Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 19268551 ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.18, T:0.31 Warning! 68000 characters in sequence are not A, C, G, or T File 61 of 120 Found at i:6830695 original size:47 final size:44 Alignment explanation
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Indices: 6836130--6836199 Score: 94 Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35 6836120 TGACTAATTA * 6836130 ATTAACTTATTTAAAAATTAATAAATCTTATACTT 1 ATTAACTTATTTAAAAATTAATAAATCTAATACTT 6836165 ATTAA-TT-TTTAAAATATTAATAAAT-TAATA-TT 1 ATTAACTTATTTAAAA-ATTAATAAATCTAATACTT 6836197 ATT 1 ATT 6836200 TTAATCCGAA Statistics Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 5 0.85 0.03 0.13 Matches are distributed among these distances: 32 5 0.15 33 11 0.33 34 12 0.36 35 5 0.15 ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (35 bp): ATTAACTTATTTAAAAATTAATAAATCTAATACTT Found at i:6836469 original size:181 final size:177 Alignment explanation
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Indices: 6836507--6836847 Score: 420 Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177 6836497 AAACATATTT * 6836507 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATATTATTTCAAATAAG 1 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGAATTATATTATTTCAAATAAG * * * * * * * * 6836572 TTAGTATAGATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAA 66 CTAGTACAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAA * * * 6836637 TTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCCAATTGATTC 131 TTATTCAAACAGTCATAAATAATTGAACTGGTCAGGCCAATTGATTC * * * 6836684 ATTTTTTAAATCTATTCTTATTAA-TTTTAAAATATTGATAAATTAGTATTACT-TTATTTCAAA 1 ATTTTTTAAATC---TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGAATTA-TATTATTTCAAA * * 6836747 TAAGACT-GTACAAACAGAAATAATTATTTTATGACAATAC-AAATGGTCATAATAATTTGAAAT 62 TAAG-CTAGTACAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATAATTTGAAAT * * * 6836810 AAATAATTGTTCAAATAGTTATAAATAATTGAACTGGT 125 AAATAATTATTCAAACAGTCATAAATAATTGAACTGGT 6836848 TTAGTAAACA Statistics Matches: 138, Mismatches: 20, Indels: 10 0.82 0.12 0.06 Matches are distributed among these distances: 177 12 0.09 178 4 0.03 179 111 0.80 180 11 0.08 ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (177 bp): ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGAATTATATTATTTCAAATAAG CTAGTACAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAA TTATTCAAACAGTCATAAATAATTGAACTGGTCAGGCCAATTGATTC Found at i:6836871 original size:179 final size:176 Alignment explanation
Indices: 6836151--6836908 Score: 593 Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 176 6836141 TAAAAATTAA * * * * * 6836151 TAAATCTTATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAGGCT 1 TAAATCTT-TACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCT * * * * * * * ** 6836216 TTAATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGAGAAAACAAAAAGTCATAACAATTAGAAATAAATAATT 63 GT-ATAAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATT * * ** * * * 6836281 GTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTTGATAAATAAATTTATTTTT 126 ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGATAAACAATTTTATTTTT * * * * * 6836332 TAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCT-GAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAAGC 1 TAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGC * * * * * * * 6836396 TTGTATGAATAGAAAATTTTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTAGAAATAGATAAT 62 -TGTATAAATAGAAAA-ATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTAGAAATAAATAAT * * * * 6836461 TATTCAAATAGTTATAATTATTTGTACTTGTTCGATAAAC-ATATTTATTTTT 125 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAT-TTTATTTTT * * * * 6836513 TAAATC--T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATATTATTTCAAATAAGTTA 1 TAAATCTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTTCAAATAAGCT- * * * ** * 6836575 GTATAGATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATT 63 GTATAAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATT * * * * ** 6836639 ATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAG---GCCAATTGATTCATTTTT 126 ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGATAAACAATT--TT-ATTTTT * 6836690 TAAATCTATT-CTTATTAATTTTAAAATATTGATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGACT 1 TAAATCT-TTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAG-CT * * * * * * * 6836754 GTACAAACAGAAATAATTATTTTATGACAATACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTG 63 GTATAAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTA * * * * 6836819 TTCAAATAGTTATAAATAATTGAACTGGTTTAG-TAAACAATTTTACTTTT 127 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG-TTAGATAAACAATTTTATTTTT * * 6836869 TAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATT 1 TAAATCT-TTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATT 6836909 CATTGTTTGT Statistics Matches: 463, Mismatches: 87, Indels: 54 0.77 0.14 0.09 Matches are distributed among these distances: 174 2 0.00 175 2 0.00 176 5 0.01 177 122 0.26 178 11 0.02 179 123 0.27 180 31 0.07 181 157 0.34 182 10 0.02 ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (176 bp): TAAATCTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGCTGTA TAAATAGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTATTCA AATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGATAAACAATTTTATTTTT Found at i:6837016 original size:19 final size:19 Alignment explanation
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Indices: 6838819--6838887 Score: 102 Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34 6838809 TTAAATATTA 6838819 ATTATTAATGATAAACTATATTATTATCTTAATT 1 ATTATTAATGATAAACTATATTATTATCTTAATT * * 6838853 ATTATTAATTATAACATTATTATTATTATCTTAAT 1 ATTATTAATGATAA-ACTA-TATTATTATCTTAAT 6838888 AATAACAATT Statistics Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2 0.89 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 34 13 0.42 35 3 0.10 36 15 0.48 ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.01, T:0.52 Consensus pattern (34 bp): ATTATTAATGATAAACTATATTATTATCTTAATT Found at i:6840509 original size:145 final size:145 Alignment explanation
Indices: 6840239--6840502 Score: 342 Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145 6840229 TTTCAAAACA ** * 6840239 TTATGACATTTTGTTTTTCCATAAAACAATTGGTTCCGTTCATGCAAGCATATTTTGAATAAAAT 1 TTATGACATTTTGTTTTTCCATAAAACAATTGGTTCCGTTCAAACAAGCATATTTGGAATAAAAT * * * 6840304 AATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAATAATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTG 66 AATATAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAATAAATTTAAAAAATAAAGCTATTTTCTG 6840369 AACACATTCAAATAG 131 AACACATTCAAATAG * * * 6840384 TTATGAC-TATTTGTTTTAT-CATAAACCAATTGTTTCTC-TTCAAACAAGCTTATTTGGAATAA 1 TTATGACAT-TTTGTTTT-TCCATAAAACAATTGGTTC-CGTTCAAACAAGCATATTTGGAATAA * 6840446 AATAAT-TCTAATTAATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA 63 AATAATAT-AAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AATAA-ATTTAAAAAATAAA 6840503 TTTATTTACC Statistics Matches: 103, Mismatches: 10, Indels: 12 0.82 0.08 0.10 Matches are distributed among these distances: 144 16 0.16 145 85 0.83 146 2 0.02 ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38 Consensus pattern (145 bp): TTATGACATTTTGTTTTTCCATAAAACAATTGGTTCCGTTCAAACAAGCATATTTGGAATAAAAT AATATAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAATAAATTTAAAAAATAAAGCTATTTTCTG AACACATTCAAATAG Found at i:6840765 original size:182 final size:179 Alignment explanation
Indices: 6840375--6840781 Score: 435 Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 179 6840365 TCTGAACACA * * * ** 6840375 TTCAAATAGTTATGACTATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTCTTCAAACAAGCTTATTTG 1 TTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCAAACAAGCTTATTTG * * * 6840440 GAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT 65 GAATAAAATAATACTAATTAATTAACATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT * *** * * * ** * 6840505 TATTTACCTAGTGATTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTAT 130 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTCATGATCATTTGAACAATTATCTAT * * * * * 6840555 TTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCGATTCATACAAGTTTATTTG 1 TTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCAAACAAGCTTATTTG ** * 6840620 GAATAAAATAATACTAA-TATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCTGATTA-ATTTAAAAAATT 65 GAATAAAATAATACTAATTA-ATTAACATTC-AAAAATTAATAAG-T-AAAAGATTTAAAAAATA * 6840683 AA-TTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACTATTATCTAT 126 AATTTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTCATGAT-CATTTGAACAATTATCTAT * * * 6840737 TTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC 1 TTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC 6840782 TTATCGATCA Statistics Matches: 187, Mismatches: 32, Indels: 14 0.80 0.14 0.06 Matches are distributed among these distances: 179 2 0.01 180 77 0.41 181 19 0.10 182 87 0.47 183 2 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.43 Consensus pattern (179 bp): TTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCAAACAAGCTTATTTGG AATAAAATAATACTAATTAATTAACATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTCATGATCATTTGAACAATTATCTAT Found at i:6841388 original size:24 final size:24 Alignment explanation
Indices: 6841321--6841406 Score: 65 Period size: 25 Copynumber: 3.7 Consensus size: 24 6841311 CTAATAAATA * * * 6841321 AATAATTATATTTATTA-ATTTTC 1 AATAATTATATTAAATATATTTTT * 6841344 AA-AA-TAT-TTAACAAATA-TTTT 1 AATAATTATATTAA-ATATATTTTT 6841365 AATAATTATTATTAAATATATTTTT 1 AATAATTA-TATTAAATATATTTTT * * 6841390 ACTAATTATATTTAATA 1 AATAATTATATTAAATA 6841407 CTATAAAATA Statistics Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 13 0.71 0.10 0.19 Matches are distributed among these distances: 20 3 0.06 21 9 0.18 22 5 0.10 23 4 0.08 24 13 0.27 25 15 0.31 ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.00, T:0.51 Consensus pattern (24 bp): AATAATTATATTAAATATATTTTT Found at i:6841541 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6841499--6841551 Score: 56 Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17 6841489 AAATAATTGT 6841499 TATAATTAA--ATAATAA 1 TATAATTAATTATAAT-A * 6841515 TCTAATTTAATTATAATA 1 TATAA-TTAATTATAATA * 6841533 TATAATTAATTAAAATA 1 TATAATTAATTATAATA 6841550 TA 1 TA 6841552 ATACAAATAT Statistics Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 5 0.79 0.08 0.13 Matches are distributed among these distances: 16 4 0.13 17 17 0.55 18 5 0.16 19 5 0.16 ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43 Consensus pattern (17 bp): TATAATTAATTATAATA Found at i:6841542 original size:22 final size:22 Alignment explanation
Indices: 6841501--6841554 Score: 67 Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22 6841491 ATAATTGTTA 6841501 TAATTA-AATAATAATCTAATT 1 TAATTATAATAATAATCTAATT 6841522 TAATTATAATATATAAT-TAATT 1 TAATTATAATA-ATAATCTAATT * * 6841544 AAAATATAATA 1 TAATTATAATA 6841555 CAAATATTTA Statistics Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 3 0.85 0.06 0.09 Matches are distributed among these distances: 21 6 0.21 22 18 0.62 23 5 0.17 ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.00, T:0.43 Consensus pattern (22 bp): TAATTATAATAATAATCTAATT Found at i:6841647 original size:13 final size:13 Alignment explanation
