Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167964.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_223, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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57 ATATTAAGAC
* * **
67 AATTAATACATAA-ATGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAA-TAAGTTCAAATCTTTATGA
1 AATTAATA-ATAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * * *
129 CTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTTTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
62 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * ** * * ** *
194 TGTTCATACAAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
126 TGATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
248 AA-TAATAAGTAAAATATTTAAGAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
312 TTTGAACAATTATCTAATTAAAATAAATATGACCTGTTG-TTTGATCA-AAAATAA-TTGTTTCA
65 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTTTTTTGA
** * * **
374 CTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAA
129 --TCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* ** * * * * *
427 AATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAGT-TAGTTTA-TCGAA-TTGTTCAAATAATTATGG
1 AATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * *
489 CCATTTGAATGATTATGTATTTTAAATCATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
62 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * * * * *
554 TCACCATACAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
126 TGATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
608 AATTAGTAAGTAAGAGA--TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-------T-T-ACT-
1 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * ** *
661 TA--AACAATTATTTATTTCAATTCGTTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCAGT
65 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGA
* ** * *
724 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTGATTTAATAATATTTCAAA
129 TCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
775 AATTAATAACTAAGATATTTAAAAAAAAAATCTGTTTGCTGAAGC-ATTTCAAATAGTTAAGACT
1 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * **
839 ATATAAACAATTATATATCTCAAATCATTATGACC-GCTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAG
64 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTG
* * * *
903 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AA
128 ATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
954 AATT--TAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAC-AAAATCAGTTCAAATAATTATAACCT
1 AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGA-CT
* * * * * * * * * *
1016 -TGTCAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCCTTTATTTGGTCATATAACAATTGTATTTG
64 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTG
* * * *
1080 AACATTCAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTCATTTATTAATCTTTCAAA
128 ATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
1132 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTG
1 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * ** * * ** * *
1197 TTTGAATAAATGTAAACTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGT
65 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGA
* * * * *
1262 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATAATAATATTCCAAA
129 TCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * *
1313 AATTAACAACTAAGAGAATTAAAAAATAAGTTTGTTT-GTAGAACTAGTTTAAATATTTAAGACT
1 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA-AACTAGTTCAAATAGTTATGACT
*
1377 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTG
64 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTTG
** *
1442 A--ATTCATAGTAACTTATTCAGGATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAA
128 ATCATTCA-AG---CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
1496 AATTAATATGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACT
1 AATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
1560 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
64 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTG
* * * * * *
1625 ATCATAT-AAGTTTGTTTAGAATAAAATAATAATAATCTATTAATATTTC-AA
128 ATCAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
1676 AA--AATAATACGAGATCTAAAAAATGAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA--AC-AC
1 AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA-
* * * * * * **
1736 TATGAATAATTATCTATTTTAAATCCTTATGACTTTTTCTTTCGTCATAAAACAATTTTTTCAAT
65 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGA-
* * * * * *
1801 TCATAT-TAG-TTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTGTTAATATTTCAAG
129 TCAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* * * ** * * * *
1851 AA-T--TAATAAGAGATTTGAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATAACTAT
1 AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * ** * *
1913 TTGAATAATTGTCTATTTCAAATTATTATTACTTTTTAATTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTT
66 ATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGAT
* * * * ** * *
1978 AATAT-AGGTTTGTTTGAAATAAAAATAATACTAATATATTAATATTT-AGA
130 CAT-TCAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * ** * *
2028 AATTAATCAGTAGGAGATTT-AAAAGTAAATATACTTA-TCAAA-TCAATTCAAATAGTTTTGAC
1 AATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACT-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * * *
2090 TATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATCAAACAATTGGTTAT
63 TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT
* * * ** ** * * *
2155 GTTCATACTATTTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
127 GATCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * ** * *
2208 ACTTAATAACCAAAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA
1 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** ** * * *
2273 TATCAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTG-CTGTAAAACAATTGTTTTGG
65 TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTTTTTTGA
* ** * *
2336 TCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
129 TCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
2387 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
1 AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
2415 CTGAATCAGT
Statistics
Matches: 1706, Mismatches: 377, Indels: 170
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 102 0.06
169 24 0.01
170 4 0.00
171 1 0.00
172 1 0.00
173 3 0.00
174 83 0.05
175 59 0.03
176 120 0.07
177 120 0.07
178 52 0.03
179 170 0.10
180 348 0.20
181 450 0.26
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185 4 0.00
186 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
AATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
ATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGATC
ATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
Found at i:1558 original size:364 final size:356
Alignment explanation
Indices: 82--4355 Score: 1283
Period size: 360 Copynumber: 12.0 Consensus size: 356
72 ATACATAAAT
* * * * ** * * *
82 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTAAATAATTATT
1 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTC
* ** * * ** * * * * *
146 TATTTTAAATTTTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
65 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
** * * * * * * * * * * *
211 TTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA-TAATAAGTAAAATATTTAAGAAATA
130 TCAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATA-TTTCAAAATTAATAA-TAAGAGAATTAAAAAATG
* *** * * * * * * * *
275 AATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTAAAATAAAT
193 AATTTGTTT-GCAAACTAGTTCAAATATTTA-AACT-TATGAACAATTATCTATTTTAAATCATT
* * * * * * * * *
340 ATGACCTGTTGTTT-GATCA-AAAATAA-TTGTTTCACTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
255 ATGACCTTTTATTTCG-TCATAAAACAATTTTTTTGAATTCATATAA-CTTATTCAGAATAAAAT
* * * **
402 AATATTG-CTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTGGA
318 AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * *** * * * *
442 GATTTAAAAAAATAAGT-TAGTTTATCGAA-TTGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTAT
1 GATTT-AAAAAATAATTCTA-TTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGT
* * ** * ** * * *** *
505 GTATTTTAAATCATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCACCATACAAGCCTA
64 CTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
570 TCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAG-A-TAAAAAAT
129 TTCAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGAATTAAAAAAT
* * * * * * * *
633 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTC------TT--ACTTA--AACAATTATTTATTTCAATTCGTTA
192 GAATTTGTTTGC-AAACTAGTTCAAATATTTAAACTTATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTA
* * * * * * * * *
688 TAACCTTTT-GTTCTGTTATAAAATAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAAT
256 TGACCTTTTATTTC-GTCATAAAACAATTTTTTTGAATTCATATAA-CTTATTCAG-AATAAAAT
* * *
750 AATACTG-ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA
318 AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * * * * * * * * * * * *
790 TATTTAAAAAAAAAATCTGTTT-GCTGAAGCATTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATA
1 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTC
* * ** ** **
854 TATCTCAAATCATTATGACC-GCTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAT
65 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * *
918 TCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATT--TAATAAGTGATTTAAAAAGTGAA
130 TCAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGAATTAAAAAATGAA
* * * * * * *
981 TCTGTTTACAAAATCAGTTCAAATAATTATAACCTTGTCAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
195 TTTGTTTGCAAACT-AGTTCAAAT-ATT-TAAACTTATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
* * * * * * *
1046 TACCCTTTATTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAA--CAT-TCAAGCTTATTCAAAATGAAATA
257 GACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATT-TTTTTGAATTCATAT-AA-CTTATTCAGAATAAAATA
* * *
1108 ATACT-CATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
319 A-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * * * * * * *
1147 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAAATGTA
1 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTC
* *
1211 AACTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
65 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * *
1276 TCAAAATAAAATAAAACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAACAACTAAGAGAATTAAAAAAT-
130 TCAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGAATTAAAAAATG
* * *
1340 AAGTTTGTTTGTAGAACTAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
193 AA-TTTGTTTGCA-AACTAGTTCAAATATTTAA-ACT-TATGAACAATTATCTATTTTAAATCAT
* * * *
1405 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATAGTAACTTATTCAGGATAAAA
254 TATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAA-TTTTTTTGAATTCATA-TAACTTATTCAGAATAAAA
1470 TAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGA
317 TAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGA
* * *
1511 GATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTCT
* ** * * * * * * *
1576 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATATAAGTTTGTT
66 ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
1641 TAGAATAAAATAATAA-TAATCTATTAATATTTCAAAA--AATAATACGAG-ATCTAAAAAATGA
131 CAAAATAAAATAA-AACTAATATATTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGAAT-TAAAAAATGA
* * * *
1702 ATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAACAC-TATGAATAATTATCTATTTTAAATCCTTAT
194 ATTTGTTTG-CAAACTAGTTCAAATATTTAA-ACTTATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
* * * * * *
1766 GACTTTTTCTTTCGTCATAAAACAA-TTTTTTCAATTCATATTAGTTATTTAGAATAAAATAAAA
257 GACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTTTTTTGAATTCATATAACTTATTCAGAATAAAATAAAA
* *
1830 TGAATTTGTTAATATTTCAAGAATT-A-A-TAAGA
322 TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGA
* * *
1862 GATTTGAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTGTCT
1 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTCT
* * * * * * * * * * * *
1927 ATTTCAAATTATTATTACTTTTTAAT-TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAGGTTTGT
66 ATTTCAAATCATTATTACCTTTT-GTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
** * * * * *
1991 TTGAAATAAAAATAATACTAATATATTAATATTT-AGAAATTAATCAGTAGGAG-ATTTAAAAGT
130 TCAAAAT-AAAATAAAACTAATATATTAATATTTCA-AAATTAAT-AATAAGAGAATTAAAAAAT
* ** * ** * * * * *
2054 AAATATACTTAT-CAAA-TCAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATT
192 GAAT-TTGTT-TGCAAACT-AGTTCAAATA-TTTAAACT-TATGAACAATTATCTATTTTAAATC
* ** * * * ** *
2117 GTTATGACCTTTTATTTTATCATCAAACAATTGGTTATG--TTCATACTATTTTATT-TGAGATA
252 ATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATT-TTTTTGAATTCATA-TAACTTATTCAGA-ATA
* * * * ** *
2179 AAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAAA
314 AAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * * * * * * * * * *
2223 AATTAAAAAAATAAATCTAATTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAATGATTATC
1 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTC
** * * * * *
2287 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-T--TTTGCTGTAAAACAATT-GTTTTGGTCATACAAGCTT
65 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTAT-C-ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTT
** * * * * *
2348 ATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
128 ATTCAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGAATTAAAAAA
* * ** * *
2413 T--A-----CTG-AATC-AGTTCAAATGGTTAAGA-TTAT-TAGAA-TA---A-TTT--ATC--T
191 TGAATTTGTTTGCAAACTAGTTCAAATATTTAA-ACTTATGAACAATTATCTATTTTAAATCATT
* * * * * * * * *
2458 AT----TTTTGTCTAGTTATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATACATTA
255 ATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTTTTTTGAATTCATATAA-CTTATTCAGAATAAAATA
* * *
2518 ATACT-AATTTATTAACA-TTC-AACATTAATAAG-AA-A
319 A-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGA
* * ** * * * * ** *
2553 GATTTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAATGAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAGCAATAGT
1 GA-TTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGT
* ** * * ** *** *
2617 CTATTTAAAATTGTTATAACCATTTGATTGT-TCATAAAACAATT-TTTCAATTGATACAAGCTT
64 CTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTT
* ** * * * * * **
2680 AAAT-GGAATAAAATTATA-TCAATTTATTGATATTTCCTAAATTAATAAGTAA-A-AATTTTGG
128 -ATTCAAAATAAAATAAAACT-AATATATTAATATTT-CAAAATTAATAA-TAAGAGAA--TTAA
* ** * * ** * * * ** * ** * *
2741 AAAATAAAACTATTTACTGATTCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATGATTATGTATTTCAA
187 AAAATGAATTTGTTTGCAAACT-AGTTCAAATATTTA-AACT-TATGAACAATTATCTATTTTAA
* * * ** * * **
2806 ATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTGGA-TCATCCAAGCTTATTC-GAAA
249 ATCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTTTTTTGAATTCATATAA-CTTATTCAG-AA
* ** *
2868 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAACA
312 TAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * * ** * *
2914 TATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCAGTTTAAATAGCTATGACTATTT-AAGCAATTAT
1 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTGT
* * * ** * ** * * * * *
2977 CAATATCAAATCACTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGGTTA
64 CTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA
**** * * * * * *
3041 TT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA
129 TTCAAAAT-AAAATAAAACTAATATATTAATATTTC-AAAATTAA-TAATAAGAGAATTAAAAAA
* * * * * *
3105 T-ATATATGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAAAC-TAGTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
191 TGA-ATTTGTTTGC-AAACTAGTTCAAATA-TTTAAACTTA--TGAACAATTATCTATTTTAAAT
** * * * * * * * * * *
3168 TGTT-TAGACCTTTTGTTTAG-C-CAAAA-TATTTGTTT-CATATCTTACCAGCTTATT-TGTAA
251 CATTAT-GACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTTTTTTGAAT-TCATA-TAACTTATTCAG-AA
**** * *
3227 TAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
312 TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * * * * * *
3273 TATTTGAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTAA
1 GATTT-AAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATT-G
* ** * ** * * * ***
3337 T-TATTTAAAAT-ATGTACGAGCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTCAATTCATTA-AAGC
63 TCTATTTCAAATCAT-TATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCA-TACAAGC
* * ** * * *
3399 TTATCCAAAATAAAGTAATGCTAATTTCTTAATATTTCAAAA--AATAATAAGCAAGATTTAATA
126 TTATTCAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTCAAAATTAATAATAAG--AGAATTAA-A
* * * * * * * * *
3462 AAATAAAATTATTTATCAAACAAATTGAAATATTTACAACTATTTGAACAA-TAGT-TATTTAAA
188 AAATGAATTTGTTT-GCAAACTAGTTCAAATATTTA-AACT-TATGAACAATTA-TCTATTTTAA
* * * * * * * * * *
3525 ATCATTATGGCATTTTATTTTGTTATGAAACAA-TTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTC-GAAA
249 ATCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTTTTTTGAATTCATATAA-CTTATTCAG-AA
* ** *
3588 TAAAATAACACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGT
312 TAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGA
* * * * ** * * * * *
3630 GATTTTAAAAGTGAA-TCTATTTATCAAATTAGTT-AAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATC
1 GATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTC
* * * * * *
3693 TATTTCAAATCATTATTACCATTTGT-TTGGTCATATAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTA
65 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCT-ATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
3756 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAA--ATTAATAAGTGATTTAAAAAATAA
129 TTCAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGAATTAAAAAATGA
* * * * * * * *
3819 ATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TGTATACTTCAAATCGT
194 ATTTGTTTGC-AAACTAGTTCAAATATTTA-AACT-TATGAACAATTATCTAT--TTTAAATCAT
* * * * *
3882 TATAACC-TTTAGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT--ATTCATACAACTTTATTC-GAAATAA
254 TATGACCTTTTATTTC-GTCATAAAACAATT-TTTTTGAATTCATATAAC-TTATTCAG-AATAA
* * * * * * * *
3943 AATGATACT-AATCTAATAA-AATTCTGAAAATTAATAATTAAAA
315 AAT-AAAATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGA
* * * * * * * * *
3986 GGTTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
1 GATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTC
* * * ** * * * ** *
4050 TATTTCAAATCATTATGACATGTTGTTTTGTCATAAGATAATT-TTTTCAATTC--ACTAGCTTA
65 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACAAGCTTA
* * *
4112 TTCGAAATAAAACAAAA-TGAAT-TGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
129 TTCAAAATAAAATAAAACT-AATAT-ATTAATATTTC-AAAATTAATAA-TAAGAGAATTAAAAA
* * * * * * * *
4175 AT-AATTATGTTTACTTAACTAGTTCACATAATTATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAAT
190 ATGAATT-TGTTTGC-AAACTAGTTCAAATATTTA-AACT-TATGAACAATTATCTATTTTAAAT
* * * ** * * **
4239 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTG--TTCATATCAATTTGTTTGGAATA
251 CATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAAC-AATTTTTTTGAATTCATAT-AACTTATTCAGAATA
* *
4302 AAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAGA
314 AAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGA
4342 GATTTAAAAAATAA
1 GATTTAAAAAATAA
4356 AAGGTTTATC
Statistics
Matches: 3004, Mismatches: 681, Indels: 463
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
330 3 0.00
331 64 0.02
332 82 0.03
333 12 0.00
334 51 0.02
335 3 0.00
338 3 0.00
339 1 0.00
340 2 0.00
342 13 0.00
343 7 0.00
344 8 0.00
345 25 0.01
346 12 0.00
347 108 0.04
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350 20 0.01
351 175 0.06
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353 10 0.00
354 90 0.03
355 119 0.04
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357 317 0.11
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359 213 0.07
360 537 0.18
361 251 0.08
362 95 0.03
363 12 0.00
364 178 0.06
365 5 0.00
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTCT
ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTCCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTCAAAATTAATAATAAGAGAATTAAAAAATGAAT
TTGTTTGCAAACTAGTTCAAATATTTAAACTTATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACC
TTTTATTTCGTCATAAAACAATTTTTTTGAATTCATATAACTTATTCAGAATAAAATAAAATGAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGA
Found at i:1957 original size:32 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1894--1957 Score: 78
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
1884 ACCGAACCAA
1894 TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTGTCTAT
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAAT-ATTGTCTAT
* * *
1929 TTCAAATTATTATTACT-TTTTAAT-TTGTC
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAATATTGTC
1958 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 5 0.19
34 6 0.23
35 15 0.58
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.05, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
TTCAAATAATTATAACTATTTGAATATTGTCTAT
Found at i:2927 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2472--4394 Score: 1211
Period size: 180 Copynumber: 10.8 Consensus size: 179
2462 TTGTCTAGTT
* * * * *
2472 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATACATTAATACTAATTTATTAACA-
1 ATAAAACAATTG-TTTCGATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * **
2535 TTC-AACATTAATAAG-AA-AGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATGAGTTCAAATAGTT
64 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAACAGTTCAAATAGTT
* * * * ** * * *
2597 ATTATTATTTGAGCAA-TAGTCTATTTAAAATTGTTATAACCATTTG-ATTGTTC
128 ATGACTATTTGA-AAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TC
* * * * * *
2650 ATAAAACAATT-TTTCAATTGATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATTATA-TCAATTTATTGATA
1 ATAAAACAATTGTTTCGA-TCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
** * ** * * ** * *
2712 TTTCCTAAATTAATAAGTAA-AAATTTTGGAAAATAAAACTATTTACTGATTCAGTTAAAATAAT
63 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAACAGTTCAAATAGT
* * * * * *
2776 TATGGCTATTTGAATGATTATGTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATC
127 TATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
2830 ATAAAACAATTGTTTGGATCATCCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 ATAAAACAATTGTTTCGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * *
2895 CAAAAATTAATAAACAACATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAAATAGCTATG
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** *
2960 ACTATTT-AAGCAATTATCAATATCAAATCACTAAAATC-TTTGTTTTGTC
131 ACTATTTGAA--AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** *
3009 ATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGGTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTC-GATCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
3073 TCCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATATATA-TGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTT
64 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AAACTGTTTACTAAAACAGTTCAAATAGTT
** * ** *
3137 AAAACTAGTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-TAGACCTTTTGTTTAG-C
128 ATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * * *
3189 -CAAAATATTTGTTTCATATCTTACCAGCTTATTTGTAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-T
1 ATAAAACAATTGTTTC-GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
3252 TCAAAAAATTAATAAGTAAAATATTTGAAAAAATAAATA-TGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAG
65 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-ACTGTTTACTAAAAC-AGTTCAAATAG
* * * * **
3315 TTATGGCTATTTGAATAATTAAT-TATTTAAAAT-ATGTACGAGCTTTTGTTTTAAC
126 TTATGACTATTTGAA-AATT-ATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
3370 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTTATCCAAAATAAAGTAATGCTAATTTCTTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTCGA-TCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
3434 TTCAAAAAATAATAAG-CA-AGATTTAATAAAATAAAATTATTTA-TCAAACAAATTGAAATATT
64 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAAACTGTTTACTAAAAC-AGTTCAAATAGT
** * * * * *
3496 TACAACTATTTGAACAA-TAGT-TATTTAAAATCATTATGGCATTTTATTTTGTT
127 TATGACTATTTGAA-AATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
3549 ATGAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTC-GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * ** *
3614 TTGAAAATTAATAAGT----GATTTTAAAAGTGAATCTATTTA-TCAAATTAGTT-AAATAATTA
65 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACT-AAAACAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
3673 TGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCATTTGTTTGGTC
129 TGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * *
3725 ATATAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTT
1 ATAAAACAATTGTTTCGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
3790 CAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAT
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAAC-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
3850 GACTATTTGAAAATT-TGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTATC
130 GACTATTTGAAAATTATCTAT--TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
3901 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-CTTTATTCGAAATAAAATGATACTAATCTAATAA-AA
1 ATAAAACAATTGTTTCGA-TCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * *
3964 TTCTGAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT
64 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAACAGTTCAAATAGTT
* * * *
4029 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATGTTGTTTTGTC
128 ATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
4082 ATAAGATAATTTTTTCAAT--TCACTAGCTTATTCGAAATAAAACAA-AATGAATTGATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTCGATCAT-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * *
4144 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA-TGTTTACT-TAACTAGTTCACATAAT
64 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-AACTGTTTACTAAAAC-AGTTCAAATAGT
* * * *
4207 TATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
127 TATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
4261 ATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATCAA-TTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
1 ATAAAACAATTG-TTTCGATCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
4325 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAA-GGTTTA-TCAAACTAGTTTAAATTGTT
64 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAAC-AGTTCAAATAGTT
*
4384 ATGACTTTTTG
128 ATGACTATTTG
4395 TTTAGTTATA
Statistics
Matches: 1352, Mismatches: 321, Indels: 146
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 104 0.08
176 146 0.11
177 105 0.08
178 29 0.02
179 320 0.24
180 423 0.31
181 143 0.11
182 67 0.05
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
ATAAAACAATTGTTTCGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
Found at i:4220 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 2764--8461 Score: 977
Period size: 360 Copynumber: 16.0 Consensus size: 356
2754 TTACTGATTC
* ** * * * * * * *
2764 AGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATGA-TTATGTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTA
* * * * * *
2828 TCATAAAACAATTG-TTTGGA-TCAT-CCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 TCATAAAACAAATGATTT-TATTCATATCAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
* ** * ** * * * *
2890 TATTTCAAAAATTAATAAACAACATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAAATAG
128 AATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
* * * * * * ** * * *
2955 CTATGACTAT-TTAAGCAATTATCAATATCAAATCACTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
193 TTAAGACTATATGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAACAA
* * * * **** * * * * *
3018 TTATTTCTGATCATAGAAGGTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAT
257 TTGTTT-TAATCA-ACAAGCTTATTCAAAAT-AAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
3082 TAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTGCTAAACC
319 T-A--A-TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * * *
3124 AATTCAAATAGTTAAAACTAGTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATTGTT-TAGACCTTTTGTT-T
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATA-ACCTTTAGTTCT
* * * ** * * * ** * * * * * *
3186 AGC-CAAAATATTTG-TTTCATATCTTACCAGCTTATTTGTAATAAAATAATCCAAATTTATTAA
64 ATCATAAAACAAATGATTTTAT-TCATATCAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
* * ** * *
3249 CA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAATATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
128 AATTTC-AAAAATTAATAATTAAAAGGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
* * * * * * * * *** *
3313 AGTTATGGCTATTTGAATAATTAAT-TATTTAAAAT-ATGTACGAGCTTTTGTTTTAACATAAAA
191 AGTTAAGACTATATGAACAATT-ATCTATTTCAAATCAT-TATGACCATTTGTTTGGTCATATAA
* * * ** ** **
3376 TAATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTTATCCAAAATAAAGTAATGCTAATTTCTTAATATTTCAAA
254 CAATTGTTTTAA-TCA--ACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAA
* * * *
3440 AAATAATAAGCAAGATTTAATAAAATAAA-ATTATTTA-TCAAACA
316 AATTAATAAG--TGATTTAA-AAAATAAATA-TGTTTACT-AAACT
* * * * * * * ** * *
3484 AATTGAAATATTTACAACTATTTGAACAA--TAGT-TATTTAAAATCATTATGGCATTTTA-TTT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTA-TATACTTCAAATCGTTATAAC-CTTTAGTTC
* * * * * * * * * *
3545 TGTTATGAAAC-AATTATTTCAGTTTATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATT
63 TATCATAAAACAAATGATTTTA-TTCATATCAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAAT
* ** * * * * * * * * **
3608 AATATTTTGAAAATTAATAAGT----GATTTTAAAAGTGAATCTATTTATCAAATTAGTT-AAAT
126 AAAATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
* * * * * *
3668 AATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCATTTGTTTGGTCATATAACA
191 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAACA
* * * * *
3733 ATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATT
256 ATTGTTTTAATCA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAAAATT
*
3798 AATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT
320 AATAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * *
3835 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTTGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTAT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAAATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTAT
* *
3900 CATAAAAC-AATTATTTCTATTCATA-CAACTTTATTCGAAATAAAATGATACTAATCTAATAAA
66 CATAAAACAAATGATTT-TATTCATATCAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAA
*
3963 A-TTCTGAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
129 ATTTC-AAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
* *
4027 TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATGTTGTTTTGTCATA-AGATA
193 TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT-TTGTTTGGTCATATA-ACA
* *
4090 ATT-TTTTCAATTC-ACTAGCTTATTCGAAATAAAACAA-AATGAATTGATTAATATTTCAAAAA
256 ATTGTTTT-AA-TCAACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAAT-AATTGATTAATATTTCAAAAA
* *
4152 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACTTAACT
318 TTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * * *
4195 AGTTCACATAATTATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAAATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTAT
* * * * * * *
4260 CATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATCAATTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
66 CATAAAACAAATGATTTTATTCATATCAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAAT
* * ** * * * *
4325 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-AGGTTTATCAAACTAGTTTAAATTGTTA
131 TTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
4385 TGACTTTTTG----TTTAGT-TA--T-AAA--ATAAT-A--GTTTCTAT--TCATATAAGCTTAT
196 AGACTATATGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAA-C-AAT
** * * * ** * * * *
4435 TCAGATTAAAAT-AA-TAG-TAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGT-A-AAAAATTTTAA
258 T--G-TTTTAATCAACAAGCTTA-TT-C-AA-AATAAAACAA-TAATAATTGATTAATATTTCAA
* * **
4495 AAATAAAT-A-TG-TTT----ACTAAACTA--CAT-C-AAA-T
315 AAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACTAAACT
* * * * * * * * *
4526 AG-TC--------ATGACTATTTAAATAATTT-TCTA-TTTAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTA
* * * * * * *
4580 TCA-AAAA-AAA--AATTCAGTTGATAT-AAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAAGT-TATTA
65 TCATAAAACAAATGATTTTA-TTCATATCAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TCTAATA
* ** * * * * * ** * *
4639 ATATTTCAAAAATTAATAATTAAAATATTTAGAAAATGAATATATTTATCGGACAAGTTTAAATA
127 AAATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
* * * * * * * *
4704 ATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAATTGAAATCA-TA--ACC-TTTAGTTTTGACATAAAAT
192 GTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT-GTTTGGTCATATAAC
* ** * * * * *
4764 AATT-TTTCTGTATGTACAAGCTTAGTTC-GAATAAAATAACAAAAATTTATTAATA-TT-AAGA
255 AATTGTTT-T-AATCAACAAGCTTA-TTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAA-A
* ** *
4825 CAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTAAAAA-AAAT-TGTTTACCGAACA
316 -AATTAATAAGT----GA--TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
** * * ** * * * * *
4871 AGTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGAACAA-TTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAATTAT-AACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCT
* * * * * * * * *
4934 GTCATAAAA-AATTG-TTTCTATTCATAT-ATTCTTATTTGGATTAAAATAA-ATTTAATTTATT
64 ATCATAAAACAAATGATTT-TATTCATATCAAT-TTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATCTAAT
* ** * * * * *
4995 AATATTTGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA--TGTTTATCAAACAAGTTCAAA
126 AAAATTTCAAAAATTAATAATTAAAAG-GTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * * *
5058 TAATCATGAC--T-T----AATTATCTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC
190 TAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAAC
** * * ** * ** **
5116 AATTGTTGCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTTTTAATATTTCAAAAA
255 AATTGTTTTA-ATCA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAAAA
* * * * * *
5181 TTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTCA-TCGAACA
318 TT--A-A-TAAGTG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACT
* * ** * * * * * * * * * * * *
5225 AGTTCAAGTAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACATGATGACCTTTCA-TTTTG
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAAATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTT-AGTTCTA
* * * * * * * * *
5289 TCATAAAACAATTGGTTCTATTGAT-GCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTA
65 TCATAAAACAAATGATTTTATTCATATCAA-TTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATCTAATA
* * * * * * * * *
5351 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAAATCTATTTTCTAAACACA-TTCAAA
127 AAATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCAAAC-CAGTTCAAA
* * * *
5414 TAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATA-AAC
190 TAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAA-
* * * * * * *
5478 CAATTTGTTTTATTCAAAGAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAA
254 CAA-TTGTTTTAATC-AACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAAA
* * * * ** *
5542 ATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGT
317 ATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* ** * * * * * * * *
5585 GAGTTCAAATAGTTATGCCAATTTGAACAA-TTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTGCTT-
1 -AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAG-TTC
* * * * * *
5648 TATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATA-AAAGTTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATT
63 TATCATAAAACAAATGATTT-TATTCATATCAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAAT
* * * * * * * *
5710 AATATTGCAAAAATTAATGAGTT-GAAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAA
126 AAAATTTCAAAAATTAAT-AATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * * * * *
5774 TAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATCA-TATTTTGATTT-GTCAAAAA
190 TAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTG-TTTGGTCATATA
* * ** * * * * **
5837 ACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAA
253 ACAATTGTTT-TAATCA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAA
** * ** * *
5902 AATTAATAAGACATTTAAAAACTAAACCTTTTTACTGAA-T
316 AATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * * *
5942 CAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAA-TTATCTATCTT-AAATTGTTATGATCTTT-GTTT
1 -AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATA-CTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTC
* * ** * * * * * *
6004 TGTCCTAAAACATTTG-TTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAT-T-A
63 TATCATAAAACAAATGATTT-TATTCATATCAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATCTAA
* * * * * * *
6065 -AAAATATTCTAAAAATTAATAAGT--ATGGATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTC
125 TAAAAT-TTC-AAAAATTAATAATTAAAAGG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTC
* * * * * *
6127 AAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCCATTTCAAATCATTCTGGCCTTTTGTTTAGTCATA
187 AAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATA
* * * * * ** * * * *
6191 AAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAGTAAATTAATACTAATTTACTAACA-TTCA
251 TAACAATTGTTTTA-ATCA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTC-
** * *
6255 AAAAATTAATAAGCAAAAAAATTTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-
313 AAAAATTAATAAG-----TGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * * *
6304 ATGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTA-TTT
1 A-GTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACC-TTTAGTTC
* * * * * * * * *
6367 TATCATAAAAC-AATTATTTTAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATT
63 TATCATAAAACAAATGATTTTA-TTCATATCAA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAAT
* * * * * * * * * *
6430 AATATTTAAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAATTCAAA
126 AAAATTTCAAAAATTAATAA-TTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * * * * * *
6494 TAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCTAGTCATCATGA-AATTTTCTTTTGTCATACAA
190 TAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTGGTCATATAA
* * * * * * *
6558 CAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATT-AGGAATAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTCA
254 CAATTG-TTTTAATCA-ACAAGCTTATTCA-AAAT-AAAACAATAATAATTGATTAATA-TTTCA
* * * * *
6622 ATAATTAATAAGAAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACC
314 AAAATTAAT---AA-GTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * * ** * *
6669 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATATATTTCAATTTGTTTTAATGTTTTGTTCTG
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTA
* * *
6733 TCA-AAAA-ATAATTATTTTTATTCAT-T-AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATGTAAT
65 TCATAAAACA-AATGA-TTTTATTCATATCAA-TTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTAAT
* * * * * * * *
6793 AATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGATTACCGAACCAATTTAA
126 AAAATTTC-AAAAATTAATAATTAAAAG-GTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* ** * * * * * * *
6857 CTAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTTTGA-CATTTTGTTTTGTCGTAAA
189 ATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTGGTCATATA
* * *** * * *
6921 ACAATT-TTTTCAATTATTACTAA-CATATTTGGAATAAAATAA-AACAAATTTATTAATATTTC
253 ACAATTGTTTT-AATCA--AC-AAGCTTATTCAAAATAAAACAATAA-TAATTGATTAATATTTC
* * * * * *
6983 AAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCTGAACC
313 AAAAA-T--T-AATAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * *
7031 AGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TTATATATTTCAATTCATTATGACCTTTTA-TTTT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACC-TTTAGTTCT
* * * * * * * * * *
7094 GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAAT-AAGTT-GTCTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
64 ATCATAAAACAAATGATTTTATTCATATCAATTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
* *** * ** * * * * *
7157 TATTTTGGAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTAG
128 AATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
* * * * * ** *
7222 TTATA-AGTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATTTTGTTTTATCATAAAACA
193 TTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTGGTCATATAACA
* * * * * * *
7286 ATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTGT-AAAA
256 ATTGTTT-TAATCA-ACAAG-CTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATT-TCAAAA
* * ** * * ** *
7349 GTTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAGGAATCT-ATTAGCTTGACC
317 ATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACT
* * * * * * * * * * * *
7393 AATGCAAATAGTTATGATTGTTTCAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTA
* * * * ** * ** * * ** * *
7457 TTACAAAAC-AATTATTTCTGTTTGTA-CAAACTTATTCGAACCAACACAATTTTAATTTATTAA
65 TCATAAAACAAATGATTT-TATTCATATC-AATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
* * * * * * * *
7520 AA-TTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
128 AATTTC-AAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
* * * ** * ** * *
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192 GTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAACAA
* * ** * *
7648 TTTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATACA-AATTTATTAATA-TTAAAAAA
257 -TTGTTTTAATCA-ACAAGCTTA-TTCAAAATAAAACAATA-ATAATTGATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
7710 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAATTCTTTTTATTGAA-T
318 TTAATAAGT----GA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * ** * * * *
7753 AAGTTTAAATAGTTATGATTATTTG-AACTATTATTTTTTTTAAATTGTTGTAA-CTTTTGTT-T
1 -AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAAAT-TTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCT
* ** * * ** * * * * * * *
7815 CATTATAAAAC-AATTTTTTTGTTGATAT-GTTCTTATTTGGATTGAAATAATATTAATTTATTA
64 -ATCATAAAACAAATGATTTTATTCATATCAAT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATA
* ** * * ** ** * ** * *
7878 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATA
127 AAATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
* * ** * * * ** *
7943 GTTATA-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACA
192 GTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAACA
* * * * * * * **
8007 ATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-GTAAATTTATTAATATTTTGAAAA
256 ATTGTTTTA-ATCA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAAT-AATTGATTAATATTTCAAAAA
* * * ** *
8071 TTAATGTGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGTACA
318 TTAA----TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
* * * * * * * *
8114 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AATTTATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTAGTTCTA
** * * * * * *
8178 TCAT-AAACCGAT-TTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATACAAATTTAATC
65 TCATAAAACAAATGATTT-TATTCATATCAA-TTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATA
* ** * ** * * * * **
8239 ATA-TAAAAACAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAACTAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAAT
127 AAATTTCAAA-AATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
** * * * * * * * *
8303 AGTTTTGACTATTTGAATAATTATC----T--AATCATTAAGACCTTTTATTTTGTCATAAAATA
191 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAACA
** * * * * * * *
8362 ATTGTTTTTGTTCATACGAGTTTATTCAAATTGAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCTACAA
256 ATTG-TTTTAATCA-ACAAGCTTATTCAAAAT-AAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAAAA
*
8426 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
318 TTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATATGTTTA
8462 TCGAACCAGA
Statistics
Matches: 4073, Mismatches: 926, Indels: 683
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
317 4 0.00
318 44 0.01
319 5 0.00
320 4 0.00
321 31 0.01
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327 5 0.00
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329 11 0.00
330 17 0.00
331 9 0.00
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367 3 0.00
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Consensus pattern (356 bp):
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TTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTGGTCATATAACAATTGT
TTTAATCAACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAATAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACT
Found at i:5000 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4382--10276 Score: 3418
Period size: 180 Copynumber: 32.8 Consensus size: 179
4372 GTTTAAATTG
* * * * * ** *
4382 TTATGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATAGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * *
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66 AATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT
* * ** * * * * *
4512 AAACTACATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTTTCTATTT-AAATCG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *** *
4562 CTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AA-AAATTC-AGTTGATATAAGCTTATTT-GAATTAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAA-TAAA
* * * * * *
4622 ATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAAATA-TTTAGAAAATGAATATATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA-AAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
4686 A-TCGGACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAATTGAAATCA
126 ACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
4740 -TA--ACCTTTAGTTTTGACATAAAATAATT-TTTCTGTAT-GTACAAGCTTAGTTCGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* **
4800 TAACAAAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTAAAAA-AAAT-TGTTT
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* * * * **
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126 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * *
4981 AA-ATTTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA--TGTTTA
66 AATA-CTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
5043 -TCAAACAAGTTCAAATAATCATGAC---TT----AATTATCTTTTTCAAATCA
127 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * ** * *
5153 TAATGCTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTC
65 TAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATTTTAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
5217 A-TCGAACAAGTTCAAGTAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACA
126 ACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * ** *
5271 TGATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* *
5336 AATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAAATCTATTTT
66 AATACT-AATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT-AAATCTGTTTA
* *
5399 CTAAACACA-TTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * **
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* * * *
5516 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-T
65 TAATACTAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT
*** * * * * **
5580 CGAGTGAGTTCAAATAGTTATGCCAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTG
129 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* ** * * * *
5696 AATACTAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATGAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACC
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* * * * *
5761 GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * ** ***
5812 TTATCATATTTTGATTTGTCAAAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * *
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66 AATACTAATTTATTA--ATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTAC
* * **
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* * * * *
5989 TTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * ** ** * *
6053 ATTGCTAAATTAAAAATATTCTAAAAATTAATAAGT-ATGGATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCT
66 AATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * *
6117 AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTTCAAATCA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
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* * * * * * *
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** * ** * *
6296 TACCAAACATGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCT
125 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ****
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* * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATCT-GTTT
* * * * *
6478 A-TCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCTAGTCA
126 ACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * * *
6532 TCATGAAATTTTCTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTAGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTGGAAT-AAA
* * * *
6596 ATAATACTAATTTATTAACATTTTCAATAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
64 ATAATACTAATTTATT-A-ATATT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATCTGTT
* * * * **
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125 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
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* * * * ** * * * *
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128 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TA-TAAGCTTATTTGGAATAAA
* * * * * *
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64 ATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* ** * * * * *
7141 AATATTAATTTATTAATATTTTGGAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT
66 AATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * * * *
7206 AAACTAGTTCAATTAGTTATAAGTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCG
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* * *
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1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAG-CTTATTTGGAATAAA
* * * ** *
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64 ATAATACTAATTTATTAAT-AT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATCTGTTT
* * * * *
7384 AGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATGATTGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA
126 A-C-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** * * * * *
7439 TTATAACCTTTTGTTTTATTACAAAACAATTATTTCTGTTTGTACAAACTTA-TTCGAACCAACA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAA-TAAAA
* ** * * * *
7503 CAATTTTAATTTATTAAAATTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-
65 TAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC
* **
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128 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
7620 TTATAACGTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATT-TGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * *
7683 TAATACAAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAATTCTTTTTAT
65 TAATACTAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * **
7748 TGAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACTATTATTTTTTTTAAATTG
128 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * * *** * *
7800 TTGT-AACTTTTGTTTCATTATAAAACAATT-TTTTTGTTGATATGTTCTTATTTGGATTGAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
7863 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTACT
66 AATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * **
7928 GAACAAATTCAAATAGTTATAACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * ***
7979 TTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * ** * * *
8043 TAAT-GTAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGTGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA
65 TAATACT-AATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTA
* *
8107 CTGTACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
8160 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCGATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * *
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66 AATACTAATTTATTAATAT-TAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * *
8289 AAATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATC----T--AATCA
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* * * * * ** * **
8334 TTAAGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACGAGTTTA-TTCAAATTGAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAA-T-AAA
* * * * * *
8398 A-AATATTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
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* ** * * * *
8462 -TCGAACCAG----AATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATCAATCTCAAA-CTG
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* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAC-A--ATTGTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTGGAAT
* * ** * * * *
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** ** * ** * * * * *
8636 TTTTGTCGAACCTGTTCAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATATATTTCAAAAT-T
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* * * * * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * * *
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* ** **** * * * *
8823 T--TAAACAAACTCAAATTCCAATGACTATTTAAACAAATA-CTTATTTAAAATTA
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* * * * * * ****
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAT-ATAAGCTTATTTGGAATAAA
* * * *
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* * * * * * * * * **
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124 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * *
9123 TAATAATAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GA-TTTAAAAAGTGAATCTATTTG
65 TAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTA
* * * * * *
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* * * * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTGGAAT-AAA
* * * *
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* * * * **
9364 CTG---AA---C---TAGTTCT--C-ATTTCAAGAATTACCTATTTCAAATTG
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** * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATT-TGGAATAA
* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * ** * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * *
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* * * * *
9713 CTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCTATTT-AACAATTATGTATTTGAAATCA
127 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
9765 TTATTACCTTCT-TTTAGTCATACAACAAATGTTTTTGA-TCAT-TCAAGCTTATCTGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAT-AAGCTTATTTGGAATAAA
* * * *
9827 ATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAAT-ATT-AAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * * **
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126 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-----TA-TCTAT--TTCAAATCA
* * * * * * * *
9953 TTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTCTTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
** * * * * * * *
10018 AATA-TCAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGA-ATTAAAATTAAATTTGTTTGC
66 AATACT-AATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
10081 TGAACCAA-TTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
128 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * **
10133 TTATGACATTTTGTTTTGTCATATAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTCAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAA
* ** * ** *
10197 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAGTTTTGTTTA
65 TAATACT-AATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTA
10261 CCT-AACAAGTTCAAAT
127 -CTGAACAAGTTCAAAT
10277 CATTATAACC
Statistics
Matches: 4434, Mismatches: 1018, Indels: 525
0.74 0.17 0.09
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167 6 0.00
168 77 0.02
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170 1 0.00
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Found at i:5322 original size:182 final size:179
Alignment explanation
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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*** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * * * ** *
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* * ** * *
4919 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATATATTCTTATTTGGATTAAAATAA
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* ** * *
4983 -ATTTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA--TGTTTATC
65 TA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATTTGTTCATC
* * * *
5045 AAACAAGTTCAAATAATCATGAC---TT----AATTATCTTTTTCAAATCATTG
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TG
*
5092 -TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-GTTGC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT-CTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
5154 AATGCTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTCA
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTCA
* * * * * * *
5218 TCGAACAAGTTCAAGTAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACATG
125 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
** * *
5273 ATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAT-AAAGCTTA-TTTGAAATAAAATA
* * *
5337 ATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAATCTATTTTC-
64 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT-AAAT-T-TGTTCA
* * *
5400 T-AAACACA-TTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
125 TCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * *
5454 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTTGTTTTATTCAAAGAAGCTTA-TTCAGAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * * *
5518 ATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTATCG
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCG
*** * * * * ** *
5582 AGTGAGTTCAAATAGTTATGCCAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * *
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1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * *
5698 TACTAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATGAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGA
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* * * * * *
5763 ACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATT
129 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* ** * * ** ** **
5814 ATCATATTTTGATTTGTCAAAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* ** * *
5879 TACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG---ACATTTAAAAACTAAACCTTT-TT-A-CT
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* * ** *
5938 GAATC-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATTGTT
127 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATG
* * * * * * *
5991 ATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * ** *** * *
6055 TGCTAAATTAAAAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTATGGATTTTAAAAATAAATGTGTT--TGCT
65 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCAT-C-
* * * * * * *
6117 AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTTCAAATCATT
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * * * *
6170 CTGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATACATGCTTA-TTCAAAGTAAATT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAA-TAAAAT
* * * * * *
6233 AATACTAATTTACTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAATTTTAAAAAATAAATATATTT
63 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--TAAAAA-TTTAAAAAATAAATTTGTTC
* * * ** * * *
6297 ACCAAACATGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTT
124 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * ***
6353 ATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * *
6417 ATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCG
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCG
* * * * * *
6482 AATCAA-TTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCTAGTCATC
128 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
** * * * * * * *
6534 ATGAAATTTTCTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTAGGAATAAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTTGAAAT-AAAAT
* * * * *
6598 AATACTAATTTATTAACATTTTCAATAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
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* * * * ** *
6662 -CTGAACCAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTT
125 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * ** * * * ** * * *
6717 TTAATGTTTTGTTCTGTCAAAAAATAATTATTTTTATTCATTAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
* * * * *
6781 TACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGATT-AC
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* * * ** * * * * *
6844 CGAACCAA-TTTAACTAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTT
126 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * ** * * *
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* * * *
6961 AAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTT--T
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCAT
* * * * * *
7023 GCTGAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTCATT
126 -C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * * * * *
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* *** * * * *
7143 TATTAATTTATTAATATTTTGGAAATTAATAATTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTATTTA-CT
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTCATC-
* * * * * * * * *
7206 AAACTAGTTCAATTAGTTATAAGTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTT
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * *
7259 ATGACCATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGTCTTATTCGAAATAAAATA
1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAG-CTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * *
7324 ATACTAATTTATTAATCTTGT-AAAAGTTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAGGAATCTATT-AGC
64 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCA--
* * * * * * *
7387 TTGACCAA-TGCAAATAGTTATGATTGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATT
125 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * ** * ** * * ** * *
7441 ATAACCTTTTGTTTTATTACAAAACAATTATTTCTGTTTGTACAAACTTATTCGAACCAACACAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
** * * * * *
7506 TTTTAATTTATTAA-AATTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
65 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCG
* ** *
7570 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTT
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * *
7622 ATAACGTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * *
7686 TACAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT-AATTCTTTTTATT
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATT-TGTTCATC
* * * * * * *
7749 GAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACTATTATTTTTTTTAAAT--TG
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * ** * * * * * * * * *
7800 TTGTAACTTTTGTTTCATTATAAAACAATT-TTTTTGTTGAT-ATGTTCTTATTTGGATTGAAAT
1 ATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAG--CTTATTTGAAATAAAAT
* ** * ** * *
7863 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTA-C
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCATC
* * * ** *
7927 TGAACAAATTCAAATAGTTATAACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
127 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * ** **
7981 ATAACCTTTTATTTCATCATAAAACAATT-GTATC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT-TCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** ** * * * *
8044 AAT-GTAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGTGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-
63 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCAT
* * *
8107 CTGTACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
126 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * *
8162 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCGATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * ** * * * * *
8226 TACAAATTTAATCATA-TAAAAACAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAACTAAATCTGTTTA-CT
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCATC-
* * * * *
8289 AAATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATC----T--AATCATT
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * * * * *
8336 AAGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACGAGTTTA-TTCAAATTGAAAA-
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAA-T-AAAAT
* * * * *
8399 AATATTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCATC
* ** * * *
8464 GAACCAG----AATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATCAATCTCAAA-C-TG
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* ** * * * * **
8511 TTATGATC-TTTGTTTTGT--TAGAAACAATCATTTTTTTTTTATCTTAGAAGCTTTTTTG-GTT
1 --ATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAC-A--ATTGGTTCTAT-TCATA-AAGCTTATTTGAAAT
* * ** * *
8572 AAAAATAATACCTAATGTAATAATATTT-TGAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
58 -AAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-T
** ** * ** * * * * * *
8636 T-TTTGTCGAACCTGTTCAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATATATTTCAAAAT-TTT
119 TGTTCATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATG
* * * * * * * ** * * *
8696 CTAACCATTTGTTTAGGCATAAAATATTTATTTC-ATACCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT-TCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * *
8760 ATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATTTG-T-A
64 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTT--AAAAAATAAATTTGTTCA
** ** **** * * * * *
8822 TTTAAACAAACTCAAATTCCAATGACTATTTAAACAAATA-CTTATTTAAAATTATT
125 -TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATG
* * ** * * ***
8878 ACGACC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTTTGATTCATAAAAAGTTTATGCAAAATAAAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-ATTCAT--AAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
8942 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATATT-
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAAT-T-TGTTC
* * * * * * * * * **
9006 -TTGAATAAATTCAAATAGTTACGACTAGTTAAACAATTGTATATTTAAAATTGTTG
124 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATG
* * * *
9062 -TGACTTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
9125 ATAATAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAAGTGAATCTAT-TTGC-T
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT-CAT
* * * * * * *
9185 -AAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATT
126 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * *
9238 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCA-TCACACAAGCCTA-TTCAGAATAAAAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTTGA-AAT-AAAA
* * * * *
9300 AAATACTAGTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT--T
62 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCAT
* * * * * * ** *
9363 ---AC----TGAACTAGTTCT--C-ATTTCAAGAATTACCTATTTCAAATTGTT
126 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
** * * ** *
9407 AT-AATTTTTGTTCTG-CTATAAAATAATTATTTC-ATTTCGTACAAGCTTATTATG-AATAAAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATA-AAGCTTATT-TGAAATAAAA
* * * * *
9468 TAATAGTAATATAATAATATTCCAAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT--
62 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCA
* * * * * *
9530 TGCTAA-ATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTTCAAATCATT
125 T-CGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATG
* * * * * *
9588 CTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TCGTTC-AGTTCATGCAAGTTTATTCGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * * *
9651 ATACAAATTTATTAATATTCCATAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAATCTGTTTA-CT
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATAAATTTGTTCATC-
* * * * * *
9715 GAATC-ATTTCAAATAATTATGGCTATTT-AACAATTATGTATTTGAAATCATT
127 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * * * * * * * *
9767 ATTACCTTCT-TTTAGTCATACAACAAATGTTTTTGA-TCATTCAAGCTTATCTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-ATTCA-TAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * *
9830 ATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCATC
* * * * * * * ** *
9894 AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATATGAATAATAAAACAACTGTATGCTTCAAATTGTT
127 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-----TA-TCTAT--TTCAAATCATG
* * * * ** * * *
9955 ATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTCTTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAA
** * * * *
10020 TA-TCAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGAA-TT-AAAATTAAATTTGTT--TG
65 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTCAT-
* * *
10080 CTGAACCAA-TTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA--ATG
126 C-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
* * ** * * *
10133 TTATGACATTTTGTTTTGTCATATAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTA-TTCAGAATAAAA
1 --ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGA-AATAAAA
* ** ** *
10197 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAGTTTTGTTTA
62 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTCA
* *
10261 CCTAACAAGTTCAAAT
125 TCGAACAAGTTCAAAT
10277 CATTATAACC
Statistics
Matches: 4406, Mismatches: 1010, Indels: 593
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 77 0.02
169 43 0.01
170 2 0.00
171 26 0.01
172 50 0.01
173 70 0.02
174 42 0.01
175 117 0.03
176 124 0.03
177 384 0.09
178 74 0.02
179 452 0.10
180 936 0.21
181 985 0.22
182 423 0.10
183 403 0.09
184 49 0.01
185 6 0.00
186 7 0.00
187 1 0.00
188 58 0.01
189 72 0.02
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCGAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATG
Found at i:7516 original size:543 final size:540
Alignment explanation
Indices: 4382--10250 Score: 3252
Period size: 543 Copynumber: 10.9 Consensus size: 540
4372 GTTTAAATTG
* * * * * * * *
4382 TTATGACTTTTTGTTTAGTTATAAAA-TAATAGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTATTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAA
* * * * * * * * *
4446 TAATAGTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * *
4511 TAAACTACATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATT-TTCTATTT-AAATCGCTATGACCTTTT
129 TAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGAACTTTT
* *** * * * *
4574 GTTTTGTCA-AAAA-AA-AAATTC-AGTTGATATAAG-CTTATTTGAATTAAAATAATACTAAGT
193 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAT-AGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
4634 TATTAATATT-TCAAAAATTAATAATTAAAATATTTAGAAAATGAATAT-ATTTATCGGA-CAAG
256 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGA-TTA-CCGACCAA-
* * * * * * *
4696 TTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAATTGAAATC---ATAACCTTTAGTTTTGA-C
316 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT-ATC
* * * * * **
4757 ATAAAATAATT-TTTCTGTAT-GTACAAGCTTAGTTC-GAATAAAATAACAAAAATTTATTAATA
380 ATAAAACAATTATTTCTGT-TCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* ** * *
4819 -TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTAAAA-AAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
443 TTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTCAAAT
* * * *
4880 TGTTATGACCT-TTTGAACAATTATTTTTTTCAAATT-G
504 AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTCA
* * * * ** *
4917 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATATATTCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAAT
* ** * * *
4981 AA-ATTTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA--TGTTTA
65 AATA-CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * ** * *
5043 -TCAAACAAGTTCAAATAATCATGAC---TT----AATTATCTT-TTTCAAATCATTGTGACCTT
