1 AAAATAAAACAAATAATAA
11115181 GATATAAAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 11 0.65
ACGTcount: A:0.77, C:0.08, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (20 bp):
AAAATAAAACAAATAATAAA
Found at i:11115234 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11115208--11115240 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11115198 AATCAATGAT
11115208 AAAAAATTAA-AAAAAG
1 AAAAAATTAATAAAAAG
11115224 AAAAAAGTTAATAAAAA
1 AAAAAA-TTAATAAAAA
11115241 ATAAAAACAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 4 0.27
18 5 0.33
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.06, T:0.15
Consensus pattern (17 bp):
AAAAAATTAATAAAAAG
Found at i:11115253 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 11115206--11115261 Score: 76
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28
11115196 AAAATCAATG
*
11115206 ATAAAAAATTAAAAAAAGAAAAAAGTTA
1 ATAAAAAATAAAAAAAAGAAAAAAGTTA
*
11115234 ATAAAAAATAAAAACAAAAGAAAGAAGT
1 ATAAAAAAT-AAAA-AAAAGAAAAAAGT
11115262 GTGGATAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 9 0.38
29 3 0.12
30 12 0.50
ACGTcount: A:0.75, C:0.02, G:0.09, T:0.14
Consensus pattern (28 bp):
ATAAAAAATAAAAAAAAGAAAAAAGTTA
Found at i:11115507 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 11115465--11115508 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
11115455 GTATTTTGTA
*
11115465 AAAAAAAATATATATACTAT
1 AAAAAAAATATATATACAAT
11115485 AAAAAAAATATA-ATA-AAT
1 AAAAAAAATATATATACAAT
*
11115503 GAAAAA
1 AAAAAA
11115509 TTAGGAAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.32
19 3 0.14
20 12 0.55
ACGTcount: A:0.73, C:0.02, G:0.02, T:0.23
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAAATATATATACAAT
Found at i:11115888 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 11115828--11115899 Score: 128
Period size: 37 Copynumber: 1.9 Consensus size: 38
11115818 ATCTCTTAAC
11115828 AAATTGTATCAAATAAAAGATAAATATTATACAATCCA
1 AAATTGTATCAAATAAAAGATAAATATTATACAATCCA
*
11115866 AAATT-TATTAAATAAAAGATAAATATTATACAAT
1 AAATTGTATCAAATAAAAGATAAATATTATACAAT
11115900 ATAATTTTGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
37 28 0.85
38 5 0.15
ACGTcount: A:0.57, C:0.07, G:0.04, T:0.32
Consensus pattern (38 bp):
AAATTGTATCAAATAAAAGATAAATATTATACAATCCA
Found at i:11116676 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11116636--11116684 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
11116626 TAGAAAATTT
11116636 TAAAACAAAGAAAAAAA
1 TAAAACAAA-AAAAAAA
11116653 TGAAAACAAAAAAAATAA
1 T-AAAACAAAAAAAA-AA
11116671 GTAAAA-AAAAAAAA
1 -TAAAACAAAAAAAA
11116685 GAGAAATTTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 6
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.48
18 14 0.48
19 1 0.03
ACGTcount: A:0.82, C:0.04, G:0.06, T:0.08
Consensus pattern (16 bp):
TAAAACAAAAAAAAAA
Found at i:11116925 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11116860--11116928 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
11116850 ACCAAAATCA
*
11116860 AAAAT-AAATAAAAAAAATAT
1 AAAATAAAATACAAAAAATAT
* ** *
11116880 TAAAGCAAA-ACAAAAAAGAT
1 AAAATAAAATACAAAAAATAT
11116900 -AAATAAAATACAATAAAATAT
1 AAAATAAAATACAA-AAAATAT
11116921 AAAATAAA
1 AAAATAAA
11116929 CAAAAATACA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 7, Indels: 6
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.16
20 16 0.42
21 9 0.24
22 7 0.18
ACGTcount: A:0.75, C:0.04, G:0.03, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
AAAATAAAATACAAAAAATAT
Done.