Indices: 6841631--6841655 Score: 50 Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13 6841621 AATACAAATA 6841631 AATCTAATTATTT 1 AATCTAATTATTT 6841644 AATCTAATTATT 1 AATCTAATTATT 6841656 AAATAAATTA Statistics Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 13 12 1.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.00, T:0.52 Consensus pattern (13 bp): AATCTAATTATTT Found at i:6841852 original size:14 final size:14 Alignment explanation
Indices: 6841829--6841865 Score: 51 Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 14 6841819 TTGTCCAAAA 6841829 TAAA-AATAATTAT 1 TAAATAATAATTAT * 6841842 TTAATAATAATTAT 1 TAAATAATAATTAT 6841856 TAAAT-ATAAT 1 TAAATAATAAT 6841866 AAACAATTAT Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2 0.84 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 13 8 0.38 14 13 0.62 ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43 Consensus pattern (14 bp): TAAATAATAATTAT Found at i:6842060 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 6842012--6842061 Score: 57 Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18 6842002 TATTAAAGAT 6842012 ATTATTTATATATAATTTA 1 ATTATTTATAT-TAATTTA ** 6842031 A-TAAATATTATTAATTTA 1 ATTATTTA-TATTAATTTA 6842049 ATTATTTATATTA 1 ATTATTTATATTA 6842062 TATATAATAT Statistics Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 5 0.74 0.12 0.15 Matches are distributed among these distances: 18 17 0.68 19 8 0.32 ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56 Consensus pattern (18 bp): ATTATTTATATTAATTTA Found at i:6842081 original size:35 final size:37 Alignment explanation
Indices: 6842012--6842087 Score: 95 Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37 6842002 TATTAAAGAT * 6842012 ATTATTTATATATAATTTAATAAATATTATTAATTTA 1 ATTATTTATATATAATATAATAAATATTATTAATTTA * * 6842049 ATTATTTATAT-TATATATAATATA-ATTA-TAATTTG 1 ATTATTTATATATA-ATATAATAAATATTATTAATTTA 6842084 ATTA 1 ATTA 6842088 ATAATAAATT Statistics Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 4 0.83 0.07 0.10 Matches are distributed among these distances: 35 10 0.29 36 6 0.17 37 19 0.54 ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.01, T:0.54 Consensus pattern (37 bp): ATTATTTATATATAATATAATAAATATTATTAATTTA Found at i:6842256 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 6842220--6842258 Score: 51 Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18 6842210 AATTAGAATT ** 6842220 AATATATTGTTATTGAAA 1 AATATATTGTTATAAAAA * 6842238 AATATATTTTTATAAAAA 1 AATATATTGTTATAAAAA 6842256 AAT 1 AAT 6842259 TATCTAACTA Statistics Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0 0.86 0.14 0.00 Matches are distributed among these distances: 18 18 1.00 ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.05, T:0.44 Consensus pattern (18 bp): AATATATTGTTATAAAAA Found at i:6842701 original size:15 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6842648--6842717 Score: 58 Period size: 16 Copynumber: 4.2 Consensus size: 17 6842638 TGTAATAATT * 6842648 TAATAAATTATTATAATA 1 TAAT-AATTATTATTATA * * * 6842666 T-GTAATTATAATTGTA 1 TAATAATTATTATTATA 6842682 T-ATAA-TA-TATTATA 1 TAATAATTATTATTATA 6842696 TAATAATTATTTATTATA 1 TAATAATTA-TTATTATA 6842714 TAAT 1 TAAT 6842718 TTAATTGGAC Statistics Matches: 41, Mismatches: 7, Indels: 8 0.73 0.12 0.14 Matches are distributed among these distances: 14 6 0.15 15 6 0.15 16 16 0.39 17 1 0.02 18 12 0.29 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.03, T:0.50 Consensus pattern (17 bp): TAATAATTATTATTATA Found at i:6842722 original size:23 final size:23 Alignment explanation
Indices: 6842642--6842722 Score: 67 Period size: 23 Copynumber: 3.4 Consensus size: 23 6842632 GTATCATGTA 6842642 ATAATTTAATAAATTATTATAATAT 1 ATAATTTAAT-AATTATT-TAATAT * * 6842667 GTAA-TT-ATAATTGTATATAATAT 1 ATAATTTAATAA-T-TATTTAATAT * * * 6842690 ATTATATAATAATTATTTATTAT 1 ATAATTTAATAATTATTTAATAT 6842713 ATAATTTAAT 1 ATAATTTAAT 6842723 TGGACATATA Statistics Matches: 43, Mismatches: 9, Indels: 10 0.69 0.15 0.16 Matches are distributed among these distances: 22 2 0.05 23 27 0.63 24 7 0.16 25 7 0.16 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.02, T:0.51 Consensus pattern (23 bp): ATAATTTAATAATTATTTAATAT Found at i:6842816 original size:13 final size:12 Alignment explanation
Indices: 6842770--6842821 Score: 54 Period size: 13 Copynumber: 4.2 Consensus size: 12 6842760 ATTGTTTGAC 6842770 AATAATAGTTAAT 1 AATAATA-TTAAT 6842783 AA-AATATTAAT 1 AATAATATTAAT 6842794 AATAACTATTAACT 1 AATAA-TATTAA-T * 6842808 ACTAATATT-AT 1 AATAATATTAAT 6842819 AAT 1 AAT 6842822 TAATTATAAG Statistics Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 8 0.77 0.05 0.18 Matches are distributed among these distances: 11 10 0.29 12 7 0.21 13 12 0.35 14 5 0.15 ACGTcount: A:0.54, C:0.06, G:0.02, T:0.38 Consensus pattern (12 bp): AATAATATTAAT Found at i:6842861 original size:6 final size:6 Alignment explanation
Indices: 6842814--6842945 Score: 57 Period size: 6 Copynumber: 22.2 Consensus size: 6 6842804 AACTACTAAT * * 6842814 ATTATA A-T-TA ATTATA AGTTATA ATTAAA ATTAT- TTGCTATA ATTAT- 1 ATTATA ATTATA ATTATA A-TTATA ATTATA ATTATA AT--TATA ATTATA * * * * 6842861 ATTTTA ATTTTA ATT-TA ATTATTA A-TAGTA ATTA-A GTTATTTT ATTATA 1 ATTATA ATTATA ATTATA ATTA-TA ATTA-TA ATTATA ATTA--TA ATTATA * * 6842910 AGTTATA ATAATA ATT-TA A-TATT ATTATA ATTATA A 1 A-TTATA ATTATA ATTATA ATTATA ATTATA ATTATA A 6842946 ATATTGAATT Statistics Matches: 96, Mismatches: 14, Indels: 32 0.68 0.10 0.23 Matches are distributed among these distances: 4 4 0.04 5 21 0.22 6 47 0.49 7 20 0.21 8 4 0.04 ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.04, T:0.52 Consensus pattern (6 bp): ATTATA Found at i:6843632 original size:176 final size:177 Alignment explanation
Indices: 6843432--6843756 Score: 395 Period size: 177 Copynumber: 1.8 Consensus size: 177 6843422 TTAATTTTTA * ** * * * 6843432 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TA 1 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAACTA * * 6843496 AAA-ACTATT-ATTTATAATAGAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA 66 AAACA-T-TTGATTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA * * 6843559 GTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT 129 GTCATAACTATTAGAACTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT * ** * * 6843608 CTTATTAATTTTGGAAATATTAATAGATTAGTACTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACTA 1 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAACTA * * * * * * * * 6843673 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT 66 AAACATTTGATTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT * 6843738 CATAATTATTAGAACTGGT 131 CATAACTATTAGAACTGGT 6843757 ATGAATATAA Statistics Matches: 122, Mismatches: 24, Indels: 5 0.81 0.16 0.03 Matches are distributed among these distances: 176 53 0.43 177 68 0.56 178 1 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.39 Consensus pattern (177 bp): CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAACTA AAACATTTGATTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT CATAACTATTAGAACTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT Found at i:6844083 original size:12 final size:12 Alignment explanation
Indices: 6844066--6844113 Score: 53 Period size: 12 Copynumber: 4.0 Consensus size: 12 6844056 ATATTTGGAT 6844066 AATATTATTATA 1 AATATTATTATA * 6844078 AATATTAATATA 1 AATATTATTATA * * 6844090 ATTATTAATAATA 1 AATATT-ATTATA 6844103 AAT-TTATTATA 1 AATATTATTATA 6844114 TTTTTATTAA Statistics Matches: 29, Mismatches: 6, Indels: 3 0.76 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 11 5 0.17 12 18 0.62 13 6 0.21 ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (12 bp): AATATTATTATA Found at i:6844088 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 6844064--6844113 Score: 57 Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18 6844054 TAATATTTGG 6844064 ATAATATTATTATAAATA 1 ATAATATTATTATAAATA * * * 6844082 TTAATATAATTATTAATA 1 ATAATATTATTATAAATA 6844100 ATAA-ATTTATTATA 1 ATAATA-TTATTATA 6844114 TTTTTATTAA Statistics Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 2 0.76 0.18 0.06 Matches are distributed among these distances: 17 1 0.04 18 24 0.96 ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (18 bp): ATAATATTATTATAAATA Found at i:6845124 original size:22 final size:21 Alignment explanation
Indices: 6845099--6845140 Score: 57 Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21 6845089 AAGTTTGGTA * 6845099 AATTTAATTATACTATAATTAT 1 AATTTAATTATAATA-AATTAT * 6845121 AATTTTATTATAATAAATTA 1 AATTTAATTATAATAAATTA 6845141 AATATTATTT Statistics Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1 0.86 0.10 0.05 Matches are distributed among these distances: 21 5 0.28 22 13 0.72 ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (21 bp): AATTTAATTATAATAAATTAT Found at i:6845195 original size:16 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6845153--6845205 Score: 54 Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17 6845143 TATTATTTGT * * 6845153 ATAATATAATTTTTATA 1 ATAATATAATGTATATA * 6845170 CTAATATAATGTATA-A 1 ATAATATAATGTATATA * * 6845186 ATAATTTAATTTATATA 1 ATAATATAATGTATATA 6845203 ATA 1 ATA 6845206 TTACAATATT Statistics Matches: 29, Mismatches: 6, Indels: 2 0.78 0.16 0.05 Matches are distributed among these distances: 16 13 0.45 17 16 0.55 ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.47 Consensus pattern (17 bp): ATAATATAATGTATATA Found at i:6845312 original size:27 final size:26 Alignment explanation
Indices: 6845257--6845317 Score: 61 Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26 6845247 TTATAATTAT * * 6845257 AATAAGTTATAATTTTATTAGTTACTA 1 AATAA-TTATAATTTAATTAGTTAATA 6845284 AATAATTATTAATTTAATATA-TTAATA 1 AATAATTA-TAATTTAAT-TAGTTAATA 6845311 AACTAAT 1 AA-TAAT 6845318 ATTCATATTT Statistics Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 5 0.81 0.06 0.14 Matches are distributed among these distances: 26 3 0.10 27 20 0.69 28 6 0.21 ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.03, T:0.46 Consensus pattern (26 bp): AATAATTATAATTTAATTAGTTAATA Found at i:6845368 original size:32 final size:33 Alignment explanation
Indices: 6845332--6845403 Score: 96 Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33 6845322 ATATTTTTAT * 6845332 ATTATTATAAGT-ATACTTATAATT-AATTAATA 1 ATTATTAT-AGTAATACTTATAATTAAATAAATA * 6845364 ATTATTATAGTAATATTTATAATTAAATAAATA 1 ATTATTATAGTAATACTTATAATTAAATAAATA 6845397 A-TATTAT 1 ATTATTAT 6845404 TAATTATATA Statistics Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 4 0.86 0.05 0.10 Matches are distributed among these distances: 31 3 0.08 32 25 0.69 33 8 0.22 ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.03, T:0.47 Consensus pattern (33 bp): ATTATTATAGTAATACTTATAATTAAATAAATA Found at i:6845398 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 6845374--6845418 Score: 56 Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21 6845364 ATTATTATAG 6845374 TAATATT-TATAATTAAATAAA 1 TAATATTAT-TAATTAAATAAA * * 6845395 TAATATTATTAATTATATATA 1 TAATATTATTAATTAAATAAA 6845416 TAA 1 TAA 6845419 ATAATAAATA Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2 0.84 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 21 20 0.95 22 1 0.05 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (21 bp): TAATATTATTAATTAAATAAA Found at i:6845413 original size:29 final size:30 Alignment explanation