128 CT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * *
5099 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTGC-AGTTCATATAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATGCTAA
191 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAT-AGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
5162 TTTTTTAATATT-TCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTG-TTCATCGAAC
254 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA-AGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGATT-ACCGACC
* * * * * * * * * ** *
5224 AAGTTCAAGTAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATTTCAAAACATGATGACCTTTCATTTTG
314 AA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA
** * * * * *** *
5289 TCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
378 TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * *
5354 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAATCTATTTTCTAAACACA-TTCAAATAG
443 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCT-GTTTCTGAAC-CAGTTCAAATAG
* *
5417 CTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
506 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCA
* * * * * *
5452 TTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACCAATTTGTTTTATTCAAAGAAGCTTATTCAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTATTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAA
* * * * *
5516 TAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * *
5579 TCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGCCAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTT
129 TAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT
* * * *
5644 GCTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGT-TTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTT
193 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
5707 ATTAATATTGC-AAAAATTAATGAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAGTTC
257 ATTAATATT-CTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGATTACCGACCAA-TTC
* * * * * ** * * *
5771 AAATAGTCATG-TCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATCATATTTTGATTTGTCAAA
319 AAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * **
5835 AAACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTG
383 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
5900 AAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAACT-AAACCTTTTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
448 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
5960 TTATTTGAATAATTATCTATCTTAAATT-G
512 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAATTCA
* * ** * *
5989 TTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAAT
* * * ** * * * * * *
6053 ATTGCTAAATTAAAAATATTCTAAAAATTAATAAGTATG-GATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCT
65 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * ** ** * **
6117 AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTTCAAATCATTCTGGCCTTTTG-
130 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGT
* * *
6181 TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACA-TGCTTATTC-AAAGTAAATTAATACTAATT
195 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAGT-CTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
6243 TACTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAATTTTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAAACATG
256 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--TAAAAA-TTTAAAAAATAAATATGA-TTACCGACCA-A
** * * * * *
6307 TTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCA
316 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCA
* *
6372 TAAAACAATTATTT-TAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
381 TAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
6435 TTAAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAACAT-AAAT-TAGTTTATCGAATCAATTCAAATAAT
444 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCT-GTTTCT-GAACCAGTTCAAATAGT
* * * *
6498 TATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCTAGTCA
507 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCA
* ** * * * *
6532 TCATGAAATTTTCTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTAGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATT-GGAAT-AAA
* * *
6596 ATAATACTAATTTATTAACATTTTCAATAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
6660 TACTGAACCAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTT-TTAATGT
126 TACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-CT
* * * * * *
6724 TTTGTTCTGTCAAAAAATAATTATTTTTATTCAT-TAAG-CTTATTC-AGAATAAAATAATACTA
190 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* * * * *
6786 ATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGATTACCGAACCA
253 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGATTACCG-ACCA
* * * * * * * * * * * *
6851 ATTTAACTAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTTTGACATTTTGTTTTGTC
315 ATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATC
* * ** * * *** * **
6916 GTAAAACAATTTTTTCAATT-ATTACTAACATATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATAT
380 ATAAAACAATTATTTCTGTTCA-TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * *
6980 TTCAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTGCTGAACCAGTTAAAATAAT
444 TTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTCAAATAGT
*
7043 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTCA
507 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCA
* * * * *
7077 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAG-TTGTCTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TGGAATAAAAT
* ** * *
7141 AATATTAATTTATTAATATTTTGGAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT
65 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * *
7206 AAACTAGTTCAATTAGTTATAAGTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATTTTG
130 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTG
7271 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
194 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * *
7336 TAATCTTGTAAAAGTTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAGGAATCT-ATTAGCTTGACCAATGCAA
259 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGATTA-C-CGACCAATTCAA
* * * *
7400 ATAGTTATGATTGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATTACAAAA
321 ATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA
** * ** * * * *
7465 CAATTATTTCTGTTTGTACAAACTTATTCGAACCAACACAATTTTAATTTATTAA-AATTCTAAA
386 CAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAA
* * * *
7529 AGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
450 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTCT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
7593 ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATT-G
514 ATTTGAACAATTATCTATTT-CAATTCA
* * * **
7620 TTATAACGTTTTGTTTTGTAAT-AAAC-AAT-TTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT-TT-TATTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAA
* * * * * *
7682 GTAATACAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAATTCTTTTT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * *
7746 ATTGAA-TAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACTATTATTTTTTTTAAATTGTTGT-AACTT
127 ACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * * * * * * *
7809 TTGTTTCATTATAAAACAATT-TTTTTGTTGATAT-GTTCTTATTTGGATTGAAATAATATTAAT
191 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAG-TCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** * * *
7872 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATT
255 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGATTACCG-ACCAATT
* * * ** * *
7937 CAAATAGTTATAACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTCATCATA
318 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * **
8002 AAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGTAAATTTATTAATATTTTG
383 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
** * * *
8067 AAAATTAATGTGTAAGAGATTTAAAAAAT-GAATCTGTTTACTGTACAAGTTCAAATAGTTATGA
448 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* *
8131 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
512 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCA
* ** ** *
8160 TTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACCGAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAA
* * * ** * * * * * *
8223 TAATACAAATTTAATCATA-TAAAAACAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAACTAAATCTGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
8287 CTAAA-TAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTA-ATC--A---TTAAGACCTTT
128 CTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTT
* * * * * * *
8345 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACGAGT-TTATTC-AAATTGAAAA-AATATTAA
192 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGAAA-T-AAAATAATACTAA
* * * * *
8407 TTTATTAATATTTCT-ACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACC-A
254 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGATTACCG-ACCAA
* *** * * * * * * *
8470 ---GAATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATCAATCTCAAA-CTGTTATGATC-TTTGTTTTGT-
316 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACCTTTTGTTTTATC
* * ** ***** * *
8529 -TAGAAACAATCATTT-TTTTTTTATCTTAGAAGCTT-TTTTGGTTAAAAATAATACCTAATGTA
380 ATA-AAACAATTATTTCTGTTCATA-C--A-AA-CTTATTCAAAAT-AAAATAATA-TTAATTTA
* ** * * * * *
8591 ATAATATTT-TGAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATGTTTTTGTCGAACCTGTTCA
437 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTCT-GAACCAGTTCA
* ** * * * *
8654 AGTAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATATATTTCAAAATT--
501 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AATTCA
* * * * * * *
8694 TTCTAACCATTTGTTTAGGCAT-AAA-ATAT-TTATTTCATACCATACAAGCTTATTCGGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT-TTT-AT-TCATACAAGCTTATT-GGAATAA
* * * ** * *
8756 AATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAAT-T-T
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTAT
* * * ** **** * * * * * *
8819 GTATTTAAACAAACTCAAATTCCAATGACTATTTAAACAAATACTTATTTAAAATTATTACG-AC
125 TTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAC
* * * * * * * *
8883 CTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTTTGATTCATAAAAAGT-TTATGCAAAATAAAATAATAC
189 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAT--ATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * **
8947 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAGGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTAT-ATT-TTG
251 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAA--TATGATTACCG
** * * * * * * * ** * * *
9009 AATAAATTCAAATAGTTACGACTAGTTAAACAATTGTATATTTAAAATTGTTGTGACTTTTTGTT
311 -ACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * ** * *
9074 TTGTCATAATATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTA
375 TTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * *
9139 ATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGT-GAATCTATTTGCTAAATCAGTTCAAAT
440 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTCAAAT
* * * * * *
9199 AATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCA
504 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCA
* * * * *
9236 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTCA-TCACACAAGCCTATTCAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATT-GGAAT-AAA
* * * *
9299 AAAATACTAGTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * ** *
9364 CTGAACTAGTTC---------T--C-ATTTCAAGAATTACCTATTTCAAATTGTTAT-AATTTTT
128 CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT
* * * * * * * *
9416 GTTCT-GCTATAAAATAATTATTTC-ATTTCGTACAAG-CTTATTATG-AATAAAATAATAGTAA
193 GTTTTATC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-TAGTCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * ** ** *
9477 TATAATAATATTCCAAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAATTAG
254 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAA-AAATTTAAAAAATAAATATGATTAC-CGACCAA
* * * * * * * *
9541 TTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTC
316 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATC
* ** * * ** * **
9606 ATAAAAGAA-TCGTTCAGTTCATGCAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
380 ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
9670 CCATAAATTAATAAGTAA-ATGACTTAAAAAGT-GAATCTGTTTACTGAATCATTTCAAATAATT
445 TCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAAATCTGTTT-CTGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * *
9733 ATGGCTATTT-AACAATTATGTATTTGAAATCA
508 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCA
* * * * * *
9765 TTATTACCTTCT-TTTAGTCATACAACAAATGTTTTTGA-TCATTCAAGCTTATCTGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATACAAGCTTAT-TGGAATAAAA
* *
9828 TAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
9892 CCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATATGAATAATAAAACAACTGTATGCTTCAAATTGTTAT
128 CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-----TA-TTTAT--TTCAAATTGTTAT
* * * * * * * *
9957 -AACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTCTTCATACAAG-CCTATTTGGAATAAAATAA
185 GAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAATAA
** * * * * * * * *
10020 TA-TCAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGAA-TT-AAAATTAAATTTGTTTGCT
248 TACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGATTACC
* * * * * * *
10082 GAACCAATTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACATTTTG
310 G-ACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTG
* * * ** * * * * *
10146 TTTTGTCATATAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTAT
373 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
*
10211 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATA
438 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
10251 GTTTTGTTTA
Statistics
Matches: 4162, Mismatches: 919, Indels: 492
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
524 2 0.00
525 2 0.00
526 109 0.03
527 108 0.03
528 93 0.02
529 106 0.03
530 125 0.03
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534 224 0.05
535 265 0.06
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539 141 0.03
540 403 0.10
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550 12 0.00
551 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (540 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTA
AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGATTACCGACCAATTCAAATAGT
TATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
ATTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATCTATTTCAATTCA
Found at i:8033 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 4415--15279 Score: 4460
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4405 AAATAATAGT
* * ** * * *
4415 TTCTATTCATATAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATAGTAATTTACTAATATTTCAACAATTAAT
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAAT
* * ** * * *
4479 AAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACTACATCAAATAGTCATGACTATTTAAAT
64 AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *** *
4544 AATT-TTCTATTT-AAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAAATTCAGTTGA-T-ATA
128 AATTATT-TATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG-TTTATC-ATAAAACAATTGTTTTTATTCATA
* * * *
4605 AG-CTTATT-TGAATTAAAATAATACTAAGTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAATTAAAATA-
190 AGTCTTATTCGGAA-T-AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * * * * *
4666 TTTAGAAAATGAATATATTTATCGGACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAA
252 TTTA-AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
4731 TTGAAATC---ATAACC-TTTAGTTTTGA-CATAAAATAATT-TTTCTGTAT-GTACAAGCTTAG
316 TTCAAATCATTATAACCTTTTA-TTTT-ATCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAACTTA-
* * ** * *
4789 TTC-GAATAAAATAACAAAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTTAA
377 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAA
* * * *
4851 AAA-AAAT-TGTTTA-CCGAACAAGTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGAACAATTATTTTTTTCA
438 AAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * *
4912 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA-AAATTG
502 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTG
* ** ** * ** ** *
4948 TTTCTATTCATATATTCTTATTTGGATTAAAATAA-ATTTAATTTATTAATATTTGGATAATTAA
1 -TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAA
* * *
5012 TAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA--TGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAATCATGAC---TT-
63 TAAGTAAAAGATTTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-AAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * * **
5070 ---AATTATCTT-TTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTGCAGTTC
125 AACAATTAT-TTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTC
* * * *
5130 ATATAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTTTTAATATT-TCAAAAATTAA-AGAGTAA
187 --ATAAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA-AGTAA
* ** * * * * * * * * * * *
5192 GAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTCATCGAACAAGTTCAAGTAGTTACGAGTATCTAAAAAATTA
247 AAG-ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTA
* * * * * ** * * *
5257 TCTATTTCAAAACATGATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTGATGCAAGCT
311 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACT
*** * ** * *
5321 TATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAA
375 TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *
5385 ATAAAATCTATTT-TCTAAACACA-TTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
440 AT-AAATCTGTTTATCTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* *
5448 ATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTTG
503 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTTG
* * * ** **
5485 TTTTATTCAAAGAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAATTAATA
* * * * * *
5549 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGCCAATTTGAAC
65 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
5613 AATTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA
128 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT--A
* * **
5678 AGT-TTATTTGGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTGC-AAAAATTAATGAGTTGAAGATTT
190 AGTCTTATTCGGAATAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
5741 AAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTC-CATTTGAACTATTATCTATTT
254 TAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTC-TTTGAACAATTATCTATTT
* * ** * * * *
5805 TAAATCATTATCATATTTTGA-TTTGTCAAAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCA
318 CAAATCATTATAACCTTTT-ATTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCA
* * * *
5868 AAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTG-AAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAACTAAA
381 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * **
5928 CCTTTTTA-CTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATTGT
445 TCTGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCAT
* * *
5990 TATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAA-ACATTTG
508 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-ATTTG
** * * * ** *
6020 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAA-TTAAAAATATTCTAAAAATTAA
1 -TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AAATTTATTAATATT-AAAAAATTAA
** * * * *
6084 TAAGT-ATGGATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
63 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** ** * ** *
6148 TAATTATCCATTTCAAATCATTCTGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATA
127 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATA
* * * * * *
6212 CA-TGCTTATTC-AAAGTAAATTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAA
190 -AGT-CTTATTCGGAA-TAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAG
* * ** ** *
6275 ATTTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACATGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTATCT
250 ATTTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCT
* * * *
6340 ATTTAAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATA-AAAGCTTAT
314 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAA-CTTAT
* * * * *
6404 CCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAACATA
378 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
6469 AAT-TAGTTTATC-GAATCAA-TTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCTAGTC
443 AATCT-GTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
6531 ATCATGAA-ATTTTCTTTTGTCATACAACAA-TTG
506 ATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTTG
* * *** * * * *
6564 TT-TTTCATCATACAAGCCTATTAGGAATAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTCAATAATT
1 TTCTAT--TCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACAAATTTATT-A-ATATTAAAAAATT
* * ** *
6628 AATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGCTCAAATAGTTATGACTATTT
61 AATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * *
6692 GAACAATTATATATTTCAATTTGTT-TTAATGTTTTGTTCTGTCAAAAAATAATTATTTTTATTC
124 GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * * * *
6756 ATTAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAG
187 A-TAAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * ** * * * *
6820 ATTTTAAAAAATAAATTTGATTACCGAACCAATTTAACTAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTT
250 ATTTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * * *
6885 ATTTCAAATCGTTTTGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCAATT-ATTACTAACATAT
314 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCA-TACAAACTTAT
*** * ** *
6949 TTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
378 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
7013 AATTTTGTTT-GCTGAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTCA
442 AAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
7077 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTT-
507 TTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAC-AAT-TTG
* * * * * ** ** ***
7111 TT-TGTTCAAATAAG-TTGTCTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGGAAATTAATA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATA
* * * * * * * *
7174 ATTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAAGTATTTGAACA
65 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
7239 ATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATA
129 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-A
* * * *
7304 GTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTGTAAAAGTTAATAAGTAACAA-ATTT
191 GTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT
* ** * * * * * * * *
7368 AAAAAAGGAATCT-ATTAGCTTG-ACCAATGCAAATAGTTATGATTGTTTCAACAATTATCTATT
254 TAAAAATAAATATGTTTA-C-CGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** *
7431 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATTACAAAACAATTATTTCTGTTTGTACAAACTTATTCGA
317 TCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAA
** * * * * * *
7496 ACCAACACAATTTTAATTTATTAAAATTCT-AAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAAT
382 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* **
7560 CTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTAT
446 CTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* *
7624 AACGTTTTGTTTTGTAATAAACAATTTG
511 AACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTG
*
7652 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAA
* * * * * * *
7717 GTAAAAGATTTTAAAAAATAATTCTTTTTATTGAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACT
66 GTAAAAGATTTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
7782 ATTATTTTTTTTAAATTGTTGT-AACTTTTGTTTCATTATAAAACAATT-TTTTTGTTGATATGT
129 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAG-
* * * * * * * *
7845 TCTTATTTGGATTGAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTTT
192 TCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA
* *
7910 AAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATAACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAA
256 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
7975 ATTGTTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
321 ATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATA
* * ** *
8040 AAATAATGTAAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATGTGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
386 AAATAATATTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* *
8104 TTA-CTGTACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
450 TTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
*
8168 TTTTGTTTTGTCATAAACCGATTT-
515 TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTTG
* * * *
8192 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTAATCATATAAAAACAATTAATA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAA-AATTAATA
* * * * *
8257 AATAAAAAATTTTAAAACTAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATA
65 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
8322 ATTATCTA-ATC--A---TTAAGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACGA
129 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA--A
* * * * *
8381 GT-TTATTC-AAATTGAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCT-ACAATTAATAAGTAAGAGATT
191 GTCTTATTCGGAA-T-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
8443 TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC-----CAGAATAGTTATGAC-CGTTTGAATAATTATCAAT
253 TTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCA-AATAGTTATGACTC-TTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * ** **
8502 CTCAAA-CTGTTATGATC-TTTGTTTTGT--TAGAAACAATCATTT-TTTTTTTATCTTAGAAGC
316 TTCAAATC-ATTATAACCTTTTATTTTATCATA-AAACAATTATTTCAGTTCATA-C--A-AA-C
***** * * * *
8562 TT-TTTTGGTTAAAAATAATACCTAATGTAATAATATTTTG--AAATTAGTAAGTAAGAGATTTA
374 TTATTCAAAAT-AAAATAATA-TTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** * ** * * * *
8624 AAAAATAAATGTTTTTGTC-GAACCTGTTCAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATATATTTC
436 AAAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
8688 AAAAT-TTTCTAACCATTTGTTTAGGCATAAA-ATATTTA
501 -AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-ATTTG
* * * * * * *
8726 TT-TCATACCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATCA
1 TTCT-AT-TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAAAAATTA
* * * * * ** ****
8789 ATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATTTGTATT--TAAACAAACTCAAATTCCAATGACTATT
62 ATAAGTAAAAGATTT--TAAAAATAAATCTGT-TTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * * * *
8852 TAAACAAATACTTATTTAAAATTATTACG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTTTGATT
123 TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTT-ATT
* ** * *
8916 CATAAAAAGT-TTATGCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAGGCA
186 CAT---AAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** *
8979 AGAA-ATTTAAAAAAATAAATCTATATTT--TGAATAAATTCAAATAGTTACGACTAGTTAAACA
246 A-AAGATTT-TAAAAATAAA--TATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACA
* * * ** * * * * * * * *
9041 ATTGTATATTTAAAATTGTTGTGACTTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGTTTCAGTTCATACAA
307 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA
* ** * * *
9106 GCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAA
372 ACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * * * *
9167 AAAGTGAATCTATTT-GCTAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTC
437 AAAATAAATCTGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
9230 AAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-
501 AAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTG
* * * * * *
9268 TTTTCA-TCACACAAGCCTA-TTCAGAATAAAAAAAATACTAGTTTATTAATATTTAAAAAATTA
1 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AAT-AAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTA
* * * * *
9331 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC----T-G---AACTAGTTCT--C-ATTTCAA
62 ATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** * * * * *
9385 GAATTACCTATTTCAAATTGTTAT-AATTTTTGTTCT-GCTATAAAATAATT-ATTTCATTTCGT
127 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTT-TATC-ATAAAACAATTGTTTTTA-TTC--
* ** * * * * *
9447 ACAAG-CTTATTATGAATAAAATAATAGTAATATAATAATATTCCAAAAATTAAT-AGCTAAGAG
187 ATAAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAG
* * * ** ** * * * * * *
9510 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCA
250 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** * **
9575 TTTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TCGTTCAGTTCATGCAAGTTTATT
315 -TTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATT
* ** ** * * * *
9639 CGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCATAAATTAATAAGTAA-ATGACTTAAAAAGTG
379 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATA
* * * * *
9703 AATCTGTTTA-CTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCTATTT-AACAATTATGTATTTGAAATCA
443 AATCTGTTTATCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
9765 TTATTACCTTCT-TTTAGTCATACAACAAATGTT-
507 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AAC-AAT-TTG
* * * * * *
9798 TT-TGA-TCATTCAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT
1 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTAAAAAATTAAT
* * * * * *
9861 ACA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATATGAA
64 A-AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
9925 TAATAAAACAACTGTATGCTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTC
127 CAAT-----TA-TTTAT--TTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTT
* * * ** * *
9989 TCTTCATACAAG-CCTATTTGGAATAAAATAATA-TCAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAA
182 TATTCAT--AAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * * * *
10052 CTAAGAGA-ATTAAAATTAAATTTGTTTGCTGAACCAATTCAAATATTTAAGACTATATGAACAA
243 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAA
* * * * * * * * *
10116 TTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTGTCATATAACAATTTTTTCAATTCATACTA
308 TTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA
* * * * * *
10180 GCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAA
372 ACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * * * ** *
10245 AAAATAGTTTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATCA-TTATAACCT-TTTG---TTTTGTC-A--T
437 AAAATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
10301 -AAA--A-CA-AA---TGT-TTTTGTTCATAAA-AGTTTA
500 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAACAATTTG
* * * * * * * * * * * *
10331 TT-TGGAATAATGCAATAC-TA-ATC-TAT-TAATATTTCAAA--AATT-A-A-TAACAGATT--
1 TTCT--ATTCATACAA-GCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAATTAA
** * * ** * *
10384 T-A--AAAA-A---T--AAATCTAT-T-TAT-CAAACCAGTTCAAAGAGTTATGATTATTTGACA
63 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-A
* ** ** * * *
10437 -AATTATTTATATCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATAT
127 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTTTATTC--AT
** * * * * * * * *
10501 AAG-CTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAGTATTATTTTGACAATTAATAAATAAAAAATT
189 AAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* ** ** * * * * *
10565 TAAAAAATACTTATGTTTATTGAACATGA-TCAAATATTTATGATTATTTGAATAATTATCTATT
253 TTAAAAATAAATATGTTTACCGAACA-AATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ** *
10629 TCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCGA
317 TCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAA
* *** * * ** * *
10694 CATAAAATAATGCCAAATTATTAAGATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
382 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * ** *
10759 AGTTTGT-GGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCGCTAAA
447 TGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
*
10823 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT-
512 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTG
* * * * * * *
10850 TT-TGTTAATACAAACTTATTTCAAATTAAATAATATAAATTTATTATTATTAAGACAATTAATA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAA-AAAATTAATA
* * * * * * *
10914 AGTAAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAGTTCAAATCGTTATGAC-ATTTAAACTA
65 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * ** *
10978 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCCATTCACAAAG-
130 TTATTTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCA-TAAGT
** *
11042 -TTATTAAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTA
193 CTTATTCGGAATAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA
* * * * * * * * * * * * *
11101 AAACTAAATTTTTTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTAAATAATTATCTATCTCAA
256 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *** *
11166 ATCATTATGATC-TTTGTTTTATCATATAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGACT
321 ATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAAT
* ** * * * *
11229 AAAATATTGCTAAATTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA-GAATGTG
385 AAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
11290 TTTGT-TGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCATATCA-T-T---
449 TTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
*
11349 C---TG---T-TCGT--AC-A--TG
514 CTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTG
* ** * * ** * * * ** * *
11362 TT-TATTCGAAACAA-AATA-AT--ACTAATTTATTA-ACATTCA--AA-A--AATTAATAAACA
1 TTCTATTC-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAATTAATA
** * *
11416 AG---AA-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGCTATGGCTATTTGAAC
65 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *** * * *
11476 AATTATCTATTT-ACAATAAATAAG-ACCTTT-TTTATCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATAA
128 AATTATTTATTTCA-AATTGTTATGAACTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT--
** * * * * * **
11537 AAG-CTTA-TCTAAAATAAAATAACATTACTTTAATAATATT-TCAAAAATTGATAAGT-TGAGA
189 AAGTCTTATTC-GGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** * *
11598 TTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATCGAATC-GGTTCAAATAATTATGGC-CATTTGAACAATTATC
251 TTTTAAAAATAAATAT-GTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTC-TTTGAACAATTATC
** * * * * * *
11660 TATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATGGTTTTTCA--CCATACAAGCC
313 TATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT--TATTTCAGTTCATACAAACT
** * * * *
11722 TATTTGAAATAAAATAATATCAATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAGGAG-TTTAAAAA
375 TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *
11786 ATAAATCTATTTA-CTGAACTAGTTC---TAGTT-TG---A---G--TAATTATCTATTTCAAAT
440 ATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*** * * * * *
11838 TGCTATAAACTTTTCTTTAGTTATAAA-ATAATTG
505 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-ATTTG
* * * **
11872 TT-TCAGTTCATATAAGTTTA-TTCATAATAAAATAATA-ATAATTTAATAATATTTTGAAAATT
1 TTCT-A-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACA-AATTTATTAATA-TTAAAAAATT
* ** * * ** * ** * * *
11934 AATAATTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAAACAGTTCAAACGGTTAAGACTATGTA
61 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
11999 AACAATT-TTCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTAAGTTC
125 AACAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTC
* * **
12062 ATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGT
187 AT--AAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * *** * * * * ** * *
12126 GA-TTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAGTTAGTTTAAATAATTATGGC-CAAGTCAATAATTAT
249 GATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTC-TTTGAACAATTAT
** * * * * * ** ** * *
12189 CTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-GTTTAGCCATATAACAATTGTTTTTGAACATTCAAGCTT
312 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTT
** * * *
12253 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT-TCTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
