genome.fa.s142.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167967.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_226, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  46850

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1764--2685	176	5.1	177	75	10	621	42	9	8	39	1.68
3039--3096	25	2.3	26	85	5	68	53	1	0	44	1.10
3016--3186	91	1.9	89	80	11	195	51	1	2	45	1.21
3256--3290	16	2.2	16	89	0	52	42	0	2	54	1.15
4255--4323	33	2.0	36	86	11	99	46	4	0	49	1.21
4454--4493	13	3.1	14	82	17	59	52	0	0	47	1.00
4453--4497	20	2.2	20	88	7	65	55	0	0	44	0.99
4651--4693	12	3.6	11	81	12	50	37	0	2	60	1.10
4901--4948	23	2.0	24	84	12	62	45	2	0	52	1.12
4917--4966	25	2.0	24	84	3	64	40	2	2	56	1.22
5003--5048	16	2.8	16	93	6	74	50	0	0	50	1.00
5122--5153	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
5379--5413	17	2.1	17	89	10	54	54	0	2	42	1.15
5395--5444	25	2.0	25	88	7	75	40	0	0	60	0.97
5507--5563	29	2.0	29	80	12	66	45	1	0	52	1.11
5743--6336	181	3.3	178	80	7	585	42	7	9	40	1.65
5888--6336	179	2.5	180	81	6	523	42	7	9	40	1.66
7816--7852	19	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
8365--8397	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
8013--8696	181	3.8	180	76	7	462	40	9	7	42	1.65
9166--9206	21	1.9	22	85	5	57	58	2	0	39	1.11
9554--9621	22	3.2	21	73	10	66	47	0	1	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10466--10507	13	3.2	13	75	18	50	59	4	0	35	1.19
10460--10527	27	2.4	28	73	11	68	57	4	1	36	1.28
10513--10568	26	2.1	27	83	9	71	53	0	1	44	1.11
10851--10922	13	5.5	13	72	18	60	52	1	0	45	1.09
11662--11703	21	2.0	21	81	9	50	52	0	7	40	1.29
11828--11893	31	2.2	31	81	7	84	42	3	0	54	1.15
11982--12031	20	2.5	20	78	9	57	42	0	2	56	1.11
12425--12493	19	3.9	18	77	9	63	43	2	8	44	1.50
13088--13135	23	2.1	23	84	7	62	47	0	4	47	1.21
14209--14276	35	1.9	35	82	11	86	48	2	1	47	1.26
14240--14301	27	2.3	28	86	10	85	41	3	3	51	1.34
14373--14425	18	3.0	18	75	10	56	49	1	0	49	1.12
14380--14429	17	2.9	17	80	13	57	50	2	0	48	1.12
14375--14460	40	2.3	35	79	15	86	48	1	1	48	1.16
14833--14926	16	5.7	16	69	22	61	48	1	1	48	1.15
14763--14914	48	3.3	50	70	23	136	49	1	1	48	1.18
14812--14925	17	6.2	17	68	22	54	50	0	0	48	1.13
15380--15448	36	2.0	34	88	5	102	40	5	1	52	1.34
16782--17129	181	1.9	180	81	5	425	39	8	9	42	1.67
17741--17808	20	3.1	21	79	12	59	45	2	0	51	1.16
17762--17814	21	2.5	20	85	11	63	45	1	0	52	1.11
17848--17889	22	1.9	22	85	9	59	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18168--18204	14	2.8	14	84	8	51	56	0	0	43	0.99
18351--18400	18	2.7	18	73	14	57	44	0	0	56	0.99
18351--18426	37	2.1	37	83	9	95	44	0	1	53	1.08
18559--18597	18	2.2	18	85	0	51	51	0	5	43	1.24
18986--19051	14	4.7	15	73	19	54	46	1	1	50	1.20
18993--19102	16	6.8	17	71	17	65	45	0	2	50	1.22
19033--19103	15	4.7	15	77	16	58	45	0	2	52	1.15
19154--19205	13	4.2	12	77	18	54	53	5	1	38	1.36
20455--20502	25	1.9	25	83	8	62	50	0	2	47	1.12
20618--20665	16	3.0	16	80	14	55	56	0	4	39	1.19
20865--20901	18	2.0	19	89	5	58	40	2	0	56	1.13
21795--21860	18	3.3	19	78	16	62	45	4	1	48	1.32
21746--21837	10	9.7	9	70	20	55	51	1	1	46	1.15
21984--22022	19	2.1	19	85	9	53	38	0	0	61	0.96
22503--22552	21	2.3	22	82	3	66	46	2	2	50	1.24
