Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19268551
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.18, T:0.31
Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 120 of 120
Found at i:19085191 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 19085154--19085235 Score: 98
Period size: 28 Copynumber: 3.0 Consensus size: 28
19085144 CATGCTAAAA
19085154 ATAAA-TAAAATATTA-ATTAATAAATTT
1 ATAAATTAAAATATTATATTAA-AAATTT
*
19085181 AT-AATTGAAATATTATATTAAAAATTT
1 ATAAATTAAAATATTATATTAAAAATTT
* * *
19085208 TTAAATTAAAATATCATATTAAATATTT
1 ATAAATTAAAATATTATATTAAAAATTT
19085236 TACTATGATT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 5
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.04
27 18 0.38
28 27 0.57
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (28 bp):
ATAAATTAAAATATTATATTAAAAATTT
Found at i:19088914 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 19088775--19088942 Score: 336
Period size: 83 Copynumber: 2.0 Consensus size: 83
19088765 GACACCTAGA
19088775 ATAGATTTTGACATAACCATATCAATAAAAGATATCAAGGAAAAACAACAAGAGAACTACTTAAG
1 ATAGATTTTGACATAACCATATCAATAAAAGATATCAAGGAAAAACAACAAGAGAACTACTTAAG
19088840 TAATTTTATCTAGAAGGC
66 TAATTTTATCTAGAAGGC
19088858 ATAGATTTTGACATAACCATATCAATAAAAGATATCAAGGAAAAACAACAAGAGAACTACTTAAG
1 ATAGATTTTGACATAACCATATCAATAAAAGATATCAAGGAAAAACAACAAGAGAACTACTTAAG
19088923 TAATTTTATCTAGAAGGC
66 TAATTTTATCTAGAAGGC
19088941 AT
1 AT
19088943 TACAAGAATA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
83 85 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.13, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (83 bp):
ATAGATTTTGACATAACCATATCAATAAAAGATATCAAGGAAAAACAACAAGAGAACTACTTAAG
TAATTTTATCTAGAAGGC
Found at i:19092417 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19092409--19092433 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 8.3 Consensus size: 3
19092399 TGAATAAAAT
19092409 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
19092434 TTTTTATTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 22 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:19092965 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19092940--19092991 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
19092930 TCAAAATGAG
*
19092940 TTAAAATTAAATTGATTTAATT
1 TTAAAATTAAA-TAATTTAATT
* *
19092962 TTAAATTTTAATAATTTAATT
1 TTAAAATTAAATAATTTAATT
*
19092983 TCAAAATTA
1 TTAAAATTA
19092992 TTTAAATTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 6, Indels: 1
0.77 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.62
22 9 0.38
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
TTAAAATTAAATAATTTAATT
Found at i:19093034 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19093008--19093049 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
19092998 TTTAATGATC
19093008 TAAATTC-AAATAACTCAAGTAT
1 TAAATTCGAAA-AACTCAAGTAT
19093030 TAAATTCGAAAAACTCAAGT
1 TAAATTCGAAAAACTCAAGT
19093050 TTTATATAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 16 0.84
23 3 0.16
ACGTcount: A:0.50, C:0.14, G:0.07, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
TAAATTCGAAAAACTCAAGTAT
Found at i:19100291 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19100280--19100308 Score: 51
Period size: 8 Copynumber: 3.8 Consensus size: 8
19100270 ATTTAAAAAT
19100280 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
19100288 -TTTTTTA
1 TTTTTTTA
19100295 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
19100303 TTTTTT
1 TTTTTT
19100309 GCAAGAAAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
7 7 0.35
8 13 0.65
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.00, T:0.90
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTTTA
Found at i:19100300 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 19100280--19100308 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
19100270 ATTTAAAAAT
19100280 TTTTTTTATTTTTTA
1 TTTTTTTATTTTTTA
19100295 TTTTTTTATTTTTT
1 TTTTTTTATTTTTT
19100309 GCAAGAAAAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.00, T:0.90
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTTTATTTTTTA
Found at i:19100578 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19100549--19100606 Score: 62
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
19100539 AAATTTAGAG
*
19100549 AAAATTTTTTACCTAAAAATTTTATA
1 AAAATTTTCTA-CTAAAAATTTT-TA
* * *
19100575 AAAATTTACTATTTAAAATTTTTA
1 AAAATTTTCTACTAAAAATTTTTA
19100599 AAAATTTT
1 AAAATTTT
19100607 ATCATTGGAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 2
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.33
25 9 0.33
26 9 0.33
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
AAAATTTTCTACTAAAAATTTTTA
Found at i:19101778 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 19101702--19101919 Score: 145
Period size: 43 Copynumber: 5.1 Consensus size: 41
19101692 TCACACTTCT
* * * *
19101702 TAAAAACTCCTATAAGCAAAAGCTTC-ACAACTTTGAAAAAA
1 TAAATACTCCTCTAAACAAAGGC-TCAACAACTTTGAAAAAA
*
19101743 TAAATACTCCTCTAAACAAAGGCTCAACAATTTTGAAAAAA
1 TAAATACTCCTCTAAACAAAGGCTCAACAACTTTGAAAAAA
* * *
19101784 TAAATAGGTTCCTCTAAACAGAGGTTCAACAACTTTG-AAAAA
1 TAAATA--CTCCTCTAAACAAAGGCTCAACAACTTTGAAAAAA
* * ** * *
19101826 TAAAATACGCTCTTTTAAACAAAAACTCAATAA-TTTAAAAAAA
1 T-AAATA--CTCCTCTAAACAAAGGCTCAACAACTTTGAAAAAA
* * * * * *
19101869 TAAAATCGGCTCCCCTAAATAGAGGTTCAACAACTTTGGAGAAAA
1 T-AAAT--ACTCCTCTAAACAAAGGCTCAACAACTTT-GAAAAAA
19101914 TAAATA
1 TAAATA
19101920 AAGCTCCTCG
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 32, Indels: 17
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.01
41 39 0.29
42 9 0.07
43 73 0.54
44 7 0.05
45 6 0.04
ACGTcount: A:0.48, C:0.17, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
TAAATACTCCTCTAAACAAAGGCTCAACAACTTTGAAAAAA
Found at i:19101813 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19101728--19101928 Score: 176
Period size: 43 Copynumber: 4.7 Consensus size: 43
19101718 CAAAAGCTTC
19101728 ACAACTTTGAAAAAATAAATA--CTCCTCTAAACAAAGGCTCA
1 ACAACTTTGAAAAAATAAATAGGCTCCTCTAAACAAAGGCTCA
* * * *
19101769 ACAATTTTGAAAAAATAAATAGGTTCCTCTAAACAGAGGTTCA
1 ACAACTTTGAAAAAATAAATAGGCTCCTCTAAACAAAGGCTCA
* * * **
19101812 ACAACTTTG-AAAAATAAAATACGCTCTTTTAAACAAAAACTCA
1 ACAACTTTGAAAAAAT-AAATAGGCTCCTCTAAACAAAGGCTCA
* * * * * * *
19101855 ATAA-TTTAAAAAAATAAAATCGGCTCCCCTAAATAGAGGTTCA
1 ACAACTTTGAAAAAAT-AAATAGGCTCCTCTAAACAAAGGCTCA
* *
19101898 ACAACTTTGGAGAAAATAAATAAAGCTCCTC
1 ACAACTTT-GAAAAAATAAAT-AGGCTCCTC
19101929 GACAATCATG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 31, Indels: 10
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 20 0.16
42 9 0.07
43 74 0.61
44 7 0.06
45 12 0.10
ACGTcount: A:0.47, C:0.18, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
ACAACTTTGAAAAAATAAATAGGCTCCTCTAAACAAAGGCTCA
Found at i:19101887 original size:86 final size:84
Alignment explanation
Indices: 19101728--19101917 Score: 222
Period size: 86 Copynumber: 2.2 Consensus size: 84
19101718 CAAAAGCTTC
** *
19101728 ACAACTTTGAAAAA-ATAAATACTCCTCTAAACAAAGGCTCAACAATTTTGAAAAAATAAATAGG
1 ACAACTTTGAAAAATA-AAATACTCCTCTAAACAAAAACTCAACAATTTTAAAAAAATAAATAGG
* *
19101792 TTCCTCTAAACAGAGGTTCA
65 CTCCCCTAAACAGAGGTTCA
* * * *
19101812 ACAACTTTGAAAAATAAAATACGCTCTTTTAAACAAAAACTCAATAA-TTTAAAAAAATAAAATC
1 ACAACTTTGAAAAATAAAATA--CTCCTCTAAACAAAAACTCAACAATTTTAAAAAAAT-AAATA
*
19101876 GGCTCCCCTAAATAGAGGTTCA
63 GGCTCCCCTAAACAGAGGTTCA
19101898 ACAACTTTGGAGAAAATAAA
1 ACAACTTT-GA-AAAATAAA
19101918 TAAAGCTCCT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 10, Indels: 8
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
84 19 0.21
85 11 0.12
86 50 0.56
87 2 0.02
88 8 0.09
ACGTcount: A:0.48, C:0.17, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (84 bp):
ACAACTTTGAAAAATAAAATACTCCTCTAAACAAAAACTCAACAATTTTAAAAAAATAAATAGGC
TCCCCTAAACAGAGGTTCA
Found at i:19102736 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19102690--19103049 Score: 407
Period size: 22 Copynumber: 16.7 Consensus size: 22
19102680 TTCATATCTT
*
19102690 AAAGATTCTCAATTG-AAACTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
*
19102711 AAAGATTCTCATTTGAAAACTT
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
*
19102733 AAAGATTCTTATTT-AAAACTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* * *
19102754 AAATATTCTTATTTG-AAACTA
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* * *
19102775 AAAAATTCTTATTTGAAAGCTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* *
19102797 AAAAATTCTTATTTGAAAACTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
19102819 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* *
19102841 AAAAATTGTCATTT-AAAACTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
*
19102862 AAAGATTCTCATTTGAAACCT-
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* * *
19102883 AAAAATTCTCATTTAAAAACTT
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
19102905 AAAGATTCTCATTTG-AAACT-
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
*
19102925 AAA-ATTTCTTATTTGAAAACTC
1 AAAGA-TTCTCATTTGAAAACTC
19102947 AAAGATTCTCATTT-AAAAGCTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAA-CTC
* *
19102969 AAATATTTTCATTTG-AAACTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* *
19102990 AAAGATTATCATTTGAAAACTA
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
* * *
19103012 AAAAATTCTCACTTAAAAACTC
1 AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
19103034 AAAGATTCTCATTTGA
1 AAAGATTCTCATTTGA
19103050 GGATTCACAA
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 37, Indels: 23
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.00
20 12 0.04
21 119 0.41
22 157 0.54
23 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
AAAGATTCTCATTTGAAAACTC
Found at i:19102752 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19102690--19103047 Score: 411
Period size: 43 Copynumber: 8.3 Consensus size: 43
19102680 TTCATATCTT
* * * *
19102690 AAAGATTCTCAATTGAAACTCAAAGATTCTCATTTGAAAACTT
1 AAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
* * * *
19102733 AAAGATTCTTATTTAAAACTCAAATATTCTTATTTG-AAACTA
1 AAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
* * * *
19102775 AAAAATTCTTATTTGAAAGCTCAAAAATTCTTATTTGAAAACTC
1 AAAGATTCTCATTT-AAAACTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
*
19102819 AAAGATTCTCATTTGAAAACTCAAAAATTGTCATTT-AAAACTC
1 AAAGATTCTCATTT-AAAACTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
* * *
19102862 AAAGATTCTCATTTGAAAC-CTAAAAATTCTCATTTAAAAACTT
1 AAAGATTCTCATTTAAAACTC-AAAAATTCTCATTTGAAAACTC
* * *
19102905 AAAGATTCTCATTTGAAACT-AAAATTTCTTATTTGAAAACTC
1 AAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
* *
19102947 AAAGATTCTCATTTAAAAGCTCAAATATTTTCATTTG-AAACTC
1 AAAGATTCTCATTTAAAA-CTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
* * * *
19102990 AAAGATTATCATTTGAAAACTAAAAAATTCTCACTTAAAAACTC
1 AAAGATTCTCATTT-AAAACTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
19103034 AAAGATTCTCATTT
1 AAAGATTCTCATTT
19103048 GAGGATTCAC
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 34, Indels: 17
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.00
42 70 0.26
43 131 0.48
44 70 0.26
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (43 bp):
AAAGATTCTCATTTAAAACTCAAAAATTCTCATTTGAAAACTC
Found at i:19104143 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19104101--19104145 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
19104091 TCAATTTGAG
*
19104101 TTTTTTTTTTTCTCTTTTTCATC
1 TTTTTTTTTTTCTCTCTTTCATC
19104124 TTTTTTTTTTTCAT-TCTTTCAT
1 TTTTTTTTTTTC-TCTCTTTCAT
19104146 TTACTCATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 19 0.95
24 1 0.05
ACGTcount: A:0.07, C:0.16, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (23 bp):
TTTTTTTTTTTCTCTCTTTCATC
Found at i:19106267 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 19105987--19106283 Score: 558
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
19105977 TTATTCAGTC
19105987 ACATTCTTTTTCATATTTTACAAAGACAGGTGATCATGGGCTAAGTCTATGATATCTCGATATTA
1 ACATTCTTTTTCATATTTTACAAAGACAGGTGATCATGGGCTAAGTCTATGATATCTCGATATTA
19106052 ACTAATAAAGTCATGGGTCATGTCACTCTAAGACTGAATACAGGTCCTGTCTAGCTGGACATACT
66 ACTAATAAAGTCATGGGTCATGTCACTCTAAGACTGAATACAGGTCCTGTCTAGCTGGACATACT
19106117 ACCTAACAATAGACAGGTGAATAG
131 ACCTAACAATAGACAGGTGAATAG
*
19106141 ACATTTTTTTTCATATTTTACAAAGACAGGTGATCATGGGCTAAGTCTATGATATCTCGATATTA
1 ACATTCTTTTTCATATTTTACAAAGACAGGTGATCATGGGCTAAGTCTATGATATCTCGATATTA
* *
19106206 ACTAATAAAGTCATGGGTCATGTCACTCTAAGATTGAATACGGGTCCTGTCTAGCTGGACATACT
66 ACTAATAAAGTCATGGGTCATGTCACTCTAAGACTGAATACAGGTCCTGTCTAGCTGGACATACT
*
19106271 ATCTAACAATAGA
131 ACCTAACAATAGA
19106284 ACTCAAAGGT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 4, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
154 139 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (154 bp):
ACATTCTTTTTCATATTTTACAAAGACAGGTGATCATGGGCTAAGTCTATGATATCTCGATATTA
ACTAATAAAGTCATGGGTCATGTCACTCTAAGACTGAATACAGGTCCTGTCTAGCTGGACATACT
ACCTAACAATAGACAGGTGAATAG
Found at i:19110272 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19110242--19110286 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
19110232 TACATAAGTA
*
19110242 ACAATAATTTAACTGAGAT
1 ACAATACTTTAACTGAGAT
*
19110261 AC-ATACTTTAACTTAGAT
1 ACAATACTTTAACTGAGAT
19110279 ACAATACT
1 ACAATACT
19110287 CAAAGTAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.70
19 7 0.30
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ACAATACTTTAACTGAGAT
Found at i:19113820 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 19113814--19113839 Score: 52
Period size: 1 Copynumber: 26.0 Consensus size: 1
19113804 ACAAAACGGT
19113814 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
19113840 CCTATCAAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 25 1.00
ACGTcount: A:1.00, C:0.00, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (1 bp):
A
Found at i:19114903 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19114898--19114922 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
19114888 CTCTCTCTCT
19114898 AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC A
1 AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC A
19114923 TGTAATGGGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.48, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AC
Found at i:19122380 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19122375--19122409 Score: 70
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
19122365 TATATATATA
19122375 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
19122410 ATGTTTGTAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.49, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:19122842 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19122817--19122858 Score: 84
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
19122807 CCTGACGATT
19122817 ACCTTTATTGGTCCCAAAAA
1 ACCTTTATTGGTCCCAAAAA
19122837 ACCTTTATTGGTCCCAAAAA
1 ACCTTTATTGGTCCCAAAAA
19122857 AC
1 AC
19122859 AATCATTTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 22 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.26, G:0.10, T:0.29
Consensus pattern (20 bp):
ACCTTTATTGGTCCCAAAAA
Found at i:19125003 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 19124046--19125003 Score: 1228
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 511
19124036 AAAGAACCTT
19124046 ATAAGTTTGGATTTAAATCTCAACTTATATACCATAATAGATCCTCAGACATCTCAATATAAGAT
1 ATAAGTTTGGATTTAAATCTCAACTTATATACCATAATAGATCCTCAGACATCTCAATATAAGAT
* ** * * *
19124111 TGGGATGTCATAAGAACAATTTTACTAAACATGACCTGATATGAGAATATTATTTGATAAATCAC
66 TGAGATGAAATAAGAACAAATTTACTAAACATAACCTAATATGAGAATATTATTTGATAAATCAC
* * *
19124176 ATAGTATCTATAGCAACATTCTCATGTGATGGTTGTATAGATGATTTTTTAAACTATGAAAATGA
131 ATAGTATCTATAGCAACATTCTCATATGATGGTTGTATAAATGATCTTTTAAACTATGAAAA-GA
* * *
19124241 AGAAACTTTTGATTTAGACCTTTAAGCCACCTTGCTAGCATAAGAGTTCCCCGAACCATAAAAAA
195 AGAAACTTTTGATTTAGACCTTTAAGCCACCTTGCTAGCACAAGAGGTCCACGAACCATAAAAAA
**
19124306 AGATTAGGACTTATGGTTGTTTGGATCATCAGCCAAATGCTTCAATGGCTTTAAGTCACGAGATT
260 AGATTAGGACTTATGGTTGTTTGGATCATCAGCCAAACACTTCAATGGCTTTAAGTCACGAGATT
* * *
19124371 CCTTGATGTTCAAGCAAATCAAGGGTTATTCTAAATCAAGATTATGTTATCTTCGAGTTAAGGAA
325 CCTTGATATTCAAGCAAATCAAAGGTTATTCTAAATCAAGATTATGATATCTTCGAGTTAAGGAA
* * *
19124436 TGATTCTAATCTTATGGATGACTATATAATTGTTTTAGCTCTAAATAGTATTATCGAGTGATCTG
390 TGATTCTAATCATATGGATGACTATATAATTATTTTAGCTCTAAATAATATTATCGAGTGATCTG
19124501 TAAAGGTTTATATTTTGATTCGAATATCTCACAGTTTTGTCTTACAAAAAATACTTC
455 TAAAGGTTTATATTTTGATTCGAATATCTCACAGTTTTGTCTTACAAAAAATACTTC
* * ** * * *** *
19124558 ATAAGTTTGGGTTTAAATCTTAACTTATATATTATAATAGATCTTTAGACAT-TTGTTGTGAA-A
1 ATAAGTTTGGATTTAAATCTCAACTTATATACCATAATAGATCCTCAGACATCTCAATAT-AAGA
* * * *
19124621 TTGAGATGAAATAAGAATAAATTTACTAAATATAACCTAATATGATAATGTTATTT-AGTAAATC
65 TTGAGATGAAATAAGAACAAATTTACTAAACATAACCTAATATGAGAATATTATTTGA-TAAATC
* * * *
19124685 ACATAGTGTTTATAGCAACATTCTCATATGATGGTTGTATAAATGATCTTTTGAGCTATGAAAA-
129 ACATAGTATCTATAGCAACATTCTCATATGATGGTTGTATAAATGATCTTTTAAACTATGAAAAG
*** * * * * * * *
19124749 AAG-GGTTTTTGATTTAGGCCTTTAAGCCACCTTGTTAGCACGAG-GGTCCATGTACCTTAGAAA
194 AAGAAACTTTTGATTTAGACCTTTAAGCCACCTTGCTAGCACAAGAGGTCCACGAACCATAAAAA
* * * * *
19124812 ATGATTAGGACTTATGGTTGTTTGGATCATCATTAGAGGCCAAGCACTTGAATGGTTTTAAGTCT
259 AAGATTAGGACTTATGGTTGTTTGGATCATC-----A-GCCAAACACTTCAATGGCTTTAAGTCA
* * * * * *
19124877 TGAGATTCCTTGATATTCAAGCAAATTAAAGGTTATTCTAAGTTAGGATTATGATATCTTTGAGT
318 CGAGATTCCTTGATATTCAAGCAAATCAAAGGTTATTCTAAATCAAGATTATGATATCTTCGAGT
* *
19124942 TAAGGAATGATTCTAATCATATGGATGAGTATATAATTATTTTGGCT-TCAAATAATATTATC
383 TAAGGAATGATTCTAATCATATGGATGACTATATAATTATTTTAGCTCT-AAATAATATTATC
19125004 AGGTTTATAT
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 61, Indels: 17
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
507 43 0.11
508 34 0.09
509 3 0.01
510 1 0.00
511 113 0.30
512 50 0.13
513 132 0.35
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
ATAAGTTTGGATTTAAATCTCAACTTATATACCATAATAGATCCTCAGACATCTCAATATAAGAT
TGAGATGAAATAAGAACAAATTTACTAAACATAACCTAATATGAGAATATTATTTGATAAATCAC
