Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
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Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 57 of 120
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*
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*
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TAAGCATACGAAGTTCATTCCCAGTC
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* *
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6624224 ATTTACAAGC
*
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*
6624299 TCCACGGCTTGCGCGTCCCGTCTCTCTGGCCG
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CATAAAAATGGCATTGCCATGCAGAAATGTGAAGAGTGCCTAAACCAACCTACCACCCTATCGAT
CCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCG
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6625348 GTTGACTTAG
*
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*
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* *
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* * * * *
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* * *
6624979 ATCGTG-AAAATATAAAATGAGTCGTCCTT-CCATGAAACTTCATGTGAAGGCTTAAGGGACCAT
130 ATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGT-CTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCAT
**
6625042 TGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCACACAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCC
194 TGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCC
* * *
6625107 ACCTACCACCCTATCGATCCACGACTTGCGCATCCTGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCG--C-
259 ACCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCG
* * * * * * * *
6625169 CTG-C-CCGCTCGTTTCATTGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCAATCCTAGTGTAAGATTAGAT
324 CCGCCGCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGAC
* * ** * * * * * * *
6625232 CGGATCGAGGGTTGCAGCAGCAAGATCAGCAGCATGTAGAGGTGGGACCCGACCAATCCCCGGCT
389 CAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGA-GAGGGACCCGACCGATCCTCGGCT
* * * * * *
6625297 TGCTCATCCCGCCCCTTTGGCCGGCTAAGCACCCGCATGCTCGTTTCGTAGGTTGACTTAGGCAT
453 TGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCAT
* * * *
6625362 GCGGACTTCATTCCCAGTCTACGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCAGACCGAG
518 ACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACGA-ACCGAG
* * * *** ** *
6625427 GGTTGCAGAAGCACATGATGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCTGTTTTTTTCTTCACCGGCGCACC
582 GGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGC-CACTTTTTCTTCGTCGGGGCACC
* * * * *
6625492 ATCG-TCGGAGCATCGTCGGAGAACCTGACCGACGGTATTGGGGTTCTGGTGATC-GGGGGCGGG
646 ATCGCT-GGAGCATCGCCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGATGATCGGGGGGCCGG
* ** *
6625555 GGGGTGTGTGCACATGATGTGCGATGCATGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCTTATCCCT
710 GGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCT
*
6625620 CATCAAACCTCGAGAACTCACAACCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGT
775 CATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGG-TTGCTGCCAGT
*
6625685 AGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACATTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
839 AGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
* *
6625743 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTATGCATGCCAAAAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
** * ** *
6625808 GTTT-GGGAAAAGAACTCCTTTCGAAAAAATTTTAAAAAATCCTGAACCGTAAAAAGTTTTGAAA
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* * * * *
6625872 ATCATGAAAAATAAAAAACGACTCGTCTTGCCATGAAACTTGACGTGAAGTCTTAAGGGACCATT
130 ATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATT
* * *
6625937 TTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAAAAATATGAAGATGTACCTAAACCCA
195 GTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
* *
6626002 CCTACCACCCTATCGATTCACGGCTTGCGCATCCCGTCCCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCGC
260 CCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCGC
* * ** *
6626067 TCGCTCGACCACTCGTTTCATCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCTTGTCTAAGGTCAG
325 -CGC-CG-CCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAG
* * * *
6626132 ACCAGACCGAGGGTTGCGGCAGCAGGATCGGCAGCACACAGAGAGGGATCCG-TCGATCCTCGGC
387 ACCAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGAGGGACCCGACCGATCCTCGGC
* * * * *
6626196 TTACGCATCTCGCCCCTCTGGCTGGCTGAGCGCCCTCACGCTCGTTTCGTGGGTTCACTTAGGCA
452 TTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCA
* * * * ** *
6626261 TACAGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATATGGAGTTCATTCCAAGTCTATGATAAGATCGAACCAA
517 TACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGA-CGAACCGA
* *
6626326 GGGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCACTTTTTCCTTTGTCAGGGCAC
581 GGGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCACTTTTT-CTTCGTCGGGGCAC
** *
6626391 CATCGCTGGAGCATCGCCGGAGAACCTGACCGACGGCATTAAGGTTCCGACGATC-GGGGGCCGG
645 CATCGCTGGAGCATCGCCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGATGATCGGGGGGCCGG
* * *
6626455 GGGGTGTGCGCACATGATGTACGATGGGCGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCTCTATCCCT
710 GGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCT
6626520 CATCAAACCTCGAGAACTCACA-CCCCTT-AAGAGCATTTGAGA-TTTACAGG-T-C-GCCAGTA
775 CATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTGCTGCCAGTA
*
6626579 GCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGATACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
840 GCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
** * * *
6626636 ACTTAAAGTTTTTAGCTAAATGTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATAAAAGGATCACGTCTACCAA
1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
* *** *
6626701 GTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCAAAAAAATTTTAAAAAATCTTAAAGCACAAAAAGTTTCGAAAA
66 GTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCGAAAAAATTTTAAAAAATCCCGAACCACAAAAAGTTTCGAAAA
*
6626766 TCCTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTG
131 TCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTG
* * * * * * *
6626831 TATGAATTCACAAGACATAAAAATGGCATTGGCACGTAAAAATATGAAGATGTACCTAAACCTAC
196 TATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCAC
* *
6626896 CTACCACCCTATCGATTCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCTGCCCGCC
261 CTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCG-C
* * * * * * *
6626961 CGCCCGGCCGCTCGTTTCATCGGTTGGCTTAGGCGTATGAAGTTCATTCCCTGTCTATGGTCAAA
325 CG-CC-GCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGA
** * * * * *
6627026 CCAGATTGAGGGTTGCGGTAGCAGGATCGGGAGCACACAGAGAGGGACCTCG-CCGATCTTCGGC
388 CCAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGAGGGACC-CGACCGATCCTCGGC
* * *
6627090 TTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGACTGAGCGCCCTCACGCTCGTTTCGTGGGTTCACTTAGGCA
452 TTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCA
* * *
6627155 TACGGAGTTCATT-CCAGTCTAAGCATAC-GAGTTCATTCCAAGACTATGATCGGATC-AGA-CG
517 TACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGA-CGA-ACCG
* * *
6627216 A-GGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTAGTGTCACTTTTTTCTTTGTCGGGGCA
580 AGGGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCAC-TTTTTCTTCGTCGGGGCA
* * *** **
6627280 CCATCGTTGGAGCATCACCGGAGAACCTGACCGACGGCATTAATGTTCCGACAATCGGGGGCGCC
644 CCATCGCTGGAGCATCGCCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGATGATCGGGGG-GCC
*
6627345 GGGGGGTGTGCGCACATGATGTGTGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCC
708 GGGGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCC
* *
6627410 CTCATCAAACCTTGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGA-TTTACAGGTTTGCTGCCG
773 CTCATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGG-TTGCTGCCA
* **
6627474 GTAGCTATTAAAGCATCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
837 GTAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
* * *
6627534 ACTTCGAGTTTTTAGTTTAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACATCTACCAA
1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
* * * ** * *
6627599 GTTTGGAGCC-AAACATTCTTTCGAAAAAATTTAAAAAAATCCCGAACCGTAAAAAGTTTTGGAA
66 GTTTGGGGCCAAAAC-TCCTTTCGAAAAAATTTTAAAAAATCCCGAACCACAAAAAGTTTCGAAA
*
6627663 ATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACATGAAGGCTTAAGGGACCATT
130 ATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATT
* *
6627728 GTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCACGTAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
195 GTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
* *
6627793 -CTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTTTGGCCGGCATAGT----G--C-C
260 CCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCGC
* * * * * *
6627850 C-AC-CCGCTCGTTTCATCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTTCTAGTCAAAGATCAGACC
325 CGCCGCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACC
** * * *** * ** *
6627913 AGATTGAGGGTTGCGGTAGCAGGATCAAAAGCATGCAGAG-GTCAACCCGATCGATGCC-CGGCT
390 AGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGAG-GGACCCGACCGAT-CCTCGGCT
* *** ** *
6627976 TGCGCATCCTGCTTGTCTGGTAGGCTGAGCGCCCGCACGCTTGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCAT
453 TGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCAT
* * * *
6628041 ACGGAGTTCATTCCTAGTCTAAGCATACAGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCAGACCAAG
518 ACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACGA-ACCGAG
* * * **
6628106 GGTTTCGGCAGCACATGCTGGGCTCAGGCATGTGTTGGTGCCGTA-TTTTTCTTCACCGGGGCAC
582 GGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCC--ACTTTTTCTTCGTCGGGGCAC
* * * * * *
6628170 CATCACCGGAGCATCGTCGGATAACCCGACCTG-CGGCATTGGGTTTCCGATGATC---GGG--G
645 CATCGCTGGAGCATCGCCGGAGAACCTGACC-GACGGCATTGGGGTTCCGATGATCGGGGGGCCG
* * *
6628229 GGTGATGTGCACACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCC
709 GGGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCC
* * * *
6628294 TCACCAAACTTCAAGAGCTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAG
774 TCATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGG-TTGCTGCCAG
6628359 TAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
838 TAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
* *
6628418 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAAATTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACATCTACCAA
1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
6628483 GTTTGGGGCCAAAACTCCTTTC--AAAAATATTT------T--------A-AAAAA---TC----
66 GTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCGAAAAAAT-TTTAAAAAATCCCGAACCACAAAAAGTTTCGAAA
* *
6628524 -T--TGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTACCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACTATT
130 ATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATT
* * *
6628586 GTATGAATTTACAAGCCATTAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATAAAGATTTGCCTAAACCCA
195 GTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
* * *
6628651 CCTACCACGCTATCGATCCACGGCTTACGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCGCCCGG
260 CCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCC-G
* * * *
6628716 CCGTCCGCCCGTTCATTTTGTCGGTTGGCTTAGGCATAC-ATAGTTCATTCCTAGT-TAAGATCA
324 CCG-CCG-CCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGA-AGTTCATTCCCAGTCTAAGATCA
* * * * * ** * *** *
6628779 GACC-GAATCGAGGGTTATGGTAGCAAGATCGGTAGCACAAAGAGGGGGACCCGGTTGATCCCCG
386 GACCAG-ACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGAGGGACCCGACCGATCCTCG
* * * *
6628843 GCTTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGACTGAACGCCCGCACGCTCATTTCATGGGTTGACTTAGG
450 GCTTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGG
* *
6628908 CATACGGAGTTCATTTCCAG--T---C-TA---AG---ATT----G-----GA-C---CGGACCG
515 CATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACGAACCG
* ** * * * *
6628948 AGGGTTACGAAAGCACATGCTGGGCTCGAGCATGTGCTAGTGCCTCATTTTTCTTCATCGGGGCA
580 AGGGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCAC-TTTTTCTTCGTCGGGGCA
* *** * *
6629013 CCATCG-TCGGAGCA-CGTCGGAGAACCTGACCGGTAGCATTAGGGTTCCGACGATCGGGGGGCC
644 CCATCGCT-GGAGCATCGCCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGATGATCGGGGGGCC
* *
6629076 GGGGGATGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTAGTACTT-GCCCTTATATTGGCCCCCTATCC
708 GGGGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCC
* * * *
6629140 CTCATCAAAGCTTGAGAACTCACACCCCCTTAAA-AGGAATTTCAGATTTTACAGGTTTGCTGCC
773 CTCATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGA-GCATTTGAGATTTTACAGG-TTGCTGCC
*
6629204 AGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTGC
836 AGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
* *
6629265 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATGTTTTTGTGCATGCCAACTAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
* * ** *
6629330 GTTTGGGGCCAAAACTCCTTCCGAAAAAATTTTAAAAAATCCCAAACCGTAAAAAGTTTTGAAAA
66 GTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCGAAAAAATTTTAAAAAATCCCGAACCACAAAAAGTTTCG-AAA
6629395 ATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATT
130 ATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATT
*
6629460 GTATGAATTTACAATCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
195 GTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
* *
6629525 -CTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCAGCGTAGTACCCGCCCGC
260 CCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCG-
*
6629589 CCGCCCGCCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAG
324 CCG-CCG-CCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAG
* * * * * * *
6629654 ACCGGACCGAGGGTTGTGGTAGCAGGATCGACAGCACACAGAGGGGGACCCGACCGATCCCCAGC
387 ACCAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGAGGGACCCGACCGATCCTCGGC
* * *
6629719 TTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGTTGATCGCCCGCACGCTCGTTTCGTTGGTTGACTTAGGCA
452 TTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCA
* *
6629784 TACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGATC-AGATCG
517 TACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGA-CGA-ACCG
