Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
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Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 61 of 105
Found at i:11116982 original size:15 final size:14
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* *
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*
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1 AAAAATAAAATAAA
*
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* *
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* *
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1 A
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AAAATAAAA
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AAATAAAGAAAAAAAAAA
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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** * *
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*** * * *
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* ***
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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** * *
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* *** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * ** * * * *
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* * * * * *
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63 AGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-
* * *
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126 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAAATTTAT
* *** *
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* * * *
11120649 GCTTATATAAACTAATACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
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* * * * * ***
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** * * **
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*
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** *
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* ** * *
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* *
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* * * * *
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** * * * * * ** *
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* * *
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Statistics
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*
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*
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * **
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* * *
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* * * *
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*
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* * * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
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* * *
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131 ATT-GTTTTATGATA-AACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTCAT
* * * *
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192 AACTATTTAAACTG-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCT-CTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
11123445 ATTAATAAATTTTATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGGTAT-AAACGAAAACAATTATTTTAT
254 ATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTT-GTATGAAAAG-AAACAATTATTTTAT
* ** * * * *
11123509 GAAAAAACAATAAATTTCATAATGATTTGAAATAGA-AACTTATTCCAGTAGTTATAACTATTTG
315 GACAAAAC---AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * * *
11123981 TG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATCAATAGAATAAAATTATT
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* * *** *
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* * * * * **
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* * ** * * * * * * *
11124175 AAATAGAATTATACTATTCTGAATAAGTTTATACGAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAATAA
437 AATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
** *
11124240 AA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTG
501 AAGGTCATAAATATTTGAAATAAATAATTGTT
* * ** * * ** * * * *
11124271 CAAAAATTTGTAACTATTTG-CA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTA
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* * * * * *
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11124398 CAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT-A
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* * ** * *
11124462 TAACT-TATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTATTAAATCTCTTATTAA-TTTTAAAATA
191 TAACTAT-TTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** *
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508 TAAATATTTGAAATAAATAATTG-TT
* * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
11124869 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGCATAAGCTTGTATG-ATGACAAAC
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*
11124933 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAATGA-CCA
130 AATTGTTTTATGAT-AAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAT-ATTCA
* * * * * *
11124997 TAATTATTTTGAACTGATTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTG
191 TAACTA-TTTAAACTGGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTTTG
* * * *
11125061 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGAA-AAGCTTTTAT-AAACTA-AAATAATTAATT
250 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAA--AGAAACAATTATTT
* * * *
11125123 TATGATAAAACAAAGGTCATAACGATTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTTCATAACTATTT
312 TATGACAAAACAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * ** * * ** *
11125188 GAACTTGTTC-AGTAAAAAGACTTAATTTTTTTATTTTTGCTTATTAATTTTCTGAAT-GTAATA
375 GAACTTGTTCGA-TAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
* * * *** * * * *
11125251 AAATAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCATGTATAAATTGAAACAATTATATTATGACT-AAACA
437 AATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACA
* * *
11125315 AAAGGTCA-AAACAATTTGAAATAGATAATTATT
500 AAAGGTCATAAA-TATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
11125348 CTAATAGT--TTAGTATTTGAACGGATTTG-GCA--AATGC--A-TTATTTTTTAAATTTCTTAC
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAA---ATTTGTTCAGTAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * * *
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* * * *
11125468 AAGCAATTGTTTTATGATAAA-ACAAAGATCATAAT-AGTTTGAGATAGATAATTGTTCTAATAG
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* * * * *
11125531 TCA-AACTATTTAAATTAGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATGTCTTATTAATTTTTGAAA
188 TCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * *
11125595 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGCATAATTTTTTATGAGTAA-AAACAATTGTTTTATG
253 TATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * *
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* * * * *
11125724 TATTCGATAAACATAATTATTTTTTAAATCTCCGACTCATTAATGTTT-AGAATATTAATAAATT
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* * * * *
11125788 GGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTT-TAACAAAACAAAAGA
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*
11125852 TCAT-AATGGTTTGAAATAAATAATTGTT
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
11126073 CTATTTGAAAGT-GTT---T----AGAATTATTTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAA
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* * * * * *** *
11126130 TATTAATAAATTCATTTTATTTT-TTTCCAAATAAACTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTAT
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* * * * *
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* * * * * *** * *
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** * * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ***
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* * ** * * * * * **
11126602 ATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTCAAATCACTTATTAATTTTCAAAAAT
190 ATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-TGAAAT
* * * * *** * *
11126667 ATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATGAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTCTATGAC
254 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
11126732 CAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TG
318 AAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *** *
11126796 CTTATG-TGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT-ATTAATTA
382 -TT-CGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
** ** * * ** * * * *
11126859 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGGACTA-AAACAATTACTTTATAATAGAGCAATAGG
442 GTATTATTTTATT-TAAATAAATTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* *
11126923 TTATAACA-ATTTGAAATAGATAA-----
505 TCATAA-ATATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * *
11126946 C---TATTCA-AA-TA---GGAATTGGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
11127002 TTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAGTAGGCTTCTATG-ATGAAAA
65 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * ** ** * ***
11127065 AAAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTTGTAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA
128 ACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCA
* * * * * *
11127130 TAATTATTTGAAA-TGATTC-GATAAGCTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTG
191 TAACTATTT-AAACTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTG
* * * ** *
11127193 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCCAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
250 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
11127258 TGATAAAACCAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAATTCA-TCATAACTATTTAA
314 TGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGA
* * * * * ** * *** *
11127322 ACTTGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAATTTTTTGTGTATTAATGTTCTGTATGTTAATAA
377 ACTTGTTCGATAAACAGATTTA--TTTTTTAA-ATCTACT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* **** * * * *
11127387 TTTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCATGTATGAACT-GAAAAAATTATTTTGTGACT-ACACA
438 ATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAATTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACA
* *
11127450 AAAGGTCA-AAATAATTTGAAATAGATAATTATT
500 AAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * ** * * *
11127483 CTAATAATCTTAACTATTTG-AACTAGTTTGGTGAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
11127547 TAATTTTTAGAATATTATTGATTTAAC-AATATTTTACTTT-GAATAAGCTTGAATGAATAGAAA
66 TAATTTTTAGAATATTAATAAATT-ACTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
11127610 CAATGGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCATAACT-ATTTG-AATTGGT--TTG-------A-T-A
129 CAATTGTTTTATGATAAACA-AAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCA
*
11127661 -AA-TA--T--A-T--TT---T-----G------TTTTTAAATCTCTTATTAATCTTTGAAATAT
191 TAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** * * * ** *
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256 TAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAAAG-AAACAATTATTTTATGACA
* * * * *
11127767 AAA-AAATGTCATAACT-ATTTGAAACAGATAATAGTTCAAAT-GGCATGACTATTTGAACTTGT
319 AAACAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
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** * *** *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTA
* * * * * * **
11128047 TTAATTTTTGGTATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACCGAAAC
65 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * ** * *
11128112 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGCTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTT-A
130 AATTGTTTTATGA-TAAAC-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTCA
* * * * * * *
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* * * *
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252 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * *
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*
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* ** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * **
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** * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *** **
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * **
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* ** * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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*
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** * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * ** * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * * * * *****
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* * ** **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * *
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* * * ** *
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66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTT
* * * * * * * * *****
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129 ATGATAAAAC-AAA-AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAATTT
* ** * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT-TA
* * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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*
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** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * * **
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* * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * ** * *
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* * *
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* **
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * *
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***
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** * * ** * ** *
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* * ** * * * * ** * * * * *
