Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167839.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_110, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * *
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* ** * *
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* * * **** ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 ACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * *
6259 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAATCAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
65 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
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128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
*
6377 ACTTATTAATTGTTT-CAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGA
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** * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
6622 CTAAAATAATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
64 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * *
6686 AGTCATTACAATTTGATGTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAGAT-TTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTT
* * * *
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* * * ** * * * *
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*
6867 AGTCATAACTATTTGAAC-TGCTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
6917 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTAT-TGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAA
** * * *
6978 CATAAACCTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCACA
64 CA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * *
7042 TAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAATCTCTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
7096 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTAGTTTA-TTCTTAATAAGCTAGTATGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * *
7159 TTGAAAATTATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
64 --CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
7224 TAGTCTTAACTATTT-AA-TGGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *** * *
7277 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATCAGTATTATTTTATTTTGCACAAGCTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *** * * * * *
7342 TAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGGTTTGAAGTATACAATTATTCAAATAA
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
7407 TCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-T
130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
7457 --TT-TTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATG--A
* * * * * * * *
7518 AAAACAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGGAATGGATAATTGTTGAAA
63 ACAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * *
7583 TGGCCATAATTATTTAAAC-TGATTTTATAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
7633 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCACTACTTTATTTCAAGTAAGCTTATATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * * * *
7698 AAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATATAATTGGTCAAATAG
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* * * *
7763 TCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* **
7814 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTT-GGATAAGCTT-TAATGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAA
** * * * * *
7877 CTGGAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTCCAAA
64 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAA
* * * * *
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127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* * * * * * *
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1 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-
* * * * * * * * * *
8059 ATAAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAACAAATAATTATTCTAAT
63 ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * *
8124 AGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTTGGAAAACACATTTATTTTCTAAATCTCTT
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* * ** * **
8178 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-
** *
8423 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
8488 CCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACCGATTTATTTTTT--A------
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** *
8531 A--T-TT-A----GGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTATCTAAGCTTGTATTAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-
** * * * * * * *
8586 TGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGTTTATAATGATTTTAAATAGATAATTCTTAAAATA
64 CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *
8651 ATAATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * * * *
8703 TCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-
** ** * * * ** * **
8767 TGAAACAATTGTTTTA--ACTCAATAAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATA
64 CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
8830 -TCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACA-AGTTTA-TTTTTAAATCTCAT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * **
8880 ACTTAATAATTTTTAAAACATT-TTAAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTACAAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * *
8943 CAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATTGATAATTGTTCATATA
64 CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** * * *
9008 GTCTTAACCATTTGAACTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCAT
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * ** * * ** * * *
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
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66 -AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
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129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * ** * *
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1 ACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
9301 CAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
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* * * * * * * *
9366 TAGTTATAATTATTTAAACTAGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * **
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * * **
9481 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCGTATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
9546 TCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTTTTTAAA--TCTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *
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1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
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* * * * *
9721 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTA-TTTTTAAA--T-GT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
*
9770 -CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAGCTTGTAT
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9828 ATTGAAATAA
Statistics
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0.76 0.16 0.07
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6715 ACATATTTAT
* *
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6748 TTTTTAA-ATTTTTAATAAATTAA
1 TTTTTAAGATTTTTAAT-AATTAA
6771 T
1 T
6772 ATTATTTTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
22 8 0.38
23 13 0.62
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8353 CTGTTACTTA
** * * * *
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* ** *
8428 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTAAAATAACAATA
* * *
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* **
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* * * * * *
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** *
8654 ATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT
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8692 TT
1 TT
8694 TAATCTCTTT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 25, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
163 1 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (165 bp):
TTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAATCAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTAAAATAACAATA
ATTATTTAAACTAATTCAGTAAACAGATTTATTTT
Found at i:9646 original size:177 final size:174
Alignment explanation
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8518 GATTTATTTT
* ** *
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* * * * * ** * * * * **
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64 TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * * * * *
8656 AATTATTTAAACTTGTTCAGTA-AATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTA
129 AACTATTTGAACTAGTT-TG-ACAA-ACAATTA-TTTTTTAA-ATC--TCTTA
** * * * * * *
8708 TTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
1 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAT
* * * * * **
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* * * *
8833 TAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAGTT-TATTTTTAAATCTCATACTTA
128 TAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAA-TTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTA
* * * * * ** ***
8885 ATAATTTTTA-AAACATT-TTAAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAACAAAA
1 TTAA-TTTTAGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTGAAA
* * * * * *** * *
8948 CAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTT
64 TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * * * * * *
9013 AACCATTTGAACTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCATGGTTA
129 AACTATTTGAACTAGTTTGACAA--ACAATTATTTTTTAA--ATC-T-CTTA
* * * * ** * * *
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1 TTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTAT-GATTGAAA
* * * * * ** * * *
9129 CAATT-TTTTGCTGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATACTTATTCAAATAGTCA
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* * * * **
9193 AAACTATTTGAAATAGTTTGGCAAGCAGA-T-TTACTTAAATCTCTTATTGA
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** ** * * ** * * *** *
9243 TTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTACAATTTTATTTCAAACAAATTTATATTAACAAAAAC
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*
9308 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TA
65 AATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-
* * * *
9372 TAATTATTTAAACTAGTTTAGTA-AATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA
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* * * * *
9421 TAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAAT
1 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-TTGAAAT
* * * **
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130 ACTATTTGAACTAGTTTGACAAACA-ATT-ATTTTTTAAATC-T-CTTA
* * * * ** *
9600 TTAATTTTAG-AATCTT-ATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAAT
* * * * *
9663 AAAT-TTTTATAATAGAAA-AAAAGAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
65 AATTGTTTTATGATA-AAACAAAAG-GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* *
9726 TAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAATAGATT-TATTTTTAAATGTCTTA
128 TAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAACA-ATTAT-TTTTTAAATCTCTTA
*
9774 TTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAGCTTGTAT-ATTGAAAT
1 TTAATT-TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTGAAAT
9836 AA
65 AA
9838 ATAATTGCTC
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 200, Indels: 119
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 7 0.01
174 10 0.01
175 23 0.03
176 81 0.09
177 219 0.25
178 188 0.22
179 128 0.15
180 76 0.09
181 132 0.15
182 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATTGAAATA
ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAA
CTATTTGAACTAGTTTGACAAACAATTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:9850 original size:131 final size:133
Alignment explanation
Indices: 9698--9960 Score: 392
Period size: 132 Copynumber: 2.0 Consensus size: 133
9688 TTAGAACAAT
* *
9698 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAATAGATTT-AT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAATAGATTTAAT
** *
9760 TTTTAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA-AAAGCT
64 TTTTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAA-CT
9823 TGTATA
128 TGTATA
*
9829 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTAATTT
* *
9894 TTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTGT
66 TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTGT
9959 AT
131 AT
9961 GAACAAAAAC
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 8, Indels: 8
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
131 52 0.44
132 55 0.46
133 9 0.08
134 3 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (133 bp):
TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTAATTT
TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTGT
ATA
Found at i:10121 original size:308 final size:306
Alignment explanation
Indices: 9521--10110 Score: 686
Period size: 308 Copynumber: 1.9 Consensus size: 306
9511 TCATAACAAT
* ** * * * * *
9521 TTGAAATAAATAATTGTTCGTATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAGATTCAATTT
* * * * * * * *
9586 TTAAATCTTAGTTATTAATTTTAGAATCTTATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTT
66 TTAAATC-TACTTATTAATTTTAGAATATTAATAATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTGT
* * *
9651 ATGAACAGAAACAAATTTTTATAATAGAAAAAAAGAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
130 ATGAACAAAAACAAATTTTTATAACAGAAAAAAAGAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* *
9716 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTAAATGTCTTATTAATTC
195 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAGAATTATTTTTAAATGTCTTATTAATTC
*
9781 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAGCTTGTATA
260 TTGAAATATTAATAAA-TAGTATCATTTTATTTCAAAAAGCTTGTATA
* * *
9829 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAGATTCAATT
*
9893 TTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTT
65 TTTAAATCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATA-ATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTT
** * * * **
9957 GTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACA-AAACAAA-AGTTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
128 GTATGAACAAAAACAAAT-TTTTATAACAGAAAAAAAGAGTT-AGAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
10020 TATTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
191 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GCAAACAGAATTA-TTTTTAAA--T-GT-C
*
10084 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
250 TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAT
10111 TCATTTTATT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 37, Indels: 18
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
306 13 0.06
307 15 0.06
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312 2 0.01
313 26 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (306 bp):
TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAGATTCAATTT
TTAAATCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTGTA
TGAACAAAAACAAATTTTTATAACAGAAAAAAAGAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAGAATTATTTTTAAATGTCTTATTAATTCT
TGAAATATTAATAAATAGTATCATTTTATTTCAAAAAGCTTGTATA
Found at i:10144 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 9829--11489 Score: 1029
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 179
9819 AGCTTGTATA
* ** * * * *
9829 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTCG-TAAACAGAATTATTT
* * * * * *
9893 TTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* *
9954 CTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGAT
129 CTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATAATGAT
* *
10006 TTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTAGTTACGTAAACAGAATTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-CGTAAACAGAATTATTTT
* *
10071 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAT
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * * *
10135 CTAGTATGAATTTAAAAAAAAAAACTTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGAT
129 CTAGTATG-----AACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGAT
* * * *
10193 TTGAAATAGATAATTATTC-TATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCG-ACAA-AGAAATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGTA-AACAG-AA-TTATT
* * * * * *
10255 TTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATA
63 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * *
10320 AACTTGCACGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGAT
127 AGCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGAT
* * ** * * * *
10374 TTTAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAG-CCAGTAAACAGATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTC-GTAAACAGAATTATTT
* * * *
10438 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATCAGTATTATTTTATTCTAAATAAG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * ** * *
10503 --A-T-TGAACTTTAAAATAAAATTGTTATATAATGAATCAAAAGGTAATAATGAT
129 CTAGTATGAAC---AAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGAT
* * * * * * * *
10555 TTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAA-TGGAATTCGACAAACAG-ATTCAC
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--AGTTCG-TAAACAGAATT-AT
* * * *
10618 TTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTTATTTTATTTCAAAT
62 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAAT
* * ** * * *
10683 AAGCTTGTACGAACTGAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
126 AAGCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGAT
* * * * * * * **
10738 TTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACTACTTCAACAAACA-AATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GTAAACAGAA-TTATTT
* * * * * *** *
10802 TTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAT
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * * * *
10866 GCTTA-TATAAACTAAAAC-ATTATCTTATAACATAACAATAGGTTAT-A-GCAA
128 GC-TAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTTATAATG-AT
* * *
10917 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC----CG-A-T--TTAGTAAACA-AATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGTAAACAGAA-TTATTTT
* * * * *
10970 TTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGC
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
** * *
11035 TTA-TATGATGAAAAACAAATGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGAT
130 -TAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATAATGAT
* * * * * * * *
11086 TTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAA-TCGATTTGATAAACTGACTTAAT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-TTCG-TAAACAGAATTATT
* * * * * * *
11149 TTTTAAA-CATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCGAAT
63 TTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAAT
* * * ** * * * *
11212 AAGCT-TTTTCAAACTGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTAT
126 AAGCTAGTAT-GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGAT
* * * * * * *
11267 TTTAAATAGATAATTATTTAAATCGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGTAAACAGAATTATTTT
* * * * * * * *
11332 TTAAAATTTCTT-GTGTATTGATGTTCT-ACATGTTAA-AAATTAGTATCATTTTATTTCAAATA
65 TT-AAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * *
11394 AGC-ATGTATGAGCTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGGT
127 AGCTA-GTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGAT
* * **
11448 TT-AAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTTGAACT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACT
11490 GATTCTATAA
Statistics
Matches: 1151, Mismatches: 253, Indels: 156
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 84 0.07
168 20 0.02
169 24 0.02
170 2 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
176 6 0.01
177 61 0.05
178 2 0.00
179 27 0.02
180 57 0.05
181 418 0.36
182 193 0.17
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184 9 0.01
185 6 0.01
186 61 0.05
187 87 0.08
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGTAAACAGAATTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
AGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTATAATGAT
Found at i:10753 original size:364 final size:364
Alignment explanation
Indices: 9901--10857 Score: 1027
Period size: 364 Copynumber: 2.6 Consensus size: 364
9891 TTTTTAAATC
* * * * * *
9901 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAACT
* * *
9966 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAG
66 AAAACA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
10031 TCATAATTATTTGAACT-AGTTACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
130 TCATAACTATTTGAACTAAGTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* *
10095 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTTAAAAAAAAAAA
194 TGAAATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGTATGAATTTAAAAAAAAAAA
* * * * *
10159 CTTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTATAGTCTTAAA
257 CTTATATAATGG-AAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTATAGCCATAAA
* * * * *
10224 TATTTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTT
321 TATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTT
* * * * * * *
10268 AGTTATTAATTTTTGGAAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGCACGAA-
1 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAAC
* * * * * * **
10332 TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTTAAGTTTATAATTGTTCAAAT
65 T-AAAA-CATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
10397 AGTCAAAACTATTTGAACTAAGCCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * **
10462 TTGAAAGATTAGTAAATCAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GA-T-TGAACTTTAAAATAAAATT
193 TTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGTATGAA-TTTAAAAAAAAAAA
* * *
10524 GTTATATAAT-G-AATCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAC-ATGGCCATAA
257 CTTATATAATGGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT--CTATAGCCATAA
* *
10586 TTATTTGAA-TGGAATTCGACAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTT
320 ATATTTGAACTGG--TTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTT
* * *
10632 ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAAC
* * * * *
10697 TGAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATA
65 TAAAAC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** ** * * * *
10762 GTCTTAACTGTTAGAACTACTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATGTT
129 GTCATAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
10827 T-AGAATATTATTAAATTAGTATTAATTTATT
194 TGA-AATATTAATAAATCAGTATTATTTTATT
10858 TTGAATATGC
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 89, Indels: 31
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
362 39 0.08
363 31 0.06
364 199 0.41
365 20 0.04
366 1 0.00
367 16 0.03
368 177 0.36
369 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (364 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACGAACT
AAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGTATGAATTTAAAAAAAAAAACTTA
TATAATGGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTATAGCCATAAATATTT
GAACTGGTTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTT
Found at i:11897 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11545--13497 Score: 1631
Period size: 180 Copynumber: 10.9 Consensus size: 181
11535 AATATTTTGC
* * * ** **
11545 TCTGAATAAGCTAGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATGAAGA-TCATAATGATTTG
1 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTG
* * * * *
11609 AGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TTGGTTC-GATAAATAGATTT-TGTTT
66 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACATATTTAT-TTT
11671 TTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
128 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
11721 TCTGAAT-AGTTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAGTGTCATAACTATTT
1 TCTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTT
* * * ** * *
11785 GAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTT
65 GAAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTT
***
11849 TAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
129 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * *
11902 TTTGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAACTATTTTATGAGAAAACAAAGTA-TCATAACAATTT
1 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAG-AGTCATAACAATTT
* *** * *
11966 GAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ACCT-AGGTAAATAGATTTATTTT
65 GAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTT
*** * *
12028 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTATTTTAT
128 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
12082 TCTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTT
1 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAG-TCATAACAATTT
* * * ** * *
12146 GAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTATTTTTA
65 GAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT
12211 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
130 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
12262 T-TGAAAAAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATATTTT
1 TCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTT
* * * * *
12326 GAAATATG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACATATTCA-TTTT
65 GAAATA-GATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTT
* * * *
12389 TAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
129 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
12441 T-TCAGATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATTGTTTTACT-ATAAAAAAAAG-GTTACAATAATT
1 TCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAGAGTCATAACAATT
* * * * * * *
12503 TTAAATAAACAATTA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAGAAAACATATTTATTTT
64 TGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTT
** * *
12567 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAAT
128 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAT
*
12622 TC-GAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGAGTCATAACAATTTG
1 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTG
* ** **
12685 AAATA-ATTAATTA-TTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTCAGCGAACATATTTATTTTT
66 AAATAGA-TAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTT
* * *
12748 TAAATCTTTTAATTATTAATTGTCTT--AGTATTAATAAATTTGTATTACTTTTAT
129 TAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
** * * ** * * *
12802 T-AAAGATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAA-AGGTTATAGCAATT
1 TCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATT
* * * * * * *
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* * * *
12929 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTATTATTATTTTAT
128 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
12983 TTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAG-GTCATAA-AAGT
1 TCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGAGTCATAACAA-T
* * * * * * *
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** * * *
13109 TTGAAAAT-GTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
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* * * * * *
13164 TCTGAATAA-CTTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATAATAGAAA-AAA-AATCATAATAATT
1 TCTGAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAGAGTCATAACAATT
* * ** * *
13226 TGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGGTAAATAGATTTATTT
64 TGAAATAGATAATAG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTT
* *
13289 TCTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA-T-TTTTAT
127 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * * **
13338 TCTAAACAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAA-AGGTCATAATGATTT
1 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAACAATTT
* * * * *
13402 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAAC-TGATT-AGGTAAACA-AGATTATTT
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* * *
13464 TTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATT
127 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
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Statistics
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* *
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* * * ***** * *
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* * *
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** * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * *
12583 TTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATT
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* * * *
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* * ** *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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1 TGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACAA-TTTG
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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**** * * *
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* *
13298 --CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA-T-TTTTATTC
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* * * * * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * ** * **
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128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTAGTA-TTATT--TTATTCTGAATAAGC
* * * * *
13528 TATTAAGAAATTAG-TACTATTTTATTT-TGATAAGCTTTTATGAACCGAAATAATTGTTTTATA
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* * * ** * * * * *
13591 TTAAAACAAAAGTTCATAAT-GAT-TTTAAAT-AAATAATTATTCAAATACTCAT-AAC-TGTTT
233 -T--AAC--AATTTGA-AATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-T-AACTA-T-TTGAACTTGTTC
* * * * *
13651 AAACTTGTTTGGTAA-ATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTA
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**
13714 ATAAATT-TGGATTATTTTATGC
339 ATAAATTAT--ATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
13736 TGAATAAGCTTGTAAG-TTATGAAACAAATATTTTATGACTAAGCAAAAGCTAAAAAACTATTTG
1 TGAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGAT-CATAACAATTTG
* * * * * * * *
13800 AAATAGATAATTATTCTAATA-ACTTTAACTATTTGAACTGGTTTA-GTAAATACATTTATATTA
63 AAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC-AG-TTAGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * * * *
13863 TAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAAT-TGAATAACC
125 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCTGAATAAGC
** * * * ** * *
13927 TTTTATGACCA-AAATCAATT-ATTTTATTACAAAAC--AAAGATCTCAATGATTTGATATTGAT
189 TTTTATGAATAGAAA-CAATTGA-TTTATGATAAAACAAAAAGATAT-AACAATTTGAAATAGAT
* * * * * ** * ** *
13988 AATT-TTC--TTGGTTATTAA--GTTTCAAAATATT-ATTAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAA
251 AATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATA-T-TTATTTT-TT--AAA
* * ** * * * ** * *
14046 TACAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTGATGACA-AAATAAA--AGGTTATAATGA-TT
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* * *** * * * ******* * * *
14103 TGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAT-AT-TCACT
1 TG-AATA-A-ACTTGTATGAATAG-AAACAATTATTT--TATGACAAAACAAAGATCATAACA-A
* *** * * ** * * *
14165 TTTTAAATCTCTTAGTAATT--AATTTTC-TAAATATTAAT-AA-A-TTA-GT-ATTA-TTTTAT
59 TTTGAAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT--TGAACAGTTAGGTAAATAGATTTAT
*** * * * *** *** * * ** * * *
14221 TTCAAACAAGCTTATA-TTAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTACTA-ATGATT-T
121 TTTTTA-AATCTTTTACTT-AT--TAATTTTTGGAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * ** * * * ** * *
14283 GAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATCTGAACTGGTT-TGGTAATAGAATTA-TTTT
181 GAATA-AGCT-TTTA-T-GAATAG--A-AACAAT-TG-A-T--TTATGATAAAACAAAAAGATAT
* * * * * ** * *
14345 ATA-AATCTCTGACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATGCG
234 A-ACAAT-T-TGA--AATAGA----T-AATTGTT--CAAA-TAGTCATA-ACTATT-TGAA----
* *** * *** * *
14409 CTTGTATGAGCTGAAATAAA-AGTA-TAACACTTTGAATAAATAA-TTGTTCATATAGTCTT-AA
280 CTTGT-T---C--AAA-AAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT-A-AT--TTTTGAA
* * *** *
14470 CTATTTGAACAAA--A-AGTTATAACAATT
333 ATA-TT-AATAAATTATA-TTATTTTATTT
** ** * *
14497 TGAAATAAA-TAAATGT-T-AATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AATTTGTATGAACT
1 TG-AATAAACT---TGTATGAATAGAA--ACAATTATTTTATGACAAA-ACAA--AG-AT-CA-T
* * * ** * * * * * **
14557 GAAACAA-TT--ATTATATGATTAAACAAATGGTTA-AAATGATTTGAAATAGATACTTATTCTA
54 --AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTG-AACAGTTAGGTA----A
* *
14618 ATAGTCTTAATTATTCGAACTGGTTCGTTAGACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
111 ATAG-----A-T-TT---A-T--TT--TT-TA-A-A--T-CTTT-T--A---CTTATTAATTTTT
* * * **
14683 AGAATATTATTAAATTATTATTATTTTA-TCCAAATAAGC----ATG-ATCAGAAACAATT-ATT
149 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGA-T
* * ** * *
14741 TTAAGAGAAAAC--AAAGATCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTAT
212 TTATGATAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
14803 TT-AAATTGATTCGAAAAATAGT-TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
275 TTGAACTTG-TTCAAAAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
14866 AGTAAAGTAGTATTACTTTATTT
338 AATAAATTA-TATTATTTTATTT
* * ** * * * * * * ***
14889 CGGATAAGTTTCTATGAGTTGAAACAACTATTTTATGATCGAAGAAAAGAAAAGGTCATAATGGC
1 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-C----AAAA-CAAAGATCATAA-CAA
* * * * * * * *
14954 TTT-AAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAAT
59 TTTGAAATA---A-A-TAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-AGTTAGGTAAATAGAT
* * * ** *
15017 TTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAACTTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCGTTT
117 TTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * *
15081 TGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAAAC-AAAAGGTCAGAACAATTTGA
180 TGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGA
* * ** * **
15145 AATAGATAATTGTTCTAATGGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTTACCAAACATATTTATTTTTTA
244 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTA
* * * * *
15209 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT
308 AATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
** * * * * * * * *
15262 TGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGA
1 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAA
* ** ** *
15327 TAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCA-AAAAATAGATTTA-GTTTTAA
66 TAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAG-TT-AGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* ** * * * *
15389 ATC---T-CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAA--TTTT
128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTT
* * * * * * *
15448 GCATAAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAA-GAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATT
193 --ATGAATAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * ** * *
15512 GTTCAAATGGACA-AGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-AC
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* * *
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** * * *
15618 AAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
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* * ** * * *
15683 ATAAATACTTGTTCATCCT-GTCATAACTATTTGAACTTGCTCA-GTAAATAAATTTATTTTTTA
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* * * *
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* * * * * * * * *
15810 TGTT-CGAACAGAAACAATTGGTTGATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAA
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* * * * *
15873 TTGTTTAACTAATAATAA-TATTTGAA-TGTGTTTTATAACAAA-ATAGTCTTAACTATTTGAGC
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* * * *
15935 TAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAAT
303 T--TTT-------A-A---ATCTC--T--A------ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * *
16000 TAGTATTACTTTAATC
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* * * * * * * * *
16016 TAAATAAGCTGGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAGCATAACGATTT-AA
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* * **
16080 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTA-GTAAATAGATTTAGATTTTA
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*** * * * * *
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* * * * ** *
16203 TACATGAACAGAAACAATTGTTTTATCACAAAAC-AAAA-ATCATAATGATTTGAAACAGATAAT
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* * * * *** * *
16266 TATTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTGTTCTGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-AC
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* * *
16330 CTATTAATTTTT-AGAATATCAATAAATTTGTATTATTTTATTT
318 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT
* * ** *
16373 TGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
1 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAA
* * * * * *
16438 ATTAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC--TTACGTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
65 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGTTA---GGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * *
16501 AATATTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATACGCTT
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* * * * * *
16565 TTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAAC-AAAAGGTGATGACTATTTGAAATAGATAATT
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* * * * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * * *
16862 AATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCT
127 AATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * *
16926 ATATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATGAAAC-AAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTAT
191 TTATGAATA-GAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** *
16988 TATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TATAC
254 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTA-AC
* * ** * * * * *
17052 TTATTAACTGTCAAAATACTATTAAACTAATATTATTTTAATC
318 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT
* * * * * * * * **
17095 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
1 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAA
* * * * * *
17160 ATAAATATTTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTCAACAGATTTATTTTTCAA
65 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--AGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
17224 AT-TTTTCGCTTATTAATTGTCT-AAATGA-TAATAACTTTGTATTATGTTAAT-TGAAATAAGC
128 ATCTTTT-ACTTATTAATT-TTTGGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGC
* * * * * * **** *
17285 TTATAAGAATAGCAAAAAATT-ATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGGGGATTTGAAATAGGTA
189 TTTTATGAATAG-AAACAATTGA-TTTATGATAAAACAAAAAGATATAACAATTTGAAATAGATA
* ** * * * *
17349 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
252 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAA
* * *
17414 TTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTT
317 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
* * * * * * * **
17458 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTGTGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAA
1 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACAATTTGAA
* * * * * ** ** * *
17523 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAACGGATTCATTATTTAAA
65 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
17588 TATATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TCAAATAAGAC-TG
129 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAG-CTTT
* * * ** * * * * * *
17651 TATCAATAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAATGGTCATAACGATATGAAGTAAATAATTG
192 TATGAATAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * **** *
17715 TTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT--CTTA
256 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTA
** *
17776 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
321 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT
* * * * * * * ** **
17816 TAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTACAACAAAACAAA-AGTACATAATTATTTGA
1 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-T-CATAACAATTTGA
* * * * ** * * *
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64 AATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC-AGTT-AGGTAAATAGATTTATTTTTT
** * *** * * *
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** * * * *
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* * * * **
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* * *
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* ** * * * **
18176 TAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGA
1 TGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGA
* * * * * ** * * * * *
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64 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAG-TTAG-GTAAATAGATTTATTTTTTA
** * * * * * * *
18304 AAT-TTCCAAATT-TTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCT
127 AATCTT-TTACTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* * *
18367 TTTATGAA-ATGAAACAATT-ATTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGAT
190 TTTATGAATA-GAAACAATTGA-TTTATGATAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGAAATA-GAT
* * * *** * *
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251 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTAT-TTTTTAAATCT-C
** * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TGAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGA
* * * ** * * * *
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64 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAG-TTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* ** * ** * ** * * * *
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128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-
* * * *
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192 TATGA-ATAGAAACAATTGATTT-ATGATAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * *
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254 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAAC
* *
18852 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
318 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
** * * *
18895 TGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAA-GATTTAAA
1 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAA
* * * * * *
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*
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128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTT
* * ** *
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* * * * * * *
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* * *
19210 TAATCTTTGGAATATTAGTAAATTCATATTATTTTA-TT
322 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT
* * * * * * **
19248 CGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGGCAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA
1 TG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAA
* ** * *
19313 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAATTTGTTTA-GTAAACAGATTCATTTTTTAA
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* * * * * *
19376 ATCTCTTAGTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTT
128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
19423 ATTTCGAATA
Statistics
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TTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTT
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13449 TAAACAAGAT
13459 TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAA
* *
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13528 TATT
1 TATT
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Statistics
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TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAA
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14502 TAAATAAATG
** * *
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*** * *
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* * *** * ** * *
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* ** * * * ** *
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* * *
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* * * * * ** * * * * **
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA-C
* *** * * * **
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65 ----AAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAA-A--TAGA-TAATTGTTCAAATGGTGTTAA-CTA
* * * *
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** * * * **
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* *
15121 AAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGTGTTAACTATTTGAA-TTGG
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* * *
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* * ** * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * * * * * **
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * ***
15477 AAAGAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG-ACAAGACTATTTGAACTTG
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* *
15541 TTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
130 TTT-ACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* *** * *
15593 TTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * * * **
15658 AAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTC--ATCCTGTCATAACTATTTGAACTT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGT--TAACTATTTGAACTT
* * * * *
15721 GCTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
129 GTTTACTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * * *
15775 TGAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGAATACACATGT-TCGAACAGAAACAATTGGTTGATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-GAATAGAAACAATTGGTTTATGAC
* * * * ** **
15839 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAA-TATTTGAA-TGT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACT-T
* * * * * ** ** * *
15902 GTTTTA-TAACAAAATAGTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTAA-A
129 G-TTTACTAA-ACAA-A-T-TT-A-TTTTTTA---AATCT--CTTACTTA-TTAATTTTTGAATA
* * * * * * * * * ** * * *
15965 TCT-CTTACTTATTAATT-TTTAAAATATT-ATTAAA-TTAGTATTACTTTAATCTAAATAAGCT
1 T-TAATAAATTAGT-ATTATTT--TATTTTGAATAAACTT-GTATGAATAGAAAC--AAT-TGGT
* * * * * * ** *
16026 GGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAGCATAACGATTTAAGATAGATAATT
58 -TTATG-ACA-AAACAA------AAGGTC---AT-AACAA-TTTGA-------A-ATAGATAATT
* * ** * * * **
16091 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTTAGTAAATAGATTTAGATTTTAAA--TC-T-CT
101 GTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTG-TTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
**
16151 TATTAATTTTCAAAATA
165 TATTAATTTT-TGAATA
* * * * ** ** * * *
16168 TTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTTATTAATTTTACATGAACAGAAACAATTGTTTTATCACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* ** * * * *** * *
16233 AAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTGT
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* * * *
16297 TCT-GTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
131 T-TACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * *
16348 TCAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * * *
16413 AAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATTA-ATGATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTT
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*** ** *
16476 ACGTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAT-TCTACTTATTAATTTTTGGAATA
129 GTTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTT-GAATA
* ** ** * * * *
16529 TTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * * * ** *
16594 AAACAAAAGGTGATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTGT
* ** * * * *
16659 TCAGAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
131 TTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * **
16709 TTAACAATTTTA-TATTATTTTA--TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
1 TTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
** * * **
16771 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
63 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACT
*** * * * * * *
16836 TGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTAGAGTA
128 TGTTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * *
16890 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATT-GTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGGTTTATGAC
* * * * ** *
16953 GAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAAT-TATAACTATTTAAACTT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGT-TAACTATTTGAACTT
* * * * * ***
17017 GTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TATACTTATTAACTGTCAAAATA
129 GTTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTTGAATA
* * * * * ** * * * * * *
17070 CTATTAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
** * * * * * ** *
17135 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTGT
** * * * * * * *
17200 TTGGTCAACAGATTTATTTTTCAAAT-TTTTCGCTTATTAATTGTCTAAATGA
131 TTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-TTTGAAT-A
* * * * * * * * **
17252 -TAATAACTTTGTATTATGTTA-ATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAAAAATTATTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAG-AAACAATTGGTTTATGA
* * * **** * * ** *
17315 TAAAATAAAAGGTTATGGGGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTT
* *
17380 GTTTGA-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATA
129 GTTT-ACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * * *
17433 TTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTGTGAAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* ** * * ** * *
17498 AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTGGT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTGT
** * ** * * * *
17563 CAAGC-CAACGGATTCATTATTTAAATATATTACTTATTAATTTTTAGAATA
131 TTA-CTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * ** * * * *
17614 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGGC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGAC
* * * * * * * * *
17678 AAAACAAATGGTCATAACGATATGAAGTAAATAATTGTTTAAATTGT-TATAACTAATTGAACTA
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGT-TAACTATTTGAACTT
** **
17742 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATA
129 GTTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATA
* * * * * * * * ** **
17791 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTACAACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
** * * *
17856 AAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAAT-GAATAATTATTCATATAGCT-TTAACTATTTGAACT
66 AAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAAT-GGTGTTAACTATTTGAACT
* * * ** *
17918 GGTTCAAC-AAACAAATTTA-TTTTCAAATCTGATAATTATTAATTTTCAT-AATA
128 TGTT-TACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATA
* * * * * * * * *
17971 TTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGAACTGGTTCAATTCGATAATT-AT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAG---AA----ACAATTGGT
* * * * * * ** *
18035 TAATTTGATAAAACAAAAAGTTATAACGAA-TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