Indices: 6845330--6845431 Score: 84 Period size: 29 Copynumber: 3.2 Consensus size: 30 6845320 TCATATTTTT * 6845330 ATATTATTATAAGTATACTTATAATTAATTAATA 1 ATATTA-TATAA-TATA--TATAATTAAATAATA * 6845364 ATTATTATAGTAATATTTATAATTAAATAAATA 1 A-TATTATA-TAATATATATAATTAAAT-AATA 6845397 ATATTAT-TAAT-TATAT-ATATAAATAATAA 1 ATATTATATAATATATATAAT-TAAATAAT-A 6845426 ATATTA 1 ATATTA 6845432 ACATAATTAT Statistics Matches: 60, Mismatches: 3, Indels: 15 0.77 0.04 0.19 Matches are distributed among these distances: 28 5 0.08 29 16 0.27 30 4 0.07 32 16 0.27 33 5 0.08 34 6 0.10 35 8 0.13 ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.02, T:0.46 Consensus pattern (30 bp): ATATTATATAATATATATAATTAAATAATA Found at i:6845425 original size:32 final size:32 Alignment explanation
Indices: 6845332--6845428 Score: 92 Period size: 32 Copynumber: 3.0 Consensus size: 32 6845322 ATATTTTTAT * 6845332 ATTATTATAAGT-ATACT-TATAATTAATTAATA 1 ATTATTATAA-TAATA-TATATAATTAATAAATA * * 6845364 ATTATTATAGTAATATTTATAATTAAATAAATA 1 ATTATTATAATAATATATATAATT-AATAAATA * * 6845397 A-TATTATTAATTATATATATAAATAATAAATA 1 ATTATTA-TAATAATATATATAATTAATAAATA 6845429 TTAACATAAT Statistics Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 8 0.80 0.09 0.12 Matches are distributed among these distances: 31 2 0.04 32 32 0.58 33 21 0.38 ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.02, T:0.45 Consensus pattern (32 bp): ATTATTATAATAATATATATAATTAATAAATA Found at i:6845445 original size:15 final size:14 Alignment explanation
Indices: 6845360--6845446 Score: 52 Period size: 15 Copynumber: 6.0 Consensus size: 14 6845350 ATAATTAATT 6845360 AATAATTATTA-TA 1 AATAATTATTATTA * * 6845373 GTAATATTTATAATTA 1 --AATAATTATTATTA * * 6845389 AATAAATAATATT- 1 AATAATTATTATTA * 6845402 ATTAATTATATATATA 1 AATAATTAT-TAT-TA * * 6845418 AATAATAAATATTA 1 AATAATTATTATTA 6845432 ACATAATTATTATTA 1 A-ATAATTATTATTA 6845447 TATATAGGTT Statistics Matches: 53, Mismatches: 14, Indels: 10 0.69 0.18 0.13 Matches are distributed among these distances: 13 6 0.11 14 15 0.28 15 24 0.45 16 8 0.15 ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.01, T:0.45 Consensus pattern (14 bp): AATAATTATTATTA Found at i:6845567 original size:27 final size:26 Alignment explanation
Indices: 6845521--6845571 Score: 68 Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26 6845511 AATTGAAATC * 6845521 TATTAATTTATACATAATATAAATAA 1 TATTAATTTATAAATAATATAAATAA 6845547 TATTATATTTATAAACT-ATATAAAT 1 TATTA-ATTTATAAA-TAATATAAAT 6845572 TAAATAGTAT Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 26 5 0.23 27 16 0.73 28 1 0.05 ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (26 bp): TATTAATTTATAAATAATATAAATAA Found at i:6845648 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 6845624--6845662 Score: 53 Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19 6845614 GCCTTCTCAA 6845624 TTAAA-TATTTATATTATAT 1 TTAAATTATTTATA-TATAT * 6845643 TTAAATTATTTTTATATAT 1 TTAAATTATTTATATATAT 6845662 T 1 T 6845663 AATTAATTTA Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2 0.86 0.05 0.10 Matches are distributed among these distances: 19 11 0.61 20 7 0.39 ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62 Consensus pattern (19 bp): TTAAATTATTTATATATAT Found at i:6845749 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 6845707--6845749 Score: 50 Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21 6845697 ATGCTTTTAC * * 6845707 ATTAATTTATATAAAATTAAT 1 ATTAATTTATAGAAAATAAAT * * 6845728 ATTAATTTTTAGAATATAAAT 1 ATTAATTTATAGAAAATAAAT 6845749 A 1 A 6845750 AATTAGCATT Statistics Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0 0.82 0.18 0.00 Matches are distributed among these distances: 21 18 1.00 ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.02, T:0.47 Consensus pattern (21 bp): ATTAATTTATAGAAAATAAAT Found at i:6846821 original size:85 final size:83 Alignment explanation
Indices: 6846701--6846873 Score: 183 Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 83 6846691 ATAAATAATT * ** * 6846701 ATATTTATTAATTTTCAAAATATTTAAAAAATATTT-TAATAATTATTATTAAAT-ATATTTTTA 1 ATATATATTAATTTT-AAAATATTTAAAAAATATTTAT-ATAATTAAAATTAAATAAAATTTTTA * 6846764 C-TAGTTATATTTAATACTAAA 64 CTTA-TTA-ATTTAAAACTAAA * * 6846785 ATATATATTAATTTT-AAATATTTAATCAAATTTATTTATATAATTAAAATTAATTAAAATTTTT 1 ATATATATTAATTTTAAAATATTTAA--AAA-ATATTTATATAATTAAAATTAAATAAAATTTTT * 6846849 ACTTATTAATTTAAAATTAAA 63 ACTTATTAATTTAAAACTAAA 6846870 ATAT 1 ATAT 6846874 TTGTTATAAT Statistics Matches: 75, Mismatches: 8, Indels: 11 0.80 0.09 0.12 Matches are distributed among these distances: 82 10 0.13 84 17 0.23 85 33 0.44 86 13 0.17 87 2 0.03 ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.01, T:0.50 Consensus pattern (83 bp): ATATATATTAATTTTAAAATATTTAAAAAATATTTATATAATTAAAATTAAATAAAATTTTTACT TATTAATTTAAAACTAAA Found at i:6846920 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6846878--6846930 Score: 56 Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17 6846868 AAATATTTGT 6846878 TATAATTAA--ATAATAA 1 TATAATTAATTATAAT-A * 6846894 TCTAATTTAATTATAATA 1 TATAA-TTAATTATAATA * 6846912 TATAATTAATTAAAATA 1 TATAATTAATTATAATA 6846929 TA 1 TA 6846931 ATATAAATAT Statistics Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 5 0.79 0.08 0.13 Matches are distributed among these distances: 16 4 0.13 17 17 0.55 18 5 0.16 19 5 0.16 ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43 Consensus pattern (17 bp): TATAATTAATTATAATA Found at i:6846921 original size:22 final size:23 Alignment explanation
Indices: 6846880--6846935 Score: 73 Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23 6846870 ATATTTGTTA 6846880 TAATTA-AATA-ATAATCTAATT 1 TAATTATAATATATAATCTAATT 6846901 TAATTATAATATATAAT-TAATT 1 TAATTATAATATATAATCTAATT * * 6846923 AAAATATAATATA 1 TAATTATAATATA 6846936 AATATTTAAA Statistics Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3 0.86 0.06 0.08 Matches are distributed among these distances: 21 6 0.19 22 20 0.65 23 5 0.16 ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43 Consensus pattern (23 bp): TAATTATAATATATAATCTAATT Found at i:6847085 original size:13 final size:13 Alignment explanation
Indices: 6847067--6847091 Score: 50 Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13 6847057 AATAGAAATA 6847067 AATCTAATTATTT 1 AATCTAATTATTT 6847080 AATCTAATTATT 1 AATCTAATTATT 6847092 AATAAAGTAT Statistics Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 13 12 1.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.00, T:0.52 Consensus pattern (13 bp): AATCTAATTATTT Found at i:6847147 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 6847117--6847179 Score: 60 Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21 6847107 ACTTTATTAT 6847117 ATAAACTATTGTTATAAGTATA 1 ATAAACTATTGTTATAA-TATA * 6847139 ATAAA-TATTG-CATAATATA 1 ATAAACTATTGTTATAATATA * * 6847158 ATAAAATTATTGTT-TATTATA 1 AT-AAACTATTGTTATAATATA 6847179 A 1 A 6847180 ATTAAATATT Statistics Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 7 0.78 0.07 0.16 Matches are distributed among these distances: 19 6 0.17 20 7 0.20 21 17 0.49 22 5 0.14 ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.43 Consensus pattern (21 bp): ATAAACTATTGTTATAATATA Found at i:6847663 original size:21 final size:23 Alignment explanation
Indices: 6847632--6847677 Score: 78 Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23 6847622 TTAATTATTT 6847632 ATAATTTAATATTTGAA-ATTAA 1 ATAATTTAATATTTGAATATTAA 6847654 ATAA-TTAATATTTGAATATTAA 1 ATAATTTAATATTTGAATATTAA 6847676 AT 1 AT 6847678 TGATATTATC Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 21 12 0.52 22 11 0.48 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.04, T:0.46 Consensus pattern (23 bp): ATAATTTAATATTTGAATATTAA Found at i:6848568 original size:16 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6848547--6848579 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 6848537 TAATGATTTA 6848547 AAATAG-ATAATTATTC 1 AAATAGTATAATTATTC 6848563 AAATAGTTATAATTATT 1 AAATAG-TATAATTATT 6848580 TGACTAAAGA Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42 Consensus pattern (17 bp): AAATAGTATAATTATTC Found at i:6848962 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 6848938--6849025 Score: 51 Period size: 21 Copynumber: 4.3 Consensus size: 21 6848928 TACTGAATAA 6848938 AATTAATATAATAATAATTAT 1 AATTAATATAATAATAATTAT ** * * 6848959 AATTGTTTTCATAAATTAATTA- 1 AATTAATATAAT-AA-TAATTAT 6848981 AATTAAT-TAAT-AT-ATTAT 1 AATTAATATAATAATAATTAT * * * 6848999 AAATATTAT-ATTATAAATTAT 1 AATTAATATAATAAT-AATTAT 6849020 AATTAA 1 AATTAA 6849026 CAATATGTAT Statistics Matches: 49, Mismatches: 11, Indels: 14 0.66 0.15 0.19 Matches are distributed among these distances: 17 4 0.08 18 8 0.16 19 4 0.08 21 20 0.41 22 7 0.14 23 6 0.12 ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.01, T:0.47 Consensus pattern (21 bp): AATTAATATAATAATAATTAT Found at i:6849533 original size:35 final size:33 Alignment explanation
Indices: 6849501--6849587 Score: 88 Period size: 35 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33 6849491 AGATTATTTT 6849501 TTAATATAATAATAAATT-ATTATATAGTTTATTAA 1 TTAATATAAT-AT-AATTAATT-TATAGTTTATTAA * 6849536 TTATTATAATATAATTAATTTATAGTTATTATTAA 1 TTAATATAATATAATTAATTTATAG-T-TTATTAA * 6849571 -TAATTATATTATAATTA 1 TTAA-TATAATATAATTA 6849588 GTTGTAACTA Statistics Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 8 0.80 0.05 0.14 Matches are distributed among these distances: 33 9 0.20 34 8 0.18 35 28 0.62 ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52 Consensus pattern (33 bp): TTAATATAATATAATTAATTTATAGTTTATTAA Found at i:6849753 original size:29 final size:26 Alignment explanation