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11125316 AAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT--TTAGTATTTGAA-CGGATTTGGC
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*** * * * ** * *
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** * * * * * * *
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* * ** * ** * *
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* * * ** * *
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434 TATTT-CAAATAAACTTGTATGAAAT-AAACAA-TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * ** * *
11126216 ATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAAGAAATTTATT
496 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATT
* * * * ** * *
11126281 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCGTTATTTTATTCCAAATAA
561 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * * * ** *
11126346 ACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACTGAACA-AAAGGTTATAACGATTTCAAGTTTAC
626 GCTTGTATG-ATGAAAACAATTGTTTTATGA-T-AAAATAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * *
11126410 AATTGTTCAAATAGTC
688 AATTATTCAAATATTT
* * * * * * * *
11126426 AAACTATTTGAACTAGTTC-GGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATC--T-GTTATTAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAA-TTGGTCAAGTAAATA-ATTCATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * * * *
11126486 AGATTAATAACTTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGAATG-TTCA-AATACAATTGTTATA
64 ATAATAATAAATTAGTATTA--TTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA-ACAATTATTTTA
* * * ** * * * * ** * *
11126549 TGATGAAGCAAAAGAGTGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGA
124 TGATAAAAC-AAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAA
* * * * *
11126614 ACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTCAAATCACTTATTAATTTTCAAAAATATTAATAAATTA
187 ACT-GTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTT--AAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * * *
11126679 GTTTTATTTTATTTCAAATGAGCTTGTATGAACTTAAACAA-TTGTTCTATGACCAAACAAAATG
248 ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAAAAATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGG
* * * * * * * * *
11126743 TCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA-CTGCTTATG-TGAA
312 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAATTTG-TT-CGATAAA
* * *
11126806 TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-TGGAATATT-ATTAATTAGTATTATTTT
374 CAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * * * * * *
11126869 ATTCCGAATAAGCTTATATGGACTAAAACAATTACTTTATAATAGAGCAATAGGTTATAACAATT
435 ATTTCAAATAAACTTGTATGAAAT-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * *
11126934 TGAAATAGATAACTATTCAAATAG----GA--A--T----TGGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
499 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * *
11126987 TAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAGTAGGCT
564 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * ** ** * *
11127052 TCTATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTTGTAACAATTTAAAATAGATAATT
629 TGTATGATG-AAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* ****
11127117 GTTCAAATGGCCA
692 ATTCAAAT-ATTT
* * * * * * *
11127130 TAATTATTTGAAATGATTCGA-TAAGCTGACTT-ATTTTTTAAAT-TTCTAACTTATCAATTTTT
1 TAACTATTTGAATTG-GTCAAGTAA-AT-AATTCATTTTTTAAATCTT-T-ACTTATTAATTTTT
* * * * * *
11127192 -GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCCAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTT
61 AG-AATAATAATAAATTAGTATTA--TTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATT
*** * * * *
11127255 TTATGATAAAACCAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAATTCA-TCATAACTATT
121 TTATGATAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTTATAACTATT
* * * * * ** *
11127319 TAAACTTGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAATTTTTTGTGTATTAATGTTCT-GTATGTTA
184 TAAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTA---TTTTTAA--ATCTCT-TATTAAT-TT-TAAAATATTA
* * ** * * * * * *
11127383 ATAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCATGTATGAACTGAAAAAA-TTATTTTGTGACTAC
240 ATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAAAAATTTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * * * *
11127447 ACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTT
304 ATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-ATCATAACTATTTGAATTTGTTC
* * * * * * * * ** *
11127512 GGTGAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTGATTTAACAAT
368 GATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * *
11127577 ATTTTACTTT-GAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATGGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA
430 ATTTTA-TTTCAAATAAACTTGTATGAA-ATAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* *
11127640 ACTATTTG----A-AT--TGGTT----T-G--ATAA--A--T--A-----T--AT-------TTT
493 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACAGATTT
* *
11127671 -GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGA
558 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* ** * * *
11127730 ATTATTTTGTACAT-ATGAAAACAATTGCTTTATGATAAAA-AAATGTCATAACT-ATTTGAAAC
622 ATAAGCTTGT--ATGATGAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGTCATAA-TGATTTGAAAT
* ****
11127792 AGATAA-TAGTTCAAATGGCA
684 AAATAATTA-TTCAAATATTT
* * * * * * * ** *
11127812 TGACTATTTGAACTTGTTC-GGTGAATAGATTTATTTCTTCAATCTCCAACTCATTAATTTTTAG
1 TAACTATTTGAA-TTGGTCAAGTAAATA-ATTCATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
11127876 AATATTAATAAATTGATGTTATTTTTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAACAATTATTT
63 AATAATAATAAATT-A-G-TA-TTATTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTT
* ** * * *
11127941 TATGACAAAACAAAGGATCATAATGA-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
122 TATGATAAAACAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-
** ** * *** *
11128005 AAA-TCCTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGGTATTTTAATAA
185 AAACTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTT-AA-ATCT--CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAA
** * * * * * *
11128069 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACCGAAACAA-TTGGTTTATGACAAAACAA
244 ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAA-TA
* ** * * * * * ** *
11128133 AAAGCTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACATATTCAGA
307 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTGAATTTGTTC-GA
*
11128198 -AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTTA-TATTA
370 TAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * ** * * *
11128260 TTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGGCAAAACAAAATGCCATAAT
431 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-ATAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
11128325 GTTTTAAAATTGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAGATTCA
495 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTCAATAAACAGATTTA
* * **
11128389 TTTTTTAATTATCTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATA
559 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-A
* * * * * *
11128452 TAAGCTTATATGAATTG-AAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATAATTTGAAATA
623 TAAGCTTGTATG-A-TGAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA
* ****
11128516 GATAATTATTCAAATCGGCA
685 AATAATTATTCAAAT-ATTT
** ** * * * * *
11128536 TGGCTATTTGAACTTATTCAA-AAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA-
1 TAACTATTTGAA-TTGGTCAAGTAAATA-ATTCATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * * *
11128599 AATATTAAGAAATTAATATTATT-TTAATCCAAATAAG-TTATATAAATAGAAAGAATTGTTTTA
63 AATAATAATAAATTAGTATTATTATT--T--GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * ** ** *
11128662 TGATAAAATAGAAAGTCATAACCATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGCCATAAAGATTTGAA
124 TGATAAAACA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAA
*** * * * *
11128726 CTTGTTCAATGAATAGATTTATTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAC
188 C-TGTTTGGTAAACAGATTTATT-TTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAA
** ** ** * ** *
11128790 TTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAA-TCATTTTATGACAAAACAAA
245 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAAAATTTGTTTTATGACAAAATAAA
* * ** * * * * * * * *
11128854 AAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAATTATTTAAACTTGATC-AGTA
309 AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-ATCATAACTATTTGAATTTGTTCGA-TA
* * * * * **
11128918 AATAGATTCATCTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGGAATATTAATATCTTAGTATTATT
372 AACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * *
11128982 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-A
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* * * * * * * * * * *
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497 -TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACAGATTTATT
* * * * ** * * *
11129111 TTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCCAATAA
561 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* ** * * * * ** *
11129176 GCTTATATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAAAACAGAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATA
626 GCTTGTATG-ATGAAAACAATTGTTTTATGATAAAATA-AAAGTCATAATGATTTGAAATAAATA
** * **
11129241 ATTGCTCAACTAGTCA
689 ATTATTCAAATA-TTT
* *** * * *
11129257 TAACTCTTTGAA-TGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CCTATTAATTTTT-GAA
1 TAACTATTTGAATTGGTCAAGTAAATA-ATTCATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * * * ** * * * * * * *
11129317 ATATTAATAGATTAGAATTTTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGA
64 ATAATAATAAATTAGTA-TTATTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* ** * * *
11129382 -CAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTG
127 TAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACT-
* * * * * *
11129446 GATAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA
190 GTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTC-T---TATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * * ** *
11129511 TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA---
249 TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
* * * * * * * * **
11129572 -A-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTCTTAATTATTAGAACTAGTTTGGCAAACA
313 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA-ATA-TCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACA
* * * * * *
11129632 TATTTATTTTTTAAATTACTTAGTTATTAATTTT-TGGAATATTATTATATGAGTATTATTTTAG
376 AATTTATTTTTTAAATT--TTACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
11129696 TTCGACTAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAACGATTTG
437 TTCAAATAAACTTGTATGAA-ATAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
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501 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTC
11129805 GGTAAACATC
Statistics
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Consensus pattern (703 bp):
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TCAAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAAATAATTGTTCAAATATCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
TTTTACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
AATAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
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TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAACAATTGTTT
TATGATAAAATAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATATTT
Found at i:11124991 original size:896 final size:887
Alignment explanation
Indices: 11122129--11127649 Score: 3271
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11122119 AAAACAAAAG
* * * * *
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* * * * ** * *
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* * ** * * * * ***
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* * * * * * * * ** *
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191 TTGAACTTGCTCAA-TAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * * * * * *
11122379 ATTTAAATTAGCATTATTTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGA
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* * * * *
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317 AAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAA-AATTTATAACTATTTGAATT-
** * * * * * *
11122505 GTT-AGGAAAACAACTTTAGTTTCTAAATCTATAGCATATTAATTTTTGAAATA-TCAATAAATT
378 GTTCA-GAAAA-AAGATTAATTTTTTAAT-TTTTGCTTATTAATTTTTG-AATACT-AATAAATT
* *
11122568 AGTATTATTTTATTTCA-AAT----TT-TATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
438 AGTATTATTTTATTT-AGAATAAGATTGTATTAATA-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA
* * * * ** *
11122626 GGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGGCA-AATCTATTTGAACTTA-TTTAGT
501 GGTCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAT-TATTTGAAC-TAGTTTGGT
* ** * *
11122688 AAACAGATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTAT
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* ** ** * * * *
11122753 TTTATTTTGAATAAGA-TTGCATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAAT
623 TTTATTTCGAATAA-ACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
11122817 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTTCATTATTTAAATTGGTTTGGTAAACACATTTAT
687 GATTTGAAATAGATAATTA-TCCAATA-TCTTAACTATTTAAATTGGTTCGATAAACA-ATTTAT
* * *
11122882 TTTTTAAATC-TCTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGC
749 TTTTTAAATCTTCTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAAC
* * * *
11122946 TTGTATGAA-AAGAAACAATTTTTTTACGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAA
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* *
11123009 TTGTTCAAATAG
876 TAGTTCAAATAA
* * * * * *
11123021 TCATAACTATTTAAAGTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTC
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** *
11123082 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAAT-AGAAACAATTGTT
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*
11123145 TGTTGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGCCATAACTATT
129 T-TTGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATT
** * * *
11123209 TGAGTTTGCTCAGTAAACAAATTT-ATTTGTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTA
192 TGAACTTGCTCAATAAACAAATTTAATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * *
11123272 ATAAACTAG-ATTA-TTTATTTCGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGAGATA
255 ATAAAATAGAATTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGATAAA
** * * * *
11123334 ACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATGTGTTC
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* * * *
11123399 AGAAAACATATTTATTTTTTAATTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTA-TATT
382 AGAAAAAAGATTAATTTTTTAATTTTTGCTTATTAATTTTTG-AATACTAATAAA--TTAGTATT
* * **
11123463 ATTTTATTTGGAATAA-ACTTGGTA-TAA-ACGAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAATAAATT
444 ATTTTATTTAGAATAAGA-TT-GTATTAATA-G-AAACAATTATTTTATGATAAAAC-A-AAAGG
** * * * * * * *
11123525 TCATAATGATTTGAAATAGAA-ACTTATTCCAGTAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
503 TCATAACAATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-
* * * * * * *
11123589 TA-ATTCATCTTTT-AATCTCTTACTCAATAATTTTCAAATATATAATAAA-TCGTACTATTTT-
566 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT--TTTTAAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * ** **
11123650 TTT-TAAT-AGCCTATATGAACTGATATAA-TGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTCATAACAATT
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* * * *
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691 TGAAATAGATAATTA-TCCAATATCT-TAACTATTTAAA-TTGGTTCGATAAACAATTTATTTTT
* * * * * *
11123775 AAAATCTTTGACTTATTAATTGTTGAAATATTAATT-CATTAACATTATCTTAATTTGAGTAACC
753 TAAATC-TT--CTTATTAATT-TTGAAATATT-ATTAAATTAATATTAT-TTTATTTGAATAAAC
* * * * * *
11123839 TTGTAAGAACAAAAACAATTTTTTTATGACCAAACATAAA-GTCATAATGATTTCAAAAAAATAA
812 TTGTATGAAGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* *
11123903 TCGTTCAAATAG
876 TAGTTCAAATAA
* * * * * * *
11123915 TCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGAGTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGT
1 TCATAACTATTTGAAGTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * * * * *
11123980 TT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATCAAT-AGAATAAAATTA
64 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GATGAGAA-ACAATTG
* * * *** ** *
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127 TTTT-TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
* * * * * *
11124108 TTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
191 TTGAACTTGCTCAATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * *
11124173 TAAAATAGAATTATACTA-TTCTGAATAAGTTTATACGAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAA
256 TAAAATAGAATTATTTTATTTC-GAATAAGTTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
* * * * * *
11124237 TAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTGCAAAAATTTGTAACTATTTGCATTGGTCAAG
320 CAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAATTTATAACTATTTGAATTGTTC-AG
** * * * * * *
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* *
11124367 TCTATTTAGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACA
446 TTTATTTAGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
*
11124432 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTTA-TTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
511 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAA-TTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTAT
* * * *
11124496 TTATTAAATCTCTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACT
575 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
* * * * * *
11124560 TATATGTACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATT
640 TATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* *
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705 ATCCA-ATATCTTAACTATTTAAATTGGTTCGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTT-CTTATT
* * * * * * * *
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767 AATTTTGA-AATATTATTAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAAGAAAAACAA
* * * *
11124754 -TTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAAT-GTTTCAAATAA
830 TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAG-TTCAAATAA
* * * *
11124811 TCATAACTATTTGAAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTG-AAGTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** *
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65 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAGAAACAATTGTTT
* * * *
11124941 TATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAAT-GACCATAATTATT
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* * * ** * *
11125005 TTGAAC-TGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTA
191 TTGAACTTG-CTCAATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * **
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255 ATAAAATAGA-ATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTATATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGATA
* * *
11125130 AAACAAAGGTCATAACGATTTTTAAATAGATAATTGTTC-AAATTGTTCATAACTATTTGAACTT
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* * * *
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* * * * *
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441 ATTATTTTATTTAGAATAAG-ATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
11125321 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT-T-AGTATTTGAAC-GGATTTGGCAAA-T
504 CATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACA
* * * ** * * *
11125382 GCA-TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATGATTAGTTTAGCAATA-TTTAC
568 G-ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * *
11125445 TCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAAT-AGTTT
628 TTCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTT
* * * * * * *
11125508 GAGATAGATAATTGTTCTAATAGTC-AAACTATTTAAATTAGTTC-AGTAAATAGATTTAGTTTT
692 GAAATAGATAATT-ATCCAATA-TCTTAACTATTTAAATTGGTTCGA-TAAACA-ATTTATTTTT
* * * ** *
11125571 TAAAT-GTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGCATAATTTTTT
753 TAAATCTTCTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGT
* ** *
11125635 ATG-AGTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAAGAGATAATAGT
816 ATGAAG-AAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGT
*
11125699 TCAAATGGA
880 TCAAAT-AA
* * * * * ** * *
11125708 -CATGAGTATTTGAAGTTATTCGATAAACATAATTATTTTTTAAATCTCCGACTCATTAATGTTT
1 TCATAACTATTTGAAGTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * ** * * *
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** * * * * * ** * * *
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** * * ** * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * ***
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* * * ** * * * *
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**
11126598 GG
886 AA
* * * * * * * *
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* * * ****
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * **
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* * * * **
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* * * * * * * * * * **
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* * * * ** * * * * * *
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508 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAGATT
* * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * *
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698 GATAATTATCCAA-T-ATCTTAACTATTTAAA-TTGGTTCGATAAACA-ATTTA--TTTTTTAA-
* * * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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817 TGAA--GAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAG
*
11127481 TTCTAATAA
879 TTCAAATAA
* * * * * * *
11127490 TCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGTGAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAGTGA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * ** * * * *
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128 TTT-TGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAA
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CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAG
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ATTAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAAGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAA
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11125617 TATTCTGCAT
*
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1 AATTTTTTATGAGCAAAAAC
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11125665 CAAATTGTCA
Statistics
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** * * * *
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** *** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** * *
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*** ** ** *
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* ** * *
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* * * ** * *
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1 -TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCATATTATTTTATT
* ** * * * * **
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* * * * *
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* * * **
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* * * * ** *
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* * * * **
11123545 -AACTTATTCCAGTAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATA-AAT-TAA
314 TAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATT--ATAGAATAT-A
* * * * * * *
11123592 TTCATCTTTT-AATCTCT-TACTCAATAA-TTTTCAAATATATAATAAA-TCGTACTATTTT-TT
1 TT-ATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTCATATTATTTTATT
* * * * * * * * *
11123652 T-TAAT-AGCCTATATGAACT-GATATAA-TGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTCATAACAATTT
64 TCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGG-TCATAACGATTT
* * * * * *
11123713 G-AATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTT
126 GAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT
* * * ** ** * * * *
11123775 AAAATCT-TTGACTTATTAATTGTTGAAATATTAATTCATTAACATTATCTTAATT-TGAGTAAC
190 TAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCCGAATAAA
* ** * * * * * *
11123838 CTTGTAAGAACAAAAACAATTTTTTTATGACCAAACATAAA-GTCATAATGATTTCAAAAAAATA
253 CTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
11123902 ATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTTATTCGGTA-AATAGA
316 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATT--ATAGAATATA
* ** ** *
11123947 GTTATTTTTTAAAATAT-TTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAA
1 -TTATTTTTT-AAATCTCTCAACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTAT
* * * * * *
11124010 TTGAAATAAGCTTGTATCAATAGAATAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTT
63 TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA-AAAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * * *
11124075 GAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCAATTTTT
126 GAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * ** * **
11124140 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATACTATTCTGAATAAGTTT
191 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTT
* * * * * * *
11124205 ATACGAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAATAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTG
256 GTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * * * *
11124269 TGCAAAAATTTGTAACTATTTG-CATTGGTCA-AGCCAATAGA
320 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATTATAG--AATATA
* * * * * *
11124310 TTCATTTTTTAAATCTGT-TACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATT-AGCATTACTCTAT
1 TT-ATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAT
* * *
11124372 TT-AGAATAAGA-TTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATT
63 TTCA-AATAA-ACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAA-GGTCATAACGATT
* * * ** * *
11124435 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTA
125 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
** * * * *
11124499 TTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAAC
189 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC
* * * * * * * *
11124559 TTATATGTACA-AAAATATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAA
254 TTGTATG-A-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
11124623 TTATCCACAT--TCTTAACTATTT-AAATTGGTTCGACA-AACGA-A
317 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATT--ATAGAA-TATA
* * * *
11124665 TTTATTTTTTAAATCT-T-AA-TTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATT-AGTACTATTTTAT
1 -TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAT
* * * * *
11124725 TTCAAATAAATTTGTATGAAGATAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
63 TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
11124789 AAATATATAA-TGTTTCAAATAATCATAACTATTTGAAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTT
127 AAATAGATAATTGTTT-AAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT
** * * *
11124853 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGCATAAGCT
190 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACT
* * *
11124918 TGTATG-ATGACAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
255 TGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
11124982 TGTTTCAAAT-GACCATAATTATTTTG-AACTGATTCAATA-AACTA-A
318 TG-TTCAAATAG-TCATAACTA-TTTGAAAGTGATT--ATAGAA-TATA
* * * *
11125027 TTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 -TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTT
** * * * * * *
11125091 GGAA-AAGCTTTTATAAACTA-AAATAATTAATTTATGATAAAACAAAGGTCATAACGATTTTTA
65 CAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAGGTCATAACGA-TTTGA
* * * *
11125154 AATAGATAATTGTTCAAATTGTTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-AAGACTTAATTTTT
128 AATAGATAATTGTTTAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA-A-TTTATTTTT
* * * * * ** * *
11125218 T-TAT-TTTTGCTTATTAATTTTCT-GAAT-GTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGC
190 TAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC
* * * * * * *
11125279 ATGTATAAATTGAAACAATTATATTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAAT
254 TTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
11125344 TATTCTAATAGT--TTAGTATTTGAACG-GATT-TGGCAA-ATGCA
318 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATTATAG-AATAT--A
* * * ** * *
11125385 TTATTTTTTAAATTTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATGATTAGTTTA-GCA-A-TA-TTTAC
1 TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTT-GAA-AT-ATTAATAAATTCATATTATTTTAT
* * * ** * * *
11125445 TCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAA-TAGTTTG
63 TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAGGTCATAACGA-TTTG
* * * * * *
11125509 AGATAGATAATTGTTCT-AATAGTCA-AACTATTTAAATTAGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTT
127 AAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * **
11125572 AAA--T-GT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGCATAATTTT
191 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTT
* * * ** * * *
11125633 TTATGAGTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAAGAGATAATAG
256 GTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
11125698 TTCAAATGGACATGAGTATTTG-AAGTTATTCGATA-AACATAA
320 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATT--ATAGAATAT-A
* * * **
11125740 TTATTTTTTAAATCTC-CGACTCATTAATGTTT-AGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTT
1 TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCATATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
11125803 CAAATAAATTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTT-TAACAAAACAAAAGATCATAATGGTTTGAA
65 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAA
* * *
11125867 ATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CTCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAA
129 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
11125931 ATCTTTTACTAATTAGTTTTGGGAATTTTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTT
193 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGT
* * * *
11125996 ATGAATGAGACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTC
258 ATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
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323 AAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATTATAGAATATA
*
11126096 -T-TTTTTTAAATCTCTC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTT-TTTC
1 TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTT-
* ** * **
11126157 CAAATAAACTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATTATTTGA
65 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAA-TTATTTTATGATAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGA
* * * * *
11126222 AATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAAGAAATTTATTTTTTAA
128 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * ** *
11126287 ATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGT
193 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGT
* * ** * * * ** *
11126352 ATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACTGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAGTTTACAATTGTT
258 ATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
11126417 CAAATAGTCA-AACTATTTGAACTAGTTCG-GTA-A-ACAGAT-
322 CAAATAGTCATAACTATTTGAA--AG-T-GATTATAGA-ATATA
* * * *
11126456 TTA-TTTTTAAA--TCT---GTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAACTT-AGTATTATTTTATTA
1 TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATT-
* * * * * * * * * *
11126514 T-AAATAAGCTTGAATG-TTCA-AATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGAGTGATAATGATT
64 TCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAA-AAAATTATTTTATGATAAAAC-AAAG-GTCATAACGATT
* * * * * * * * * * *
11126576 TGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTT
125 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT
* *** * * * * *
11126641 CAAA--TC--ACTTATTAATTTTCAAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATGAGC
190 TAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAAC
* * * * *
11126702 TTGTATGAACTTAAACAATTGTTCTATGACCAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAGTAGATAAT
254 TTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
11126767 TGTTCATATAGTCTTAACTGTTTG-AACTGCTTATGTGAATAAA
318 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATTAT-AGAATATA
* * * *
11126810 TTTATTTTTTAAATCTCT-TAGTTATTAATTTTTGGAATATT-ATTAATT-AGTATTATTTTATT
1 -TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATT
* * * * * * * * * * * *
11126872 CCGAATAAGCTTATATGGACTA-AAACAATTACTTTATAATAGAGCAATAGGTTATAACAATTTG
64 TCAAATAAACTTGTAT-GAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAA-AGGTCATAACGATTTG
* * * * *
11126936 AAATAGATAA----CT--AT--TCA-AA-TA--GGAATTGGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTT
127 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * **
11126988 AAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAGTAGGCTT
191 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTT
* * * * ** * *
11127053 CTATG-ATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTTGTAACAATTTAAAATAGATAATT
256 GTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * **
11127117 GTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAA-TGATTCGATAAGCTGA
319 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGATTATAGAATAT-A
* * * *
11127159 CTTATTTTTTAAATTTCT-AACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 -TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTT
* * * * * *** *
11127223 CCAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAGGTCATATTTATTTTA
65 CAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGATAAAA-CAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
11127287 AATAGATAATTGTTTAATTCA-TCATAACTATTTAAACTTGTT-AGGTAAATAGATTTATTTTTT
128 AATAGATAATTGTTTAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAAATTTA-TTTTT
* * ** * * * * * * **
11127350 TTAAT-TTTTTGTGTATTAATGTTCT-GTATGTTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAGG
190 TAAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAA
* * * * * * * **
11127413 CATGTATGAACTGAAAAAATTATTTTGTGACTACACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAA
253 CTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
11127478 TTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGT--TTGGT-GAACACA
317 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--AGTGATT-ATAGAATATA
* * * * * * * *
11127522 TTTATTTTTAAAATCTCT-TACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTGATTTAACAATATTTTACT
1 -TTATTTTTTAAATCTCTCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCATATTATTTTA-T
* * * * ** * * *
11127585 TT-GAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACTATTTGA
63 TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAGGTCATAACGATTTGA
11127649 A
128 A
11127650 TTGGTTTGAT
Statistics
Matches: 4002, Mismatches: 843, Indels: 566
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
345 1 0.00
346 25 0.01
347 1 0.00
348 6 0.00
349 142 0.04
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366 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
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AAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATG
AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAAAGTGATTATAGAATATA
Found at i:11126765 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 11122182--11126777 Score: 996
Period size: 176 Copynumber: 25.7 Consensus size: 175
11122172 AAATCTCTTG
** * * * ** * *
11122182 CTTATTAATTTTTCAAGTGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG
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* * ** * * * * *
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*** * ** ** * * * *
11122312 TTTAACTATTTAAACTGGTTAAGCAAATACACTT-ATTTTTTAAATC-
130 CCAAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGA-TTCA-TTTTCAAATCA
* ** * *
11122358 TTTCGCTAATTTTCACAATATATT--TAAATTAGCATTATTTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGA
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* * ** * * * * * *
11122420 TC-AGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACCAAGA-TCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTCA
62 ACTA-AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAG-TAGATAATTATTCA
** * ** * * * *
11122482 AATAATCATAACTATTTGAATTGGTTAGGAAAACA-ACTTTAGTTTCTAAATCTATA
125 AATAGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGA-TTCATTTTC-AAATC---A
* ** * *
11122538 GCATATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT----TT-TATGAAAT
1 -CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * * *
11122598 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA
* * ** * * *
11122662 GGCAAATCTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTAATTTTTTTAAATCT
129 GCCAAA-CTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA--TTTTCAAATCA
*** * * ** * *
11122712 CTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGCATGA
1 C-T--T-ATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * * *
11122777 ATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
62 ACTAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAA
* *** * * * ** * * * * *
11122842 TATTCTTCATTATTTAAATTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
127 TA-GCCAAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAATCA
* *** * * * *
11122893 CTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-A
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
11122956 AGAAACAATTTTTTTACGA-CAAA-ATAAAGATCATAATGATTTG-AGATAGATAATTGTTCAAA
65 A-AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAG-TAGATAATTATTCAAA
* * * ** * * * *
11123018 TAGTCATAACTATTTAAAGTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCT
127 TAGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAATCA
* ** *
11123069 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAA-T
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * * *
11123132 AGAAACAATTGTT-TGTTGACAAAAC-AAAAGATCATAAATATTTGAAATAAATATTTGTTCAAA
65 A-AAACAATTGTTAT-ATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAA
** *** * * * * *
11123195 TAGCCATAACTATTTGAGTTTGCTCAGTAAACAAATTTATTTGTAAAATTTTTTA
127 TAGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCATTT-TCAAA----TCA
* * * * * *
11123250 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAG-ATTA-TTTATTTCGAATATGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * ** * *
11123313 AAACAATTAGTT-TATGA-GATAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
66 AAACAATT-GTTATATGACCA-AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA
** * ** * * * * * * **
11123376 GTTATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAATTTTTG
129 GCCA-AACTATTTGAACT-AATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAA--ATCA
** ** * *
11123427 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAACTTGGTATAAA
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAA--TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA
* * * ** * * * *
11123491 CGAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAATAAATTTCATAATGATTTGAAATAGA-AACTTATTCC
63 CTAAAACAATTGTTATATGACCAAACAA-AAA-GTCATAACGATTTGAAGTAGATAA-TTATTCA
* ** ** * * * *
11123555 AGTAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATTA-ATTCATCTTT-TAATCT
125 AATAGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAA-CAGATTCAT-TTTCAAATCA
* * * * * *
11123607 CTTACTCAATAATTTT-CAAATATATAATAAA-TCGTACTATTTT-TTT-TAAT-AGCCTATATG
1 CTTA-T---TAATTTTAAAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * *
11123667 AACTGATATAA-TGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTCATAACAATTTGAA-TAGATAATTATTCA
61 AACTAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCA
* * * ** * *
11123730 AATAGCTATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTAAAATCTTTGA
125 AATAGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAATC----A
* ** ** * * * * *
11123786 CTTATTAATTGTT-GAAATATTAATTCATTAACATTATCTTAATTT-GAGTAACCTTGTAAGAAC
1 CTTATTAATT-TTAAAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * ** * **
11123849 AAAAACAATTTTTTTATGACCAAACATAAAGTCATAATGATTTCAAAAAAATAATCGTTCAAATA
64 TAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
11123914 GTCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGAGTT-ATTTTTTAAAATATTTTA
129 GCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGA-TTCA--TTTT-CAA-A--TCA
** * * * *
11123968 CTTATTAATTGTT-TGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATCAA-T
1 CTTATTAATT-TTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * * * * * * *
11124031 AGAATAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAAT
65 A-AA-ACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAAT
* * ** ** * *
11124096 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCAATTTTTAAATCTCTTA
128 AGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTC-ATTTTCAAA--TC--A
** * * ** * * * *
11124150 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATACTA-TTCTGAATAAGTTTATACGAAC-
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
11124213 AGAAACAATTGTTTTGTGA-TAAA-ATAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTGCAAAA
65 A-AAACAATTGTTATATGACCAAACA-AAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAAT
**** * *** * ** * *
11124276 ATTTGTAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCTGTTA
128 A-GCCAAACTATTTGAACTAATTC-GGTAAACAGATTCA-TTTTCAAATC----A
* * * * * * * *
11124330 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGCATTACTCTATTT-AGAATAAGATTGTATTAA-T
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACT
* * ** ** * * * *
11124393 AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 A-AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA
** * * * * *
11124458 GTTATAACT-TATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTATTAAATCT
129 GCCA-AACTAT-TTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCATTT-TCAAATCA
* * * * * *
11124507 CTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGTACAA
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * * * * * * * *
11124571 AAATATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTATCCACAT-TC
66 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGC
** * * ** ** * *
11124635 TTAACTATTTAAATTGGTTCGACAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTTA
131 CAAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAG-ATTCA-TTTTCAAATC--A
* * * * * * ** *
11124683 ATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAA-GA
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * ** * * * *
11124747 TAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATGT-TTCAAATA
66 -AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAAT-TATTCAAATA
** ** ** * * *
11124810 ATCATAACTATTTGAAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
129 GCCA-AACTATTTG-AACTAATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAA--TC--A
* **
11124864 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGCATAAGCTTGTATG-A-TG
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-
* ** * * *
11124927 ACAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAA
65 A-AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAGTAGATAATT-ATTCAAA
* * ** * *
11124991 T-GACCATAATTATTTTGAACTGATTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTTCAA
127 TAG-CCA-AACTA-TTTGAACTAATTCGGTAAAC-AGATTCA-TTTTCAAA---TC-A
* * ** * * ** * *
11125047 CTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGAA-AAGCTTTTATAAACTA
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * ** * * * * *
11125111 AAATAATTAATT-TATGATAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATT
66 AAACAATT-GTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * * ** **
11125174 GTTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGACTTAATTTTTTTATTTTTG
129 G-CCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGA-TTCA--TTTTCA-AATCA
*** * * ** * * * * *
11125227 CTTATTAATTTTCTGAAT-GTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCATGTATAAATTG
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * *
11125291 AAACAATT-ATATTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
66 AAACAATTGTTA-TATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAG
*** * ** * * * *
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130 CCAAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAG-ATTCA-TTTTCAAA--TC--A
* * * * ** * * * * *
11125404 CTTATTAATTTTTAGAATATGATTAGTTTAGCAATA-TTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * ** * * * *
11125467 GAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAGA-TCATAA-TAGTTTG-AGATAGATAATTGTTCTAAT
66 -AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAG-TAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * **
11125529 AGTCAAACTATTTAAATTAGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATGT
128 AGCCAAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAATCA
** * ** * *
11125578 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGC--ATAATTTTTTATG-AG
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-CAAATAAGCTTGTATGAAC
* * ** *
11125640 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAAG-AGATAA-TAGTTCAA
64 T-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTG-AAGTAGATAATTA-TTCAA
* * * * * * * * *
11125703 ATGGACATGAGTATTTGAAGTTATTCGATAAACATAATT-ATTTTTTAAATCTCCGA
126 ATAGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACA-GATTCA-TTTTCAAA--T-C-A
* * * ** *
11125759 CTCATTAATGTTT-AGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATG-AGT
1 CTTATTAAT-TTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
11125822 AGAAACAATTGTT-TTTAACAAAAC-AAAAGATCATAATGGTTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT
65 A-AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAAT
* * ** * * *
11125885 AGTCATAACTATTTGAACT-CTCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
128 AGCCA-AACTATTTGAACTAAT-TCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAATC----A
* * *** * * * * * * *
11125939 CTAATTAGTTTTGGGAATTTTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTTTATGAA-TG
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
11126003 AGACAATTGCTT-TATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAG
66 AAACAATTG-TTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * *
11126067 TCATAACTATTTG-A--AAGT--GTTTAGA-ATT-ATTTTTTTAAATCTCTCA
130 CCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA--TTTTCAAA----TCA
** * * * *
11126113 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT-TTTCCAAATAAACTAGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-CAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * ** ** * * * *
11126176 TCAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTATA
64 T-AAAACAA-TTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
11126240 TAGTCTTAAA-TATTTGAACTAGTTCAGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
127 TAG-C-CAAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAA--TC--A
* *** * * ** * *
11126295 ATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TA
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-
* * ** * * * ** * *
11126359 AAAATAATTGTTTTATGACTGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAGTTTACAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
11126424 TCAAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCT
130 CCAAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCATTTTCAAATCA
* * * * * **
11126470 GTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAACTTAGTATTATTTTATTAT-AAATAAGCTTGAATGTTC-
1 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACT
** * * * * * *
11126533 AAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGAGTGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACAT
65 AAA-ACAATTGTTATATGACCAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAAT
* *
11126598 GGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTCAAATCA
128 AGCCA-AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCA-TTTTCAAATCA
* *
11126648 CTTATTAATTTTCAAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATGAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTT-AAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
11126713 TAAACAATTGTTCTATGACCAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCATATAG
65 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAG
11126778 TCTTAACTGT
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AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGC
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** * *
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* * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* *
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126 AAAATAGATAACTATTCAAAT
11127125 GGCCATAATT
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
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* * ** * * *
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* * * ** * * * *
11124435 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTTA-TTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTA
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* * *
11124499 TTAAA-TCT-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAAT--TA-ATATTATTTTATTT-CAAACAA
188 TTAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATATATTTTATTTT-TTTCCAAATAA
* * * * * * *
11124557 ACTTA-TATG--TACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
252 AC-TAGTATGAATTCAAAAA-ACTTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
11124619 ACAATTATCCACAT--TCTTAACTATTTAAATTGGTTC-GACAAACG-AATTTATTTTTTAAA--
315 ATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAG-CAAA-GAAATTTATTTTTTAAATC
*** * * * * *
11124678 TCTTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATG
378 TCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG
* * * * * * * * *
11124743 AAGATAAATAATT-TTTTATG-ATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA-TATAATGTTTC
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* * * *
11124805 AAATAATCATAACTATTTGAAACTGGTTCAATAAAC
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* * * *
11124841 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * * * *
11124906 TTCGCATAAGCTTGTATGATGACAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-TTCATAATGATTT
65 TCCTAATAAGCTTCTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATT-GTAACGATTT
* * * * *
11124970 GAAATAGATAATTGTTTCAAATGACCATAATTATTTTGAACTGATTCAATAAACTAATTTATTTT
129 GAAATAGATAATT-ATTCAAATGGCCATAATTA-TTTGAAATGATTC-GT-AAC-GA-TTATTTT
* * * **
11125035 TTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-A-ATA--TTATTTTATTT-GGAA
188 TTAAA--TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAATATATTTTATTTT-TTTCCAAA
* ** * * * *
11125095 -AAGCTTTTATAAACT-AAAATAA-TTAATT-TATGATAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTTTAA
249 TAAACTAGTATGAATTCAAAA-AACTT-ATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA
* * * * * * *
11125155 ATAGATAATTGTTCAAATTGTTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-AAGACTTAATTTTTT
311 ATAGATAATTGTTCATATAG-TCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAAGAA-A-TTTATTTTTT
* * ** * * * * * *** * * *
11125219 -TAT-TTTTGCTTATTAATTTTCT-GAAT-GTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCA
373 AAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACT
* * ** * * * *
11125280 TGTATAAATTGAAACAATTA-TATTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTT-G-A-AATAGAT
437 TATATGAATAAAAACAATTACT-TTATGAATGAACAAAAGGTTATAACAATTTAGTACAATAGAT
* * * * * * * * ** ***
11125341 -AATTATTCTAATAGTTTAGTATTTGAACGGATTTGGC
501 CAAATAGTC-AA-ACTATGGAACTAGTTC-GA-TAAAC
* * * * ** * *
11125378 AAATGCATTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATGATTAGTTTAGCAATA-
1 AGAT---TTATTTTTTAAATCTT-TTAC-TATTAATTTTTGA-AATTTTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * **
11125440 TTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAGCAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAGATCATAA-
60 TTTATTCCTAATAAGCTTCTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATTGTAAC
* * * * * * * * *
11125502 TAGTTTGAGATAGATAATTGTTCTAATAGTCA-AACTATTT-AAATTAGTTCAGTAAATAGATTT
124 GA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGA-TTC-GT-AA-CGA-TT
* * * * ***
11125565 AGTTTTTAAA-TGT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT--TA-ATATTATTTTATTCTGC
183 ATTTTTTAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATATATTTTATTTTTTTCCAA
** ** * * * * ** *
11125625 ATAATTTTTTATG-AGT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAA
248 ATAAACTAGTATGAATTCAAAAA-ACTTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * * *
11125688 GAGATAATAGTTCAAATGGACATGAGTATTTGAAGTTA-TTC-GATAAACATAA-TTATTTTTTA
312 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-CTAGTTCAG-CAAAGA-AATTTATTTTTTA
** * * * * * * * * * * *
11125750 AATCTCCGACTCATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTG
374 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTA
* * * * ** * * *** *
11125815 TATGAGTAGAAACAATT-GTTT-TTAACAAAACAAAAGATCATAATGGTTTGAAATA-AATAATT
439 TATGAATAAAAACAATTACTTTATGAA-TGAACAAAAGGTTATAACAATTT--AGTACAAT-A--
* * * * *
11125877 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CTCTCAATAAAC
498 GATCAAATAGTCA-AACTA-TGGAACTAGT-TCGATAAAC
* * * * *
11125916 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTTTGGGAATTTTAATAAAATAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-ATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * **
11125981 TCCGAATAAACTTTTATGAATG--AGACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
65 TCCTAATAAGCTTCTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATTGTAACGATTT
* * * *
11126044 GAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTG-TT--T-A-GAATTATTTTTTTA
129 GAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAA-TGATTCGTAACG-ATTA-TTTTTTA
*
11126104 AATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT--T-CATTTTATTTTTTTCCAAATAAAC
191 AAT-TCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATATATTTTATTTTTTTCCAAATAAAC
* * **
11126166 TAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATTATTTGAAATAGATAA
254 TAGTATGAATTCAAAAAACTTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
*
11126231 TTGTTTATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
319 TTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
* *
11126296 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAA
384 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAAA
* ** * * * *
11126361 AATAATTGTTTTATGACTGAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTC
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* *
11126426 AAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
510 AAACTA-TGGAACTAGTTCGATAAAC
* * ** *
11126452 AGATTTA-TTTTTAAATC-TGT--TATTAATTTTTAAAAGATTAATAACTTAGTATTATTTTATT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * ** * *
11126513 -ATAAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTATATGA-TGAAGCAAAAGAGTGATAATGATT
66 CCT-AATAAGCTTCTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAG-AAAAGATTG-TAACGATT
* * * * *
11126576 TGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTT
128 TGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTC-GT-AAC-GATT-ATTTTT
* ** * *
11126641 CAAA-TC-ACTTATTAATTTTCAAAAATATTAATAAAT--TA-GTTTTATTTTATTT-CAAATGA