ATAGTATCTATAGCAACATTCTCATATGATGGTTGTATAAATGATCTTTTAAACTATGAAAAGAA
GAAACTTTTGATTTAGACCTTTAAGCCACCTTGCTAGCACAAGAGGTCCACGAACCATAAAAAAA
GATTAGGACTTATGGTTGTTTGGATCATCAGCCAAACACTTCAATGGCTTTAAGTCACGAGATTC
CTTGATATTCAAGCAAATCAAAGGTTATTCTAAATCAAGATTATGATATCTTCGAGTTAAGGAAT
GATTCTAATCATATGGATGACTATATAATTATTTTAGCTCTAAATAATATTATCGAGTGATCTGT
AAAGGTTTATATTTTGATTCGAATATCTCACAGTTTTGTCTTACAAAAAATACTTC
Found at i:19125377 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19125356--19125413 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
19125346 AGTTTTTATA
19125356 ATGTTATATTTTTTGAAT
1 ATGTTATATTTTTT-AAT
* **
19125374 ATGTTTTGCCTTTTT-AT
1 ATGTTAT-ATTTTTTAAT
19125391 AGTGTTATATTTTTTAAT
1 A-TGTTATATTTTTTAAT
19125409 ATGTT
1 ATGTT
19125414 TTGTTGCATA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 7
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.39
18 14 0.45
19 5 0.16
ACGTcount: A:0.22, C:0.03, G:0.12, T:0.62
Consensus pattern (17 bp):
ATGTTATATTTTTTAAT
Found at i:19125411 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 19125348--19125416 Score: 122
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
19125338 AAAATCTTAG
19125348 TTTTTATAATGTTATATTTTTTGAATATGTTTTGCC
1 TTTTTATAATGTTATATTTTTTGAATATGTTTTGCC
*
19125384 TTTTTATAGTGTTATATTTTTT-AATATGTTTTG
1 TTTTTATAATGTTATATTTTTTGAATATGTTTTG
19125417 TTGCATATAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 11 0.34
36 21 0.66
ACGTcount: A:0.22, C:0.03, G:0.12, T:0.64
Consensus pattern (36 bp):
TTTTTATAATGTTATATTTTTTGAATATGTTTTGCC
Found at i:19128610 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 19128538--19128610 Score: 83
Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
19128528 AAACAAAAAT
*
19128538 TACTAACACATAACTAACTTTCATAAA
1 TACTAACACATAACTAACTTCCATAAA
* * *
19128565 TCACTAACAAACATCTAACTTCCATAAA
1 T-ACTAACACATAACTAACTTCCATAAA
*
19128593 CTACTAACACATAGCTAA
1 -TACTAACACATAACTAA
19128611 TTGTTCATCA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 3
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.03
28 35 0.95
29 1 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.26, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (27 bp):
TACTAACACATAACTAACTTCCATAAA
Found at i:19132874 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 19132834--19132941 Score: 162
Period size: 28 Copynumber: 3.8 Consensus size: 28
19132824 CCATAAACAA
*
19132834 AAACCACTAACACACAACTAACTTCCAT
1 AAACCACTAACACACATCTAACTTCCAT
* *
19132862 AAACCATTAACACACATCTAACTTTCAT
1 AAACCACTAACACACATCTAACTTCCAT
* *
19132890 AAACTACTAACAAACATCTAACTTCCAT
1 AAACCACTAACACACATCTAACTTCCAT
19132918 AAAACCACTAACACACATCTAACT
1 -AAACCACTAACACACATCTAACT
19132942 ATTCATCACA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
28 49 0.70
29 21 0.30
ACGTcount: A:0.46, C:0.31, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (28 bp):
AAACCACTAACACACATCTAACTTCCAT
Found at i:19135062 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 19135047--19135077 Score: 53
Period size: 6 Copynumber: 5.2 Consensus size: 6
19135037 TTATTTTTCC
*
19135047 AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAC AAAAAT A
1 AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT A
19135078 TTGATGGTGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 23 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.03, G:0.00, T:0.13
Consensus pattern (6 bp):
AAAAAT
Found at i:19143119 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 19143101--19143154 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 4.2 Consensus size: 13
19143091 AATTGAGCAT
19143101 TTTTTAATTTTTA
1 TTTTTAATTTTTA
19143114 TTTTTAATTTTTA
1 TTTTTAATTTTTA
* *
19143127 -TATT-ATATTTA
1 TTTTTAATTTTTA
*
19143138 TTTTTATATTTATA
1 TTTTTA-ATTTTTA
19143152 TTT
1 TTT
19143155 AACAAGTATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 5
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
11 6 0.18
12 6 0.18
13 13 0.39
14 8 0.24
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (13 bp):
TTTTTAATTTTTA
Found at i:19143137 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19143110--19143156 Score: 71
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
19143100 TTTTTTAATT
*
19143110 TTTATTTTTAATTTTTATA
1 TTTATATTTAATTTTTATA
19143129 -TTATATTT-ATTTTTATA
1 TTTATATTTAATTTTTATA
19143146 TTTATATTTAA
1 TTTATATTTAA
19143157 CAAGTATTTC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.36
18 15 0.60
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (19 bp):
TTTATATTTAATTTTTATA
Found at i:19143155 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 19143123--19143155 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
19143113 ATTTTTAATT
19143123 TTTATA-TTATA
1 TTTATATTTATA
*
19143134 TTTATTTTTATA
1 TTTATATTTATA
19143146 TTTATATTTA
1 TTTATATTTA
19143156 ACAAGTATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 5 0.26
12 14 0.74
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (12 bp):
TTTATATTTATA
Found at i:19143805 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19143793--19143827 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
19143783 TAAATGCCTT
* *
19143793 TA TA TA CA TA TA TA TT TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
19143828 TATTTTTTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:19163223 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19163177--19163248 Score: 144
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
19163167 CATAAACATA
19163177 TATACATATGATGTCCAAAACATACCATTAGTTAT
1 TATACATATGATGTCCAAAACATACCATTAGTTAT
19163212 TATACATATGATGTCCAAAACATACCATTAGTTAT
1 TATACATATGATGTCCAAAACATACCATTAGTTAT
19163247 TA
1 TA
19163249 ACCATCTGTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 37 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (35 bp):
TATACATATGATGTCCAAAACATACCATTAGTTAT
Found at i:19170835 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19170824--19170867 Score: 63
Period size: 2 Copynumber: 22.5 Consensus size: 2
19170814 TAACTCATAG
* *
19170824 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TG TA TG TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
19170865 TA T
1 TA T
19170868 TGGCTTGTCA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 36 0.97
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:19172133 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19172122--19172151 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
19172112 TGTATGTTGT
19172122 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
19172152 TAGATTTTAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.04
2 26 0.96
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:19173599 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 19173565--19173631 Score: 106
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28
19173555 AAACTTGGCT
19173565 TAAT-ATATAAAGTGA-AAGTCTTATTG
1 TAATGATATAAAGTGAGAAGTCTTATTG
19173591 TAATGATATAAAGT-AGAAGTCTTATTG
1 TAATGATATAAAGTGAGAAGTCTTATTG
19173618 TAATG-TATAAAGTG
1 TAATGATATAAAGTG
19173632 GAAACTTCGC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 5
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.34
27 25 0.66
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (28 bp):
TAATGATATAAAGTGAGAAGTCTTATTG
Found at i:19188850 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19188825--19188874 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
19188815 GATATATCTT
*
19188825 TAATTTT-AATTTTGTTTGTAAA
1 TAATTTTAAATTTTGTGT-TAAA
19188847 -AATTTTAAATTTTGTGTTAAA
1 TAATTTTAAATTTTGTGTTAAA
19188868 TAATTTT
1 TAATTTT
19188875 TTATATATAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.40
22 15 0.60
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.08, T:0.58
Consensus pattern (22 bp):
TAATTTTAAATTTTGTGTTAAA
Found at i:19189868 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19189844--19189881 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
19189834 TCTTGCCTTT
*
19189844 TGATGGCTTGAGAAGAACA
1 TGATGGCTCGAGAAGAACA
19189863 TGATGGCTCGAGAAGAACA
1 TGATGGCTCGAGAAGAACA
19189882 AAGAAAAAAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (19 bp):
TGATGGCTCGAGAAGAACA
Found at i:19192386 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19192353--19192399 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
19192343 TCTATTTTTT
*
19192353 ATAA-AAAATTTTATTTAAA
1 ATAATAAAATTTTA-TAAAA
19192372 A-AATAAAATTGTTATAAAA
1 ATAATAAAATT-TTATAAAA
19192391 ATAATAAAA
1 ATAATAAAA
19192400 ATACTTCTTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 5
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.08
19 12 0.50
20 10 0.42
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
ATAATAAAATTTTATAAAA
Found at i:19192977 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19192971--19193001 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 10.7 Consensus size: 3
19192961 ATTTTAAAAA
19192971 AAT AAT -AT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
19193002 ATCTCTTCCA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.07
3 25 0.93
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:19193110 original size:250 final size:253
Alignment explanation
Indices: 19192782--19193241 Score: 782
Period size: 251 Copynumber: 1.8 Consensus size: 253
19192772 CTCTAACAAA
19192782 AAAGAAAGAAAATCTAGAAAACCTCCTAAAACCAAAAAAAAAAATCCTAAAATAAAAAATTTTTA
1 AAAGAAAGAAAATCTAGAAAACCTCCTAAAACCAAAAAAAAAAATCCTAAAATAAAAAATTTTTA
* *
19192847 ACTATAATAACTCACAATTT-TTATATTTTTATAAATAAATAAATAAAGTACAATTAAATTCAAA
66 AATATAATAACTCACAATTTGTCATATTTTTATAAATAAATAAATAAAGTACAATTAAATTCAAA
* *
19192911 TAATTTATATTATTTTAAAGTAAAAAAATAACTTGAATGTAATCAGATAAATTTTAAAAAAATAA
131 TAATTTATATTATTTTAAAGTAAAAAAATAACCTGAATGTAATCAGACAAATTTTAAAAAAATAA
19192976 T-ATAATAATAATAATAATAATAATAAATCTCTTCCATCTCTTTTACTCATTAATAAC
196 TAATAATAATAATAATAATAATAATAAATCTCTTCCATCTCTTTTACTCATTAATAAC
* *
19193033 AAAGAAAGAAAATCTAGAAAACCTCCTAAAA-CAAAAATAAAAATCCTAAAATAAAAATTTTTTA
1 AAAGAAAGAAAATCTAGAAAACCTCCTAAAACCAAAAAAAAAAATCCTAAAATAAAAAATTTTTA
* * *
19193097 AATGTAGTAACTCACAATTTGTCATATTTTTATATATAAATAAATAAAGTACAATTAAATTCAAA
66 AATATAATAACTCACAATTTGTCATATTTTTATAAATAAATAAATAAAGTACAATTAAATTCAAA
* ** *
19193162 TAATTTATATTATTTTGAAGTATTAAAATAACCTGAATGTAATCAGACAAATTTTAAAATAATAA
131 TAATTTATATTATTTTAAAGTAAAAAAATAACCTGAATGTAATCAGACAAATTTTAAAAAAATAA
19193227 TAATAATAATAATAA
196 TAATAATAATAATAA
19193242 ATCTATTCCA
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 13, Indels: 3
0.92 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
250 48 0.25
251 133 0.69
252 13 0.07
ACGTcount: A:0.53, C:0.10, G:0.04, T:0.33
Consensus pattern (253 bp):
AAAGAAAGAAAATCTAGAAAACCTCCTAAAACCAAAAAAAAAAATCCTAAAATAAAAAATTTTTA
AATATAATAACTCACAATTTGTCATATTTTTATAAATAAATAAATAAAGTACAATTAAATTCAAA
TAATTTATATTATTTTAAAGTAAAAAAATAACCTGAATGTAATCAGACAAATTTTAAAAAAATAA
TAATAATAATAATAATAATAATAATAAATCTCTTCCATCTCTTTTACTCATTAATAAC
Found at i:19194110 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19194086--19194124 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19194076 AATTATGTTG
*
19194086 TGTTATT-TTTTATATTTTT
1 TGTTATTGTTTGAT-TTTTT
19194105 TGTTATTGTTTGATTTTTT
1 TGTTATTGTTTGATTTTTT
19194124 T
1 T
19194125 TATGAAGCTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.72
20 5 0.28
ACGTcount: A:0.13, C:0.00, G:0.10, T:0.77
Consensus pattern (19 bp):
TGTTATTGTTTGATTTTTT
Found at i:19194325 original size:214 final size:207
Alignment explanation
Indices: 19193977--19194396 Score: 567
Period size: 214 Copynumber: 2.0 Consensus size: 207
19193967 AGAATTTAGA
* * * *
19193977 GTGAATGATAATTTTATGTGATTGTAAAAATTTTTCATATACTAGATTTTGCCTTTGGTGGTCGT
1 GTGAATGATAATTCTATGTGATTGTAAAAATTTTTCATATACTAGATTTCGCCTTTGGTGGCCCT
* * *
19194042 ATTTTTTTTTTTCTAGTTTGGAGTCTTTCACATAAATTATGTTGTGTTATTTTTTATATTTTTTG
66 ATTTTTTTTTTTCTAGTTTGAAGTCTTTCACATAAATTATGTTGTGTTATTTTCTATATTCTTTG
*
19194107 TTATTGTTTGATTTTTTTTATGAAGCTAGATTTGTGTTGCAAAATTT-AGAATTATTTTCAGATT
131 TTATTGTTTGA--TTTTTT-T--A--T-GATTTGTGTTGCAAAATTTGA-AACTATTTTCAGATT
19194171 TTCAACAAGT-GATATCATAGG
187 TTCAACAAGTAG-TATCATAGG
* ** ** * *
19194192 GTGAGTGATAATTCTATGTGATTGTAATGATTTTTTGTATAGTAGATTTCGTCTTTGGTGGCCCT
1 GTGAATGATAATTCTATGTGATTGTAAAAATTTTTCATATACTAGATTTCGCCTTTGGTGGCCCT
* *
19194257 -TTTTTTTTTTTTTAGTTTGAAGTTTTTCACATAAATTATGTTGTGTTATTTTCTATATTCTTTG
66 ATTTTTTTTTTTCTAGTTTGAAGTCTTTCACATAAATTATGTTGTGTTATTTTCTATATTCTTTG
*
19194321 TTATTGTTTGATTTTTTTATGATTTGTGTTGCAAAATTTGAAACTATTTTTAGATTTTCAACAAG
131 TTATTGTTTGATTTTTTTATGATTTGTGTTGCAAAATTTGAAACTATTTTCAGATTTTCAACAAG
19194386 TAGTATCATAG
196 TAGTATCATAG
19194397 CTGGAGATTC
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 18, Indels: 13
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
206 50 0.27
207 3 0.02
209 1 0.01
211 1 0.01
212 6 0.03
214 70 0.38
215 54 0.29
ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (207 bp):
GTGAATGATAATTCTATGTGATTGTAAAAATTTTTCATATACTAGATTTCGCCTTTGGTGGCCCT
ATTTTTTTTTTTCTAGTTTGAAGTCTTTCACATAAATTATGTTGTGTTATTTTCTATATTCTTTG
TTATTGTTTGATTTTTTTATGATTTGTGTTGCAAAATTTGAAACTATTTTCAGATTTTCAACAAG
TAGTATCATAGG
Found at i:19194543 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 19194525--19194549 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
19194515 AAGGTAAACC
19194525 AATTACTATTTTT
1 AATTACTATTTTT
19194538 AATTACTATTTT
1 AATTACTATTTT
19194550 CAACTTGCTT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (13 bp):
AATTACTATTTTT
Found at i:19196943 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19196653--19200999 Score: 1789
Period size: 180 Copynumber: 24.1 Consensus size: 179
19196643 CAAATAGTTA
* * * * * *
19196653 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG--GTTGAAAATATATATTTA-TCAAATAAGTTCAA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATTTATTTACT-AAATAAATTTAA
** * * * *
19196715 ATCGTTATGATTATTTGCATAATTATTTATTTTAAATTATTATAATTTTTTTTTGTATTGTCACA
65 ATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTT-T-TTGT-ATA
* * *
19196780 AAATAATT-TTTTTATTCATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTTATTG
127 AAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * ** *
19196832 ATTAATATTTTAAAAATTAAT-ATTAAAATATTTTTAAAAAATTTATTTTTTGAATAAATTTAAA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATTTATTTACTAAATAAATTTAAA
* * * **
19196896 TAATTATAACTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTATTTTGTCACCAA
66 TAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTT-TTTTGT-ATAAA
* * * *
19196961 ACAATTATTTTTGTTTATACAAATTTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTT
129 ATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTT
* * *
19197012 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATCAAATATGCTTAATTACTAAACT-A
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAA--AAA-AT--TTATTTACTAAA-TAA
* * * * * * * * * *
19197076 ATTCAAA-AAGATATAAATATTTGAATAATTATTTATTTTAAAATATTATGATTTGTTATTTTAT
59 ATTTAAATAA-TTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTT-TTTTTTTTT
* * * *
19197140 -TATAAAATAATTCTTTCTATTTATACAAGTTTATTTAGAAA-AAAATAATATTAATTT
122 GTATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTT
* * ** ** *
19197197 ATTGATATTTAAAAAATTAAATAA--AAAGAGATTTTAAAAATGAACATATTTAC-CGA-AAAGT
1 ATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAA-AGATTTTAAAAA--AATTTATTTACTAAATAAATT
* *
19197258 TACAA-AAGTTATGGA-TATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTATTTTTT-
62 TA-AATAA-TTAT-GATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTT-TTTTTTG
* * * * * *
19197320 CATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAAATTCATTTGAAGTAAAATAAAATTAATTT
123 TATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * ** *
19197376 ATTAACA-TTAAGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATGAATTTGTTTACTAAATATGTTC
1 ATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA--AATTTATTTACTAAATAAATTT
* * * *
19197440 AAACAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAA--TTTTTTTTGT-TATAA
63 AAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGTATAA
* * * * * *
19197502 AATAATCAATTCTGTTGATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
128 AATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * *
19197554 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTAAA-CAATTC
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATTTATTTA-CTAAATAAATTT
* * * * * * * *
19197618 AAATAGTTATAATTATTTTAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATAA-GTTGTTTTATCG--TAA
63 AAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGTATAA
* * * * *
19197680 AACAATTATTTTTATTTATACAAGTTTATTCGAAGTAAAATAATATTAATTT
128 AATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * *
19197732 ATTAATATATCAAAAATTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTTA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATTTATTTACTAAATAAATTTA
* * * ** *
19197797 AATAATTATGATTATTTAAACAATTATTT-TTCTTAAATCATTAT-ATTTTTTTGTTTTGTTATA
64 AATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATT-TCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTG-TAT-
** * * *
19197860 AAAATAATTATTTTCGTTCATACAAATTGATTTGGAATAAAATAATATAAATTT
126 AAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * *
19197914 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTTTAAAAAAA-TTGTTTGCTAAAAAAATTTAA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTTAAAAAAATTTATTTACTAAATAAATTTAA
* * * ** * ** * ***
19197978 ATAATTATGATTTTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-GCTTTATTTTAACATAAAA
65 ATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGTATAAAA
* * * * * *** **
19198042 CATTTGTTTCTATTTATACATGGTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
130 TAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * ** * *
19198092 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATATAAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAATATGA-
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-T-TTAAAA-AAATTTATTTACT-AAATA-AAT
* * * * * ** * *
19198155 TCAAA-AAGTTATTA-CACTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTATTTTGT
61 TTAAATAA-TTATGATTA-TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-A-ATTTTTTTTTTTT