Indices: 6849711--6849768 Score: 64 Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26 6849701 AACAATTTTC 6849711 ATATTTATATTATTCATATAAATAGTATA 1 ATATTTATATTATT--TATAAA-AGTATA * 6849740 ATATATTAT-TTATTTATAAAATTATA 1 ATAT-TTATATTATTTATAAAAGTATA 6849766 ATA 1 ATA 6849769 AATAACTAAT Statistics Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 5 0.82 0.03 0.15 Matches are distributed among these distances: 26 8 0.30 27 6 0.22 29 9 0.33 30 4 0.15 ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.02, T:0.50 Consensus pattern (26 bp): ATATTTATATTATTTATAAAAGTATA Found at i:6851010 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 6850987--6851040 Score: 62 Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18 6850977 TTAATTAGTA 6850987 AATTAATAATATTTAATT 1 AATTAATAATATTTAATT 6851005 AA-T--TAATATTTAATTT 1 AATTAATAATATTTAA-TT 6851021 AATATAATAAT-TTTAATT 1 AAT-TAATAATATTTAATT 6851039 AA 1 AA 6851041 ACAAAATAAT Statistics Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 10 0.76 0.00 0.24 Matches are distributed among these distances: 15 10 0.32 16 4 0.13 17 1 0.03 18 7 0.23 19 5 0.16 20 4 0.13 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (18 bp): AATTAATAATATTTAATT Found at i:6851037 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 6850990--6851052 Score: 62 Period size: 19 Copynumber: 3.5 Consensus size: 19 6850980 ATTAGTAAAT 6850990 TAATAATATTTAA-TTAAT- 1 TAATAAT-TTTAATTTAATA 6851008 TAAT-A-TTTAATTTAATA 1 TAATAATTTTAATTTAATA * * 6851025 TAATAATTTTAATTAAACA 1 TAATAATTTTAATTTAATA * 6851044 AAATAATTT 1 TAATAATTT 6851053 AATAAATTTG Statistics Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 7 0.79 0.06 0.15 Matches are distributed among these distances: 15 5 0.13 16 5 0.13 17 5 0.13 18 5 0.13 19 18 0.47 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TAATAATTTTAATTTAATA Found at i:6851317 original size:23 final size:22 Alignment explanation
Indices: 6851272--6851326 Score: 69 Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22 6851262 AAATATTTAA * 6851272 TATAATTAATAAATTATTTATT 1 TATAATTAATAAATTATTAATT 6851294 TATAATTAAGTATAA-TATTAATT 1 TATAATTAA-TA-AATTATTAATT 6851317 TATAA-TAATA 1 TATAATTAATA 6851327 CAAATTGTGT Statistics Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 5 0.83 0.03 0.14 Matches are distributed among these distances: 21 2 0.07 22 12 0.40 23 14 0.47 24 2 0.07 ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49 Consensus pattern (22 bp): TATAATTAATAAATTATTAATT Found at i:6851420 original size:27 final size:26 Alignment explanation
Indices: 6851370--6851432 Score: 72 Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26 6851360 ATTGTATATT * * * 6851370 TTAATAAATTTATTACAATTAAATTAG 1 TTAATAATTTTATAACAATCAAA-TAG * 6851397 TTAATAATTTTATAATAATCAAATAG 1 TTAATAATTTTATAACAATCAAATAG 6851423 TATAATAATT 1 T-TAATAATT 6851433 AAATGTATAT Statistics Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2 0.84 0.11 0.05 Matches are distributed among these distances: 26 4 0.13 27 27 0.87 ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.03, T:0.44 Consensus pattern (26 bp): TTAATAATTTTATAACAATCAAATAG Found at i:6851428 original size:16 final size:15 Alignment explanation
Indices: 6851407--6851441 Score: 52 Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15 6851397 TTAATAATTT 6851407 TATAATAATCAAATAG 1 TATAATAATCAAAT-G * 6851423 TATAATAATTAAATG 1 TATAATAATCAAATG 6851438 TATA 1 TATA 6851442 TGCGAATAGT Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1 0.90 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 15 5 0.28 16 13 0.72 ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.06, T:0.37 Consensus pattern (15 bp): TATAATAATCAAATG Found at i:6851547 original size:15 final size:15 Alignment explanation
Indices: 6851527--6851556 Score: 51 Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15 6851517 TATGAATTAT * 6851527 TATTTAATATTTAAA 1 TATTTAAAATTTAAA 6851542 TATTTAAAATTTAAA 1 TATTTAAAATTTAAA 6851557 ATTATTAACA Statistics Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0 0.93 0.07 0.00 Matches are distributed among these distances: 15 14 1.00 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (15 bp): TATTTAAAATTTAAA Found at i:6851627 original size:26 final size:27 Alignment explanation
Indices: 6851598--6851648 Score: 79 Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27 6851588 AGATATGAAT 6851598 TATTATAAATTTAT-TATAA-TAAATAC 1 TATTAT-AATTTATATATAATTAAATAC 6851624 TATTATAATTTATATATAATTAAAT 1 TATTATAATTTATATATAATTAAAT 6851649 TATATATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 25 7 0.30 26 11 0.48 27 5 0.22 ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (27 bp): TATTATAATTTATATATAATTAAATAC Found at i:6851656 original size:26 final size:24 Alignment explanation
Indices: 6851595--6851657 Score: 67 Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24 6851585 AAAAGATATG 6851595 AATTAT-TATAAATTTATTATAATA 1 AATTATATAT-AATTTATTATAATA 6851619 AA-TACTATTATAATTTATATATAATTA 1 AATTA-TA-TATAATTTAT-TATAA-TA 6851646 AATTATATATAA 1 AATTATATATAA 6851658 AAAAAGATCA Statistics Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 10 0.77 0.00 0.23 Matches are distributed among these distances: 23 2 0.06 24 3 0.09 25 7 0.21 26 13 0.39 27 6 0.18 28 2 0.06 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (24 bp): AATTATATATAATTTATTATAATA Found at i:6852078 original size:13 final size:14 Alignment explanation
Indices: 6852049--6852080 Score: 57 Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14 6852039 AATAATTTAA 6852049 TAAATTATATAATT 1 TAAATTATATAATT 6852063 TAAATTATAT-ATT 1 TAAATTATATAATT 6852076 TAAAT 1 TAAAT 6852081 CATAAGAATT Statistics Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 13 8 0.44 14 10 0.56 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (14 bp): TAAATTATATAATT Found at i:6852186 original size:27 final size:29 Alignment explanation
Indices: 6852133--6852187 Score: 71 Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29 6852123 ATTAAGAAAG 6852133 AATTATATAATAAGAATTTATATTTAATA 1 AATTATATAATAAGAATTTATATTTAATA * 6852162 AATTA-ATAATTAA-AA-TTATCTTTAAT 1 AATTATATAA-TAAGAATTTATATTTAAT 6852188 TCTTTTTAAA Statistics Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4 0.83 0.03 0.14 Matches are distributed among these distances: 27 10 0.42 28 6 0.25 29 8 0.33 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.02, T:0.45 Consensus pattern (29 bp): AATTATATAATAAGAATTTATATTTAATA Found at i:6852347 original size:29 final size:27 Alignment explanation
Indices: 6852291--6852359 Score: 84 Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27 6852281 TATAGATATA * 6852291 ATTAATAATTTTATTATAAATTTATTTG 1 ATTAAT-ATATTATTATAAATTTATTTG * 6852319 TTTAATATATTATTATATAATTATATTTG 1 ATTAATATATTATTATA-AATT-TATTTG * 6852348 ATTAATACATTA 1 ATTAATATATTA 6852360 AAAGATTTTT Statistics Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 3 0.83 0.10 0.07 Matches are distributed among these distances: 27 10 0.29 28 9 0.26 29 16 0.46 ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.03, T:0.55 Consensus pattern (27 bp): ATTAATATATTATTATAAATTTATTTG Found at i:6852978 original size:16 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6852957--6852989 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 6852947 TAATGATTTA 6852957 AAATAG-ATAATTATTC 1 AAATAGTATAATTATTC 6852973 AAATAGTTATAATTATT 1 AAATAG-TATAATTATT 6852990 TGACTAAAGA Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42 Consensus pattern (17 bp): AAATAGTATAATTATTC Found at i:6853068 original size:17 final size:18 Alignment explanation
Indices: 6853028--6853068 Score: 52 Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18 6853018 TTCGAACCAG 6853028 TTCAAATAATGTGACTAT 1 TTCAAATAATGTGACTAT 6853046 TT-AAATAAT-T-ACCTAT 1 TTCAAATAATGTGA-CTAT 6853062 TTCAAAT 1 TTCAAAT 6853069 CGTTATTACT Statistics Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 5 0.81 0.00 0.19 Matches are distributed among these distances: 15 1 0.05 16 7 0.33 17 11 0.52 18 2 0.10 ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.05, T:0.41 Consensus pattern (18 bp): TTCAAATAATGTGACTAT Found at i:6853372 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 6853348--6853439 Score: 55 Period size: 21 Copynumber: 4.3 Consensus size: 21 6853338 TACTGAATAA 6853348 AATTAATATAATAATAATTAT 1 AATTAATATAATAATAATTAT ** * * 6853369 AATTGTTTTCATAAATTAATTA- 1 AATTAATATAAT-AA-TAATTAT 6853391 AATTAAT-TAATTAATATATTAT 1 AATTAATATAA-TAATA-ATTAT * * * 6853413 AAATATTAT-ATTATAAATTAT 1 AATTAATATAATAAT-AATTAT 6853434 AATTAA 1 AATTAA 6853440 CAATATGTAT Statistics Matches: 52, Mismatches: 12, Indels: 14 0.67 0.15 0.18 Matches are distributed among these distances: 20 2 0.04 21 28 0.54 22 15 0.29 23 7 0.13 ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.01, T:0.47 Consensus pattern (21 bp): AATTAATATAATAATAATTAT Found at i:6853958 original size:35 final size:35 Alignment explanation
Indices: 6853915--6854001 Score: 103 Period size: 35 Copynumber: 2.6 Consensus size: 35 6853905 GATTATTTTT * 6853915 TTAAT-ATAATAATA-AATT-ATTATATAG-T-TTA 1 TTAATAATTATAATATAATTAATT-TATAGTTATTA * 6853946 TTAATTATTATAATATAATTAATTTATAGTTATTA 1 TTAATAATTATAATATAATTAATTTATAGTTATTA * 6853981 TTAATAATTATATTATAATTA 1 TTAATAATTATAATATAATTA 6854002 GTTGTAACTA Statistics Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 6 0.84 0.05 0.11 Matches are distributed among these distances: 31 5 0.10 32 8 0.17 33 9 0.19 34 4 0.08 35 22 0.46 ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52 Consensus pattern (35 bp): TTAATAATTATAATATAATTAATTTATAGTTATTA Found at i:6854184 original size:29 final size:29 Alignment explanation
Indices: 6854126--6854183 Score: 70 Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29 6854116 ACAATTTTTC 6854126 ATATTTATATTATTCATATAAATAATATA 1 ATATTTATATTATTCATATAAATAATATA * 6854155 ATATATTAT-TTATT--TATAAA-ATTATA 1 ATAT-TTATATTATTCATATAAATAATATA 6854181 ATA 1 ATA 6854184 AATAACTAAT Statistics Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 5 0.82 0.03 0.15 Matches are distributed among these distances: 26 8 0.30 27 6 0.22 29 9 0.33 30 4 0.15 ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (29 bp): ATATTTATATTATTCATATAAATAATATA Found at i:6855429 original size:18 final size:16 Alignment explanation
Indices: 6855406--6855459 Score: 56 Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16 6855396 TTAATTAGTA 6855406 AATTAATAATATATAATT 1 AATTAATAAT-T-TAATT 6855424 AATTAAT-ATTTAATTT 1 AATTAATAATTTAA-TT 6855440 AATATAATAATTTTAATT 1 AAT-TAATAA-TTTAATT 6855458 AA 1 AA 6855460 ACAAAATAAT Statistics Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 8 0.80 0.00 0.20 Matches are distributed among these distances: 15 3 0.09 16 6 0.19 17 6 0.19 18 12 0.38 19 5 0.16 ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (16 bp): AATTAATAATTTAATT Found at i:6855430 original size:15 final size:15 Alignment explanation
Indices: 6855406--6855448 Score: 52 Period size: 15 Copynumber: 2.8 Consensus size: 15 6855396 TTAATTAGTA 6855406 AATTAA-TAATATAT 1 AATTAATTAATATAT * 6855420 AATTAATTAATATTT 1 AATTAATTAATATAT 6855435 AATTTAATATAATA 1 AA-TTAAT-TAATA 6855449 ATTTTAATTA Statistics Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3 0.86 0.03 0.10 Matches are distributed among these distances: 14 6 0.24 15 9 0.36 16 5 0.20 17 5 0.20 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (15 bp): AATTAATTAATATAT Found at i:6855472 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 6855431--6855474 Score: 52 Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18 6855421 ATTAATTAAT * * * 6855431 ATTTAATTTAATATAATA 1 ATTTAATTAAACAAAATA 6855449 ATTTTAATTAAACAAAATA 1 A-TTTAATTAAACAAAATA 6855468 ATTTAAT 1 ATTTAAT 6855475 AAATTTGTGT Statistics Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2 0.81 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 18 7 0.32 19 15 0.68 ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (18 bp): ATTTAATTAAACAAAATA Found at i:6855736 original size:23 final size:22 Alignment explanation