58 T--TATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTA
* * * *
18099 TTTGAACTGGTTTAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTGCTTATTAATTTTTGAAATA
120 TTTGAACTTGTTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * ** * **
18151 TTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGAC
* * ** ****
18215 AAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCACAACTATTTGAA-TTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTG
* * * *** * * * ** * *
18279 ATTGAATGAATTGATTTATGTTATAAATTTCCAAATT-TTCAAATTTTGAAATA
130 -TTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTG-AATA
* * * * * ** *
18332 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGGTTTATGAC
* * * ** * *
18396 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
18460 GTTTAGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATCAATTTTCTGAATG
129 GTTTACTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTT-TGAATA
* * * * * * ** *
18514 TTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAAT-AAGTATGTATGAATTGGAACAATTATTTTATAAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGAC
* * * * * * * * * *
18578 TAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAA-TTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTG
* ** * *
18642 ATT-CGATAAA-AATATTTATTTTTTAAATCTCTGGCTTATAAATTTTTTAAATA
130 TTTAC--TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATA
* ** * * * ** ** *
18695 TTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAATAATT-GTTTAATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGGTTT-ATGA
* * * * * ** **
18758 CAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAATACTCATAACTATTTGAA-TT
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTT
* * * * *
18821 GTCTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA
129 GTTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* ** *
18870 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * * * * * ** ** **
18934 AAACAAAAGATCATAA-GATTTAAAATAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTTGAAC-TCA
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTGT
* * * *
18997 CTAGTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATT
131 TTA-CTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * *
19048 TTAATAAA-T--TATTATTTTATTCTG-ATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGGCA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
* * * * *** *
19109 AAACAAAAAGTCATCACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACGTGT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTGT
* ** * * * * *
19174 TCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATA
131 TTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAATA
* * * * ** *
19224 TTAGTAAATTCA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGG
1 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA
** * * ** *
19287 CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAATTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTT
* * * * *
19350 GTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTGAAATA
129 GTTTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * *
19403 GTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTCGAATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
19433 GTAATAAGTT
Statistics
Matches: 3644, Mismatches: 849, Indels: 501
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.00
170 9 0.00
171 108 0.03
172 30 0.01
173 6 0.00
174 86 0.02
175 216 0.06
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177 179 0.05
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180 646 0.18
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215 2 0.00
216 29 0.01
217 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTGTTAACTATTTGAACTTGT
TTACTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA
Found at i:16123 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 15734--16123 Score: 459
Period size: 216 Copynumber: 1.8 Consensus size: 216
15724 CAGTAAATAA
* ** * *
15734 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATGAATAAACTAGCATTACTTTAAT
* * * * * *
15799 TTGAATACACATGTTCGAACAGAAACAATTGGTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGA
66 CTAAATACACATGTTCGAAAAGAAACAATTGGTTGATGACAAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGA
* * * *
15864 AATAAATAATTGTTTAACTAATAATAATATTTGAATGTGTTTTATAACAAAATAGTCTTAACTAT
131 AATAAATAATTATTCAAATAATAATAATATTTGAATCTGTTTTATAACAAAATAGTCTTAACTAT
15929 TTGAGCTAGTTTGGCAAACAC
196 TTGAGCTAGTTTGGCAAACAC
* * * * *
15950 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATGAATAAACTAGCATTACTTTAAT
* *
16015 CTAAATA-AGC-TGGTAT-GAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAG-CATAACGAT
66 CTAAATACA-CAT-GT-TCGAAAAGAAACAATTGGTTGATGACAAAA-AAAAAAGTCATAACGAT
* * *
16076 TT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTTA
127 TTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAATAATAA-TATTTGAATCTGTTTTA
16124 GTAAATAGAT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 25, Indels: 12
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
215 4 0.03
216 125 0.87
217 14 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (216 bp):
ATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATGAATAAACTAGCATTACTTTAAT
CTAAATACACATGTTCGAAAAGAAACAATTGGTTGATGACAAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGA
AATAAATAATTATTCAAATAATAATAATATTTGAATCTGTTTTATAACAAAATAGTCTTAACTAT
TTGAGCTAGTTTGGCAAACAC
Found at i:16416 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15913--19432 Score: 2497
Period size: 181 Copynumber: 19.6 Consensus size: 181
15903 TTTTATAACA
* * * * * *
15913 AAATAGTCTTAACTATTTGAGCTAGTT-TGGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTAT
* * * * * * ** *
15977 TAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATCTAAATAAGCTGGTATGAAAAGAAACA
64 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
* * *
16042 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTC
129 ATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTC
* * * **
16095 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTTAGTAAATAGATTTAGATTTTAAA--T-CT-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * * * ** * *
16155 AATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTTATTAATTTTACATGAACAGAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
* * *
16220 TTGTTTTATCACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
16271 AAATAGACATGATTATTTGAACTTGTTCTGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * *
16336 ATTTTTAGAATATCAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
* * * *
16401 TGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATTA-ATGATTGTTC
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAA-TAGATAATTATTC
* * * *
16452 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTACG-T-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTCTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAT
* * ** * * * *
16515 TAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTTTATGAACAAAAACA
64 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
* * * * *
16580 ATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTGATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * **
16633 AAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * ** * * *
16697 ATTTTTGGAATATTAACAATTTTA-TATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
66 ATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAATAGAAACA
* *
16760 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
16813 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * *
16878 ATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATA-GAAACAA
** *** *
16942 TTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * **
16993 AAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * * * * * * ** * * * *
17058 ACTGTCAAAATACTATTAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
* * * *
17123 TGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTA
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * ** *
17174 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGGTCAACAGATTTATTTTTCAAAT-TTTTCGCTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTAT
* * * * * *
17237 TAATTGTCTA-AATGA-TAATAACTTTGTATTATGTTA-ATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCA
64 TAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAATAG-A
* * * * * *** * *
17299 AAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGGGGATTTGAAATAGGTAATTGTTC
125 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
17356 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-TGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * *
17420 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
* * *
17485 TTGTTTTGTGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * ** ** * * * **
17537 AAATAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAACGGATTCATTATTTAAATATATTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * ** * * *
17601 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTATATGAATAGAAACA
* * * * * * * *
17665 ATTGTTTTATGGCAAAACAAATGGTCATAACGATATGAAGTAAATAATTGTTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
17718 AAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * * * * * * *
17778 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAT
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
* ** *
17843 TTTTTTTACAACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAAT-GAATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTC
* * * *** * ** *
17895 ATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTGATAATTATT
1 AAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * * * ** ***
17958 AATTTTCATAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGAACT-GGTTCA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACA
* * * * * * *
18022 ATTCGATAATTATTAATTTGATAAAACAAAAAGTTATAACGAATTGAAATATATAATTGTTC
129 ATT-G----TT-TT-A--TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
18084 AAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTGCTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * * *
18138 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAAC
65 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAAC
* * * *
18201 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * ** * * * * *
18255 AAATGGCCACAACTATTTGAA-TTGAT-TG-AATGAATTGATTTATGTTATAAATTTCCAAATT-
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAA---ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA
* * * * *
18316 TTCAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGA
63 TT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATA-GA
* * * * *
18379 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTC
125 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTC
* * * * * * *
18436 AAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTT-TAGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-CCTACTTA
* * * * * * * *
18499 TCAATTTTCT-GAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAG-TATGTATGAATTGGA
63 TTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TATATGAATAGAA
* * * * * * *
18562 ACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAAATAATTATTC
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
18618 TAATAGTCTTAACTGTTTGAA-TTGATTC-GATAAA-AATATTTATTTTTTAAATCT-CTGGCTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCTG-TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTT
* * ** * * * ** * *
18679 ATAAATTTTTTA-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGA
62 ATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ATAGA
* * * *** * *
18742 AATAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTT
125 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
18798 AAATACTCATAACTATTTGAA-TTG-TCTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * ** *
18857 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
* * * *
18922 TTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAA-GATTTAAAATAAATAATTATTT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* ** **
18972 AAATATTCATAACTATTTGAAC-T-CACTAGTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAT
* * * * *
19034 TAATTTTTGGAATTTTAATAAA-T--TATTATTTTATTCTG-ATAAGCTTTTATGAATAAAAACA
64 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
* * * ** * *
19095 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATCACAATTTGAAATAGATAATTGTTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *** * * * **
19148 AAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * * *
19212 ATCTTTGGAATATTAGTAAATTCA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACA
* *
19275 ATTATTTTATGGCAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
19327 AAATAGTCATAACTA-TTGAATTTGTT-TAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTCATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * *
19390 AATTTTT-GAAATAGTAATAAGTTAGTATTA-TTTATTTCGAATA
65 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
19433 GTAATAAGTT
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ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
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19389 TAATTTTTGA
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*
19429 AATAGTAATAAGTTAGTTTTATTTATTTCG
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19459 AATA
1 AATA
19463 AGCCTATATG
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AATAGTAATAAGTTAGTATTATTTATTTCG
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19626 TATTATTTTA
*
19636 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
*
19701 AAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
66 AAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
* * * * *
19755 ATTTGAGATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AAGTTGTTTTATGGCAATACAAAAGGTTATAGCAAA
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* * *
19819 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
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19859 CTTGTTCAAT
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AAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
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19983 AGGTCATTAT
* * * *
19993 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAA-TCATAATTATTTACACTGGTTAGGCCAA-CAGATAC
1 GATTTGAAATAGATAATT-TTCAAA-AAGTCATAACTAATTAAACTGGTTAGG-CAAGCACATAC
* *
20056 ATTTTCTAAATCTGTTACT-TATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TGA
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* * ** * * *
20119 ATAAAAC-TGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATGATCATAAC
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* * * * **
20173 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTGGCAAGCACATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATT-TTCAAAAAGTCATAACTAATTAAACTGGTTAGGCAAGCACATACAT
* * ** * * *
20238 TTTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACA
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* *
20303 AACTTATATGAACAAAAACATTTGCCTTATGACAAAACAAAGGGTAATAAC
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20388 TTATTTGAAA
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GATTTGAAATAGATAATTTTCAAAAAGTCATAACTAATTAAACTGGTTAGGCAAGCACATACATT
TTCTAAATCTCTTATGTATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTATGAAAAA
ACTTATATGAACAAAAACAATTGCCTTATGACAAAACAAAGGATAATAAC
Found at i:21091 original size:181 final size:180
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Indices: 20650--24513 Score: 2472
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20640 TATAAGCATG
* * * ** * ***
20650 AGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGA-AAGTTCAATTAGTTATGACTATCAAAA
1 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * * * *
20714 TAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTT-TGTTCATG
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAACTAATT-GTTTCTATTCATA
*
20778 CAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATA
127 CAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * *
20832 AGTAA-AAATTTAAAACATAAATAC-ATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
20894 CAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACAATTTATTTTATTATAAACTAATTGTTTCTATTCATAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAC
*
20959 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
* * * * * *
21012 AATAAAAGATTTAGATAATAAATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
21077 GTTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
21142 GTTTATGTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATA
130 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * * * * *
21193 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
21258 GTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTCGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * *
21323 AATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTT-TGAAAATCAAT-
130 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * *** * * * * *
21373 -G---GGGATTT-AAAAATAAATGTGCTTT-CCAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
21432 AATTATCTATTCCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * ***
21497 TGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTAAGAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
* * * * *
21549 AG--A-A-ATTT-TAAAA-AAAT-TATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTTAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
21606 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTC-AGTACAAAA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTA-TTCATAC
* ** * * * *
21670 AAGTTTA-TCCGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATA
128 AAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
* * ** * * *
21723 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTATCAAATTAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
21786 AATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTTAGAAAAC-AGTTGTTTTTCA-TCATA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTT-ATAACTTTTGTTTTGTCA-TAAACTAATTGTTTCT-ATTCATA
* * *
21849 CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATA
127 CAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
* * * ** * *
21903 AGTAAGAGATTTAAAAACTTAATCTGTTTACCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
21967 AATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTTATCTCATAAAATGATTATTTCTATTCACAC
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTT-TGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAC
* * *
22032 AAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * * ** * * * * *
22085 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * * * *
22150 TTTCTTTATTTC-AATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAAT-TTTTTTTCAATTCTTAGT
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AAC-TTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATA-C
* * *
22213 AA--TATATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC--AAATCTCAATA
128 AAGCT-TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAT-T-AATA
* * * * *
22264 AGTAAGAGATTTAAAAAA-CAAT-TATGT-TTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG---AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
22326 ATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAATGTTTTTGTTCAT
63 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCAT
* ** * * *
22390 ATAATTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGTAAATTAAGA
126 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * * * * * * * *
22445 AGTGAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAATTAGCTATAACTATTTCAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
22510 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTGATAAAAC-AACTATTTCTGTTTATA-T
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACA
* * * **
22573 AGTCTTA-TTACAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT-TGAAAGCTAATA
129 AG-CTTATTTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * * * ** * * *
22626 AATAACAGATTTGAAGAATGAAA-CTGTTGGCTTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATT-TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
22689 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTATGTTTTTATCACAAAAC-AATTGATGCTAATCGT
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTG-TTTTGTCA-TAAACTAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
22753 ACAAGCTTATTT-GAATAACATAATTCTATTTTATTATTA-TTCTAAAA--ATTA
126 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
* * ** *
22804 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
22867 AATTATCTATTTCAAATAGCTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * *
22931 AAGCTTATTGCA-AATAAAAT--TACATAAATTTATTAATATGTAGACACA-TCATA
128 AAGCTTATT-TAGAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCTA-AAATTAATA
* * * * * *
22984 TGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCA-TGAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
23047 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTTTTTGTCATGAAA-TAATTGTTTTTCTTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACA
* ** * *
23111 AGCCTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * * * * * * *
23163 AGTAAAATATTT-TAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
23227 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATA-AG
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAA
* *
23291 GCTTATTT-GAAATAAAAT-ATCACTAA---A-T-AT-TTT-GAAAATTAATT
130 GCTTATTTAG-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
* * * * * *
23335 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAGTCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
23400 AATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTGTTGTTTTGTCATAAGA-TAATTG-TT-TGTTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAA-ACTAATTGTTTCTATTCATAC
* *
23462 AAGCTTATTTCGAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATA
* * * * * * *
23514 AGTAA-AAATTAAAAAAATAAATTTATTT-TCTAAATACA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
23576 TAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTT-TGTTCGTGATAAACTAATTGTTTCTATCCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGT-TTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAC
* * *
23640 AAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAATATTACTA
128 AAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATA
* * * * ** * * * * *
23693 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATC-GTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGGTATTACTGTTTAAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** *
23757 ATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTCATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATATA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * *
23821 AGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT-TGCAAATTAAT-
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * * * * *
23872 AGTTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAC
1 AG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
23937 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATAC-
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
24001 AGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTT-TGAAAA-T--TA
129 AG-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * *
24051 A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCATATAATTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
24114 AATTATCTATCTCAAATCGTAATGA-TCTTTATTTTGTCATACAAC-AATTGTTTCTTTTCACAT
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACT-TTTGTTTTGTCATA-AACTAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
24177 AAGCTTA-TTCGATTAAAATGATACTAATTTAATAAT-TTT-TGAAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
* * * ** * * * **
24228 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATG
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
24293 ATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACA
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* * *
24356 AGCTTATTT-GAA-ATAAATAATA-T--TATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
129 AGCTTATTTAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAAATTAAT-A
* * * * *
24405 AGCAATAGATTTTTAAAAAA-AAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
24469 TAATTATCTATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATAAA
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAA
24514 ACAATGTATT
Statistics
Matches: 2893, Mismatches: 617, Indels: 347
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AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
Found at i:22339 original size:16 final size:18
Alignment explanation
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22288 TGTTTGCCTA
*
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Statistics
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ACTATTTCAAATAATTAT
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20640 TATAAGCATG
* * * * **
20650 AGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGA-AAGTTCAATTAGTTATGACTATCAAAA
1 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
* * *
20714 TAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTTTGTTCATGC
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* * *
20779 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
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* * *
20844 AAACATAAATACATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
191 AAAAATAAAT-CATTTTCTAAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
20909 AATCGTTAAAACAATTTA-TTTTATTATAAACTAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTT-AGA
255 AATCATTAAAAC--TTTATTTTTATGATAAAC-AATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTGA-A
* * * * *
20972 ATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAATAAAAGATTTAGATAATAAATCT
316 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCT
* ** * * *
21037 ATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCA-TTATGA
379 GTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-AGTTATAA
* * * *
21101 TCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATGT-GGAATAAAATAATAC
443 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT-TCGAAATAAAATAATAC
* *
21165 TAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAAC
507 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAC
** * * *
21229 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTCGTTTTG
571 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
21294 TTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTA
636 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * *
21359 TTTTGAAAATCAAT--GGGGATTTAAAAATAAATGTGCTTT-CCAAACCATTTCAAATAGA-TA-
701 TTTTAAAAATCAATAAGGAGATTTAAAAATAAATATG-TTTACTGAACAAGTTCAAATA-ATTAT
* * * * * * * *
21419 AGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGT
764 A-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
21484 TTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTA-ATTTATTAACATTAAGAAAATTAAT
828 TTCAATTCATACA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTATA-ATATT----TT--GAAAATTAAT
21548 A
885 A
* * *
21549 AG--A-A-ATTT-TAAAA-AAAT-TATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTAAT-ACTATTTAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTAAA
* * * * * * * *
21605 TAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTCAGTACAAAA
64 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT--GTTCATAC
* * * * * * * *
21670 AAGTTTA-TCCGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATT
126 AAGCTTATTTCGA-ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATT
* * *
21734 TAAAAAATAAATCAGTTATC-AAATTA-ATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
189 TAAAAAATAAATCA-TTTTCTAAA-TACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
21797 TCAAATCATTAAGAACTTT-TGTTTTGTTAGA-AAACAGTTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC
252 TCAAATCATTAA-AACTTTAT-TTTT-AT-GATAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTT
* * * * *
21860 GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTTAA
313 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAA
* * * *
21925 TCTGTTTACCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTA
376 TCTGTTTACCG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTA
* * ** * * *
21989 TAACCTTTTTTTTATCTCATAAAATGATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
440 TAACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAA
* * ** * * *
22054 TACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTA
504 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-A
* * * * * * * * * * *
22118 AACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACATTTCTTTATTTC-AATCATTATGACCTTTTTAT
568 AACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGT
* * * *
22182 TTTGTCATAAAAT-TTTTTTTCAATTC-T-TAGTAATATATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTA
632 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAG-AAT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
22243 TTAATATTTCAAATCTCAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATTATGTTTGCCT-AACTAGTTC
695 TTAATATTTTAAAAATCAATAAG---GAGATTTAAAAATA-AA-TATGTTT-ACTGAACAAGTTC
* * * *
22306 AAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
754 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** * ** * *
22371 AACAAATGTTTTTGTTCATATAATTTTATT-TAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
819 AACAATTGTTTCAATTCATA-CAGCTTATTCGA-AATAAAAT-A-A-T-A-CTA-TAATATTTTG
* *
22435 TAAATTAAGA
876 AAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
22445 AGTGAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAATTAGCTATAACTATTTCAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATA
* * * * * *
22510 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTGATAAAACAACTATTTCTGTTTATA-TA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TT-TGTTCATACAA
* * * * *** ** * *
22574 GTCTTATTACAAATAAAGTAATGCT-AATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAATAACAGATTT
128 G-CTTATTTCGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
* * * ** * * *
22638 GAAGAATGAAA-C-TGTTGGCTTGA-CCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTAT
190 AAAAAAT-AAATCAT-TT-TCTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
22700 TTCAAATCATTATAACCTTATGTTTTTATCACAAAACAATTGATGCTAATCGTACAAGCTTATTT
251 TTCAAATCATTA-AAACTT-TATTTTTATGA-TAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTT
* * * ** *
22765 G-AATAACATAATTCTATTTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAA
313 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* * * * *
22825 TTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTA
376 TCTGTTTACCGAGCAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTA
* * *
22889 CAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-GCAAATAAAAT-
440 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCG-AAATAAAATA
* * * * *
22951 -TACATAAATTTATTAATA-TGTAGACACA-TCATA-TGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
503 ATAC-T-AATTTATTAATATTCTA-A-AAATTAATAGT-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
* * * * * * * *
23012 CATGAAATAAGTTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTT
563 TATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * ** ** * *
23075 TTTTTTTGTCATGAAATAATTGTTTT-TCTTCATACA-AGCCTATTCGGATTAAAATAATATTAA
628 TTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
23138 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
691 TTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAG---GAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
* * *
23203 CAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
753 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
23268 AAATAATTGTATCAATTCATA-AGGCTTATTTGAAATAAAAT-ATCACTA-AATATTTTGAAAAT
818 AAACAATTGTTTCAATTCATACA-GCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTATAATATTTTGAAAAT
*
23330 TAATT
881 TAATA
* * * *
23335 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAGTCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
*** * *
23400 AATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTGTTGTTTTGTCATAAGATAATTGTTTGTTCATACAAG
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTGTTCATACAAG
* *
23465 CTTATTTCGAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTAAAAA
129 CTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA
* * * *
23529 AATAAATTTATTTTCTAAATACATTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
194 AATAAA-TCATTTTCTAAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** **
23594 -AGTTATGACTTT-TTGTTCGTGATAAACTAATTGTTTCT-ATCCATACAAGCTTATTTGAAATA
258 CA-TTAAAACTTTATT-TTTATGATAAAC-AATTGTTTCTAAT-CATACAAGCTTATTTGAAATA
*
23656 AAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAATATTACTAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATC-GTT
319 AAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA-ATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * * * * *
23720 TATCGAGTAAGCTCAAATAGGTATTACTGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTT
382 TACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTT
** * * * *
23785 TCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACTT
447 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * *
23850 TATTAATATTTTGCAAATTAATAGTTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAACTT
512 TATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAACAAGTT
*
23914 CAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
576 CAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
23979 AAATAATTATTTCTGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTTG
641 AAATAATTTTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
24044 AAAATTAATAA-GAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCATATAATTATGACTA
706 AAAATCAATAAGGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATAACTA
* * * * * **
24107 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTT
769 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* *
24171 TCACATA-AGCTTATTCG-ATTAAAATGATACTAATTTAATAATTTTTGAAAATTAATA
834 T--CATACAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-A--TAAT-A-TTTTGAAAATTAATA
* * * * *
24228 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AA
* * * * *
24291 TGATTATCTATTTCAAATCGTT-TTAACTTTTTTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAC
64 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTATTT--GTTCATAC
* * * *
24355 AAGCTTATTT-GAA-ATAAATAATAT---TATATTAACATTCAAAAAATTAATAAAGCAATAGAT
126 AAGCTTATTTCGAATA-AAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTAA-A-A-
* * * * * *
24415 TTTTAAAAAA-AAATCTATTTAT-TGAACA-ATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATC
186 ATTTAAAAAATAAATC-ATTT-TCTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** ** * * *
24477 TATATAAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCAT-A-AAACAATGTATTTGCTAAACCA-ATCAA
248 TATTTCAAA-TCATTAAAAC-TTTATTTT-T-ATGATAAACAAT-TGTTT-CT-AATCATA-CAA
* * *** * * * * * * ** *
24539 --ATAGTT-AAGATCGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATATTTTGTTTAGTCATA
305 GCTTATTTGAA-AT-AAAATAATACTAATTTA-TT-AAA--ATTCCAA-A-ATTAATAAG---TA
* *** * ** * ** ** ** * * *
24601 AAATAATTGTTTTAGTTCATACATATTTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAAC-ATTTA
359 AAA-GATT-TAAAAATAAAT-C-TGTTTA-CCG-AGCAAGTTCA-AATA-GTTA-TGACTATTT-
* ** * * ** * * *
24665 GAA-ATTTA-ATA-AGCAAGGA-ATTTACAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAAT
414 GAACAATTATATATTTCAA--ATAGTTA-TAACCT---TTTGTTT--TG--TCA--TAAAACAAT
* ** * * * ** ** * ** **
24726 TATAGCTATTTGA-ATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGCTTTATCATAAAATAAT
467 TGTTTCTA-TTCATACAAGT-T-TATTCGAAAT-AAAAT-A-ATACTAATTTAT--T--AAT-AT
* ** ** * ** * ** *
24790 TGTTTCATTTCATAAAAGTTTATTAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAA-AA-T
521 T-CTAAAAAT--TAATAG-TTAAGAGATTTAAAA-AATA--AATTTATT--TA--TCAAACAAGT
* * * ** ** * * * * *
24853 TGAAA-AGTTGGAGATTTAAAAATAAACCAGTTTATTGAAT-TAGTTCAAATAGTGATGGCCATT
575 TCAAATAG-T---CATGTCCATTTGAA-CA----ATT--ATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TT
*
24916 TAAACAAT-TATCTATTTCA-AATCATTATGAACTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGTTTTTC
628 T------TGT-T-T-TGTCATAA--A--AT-AA-TTTT-TTCTATTCAT---AC-A--G------
* * * *
24978 ACCATACAAGCCAATTCAAAATAAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAA-CTAATAAGT
665 A--AT-------TATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATC-AATAAGG
* ** * * * *
25042 AG-----AAGAT-TGTTTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATA
719 AGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
25100 TATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTA
783 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAC-AGCTTA
** *
25164 TTCGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATCATGAAAATCAATA
846 TTCGAAATAAAATAA---T-A-CT-ATAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
25210 ACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
* * * * *
25274 AATTATTTATTTCAAATCATTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAATA-AATTGATAT-TTCA-A-AA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTGTTCATACAA
* * * * * * *
25335 --TTAATAT-GAGTTTTAAA-AAT-TCAATCTGTT--TATT--AAACCAGTTTAA-ATAGTTATG
128 GCTT-ATTTCGA--ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAA--A-ATTAATA-AG-TA--
** * * * * * *
25390 ACTATTT---GAGT-AATTA-TTT-T--AT---TTTAAATTGTTATGACTTTTTG------T-TC
183 AAAATTTAAAAAATAAATCATTTTCTAAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * ** **
25437 TGTTATCAAA--A--AATAGTTTATCTTCAT-ATAAGC--TCATTT-GGAT--TA-AA----A-T
248 TATT-TCAAATCATTAAAACTTTATTTTTATGATAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATT
** * * * *
25486 T---ATACT--------AATTTATTAAAATTTCAATAGTTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAA
312 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAA-AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAA
* * * * * * * * *
25540 ATATGTTTACCAAACTAGATCAAATA-TTATGACTTTTTGAATAAATATCTATTTCAAATCA-TT
375 ATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-AGTT
* * * * * ** * *
25603 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTAATATAAAATTGTTCAAAATAAAATA
439 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
** * * * * *
25667 ATACTAAGCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCG
503 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCA
* * * * * * * * * *
25732 AACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGGTATAACTTTTTGTT
568 AACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* ** *** * *
25797 TTGTCA-ATAAATGATTTTTT-GGTTCATACA-AACTTATTTTGATTAAAATAATA-TAAATATA
633 TTGTCATA-AAATAATTTTTTCTATTCATACAGAA-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * *
25858 TTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATTTTTA-TCGAAGAAGTT
695 TTAATATTTTAA-A-AATCAATAAG--GA-GATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTT
** * * * * * * *
25920 CAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATA
753 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
25985 AAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCT
818 AAACAATTGTTTCAATTCATAC-AGCTTATTCGAAATAAAAT-A-A-T-ACT-A-TAATATTT-T
*
26050 -ACAAA-TAATG
875 GA-AAATTAATA
* * * * *
26060 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
* * * *
26125 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCAGTT-ATAT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTT--GTTCATAC
* *** * *
26189 AAGCTTATTT-GAAATAAAATAACACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGGGAA
126 AAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA--AAA
* * * ** *
26252 -TTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTAT
187 TTTAAAAAATAAATC-ATTTTCTAAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
26316 TTCAAAACATTATGACCTTT-TCTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCTTATTT
251 TTCAAATCATTA-AAACTTTAT-TTTTATGAT-AAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTA-TT
* *
26380 TG-AATAAAACAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATA
312 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATA
* *** * * * * * *
26442 AATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCGTT
374 AATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTT
* * * * *
26507 ATCATCTTTT-TTTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATA
439 ATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
* ** * * *
26571 ATACTAACTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTT-GGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
503 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC
* *
26635 AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGT
567 AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * *
26699 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTGATGCAAAATTATTCATATTAAAATAATATTGATCTATT
632 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * ** *
26764 AATATTTTGAAAATTAATAA-GACATTTAAAAACTAAATCTATTTTTTGAA-ACAGTTCAAATAG
697 AATATTTTAAAAATCAATAAGGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAA
* * * * * **
26827 TTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACAA
760 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * ***
26890 TTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAAT
824 TTGTTTCAATTCATAC-AGCTTATTCGA-AATAAAATAATA-C----T-ATAATATTTTGAAAAT
26954 TAATA
881 TAATA
* * * * * * *
26959 AGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACT-GTTAGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AA
* * ** * * * * * *
27022 CAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAATCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATT
64 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTATTT--GTTCATA
** * ** * * *
27086 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTGAAACATTAATGAGTAAGAGAT
125 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAAT
* * * * *
27150 TTAAAAAAATAAATC-TGTTTATTGAAA-A-AGTT-AAA-AGATT-TGACTTTTTAAATAATCAT
188 TT-AAAAAATAAATCAT-TTT-CT-AAATACA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-
* * * *
27209 TCTAATAACTT-AAAGTCGTTATGAGCTTCATTTTGTCAT-A-AAACAATTGTTTC-AA-C-TA-
246 TCT-AT---TTCAAA-TCATTA-AAACTTTATTTT-T-ATGATAAACAATTGTTTCTAATCATAC
* * * * *
27267 AAACTGT-TTTCCGAACCAGTTTAAATAGTTACGACTATTTGA--ACAAATAT-CAATATCTAAT
303 AAGCT-TATTT--GAA--A--TAAAATA-ATACTA--ATTT-ATTA-AAAT-TCCAAAAT-TAAT
**** * * * * * * **
27328 CATTATGATCTTTGTTTTCTCATTAAATAATTGTTTTTGATCATCCAAGCTTATGCAGATAAAAA
354 -A--A-G-TAAAAG-ATT-T-A-AAAATAAAT-CTGTT--T-A-CCGAGC--A---AG-TTCAAA
* * * * * * ** * **
27393 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAGGAGATTT-AAA-AAATAAAATGTGTTTGTT
399 TAGT--T-A-TGACT-AT-TT-GAACAATT-AT---ATATTTCAAATAGTTATAACCT-TTTGTT
**** ** * *** * * * ** * ** ** * **
27456 GAACCAGT-TCA-AATAGTTAAGAGT-ATTAGAA-TAATTA-TCTATTTCAAATCGTTTTGACCT
452 TTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGT--TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
** ** * * * *
27516 ATTGTTTATTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
513 ATT-AATATTC-TA-AA-AA-T-TAATAGTT-A-A-GAG---ATT--TAA-AAAATAA-ATTTAT
* * * * * * ** *
27581 TTAT-TAACTTTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCAA--A-C-AATT-AAGA-C-T
562 TTATCAAAC----A---AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCGT
* ** * * ** * * **
27638 ATATGAACAATTATTTATTTCA-AATTGTTAAGATCTTTTGT-TTGGCATAAAACAATTGTTTTG
619 -TATGACCTTTTGTTT-TGTCATAA--AAT-A-ATTTTTTCTATT--CAT---AC-A--GAATT-
* * *
27701 GTTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATTCGT
669 ATTCA--------------AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATCAA----T
* * * * * *
27765 AA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATC-ATTTC-AATAAGTTTTGACTATTTGAATA
715 AAGGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAA-TTATAACTATTTGAACA
* * * * * * * *
27827 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGTAATCAAACAATTGGTTCTATTAATACTA
777 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC-A
** * * *
27892 TTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTGATAATATTAT-AAAACTTAATA
841 GCTTATTCGAAATAAAATAA---T-A-CT-ATAATATTTTGAAAA-TTAATA
** * * ** * *
27943 ACCAAGAAAATTTTTAAAAA-AAATCTAATTA-TCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATA
1 AGTAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
** * ** * * **
28005 AACGATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTTGTA
62 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTGTTCATA
* * * ** *
28070 TAAGCTTA-TTCTGATTAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
125 CAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAA
* * * *
28133 TTTAAAAAATAAAT--TTGTTACTAAATTA-GTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
187 TTTAAAAAATAAATCATT-TT-CTAAA-TACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * * *
28195 ATTTGAAATCGTTTTGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTCCAGTTCATACAAGCTTA
249 ATTTCAAATC-ATTAAAACTTTATTTTTA-TGAT-AAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTA
** * * ** * *
28258 TTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCA-TCCAAAAAATTAATGAG--AAAGATATT-TAAA
310 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC--AAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAA
* * * * *
28319 -AAA---G--T-------AAG-TC---TA-TT-T-ACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTG
372 TAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAG
* * * * *
28364 TTATAA-CTTTTTTATTTGTCATAAAATAATTGTTT-AAGTTAATACAAGCTTAGTT-GAAATAA
437 TTATAACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAA
* * * * * *
28426 AATAATATTAATTTATTAATATCTCCT-AAAA-TAATA-ATAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGT
499 AATAATACTAATTTATTAATAT-T-CTAAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * ** * *
28488 TTACCGAATCAA-TT-AAAGTAATTATGGT-CATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGT
562 TTATC-AAACAAGTTCAAA-TAGTCAT-GTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* *
28550 CCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TGA-CCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAAT
624 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCT-ATTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
28611 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAA
686 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAG---GAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GA
* * * * * * *
28675 ACCAA-TTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATCTTTT-T
746 A-CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
28737 TTTTTCATAAAACAATTATTT--ATGATCATAGAAGCTTATTCAGTTAAA-AATAATATTAATTT
809 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT--TCATA-CAGCTTATTC-G--AAATAA-AATAAT-A-CT
**
28799 AATAATATTTCAAAAATTAAT-
865 -ATAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * ** * **
28820 A--AA-AGATTTAAAAAAGAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AAT
* * * * * * * * *
28881 AATTACCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCCTATCTTACA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-GT-TCATACA
* * * * * ** *
28946 TGCTTATTTGGAATAAAATAATCTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTG
127 AGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-
* * * *
29011 AAAAAATAAATCCATTTATC-AGACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTAAT-TATT
190 AAAAAATAAAT-CATTT-TCTAAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATT
* * * * * * * *
29074 TAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-ATAGCTTATC
252 TCAAATCATTA-AAAC-TTTATTTTTATGAT-AAACAATTGTTTCTA-ATCATACA-AGCTTATT
** * * * *
29136 CAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA--ACAAGAGTTTAAAAAAAT
312 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT--AAAAAT
* * * * * * * * * *** *
29199 AATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATGGAAAATCGT
373 AAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGT
* * * * *
29264 TCTGACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
438 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-A-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
29328 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATATGTTTA
501 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * * * *
29392 CCAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTT---CAA-TA---A--TC--A---TTATTACCTTT
565 TCAA-ACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * *
29442 TGTTTGGTCATATAATAATTGTTTT-GA-TCATATA-AGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
629 TGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * ** **
29504 TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTT
692 TTATTAATATTTTAAAAATCAATAAG---GAGATTTA-AAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * * * * * * *
29569 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATAATA
753 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * *
29634 AAACAATTATTTTTATTCATCCAAGCTGT-TTTGAAATAGAATAATACTAATATAATTATATTCC
818 AAACAATTGTTTCAATTCATAC-AGCT-TATTCGAAATAAAATAATAC---TATAA-TAT-TT-T
*
29698 AAAAATTAATA
875 GAAAATTAATA
* * * * * ** * * ** *
29709 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATA
* * * * *
29774 ATTATCTATTTTAAAT--TGT-T----TTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATA-AT
66 ATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT--GTTCATACA-
* * * * * * * *
29831 AGCTTATGTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTA
127 AGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTA
* * * * * *
29896 AAAAGT-AATTATGTTTACCT-AA-CCAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATT
191 AAAAATAAATCAT-TTT--CTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * ** * *
29958 TCAAATCCTTATGACCTTT-TGTTTTGTTG-TAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAG-TT-TGT
252 TCAAATCATTA-AAACTTTAT-TTTT-ATGAT-AAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTAT-T
* * * * *
30019 TCAAGATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
312 TGAA-AT-AAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
* * * * * * * ** * *
30080 AAATTTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGT
373 AAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
30145 TATGA-CTTTT-TATCTATCATAAAATAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA
438 TATAACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAA
* * * * ** *
30208 TAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG-TAA-AAATTTTTAAAATAAATATATTTA
501 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* ** * * * * * * * * *
30271 CCAAACTTGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAACCGTTATAATCTTTT
565 TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * *
30336 -CTTTGTCATAAAA-AATATATATTTCAATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAGTAATACT-AT
630 GTTTTGTCATAAAATAAT-T-T-TTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
30398 GTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAG-
692 -TTATTAATATTTTAAAAATCAATAA--G-GAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * * *
30462 TCTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCA
752 TC-AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
30527 TAAAATGATTTTTTTTATATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA-A--ACAA-A-TTT-A
816 TAAAA-CAATTGTTTCA-ATTCATAC-AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTATAATATTTTGA
*
30585 CAATTAATA
877 AAATTAATA
* * ** * *
30594 AGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
* * * * * * * * * * *
30657 AATTTTTTATTTTAAATTATTATGA-CTTTTTCCTTTTTCATAAAACAATTGTGTTTTATTATAT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGT--TTTGTCATAAAATAATTAT-TTGT-TCATAC