* ** * * * *
19198217 CT-TAAAATAATTGA-TTTTATGAATACAATTTTATTCGAAATAAAATAATA-AAAATT
122 GTATAAAATAATT-ATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
** * * * * * * * *
19198273 ATTAATATTTTGACACTTAAAAAGTTAAATATTTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAATAAATTCA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAA-AATTTATTTACTAAATAAATTTA
* * * * * * * * * *
19198338 AATAGTTATGATTGTTTTAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACTTAAAATAATTATTTTTG
64 AATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTA-TAATT----T-TTTTTTTTTG
* * * * * * * * * * *
19198403 T-TCACACAA-ATTTATTTTAAATAAAATAATATTAATTT---AT-TAATATTATGAA--A
123 TAT-A-A-AATAATTATTTTTATTCATACAA-ATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
** * * * * * * *
19198456 ATTAATAAGT-AAAAA--AA-AAGTAAAA-A----ATAAATATGTATAT-C-AAACAAGTTGAAA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATTTATTTACTAAATAAATTTAAA
* * * * * *
19198510 -AAGTTAT-AGTTGTTTTAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTAT-TATAA
66 TAA-TTATGA-TTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTT-TTTTTTGTATAA
* * * *
19198572 AATAATTATTTCTATTCGTACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTT
128 AATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * * * *
19198624 ACTAATATTTCCAAAATTTATAACTAAAACATTTAAAAAATAAATTTTTTTACTAAACAAATTCA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATTTATTTACTAAATAAATTTA
** * * * * * * *** * *
19198689 AATGTTTATAACTGTTTGAATAATT-TATTATTTTAAA-T-TAAT-ATTTTATGACTAT-T-T-G
64 AATAATTATGATTATTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGTATAA
* ** *
19198747 AAT-A-T-TTTTTATTAATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAGTATTAATTT
128 AATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * * * ** * ***
19198796 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAACGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACTGAGCAAGTGCG
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATTTATTTACTAAATAAATTTA
* * * * * * * *
19198861 AATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTT-TAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAT-TATAA
64 AATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAT-TTTTTTTTTTTGTATAA
* * * * * * *
19198924 AATAATTAGTTCTATTTATATAAATTTATGTGGAATAAAATAGTATTAATTT
128 AATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * *
19198976 ATTAACA-TTCTAAAAATTAGTAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATAATTT
1 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAA-AAATTTATTTACT-AAATAAATT
* * * *
19199039 TAAATAGTTATGACTT-TTTGAATAATTATCTATTTTAAATCT-TTATAA-TTTTTTGTTTTGTC
62 TAAATAATTATGA-TTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATAATTTTTTTTTTTTGT-
* * * *
19199101 ATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTA-TT-AAA-AAAA-ACACA--AATTT
124 ATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATA-ATATTAATTT
* * * * *
19199152 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATTTGTTTATTTAAA-AAGTTT
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATTTATTTA-CTAAATAAATTT
* * * * ** * **
19199216 AAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTTAAGTCATTATAATTTTTTGTTTTCATATTA
63 AAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGTA-TA
** * * ** * * **
19199281 TTATGACATTTTGTTTTGTT-ATA-AAATAATTATTTCTGTTCATATAAGT-GTATTCGAAATAA
127 AAAT-A-ATTAT-TTTTATTCATACAAAT--TTA-TT-TG-AAATA-AAATAATATT---AATTT
* * * * * * *
19199343 AATAATAGTAGTTTATTAATATATAAAAAATTAGTAAAAAATTTTTTTTAAATAAATCTATTTA-
1 ATTAATA-T--TTCA--AA-A-AT---TAATAAGTAAAAGA----TTTTAAAAAAATTTATTTAC
* * * * ** * * * * * * *
19199407 TCCAATAAGTTCAACTGGTTAAGATTATTTAAAAAATTATCTAATTGAAATTATTATGACA-TTT
52 T-AAATAAATTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-A-ATTTT
** * * * *
19199471 TACTTTAT-CATAAAATAATTATTTTCATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTAATT
114 TTTTTTTTGTATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATT
19199535 T
179 T
* * *
19199536 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTAC-AGAACAAATT
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--TAAAA-AAATTTATTTACTA-AATAAATT
* * * * * * * * * *
19199600 TAAATAAATATGATTGTTTAAATTATTATCTATTTAAAATCGTTATAA-CTTTTTGTTTTGTCAC
62 TAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGT-AT
* * * *
19199664 AAAATAATTGTTTTTATTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAGTTT
126 AAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * ** * *
19199718 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATACTAAAAATATAAATATT-TTTACTGAACAAATTT
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAA-A-AAAT-TTATTTACTAAATAAATTT
* * * * * * ** *
19199782 AAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATTGTTGTAATCTTTTGATTTT-AACGT
63 AAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGTA--T
* * * * * * * *
19199846 AAAACAATTGTTTTTATTTATATAAGA-TTATTTGGAAGAAAATTATACTAATTT
126 AAAATAATTATTTTTATTCATACAA-ATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * *
19199900 ATTAGTATTCATAAAATTAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTTAAAAAATTTATTT-TTCGAATA
1 ATTAATATT--T--CA--AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTTAAAAAAATTTATTTACT-AAATA
* * ** * * ** * **
19199964 AATTCAAATAGTTACAATTATTT-ATATAATTATATATTTTAAATCATTATAACTTTTTGATTTT
58 AATTTAAATAATTATGATTATTTGA-ATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTT
* * * * * * *
19200028 GTTATAAAACAATTGTTTCTT-TTTATATAAACTTA-TTCAGAATAAAAAAATATTAATTT
122 G-TATAAAATAATTATTT-TTATTCATACAAATTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * * ** * * *
19200087 ATTAATATTTTAAAAATTCATAAGCAAGATATTTAAAAATTAAATATGCTTACTGAATCAATTCA
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA--AAATTTATTTACTAAATAAATTTA
* * * ** * ** * *
19200152 AATAAATATAACTATTTGTGTAATTATTTATTTTAAATTGTTATAACATTTTTATTTTATCATAA
64 AATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGT-ATAA
* ** * ** **
19200217 AATAATTATTTTTATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATTGTGCT-ATTAT
128 AATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATT-T
* * ** * *
19200269 ATTATTATCT-AAAAA-TAATAAGTAAAAGATTCAAAAAGTAAATCTATTTAAC-AAATAAATTC
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA--AAATTTATTT-ACTAAATAAATTT
* * * * * * *
19200331 AAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTTTTTTCAAATTATTATGACA-TTTTATTTTGT-TA
63 AAATAATTATGATTATTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATTGTTAT-A-ATTTTTTTTTTTTGTA
* * * * *
19200394 TAAAATAATT-TTTTCATTTATATAAACTTATTTGAAATAAAATAA-ACCTAATTT
125 TAAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATA-TTAATTT
* * * * * * ** *
19200448 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATCTTTA-TCAAACAAGCTG
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAA-AAATTTATTTACT-AAATAAATTT
* * * * * ***
19200512 AATTATTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAA-CTTTTAGCTTTGTTATA
63 AAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTG-TATA
* * ** *
19200576 AAACAATTGTTTCAATTCATATAAATTTATTT-AGAATAAAATAATATTAATTT
127 AAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTT
** * * * ** * * * * * *
19200629 ATTAATATTTCAAAAATCCATATGCAAAATATTAAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTCAG
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-AATTTATTTACTAAATAAATTTAA
* * * ** * *
19200694 AGAATTATAATTATTTGCATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAA-CATTTTGTTTCGTTATAAA
65 ATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTG-TATAAA
* * * * * *
19200758 AAAAATGTTTTTGTTCATAGAAGA-TTATTCGAAATAAAATAATATTAATTT
129 ATAATTATTTTTATTCATACAA-ATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* * * ** * *
19200809 ATTAGTAGTTC-TAAATTAATAAGTAAAA-ATTTT-AAAAAATAAATTTGCATATTGAAAAAATT
1 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATTTATTTAC-TA---AATAAATT
* * * * * * * * * * ** *
19200871 CAAATAGTTATAACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTCATTTTATCAT
62 TAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGT-AT
* * * * * *
19200936 AAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTT
126 AAAATAATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
19200990 ATTAATATTT
1 ATTAATATTT
19201000 TTAAATTTAA
Statistics
Matches: 3186, Mismatches: 742, Indels: 478
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 8 0.00
163 13 0.00
164 4 0.00
165 8 0.00
166 9 0.00
168 7 0.00
169 9 0.00
170 43 0.01
171 5 0.00
172 126 0.04
173 10 0.00
174 3 0.00
175 12 0.00
176 98 0.03
177 50 0.02
178 377 0.12
179 236 0.07
180 742 0.23
181 464 0.15
182 433 0.14
183 35 0.01
184 18 0.01
185 78 0.02
186 26 0.01
187 183 0.06
188 36 0.01
189 4 0.00
190 3 0.00
191 9 0.00
192 2 0.00
193 9 0.00
194 4 0.00
195 3 0.00
196 9 0.00
197 3 0.00
198 4 0.00
199 8 0.00
200 7 0.00
201 16 0.01
202 6 0.00
203 51 0.02
204 11 0.00
205 4 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATTTATTTACTAAATAAATTTAAA
TAATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTGTATAAAAT
AATTATTTTTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
Found at i:19198314 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19197991--19198319 Score: 423
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
19197981 ATTATGATTT
* *
19197991 TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAGCTTTATTTTAACATAAAACATTTGTTTCTATT
1 TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAGCTTTATTTTAACATAAAACAATTGTTTCTATG
* * * *
19198056 TATACATGGTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA
66 AATACATGGTTATTCAAAATAAAATAATATAAAATTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAA
19198121 AATATAAAAAAATAAATTTATTTATCGAATATGATCAAAAAGTTATTACAC
131 AATATAAAAAAATAAATTTATTTATCGAATATGATCAAAAAGTTATTACAC
** * *
19198172 TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTATTTTGTCTTAAAATAATTGATTT-T
1 TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAGC--TTTATTTTAACATAAAACAATTG-TTTCT
* * * * *
19198235 ATGAATACAAT-TTTATTCGAAATAAAATAATA-AAAATTATTAATATTTTGACACTTAAAAAGT
63 ATGAATAC-ATGGTTATTCAAAATAAAATAATATAAAATTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGT
* * * *
19198298 TAAATATTTTAAAAAATAAATT
127 AAAAAATATAAAAAAATAAATT
19198320 GTTTACTAAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 8
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.01
181 75 0.60
182 44 0.35
183 5 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAGCTTTATTTTAACATAAAACAATTGTTTCTATG
AATACATGGTTATTCAAAATAAAATAATATAAAATTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAA
AATATAAAAAAATAAATTTATTTATCGAATATGATCAAAAAGTTATTACAC
Found at i:19200494 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 19198386--19202712 Score: 2542
Period size: 361 Copynumber: 12.0 Consensus size: 360
19198376 CGTTATTACT
* * * ** **
19198386 TAAAATAATTATTTTTGTTCACACAAATTTATTTTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTA
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * * *
19198451 TGAAAATTAATAAGTAAAAAAAAAGTAAAAAATAAATATGTATATCAAACAAGTTGAAA-AAGTT
65 TAAAAATTAATAAGT---AAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATAA-TT
* * * * * * ** * *
19198515 AT-AGTTGTTTTAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTATTATAAAATAATT
126 ATGA-TTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTATAAAATAATT
* ** * * * ** *
19198579 ATTTCTATTCGTACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCCAAAATTTA
190 TTTTC-ATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * * ** *
19198644 TAACTAAAACATTTAAAAAATAAATTTTTTTACT-AAACAAATTCAAATGTTTATAACTGTTTGA
254 TAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAAC-AATTCAAATAATTATAACTATTTGA
* * **
19198708 ATAATT-TATTATTTTAAA---TTA--ATA-TTTTATGACTAT--
318 ATAATTAT-TTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTAT-TTTATCA
** * * *
19198744 TTGAAT-A-T-TTTTTATTAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTT
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT
* * * * * ** * * *
19198806 TAAAAATTAATAAATAAACGATTTAAAAAATAAATCT-GTTCACTGAGCAAGTGCGAATAGTTAT
65 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTAAC-AAATAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * * * **
19198870 AACTATTTGAATAATTATTTATTTT-AATCGTTATGATC-TTTTGTTTTATTATAAAATAATTAG
128 GATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT-AACATTTTATTTTGTTATAAAATAATTTT
* * * * * * *
19198933 TTCTATTTATATAAATTTATGTGGAATAAAATAGTATTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAGTA
192 TTC-ATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
19198998 AGCAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATA-ATTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAA
256 AGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-ACAATTCAAATAATTATAACTATTTGAA
* * * *
19199061 TAATTATCTATTTTAAATCT-TTAT-A-ATTTTTTGTTTTGTCA
319 TAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGACA-TTTTTATTTTATCA
* * * * * **
19199102 TAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTA-TT--AA-AAAA-AACACAAATTTATTAATATTT
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT
* * ** * *
19199162 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATTTGTTTATTTAAA-AAGTTTAAATAGTTAT
65 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCTATTTA-ACAAATAAGTTCAAATAATTAT
*
19199226 GATTATTTAAATAATTATTTATTTTAAGTCATTATAATTTTTTGTTTTCATATTATTATGACATT
128 GATTATTTAAATAATTATCTA---T---T--TTA-AA----------TC--ATTA-TA--ACATT
* * * * * *
19199291 TTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTC-TGTTCATATAAGTGTATTCGAAATAAAATAATAGTAGT
169 TTATTTTGTTATAAAATAATTTTTTCAT-TT-ATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAAT
* * * * ** * * ** *
19199355 TTATTAATATATAAAAAATTAGTAA--AAAATTTTTTTTAAATAAATCTATTTA-TCCAATAAGT
232 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAACAA-T
* ** * * * * * * * *
19199417 TCAACTGGTTA-AGATTATTTAAAAAATTATCTAATTGAAATTATTATGACA-TTTTACTTTATC
296 TCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTATTTTATC
19199480 A
360 A
* * * *
19199481 TAAAATAATTATTTTCATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * *
19199546 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTATTT-ACAGAACAAATTTAAATAAATA
66 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-A-AAAATAAATCTATTTAACA-AATAAGTTCAAATAATTA
* * * * * * * *
19199610 TGATTGTTTAAATTATTATCTATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGT
127 TGATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTATAAAATAATT-T
* * *
19199675 TTTTATTTATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
191 TTTCATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
19199740 AGTAAAATA-CTAAAAATATAAATATTTTTACTG-AACAAATTTAAATAGTTATAATTATTTGAA
256 AGTAAAATATTTTAAAA-ATAAATATGTTTACTGAAAC-AATTCAAATAATTATAACTATTTGAA
* * * * *
19199803 CAATTGTTTATTTCAAATTGTTGT-A-ATCTTTTGATTTTAACG
319 TAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAT-TTTT-ATTTTATCA
* * * * * * * *
19199845 TAAAACAATTGTTTTTATTTATATAAGATTATTTGGAAGAAAATTATACTAATTTATTAGTATTC
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-
* ** * ** * *
19199910 ATAAAATTAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTTAAA-AAATTTATTTTTCGAATAAATTCAAATA
65 -T---A--AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATA
* ** * * * *
19199974 GTTACAATTATTTATATAATTATATATTTTAAATCATTATAACTTTTTGATTTTGTTATAAAACA
123 ATTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTT-ATTTTGTTATAAAATA
* * ** * *
19200039 ATTGTTTCTTTTTATATAAACTTA-TTCAGAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA
187 ATTTTTTC-ATTTATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * * * * *
19200103 TTCATAAGCAAGATA-TTTAAAAATTAAATATGCTTACTGAATCAATTCAAATAAATATAACTAT
250 TTAATAAGTAAAATATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAAACAATTCAAATAATTATAACTAT
** * *
19200167 TTGTGTAATTATTTATTTTAAATTGTTATAACATTTTTATTTTATCA
314 TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTATTTTATCA
* * ** ** * *
19200214 TAAAATAATTATTTTTATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATTGTGCT-ATTATATTATTATC
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATT-TATTAATATT
* * *
19200278 TAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTCAAAAAGTAAATCTATTTAACAAATAAATTCAAATAGTTATG
65 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATAATTATG
* * * *
19200342 ATTATTTAAACAATTATCTTTTTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTTATAAAATAATTTTT
129 ATTATTTAAATAATTATCTATTTT-AAATCATTATAACATTTTATTTTGTTATAAAATAATTTTT
** *
19200407 TCATTTATATAAACTTATTTGAAATAAAATAA-ACCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
193 TCATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * *
19200471 ATAAAAAATTTTAAAAATAAATATCTTTA-TCAAACAAGCTGAATTATTTATGATTATTTGAATA
257 GTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAACAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATA
* * * * * *
19200535 ATTATCTATTTTAAATTGTTAT-A-ACTTTTAGCTTTGTTA
321 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTA-TTTTATCA
* ** * ** *
19200574 TAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * * *
19200639 CAAAAATCCATATGCAAAATATTAAAAAAATAAAT-TGTTT-ACTAAACAAGTTCAGAGAATTAT
66 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATCTATTTAAC-AAATAAGTTCAAATAATTAT
* ** * * ** * * *
19200702 AATTATTTGCATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTCGTTATAAAAAAAATGTT
128 GATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTAT-AAAATAAT-TT
* * * * * * *
19200767 TTT-GTTCATAGAAGATTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTAGTTCT--AAATTAAT
191 TTTCATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTTAAAAATTAAT
* ** * * * * *
19200829 AAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGCATATTGAAAAAATTCAAATAGTTATAACTCTTTAAA
255 AAGTAAAATATTTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAAACAATTCAAATAATTATAACTATTTGAA
* *
19200893 CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTTCATTTTATCA
319 TAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTT-ATTTTATCA
* * * * * *
19200935 TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA--T
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * ** * * *