Indices: 6855691--6855745 Score: 69 Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22 6855681 AAATATTTAA * 6855691 TATAATTAATAAATTATTTATT 1 TATAATTAATAAATTATTAATT 6855713 TATAATTAAGTATAA-TATTAATT 1 TATAATTAA-TA-AATTATTAATT 6855736 TATAA-TAATA 1 TATAATTAATA 6855746 CAAATTGTGT Statistics Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 5 0.83 0.03 0.14 Matches are distributed among these distances: 21 2 0.07 22 12 0.40 23 14 0.47 24 2 0.07 ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49 Consensus pattern (22 bp): TATAATTAATAAATTATTAATT Found at i:6855839 original size:27 final size:26 Alignment explanation
Indices: 6855789--6855851 Score: 72 Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26 6855779 ATTGTATATT * * * 6855789 TTAATAAATTTATTACAATTAAATTAG 1 TTAATAATTTTATAACAA-TAAAATAG * 6855816 TTAATAATTTTATAATAATAAAATAG 1 TTAATAATTTTATAACAATAAAATAG 6855842 TATAATAATT 1 T-TAATAATT 6855852 AAATGTATAT Statistics Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2 0.84 0.11 0.05 Matches are distributed among these distances: 26 8 0.26 27 23 0.74 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.03, T:0.44 Consensus pattern (26 bp): TTAATAATTTTATAACAATAAAATAG Found at i:6855847 original size:16 final size:15 Alignment explanation
Indices: 6855826--6855860 Score: 52 Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15 6855816 TTAATAATTT 6855826 TATAATAATAAAATAG 1 TATAATAATAAAAT-G * 6855842 TATAATAATTAAATG 1 TATAATAATAAAATG 6855857 TATA 1 TATA 6855861 TGGGAATAGT Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1 0.90 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 15 5 0.28 16 13 0.72 ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.06, T:0.37 Consensus pattern (15 bp): TATAATAATAAAATG Found at i:6855981 original size:7 final size:8 Alignment explanation
Indices: 6855947--6855978 Score: 57 Period size: 8 Copynumber: 4.1 Consensus size: 8 6855937 ATGAATTATT 6855947 ATATTTAA 1 ATATTTAA 6855955 ATATTTAA 1 ATATTTAA 6855963 ATATTTAA 1 ATATTTAA 6855971 A-ATTTAA 1 ATATTTAA 6855978 A 1 A 6855979 ATTATTAACA Statistics Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1 0.96 0.00 0.04 Matches are distributed among these distances: 7 7 0.29 8 17 0.71 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (8 bp): ATATTTAA Found at i:6856049 original size:26 final size:27 Alignment explanation
Indices: 6856020--6856070 Score: 79 Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27 6856010 AGATATGAAT 6856020 TATTATAAATTTAT-TATAA-TAAATAC 1 TATTAT-AATTTATATATAATTAAATAC 6856046 TATTATAATTTATATATAATTAAAT 1 TATTATAATTTATATATAATTAAAT 6856071 TATATATAAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 25 7 0.30 26 11 0.48 27 5 0.22 ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (27 bp): TATTATAATTTATATATAATTAAATAC Found at i:6856078 original size:26 final size:24 Alignment explanation
Indices: 6856017--6856079 Score: 67 Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24 6856007 AAAAGATATG 6856017 AATTAT-TATAAATTTATTATAATA 1 AATTATATAT-AATTTATTATAATA 6856041 AA-TACTATTATAATTTATATATAATTA 1 AATTA-TA-TATAATTTAT-TATAA-TA 6856068 AATTATATATAA 1 AATTATATATAA 6856080 AAAAAGATCA Statistics Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 10 0.77 0.00 0.23 Matches are distributed among these distances: 23 2 0.06 24 3 0.09 25 7 0.21 26 13 0.39 27 6 0.18 28 2 0.06 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (24 bp): AATTATATATAATTTATTATAATA Found at i:6856501 original size:13 final size:14 Alignment explanation
Indices: 6856472--6856503 Score: 57 Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14 6856462 AATATTTTAA 6856472 TAAATTATATAATT 1 TAAATTATATAATT 6856486 TAAATTATAT-ATT 1 TAAATTATATAATT 6856499 TAAAT 1 TAAAT 6856504 CATAAGAATT Statistics Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 13 8 0.44 14 10 0.56 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (14 bp): TAAATTATATAATT Found at i:6856609 original size:27 final size:29 Alignment explanation
Indices: 6856556--6856610 Score: 71 Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29 6856546 ATTAAGAAAG 6856556 AATTATATAATAAGAATTTATATTTAATA 1 AATTATATAATAAGAATTTATATTTAATA * 6856585 AATTA-ATAATTAA-AA-TTATCTTTAAT 1 AATTATATAA-TAAGAATTTATATTTAAT 6856611 TCTTTTTAAA Statistics Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4 0.83 0.03 0.14 Matches are distributed among these distances: 27 10 0.42 28 6 0.25 29 8 0.33 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.02, T:0.45 Consensus pattern (29 bp): AATTATATAATAAGAATTTATATTTAATA Found at i:6856757 original size:28 final size:31 Alignment explanation
Indices: 6856715--6856771 Score: 84 Period size: 28 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31 6856705 ATAGATATAA * 6856715 TTAATAATTTTATTATA-AATT-TATTTGTT 1 TTAATAATATTATTATATAATTATATTTGTT 6856744 TTAAT-ATATTATTATATAATTATATTTG 1 TTAATAATATTATTATATAATTATATTTG 6856772 ATTAATACAT Statistics Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3 0.86 0.03 0.10 Matches are distributed among these distances: 28 10 0.40 29 9 0.36 30 6 0.24 ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.04, T:0.60 Consensus pattern (31 bp): TTAATAATATTATTATATAATTATATTTGTT Found at i:6856776 original size:29 final size:28 Alignment explanation
Indices: 6856714--6856783 Score: 79 Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28 6856704 TATAGATATA * 6856714 ATTAATAATTTTATTATAAATTTATTTGT 1 ATTAAT-ATATTATTATAAATTTATTTGT * 6856743 TTTAATATATTATTATATAATTATATTTG- 1 ATTAATATATTATTATA-AATT-TATTTGT * 6856772 ATTAATACATTA 1 ATTAATATATTA 6856784 AAAGATTTTT Statistics Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 4 0.81 0.09 0.09 Matches are distributed among these distances: 28 10 0.29 29 19 0.54 30 6 0.17 ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.03, T:0.56 Consensus pattern (28 bp): ATTAATATATTATTATAAATTTATTTGT Found at i:6857308 original size:66 final size:66 Alignment explanation
Indices: 6857200--6857330 Score: 187 Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66 6857190 AATTAGTATT * * 6857200 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGATAGAAA-GAAAAGGTAAT 1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTACGACA-AAACG-AAAGGTAAT 6857264 AACA 63 AACA 6857268 ATTTTATTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAA-CAATTGTTTTACGACAAAACGAAAGGTAATAA 1 ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTT-GAAAAGCAATTGTTTTACGACAAAACGAAAGGTAATAA 6857331 TGATTTGAAA Statistics Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 7 0.87 0.03 0.10 Matches are distributed among these distances: 65 14 0.24 66 31 0.53 67 5 0.08 68 9 0.15 ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.16, T:0.35 Consensus pattern (66 bp): ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTACGACAAAACGAAAGGTAATAAC A Found at i:6857856 original size:181 final size:178 Alignment explanation
Indices: 6857295--6857892 Score: 592 Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 178 6857285 TGTATGTTGG * * * * 6857295 AAAACAATTGTTTTACGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA-GG 1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG * * * * * * * * 6857358 CCATAATTATTTGATCTAATTTGGTAAGCTAATTTATTTTTTATAT-CT-CTTATTAATTTTTGA 66 ACATAACTATTTGAACTGA-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTACTTATTAATTTTTGA * * * * * 6857421 AATATTAATAAAGTAGTATTATATTATTTTGCATAAGCTTT-TAT-AA-T 130 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTTGTATGAACT * * * 6857468 AAAACAATTGTTTTATGATC-AAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAAT- 1 AAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG * * * * 6857531 AATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATACTTATTAA-T 65 GA-CATAACTATTTGAAC-TGATTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-C-TACTTATTAATT * * * * * * * 6857595 TTTCAGAATGTTAAAAAATCAATATTT-TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAC- 125 TTTGA-AATATTAATAAATTAGT-TTTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACT * * * 6857649 AGAAAGAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG 1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG * * * * * 6857714 GACATGACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTT 65 GACATAACTATTTGAACTGATTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-C-TACTTATTAATTTT 6857779 TGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACT 127 TGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACT * * * * 6857831 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGCCATAACGATTTTAAATAG-CAATTATTCAAAT 1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT 6857893 AGTTGTGGTT Statistics Matches: 342, Mismatches: 61, Indels: 37 0.78 0.14 0.08 Matches are distributed among these distances: 173 50 0.15 174 3 0.01 175 30 0.09 176 4 0.01 178 1 0.00 179 9 0.03 180 50 0.15 181 105 0.31 182 89 0.26 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (178 bp): AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG ACATAACTATTTGAACTGATTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTACTTATTAATTTTTGAA ATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACT Found at i:6858185 original size:14 final size:14 Alignment explanation
Indices: 6858166--6858209 Score: 54 Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14 6858156 AATAAAAAAA 6858166 TTAAATATTTTAAT 1 TTAAATATTTTAAT * 6858180 TTAAATATTTAAAAT 1 TTAAATATTT-TAAT 6858195 TTAAA-ATTTTTAAT 1 TTAAATA-TTTTAAT 6858209 T 1 T 6858210 ATTAACATTC Statistics Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4 0.81 0.06 0.12 Matches are distributed among these distances: 14 15 0.58 15 11 0.42 ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55 Consensus pattern (14 bp): TTAAATATTTTAAT Found at i:6858214 original size:23 final size:24 Alignment explanation
Indices: 6858179--6858223 Score: 56 Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24 6858169 AATATTTTAA * 6858179 TTTAAATATTTAAAATTTAAAATT 1 TTTAAATATTTAAAATTCAAAATT * * 6858203 TTTAATTA-TTAACATTCAAAA 1 TTTAAATATTTAAAATTCAAAA 6858224 AATTAATAAG Statistics Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 1 0.82 0.14 0.05 Matches are distributed among these distances: 23 11 0.61 24 7 0.39 ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (24 bp): TTTAAATATTTAAAATTCAAAATT Found at i:6858661 original size:51 final size:51 Alignment explanation
Indices: 6858604--6858702 Score: 144 Period size: 51 Copynumber: 1.9 Consensus size: 51 6858594 CTATTTCAAC * * * 6858604 AATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAAAT 1 AATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAAAT * * * 6858655 AATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA 1 AATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAA 6858703 TTGTTTCAGT Statistics Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 0 0.88 0.12 0.00 Matches are distributed among these distances: 51 42 1.00 ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.07, T:0.44 Consensus pattern (51 bp): AATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAAAT Found at i:6859382 original size:371 final size:368 Alignment explanation