* * * * *
30721 AAGCTTATATAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATT
126 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA-AAATTAATAAGTAAAA-ATT
* * * *
30785 TAAAAAATAAAT-ATGCTTACTGAACA-AGTTCAAATAG---T--C-A--TG-ATAATTATCTAT
189 TAAAAAATAAATCAT--TTTCTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *** ** * * **
30839 TTTAAATCATTGTGAC--CCTTTGT-T--T---CAA----TT-T-AT-AT--AAGTTTATTCAAA
251 TTCAAATCATTAAAACTTTATTTTTATGATAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * *
30887 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTAAAAGATGAATA
316 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAA-ATAAATC
* * * * *
30951 TGTTTACCGAACATGGTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATG
378 TGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC-AAATAGTTAT-
* * * * *
31015 AA-CTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
441 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * *
31078 A-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAGGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCT
505 ACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-
* * ** * * * *
31139 AAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTG
567 AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTG
* * * * *
31204 TTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATA-AAAACCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTT
631 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAGAA-TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT
* ** * * * * *
31268 ATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAGCAAGTT
694 ATTAATATT-TTAAAA--A-TCAATAAGGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTT
* * * * * * * *
31331 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTCTTTT-TCATA
753 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
31395 AAACAATT-ATTCTATTCATACAATTTTATTTGAAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTA
818 AAACAATTGTTTCAATTCATAC-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATA-A-T-AT-TT-TG
31459 AAAATTAATA
876 AAAATTAATA
** * * * * * *
31469 AGTTGGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTT-AAA
* * ** * * * *
31532 T-ATCACCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTAC
64 TAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATT-TGTTCATAC
** ** * * * *
31596 AAAATTATTAAGAATAAAATAATACT-AATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAAG---AGATTT
126 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * * * * ** *
31657 AAAAACTAAATCTATTTATCGAACTA-ATTTAAATCA-TTAAGA-TTTTTG---TTTTGTC-A--
190 AAAAAATAAATC-ATTT-TCTAAATACATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** ** *
31713 T-AAAACAATT---A-TTT-TTGTTCAT-ACAAGC--TCATTTGGAGT-A-A-AA---TA-TTG-
252 TCAAATC-ATTAAAACTTTATT-TTTATGATAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
31761 -CT-AAAT--TAATAA--TATT----CT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATG
315 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * * * *
31815 TTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAC
380 TTTACCG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
31879 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TCTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
444 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * *** * * *
31943 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAG
507 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTATCA-AA
* * * * ** * * ***
32007 TAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATAT-ACCTTTTGTTTT
570 CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTT
* * * * *
32071 TATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-A-AAGTT-TATCTGAAATAAAATAATACTACTTTA
634 TGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAGAA-TTAT-TC-AAAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * *
32132 TTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAAATTTAAAAA-ACAAGTCA-ATTTA-TCAA-ATCGAT
695 TTAATATTTTAAAAATCAATAAG---GAGATTTAAAAATA-AA-T-ATGTTTACTGAACA-AG-T
* ** ** * * ** *
32193 TCAAATAACTATTGCCT-TTCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTG-TTTGTCA
752 TCAAATAATTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
32256 TAAAACAATTAGTTTTC-A-TCATATAAGCCTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
816 TAAAACAATT-G-TTTCAATTCATA-CAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-A--TAAT-AT-
** * *
32318 TTCAAAAAGTAATT
872 TTTGAAAATTAATA
* * * * * * *
32332 TGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT------G-T--ATTAG-T-T--CCATTTGAA-C
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATA
* * * * *
32383 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATTATAAAATAATT-TTTCAGTTCATATAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT--GTTCATACAA
* * * * *
32447 GCATA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
128 GCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
* * * * * * * *
32510 AAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGTA-ATTTAAACAATTAAGACCT-TATGACCAATTATCTATT
190 AAAAAATAAATC-ATTT-TCTAAATACATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * * * * **
32573 TCAAAACATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGGTTGTTCA
252 TCAAATCATTAAAACTTTAT-TTTTATGAT-AAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTATTTG
* * * **
32637 AAATTAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAAT
314 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT
* * * * * * ** * *
32701 CCGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAAT
377 CTGTTTACC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-A-ACAATTATA-T-ATTTCA--AAT
** ** ** ** * *** * * * *
32764 CTTTA-AAAATTTAATAAGTATAAG--ATTTAACAAGTAAATCTATTTAT-CAA-ATAAGTT-TA
435 AGTTATAACCTTT--T--GT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGA
* * * * * * ***
32823 AATAATTATAACTATTTGAA-TAATTGTATACTTC-AAATCATTCTAACCTTGTGTTCTATGA--
494 AATAA-AATAA-TA-CT-AATTTATT-AATA-TTCTAAA--AAT-TAA--TAGT-TAAGA-GATT
* * * * * * * *
32884 TAAAACAAT-TATTT-TTGT-TCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAAT-ACTAATAT-AATAA-
546 TAAAA-AATAAATTTATT-TATCAAACAAG----TTCAAAT--AGTCATGTC-CATTTGAACAAT
*** ** ** *
32943 TATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTGCCA-AACTAATTCCAAT
602 TA-TCT----ATT--T--C-AA-ATCGTTATGACCT---TTTGTTTTGTCATAA--AA-T--AAT
*** * * ** * * ** * * *
33006 AGTTAAGACTA-T-ATGA-ACAATTA-TCTATTTCAAATCACTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
648 --TT-TTTCTATTCAT-ACAGAATTATTCAAAATAAAAT-AATACTA-ATT-T-AT-TAA-TATT
** * *** * * ** *
33067 TTTCAATTC-ATACTAGCTTATTCATAATAAAATAAA-ATGAATTTA-TTAATATTTTAGAAATT
703 TTAAAAATCAATA--AGGAGATT--T-A-AAAATAAATATG--TTTACTGAACAAGTT-CAAA-T
* ** * * * * * * * *
33129 AATATGTAAAGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTAAATAGTTCAAAT-A-ATTATGAATGTT
758 AAT-TAT-AACTATTTGAACAATTA-TCTATTT-C--AAATCGTT---ATGACCTTTTG--T-TT
* ** * * * * * * * *
33192 TG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA
811 TGTCATAAAACAAT-TGTTTCAATTCA-TA-CAGC--TT-ATTCG--A-AATA-AAA-----TAA
* * * *
33254 TTCATATAAGTTTGTTTGGAAAAAAAATACTA
861 TAC-TATAA-TAT-TTT-G---AAAATTAATA
* * * * *** * * * *
33286 ATCTACTA-ATATTCAAAAATTAATAAGAGGTTTA---AAGAA-AT-AAATCTGTTTATCGAACC
1 A-GTA--AGAGATTTAAAAAAT-A-AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AG-TTAT-G-ACT
* ** * *
33345 ACTTCAAATAGTAATGACAATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTGTT
57 A-TT----TA--AAT---AA-TT-ATC---TA----TTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTC
* * * *
33409 ATAAAATAATAGTTTTTATTCATACAAGCTT-GTTCGGATTAAAATAATACT-AATTTATTAATA
103 ATAAAATAAT--TATTTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
33472 TTTCAATAATTAATCACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTATCGAACTAGA-TCAAACAGT
164 TTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAAT-CATTT-TCTAAATACATTCAAATAGT
* * * * * * * * *
33536 CATGATTATTTGAATACA-TATCTCTTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAAAAA
226 TATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTA-AAACTTTAT-TTTTATGAT-AAACAA
* * * ** * * *
33599 TTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAAT
287 TTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC-AAAAT
* * * * * * * *
33663 TAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTT
350 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * ** *
33727 CAACAATTTATCTATTTGAAACTA-CTATAA-CTATTTGTTTTGTCGTAAAATGATTTTTTCTAT
414 GAACAA-TTATATATTTCAAA-TAGTTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
*
33790 TCATAGAAGTTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAG-
476 TCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAAT-AGT
* * * * ** * * *
33851 CAAAAGATTTAAAAAATAAA-TAAGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAA
537 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAA
* * *
33915 TTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATACA
601 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACA
* ** * * * * *
33978 -AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT
664 GA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAG---GAGATTT
* * * * * * * *
34042 AAAAAATAAATATATATTTC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTT
725 -AAAAATAAATATGT-TTACTGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * * *
34106 CAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAA
788 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-CAGCTTATTCGAA
*** *
34171 ATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATG
852 ATAAAATAATAC-----TAT-AATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * *
34211 AGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTA-TCAA-ATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
* * * * *
34274 CAATTATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTTATGTTCATG
64 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGT-CATAAAATAATT-ATT-TGTTCATA
* *
34338 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
125 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * ** * * *
34403 TAAAAATAAAT-ATGTTTTTTGA-ACAGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAGAATTATCTATT
190 AAAAAATAAATCAT-TTTCTAAATACA--TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ** * *
34466 TCAAATCATTATGACCTTT-TGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTG
252 TCAAATCATTA-AAACTTTAT-TTTTATGATAAA-CAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTG
* * * *
34530 GAATAAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
314 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT
* * * * * * * *
34595 TTGTTTACTGA-AAGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTAT
377 CTGTTTACCGAGCA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTAT
* * * *
34659 AATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAATTTTATTCGAAATAAAATAATA
441 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * *
34724 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-GGAGA-TTGAAAAATAAATCTATTAATCGAA
506 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA
* * * * * * ** *
34787 TAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTTTTATGACATTTTGTTTT
570 CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
34852 GTCATAAAACAA-TTGTT-GATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAT
635 GTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
34915 ATTTCAAAATTTAATAA-GAGATTCAAAAACT-AATCTGTTTATTAAACCAA-TTCAAATTATTA
700 ATTTTAAAAATCAATAAGGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTA
* * ** * * ** * * * *
34977 TGA-TCTTTG---TTTTGTC-A--T-AAAGCAAT-TG----TTT-CTAT-TCATACAAGC--TTA
763 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTG
* * * * *
35025 TTTGAAGT-A-A-A--ATATT-G--GT-AAAT--TA--ATAATATTTTAAAAATTAATA
827 TTTCAATTCATACAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATAATATTTTGAAAATTAATA
*** ** * * * * * * *
35071 AG-AGATTTA-AAATATA---AATGTGTTTGAC-AAACCAA-TTCAAAGAGTTAAGACTA-TCAG
1 AGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-
** * * * * *
35128 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTATTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATA
62 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT--GTTCATA
* * * *
35193 TATGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATACA-TAAGA
125 CAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATA-AGTAA-A
* ** * *
35254 AATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA-AGC--TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTA
185 AATTTAAAAAATAAA-TCATTT-TCTAA-ATA-CATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
35316 TCTATTTAAAATAAATATGACCTTT-TGTTTTATCATAAAACCATT-ATTCCAATTCATAAAAGC
246 TCTATTTCAAATCATTA-AAACTTTAT-TTTTATGAT-AAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAGC
* * * * * * *
35379 TTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTACAA
307 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AA
* * * * **** * * * *
35444 AATAAGT-TAATTTATCTAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
370 AATAAATCT-GTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
* * * ** *
35508 TTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TA-TCATACATGCCTATTTGAAATA
434 TAGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATA
* * * *
35569 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAACATTTATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
498 AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * *
35632 TTTACCGAACCAGTTC-------C-TG----TTTGAACAATTATCTAATTCAAATTGTTA-GAAC
561 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-AC
* * * * * * * * *
35684 CTTTCGCTCTATTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
625 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATAC
* ** * * *
35747 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAGAAATAAATCTGTTTGCTG---A
688 TAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAA--G-GAGATTTAA-AAATAAATATGTTTACTGAACA
** * * *
35809 AG------T-GGT-T--C-A---GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTAT
749 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
35860 CATAAAACAA-TGATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATC
814 CATAAAACAATTG-TTTCAATTCATAC-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-A--TAAT-AT-
*
35924 TTTCAAAAATTAATA
872 TTT-GAAAATTAATA
* * ** * * *
35939 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
* ** ** * *
36003 AATTGTAAACATCAAAT-AGTTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTA--TTTGTTCATAC
* * * *
36067 AAGTTTATTT-G-----AA-AATCT--A---A-TAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAA-T
126 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATT
* ** ** * ** *
36118 TAAAAAATAAAT-TTGTTTGC-CGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
189 TAAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *
36181 TTCAAATCGTTATGACTTT-TGTTTTGTCATAAATGAGGTTTGTTT-GAATTCATACTAGCTTAT
251 TTCAAATCATTAAAACTTTAT-TTTTATGATAAA-CA--ATTGTTTCTAA-TCATACAAGCTTAT
* * * * * * * * *
36244 TTGGAATAAAATAA-AGTGAATTTAGTAATATTTCAAAAAATAATAAATAAGATATTTAAAAAAT
311 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
* * * * * * *
36308 AATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATATATTTCAAATCA-
373 AAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-AG
* * * ** *
36372 TTATGACCTTTTGTTTTGT--T-TACCTAA-----TC-ATT--T--TGGTTTGTTC-AGAATAAA
437 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAA
* * * * * *
36423 GTAATAATAGTCTATTAATATT-TCAAAAATT-A-A--TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTT
500 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
* * * * * * *
36483 ATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTT-AAATCGTTATGACTTT
564 ATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * *** *
36546 TTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAAT
628 TTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * **
36610 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGACC
692 TTATTAATATTTTAAAAATCAATAAG--GAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTC
* * * *
36675 AAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
754 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
36740 AAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATAATCCA
819 AACAATTGTTTCAATTCATA-CAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATA-ATATT--T--T--G
36804 AAAATTAATA
876 AAAATTAATA
* * * * *
36814 A-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACATA-TTTAAATAATTATGA-TCATTTGA
1 AGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAA
* ** * * * *
36876 ATAATTATCTATTTGAAAT-AGCATAACCTTTTGTTTTGT-AAAAAAAAATT-TTCTGTTCATCC
63 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT-TGTTCATAC
* *
36938 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTGTTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
126 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-AT
* * *
37001 TTAAAAAATAAATC-TGTTTACTAAATA-AGTTCAAATCGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTT
188 TTAAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCT
* ** ** * * * * * * ** * *
37063 ATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAGAACAATTATTTATGTTCATATAAGTTTATT
249 ATTTCAAATCATTAAAACTTTAT-TTTTATGATA-AACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATT
* * * * * ** *
37128 CGGATTAAAATAATATTAATTT-GTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
312 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA-A-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATA
* * ** ** * * * *
37192 AATATATTTATTGAATAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-T
374 AATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-AGT
* * * * * * * * *
37256 TATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGAT
438 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
37320 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG-TAAGAGAATT-AAATA-AAATATATGGTT
502 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT--TT
* * * * * * * * * * *
37382 ACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGAT-TATCTAAATAGTTATCTATTTCAAAACATTATAACCTT
564 ATCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-T
* ** * * **
37446 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCA-AGCTTATTTC-AAATAAAAT-ATTTTA
627 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAGA-ATTA-TTCAAAATAAAATAATACT-
* ** * * * * *
37508 AATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACG
689 AATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAG-GAGA-TTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * *
37573 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGGTC
751 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTC
* * ** * * * * *
37637 ATAAACCAATTGTTTCTATTTGTAAAACCTTTTTTTGACATAAAATAATAC-A-AATTTATTAAA
815 ATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-ACAGC-TTATTCGAAATAAAATAATACTATAA--TATT---
*
37700 ATTCCAAAATTAATA
873 -TT-GAAAATTAATA
* * * * * *
37715 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
* * * * * *
37779 AATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATT-TGTTCATACA
** * * * ** *
37843 ATTTTATTT-GAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATT
127 AGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATT
* * * * * * *
37906 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATT
189 TAAAAAATAAATC-ATTTTCTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * **
37970 TCAAATCA-TAATGAC-ATATTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATT
252 TCAAATCATTAA-AACTTTATT-TTTATG--AT-AAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATT
** * * * ** * * *
38032 CAAAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACAAA
312 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAA
* * * * * * * **
38093 ATCTATTTACCAAAACAA-TTCAAATATTTATGACTATTTGAACACTTATCTATCTCAAATCTTT
375 ATCTGTTTACC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
38157 ATGATC-TTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCCT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATA
439 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
* * * * * * *
38220 ATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAGTAAG-TAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTC
503 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC
* * * * * * * * * * *
38284 AAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACTTTTTGT
567 AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * *
38349 TTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
632 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** ** * * * * **
38412 TTAACATTCGAAAAAGT-AATGAGCAATACATTTTAAAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGT
695 TTAATATTTTAAAAA-TCAAT-A--AGGAGA-TTT---AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * * *
38476 TGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTGTTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
752 TCAAATA-ATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
38539 ATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
815 ATAAAACAATTGTTTCAA-TTCAT-ACAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTA---TAAT-AT-
* *
38602 TTTCAAAAGTAATA
872 TTTGAAAATTAATA
* * * * ** * * * *
38616 AGCAAGAGATTTAAAAACTGAAGT-TATTTTTTGAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
* * * * * * * * *
38680 AAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTT-TGTTTTGTCATAAAATAA-T-TATTTGTTCATAC
* * * *
38745 AAGCTTA-TTCAAATAAAAATAATACT-AATTTAATAATATT-CTAAAATTAATAAG---AGATT
126 AAGCTTATTTCGAAT-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATT
* * * * *
38804 TAAAAAATAAAT-GTGTTTGCCAAAT-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAGTTATCTAT
189 TAAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * ** *
38867 TTCAAATCATTTTGACCTTT-TTAGTTAT-AT-AATAATCATTTC-AATTCATACAAGTTTA-TT
251 TTCAAATCA-TTAAAACTTTATT-TTTATGATAAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAGCTTATTT
* * * * * **
38927 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAGAAAATA
313 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-A-AAAATA
* * * * *
38992 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCA-T
374 AATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-AGT
* * * * * * *
39056 TATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
438 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
39120 AATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-CAAGAAATTTAAAAAATAAA-TCAGTTT
502 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTT
* * * * * * * * *
39182 ATCGAATC-AGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTT
564 ATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * *
39246 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTC-A-ACATACA-AGCTTTTTCTAAATAAAATAATACTAA
628 TTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
39308 TTTATTAATATTTCAAGAATTAATAA-GAAATTTAAAAAACAAATCA-ATTTGTTAAACCAA-TT
691 TTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAGGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTACTGAA-CAAGTT
* * * ** * * *
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753 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*** * * * *
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818 AAACAATTGTTTCAATTCATAC-AGCTTATTC-GAA-ATAA-AATAAT-A-CTA-TAATATTTTG
39498 AAAATTAATA
876 AAAATTAATA
* * * *
39508 ACTATA-AGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTGT-C-GATCCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATAT
1 AGTA-AGAGATTTAAAAAATAAA-TC-TGTT-TACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * *
39568 AAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCA
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* * * * * **
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123 TACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AA
* * * * * * *
39697 ATTTAGAAAATAATTCTATTTAC-AAA-ACCAGTTCAAATAATTATAATTATTTGCACAATTATC
186 ATTTAAAAAATAAATC-ATTTTCTAAATA-CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * ** * * * *
39760 TATTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTT
248 TATTTCAAATCATTAAAACTTTAT-TTTTATGATAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATT
* * * ** * *
39825 CGAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAA
312 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAA
* * * * * * * * * *
39890 ATCTATTTGCCAAACAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCA-TT
375 ATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-AGTT
* * * * * * *
39954 ATAGCCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATGCTA-TTTCATTCGAAATAAAATA
439 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT-ATTCGAAATAAAATA
* * * * *** * * * * **
40018 ATGCAAATTTAATAATATT-TCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCC
503 ATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC
* * * * * * *** * *
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567 -AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * ** *
40146 TTTTGTCGTAAAACAATTATTTTGT-TT-GTACA-AGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTT
631 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
40208 CA-TAATATTTCAACTAAT-AAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATC-ATTTC
694 -ATTAATATTTTAA-AAATCAA-TAAGGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * * * * *
40269 AAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATA
754 AAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
40333 AAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTA
818 AAACAATTGTTTCAATTCATAC-AGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC-----TA-TAATATTTT
*
40397 AAAAATTAATA
875 GAAAATTAATA
* * * * *
40408 AGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-AAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTTG
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTA
* * * * * * * *
40472 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTT-TAATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAA
62 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGT--TTTGTCATAAAATAATTATTT--GTTCA
** * * *
40536 TACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCC-TAAATTAATAAG---AAA
123 TACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * *
40597 TTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAAT-CAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCT
187 TTTAAAAAATAAATCAT-TTT-CTAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
40660 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT-A-AAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA
249 ATTTCAAATCATTA-AAAC-TTTATTTT-T-ATGATAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTA
** * * * * *
40723 TTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTAAACAAT
310 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAT
* * * * *
40788 AAATCTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATCA-ATCTCAAATT
373 AAATCTGTTTACCG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATA
* * * * *
40851 GTTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGTTTATTCG-ATTAAAA
436 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAA
* *
40914 ATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATT-A-A--TAAGAGA-TT--AAAA-AAATGTATTT
500 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
* ** * * *** * * * * *
40970 GTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCA-AACCTT
564 ATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTT
* * * * * *
41034 TTGTTTAGTCATAAAAT-ATTTGTTTC-ATGTCTTACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAA
628 TTGTTTTGTCATAAAATAATTT-TTTCTAT-TCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTA
41096 ATTTAT
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Statistics
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1 AATAATTATACTATTT
24753 AAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * *
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* ** * * * *
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*** * * * *
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* *
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* * **
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* * * *
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* * *
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*** * * *
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:25796 original size:181 final size:181
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* * * * *
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* * * * * * *** * *
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* * * * * * * * * * *
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128 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * ** *
25556 AGATCAAATA-TTATGACTTTTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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* * * ** * **
25620 CATAAAAAAATTATTTTAGTTAATATAAAATTGTTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATAT
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* *
25685 TCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACA
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* * * * * *
25736 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGGTATAACTTTTTGTTTTGT
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** * * * *** * *
25801 CA-ATAAATGATT-TTTTGGTTCATACAAACTTATTTTGATTAAAATAATA-TAAATATATTAAT
66 CATA-AAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * *
25863 A-T-TAAGACAATTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCGAAGA
129 ATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
** * * *
25916 AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* ** * * *
25981 CATAAAGCAATTGTTTCTA-TTCAA-ACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTGATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTT-TAGTT-AATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * **
26044 ATTTCTACAAA-TAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
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* ** *
26098 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * ** *
26163 AATAAAACAATTGTTTTCAGTT-ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTT-AGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
26227 TTTTGAAAATTAATGAGTAAGGGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATA
130 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * *** * *
26279 TGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * *** *
26344 CATAAAACAATTGGTTCTA-TTTATGCAAGCTTATTTTGAATAAAACAATA-TAAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATT-GTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * ***
26407 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACA
129 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * * *
26459 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATCA-TCTTTT-TTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTG
** *
26522 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAA
65 -TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** ** *
26586 TATTAAAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * *
26640 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * ** * * * * *
26703 TCATAAAATAATTGTTTCT-GTTGATGCAAAATTATTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ***
26767 ATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAACTAAATCTATTTTTTGAA-A
129 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * * * * **
26815 CAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAAATGTTATGA-TCTTTATTTCA
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * *
26879 TCATAAAACAATTGTTCCTT--TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACCAATTTAATAA
65 TCATAAAACAATTGTT--TTAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** * *
26942 TATTCCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAGCT
128 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * * * * * *
26996 AGTTCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCT-AATCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTG
* * * * * *
27060 AT-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATTCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
65 -TCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
27124 ATT-TGAAACATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA
129 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
27171 TTGAAAAAGT
Statistics
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0.77 0.16 0.06
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184 2 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
Found at i:26927 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 25324--27261 Score: 1185
Period size: 361 Copynumber: 5.4 Consensus size: 355
25314 TAATAAATTG
* * ** * * * * *
25324 ATATTTCAAAATTAATATGAGTTTTAAAAATTCAATCTGTTTATT-AAACCAGTTTAAATAGTTA
1 ATATTTTAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
25388 TGACTATTTGAGTAATTATTTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTT-TGTTCTGTTATCAAAA-AA
65 TGACTATTTGAATAATTA-TCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTAT-TTC-ATCAT-AAAACAA
* * * * * ** * * * ** * *
25450 TAGTTTATCTTCATATAAGCTCATT-TGGATTAAAATTATACTAATTTATTAAAATTTCAATAGT
126 TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAAT
* * * * * * * * *
25514 TAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATA-TTATGACTTTTT
190 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * *
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255 GAACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* ** ** * * * * *
25641 AATATAAAATTGTTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTA
317 CATGCAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAA-TTATTA
* * * * * *** *
25681 ATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCG-AACAAGTTTAAAT
1 ATATT-TTAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAAC-AGTTCAAAT
* * * * * * * * **
25745 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGGTAT-AACTTTTTGTTTTGTCA-ATAAA
60 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTTATTTCATCATA-AAA
** * * * * * *
25808 TGATT-TTT-TGGTTCATACAAACTTATT-TTGATTAAAATAATA-TAAATATATTAATATTAAG
123 CAATTGTTTCT-ATT-ATACAAGCTTATTATTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAAA
* * * * * * **
25869 ACAATTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCGAAGAAGTTCAAATCTTTATGA
185 AAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
25933 CTATTTGAA-TAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTT
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** **
25997 CTATTCAAACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTGATTA
312 CTATTCATGCAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATT-ATTA
* **
26042 ATATTTCTACAAA-TAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAA
1 ATATTT-TA-AAATTAAT-A--AGAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTTTTGAAAC-AGTTCAA
* * * * * ** *
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58 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAA
* * * ***
26170 CAATTGTTT-TCAGTTATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTGA
123 CAATTGTTTCT-A-TTATACAAGCTTATTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAA
* * * * * *
26233 AAATTAATGAGTAAGGGAATTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATATGTTCAAATAGTTATGACT
186 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *** * *
26298 ATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
251 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
26363 TTTATGCAAGCTTATT-TTGAATAAAACAATATAAATTTATTA
315 TTCATGCAAGCTTATTCAT-ATTAAAATAATATTAA-TTATTA
**
26405 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTG-AACACGTTCAAATA
1 ATATT-TTAAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAACA-GTTCAAATA
* * * * **
26469 GTTATGACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATCATCTTTTTTTTGTTCATAAAACAA
61 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAA
*
26534 TTGTTTCTATTAATACAA--TT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAA
126 TTGTTTCTATT-ATACAAGCTTATTATT--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAA
** * * *
26596 ATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCAT
188 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
26661 TTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTG
253 TTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** *
26726 ATGCAAAATTATTCATATTAAAATAATATTGATCTATTA
318 ATGCAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAAT-TATTA
* * * *
26765 ATATTTTGAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTATTTTTTGAAACAGTTCAAATAGTTA
1 ATATTTT-AAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAACAGTTCAAATAGTTA
* *
26830 TAACCATTTGAATAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACAATTG
65 TGACTATTTGAATAATTATCTATCTC-AAATCGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTG
* * * * * * **
26893 TTCCTTTTCATACAAGCTTATTCA--GATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
129 TTTCTATT-ATACAAGCTTATT-ATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTA
* * * ** * * * * * *
26956 ATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTTAGA
192 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * *
27021 ACAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAATCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCA
257 ACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTATTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * *
27084 TTCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
319 TGCAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAA-TTATTA
* * * * * *
27122 ACATTTGAAACATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAAAAGTT-AAA-
1 ATATTTTAAA-ATT-A--A-TAAGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTTTTGAAACAGTTCAAAT
* * * * * * **
27185 AGATT-TGACTTTTTAAATAATCATTCTAATAACTTAAAGTCGTTATGAGC-TTCATTTTGTCAT
60 AG-TTATGACTATTTGAATAATTA-TCT-AT--CTCAAA-TCGTTATGATCTTTTATTTCATCAT
27248 AAAACAATTGTTTC
119 AAAACAATTGTTTC
27262 AACTAAAACT
Statistics
Matches: 1258, Mismatches: 248, Indels: 142
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 139 0.11
357 135 0.11
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
ATATTTTAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAACAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTT
TCTATTATACAAGCTTATTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTA
TTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGC
TTATTCATATTAAAATAATATTAATTATTA
Found at i:28091 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 27621--30531 Score: 484
Period size: 182 Copynumber: 16.4 Consensus size: 179
27611 TGACCTTTTG
* * * * * * * * *
27621 TTCAAACAATTAAGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAAGATCTTTTGTTT-GGC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* * ** * *
27684 ATAAAACAATTGTTTTGGTTAAG-ATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTT-GTT-TGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * ** * *
27748 T-TAGAAAATTAAT-TCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATCAT
128 TATA-AAAATTAATAAC-CAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAATTACTAAACCAA
** * * * * * * * *
27801 TTC-AATAAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGTA
1 TTCAAAT-AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* * * ** ** * * *
27865 ATCAAACAATTGGTTCTATTAATACT-ATTTTATT-TGAAATAAAATAATGCTAATTTGATAATA
65 ATAAAACAATT-GTTTTGTTTGTA-TAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
27928 TTATAAAACTTAATAACCAAGAAAATTTTTAAAAA-AAATCTAATTA-TCGAACCAA
127 TTATAAAAATTAATAACCAAG-AAA-TTTAAAAAATAAAT-TAATTACT-AAACCAA
* * * *
27983 TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACGATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* *
28047 ATAAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
65 ATAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTA
** * ** ** *
28112 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACTAAATTAG
130 TAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATTAATTACTAAACCAA
* * *
28162 TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
** ** * ** * * * * ** *
28227 TAAAACAATTGTTCCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATCC
66 TAAAACAATTGTT-TTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT-T
* ** * * * *
28292 A-AAAAATTAATGAGAAAGATATTTAAAAAAGTAAGTCTATTTACCATTTGAA-CAA
129 ATAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAA-TAAAT-TAATTA-C---TAAACCAA
*** * * * * * * * ** *** * * *
28347 TT-GTCTATTTAAAATTGTTATAAC--TTTTTTATTTGTCAT-AAAAT-A-ATTGT-TTAAGT--
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
* * * * * ** ** * * * **
28403 TAATACAA--GCTTAG-TTGAAATAA---AATAAT-ATTAATTTATTAAT-ATCTCCTAA-A--A
66 TAAAACAATTGTTTTGTTTG-TATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTA
* * ** ** *
28457 T--AAT--AAT-A--AA-AAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAA
130 TAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAA-TTAATTACTAAACCAA
* * * * ** * * * *
28500 TT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTT-TTTTGT
1 TTCAAA-TAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGT
* **** * ** * *
28562 CATAAAATAATTGTTTTTGACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTG-TTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* ** * **
28627 T-TCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCAA
128 TAT-AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAATTACT-AAACCAA
** * * * * * * * **
28680 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATCTTTT-TTTTTTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA-TTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* * ** * * *
28743 ATAAAACAATTATTTATGATCATAGAAGCTTATTCAG-TTAAAAATAATATTAATTTAATAATAT
65 ATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTATAAGCTTATTCTGATT-AAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * *
28807 T-TCAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAAGAAATTTATTTGCCAAACCAG
128 TAT-AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAA-TTAATTACTAAACCAA
* * * * * * * *
28856 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTACCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
* * * * * * * * *
28921 TAAAATATTTGTTTCCTATCT-TACATGCTTATT-TGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAA
66 TAAAACAATTGTTT--TGTTTGTATAAGCTTATTCT-GATTAAAATAATACT-AATTTAATAATA
* * * * *
28983 TT-TGAAAAATTAATAAGCAA-AATATTTGAAAAAATAAATCCATTTA-TCAGACAAA
127 TTAT-AAAAATTAATAACCAAGAA-ATTT-AAAAAATAAAT-TAATTACT-AAACCAA
* * * * * * * * *
29038 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGAC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-ATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* ** * ** * **
29102 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTATA-AGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * ** * *
29166 T-TCAAAAATTAATAAACAAG-AGTTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAA
128 TAT-AAAAATTAATAACCAAGAAATTT-AAAAAATAA-ATTAATTACTAAACCAA
* * * * *
29219 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTGTCTA-TGGAAAATCGTTCTGACC-TTTCGTTTTG
1 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTG-AAATCGTTATGACCTTTTC-TTTAG
* ** * * ** * *
29281 TCACAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
63 TCATAAAACAATTGTTTT--GTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
* ** ** * * ** * ** *
29346 ATT-TCAAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATATGTTTACCAAGTCAG
126 ATTAT-AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAATTACTAAACCAA
* * * * * * * *
29401 TTC-AA-A--T-A-ATTA-T-G-GCCATT-TC-A-AT--AATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
* * * ** * * * * *
29452 TATAATAATTGTTTTGATCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-T
66 TAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT
** * * ** * ** *
29516 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAG
131 -AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAATTACTAAACCAA
* * * * * * * * * * *
29567 TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTA-TA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTT-TAGTC
* * * * * *
29631 ATAAAACAATTATTTT-TATT-CATCCAAGCTGT-TT-TGAAATAGAATAATACTAATATAATTA
65 ATAAAACAATTGTTTTGT-TTGTAT--AAGCT-TATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAA
** * * * * * * *
29692 TATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTAG
125 TATTATAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATTAAT-TACTAAACCAA
* * * * * *
29748 TTCAAATAGTTAAGACTA-CATGAATAATTATCTATTTTAAATTGTT-T----TTGT-TTT-GCC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
** * * * * *
29805 ATAAAACAATT-TTTTCAATT-CATAATAGCTTATGT-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
65 ATAAAACAATTGTTTT-GTTTGTAT-A-AGCTTAT-TCTGATTAAAATAATACT-AATTTAATAA
** * * * *
29866 TATT-TCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTTACCT-AACCAG
125 TATTAT-AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATTA--ATTA-CTAAACCAA
* * * * * * * * * **
29922 TTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTG
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
* * * * * * * * *
29987 TAAAATAAATAT-TTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAGATAAAAAAAATACTAATCTATTAATAT
66 TAAAA-CAAT-TGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTC-TGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * *
30051 T-TCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCT-AACCAG
128 TAT-AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAA-TTAATTA-CTAAACCAA
* ** * * * * * *
30100 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATCTA-TC
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTC
* * * * * *
30163 ATAAAATAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTGT-TT-GTATAAGCTTATTCT-GATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * ** ** * * **
30227 TTTTGACAATTAATAAGTAA-AAATTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGA
127 TTATAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAATTACTAAAC-CAA
* * * * * * * *
30281 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAACCGTTATAATCTTTTCTTT-GTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGTCA
* * ** ** * * *
30344 TAAAA-AATATATATTTCAATTCATATAAAATTATTC-GAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAA
66 TAAAACAAT-TGT-TTT--GTTTGTATAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAAT-TTAATAA
* * *** * * * *
30406 TATTTTGAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAA-CAA
125 TATTATAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAATTACTAAACCAA
* * ** * * * *
30461 GTCTAAATAATTATA-ACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 TTC-AAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTCTTTAGT
30525 CATAAAA
64 CATAAAA
30532 TGATTTTTTT
Statistics
Matches: 2044, Mismatches: 507, Indels: 357
0.70 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
152 3 0.00
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172 6 0.00
173 22 0.01
174 115 0.06
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179 110 0.05
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TAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT
AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATTAATTACTAAACCAA
Found at i:28478 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 28183--28478 Score: 339
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
28173 AAGACTATTA
* * * * *
28183 GAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCAGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAGTTAA
* * * *
28248 TACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATCCAAAAAATTAATGAGAAAGATA
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAGAAA
28313 TTTAAAAAAGTAAGTCTATTTACCATTT
131 TTTAAAAAAGTAAGTCTATTTACCATTT
* * * * * *
28341 GAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTAT-AACTTTTTTATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTA
1 GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGT-TTAGTCATAAAACAATTGTTCAAGTTA
* * * ** *
28405 ATACAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTCCTAAAA-TAATAATAAA-
65 ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATC-CAAAAAATTAATAAGAAAG
*
28467 AAATTTGAAAAA
128 AAATTTAAAAAA
28479 TAAATTTGTT
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GAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAGTTAA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAGAAA
TTTAAAAAAGTAAGTCTATTTACCATTT
Found at i:28571 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 28372--30796 Score: 864
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28362 TGTTATAACT
* * * *
28372 TTTTTATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAATATTAA
1 TTTTT-TTTGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATATTAA
* * * * *
28437 TTTATTAATATCTCCTAAAATAATAATAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATT
64 TTTATTAATAT-TTC-AAAATAATAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATT
* * *
28502 -AAAGTAATTATGGT-C-ATTTGAATGATTATCTA-TTTCAAATCATTATG-TCC
127 CAAA-TAATTAT--TACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATCATTAAGAT-C
* * *
28552 TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATATTAAT
* * * *
28617 TTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATT
65 TTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATT
* **
28682 CAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATTAGTCTCAAATTGTTAAGATC
127 CAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATTAGTCTCAAATCATTAAGATC
* * * * * **
28732 TTTTTTTTTTCATAAAACAATTATTTATGATCATAGAAGCTTATTCAGTTAAAAATAATATTAAT
1 TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCTTATTAAAAT-AAAATAATATTAAT
* * * * * *
28797 TTAATAATATTTCAAAA-ATTAATAAAAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAA
65 TTATTAATATTTCAAAATAATAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAA
* ** * * * * * *
28861 ATAGTTAAAACTATTAGAATAATTACCTA-TTTTAAATCATTCTA-ACC
130 ATAATTATTACTATTTGAATAATTA-TTAGTCTCAAATCATT-AAGATC
* * * * * ** * *
28908 TTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCCT-ATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAATCTCA
1 TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGATCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATATTA
* * * * *** * * *
28972 ATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAATCCATTTATCAGACAA
63 ATTTATTAATATTT-CAAAA-TAATAA-TAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA
* * * * * * *
29037 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTAATTA-TTTAAAATCATTATGACC
124 ATTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATT-ATTAGTCTCAAATCATTAAGATC
* * * * * *
29090 ATTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
1 -TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGATCATACA-AGCTTAT-TAAAATAAAATAATATT
* * * * *
29153 AATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA-ACAAGAGTTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACA
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* * * * * *** * ** *
29217 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTA-TGGAAAATCGTTCTGACC
123 AATTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATCATTAAGATC
* * * * * *
29271 TTTCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 TTT-TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT--GATCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATATT
** * * * **
29335 AATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATATGTTTACCAAGTCA
62 AATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA
* ** * * *
29400 GTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATCATTA-T-T---A-C--------C
124 ATTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATTAGTCTCAAATCATTAAGATC
* * * * * *
29439 TTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATATTAA
* * * * ** *
29503 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGT
64 TTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAT
* * * * * * *
29568 TAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACT-TCAAATCATTATA-ACC
126 TCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATCATTA-AGATC
* * * * * * * * * * *
29619 TTTTGTTCTATAATAAAACAATTATTT-TTATTCATCCAAGCTGTTTTGAAATAGAATAATACTA
1 TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGA-TCATACAAGCT-TATTAAAATAAAATAATATTA
* * * * * * *
29683 ATATAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTA
63 AT-TTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA
* * ** ** **
29747 GTTCAAATAGTTAAGACTACATGAATAATTATCTA-T-TTTAA--ATT--G-T-
124 ATTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATCATTAAGATC
* * * * *
29793 TTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTT-TCAATTCATA-ATAGCTTATGTAGAATAAAATAAAAT
1 TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT-GA-TCATACA-AGCTTAT-TAAAATAAAATAATAT
* * * *
29855 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTTACCTAA
61 TAATTTATTAATATTTC-AAAA-TAATAAT--AAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAA
* * * * * * * * *
29918 CCAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTA-TTTCAAATCCTTATGACC
121 CCAATTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTA-TTAGTCTCAAATCATTAAGATC
** * * * * * * * * * * *
29974 TTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAGATAAAAAAAATACTA
1 TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCTTATT-AAAAT-AAAATAATATTA
* * * * * * *
30039 ATCTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCTAACCAGTTC
63 ATTTATTAATATTTCAAAATAATAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTC
* * ** * ** *
30103 AAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTA-TTTCAAATTGTTATGA-C
128 AAATAATTATTACTATTTGAATAATTA-TTAGTCTCAAATCATTAAGATC
* * * * ** * *
30151 TTTTTATCTATCATAAAATAATAGTTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT
1 TTTTT-TTTGTCATAAAATAATTGTTTAT-GA-TCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATATT
* * ** * * *
30215 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTT
62 AATTTATTAATA-TTTCA-AAATAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-C
* * * * * * *
30279 GA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCTA-TTTCAAACCGTTATA-ATC
123 AATTCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATCATTA-AGATC
* * * * ** * * *
30332 TTTTCTTTGTCATAAAA-AATATATATT-TCAATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAGTAATAC
1 TTTTTTTTGTCATAAAATAAT-TGT-TTAT-GA-TCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATAT
* * * * * *
30395 T-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAA-
61 TAAT-TTATTAATA-TTTCAAAA-TAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
* * * * * * ** *
30458 CAAGTCTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTA-TTTGAAATCGCTATA-ACC
122 CAATTC-AAATAATTATTACTATTTGAATAATTAT-TAGTCTCAAATCATTA-AGATC
* * * *
30514 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTAT-ATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT-A-A-
1 TTTT-TTTTGTCATAAAAT-A-ATTGTTTATGA-TCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATAT
* * * * * * *
30575 -AA--CA--AAT-TTAC-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAA
61 TAATTTATTAATATTTCAAAATAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA
** * * * * * * *
30632 TTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTA-TTTTAAATTATTATGA-C
125 TTCAAATAATTATTACTATTTGAATAA-TTATTAGTCTCAAATCATTAAGATC
* * * * * * *
30683 TTTTTCCTTTTTCATAAAACAATTGTGTT-TTATTATATAAGCTTATATAGATTAAAATAATATT
1 TTTTT--TTTGTCATAAAATAATTGT-TTATGATCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATATT
30747 AATTTATTAATATTTCAATAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
62 AATTTATTAATATTTC-A-AAATAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT
30797 ATGCTTACTG
Statistics
Matches: 1736, Mismatches: 384, Indels: 249
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 110 0.06
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATATTAATT
TATTAATATTTCAAAATAATAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAA
TAATTATTACTATTTGAATAATTATTAGTCTCAAATCATTAAGATC
Found at i:28774 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 28337--31667 Score: 1499
Period size: 180 Copynumber: 18.8 Consensus size: 178
28327 TCTATTTACC
* * ** * * *
28337 ATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATA-ACTTTTTTATTTGTCATAAAATAATTGTTTAA
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTA-AGACCTTTTT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTAT
* * * * * *
28401 GTTAATACAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTCCTAAAA-TAATAAT
63 GATCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAT
* * * * * *
28464 AAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATT-AAAGTAATTATG-GT
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAA-TAGTTATGACT
* * * * * *
28516 CATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG
1 -ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTAAGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATG
* *
28581 ACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAA
64 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAA
* * * *
28646 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATTACT
128 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * *
28697 ATTTGAATAATTATTAGTCTCAAATTGTTAAGATCTTTTTTTTTTCATAAAACAATTATTTATGA
1 ATTTGAATAATTATTA-TTTAAAATCATTAAGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGA
* ** * *
28762 TCATAGAAGCTTATTC-AGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAATAAA
65 TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAA
* * * * **
28823 AGATTTAAAAAAGAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACT
129 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
28873 ATTAGAATAATTACCTATTTTAAATCATTCTA-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCC
1 ATTTGAATAATTA-TTATTTAAAATCATT-AAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-A
* * *** * *
28937 T-ATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAG
62 TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
* * *** * * *
29000 CAAAATATTTGAAAAAATAAATCCATTTATCAGACAAATTCAAATAGTTATGACT
125 TAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * *
29055 ATTTGAAGAATTAATTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCA-
1 ATTTGAATAATT-ATTATTTAAAATCATTAAGACC-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AT
* * *
29119 GTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA-A
63 GATCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATA
* * * *
29182 CAAGAGTTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACT
127 AAAGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * ** * *
29236 ATTTAAACAATTGTCTATGGAAAATCGTTCTGACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TC
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTAAGACCTTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-
* * *
29300 AGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAATT
63 -GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T
** * * * ** * * * *
29365 AAGTGATTTAAAAAGTCAATATGTTTACCAAGTCAGTTCAAATAATTATGGCC
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
29418 ATTTCAAT-A--ATCA--T----T-ATT---ACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGA
1 ATTTGAATAATTATTATTTAAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGA
* * * * *
29469 TCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAA
* * ** * *
29534 AGATTTACAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACT
129 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
29584 ATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTCTATAATAAAACAATTATTT-T
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTA-AGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT
* * ** * * *
29647 TATTCATCCAAGCTGT-TTTGAAATAGAATAATACTAATATAATT-ATATTCCAAAAATTAATAA
63 GA-TCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
29710 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
125 -TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
** * * *
29765 ACATGAATAATTATCTATTT-TAA--ATT--G--TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTT-TC
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-
* * *
29821 AATTCATA-ATAGCTTATGT-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-
63 GA-TCATACA-AGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
29882 ATGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTTACCTAACCAGTTGAAATAATTATGACT
124 AT--AAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * * * *
29939 ATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTG
1 ATTTGAATAATTA-TTATTTAAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATG
* * * * * * * *
30004 TTTATATAAGTTTGTTCAAGATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAA
64 ATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAA
* * * * * *
30066 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
128 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
** * ** * * * * *
30117 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTATCTATCATAAAATAATAGTTT-TC
1 ATTTGAATAATTA-TTATTTAAAATCATTAAGACCTTTTT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-
* *** * ** *
30180 TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
63 GA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T
** * * **
30245 AAAA-ATTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGA-TCAAATAGTTATGACT
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-CAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
30297 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAACCGTTATA-ATCTTTTCTTTGTCATAAAA-AATATATATT-
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTA-AGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAAT-TGT-TTA
* * ** * * **
30359 TCAATTCATATAAAATTATTCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
62 T-GA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
30423 ATTGAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAA-CAAGTCTAAATAATTATAACT
124 A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTC-AAATAGTTATGACT
* * * ** * * *
30479 ATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTT
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTA-AGACCTTTT-TTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTT
* *
30543 AT-ATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAAAC-AA---ATT--TA---C---AATTAATA
61 ATGA-TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * **
30594 AGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACT
124 A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
30649 ATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTATTATGA-CTTTTTCCTTTTTCATAAAACAATTGTGTT-
1 ATTTGAATAA-TTATTATTTAAAATCATTAAGACCTTTTT--TTTGTCATAAAACAATTGT-TTA
* * * * * *
30712 TTATTATATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAA
62 TGATCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAA
* * **
30775 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAA-CAAGTTCAAATAG---T--C-
125 -TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * * *
30824 A--TG-ATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACC-CTTTGTT-TCAATTTATATAA--GTTTAT
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTAAGACCTTTTTTTTGTC-A-TAAAACAATTGTTTAT
* * * *** * * ** *
30882 --TC--A-AA----A-T-AAAATAATATTAAT--TTA-TTAAT-AT-TCCAAAAATTAATGAGTA
63 GATCATACAAGCTTATTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATA
* * * * * **
30931 AGAA-AATTAAAAGATGAATATGTTTACCGAA-CATGGTCAAATAGTTATGACT
127 A-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
30983 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGGTTT-
1 ATTTGAATAATTAT-TATTT-AAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTA
* * ** *
31046 TGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGG
62 TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-A
* * * * * *
31110 TAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAA-CATGTTCAAATAGTTATAACT
125 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** *
31163 ATTTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCT
1 ATTTGAATAATTAT-TATTTAAAATCATTAAGACC-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT
* * * * * * *
31228 -ATTCATAAAAACCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAA
63 GA-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AA
* * * * *
31292 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-GAGCAAGTTTAAATAGTTATGACT
125 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
* * ** ** * *
31346 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTCTTTT-TCATAAAACAATTATTCTAT
1 ATTTGAATAATTA-TTATTTAAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TAT
** ** * *
31410 --TCATACAATTTTATTTGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
63 GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-T
*** * * *
31472 TGGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTA-CAAA-CAAGTTCAAATAGTCATG-TT
126 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** *
31523 CATTTGAACT-ATCACCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 -ATTTGAA-TAATTA-TTATTTAAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* ** *
31587 T-ATTCGTACAAAATTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATT--TAA
62 TGA-TCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
31647 TAAGAGATTTAAAAACTAAAT
125 TAAAAGATTTAAAAAATAAAT
31668 CTATTTATCG
Statistics
Matches: 2426, Mismatches: 535, Indels: 384
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
153 37 0.02
154 7 0.00
155 2 0.00
156 5 0.00
157 2 0.00
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159 6 0.00
160 1 0.00
161 2 0.00
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185 4 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAATAATTATTATTTAAAATCATTAAGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGAT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAG
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
Found at i:29703 original size:529 final size:522
Alignment explanation
Indices: 28956--29935 Score: 1103
Period size: 529 Copynumber: 1.9 Consensus size: 522
28946 TGCTTATTTG
* *
28956 GAATAAAATAATCTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATCTCAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA
* * * * *
29021 TCCATTTATCAGACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTAATTATTTAAAATCATTAT
66 TCCATTTACCAAACAAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTACTTAAAATCATTAT
*
29086 GACCATTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
131 AACCATTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
** * * * *
29151 CTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAG-TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAA
196 CTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAAT-AACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATCTACCAA
* ** *
29214 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATGGAAAATCGTTCTGACCTTTCGTTT
259 ACAAATTCAAATAGTTAAGACTACATAAACAATTATCTATGGAAAATCG-T-T----TTT-GTTT
* * * *
29279 TGTCACAAAACAATTGTTTTCAGTTCATACA-AGTTTAT-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
317 TGCCACAAAACAATT-TTTTCAATTCATA-ATAGCTTATGT-AAAATAAAATAA-AATGAATTTA
* * *
29341 TTAATATTTCAAAAACTAATAAT-TAAGTGATTTAAAAAGTCAA-TATGTTTACC-AAGTCAGTT
378 TTAATATTTCAAAAACTAAT-ATGCAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTTACCTAA-CCAGTT
29403 CAAATAATTATGGCCATTTCAATAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTG
440 CAAATAATTATGGCCATTTCAATAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTG
29468 ATCATATAAGTTTATTCA
505 ATCATATAAGTTTATTCA
** * * *
29486 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-ACAAAATAA
1 GAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAA
** ** * * *
29549 ATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-GTATACTTCAAATCATT
65 ATCCATTTACCAAACAAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAT-TACTTAAAATCATT
* * * * *** *
29613 ATAACCTTTTGTTCTAT-A-ATAAAACAATTATTTTTA-TTCATCCA-AGCTGT-TTTGAAATAG
129 ATAACCATTTGTT-T-TGACATAAAACAATT-GTTTCAGTTCAT-AATAGCT-TATCCAAAATAA
29673 AATAATACTAATATAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATC
189 AATAATACTAAT-TAATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATC
* * * * * *** *
29737 TGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTTTTGTTTT
253 TACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTACATAAACAATTATCTATGGAAAATCGTTTTTGTTTT
* *
29802 GCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATGTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAAT
318 GCCACAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATGTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAAT
* *
29867 ATTTCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAGTTGAAATAAT
383 ATTTCAAAAACTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATAAT
29932 TATG
448 TATG
29936 ACTATTTGAA
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 58, Indels: 41
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
520 7 0.02
521 95 0.25
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527 1 0.00
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531 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (522 bp):
GAATAAAATAATCTCAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA
TCCATTTACCAAACAAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTACTTAAAATCATTAT
AACCATTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
CTAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACCAAAC
AAATTCAAATAGTTAAGACTACATAAACAATTATCTATGGAAAATCGTTTTTGTTTTGCCACAAA
ACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATGTAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAA
AACTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGGCCA
TTTCAATAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTGATCATATAAGTTTATT
CA
Found at i:30685 original size:532 final size:521
Alignment explanation
Indices: 29519--30798 Score: 1232
Period size: 532 Copynumber: 2.4 Consensus size: 521
29509 AATCTTTCAA
* * ** *
29519 AAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACT
1 AAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
29584 ATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATAATAAAACAATTA-TTTTT
65 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGA-CTTTT-TTCTATCATAAAACAA-TAGTTTTT
* * * * * * *
29648 ATTCATCCAAGCTGT-TTTGAAATAGAATAATACTAATATAATT-ATATTCCAAAAATTAATAAC
127 ATTCATACAAGCT-TATTTGGATTAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
29711 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAATAAT
190 TAA-AAATTTAAAAAATAAATATATCTACCAAACTAGATCAAATAGTTAAGACTACATGAATAAA
* * **
29776 TATCTATTTTAAATTGTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATGTA
254 TATCTATTTCAAATTATTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAAATTATGTA
*
29841 GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATT
319 GAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATG-AAGAGATTTAAAAAATAATT
* * * * * *
29906 ATGTTTACCTAACCAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCCTTATG
382 ATATTTACCAAACAAGTTGAAATAATTATAACTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCCTTATA
** * *
29971 ACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAGATAAAAAAAATA
447 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTATTTATACAAGTTTGTTCAAGATAAAAAAAATA
*
30036 CTAATCTATT
512 CTAATATATT
* * * * * *
30046 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTT
1 AA-A-TT-AATAAGT-A-AA-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
* ** * *
30111 ATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATCTATCATAAAATAATAGT
59 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTT-TCTATCATAAAACAATAGT
** *
30176 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
123 TTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * **
30241 AAGTAAAAATTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
187 AAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATCTACCAAACTAGATCAAATAGTTAAGACTACATGAATA
*
30306 AATATCTATTTCAAACCGTTATAATCTTT-TCTTTGTCATAAAA-AATATATATTTCAATTCAT-
252 AATATCTATTTCAAA---TTAT--T-TTTGT-TTTGCCATAAAACAAT-T-T-TTTCAATTCATA
* * * **
30368 ATAAAATTAT-TCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTG-AGA
307 AT-AAATTATGTAG-AATAAAATAA-AATAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-TGAAGA
*
30430 GATTTAAAAAATGAA-TATATTTACCAAACAAGTCT-AAATAATTATAACTATTTCAACAATTAT
366 GATTTAAAAAAT-AATTATATTTACCAAACAAGT-TGAAATAATTATAACTATTTCAACAATTAC
* ** *
30493 CTATTTGAAATCGC-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTATATTTATACAAGC
429 CTATTTCAAATC-CTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAATATTTT-TATTTATACAAG-
*
30557 TTAT-TTCAA-ATAAAATAAA-AC-AA-AT-TT
490 TT-TGTTCAAGATAAAAAAAATACTAATATATT
* * **
30584 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACT
1 A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
30649 ATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTCCTTTTTCATAAAACAATTGTGTTTT
65 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTT--TCTATCATAAAACAATAGT-TTTT
* * * *
30714 ATT-ATATAAGCTTATATAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAGT
127 ATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGT
30777 AAAAGATTTAAAAAATAAATAT
191 AAAA-ATTTAAAAAATAAATAT
30799 GCTTACTGAA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 100, Indels: 74
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
527 2 0.00
528 1 0.00
529 2 0.00
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534 6 0.01
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543 7 0.01
544 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (521 bp):
AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTTCTATCATAAAACAATAGTTTTTATTC
ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA
TTTAAAAAATAAATATATCTACCAAACTAGATCAAATAGTTAAGACTACATGAATAAATATCTAT
TTCAAATTATTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAAATTATGTAGAATAAA
ATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTACC
AAACAAGTTGAAATAATTATAACTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGT
TTTGTCATAAAATAAATATTTTTATTTATACAAGTTTGTTCAAGATAAAAAAAATACTAATATAT
T
Found at i:31554 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 30879--31680 Score: 899
Period size: 363 Copynumber: 2.2 Consensus size: 360
30869 TATATAAGTT
* * * * *
30879 TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATTAATAA-AAGATTTAAAA
* * * * *
30943 GATGAATATGTTTACCGAACATGGTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAA
64 AATAAATATATTTATCGAACAAGGTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAA
* * * * * * *
31008 TATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAA
129 TATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACAAA
* *
31073 ATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTC
194 ATAATATAAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * **
31138 TAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTT
259 TAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATCACCTATTTCAAATCATTATGA-AATTTT
**
31203 GTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATA-AAAACC
323 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAA-C
*
31241 TATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAA
1 TATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATT-AATAAAAGATTTAAAA
* * * * * * *
31306 AATAAATTTATTTATCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
64 AATAAATATATTTATCGAACAAGGTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAA
* * * **
31371 TGTTATTATCTTTTCTTTT-TCATAAAACAATT-ATTCTATTCATACAATTTTATTTGAAACAAA
129 TATTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACAAA
* ** * *
31434 ATAATACT-AATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTTAAGAAATAAATTTGT
194 ATAATA-TAAATATATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGGTAAAAATTTTAA-AAATAAATATGT
** *
31496 TTAC-AAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTTCATTTGAACTATCACCTATTTCAAATCATTATGAAA
255 TTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACAATCACCTATTTCAAATCATTATGAAA
* *
31559 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAAAT
319 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAC
* * * * *
31601 TATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAA-T-TTAATAAGAGATTTAAAAAC
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATTAATAAAAGATTTAAAAAA
*
31663 TAAATCTATTTATCGAAC
66 TAAATATATTTATCGAAC
31681 TAATTTAAAT
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 60, Indels: 25
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 32 0.09
356 2 0.01
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358 4 0.01
359 24 0.06
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361 106 0.29
362 45 0.12
363 111 0.30
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATTAATAAAAGATTTAAAAAA
TAAATATATTTATCGAACAAGGTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATA
TTATGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACAAAAT
AATATAAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTA
AACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATCACCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAC
Found at i:31755 original size:141 final size:145
Alignment explanation
Indices: 31540--31811 Score: 329
Period size: 141 Copynumber: 1.9 Consensus size: 145
31530 ACTATCACCT
* * * *
31540 ATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAAATTATT
1 ATTTCAAATCATTAAGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATCATT
* ** *
31605 AAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATT-TCAAAATT-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
66 AAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA
31667 TCTATTTATCGAACTA
130 TCTATTTATCGAACTA
* * * **
31683 ATTT-AAATCATTAAG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTCATT
1 ATTTCAAATCATTAAGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATCATT
** * * *
31746 TGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA
66 AAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA
31811 T
130 T
31812 ATGTTTGCTG
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 18, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
141 63 0.59
142 17 0.16
143 4 0.04
144 8 0.07
145 15 0.14
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (145 bp):
ATTTCAAATCATTAAGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATCATT
AAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT
CTATTTATCGAACTA
Found at i:31938 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 31700--32700 Score: 551
Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 178
31690 TCATTAAGAT
* * * * * *
31700 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-GTTCATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTGCTA
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
31764 AATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAA-
65 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATATATTTACAG-ACCAAG
* * ***
31828 TTCAAATAGTTAAGA-TTATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC
128 TTCAAATAGTTAAGACTT-TTAGAACAATTATCTATTTAAAATAAATAT-ACC
*
31880 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTCTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * **
31945 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAGTA
65 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA-AGTAAGAAA-TTT-AAAAATAAATATATTTACAGACCA
* * * *
32009 AGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATACC
126 AGTTCAAATAGTTAAGACTTTTAGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATACC
* * * *
32062 TTTTGTTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCTGAAATAAAATAATACT
1 TTTTG--TTTAGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * *
32126 ACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAAATTTAAAAA-ACAAGTCA-ATTTATCAAAT
64 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATA-AA-T-ATATTTA-CAGAC
* ** * * * * * * * * *
32189 CGA-TTCAAATAACTATTGCCTTTCA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTACAAAC
124 CAAGTTCAAATAGTTA-AGACTTTTAGAACAATTATCTATTTAAAATAAATA-TACC
* * *
32244 TTTTGTTT-GTCATAAAACAATTAGTTTTCA--TCATATAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATAC
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATT--TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* ** * * * * *
32305 TAATTTATTAATATTCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT----A-C-T
63 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATATATTTACAGACCAA
* * * * * *
32364 G-T--ATTAGTT---CCATTT-GAAC-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
127 GTTCAAATAGTTAAGACTTTTAGAACAATTATCTATTTAAAATAAATAT-ACC
* * * * * * *
32409 TTTTATTTTA-TTATAAAATAA-TTTTTCAGTTCATATAAGCATA-TTCAGAATAAAATAATACT
1 TTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT
* * * * * **
32471 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTC-GAAGT
64 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATATATTT-ACAG-ACC
* * * * * * * *
32535 AA-TTTAAACAATTAAGAC-CTTATGACCAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACT
125 AAGTTCAAATAGTTAAGACTTTTA-GAACAATTATCTATTT-AAAATAAATAT-ACC
* * * * * * ** *
32589 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGGTTGTTCAAAATTAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* **
32654 -TTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAAT
66 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAAT
32701 CCGTTTACCA
Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATATATTTACAGACCAAGTTC
AAATAGTTAAGACTTTTAGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATACC
Found at i:32068 original size:863 final size:851
Alignment explanation
Indices: 30907--32551 Score: 1825
Period size: 863 Copynumber: 1.9 Consensus size: 851
30897 ATTAATTTAT
* *
30907 TAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAGATGAATATGTTTACCGAACATGGTCAAA
1 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAGATAAATATGTTTACCGAACAT-GTCAAA
* * *
30972 TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAAC
65 TAGTTAAGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAAC
* * *
31037 AATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAA
130 AATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTTCAAAAA
*** * * *
31102 TTAATAGGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTT
195 TTAATACACAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * **
31167 GAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTG-TTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTA-T
260 GAAGAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTTGTTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGT
31230 TCATAAAAACCTATTCAG-AATAAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAAAAATT-ATTAA-
324 TCATAAAAACCTA-TCAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAATT-CAAAAATTGA-TAAG
* ** * * ** **
31291 ATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-GAGCAAGTTTAAATAGTTA-TGACTATTTGAAC
385 ATAAAA-ATTTAAAAAACAAATCAATTTATCAAAGCAA-TTCAAATAACTATTGACT-TTCAAAC
* ** ** * *
31354 AATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTCTTTTTCATAAAACAATTA-TTCT-ATTCATACA
447 AATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTCTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTCA-TCATACA
*** * *
31417 ATTTTATTT-GAAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT
511 AGCCTATTTAG-AACAAAATAATACTAATATATTAATATTC-AAAAAGTAATAAGTAGGAGATTT
*
31481 AAGAAATAAATTTGTTTACAAACAAGTTCAAATAGTCATGTT-CATTTGAACTATCACCTATTTC
574 AAAAAATAAATTTGTTT----AC-AG-T---AT--T-A-GTTCCATTTGAAC-ATCACCTATTTC
* * *
31545 AAATCATTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCGTACAA-AATTATTAA
625 AAATCATTAT-AACATTTTATTTTATCATAAAACAATT-TTTC-AGTTCATACAAGAA-TATTAA
** *
31607 GAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATT-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATC
686 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
31669 TATTTATCGAACTAATTTAAATC-ATTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
751 TATTTATCGAACTAATTTAAA-CAATTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
31733 ATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAA
815 ATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAA
* * * * *
31770 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATATGTTTGCTGAACCAAT-TCAA
1 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAGATAAATATGTTTACCGAA-C-ATGTCAA
* * * * *
31833 ATAGTTAAGATTAT-TAGAGCAATTATCTATTT-TAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAA
64 ATAGTTAAGACTATCT-GAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAA
* *
31896 AATAATTTCTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACA-TTC
127 AACAATTGCTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTTC
* ** *
31959 AAAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AGAGTAAGTTTAAATAGTTA
190 -AAAAATTAATACACAA-AAATTTT-AAAAATAAATATATTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
32023 TGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATAT-ACC-TTTTGTTTTTATCATAAAACAATT
251 TAACTATTTGAAGAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTTGTTTTTATCATAAAACAATT
*** * * *
32086 GTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGA
316 GTTTTAGTTCATAAAAACCTATCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTGA
* * * * * *
32151 TAAGTTAGAAATTTAAAAAACAAGTCAATTTATCAAATCGATTCAAATAACTATTGCCTTTCAAA
381 TAAGATAAAAATTTAAAAAACAAATCAATTTATCAAAGCAATTCAAATAACTATTGACTTTCAAA
* * * *
32216 TAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTCATCATATA
446 CAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTCTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTCATCATACA
* * **
32281 AGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATTTAA
511 AGCCTATTTAGAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCAAAAAGTAATAAGTAGGAGATTTAA
* * * *
32346 AAAATAAATTTGTTTACTGTATTAGTTCCATTTGAACATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
576 AAAATAAATTTGTTTACAGTATTAGTTCCATTTGAACATCACCTATTTCAAATCATTATAACATT
* * * * *
32411 TTATTTTATTATAAAATAATTTTTCAGTTCATATAAGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
641 TTATTTTATCATAAAACAATTTTTCAGTTCATACAAGAATATTAAGAATAAAATAATACTAATTT
* *
32476 AATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGTAATTTA
706 AATAATATTTCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAATTTA
32541 AACAATTAAGA
770 AACAATTAAGA
32552 CCTTATGACC
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 99, Indels: 70
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
848 1 0.00
849 47 0.07
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Consensus pattern (851 bp):
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAGATAAATATGTTTACCGAACATGTCAAAT
AGTTAAGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACA
ATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTTCAAAAAT
TAATACACAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
AAGAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTTGTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
ATAAAAACCTATCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTGATAAGATAAAA
ATTTAAAAAACAAATCAATTTATCAAAGCAATTCAAATAACTATTGACTTTCAAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTACAAACTTTTCTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTCATCATACAAGCCTATTTA
GAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCAAAAAGTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACAGTATTAGTTCCATTTGAACATCACCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTATC
ATAAAACAATTTTTCAGTTCATACAAGAATATTAAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
CAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAATTTAAACAATTAAGA
TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTGCTA
AATTAA
Found at i:32249 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 31853--32330 Score: 457
Period size: 182 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
31843 TTATTAGAGC
* * * * * *
31853 AATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTCTTTTAGTTCATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTA-AACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATAA
*
31918 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATACACAAGAAATTT
63 AAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATACACAAGAAATTT
* * * * ** * **
31983 TAAAAAATAAATCTATTTACAGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAAT
126 TAAAAAACAAATCAATTTACAGAATAAGTTCAAATAACTATGACCTTTCAAAT
* * *
32036 AATTATCTATTTAAAATAAATATACCTTTTGTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTAAACCTTTTG--TTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * **
32101 AGTTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATA-AGTTAGAAA-TT
64 AGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATACA-CAAGAAATTT
* *
32164 TAAAAAACAAGTCAATTTATCA-AAT-CGATTCAAATAACTATTG-CCTTTCAAAT
126 TAAAAAACAAATCAATTTA-CAGAATAAG-TTCAAATAACTA-TGACCTTTCAAAT
* * * *
32217 AATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTCA--TCATAT
1 AATTATCTATTTAAAATCATTA-AACCTTTTGTTTATCATAAAACAATT-GTTTT-AGTTCATAA
* * *
32280 AAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAGTAAT
63 AAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
32331 TTGTAGGAGA
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 38, Indels: 28
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
179 13 0.05
180 53 0.22
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183 31 0.13
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
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AATTATCTATTTAAAATCATTAAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAG
CTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAA
AACAAATCAATTTACAGAATAAGTTCAAATAACTATGACCTTTCAAAT
Found at i:32826 original size:102 final size:101
Alignment explanation
Indices: 32642--32831 Score: 242
Period size: 102 Copynumber: 1.9 Consensus size: 101
32632 GTTCAAAATT
* * *
32642 AAATAATACTAATTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTT
1 AAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT
32707 ACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATCAGAATA
66 ACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATCAGAATA
* * * *
32743 AAATAATACTAATTTATTAATCTT-TAAAAATTTAATAAGTATA-AGATTTAACAAGTAAATCTA
1 AAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCCA
* *
32806 TTTATCAAAT-AAGTTTAAATAATTAT
63 TTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTAT
32832 AACTATTTGA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 9, Indels: 7
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
101 19 0.25
102 56 0.74
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ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (101 bp):
AAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT
ACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATCAGAATA
Found at i:32957 original size:282 final size:282
Alignment explanation
Indices: 32453--32982 Score: 676
Period size: 282 Copynumber: 1.9 Consensus size: 282
32443 ATAAGCATAT
32453 TCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
1 TCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
32518 AATCTATTTGTCGAAGTAATTTAAACAATTAAGACCTTATGACCAATTATCTATTTCAAAACATT
66 AATCTATTTATCGAAATAATTTAAACAATTAAGACCTTATGAACAATTATATACTTCAAAACATT
* * * * * * *
32583 ATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGGTTGTTCAAAATTAAATAA
131 ATAACCTTGTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
32648 TACTAATTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAA
196 TACTAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAA
32713 TCAATTCAAATAATTATGGCCA
261 TCAATTCAAATAATTATGGCCA
* * * * *
32735 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTT-AAAAATTTAATAAGTATA-AGATTTAACAAG
1 TCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTAATAACTA-AGAGATTTAAAAAA
* * * *
32798 TAAATCTATTTATC-AAATAAGTTTAAATAATTATA-A-CTATTTGAATAATTGTATACTTCAAA
64 TAAATCTATTTATCGAAATAA-TTTAAACAATTA-AGACCT-TATGAACAATTATATACTTCAAA
* * * * ** *
32860 TCATTCTAACCTTGTGTTCTATGATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAA
126 ACATTATAACCTTGTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAA
32924 AATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
191 AATAATACTAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
32983 TTGTTTGCCA
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 32, Indels: 12
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
281 29 0.14
282 179 0.85
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ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (282 bp):
TCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTATTTATCGAAATAATTTAAACAATTAAGACCTTATGAACAATTATATACTTCAAAACATT
ATAACCTTGTATTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAA
TCAATTCAAATAATTATGGCCA
Found at i:33766 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 32739--34932 Score: 1681
Period size: 181 Copynumber: 12.2 Consensus size: 179
32729 TGGCCATCAG
* * * * *
32739 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TAAAAATTTAATAAGTATAAGATTTAACAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
32803 CTATTTA-TCAAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTCT
65 ATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTAT
* * * * * ** *
32867 AACCTTGTGTTCTATGATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-A
128 AA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
32919 AATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * *
32984 TGTTTGCCAAACTAA-TTCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC--A-A--ATCA
66 TGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAA
* * *
33043 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTC-A
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* ** * * * *
33091 TAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAAAGGATTTAAAAAATAAT
1 -AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
33155 TTTGTTTACTTAA-ATAGTTCAAATAATTATGAATGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
64 TATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTA
* * * * * * * *
33219 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTTGG
127 T-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
33273 AA-AAAA-AATACTAATCTACTAATATT-CAAAAATTAATAAG----AGGTTTAAAGAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAAT
* * * * * * * * *
33331 CTGTTTA-TCGAACCACTTCAAATAGTAATGACAATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTAT
65 ATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTAT
* * * * * * *
33395 GACTTTT-TTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTA-TTCATACAAGCTTGTTCGG
128 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
33446 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATCACTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
33511 TATTTA-TCGAACTAGATCAAACAGTCATGATTATTTGAATACA-TATCTCTTTCAAATCATTAT
66 TGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAAT-ATTAT
* * * * *
33574 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAA
128 -AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
33627 AATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
33691 TGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTTATCTATTTGAAACTACTATA
66 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAA-TATTATA
* ** * * *
33756 ACTATTTGTTTTGTCGTAAAATGATTTTTTCTA-TTCATAGAAGTTTATTTCG-
129 ACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGA
*
33808 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** ** * *
33871 TAAGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
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* * ** *
33936 GACTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA
128 AACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
33989 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
34054 TATATTTC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTA
66 TGT-TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATA
* * * * * *
34118 ACCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGA
129 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
34170 AATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * *
34235 TATTTA-TCAA-ATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTAT
66 TGTTTACTGAACA-A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATATTA-
* * * * *
34298 TACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTT-ATGTTCATGCAAGCTTATTTTG-
127 TAACTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTA-TTCGA
* *
34351 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * *
34414 ATGTTTTTTGAACAGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTAT-
* * * ** * * * *
34479 ACCTTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGG
128 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
34531 AATAAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
34596 TGTTTACTGAA-AGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTATA
66 TGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATA
* * **
34660 ATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCATACAATTTTATTCGA
129 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGA
* *** * *
34712 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * * *
34776 T-ATTAATCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTTTTAT
66 TGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTAT
* * ** *
34839 GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTGA-TTCATACAAAATTATTCAA
128 AAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
34890 AATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAAG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
34933 AGATTCAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAAC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
Found at i:34083 original size:543 final size:538
Alignment explanation
Indices: 32738--34932 Score: 1996
Period size: 543 Copynumber: 4.1 Consensus size: 538
32728 ATGGCCATCA
* * * * *
32738 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTAAAAATTTAATAAGTATAAGATTTAACAAGTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
32803 CTA-TTTATCAAATAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTCT
65 -AAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * *
32867 AACCTTGTGTTCTATGATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATA
129 GACCTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
32931 CTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
193 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACAAA
* * * * *
32995 CTAA-TTCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC------A-CTTTTATTT
256 C-AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
* * *
33052 TGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACT-AGCTTATTCATAATAAAATAA-AATGAATTTATT
320 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
** * *
33114 AATATTTTAGAAATTAAT-ATGTAA-AGGATTTAAAAAAT-AATTTTGTTTACTTAAATAGTTCA
383 AATATTCCAAAAATTAATAAT-TAAGA-GATTTAAAAAATGAA-TTTGTTTACTCAAATAGTTCA
* *
33176 AATAATTATGAA-TGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
445 AATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACT-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
33239 AAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTG
507 AAA-TAATTTTTTTATTCATAGAAGTTTATTTC
* * *
33272 GAA-AAAA-AATACTAATCTACTAATATTCAAAAATTAATAAG----AGGTTTAAAGAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAAT
** * * * * * * * * * **
33331 CTGTTTATCGAACCACTTCAAATAGTAATGACAATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATG
65 AAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
33396 A-CTTTTTTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTATTCATACAAGCTTGTTCGGATTAAAATAATACT
130 ACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
33460 AATTTATTAATATTTCAATAATTAATCACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTATCGAACTA
195 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAACAA
* * * * * *
33525 GATCAAACAGTCATGATTATTTGAATACA-TATCTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
259 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * *
33589 CATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATAT
323 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
33654 TCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTGTTTACTGAACA-AGTTTAAATAATT
388 TCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTCAA-ATAGTTCAAATAATT
* * * * * *
33717 ATAACTATTTCAACAATTTATCTATTTGAAACTACTATAACTATTTGTTTTGTCGTAAAATGATT
452 ATAACTATTTGAACAA-TTATCTATTTAAAACTATTATACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT
33782 TTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTC
515 TTTT-TATTCATAGAAGTTTATTTC
*
33807 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * **
33871 TAAGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
64 TAAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
33936 GACTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
129 GAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
34001 TTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATATTT-CAAA
193 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACAAA
* * *
34065 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTT
256 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
* * * * ** *
34130 ATAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAAT
321 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
34195 ATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTA-TCAAATATGTTCAAATAG
386 ATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTCAAATA-GTTCAAATAA
* *
34259 TTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAC-ATTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATA
450 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAACTATTA-TACCTTTTGTTTTGT-CATAAAATA
* * * * *
34322 ATTGGTTATGTTCAT-GCAAGCTTATTTT
512 ATT-TTTTTATTCATAG-AAGTTTATTTC
*
34350 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
34413 TATGTTTTTTGAACAGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTAT
64 TAAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
34478 GACCTTTTGCTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGGAATAAAATTAT
129 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * *
34542 ACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
192 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC--AA
* * * * * ** *
34607 A-GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTT
255 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
* * ** *
34671 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCATACAATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
320 TGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
34735 ATATTCTAAAAATTAATAAGTT-GGAGA-TTGAAAAATAAATCT-ATTAATCGAATAAGTTCAAA
384 ATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTCAAAT-AGTTCAAA
* * * * * * * * * * * * *
34797 TAGTCATATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