19200998 -----TT--T---T--AA-ATTTAAAAATAAATATGTTTTTCAAACAAGTTAAAATAATTACG--
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATAATTATGAT
* * **** * * * *
19201048 -ATTTGAATAATTAT-TGATTTTATATTGCGATCACATTTTAATTTCTTATAAAACAATTATTTT
131 TATTTAAATAATTATCT-ATTTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTATAAAATAATT-TTTT
** * * * * *
19201111 TGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATTTTAA--T-TTAATATTTT-AAAATTAATAGGC
194 CATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
19201172 AAAATATTTAAAAAATAAA-AT-TTTTCATCG-AACAAGTTTAATTAATTATGA-TGATTTGAAC
259 AAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTAC-T-GAAACAA-TTCAAATAATTATAACT-ATTTGAAT
* * *
19201233 AAGTATTTTTTTTTCAAAATTGTTATG--ATCTTTTAGTTTATCA
320 AA-T-TATTTATTTC-AAATTGTTATGACAT-TTTTATTTTATCA
* * * * * * *
19201276 TAAAACAATTGTTTTCATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTAATTAATATTT
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * *** *
19201341 CAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTTTAAAATAAATTTATTTATTGAATAAGTTCAAATAAATAT
66 -AAAAATTAATAAGTAAAAGA--TTTAAAAATAAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATAATTAT
* *** * * * *
19201405 GATTATTTGAATAATTAAAAATTTCAAATCATTACAATCA-TTTACTTTGTTGTAAAATAATTAT
128 GATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAA-CATTTTATTTTGTTATAAAATAA-T-T
* * * ** * *
19201469 TTTTTATTCATAAAAACTTATTT-AGAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAA
190 TTTTCATTTATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * *
19201533 TAAATAAAATA-TTTAAAATATAAATATGTTTA-TCG-AACAAGTTTAAATAATAATGAA-TATT
254 TAAGTAAAATATTTTAAAA-ATAAATATGTTTACT-GAAACAA-TTCAAATAATTAT-AACTATT
* * ** * * *
19201594 TGAATAATTATCTATTTTAAATCATCATGACA-TTTTGTTTTATCG
315 TGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTATTTTATCA
* * * *
19201639 TAAAATAACTGTTTTTGTTCATATCAA-CTTATTCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-T
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** *
19201702 TAAAAGATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAA-AAGTTTAAATAATTA
65 TAAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-ACAAATAAGTTCAAATAATTA
* * * ** * *
19201766 TAATTATTTAAACAATTATATATTTTAAATCATTATAATGTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTT
127 TGATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTAT-TTTGTTATAAAATAATTT
* * * * * * * * *
19201830 TCTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATATAATAAGATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAAC
191 TTTC-ATTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * *** *
19201895 AAGT-AAATGA-TTTAAAAGATAAATTTGTTTAC-CAAACAATTTCAAATAGCAATTACTATTTG
255 AAGTAAAAT-ATTTTAAAA-ATAAATATGTTTACTGAAACAA-TTCAAATAATTATAACTATTTG
* * *
19201957 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTGTTTTGTCA
317 AATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTATTTTATCA
* * * ** * * *
19202000 TAAAATAATTGTTTATGTTCATAAAATTTTATTCGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT
1 TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
19202065 TAAAATTAATAAGAAAAATATTTAGAAAATAAATTTATTT-ACATAATAAGTTCAAATAGTCATG
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCTATTTAACA-AATAAGTTCAAATAATTATG
* ** * * * * *
19202129 ACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGGA-ATTTTGTTTTATCATAAAAGAATTATT
129 ATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT-AACATTTTATTTTGTTATAAAATAATT-TT
* * * * *
19202193 TTCGTATATACAAGTTTATTCGAAAATAAAATAAT-TTAATTTTTTAATA-TTTAAAAATTTAAT
192 TTCATTTATATAAGTTTATTTG-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAAT
* * * * * * * * *
19202256 AAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACACGTTCAAATAGTTATTACTAGTTAAA
255 AAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAACA-ATTCAAATAATTATAACTATTTGAA
* * * *
19202320 TAATTATTTATTTCAAATTATTATGAGA-TTTTATTTTGTTA
319 TAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTATTTTATCA
* * ** *
19202361 TAAAATAATTATTTTTTTTTCATACAAGCTTA-TCAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATT
1 TAAAATAATT-GTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-T
* * * * * *
19202425 TTAAAAATTAATAAGTTAAAAAATTTAAATATAAATCTGTTCACCAAATAAGTTCAATTAATTAT
64 TTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * * * *
19202490 GACTATTTGAATGATTATCTATTTTAAATCACTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTT
128 GATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTATAAAATAATT-TT
* * * *
19202555 TTTATTTATATAAGTTTA-TTCATAATAAAATAATAGTAATTAATTAATATTTT-AAAATTAATA
192 TTCATTTATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
19202618 AATAAAATATTTAAAAAATAAA-ATTATTTACTGAATA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
256 AGTAAAATATTTTAAAAATAAATA-TGTTTACTGAA-ACAATTCAAATAATTATAACTATTTGAA
* *
19202681 TAATTATTTACTTCAAATTATTATGACATTTT
319 TAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTT
19202713 GTTTTGTCAT
Statistics
Matches: 3119, Mismatches: 642, Indels: 412
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 10 0.00
339 48 0.02
340 7 0.00
341 81 0.03
342 84 0.03
343 1 0.00
344 10 0.00
345 24 0.01
346 3 0.00
349 2 0.00
351 3 0.00
352 148 0.05
353 46 0.01
354 4 0.00
355 61 0.02
356 89 0.03
357 13 0.00
358 43 0.01
359 15 0.00
360 179 0.06
361 923 0.30
362 423 0.14
363 167 0.05
364 77 0.02
365 16 0.01
366 55 0.02
367 5 0.00
368 73 0.02
369 191 0.06
370 25 0.01
371 5 0.00
376 4 0.00
377 3 0.00
378 7 0.00
379 98 0.03
380 6 0.00
381 73 0.02
382 3 0.00
383 8 0.00
384 40 0.01
385 45 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (360 bp):
TAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATAATTATGAT
TATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTTATAAAATAATTTTTTCA
TTTATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
AATATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAACAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTAT
TTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTATTTTATCA
Found at i:19200670 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19199289--19202723 Score: 1858
Period size: 181 Copynumber: 19.1 Consensus size: 181
19199279 TATTATGACA
* * * * * * *
19199289 TTTT-GTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTGTTCATAT-AAGTGTA-TTCGAAATAAAATAATAG
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACT-TATTTAG-AATAAAATAATAT
* * * * * *** * * *
19199351 TAGTTTATTAATATATAAAAAATTAGTAA--AAAATTTTTTTTAAATAAATCTATTTATCCAATA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACA
* ** * * * * * * *
19199414 AGTTCAACTGGTTAAGATTATTTAAAAAATTATCTAATTGAAATTATTATGAC
129 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * * *
19199467 ATTTTA-CTTTATCATAAAATAATTATTTTCATTCATACAAACTTATTT-GAAATAAAATAATAT
1 -TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAG-AATAAAATAATAT
* *
19199530 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTA-CAGAA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAA-AAAATAAATATATTTATCA-AA
* * * * * * * *
19199594 CAAATTTAAATAAATATGATTGTTTAAATTATTATCTATTTAAAATCGTTATAAC
127 CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * * **
19199649 TTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTATTTATACAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATATT
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAG-AATAAAATAATATT
* * * * *
19199713 AGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATA-CTAAAAATATAAATATTTTTA-CTGAAC
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAA-ATAAATATATTTATC-AAAC
* * * * * * * * *
19199776 AAATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATTGTTGTAATC
128 AAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAA-C
** * * * * * * *
19199831 TTTT-GATTTTAACGTAAAACAATTGTTTTTATTTATATAAGA-TTATTTGGAAGAAAATTATAC
1 TTTTAG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAA-ACTTATTTAGAATAAAATAATAT
* * *** * *
19199894 TAATTTATTAGTATTCATAAAATTAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTTAAA-AAATTTATTTTT
64 TAATTTATTAATATT--T--CA--AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTAT
* * * * ** * **
19199958 CGAATAAATTCAAATAGTTACAATTATTT-ATATAATTATATATTTTAAATCATTATAAC
123 CAAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGA-ATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * * * *
19200017 TTTTTGATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTT-TTTATATAAACTTATTCAGAATAAAAAAATAT
1 TTTTAG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATAT
* * * * * ** * *
19200081 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTCATAAGCAAGATATTTAAAAATTAAATATGCTTACTGAATC
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAAAC
* * * ** *
19200146 AA-TTCAAATAAATATAACTATTTGTGTAATTATTTATTTTAAATTGTTATAAC
128 AAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * * * * ** **
19200199 ATTTTTA-TTTTATCATAAAATAATTATTTTTATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATTGTGC
1 --TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATAT
* * * * * * * *
19200263 T-ATTATATTATTATCT-AAAAA-TAATAAGTAAAAGATTCAAAAAGTAAATCTATTTAACAAAT
64 TAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAC
* * * * * * *
19200325 AAATTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTTTTTTCAAATTATTATGAC
128 AAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTT-AAATTGTTATAAC
* * *
19200380 ATTTTA-TTTTGTTATAAAATAATT-TTTTCATTTATATAAACTTATTT-GAAATAAAATAA-AC
1 -TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAG-AATAAAATAATA-
* * * * * *
19200441 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATCTTTATCAAAC
63 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAC
* * * *
19200506 AAGCTGAATTATTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
128 AAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * ** *
19200560 TTTTAGCTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATATTA
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTA
** * * * *
19200625 ATTTATTAATATTTCAAAAATCCATATGCAAAATATTAAAAAAATAAAT-TGTTTA-CTAAACAA
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAACAA
* * * * * *
19200688 GTTCAGAGAATTATAATTATTTGCATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAC
130 GTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * * * * *
19200740 ATTTT-GTTTCGTTATAAAAAAAATGTTTTTGTTCATAGAAGA-TTA-TTCGAAATAAAATAATA
1 -TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAA-ACTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * * * * *
19200802 TTAATTTATTAGTAGTTC-TAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGCATAT-TGA
63 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATA-TTTAAAAAATAAATAT--ATTTATCA
* * * * * * * * * * *
19200864 AA-AAATTCAAATAGTTATAACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
125 AACAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * *
19200920 TTTTTCA-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATA
1 -TTTT-AGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAG-AATAAAATAATA
* ** * * * *** * * **
19200983 TAAATTTATTAATATTTTTAAATTTAA-AAATAAATATGTTTTTCAAACAAGT-TA-AAAT-AAT
63 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-ATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAA-
* ** * * *
19201044 TACGA-TTTGAATAATTATTGA-T-TTT--AT-ATTGCGATCACATTTTAATTTCTTATAAAAC
126 -ACAAGTTCAAATAATTA-TGATTATTTGAATAATT---ATC-TATTTTAAATTGTTAT--AAC
** * *
19201102 AATTATTTTTGTTCAT---ATAA--G--TTTATTC---GAAA--TA---A-AAT--AAT--T-TT
1 TTTTAGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * *** * *
19201146 AA--T-TTAATATTTTAAAATTAATAGGCA--AAA-TATTTAAAAAATAAA-ATTTTTCATCGAA
65 AATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTT-ATCAAA
* * * * * * * *
19201204 CAAGTTTAATTAATTATGATGATTTGAACAAGTATTTTTTTTTCAAAATTGTTATGATC
127 CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTA-TCTATTTT--AAATTGTTAT-AAC
* * * * **
19201263 TTTTAG-TTTATCATAAAACAATTGTTTTCATTTATATAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATATT
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAG-AATAAAATAATATT
* ** * ** *
19201326 AATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTTTAAAATAAATTTATTTATTGAATA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATA-TTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACA
* *** * ** *
19201390 AGTTCAAATAAATATGATTATTTGAATAATTAAAAATTTCAAATCATTACAATC
129 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAA-C
* * ** * *
19201444 ATTTA-CTTTGTTGTAAAATAATTATTTTTTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATATT
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * * *
19201508 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAATATTTAAAATATAAATATGTTTATCGAACAA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAA
* * * ** * *
19201573 GTTTAAATAATAATGAATATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATCATGAC
130 GTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * * * *
19201625 ATTTT-GTTTTATCGTAAAATAACTGTTTTTGTTCATATCAACTTA-TTCGTAATAAAATAATAT
1 -TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAG-AATAAAATAATAT
* * *
19201688 TAATTTATTAATA-TT-AAAAGATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAAA
* * * * * ** *
19201751 -AAGTTTAAATAATTATAATTATTTAAACAATTATATATTTTAAATCATTATAATG
127 CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAA-C
* * * * ** * * *
19201806 TTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTCTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATATAATAAGATT
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * * * *
19201869 AATTTAGTAATATTTCAAAAATTAACAAGT-AAATGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCAAACA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAT-ATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACA
* *** * * * * * *
19201933 ATTTCAAATAGCAATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
129 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * * ** * *
19201986 TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATA-AAATTTTATTCGGAATAAAAAAATACT
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAA-CTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * * *
19202050 AATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGAAAAATATTTAGAAAATAAATTTATTTA-CATAATA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCA-AACA
* * * *
19202113 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGGAA-
129 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTAT--AAC
* * * * ** * *
19202167 TTTT-GTTTTATCATAAAAGAATTATTTTCGTA-T-ATACAAGTTTATTCGAAAATAAAATAAT-
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT--TATTCATATAAACTTATT-TAGAATAAAATAATA
* * * *
19202228 TTAATTTTTTAATATTT-AAAAATTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA
63 TTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAA
* * * * * * * * *
19202292 CACGTTCAAATAGTTATTACTAGTTAAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGAGA-
127 CAAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTAT-A-AC
* * * * * * *
19202348 TTTTA-TTTTGTTATAAAATAATTATTTTTTTTTCATACAAGCTTA-TCAGAATAAAATAAAATT
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * * * * * *
19202411 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAAAAAATTT-AAATATAAATCTGTTCACCAAATA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACA
* * * *** *
19202475 AGTTCAATTAATTATGACTATTTGAATGATTATCTATTTTAAATCACTATGAC
129 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
* * * ** * * *
19202528 TTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTTTATTTATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATAGTA
1 TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTA
* * * *
19202593 ATTAATTAATATTT-TAAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAAATAAA-ATTATTTACTGAATA-
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATA-TATTTA-TCAA-AC
* * * * * * * *
19202655 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTACTTCAAATTATTATGAC
128 AAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
19202708 ATTTT-GTTTTGTCATA
1 -TTTTAGTTTTGTCATA
19202724 TGTTAATCTT
Statistics
Matches: 2521, Mismatches: 570, Indels: 329
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
157 10 0.00
158 19 0.01
159 20 0.01
160 14 0.01
161 10 0.00
162 13 0.01
163 2 0.00
164 4 0.00
166 8 0.00
169 2 0.00
170 2 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
175 9 0.00
176 3 0.00
177 5 0.00
178 5 0.00
179 177 0.07
180 687 0.27
181 792 0.31
182 508 0.20
183 28 0.01
184 48 0.02
185 5 0.00
186 8 0.00
187 111 0.04
188 23 0.01
189 3 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (181 bp):
TTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAG
TTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAAC
Found at i:19201777 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19201754--19201804 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
19201744 ATTGAAAAAG
19201754 TTTAAATAATTATAATTA-
1 TTTAAATAATTATAATTAT
*
19201772 TTTAAACAATTAT-A-TAT
1 TTTAAATAATTATAATTAT
*
19201789 TTTAAATCATTATAAT
1 TTTAAATAATTATAAT
19201805 GTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 5
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.07
17 12 0.44
18 13 0.48
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
TTTAAATAATTATAATTAT
Found at i:19202278 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19202245--19202278 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
19202235 TTTAATATTT
* *
19202245 AAAAATTTAATAAGTA
1 AAAAATTTAAAAAATA
19202261 AAAAATTTAAAAAATA
1 AAAAATTTAAAAAATA
19202277 AA
1 AA
19202279 TTTGTTTATC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.03, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
AAAAATTTAAAAAATA
Found at i:19202636 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19202612--19202647 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
19202602 TATTTTAAAA
*
19202612 TTAATAAATAAAA-TAT
1 TTAAAAAATAAAATTAT
19202628 TTAAAAAATAAAATTAT
1 TTAAAAAATAAAATTAT
19202645 TTA
1 TTA
19202648 CTGAATAAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.67
17 6 0.33
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
TTAAAAAATAAAATTAT