* *** * * **
6629848 AGGGTTACGATGGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCAAATTTTTGTTCACCGGGGCA
580 AGGGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCC-ACTTTTTCTTCGTCGGGGCA
* * * * * * * * * *
6629913 CCATCACCGGACCTTCGCCGAAGAACCTGATCGGCAGTATTGGGGTTCCGGTGATCGGGGGGGGC
644 CCATCGCTGGAGCATCGCCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGATGATC--GGGGGGC
* * * *
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707 CGGGGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATC
* *
6630043 CCTCACCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTATAGGTTTGCTGCC
772 CCTCATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGG-TTGCTGCC
*
6630108 AGTAGCCATTAAAGTGTCTAAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
836 AGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
* * *
6630169 ACTTCAAGTTTTTGGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAAAAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
* * *
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* * *
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*
6630363 GTATGATTTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
195 GTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCA
*
6630428 CCTACCACCCTATCGATCCACAGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGAG-GTAGT----G--C-
260 CCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCG-GCGTAGTGCCCGCCCG
* *
6630485 CC-AC-CCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGAC
324 CCGCCGCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGAC
* * * ** * * * *
6630548 CGGACTGAGGGTTGTGGCAGCAAGATCGATAGCACACA-AAAGGGGACCCGGCTGATCCTCGGCT
389 CAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGA-GGGACCCGACCGATCCTCGGCT
* * * *
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453 TGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCAT
* *
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518 ACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACGA-ACCGAG
**** * * * *
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582 -GGTTGCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCAC-TTTTTCTTCGTCGGGGCAC
* * *
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* * *
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708 ---GGGG-GGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCT
* * *
6630934 ATCCCTCACCAAACCTTGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAAGTTTGCT
769 ATCCCTCATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTAC-AGGTTGCT
* *
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833 GCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
* *
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1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
* *
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* * *
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128 AAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCA
* * * *
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* *
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258 CACCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCC
* ** *
6631385 G-C-CCGCCCGCTTGTTTTATCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAG
323 GCCGCCG-CCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAG
* ** * *
6631448 ACCAGACCGAGGGTTGTGGTAGCAGGATCGATAGCACGCATA-AGGGGACCCGATCGATCCTCGG
387 ACCAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGA-GGGACCCGACCGATCCTCGG
* * * * *
6631512 CTTGCGCATCCCGCCCCTTTGGCCGACTAAGCGCCCGCACGCTCATTTCATGGGTTGACTTAGGC
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* *
6631577 ATACAGAGTTCATTCCCAG--T---C-TA---AG---------A-TC-AA-ATC--A--AACTGA
516 ATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACGAACCGA
***
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** * * * *
6631682 CATCATTGGACCATCGTCGGAGAACCTGACCGACGTCATTGGGGTT-CTAGTGATCGGGGGGGTC
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* ***
6631746 CGGGGGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTATTTTTTCCTTATATTGGCCCCCTAT
707 C-GGGGGGTGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTAT
* * *
6631811 CCCTCATCAACCCTAGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTTC
771 CCCTCATCAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGG-TTGCTGC
* * *
6631876 CAATAGCCGTTAAAGTGTTTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
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* * *
6631938 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTATGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTTTACCAC
1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
* * *
6632003 GTTTGGGGGCCAAAACTCC-TTCTGAAAAAATGTAAAAAAATCCCGAACCACAAAAACTTTCGAA
66 GTTT-GGGGCCAAAACTCCTTTC-GAAAAAATTTTAAAAAATCCCGAACCACAAAAAGTTTCGAA
* *
6632067 AATCATGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCCTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCAT
129 AATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCAT
* *** *
6632132 TGTATGAATTTATAAGCCATAAAAATATAATTGGCATGCAAAAATATGAAGATGTGCCTAAACCC
194 TGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCC
* * * * *
6632197 TCCTACCACCCTATCGATCCACAGCTTGTGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTGGTGCCCG--C-
259 ACCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCG
* ** *
6632259 CCG-C-CCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATTGGAT
324 CCGCCGCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGAC
* * * * * **
6632322 CGGACCGAGGGTTGTGGTAGCAGGATTGGCAGCACGTAGAGAGGGACCCGACCGATCCCCGATTT
389 CAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGAGGGACCCGACCGATCCTCGGCTT
* * * * ** *
6632387 GTGCACCCCACCCCTCTGGCCAGCTGAGCGCTTGCACGCTCGTTTCGTAGGTTGACTTAGGCATA
454 GCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATA
* * * *
6632452 CGAAGTTCATTCCCAGTCTAAACATAAGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCGAGG
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* * *
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* * *
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*** *
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* * * *
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** *
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* * * *
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** * * * ** *
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**
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* * * * * * * *
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260 CCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCC-G
* * * * *
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* *
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* ** * *
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** * *
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* * *
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* *** * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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** * * ** * *
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* * *
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* ** **
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504 GTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGAT
* * ** * * *
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* * * ** **
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* *
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* *
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888 ATCTTGTAC
* * * * *
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1 ACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAA
* * * * * *
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* * * * *
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129 AATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCAT
* * * * *
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* * ** * *
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259 ACCTACCACCCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCG
* * * * * **
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* * * *
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6635049 NNNNNNNNNN
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Consensus pattern (896 bp):
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AAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTAC
Found at i:6628073 original size:26 final size:26
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* *
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Consensus pattern (26 bp):
GCATACAGAGTTCATTCCCAGTCTAA
Found at i:6629817 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 6629781--6629833 Score: 106
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
6629771 GTTGACTTAG
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1 GCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAA
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1 G
6629834 ATCAGATCAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
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*** * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * ** *
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*
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*
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*
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * * * *
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128 GAACCTGACCGACGGCATT-GGGTTCCGATGATC-GGGGGGGCCGGGGGGTGTGCGCACATGATG
* * *
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191 TGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACTC
* *
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256 ACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAA
* *
6630130 ATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCAAGTTTTTGGCTGAATTTTTT
321 ATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTT
*
6630195 TGTGCATGCCAAAAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCAAAA
386 TGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCAAAA
* * * *
6630260 ATATTTTAAAAAATCTCAAACCACAAAAAGTTTTGAAAATCTTGAAAAATAGAAAACGAGTTGTC
451 A-ATTTTAAAAAATCTCGAACCACAAAAAGTTTCGAAAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTC
* *
6630325 TTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAATGGACCATTGTATGATTTTACAAGCCATAAAAATGG
515 TTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGG
6630390 CATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACAGCTTG
580 CATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACAGCTTG
*
6630455 CGCATCCCGTCTCTCTGGCCGAGGTAGT-GCCCACCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATA
645 CGCATCCCGTCTCTCTGGCCGAGGTAGTCGCCCGCCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATA
* * * *
6630519 CGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACTGAGGGTTGTGGCAGCAAGATCGATAGCACA
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* * * *
6630584 CAAAAGGGGACCCGGCTGATCCTCGGCTTGCGCATCCCG-CCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGTA
775 CAGAAGGGGACCCGACCGATCCTCGGCTTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCA
* * * *
6630648 TGTTCATTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTTTAA
840 CGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAA
* * *
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1 GCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACC-GAGGTTTTAACAGCACATGCTGGG
* *
6630763 CTCGGGCATGTGTTGGTGCCACATTTTTCTTCGCCGGGGCACCATCGTCGGAGCATCGCCGGAGA
65 CTCGGGCATGTGCTGGTGCCACATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCGGAGCATCGCCGGAGA
* *
6630828 ACCTGACCCACGGCATTGGGTTTTCGATGATCGGGGGGGCCGGAGGGGCGGTGTGCGCACATGAT
130 ACCTGACCGACGGCATTGGG-TTCCGATGATCGGGGGGGCC---GGGG-GGTGTGCGCACATGAT
* * * *
6630893 GTGCGATGGATACTGGTACTTGTCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCACCAAACCTTGAGAACT
190 GTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACT
*
6630958 CACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAAGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGA
255 CACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGA
* * *
6631023 AATGGGGACAGTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCATGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAAATTTT
320 AATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTT
* * *
6631088 TTGTGCATGCTAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGACCGAAAA-TCCTTCTGA
385 TTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCC-AAAACTCCTT-TCA
* * * *
6631152 AAAAATTTTAAAAAACCTCGAACCACAGAAAGTTTCGAAAATCGTCAAAAATAGAAAACGAGTCC
448 AAAAATTTTAAAAAATCTCGAACCACAAAAAGTTTCGAAAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCG
* *
6631217 TCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACGATTGTATGAATTTAGAAGCCATAAAAAT
513 TCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAAGCCATAAAAAT
* * * *
6631282 GGCATTGGCACGTAGAAACATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACGGCT
578 GGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACAGCT
* **
6631347 TGCGCATCCCGTCTCTCTGGCC-AGCGTAGTGCCTGCCCGCCCGCCCGCTTGTTTTATCGGTTGG
643 TGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGAG-GTA--G--T---CGCCCGCCCGCTCGTTTCGTCGGTTGG
* *
6631411 CTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCAGACCGAGGGTTGTGGTAGCAGGAT
700 CTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGAT
* * * * * *
6631476 CGATAGCACGCATAAGGGGACCCGATCGATCCTCGGCTTGCGCATCCCGCCCCTTTGGCCGACTA
765 CGACAGCACGCAGAAGGGGACCCGACCGATCCTCGGCTTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTG
* * *
6631541 AGCGCCCGCACGCTCATTTCATGGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAGTCTAA
830 AGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAA
* *** **
6631601 G-AT-C--A----A-----A-TC--A-A----A-CTGA--G-GGTTGCGATGGCACATGCTGGGC
1 GCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCGAGGTTTTAACAGCACATGCTGGGC
* * * *
6631641 TCGGGCATGTGCTGGTGCCACATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCATTGGACCATCGTCGGAGAA
66 TCGGGCATGTGCTGGTGCCACATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCGGAGCATCGCCGGAGAA
* *