447 TAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACTATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * **
34862 AA-TTGTTGATTCATACAAAATTA-TTC
511 AATTTTTTTATTCATAGAAGTTTATTTC
* * *
34888 AAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAAG
1 -GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
34933 AGATTCAAAA
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 235, Indels: 125
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 32 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
AGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAACAAGT
TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTCAAATAGTTCAAATAATTATAA
CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACTATTATACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTA
TTCATAGAAGTTTATTTC
Found at i:35055 original size:140 final size:138
Alignment explanation
Indices: 34826--35082 Score: 318
Period size: 140 Copynumber: 1.8 Consensus size: 138
34816 TATCATTTGT
*
34826 TTCAAATTTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAATTATTCAAA
1 TTCAAATTATTATGACA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAATTATTCAAA
* ** *
34891 ATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTCAAAAACTAATCTGTTTA
65 ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAATCTGTTTA
34956 TTAAACCAA
130 TTAAACCAA
* * ** **
34965 TTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATTATTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-GATTCATACAAAATTATTCA
* * ** * *
35029 AAGTAAAATATTGGTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
63 AAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAA
35083 TATAAATGTG
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
138 22 0.22
139 16 0.16
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (138 bp):
TTCAAATTATTATGACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAATTATTCAAAA
TAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAATCTGTTTAT
TAAACCAA
Found at i:35081 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 35044--35082 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
35034 AAATATTGGT
* *
35044 AAATTAATAATATTTTAA
1 AAATTAATAAGAATTTAA
35062 AAATTAATAAGAGATTTAA
1 AAATTAATAAGA-ATTTAA
35081 AA
1 AA
35083 TATAAATGTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAATAAGAATTTAA
Found at i:35389 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 34965--41140 Score: 4244
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34955 ATTAAACCAA
** * * *
34965 TTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
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* * ** * * *
35029 AAGTAAAATATTGGTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAATATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
35090 GTGTTTGA-CAAACCAA-TTCAAAGAGTTAAGACTATCAGAATAATTATCTAT
130 CTATTT-ACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
35141 TTCAAATTGTTCTAACC-TTTATTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATATATGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* *
35205 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATACA-TAAGAAATTAAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATA-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
35269 TTTGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTAT
129 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *** * * * * *
35321 TTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACCATTATTCCAATTCATAAAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
35386 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTACAAAATAAGT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * *** * * * *
35451 -TAATTTATCTAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTAT
130 CT-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * *
35502 TTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TA-TCATACATGCCTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
35564 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * *
35629 CTATTTACCGAAC-----C----AG-T-T-CCTGTTTGAACAATTATCTAA
130 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
35668 TTCAAATTGTTA-GAACCTTTCGCTCTATTATAAAATAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTA-TT
1 TTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
35731 CAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAGAAATAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * * *
35796 ATCTGTTT---------GCTGAAGT-GGT-T--C-A---GAACAATTATATAT
128 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
35832 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TGATTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* * *
35896 GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * ** *
35961 TTTATTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTAAAC
129 TCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *** *
36013 ATCAAATAGTTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
36078 ------AA-AAT-CT-A---A-TAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * ** *
36129 TTTGTTTGCCGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
129 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
*** * *
36181 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAATGAGGTTTGTTTGAATTCATACTAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA--ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
36245 TGGAATAAAATAA-AGTGAATTTAGTAATATTTCAAAAAATAATAAATAAGATATTTAAAAAATA
64 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
* * * * * *
36309 ATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATATAT
127 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
36363 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--T-TACCTAA-----TC-ATT--T---TGGTT-TGT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-T
* * * * *
36413 TCAGAATAAAGTAATAATAGTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAATA
64 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
* * * *
36474 AATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTAT
127 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * * * *
36528 TT-AAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
36592 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCA-AAATTTTAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * *** * ** * * *
36656 ATGTTTATTGAACTAGACCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
130 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * **
36707 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
** * *
36772 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * *
36836 TCTGTTTACTAAACATA-TTTAAATAATTATGA-TCATTTGAATAATTATCTAT
129 TCTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** * *
36888 TTGAAATAG-CATAACCTTTTGTTTTGT-A-AAAAAAAAT-TTTCTGTTCATCCAAGCTTATTTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
*
36949 AAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATA
66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATA
* * * * * *
37011 AATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTTAT
127 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * ** * * * * * * *
37065 TTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAGAACAATTATTT-ATGTTCATATAAGTTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
37129 GGATTAAAATAATATTAATTTGTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAA
* *** * * * *
37193 ATATATTTATTGAATAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
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* * * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
37311 AAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TT-AAATA-AAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
37373 TATATGGTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAATAGTTATCTAT
129 TCTAT--TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
37427 TTCAAAACATTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* ** ** *
37492 CAAATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTAAAAAATAA
65 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * ** * *
37555 ATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTAT
128 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * *
37608 TTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTGTAAAACCTTTTTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC-TTATT
* * * **
37672 TGACATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAA
* * *
37736 ATTTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
128 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * **
37789 TTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** *
37853 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * *
37918 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
130 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *** * ** **
37969 TTCAAATCATAATGACATATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
38034 AAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACA-AAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-ATAAA
* *
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* * * * * **
38146 CTCAAATCTTTATGATC-TTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
38210 GATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
38275 GTATTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
130 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
38326 TTCAAATCGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
38391 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCGAAAAAGTAATGAGCAATACATTTTAAAAAAAATA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTT--AAAAAATA
* * * *
38456 AATCTATTTGCCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTGT
127 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
38510 TT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATAAAAACTTATC
1 TTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
38573 TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AA
* **** * * * *
38638 GT-TATTTTTTGAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT
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* * * * * **
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATT
* *
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64 TGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
* * * * * *
38813 AATGTGTTTGCCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAGTTATCTAT
127 AATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** * *
38867 TTCAAATCATTTTGACC--TT-TTTAGTTATATAATAATCATTTCAATTCATACAAGTTTA-TTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
38928 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAGAAAATAA
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAA
* *
38993 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTAT
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* * * * * * * ***
39046 TTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
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* *
39111 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* *** *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * ** * *
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66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
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* ** *** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT-ATT
* * * * * ** *
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64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * * ***
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* * * * ** ** *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * **
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* * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * *
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* * ** * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTT
* *
40906 G-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--A-TT--AAAA-AA
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* **** * ** * *
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* * * * * *
41015 TTCAAATTGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
41078 CGAAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAAT
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41141 TAATTTGTTT
Statistics
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Alignment explanation
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* * *** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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129 TTT--AAAA-AA--TAA---ATCT-ATT--TACCGAACAGTT-CGG---TTA
* * * *
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1 GAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATATTTTAGTTCAT
* * * * *
35551 ACATGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAGGAGAT
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* *
35616 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCCTGTTT
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTT-CGGTTA
* * * * * * * * *
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* * * *
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64 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGA
* * * *
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* *
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* *
35883 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGA
*
35948 TTTAAAAAATAAATTTATTTACC
129 TTTAAAAAATAAATCTATTTACC
35971 AAACTAATTC
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 75, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (165 bp):
GAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATATTTTAGTTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAGTTCGGTTA
Found at i:38001 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 36417--41140 Score: 3654
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36407 GTTTGTTCAG
* * * *
36417 AATAAAGTAATAATAGTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATC
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* * * *
36478 TATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTT-AAATCGTTATG
65 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
36541 ACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* ** * * * * * *** *
36606 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACT
194 TAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA
** * * * *
36670 AGACCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
258 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
36735 CATAAAAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAA
323 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
** *
36773 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
36837 CTGTTTACTAAACATA-TTTAAATAATTATGA-TCATTTGAATAATTATCTATTTGAAATAG-CA
64 CTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
36899 TAACCTTTTGTTTTGT-A-AAAAAAAAT-TTTCTGTTCATCCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
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* * * * *
36960 TA-TAAATTTGTTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
191 TACT-AATTTATTAAAATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * * ** **
37023 AAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTG
253 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
37087 TTTTGTTATAGAACAATTATTTATGTTCATATAAGTTTATTCGG
317 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * * *
37131 ATTAAAATAATATTAATTTGTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
*** * * * * *
37196 TATTTATTGAATAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
65 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
37261 CCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATAC
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
37325 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAATA-AAATATATGGTTACCAAA
194 TAATTTATTAAAATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTAT--TTACCAAA
* * * * * * *
37388 TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAATAGTTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTTGTTT
256 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTT
* * *
37453 TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA
320 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
** **
37494 AATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * ** * * *
37556 TATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
63 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * * *
37621 GACCTTTT-TTTTGGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTGTAAAACCTTTTTTTGACATAAAATAA
128 GACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAA
* * *
37685 TACAAATTTATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAG
191 TACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA
* * * *
37750 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTT
256 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
**
37815 -TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGA
321 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * **
37854 AATAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
37919 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATAATGA
65 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * ** *
37984 CATATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * ** * * *
38049 TATATATTAAGATTTTGATAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTACCAAAAC
195 AATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATTTATTTACC-AAAC
* * * * * * *
38109 AA-TTCAAATATTTATGACTATTTGAACACTTATCTATCTCAAATCTTTATGATC-TTTATTTTG
257 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
38172 TCAAAAAACAATTGTTTCCT-TTCATACAAGCTTATTTGG
322 TCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * *
38211 ATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * *
38276 TATTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAA
65 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
38341 CTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
38405 TAATTTATTAACATTCGAAAAAGTAATGAGCAATACATTTTAAAAAAAATAAATCTATTTGCCAA
194 TAATTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT--AAAAAATAAATTTATTTACCAA
* * *
38470 ACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTGTTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGT
255 ACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGT
* * * *
38533 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATAAAAACTTATCTGA
318 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
38576 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAAGT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATC
**** * * * * * *
38640 TATTTTTTGAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
65 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
38705 TCTTTCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAAT
130 CCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAAT
* * * * * *
38768 ACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAAT
192 ACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-
* * * *
38829 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACC--TT-TTTA
256 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * * *
38890 GTTATATAATAATCATTTCAATTCATACAAGTTTA-TTCA
321 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
38929 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCATGAGATTTGAGAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * *
38994 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
63 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
39059 GACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * *
39123 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCG
192 ACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTA-CC
* * * * * * * * *
39186 AATC-AGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGT
253 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *
39250 TTTATCATAAAACAATTGTTT-TCA-ACATACAAGCTT-TTTCTA
318 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GA
* *
39292 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAACAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *** * ** *
39353 AATTTGTTAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATA
65 TATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * **
39417 ACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATT-TTTCTGCTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * * * * * * * **
39479 ATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGTCGATC
193 CTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ACCAAA
* * * * * ** * *
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256 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *
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* * * * * * *
39647 GAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGGGATTTAGAAAATAATT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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64 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * * * * * *
39777 ATTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAACTAATAC
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
39841 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTGCCAAACA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ***
40074 TAATTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAGTGATTATCTATTTCAAATCGTTATG
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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194 TAATTT-ATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAA
* * * * * * * * *
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256 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
*
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321 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * *
40366 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATA
* * ** *
40560 ATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
190 ATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
* * * * *
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254 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* **
40685 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAA
318 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
40728 AATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTAAACAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * ****
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193 CTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* ** * ** * *
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257 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTT
* * * *
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321 GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * *
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* *
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* * * *
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193 TATGC
*
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** * * ** * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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193 TATGC
* * * * * * *
41975 TTTTTTTGTGACATTAG-ATTCATTAGCTATATATAAAAAAAAGTCATTAAATGATTTAATCATC
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* * ** *
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*
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ACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAGGTAAATCGTCACAGTATTAGTGACA
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GC
Found at i:42359 original size:15 final size:15
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* * * ** *
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* *
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** * ** * * **
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* * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA-AACAAATTTAT
* * ** * * * *
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* * *
43335 AGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCA
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* * *
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** * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * * *
48821 ACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATTACTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * *
48885 TTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAATTAGTGAAGGCCATATG
130 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
48937 AATAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAAATGTTTTTGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * * * * *
49001 ATATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAG
64 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * **
49062 ATTTAAAATATAAAT-TAATTTACCAAATCAGTTCAACTAGTTATAAAAATTTG
129 ATTTAAAA-ATAAATCT-GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
49115 AACAATTATTTATTTCTAATCTTTATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACATTTTTTTTCTATTG
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTGTTC
* * * **
49179 ATACAATCTTATTTAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATG
64 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-G
* * * ** ** ** * *
49243 -GACTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTTTGACTATTTG
127 AGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
49297 AACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTTTTGTTCCT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
** ** ** * *
49362 ACAAGCTTATTTGGAATAACTTAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
49427 TTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTG
131 TTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
49478 AGCGATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AATTTTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * *
49541 ACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAACAATTAATAAGTAAAA
66 ACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA-AATTAATAAGTAAGA
* * * * *
49604 GATTTAAAAA-ACAACTCTATTTACCTAATAAATTCAAATAGTTATTACTATTTA
128 GATTTAAAAATA-AA-TCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
49658 AACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCAT--AA-AATAGTTTTTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* ** * * * * * *
49719 TAGAAGCTTATTTGGATTAGAGTAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGA
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
49784 TTTCAAAAACAAATATGTTTACCTAATAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
130 TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * **
49836 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAAAAATTGTATCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * ** *
49901 ATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGGGCAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * ** * * * * *
49966 TGAAAAAATGAATTTATTTACTGAACAAGTTCGAATTGTAATGATTATTTG
131 T-TAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
50017 AACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * *
50080 TACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAACATTAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAG-AAAA
65 TACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
50143 AATTTTAAAAAT-AAT-T-TCTGA--ACAT--GTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 GA-TTTAAAAATAAATCTGT-TTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
50191 AAC-ATTATGTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* *
50255 ACAAGCGTTATTC-GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AG
66 ACAAGC-TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** *
50313 ATTTAAAAATTAAATCTATTTACTAAGTTAAGTTTGAATAGTTATTATACCTATTTG
129 ATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAA-ATAAGTTCAAATAGTTA-T-GA-CTATTTG
* * * * * * *
50370 AAACAATTATTTTTTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCA
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * ** * *
50435 TACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGA
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
50500 TTTAAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCTATTTG
130 TTTAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
50552 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTAACAAAAAAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * ** **
50617 GCGAA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTGATACATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGA
66 AC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
50677 TTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CAGAA-ACAGTTTAAATAGTTTTGACTATGTG
130 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCA-AATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** *
50729 AAGAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCA
1 AACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * *
50792 TACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA-ACAGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG
** * * * * *
50856 A-TTAAAAA-AAAAGTGATTGCCAAACT-AGTTCTAATAGTTAAGACTATTAG
129 ATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
50906 AATAATTTTATGTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAATTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA
* * *
50970 TACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATATAATGAGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAG
* * * *
51034 ATTTAAAAAAAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTG
129 ATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG
* * * * * * **
51086 AACAACTATTTATTTAAAATTGTTA-GACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
** * * *
51150 -CAAAAATTA-TCTGAAATAAAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
66 AC-AAGCTTATTCAG-AAT--AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
51205 AAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 4663, Mismatches: 982, Indels: 445
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 6 0.00
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186 25 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:50215 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 50169--50217 Score: 50
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50159 TCTGAACATG
50169 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTATGA-TAT
* *
50188 TT-GAACA-TTATG-TAT
1 TTCAAATAGTTATGATAT
50203 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
50218 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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18 3 0.13
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ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.12, T:0.43
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TTCAAATAGTTATGATAT
Found at i:51673 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 51343--53500 Score: 975
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51333 TAAAAATTAG
* * * * * * * *
51343 TATTTGCTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATTATTCTG
1 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *** *
51407 GCCTTTTATTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAAC
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* * *
51472 TAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAACTT
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* * * * * * *
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1 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** *
51590 CCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTTAGTTCACAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTA
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* * * *
51655 CTGTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
131 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
*** * * * * * ** *
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1 TA-TTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
51769 ACCCTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTCA-AT-ATAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAACAATTG-TTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
51832 ATTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
127 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * ** *
51882 TATATACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAA
1 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * * **
51947 CCTTTTCTTCTATCATAGGACAATT-TTTTCTGTTTATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATAC
66 CCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* **
52011 TAATTTAGTAATATTTCAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAATGTAAATC
129 TAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
52064 TATTTACTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATGTCAAATCATTATAA
1 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * ** *
52129 CTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCT-GTTCATACTA-CTTTATTCAAAATAAAATAATA
66 CCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATA
** * ** * *
52192 CTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATC
128 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * * *
52246 TAATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGTCCATATGAATGATTATCTGTTTCAAATCATTATGA
1 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *** * *
52311 CCTTTTTCTTTTATCGAAAAACAA-TGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTGATTAAAATAATGC
66 CC-TTTTGTTTTGTC-ATAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
52374 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATT
129 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * * * * * *
52426 TGTTTA-TCGAATTAGTTCAAACGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTGAAATCATTCTG
1 TATTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
52490 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTACTT-AGAATAAATTAATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
52554 CTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAAAATAAATTAATAC
128 CTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAAA-AAATAAAT-C
* * * ** * ** *
52611 TAATTTA-TTAAC-A-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT-AA-AAAAATCTGTTTACCAAA
1 T-ATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTT-AT--G--A-CTATTTGAATAATTATCTATTT--CAAA
* * ** * * * * * * ** * *
52671 -CAAGT-TCAAATAGTTATTACTAT-TTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAA
57 TC-ATTATGACCT-TTTGTT-TTGTCATAAACAATTG--T-TTT-AGTTCA-TACAAGC--TT-A
* ** * * * ** * **
52733 TTTGTCACAAA-ACAATTGT-TTCAGTTAATACA-AGCTCAAAAGGAATACAATAA-TACTAG-T
111 --T-TCA-AAATAAAATAATACTAATTTAATA-ATATTTC-AAA--AAT-TAATAAGTAAGAGAT
* *
52793 TTATTAATACTTACTAAAATAA
167 TTA--AA-A---AAT-AAAT-C
* * ** * * * * *
52815 TAAGTAAGAAAAATTTGTTTATCAAATTAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGAATGATTATCTAT
1 T-ATTTA-CTAAACTAG--T-TCAAA-TAG-T----T-A-T-GA-CTATTTGAATAATTATCTAT
** * * *** *
52880 TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTATTCA
51 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* *
52945 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATCTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
115 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*
53009 TA
179 TC
* ** * * * * * * *
53011 TGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAG
1 TATTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
53075 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTCT-GATCATAGAAGCTTATTC-GATTAAAAATAAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAAT
* *
53136 ACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATG
127 ACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * ** * * *
53190 TGTTTGC-CGAGTCAATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTG
1 TATTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
53254 ACCTTTTATTTAGTCATAAA-ATATTTGTTTCATA-TT-TTAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-A-TTGTTT--TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
53316 T-CTAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATC
126 TACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * * *
53372 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGA
1 TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * *
53437 CCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
66 CCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
53501 AATTTGTTTA
Statistics
Matches: 1475, Mismatches: 381, Indels: 238
0.70 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.00
176 2 0.00
177 131 0.09
178 13 0.01
179 141 0.10
180 185 0.13
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183 59 0.04
184 14 0.01
185 4 0.00
186 6 0.00
187 8 0.01
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191 8 0.01
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193 6 0.00
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195 4 0.00
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210 1 0.00
211 10 0.01
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214 3 0.00
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217 12 0.01
218 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
Found at i:51904 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 51639--52066 Score: 425
Period size: 177 Copynumber: 2.4 Consensus size: 177
51629 AATTTATCCA
* * *
51639 AAATAAAATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAA-TT-ATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** *
51704 -TAGTTTACTATGTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTAT
63 CTA-TATACGATACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * *
51768 TACCCTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTC-AATATAGAAGCTTATTCG
127 AACCCTTTCTTCTATCACAAAACAATT--TTTTCGAATATAGAAGCTTATTCG
*
51820 AAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAA-AATTATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
51883 ATATACCGA-ACTAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAA
65 ATATA-CGATACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* * ** ** * *
51947 CCTTTTCTTCTATCATAGGACAATTTTTTCTGTTTATATAAGTTTATTCG
129 CCCTTTCTTCTATCACAAAACAATTTTTTC-GAATATAGAAGCTTATTCG
* * **
51997 GAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAATGTAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC--AAAATT-AT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAA
52062 TCTAT
62 TCTAT
52067 TTACTAAACC
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 32, Indels: 21
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.02
177 129 0.63
178 9 0.04
179 3 0.01
180 1 0.00
181 30 0.15
182 27 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAATTATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TATACGATACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
CTTTCTTCTATCACAAAACAATTTTTTCGAATATAGAAGCTTATTCG
Found at i:52628 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 52542--52655 Score: 228
Period size: 56 Copynumber: 2.0 Consensus size: 56
52532 GCTTACTTAG
52542 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAA
1 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAA
52598 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAA
1 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAA
52654 AA
1 AA
52656 AATCTGTTTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 58 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.07, G:0.05, T:0.30
Consensus pattern (56 bp):
AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAA
Found at i:53505 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 52862--53505 Score: 586
Period size: 179 Copynumber: 3.6 Consensus size: 182
52852 AATTATAGCC
* * ** * * * *
52862 ATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TT
1 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
52926 CATCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATCTTAAAAATTAATAAGT
66 GATCATAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT--AAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGT
*
52990 AAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGATT
128 AAGATGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
53043 GTTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTCT-
1 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
53105 GATCAT-AGAAGCTTATTC-GATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
66 GATCATAAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATA--AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
* * * * **
53168 TAAGAT-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGTCAA-TTTAAATAGTTAAAACT
127 TAAGATGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
53222 A-TTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
1 ATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
53285 -ATAT-TTTAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCTAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
64 TAGATCATAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA--TAAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA
* * * * *
53348 GGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTGATGACT
126 GTAAGATGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
53404 ATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTT-TA
1 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* *
53468 GTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAAATTT
66 GATCATAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAATTT
53506 GTTTATCAAA
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 68, Indels: 50
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 7 0.02
179 119 0.32
180 38 0.10
181 95 0.26
182 79 0.21
183 32 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
GATCATAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAG
ATGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:53638 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 53360--53631 Score: 354
Period size: 133 Copynumber: 2.1 Consensus size: 133
53350 AAATGATTTG
* * * * * *
53360 AAAA-AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTT
1 AAAATAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTGATGACCATTTAAACAATTATCTATTT
* *
53424 AAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAAGCTTATCCAA
66 AAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTGAATTCATAAAAAGCTTATCCAA
53489 AAT
131 AAT
* * * *
53492 AAAATAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTAAGCAATTGTCTATTT
1 AAAATAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTGATGACCATTTAAACAATTATCTATTT
* ** * *
53557 AAAA-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCAT-ACAAGCTTAGT-CA
66 AAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTGAATTCATAAAAAGCTTA-TCCA
53619 AAAT
130 AAAT
53623 AAAATAATA
1 AAAATAATA
53632 CTAATTTATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 17, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
131 23 0.19
132 44 0.36
133 54 0.45
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (133 bp):
AAAATAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTGATGACCATTTAAACAATTATCTATTT
AAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTGAATTCATAAAAAGCTTATCCAA
AAT
Found at i:54421 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 53491--54988 Score: 903
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 175
53481 TTATCCAAAA
* * * * * *
53491 TAAAATAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTT-AAGCAATTGTCTAT
1 TAAAA-AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA-AATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * * ** * * *
53555 TTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCA
63 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCA
* ** * **
53619 AAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATGAGCGATT
128 AAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGATT
** * * * *** * * *
53668 TAAAAGGTGAATCTATTTACCGGTTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAA-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * *
53732 TCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTTTTA-TCATATATGTTTATTC-
64 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATATAAGTTTATTCA
* * *
53795 AAATAAAATAATAGTAAGTTATTAATCTTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATT
128 AAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAAT--TAA-TAATAGATT
* * * * * * * * *
53848 T-AAAAA-AAATCTTTTTACCGAACTAGTTTAAATA-TATAACTATTTGAACAATTATATACTTC
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
53910 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
66 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAA
* * * *
53975 TAAAACAATACTAA-TATGAAAATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAGATT
131 TAAAATAATACTAATTATTAATAT-TTC-AAAAATTAATAA-T---AGATT
* * * * * * * *
54025 TAAAATATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
54090 CAAATC---AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTTG
65 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATA-TAAGTTTA-TT-
* * *
54147 GAAAA-AAAATAA-ATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATT
126 CAAAATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAATAGATT
* * *
54201 TAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
54266 CAAATCGCTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAA
65 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAA
54331 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGATT
130 ATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGATT
* * * * *
54378 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * * * * *
54443 CAAATTC-TTATGATTTTTTGTTCTATTACAAAATAATAATTTCTGCTT-GTAAAAGCTTATTCA
65 CAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATATAAGTTTATTCA
* * * *
54506 TATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTT
128 AAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T--AGA-TT
** *** ** * * * * *
54559 TTTAAAATAAATATGTTTATTGAACAAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * ** **
54624 GAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAA-AGTTATTTC-AGTTCATATTAGCTGGTTTG
65 -CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCA
*
54687 AAATAAAATATTACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATT
128 AAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-T---AGATT
* * * *
54740 TAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * ***
54805 GAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAA-GATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTG
65 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAA
* * *
54869 AATAAAGTAATA-TAATTTATTAATA-CT-AAGACAATTAATAGTTAAAAGATT
129 AATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAA-A-AATT-A-A--TAATAGATT
* * ** * * *
54920 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAGTTCAAATTTTTATGGCTAATTGAACAATTATTTA-TT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
54984 CAAAT
65 CAAAT
54989 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 230, Indels: 128
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 23 0.02
175 33 0.03
176 230 0.22
177 224 0.22
178 44 0.04
179 37 0.04
180 119 0.12
181 246 0.24
182 44 0.04
183 20 0.02
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGATT
Found at i:54502 original size:534 final size:530
Alignment explanation
Indices: 53693--54832 Score: 1143
Period size: 534 Copynumber: 2.1 Consensus size: 530
53683 TTTACCGGTT
* * * * * *
53693 CAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGG
1 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
** * * * * *
53758 TCATGTAACAATTGATTTTTATCATATATGTTTATTCAAATAAAATAATAGTAAGTTATTAATCT
66 TCATAAAACAAATGATTTTTATCACATAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAT
* * * * *
53823 TTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATCTTTTTACCGAACTAGTTTAAATATATAAC
131 TTCAAAAAAT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAAAATATAAC
* * * *
53888 TATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTCT
195 TATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTACCACAAAACAATAATTTCT
* * *
53953 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATATGA-AAATATTCTTAA-AATTAATAAT
260 ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAT-TGATAAATATT-TCAACAATTAATAAG
* * *
54016 TAAGAGA-TTTAAAATATAA-A--TTTATTTG-CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
323 TAA-AAATTTTAAAATA-AATATGTTTA-TTGAACAAA--A--TCAAATAGTCAAGACTATATGA
* * * * * *
54076 ACAATTATCTATTT-CAAA-TCAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTA
381 ACAAGTATCTATTTGAAAATTCATCTTTTATTTTATCAT-AAA-AAGTTATTTCAATTCATACTA
* * *
54138 GCTTATTTGGAAAAAAAATA-AATTGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-ATGTAAAAGAT
444 GCTGATTT-GAAAAAAAATATAACT-AAGTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAT-TAAAAGAT
* *
54200 TTAAAAAAT-AATTATGTTTACCTAAC
505 TTAAAAAATGAA-TATATTTACCAAAC
* *
54226 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCATTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
* *
54291 TCATAAAACAAATG-TTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAA-TCTATTAA
66 TCATAAAACAAATGATTTTT-ATCACATAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAAGT-TATTAA
* *
54354 TATTTC-AAAAAT-TAA-TAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAAAGT
128 TATTTCAAAAAATATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAAAA--
* * * * * ** ** *
54416 TATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGTTCTATTACAAAATAAT
189 TATAACTATTTGAACAATTATATACTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTCTACCACAAAACAAT
* * * * * * *
54480 AATTTCTGCTT-GTAAAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATT
253 AATTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTGATAAATATTTCAACAATT
* *
54544 AATAAGTAAAAATTTTTTAAAATAAATATGTTTATTGAACAAAATCAAATAGTCATGACTATTTG
317 AATAAGTAAAAA--TTTTAAAATAAATATGTTTATTGAACAAAATCAAATAGTCAAGACTATATG
* * * *
54609 AATAAGTATTTATTTGAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAGTTATTTCAGTTCAT
380 AACAAGTATCTATTTGAAAA-T-TCAT---CTTTTATTTTATCATAAAAAGTTATTTCAATTCAT
* * * * *
54674 ATTAGCTGGTTTGAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAT
440 ACTAGCTGATTTGAAAAAAAATATAACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAGAT
54739 TTAAAAAATGAATATATTTACCAAAC
505 TTAAAAAATGAATATATTTACCAAAC
* * * *
54765 AAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
54830 TCA
66 TCA
54833 CCAAAAGATT
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 78, Indels: 54
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 9 0.02
531 8 0.02
532 27 0.05
533 96 0.19
534 157 0.31
535 9 0.02
536 11 0.02
537 3 0.01
538 11 0.02
539 123 0.25
540 30 0.06
541 3 0.01
542 12 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAAATGATTTTTATCACATAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAT
TTCAAAAAATATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAAAATATAACT
ATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTACCACAAAACAATAATTTCTA
TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTGATAAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
AAATTTTAAAATAAATATGTTTATTGAACAAAATCAAATAGTCAAGACTATATGAACAAGTATCT
ATTTGAAAATTCATCTTTTATTTTATCATAAAAAGTTATTTCAATTCATACTAGCTGATTTGAAA
AAAAATATAACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATATA
TTTACCAAAC
Found at i:57578 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 56869--60149 Score: 2033
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 179
56859 ACTCTCTAGT
** * * * *
56869 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-CGGTTCAGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAA
* * * * * * *
56933 TAAAATTATTTTCTAAA-TC-T-CTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTCTAGTCTAT
65 CAAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTAT
* * * *
56994 T-TAGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
129 TCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
57045 GTCATAAAAATTTGACATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAA-TTGGTTCGACAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA
*** * *
57109 TGGATTTATTTTTTAAACTCTTAGC-TATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA
65 CAAATTTATTTTTTAAACTCTTA-CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
57173 TTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
128 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
57225 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATTTGGTTCAGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAA
* **
57289 CAAATTTATTTTTTAAAC-C-T-CTTATTAAATCTTGAAATATTTGTAAATTAGTATTATTTTAT
65 CAAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* **** *
57351 TTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
129 TCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
57402 GTAATAACAATATGAAACAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTT-ATTAAGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAA
** * * * * * *
57466 CTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTC
65 CAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
57531 TTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
128 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
57583 GTCATAACGATTTTAAATC-GATAATTTTTTAAATAGTAATAACTCTTTGAACTTGTTTAGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAA-CAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGTAAA
* * * *
57647 CAAATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
65 CAAATTTAT-TTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
57712 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATAGGACTAAACAAAAG
127 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * * * * * *
57765 GTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAGCTATTTGAAC-TGGTTCGACAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA
* * * * * * * *
57829 TACATTTA-TTTTTAAAATATT--TCACTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-T
65 CAAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
57890 ATCCGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAG
129 -TCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * ** * * * *
57941 ATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAA
* * * * * * * *
58005 CAACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAAGTAATATTATTTTG
65 CAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
58069 TTTTGAATAAGATTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
128 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
*** * * * *
58121 GTCATAAGGGCTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATATATTTGAACTT-GTTTGATA
1 GTCATAA-CAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGGTTAG-TA
* * * * * * *
58183 AATAGATTTATTTTATTTTAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACTATTA
63 AACAAATTTA--TT-TTTTAAACTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
58247 TTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAG
123 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * *
58304 GTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAA
** * * * * * *
58368 CTCATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTA
65 CAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
58433 CTT-TGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAG
128 -TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * *
58484 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTGATAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA
* * * **
58548 CATATTTAATTCTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 CAAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * * *
58610 TCTGAATAATTTTGTATTAA-TAGAAACAATCATTTTACGATAAAACAAAAT
129 TCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * ** * * * * * *
58661 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTT-ATTCGGTAGA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAA
* * ** * *
58725 TAGATTTATTTTTTCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATTT
65 CAAATTTATTTTTT--AAA-CTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** *
58790 TATT-TCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
126 TATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * ** * * * ** ** * * * ** *
58845 ATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGGGTCATAACTATTCGAACTCGCTCGGTAAAT
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGTAAAC
* * * * *
58910 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTTAT
66 AAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * ** * *
58975 TCCAAATAAGCTTTTATGAAAAAAAATAATTGGTTTATGACGAAACAAAAG
129 TCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * **
59026 CTCATAACAATTTCAAATAGATAATTG------T--T--TAACTATTTGAACGT-GTTAAAAAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAA
* * * * *
59080 CATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAATTTA
65 CAAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* ** *
59144 TTC-GAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTGTTTTACGACAAAACAAACA-
128 TTCTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AG
* *** * * * ** *
59196 ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ACGTTCGATAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA
* * * * * *
59260 TAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTA
65 CAAATTTATTTTTTAA-ACTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
59325 TT-TCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
128 TTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *
59377 GTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTT-GTTCGATAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA
** * * * *
59441 CATGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTA
65 CAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* *
59506 ATT-TGAATAAGCTTGTATAAAC-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
127 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** *
59558 GTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGTAAA
* * * * *
59622 TAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
65 CAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * ** * *
59685 TATT-TGAAATAAACTTCTATGAA-TAGAAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAG
126 TATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACT---AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
59741 GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTT-AAATTTGTTTGTTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA
* * * * *
59805 CAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTA
65 CAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * *
59870 TGTC-GAATAAGCTCATTTGAACCAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAA
128 T-TCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * *
59922 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGATC-TAGTTTGATAAG
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA
* * * * * * * *
59986 CATATTTATTTTTAAAATTTTTTTCGTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTAATTTA
65 CAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * *
60051 ATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACT-ATTGTTTTATAATAGAACAAAAA
128 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
60103 GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTT
1 GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
60150 TTTACTGGTT
Statistics
Matches: 2468, Mismatches: 510, Indels: 250
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 98 0.04
171 34 0.01
173 1 0.00
175 3 0.00
176 198 0.08
177 274 0.11
178 19 0.01
179 91 0.04
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182 256 0.10
183 334 0.14
184 84 0.03
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
GTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGTAAAC
AAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:57838 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 56878--60149 Score: 2503
Period size: 540 Copynumber: 6.1 Consensus size: 538
56868 TGTCATAATG
* * ** * *
56878 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACCGGTTCAGTAAA-TAAAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACT--ATTTAT
* * * * * *
56942 TTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTT-GAAATATTAATAAATTA-TTTCTAGTCTATTTAGAAT
64 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTAT-TA-TTTTTTTTGAAT
* ** ** * * ** * * *
57001 AAGCTTGTATGAGCT-GAAGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGACATAA
127 AAGCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * * *
57065 ATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAA-TTGGTTCGACAAATGGATTTATTTTTTAAA-CT
192 ATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* **
57128 CTTAGC-TATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATG
256 CTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * ** * *
57192 AA-TAGAAATAATTGTTTTATTA-TAGAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
319 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* ** * *
57255 AAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-CTCTTATTAA
382 TAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAA
* * *** *
57317 ATCTTGAAATATTTGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATT
446 TTGTTGAAATATTT-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * *
57382 GTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACA
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * *
57411 ATATGAAACAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTAAGTAAACTGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACT-ATTTATT
* * * *
57476 TTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-TTTTGAATAA
* * * * * *
57541 GCTTTTGTGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATCGAT
129 GCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
* * * * *
57605 AATTTTTTAAATAGTAATAACTCTTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAATTTATATTTTCAAATCTC
194 AATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTC
* *
57669 TTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
257 TTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
57734 CTGAAACAATTATTATAGGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAAT
321 CTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAAT
* * * * * * *
57799 AGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGACAAATACATTTATTTTTAAAATAT-T-TCACTAATTGTT
386 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAATTGTT
* ** ** * *
57862 GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTT
451 GAAATATT-TTAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* **
57926 TATGAGAAAAC-AAAGATCATAATG
514 TATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * * * *
57950 ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACAACTTTA-G
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACTA-TTTATT
* ** * *
58014 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAAGTAATATTATTTTGTTTTGAATAA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-TTTTGAATAA
* * * * **
58079 GATTTTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAGGGCTTTAAATAGAT
129 GCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
*
58143 AATTGTTTAAATAGTCAA-ATA-TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTTAATC
194 AATTGTTTAAATAGT-AATA-ACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTT-TTTAAATC
* * * * *
58206 TCTTGCTCATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTAT
255 TCTTGCTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
58270 GAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
318 GAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCT
* * *
58335 AATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACT-CATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-
383 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAA-TACATTTATTTTTTAAATCTC--TCTTATTA
* * * * * *
58398 ATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCAA
445 ATTGTTGA-AATATT-TTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* **
58463 TTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATG
508 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * *
58493 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAAG-TAAAC-TATTTA
* * * * * *
58556 ATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-TTTTGAAT
* * ** * * *
58617 AA-TTTTGTAT-TAATAGAAACAATCATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATA
127 AAGCTTT-TATGAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
** * * * * * * *
58680 GATAATAATTCAAATAG-ACATGACTATTTAAACTTATTCGGTAGATAGATTTATTTTTTCAAAA
191 GATAATTGTTTAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT--AAA
*** * **
58744 TCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTA
253 TCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTA
* * *
58809 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTAT
317 TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTAT
** * * * * * *
58873 T-TGAAGGGTCATAACTATTCGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
380 TCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAATC-TCT-CTTA
* * * *** * *
58937 TTAATTTTTGGAAT-TTTAATAAATTAGTATCATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAAAAAAAA
442 TTAATTGTTGAAATATTT--TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * *
59001 TAATTGGTTTATGACGAAACAAAAGCTCATAACA
505 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * **
59035 ATTTCAAATAGATAATTG------T--T--TAACTATTTGAACGTGTTAAAAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAAC-TATTTATT
* * * * * * *
59090 TTTTAAAT-TTTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAATTTATTCGAAATA
65 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTTTTTG-AATA
** * *
59153 AGCTTGCATG-AATAGAACCAATTGTTTTACGACAAAACAAACA-ATCATAATG-TTTTGAAATA
128 AGCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTT-AAATA
* * ** * * *
59215 GATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACACGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAATTCT
191 GATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
59280 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
256 CTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
59345 ACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
320 ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAA
* * * * * ** * *
59410 TACTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAACATGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTT
385 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAATC-TCT-CTTATTAATT
* * * * * *
59475 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATTTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGT
448 GTTGAAATATT-TTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* *
59540 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
512 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * ** *
59567 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACT--ATTTA
* * * ** * *
59630 TTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAA
63 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTTTTTG-AA
* * * ** ** * * *** *
59694 TAAACTTCTATG-AATAGAAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA
126 TAAGCTTTTATGAAATAG--AAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
* * * * * * * * *
59758 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTTGTTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
189 TAGATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
** * * * ** ** *
59823 CTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATGTCGAATAAGCTCATTT
254 CTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAAATAAGCTTGTAT
** * * * * * * *
59888 GAACCAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA
318 GAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCT
* * * * * * ** * * * * *
59953 AACAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTTCGTATTAA
383 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAA--TCTCTCTTATTAA
* * * * *** * * *
60018 TTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATATAAACTATT
446 TTGTTGAAATATT-TTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * *
60083 GTTTTATAATAGAACAAAA-AGTTATAACA
510 GTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACA
* *
60112 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
60150 TTTACTGGTT
Statistics
Matches: 2211, Mismatches: 430, Indels: 185
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 203 0.09
533 154 0.07
534 9 0.00
535 125 0.06
536 7 0.00
537 8 0.00
538 268 0.12
539 252 0.11
540 421 0.19
541 139 0.06
542 75 0.03
543 184 0.08
544 14 0.01
545 344 0.16
546 7 0.00
547 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACTATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTGAATAAGC
TTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
TTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGC
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAA
ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAATTGTTGAAAT
ATTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAACA
Found at i:59942 original size:364 final size:359
Alignment explanation
Indices: 59117--60149 Score: 976
Period size: 364 Copynumber: 2.8 Consensus size: 359
59107 TTAATTTTTG
* * *** * * * *
59117 AAATATTAATAAATTTATATTAATTT-ATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCG-AATAAGCTCATATAAACATAAACAATTGTTTT
* * * * * *
59181 ACGACAAAACAAACAA-TCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-TCATAACTATTTG
* * * *
59245 AAC-ACGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAAT
128 AACTA-GTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT--AATATTAAT
* * *
59308 AAA-TTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATTACAAAA
189 AAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATAACTAAA
* * ** * * * *
59371 CAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTCG
252 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACTTGTTCG
* * * **
59436 ATAAACATGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTG
317 ATAAACATGTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTATTTGTCA
* * **
59479 AAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATTTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATAAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * **
59544 TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTATCATAAAGATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TATCATAACTATTTGAA
*
59609 CTTGTTT-AGTAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAA
130 CTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TTAATATTAATAAA
* * * * **
59673 TTTATATTATTTTATTTGAAATAAACTTCTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAA
192 TTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT--AAAAACAATTGTTTTATAACTAAACAA
* * * ** * * *
59738 AAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTTGTTA
255 AAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACTTGTTCGATA
59803 AACA-GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT-TCA
320 AACATG-TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT-ATTTGTCA
* * * * * *
59843 AAATATTAATAACTTAGTATTATTTT-ATGTCGAATAAGCTCATTTGAACCA-AAATAATTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-TCGAATAAGCTCATAT-AAACATAAACAATTGTTT
* * *
59906 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TATCATAACTATTTG
* ** * * * * *
59971 ATCTAGTTTGATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTTCGTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
128 AACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTT-TAATATTAATAA
** * * * * * *
60036 ATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATATAAACTATTGTTTTATAA-TAGAACAA
191 ATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATAACTA-AACAA
* * *
60100 AAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA-CATTT
255 AAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTT
60150 TTTACTGGTT
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 105, Indels: 41
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
361 12 0.02
362 231 0.42
363 16 0.03
364 278 0.51
365 9 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCATATAAACATAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATCATAACTATTTGAAC
TAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTAATATTAATAAATTTA
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTT
ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACTTGTTCGATAAACATG
TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTATTTGTCA
Found at i:60224 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 60024--60284 Score: 306
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
60014 TTAATTGTTG
* * * * * * *
60024 AAATATTAATAAATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATATAAACTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
60089 TAATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTA
66 TAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTA
60154 CTGGTTTGAT
131 CTGGTTTGAT
* * ** *
60164 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * ** * * * *
60229 TGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATACTTGTTCAAATAGTTATAA
66 TAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAA
60285 TTATTTGAAC
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 24, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
140 97 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (140 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
TAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACATTTTTTA
CTGGTTTGAT
Found at i:60599 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 60165--61360 Score: 838
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 177
60155 TGGTTTGATA
** * * * * * *
60165 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * * * *
60230 GACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATACTTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAA
* * * * *
60295 TAGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCT-T--TTA-TAATTTTTTTA
130 TTGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA--TTTTTG
* * * * * * *
60342 AATATTAATAAATTAGTTTTACTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
60407 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAAT
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT
* *
60472 TGGTTCAGCAAATGAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTAG
131 T-GTTCAGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTC-TA-CTTATTAATTTTT-G
* * * * *
60523 AATATTACTAAATTAATGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
60588 TATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAA
* *
60653 TGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTG
130 TTGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
60699 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATG-TTGAAAAACAATTGTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
60763 ATGATAAAATAAAAGGTAATAGCAAATTGAAACAGATAGTTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTTA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTA
* * *
60827 AACTTATTTAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
128 AA-TTGTTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
60880 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAG-AATAATTGTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
** * * *
60944 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-A
* * *
61009 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGG
128 AATTGTTCAGTAAA-TAATTTAT-TTTTTAAATCTCTA-CTTATTAATTTTT-G
* * * *
61063 AATGTTAATAAATTAGTATTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * * * * *
61126 AGGACTAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGCAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGC
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-A
* * * * * *
61190 ACTGGTTCGGCAAACATATATATTTTTTAAATCTC-AC----TAATTTTTG
128 AATTGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTG
* * * *
61236 AAATATTATTAAATTATTATT-TTTT-TTGTCCAAATAAGCTTTTATG-ATCAGAAACAATTGTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-CGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT
* ** * ** *
61298 TTATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATTGATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
62 TTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
61361 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 175, Indels: 81
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 6 0.01
174 94 0.12
175 4 0.00
176 11 0.01
177 255 0.32
178 4 0.00
179 6 0.01
180 19 0.02
181 315 0.39
182 88 0.11
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT
TGTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTG
Found at i:60856 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 60164--61360 Score: 1005
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 357
60154 CTGGTTTGAT
* * * * *
60164 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
60229 TGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATACTTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
60294 CTAGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTTTTA-TAATTTTTTTAAATATTAATAAATTAG
131 CTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
60358 TTTTACTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
195 TATTATTCTATTCCAAACAAGCTTATAT-AGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
* * * * * * * *
60423 ATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAATTGGTTCAGCAAATGAA
259 ATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGGCATAACTATTTAAATTGATTCAGCAAATGAA
* *
60488 TTTGTTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAA-TTTTT
324 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAACTTTTG
* * * * * *
60521 AGAATATTACTAAATTAATGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * ** * *
60586 ATTATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
60651 ACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAA
130 ACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
60716 TATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATAT-GTTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGT
195 TATTATTCTATTCCAAACAAGCTTATATAGTTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
60780 AATAGCAAATTGAAACAGATAGTTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTTAAACTT-ATTTAGTAAAC
258 AATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGGC-ATAACTATTTAAA-TTGATTCAGCAAA-
60843 T-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
320 TGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* * * ** * *
60880 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAG-AATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * *
60944 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTG
65 ATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
61008 AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTAGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATA
129 AACTAGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** * * ** * * * *
61073 AATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATAGGACTAAA-AA
189 AATTAGTATTATTCTATTCCAAACAAGCTTATAT-AGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** * * * * * * * * ** * * *
61137 AAGGTTAGAATGATTTGCAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGCACTGGTTCGGCA
253 AAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGGCATAACTATTTAAATTGATTCAGCA
* * *
61202 AA-CATATATATTTTTTAAATCTC--AC----TAATTTTTG
318 AATGA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* * * *
61236 AAATATTATTAAATTATTATT-TTTT-TTGTCCAAATAAGCTTTTATG-ATCAGAAACAATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-TAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTT
* * * * * *
61298 TTATGAGAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAGATTGATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
63 TTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
61361 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 143, Indels: 56
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.00
355 48 0.07
356 65 0.10
357 4 0.01
358 391 0.58
359 22 0.03
360 2 0.00
361 5 0.01
362 60 0.09
363 68 0.10
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTCTATTCCAAACAAGCTTATATAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT
AACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGGCATAACTATTTAAATTGATTCAGCAAATGAATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
Found at i:61702 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 61358--62518 Score: 468
Period size: 179 Copynumber: 6.5 Consensus size: 177
61348 AGTCATAACT
* * * * * * * *
61358 ATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGGTTTTATGAAATGA
1 ATTAATGTTTTG-AATATTATTAAATTACTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGA
* * * * * * *
61421 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGT
64 AACAATTGTTTTATTACTAAACAAAATGCCAAAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
61485 TAAATCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTC
128 TAAATCTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAAGC---T-CTC
* ** * * *
61539 ATTAATGTTTTGAATGTTATTAAATTACTATTATTTTGTTCTGAATATGCTTGTATGAATTA-AA
1 ATTAATGTTTTGAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAA
* **
61603 ATAATTGTTTTATTACTAAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCT
65 ACAATTGTTTTATTACTAAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-T
* * *
61668 TAA-CTATTTGAACTAGTTTAACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTCTT
129 AAATCTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTCTC
* *
61716 ATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA
1 ATTAATGTTTTGAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA
* ** * ** * * *
61781 CAATTGTTTTATGA-TAAA-ATAAATATCACAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAATA-TTA
66 CAATTGTTTTATTACTAAACA-AAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
* * **** * ** * *
61843 ATAACTATTTAAACTA-TATTGGTAAACAGAAGTAGTTTTT-AAATCTCTT
130 A-ATCTATTTGAACTAGT-TCAACAAACACATTTA-TTTTTCAAAGCTCTC
* * * * * ** * *
61892 ATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAA
1 ATTAATGTTTT-GAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
* * * * * * * * * *
61956 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATAT-G-GA
65 ACAATTGTTTTATTACTAAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
* * ** * * ***
62019 CATGACTATTTAAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTATATTTTCTACC
130 AAT--CTATTTGAAC-TAGTTCAACAAACACATTTATTTTTCA-AAGCTCT--C
* * * * * * * * *
62072 TATTAAT-TTTTAGGATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTA--AGAATA
1 -ATTAATGTTTT-GAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGA
* ** ** * * * * * *
62134 AACAATTGGTTTACGA-TAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGG
64 AACAATTGTTTTATTACT-AAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *** ** * * * *
62198 CATAGCTATTTGAACTTGCTCGGTAAACTGATTGATTCTTT-AAATCTTTT
128 TAAATCTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATT-TTTCAAAGCTCTC
* * * * * *
62248 ACTTATTCTTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTT-ATATTGAATACGCTTGTAT-AAAC
1 A-TTAAT-GTTTT-GAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATA-TGAATAAGCTTGTATGAAA-
* * * * * * ** * **
62310 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATCGTTCAAATA
61 AGAAACAATTGTTTTATTACTAAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** *
62375 GTTATAA-CTATTTGAACGT-GCTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTACTT
126 GTTA-AATCTATTTGAAC-TAGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAA-GCT-CTC
* * * *
62429 ATTAAT-TTTTAGAAAATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 ATTAATGTTTT-GAATATTATTAAA-TTACTATTATTTTAATATG-AATAAGCTTGTATGAAAAG
* * *
62491 AAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAAT
63 AAACAATTGTTTTATTACTAAACAAAAT
62519 ATCATAATGA
Statistics
Matches: 770, Mismatches: 166, Indels: 90
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 10 0.01
176 139 0.18
177 145 0.19
178 66 0.09
179 205 0.27
180 18 0.02
181 175 0.23
182 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTAATGTTTTGAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA
CAATTGTTTTATTACTAAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAA
ATCTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTCTC
Found at i:62418 original size:534 final size:531
Alignment explanation
Indices: 61357--62649 Score: 1271
Period size: 534 Copynumber: 2.4 Consensus size: 531
61347 TAGTCATAAC
* * * **
61357 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTT-ATGAAATGA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA--TTTTGATGAAA-GA
* * * *
61421 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGT
63 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTTATAT-G-
* * * *
61485 TAAAT-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TGCTCATTAATGTT
125 GAAATACTATTTAAACTTATTCG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAT-TTTCTACTCATTAAT-TT
* * * * * ** * * *
61548 TTGAATGTTATTAAATTACTATTATTTTGTTCTGAATATGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTT
186 TTGGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGAATTAAAACAATTGGTT
** * * ** * * *
61613 TATTACTAAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTG
251 TACGACTAAACAAAATACCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGGCATAACTATTTG
* * * * *
61678 AACTAGTTTAACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTA
316 AACTAGCTCAACAAACACATTGATTTTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAACTA
* * *
61743 GTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATATC
381 GTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATATC
* * * * * ****
61808 ACAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAATATTAATAACTATTTAAACTATATTGGTAAACAGA
446 ACAATGATTTAAAATAGATAATCGTTCAAATATTAATAACTATTTAAACTAGATCAAAAAACAGA
61873 AGTAGTTTTT-AAA-TCT-CT
511 AGTAGTTTTTAAAATTCTACT
61891 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTG-ATGAA-AGAA
* *
61956 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGGACA
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGGAAA
*
62021 TGACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTATATTTTCTAC-CTATTAATTTTTAG
129 T-ACTATTTAAACTTATTC-GTAAATAGATTTATTTTTTA-ATTTTCTACTC-ATTAATTTTT-G
*
62085 GATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGAA-T-AAACAATTGGTTTAC
189 GATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGAATTAAAACAATTGGTTTAC
* * * * *
62148 GA-TAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGGCATAGCTATTTGAA
254 GACT-AAACAAAATACCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGGCATAACTATTTGAA
* *** ** * * *
62212 CTTGCTCGGTAAACTGATTGATTCTTT-AAATCTTTTACTTATTCTTTTTGGAATATTAATAAAC
318 CTAGCTCAACAAACACATTGATT-TTTCAAAGCTCTTA-TTAAT-TTTTT-GAATATTAATAAAC
*
62276 TAGTATTA-TTT-ATATTGAATACGCTTGTAT-AAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
379 TAGTATTATTTTAATA-TGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
* * * *
62338 -AGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATCGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACGT-GCTCAA
442 TA--TCACAATGATTTAAAATAGATAATCGTTCAAATA-TTAATAACTATTTAAAC-TAGATCAA
* ** *
62400 AAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTACT
503 AAAACAGAAGTAGTTTTTAAAATTCTACT
* **
62428 TATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 TATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAATTTTG-ATGAA-AG
* * * * * * *
62491 AAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGGAATAAAAAATTGTTTATATAG
62 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGG
** * * *
62555 TTATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT
126 AAAT-ACTATTTAAACTTATTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTC-TACTCATTAATTTTT
*
62620 GAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
188 G-GATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
62650 TCAAATAAAC
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 99, Indels: 59
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 1 0.00
532 90 0.14
533 28 0.04
534 235 0.37
535 75 0.12
536 14 0.02
537 181 0.29
538 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGATGAAAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGGAAATA
CTATTTAAACTTATTCGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTACTCATTAATTTTTGGATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGAATTAAAACAATTGGTTTACGACTAAA
CAAAATACCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGGCATAACTATTTGAACTAGCTCA
ACAAACACATTGATTTTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAACTAGTATTATTTT
AATATGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATATCACAATGATTT
AAAATAGATAATCGTTCAAATATTAATAACTATTTAAACTAGATCAAAAAACAGAAGTAGTTTTT
AAAATTCTACT
Found at i:62697 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 61358--63254 Score: 1299
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 180
61348 AGTCATAACT
* * * * *
61358 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAAATGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ACTAAAA
* * ** * *
61423 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
65 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
61487 -AATCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTC
129 TAA-CTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * * *
61539 ATTAATGTTTTG-AATGTTATTAAATTACTATTATTTT-GTTCTGAATATGCTTGTATGAATTAA
1 ATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-ACTAA
* * ** * ** * **
61602 AATAATTGTTTTATTACT-AAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGT
63 AACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* **** * * *
61666 CT-TAACTATTTGAAC-TAGTTTAACAAACACATTTATTTTTCAAAGCTC-T--T-
127 -TATAACTATTTAAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * **
61716 ATTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGA
1 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGACTA-A
* * * *
61779 AACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAATATCACAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAATA-TT
63 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* *
61842 AATAACTATTTAAACTATATT-GGTAAACAGAA-GTAGTTTTTAAATCTC-T--T-
128 -ATAACTATTTAAACT-TATTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * ** ** * *
61892 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACTA-AAA
* * * * * **
61957 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGGACA
65 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * *
62021 TGACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTATAT-TTTCTAC-C
129 TAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTC
* * * * * *
62072 TATTAATTTTT-AGGATATTAATAAGTTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAAGAAT-A
1 -ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGACTAA
* * * * *
62134 AACAATTGGTTTACGATAAAACAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGG
63 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** ** * * * *
62198 CATAGCTATTTGAACTTGCTCGGTAAACTGATTGATTCTTTAAATCTTTTACTT
127 TATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * *
62252 ATT-CTTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATATT-GAATACGCTTGTATAAAC-AGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTAT-GACTA-A
* * ** * * *
62313 AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATCGTTCAAATAGTT
63 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * ** *** * * *
62378 ATAACTATTTGAACGTGCTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTT
128 ATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
*
62429 ATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AG
1 ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ACTA-
* * * * * * * * *
62491 AAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAATATCATAATGATTTGGAATAAAAAATTGTTTATATAGT
62 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
62556 TATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
127 TATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * * * **
62610 ATTAATTTTTGAGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAGCTATTA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-CTAAAA
* * ** ** * *
62675 TAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTAT
65 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * ** * * * *
62740 GACTATTTAAACTTGGTT-AATAAACATATTTATTTTTAAAATCTGTTACTT
130 AACTATTTAAACTT-ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* ** * *
62791 ATTAATTATCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-ATAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ACTA-AA
* * * * * * * *
62855 ATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAATTATAACGATTTGAAATATATGATTGTTTAAATAGTTA
64 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * *
62920 TAATTATTTAAAC-TAGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTC
129 TAACTATTTAAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * *
62972 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAGGCTTATATGA-TGAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACT-AAAA
* * ** * * * **
63036 GTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAGATGGCC
65 -CAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-TATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * ** ** *
63100 ACAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTAATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTC
128 ATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTC
* * * ** * *
63154 -TCAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTATATGTACTTAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ACTAAAA
* * * *
63217 TAATTGTTTTATTATAAAACAAAATGTCATTATGATTT
65 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTT
63255 TAAAATGGGC
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 286, Indels: 139
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 9 0.01
176 135 0.10
177 153 0.11
178 52 0.04
179 297 0.22
180 106 0.08
181 592 0.43
182 16 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACTAAAAC
AATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
ACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
Found at i:62877 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 61357--63437 Score: 1633
Period size: 362 Copynumber: 5.8 Consensus size: 359
61347 TAGTCATAAC
* * * *
61357 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAAATGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAT-AA
* ** * * *
61422 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTT
65 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * *
61486 A-AATCTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATGTTTT
129 ATAA-CTATTTAAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT-TTTT
* * * * * *
61550 G-AATGTTATTAAATTACTATTATTTT-GTTCTGAATATGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTT
192 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG-ACTAAAATAATTGTTT
* * * * * ** *
61613 TATTACTAAACAAAATGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCT-TAACTATTT
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-TATAACTATTT
* * * * * * *
61677 GAACTAGTTTAACAAACACATTTATTTTTCAAA--GCT-CT
319 AAACTTGATTAATAAACATATTTATTTTTAAAATTGTTACT
** * * * *
61715 TATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATG-AAATA
* * * * *
61779 AACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAATATCACAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAATA-TT
64 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
* * *
61842 AATAACTATTTAAACTATATT-GGTAAACAGAA-GTAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTT
129 -ATAACTATTTAAACT-TATTCGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
* * * ** * * *
61901 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACTA-AAATAATTGTTT
* * * * * * * *
61966 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGGA-CATGACTATTT
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AATTATAACTATTT
* * * * * *
62030 AAACTT-ATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTATATTTTCTACC
319 AAACTTGATT-AATAAACATATTTATTTTTAAAATTGT-TACT
** * * * *
62072 TATTAATTTTTAGGATATTAATAAGTTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAAG-AATAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAATAA
** * * **
62135 ACAATTGGTTTACGATAAAACAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGGC
65 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
* * ** * * * * * *
62199 ATAGCTATTTGAACTTGCTCGGTAAACT-GATTGATTCTTTAAATCTTTTACTTATT-CTTTTTG
129 ATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
* * * * * *
62262 GAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATATT-GAATACGCTTGTATAAAC-AGAAACAATTGGTT
193 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTAT-GACTA-AAATAATTGTTT
** * ** * *
62324 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATCGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTA
* * * *
62389 AACGTGCTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATT-TTACT
320 AACTTGATTAATAAACATATTTATTTTTAAAATTGTTACT
* *
62428 TATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 TATTAATTTTTA-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AT
* * * * * * *
62491 AAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAATATCATAATGATTTGGAATAAAAAATTGTTTATATAGT
63 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
62556 TATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
128 TATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
* * * * * * **
62621 AGACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAGCTATTATAATTGTTTTA
193 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-CTAAAATAATTGTTTTA
** *
62686 TGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGACTATTTAAA
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAA
*
62751 CTTGGTTAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTGTTACT
322 CTTGATTAATAAACATATTTATTTTTAAAAT-TGTTACT
* * * *
62790 TATTAATTATCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ATAA
* * * * * * *
62855 ATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAATTATAACGATTTGAAATATATGATTGTTTAAATAGTTA
65 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * *
62920 TAATTATTTAAAC-TAGTTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGA
130 TAACTATTTAAACTTA-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGA
* * * * *
62984 AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAGGCTTATATGA-TGAAAAGTAATTGTTTTA
194 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACT-AAAA-TAATTGTTTTA
* * **** * * *
63048 TGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAGATGGCCACAATTATTTGAA
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAA
* * * *** *
63113 C-TGATTCGATAAA-TTAATTTATTTTTTAAATCTCCAATT
322 CTTGATT-AATAAACAT-ATTTATTTTTAAAAT-TGTTACT
* * * * * ** * **
63152 TCTCAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTATATGTACTTAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AAATAA
* * * * * **
63216 ATAATTGTTTTATTATAAAACAAAATGTCATTATGATTT----T-AA-AA-TGGGC--ATA---A
65 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
** * * *
63269 T---TA-TTAGAACTGGTTAGGTAAATGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
130 TAACTATTTA-AACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGA
* * ** * *
63329 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCAAGTATGAATTGAAAA-AAATGTTTT
194 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ACT-AAAATAATTGTTTT
* *
63392 ATGACAAAACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
256 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
63438 TAACGATTTG
Statistics
Matches: 1386, Mismatches: 277, Indels: 133
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
345 122 0.09
346 16 0.01
347 6 0.00
349 2 0.00
352 12 0.01
353 121 0.09
354 5 0.00
355 27 0.02
356 117 0.08
357 119 0.09
358 273 0.20
359 62 0.04
360 111 0.08
361 95 0.07
362 298 0.22
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATAAA
CAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGACTAAAATAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTG
ATTAATAAACATATTTATTTTTAAAATTGTTACT
Found at i:63392 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 63102--63405 Score: 371
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
63092 AGATGGCCAC
* * * * *
63102 AATTATTTGAACTGATTCGATAAATTAATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTCTCAATTTTGAAAT
1 AATTATTAGAACTGATTAGATAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTGAAAT
** * * * * * *
63167 ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTATATGTACTTAAATAATTGTTTTATTAT
66 ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAATATGTAATTAAAAAAATGTTTTATGAC
63232 AAAACAAAATGTCATTATGATTTTAAAATGGGCAT
131 AAAACAAAATGTCATTATGATTTTAAAATGGGCAT
* * ** *
63267 AATTATTAGAACTGGTTAGGTAAATGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
1 AATTATTAGAACTGATTAGATAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAA-TTTTGAAA
* * *
63331 TATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCAAATAAGC-AAGTATG-AATTGAAAAAAATGTTTTAT
65 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAA-TATGTAATT-AAAAAAATGTTTTAT
63394 GACAAAACAAAA
128 GACAAAACAAAA
63406 GGTCGTAACA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 21, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 26 0.23
165 89 0.77
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (165 bp):
AATTATTAGAACTGATTAGATAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTGAAAT
ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAATATGTAATTAAAAAAATGTTTTATGAC
AAAACAAAATGTCATTATGATTTTAAAATGGGCAT
Found at i:63449 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 63411--63464 Score: 81
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
63401 CAAAAGGTCG
* *
63411 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
*
63438 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
63465 AATAGTTATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 24 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
Found at i:64349 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 63687--68580 Score: 3506
Period size: 360 Copynumber: 13.7 Consensus size: 359
63677 AACAAAATTG
* * * * * *
63687 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* ** * * *
63752 AATATTAATTTATTAATATTTTGACGATTAATAAGTAAAAGACTT--AAAA-AAATATGTTTACC
65 AATA-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * *
63814 GAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGT
128 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
63879 TTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAATTAATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATT
193 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * ** * * * * *
63943 AACA-TACTAAAAATTAACGAGTGAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAA
258 AATATTTCTGAAAATTAATAAGT-A-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * * *
64007 TTAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACA
321 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * *
64046 TTATGACCATTCATTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* ** * * *
64111 AATATAAATTTATTAAAATTCCAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATCAATATGTTTTCTG
65 AATAT-AATTTATTAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
* * * ** *