189 TAAATTCTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATAATATATTTTATTTT-TTTCCAAATAA
* * * * * * *
11126700 GCTTGTATGAACTT-AAACAA-TTGTTCTATGACCAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAGTAGA
252 ACTAGTATGAA-TTCAAAAAACTTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * ** *
11126763 TAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACT-GCTT-ATGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCT
316 TAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAG-TTCA-GCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
11126826 CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGG
379 CTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTATAT-G
* * * *
11126890 ACT-AAAACAATTACTTTAT-AATAGAGCAATAGGTTATAACAATTT-G-A-AATAGAT-AACTA
443 AATAAAAACAATTACTTTATGAAT-GAACAAAAGGTTATAACAATTTAGTACAATAGATCAAATA
* * *
11126949 TTCAAA-TA-GGAATTGGTTCGATAAAC
507 GTCAAACTATGGAACTAGTTCGATAAAC
11126975 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
11127040 TCCTAGTAGGCTTCTATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTTGTAACAATTTA
65 TCCTAATAAGCTTCTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATTGTAACGATTTG
*
11127105 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCGATAAGCTGACTTATTTTTTA
130 AAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCG-TAA-C-GA-TTATTTTTTA
*
11127170 AATTTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
191 AA-TTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAATA-TATTTTATTT
11127223 CCAATAAGCT
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CCTAATAAGCTTCTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATTGTAACGATTTGA
AATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCGTAACGATTATTTTTTAAATTC
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATATATTTTATTTTTTTCCAAATAAACTAGTATG
AATTCAAAAAACTTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
TATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
TTTTTGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAAAAACAATT
ACTTTATGAATGAACAAAAGGTTATAACAATTTAGTACAATAGATCAAATAGTCAAACTATGGAA
CTAGTTCGATAAAC
Found at i:11127347 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 181
11126960 ATTGGTTCGA
* * * * *
11126970 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAATATTA
* * * * * * * ** * **
11127034 TTTTATTCCTAGTAGGCTTCTATG-A-TGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTTGTA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAGGTCATA
* * * * *** * * *
11127097 ACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAA-T-GATTCGA
128 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCATAACTATTT-AAACTAG-TTAGG
* ** * * * **
11127151 TAAGCTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 TAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAATATTAT
* * * *
11127216 TTTATTTCCAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAGGTCATATTT
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAGGTCATAATA
* * * *
11127281 ATTTTAAATAGATAATTGTT-TAATTCATCATAACTATTTAAACTTGTTAGG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAATCATAACTATTTAAACTAGTTAGG
* * * ** * * * *
11127332 TAAATAGATTTATTTTTTTTAATTT-TTTGTGTATTAATGTTCTG-TATGTTAATAATTTAGTAT
1 TAAACACATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAATTTAATAT
* * * * * * * *
11127395 TATTTTATTTCAAATAGGCATGTATGAACTGAAAAAATTATTTTGTGACT-ACACAAAAGGTCAA
63 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACCAAAGGTCAT
* * *
11127459 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGG
127 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTAGG
* * * * * * *
11127514 TGAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTGATTTAACAATA
1 TAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAATTTAATATTA
* * * * *
11127578 TTTTACTTT-GAATAAGCTTGAATGAA-TAGAAACAATGGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATA
65 TTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAGGTCATA
11127640 ACT-ATTTGAA
128 A-TAATTTGAA
11127650 TTGGTTTGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 10 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAATATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAGGTCATAATA
ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTAGG
Found at i:11128441 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11127635--11129788 Score: 1605
Period size: 181 Copynumber: 12.0 Consensus size: 181
11127625 AAAACAAAGA
* * * * *
11127635 TCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATATATTT-TGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATCT
1 TCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
11127694 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATTA--TT-T-TGTACATATGAAAACAA
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATG-A-ATA-G-AAACAA
* * * * * *
11127754 TTGCTTTATGA-TAAA-AAAATGTCATAACTATTTGAAACAGATAA-TAGTTCAAAT-G
124 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAG
* * * * * * * * ** *
11127809 GCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAGATTTATTTCTTCAATCTCCAACTCATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
11127874 -AGAATATTAATAAATTGATGTTATT-TTTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAACAATT
66 GA-AATATTAATAAATT-A-G-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAG-AAACAATT
* ** * *
11127937 ATTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAATGA-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** *
11127992 TCATAACTATTTGAA-ATCCTT-GGTAAATGGATTTATTTTTTAAATAT-TTAACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTT
** * * ** * ** *
11128054 TTGGTATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACCGAAACAATTGGT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTT
*
11128119 TTATGACAAAACAAAAAGCTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
129 TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
11128173 TTATAGCTATTTGAACATATTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACATGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
11128236 TGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATT
65 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTT
* * * *** * * *
11128300 TTATGGCAAAACAAAATGCCATAATGTTTTAAAATTGATAATTGTTCAGATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
11128353 TCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAATTATCTTACTTATTAA-TTTC
1 TCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
11128417 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
11128482 ATTACAAAATAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATCG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * * * * *
11128533 GCATGGCTATTTGAACTTATTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGT
1 TCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
11128597 CAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-TTATATAAATAGAAAGAATTGTTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
11128661 ATGATAAAATAGAAA-GTCATAACCATTTGAAAA-A-ATAATTGTTCAAATAG
131 ATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * * * *
11128711 CCATAAAGATTTGAACTTGTTCAATGAATAGATTTATTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
1 TCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-
* * ** * * * **
11128776 TT--AATATTAATAACTTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAATCATT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
11128839 TTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTAAAATAA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
11128892 TCATAATTATTTAAACTTGATC-AGTAAATAGATTCATCTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACATGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** ** * * *
11128956 TGGAATATTAATATCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
11129021 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACACTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * * *
11129073 TCATGAGTATTTGATC-TAGTTCGATAATCATATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGT
1 TCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * *
11129137 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCCAATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * ** *
11129202 TATAACAAAACAGAAA-GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTCAACTAG
130 TATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
11129254 TCATAACTCTTTG-A-ATGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
11129313 TGAAATATTAATAGATTAGAATT-TTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
** *
11129377 TATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
11129428 TCATAATTATTTAAAC-TGGATAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
11129492 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATTGT
65 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATAGAAACAATTGT
* *
11129555 TTTATGACAAAAC--AA----A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAA-ATAG
* * * * ** * *
11129602 TCTTAATTATTAGAAC-TAGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT-TACTTAGTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACAT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
11129665 TTGGAATATTATTATATGAGTATTATTTTAGTTCGACTAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
11129730 TTATGACAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
11129783 TCATAA
1 TCATAA
11129789 TTGTTTAAAT
Statistics
Matches: 1581, Mismatches: 325, Indels: 141
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 7 0.00
174 213 0.13
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176 32 0.02
177 2 0.00
178 89 0.06
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
Found at i:11130162 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 11130000--11130257 Score: 342
Period size: 130 Copynumber: 2.0 Consensus size: 130
11129990 TCACTTATCA
* *
11130000 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
1 ATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * *
11130065 TG-TTT-TGTAACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATA
66 TGCTTTATGT--CAAAATAAAAAGGTCATAAT-ATTTTAAACAAACAATTGTTCAAATAGTCATA
11130127 ACG
128 ACG
* * * * * *
11130130 ATTTTTAAAATATTAAGCAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAGGCTTTTATGAACTAAAACAAT
1 ATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* *
11130195 TGCTTTATGTCAAAATAAAAAGGTCATAATATTTTAAACAAATAATTGTTCAAATAGTTATAA
66 TGCTTTATGTCAAAATAAAAAGGTCATAATATTTTAAACAAACAATTGTTCAAATAGTCATAA
11130258 TTATTAAAAA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 14, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (130 bp):
ATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
TGCTTTATGTCAAAATAAAAAGGTCATAATATTTTAAACAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACG
Found at i:11131485 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 11130944--11131610 Score: 788
Period size: 361 Copynumber: 1.8 Consensus size: 362
11130934 TCAAAAGCTT
* * * * * * *
11130944 ATAACTATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAGA
** * *
11131009 TTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTC
66 TTTATTTTTTTAAATCTCTTGATTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTC
* ** * * * *
11131074 TAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACTATTTCAA
131 CAAATAAAATAGTATGAACTAAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAA
* * ** * * *
11131139 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAGCCATTT-GAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
196 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTGGAA-TGATTCGGTAAACAAATTCACTTTTTAA
* ** * *
11131203 ATCTCTTCTTTTTTAATTTT-TAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAAATAAAATAAGCTTG
260 ATCTCTTATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAATAAAATAAGCTTG
11131267 TATGACCAAAACAATTTTTTTGCGATAAAAGAAAATGTC
324 TATGACCAAAACAATTTTTTTGCGATAAAAGAAAATGTC
* * ** *
11131306 ATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAGA
* * * * *
11131371 TTTA-TTTTTTAATTTTCTTGATTATTAAGTTTTGGAATACTT-TTAAATTACTATTATTTTATT
66 TTTATTTTTTTAAATCTCTTGATTATTAAGTTTTGGAATA-TTAATAAATTAATATTAATTTATT
* * * * **
11131434 CCAAGTAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTATTTAATGA-TAAAATAAAAGGTTATTACGATTT
130 CCAAATAAAATAGTATGAACTA-AAACAATTATTTAATGACT-AAACAAAAGGTCAAAACGATTT
* * * * *
11131497 CAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGGAATGGTTTGGTAAATAGATTCACTTTTT
193 CAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTGGAATGATTCGGTAAACAAATTCACTTTTT
11131562 AAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
258 AAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
11131611 AATTTCAAAC
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 51, Indels: 11
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 3 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (362 bp):
ATAACGATTTGAAATAGACAATCGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAGA
TTTATTTTTTTAAATCTCTTGATTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTC
CAAATAAAATAGTATGAACTAAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTGGAATGATTCGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA
TCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAATAAAATAAGCTTGTA
TGACCAAAACAATTTTTTTGCGATAAAAGAAAATGTC
Found at i:11131601 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11130130--11131787 Score: 974
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
11130120 AGTCATAACG
** ** * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** ** *
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* * * * * * *
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* ** * * ** *
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* * **
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * **
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* ** * * *
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* * ** * *
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* ** * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * ***