376 ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * ** *
12313 ATAAATTTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTCAAAT
440 ATAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * *
12377 TTTTATAACCTTTTCTTCTGTCATAAA-ATATTTAT
505 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-ATTT-G
* * ** ** * * ** *
12412 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAAAA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATA
* * * * * * ** * * *
12477 ACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATA-TTTTAGATTATATGAAC
65 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAAC
* * * * *
12541 AATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCAT
128 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG-TTTATCATAAAACAA-TTGTTTTT--ATTCAT
* *
12605 ACTAG-CTTATTTGGAATAAAGTCAA-A-TGAATTTATTAATATT-TCAAAAACTAATAAG----
189 A--AGTCTTATTCGGAATAAA-T-AATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * *
12662 AGATTTCAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
248 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATC
* * * * * * * ** * * ** *
12727 CATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGT
313 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTT-A
*** * ** * *
12792 TTGGGAATAAAGTAATACAAATCTATTAATATTTCG-AAAATTAATAAGT----GACTTAAAAAA
377 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-GAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
12852 TAAATCTCTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATTACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAAATT
441 TAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** *
12916 GTTATGA-CTTTTTTTTCTGTTGTAAAATAATTAT-
506 ATTATAACCTTTTGTTT-TGTCAT-AAACAATT-TG
* * * ** * * * * * ** * * *
12950 TTCTTTTGATACAAACTTATTTGGATTAAACTAAAACTAATTTATTAGTA-TCGACAATCAGTAA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAA
* ** * * * * * *
13014 GTAAAAAATTGAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTATTTGATCA
66 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * **
13078 ATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACATTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATA
129 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTC--ATA
***
13142 AG-CTTATTTAAAATAAAATAATCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTAATTTA
190 AGTCTTATTCGGAAT---A-AA--TA---AT---A-C-TA-----A-T----T--TATTAA--TA
* * * *
13206 TTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAGAAATATGTTTACCGAACTAGA-TCA
227 -T--TCTA--AA-AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAC-AAATTCA
* * * * ** * * * *
13270 AATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
285 AATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAA
* * * * * * ** * * * *
13335 AGAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTTTTAATAATCT-AA
350 ACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTGAA
* * * * * *
13399 AAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAAAAAGAATCTTTTTGT-TGAACAAATTTAAATAATTAT
414 AAATTAATAAGT-AAGAGATTT-AAAAAATA-AATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
13462 GACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTT
476 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTG
* * *
13526 TTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAAC
1 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAA-AAAATTAAT
* * * *
13590 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAG
64 AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** * * *
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127 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT-
** * *
13718 CAAGT-TTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-T-T-----TTAATAAGTAAAAGAT
189 -AAGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
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252 TTTAAAAATAAATATG-TTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
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* * * *
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379 CA-AAATAAA-ATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * *
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441 TAAATCTGTTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT
* * *
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* ** * ** *
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1 -TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAAAAATTAAT
* * * *
14124 AAGTAAAA-ATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
64 AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
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127 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT-A
** * * * * *
14252 AAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTATAAAAATTTATAAGTAAAAGATTT
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* * * * * * * * *
14317 AAAAAATAAATTTGTTTATC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATTTATTT
254 TAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * *
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* ** **
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* * * * * * * * ** *
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* * *
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510 TAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-TG
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** *
14789 A--CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATACA-TAAAAAAT
190 AGTCTTATTCGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA-AGTAAAAGAT
* ** * * * * * *
14850 TTTAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCTAGTTCAAATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATT
252 TTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
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317 TCAAATCA-TTATAACCTTTTATTTT-ATCATAAAACAATTATTT-CAGTTCATACAAACTTATT
*** * * * * * * *
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379 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * * *
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* * * *
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* * * ** * *** * *
15136 TTTTTGTTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATGCTGGTCTATTAATATTTTAAAAATTAA
1 -TTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAA
* * * *
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TTTGTCATAAACAATTTG
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** * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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* *
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* *
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9925 TAATAAAACA
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AAATCATTATGACCTTCTGTTTAGTCATAAAAGAATCGTTCAGATCATG
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10260 ACCTAACAAG
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * ** * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
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* * * *
10577 ATGTTTATTGAACATGATCAAATATTTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
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* * * * * *
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* * * * * * *** * * *
10692 GACATAAAATAATGCCAAATTATTAAGATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA
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* * * * * *
10757 TCA-GTTTGTGGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
128 TTATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * ** * * * * *
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* ** * * *
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* * *
10936 TCTGTTTATTGAATA-GTTCAAATCGTTATGAC-ATTTAAACT-ATTATCTAT
129 TATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA-TAATTATCTAT
* * * * * * *
10986 TTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCCATTCACA-AAG-TTATT-A
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
11048 AGAATAAATAATACTAATTTATTAATATATTT--CAA-AAATTAATAAGAGATTT-AAAACTAAA
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* ** * *
11109 TT-TTTTTATCAAAC-TAGTTTAAATAGTTATTACTATTTAAATAATTATCTAT
128 TTATGTTTATTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * *
11161 CTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTATCATATAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * * * * * * * * * *
11225 GACTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAGAA-T
65 AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAATT
* * * *
11287 GTGTTTGTTGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
130 ATGTTTATTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTAT
* * * * * ** * * * *
11338 TTCATATCATTCTGTTCGTACATG-TTTATTCGA-AACAA-AA-TAATACTAATTTAT-TAA-C-
1 TTCAAATCGTTATG-ACCT-TTTGTTTTA-TC-ATAA-AACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCT
*** * *** ** * *
11396 -ATTCAAA--AAATTAATAAAC-AAGAAATTAAAAAAAT-A-AATCTGTTTACTGAACAAG--TT
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* ** ** * ** * * *
11453 --CAAATAGCTATGGCTATTTGAACA-ATT-ATCTA-TT-T-AC-A-ATAAATAA-GACCT-T
119 AAAAAATAATTATGTTTA-TTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
** * ** * ** * ****
11505 TT-TTATC---ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC--TTA--TCTA-AAATAAAATAACA
1 TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTA--TCATAAAA-CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * ** * ** * * * * ***
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** ** ** * * *
11622 AATCGGTTCAAATAATTA-TGGCCAT-TTGAACA-A-TTAT--CTATTT-CA-AATTGT-TA-
123 AAT-AATT---ATGTTTATTGAACATGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * *
11675 -T-GAA-C-TT-T--TCTTTTG-----TCATAAAACAATGGTTTTTC-A-CCATACAAGCCTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT--TATTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * * **
11726 TGAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTCAT-A-AATTAATAAGTAGGAG-TTTAAAAAA
63 TCAAATTAAATAATACT-AATTTATTAATATTT--TGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
11787 TAAATCTATTTACTGAAC-TAGTTC---TAGTT-TG---A-GT-AAT--T-ATCTAT
125 TAATTATGTTTATTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
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* * * * * **
11894 CATAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATAA
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* * * * ** * * * *
11959 ATCTATTTGTTGAAACA-GTTCAAACGGTTAAGACTATGTAAACAATTTTCTAT
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* * * * *
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* * * * ** *
12076 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAA
65 -AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT-AA
* ** * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
12256 CGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT-TCTT--CAA-AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
64 C-AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT-A
*** * * ** *
12317 ATT-TGTTTACCAAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAAC
127 ATTATGTTTATTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
** * * * * * * * * *
12370 TTCAAATTTTTATAACCTTTTCTTCTGTCATAAAATATTTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * * * * *
12435 GAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAA-AAACTAAGAGAATTAAAAAATAAA
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** * * * * *
12499 TT-TGTTTGCTGAACCA-GTTCAAATA-TTTTAGATTATATGAACAATTATCTAT
128 TTATGTTTATTGAA-CATGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * *
12551 TTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTATTTCT--ATTCATACAAGCTTA-
** * * *
12615 TTGGAA-TAAAGTCAA-A-TGAATTTATTAATA-TTT--CAA-AAACT-AATAAGAGATTTCAAA
62 TTCAAATTAAA-T-AATACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTAA-TAAATAAAAGATTTAAAA
* * * * *
12672 AATAATTTTGTTTACCT-AACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCAT
123 AATAATTATGTTTA-TTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * * * * * *
12730 TTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATT-
** * * * * * *
12795 GGAA-TAAAGTAATACAAATCTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGT----GACTTAAAAAATAA
64 CAAATTAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * ** *
12855 ATCTCTTTATCAAAC-TAGTTCAAATAGTTATTACTATTTCAGCAATTATTTAT
128 TTATGTTTATTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * ** * * * * *
12908 TTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTCTGTTGTAAAATAATTATTTCTTTTGATACAAACTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** * * * * * * * * *
12972 GGATTAAACTAAAACTAATTTATTAGTA--TCGACAATCAGTAAGTAAAAAATTGAAAAAATAAA
65 AAATTAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAT
** * * * * *
13035 TATGTTTATCAAAC-TAGATCAAATAATCAAGACTATTT-GATCAATTATCTAT
129 TATGTTTATTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT-AATTATCTAT
* * * * * * *
13087 TTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * *
13152 AAATAAAATAAT-CT-ATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTAATTTATTAATATAT
65 AAATTAAATAATACTAATTTAT-TAA---TA-TT---TT-GAC--A-ATTAA--TA--AATA-A-
* * * * ** ** * * *** ** *
13215 CAACAATTAATAAGTAAAAAAT-TTTAAAAAGAAATATGTTTACCGAACTA-GATCAAATAATCA
112 -AAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTT--ATTG-AACATGTTCAAATAGTTATGA-C-TAT-----
13278 TGACTATTTGAATAATTATCTAT
165 T---TA----AATAATTATCTAT
* * * * * * *
13301 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT-TAGCTCATATAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TT
* * * * * * * * *
13365 GAAATAAAACAATACTAATTTTTTAATAATCTAAAAATTAAT-AATAAAGAGATTTAAAAAAAAA
64 CAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAA-AGATTT-AAAAAATA
* * * * ** * * *
13429 GAATCTTTTTGTTGAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
127 -ATTATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* *** * * * *
13484 TTAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TT
* * * ** * * * *
13548 CGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
64 CAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAT
* * * * * * ** * *
13613 TCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTAC
129 TATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * *
13665 TTC-AACCTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAAGTTTATTC
1 TTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
13729 ATATTAAAATAATATTAATTTATTAATA--TT-----TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 AAATT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAT
*** ** * *
13787 TATGTTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
129 TATG-TTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
** * * * * *
13840 TTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTGTA--GTAAAAGAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTCAT
1 TTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTT-TATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * * * *
13902 T-AGAAGTAAAGAAATATTAATTTATTAATATTCTGAAAATAAATGAGTAAGAGAATT-AAAAA-
63 TCA-AATTAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* *** * * * * * * *
13964 AA-TCTGCTTGCCT-AATAAGTTCAAATAATTATGATTATCTGAACAATTATCTAT
126 AATTATG-TTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* *** * * *
14018 CAT-AAAAAATTATGA-CTTTATGTCTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCATGCAAGCTTAT
1 -TTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTA-
** ** * * *** * * *
14080 TTTGAAGAAAATAAT-TTAAATTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTCAAAAAT
62 TTCAAATTAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
14143 AAATCTAT-TTT-CTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCTAT
126 -AAT-TATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
14198 TTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTTTCTGCATAAAAACTTATTAG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-C
* * * * * * *
14263 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTATAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT-AAT
* * * * *
14328 T-TGTTTA-TCAAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATTTAT
129 TATGTTTATTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * **
14379 TTCAAATTGTTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAATTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-TATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* ** * * * * *** *
14442 AAAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTAAAAAAAAAT
65 -AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAT
** * * * * *
14506 CTA--TTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACT-ATTATCTAT
129 -TATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA-TAATTATCTAT
* * * * * *
14557 TTCAAATTGTTGTGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTCC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-C
* *** * * * * *
14622 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAA-ATTTAAGAAATAAA
65 AAATTAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAT
* ** *
14685 TATGTTT-TCTAAACACATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAATAATTATCTAT
129 TATGTTTAT-TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * *
14737 TTTAAATAGTTATAACCCTTTTGTTTTGTCAT-AAACCATT-TGT-T-TT-ATACAAACTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* ** * * * * *
14797 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACATAAAAAATTTTAAAAATAAA
65 -AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAT
* * * * * * *
14862 TCTGTTTATTGAGC-TAGTTCAAATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTAT
129 TATGTTTATTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * *
14914 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTC-TAAAACAATTTTTTCCATTCATACAAGTTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TT
** * * * * * * ** ** *
14978 GGAATGAAATAATACTAATTGATTAATATTCTAAAAATTAGTAGGTAGGATATTTAAAAAATAAA
64 CAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT-AA
** * * ** * *
15043 TT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCCATTTGAATAATTATCTAT
128 TTATGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * * **
15095 TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-
* * ** * * *
15160 AAATAAAATAATGCTGGTCTATTAATATTTT-A-AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAACCA-AA
65 AAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA--ATAA
* *
15220 TT-TGTTTATTGAA-ATACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
128 TTATGTTTATTGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
*
15272 ATCAAAT
1 TTCAAAT
15279 TTTTGTCTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
AATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAATTA
TGTTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
Found at i:11149 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
11111 TTTTTATCAA
*
11121 ACTAGTTTAAATAGTTATT
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11140 ACTA-TTTAAATAATTAT
1 ACTAGTTTAAATAATTAT
11157 CTATCTCAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACTAGTTTAAATAATTATT
Found at i:12777 original size:360 final size:358
Alignment explanation
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11811 TAGTTTGAGT
* * * * ** * ** ** *
11821 AATTATCTATTTCAAATTGCTATAAACTTTTCTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATA
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* ** * * * * * *
11886 AGTTTATTCATAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGGGATTTA
66 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TCTTCAAAA--ACTAA-TAAGAGATTTA
* * *** ** * * * * *
11951 AAAAATAAATCTATTTGTTGAAA-CAGTTCAAACGGTTAAGACTATGTAAACAATTTTCTATTTC
127 AAAAATAAATTTGTTT-ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTC
* * ** * *
12015 AAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
191 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * * * * *
12080 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTG
256 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTG
*** * * *
12145 TTTATCGAGTTAGTTTAAATAATTATGGCCAAGTCAAT
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* * *
12183 AATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTAGCCATATAACAATTGTTTTTGAACATTCA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTTTGAACATACA
* *
12248 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATTCTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
66 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTCTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
12313 ATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTCAAATT
131 ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATT
* * * * *
12378 TTTATAACCTTTTCTTCTGTCATAAAATATTTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
196 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * *
12443 TAATATTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTT-G
261 TAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* ** *
12507 CTGAACCAGTTCAAAT-ATTTTAGATTATA-TGAAC
326 C-GAACCAGTTCAAATAATTAT-GACCA-AGTCAAC
* * * *
12541 AATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAA-TTGTTTTTGAA--CAT
* * *
12605 ACTAGCTTATTTGGAATAAAGTCAA-A-TGAATTTATTAATAT-TTCAAAAACTAATAAGAGATT
63 ACAAGCTTATTCGGAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAAT-TCTTCAAAAACTAATAAGAGATT
* * * *
12667 TCAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTT
125 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTT
* * * * * * * * *
12732 CAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTTGGG
190 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GG
* * * * * *
12797 AATAAAGTAATACAAATCTATTAATATTTCGAAAATT---AA-TAAGTGACTTAAAAAATAAATC
254 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
* * * * * * ** *
12858 TCTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTACTATTTCAGC
319 TGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCAAGTCAAC
* * * *** * * ***
12898 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTCTGTTGTAAAATAATTATTTCTT-TTGATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-AGCCATAAAACAATTGTTT-TTGAACATA
* * * * * * ** ** * * * *
12961 CAAACTTATTTGGATTAAACTAAAACTAATTTATTAGTATCGACAATCAGTAAGTAAAAAATTGA
64 CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TCTTCAAAAACTAA-TAAGAGATTTA
* * * * * * * * *
13026 AAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTATTTGATCAATTATCTATTTCA
127 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCA
** * * * * * *** * **
13091 AATCGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAAT
192 AATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * *
13156 AAAATAATCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATT-AATTTATTAATATATCAAC-
257 AAAATAA--TA--C-T---A----ATCT--ATT-AA-T-ATTTTGAA--AATT-A-A-A--AACT
* * * * * * * * *
13219 AATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAGAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGACTA
298 AA--GAGAATTAAAAAA---T------AAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCA
** * *
13284 TTTGAAT
352 AGTCAAC
* * * * * ** *
13291 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGCTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTTTGAACATACA
* * * * * *
13356 AGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTTTTAATAATC-TAAAAATTAATAATAAAGAGATTT
66 AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT--TCTTCAAAA--ACTAAT-AAGAGATTT
* **** * * * * * *
13420 AAAAAAAAAGAATCTT-TTTGTTGAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
126 -AAAAAATA-AAT-TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
* * * *
13484 TTAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
188 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT
* * * ** * * * * *
13548 CGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
252 GGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* ** ** * ** * *
13613 TCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGC
317 TTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCAAGTCAAC
* * ** * *** * * *
13655 AATTATTTACTTCAACCTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTATCT-ATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTTTGA-ACATAC
* ** * * * * *
13719 AAGTTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTTAATAAGT-A-AA-AGATTTAAA
65 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TCTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAA
* * * * * *
13780 AAATAAATATGTTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
129 AAATAAATTTG-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAA
* * * * * *
13845 ATTATTATGACCTTTT-TGTTTGT-AGTAAAAGAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTCA-TTAGAA
193 ATTATTATGACCTTTTGT-TTTGTCA-TAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * *
13907 GTAAAGA-AATATTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TAAATGAGTAAGAGAATT--AAAA-AAAT
256 -TAAA-ATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAA-AACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * ** * ** ** ** *
13967 CTGCTTGCCTAATAAGTTCAAATAATTATGATTATCTGAAC
318 TTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCAAGTCAAC
* *** * * * *
14008 AATTATCTATCAT-AAAAAATTATGA-CTTTATGTCTT-GTCATAAAACAATTGATTCT-ATTCA
1 AATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTT-TGT-TTAGCCATAAAACAATTGTTTTTGA-ACA
* ** * * * * * *
14069 TGCAAGCTTATTTTGAAGAAAATAAT-TTAAATTTACTAA-TATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
62 TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATTCTTC-AAAAACTAATAAG---AG
* * * * ** * * *
14132 ATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTATCT
122 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA
* * * ** * * * * *
14196 ATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTTTCTGCATAAAAACTTATT
186 ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * * * * *
14261 AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTATAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
251 TGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAA
* * * * ** * *
14326 ATTTGTTTATC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTTAAT
316 ATTTGTTTATCGAA-CCAGTTCAAATAATTATGACCAAGTCAAC
* * * * * *
14369 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCT-ATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAAT-TGTTTTTGA-ACATA
** ** ** * *
14431 CAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCAATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-
64 CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTCTTC-AAAAACTAATAA----GAGAT
* * * * * * * * * * *
14494 TTAAAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATT
124 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATT
* * * * * * * * ***
14558 TCAAATTGTTGTGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTCCA
189 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGG
* *** * * * *
14623 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAA-A-AATTTAAGAAATAAA
254 AATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAA
* * * ** * *
14685 TATGTTT-TCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTC-TTTAAAT
317 TTTGTTTATC-GAAC-CAGTTCAAATAATTATGAC-CAAGTCAAC
* * * * * * *
14727 AATTATCTATTTTAAATAGTTATAACCCTTTTGTTTTGTCATAAACCATTTG-TTTT----ATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTTTGAACATAC
* ** * * *
14787 AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATACATAAAAAATT
65 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TCTTC-AAAA--ACTA-ATAAGAGATT
* * *** * * * * **
14851 TTAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCTAGTTCAAATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTT
125 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTT
* * ** *
14916 CAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTC-TAAAACAATT-TTTTCCATTCATACAAGTTTATTT
190 CAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTATTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT
* * * ** ** * * *
14978 GGAATGAAATAATACTAAT-TGATTAATATTCTAAAAATTAGTAGGTAGGATATTTAAAAAATAA
252 GGAATAAAATAATACTAATCT-ATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAA
* * * * ** ** * *
15042 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCCATTTGAAT
316 ATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCAAGTCAAC
* * * * ** *
15085 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTT-TCTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGC-CATAAAACAATTGTTTTTGAACATAC
** ** * ** * * *
15149 AAAATTATTCAAAATAAAATAATGCTGGTCTATTAATAT-TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
65 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TCTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAA
** ** * * * * *
15213 AACCAAATTTGTTTATTGAAA-TACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAA
129 AAATAAATTTGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAA
15277 ATT
193 ATT
15280 TTTGTCTTAT
Statistics
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Consensus pattern (358 bp):
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTTTGAACATACA
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ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATT
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
TAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTAT
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Found at i:12878 original size:178 final size:177
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11811 TAGTTTGAGT
* * * * * * * * **
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1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
* *** * * * * * *
11886 AGTTTATTCATAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGGGATTTA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTA
* * *** ** * * *
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* * * ** *
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1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
* * * *
12067 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A--GATTTA
* * * * *** * * * * ** * *
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* * * * * * * **
12183 AATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTAGCCATATAACAATTGTTTTTGAACAT-TC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATAT-
* * *
12247 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT-TCTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
65 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* *
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* ** * * * * * ** *
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1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
* * ** *
12425 AGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGAATTA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTA
* ** * * *
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127 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAAC
* * *
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1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTG--TTCATA
* * *
12606 CT-AGCTTATTTGGAATAAAGTCAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGAGATTT
64 -TAAGCTTATTTGGAATAAAAT-AATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * *
12668 CAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
126 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * *
12720 AATTATCCATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
* * * * * * *
12785 AGTTTGTTTGGGAATAAAGTAATACAAATCTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTGACTTAAAA
66 AGCTTATTT-GGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
12850 AATAAATCTCTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTACTATTTCAGC
130 AATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * *
12898 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTCTGTTGTAAAATAATTATTTCTT-TTGATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAATAAATATTT-TTGTTCATA
* * * * * * * ** ** * * * *
12961 CAAACTTATTTGGATTAAACTAAAACTAATTTATTAGTATCGACAATCAGTAAGTAAAAAATTGA
64 TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT-TTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTA
* * * * * * * *
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127 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * **
13077 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAA-AAAT-TGTTTCAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATAT-TTT-TGTTCATA
** * * * * * **
13140 TAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-CTATTC-ATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTA-A
64 TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAT-TAA---TATTT-CA-AAAATTAATAAGAGA
* * ** * ** ** * * * ** * *
13202 TTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAGAAAT-A-TGTTT-ACC
123 TTTA--AA-AAAT-AA-ATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** ** * * * *
13259 GA--A-CTAGATCAAATAATCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT-
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTG--T-TTTGTC-A--T-AAA-----AT-AAATA
* * * * * ** * * * *
13319 TTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAAT
52 TTT-TTGT-TCATATAAG-CTT-ATTT-G--GA-ATAA-AATA-AT--ACT-AATC--TATTAAT
* * * * * * **** ** ** *
13384 TTTTTAATAATCT-A-AA-A-ATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAAAAAGAATCTTTTTGTTGAA
102 ATTTCAAAAAT-TAATAAGAGATT--TAAAAAATAAATTT-GTTTACCA-AA-C---CAGTTCAA
** * * * *
13445 CAAATT-TAAATAATTATGACTATTTAAAC
158 ATAGTTATGACT-ATTT-G--------AAC
* ** *
13474 AATTATCTATTTAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAT-TTTTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTT--GTTCATA
* * * * *
13537 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAACAAGTAAAAGA
64 TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA-A-AATT---AA-TAAGAGA
* * * ** * *
13600 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGC
123 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * * * * * * * *
13655 AATTATTTACTTCAACCTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
* *** * * * * * *
13720 AGTTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAATAAGT-A-AA-AGATTTAAAAA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
13782 ATAAATATGTTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
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* * * * *
13830 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TGTTTGT-AGTAAAAGAATTGTTTTAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT-TTTGTCA-TAAAATAAATATTTTTGTTCATA
* * * * * * *
13893 TAAGCTCA-TTAGAAGTAAAGA-AATATTAATTTATTAATATTCTGAAAATAAATGAGTAAGAGA
64 TAAGCTTATTTGGAA-TAAA-ATAATACTAATCTATTAATATT-T--CAA-AAATTAATAAGAGA
* * * * * ** * * *
13956 ATT--AAAA-AAATCTGCTTGCCTAATAAGTTCAAATAATTATGATTATCTGAAC
123 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *** * * * * *
14008 AATTATCTATCAT-AAAAAATTATGA-CTTTATGTCTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCAT
1 AATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAAAT-ATTTTTGTTCAT
** * * * * * *
14070 GCAAGCTTATTTTGAAGAAAATAAT-TTAAATTTACTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAA
63 ATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGA
* * * * ** *
14133 TTTCAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
123 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * * *
14188 AGTTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTTTCTGCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
* * * * * *
14253 AACTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAT-AAAAATTTATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAA--T-TAA-TAAGAGATTT
* * * * * *
14317 AAAAAATAAATTTGTTTATCAAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTTAAT
126 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
14369 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAACATATGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
** *** *
14433 AATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCAATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TT