6631706 CCTGACCGACGTCATTGGGGTT-CTAGTGATCGGGGGGGTCCGGGGGGGTGTGCGCACATGATGT
131 CCTGACCGACGGCATT-GGGTTCCGA-TGATCGGGGGGG-CC-GGGGGGTGTGCGCACATGATGT
* *** * *
6631770 GCGATGGGTGCTGGTATTTTTTCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAACCCTAGAGAACTCA
192 GCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACTCA
* * * *
6631835 CACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTTCCAATAGCCGTTAAAGTGTTTGAAA
257 CACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAA
6631900 TGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTT
322 TGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTT
* * * *
6631965 ATGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTTTACCACGTTTGGGGGCCAAAACTCCTTCTGAAA
387 GTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTT-GGGGCCAAAACTCCTT-TCAAA
* * * * *
6632030 AAATGTAAAAAAATCCCGAACCACAAAAACTTTCGAAAATCATGAAAAATAGAAAACGAGTCGTC
450 AAATTTTAAAAAATCTCGAACCACAAAAAGTTTCGAAAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTC
* * **
6632095 CTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTATAAGCCATAAAAATAT
515 TTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGG
* * *
6632160 AATTGGCATGCAAAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCTCCTACCACCCTATCGATCCACAGCTTG
580 CATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACAGCTTG
* * *
6632225 TGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTGGTGCCCGCCCGCCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGC
645 CGCATCCCGTCTCTCTGGCCGAGGTAGT---CGCCCGCCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGC
** * * * *
6632290 ATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATTGGATCGGACCGAGGGTTGTGGTAGCAGGATTGGCAGC
707 ATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGACAGC
* * ** * * * * *
6632355 ACGTAG-AGAGGGACCCGACCGATCCCCGATTTGTGCACCCCACCCCTCTGGCCAGCTGAGCGCT
772 ACGCAGAAG-GGGACCCGACCGATCCTCGGCTTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCC
* * *
6632419 TGCACGCTCGTTTCGTAGGTTGACTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAA
836 CGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAA
* * ** *
6632473 ACATAAGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCGAGGGTTGCAGCAGCACATGCTGGG
1 GCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCGA-GGTTTTAACAGCACATGCTGGG
* *
6632538 CTCGAGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGG-AGCCA---TC--A-C-T-----GAG
65 CTCGGGCATGTGCTGGTGCCACATTTTTCTTCGTCGGGGCA-CCATCGTCGGAGCATCGCCGGAG
* * * **
6632590 AACCTGACCGATGGCATTGGGGCTCTGATGATC-GGGGGGCCGGGGGGTGTGCGCACATGATGCA
129 AACCTGACCGACGGCATT-GGGTTCCGATGATCGGGGGGGCCGGGGGGTGTGCGCACATGATGTG
* *
6632654 TGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATAATGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACTCAC
193 CGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACTCAC
* *
6632719 ACCCACTTAAAGACCATTTGAGATTTTACAGGTTT-CTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAAT
258 ACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAAT
** * * *
6632783 GGGGGTAATTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTACCAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTG
323 GGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTG
* * ** * *
6632848 TGCA---C-AC-------CAA--CTCATGTCTACCAAGTTTGGTTCAAAAACTCCTTCCAGAAAA
388 TGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCA-AAAA
** *
6632900 ATTTTAAAAAATCTCGAACCGTAAAAAGTTTCAAAAATCGTG-AAAATAGAAAACGAGTCGTCTT
452 ATTTTAAAAAATCTCGAACCACAAAAAGTTTCGAAAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTT
6632964 GCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCA
517 GCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCA
** *
6633029 TTGGCACACAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCA-TGACTTGC
582 TTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACAG-CTTGC
* * *
6633093 GCATCCCGTCTCTCTGG-C-AGGTGAAATACCCGCCCACCCGCCCGCCCTCTCATTTTGTCGGTT
646 GCATCCCGTCTCTCTGGCCGAGGT--AGT---CG----CCCGCCCG----CTCGTTTCGTCGGTT
* * * *
6633156 GGCTCAAGCATACGAAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCAGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGG
698 GGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGG
* * * * **
6633221 ATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGACCGATCCTCGACTTGCGCACCCCGCCCCTCTAACCGG-
763 ATCGACAGCACGCAGAAGGGGACCCGACCGATCCTCGGCTTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGC
* * **
6633285 TGAGCGCCCGTACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGTCATACATAGTTCATTCCCAGTCTAA
828 TGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAA
* ****
6633347 GCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTTCGGTAGCACATGCTGGG
1 GCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCGA-GGTTTTAACAGCACATGCTGGG
** *
6633412 CTCGGGCATGTGCTGGTGCCGTATTTTTCTTCGTCGGGGTACCATCG-C----CA------GAGA
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* * * * ***
6633466 ACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGACGATC-GAGGGGTCGGGGGGTGTGGGCACATGATGCAT
130 ACCTGACCGACGGCATT-GGGTTCCGATGATCGGGGGGGCCGGGGGGTGTGCGCACATGATGTGC
* * * *
6633530 GATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATAATGGCCCTCGATCCCTCACCAAACCTTGAGAACTCACA
194 GATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACTCACA
* * *
6633595 CCCCCTT-AAGAGCATTTGATATTTTATAGG-TTGTCTG-CATTAGCCATTAAAGTGTCTGAAAT
259 CCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTG-CTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAAT
6633657 -GGGACACTTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTT
323 GGGGACAC-TTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAA-TTTTTT
* * *
6633721 TGTGCATGCCAAAAAAAATAAAAGGATCACGCTCTACCAATTTTGGGGCCAAAACTCCTTTTCCA
386 TGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACG-TCTACCAAGTTTGGGGCCAAAACTCC-TTT-CA
* *
6633786 AAAAATTTTTAAAAATC-CGAACCACAAAAAGTTTCAAAAATCGTG-AAAATAGAAAACGAGTCG
448 AAAAATTTTAAAAAATCTCGAACCACAAAAAGTTTCGAAAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCG
6633849 TCTTGCCAT-AAACTTTCACGTGAAAGGGCTTAAGGGACCTATTGTATGAATTTACAAGCCATAA
513 TCTTGCCATGAAAC-TTCACGTG-AA-GGCTTAAGGGACC-ATTGTATGAATTTACAAGCCAT-A
* * *
6633913 AAAATGGCAATT-GCATGCAAAAATATG-AGATGTGCCCAAAAACCCACCTACCACCCTATCAAT
573 AAAATGGC-ATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTG-CC-TAAACCCACCTACCACCCTATCGAT
* ** *
6633976 CCACAGCTTGCGCATCCCGTCTCTGCCGGCCGTCATAGTGCCCGGCCCCCGCCCGCCCCGCTCGT
635 CCACAGCTTGCGCATCCCGTCTCT-CTGGCCG----AG-G--TAG---TCGCCCG-CCCGCTCGT
* ** * ** *
6634041 TTCGTCGGTTAGCTTAGGCATAAAGAGTTCATTCTCAGTCTAAGATTGGACCGGATCGAGGGTTG
688 TTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTG
* * * *
6634106 TGGCAGCAGGATCGATAGCATGCAGAGGGGGACCCGACCGATCCTCGGCTTGCACATCCCGCCCC
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* * * **
6634171 TCTGGCCGGTTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCAT-GGTTGACTTAGGCATATGGAGTTCATTCAT
818 TCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCC
6634235 AGTCTAA
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** * * *
6634242 GCATATAGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATTGGACTGGACCGAGGGTTGCT-ACAGCACATGCTGG
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* * * * *
6634306 ACTCAGGAATGTGCTGGTGCCACATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGCCGTAGCATCGCCGGAG
64 GCTCGGGCATGTGCTGGTGCCACATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCGGAGCATCGCCGGAG
* ** ** * *
6634371 AACCTGACCGGCAACATTGGGGTTCCGGCGATCGGGGGAGTCGGGTGGGGTGTGCGCACATGATG
129 AACCTGACCGACGGCATT-GGGTTCCGATGATCGGGGG-GGCCGG-GGGGTGTGCGCACATGATG
* * * *
6634436 TGTGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGTCCCCCTATCTCTCATCAAACCTCGAGAACTC
191 TGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACTC
6634501 ACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAA
256 ACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAA
* *
6634566 ATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCAAGTTTTTAGATGAATTTTTT
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* * * * ** *
6634631 TGTGCATGCCAACAAAAATAAAAGGATCACGTCCACCATGTTTGGGGCCAAAAATTATTCTGAAA
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* * * * * *
6634696 AAATTTAAAAAAATC-CTGAACCGCAAAAACTTTCGTAGATCATGAAAAATAGAAAACGAGTCGT
450 AAATTTTAAAAAATCTC-GAACCACAAAAAGTTTCGAAAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGT
* * * * * *
6634760 CCTGCCATAAAACTTCACGTGAAGGCTTAAAGGACCATCGTATGAATGTAGAAGCCATAAAAATG
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* * *
6634825 GAATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTTCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACGGCTT
579 GCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACAGCTT
* * * * * * *
6634890 GCGCATCCCGTCTCCCAGGTTGG-TGTGGTGCCCGCCCGCCCGCCCGCTCATTTTGTCGGTTGGC
644 GCGCATCCCGTCTCTC----TGGCCGAGGT---AG-TCGCCCGCCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGC
* * ** * *
6634954 TTAGGCATACGGAGTTCATTCCCATTGTAAGATTGGATCGTACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATC
701 TTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATC
* * * *
6635019 GGCTGCACGCAGAGGGGGACCCGACTGATC
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TGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAAACCTTGAGAACTCACACC
CCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCATTAAAGTGTCTGAAATGGG
GACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGCTGAATTTTTTTGTGC
ATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCCAAAACTCCTTTCAAAAAATTT
TAAAAAATCTCGAACCACAAAAAGTTTCGAAAATCGTGAAAAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCA
TGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAAGCCATAAAAATGGCATTGG
CATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCACCCTATCGATCCACAGCTTGCGCATC
CCGTCTCTCTGGCCGAGGTAGTCGCCCGCCCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGT
TCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGACAGCACGCAGAAG
GGGACCCGACCGATCCTCGGCTTGCGCATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCG
TTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAA
Found at i:6634245 original size:26 final size:26
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* *
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*
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1 G
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * * * * *
6636735 CATAAAAACTTATTGAAAATAAAATAATACGACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGA
66 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * *
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130 GATTTAAAAAAT-AAATT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * *** *
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* ** * * * *
6636912 -ATCATACAAGCTTATTT-GGATAAAAATAATACGAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGGT-GG
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* * *
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125 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * ** *
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1 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * *
6637095 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA
66 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * *
6637160 GATTTGAAGAAATAAATATGTTTACGGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTAT
130 GATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * *
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1 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * ** * * *
6637276 TCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAGTAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
65 TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
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129 AGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * * *
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1 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-AG
* * * * * * *
6637457 -ACATGCAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAA-T--T-AGTAG
64 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* *
6637516 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTACT
128 GAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-T
** * * * * *
6637570 T-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCGTTTGTTCTGTCATAAATCAATT-ATTTATGT
1 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GT
* * * * *
6637633 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAG
65 TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * *
6637698 ATATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTAA-AATAA
129 AGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
6637749 TATGAACAATTATCTATTTCAAAT
1 TA-GAACAATTATCTATTTCAAAT
6637773 TGTACTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
Found at i:6638565 original size:181 final size:179
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6637795 GTTTGTTTAG
* * * * * *
6637805 AATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATACGTAAGAGATTTAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
6637870 TATTTACTGGACCAATTCAAATACTTATAACTATTTGAA-AAATATATATTTCAAATCATTATTA
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* * * * * * **
6637934 CTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
* * * * *
6637984 AATAAAATATTACTAATTTATTTATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAG-TTTAAAAACTTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT
* * * * * * * * *
6638048 ATGTTTAC-CAAGCAATTTCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAATTATCTA-TTCTAAATCGTTA
64 CTATTTACTGAA-CAGTTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTA
* * * * * **
6638111 TAACCTTTTATTTTGTCATCAAACTATTGGTTCT-GTTCATACT-ATTTTATTTGA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTTGA
* * ** * *
6638165 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * ** * * * ** *
6638230 CTAATTGCCAAATGAGTTCAAATAGTTAAAACCATATAAATGATTATCTATTTCAATTCATTATG
64 CTATTTACTGAA-CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
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* * *