Found at i:19204659 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19204317--19205569 Score: 1053
Period size: 181 Copynumber: 7.0 Consensus size: 180
19204307 AGCTAACATC
** * * *
19204317 ATAAAATAATTAATATTGTCCATACAAACATATTTTG-AATAAAATAA-ACTTAATTTATTAATA
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTA-TTTGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATA
* ** * * * * *
19204380 TTTGAAAAACAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATATGTTCACCGAACAAATTCAAATAATT
64 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTT
* * * * *
19204445 ATGACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATAATATTTTGCTTTGTT
128 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTTTTGTT
*** * * *
19204498 ATAAGGCAATTGTTTTTGTTCACACAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATAAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
19204563 TCAAAAAGTAATAATTAAAAGATTTAAAATATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATATTTAT
66 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTAT
* * * * *
19204628 CACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA-TTTGTTTTGTT
130 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTTTTGTT
* * * *
19204678 ATAAAATAATTGTTTTAT-TT-ATAC-AAGTTTTTTGGAATAAAATAACACTAATTTATTAATA-
1 ATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
19204739 TTCTGAAGATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTTAAATAGTT
65 TTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTT
* * * * * * * *
19204804 ATTACT-TGTAAACCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTATC
128 ATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AATATTTTGTTTTGTT
* * * * *
19204857 ATAAAA-AATT-TATTTTTTTCATACAAATTTATTAGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAATAATTGT-TTTTGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
19204920 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATAAATCTGTTCA--AGAATAAATTTAATTAGTT
65 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATATGTTTATCA-AATAAATTCAAATAGTT
* * * * ** *
19204983 ATGACTGTTTCAATAATTATTTATTTTAAATCAATATGACT-TTTTGTTTTGTT
128 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AATATTTTGTTTTGTT
* * * *
19205036 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC-AACTTTATTTGGAATAAAAT-A-AC--ATTAATTAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAAC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
19205096 TTTACAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTA
65 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
19205161 TGACTATTTTAAATAATTAAT-TATTTTAAATAGCTATGATATTTTATTTTATC
129 TGACTA-TTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTTTTGTT
* * *
19205214 ATAAAATAATTATTTTCGTTCATA-AAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * ** *
19205278 TAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGATAAATCTATTAATCGAATATGTTCAAATAGCTAT
66 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTAT
* *
19205343 GATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTTTTGTT
130 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTTTTGTT
* ** * ** *
19205394 ATAAAGTAATTACTTATG-TCTATACAAGTTTA-TTAATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTC-ATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
19205457 TTT-ATAATATTAATTAGTAAAAGATTTAATAAATTATTTTGTTTACCAAACAAATTCAACA-AA
64 TTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAA-ATAG
* * * * *
19205520 TTATGATTATTTGAATAATTATCTACTTCAATTTGTTATGATATTTTGTT
126 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTT
19205570 AAATAAATCT
Statistics
Matches: 878, Mismatches: 155, Indels: 78
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 44 0.05
177 50 0.06
178 173 0.20
179 101 0.12
180 185 0.21
181 320 0.36
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTTTTGTT
Found at i:19204878 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19204850--19204889 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19204840 TGACTTTTTG
19204850 TTTTATCATAAAAAATTTAT
1 TTTTATCAT-AAAAATTTAT
* *
19204870 TTTTTTCATACAAATTTAT
1 TTTTATCATAAAAATTTAT
19204889 T
1 T
19204890 AGGAATAAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.56
20 8 0.44
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (19 bp):
TTTTATCATAAAAATTTAT
Found at i:19205276 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 19204349--19205569 Score: 1145
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 354
19204339 TACAAACATA
* **
19204349 TTTT-GAATAAAATAA-ACTTAATTTATTAATATTTGAAAAACAAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TTTTGGAATAAAATAACAC--AATTAATTAATATTTG-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
19204412 GTAAATATGTTCACCGAACAAATTCAAATAATTATGACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATT
63 ATAAATATGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACATTTTAAATAATTATTTATTTTAAATA
* * * * ** * * *
19204477 GTTATAATATTTTGCTTTGTTATAAGGCAATTGTTTTTGTTCACACAAACTTATTTGAAATAAAA
128 GTTATGATATTTTGTTTTATCATAA-AAAATT-ATTTTGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
19204542 TAATATTAATTTATAAATATTTCAAAAAGTAATAATTAAAAGATTTAAAATATAAATATGTTTAT
191 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATAAATCTGTTCA-
* * * ***
19204607 CAAATAAGTTCAAATATTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTGT
255 CAAATAAATTCAAATAGTTATCACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACATTTGT
* *
19204672 TTTGTTATAAAATAATTGTTTTATTTATACAAGTT
320 TTTGTTATAAAATAATTGTTTTATTCATACAACTT
* *
19204707 TTTTGGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTGAAGATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
1 TTTTGGAATAAAATAACAC-AATTAATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
19204772 TAAATATGTTTATTGAATAAGTTTAAATAGTTATTAC-TTGTAAACCAATTATTTATTTCAAATC
64 TAAATATGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACATTTTAAA-TAATTATTTATTTTAAATA
* * *
19204836 GTTATGACT-TTTTGTTTTATCATAAAAAATTTATTTTTTTCATACAAATTTATTAGGAATAAAA
128 GTTATGA-TATTTTGTTTTATCATAAAAAA-TTATTTTGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAA
* *
19204900 TAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATAAATCTGTTCA-
191 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATAAATCTGTTCAC
* * * * * * * *
19204964 AGAATAAATTTAATTAGTTATGACTGTTTCAATAATTATTTATTTTAAATCAATATGACTTTTTG
256 A-AATAAATTCAAATAGTTATCACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGAC-ATTTG
19205029 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAACTT
319 TTTTGTTATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAACTT
* *
19205066 TATTTGGAATAAAAT-A-AC-ATTAATTAATATTTTACAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAA
1 T-TTTGGAATAAAATAACACAATTAATTAATATTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * *
19205128 TAAATCTGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTTAAATAATTAATTATTTTAAATA
64 TAAATATGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGAC-ATTTTAAATAATTATTTATTTTAAATA
* *
19205193 GCTATGATATTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTTCGTTCATA-AAATTTATTTGAAATAAAA
128 GTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTTT-GTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAA
* * * *
19205257 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGATAAATCTATTAAT
191 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATAAATCTGTTCA-
* ** * * * * ** * *
19205322 CGAATATGTTCAAATAGCTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTG
255 CAAATAAATTCAAATAGTTATCACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACA-TTTG
* ** *
19205387 TTTTGTTATAAAGTAATT-ACTTATGTCTATACAAGTT
319 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAT-TC-ATACAACTT
*** * * * *
19205424 TATTAATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-ATAATATTAATTAGTAAAAGATTTAATA
1 T-TTTGGAATAAAATAACAC-AATTAATTAATATTTGA-AA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
19205488 AATTATTTTGTTTACCAAACAAATTCAACA-AATTATGA-TTATTTGAATAATTATCTACTTCAA
62 AATAAATATGTTTATCGAATAAATTCAA-ATAGTTATGACAT-TTTAAATAATTATTTATTTTAA
* *
19205551 TTTGTTATGATATTTTGTT
125 ATAGTTATGATATTTTGTT
19205570 AAATAAATCT
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 126, Indels: 53
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 73 0.10
357 167 0.24
358 216 0.30
359 131 0.18
360 21 0.03
361 35 0.05
362 63 0.09
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (354 bp):
TTTTGGAATAAAATAACACAATTAATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACATTTTAAATAATTATTTATTTTAAATAGTT
ATGATATTTTGTTTTATCATAAAAAATTATTTTGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATAAATCTGTTCACAAATA
AATTCAAATAGTTATCACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAATATGACATTTGTTTTGTT
ATAAAATAATTGTTTTATTCATACAACTT
Found at i:19205931 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19205627--19206277 Score: 706
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
19205617 AATTATAATT
* * * *
19205627 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATGCATTTTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATT-ATACAAGCTTTTTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * *
19205692 TTTGTTAAT-TGTTTTAAAATTAAGAAGT-AAATGGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA
64 TTTATTAATAT-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAT-ATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA
*
19205755 GTTCAACTAATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATCGTTATAACA
126 GTTCAACTAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTT-AAATCGTTATAACA
* * * *
19205808 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTGTTGATACAAG-TTTATTCGAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATT-ATACAAGCTTT-TTC-AAATAAAATAATACTA
* * *
19205872 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTATAAAATATATTTGTTTACCAAATAAA
63 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTA-AAAATAAATCTGTTTACCAAATAAG
* * * * * * * * *
19205937 TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTTATATTGCTCTAAAA
127 TTCAACTAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATAACA
*
19205989 GTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATTTATAAAAGCTTTTTCAAATAAAATAATACTAA
1 -TTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTA-TTATACAAGCTTTTTCAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
19206054 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAA-AGTTTCAAAAATAAATCTGTTTGTCGAATAAG
64 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAG
* * * *
19206118 TTCAACTAATTATGATTATTTGAATAATTATCTT-TTTTAAATCATTATTACC
127 TTCAACTAATTATGATTATTTGAACAATTAT-TTATTTTAAATCGTTATAACA
19206170 TTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTT-TCATTTATACAAG-TTTATTCAGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCT-A-TTATACAAGCTTT-TTCA-AATAAAATAATACT
* *** * *
19206233 AATTTATAAATATACAAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAT
62 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAT
19206278 TAATATATTT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 59, Indels: 31
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 51 0.13
181 268 0.68
182 68 0.17
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (178 bp):
TTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTCTATTATACAAGCTTTTTCAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCA
ACTAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATAACA
Found at i:19206780 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19206336--19206802 Score: 495
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
19206326 TATCTATTCT
* * * * *
19206336 TTTGTCATAAAATAATTATTTTCATTTAGACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAAGCTA-T
1 TTTGTCATAAAATAATTATTTT-ATTTATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATAATAA-CTATT
* *
19206400 TAACATTT-TAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAGAAAATAAATTTATTCATTGAATAAATTCAA
64 TAATATTTCT-AAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTCATTGAATAAATTCAA
* ** * *
19206464 ATAGTGATAACTTTTAAAGCAATTATATTTTTCAAATTGTTATGACATTTTGA
128 ATAATGATAACTTTTAAAGCAATTATATTTTTCAAATCATTATAACATCTTGA
* * * * *
19206517 TATGTCTTAAAACAATTATTTT-TGTTCGTATAAATTTATTTAGAATAAAATAATAATAA-TTTA
1 TTTGTCATAAAATAATTATTTTAT-TT-ATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATAATAACTAT-
* * * * *
19206580 TTAATATTTC-AAAGATTAATAAGTAAAAAATTTATAAAATAAATTTGTTTATCT-AATAAATTT
63 TTAATATTTCTAAA-ATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTCAT-TGAATAAATTC
* * * * *
19206643 AAATAATTATAATTATTTAAA-CAATTAT-TTATTTTAAATCATTTTAATATCTT-A
126 AAATAATGATAACT-TTTAAAGCAATTATATT-TTTCAAATCATTATAACATCTTGA
*
19206697 TTTGTCATAAAATAATTATTTTATTTATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATATTAACTATTTA
1 TTTGTCATAAAATAATTATTTTATTTATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATAATAACTATTTA
**
19206762 ATATTTCTTCAATTAATAAATTAAAAAA-TTAAAAAATAAAT
66 ATATTTCTAAAATTAATAAA-TAAAAAATTTAAAAAATAAAT
19206803 CTAATATCCT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 36, Indels: 28
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
179 62 0.26
180 39 0.16
181 129 0.54
182 7 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTTGTCATAAAATAATTATTTTATTTATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATAATAACTATTTA
ATATTTCTAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTCATTGAATAAATTCAAATA
ATGATAACTTTTAAAGCAATTATATTTTTCAAATCATTATAACATCTTGA
Found at i:19207544 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 19207513--19207545 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
19207503 AAAATTTTAT
*
19207513 ATTTTAAATAAA
1 ATTTTAATTAAA
19207525 ATTTTAATTAAA
1 ATTTTAATTAAA
19207537 ATTTTAATT
1 ATTTTAATT
19207546 TTATTAAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 20 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (12 bp):
ATTTTAATTAAA
Found at i:19207742 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19207694--19207761 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
19207684 AAATAATCAT
* *
19207694 GAATAATAATTTTAAATATAAA
1 GAATAAAAATTTTAGATATAAA
* * *
19207716 AAATAAAAATTTTAGATGTTAA
1 GAATAAAAATTTTAGATATAAA
*
19207738 GAATACACAATTTTAGGATATAAA
1 GAATA-AAAATTTTA-GATATAAA
19207762 AAAAGAAAAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 9, Indels: 2
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 21 0.60
23 8 0.23
24 6 0.17
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
GAATAAAAATTTTAGATATAAA
Found at i:19217269 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19217233--19217327 Score: 111
Period size: 22 Copynumber: 4.3 Consensus size: 22
19217223 GTAAATGAAA
*
19217233 AATAAA-TAAGTGATAACTTAAT
1 AATAAATTAA-TGATAATTTAAT
* *
19217255 AATTAATTATTGATAATTTAAT
1 AATAAATTAATGATAATTTAAT
*
19217277 AATAAATTAATAATAATTTAAT
1 AATAAATTAATGATAATTTAAT
* * *
19217299 AGTAAATTAGTGATAGTTTAAT
1 AATAAATTAATGATAATTTAAT
19217321 AATAAAT
1 AATAAAT
19217328 CATTTTCAGT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 2
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 59 0.97
23 2 0.03
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
AATAAATTAATGATAATTTAAT
Found at i:19217286 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19217245--19217327 Score: 67
Period size: 11 Copynumber: 7.5 Consensus size: 11
19217235 TAAATAAGTG
*
19217245 ATAACTTAATA
1 ATAAATTAATA
* * *
19217256 ATTAATTATTG
1 ATAAATTAATA
*
19217267 ATAATTTAATA
1 ATAAATTAATA
19217278 ATAAATTAATA
1 ATAAATTAATA
*
19217289 ATAATTTAATA
1 ATAAATTAATA
* * *
19217300 GTAAATTAGTG
1 ATAAATTAATA
**
19217311 ATAGTTTAATA
1 ATAAATTAATA
19217322 ATAAAT
1 ATAAAT
19217328 CATTTTCAGT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 21, Indels: 0
0.71 0.29 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 51 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (11 bp):
ATAAATTAATA
Found at i:19217357 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19217258--19217359 Score: 116
Period size: 44 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
19217248 ACTTAATAAT
*
19217258 TAATTATTGATAATTTAATAATAAATTAATAATAATTTAATAG
1 TAATTATTGATAGTTTAATAATAAATTAATAATAATTTAATAG
* * ** *
19217301 TAAATTAGTGATAGTTTAATAATAAA-TCATTTTCAGTTTAATAG
1 T-AATTATTGATAGTTTAATAATAAATTAATAAT-AATTTAATAG
19217345 TAATTAATTGATAGT
1 TAATT-ATTGATAGT
19217360 AATGAATCAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 5
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
43 9 0.18
44 40 0.82
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (43 bp):
TAATTATTGATAGTTTAATAATAAATTAATAATAATTTAATAG
Found at i:19217448 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19217423--19217476 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
19217413 ATTGATAATA
* *
19217423 TAAAAGTTAATCATTAAAAACT
1 TAAAAGTAAATCAGT-AAAACT
*
19217445 TAAAAGTAAATGAGTAAAACT
1 TAAAAGTAAATCAGTAAAACT
*
19217466 TAATAGTAAAT
1 TAAAAGTAAAT
19217477 TATCGATAAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.57
22 12 0.43
ACGTcount: A:0.56, C:0.06, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
TAAAAGTAAATCAGTAAAACT
Found at i:19217541 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 19217371--19217543 Score: 165
Period size: 65 Copynumber: 2.6 Consensus size: 65
19217361 ATGAATCATA
* * * * * *
19217371 AATAATTTAAATATTAAATTAATGATAAATTAGTAGTAAATAATTGATAATATAAAAGTTAATCA
1 AATAACTT-AATAGTAAATT-ATGATAAATTAATAGTAAATTATCGATAACATAAAAGTTAATCA
*
19217436 TT
64 AT
* * *
19217438 AAAAACTTAAAAGTAAATGA-G-TAAAACTTAATAGTAAATTATCGATAACATAATAA-TTAATC
1 AATAACTTAATAGTAAATTATGAT-AAA-TTAATAGTAAATTATCGATAACATAA-AAGTTAATC
19217500 AAT
63 AAT
*
19217503 AATAACTTAATAGTAAATTATGCATAATTTAATA-TAAATTA
1 AATAACTTAATAGTAAATTATG-ATAAATTAATAGTAAATTA
19217544 GTAATAACTT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 14, Indels: 14
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
63 1 0.01
64 4 0.05
65 55 0.64
66 17 0.20
67 8 0.09
68 1 0.01
ACGTcount: A:0.53, C:0.05, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (65 bp):
AATAACTTAATAGTAAATTATGATAAATTAATAGTAAATTATCGATAACATAAAAGTTAATCAAT
Found at i:19217550 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19217441--19217782 Score: 142