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA----GAGATTT
* * * * * * * * *
14496 AAAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAAC
126 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
14547 TATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
*** * * * *
14612 AGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTA
* * * * * * *
14676 AGAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTCTTTAAAT
127 AAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * *
14727 AATTATCTATTTTAAATAGTTATAACCCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-CCAT-TTGTT-TT-ATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATAT
* *** * * *
14787 AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACATAAAAAATTT
65 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TA-ATAAGAGATTT
* * *** * * * *
14852 TAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCTAGTTCAAATTGTTATGACTGTTTGAAC
126 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
14904 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTC-TAAAA-CAAT-TTTTTCCATTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAAATATTTTT--GTTCAT
* * * * *
14966 ACAAGTTTATTTGGAATGAAATAATACTAAT-TGATTAATA-TTCTAAAAATTAGTAGGTAGGAT
63 ATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCT-ATTAATATTTC-AAAAATTA--A--TAAGAG
* * * ** * *
15029 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCCATTTGAAT
122 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * **
15085 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
** *** * ** *
15150 AAATTATTCAAAATAAAATAATGCTGGTCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
66 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
** ** * * *
15215 CCAAATTTGTTTATTGAAA-TACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
131 ATAAATTTGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
*
15262 AATTATCTATATCAAATT
1 AATTATCTATTTCAAATT
15280 TTTGTCTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATA
AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:13266 original size:214 final size:212
Alignment explanation
Indices: 12958--13373 Score: 609
Period size: 214 Copynumber: 2.0 Consensus size: 212
12948 ATTTCTTTTG
* * *
12958 ATACAAACTTATTTGGATTAAACTAAAACTAATTTATTAGTATCGACAATCAGTAAGTAAAAAAT
1 ATACAAACTTATTTGGATTAAACTAAAACTAATTTATTAATATCAACAATCAATAAGTAAAAAAT
* *
13023 TGAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTATTTG-ATCAATTATCTAT
66 TGAAAAAAGAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTATTTGAAT-AATTATCTAT
*
13087 TTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTA
130 TTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATTTA
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195 AAATAAAATAATCTATTC
* * * *
13170 ATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAAA
1 ATACAAACTTATTTGGATTAAACTAAAACTAATTTATT-A-ATATCAACAATCAATAAGTAAAAA
** * *
13235 ATTTTAAAAAGAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
64 ATTGAAAAAAGAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * *
13300 TTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGCTCATATAAGCTTATTT
129 TTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATTT
*
13365 GAAATAAAA
194 AAAATAAAA
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Statistics
Matches: 180, Mismatches: 21, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (212 bp):
ATACAAACTTATTTGGATTAAACTAAAACTAATTTATTAATATCAACAATCAATAAGTAAAAAAT
TGAAAAAAGAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTATTTGAATAATTATCTATT
TCAAATCGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATTTAA
AATAAAATAATCTATTC
Found at i:13485 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13448--13488 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
13438 TGTTGAACAA
*
13448 ATTTAAATAATTATGACT
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1 ATTTAAACAATTATACT
13482 ATTTAAA
1 ATTTAAA
13489 ATTACTATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.41
18 13 0.59
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Consensus pattern (17 bp):
ATTTAAACAATTATACT
Found at i:15040 original size:897 final size:885
Alignment explanation
Indices: 13166--15320 Score: 2094
Period size: 897 Copynumber: 2.4 Consensus size: 885
13156 AAAATAATCT
* *
13166 ATTCATACAAGCTTATTTGG-ATTAAACTAATATTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGT
1 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATGAAA-TAATATTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGT
* * * *
13230 AAAAAATTTTAAAAAGAAATATGTTTACCGAAC-TAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAAT
64 -AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAT-GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAT
* * * * *
13294 TATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGCTCATATAAGC
127 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAGAATTGTTTT-TCTCATAAAAAC
* * * * *
13359 TTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTTTTAATAA-TCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAA
190 TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTATAAAAATTTATAATAAA-AGATTT-AA
* * * * *
13423 AAAAAAGAATCTT-TTTGTTGAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTA
252 AAAAAA-AAT-TTGTTT-ATGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * * ** *
13487 AAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCGA
314 AAATT-TTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAAAT-ATGTTTT-A-TTCATACAAATTTATTTCAA
**
13551 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
374 ATAAAATAATACAAATCAATTAATATTAAGATAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
13616 GTTTATCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTACTTCAACCTGTTATGAC
439 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTACTTCAAACTGTTATGAC
* * * * * * * *
13681 TTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAAGTTTATTCATATTAAAATAATATTA
504 ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATATCTATTCAAACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAA
*
13746 ATTTATTAATATTTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTACCAAACAACTTCAAA
569 ATTTATTAATATTCTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTACCAAACAACTTCAAA
* * * *
13811 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTGTAGTAAAAG
634 TAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCCTTTTGTTTGTAGTAAAAC
* * * *
13876 AATTGTTTTAGTTCATATAAGCTCATTAGAAGTAAAGAAATATTAATTTATTAATATTCTGAAAA
699 AATTGTTTTAG-TCACATAAGCTCATTAGAAATAAAGAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * *
13941 TAAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATCTGCTTGCCTAATAAGTTCAAATAATTATGATTATCTGA
763 TAAATGAATAAGAAAATTAAAAAAATCTGCTTGACTAATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGA
*
14006 ACAATTATCTATCATAAAAAATTATGACTTTATGTCTTGTCATAAAACAATTGATTCT
828 ACAATTATCTATCATAAAAAATTATGACTTTATGTCTTGTCATAAAACAATTGATTCC
* * *
14064 ATTCATGCAAGCTTATTTTGAA-GAAAATAAT-TTAAATTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAG
1 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATG-AAATAATATT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
14127 TAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTT
63 TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT
*
14192 ATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTTTCTGCATAAAAACT
128 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAG-AATTGTTTTTCT-CATAAAAACT
14257 TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTATAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAA
191 TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTATAAAAATTTATAA-TAAAAGATTTAAAAA
* * * * * *
14322 ATAAATTTGTTTATCAAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATTTATTTCAAATT
255 AAAAATTTGTTTATGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATT
14387 GTTATGATCTTTTTTTTGTCATAAAACATATGTTTCTATTCATACAAATTTA-TTCAAAATAAAA
319 -TTATGATCTTTTTTTTGTCATAAAA-ATATGTTT-TATTCATACAAATTTATTTC-AAATAAAA
* * ***
14451 TAATACTAATCAATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTTGGAGA-TTAAAAAA-AAATCTATTT
380 TAATACAAATCAATTAATA-T-TAAGATAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * *
14512 ACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACATTT
443 ACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTACTTCAAACTGTTATGACATTT
*
14577 TATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATATAAATT
508 TATTTTGTCATAAAACAATTATATCTATTCAAACAAGCTTATT-CATAATAAAATAATATAAATT
* *
14641 TATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAA-ATTTAAGAAATAAATATGTTTT-CTAAAC-ACAT
572 TATTAATATT-------CTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTACCAAACAAC-T
* * *
14703 TCAAATAGTTATGACTCTTTAAATAATTATCTATTTTAAA-TAGTTATAACCCTTTTGTTTTGTC
629 TCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACCCTTTTG-TTTGT-
* * *
14767 A-TAAACCATTTGTTTTA-T-ACA-AA-CTTATTCA-AAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATA
691 AGTAAAACAATTGTTTTAGTCACATAAGCTCATT-AGAAATAAAGA-AATACTAATTTATTAATA
* * * *
14825 TT-TCAAAAATTAAT-ACATAA-AAAATTTTAAAAATAAATCTG-TTTATTGAGCT-AGTTCAAA
754 TTCT-AAAAATAAATGA-ATAAGAAAA--TT-AAAA-AAATCTGCTTGACT-A-ATAAGTTCAAA
** * * * * * * *
14885 TTGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATAGTTATGATCTTT-TGTTTTGTTC-TAA
811 TAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATCAT-AAAAAATTATGA-CTTTATGTCTTG-TCATAA
**
14947 AACAATTTTTTCC
873 AACAATTGATTCC
* * * * *
14960 ATTCATACAAGTTTATTTGGAATGAAATAATACTAATTGATTAATATTCTAAAAATTAGTAGGTA
1 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATGAAATAATATTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * ** *
15025 GGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCCATTTGAATAATTA
65 -AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
15090 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAA-T
129 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAGAATTGTTTTT-CTCAT-AAAAACT
* ** * * * *
15154 TATTCA-AAATAAAATAATGCTGGTCTATTAATATTTTAAAAA--T-TAATAAGAGATTTAAAAA
191 TATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTATAAAAATTTATAATAAAAGATTTAAAAA
** * * *
15215 CCAAATTTGTTTATTGAA-ATACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAAT
255 AAAAATTTGTTTA-TGAACA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
* *
15279 TTT-TG-TC-TTATTTTGT-ACAAAAAT-TGTTTT-TTCATACAAATT
318 TTTATGATCTTTTTTTTGTCATAAAAATATGTTTTATTCATACAAATT
15321 GCTCTCAGCT
Statistics
Matches: 1042, Mismatches: 164, Indels: 116
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
884 12 0.01
885 1 0.00
886 5 0.00
887 2 0.00
888 5 0.00
889 8 0.01
890 2 0.00
891 2 0.00
892 130 0.12
893 119 0.11
894 73 0.07
895 76 0.07
896 146 0.14
897 344 0.33
898 100 0.10
899 17 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (885 bp):
ATTCATACAAGCTTATTTGGAATGAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGAATTGTTTTTCTCATAAAAACTTATTA
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTATAAAAATTTATAATAAAAGATTTAAAAAAAAAAT
TTGTTTATGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTTTATGAT
CTTTTTTTTGTCATAAAAATATGTTTTATTCATACAAATTTATTTCAAATAAAATAATACAAATC
AATTAATATTAAGATAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
AAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTACTTCAAACTGTTATGACATTTTATTTTGTCATAA
AACAATTATATCTATTCAAACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGACTATTTAA
ATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCCTTTTGTTTGTAGTAAAACAATTGTTTTAGTCACAT
AAGCTCATTAGAAATAAAGAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATGAATAAGAAAATT
AAAAAAATCTGCTTGACTAATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATCATAAA
AAATTATGACTTTATGTCTTGTCATAAAACAATTGATTCC
Found at i:15844 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15572--15897 Score: 440
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
15562 GTCATATCCA
* * * * ** *
15572 TTTAAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTAT
1 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTTGTTTTATCACAAAACAATCGTTTCTAT
* * ***
15637 TCAAACAAGCTTATTTTGAATAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AA
66 TCAAACAACCATATTCAAAATAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
15700 AAATTTAAAAAATAAATTTGGTTTTTGAGCACGTTCAAATATTTATAACTC
130 AAATTTAAAAAATAAATTTGGTTTTTGAGCACGTTCAAATATTTATAACTC
* * * * *
15751 TTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCACAAACCAATCGTTTCTGT
1 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTTGTTTTATCACAAAACAATCGTTTCTAT
*
15816 TCATACAACCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
66 TCAAACAACCATATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* *
15881 AAATTTTAAAAGTAAAT
130 AAATTTAAAAAATAAAT
15898 CTATTTACCA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 68 0.55
180 38 0.31
181 18 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACACTTTGTTTTATCACAAAACAATCGTTTCTAT
TCAAACAACCATATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
AATTTAAAAAATAAATTTGGTTTTTGAGCACGTTCAAATATTTATAACTC
Found at i:15975 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15429--18149 Score: 1328
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 178
15419 AAATAGTTAA
* * ** * **
15429 GTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAAGTTTACTCAAAATAAAATAATACTAATCA
1 GTTTTGTCACAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAA-CATATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * * ** *
15493 ATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAA-AATATATGTTTATCGAATTAGTTT
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAA-ATCTATTTA-CCAAACAGTTC
* * * * * *
15557 AAATAGTCAT-ATCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTT
126 AAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* ** * * * ***
15610 GTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTTGAAT-AAATAATA-TAAATTT
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-CATATTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * *** *
15673 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAGCACGTTCA
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACA-GTTCA
* * * * *
15737 AATATTTATAACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCCTTT
127 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* *
15789 GTTTTGTCACAAACCAATCGTTTCTGTTCATACAACCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-CATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
15854 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAGCTAGTTCAA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAA
* * * * * * * * *
15919 ATCGTTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTAAGATCTTTT
128 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* *** * *
15970 GTTTTGTC-CTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTG
1 GTTTTGTCAC-AAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-ACATATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
16034 ATTAATACTCTAGAAATGAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCA
* * *
16099 AATAGTCATG-TTCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT
127 AATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTT
* * * * * * * * * *
16152 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTGATCTA
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAACA-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
*** * * * ** * *
16217 TTAATATTTTGAAAGTTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCCGTTTACTAGAACAGTACAAA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAGTTCAAA
* * * * * *
16279 TAGTTACGACTATTTAAATAATTATCTA-TACTAAATTGTTATGATCTCTT
129 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC-AAATAGTTATGACCTTTT
* * * * *
16329 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AACATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * *
16393 ACAATATTCCAAAAATTAGTAAG---AGATTTAAAAATATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACCAAA-CAGTTCAA
* * * * * *
16455 ATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAGATCGTTATAACCTTTT
128 ATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * ** * * *
16506 ATTTAGTCATAAAATATTTATTTCAATTCACACGAGC-TATTCAAAATAAATTAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AACATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * * * * *
16570 TTAACATTTGAAAAATTAATGAGCATGAGATTTAAAAAA-AGGAAGTCTATTTATCGAACAAATT
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATA--AA-TCTATTTACCAAAC-AGTT
* * * * *
16634 AAAATAGATT-TGACTATTTGAAA-AATTAAT-GATTTTAAGTGGTTATGACCTTTT
125 CAAATAG-TTATGACTATTT-AAACAATT-ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * ** *
16688 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTCATAAAAACTTA-TCCGAA-AAAATAATACTACTTT
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT-ACAACATATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * * * *
16750 ATTAATATTTCAAAAATTAATGAA-CAAGATTTTTAAAAACTAAAACTGTTTTCTAAACCAATTC
64 ATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAGTTC
* * * * * * * *
16814 AAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGATC-TTT
126 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * ** * **
16866 GTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTC-ATGTAAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-CATATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * **
16930 AATAATATTCCAAAAAGTAATAAG---AGATTCAAAAAATCATTGTATCTGTCAAACCAGTTCAA
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAGTTCAA
* * * * * * * * * *
16992 ATAGTTAAGACTACTAAAATAATTATCAACTTCAAA-ATTTTTCACTTTTT
128 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
17042 CTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTCAGAAA-AAAGTAATACTAATT
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT-ACAACATATTCA-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
17105 TATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATA-AGT
63 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ACAGT
* * * * * **
17169 TCAAAAAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATAACAATTT
124 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * * * *
17224 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAA-CATATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
17288 AGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAATAAAATAAATCAATTTAACGAATCAGTTC
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAA-AAAATAAATCTATTT-ACCAAACAGTTC
* * * * *
17353 AAATAATTATGGCCATTTAAACAA-TATCTATTTCAAATGGTTATTACCTTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * *** * * * ** *
17405 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCCAATAAAAAAATTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCACAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAACATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** *
17470 TTAATATTTCAAGAATTAATAAG---AGATTTAAGAAATAAAT-TAGTTTATTAAACTAATTCAA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAAC-AGTTCAA
* * * *
17531 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
128 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * ***
17582 GTTCTATTATAAAACAATTGTTTATGCTCTTACAAGCCTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-CATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * * * * * *
17646 GTAATATTCTGAAAATGAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTGAACCAATTTAA
65 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAGTTCAA
* * * * * * * *
17711 ACAGTTAAGTCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTGTGACCATTT
128 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * * * * *
17762 GTTTTATAATAGAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTCGAAATAGAATGAA-ACTAATTT
1 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-CATATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTT
* * * * * * *
17826 ATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATATATTTATCGAACTAGTTCA
64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCA
* * * * * * * * * *
17891 TATAATTATAATTATTTGAATAATTTTCTATTTTAAATCA-TTATTACATTTT
127 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * * * ** * * *
17943 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAGAATATTAATTT
1 GTTTTGTCACAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAA-CATATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** *
18008 ATTAATATT-TATTAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTACCAAACCATTT
64 ATTAATATTCCA-AAAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAGTT
* * * * * * *
18071 CAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGTTATAACATTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
* *
18125 ATTTTGTCATC-AAACAATTGGTTCT
1 GTTTTGTCA-CAAAACAATTGTTTCT
18150 ATTTATACTA
Statistics
Matches: 1952, Mismatches: 488, Indels: 200
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.01
176 275 0.14
177 163 0.08
178 134 0.07
179 148 0.08
180 231 0.12
181 559 0.29
182 412 0.21
183 18 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAACATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT
Found at i:16887 original size:538 final size:533
Alignment explanation
Indices: 16007--17310 Score: 1350
Period size: 538 Copynumber: 2.4 Consensus size: 533
15997 TCATACAGGT
* * * * * * * * * *
16007 TTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTCTAGAAATGAGTAGGTAGGAGATTT-AA
1 TTATTCAGAAA-AAAGTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTAAA
* ** * * * ** * *
16070 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTTCATTT-AAACAATTATCTATTTC
65 AAAAGAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAAAAGTTATAACT-ATTTGAAA-AATTATCGATTTA
* * **
16133 AAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATGCAAAA-TTATTTA
128 AAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TTCAT-AAAAACTTA-TCC
* * ** * * *
16196 GAATAAAATAATATTGA-TCTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCCG
189 GAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAAACCG
* * *
16260 TTTACTAGAACAGTACAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATCTATACTAAATTGTTATGATC
253 TTTACTAGAACAATACAAATAGTTACGACTATTTAAATAAATATCAATACTAAATTGTTATGATC
* ** *
16325 TCTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCATATTAAAATAATACTAAT
318 TCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTCATATAAAAATAATACTAAT
* * * * * *
16390 TTAACAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAATATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAA
383 TTAACAATATTCCAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAA-ATAAATGTATCTGCCAAACCAGTTCAA
* * ** * *
16455 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTC-AGATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAA
447 ATAGTTAAGACTACTAAAATAATTATCAACTTCAAAAT--TTATAACCTTTTATTTAGTCATAAA
* ** *
16519 ATATTTATTTCAATTCACACGAGC
510 ATAATTATTTCAATTCACAAAAAC
* **
16543 -TATTCA-AAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAAT-GAGCATGAGATTTAA
1 TTATTCAGAAA-AAAGTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAG-GCATGAGATTTAA
* *
16605 AAAAAGGAAGTCTATTTA-TCGAACAAATT-AAAATAGATT-TGACTATTTGAAAAATTAAT-GA
64 AAAAA-GAAATCTATTTACT-GAACAAATTCAAAA-AG-TTATAACTATTTGAAAAATT-ATCGA
* * *
16666 TTTTAAGTGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTCATAAAAACTTATCC
124 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTCATAAAAACTTATCC
16731 GAA-AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAACAAGATTTTTAAAAACTAAAA
189 GAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA-AAGA--TTTAAAAACTAAAA
* * * * * *
16795 CTGTTTTCTA-AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAT-CTCAAATTGTTT
250 CCGTTTACTAGAA-CAATACAAATAGTTACGACTATTTAAATAAATATCAATACT-AAATTGTTA
* * *
16858 TGATCT-TTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCATGTAAAAATAAT
313 TGATCTCTT-TTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTCATATAAAAATAAT
* * * *
16922 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAAATCATTGTATCTGTCAAACCAG
377 ACTAATTTAACAATATTCCAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGTATCTGCCAAACCAG
* * * *
16987 TTCAAATAGTTAAGACTACTAAAATAATTATCAACTTCAAAATTTTTCACTTTTTCTTTAGTCAT
442 TTCAAATAGTTAAGACTACTAAAATAATTATCAACTTCAAAATTTATAACCTTTTATTTAGTCAT
* * * * *
17052 ATAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAAC
507 AAAATAATTATTTCAATTCACAAAAAC
*
17079 TTATTCAGAAAAAAGTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAAA
1 TTATTCAGAAAAAAGTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTAAAA
* * * * *
17144 AAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
66 AAAGAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAAAAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCGATTTAAAA
* * ** * * * *
17209 TCATTATAACAATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
131 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTCATAAAAACTTATCC-GAATAA
*
17274 AATAATACTACTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAA
195 AATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
17311 GTAATAGATT
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 103, Indels: 59
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 1 0.00
534 31 0.05
535 60 0.09
536 173 0.27
537 166 0.26
538 204 0.32
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (533 bp):
TTATTCAGAAAAAAGTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTAAAA
AAAGAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAAAAGTTATAACTATTTGAAAAATTATCGATTTAAAA
TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTCATAAAAACTTATCCGAATAAA
ATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAAACCGTTTACTAG
AACAATACAAATAGTTACGACTATTTAAATAAATATCAATACTAAATTGTTATGATCTCTTTTTT
CTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTCATATAAAAATAATACTAATTTAACAAT
ATTCCAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGTATCTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
ACTACTAAAATAATTATCAACTTCAAAATTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTC
AATTCACAAAAAC
Found at i:17246 original size:19 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17216--17258 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
17206 AAATCATTAT
17216 AACAATTTGTTTT-GTT-ATAA
1 AACAATTTGTTTTAGTTCATAA
17236 AACAA-TTGTTTTAGTTCATAA
1 AACAATTTGTTTTAGTTCATAA
17257 AA
1 AA
17259 GCTTATCCAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.33
20 8 0.38
21 6 0.29
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
AACAATTTGTTTTAGTTCATAA
Found at i:17535 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 16018--18017 Score: 1309
Period size: 538 Copynumber: 3.7 Consensus size: 530
16008 TATTCGAAAT
* * * * * * * * *
16018 AAAATAATACTAATTGATTAATACTCTAGAAATGAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
** * * ** * * *
16083 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTTCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
66 TTACTGAACAA-TT-AAAAAGTTATAACT-ATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGACC
* * * * ** *
16147 TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATAT
127 -ATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT--AAAAGCTTATCCA-AATAAAATAATAC
* ** * * ** *
16210 TGA-TCTATTAATATTT-TGAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCCGTTTACTAGAA
188 T-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAA
* * * * * * * *
16270 CAGTACAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATCTA-TACTAAATTGTTATGATCTCTT-TTTT
251 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAA-AA-TATCTATTTC-AAATCGTTATTACCTTTTGTTTT
* * ** * * * * * **
16333 GTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAA-CTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAACAA
313 ATCATAAAACAATTTTTTCTAAT-A-AAAAAGTTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * ** * *
16397 TATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAATATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTA
376 TATTTCAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAA-ATAATTGTATCTATCAAACCAATTCAAATAGTTA
* * * ** * * * * * * *
16462 AGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAGATCGTTATAACCTTTTATT-TAGTCATAAAATATTTA
440 AGACTACTAAAACAATTATCAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTCTA-TCATAAAACAATTG
* ** *
16526 TTTCAAT--TCA-CACGAGCTATTCA-AA
504 TTT--ATGCTCATAAAAACCTATTCAGAA
**
16551 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAAT-GAGCATGAGATTTAAAAAA-AGGAA
1 A-AAA-TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAG-GCATGAGATTTAAAAAATA--AA
* * * * * **
16614 GTCTATTTA-TCGAACAAATTAAAATAGATT-TGACTATTTGAAAAATTAATGATTTTAAGTGGT
61 -TCTATTTACT-GAAC-AATTAAAA-AG-TTATAACTATTTGAACAATT-ATTATTTAAAATCAT
* * * * *
16677 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTCATAAAAACTTATCCGAA-AAAATAA
120 TATGACCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATAAAATAA
* ** * * **
16741 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAA-CAAGATTTTTAAAAACTAAAACTGTTT-TCT
185 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATC-
* * * * * * *
16804 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTT-TTGATC-TTTG
248 GAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AA-AAATATCTATTTCAAATCGTTATT-ACCTTTTG
* * * * * * **
16867 TTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTC-ATGTAAAAATAATACTAATTTA
309 TTTTATCATAAAACAATTTTTTCTAAT-AAAAAAGTTTATTCAAAATAAAAA-AATACTAATTTA
* * * * *
16931 ATAATATTCCAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAAATCATTGTATCTGTCAAACCAGTTCAAATAG
372 TTAATATTTCAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAAATAATTGTATCTATCAAACCAATTCAAATAG
* * * * *
16996 TTAAGACTACTAAAATAATTATCAACTTCAAAATT-TT-TCACTTTTTCTT-TAGTCATATAATA
437 TTAAGACTACTAAAACAATTATCAACTTC-AAATTGTTATAACCTTTTCTTCTA-TCATAAAACA
* *
17058 ATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTCAGAA
500 ATTGTTTAT-GCTCATAAAAACCTATTCAGAA
17089 AAAAGTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCT
1 AAAA-TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* *
17154 ATTTACTGAATAAGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAC
64 ATTTACTGAACAA-TT-AAAAAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TATTTAAAATCATTATGAC
* *
17219 AATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
126 CATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCC-AAATAAAATAATACTA
* * *
17284 CTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAATAAAATAAATCAATTTAACGAATCA
190 CTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCAATTTATCGAA-CA
* * * *
17349 GTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATATCTATTTCAAATGGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
253 GTTCAAATAATTATGACTATTTAAA-AATATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCA
* *
17414 TAAAACAATTATTTTCCAATAAAAAAATTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT
317 TAAAACAATT-TTTTCTAATAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
17479 CAAGAATTAATAAGAGATTTAAGAAATAAATTAGT-T-TATTAAACTAATTCAAATAGTTATGAC
381 CAAAAAGTAATAAGAGATTCAAAAAAT-AATT-GTATCTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAC
* ** ** * * *
17542 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTAT
444 TACTAAAACAATTATCAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTTAT
* * * **
17607 GCTCTTACAAGCCTATTTGGAA
509 GCTCATAAAAACCTATTCAGAA
* * * ** * * * * *
17629 TAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATGAATA-ACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCCA
1 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGC-ATGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
17693 TTTGCTGAACCAATTTAAACAGTTA-AGTCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTGTGAC
65 TTTACTGAA-CAA-TTAAAAAGTTATA-ACTATTTGAACAATTA-TTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * *
17757 CATTTGTTTTATAATAGAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTCGAAATAGAATGAA-ACT
126 CATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-ATCCAAATAAAAT-AATACT
* * *
17821 AATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAAT-ATATTTATCGAACT
189 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAAC-
* * * * * * * *
17885 AGTTCATATAATTATAATTATTTGAATAATTTTCTATTTTAAATCATTATTACATTTTGTTTTAT
252 AGTTCAAATAATTATGACTATTT-AA-AAATATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTAT
* ** * * * *
17950 CATAAAACAATTGTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAGAATATTAATTTATTAATA
315 CATAAAACAATT-TTTTCTAATAA-AAAAGTTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA
18015 TTT
378 TTT
18018 ATTAAATTAA
Statistics
Matches: 1171, Mismatches: 227, Indels: 132
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
533 3 0.00
534 31 0.03
535 52 0.04
536 159 0.14
537 208 0.18
538 416 0.36
539 236 0.20
540 61 0.05
541 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (530 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACTGAACAATTAAAAAGTTATAACTATTTGAACAATTATTATTTAAAATCATTATGACCATTT
GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATAAAATAATACTACTTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAACAGTTCAAAT
AATTATGACTATTTAAAAATATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
TTTTTCTAATAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAA
TAAGAGATTCAAAAAATAATTGTATCTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTACTAAAACAAT
TATCAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTGTTTATGCTCATAAAAAC
CTATTCAGAA
Found at i:18420 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 18233--18763 Score: 415
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
18223 GTTCAAATAA
* * ** * * **
18233 TTAAGACTA-TATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTAT-GGCTATTTCTTTTGTCGTAAAACA
1 TTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCT-TTTATTTAGTCACAAAACA
* * ** *
18296 ATTATTTT-GTTCGTACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATAATAATTTAATAGTATTTC-AACA
64 ATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATAATAATTTAATAACA-TTCAAAAA
*
18358 ATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTCTACCAAATCAGTTCAATTGG
127 ATTAATAAA-AAAAGATTTAAAAAAGTAAATTTGTCTACCAAATCAGTTCAATTGG
* * *
18413 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGTTACAAAACAAT
1 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCACAAAACAAT
* * * *
18478 TGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA
66 TATTTTAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTAATAACATTCAAAAAATTA
* * * * * * *
18543 ATAAAAAAAGATTTAAAAAAGTAAATCTATTTATCGAA-CAAGTAT-AAATAG
131 ATAAAAAAAGATTTAAAAAAGTAAATTTGTCTACCAAATC-AGT-TCAATTGG
** * * ** *
18594 TTATTACTATTTA-AATCATTGTCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACA
1 TTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTT-ATTTAGTCACAAAACA
* * *** * * * **
18657 ATTGTTTTAGTTCATACATA-CTTAGACAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-CTAA
64 ATTATTTTAATTCATACA-AGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTAATAACA-TTCAAAAA
* * *
18720 ATCAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACCAAATC
127 ATTAATAA--AAAAAGATTTAAAAAAGTAAATTTGTCTACCAAATC
18764 GTTTAAAATA
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 52, Indels: 28
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
180 71 0.25
181 183 0.64
182 26 0.09
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCACAAAACAAT
TATTTTAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTAATAACATTCAAAAAATTA
ATAAAAAAAGATTTAAAAAAGTAAATTTGTCTACCAAATCAGTTCAATTGG
Found at i:18802 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 18326--18819 Score: 473
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 179
18316 TTATTTGAAT
* * * *
18326 TAAAATAATAATAATTTAATAGTATTT-CAACAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAA-AATTAAT-AATAAGAAATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
18390 GTCTACCAAATCAGTTCAATTGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTCCAAATCGTTCTAA
64 GTTTACCAAATC-GTTTAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* ***
18454 CCTTTTATTTAGTTACAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
127 CCTTTTATTTAGTCACAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTAGACAGAA
* * * * *
18507 TAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA-AAAAAGATTTAAAAAAGTAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-CAAAATTAATAATAAGAA-ATTTAAAAAA-TAAATT
* * * * * * * *
18570 TATTTATCGAACA-AGTATAAATAGTTATTACTATTTAAATC-ATTGTCTATTTTAAATCATTAT
63 TGTTTA-CCAA-ATCGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* *
18633 AACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACATA-CTTAGACAGAA
125 AACCTTTT-ATTTAGTCACAAAACAATTGTTTTAATTCATACA-AGCTTAGACAGAA
* *
18688 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTG
* * * *
18753 TTTACCAAATCGTTTAAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
65 TTTACCAAATCGTTT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
18818 TT
129 TT
18820 CAATTTGTTT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 50, Indels: 32
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.02
180 21 0.09
181 191 0.77
182 26 0.11
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGT
TTACCAAATCGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
TTATTTAGTCACAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTAGACAGAA
Found at i:19374 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 18913--19434 Score: 411
Period size: 177 Copynumber: 3.0 Consensus size: 176
18903 TTACCAAACA
* ** * * ** * * * *
18913 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGA
1 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGT
* * ** * * *
18978 CAT-AAATCAATTGTTTTAGTTCACGA-AAGCTTAACCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAT
66 CATAAAAT-AATTGTTTCAG-TCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAACTTATTAAT
* * * * *
19041 ATTTCAAAA-ATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTTTATCGAA--
128 ATTCCAAAAGA-TAATAAG-AA-A-TTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAATT
* * * * * * * *
19092 A----AATTAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGT
*
19153 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGGTAACTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCAG-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAACTTATTAATAT
** * * *
19218 TCCAAAA-ATTAATAAGTGATTTGAAAAATGATTCTATTTATTGAATT
130 TCCAAAAGA-TAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATT
* * *
19265 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGT
* * * * * *
19330 CATATAACA-AATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTCTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
66 CATA-AA-ATAA-TTGTTTCAGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAACTTATTAAT
* *
19393 CTTTCAAAAGATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
128 ATTCCAAAAGATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
19435 CCGAACTCGT
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 49, Indels: 26
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 17 0.06
172 3 0.01
173 2 0.01
174 1 0.00
175 118 0.42
176 4 0.01
177 124 0.44
178 5 0.02
179 8 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGT
CATAAAATAATTGTTTCAGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAACTTATTAATATT
CCAAAAGATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATT
Found at i:19449 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 18851--20532 Score: 490
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 176
18841 ATGTCCAAAT
* * * * *
18851 TTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGT
* ** * * ** * * * *
18916 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACAT
61 TCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * ** * *
18981 -AAATCAATTGTTTTAGTTCACGA-AAGCTTAACCAAAATAAAATAATACTAAT
126 AAAAT-AATTGTTTCAG-TCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAC
* * * * * *
19033 TTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTTTATCGAA--A---
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA-A-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTT
* * * * * * * *
19093 -AATTAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATA
62 CAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCATA
*
19157 AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGGTAAC
127 AAATAATTGTTTCAG-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAC
** * * * ** *
19208 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTGAAAAATGATTCTATTTATTGAATTAGTTCAAA
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAA
* * *
19273 TAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCATATAAC
66 TAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCATA-AA-
* * * * * *
19338 A-AATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTCTTCAGAATAAAATAATATTAAT
129 ATAA-TTGTTTCAGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAC
* * *
19385 TTATTAATCTTTCAAAAGA-TAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTCGTTCAA
1 TTATTAATATTCCAAAA-ATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAA
* ** * * * * * * * *
19449 ATAGTTATAACTA-TTCGAGCAAAAGTATAGTTTGAATAAATTATTTAAAAAATAAACCTTTTGT
65 ATAATTATGGCCATTTC-A--ACAATTATCGATT---TAAA--A--T-CAATAT-GACCTTTTGT
* * * * * * * ** * * *
19513 TCTA-TCGTAAAACAATT-ATTCATATTTATACAAACTTTTTTGAAATGAAATAACACTAA-
118 T-TAGTCATAAAATAATTGTTTC--AGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAC
* * * * * * * * * *
19572 TATAATAATACTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTT
1 T-TATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTT
*** * * * * * * * *
19637 CAAATAATTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTA-TCA
62 CAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACC-TTTTG-TTTAGTCA
* * * * *** * * *
19701 TAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAAGAAAATAA-AATGAAT
125 TAAAATAATTGTTTC-AGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGT-AAC
*** * * * * *
19754 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTAGCTTACCTAACTAGTT-TA
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACTAGTTCAA
*** * * * * * * * *
19817 ATAATTATGATTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAA
65 ATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
* * * * * * *** * *
19882 CAAATGTTTTTA-TCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAATTAATAAT-AC
130 TAATTG-TTTCAGT-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAC
* *** * * * * * * *
19929 TTTATTAACATTTTGAAAATTAATAATAGATCTAGAAAATAAAATCTTTTTATCTG-ACAAGTTC
1 -TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTA-CCGAACTAGTTC
* * * * ** ** * * * * * *
19993 AAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAA
63 AAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * * * * * *
20058 AATAATAGTTTCTATTCATACTAGTTTATT-AAGATTAAAATAATACTAAT
128 AATAATTGTTTC-AGTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATAGTAAC
* *** * * * * * *
20108 TTATTTATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAATAAATATTTTTACCAAACTAGAT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTT
* * * * * * * * * * *
20173 CAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATAC-ATTTCAAATTATTATGA-CTTTTCTTTTGTCAT
62 CAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTAT-CGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * * * * *
20236 AAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAAG
126 AAAATAATTGTTTC-AGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAC
* * * * * *
20287 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAATATTTAAAAAACAAACCTATTTACTGAACCAATT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTT
* * * * * * * * * * * *
20352 TAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAATTCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
62 CAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCATA
* * * * *** *
20417 AAATGACTT-CTTCTATTCATACAACCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAAT
127 AAAT-AATTGTTTC-AGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGT-AAC
* * *
20468 TTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
1 TTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG
20531 TT
60 TT
20533 TTGTTAGCTC
Statistics
Matches: 1157, Mismatches: 267, Indels: 153
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 17 0.01
172 3 0.00
173 2 0.00
174 1 0.00
175 123 0.11
176 79 0.07
177 208 0.18
178 136 0.12
179 137 0.12
180 52 0.04
181 225 0.19
182 43 0.04
184 2 0.00
185 2 0.00
186 7 0.01
187 11 0.01
188 56 0.05
189 11 0.01
190 1 0.00
191 40 0.03
192 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAA
TAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT
AATTGTTTCAGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAC
Found at i:20217 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19587--20523 Score: 706
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 178
19577 TAATACTCTA
* * * **
19587 AAAATTAATAACTAAGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAAAC
1 AAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGATCAAATAATTATGAC
* * * * *
19651 TATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTC
64 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTC
* * *
19716 AATTCATACTAGCTTATTTGGAAGAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTG
127 TATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTTG
* * * * ** *
19768 AAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAAT-AATTTAGCTTACCTAACTAG-TTTAATAATTATGATT
1 AAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATTT-GTTTACCAAACCAGATCAAATAATTATGACT
* * * * * * *
19829 ATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAAATGTTTTTA
65 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATATTTCTA
* * * * * * *
19894 TCCATA-TAAGTTTGTTTGGAATAAATTAATAATACTTTATTAACATTTTG
129 TTCATACT-AGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTG
* * * * ** * * *
19944 AAAATTAATAA-T-AGATCTAGAAAATAAAATCTT-TTTATCTGACAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAAT-AAAT-TTGTTTACCAAACCAGATCAAATAATTATGAC
* * * * * *
20006 TATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATAGTTTCT
64 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATA-TTTCT
* * * * *
20071 ATTCATACTAGTTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTATTTATATTTTG
128 ATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTG
* * * * *
20122 ATAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAATAAATATT-TTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
1 AAAATTAATAAGT-AAAA-TTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACCAGATCAAATAATTATGA
*
20186 CTATTTGAATAATTATAC-ATTTCAAATTATTATGA-CTTTTCTTTTGTCATAAAA-AATTATTT
63 CTATTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTT
* * * * * * ***
20248 CAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAACACTAAGTTATTAATATTCCA
126 CTATTCATACTAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTG
* * ** * ** * *
20301 AAAATTAATAATTAAAATATTTAAAAAACAAACCTATTTACTGAACCA-ATTTAAATAACTATGA
1 AAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGA-TCAAATAATTATGA
* * * * *
20365 CTATTTGAATAATTATCTATTT-GAATTCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGACT-TCT
63 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATAT-T
* * * **
20428 TCTATTCATACAACCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTAAG
125 TCTATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTTG
*
20482 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
1 AAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
20524 GAACAAGTTT
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 124, Indels: 60
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 80 0.13
177 65 0.11
178 141 0.23
179 118 0.20
180 39 0.06
181 147 0.24
182 11 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGATCAAATAATTATGACTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTCTATT
CATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTG
Found at i:30924 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 30652--30949 Score: 375
Period size: 164 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164
30642 ATAAATAATG
* * ** * * *
30652 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAGGACCATCTGAATTATTATCTATTTCGAATCATCATGACC
1 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAGAACCATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATCATGACC
*
30717 TTCTATTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-ATA
66 TTCTATTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATA-A
30781 ATTTAATGAGCAAAAGAATTAAAAAAATGAATCTA
130 ATTTAATGAGCAAAAGAATTAAAAAAATGAATCTA
* * * * *
30816 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATC
1 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAGAACCATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATCATGACC
* * * * * * * *
30881 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTT-TGTTCATGGAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATAA
66 TTCTATTTTATAATAAAACAATTG-TTTCAGTTAATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAA
30945 ATTTA
130 ATTTA
30950 TTAATATTCC
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 21, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
164 107 0.96
165 4 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (164 bp):
TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAGAACCATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATCATGACC
TTCTATTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAA
TTTAATGAGCAAAAGAATTAAAAAAATGAATCTA
Found at i:31127 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 30823--31794 Score: 845
Period size: 177 Copynumber: 5.5 Consensus size: 177
30813 CTATTTACCG
* * * *
30823 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** *
30888 TTGTCATAAAACAATTGATTT-TGTTCATGGAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATA-TAAATTTA
66 TTATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTA
30950 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTT
128 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTT
* * *
31000 AACATGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
31065 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTA
66 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
31130 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCT
131 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATATTT---T
* * * * * * * * *
31181 AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAGTT-ATATAATTATTTATTTCCAATCATTGTGATCTTTTAT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
31245 TTTATCACAAAGCAATTGTTTCTATTTA-AGCAAGTTTATTCAGAATGAAATAATACTAATTTAT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * ** * *
31309 TAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTTGAAA--GT--AAATCTATATA-CTG
129 TAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTT
* ** * * * * *
31354 AACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAACTATTTCAAATCATTATGACATTATGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * * * * *
31419 TTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAGTAAAATAATACCAATGTATCA
66 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
31484 CTATTTCAAAAATTAATAAG----GATTTAAGAAAATAAATATGTTTGCC
131 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTA-AAAATAAATATATTT--T
* *
31530 AA-ATCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
1 AACA--AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
31593 G-TTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATGCAGAATATAATAATACTAATT
63 GTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * **
31656 TATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGTAAGAAA--TTAAAAAAAAACT-TGCTTACCA
126 TATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAA-TAT-ATT--TT
* * * *
31710 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
31775 TTATCATAAAACAATTGTTT
66 TTATCATAAAACAATTGTTT
31795 AAAAAACTTG
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 127, Indels: 74
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
173 122 0.19
174 3 0.00
175 1 0.00
176 16 0.03
177 247 0.39
178 19 0.03
179 76 0.12
180 13 0.02
181 128 0.20
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTT
Found at i:31570 original size:531 final size:513
Alignment explanation
Indices: 30481--31794 Score: 1331
Period size: 531 Copynumber: 2.5 Consensus size: 513
30471 AAGGCCAACA
* * * ** * *
30481 AGTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
30546 CATAAAACAATTGTTTATGTTCATGCAAGCCTATTC-GAATTAAAATAATATTATTTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
30610 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
129 -TTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
30675 CAGGACCATCTGAATTATTATCTATTTCGAATCATCATGACCTTCTATTTTATAATAAAACAATT
191 TATGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
* *
30740 GTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATGAGCAAAAGAATTAAAA
255 GTTTCAGTTAATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTAATGAGCAAAAG-ATTAAAA
* * * * *
30805 AAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATCTATCTCAAA
319 AAATAAATCTATATACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATCTGAACAATTAACTATCTCAAA
* * * ** **
30870 ACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTGTTCATGGAAGCTTATTTTAAATAA
384 ACATTATGATCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAAATTATTTTAAATAA
* * * * *
30935 AATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTT
449 AATAATACAAATGTATCAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAATAAATATATTTA
31000 AAC
511 AAC
* *
31003 ATGTTCAAATGGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTT
1 A-GTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
31067 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
31132 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGCAAGTTCAAATAGT
128 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
31197 TATGACTAGTT-ATATAATTATTTATTTCCAATCATTGTGATCTTTTATTTTATCACAAAGCAAT
191 TATGACTA-TTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
* * * * * *
31261 TGTTTCTATTTAA-GCAAGTTTATTCAG-AATGAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAG
254 TGTTTC-AGTTAATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATAATAA--T-TTAATGA-GC-AAAAG
* ** * *
31323 -TTAATAAGTTTGAAAGTAAATCTATATACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTA
312 ATTAA-AA-----AAA-TAAATCTATATACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATCTGAACAA
* * *
31387 TTAACTATTTCAAATCATTATGA-CATTATGTTTTATCGTAAAACAATT-ATTTCTATTCATACA
370 TTAACTATCTCAAAACATTATGATC-TTATGTTTTATCATAAAACAATTGATTT-TATTCATACA
* * * * *
31450 AAATTA-TTTAGAGTAAAATAATACCAATGTATCACTATTTCAAAAATTAATAAG-GATTTAAGA
433 AAATTATTTTA-AATAAAATAATACAAATGTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAA-A
*
31513 AAATAAATATGTTTGCCAAATC
496 AAATAAATATATTT---AAA-C
* * *
31535 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
31600 TATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATGCAGAATATAATAATACTAATTTATTAACAT
66 CATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
31665 TTAGAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTAAAAAA-AAACTTGCTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTA
130 TTA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
31728 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
193 TGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
31793 TT
257 TT
31795 AAAAAACTTG
Statistics
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CATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
GTTAATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTAATGAGCAAAAGATTAAAAAAATAAA
TCTATATACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATCTGAACAATTAACTATCTCAAAACATTAT
GATCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAAATTATTTTAAATAAAATAATA
CAAATGTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTAAAC
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31693 AAAAAACTTGCTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
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31795 AAAAAACTTGCTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
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66 CATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
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CATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
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AATAATTATGCTATTTC
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* *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTAT
** * *
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66 CATAAAACAATTGTTTTTA-T-CATACAA-GCTTAT-TGAAATAAAATAAT-TCTAATTTACTAA
* * * * * *
31943 TATTTCAAAAATTGATAAGTTAG-ACATTTCAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATC
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTAT
* *
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66 CATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATTCTAATTTACTAATATT
*
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* * ** * *
32177 AGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATTATG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTA
* * * * * * * *
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65 TCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATTCTAAT-TTACTAAT
* * * *
32305 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GTCAAACC
127 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACC
* * * * * * * *
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**
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CATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATTCTAATTTACTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACC
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* * **
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* * *
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* * *
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* * **
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Statistics
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AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGCTAT
ATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATTGTAAAACAATTTTTGGAC
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32432 ATTTTTGGAC
* * * *
32442 AATTAATAAGTAAAAGATTTT--AAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTT-AAATAGTCATAACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
32504 ATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTATCAG
65 ATTTGAACAATTATATATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * *
32569 TTCATATAGGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCTAAC
130 TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
** * * *
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1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
32686 ATTTGAACAACTATATATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTG
65 ATTTGAACAATTATATATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* *** *
32751 TTCATACAAGTTTATTTTGATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAA
130 TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAA
* * * **
32803 AATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATACATCTGCTTTCTAAACACCTTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTG-TTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
32866 ATTTAAACAATTATCTACTTTAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAACCCATTGTTTCTA
65 ATTTGAACAATTATATATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * *
32931 TTCACATAAGTTTATTCGAAAGAAAATAATACTAGTTTATTAATATT-TCAAA
130 TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
32983 AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTT
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Statistics
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TTTGAACAATTATATATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
TCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
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33454 AAAAATTAAT
** *
33464 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCTAACCAACTCAAATAATTAAGACTATTAAAACAATT
* **
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*
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* * * **
33644 AAGAGATTTAAAAAAATAATTATGTTTG-CTAAACTAACTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTGCCT-AACCAACTCAAATAATTAAGACTATTAAAACAA
* * * * * ** *
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64 TTATCTATTTCAAATTGTTTA-GACCTTTTGTTTAGTAAAAAAACAAATATTTTAGTTCATACAA
* * ** * * **
33772 GTTTGTTCGGGATAAAATAATA-TCAATTTATTTATATTTTAAAA-TTAAT----
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33821 AAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAAT
33841 CTATTTACCA
Statistics
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AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCTAACCAACTCAAATAATTAAGACTATTAAAACAATT
ATCTATTTCAAATTGTTTAGACCTTTTGTTTAGTAAAAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGCT
TATTCGAAATAAAATAAACTAATTTATTAACATTAAAAAATTTAATAAGC
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34174 TACTAAAAAG
34184 TTCAAATAGTTATGACTA
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34202 TTCAAATA-TTAT-CTA
1 TTCAAATAGTTATACTA
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Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
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TTCAAATAGTTATACTA
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Period size: 119 Copynumber: 1.8 Consensus size: 119
34171 GTTTACTAAA
* *
34181 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAATATTATCTATTTCAAATTGCAATAGCCTTTTCTTTTGT
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**
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** * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTCAAAT-ATTATCTATTTCAAATTGCA--ATAACCTTTTCTTT
* *
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Statistics
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AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTCAAATATTATCTATTTCAAATTGCAATAACCTTTTCTTTTGT
CATTAAACAAATTTTTTTAGCCATACAAACCTATTTCAAATTCGTTTACCGAAT
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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** * * * * **
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
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66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
34787 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGTT---AAATAAATCTATTTTCTGAAC
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* * *
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1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** * * *
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*
34965 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCTAAGC
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* * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
35082 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATGTT-TTAAT
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*
35146 ATTCTAAAAATTAATAAGTTTAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
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* * * * *** * *
35198 AAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGTTATTATTTACTTT-AAATCGTTATGACATTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
35262 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
35326 TATT-TCACAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAGAC
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* * ** * * * * * * *
35375 TACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATATATCTCAAATTGATAAGATC-TTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** *
35439 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACATA-CTTATTTCGAGA-AAAATATTGCTAAACTAATAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
35502 CATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTCAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACC
129 TATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAA-C
* * * * * * * *
35556 AA-TTCAAATA-TTGAAGACTATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCATTCTGACCTTCTATTTA
1 AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * * *
35619 GTCCTAAAATAATTGTTTCAGCTCGT-ACA-TTTATATTCGAAATAAATTAATACTATTTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAT-TT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * *
35682 ACATT-TAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAC
128 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-AAC
* * * * * *
35737 AAGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTATGACC-TTTGTATTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** *
35801 TCATAAAATAATTATTTTACT-TT-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
66 TCATAAAACAATT-GTTT-CTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** ** *
35864 TATT-TCAAAAGTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATC
129 TATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-C
* * * * **
35918 -AGTTTAAATAGTTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA-AGTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * * * * * * * *
35980 GCCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAACTAATACTAGGTTTTTTGA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAA
* * *
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* * ** ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTT
* * * * * * * ** *
36335 GTCGTAAAACAAATATTTTTGTTCA-ATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
36399 ATTTTAGAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAGATAAATTTATTTACCAAACC
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-C
* * * * * * * *
36448 AA-TTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGCTATTACC-TTT-TTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
36510 TCATAAAATAATTGTTTCTATTGAT-ATAGTCTTATTTAAAATTAAGTAATGCTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
36574 ACTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAAT-T-TATTAGCCTAACC
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTA--CTAA-C
* * * * * * * * * * *
36627 AA-TGCAAATAATTATTATTGTTTTAACTATAATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * ** * **
36691 TCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTAATCGAAATAACATAATTTTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
36756 TTCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAAC
131 TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC
* * * * * *
36807 AAGCTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
36872 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGCAAATTCATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
36937 TTC-AAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAAT
131 TTCTAAA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC
* * * * *
36988 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTAT-AACTTTTAGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTT
* * * * *** *
37052 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAGGTTAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
37117 ATT-TCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
130 ATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC
* * * * *
37169 TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
37234 TCCTAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
37299 TTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAAC
131 TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC
* * ** *
37350 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGATGTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * *** *
37414 TCATAAAACAATAATTTCTATTCTTAAAAGCTTATTTTGCATAAAATAATA-TAAATTTCTTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * * * **
37478 ATT-TCAAAAATGAATAAGTAAAAATTTAGAAAAGAGATATATTTTTTGAAC
130 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAC
* * * *
37529 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
37594 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* **
37659 TT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGT
131 TTCT-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAC
* * * * * * * * *
37710 AAATTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTGTTTCGAATAGTTATGATCTTTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
37775 TCAT-AAA-AATTGTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
37838 ATACTAAACATTAATAAGTGAGACATTTAAAAAATAAATCTTTTTACTAAAC
130 ATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAC
* * * * * *
37890 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTCTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
37955 TCATAGAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAA-TTTATTCAAAATAAAATATTACTGATCTCTTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-AAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ***
38019 ATTTTGAAAATTAATAAG---AGACTTGAAAATTAATAAGAGATTTA--AA-
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA-ATCTG-TTTACTAAC
* * * * * *
38065 AA-TT-AAATCTATTTACTGCAATAGTTCAA-ATAGTTATGATTATTTGAACAATTATC-TATCT
1 AAGTTCAAA--TAGTTA-TG-ACTATTTGAACA-A-TTAT--CTATTT---CAA--ATCGT-TAT
* ** *** * * ****
38126 CATATTGCTATGATTTTGTCATAAAATGGTT-TTTGCTTTTCATACAAGCTTATTTGGGTTAAAA
52 GACCTT--T-TG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * * *
38190 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAATAA-TAATAAGTAAGATATTTAAAAAACAAATGTG-TTG
112 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
*
38253 CCAAGCC
175 CTAA--C
* ** * * * * *
38260 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATATATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
38324 TCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAGAAGCTTATTCAGCA-AAAATAATACT-ATTTATTAAC
66 TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
38386 ATAT-GAGAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAA
130 AT-TCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC
* * * * *
38439 AAGTTTAAATAAATT-TTACTATTTGGACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTT
** * * *
38502 TGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
38567 TATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTCCTAAC
129 TATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTAAC
* * * * * * * * * *
38620 TAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATTGCAAATCATTGTGATCTTTTTTTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C-CTTTTGTTT
* * * * * * * ** *
38685 TCTCATAAAACAATTGTTT-TGGATCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAATATTTCAAAAATAAT
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATT
* * * ** * * * *** *
38748 AAGGAATT-T-AAAA--AATAACT--ATATTTGCCAAACTGATTC-AAATAGTTAGAC
127 AA--TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTA-AC
* * *
38799 TA-TT-AGAATAATTAT--CTATTTG-A-AA---TC-A--TC----C--TA--ACCTTTTGTTTA
1 AAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** * *
38844 ATCATAGAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAAC
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
38908 ATT-TGAAAAGTTAAAAAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAT
130 ATTCT-AAAAATT-AATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC
* * * *
38962 AAATTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * *
39027 TCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGCTTATCAAAAATAAAATATTACTACTTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
39091 ATT-TCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAACC
130 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-AA-C
* * * * * * ** * * *
39140 AA-TTCATATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG--ATA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
39202 TCTTAAAACAATTATTT-T-TTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTT--CATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * *
39265 TATT-TCATGAATTAATAAG---AGA-TTCAAAAA-AAATCTATTTACCAAAC
129 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAC
* * * * * *
39312 TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTGTTGTTCT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTT
** * * ** * *
39376 ACCATAAAACAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * *
39441 ATTGTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAGTCCATTTGTCGAAC
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAC
* * * * * * * * **
39493 TAGTTGAAACAGCTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *** * *
39558 TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGTAATAGAATAAAACTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
39623 TT-TCAAAAATTTATAAGTGAGAGATTTAGAAAATAA
131 TTCT-AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAA
39659 TTTTATTTAC
Statistics
Matches: 3995, Mismatches: 951, Indels: 465
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
155 4 0.00
157 16 0.00
158 35 0.01
159 6 0.00
160 5 0.00
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163 14 0.00
164 14 0.00
165 1 0.00
166 6 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
170 3 0.00
171 76 0.02
172 60 0.02
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175 187 0.05
176 231 0.06
177 212 0.05
178 73 0.02
179 197 0.05
180 832 0.21
181 1375 0.34
182 292 0.07
183 117 0.03
184 10 0.00
185 13 0.00
186 3 0.00
188 7 0.00
189 60 0.02
190 4 0.00
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196 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAC
Found at i:36954 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 34289--40977 Score: 3213
Period size: 362 Copynumber: 18.7 Consensus size: 357
34279 TTTCAAATTC
* * * * * *
34289 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATA
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* * * * * * ** *
34352 ACTTTTTGTTTTGTTATAAGACAATTGTTT-T-TGCCATACAAACTTATTCGAATTAAAATAATA
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
* ** * * * * *
34415 TTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
128 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAAAC
** * * * * * * *
34480 AAGTTCAAATAGCAATAACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCA
191 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
34545 TCATAAAATAATTGTATC-AGCTCATATACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
254 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * *
34609 A-TTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
318 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT-AAAAATGAATAT
* * * * * * * *
34649 GCTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATCACTACTTGAGCAATTATCTATTTTGAAACA-TTATG
1 GTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGCTATG
* * *
34712 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATA
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAAATAAAATAATA
* * **
34776 -TAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG--TT---AAATAAATCTATTTTCTGAA
128 CT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCAAA
* * * * *
34835 CATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
190 CA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTTTT
* * * * * * * * * *
34900 ATCATAAACCAATTATTTTTGTTAATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAAGAGTAATTTATTAA-
253 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * *
34964 AATTCTAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAATAAATCT
318 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAT-ATTT-AAAAATGAATAT
* * * * * * * * *
35006 GTTT-CCTAAGCAAGTTCAAATATTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTGAAATTGTTATGA
1 GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGA
* * * * * *
35070 TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACT
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
** * **
35135 AATGTT-TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
130 AAT-TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAAACA
* * * * * *** * *
35199 AGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGTTATTATTTACTTTAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTG
192 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTA-TTTAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTA
* ** * *
35263 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
254 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * **
35327 ATTTCACAAATTAATAAG--AGAT-TTAAAAAATAAATCC
318 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATGAATAT
* * * * ** * * * * *
35364 GTTTA-CTAGACTACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATATATCTCAAATTGATAAGA
1 GTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGA
* * * * * * * *
35428 TC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACATA-CTTATTTCGAGA-AAAATATTG
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTT-AAAATAAAATAATA
** * * * * * *
35490 CTAAACTAATAACATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTCAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAA
128 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACC-AA
* * ** * * * *
35554 CCAATTCAAATA-TTGAAGACTA-TTAGAACAATTATCGATTTCAAATCATTCTGACCTTCT-AT
189 ACAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTA-AACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTT
* * * * ** * * *
35616 TTAGTCCTAAAATAATTGTTTC-AGCTCGTAC-ATTTATATTCGAAATAAATTAATACTATTTTA
251 TTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * ** * * *
35679 TTAACATTTAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTT
313 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT--AAAAATGAATAT
* * * * * *
35726 GTTTATTGAACAAGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTTATGAC
1 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGAC
* * * * * ** *
35791 C-TTTGTATTATCATAAAATAATTATTT-TACTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATT
66 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * *** * *
35854 AATTTATTAATATTTCAAAAGTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATCA
130 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCAAA-CA
* * * * * ** * **
35919 GTTTAAATAGTTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAA-GTTTGTTTTGC
192 ATTCAAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTTTTAT
* * * * * * *
35982 CATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTC-AGAATAAACTAATACTAGGTTTTTTGA
255 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTA-ATTTATTAA
* * * *
36045 TATTTCAAAAATTAATTAGTAGGAGA--T-----T--ATCT
317 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATGAATAT
* * * * ** * *
36077 GTCTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAGATATTTCAAATTA-TTATA
1 GTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGCTATG
** * * * * * * *
36140 ATTTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
36205 TAATATAATAATATT-ATGAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCATA
129 TAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCT-ATTACCA-A
* * * * * * * ** *
36269 CCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGGTT
189 ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAA-CTTTT-GTT
* * * * * * * * * * *
36333 TTGTCGTAAAACAAATATTTTTGTTCA-ATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
251 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * *
36397 ATATTTTAGAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAGATAAATTT
316 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAA-ATGAATAT
* * * * * * * *
36436 ATTTACCAAACCAA-TTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGCTATTA
1 GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGA
* * * * *
36500 CC-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTTAAAATTAAGTAATGC
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATAC
* ** * * *
36562 TAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTTATTAGCCTAACC
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* * * * * * * * *
36627 AATGCAAATAATTATTATTGTTTTAACTATAATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
191 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTTTTAT
* * * * * *
36692 CACAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTAATCGAAATAACATAATTTTAATTTATTAATAT
255 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* *
36757 TCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATTGAATAT
320 TTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA-TGAATAT
* * * * * *
36796 GTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAAC
1 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGAC
* * * * *
36861 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGCAA
66 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
36926 ATTCATTAATATTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAATAAA
131 ATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAAA-CAA
* *
36991 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTAT-AACTTTTAGTTTTGTC
193 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTT-GTTTTATC
* * * **
37055 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTC-AGGTTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
256 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * *
37119 TTCGATAATTAATAAGTAAAAGAT-TTTAAAAATAAATAT
320 TTCAAAAATTAATAAGT--AAGATATTTAAAAATGAATAT
* * * * * * *
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1 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGAC
* * * * * * *
37223 CTTTTGTTTGGTCCTAAAATAATTGTATC-AGTTCATATAGGTTTATTAAAAATAAAATAATACT
66 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * *
37287 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAA
130 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCAAACAA
* **
37352 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAATCATTATGATGTTTTGTTTTATCA
193 -TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA
** * * * * * *
37417 TAAAACAATAATTTCTATTCTTAAAAGCTTATTTTG-CATAAAATAATATAAATTTCTTAATATT
257 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* *
37481 TCAAAAATGAATAAGTAA-AAATTTAGAAAA-GAGATAT
321 TCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTA-AAAATGA-ATAT
* * * * * * *
37518 ATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC
1 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGAC
* ** * * *
37583 CCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAACAATACTA
66 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * *
37648 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTA-A
131 ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTAC-CA-AACA
* * * * * * * *
37712 ATTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTGTTTCGAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTGT
192 ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTAT
* * * **
37776 CAT-AAA-AATTGTTTTCTATTCATAGAAGTTTATT-TAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
255 CATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * *
37838 A-TACTAAACATTAATAAGTGAGACATTTAAAAAATAAATCT
318 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGATATTT-AAAAATGAATAT
* * * ** * *
37879 TTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
1 GTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATG
* * * * * * * ** * *
37942 ACATTCTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAATTTATTCAAAATAAAATATTAC
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
* * * ** *
38007 TGATCTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGACTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAA
129 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT---A-A---G-----T-A-AA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
38072 TCTATTTACTGC-AATAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCT-CAT-A-T-T
178 TCTA-TTAC--CAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAATCATTAT
* * *** * * ***
38132 G--C-TATGATTTTGTCATAAAATGGTT-TTTGCTTTTCATACAAGCTTATTTGGGTTAAAATAA
240 GAACTTTTG-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * **
38193 TACTAATTTAATAATATTCCAAATAA-TAATAAGTAAGATATTTAAAAAACAA-AT
303 TATTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATGAATAT
* * ** * *
38247 GTGTT-GCCAAGCCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAAAACAATTATATATTTCAAATCA-TT
1 GT-TTATCGAA--CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCT
* * * * * * * **
38308 TTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAGAAGCTTATTCAGCA-AAAATA
61 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * * * * *
38371 ATACT-ATTTATTAACATATGAGAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACC
125 ATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCT-ATTACC
* * * * ** * *
38435 AAAAAAGTTTAAATAAATT-TTACTATTTGGACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTG
187 AAACAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAA-TCATTATGAACTTTTG
* * * * * * *
38499 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTAT
249 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * *
38564 TAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTAT
314 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA-T-GAA-TAT
* * * * * * * * * * *
38611 -TTT-CCTAACTAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATTGCAAATCA-TTGTGA
1 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGA
* * * * *
38673 TCTTTTTTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-TGGA-TCATACAAGCTTA-TTCAAAT-AAA-AA
65 -C-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
* ** * * * * * * ** * * * * * *
38733 TA-T--TTCAAAAATAAT-AAGGAATTTAAAAAATAACTATATTTGCCAAACTGATTCAAATAGT
126 TACTAATTTATTAATATTCAA--AAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTATTA-C
* * * * * * ** * * *
38794 TAGACTATT-AGAATAATTAT--CTATTT-GA-AATCA--T-CCT-AA-CCTTTTG----TTT-A
186 CAAACAATTCA-AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAATCATTATGAACTTTTGT
* * * * * * *
38844 ATCAT-A--GAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATATTAATTTAT
250 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * * * * *
38904 TAACATTTGAAAAGTTAAAAAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTT
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* * * * * * * * *
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1 GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGAC
* * ** *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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191 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAACTTTTGTTTTAT
* * * *
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** * * *
39266 ATTTCATGAATTAATAAG--AG--ATTCAAAAA-AAATCT
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* * * * * * * *
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* ** * * * * **
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66 CTT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * ** * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 GTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATG
* ** * * * *
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* * * *** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * ** * *
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* * * ** * * * *
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* ** ** * * * * ** * *
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* * * * * * *
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131 ATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCT-ATTAC-CAAACA
* * * * ** * * * *
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192 ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT-TTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATC
* * * * * * * ** ** *
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256 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** *
40678 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAGAAATAAATAT
321 TC-AAAAATTAATAAGTAAGATATTTAA-AAATGAATAT
* * * * * *
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1 GTTTATCGAACA--AGTTCAAATAGTTATA-ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTA
* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATGAATAT
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*
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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**
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* * * * * * * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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**** * * * *
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:40084 original size:174 final size:175
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* * * ** * * * **
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* * * * *
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* ** ** * * * *
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* ** * * * *
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39940 ATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAA-
64 A-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-TTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAT
* * * *
40002 AATAAATCTATTTTCTGAA-CACGTTC-AA-AA-A-G-TTATTTGAATAATTAT
124 AATAAATCTATTTAC-AAAGCA-GTTCAAACAATATGACTATTTGAACAATTAT
* *
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* * **
40114 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTT-A-TTCCAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAATTTT
64 ATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAAT
* *
40177 AAATCTGTTTACAAAGTGAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTAT
127 AAATCTATTTACAAAG-CAGTTCAAACAA-TATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
40228 TTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTA
** * * *** *
40293 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATTGATGAGTTGGAGATTTAAAAAATA
65 TTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATA
* ** * * * * *
40358 AAGT-TCTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAACTATTAT
128 AA-TCTATTTA-CAAAGC-AGTTCAAACAAT-ATGACTATTTGAACAATTAT
* ** ** * * * *
40408 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTT-TTCGGTCGCAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAAATTG
1 CTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCAT-ACAAGTT-
* * * *
40472 T-TTAGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAATC
63 TATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA--TTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAATA
* * * * * * * * *
40532 A-AAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATAAG
125 ATAAATCTATTTAC-AAAGCAGTTCAAACA-ATATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
40584 CTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTA-
* * * * ** * * * *
40647 TTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAGA-AAT
65 TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-ATAAT
* * * ** * * * *
40711 AAATATGTTTGCTAAATTAGTTCAAATAGTTAAGAC-AGTTAGAACAATTAT
127 AAATCTATTTAC-AAAGCAGTTCAAACA-ATATGACTA-TTTGAACAATTAT
** * * * * * **
40762 CTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGCTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCAT
1 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACAAGTTT
* * * * * * * *
40826 ATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCATAAAATTGATAAGCAAAAAATTTTAAAAA
64 ATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAATA
* * * *
40891 ATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTT
125 ATAAATCTATTTA-CAAAGC-AGTTCAAACA-ATATGACTATTTGAACAATTAT
* *
40944 CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
1 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTT
40974 ATCAATATAT
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 167, Indels: 136
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
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185 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
CTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTAT
TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAAT
CTATTTACAAAGCAGTTCAAACAATATGACTATTTGAACAATTAT
Found at i:41462 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 41085--41496 Score: 435
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
41075 TATGGCCATT
* * * * *
41085 TGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGAAC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTTCATCA
1 TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATCA
* * * *
41148 TACATGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAGGAGA
66 TACATGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAGAAGA
*** * * * *
41213 TTTTTTTAAAAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAAGTATGACTATT
131 TTTTAAAAAAAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAAGTAAGACTATA
**
41263 TGAACAATTATATATTTCAAATCT-TTAT-AGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGT
1 TGAACAATTATATATTTCAAAT-TGTTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TCA
* * *
41326 TCATACATGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAA-TTAATAACTA-
63 TCATACATGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATT-TCAAAACTTAATAACTAG
* * * * *
41389 AAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAAT-TGTTAAGGCTGTA
127 AAGATTTTAAAAAA-AAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAAG-TAAGACTATA
* * * *
41444 TGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAA
1 TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCA-TAAAACAA
41497 ATGTTTTTGT
Statistics
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0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATCA
TACATGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAGAAGA
TTTTAAAAAAAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAAGTAAGACTATA
Found at i:41970 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 41924--41996 Score: 128
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
41914 AATTAATAAG
* *
41924 TAAGACATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCAAACAA
1 TAAGAAATTTAAAAATTGAATTTGTTTATAAAACAA
41960 TAAGAAATTTAAAAATTGAATTTGTTTATAAAACAA
1 TAAGAAATTTAAAAATTGAATTTGTTTATAAAACAA
41996 T
1 T
41997 CTCAAATAGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (36 bp):
TAAGAAATTTAAAAATTGAATTTGTTTATAAAACAA
Found at i:42553 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 41998--42907 Score: 841
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 177
41988 TAAAACAATC
*
41998 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATA-ACCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-T-TAGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * * * * * *
42062 TAAAATAATTTTTTCTCTTCATACATGATTATTTCTATTAAAATTATAGATATTTATTAATATT-
63 TAAAA-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
* *
42126 CAAACACTTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAAT-T-TGTTTACTGAATAAGT
127 CAAA-A-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTTAC-GAACAAGT
* ** * * *
42179 TTAAATAGTCGTGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGTGTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-GACCTTTTGT-TTGTCAT
** ** * * *
42244 AAAAAAATTATTTT-GGTTCATTTAAGCTTATTTTAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTC
64 -AAAAAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
* * * * *
42308 CTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTACCAAATAAGT
127 C-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTA-CGAACAAGT
* * * * *
42360 TCAAATAGTTATTG-CTATGTGAATAATTATCTATTTGC-AATTGCTAGAACCTTTTGTTTCATC
1 TCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTAG-ACCTTTTGTTT-GTC
* * *
42423 CTAAAAAATTTTTTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATAT
62 ATAAAAAA--TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
* * *
42487 T-TAGACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAATAAATCTATTTTTCGAACAAGT
125 TCCA-A-AATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTTACGAACAAGT
* *
42542 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTATATATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT-TTTGTCATA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-GACCTTTTGTTTGTCATA
* * * ** *
42605 AAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
65 AAA-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCC-
* * * * *
42670 AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAGTCTGTTTATA-GAACATGA
128 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TACGAACAAGT
* *
42719 TC----AGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * * *
42780 AACCAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
65 AA-AAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCA
* * *
42845 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACCTA-TTTACTGAGCAAGC
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTAC-GAACAAGT
42894 TCAAATAGTTATGA
1 TCAAATAGTTATGA
42908 TCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 92, Indels: 82
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 42 0.07
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183 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAGACCTTTTGTTTGTCATAA
AAAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTACGAACAAGT
Found at i:42587 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 42541--42590 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
42531 TTCGAACAAG
42541 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAAT-GTTATGACTAT
*
42560 TTGAACAT-TTAT-A-TAT
1 TTCAA-ATGTTATGACTAT
42576 TTCAAATGTTATGAC
1 TTCAAATGTTATGAC
42591 CTTTTTTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 9
0.69 0.06 0.25
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.08
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20 2 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATGTTATGACTAT
Found at i:42924 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 42750--43048 Score: 386
Period size: 145 Copynumber: 2.1 Consensus size: 145
42740 ATTATCTATT
* * *
42750 TCAAATAGTTAGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGA-
1 TCAAATAGTTAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAAGCTTA-TTCAT
* * *
42814 AACAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACC
65 AACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAACA
* *
42878 TATTTACTGAGCAAGC
130 TATTTACAGAACAAGC
* * *
42894 TCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAT
1 TCAAATAGTTA-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAAGCTTATTCAT
** * * * * *
42959 AGTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTGAGAGATTCAAAAAATAAATA
65 AACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAACA
* *
43024 TGTTTACAGAACAAGT
130 TATTTACAGAACAAGC
43040 TCAAATAGT
1 TCAAATAGT
43049 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 4
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
144 14 0.11
145 69 0.52
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (145 bp):
TCAAATAGTTAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAAGCTTATTCATA
ACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAACAT
ATTTACAGAACAAGC
Found at i:42928 original size:935 final size:930
Alignment explanation
Indices: 41178--42883 Score: 1977
Period size: 935 Copynumber: 1.8 Consensus size: 930
41168 AATAATACTA
** ***
41178 ATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAGGAGATTTTTTTAAAAAATCTATTTACTGAACTAG
1 ATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAAAAAATCTATTTACTGAACTAG
* *
41243 TTTAAATAAGTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTATAGCCTTTTATTTTGTCA
66 TTTAAATAAGTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAGCCTTTTATGTTGTCA
* *
41308 TAAAACAATTATTTATGTTCATACATGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTA
131 TAAAAAAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTA
* * ** * *
41373 TGAAAATTAATAACTAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATTGTTAAG
196 TGAAAATTAATAACTAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * ** *
41438 GCTGTATGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTAGTAAAACAAATGTTT
261 GCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTCATACTAAAACAAATGTTT
* * * **
41503 TTGTTTATATAAATTTGTTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAATATTAATAAG
326 TTCTTTATATAAACTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTTAAATATTAATAAG
* *
41568 AAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCCAAATCAATTCAATTAGCTATAAAAATTTGAACAATTATT
391 AAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCCAAATCAATTCAAATAGCTATAAAAATTTGAACAATTATA
** *
41633 TATTTCAAAATGTTATAACTATTTGTTTTGTCATAAGGCAATTGTTTCTATTGATACAATCTTTT
456 TATTTCAAAATGTTATAACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTTT
* * * **
41698 TTGGAATAAAGAAATCCTAATTTATTAATATTCTAACAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAGTG
521 TTGGAATAAAGAAATCATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAGTG
* *
41763 AATCTATTGGCCTAACAAATGCAAATAGTTATACCGTTTGAACAATTGTCTACTTTAAATCGTTA
586 AATCTATT---CTAACAAATG--AATAGTTATACCGTTTGAACAATTATCTACTTTAAATAGTTA
* * * ** *
41828 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAATTTTGTTCATACAGGCTTATTGGAATAGCATAATT
646 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAATTTTGTTCATACAAGCTTATTGAAACAAAATAATA
* * * ** *
41893 CCAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCAAAC
711 CCAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAACCTATTTATCAAAC
*
41958 AATAAGAAATTTAAAAATTGAATTTGTTTATAAAACAATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
776 AATAAGAAATTTAAAAATTGAATTTGTTCATAAAACAATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
42023 ATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAT
841 ATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAT
42088 GATTATTTCTATTAAAATTATAGAT
906 GATTATTTCTATTAAAATTATAGAT
* *
42113 ATTTATTAATA-TTCAAACACTTAATAAGTAAAAGA-TTTCAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-T
1 ATTTATTAATATTTCAAA-ACTTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAAA-AAATCTATTTACTGAACT
* * * * *
42175 AAGTTTAAAT-AGTCGTGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATCA-CCTTTTGTGT
64 -AGTTTAAATAAGT-ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-AGCCTTTTATGT
** * * * *
42238 TGTCATAAAAAAATTATTT-TGGTTCATTTAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATTCTAATTTATT
126 TGTCATAAAAAAATTATTTAT-GTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATATAAT
* * *
42301 AATATTCCT-AAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAA
189 AATATT-ATGAAAATTAATAACTAA-AGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAA
** * *
42364 ATAGTTATTGCTATGTGAATAATTATCTATTTGC-AATTGCTA-GAACCTTTTGTTTCATCCTAA
252 ATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTT-CAAATTGCTATG-ACCTTTTGTTTCATACTAA
* *
42427 AA-AATTTTTTTTCTTT-TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATA-TT
315 AACAAATGTTTTTCTTTAT-ATA-AA-CTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTT
** * *
42488 TAGACA-ATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAATAAATCTATTTTTCGAA-CAAGTTCAAATAGT
377 TA-A-ATATTAATAAG---AA-ATT-AAAAAAATAAATCTATTTGCCAAATCAA-TTCAAATAGC
* ** * * *
42551 TATGACTATTTGAACATTTATATATTTC-AAATGTTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATT
434 TATAAAAATTTGAACAATTATATATTTCAAAATGTTATAACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
42613 GTTTCTATTCATATAAGT-TTATTTT-GAATAAA-ATAAT-ATAAATTTATTAATATTCCAAAAA
499 GTTTCTATTCATACAA-TCTT-TTTTGGAATAAAGA-AATCAT-AATTTATTAATATTCCAAAAA
* * *
42674 TTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-T-AAGTCTGTT-TATAGAACATG-ATCAGTTATGACTGTT
560 TTAATAAGTAACAAA-TTTAAAAAGTGAA-TCTATTCTA-ACAA-ATGAAT-AGTTAT-ACCGTT
* * *
42734 TGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTA-GACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT-GTTTCTAG
619 TGAACAATTATCTACTTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAATTT-T-G
*
42796 -TCATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAA
681 TTCATACAAGCTTA-TTGAAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAA
*
42859 AAGATTTAAAAAATAAACCTATTTA
745 AACATTTAAAAAATAAACCTATTTA
42884 CTGAGCAAGC
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 91, Indels: 75
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
931 5 0.01
932 86 0.13
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (930 bp):
ATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAAAAAATCTATTTACTGAACTAG
TTTAAATAAGTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAGCCTTTTATGTTGTCA
TAAAAAAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTA
TGAAAATTAATAACTAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAG
GCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTCATACTAAAACAAATGTTT
TTCTTTATATAAACTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTTAAATATTAATAAG
AAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCCAAATCAATTCAAATAGCTATAAAAATTTGAACAATTATA
TATTTCAAAATGTTATAACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTTT
TTGGAATAAAGAAATCATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAGTG
AATCTATTCTAACAAATGAATAGTTATACCGTTTGAACAATTATCTACTTTAAATAGTTATGACC
TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAATTTTGTTCATACAAGCTTATTGAAACAAAATAATACCAAT
TTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAACCTATTTATCAAACAATAA
GAAATTTAAAAATTGAATTTGTTCATAAAACAATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAC
CTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACATGATTA
TTTCTATTAAAATTATAGAT
Found at i:43518 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 42894--44378 Score: 1128
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
42884 CTGAGCAAGC
* * *
42894 TCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
1 TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
42958 TAGTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTGAGAGATTCAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
43023 ATGTTTACAGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATG
130 GTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** ** *
43075 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTT-TGTTCATACAAAATTATTTAG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-
* * **** *
43139 AATTAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGGAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
** * * * * * *
43200 TTGTTGTTTACCGAGCCAATTCAAACAGTTATTACTATTTCAATAGTTATCTATC
129 -TG-TGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * **
43255 TCAAATCATTATGA--TATTTATTTTGTCATAGAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA
1 TCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
43318 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTAAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
43383 GTGTTTACCTAATCAATTCAAATAGTTAAGACTAATAGCACAATTATCTATT
130 GTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * *
43435 TCAAATTGTTTTGAGCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATAATTTCAATTCACACAAACTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
* *
43500 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGGAAGCA-ATTTGAAAAAATAAA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTT-AAAAAATAAA
* * * *
43564 TTTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGATATGAATATTTGAACAATTATCTATT
129 TGTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * *
43617 TAAAATTATTTTAACATTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * * *
43681 AACAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-G
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * ** * * * * * *
43745 CTATTTTCTAAATTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCAAGCT
131 -TGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT
* * * * ** * *
43798 T-AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACCAGCTTATT-T
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
43859 AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATGAATAAGCAA-AAAGTTTAAAAATATA
65 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAA-ATA
* * * * * * * * ** *
43923 AATGTGTTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTTAAAATAATTATCTATT
127 AATGTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * **
43978 TCAAATCATTTTAACCTTTT-TTTTGTTATAAAGTAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
* *