6638347 GATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * ** * ** * * * ** * *
6638412 TTATTTTTTGAATCAGTTTATATGGTTAAGACTATTAAAACAATTATCCATTTGATATTGTTCTT
64 CTATTTACTGAA-CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
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* * *
6638529 AATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA--AAAATATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
6638592 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATAATGA
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* * * **
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* * * * * *
6638708 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAGTAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
6638773 TATTTACAGAATCA-TTTCCAATAATTATGGCCATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATTATT
65 TATTTACTGAA-CAGTTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
6638837 ACCTTTTGTTTCGTCATATAACAAATGTTTTCGATCATTTAAACTTATTTGA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
* * *
6638889 AATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** *
6638954 TATTTA-TCGAACTAGCTTAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATTGTTATA
65 TATTTACT-GAAC-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
6639017 ACCTTGTGTTTTCTCATAAAATAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGG
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATATAAGCTTATTTGA
* * * * *
6639069 AATAAAACAATACTAATCTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* ** * * * * * *
6639133 CTGA-TTACCGAACCAGTCCAAATATTTAAGACTA-ATAAACAATTATCCATTTCAAAAT-GTTA
64 CT-ATTTACTGAA-CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTA
* ** * * **
6639195 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-AATTTCAATTCATACT-AGCTTATTCAA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTTGA
* * * *
6639248 AATAAAACAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAATATA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA-A
* *
6639312 TTTCTGTTTACCT-AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
62 -ATCTATTTA-CTGAA-CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
6639376 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGA
124 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
* * *
6639432 AATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-ATATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
6639493 TATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAACCATTAT
65 TATTTACT-GAAC-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * *
6639556 GACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCT-A
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATT-TGA
* ** * ** *** *
6639609 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-ATTTTTTTTTAACTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * *
6639673 ATGTTTGCCGAACTAG-ATAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATG
64 CTATTTACTGAAC-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * *
6639737 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTGTTTAAGTTCTTATAA-CTT-TAT-A
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
* * ** *
6639786 AATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
6639846 CTATTTATTG
Statistics
Matches: 1442, Mismatches: 352, Indels: 138
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACTGAACAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
Found at i:6638762 original size:360 final size:358
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Period size: 360 Copynumber: 5.7 Consensus size: 358
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
6637931 TTACTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATATT
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
6637995 ACTAATTTATTTATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAG-TTTAAAAACTTAAATATGTTTAC-C
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* * * *** * * * * * *
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255 AATCAGTTT--AATAATTAAGACTA-TTAAACAATTATCCATTTC-AAATTGTTATTACCTTTTG
* * * * **
6638121 TTTTGTCATCAAACTATTGGTTCT-GTTCATACT-ATTTTATTTGA
316 TTTAGTCATAAAAC-AAT-GTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTTGA
* * * *
6638165 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CAA-AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** ** * * * * *
6638230 CTAATTGCCAAATGAGTTCAAATAGTTAAAACCATATAAATGATTATCTATTTCAATTCATTATG
64 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
6638295 ACTTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTTATTCGTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATA
129 AC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * ***
6638360 CAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAAT
193 CAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAAT
** * * *
6638425 CAGTTTATATGGTTAAGACTATTAAAACAATTATCCATTTGATATTGTTCTTACCTTTTGTTTAG
258 CAGTTTA-ATAATTAAGACTATT-AAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTAG
* * *
6638490 TTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTTGA
321 TCATAAAACAA-TGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
* * *
6638529 AATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-AAAATATTTAAAAAATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * *
6638593 ATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATAATGAC
66 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
*
6638658 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAA
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAA
* * * * * *
6638723 ATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAGTAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACAGAATCA
196 ATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAATCA
* * * * * * ** *
6638787 -TTTCCAATAATTATGGCCATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCGT
260 GTTT--AATAATTAAGACTA-TTAAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTAGT
* * * * *
6638851 CATATAACAAATGTTTTCGATCATTTAAACTTATTTGA
322 CATAAAAC-AATGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
* * ** *
6638889 AATAAAATAATATTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA-CAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
6638953 CTATTTATCGAACTAGCTT-AAATA-TTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATTGTTAT
64 CTATTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *** *
6639016 AACCTTGTGTTTTCTCATAAAATAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAACAAT
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * *
6639080 ACTAATCTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAAATCTGA-TTACCG
192 ACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCT-ATTTACAG
* ** * * * * *
6639143 AACCAGTCCAAATATTTAAGACTAATAAACAATTATCCATTTCAAAATGTTATGACCTTTTATTT
255 AATCAGT-TTAATAATTAAGACTATTAAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTT
* ** * * **
6639208 TGTCATAAAACAAAATTTCAATTCATACT-AGCTTATTCAA
319 AGTCATAAAACAATGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTTGA
* * *
6639248 AATAAAACAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAAATAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACA-AA-AGATTT-AAAAAATA-
* * * * * * *
6639311 ATTTCTGTTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
61 A-ATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** * * * ** *
6639376 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTA
125 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
6639441 ATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-ATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
190 ATACAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CA
* * ** ** *** * *
6639502 -AA-CTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAACCATTATGACTTTTTG
254 GAATC-AGTTT-AATAATTAAGACTATTAAAC-AATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG
* * * *
6639565 TCCTA-TTATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCT-A
316 T-TTAGTCATAAAACAA-TG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATT-TGA
* * * * * *** *** * *
6639609 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAATTTTTTTTTAACTAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
6639674 TGTTTGCCGAACTAGAT-AAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA
65 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * *
6639738 CCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTG-TTTAAGTTCTTATAA-C-T-TT-ATAAATAAAATAAAA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAA-TTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATA
* * ** *
6639798 CCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
193 CAAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
6639846 CTATTTATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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365 18 0.01
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAA
ATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAATCAG
TTTAATAATTAAGACTATTAAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATA
AAACAATGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA
Found at i:6639719 original size:540 final size:539
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* * **
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AATT
* * * * *
6638685 TTAATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTGAAAATTAGTAA
65 TTAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
* * * * * *
6638750 GTAAGTGATTT-AAAAAGTGAATCTATTTACAGAATCATTTCCAATAATTATGGCCATTTCAACA
130 ATAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACAGAACCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACA
* * * *
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195 ACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTCGATCATATAA
* * *
6638879 ACTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAA
260 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GAGAGATTTAA
* *
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323 AAAATAAATCTATTTATCAAACTAGCTTAAATATTATGACTATTTGAATAATTATATACTTCAAA
*** ** * * * *
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388 CCATTATAACCTTGTGTCCTATCATAAAACAATTACTTATATTCATACAAGCTTATTT-GAATAA
* *
6639074 AACAATACTAATCTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAAATCTGATT
452 AACAATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAAATATGATT
*
6639139 ACCGAACCAGTCCAAATATTTAAG
517 ACCGAACCAGT-CAAATATTCAAG
* * * * * *
6639163 ACTA-ATAAACAATTATCCATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAAATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTT
* * ** *
6639226 CAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAACAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAA
66 TAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAA
* ** * *
6639291 TAAGAGATTTAAAAAAAT-ATATTTCTGTTTACCTAACCAGTTT-AAATAATTATGACTATTTGA
131 TAAGAGATTTAAAAAAATGA-A--TCTATTTACAGAACCA-TTTCAAATAATTATGACCATTTCA
* * * *
6639354 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA
192 ACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTCGATCATA
** * * *
6639419 TAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-A-ATATTTA
257 TAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTA
* * *
6639482 AAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTC
322 AAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGCTTAAATA-TTATGACTATTTGA-ATAATTATATACTTC
* * * * * *
6639546 AAACCATTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-AA
385 AAACCATTATAACCTTGTGTCCTATCATAAAACAATTACTTATATTCATACAAGCTTATT-TGAA
* * ** * *** ** *
6639610 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-ATTTTTTTTTAACT-AAAT
449 -TAAAACAATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAGA--GAATTAAAAATAAAAT
* * * *
6639673 ATGTTTGCCGAACTAGAT-AAAT-TGTCATG
511 ATGATTACCGAACCAG-TCAAATAT-TCAAG
* ** *
6639702 ACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAGGAATTGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-T
* * *
6639765 TTAAGTTCTTA-TAAC-T-TT-ATAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
65 TTAA-TTCATACTAGCTTATTCA-AAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
*
6639826 AATTAAGAGATTTAAAAAA
128 AAATAAGAGATTTAAAAAA
6639845 TCTATTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTT
TAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAA
TAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACAGAACCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAA
CTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTCGATCATATAAA
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTATCAAACTAGCTTAAATATTATGACTATTTGAATAATTATATACTTCAAACCA
TTATAACCTTGTGTCCTATCATAAAACAATTACTTATATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAACA
ATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAAATATGATTACCG
AACCAGTCAAATATTCAAG
Found at i:6640723 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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6639847 TATTTATTGA
*** * * *
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* * * * * *
6639920 ATATT--AAA-AAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATCGTTATTACTATTTGAATAATTATTTA
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* *
6639982 TTTCAAATTATTATGA-CTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCAT
126 TTTCAAATTATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
* * * **** * *
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1 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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127 TTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
* * * * * *
6640214 ATAAGCTTTTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATGAGTAAGAGAA
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * * * * * *
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65 TTAAAAATAAAT-ATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * *
6640343 TCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCTT
128 TCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
* * * * * *
6640394 TCAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAACTTAATAAGTAAAAA
1 ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA
* * * * * *
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*
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126 TTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTGTTCAT
* * * *
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1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGAT
* * * * * *
6640639 TGAAATAATAAATATGTTTACTAAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATT
65 TTAAA-AATAAATATATTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* *
6640704 TCAAATTATTATGATCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
128 TCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
* * **
6640755 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGA
* * * * * * *
6640819 TTTAAAAATAAATATGTTCACTAAACAAGTTTAAATAGTCATATCCA-TTCAACT-ATTATCTAT
64 TTTAAAAATAAATATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TAATTATCTAT
** * * * * * * *
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127 TTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTG-TTCAT
* * * * * *
6640933 ATAATAC-TATTTTAGTAACATTTAGAAAATTAATAAGCTTATTCA-TAATAAATTAACAATAAT
1 ACAA-GCTTA-TTT-G-AA-A--T--AAAA-TAAT-A-CTAATTTATTAAT--ATT-TCAA-AAA
* * * * * * * ** *
6640996 TTATTAGCATTTGAAA-AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTTCCAAACACT
50 TTAATA--A-GT-AAAGATTTAAAAATAAATATATTT--ACTAA-CAA---G--TT-C-AA-A--
** * * * * * * **
6641060 TTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCA
98 --TAGTTA--TA--ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * *
6641125 TAAAATAATTATTTCAGTTAAT
157 TAAAACAATTATTTCTGTTCAT
* ** * * *** * *
6641147 ACAAGTTTAGATGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAA-ATTTTTGAAGTTAATAAGTAAGAAAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * * ** * *
6641211 TAAAAAAAAAAAAATTTGTTTACTGAATC-AGTT--AATATGATTATGGCCATTTGAATGATTAT
65 T---TAAAAATAAATATATTTACT-AA-CAAGTTCAAATA-G-TTATAACTATTTGAATAATTAT
* ** * *
6641273 CTATTTCAAATTGTTATGCCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGGTCAT
123 CTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
*
6641329 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * * * * * * *
6641394 TTAAAAAATAAATTTTTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATC
65 TT-AAAAATAAATATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * *
6641459 TCAAATCATTATCATC-TTTATTTTGTCATAAAACAGTTGTTT-TTTATCAT
128 TCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGT-TCAT
* * * ** * * *
6641509 AAAAACTTATGT-AGTTAAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGA
1 ACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGA
* ** * * * * * *
6641573 TTTAAAAAATAAATGTGCTTGCGGAACCAA-TTCAAAAAGTTAAAAGC-ACTAT-AATAATTACC
64 TTT-AAAAATAAATATATTTAC-TAA-CAAGTTCAAATAGTTATAA-CTA-TTTGAATAATTATC
*** * * * * * * * * *
6641635 TATTTTGGATCATTCTGATCTTTTGTATAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTT
124 TATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-TGTTCAT
* * * *
6641690 ACAAGCTTATTT-AGTATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
1 ACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AG
6641753 ATTTGAAAAAATAAAT
63 ATTT--AAAAATAAAT
6641769 TTGTTTAACA
Statistics
Matches: 1318, Mismatches: 310, Indels: 208
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 2 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATT
TAAAAATAAATATATTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
AATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
Found at i:6640725 original size:361 final size:356
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Period size: 361 Copynumber: 2.9 Consensus size: 356
6639849 TTTATTGAAC
** * * * * * * *
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* * * *
6639923 TT--AAA-AAAT-ATGTTTATCGAATAAGTTCAAATCGTTATTACTATTTGAATAATTATTTATT
63 TTAAAAATAAATCATGTTTACCGAA-GAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATT
* **
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127 TCAAATTATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTTG
* *** * *
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191 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
6640113 TATTTACCGAACAAGTTGAAATAGTCATGATTATTCGAATAATTAACTATTTCAACTCATTTGAT
254 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACAATTAACCATTTCAAATCATTTGAT
* *
6640178 TTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAAT
319 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCAAAT
* * * *
6640216 AAGCTTTTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTA
1 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAATTAATAAATAAGAGAATTA
* * * * * * *
6640281 AAAATTAATCTTTTTTACCGAATATGTTCAAATAGTTATAACTGTATGAATAATTATCTATTTCA
66 AAAATAAATCATGTTTACCGAAGA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
* * * * * *
6640346 AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCTTTCAAGTTTATTTTGAAT
130 AATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAAT
* * * *
6640411 AAAATAATATAAATTGATTAATATTACAAAACTTAATAAGTAAAA-ATTTCAAAAATAAATCTAT
194 AAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * * *
6640475 TT-TCTAAGCACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTC-AACAATTACCCATTTCAAATCATTATGA
257 TTACCGAA-CA-AGTTCAAATAGTCATAACTA-TTCGAACAATTAACCATTTCAAATCATT-TGA
* *
6640537 TCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTATTTCTGTTCATAA-
318 TCTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTATTTCAGTTCA-AAT
* * *
6640576 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTCAAAAATTAATAAAT-AGA-AGAT
1 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA-TTAAAAAATTAATAAATAAGAGA-AT
* * *
6640639 TGAAATAATAAAT-ATGTTTA-CTAAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
64 T-AAA-AATAAATCATGTTTACCGAA--GAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTA
*
6640702 TTTCAAATTATTATGATCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TT
125 TTTCAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTT
***
6640766 TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-AAAAATAA
189 TG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * * * *
6640830 ATATGTTCACTAAACAAGTTTAAATAGTCATATCCATTC-AACTATTATCTATTTCAAATCGTTA
251 ATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACAATTAACCATTTCAAATCATT-
* * *
6640894 TGA-CATTTATTTTGTCATAAAA
315 TGATCTTTTGTTTTGTAATAAAA
6640916 TATTGTTTTT
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 98, Indels: 55
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.01
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AAAATAAATCATGTTTACCGAAGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA
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AATAATATTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC
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TTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCAAAT
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGT-A
* * * ** * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGTAA
* * * * ** *
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* * * * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTT-TGAAAAGTA
* * ** * ** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * * ** *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGTAA
* * * *
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* * * * *
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* * *** * * * * **
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATT-T-TGAAA--A
* * * * * ** * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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** * *
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* * * * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTT-GAAAAGTA
* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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1 GTTTATGTTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGTA
* ** * *** ** * * * * * *
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** * *
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* * ** * * * * * * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-CCAATCTATTAATATTTTGAAA--AG
* * * * * * * *
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* *** * * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGTAA
* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * ** * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGA-AA--AG
* * * ** * *
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63 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAA
* * * **
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* * * * *** * * *** *
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1 GT-TTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGT-
*** *
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* * ** * *
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* ** * ** *
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* * * **** * * *
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* * ** * * * *
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* * * *** * * * *
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* ** * *
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* * ** ** * *
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125 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTTATTTTATCATAAAA-AAT-TA
* ** * *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGTAA
* * * ** * * * *
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66 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAAT
* * * *
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131 TATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTATTTTATCATAAAA-AATTA
* * * * * * * ** *
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1 GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTTGAAAAGTAA
* * * * * *
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* ** * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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121 TTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGA-CTTTTATTTTATCATAAAA-AATTA
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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** * * **
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* * *
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** * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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** * * ** * *
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* * * *
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** * * * *
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** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** * * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
* * * * *
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***
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* * *
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**
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*** * *
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** * * ** *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * **
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* * *
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* ** * * *
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* * * *
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* *
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** ** * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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TATGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
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** * * * *
6645498 TGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAA
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* * ** * * * ** * *
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** ** * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * * *
6645796 TGAATCTGTTTATCGAATAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * **
6645861 CTATAACTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCTATTTGTACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
130 TTATAACTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT
** * * * ** *
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193 AATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAA-GATATAAAAAATAAATATGTTTAC
* * *
6645990 CAAATAAGTTCAAATACTTATAACTATTTGAACAATTA-CT-TATTCAAATCATTATGATATTTT
256 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAT-TTTT
* * *
6646053 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATAAAAGCTTA
319 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * *
6646093 TTTGGATTAAAATAATATTAATTT-TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
1 TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * ** * *
6646157 AGATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTATTTATCTATTTAAAATCAT
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* * * *
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* * *
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*** *
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* *
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* *
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* * *** * * **
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * **
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* * * *
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*** * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* *** * *
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** * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * *
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*
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*
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*
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* *
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TATTAATATAA
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*
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AATTATAAT
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* *