Period size: 22 Copynumber: 15.8 Consensus size: 21
19217431 AATCATTAAA
* *
19217441 AACTTAAAAGTAAATGAGTAA-
1 AACTTAATAGTAAATTA-TAAT
*
19217462 AACTTAATAGTAAATTATCGAT
1 AACTTAATAGTAAATTAT-AAT
* * * *
19217484 AACATAATAATTAATCAATAAT
1 AACTTAATAGTAAAT-TATAAT
*
19217506 AACTTAATAGTAAATTATGCAT
1 AACTTAATAGTAAATTAT-AAT
*
19217528 AATTTAATA-TAAATTAGTAAT
1 AACTTAATAGTAAATTA-TAAT
** *
19217549 AACTTGGTAGTGAATTATAAAT
1 AACTTAATAGTAAATTAT-AAT
* * *
19217571 AATTTAGTGGTAAATTGATAAT
1 AACTTAATAGTAAATT-ATAAT
* ** *
19217593 AATTTTGTAGTAAATAATCAA-
1 AACTTAATAGTAAATTAT-AAT
* * * *
19217614 CACTTGAATAATAAATCAATGAT
1 AACTT-AATAGTAAAT-TATAAT
*
19217637 AACATAATAGTAAA-TAT-AT
1 AACTTAATAGTAAATTATAAT
* *
19217656 AAACATATAATAGCAAATTATTTAT
1 -AAC-T-TAATAGTAAATTA-TAAT
* * *
19217681 AATTTAGTAGTAAA-T-TGAT
1 AACTTAATAGTAAATTATAAT
*
19217700 AACTTAGTAGTAAATTACTAAT
1 AACTTAATAGTAAATTA-TAAT
* * *
19217722 AACGTAAAAGTAAATTACCAAT
1 AACTTAATAGTAAATTA-TAAT
*
19217744 AACTTAATTA-TAAATTAGTGAT
1 AACTTAA-TAGTAAATTA-TAAT
* *
19217766 AATTTAGTAGTAAATTA
1 AACTTAATAGTAAATTA
19217783 GTTAATCATT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 55, Indels: 45
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 18 0.07
20 7 0.03
21 42 0.17
22 157 0.65
23 14 0.06
24 3 0.01
25 2 0.01
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
AACTTAATAGTAAATTATAAT
Found at i:19217706 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19217679--19217715 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
19217669 CAAATTATTT
*
19217679 ATAATTTAGTAGTAAATTG
1 ATAACTTAGTAGTAAATTG
19217698 ATAACTTAGTAGTAAATT
1 ATAACTTAGTAGTAAATT
19217716 ACTAATAACG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.03, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
ATAACTTAGTAGTAAATTG
Found at i:19217822 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19217806--19217874 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 6.3 Consensus size: 11
19217796 AATTTTTTAG
19217806 TAAATTATTAA
1 TAAATTATTAA
19217817 TAAATTAGTT-A
1 TAAATTA-TTAA
*
19217828 T-AATTTTATAA
1 TAAATTAT-TAA
*
19217839 TAAATCATTAA
1 TAAATTATTAA
* * *
19217850 TAACTTACTGA
1 TAAATTATTAA
*
19217861 TAAATTACTAA
1 TAAATTATTAA
19217872 TAA
1 TAA
19217875 TTTAATAGAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 8
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.02
10 5 0.11
11 33 0.73
12 6 0.13
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (11 bp):
TAAATTATTAA
Found at i:19217831 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 19217753--19217852 Score: 100
Period size: 33 Copynumber: 3.1 Consensus size: 32
19217743 TAACTTAATT
19217753 ATAAATTAGTGATAA-TTTAGTAGTAAATTAGTTA
1 ATAAATTAGT-ATAATTTTA-TAGTAAATTA-TTA
* *
19217787 AT-CATT-G-ATAATTTTTTAGTAAATTATTA
1 ATAAATTAGTATAATTTTATAGTAAATTATTA
* *
19217816 ATAAATTAGTTATAATTTTATAATAAATCATTA
1 ATAAATTAG-TATAATTTTATAGTAAATTATTA
19217849 ATAA
1 ATAA
19217853 CTTACTGATA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 11
0.76 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.09
30 17 0.31
31 4 0.07
32 1 0.02
33 26 0.47
34 2 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (32 bp):
ATAAATTAGTATAATTTTATAGTAAATTATTA
Found at i:19217852 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19217814--19217953 Score: 104
Period size: 22 Copynumber: 6.4 Consensus size: 22
19217804 AGTAAATTAT
* *
19217814 TAATAAATTAGTT-ATAATTTTA
1 TAATAAATCA-TTCATAATTTAA
* * *
19217836 TAATAAATCATTAATAACTTAC
1 TAATAAATCATTCATAATTTAA
* * * *
19217858 TGATAAATTACTAATAATTTAA
1 TAATAAATCATTCATAATTTAA
19217880 TAGA-AAATCATTCATAATTTAA
1 TA-ATAAATCATTCATAATTTAA
** *
19217902 TGGTAAACCATTCATAATTTAA
1 TAATAAATCATTCATAATTTAA
* * * *
19217924 TGACAAATCATTCATAAATTAG
1 TAATAAATCATTCATAATTTAA
19217946 TAATAAAT
1 TAATAAAT
19217954 AATTGATAGT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 23, Indels: 6
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.02
22 89 0.97
23 1 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
TAATAAATCATTCATAATTTAA
Found at i:19218006 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19217940--19218010 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
19217930 ATCATTCATA
* * *
19217940 AATTAGTAATAAATAATTGAT
1 AATTAATAGTAAATAACTGAT
* *
19217961 AGTTTAGTAGTAAATAACTGAT
1 A-ATTAATAGTAAATAACTGAT
19217983 AACTTAATAGTAAATAACTGAT
1 AA-TTAATAGTAAATAACTGAT
19218005 AATTAA
1 AATTAA
19218011 ATTGCCAATC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 4
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.12
22 38 0.88
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
AATTAATAGTAAATAACTGAT
Found at i:19218354 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19218275--19218393 Score: 93
Period size: 22 Copynumber: 5.4 Consensus size: 22
19218265 AATATATTAG
19218275 TAAATCAATGAT-ACGTTAATAA
1 TAAATCAATGATAAC-TTAATAA
* *
19218297 -AAATCAAAT-AGTAACTTAGTAG
1 TAAATC-AATGA-TAACTTAATAA
*
19218319 TTAAT-AATTGATAACTTAATAA
1 TAAATCAA-TGATAACTTAATAA
* * *
19218341 TAAATCAATAATAATTTAATAG
1 TAAATCAATGATAACTTAATAA
* * *
19218363 TAAATTATTGGTAACTTAATAA
1 TAAATCAATGATAACTTAATAA
19218385 TAAATCAAT
1 TAAATCAAT
19218394 TTCATTTTAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 17, Indels: 14
0.70 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.11
22 57 0.78
23 8 0.11
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TAAATCAATGATAACTTAATAA
Found at i:19218361 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19218329--19218389 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 5.5 Consensus size: 11
19218319 TTAATAATTG
*
19218329 ATAACTTAATA
1 ATAAATTAATA
*
19218340 ATAAATCAATA
1 ATAAATTAATA
*
19218351 ATAATTTAATA
1 ATAAATTAATA
* * *
19218362 GTAAATTATTG
1 ATAAATTAATA
* *
19218373 GTAACTTAATA
1 ATAAATTAATA
19218384 ATAAAT
1 ATAAAT
19218390 CAATTTCATT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 13, Indels: 0
0.74 0.26 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 37 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (11 bp):
ATAAATTAATA
Found at i:19218393 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 19218272--19218420 Score: 144
Period size: 44 Copynumber: 3.4 Consensus size: 44
19218262 ATCAATATAT
* *
19218272 TAGTAAATCAA-TGAT-ACGTTAATAA-AAATCAAATAGTAACTTAG
1 TAGTAAAT-AATTGATAAC-TTAATAATAAATC-AATAATAACTTAA
* *
19218316 TAGTTAATAATTGATAACTTAATAATAAATCAATAATAATTTAA
1 TAGTAAATAATTGATAACTTAATAATAAATCAATAATAACTTAA
* * * **
19218360 TAGTAAATTATTGGTAACTTAATAATAAATCAAT-TTCATTTTAA
1 TAGTAAATAATTGATAACTTAATAATAAATCAATAAT-AACTTAA
*
19218404 TAGTAATTAATTGATAA
1 TAGTAAATAATTGATAA
19218421 ACTAAGTAGT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 12, Indels: 8
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.03
44 79 0.89
45 7 0.08
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (44 bp):
TAGTAAATAATTGATAACTTAATAATAAATCAATAATAACTTAA
Found at i:19218614 original size:42 final size:44
Alignment explanation
Indices: 19218544--19218631 Score: 126
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 44
19218534 CTTAATAGCT
*
19218544 AATCAATAATAATTTAATAATAAATTATGGATAATTTAAT-ATA
1 AATCAATAATAACTTAATAATAAATTATGGATAATTTAATAATA
* * *
19218587 AATCAAT-ATAACTTGATAATGAATTATGGTTAATTTAATAATA
1 AATCAATAATAACTTAATAATAAATTATGGATAATTTAATAATA
19218630 AA
1 AA
19218632 AATGTGATGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 28 0.70
43 12 0.30
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (44 bp):
AATCAATAATAACTTAATAATAAATTATGGATAATTTAATAATA
Found at i:19218763 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19218517--19219039 Score: 106
Period size: 22 Copynumber: 24.0 Consensus size: 22
19218507 AACTTAGTAG
* *
19218517 TAGTTAATTATTAATAACTTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * * *
19218539 TAGCT-AATCAATAATAATTTAA
1 TAG-TAAATTATTGATAACTTAA
* * *
19218561 TAATAAATTATGGATAATTTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * *
19218583 TA-TAAATCAAT-ATAACTTGA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * * * *
19218603 TAATGAATTATGGTTAATTTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * * * **
19218625 TAATAAA-AATGTGATGATTTTG
1 TAGTAAATTAT-TGATAACTTAA
* * * *
19218647 TAGTAAATAATCGAAAACTAAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * * *
19218669 TAATAAATTAATAATAACATAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * * **
19218691 CAGTAAATGCA-TAATAAGATAA
1 TAGTAAAT-TATTGATAACTTAA
* * *
19218713 TAGTAGATCATTGATAATTTAGA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTA-A
19218736 T-GTAAATTATTGATAACTTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * * * *
19218757 TAATAAATCACTAATAAATTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * *
19218779 TTGTAAATTAGT-AGTAA---AT
1 TAGTAAATTATTGA-TAACTTAA
* *
19218798 TAGTTAATTATTGATAACTTTA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * * *
19218820 TGGTAAATCATTAATAAATTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * *
19218842 TAGTAAATCAGTT-ATAGCTTTA
1 TAGTAAATTA-TTGATAACTTAA
** * *
19218864 TAACAAATTATT-AGTAATTTAG
1 TAGTAAATTATTGA-TAACTTAA
** *
19218886 TAGTAAATTATCAATAATTTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
*
19218908 TAGTAAATTATTTATAAACTT-A
1 TAGTAAATTATTGAT-AACTTAA
* * * * *
19218930 TAGTAAATCAATGCTAATTTAG
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * *
19218952 TAATAAATCATTGATAA-TGAAA
1 TAGTAAATTATTGATAACT-TAA
* * *
19218974 TAGTATATCATTGAT-ACATT-G
1 TAGTAAATTATTGATAAC-TTAA
* * * *
19218995 TAGTCAATCATTTATAACATAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
* * *
19219017 TAGTAAATCAATGATCACTTAA
1 TAGTAAATTATTGATAACTTAA
19219039 T
1 T
19219040 TTTCAATAAT
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 119, Indels: 50
0.68 0.23 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.04
20 10 0.03
21 41 0.11
22 278 0.78
23 15 0.04
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
TAGTAAATTATTGATAACTTAA
Found at i:19219394 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19219369--19219422 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
19219359 ACATTAAGAG
19219369 TTATCAAAAGTT-TATAAAAAAA
1 TTATCAAAA-TTGTAT-AAAAAA
* * *
19219391 TTATTAAAATTGTATTAATAA
1 TTATCAAAATTGTATAAAAAA
19219412 TTATCAAAATT
1 TTATCAAAATT
19219423 ATATCATAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 3
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.59
22 11 0.41
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TTATCAAAATTGTATAAAAAA
Found at i:19220017 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19219981--19220017 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
19219971 TTAAAATTCA
19219981 AAAATAATTTAAACAC
1 AAAATAATTTAAACAC
* *
19219997 GAAATAATTTAAACTC
1 AAAATAATTTAAACAC
19220013 AAAAT
1 AAAAT
19220018 CGAAATAATG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 18 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.11, G:0.03, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
AAAATAATTTAAACAC
Found at i:19220243 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19220217--19220291 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 3.4 Consensus size: 22
19220207 TCAATTATTA
*
19220217 TAAAAATTATTTTTTTATTTTT
1 TAAAAATTATATTTTTATTTTT
* *
19220239 TAAAAAATA-AGATTTTATTTTT
1 TAAAAATTATA-TTTTTATTTTT
* * *
19220261 TTAAAATCAATATTTTAATTTTT
1 TAAAAAT-TATATTTTTATTTTT
*
19220284 TTAAAATT
1 TAAAAATT
19220292 TTTAAAATAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 9, Indels: 6
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 23 0.56
23 17 0.41
24 1 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.01, T:0.57
Consensus pattern (22 bp):
TAAAAATTATATTTTTATTTTT
Found at i:19220254 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19220228--19220290 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
19220218 AAAAATTATT
19220228 TTTTTATTTTTTAAAAAAT-AAGA
1 TTTTTATTTTTT-AAAAATCAAGA
* *
19220251 -TTTTATTTTTTTAAAATCAATA
1 TTTTTATTTTTTAAAAATCAAGA
* *
19220273 TTTTAATTTTTTTAAAAT
1 TTTTTATTTTTTAAAAAT
19220291 TTTTAAAATA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 4
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.14
22 14 0.40
23 16 0.46
ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (23 bp):
TTTTTATTTTTTAAAAATCAAGA
Found at i:19220355 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19220323--19220370 Score: 71
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
19220313 ATTTTAAATA
*
19220323 TTTTGAAATTTAAAAAATCATATT
1 TTTTGAAATTTAAAAAATCAGATT
*
19220347 TTTTG-AATTTTAAAAATCAGATT
1 TTTTGAAATTTAAAAAATCAGATT
19220370 T
1 T
19220371 AATTTTTTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 17 0.77
24 5 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
TTTTGAAATTTAAAAAATCAGATT
Found at i:19220779 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19220753--19220806 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
19220743 AAAAATATGC
*
19220753 TAAAAAATTTGAAATTT-ATATT-T
1 TAAAAAAATT-AAATTTGAT-TTCT
19220776 TAAAAATAATTAAATTTGATTTCT
1 TAAAAA-AATTAAATTTGATTTCT
19220800 TAAAAAA
1 TAAAAAA
19220807 GTCAAAAAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 6
0.79 0.03 0.18
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.56
24 12 0.44
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
TAAAAAAATTAAATTTGATTTCT
Found at i:19226292 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19226261--19226292 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19226251 TTTTTTTTTT
19226261 AATTTTCATATATTTAA
1 AATTTTCATATATTTAA
19226278 AATTTTCAT-TATTTA
1 AATTTTCATATATTTA
19226293 TATTTTAAGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
AATTTTCATATATTTAA
Found at i:19228001 original size:9 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19227986--19228031 Score: 56
Period size: 8 Copynumber: 5.5 Consensus size: 8
19227976 TAATTCTATT
19227986 AATAAAAA
1 AATAAAAA
*
19227994 GATAAAAA
1 AATAAAAA
19228002 AATAATAAA
1 AATAA-AAA
19228011 AATAAAAAA
1 AAT-AAAAA
*
19228020 AAGAAAAA
1 AATAAAAA
19228028 AATA
1 AATA
19228032 GGTGTTAAGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 4
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
8 19 0.59
9 11 0.34
10 2 0.06
ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.04, T:0.13
Consensus pattern (8 bp):
AATAAAAA
Found at i:19228021 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19227985--19228021 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
19227975 ATAATTCTAT
*
19227985 TAATAAAAAGATAAAAAAA
1 TAATAAAAAGAAAAAAAAA
*
19228004 TAATAAAAATAAAAAAAA
1 TAATAAAAAGAAAAAAAA
19228022 GAAAAAAATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 16 1.00
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.03, T:0.16
Consensus pattern (19 bp):
TAATAAAAAGAAAAAAAAA
Found at i:19228028 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19227986--19228031 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
19227976 TAATTCTATT
*
19227986 AATAAAAAGAT-AAAAA
1 AATAAAAAAATAAAAAA
19228002 AATAATAAAAATAAAAAA
1 AATAA-AAAAATAAAAAA
*
19228020 AAGAAAAAAATA
1 AATAAAAAAATA
19228032 GGTGTTAAGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 12 0.46
18 9 0.35
ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.04, T:0.13
Consensus pattern (17 bp):
AATAAAAAAATAAAAAA
Found at i:19228959 original size:6 final size:7
Alignment explanation
Indices: 19228942--19228966 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
19228932 ATTAAATTTG
19228942 AAAAAAT
1 AAAAAAT
19228949 AAAAAAT
1 AAAAAAT
19228956 AAAAAAT
1 AAAAAAT
19228963 AAAA
1 AAAA
19228967 TATTTTTTGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.88, C:0.00, G:0.00, T:0.12
Consensus pattern (7 bp):
AAAAAAT
Found at i:19233725 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 19233712--19233749 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 4.2 Consensus size: 9
19233702 ATTATTATTA
19233712 TTTATTTTT
1 TTTATTTTT
19233721 CTTTATTTTT
1 -TTTATTTTT
*
19233731 TAT-TTTTT
1 TTTATTTTT
19233739 TTTATTTTT
1 TTTATTTTT
19233748 TT
1 TT
19233750 CTGATAACGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.28
9 9 0.36
10 9 0.36
ACGTcount: A:0.11, C:0.03, G:0.00, T:0.87
Consensus pattern (9 bp):
TTTATTTTT
Found at i:19233732 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19233706--19233748 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
19233696 ATTATTATTA
*
19233706 TTATTATTTATTTTTCT
1 TTATTTTTTATTTTTCT
*
19233723 TTATTTTTTATTTTTTT
1 TTATTTTTTATTTTTCT
19233740 TTATTTTTT
1 TTATTTTTT
19233749 TCTGATAACG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 24 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.02, G:0.00, T:0.84
Consensus pattern (17 bp):
TTATTTTTTATTTTTCT
Found at i:19235992 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19235956--19235999 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
19235946 CTTTTTACTT
19235956 AAAAAAAACCAAACAAAT-A
1 AAAAAAAACCAAACAAATGA
19235975 AAAAACAAACCAAA-AAATGA
1 AAAAA-AAACCAAACAAATGA
19235995 AAAAA
1 AAAAA
19236000 TTTTCATACG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.39
20 14 0.61
ACGTcount: A:0.80, C:0.14, G:0.02, T:0.05
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAAACCAAACAAATGA
Found at i:19241338 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19241256--19241348 Score: 134
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
19241246 CTATTTGATA
* *
19241256 GTGATATCCGAGTACTAAAGTATAGAATTATATTTTCTTGGTG
1 GTGATATCCGAGTACTAAAATATAGAATTATAGTTTCTTGGTG
* * *
19241299 GTGATATTCGAGTATTAAAATAT-GAATTTTAGTTTCTTGGTG
1 GTGATATCCGAGTACTAAAATATAGAATTATAGTTTCTTGGTG
19241341 GTGATATC
1 GTGATATC
19241349 TAGGACATTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 1
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 24 0.55
43 20 0.45
ACGTcount: A:0.29, C:0.08, G:0.22, T:0.42
Consensus pattern (43 bp):
GTGATATCCGAGTACTAAAATATAGAATTATAGTTTCTTGGTG
Found at i:19241491 original size:56 final size:57
Alignment explanation
Indices: 19241418--19241535 Score: 177
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 57