44042 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTTGAAAAAATTAA
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTT-AAAAAATAAA
* * ** * * * *
44106 TCTATTTATTGAA-CAAGTTAAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATT
129 TGTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * * *
44159 TAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTTTAGTTAATAAAAGCTTATTGAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
44224 AATAAAAATAACACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGGTTT-AAAAATAAA
66 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * *
44287 TCAGTTTACTGAATTAGTTCAAGTAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTATT
129 TGTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
44340 TCAAATCGTAATTA-CTTTTATTTTTGTCATAAAACAATT
1 TCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT
44379 GTTTTTTAGC
Statistics
Matches: 1031, Mismatches: 232, Indels: 82
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 17 0.02
178 3 0.00
179 67 0.06
180 269 0.26
181 480 0.47
182 132 0.13
183 58 0.06
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
TGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
Found at i:44022 original size:542 final size:536
Alignment explanation
Indices: 42909--44398 Score: 1538
Period size: 542 Copynumber: 2.7 Consensus size: 536
42899 TAGTTATGAT
* ** * * * *
42909 CTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAGTAAAATAGTACTA
1 CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
42974 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGGTGAGAGA-TTCAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAAC
66 ATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGG-AAGA-ATTTGAAAAAATAAATATGTTTATC-GAAC
*** * * * *
43036 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATGTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
128 AAGTTCAAATAGT-ATGAATATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATT-TTAACTTTTGTTTTG
* * **
43101 TCATAAAACTATTGTTTT-GTTCATACAAAA-TTATTTAGAATTAAAATAATACTGATTTATTAA
191 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAACTTATTCA-AAAAAAAATAATACT-ATTTATTAA
*** * * *** *
43164 TATTTTGGAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTGTT-TACCGAGCCAATTCAAA
253 TATTTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATT-TTCTA---AATTAGTTCAAA
* * * * * * * * * * *
43225 CAGTTATTACTATTTCAATAGTTATCTATCTCAAATCATTATGATATTTATTTTGTCATAGAATA
314 TAATTATGACTATTTGAACAGTTATCTA-CTTAAATCGTTATGATCTTTATTTTTTCATAAAACA
* *
43290 ATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTAAAAAAAT
378 ATTGTTT-TTATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTAAAAAAAT
* * * * *
43355 TAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCTAATCAATTCAAATAGTTAAGACTAATA
442 GAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTAAGACTAATA
** ** * *
43420 GCACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAG
507 AAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAAC
* * *
43450 CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATAATTTCAATTCACACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* *
43515 ATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGGAAGCAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAA
66 ATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGGAAG-AATTTGAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA
* *
43580 GTTCAAATAGATATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTTTAACATTTTGTTTTGTC
130 GTTCAAATAG-TATGAATATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTTTAAC-TTTTGTTTTGTC
*
43645 A-AAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCAAAACAAAATAATACTATTTTATTAATATT
193 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCAAAAAAAAATAATACTA-TTTATTAATATT
* *
43709 TAAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTAAATTAGTTCAAATAATTAT
257 T-AAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTTCTAAATTAGTTCAAATAATTAT
** * *
43774 GACTATTTGAACAAATATCAAGCTTAAATCGTTATGATCTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
321 GACTATTTGAACAGTTATCTA-CTTAAATCGTTATGATCTTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTT
* * *
43839 TTGATCATACCAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATGAATAAG
385 TT-ATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTAAAAAAATGAATAAG
* * * * * ** *
43904 CAAAAAG-TTTAAAAATATAAATGTGTTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTTAAAATA
449 -AAAAAGATTTAAAAA-ATAAATGTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTAAGACTAATAAAACA
43968 ATTATCTATTTCAAATCATTTTAAC
512 ATTATCTATTTCAAATCATTTTAAC
* * **
43993 CTTTT-TTTTGTTATAAAGTAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
44057 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGAAG-ATTTGAAAAAATTAATCTATTTATTGAACA
66 ATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAG--GAAGAATTTGAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
* * * *
44121 AGTTAAAATAGTTAT-AATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTC
129 AGTTCAAATAG-TATGAA-TATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATT-TTAACTTTTGTTTTG
* * * * * *
44185 TAATAAAATAATTGTTTTAGTTAATAAAAGCTTATTGAAAATAAAAATAACACTACTTTATTAAT
191 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCAAAA-AAAAATAATACTA-TTTATTAAT
* * * * *
44250 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAA-TAAATC-AGTTTACTGAATTAGTTCAAGTAA
254 ATTT-AAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTTCTAAATTAGTTCAAATAA
* * * * *
44313 TTATGGCCATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTAATTA-CTTTTATTTTTGTCATAAAACAA
317 TTATGACTATTTGAACAGTTATCTACTT-AAATCGTTATGATC-TTTATTTTT-TCATAAAACAA
* *
44377 TTGTTTTTTAGCATACATGCTT
379 TTG-TTTTTATCATACAAGCTT
44399 CTTTGAAATA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 128, Indels: 53
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
540 1 0.00
541 131 0.17
542 381 0.48
543 167 0.21
544 84 0.11
545 29 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGGAAGAATTTGAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG
TTCAAATAGTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTTTAACTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCAAAAAAAAATAATACTATTTATTAATATTTAAA
AATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTTCTAAATTAGTTCAAATAATTATGACTA
TTTGAACAGTTATCTACTTAAATCGTTATGATCTTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTATCA
TACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTAAAAAAATGAATAAGAAAAAGA
TTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTAAGACTAATAAAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTTTAAC
Found at i:44039 original size:361 final size:364
Alignment explanation
Indices: 43491--44284 Score: 852
Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 364
43481 TTCACACAAA
* * * * *
43491 CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGGAAGCAA-TTTG
1 CTTATTGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAA-AAAGTTT-
* * * * **
43554 AAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGATATGAATATTTGAACAATTATCTATTT
64 AAAAATATAAATGTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGATAAGAATATTAAAACAATTATCTATTT
* * * *
43618 AAAATTATTTTAACATTTTGTTTTGTCAAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCAAAA
129 AAAATCATTTTAACATTTTGTTTTGTCAAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * * *
43683 CAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATTATTAAGCAAG-AGATTT-AAAAACTAAAGC
194 CAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAGAAGATTTGAAAAAATAAAGC
** * * *
43746 TATTT-TCTAAATTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCAAGCTT-AAATCGTTAT
258 TATTTAT-TAAACAAGTTAAAATAATTATAACTATTTGAACAAATATCAA-CTTAAAATCATTAT
* * * * **
43809 GATC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACCAG
321 GATCTTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTTAGATAATAAAAG
* * * *
43852 CTTATT-TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATGAATAAGCAAAAAGTTTAA
1 CTTATTGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAGTTTAA
* * * * * * * *
43916 AAATATAAATGTGTTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGATTGTTAAAATAATTATCTATTTCA
66 AAATATAAATGTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGATAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTAA
* * ** * * *
43981 AATCATTTTAACCTTTT-TTTTGTTATAAAGTAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
131 AATCATTTTAACATTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAAC
* * *
44045 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTGAAAAAATTAATCTA
195 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAGAAGATTTGAAAAAATAAAGCTA
* * * * * * *
44110 TTTATTGAACAAGTTAAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC
260 TTTATTAAACAAGTTAAAATAATTATAACTATTTGAACAAATATCAACTTAAAATCATTATGATC
* *
44175 TTTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTTTAGTTAATAAAAG
325 TTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTTAGATAATAAAAG
* * * * * *
44215 CTTATTGAAAATAAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAA
1 CTTATTGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAGTTTAA
44280 AAATA
66 AAATA
44285 AATCAGTTTA
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 71, Indels: 17
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 19 0.05
361 183 0.52
362 59 0.17
363 38 0.11
364 53 0.15
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (364 bp):
CTTATTGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAGTTTAA
AAATATAAATGTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGATAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTAA
AATCATTTTAACATTTTGTTTTGTCAAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAACA
AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAGAAGATTTGAAAAAATAAAGCTAT
TTATTAAACAAGTTAAAATAATTATAACTATTTGAACAAATATCAACTTAAAATCATTATGATCT
TTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTTAGATAATAAAAG
Found at i:44653 original size:241 final size:243
Alignment explanation
Indices: 44159--44625 Score: 511
Period size: 241 Copynumber: 1.9 Consensus size: 243
44149 ATTATCTATT
* *
44159 TAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTTTAGTTAATAAAAGCTTATTGAA
1 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTTTA-TAAATAAAAGCTTATTGAA
* * *
44224 AATAAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAATAAATC
65 AATAAAAATAACACTAATTTATTAATATTTC---AA-TAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATC
* * * * * *
44289 AGTTTACTGAATTAGTTCAAGTAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTAATTA
126 AGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTAATAA
* * * * *
44354 CTTTTATTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTAGCATACATGCTTCTTTGAAA
191 CTTTTAGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTTAGCATACAAGCTTCTTTCAAA
* * *
44407 TAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TCAACATACAAA-CTTATTT
1 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTTTAT-AA-ATA-AAAGCTTA-TT
* *
44470 G-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A-AGT-AGCAAGAGATTTGAAAAATAAATC
62 GAAAATAAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAATAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATC
* * * * * *
44530 TA-TTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
126 -AGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTAATA
*
44594 ACCTTTT-GTTATGTCATAAAGCAATTATTTTT
190 A-CTTTTAGTTATGTCATAAAACAATTATTTTT
44626 GTTCATACAA
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 26, Indels: 21
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
240 10 0.05
241 85 0.46
242 6 0.03
243 1 0.01
246 1 0.01
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249 6 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (243 bp):
TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTTTATAAATAAAAGCTTATTGAAA
ATAAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAATAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCAGTTT
ACTAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTAATAACTTTT
AGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTTAGCATACAAGCTTCTTTCAAA
Found at i:45148 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 44409--47327 Score: 2067
Period size: 180 Copynumber: 16.5 Consensus size: 180
44399 CTTTGAAATA
* * ** * *
44409 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-ACATACAAACTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTATACAAGCTTATTCGAA
* * *
44473 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC----A--AGT-AGCAAGAGATTTGAAAAATAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
44531 ATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTC
129 ATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * ** *
44583 AAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTCGA-A
* ** * * *
44647 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
44712 GTTTGCCAAACTA-TTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTC
129 ATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
44763 AAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTATACAAGCTTATTCGAAA
* * *
44828 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAAAAATT--T-A-TAAGAGATTT---AAATAATTCTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
44886 ATTACTGAACCTGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC
130 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
44937 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTTATAAAAGTTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
45002 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAAAAATTTATAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTCTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
45067 TTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTC
130 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
45118 AAATCATTATTA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTTATATAAGTTTGTTCGA
1 AAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAG-TTATACAAGCTTATTCGA
* *
45181 AATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
45245 TCTTGA-TCAAACAATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
128 TATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** *
45298 AAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTT-ATACAAGCTTATTCGAA
**
45361 ATAAAATAATACTAA--T-TT-A-A--T-----A--ACCAAG-AA-A-A-TTAAAAAATAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * *
45408 AATTGTTAATCCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCAATTTC
129 ATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * *
45460 AAATTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTT--GTTTGTACAAGCTTATTCGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAG-TTATACAAGCTTATTCGAA
* * * * * * *
45523 CTAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTTAAAAATGAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * * *
45588 TGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTC
128 TATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTCGAAA
* * * **
45706 TAAATTAATACTAATTTATTAACA-TT--AAAA--AA-AAGAAAGAGATTT-TTAAA-AAATCTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
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** * * * * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
45879 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * ** *
45944 TTTACTGAATTAGGTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC
130 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAG-TTATACAAGCTTATTCGAA
** * * *
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64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** ** * *
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129 ATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTC
* * * ** * * **
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTATACAAGCTTATTCGAAA
* * ** * *
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65 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * * * *
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128 TATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
46354 AAATCA-T-T---C--TT-ACTAGTCATAAAATATTTGCTTCA-TATCATACAAACTT-TTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-T-ATACAAGCTTATTCGAA
* * * ** * * *
46409 ATAAAATAATCCTAATATATTAA-AATTCAAAAAATTCGTAGGCAATAGATTTGAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
46473 CTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTCGAACAATTA-CT-TATTA
127 CTATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTC
* * * * * *
46526 AAATCATTATGACCTTTT-ATTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTCGAAA
* ** * *
46590 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAACCAATAGATTTAAAAAATAAATATA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * *
46655 TTT-TTGGAATAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTATATTTA
130 TTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
46706 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT-ACTAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTCGAA
* * * * * ** *
46770 ATAAAA-AATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGAGTTAAAAAGTGGATAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * ** * * ** * * *
46834 GTTTACTGAATTAGTTCAGATAATTAT-GGTCATTTCAATAACTATCTATTTC
129 ATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
46886 AAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTA-TTATACAAGCCTATT-GAAAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTATACAAGCTTATTCGAAAT
* *
46948 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * *
47013 TTA-T----C-G---AACTAG-T-T-CCTATTTGAATAATTA-CTTATTTC
131 TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC-TATTTC
* * * * * * * * *
47051 AAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAGAATAATTGTTTAAGTTCATATAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
47116 TAAAATGATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
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130 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
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1 AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-ATACAAGCTTATTC-GA
*
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63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
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Found at i:45197 original size:354 final size:354
Alignment explanation
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* * *
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* * * *
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* * * * **
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* * ** * *
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*** * * *
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*
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** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * **
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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* * * *** *
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* * *
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** * * * ** ** * * * * *
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1 AAATCATTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTAATCATAAAAGTTTATTTGAAA
* * * ** * *
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** * * * * ** * * * * * * *
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124 AATTA-CTAACCTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
** * * * * ** * *
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188 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTA
* * ** * *
45719 ATTTATTAACATTA-AAAAA---A-AGA--AAGAGATTTTTAAAAAATCTATTTATTAAAC-AA-
253 ATTTAATAATATTACAAAAATTCATA-ACTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * ** * * * *
45775 -ATGCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATATA
315 CATTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTC
** * * * * ** **
45814 AAATTGTT-TTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTAATACAAGCATATACGA
1 AAATCATTATT-AC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTA-ATCATAAAAGTTTATTTGA
* * * *
45877 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATT--T-AGTAAGAGATTT--AAAATAAATC
** * * * * * * *
45942 TGTTTACTGAA-TTAGGTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
123 TAATTACT-AACCT-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * ** * * *
46006 ACCTTTTGTTTAG-CTATAAAACCATTGTTTTTGATCATACAAGTTTATTCTA-AATAAAATAAT
186 ACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGTTTATTC-AGAATAAAATAAA
* *** * * * * * * * *
46069 ACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAGATATCT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAA
249 ACTAATTTAATAATATTACAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA
** ** * ** * *
46133 CTGGTTTGAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-
314 C-CATTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTAT-TTC
* * * * * * * **
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1 AAATCATTATTACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTT-TAATCATAAAAGTTTATTTGAAA
* * *** * * *
46237 TGAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGGGATTTCAAAAAAAAATGT
65 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATT--T-AGTAAGAGATTT--AAAATAAATCT
** * * ** * * ** * * *
46302 GTTTGTCAAACCAATTCAAATATTTAAAATTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCA-T-T---
124 AATT-ACTAACCTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
** * * * ** * * **
46362 C--TT-ACTAGTCATAAAATATTTGCTTCA-TATCATACAAA-CTT-TTCAAAATAAAATAATCC
188 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATA-AAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAC
* * * * * * * * * *
46421 TAATATATTAAAATT-CAAAAAATTCGTAGGC-AATAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
251 TAATTTAATAATATTAC-AAAAATTCATA-ACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAA
* * * *
46484 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT-TCGAACAATTA-CT-TATTA
313 ACCA-TTCAAATAATTAAAACTATAT-GAACAATTATCTAT-TTC
* * * * * ***
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1 AAATCATTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTAA-TCATAAAAGTTTATTTGAA
* * ** * *
46589 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAACCAATAGATTTAAAAAATAAATAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAA-T--TTAGTAAGAGATTT--AAAATAAATCT
** **** * ** * * * *
46654 -ATTTTTGGAATAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGA
124 AATTACT--AACCTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * *
46718 TCTTTTGTTTTGT-ACTAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATAA
187 CCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAGAATAAAATAA-AA
* * * * * * * ** * * ** *
46781 -TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGAGTTAAAAAGTGGATATGTTTACTGAAT
250 CTAATTTAATAATATTACAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * *** * * * *
46845 TAGTTCAGATAATT-ATGGTCATTTCAATAACTATCTATTTC
315 CA-TTCAAATAATTAAAACT-ATATGAACAATTATCTATTTC
* * * * **
46886 AAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTT-ATTATACAAGCCTA-TTGAAA
1 AAATCATTAT-TACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTAATCATAAAAGTTTATTTGAAA
* * *
46947 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATT--T-AGTAAGAGATTT--AAAATAAATCTA
* * * *
47011 ATT--T-ATC-G---AACTAG-T-T-CCTATTTGAATAATTA-CTTATTTCAAATCATTATAACC
125 ATTACTAACCTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * * * * * * *
47065 TTTTGTTCTATTATAGAATAATTGTTTAAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATGATACTA
189 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAG-AATAAAATAAAACTA
* * * * * * *
47129 ATTTAATAATATT-CCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAAGCAG
253 ATTTAATAATATTACAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCA-
* *
47193 TTCAAACAATTAAAACTATATGAACAATTAACTATTTC
317 TTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
47231 AAATCGTTATGATCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCACACAAGCTTATCTGA
1 AAATCATTATTA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTA-ATCATAAAAGTTTATTTGA
* *
47295 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAA
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAA
47328 TAATACATGA
Statistics
Matches: 1979, Mismatches: 443, Indels: 290
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AAATCATTATTACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTAATCATAAAAGTTTATTTGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTTAGTAAGAGATTTAAAATAAATCTAATTACT
AACCTGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAATA
ATATTACAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCATTCAAATAA
TTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTC
Found at i:45882 original size:877 final size:876
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Period size: 877 Copynumber: 2.8 Consensus size: 876
44509 AAGAGATTTG
* * * * * * *
44519 AAAAATAAATCTATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCA
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* * * *
44584 AATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAAT
66 AATTGTCATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATGTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * **
44649 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
131 AAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * *
44714 TTGCCAAACTATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTT
196 TTACCAAACCATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * *
44779 TTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATT
261 TTACTTTGGCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATT
* *** * * *** **
44844 TATTAATATTACAAAAATTTATAAGAGATTTAAATAATTCTAATTACTGAACCTGTTTAAATAAT
326 TATTAACATTACAAAAAAAGATAAGAGATTTAAATAAATCTAATTACTAAACAAATGCAAATAAT
* * * *
44909 TATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
391 TATAACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** * *
44974 ATTTCAGCTTATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAAAAATTTA
456 ATTTCAGCTTATAAAAGCATATACGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAA
* * * *
45039 TAAGTAAGATATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGA
521 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACTGAACCAGGTAAAATAATTATAACCATTTGA
* * * * * *
45103 ATAATTATTTATTTCAAATCATTATTA-CTTTCTGTTTTG-TCATAAAACAATTGGTTTTGTTTA
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* * *
45166 TATAAGTTTGTTCGAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGA
648 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
45230 TTTAAAAAATAAATCTCTTGATCAAACAATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTAT
713 TCT-AAAAATAAATCTCTTGATCAAACAAGTTTAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCAAT
45295 -TTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTCATCA-AACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATT
776 CTT-AAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCAT-ATAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATT
45357 CAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACCAAGAAAATTA
838 CAAAATAAAATAATACTAATTTAATAACCAAGAAAATTA
* *
45396 AAAAATAAATCTAATTGTTAATCCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCA
1 AAAAATAAATCTAATTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCA
* * ** * *
45461 AATTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-GTTTGTTTGTACAAGCTTATTCGGACT
66 AATTGTCATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATGTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* *
45525 AAAATAATGCAAATTTAATAATATTTTAAAAATGAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTG
131 AAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATGAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
45590 TTTATCGAACCAGTTCAAATGGTTAAAATTAT-TAGAATAATTATCTATTTCATATCGTTCTGAC
195 TTTACCAAACCA-TTCAAATAGTTAAAACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** * * * *
45654 CTTTTACTTTGGCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAATTAATACTA
258 CTTTTACTTTGGCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTA
* *
45719 ATTTATTAACATTA-AAAAAAAGA-AAGAGATTTTTAAA-AAATCTATTTATTAAACAAATGCAA
323 ATTTATTAACATTACAAAAAAAGATAAGAGA--TTTAAATAAATCTAATTACTAAACAAATGCAA
* * * **
45781 ATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATATAAAATTGTT-TTGACATTTTGTTTTGTCATAAA
386 ATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATT-ACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
45845 ACAATTTTTTTAG-TTAATACAAGCATATACGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTA
450 ACAATTATTTCAGCTT-ATAAAAGCATATACGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAA
* ** **
45909 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGGTAAAATAATTATGGCC
514 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGGTAAAATAATTATAACC
* *
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* ** *
46039 ATCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
644 ATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** *
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* * * * **
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774 ATCTTAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGGTTCT-ATTCATACTA--TT-TT
* * * * *
46233 CAGTTGAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAA-TAAGTAAGGGATTTCA
835 -A-TTCAAAATAA----AA--TAATACTAATTT---AA-TAACCAAG-AA---AATT-A
* ** * * * *
46291 AAAAA-AAATGTGTTTG-TCAAACCAATTCAAATATTTAAAATTAT-TAGAACAATTATCTATTT
1 AAAAATAAATCTAATTGCT-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCAATTT
* * ** * ** *
46353 TAAA---TCAT----TCTTACTA-GTCATAAAA-TATT-TGCTTCATATCATACAAACTT-TTCA
64 CAAATTGTCATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATG-TTTGT-TCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * ** *** * *
46407 AAATAAAATAATCCTAATATATTAAAATTCAAAAAATTCGTAGGC-AATAGATTTGAAAAAATAA
127 GAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATGAATA-ACTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
46471 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT-TCGAACAATTA-CT-TATTAAAATCAT
190 ATTTGTTTACCAAACCA-TTCAAATAGTTAAAACTATAT-GAACAATTATCTAT-TTCAAATCGT
* * * ***
46533 TATGACCTTTTA-TTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
252 TATGACCTTTTACTTTGGCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * * **
46597 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAACCAATAGATTTAAA-AAATAAATATATTTTTG
317 AAACTAATTTATTAACATTACAAAAA--AA-GA-TAAGAGATTTAAATAAAT--CTA-ATTACT-
* * * * * * * * *
46661 GAATAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATC-TTTTG
374 AAACAAATGCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATTA-CATTTTG
* * * * * *
46725 TTTTGT-ACTAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATAA-TAATT
438 TTTTGTCA-TAAAACAATTATTTCAGCTT-ATAAAAGCATATACGAAATAAAATAA-AACTAATT
* * * * ** * * ** * *
46786 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGAGTTAAAAAGTGGATATGTTTACTGAATTAGTTC
500 TATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGGTA
* *** * * * * * *
46851 AGATAATTATGGTCATTTCAATAACTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTG-TCATA
565 AAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCT-ATA
* * ** * *
46915 AAATAATT--TTTT-ATTATACAAGCCTATT-GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA
629 AAACAATTGGTTTTGATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* *
46976 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT
694 AAAATTAATAAGTAAGAGATCT-AAAAATAAATCT
47011 ATTTATCGAA
Statistics
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AAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
TTACCAAACCATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
TTACTTTGGCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATT
TATTAACATTACAAAAAAAGATAAGAGATTTAAATAAATCTAATTACTAAACAAATGCAAATAAT
TATAACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
ATTTCAGCTTATAAAAGCATATACGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAA
TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGGTAAAATAATTATAACCATTTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCTATAAAACAATTGGTTTTGATCATAC
AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATCT
AAAAATAAATCTCTTGATCAAACAAGTTTAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCAATCTTAA
ATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATTTAATAACCAAGAAAATTA
Found at i:46275 original size:178 final size:181
Alignment explanation
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* * * * *
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*** * * ** * * * *
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129 AGATCTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGGT-AAAATAATTATGACCATT
* * * * ** * * * * *
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1 TGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCT-ATAAAACAATTGTTTCT-GA
* ** * * *
45859 TAATACAAGCATATACGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA
64 TCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
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* * *
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1 TGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCTATAAAACAATTGTTTCTGATC
* *
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** * *
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131 ATCTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGG-TAAAATAATTATGACCATT
* * *
46156 TGAACAATTATCAATCTT-AAATCATTATGA-TTTTTGTTTTG-TCATATAACAATTGTTTCTGA
1 TGAACAATTATCAAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCT-ATAAAACAATTGTTTCTGA
* * ** * *
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* * * * * ** * * ** **
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* * * * * * * * *
46336 AGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTTA-C--TAG--T--C-ATAAAATATTTGCTTCAT-AT
1 TGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCTATAAAACAATTGTTTC-TGAT
** * * * * *** ** * * *
46392 CATACAAACTT-TTCAAAATAAAATAATCCTAATATATTAAAATTCAAAAAATTCGTAGGCAATA
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* * * * * * * *
46456 GATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
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* * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * * ** * * ** *
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* * * * *
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* * * ***
46750 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
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* * ** * * * * * * **
46814 GTGAGT-TAAAAAGTGGATATGTTTACTGAATTAGTTCAGATAATTATGGTCATT
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* * * * * * * *
46868 TCAATAACTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATT-TTT-T-AT
1 TGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCT-ATAAAACAATTGTTTCTGAT
* ** * * ** *
46929 TATACAAGCCTATT-GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGA
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* * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * ** *
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* * * * * ** * *
47159 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAAGC-AGTTCAAACAATTAAAACTATA
128 GAGATCTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CTAGGTAAAATAATTATGACCATT
* * * * * * * *
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* * *
47277 TCACACAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT
64 TCATACAAGTTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
47324 CAAATAATAC
Statistics
Matches: 1324, Mismatches: 284, Indels: 185
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
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171 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCTATAAAACAATTGTTTCTGATC
ATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAG
ATCTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGGTAAAATAATTATGACCATT
Done.