64175 AACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTCGTT
129 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
*
64240 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
194 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
64305 ATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAATAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTCAAAT
259 ATATTTCTGAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
64369 AGTTATGACTATTT-AATAGTTATATATTTCAAATCG
323 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
64405 TTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAGTTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * *
64470 AACACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
65 AATA-TAATTTATTA-AATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * *** * * *
64535 GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTGTTAT-TAACTTCAAATCGTTATGACATTTTG
128 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * ** * * *
64599 TTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTATTTATACAAAATTATTTAGAATAAAATAACACCAATTTAT
192 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** *
64664 TACTATTT-TGAAAATTAATAAG----GATTT-AAAAATAAATGTATTTTTCGAACCAA-TTTAA
257 TAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAA
* * * * * **
64722 ATAGTTAAGATTGTTAGAACAATTATCTATTCCAAATTT
321 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
64761 TTTTGATCTTTTGTTTAGT-AAAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATA-CTTATTCAAAATATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACA-AGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
64824 TAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAA-AAAT-TATTTAC
64 TAATA-TAATTTATT-AAATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * ** ** *
64886 TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATGGTTATGATATTTTA
127 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *** * * *
64951 TTTTATCATAAAACAACTATTTC-AGTAT-ATAAAAGTTTATTCAAAATTAAATAATATTACTTT
192 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * **
65014 ACTAATATTTC--AATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATTAGT
255 ATTAATATTTCTGAA-AATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACAAGT
* * * * * *
65076 TCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCG
317 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
65119 TTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTT-TCATCCTACAAGCCT-CTTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * * * *
65182 ATAATATTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAGTTAATCTGTTTA
63 ATAATA-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * *** *
65247 GTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGGTATAACCTTTT
126 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *** **
65312 GTTATCTCATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGCA
191 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * * *
65377 ATAATA-TTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTA
256 TTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCA
* * * *
65441 AATAGTTA-AAGGTATATGAA-AATT-TTTATTTCAAATCA
320 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
65479 TTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTTTTTAGTTCTTA-ATAGCATATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACA-AGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * *
65542 TAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGC
64 TAATA-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-A
* * * *
65607 CT-AACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
126 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * ** * *
65671 GTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAACAATAATAATTTA
191 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
65736 TTAATATTT-TGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCA
256 TTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCA
* * * *
65799 ATTAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCA
320 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
65839 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTGTTCATA-TAGTCGTATTTGGAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * * ***
65903 AATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAACTAT-TGGC
65 AAT-ATAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTA
65967 CTG-ACTAA-TGT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
126 CTGAAC-AAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * * * *
66029 TCGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTATTT-GAATAACATAATTCTATTT
189 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
* * ** *
66093 TATTAATA-TTCTGAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTA
254 TATTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * *
66157 CAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA
318 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
66199 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATT-TTCTATTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAA
* * *
66262 ATTACATA-AATTTATT-AATATTTAGACACA-TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-AAATTTGT
63 A-TA-ATATAATTTATTAAAT-TTTA-A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * *
66322 TTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAGT-TGTTTCAAATCATTAAGAC
123 TTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** * * * *
66385 TTTTTATTTTGTCATGACGCAATTGTTAT-TCTTCATACAAGCCTATTTGGATTAAAATAATATT
186 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
* * * * *
66449 AATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGTTT-TAAAATAAATATATTTATCGAACAA
250 AATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
* * * * * **
66512 GTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
315 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *** * * **
66557 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCATCAATTCATATAGGCTTATTCGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * *
66622 -ATCATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATGAATCTGTTT
65 AAT-A-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATATGTTT
* * * ** *
66686 ACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
125 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * *
66751 TGTTTTGTCATAAAATAATCGTTTCTATTCATACAGGCTTATTTTGAATAAAATAAT--TAAATT
190 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATT
* * **
66814 TATTAATA-TTC-CAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT-AAT-TTTTTTTCGAACACA-T
254 TATTAATATTTCTGAAAA-TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGT
* * *
66874 TCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-A
317 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * *
66916 GTTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
** * *
66980 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
63 ATAATA-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * * * * * * * *
67045 CTGAGTAAGCTCAAATAGTTATGATTGTTTGAGCAATTTTTTATTTCAAAT-AGTCATGATCTTT
126 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT
* * * * *
67109 TG-TTT-T-AT----C-A-------TAATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTT
190 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
67159 ATTAAGATTT-TGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTACAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
255 ATTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * *
67223 AAATAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
319 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
67264 TTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCTGTGCATAC-AGAATTATTCA-AATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAA
* * * * * *
67326 ATAATATTGATTTATTAGTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
63 ATAATA-TAATTTATTA-AATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * ** * *
67387 CCGAATC-GGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCGCAAATCATAATGATC-TT
126 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
67450 TATTTTGTCACACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCGTATTT-GATTAAAA-AGATACTAATT
190 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA-ATACTAATT
* * * ** *
67513 TAATAATA-TTCTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTT
254 TATTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * * *
67577 CAAACAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCA
318 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
67619 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * *
67684 AATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTTGTTTAC
65 AATA-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTAC
* * * * * * * * *
67748 TGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTTTAACCTTTTA
127 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
67813 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAAAAACTTA-TCGAAATAAAATAATACTACTTT-
192 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * **
67875 TTAATATTTC-AAAAATTATTAAGCAAGATATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTAAAACAA-TTC
256 TTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CGAACAAGTTC
* * * * *
67938 TAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA
319 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
67979 TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCGATCATATAAGCTGATTT-GGGTAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAA
* * * * *
68042 TAAAACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGC
64 TAATA-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * * *
68107 CGAATCAA-TTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTAACTTTT
127 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
68170 GTTTAGTCACAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC-TATTTGAAAGAAAATAATACTAATTT
191 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* *** * * *
68233 ATTAA-CTTTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT
255 ATTAATATTTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * * * *
68297 CAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAACCA
318 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** *
68339 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * *
68404 AATACTACTTTATTAATATTTT-GAAA--ACTAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAC
65 AATA-TAATTTATTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAC
* * * * * * * *
68464 TGAATC-GGTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAACATTTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTT
127 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * * * * * *
68527 CATTTTGTTATAAAAAAATTGTTTTTCA-ACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAAT
190 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
68581 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 3596, Mismatches: 761, Indels: 356
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.00
342 73 0.02
343 31 0.01
344 20 0.01
345 18 0.01
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348 2 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 3 0.00
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363 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
ATATAATTTATTAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTCTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:64664 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 63681--68580 Score: 3629
Period size: 181 Copynumber: 27.4 Consensus size: 181
63671 TCTACCAACA
* * * * * * * * *
63681 AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATTTGGAT
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * ** * * *
63746 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACGATTAATAAGTAAAAGACTT--AAAA-AAATATG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
63808 TTTACCGAACAAGTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
131 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
63859 AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTCAATTAATATAAGCCTATTT-GAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-A
* * * ** * * *
63922 ATAAAATAATTCTAATTTATTAACATACTAAAAATTAACGAGTGAGAGAATTAAAAAAATGAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
63987 TATTTGCCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTT
129 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * *
64040 AAAACATTATGACCATTCATTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTAGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * *
64104 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTC-CAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATCAATA
65 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
64166 TGTTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
129 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * *
64219 AAATCGTTATGACAATTCGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * *
64284 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAATAATAAATCT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
64348 ATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAGTTATATATTTC
130 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
64399 AAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAGTTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * *
64464 TAAAATAACACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *** *
64529 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTGTTAT-TAACTTC
131 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTC
* * * * **
64580 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTATTTATACAAAATTATTTAGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * * *
64645 TAAAATAACACCAATTTATTACTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATGTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * *
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** * * * * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTAG
* * *
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64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T-TCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * * *
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64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * *
65059 -TAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTGTTTC
128 CT-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
65113 AAATCGTTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCCTACAAGCCT-CTTCGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-
* * * * *
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64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * *
65240 CTGTTTAGTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
128 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
** * * * * * *
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66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
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131 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTAG
* * * * *
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64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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128 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
65653 AAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * * *
65718 TAAAACAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGA
* * * * * * * *
65896 ATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAA-C
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATC
* **
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* * * * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * * * *
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66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * *
66142 TTTATTGAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
131 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * *
66193 AAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCA-
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AG
* *
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * * *
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65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
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* * * *
66616 TAAAAT-ATCATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATGAAT
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** * *
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* * *
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* *
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* * * ** * * * *
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65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * * * * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * *
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* *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * * *
67857 ATAAAATAATACTACTTT-TTAATATT-TCAAAAATTATTAAGCAAGATATTTAAAAACTAAAGC
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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65 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
68100 TGTTTGCCGAATCAA-TTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTC
129 TGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
68153 AAATCATT-TTAACTTTTGTTTAGTCACAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC-TATTT-GA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-
* ** *
68214 AAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
68278 TCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTA
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* * * * * * ** *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGA
* ** * *
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* * * * * * *
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130 -GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * *
68510 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTTATAAAAAAATTGTTTTTCA-ACATGCAAGCTTATTT-GA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-
68573 AATAAAAT
64 AATAAAAT
68581 TGTTAGTACT
Statistics
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168 2 0.00
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Found at i:65591 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 63687--68550 Score: 3221
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63677 AACAAAATTG
* * * * * * *
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* * ** * *
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65 AATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTGC
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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507 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
** * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAAT
* * * * *
64290 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AATATTTAAATAATAAATCTATTTA
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* * * * * * * * * * * * *
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128 CTGAACTAGTTTAAATAGTTAAG-CTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * *
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192 TTTTGTCATAAACA-A-TTGTTTC-AGTTCAT--AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
64481 ATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACAAGTTC
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* * * * ** * *
64545 AAATAGTCATGTCCATTTGAATTGTTAT-TAACTTCAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTGTCAT
315 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * ** *
64608 AAAATAAATGTTTCT-ATTTATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAACACCAATTTATTACTATT
378 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTT-TTTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** * * * * * * *
64671 TTGAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAATAAATGTATTT-TTCGAACCAATTTAAATAGTTAA
441 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * **
64730 GATTGTTAGAACAATTATCTATTCCAAATTT
505 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * ** *
64761 TTTTGATCTTTTGTTTAGT-AAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATA-CTTATTCAAAATATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATT-GGAATAAA
* * ** * *
64823 ATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAA-AAAT-TATTTA
63 ATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTG
* * * * ** * **
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128 CTGAACT-AGTTTAAATAGTTAAG-CT-ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
65078 AAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTATCATAA
315 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
65143 AACAATTGTTTTTCA-TCCTACAAGCCTCTTCGAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCA
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* * * *
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444 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
**
65272 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
508 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * * * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAAT
** * * * *
65365 AATACTAATGCAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT
65 AATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCT
* *
65430 GAACTAGTTTAAATAGTTAAAGGTATATGAA-AATT-TTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
130 GAACTAGTTTAAATAGTT-AAGCTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * * * *
65493 TTTGTCATAAACAATTTTTTTAGTTCTTAATAGCATATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTA
193 TTTGTCATAAACAATTGTTTCAGTTCAT-A-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * *
65558 ATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATGTTTGCCTAACTAGTTCAAAT
256 ATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATCAAACAAGTTCAAAT
* * *
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* * * * * **
65687 AATGTTTTT-GTTCATATAAG-TTTGTTCAGAATAAAACAATAATAATTTATTAATATTTTGAAA
384 ATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTT-TTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
65750 ATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATT
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* *
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* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA-TTGGAATAAAA
* * * * * *
65902 TAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAACTA--TTG
64 TAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTT
* * * *
65965 GCCTG-ACTAATGTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
127 G-CTGAACTAGTTTAAATAGTTAAG-CTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * * * * * *
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189 TTGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTC-AGTTC--ATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
66092 TTATTAATATTCTGAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATGAATCTA-TTTATTGAACAAGT
250 TTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAACAAGT
* * *
66156 ACAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCACTAT-AACCTTTTGTTTTGTCA
313 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCA
** * * * *
66220 TAAAACAA--AATTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATAT
377 TAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * **
66283 TT-AGACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGT
440 TTCA-A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACCAGTTCAAATAGT
*
66344 TATGACTATTTGAACAATTAGT-TGTTTCAAATCA
502 TATGACTATTTGAACAATTA-TATATTTCAAATCA
* * * * ** * * *
66378 TTAAGACTTTTTATTTTGTCATGACGCAATTGTTAT-TCTTCATACAAGCCTATTTGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAA
* * * * * * *
66442 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGTTT-TAAAATAAATATATTT-A
64 TAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGC
* * * ** *
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129 T-GAACTAGTTTAAATAGT--TAAGCTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* ** * * *
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190 TGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCAGTTCATA-A-GCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATT
* * *
66632 TATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATGAATCT-GTTTA-CTAAACAA
251 TATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAAT-TAGTTTATC-AAACAA
* * **
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311 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
66759 CATAAAATAATCGTTTCT-ATTCATACAGGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATA
375 CATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * * *
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439 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AATCTGTTTACTAAAC-CAGTTCAAATAGT
* * * *
66883 TTTAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-A
502 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
** * * *
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1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAA
* *** * *
66981 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
64 TAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTG
* * * * * * * * * * * *
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128 CTGAACT-AGTTTAAATAGTTAAG-CT-ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTT
* * * *
67108 TTGTTTTATCAT----AA-----TCA--T-ACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTAT
189 TTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCAGTTCATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
67161 TAAGATTTTGC-AAATTAATAGGTAGGAGATTTACAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA
254 TAATA-TTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * * * *
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317 ATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA-TAA
* * * * * * * **
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380 AACAATTGTTTTTCATTCATACAAG-CTTTTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
* ** * *
67351 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAATCGGTTCAAATAGTTATGAC
444 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* **
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508 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
67440 TAATGATC-TTTATTTTGTCACACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCGTATTTGATTAAAA-A
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATA
*
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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254 TAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATC-AAACAAGTTCA
* * * * * * * *
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316 AATA-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTA-TTGGAAT-AAA
* * *
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* * * * *
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128 CTGAACT-AGTTTAAATAGTTAAG-CTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * *
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190 TGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTCAGTTCAT--AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
** * *
68233 ATTAACT-TTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTA-TTTA-CTGAACAAG
252 ATTAA-TATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTATC-AAACAAG
** * * *
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* * * * *
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377 TAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTT-TTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
68422 TTT-TGAAA--ACTAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAATCGGTTTAAATAAT
439 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGT
* * * *
68482 TATGGA-TATTTAAACATTTATTTATTTCAAATCG
502 TAT-GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* ** * *
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ATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
AACTAGTTTAAATAGTTAAGCTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
GTCATAAACAATTGTTTCAGTTCATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATG
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
TTCATTCATACAAGCTTTTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATATATTTCAAATCA
Found at i:66191 original size:16 final size:17
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1 AATAATTATACTATTT
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:67258 original size:166 final size:166
Alignment explanation
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*
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** ** * * * * *
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*
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* * **** * **
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* * *
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* *
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130 TATTTCAAATAGTCATGACCTTTTGTTTT
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* * ** *
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68575 TA
66 TA
* * * *
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66 TA
68644 AAA
1 AAA
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TA
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* * * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * *
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*
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* *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
69114 AATTTGTTATAACCTTTTGTCTTT-TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTATA
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* **
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*
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CTGAATCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTT
Found at i:70009 original size:119 final size:119
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* * * * *
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* *
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* * * *** * *
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*
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* *
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*
70005 AAAATTGATACTTTCTACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTGAA
1 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTGAA
70049 TTTTATTTAA
Statistics
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*
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Statistics
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GAAAATAAAAAT
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Indices: 70061--70119 Score: 66
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70051 TTATTTAAAG
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70110 AAAAT AAAAT
1 AAAAT AAAAT
70120 GTATTAAACA
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AAAAT
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TAATCAATAAATAATAA
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71011 AAGAAAAAAT
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1 ATAAAATAATA
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1 ATAAAATAATA
*
71052 ATAAGGATAATA
1 ATAA-AATAATA
* *
71064 TATTAATTAATA
1 -ATAAAATAATA
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ATAAAATAATA
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71006 AAGAAAAGAA
*
71016 AAAATATAAAAAATAAT
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1 AA
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AAAATAAAAAAAATAAT
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71017 AAATATAAAA
* * *
71027 AAT AAT AA- AAT AA- AAT AA- AAT AAT AAT AAG GAT AAT -AT ATT AATT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA-T
71072 AAT AGAT AAAT AAT AAT AAT AAT AGAT AAAT AAT AAT AA
1 AAT A-AT -AAT AAT AAT AAT AAT A-AT -AAT AAT AAT AA
71111 AGTATATATA
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AAT
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71017 AAATATAAAA
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1 AATAATAATAGAT-AAATAAT
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1 AATAATAAT-A-GATAAATAAT
*
71065 ATTAATTAATAGATAAATAAT
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AATAATAATAGATAAATAAT
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71016 AAAATATAAA
*
71026 AAATAATAA-AATAA-A-ATAAAATAATAATAAGGATAATATATTAATTAATAGAT
1 AAATAATAATAATAATAGAT-AAATAATAATAAGGATAATATATTAATTAACAGAT
*
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*
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71283 ACATCAATAG
* * * * *
71293 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
71358 TATAACTACTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTTTTTTTTCAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
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129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACAT
* * ** ** *
71471 AAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGGA-TCAAAATAGATAATTACTCATATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
71535 CCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-GTATTGATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
71599 CATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
129 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
71652 AAATAATTGTTTTTATGAC-AAACAAAAAGATTATAAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAAT
1 AAACAATTG-TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
71716 AATAATAACTATTTAAACTAG-TCGATAACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTT
63 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * **
71780 TTGAAATA-TCATAAATTAGTA-TATTTTATTCTAAATAAACTTCTATGATGA-
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * *
71831 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTC-TAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT-GG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** *
71894 CTATAATTATTTGAACT-GATTCGAGAAACTGATTTATTTTTTAAAATCTCCCAACTTCTTAATT
66 C-ATAACTATTTGAACTAG-TTCGA-TAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAATT
* * * *****
71958 TTTGAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGCTAAG-TT-TAATTGAAC-T
126 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-A-TGAACAT
* * * *
72012 AAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
72077 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATTAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * *
72142 TG-AATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAAC-T
128 TGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* *** * * * *
72193 GAAAAAAAAATTTTATGACAAAA-AAAA-GTCAGAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
72256 TCTTAACTATTAT-AACTGGTTCAGCA-AAAACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
65 TCATAACTATT-TGAACTAGTTC-G-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** ** * * * *
72318 TT-ATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTT-TGAACAAGCTTGCATGAATAG
127 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * *
72372 AAATAAATGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACTATTTGAGATAAATAATTATTGAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
72435 CAAAACTATTTAAACTCGTTTGGTAGAAAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* *** ** * *
72496 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATA-
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
** * * * ** * * * *
72546 AAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCACAATAATTTGAAATAGATTATAGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * *
72611 CATGGCTATTTGAACTTGTTCAGCA-AATATATTTATTTTTCAAATCT-TCAACTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTAGTTC-G-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT
* * * * * *
72674 T-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTTCAAATAAACTTGTATGAATAG
128 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
72727 AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
72792 CATAACTATTTGAACT--CTCGTTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTT-
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
72854 AGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAACAA
130 A-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* ** *
72907 AAACAATTAG-TTTATGACAAGACAAAAAATCATATA--ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
1 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * *
72969 GTCATAACTATTTGAA-T-GTGTTTAGAA-A-A--CA-TTTTT---T-TCTTA-TTAGT--TTCT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGT-TCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
73020 AG-AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-
128 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
73071 AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAAGGTCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
73135 ATCAAAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAGATTT-TTTTTTAGCTCACTTAGTCATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
73198 TTGGAATATTAATAAATTAATAATATTTTACTT-CAAATAAACTTATATGAAC-T
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * *
73251 GAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
73316 TCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTAT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
73381 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAT
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
73434 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCAT-AAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* * * * * * * *
73497 GTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTG
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA-TT
* * * ** * * * *
73562 CTT--AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTACGAATAG
126 TTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * * *
73615 ATAA-AATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAA
1 A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
73679 TCATAATTATTTAAACTTTTTC-AGTAAACATATTCATATTTTTAGATTTCTTTA-TTATTAATT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T-AACAGATTTAT-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* * * * *** * *
73742 TTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TT
126 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
73796 GAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * * * *
73861 -TCATGATTATTTGATCTAGTT-TAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTG
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
73922 CTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCCGAATAAGC----AT--ATAT
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * * *
73969 GAACAATTGTTTTATAACAGAATAAAAAGTCGTAACGATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
74034 CAAAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATATTTG
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* * * * * * *
74095 AAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAA
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* * * * *
74146 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
74211 CATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTCTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
74276 AAATATTAATAATTTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTAAAA
130 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATG-A--ACAT
* * *
74330 AAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
74395 TCTTAAATATTTAAACTAGTTCGGCA-AACAAATTTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTC-G-ATAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * * * * *
74459 TTGAAATATTATTCGATTAGTATTATTGTATTTCAAATAAGCTTGTACGAATAA
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * ** *
74513 AAATAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGATTATAA-TATATT-AAAGTTTAGAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * *
74575 GTTATTGCTATTTGAACTAGATC-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * **
74639 TTGAAAGATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTTCGAATAAAATTGAATGTTCA-
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * *
74691 AACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAG
1 AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
74756 CCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAACAGATTCACTTGTTAGATAACTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** *
74820 T-AGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTCTATGAAC-T
128 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * *
74871 GAAAC-ATTGTTTTAAGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
74935 TCTTAACTGTTTGAA-TTGCTTTAGCA-AAAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAG--TTCG-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
74998 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTATATGAAC-T
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
** ** * * * * * *
75051 AAAACAATAATTTTACAATACAACAAAAGCTTATAACAATTTAAAATAGATAATTG-TCTAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * *
75115 G-GA-ACCGA-TT---C-AG-T---TAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
75168 TGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAA
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * ** * * * *
75221 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGCTTGTAACGATTTGAAATAGATCATTATTCAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * **
75286 CATAATTATTTGAACCAGTTC---AA-TG-TAT-TTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTG
* * * * * * *
75344 AAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAA-TT
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* *** *
75394 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
75459 TCATAACTATTTGAACTTGTTCCAAAGACAAATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA-ACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
** *** *
75524 CT-AAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAC-T
128 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * ** * *
75576 AAA-AATACGATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATA
1 AAACAAT-TG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
75639 TTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCA-AACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTCG-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
75699 TT-AGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGCATGAACA-
127 TTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * *
75752 AAAAAATTGCTTTATG-----AC-AAA----ATAA--A--T---ATAGATAATTGTTCAACAAAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAG
* * * * * *
75800 TCATAATTATTTGAATTGGTTTGATATATAGA-TTACGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA-ACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
75860 TGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAG
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
*** * * * * * *
75913 AAACAATTGTTTTGCCACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATCATAGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * * **
75978 T-GTGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * *
76042 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAATAG
129 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * *
76094 AAACAATTGTTTTATAATAAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
76159 CATAACTATTTGAACTTGCTCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
76224 GAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAG
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * *
76275 AAACAATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
76340 CATAACTATTTGAAAGT-GTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAATAT-TTACTCATTAATTTTT
66 CATAACTATTTG-AACTAGTTC-GATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * ** *
76402 GAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAGTAG
129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * *
76454 AACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAG
1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
76518 TCATAACTATTCGAAC-ATGTTTGGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTA-GTTCGATAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
76582 CTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-T
128 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * ** *
76635 AAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
76700 TCATAACTATTTGAAC-ATGTTCGGTAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTA-GTTCGATAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
76764 TGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-T
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * *
76816 GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
76881 TTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATGT-TCTAC-TATTAATTGT
65 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT
** * * * * * * * * *
76944 CAAAATATTAAAAAATAAATATT-TTGTGAAT-AAGAATAAACATGTATG-ACAG
128 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * * *
76996 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * *
77061 CATAAAGATTTGAAATTA-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTGTC
66 CATAACTATTTG-AACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-
* * * *
77125 TT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAACAG
127 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
** * **
77177 AAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTCG-AATAGATAATTG-TCGAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * * *
77239 GTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAAC-TATTAA-TT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTT
* * *
77302 TTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATT
127 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
77335 TTGAATAAAC
Statistics
Matches: 4598, Mismatches: 992, Indels: 546
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 21 0.00
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162 1 0.00
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT
Found at i:72686 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 71588--73514 Score: 636
Period size: 180 Copynumber: 10.8 Consensus size: 178
71578 AATCTCTTAG
* * * * * *** ** *
71588 TATTGATTTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATA
1 TATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA-A
* ** * * * *
71653 AATAATTGTTTTTATGACAAACA-AAAAGATTATAAACGATTTGAAATATATAATTA-TTCAAAT
64 AACAATTG-TTTTACAACAAA-AGAAAAGATCA-CAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAAT
* * * * * * * *
71716 A-ATAATAACTATTTAAACTAGTCGAT-AACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACT
125 AGA-CATAACTATTTGAACT-CTCGTTAAAC-ATATTTACTTTTTAAATCTTCAACT
* * * * ** *
71771 TATTAATTTTT-GAA-ATATCATAAATTAGTA-TATTTTATTCTAAATAAACTTCTATG-ATGAA
1 TATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-AA
* * * * * ** * * * *
71832 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTC-TAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGC
64 AACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGAC
* * ** * *
71895 TATAATTATTTGAACTGATTCGAGAAAC-TGATTTATTTTTTAAAATCTCCCAACT
129 -ATAACTATTTGAACT--CTCGTTAAACAT-ATTTACTTTTT-AAATCT-TCAACT
* * * ** * *
71950 TCTTAATTTTT-GAAATAGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGCTAAGTTT-AATTGAACTA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA-TGAA-TA
** * * * * ** * * * *
72013 AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
63 AAACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGA
* * * **
72078 CATAACTATTTGAACT-T-GTTTGATTAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCT
128 CATAACTATTTGAACTCTCG-TT-A--AACATATTTACTTTTTAAATCTTC-AACT
* * ** * **
72131 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAACTGA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-T-A
*** ** * ** * *
72195 AAA-AAAAATTTTATGACAAAA-AAAAG-TCAGAACGTTTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAG
63 AAACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAG
* * * * * * *
72256 TCTTAACTATTAT-AACTGGTTCAG-CAAAAACATTTA-TTTTTAAATC-TCTTACT
127 ACATAACTATT-TGAACT--CTC-GTTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTC-AACT
* * ** * * * ** *
72309 TATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTTGAACAAGCTTGCATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA-AA
* * ** * * * * * *
72374 ATAAATGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCA-TACTATTTGAGATAAATAATTA-TTGAAATAGTC
65 ACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGAC
* * * * * *
72436 AAAACTATTTAAACTCGTTTGGTAGAA-AGATTTAGTTTTTAAATC-T---CT
129 ATAACTATTTGAACTC--TCGTTA-AACATATTTACTTTTTAAATCTTCAACT
*
72484 TATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAATAAA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAA
* * * * *
72548 ACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATG-TCACAATAATTTGAAATAGATTATAGTTCAAATGGAC
65 ACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAA-GATCACAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGAC
** *
72612 ATGGCTATTTGAACT-T-GTTCAGCAAATATATTTA-TTTTTCAAATCTTCAACT
129 ATAACTATTTGAACTCTCGTT----AAACATATTTACTTTTT-AAATCTTCAACT
* ** **
72664 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA-AA
* ** * * *
72729 ACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACA
**
72794 TAACTATTTGAACTCTCGTTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTTTACT
130 TAACTATTTGAACTCTCGTTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTCAACT
* * * * *
72843 TACTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGTTTT-TATGAACAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAA-TA
** * * * * * * * *
72907 AAACAATTAG-TTTATGACAAGACAAAAAATCA-TATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
63 AAACAATT-GTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAG
* * * *
72970 TCATAACTATTTGAA-TGT-GTTTAGA-A-A---ACATTTT---T-TT---CT
127 ACATAACTATTTGAACTCTCG-TTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTCAACT
* * *** ** * *
73009 TATTAGTTTCTAGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAA
**** * * * * * * *
73073 ACCAATTGTTTTGTGGCAAAACG-AAAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-A
65 A-CAATTGTTTTACAACAAAA-GAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGA
* * ** * * ** *
73136 TCAAAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTT-TTTTTTAGCTCACTT--AGT
128 -CATAACTATTTGAAC-T-CTCGTTAAACATATTTACTTTTTAAAT--CTTCAACT
* * * * ** ** * *
73189 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATAATATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TAAA
** * ** * * *
73254 ACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCACAATGACTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTC
65 ACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGAC
* * * * * * * **
73318 ATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACT
129 ATAACTATTTGAAC-T-CTCGTTAAACATATTTACTTTTT-AAATCTTCAACT
* * * * ** *
73371 TATTAA-TTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACATA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA-A
** * * * * * *
73435 AACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA-AGGCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCAT-AAATAG
64 AACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGA-TCACAACAATTTGAAATAAATAATAG-TTCAAATAG
* *
73498 TCATAACAATTTGAACT
127 ACATAACTATTTGAACT