Indices: 6858682--6859386 Score: 821 Period size: 371 Copynumber: 1.9 Consensus size: 368 6858672 CATTATGATC * 6858682 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA * * * * * 6858747 TTTATTAATATACAAAAAATTAATAAGTAAGTAATTTAAAAAATTATTCTATTTATTGAATTAGT 66 TCTAATAATATACAAAAAATTAATAACTAAGTAATTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACTAGT * * * * 6858812 TCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCAT 131 TCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAATCAATATGACCTTTTGTTTGGTCAT * ** * * * 6858877 ATAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTTAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATCTTTTAAA 196 AAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTTTAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTCAAA * * * ** * * 6858942 AGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCTGTTTAAATAGTTATGACTA 261 AATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATTTACTTACCGAACCAATTCAAATAATTATGACTA 6859007 TTTGAACAAATGTATAGTTTAAATTAGTTATTTATAAATAAACCTT 323 TTTGAACAAATGTATAGTTTAAATTAGTTATTTATAAATAAACCTT * 6859053 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-GCT 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAG-T * *** * * 6859116 AATCTAATAGTACT-TTGAAAATTAATAACTAAG-AGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGTTGAA 64 AATCTAATAATA-TACAAAAAATTAATAACTAAGTA-ATTTAAAAAAT-AATTCTATTTATTGAA * * * * *** * * 6859178 CTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTT 126 CTAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAATCAATATGACCTTTTGTTTG * * 6859243 GTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAAAAATGAATTTATTA 191 GTCATAAAACAATTGTTTTCAA-TCATACAAGC-T-TT-AGAATAAAATAAAAAT-AATTTATTA * * * * 6859307 ATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAACAAATAATTTTGCTTACCTAACCAATTCAAATAATT 251 ATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTACTTACCGAACCAATTCAAATAATT * * 6859371 ATTATTATTTGAACAA 316 ATGACTATTTGAACAA 6859387 TTATTTATTT Statistics Matches: 277, Mismatches: 47, Indels: 20 0.81 0.14 0.06 Matches are distributed among these distances: 370 11 0.04 371 219 0.79 372 5 0.02 373 2 0.01 374 14 0.05 375 26 0.09 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (368 bp): TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA TCTAATAATATACAAAAAATTAATAACTAAGTAATTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACTAGT TCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAATCAATATGACCTTTTGTTTGGTCAT AAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTTTAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTCAAA AATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATTTACTTACCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTT GAACAAATGTATAGTTTAAATTAGTTATTTATAAATAAACCTT Found at i:6859726 original size:22 final size:23 Alignment explanation
Indices: 6859684--6859726 Score: 61 Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23 6859674 TAATCTAATT * 6859684 CATTTGAAATTTAATAGAAATAG 1 CATTTGAAATTTAATAAAAATAG * 6859707 CATTTTAAA-TTAATAAAAAT 1 CATTTGAAATTTAATAAAAAT 6859727 TATTTTAAAT Statistics Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1 0.86 0.10 0.05 Matches are distributed among these distances: 22 10 0.56 23 8 0.44 ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.07, T:0.37 Consensus pattern (23 bp): CATTTGAAATTTAATAAAAATAG Found at i:6859748 original size:19 final size:20 Alignment explanation
Indices: 6859708--6859750 Score: 61 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 6859698 TAGAAATAGC 6859708 ATTTTAAATTAATAAAAATT 1 ATTTTAAATTAATAAAAATT * * 6859728 ATTTTAAA-TATTAACAATT 1 ATTTTAAATTAATAAAAATT 6859747 ATTT 1 ATTT 6859751 ATATTTAATT Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1 0.88 0.08 0.04 Matches are distributed among these distances: 19 13 0.62 20 8 0.38 ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (20 bp): ATTTTAAATTAATAAAAATT Found at i:6860500 original size:19 final size:20 Alignment explanation
Indices: 6860476--6860548 Score: 60 Period size: 19 Copynumber: 3.5 Consensus size: 20 6860466 AATTAATTAT 6860476 TTAATTAATAAATATTAA-A 1 TTAATTAATAAATATTAATA * 6860495 TTAATTACT-AATAATTAATTTA 1 TTAATTAATAAAT-ATTAA--TA ** 6860517 TTATATTAATAAATATTTGTA 1 TTA-ATTAATAAATATTAATA 6860538 TTTAATTAATA 1 -TTAATTAATA 6860549 TACTAAATTA Statistics Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 12 0.73 0.07 0.20 Matches are distributed among these distances: 18 3 0.07 19 13 0.30 21 9 0.21 22 7 0.16 23 8 0.19 24 3 0.07 ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.01, T:0.49 Consensus pattern (20 bp): TTAATTAATAAATATTAATA Found at i:6860676 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6860641--6860677 Score: 56 Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17 6860631 ATATTATAAA * 6860641 AATATATATTTATTTTT 1 AATATATATTTATTATT * 6860658 AATATATATTTCTTATT 1 AATATATATTTATTATT 6860675 AAT 1 AAT 6860678 TATTAAATAA Statistics Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0 0.90 0.10 0.00 Matches are distributed among these distances: 17 18 1.00 ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.00, T:0.59 Consensus pattern (17 bp): AATATATATTTATTATT Found at i:6860881 original size:18 final size:17 Alignment explanation
Indices: 6860855--6860890 Score: 54 Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17 6860845 GTATTAGTTT * 6860855 TGATAATATTATTAATA 1 TGATAATATTATAAATA 6860872 TGATATATATTATAAATA 1 TGATA-ATATTATAAATA 6860890 T 1 T 6860891 TTATTTTAAT Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 17 5 0.29 18 12 0.71 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.06, T:0.47 Consensus pattern (17 bp): TGATAATATTATAAATA Found at i:6860922 original size:19 final size:20 Alignment explanation
Indices: 6860900--6860942 Score: 54 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 6860890 TTTATTTTAA * 6860900 TATTAAAATAATTA-ATATT 1 TATTAAAATAATTATAAATT * 6860919 TATT-ATATAATTATAAATT 1 TATTAAAATAATTATAAATT 6860938 TATTA 1 TATTA 6860943 TTATTTTTTA Statistics Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3 0.80 0.08 0.12 Matches are distributed among these distances: 18 8 0.40 19 12 0.60 ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51 Consensus pattern (20 bp): TATTAAAATAATTATAAATT Found at i:6860943 original size:19 final size:18 Alignment explanation
Indices: 6860907--6860943 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18 6860897 TAATATTAAA * 6860907 ATAATTAATATTTATTAT 1 ATAATTAAAATTTATTAT 6860925 ATAATTATAAATTTATTAT 1 ATAATTA-AAATTTATTAT 6860944 TATTTTTTAT Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 18 7 0.41 19 10 0.59 ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54 Consensus pattern (18 bp): ATAATTAAAATTTATTAT Found at i:6861017 original size:26 final size:25 Alignment explanation
Indices: 6860970--6861019 Score: 66 Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25 6860960 ATAATATAAT * 6860970 ATTAATAATAGATTAATTAATTAAA 1 ATTAATAATAGATTAATAAATTAAA 6860995 ATTAATAAATAGATTTAA-AAATTAA 1 ATTAAT-AATAGA-TTAATAAATTAA 6861020 TAAAGTAAAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3 0.85 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 25 6 0.27 26 12 0.55 27 4 0.18 ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.04, T:0.38 Consensus pattern (25 bp): ATTAATAATAGATTAATAAATTAAA Found at i:6861033 original size:20 final size:20 Alignment explanation
Indices: 6860992--6861045 Score: 51 Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20 6860982 TTAATTAATT ** 6860992 AAAATTAATAAA-TAGATTTA 1 AAAATTAATAAAGTA-AAATA 6861012 AAAATTAATAAAGTAAAATA 1 AAAATTAATAAAGTAAAATA * 6861032 AATATT--TAAAGTAA 1 AAAATTAATAAAGTAA 6861046 TTGTTAATAG Statistics Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4 0.81 0.08 0.11 Matches are distributed among these distances: 18 8 0.27 20 20 0.67 21 2 0.07 ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.06, T:0.31 Consensus pattern (20 bp): AAAATTAATAAAGTAAAATA Found at i:6862024 original size:15 final size:16 Alignment explanation
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* * 6865672 ATTTATTCTTTAATTCT-TCTACTTATTAATTTTT-GATATATTAATAAATTAATATTATTTTAT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT * * * * * 6865735 TCTGAATAGGCATGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTG 64 TCTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG * * * 6865800 AAATGGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTA- 128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACTAG * * * * * * 6865853 ATTTATATTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTATT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT * * * * * * * * 6865918 -TCAAGTAAGCTTTTAT-AAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCAGAATGATTT 65 CTGAA-TAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT * * * * 6865981 TAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AG 127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTAG * * * 6866035 A-TT-TTTTTT-AATTTCTTACTTAATAAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT 1 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TG-AATAA-GCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG * * * * * 6866866 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTGTT--AAAAAATAA 128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTAG * * * * * 6866918 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTTAATTTATGGAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTATT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * 6866981 -TAAAATAAGCTTGCATAAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTG 65 CT-GAATAAGCTTGTAT-GATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG * * * * 6867045 AATTAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGCAAA-TAG 128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACTAG * * * * 6867098 ATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAAATTTTGGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * ** ** * * 6867162 -TCAAATAGGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTG 65 CT-GAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG * * * * 6867226 AAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTGT-GGTAAACCT-- 128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAA-CTAG * * * * * * * 6867279 -TTT-TTTCTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTAAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT 1 ATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT ** * * * * * * 6867342 CCAAATAAGGTTGTATGCATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAAAGTCCTAA-GAATT 65 CTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAAGGTCATAATG-ATT * * * * * 6867406 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGCTC-AGTAAAC-AA 126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACTAG * * * * 6867461 ATTTATTTTTTAAATAT-TTAACTGATTAATTGCCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA 1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT--TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA * * * * **** 6867523 TT-AGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAA-AATTTATTTTATGAC-AAACTAAAAGGTTATGGCA 63 TTCTG-AATAAGCTTGTATG-ATA-AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG * * * * 6867585 ATTCT-AAATCA-ATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-AGTAAA-TAG 123 ATT-TGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACTAG * * * * * * 6867643 ATTCATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACA-TAGTATTAT 1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTAT 6867701 ATAATTATTT Statistics Matches: 1770, Mismatches: 330, Indels: 216 0.76 0.14 0.09 Matches are distributed among these distances: 165 10 0.01 166 55 0.03 167 2 0.00 168 56 0.03 169 4 0.00 171 2 0.00 172 3 0.00 173 3 0.00 174 2 0.00 176 4 0.00 177 56 0.03 178 171 0.10 179 243 0.14 180 385 0.22 181 362 0.20 182 322 0.18 183 73 0.04 184 16 0.01 185 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (181 bp): ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC TGAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTAG Found at i:6867712 original size:87 final size:86 Alignment explanation