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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190 CCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCT-AAATTGGCATGTATG
**** * *
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* * *
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* * **
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**
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* *
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1 AAATAGTCATAACTATTT
11144057 A
1 A
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* ** *
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* * * **
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** *
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* * *
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* ** * *
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*
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131 CATAACTATTTAAACTGCTTCAGTAAACA-A-TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
* * * * **
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* ** ** * *
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** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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TTAATAATCAATTAAATATA
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Indices: 11148957--11148995 Score: 53
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11148947 TTCAATAGCC
*
11148957 ATTAATA-ATATTGTTAATT
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1 ATTAATACAATTATTAATT
11148995 A
1 A
11148996 ATGATTCTTA
Statistics
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ATTAATACAATTATTAATT
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11149247 TATCTCGAAT
* * * * * *
11149257 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
11149322 GTCATAACTATTTGAACTTGCTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
11149386 TTGAAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTTTATG-AC
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* * * *
11149437 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
11149502 GTCATAACTATTTGAACGTGTTCAG-AAAAATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
* * **
11149564 TTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
129 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAC
** *
11149616 A-AAGTTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** *
11149680 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTCTTTTTTAATTCTCACACTCATTAATTTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
11149745 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTGACTTCAAATAAGCTTATATGAAT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * * *
11149796 TGAAACAAGTGTTTTATTAGAAGAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
11149861 TTAATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * *
11149925 CAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAAT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* ** * * *
11149976 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * *
11150040 AGCCATAA-TGATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
65 AGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* *
11150103 GTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTAGATGAAC
128 -T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * * *
11150156 AGAAAAAATTCTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAC
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
11150220 AGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* * **
11150284 TTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * *
11150337 -TAAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
11150401 GTCATGATTATTTGATCTAGTGT-GGTAAAC--A-TATTTTTAAAAT-TTTTACTTACTAATTGT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGT-TCAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * ** *
11150461 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGCATGAAT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
** * * *
11150512 AGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
11150577 GTCATAACTATTTGAACTAGTT-TG-ATACATAGATTTATTGTCTAAA--TC--ACTTATTAATT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT--A-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * **
11150636 TTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAATTTATATGAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * *
11150689 AAAAACATTTGTTGTATGACAAAACGAAATGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
11150754 GT-ATAATTTTTTGAACTGGTT-AGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAA-CATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
11150817 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAAT
129 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAAC
* * * * *
11150869 TGAGAA-AATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
1 AGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
11150933 AGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * ** *
11150997 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * *
11151050 AGAAATAATTGTTTAATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
11151115 GTCATAACTATTTGACCTGGTTCA-TAAACAGATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
11151175 TGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTATGATA-
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-AC
* * * * ** *
11151226 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** ** * * *
11151290 GACCGTAATTATTTGAACTAATTTTGTAAA-TTGTTTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATT
66 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-ATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * *
11151350 TTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * *
11151402 TA-AAACAATTATTTTATGAC--AA-AATA--TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
1 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
11151461 AGTCGTAACTATATGAATTTGCTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-ATCTTGCTTATTAA
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
11151523 ATTCTTTTTA
Statistics
Matches: 1672, Mismatches: 342, Indels: 149
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 46 0.03
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173 5 0.00
174 8 0.00
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AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
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Indices: 11149259--11152941 Score: 2917
Period size: 713 Copynumber: 5.2 Consensus size: 708
11149249 TCTCGAATAG
* * *
11149259 AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
11149323 TCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-T
65 T-ATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCT
* * * ** * *
11149387 TGAAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTTTATG-ACAGAAACAATTGGT
129 T--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTAGATGAACTGAAACAATTGTT
* *
11149450 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTT
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
11149515 GAACGTGTTCAG-AAA-AATATTTATTTTTTAAA-AT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
256 GAACTTGTTCGGCAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAA
* *** * *
11149576 TAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAGTTAATTGTTTTATGACAAA
319 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA--CAATTGTTTTATGAC-AA
* *
11149639 ACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TT
380 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT
* ** * *
11149703 CAGTAAACATATTCTTTTTTAATTCTCACACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
444 -AGTAAACATA-T-TTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * * * *
11149768 ATCTGACTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTAGAAGAGAAAAGGTCATAA
504 ATTTTAATTCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * *
11149833 TGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTA
569 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTA
* ** * *
11149898 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATTCGAATA
634 TTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
*
11149963 AACTTGTATGAATA
695 AACTTGTATGAACA
* * * * *
11149977 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGAT-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
11150041 GCCATAATGATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
64 G-TATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * *
11150105 CTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTAGATGAACAGAAAAAATTCTTT
127 CTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTAGATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
11150170 TATTACAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCTAATTATTTA
192 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * *
11150235 AATTTGTTTAGTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAA
257 AACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* * *
11150300 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAA
322 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAA
* * * * *
11150365 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATGATTATTTGATCTAGTGTGGTAAA
386 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TAGTAAA
* * * ** *
11150430 CATATTTTTAAAATTTTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCA
450 CATATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCA
**
11150495 AATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
515 AATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
11150560 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATACATAGATTTATTGTCTAAATC
580 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATT-TTTAAATC
* * *
11150625 -ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAATTTATATGAAC
644 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAC
11150689 A
708 A
* * * * *
11150690 AAAACATTTGTTGTATGACAAAACGAAATGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
11150755 TATAATTTTTTGAACTGGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTT
65 TATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTT
* *
11150819 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTC-AAATAAGC-TAGTATGAATTGAGAA-AATTG
130 --AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTAG-ATGAACTGA-AACAATTG
* * * * *
11150880 TTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*
11150945 TTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT
254 TTGAACTT-GTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * *
11151008 ATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTAATGACATA
317 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAACAATTGTTTTATGACA-A
* * * * * * *
11151073 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACCTGGTTC
380 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-
* * *
11151138 A-TAAACAGATTCATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTA
444 AGTAAAC--A-T-ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
11151199 TTTTATTTCAAATAATCATGTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAA
505 TTTTAATTCAAATAAGCTTGCATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
** * * * * * * *
11151263 CAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCGTAATTATTTGAACTAATTTTGTAAATTG-TTT
569 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTT
* *
11151326 CACTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATA
633 -A-TTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * *
11151389 AGCTTGTATAAACT
695 AACTTGTATGAACA
* * * * *
11151403 AAAACAATTATTTTATGAC--AA-AATA-TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
11151464 CGTAACTATATGAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-ATCTTGC---TT-A----T
66 -ATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCT
* * ** *
11151520 TAA-A-T--T--CTT--T-TTA--TT-TT-G-GATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
129 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTAGATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
11151571 TGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTATAA-AAATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTTTTTA
194 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *** * *
11151634 AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCAT
257 AACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTT-ATTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* * *** * * * *
11151698 AAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTAAAC
320 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-T-AAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
* * * ** * *
11151762 AAAAGGT-TTGAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTTTTTACTATTTGAACTGGTTT
382 AAAAGGTCAT-AA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT
* * *
11151825 AGCAAACATATTTAATTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
444 AGTAAACATA--T--TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * **
11151887 TTTTTAA-CCGAATAGGCTT-CTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TTTTA
505 -TTTTAATTCAAATAAGCTTGC-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * *
11151949 ATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
568 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTT
* *
11152014 ATTGTTTAAATCTGTTACCTATT-ATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
633 ATT-TTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAA
*
11152078 TAAGCTTGTATGATA-A
693 TAAACTTGTATGA-ACA
* * * * *
11152094 AAAACAATTGTATTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
11152159 CCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTA
65 -TATAATTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-
*** * ** *
11152219 GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTT-GTATTAACTGAAACAATTGTT