73515 TGTTTGGTGA
Statistics
Matches: 1364, Mismatches: 270, Indels: 222
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 7 0.01
165 38 0.03
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167 3 0.00
168 1 0.00
169 6 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
173 11 0.01
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181 176 0.13
182 157 0.12
183 71 0.05
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAA
CAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACAT
AACTATTTGAACTCTCGTTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTCAACT
Found at i:75247 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 74966--75270 Score: 398
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
74956 TAGCAAAAAG
* * * * * *
74966 ATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * *
75031 CAAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATAATTTTACAATACAACAAAAGCTTATAACAATTTAAA
66 CAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATAATTTTACAATAAAACAAAAGCTTATAACAATTTAAA
75096 ATAGATAATTGTCTAAATAGGAACCGATTCAGTTAACAA
131 ATAGATAATTGTCTAAATAGGAACCGATTCAGTTAACAA
*
75135 ATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * ** ** * * * *
75199 CCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGCTTGTAACGATTTG
65 CCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATAATTTTA-CAATAAAACAAAAGCTTATAACAATTTA
75263 AAATAGAT
129 AAATAGAT
75271 CATTATTCAA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 20, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 109 0.96
170 5 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATAATTTTACAATAAAACAAAAGCTTATAACAATTTAAA
ATAGATAATTGTCTAAATAGGAACCGATTCAGTTAACAA
Found at i:76872 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 76001--77379 Score: 1475
Period size: 542 Copynumber: 2.5 Consensus size: 538
75991 GCTTGTTCGG
* * *** *
76001 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
76065 TTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAATAAAATAAAAGATTATAA
65 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * *
76129 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCTATAAACAA-ATTT
130 TGATTTGAAATAGATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT-AACAAGATTC
* * *
76193 ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAA
192 ATTTTTTAAATCTCTTT-C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* * * *
76257 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
255 ATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATA
* *
76322 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAATAT
319 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAAAGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATAT
* ** * *** * ** * *
76386 T-TACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATT-T-TATTCGAAATAAGCTTGCAT
384 TCTACT-ATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAATATT-TTGTGAATAAG-AATAAACATGCAT
* * * * * *** *
76448 GAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTT
446 GA-CAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATT-TTT
* ** * *
76512 -AGATAGTCATAACTATTCGAACA-TGTTTGG
508 CAAATAGTCATAAAGATTCGAA-ATTATTTGA
*
76542 TAACA-AGATTCATTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATTTTCTGGAATATTAATAAATTAGTAT
1 TAA-ATAGATTCATTTTTTAAATCT-TTTACTCATTAATTTTCT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
76605 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAT
63 TATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTAT
* * *
76669 AATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAACAAGATT
128 AATGATTTGAAATAGATAAT--TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAACAAGATT
* *
76734 CCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
191 CATTTTTTAAATCTCTTTCT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* *
76799 ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATA
255 ATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATA
* * ** *** *
76864 GATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATGT
319 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAAAGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATAT
*
76929 TCTACTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATAAGAATAAACATGTATGAC
384 TCTACTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATAAGAATAAACATGCATGAC
* * *
76994 AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATA
449 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTTTTCAAATA
*
77059 GTCATAAAGATTTGAAATTATTTGA
514 GTCATAAAGATTCGAAATTATTTGA
* ** * * *
77084 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTAT
1 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** *
77149 TTTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAAC-AGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
66 TTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * *
77211 TAATTTCG-AATAGATAATTGTCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAA-ACAGATT
130 TGATTT-GAAATAGATAATT-TC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAACA-AGATT
* *** * **
77274 CATTTTTTAAATCTCTTAACTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGA
191 CATTTTTTAAATCTCTT-TCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* * * *
77339 ATAAACTTACATGAATTGAAATAATT-TTTTAAGACAAAACA
255 ATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
77380 TATTTACTTT
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 112, Indels: 52
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
538 1 0.00
539 16 0.02
540 152 0.22
541 93 0.13
542 377 0.54
543 55 0.08
544 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTCTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAAT
GATTTGAAATAGATAATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAACAAGATTCATTT
TTTAAATCTCTTTCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTATATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAAAGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATATTCTACTA
TTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATAAGAATAAACATGCATGACAGAAACA
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* *
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* ** ** * * * * * ***
78559 AAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCAATTT-GA
257 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA-TTGAACTTGTTTGGA
** * * ** *
78622 TAAACTGACTTATTTTTTAAATCTT-TAATTTATTGGTTTTTG
320 -AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCT-A-CTATTAATTTTCG
* * * * * *
78664 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGACAAGCTTTTATGAACTA-AGAA-AATTGTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-AGA-AACAATTGTTT
* * *** * * * * *
78727 TATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** * ** * *
78791 GAAATTGTTCAATAAACCTATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
128 GAAA-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTCATTAA-TTTTTGAATATTAAT
** * * *
78856 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA-ATAAA
190 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAA
* * * * * *
78919 CAAAAGATAAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTT
254 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTT-GTTT
* * * **
78983 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCT-TT--TTTTTA
317 GGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTATTAATTTTCG
* * * * * * * *
79023 GAATATTATTAATTTAGCAATATTTTATTAT-GAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
79087 ATAACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGCCAAAAGTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
79151 ATTGGTTCGATAAATAGATTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
130 AAT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTG-AATATTAATAAA
* ** * *
79212 TCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTAGGAA-TAGAAACAATCGTTTTATGACAAAACAA
193 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** ** * * *
79275 AATATCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTA
257 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTTGGAA
* * **
79340 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTA
321 AACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTA-CTATTAATTTTCG
* ** * *
79380 GAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * **
79445 TGACAAAAC-AAA----AT---GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
79502 CTCGCTCGGTAAATAGATATA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAAT
131 AT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAA-TTTTTGAATATTAATAAAT
* * * * *
79566 TAATATTATTTTA-TTCTATATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
194 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * *
79629 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAA
258 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTTGGAAA
* * * * * *
79694 ACATATTTATTTTTTAAATTTTTGCTTAATAACTATT-A
322 ACAAATTTATTTTTTAAATTTCTAC-TATTAA-TTTTCG
* * * ** *
79732 GAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTGAAGTAAACTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTT
1 GAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAA-CAATTGTTT
* * * * * * *
79795 TATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTACTCAGATAATCATAACTATTTA
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
79859 AACATGTTCCATAAATAGA-TTACTTTTTTAATTCTCTTACTCAATAATTTTTATAATATTAATA
129 AA-ATGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * *** *
79923 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTT-T-TTTAGA-A
191 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
79984 AAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTT-G
256 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTTGG
* * *
80047 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCA
319 A-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTAC-TATTAATTT-TCG
* * * * * * * *
80090 AAATATTAATATATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * **
80154 TGACAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGTA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-A
** * * * * * * *
80219 CTTGTTTGGTAAACAAATTTTTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAA
130 AATGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATT-T-TTGAATATTAATAAA
** * ** *
80283 TTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAAAAAATCATTTTAGGA-AAAAC
193 -TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACTAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * ***
80344 AAAAGGTAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTATTCAT
255 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTTGG
* * * * * **
80409 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTTTTA
319 AAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-T-ACTATTAATTTTCG
* * * * * * ** *
80451 GAATATTAGTAACTTAGTATTATATTATTTTAAATAAGCTTATACGAACTGAAATGATTTTTTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* *
80516 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GTCATGACTATTTGAT
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * * * * * *
80580 CTAGTCCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAA
131 AT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
* * * * * * * * * * * * *
80645 TGGAATTATTTTAATT-GAATAAGCATGTATAAAC-AAAAACTATTTTTTTATAATAGAAAAAAA
194 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAA
* ** * * *
80708 ATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTT-GAT
258 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTG-TTTGGA-
* * * *
80771 GAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT--TATTAATTTTTG
320 AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTATTAATTTTCG
* * * * * * * *
80808 AAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
80872 TGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * * *
80937 CTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACAT-ATTAATTTTTTTAGTATGAATAAA
131 AT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TCATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA
* ** * * * *
81001 TTCA-TTTTATTTTATTTTGAAT-AAGTTAGTGTGAA-TTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC---A-
193 TT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-GTATGAACTAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
81058 AAAA----A-AATGATTTGAAATAAATAA-CGTTCATATAGAATTCTTAACTATTTAAACTAGTT
255 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TCATAACTA-TTGAACTTGTT
* * *
81117 TGAGCAAACCAAATTTATTTTTTAAA-TTCTTAGTTATTAATTTTTG
316 TG-G-AAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TA-CTATTAATTTTCG
* ** * * * * * * *
81163 AAATATTTTTATATTAGTATTA-TGT-TTT-GAATAAACTTGT-TGAAACAGAAATAA-TATTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-AACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
81223 ATGAC--AACAAAAGGTTATAAACTATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-
65 ATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
81285 AAATTGCGTT-TAGTAAA-AGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAA
129 AAA-T--GTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGA-ATATTAA
* * * *
81347 TAAAATACTATTATTTTA-TTCTAAATAAAC-TGTAT-AACATA-AAA-AATTGTTATATGAC-C
189 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAAC-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * *
81406 AACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAAATAGATAAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTG-GC-T
252 AACAAAAGGTCA-TAATGATTTG-AAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTT
* * * **
81468 GATTTGGTAAATC-GA--TACTTTTTAAATCACTACTATTAATTTTC-
313 G-TTTGG-AAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTATTAATTTTCG
* * * * * * **
81512 CAGTATTAACAAATTTAGTATTCTTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT
1 GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * **
81576 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTG
* * * * *
81641 AATTTGTTCG-TAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAA-ATATAAG
129 AA-ATGTTCGATAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAATAT-TAAT
*** * * *
81702 AAATTAGTATTATTTTAATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAA
190 AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA
* * * * * *
81765 ACAAAAGGGTTATAATGATTTTAACTAAAATAATTGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAA-TTG-
253 ACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGT
* * * * * *
81828 TTCGATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTC-
315 TTGGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTAC-TATTAA--TTTTCG
* * * * * * * * * * *
81876 AAATGTTAATAAATTTGGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAGATA-TGAAACAAATATTT
1 GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ACAGAAACAATTGTTT
* * * * * ** * * * **
81940 TCTAACTAGACAAAAGGTCAAAATAATTTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
82005 -AAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATT
128 GAAA-T-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTT-GAATATTAAT
* ** * * *
82069 AAATTAGTAGTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGACA
190 AAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACA
Statistics
Matches: 6655, Mismatches: 1525, Indels: 1127
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
301 4 0.00
303 2 0.00
304 4 0.00
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310 1 0.00
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312 4 0.00
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315 4 0.00
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366 160 0.02
367 84 0.01
368 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
ATGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAACTTGTTTGGAAAACAA
ATTTATTTTTTAAATTTCTACTATTAATTTTCG
Found at i:77842 original size:834 final size:827
Alignment explanation
Indices: 76586--78123 Score: 1774
Period size: 834 Copynumber: 1.8 Consensus size: 827
76576 AATTTTCTGG
**
76586 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
76651 TACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTGAAC
66 AACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAACTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC
* * *
76716 ATGTTCGGTAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
131 ATGTTCGGTAACAAGATTCATTTTTTAAATCTC-TTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAACT
* * * ** * *
76781 AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGG
195 AATATTACTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * **
76846 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGAAAACA
260 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAGTTGAACTGGTTAAGAAAACA
* *
76911 TATTTATTTTTTAAATGTTCTACTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATA
325 TAATTATTTTTTAAATCTTCTACTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATA
*
76976 AGAATAAACATGTATGACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAA
390 AGAATAAACATGTATGACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAA
* * * * * * *
77041 TAAATAATTTTTCAAATAGTC-ATAAAGATTTGAAATTATTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAA
455 TAAATAATTATTCAAATAGTCTATAAAGATTT-AAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTT-A
* *
77104 ATCTT-TTACTTGTTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAACTT
518 ATCTTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTT
* *
77167 GTATGAACAGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTCGAA-TAGATAATT
581 GTATGAACAAAAATAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTT-GAAGT-GACAATT
* * *
77230 G-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTC-GACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA
644 GTTC-AAATAGTC-AAA-TATTTAAACTAGTTCAG-CAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTAA
77293 CTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTGA
705 CTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTGA
77358 AATAATTTTTTAAGACAAAACATATTTACTTTTTAATTAATTACTTATCAATTGTCGA
770 AATAATTTTTTAAGACAAAACATATTTACTTTTTAATTAATTACTTATCAATTGTCGA
* * * *
77416 AATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAACTCGAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTA
**
77480 TAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
65 TAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAACTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
*
77544 CTAT-TTGAACTTGTTTGATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAATTTTT-GAGA
130 C-ATGTT---C--G---G-TAACA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTCTCATTAATTTTTGGA-A
* * *
77603 TATTAATAGACTAATATTACTTTATTCCGAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATG
183 TATTAATAAACTAATATTACTTTATTCCAAACA-AGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* * * *
77667 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACT
247 ACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAGTTGAACT
* * * * * ** * **
77732 GGTTAAGTAAACATAATTGTTTTTTAAATCTTTTACTTTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA
312 GGTTAAGAAAACATAATTATTTTTTAAATCTTCTACTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAA
* * *
77797 T-TTTT-TTATTTCAA-AA-AAGC-TAGTATGAATTCA-AAA-AACTTATTTTATGACAAAACAA
377 TATTTTGTGA-AT-AAGAATAAACAT-GTATG-A--CAGAAATAA-TTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
77855 AAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGC
435 AAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCTATAAAGATTTAAACTAGTTCAGC
* * * *
77920 AAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAGTATTATT
500 AAACAAATTTATTTTTTAATCTTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** ** * * *
77985 TTATTTGGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGA
564 TTATTCAAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAA
* * * *
78050 TTTGAAGTTACAATTGTTCAAATAGTCATATATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATATTTT
629 TTTGAAGTGACAATTGTTCAAATAGTCAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTCATATTTT
78115 AAATCTCTT
694 AAATCTCTT
78124 GTTAATTTTT
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 93, Indels: 57
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
829 35 0.06
830 82 0.14
831 1 0.00
832 11 0.02
833 51 0.09
834 246 0.42
835 101 0.17
836 36 0.06
837 2 0.00
838 20 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (827 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
AACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAACTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC
ATGTTCGGTAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTA
ATATTACTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
CACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAGTTGAACTGGTTAAGAAAACAT
AATTATTTTTTAAATCTTCTACTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATAA
GAATAAACATGTATGACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAAT
AAATAATTATTCAAATAGTCTATAAAGATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATC
TTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATG
AACAAAAATAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTGACAATTGTTCAAA
TAGTCAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTAACTATTAATTTT
CATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTGAAATAATTTTTT
AAGACAAAACATATTTACTTTTTAATTAATTACTTATCAATTGTCGA
Found at i:78366 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 77617--81414 Score: 1322
Period size: 357 Copynumber: 10.7 Consensus size: 353
77607 AATAGACTAA
* * * * * *
77617 TATTACTTTATTCCGAACACACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * *
77682 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAACATA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAACA-A
*
77747 ATTGT-TTTTTAAATCTTTTACTTTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-T-TTTTTTATTTC
128 ATT-TATTTTTAAATC---T-CTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTTTTTATTTC
* * * * *
77809 AAAAAAGCTAGTATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
187 AAATAAGCTAGTATG-A-TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAA
** *
77874 GTAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAA
250 ACAAATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *** * *
77939 TTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTACATTAG
315 TCTCCTTAGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
*** * * * * *
77978 TATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * *
78043 ATAATGATTTGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCATATATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATT
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATT
* *
78107 TATATTTTAAATCTCTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
131 TAT-TTTTAAATCTCTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTCAAATAA
* * * * **
78172 GCTGGAATGATGAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAA
193 GCTAGTATGATGAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTT-G-AAACAAA
* * * * * * **
78236 TAATTGTTCATATAGTC-TTAATTGTTTAAA-TTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATC
255 TAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAG-TTCAGCAAACAAATTTA-TTTTTT-AATC
78299 TCCTT-GTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
317 TCCTTAGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
* * *
78335 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** *
78400 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----------AAACTAGTTCAGTAAACAAAAT
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATT
** *
78455 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAG
131 TA-TTTTTAAATCTCTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTCAAATAA
* **** * * *
78520 GCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATA
193 GCTAGTATGATGAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAACAAATA
* ** * * * * * ** *
78585 ATTATTCA-AGT-GACCATAATTATTTAAACCAATT-TGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-
257 ATTATTCATA-TAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAG-CAAACAAATTTATTTTTT-AATCTC
* *** ** * * * *
78646 -TTAATTTATTGGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAA
319 CTT-AGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
* * * * * * * * *
78681 TATTATTTTATTTCAGACAAGCTTTTATGAACTAAGAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGT
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
78745 CATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAAA-TTGTTCAATAAAC
65 TATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTT-AAACTAGTTCAGTAAAC
** * * *
78808 CTATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
126 AAATTTA-TTTTT-AAA---TCT-CTT-TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTT
** * * *** *
78872 ATTTTGAATAAGC-ATGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGA-ATAAACAAAAGATAAGAACG
182 ATTTCAAATAAGCTA-GTATG-A-TGAAAAAAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGCCATAACG
* * * * * * ** *
78934 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-TAATAGTC-TTAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTA
243 ATTTGAAACAAATAATTATTCAT-ATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTA
** * * * *
78997 TTTTTTAAATCT-CTTTCTT-T---TTTTTAGAATATTATTAATTTAG
307 TTTTTT-AATCTCCTTAGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
* * *** ** * * * * * * * *
79040 CAATATTTTATTATGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATC
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * * * * * * * *
79104 ATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGCCAAAAGTATTTGAATTGGTTC-GATAAATAG
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATA-TATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAA
* *
79168 ATTTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTA-TTCTAA
128 ATTT-ATTTTTAAATCTCTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTC-AA
** * * * * *** * *
79232 ATAATTTTGTAGGAAT-AGAAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAAT
189 ATAAGCTAGTATG-ATGA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAAC
* * * * * * * * * ** *
79296 AGATAATAATTCAAATAGAC-ATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
252 AAATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTT-AAT
* ** * * * * *
79360 CTCC-AACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
316 CTCCTTAGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
* * * * * * *
79397 TATTATTATATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC---A----
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* ** * * * * * *
79455 A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGTAAATAGA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAA
* * *
79519 TATATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTC
129 TTTATTTTTAAATC---T-CTT-TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTC
* ** * * * *
79582 TATATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
187 -AAATAAGCTAGTATG-ATGA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * *
79646 AATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACGT-GTTTAGAAAACATATTTATTTTTT
249 AACAAATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAAC-TAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
79709 AAAT-T--TTTGCTTAAT-AACTATT-AGAATATTAATAAAATTA-
313 -AATCTCCTTAG-TT-ATCAA-TTTTCAAAATAAT-ATTAAATTAG
** * ** * * * *
79749 TATTATTTTATTTGAAGTAAACTTGCATGAACAAAACCAATTTTTTTATGATAAAA-AAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* ** * * *
79813 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTACTCAGATAATCATAACTATTTAAAC-ATGTTCCA-TAAATA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTA-GTT-CAGTAAACA
* *
79876 GA-TTACTTTTTTAATTCTCTTACTCAATAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
127 AATTTA--TTTTTAAATCTCTT--T---TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT-TTTTA
* *** * * * *
79939 TTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTG-AAACAATTGTTTT-T-TTTAGA-AAAAGGTCACAATGAT
183 TTTCAAATAAGC-TAGTATG-A-TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGAT
* * * * * * * * * * * *
79999 TTGAAATAATTAATTATTCAAATACTC-ATGACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACATATTTATT
245 TTGAAACAAATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAG-CAAACAAATTTATT
* * * * * * *
80062 TTTTAAATCT-TTTACTTAT-TATTTGTCAAAATATTAATATATTAA
309 TTTT-AATCTCCTTAGTTATCAATTT-TCAAAATAATATTAAATTAG
* * * * * * * * *
80107 TATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * ** * **
80171 ATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGTACTTGTTTGGTAAACAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT--ATATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAA
* *
80236 TTTTTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-
129 -TTTATTTTTAAATC---T-CTT-TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT-TTTTAT
* * ** * ** *
80297 TTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTAGGA-AAAACAAAAGGTAATAGCGATT
184 TTC-AAATAAGCTAGTATG-AT-GAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATT
* * * * * * * * ** * *
80361 TCAAATAGATAATTGTTCAAATGGTC-ATAATTATTTAAACTTA-TTCATTAAATAGATTTATTT
246 TGAAACAAATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAAC-TAGTTCAGCAAACAAATTTATTT
* * * * * *
80424 TTTAAATCT-CTT-GATTATTAATTTTTAGAATATTAGTAACTTAG
310 TTT-AATCTCCTTAG-TTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
* ** * * ** ** * *
80468 TATTATATTATTTTAAATAAGCTTATACGAACTGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * *
80533 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GTCATGACTATTTGATCTAGTCCGGTAAGCATA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAA
* * * * * *
80597 TTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGGAATTATTTTAATT-
129 TTTATTTTT-AAA---TCT-CTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTC
* * ** * * * * * * * *
80661 GAATAAGC-ATGTATAAACAAAAACTATTTTTTTATAATAGAAAAAAAATGTCATAACAATTTGA
187 AAATAAGCTA-GTATGATGAAAAA-AATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGCCATAACGATTTGA
* ** * * * * * *
80725 AATAAATAATTGCTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTGATTTGATG--AACAGATTTATTTTT
249 AACAAATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACT-AGTTCA-GCAAACAAATTTATTTTT
** * * *
80787 TAAATCT-CTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAGATTAG
312 T-AATCTCCTTAGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
* * * * *
80825 TATT-TTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * *
80889 ATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACA
66 ATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCA-GTAAACA
* ** * * *
80952 GAA-TTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTA
127 -AATTTA-TTTTTAAA--TC-T-C-TTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT-TTTTA
** * * **
81015 TTTTGAATAAGTTAGTGTGAATTG-AAAATTTTGTTTTATGAC-AAA-AAAA----AT---GATT
183 TTTCAAATAAGCTAGTATG-A-TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATT
* ** * *
81070 TGAAATAAATAA-CGTTCATATAGAAT-TCTTAACTATTTAAACTAGTTTGAGCAAACCAAATTT
246 TGAAACAAATAATTATTCATATAG--TCT-TTAAATATTTAAACTAG-TTCAGCAAA-CAAATTT
* ** * * *
81133 ATTTTTTAAAT-T-CTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTTTTATATTAG
306 ATTTTTT-AATCTCCTTAGTTATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
* * * * *
81180 TATTATGTT-TT--GAATAAACTTGT-TGAAACAGAAATAA-TATTTTATGAC--AACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG-AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
81238 TATAAACT-ATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGCGTTTAGTAAA
65 TAT-AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACT-AGTTCAGTAAA
* * * * *
81302 -AGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTA
125 CAAATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTA
* ** * *
81365 -TTCTAAATAAACT-GTAT-AACATAAAAAATTGTTATATGAC-CAACAAAAGG
183 TTTC-AAATAAGCTAGTATGATGA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
81415 TAGTAACAAT
Statistics
Matches: 2683, Mismatches: 561, Indels: 396
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
344 2 0.00
346 113 0.04
347 48 0.02
348 150 0.06
349 29 0.01
350 131 0.05
351 50 0.02
352 106 0.04
353 315 0.12
354 18 0.01
355 69 0.03
356 142 0.05
357 428 0.16
358 281 0.10
359 155 0.06
360 108 0.04
361 299 0.11
362 91 0.03
363 129 0.05
364 18 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATT
TATTTTTAAATCTCTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTATTTCAAATAAGCT
AGTATGATGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAACAAATAATTA
TTCATATAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATCTCCTTAGTT
ATCAATTTTCAAAATAATATTAAATTAG
Found at i:79393 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 78444--82127 Score: 2469
Period size: 181 Copynumber: 20.6 Consensus size: 181
78434 AACTAGTTCA
* *
78444 GTAAACAAAATTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * **
78504 GTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * ***
78568 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTTAAACCAATTTG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * ** * *
78621 ATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTTTAATTTATTGGTTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
78685 ATTTTATT-TCAGACAAGCTTTTATGAACTA-AGAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCA
65 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * * * * **
78747 TATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAAATTGTTCA
127 TAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* ** * ** * *
78802 ATAAACCTATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
78867 ATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA-ATAAACAAAAGATAAG
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCAT
* *
78930 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* * * * *
78984 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-C-T-TT--TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
79044 ATTTTATTATGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
79108 CAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGCCAAAAGTATTTGAA-TTGGTTCG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* * * * *
79160 ATAAATAGATTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATCAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * **
79220 ATTTTATTCTAAATAATTTTGTAGGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * *
79285 TGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* *** *
79337 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* **
79402 TTATATT-TCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA----AT--
66 TTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * * *
79459 -GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGCTCG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * *
79510 GTAAATAGATATA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAATATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
79574 TTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
79639 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTA
131 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * *
79690 GAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTGCTTAATAACTATTAGAATATTAATAAAATTA-TATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATT
* * * * * *
79753 ATTTTATT-TGAAGTAAACTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCAT
65 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * * * **
79815 AATGTTTTGAAATAGATAATTACTCAGATAATCATAACTATTTAAACATGTTCC
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * * *
79869 ATAAATAGA-TTACTTTTTTAATTCTCTTACTCAATAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* *** * *
79933 ATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTT-T-TTTAGA-AAAAGGTCAC
65 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
79993 AATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTTG
128 AACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * *
80047 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATATATTAATATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
80111 -TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** *
80175 AAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGTACTTGTTTG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * *
80227 GTAAACAAATTTTTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * ** * *
80289 TTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTAGGA-AAAACAAAAGGTAA
63 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * **
80353 TAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTATTCA
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * *
80408 TTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGA-TTATTAATTTTTAGAATATTAGTAACTTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** *
80472 ATATTATTTTAAATAAGCTTATACGAACT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * **
80536 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GTCATGACTATTTGATCTAGTCCG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * * * *
80588 GTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAAATGGAATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * * * *
80652 ATTTTAAT-TGAATAAGCATGTATAAACAAAAACTATTTTTTTATAATAGAAAAAAAATGTCATA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATA
* * * *
80716 ACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTG
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG
* * *
80769 ATGAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
80829 -TTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
80893 CTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAG
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * ** * * *
80945 GTAAACAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * *
81009 ATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGAC-AAA-AAAA----AT
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
81066 ---GATTTGAAATAAATAA-CGTTCATATAGAATTCTTAACTATTTAAACTAGTTTG
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * ** *
81119 AGCAAACCAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTTTTATATTAGTA
1 -GTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
81182 TTA-TGT-TT-TGAATAAACTTGT-TGAAACAGAAATAA-TATTTTATGAC--AACAAAAGGTTA
63 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
81240 TAAACTATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGCGTTTA
127 T-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTTG
* * * *
81297 GTAAA-AGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAGAGATTAATAAAATACTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
81359 ATTTTATTCTAAATAAAC-TGTATAACATA-AAA-AATTGTTATATGAC-CAACAAAAGGT-AGT
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-T
* * * * * *
81419 AACAATTTGAAAATAGATAAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTG-GC-TGATTTG
128 AACGATTTG-AAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG
* ** * *
81474 GTAAATC-GA--TACTTTTTAAATC-ACTAC-TATTAATTTTCCAG--TATTAACAAATTTAGTA
1 GTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * *
81532 TTCTTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
63 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** * *
81596 AATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTTGAATTTG-TTC
128 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTTG
* * *
81650 GTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT-GAA-ATATAAGAAATTAGTA
1 GTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGTA
* ** * *
81711 TTATTTTAATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGGT
63 TTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAA-GGT
* * * * * * * *
81775 TATAATGATTTTAACTAAAATAATTGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAA-TTGTTCG
125 CATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * * *
81832 ATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTCA-AATGTTAATAAATTTGGGA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * * * * * * *
81896 TTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAGACAAAAGGTCA
63 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * ** * *
81960 AAATAATTTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTTG
127 TAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
** * * * * *
82016 ACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
82081 TTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGACA
66 TTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
Statistics
Matches: 2745, Mismatches: 595, Indels: 330
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 25 0.01
172 118 0.04
173 61 0.02
174 55 0.02
175 122 0.04
176 277 0.10
177 330 0.12
178 149 0.05
179 180 0.07
180 458 0.17
181 563 0.21
182 229 0.08
183 79 0.03
184 84 0.03
185 13 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
Found at i:80376 original size:718 final size:712
Alignment explanation
Indices: 77645--81016 Score: 1871
Period size: 718 Copynumber: 4.7 Consensus size: 712
77635 ACACTTATAT
* * **
77645 GAACAAAAAC-ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
1 GAACTAAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTC
* * * ** * * **
77709 AAATAATCATAATTATTTGAACTGGT-TAAGTAAACATAATTGTTTTTTAAATCTT-TTACT-TT
65 AAAT-ATCATAACTATTTAAACTAGTCCGA-T-AACATAATTATTTTTAAAAT-TTCTTACTCAA
* * ** * * * *
77771 TAATTTTTTAAATATTAAT-AAAT-TCATTTTTTTATTTCAAAAAAGC-TAGTATGAATTCAAAA
126 TAATTGTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATTTTAATT-AAATAAGCATA-TAT-AA-ACAAAA
* * * * * * * * *
77833 A-ACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCATATAGTCT
187 ACAATTTTTTTATAATAGAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTC-
* * * * * * * * * * * *
77897 TTAAATATTTAAACTAG-TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTG
249 ATGACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTGTA
* * * *** * * *
77961 GAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
312 AAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
78026 TGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTCAT--ATATTTAAA
376 TGACA-AAAAAAAGGTCATAA--ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
* * * *
78088 CTAGTTCA-GTAAACAAATTTATATTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
438 CTAGTT-AGGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-TAATATTAATAAA
* * *** * * *
78148 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTGGAATG-AT-GAAAAACAAT-TGTTATATGACTAAACA
500 TTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG-AAAA-AATCAGTT-TAGGACAAAACA
** ** * * * * * * * * *
78210 AAAGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAATTGT-TTT
562 AAAGGTAATAACAATTT--CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-CGTATTC
* * * * * * * *
78273 AGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTTG-TT-ATCAA-TTTTCAAAATAATATTAAATTAG
624 AGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTGATTAAT-AACTATT-AGAATATTAATAAATTAG
* ** * * *
78335 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT
685 TATTATATTATTTGAAATAAACTTACAC
* * * * **
78363 GAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 GAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCA
* * * * *
78428 AATA-GA-AACTAGTT---C-AGT---A-AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-T---TAATT
66 AATATCATAACTATTTAAACTAGTCCGATAACATAATTATTTTTAAAATTTCTTACTCAATAATT
* * * * * * * * * * ** * *
78479 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGT
131 GTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATTTTA-ATTAAATAAGCATATATAAACAAAAACAATTTT
* * * * *** ** * * * *
78544 TTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTAT
195 TTTATAATAGAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAG-TCATGACTAT
* *** ** * * * * *
78608 TTAAACCAATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-TTAATTTATTGGTTTTTGAAATATTA
257 TTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-ATTTGTAAAATATTA
* * * * * * * *
78672 ATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGACAAGCTTTTATGAACTA-AGAA-AATTGTTTTATGATAA
320 ATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGA-AACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
78735 AACAAAATGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACA-ATTTGAAATTG
382 AA-AAAAGGTCATA--AATT-TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAATATTTGAACTAG
* ** * ** *
78798 TTCA-ATAAACCTATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
442 TT-AGGTAAACAAATTT-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTT-AATATTAATAAATTA
* *** * * * * * *
78862 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA-ATAAACAAAAG
503 ATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAAAAATCAGTTTAGGACA-AAACAAAAG
* * * * * * * * ** *
78925 ATAAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAA
566 GTAATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTA-TTCAGAAAA
* ** * * * * * * *
78989 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT--T--TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA
630 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGATTAATAACTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTA
** ** *
79050 TTATG-AATAAGTTTGTAT
695 TT-TGAAATAAACTTACAC
* * * * * * * ** *
79068 GAAC-AGAAGCAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTT
1 GAACTA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTC
* * * * * * * * *
79131 AAATAGCCAAAAGTATTTGAATTGGTTCGATAA-ATAGATTTAATTCTT-AAATCTCTTA-T---
65 AAATA-TCATAACTATTTAAACTAGTCCGATAACATA-A-TT-ATTTTTAAAATTTCTTACTCAA
* * * *** * ** * *
79190 TAATTTTTGAAATATTAAT-AAATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAGGAATAGAAAC
126 TAATTGTTGAAATATTAATAAAAT-AGAATTATTTTAAT-TAAATAAGCATATATAAACAAAAAC
** * * * ** * * *
79254 AATCGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATG
189 AATTTTTTTATAATAGAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATG
* ** * * *
79319 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAAT
252 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTGTAAAAT
* * *
79384 ATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
316 ATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * *
79449 AAAACAAA----AT-GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGCTC
380 AAAAAAAAGGTCATAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTA
* * * * *
79509 GGTAAATAGATATATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAATATTA
445 GGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT-AATATTAATAAATTAATATTA
* * * ** * *
79574 TTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
509 TTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATCAGTTTAGGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * *
79639 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTAT
574 AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTATTCAGAAAACAGATTTAT
* * * *
79704 TTTTTAAAT-TTTTGCTTAATAACTATTAGAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTGAAGT
639 TTTTTAAATCTCTTGATTAATAACTATTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATATTATTTGAAAT
* *
79767 AAACTTGCAT
703 AAACTTACAC
* * *
79777 GAAC-AAAACCAATTTTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTACTC
1 GAACTAAAA-CAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTC
* *
79840 AGATAATCATAACTATTTAAAC-ATGTTCC-ATAA-ATAGATTACTTTTT-TAATTCTCTTACTC
65 AAAT-ATCATAACTATTTAAACTA-G-TCCGATAACATA-ATTA-TTTTTAAAATT-TCTTACTC
* * * * * * **
79901 AATAATT-TTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
124 AATAATTGTTGA-AATATTAATAAAATAGAATTATTTTAATT-AAATAAGCATATATAAACAAAA
* *
79965 ACAATTGTTTTT-T-TTAG-AAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATACTCA
187 ACAATT-TTTTTATAATAGAAAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAA-TAATTATTCAAATAGTCA
* *
80027 TGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAA
250 TGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTGT-AAA
* * * * *
80092 ATATTAATATATTAATATTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGA
314 ATATTAATAAATTAGTATTTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
80157 CAAAATAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGTACTT
379 CAAAA-AAAAGGTCAT--AAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTA
* * * *
80222 GTTTGGTAAACAAATTTTTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA
441 GTTAGGTAAACAAA-TTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTTAATATTAATAAATTAA
*
80287 TATTATTTTATTCAAAATAAG-TTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTAGGA-AAAACAAAAGG
504 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTT-TATGAATAG-AAAAAATCAGTTTAGGACAAAACAAAAGG
* * * * * ** *
80350 TAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTATTCATTAAATA
567 TAATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTATTCAGAAAACA
* * * * *
80415 GATTTATTTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTTTTAGAATATTAGTAACTTAGTATTATATTATT
632 GATTTATTTTTTAAATCTCTTGATTAATAACTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATT
* * *
80480 TTAAATAAGCTTATAC
697 TGAAATAAACTTACAC
* ** *
80496 GAACTGAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 GAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCA
* * * * * * * * *
80561 AATGTCATGACTATTTGATCTAGTCCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
66 AATATCATAACTATTTAAACTAGTCCGATAA-CATAATTATTTTTAAAATTTCTTACTCAATAAT
* * * *
80626 TGTTGAAATATTAATAAAATGGAATTATTTTAATTGAATAAGCATGTATAAACAAAAACTATTTT
130 TGTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATTTTAATTAAATAAGCATATATAAACAAAAACAATTTT
* * ** ** *
80691 TTTATAATAGAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTAT
195 TTTATAATAG--AAAAAAGGTCACAATGATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * *
80756 TTAAAC-TGATTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT-TTTG--AAATATTA
257 TTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTATTTGTAAAATATTA
* * * * * * *
80816 ATAGATTAGTATTTTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC
320 ATAAATTAGTATTTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* *
80881 AAAAGGTCATAGCTATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAG
384 AAAAGGTCATA--AATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTAG
* * * * * * * *
80945 GTAAACAGAATTATTTTTTAAACCTCTTACATATTAATTTTTTTAGTATGAATAAATTCATTTTA
446 GTAAACA-AATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTTAATATTAATAAATTAATATTA
81010 TTTTATT
509 TTTTATT
81017 TTGAATAAGT
Statistics
Matches: 2109, Mismatches: 424, Indels: 242
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
702 4 0.00
703 136 0.06
704 114 0.05
705 86 0.04
706 211 0.10
707 22 0.01
708 59 0.03
709 173 0.08
710 159 0.08
711 75 0.04
712 15 0.01
713 51 0.02
714 12 0.01
715 21 0.01
716 214 0.10
717 66 0.03
718 402 0.19
719 148 0.07
720 49 0.02
721 11 0.01
722 79 0.04
723 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (712 bp):
GAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCA
AATATCATAACTATTTAAACTAGTCCGATAACATAATTATTTTTAAAATTTCTTACTCAATAATT
GTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATTTTAATTAAATAAGCATATATAAACAAAAACAATTTTT
TTATAATAGAAAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
ACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTGTAAAATATTAATAAAT
TAGTATTTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGT
CATAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAT
TTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAA
TAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATCAGTTTAGGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTATTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTGATTAATAACTATTAGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTGAAATAAACTTACAC
Done.