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Indices: 6872729--6879839 Score: 3543 Period size: 899 Copynumber: 7.9 Consensus size: 884 6872719 CTTTTTTTAT * * * 6872729 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAC 1 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC * * * * * 6872794 AATTTTATATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTAT 66 AATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA- ** * * * 6872859 TTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTC-ATAAATTTGGATTATTTTATTCTGAA 130 TTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTT-TTAATG-TCAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA * * ** ** 6872923 TAAGCTTGTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAATATTTGAATGATTTGAAATA 192 TAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAA-GGTAAAATGATTTGAAATA * * 6872987 GATAATTATTCTAATTGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTA-GCAAACACATTTATTTTTTAAATC 255 GATAATTATTCTAATAG-TTTAACTATTTGAACT-GATTAGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC * ** * * * * 6873051 TATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTTAACCGAATAAGCTTCTATGATTA 318 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* * * * 6876651 CTTTTACTTATTAGTTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTCAAAATAAGCTTAG 317 C----A-TTATTAATT-T-TAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC--AATAAGCTT-G * * * * * * * 6876714 ATG--AATAGAAAAAAAATTCTTTTCTGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTAAAATTGATAA 372 -TGTAAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATA-ATGATTTGAGATTGATAA * * * * * * * * 6876776 TTATTTAAACT-GTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACATAGTCATTTTTTAAATCTCTTT 432 TTATTCAAA-TAGTCATAATTATTTAAAGTGGTTT-G-GAACAAACTTATTTTTTAAATCTC-TT * * ** * 6876840 ATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTT 493 A-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAA--- * * * ** * * * 6876905 AAAGA-ATTCTTTTATGACAAAGCAAATGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATT 554 AAAAATATTATTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * * * * 6876968 GTCATGATTATTTGATCTAGTGTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAAAATTTTATTTATTAATTG 618 GT-ATAATTATTTCAACTAGT-TGGTAAATAGATTTATTTTT---TAAA-TCT-CTTATTAATTT ** * *** * * 6877033 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTA-TAAATAGAAACAATTGT 676 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATTAACT-GAAATAATTGT * * * * ** ** * * * 6877097 TTTATAATAGAACAAAAAGTCGTAATGATTTGAAAT--A-A-ATAATTGCTCAAATAGTC-ATAA 739 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAGATAATTGTTCAAATA-ACAATAG * ** * * * 6877157 CTATTTGTAC-TAGTTTGATACATAGATTTATTTTTTAAAT--C--ACTTATT-ATTTTTTGAAA 803 CTATTTGAACTTA-TTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCCCTTTCTTATTAATTTTTTG-AA * * * 6877216 TATTAATAGATTAGTATTA 866 TGTTAATAAAGTAGTATTA * *** * * *** * * ** * * 6877235 CTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAAT 1 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC * * * ** * * * * 6877300 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG-TATAA-TTTTATGAACTGGTTAGGTAAATAAAATTA 66 AATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACCATT-TGAACTTGTTTGGTAAA-CAAATTT * * * * * * * * 6877363 ATTTTT-AAGTGTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATT-TAG 129 ATTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTT-TAATGTCAA-AAAATTAGTATTATTTTATTCT-G ** * * * 6877425 AATAAGCTAATATGAATTGAGAA-AATTATTTTATGAC-AAGACAAAAGTCTTAACTATTTGAAT 190 AATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTATTTTATGACTAA-ATAAAAG--GT-A--A----AA- * * * 6877488 TGGATAATTGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATT 243 T-GAT--TTG---A-A-A----T-A-GA--T-AA-T---T-ATT-CT-A-ATAGT-TTAACTATT * * * * ** 6877553 TGAATTGGTTTA-GCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT 282 TGAACT-GATTAGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT--C--A-TTATTAA-TTTTAAAATATTAT * * * * * * * * 6877617 TAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAA-AAAAATAATTGTTTTATGACATAA 340 TAAATTAGTATTATTTT-TATTCAATAAGCTTGTGT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA * * * * * ** 6877681 A-AAAGGTTATAATGATTTGA-AGTAT-AGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAGCT-AC 402 ACAAAGATTATAATGATTTGAGA-T-TGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAG-TGGT * * * * * * * * 6877741 TTCGATAAATAACTTCATTTTTTAAATGTCTTCCTTATTCATTTTTAAAAGATTAATAAATTATT 464 TTGGA-ACA-AACTT-ATTTTTTAAATCTCTT--ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT ** * * * * * * 6877806 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TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC * * * * * * * 6878208 GATTTCATATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTAT 66 AATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA- * ** * * 6878272 TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAAATT-GGATTATTTTATT-TCGA 130 TTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAATTTT-TTAATG-TCAAAAAATTAGTATTATTTTATTCT-GA * * * ** ** 6878335 ATAAGCTTGTAAGAA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTTGAACAATTTGAAATA 191 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGG-TAAAATGATTTGAAATA * * 6878399 GATAA-TATTCTAATTATTTTAACTATTTGAACTAGTTTA-GCAAACACATTTATTTTTTAAATC 255 GATAATTATTCTAA-TAGTTTAACTATTTGAACT-GATTAGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC * * ** * * * * 6878462 TCTTATTAATTTTAAAAATATTATTAAATTGGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTATGATTA 318 -ATTATTAATTTT-AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-AATAAGCTTGTGTAAATA * * * ** * * * 6878527 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACATAGATTTTAACAATTTGCGATTGATAATTGTCCAAATAGT 380 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAATGATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGT * * * * * 6878592 CATAATTATTTGAACTGGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTTG 445 CATAATTATTTAAAGTGGTTTGG--AACAAACTTATTTTTTAAATCTCTTA--TATTAATTTTTG * ** * * ** 6878657 AAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAAAACAATTGC 506 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-T-TAT-AT--TAAAAAAA-TATTAT * * * * * * * 6878722 TTTATGAAAAAATAAAAAGTCTTAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTAT 565 TTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAATTAT * * * ** 6878786 TTTAATTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAA 628 TTCAACT-AGTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA ** * * * * * ** 6878851 TAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGGTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGAGAAATT 688 TAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATTAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC ** * * * * * 6878916 AAAAGGTTATAATGATTT----TAAATAGACAATTGTGCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGT 752 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAGATAATTGTTCAAATAACAATAGCTATTTGAACTTAT * * * * * * * 6878977 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Indices: 6872749--6894455 Score: 5996 Period size: 719 Copynumber: 30.3 Consensus size: 715 6872739 GATAAGCTTT * * ** * * * * 6872749 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTATATAAATAATTG 1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TA * * * * * * * * * 6872813 TTTAAATAGTCATAACCATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTT 64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT ** * * * * * * * 6872878 ATTAA-TTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTAAG-ACATG 128 ATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACA-G * * * * * * * * * * 6872940 AAACAAATATTTTATGACTAAATAAAATAT-TTGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTG 191 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG ** * * ** * * * * 6873004 TTTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TCTA-TTATTAATTTTTA 255 TCATAA-TATTTCAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTATTTATTAATTTTTG * * * *** * 6873066 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TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACTA * ** * * * * 6874633 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATATTTTCAAATTTTATGCTTATTAATTTTT-TGAATGT 442 TTTGAACTAGTTCAATAAACACATTTATTTTTTTAAATTTTA--CTTATTAATTTTTGT-AATAT * * * * * * ** * 6874697 CAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAGTTATTATATGACT 504 TAATAAATTAGTATTATTTAATT-CAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATCGTTTTATGAC- * * ** * ** * 6874761 AAATA-AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC-TTGCTATTTAAACTA- 566 AAA-ACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT * * ** * * * 6874823 ATTAGGCAAACCCATTTATTTTTTAAATC-ACTTATTAATTATCATAATATTATTAAA-CTAGTA 630 TTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAAACTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATC-AGTA ** * 6874886 TTATTTTTATTCT--ATAAGCTTG 693 TTA-TTTTATTCTAAATAATTTTA * * * * * * * * * 6874908 TTTGATAAAAAAACATTTGTTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATTGATATTTA 1 TATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA-ATA * * * * * * * * 6874972 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* * 6882217 TTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TTATATTTATTTTAAATAGATAATAGTTCAAA 188 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA * * * * * * * * 6882281 TAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCGATAAACAAATTGATTTTGTAAAATTTTTTATTTATTAAT 252 TAGTCATAA-TATTTCAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTT-TTAAA-TCTCTATTTATTAAT ** * * * 6882346 TTTCT-AAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGCATGTATGAACTGAAA-ATTC 314 