127 CTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTAG-ATGAACTGAAACAATTGTT
** * * * * * *
11152283 TTATGACAAATTAAAAGGTTATAAC-ATTTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATT
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * *** *
11152347 TGAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAAT
255 TGAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* *
11152412 AAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-A
320 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACA
* * * * * * * * * *
11152476 AATGGTCAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCGAT
383 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-A---GTT
** * *
11152541 AGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATT-ATGAAATTAGTATTAT
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* * ** * * * *
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* ** * * ** * * * *
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* * ** * * * * * *
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* *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* *
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* * *
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* * ** *
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* *
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** * * ** * * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* *
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** * ** * * *
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* * *
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* * * *
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** *
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*** * *
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* * * * *
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* *
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TAT
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* * *
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* * * * * *
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64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * *
11165907 AAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTCATAA-T
127 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* *
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1 -ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
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TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
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* * * * *** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 AATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAACTTG--TTCAATAAACAGA-
* * * * * * *
11164409 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATACA-GTAGTATTATTTTATTT
62 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA--ATTATTTTATTT
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * *** *
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* * * *
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* * * ** * * * * ** *
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1 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAACTTGTTC-AATAAACAGATTT
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *** * * *
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** * * **
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*
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318 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** *
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1 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA
* * * * *
11165122 TTTTTAAAATCTCTTACCTATT-AA-TTTGCAAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG
66 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTG--GAATATTAATAAATTTA--ATTATTTTATTTCG
* * * *
11165184 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACTATTAGAAAT
127 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
* *
11165249 AAAAAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCTTACTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
192 AAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* *
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256 TTTTACTTATTAATT-TTGGAATATTATTAAATTA--ATTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATG
* * * * **
11165378 AGACAGAAACAATTGGTTCATCACAAAACAAAAAATCATAAC
318 A-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
11165420 TATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCA-GATCTATTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTA
1 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA
* *
11165484 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTTGGAATA
66 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTTCGAATA
* * *
11165548 AGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTATCATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAAT
131 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAAT
* ** * **
11165613 AATTGTTCAAATAGTTAGAACTATTCAAACATGTTC-TAAAAACA-ATTTATTTTTTAAAT-TTT
196 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-T-TACTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* ** *
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*
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322 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
11165776 GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAT-TATTTAAACTTGTCCAATAAACAGATTCA
1 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATT--
* * * *
11165840 TTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAA-TATTTTATTTCG
64 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
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127 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA
* * *
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Statistics
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AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTAATTATTTTATTTCGAATA
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AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAATTTTGGAATATTATTAAATTAATTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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66 TTATTTC-GAATAAGCCTATAT-AGACAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAGATCATAAT
* * * * * * *
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* ** * ** *
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* * * * * * * * * * *
11164474 AAATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTATTTTATGA-TAAA-AAAATGTCAAAATAATTTTAA
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* * * * * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACTGGTTCAG-AAAAAAAATTT
* * *
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191 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTATTTGGAATAAG
* * * *
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256 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* ** * ** *
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321 TGTTCAAATAGACATGACTATTCAAACATGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACC
* *
11165140 TATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
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* * * *
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448 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTAGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
* * ***
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513 TAACTATTTAAACTTACTCAAT
* * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTAATATT
* * * * * *
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* *
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* * ** **
11165483 ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAAT-TTAATTATTTTATTTGGAA
191 AGTTTTTAAA--TCT-CTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTATTTGGAA
* * *
11165546 TAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTATCATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAA
252 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
** * *
11165611 ATAATTGTTCAAATAGTTA-GAACTATTCAAACATGTTCTAAAAACA-ATTTATTTTTTAAAT-T
316 ATAATTGTTCAAATAGACATG-ACTATTCAAACATGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCT
* * * **
11165673 TTTACTTATTAAATTTTG-GAATATTAATTAATTTA-ATTATTTTA-TTCAAAAAACCTTGTATG
380 CTTACCTATT-AA-TTTGAAAATATTAA-TAAAGTAGATTATTTTATTTCAAAAAA-CTTGTATG
* * * * *
11165735 AATATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
441 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTAGAAATAAAAAATTGTTCAA
* *
11165800 ATAGTCATAATTATTTAAACTT-GTCCAAT
506 ATAGTCATAACTATTTAAACTTACT-CAAT
* *
11165829 AAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATA
1 AAACAGATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTAATA
* * *
11165894 TTTTATTTCGAATAAGCCTATAT-GA-ATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTCATA
64 TTTTATTTCGAATAAGCCTATATAGACA--GAAACAATTAGTTTATGACAAAACAA-AGATCATA
*
11165957 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGAATATTTGAA
126 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATGAATATTTGAA
11166002 TTATAAGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTAGTAATATT
TTATTTCGAATAAGCCTATATAGACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAACTGGTTCAGAAAAAAAATTTAGTTT
TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGT
ATGAATAGAAACAATTGTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
AAATAGACATGACTATTCAAACATGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACCTATTA
ATTTGAAAATATTAATAAAGTAGATTATTTTATTTCAAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTAGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TAAACTTACTCAAT
Found at i:11166163 original size:27 final size:27
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11166122 ACATATTTAA
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*
11166159 TTAATTTAAATATTTTAATTATTGATT
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1 TT
11166188 TATTAATTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAATTTAAATATTTGAATTATTGATT
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * * ** **
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* ** * *
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129 TCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
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1 TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
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Statistics
Matches: 414, Mismatches: 104, Indels: 38
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Matches are distributed among these distances:
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* * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * ** **
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* **
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* *
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* ** * * *
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* * *
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* * **
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* *
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* * * *
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* * *
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* * ***
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* *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * **** *
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* * * * * **
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* * ***
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * ** * **
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* *
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* * * *
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* * * * **
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* **
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* *
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1 AC
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ACTCATGTTTAATCTCTG
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* *
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* ** ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * *
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* *
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** * * * * ** *
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* **
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* *
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** *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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CTTGATCATTTTCATTTTCTAACTCATAGTTTAATCTAGATT
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** ** * *
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* * * * ** *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * *
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TCATTTTTATTTTCTGACTCATGTTTAATCCGGTCG
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Indices: 11175052--11175388 Score: 337
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11175042 TCGTTTTTCT
* * * *
11175052 TTTTCTGACT-ATGGTTTAATCTTGGTAATTTTTATTTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTGGTCA
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* **
11175257 TTTT-ATTATCTGAATCATGGTTTAATCTA-AGTCATTTTCATTTTTTGACTT-ATGGTTTAA-C
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*
11175318 CCAGGTTGTTTTAA
129 CCA-GTTGTTATAA
* * * * * **
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11175389 CCGATCTCTT
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AGTTGTTATAA
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11175316 ACCCAGGTTG
*
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* * ** *
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*
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Statistics
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Done.