23121--23200	31	2.6	29	77	15	81	48	2	0	48	1.14
23209--23261	17	3.1	17	79	12	56	54	1	0	43	1.11
23211--23266	22	2.6	23	86	8	73	55	1	0	42	1.10
23397--23421	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
23447--23509	21	3.0	21	77	15	60	47	3	6	42	1.44
23838--23881	18	2.4	18	76	0	52	50	0	2	47	1.13
23882--23918	18	2.1	17	90	5	56	51	2	0	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23861--23928	28	2.3	31	82	12	81	51	1	0	47	1.09
23993--24038	21	2.1	23	92	8	78	50	0	4	45	1.21
24907--24939	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
25300--25391	21	4.3	21	66	17	55	51	1	1	46	1.15
25865--25951	35	2.6	35	84	10	103	45	0	2	51	1.13
26075--26132	29	2.1	26	81	15	64	46	1	1	50	1.22
27306--27350	22	2.0	22	87	8	65	40	2	2	55	1.24
27355--27408	18	3.1	16	80	20	56	51	0	0	48	1.00
27380--27423	19	2.4	18	81	7	52	52	2	0	45	1.13
27752--27786	16	2.3	15	90	5	52	51	2	8	37	1.47
27938--27988	26	1.9	27	88	11	79	49	1	0	49	1.12
27935--27997	26	2.5	24	76	23	67	50	1	0	47	1.10
28390--28421	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
28473--28528	27	2.0	29	83	13	73	51	1	1	44	1.22
28632--28700	29	2.4	27	83	7	84	40	1	2	55	1.24
29303--29335	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
30472--30529	29	2.1	26	81	15	64	46	1	1	50	1.22
30908--30937	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
31007--31038	7	4.4	7	92	7	55	46	0	0	53	1.00
31010--31040	15	2.1	15	100	0	62	45	0	0	54	0.99
31128--31162	16	2.3	15	90	5	52	37	5	2	54	1.39
31137--31199	27	2.3	27	83	5	74	44	3	3	49	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31243--31310	23	3.1	22	78	17	70	48	2	0	48	1.16
31514--31579	19	3.7	18	78	15	57	45	0	1	53	1.09
31529--31582	15	3.4	15	82	14	56	48	0	0	51	1.00
31529--31582	18	3.1	16	80	20	56	48	0	0	51	1.00
32209--32292	10	8.2	10	70	18	57	47	4	1	46	1.31
32523--32569	25	1.9	25	83	12	62	46	2	2	48	1.25
32600--32687	16	5.3	17	69	20	53	40	3	2	53	1.30
33151--33216	19	3.4	19	78	14	64	46	1	0	51	1.10
33151--33205	10	5.8	10	78	18	55	43	1	0	54	1.10
33194--33227	11	3.0	12	87	12	54	61	0	0	38	0.96
33684--33723	15	2.6	15	92	4	62	52	0	0	47	1.00
33683--33723	7	5.2	8	88	11	59	53	0	0	46	1.00
33747--33797	26	2.0	25	85	11	68	47	0	0	52	1.00
34165--34227	22	2.7	23	74	23	60	47	1	1	49	1.20
34174--34213	22	1.9	22	90	10	66	47	0	2	50	1.14
34262--34318	17	3.5	17	79	16	75	50	0	1	47	1.11
34743--34802	29	2.0	31	83	6	79	40	1	5	53	1.33
34927--34958	15	2.2	14	94	5	55	34	0	0	65	0.93
35046--35106	12	4.8	12	78	13	52	44	1	0	54	1.10
35060--35106	13	3.5	13	77	11	51	46	0	0	53	1.00
35102--35144	22	1.9	23	85	4	61	46	2	4	46	1.36
36242--36440	12	18.4	11	64	24	52	43	1	3	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36259--36306	19	2.6	18	75	18	53	35	4	0	60	1.16
36359--36440	12	6.5	13	71	19	59	47	0	4	47	1.23
36313--36450	46	3.3	40	73	16	111	44	1	3	50	1.28
36578--36612	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
36566--36647	41	2.0	40	81	6	94	54	1	0	43	1.07
36563--36643	30	2.6	30	83	11	94	55	1	0	43	1.07
36837--36870	13	2.6	13	90	0	50	41	2	2	52	1.31
37132--37182	8	6.6	8	74	17	54	50	0	0	49	1.00
37132--37182	24	2.2	24	86	6	70	50	0	0	49	1.00
37246--37347	13	7.1	14	68	24	54	47	1	1	49	1.24

Tables:   1   2