19241408 TTTTCTCTAC
* *
19241418 ATTTGTATTTTCTTGATGGTGATATTCGAGGTT-CTTCAGTGGCGATATCC-AAAGTT
1 ATTTGTATTTTCCTGATGATGATATTCGAGGTTCCTTCAGTGGCGATATCCGAAA-TT
* *
19241474 ATTTGTATTTTCCTGATGATGATATTCGAGTTTCCTTCGGTGGCGATATCCGAAATT
1 ATTTGTATTTTCCTGATGATGATATTCGAGGTTCCTTCAGTGGCGATATCCGAAATT
19241531 ATTTG
1 ATTTG
19241536 CATATTTTTG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 3
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
56 30 0.54
57 23 0.41
58 3 0.05
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.22, T:0.43
Consensus pattern (57 bp):
ATTTGTATTTTCCTGATGATGATATTCGAGGTTCCTTCAGTGGCGATATCCGAAATT
Found at i:19241821 original size:203 final size:197
Alignment explanation
Indices: 19241558--19241928 Score: 442
Period size: 203 Copynumber: 1.9 Consensus size: 197
19241548 AGTAATATTT
* * * * **
19241558 GAGTGTTAAAGCTTGAATTACATTTTTTCGATGGTGATATTCGAGTTTCTTTTGGTGGCGATATC
1 GAGTGTTAAAGATTGAATTACAGTTTCTCGATGGTGATATTCAAGTTTCTTTCAGTGGCGATATC
* * ** * * * *
19241623 TGAAA-TCATTTGTATATTCTT-GGTGGTGATATTTGAGTGTTAAAGCTTGATTTACATTTTTTT
66 -CAAAGTCATTTGTAT-CTCTTCGGTGGTGATATCCGAGTGTTAAAGCTTAAATTACATTTTCTC
* *
19241686 GATGGTGATATTTGAGATCATTTTTCCTTTGATGGTGATATCCGAAGTTACTTGCATTTCTCGAT
129 AATGGTGATATTCGAG-----TTTT-CTTTGATGGTGATATCCGAAGTTACTTGCATTTCTCGAT
19241751 GTTGATATCC
188 GTTGATATCC
* * *
19241761 GAGTTTTAAAGATTGAATTGCAGTTTCTCGATGGTGATATTTAAGTTT-TCTTCAGTGGCGATAT
1 GAGTGTTAAAGATTGAATTACAGTTTCTCGATGGTGATATTCAAGTTTCT-TTCAGTGGCGATAT
* * *
19241825 CCAAAGTCATTTGTATCTCTTCGGTGGTGGTATCCGAGTGTTAAAGTTTAAATTATATTTTCTCA
65 CCAAAGTCATTTGTATCTCTTCGGTGGTGATATCCGAGTGTTAAAGCTTAAATTACATTTTCTCA
19241890 ATGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGTGATATCCGAA
130 ATGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGTGATATCCGAA
19241929 ATCATTTACA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 22, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
197 20 0.14
198 4 0.03
202 8 0.06
203 111 0.78
ACGTcount: A:0.23, C:0.11, G:0.22, T:0.44
Consensus pattern (197 bp):
GAGTGTTAAAGATTGAATTACAGTTTCTCGATGGTGATATTCAAGTTTCTTTCAGTGGCGATATC
CAAAGTCATTTGTATCTCTTCGGTGGTGATATCCGAGTGTTAAAGCTTAAATTACATTTTCTCAA
TGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGTGATATCCGAAGTTACTTGCATTTCTCGATGTTGATAT
CC
Found at i:19241987 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 19241480--19241963 Score: 424
Period size: 99 Copynumber: 4.8 Consensus size: 99
19241470 AGTTATTTGT
* * * * *
19241480 ATTTTC-CTGATGATGATATTCGAGTTTCCTTCGGTGGCGATATCCGAAATTATTTGCATATTT-
1 ATTTTCTC-GATGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGCGATATCCGAAATCATTTGCAT-TTTC
* * *
19241543 TTGGTAGTAATATTTGAGTGTTAAAGCTTGAATTAC
64 TTGGTGGTGATATCTGAGTGTTAAAGCTTGAATTAC
* * * * *
19241579 ATTTTTTCGATGGTGATATTCGAG-TTTCTTTTGGTGGCGATATCTGAAATCATTTGTATATTCT
1 ATTTTCTCGATGGTGATATTCGAGTTTTC-TTTGATGGCGATATCCGAAATCATTTGCATTTTCT
* *
19241643 TGGTGGTGATATTTGAGTGTTAAAGCTTGATTTAC
65 TGGTGGTGATATCTGAGTGTTAAAGCTTGAATTAC
* * * * * * *
19241678 ATTTTTTTGATGGTGATATTTGAGATCATTTTTCCTTTGATGGTGATATCCGAAGTTACTTGCA-
1 ATTTTCTCGATGGTGATATTCGAG-----TTTT-CTTTGATGGCGATATCCGAAATCATTTGCAT
* * * * * * *
19241742 TTTCTCGATGTTGATATCCGAGTTTTAAAGATTGAATTGC
60 TTTCTTGGTGGTGATATCTGAGTGTTAAAGCTTGAATTAC
* ** * * *
19241782 AGTTTCTCGATGGTGATATTTAAGTTTTC-TTCAGTGGCGATATCC-AAAGTCATTTGTA-TCTC
1 ATTTTCTCGATGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGA-TGGCGATATCCGAAA-TCATTTGCATTTTC
* * * * *
19241844 TTCGGTGGTGGTATCCGAGTGTTAAAGTTTAAATTAT
64 TT-GGTGGTGATATCTGAGTGTTAAAGCTTGAATTAC
* * *
19241881 ATTTTCTCAATGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGTGATATCCGAAATCATTTACATTTTCTT
1 ATTTTCTCGATGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGCGATATCCGAAATCATTTGCATTTTCTT
19241946 GGTGGTGATATCTGAGTG
66 GGTGGTGATATCTGAGTG
19241964 CTAACGTTTA
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 61, Indels: 32
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
97 5 0.02
98 26 0.08
99 189 0.61
100 12 0.04
104 50 0.16
105 25 0.08
106 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.12, G:0.21, T:0.44
Consensus pattern (99 bp):
ATTTTCTCGATGGTGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGCGATATCCGAAATCATTTGCATTTTCTT
GGTGGTGATATCTGAGTGTTAAAGCTTGAATTAC
Found at i:19242041 original size:99 final size:100
Alignment explanation
Indices: 19241795--19242044 Score: 242
Period size: 99 Copynumber: 2.5 Consensus size: 100
19241785 TTCTCGATGG
* ** * *
19241795 TGATATTTAAGTTTTCTTC-AGTGGCGATATCCAAAGTCATTTGTA-TCTCTTCGGTGGTGGTAT
1 TGATATTCAAGTTTTCTTCGA-TGGTAATATCCAAAGTCATTTGTATTTTCTTCGGTGGTGATAT
* * * * * *
19241858 CCGAGTGTTAAAGTTTAAATTATATTTTCTCAATGG
65 CCGAGTGCTAAAGTTTAAAATACAATTTCTCAAAGC
* * * **
19241894 TGATATTCGAGTTTTCTTTGATGGTGATATCCGAAA-TCATTTACATTTTCTT-GGTGGTGATAT
1 TGATATTCAAGTTTTCTTCGATGGTAATATCC-AAAGTCATTTGTATTTTCTTCGGTGGTGATAT
* *
19241957 CTGAGTGCTAACGTTTAAAATACAATTTCTCGAAAGC
65 CCGAGTGCTAAAGTTTAAAATACAATTTCTC-AAAGC
* *
19241994 T-ATATTCAAGTGTTT-TTCGGTGGTAATATCCAAAGTCATTCGTATTTTCTT
1 TGATATTCAAGT-TTTCTTCGATGGTAATATCCAAAGTCATTTGTATTTTCTT
19242045 AATGGCGATA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 23, Indels: 12
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
98 3 0.02
99 103 0.84
100 16 0.13
ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (100 bp):
TGATATTCAAGTTTTCTTCGATGGTAATATCCAAAGTCATTTGTATTTTCTTCGGTGGTGATATC
CGAGTGCTAAAGTTTAAAATACAATTTCTCAAAGC
Found at i:19243222 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 19243179--19243235 Score: 82
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
19243169 TCTGGTTCAG
*
19243179 GTATTTTTTTATTTTTTAAATTTT-TTAT
1 GTATTTTTTTATTTTTAAAATTTTATTAT
19243207 GTATTATTTTTA-TTTTAAAATTTTATTAT
1 GTATT-TTTTTATTTTTAAAATTTTATTAT
19243236 TGGTAATTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.62
29 10 0.38
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.04, T:0.70
Consensus pattern (29 bp):
GTATTTTTTTATTTTTAAAATTTTATTAT
Found at i:19243363 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19243342--19243394 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16
19243332 AATAATTTTT
19243342 TTAAATAAAATAAAAAA
1 TTAAA-AAAATAAAAAA
*
19243359 CTTAAAAATAATAACAAA
1 -TTAAAAA-AATAAAAAA
19243377 TGTAAAAAAAATAAAAAA
1 T-T-AAAAAAATAAAAAA
19243395 GAAAATTTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.10
18 22 0.73
19 5 0.17
ACGTcount: A:0.74, C:0.04, G:0.02, T:0.21
Consensus pattern (16 bp):
TTAAAAAAATAAAAAA
Found at i:19251505 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19251452--19251506 Score: 65
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
19251442 AATTGACGTT
** *
19251452 TGCATAGCATCCATTGCATGTTTAG
1 TGCATAGCATCCATTGCATGTCCAA
* *
19251477 TGCATAGTATGCATTGCATGTCCAA
1 TGCATAGCATCCATTGCATGTCCAA
19251502 TGCAT
1 TGCAT
19251507 GAAGTAGGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
TGCATAGCATCCATTGCATGTCCAA
Found at i:19251794 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 19251755--19251856 Score: 109
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42
19251745 TATTTTTTCG
* * *
19251755 AGTCATTGAGCCTTTGTTTAGATGAGCATTTATTGTTTTTAA
1 AGTCATTGAGCCTTTGATTAAATGAACATTTATTGTTTTTAA
* * *
19251797 AGTCGTTGAGCCTTTGATTAAATGAACCTTTA-T-TTTTCAA
1 AGTCATTGAGCCTTTGATTAAATGAACATTTATTGTTTTTAA
** *
19251837 AGTTGTTGAGTCTTTGATTA
1 AGTCATTGAGCCTTTGATTA
19251857 GAGGAGCTTT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 24 0.46
41 1 0.02
42 27 0.52
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.19, T:0.46
Consensus pattern (42 bp):
AGTCATTGAGCCTTTGATTAAATGAACATTTATTGTTTTTAA
Found at i:19251985 original size:44 final size:42
Alignment explanation
Indices: 19251825--19252032 Score: 181
Period size: 43 Copynumber: 4.9 Consensus size: 42
19251815 TAAATGAACC
* * * *
19251825 TTTATTTTTCAAAGTTGTTGAGTCTTTGATTAGAGGAGCTTTA
1 TTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCT-ATTAGAGGAGCCTTA
** ** * *
19251868 TTTATTTTTTGAAGTTATCGAACCTCTGATTAGAGGAG-C-T-
1 TTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCT-ATTAGAGGAGCCTTA
*
19251908 TTTATTTTTCAAAGT-GATTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCCTTA
1 TTTATTTTTCAAAGTCG-TTGAGCCTCT-ATTAGAGGAGCCTTA
* * *
19251951 TTTATTTTTCAAAAGTCGTTGAGTCTCTATTTAGAGGAGCTTTG
1 TTTATTTTTC-AAAGTCGTTGAGCCTCTA-TTAGAGGAGCCTTA
* *
19251995 TTTATTTTTCAAAGTCGTGGAGCCTCTGTTTAGAGGAG
1 TTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCT-ATTAGAGGAG
19252033 TTTTGATGTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 16
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 31 0.23
41 2 0.01
42 1 0.01
43 65 0.48
44 36 0.26
45 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.12, G:0.22, T:0.43
Consensus pattern (42 bp):
TTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTATTAGAGGAGCCTTA
Found at i:19252229 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 19252204--19252228 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 2.8 Consensus size: 9
19252194 ATAAGAAGAT
19252204 AAAAAAATA
1 AAAAAAATA
19252213 AAAAAAATA
1 AAAAAAATA
19252222 AAAAAAA
1 AAAAAAA
19252229 AGTGTTGAGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 16 1.00
ACGTcount: A:0.92, C:0.00, G:0.00, T:0.08
Consensus pattern (9 bp):
AAAAAAATA
Found at i:19253019 original size:7 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19253002--19253026 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 3.1 Consensus size: 8
19252992 AGTCGAGCCA
19253002 TTTTTATT
1 TTTTTATT
19253010 TTTTTATT
1 TTTTTATT
19253018 TTTTTATT
1 TTTTTATT
19253026 T
1 T
19253027 AGTATTTTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 17 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.00, G:0.00, T:0.88
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTATT
Found at i:19256708 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19256664--19256708 Score: 56
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
19256654 CTGCGCTACC
* *
19256664 TTTTTTTTCTCAATTCCTTTTCA
1 TTTTTTTTCTCAATACCCTTTCA
19256687 TTTTATTTTCTCAA-ACCCTTTC
1 TTTT-TTTTCTCAATACCCTTTC
19256709 CCCTTCCCAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.53
24 9 0.47
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (23 bp):
TTTTTTTTCTCAATACCCTTTCA
Found at i:19260419 original size:943 final size:944
Alignment explanation
Indices: 19258537--19260424 Score: 2640
Period size: 963 Copynumber: 2.0 Consensus size: 944
19258527 AAACTAGTGG
* * * *
19258537 CACAATTCGGATATGATATTGGTGTATACATTAAGATTGCATTTAATATCTTTTGTAAGATTATT
1 CACAATTAGGATATGATATTGGTGTATACATGAAGATAGCATTTAATATCTTTTGTAAGATTATC
* ** * *
19258602 ATAGTAATATAATCATCAAAGTAATCTTATTATTAGGTTAATTTTATTTGTGATTTGAAATTATT
66 ATAGTAATATAATCATCAAAATAATCTTATTACCAAGTTAATTTTATTCGTGATTTGAAATTATT
*
19258667 TTATTTAATTAACAATTATTAATTCTTAAAAACTAGAGATCATTATTTTTGGTATTATAAAAATT
131 TTATTTAATTAACAATTATTAATTCTTAAAAACTAAAGATCATTATTTTTGGTATTATAAAAATT
* * *
19258732 AAACATTATGTTGTTAAAAATATAAAAAATTAATCATGCATATTATAATAGTTGCACAAGTTAGT
196 AAACATTATGTTGTTAAAAATACAAAAAATTAACCATGCATATTATAATAGTTGCACAAGTTAAT
* *
19258797 AATTTTGATGTTGTTTCAAAATAATAATTAGTAAAATATTAGTAATATTTTATTTATTTTATAAT
261 AATTTTAATGTTGTTTAAAAATAATAATTAGTAAAATATTAGTAATATTTTATTTATTTTATAAT
*
19258862 AAAATATAATTAAATTATTAAATTAACAAATATATTTATTGATAGGTAAATTAATTTTTATAATA
326 AAAATATAATAAAATTATTAAATTAACAAATATATTTATTGATAGGTAAATTAATTTTTATAATA
* *
19258927 TAAATTATGTAAAATTATTTGAATTAAAAATAAAATTAATCTATTAAATTCATAATAAAAGGAAA
391 TAAATTATGTAAAAATATTTGAATTAAAAATAAAATTAATCTATTAAATTCATAATAAAAAGAAA
*
19258992 ACAAAAAAAATTATATTATATGTAAAATATTAAAAAAAAGAAAACACAAAAATTATTTTTGAATT
456 ACAAAAAAAATTATATTATATATAAAATATT---AAAAAGAAAACACAAAAATTATTTTTGAATT
* * * *
19259057 TATTATAATGAATATTAGTTTGAAAATATAAATTTTTTAATATAAAATAATTACAACAGAGGATG
518 TATTACAATGAATATTAGTTTGAAAATATAAAATTTTTAATATAAAATAATTACAACAGAAGAAG
*
19259122 CAAGTTTTTGATTCACATATGAAAAGGGAAATATTGACTATTGTTAATTTTACATATTGCTTTAC
583 CAAGTTTTTGATTCACATATGAAAAGGGAAATATTGACTATTGTTAATTTTACATATTACTTTAC
* * * *
19259187 CTCATTTTTCTATCATTTTGTGTGAGAATTAGATCACCCTAAAAAACTACAAGTTTGATTGCTCT
648 CTCATCTTTCTATCATTTTGTGTGAGAATTAGATCACCCTAAAAAACTAAAAATTTGATTACTCT
*
19259252 GGTTGATCCAAAATCATCAACATGTAAAATCATATAGTATATACAGAATACAGTGATCTAATCAC
713 GGTTGATCCAAAATCATCAACACGTAAAATC----AG---ATACAG-ATACAGTGATC--A-CA-
* * * * *
19259317 CATTATTTTTAAAGTGATCACCCTATACCAAATATTACCTAATGGATTATTTTTGTGATACATAT
766 CA-TA---TGAAAGTAATCACCCTATACCAAATATTACCTAATGAATTAGTTATGTGATACATAT
* *
19259382 TATATTAAGAATTATCATAATTAATTAAGGTATTCTTTATTTACAAGGTTATATACATATGTAAT
827 TATATTAAGAATTATCAAAATTAATTAAGGTATTCTTTATTTACAAGGTTATATACATATATAAT
* *
19259447 ATTACTTATTAGATAAAGTTAATGAAATAAATATGGTAGGATATGACCGGTGA
892 ATTACTTATTAAATAAAGTCAATGAAATAAATATGGTAGGATATGACCGGTGA
* * * *
19259500 CACAATTAGGATATGATGTTGGTGTATATATGAAGATAGCATTTTATATTTTTTGTAAGATTATC
1 CACAATTAGGATATGATATTGGTGTATACATGAAGATAGCATTTAATATCTTTTGTAAGATTATC
* * * *
19259565 ATGGTAATGTAATTATCAAAATGATCTTATTACCAAGTTAATTTTATTCGTGATTTGAAATTATT
66 ATAGTAATATAATCATCAAAATAATCTTATTACCAAGTTAATTTTATTCGTGATTTGAAATTATT
* * * * *
19259630 TTATTTAGTTAATAATTATTAATTTTTAGAAACTAAAGATCATTATTTTTGGTGTTATTAAAAAT
131 TTATTTAATTAACAATTATTAATTCTTAAAAACTAAAGATCATTATTTTTGGTATTA-TAAAAAT
* *
19259695 TAAACATTATTTTGTTAAAAAATACAAAAACATTAACCATGCATATTGTAATAGTTGCACAAGTT
195 TAAACATTATGTTGTT-AAAAATACAAAAA-ATTAACCATGCATATTATAATAGTTGCACAAGTT
*
19259760 AATAATTTTAATGTTGTTTAAAAATAATAATTTGTAAAATATTAGTAATATTTTATTTATTTTAT
258 AATAATTTTAATGTTGTTTAAAAATAATAATTAGTAAAATATTAGTAATATTTTATTTATTTTAT
*
19259825 AAT-AAATATAATAAAATTATTAAATTAACAAATATATTTATTGATGGGTAAATTAATTTTTATA
323 AATAAAATATAATAAAATTATTAAATTAACAAATATATTTATTGATAGGTAAATTAATTTTTATA
19259889 ATATAAATTATGTAAAAATATTTGAATTAAAAATAAAATTAATCTATTAAATTCATAATAAAAAG
388 ATATAAATTATGTAAAAATATTTGAATTAAAAATAAAATTAATCTATTAAATTCATAATAAAAAG
* *
19259954 AAAA-ATAAAAAATTATATTATATATAAAATATT-AAAAGAAAACACAACAATTATTTTTGAATT
453 AAAACAAAAAAAATTATATTATATATAAAATATTAAAAAGAAAACACAAAAATTATTTTTGAATT
*
19260017 TGTTACAATGAATATTAGTTTGAAAATATAAAATTTTTAATATAAAATAATTACAACAGAAGAAG
518 TATTACAATGAATATTAGTTTGAAAATATAAAATTTTTAATATAAAATAATTACAACAGAAGAAG
* * * * * **
19260082 TAAGTTTTTTATTTACATATTAATTA-GGTTATATTGACTATTGTTAATTTTACATATTACTTTA
583 CAAGTTTTTGATTCACATATGAA-AAGGGAAATATTGACTATTGTTAATTTTACATATTACTTTA
* * * * **
19260146 CTTTGGTGATAAAACTTTCTTATCATTTTGTGTGAGAATTAGATGACCCTTAAAGGCTAAAAATA
647 C----CTCAT----CTTTC-TATCATTTTGTGTGAGAATTAGATCACCCTAAAAAACTAAAAAT-
* * *
19260211 TT-ATTACTCTGGTTGATCTAAGATCA-CTATCACGTAAAATC-G-TACAG-TACA-T-A-C-CA
702 TTGATTACTCTGGTTGATCCAAAATCATC-AACACGTAAAATCAGATACAGATACAGTGATCACA
* *
19260267 -A-A-GACAGTAATCACTCC-ATACCAAATATTACCTAATGAATTGGTTATGTGATACATATTAT
766 CATATGAAAGTAATCAC-CCTATACCAAATATTACCTAATGAATTAGTTATGTGATACATATTAT
* *
19260328 ATTAGGAATTATCAAAATTAATTAAGGTATTCTTTATTTACAAGGTTGTATACATATATAATATT
830 ATTAAGAATTATCAAAATTAATTAAGGTATTCTTTATTTACAAGGTTATATACATATATAATATT
19260393 ACTTATTAAATAAAGTCAATGAAATAAATATG
895 ACTTATTAAATAAAGTCAATGAAATAAATATG
19260425 ATTTGTAAAG
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 78, Indels: 52
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
943 140 0.17
944 2 0.00
947 1 0.00
949 1 0.00
951 2 0.00
955 1 0.00
956 1 0.00
957 1 0.00
958 4 0.00
960 149 0.18
961 1 0.00
963 164 0.20
964 53 0.06
965 138 0.17
966 96 0.12
968 5 0.01
969 70 0.08
970 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (944 bp):
CACAATTAGGATATGATATTGGTGTATACATGAAGATAGCATTTAATATCTTTTGTAAGATTATC
ATAGTAATATAATCATCAAAATAATCTTATTACCAAGTTAATTTTATTCGTGATTTGAAATTATT
TTATTTAATTAACAATTATTAATTCTTAAAAACTAAAGATCATTATTTTTGGTATTATAAAAATT
AAACATTATGTTGTTAAAAATACAAAAAATTAACCATGCATATTATAATAGTTGCACAAGTTAAT
AATTTTAATGTTGTTTAAAAATAATAATTAGTAAAATATTAGTAATATTTTATTTATTTTATAAT
AAAATATAATAAAATTATTAAATTAACAAATATATTTATTGATAGGTAAATTAATTTTTATAATA
TAAATTATGTAAAAATATTTGAATTAAAAATAAAATTAATCTATTAAATTCATAATAAAAAGAAA
ACAAAAAAAATTATATTATATATAAAATATTAAAAAGAAAACACAAAAATTATTTTTGAATTTAT
TACAATGAATATTAGTTTGAAAATATAAAATTTTTAATATAAAATAATTACAACAGAAGAAGCAA
GTTTTTGATTCACATATGAAAAGGGAAATATTGACTATTGTTAATTTTACATATTACTTTACCTC
ATCTTTCTATCATTTTGTGTGAGAATTAGATCACCCTAAAAAACTAAAAATTTGATTACTCTGGT
TGATCCAAAATCATCAACACGTAAAATCAGATACAGATACAGTGATCACACATATGAAAGTAATC
ACCCTATACCAAATATTACCTAATGAATTAGTTATGTGATACATATTATATTAAGAATTATCAAA
ATTAATTAAGGTATTCTTTATTTACAAGGTTATATACATATATAATATTACTTATTAAATAAAGT
CAATGAAATAAATATGGTAGGATATGACCGGTGA
Found at i:19262721 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19262680--19262726 Score: 60
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
19262670 TCCGAGAAAT
*
19262680 ATTTTAGAGCTGTTTAAGAAAAAA
1 ATTTTAGAGCTGTTCAAGAAAAAA
* *
19262704 ATTTT-GAGGTGTTCAAGACAAAA
1 ATTTTAGAGCTGTTCAAGAAAAAA
19262727 TTTCCTTTCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.75
24 5 0.25
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
ATTTTAGAGCTGTTCAAGAAAAAA
Found at i:19265098 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 19265081--19265139 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 3.9 Consensus size: 14
19265071 TGGACGGAAT
*
19265081 AAATAATTGAATTA
1 AAATAATTAAATTA
*
19265095 AAATTATTAAATTA
1 AAATAATTAAATTA
19265109 AAATAAATTATCAATTA
1 AAAT-AATTA--AATTA
*
19265126 AAATGATATAAATT
1 AAATAAT-TAAATT
19265140 TTAATTGAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 7
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 16 0.43
15 8 0.22
16 2 0.05
17 11 0.30
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.03, T:0.37
Consensus pattern (14 bp):
AAATAATTAAATTA
Found at i:19265118 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19265095--19265129 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
19265085 AATTGAATTA
19265095 AAATTATTAAATTAAAAT
1 AAATTA-TAAATTAAAAT
*
19265113 AAATTATCAATTAAAAT
1 AAATTATAAATTAAAAT
19265130 GATATAAATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.62
18 6 0.38
ACGTcount: A:0.60, C:0.03, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
AAATTATAAATTAAAAT
Found at i:19267008 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19266618--19267070 Score: 457
Period size: 182 Copynumber: 2.5 Consensus size: 179
19266608 TGGTTAATAG
*