TTT-TGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTTATGAACTGAAACAAT- * * ** * * 6882409 TATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCGTAACGA-TTGAAATAGATAATTGTTTTAATACTCTTAACT 376 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT **** * 6882472 ATTTGAACT-GATTTGGCAAACACATTTA-TTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAG-AATAT 441 ATTTGAACTAG-TTCAATAAACACATTTATTTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTT-GTAATAT * * * * * * * * * * 6882532 TATTAATTTA-TCAATATTTTACTCTAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TTCTTTATGACA 504 TAATAAATTAGT-ATTATTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATCGT-TTTATGACA * * * * * * * ** 6882595 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Indices: 6878172--6889515 Score: 2857 Period size: 542 Copynumber: 21.3 Consensus size: 535 6878162 TTATGAATTG ** * * * * * 6878172 AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCATATAAATAAT-TGTTCAAATAG 1 AAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAT-TT-ATATAG * * * * * * * 6878236 TC-AAACTATTTAAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTT-TT-GCTTATTAAT 64 TCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTCTTAG-TTATTAA- * * * * * * * * 6878297 TTTCCAAATGTTCATAAAATT-GGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-AGAAT-GAAACAAA 124 TTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATA-AATAGAAACAAT ** * * * ** 6878359 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-TGAACAATTTGAAATAGATAA-TATTCTAATTATTTTAAC 187 TATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAAC * * ** 6878422 TATTTGAACTAGTT-TAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC---TT-ATTAATTTTAAAAATA 250 TATTTGAACTAGTTCGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATA * * *** * * ** * * * 6878482 TTATTAAATTGGTATT-ATTT-TTAACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAATAATTGTTTTATGA 314 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TCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACCA-AATTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTT 64 TCTTAATTATTTGAATTGGTTTGGCAAA-TAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAG-TTATTAA-TT ** * * * * * * 6884655 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATGTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCA-AAAAAATT 126 TCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAT-AAAT-AGAAACAA-T * * * * * ** 6884718 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGCTCATATAGTCTTTAA 187 TATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT-AATAA * * * * * 6884782 ATATTTAAACTAGTTC-AGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTACCT-ATTAATTTT-TGAA 249 CTATTTGAACTAGTTCGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AA * * * * * * * * * 6884844 GTATTACTATATTATTATTATTTTATTCTGAATAAAC-TAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT 311 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAAAAAACTTA-TATGAACAAAAACAATTATTTTAT * * * * ** * * * 6884908 GATAGAAT-AAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAA 375 GACAAAATCAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T-AAATAGTTATAACCATTTGAA * * * * * 6884970 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TTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATT * * * * ** * ** * * 6885373 AATAAATTAATATTATTTTATTTTCAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAA 316 AATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA ** ** * ** ** * * 6885438 A-CAAAAGTTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-CCATAATTATTTGAACCGAT 381 ATCAAAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATT-GT-AAA-TAGTTATAACCATTTGAACTGGT * ** ** * * 6885501 TTGATAAACTGACCTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAAT 442 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-AC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT * * * ** * 6885565 ATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAATCG 505 ATTATTTAATTTGA-ATAAGCTTGTACAAAT-A * * ** * * * 6885598 AGACAATTGTTTTATGATAAAAA-AAAGGGTCATCTTTATTCT-AAATAGATAATTATTCAAATA 1 AAACAATTGTTTTATGA-AAAAAGAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAA-TATTTATATA * * * * * * * * 6885661 G-CTATGACTATTTGAGCTT-TTTTAGTAAACAGATTTTTTTTTTAAAATTTCTT-GTTTATTAA 63 GTCT-TAATTATTTGA-ATTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTAG-TTATTAA ** * *** * 6885723 TTTTCTCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCA-TGTATGAACTA-AAACAA 124 -TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-ATTGTAT-AAATAGAAACAA * * * * * * * ** 6885786 TTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAAC 186 TTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAAC * * ** * * * * 6885851 TATTTGAACTAATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATATC-T-TT-CTT-ATTGTTTTAGAAT 250 TATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATT-TTCTA-AAT * * * * * * * * * * * * 6885912 ATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAGA-AATTGTTTTATTA 313 ATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAA-ACAATTATTTTATGA ** * ** * ** 6885976 CAAAA-CAAACA-TCGTAACGATTTGAGGTAGATAATTGTTTAAATAGTTGTAAGTATTTGAACT 377 CAAAATCAAA-AGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG--TAAATAGTTATAACCATTTGAACT * *** * * * 6886039 AGTTCAATAAACAGATTTAATTCTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG 439 GGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG * ** ** 6886101 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA 504 TATTA-TTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAATA * ** * * * * * * * * 6886134 GAAGCAATCATTTTAAGACAAAACAACATGTCATAATGGTTTGAAATAGATAAAAATTTAAATAG 1 -AAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATATTTATATAG * * * * * * * * * * ** 6886199 ACATGACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT 64 TCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAA-TTT * * * * * * 6886263 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTCTTT 127 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATAAATAGAAACAATTATTT * * ** * * * ** *** * ** 6886328 TATGATAAAACCAAATATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTGAAGGGTCATAGGTATTTG 192 TATGA-CAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTG * * * * * * * * 6886393 AACTAGCTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAGATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATTTTAAT 256 AACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAAT * * * * ** * * * 6886456 AAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATGAGTAGAAACAATTAGTTTATGA-AAAAA 319 AAATTAGTATTAATTTATTTTGAAA-AAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAT * ** * * ** * * * 6886519 CAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATATGTTC 383 CAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T-AAATAGTTATAACCATTTGAACT-GGTTT * * * * * 6886583 AGAAAACATAA-TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TA 444 GGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA * * ** 6886645 TTATTT-TTTTGAAATAAGCTTGCATGAATA 506 TTATTTAATTTG-AATAAGCTTGTACAAATA * * * * * * * 6886675 GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTTGGAAATATATAATTGTTTAGAT 1 -AAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAGGTCATAATGA-TTT-GAAATAGATAA-TATTTATAT * * * * * ** * 6886739 AGCCATAACTATTTGAACAT-GTTCGGTGAATAGATTAATTTTTT-AATTCTCTTA-TTCATTAA 62 AGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATT-TCTTAGTT-ATTAA * * * * * * 6886801 TATTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAAT 124 T-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAT-AAATAGAAACAAT * * * * * * * * * * 6886865 TGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATATTCATGACT 187 TATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACT * * * * 6886930 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTTATTTTTTAAATCT-TTAACTT-ATT-ATTTGTCAAAA 251 ATTTGAACTAGTTCGACAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-A-TTGATTAATTT-TCTAAA * * * * * * * * * * 6886992 TATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCTGAATAAGCTTCTATGAGCAAAAGCAATTGTTTTATGA 312 TATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA * ** * * * * * ** 6887056 CAAAA-CAAAAAGGTCATAACAACTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAGATTTGAAC 377 CAAAATC-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T-AAATAGTTATAACCATTTGAAC * * * * * 6887120 TTGG-TCGATAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTCTCTTG--ATATTAATAA 438 -TGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATT-T-TTGAAATATTAAT-A * * * * 6887181 AATT-GTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGA 498 AATTAGTATTATTTAATTTG-AATAAGCTTGTA-CAA-ATA * ** * * *** * * * 6887221 AAAAAATCATTTTTTGACAAAAA-AAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAG 1 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ATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGATCATAAACAATTATTTTAT 311 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAAA-AAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAT * * * * * * * 6889208 AACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA-TTCTTACTATTTGAA 375 GACAAAATCAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T-AAATAGTTATAACCATTTGAA * * * * * * ** * * * * * 6889271 ATGGTTTGGCAATCATATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTACTAAGTGTCGAAATATTATTAAAT 437 CTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT * ** * ** 6889336 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATA 501 TAGTATTA-TTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAATA * * * ** * * * * * * 6889372 GAACTACTTGTTTGATGATGAAATAAAAGGTTATAACGAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAG 1 AAAC-AATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTTATATAG ** * * * * * * * * * 6889437 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTC 64 TCTTAATTATTTGAATTGGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAA-TTTC * 6889502 TAAATATTAATAAA 128 AAAATATTAATAAA 6889516 AGGTTAGAAT Statistics Matches: 8237, Mismatches: 1909, Indels: 1317 0.72 0.17 0.11 Matches are distributed among these distances: 483 6 0.00 486 1 0.00 487 16 0.00 488 5 0.00 489 6 0.00 490 9 0.00 491 26 0.00 492 25 0.00 493 17 0.00 494 14 0.00 495 7 0.00 496 3 0.00 497 11 0.00 498 6 0.00 499 9 0.00 500 14 0.00 501 11 0.00 502 22 0.00 503 16 0.00 504 31 0.00 505 31 0.00 506 22 0.00 507 49 0.01 508 20 0.00 509 10 0.00 510 23 0.00 511 10 0.00 512 12 0.00 513 11 0.00 514 14 0.00 515 10 0.00 516 62 0.01 517 12 0.00 518 26 0.00 519 131 0.02 520 262 0.03 521 126 0.02 522 80 0.01 523 26 0.00 524 149 0.02 525 12 0.00 526 37 0.00 527 96 0.01 528 311 0.04 529 190 0.02 530 114 0.01 531 75 0.01 532 393 0.05 533 88 0.01 534 49 0.01 535 191 0.02 536 243 0.03 537 615 0.07 538 824 0.10 539 681 0.08 540 533 0.06 541 305 0.04 542 1113 0.14 543 570 0.07 544 316 0.04 545 47 0.01 546 72 0.01 547 18 0.00 548 3 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (535 bp): AAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATATTTATATAGTC 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