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* *
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* * ** * * **
6655080 TAATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAGTA-AATCTATTTACAAAAC
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* * * * * * * * **
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*
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* * * * **
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* * * * *
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* * * *
6655389 TGTCATAAAACAATATTTTAAACTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAA
129 TGTCATAAAATAATATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAA
* * * *
6655442 TAAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA-ATTCTATTTACCT-A
1 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGAATCTATTTA-CTGA
* * * * * *
6655505 GCCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTCGTTATGAA-C--TT-T
64 ACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TCATTAT-AACCTTTTGT
* * * * * *
6655566 TTTGTCATAAAAAAAT-TATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATCAAATAATA
127 TTTGTCATAAAATAATAT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAA
* * * *
6655621 TTATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAAAT-GAATCTGTTTACTGAA
1 TAAT-TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGAATCTATTTACTGAA
* * ** * *
6655685 CAAGTTTAAATAATTATAA-TAATTTGAACAATTATTTATTGGAAATCACTATAACCTTTTGCTT
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* * * * *
6655749 TATCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATA
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TCATAAAATAATATTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAA
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* * *
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* * *
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* **
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129 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTGAAAATCAAAAGC
** * * *
6655292 TAAGAGATTTAAAAAATAGAAT-TATTTGTTGAACTAGTACAAATAGTTAAAACT-ATATGAATA
194 TAAGAGATTTAAAAAAT-GAATCTATTTACTGAACAAGTACAAATAATTAAAA-TAATATGAACA
* * * * *
6655355 ATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTAAACTCATACTA
257 ATTATTTATTGCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATATTTTAAACTCATACAA
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* * ** * *
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* * *
6655525 CTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTCGTTATGAA-C-TT-TTTTGTCATAAAAAAATTATTT
66 CTATTAGAATAGTTATATACTTCAAATT-GTTAT-AACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
* * * * * * * *
6655587 CAATTCATATAAGCTTATTCAAAATCAAATAATA-TTATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
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* * * ** * *
6655651 -TTAAGATATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATAATAATTTGAACA
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* ** * ** *
6655715 ATTATTTATTGGAAATCACTATAACCTTTTGCTTTATCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAA
257 ATTATTTATTGCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATATTTTAAACTCATACAA
*
6655780 GCTTATTTTGAATAAAATA
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CTATTAGAATAGTTATATACTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA
ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTGAAAATCAAAAGCTA
AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTACAAATAATTAAAATAATATGAACAATTA
TTTATTGCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTATCATAAAACAATATTTTAAACTCATACAAGCTT
ATTTAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAAATTTT
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* * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * *
6656408 ATAAATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAG-TTAGGTAAGCAGA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAACA-A
* * *
6656460 A-TTATTTTGTTAAATCTCTTATTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTGTTTTA-TT
1 ATTTATTTT-TTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT
* * * ** *
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64 C-AAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA
* * * ** *
6656583 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACCGGTTTAGCAAACAA
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* * *
6656636 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAGTATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
6656701 CAAATAAGCTTGTATGAAC-ATGAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAAAGTTTTATTTTTTAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAG---------GT-C
* **
6656765 ATAACTGATTTAAAACT-G-TACATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAAAACGTTT-GATA
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*
6656826 AATAA
175 AACAA
* * * *
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1 ATTTATTTTTTAAA-TCTCTTA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * * *
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63 TCAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA
* * * * ** *
6656958 AAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAATAGA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACA-A
* * * *
6657012 A-TTATTTTTTAAATCACTTATTA--ATTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTGT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TC
* *
6657073 GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAA
* * *
6657138 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAA
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* * *
6657188 ATTAATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
6657252 TAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAGTTGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAA
* * *
6657317 ATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACT
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6657354 TGATTGGTGA
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AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAA
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6658419 CTCTACCATT
*
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*
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* * *
6658468 AAATTAATATTATTATTAA
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6658487 T
1 T
6658488 TAGTATAATA
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* *
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*
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*
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6659186 ATTAATAAAT
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*
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1 TATTAATTAA
6659239 CTAATTTGTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.13
16 7 0.30
17 4 0.17
18 9 0.39
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (17 bp):
TATTAATTAATACTATA
Found at i:6659371 original size:26 final size:25
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Indices: 6659335--6659386 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
6659325 TAAATAATAA
6659335 TTATTAAAAATTATATATTTATAAAT
1 TTATTAAAAATTATA-ATTTATAAAT
* *
6659361 TTATTATAAATTATAATTTTTAAAT
1 TTATTAAAAATTATAATTTATAAAT
6659386 T
1 T
6659387 ATAGAATATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 10 0.42
26 14 0.58
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (25 bp):
TTATTAAAAATTATAATTTATAAAT
Found at i:6659386 original size:14 final size:14
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Period size: 14 Copynumber: 3.6 Consensus size: 14
6659332 TAATTATTAA
6659342 AAATTATATATTTAT
1 AAATTATA-ATTTAT
6659357 AAATT-T-A-TTAT
1 AAATTATAATTTAT
*
6659368 AAATTATAATTTTT
1 AAATTATAATTTAT
6659382 AAATTATA
1 AAATTATA
6659390 GAATATAATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 7
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 9 0.31
12 2 0.07
13 1 0.03
14 12 0.41
15 5 0.17
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Consensus pattern (14 bp):
AAATTATAATTTAT
Found at i:6659567 original size:24 final size:24
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Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
6659528 GTATTAGATT
*
6659538 TATTTTAATATCTTAATAATTATC
1 TATTTTAATATATTAATAATTATC
**
6659562 TATTTTGTTATATTAATAATTA
1 TATTTTAATATATTAATAATTA
6659584 AATTACTAGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 19 1.00
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Consensus pattern (24 bp):
TATTTTAATATATTAATAATTATC
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Indices: 6659669--6660788 Score: 976
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 181
6659659 TTAAATTTTC
* * * * * * *
6659669 AAAAATAAATCTATTTTCTAAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTC
1 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * *
6659733 TAATCGTTATTACCTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTGCATA-AAACTTTATTCAA
65 AAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAA
* * *
6659797 AATAAAGTAATACTAATTTATTAAAAATT-TAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA
128 AATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * ** * * * * * *
6659851 AAAACTAAATTTGTTTACCGAATGAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACATTTATTTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * * * **
6659916 AATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-GTATGGTTCTATTCATTCAATTTTATTCAAAA
66 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
** * * ***
6659980 TAAAATAATACTAATAAATCAATATTCTAAATATTAATAAGTTGGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * ** * * * *
6660032 AAAAA-AAAACTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * * * *
6660096 AATCATTATGA-CATTT-TTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTAATTTC-GAA
66 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAA
6660158 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTA
130 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * ** * *
6660209 AAAACTAAATATATTTTCTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATGATCTATTTCA
1 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * *
6660274 AATAGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAA-ATGTATTCAAAA
66 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAA
* * * * *
6660338 TAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAAATTTT
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* *** *
6660390 AAAAATAAATATGTTTA-TCGAGTTAGTTTAAATCA-TCATGA-CAGTTTGAACAATTATTTATT
1 AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT-AGTCATGACCA-TTTGAACAATTATTTATT
* * * * * *
6660452 TCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAG
63 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * * ** *
6660517 AATAAAATAATACTAATTGATTGATATTCTAAAATTTAGTAGGTAGGAGACTTA
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
** * * *
6660571 AAAAATAAATCTGTTTGGTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATTTATTTTA
1 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * * * *
6660636 AATTGTAATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATAT
66 AATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * ** * *
6660701 TAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* **
6660753 AAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGT
1 AAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGT
6660789 TATGTTTCTA
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 163, Indels: 50
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 11 0.01
178 118 0.16
179 16 0.02
180 138 0.18
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182 179 0.24
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATTTATTTCA
AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
Found at i:6661043 original size:299 final size:300
Alignment explanation
Indices: 6660490--6661066 Score: 766
Period size: 299 Copynumber: 1.9 Consensus size: 300
6660480 CTAAAACAAT
* ** * *
6660490 TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTGATTGATATTCTAAAATTTA
1 TGTTTCTATTCATACAAGTTCATTTAGAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTA
* * * **** *
6660555 GTAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTGGTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAA
66 ATAAGTAGGAGACTTAAAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTAA
* * * * *
6660620 ACAATTATTTATTTTAAATTGTAATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAT
131 ACAATTATCTATTTCAAATTGTAATGACCATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAA
* * * *
6660685 ACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAGTAAGTAAGAGAT
196 ACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAA-AAAT
*
6660750 TTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA
260 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA
6660791 TGTTTCTATTCATACAAGTTCATTT-GAAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATT
1 TGTTTCTATTCATACAAGTTCATTTAG-AATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATT
* * * * * *
6660855 AATAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGTTCATTTG
65 AATAAGTAGGAGACTTAAAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTA
* * * *
6660919 AACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCA
130 AACAATTATCTATTTCAAATTGTAATGACCATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
6660983 AACAATCTTATT-TTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAA
195 AACAAGCTTATTCAT-AATAAAATAATATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAA
6661047 TTTAAAAAATAAATATGTTT
259 TTTAAAAAATAAATATGTTT
6661067 TTTGAACATG
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 37, Indels: 7
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
298 22 0.09
299 83 0.35
300 53 0.22
301 79 0.33
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (300 bp):
TGTTTCTATTCATACAAGTTCATTTAGAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTA
ATAAGTAGGAGACTTAAAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTAA
ACAATTATCTATTTCAAATTGTAATGACCATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAA
ACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAATT
TAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA
Found at i:6661118 original size:145 final size:146
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Indices: 6660932--6661212 Score: 404
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
6660922 TATTATCTAT
* * * * * * *
6660932 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAATCTTATTTT
1 TTCAAATAGTGATGACACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCATATTTA
* *
6660997 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
6661060 TATGTTTTTTGAACATG
130 TATGTTTTTTGAACATG
* * * *
6661077 TTCAAATAGTGATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTA
1 TTCAAATAGTGATGACACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCATATTTA
*
6661142 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
*
6661207 TTGTTT
131 ATGTTT
6661213 ACTGAGCTAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 15, Indels: 3
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 95 0.80
146 24 0.20
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATAGTGATGACACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCATATTTA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
ATGTTTTTTGAACATG
Found at i:6661384 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 6661077--6661566 Score: 515
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 177
6661067 TTTGAACATG
* * * * *
6661077 TTCAAATAGTGATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCA-TATTT
1 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-ATTATTT
** * * *
6661141 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
65 GGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTT-AAAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * *
6661206 TTTGTTTACTGAGCTAA-TTCAAATCGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTAT
126 TTTATTTACTGA-CTAAGTCCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* *
6661258 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTG
* *
6661323 GAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTTTGAAAGTTAGTAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATT-ATTAATA-TTTAAAAATTA-TA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
6661388 CTATTTATTGATTAAGTCCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAT
127 TTATTTACTGACTAAGTCCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
6661439 TTCAAATAATTGT-TTCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTT
1 TTCAAATAGTTATGAT-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTT
* * *
6661502 GGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTAAAAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATT
65 GGAATAAAATAATACTAAT-TATTAATA-TTTAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
6661565 TA
128 TA
6661567 AAAACTAAAT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 40, Indels: 21
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 22 0.08
178 1 0.00
180 79 0.30
181 156 0.60
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTG
GAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
TTACTGACTAAGTCCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:6661567 original size:13 final size:13
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Indices: 6661549--6661577 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
6661539 TTAATAAGAG
6661549 ATTTAAAAACTAA
1 ATTTAAAAACTAA
6661562 ATTTAAAAACTAA
1 ATTTAAAAACTAA
6661575 ATT
1 ATT
6661578 ATTATAAATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.07, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (13 bp):
ATTTAAAAACTAA
Found at i:6662512 original size:9 final size:8
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Indices: 6662486--6662553 Score: 52
Period size: 8 Copynumber: 8.5 Consensus size: 8
6662476 TTGTAATTAG
*
6662486 TATTATTA
1 TATTATAA
6662494 TATTACT-A
1 TATTA-TAA
6662502 T-TTATAA
1 TATTATAA
6662509 TATTACTAA
1 TATTA-TAA
*
6662518 TAAT-TAA
1 TATTATAA
*
6662525 TATTATTA
1 TATTATAA
*
6662533 TAATATAA
1 TATTATAA
6662541 TAATTATAA
1 T-ATTATAA
6662550 TATT
1 TATT
6662554 TTTATAATGT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 12
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
6 1 0.02
7 11 0.23
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9 14 0.29
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (8 bp):
TATTATAA
Found at i:6662550 original size:25 final size:27
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Indices: 6662503--6662570 Score: 77
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
6662493 ATATTACTAT
*
6662503 TTATAATATTACTAATAATTAATATTA
1 TTATAATATTAATAATAATTAATATTA
* *
6662530 TTATAATA-TAATAATTA-TAATATTT
1 TTATAATATTAATAATAATTAATATTA
* *
6662555 TTATAATGTTAGTAAT
1 TTATAATATTAATAAT
6662571 TTTGTTCTCC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 3
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.40
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Consensus pattern (27 bp):
TTATAATATTAATAATAATTAATATTA
Found at i:6662907 original size:19 final size:18
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6662873 TGTTTGAAAT
6662883 ATTAATAATTAATATTTTA
1 ATTAATAATTAAT-TTTTA
*
6662902 ATTAATAATTTATTTTTA
1 ATTAATAATTAATTTTTA
6662920 AT
1 AT
6662922 AAAATAACAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
18 7 0.37
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Consensus pattern (18 bp):
ATTAATAATTAATTTTTA
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6662876 TTGAAATATT
*
6662886 AATAATTAATATTTTAATT
1 AATAATTAATATTTTAATA
*
6662905 AATAATTTAT-TTTTAATAA
1 AATAATTAATATTTTAAT-A
6662924 AATAACATTAATATTT
1 AAT-A-ATTAATATTT
6662940 GACTATTAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 5
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.25
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Consensus pattern (19 bp):
AATAATTAATATTTTAATA
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6663262 ATACATTTAA
*
6663272 AATAATATTATTATTTTATT
1 AATAATATTA-TATTTAATT
6663292 AATAATA--ATATTTAATT
1 AATAATATTATATTTAATT
*
6663309 AATAAATATTA-ATTAAATT
1 AAT-AATATTATATTTAATT
*
6663328 AATTATAT
1 AATAATAT
6663336 AAATTAGATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATATTATATTTAATT
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Indices: 6663288--6663324 Score: 51
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6663278 ATTATTATTT
6663288 TATTAA-TAAT-AA
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6663325 ATTAATTATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAATTAATAAA
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* *
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*
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TTTAATTATTATATAATAG
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6664395 ATAATTGTAC
* * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * **
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* * * * *
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* * *
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1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAA-TATT
* * * * **
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64 CAAATAATCATGACTATTT-AAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAGTTAAACTTATT
* * * **
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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TTTTAGAATACTAATAAATTTAAATTACTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAACAAAACCAATTG
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TTAAACTTACTCGATAAACAGATTCTTTTTTTAAATCTCCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTA
ATAAATTAATATTATCTTACTTCAAAAAAGCTTAT
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * *
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** * * * *
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* *
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** *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * **
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* * *
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TTTTAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
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1 AT
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ATTATAATAATTAAAATAA
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* *
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1 AAT
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* *
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AATTAATAATTA
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*
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*
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1 --TAATTAA
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*
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1 TA
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TAATTAA
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*
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AATAATTATTATAATCTAATTTTAAGCT
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* * *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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1 A
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*
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* * *
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* * * **
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* *
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* *
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*
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TAATAATATATAATTTAAAATTTATATATTATA
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*
6682023 TATTATTATAAAAT-TATTGATTAAAAAGTATA
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*
6682055 TATTCATTTTAATAATATATAATTTAAAATTATA
1 TATT-ATTATAA-AATATAT--TTTAAAATTATA
*
6682089 -ATTTATATAATAATATATATTTTAAAATTTATA
1 TA-TTAT-T-ATAAAATATATTTTAAAA-TTATA
*
6682122 TATTATT-TAAAATATA-TTTAAAACTATA
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1 T
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TATTATTATAAAATATATTTTAAAATTATA
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*
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*
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ATAATATATAATCATT
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* * *
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*
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ATTAAT
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6682903 TAATAAATTA
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* * *
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ATTAAAATTAATTATTAATAATTAAT
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6682898 TATAATAATA
*
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* *
6682947 TATTATTAATATC
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*
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AATTATTAATATT
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6682825 TAATTATTTA
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*
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** *
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*
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*
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* *
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*
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* *
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AATATTAATTAT
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*
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*
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*
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*
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1 T
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6682958 TCAAATAAAT
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*
6682985 ATTATATTATATTATATA
1 ATTA-ATTATAATATATA
6683003 TAAATTGCTA
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ATTAATTATAATATATA
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6683533 ATACTATTTT
6683543 ATTAT-TAT-ATTATATAAA
1 ATTATATATAATTATATAAA
**
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* *
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1 ATTATA
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ATTATATATAATTATATAAA
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6683858 GCTAAATTAA
* * ** * **
6683868 TAATATTCTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAATCAGTTCAAA
1 TAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCAGTTCAAA
* * * *
6683932 TAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
66 TAGTTAAGGCTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * *
6683996 TAAT-TACTTCAACTTATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
130 CAATGTTTTTC-AC-CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
* * * * * *
6684060 AATTATTGAGTAAGA-AATT-AGAAA-AAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATATTTTTGAC
193 AATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATATATTTATCCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
6684121 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT-TATATTTTATCATAAAATAAATT-TTT
257 TATTTGAACAATTATATATTTAAAATCGTTATAACCTCT-TAGTTTATCATAAAA-AAATTATTT
* * * * *
6684184 CA-GTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTAT
320 -ATCTTCATAAAAGCTTACTC-GAAATAAAATAATACTAATATAG
* * * *
6684227 TAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAA
1 TAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCAGTTCAAA
* * * *
6684292 TAATTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTGTTTTGTCATAAAAC
66 TAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * **
6684357 AATTGTTTTTCACCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAA
131 AA-TGTTTTTCACCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * * *
6684422 TTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAATATGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
195 TTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATATATTTATCCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * * *
6684487 TTGAACAATTATATATTTTCAATCGTTATAACCTCTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTT
260 TTGAACAATTATATATTTAAAATCGTTATAACCTCTTAGTTTATCATAAAAAAATTATTTATCTT
*
6684552 CATACAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACTAATATAG
325 CATAAAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACTAATATAG
* * * * * * *
6684590 TAATATTATGAAATTTAATAACTGATAGATTTAAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAA-CTAATTC
1 TAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TCAGTTTACCGAATC-AGTTC
* * * * **
6684653 AAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTT-TTTTGTCGCA
63 AAATAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATA
*** * * * * *
6684717 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-
127 AAAC-AATGTTTTTCACCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * *
6684781 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAAT-AAATCTATTTA-CCATACTAGTTCAATTAGTTAT
190 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATATATTTATCCAAAC-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
6684840 AACAATTTGAATATTTATTTATTTCAAATC
254 GACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATC
6684870 ATACTAAATT
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TAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATGTTTTTCACCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
TAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATATATTTATCCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATATATTTAAAATCGTTATAACCTCTTAGTTTATCATAAAAAAATTATTTATCTTC
ATAAAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACTAATATAG
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6683839 TTATTTAGAG
* * * * ** * *
6683849 TAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAAT-AAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAT
* * * * * *
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66 GTTTATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTC-AATCGTTATG
* * ** * *
6683975 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT-TACTTCAACTTATACATGCTTATTCGAAA
129 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCGAAA
* ** * * * * *
6684029 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATTGAGTAAGA-AATT-AGAAA-AAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAT
* * * * * **
6684091 ATTTA-CCAAACAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
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* * * *
6684155 CCTTATATTTTATCATAAAATAA-ATTTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAA
130 CCTT-TGTTTTGTCATAAAACAATATTTTTCA--TCATACAAGCTTATTC-GAAA
* * * * *
6684208 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACAT-AAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-
* * * * *
6684271 A-GTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG
64 ATGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAATCGTTATG
** * * * *
6684335 AATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCACCATACAAGCCTATTCAAAA
129 -ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAA
*
6684389 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAT
* *
6684454 GTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTCAATCGTTATAAC
66 GTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAATCGTTATGAC
* * * *
6684519 CTCTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTACTCGAAA
131 CT-TTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
6684571 TAAAATAATACTAATATAGTAATATTATG-AAATTTAATAACTGATAGATTTAAAAAA-ATAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AAAT
* * * * * * * *
6684634 TTATTTACCGAA-CTAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTA
64 ATGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTC-AATCGTTA
* ** * ** * * * *
6684697 TGACCTTTTTTTTTGTCGCAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAA
127 TGACC-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAA
* *
6684753 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG
6684794 AGATTTAATA
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 121, Indels: 58
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.01
179 126 0.21
180 45 0.07
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Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATAT
GTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAATCGTTATGAC
CTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAAA
Found at i:6685637 original size:180 final size:181
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Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 181
6685356 TCATACTATT
* * * ** * *
6685366 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTGATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA
1 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA
* ** * * *
6685431 AATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTCTA-T-GAATGATCATCTATTTCAA
66 AATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAA-AAT-TATTAGAATAATCATCTATTTCAA
* * * ***
6685494 ATCATTATCA-CATTTTCTTTTA-ACGTAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGC
129 ATCATTATCATC-TTTT-GTTTAGACATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAAGC
* * *
6685546 TTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA
* * ** * *
6685611 AATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCATAT
66 AATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAAATTATTAGAATAATCATCTATTTCAAAT
* * *
6685676 CATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAAGC
131 CATTATCATCTTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAAGC
* * * * * *
6685727 TTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATATGAAAGAGATTTTAAA
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* * *
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CATTATCATCTTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTTTCAGTCCATACAAGC
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* * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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167 3 0.00
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CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
Found at i:6686912 original size:537 final size:537
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * * ** *
6686963 TGAATAATTATTTATTGGAAATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTGTT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTT
* *
6687028 CATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAA-A-TT-AAGATAATTAATAAGTA
128 CATACAAG-TTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG--
* * * *
6687089 AAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTA
188 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
6687153 TTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACTAGCTT
252 TCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
6687216 ATTCGAAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTCAACAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
317 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
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** * * * ** * * *
6687344 GTCGTGAGC-TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTCAGTTCATATAAG-TCTATTTGAGAT--
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507 AATAATACTAATTATTAACATTCTAAAAATT
* * *
6687425 AA-AGAGTAATAGAATTAAAAAAAATGAATT-T-TCTTA-TCAATCAAGTTGAAATAGTTATGAC
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** * *** * * *
6687486 TAACTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT
60 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * *
6687551 ATTCGTGCAAGTGTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
125 GTTCATACAAGT-TATTTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
6687614 TATAA-TTTTAGAAAATAAAGCTACTTT-CTGAACAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
188 -A-AAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAC-CAA-ACTAGTTC-AATAGTTAAGACTATTTGAAC
* ** * *
6687675 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTA-TTTCTGTTCAAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 AATAAG-TAAAGATTTAAAAAATGAATTATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * ** * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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1 AATAAG-TAAAGA-TTTAAAAAATGAATTATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * **
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317 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
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382 TAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * *
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446 GTTATAACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * *
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* * * * * * * **
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* * * * * ** * *
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65 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GTTC
* * * * *
6689167 TTACTAACTTA-TTC-AGAATAAAATAA-A-AAAATTATTAATATTTTAAAAATTAAT
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AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTT
TTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTA
TTAACATTCTAAAAATT
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Alignment explanation
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** ***
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* * * *
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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* ** * * * *
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65 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATA
* * ** * * * *
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* * * * * * ** *
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190 ATTAAAAAATAAATCTGT-TTATGAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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505 AATAATACAAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* *** * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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700 TTAATATTTC-AAAAATTT
** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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570 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * * * *
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635 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATA
* *
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700 TTAATATTTCAAAAATTT
* * * * * * * *
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1 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATTTTACCAAATAAGTTCAAAT-ATCATGACCATTTGA
* * ** * *
6688753 ACATTTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTCA-TCAT
64 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCT-ATTCAT
* * **
6688817 ACTAGCTTATTC-GTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA
127 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* *
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191 -TTAAAAAATAAATCTGTTTAT-GAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
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254 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* *
6689001 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAAT
319 AAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * * **
6689066 TTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGGCTATAGGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTAT
383 CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * * * *
6689130 GACATTTTGTTTTATTGTTAAATAATTTTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-
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* * * * * * * * ** *
6689193 A-AAAATTATTAATATTTTAAAAATTAAT-CGATAAGAGATTTAATAAATAATTTTGTTTGTTGA
511 ACAAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAA
* * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (717 bp):
ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTACCAAATAAGTTCAAATATCATGACCATTTGAAT
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAA
GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAA
AAATAAATCTGTTTATGAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
ATAATACTAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
TGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAT
TAACATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAAT
TT
Found at i:6694382 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6694358--6694419 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
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*
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* *
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1 TTTAATTTTTTTATTTC
6694420 TTTTGATTAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
21 14 0.42
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Consensus pattern (21 bp):
TTTAATTTTTTTATTTCATGA
Found at i:6694391 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 6694364--6694414 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
6694354 TTATTTTAGA
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*
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1 TTTTTT
6694415 CTTTCTTTTG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.27
23 13 0.50
24 6 0.23
ACGTcount: A:0.18, C:0.04, G:0.02, T:0.76
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTTTATTTCATGATTTATT
Found at i:6696390 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 6696375--6696407 Score: 57
Period size: 10 Copynumber: 3.2 Consensus size: 10
6696365 AGGAGTATTA
6696375 TTTTTATTTT
1 TTTTTATTTT
6696385 TTTTTATTTT
1 TTTTTATTTT
6696395 ATTTTTATTTT
1 -TTTTTATTTT
6696406 TT
1 TT
6696408 GCAAAAAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
10 12 0.55
11 10 0.45
ACGTcount: A:0.12, C:0.00, G:0.00, T:0.88
Consensus pattern (10 bp):
TTTTTATTTT
Done.