19266618 ATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * *
19266680 GAATAAATTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTGCGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
65 AAATAAACATATATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTAAAA
* ** *
19266745 TAAATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTGGAATTTGGGTGGCAAACAA
130 TAAATAATTATTCAGATAGCCTTAACTATTGGAACATGGGTAGCAAACAA
* * * * *
19266795 ATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
19266859 CTAAATAAGCATGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAAAAATTTG
64 C-AAATAAACATATATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAAAAC-AAAAAGTCATAAAAATTTA
* * * * * * *
19266924 AAATATATGATTATTCAGATAGTCTTAACTATTTGAACAT-GTTAAGTAAACAT
127 AAATAAATAATTATTCAGATAGCCTTAACTATTGGAACATGGGT-AGCAAACAA
*
19266977 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTC
1 ATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * *
19267042 GAATAGGCTTATATGATAAAAAAATAATT
65 AAATAAACATATATGA-ACAAAAATAATT
19267071 TTATTTTTGA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 44, Indels: 17
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 15 0.07
180 5 0.02
181 94 0.43
182 106 0.48
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAACATATATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTAAAAT
AAATAATTATTCAGATAGCCTTAACTATTGGAACATGGGTAGCAAACAA
Found at i:19267767 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 19267405--19268303 Score: 788
Period size: 356 Copynumber: 2.5 Consensus size: 357
19267395 AATAGTCTTA
* * * *
19267405 ACTATTTTG-ACTGGTTCAGGAATCATATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CTTATCAATATTTAGA
1 ACTA-TTTGAACTGGTTCAGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CGAGCTCATCAAT-TTTAGA
* ** *
19267468 ATATTATTAGTTTAACAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATG
63 ATATTAATAAATTAACAATATTTTACTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* ** * * * * *
19267532 ACAAAACAAAGA-TTGTAGCAATTTGAGATAGATAATTATTTAATTAATCATAATTATTTAAAAT
127 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAAAT
**
19267596 GGTTCGATAAATAA-ATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTT-G-TGAAATATTAATAAATTA
192 GACTCGATAAA-AAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTTAGTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
19267657 ATATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAATAAAAACAATTA-TTTCATGAGAAAACAAAATG
255 ATATTATTTTATTCTGAATAAACTAGTATAAATAAAAACAATTAGTTT-ATGA-AAAACAAAAGG
* ** *
19267721 TTATAATGATTGGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATG
318 TAATAACAATTGGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
* * * * *
19267761 ACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCGAGCTCATTAATTTTATAATA
1 ACTATTTGAACTGGTTCAGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCGAGCTCATCAATTTTAGAATA
** * ** *
19267826 TTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAA
66 TTAATAAATTAACAATATTTTACTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * *
19267891 AGCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACT
131 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAAATGACT
* * * * *
19267956 CGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTTAGTTTTGAAATTTTAATAAATTAATAT
196 CGATAAAAAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTTAG--TTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * *
19268021 TATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATAAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAACAAAAGGTAATAA
259 TATTTTATTCTGAATAAACTAGTATAAATAAAAACAATTAGTTTATGAAAAACAAAAGGTAATAA
* * * * *
19268086 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
324 CAATTGGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
* * * * * * ** * * *
19268120 ACTACTTCAA-TGTTTTAAGAAAACTGAA-TT-TTTTTTAAAT-TTTA-CTTATTAATTTTTGAA
1 ACTATTTGAACTG-GTTCAGGAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCGAGCTCATCAATTTTAGAA
* * * * * * * *
19268180 GTATTAA-AAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTT-TGATGCATAGAACCAATTGTTTTAT
64 -TATTAATAAATTAACAATATTTTACTCG-AATAAACTTGT-ATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * *
19268243 GACAAAACAAAATA-TTATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTT
126 GACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTT
19268304 TAATTAAATT
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 84, Indels: 33
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 18 0.04
355 58 0.13
356 141 0.32
357 90 0.20
358 12 0.03
359 58 0.13
360 62 0.14
361 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ACTATTTGAACTGGTTCAGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCGAGCTCATCAATTTTAGAATA
TTAATAAATTAACAATATTTTACTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAAATGACT
CGATAAAAAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTTAGTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTCTGAATAAACTAGTATAAATAAAAACAATTAGTTTATGAAAAACAAAAGGTAATAACA
ATTGGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
Found at i:19268105 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 19267099--19268551 Score: 883
Period size: 179 Copynumber: 8.1 Consensus size: 177
19267089 ATTTCTCAAT
* * * * *
19267099 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAAGAACTA-AAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * * ** *
19267163 -GTTTTATTATAAA-ATAGAATGTCATAATGATTTGAAACT-GATAATTGTTTAAATAGTTATAA
64 AG-TTTATGACAAACA-A-AATGTTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
* * * ** * * * * *
19267225 TTGTTTGAATTTATTTAGG-AAATGGATTTATTTTTTTAGTTTCTTACTTACTGATT
125 CTATTTGAA-TTA-TTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTTA-A
* * * * * * ** *
19267281 TTTTG-AATGTAAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTAAAAACT-GAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT
* * * * * * * * * *
19267344 ATTTTATAACTAAATAAAATATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTA
64 AGTTTATGAC-AAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* ** ** * ** *
19267409 TTTTGACTGGTTCAGG-AATCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA-TCAA
128 -TTTGAATTATTC-GGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTTAA
* ** * * *
19267460 TATTT-AGAATATTATTAGTTTAACAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAAT
1 T-TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * * *
19267523 TATTTTATGACAAA-ACAAA-GATTGTAGCAATTTGAGATAGATAATTATTTAATTAATCATAAT
63 TAGTTTATGACAAACA-AAATG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* ** * * *
19267586 TATTTAAAATGGTTCGATAAATAA-ATTTACTTTTTAAA--TCT-CTTA-TTAA
126 TATTT-GAATTATTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTTAA
** *
19267635 TTTGTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAATAAAAACAATT
1 TTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* ** * * * * *
19267700 A-TTTCATGAGAAAACAAAATGTTATAATGATTGGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACT
64 AGTTT-ATGA-CAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
* * * ** *
19267764 ATTTGAATTTGTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCGAGCTCA-TTAA
127 ATTTGAA-TTATTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATTTTTA-CTTATTTAA
* * * *
19267816 TTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTA
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * * *
19267880 TTTTATGACAAAGCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
65 GTTTATGACAAA-CAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* *
19267945 TTGAACTTACTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTTAG
129 TTGAA-TTATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTTAA
* * *
19267996 TTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATAAATAGAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * * *
19268061 GTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACT
65 GTTTATGACAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
* * ** * *
19268126 TCAATGTTTTAAG-AAAACTGAATT-TTTTTTAAA-TTTTACTTA-TTAA
130 TGAAT-TATTCGGTAAAA-AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTTAA
* * * *
19268172 TTTTTGAAGTATTAA-AAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTT-TGATGCATAGAACCAAT
1 -TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAAT
* * * *
19268235 T-GTTTTATGACAAAACAAAATATTATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAAC
63 TAG-TTTATGAC-AAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* * * * *
19268299 TATTTTAATTAAATT-GGT-AAACG-TATATTTTTTAATTTTCTTACTCA-TTAA
126 TATTTGAATT--ATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTTAA
* * * * * *
19268350 CTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTAACTTCAAATATGCTTATATAAAGTA-AAACAAT
1 -TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * ** * * *
19268414 T-GTTTTATTACAAAAGGAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTCAT-
63 TAG-TTTATGAC-AAA-CAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-AGTCATA
* *
19268477 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TTAA
124 ACTATTTGAA-TTATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTTAA
**
19268532 TTATCAAAATATTAATAAAT
1 TT-TTGAAATATTAATAAAT
Statistics
Matches: 1007, Mismatches: 201, Indels: 126
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 57 0.06
176 79 0.08
177 142 0.14
178 36 0.04
179 232 0.23
180 202 0.20
181 203 0.20
182 51 0.05
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAG
TTTATGACAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
GAATTATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTTAA
Found at i:19268273 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19268252--19268306 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
19268242 TGACAAAACA
19268252 AAATATTATAATATTTT
1 AAATATTATAATATTTT
*
19268269 GAAATA-GATAAT-TGTTT
1 -AAATATTATAATAT-TTT
19268286 AAATAGTTATAACTATTTT
1 AAATA-TTATAA-TATTTT
19268305 AA
1 AA
19268307 TTAAATTGGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 9
0.73 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.20
17 8 0.27
18 9 0.30
19 6 0.20
20 1 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
AAATATTATAATATTTT
Found at i:19268288 original size:536 final size:535
Alignment explanation
Indices: 19267486--19268529 Score: 1200
Period size: 536 Copynumber: 1.9 Consensus size: 535
19267476 AGTTTAACAA
* * * ** *
19267486 TATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATTGTAGC
1 TATTTTACTCTGAATAAGCTAGTATAAATAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAGATAATAAC
* * * * * *
19267551 AATTTGAGATAGATAATTATTTAATTAATCATAATTATTTAAAATGGTTCGATAAATAAATTTAC
66 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTACTTAAAATGGTTAGATAAATAAATTTA-
19267616 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAATT
130 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAATT
* *
19267681 TGTATGAATAAAAACAATTATTTCATGAGAAAACAAAATGTTATAATGATTGGAAATAGATAATA
195 TGTATGAATAAAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAATATTATAATGATTGGAAATAGATAATA
* * ** *
19267746 GTTTAAATGGACATGACTATTTGAATT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-GAGC
260 GTTTAAATAGACATAACTATTTGAATTAAATT-AGTAAAC--ATATATTTTTTAAATCTCTGA-C
* ** * * *
19267809 TCATTAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TTTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAG
321 TCATTAACTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTAACTTCAAATAAACTTATATAAAGTA-
* * *
19267871 AAATAATTATTTTATGAC-AAAGCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT-A
385 AAACAATTATTTTATGACAAAAGCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
*
19267934 GTCATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTTAGTTT
450 GTCAT-ACTATTTGAACTTACTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTAGTTT
19267999 TGAAATTTTAATAAATTAATAT
514 TGAAATTTTAATAAATTAATAT
* *
19268021 TATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATAAATAGAAACAATTAGTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATA
1 TATTTTACTCTGAATAAGCTAGTATAAATA-AAACAATTAGTTTATGACAAAAC-AAAGATAATA
* * * * *
19268085 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTT-CAATGTTTTAAGA-AAACTGAA
64 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTACTTAAAATG-GTT-AGATAAA-TAAA
* * * *
19268148 TTT-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAGTATTAA-AAATTTATATTATTTTATTC-GAA
126 TTTATTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG-A
* * * * * * *
19268210 ATAAGCTTTG-ATGCATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATTATAAT-ATTTTGAAA
188 ATAA-ATTTGTATGAATAAAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAATATTATAATGA-TTGGAAA
* ** * * * * *
19268273 TAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTTAATTAAATTGGTAAACGTATATTTTTTAATTTT
251 TAGATAATAGTTTAAATAGACATAACTATTTGAATTAAATTAGTAAACATATATTTTTTAAATCT
* * **
19268338 CTTACTCATTAACTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTAACTTCAAATATGCTTATATAA
316 CTGACTCATTAACTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTAACTTCAAATAAACTTATATAA
* * * * ** *
19268403 AGTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGGAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAA
381 AGTAAAACAATTATTTTATGACAAAAGCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * *
19268468 ATAATTCATACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
446 ATAAGTCATACTATTTGAACTTACTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
19268530 AATTATCAAA
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 70, Indels: 32
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
534 22 0.05
535 74 0.18
536 198 0.47
537 123 0.29
538 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TATTTTACTCTGAATAAGCTAGTATAAATAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAGATAATAAC
AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTACTTAAAATGGTTAGATAAATAAATTTAT
TTTTAAATCTCTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAATTT
GTATGAATAAAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAATATTATAATGATTGGAAATAGATAATAG
TTTAAATAGACATAACTATTTGAATTAAATTAGTAAACATATATTTTTTAAATCTCTGACTCATT
AACTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTAACTTCAAATAAACTTATATAAAGTAAAACAA
TTATTTTATGACAAAAGCAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAAGTCATA
CTATTTGAACTTACTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTAGTTTTGAAATT
TTAATAAATTAATAT
Found at i:19268300 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 19267486--19268470 Score: 875
Period size: 357 Copynumber: 2.8 Consensus size: 356
19267476 AGTTTAACAA
* * * **
19267486 TATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TTGTA
1 TATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * * * * *** * * *
19267549 GCAATTTGAGATAGATAATTATTTAATTAATCATAATTATTTAAAATGGTTCGATAAATAAATTT
65 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTAAATCGGT-AA-AAGTAT
* * *
19267614 ACTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTTGTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
128 ATTTTTTAATTTTCTTACTCATTAACTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
** * * * * * *
19267674 ATAAATTTGTATGAATAAAAACAATTA-TTTCATGAGAAAACAAAATGTTATAATGATTGGAAAT
192 ATAAGCTAGTATAAAT-AAAACAATTAGTTT-ATGA-CAAACAAAATGTAATAATAATTTGAAAT
* * * * * * * *
19267738 AGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
254 AGATAATTGTTCAAATAGACATAACTACTTCAATTTGTTAAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATC
19267803 TCGAGCTCATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTAT
319 TCGAGCTCATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
19267841 TATTTTTTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAAGTCATAA
1 TATTTTATTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* *
19267906 CGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ACTCGGTAAAAAGATTT
66 CGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAAATCGGT-AAAAG-TAT
* * * *
19267970 ATTTTTTAAATTTT-TTACTTATTTAGTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
128 ATTTTTT-AATTTTCTTACTCATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
* *
19268034 ATAAGCTAGTATAAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
192 ATAAGCTAGTATAAATA-AAACAATTAGTTTATGACAAACAAAATGTAATAATAATTTGAAATAG
* *
19268099 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTCAATGTT-TTAAGAAAACTGAA-TT-TTTTTTAAAT-
256 ATAATTGTTCAAATAGACATAACTACTTCAAT-TTGTTAAGAAAAC-AAATTTATTTTTTAAATC
** *
19268160 TTTA-CTTATTAATTTT-TGAAGTATTAA-AAATTTA-TAT
319 TCGAGCTCATTAATTTTAT-AA-TATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * *
19268197 TATTTTATTCGAAATAAGCTT-TGATGCATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TTA
1 TATTTTATTCG-AATAAACTTGT-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCA
* * * * * *
19268260 TAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTTAATTAAATTGGTAAACGTA
63 TAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTAAATCGGTAAAAGTA
* * *
19268324 TATTTTTTAATTTTCTTACTCATTAACTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTAACTTC-A
127 TATTTTTTAATTTTCTTACTCATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTG
* * * * *
19268388 AATATGCTTA-TATAAAGTAAAACAATT-GTTTTATTACAAAAGGAAAATGTCATAATTATTTGA
191 AATAAGC-TAGTATAAA-TAAAACAATTAG-TTTATGAC-AAA-CAAAATGTAATAATAATTTGA
*
19268451 AATAGATAATTATTCAAATA
251 AATAGATAATTGTTCAAATA
19268471 ATTCATACTA
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 80, Indels: 56
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 25 0.05
355 110 0.21
356 102 0.20
357 135 0.26
358 11 0.02
359 62 0.12
360 70 0.13
361 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TATTTTATTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
CGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTAAATCGGTAAAAGTATATT
TTTTAATTTTCTTACTCATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAA
GCTAGTATAAATAAAACAATTAGTTTATGACAAACAAAATGTAATAATAATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGACATAACTACTTCAATTTGTTAAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCGAGCT
CATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTAT
Done.